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T C 336.08 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.023138;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4569;QD=17.0165;RBI=0.0280573;REFB=-0.0140496;REVB=0.0158696;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340101;STB=0.511357;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0215561;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:35:36:0.455696:15:20:22:19:16:20:23:20 chr1 901046 . ACCC AC,ACCA 326.19 PASS AF=0.416667,0.0833333;AO=30,6;DP=74;FAO=30,6;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17,5;FSAR=13,1;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0440253,-0.0481244;FXX=0.0270234;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=42.0084,210.991;QD=18.1216;RBI=0.0506241,0.0503742;REFB=-0.0120111,-0.00722537;REVB=-0.0249914,-0.0148861;RO=36;SAF=17,5;SAR=13,1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0917739,0.436734;STB=0.55169,0.818576;STBP=0.462,0.126;TYPE=del,snp;VARB=0.0124516,0.0299665;OID=.,.;OPOS=901047,901049;OREF=CC,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0833333:30,6:74:30,6:72:36:17,5:13,1:17:19:99:36:17,5:13,1:17:19 chr1 906272 . A C 82.29 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00120201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.632;QD=10.9716;RBI=0.0142189;REFB=-0.0199147;REVB=-0.014168;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164904;STB=0.545369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0470528;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:30:20:19:7:10:0.333333:6:1:3:17:8:2:3:16 chr1 909238 . G C 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0103456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.035;QD=14.488;RBI=0.0123437;REFB=-0.0200633;REVB=-0.00673309;RO=30;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267545;STB=0.658036;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0355151;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:16:3:10:20:16:3:10:20 chr1 909309 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0142307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.346;QD=18.49;RBI=0.0144836;REFB=-0.0192396;REVB=0.00269469;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600311;STB=0.534105;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0205297;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:15:11:8:14:15:11 chr1 909419 . C T 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.020667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.559;QD=23.4329;RBI=0.0206742;REFB=-0.0218876;REVB=-0.000546622;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1125;STB=0.56245;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0146368;OID=.;OPOS=909419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:15:9:5:15:15:9:5:15 chr1 909768 . A G 2370.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.03;QD=64.0651;RBI=0.0217502;REFB=0;REVB=-0.0209077;RO=0;SAF=59;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00465e-05;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:89:59:0:0:89:59:0:0 chr1 911595 . A G 599.99 PASS AF=0.402299;AO=68;DP=174;FAO=70;FDP=174;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0118014;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.677;QD=13.7928;RBI=0.0362538;REFB=-0.0461193;REVB=-0.0342792;RO=99;SAF=27;SAR=41;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731276;STB=0.555019;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0750591;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:104:68:70:0.402299:41:27:46:53:42:28:51:53 chr1 911916 . C T 388.24 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.023012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0886;QD=16.1768;RBI=0.0911579;REFB=0.0111662;REVB=0.0882055;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377627;STB=0.508643;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0133338;OID=.;OPOS=911916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:54:55:40:41:0.427083:20:20:25:29:21:20:26:29 chr1 914876 . T C 1444.88 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896868;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.973;QD=62.8209;RBI=0.0277468;REFB=0;REVB=0.0262574;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323035;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:25:65:0:0:27:65:0:0 chr1 915227 . A G 501.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.468;QD=58.9818;RBI=0.0104308;REFB=0;REVB=0.00729954;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97156e-05;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr1 916549 . A G 278.38 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0402508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5111;QD=11.5993;RBI=0.0455389;REFB=0.0232163;REVB=-0.0212992;RO=63;SAF=8;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242912;STB=0.641874;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.016152;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:25:8:27:36:25:8:27:36 chr1 917492 . C T 169.14 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0788071;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.316;QD=14.7075;RBI=0.079634;REFB=-0.0253541;REVB=-0.0114458;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32374;STB=0.685511;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0555053;OID=.;OPOS=917492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:6:12:9:17:6:12:10:18 chr1 948921 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4425;QD=55.6529;RBI=0.0140206;REFB=0;REVB=-0.00851116;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273731;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 949608 . G A 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00983571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.269;QD=11.0823;RBI=0.0211385;REFB=0.00311782;REVB=0.0187108;RO=40;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21711;STB=0.627328;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0056865;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:6:16:22:18:6:16:22:18 chr1 949654 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00362127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.692;QD=11.6279;RBI=0.0106905;REFB=-0.00367111;REVB=-0.0100584;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109388;STB=0.563256;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00710116;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:11:15:22:24:11:15:22:24 chr1 979219 . C T 197.15 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00812422;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9995;QD=12.5173;RBI=0.0389183;REFB=-0.0165509;REVB=-0.0380609;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25508;STB=0.634816;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0245063;OID=.;OPOS=979219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:12:12:10:28:12:12:11:28 chr1 981931 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.742;QD=57.2023;RBI=0.0435754;REFB=0;REVB=-0.0215239;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354121;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 982994 . T C 501.26 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.0888;QD=58.9716;RBI=0.0600206;REFB=0;REVB=-0.0571408;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000910963;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr1 984302 . T C 441.32 PASS AF=0.42735;AO=48;DP=115;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.000836262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.472;QD=15.0877;RBI=0.00496663;REFB=-0.0332095;REVB=0.00489572;RO=65;SAF=8;SAR=40;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459018;STB=0.746821;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0355209;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:65:67:48:50:0.42735:40:8:36:29:41:9:37:30 chr1 986443 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.044;QD=53.2771;RBI=0.0606994;REFB=0;REVB=0.0512762;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146181;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr1 987200 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.994;QD=58.061;RBI=0.0112034;REFB=0;REVB=0.0077391;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40156e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr1 990280 . C T 465.03 PASS AF=0.368056;AO=52;DP=148;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0374741;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2915;QD=12.9176;RBI=0.044867;REFB=-0.0250791;REVB=-0.0246726;RO=86;SAF=23;SAR=29;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101543;STB=0.566013;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0332857;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:144:86:91:52:53:0.368056:29:23:46:40:30:23:49:42 chr1 990806 . G A 636.16 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03437;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.326;QD=62.0644;RBI=0.0454789;REFB=0;REVB=0.029783;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13393e-05;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr1 1021346 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-6.18791e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.177;QD=15.6262;RBI=0.00744662;REFB=-0.0261697;REVB=-0.00744637;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276232;STB=0.660812;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.034949;OID=.;OPOS=1021346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:13:4:11:12:13:4:11:12 chr1 1026707 . C A 512.04 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00367235;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.297;QD=26.5994;RBI=0.02182;REFB=-0.000516901;REVB=0.0215087;RO=29;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121362;STB=0.572341;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000388891;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:29:30:47:47:0.61039:26:21:18:11:26:21:19:11 chr1 1139202 . T C 84.22 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00812978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.676;QD=12.9574;RBI=0.0107263;REFB=-0.0179019;REVB=-0.00699714;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0157264;OID=.;OPOS=1139202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:26:26:15:15:10:11:0.423077:4:6:8:7:4:7:8:7 chr1 1147422 . C T 411.59 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.259;QD=56.7715;RBI=0.0600523;REFB=0;REVB=0.0596815;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122407;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:26:29:1:9:17:0:0:12:17:0:0 chr1 1156131 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.874;QD=50.4134;RBI=0.0262355;REFB=0;REVB=0.0194328;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6636e-06;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 1158631 . A G 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404536;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.551;QD=57.2412;RBI=0.0417563;REFB=0;REVB=0.0103489;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73008e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 1226346 . TCC TC,TCG 80.34 PASS AF=0.357143,0.5;AO=3,5;DP=13;FAO=5,7;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1,3;FSAR=4,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0734272,-0.00516528;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.58354,167.655;QD=22.9529;RBI=0.380214,0.106894;REFB=-0.105881,-0.0340125;REVB=-0.373057,-0.106769;RO=2;SAF=0,3;SAR=3,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.74993,-0.212944;STB=0.748924,0.624651;STBP=0.099,0.232;TYPE=del,snp;VARB=0.0479988,0.0382895;OID=.,.;OPOS=1226347,1226348;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.357143,0.5:3,5:13:5,7:14:2:1,3:4,4:2:0:23:2:0,3:3,2:2:0 chr1 1226757 . G A 255.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.004;QD=51.1595;RBI=0.0209928;REFB=0;REVB=0.0107256;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158933;OID=.;OPOS=1226757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 1226889 . G A 906.07 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6106;QD=56.6295;RBI=0.0329478;REFB=-0.156259;REVB=-0.024617;RO=1;SAF=54;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086669;STB=0.504586;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00133191;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:9:54:1:0:9:54:1:0 chr1 1231656 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.047318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.398;QD=30.7902;RBI=0.0490288;REFB=0.0228846;REVB=-0.0128386;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00190975;OID=.;OPOS=1231656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr1 1234762 . AG A 552.82 PASS AF=1;AO=52;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.3862;QD=38.1258;RBI=0.0890368;REFB=0;REVB=0.0875816;RO=4;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00237571;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:58:58:58:0:24:34:0:0:11:4:21:31:1:3 chr1 1277533 . T C 1249.67 PASS AF=0.954545;AO=75;DP=86;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0372191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3932;QD=56.8033;RBI=0.04165;REFB=-0.043606;REVB=0.018694;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512456;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000918974;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:88:0:4:75:84:0.954545:37:38:0:0:40:44:1:3 chr1 1322241 . TTGAG T 215.03 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00039805;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=4;MLLD=289.971;QD=50.5942;RBI=0.00251325;REFB=0;REVB=0.00248153;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.12911e-05;OID=.;OPOS=1322242;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:20:17:17:0:12:5:0:0:3:0:12:5:0:0 chr1 1334052 . CTAGAG C 121.98 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00158272;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=5;MLLD=336.479;QD=14.3504;RBI=0.0220469;REFB=-0.0111998;REVB=0.02199;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347309;STB=0.693872;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.0209694;OID=.;OPOS=1334053;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:35:14:34:20:3:11:10:10:99:19:3:11:10:9 chr1 1354594 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00243041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.271;QD=14.7016;RBI=0.0240241;REFB=-0.00306557;REVB=-0.0239008;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00315723;OID=.;OPOS=1354594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:6:9:6:6:6:9 chr1 1361555 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0887494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.78;QD=14.6976;RBI=0.0888222;REFB=-0.0253272;REVB=-0.00359684;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155898;STB=0.508938;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0266378;OID=.;OPOS=1361555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:11:19:13:8:11:19 chr1 1361594 . C T 298.74 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.014439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.191;QD=30.6403;RBI=0.0160354;REFB=-0.0190611;REVB=0.00697475;RO=12;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457321;STB=0.546725;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0107219;OID=.;OPOS=1361594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:13:26:26:0.666667:19:7:4:8:19:7:5:8 chr1 1361633 . G A 107.9 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00100007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.437;QD=22.7152;RBI=0.0105363;REFB=-0.0362321;REVB=0.0104887;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306873;STB=0.74422;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0179323;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:19:5:7:12:12:0.631579:10:2:3:2:10:2:5:2 chr1 1361641 . C T 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.666;QD=45.0991;RBI=0.0352753;REFB=0.0527113;REVB=0.0157645;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00025415;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr1 1375810 . C G 34.88 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.47;QD=23.2513;RBI=0.0548585;REFB=-0.160397;REVB=0.026882;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00613934;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:0:1 chr1 1375947 . T G 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4841;QD=60.2182;RBI=0.0816032;REFB=0;REVB=0.00425663;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144273;OID=.;OPOS=1375947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr1 1376214 . C G 323.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.593;QD=53.8849;RBI=0.0342483;REFB=0;REVB=0.0068075;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198462;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 1377535 . G A 186.45 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0694855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6663;QD=19.6259;RBI=0.0810939;REFB=-0.0149369;REVB=0.041809;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142361;STB=0.541443;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0131918;OID=.;OPOS=1377535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:15:4:2:16:15:4:3:16 chr1 1378173 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.067022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.189;QD=18.0508;RBI=0.0674588;REFB=-0.0257033;REVB=-0.00766376;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534682;STB=0.817409;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00853579;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:5:3:9:1:5:3 chr1 1390875 . C T 701.34 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032862;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.118;QD=57.2522;RBI=0.0328631;REFB=0;REVB=0.000267109;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70283e-05;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr1 1403814 . C T 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00515982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.086;QD=23.1233;RBI=0.0112788;REFB=-0.0295351;REVB=-0.0100294;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444381;STB=0.524532;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0231114;OID=.;OPOS=1403814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:9:13:16:14:9:13 chr1 1418004 . T C 116.54 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0168175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2575;QD=6.05408;RBI=0.0279224;REFB=-0.0178359;REVB=-0.0222897;RO=58;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425785;STB=0.532432;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0164254;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:58:59:18:18:0.233766:9:9:31:27:9:9:32:27 chr1 1420393 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0204835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.536;QD=18.8194;RBI=0.0436849;REFB=-0.0221766;REVB=-0.038585;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0229397;OID=.;OPOS=1420393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr1 1421531 . C A 220.75 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0480245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9525;QD=18.0204;RBI=0.0696539;REFB=0.00774334;REVB=0.0504511;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118527;STB=0.567505;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00930541;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:14:13:8:14:14:13 chr1 1421991 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0423858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.75;QD=19.3688;RBI=0.047801;REFB=-0.0209316;REVB=0.0220994;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00756265;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr1 1423267 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.026876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.249;QD=14.1389;RBI=0.034546;REFB=-0.00855129;REVB=-0.0217049;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176831;STB=0.604234;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0211186;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:13:7:3:11:13:7 chr1 1425700 . T C 288.88 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0194948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5952;QD=16.275;RBI=0.0235181;REFB=-0.00906098;REVB=0.013155;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062174;STB=0.535033;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00718514;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:12:20:22:17:12:20:22:17 chr1 1430985 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0660649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5711;QD=12.7904;RBI=0.0704243;REFB=-0.0152512;REVB=-0.0243927;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221375;STB=0.630163;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0381885;OID=.;OPOS=1430985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:13:10:9:5:13:10 chr1 1451380 . T C 141.71 PASS AF=0.625;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0721026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9869;QD=23.618;RBI=0.0854116;REFB=0.0112237;REVB=-0.0457861;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.628396;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0168878;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:22:24:8:9:14:15:0.625:5:9:2:6:5:10:3:6 chr1 1469323 . C T 93.36 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00460434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.93;QD=9.82685;RBI=0.00646491;REFB=-0.0180917;REVB=-0.00453819;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0465569;OID=.;OPOS=1469323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:13:13:7:5:13:13 chr1 1479333 . A G 63.91 PASS AF=0.310345;AO=6;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0361415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4222;QD=8.81499;RBI=0.0492287;REFB=-0.0309458;REVB=0.0334254;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463449;STB=0.572359;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0715037;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:20:20:6:9:0.310345:1:5:9:11:4:5:9:11 chr1 1510801 . C T 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00633617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0912;QD=29.0497;RBI=0.0339034;REFB=-0.0208838;REVB=-0.033306;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137942;STB=0.507681;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0213279;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:2:3:8:6:2:3 chr1 1511104 . G C 208.57 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0539655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5855;QD=33.3715;RBI=0.0638845;REFB=0.0502439;REVB=-0.03419;RO=6;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164689;STB=0.59081;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0174152;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:6:13:2:4:6:13:2:4 chr1 1551927 . T C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00128981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.423;QD=13.9503;RBI=0.0090908;REFB=-0.010915;REVB=-0.00899884;RO=46;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111873;STB=0.563835;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0164337;OID=.;OPOS=1551927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:11:20:25:21:11:20:25:21 chr1 1558792 . T C 83.87 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0136787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.208;QD=11.1831;RBI=0.0352572;REFB=-0.0106807;REVB=-0.0324956;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18836;STB=0.620445;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0346132;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:30:18:19:10:11:0.366667:2:8:12:6:2:9:13:6 chr1 1575785 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0576405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.332;QD=12.9752;RBI=0.0581336;REFB=-0.00962338;REVB=-0.00755578;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163869;OID=.;OPOS=1575785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:9:9:6:6:9:9 chr1 1588670 . G A 242.96 PASS AF=0.243243;AO=35;DP=150;FAO=36;FDP=148;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0481902;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.723;QD=6.5664;RBI=0.0578651;REFB=-0.0141037;REVB=-0.0320325;RO=103;SAF=20;SAR=15;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118797;STB=0.548845;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0518111;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:103:112:35:36:0.243243:15:20:49:54:16:20:55:57 chr1 1588717 . G A 233.81 PASS AF=0.228916;AO=37;DP=165;FAO=38;FDP=166;FR=.;FRO=128;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.00291096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.522;QD=5.63388;RBI=0.00635437;REFB=-0.000508793;REVB=0.00564839;RO=127;SAF=19;SAR=18;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198447;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:127:128:37:38:0.228916:18:19:63:64:19:19:64:64 chr1 1588737 . C T 249.73 PASS AF=0.237805;AO=39;DP=164;FAO=39;FDP=164;FR=.;FRO=125;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.00182701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.472;QD=6.09107;RBI=0.00247583;REFB=0.00282851;REVB=-0.00167086;RO=125;SAF=20;SAR=19;SRF=66;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191181;STB=0.511578;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00304999;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:125:125:39:39:0.237805:19:20:66:59:19:20:66:59 chr1 1588743 . A T 184.66 PASS AF=0.201299;AO=31;DP=154;FAO=31;FDP=154;FR=.;FRO=123;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=0.00913168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.287;QD=4.79631;RBI=0.0142386;REFB=-0.00443006;REVB=-0.0109248;RO=123;SAF=16;SAR=15;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015396;STB=0.509633;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0180818;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:123:123:31:31:0.201299:15:16:62:61:15:16:62:61 chr1 1588744 . AGCG A 174.8 PASS AF=0.201389;AO=29;DP=147;FAO=29;FDP=144;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0147224;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.979;QD=4.85563;RBI=0.0150422;REFB=0.000472354;REVB=-0.00308542;RO=114;SAF=16;SAR=13;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659755;STB=0.537918;STBP=0.628;TYPE=del;VARB=-0.00326002;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.201389:29:147:29:144:115:16:13:58:57:99:114:16:13:57:57 chr1 1599888 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0218949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1391;QD=22.3965;RBI=0.0270463;REFB=0.0101129;REVB=0.0158782;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686647;STB=0.53843;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00470798;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:12:11:10:15:12:11 chr1 1601139 . C T 727.98 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00136645;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.901;QD=20.7993;RBI=0.00452593;REFB=-0.0164576;REVB=0.00431473;RO=67;SAF=40;SAR=31;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892044;STB=0.549259;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0157833;OID=.;OPOS=1601139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:67:69:71:71:0.507143:31:40:31:36:31:40:32:37 chr1 1604499 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0424287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.264;QD=16.1064;RBI=0.0424853;REFB=0.00152459;REVB=-0.00219142;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541022;STB=0.516597;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000513467;OID=.;OPOS=1604499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:10:11:9:8:11:11 chr1 1635004 . T C 1419.62 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.875;QD=61.7226;RBI=0.0131542;REFB=-0.0976587;REVB=0.00392393;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114199;STB=0.506023;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000158773;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:49:41:1:0:50:41:1:0 chr1 1635749 . C A 630.04 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286048;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.078;QD=57.2766;RBI=0.0570494;REFB=-0.0834349;REVB=0.0493599;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000486306;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:17:25:1:0:17:25:1:1 chr1 1636044 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.802;QD=60.6103;RBI=0.00850502;REFB=0;REVB=0.00690462;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08623e-05;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr1 1636274 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.506;QD=62.022;RBI=0.0257645;REFB=0;REVB=0.0213686;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68189e-05;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 1647814 . T C 625.62 PASS AF=0.376963;AO=72;DP=191;FAO=72;FDP=191;FR=.;FRO=119;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=0.00210663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.582;QD=13.1019;RBI=0.00212948;REFB=-0.00434453;REVB=-0.000311183;RO=119;SAF=43;SAR=29;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186465;STB=0.510545;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00741058;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:119:119:72:72:0.376963:29:43:73:46:29:43:73:46 chr1 1647871 . T C 652.24 PASS AF=0.389474;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=190;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=0.0188147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9364;QD=13.7313;RBI=0.0288236;REFB=-0.0270061;REVB=0.0218359;RO=113;SAF=50;SAR=24;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.554153;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0393248;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:113:116:74:74:0.389474:24:50:67:46:24:50:69:47 chr1 1647893 . C CTTTCTT 389.06 PASS AF=0.331169;AO=44;DP=163;FAO=51;FDP=154;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.000794215;FXX=0.0374977;HRUN=3;LEN=6;MLLD=175.61;QD=10.1054;RBI=0.0223082;REFB=-0.0247166;REVB=-0.0222941;RO=104;SAF=28;SAR=16;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631352;STB=0.574044;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=0.0435389;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.331169:44:163:51:154:103:34:17:58:45:99:104:28:16:61:43 chr1 1650787 . T C 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0104708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.442;QD=17.3231;RBI=0.0156432;REFB=-0.0208284;REVB=0.011622;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156291;STB=0.589196;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0264412;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:14:11:12:8:14:11 chr1 1650797 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00609342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.688;QD=14.2415;RBI=0.00861685;REFB=-0.00947532;REVB=-0.00609264;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208917;STB=0.599909;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0109085;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:13:9:18:11:13:9:18:13 chr1 1650801 . T C 207.99 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=8.45746e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.765;QD=13.4188;RBI=0.00857598;REFB=-0.0100238;REVB=0.00857556;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205197;STB=0.51174;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0127656;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:20:17:11:14:20:17 chr1 1650807 . T C 289.5 PASS AF=0.457143;AO=33;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0460991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2556;QD=16.5429;RBI=0.0461049;REFB=0.012838;REVB=0.000728378;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573308;STB=0.519843;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0147368;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:38:33:32:0.457143:14:19:18:17:14:18:20:18 chr1 1650832 . A G 413.92 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00363766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.713;QD=18.8148;RBI=0.0103216;REFB=-0.00658538;REVB=0.00965933;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113369;STB=0.511358;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00572233;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:44:46:41:42:0.477273:20:21:22:22:21:21:22:24 chr1 1650845 . G A 525.4 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0293981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.919;QD=21.6659;RBI=0.0299091;REFB=-0.00513961;REVB=0.00550482;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159367;STB=0.503939;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0033322;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:47:50:50:0.515464:27:23:22:24:27:23:22:25 chr1 1654038 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000847845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.105;QD=30.7904;RBI=0.0455493;REFB=-0.00602895;REVB=-0.0455414;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000283605;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr1 1654058 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0118817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.887;QD=35.4875;RBI=0.0337558;REFB=0.0511514;REVB=-0.0315956;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0101951;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:2:0:5:8:2:0 chr1 1654064 . A T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.018017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.544;QD=32.3682;RBI=0.045757;REFB=0.00866835;REVB=0.0420605;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142717;STB=0.578833;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00163719;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:3:0:5:8:3:0 chr1 1654065 . AGCG A 136.5 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0223267;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.966;QD=36.3995;RBI=0.0260456;REFB=0.0316013;REVB=0.0134123;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=-0.00689887;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:12:16:13:15:2:8:5:2:0:10:2:7:5:2:0 chr1 1666175 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.01992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.47;QD=18.744;RBI=0.0199922;REFB=-0.0213892;REVB=-0.00169747;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0136057;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr1 1683565 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0145128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.975;QD=16.6263;RBI=0.0247854;REFB=-0.0143187;REVB=-0.0200922;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417614;STB=0.734514;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0268346;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:1:13:6:7:1:13 chr1 1684472 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0169731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1063;QD=11.1973;RBI=0.0203407;REFB=-0.00217179;REVB=0.0112097;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363333;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00694877;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:14:8:4:8:14:8 chr1 1686040 . G T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0173907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.154;QD=20.03;RBI=0.0215361;REFB=0.00382785;REVB=-0.0127031;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354698;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00248769;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:14:12:12:12:14:12 chr1 1823922 . A G 259.5 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460396;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=51.8998;RBI=0.0567554;REFB=0;REVB=0.0331893;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94206e-05;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 1846765 . G A 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00371025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.502;QD=21.6643;RBI=0.014573;REFB=-0.00635436;REVB=-0.0140928;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312291;STB=0.517233;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00602364;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:14:19:21:18:14:19 chr1 1847979 . T C 271.22 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00467459;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3634;QD=22.1406;RBI=0.0496138;REFB=-0.0169231;REVB=-0.0493931;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429416;STB=0.545421;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0225831;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:22:27:27:0.55102:12:15:10:10:12:15:10:12 chr1 1849529 . A G 352.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0461781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.541;QD=21.0487;RBI=0.0461807;REFB=-0.0357698;REVB=-0.000493618;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108765;STB=0.560238;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00908193;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:22:14:16:15:22:14:16:15 chr1 1849530 . T C 268.0 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.014793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4459;QD=16.2423;RBI=0.0219145;REFB=-0.0163968;REVB=0.0161683;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107749;STB=0.560566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00610116;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:14:22:15:15:14:22 chr1 1849744 . G A 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0378164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.282;QD=11.2547;RBI=0.0429047;REFB=0.00204401;REVB=0.0202665;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00204046;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr1 1849812 . G A 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00427398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.02;QD=16.7254;RBI=0.00833386;REFB=0.000684821;REVB=-0.00715446;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194019;STB=0.61137;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000766819;OID=.;OPOS=1849812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:8:11:6:10:8:11 chr1 1854109 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.683;QD=57.2365;RBI=0.0150789;REFB=0;REVB=-0.013836;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9865e-05;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr1 1854546 . C T 93.73 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0282312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5808;QD=10.7115;RBI=0.0323757;REFB=-0.0260489;REVB=-0.0158487;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349224;STB=0.656907;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0466481;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:35:22:23:11:12:0.342857:6:5:17:5:6:6:17:6 chr1 1855319 . C T 180.6 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00562733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9725;QD=13.8924;RBI=0.0187943;REFB=-0.00938786;REVB=0.0179321;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592832;STB=0.534038;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0137555;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:18:13:10:11:18:13 chr1 1858161 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0988583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.481;QD=11.9534;RBI=0.0988834;REFB=-0.0150407;REVB=0.0022244;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0218748;OID=.;OPOS=1858161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:6:5:6:2:6:5 chr1 1859176 . T C 280.99 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.077204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4985;QD=19.3789;RBI=0.0779037;REFB=0.0143365;REVB=-0.0104182;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260953;STB=0.63859;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0234593;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:21:9:16:11:21:9:16:12 chr1 1861582 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00152217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.151;QD=13.7412;RBI=0.0251249;REFB=-0.0208721;REVB=-0.0250787;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127348;STB=0.572616;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0271115;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:12:17:20:23:12:17:20:23 chr1 1873514 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4409;QD=59.8313;RBI=0.113025;REFB=0;REVB=-0.0562818;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261312;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr1 1873525 . T C 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5135;QD=57.3806;RBI=0.0405521;REFB=-0.0929037;REVB=-0.0330548;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0131331;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:0:1:15:22:0:1 chr1 1875858 . CA GG 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0067191;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.103;QD=11.4398;RBI=0.0102791;REFB=-0.00717528;REVB=0.00777911;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.0172704;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:5:9:6:3:5:9 chr1 1886859 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.116145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.078;QD=22.9148;RBI=0.121776;REFB=-0.0199775;REVB=0.0366034;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00392456;OID=.;OPOS=1886859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr1 1887019 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.647;QD=52.6132;RBI=0.0235956;REFB=0;REVB=0.0235658;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1213e-05;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 1887245 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0140733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0642;QD=19.4775;RBI=0.0263559;REFB=-0.0043899;REVB=0.022284;RO=42;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141662;STB=0.578663;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00433873;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:18:23:17:25:18:23:17:25 chr1 1888193 . C A 456.87 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00593956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.451;QD=16.7657;RBI=0.00844631;REFB=-0.00774424;REVB=0.00600515;RO=59;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328784;STB=0.518317;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00791838;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:28:22:24:35:28:22:24:35 chr1 1896440 . G A 389.5 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0228449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1077;QD=21.9434;RBI=0.0229495;REFB=4.49729e-05;REVB=0.00218795;RO=32;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308556;STB=0.526963;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000477078;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:32:37:39:0.549296:16:21:17:15:16:23:17:15 chr1 1900106 . T C,TCTC 472.84 PASS AF=0.0630631,0.414414;AO=7,45;DP=112;FAO=7,46;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=6,31;FSAR=1,15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0266549,-0.0131517;FXX=0.00892777;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=57.8804,210.527;QD=17.0394;RBI=0.0654408,0.0197416;REFB=0.0165172,-0.0166943;REVB=-0.0597664,-0.0147229;RO=58;SAF=6,30;SAR=1,15;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.37468,0.105641;STB=0.799042,0.563608;STBP=0.143,0.262;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0597694,0.0177756;OID=.,.;OPOS=1900106,1900107;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:112:111:58:58:7,45:7,46:0.0630631,0.414414:1,15:6,30:33:25:1,15:6,31:33:25 chr1 1900232 . T C 445.62 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0260667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.387;QD=23.4537;RBI=0.0402146;REFB=-0.0173217;REVB=0.0306226;RO=33;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116791;STB=0.564251;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0106411;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:16:27:16:17:16:27:16:17 chr1 1916890 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00439602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.355;QD=17.4227;RBI=0.00460869;REFB=-0.0126788;REVB=0.00138385;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180902;STB=0.601115;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0176593;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:22:12:17:14:22:12 chr1 1960674 . C T 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0254415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0122;QD=15.9124;RBI=0.0268671;REFB=-0.00914978;REVB=-0.00863545;RO=37;SAF=7;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488858;STB=0.527646;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0109966;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:23:7:10:27:23:7:10:27 chr1 1987993 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.264;QD=55.6549;RBI=0.012823;REFB=0;REVB=0.00762532;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01964e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr1 1991014 . A G 431.37 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00212014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.902;QD=16.2779;RBI=0.014591;REFB=-0.0127943;REVB=-0.0144361;RO=58;SAF=23;SAR=25;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138216;STB=0.577042;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0157469;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:25:23:36:22:25:23:36:22 chr1 2005740 . T C 486.84 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379857;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8385;QD=59.0105;RBI=0.0503441;REFB=0;REVB=0.0330396;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729127;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr1 2113565 . T G 370.6 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00801371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.91;QD=17.2374;RBI=0.0112165;REFB=-0.0138352;REVB=0.00784794;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190747;STB=0.612007;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0255579;OID=.;OPOS=2113565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:23:16:28:18:23:16:29:18 chr1 2117557 . G A 459.98 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0258292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2118;QD=26.6653;RBI=0.0305166;REFB=0.00921076;REVB=0.0162517;RO=26;SAF=29;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455364;STB=0.524875;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00396907;OID=.;OPOS=2117557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:14:29:16:10:14:29:16:10 chr1 2144982 . G T 812.44 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0516836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.65;QD=55.0806;RBI=0.0804473;REFB=-0.0603939;REVB=0.0616488;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00409397;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:55:58:0.983051:27:28:0:1:29:29:0:1 chr1 2145524 . G A 204.91 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0156994;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.157;QD=21.0159;RBI=0.0166498;REFB=-0.0176192;REVB=0.00554479;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204108;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.01341;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:17:19:19:20:0.512821:10:9:4:13:10:10:5:14 chr1 2399119 . A G 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.126;QD=63.3317;RBI=0.0105711;REFB=0;REVB=0.00922281;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81233e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr1 2430617 . C T 386.05 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0322846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.06;QD=21.1536;RBI=0.0467701;REFB=-0.00774942;REVB=-0.03384;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631153;STB=0.528721;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00968125;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:23:16:16:17:23:16:16:18 chr1 2433900 . C T 95.06 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00100753;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.513;QD=11.1833;RBI=0.00550849;REFB=-0.0189938;REVB=-0.00541557;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0539423;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:14:7:4:8:14:8 chr1 2441358 . T C 121.06 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0021131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.824;QD=14.6738;RBI=0.0406399;REFB=-0.016909;REVB=-0.0405849;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.504418;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.018747;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:6:8:11:6:6:8:11:8 chr1 2444414 . G A 986.5 PASS AF=0.47032;AO=103;DP=219;FAO=103;FDP=219;FR=.;FRO=116;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.00288724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.518;QD=18.0183;RBI=0.0165796;REFB=-0.0350596;REVB=0.0163262;RO=114;SAF=58;SAR=45;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118466;STB=0.560847;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0348377;OID=.;OPOS=2444414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:114:116:103:103:0.47032:45:58:50:64:45:58:52:64 chr1 2452327 . C G 298.2 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0132498;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.398;QD=25.9308;RBI=0.0318551;REFB=-0.00147347;REVB=-0.0289688;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138646;STB=0.57706;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000916209;OID=.;OPOS=2452327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:19:26:27:0.586957:14:12:5:13:15:12:5:14 chr1 2452569 . T C 1527.19 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6374;QD=58.738;RBI=0.0358737;REFB=-0.077228;REVB=-0.00619042;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195531;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:104:1:0:103:104:1:53:50:1:0:53:51:0:0 chr1 2488153 . A G 4210.91 PASS AF=0.899083;AO=293;DP=326;FAO=294;FDP=327;FR=.;FRO=33;FSAF=178;FSAR=116;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00382728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.074;QD=51.5096;RBI=0.0038802;REFB=-0.0723205;REVB=-0.000638672;RO=28;SAF=178;SAR=115;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124389;STB=0.512667;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00106375;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:28:33:293:294:0.899083:115:178:15:13:116:178:16:17 chr1 2488155 . A C 67.72 PASS AF=0.0820669;AO=26;DP=329;FAO=27;FDP=329;FR=.;FRO=302;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=181;FSRR=121;FWDB=-0.126075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7587;QD=0.823369;RBI=0.1278;REFB=-0.014234;REVB=-0.0209295;RO=303;SAF=13;SAR=13;SRF=182;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11691;STB=0.574646;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.19463;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:329:329:303:302:26:27:0.0820669:13:13:182:121:13:14:181:121 chr1 2490898 . C A 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262476;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.482;QD=55.6955;RBI=0.0262479;REFB=0;REVB=-0.000129076;RO=0;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2769e-05;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:1:25:0:0:1:25:0:0 chr1 2490942 . C A 688.98 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.313;QD=62.6345;RBI=0.109217;REFB=0;REVB=0.0862376;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943219;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 2491205 . C T 2178.62 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.785;QD=63.1483;RBI=0.0254534;REFB=0;REVB=0.0161459;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95709e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:71:66:0:0:71:67:0:0 chr1 2526746 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.462;QD=47.8223;RBI=0.029751;REFB=0;REVB=-0.0238403;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663522;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 2535613 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.689;QD=56.9383;RBI=0.0850878;REFB=0;REVB=0.0779876;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381837;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 2541269 . A G 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1199;QD=57.1606;RBI=0.0442252;REFB=0;REVB=0.00241554;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364705;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr1 2573199 . A G 1102.03 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605239;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.689;QD=60.3853;RBI=0.0196982;REFB=0;REVB=0.0187453;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80802e-06;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr1 2938265 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0542811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.943;QD=19.3688;RBI=0.0542975;REFB=-0.0172757;REVB=0.00133336;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.615175;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0142454;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:1:6:6:4:1:6 chr1 2938407 . CAGA C 232.25 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.011401;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.088;QD=16.5893;RBI=0.0114032;REFB=-0.000195308;REVB=0.000222511;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.576864;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.000133216;OID=.;OPOS=2938408;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:26:58:26:56:30:15:11:13:17:99:27:15:11:13:14 chr1 2938697 . T G 278.0 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00711299;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.041;QD=15.6618;RBI=0.0159773;REFB=-0.0233909;REVB=-0.0143066;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186482;STB=0.605699;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0272924;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:10:21:20:20:10:21:20:20 chr1 2983963 . G A 864.31 PASS AF=0.50289;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.034904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1778;QD=19.984;RBI=0.0524165;REFB=-0.026303;REVB=0.039105;RO=86;SAF=57;SAR=30;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178153;STB=0.598154;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0245306;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:86:87:87:0.50289:30:57:40:46:30:57:40:46 chr1 2984087 . C A 311.79 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0284153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.531;QD=16.629;RBI=0.0292818;REFB=-0.0241471;REVB=0.00707069;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717448;STB=0.540207;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0210545;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:14:27:20:14:14:27 chr1 2985885 . C G 143.58 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0534241;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7491;QD=16.8912;RBI=0.0958857;REFB=-0.0170616;REVB=-0.0796237;RO=18;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516664;STB=0.643363;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0207039;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:14:16:0.470588:13:1:7:11:13:3:7:11 chr1 3301721 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.02272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.189;QD=21.5105;RBI=0.0327697;REFB=-0.0152624;REVB=-0.0236147;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304197;STB=0.671473;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0257344;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:7:12:6:15:7:12 chr1 3312914 . T G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0026135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.643;QD=12.9748;RBI=0.0212161;REFB=0.00282957;REVB=0.0210545;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.624812;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00496849;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:14:4:5:7:14:4 chr1 3328358 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.122;QD=50.4129;RBI=0.0324464;REFB=0;REVB=-0.0136066;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727951;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr1 3352009 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=-0.0115866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.015;QD=12.0589;RBI=0.0164487;REFB=-0.00566462;REVB=-0.0116753;RO=42;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160921;STB=0.591333;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0110927;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:19:6:6:36:19:6:6:36 chr1 3353890 . A G 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397264;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0717;QD=59.1561;RBI=0.0475554;REFB=0;REVB=0.0261406;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276844;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 3353949 . A G 974.43 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0207323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7134;QD=54.8973;RBI=0.0212492;REFB=-0.11779;REVB=0.00465862;RO=2;SAF=28;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325587;STB=0.517236;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00159149;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:71:2:2:67:69:0.971831:39:28:2:0:41:28:2:0 chr1 3354595 . T C 1430.97 PASS AF=0.856;AO=106;DP=125;FAO=107;FDP=125;FR=.;FRO=18;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00930453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.1263;QD=45.7911;RBI=0.0125902;REFB=-0.107904;REVB=-0.00848163;RO=1;SAF=67;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070316;STB=0.553961;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00632201;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:125:125:1:18:106:107:0.856:39:67:1:0:39:68:5:13 chr1 3354615 . T C 1593.62 PASS AF=0.956522;AO=110;DP=115;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.012036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.85;QD=55.4303;RBI=0.0123064;REFB=-0.0202465;REVB=0.0025655;RO=5;SAF=64;SAR=46;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00154042;STB=0.500812;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000470798;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:115:5:5:110:110:0.956522:46:64:3:2:46:64:3:2 chr1 3383898 . A G 515.67 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.005567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.172;QD=20.0261;RBI=0.0120444;REFB=-0.0231049;REVB=-0.0106807;RO=50;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103312;STB=0.505699;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0229052;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:28:25:23:27:28:25:23:27 chr1 3389727 . C T 473.18 PASS AF=0.724138;AO=41;DP=57;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00705174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.8;QD=32.6332;RBI=0.0275836;REFB=-0.00175793;REVB=0.026667;RO=16;SAF=25;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917052;STB=0.544367;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000966274;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:16:16:41:42:0.724138:16:25:7:9:17:25:7:9 chr1 3394456 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.454;QD=58.9593;RBI=0.0180584;REFB=0;REVB=0.00417664;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12457e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr1 3395039 . G A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0182315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.663;QD=28.8522;RBI=0.0234562;REFB=-0.0276331;REVB=0.0147583;RO=16;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143957;STB=0.579648;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0195788;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:20:7:7:9:20:7:7:9 chr1 3395174 . C A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0156194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.234;QD=11.0928;RBI=0.0172462;REFB=-0.028521;REVB=-0.007312;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0176351;OID=.;OPOS=3395174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr1 3407545 . C T 474.89 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00622435;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.331;QD=17.7527;RBI=0.0126927;REFB=-0.0247567;REVB=0.0110617;RO=56;SAF=18;SAR=33;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432559;STB=0.502403;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0310568;OID=.;OPOS=3407545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:33:18:20:36:33:18:20:36 chr1 3414105 . C T 292.33 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0291817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1306;QD=20.5146;RBI=0.0295379;REFB=-0.0499641;REVB=0.00457352;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128337;STB=0.569349;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0226856;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:30:31:0.54386:10:20:13:12:11:20:13:13 chr1 3416449 . C A 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0170082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.04;QD=19.9045;RBI=0.024867;REFB=-0.0220756;REVB=0.0181407;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102087;STB=0.556732;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0465625;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:14:17:12:16:14:17:12:16 chr1 3418391 . C T 885.68 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=195;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=0.0536748;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4666;QD=18.2614;RBI=0.0628798;REFB=-0.014169;REVB=0.0327551;RO=101;SAF=58;SAR=32;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214254;STB=0.522324;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0162341;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:101:104:90:90:0.463918:32:58:63:38:32:58:63:41 chr1 3421897 . A G 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0152004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.771;QD=11.9701;RBI=0.0415431;REFB=-0.00925488;REVB=-0.0386624;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407418;STB=0.734732;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0186864;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:7:26:7:10:7:26 chr1 3425183 . G A 453.26 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0257383;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0515;QD=14.3893;RBI=0.0259407;REFB=-0.0272901;REVB=-0.00323472;RO=75;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143971;STB=0.580975;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0376204;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:75:75:51:51:0.404762:25:26:28:47:25:26:28:47 chr1 3428160 . T G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8083;QD=56.9531;RBI=0.0251795;REFB=0;REVB=-0.0250391;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010333;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr1 3428608 . G A 633.58 PASS AF=0.496;AO=31;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0369063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.407;QD=20.2746;RBI=0.0475165;REFB=-0.0266033;REVB=0.029929;RO=46;SAF=26;SAR=5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277786;STB=0.556476;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0237312;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:46:60:31:62:0.496:5:26:30:16:34:28:34:26 chr1 3496464 . C T 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0169679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9294;QD=13.0869;RBI=0.0203247;REFB=-0.033982;REVB=0.0111887;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247318;STB=0.629432;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0408577;OID=.;OPOS=3496464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:12:7:8:5:12:8 chr1 3496479 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.896;QD=47.8222;RBI=0.040733;REFB=0;REVB=0.0375412;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406002;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 3548136 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.879;QD=58.0598;RBI=0.0413443;REFB=0;REVB=0.0153929;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119929;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr1 3551792 . G A 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0448623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.794;QD=17.5412;RBI=0.0683116;REFB=0.0189752;REVB=0.0515155;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0198577;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:5:11:9:6:5:11 chr1 3607520 . G A 895.56 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=200;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0248818;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.801;QD=18.092;RBI=0.030021;REFB=-0.0126891;REVB=0.0167975;RO=107;SAF=51;SAR=40;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893577;STB=0.504949;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0145576;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:107:107:91:91:0.459596:40:51:59:48:40:51:59:48 chr1 3638674 . C T 701.69 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0440142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.77;QD=51.0319;RBI=0.044377;REFB=-0.177537;REVB=0.00566274;RO=3;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532292;STB=0.528291;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00197528;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:3:3:52:52:0.945455:27:25:3:0:27:25:3:0 chr1 3683914 . T A 438.86 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00379081;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.24;QD=23.4057;RBI=0.00412174;REFB=-0.0605614;REVB=0.00161816;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094823;STB=0.547197;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0411586;OID=.;OPOS=3683914;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:42:43:0.573333:24:18:10:22:25:18:10:22 chr1 3701663 . T C 246.45 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00892584;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.271;QD=17.6034;RBI=0.0253199;REFB=-0.00764121;REVB=-0.0236944;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888254;STB=0.560394;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0118654;OID=.;OPOS=3701663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:29:27:27:0.482143:10:17:15:13:10:17:15:14 chr1 3743319 . G A 279.9 PASS AF=0.5;AO=26;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0225883;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.384;QD=18.6598;RBI=0.0274667;REFB=-0.0209222;REVB=0.0156266;RO=32;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330628;STB=0.601741;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0252322;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:30:26:30:0.5:19:7:19:13:19:11:17:13 chr1 3745924 . G A 347.83 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0129497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2644;QD=13.7756;RBI=0.0143958;REFB=-0.00344502;REVB=0.0062884;RO=60;SAF=26;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181391;STB=0.598721;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00441998;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:14:26:29:31:14:26:30:31 chr1 3755675 . T C 321.41 PASS AF=0.5;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0110695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.728;QD=18.9063;RBI=0.0113544;REFB=-0.0177748;REVB=-0.00252735;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146722;STB=0.58942;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0172836;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:34:34:0.5:13:21:15:18:13:21:15:19 chr1 3759784 . A G 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0201766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.931;QD=19.0235;RBI=0.0203094;REFB=-0.0107373;REVB=-0.00231922;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166577;STB=0.599134;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0131646;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:20:15:21:13:20:15:22:13 chr1 3809528 . C T 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0189962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.409;QD=25.731;RBI=0.0195416;REFB=-0.0187355;REVB=-0.00458488;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158251;STB=0.587667;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0121366;OID=.;OPOS=3809528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:15:11:12:7:15:11:12:7 chr1 4772053 . T C 1207.17 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2119;QD=61.1228;RBI=0.134565;REFB=0;REVB=-0.0243524;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129968;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr1 4772717 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00401459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.497;QD=19.0437;RBI=0.0146451;REFB=-0.00212545;REVB=0.0140841;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110324;STB=0.56133;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00201345;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:17:25:19:21:17:25 chr1 5935162 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.783;QD=44.6898;RBI=0.108068;REFB=0;REVB=0.0485367;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215281;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr1 5937168 . G A 2089.95 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341756;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1983;QD=62.8555;RBI=0.0432772;REFB=0;REVB=0.0265508;RO=0;SAF=89;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68567e-05;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:44:89:0:0:44:89:0:0 chr1 5948677 . G A 749.95 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290178;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.073;QD=63.8253;RBI=0.0290527;REFB=0;REVB=0.00142262;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43645e-05;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 6162054 . T C 82.1 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.037977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6945;QD=8.87621;RBI=0.0379784;REFB=0.0034426;REVB=0.000327274;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364363;STB=0.733406;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0129756;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:10:1:7:19:10:1:7:19 chr1 6162355 . A T 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0412745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.308;QD=9.09823;RBI=0.0522898;REFB=0.011256;REVB=-0.0321035;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.599771;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0185587;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:10:9:3:6:10:9 chr1 6162407 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.541;QD=51.9167;RBI=0.00742978;REFB=0;REVB=0.0058711;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82649e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 6163065 . G A 514.03 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0598048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.667;QD=30.237;RBI=0.0612824;REFB=-0.0106787;REVB=0.0133757;RO=21;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147063;STB=0.586919;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00196858;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:22:46:46:0.676471:27:19:14:7:27:19:15:7 chr1 6165419 . C T 270.04 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0323149;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.986;QD=20.7722;RBI=0.0339044;REFB=-0.00825578;REVB=-0.0102595;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320902;STB=0.678444;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0135823;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:24:28:28:0.538462:9:19:7:17:9:19:7:17 chr1 6184092 . A G 1065.92 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905191;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.077;QD=60.0516;RBI=0.0597502;REFB=0;REVB=-0.0590605;RO=0;SAF=60;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352983;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:11:60:0:0:11:60:0:0 chr1 6190315 . C T 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00530992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.183;QD=23.041;RBI=0.00628105;REFB=-0.0199009;REVB=0.00335505;RO=40;SAF=16;SAR=32;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166797;STB=0.591961;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0211111;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:32:16:21:19:32:16:21:19 chr1 6196869 . A G 696.25 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.13308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4006;QD=60.5436;RBI=0.133739;REFB=-0.0271609;REVB=0.013257;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00411857;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:29:15:0:0:30:15:0:1 chr1 6202245 . G A 435.32 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00982004;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.034;QD=15.2745;RBI=0.0099117;REFB=-0.00903801;REVB=0.00134492;RO=63;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233664;STB=0.519076;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0144394;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:63:65:48:49:0.429825:21:27:34:29:21:28:35:30 chr1 6209363 . T C 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.186;QD=51.1723;RBI=0.151901;REFB=0;REVB=0.0555489;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293209;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 6211183 . G A 776.11 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.32;QD=54.4635;RBI=0.0687502;REFB=-0.0605362;REVB=0.010916;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257403;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:55:57:1:27:28:1:0:27:30:0:0 chr1 6313938 . C T 1208.57 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.508;QD=61.1936;RBI=0.0220715;REFB=0;REVB=0.0206592;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12418e-05;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr1 6314822 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.805;QD=57.1049;RBI=0.025412;REFB=0;REVB=0.0144198;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213337;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr1 6557009 . A C 1267.34 PASS AF=0.440514;AO=138;DP=311;FAO=137;FDP=311;FR=.;FRO=174;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=0.017466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.562;QD=16.3002;RBI=0.048106;REFB=-0.0163926;REVB=-0.0448232;RO=171;SAF=75;SAR=63;SRF=93;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000383992;STB=0.511443;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0196483;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:171:174:138:137:0.440514:63:75:93:78:61:76:93:81 chr1 6614230 . G A 315.45 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.032888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3803;QD=17.2851;RBI=0.100956;REFB=-0.0251641;REVB=0.0954484;RO=37;SAF=24;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090278;STB=0.555522;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0411857;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:34:34:0.465753:10:24:23:14:10:24:24:15 chr1 6614535 . G A 93.01 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0261059;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9834;QD=14.8819;RBI=0.0805816;REFB=-0.00589635;REVB=0.0762356;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0170814;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:5:9:7:4:5:9 chr1 6635231 . A G 380.69 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1451;QD=54.3846;RBI=0.108826;REFB=0;REVB=0.0159088;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630451;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:2:0:24:28:1:14:10:2:0:14:14:0:0 chr1 6635306 . G A 355.68 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0298648;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.969;QD=21.5562;RBI=0.0372985;REFB=-0.011431;REVB=-0.0223445;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937722;STB=0.551874;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00660503;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:30:36:36:0.545455:22:14:15:15:22:14:15:15 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 76.99 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0160764;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=9;MLLD=264.052;QD=4.81169;RBI=0.0289934;REFB=-0.0107316;REVB=0.0241282;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173063;STB=0.57578;STBP=0.488;TYPE=del;VARB=0.0226276;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265625:17:63:17:64:47:8:9:27:20:76:37:8:9:23:14 chr1 6695244 . A G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0590574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3968;QD=19.927;RBI=0.0810018;REFB=0.00897021;REVB=-0.0554392;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282836;STB=0.516103;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0125341;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:2:7:9:3:2:7 chr1 6704635 . A G 228.11 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.01402;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7679;QD=15.732;RBI=0.0140323;REFB=-0.00817339;REVB=0.000586805;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114231;STB=0.555513;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0108728;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:18:13:14:12:18:14 chr1 6947717 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0115652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.409;QD=11.5637;RBI=0.0145226;REFB=-0.00766089;REVB=0.00878368;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560397;STB=0.533288;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0173211;OID=.;OPOS=6947717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:11:18:10:5:11:18 chr1 7723534 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.028;QD=56.7064;RBI=0.0357062;REFB=0;REVB=0.0222845;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344365;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 7723957 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.728;QD=44.6898;RBI=0.0216692;REFB=0;REVB=0.00839406;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349082;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr1 7797503 . C G 108.67 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0118832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.016;QD=13.5831;RBI=0.0299506;REFB=-0.0162958;REVB=-0.0274924;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161764;STB=0.614814;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0323348;OID=.;OPOS=7797503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:19:13:13:0.40625:5:8:13:4:5:8:15:4 chr1 7811014 . G A 283.59 PASS AF=0.346154;AO=35;DP=103;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00910164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.836;QD=10.9073;RBI=0.0147927;REFB=-0.00908098;REVB=0.0116613;RO=68;SAF=23;SAR=12;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184992;STB=0.613269;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0201333;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:68:68:35:36:0.346154:12:23:34:34:12:24:34:34 chr1 7887248 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.621;QD=54.7461;RBI=0.0212289;REFB=-0.0403438;REVB=0.00519853;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000258496;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr1 7887493 . T C 1175.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169891;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0011;QD=61.0886;RBI=0.0701509;REFB=0;REVB=0.0701304;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292595;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:47:29:0:0:48:29:0:0 chr1 7887605 . G A 272.62 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00774137;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.794;QD=49.5676;RBI=0.0121261;REFB=-0.168316;REVB=0.00933349;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00303515;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr1 7890053 . G A 44.54 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0293825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4629;QD=7.12592;RBI=0.0353255;REFB=-0.0215148;REVB=0.0196102;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.59968;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0535294;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:4:14:6:1:4:14 chr1 7890055 . T A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.000329791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3164;QD=7.12431;RBI=0.00618141;REFB=-0.000800484;REVB=-0.0061726;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.59968;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00186168;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:4:14:6:1:4:14 chr1 7906476 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.016;QD=54.5175;RBI=0.0416585;REFB=0;REVB=-0.0260034;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112801;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr1 7909737 . C T 837.85 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7348;QD=56.8032;RBI=0.0267908;REFB=0;REVB=0.0192193;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109738;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr1 8031054 . G A 1227.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.615;QD=61.3696;RBI=0.0789507;REFB=0;REVB=0.0722506;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291291;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:29:49:0:0:30:50:0:0 chr1 8042970 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.163;QD=52.6131;RBI=0.048952;REFB=0;REVB=0.0471423;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476123;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr1 8390495 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.886;QD=33.4281;RBI=0.0366057;REFB=0;REVB=0.0366057;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637012;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 8412935 . C T 1775.84 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266411;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.256;QD=60.7126;RBI=0.0269757;REFB=0;REVB=0.00423561;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49912e-05;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:108:117:1:52:56:0:0:54:63:0:0 chr1 8412989 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.872;QD=61.2132;RBI=0.0142553;REFB=0;REVB=0.0138968;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51346e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr1 8414999 . A T 403.17 PASS AF=0.56338;AO=37;DP=67;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000551601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.793;QD=22.7137;RBI=0.0213162;REFB=-0.0223999;REVB=0.0213091;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667423;STB=0.527883;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0184276;OID=.;OPOS=8414999;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:26:31:37:40:0.56338:16:21:17:9:18:22:19:12 chr1 8418644 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.145;QD=55.6561;RBI=0.065159;REFB=0;REVB=0.0434567;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322658;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 8418650 . T C 334.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.789;QD=53.4817;RBI=0.0511156;REFB=0;REVB=0.0440579;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132397;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:16:9:0:0 chr1 8421203 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2719;QD=33.4266;RBI=0.00236344;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247975;OID=.;OPOS=8421203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 8928125 . G T 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00149721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.043;QD=23.8983;RBI=0.00513308;REFB=-0.0136855;REVB=0.00490988;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00922085;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:17:10:9:13:17:10:10:13 chr1 9009406 . C T 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00993291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.567;QD=15.1724;RBI=0.0106872;REFB=-0.00968983;REVB=0.00394384;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236387;STB=0.623087;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.008965;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:10:7:15:8:10:7:15:9 chr1 9009444 . A C 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0211297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.872;QD=17.7304;RBI=0.0243024;REFB=-0.00997953;REVB=0.0120059;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301849;STB=0.671827;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00846217;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:13:6:11:6:13:6 chr1 9011586 . T G 275.59 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00149095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.003;QD=18.0716;RBI=0.0138425;REFB=-0.0187852;REVB=0.013762;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133526;STB=0.57465;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0178718;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:18:13:17:13:18:13 chr1 9011722 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.278;QD=60.2307;RBI=0.0299274;REFB=0;REVB=0.0145679;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130822;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 9017204 . A G 272.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.655;QD=51.9345;RBI=0.0275596;REFB=0;REVB=-0.00222633;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107316;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr1 9030964 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.334;QD=57.1774;RBI=0.0180738;REFB=0;REVB=0.00647719;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18088e-05;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr1 9034421 . G A 603.43 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0583646;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.104;QD=45.5421;RBI=0.0590351;REFB=-0.109023;REVB=0.00887236;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494209;STB=0.558115;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00110145;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:53:53:2:5:47:48:0.90566:29:18:2:0:29:19:5:0 chr1 9079365 . G A 447.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.113;QD=57.7463;RBI=0.0748154;REFB=0;REVB=-0.0104311;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40753e-05;OID=.;OPOS=9079365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:28:2:0:0:28:3:0:0 chr1 9165685 . G A 304.21 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00499762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.328;QD=15.2103;RBI=0.0286691;REFB=-0.0175587;REVB=0.0282301;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104046;STB=0.558789;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0223052;OID=.;OPOS=9165685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:15:19:21:25:15:19:21:25 chr1 9171238 . G T 732.05 PASS AF=0.403846;AO=84;DP=208;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.00639268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.362;QD=14.0778;RBI=0.0121421;REFB=-0.012799;REVB=0.010323;RO=121;SAF=36;SAR=48;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365847;STB=0.528505;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0139544;OID=.;OPOS=9171238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:121:124:84:84:0.403846:48:36:56:65:48:36:59:65 chr1 9188876 . T C 495.14 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0784788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4791;QD=26.0602;RBI=0.0793118;REFB=0.00437111;REVB=0.0114648;RO=30;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128796;STB=0.5704;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00384528;OID=.;OPOS=9188876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:28:18:17:13:28:18:17:13 chr1 9307033 . G A 724.01 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5755;QD=62.9573;RBI=0.0869697;REFB=0;REVB=0.0720042;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898861;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:25:20:0:1:26:20:0:0 chr1 9307138 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.295;QD=56.1916;RBI=0.0283156;REFB=0;REVB=0.00248398;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250184;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 9323910 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.742;QD=56.1915;RBI=0.0546173;REFB=0;REVB=0.0261783;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350178;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr1 9416151 . G A 216.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00432478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.973;QD=22.1865;RBI=0.00664727;REFB=0.000973902;REVB=0.00504801;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545012;STB=0.530583;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000694197;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:10:8:8:13:10:8 chr1 9427842 . A G 1475.47 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.011;QD=62.786;RBI=0.0423442;REFB=0;REVB=-0.00230975;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125918;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:45:46:0:0:45:49:0:0 chr1 9427869 . G A 1120.29 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439964;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.912;QD=60.5564;RBI=0.0439991;REFB=0;REVB=0.000496004;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117706;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 9670834 . C T 516.47 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0302623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4595;QD=16.2666;RBI=0.0303787;REFB=-0.0139779;REVB=0.00265695;RO=68;SAF=16;SAR=40;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171033;STB=0.610931;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0133703;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:71:56:56:0.440945:40:16:30:38:40:16:33:38 chr1 9788894 . AAGTT A 118.02 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.016186;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=291.991;QD=19.6699;RBI=0.0362188;REFB=-0.0167354;REVB=0.0324009;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317848;STB=0.699147;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0133149;OID=.;OPOS=9788895;OREF=AGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:15:24:15:24:9:11:4:2:7:55:8:11:4:2:6 chr1 9888202 . C T 740.25 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.832;QD=56.9427;RBI=0.0332763;REFB=0;REVB=0.03001;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100939;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:20:32:0:0 chr1 9910357 . AT TC 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0111323;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.417;QD=9.12824;RBI=0.0127214;REFB=7.28851e-05;REVB=0.00615683;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115241;STB=0.571275;STBP=0.665;TYPE=mnp;VARB=-0.000501002;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:6:16:8:2:6:16 chr1 10001235 . TTTCGTTCGTTCG TTTCGTTCG,TTTCGTTCGTTCT 514.79 PASS AF=0.736842,0.263158;AO=20,9;DP=45;FAO=28,10;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24,8;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112607,0.078707;FXX=0.155521;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=213.307,42.0606;QD=54.1887;RBI=0.0130096,0.109003;REFB=0,0;REVB=-0.0065152,-0.0754119;RO=0;SAF=18,7;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19193e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00339877,0.126486;OID=.,.;OPOS=10001236,10001247;OREF=TTCG,G;OALT=-,T;OMAPALT=TTTCGTTCG,TTTCGTTCGTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.736842,0.263158:20,9:45:28,10:38:0:24,8:4,2:0:0:67:0:18,7:2,2:0:0 chr1 10218439 . T C 300.46 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000987606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2725;QD=19.0766;RBI=0.0139245;REFB=-0.00564789;REVB=-0.0138895;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10463;STB=0.558461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00692819;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:22:10:13:18:22:10:13:18 chr1 10318652 . C G 408.32 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0113366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.928;QD=20.4159;RBI=0.0113605;REFB=-0.0104852;REVB=-0.000737397;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165948;STB=0.500919;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00888267;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:22:19:18:21:22:19:18:21 chr1 10339209 . CAT C 293.08 PASS AF=0.54386;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00611054;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.182;QD=20.567;RBI=0.0191829;REFB=-0.0180288;REVB=0.0181837;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229955;STB=0.504563;STBP=0.952;TYPE=del;VARB=0.0164213;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54386:29:58:31:57:26:14:17:12:14:99:25:14:15:12:13 chr1 10366692 . C G 317.01 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0054227;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.286;QD=16.9073;RBI=0.0180814;REFB=-0.0134168;REVB=0.0172491;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227729;STB=0.596843;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0178991;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:40:34:35:0.466667:22:12:22:15:22:13:22:18 chr1 10435324 . C A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0178011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.502;QD=11.8412;RBI=0.0216129;REFB=-0.00479163;REVB=-0.0122571;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707387;STB=0.53321;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00874094;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:10:13:19:19:10:13:20:19 chr1 10460485 . T C 178.86 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0198208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.97;QD=15.2222;RBI=0.0276838;REFB=-0.0256884;REVB=0.0193269;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119827;STB=0.56243;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0517681;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:4:15:19:8:4:15:20:8 chr1 10473196 . C T 169.71 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0211546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.008;QD=16.9711;RBI=0.0211566;REFB=0.00154808;REVB=-0.000288294;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257126;STB=0.51469;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00280638;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:14:8:7:11:14:8 chr1 10511544 . C T 127.96 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0102674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.293;QD=18.28;RBI=0.0103035;REFB=-0.0188599;REVB=-0.0008619;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.507453;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0147199;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:6:8:8:5:6:9:8:5 chr1 10511589 . T C 296.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.839;QD=49.3912;RBI=0.0227199;REFB=0.00858896;REVB=0.0161768;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-5.08621e-05;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:1:0 chr1 10713765 . T C 134.28 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0279659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3281;QD=19.8935;RBI=0.0419675;REFB=-0.0482501;REVB=-0.0312918;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499827;STB=0.694348;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0253363;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:27:12:12:14:15:0.555556:1:13:7:5:2:13:7:5 chr1 11008496 . AG A,AC 1485.49 PASS AF=0.103093,0.896907;AO=21,74;DP=98;FAO=10,87;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=10,29;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087522,0.0784656;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.07,125.624;QD=61.2574;RBI=0.0878185,0.0799376;REFB=0,0;REVB=0.00721006,0.0152697;RO=0;SAF=21,16;SAR=0,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0280039,0.0206165;OID=.,.;OPOS=11008497,11008497;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103093,0.896907:21,74:98:10,87:97:0:10,29:0,58:0:0:12:0:21,16:0,58:0:0 chr1 11008695 . T C 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208736;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.215;QD=57.0381;RBI=0.0280412;REFB=0;REVB=0.0187244;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43267e-05;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 11014118 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0543;QD=56.9358;RBI=0.04298;REFB=0;REVB=0.0364385;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502744;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 11015165 . A G 1627.04 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201634;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.708;QD=60.2608;RBI=0.0208095;REFB=0;REVB=0.00514496;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109075;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr1 11087524 . G A 1102.38 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0602664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.936;QD=58.7937;RBI=0.0642896;REFB=-0.0101517;REVB=0.0223857;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-2.47035e-05;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:33:41:0:0:33:41:0:1 chr1 11090916 . C A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.39;QD=59.4257;RBI=0.0609395;REFB=0;REVB=-0.0379944;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93546e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 11132217 . G A 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.216;QD=56.9888;RBI=0.030183;REFB=0;REVB=-0.0129406;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86572e-05;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr1 11141187 . C G 262.82 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7695;QD=47.7853;RBI=0.0440574;REFB=-0.1061;REVB=0.0242065;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.538424;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00895358;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:0:1:6:15:0:1 chr1 11205058 . C T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9512;QD=61.6769;RBI=0.0215193;REFB=0;REVB=0.00553016;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418111;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 11249902 . A T 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00974858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.941;QD=15.0172;RBI=0.0333894;REFB=-0.0232984;REVB=0.0319346;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927923;STB=0.552546;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0334705;OID=.;OPOS=11249902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:19:21:13:17:19:21 chr1 11288758 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.031;QD=62.9827;RBI=0.034628;REFB=0;REVB=0.0340287;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133774;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr1 11301714 . A G 1025.62 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.906;QD=59.4565;RBI=0.0250146;REFB=0;REVB=-0.00706781;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47261e-05;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:40:29:0:0 chr1 11579470 . G A 558.44 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00145134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.731;QD=25.6752;RBI=0.00183026;REFB=-0.0225973;REVB=-0.0011151;RO=36;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499787;STB=0.502731;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0235165;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:28:23:16:20:28:23:16:20 chr1 11579504 . G C 233.84 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0656146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.779;QD=11.0043;RBI=0.0656194;REFB=-0.0231894;REVB=-0.000792697;RO=55;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502395;STB=0.534822;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0311845;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:55:56:29:29:0.341176:14:15:26:29:14:15:26:30 chr1 11589911 . G A 500.16 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0044587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.686;QD=24.3982;RBI=0.0129708;REFB=-0.0343392;REVB=0.0121803;RO=35;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508353;STB=0.531901;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0180309;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:46:47:0.573171:22:24:16:19:22:25:16:19 chr1 11710561 . T G 738.96 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.685;QD=54.7379;RBI=0.0203767;REFB=-0.0598034;REVB=0.0146437;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00217886;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr1 11766424 . C T 183.37 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0351488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0651;QD=17.8896;RBI=0.0519825;REFB=0.0100954;REVB=0.0382981;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164384;STB=0.610247;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00799799;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:11:8:5:15:11:8:5:17 chr1 11810674 . G A 244.27 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00210084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.868;QD=17.4478;RBI=0.050121;REFB=-0.0200769;REVB=0.050077;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197941;STB=0.521723;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0217411;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:11:16:16:12:11:16:16:13 chr1 11810691 . C T 252.33 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0241676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.7804;QD=16.8222;RBI=0.0397997;REFB=-0.00955135;REVB=-0.0316218;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270048;STB=0.512186;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0113025;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:12:16:18:12:12:16:19:13 chr1 11810765 . T A 1044.18 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.336;QD=59.6675;RBI=0.037468;REFB=0;REVB=0.0299711;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016414;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 11810844 . A G 286.94 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0274339;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.907;QD=23.912;RBI=0.0274339;REFB=-0.0082866;REVB=-1.98892e-05;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435819;STB=0.524253;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00638392;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:9:13:14:12:9:13 chr1 11826630 . C T 133.1 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00435451;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.102;QD=35.4942;RBI=0.00594485;REFB=-0.0738067;REVB=0.00404715;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529323;STB=0.529365;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000727878;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:9:4:1:1:9:4:1:1 chr1 11827304 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.452;QD=33.4279;RBI=0.0401712;REFB=0;REVB=-0.0280429;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42083e-05;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 11828238 . G A 383.82 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.141;QD=54.8317;RBI=0.0732449;REFB=0;REVB=0.0707897;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207281;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:9:17:0:0:10:18:0:0 chr1 11828319 . G A 330.58 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.851;QD=50.8576;RBI=0.0424236;REFB=-0.148275;REVB=0.00438949;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00146295;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:1:0:11:14:1:0 chr1 11831615 . C T 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.454;QD=64.1476;RBI=0.0753318;REFB=0;REVB=0.0150785;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319089;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 11832311 . G C 745.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.209;QD=63.4519;RBI=0.0756769;REFB=0;REVB=0.074092;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574521;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:23:24:0:0 chr1 11836628 . T C 788.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150743;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.994;QD=57.3404;RBI=0.0198706;REFB=0;REVB=0.0129462;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108667;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 11836682 . C T 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.07;QD=57.6709;RBI=0.0812288;REFB=0;REVB=0.0421032;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062212;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 11838848 . G T 1396.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.17;QD=62.7492;RBI=0.0272157;REFB=0;REVB=0.0142825;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120613;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr1 11839966 . G A 773.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.511;QD=55.2686;RBI=0.0674156;REFB=-0.140054;REVB=0.0508684;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222473;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:30:25:0:1:31:25:0:0 chr1 11839998 . T C 694.17 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942866;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.674;QD=63.1066;RBI=0.0516903;REFB=0;REVB=0.0508231;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153707;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr1 11844330 . C T 1552.55 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010457;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.657;QD=64.0227;RBI=0.0115499;REFB=0;REVB=0.0049042;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31227e-06;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:57:40:0:0:57:40:0:0 chr1 11849447 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000251047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.319;QD=64.4133;RBI=0.00337512;REFB=0;REVB=0.00336578;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32314e-06;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr1 11854457 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.975;QD=57.236;RBI=0.00625297;REFB=0;REVB=-0.00538692;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77847e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr1 11884554 . GA G,GG 316.97 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,20;DP=24;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400742,0.00508376;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=286.333,301.122;QD=52.8283;RBI=0.0402167,0.0358969;REFB=0,0;REVB=0.0400166,0.0355351;RO=0;SAF=2,14;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00269854,0.00095863;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,20:24:3,21:24:0:2,14:1,7:0:0:9:0:2,14:2,6:0:0 chr1 11968216 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0121832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.244;QD=11.7808;RBI=0.02934;REFB=-0.00426333;REVB=-0.0266909;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19371;STB=0.614034;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0100937;OID=.;OPOS=11968216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:12:19:7:9:12:19 chr1 11968230 . T C 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00157492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.076;QD=26.4113;RBI=0.0107986;REFB=-0.0247728;REVB=0.0106832;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163703;STB=0.590927;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0100978;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:9:8:17:8:9:8 chr1 11968235 . T C 143.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0041332;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.351;QD=13.6497;RBI=0.012313;REFB=-0.0138671;REVB=0.0115986;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205386;STB=0.618907;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0196144;OID=.;OPOS=11968235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:8:18:8:8:8:18 chr1 11968273 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.754;QD=62.9798;RBI=0.0430218;REFB=0;REVB=0.0403251;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375369;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 11968316 . T TA 300.27 PASS AF=0.613636;AO=23;DP=46;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0260295;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=252.221;QD=27.2976;RBI=0.0263337;REFB=-0.0159044;REVB=-0.00399078;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018252;STB=0.533308;STBP=0.6;TYPE=ins;VARB=0.0114155;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.613636:23:46:27:44:17:9:18:7:10:99:19:8:15:7:12 chr1 11969917 . A G 536.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.059;QD=59.6008;RBI=0.0631951;REFB=0;REVB=0.00201;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084408;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 11983205 . C CG 209.36 PASS AF=1;AO=4;DP=23;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156308;FXX=0.173837;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.833;QD=44.0759;RBI=0.157801;REFB=-0.123454;REVB=0.0216582;RO=16;SAF=0;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0014252;OID=.;OPOS=11983206;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:23:19:19:0:2:17:0:0:3:16:0:4:4:12 chr1 11983206 . A G 164.08 PASS AF=0.782609;AO=14;DP=20;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0837137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.835;QD=28.5353;RBI=0.0853729;REFB=0.00180661;REVB=0.0167497;RO=5;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156761;STB=0.586119;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0026868;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:23:5:5:14:18:0.782609:12:2:0:5:12:6:0:5 chr1 12009956 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5484;QD=60.6078;RBI=0.0659418;REFB=0;REVB=0.0582896;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161697;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 12010469 . G T 1437.66 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01103;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.53;QD=63.194;RBI=0.0152918;REFB=0;REVB=0.0105915;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43118e-05;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr1 12026355 . A C 545.75 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7037;QD=59.0002;RBI=0.0504721;REFB=0;REVB=0.0185415;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632236;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:16:21:0:0 chr1 12065841 . C T 1120.66 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.636;QD=58.9822;RBI=0.0381478;REFB=-0.0248712;REVB=0.017674;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129618;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00016892;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:39:36:1:0:39:36:1:0 chr1 12081851 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 35.51 PASS AF=0.236842,0;AO=8,3;DP=40;FAO=9,0;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0653046,-0.0972196;FXX=0.0256345;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.9292,40.2551;QD=3.73835;RBI=0.0749616,0.133425;REFB=-0.0387676,-0.0168704;REVB=-0.0368044,-0.0913817;RO=27;SAF=5,3;SAR=3,0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.34058,0;SSSB=0.213633,0.583327;STB=0.666297,0.5;STBP=0.28,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0705526,0.133069;OID=.,.;OPOS=12081852,12081855;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842,0:8,3:40:9,0:38:29:6,0:3,0:13:16:31:27:5,3:3,0:12:15 chr1 12082334 . A T 340.45 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0243657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9478;QD=23.479;RBI=0.0335811;REFB=-0.029351;REVB=-0.0231085;RO=23;SAF=26;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279229;STB=0.648362;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0224444;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:8:26:10:13:8:26:11:13 chr1 12082461 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00738159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.724;QD=17.4276;RBI=0.0119765;REFB=-0.00582903;REVB=0.00943124;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294338;STB=0.516778;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00709914;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:9:14:11:8:9:14 chr1 12082926 . A G 530.34 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00491611;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.901;QD=57.3342;RBI=0.0295799;REFB=-0.071753;REVB=0.0291686;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0028758;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr1 12164437 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.781;QD=58.9612;RBI=0.0454641;REFB=0;REVB=0.0378002;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302377;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr1 12175729 . C T 519.07 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.019;QD=59.3221;RBI=0.033498;REFB=0;REVB=0.00576952;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659136;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:17:14:0:0:20:15:0:0 chr1 12198297 . T C 3841.85 PASS AF=1;AO=240;DP=245;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224375;FXX=0.0163259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.218;QD=63.7652;RBI=0.0362317;REFB=0;REVB=0.0284481;RO=0;SAF=104;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.99658e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019404;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:241:0:0:240:241:1:136:104:0:0:137:104:0:0 chr1 12248942 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0112739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.668;QD=12.2165;RBI=0.0375199;REFB=-0.00684686;REVB=-0.035786;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.01723;OID=.;OPOS=12248942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:11:16:9:6:11:16 chr1 12251808 . T G 119.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0192288;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.452;QD=21.7166;RBI=0.0212817;REFB=-0.0145072;REVB=-0.00911937;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267112;STB=0.651933;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0129872;OID=.;OPOS=12251808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:3:6:4:9:3:6 chr1 12252955 . T G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0219865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.26;QD=11.4382;RBI=0.0224976;REFB=-0.00738967;REVB=0.00476791;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.631369;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0176881;OID=.;OPOS=12252955;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:24:13:13:0.351351:9:4:10:12:9:4:12:12 chr1 12339619 . A T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0010967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.14;QD=15.1956;RBI=0.0187817;REFB=-0.0302761;REVB=-0.0187496;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.589186;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0268692;OID=.;OPOS=12339619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:12:14:7:11:12:14 chr1 12401868 . A C 822.91 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.048;QD=55.7902;RBI=0.0935308;REFB=0;REVB=0.0707874;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114529;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:51:59:0:0:49:59:1:22:27:0:0:26:33:0:0 chr1 12557635 . G A 165.4 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0119835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.912;QD=12.4827;RBI=0.0134062;REFB=-0.000390594;REVB=-0.00601027;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125866;STB=0.585685;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.000638669;OID=.;OPOS=12557635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:6:14:19:13:6:14:19:14 chr1 12628188 . T C 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00979611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.942;QD=20.4037;RBI=0.064907;REFB=-0.0226807;REVB=0.0641635;RO=28;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138211;STB=0.576874;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0156258;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:11:21:14:14:11:21:14:14 chr1 12638964 . T C 192.65 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0404421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4366;QD=16.0537;RBI=0.0765524;REFB=-0.00978838;REVB=-0.0649978;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.529259;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0171968;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:14:13:11:9:14:14 chr1 12639289 . C T 432.73 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00619391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.644;QD=20.3638;RBI=0.0243368;REFB=-0.00460339;REVB=0.0235354;RO=38;SAF=27;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439116;STB=0.517113;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00325492;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:38:42:43:43:0.505882:16:27:22:16:16:27:25:17 chr1 12639389 . T C 557.05 PASS AF=0.468254;AO=56;DP=123;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0144155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.297;QD=17.684;RBI=0.0191503;REFB=-0.00935411;REVB=0.0126066;RO=67;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538965;STB=0.515342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0107968;OID=.;OPOS=12639389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:67:67:56:59:0.468254:27:29:31:36:30:29:31:36 chr1 12776344 . A T 1479.68 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.206;QD=58.601;RBI=0.0244546;REFB=-0.0429929;REVB=0.0207245;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=6.85151e-05;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:100:100:0.990099:40:60:0:0:40:60:1:0 chr1 12779559 . AT AC,GC 1458.5 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=87,4;DP=95;FAO=90,4;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002953,-0.013675;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=147.747,56.1219;QD=62.064;RBI=0.00756245,0.0136765;REFB=0,0;REVB=0.00696208,0.000202025;RO=0;SAF=43,4;SAR=44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000188931,0.0544098;OID=.,.;OPOS=12779560,12779559;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:95:94:0:0:87,4:90,4:0.957447,0.0425532:44,0:43,4:0:0:45,0:45,4:0:0 chr1 12779618 . T C 1624.25 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.539;QD=60.1576;RBI=0.0445215;REFB=0;REVB=-0.00701633;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65026e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:101:108:1:59:42:0:0:60:48:0:0 chr1 12785493 . TG T,TT 784.98 PASS AF=0.875,0.125;AO=26,28;DP=54;FAO=49,7;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24,4;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223519,-0.0211803;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.73,174.115;QD=56.07;RBI=0.0301054,0.0377217;REFB=0,0;REVB=-0.0201674,-0.0312142;RO=0;SAF=14,13;SAR=12,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0137939,0.0162616;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:26,28:54:49,7:56:0:24,4:25,3:0:0:12:0:14,13:12,15:0:0 chr1 12799736 . C T 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.889;QD=62.6122;RBI=0.0426393;REFB=0;REVB=0.00490817;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102451;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr1 12820870 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.903;QD=57.6805;RBI=0.0673476;REFB=0;REVB=0.0588877;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266538;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr1 12835868 . T C 1263.88 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.397;QD=61.6525;RBI=0.0351233;REFB=0;REVB=0.0349828;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85454e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr1 12837634 . T A 2242.6 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.013298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3514;QD=61.8649;RBI=0.0589024;REFB=0.0520337;REVB=-0.0573816;RO=2;SAF=68;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000643469;STB=0.500338;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00608637;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:75:68:1:1:75:68:1:1 chr1 12854428 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00385408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.388;QD=10.1486;RBI=0.0038915;REFB=-0.00140404;REVB=-0.000538322;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302963;STB=0.67585;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00259425;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:9:13:14:30:9:13:14:30 chr1 12854530 . C G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0.00855671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8348;QD=19.0783;RBI=0.0203947;REFB=0.00590205;REVB=0.0185128;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.84426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00336245;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:0:31:32:32:0.507937:7:25:0:0:7:25:0:31 chr1 12854544 . T C 94.89 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0352932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.07;QD=5.75064;RBI=0.0353691;REFB=-0.00592192;REVB=-0.00231563;RO=51;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127901;STB=0.580534;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0148428;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:10:5:22:29:10:5:22:29 chr1 12855835 . C G 394.98 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.678;QD=54.48;RBI=0.0605449;REFB=0;REVB=0.00220179;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648835;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:20:5:0:0:24:5:0:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 418.3 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,27;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354723,-0.00377618;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=49.7105,94.917;QD=55.7732;RBI=0.0359845,0.0218069;REFB=0,0;REVB=-0.00604979,-0.0214775;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0179261,-0.00168488;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:30:30:0:0:3,27:3,27:0.1,0.9:3,22:0,5:0:0:3,22:0,5:0:0 chr1 12855878 . A C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0181315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.542;QD=20.4562;RBI=0.0191065;REFB=-0.0149686;REVB=0.00602532;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647547;STB=0.536383;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.015129;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:14:3:2:13:14:3:2:13 chr1 12856010 . C G 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.018008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3806;QD=15.7775;RBI=0.0186051;REFB=-0.0262822;REVB=-0.00467538;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908398;STB=0.570071;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0117528;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:5:18:20:8:5:18:20:9 chr1 12856106 . A G 31.12 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0488542;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.842;QD=2.30544;RBI=0.0515588;REFB=-0.00104773;REVB=-0.0164796;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052184;STB=0.540403;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00288505;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:30:18:2:4:30:18 chr1 12856111 . C T 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0234849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.261;QD=5.60023;RBI=0.0396164;REFB=-0.00917303;REVB=-0.0319048;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656811;STB=0.553857;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0343697;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:4:7:24:17:4:7:24:18 chr1 12887549 . T C 1988.89 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1465;QD=62.1529;RBI=0.0381129;REFB=0;REVB=-0.016317;RO=0;SAF=67;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025183;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:61:67:0:0:61:67:0:0 chr1 12888601 . G GC 205.5 PASS AF=1;AO=18;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.277727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6535;QD=32.8805;RBI=0.279572;REFB=-0.0163732;REVB=0.0320606;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0228997;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:26:25:25:0:14:11:0:0:3:8:7:11:8:0 chr1 12907379 . T C 172.77 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00253645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.899;QD=9.46686;RBI=0.0217536;REFB=0.000927077;REVB=-0.0216053;RO=48;SAF=13;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961158;STB=0.567145;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00324246;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:50:23:23:0.315068:10:13:31:17:10:13:33:17 chr1 12907449 . C G 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.023741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.477;QD=8.52443;RBI=0.0276063;REFB=-0.0157522;REVB=0.0140881;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26574;STB=0.658351;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0607276;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:26:13:9:7:26:13 chr1 12907496 . T C 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0356494;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.695;QD=9.18984;RBI=0.0356794;REFB=-0.00703653;REVB=-0.00146342;RO=35;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394538;STB=0.738306;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0142571;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:10:4:22:13:10:4:22:13 chr1 12907507 . CT TC 102.48 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0218365;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=2;MLLD=42.4919;QD=9.31631;RBI=0.0371435;REFB=-0.0256202;REVB=-0.0300468;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30396;STB=0.692012;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.0577012;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:26:31:12:13:0.295455:9:3:13:13:9:4:18:13 chr1 12907533 . T C 60.78 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00498344;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.68;QD=6.39737;RBI=0.030591;REFB=-0.000431563;REVB=-0.0301824;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589475;STB=0.865366;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00785463;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:38:27:29:9:9:0.236842:8:1:16:11:8:1:16:13 chr1 12907633 . G A 239.25 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0405378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9008;QD=14.0737;RBI=0.0413635;REFB=0.00497787;REVB=0.00822349;RO=40;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237454;STB=0.636735;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0118911;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:22:6:16:24:22:6:16:24 chr1 12907762 . T C 319.81 PASS AF=0.240196;AO=49;DP=203;FAO=49;FDP=204;FR=.;FRO=155;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.00762641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.694;QD=6.27075;RBI=0.0116938;REFB=-0.00527964;REVB=-0.00886465;RO=151;SAF=25;SAR=24;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413326;STB=0.514314;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.017998;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:151:155:49:49:0.240196:24:25:82:69:24:25:82:73 chr1 12907777 . T C 1521.33 PASS AF=0.633803;AO=135;DP=214;FAO=135;FDP=213;FR=.;FRO=78;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0309879;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5541;QD=28.5696;RBI=0.0741596;REFB=0.00128871;REVB=0.067375;RO=76;SAF=75;SAR=60;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638453;STB=0.539261;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000563232;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:76:78:135:135:0.633803:60:75:35:41:60:75:35:43 chr1 12907781 . T C 64.26 PASS AF=0.0909091;AO=20;DP=221;FAO=20;FDP=220;FR=.;FRO=200;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=102;FSRR=98;FWDB=-0.00474441;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.596;QD=1.16833;RBI=0.0333507;REFB=-0.000659457;REVB=-0.0330115;RO=198;SAF=13;SAR=7;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161335;STB=0.628902;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00528171;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:221:220:198:200:20:20:0.0909091:7:13:102:96:7:13:102:98 chr1 12907798 . A C 86.75 PASS AF=0.105727;AO=24;DP=224;FAO=24;FDP=227;FR=.;FRO=203;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=108;FSRR=95;FWDB=-0.0251177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.509;QD=1.52859;RBI=0.0251337;REFB=-0.0028757;REVB=0.000897948;RO=199;SAF=15;SAR=9;SRF=107;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109054;STB=0.584855;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0249385;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:224:227:199:203:24:24:0.105727:9:15:107:92:9:15:108:95 chr1 12907802 . CC TT 103.1 PASS AF=0.118182;AO=26;DP=220;FAO=26;FDP=220;FR=.;FRO=194;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=92;FWDB=-0.016254;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.921;QD=1.87456;RBI=0.0162956;REFB=-0.00212785;REVB=0.00116309;RO=194;SAF=16;SAR=10;SRF=102;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113117;STB=0.580307;STBP=0.373;TYPE=mnp;VARB=0.019044;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:194:194:26:26:0.118182:10:16:102:92:10:16:102:92 chr1 12907837 . C T 214.46 PASS AF=0.18018;AO=40;DP=222;FAO=40;FDP=222;FR=.;FRO=182;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=105;FSRR=77;FWDB=-0.00720429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.154;QD=3.86422;RBI=0.0211522;REFB=-0.00486373;REVB=-0.0198875;RO=182;SAF=22;SAR=18;SRF=105;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352396;STB=0.522384;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.027663;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:182:182:40:40:0.18018:18:22:105:77:18:22:105:77 chr1 12907843 . T G 32.89 PASS AF=0.0645161;AO=14;DP=217;FAO=14;FDP=217;FR=.;FRO=203;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=114;FSRR=89;FWDB=-0.00517593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.883;QD=0.606354;RBI=0.0271073;REFB=-0.00263348;REVB=-0.0266086;RO=203;SAF=10;SAR=4;SRF=114;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.651947;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.047082;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:217:217:203:203:14:14:0.0645161:4:10:114:89:4:10:114:89 chr1 12907885 . T C 1025.56 PASS AF=0.492958;AO=105;DP=213;FAO=105;FDP=213;FR=.;FRO=108;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=0.0074662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.958;QD=19.2593;RBI=0.00874332;REFB=-0.0103383;REVB=-0.00454989;RO=108;SAF=59;SAR=46;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020123;STB=0.511063;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00782996;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:108:108:105:105:0.492958:46:59:63:45:46:59:63:45 chr1 12918891 . A C 107.23 PASS AF=0.191489;AO=17;DP=93;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00912196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.12;QD=4.56285;RBI=0.0471731;REFB=-0.0137543;REVB=-0.0462828;RO=76;SAF=5;SAR=12;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295853;STB=0.656967;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0605217;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:76:76:17:18:0.191489:12:5:40:36:12:6:40:36 chr1 12919064 . T G 235.28 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=128;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.038253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.978;QD=7.29536;RBI=0.0382844;REFB=-0.0102307;REVB=0.00155039;RO=93;SAF=6;SAR=28;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414787;STB=0.758956;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.024237;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:93:95:34:34:0.263566:28:6:44:49:28:6:46:49 chr1 12919111 . G A 209.07 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0274851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5142;QD=9.61262;RBI=0.0347496;REFB=0.00757932;REVB=-0.0212627;RO=60;SAF=3;SAR=24;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605737;STB=0.860898;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0189084;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:24:3:35:25:24:3:35:25 chr1 12919872 . T G 264.14 PASS AF=0.266187;AO=37;DP=139;FAO=37;FDP=139;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0121057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.517;QD=7.60118;RBI=0.0121844;REFB=-0.00950187;REVB=-0.00138283;RO=100;SAF=17;SAR=20;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.506266;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0228075;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:100:102:37:37:0.266187:20:17:45:55:20:17:46:56 chr1 12919891 . G T 339.12 PASS AF=0.323308;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00644652;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.355;QD=10.1992;RBI=0.0216704;REFB=-0.0143359;REVB=-0.0206893;RO=87;SAF=21;SAR=22;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465191;STB=0.522231;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0222196;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:87:90:43:43:0.323308:22:21:39:48:22:21:41:49 chr1 12919934 . A G 425.83 PASS AF=0.367647;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=136;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0206081;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7648;QD=12.5245;RBI=0.0206184;REFB=0.00169432;REVB=0.000653065;RO=84;SAF=23;SAR=27;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310543;STB=0.510634;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00333049;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:86:50:50:0.367647:27:23:41:43:27:23:41:45 chr1 12921127 . A G 241.63 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0124471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.149;QD=10.282;RBI=0.0124904;REFB=0.00134475;REVB=-0.00103935;RO=64;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114014;STB=0.566622;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00137881;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:64:30:30:0.319149:13:17:30:34:13:17:30:34 chr1 12921332 . TG CA,CG 53.7 PASS AF=0.118644,0.0508475;AO=7,3;DP=59;FAO=7,3;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2,2;FSAR=5,1;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0176098,-0.0146683;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.735,81.3617;QD=3.64076;RBI=0.0208668,0.0296439;REFB=-0.00385448,-0.00511323;REVB=0.0111946,-0.0257605;RO=47;SAF=2,2;SAR=5,1;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201573,0.202265;STB=0.651721,0.698714;STBP=0.443,0.582;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0311313,0.0240695;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:59:59:47:49:7,3:7,3:0.118644,0.0508475:5,1:2,2:21:26:5,1:2,2:22:27 chr1 13001312 . C G 318.1 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0155454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.047;QD=23.1344;RBI=0.0155454;REFB=-0.00986146;REVB=-3.74673e-05;RO=23;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379341;STB=0.696014;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00718555;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:21:10:19:4:21:11:19:4 chr1 13052789 . G A 1148.66 PASS AF=0.655405;AO=95;DP=147;FAO=97;FDP=148;FR=.;FRO=51;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0100023;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0991;QD=31.0449;RBI=0.033186;REFB=0.000482152;REVB=-0.0316428;RO=48;SAF=57;SAR=38;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770984;STB=0.547757;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000336171;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:48:51:95:97:0.655405:38:57:23:25:40:57:23:28 chr1 13052871 . C T 1960.09 PASS AF=0.665354;AO=169;DP=254;FAO=169;FDP=254;FR=.;FRO=85;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0131209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.832;QD=30.8676;RBI=0.013669;REFB=-0.0179667;REVB=-0.00383198;RO=85;SAF=79;SAR=90;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020174;STB=0.510822;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00775868;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:85:85:169:169:0.665354:90:79:37:48:90:79:37:48 chr1 13052907 . T C 1867.02 PASS AF=0.652;AO=159;DP=247;FAO=163;FDP=250;FR=.;FRO=87;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00425317;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.89;QD=29.8723;RBI=0.00432743;REFB=-0.00646758;REVB=0.000798253;RO=88;SAF=72;SAR=87;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140642;STB=0.510091;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00465297;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:88:87:159:163:0.652:87:72:38:50:89:74:37:50 chr1 13183439 . T C 2846.15 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.95;QD=62.2108;RBI=0.0128778;REFB=0.0998783;REVB=0.00640895;RO=0;SAF=90;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000234825;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:0:1:182:182:0.994536:92:90:0:0:92:90:0:1 chr1 13183472 . G A 253.22 PASS AF=0.206731;AO=43;DP=209;FAO=43;FDP=208;FR=.;FRO=165;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=0.00847798;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4184;QD=4.8696;RBI=0.0714863;REFB=0.00242656;REVB=0.0709818;RO=166;SAF=20;SAR=23;SRF=88;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831369;STB=0.549185;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.010506;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:166:165:43:43:0.206731:23:20:88:78:23:20:87:78 chr1 13183492 . T C 31.22 PASS AF=0.0643564;AO=13;DP=202;FAO=13;FDP=202;FR=.;FRO=189;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=96;FSRR=93;FWDB=-0.0131761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.002;QD=0.618133;RBI=0.0147039;REFB=-0.00157041;REVB=-0.00652657;RO=188;SAF=8;SAR=5;SRF=96;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111532;STB=0.601071;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0205901;OID=.;OPOS=13183492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:202:202:188:189:13:13:0.0643564:5:8:96:92:5:8:96:93 chr1 13183511 . T C 442.11 PASS AF=0.297436;AO=58;DP=195;FAO=58;FDP=195;FR=.;FRO=137;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=84;FSRR=53;FWDB=0.0089409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.284;QD=9.06893;RBI=0.0207532;REFB=-0.00719319;REVB=-0.0187284;RO=135;SAF=23;SAR=35;SRF=84;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26621;STB=0.649109;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0146319;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:135:137:58:58:0.297436:35:23:84:51:35:23:84:53 chr1 13183528 . A C 320.9 PASS AF=0.272189;AO=46;DP=167;FAO=46;FDP=169;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0255703;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.784;QD=7.59531;RBI=0.0256416;REFB=-0.00637505;REVB=-0.00191101;RO=121;SAF=19;SAR=27;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230026;STB=0.640365;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0198749;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:121:123:46:46:0.272189:27:19:73:48:27:19:75:48 chr1 13183532 . CC TT 290.89 PASS AF=0.269231;AO=42;DP=156;FAO=42;FDP=156;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=-0.0200028;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.836;QD=7.45874;RBI=0.0200078;REFB=-0.0034239;REVB=0.000446999;RO=114;SAF=18;SAR=24;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214797;STB=0.626968;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.00914975;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:114:114:42:42:0.269231:24:18:69:45:24:18:69:45 chr1 13183567 . C T 143.9 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=-0.031232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.619;QD=5.04893;RBI=0.0322653;REFB=-0.0115615;REVB=-0.00810013;RO=88;SAF=12;SAR=12;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144223;STB=0.587648;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0374482;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:88:90:24:24:0.210526:12:12:54:34:12:12:55:35 chr1 13183573 . G T 246.26 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.016033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.26;QD=9.29291;RBI=0.0168572;REFB=-0.00596218;REVB=0.00520637;RO=73;SAF=16;SAR=17;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154738;STB=0.590157;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.011086;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:73:73:33:33:0.311321:17:16:45:28:17:16:45:28 chr1 13183578 . G C 50.19 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0194787;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.734;QD=2.11334;RBI=0.0238091;REFB=-0.000320258;REVB=-0.0136914;RO=85;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165548;STB=0.516363;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000710939;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:96:95:85:84:11:11:0.115789:4:7:53:32:4:7:52:32 chr1 13219375 . G T 52.22 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.000771868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7878;QD=2.51684;RBI=0.089889;REFB=0.0026072;REVB=0.0898857;RO=72;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102107;STB=0.572593;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00991633;OID=.;OPOS=13219375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:4:7:40:32:4:7:40:32 chr1 13448283 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.297;QD=51.1833;RBI=0.0385646;REFB=0;REVB=0.0363186;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472754;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 13448351 . T C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2973;QD=45.8012;RBI=0.0363656;REFB=0;REVB=0.00402742;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114148;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr1 13474934 . G A 31.48 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0497932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6835;QD=13.9916;RBI=0.113837;REFB=-0.0312266;REVB=0.102369;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0203015;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr1 13474951 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00675298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.416;QD=16.3859;RBI=0.0129071;REFB=-0.00796747;REVB=0.0109996;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00529577;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr1 13474974 . G A 141.3 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0210717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.531;QD=21.739;RBI=0.0409912;REFB=-0.0193161;REVB=0.0351605;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880825;STB=0.549931;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0114152;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:4:7:11:4:4:7 chr1 13695787 . C G 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.937;QD=45.1064;RBI=0.0374294;REFB=-0.0823812;REVB=0.0255069;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00125949;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr1 13695816 . G A 342.15 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.059;QD=54.7434;RBI=0.0493024;REFB=0;REVB=0.047969;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454459;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:9:12:0:0:13:12:0:0 chr1 13802325 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0016865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.742;QD=17.8517;RBI=0.00869018;REFB=-0.0351437;REVB=-0.00852496;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22109;STB=0.623478;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0249916;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:22:14:25:15:22:14:25:15 chr1 13910417 . C T 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0245635;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.254;QD=27.2226;RBI=0.0250097;REFB=0.0049188;REVB=0.00470342;RO=15;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17999;STB=0.565666;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00338934;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:19:6:1:14:19:6:2:14 chr1 13940864 . C G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.03;QD=63.4761;RBI=0.0206747;REFB=0;REVB=0.00931148;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76312e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr1 13944235 . AC ACTT,TT 540.36 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=32,3;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291158,0.00279233;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=46.732,140.249;QD=58.4177;RBI=0.0487587,0.0112174;REFB=0,0;REVB=0.039111,0.0108643;RO=1;SAF=18,2;SAR=14,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252339,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00787823,0.0329216;OID=.,.;OPOS=13944237,13944235;OREF=-,AC;OALT=TT,TT;OMAPALT=ACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:1:0:32,3:34,3:0.918919,0.0810811:14,1:18,2:1:0:14,1:20,2:0:0 chr1 13944293 . CCTTTCTTC CCTTC,CCTTTCTT 241.79 PASS AF=0.421053,0.578947;AO=7,6;DP=40;FAO=16,22;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8,8;FSAR=8,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171414,-0.00322106;FXX=0.0499875;HRUN=3,6;LEN=4,1;MLLD=225.17,6.12886;QD=25.4521;RBI=0.0219835,0.871925;REFB=0.00761708,-0.0223696;REVB=-0.0137641,0.871919;RO=12;SAF=5,6;SAR=2,0;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0.56;SSEP=0.299213,0.8125;SSSB=0.652726,0.851554;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0224181,0.0742256;OID=.,.;OPOS=13944294,13944301;OREF=CTTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=CCTTC,CCTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.421053,0.578947:7,6:40:16,22:38:0:8,8:8,14:0:0:99:12:5,6:2,0:0:12 chr1 13944326 . T C 347.4 PASS AF=0.690476;AO=27;DP=40;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.041082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.586;QD=33.0853;RBI=0.0572023;REFB=-0.0142634;REVB=0.0398043;RO=12;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051626;STB=0.53898;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00179746;OID=.;OPOS=13944326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:12:13:27:29:0.690476:18:9:5:7:19:10:6:7 chr1 14105139 . T A 168.86 PASS AF=0.388889;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0568147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9198;QD=12.5079;RBI=0.0595423;REFB=-0.0563492;REVB=0.0178152;RO=33;SAF=2;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50769;STB=0.697414;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.061719;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:33:33:19:21:0.388889:17:2:15:18:17:4:15:18 chr1 14105298 . G A 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.115409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4172;QD=16.1699;RBI=0.115525;REFB=0.0101506;REVB=0.00517171;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024879;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0127051;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:16:16:0.444444:8:8:10:9:8:8:11:9 chr1 14106394 . A ACTC 189.4 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0108601;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.125;QD=14.569;RBI=0.0140311;REFB=-0.0128209;REVB=-0.00888415;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249615;STB=0.526292;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.0190748;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:21:56:22:52:30:12:10:15:15:99:32:11:10:16:16 chr1 14109114 . A G 504.66 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00668862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3922;QD=16.1492;RBI=0.0200479;REFB=-0.00229357;REVB=-0.0188992;RO=69;SAF=26;SAR=29;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380127;STB=0.524859;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00281075;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:55:55:0.44:29:26:30:39:29:26:30:40 chr1 14143003 . A G 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.584;QD=63.1946;RBI=0.0264009;REFB=0;REVB=0.0188601;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82086e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr1 14149622 . T C 904.89 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176142;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.927;QD=58.3799;RBI=0.0178974;REFB=0;REVB=-0.00317107;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26326e-05;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 14150709 . C T 2268.85 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00507753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.081;QD=58.5508;RBI=0.0219023;REFB=0.0440753;REVB=0.0213056;RO=3;SAF=73;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177181;STB=0.509316;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.000112317;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:155:3:3:152:152:0.980645:79:73:0:3:79:73:0:3 chr1 14150714 . G A 2114.03 PASS AF=0.96732;AO=146;DP=153;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0508266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.235;QD=55.2688;RBI=0.108838;REFB=-0.165571;REVB=0.0962409;RO=5;SAF=71;SAR=75;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180365;STB=0.509162;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0167794;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:153:153:5:5:146:148:0.96732:75:71:1:4:77:71:1:4 chr1 14150740 . G T 1753.25 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00791572;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=59.9402;RBI=0.0238244;REFB=-0.11091;REVB=0.0224709;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000193731;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:0:1:116:116:0.991453:65:51:0:0:65:51:0:1 chr1 14150992 . T C 1600.91 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010676;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.625;QD=60.4116;RBI=0.0512145;REFB=0;REVB=0.0500894;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164451;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:105:106:1:48:57:0:0:49:57:0:0 chr1 14450771 . G A 935.22 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407322;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.029;QD=56.6798;RBI=0.0407857;REFB=-0.0431077;REVB=-0.00208891;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000491472;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:63:65:0.984848:34:29:0:1:34:31:0:1 chr1 15438990 . G A 429.29 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00694468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3087;QD=19.7374;RBI=0.0101529;REFB=-0.0322283;REVB=0.00740628;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937007;STB=0.551924;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0258891;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:23:20:16:28:23:20:16:28 chr1 15495110 . A G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000731395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.281;QD=57.7101;RBI=0.0195249;REFB=0;REVB=-0.0195112;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00886e-05;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr1 15497727 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.251;QD=61.684;RBI=0.0332913;REFB=0;REVB=0.0291198;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59056e-05;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 15541858 . G A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00437243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.834;QD=19.9671;RBI=0.00504091;REFB=-0.0271847;REVB=0.0025085;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144898;STB=0.58047;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0152364;OID=.;OPOS=15541858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:9:17:14:15:9:17 chr1 15599025 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.025401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.245;QD=7.32831;RBI=0.026061;REFB=-0.00190104;REVB=0.00582799;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23131;STB=0.620405;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0126265;OID=.;OPOS=15599025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:6:14:4:4:7:14 chr1 15687059 . A G 304.86 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0277117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8991;QD=26.5098;RBI=0.0306336;REFB=0.0341921;REVB=-0.0130567;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806243;STB=0.544654;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0248605;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:10:17:10:9:10:17:10:9 chr1 15708540 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0194125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.898;QD=16.1191;RBI=0.020714;REFB=-0.0134757;REVB=-0.00722672;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906088;STB=0.585215;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0211417;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:3:9:8:4:3:9:8:5 chr1 15710411 . G C 171.95 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0217388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4669;QD=18.1004;RBI=0.0228412;REFB=-0.0333085;REVB=-0.00701038;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325649;STB=0.518498;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.051055;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:5:15:13:5:5:15 chr1 15714831 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00849518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4102;QD=16.199;RBI=0.0316511;REFB=-0.0209479;REVB=-0.0304897;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00814469;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:0:3:5:5:0.625:3:2:0:0:3:2:0:3 chr1 15714842 . G C 71.59 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.123722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4716;QD=19.0919;RBI=0.126925;REFB=-0.0137285;REVB=0.0283342;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182934;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:2:4:6:3:2:4 chr1 15754484 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.268;QD=58.9627;RBI=0.0366946;REFB=0;REVB=0.0332555;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44877e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr1 15788269 . A C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9698;QD=56.9545;RBI=0.0307664;REFB=0;REVB=-0.00585756;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350202;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 15808242 . C T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00351977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.229;QD=13.0291;RBI=0.022982;REFB=-0.00961134;REVB=0.0227109;RO=45;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183435;STB=0.597384;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0200217;OID=.;OPOS=15808242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:16:13:28:17:16:13:28:18 chr1 15812432 . A G 1010.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010004;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.758;QD=58.5797;RBI=0.0140514;REFB=0;REVB=0.00986712;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452144;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:30:37:0:0:32:37:0:0 chr1 15832543 . T C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4083;QD=58.417;RBI=0.0383441;REFB=0;REVB=-5.88782e-05;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218788;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr1 15844615 . A G 1583.44 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1145;QD=63.9773;RBI=0.0230555;REFB=0;REVB=0.00467039;RO=0;SAF=33;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106675;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:64:33:0:0:64:35:0:0 chr1 15850603 . G A 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00762517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3584;QD=21.0634;RBI=0.00770818;REFB=-0.00253801;REVB=0.00112816;RO=24;SAF=21;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258653;STB=0.648003;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00341999;OID=.;OPOS=15850603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:3:21:17:7:3:21:17:7 chr1 15850613 . G A 689.68 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.017658;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.383;QD=58.6958;RBI=0.0292234;REFB=-0.0553655;REVB=0.0232852;RO=1;SAF=35;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013242;STB=0.513883;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00557614;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:1:2:45:45:0.957447:10:35:1:0:10:35:2:0 chr1 15892415 . A C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00113864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.239;QD=13.3139;RBI=0.0242494;REFB=-0.0188085;REVB=-0.0242226;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367241;STB=0.528472;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0314261;OID=.;OPOS=15892415;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:13:9:12:20:13:9:12:21 chr1 15909744 . C T 356.51 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.039475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9861;QD=21.9389;RBI=0.0585606;REFB=-0.0158126;REVB=-0.0432558;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062971;STB=0.539304;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0187521;OID=.;OPOS=15909744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:12:23:17:12:12:24:17:12 chr1 15909850 . C G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6124;QD=62.6684;RBI=0.0125641;REFB=0;REVB=0.0122802;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80722e-05;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 15987175 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0244956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.483;QD=15.293;RBI=0.026742;REFB=0.00116936;REVB=-0.0107284;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198782;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000814617;OID=.;OPOS=15987175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:7:2:4:5:7:2 chr1 15987473 . T C 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00320034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2321;QD=11.4903;RBI=0.0344768;REFB=-0.00777082;REVB=-0.034328;RO=32;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334605;STB=0.699737;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0153918;OID=.;OPOS=15987473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:12:4:17:15:12:4:17:15 chr1 16096934 . C T 289.53 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0934395;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.8605;QD=46.3248;RBI=0.0999984;REFB=-0.190451;REVB=0.0356192;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.024153;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:2:0:9:14:2:0 chr1 16272250 . A G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00166143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9301;QD=10.8234;RBI=0.00997874;REFB=-0.0124887;REVB=-0.00983946;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0178958;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:10:13:5:7:10:13 chr1 16341649 . C T 1275.14 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.766;QD=59.3087;RBI=0.0657391;REFB=-0.0690854;REVB=0.064371;RO=2;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315415;STB=0.516663;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000150158;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:29:54:0:2:29:55:0:2 chr1 16341733 . T C 1084.58 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.541;QD=58.626;RBI=0.0227346;REFB=0.0438114;REVB=0.010973;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000180411;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:74:73:0.986486:30:44:0:0:30:43:1:0 chr1 16342237 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.5;QD=58.1421;RBI=0.0402541;REFB=0;REVB=0.0374332;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116639;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 16344360 . A G 2833.65 PASS AF=0.994505;AO=174;DP=174;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.626;QD=62.2781;RBI=0.060129;REFB=-0.124443;REVB=0.0512996;RO=0;SAF=87;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000670015;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:182:0:1:174:181:0.994505:87:87:0:0:89:92:0:1 chr1 16344402 . G A 2653.07 PASS AF=0.988636;AO=172;DP=175;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0798418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9399;QD=60.297;RBI=0.0844019;REFB=-0.169732;REVB=0.0273671;RO=3;SAF=88;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506106;STB=0.500196;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00303896;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:176:3:2:172:174:0.988636:84:88:2:1:84:90:1:1 chr1 16344494 . G A 1097.73 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8197;QD=60.1498;RBI=0.121624;REFB=0;REVB=0.110944;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139434;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:34:39:0:0 chr1 16344625 . C G 834.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6318;QD=56.608;RBI=0.0159594;REFB=0;REVB=0.00220413;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225773;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr1 16344664 . G A 906.12 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231764;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.851;QD=58.4595;RBI=0.0703305;REFB=0;REVB=0.066402;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68869e-05;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 16351275 . A G 817.48 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0290506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.66;QD=55.4225;RBI=0.0295742;REFB=0.0282937;REVB=-0.00554023;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000133466;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:57:58:0.983051:23:34:0:0:23:35:1:0 chr1 16356501 . G A 615.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571604;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7039;QD=61.5545;RBI=0.0576414;REFB=0;REVB=0.00743164;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015607;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 16358932 . T C 411.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.33;QD=56.6995;RBI=0.0333118;REFB=0;REVB=0.0329758;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73414e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:12:15:0:0:13:16:0:0 chr1 16361916 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.35;QD=43.4862;RBI=0.0751739;REFB=0;REVB=0.0751449;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324742;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr1 16371067 . G T 311.68 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0110593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.273;QD=16.6229;RBI=0.0112149;REFB=-0.0274046;REVB=0.00186146;RO=41;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539387;STB=0.530368;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0405717;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:24:10:14:27:24:10:14:27 chr1 16373123 . CA C,CG 767.98 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=13,40;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964446,0.0898908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.697,151.533;QD=56.8874;RBI=0.102735,0.0984767;REFB=0,0;REVB=0.0353969,0.0402158;RO=0;SAF=12,25;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00610911,0.00042379;OID=.,.;OPOS=16373124,16373124;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:13,40:54:1,53:54:0:1,36:0,17:0:0:3:0:12,25:1,15:0:0 chr1 16374533 . G C 939.12 PASS AF=0.843373;AO=70;DP=83;FAO=70;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00108666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.98;QD=45.2588;RBI=0.00519352;REFB=-0.0451469;REVB=-0.00507857;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.558807;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000685828;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:0:13:70:70:0.843373:42:28:0:0:42:28:10:3 chr1 16374994 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.475;QD=54.5177;RBI=0.0180045;REFB=0;REVB=0.0111831;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12341e-05;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr1 16375063 . CA C,GC 234.98 PASS AF=1,0;AO=2,16;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375334,0.0343506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=182.157,154.468;QD=49.4695;RBI=0.037796,0.0344611;REFB=0,0;REVB=0.00444772,-0.0027574;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000359319,0;OID=.,.;OPOS=16375064,16375063;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:2,16:19,0:1,0:1,9:1,7:0:0:10,0:9,0:0:0 chr1 16376191 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000402567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.474;QD=57.6799;RBI=0.0301737;REFB=0;REVB=0.030171;RO=0;SAF=30;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634837;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:1:30:0:0:1:30:0:0 chr1 16376319 . T C 1432.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9769;QD=62.9634;RBI=0.0403831;REFB=0;REVB=0.0215916;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8327e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr1 16380196 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.475;QD=61.6825;RBI=0.0168068;REFB=0;REVB=0.0161876;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83558e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr1 16380243 . A G 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.133;QD=56.4824;RBI=0.0289627;REFB=0.0301166;REVB=-0.0261075;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0015797;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:0:1:18:17:0:1 chr1 16380252 . C T 446.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8837;QD=55.8398;RBI=0.0272343;REFB=0;REVB=0.0157293;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110632;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 16383682 . G C 326.74 PASS AF=0.413793;AO=37;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0387298;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4524;QD=15.0227;RBI=0.0395837;REFB=-0.00253163;REVB=0.00817744;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913595;STB=0.524071;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00416635;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:51:37:36:0.413793:18:19:29:19:17:19:29:22 chr1 16383742 . C G 757.65 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0322165;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6618;QD=23.4929;RBI=0.0693115;REFB=-0.02102;REVB=-0.0613693;RO=56;SAF=38;SAR=33;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294483;STB=0.514924;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0199822;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:56:57:71:72:0.55814:33:38:32:24:34:38:32:25 chr1 16385042 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0310808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.242;QD=25.467;RBI=0.095315;REFB=-0.0412831;REVB=0.0901052;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.666295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0249311;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:3:0:6:3:3:0 chr1 16385175 . G A 620.62 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0026977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.197;QD=59.107;RBI=0.0417663;REFB=-0.0886751;REVB=0.0416791;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159086;STB=0.50847;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=5.2564e-05;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:12:29:1:0:12:29:1:0 chr1 16385184 . G A 179.89 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00377112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.957;QD=18.9352;RBI=0.012039;REFB=-0.0220451;REVB=0.0114331;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201868;STB=0.572437;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0254184;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:18:19:0.5:3:15:13:6:4:15:13:6 chr1 16386008 . T C 377.22 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.666;QD=53.888;RBI=0.155726;REFB=0;REVB=0.148051;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00740225;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:21:28:1:8:13:0:0:11:17:0:0 chr1 16386416 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.185;QD=53.2769;RBI=0.0181434;REFB=0;REVB=0.00536613;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383072;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr1 16386446 . CG CC,C 227.95 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=14,4;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624355,-0.118037;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.7456,20.7928;QD=47.9892;RBI=0.117767,0.169377;REFB=0,0;REVB=0.0998548,0.121473;RO=0;SAF=11,3;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0358132,0.0147789;OID=.,.;OPOS=16386447,16386447;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:14,4:19:17,2:19:0:13,2:4,0:0:0:5:0:11,3:3,1:0:0 chr1 16386495 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.753;QD=40.7629;RBI=0.100094;REFB=0;REVB=0.0146671;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134711;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 16388646 . T C 1458.75 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.364;QD=62.0743;RBI=0.022991;REFB=-0.101423;REVB=0.0203039;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000220061;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:1:93:93:0.989362:45:48:0:0:45:48:0:1 chr1 16461581 . G A 490.68 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0334435;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=21.8081;RBI=0.0439698;REFB=-0.0302377;REVB=0.0285459;RO=43;SAF=30;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733123;STB=0.540523;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0253039;OID=.;OPOS=16461581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:43:43:47:47:0.522222:17:30:24:19:17:30:24:19 chr1 16533022 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7;QD=44.689;RBI=0.0815999;REFB=0;REVB=0.0531063;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275549;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr1 16641899 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.376;QD=58.5878;RBI=0.0421021;REFB=0;REVB=0.00668948;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203654;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 16723084 . G A,C 1074.44 PASS AF=0.932432,0.0675676;AO=68,5;DP=73;FAO=69,5;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=35,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496421,-0.0072813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.4525,111.327;QD=58.078;RBI=0.0496457,0.01934;REFB=0,0;REVB=0.000598524,-0.017917;RO=0;SAF=33,0;SAR=35,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000967717,0.142166;OID=.,.;OPOS=16723084,16723084;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:73:74:0:0:68,5:69,5:0.932432,0.0675676:35,5:33,0:0:0:35,5:34,0:0:0 chr1 16840730 . C T 333.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0140395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.892;QD=39.1886;RBI=0.0141194;REFB=-0.0252749;REVB=0.00149927;RO=7;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048277;STB=0.526177;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0049505;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:16:11:2:5:16:11:2:5 chr1 16858909 . G C 1075.4 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.617;QD=58.9262;RBI=0.00709884;REFB=0;REVB=-0.0066127;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155622;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:31:42:0:0 chr1 16860652 . A C 59.88 PASS AF=0.109489;AO=15;DP=137;FAO=15;FDP=137;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.0169644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7592;QD=1.74833;RBI=0.0220705;REFB=-0.00719832;REVB=-0.0141179;RO=122;SAF=10;SAR=5;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258816;STB=0.688748;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0459083;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:137:137:122:122:15:15:0.109489:5:10:55:67:5:10:55:67 chr1 16862282 . G A 356.0 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0152803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.768;QD=30.2976;RBI=0.0213724;REFB=-0.0420363;REVB=-0.014943;RO=17;SAF=22;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197747;STB=0.609043;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0204856;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:8:22:8:9:8:22:8:9 chr1 16862454 . T G 393.92 PASS AF=0.338028;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.00195122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.542;QD=11.0963;RBI=0.00617209;REFB=-0.00432332;REVB=-0.00585555;RO=92;SAF=28;SAR=20;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589234;STB=0.5275;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0281111;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:92:94:48:48:0.338028:20:28:49:43:20:28:51:43 chr1 16862461 . T A 368.08 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00439109;FXX=0.0135126;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.7;QD=10.0845;RBI=0.0160604;REFB=-0.0049872;REVB=-0.0154485;RO=88;SAF=27;SAR=19;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871018;STB=0.532773;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00509166;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:146:88:100:46:46:0.315068:19:27:51:37:19:27:54:46 chr1 16862502 . A G 687.37 PASS AF=0.386935;AO=77;DP=199;FAO=77;FDP=199;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.00252942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.495;QD=13.8166;RBI=0.0155761;REFB=0.0137014;REVB=-0.0153694;RO=122;SAF=44;SAR=33;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425579;STB=0.524011;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0200654;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:122:122:77:77:0.386935:33:44:65:57:33:44:65:57 chr1 16872426 . G A 272.64 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=63;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0312281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.661;QD=16.2772;RBI=0.0317714;REFB=-0.00440758;REVB=0.00585036;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503889;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00474535;OID=.;OPOS=16872426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:36:36:27:31:0.462687:15:12:16:20:17:14:16:20 chr1 16874206 . A C 329.62 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0228399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3301;QD=18.3123;RBI=0.0238479;REFB=0.00069522;REVB=-0.0068602;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787748;STB=0.543975;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000445283;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:19:18:20:15:19:18 chr1 16874240 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0271246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6313;QD=9.70492;RBI=0.0583866;REFB=-0.0167798;REVB=-0.0517035;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120851;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0226545;OID=.;OPOS=16874240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:15:23:9:9:15:23 chr1 16890598 . T A 474.33 PASS AF=0.29148;AO=65;DP=222;FAO=65;FDP=223;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=-0.00396076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.346;QD=8.50825;RBI=0.00532564;REFB=0.000604921;REVB=-0.00356018;RO=157;SAF=19;SAR=46;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295042;STB=0.671094;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00177289;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:157:158:65:65:0.29148:46:19:83:74:46:19:83:75 chr1 16890639 . C T 311.56 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00626582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.296;QD=9.23145;RBI=0.0348371;REFB=-0.00868061;REVB=-0.034269;RO=94;SAF=18;SAR=23;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221882;STB=0.512974;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0192273;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:94:41:41:0.303704:23:18:43:51:23:18:43:51 chr1 16890644 . C T 148.82 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0178389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.066;QD=4.96062;RBI=0.0183331;REFB=-0.00132387;REVB=0.00422812;RO=95;SAF=7;SAR=18;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245949;STB=0.655116;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00967295;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:95:95:25:25:0.208333:18:7:44:51:18:7:44:51 chr1 16890652 . T C 145.61 PASS AF=0.214286;AO=23;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0153493;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.951;QD=5.20045;RBI=0.0191775;REFB=-0.0068564;REVB=0.0114967;RO=89;SAF=9;SAR=14;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089599;STB=0.564462;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0206251;OID=.;OPOS=16890652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:89:88:23:24:0.214286:14:9:41:48:15:9:40:48 chr1 16890671 . TG CA 302.62 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00351287;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.254;QD=16.5818;RBI=0.00404062;REFB=-0.0049561;REVB=0.00199657;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146234;STB=0.582473;STBP=0.233;TYPE=mnp;VARB=0.00604473;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:22:11:19:21:22:11:19:21 chr1 16901668 . T C 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8007;QD=56.1779;RBI=0.0681653;REFB=0;REVB=-0.0570284;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358099;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 16907328 . G T 3328.9 PASS AF=0.561372;AO=311;DP=558;FAO=311;FDP=554;FR=.;FRO=243;FSAF=141;FSAR=170;FSRF=124;FSRR=119;FWDB=0.00546545;FXX=0.00894438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.328;QD=24.0354;RBI=0.00866856;REFB=-0.00154073;REVB=-0.0067285;RO=241;SAF=141;SAR=170;SRF=122;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427774;STB=0.525063;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00118196;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:554:241:243:311:311:0.561372:170:141:122:119:170:141:124:119 chr1 16909052 . C T 2257.56 PASS AF=1;AO=123;DP=138;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.834;QD=59.0211;RBI=0.0501824;REFB=0;REVB=0.0378557;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06735e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:138:153:0:0:123:153:1:60:63:0:0:70:83:0:0 chr1 16909100 . G C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00616991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.399;QD=14.6576;RBI=0.00675706;REFB=-0.0122756;REVB=-0.00275501;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276679;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0122203;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:7:10:8:5:7:10 chr1 16913584 . A C 131.93 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.00578583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3795;QD=3.90895;RBI=0.0199692;REFB=-7.99594e-05;REVB=0.0191127;RO=110;SAF=4;SAR=20;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478838;STB=0.809129;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000930444;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:110:111:24:24:0.177778:20:4:58:52:20:4:58:53 chr1 16913612 . G A 125.75 PASS AF=0.15894;AO=24;DP=151;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.0193369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4591;QD=3.33116;RBI=0.025089;REFB=-0.00411168;REVB=0.0159856;RO=127;SAF=4;SAR=20;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474588;STB=0.815819;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00990568;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:127:127:24:24:0.15894:20:4:67:60:20:4:67:60 chr1 16913633 . G T 40.2 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.0104728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.306;QD=1.14847;RBI=0.0104831;REFB=-0.00174571;REVB=-0.000463424;RO=127;SAF=6;SAR=6;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771328;STB=0.56418;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0114821;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:140:140:127:128:12:12:0.0857143:6:6:55:72:6:6:55:73 chr1 16918424 . G C 799.48 PASS AF=0.22898;AO=128;DP=561;FAO=128;FDP=559;FR=.;FRO=431;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=208;FSRR=223;FWDB=-0.0104048;FXX=0.00533798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.361;QD=5.72081;RBI=0.0108776;REFB=-0.00582869;REVB=-0.00317189;RO=424;SAF=65;SAR=63;SRF=206;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280549;STB=0.51943;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0159652;OID=.;OPOS=16918424;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:559:424:431:128:128:0.22898:63:65:206:218:63:65:208:223 chr1 16918502 . A G 312.54 PASS AF=0.236715;AO=48;DP=206;FAO=49;FDP=207;FR=.;FRO=158;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=-0.00394259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.873;QD=6.0394;RBI=0.0133708;REFB=-0.00429639;REVB=0.0127763;RO=157;SAF=21;SAR=27;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592596;STB=0.545183;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0147489;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:157:158:48:49:0.236715:27:21:76:81:28:21:77:81 chr1 17004785 . A C 601.08 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.513;QD=58.6415;RBI=0.0352858;REFB=-0.0121792;REVB=-0.00691143;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000191832;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:41:40:0.97561:21:20:0:0:20:20:0:1 chr1 17017717 . C T 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00694946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.51;QD=11.2162;RBI=0.00753697;REFB=-0.00606441;REVB=-0.00291737;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121182;STB=0.563625;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0122864;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:15:11:25:22:15:11:25:23 chr1 17017734 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00108919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.649;QD=10.6295;RBI=0.00253572;REFB=-0.0131124;REVB=-0.00228988;RO=44;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124313;STB=0.572476;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0253631;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:13:10:24:20:13:10:24:20 chr1 17022952 . C A 1284.47 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.033;QD=60.4457;RBI=0.0877106;REFB=-0.0451669;REVB=0.0847413;RO=1;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111448;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00108133;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:42:42:1:0:42:42:1:0 chr1 17023110 . G A 388.94 PASS AF=0.271357;AO=54;DP=198;FAO=54;FDP=199;FR=.;FRO=145;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=-0.0239344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1819;QD=7.81785;RBI=0.0239804;REFB=-0.0109366;REVB=0.00148381;RO=144;SAF=29;SAR=25;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796752;STB=0.544509;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0390237;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:144:145:54:54:0.271357:25:29:68:76:25:29:69:76 chr1 17023143 . C T 376.23 PASS AF=0.315436;AO=47;DP=149;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.00598755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.413;QD=10.1001;RBI=0.0178546;REFB=-0.009017;REVB=-0.0168207;RO=102;SAF=24;SAR=23;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125419;STB=0.507281;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.027847;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:102:47:47:0.315436:23:24:51:51:23:24:51:51 chr1 17023182 . C G 188.3 PASS AF=0.254545;AO=28;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0385182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5528;QD=6.84743;RBI=0.0548138;REFB=-0.0123694;REVB=-0.0389988;RO=81;SAF=18;SAR=10;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112202;STB=0.563986;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0496649;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:82:28:28:0.254545:10:18:45:36:10:18:46:36 chr1 17023376 . C T 308.18 PASS AF=0.264706;AO=45;DP=170;FAO=45;FDP=170;FR=.;FRO=125;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.0284706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.757;QD=7.25127;RBI=0.037419;REFB=-0.00894761;REVB=0.0242818;RO=123;SAF=22;SAR=23;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102159;STB=0.553726;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0274633;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:123:125:45:45:0.264706:23:22:50:73:23:22:52:73 chr1 17023403 . G A 325.82 PASS AF=0.311111;AO=39;DP=136;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=63;FWDB=-0.0305689;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6226;QD=9.65396;RBI=0.0403402;REFB=-0.00298013;REVB=-0.0263225;RO=88;SAF=18;SAR=21;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160806;STB=0.576124;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00831708;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:88:93:39:42:0.311111:21:18:29:59:24:18:30:63 chr1 17026043 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00902801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.816;QD=11.8304;RBI=0.106328;REFB=-0.00916964;REVB=0.105944;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188786;STB=0.615139;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00681567;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:15:3:1:10:15:3 chr1 17026087 . G A 217.17 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00957325;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.429;QD=11.1371;RBI=0.0805301;REFB=-0.00483357;REVB=0.0799591;RO=42;SAF=22;SAR=4;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707964;STB=0.633397;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00832172;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:51:26:27:0.346154:4:22:34:8:5:22:34:17 chr1 17029462 . A G 312.73 PASS AF=0.278788;AO=48;DP=160;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0816437;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3826;QD=7.58133;RBI=0.108343;REFB=-0.0186747;REVB=-0.0712218;RO=111;SAF=22;SAR=26;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445454;STB=0.506593;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0506302;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:165:111:119:48:46:0.278788:26:22:55:56:24:22:58:61 chr1 17030504 . T A 451.8 PASS AF=0.208672;AO=76;DP=372;FAO=77;FDP=369;FR=.;FRO=292;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=150;FSRR=142;FWDB=-0.0218232;FXX=0.0080643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0933;QD=4.89758;RBI=0.0266477;REFB=-0.0133045;REVB=-0.015292;RO=291;SAF=40;SAR=36;SRF=150;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140121;STB=0.50458;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0357716;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:369:291:292:76:77:0.208672:36:40:150:141:37:40:150:142 chr1 17030515 . G A 521.44 PASS AF=0.223684;AO=85;DP=379;FAO=85;FDP=380;FR=.;FRO=295;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=153;FSRR=142;FWDB=-0.0212918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0093;QD=5.48883;RBI=0.0239169;REFB=-0.00740985;REVB=-0.0108939;RO=293;SAF=46;SAR=39;SRF=153;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243962;STB=0.517557;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0311358;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:380:293:295:85:85:0.223684:39:46:153:140:39:46:153:142 chr1 17030518 . CT TG 499.51 PASS AF=0.218085;AO=81;DP=380;FAO=82;FDP=376;FR=.;FRO=294;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=154;FSRR=140;FWDB=-0.0591067;FXX=0.013123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.8505;QD=5.31397;RBI=0.0726505;REFB=-0.0072416;REVB=-0.0422433;RO=283;SAF=45;SAR=36;SRF=150;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032921;STB=0.529282;STBP=0.534;TYPE=mnp;VARB=0.0277676;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:376:283:294:81:82:0.218085:36:45:150:133:36:46:154:140 chr1 17030590 . G A 469.48 PASS AF=0.238255;AO=71;DP=299;FAO=71;FDP=298;FR=.;FRO=227;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=106;FSRR=121;FWDB=0.00155475;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1446;QD=6.3017;RBI=0.0148072;REFB=-0.00879229;REVB=0.0147253;RO=225;SAF=37;SAR=34;SRF=105;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688543;STB=0.541179;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0191769;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:225:227:71:71:0.238255:34:37:105:120:34:37:106:121 chr1 17033805 . C T 762.8 PASS AF=0.367769;AO=89;DP=243;FAO=89;FDP=242;FR=.;FRO=153;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=-0.00165208;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.269;QD=12.6083;RBI=0.0091585;REFB=-0.0163621;REVB=-0.00900826;RO=151;SAF=44;SAR=45;SRF=74;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00479927;STB=0.502646;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0354397;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:151:153:89:89:0.367769:45:44:74:77:45:44:75:78 chr1 17033854 . C T 1308.18 PASS AF=0.636872;AO=114;DP=181;FAO=114;FDP=179;FR=.;FRO=65;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0363192;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.944;QD=29.2332;RBI=0.0364934;REFB=-0.0262897;REVB=0.00356138;RO=65;SAF=53;SAR=61;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185111;STB=0.509982;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0105232;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:65:65:114:114:0.636872:61:53:32:33:61:53:32:33 chr1 17034125 . C CAGCT 36.26 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0146632;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=4;MLLD=186.685;QD=5.57848;RBI=0.021711;REFB=-0.0210523;REVB=-0.0160112;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116554;STB=0.631132;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.0689187;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:5:27:6:26:20:2:4:10:10:36:20:2:3:10:10 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 406.37 PASS AF=0.374046;AO=47;DP=132;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0066669;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=8;MLLD=280.486;QD=12.4082;RBI=0.024916;REFB=-0.00648304;REVB=0.0240075;RO=79;SAF=20;SAR=27;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117051;STB=0.575133;STBP=0.214;TYPE=del;VARB=0.0109618;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.374046:47:132:49:131:82:21:28:45:37:99:79:20:27:42:37 chr1 17046456 . T C 392.4 PASS AF=0.333333;AO=48;DP=144;FAO=48;FDP=144;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00992125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.669;QD=10.9001;RBI=0.0314292;REFB=-0.00644524;REVB=-0.0298222;RO=96;SAF=21;SAR=27;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845575;STB=0.54876;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0108088;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:96:96:48:48:0.333333:27:21:49:47:27:21:49:47 chr1 17052116 . CG GC 585.52 PASS AF=0.199612;AO=103;DP=514;FAO=103;FDP=516;FR=.;FRO=413;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=231;FSRR=182;FWDB=0.00908964;FXX=0.00386093;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.987;QD=4.53893;RBI=0.0286619;REFB=-0.00695313;REVB=-0.0271824;RO=406;SAF=72;SAR=31;SRF=226;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19618;STB=0.620138;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.024962;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:516:406:413:103:103:0.199612:31:72:226:180:31:72:231:182 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 92.83 PASS AF=0.126761,0.0375587,0.0164319;AO=87,16,16;DP=437;FAO=54,16,7;FDP=426;FR=.;FRO=349;FSAF=10,0,0;FSAR=44,16,7;FSRF=235;FSRR=114;FWDB=0.0153255,-0.0104645,-0.00141788;FXX=0.0554311;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=10.6908,25.8277,212.13;QD=0.871685;RBI=0.102066,0.0448614,0.067748;REFB=-0.120409,-0.065335,-0.00658112;REVB=-0.100909,-0.0436239,-0.0677332;RO=268;SAF=19,0,0;SAR=68,16,16;SRF=215;SRR=53;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.650837,-0.705724,-0.705724;STB=0.872053,0.999555,0.99903;STBP=0,0,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.121046,0.0876946,0.0887242;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:437:426:268:349:87,16,16:54,16,7:0.126761,0.0375587,0.0164319:68,16,16:19,0,0:215:53:44,16,7:10,0,0:235:114 chr1 17053766 . G A 1716.72 PASS AF=0.662162;AO=146;DP=221;FAO=147;FDP=222;FR=.;FRO=75;FSAF=91;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00487095;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.384;QD=30.932;RBI=0.00499436;REFB=-0.0312056;REVB=-0.00110336;RO=75;SAF=91;SAR=55;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508049;STB=0.525603;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0177282;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:75:75:146:147:0.662162:55:91:41:34:56:91:41:34 chr1 17053782 . C A 683.27 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=227;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.0160031;FXX=0.317167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.126;QD=17.6328;RBI=0.0222734;REFB=-0.00491733;REVB=-0.015492;RO=81;SAF=39;SAR=32;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787692;STB=0.545072;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00736535;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:155:81:84:71:71:0.458065:32:39:51:30:32:39:53:31 chr1 17053809 . C T 533.94 PASS AF=0.325581;AO=69;DP=214;FAO=70;FDP=215;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=-0.0283302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.221;QD=9.93368;RBI=0.0440343;REFB=-0.0190945;REVB=-0.0337108;RO=145;SAF=36;SAR=33;SRF=79;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272367;STB=0.51101;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0563871;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:145:145:69:70:0.325581:33:36:79:66:33:37:79:66 chr1 17053826 . C T 566.64 PASS AF=0.391813;AO=66;DP=171;FAO=67;FDP=171;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=-0.000212115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.958;QD=13.2548;RBI=0.0228567;REFB=-0.0181272;REVB=-0.0228557;RO=103;SAF=33;SAR=33;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14195;STB=0.580363;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0218208;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:103:104:66:67:0.391813:33:33:38:65:33:34:39:65 chr1 17053834 . A AC 125.53 PASS AF=0.220859;AO=35;DP=166;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.0134681;FXX=0.0121205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=270.978;QD=3.08054;RBI=0.0178407;REFB=-0.00211321;REVB=-0.0117005;RO=128;SAF=6;SAR=29;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423906;STB=0.772667;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00493744;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220859:35:166:36:163:127:6:30:60:67:99:128:6:29:60:68 chr1 17053861 . C T 224.93 PASS AF=0.25;AO=30;DP=130;FAO=33;FDP=132;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.000658006;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.824;QD=6.81617;RBI=0.0294808;REFB=-0.00127059;REVB=0.0294735;RO=100;SAF=8;SAR=22;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284105;STB=0.690485;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00388528;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:100:99:30:33:0.25:22:8:48:52:25:8:47:52 chr1 17083776 . C A 49.22 PASS AF=0.16;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.055762;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.961;QD=3.93754;RBI=0.0570921;REFB=0.00110878;REVB=-0.0122517;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335752;STB=0.713796;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00516467;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:52:50:44:42:8:8:0.16:5:3:29:15:5:3:27:15 chr1 17083807 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6339;QD=33.4285;RBI=0.033726;REFB=0;REVB=0.0294106;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124363;OID=.;OPOS=17083807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 17083888 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0010909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.591;QD=23.2183;RBI=0.0266428;REFB=-0.0288834;REVB=0.0266204;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00595998;OID=.;OPOS=17083888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr1 17084510 . G A 895.18 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.059213;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0916;QD=24.0316;RBI=0.0664014;REFB=-0.00943377;REVB=0.0300493;RO=66;SAF=49;SAR=33;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332028;STB=0.520839;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0081903;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:67:82:82:0.550336:33:49:42:24:33:49:43:24 chr1 17084536 . TGGAACA T 324.89 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=103;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00461965;FXX=0.0388312;HRUN=2;LEN=6;MLLD=312.369;QD=13.1269;RBI=0.00967641;REFB=-0.0157941;REVB=-0.00850246;RO=53;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.116096;STB=0.555251;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.0164297;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:46:103:48:99:51:25:23:32:19:99:53:24:22:34:19 chr1 17084968 . G C 159.44 PASS AF=0.270588;AO=19;DP=82;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.010647;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.557;QD=7.50302;RBI=0.0123359;REFB=-0.0112532;REVB=-0.00623035;RO=62;SAF=7;SAR=12;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20341;STB=0.570929;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0330073;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:62:62:19:23:0.270588:12:7:33:29:13:10:33:29 chr1 17085006 . C T 128.21 PASS AF=0.185484;AO=21;DP=123;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0149089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.232;QD=4.13587;RBI=0.0154709;REFB=-0.00553327;REVB=-0.00413197;RO=86;SAF=13;SAR=8;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180395;STB=0.585326;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0305825;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:86:101:21:23:0.185484:8:13:41:45:9:14:51:50 chr1 17085412 . C T 69.79 PASS AF=0.112583;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=151;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=0.0380153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.149;QD=1.84866;RBI=0.0402807;REFB=-0.0063732;REVB=-0.0133183;RO=134;SAF=6;SAR=11;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181059;STB=0.63163;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0392965;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:151:151:134:134:17:17:0.112583:11:6:67:67:11:6:67:67 chr1 17085427 . T C 60.86 PASS AF=0.102564;AO=16;DP=156;FAO=16;FDP=156;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0165046;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3378;QD=1.56053;RBI=0.01698;REFB=0.000295871;REVB=0.00398994;RO=139;SAF=6;SAR=10;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130106;STB=0.600522;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00292375;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:156:156:139:140:16:16:0.102564:10:6:67:72:10:6:68:72 chr1 17085502 . T C 931.34 PASS AF=0.816092;AO=69;DP=85;FAO=71;FDP=87;FR=.;FRO=16;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0138061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6015;QD=42.82;RBI=0.014137;REFB=-0.0267014;REVB=-0.00304102;RO=16;SAF=39;SAR=30;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441551;STB=0.520862;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0047028;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:85:87:16:16:69:71:0.816092:30:39:11:5:30:41:11:5 chr1 17085834 . G T 685.72 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.274;QD=53.7823;RBI=0.0544989;REFB=-0.139957;REVB=0.0283756;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184876;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:27:24:0:0 chr1 17087244 . AC A 266.8 PASS AF=0.787234;AO=32;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0828019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7614;QD=22.7067;RBI=0.186105;REFB=-0.097568;REVB=0.16667;RO=14;SAF=10;SAR=22;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.115996;STB=0.525268;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.046924;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.787234:32:47:37:47:10:11:26:2:8:21:14:10:22:2:12 chr1 17087365 . C G 280.76 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00891494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.26;QD=17.5476;RBI=0.0163087;REFB=-0.0290676;REVB=0.0136564;RO=31;SAF=23;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479078;STB=0.692648;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.034224;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:31:32:28:32:0.5:5:23:11:20:9:23:11:21 chr1 17087465 . G A 271.91 PASS AF=0.293651;AO=36;DP=127;FAO=37;FDP=126;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0158253;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.114;QD=8.63212;RBI=0.0158298;REFB=-0.0203151;REVB=-0.000375179;RO=87;SAF=21;SAR=15;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355248;STB=0.500667;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0467361;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:87:89:36:37:0.293651:15:21:51:36:15:22:53:36 chr1 17087541 . GGTGCT G 92.72 PASS AF=0.216667;AO=25;DP=121;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00204513;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=257.096;QD=3.09054;RBI=0.0132947;REFB=-0.00456774;REVB=-0.0131364;RO=93;SAF=9;SAR=16;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262431;STB=0.638678;STBP=0.121;TYPE=del;VARB=0.0195787;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667:25:121:26:120:94:10:16:53:41:92:93:9:16:53:40 chr1 17087582 . G A 106.48 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00978825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.516;QD=4.30228;RBI=0.0119921;REFB=-0.00631078;REVB=0.00692826;RO=81;SAF=6;SAR=12;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306746;STB=0.697155;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0207286;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:12:6:47:34:12:6:47:34 chr1 17185500 . C T 126.8 PASS AF=0.158228;AO=25;DP=158;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=-0.0215474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.459;QD=3.21023;RBI=0.0225934;REFB=-0.00445763;REVB=0.00679479;RO=133;SAF=12;SAR=13;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661052;STB=0.543477;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0215407;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:133:133:25:25:0.158228:13:12:57:76:13:12:57:76 chr1 17186685 . T C 284.46 PASS AF=0.276596;AO=39;DP=141;FAO=39;FDP=141;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=34;FWDB=0.0254783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2256;QD=8.06984;RBI=0.0271588;REFB=-0.0121061;REVB=0.00940515;RO=98;SAF=27;SAR=12;SRF=65;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404422;STB=0.521399;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0379143;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:98:102:39:39:0.276596:12:27:65:33:12:27:68:34 chr1 17186719 . T G 518.24 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=-0.0139371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6508;QD=13.2881;RBI=0.0268263;REFB=0.00112064;REVB=0.0229218;RO=95;SAF=44;SAR=17;SRF=62;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876781;STB=0.549708;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00159002;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:95:95:61:61:0.391026:17:44:62:33:17:44:62:33 chr1 17197563 . G T 157.1 PASS AF=0.213115;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00665568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8708;QD=5.15066;RBI=0.0163659;REFB=-0.0088531;REVB=-0.0149514;RO=96;SAF=19;SAR=7;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268102;STB=0.668335;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.035723;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:96:26:26:0.213115:7:19:51:45:7:19:51:45 chr1 17197595 . A C 62.88 PASS AF=0.10596;AO=16;DP=151;FAO=16;FDP=151;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=-0.00586584;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.609;QD=1.66571;RBI=0.0268108;REFB=-0.00302382;REVB=-0.0261613;RO=134;SAF=13;SAR=3;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347818;STB=0.765736;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.023909;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:151:151:134:135:16:16:0.10596:3:13:73:61:3:13:73:62 chr1 17197609 . T C 98.16 PASS AF=0.133333;AO=22;DP=165;FAO=22;FDP=165;FR=.;FRO=143;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=0.00213294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.759;QD=2.37971;RBI=0.0186556;REFB=0.000152434;REVB=0.0185333;RO=142;SAF=17;SAR=5;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332188;STB=0.734161;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000911372;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:165:165:142:143:22:22:0.133333:5:17:74:68:5:17:74:69 chr1 17197615 . C A 113.27 PASS AF=0.145455;AO=24;DP=166;FAO=24;FDP=165;FR=.;FRO=141;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=0.018473;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.371;QD=2.74601;RBI=0.0184815;REFB=-0.0037227;REVB=-0.000558283;RO=142;SAF=18;SAR=6;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311184;STB=0.709083;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0100301;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:142:141:24:24:0.145455:6:18:73:69:6:18:73:68 chr1 17197619 . A G 118.4 PASS AF=0.147059;AO=25;DP=172;FAO=25;FDP=170;FR=.;FRO=145;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=0.00265564;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.532;QD=2.78583;RBI=0.00956169;REFB=-0.00349033;REVB=-0.0091855;RO=147;SAF=19;SAR=6;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344352;STB=0.733076;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0139343;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:147:145:25:25:0.147059:6:19:73:74:6:19:72:73 chr1 17199074 . T C 102.99 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=16;FWDB=-0.0179247;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.196;QD=4.84677;RBI=0.0219685;REFB=-0.00309639;REVB=0.0127012;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944745;STB=0.559375;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0363025;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:5:12:52:16:5:12:52:16 chr1 17199076 . T A 130.83 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.000128315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.341;QD=6.15666;RBI=0.0112924;REFB=-0.00798138;REVB=-0.0112917;RO=58;SAF=12;SAR=4;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041542;STB=0.524968;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0314768;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:85:85:58:62:16:16:0.188235:4:12:42:16:4:12:45:17 chr1 17200227 . C A 123.14 PASS AF=0.116788;AO=32;DP=274;FAO=32;FDP=274;FR=.;FRO=242;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=136;FSRR=106;FWDB=-0.0114297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5796;QD=1.79772;RBI=0.0115782;REFB=-0.000263425;REVB=0.00184853;RO=240;SAF=14;SAR=18;SRF=134;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150183;STB=0.60859;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00159188;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:240:242:32:32:0.116788:18:14:134:106:18:14:136:106 chr1 17200270 . T G 749.76 PASS AF=0.267677;AO=106;DP=398;FAO=106;FDP=396;FR=.;FRO=290;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=156;FSRR=134;FWDB=-0.0144299;FXX=0.00751861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0427;QD=7.57332;RBI=0.037358;REFB=-0.0221666;REVB=0.0344586;RO=289;SAF=51;SAR=55;SRF=156;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728329;STB=0.541516;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0587177;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:396:289:290:106:106:0.267677:55:51:156:133:55:51:156:134 chr1 17200289 . C T 872.95 PASS AF=0.288783;AO=112;DP=404;FAO=121;FDP=419;FR=.;FRO=298;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=162;FSRR=136;FWDB=-0.0418195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7832;QD=8.33361;RBI=0.0852025;REFB=-0.0294871;REVB=0.0742334;RO=292;SAF=62;SAR=50;SRF=156;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240457;STB=0.522244;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0726164;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:419:292:298:112:121:0.288783:50:62:156:136:59:62:162:136 chr1 17248532 . A G 120.68 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106586;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.628;QD=43.8827;RBI=0.0777482;REFB=0;REVB=0.0770141;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625671;OID=.;OPOS=17248532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:8:11:1:3:5:0:0:6:5:0:0 chr1 17250836 . A G 158.49 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00160574;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.213;QD=15.4627;RBI=0.0102216;REFB=-0.028397;REVB=-0.0100947;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329583;STB=0.522362;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0428618;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:26:24:16:17:0.414634:10:6:9:17:10:7:9:15 chr1 17264920 . C T 223.78 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0377237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6714;QD=11.7781;RBI=0.0415272;REFB=-0.0191832;REVB=-0.0173616;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193601;STB=0.502048;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0181319;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:27:28:0.368421:10:17:31:17:10:18:31:17 chr1 17264939 . T C 260.74 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0059873;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.104;QD=13.9064;RBI=0.0218698;REFB=-0.02124;REVB=-0.0210342;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199655;STB=0.622429;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0307989;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:45:30:30:0.4:14:16:31:12:14:16:33:12 chr1 17266536 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0103989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.267;QD=14.6539;RBI=0.0321622;REFB=-0.0258094;REVB=-0.0304347;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0297163;OID=.;OPOS=17266536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr1 17267302 . A G 214.17 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0233601;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.117;QD=27.6342;RBI=0.0235169;REFB=-0.0108826;REVB=0.00271176;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232719;STB=0.628448;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00499726;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:2:9:9:11:2:9 chr1 17270751 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0169174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2753;QD=7.83708;RBI=0.0692341;REFB=-0.010196;REVB=0.0671354;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283312;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:6:9:4:3:7:9 chr1 17273396 . A G 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0270385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.073;QD=6.39275;RBI=0.0276872;REFB=-0.0130777;REVB=-0.00595834;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372764;STB=0.523757;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0364868;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:17:12:4:5:17:12 chr1 17273444 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.025892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.298;QD=9.4949;RBI=0.0700107;REFB=-0.0332338;REVB=0.065047;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144506;STB=0.587472;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0714225;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:14:10:6:5:14:10 chr1 17281912 . C T 125.69 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0179146;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.691;QD=10.2607;RBI=0.0186577;REFB=-0.0127251;REVB=0.00521318;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488849;STB=0.529372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0274205;OID=.;OPOS=17281912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:19:15:6:9:19:15 chr1 17282573 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.016471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.368;QD=22.3981;RBI=0.0169039;REFB=-0.0184644;REVB=-0.00380099;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426887;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0154342;OID=.;OPOS=17282573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:12:7:8:14:12:7 chr1 17292566 . A AG 31.6 PASS AF=0.151515;AO=15;DP=70;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0132001;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.1978;QD=1.9154;RBI=0.027803;REFB=-0.0150279;REVB=-0.0244697;RO=52;SAF=14;SAR=1;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.684856;STB=0.914487;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.191388;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515:15:70:10:66:56:9:1:21:35:31:52:14:1:20:32 chr1 17295679 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.839;QD=59.0184;RBI=0.0302902;REFB=0;REVB=0.0260544;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8706e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr1 17301448 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00724364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.435;QD=20.893;RBI=0.0531795;REFB=0.00927843;REVB=0.0526838;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309165;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:3:3:5:5:3:3 chr1 17313567 . GC G 34.46 PASS AF=0.4;AO=9;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0372995;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.93292;QD=6.89132;RBI=0.136389;REFB=-0.0910915;REVB=0.13119;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.452381;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=del;VARB=0.139275;OID=.;OPOS=17313568;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:9:20:8:20:12:6:2:8:4:34:8:7:2:5:3 chr1 17314702 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00464901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.318;QD=16.1156;RBI=0.034509;REFB=0.00109936;REVB=0.0341944;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569455;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00251713;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:15:14:13:11:15:14 chr1 17380497 . G T 2098.71 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0507403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.923;QD=60.3947;RBI=0.0540991;REFB=-0.0694178;REVB=0.0187654;RO=3;SAF=57;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104065;STB=0.505476;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000422353;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:139:139:3:3:136:136:0.978417:79:57:2:1:79:57:2:1 chr1 17394613 . T C 734.45 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0119;QD=55.43;RBI=0.0581429;REFB=0;REVB=0.0580364;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139179;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:37:13:0:0:40:13:0:0 chr1 17394623 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.837;QD=57.1059;RBI=0.0289653;REFB=0;REVB=0.0270476;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021376;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr1 17413121 . A C 765.81 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.351;QD=56.7268;RBI=0.0656367;REFB=0;REVB=0.050298;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333285;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:44:54:1:28:16:0:0:31:23:0:0 chr1 17419024 . G A 556.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7039;QD=60.2111;RBI=0.0454143;REFB=0;REVB=0.0447204;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593641;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 17609448 . G T 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5253;QD=59.4992;RBI=0.0459951;REFB=0;REVB=0.0355963;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288414;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr1 17657534 . G A 803.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7596;QD=64.3062;RBI=0.0161682;REFB=0;REVB=0.0111735;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147751;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:35:14:0:0:36:14:0:0 chr1 17657616 . T C 644.4 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.534;QD=61.371;RBI=0.050384;REFB=0;REVB=0.0220408;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716647;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:30:12:0:0 chr1 17660499 . G C 583.11 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0450939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.563;QD=49.6265;RBI=0.0460178;REFB=0.0042597;REVB=-0.00917492;RO=6;SAF=4;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702863;STB=0.537483;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000689302;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:37:4:0:6:37:4:0:6 chr1 17661128 . A C 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7152;QD=47.8035;RBI=0.0309429;REFB=0;REVB=0.0173482;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182567;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 17662639 . T C 400.11 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6286;QD=53.3476;RBI=0.0530496;REFB=-0.0407277;REVB=-0.043899;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0134387;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr1 17662662 . T C 487.93 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0321155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6257;QD=51.3607;RBI=0.0355634;REFB=-0.065958;REVB=-0.0152757;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799658;STB=0.542833;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0201405;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:19:16:3:0:19:16:3:0 chr1 17674537 . C A 883.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0573;QD=57.905;RBI=0.030135;REFB=0;REVB=-0.00215184;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168363;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr1 17718671 . AG A 670.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.5764;QD=48.7792;RBI=0.168939;REFB=0;REVB=0.12784;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00547735;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:53:55:55:0:26:29:0:0:12:0:25:28:0:0 chr1 17733423 . C T 1682.11 PASS AF=0.541096;AO=158;DP=292;FAO=158;FDP=292;FR=.;FRO=134;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=83;FSRR=51;FWDB=-0.0117981;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6318;QD=23.0425;RBI=0.0119504;REFB=-0.0121394;REVB=-0.00190201;RO=133;SAF=97;SAR=61;SRF=81;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433479;STB=0.502655;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0112495;OID=.;OPOS=17733423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:133:134:158:158:0.541096:61:97:81:52:61:97:83:51 chr1 17914122 . G A 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0158993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1293;QD=15.1613;RBI=0.0221076;REFB=0.0180186;REVB=-0.0153609;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124136;STB=0.570871;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0221241;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:14:16:15:8:14:16 chr1 17991052 . T C,G 494.95 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=31,2;DP=33;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263953,0.00189393;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.925,85.9015;QD=58.2288;RBI=0.0137531,0.0219321;REFB=0,0;REVB=0.0134974,0.0218502;RO=0;SAF=14,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00115007,0.110568;OID=.,.;OPOS=17991052,17991052;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:34:0:0:31,2:33,1:0.970588,0.0294118:17,2:14,0:0:0:18,1:15,0:0:0 chr1 18023365 . C T 698.53 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258714;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.103;QD=54.7868;RBI=0.0501876;REFB=-0.0884946;REVB=0.0430053;RO=1;SAF=38;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01223;STB=0.506491;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00045957;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:1:1:50:50:0.980392:12:38:1:0:12:38:1:0 chr1 18023509 . T C 650.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.923;QD=61.9933;RBI=0.0120668;REFB=0;REVB=0.00252263;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90089e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 18023690 . A G 672.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442475;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.861;QD=62.5885;RBI=0.0470188;REFB=0;REVB=0.0159036;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231717;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr1 18149510 . G T 118.81 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.017462;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.074;QD=19.8014;RBI=0.0403201;REFB=-0.0278456;REVB=0.0363427;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355888;STB=0.699733;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0373551;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:10:1:7:6:10:1 chr1 18149566 . C A 619.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563823;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.151;QD=61.9358;RBI=0.0714187;REFB=0;REVB=0.0438368;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327073;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 18807897 . C G 246.06 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.56;QD=49.2127;RBI=0.0138003;REFB=0;REVB=0.00910018;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55534e-05;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:9:10:0:1:10:10:0:0 chr1 18807938 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.287;QD=44.6898;RBI=0.0147288;REFB=0;REVB=0.00620353;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67057e-05;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 18808292 . C A 159.83 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.214;QD=45.6647;RBI=0.128003;REFB=0;REVB=0.0383738;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446809;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr1 18808465 . T A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.141;QD=58.9623;RBI=0.0280368;REFB=0;REVB=0.0209355;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40289e-06;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr1 18808526 . A C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.614;QD=60.7141;RBI=0.0264957;REFB=0;REVB=-0.0219324;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00823e-06;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr1 18808711 . G C 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.131;QD=60.9669;RBI=0.0056041;REFB=0;REVB=0.00188323;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4773e-05;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 18809896 . A T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.018;QD=59.0187;RBI=0.0400979;REFB=0;REVB=0.0100364;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158993;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr1 18810344 . G T 463.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000744772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9863;QD=57.8775;RBI=0.0392086;REFB=0;REVB=0.0392015;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314739;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 18810484 . G A 727.94 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.977;QD=54.9393;RBI=0.252579;REFB=0;REVB=0.126118;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00807815;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:1:0:47:53:1:23:24:1:0:25:28:0:0 chr1 18810486 . A C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.049;QD=52.5804;RBI=0.0226209;REFB=0.0341833;REVB=-0.00342768;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209533;STB=0.501113;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00048474;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:1:1:24:27:1:1 chr1 18811668 . T C 130.74 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.116;QD=43.5787;RBI=0.040606;REFB=0;REVB=0.0383791;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394723;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:6:4:0:0:8:4:0:0 chr1 19018405 . G A 330.68 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0448544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1778;QD=18.1195;RBI=0.0457141;REFB=0.0166663;REVB=0.00882422;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932432;STB=0.561489;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.019288;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:38:35:35:0.479452:11:24:22:15:11:24:22:16 chr1 19018432 . A C 268.61 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00690119;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=15.8005;RBI=0.00820627;REFB=-0.0175272;REVB=-0.00444032;RO=38;SAF=21;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21183;STB=0.62017;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0248953;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:9:21:19:19:9:21:19:19 chr1 19027239 . A G 213.06 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.196248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2327;QD=20.2909;RBI=0.196308;REFB=0.0111755;REVB=-0.0048575;RO=20;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205356;STB=0.621758;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00196768;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:20:22:0.52381:17:3:1:19:18:4:1:19 chr1 19186129 . G C 1025.79 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0283391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.394;QD=55.4479;RBI=0.0291319;REFB=-0.0996617;REVB=-0.00675011;RO=2;SAF=27;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656523;STB=0.512241;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000920093;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:2:3:71:71:0.959459:44:27:1:1:44:27:2:1 chr1 19201956 . A G 674.91 PASS AF=0.644444;AO=57;DP=89;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0016887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5337;QD=29.9961;RBI=0.0169233;REFB=-0.0362452;REVB=-0.0168388;RO=32;SAF=31;SAR=26;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705445;STB=0.534471;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0142599;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:32:32:57:58:0.644444:26:31:14:18:27:31:14:18 chr1 19202896 . G A 287.52 PASS AF=0.541667;AO=19;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00881446;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.95;QD=23.9601;RBI=0.0110965;REFB=-0.0180771;REVB=0.00674073;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481396;STB=0.506574;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00862129;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:22:19:26:0.541667:8:11:12:7:11:15:13:9 chr1 19202917 . T C 231.94 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0171009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.85;QD=25.7716;RBI=0.0244152;REFB=-0.00299116;REVB=0.0174259;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106914;STB=0.550487;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00221663;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:21:22:0.611111:9:12:10:4:9:13:10:4 chr1 19202926 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0127455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.597;QD=23.3816;RBI=0.0130475;REFB=-0.0318178;REVB=0.00279098;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107503;STB=0.559939;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0153597;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:10:4:8:11:10:4 chr1 19203997 . C G 1143.09 PASS AF=0.624242;AO=103;DP=164;FAO=103;FDP=165;FR=.;FRO=62;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.00848325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.841;QD=27.7113;RBI=0.0379907;REFB=-0.0235085;REVB=0.0370314;RO=61;SAF=65;SAR=38;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555416;STB=0.525543;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0149696;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:61:62:103:103:0.624242:38:65:43:18:38:65:43:19 chr1 19401405 . G A 696.89 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.905;QD=60.599;RBI=0.0171144;REFB=-0.11513;REVB=0.0131738;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000589724;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:1:0 chr1 19408294 . G GC 318.19 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7084;QD=39.7731;RBI=0.113142;REFB=0;REVB=-0.00574673;RO=2;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00377966;OID=.;OPOS=19408295;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:32:32:0:10:22:0:0:6:2:8:21:1:1 chr1 19411129 . A G 885.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2007;QD=58.0479;RBI=0.0764096;REFB=0;REVB=-0.0763866;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683205;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr1 19413261 . T A 1510.85 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.329;QD=63.6148;RBI=0.0262848;REFB=0;REVB=-0.0173602;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45823e-06;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:93:95:1:54:39:0:0:55:40:0:0 chr1 19415304 . C T 771.06 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0746;QD=55.0756;RBI=0.0633911;REFB=0.0311648;REVB=0.0171468;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=1.21965e-05;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:32:22:0:1:32:23:0:1 chr1 19433449 . A G 989.9 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.09;QD=59.0982;RBI=0.0206356;REFB=0;REVB=0.00920078;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13597e-05;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr1 19447843 . C G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.116;QD=57.6761;RBI=0.0990906;REFB=0;REVB=-0.00288;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226905;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 19510394 . A G 757.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210277;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.047;QD=55.1028;RBI=0.0218899;REFB=-0.0154672;REVB=-0.00608291;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000343883;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:1:0:25:29:1:0 chr1 19565344 . C G 583.97 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8088;QD=58.3974;RBI=0.0908462;REFB=0;REVB=0.0755104;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146361;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:16:20:0:0:20:20:0:0 chr1 19595137 . C T 871.53 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466176;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9579;QD=58.1017;RBI=0.0560776;REFB=0;REVB=0.0311688;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197058;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr1 19596124 . C T 1579.63 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0578;QD=63.8234;RBI=0.0242236;REFB=0;REVB=-0.0199627;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34815e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:49:50:0:0 chr1 19596156 . G T 1284.61 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0214;QD=61.1719;RBI=0.0791053;REFB=0;REVB=0.0596631;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105205;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:81:84:1:42:39:0:0:42:42:0:0 chr1 19609254 . T C 1085.14 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128086;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.538;QD=60.2853;RBI=0.0735771;REFB=0;REVB=0.0735659;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142811;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 19611241 . T C 919.82 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5347;QD=58.401;RBI=0.0447733;REFB=0;REVB=-0.0180722;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469489;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:42:21:0:0 chr1 19612477 . C T 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4758;QD=63.2833;RBI=0.0724856;REFB=0;REVB=0.0669175;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001179;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 19726907 . A T 295.78 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.010584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.936;QD=20.3988;RBI=0.0108728;REFB=-0.0084199;REVB=-0.00248901;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830809;STB=0.54435;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00906065;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:30:31:0.534483:19:11:12:14:20:11:12:15 chr1 19750909 . G T 358.77 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0144256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.009;QD=25.1766;RBI=0.01617;REFB=-0.0171814;REVB=0.00730552;RO=22;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667744;STB=0.536565;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0115169;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:19:16:8:14:19:16:8:14 chr1 19950062 . T C 450.19 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0421686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5153;QD=21.696;RBI=0.0499714;REFB=-0.0153923;REVB=0.0268132;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412067;STB=0.528723;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0165622;OID=.;OPOS=19950062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:21:23:18:20:21:23:18:21 chr1 19953112 . CAAAAAG AAAAAAT,CAAAAAT 681.1 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,39;DP=51;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,28;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116087,-0.00574368;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=182.178,58.0218;QD=55.5998;RBI=0.0131558,0.0255279;REFB=0,0;REVB=0.00618976,-0.0248733;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.086984,-0.00245487;OID=.,.;OPOS=19953112,19953118;OREF=CAAAAAG,G;OALT=AAAAAAT,T;OMAPALT=AAAAAAT,CAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:49:0:0:2,39:2,47:0.0408163,0.959184:0,14:2,25:0:0:0,19:2,28:0:0 chr1 19953165 . G A 176.44 PASS AF=0.38;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0061739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.303;QD=14.1151;RBI=0.00624303;REFB=-0.021682;REVB=0.000926498;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241622;STB=0.635844;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0353121;OID=.;OPOS=19953165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:31:31:17:19:0.38:8:9:23:8:9:10:23:8 chr1 20020993 . AC GT 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0149369;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.081;QD=16.9415;RBI=0.0245355;REFB=-0.00689158;REVB=0.0194649;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=mnp;VARB=0.0124368;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:12:12:12:7:12:12 chr1 20141528 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00391661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.039;QD=22.7239;RBI=0.00729672;REFB=-0.00203728;REVB=-0.00615649;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199272;STB=0.611005;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000418082;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:12:4:10:10:12:4 chr1 20246876 . C T 494.23 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00124007;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.357;QD=20.1727;RBI=0.00415367;REFB=-0.0196541;REVB=-0.00396424;RO=48;SAF=32;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818811;STB=0.558798;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0173372;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:50:48:48:0.489796:16:32:28:20:16:32:28:22 chr1 20411332 . C T 796.63 PASS AF=0.431373;AO=88;DP=203;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.00279955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.342;QD=15.6202;RBI=0.0180429;REFB=-0.0168825;REVB=-0.0178244;RO=114;SAF=45;SAR=43;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381753;STB=0.521153;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0227356;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:114:116:88:88:0.431373:43:45:54:60:43:45:55:61 chr1 20442054 . T C 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.748;QD=62.6127;RBI=0.0443425;REFB=0;REVB=0.0443093;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85094e-05;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:48:40:0:0 chr1 20490518 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.497;QD=62.9756;RBI=0.0129946;REFB=0;REVB=-0.00184133;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57896e-05;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr1 20880905 . A G 127.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0192781;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.207;QD=18.9432;RBI=0.0283835;REFB=-0.0107232;REVB=0.0208321;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0085533;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:13:14:14:0.518519:5:9:7:7:5:9:6:7 chr1 20881309 . T A 145.23 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0118656;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.691;QD=14.8958;RBI=0.0228174;REFB=0.0152991;REVB=-0.0194896;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.014675;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:12:11:5:11:12:11 chr1 20945055 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.014727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.428;QD=20.3167;RBI=0.0157747;REFB=-0.00515411;REVB=0.0056532;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141973;STB=0.579539;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00489262;OID=.;OPOS=20945055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:4:14:12:7:4:14 chr1 20972048 . G A 713.08 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793671;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0726;QD=63.3848;RBI=0.0175094;REFB=0;REVB=0.0156073;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019655;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 20977000 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0193617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.821;QD=19.976;RBI=0.0260631;REFB=-0.0209687;REVB=0.0174474;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.598913;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0190881;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:7:13:9:11:7:13 chr1 20982631 . G A 727.64 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2383;QD=57.0695;RBI=0.0432201;REFB=0;REVB=-0.0169327;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160759;OID=.;OPOS=20982631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 20987873 . G C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.355;QD=57.2345;RBI=0.0372913;REFB=-0.0483877;REVB=0.0129858;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000509974;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:37:29:1:0:37:29:1:0 chr1 20990905 . G A 252.46 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0425861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.37;QD=20.6087;RBI=0.0429953;REFB=-0.0263575;REVB=-0.00591777;RO=25;SAF=19;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976477;STB=0.561742;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0374486;OID=.;OPOS=20990905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:25:23:24:0.489796:4:19:19:6:4:20:19:6 chr1 20992819 . G C 762.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5688;QD=63.5467;RBI=0.141817;REFB=0;REVB=0.13434;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139155;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr1 21013994 . AC A 44.36 PASS AF=0.277778;AO=12;DP=51;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.100467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.0192;QD=3.28603;RBI=0.102034;REFB=0.00341504;REVB=-0.0178118;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0.5;SSEP=0;SSSB=0.236386;STB=0.703046;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=-0.0132846;OID=.;OPOS=21013995;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:12:51:15:54:39:11:4:18:21:44:36:8:4:17:19 chr1 21024901 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.020227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.251;QD=11.6343;RBI=0.0203921;REFB=-0.0301016;REVB=0.00258978;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230172;STB=0.63969;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0265886;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:6:10:8:2:6:10 chr1 21031046 . C T 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0282295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.42;QD=13.8884;RBI=0.0492192;REFB=-0.00294227;REVB=-0.0403191;RO=66;SAF=30;SAR=15;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180722;STB=0.5102;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00416332;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:15:30:45:21:15:30:45:21 chr1 21042094 . G A 681.7 PASS AF=0.523438;AO=66;DP=124;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00263249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.32;QD=21.3031;RBI=0.00812491;REFB=-0.0206328;REVB=-0.00768662;RO=56;SAF=39;SAR=27;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321117;STB=0.511456;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0217671;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:56:61:66:67:0.523438:27:39:31:25:27:40:35:26 chr1 21044161 . A G 222.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9306;QD=49.4072;RBI=0.0557444;REFB=0;REVB=-0.0521543;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599843;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr1 21050958 . C T 834.89 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.685;QD=57.5783;RBI=0.0543471;REFB=0;REVB=0.053622;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175276;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr1 21167404 . A G,T 642.89 PASS AF=0.931818,0.0454545;AO=40,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00106357,-0.0448023;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=255.217,24.9625;QD=58.4443;RBI=0.0168,0.0732082;REFB=-0.081189,-0.0317842;REVB=-0.0167663,-0.0578981;RO=0;SAF=22,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.19993e-08,0;STB=0.512814,0.5;STBP=0.326,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00105783,0.0731231;OID=.,.;OPOS=21167404,21167404;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:1:40,2:41,2:0.931818,0.0454545:18,2:22,0:0:0:19,2:22,0:0:1 chr1 21325360 . C A 50.84 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00421925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.504;QD=5.49591;RBI=0.00950089;REFB=-0.00284839;REVB=-0.00851262;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721704;STB=0.621336;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00999775;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:36:37:27:29:7:8:0.216216:3:4:17:10:4:4:19:10 chr1 21808159 . G A 101.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0332238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5914;QD=16.9253;RBI=0.0347426;REFB=-0.00666779;REVB=-0.0101601;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200054;STB=0.624826;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00378552;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:3:9:10:1:3:9:11:1 chr1 21889635 . T C 778.66 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.066;QD=56.63;RBI=0.0197556;REFB=0;REVB=-0.0149522;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112634;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr1 21904267 . A G 1349.54 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0213031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3659;QD=59.9796;RBI=0.0296559;REFB=-0.0198643;REVB=-0.0206312;RO=2;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197343;STB=0.510202;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0056591;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:2:2:87:88:0.977778:47:40:0:2:48:40:0:2 chr1 21932625 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.926;QD=55.5196;RBI=0.0575324;REFB=-0.148835;REVB=0.0525128;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00335392;OID=.;OPOS=21932625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:0:1 chr1 21935433 . G T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.462;QD=59.4249;RBI=0.0155741;REFB=-0.00541045;REVB=0.00989785;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000179434;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr1 21943820 . G A 1184.54 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143243;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.827;QD=59.9768;RBI=0.138749;REFB=-0.135637;REVB=0.138007;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151358;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:31:48:0:0 chr1 22005681 . C T 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.0260307;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.526;QD=11.1301;RBI=0.0305159;REFB=-0.00675899;REVB=-0.0159255;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510266;STB=0.777415;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00627328;OID=.;OPOS=22005681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:16:15:9:9:0.375:6:3:0:16:6:3:0:15 chr1 22050649 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.749;QD=51.1846;RBI=0.0171908;REFB=0;REVB=0.0165102;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9655e-05;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 22109370 . G A 1737.45 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818175;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.084;QD=60.9631;RBI=0.0248543;REFB=0;REVB=0.023469;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07545e-05;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:114:114:1:44:70:0:0:44:70:0:0 chr1 22149935 . T C 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.000462637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.029;QD=10.8313;RBI=0.0238947;REFB=-0.0135052;REVB=-0.0238902;RO=50;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264361;STB=0.653728;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0297933;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:9:17:21:29:9:17:21:29 chr1 22168534 . TG GT,T 80.69 PASS AF=0.0208333,0.375;AO=3,20;DP=50;FAO=1,18;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=1,6;FSAR=0,12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00323197,-0.0562542;FXX=0.039992;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=38.9744,10.0463;QD=6.72446;RBI=0.0741058,0.0663951;REFB=-0.025902,-0.172624;REVB=-0.0740353,-0.0352672;RO=21;SAF=1,6;SAR=2,14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5625;SSSB=-0.205794,-0.216171;STB=0.992109,0.531215;STBP=0.262,0.759;TYPE=mnp,del;VARB=0.130256,0.153984;OID=.,.;OPOS=22168534,22168535;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:50:48:21:29:3,20:1,18:0.0208333,0.375:2,14:1,6:11:10:0,12:1,6:11:18 chr1 22191454 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.038;QD=58.1384;RBI=0.0994792;REFB=0;REVB=0.0875261;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867382;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 22206649 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4701;QD=60.2267;RBI=0.0145212;REFB=0;REVB=0.011574;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69594e-05;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr1 22206942 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.833;QD=60.8835;RBI=0.0545184;REFB=0;REVB=0.0523743;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29679e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr1 22207235 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.484;QD=60.6062;RBI=0.0483631;REFB=0;REVB=0.0334443;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45095e-06;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr1 22214127 . A G 1208.44 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.044;QD=61.1871;RBI=0.0483276;REFB=0;REVB=-0.0394756;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3485e-05;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr1 22217108 . G A 822.63 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.056;QD=55.7718;RBI=0.0364903;REFB=-0.0944386;REVB=0.0336043;RO=1;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393747;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:0:58:59:1:41:17:0:1:42:17:0:0 chr1 22303524 . G A 54.63 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.029932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5606;QD=1.90033;RBI=0.032598;REFB=-0.00652266;REVB=-0.0129115;RO=100;SAF=8;SAR=5;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690822;STB=0.551644;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0641347;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:100:102:13:13:0.113043:5:8:56:44:5:8:57:45 chr1 22307340 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5646;QD=35.5758;RBI=0.030046;REFB=0;REVB=0.00123332;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257165;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 22307358 . C G 130.09 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0297;QD=40.0282;RBI=0.065238;REFB=-0.0901249;REVB=0.0603585;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00943177;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:1:0:12:13:1:6:6:0:1:7:6:0:0 chr1 22307538 . C T 727.06 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0321941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.957;QD=52.8774;RBI=0.0325493;REFB=-0.0354483;REVB=-0.00479523;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000211272;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:25:28:1:0:25:28:1:1 chr1 22310190 . T C 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00201871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4424;QD=13.5783;RBI=0.0280074;REFB=-0.00567452;REVB=-0.0279345;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160764;STB=0.594652;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00846041;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:4:13:18:10:4:13:18:10 chr1 22310262 . G C 750.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0268;QD=56.6705;RBI=0.0759854;REFB=0;REVB=-0.0483833;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138876;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr1 22310725 . G C 942.19 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3663;QD=56.2501;RBI=0.0926336;REFB=-0.0246238;REVB=0.0920905;RO=2;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363026;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00162144;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:2:1:64:66:0.985075:28:36:1:1:30:36:1:0 chr1 22310824 . T C 1051.92 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.178;QD=59.2633;RBI=0.0289228;REFB=0;REVB=0.00806213;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.066e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:46:24:0:0:46:25:0:0 chr1 22313161 . T C 327.87 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120049;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.857;QD=54.6453;RBI=0.0208093;REFB=0;REVB=0.0169973;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025827;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 22324705 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.318;QD=62.0195;RBI=0.0402893;REFB=0;REVB=0.0277724;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6142e-06;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr1 22328228 . C G 214.0 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0454396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0037;QD=12.776;RBI=0.0457519;REFB=-0.00878595;REVB=0.00533635;RO=41;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226727;STB=0.627822;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0192077;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:17:9:7:34:17:9:7:34 chr1 22332008 . T C 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0170779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.558;QD=2.03409;RBI=0.0222422;REFB=-0.00114104;REVB=-0.0142499;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26301;STB=0.694416;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00917927;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:4:3:38:20:4:3:38:20 chr1 22336277 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9782;QD=57.1054;RBI=0.0476241;REFB=0;REVB=-0.0319154;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840441;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr1 22443760 . C T 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00824469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.489;QD=28.8522;RBI=0.0159442;REFB=-0.00604603;REVB=-0.0136471;RO=16;SAF=20;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189204;STB=0.604756;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00304655;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:7:20:8:8:7:20:8:8 chr1 22443887 . G T 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00124388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.296;QD=7.37404;RBI=0.0723856;REFB=-0.000199319;REVB=-0.0723749;RO=54;SAF=18;SAR=2;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407173;STB=0.752987;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000261727;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:55:20:20:0.266667:2:18:37:17:2:18:38:17 chr1 22445991 . C T 523.25 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=-0.0103604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.056;QD=13.591;RBI=0.01924;REFB=-0.000407591;REVB=-0.0162123;RO=93;SAF=35;SAR=26;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915296;STB=0.551464;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00053265;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:93:93:61:61:0.396104:26:35:61:32:26:35:61:32 chr1 22835677 . A G 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.628;QD=63.1947;RBI=0.0307677;REFB=0;REVB=0.02655;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83885e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr1 22846709 . G A 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.797;QD=57.2289;RBI=0.0278467;REFB=0;REVB=0.00589187;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15735e-05;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr1 22852715 . G C 587.79 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0442233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3053;QD=55.9801;RBI=0.0571502;REFB=-0.111059;REVB=0.0362;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374593;STB=0.518509;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0074931;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:42:2:2:38:40:0.952381:14:24:2:0:14:26:2:0 chr1 22853141 . G A 90.19 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0980961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5681;QD=16.3978;RBI=0.104053;REFB=-0.0345909;REVB=-0.0347006;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0503278;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr1 23101688 . T G 435.05 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.018518;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2914;QD=20.0023;RBI=0.055697;REFB=-0.000756274;REVB=0.0525284;RO=44;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176725;STB=0.598041;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00314093;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:44:44:43:43:0.494253:25:18:27:17:25:18:27:17 chr1 23208925 . G A 294.19 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0177411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.923;QD=17.5635;RBI=0.0239645;REFB=-0.00652574;REVB=-0.0161106;RO=35;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310281;STB=0.674374;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00806167;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:9:23:14:21:9:23:14:21 chr1 23219493 . T C 662.78 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0560861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.262;QD=58.9135;RBI=0.0775751;REFB=-0.0218196;REVB=0.0535933;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000362454;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:26:17:1:0:27:17:1:0 chr1 23222928 . C T 364.05 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00859955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2589;QD=23.8724;RBI=0.0364369;REFB=-0.0228248;REVB=0.0354076;RO=24;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136364;STB=0.567863;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0147429;OID=.;OPOS=23222928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:13:23:11:13:13:23:12:13 chr1 23241193 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00304759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.929;QD=12.7371;RBI=0.00304769;REFB=-0.00516469;REVB=2.46685e-05;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236323;STB=0.615255;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00622206;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:6:10:22:5:6:10:22:6 chr1 23280424 . G T 988.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.823;QD=59.0386;RBI=0.0559738;REFB=0;REVB=0.0534387;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108013;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:20:43:0:0:21:46:0:0 chr1 23413027 . T C 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00444043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.824;QD=24.5876;RBI=0.0146541;REFB=-0.0109643;REVB=-0.0139651;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085813;STB=0.547141;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0073735;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:16:16:13:8:16:16:13:8 chr1 23418153 . C T 369.85 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0261395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.218;QD=14.794;RBI=0.0504646;REFB=-0.00514315;REVB=-0.0431671;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348941;STB=0.515267;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00921215;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:60:40:40:0.4:17:23:32:27:17:23:33:27 chr1 23419261 . G A 222.73 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00907895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8372;QD=18.9557;RBI=0.0262716;REFB=-0.0267447;REVB=0.024653;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449535;STB=0.525401;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.032985;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:8:17:14:8:8:17 chr1 23419374 . G T 300.85 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00635003;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3873;QD=15.8343;RBI=0.0250963;REFB=0.00317921;REVB=-0.0242796;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339402;STB=0.532975;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00171246;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:12:21:26:17:12:21:25:18 chr1 23419383 . C T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00109241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.053;QD=16.8915;RBI=0.0572958;REFB=-0.00144542;REVB=-0.0572854;RO=45;SAF=25;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814699;STB=0.545826;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00113606;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:12:25:27:18:12:25:27:18 chr1 23419855 . T C 228.96 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0235309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6653;QD=21.8052;RBI=0.0268051;REFB=-0.0441102;REVB=-0.0128379;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771309;STB=0.543339;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0216292;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:11:9:8:14:11:9 chr1 23519633 . A G 141.9 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00827386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.484;QD=11.1292;RBI=0.00907461;REFB=-0.00255012;REVB=-0.00372717;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137661;STB=0.581632;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0053766;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:16:18:11:6:16:18 chr1 23687827 . T C 246.27 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0114966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.74;QD=16.1488;RBI=0.0190006;REFB=-0.00979569;REVB=-0.0151277;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424094;STB=0.521826;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.007389;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:27:28:0.459016:13:14:18:14:13:15:19:14 chr1 23688933 . A G 71.66 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0330839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.707;QD=7.96267;RBI=0.0333014;REFB=-0.0126666;REVB=-0.0038001;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730335;STB=0.545363;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0350565;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:12:14:6:4:12:14 chr1 23696152 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.489;QD=49.5991;RBI=0.0194544;REFB=0;REVB=0.0141973;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219919;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 23697574 . C G 205.37 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0391731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.681;QD=13.0393;RBI=0.0395582;REFB=-0.0116353;REVB=-0.00550654;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772794;STB=0.5332;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0219477;OID=.;OPOS=23697574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:38:25:25:0.396825:18:7:8:28:18:7:9:29 chr1 23710805 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0958;QD=63.5826;RBI=0.0433531;REFB=0;REVB=0.0158499;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210745;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 23751140 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.085;QD=42.1825;RBI=0.220687;REFB=0;REVB=0.0767153;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340306;OID=.;OPOS=23751140;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 23763928 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00922492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8884;QD=8.23023;RBI=0.019238;REFB=-0.0073672;REVB=0.016882;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382392;STB=0.734356;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.012747;OID=.;OPOS=23763928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:16:9:7:3:16:9 chr1 23833611 . G T 1002.13 PASS AF=0.923077;AO=73;DP=80;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0225224;FXX=0.0249969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.069;QD=51.3912;RBI=0.0226298;REFB=-0.112603;REVB=0.0022022;RO=4;SAF=50;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208378;STB=0.519079;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000506257;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:80:78:4:6:73:72:0.923077:23:50:2:2:21:51:3:3 chr1 23835794 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8457;QD=63.8682;RBI=0.0112418;REFB=0;REVB=-0.00363055;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75039e-05;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr1 23836364 . A G 116.15 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8454;QD=42.2373;RBI=0.119949;REFB=0;REVB=0.0617221;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401637;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr1 23847464 . C A 963.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.584;QD=58.416;RBI=0.016062;REFB=0;REVB=-0.0146669;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114108;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr1 23884780 . T C 230.82 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0140396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.876;QD=18.1032;RBI=0.0291812;REFB=-0.0131376;REVB=0.0255819;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119159;STB=0.590176;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.011429;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:26:24:25:0.490196:10:14:19:8:11:14:19:7 chr1 23885498 . T C 1379.39 PASS AF=0.967742;AO=91;DP=94;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00944678;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.324;QD=59.3287;RBI=0.0143987;REFB=-0.159003;REVB=0.0108666;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518068;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00242616;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:93:0:3:91:90:0.967742:41:50:0:0:40:50:0:3 chr1 23885599 . T C 192.92 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0217489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0414;QD=23.3837;RBI=0.0821095;REFB=-0.0300931;REVB=0.0791767;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556163;STB=0.519211;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0264901;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:9:9:8:6:9:10:8:6 chr1 23965704 . A C 225.46 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0122295;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3151;QD=10.7361;RBI=0.0149742;REFB=-0.000552317;REVB=-0.0086409;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071687;STB=0.547504;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000762062;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:56:28:28:0.333333:13:15:26:29:13:15:26:30 chr1 23966894 . T TAAG 154.82 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0120193;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.654;QD=22.9369;RBI=0.0222179;REFB=-0.00321345;REVB=0.0186861;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167708;STB=0.558063;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=0.00122262;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:15:27:16:27:11:12:4:7:4:87:11:12:3:7:4 chr1 24018277 . C G 1792.76 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.002;QD=60.2607;RBI=0.0182082;REFB=-0.0837156;REVB=0.017312;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587443;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:119:0:0:118:119:1:57:61:0:0:58:61:0:0 chr1 24083494 . C T 380.69 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0731412;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2249;QD=22.7278;RBI=0.0775439;REFB=-0.000843337;REVB=0.0257569;RO=29;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163946;STB=0.578012;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00391256;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:37:38:0.567164:27:10:13:16:27:11:13:16 chr1 24121601 . C T 111.55 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00680691;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=199.482;QD=15.9354;RBI=0.00697734;REFB=-0.0115601;REVB=-0.00153273;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305023;STB=0.660763;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.016429;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:4:9:5:9:4:9:6:9 chr1 24134721 . T C 286.0 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00380402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2299;QD=22.0002;RBI=0.0127694;REFB=0.00794978;REVB=-0.0121896;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134825;STB=0.574586;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00692435;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:15:8:15:14:15:8 chr1 24180962 . T C 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000485079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.832;QD=21.8061;RBI=0.0132386;REFB=-0.0185741;REVB=0.0132297;RO=40;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947614;STB=0.505228;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0132334;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:22:23:20:20:22:23:20:20 chr1 24201162 . G A 200.93 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00473492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.525;QD=19.1359;RBI=0.012778;REFB=-0.0272651;REVB=-0.0118684;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267355;STB=0.524917;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0311309;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:8:12:12:9:8:13:12:9 chr1 24288404 . A G 483.25 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0102625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7312;QD=19.1387;RBI=0.0209535;REFB=0.0118717;REVB=0.0182683;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827154;STB=0.545837;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00800924;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:21:29:25:26:21:29:25:26 chr1 24288432 . C T 555.93 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00935316;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1519;QD=20.0335;RBI=0.0106834;REFB=-0.0202432;REVB=0.00516263;RO=55;SAF=32;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469517;STB=0.530095;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0198475;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:54:57:57:0.513514:25:32:28:27:25:32:27:27 chr1 24288476 . T C 490.84 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0102254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.41;QD=19.2487;RBI=0.03121;REFB=-0.00138045;REVB=0.0294874;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380951;STB=0.5102;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00718221;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:36:32:30:45:0.441176:13:17:19:17:20:25:17:15 chr1 24288529 . TAAAC T 71.64 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=61;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0145796;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=4;MLLD=243.603;QD=4.77621;RBI=0.0149145;REFB=-0.00732551;REVB=0.00314316;RO=43;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204215;STB=0.577525;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.0218323;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:15:61:16:60:44:11:5:26:18:71:43:11:4:25:18 chr1 24289057 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.124788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.744;QD=13.9591;RBI=0.129703;REFB=-0.0382792;REVB=-0.0353683;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361846;STB=0.705463;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0202192;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:0:7:5:2:0:7 chr1 24406647 . G A 541.88 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0137798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.487;QD=20.8416;RBI=0.0177309;REFB=0.00206311;REVB=0.011158;RO=49;SAF=21;SAR=34;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013171;STB=0.507244;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0020707;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:34:21:18:31:34:21:18:31 chr1 24409191 . C T 399.78 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0075708;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.589;QD=14.2777;RBI=0.0129932;REFB=-0.00946185;REVB=-0.0105597;RO=64;SAF=18;SAR=28;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193002;STB=0.600112;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0105726;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:64:66:46:46:0.410714:28:18:37:27:28:18:37:29 chr1 24413159 . T C 68.06 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0128413;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.423;QD=9.38696;RBI=0.0574785;REFB=-0.0290528;REVB=-0.0560257;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124735;STB=0.647789;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0545845;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:29:29:16:20:9:9:0.310345:2:7:11:5:2:7:12:8 chr1 24416059 . T C 879.46 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.338;QD=56.7394;RBI=0.101506;REFB=0;REVB=0.0397287;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302193;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:50:62:0:0:50:62:1:27:23:0:0:31:31:0:0 chr1 24416070 . G C 958.07 PASS AF=0.945205;AO=66;DP=71;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0612327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.483;QD=52.497;RBI=0.0625433;REFB=-0.108003;REVB=0.0127362;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.528563;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00179447;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:73:1:4:66:69:0.945205:36:30:1:0:36:33:4:0 chr1 24418768 . T C 107.54 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0827899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3107;QD=15.3633;RBI=0.0885478;REFB=-0.0269921;REVB=-0.0314096;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0133023;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:12:13:0.464286:6:6:8:6:6:7:9:6 chr1 24419496 . A G 347.87 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0233895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.979;QD=19.878;RBI=0.023554;REFB=-0.00972226;REVB=0.0027793;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117632;STB=0.555343;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00662409;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:22:13:17:17:22:14:17:17 chr1 24421474 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0141566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.881;QD=17.5685;RBI=0.0152195;REFB=0.00101422;REVB=-0.00558785;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759947;STB=0.50426;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00091047;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:18:11:12:19:18:11:12:19 chr1 24421950 . C G 278.23 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0647699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1209;QD=17.1221;RBI=0.0694914;REFB=-0.00495124;REVB=0.0251777;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644777;STB=0.53606;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00675086;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:22:12:13:18:22:12 chr1 24447468 . G C 245.8 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0255732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2363;QD=11.1727;RBI=0.0258257;REFB=-0.0160034;REVB=0.00360308;RO=58;SAF=7;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38236;STB=0.723231;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0464951;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:23:7:32:26:23:7:32:26 chr1 24448084 . G A 264.4 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00319842;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.877;QD=24.0362;RBI=0.0059399;REFB=-0.0355688;REVB=-0.00500525;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151734;STB=0.508467;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.024502;OID=.;OPOS=24448084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:7:13:16:8:7:13 chr1 24460797 . T G 441.28 PASS AF=0.6;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0261242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8616;QD=25.2163;RBI=0.0301592;REFB=-0.0339546;REVB=-0.0150699;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05278;STB=0.5335;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0161179;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:41:42:0.6:19:22:17:11:20:22:17:11 chr1 24465113 . C T 1161.29 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079445;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.077;QD=59.5535;RBI=0.0131724;REFB=-0.0295462;REVB=0.010507;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000298385;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:77:77:0.987179:45:32:0:0:45:32:1:0 chr1 24681641 . C T 372.53 PASS AF=0.284153;AO=50;DP=177;FAO=52;FDP=183;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=47;FWDB=-0.0383874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.598;QD=8.14272;RBI=0.0453263;REFB=-0.0238278;REVB=-0.0241014;RO=127;SAF=39;SAR=11;SRF=80;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223591;STB=0.613259;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.059793;OID=.;OPOS=24681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:183:127:131:50:52:0.284153:11:39:80:47:12:40:84:47 chr1 24690764 . T A 213.67 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00027459;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.97;QD=12.569;RBI=0.0200775;REFB=-0.00954981;REVB=0.0200757;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140233;STB=0.572692;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0197187;OID=.;OPOS=24690764;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:24:26:0.382353:9:15:21:21:10:16:21:21 chr1 24706113 . G A 329.2 PASS AF=0.38;AO=37;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0414148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8482;QD=13.1681;RBI=0.0592138;REFB=-0.0130923;REVB=-0.0423212;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133698;STB=0.575877;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.019235;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:62:37:38:0.38:17:20:25:35:18:20:25:37 chr1 24706269 . A G 292.41 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0217396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.931;QD=12.3121;RBI=0.0299206;REFB=-0.015474;REVB=-0.0205579;RO=60;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174702;STB=0.592913;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.024221;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:61:34:34:0.357895:18:16:19:41:18:16:20:41 chr1 24706292 . T C 213.19 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0374105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.391;QD=12.5406;RBI=0.0378562;REFB=-0.0134964;REVB=-0.00579171;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222314;STB=0.626361;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0144478;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:11:31:14:12:11:31 chr1 24718075 . T C 650.92 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00408158;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1009;QD=27.6989;RBI=0.019184;REFB=0.00813028;REVB=0.0187448;RO=36;SAF=28;SAR=29;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457378;STB=0.530016;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0056713;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:37:57:57:0.606383:29:28:20:16:29:28:21:16 chr1 24718079 . C A 307.34 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.029586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.538;QD=13.2188;RBI=0.0315262;REFB=-0.0135715;REVB=-0.0108888;RO=58;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.526787;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0172181;OID=.;OPOS=24718079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:16:19:29:29:16:19:29:29 chr1 24785393 . C T 230.72 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.020982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6105;QD=16.4799;RBI=0.0606389;REFB=-0.0369457;REVB=0.0568932;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228198;STB=0.628282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0461475;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:20:10:15:11:20:10 chr1 24859617 . G A 250.75 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0132869;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0172;QD=22.289;RBI=0.0746749;REFB=-0.00595183;REVB=0.0734833;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407239;STB=0.511102;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00620375;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:9:11:12:12:10:11 chr1 24859665 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00346413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.691;QD=18.6732;RBI=0.00360797;REFB=-0.00321059;REVB=-0.00100859;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559207;STB=0.520894;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0028745;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:22:13:11:24:22:13:12:24 chr1 24861704 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6694;QD=55.0971;RBI=0.0187177;REFB=0;REVB=0.017488;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222548;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 25291010 . A T 1152.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000526857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6045;QD=60.661;RBI=0.018872;REFB=0;REVB=0.0188646;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76407e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr1 25634143 . T C 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0248583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.972;QD=8.84573;RBI=0.0486128;REFB=-0.00356473;REVB=0.0417764;RO=37;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442297;STB=0.762401;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0137911;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:16:16:0.296296:13:3:20:17:13:3:20:18 chr1 25890189 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00154497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.902;QD=14.7013;RBI=0.0715374;REFB=-0.0283269;REVB=-0.0715207;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0309021;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:9:6:5:7:9:6 chr1 26131654 . G A 1396.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.942;QD=62.7508;RBI=0.0529712;REFB=0;REVB=0.0529608;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132588;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:43:46:0:0 chr1 26138262 . T C 504.2 PASS AF=1;AO=21;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.243249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8118;QD=59.318;RBI=0.249349;REFB=0;REVB=0.0548176;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581368;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:21:34:1:17:4:0:0:17:17:0:0 chr1 26140573 . C A 554.86 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5349;QD=58.4066;RBI=0.0583453;REFB=0;REVB=-0.0106902;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176893;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:37:38:1:15:22:0:1:16:22:0:0 chr1 26144674 . G A 669.63 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.13;QD=62.2915;RBI=0.029554;REFB=0;REVB=-0.000735306;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29504e-05;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:34:9:0:0:34:9:0:0 chr1 26146884 . C G 269.82 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.393;QD=51.3937;RBI=0.0797793;REFB=0;REVB=-0.031071;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918317;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr1 26158962 . A G 446.81 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.569;QD=57.6527;RBI=0.0137933;REFB=0;REVB=0.00828396;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84217e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 26290745 . G C 322.93 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.117;QD=53.8223;RBI=0.0505789;REFB=0;REVB=0.0462656;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228706;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr1 26357656 . C A 297.61 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0063625;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.828;QD=19.5154;RBI=0.00754277;REFB=-0.0135777;REVB=0.00405116;RO=29;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236568;STB=0.618221;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0226487;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:31:32:0.52459:21:10:17:12:21:11:17:12 chr1 26357667 . G A 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.037066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.275;QD=17.2886;RBI=0.0370773;REFB=-0.00349037;REVB=-0.000916349;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276989;STB=0.65507;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00293281;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:11:19:11:22:11:19:11:22 chr1 26358962 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.089194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.251;QD=21.7439;RBI=0.0900246;REFB=-0.0264529;REVB=0.0122003;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141476;STB=0.578853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0226255;OID=.;OPOS=26358962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:1:10:12:3:1:10 chr1 26368261 . G A 185.88 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0347857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2796;QD=12.3918;RBI=0.0503364;REFB=-0.0267097;REVB=0.0363829;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274139;STB=0.670281;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0393301;OID=.;OPOS=26368261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:9:14:12:23:9:14:12:25 chr1 26378002 . C T 135.74 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00886882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.013;QD=27.1471;RBI=0.0716939;REFB=-0.0170583;REVB=0.0711432;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336447;STB=0.687242;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0181525;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:6:0:9:5:6:0 chr1 26378096 . CA C 53.19 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0121999;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.7545;QD=7.87952;RBI=0.0555679;REFB=-0.0275323;REVB=-0.0542122;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0.547619;SSEP=0;SSSB=-0.639018;STB=0.892321;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0621624;OID=.;OPOS=26378097;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:9:28:10:27:17:1:9:12:5:53:17:1:8:12:5 chr1 26385003 . T C 432.72 PASS AF=0.463158;AO=38;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00240792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.5641;QD=18.2198;RBI=0.0508805;REFB=-0.000467887;REVB=0.0508235;RO=38;SAF=25;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260207;STB=0.516386;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00142372;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:38:51:38:44:0.463158:13:25:24:14:16:28:31:20 chr1 26393974 . C T 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0157352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.409;QD=15.4096;RBI=0.0195672;REFB=-0.0126462;REVB=-0.0116309;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01824;STB=0.51032;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.019397;OID=.;OPOS=26393974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:17:17:13:14:17:17 chr1 26449335 . CAA C,CGA 230.67 PASS AF=0.378788,0.0454545;AO=25,3;DP=66;FAO=25,3;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13,1;FSAR=12,2;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0124834,-0.00826786;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=139.893,141.143;QD=13.98;RBI=0.0225806,0.0240887;REFB=-0.00789479,-0.00514247;REVB=-0.0188162,-0.0226254;RO=37;SAF=13,1;SAR=12,2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147293,-0.0481168;STB=0.575162,0.560985;STBP=0.345,0.901;TYPE=del,snp;VARB=0.0173457,-0.00149248;OID=.,.;OPOS=26449336,26449336;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378788,0.0454545:25,3:66:25,3:66:38:13,1:12,2:15:23:99:37:13,1:12,2:14:23 chr1 26449510 . C T 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.003254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.971;QD=17.6876;RBI=0.0480202;REFB=-0.0153586;REVB=-0.0479098;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110682;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0127833;OID=.;OPOS=26449510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:16:10:6:15:16:10 chr1 26450714 . A G 149.03 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00732014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.198;QD=18.6289;RBI=0.0293956;REFB=-0.0205807;REVB=0.0284695;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.532745;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.019531;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:9:7:6:10:9:7 chr1 26487940 . A G 140.39 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0206542;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4698;QD=12.2078;RBI=0.0286812;REFB=-0.0132376;REVB=-0.0199001;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229917;STB=0.654459;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0606875;OID=.;OPOS=26487940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:13:3:10:19:13:3:11:19 chr1 26526539 . C A 164.78 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00229754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5638;QD=21.2618;RBI=0.0818683;REFB=0.0437397;REVB=-0.081836;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273766;STB=0.651435;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.037605;OID=.;OPOS=26526539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:13:1:6:11:13:1 chr1 26527951 . G A 363.35 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0225337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.815;QD=18.3972;RBI=0.0306839;REFB=-0.0091092;REVB=0.0208263;RO=41;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629392;STB=0.535117;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0106207;OID=.;OPOS=26527951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:16:22:21:20:16:22:21:20 chr1 26582091 . G A 194.87 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000453068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.425;QD=17.322;RBI=0.0269132;REFB=-0.00941544;REVB=-0.0269094;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150189;STB=0.586117;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0184736;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:14:11:6:14:14:11 chr1 26608782 . C T 75.56 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.043588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4809;QD=23.2506;RBI=0.043588;REFB=-0.0282795;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143075;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:13:13:2:4:8:9:0.692308:0:8:2:0:0:9:4:0 chr1 26608814 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0128437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.59;QD=31.2416;RBI=0.0660606;REFB=-0.00948905;REVB=-0.0648001;RO=4;SAF=13;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121344;STB=0.566581;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0012786;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:1:13:4:0:1:13:4:0 chr1 26609259 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00368161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6188;QD=14.0962;RBI=0.00369093;REFB=0.00364954;REVB=0.000262106;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073535;STB=0.542783;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00716426;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:3:11:8:3:3:11 chr1 26610891 . A C 327.26 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000878531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.23;QD=20.4536;RBI=0.0508462;REFB=-0.0389488;REVB=-0.0508386;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10152;STB=0.556386;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0338678;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:22:12:14:16:22:12:14:16 chr1 26610910 . G A 286.55 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0601569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.682;QD=18.4871;RBI=0.060346;REFB=-0.0261827;REVB=0.00477323;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906397;STB=0.532749;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.022373;OID=.;OPOS=26610910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:31:30:31:0.5:16:14:11:19:17:14:12:19 chr1 26611915 . CAAAA ACAAA,CAAAG,CAAA 53.3 PASS AF=0.0192308,0.0384615,0.211538;AO=2,2,10;DP=52;FAO=1,2,11;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0,2;FSAR=0,2,9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0160833,0.000103895,-0.0401229;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=98.34,167.165,17.2928;QD=4.09971;RBI=0.0634321,0.0255889,0.077178;REFB=-0.00515944,-0.00373538,-0.0679482;REVB=-0.0613592,-0.0255887,-0.0659287;RO=30;SAF=2,0,1;SAR=0,2,9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0,0.383212;SSEP=0,0,0;SSSB=0.394061,-0.543853,-0.653735;STB=0.986989,0.996272,0.846104;STBP=0.509,0.053,0.02;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.164472,-0.0496802,0.123389;OID=.,.,.;OPOS=26611915,26611919,26611916;OREF=CA,A,A;OALT=AC,G,-;OMAPALT=ACAAA,CAAAG,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:52:52:30:38:2,2,10:1,2,11:0.0192308,0.0384615,0.211538:0,2,9:2,0,1:20:10:0,2,9:1,0,2:25:13 chr1 26627478 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0639237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.781;QD=8.81092;RBI=0.0678789;REFB=-0.000417315;REVB=0.0228321;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614907;STB=0.900615;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0010084;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:12:11:5:6:0.352941:4:1:10:2:5:1:10:1 chr1 26646726 . A G 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0105267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6493;QD=19.9714;RBI=0.0117163;REFB=-0.0256938;REVB=-0.00514385;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0343251;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:13:7:7:13:13:7 chr1 26646730 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.326;QD=19.976;RBI=0.0176962;REFB=-0.0238902;REVB=0.0125262;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222585;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:13:7:7:13:13:7 chr1 26648551 . G C 249.41 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00386103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.672;QD=26.2541;RBI=0.0134316;REFB=-0.0137387;REVB=-0.0128647;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039191;STB=0.52172;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0075853;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:8:7:12:11:8:7 chr1 26670444 . G T 447.6 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00173295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.012;QD=21.0634;RBI=0.00711769;REFB=0.00457868;REVB=0.00690351;RO=40;SAF=36;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179263;STB=0.596166;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00343596;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:8:36:27:13:8:36:28:13 chr1 26670609 . C T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0954492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.552;QD=11.253;RBI=0.0997253;REFB=-0.000437514;REVB=0.0288894;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.64255;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00297764;OID=.;OPOS=26670609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:2:10:5:3:2:10 chr1 26691174 . C A 236.01 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0345483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.402;QD=19.2662;RBI=0.0499767;REFB=-0.0327912;REVB=0.036112;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520241;STB=0.529386;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0243804;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:11:15:12:11:11:15 chr1 26694245 . T C 169.22 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0286586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.497;QD=12.087;RBI=0.0291064;REFB=-0.0130692;REVB=0.00508584;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210198;STB=0.620583;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0313994;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:10:25:11:10:10:25 chr1 26694260 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0194212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.18;QD=15.2557;RBI=0.0194281;REFB=-0.00900189;REVB=-0.000517036;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866919;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0138866;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:14:16:9:11:14:16 chr1 26700795 . T C 1013.51 PASS AF=1;AO=55;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.434;QD=58.7539;RBI=0.0542419;REFB=0;REVB=0.0290807;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103656;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:55:69:1:36:19:0:0:40:29:0:0 chr1 26755919 . A G 604.35 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117813;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.629;QD=58.961;RBI=0.0128136;REFB=-0.0986037;REVB=0.00503883;RO=1;SAF=38;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121875;STB=0.50649;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=1.13308e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:2:38:1:0:2:38:1:0 chr1 26786627 . G A 581.18 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454801;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.947;QD=61.1766;RBI=0.0458082;REFB=0;REVB=0.00547346;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141214;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr1 26879376 . T C 339.76 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1279;QD=54.3611;RBI=0.0521042;REFB=0;REVB=0.0521042;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131328;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:25:0:0:0:25:0:0:0 chr1 26879920 . T C 481.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.426;QD=58.412;RBI=0.0264784;REFB=0;REVB=0.0243068;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75219e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr1 26887592 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.902;QD=55.6561;RBI=0.00476401;REFB=0;REVB=-0.00359575;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76628e-06;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr1 26900620 . C G 216.46 PASS AF=0.438596;AO=26;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.010418;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.585;QD=15.1904;RBI=0.0104913;REFB=-0.00552979;REVB=0.00123759;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328578;STB=0.701755;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00905622;OID=.;OPOS=26900620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:32:26:25:0.438596:12:14:6:25:11:14:6:26 chr1 26900735 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.304;QD=57.1059;RBI=0.0633033;REFB=0;REVB=0.0420496;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546714;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 26901319 . G A 749.96 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753411;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9418;QD=56.6005;RBI=0.0791238;REFB=0;REVB=0.0241723;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118063;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr1 27107582 . T A 102.06 PASS AF=0.55;AO=2;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0557958;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.239;QD=20.411;RBI=0.0563537;REFB=-0.022644;REVB=0.00791008;RO=5;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967026;STB=0.551626;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0554472;OID=.;OPOS=27107582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:20:5:8:2:11:0.55:1:1:2:3:8:3:3:5 chr1 27120985 . CT C 37.5 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00827202;FXX=0.09995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9052;QD=8.33245;RBI=0.146872;REFB=-0.114011;REVB=-0.146639;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.319149;SSSB=0.0273912;STB=0.538369;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.132944;OID=.;OPOS=27120986;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:20:8:18:10:6:2:8:2:37:11:5:1:9:2 chr1 27210721 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.024;QD=52.7696;RBI=0.0165948;REFB=-0.178674;REVB=0.000643612;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0022889;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:1:0 chr1 27223980 . G A 174.94 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0011352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.649;QD=13.2028;RBI=0.0722862;REFB=-0.0178681;REVB=-0.0722773;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.5045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0282488;OID=.;OPOS=27223980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:28:32:21:21:0.396226:10:11:16:12:10:11:17:15 chr1 27426796 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5096;QD=62.0201;RBI=0.0101833;REFB=0;REVB=0.00311904;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198675;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 27427041 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7359;QD=55.0966;RBI=0.0325748;REFB=0;REVB=-0.0215884;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113205;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 27676925 . G A 402.59 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0282533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.905;QD=21.7614;RBI=0.0285251;REFB=-0.0148587;REVB=-0.00392805;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067562;STB=0.531578;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0111054;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:34:39:40:0.540541:18:21:21:13:18:22:21:13 chr1 27679797 . A G 398.95 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=0.010766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6654;QD=21.2773;RBI=0.0159244;REFB=-0.0197299;REVB=-0.0117337;RO=34;SAF=32;SAR=7;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145399;STB=0.579583;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0196217;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:35:39:40:0.533333:7:32:31:3:7:33:32:3 chr1 27679954 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0355909;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.737;QD=18.8207;RBI=0.037476;REFB=-0.0185578;REVB=-0.0117361;RO=10;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569681;STB=0.836256;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00947222;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:11:1:6:4:11:1:6:4 chr1 27680292 . A G 287.97 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.028238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9958;QD=18.5789;RBI=0.0382219;REFB=-0.0147224;REVB=-0.025759;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216443;STB=0.61283;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0210549;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:12:19:11:19:12:19:12:19 chr1 27687466 . G T 98.46 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.137415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1363;QD=14.0656;RBI=0.143292;REFB=-0.0218358;REVB=0.0406148;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0356961;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr1 27688633 . G A 298.74 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0134904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.745;QD=23.8995;RBI=0.0147778;REFB=-0.0186058;REVB=0.00603267;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266441;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0185314;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:11:12:14:13:11:12 chr1 27875824 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3084;QD=35.5749;RBI=0.0371915;REFB=0;REVB=0.024492;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462397;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 27876482 . C A 1712.43 PASS AF=0.966667;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0371435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5963;QD=57.081;RBI=0.0380554;REFB=-0.0301179;REVB=0.00828066;RO=1;SAF=18;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487131;STB=0.505207;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.000286664;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:120:1:4:115:116:0.966667:97:18:0:1:97:19:1:3 chr1 28020307 . G C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.245;QD=43.4804;RBI=0.0293676;REFB=0;REVB=-0.0151837;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183597;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 28268835 . A C 319.23 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0299895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2189;QD=21.2818;RBI=0.0524058;REFB=0.00853161;REVB=-0.0429767;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220302;STB=0.512188;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00873154;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:15:18:14:13:15:18:14:13 chr1 28282292 . T C 409.76 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.000502039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0073;QD=18.4162;RBI=0.0122415;REFB=-0.0100357;REVB=0.0122312;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880916;STB=0.535718;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0087879;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:47:41:42:0.47191:17:24:31:15:17:25:31:16 chr1 28422847 . C T 184.7 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0770037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5672;QD=14.7761;RBI=0.125706;REFB=-0.0168885;REVB=0.0993596;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135598;STB=0.567506;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.033113;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:15:4:4:26:16:4:4:26 chr1 28476862 . G T 137.89 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00852637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.257;QD=19.0186;RBI=0.0922067;REFB=-0.0511924;REVB=0.0918116;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0261826;OID=.;OPOS=28476862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:6:8:6:9:6:8 chr1 28527011 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00149851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.217;QD=17.3212;RBI=0.0339194;REFB=-0.0127198;REVB=0.0338863;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132859;OID=.;OPOS=28527011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr1 28564252 . A G 324.14 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00740876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8545;QD=19.6447;RBI=0.0117296;REFB=-0.00558235;REVB=-0.00909365;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325283;STB=0.501807;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00550427;OID=.;OPOS=28564252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:15:19:18:14:15:19:18:14 chr1 28564279 . A G 356.87 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00455223;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.023;QD=16.7939;RBI=0.0154992;REFB=-0.00728769;REVB=0.0148156;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320687;STB=0.514918;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0101785;OID=.;OPOS=28564279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:36:38:0.447059:18:18:25:22:18:20:26:21 chr1 28638859 . A T 1898.13 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.713;QD=60.74;RBI=0.0320478;REFB=-0.0298409;REVB=0.021048;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=6.74805e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:75:49:0:0:75:49:0:1 chr1 28793149 . C G 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0565316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.944;QD=18.4412;RBI=0.0568445;REFB=-0.0214932;REVB=-0.00595577;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0225413;OID=.;OPOS=28793149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:6:3:5:6:6:3 chr1 28975140 . C T 388.36 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00958117;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.103;QD=20.7125;RBI=0.0428905;REFB=-0.0136162;REVB=0.0418066;RO=34;SAF=25;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733913;STB=0.543456;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00975735;OID=.;OPOS=28975140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:36:39:39:0.52:14:25:19:15:14:25:20:16 chr1 29138975 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.247;QD=46.848;RBI=0.051358;REFB=0;REVB=0.0508635;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167273;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr1 29189597 . C T 1318.88 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587969;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.014;QD=62.0649;RBI=0.0140969;REFB=0;REVB=0.0128122;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498408;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:47:38:0:0 chr1 29446246 . C T 242.71 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0273845;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6973;QD=14.9363;RBI=0.0288389;REFB=-0.0166462;REVB=0.00904285;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353863;STB=0.50276;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0130369;OID=.;OPOS=29446246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:35:37:28:28:0.430769:15:13:15:20:15:13:17:20 chr1 29446811 . A G 203.35 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0113633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1818;QD=30.1254;RBI=0.0501084;REFB=-0.0321187;REVB=-0.048803;RO=7;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742788;STB=0.523784;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0410657;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:7:8:19:19:0.703704:11:8:4:3:11:8:4:4 chr1 29475341 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0055982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.278;QD=19.7363;RBI=0.00763136;REFB=-0.0389364;REVB=-0.00518631;RO=37;SAF=28;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954975;STB=0.553235;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0366415;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:10:28:24:13:10:28:24:13 chr1 29475394 . C G 463.38 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00325503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.111;QD=21.8061;RBI=0.00634122;REFB=-0.0326678;REVB=0.00544204;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118171;STB=0.559782;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0311181;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:18:27:18:21:18:27:19:21 chr1 29475648 . T G 131.18 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00787885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.112;QD=14.1821;RBI=0.0775896;REFB=-0.0252416;REVB=-0.0771885;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998555;STB=0.598188;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0313148;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:22:14:15:0.405405:4:10:12:3:4:11:13:9 chr1 29529699 . T C 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0227129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.734;QD=11.779;RBI=0.0227376;REFB=0.000757522;REVB=0.00105948;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280271;STB=0.650401;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0031235;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:31:16:16:0.340426:12:4:14:15:12:4:14:17 chr1 29542637 . A G 394.38 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.026092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5539;QD=19.9685;RBI=0.0532251;REFB=-0.0162065;REVB=-0.0463909;RO=38;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117998;STB=0.564429;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0181865;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:39:40:0.506329:24:15:10:28:25:15:10:29 chr1 29606120 . C A 79.75 PASS AF=0.26087;AO=9;DP=44;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00788675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.72;QD=6.93435;RBI=0.0331715;REFB=-0.0111822;REVB=0.0322203;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107582;STB=0.591942;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.063634;OID=.;OPOS=29606120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:46:31:34:9:12:0.26087:7:2:9:22:9:3:12:22 chr1 29630455 . C T 231.96 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.015478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.932;QD=12.3712;RBI=0.0227237;REFB=-0.00562202;REVB=0.0166373;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320818;STB=0.506662;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00866743;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:27:28:0.373333:14:13:24:23:14:14:24:23 chr1 29631909 . A G 1052.69 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.45;QD=58.4829;RBI=0.0603298;REFB=-0.097673;REVB=0.0358765;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102745;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr1 31188901 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.616;QD=58.2393;RBI=0.0113999;REFB=0;REVB=-0.00696004;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02353e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 31189735 . TC T 45.6 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.148;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6655;QD=5.21167;RBI=0.154215;REFB=0.0145025;REVB=0.043337;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.65;SSSB=0.614613;STB=0.881582;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0111528;OID=.;OPOS=31189736;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:36:11:35:24:10:1:10:14:45:23:9:1:9:14 chr1 31215364 . T C 438.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.844;QD=56.5754;RBI=0.00609392;REFB=0;REVB=-0.00405665;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1446e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr1 31346057 . A G 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0219594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9024;QD=24.7082;RBI=0.0270295;REFB=-0.00206572;REVB=0.01576;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20477;STB=0.613637;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00263958;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:12:5:13:10:12:5 chr1 31347320 . G A 315.8 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0144069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4848;QD=15.0382;RBI=0.0842081;REFB=-0.0111608;REVB=0.0829665;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757057;STB=0.542833;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0155885;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:23:26:16:19:23:26 chr1 31445932 . C G 1514.75 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000621969;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.997;QD=59.9903;RBI=0.012849;REFB=0;REVB=0.012834;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277394;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:52:49:0:0 chr1 31653733 . T C 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0261935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.378;QD=27.2321;RBI=0.0262762;REFB=-0.015452;REVB=0.00208368;RO=17;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107869;STB=0.559951;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0151443;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:5:21:12:5:5:21:12:5 chr1 31732892 . G A 486.97 PASS AF=0.615385;AO=39;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0220967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.595;QD=24.9728;RBI=0.0245195;REFB=-0.056223;REVB=-0.0106274;RO=25;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172922;STB=0.597426;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0409226;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:25:30:39:48:0.615385:17:22:8:17:17:31:12:18 chr1 31733926 . A G 346.09 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00883997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.519;QD=24.7206;RBI=0.0129359;REFB=0.0162443;REVB=0.00944413;RO=21;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738631;STB=0.55354;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0103186;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:33:34:0.607143:16:17:13:8:17:17:14:8 chr1 31740706 . A G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0208048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.988;QD=25.4946;RBI=0.0208317;REFB=-0.0205661;REVB=0.00105798;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011403;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:4:3:6:8:4:3 chr1 31769560 . C G 678.88 PASS AF=0.489209;AO=66;DP=137;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.000615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.189;QD=19.536;RBI=0.00736023;REFB=-0.00996962;REVB=0.00733449;RO=70;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062224;STB=0.528273;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0100162;OID=.;OPOS=31769560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:70:71:66:68:0.489209:41:25:31:39:41:27:32:39 chr1 31837174 . C G 794.19 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=182;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=32;FWDB=0.000741159;FXX=0.0054942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.963;QD=17.551;RBI=0.00487885;REFB=-0.00770147;REVB=0.00482222;RO=97;SAF=43;SAR=40;SRF=66;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159645;STB=0.584744;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00900134;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:97:98:83:83:0.458564:40:43:66:31:40:43:66:32 chr1 31883295 . T C 768.18 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0010499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3213;QD=54.8701;RBI=0.0163916;REFB=0.0284512;REVB=0.0163579;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000233817;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:26:28:0:1:26:29:0:1 chr1 31897643 . G A 1146.51 PASS AF=0.504425;AO=114;DP=227;FAO=114;FDP=226;FR=.;FRO=112;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=-0.011495;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.809;QD=20.2923;RBI=0.0191675;REFB=-0.0183332;REVB=0.0153382;RO=111;SAF=60;SAR=54;SRF=71;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102994;STB=0.558261;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.017368;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:111:112:114:114:0.504425:54:60:71:40:54:60:72:40 chr1 31905889 . A ACAG 1255.1 PASS AF=0.82906;AO=93;DP=121;FAO=97;FDP=117;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=67;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0438842;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.289;QD=42.9095;RBI=0.0584599;REFB=-0.0976611;REVB=0.0386229;RO=21;SAF=27;SAR=66;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129714;STB=0.555675;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.01207;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.82906:93:121:97:117:20:30:67:12:8:99:21:27:66:13:8 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960376;FXX=0;HRUN=1;LEN=11;MLLD=373.942;QD=54.5177;RBI=0.020372;REFB=0;REVB=0.0179662;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.03792e-05;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:9:16:0:0:4:0:9:16:0:0 chr1 31973138 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.585;QD=55.6561;RBI=0.0490152;REFB=0;REVB=0.0445002;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133354;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr1 31973348 . A C 710.94 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351713;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.908;QD=54.6873;RBI=0.0394547;REFB=-0.12302;REVB=0.0178789;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000934776;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:19:32:0:0:19:32:0:1 chr1 31973409 . G A 687.65 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0419328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.233;QD=58.5237;RBI=0.0474718;REFB=-0.148447;REVB=0.0222534;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.51851;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00131902;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:47:1:2:45:45:0.957447:19:26:1:0:19:26:2:0 chr1 31973440 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.575;QD=62.6711;RBI=0.0482338;REFB=0;REVB=-0.0232225;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40747e-05;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 32084904 . C T 681.93 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0212866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9143;QD=17.374;RBI=0.0237861;REFB=-0.00796051;REVB=-0.010614;RO=84;SAF=33;SAR=40;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112913;STB=0.506258;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00998656;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:84:73:73:0.464968:40:33:37:47:40:33:37:47 chr1 32092525 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00171622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.627;QD=19.4668;RBI=0.0140769;REFB=-8.0841e-05;REVB=-0.0139719;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130141;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=2.8865e-05;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:8:14:12:12:8:14:12:12 chr1 32092918 . T TTCC 296.78 PASS AF=0.44;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00241961;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=294.122;QD=15.828;RBI=0.00489322;REFB=-0.0115517;REVB=-0.00425313;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167112;STB=0.538811;STBP=0.593;TYPE=ins;VARB=0.0175538;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:31:79:33:75:42:18:15:20:22:99:47:16:15:25:22 chr1 32096265 . A G 184.92 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0124048;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.201;QD=14.7933;RBI=0.012788;REFB=0.000196158;REVB=-0.00310699;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318559;STB=0.673915;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00113728;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:29:21:21:0.42:13:8:21:9:13:8:20:9 chr1 32118158 . AACA AAAA,AA,AAC 354.31 PASS AF=0,0.537037,0.37037;AO=9,8,10;DP=65;FAO=0,29,20;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=0,17,7;FSAR=0,12,13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0230787,0.0240244,0.0240984;FXX=0.0357079;HRUN=1,1,8;LEN=1,2,1;MLLD=215.293,216.301,5.6061;QD=26.2452;RBI=0.0819365,0.0501916,0.753299;REFB=0.00242255,-0.00189864,-0.222141;REVB=-0.0786191,-0.0440684,0.752914;RO=24;SAF=1,8,5;SAR=8,0,5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.607751,0.713321,-0.14397;STB=0.5,0.56406,0.631446;STBP=1,0.116,0.016;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.00243014,0.0555827;OID=.,.,.;OPOS=32118160,32118159,32118161;OREF=C,AC,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.537037,0.37037:9,8,10:65:0,29,20:54:5:0,17,7:0,12,13:5:0:91:24:1,8,5:8,0,5:15:9 chr1 32131163 . C G 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00981253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.225;QD=11.0217;RBI=0.0119581;REFB=-0.00101406;REVB=0.00683452;RO=56;SAF=16;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063645;STB=0.528682;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00191452;OID=.;OPOS=32131163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:59:30:30:0.337079:14:16:33:23:14:16:34:25 chr1 32138107 . G A 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0171004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6565;QD=19.3417;RBI=0.0639224;REFB=0.0321771;REVB=0.0615926;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166538;STB=0.594959;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0295275;OID=.;OPOS=32138107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:8:10:13:5:8:10 chr1 32148571 . A G 753.41 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00811284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.642;QD=61.5028;RBI=0.0165488;REFB=0.0410141;REVB=0.0144238;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000174302;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:49:48:0.979592:29:20:0:0:29:19:1:0 chr1 32149721 . G C 191.04 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00790103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.366;QD=13.4061;RBI=0.00792597;REFB=-0.023907;REVB=-0.000628273;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102807;STB=0.559105;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0464159;OID=.;OPOS=32149721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:19:15:8:15:19:15 chr1 32149760 . C T 115.17 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00421927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.316;QD=10.7138;RBI=0.0421304;REFB=-0.0142031;REVB=-0.0419186;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119751;STB=0.582664;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0267398;OID=.;OPOS=32149760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:6:8:13:15:6:8:13:16 chr1 32158374 . T C 228.37 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00208675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.015;QD=20.7613;RBI=0.00535044;REFB=-0.023406;REVB=0.00492673;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263961;STB=0.647177;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.024094;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:21:21:22:0.5:12:9:13:4:12:10:16:5 chr1 32163574 . CGGGG CGG,CGGG,CGGGC 1501.85 PASS AF=0.0632911,0.905063,0;AO=39,75,7;DP=154;FAO=10,143,0;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=6,77,0;FSAR=4,66,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0842682,0.162828,0.133564;FXX=0.0186324;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=12.7872,14.1989,7.50675;QD=38.0215;RBI=0.218726,0.419302,0.22732;REFB=0.0846743,0.138799,0.0830914;REVB=-0.201841,-0.386395,-0.183943;RO=20;SAF=7,46,4;SAR=32,29,3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0.555556,0.555556,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.420159,-0.0576336,-0.224141;STB=0.63132,0.511481,0.5;STBP=0.233,0.155,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00180263,-0.0351113,0;OID=.,.,.;OPOS=32163575,32163575,32163578;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGG,CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0632911,0.905063,0:39,75,7:154:10,143,0:158:5:6,77,0:4,66,0:1:4:19:20:7,46,4:32,29,3:15:5 chr1 32164206 . T G 412.68 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0376037;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5657;QD=26.6247;RBI=0.0629071;REFB=-0.00814092;REVB=-0.0504308;RO=22;SAF=27;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126333;STB=0.583288;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00328602;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:23:38:39:0.629032:11:27:12:10:11:28:12:11 chr1 32165495 . G T 490.18 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0406277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2204;QD=22.5371;RBI=0.0421604;REFB=-0.00885455;REVB=0.0112643;RO=39;SAF=21;SAR=26;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140099;STB=0.581245;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00832231;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:26:21:11:28:26:21:11:29 chr1 32193647 . T C 308.04 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00439244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.644;QD=20.884;RBI=0.0141731;REFB=-0.0368397;REVB=-0.0134753;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217788;STB=0.500549;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186313;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:24:27:31:32:0.542373:18:13:10:14:19:13:11:16 chr1 32196647 . C G 88.65 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.151085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4918;QD=14.7752;RBI=0.151114;REFB=-0.040438;REVB=-0.00298828;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140078;STB=0.581253;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0116524;OID=.;OPOS=32196647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:9:4:5:6:9:4 chr1 32230280 . C T 142.94 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0140305;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.662;QD=13.613;RBI=0.0144465;REFB=-0.0186127;REVB=0.00344191;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265885;STB=0.653888;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0348349;OID=.;OPOS=32230280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:18:8:9:7:18:8 chr1 32256303 . G A 283.03 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0159822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.809;QD=17.4173;RBI=0.0238279;REFB=-0.0371095;REVB=0.0176731;RO=34;SAF=23;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225398;STB=0.627185;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0282734;OID=.;OPOS=32256303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:8:23:18:16:8:23:18:16 chr1 32258332 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0415192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.592;QD=16.417;RBI=0.0416006;REFB=0.00996105;REVB=-0.0026016;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512193;STB=0.79952;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00974688;OID=.;OPOS=32258332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:12:2:10:6:12:2:10:6 chr1 32280610 . T C 550.7 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0386521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.559;QD=16.317;RBI=0.0642077;REFB=-0.0207019;REVB=-0.0512703;RO=76;SAF=32;SAR=27;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428062;STB=0.523921;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0288426;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:27:32:38:38:27:32:38:38 chr1 32544726 . A G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.033899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=9.47485;RBI=0.0403941;REFB=-0.0127968;REVB=-0.0219669;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510184;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0297463;OID=.;OPOS=32544726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:2:8:16:4:2:8:17:4 chr1 32545095 . A G 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00131371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.128;QD=18.8209;RBI=0.0341173;REFB=-0.0307561;REVB=-0.034092;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0323227;OID=.;OPOS=32545095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr1 32713199 . A G 198.61 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000210278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8255;QD=19.3764;RBI=0.0343052;REFB=-0.00400371;REVB=-0.0343046;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155711;STB=0.588147;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00278469;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:12:9:12:8:12:9 chr1 32793179 . T C 179.08 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0126106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.142;QD=16.2803;RBI=0.0139696;REFB=-0.0215484;REVB=0.00601003;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19225;STB=0.609031;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0322074;OID=.;OPOS=32793179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:19:6:8:11:19:6 chr1 32831583 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0120641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.071;QD=12.7913;RBI=0.0242166;REFB=-0.0192205;REVB=-0.0209977;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395121;STB=0.756702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0225953;OID=.;OPOS=32831583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:14:14:0.378378:3:11:9:12:3:11:9:14 chr1 33065947 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.871;QD=56.7066;RBI=0.0275037;REFB=0;REVB=-0.0268991;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206597;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 33097497 . AT AA,A 100.48 PASS AF=0,0.380282;AO=5,20;DP=63;FAO=0,27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=0,17;FSAR=0,10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0391245,-0.254894;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=16.9209,10.9049;QD=5.66109;RBI=0.0578998,0.27006;REFB=-0.0627519,-0.119523;REVB=-0.0426809,-0.0892266;RO=33;SAF=0,16;SAR=5,4;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583062,0.505759;STB=0.5,0.609623;STBP=1,0.16;TYPE=snp,del;VARB=-0.0237438,0.0984876;OID=.,.;OPOS=33097498,33097498;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.380282:5,20:63:0,27:71:44:0,17:0,10:20:24:94:33:0,16:5,4:11:22 chr1 33099637 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0127844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.819;QD=22.5343;RBI=0.0341253;REFB=-0.0418398;REVB=0.0316401;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365105;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0319243;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:8:7:8:11:8:7 chr1 33133968 . T C 554.67 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000857587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.352;QD=55.4667;RBI=0.0229566;REFB=-0.176749;REVB=0.0229406;RO=2;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246896;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00113998;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:20:18:1:1:20:18:1:1 chr1 33149698 . AAG A 201.88 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=61;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0229956;FXX=0.042851;HRUN=5;LEN=2;MLLD=239.967;QD=12.0525;RBI=0.0230062;REFB=-0.00509321;REVB=-0.000695472;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819078;STB=0.576997;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.00622697;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462687:27:61:31:67:36:9:22:15:21:99:27:7:20:9:18 chr1 33160644 . T G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0402191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.534;QD=11.1041;RBI=0.0402661;REFB=-0.0087064;REVB=0.00194537;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40224;STB=0.726875;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00821823;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:0:10:6:1:0:10 chr1 33160878 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00441733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.378;QD=24.0275;RBI=0.0148655;REFB=-0.0187007;REVB=0.014194;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0080495;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:3:5:5:9:3:5 chr1 33161212 . T C 318.43 PASS AF=0.571429;AO=29;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0224378;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8536;QD=25.9945;RBI=0.0438157;REFB=-0.0187103;REVB=0.0376345;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18829;STB=0.612169;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0118234;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:29:28:0.571429:14:15:16:5:14:14:16:5 chr1 33161264 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.01333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.367;QD=16.5618;RBI=0.0239207;REFB=-0.00778689;REVB=-0.0198623;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351282;STB=0.698771;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0117843;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:7:20:12:19:7:20:12:19 chr1 33231380 . T G 190.19 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00982587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7161;QD=19.0192;RBI=0.0100269;REFB=-0.0403443;REVB=-0.00199777;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383341;STB=0.682724;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0387905;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:20:18:20:0.5:3:15:10:10:4:16:10:10 chr1 33231403 . G T 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0169263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.637;QD=21.266;RBI=0.0378167;REFB=-0.0343666;REVB=0.0338172;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540552;STB=0.530575;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0284248;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:10:4:4:13:10:4 chr1 33235626 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00512108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.448;QD=11.9166;RBI=0.0173571;REFB=-0.0113846;REVB=0.0165844;RO=37;SAF=18;SAR=4;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10233;STB=0.559751;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0251561;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:4:18:28:9:4:18:28:9 chr1 33324088 . C G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000335755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.411;QD=12.455;RBI=0.00851396;REFB=-0.00302939;REVB=-0.00850734;RO=34;SAF=1;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690651;STB=0.912967;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0149247;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:20:1:18:16:20:1:18:16 chr1 33328165 . G A 503.85 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0152159;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.354;QD=17.5253;RBI=0.0200669;REFB=-0.00357594;REVB=0.0130827;RO=61;SAF=38;SAR=16;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710598;STB=0.539596;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0042515;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:61:61:54:54:0.469565:16:38:39:22:16:38:39:22 chr1 33361228 . A G 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0352029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0858;QD=13.5746;RBI=0.050981;REFB=-0.0153782;REVB=-0.0368757;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202649;STB=0.636147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0274907;OID=.;OPOS=33361228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:19:13:13:0.40625:4:9:9:9:4:9:9:10 chr1 33409693 . G A 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0255287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1011;QD=17.248;RBI=0.0288142;REFB=-0.029107;REVB=-0.013362;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.517911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0260142;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:12:15:11:10:12:15 chr1 33475721 . G C 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0147039;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2091;QD=2.31461;RBI=0.0181831;REFB=-0.0216844;REVB=-0.0106967;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159111;STB=0.617682;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.070939;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:67:59:59:8:8:0.119403:3:5:29:30:3:5:29:30 chr1 33475750 . A G 69.72 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00134135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.248;QD=3.48588;RBI=0.00150188;REFB=-0.0141273;REVB=0.000675601;RO=67;SAF=6;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144143;STB=0.500966;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278586;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:67:67:13:13:0.1625:7:6:31:36:7:6:31:36 chr1 33475767 . G A 111.92 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00348833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.777;QD=5.20567;RBI=0.00672492;REFB=-0.0142017;REVB=-0.00574945;RO=68;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16071;STB=0.600913;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0419842;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:8:10:29:39:8:10:29:39 chr1 33562416 . G T 361.84 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0526155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4182;QD=25.8458;RBI=0.0646694;REFB=-0.0330797;REVB=-0.0375998;RO=21;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831652;STB=0.545429;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0213972;OID=.;OPOS=33562416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:14:21:15:6:14:21:15:6 chr1 33646950 . A G 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0164248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.043;QD=21.7422;RBI=0.103815;REFB=-0.0428363;REVB=-0.102507;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543015;STB=0.530579;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0232215;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:10:6:6:13:10:6 chr1 33789588 . T C 120.95 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0301083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.472;QD=14.6604;RBI=0.0357181;REFB=-0.0293161;REVB=0.0192165;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958068;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0436525;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:4:9:13:6:4:10:13:6 chr1 33820033 . C T 211.62 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00905148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.878;QD=20.1542;RBI=0.0108478;REFB=-0.0389223;REVB=0.00597877;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101054;STB=0.551677;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0390428;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:20:21:0.5:7:13:15:5:8:13:15:6 chr1 33832865 . A G 338.75 PASS AF=0.507246;AO=25;DP=73;FAO=35;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0119569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.476;QD=19.6378;RBI=0.0203761;REFB=-0.0231073;REVB=0.0164991;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119208;STB=0.61397;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0361347;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:69:37:33:25:35:0.507246:13:12:22:15:21:14:21:12 chr1 33957130 . C A 63.97 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0121213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.281;QD=9.47733;RBI=0.0534814;REFB=-0.0288239;REVB=-0.0520897;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175982;STB=0.636033;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0947197;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:17:18:9:9:0.333333:2:7:11:6:2:7:11:7 chr1 33957152 . T G 557.76 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000231192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.302;QD=60.2985;RBI=0.149525;REFB=0;REVB=0.149525;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146395;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:9:24:0:0:13:24:0:0 chr1 33960062 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.891;QD=57.0007;RBI=0.0282765;REFB=0;REVB=0.00228984;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184848;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 33961722 . C T 574.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.374;QD=60.442;RBI=0.0257955;REFB=0;REVB=0.0173166;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064455;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 33981769 . C T 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-3.35261e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.307;QD=12.3389;RBI=0.00524207;REFB=-0.00328239;REVB=0.00524196;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204053;STB=0.602323;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00479585;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:39:24:24:0.380952:9:15:16:21:9:15:18:21 chr1 34024928 . T C 325.74 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00717223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.642;QD=19.1614;RBI=0.0361908;REFB=-0.00546442;REVB=-0.0354729;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264315;STB=0.50042;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588416;OID=.;OPOS=34024928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:33:34:35:0.514706:18:16:17:17:18:17:16:17 chr1 34025030 . A G 425.32 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0109933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.085;QD=21.5354;RBI=0.0112051;REFB=-0.0117922;REVB=-0.00216845;RO=37;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204626;STB=0.613005;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00870174;OID=.;OPOS=34025030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:26:16:23:14:26:16:23:14 chr1 34038214 . T C 280.45 PASS AF=0.410256;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00516067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1086;QD=14.3819;RBI=0.00561795;REFB=-0.0304143;REVB=-0.00222008;RO=46;SAF=6;SAR=24;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207057;STB=0.571381;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0532821;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:30:32:0.410256:24:6:16:30:24:8:16:30 chr1 34071524 . TC T,TT 472.0 PASS AF=1,0;AO=11,21;DP=32;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127965,-0.128785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=298.645,290.017;QD=59.0001;RBI=0.140916,0.148025;REFB=0,0;REVB=-0.0590106,-0.0729779;RO=0;SAF=6,10;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000617327,0;OID=.,.;OPOS=34071525,34071525;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,21:32:32,0:32:0:16,0:16,0:0:0:4:0:6,10:5,11:0:0 chr1 34166139 . C A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0197132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.637;QD=15.5771;RBI=0.0202765;REFB=-0.00684787;REVB=0.00474616;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189108;STB=0.607386;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0088754;OID=.;OPOS=34166139;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:13:17:9:15:13:17 chr1 34238283 . T C 358.28 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00146697;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1541;QD=21.7142;RBI=0.0128336;REFB=-0.0481823;REVB=0.0127494;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102946;STB=0.550503;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0422782;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:30:36:36:0.545455:23:13:14:15:23:13:14:16 chr1 34270498 . G A 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00537717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.476;QD=16.9226;RBI=0.00830052;REFB=-0.0103417;REVB=-0.00632335;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901742;STB=0.52116;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.01944;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:40:34:34:0.459459:20:14:16:22:20:14:18:22 chr1 34285342 . G A 425.58 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0383784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9756;QD=15.3362;RBI=0.0473556;REFB=0.00382929;REVB=0.0277425;RO=63;SAF=22;SAR=26;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981664;STB=0.555033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00596497;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:26:22:35:28:26:22:35:28 chr1 34285381 . C T 445.8 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0302783;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.848;QD=16.3596;RBI=0.0339121;REFB=-0.00272002;REVB=0.0152726;RO=58;SAF=29;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228792;STB=0.514258;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00250489;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:60:49:49:0.449541:20:29:33:25:20:29:34:26 chr1 34329897 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.51;QD=57.7124;RBI=0.010416;REFB=0;REVB=0.00939535;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37195e-06;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr1 34330067 . A C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0123251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.141;QD=15.5773;RBI=0.0258231;REFB=-0.0189321;REVB=-0.0226919;RO=30;SAF=19;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813577;STB=0.54642;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.026193;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:5:19:22:8:5:19:22:8 chr1 34578613 . A G 182.95 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00266674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.44;QD=13.3052;RBI=0.00657543;REFB=-0.0263688;REVB=-0.00601039;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240575;STB=0.623801;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0540397;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:21:22:0.4:15:6:16:16:15:7:17:16 chr1 35184033 . C T 527.38 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021393;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.896;QD=60.2725;RBI=0.0214156;REFB=0;REVB=-0.000983252;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131566;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr1 35251229 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0272844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4643;QD=12.8729;RBI=0.0319217;REFB=-0.00173173;REVB=-0.0165697;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620092;STB=0.536045;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00366312;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:17:15:10:9:17:15 chr1 35259946 . G A 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00088954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.693;QD=17.2001;RBI=0.0033617;REFB=-0.00823874;REVB=-0.00324187;RO=55;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141726;STB=0.512304;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00779206;OID=.;OPOS=35259946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:26:23:25:30:26:23:25:31 chr1 35259961 . A G 455.1 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0285573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8616;QD=18.0239;RBI=0.0313384;REFB=0.00239851;REVB=-0.0129064;RO=52;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428134;STB=0.519385;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00624033;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:28:20:24:28:28:20:24:29 chr1 35260769 . C T 106.61 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00880896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.065;QD=11.5258;RBI=0.0101104;REFB=-0.00205046;REVB=-0.00496215;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092227;STB=0.520927;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00276641;OID=.;OPOS=35260769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:4:19:10:3:5:19 chr1 35260929 . G A 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00873067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.01;QD=22.989;RBI=0.0104031;REFB=-0.00763852;REVB=-0.00565684;RO=32;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427128;STB=0.502349;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00541135;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:19:22:17:15:19:22:17:15 chr1 35261166 . G A 218.44 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00589782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9895;QD=23.6149;RBI=0.0068025;REFB=-0.0466087;REVB=-0.00338965;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104009;STB=0.558084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0344822;OID=.;OPOS=35261166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:7:9:9:12:7:9 chr1 35321242 . A C 289.71 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.071125;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5401;QD=11.3612;RBI=0.081155;REFB=-0.00472111;REVB=0.0390815;RO=67;SAF=16;SAR=20;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713381;STB=0.545826;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00902022;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:67:66:36:36:0.352941:20:16:34:33:20:16:34:32 chr1 35757843 . A T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00132164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4967;QD=13.3417;RBI=0.00207933;REFB=-0.00343365;REVB=-0.00160526;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576337;STB=0.533182;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00516662;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:15:17:10:11:15:17 chr1 35900615 . A G 313.02 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0052922;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.44;QD=16.6943;RBI=0.017287;REFB=-0.026791;REVB=-0.016457;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164944;STB=0.594624;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0278146;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:41:33:34:0.453333:20:13:22:17:20:14:24:17 chr1 35919979 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.013015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.86;QD=11.8413;RBI=0.0243662;REFB=-0.00742039;REVB=-0.0205991;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982224;STB=0.556514;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0164449;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:27:12:9:14:27:12 chr1 36225948 . T C 1139.07 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.236;QD=59.1725;RBI=0.0491154;REFB=0.0190504;REVB=0.043338;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.507244;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000194345;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:34:42:0:0:34:42:0:1 chr1 36359669 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00986523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.403;QD=14.196;RBI=0.0228759;REFB=-0.0183475;REVB=-0.0206394;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821832;STB=0.538183;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0205945;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:10:13:15:16:10:13:16:16 chr1 36550658 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0195609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.964;QD=24.8187;RBI=0.0195927;REFB=-0.00559012;REVB=0.00111664;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260587;STB=0.645039;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00956575;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:6:12:8:16:6:12 chr1 36553673 . A G 715.68 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.546;QD=60.9086;RBI=0.0422992;REFB=-0.171744;REVB=0.00986863;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00211429;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:0:1 chr1 36556867 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0106632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.579;QD=12.9747;RBI=0.0107588;REFB=-0.0104834;REVB=-0.00143097;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176841;STB=0.604472;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0224056;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:9:9:8:4:9:9 chr1 36642420 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.866;QD=61.6831;RBI=0.0349431;REFB=0;REVB=0.0221061;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153426;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr1 36643700 . GAGA G,GAGG 34.74 PASS AF=0.190476,0.0952381;AO=4,2;DP=22;FAO=4,2;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2,1;FSAR=2,1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0468554,-0.122191;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=198.366,44.4351;QD=6.6167;RBI=0.0515513,0.136024;REFB=-0.0111579,-0.00551174;REVB=-0.0214966,-0.0597661;RO=15;SAF=2,1;SAR=2,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272986,-0.252475;STB=0.683415,0.704179;STBP=0.509,0.706;TYPE=del,snp;VARB=0.0511367,-0.00143806;OID=.,.;OPOS=36643701,36643703;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0.0952381:4,2:22:4,2:21:15:2,1:2,1:11:4:22:15:2,1:2,1:11:4 chr1 36752433 . C T 328.04 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105572;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.107;QD=54.6735;RBI=0.02946;REFB=0;REVB=0.0275034;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247928;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 36772294 . CGGGGC CGGGC,CGGGCG 42.84 PASS AF=0.5625,0;AO=7,2;DP=17;FAO=9,0;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.262845,-0.0654346;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.1613,153.309;QD=10.7093;RBI=0.263444,0.0676748;REFB=-0.106735,-0.0268823;REVB=0.017755,-0.0172679;RO=6;SAF=2,2;SAR=5,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0441607,0.658493;STB=0.507027,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.140836,0;OID=.,.;OPOS=36772295,36772298;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGC,CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625,0:7,2:17:9,0:16:7:4,0:5,0:3:4:30:6:2,2:5,0:2:4 chr1 36773405 . T G 1799.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.737;QD=61.0032;RBI=0.0655974;REFB=0;REVB=0.053541;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14381e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:52:64:0:0:54:64:0:0 chr1 36888462 . A G 340.55 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0389612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2324;QD=23.4861;RBI=0.0519634;REFB=-0.0101901;REVB=0.0343834;RO=24;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208408;STB=0.614838;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0111584;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:12:22:9:15:12:22:9:15 chr1 36889005 . G A 508.5 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0229219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.649;QD=23.3795;RBI=0.0238539;REFB=0.000801649;REVB=0.00660248;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354192;STB=0.519454;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.000777093;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:25:23:17:22:25:23:17:22 chr1 36893968 . A G 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0152819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.077;QD=17.8001;RBI=0.0203887;REFB=0.00397694;REVB=0.0134967;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205379;STB=0.617524;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00463257;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:12:12:6:14:12:12 chr1 36926853 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0390252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.083;QD=13.486;RBI=0.051865;REFB=-0.0354806;REVB=0.0341616;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025779;STB=0.585152;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0551668;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:8:1:1:9:8:1:2:9 chr1 36927733 . G A 872.5 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019964;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7405;QD=54.5309;RBI=0.0695785;REFB=-0.0996889;REVB=0.0666529;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00759624;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:1:1:59:63:0.984375:28:31:0:1:29:34:0:1 chr1 37346428 . A G 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0144606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.636;QD=17.6853;RBI=0.0254847;REFB=0.00214236;REVB=-0.0209848;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148257;STB=0.575683;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00491419;OID=.;OPOS=37346428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:14:7:12:13:14:7:12:14 chr1 38006359 . A G 567.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330527;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6621;QD=58.2358;RBI=0.0347282;REFB=0.0416788;REVB=-0.0106566;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000814165;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:0:1:15:23:0:1 chr1 38023316 . C T 718.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.564;QD=56.3703;RBI=0.0409324;REFB=0;REVB=-0.00335019;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752153;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:35:12:0:0:37:14:0:0 chr1 38077414 . A C 32.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.030355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.142;QD=10.8683;RBI=0.030355;REFB=-0.0676524;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0649456;OID=.;OPOS=38077414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:5:6:6:6:0.5:0:6:5:0:0:6:6:0 chr1 38077415 . CGC AGC,CTC,TAG 151.54 PASS AF=0.214286,0.428571,0.357143;AO=3,6,5;DP=14;FAO=3,6,5;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6,5;FSAR=0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461612,0.00348125,7.96913e-05;FXX=0.0666222;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=80.4252,130.976,147.797;QD=43.2979;RBI=0.00461612,0.00348125,7.96913e-05;REFB=-0.0690415,0.0308438,-0.00693832;REVB=0,0,0;RO=0;SAF=3,6,5;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=-0.017673,0.000862569,0.0184331;OID=.,.,.;OPOS=38077415,38077416,38077415;OREF=C,G,CGC;OALT=A,T,TAG;OMAPALT=AGC,CTC,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:36:14:14:0:0:3,6,5:3,6,5:0.214286,0.428571,0.357143:0,0,0:3,6,5:0:0:0,0,0:3,6,5:0:0 chr1 38077420 . A ACC,C 249.58 PASS AF=0.2,0.8;AO=4,16;DP=20;FAO=4,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,16;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278241,-0.0434625;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=246.719,78.1985;QD=49.9167;RBI=0.00278241,0.0434625;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=4,16;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0360414,-0.0316337;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:20:20:0:0:4,16:4,16:0.2,0.8:0,0:4,16:0:0:0,0:4,16:0:0 chr1 38095271 . G C,GC 32.77 PASS AF=0,0.210526;AO=2,5;DP=38;FAO=0,8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0547779,-0.000538437;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=43.9333,24.6773;QD=3.44982;RBI=0.0884764,0.0477737;REFB=-0.0240066,-0.0451442;REVB=0.0694799,0.0477706;RO=31;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280172,0.60127;STB=0.5,0.865998;STBP=1,0.072;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.115445;OID=.,.;OPOS=38095271,38095272;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:38:38:31:30:2,5:0,8:0,0.210526:1,1:1,4:7:24:0,2:0,6:6:24 chr1 38148765 . A G 1445.18 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801409;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9248;QD=63.5246;RBI=0.0806087;REFB=0;REVB=0.00867178;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035928;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:39:52:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT,TTT 568.99 PASS AF=0,1,0;AO=6,37,5;DP=49;FAO=0,48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176864,-0.0116779,-0.00653554;FXX=0.020404;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=199.666,206.526,199.084;QD=47.4155;RBI=0.0280291,0.0259953,0.0236566;REFB=0,0,0;REVB=-0.0217445,-0.0232246,-0.0227359;RO=0;SAF=3,17,2;SAR=3,20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.000126496,-0.00927109;OID=.,.,.;OPOS=38173983,38173984,38173985;OREF=TTTC,TTC,TC;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,37,5:49:0,48,0:48:0:0,22,0:0,26,0:0:0:10:0:3,17,2:3,20,3:0:0 chr1 38185169 . G A 485.81 PASS AF=0.495327;AO=51;DP=102;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00182503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.374;QD=18.1609;RBI=0.0169694;REFB=-0.0305802;REVB=0.016871;RO=49;SAF=21;SAR=30;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212033;STB=0.606867;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0304411;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:49:54:51:53:0.495327:30:21:32:17:30:23:35:19 chr1 38187507 . C T 701.29 PASS AF=0.548387;AO=67;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0112837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.96;QD=22.6222;RBI=0.0234171;REFB=-0.0356672;REVB=0.0205192;RO=56;SAF=33;SAR=34;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803663;STB=0.540311;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0338191;OID=.;OPOS=38187507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:67:68:0.548387:34:33:33:23:34:34:33:23 chr1 38227086 . A T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0334202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.879;QD=56.0116;RBI=0.033426;REFB=-0.0612972;REVB=-0.00062567;RO=0;SAF=1;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75711e-08;STB=0.507458;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000657894;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:33:1:0:0:33:1:0:1 chr1 38227268 . G T 338.92 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.107;QD=54.2268;RBI=0.0778342;REFB=0;REVB=0.0248617;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334524;OID=.;OPOS=38227268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr1 38397369 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0589774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5993;QD=19.1367;RBI=0.0604573;REFB=-0.0265726;REVB=0.0132946;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00799857;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr1 38411445 . G A 281.32 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0422413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6124;QD=22.5058;RBI=0.0549086;REFB=0.00394402;REVB=0.0350803;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753359;STB=0.542024;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00112717;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:15:9:12:14:15:9 chr1 38423853 . G C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.415;QD=61.2131;RBI=0.0425979;REFB=0;REVB=-0.0240349;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67108e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr1 38442547 . G A 243.48 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000666743;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7846;QD=51.2591;RBI=0.00312051;REFB=0;REVB=0.00304845;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115431;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 38450367 . A G 735.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609967;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6622;QD=63.9928;RBI=0.0962493;REFB=0;REVB=0.0744535;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122126;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:16:30:0:0 chr1 38462898 . T A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00707146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.843;QD=32.8221;RBI=0.00707146;REFB=0.0168375;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42086e-05;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:0:9:1:0:0:9:1:0 chr1 38462905 . C G 160.21 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9495;QD=45.7741;RBI=0.0293697;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126299;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr1 38463504 . C T 172.85 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0203346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2769;QD=11.3344;RBI=0.0248345;REFB=-0.0107331;REVB=-0.0142568;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233244;STB=0.617544;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0181072;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:21:22:0.360656:9:12:14:25:10:12:14:25 chr1 38862336 . T A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3571;QD=54.5165;RBI=0.114044;REFB=0;REVB=-0.09125;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00414786;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 39329700 . G T 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000372366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0465;QD=20.8901;RBI=0.0220096;REFB=-0.004989;REVB=-0.0220065;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109864;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00210036;OID=.;OPOS=39329700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:5:1:3:7:5:1 chr1 39549983 . G A 297.28 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0108124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.368;QD=20.8619;RBI=0.030707;REFB=-0.0172292;REVB=0.0287405;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133166;STB=0.5631;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0138683;OID=.;OPOS=39549983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:26:31:31:0.54386:16:15:8:17:16:15:9:17 chr1 39748921 . G A 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0182202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9471;QD=18.5757;RBI=0.0191451;REFB=-0.0102257;REVB=-0.00587884;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013759;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:14:17:17:14:14:17 chr1 39797055 . A G 440.71 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000357082;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5344;QD=22.3146;RBI=0.000907703;REFB=0.0139217;REVB=-0.000834517;RO=35;SAF=14;SAR=29;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418005;STB=0.518191;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00684461;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:36:43:43:0.544304:29:14:13:22:29:14:13:23 chr1 39801815 . A C 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00698434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4319;QD=21.9672;RBI=0.0233802;REFB=-0.000980728;REVB=0.0223126;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.5333;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000722804;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:12:8:8:8:12:8:8:9 chr1 39806610 . C T 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.265;QD=60.5969;RBI=0.0155832;REFB=0;REVB=0.0128772;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83808e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 39812822 . C A 671.19 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.757;QD=58.3647;RBI=0.022818;REFB=-0.12452;REVB=0.013017;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036109;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00596865;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:46:46:2:1:44:45:0.978261:25:19:0:2:26:19:0:1 chr1 39835817 . A G 162.5 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0639636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.146;QD=19.6966;RBI=0.0641369;REFB=-0.0128127;REVB=0.00471107;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00385731;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:9:7:8:9:9:7 chr1 39878313 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0056998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.885;QD=16.9316;RBI=0.0156789;REFB=-0.0304138;REVB=-0.0146062;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0299685;OID=.;OPOS=39878313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr1 39879366 . T C 32.45 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.107324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.764;QD=16.2247;RBI=0.157838;REFB=-0.0415877;REVB=-0.115734;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0671322;OID=.;OPOS=39879366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:1:3:5:5:0.625:4:1:0:1:4:1:0:3 chr1 39881040 . G C 67.7 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0119695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5846;QD=13.5407;RBI=0.0119884;REFB=-0.028221;REVB=-0.000673831;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0631432;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:8:9:0.45:5:3:3:7:5:4:4:7 chr1 39881468 . T A 980.67 PASS AF=0.505263;AO=96;DP=190;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.00613758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.165;QD=20.6456;RBI=0.00614002;REFB=-0.015496;REVB=-0.000173203;RO=94;SAF=44;SAR=52;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567897;STB=0.531189;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0134986;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:94:94:96:96:0.505263:52:44:49:45:52:44:49:45 chr1 39908506 . G A 299.49 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0157513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.276;QD=16.4104;RBI=0.0198393;REFB=-0.0136258;REVB=0.0120621;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21274;STB=0.61532;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0143679;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:32:33:0.452055:15:17:29:10:15:18:30:10 chr1 39914363 . G C 154.09 PASS AF=0.36;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0169497;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6447;QD=12.3274;RBI=0.031147;REFB=-0.00608227;REVB=-0.0261313;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205037;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0108016;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:17:18:0.36:8:9:11:21:9:9:11:21 chr1 39988145 . T C 159.97 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0323342;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.033;QD=6.27314;RBI=0.0323902;REFB=-0.000787213;REVB=0.00190379;RO=78;SAF=19;SAR=5;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475409;STB=0.791424;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0064816;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:78:78:24:24:0.235294:5:19:32:46:5:19:32:46 chr1 40092464 . C T 179.81 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0634739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7959;QD=15.6352;RBI=0.0637805;REFB=0.00924349;REVB=-0.00624632;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247946;STB=0.644531;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0128413;OID=.;OPOS=40092464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:16:11:4:15:16:11 chr1 40098328 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.864;QD=57.2023;RBI=0.00583947;REFB=0;REVB=0.00478545;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44796e-06;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:29:1:0:0:29:1:0:0 chr1 40129066 . G A 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0102861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3851;QD=11.4251;RBI=0.0152814;REFB=-0.000109286;REVB=0.0113012;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116225;STB=0.558047;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00022299;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:11:10:21:15:11:10:21:16 chr1 40145297 . C T 280.83 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0299957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5461;QD=28.0826;RBI=0.0439702;REFB=-0.0289442;REVB=-0.0321502;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394239;STB=0.535183;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0170325;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:25:25:0.625:14:11:7:7:14:11:8:7 chr1 40147817 . C A 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0239259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3803;QD=15.9186;RBI=0.026697;REFB=0.0244985;REVB=0.011844;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317008;STB=0.687165;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0233252;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:6:9:11:2:6:9 chr1 40149642 . G T 2222.87 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153323;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.477;QD=63.5106;RBI=0.0324298;REFB=0;REVB=0.0285764;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282551;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:64:74:0:0:65:75:0:0 chr1 40150156 . G A 481.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0129652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8723;QD=20.7064;RBI=0.0403969;REFB=-0.0275551;REVB=0.0382598;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299493;STB=0.516568;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0240172;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:25:22:20:26:25:22:20:26 chr1 40230385 . G A 90.77 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.114383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.821;QD=8.06881;RBI=0.114488;REFB=0.000918507;REVB=-0.00491388;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107932;STB=0.593589;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00267587;OID=.;OPOS=40230385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:31:33:12:12:0.266667:4:8:18:13:4:8:18:15 chr1 40230531 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0179427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.308;QD=9.18847;RBI=0.0198164;REFB=-0.021437;REVB=0.00841135;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110421;STB=0.566892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0460052;OID=.;OPOS=40230531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:16:9:5:6:16:9 chr1 40236074 . A C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0176158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.179;QD=14.1954;RBI=0.0357191;REFB=0.0050716;REVB=0.0310732;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0054597;OID=.;OPOS=40236074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:7:8:11:10:7:8:12:10 chr1 40315888 . A T 944.09 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108855;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.132;QD=59.0053;RBI=0.0130521;REFB=0;REVB=0.00720175;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538507;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr1 40349131 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.072;QD=63.5821;RBI=0.0278209;REFB=0;REVB=0.0175365;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14458e-05;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr1 40363054 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0374;QD=63.2858;RBI=0.0745918;REFB=0;REVB=0.0345139;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135856;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr1 40421073 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0157943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.521;QD=13.2053;RBI=0.0181885;REFB=-0.008907;REVB=-0.00902009;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550714;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0156171;OID=.;OPOS=40421073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:1:5:1:5:1:5 chr1 40533266 . T G 322.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.016;QD=53.7895;RBI=0.037715;REFB=0;REVB=0.0113969;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289903;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:16:8:0:0 chr1 40533287 . T G 144.84 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1761;QD=44.5652;RBI=0.0112845;REFB=0;REVB=0.0112845;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559486;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:13:0:0:0 chr1 40533315 . T G 120.66 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.654;QD=43.8759;RBI=0.00218454;REFB=0;REVB=0.00218454;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127733;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr1 40533320 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.969;QD=43.486;RBI=0.0335093;REFB=0;REVB=0.0335093;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434747;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr1 40533326 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3603;QD=39.2065;RBI=0.0699047;REFB=0;REVB=0.0699047;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047674;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr1 40533347 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.816;QD=40.7622;RBI=0.0623424;REFB=0;REVB=0.0623424;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944013;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr1 40703440 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0241318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.278;QD=12.1823;RBI=0.0300502;REFB=-0.00192388;REVB=0.0179073;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389694;STB=0.726876;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00502469;OID=.;OPOS=40703440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:12:3:6:4:12:3 chr1 40705726 . A T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00253004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.184;QD=21.1726;RBI=0.043999;REFB=-0.00797188;REVB=-0.0439262;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00482079;OID=.;OPOS=40705726;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:6:2:4:8:6:2 chr1 40769783 . G A 210.72 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0303862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.896;QD=15.6086;RBI=0.0305084;REFB=-0.0118571;REVB=-0.00272781;RO=30;SAF=19;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445464;STB=0.760627;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0282644;OID=.;OPOS=40769783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:30:23:24:0.444444:4:19:13:17:4:20:13:17 chr1 40773149 . T C 1320.22 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.784;QD=62.1279;RBI=0.0242969;REFB=0;REVB=0.0150409;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8737e-05;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:52:31:0:0:52:33:0:0 chr1 40776752 . C A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0212831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.514;QD=20.9188;RBI=0.0383758;REFB=-0.0427806;REVB=0.0319332;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11405;STB=0.5631;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0347381;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:17:9:15:16:17:9 chr1 40777800 . T G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6534;QD=50.4042;RBI=0.122201;REFB=0;REVB=-0.121603;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00393378;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 40777804 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=8.11665e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.574;QD=7.76206;RBI=0.000367575;REFB=-0.010017;REVB=-0.000358502;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373394;STB=0.732613;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0213455;OID=.;OPOS=40777804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:9:4:4:2:9:4 chr1 40840353 . A G 112.51 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0189738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7785;QD=9.18442;RBI=0.0260729;REFB=-0.00818896;REVB=-0.0178826;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.614078;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.01715;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:5:9:17:17:5:9:17:18 chr1 40881041 . C G 1522.74 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0648891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3307;QD=54.8735;RBI=0.0838961;REFB=-0.0572343;REVB=0.0531787;RO=4;SAF=58;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206286;STB=0.515729;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.015245;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:111:111:4:5:106:106:0.954955:48:58:1:3:48:58:1:4 chr1 40923019 . G A 226.23 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0575504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.198;QD=15.602;RBI=0.0575901;REFB=-0.00112798;REVB=0.00213926;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12946;STB=0.572504;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00170939;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:25:26:0.448276:12:13:12:19:12:14:13:19 chr1 40980559 . G A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0807577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2736;QD=9.75497;RBI=0.081245;REFB=-0.0172618;REVB=-0.00888462;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0357627;OID=.;OPOS=40980559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr1 40980731 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.12;QD=47.8224;RBI=0.0292838;REFB=0;REVB=0.0105607;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125488;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 40998811 . A G 180.31 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00173841;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.573;QD=15.3454;RBI=0.0094188;REFB=-0.0217813;REVB=-0.00925699;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973477;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0336616;OID=.;OPOS=40998811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:13:15:10:9:13:15 chr1 41012752 . A C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.000932128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.015;QD=18.8207;RBI=0.0200227;REFB=-0.00320334;REVB=-0.020001;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297241;STB=0.668853;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00244467;OID=.;OPOS=41012752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:2:8:5:7:2:8 chr1 41013015 . C T 117.45 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.010563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.244;QD=21.3537;RBI=0.0180947;REFB=-0.0312507;REVB=-0.0146916;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225037;STB=0.608848;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.016966;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:9:4:5:3:9:4:5:4 chr1 41088577 . C T 768.76 PASS AF=0.481928;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0268845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.024;QD=18.5243;RBI=0.0268903;REFB=-0.00800289;REVB=-0.000554965;RO=83;SAF=38;SAR=42;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619769;STB=0.542984;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00546186;OID=.;OPOS=41088577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:86:80:80:0.481928:42:38:45:38:42:38:48:38 chr1 41204569 . C T 307.81 PASS AF=0.44;AO=30;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0040019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.198;QD=16.4167;RBI=0.0173137;REFB=-0.0171429;REVB=-0.0168448;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468854;STB=0.680692;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0194969;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:29:38:30:33:0.44:19:11:27:2:21:12:27:11 chr1 41237278 . T G 423.88 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00425947;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.019;QD=20.9324;RBI=0.00509725;REFB=-0.0195065;REVB=0.00279981;RO=37;SAF=14;SAR=28;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114908;STB=0.578909;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0172937;OID=.;OPOS=41237278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:39:42:42:0.518519:28:14:17:20:28:14:19:20 chr1 41285087 . T C 2746.32 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131484;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.306;QD=62.4163;RBI=0.0421011;REFB=0;REVB=0.0399952;RO=0;SAF=100;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78099e-05;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:174:176:1:74:100:0:0:75:101:0:0 chr1 41292377 . G A 278.88 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0208446;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2185;QD=16.1669;RBI=0.0212981;REFB=-0.00907169;REVB=-0.00437178;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565148;STB=0.531794;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00572061;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:38:31:31:0.449275:17:14:15:23:17:14:15:23 chr1 41296828 . T G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00958116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.153;QD=15.1966;RBI=0.0311543;REFB=-0.0398729;REVB=0.0296444;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622022;STB=0.543813;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0363072;OID=.;OPOS=41296828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:6:12:18:7:6:12:19:7 chr1 41326886 . C G 270.09 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0540673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4464;QD=24.0077;RBI=0.0608074;REFB=0.0263172;REVB=0.0278257;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558334;STB=0.531059;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0213314;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:9:11:12:13:9:11 chr1 41474400 . C G 455.64 PASS AF=0.471154;AO=50;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00857027;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.036;QD=17.5244;RBI=0.0120808;REFB=0.00383126;REVB=-0.00851452;RO=55;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095762;STB=0.54857;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00457303;OID=.;OPOS=41474400;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:55:50:49:0.471154:24:26:23:32:24:25:23:32 chr1 41976016 . A AT 239.12 PASS AF=1;AO=4;DP=36;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194714;FXX=0.277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=73.4713;QD=36.7876;RBI=0.204132;REFB=0;REVB=0.0612871;RO=31;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0179591;OID=.;OPOS=41976017;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:36:26:26:0:9:17:0:0:3:31:4:0:11:20 chr1 41976017 . C G,T 522.92 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=4,32;DP=36;FAO=4,32;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102668,0.00637319;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.128,131.561;QD=58.1026;RBI=0.0417749,0.0325326;REFB=0,0;REVB=-0.0404936,0.0319022;RO=0;SAF=4,12;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.117534,0.00152929;OID=.,.;OPOS=41976017,41976017;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:36:36:0:0:4,32:4,32:0.111111,0.888889:0,20:4,12:0:0:0,20:4,12:0:0 chr1 41978566 . T G 2275.81 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.2861;QD=59.1119;RBI=0.13906;REFB=0;REVB=0.0677955;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129698;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:154:0:0:139:154:1:67:72:0:0:73:81:0:0 chr1 41978825 . C G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.825;QD=62.908;RBI=0.0449425;REFB=0;REVB=0.0362877;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2506e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr1 42046812 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.104;QD=37.4885;RBI=0.0494444;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106169;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr1 42048745 . T C,G 491.12 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952131,0.00589658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.023,157.378;QD=57.7787;RBI=0.0220796,0.0275224;REFB=0,0;REVB=0.0199212,-0.0268834;RO=0;SAF=12,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000197865,0.134442;OID=.,.;OPOS=42048745,42048745;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:20,0:12,2:0:0:20,0:12,2:0:0 chr1 42049032 . G A 2661.02 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207261;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.506;QD=62.246;RBI=0.0350787;REFB=0;REVB=0.028301;RO=0;SAF=113;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22305e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26614e-06;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:58:113:0:0:58:113:0:0 chr1 42049140 . C G 1540.93 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04352;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.74;QD=62.895;RBI=0.0435345;REFB=-0.0888084;REVB=-0.00112363;RO=0;SAF=73;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179275;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:98:0:0:97:98:1:24:73:0:0:24:74:0:0 chr1 42050366 . C T 177.69 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00532115;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.48;QD=12.2543;RBI=0.0344764;REFB=-0.0248169;REVB=-0.0340633;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18609;STB=0.60738;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0349086;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:21:15:13:9:21:15 chr1 42619139 . A G 1336.65 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.054;QD=61.4554;RBI=0.0176964;REFB=0;REVB=0.0164028;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092738;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:45:39:0:0:46:41:0:0 chr1 42693597 . A G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.343;QD=61.3737;RBI=0.01639;REFB=0;REVB=-0.00630303;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01928e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr1 43119603 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00883641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7168;QD=18.6416;RBI=0.0259533;REFB=-0.00536638;REVB=-0.0244027;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051356;STB=0.528823;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0125263;OID=.;OPOS=43119603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:10:16:14:11:10:16 chr1 43201534 . G A 115.78 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00317475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.461;QD=11.0268;RBI=0.0263103;REFB=0.011044;REVB=0.026118;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240355;STB=0.524441;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0203583;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:6:8:16:11:6:8:17:11 chr1 43212111 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.015299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.657;QD=13.4559;RBI=0.0184056;REFB=-0.0236332;REVB=0.0102326;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0298478;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr1 43212430 . GA G,GG 2030.58 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=34,101;DP=137;FAO=9,129;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=6,63;FSAR=3,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181264,-0.00823251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.4572,44.6935;QD=58.8575;RBI=0.0222731,0.00824661;REFB=0,0;REVB=-0.0129432,-0.000481953;RO=0;SAF=14,55;SAR=20,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48532e-08,4.13729e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0287572,0.0280554;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:34,101:137:9,129:138:0:6,63:3,66:0:0:12:0:14,55:20,46:0:0 chr1 43212869 . A T 302.62 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00273261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.407;QD=16.5818;RBI=0.00669762;REFB=-0.0236573;REVB=-0.00611481;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129037;STB=0.521978;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0300736;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:40:32:33:0.452055:16:16:19:18:17:16:21:19 chr1 43215571 . A G 1214.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.599;QD=60.7084;RBI=0.0868477;REFB=0;REVB=0.0861203;RO=0;SAF=55;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124247;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:23:55:0:0:25:55:0:0 chr1 43309842 . G C 924.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177811;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.355;QD=58.682;RBI=0.0208418;REFB=0;REVB=0.0108726;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508847;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 43392819 . G T 184.14 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0332633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.208;QD=17.9649;RBI=0.0356909;REFB=-0.0357186;REVB=0.0129382;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195137;STB=0.610575;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0263664;OID=.;OPOS=43392819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:7:15:9:10:7:15 chr1 43393384 . G A 269.35 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00581753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6333;QD=16.5756;RBI=0.0120418;REFB=0.00454814;REVB=-0.0105433;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740286;STB=0.550986;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00569588;OID=.;OPOS=43393384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:19:11:15:19:19:11:16:19 chr1 43394612 . T C 235.77 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0616051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.974;QD=18.8612;RBI=0.0616624;REFB=-0.0216219;REVB=-0.00265816;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254242;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0294429;OID=.;OPOS=43394612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:10:13:14:12:10:13:15:12 chr1 43408966 . G A 364.56 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0059277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.89;QD=18.4585;RBI=0.00727736;REFB=-0.02311;REVB=0.00422164;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207312;STB=0.608239;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0220805;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:38:38:0.481013:17:21:13:27:17:21:14:27 chr1 43457145 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0286689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.443;QD=15.8391;RBI=0.044349;REFB=0.00403742;REVB=0.0338368;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00439243;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:5:2:2:6:5:2 chr1 43457170 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.356;QD=45.8068;RBI=0.0347424;REFB=0;REVB=0.029948;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361474;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 43649336 . T C 473.53 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0332417;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2158;QD=17.5382;RBI=0.0376906;REFB=0.0107073;REVB=-0.0177644;RO=56;SAF=29;SAR=22;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107595;STB=0.563229;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0180816;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:22:29:38:18:22:29:39:18 chr1 43649393 . T C 382.95 PASS AF=0.425743;AO=41;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0183958;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.146;QD=15.1663;RBI=0.018396;REFB=-0.0109038;REVB=9.08365e-05;RO=58;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842424;STB=0.517395;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0208839;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:58:41:43:0.425743:18:23:33:25:18:25:32:26 chr1 43649508 . A G 315.31 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00695047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.957;QD=18.018;RBI=0.00760869;REFB=-0.0154149;REVB=0.00309566;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331237;STB=0.518508;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0272897;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:21:15:13:21:21:15 chr1 43652442 . G C 496.81 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00371353;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.18;QD=20.487;RBI=0.00647342;REFB=-0.0179735;REVB=0.00530235;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139665;STB=0.577288;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0198659;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:49:47:48:0.494845:24:23:32:18:24:24:32:17 chr1 43662106 . G C 104.75 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00241395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.762;QD=10.7431;RBI=0.00550697;REFB=-0.00149229;REVB=-0.00494971;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364726;STB=0.719981;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00301779;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:14:12:10:3:14:12 chr1 43675467 . G A 274.63 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0171745;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2686;QD=14.8451;RBI=0.0469397;REFB=-0.0211309;REVB=0.0436849;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320603;STB=0.51091;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0300226;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:16:15:19:23:16:15:20:23 chr1 43779564 . T C 360.89 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0160566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.697;QD=14.2928;RBI=0.0315724;REFB=-0.00541643;REVB=0.0271846;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469762;STB=0.502657;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00970019;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:20:21:31:29:20:21:31:29 chr1 43784956 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.057;QD=60.0291;RBI=0.0110624;REFB=0;REVB=-0.00528413;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44885e-06;OID=.;OPOS=43784956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr1 43805240 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.000474426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1864;QD=11.0196;RBI=0.0298905;REFB=0.0534604;REVB=-0.0298868;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074933;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0744767;OID=.;OPOS=43805240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:1:7:5:1:1:7 chr1 43825644 . T C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0383323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.695;QD=23.598;RBI=0.0388084;REFB=-0.00572335;REVB=-0.00606038;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950496;STB=0.505296;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00719643;OID=.;OPOS=43825644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:12:9:11:14:12:9 chr1 43886494 . C T 616.67 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00273354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.541;QD=22.2222;RBI=0.0175181;REFB=-0.0183937;REVB=0.0173035;RO=49;SAF=36;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495471;STB=0.532277;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0194906;OID=.;OPOS=43886494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:50:61:61:0.54955:25:36:26:23:25:36:26:24 chr1 43898053 . T G 251.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.106778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5731;QD=17.0543;RBI=0.10681;REFB=-0.000666275;REVB=0.00260829;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1966;STB=0.619078;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000345139;OID=.;OPOS=43898053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:18:10:17:13:18:10:18:13 chr1 43906896 . A G 238.7 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0099308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.185;QD=16.4623;RBI=0.0207645;REFB=-0.00827114;REVB=0.0182357;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238207;STB=0.618957;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0130717;OID=.;OPOS=43906896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:31:27:27:0.465517:9:18:12:17:9:18:14:17 chr1 43909265 . T C 253.07 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00406192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.908;QD=15.1088;RBI=0.0207056;REFB=0.000882898;REVB=-0.0203033;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985291;STB=0.555519;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00129328;OID=.;OPOS=43909265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:11:18:27:11:11:18:27:11 chr1 43917601 . C T 169.56 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00983169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2775;QD=33.911;RBI=0.00984424;REFB=-0.0480178;REVB=0.000496789;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.562422;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0347644;OID=.;OPOS=43917601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:7:9:1:3:7:9:1:3 chr1 43917637 . G A 44.5 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0439612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.3758;QD=7.12042;RBI=0.0514888;REFB=-0.00227565;REVB=0.0268051;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00516611;OID=.;OPOS=43917637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:9:9:5:2:9:9 chr1 44058265 . C A 200.97 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0109676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.975;QD=11.8217;RBI=0.0114801;REFB=-0.0203669;REVB=0.003392;RO=42;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250564;STB=0.614077;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0305704;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:43:24:25:0.367647:6:18:23:19:7:18:24:19 chr1 44137257 . C A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00408748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.09;QD=19.1093;RBI=0.00518231;REFB=-0.0211445;REVB=-0.00318572;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825649;STB=0.546196;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0209822;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:13:13:11:16:13:13 chr1 44395786 . C T 204.43 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0207183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.606;QD=16.0335;RBI=0.0443212;REFB=-0.0174385;REVB=0.0391806;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225602;STB=0.626841;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0279074;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:21:7:11:12:21:7 chr1 44396215 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.005911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.235;QD=9.09999;RBI=0.020685;REFB=-0.00905145;REVB=-0.0198225;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0231857;OID=.;OPOS=44396215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:15:4:3:6:15:4 chr1 44396790 . G A 244.54 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=109;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00286233;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.052;QD=9.14177;RBI=0.0140693;REFB=-0.00998325;REVB=0.0137751;RO=73;SAF=16;SAR=17;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419856;STB=0.529128;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0230878;OID=.;OPOS=44396790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:73:74:33:33:0.308411:17:16:38:35:17:16:39:35 chr1 44401384 . A G 800.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.5;QD=64.0395;RBI=0.0624713;REFB=0;REVB=0.0441422;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567736;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr1 44415415 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0325217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.86;QD=13.2303;RBI=0.0329445;REFB=-0.0148076;REVB=0.00526102;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944771;STB=0.554851;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0288406;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:21:8:6:11:21:8 chr1 44442930 . A G 618.59 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.00124252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.329;QD=17.6739;RBI=0.0218053;REFB=0.00289702;REVB=0.0217699;RO=76;SAF=40;SAR=24;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163265;STB=0.59088;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00488711;OID=.;OPOS=44442930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:24:40:35:41:24:40:35:41 chr1 44451234 . C T 310.4 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0382565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2179;QD=23.4266;RBI=0.0548244;REFB=0.00333702;REVB=-0.0392703;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292721;STB=0.525531;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00246656;OID=.;OPOS=44451234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:16:15:11:10:16:15:12:10 chr1 44466606 . G A 168.51 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0412874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2946;QD=16.0486;RBI=0.059086;REFB=-0.00172302;REVB=0.0422671;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213163;STB=0.622811;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00513536;OID=.;OPOS=44466606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:13:11:12:6:13:11 chr1 44468235 . G A 370.13 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0239419;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.495;QD=19.4803;RBI=0.0352412;REFB=-0.0137607;REVB=0.0258599;RO=38;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229769;STB=0.628308;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0134994;OID=.;OPOS=44468235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:27:11:20:18:27:11:20:18 chr1 44595047 . T A 272.63 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0203915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.162;QD=14.9384;RBI=0.0236091;REFB=-0.00488567;REVB=0.0118985;RO=42;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188033;STB=0.510651;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00800298;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:12:19:25:17:12:19:25:17 chr1 44595113 . G C 1326.27 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.828;QD=60.9778;RBI=0.0557687;REFB=-0.11427;REVB=0.0123313;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129119;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:87:0:0:82:87:1:37:45:0:0:38:49:0:0 chr1 44595410 . A G 58.0 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0222427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5045;QD=13.6469;RBI=0.0230073;REFB=-0.0472795;REVB=-0.00588206;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.599716;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0127984;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:1:7:6:2:1:7:7:2 chr1 44595426 . G A 169.41 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.022756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.191;QD=24.202;RBI=0.0407105;REFB=-0.0245181;REVB=0.0337567;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232167;STB=0.634705;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0213756;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:8:8:9:2:9:8:9:2 chr1 44788397 . CA C,CT 412.63 PASS AF=0.4,0.6;AO=12,18;DP=30;FAO=12,18;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12,8;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242346,0.0261052;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.893,162.318;QD=55.0167;RBI=0.0282693,0.0261392;REFB=0,0;REVB=0.0145547,0.00133225;RO=0;SAF=12,8;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0199105,0.010201;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:12,18:30:12,18:30:0:12,8:0,10:0:0:76:0:12,8:0,10:0:0 chr1 45189820 . G T 428.55 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00163245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.109;QD=19.4796;RBI=0.0294858;REFB=0.00648047;REVB=0.0294406;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144805;STB=0.580405;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00722038;OID=.;OPOS=45189820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:24:19:27:18:24:19:27:18 chr1 45285585 . T A 187.63 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0138789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.131;QD=12.7207;RBI=0.0172458;REFB=0.00446555;REVB=0.0102369;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291251;STB=0.511268;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00610334;OID=.;OPOS=45285585;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:36:22:23:0.389831:13:9:14:20:13:10:15:21 chr1 45285640 . T C 233.53 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0207674;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.499;QD=23.3528;RBI=0.0207826;REFB=0.00301913;REVB=-0.000794352;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637118;STB=0.535681;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00197907;OID=.;OPOS=45285640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:7:11:15:7:7:11 chr1 45285664 . G A 411.38 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4783;QD=56.7418;RBI=0.0221218;REFB=0;REVB=0.0210813;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117799;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr1 45504720 . G C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.901;QD=52.6031;RBI=0.0152617;REFB=0;REVB=0.00441024;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00017e-05;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1395.13 PASS AF=0,1;AO=48,90;DP=157;FAO=0,160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=0,114;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044515,-0.153554;FXX=0.0123449;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=147.911,13.7644;QD=34.8782;RBI=0.0447854,0.193434;REFB=0.0156613,-0.0718911;REVB=-0.00491442,0.117634;RO=9;SAF=34,72;SAR=14,18;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.226488,0.187902;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0240725;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:48,90:157:0,160:160:0:0,114:0,46:0:0:23:9:34,72:14,18:0:9 chr1 45797505 . C G 393.06 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0416472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.764;QD=33.452;RBI=0.0451656;REFB=-0.023597;REVB=-0.0174769;RO=15;SAF=15;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404847;STB=0.522075;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0112066;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:17:15:6:9:17:15:6:9 chr1 45805566 . G C 796.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.079;QD=56.9071;RBI=0.0340279;REFB=0;REVB=0.015752;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200589;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:39:14:0:0:40:16:0:0 chr1 45810091 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0136837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.399;QD=16.4263;RBI=0.017856;REFB=-0.0179239;REVB=-0.0114714;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0163842;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:7:4:3:8:7:4 chr1 45960746 . GGC G,GG 547.58 PASS AF=1,0;AO=9,18;DP=58;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941224,-0.326465;FXX=0.0338926;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=16.6029,8.7105;QD=38.4269;RBI=0.145747,0.642926;REFB=0,0;REVB=-0.111279,0.553873;RO=10;SAF=7,18;SAR=2,0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0.472222,0;SSEP=0,0.536585;SSSB=0.43731,0.854162;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0275389,0;OID=.,.;OPOS=45960747,45960748;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,18:58:57,0:57:0:48,0:9,0:0:0:10:10:7,18:2,0:3:7 chr1 45962137 . T C 329.3 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.021031;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.217;QD=20.5814;RBI=0.0308922;REFB=-0.0233245;REVB=0.022628;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19198;STB=0.589364;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0211581;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:30:34:34:0.53125:15:19:9:19:15:19:11:19 chr1 45973928 . G A 120.84 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0379685;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.445;QD=23.0167;RBI=0.0381699;REFB=-0.0155784;REVB=-0.00391642;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.581968;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0103375;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:7:8:13:13:0.619048:7:6:2:5:7:6:2:6 chr1 46073489 . G A 104.02 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00983278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1289;QD=19.8139;RBI=0.0812246;REFB=-0.0037112;REVB=0.0806273;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188266;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00759272;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:5:6:7:2:6:6:7:2 chr1 46078854 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0255372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.274;QD=9.84358;RBI=0.0257195;REFB=-0.0172491;REVB=-0.00305678;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282547;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:8:12:6:4:8:12 chr1 46078884 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0017101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.17;QD=10.9409;RBI=0.0128108;REFB=-0.0164208;REVB=-0.0126961;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212963;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:9:11:6:5:9:11 chr1 46086077 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0302914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.313;QD=14.6539;RBI=0.0347284;REFB=-0.0154728;REVB=-0.0169851;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156834;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr1 46087577 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0129279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.333;QD=18.163;RBI=0.0361685;REFB=-0.0194986;REVB=0.0337791;RO=42;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123508;STB=0.569239;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0227782;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:27:11:17:25:27:11:17:25 chr1 46094027 . A G 329.75 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0261584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6772;QD=18.3191;RBI=0.0475111;REFB=0.0250676;REVB=-0.0396616;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139142;STB=0.577844;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0211743;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:12:23:19:18:12:23:19:18 chr1 46095272 . T C 207.4 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0149214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9189;QD=17.6513;RBI=0.0562946;REFB=-0.000710184;REVB=-0.0542811;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.511268;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000391181;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:21:21:0.446809:6:15:19:6:6:15:19:7 chr1 46379518 . A G 1245.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.884;QD=61.519;RBI=0.0327661;REFB=0;REVB=-0.0062904;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16258e-05;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr1 46476587 . T G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0997;QD=55.0957;RBI=0.0545515;REFB=0;REVB=0.00335403;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902234;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chr1 46493460 . T G 1140.75 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0224969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5503;QD=53.6823;RBI=0.023013;REFB=0.000330283;REVB=0.00484604;RO=6;SAF=55;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557812;STB=0.529566;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=8.55221e-06;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:24:55:2:4:24:55:2:4 chr1 46496709 . A G 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000640579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8285;QD=62.1577;RBI=0.0141123;REFB=0;REVB=0.0140977;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11176e-05;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr1 46498375 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.642;QD=56.9356;RBI=0.0134865;REFB=0;REVB=-0.00649111;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.232e-05;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 46521517 . G A,T 695.5 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109809,-0.00600458;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.701,152.436;QD=55.6399;RBI=0.0159876,0.0223255;REFB=0,0;REVB=-0.0116199,-0.0215029;RO=0;SAF=22,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000927571,0.0671551;OID=.,.;OPOS=46521517,46521517;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:26,1:22,1:0:0:26,1:22,1:0:0 chr1 46521559 . A T 743.21 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.629;QD=63.2516;RBI=0.0187118;REFB=0;REVB=0.0165708;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61489e-05;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr1 46655158 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.784;QD=57.177;RBI=0.0332817;REFB=0;REVB=0.0179058;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78217e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 46660295 . T C 746.43 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3717;QD=63.5257;RBI=0.0295522;REFB=0;REVB=0.0159805;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45691e-05;OID=.;OPOS=46660295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr1 46807597 . G A 260.52 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00309327;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.932;QD=14.275;RBI=0.00310004;REFB=-0.00685398;REVB=0.000204754;RO=43;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093201;STB=0.553037;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0157417;OID=.;OPOS=46807597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:12:18:22:21:12:18:22:21 chr1 46807711 . C T 263.69 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0143694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9485;QD=19.5327;RBI=0.0252381;REFB=-0.0250516;REVB=0.020748;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12433;STB=0.57656;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.021476;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:28:28:0.518519:15:13:8:17:15:13:8:18 chr1 46808042 . C T 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0650174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.68;QD=24.1899;RBI=0.0741244;REFB=-0.0459726;REVB=0.0355972;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154316;STB=0.588073;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0264241;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:2:4:10:2:2:4 chr1 46827456 . A G 448.47 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.000780982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.824;QD=18.6863;RBI=0.0112548;REFB=-0.0105113;REVB=-0.0112277;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190739;STB=0.511106;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0105785;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:44:45:0.46875:22:22:24:26:22:23:25:26 chr1 46828360 . C T 481.39 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0144111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189;QD=15.9136;RBI=0.0150512;REFB=0.000589246;REVB=0.00434262;RO=64;SAF=21;SAR=32;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237099;STB=0.615532;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000789814;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:68:53:53:0.438017:32:21:41:23:32:21:41:27 chr1 46870761 . C A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0234496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.122;QD=20.5427;RBI=0.0236351;REFB=-0.0154675;REVB=0.00295542;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181461;STB=0.603081;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0160485;OID=.;OPOS=46870761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:19:5:9:16:19:5:9:16 chr1 46871986 . T C 870.82 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4643;QD=56.1821;RBI=0.0293894;REFB=-0.032474;REVB=0.0270084;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00137638;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:36:25:0:0:36:25:0:1 chr1 46978497 . C T 2320.32 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116343;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.714;QD=62.2906;RBI=0.0128509;REFB=-0.079729;REVB=0.00545794;RO=2;SAF=46;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554027;STB=0.502913;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-2.57894e-05;OID=.;OPOS=46978497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:101:46:1:1:101:46:1:1 chr1 47013364 . T C 669.82 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.883;QD=62.3089;RBI=0.0212277;REFB=0;REVB=0.012753;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120059;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:26:17:0:0 chr1 47059934 . T C 1482.44 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.836;QD=61.1316;RBI=0.0300703;REFB=-0.0730191;REVB=0.0225989;RO=1;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854429;STB=0.501668;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00274303;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:1:2:95:95:0.979381:55:40:0:1:55:40:1:1 chr1 47078637 . T C 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.067;QD=59.9947;RBI=0.0493038;REFB=0;REVB=0.00792647;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68791e-05;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr1 47080679 . G A 538.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7005;QD=59.8012;RBI=0.0286701;REFB=0;REVB=-0.00331839;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038025;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 47131319 . A T 1026.31 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.919;QD=59.496;RBI=0.0115244;REFB=0;REVB=-0.00109617;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84828e-05;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:35:34:0:0 chr1 47138819 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.091;QD=52.6125;RBI=0.0154781;REFB=0;REVB=0.0123492;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286503;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 47280746 . GAT G 211.11 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00212142;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.652;QD=16.2392;RBI=0.0352025;REFB=-0.0186138;REVB=0.0351385;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143808;STB=0.598333;STBP=0.207;TYPE=del;VARB=0.0176963;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:23:51:24:52:28:11:13:18:10:99:27:11:12:17:10 chr1 47280859 . G A 473.61 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=127;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00796757;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.025;QD=14.6855;RBI=0.0430803;REFB=-0.0127361;REVB=-0.0423371;RO=74;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138171;STB=0.570571;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0153394;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:74:76:52:53:0.410853:24:28:30:44:25:28:31:45 chr1 47280884 . C T 536.81 PASS AF=0.42963;AO=57;DP=134;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0117137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.392;QD=15.9056;RBI=0.0210311;REFB=0.000479569;REVB=0.017467;RO=77;SAF=27;SAR=30;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196991;STB=0.506291;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000705437;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:77:77:57:58:0.42963:30:27:35:42:31:27:35:42 chr1 47282772 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00877368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.836;QD=11.6231;RBI=0.0194286;REFB=-0.00644491;REVB=-0.0173347;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085017;STB=0.541628;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00865442;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:13:9:18:19:13:9:18:20 chr1 47395973 . G A 250.0 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0243952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2628;QD=9.99982;RBI=0.0248261;REFB=-0.00681067;REVB=-0.00460511;RO=67;SAF=12;SAR=19;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906904;STB=0.564314;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0169665;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:69:31:31:0.31:19:12:31:36:19:12:33:36 chr1 47398496 . A G 371.71 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.046055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.938;QD=14.1603;RBI=0.0463424;REFB=0.00611898;REVB=0.00515381;RO=61;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19327;STB=0.604348;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00677396;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:62:42:43:0.409524:17:25:25:36:18:25:25:37 chr1 47399967 . G A 169.68 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00132272;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3554;QD=23.4042;RBI=0.0166065;REFB=-0.00568788;REVB=-0.0165538;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233275;STB=0.630992;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00463071;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:8:4:11:6:8:4 chr1 47571902 . C T 373.32 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.89;QD=55.3074;RBI=0.0102296;REFB=0;REVB=0.00229282;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020393;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:10:17:0:0 chr1 47571905 . C T 322.71 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00178132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9998;QD=47.8091;RBI=0.0803293;REFB=-0.0568353;REVB=0.0803095;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579364;STB=0.531225;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00497129;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:10:15:2:0:10:15:2:0 chr1 47607281 . C T 1544.88 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174928;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.703;QD=63.7064;RBI=0.018893;REFB=0;REVB=-0.00713781;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195297;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:58:38:0:0:58:39:0:0 chr1 47607785 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.928;QD=55.0985;RBI=0.0340474;REFB=0;REVB=0.0337435;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141632;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 47607851 . A T 651.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.822;QD=62.0907;RBI=0.0189257;REFB=0;REVB=-0.00788895;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5148e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:12:29:0:0:12:30:0:0 chr1 47608983 . G T 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.02352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2691;QD=58.6503;RBI=0.0399393;REFB=-0.115355;REVB=-0.0322794;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00261439;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr1 47609489 . T C 1081.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.464;QD=59.2733;RBI=0.0455195;REFB=0;REVB=-0.0423051;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47186e-05;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:69:73:1:28:41:0:0:28:45:0:0 chr1 47610065 . A C 283.09 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0163538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3751;QD=17.421;RBI=0.0275342;REFB=-0.00435243;REVB=-0.0221514;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236529;STB=0.632112;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0035727;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:23:11:18:13:23:11 chr1 47610590 . A C 237.75 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00869209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.326;QD=9.50992;RBI=0.0138058;REFB=-0.00915338;REVB=-0.010726;RO=70;SAF=15;SAR=15;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509368;STB=0.52998;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0183757;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:70:30:30:0.3:15:15:32:38:15:15:32:38 chr1 47611598 . T C 2121.91 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6708;QD=62.4091;RBI=0.0415377;REFB=0;REVB=0.0241528;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191075;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:0:0:130:136:1:63:67:0:0:64:72:0:0 chr1 47614434 . C T 169.56 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00809202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6791;QD=19.3787;RBI=0.0609767;REFB=-0.0198778;REVB=0.0604373;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55016;STB=0.734373;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0213886;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:15:1:7:10:16:2:7:10 chr1 47653037 . C T 300.4 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0180859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4363;QD=19.0732;RBI=0.0691201;REFB=-0.00185034;REVB=0.066712;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980847;STB=0.554638;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00451228;OID=.;OPOS=47653037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:14:17:14:18:14:17 chr1 47685455 . T C 715.47 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00811707;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.393;QD=53.9978;RBI=0.00871756;REFB=-0.111502;REVB=0.00317946;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000987749;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:28:23:0:1:29:23:0:1 chr1 47717189 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00264927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.133;QD=17.3781;RBI=0.00360688;REFB=0.00523191;REVB=0.00244764;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00525023;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:3:7:5:6:3:7 chr1 47746678 . G C 413.64 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0133056;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.302;QD=18.5905;RBI=0.0164611;REFB=-0.0148523;REVB=-0.00969169;RO=46;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144283;STB=0.575963;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0156315;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:46:47:42:42:0.47191:28:14:22:24:28:14:22:25 chr1 47767914 . G A 205.02 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00803078;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.1;QD=14.3873;RBI=0.016989;REFB=-0.00450238;REVB=0.0149711;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117892;STB=0.567554;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00955982;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:7:17:20:13:7:17:20:13 chr1 47799639 . G C 291.51 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0503915;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8286;QD=14.3957;RBI=0.110663;REFB=-0.065273;REVB=-0.0985236;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.577208;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.079152;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:47:33:34:0.419753:11:22:26:22:11:23:26:21 chr1 47842431 . G A 824.09 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00783041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2878;QD=54.0389;RBI=0.0408144;REFB=-0.129877;REVB=0.0400562;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.500278;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0252423;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:1:2:58:59:0.967213:29:29:0:1:30:29:1:1 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 1354.71 PASS AF=0.0204082,0,0.979592;AO=22,10,58;DP=95;FAO=2,0,96;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,55;FSAR=1,0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566446,-0.130989,0.184251;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=19.3134,6.19908,24.2498;QD=55.2944;RBI=0.12864,0.143771,0.199758;REFB=0,0,0;REVB=-0.115498,-0.0592614,-0.0771675;RO=3;SAF=18,10,22;SAR=4,0,36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.071084,0,-0.0600835;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0894752,-0.0285994,0.0332598;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0204082,0,0.979592:22,10,58:95:2,0,96:98:0:1,0,55:1,0,41:0:0:7:3:18,10,22:4,0,36:3:0 chr1 47883019 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.009;QD=53.9112;RBI=0.0485192;REFB=0;REVB=0.0146423;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21852e-05;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chr1 47883024 . A G 375.3 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1091;QD=55.5994;RBI=0.0160324;REFB=0;REVB=-0.00439295;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158057;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:21:1:0:0:26:1:0:0 chr1 47906338 . G A 1877.75 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.492;QD=61.5655;RBI=0.0242182;REFB=0;REVB=0.0160778;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9305e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:57:64:0:0:57:65:0:0 chr1 48694594 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0114727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.463;QD=25.2442;RBI=0.0118199;REFB=-0.0238863;REVB=-0.00284388;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643703;STB=0.535689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0155608;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:10:12:13:15:10:12 chr1 48697226 . T C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0179998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.244;QD=14.8438;RBI=0.0184328;REFB=-0.023012;REVB=-0.00397176;RO=60;SAF=20;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637649;STB=0.535886;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0337505;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:24:20:31:29:24:20:31:29 chr1 48697733 . T G 1541.09 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.1;QD=58.1544;RBI=0.0225409;REFB=0;REVB=0.0191155;RO=1;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177412;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:1:0:104:106:1:58:46:0:1:60:46:0:0 chr1 48697781 . C T 298.41 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0151893;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.498;QD=14.21;RBI=0.0163621;REFB=-0.0166526;REVB=-0.00608297;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109151;STB=0.574954;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0236903;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:50:32:34:0.404762:21:11:22:28:23:11:22:28 chr1 48713100 . C A 854.27 PASS AF=0.52795;AO=85;DP=161;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.011199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.914;QD=21.2241;RBI=0.0158153;REFB=-0.0394415;REVB=0.0111672;RO=76;SAF=48;SAR=37;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241009;STB=0.513196;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0254148;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:76:76:85:85:0.52795:37:48:45:31:37:48:45:31 chr1 48713394 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0154837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.035;QD=16.0426;RBI=0.0180523;REFB=-0.00227961;REVB=0.00928126;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180399;STB=0.603143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00289753;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:17:9:10:9:17:9 chr1 49224584 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.874;QD=51.1846;RBI=0.0151696;REFB=0;REVB=0.00199195;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22177e-05;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 49511424 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9045;QD=57.8846;RBI=0.0549739;REFB=0;REVB=-0.00494155;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434559;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 50661411 . C T 753.56 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0956034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.066;QD=60.2849;RBI=0.0977723;REFB=-0.0449836;REVB=0.0204798;RO=1;SAF=11;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408476;STB=0.506664;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00036068;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:37:11:1:0:37:12:0:1 chr1 50666515 . C T 1456.39 PASS AF=0.954128;AO=100;DP=105;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.024216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.7638;QD=53.4455;RBI=0.0421934;REFB=-0.12799;REVB=0.0345524;RO=5;SAF=43;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156028;STB=0.506846;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00646371;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:105:109:5:5:100:104:0.954128:57:43:3:2:57:47:3:2 chr1 51180676 . C A 100.58 PASS AF=0.325581;AO=9;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.130413;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.378;QD=9.35613;RBI=0.133985;REFB=-0.0203009;REVB=-0.0307281;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.510623;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0963301;OID=.;OPOS=51180676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:44:43:26:27:9:14:0.325581:5:4:11:15:8:6:12:15 chr1 51737446 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0417348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.009;QD=21.7469;RBI=0.0418017;REFB=-0.0400448;REVB=-0.0023645;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108993;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0325965;OID=.;OPOS=51737446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:11:11:7:12:11:11:8:12 chr1 51737459 . CAA ACA,CA,CAC 253.18 PASS AF=0,0.846154,0.153846;AO=3,6,6;DP=39;FAO=0,33,6;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,13,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.457522,0.981646,0.0747856;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=15.3858,7.78606,215.318;QD=25.9674;RBI=0.475319,0.981866,0.0827546;REFB=0,0,0;REVB=-0.128846,0.0207748,-0.0354323;RO=19;SAF=0,1,0;SAR=3,5,6;SRF=18;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.319149,0;SSSB=-0.823889,-0.751748,-0.848915;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0217362,0.129839;OID=.,.,.;OPOS=51737459,51737460,51737461;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=ACA,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:35:39:39:19:0:3,6,6:0,33,6:0,0.846154,0.153846:3,5,6:0,1,0:18:1:0,13,6:0,20,0:0:0 chr1 51873951 . G A 1492.91 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0082331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.721;QD=58.5456;RBI=0.0136918;REFB=-0.0862835;REVB=0.0109399;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00031468;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:102:0:1:99:101:0.990196:51:48:0:0:51:50:0:1 chr1 52266242 . G A 742.87 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513421;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.255;QD=57.144;RBI=0.0113678;REFB=0;REVB=-0.0101423;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324719;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 52290984 . T G 1300.13 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0786701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9392;QD=60.471;RBI=0.0850962;REFB=-0.0935978;REVB=0.0324404;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997129;STB=0.505262;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00169539;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:83:85:0.988372:47:36:0:1:47:38:0:1 chr1 52306063 . ATCTTCTTCTTCT ATCTTCTTCT,ATCTTCTTCTTCC 191.35 PASS AF=0.8,0.1;AO=15,2;DP=20;FAO=16,2;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9,2;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00913906,0.0374939;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=147.334,56.1685;QD=38.2698;RBI=0.050163,0.049803;REFB=0.00524471,0.00573844;REVB=0.0493235,-0.0327803;RO=3;SAF=8,2;SAR=7,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14342,0;STB=0.549939,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=del,snp;VARB=0.01501,-0.035987;OID=.,.;OPOS=52306064,52306075;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATCTTCTTCT,ATCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.1:15,2:20:16,2:20:2:9,2:7,0:2:0:10:3:8,2:7,0:3:0 chr1 52439128 . G GT 1667.49 PASS AF=1;AO=106;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339856;FXX=0.0263135;HRUN=0;LEN=1;MLLD=190.33;QD=60.0899;RBI=0.0345463;REFB=0;REVB=0.00619889;RO=1;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.27917e-05;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:111:111:111:0:67:44:0:0:9:1:65:41:0:1 chr1 52889178 . C G 808.13 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=193;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0077162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.416;QD=16.7487;RBI=0.0280657;REFB=-0.0167042;REVB=0.0269841;RO=106;SAF=36;SAR=49;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677001;STB=0.543227;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.027239;OID=.;OPOS=52889178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:106:108:85:85:0.440415:49:36:52:54:49:36:54:54 chr1 52991638 . C G,T 678.6 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=3,41;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229684,-0.0796135;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9624,112.184;QD=61.6912;RBI=0.0353385,0.0797013;REFB=0,0;REVB=-0.0268563,0.0037404;RO=0;SAF=2,17;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145641,0.00505096;OID=.,.;OPOS=52991638,52991638;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:3,41:1,43:0.0227273,0.977273:1,24:2,17:0:0:0,25:1,18:0:0 chr1 53072454 . T C 747.47 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0169281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.246;QD=51.5497;RBI=0.0171004;REFB=-0.142396;REVB=0.00242163;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.507235;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000606133;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:0:3:55:55:0.948276:29:26:0:0:29:26:1:2 chr1 53250650 . G A 905.72 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0990035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.74;QD=53.2774;RBI=0.113833;REFB=-0.19804;REVB=0.0561803;RO=4;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260417;STB=0.514281;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0123579;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:4:2:64:66:0.970588:33:31:1:3:34:32:0:2 chr1 53535478 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.775;QD=63.5814;RBI=0.0345226;REFB=0;REVB=0.0336779;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222173;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 53537266 . G A 995.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313627;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3158;QD=59.4517;RBI=0.0603263;REFB=0;REVB=0.0515329;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150357;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr1 53544289 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0103195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.576;QD=19.1085;RBI=0.0114516;REFB=-0.0168028;REVB=-0.00496455;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437865;STB=0.749499;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00995767;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:0:6:3:6:0:6 chr1 53544439 . G A 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0366029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.722;QD=8.56674;RBI=0.0370632;REFB=-0.0236946;REVB=0.00582338;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18829;STB=0.615218;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0504194;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:18:19:5:9:18:19 chr1 53544513 . C T 179.6 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0413671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7926;QD=15.6175;RBI=0.0428238;REFB=-0.0167704;REVB=0.0110745;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr1 53544597 . T C 254.34 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0228198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.247;QD=15.4143;RBI=0.024582;REFB=-0.0172276;REVB=0.00913953;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169154;STB=0.502091;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.021051;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:14:15:18:18:14:15:19:18 chr1 53553702 . A G 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.942;QD=57.708;RBI=0.032027;REFB=0;REVB=0.0141341;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164899;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr1 53553754 . T C 406.19 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0141827;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.315;QD=22.2568;RBI=0.0240341;REFB=-0.0384229;REVB=0.0194033;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445815;STB=0.529559;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0257999;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:39:40:0.547945:21:18:17:16:22:18:17:16 chr1 53558270 . A G 715.53 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965746;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4116;QD=57.242;RBI=0.0578799;REFB=0;REVB=0.0570686;RO=0;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644568;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:10:40:0:0:10:40:0:0 chr1 53558366 . T C 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0187068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=28.0213;RBI=0.018913;REFB=-0.013664;REVB=0.00278529;RO=18;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133289;STB=0.572985;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0106306;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:9:19:15:3:9:19:15:3 chr1 53600078 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00929497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.763;QD=14.6686;RBI=0.0266816;REFB=-0.000864182;REVB=-0.0250102;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170092;STB=0.57686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00134776;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:11:13:11:19:11:13:13:19 chr1 53676401 . T G 341.99 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00689764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.381;QD=29.7386;RBI=0.021678;REFB=-0.00750658;REVB=-0.0205513;RO=12;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24592;STB=0.593016;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00466343;OID=.;OPOS=53676401;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:12:15:28:28:0.608696:15:13:11:1:15:13:11:4 chr1 53676448 . G A 325.76 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000639738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.164;QD=24.586;RBI=0.0132101;REFB=-0.0124755;REVB=-0.0131946;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130483;STB=0.57172;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0107085;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:13:8:18:14:13:8 chr1 53679878 . T C 161.64 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0519798;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6956;QD=11.9732;RBI=0.0600934;REFB=0.00892291;REVB=-0.0301549;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156563;STB=0.5999;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0147067;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:34:20:20:0.37037:8:12:16:19:8:12:15:19 chr1 53684525 . C G 339.69 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.066;QD=54.3511;RBI=0.0515993;REFB=0;REVB=0.0331505;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676899;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:18:25:1:5:13:0:0:9:16:0:0 chr1 53716416 . G A 1331.63 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013403;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.616;QD=61.9361;RBI=0.0493041;REFB=0;REVB=0.0474474;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138694;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:30:55:0:0:30:56:0:0 chr1 53732315 . G T 1122.09 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025259;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.009;QD=60.6533;RBI=0.03771;REFB=0;REVB=0.0280006;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114811;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr1 53792651 . A C 505.6 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.011394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.407;QD=20.2241;RBI=0.0201526;REFB=-0.00232827;REVB=-0.0166224;RO=51;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534125;STB=0.529593;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00375728;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:26:23:21:30:26:23:21:30 chr1 53793511 . T C 74.05 PASS AF=0.692308;AO=7;DP=11;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0527392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1199;QD=22.7831;RBI=0.168675;REFB=-0.0409742;REVB=0.160218;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290716;STB=0.666324;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.014611;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:13:4:4:7:9:0.692308:3:4:4:0:5:4:4:0 chr1 53995515 . G A 352.77 PASS AF=0.507692;AO=28;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.105917;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5182;QD=21.7089;RBI=0.230119;REFB=0.0159285;REVB=0.204295;RO=9;SAF=18;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419059;STB=0.561896;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00670479;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:9:27:28:33:0.507692:10:18:5:4:15:18:11:16 chr1 54258880 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0552297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.449;QD=14.3343;RBI=0.0552446;REFB=-0.00237777;REVB=0.00128053;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17981;STB=0.603575;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0020544;OID=.;OPOS=54258880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:1:9:7:2:1:9 chr1 54562444 . A G 253.31 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0287802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.898;QD=12.826;RBI=0.0298154;REFB=-0.00620982;REVB=-0.00778832;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967173;STB=0.564663;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00612433;OID=.;OPOS=54562444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:49:29:30:0.379747:15:14:28:21:16:14:28:21 chr1 54564485 . G A 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00322785;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.191;QD=15.7718;RBI=0.010403;REFB=-0.0157595;REVB=-0.00988951;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173626;STB=0.597284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0230118;OID=.;OPOS=54564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:33:33:27:27:0.45:16:11:8:25:16:11:8:25 chr1 54571318 . C T 80.46 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00448836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.243;QD=17.8794;RBI=0.0184668;REFB=0.00324356;REVB=0.0179131;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.785214;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00105239;OID=.;OPOS=54571318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:18:1:8:15:10:0.555556:6:9:1:0:7:3:8:0 chr1 54606804 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.21;QD=56.7066;RBI=0.00970062;REFB=0;REVB=0.00871578;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72042e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 54607051 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.672;QD=57.6785;RBI=0.0182364;REFB=0;REVB=0.00183389;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76099e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 54637167 . T C 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00649771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.186;QD=57.381;RBI=0.0174287;REFB=-0.0500453;REVB=0.0161721;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000697481;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:14:23:0:0:14:23:1:0 chr1 54637417 . G A 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0014988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.235;QD=60.0657;RBI=0.0272466;REFB=0.114952;REVB=0.0272054;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000476908;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:1:0:40:41:1:0 chr1 54637697 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.025;QD=57.2373;RBI=0.0325575;REFB=0;REVB=0.0226368;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118521;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 54661150 . C T 56.92 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0391852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.824;QD=12.6499;RBI=0.0920371;REFB=-0.0254064;REVB=0.0832787;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562132;STB=0.533254;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0390645;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:9:1:1:7:9:1 chr1 54678305 . C G 228.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0351251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5997;QD=13.829;RBI=0.0407872;REFB=-0.0318918;REVB=-0.0207321;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573038;STB=0.532697;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0390868;OID=.;OPOS=54678305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:21:18:11:16:21:18 chr1 54681920 . G C 272.39 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0218559;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.978;QD=12.2424;RBI=0.0251066;REFB=-0.0159762;REVB=0.0123556;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121758;STB=0.57632;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0348066;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:32:32:0.359551:20:12:27:29:20:12:28:29 chr1 54683856 . C G 581.69 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0422772;FXX=0.0230751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7686;QD=18.321;RBI=0.0423642;REFB=-0.00433876;REVB=0.00271329;RO=68;SAF=30;SAR=30;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703907;STB=0.535421;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0061836;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:68:67:60:60:0.472441:30:30:39:29:30:30:38:29 chr1 54683925 . G A 402.71 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0283936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.845;QD=19.1766;RBI=0.040082;REFB=-0.0207958;REVB=0.0282908;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187059;STB=0.598317;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0219969;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:25:16:25:17:25:16:25:18 chr1 54686374 . T C 201.27 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0180596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3992;QD=13.881;RBI=0.0224892;REFB=-0.0109447;REVB=-0.013402;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160994;STB=0.599917;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0152733;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:14:10:19:14:14:10:20:14 chr1 54686464 . C T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0350255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0383;QD=18.4895;RBI=0.045202;REFB=-0.0109371;REVB=-0.0285733;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630464;STB=0.535682;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0146549;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:17:9:9:13:17:9 chr1 54704567 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.995;QD=44.689;RBI=0.0841943;REFB=0;REVB=-0.0745503;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035793;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 54704629 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.881;QD=59.8391;RBI=0.0392484;REFB=0;REVB=-0.0370151;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46603e-05;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 55050406 . G A 622.04 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00680495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.307;QD=18.1618;RBI=0.00911608;REFB=-0.0100389;REVB=0.00606594;RO=73;SAF=25;SAR=39;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165397;STB=0.591831;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0140456;OID=.;OPOS=55050406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:39:25:41:32:39:25:41:32 chr1 55060251 . C T 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00997531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.63;QD=16.5067;RBI=0.0251873;REFB=-0.0227475;REVB=-0.0231278;RO=50;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203808;STB=0.614694;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0236153;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:14:25:22:28:14:25:22:28 chr1 55064980 . G A 492.36 PASS AF=0.490909;AO=52;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.000194144;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5764;QD=17.9039;RBI=0.0321919;REFB=-0.0240703;REVB=-0.0321913;RO=54;SAF=28;SAR=24;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503108;STB=0.545315;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0354023;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:56:52:54:0.490909:24:28:32:22:26:28:34:22 chr1 55075062 . C T 110.36 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0278613;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.027;QD=15.7655;RBI=0.0325421;REFB=-0.00652097;REVB=-0.0168148;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722219;STB=0.529367;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00708189;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:15:13:13:0.464286:5:8:9:4:5:8:10:5 chr1 55075122 . C G 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0281885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4878;QD=20.4027;RBI=0.044771;REFB=0.00778777;REVB=-0.0347829;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140828;STB=0.577732;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00831243;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:21:7:13:19:21:7 chr1 55118566 . C G 1114.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.912;QD=60.2204;RBI=0.0592359;REFB=0;REVB=0.0337763;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55226e-05;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:74:0:0:66:74:1:41:25:0:0:41:33:0:0 chr1 55119144 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00346633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.838;QD=18.1539;RBI=0.0242021;REFB=-0.00950168;REVB=0.0239526;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415161;STB=0.710899;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00391988;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:25:21:21:0.456522:5:16:7:15:5:16:10:15 chr1 55119289 . G C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0228448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5322;QD=20.7379;RBI=0.0233326;REFB=-0.0256104;REVB=-0.00474581;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247442;STB=0.639842;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0151524;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:6:10:6:12:6:10 chr1 55119515 . T G 413.19 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.015373;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.684;QD=18.5701;RBI=0.0233396;REFB=-0.0237077;REVB=-0.0175615;RO=47;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131221;STB=0.573;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0342745;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:42:42:0.47191:21:21:17:30:21:21:17:30 chr1 55119546 . A G 1166.77 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.555;QD=59.8346;RBI=0.105771;REFB=0;REVB=0.0312605;RO=0;SAF=17;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272926;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:78:0:0:69:78:1:52:17:0:0:53:25:0:0 chr1 55136529 . T C 880.05 PASS AF=0.559211;AO=86;DP=152;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0257755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8733;QD=23.1592;RBI=0.0541104;REFB=-0.0403652;REVB=0.0475769;RO=64;SAF=43;SAR=43;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735154;STB=0.545303;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0309532;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:64:67:86:85:0.559211:43:43:38:26:43:42:40:27 chr1 55139741 . A G 1623.49 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.431;QD=60.1292;RBI=0.0105258;REFB=0;REVB=7.87871e-05;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21266e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:48:57:0:0:51:57:0:0 chr1 55167773 . T A 2362.02 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275774;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4932;QD=64.2727;RBI=0.0554484;REFB=0;REVB=0.0553798;RO=0;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120856;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:145:147:1:64:81:0:0:65:82:0:0 chr1 55182300 . T A 1476.34 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307055;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3511;QD=63.4987;RBI=0.0315643;REFB=0;REVB=-0.00731291;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148836;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr1 55224131 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0204646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2162;QD=16.6265;RBI=0.0478609;REFB=-0.00621598;REVB=-0.043265;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301241;STB=0.670362;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00266152;OID=.;OPOS=55224131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:12:2:6:7:12:2 chr1 55224751 . C A 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0692089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9696;QD=17.7253;RBI=0.0870799;REFB=0.0209823;REVB=-0.0528492;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0230347;OID=.;OPOS=55224751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr1 55251689 . T C 850.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.702;QD=57.6907;RBI=0.0477367;REFB=0;REVB=0.0473481;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13693e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr1 55277599 . T C 785.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8124;QD=64.1214;RBI=0.0996296;REFB=0;REVB=-0.0796221;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151122;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 55319902 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.089;QD=57.2367;RBI=0.017394;REFB=0;REVB=0.00294737;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65137e-05;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr1 55523033 . A G 1769.57 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0618;QD=59.9855;RBI=0.0668752;REFB=-0.132248;REVB=-0.0658162;RO=2;SAF=51;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197031;STB=0.504854;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00095347;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:2:1:116:117:0.991525:65:51:1:1:66:51:1:0 chr1 55524197 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.018;QD=59.6794;RBI=0.0166946;REFB=0;REVB=-0.0165958;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2966e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:31:39:0:0 chr1 55524237 . G A 1361.98 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656898;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.525;QD=62.6196;RBI=0.0269244;REFB=0;REVB=0.0261108;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76542e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:38:48:0:0:38:49:0:0 chr1 55529187 . G A 1376.04 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0275996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.799;QD=59.1847;RBI=0.0333173;REFB=0.00111707;REVB=0.018663;RO=3;SAF=43;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115567;STB=0.506101;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=2.69414e-05;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:47:43:2:1:47:43:2:1 chr1 55541174 . A G 865.5 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488673;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.037;QD=57.6997;RBI=0.0108213;REFB=0;REVB=0.00965513;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674478;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr1 55638075 . G A 1208.28 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.894;QD=59.668;RBI=0.0456781;REFB=-0.108917;REVB=-0.0423568;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00036834;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:0:1:78:80:0.987654:30:48:0:0:30:50:1:0 chr1 55839117 . G T 540.27 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00622185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.192;QD=22.0518;RBI=0.0122943;REFB=-0.00779149;REVB=-0.0106037;RO=47;SAF=36;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889902;STB=0.549217;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00707697;OID=.;OPOS=55839117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:15:36:29:18:15:36:29:18 chr1 55842312 . G C 332.67 PASS AF=0.433735;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00655065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.702;QD=16.0322;RBI=0.0115448;REFB=0.0122189;REVB=0.00950644;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785277;STB=0.545733;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0150482;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:45:47:34:36:0.433735:17:17:26:19:19:17:26:21 chr1 55864258 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.274;QD=63.8702;RBI=0.0440936;REFB=0;REVB=-0.0154693;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819334;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr1 56961756 . A G 978.89 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0340617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4777;QD=55.9365;RBI=0.0544017;REFB=-0.114746;REVB=0.0424187;RO=2;SAF=36;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255333;STB=0.51351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00155759;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:32:36:2:0:32:36:2:0 chr1 57002627 . C T 285.33 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00246274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.813;QD=15.4234;RBI=0.00428512;REFB=-0.0144945;REVB=-0.00350673;RO=42;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911207;STB=0.551597;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0181897;OID=.;OPOS=57002627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:11:21:24:18:11:21:24:18 chr1 57180867 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0188856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.505;QD=15.7908;RBI=0.0193776;REFB=-0.00280073;REVB=0.00433917;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730923;STB=0.548356;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00404752;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:14:17:18:20:14:17:18:21 chr1 57209695 . T C 357.73 PASS AF=0.5;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0231603;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3535;QD=18.8277;RBI=0.0231983;REFB=-0.0225867;REVB=0.00132608;RO=38;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183079;STB=0.515047;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0208057;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:37:38:0.5:12:25:25:13:12:26:25:13 chr1 57221558 . A G 196.7 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0214501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.536;QD=18.2974;RBI=0.0216098;REFB=0.00590649;REVB=-0.00262177;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.534849;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00992761;OID=.;OPOS=57221558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:10:13:10:10:10:13 chr1 57422484 . C T 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.094;QD=61.2109;RBI=0.0273046;REFB=0;REVB=0.0228931;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50596e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr1 59004606 . C T 421.76 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00601911;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.272;QD=23.1099;RBI=0.0120525;REFB=-0.00156983;REVB=0.0104418;RO=32;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459768;STB=0.525274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00145373;OID=.;OPOS=59004606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:32:41:41:0.561644:22:19:13:19:22:19:13:19 chr1 59142713 . T C 1549.76 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.333;QD=62.6166;RBI=0.016949;REFB=-0.101423;REVB=0.00476381;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000392912;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:49:49:0:0:49:49:0:1 chr1 59147926 . T C 1429.97 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9578;QD=60.85;RBI=0.0953207;REFB=-0.116125;REVB=0.0916406;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.507245;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0014657;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:0:1:92:93:0.989362:33:59:0:0:34:59:0:1 chr1 59248813 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.528;QD=51.9166;RBI=0.0186096;REFB=0;REVB=0.0179558;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91492e-05;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 59249031 . T G 3996.28 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247756;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.44;QD=62.1989;RBI=0.0460117;REFB=0;REVB=0.0387718;RO=0;SAF=139;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19035e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:257:0:0:254:257:1:115:139:0:0:116:141:0:0 chr1 59249347 . G C 4129.48 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328246;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.767;QD=62.3318;RBI=0.0328269;REFB=0.00302537;REVB=0.00038501;RO=1;SAF=137;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81282e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:266:265:1:0:265:265:1:128:137:0:1:128:137:0:0 chr1 59364918 . G A 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0353495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1665;QD=15.2551;RBI=0.0505151;REFB=-0.0138024;REVB=0.0360859;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364741;STB=0.520988;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0214224;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:12:8:11:19:12:8:11:19 chr1 59787350 . T G 594.86 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00647751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.836;QD=25.0468;RBI=0.00662927;REFB=-0.00262971;REVB=0.00141036;RO=41;SAF=30;SAR=24;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831543;STB=0.545438;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00208596;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:24:30:27:14:24:30:27:14 chr1 59844471 . G A 1624.42 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.937;QD=60.1635;RBI=0.0148127;REFB=0;REVB=0.0051459;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20181e-05;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:103:108:1:61:42:0:0:66:42:0:0 chr1 60132965 . G A 776.28 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00202206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.176;QD=24.0707;RBI=0.00412848;REFB=-0.00968684;REVB=-0.00359939;RO=56;SAF=34;SAR=39;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015464;STB=0.508436;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00829066;OID=.;OPOS=60132965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:39:34:25:31:39:34:25:31 chr1 60466814 . T C 731.06 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.117676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3076;QD=51.3024;RBI=0.120528;REFB=-0.0699024;REVB=-0.0260669;RO=2;SAF=15;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184547;STB=0.503631;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00217651;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:39:15:1:1:39:15:1:2 chr1 62232031 . C T 1607.32 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.155;QD=64.293;RBI=0.0503355;REFB=0;REVB=0.0327417;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40567e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:52:48:0:0 chr1 62261168 . A G 628.4 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0414709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7432;QD=19.0423;RBI=0.0414865;REFB=0.0119034;REVB=-0.00113639;RO=67;SAF=30;SAR=34;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908549;STB=0.546299;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0108623;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:64:64:0.484848:34:30:38:29:34:30:38:30 chr1 62318192 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.888;QD=50.413;RBI=0.0578977;REFB=0;REVB=-0.052525;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954928;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 62318218 . TCAG T 79.37 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00782771;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=169.725;QD=15.8736;RBI=0.00802746;REFB=-0.0200272;REVB=0.00177965;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.0176607;OID=.;OPOS=62318219;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:20:10:20:10:7:3:6:4:76:10:7:2:6:4 chr1 62330080 . T G 554.65 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00196186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.824;QD=55.4652;RBI=0.00877577;REFB=-0.161504;REVB=0.00855367;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497733;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00436266;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:21:17:1:1:21:17:1:1 chr1 62380270 . C T 363.91 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532368;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.654;QD=55.9868;RBI=0.0541064;REFB=0;REVB=0.00966143;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339377;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr1 62380298 . G A 306.33 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0305351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.448;QD=47.1277;RBI=0.0306621;REFB=0.0193732;REVB=0.00278784;RO=2;SAF=4;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080086;STB=0.54344;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00025596;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:20:4:1:1:20:4:1:1 chr1 62516683 . G C 398.03 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00434918;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.616;QD=17.8891;RBI=0.0107827;REFB=-0.00669983;REVB=0.00986665;RO=47;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351125;STB=0.526453;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00783578;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:48:41:41:0.460674:25:16:20:27:25:16:21:27 chr1 62538372 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0715578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.397;QD=21.7432;RBI=0.0731637;REFB=-0.0068524;REVB=0.0152448;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912176;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00592429;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:5:6:8:7:5:6 chr1 62574133 . T C 192.24 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00311096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.145;QD=13.7315;RBI=0.003537;REFB=-0.0161976;REVB=0.00168295;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322703;STB=0.503885;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0234385;OID=.;OPOS=62574133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:33:22:23:0.410714:11:11:15:17:12:11:16:17 chr1 62579823 . G A 1080.4 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0094441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0228;QD=58.4001;RBI=0.0805282;REFB=-0.0705449;REVB=0.0799725;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.509088;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00208592;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:1:1:69:73:0.986486:24:45:0:1:27:46:0:1 chr1 62579907 . C T 253.23 PASS AF=0.489796;AO=25;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0239777;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8229;QD=20.6721;RBI=0.0287838;REFB=-0.004515;REVB=-0.015924;RO=25;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161619;STB=0.585012;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00581982;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:25:24:0.489796:7:18:14:11:7:17:14:11 chr1 62594593 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0111428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8665;QD=17.4543;RBI=0.0526435;REFB=-0.0235066;REVB=-0.0514507;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118576;STB=0.506662;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0167706;OID=.;OPOS=62594593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:10:19:18:9:10:19 chr1 62603421 . C T 635.73 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00423691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.01;QD=16.6203;RBI=0.0176298;REFB=-0.00443289;REVB=-0.0171131;RO=84;SAF=34;SAR=35;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423839;STB=0.523568;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00491022;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:84:69:69:0.45098:35:34:45:39:35:34:45:39 chr1 62603544 . C T 343.34 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0726473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3495;QD=16.3495;RBI=0.0731591;REFB=-0.000229293;REVB=-0.00863856;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068154;STB=0.538233;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000945169;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:22:15:16:31:22:15:16:31 chr1 62644118 . A G 885.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.635;QD=58.0396;RBI=0.0259698;REFB=0;REVB=0.0202628;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1263e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr1 62672546 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.568;QD=52.612;RBI=0.0076799;REFB=0;REVB=0.00426218;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51217e-05;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 62673037 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0115247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.936;QD=22.9086;RBI=0.0121058;REFB=-0.0116928;REVB=-0.00370555;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196126;STB=0.609039;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00880504;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:4:13:11:10:4:13 chr1 62673225 . G A 255.72 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0389269;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8716;QD=21.7635;RBI=0.0438512;REFB=-0.00944568;REVB=-0.0201897;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179402;STB=0.60109;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0064037;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:11:12:17:7:11:12 chr1 62675619 . C T 1052.65 PASS AF=0.507042;AO=108;DP=212;FAO=108;FDP=213;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0135921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0748;QD=19.7681;RBI=0.0152861;REFB=-0.0209657;REVB=-0.00699431;RO=103;SAF=45;SAR=63;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260722;STB=0.513336;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0236641;OID=.;OPOS=62675619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:103:105:108:108:0.507042:63:45:40:63:63:45:41:64 chr1 62675892 . A G 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00143031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6986;QD=7.95261;RBI=0.0444382;REFB=-0.0215117;REVB=-0.0444152;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731589;STB=0.545344;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0418209;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:13:6:3:5:13:6 chr1 62713224 . C G 2474.84 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.584;QD=61.4866;RBI=0.008108;REFB=0;REVB=-0.0031557;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71618e-06;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:81:80:0:0:81:80:0:0 chr1 62728784 . A G 304.92 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0102447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8861;QD=15.0576;RBI=0.03297;REFB=-0.00762525;REVB=-0.031338;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104046;STB=0.564864;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00909158;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:15:19:21:25:15:19:21:26 chr1 62728838 . T C 550.79 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0107547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.59;QD=17.9119;RBI=0.0163723;REFB=-0.0314793;REVB=-0.0123446;RO=65;SAF=28;SAR=30;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791864;STB=0.543904;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0383228;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:30:28:26:39:30:28:26:39 chr1 62728861 . T C 539.52 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0053229;FXX=0.0375912;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.063;QD=16.86;RBI=0.058215;REFB=-0.00848274;REVB=-0.0579711;RO=66;SAF=27;SAR=30;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332493;STB=0.536411;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00961987;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:66:71:57:57:0.445312:30:27:29:37:30:27:29:42 chr1 62728918 . G A 481.66 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00440674;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.61;QD=16.0553;RBI=0.0243665;REFB=-0.0126704;REVB=0.0239647;RO=66;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103029;STB=0.553132;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0140853;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:66:67:53:53:0.441667:25:28:28:38:25:28:29:38 chr1 62732421 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0177814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5721;QD=14.7009;RBI=0.0194425;REFB=-0.00458311;REVB=0.00786327;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0109854;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:11:4:3:9:11:4 chr1 62738904 . T C 653.63 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0181398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.747;QD=20.7502;RBI=0.0264264;REFB=-0.0284173;REVB=0.0192172;RO=59;SAF=33;SAR=32;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594706;STB=0.539973;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0322446;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:61:65:65:0.515873:32:33:34:25:32:33:36:25 chr1 62740446 . T C 314.84 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0178614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1419;QD=19.99;RBI=0.0313542;REFB=-0.011471;REVB=0.0257692;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415412;STB=0.523063;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.023504;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:16:14:17:16:16:14 chr1 62740449 . T C 298.96 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0428776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3419;QD=18.6847;RBI=0.0428978;REFB=-0.00755535;REVB=0.00131785;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404065;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:32:31:32:0.5:15:16:17:15:15:17:17:15 chr1 63881552 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.284;QD=54.5177;RBI=0.0187628;REFB=0;REVB=0.00760817;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17494e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 63991267 . T C 850.95 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.45;QD=57.6915;RBI=0.0567501;REFB=0;REVB=0.0559173;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370184;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 64015217 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0503;QD=62.9811;RBI=0.00791114;REFB=0;REVB=-0.00751302;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79548e-05;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 64097432 . C T 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0386016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.68;QD=19.8667;RBI=0.0395332;REFB=-0.0139289;REVB=-0.00853193;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209271;STB=0.511621;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0110499;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:14:22:20:14:14:22:20:14 chr1 64114301 . T C 201.96 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0314493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.493;QD=12.0572;RBI=0.0319418;REFB=-0.0151819;REVB=0.00558758;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108616;STB=0.562451;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0156701;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:12:13:26:16:12:13:26:16 chr1 64121441 . G A 71.49 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0203671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.63;QD=10.5907;RBI=0.0541191;REFB=-0.00731947;REVB=0.0501404;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526782;STB=0.817487;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0197032;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:27:17:17:8:8:0.296296:6:2:13:4:6:2:13:4 chr1 64121569 . A C 259.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0670121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.469;QD=24.1038;RBI=0.0693933;REFB=-0.0121543;REVB=-0.0180227;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243266;STB=0.636056;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00849194;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:11:8:17:7:11:8 chr1 64121684 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0109165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.912;QD=14.1694;RBI=0.0120668;REFB=-0.00704001;REVB=0.00514176;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0101948;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr1 64515379 . C T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.475;QD=56.9963;RBI=0.092903;REFB=0;REVB=0.0892343;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580272;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr1 64608329 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.258;QD=59.8393;RBI=0.0246624;REFB=0;REVB=0.0158396;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64913e-05;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 65016349 . A T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.874;QD=54.5141;RBI=0.0419138;REFB=0;REVB=0.0303658;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599563;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 65113568 . T C 2590.43 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321477;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.398;QD=61.3118;RBI=0.0462442;REFB=-0.0572539;REVB=0.0332424;RO=0;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000190593;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:0:1:167:168:0.994083:99:68:0:0:99:69:1:0 chr1 65158724 . C T 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00172017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.135;QD=62.0197;RBI=0.00733162;REFB=0.055574;REVB=0.00712696;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=1.65619e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:39:54:0:0:39:54:0:1 chr1 65311262 . G A 2008.36 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.923;QD=62.2747;RBI=0.0525672;REFB=0;REVB=0.021618;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150444;OID=.;OPOS=65311262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:55:74:0:0:55:74:0:0 chr1 65523519 . A G 76.18 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0585698;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4757;QD=10.8834;RBI=0.0684733;REFB=-0.0275228;REVB=0.0354706;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.07608;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr1 65591719 . GC G 132.0 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0295041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.6632;QD=17.0319;RBI=0.126045;REFB=-0.00841845;REVB=-0.122543;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0.280798;STB=0.645013;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=-0.00491264;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:18:31:18:31:13:9:9:2:11:72:11:9:9:1:10 chr1 65614154 . T A 257.91 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0229786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.185;QD=20.6331;RBI=0.0230432;REFB=-0.00988681;REVB=0.00172386;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257361;STB=0.650476;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0107794;OID=.;OPOS=65614154;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:24:25:0.5:17:7:14:11:18:7:14:11 chr1 65690461 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.374;QD=61.0488;RBI=0.0136838;REFB=0;REVB=0.000698976;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48079e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 65818115 . ATGCACTATCCATTG A 171.63 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0066094;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=14;MLLD=431.815;QD=10.8972;RBI=0.0194048;REFB=-0.00725289;REVB=-0.0182446;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180617;STB=0.628619;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0142423;OID=.;OPOS=65818116;OREF=TGCACTATCCATTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:21:64:22:63:41:9:13:25:16:99:37:9:12:22:15 chr1 65818133 . C T 167.68 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0280008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.088;QD=10.1623;RBI=0.0286988;REFB=-0.00819086;REVB=-0.00629082;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193382;STB=0.619784;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0143507;OID=.;OPOS=65818133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:44:22:22:0.333333:13:9:25:18:13:9:26:18 chr1 65858145 . G A 365.39 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0553177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3582;QD=18.5008;RBI=0.0672886;REFB=-0.0409625;REVB=0.0383106;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175239;STB=0.595189;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0459065;OID=.;OPOS=65858145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:37:38:0.481013:18:19:13:27:18:20:14:27 chr1 65858151 . C T 379.53 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00851851;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.295;QD=18.9764;RBI=0.0177222;REFB=-0.0133069;REVB=-0.0155407;RO=39;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219821;STB=0.624424;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00926332;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:41:39:39:0.4875:27:12:21:18:27:12:22:19 chr1 65860660 . T C 388.81 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00342003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.484;QD=16.2004;RBI=0.0114111;REFB=0.00630288;REVB=0.0108865;RO=55;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194912;STB=0.609703;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00618771;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:25:16:32:23:25:16:32:23 chr1 65860687 . A C 1452.51 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0148698;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3112;QD=60.5212;RBI=0.0154125;REFB=-0.0367716;REVB=0.00405401;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220383;STB=0.511625;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00674489;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:93:94:0.979167:51:42:2:0:52:42:2:0 chr1 65867519 . G A 435.78 PASS AF=0.470588;AO=44;DP=98;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00337208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.463;QD=17.0895;RBI=0.0160376;REFB=-0.0230509;REVB=-0.0156791;RO=54;SAF=7;SAR=37;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253656;STB=0.57193;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0243133;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:54:54:44:48:0.470588:37:7:18:36:37:11:18:36 chr1 65879252 . A G 549.73 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00833733;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8797;QD=57.8661;RBI=0.0784117;REFB=0.106463;REVB=0.0779672;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00188598;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:1:0:17:20:1:0 chr1 65886398 . T C 1920.48 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997799;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.046;QD=61.9508;RBI=0.0350246;REFB=0;REVB=0.0335732;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89744e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:59:64:0:0:60:64:0:0 chr1 65886448 . T C 2743.4 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=180;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.005316;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.505;QD=61.305;RBI=0.0199363;REFB=-0.00577775;REVB=-0.0192145;RO=0;SAF=82;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42574e-08;STB=0.506023;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=8.59666e-06;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:179:0:2:177:177:0.988827:95:82:0:0:95:82:2:0 chr1 66036441 . A G 123.04 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0106119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5642;QD=16.4057;RBI=0.0117627;REFB=-0.00387834;REVB=0.00507427;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270067;STB=0.656332;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0084156;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:7:9:4:10:7:9 chr1 66058513 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.853;QD=58.9624;RBI=0.0133142;REFB=0;REVB=-0.0113304;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29736e-06;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr1 66102257 . G A 542.39 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347979;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.321;QD=58.6366;RBI=0.0170012;REFB=0;REVB=-0.0166412;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366569;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:24:11:0:0:24:13:0:0 chr1 67185083 . A C 597.0 PASS AF=0.556604;AO=58;DP=105;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0890506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5;QD=22.5282;RBI=0.1071;REFB=0.0264576;REVB=0.0595005;RO=47;SAF=23;SAR=35;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860343;STB=0.550962;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0201177;OID=.;OPOS=67185083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:47:58:59:0.556604:35:23:14:33:35:24:14:33 chr1 67236097 . A T 152.55 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0393098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4114;QD=11.9648;RBI=0.0415808;REFB=-0.015664;REVB=-0.0135537;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108016;STB=0.563403;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0245371;OID=.;OPOS=67236097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:16:17:11:7:16:17 chr1 67242087 . G A 258.32 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0498266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.257;QD=13.9635;RBI=0.0498468;REFB=-0.00882215;REVB=0.00142002;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348601;STB=0.519842;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0120427;OID=.;OPOS=67242087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:22:22:14:16:22:22 chr1 67266756 . T A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.018;QD=57.7112;RBI=0.0109488;REFB=0;REVB=-0.00316572;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88005e-05;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr1 67288045 . C T 522.86 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00794143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.088;QD=21.1257;RBI=0.00819968;REFB=-0.0124822;REVB=0.00204168;RO=46;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159367;STB=0.505492;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0114314;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:49:50:50:0.505051:23:27:24:22:23:27:27:22 chr1 67313249 . G A 1320.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.07;QD=62.1473;RBI=0.0395463;REFB=0;REVB=-0.0322637;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7265e-05;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr1 67390416 . G C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.765;QD=64.2843;RBI=0.0300623;REFB=0;REVB=0.02528;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02388e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr1 67390468 . C G 1396.12 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00658869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.58;QD=60.701;RBI=0.0102305;REFB=0.0876018;REVB=0.00782644;RO=2;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185798;STB=0.504853;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-1.86625e-07;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:2:1:90:91:0.98913:50:40:0:2:51:40:0:1 chr1 67558739 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5184;QD=53.9098;RBI=0.0681086;REFB=0;REVB=0.0680381;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839883;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr1 67560956 . C T 2254.96 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.041;QD=63.5201;RBI=0.0713917;REFB=0;REVB=-0.0177416;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93515e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:67:75:0:0:67:75:0:0 chr1 67568351 . C T 823.91 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048205;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.504;QD=57.8184;RBI=0.0366382;REFB=0;REVB=0.0363197;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530322;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr1 67579386 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3013;QD=55.6556;RBI=0.042242;REFB=0;REVB=0.0408037;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000962886;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 67581127 . T C 197.62 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0134346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.345;QD=15.4998;RBI=0.0224973;REFB=-0.0156397;REVB=0.0180455;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106623;STB=0.580195;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0253196;OID=.;OPOS=67581127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:29:29:20:22:0.431373:13:7:13:16:15:7:13:16 chr1 67633812 . G T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00784248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.614;QD=17.4545;RBI=0.00891354;REFB=0.00839309;REVB=-0.00423635;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14594;STB=0.582216;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00802212;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:15:14:9:18:15:14 chr1 67685387 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.55;QD=53.9097;RBI=0.0154314;REFB=0;REVB=-0.0153318;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96419e-05;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 67733321 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.000628302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.406;QD=21.0647;RBI=0.0038691;REFB=-0.00610734;REVB=-0.00381775;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00573995;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:9:14:15:9:9:15 chr1 67733346 . G A 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.635;QD=56.9528;RBI=0.0185683;REFB=0;REVB=-0.0179627;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06824e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 67795319 . T C 1042.97 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.88;QD=59.598;RBI=0.0260851;REFB=0;REVB=0.0260639;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20959e-05;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr1 67852335 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.42;QD=62.6707;RBI=0.0356171;REFB=0;REVB=0.0354197;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106391;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr1 67861520 . C A 182.68 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.461;QD=45.6702;RBI=0.0701951;REFB=0;REVB=-0.011358;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346753;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:7:8:1:0:7:9:0:0 chr1 68006815 . T C 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.531;QD=56.182;RBI=0.0102879;REFB=0;REVB=0.00981346;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08646e-05;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 68462247 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.716;QD=59.8394;RBI=0.0149653;REFB=0;REVB=-0.00233117;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83217e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr1 68591253 . C T 215.99 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0165819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.199;QD=15.1574;RBI=0.0168366;REFB=-0.00430722;REVB=-0.00291765;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.563824;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00814403;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:15:17:16:9:15:17 chr1 68624878 . C T 448.91 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0479076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.197;QD=14.3652;RBI=0.050801;REFB=-0.0101405;REVB=0.0168999;RO=74;SAF=18;SAR=33;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267426;STB=0.650645;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0139054;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:33:18:45:29:33:18:45:29 chr1 70034372 . G A 503.29 PASS AF=0.733333;AO=43;DP=59;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00163636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.906;QD=33.5524;RBI=0.00717739;REFB=-0.0389579;REVB=0.00698837;RO=16;SAF=14;SAR=29;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279121;STB=0.517233;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00243538;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:16:43:44:0.733333:29:14:6:10:30:14:6:10 chr1 70225923 . G A 518.28 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00682617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.19;QD=19.3748;RBI=0.0147672;REFB=-0.0175114;REVB=0.0130948;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232328;STB=0.523004;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0168323;OID=.;OPOS=70225923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:53:54:54:0.504673:24:30:27:24:24:30:27:26 chr1 70345344 . A G 301.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00733296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6239;QD=25.1472;RBI=0.0151852;REFB=-0.0298387;REVB=-0.0132973;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166788;STB=0.592524;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00738948;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:8:13:11:16:8:13 chr1 70611347 . A G 903.53 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.47;QD=56.4706;RBI=0.0335172;REFB=-0.067713;REVB=0.0334822;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138389;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:64:1:0:58:64:1:22:36:0:1:28:36:0:0 chr1 70646053 . A G 271.34 PASS AF=0.531915;AO=19;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0424255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.259;QD=23.0924;RBI=0.0450912;REFB=-0.0306898;REVB=0.015274;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14704;STB=0.549448;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0275692;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:19:25:0.531915:12:7:11:10:14:11:12:10 chr1 70831841 . C T 306.83 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0262979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.15;QD=21.532;RBI=0.0299992;REFB=-0.00605529;REVB=-0.0144352;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141468;STB=0.568063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00856031;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:19:12:14:11:19:13:14:11 chr1 70904800 . G T 287.41 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.034774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0503;QD=15.9674;RBI=0.0387268;REFB=-0.0238502;REVB=-0.0170451;RO=40;SAF=26;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410044;STB=0.73371;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0517616;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:6:26:18:22:6:26:18:22 chr1 71331498 . A G 303.18 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.421;QD=52.7275;RBI=0.0702516;REFB=0;REVB=0.0663334;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683107;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:9:14:0:0 chr1 71419499 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.116;QD=60.2305;RBI=0.0430653;REFB=0;REVB=0.0423244;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157505;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 72058552 . G A 1413.9 PASS AF=0.979167;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0434393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1643;QD=58.9127;RBI=0.078924;REFB=-0.128057;REVB=-0.065894;RO=4;SAF=71;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259596;STB=0.506755;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00415812;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:96:4:2:92:94:0.979167:21:71:4:0:21:73:2:0 chr1 74507450 . G C 320.13 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.015807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5481;QD=13.6225;RBI=0.0205436;REFB=-0.0215972;REVB=0.0131216;RO=58;SAF=20;SAR=16;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072104;STB=0.54104;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0346651;OID=.;OPOS=74507450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:16:20:36:22:16:20:36:22 chr1 74575182 . C T 1513.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.13;QD=59.9259;RBI=0.0340535;REFB=0;REVB=-0.00422007;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9849e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:54:46:0:0:55:46:0:0 chr1 74665493 . G A 150.32 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00440815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.562;QD=9.85697;RBI=0.00581862;REFB=-0.000844596;REVB=0.00379797;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11315;STB=0.54358;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0022527;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:41:19:20:0.327869:12:7:19:22:12:8:19:22 chr1 74670172 . A G 450.79 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00149836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.337;QD=19.1823;RBI=0.00882622;REFB=-0.0316267;REVB=-0.00869811;RO=48;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130318;STB=0.502391;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0359094;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:25:20:22:26:25:20:22:27 chr1 74671519 . A G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00646688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.309;QD=18.9487;RBI=0.00917257;REFB=-0.0124956;REVB=-0.00650504;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674346;STB=0.526297;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0105817;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:27:28:0.509091:11:16:14:13:12:16:14:13 chr1 74941210 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.806;QD=62.6143;RBI=0.0126742;REFB=0;REVB=0.0120202;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7031e-05;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:56:32:0:0:56:32:0:0 chr1 74941293 . G A 813.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.542;QD=57.0807;RBI=0.0578955;REFB=0;REVB=-0.014095;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193305;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr1 75035240 . C T 901.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.035;QD=58.1855;RBI=0.0255134;REFB=0;REVB=0.024978;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94615e-05;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr1 75036812 . C T 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.295;QD=59.8286;RBI=0.0181952;REFB=0;REVB=0.0177151;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85695e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:39:64:0:0:39:64:0:0 chr1 75037845 . A G 654.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425864;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7667;QD=62.3605;RBI=0.049544;REFB=0;REVB=0.0253182;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865413;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr1 75038228 . A C 982.39 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.681;QD=56.1365;RBI=0.0183077;REFB=-0.116249;REVB=-0.0153273;RO=2;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866492;STB=0.504586;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00147241;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:44:24:1:1:44:24:1:1 chr1 75175886 . T C 920.93 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131408;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.107;QD=57.5581;RBI=0.0172716;REFB=0;REVB=0.0172215;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332623;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:61:64:1:32:29:0:0:34:30:0:0 chr1 75190452 . C T 923.39 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321664;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.12;QD=58.6281;RBI=0.0444846;REFB=0;REVB=-0.0443682;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280882;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr1 75214441 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.604;QD=55.0983;RBI=0.0333615;REFB=0;REVB=0.00655112;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292013;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr1 75672376 . A G 710.64 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0228242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.267;QD=20.3041;RBI=0.0229201;REFB=-0.0205177;REVB=-0.00209519;RO=70;SAF=33;SAR=37;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518272;STB=0.528563;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0208479;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:70:70:0.5:37:33:37:33:37:33:37:33 chr1 75681511 . T C 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0167898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.526;QD=19.0368;RBI=0.0201346;REFB=-0.0207462;REVB=0.0111133;RO=44;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136579;STB=0.582583;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0198536;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:27:15:22:22:27:15:23:22 chr1 75716925 . C T 1605.91 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9639;QD=59.4782;RBI=0.158671;REFB=0;REVB=-0.0063895;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456227;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:58:50:0:0:58:50:0:0 chr1 76143505 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.108;QD=37.4885;RBI=0.0711071;REFB=0;REVB=-0.0151586;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794306;OID=.;OPOS=76143505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 76257892 . A T 1507.1 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.709;QD=58.5282;RBI=0.0104698;REFB=0.0450492;REVB=-0.00287197;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102026;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00102079;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:0:1:46:56:0:1 chr1 76344705 . T C 714.19 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212919;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.496;QD=63.4839;RBI=0.0295183;REFB=0;REVB=0.0204447;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202424;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr1 76344711 . A T 746.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.199;QD=63.5315;RBI=0.00675601;REFB=0;REVB=-0.00632219;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35921e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 76397972 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.294;QD=39.2065;RBI=0.0297087;REFB=0;REVB=-0.00840829;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650261;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 76775659 . G T 392.47 PASS AF=0.58209;AO=36;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00223921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1798;QD=23.431;RBI=0.0170925;REFB=-0.0450769;REVB=-0.0169451;RO=23;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102685;STB=0.522716;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0521529;OID=.;OPOS=76775659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:28:36:39:0.58209:13:23:15:8:13:26:20:8 chr1 77093180 . C A 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0240407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.987;QD=14.9196;RBI=0.0363267;REFB=-0.00324022;REVB=-0.0272337;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950777;STB=0.553808;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00400134;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:15:22:14:14:15:22 chr1 77634948 . G A 1326.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738263;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.012;QD=62.4132;RBI=0.0110288;REFB=0;REVB=0.00819332;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238808;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr1 77763542 . GC AC,CA 1537.91 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=88,4;DP=98;FAO=94,4;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54,4;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285362,0.00526978;FXX=0.019998;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=168.099,136.22;QD=62.7717;RBI=0.0146491,0.0122705;REFB=0,0;REVB=0.0143685,0.0110812;RO=0;SAF=51,4;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00107123,0.104522;OID=.,.;OPOS=77763542,77763542;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:98:98:0:0:88,4:94,4:0.959184,0.0408163:37,0:51,4:0:0:40,0:54,4:0:0 chr1 78111153 . A G 924.44 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.206;QD=56.8887;RBI=0.022134;REFB=-0.00894329;REVB=-0.00650315;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113779;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=2.95854e-05;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:41:21:0:1:42:22:0:1 chr1 78184325 . A G 2408.42 PASS AF=0.964286;AO=162;DP=168;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.024508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.698;QD=57.3433;RBI=0.0311861;REFB=-0.100458;REVB=0.0192856;RO=6;SAF=89;SAR=73;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338421;STB=0.50178;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0012124;OID=.;OPOS=78184325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:168:168:6:6:162:162:0.964286:73:89:3:3:73:89:3:3 chr1 78201745 . G T 918.67 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0488121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6504;QD=54.0394;RBI=0.0541648;REFB=0.049763;REVB=-0.0234777;RO=3;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533728;STB=0.528293;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0223949;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:25:40:0:3:25:40:0:3 chr1 78245593 . G GC 40.14 PASS AF=0.134021;AO=15;DP=98;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.025903;FXX=0.010203;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.2344;QD=1.65508;RBI=0.075534;REFB=-0.00735549;REVB=-0.0709536;RO=82;SAF=0;SAR=15;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681932;STB=0.854556;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.1627;OID=.;OPOS=78245594;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134021:15:98:13:97:84:1:12:31:53:40:82:0:15:32:50 chr1 78395109 . GA AG,G 36.01 PASS AF=0,0.392857;AO=2,9;DP=29;FAO=0,11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=0,7;FSAR=0,4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00756375,0.0383204;FXX=0.0344709;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=125.058,11.0429;QD=5.14431;RBI=0.00760157,0.0463802;REFB=0.00950659,-0.0401286;REVB=0.000757234,0.0261281;RO=14;SAF=1,6;SAR=1,3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.375;SSSB=0.148032,0.310035;STB=0.5,0.636116;STBP=1,0.283;TYPE=mnp,del;VARB=0.0413718,0.0898513;OID=.,.;OPOS=78395109,78395110;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:29:28:14:17:2,9:0,11:0,0.392857:1,3:1,6:5:9:0,4:0,7:7:10 chr1 78511960 . C T 433.41 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.050945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.867;QD=20.6386;RBI=0.118943;REFB=0.0369797;REVB=0.107481;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015073;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0345887;OID=.;OPOS=78511960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:20:23:22:19:20:23:22:19 chr1 78959135 . A C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0132216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.179;QD=14.6676;RBI=0.0132218;REFB=-0.0144018;REVB=-5.89725e-05;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115551;STB=0.565813;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0212861;OID=.;OPOS=78959135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:10:14:15:17:10:14:15:17 chr1 79093818 . A G 388.31 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00685862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.888;QD=21.2774;RBI=0.022567;REFB=-0.00234999;REVB=-0.0214996;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139923;STB=0.507732;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00174568;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:19:20:18:16:19:20:18:16 chr1 79094081 . T A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00568406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.74;QD=23.3696;RBI=0.0123646;REFB=-0.017552;REVB=-0.0109806;RO=25;SAF=21;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251914;STB=0.629559;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0089602;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:15:21:6:19:15:21:7:19 chr1 79095581 . T C 428.53 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0225834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7904;QD=15.7257;RBI=0.0226846;REFB=-0.0287141;REVB=-0.00214039;RO=60;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067172;STB=0.533423;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0443351;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:28:20:29:31:28:20:29:32 chr1 79392756 . C A 460.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.688;QD=57.5114;RBI=0.0137888;REFB=0;REVB=0.0136029;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102122;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr1 82421596 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.45;QD=60.6102;RBI=0.0436576;REFB=0;REVB=0.0166733;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130524;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr1 82457662 . G A 1163.54 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0205023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.792;QD=58.1769;RBI=0.0242928;REFB=-0.0970438;REVB=-0.0130305;RO=2;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255682;STB=0.51351;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000503265;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:36:42:0:2:36:42:0:2 chr1 84376849 . G A 224.34 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0122154;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.761;QD=19.093;RBI=0.0292485;REFB=-0.0167887;REVB=-0.0265755;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159889;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0150549;OID=.;OPOS=84376849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:22:22:0.468085:7:15:16:8:7:15:17:8 chr1 84640691 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.593;QD=55.6561;RBI=0.0162839;REFB=0;REVB=0.00725604;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86638e-05;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 84810815 . A G 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.604;QD=60.9654;RBI=0.0134147;REFB=0;REVB=0.011852;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50909e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 84853957 . A T 1083.79 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1835;QD=58.5835;RBI=0.0353379;REFB=-0.111777;REVB=0.0326909;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00212423;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:30:43:1:0:30:43:1:0 chr1 84944989 . A G 850.93 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.622;QD=57.6904;RBI=0.00489559;REFB=0;REVB=0.00378122;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43857e-06;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 85028969 . C A 396.94 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00172839;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.342;QD=15.1214;RBI=0.0316183;REFB=-0.00109601;REVB=-0.0315711;RO=59;SAF=32;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254329;STB=0.639644;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000946241;OID=.;OPOS=85028969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:45:45:0.428571:13:32:28:31:13:32:29:31 chr1 85113203 . T C 1325.28 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00473855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1894;QD=60.9324;RBI=0.0148971;REFB=-0.120301;REVB=0.0141234;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.505262;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000224676;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:0:1:47:39:0:1 chr1 85113229 . A G 1202.51 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128846;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8556;QD=61.6672;RBI=0.0171593;REFB=0;REVB=0.0113327;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809642;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:44:32:0:0:44:34:0:0 chr1 85121255 . A G 1489.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.484;QD=63.3905;RBI=0.0250964;REFB=0;REVB=0.0118488;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78431e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:55:38:0:0:56:38:0:0 chr1 85488030 . G A 862.62 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.637;QD=55.6532;RBI=0.0285237;REFB=0.0349476;REVB=-0.0189301;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00423363;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:61:61:0.983871:38:23:0:0:38:23:0:1 chr1 85537706 . T C 348.82 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0793802;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.597;QD=17.2257;RBI=0.0802387;REFB=-0.00647453;REVB=-0.0117059;RO=44;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426516;STB=0.523939;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00971666;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:25:12:16:28:25:12:16:28 chr1 85559452 . A G 480.13 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0189841;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5697;QD=18.2905;RBI=0.0192492;REFB=-0.0221565;REVB=-0.00318342;RO=54;SAF=27;SAR=24;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590486;STB=0.532719;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0233344;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:24:27:32:22:24:27:32:22 chr1 85589842 . A G 512.58 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00130058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.59;QD=17.2296;RBI=0.0192917;REFB=-0.0121209;REVB=0.0192478;RO=64;SAF=33;SAR=22;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374061;STB=0.520826;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0130251;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:22:33:36:28:22:33:36:28 chr1 85594392 . T C 96.67 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00307142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.192;QD=11.0483;RBI=0.0192407;REFB=-0.0105208;REVB=0.018994;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153944;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0187262;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:35:22:22:11:13:0.371429:7:4:11:11:7:6:11:11 chr1 85624549 . C T 768.0 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.363;QD=56.8892;RBI=0.0200427;REFB=0;REVB=0.000593834;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36986e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 85624864 . G A 971.69 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.352;QD=58.89;RBI=0.0222892;REFB=0;REVB=0.0179666;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8121e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr1 85648620 . C T 1090.72 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.323;QD=59.7657;RBI=0.00640643;REFB=0;REVB=-0.00132335;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25371e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:37:36:0:0 chr1 85785751 . T C 1495.28 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753125;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.96;QD=63.6288;RBI=0.00755951;REFB=0;REVB=0.000653022;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34878e-06;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr1 85786977 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.689;QD=49.5992;RBI=0.0445571;REFB=0;REVB=0.0399382;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233109;OID=.;OPOS=85786977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr1 85816134 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3926;QD=61.3311;RBI=0.0517838;REFB=0;REVB=-0.0381933;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882187;OID=.;OPOS=85816134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 86202016 . C T 349.51 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00883917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.3;QD=16.6432;RBI=0.00912156;REFB=-0.0125134;REVB=0.00225209;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511396;STB=0.521399;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0149282;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:18:19:26:20:18:20:26:20 chr1 86375654 . C G 165.91 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.013645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.658;QD=9.75967;RBI=0.0137083;REFB=-0.00605822;REVB=-0.0013165;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146802;STB=0.514692;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0133271;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:21:22:0.323529:11:10:22:23:11:11:22:24 chr1 86487981 . G A 1220.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.695;QD=61.0201;RBI=0.031556;REFB=0;REVB=0.0185981;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3279e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:50:28:0:0:52:28:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 668.51 PASS AF=0.785714;AO=54;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00868502;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=244.729;QD=38.2006;RBI=0.00868722;REFB=-0.0339212;REVB=0.000195507;RO=16;SAF=20;SAR=34;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266217;STB=0.50704;STBP=0.812;TYPE=ins;VARB=0.00998352;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:54:70:55:70:15:20:35:5:10:90:16:20:34:5:11 chr1 86488232 . G A 271.39 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0174344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9556;QD=19.3852;RBI=0.0296137;REFB=0.00321736;REVB=0.0239377;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609373;STB=0.533969;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00398197;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:13:14:13:16:13:14 chr1 86590915 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.901;QD=59.0141;RBI=0.0054377;REFB=0;REVB=-0.00426997;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61992e-06;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr1 86591765 . TTA T,TTT 116.63 PASS AF=0.428571,0;AO=10,4;DP=45;FAO=15,0;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12,0;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0301847,0.0871394;FXX=0.0789266;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.1706,19.9013;QD=13.3294;RBI=0.0509474,0.107904;REFB=-0.085402,-0.00501824;REVB=0.0410429,-0.0636394;RO=25;SAF=10,0;SAR=0,4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.803568,-0.568545;STB=0.790303,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=del,snp;VARB=0.141491,0;OID=.,.;OPOS=86591766,86591767;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:10,4:45:15,0:35:20:12,0:3,0:6:14:99:25:10,0:0,4:8:17 chr1 86591837 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.428;QD=46.8434;RBI=0.0736125;REFB=0;REVB=0.0721635;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118729;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 86818572 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.383;QD=61.6812;RBI=0.0374511;REFB=0;REVB=0.0373195;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60356e-05;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 86820267 . C T 2083.8 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=62.6707;RBI=0.0250311;REFB=0;REVB=-0.0206694;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1138e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:67:66:0:0:67:66:0:0 chr1 86822231 . A G 292.17 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0270807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2663;QD=14.6084;RBI=0.0395319;REFB=0.00329474;REVB=0.0287995;RO=46;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204443;STB=0.506325;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00409803;OID=.;OPOS=86822231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:47:33:33:0.4125:20:13:19:27:20:13:19:28 chr1 86838158 . C T 5524.85 PASS AF=1;AO=340;DP=341;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629627;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.364;QD=63.8711;RBI=0.00730966;REFB=0;REVB=-0.00371324;RO=0;SAF=208;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09774e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58661e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:341:346:0:0:340:346:1:132:208:0:0:132:214:0:0 chr1 86847955 . G A 568.64 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=143;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.000434109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.338;QD=15.7955;RBI=0.00399747;REFB=-0.0161638;REVB=0.00397383;RO=83;SAF=34;SAR=26;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025066;STB=0.509801;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0212604;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:83:83:60:61:0.423611:26:34:49:34:26:35:49:34 chr1 86852621 . A G 727.18 PASS AF=0.466667;AO=77;DP=165;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=0.00660979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.897;QD=17.6286;RBI=0.0106384;REFB=-0.0410414;REVB=-0.00833586;RO=88;SAF=48;SAR=29;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995498;STB=0.505515;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0394214;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:88:77:77:0.466667:29:48:54:34:29:48:54:34 chr1 86913265 . C T 399.28 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0273114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6179;QD=15.971;RBI=0.0423316;REFB=-0.0201923;REVB=-0.0323428;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993941;STB=0.556066;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0259625;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:17:25:29:29:17:25:29:29 chr1 86920904 . A G 472.02 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.000323064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.603;QD=18.3307;RBI=0.00440324;REFB=-0.00198581;REVB=-0.00439137;RO=53;SAF=19;SAR=31;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522983;STB=0.529041;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0019607;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:31:19:23:30:31:19:23:30 chr1 86939130 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0201086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.876;QD=10.9435;RBI=0.0310247;REFB=-0.0132359;REVB=-0.0236257;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982936;STB=0.557709;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.026964;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:14:6:14:23:14:6:14:23 chr1 86947975 . A T 486.31 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0228345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3621;QD=18.8858;RBI=0.0585723;REFB=-0.00170489;REVB=0.0539379;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631149;STB=0.534959;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00263868;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:29:22:26:26:29:22:26:26 chr1 86952324 . A G 598.17 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0232085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.9833;QD=19.7741;RBI=0.0319305;REFB=-0.00989767;REVB=0.02193;RO=54;SAF=32;SAR=29;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265678;STB=0.512204;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0117488;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:60:61:61:0.504132:29:32:30:24:29:32:30:30 chr1 86959173 . T C 867.07 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.0181356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.226;QD=16.4373;RBI=0.0238559;REFB=0.0102541;REVB=-0.0154985;RO=117;SAF=45;SAR=49;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515398;STB=0.528602;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0101382;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:117:117:94:94:0.445498:49:45:50:67:49:45:50:67 chr1 87031656 . A C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0133443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.055;QD=18.645;RBI=0.019341;REFB=-0.0273512;REVB=-0.0140002;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0127445;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr1 87101375 . C G 770.31 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193948;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.775;QD=64.1925;RBI=0.0496868;REFB=0;REVB=0.0457452;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19946e-06;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr1 87101649 . T C 151.43 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0350473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7353;QD=6.80592;RBI=0.054282;REFB=0.000415705;REVB=0.0414515;RO=67;SAF=9;SAR=13;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139979;STB=0.585388;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000706207;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:67:67:22:22:0.247191:13:9:35:32:13:9:35:32 chr1 87599697 . G A 573.13 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0114471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.612;QD=55.9156;RBI=0.0469468;REFB=0.0810724;REVB=-0.0455299;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492729;STB=0.526302;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00277836;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:21:18:2:0:21:18:2:0 chr1 89225976 . T C 945.46 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162728;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6711;QD=57.3005;RBI=0.0320694;REFB=-0.0342212;REVB=-0.0276341;RO=1;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020982;STB=0.510635;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00359789;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:22:42:0:1:23:42:0:1 chr1 89271574 . T C 234.94 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0230186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.441;QD=15.4061;RBI=0.0230221;REFB=-0.0279589;REVB=0.000399254;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341533;STB=0.519336;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0530332;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:15:19:16:11:15:19 chr1 89301123 . C T 1290.85 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9994;QD=61.469;RBI=0.0360084;REFB=0;REVB=-0.0340595;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189009;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr1 89322982 . G A 557.65 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.226;QD=60.2859;RBI=0.0187756;REFB=0;REVB=0.0167469;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07329e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr1 89414937 . C A 120.04 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00523564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.033;QD=9.4152;RBI=0.0083542;REFB=-0.0173474;REVB=-0.00651005;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243226;STB=0.645965;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0342503;OID=.;OPOS=89414937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:14:22:6:9:14:22 chr1 89426902 . G A 195.78 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0116218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.042;QD=10.7276;RBI=0.024204;REFB=-0.0176132;REVB=-0.0212314;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024532;STB=0.514274;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0284422;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:26:22:12:13:26:22 chr1 89449390 . T C 101.14 PASS AF=0.123711;AO=24;DP=194;FAO=24;FDP=194;FR=.;FRO=170;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=88;FSRR=82;FWDB=0.0119297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5737;QD=2.08538;RBI=0.013399;REFB=-0.00126753;REVB=-0.00610028;RO=170;SAF=12;SAR=12;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220731;STB=0.515451;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0104838;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:170:170:24:24:0.123711:12:12:88:82:12:12:88:82 chr1 89449399 . T C 99.28 PASS AF=0.129213;AO=23;DP=178;FAO=23;FDP=178;FR=.;FRO=155;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=77;FWDB=-0.0132059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.832;QD=2.23107;RBI=0.0136274;REFB=-0.00499041;REVB=-0.0033632;RO=155;SAF=12;SAR=11;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232492;STB=0.516115;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0287866;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:155:155:23:23:0.129213:11:12:78:77:11:12:78:77 chr1 89449434 . T C 76.06 PASS AF=0.129771;AO=17;DP=130;FAO=17;FDP=131;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.000571109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.275;QD=2.3223;RBI=0.0226581;REFB=-0.00366932;REVB=-0.0226509;RO=113;SAF=10;SAR=7;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830927;STB=0.554481;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0217361;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:130:131:113:114:17:17:0.129771:7:10:59:54:7:10:60:54 chr1 89449483 . C G 68.62 PASS AF=0.11039;AO=17;DP=154;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=0.00706812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.972;QD=1.78222;RBI=0.0164559;REFB=-0.00590126;REVB=-0.0148606;RO=131;SAF=11;SAR=6;SRF=77;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764662;STB=0.565837;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0415922;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:154:154:131:137:17:17:0.11039:6:11:77:54:6:11:79:58 chr1 89473532 . G C 625.61 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0282347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.815;QD=28.4368;RBI=0.0317834;REFB=-0.015091;REVB=0.0145941;RO=31;SAF=28;SAR=27;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467511;STB=0.502273;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0102125;OID=.;OPOS=89473532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:33:55:55:0.625:27:28:16:15:27:28:17:16 chr1 89474818 . A G 462.31 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0137848;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.078;QD=23.4079;RBI=0.0146707;REFB=-0.00153149;REVB=-0.00502058;RO=35;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739459;STB=0.540586;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00114915;OID=.;OPOS=89474818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:35:44:44:0.556962:19:25:23:12:19:25:23:12 chr1 89479063 . G A 499.11 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.00109344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.709;QD=15.3571;RBI=0.00929842;REFB=-0.00537632;REVB=0.00923391;RO=75;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615354;STB=0.534485;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00530014;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:75:55:55:0.423077:26:29:44:31:26:29:44:31 chr1 89479074 . C T 409.84 PASS AF=0.421053;AO=46;DP=118;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00377321;FXX=0.0420133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.817;QD=14.3803;RBI=0.00545748;REFB=-0.00682623;REVB=-0.00394297;RO=66;SAF=25;SAR=21;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180628;STB=0.51429;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.012751;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:66:66:46:48:0.421053:21:25:37:29:23:25:36:30 chr1 89479758 . T C 901.83 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.343;QD=58.1825;RBI=0.0468759;REFB=0;REVB=0.0318651;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74423e-05;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr1 89486037 . C T 657.65 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0804728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2228;QD=59.7861;RBI=0.085292;REFB=-0.083371;REVB=0.0282641;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00393142;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr1 89518623 . C T 1134.76 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000964002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.398;QD=60.5204;RBI=0.0115721;REFB=0;REVB=-0.0115318;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2351e-06;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:42:32:0:0:42:33:0:0 chr1 89522646 . G C 453.76 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00396296;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.402;QD=17.286;RBI=0.014171;REFB=-0.0214685;REVB=-0.0136056;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111792;STB=0.569378;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0204985;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:54:56:49:49:0.466667:21:28:37:17:21:28:39:17 chr1 89579941 . T C 489.85 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0354679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.583;QD=19.5938;RBI=0.0405037;REFB=-0.00360901;REVB=-0.0195596;RO=52;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588925;STB=0.532732;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00433754;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:21:27:26:26:21:27:26:26 chr1 89582690 . G C 476.62 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0107063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.968;QD=15.2519;RBI=0.0131633;REFB=-0.0083407;REVB=0.00765814;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129111;STB=0.576635;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0111498;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:32:21:37:34:32:21:38:34 chr1 89599013 . G T 293.57 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=113;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.012781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.226;QD=10.3008;RBI=0.0215321;REFB=-0.0108023;REVB=-0.0173286;RO=76;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304805;STB=0.681105;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0217194;OID=.;OPOS=89599013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:76:76:37:38:0.333333:13:24:29:47:13:25:29:47 chr1 89599037 . A G 43.22 PASS AF=0.0980392;AO=6;DP=103;FAO=10;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0669857;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.039;QD=1.69491;RBI=0.0679944;REFB=-0.00332818;REVB=-0.0116687;RO=75;SAF=2;SAR=4;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891941;STB=0.580865;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0296523;OID=.;OPOS=89599037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:103:102:75:92:6:10:0.0980392:4:2:31:44:4:6:47:45 chr1 89613280 . G A 597.2 PASS AF=0.5;AO=58;DP=119;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00356028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2877;QD=19.5802;RBI=0.0108326;REFB=-0.0191577;REVB=-0.0102308;RO=61;SAF=33;SAR=25;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1171;STB=0.574185;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.019672;OID=.;OPOS=89613280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:61:61:58:61:0.5:25:33:27:34:25:36:27:34 chr1 89637578 . G A 446.5 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0196507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.888;QD=20.7675;RBI=0.0231362;REFB=-0.00716924;REVB=0.0122122;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291976;STB=0.501616;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00909903;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:19:25:24:18:19:25:24:18 chr1 89652078 . A T 399.47 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0416616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.137;QD=12.014;RBI=0.0539962;REFB=-0.0107238;REVB=-0.0343497;RO=84;SAF=18;SAR=30;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349898;STB=0.516891;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0261454;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:84:85:48:48:0.360902:30:18:34:50:30:18:34:51 chr1 89652087 . CC TG 392.34 PASS AF=0.355556;AO=47;DP=135;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.014101;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.963;QD=11.6247;RBI=0.0228269;REFB=-0.00593884;REVB=-0.0179507;RO=87;SAF=20;SAR=27;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000283159;STB=0.508008;STBP=0.897;TYPE=mnp;VARB=0.0114597;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:87:47:48:0.355556:27:20:37:50:27:21:37:50 chr1 89652090 . T G 412.46 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0361483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8188;QD=12.2211;RBI=0.0367336;REFB=-0.0341995;REVB=0.00653178;RO=86;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211978;STB=0.512093;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0720458;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:86:49:49:0.362963:27:22:37:49:27:22:37:49 chr1 89652094 . G A 389.02 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0235768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.154;QD=11.7883;RBI=0.0247143;REFB=-0.0108767;REVB=-0.00741182;RO=85;SAF=22;SAR=25;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050551;STB=0.528903;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0316907;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:85:85:47:47:0.356061:25:22:36:49:25:22:36:49 chr1 89652097 . C T 375.33 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.000494888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.705;QD=11.2882;RBI=0.0116077;REFB=-0.00555477;REVB=-0.0115972;RO=86;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681452;STB=0.542388;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0165844;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:87:46:46:0.345865:24:22:36:50:24:22:36:51 chr1 89652102 . A T 424.19 PASS AF=0.373134;AO=49;DP=133;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.000732006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.529;QD=12.6624;RBI=0.00120531;REFB=-0.00512602;REVB=-0.000957566;RO=82;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295047;STB=0.522525;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0111586;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:82:84:49:50:0.373134:28:21:33:49:28:22:34:50 chr1 89655787 . T C 395.93 PASS AF=0.590909;AO=34;DP=61;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0791088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2059;QD=23.9956;RBI=0.132847;REFB=-0.0130382;REVB=0.106724;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105769;STB=0.51437;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0171148;OID=.;OPOS=89655787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:27:27:34:39:0.590909:11:23:15:12:16:23:15:12 chr1 89655994 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0793449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3354;QD=18.8195;RBI=0.0794668;REFB=-0.00778233;REVB=0.00440151;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412846;STB=0.740286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00247639;OID=.;OPOS=89655994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:10:2:6:4:10:2:6:4 chr1 89732237 . G A 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00789364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.768;QD=8.89841;RBI=0.027296;REFB=-0.00867533;REVB=-0.0261297;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394662;STB=0.523382;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0194861;OID=.;OPOS=89732237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:12:9:19:29:12:9:19:29 chr1 89847372 . G T 362.53 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0250121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.137;QD=32.9576;RBI=0.0250305;REFB=-0.0154765;REVB=-0.000960502;RO=13;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555987;STB=0.544556;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00692832;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:19:11:6:7:19:11:7:7 chr1 89847411 . C T 273.84 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0171228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8267;QD=28.0862;RBI=0.0348907;REFB=-0.0187901;REVB=0.0304001;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376817;STB=0.51063;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0179064;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:15:9:6:8:15:10:6:8 chr1 89847444 . A G 273.15 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-1.81282e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6259;QD=31.2167;RBI=0.0015937;REFB=-0.0370277;REVB=-0.00159359;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674297;STB=0.526294;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0228693;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:15:8:5:6:15:9:5:6 chr1 89849742 . A T 149.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-2.07457e-06;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=17.5292;RBI=0.00909912;REFB=0.00270168;REVB=0.00909912;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17504;STB=0.617508;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00329016;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:18:16:16:0.470588:8:8:13:6:8:8:13:5 chr1 90171835 . C T 972.61 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6163;QD=58.9463;RBI=0.0544669;REFB=0;REVB=-0.0543927;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037285;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:22:43:0:0:23:43:0:0 chr1 90178743 . A G 305.44 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5389;QD=53.1206;RBI=0.11184;REFB=0;REVB=-0.0638374;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751982;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr1 90179600 . GA G,GG 33.36 PASS AF=0.166667,0.0952381;AO=6,3;DP=39;FAO=7,4;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=2,0;FSAR=5,4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0538284,0.0173613;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.961,31.3873;QD=3.1767;RBI=0.117932,0.0449906;REFB=-0.0790031,-0.0583885;REVB=-0.10493,0.0415059;RO=28;SAF=1,0;SAR=5,3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.53669,-0.620269;STB=0.734639,0.997579;STBP=0.186,0.011;TYPE=del,snp;VARB=0.0602445,0.227204;OID=.,.;OPOS=90179601,90179601;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0952381:6,3:39:7,4:42:31:2,0:5,4:18:13:20:28:1,0:5,3:18:10 chr1 90486412 . T G 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00713546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.108;QD=16.0409;RBI=0.00931414;REFB=-0.00269192;REVB=-0.00598651;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070917;STB=0.539643;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00376214;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:23:26:28:33:23:26:28:33 chr1 91728053 . G A 851.14 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.576;QD=57.7042;RBI=0.0199886;REFB=0;REVB=0.0179509;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33588e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr1 91781413 . T G 1477.38 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673893;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.772;QD=62.8671;RBI=0.0706103;REFB=0;REVB=0.021083;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267111;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:1:0:93:94:1:50:43:0:1:51:43:0:0 chr1 91851253 . T C 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00866741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.747;QD=52.6967;RBI=0.0195141;REFB=-0.0541139;REVB=0.0174836;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184525;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000212173;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:24:25:1:0:24:25:2:0 chr1 91853111 . A C 5696.36 PASS AF=0.989218;AO=364;DP=371;FAO=367;FDP=371;FR=.;FRO=4;FSAF=224;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0556711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.496;QD=61.4163;RBI=0.0585533;REFB=0.0784774;REVB=0.0181442;RO=1;SAF=221;SAR=143;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332512;STB=0.501584;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00364196;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:371:371:1:4:364:367:0.989218:143:221:0:1:143:224:3:1 chr1 91859795 . T C 1606.73 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0612;QD=58.9627;RBI=0.0645809;REFB=-0.0600986;REVB=0.0415052;RO=1;SAF=58;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811353;STB=0.504201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00215912;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:49:58:1:0:49:59:1:0 chr1 91870410 . G C 1152.98 PASS AF=0.483333;AO=117;DP=240;FAO=116;FDP=240;FR=.;FRO=124;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=-0.0686935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.284;QD=19.2163;RBI=0.0706824;REFB=-0.0271887;REVB=0.0166498;RO=120;SAF=65;SAR=52;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259224;STB=0.50247;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0271239;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:120:124:117:116:0.483333:52:65:67:53:52:64:69:55 chr1 91980447 . A G 215.67 PASS AF=0.380282;AO=25;DP=68;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0091878;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.098;QD=12.1504;RBI=0.0179398;REFB=-0.00364449;REVB=-0.0154084;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012623;STB=0.530867;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0060808;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:42:44:25:27:0.380282:11:14:24:18:13:14:25:19 chr1 92108899 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00320777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.834;QD=22.3411;RBI=0.0129381;REFB=-0.0172268;REVB=-0.0125342;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088825;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0160913;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:7:7:11:7:7:7 chr1 92174260 . A G 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00830349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.028;QD=18.0545;RBI=0.00932878;REFB=-0.00434457;REVB=-0.00425184;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331034;STB=0.518507;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00444038;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:20:13:15:20:20:13:15:20 chr1 92185657 . C T 343.92 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0135335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.76;QD=18.3421;RBI=0.013953;REFB=0.00630827;REVB=-0.00339541;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126346;STB=0.559238;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00630886;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:39:35:36:0.48:15:20:26:11:16:20:26:13 chr1 92200382 . T C 503.74 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00211423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.499;QD=15.9917;RBI=0.00211472;REFB=-0.00250658;REVB=4.53972e-05;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559168;STB=0.535166;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00363003;OID=.;OPOS=92200382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:71:55:55:0.436508:29:26:37:33:29:26:38:33 chr1 92262874 . T C 288.94 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00109026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.289;QD=16.2782;RBI=0.0038686;REFB=-0.0186931;REVB=-0.00371179;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791125;STB=0.535189;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0178313;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:16:15:22:17:16:16:22:17 chr1 92295565 . C T 438.45 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.143;QD=54.8059;RBI=0.0428979;REFB=-0.167605;REVB=0.0146764;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00166159;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:1:0 chr1 92327045 . G A 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0170636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2043;QD=16.5336;RBI=0.0190081;REFB=0.0129299;REVB=0.00837502;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141979;STB=0.580919;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0167586;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:16:7:8:10:16:7 chr1 92428495 . C A 1549.28 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000552938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.293;QD=63.8878;RBI=0.00247804;REFB=0;REVB=0.00241557;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9881e-06;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:56:41:0:0 chr1 92457843 . C T 1494.04 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154145;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.384;QD=57.463;RBI=0.0154145;REFB=-0.178856;REVB=-3.46771e-05;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501344;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000861983;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:0:2:102:102:0.980769:58:44:0:0:58:44:1:1 chr1 92646021 . G A 495.98 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.849;QD=58.351;RBI=0.064505;REFB=0;REVB=0.00769633;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435565;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:28:34:1:20:8:0:0:23:11:0:0 chr1 92647223 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.275;QD=53.9107;RBI=0.0425361;REFB=0;REVB=0.0185241;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247487;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 92647532 . C A 598.43 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00140994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2566;QD=58.3829;RBI=0.0651354;REFB=-0.209147;REVB=0.0651201;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00185522;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:41:0:1:38:40:0.97561:14:24:0:0:15:25:1:0 chr1 92889408 . C T 570.74 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314858;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.51;QD=54.3564;RBI=0.0419903;REFB=0.0211449;REVB=-0.0277818;RO=3;SAF=8;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889382;STB=0.547677;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000110995;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:31:8:2:1:31:8:2:1 chr1 92946479 . G A 305.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7332;QD=53.1544;RBI=0.0565395;REFB=0;REVB=0.0331966;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237854;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 92974595 . G A 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00053357;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.43;QD=59.9943;RBI=0.00967224;REFB=0;REVB=0.00965752;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0657e-05;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr1 92979124 . G A 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700508;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.795;QD=51.9835;RBI=0.0835717;REFB=0;REVB=-0.0455754;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00392846;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 92979354 . A G 632.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.501;QD=61.6675;RBI=0.0679182;REFB=0;REVB=-0.019649;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337867;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:33:7:0:0:34:7:0:0 chr1 93089823 . T C 601.08 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0577306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4738;QD=58.6416;RBI=0.0580376;REFB=0.0405746;REVB=-0.00596128;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00542278;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:0:1:15:25:0:1 chr1 93160902 . T C 375.4 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.816;QD=55.6146;RBI=0.0199761;REFB=0;REVB=0.018442;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183736;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 93306317 . G A 1247.73 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000246615;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.906;QD=61.6164;RBI=0.0591982;REFB=0;REVB=0.0591977;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170843;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:37:41:0:0:40:41:0:0 chr1 93307908 . T A 526.52 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00479313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.18;QD=56.9214;RBI=0.0353129;REFB=-0.0287426;REVB=0.0349861;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000353204;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr1 93311708 . G A 330.95 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0647791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2184;QD=13.6474;RBI=0.0664612;REFB=-0.0101232;REVB=0.0148577;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174535;STB=0.599501;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0113453;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:22:15:34:26:22:15:34:26 chr1 93440474 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0254607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.934;QD=12.73;RBI=0.0286643;REFB=-0.0318905;REVB=0.0131681;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.615148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0485464;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:9:3:4:5:9:3 chr1 93580581 . G C 1376.7 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.069;QD=62.5772;RBI=0.0341352;REFB=0;REVB=0.0340668;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48667e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:30:57:0:0:31:57:0:0 chr1 93581024 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.013244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.373;QD=17.3211;RBI=0.0175209;REFB=-0.0112924;REVB=0.0114709;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133138;STB=0.576514;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0130383;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:10:8:5:11:10:8 chr1 93603183 . C CAT,T 818.45 PASS AF=0.775862,0.224138;AO=43,14;DP=65;FAO=45,13;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29,7;FSAR=16,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139914,-0.000359106;FXX=0.0793525;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=102.971,46.2715;QD=56.445;RBI=0.0149274,0.110431;REFB=0,0;REVB=-0.00520271,-0.11043;RO=7;SAF=29,7;SAR=14,7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0119189,-0.127549;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00774832,0.0211027;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:65:58:7:0:43,14:45,13:0.775862,0.224138:14,7:29,7:5:2:16,6:29,7:0:0 chr1 93617546 . T C 752.96 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8639;QD=54.7608;RBI=0.0716742;REFB=-0.0819371;REVB=0.0667014;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00295339;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:53:54:0.981818:28:25:0:0:28:26:1:0 chr1 93620393 . G A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00547364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.002;QD=12.8662;RBI=0.0055057;REFB=-0.00448433;REVB=-0.000593292;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00803048;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:8:7:7:4:8:8 chr1 93646207 . T C 49.6 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0319492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2188;QD=15.2622;RBI=0.0346109;REFB=0.0385056;REVB=0.0133102;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0589217;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr1 93672688 . C T 155.31 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0052237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.484;QD=11.9467;RBI=0.00537881;REFB=-0.00380931;REVB=-0.00128241;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.547013;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0063285;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:18:20:0.384615:7:11:20:12:9:11:20:12 chr1 93672723 . A C 791.57 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0208315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.807;QD=52.7714;RBI=0.0378732;REFB=-0.104884;REVB=0.0316296;RO=3;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532915;STB=0.518512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000331558;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:3:2:57:58:0.966667:25:32:0:3:26:32:0:2 chr1 93720070 . C G 239.15 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0011381;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.195;QD=18.0486;RBI=0.0114488;REFB=-0.00186166;REVB=-0.0113921;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525473;STB=0.509427;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00145316;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:27:26:26:0.490566:13:13:14:11:13:13:14:13 chr1 93826178 . A T 683.27 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0256287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.089;QD=21.5204;RBI=0.0272023;REFB=-0.0207616;REVB=0.0091176;RO=59;SAF=28;SAR=39;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397979;STB=0.516876;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0180301;OID=.;OPOS=93826178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:60:67:67:0.527559:39:28:22:37:39:28:23:37 chr1 93851295 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.447;QD=62.9806;RBI=0.00868667;REFB=0;REVB=0.00682468;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90419e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 94140375 . G A 314.99 PASS AF=0.52381;AO=34;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0121244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.592;QD=19.999;RBI=0.0122912;REFB=-0.012524;REVB=-0.00201802;RO=29;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176757;STB=0.588572;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0158001;OID=.;OPOS=94140375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:34:33:0.52381:25:9:13:16:24:9:13:17 chr1 94341267 . A G 703.02 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0397313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.414;QD=51.129;RBI=0.042058;REFB=-0.11456;REVB=-0.0137949;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261577;STB=0.500397;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000863788;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:2:3:52:52:0.945455:35:17:0:2:35:17:1:2 chr1 94342564 . C A 766.41 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.438;QD=63.8672;RBI=0.0172826;REFB=0;REVB=0.0133384;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47535e-05;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr1 94343023 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.162;QD=62.4652;RBI=0.0211142;REFB=0;REVB=0.012938;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57921e-05;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr1 94343233 . T C 1235.0 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.566;QD=60.2437;RBI=0.0182398;REFB=-0.10177;REVB=0.01759;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280459;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:1:0:81:82:1:34:47:1:0:34:48:0:0 chr1 94344716 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.797;QD=56.9379;RBI=0.0531945;REFB=0;REVB=0.0439375;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109601;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 94471075 . A G 796.47 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0508337;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6841;QD=53.998;RBI=0.0583849;REFB=-0.0412342;REVB=0.0287181;RO=2;SAF=13;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237969;STB=0.512901;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00171258;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:59:2:2:55:57:0.966102:42:13:1:1:44:13:1:1 chr1 94476901 . A G 210.33 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0291762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.994;QD=15.5799;RBI=0.0318986;REFB=-0.0348209;REVB=0.0128948;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117504;STB=0.566274;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0343998;OID=.;OPOS=94476901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:22:8:9:15:22:8 chr1 94544234 . T C 195.31 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0235087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.093;QD=10.5574;RBI=0.0240911;REFB=0.00585138;REVB=-0.00526507;RO=49;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125671;STB=0.573217;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00934788;OID=.;OPOS=94544234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:14:11:27:22:14:11:27:22 chr1 94578548 . T C 988.08 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07346;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.539;QD=56.4619;RBI=0.0795719;REFB=0;REVB=0.030583;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289782;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:70:0:0:64:70:1:45:19:0:0:51:19:0:0 chr1 94639337 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.142;QD=51.1846;RBI=0.022474;REFB=0;REVB=0.00518646;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29362e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 94639447 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.968;QD=35.5759;RBI=0.0122904;REFB=0;REVB=-0.00699077;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00080796;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 94930345 . G A 373.28 PASS AF=0.481481;AO=35;DP=77;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0546515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2377;QD=18.4337;RBI=0.0619041;REFB=-0.000703468;REVB=0.0290747;RO=42;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364463;STB=0.541901;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00736784;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:42:42:35:39:0.481481:12:23:29:13:15:24:29:13 chr1 95001600 . A C 1300.9 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.549;QD=61.2186;RBI=0.0256485;REFB=0;REVB=0.00133238;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120783;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:37:45:0:0:39:46:0:0 chr1 95310939 . T C 543.17 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.000157072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.632;QD=16.8425;RBI=0.0207406;REFB=-0.0114998;REVB=0.02074;RO=71;SAF=29;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695156;STB=0.503875;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0153856;OID=.;OPOS=95310939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:29:29:35:36:29:29:35:36 chr1 95330372 . G A 1090.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102104;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.045;QD=59.7738;RBI=0.0141742;REFB=0;REVB=0.00983132;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507753;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr1 95709821 . T C 561.76 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393379;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8174;QD=60.7304;RBI=0.070981;REFB=0;REVB=0.0590833;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300603;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 95709939 . T G 1352.63 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170214;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.421;QD=61.4832;RBI=0.0256511;REFB=-0.0932606;REVB=0.0191899;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-9.76929e-05;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:44:42:0:0:44:43:0:1 chr1 97189091 . G A 833.65 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6411;QD=57.4928;RBI=0.00657673;REFB=0;REVB=0.00473573;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53619e-06;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr1 97272456 . A G 1584.93 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00426787;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.746;QD=58.1627;RBI=0.0166471;REFB=-0.0847315;REVB=0.0160907;RO=2;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172523;STB=0.509089;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00083023;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:109:2:2:107:107:0.981651:54:53:0:2:54:53:0:2 chr1 97915670 . G A 363.76 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.01635;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.066;QD=15.8154;RBI=0.0169304;REFB=-0.00245118;REVB=-0.00439469;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157468;STB=0.568504;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00353792;OID=.;OPOS=97915670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:49:53:38:39:0.423913:23:15:27:22:23:16:28:25 chr1 97981395 . T C 1033.26 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697923;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.232;QD=59.8993;RBI=0.00832668;REFB=0;REVB=0.00454137;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9893e-05;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 98348885 . G A 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.395;QD=62.7598;RBI=0.0382379;REFB=0;REVB=0.0362695;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101839;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr1 99127392 . T C 919.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4865;QD=58.3962;RBI=0.0925931;REFB=0;REVB=0.0771528;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263707;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 99156634 . T A 512.06 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00732995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.116;QD=15.6354;RBI=0.00973509;REFB=-0.00755336;REVB=-0.00640654;RO=75;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749704;STB=0.54197;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0102969;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:28:28:32:43:28:28:32:43 chr1 99225627 . G A 499.3 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00835649;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.657;QD=15.363;RBI=0.00980237;REFB=-9.85771e-05;REVB=-0.00512401;RO=74;SAF=35;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170835;STB=0.599963;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000208464;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:74:75:55:55:0.423077:20:35:35:39:20:35:35:40 chr1 99418647 . G C 324.78 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0196922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3391;QD=12.6128;RBI=0.0317269;REFB=-0.0119932;REVB=-0.0248759;RO=64;SAF=28;SAR=10;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198669;STB=0.619092;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0172472;OID=.;OPOS=99418647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:38:39:0.378641:10:28:37:27:10:29:37:27 chr1 100203648 . C T 435.66 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.00249111;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5026;QD=15.2862;RBI=0.0197533;REFB=-0.00660352;REVB=0.0195956;RO=66;SAF=28;SAR=21;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363664;STB=0.525763;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0104418;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:66:65:49:49:0.429825:21:28:40:26:21:28:40:25 chr1 100203693 . G A 669.12 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0313347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7316;QD=19.6799;RBI=0.031379;REFB=-0.0295936;REVB=0.00166638;RO=69;SAF=33;SAR=34;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401319;STB=0.522152;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0215477;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:34:33:37:32:34:33:37:32 chr1 100336361 . C T 430.54 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0079639;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.926;QD=15.7997;RBI=0.0155932;REFB=-0.0171914;REVB=-0.0134061;RO=58;SAF=29;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151787;STB=0.611962;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0194359;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:61:47:48:0.440367:18:29:27:31:18:30:26:35 chr1 100340787 . G A 443.15 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0233334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3498;QD=35.4517;RBI=0.0604009;REFB=-0.019966;REVB=-0.0557119;RO=15;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629834;STB=0.534227;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00519247;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:17:18:6:9:17:18:6:9 chr1 100361925 . G A 266.57 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0231544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.788;QD=13.4974;RBI=0.0289493;REFB=-0.010604;REVB=-0.0173763;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100403;STB=0.557381;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0190694;OID=.;OPOS=100361925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:19:12:23:25:19:12:23:25 chr1 100547994 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.795;QD=61.5347;RBI=0.0324485;REFB=0;REVB=0.0275655;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74374e-05;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr1 100575933 . G A 1749.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7689;QD=60.8464;RBI=0.0478128;REFB=0;REVB=0.0293619;RO=0;SAF=67;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026245;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:48:67:0:0:48:67:0:0 chr1 100598866 . GC AT 809.27 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245809;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.451;QD=57.8052;RBI=0.0280224;REFB=0;REVB=0.0279144;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000129255;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:32:24:0:0 chr1 100672060 . T C 1589.97 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.234;QD=59.9989;RBI=0.0389456;REFB=0;REVB=0.0339176;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02298e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:40:64:0:0:40:66:0:0 chr1 101005855 . T C 915.01 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0011112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.676;QD=55.4554;RBI=0.0122771;REFB=-0.10677;REVB=0.0122267;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00119238;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:66:2:1:64:65:0.984848:35:29:2:0:35:30:1:0 chr1 101006577 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2105;QD=62.9822;RBI=0.068133;REFB=0;REVB=0.00345226;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762368;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr1 101007036 . T C 295.2 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00536025;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.059;QD=19.6798;RBI=0.00845677;REFB=-0.0191044;REVB=0.006541;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198942;STB=0.518507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0245953;OID=.;OPOS=101007036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:14:17:16:12:14:17:17:12 chr1 101007055 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.217;QD=59.4986;RBI=0.00828253;REFB=0;REVB=-0.00773949;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86605e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr1 101203827 . G A 469.61 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00791752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.531;QD=20.4178;RBI=0.0171302;REFB=-0.00458984;REVB=0.0151906;RO=45;SAF=22;SAR=23;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120902;STB=0.56519;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00350044;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:45:46:0.5:23:22:16:29:23:23:17:29 chr1 101440878 . TTAAA AAAAT,TAA,TTAA,TTTAA 186.47 PASS AF=0.0526316,0.315789,0.421053,0;AO=2,9,12,14;DP=55;FAO=2,12,16,0;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=2,3,2,0;FSAR=0,9,14,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0654987,-0.187795,0.0182134,0.203924;FXX=0.173875;HRUN=8,8,7,7;LEN=5,2,1,1;MLLD=204.163,12.9809,8.54878,6.21008;QD=19.6283;RBI=0.0674985,0.234724,0.0229406,0.236674;REFB=-0.0112873,-0.0776078,-0.106035,-0.0510381;REVB=0.0163084,0.140813,0.0139479,-0.120122;RO=10;SAF=2,3,0,0;SAR=0,6,12,14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.703678,0.142989,-0.789134,-0.804187;STB=0.996007,0.5,0.583217,0.5;STBP=0.102,0.976,0.418,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0249804,0.0324737,0.164021,0;OID=.,.,.,.;OPOS=101440878,101440879,101440880,101440880;OREF=TTAAA,TA,A,A;OALT=AAAAT,-,-,T;OMAPALT=AAAAT,TAA,TTAA,TTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:41:55:38:10:8:2,9,12,14:2,12,16,0:0.0526316,0.315789,0.421053,0:0,6,12,14:2,3,0,0:2:8:0,9,14,0:2,3,2,0:2:6 chr1 103352451 . A G 804.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1405;QD=64.3985;RBI=0.008535;REFB=0;REVB=-0.00412369;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51323e-05;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr1 103354138 . A G 1422.62 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00690583;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.494;QD=61.8531;RBI=0.0071329;REFB=-0.0465794;REVB=-0.00178545;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000907988;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:43:48:1:0:43:48:1:0 chr1 103354428 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.097;QD=62.1612;RBI=0.020685;REFB=0;REVB=0.0112297;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95768e-05;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:44:41:0:0 chr1 103379918 . G A 1025.97 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1509;QD=59.4764;RBI=0.0425165;REFB=0;REVB=-0.0199112;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545831;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr1 103444679 . T G 1272.46 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422014;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.698;QD=60.5932;RBI=0.0425688;REFB=-0.131306;REVB=-0.0055813;RO=1;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885353;STB=0.504672;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000315129;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:53:30:0:1:53:30:0:1 chr1 103471456 . CCAT C 922.14 PASS AF=0.6;AO=136;DP=262;FAO=129;FDP=215;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=118;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.101327;FXX=0.455685;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.306;QD=17.156;RBI=0.101504;REFB=-0.0157472;REVB=-0.00599843;RO=1;SAF=60;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785724;STB=0.6683;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0139887;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:136:262:129:215:86:11:118:23:63:99:1:60:76:1:0 chr1 104234137 . G A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0577089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.359;QD=3.84122;RBI=0.0598923;REFB=-0.01379;REVB=0.0160242;RO=50;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523075;STB=0.535142;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0496514;OID=.;OPOS=104234137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:6:4:18:32:6:4:18:32 chr1 104234191 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0919983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4543;QD=5.01764;RBI=0.0920573;REFB=-0.0122813;REVB=0.00329306;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32222;STB=0.713566;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0303692;OID=.;OPOS=104234191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:6:1:9:17:6:1:9:18 chr1 104297162 . C T 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=-0.0103468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6609;QD=2.39307;RBI=0.0915807;REFB=-0.00381311;REVB=-0.0909944;RO=69;SAF=8;SAR=2;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163847;STB=0.621354;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0250142;OID=.;OPOS=104297162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:2:8:48:21:2:8:48:21 chr1 107600186 . G A 528.12 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0118548;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.518;QD=20.3124;RBI=0.0556352;REFB=-0.0158296;REVB=0.0543575;RO=44;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153163;STB=0.611227;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0149425;OID=.;OPOS=107600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:104:44:50:54:54:0.519231:31:23:27:17:31:23:33:17 chr1 107600869 . G A 625.46 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0099932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.441;QD=25.7922;RBI=0.0120145;REFB=-0.0155251;REVB=-0.00666968;RO=41;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962847;STB=0.552481;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0115327;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:23:33:29:12:23:33:29:12 chr1 107979396 . A C 2988.81 PASS AF=0.994737;AO=188;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110477;FXX=0.0104161;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.623;QD=62.9223;RBI=0.0383461;REFB=-0.111039;REVB=0.0367202;RO=1;SAF=85;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556902;STB=0.502924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=6.8965e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:190:1:1:188:189:0.994737:103:85:1:0:104:85:1:0 chr1 108023589 . A C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0199223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.282;QD=17.4898;RBI=0.0199328;REFB=-0.0275933;REVB=-0.000647873;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269297;STB=0.642755;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0267944;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:10:19:10:18:11:19 chr1 108113526 . C G 165.81 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1627;QD=39.0151;RBI=0.0782702;REFB=-0.114404;REVB=0.0408407;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.521712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0205779;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:2:1:15:16:0.941176:5:10:2:0:5:11:1:0 chr1 108115145 . T C 1303.81 PASS AF=1;AO=73;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1668;QD=61.3557;RBI=0.122804;REFB=0;REVB=0.122375;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108011;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:73:85:1:38:35:0:0:48:37:0:0 chr1 108185301 . C G 375.22 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0100244;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.544;QD=18.083;RBI=0.0112283;REFB=0.00178593;REVB=-0.00505831;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146923;STB=0.568231;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00457751;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:44:38:39:0.46988:21:17:27:18:21:18:26:18 chr1 108185309 . G A 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00826485;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.3;QD=18.3453;RBI=0.025112;REFB=0.000718535;REVB=-0.0237129;RO=46;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137007;STB=0.576329;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000737924;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:22:19:28:18:22:19:28:18 chr1 108307727 . T A 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3549;QD=60.7471;RBI=0.0312707;REFB=0;REVB=0.0262599;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156937;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:63:51:0:0:63:51:0:0 chr1 108313258 . C T 712.73 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0614179;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0891;QD=52.7945;RBI=0.0651079;REFB=-0.130693;REVB=0.0216075;RO=3;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752329;STB=0.503691;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00592919;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:3:2:52:52:0.962963:31:21:1:2:31:21:1:1 chr1 108771664 . C A 239.82 PASS AF=0.2;AO=38;DP=198;FAO=40;FDP=200;FR=.;FRO=160;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=95;FWDB=0.00300762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.939;QD=4.7963;RBI=0.0189997;REFB=-0.0127403;REVB=-0.0187602;RO=159;SAF=25;SAR=13;SRF=64;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320742;STB=0.670649;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0388043;OID=.;OPOS=108771664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:159:160:38:40:0.2:13:25:64:95:15:25:65:95 chr1 108771721 . T C 49.11 PASS AF=0.0837696;AO=16;DP=191;FAO=16;FDP=191;FR=.;FRO=175;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.0334939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.169;QD=1.02839;RBI=0.0340078;REFB=-0.000529014;REVB=-0.00588987;RO=175;SAF=8;SAR=8;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493889;STB=0.539218;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00609443;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:191:191:175:175:16:16:0.0837696:8:8:80:95:8:8:80:95 chr1 109173710 . G A 157.82 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00274936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8467;QD=11.2732;RBI=0.0656153;REFB=0.0044404;REVB=-0.0655577;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782544;STB=0.545755;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00369488;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:7:13:21:15:7:13:21:15 chr1 109256135 . T C 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0156213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.511;QD=17.1662;RBI=0.0184956;REFB=-0.0156303;REVB=0.00990278;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523286;STB=0.529391;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0180104;OID=.;OPOS=109256135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:17:15:12:17:17:15 chr1 109265029 . G T 1758.25 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00461606;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1809;QD=59.101;RBI=0.0238424;REFB=-0.123437;REVB=0.0233913;RO=2;SAF=54;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123475;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.001079;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:119:2:2:117:117:0.983193:63:54:1:1:63:54:1:1 chr1 109351501 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.997;QD=57.6789;RBI=0.0314064;REFB=0;REVB=0.0254746;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266866;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr1 109363232 . T C 698.75 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6466;QD=54.8042;RBI=0.0489587;REFB=0.0468661;REVB=0.0449743;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000438319;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:1:0:22:28:1:0 chr1 109369915 . G T 377.89 PASS AF=0.432692;AO=41;DP=100;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00858313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.058;QD=14.5343;RBI=0.025128;REFB=-0.00500911;REVB=0.0236166;RO=53;SAF=18;SAR=23;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201077;STB=0.621001;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00444378;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:53:59:41:45:0.432692:23:18:34:19:25:20:39:20 chr1 109377070 . C A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00520465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.3;QD=22.1886;RBI=0.00785976;REFB=-0.00192519;REVB=0.00588961;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00173889;OID=.;OPOS=109377070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:8:10:14:7:8:10 chr1 109395105 . C T 217.83 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0128962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.498;QD=16.7558;RBI=0.018882;REFB=-0.0206892;REVB=-0.013792;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123034;STB=0.58296;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0199337;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:17:7:11:16:17:7:12:16 chr1 109465165 . ACTT A 230.85 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00284;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.76;QD=11.8383;RBI=0.00346955;REFB=-0.0018576;REVB=-0.00199303;RO=43;SAF=20;SAR=7;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269237;STB=0.675923;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00192613;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:27:79:28:78:50:21:7:25:25:99:43:20:7:22:21 chr1 109472773 . G A 1751.86 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9687;QD=59.8925;RBI=0.0586918;REFB=-0.0149773;REVB=0.0385453;RO=0;SAF=45;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503545;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000583039;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:115:116:0.991453:70:45:0:0:70:46:0:1 chr1 109479978 . G T 171.62 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0471027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8692;QD=18.0654;RBI=0.0501243;REFB=-0.0330866;REVB=-0.0171399;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0375155;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:8:12:9:9:8:12 chr1 109486196 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.342;QD=58.142;RBI=0.060291;REFB=0;REVB=0.0253353;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522243;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 109656946 . T C 1464.2 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864419;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=62.9763;RBI=0.049426;REFB=0;REVB=0.0486643;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27041e-05;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:56:36:0:0:56:37:0:0 chr1 109704618 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.819;QD=49.5988;RBI=0.0176308;REFB=0;REVB=0.0158738;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126719;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 109735298 . T C 715.17 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00312311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.734;QD=60.8655;RBI=0.0133942;REFB=-0.143317;REVB=0.013025;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.507459;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000589439;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:13:33:0:0:13:33:1:0 chr1 109735416 . A C 723.15 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.97;QD=56.7179;RBI=0.0433283;REFB=0;REVB=0.0191854;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98691e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:46:51:1:20:26:0:0:23:28:0:0 chr1 109737063 . C T 525.18 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213422;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.572;QD=60.0206;RBI=0.0395079;REFB=0;REVB=0.0332474;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103254;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr1 109737090 . G A 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.641;QD=61.6717;RBI=0.0135545;REFB=0;REVB=0.0115885;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106601;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 109737132 . T C 648.86 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.778;QD=61.7964;RBI=0.0242819;REFB=0;REVB=0.0135722;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681828;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:28:14:0:0 chr1 109737172 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.966;QD=59.8383;RBI=0.0106408;REFB=0;REVB=0.0087541;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15209e-06;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 109742485 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.14;QD=59.0187;RBI=0.0524242;REFB=0;REVB=0.0517498;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225465;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 109745618 . T C 1239.34 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276107;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7973;QD=61.2021;RBI=0.0286857;REFB=0;REVB=0.00777926;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799492;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:50:29:0:0:50:31:0:0 chr1 109771063 . T C 740.35 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000424049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.158;QD=54.8404;RBI=0.099596;REFB=-0.127692;REVB=0.0995951;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00104911;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:0:1:27:26:0:1 chr1 109792735 . A ACGC 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0029201;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.317;QD=30.5927;RBI=0.0671969;REFB=-0.104259;REVB=0.0671334;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994744;STB=0.555452;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=0.0114767;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:12:10:12:2:8:2:2:0:10:2:8:2:2:0 chr1 109794252 . T C 1047.69 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780596;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2108;QD=59.8679;RBI=0.0111364;REFB=0;REVB=0.00794265;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822126;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:35:35:0:0 chr1 109806834 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.882;QD=52.1524;RBI=0.0150517;REFB=0.0581526;REVB=-0.00233114;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000175039;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chr1 109807099 . G A 1395.5 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00448721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.134;QD=59.383;RBI=0.0307628;REFB=0.0113427;REVB=0.0304338;RO=2;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215343;STB=0.506209;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000270674;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:43:48:0:2:43:48:1:2 chr1 109816176 . A C 392.08 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.858;QD=56.0113;RBI=0.103311;REFB=0;REVB=0.00764159;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223593;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:22:5:0:0:23:5:0:0 chr1 109818263 . G A 1896.41 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.971;QD=61.6718;RBI=0.0200084;REFB=0;REVB=0.012063;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1498e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:57:65:0:0:57:66:0:0 chr1 109825360 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0218765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.565;QD=50.1339;RBI=0.0287287;REFB=-0.114555;REVB=0.0186213;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00205229;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:14:10:0:0:14:10:0:1 chr1 109836842 . C G 580.6 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00087631;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.039;QD=61.1156;RBI=0.0495963;REFB=0;REVB=-0.0495886;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91538e-05;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr1 109838918 . C T 1216.08 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933216;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7726;QD=61.5737;RBI=0.0362623;REFB=0;REVB=0.0350409;RO=0;SAF=61;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73794e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276595;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:18:61:0:0:18:61:0:0 chr1 109839433 . A G 1396.72 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.574;QD=62.7738;RBI=0.0237475;REFB=0;REVB=0.0233219;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68698e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:44:45:0:0 chr1 109856306 . G A 578.58 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0123918;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7488;QD=20.4805;RBI=0.0309544;REFB=-0.0339404;REVB=0.0283657;RO=52;SAF=34;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432657;STB=0.526307;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0276275;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:54:58:59:0.522124:24:34:33:19:25:34:34:20 chr1 109856384 . CAAAAAAG CAAAAG,CAAAAGAC 181.62 PASS AF=0.385965,0.0350877;AO=19,2;DP=56;FAO=22,2;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11,2;FSAR=11,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0175374,0.00435087;FXX=0.0338926;HRUN=6,6;LEN=2,3;MLLD=26.4906,75.3239;QD=12.745;RBI=0.0464732,0.0215283;REFB=-0.0445591,-0.0147367;REVB=-0.0430372,-0.0210841;RO=26;SAF=9,2;SAR=10,0;SRF=18;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218916,0.405932;STB=0.581746,0.993501;STBP=0.335,0.209;TYPE=del,mnp;VARB=0.0617224,0.0790142;OID=.,.;OPOS=109856385,109856389;OREF=AA,AAG;OALT=-,GAC;OMAPALT=CAAAAG,CAAAAGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965,0.0350877:19,2:56:22,2:57:33:11,2:11,0:21:12:99:26:9,2:10,0:18:8 chr1 109884775 . T G 449.02 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0271783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3598;QD=21.3819;RBI=0.0415961;REFB=0.0261996;REVB=0.0314893;RO=40;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141214;STB=0.577669;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0250449;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:25:19:11:29:25:19:11:29 chr1 109897100 . T C 213.97 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00567748;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.743;QD=12.227;RBI=0.0116326;REFB=-0.00566946;REVB=-0.010153;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270034;STB=0.655056;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00541771;OID=.;OPOS=109897100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:44:26:26:0.371429:10:16:16:28:10:16:16:28 chr1 109897103 . A G 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0255311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.515;QD=25.6767;RBI=0.0331824;REFB=0.00101287;REVB=0.0211951;RO=28;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147259;STB=0.580607;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00124534;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:27:16:16:12:27:16:16:12 chr1 110019439 . A G 445.21 PASS AF=0.421488;AO=49;DP=119;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00394031;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.554;QD=14.7175;RBI=0.00479768;REFB=-0.0187409;REVB=-0.0027371;RO=70;SAF=29;SAR=20;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883713;STB=0.504747;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0227974;OID=.;OPOS=110019439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:70:70:49:51:0.421488:20:29:42:28:20:31:42:28 chr1 110023432 . G A 372.33 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.0147848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.923;QD=12.2074;RBI=0.0154921;REFB=-0.0142933;REVB=-0.00462775;RO=77;SAF=13;SAR=32;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796141;STB=0.545589;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0206422;OID=.;OPOS=110023432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:32:13:27:50:32:13:27:50 chr1 110051462 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0694763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3719;QD=21.2668;RBI=0.0759352;REFB=-0.0252127;REVB=0.0306464;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388825;STB=0.718847;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.023589;OID=.;OPOS=110051462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:11:3:12:5:11:3 chr1 110086451 . G A 138.02 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0192881;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.106;QD=29.0564;RBI=0.0212472;REFB=-0.0366206;REVB=0.00891126;RO=5;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137942;STB=0.507681;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00952916;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:8:6:2:3:8:6:2:3 chr1 110087405 . T C 275.23 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0315852;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.733;QD=17.757;RBI=0.0323062;REFB=-0.0269261;REVB=0.0067875;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430646;STB=0.530885;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0240804;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:12:19:17:13:12:20 chr1 110134210 . TA T 58.72 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0184455;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3085;QD=4.34968;RBI=0.0367346;REFB=0.00438384;REVB=0.0317678;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549497;STB=0.599867;STBP=0.427;TYPE=del;VARB=-0.00326319;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:14:55:14:54:40:8:6:28:12:58:38:9:5:26:12 chr1 110151395 . G T 499.58 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00940867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.477;QD=16.9348;RBI=0.0156992;REFB=0.00484308;REVB=-0.0125675;RO=64;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154504;STB=0.585853;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00523973;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:26:28:23:41:26:28:23:41 chr1 110162918 . T C 324.43 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00548991;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8833;QD=19.369;RBI=0.00573;REFB=-0.0178424;REVB=-0.00164129;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658333;STB=0.536651;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0208177;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:20:14:16:17:20:14:16:17 chr1 110163879 . G A 758.57 PASS AF=0.51773;AO=71;DP=140;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0595775;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.13;QD=21.5197;RBI=0.0598593;REFB=-0.0330515;REVB=0.00580166;RO=67;SAF=36;SAR=35;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391488;STB=0.52408;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0280652;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:67:68:71:73:0.51773:35:36:31:36:35:38:32:36 chr1 110170896 . T C 1069.53 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186906;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8233;QD=60.255;RBI=0.0228914;REFB=0;REVB=0.0132166;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545465;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr1 110173775 . G T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000327413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.648;QD=11.9536;RBI=0.014435;REFB=-0.0129088;REVB=0.0144313;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0133686;OID=.;OPOS=110173775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:5:6:6:2:5:6 chr1 110201699 . T C 1785.06 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.82;QD=61.0278;RBI=0.0373926;REFB=0;REVB=-0.036415;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195695;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:51:66:0:0:51:66:0:0 chr1 110201809 . G T 546.39 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00783015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.431;QD=18.841;RBI=0.0200068;REFB=-0.0140617;REVB=-0.0184109;RO=56;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731244;STB=0.525539;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0177176;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:59:57:57:0.491379:30:27:22:34:30:27:25:34 chr1 110201812 . A G 523.43 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00468557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.378;QD=18.694;RBI=0.00778681;REFB=-0.0228213;REVB=0.00621931;RO=57;SAF=27;SAR=28;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064355;STB=0.535597;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0293021;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:28:27:24:33:28:27:24:33 chr1 110210780 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.738;QD=43.4852;RBI=0.0731796;REFB=0;REVB=-0.05247;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9649e-06;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr1 110233138 . G C 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1159;QD=59.49;RBI=0.0200326;REFB=0;REVB=0.00500273;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135045;OID=.;OPOS=110233138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr1 110257814 . G C 477.07 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00894556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8017;QD=23.5588;RBI=0.010607;REFB=-0.0126011;REVB=-0.00569967;RO=35;SAF=23;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025295;STB=0.50617;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0035168;OID=.;OPOS=110257814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:35:45:46:0.567901:22:23:18:17:23:23:18:17 chr1 110282972 . G T 261.91 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0683345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.009;QD=17.1741;RBI=0.0688806;REFB=0.00290113;REVB=-0.0086566;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.57333;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00234016;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:14:15:19:11:14:15:21:11 chr1 110295772 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0121337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.519;QD=15.6262;RBI=0.0755759;REFB=-0.0248854;REVB=0.0745955;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335809;STB=0.695379;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0283945;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:22:4:9:10:23:4 chr1 110300504 . A G 1538.23 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2926;QD=59.7372;RBI=0.00878307;REFB=0;REVB=-0.00277829;RO=0;SAF=73;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40073e-05;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:29:73:0:0:29:74:0:0 chr1 110301709 . C T 626.97 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00898906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5204;QD=16.0762;RBI=0.00905566;REFB=-0.0137376;REVB=0.00109622;RO=86;SAF=29;SAR=40;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219549;STB=0.515929;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0223029;OID=.;OPOS=110301709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:86:87:69:69:0.442308:40:29:38:48:40:29:39:48 chr1 110466338 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.85;QD=46.848;RBI=0.0286062;REFB=0;REVB=-0.0205246;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216869;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 110466466 . T C 212.61 PASS AF=0.477273;AO=22;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0213565;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.321;QD=19.3284;RBI=0.0312127;REFB=0.00210883;REVB=-0.0227626;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138154;STB=0.567623;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00406055;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:22:21:0.477273:11:11:15:8:10:11:15:8 chr1 110466709 . T C 3660.36 PASS AF=0.983264;AO=233;DP=238;FAO=235;FDP=239;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0319341;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1585;QD=61.2612;RBI=0.0365622;REFB=-0.126165;REVB=-0.0178045;RO=4;SAF=108;SAR=125;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150026;STB=0.507936;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00947388;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:239:4:4:233:235:0.983264:125:108:0:4:124:111:0:4 chr1 110467745 . A G 1156.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121981;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.29;QD=60.8925;RBI=0.022301;REFB=0;REVB=-0.0222676;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39244e-05;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr1 110766454 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=16;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0207939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.594;QD=23.6751;RBI=0.0246663;REFB=-0.0201231;REVB=-0.013268;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106233;STB=0.525582;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0147488;OID=.;OPOS=110766454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:16:21:0.567568:6:10:7:7:8:13:9:7 chr1 110882444 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1217;QD=45.8019;RBI=0.0517186;REFB=0;REVB=0.0342905;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6639e-05;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 110882970 . C T 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0288388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4915;QD=15.8808;RBI=0.0370264;REFB=-0.0387634;REVB=0.0232224;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186706;OID=.;OPOS=110882970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr1 110883569 . A T 212.79 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0657578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2771;QD=20.2661;RBI=0.0675829;REFB=0.00692766;REVB=0.0156002;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137313;STB=0.572016;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00812619;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:21:21:21:0.5:10:11:13:6:10:11:14:7 chr1 110884839 . AAG AA,A 738.11 PASS AF=1,0;AO=51,10;DP=71;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228699,0.128756;FXX=0.013887;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.4293,6.67573;QD=41.5835;RBI=0.244834,0.181503;REFB=-0.0278347,-0.00584142;REVB=0.0874111,-0.127926;RO=7;SAF=22,0;SAR=29,10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-0.0645689,-0.823378;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0124731,0;OID=.,.;OPOS=110884841,110884840;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:51,10:71:71,0:71:0:28,0:43,0:0:0:11:7:22,0:29,10:5:2 chr1 110921715 . T G 559.56 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.108361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3059;QD=19.1301;RBI=0.114289;REFB=0.0138815;REVB=0.0363298;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054335;STB=0.530025;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0123325;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:30:28:32:27:30:28:32:27 chr1 110924353 . G A 153.39 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0144935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.01;QD=13.9447;RBI=0.0985403;REFB=0.00191006;REVB=0.0974686;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776002;STB=0.535774;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00319526;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:15:11:6:11:16:11 chr1 110949720 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00613112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1173;QD=11.6766;RBI=0.00771434;REFB=-0.00982589;REVB=-0.00468192;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259484;STB=0.649169;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0118806;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:11:16:17:31:11:16:17:31 chr1 110950439 . C T 646.6 PASS AF=0.515625;AO=62;DP=124;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0277569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7824;QD=20.2061;RBI=0.0391971;REFB=-0.0203958;REVB=0.027676;RO=61;SAF=35;SAR=27;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214431;STB=0.513885;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0197882;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:61:62:62:66:0.515625:27:35:33:28:29:37:33:29 chr1 110998854 . G A 317.18 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0155197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.417;QD=12.3178;RBI=0.0311005;REFB=-0.00662732;REVB=0.0269515;RO=63;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11271;STB=0.566013;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0103892;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:38:39:0.378641:16:22:30:33:16:23:31:33 chr1 111060669 . T C 419.63 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0194517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.428;QD=20.7224;RBI=0.0257049;REFB=-0.0166573;REVB=0.0168041;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654865;STB=0.536161;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0174568;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:25:17:13:26:25:17:13:26 chr1 111061062 . T C 467.44 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0120981;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=345.56;QD=16.8448;RBI=0.0158369;REFB=-0.000864531;REVB=-0.0102199;RO=59;SAF=23;SAR=28;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184391;STB=0.606316;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00100149;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:28:23:38:21:28:23:39:21 chr1 111783996 . A C,G 1693.7 PASS AF=0.0344828,0.956897;AO=6,110;DP=116;FAO=4,111;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=0,60;FSAR=4,51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213081,0.0105679;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.08414,198.535;QD=58.4035;RBI=0.0710294,0.0239992;REFB=-0.0866707,-0.0697517;REVB=-0.067758,0.0215471;RO=0;SAF=0,61;SAR=6,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.995941,0.504131;STBP=0.078,0.484;TYPE=snp,snp;VARB=0.150685,0.000515687;OID=.,.;OPOS=111783996,111783996;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:116:116:0:1:6,110:4,111:0.0344828,0.956897:6,49:0,61:0:0:4,51:0,60:1:0 chr1 111833488 . C CCT 2153.13 PASS AF=0.965517;AO=134;DP=146;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.01034;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.847;QD=59.3966;RBI=0.0208443;REFB=-0.115481;REVB=0.0180989;RO=5;SAF=61;SAR=73;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373763;STB=0.519081;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.00120362;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:134:146:140:145:5:63:77:5:0:7:5:61:73:5:0 chr1 111833517 . G A 2261.38 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.226;QD=63.2553;RBI=0.0409444;REFB=0;REVB=0.0377357;RO=0;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5625e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:77:64:0:0:78:65:0:0 chr1 111857154 . T C 416.81 PASS AF=0.45;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00308011;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.604;QD=16.6725;RBI=0.00499756;REFB=-0.00875728;REVB=0.00393555;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130283;STB=0.577743;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0108885;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:45:45:0.45:19:26:24:30:19:26:24:31 chr1 111858444 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.864;QD=59.8387;RBI=0.0214039;REFB=0;REVB=0.0177009;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163375;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 111861841 . A G 476.72 PASS AF=0.485981;AO=50;DP=105;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0159872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.937;QD=17.8212;RBI=0.0283559;REFB=-0.0141065;REVB=0.0234194;RO=53;SAF=15;SAR=35;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626195;STB=0.521119;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0154345;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:55:50:52:0.485981:35:15:19:34:35:17:20:35 chr1 111861974 . T C 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00693476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.602;QD=13.4957;RBI=0.00967163;REFB=-0.00320211;REVB=-0.00674163;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139244;STB=0.57949;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00421244;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:12:17:20:24:12:17:20:24 chr1 111862952 . T G 543.15 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=91;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.05515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4021;QD=23.3614;RBI=0.0677336;REFB=-0.0162924;REVB=-0.0393232;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096621;STB=0.559661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0104524;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:42:42:49:51:0.548387:19:30:21:21:19:32:21:21 chr1 111893958 . A G 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0152963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.398;QD=17.5673;RBI=0.0162589;REFB=0.00492009;REVB=0.00551128;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150803;STB=0.584417;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00492049;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:12:19:13:16:12:19 chr1 111957097 . C G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0011;QD=58.059;RBI=0.0309491;REFB=0;REVB=0.0251579;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288931;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr1 111957245 . G A 309.91 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0368651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1368;QD=15.6917;RBI=0.0528996;REFB=-0.0427569;REVB=-0.0379385;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893845;STB=0.556668;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0384656;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:20:14:22:22:21:14:22:22 chr1 111957311 . G C 122.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00216997;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.189;QD=14.8438;RBI=0.0247454;REFB=-0.0194412;REVB=0.0246501;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0236338;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr1 111957688 . T C 854.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343483;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.357;QD=57.9109;RBI=0.0582106;REFB=0;REVB=0.0469964;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85314e-05;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr1 111957693 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.841;QD=58.0579;RBI=0.0256257;REFB=0;REVB=-0.0255237;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13495e-05;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr1 111962256 . G T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00455273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.137;QD=14.4327;RBI=0.0136058;REFB=-0.0231663;REVB=0.0128215;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222346;STB=0.61396;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0294423;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:44:31:31:0.413333:11:20:18:24:11:20:20:24 chr1 111964262 . G A 513.66 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00551106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.066;QD=20.7538;RBI=0.00933104;REFB=-0.0271451;REVB=0.00752971;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157023;STB=0.584804;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0212298;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:49:50:0.505051:26:23:31:17:27:23:31:18 chr1 111968121 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000744489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.406;QD=19.9758;RBI=0.0107724;REFB=-0.00793311;REVB=-0.0107466;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234192;STB=0.63284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0164645;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:11:9:14:6:11:9 chr1 111969294 . A G 951.21 PASS AF=0.970588;AO=67;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162129;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.513;QD=55.9536;RBI=0.0163813;REFB=-0.174368;REVB=0.00234252;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.517852;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00049222;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:68:1:2:67:66:0.970588:39:28:1:0:39:27:2:0 chr1 111969307 . G C 355.8 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00810708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.752;QD=24.5377;RBI=0.0102115;REFB=-0.0232756;REVB=-0.00620882;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684298;STB=0.537528;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0167786;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:9:14:18:17:9:14 chr1 111969719 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.475;QD=60.2307;RBI=0.0617631;REFB=0;REVB=0.0453945;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162969;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr1 111991768 . G A 314.71 PASS AF=0.584906;AO=26;DP=48;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00651086;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=152.478;QD=23.7517;RBI=0.00698113;REFB=-0.0248099;REVB=-0.00251892;RO=2;SAF=2;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165443;STB=0.74711;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111135;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:2:22:26:31:0.584906:24:2:1:1:25:6:16:6 chr1 111991845 . C A 2554.62 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.053;QD=61.1884;RBI=0.0298189;REFB=-0.0127535;REVB=0.0266218;RO=1;SAF=97;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34286e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:167:167:1:0:166:167:1:69:97:0:1:70:97:0:0 chr1 111992019 . T A 321.25 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=132;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0181555;FXX=0.00751823;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.2382;QD=9.73472;RBI=0.0199058;REFB=-0.0130055;REVB=-0.00816201;RO=50;SAF=8;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198472;STB=0.653771;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00670152;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:50:88:33:44:0.333333:25:8:20:30:33:11:40:48 chr1 111992095 . C T 2294.32 PASS AF=0.96875;AO=154;DP=160;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0347861;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9024;QD=57.3579;RBI=0.0349845;REFB=-0.0127287;REVB=-0.00372078;RO=5;SAF=63;SAR=91;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117731;STB=0.506252;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00269661;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:160:160:5:5:154:155:0.96875:91:63:3:2:92:63:3:2 chr1 111992516 . C T 408.91 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.027251;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9002;QD=18.5866;RBI=0.0272626;REFB=-0.0195628;REVB=-0.000794568;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405352;STB=0.527764;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.023456;OID=.;OPOS=111992516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:17:24:25:21:17:25:25:21 chr1 112029193 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0418365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9956;QD=22.7231;RBI=0.0421311;REFB=-0.0170416;REVB=0.00497369;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634919;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.019125;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:5:11:15:5:5:11 chr1 112042632 . A G 141.94 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0439871;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6641;QD=10.7122;RBI=0.0447582;REFB=-0.00167289;REVB=0.00827217;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143818;STB=0.508465;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00401548;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:35:35:18:18:0.339623:8:10:19:16:8:10:19:16 chr1 112269872 . G A 707.58 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.146;QD=62.8956;RBI=0.0840772;REFB=0;REVB=0.0833078;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229759;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr1 112533649 . C G 635.27 PASS AF=0.662651;AO=55;DP=83;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0527788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5394;QD=30.6152;RBI=0.0575917;REFB=0.00911319;REVB=-0.0230477;RO=28;SAF=22;SAR=33;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018457;STB=0.509996;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00543073;OID=.;OPOS=112533649;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:28:28:55:55:0.662651:33:22:12:16:33:22:12:16 chr1 112533728 . G A 209.95 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.038385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.441;QD=26.2435;RBI=0.0398207;REFB=-0.0564334;REVB=0.0105962;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474005;STB=0.52629;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0265458;OID=.;OPOS=112533728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:4:8:12:8:4:8 chr1 112539061 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0094111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.767;QD=17.9529;RBI=0.0330417;REFB=-0.0152031;REVB=0.0316731;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117507;STB=0.565937;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.013507;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:15:13:16:11:15:13 chr1 112991698 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.742;QD=45.8064;RBI=0.0482619;REFB=0;REVB=0.0190146;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446931;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 112999227 . G A 654.74 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379875;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.255;QD=62.3557;RBI=0.0547701;REFB=0;REVB=-0.0394552;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164409;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:1:0:42:42:1:18:24:1:0:18:24:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 421.01 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0451953;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=265.026;QD=40.0963;RBI=0.0452281;REFB=0.0248407;REVB=0.00172376;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529397;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=-0.000110377;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:38:38:39:42:3:24:15:3:0:6:0:23:15:0:0 chr1 113063125 . A G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00189121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.979;QD=19.1729;RBI=0.0205716;REFB=-0.0230654;REVB=-0.0204845;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000852017;STB=0.507458;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.023173;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:16:17:16:15:16:17:16:16 chr1 113083439 . C T 85.49 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00186668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.165;QD=12.6657;RBI=0.0074473;REFB=-0.00120745;REVB=0.00720957;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291961;STB=0.68595;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00408243;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:10:5:7:4:11:5 chr1 113126707 . G A 158.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0114646;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.565;QD=16.6839;RBI=0.0117505;REFB=-0.00187399;REVB=-0.00257614;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558923;STB=0.541619;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000453056;OID=.;OPOS=113126707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:21:17:17:0.447368:11:6:6:14:11:6:6:15 chr1 113236681 . C T 507.78 PASS AF=0.6;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000568194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.675;QD=25.3892;RBI=0.0155694;REFB=-0.00177638;REVB=0.015559;RO=33;SAF=29;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213823;STB=0.604123;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0039615;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:32:47:48:0.6:18:29:11:22:19:29:11:21 chr1 113237171 . A G 160.71 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0393176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.405;QD=18.9066;RBI=0.0393687;REFB=-0.0148199;REVB=-0.00200635;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894054;STB=0.53;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00951447;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:6:10:9:8:7:10:9:8 chr1 113239382 . G A 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00486211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.799;QD=20.9982;RBI=0.00489451;REFB=-0.0182237;REVB=0.000562288;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262697;STB=0.514524;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0139784;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:19:21:20:16:19:21:20:16 chr1 113241052 . T C 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00776608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.942;QD=27.6972;RBI=0.00839129;REFB=-0.00452353;REVB=0.00317833;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871871;STB=0.536823;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00149107;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:21:39:39:0.65:17:22:14:6:17:22:14:7 chr1 113243048 . C T 398.64 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0339825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.302;QD=14.3655;RBI=0.0342741;REFB=-0.010246;REVB=-0.00446088;RO=65;SAF=18;SAR=28;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107094;STB=0.560422;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0216132;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:28:18:32:33:28:18:32:33 chr1 113255389 . C T 781.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.599;QD=56.8536;RBI=0.0322224;REFB=0;REVB=0.0305704;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36981e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:17:37:0:0:18:37:0:0 chr1 113456546 . A T 516.07 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=31;FWDB=-0.0131767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.011;QD=13.1484;RBI=0.030417;REFB=-0.0140734;REVB=-0.0274148;RO=96;SAF=38;SAR=23;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635968;STB=0.53584;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0268414;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:23:38:65:31:23:38:65:31 chr1 113657092 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.802;QD=51.1846;RBI=0.0314614;REFB=0;REVB=-0.0300286;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113528;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 114240319 . T A,TA 911.23 PASS AF=0.015625,0.984375;AO=3,56;DP=65;FAO=1,63;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489991,-0.0123917;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=6.32313,28.3578;QD=56.952;RBI=0.0658137,0.108859;REFB=0,0;REVB=0.0439379,-0.108152;RO=3;SAF=2,32;SAR=1,24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.255936,0.0231841;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.106947,-0.00581656;OID=.,.;OPOS=114240319,114240320;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:65:64:3:0:3,56:1,63:0.015625,0.984375:1,24:2,32:1:2:0,30:1,33:0:0 chr1 114377568 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.856;QD=57.2025;RBI=0.0334078;REFB=0;REVB=0.0284817;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248341;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 114424601 . C T 447.73 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6819;QD=54.2707;RBI=0.0208209;REFB=0.0617461;REVB=0.00939899;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00328819;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:1:0:10:22:1:0 chr1 114438951 . A G 57.06 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00714086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.865;QD=12.6805;RBI=0.0178088;REFB=-0.0270427;REVB=-0.0163145;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0352746;OID=.;OPOS=114438951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr1 114443899 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0242246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.765;QD=15.2189;RBI=0.0357133;REFB=-0.0150095;REVB=-0.0262413;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142536;STB=0.580593;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0223243;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:23:18:18:13:23:18 chr1 114444444 . T G 287.96 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0011369;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.894;QD=20.5688;RBI=0.0136137;REFB=-0.00501379;REVB=0.0135661;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130618;STB=0.568675;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.01026;OID=.;OPOS=114444444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:29:30:0.535714:15:14:16:9:16:14:16:10 chr1 114505000 . G A 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0457568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6246;QD=20.439;RBI=0.0684215;REFB=-0.00400162;REVB=-0.0508706;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250871;STB=0.506846;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00335307;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:19:19:16:18:19:19:17:18 chr1 114632114 . TTAA TA,TTA,TTTA,TTTT 164.06 PASS AF=0.283333,0.283333,0,0;AO=13,17,3,3;DP=75;FAO=17,17,0,0;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14,6,0,0;FSAR=3,11,0,0;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0145056,0.186148,0.183964,0.0927328;FXX=0.210499;HRUN=6,7,7,7;LEN=2,1,1,2;MLLD=18.1359,10.1074,9.13628,30.2782;QD=10.9374;RBI=0.0146532,0.205412,0.206317,0.10455;REFB=0.0133018,-0.0429942,-0.0564377,-0.0278752;REVB=-0.00207475,-0.0868499,-0.093402,-0.0482828;RO=20;SAF=12,2,0,0;SAR=1,15,3,3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.392857,0,0,0;SSSB=0.554829,-0.516424,-0.613473,-0.613473;STB=0.692322,0.636202,0.5,0.5;STBP=0.083,0.146,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0258601,0.0934137,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=114632115,114632116,114632116,114632116;OREF=TA,A,A,AA;OALT=-,-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTTA,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333,0.283333,0,0:13,17,3,3:75:17,17,0,0:60:26:14,6,0,0:3,11,0,0:15:11:66:20:12,2,0,0:1,15,3,3:11:9 chr1 114948281 . A G 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0103258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.248;QD=16.1947;RBI=0.0140652;REFB=-0.0146002;REVB=-0.00955026;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695658;STB=0.539194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0159555;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:14:22:25:21:14:22:25:21 chr1 115119392 . T C 87.64 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00122127;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.168;QD=11.3083;RBI=0.00450015;REFB=-0.00130058;REVB=-0.00433126;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310237;STB=0.686764;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00384383;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:11:9:8:3:11:9 chr1 115419439 . AAAAAAC AAAAACT,TAAAAAC,TTAAAAC 82.65 PASS AF=0,0.342342,0;AO=4,19,11;DP=100;FAO=0,38,0;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=0,5,0;FSAR=0,33,0;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0873187,-0.00513732,-0.00356143;FXX=0.0176975;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=183.291,7.53371,22.4781;QD=2.97839;RBI=0.115079,0.112706,0.0899677;REFB=-0.0140362,-0.158138,-0.141171;REVB=-0.0749581,-0.112589,-0.0898972;RO=27;SAF=4,0,0;SAR=0,19,11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.574148,-0.839266,-0.798208;STB=0.5,0.774383,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,0.252066,0;OID=.,.,.;OPOS=115419444,115419439,115419439;OREF=AC,A,AA;OALT=CT,T,TT;OMAPALT=AAAAACT,TAAAAAC,TTAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:100:111:27:73:4,19,11:0,38,0:0,0.342342,0:0,19,11:4,0,0:17:10:0,33,0:0,5,0:33:40 chr1 115537933 . A G 249.83 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0305276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.656;QD=16.6553;RBI=0.030585;REFB=-0.0403664;REVB=-0.00187241;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179183;STB=0.601191;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0430916;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:9:19:16:16:9:19:16:16 chr1 115576023 . A G 975.85 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6174;QD=58.26;RBI=0.0236971;REFB=0;REVB=0.0133189;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776776;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:25:42:0:0 chr1 115590998 . T C 1093.16 PASS AF=0.482609;AO=110;DP=228;FAO=111;FDP=230;FR=.;FRO=119;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.0189442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1761;QD=19.0115;RBI=0.0292594;REFB=-0.0158727;REVB=0.0222987;RO=117;SAF=62;SAR=48;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11951;STB=0.567105;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0246352;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:117:119:110:111:0.482609:48:62:51:66:49:62:51:68 chr1 115591058 . T C 1331.59 PASS AF=0.48227;AO=133;DP=284;FAO=136;FDP=282;FR=.;FRO=146;FSAF=50;FSAR=86;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=-0.00695583;FXX=0.0208326;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.831;QD=18.8879;RBI=0.0188675;REFB=-0.00723673;REVB=0.0175385;RO=149;SAF=50;SAR=83;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538686;STB=0.531211;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00739873;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:282:149:146:133:136:0.48227:83:50:64:85:86:50:62:84 chr1 115604798 . C T 229.35 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00853655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.384;QD=17.6423;RBI=0.0137282;REFB=-8.832e-05;REVB=0.0107513;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173553;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000286744;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:12:12:14:13:13:12:14:13 chr1 116149152 . G A 1954.82 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.048;QD=61.0882;RBI=0.0238737;REFB=-0.0728793;REVB=0.0209896;RO=1;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725477;STB=0.503816;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000217362;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:127:127:0.992188:65:62:0:1:65:62:0:1 chr1 116234313 . A G 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0553582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.349;QD=23.8319;RBI=0.0553836;REFB=-0.000492587;REVB=-0.001679;RO=26;SAF=12;SAR=26;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883768;STB=0.559108;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000565509;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:26:12:11:15:26:12:12:15 chr1 116234505 . A G 353.71 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0205216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.256;QD=18.6165;RBI=0.0205888;REFB=-0.0452187;REVB=-0.00166293;RO=38;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926704;STB=0.559786;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0461243;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:13:24:21:17:13:24:21:18 chr1 116239633 . T G 405.19 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00505335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5288;QD=13.9722;RBI=0.018626;REFB=-0.0125107;REVB=0.0179274;RO=69;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260366;STB=0.5147;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0285466;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:25:22:34:35:25:22:34:35 chr1 116260532 . A T 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.000469999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.994;QD=13.9501;RBI=0.00362161;REFB=-0.00820497;REVB=-0.00359098;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162705;STB=0.514987;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0111819;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:17:16:23:26:17:16:23:27 chr1 116310967 . T C 634.83 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0304515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.966;QD=27.6012;RBI=0.0308816;REFB=-0.0148828;REVB=0.00513643;RO=36;SAF=35;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093253;STB=0.550829;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00808368;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:36:56:56:0.608696:21:35:18:18:21:35:18:18 chr1 116382318 . A G 2156.42 PASS AF=1;AO=116;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00051361;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4945;QD=62.9613;RBI=0.00851946;REFB=0;REVB=0.00850396;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47056e-05;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:116:137:1:66:50:0:0:68:69:0:0 chr1 116382511 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1113;QD=59.8387;RBI=0.0168563;REFB=0;REVB=-0.00734642;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115343;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 116382778 . T C 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.384;QD=61.6919;RBI=0.0568209;REFB=0;REVB=0.0282471;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390182;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr1 116383300 . T C 143.35 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4335;QD=44.1072;RBI=0.0107098;REFB=0;REVB=0.00136865;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918377;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:2:9:0:0:2:11:0:0 chr1 116383333 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.61;QD=47.8218;RBI=0.0418759;REFB=0;REVB=-0.0365966;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253352;OID=.;OPOS=116383333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr1 116384089 . AG A,AA 1027.04 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=14,56;DP=70;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441749,0.0402317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.97,179.517;QD=58.6877;RBI=0.0464501,0.0423036;REFB=0,0;REVB=-0.0143593,-0.0130769;RO=0;SAF=11,24;SAR=3,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0213607,0.00982626;OID=.,.;OPOS=116384090,116384090;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:14,56:70:2,68:70:0:1,34:1,34:0:0:6:0:11,24:3,32:0:0 chr1 116384580 . C T 1062.63 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5873;QD=59.8667;RBI=0.0885381;REFB=0;REVB=0.0874239;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959808;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr1 116385122 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.828;QD=55.6525;RBI=0.0137079;REFB=0;REVB=0.0111539;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03077e-05;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 116385288 . C T 340.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.609;QD=54.4901;RBI=0.0520017;REFB=0;REVB=-0.0329713;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79828e-05;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 116385467 . A G 483.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.23;QD=58.562;RBI=0.0418517;REFB=0;REVB=0.0318986;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143405;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:15:18:0:0 chr1 116386105 . G A 1636.73 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6282;QD=59.5176;RBI=0.0419237;REFB=0;REVB=-0.0399061;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131697;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:51:57:0:0:52:58:0:0 chr1 116386139 . G A 2350.28 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4767;QD=60.6524;RBI=0.041901;REFB=0;REVB=0.0358452;RO=0;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169455;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:155:0:0:147:155:1:65:82:0:0:71:84:0:0 chr1 116386243 . C T 3614.86 PASS AF=0.991416;AO=231;DP=233;FAO=231;FDP=233;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0754938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0102;QD=62.0577;RBI=0.0760948;REFB=-0.0673635;REVB=-0.00954425;RO=2;SAF=107;SAR=124;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762362;STB=0.504;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000302482;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:233:233:2:2:231:231:0.991416:124:107:0:2:124:107:0:2 chr1 116534852 . C T 635.42 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=168;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0148869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.6;QD=15.129;RBI=0.0160068;REFB=-0.021456;REVB=0.00588201;RO=97;SAF=39;SAR=32;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185015;STB=0.510347;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0280984;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:97:97:71:71:0.422619:32:39:55:42:32:39:55:42 chr1 116569530 . G C 2368.73 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8898;QD=61.1286;RBI=0.0239674;REFB=0;REVB=0.0208486;RO=0;SAF=81;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38555e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:73:81:0:0:74:81:0:0 chr1 116610388 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9506;QD=63.2857;RBI=0.0284464;REFB=0;REVB=-0.00648429;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244889;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 116948712 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00813133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.196;QD=17.5684;RBI=0.0163705;REFB=-0.00249132;REVB=0.0142083;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124644;STB=0.569894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00361351;OID=.;OPOS=116948712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:17:14:17:12:17:14 chr1 117102649 . C T 650.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2106;QD=61.9055;RBI=0.0849172;REFB=0;REVB=0.032187;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700214;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr1 117122130 . T C 786.33 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=71;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000287453;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.782;QD=44.933;RBI=0.00398932;REFB=0.0258189;REVB=0.00397895;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.521545;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00308052;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:70:0:10:60:60:0.857143:27:33:0:0:27:33:4:6 chr1 117142613 . C T 36.37 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0278191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0348;QD=2.50861;RBI=0.034265;REFB=-0.00291437;REVB=0.0200048;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319574;STB=0.727515;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0115157;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:2:5:22:28:2:5:23:28 chr1 117142641 . G A 152.45 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00311648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.299;QD=5.30276;RBI=0.00733312;REFB=-0.00460919;REVB=-0.00663793;RO=90;SAF=10;SAR=15;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167849;STB=0.604084;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.022097;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:90:25:25:0.217391:15:10:48:42:15:10:48:42 chr1 117142700 . C A 408.14 PASS AF=0.303371;AO=54;DP=182;FAO=54;FDP=178;FR=.;FRO=124;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.00461682;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.867;QD=9.17162;RBI=0.0284247;REFB=-0.00258748;REVB=0.0280472;RO=122;SAF=22;SAR=32;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14017;STB=0.587124;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0106036;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:178:122:124:54:54:0.303371:32:22:64:58:32:22:66:58 chr1 117142736 . A G 847.72 PASS AF=0.478022;AO=86;DP=181;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0109488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.893;QD=18.6313;RBI=0.0115415;REFB=-0.0106861;REVB=-0.00365094;RO=95;SAF=38;SAR=48;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705163;STB=0.541461;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00713014;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:95:95:86:87:0.478022:48:38:49:46:49:38:49:46 chr1 117142855 . C T 483.14 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0195562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0627;QD=20.7801;RBI=0.0211761;REFB=-0.0259726;REVB=-0.00812298;RO=46;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201372;STB=0.504671;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0370784;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:46:46:47:0.505376:27:19:20:26:27:20:20:26 chr1 117142868 . CA TG 340.55 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00808758;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=2;MLLD=160.995;QD=17.4639;RBI=0.0109892;REFB=-0.0089419;REVB=0.00744006;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103155;STB=0.557811;STBP=0.393;TYPE=mnp;VARB=0.0163734;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:41:34:34:0.435897:18:16:15:26:18:16:15:26 chr1 117146503 . C T 293.73 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0194297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.882;QD=17.5358;RBI=0.0194433;REFB=-0.0262005;REVB=0.00072615;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453682;STB=0.525408;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0358967;OID=.;OPOS=117146503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:17:18:18:14:17:18 chr1 117146504 . G A 45.63 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00855136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.424;QD=2.72397;RBI=0.015225;REFB=0.00072872;REVB=0.0125966;RO=58;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129552;STB=0.591904;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00406726;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:58:58:9:9:0.134328:4:5:26:32:4:5:26:32 chr1 117146563 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0218796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.021;QD=6.10488;RBI=0.0355899;REFB=-0.000374764;REVB=0.02807;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455911;STB=0.529339;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00164304;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:14:12:4:4:14:12 chr1 117146571 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0493509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.698;QD=5.90476;RBI=0.0522826;REFB=-0.0098637;REVB=-0.0172614;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661942;STB=0.542751;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0500624;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:15:12:4:4:15:12 chr1 117150928 . C T 655.56 PASS AF=0.601942;AO=60;DP=101;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.048831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.116;QD=25.4586;RBI=0.0532145;REFB=-0.0280348;REVB=0.0211498;RO=41;SAF=27;SAR=33;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082732;STB=0.537077;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0163359;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:41:41:60:62:0.601942:33:27:23:18:33:29:23:18 chr1 117150933 . G A 639.21 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0149046;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.502;QD=27.4927;RBI=0.0229429;REFB=-0.0447949;REVB=0.0174422;RO=39;SAF=25;SAR=31;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886022;STB=0.537559;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00827844;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:39:37:56:56:0.602151:31:25:22:17:31:25:20:17 chr1 117156459 . C T 402.77 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0714601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1744;QD=19.1797;RBI=0.0838633;REFB=0.0145603;REVB=-0.043892;RO=43;SAF=29;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196647;STB=0.609886;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0183533;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:12:29:22:21:12:29:22:21 chr1 117156490 . T C 363.88 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0380886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.132;QD=15.8209;RBI=0.0420419;REFB=-0.0102119;REVB=-0.0177983;RO=53;SAF=27;SAR=12;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236302;STB=0.633732;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0196729;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:12:27:25:28:12:27:25:28 chr1 117156584 . TG CA,TC,T 513.59 PASS AF=0.117647,0,0.882353;AO=6,2,19;DP=51;FAO=6,0,45;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,13;FSAR=3,0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124906,0.326651,0.703624;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=110.573,27.785,14.5705;QD=40.2812;RBI=0.140188,0.331936,0.788593;REFB=0,0,0;REVB=0.0636471,0.0589955,0.356078;RO=23;SAF=3,0,0;SAR=3,2,19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0,0.465347;SSEP=0,0,0.209302;SSSB=-0.0768798,-0.522115,-0.835886;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=-0.0909456,0,0.0831198;OID=.,.,.;OPOS=117156584,117156585,117156585;OREF=TG,G,G;OALT=CA,C,-;OMAPALT=CA,TC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:31:51:51:23:0:6,2,19:6,0,45:0.117647,0,0.882353:3,2,19:3,0,0:13:10:3,0,32:3,0,13:0:0 chr1 117311147 . C A 721.71 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4624;QD=54.4683;RBI=0.021759;REFB=-0.0798682;REVB=0.0180816;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.027521;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:19:33:1:0:19:33:1:0 chr1 117487710 . AT GA 189.55 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641642;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.248;QD=47.3879;RBI=0.0694008;REFB=0;REVB=0.0264467;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000808692;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:12:4:0:0 chr1 117529458 . G A 1515.31 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00810893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.976;QD=62.4872;RBI=0.0174593;REFB=-0.0996257;REVB=0.0154619;RO=1;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958021;STB=0.505049;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000126826;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:49:47:0:1:49:47:0:1 chr1 117530273 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7387;QD=61.3322;RBI=0.0360106;REFB=0;REVB=0.00191953;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250366;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:11:29:0:0 chr1 117532291 . A G 1618.01 PASS AF=0.94958;AO=112;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0356428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.385;QD=54.387;RBI=0.0358088;REFB=-0.136152;REVB=-0.00344406;RO=6;SAF=50;SAR=62;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273662;STB=0.514136;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00125975;OID=.;OPOS=117532291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:6:6:112:113:0.94958:62:50:1:5:63:50:1:5 chr1 117532790 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.587;QD=62.9828;RBI=0.0186038;REFB=0;REVB=-0.00324358;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10298e-05;OID=.;OPOS=117532790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr1 117532798 . C G,T 587.47 PASS AF=0.9,0.1;AO=35,3;DP=39;FAO=36,4;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044684,0.00580117;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9763,119.002;QD=58.7468;RBI=0.0479051,0.0153317;REFB=0,0;REVB=-0.0172696,-0.0141918;RO=0;SAF=17,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126264,0.0811473;OID=.,.;OPOS=117532798,117532798;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:40:0:0:35,3:36,4:0.9,0.1:18,3:17,0:0:0:18,3:18,1:0:0 chr1 117559726 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.49;QD=57.1062;RBI=0.0115305;REFB=0;REVB=-0.00363554;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82836e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr1 117560818 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6599;QD=60.2264;RBI=0.0209216;REFB=0;REVB=-0.018749;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488107;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 117560929 . C A 1164.26 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147291;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.607;QD=60.4812;RBI=0.0250558;REFB=0;REVB=0.0202693;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208079;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:40:37:0:0 chr1 117602960 . C A 1317.58 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9133;QD=62.004;RBI=0.0852275;REFB=0;REVB=0.0275027;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752294;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:39:46:0:0 chr1 117617705 . A G 468.9 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254659;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7551;QD=58.6123;RBI=0.0374516;REFB=0;REVB=0.0274611;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842259;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr1 117618067 . C T 277.26 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576677;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.508;QD=52.8115;RBI=0.0576918;REFB=0;REVB=0.00166676;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929575;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 117654858 . G A 476.71 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00354814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.347;QD=27.6355;RBI=0.0108441;REFB=-0.00176028;REVB=-0.0102472;RO=19;SAF=20;SAR=24;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107326;STB=0.534744;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000803668;OID=.;OPOS=117654858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:19:25:44:44:0.637681:24:20:9:10:24:20:9:16 chr1 117656088 . A G 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0263386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.5;QD=16.4414;RBI=0.0368046;REFB=-0.0218436;REVB=-0.0257071;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418209;STB=0.510578;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.028205;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:9:17:13:7:9:18 chr1 117715026 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.588;QD=64.4154;RBI=0.00830331;REFB=0;REVB=-0.00489862;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38039e-06;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 117785931 . G A,T 529.53 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=31,4;DP=35;FAO=32,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212546,0.00824312;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5257,75.9123;QD=58.8372;RBI=0.0225208,0.0121893;REFB=0,0;REVB=0.00744484,-0.00897945;RO=0;SAF=21,0;SAR=10,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00237882,0.0334596;OID=.,.;OPOS=117785931,117785931;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:35:36:0:0:31,4:32,4:0.888889,0.111111:10,4:21,0:0:0:11,4:21,0:0:0 chr1 117785979 . T C 357.34 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0123699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3308;QD=44.6679;RBI=0.0217152;REFB=-0.00194613;REVB=0.0178476;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571377;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00413383;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:0:4:28:28:0.875:12:16:0:0:12:16:0:4 chr1 118065841 . A G 843.66 PASS AF=0.596899;AO=77;DP=129;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.000427683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.527;QD=26.16;RBI=0.0192464;REFB=-0.0215381;REVB=-0.0192417;RO=51;SAF=39;SAR=38;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456342;STB=0.528409;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0123945;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:51:52:77:77:0.596899:38:39:29:22:38:39:30:22 chr1 118169462 . C T 244.8 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0116046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.915;QD=18.8307;RBI=0.0168079;REFB=-0.0141637;REVB=-0.012159;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426327;STB=0.521723;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0138957;OID=.;OPOS=118169462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:26:27:0.519231:11:15:15:9:12:15:15:10 chr1 118494625 . C T 586.48 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.012034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3755;QD=23.4592;RBI=0.0538278;REFB=-0.00956128;REVB=-0.0524653;RO=45;SAF=22;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255402;STB=0.51814;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00873474;OID=.;OPOS=118494625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:46:54:54:0.54:32:22:17:28:32:22:17:29 chr1 118693217 . T C 1061.94 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.254;QD=59.8274;RBI=0.0136779;REFB=0;REVB=0.0131578;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12544e-05;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr1 118807059 . T C 1069.07 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515581;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.054;QD=60.2294;RBI=0.00773908;REFB=0;REVB=0.00577158;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28454e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr1 119427454 . G A 402.69 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00244777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.964;QD=16.7786;RBI=0.0264113;REFB=-0.0182017;REVB=-0.0262977;RO=54;SAF=29;SAR=13;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272893;STB=0.653613;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0422994;OID=.;OPOS=119427454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:13:29:23:31:13:29:23:31 chr1 119469188 . G T 259.78 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=68;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00748899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.6;QD=14.6354;RBI=0.00896438;REFB=-0.023024;REVB=0.00492698;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587332;STB=0.537547;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0277879;OID=.;OPOS=119469188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:41:27:30:0.422535:12:15:22:18:12:18:22:19 chr1 119923724 . T C 746.96 PASS AF=0.493243;AO=71;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.011438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.549;QD=20.1882;RBI=0.0114469;REFB=-0.0109262;REVB=0.000451967;RO=75;SAF=46;SAR=25;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197771;STB=0.598051;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0122256;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:75:71:73:0.493243:25:46:33:42:27:46:33:42 chr1 120057158 . C T 1114.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.959;QD=60.2537;RBI=0.0181634;REFB=0;REVB=-0.00687322;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57757e-05;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr1 120057246 . C A 688.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4952;QD=62.6262;RBI=0.0835678;REFB=0;REVB=-0.0820372;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110992;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 120164738 . C T 474.07 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00953455;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0854;QD=16.7811;RBI=0.0826123;REFB=-0.00257109;REVB=0.0820603;RO=63;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896299;STB=0.555228;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00408637;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:61:51:52:0.460177:27:24:24:39:28:24:22:39 chr1 120165826 . C T 39.37 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.148649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8031;QD=17.4995;RBI=0.15543;REFB=-0.140463;REVB=0.0454091;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0551906;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:1:4:3:0:1:5:3:0 chr1 120166681 . G A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00345928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.126;QD=21.7452;RBI=0.0104903;REFB=0.00693523;REVB=-0.00990347;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377328;STB=0.714041;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00459628;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:15:4:10:6:15:4:10:6 chr1 120267544 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0716;QD=62.9817;RBI=0.032401;REFB=0;REVB=-0.00836248;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025302;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 120468425 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00721527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.37;QD=21.8388;RBI=0.00722272;REFB=-0.00614633;REVB=-0.000328039;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015115;STB=0.508468;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0065342;OID=.;OPOS=120468425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:10:14:15:10:10:14 chr1 120539331 . C T 740.64 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00568614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.151;QD=18.8697;RBI=0.00570552;REFB=-0.0106812;REVB=0.000469885;RO=80;SAF=44;SAR=33;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318209;STB=0.517555;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0137035;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:80:77:77:0.490446:33:44:43:37:33:44:43:37 chr1 121116688 . A G 469.62 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0245423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0609;QD=23.1912;RBI=0.058686;REFB=-0.00112655;REVB=0.0533078;RO=36;SAF=30;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255168;STB=0.514013;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000942874;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:15:30:25:11:15:30:25:11 chr1 121116704 . G A 80.48 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0401827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.529;QD=3.3535;RBI=0.0402623;REFB=-0.00615638;REVB=-0.00253128;RO=81;SAF=10;SAR=5;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=121116704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:5:10:54:27:5:10:54:27 chr1 121116733 . A G 234.26 PASS AF=0.301887;AO=31;DP=104;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.0275069;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.133;QD=8.83989;RBI=0.0275083;REFB=-0.0137056;REVB=-0.000283376;RO=73;SAF=20;SAR=11;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161963;STB=0.504584;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0328463;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:73:74:31:32:0.301887:11:20:48:25:11:21:49:25 chr1 142667306 . C T 87.01 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0283056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.351;QD=17.4023;RBI=0.0375839;REFB=-0.0161998;REVB=-0.0247253;RO=9;SAF=0;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.796508;STB=0.768608;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0115739;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:10:0:4:5:10:1:4:5 chr1 144014051 . G A 241.85 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0473999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5965;QD=8.19831;RBI=0.0492138;REFB=-0.00300871;REVB=0.0132381;RO=84;SAF=16;SAR=18;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948716;STB=0.555859;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00565935;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:18:16:33:51:18:16:33:51 chr1 144014068 . T C 752.45 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0271867;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.355;QD=31.3523;RBI=0.0419797;REFB=0.0414014;REVB=0.0319871;RO=33;SAF=30;SAR=33;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914942;STB=0.549435;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=5.03711e-06;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:33:63:63:0.65625:33:30:11:22:33:30:11:22 chr1 144534038 . A G 218.68 PASS AF=0.20442;AO=37;DP=181;FAO=37;FDP=181;FR=.;FRO=144;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=91;FSRR=53;FWDB=-0.00878891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.936;QD=4.83262;RBI=0.0151783;REFB=-0.00338251;REVB=-0.0123748;RO=143;SAF=19;SAR=18;SRF=90;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150065;STB=0.594724;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0232711;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:143:144:37:37:0.20442:18:19:90:53:18:19:91:53 chr1 144534045 . T C 1745.68 PASS AF=0.707071;AO=139;DP=196;FAO=140;FDP=198;FR=.;FRO=58;FSAF=88;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00844768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.922;QD=35.2663;RBI=0.0267868;REFB=-0.0319354;REVB=0.0254199;RO=57;SAF=87;SAR=52;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169852;STB=0.513196;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0118685;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:57:58:139:140:0.707071:52:87:34:23:52:88:34:24 chr1 144534053 . G A 59.61 PASS AF=0.087963;AO=19;DP=218;FAO=19;FDP=216;FR=.;FRO=197;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=124;FSRR=73;FWDB=-0.00802907;FXX=0.00917389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1729;QD=1.10384;RBI=0.062329;REFB=0.00254673;REVB=0.0618097;RO=197;SAF=13;SAR=6;SRF=123;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765117;STB=0.555375;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0263923;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:218:216:197:197:19:19:0.087963:6:13:123:74:6:13:124:73 chr1 144534076 . G A 383.46 PASS AF=0.211221;AO=64;DP=305;FAO=64;FDP=303;FR=.;FRO=239;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=148;FSRR=91;FWDB=-0.00121067;FXX=0.0098036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.461;QD=5.06221;RBI=0.003321;REFB=-0.000409393;REVB=0.00309246;RO=234;SAF=36;SAR=28;SRF=147;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087132;STB=0.54598;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00251406;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:303:234:239:64:64:0.211221:28:36:147:87:28:36:148:91 chr1 144534082 . TC CT,TT 3905.12 PASS AF=0.203704,0.694444;AO=66,208;DP=326;FAO=66,225;FDP=324;FR=.;FRO=33;FSAF=40,137;FSAR=26,88;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00327879,-0.0128765;FXX=0.00613478;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=204.862,49.5248;QD=48.2113;RBI=0.0266186,0.0158432;REFB=-0.00418167,-0.00670711;REVB=-0.0264159,0.00923047;RO=34;SAF=40,131;SAR=26,77;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0686946,0.0366189;STB=0.541549,0.516534;STBP=0.248,0.16;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00953849,0.0254133;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:326:324:34:33:66,208:66,225:0.203704,0.694444:26,77:40,131:17:17:26,88:40,137:16:17 chr1 144534084 . C G 52.69 PASS AF=0.0725076;AO=20;DP=332;FAO=24;FDP=331;FR=.;FRO=307;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=185;FSRR=122;FWDB=-0.00247229;FXX=0.0264698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.826;QD=0.636731;RBI=0.0239737;REFB=-0.00101756;REVB=-0.0238459;RO=301;SAF=11;SAR=9;SRF=177;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412159;STB=0.59509;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0743116;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:332:331:301:307:20:24:0.0725076:9:11:177:124:12:12:185:122 chr1 144534092 . G A 3113.82 PASS AF=0.68617;AO=256;DP=375;FAO=258;FDP=376;FR=.;FRO=118;FSAF=149;FSAR=109;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=0.00499604;FXX=0.00791536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.112;QD=33.1257;RBI=0.00961781;REFB=-0.00980388;REVB=0.00821838;RO=93;SAF=148;SAR=108;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290152;STB=0.505056;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.011035;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:376:93:118:256:258:0.68617:108:148:59:34:109:149:70:48 chr1 144534096 . T C 3227.96 PASS AF=0.676768;AO=266;DP=397;FAO=268;FDP=396;FR=.;FRO=128;FSAF=155;FSAR=113;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=-0.00101291;FXX=0.00251883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.306;QD=32.6057;RBI=0.00640685;REFB=-0.00838587;REVB=0.00632628;RO=122;SAF=154;SAR=112;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182181;STB=0.502664;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00529316;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:396:122:128:266:268:0.676768:112:154:71:51:113:155:73:55 chr1 144534186 . TCG T 583.28 PASS AF=0.205821;AO=97;DP=489;FAO=99;FDP=481;FR=.;FRO=382;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=194;FSRR=188;FWDB=-0.00631407;FXX=0.0163596;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.855;QD=4.85053;RBI=0.0107836;REFB=-0.00520574;REVB=-0.00874181;RO=352;SAF=55;SAR=42;SRF=182;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647049;STB=0.554276;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.0191768;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205821:97:489:99:481:382:57:42:194:188:99:352:55:42:182:170 chr1 144615138 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.268;QD=28.5377;RBI=0.0371995;REFB=-0.036607;REVB=0.0336662;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0109093;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr1 144617251 . A G 356.28 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00479311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.748;QD=19.5223;RBI=0.0504532;REFB=-0.0329439;REVB=-0.050225;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158038;STB=0.592365;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0320082;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:12:24:18:18:12:25:18:18 chr1 144618123 . C T 121.78 PASS AF=0.154839;AO=24;DP=155;FAO=24;FDP=155;FR=.;FRO=131;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.0149735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.796;QD=3.14263;RBI=0.023086;REFB=-0.00644163;REVB=-0.0175715;RO=131;SAF=12;SAR=12;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043773;STB=0.529008;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0382516;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:131:131:24:24:0.154839:12:12:61:70:12:12:61:70 chr1 144618144 . A G 1598.82 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.26;QD=57.1009;RBI=0.0291364;REFB=-0.044596;REVB=0.0231163;RO=2;SAF=54;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000156906;STB=0.504341;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00122449;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:2:3:109:109:0.973214:55:54:1:1:55:54:1:2 chr1 144619346 . G A 1160.2 PASS AF=0.987342;AO=66;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000908566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.087;QD=58.7441;RBI=0.0668841;REFB=-0.0528625;REVB=0.066878;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00270884;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:66:78:0.987342:34:32:0:1:42:36:0:1 chr1 144619354 . C T 345.38 PASS AF=0.4;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0186913;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.611;QD=14.5423;RBI=0.0296579;REFB=-0.0168518;REVB=-0.0230267;RO=54;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246669;STB=0.536823;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0232454;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:57:37:38:0.4:19:18:25:29:19:19:25:32 chr1 144811836 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00807169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.518;QD=10.4741;RBI=0.0148031;REFB=-0.00809982;REVB=0.0124089;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235582;STB=0.63658;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0183352;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:10:27:10:9:10:27 chr1 144811924 . T G 2589.1 PASS AF=1;AO=165;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329748;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8;QD=62.0144;RBI=0.0330689;REFB=0;REVB=0.00249255;RO=0;SAF=78;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8448e-05;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:165:167:1:87:78:0:0:87:80:0:0 chr1 144852390 . C T 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0101378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.605;QD=6.94465;RBI=0.0187711;REFB=-0.00423543;REVB=-0.0157981;RO=55;SAF=12;SAR=7;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194793;STB=0.618785;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0115247;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:7:12:26:29:7:12:26:29 chr1 144852476 . TG CA,CG 171.14 PASS AF=0.0434783,0.369565;AO=2,17;DP=46;FAO=2,17;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=1,9;FSAR=1,8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0140515,-0.0262733;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=156.078,120.692;QD=14.8819;RBI=0.0199448,0.0290025;REFB=-0.0119091,-0.00733049;REVB=-0.0141545,0.0122825;RO=27;SAF=1,9;SAR=1,8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0854882,0.12816;STB=0.585377,0.574382;STBP=0.778,0.458;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0696538,0.00454543;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:27:27:2,17:2,17:0.0434783,0.369565:1,8:1,9:11:16:1,8:1,9:11:16 chr1 144854180 . T C 390.63 PASS AF=0.213115;AO=65;DP=305;FAO=65;FDP=305;FR=.;FRO=240;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=118;FSRR=122;FWDB=-0.0102072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.6;QD=5.12299;RBI=0.010542;REFB=-0.0101067;REVB=-0.00263589;RO=239;SAF=41;SAR=24;SRF=118;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17769;STB=0.610657;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0322582;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:239:240:65:65:0.213115:24:41:118:121:24:41:118:122 chr1 144854528 . A G 268.56 PASS AF=0.255034;AO=38;DP=149;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.00487177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.956;QD=7.20974;RBI=0.0107641;REFB=0.000553369;REVB=0.00959853;RO=111;SAF=19;SAR=19;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106578;STB=0.563725;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00160239;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:111:111:38:38:0.255034:19:19:46:65:19:19:46:65 chr1 144854537 . T C 369.66 PASS AF=0.284916;AO=51;DP=177;FAO=51;FDP=179;FR=.;FRO=128;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=0.00508408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.808;QD=8.26053;RBI=0.0116292;REFB=-0.00986874;REVB=-0.010459;RO=125;SAF=26;SAR=25;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748142;STB=0.540466;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0220753;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:125:128:51:51:0.284916:25:26:56:69:25:26:58:70 chr1 144854564 . G A 158.54 PASS AF=0.146552;AO=34;DP=232;FAO=34;FDP=232;FR=.;FRO=198;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=101;FSRR=97;FWDB=-0.025022;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.973;QD=2.7334;RBI=0.0293806;REFB=0.000634467;REVB=0.0153987;RO=194;SAF=14;SAR=20;SRF=98;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119879;STB=0.584003;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00313714;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:194:198:34:34:0.146552:20:14:98:96:20:14:101:97 chr1 144854581 . T C 184.67 PASS AF=0.151394;AO=38;DP=250;FAO=38;FDP=251;FR=.;FRO=213;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=101;FSRR=112;FWDB=0.0472413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8714;QD=2.94297;RBI=0.0544067;REFB=-0.00770813;REVB=-0.0269879;RO=212;SAF=21;SAR=17;SRF=101;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977063;STB=0.566346;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0416062;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:212:213:38:38:0.151394:17:21:101:111:17:21:101:112 chr1 144854594 . G T 209.68 PASS AF=0.162162;AO=41;DP=258;FAO=42;FDP=259;FR=.;FRO=217;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=119;FWDB=-0.0170645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.384;QD=3.23824;RBI=0.0188491;REFB=-0.0118138;REVB=-0.00800571;RO=217;SAF=19;SAR=22;SRF=98;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153114;STB=0.52067;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0509988;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:217:217:41:42:0.162162:22:19:98:119:22:20:98:119 chr1 144854597 . T C 1379.87 PASS AF=0.697872;AO=79;DP=251;FAO=164;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=82;FSAR=82;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.040345;FXX=0.0711434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.477;QD=23.4871;RBI=0.0419651;REFB=-0.0634956;REVB=0.0115477;RO=66;SAF=39;SAR=40;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831831;STB=0.529911;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0583709;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:235:66:70:79:164:0.697872:40:39:26:40:82:82:28:42 chr1 144854608 . T G 258.6 PASS AF=0.177936;AO=49;DP=280;FAO=50;FDP=281;FR=.;FRO=231;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=105;FSRR=126;FWDB=0.0223599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3639;QD=3.68111;RBI=0.0324435;REFB=-0.00308209;REVB=0.0235078;RO=230;SAF=19;SAR=30;SRF=104;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852983;STB=0.545833;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0126419;OID=.;OPOS=144854608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:230:231:49:50:0.177936:30:19:104:126:30:20:105:126 chr1 144855812 . T C 54.56 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0110336;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5545;QD=6.06199;RBI=0.0110389;REFB=0.00529631;REVB=0.000341161;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172542;STB=0.610847;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0079751;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:38:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:10:18:4:4:10:18 chr1 144863320 . T C 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00404022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.923;QD=6.06094;RBI=0.0102152;REFB=-0.00206751;REVB=-0.00938227;RO=40;SAF=1;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659184;STB=0.917645;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0160938;OID=.;OPOS=144863320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:10:1:26:14:10:1:26:14 chr1 144864143 . G A 94.6 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.000859014;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0332;QD=4.15811;RBI=0.0030227;REFB=-0.00159092;REVB=-0.00289807;RO=71;SAF=8;SAR=8;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799094;STB=0.549389;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0023503;OID=.;OPOS=144864143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:91:91:71:75:16:16:0.175824:8:8:40:31:8:8:42:33 chr1 144865850 . G T 1094.09 PASS AF=0.459016;AO=112;DP=247;FAO=112;FDP=244;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=-0.0111647;FXX=0.0121453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.345;QD=17.9359;RBI=0.0124657;REFB=-0.00373533;REVB=0.00554452;RO=134;SAF=42;SAR=70;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596291;STB=0.540678;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00386023;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:244:134:132:112:112:0.459016:70:42:58:76:70:42:59:73 chr1 144866643 . G A 512.9 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0156095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.464;QD=17.2403;RBI=0.0215276;REFB=-0.00963957;REVB=0.0148249;RO=62;SAF=23;SAR=32;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168951;STB=0.519182;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00716647;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:62:64:55:55:0.462185:32:23:27:35:32:23:29:35 chr1 144866662 . T C 907.05 PASS AF=0.702703;AO=78;DP=111;FAO=78;FDP=111;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0292133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.087;QD=32.6865;RBI=0.0309467;REFB=-0.0256431;REVB=-0.0102118;RO=33;SAF=34;SAR=44;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104696;STB=0.505627;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0121403;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:33:33:78:78:0.702703:44:34:15:18:44:34:15:18 chr1 144868170 . C T 322.86 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000715269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.688;QD=19.275;RBI=0.00770354;REFB=-0.00593765;REVB=0.00767026;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387519;STB=0.52157;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0048669;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:20:14:15:18:20:14:15:18 chr1 144871738 . C A 192.42 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0176783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.399;QD=9.86773;RBI=0.0295145;REFB=-0.0164391;REVB=-0.0236344;RO=51;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218133;STB=0.627996;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0346166;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:51:53:25:25:0.320513:9:16:23:28:9:16:24:29 chr1 144871755 . A T 69.58 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0116153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.917;QD=4.28171;RBI=0.0270242;REFB=-0.00164765;REVB=-0.0244007;RO=53;SAF=2;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362554;STB=0.74488;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00989475;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:10:2:22:31:10:2:22:31 chr1 144871782 . A G 74.11 PASS AF=0.2;AO=12;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.013167;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.748;QD=4.56079;RBI=0.0223902;REFB=-0.0140278;REVB=-0.0181095;RO=53;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133222;STB=0.596855;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0495222;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:65:65:53:52:12:13:0.2:9:3:18:35:10:3:17:35 chr1 144871829 . C T 67.85 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00510385;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.06;QD=5.32159;RBI=0.00522392;REFB=-0.0126677;REVB=-0.0011136;RO=41;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866717;STB=0.555992;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0533478;OID=.;OPOS=144871829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:52:51:41:41:10:10:0.196078:7:3:10:31:7:3:10:31 chr1 144873887 . C T 608.32 PASS AF=0.362745;AO=74;DP=204;FAO=74;FDP=204;FR=.;FRO=130;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=99;FSRR=31;FWDB=0.00425364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9307;QD=11.9279;RBI=0.00909008;REFB=-0.0108512;REVB=-0.00803343;RO=124;SAF=53;SAR=21;SRF=99;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119238;STB=0.536641;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0203771;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:124:130:74:74:0.362745:21:53:99:25:21:53:99:31 chr1 144874760 . T C 573.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.006445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.445;QD=17.9317;RBI=0.0225498;REFB=-0.0125315;REVB=-0.0216092;RO=68;SAF=32;SAR=28;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376748;STB=0.502091;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0194982;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:28:32:36:32:28:32:36:32 chr1 144874815 . T C 467.19 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0163236;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.474;QD=16.5378;RBI=0.0277359;REFB=-0.0169773;REVB=0.0224237;RO=62;SAF=26;SAR=25;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10174;STB=0.556693;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0178824;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:62:62:51:51:0.451327:25:26:38:24:25:26:38:24 chr1 144875979 . G C 306.71 PASS AF=0.286713;AO=41;DP=143;FAO=41;FDP=143;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.016679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.547;QD=8.57935;RBI=0.0247588;REFB=-0.00113102;REVB=-0.0182978;RO=102;SAF=16;SAR=25;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157659;STB=0.592942;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0025297;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:102:102:41:41:0.286713:25:16:53:49:25:16:53:49 chr1 144877176 . C T 409.41 PASS AF=0.329193;AO=53;DP=161;FAO=53;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.010299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.879;QD=10.1718;RBI=0.0455651;REFB=0.000684762;REVB=-0.0443859;RO=107;SAF=31;SAR=22;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176299;STB=0.513807;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00151191;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:107:108:53:53:0.329193:22:31:61:46:22:31:61:47 chr1 144879090 . T C 52.38 PASS AF=0.141026;AO=9;DP=77;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.0231505;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.664;QD=2.68611;RBI=0.0269159;REFB=-0.00393946;REVB=-0.0137302;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713417;STB=0.584578;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0243473;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:77:78:49:67:9:11:0.141026:4:5:30:19:5:6:43:24 chr1 144879264 . A G 2757.84 PASS AF=1;AO=166;DP=171;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.903;QD=61.6277;RBI=0.0532638;REFB=0;REVB=0.0468405;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7421e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:179:0:0:166:179:1:90:76:0:0:97:82:0:0 chr1 144879375 . T C 608.9 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0753856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5739;QD=14.5843;RBI=0.0755922;REFB=-0.000701619;REVB=-0.00558524;RO=98;SAF=23;SAR=46;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171743;STB=0.59661;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000323808;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:98:98:69:69:0.413174:46:23:48:50:46:23:48:50 chr1 144879485 . G C 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0298154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3167;QD=8.50719;RBI=0.0314893;REFB=0.0101424;REVB=0.0101301;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250263;STB=0.650934;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0290083;OID=.;OPOS=144879485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:22:9:6:6:22:9 chr1 144880832 . T C 167.73 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00397913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.673;QD=8.3867;RBI=0.0153578;REFB=-0.0139138;REVB=-0.0148334;RO=57;SAF=18;SAR=5;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263562;STB=0.659534;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0303026;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:5:18:34:23:5:18:34:23 chr1 144880864 . T A 97.55 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0203271;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.373;QD=6.19388;RBI=0.026435;REFB=-0.01103;REVB=-0.0169002;RO=47;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186115;STB=0.619722;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.053903;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:64:63:47:48:15:15:0.238095:7:8:32:15:7:8:33:15 chr1 144882581 . A G 542.83 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=157;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.011624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1935;QD=13.8301;RBI=0.0285486;REFB=-0.0313319;REVB=-0.026075;RO=94;SAF=35;SAR=28;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104247;STB=0.55868;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0288717;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:94:94:63:63:0.401274:28:35:43:51:28:35:43:51 chr1 144882823 . C T 680.31 PASS AF=0.492754;AO=66;DP=136;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0156809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.564;QD=19.719;RBI=0.0164957;REFB=-0.0202928;REVB=0.00512023;RO=70;SAF=21;SAR=45;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110892;STB=0.505493;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0198457;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:70:70:66:68:0.492754:45:21:23:47:45:23:23:47 chr1 144886197 . A T 554.3 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.020969;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.069;QD=19.7963;RBI=0.0213213;REFB=-0.0133234;REVB=-0.00386013;RO=55;SAF=33;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192864;STB=0.510635;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.01479;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:55:55:57:57:0.508929:24:33:33:22:24:33:33:22 chr1 144892089 . G T 260.47 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.012336;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9433;QD=14.2721;RBI=0.024544;REFB=0.016004;REVB=-0.0212186;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348601;STB=0.526491;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0245194;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:43:30:30:0.410959:16:14:22:22:16:14:22:21 chr1 144892149 . G A 320.04 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00626221;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.493;QD=13.3352;RBI=0.0315119;REFB=-0.0149464;REVB=-0.0308834;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106793;STB=0.575995;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.025539;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:60:36:36:0.375:20:16:31:26:20:16:34:26 chr1 144912153 . A G 1880.46 PASS AF=0.726415;AO=153;DP=211;FAO=154;FDP=212;FR=.;FRO=58;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00137677;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.191;QD=35.4804;RBI=0.0177385;REFB=-0.00924024;REVB=0.017685;RO=58;SAF=78;SAR=75;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571855;STB=0.531269;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00329167;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:58:58:153:154:0.726415:75:78:36:22:76:78:36:22 chr1 144912233 . C T 611.41 PASS AF=0.413174;AO=68;DP=166;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.013115;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.135;QD=14.6446;RBI=0.0137184;REFB=0.000287087;REVB=-0.00402397;RO=98;SAF=21;SAR=47;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170786;STB=0.588682;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000629378;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:98:98:68:69:0.413174:47:21:45:53:47:22:45:53 chr1 144915561 . G A 868.76 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=212;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0143668;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.529;QD=16.4694;RBI=0.0144536;REFB=-0.00507008;REVB=0.0015816;RO=117;SAF=44;SAR=50;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191147;STB=0.510615;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00599214;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:117:117:94:94:0.445498:50:44:57:60:50:44:57:60 chr1 144915623 . AG A,AA 425.46 PASS AF=0.207407,0.185185;AO=28,25;DP=136;FAO=28,25;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=13,17;FSAR=15,8;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00230562,0.00451295;FXX=0.0073524;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.5289,108.161;QD=12.6064;RBI=0.0128573,0.00846187;REFB=-0.0251624,-0.0187174;REVB=-0.0126489,-0.00715797;RO=82;SAF=13,17;SAR=15,8;SRF=40;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0291059,0.244967;STB=0.517566,0.650719;STBP=0.885,0.086;TYPE=del,snp;VARB=0.0453845,0.0288226;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207407,0.185185:28,25:136:28,25:135:82:13,17:15,8:40:42:99:82:13,17:15,8:40:42 chr1 144916748 . C G 491.62 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.000277019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3038;QD=14.5665;RBI=0.0101688;REFB=-0.0243188;REVB=-0.0101651;RO=80;SAF=25;SAR=30;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482521;STB=0.502716;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0290538;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:30:25:36:44:30:25:36:44 chr1 144917546 . A G 628.65 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0080791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1154;QD=19.0501;RBI=0.0404443;REFB=-0.00782121;REVB=-0.0396292;RO=67;SAF=29;SAR=35;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227947;STB=0.509058;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00768144;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:64:64:0.484848:35:29:32:35:35:29:32:36 chr1 144917841 . T C 434.22 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0123451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.031;QD=17.0284;RBI=0.021153;REFB=-0.0336434;REVB=0.017177;RO=55;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190664;STB=0.510634;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0302569;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:23:24:27:28:23:24:27:28 chr1 144918957 . T A 407.05 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0251613;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.26;QD=17.3211;RBI=0.0330941;REFB=-0.00458703;REVB=0.0214971;RO=51;SAF=9;SAR=33;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259888;STB=0.654194;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00346354;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:52:42:42:0.446809:33:9:22:29:33:9:23:29 chr1 144921924 . G A 221.69 PASS AF=0.194872;AO=38;DP=195;FAO=38;FDP=195;FR=.;FRO=157;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=-0.0323142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0683;QD=4.54745;RBI=0.0341832;REFB=-0.00577539;REVB=0.0111482;RO=155;SAF=18;SAR=20;SRF=77;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296338;STB=0.518629;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0231386;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:155:157:38:38:0.194872:20:18:77:78:20:18:78:79 chr1 144922583 . G A 695.98 PASS AF=0.434286;AO=75;DP=173;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.00273973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5528;QD=15.9082;RBI=0.0157932;REFB=-0.00610527;REVB=-0.0155538;RO=97;SAF=42;SAR=33;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139367;STB=0.505881;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00915088;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:97:99:75:76:0.434286:33:42:53:44:33:43:55:44 chr1 144923728 . GT G 278.84 PASS AF=0.28629;AO=69;DP=253;FAO=71;FDP=248;FR=.;FRO=177;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=88;FSRR=89;FWDB=0.0517748;FXX=0.0197621;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2535;QD=4.49737;RBI=0.0854917;REFB=0.00419442;REVB=-0.0680309;RO=170;SAF=38;SAR=31;SRF=82;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832105;STB=0.547432;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=-0.0072601;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28629:69:253:71:248:177:40:31:88:89:99:170:38:31:82:88 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 664.15 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=141;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0198325;FXX=0.142844;HRUN=1;LEN=14;MLLD=343.98;QD=29.5177;RBI=0.0227657;REFB=-0.012158;REVB=0.011178;RO=69;SAF=18;SAR=40;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383047;STB=0.548371;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.0057153;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:58:141:60:90:30:20:40:14:16:99:69:18:40:49:20 chr1 144930596 . C A 605.84 PASS AF=0.405882;AO=66;DP=169;FAO=69;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=101;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.0138724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.866;QD=14.2551;RBI=0.0176639;REFB=-0.0128905;REVB=-0.0109348;RO=80;SAF=40;SAR=26;SRF=61;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168916;STB=0.512161;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0202859;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:80:101:66:69:0.405882:26:40:61:19:28:41:62:39 chr1 144930940 . T C 325.62 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0152263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4727;QD=18.6066;RBI=0.029256;REFB=-0.0197573;REVB=0.0249815;RO=35;SAF=25;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341053;STB=0.690265;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0198824;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:10:25:12:23:10:25:12:23 chr1 144931330 . C T 610.93 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00510005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0093;QD=18.2367;RBI=0.0131529;REFB=-0.0048312;REVB=0.0121239;RO=71;SAF=37;SAR=26;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643245;STB=0.535703;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00484412;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:26:37:37:34:26:37:37:34 chr1 144931392 . G A 630.33 PASS AF=0.432099;AO=70;DP=162;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0220573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0898;QD=15.5638;RBI=0.0227926;REFB=0.00116736;REVB=0.00574263;RO=92;SAF=45;SAR=25;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117247;STB=0.5656;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00211063;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:92:92:70:70:0.432099:25:45:49:43:25:45:49:43 chr1 144931461 . A T 151.81 PASS AF=0.22549;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0218647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9731;QD=5.95323;RBI=0.0424622;REFB=-0.00399713;REVB=-0.0364002;RO=77;SAF=10;SAR=13;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232752;STB=0.640652;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00800802;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:77:79:23:23:0.22549:13:10:48:29:13:10:49:30 chr1 144952207 . C T 158.89 PASS AF=0.2;AO=27;DP=135;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=25;FWDB=0.0323278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6143;QD=4.70783;RBI=0.0881224;REFB=-0.0110026;REVB=-0.0819785;RO=104;SAF=21;SAR=6;SRF=80;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154923;STB=0.51058;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0423562;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:104:108:27:27:0.2:6:21:80:24:6:21:83:25 chr1 144952220 . C T 305.69 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=126;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=22;FWDB=-0.0107313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.893;QD=9.70438;RBI=0.0159054;REFB=-0.0141937;REVB=-0.0117397;RO=86;SAF=31;SAR=9;SRF=64;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499573;STB=0.52917;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0283909;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:86:86:40:40:0.31746:9:31:64:22:9:31:64:22 chr1 144952255 . G C 40.99 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=20;FWDB=-0.0257668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.645;QD=1.67323;RBI=0.0269187;REFB=-0.00534665;REVB=-0.00779044;RO=88;SAF=8;SAR=2;SRF=68;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472732;STB=0.536509;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0579578;OID=.;OPOS=144952255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:98:98:88:88:10:10:0.102041:2:8:68:20:2:8:68:20 chr1 144994658 . C A 827.86 PASS AF=0.522013;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=0.0126761;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.351;QD=20.8266;RBI=0.0248122;REFB=-0.0242192;REVB=0.0213298;RO=76;SAF=52;SAR=31;SRF=53;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673524;STB=0.536854;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0190266;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:76:76:83:83:0.522013:31:52:53:23:31:52:53:23 chr1 145014103 . G C 250.62 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0115521;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.454;QD=14.3209;RBI=0.0479225;REFB=-0.0201599;REVB=0.0465093;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238777;STB=0.634955;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.024376;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:16:13:28:13:16:13:28:13 chr1 145014263 . C T 472.64 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0011722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2298;QD=21.4837;RBI=0.0448839;REFB=-0.0408343;REVB=0.0448686;RO=41;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587557;STB=0.531392;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0419178;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:42:45:46:0.522727:25:20:21:20:26:20:21:21 chr1 145018023 . G T 228.27 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0307141;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.954;QD=11.1351;RBI=0.0624492;REFB=-0.0176349;REVB=0.0543741;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523543;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0365534;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:14:14:27:27:15:13:27:27 chr1 145038889 . G A 101.51 PASS AF=0.15873;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=126;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.007286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.674;QD=3.22247;RBI=0.0298003;REFB=-0.00511767;REVB=-0.0288959;RO=104;SAF=3;SAR=17;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354993;STB=0.745634;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0363075;OID=.;OPOS=145038889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:104:106:20:20:0.15873:17:3:39:65:17:3:40:66 chr1 145038952 . C T 405.32 PASS AF=0.346667;AO=49;DP=151;FAO=52;FDP=150;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00378148;FXX=0.032256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.593;QD=10.8085;RBI=0.00661854;REFB=-0.0100185;REVB=-0.0054319;RO=101;SAF=22;SAR=27;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192219;STB=0.537369;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0200898;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:101:98:49:52:0.346667:27:22:47:54:30:22:47:51 chr1 145038954 . G T 190.76 PASS AF=0.207792;AO=32;DP=150;FAO=32;FDP=154;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.023408;FXX=0.0064512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0072;QD=4.95481;RBI=0.0242537;REFB=-0.00607409;REVB=-0.00634893;RO=118;SAF=13;SAR=19;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772487;STB=0.549102;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0249325;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:118:122:32:32:0.207792:19:13:55:63:19:13:57:65 chr1 145039562 . C T 415.9 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.054793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.677;QD=16.1513;RBI=0.0556237;REFB=-0.0232309;REVB=-0.0095769;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11294;STB=0.56308;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0238018;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:23:23:35:22:23:23:35:22 chr1 145074975 . G A 65.94 PASS AF=0.0930233;AO=20;DP=215;FAO=20;FDP=215;FR=.;FRO=195;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=96;FWDB=-0.0134305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.77;QD=1.22677;RBI=0.0134889;REFB=-0.000137949;REVB=-0.00125388;RO=195;SAF=7;SAR=13;SRF=99;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187532;STB=0.64348;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00131654;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:215:215:195:195:20:20:0.0930233:13:7:99:96:13:7:99:96 chr1 145075683 . C T 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0280085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.752;QD=11.1268;RBI=0.0398043;REFB=-0.0325568;REVB=-0.0282825;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0651436;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:10:7:14:20:10:7:14:20 chr1 145075854 . G C 132.04 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0376774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.799;QD=14.6712;RBI=0.0529682;REFB=-0.0102344;REVB=0.0372297;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0157787;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:11:10:7:8:11:10 chr1 145103928 . G A 70.31 PASS AF=0.104972;AO=19;DP=181;FAO=19;FDP=181;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.0206818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.979;QD=1.55384;RBI=0.0218352;REFB=-0.00176314;REVB=-0.00700284;RO=161;SAF=10;SAR=9;SRF=88;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247445;STB=0.520726;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.021396;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:181:181:161:162:19:19:0.104972:9:10:88:73:9:10:89:73 chr1 145103947 . T C 320.06 PASS AF=0.24;AO=48;DP=200;FAO=48;FDP=200;FR=.;FRO=152;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=83;FSRR=69;FWDB=-0.0215472;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.082;QD=6.40114;RBI=0.0239923;REFB=-0.00349584;REVB=-0.0105523;RO=148;SAF=23;SAR=25;SRF=82;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938855;STB=0.550686;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0137142;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:148:152:48:48:0.24:25:23:82:66:25:23:83:69 chr1 145109549 . G T 448.43 PASS AF=0.174797;AO=85;DP=492;FAO=86;FDP=492;FR=.;FRO=406;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=193;FSRR=213;FWDB=-0.00440889;FXX=0.00202836;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.663;QD=3.64577;RBI=0.00654223;REFB=0.00265573;REVB=0.00483347;RO=402;SAF=47;SAR=38;SRF=191;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100969;STB=0.568125;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0149507;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:492:402:406:85:86:0.174797:38:47:191:211:38:48:193:213 chr1 145109583 . C A 2126.57 PASS AF=0.426987;AO=227;DP=537;FAO=231;FDP=541;FR=.;FRO=310;FSAF=124;FSAR=107;FSRF=139;FSRR=171;FWDB=0.00180681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4465;QD=15.7233;RBI=0.0659809;REFB=0.00170068;REVB=0.0659561;RO=304;SAF=123;SAR=104;SRF=137;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939296;STB=0.550552;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00206446;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:541:304:310:227:231:0.426987:104:123:137:167:107:124:139:171 chr1 145109661 . G A 641.28 PASS AF=0.229025;AO=101;DP=442;FAO=101;FDP=441;FR=.;FRO=340;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=162;FSRR=178;FWDB=-0.0181309;FXX=0.00451457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.139;QD=5.81656;RBI=0.0182182;REFB=-0.00274404;REVB=0.0017809;RO=340;SAF=38;SAR=63;SRF=161;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127079;STB=0.579081;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00865604;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:441:340:340:101:101:0.229025:63:38:161:179:63:38:162:178 chr1 145112414 . T C 205.37 PASS AF=0.213836;AO=34;DP=159;FAO=34;FDP=159;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0335381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.309;QD=5.16657;RBI=0.03375;REFB=-0.00244632;REVB=-0.00377593;RO=125;SAF=17;SAR=17;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458018;STB=0.528285;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00779759;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:125:125:34:34:0.213836:17:17:58:67:17:17:58:67 chr1 145112420 . C T 184.96 PASS AF=0.202614;AO=31;DP=153;FAO=31;FDP=153;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.0369294;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2645;QD=4.83546;RBI=0.0369499;REFB=-0.00495719;REVB=0.00122948;RO=119;SAF=12;SAR=19;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13982;STB=0.58456;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0252827;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:119:122:31:31:0.202614:19:12:59:60:19:12:60:62 chr1 145112428 . C T 205.36 PASS AF=0.213836;AO=34;DP=158;FAO=34;FDP=159;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0446127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.903;QD=5.16623;RBI=0.0466843;REFB=0.000239678;REVB=-0.0137525;RO=124;SAF=17;SAR=17;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512762;STB=0.528285;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00161575;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:124:125:34:34:0.213836:17:17:57:67:17:17:58:67 chr1 145112485 . C T 187.94 PASS AF=0.217391;AO=30;DP=138;FAO=30;FDP=138;FR=.;FRO=108;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0157345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3998;QD=5.44745;RBI=0.0157376;REFB=0.000310725;REVB=-0.000311195;RO=108;SAF=16;SAR=14;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165133;STB=0.510197;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00246611;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:108:108:30:30:0.217391:14:16:59:49:14:16:59:49 chr1 145112501 . C T 48.19 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0375462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4414;QD=1.67602;RBI=0.0409304;REFB=-0.000918738;REVB=-0.0162967;RO=103;SAF=7;SAR=5;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245957;STB=0.518488;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0161326;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:103:103:12:12:0.104348:5:7:58:45:5:7:58:45 chr1 145115810 . A G 1539.06 PASS AF=0.461318;AO=161;DP=350;FAO=161;FDP=349;FR=.;FRO=188;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=83;FSRR=105;FWDB=0.00549408;FXX=0.00569784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.178;QD=17.6397;RBI=0.00868205;REFB=-0.00841592;REVB=-0.00672258;RO=188;SAF=77;SAR=84;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360374;STB=0.519877;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00854658;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:349:188:188:161:161:0.461318:84:77:83:105:84:77:83:105 chr1 145115820 . T C 491.79 PASS AF=0.234043;AO=77;DP=329;FAO=77;FDP=329;FR=.;FRO=252;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=114;FSRR=138;FWDB=-0.0074816;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.424;QD=5.97918;RBI=0.019679;REFB=-0.00246012;REVB=0.0182013;RO=252;SAF=42;SAR=35;SRF=114;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117929;STB=0.570939;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0241587;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:252:252:77:77:0.234043:35:42:114:138:35:42:114:138 chr1 145116147 . T TA 122.17 PASS AF=0.2;AO=40;DP=241;FAO=47;FDP=235;FR=.;FRO=188;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=112;FSRR=76;FWDB=0.040277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4533;QD=2.07956;RBI=0.0611507;REFB=5.2579e-05;REVB=-0.0460126;RO=197;SAF=23;SAR=17;SRF=120;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148483;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:40:241:47:235:188:28:19:112:76:99:197:23:17:120:77 chr1 145116192 . TG T 155.92 PASS AF=0.220884;AO=56;DP=250;FAO=55;FDP=249;FR=.;FRO=194;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=107;FSRR=87;FWDB=-0.039833;FXX=0.00399984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.424;QD=2.50477;RBI=0.0546922;REFB=0.0171572;REVB=-0.0374775;RO=183;SAF=34;SAR=22;SRF=103;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.524035;STBP=0.68;TYPE=del;VARB=-0.0547921;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220884:56:250:55:249:194:32:23:107:87:99:183:34:22:103:80 chr1 145116311 . G T 294.67 PASS AF=0.492537;AO=21;DP=59;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00732932;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.063;QD=17.592;RBI=0.0168813;REFB=-0.0072359;REVB=0.0152072;RO=33;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095728;STB=0.656827;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00883677;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:67:33:34:21:33:0.492537:6:15:21:12:6:27:20:14 chr1 145116319 . G T 127.61 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=48;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0154506;FXX=0.111093;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.371;QD=9.11463;RBI=0.0302982;REFB=-0.00977577;REVB=0.0260626;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533337;STB=0.734998;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00901613;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:56:37:38:9:18:0.321429:1:8:18:19:3:15:21:17 chr1 145116326 . TG GT,TGT,TT 494.6 PASS AF=0,0.421053,0.578947;AO=3,7,21;DP=49;FAO=0,24,33;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,14;FSAR=0,12,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274294,0.28402,0.020061;FXX=0.0499917;HRUN=7,8,1;LEN=2,1,1;MLLD=17.8179,6.56543,122.57;QD=34.7084;RBI=0.0353967,0.444615,0.0275142;REFB=0.0146604,-0.0143986,-0.0261769;REVB=0.022373,0.342075,0.0188304;RO=8;SAF=2,1,8;SAR=1,6,13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.103748,-0.561098,-0.186548;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=-0.0588746,-0.225502,0.0317711;OID=.,.,.;OPOS=145116326,145116328,145116327;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:49:57:8:0:3,7,21:0,24,33:0,0.421053,0.578947:1,6,13:2,1,8:6:2:0,12,19:0,12,14:0:0 chr1 145273302 . A G 481.64 PASS AF=0.381944;AO=54;DP=143;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=88;FWDB=0.0537044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.764;QD=13.379;RBI=0.0632733;REFB=-0.00354671;REVB=-0.0334567;RO=87;SAF=6;SAR=48;SRF=1;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378601;STB=0.705532;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00458009;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:87:89:54:55:0.381944:48:6:1:86:49:6:1:88 chr1 145273345 . T C 571.1 PASS AF=0.334862;AO=72;DP=217;FAO=73;FDP=218;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=143;FWDB=0.0079375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.922;QD=10.4789;RBI=0.0224358;REFB=-0.0100471;REVB=0.0209848;RO=145;SAF=10;SAR=62;SRF=2;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43014;STB=0.731497;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0124571;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:145:145:72:73:0.334862:62:10:2:143:63:10:2:143 chr1 145273431 . A G 441.44 PASS AF=0.263598;AO=63;DP=240;FAO=63;FDP=239;FR=.;FRO=176;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=132;FWDB=-0.0238213;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.317;QD=7.38805;RBI=0.0499216;REFB=-0.0016217;REVB=-0.0438716;RO=174;SAF=17;SAR=46;SRF=44;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02716;STB=0.518856;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00304043;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:174:176:63:63:0.263598:46:17:44:130:46:17:44:132 chr1 145281408 . C T 413.88 PASS AF=0.246094;AO=63;DP=256;FAO=63;FDP=256;FR=.;FRO=193;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=90;FSRR=103;FWDB=-0.0149033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.33;QD=6.46688;RBI=0.0168118;REFB=-0.00863938;REVB=-0.00777988;RO=193;SAF=32;SAR=31;SRF=90;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523756;STB=0.531341;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.025306;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:193:193:63:63:0.246094:31:32:90:103:31:32:90:103 chr1 145281543 . C T 305.1 PASS AF=0.232673;AO=47;DP=202;FAO=47;FDP=202;FR=.;FRO=155;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=94;FWDB=-0.0065633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.101;QD=6.04167;RBI=0.0321825;REFB=-0.0117139;REVB=-0.0315061;RO=155;SAF=18;SAR=29;SRF=61;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140841;STB=0.508542;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0362201;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:155:155:47:47:0.232673:29:18:61:94:29:18:61:94 chr1 145281613 . C A 159.3 PASS AF=0.198529;AO=27;DP=136;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=0.0102283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5293;QD=4.68531;RBI=0.0104794;REFB=0.00136427;REVB=0.00227997;RO=109;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118029;STB=0.573529;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00380483;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:109:109:27:27:0.198529:16:11:35:74:16:11:35:74 chr1 145281633 . C A 155.59 PASS AF=0.186207;AO=27;DP=145;FAO=27;FDP=145;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.032069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.52;QD=4.29223;RBI=0.0397422;REFB=-0.00780395;REVB=-0.0234739;RO=118;SAF=13;SAR=14;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140967;STB=0.58902;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0315357;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:118:118:27:27:0.186207:14:13:44:74:14:13:44:74 chr1 145281656 . A T 125.01 PASS AF=0.174242;AO=23;DP=132;FAO=23;FDP=132;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=-0.020227;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3625;QD=3.78831;RBI=0.0542217;REFB=-0.012087;REVB=-0.0503077;RO=109;SAF=12;SAR=11;SRF=40;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197801;STB=0.626528;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0249909;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:109:109:23:23:0.174242:11:12:40:69:11:12:40:69 chr1 145290409 . G A 63.88 PASS AF=0.0904977;AO=20;DP=221;FAO=20;FDP=221;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=108;FWDB=-0.00802253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.574;QD=1.15615;RBI=0.00920577;REFB=-0.00132868;REVB=0.004515;RO=189;SAF=7;SAR=13;SRF=84;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11631;STB=0.605389;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0108337;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:221:221:189:201:20:20:0.0904977:13:7:84:105:13:7:93:108 chr1 145290498 . T G 75.19 PASS AF=0.116129;AO=18;DP=155;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=76;FWDB=0.0293671;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.215;QD=1.94045;RBI=0.0295367;REFB=-0.000907269;REVB=0.00316045;RO=136;SAF=2;SAR=16;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466141;STB=0.845204;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.011536;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:155:155:136:137:18:18:0.116129:16:2:61:75:16:2:61:76 chr1 145293425 . C A 145.4 PASS AF=0.130268;AO=34;DP=262;FAO=34;FDP=261;FR=.;FRO=227;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=117;FSRR=110;FWDB=0.00179577;FXX=0.00381665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.136;QD=2.22834;RBI=0.00417784;REFB=-0.00158414;REVB=-0.00377221;RO=226;SAF=23;SAR=11;SRF=117;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205618;STB=0.643679;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113211;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:226:227:34:34:0.130268:11:23:117:109:11:23:117:110 chr1 145293469 . G C 58.83 PASS AF=0.0622568;AO=32;DP=513;FAO=32;FDP=514;FR=.;FRO=482;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=244;FSRR=238;FWDB=-0.00963691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.918;QD=0.457802;RBI=0.0218981;REFB=-0.00117058;REVB=-0.0196636;RO=481;SAF=23;SAR=9;SRF=244;SRR=237;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228534;STB=0.702618;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0182811;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:513:514:481:482:32:32:0.0622568:9:23:244:237:9:23:244:238 chr1 145293490 . G C 221.39 PASS AF=0.106908;AO=67;DP=608;FAO=65;FDP=608;FR=.;FRO=543;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=289;FSRR=254;FWDB=-0.0267513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9477;QD=1.45654;RBI=0.0357503;REFB=-0.00689535;REVB=-0.023716;RO=536;SAF=46;SAR=21;SRF=287;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194989;STB=0.663585;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0524871;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:608:608:536:543:67:65:0.106908:21:46:287:249:19:46:289:254 chr1 145293498 . G C 225.07 PASS AF=0.108878;AO=65;DP=601;FAO=65;FDP=597;FR=.;FRO=532;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=283;FSRR=249;FWDB=-0.0102324;FXX=0.00830551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.468;QD=1.50802;RBI=0.015301;REFB=-0.00268206;REVB=0.0113763;RO=515;SAF=44;SAR=21;SRF=272;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191002;STB=0.633659;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0188502;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:597:515:532:65:65:0.108878:21:44:272:243:21:44:283:249 chr1 145293510 . C G 260.47 PASS AF=0.117845;AO=69;DP=594;FAO=70;FDP=594;FR=.;FRO=524;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=281;FSRR=243;FWDB=-0.0267854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0346;QD=1.75401;RBI=0.0271043;REFB=-0.00474822;REVB=0.00414554;RO=519;SAF=47;SAR=22;SRF=279;SRR=240;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187049;STB=0.637298;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0406705;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:594:594:519:524:69:70:0.117845:22:47:279:240:22:48:281:243 chr1 145293515 . A G 432.72 PASS AF=0.157439;AO=91;DP=578;FAO=91;FDP=578;FR=.;FRO=487;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=279;FSRR=208;FWDB=-0.00992583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.186;QD=2.99457;RBI=0.0160258;REFB=-0.00581806;REVB=-0.0125819;RO=482;SAF=43;SAR=48;SRF=277;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132449;STB=0.584021;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.030703;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:578:578:482:487:91:91:0.157439:48:43:277:205:48:43:279:208 chr1 145293566 . G A 136.82 PASS AF=0.0983982;AO=43;DP=437;FAO=43;FDP=437;FR=.;FRO=394;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=220;FSRR=174;FWDB=-0.012782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.087;QD=1.25234;RBI=0.0329485;REFB=-0.00119756;REVB=0.0303681;RO=392;SAF=22;SAR=21;SRF=220;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607967;STB=0.542234;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0129518;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:392:394:43:43:0.0983982:21:22:220:172:21:22:220:174 chr1 145296372 . A G 173.71 PASS AF=0.195946;AO=29;DP=148;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.0502297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.239;QD=4.69494;RBI=0.053017;REFB=-0.00701634;REVB=-0.0169641;RO=119;SAF=15;SAR=14;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273645;STB=0.517229;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0276244;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:119:119:29:29:0.195946:14:15:59:60:14:15:59:60 chr1 145311083 . A C 2035.15 PASS AF=0.5875;AO=158;DP=290;FAO=188;FDP=320;FR=.;FRO=132;FSAF=112;FSAR=76;FSRF=84;FSRR=48;FWDB=0.0111936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.092;QD=25.4393;RBI=0.0382265;REFB=-0.0325406;REVB=0.0365509;RO=128;SAF=110;SAR=48;SRF=83;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455042;STB=0.517508;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0204351;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:320:128:132:158:188:0.5875:48:110:83:45:76:112:84:48 chr1 145311110 . G C 629.43 PASS AF=0.283871;AO=88;DP=312;FAO=88;FDP=310;FR=.;FRO=222;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=143;FSRR=79;FWDB=0.00447309;FXX=0.00641005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.495;QD=8.12167;RBI=0.0280715;REFB=-0.0131834;REVB=0.0277128;RO=218;SAF=45;SAR=43;SRF=140;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161361;STB=0.595529;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0245793;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:310:218:222:88:88:0.283871:43:45:140:78:43:45:143:79 chr1 145311169 . T C 129.41 PASS AF=0.114478;AO=34;DP=295;FAO=34;FDP=297;FR=.;FRO=263;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=150;FSRR=113;FWDB=0.0316351;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.892;QD=1.74294;RBI=0.0360515;REFB=-0.00178725;REVB=-0.0172896;RO=261;SAF=25;SAR=9;SRF=150;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215875;STB=0.65936;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.020427;OID=.;OPOS=145311169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:297:261:263:34:34:0.114478:9:25:150:111:9:25:150:113 chr1 145311828 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.19;QD=40.7629;RBI=0.047763;REFB=0;REVB=-0.0185013;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616998;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 145368461 . A C 120.6 PASS AF=0.150602;AO=25;DP=165;FAO=25;FDP=166;FR=.;FRO=141;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=60;FWDB=-0.0124985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.265;QD=2.90591;RBI=0.013311;REFB=-0.00259234;REVB=-0.00457922;RO=140;SAF=6;SAR=19;SRF=81;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422438;STB=0.776935;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0126796;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:140:141:25:25:0.150602:19:6:81:59:19:6:81:60 chr1 145368467 . A T 125.17 PASS AF=0.151163;AO=26;DP=172;FAO=26;FDP=172;FR=.;FRO=146;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=-0.0117359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.657;QD=2.91094;RBI=0.0156486;REFB=-0.00841505;REVB=-0.0103513;RO=145;SAF=7;SAR=19;SRF=82;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37255;STB=0.744094;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.04833;OID=.;OPOS=145368467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:145:146:26:26:0.151163:19:7:82:63:19:7:82:64 chr1 145368518 . C T 83.41 PASS AF=0.10084;AO=24;DP=238;FAO=24;FDP=238;FR=.;FRO=214;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=106;FSRR=108;FWDB=-0.040347;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3172;QD=1.40182;RBI=0.0528805;REFB=-0.00610044;REVB=-0.0341829;RO=209;SAF=12;SAR=12;SRF=105;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290888;STB=0.504198;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0497221;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:238:238:209:214:24:24:0.10084:12:12:105:104:12:12:106:108 chr1 145379324 . C A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0522872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.152;QD=7.04786;RBI=0.0523718;REFB=-0.000230763;REVB=0.0029753;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34426;STB=0.713796;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.000242188;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:15:7:5:3:15:7 chr1 145379371 . TCACCATTA T 50.0 PASS AO=64;DP=303;LEN=8;RO=239;SAF=27;SAR=41;SRF=112;SRR=123;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=145379372;OREF=CACCATTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:303:239:64:41:27:112:123 chr1 145397942 . A T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0389165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.288;QD=9.47555;RBI=0.0566498;REFB=-0.0116002;REVB=-0.0411668;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238798;STB=0.640792;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0196347;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:3:18:7:3:3:18 chr1 145397947 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0171425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.837;QD=9.13229;RBI=0.0392428;REFB=-0.00957001;REVB=0.0353006;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253866;STB=0.649756;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.013255;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:3:19:7:3:3:19 chr1 145399229 . C T 290.82 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00869313;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.483;QD=19.0702;RBI=0.0104105;REFB=-0.00901196;REVB=-0.00572788;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174461;STB=0.605027;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0160629;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:30:31:31:0.508197:19:12:18:13:19:12:18:12 chr1 145442254 . G C 974.68 PASS AF=1;AO=54;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7029;QD=57.3343;RBI=0.0858482;REFB=0;REVB=0.0279018;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0075062;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:54:68:1:35:19:0:0:36:32:0:0 chr1 145474219 . C T 220.71 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00810011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.346;QD=14.2393;RBI=0.0117779;REFB=-0.0208523;REVB=-0.0085502;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.59295;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0257912;OID=.;OPOS=145474219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:26:26:0.419355:9:17:17:18:9:17:18:18 chr1 145532549 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.809;QD=59.5018;RBI=0.0128451;REFB=0;REVB=0.000653462;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43661e-05;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr1 145536082 . G A 294.53 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0134821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.823;QD=17.5839;RBI=0.0139307;REFB=-0.0127584;REVB=0.00350678;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469359;STB=0.535351;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0176614;OID=.;OPOS=145536082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:13:18:22:13:14:18:22:13 chr1 145542281 . G A 190.62 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0377312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0037;QD=15.2492;RBI=0.0429671;REFB=-0.00954161;REVB=0.0205555;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559353;STB=0.532295;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0183124;OID=.;OPOS=145542281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:18:12:7:13:18:12 chr1 145561594 . C T 508.33 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.612;QD=56.4815;RBI=0.0284158;REFB=-0.0914337;REVB=0.0207696;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000532487;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr1 145562881 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1669;QD=63.4761;RBI=0.0320487;REFB=0;REVB=0.0214776;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68221e-06;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:38:56:0:0:38:56:0:0 chr1 145586309 . C T 1622.86 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.044;QD=60.1058;RBI=0.0262106;REFB=0;REVB=0.0254007;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80757e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr1 145586403 . G T 2125.56 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000838111;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.425;QD=62.9796;RBI=0.0156091;REFB=0;REVB=0.0155866;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82231e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:132:135:1:68:64:0:0:69:66:0:0 chr1 146057292 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00975455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.033;QD=18.9487;RBI=0.0122771;REFB=-0.021698;REVB=0.00745491;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504529;STB=0.528158;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.021049;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:16:11:13:15:16:11 chr1 146395447 . A G 348.88 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00439034;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.926;QD=15.1687;RBI=0.0201176;REFB=-0.0170498;REVB=-0.0196327;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211584;STB=0.60717;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0244395;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:12:25:26:28:13:25:26:28 chr1 146494510 . TG CA 51.06 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00995082;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.946;QD=4.86263;RBI=0.0337631;REFB=-0.00950845;REVB=0.0322635;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448118;STB=0.799315;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0450273;OID=.;OPOS=146494510;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:43:42:33:34:8:8:0.190476:6:2:21:12:6:2:22:12 chr1 146495752 . C T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0139913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.925;QD=2.7514;RBI=0.0174067;REFB=-0.00549707;REVB=-0.0103555;RO=53;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217328;STB=0.660122;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0173248;OID=.;OPOS=146495752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:2:6:31:22:2:6:31:22 chr1 146496389 . C T 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0124099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.122;QD=16.7135;RBI=0.0310524;REFB=-0.0141383;REVB=-0.0284648;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564244;STB=0.537479;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0197117;OID=.;OPOS=146496389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:18:18:24:19:18:18:25:19 chr1 146626922 . T C 170.97 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0697677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8918;QD=17.5353;RBI=0.0698976;REFB=-0.00250617;REVB=0.00426051;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090001;STB=0.52938;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00248452;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:12:6:5:15:12:6:6:15 chr1 146650058 . T C 318.36 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0320312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7718;QD=18.1919;RBI=0.0364132;REFB=-0.00388775;REVB=0.0173185;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491757;STB=0.527428;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00530598;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:19:15:14:22:19:15:14:22 chr1 146672906 . C T 1288.91 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062417;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.683;QD=62.1161;RBI=0.00630575;REFB=0;REVB=0.000896465;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310622;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr1 146714392 . G C 395.76 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00630019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.569;QD=21.3924;RBI=0.0075607;REFB=-0.0137466;REVB=0.00417993;RO=32;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145676;STB=0.586163;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0124483;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:34:39:40:0.540541:14:25:15:17:15:25:15:19 chr1 146728162 . T A,TA 757.69 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,46;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180063,-0.036983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=281.368,27.6532;QD=60.615;RBI=0.0204605,0.0971895;REFB=0,0;REVB=-0.00971613,-0.089878;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0864115,-0.00193887;OID=.,.;OPOS=146728162,146728163;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,46:2,48:0.04,0.96:0,20:2,26:0:0:0,22:2,26:0:0 chr1 146751782 . A C 1514.81 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.783;QD=62.4666;RBI=0.0383723;REFB=-0.0768364;REVB=0.0369504;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000198343;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:44:52:0:0:44:52:0:1 chr1 146767149 . G T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000257684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.96;QD=62.4654;RBI=0.00162435;REFB=0;REVB=-0.00160378;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8244e-06;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr1 147092371 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0430799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.003;QD=20.8372;RBI=0.0506094;REFB=-0.0241017;REVB=0.0265599;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0149791;OID=.;OPOS=147092371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr1 147119273 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0195993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.03;QD=11.628;RBI=0.0214461;REFB=-0.0052097;REVB=-0.00870666;RO=46;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2233;STB=0.629693;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00646371;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:8:18:23:23:8:18:23:23 chr1 147121977 . C T 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6827;QD=61.6901;RBI=0.0604837;REFB=0;REVB=0.0596998;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238351;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr1 147124310 . T G 538.47 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0362668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4929;QD=17.8005;RBI=0.0376544;REFB=-0.0162458;REVB=0.0101277;RO=62;SAF=38;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164901;STB=0.584765;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0269588;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:62:64:57:57:0.471074:19:38:31:31:19:38:33:31 chr1 147229299 . G A 116.56 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0359733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0754;QD=33.3027;RBI=0.0426478;REFB=-0.00425938;REVB=0.0229076;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000757804;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:7:5:2:0:7:5:2:0 chr1 147735828 . C T 816.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0882465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4475;QD=57.2868;RBI=0.0940625;REFB=0;REVB=0.0325622;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640317;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:15:42:0:0:15:42:0:0 chr1 147781062 . A G 402.6 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0261078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.965;QD=21.7624;RBI=0.0261717;REFB=-0.00937229;REVB=-0.00182891;RO=33;SAF=28;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262977;STB=0.639927;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00932431;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:34:40:40:0.540541:12:28:13:20:12:28:14:20 chr1 147806880 . T C 972.33 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1878;QD=58.9289;RBI=0.040034;REFB=0;REVB=0.013135;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242086;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr1 147825732 . C G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.94;QD=64.4154;RBI=0.0325378;REFB=0;REVB=0.0209963;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95049e-05;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 147825763 . G A 645.13 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00303296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.682;QD=58.6485;RBI=0.0214848;REFB=-0.100958;REVB=0.0212697;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00224355;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:27:15:1:0:28:15:1:0 chr1 147825765 . G A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6421;QD=60.6015;RBI=0.0471246;REFB=0;REVB=0.0357257;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62178e-05;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 147994268 . T C 178.43 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0307449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8607;QD=8.81138;RBI=0.0420555;REFB=0.00413045;REVB=0.0286952;RO=57;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200726;STB=0.619095;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0133891;OID=.;OPOS=147994268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:9:15:26:31:9:15:26:31 chr1 148000850 . A G 392.68 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0189682;FXX=0.0344788;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5206;QD=18.6992;RBI=0.0860565;REFB=0.00853551;REVB=0.0839401;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605695;STB=0.526847;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0152607;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:34:38:32:33:0.392857:13:19:18:16:14:19:20:18 chr1 148009510 . G A 118.23 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00637062;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.149;QD=4.97809;RBI=0.0134008;REFB=-0.00574109;REVB=-0.0117897;RO=76;SAF=8;SAR=11;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516899;STB=0.532687;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0259082;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:11:8:29:47:11:8:29:47 chr1 148009517 . C A 50.32 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00323092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.59;QD=2.21172;RBI=0.023666;REFB=-0.00396224;REVB=-0.0234444;RO=79;SAF=3;SAR=8;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175665;STB=0.62476;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0300116;OID=.;OPOS=148009517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:79:80:11:11:0.120879:8:3:32:47:8:3:32:48 chr1 148016393 . A C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0581231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1085;QD=18.7423;RBI=0.070403;REFB=-0.00145176;REVB=0.0397276;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31972;STB=0.691659;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000550115;OID=.;OPOS=148016393;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:2:2:1:6:2:2 chr1 148342488 . T C 268.29 PASS AF=0.228261;AO=42;DP=186;FAO=42;FDP=184;FR=.;FRO=142;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=84;FSRR=58;FWDB=0.014008;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.525;QD=5.83228;RBI=0.0153186;REFB=-0.00570932;REVB=-0.00619951;RO=143;SAF=25;SAR=17;SRF=85;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109457;STB=0.502949;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.015153;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:143:142:42:42:0.228261:17:25:85:58:17:25:84:58 chr1 149211947 . C G 130.71 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=121;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0246163;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.905;QD=4.3569;RBI=0.0561368;REFB=-0.00271938;REVB=-0.0504518;RO=98;SAF=4;SAR=19;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480889;STB=0.805784;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110611;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:98:97:23:23:0.191667:19:4:53:45:19:4:52:45 chr1 149211962 . T C 263.78 PASS AF=0.251656;AO=38;DP=149;FAO=38;FDP=151;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0189859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.518;QD=6.98747;RBI=0.0190185;REFB=-0.0141953;REVB=0.00111288;RO=111;SAF=13;SAR=25;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216445;STB=0.636645;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.025935;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:111:113:38:38:0.251656:25:13:57:54:25:13:59:54 chr1 149211967 . G A 262.27 PASS AF=0.253247;AO=39;DP=154;FAO=39;FDP=154;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0213742;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.547;QD=6.81226;RBI=0.0213777;REFB=-0.0119416;REVB=-0.000386003;RO=113;SAF=13;SAR=26;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24806;STB=0.637097;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0252484;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:113:115:39:39:0.253247:26:13:60:53:26:13:59:56 chr1 149211975 . C A 304.19 PASS AF=0.257143;AO=45;DP=174;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=0.00206536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9709;QD=6.9528;RBI=0.0024107;REFB=-0.00883803;REVB=-0.00124329;RO=129;SAF=18;SAR=27;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101599;STB=0.563776;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0251689;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:129:130:45:45:0.257143:27:18:62:67:27:18:63:67 chr1 149211992 . G A 439.78 PASS AF=0.295567;AO=60;DP=205;FAO=60;FDP=203;FR=.;FRO=143;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0145783;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.683;QD=8.66567;RBI=0.0151059;REFB=-0.00542106;REVB=-0.00395743;RO=142;SAF=26;SAR=34;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383401;STB=0.525066;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0146372;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:142:143:60:60:0.295567:34:26:66:76:34:26:67:76 chr1 149211998 . T G 483.75 PASS AF=0.292035;AO=66;DP=226;FAO=66;FDP=226;FR=.;FRO=160;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=72;FSRR=88;FWDB=-0.0297493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.746;QD=8.56194;RBI=0.0320107;REFB=-0.00837367;REVB=0.0118179;RO=158;SAF=31;SAR=35;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247249;STB=0.514016;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0289655;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:158:160:66:66:0.292035:35:31:71:87:35:31:72:88 chr1 149224185 . C A 669.19 PASS AF=0.287356;AO=50;DP=182;FAO=50;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=62;FWDB=0.0134668;FXX=0.0439536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.293;QD=15.3837;RBI=0.0156348;REFB=-0.00224802;REVB=-0.007943;RO=80;SAF=16;SAR=34;SRF=19;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108056;STB=0.506594;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00324866;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:174:80:90:50:50:0.287356:34:16:19:61:34:16:28:62 chr1 149286406 . T C 63.24 PASS AF=0.106145;AO=19;DP=176;FAO=19;FDP=179;FR=.;FRO=160;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=112;FWDB=-0.0481327;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.185;QD=1.41308;RBI=0.0511001;REFB=-0.00481913;REVB=-0.0171598;RO=157;SAF=7;SAR=12;SRF=45;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114119;STB=0.516512;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0340105;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:176:179:157:160:19:19:0.106145:12:7:45:112:13:6:48:112 chr1 149286469 . C G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0134349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.632;QD=16.1155;RBI=0.017975;REFB=-0.00509338;REVB=0.0119418;RO=29;SAF=3;SAR=21;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498107;STB=0.528067;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00526935;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:21:3:3:26:21:3:3:26 chr1 149287392 . T G 966.88 PASS AF=0.52514;AO=93;DP=179;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0200251;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.39;QD=21.6062;RBI=0.0270693;REFB=-0.00681238;REVB=0.0182138;RO=85;SAF=31;SAR=62;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266874;STB=0.647568;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00825545;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:85:85:93:94:0.52514:62:31:54:31:63:31:54:31 chr1 149294658 . G A 534.85 PASS AF=0.413333;AO=52;DP=140;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0380334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.638;QD=14.2627;RBI=0.0408133;REFB=-0.022982;REVB=0.0148049;RO=88;SAF=26;SAR=26;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012553;STB=0.544733;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0326898;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:150:88:88:52:62:0.413333:26:26:43:45:27:35:43:45 chr1 149294660 . A G 99.01 PASS AF=0.137255;AO=21;DP=153;FAO=21;FDP=153;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=-0.0264437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.002;QD=2.58846;RBI=0.0277879;REFB=0.00529351;REVB=0.00853813;RO=130;SAF=11;SAR=10;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00092568;STB=0.500935;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0172256;OID=.;OPOS=149294660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:130:132:21:21:0.137255:10:11:68:62:10:11:69:63 chr1 149294669 . C T 30.43 PASS AF=0.0691824;AO=11;DP=159;FAO=11;FDP=159;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=-0.0118132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3011;QD=0.765587;RBI=0.0233863;REFB=0.00419331;REVB=0.0201833;RO=144;SAF=6;SAR=5;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049271;STB=0.529762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0115193;OID=.;OPOS=149294669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:159:159:144:148:11:11:0.0691824:5:6:72:72:5:6:76:72 chr1 149294693 . G C 572.23 PASS AF=0.4125;AO=65;DP=159;FAO=66;FDP=160;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=3.51032e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.76;QD=14.3057;RBI=0.00721196;REFB=-0.00886993;REVB=-0.00721188;RO=93;SAF=36;SAR=29;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735332;STB=0.542034;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0135556;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:93:94:65:66:0.4125:29:36:45:48:29:37:46:48 chr1 149294738 . T C 337.25 PASS AF=0.34127;AO=41;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00421603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.502;QD=10.7064;RBI=0.00430668;REFB=-0.0149834;REVB=-0.000878984;RO=82;SAF=14;SAR=27;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17496;STB=0.582254;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0320848;OID=.;OPOS=149294738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:83:41:43:0.34127:27:14:40:42:27:16:41:42 chr1 149298542 . CAAA AAAC 172.24 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.000584806;FXX=0.147016;HRUN=1;LEN=4;MLLD=66.4801;QD=23.7566;RBI=0.0311485;REFB=-0.0282185;REVB=-0.031143;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=mnp;VARB=-0.0480674;OID=.;OPOS=149298542;OREF=CAAA;OALT=AAAC;OMAPALT=AAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:32:29:7:10:8:9:0.310345:4:4:3:4:5:4:3:7 chr1 149298554 . C A 209.59 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.016179;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2027;QD=17.8378;RBI=0.0934546;REFB=0.0180729;REVB=0.0920435;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604045;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0233231;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:14:12:11:10:14:12 chr1 149298562 . GC AT 192.81 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00906378;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.113;QD=15.7397;RBI=0.0141055;REFB=-0.00954217;REVB=-0.010808;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338792;STB=0.519488;STBP=0.841;TYPE=mnp;VARB=0.0147075;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:14:15:11:9:14:15 chr1 149298603 . G A 220.65 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0125076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.305;QD=12.0906;RBI=0.0292714;REFB=-0.0118468;REVB=-0.0264646;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838958;STB=0.556452;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0136;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:17:10:20:25:17:10:21:25 chr1 149334339 . G C 1704.69 PASS AF=0.466844;AO=176;DP=379;FAO=176;FDP=377;FR=.;FRO=201;FSAF=62;FSAR=114;FSRF=87;FSRR=114;FWDB=-0.0184663;FXX=0.00527691;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.786;QD=18.0869;RBI=0.0185667;REFB=-0.00928209;REVB=-0.00192856;RO=200;SAF=62;SAR=114;SRF=87;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849406;STB=0.545782;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00900379;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:377:200:201:176:176:0.466844:114:62:87:113:114:62:87:114 chr1 149664423 . A G 590.48 PASS AF=0.504065;AO=58;DP=119;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0406838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.155;QD=19.2024;RBI=0.040854;REFB=-0.0155777;REVB=-0.00372493;RO=60;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350109;STB=0.528632;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00980498;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:60:61:58:62:0.504065:23:35:34:26:24:38:34:27 chr1 149670119 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00147033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.508;QD=9.56956;RBI=0.0101632;REFB=-0.0106923;REVB=-0.0100563;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0257159;OID=.;OPOS=149670119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:8:7:6:2:8:7 chr1 149676401 . A G 199.95 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0214247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.988;QD=13.7899;RBI=0.0237398;REFB=-0.00613778;REVB=-0.0102255;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126397;STB=0.526294;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00903689;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:34:23:24:0.413793:7:16:24:10:8:16:24:10 chr1 149680227 . A G 747.76 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.706;QD=52.4744;RBI=0.018349;REFB=0.0293186;REVB=-0.0125371;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052233;STB=0.523801;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.000130057;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:57:2:2:52:55:0.964912:35:17:2:0:35:20:2:0 chr1 149684085 . T C 165.14 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0420092;FXX=0.206825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9259;QD=28.72;RBI=0.0862541;REFB=0.00889586;REVB=-0.0753326;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159147;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:29:23:7:7:13:14:0.608696:6:7:4:3:6:8:4:3 chr1 149684119 . TA T,TT 1193.22 PASS AF=0.987342,0.0126582;AO=75,4;DP=79;FAO=78,1;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116228,0.0150306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.184,196.296;QD=60.4163;RBI=0.0116259,0.0150662;REFB=0,0;REVB=0.000269421,-0.00103465;RO=0;SAF=34,2;SAR=41,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000156757,-0.0440049;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987342,0.0126582:75,4:79:78,1:79:0:35,1:43,0:0:0:3:0:34,2:41,2:0:0 chr1 149684166 . G A 313.67 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00924039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1355;QD=14.5894;RBI=0.0429811;REFB=-0.0191206;REVB=-0.041976;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176688;STB=0.605204;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0258584;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:51:35:35:0.406977:15:20:20:30:15:20:20:31 chr1 149684169 . G A 510.01 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0259427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.719;QD=23.7215;RBI=0.0259487;REFB=-0.0172905;REVB=0.000554245;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727965;STB=0.534869;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0180965;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:38:47:48:0.55814:23:24:16:22:24:24:16:22 chr1 149684171 . A T 289.6 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0027832;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.795;QD=13.7907;RBI=0.00286204;REFB=-0.0194332;REVB=0.000667135;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184544;STB=0.598795;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0232918;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:14:19:20:30:14:19:21:30 chr1 149711815 . G A 45.32 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=166;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=71;FWDB=-0.000212924;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.492;QD=1.10541;RBI=0.0117068;REFB=-0.00225795;REVB=-0.0117048;RO=143;SAF=6;SAR=8;SRF=76;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119137;STB=0.589128;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0317045;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:166:164:143:150:14:14:0.0853659:8:6:76:67:8:6:79:71 chr1 149711845 . C A 49.75 PASS AF=0.0939597;AO=13;DP=151;FAO=14;FDP=149;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=51;FWDB=-0.00522219;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1929;QD=1.33568;RBI=0.00913042;REFB=-0.00267191;REVB=0.00748955;RO=137;SAF=5;SAR=8;SRF=86;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275876;STB=0.727225;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0242866;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:151:149:137:135:13:14:0.0939597:8:5:86:51:9:5:84:51 chr1 149906393 . T C 318.77 PASS AF=0.395604;AO=34;DP=89;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.019395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.744;QD=14.012;RBI=0.0218162;REFB=-0.0240967;REVB=-0.00998896;RO=55;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753509;STB=0.56137;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0342851;OID=.;OPOS=149906393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:55:55:34:36:0.395604:20:14:19:36:20:16:19:36 chr1 149906413 . T C 329.49 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.050395;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.66;QD=15.5055;RBI=0.0574933;REFB=-0.00213626;REVB=0.0276734;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.569855;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00410351;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:49:36:36:0.423529:20:16:16:32:20:16:16:33 chr1 149914683 . G A 183.15 PASS AF=1;AO=9;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.9414;QD=45.7866;RBI=0.182094;REFB=0;REVB=-0.00849306;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147383;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:9:16:1:2:7:0:0:5:11:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 184.7 PASS AF=0.206897,0.189655;AO=10,13;DP=62;FAO=12,11;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=7,9;FSAR=5,2;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0288835,-0.0269151;FXX=0.0333278;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=153.991,46.2052;QD=12.7377;RBI=0.0330393,0.0537505;REFB=-0.0221146,-0.0416278;REVB=-0.0160419,-0.0465262;RO=33;SAF=5,11;SAR=5,2;SRF=22;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203549,0.292965;STB=0.557528,0.662823;STBP=0.699,0.283;TYPE=del,snp;VARB=0.0890268,0.0899029;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0.189655:10,13:62:12,11:58:35:7,9:5,2:23:12:79:33:5,11:5,2:22:11 chr1 150199057 . C T 62.46 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00077612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0531;QD=4.54239;RBI=0.0217735;REFB=-0.0333784;REVB=0.0217596;RO=45;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310867;STB=0.711399;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0878701;OID=.;OPOS=150199057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:2:8:26:19:2:8:26:19 chr1 150199123 . G T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.059159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8694;QD=15.29;RBI=0.0742629;REFB=-0.0867266;REVB=-0.0448909;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280017;STB=0.662315;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0560816;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:7:2:5:4:7:2 chr1 150278741 . G GTC 162.09 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000873043;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.831;QD=14.7355;RBI=0.00390029;REFB=-0.00492053;REVB=-0.00380132;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249203;STB=0.603057;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=0.00482673;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:17:46:18:44:26:12:6:13:13:99:27:12:5:13:14 chr1 150483355 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00636121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.252;QD=16.0339;RBI=0.010601;REFB=-0.0104317;REVB=0.00848039;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261118;STB=0.64985;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0256049;OID=.;OPOS=150483355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:11:17:7:13:11:17 chr1 150484987 . G A 235.02 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.000375146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.312;QD=13.2405;RBI=0.00415816;REFB=-0.000237419;REVB=0.00414121;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103499;STB=0.558878;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00043448;OID=.;OPOS=150484987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:13:30:17:11:13:30 chr1 150526044 . G C 556.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0791;QD=60.1993;RBI=0.0565434;REFB=0;REVB=-0.0470381;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013855;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 150526406 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0777477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.151;QD=12.7299;RBI=0.0812637;REFB=-7.06072e-05;REVB=0.0236451;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00736188;OID=.;OPOS=150526406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:6:6:2:7:6:6 chr1 150531008 . T C 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0319884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2502;QD=14.7918;RBI=0.0324143;REFB=-0.0151535;REVB=-0.00523743;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118922;STB=0.568454;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0113314;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:18:9:8:10:18:9 chr1 150531050 . G A 754.44 PASS AF=1;AO=33;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033808;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.398;QD=64.2078;RBI=0.114404;REFB=0;REVB=0.109294;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282897;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:33:47:1:11:22:0:0:19:28:0:0 chr1 150531170 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.026;QD=59.0184;RBI=0.0146149;REFB=0;REVB=0.0133201;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138988;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 150547747 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3018;QD=47.8206;RBI=0.0471433;REFB=0;REVB=-0.00693091;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147554;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 150548887 . C CCTAT,T 86.8 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=5,3;DP=9;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215756,0.00890284;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=234.961,159.373;QD=38.5798;RBI=0.0259832,0.0176006;REFB=0,0;REVB=0.0144783,0.0151829;RO=0;SAF=4,3;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00285957,0.0172208;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:9:9:0:0:5,3:6,3:0.666667,0.333333:1,0:4,3:0:0:1,0:5,3:0:0 chr1 150597890 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.655;QD=59.4356;RBI=0.00375711;REFB=0;REVB=0.00203573;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1545e-06;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 150771703 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.063;QD=59.8558;RBI=0.0327529;REFB=0;REVB=-0.0147331;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31741e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 150779755 . C T 1541.84 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00689763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3424;QD=57.6387;RBI=0.0216508;REFB=-0.00726986;REVB=-0.0205227;RO=2;SAF=61;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015304;STB=0.508063;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000365984;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:44:61:2:0:44:61:2:0 chr1 150782797 . C T 293.93 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0174771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1058;QD=17.5482;RBI=0.0617227;REFB=-0.000519583;REVB=0.0591966;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260571;STB=0.645666;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00199717;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:20:12:23:12:20:12:23:12 chr1 150937771 . T A 2850.51 PASS AF=1;AO=114;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=140;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185584;FXX=0.00888849;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.4168;QD=51.1303;RBI=0.25188;REFB=0;REVB=0.251196;RO=1;SAF=76;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185415;OID=.;OPOS=150937771;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:224:223:1:0:114:223:1:38:76:1:0:83:140:0:0 chr1 150969567 . A G 832.19 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178363;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.541;QD=57.3927;RBI=0.0215338;REFB=0;REVB=0.0120654;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245351;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:23:35:0:0 chr1 150969991 . CT C,CC 354.34 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,22;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387471,0.0450331;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.617,236.629;QD=54.5138;RBI=0.0634304,0.0719464;REFB=0,0;REVB=0.0502203,0.0561097;RO=0;SAF=1,16;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0936818,-0.00218949;OID=.,.;OPOS=150969992,150969992;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:4,22:26:1,25:26:0:1,16:0,9:0:0:5:0:1,16:3,6:0:0 chr1 150970577 . G T 596.78 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0691632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7925;QD=58.222;RBI=0.072774;REFB=-0.0172864;REVB=0.0226385;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000995796;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:41:0:1:36:40:0.97561:16:20:0:0:16:24:0:1 chr1 150975108 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.554;QD=55.6548;RBI=0.0183548;REFB=0;REVB=-0.00498745;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49357e-05;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 150999737 . A G 244.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0286625;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8308;QD=22.7836;RBI=0.0589883;REFB=0.0192345;REVB=0.0515566;RO=20;SAF=19;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2603;STB=0.620061;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0109899;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:4:19:12:8:4:19:13:7 chr1 151006539 . C A 43.49 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0386186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6644;QD=6.44222;RBI=0.0534586;REFB=0.00597623;REVB=0.0369652;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338709;STB=0.521678;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00838716;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:8:12:4:3:8:12 chr1 151019180 . A G 230.24 PASS AF=0.421875;AO=28;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0373027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0054;QD=14.3902;RBI=0.0459119;REFB=-0.00206334;REVB=0.0267659;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132038;STB=0.561751;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00383175;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:28:27:0.421875:19:9:16:20:18:9:16:21 chr1 151025626 . C T 110.01 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0149197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.257;QD=14.6681;RBI=0.0183754;REFB=-0.0306337;REVB=-0.0107265;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0439847;OID=.;OPOS=151025626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:9:8:5:8:9:8 chr1 151040435 . G A 252.68 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00330786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2248;QD=15.0855;RBI=0.0299712;REFB=-0.0177007;REVB=0.029788;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224607;STB=0.620569;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0147861;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:19:10:21:16:19:10:21:17 chr1 151104950 . G A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0277265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.65;QD=10.6672;RBI=0.0278233;REFB=-0.0145741;REVB=-0.00231852;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0228381;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:8:10:4:6:8:10 chr1 151108137 . T G 167.76 PASS AF=0.372881;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0060416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1941;QD=11.3735;RBI=0.0441919;REFB=-0.0213777;REVB=-0.043777;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165665;STB=0.576203;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0356431;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:37:19:22:0.372881:9:10:14:23:11:11:14:23 chr1 151137661 . C T 686.54 PASS AF=0.434286;AO=63;DP=166;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.0990637;FXX=0.0223451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2575;QD=15.6923;RBI=0.127448;REFB=-0.0124385;REVB=0.0801837;RO=103;SAF=33;SAR=30;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647623;STB=0.500076;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207502;OID=.;OPOS=151137661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:175:103:99:63:76:0.434286:30:33:60:43:33:43:56:43 chr1 151288391 . A G 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.985;QD=61.6685;RBI=0.0328405;REFB=0;REVB=0.0250444;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185751;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr1 151288698 . A C 271.68 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0354514;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.466;QD=16.7189;RBI=0.0361092;REFB=-0.00808796;REVB=-0.00686077;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123309;STB=0.569185;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00883575;OID=.;OPOS=151288698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:13:22:15:15:13:22 chr1 151316161 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=50.413;RBI=0.0450403;REFB=0;REVB=0.0439233;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314193;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 151372138 . G A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.617;QD=63.8681;RBI=0.0177753;REFB=0;REVB=0.00877491;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79939e-05;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 151671355 . T C 598.13 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149739;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9382;QD=61.3469;RBI=0.0253944;REFB=0;REVB=0.0253502;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167969;OID=.;OPOS=151671355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr1 151675414 . A G 374.88 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9015;QD=55.5379;RBI=0.0748852;REFB=0;REVB=-0.0507785;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240061;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 151686983 . T A 231.02 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0320651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0347;QD=17.4354;RBI=0.0829937;REFB=-0.0167184;REVB=-0.0765492;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.508765;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.026766;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:27:24:26:0.490566:13:11:13:15:14:12:12:15 chr1 151733335 . T G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0404778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6278;QD=12.7819;RBI=0.0542678;REFB=0.0202397;REVB=0.0361461;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0367993;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:8:6:5:5:8:6 chr1 151740666 . T C 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6898;QD=59.3176;RBI=0.0471881;REFB=0;REVB=0.0136892;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536554;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr1 151746235 . C T 314.79 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0123153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6321;QD=14.8136;RBI=0.0180583;REFB=0.00606372;REVB=0.0132074;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124821;STB=0.582891;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00956372;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:50:34:35:0.411765:14:20:24:27:14:21:23:27 chr1 151747558 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0123306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.151;QD=18.6424;RBI=0.0170947;REFB=0.0119311;REVB=-0.01184;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0173949;OID=.;OPOS=151747558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:15:9:8:13:15:9 chr1 151747970 . A G 453.7 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0540323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6547;QD=22.4049;RBI=0.0554871;REFB=-0.00699139;REVB=0.0126224;RO=37;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108003;STB=0.559558;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00643165;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:17:27:18:19:17:27:18:19 chr1 151803449 . G T 1381.59 PASS AF=0.552743;AO=129;DP=236;FAO=131;FDP=237;FR=.;FRO=106;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00135806;FXX=0.00836785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5986;QD=23.318;RBI=0.0355633;REFB=-0.0310346;REVB=-0.0355374;RO=103;SAF=62;SAR=67;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514363;STB=0.52461;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0317392;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:103:106:129:131:0.552743:67:62:56:47:69:62:56:50 chr1 151814234 . A G 542.25 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128795;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7865;QD=60.2497;RBI=0.0216846;REFB=0;REVB=0.0174454;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16228e-05;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr1 151820298 . G C 1422.46 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00701883;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4052;QD=61.8462;RBI=0.0141243;REFB=-0.056506;REVB=0.0122569;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.30081e-05;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:0:1:91:91:0.98913:43:48:0:0:43:48:1:0 chr1 151820324 . T C 311.04 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00618359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8647;QD=14.3005;RBI=0.00799838;REFB=-0.034991;REVB=0.00507319;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932037;STB=0.548529;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0309282;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:51:52:34:35:0.402299:19:15:27:24:19:16:28:24 chr1 151825991 . G T 169.51 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00818495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.829;QD=16.538;RBI=0.0126544;REFB=-0.0102855;REVB=0.00965095;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530323;STB=0.530353;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.012541;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:9:14:10:8:9:14 chr1 151845569 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=34;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.983;QD=53.466;RBI=0.0191693;REFB=-0.10235;REVB=-0.0103709;RO=0;SAF=34;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503865;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00416653;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:34:56:0.965517:0:34:0:0:22:34:1:1 chr1 151845650 . G C 96.01 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0442615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8224;QD=12.3885;RBI=0.0466281;REFB=-0.00905172;REVB=0.0146665;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.683885;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.017094;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:19:19:11:12:0.387097:9:2:10:9:9:3:10:9 chr1 151867560 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.899;QD=59.501;RBI=0.0121425;REFB=0;REVB=-0.00710188;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65629e-06;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr1 152085505 . A C 1491.55 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.539;QD=63.47;RBI=0.102578;REFB=0;REVB=0.095403;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318919;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr1 152185762 . C G 460.37 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.06181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0102;QD=54.1607;RBI=0.0623296;REFB=-0.0851896;REVB=-0.0080316;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190623;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00480031;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:8:24:1:0:8:25:1:0 chr1 152185768 . T G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029069;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.744;QD=53.9634;RBI=0.039978;REFB=0;REVB=-0.027445;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15035e-06;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr1 152185774 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.483;QD=48.6261;RBI=0.0375104;REFB=-0.0206317;REVB=-0.0112925;RO=1;SAF=18;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250044;STB=0.513501;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000632587;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:4:18:1:0:4:18:1:0 chr1 152185780 . G A 239.24 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.296;QD=50.3661;RBI=0.0404997;REFB=0;REVB=-0.0108364;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186552;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr1 152185790 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9653;QD=45.8065;RBI=0.0586202;REFB=0;REVB=0.0221398;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104444;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 152185792 . G A 145.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2863;QD=44.6649;RBI=0.0621357;REFB=0;REVB=0.0124625;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271604;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 152185796 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0219;QD=44.6894;RBI=0.0373882;REFB=0;REVB=0.00980636;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253312;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 152187183 . C A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00803672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.815;QD=9.49176;RBI=0.00969376;REFB=-0.00846685;REVB=-0.00542034;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.615148;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00986634;OID=.;OPOS=152187183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:13:5:4:5:13:5 chr1 152188062 . T C 42.73 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0386157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6307;QD=1.83788;RBI=0.057396;REFB=-0.00539041;REVB=0.0424633;RO=82;SAF=2;SAR=8;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308808;STB=0.733791;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0579645;OID=.;OPOS=152188062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:82:83:10:10:0.107527:8:2:36:46:8:2:36:47 chr1 152188109 . T A 356.13 PASS AF=0.28655;AO=49;DP=171;FAO=49;FDP=171;FR=.;FRO=122;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0368892;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3769;QD=8.33053;RBI=0.0492296;REFB=-0.00782068;REVB=-0.0325997;RO=119;SAF=19;SAR=30;SRF=70;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239617;STB=0.631451;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0261141;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:119:122:49:49:0.28655:30:19:70:49:30:19:70:52 chr1 152188176 . G A 30.69 PASS AF=0.0619469;AO=13;DP=222;FAO=14;FDP=226;FR=.;FRO=212;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=126;FSRR=86;FWDB=-0.0148737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8052;QD=0.543215;RBI=0.0396868;REFB=-0.000646629;REVB=-0.0367942;RO=209;SAF=7;SAR=6;SRF=126;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677112;STB=0.588373;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0166988;OID=.;OPOS=152188176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:222:226:209:212:13:14:0.0619469:6:7:126:83:7:7:126:86 chr1 152188463 . G A 208.76 PASS AF=0.143731;AO=46;DP=329;FAO=47;FDP=327;FR=.;FRO=280;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=176;FSRR=104;FWDB=-0.0209253;FXX=0.00607884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7567;QD=2.55365;RBI=0.0681309;REFB=-0.00183112;REVB=0.0648379;RO=280;SAF=31;SAR=15;SRF=175;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686131;STB=0.528998;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0148012;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:280:280:46:47:0.143731:15:31:175:105:16:31:176:104 chr1 152191709 . C G 1284.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215779;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7854;QD=61.8919;RBI=0.046457;REFB=0;REVB=-0.0411418;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426064;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr1 152191809 . C T 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00880622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3614;QD=12.5885;RBI=0.0120244;REFB=0.00191591;REVB=-0.00818755;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117468;STB=0.567364;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00310122;OID=.;OPOS=152191809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:18:15:32:25:18:15:32:25 chr1 152191870 . G A 244.31 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0676508;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.715;QD=12.8586;RBI=0.0683533;REFB=-0.00540714;REVB=0.00977445;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337483;STB=0.512343;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00471306;OID=.;OPOS=152191870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:47:29:29:0.381579:16:13:23:25:16:13:22:25 chr1 152191879 . G A 1156.88 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306362;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0785;QD=60.8885;RBI=0.0311976;REFB=0;REVB=0.00589188;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124948;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr1 152192098 . AA GG 200.93 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0246213;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=2;MLLD=145.913;QD=7.51144;RBI=0.0289896;REFB=-0.00814547;REVB=-0.0153032;RO=75;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324632;STB=0.516501;STBP=0.86;TYPE=mnp;VARB=0.0177614;OID=.;OPOS=152192098;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:75:78:29:29:0.271028:17:12:33:42:17:12:34:44 chr1 152192102 . TC CA,CC 54.12 PASS AF=0,0.123596;AO=19,11;DP=108;FAO=0,11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0347648,-0.0299496;FXX=0.183469;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=101.324,93.7243;QD=2.4323;RBI=0.0347676,0.0365211;REFB=0.00606196,-0.00313623;REVB=0.000435463,0.0209001;RO=76;SAF=8,5;SAR=11,6;SRF=33;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.016933,0.0251136;STB=0.5,0.516499;STBP=1,0.91;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0191165;OID=.,.;OPOS=152192102,152192102;OREF=TC,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:108:89:76:78:19,11:0,11:0,0.123596:11,6:8,5:33:43:0,6:0,5:34:44 chr1 152192114 . C T 790.64 PASS AF=0.491018;AO=81;DP=166;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0156174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.415;QD=18.9375;RBI=0.0199019;REFB=-0.00345502;REVB=-0.0123361;RO=82;SAF=38;SAR=43;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727666;STB=0.544762;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00409567;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:82:85:81:82:0.491018:43:38:32:50:43:39:33:52 chr1 152192163 . G T 1008.17 PASS AF=0.466667;AO=105;DP=225;FAO=105;FDP=225;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.017592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.095;QD=17.923;RBI=0.0233293;REFB=-0.0188256;REVB=0.0153225;RO=120;SAF=52;SAR=53;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114923;STB=0.506349;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0282873;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:120:120:105:105:0.466667:53:52:58:62:53:52:58:62 chr1 152192219 . G C 933.69 PASS AF=0.414343;AO=104;DP=251;FAO=104;FDP=251;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=80;FSRR=67;FWDB=-0.00339094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.027;QD=14.8795;RBI=0.00410061;REFB=-0.0234791;REVB=-0.00230576;RO=147;SAF=51;SAR=53;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563897;STB=0.531495;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0278041;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:147:147:104:104:0.414343:53:51:80:67:53:51:80:67 chr1 152192259 . T C 661.94 PASS AF=0.318519;AO=87;DP=271;FAO=86;FDP=270;FR=.;FRO=184;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=0.0054648;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.019;QD=9.80645;RBI=0.0142985;REFB=-0.00548926;REVB=0.013213;RO=182;SAF=45;SAR=42;SRF=90;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267559;STB=0.519554;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0106378;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:182:184:87:86:0.318519:42:45:90:92:41:45:91:93 chr1 152192293 . C T 2891.16 PASS AF=0.989305;AO=184;DP=188;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.05381;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.858;QD=61.8429;RBI=0.0609146;REFB=0.000780712;REVB=0.0285495;RO=2;SAF=88;SAR=96;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981491;STB=0.505154;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=3.92061e-05;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:187:2:2:184:185:0.989305:96:88:0:2:96:89:0:2 chr1 152192631 . C T 1175.95 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.397;QD=59.5416;RBI=0.0349101;REFB=-0.10363;REVB=-0.031816;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000362732;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:36:42:0:0:36:42:1:0 chr1 152192687 . T C 1568.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.417;QD=64.0096;RBI=0.036577;REFB=0;REVB=0.0346556;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23321e-05;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:36:61:0:0:37:61:0:0 chr1 152192825 . C T 820.49 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6268;QD=55.6262;RBI=0.0550306;REFB=0.00401135;REVB=0.0477392;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000559169;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:26:31:1:0:27:31:1:0 chr1 152192978 . T C 1537.11 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.293;QD=61.4844;RBI=0.0731343;REFB=-0.0452063;REVB=-0.0676504;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235663;STB=0.501243;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00012725;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:55:43:1:1:55:43:1:1 chr1 152193052 . A G 1175.55 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453547;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.801;QD=61.0673;RBI=0.00882663;REFB=0;REVB=0.00757225;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148196;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:43:34:0:0 chr1 152193121 . G T 1044.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.064;QD=59.6597;RBI=0.0841777;REFB=0;REVB=0.0841692;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163711;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr1 152193286 . G T 958.79 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00549726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.587;QD=57.2413;RBI=0.00591705;REFB=-0.102716;REVB=0.00218897;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000231473;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:0:1:36:30:0:1 chr1 152193291 . G T 846.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953971;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.774;QD=57.3581;RBI=0.0192394;REFB=0;REVB=0.0167078;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3664e-05;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:31:28:0:0 chr1 152193544 . A G 759.77 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.911;QD=56.2793;RBI=0.0611877;REFB=0;REVB=0.0608269;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434953;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 152193547 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.361;QD=55.4105;RBI=0.0267878;REFB=0.0199219;REVB=0.018589;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000340047;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chr1 152193851 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.194;QD=53.2771;RBI=0.0234758;REFB=0;REVB=-0.0233701;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126687;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr1 152329369 . C G 183.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00929271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9159;QD=17.4281;RBI=0.00969808;REFB=-0.0393591;REVB=0.00277458;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0276019;OID=.;OPOS=152329369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:12:11:10:9:12:11 chr1 152487910 . G T 251.85 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.012193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5131;QD=15.7404;RBI=0.0131913;REFB=-0.0149762;REVB=-0.00503397;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140354;STB=0.501617;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0434427;OID=.;OPOS=152487910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:28:29:0.453125:14:14:18:17:14:15:18:17 chr1 152552285 . C A 353.96 PASS AF=0.625;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0193618;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.2786;QD=29.4966;RBI=0.0629907;REFB=-0.00200306;REVB=-0.0599412;RO=17;SAF=25;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23701;STB=0.649886;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000608981;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:18:30:30:0.625:5:25:10:7:5:25:10:8 chr1 152659471 . T G 190.83 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0158777;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.29;QD=13.1606;RBI=0.0216236;REFB=-0.0187242;REVB=0.0146792;RO=34;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276431;STB=0.67124;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0341271;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:34:35:23:23:0.396552:18:5:15:19:18:5:16:19 chr1 152671913 . C G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0938507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.456;QD=15.2588;RBI=0.100181;REFB=-0.0231652;REVB=0.035046;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00779416;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:1:5:5:2:1:5 chr1 152692512 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00130399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0577;QD=26.3383;RBI=0.00393514;REFB=-0.0183797;REVB=0.0037128;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699872;STB=0.506324;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0138905;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:8:15:9:5:8:15:10:5 chr1 152732174 . T C 226.68 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00253653;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.248;QD=20.149;RBI=0.00925271;REFB=-0.00295701;REVB=0.00889824;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259849;STB=0.646454;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0044785;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:15:8:14:8:15:8 chr1 152732436 . G C 311.86 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0204277;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.187;QD=16.4139;RBI=0.0208282;REFB=-0.0205644;REVB=0.00406491;RO=42;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164174;STB=0.579606;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.022847;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:21:13:23:19:21:13:22:20 chr1 152732567 . G A 325.43 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0317089;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.126;QD=22.0629;RBI=0.0511184;REFB=-0.00863819;REVB=0.0400954;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762143;STB=0.527852;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00635658;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:24:26:33:33:0.559322:12:21:13:11:12:21:15:11 chr1 152733301 . T A 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0147933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.14;QD=13.4835;RBI=0.0311755;REFB=-0.0160802;REVB=0.0274422;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0180535;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:8:3:2:7:8:3 chr1 152734390 . C T 353.5 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00571177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.719;QD=13.215;RBI=0.00571408;REFB=-0.0172389;REVB=0.000162604;RO=65;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808303;STB=0.53776;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.023113;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:65:41:42:0.392523:19:22:30:35:20:22:30:35 chr1 152760352 . T A 251.51 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0481086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.762;QD=9.14585;RBI=0.0582556;REFB=-0.0114165;REVB=0.0328524;RO=75;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864091;STB=0.554514;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0245695;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:76:34:34:0.309091:17:17:32:43:17:17:32:44 chr1 152760558 . G T 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0158408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.064;QD=2.34466;RBI=0.0181063;REFB=-0.0051449;REVB=-0.0087696;RO=70;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104651;STB=0.575605;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0284605;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:4:6:36:34:4:6:36:34 chr1 152760628 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.000100407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.21;QD=14.2704;RBI=0.00656328;REFB=-0.0107302;REVB=-0.00656251;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560269;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.015224;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:21:12:10:14:21:12 chr1 152760642 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0205331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.26;QD=14.7662;RBI=0.0294231;REFB=-0.0101535;REVB=-0.0210738;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979026;STB=0.544519;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0116472;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:11:13:21:12:11:14:21:12 chr1 152760644 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0272191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.535;QD=14.7664;RBI=0.0276822;REFB=-0.0122255;REVB=-0.00504275;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785118;STB=0.544519;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00976588;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:21:12:11:14:21:12 chr1 152760647 . C A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0138723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.558;QD=14.5588;RBI=0.0156062;REFB=0.0222589;REVB=-0.00714924;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843489;STB=0.547802;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00526727;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:23:12:11:15:23:12 chr1 152760651 . C T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.000890143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.275;QD=14.5589;RBI=0.0610825;REFB=-0.00767088;REVB=0.061076;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843489;STB=0.547802;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00456722;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:23:12:11:15:23:12 chr1 152770521 . G A 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00763422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3681;QD=20.895;RBI=0.0582738;REFB=-0.00835774;REVB=0.0577715;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00875966;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr1 152770533 . G A 50.39 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0395297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.114;QD=16.7967;RBI=0.0396377;REFB=0.0125452;REVB=0.00292404;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00534245;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr1 152770589 . A G 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000750972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.303;QD=19.3388;RBI=0.0127006;REFB=-0.00975916;REVB=-0.0126784;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522875;STB=0.529573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0122757;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:12:6:7:11:12:6 chr1 152771207 . C A 116.54 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.086076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0524;QD=11.6535;RBI=0.086701;REFB=-0.00797665;REVB=-0.0103916;RO=26;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398775;STB=0.742451;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0119662;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:12:2:11:15:12:2:11:15 chr1 152771293 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0274462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.545;QD=14.0965;RBI=0.0296251;REFB=-0.0300622;REVB=-0.0111513;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0433979;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr1 152771360 . A T 180.34 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0141039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5645;QD=16.0305;RBI=0.0547511;REFB=-0.0312039;REVB=-0.0529033;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208611;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0287901;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:15:11:8:11:15:11 chr1 152777655 . C T 140.4 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0437655;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.908;QD=10.3998;RBI=0.0439182;REFB=-0.0076962;REVB=-0.00365808;RO=35;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393374;STB=0.730478;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0108805;OID=.;OPOS=152777655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:15:3:16:19:15:3:16:20 chr1 152785005 . G GC 31.03 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0135822;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.162;QD=3.44746;RBI=0.0139581;REFB=-0.00115372;REVB=-0.00321749;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18881;STB=0.583102;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0709577;OID=.;OPOS=152785006;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:9:36:8:36:28:1:7:5:23:31:26:1:8:5:21 chr1 152882610 . A G 64.03 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00934556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.444;QD=9.85109;RBI=0.0121052;REFB=-0.00896835;REVB=-0.00769396;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0195152;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:8:9:5:4:8:9 chr1 152883163 . A T 40.61 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00405575;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.664;QD=9.02502;RBI=0.00425011;REFB=-0.0407316;REVB=0.00127055;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.587912;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0772582;OID=.;OPOS=152883163;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:3:8:5:1:3:9 chr1 152883608 . G A 30.01 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00403243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6761;QD=10.0048;RBI=0.0870541;REFB=-0.0213729;REVB=0.0869606;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0417386;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr1 152883680 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0877875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.587;QD=15.2589;RBI=0.0887884;REFB=-0.0464371;REVB=0.0132939;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0302321;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr1 152884111 . G A 266.77 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0547991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3023;QD=16.1678;RBI=0.0560169;REFB=0.00073737;REVB=-0.0116167;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16582;STB=0.593126;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000167052;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:13:23:14:16:13:23 chr1 152884246 . GA TG 129.41 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0313025;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.493;QD=16.1758;RBI=0.0313671;REFB=-0.00629745;REVB=-0.0020125;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=mnp;VARB=0.00780719;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:13:13:0.40625:9:4:7:10:9:4:7:10 chr1 152944594 . C T 306.58 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0158948;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.121;QD=19.1612;RBI=0.0330149;REFB=-0.0211309;REVB=0.0289368;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418716;STB=0.53123;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.01308;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:32:32:32:0.5:15:17:15:16:15:17:15:17 chr1 152957832 . C A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0693929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0074;QD=17.8271;RBI=0.0755168;REFB=-0.0201267;REVB=0.0297893;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341189;STB=0.697328;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0159984;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:7:4:9:3:7:4 chr1 152957887 . G A 196.13 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0142914;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.676;QD=24.516;RBI=0.0165155;REFB=-0.0339397;REVB=0.0082776;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182979;STB=0.504945;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0159744;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:13:19:19:0.59375:10:9:6:6:10:9:6:7 chr1 152958238 . A G 467.55 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0496741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1545;QD=20.1098;RBI=0.0726156;REFB=-0.0285677;REVB=-0.0529671;RO=47;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915773;STB=0.550841;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0268565;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:28:18:23:24:28:18:23:24 chr1 152958267 . T C 334.21 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.059355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4502;QD=16.7108;RBI=0.0732003;REFB=-0.00245755;REVB=-0.04284;RO=44;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140575;STB=0.579092;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000831952;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:23:13:22:22:23:13:22:22 chr1 152975495 . G A 141.79 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0156049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.39;QD=13.8332;RBI=0.0219276;REFB=-0.00749633;REVB=-0.0154047;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234134;STB=0.636194;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00749605;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:10:15:6:10:10:15 chr1 152975715 . C T 77.7 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0228598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7561;QD=13.5132;RBI=0.0250964;REFB=-0.0147777;REVB=0.0103566;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0131616;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:6:6:4:6:7:6 chr1 152975941 . C G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00670813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.973;QD=19.9921;RBI=0.0140806;REFB=-0.00150535;REVB=-0.01238;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0016325;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:14:9:11:11:14:9 chr1 152976108 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00430502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.321;QD=20.2683;RBI=0.0568426;REFB=-0.00051889;REVB=0.0566793;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134711;STB=0.576196;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000673701;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:11:10:7:14:11:10 chr1 152976114 . G C 201.51 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00110182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8017;QD=17.9117;RBI=0.0348109;REFB=-0.0533213;REVB=-0.0347935;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164593;STB=0.593658;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0203506;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:12:12:7:14:12:12 chr1 152976306 . T G 465.32 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0129006;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.461;QD=19.3884;RBI=0.0148134;REFB=-0.010149;REVB=-0.00728091;RO=50;SAF=21;SAR=25;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133743;STB=0.574292;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0131472;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:50:46:46:0.479167:25:21:30:20:25:21:30:20 chr1 153004848 . T C 97.76 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0243881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9208;QD=16.2925;RBI=0.0347171;REFB=0.0185716;REVB=-0.0247082;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647644;STB=0.555425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0592948;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:24:10:11:8:8:0.333333:2:6:8:2:2:6:9:2 chr1 153004853 . C T 101.72 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00346009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.718;QD=16.9536;RBI=0.0342306;REFB=-0.0510659;REVB=-0.0340553;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151439;STB=0.59985;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0511572;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:23:24:11:12:12:12:0.5:4:8:9:2:4:8:10:2 chr1 153005156 . C T 187.79 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0232831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2675;QD=20.3016;RBI=0.0233402;REFB=-0.037998;REVB=0.00163238;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.566503;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0255642;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:11:7:10:9:11:7 chr1 153066072 . T C 265.58 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0403633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.482;QD=11.0657;RBI=0.0406521;REFB=-0.00515381;REVB=-0.00483749;RO=62;SAF=27;SAR=5;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382912;STB=0.729564;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0150683;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:64:32:32:0.333333:5:27:36:26:5:27:37:27 chr1 153191512 . T A 372.35 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0325451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.671;QD=15.198;RBI=0.0327666;REFB=-0.013872;REVB=-0.00380418;RO=58;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180018;STB=0.602053;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0244937;OID=.;OPOS=153191512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:14:26:28:30:14:26:28:30 chr1 153233488 . C CGGCGGT 31.39 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=46;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.00468297;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=6;MLLD=256.039;QD=2.79055;RBI=0.0102575;REFB=-0.00590092;REVB=-0.00912609;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512053;STB=0.635978;STBP=0.565;TYPE=ins;VARB=0.0409555;OID=.;OPOS=153233489;OREF=-;OALT=GGCGGT;OMAPALT=CGGCGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:5:46:6:45:39:2:4:8:31:31:39:1:4:9:30 chr1 153234295 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0732157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7983;QD=14.6489;RBI=0.0901527;REFB=0.00774207;REVB=0.052602;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357417;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00490517;OID=.;OPOS=153234295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:13:6:4:10:13:6 chr1 153277423 . C T 269.51 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0336909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3199;QD=14.1847;RBI=0.0366688;REFB=0.0159711;REVB=-0.0144748;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.508016;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0229251;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:12:19:27:18:12:19:27:18 chr1 153304140 . AG A 217.87 PASS AF=0.512195;AO=22;DP=45;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00985318;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.945;QD=21.2559;RBI=0.0106387;REFB=0.00449445;REVB=-0.00401213;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243248;STB=0.677252;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=-0.00339981;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:22:45:21:41:20:14:7:6:14:99:20:13:9:6:14 chr1 153314153 . C A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.326;QD=57.8351;RBI=0.0180732;REFB=-0.00741998;REVB=0.0127623;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=7.91667e-05;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:0:1:40:29:0:1 chr1 153315579 . A G 1177.78 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.361;QD=60.3987;RBI=0.0190368;REFB=0;REVB=-0.000460463;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35786e-05;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:38:38:0:0:40:38:0:0 chr1 153320334 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215829;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.128;QD=62.9829;RBI=0.0215947;REFB=0;REVB=-0.000714064;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79249e-05;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 153320372 . T G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0367;QD=62.3495;RBI=0.035126;REFB=0;REVB=-0.020088;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109836;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 153391729 . G A 292.4 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0295229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.571;QD=14.6199;RBI=0.0309243;REFB=-0.0205085;REVB=-0.00920385;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014115;STB=0.508004;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0257319;OID=.;OPOS=153391729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:18:15:22:25:18:15:22:25 chr1 153391786 . T C 227.1 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0126375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.672;QD=21.1252;RBI=0.0243415;REFB=-0.036657;REVB=-0.0208039;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750183;STB=0.542019;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0329897;OID=.;OPOS=153391786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:6:15:14:8:6:15 chr1 153410822 . C A 273.32 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0122904;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.919;QD=23.7665;RBI=0.0146581;REFB=0.00220094;REVB=-0.00798794;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576739;STB=0.532085;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00192872;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:7:14:15:10:7:14 chr1 153412392 . T G 901.27 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.834;QD=58.1465;RBI=0.0404203;REFB=0;REVB=0.0386631;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65645e-05;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:19:42:0:0:19:43:0:0 chr1 153431406 . C G 1597.74 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367062;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.693;QD=60.2922;RBI=0.0395602;REFB=0;REVB=-0.0147536;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109826;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr1 153588279 . G A 353.68 PASS AF=0.553846;AO=33;DP=62;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0118979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.42;QD=21.7648;RBI=0.0861678;REFB=-0.00297034;REVB=0.0853424;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186133;STB=0.53542;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00250232;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:26:29:33:36:0.553846:16:17:14:12:19:17:16:13 chr1 153588340 . C T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00470422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.829;QD=11.2836;RBI=0.0108463;REFB=-0.0078913;REVB=0.0097731;RO=50;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207502;STB=0.512022;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0156281;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:14:13:25:25:14:13:25:25 chr1 153653757 . G C 223.59 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0640313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2782;QD=14.9063;RBI=0.11185;REFB=-0.0270749;REVB=0.0917084;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080499;STB=0.55878;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0359661;OID=.;OPOS=153653757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:34:26:26:0.433333:11:15:21:11:11:15:23:11 chr1 153676713 . C A 1013.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169302;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.489;QD=59.6035;RBI=0.026968;REFB=0;REVB=0.0209915;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233215;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 153743234 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.658;QD=63.5823;RBI=0.066901;REFB=0;REVB=0.023308;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10939e-05;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 153907306 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.125748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2149;QD=13.8488;RBI=0.128747;REFB=-0.0697079;REVB=-0.0276263;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172774;STB=0.550395;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0892591;OID=.;OPOS=153907306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:22:25:16:16:0.390244:9:7:10:12:9:7:13:12 chr1 153913770 . A G 1205.01 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631469;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2422;QD=61.013;RBI=0.0481437;REFB=0;REVB=0.0477278;RO=2;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116278;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:2:0:76:79:1:27:49:0:2:30:49:0:0 chr1 154089438 . T C 150.32 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00362054;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9141;QD=8.12551;RBI=0.0142486;REFB=-0.000385944;REVB=0.0137809;RO=53;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185247;STB=0.610583;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00174379;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:53:53:21:21:0.283784:9:12:22:31:9:12:22:31 chr1 154108387 . G A 1066.05 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317022;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.192;QD=60.0591;RBI=0.0319888;REFB=0;REVB=-0.0042724;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157502;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 154140080 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00773915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.963;QD=19.6459;RBI=0.0364748;REFB=0.0133063;REVB=-0.0356443;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041038;STB=0.588082;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00863884;OID=.;OPOS=154140080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:9:11:0.578947:3:6:5:2:5:6:6:2 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT 265.73 PASS AF=0.322581,0.0322581,0.645161;AO=4,6,11;DP=35;FAO=10,1,20;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,13;FSAR=6,1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013129,-0.0068792,-0.00597704;FXX=0.0605877;HRUN=11,2,11;LEN=1,1,1;MLLD=3.1297,241.107,245.167;QD=34.2873;RBI=0.107868,0.00703088,0.00660275;REFB=-0.177632,-0.0257652,-0.0294503;REVB=-0.107066,-0.00145254,-0.00280558;RO=4;SAF=2,5,7;SAR=2,1,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.201109,0.443891,0.185599;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0228011,-0.00400089,0.00824574;OID=.,.,.;OPOS=154144674,154144682,154144681;OREF=A,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.322581,0.0322581,0.645161:4,6,11:35:10,1,20:31:0:4,0,13:6,1,7:0:0:44:4:2,5,7:2,1,4:1:3 chr1 154310048 . C G 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.698;QD=62.2775;RBI=0.0280406;REFB=0;REVB=0.012826;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51008e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:77:52:0:0:77:52:0:0 chr1 154317153 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.337;QD=64.4152;RBI=0.0538749;REFB=0;REVB=0.0250245;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206712;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr1 154323547 . GATTTTTTTTCA GATTTTTTCA,GATTTTTTTCA,GATTTTTTTCAT,TGATTTTTTTCA 207.1 PASS AF=0,0.965517,0.0344828,0;AO=5,14,2,4;DP=29;FAO=0,28,1,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,1,0;FSAR=0,17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892619,-0.161907,-0.1672,-0.0245005;FXX=0;HRUN=8,8,8,1;LEN=2,1,3,3;MLLD=8.73866,9.67412,9.82151,10.3225;QD=28.565;RBI=0.125997,0.236749,0.171125,0.0795783;REFB=-0.0124125,-0.00775947,-0.0228398,-0.0189561;REVB=0.0889247,0.172732,0.0364372,0.0757129;RO=3;SAF=3,4,1,3;SAR=2,10,1,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.361596,0.118465,0.473628,0.490704;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.0660312,-0.00694841,0.00571007,0;OID=.,.,.,.;OPOS=154323549,154323549,154323556,154323547;OREF=TT,T,TCA,GAT;OALT=-,-,CAT,TGA;OMAPALT=GATTTTTTCA,GATTTTTTTCA,GATTTTTTTCAT,TGATTTTTTTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:4:29:29:3:0:5,14,2,4:0,28,1,0:0,0.965517,0.0344828,0:2,10,1,1:3,4,1,3:0:3:0,17,0,0:0,11,1,0:0:0 chr1 154437896 . T C 1020.09 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923499;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.616;QD=58.2911;RBI=0.0120186;REFB=0;REVB=0.00769162;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313664;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:34:33:0:0:37:33:0:0 chr1 154438770 . A G 519.95 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00763828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.52;QD=15.1811;RBI=0.00938398;REFB=-0.00544256;REVB=0.00545122;RO=78;SAF=24;SAR=33;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.553815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00696726;OID=.;OPOS=154438770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:80:57:57:0.416058:33:24:41:37:33:24:41:39 chr1 154438880 . T C 728.06 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0134579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.495;QD=51.0919;RBI=0.0428495;REFB=-0.0310208;REVB=0.0406813;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336247;STB=0.525414;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000522032;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:57:2:3:53:54:0.947368:27:26:0:2:28:26:0:3 chr1 154474131 . C G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.523;QD=47.8146;RBI=0.0147142;REFB=0.0963224;REVB=-0.00496814;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00201576;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr1 154516571 . T C 705.73 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.372;QD=62.7315;RBI=0.0166487;REFB=0;REVB=-0.000520379;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93216e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:31:11:0:0:34:11:0:0 chr1 154516578 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00891973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.68;QD=18.4827;RBI=0.0106315;REFB=0.00623038;REVB=0.00578512;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292177;STB=0.668996;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00542315;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:16:3:8:13:16:3:8:13 chr1 154556663 . G A 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.039613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.808;QD=25.8113;RBI=0.0400713;REFB=-0.0258876;REVB=0.00604322;RO=25;SAF=28;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111136;STB=0.560944;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0172198;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:12:28:14:11:12:28:14:11 chr1 154573967 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.9;QD=56.7066;RBI=0.0323185;REFB=0;REVB=-0.01379;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80434e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 154574820 . T C 805.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.144;QD=64.4707;RBI=0.00731978;REFB=0;REVB=-0.00693845;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26346e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr1 154575040 . C T 739.47 PASS AF=0.828571;AO=58;DP=70;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0434737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.548;QD=42.2553;RBI=0.0523738;REFB=-0.0882378;REVB=0.0292071;RO=9;SAF=21;SAR=37;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165296;STB=0.611072;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00983387;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:9:12:58:58:0.828571:37:21:9:0:37:21:12:0 chr1 154580458 . C A 780.17 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00955804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.882;QD=21.2291;RBI=0.0122009;REFB=-0.0012253;REVB=-0.00758327;RO=72;SAF=42;SAR=33;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784706;STB=0.543158;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00117798;OID=.;OPOS=154580458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:72:75:75:0.510204:33:42:34:38:33:42:34:38 chr1 154600372 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.623;QD=53.2772;RBI=0.0740511;REFB=0;REVB=-0.0184906;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181121;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr1 154744807 . C G 174.12 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0371845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7188;QD=19.3463;RBI=0.0475545;REFB=-0.0499087;REVB=0.0296435;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215916;STB=0.623143;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0444773;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:9:9:5:13:9:9 chr1 154744852 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.341;QD=47.82;RBI=0.0817097;REFB=0;REVB=0.0141766;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151481;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 154917314 . G A 1108.55 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00503291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.071;QD=57.5872;RBI=0.0221223;REFB=-0.024404;REVB=-0.0215422;RO=2;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205638;STB=0.510867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000486192;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:45:30:0:2:45:30:0:2 chr1 154919080 . C T 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00643511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.286;QD=58.3763;RBI=0.0520352;REFB=-0.175852;REVB=0.0516358;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446978;STB=0.523799;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000814884;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:0:2:20:25:0:2 chr1 154987526 . C T 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4997;QD=59.0109;RBI=0.0722179;REFB=0;REVB=0.0716723;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152066;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 154988957 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.932;QD=57.2026;RBI=0.102489;REFB=0;REVB=-0.000678433;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347556;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:28:2:0:0:28:2:0:0 chr1 155006091 . A G 595.57 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0138043;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.865;QD=56.7213;RBI=0.01388;REFB=-0.0633525;REVB=-0.00144792;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.524987;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=9.81511e-05;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:0:2:40:40:0.952381:19:21:0:0:19:21:0:2 chr1 155006999 . C T 421.16 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0118221;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7198;QD=54.3432;RBI=0.0586461;REFB=-0.066246;REVB=0.0574421;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00656102;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr1 155019710 . A C 931.82 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494101;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.541;QD=58.239;RBI=0.0494428;REFB=0;REVB=-0.00179915;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176867;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:39:23:0:0:40:24:0:0 chr1 155026942 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.454;QD=55.0979;RBI=0.0492298;REFB=0;REVB=0.0347036;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709687;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 155033317 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.3;QD=55.0986;RBI=0.0180982;REFB=0;REVB=0.00678691;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31174e-05;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 155059851 . A G 704.04 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.368;QD=59.9183;RBI=0.0312585;REFB=-0.0343445;REVB=0.01468;RO=2;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66756e-05;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:2:0:45:47:1:30:15:0:2:32:15:0:0 chr1 155106054 . A G 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0168385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.746;QD=11.4896;RBI=0.0253507;REFB=0.00376026;REVB=-0.0189505;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194187;STB=0.624844;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0108925;OID=.;OPOS=155106054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:10:6:17:14:10:6:18:14 chr1 155106227 . A T 291.14 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0307474;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4081;QD=25.8794;RBI=0.0460882;REFB=-0.030141;REVB=0.0343325;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290631;STB=0.516117;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0226543;OID=.;OPOS=155106227;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:11:8:10:16:11:8 chr1 155106697 . G A 348.3 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00972115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.603;QD=25.3308;RBI=0.00978595;REFB=0.00308317;REVB=-0.00112434;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701262;STB=0.538439;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00171815;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:16:18:9:12:16:18:9:12 chr1 155149718 . G A 152.69 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0125188;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.85;QD=20.3591;RBI=0.0155235;REFB=-0.00417811;REVB=0.00917921;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00461602;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:6:8:8:8:6:8 chr1 155152205 . C T 431.96 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=53;FWDB=-0.0165365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6033;QD=14.8952;RBI=0.0396089;REFB=-0.0213016;REVB=-0.0359919;RO=64;SAF=15;SAR=34;SRF=14;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109489;STB=0.569594;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0214759;OID=.;OPOS=155152205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:67:49:49:0.422414:34:15:14:50:34:15:14:53 chr1 155162067 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00890647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.509;QD=10.1733;RBI=0.0205347;REFB=-0.00635546;REVB=-0.0185027;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941574;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:6:3:2:4:6:3 chr1 155178782 . A T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.019802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0527;QD=17.9424;RBI=0.0199448;REFB=-0.0285313;REVB=0.00238227;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240834;STB=0.513504;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0235977;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:10:19:19:9:10:19 chr1 155186729 . T C 1014.42 PASS AF=0.473214;AO=103;DP=220;FAO=106;FDP=224;FR=.;FRO=118;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0209603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.897;QD=18.1146;RBI=0.0210171;REFB=-0.00227912;REVB=-0.00154529;RO=115;SAF=51;SAR=52;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503268;STB=0.531244;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00290653;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:224:115:118:103:106:0.473214:52:51:63:52:53:53:66:52 chr1 155186742 . G A 951.79 PASS AF=0.469484;AO=99;DP=212;FAO=100;FDP=213;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.00594982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.744;QD=17.8741;RBI=0.0578091;REFB=-0.0103772;REVB=0.0575021;RO=113;SAF=51;SAR=48;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673067;STB=0.506435;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0106164;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:113:113:99:100:0.469484:48:51:59:54:49:51:59:54 chr1 155217436 . GGA ATT 68.33 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0163419;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.979;QD=9.76104;RBI=0.0404432;REFB=-0.0207314;REVB=0.0369945;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.584456;STBP=0.593;TYPE=mnp;VARB=0.030659;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:28:28:18:18:9:10:0.357143:5:4:5:13:6:4:5:13 chr1 155230131 . C T 226.05 PASS AF=0.625;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0085915;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.142;QD=28.2568;RBI=0.0109896;REFB=-0.0424551;REVB=0.00685255;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658029;STB=0.585535;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0168048;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:32:4:10:18:20:0.625:8:10:3:1:9:11:8:2 chr1 155258752 . G A 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0172922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.635;QD=18.7843;RBI=0.0182604;REFB=-0.0174226;REVB=0.0058672;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.560403;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.010434;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:20:13:17:16:20:13 chr1 155258756 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0172723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.566;QD=18.7853;RBI=0.0246366;REFB=-0.000530141;REVB=0.0175679;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.560403;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00053631;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:20:13:17:16:20:13 chr1 155260383 . G T 235.34 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.030544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.796;QD=18.8272;RBI=0.0305547;REFB=-0.0183839;REVB=-0.000809283;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266546;STB=0.515085;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0271559;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:11:16:13:10:11:16 chr1 155260401 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0650895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0867;QD=22.5823;RBI=0.070035;REFB=-0.087028;REVB=0.0258507;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102386;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0299462;OID=.;OPOS=155260401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:11:13:17:9:11:13 chr1 155291273 . G T 335.41 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0177206;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.539;QD=14.4263;RBI=0.0191413;REFB=0.00472772;REVB=0.00723665;RO=55;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156603;STB=0.583289;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0052048;OID=.;OPOS=155291273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:16:21:23:32:16:21:24:32 chr1 155294274 . A C,G 385.12 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=27;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571286,-0.0267169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.1668,102.711;QD=55.0171;RBI=0.0649404,0.027837;REFB=0,0;REVB=-0.03088,-0.00781705;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.106798,-0.000265715;OID=.,.;OPOS=155294274,155294274;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:28:0:0:2,25:2,26:0.0714286,0.928571:2,17:0,8:0:0:2,18:0,8:0:0 chr1 155408635 . T C 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0865;QD=58.2396;RBI=0.085249;REFB=-0.105441;REVB=0.0672053;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00617422;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:23:16:0:0:23:16:1:0 chr1 155532332 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6528;QD=33.4285;RBI=0.108709;REFB=0;REVB=-0.0936585;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0162858;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 155630707 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00465262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.544;QD=19.4668;RBI=0.0107444;REFB=-0.00538196;REVB=-0.00968476;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735939;STB=0.541448;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00588903;OID=.;OPOS=155630707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:7:17:14:8:7:17 chr1 155658085 . T C 196.5 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0110268;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.626;QD=17.4663;RBI=0.0127552;REFB=-0.0121303;REVB=-0.00641141;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132289;STB=0.57568;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0184203;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:12:13:13:7:12:13 chr1 155721856 . G C 212.15 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0127582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.069;QD=12.2983;RBI=0.0349892;REFB=-0.0136404;REVB=0.0325802;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823216;STB=0.565168;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0152371;OID=.;OPOS=155721856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:43:25:26:0.376812:12:13:25:17:13:13:26:17 chr1 155735012 . T C 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00396433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.442;QD=15.9155;RBI=0.00480037;REFB=-0.0112197;REVB=-0.00270696;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376485;STB=0.72223;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0117803;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:2:11:8:7:2:11:8:7 chr1 155755097 . G A 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0255172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4311;QD=55.9163;RBI=0.0552138;REFB=-0.0730988;REVB=-0.0489636;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00151215;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:17:22:0:0:17:22:2:0 chr1 155837865 . G C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4122;QD=57.6714;RBI=0.0824789;REFB=0;REVB=0.0167891;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136323;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 155838267 . T C 384.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.468;QD=54.9488;RBI=0.0356258;REFB=0;REVB=0.0299292;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257516;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:18:10:0:0 chr1 155880573 . C G 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.165;QD=60.9723;RBI=0.0369648;REFB=0;REVB=0.0289537;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43785e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 155904177 . T C 2007.59 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.2;QD=62.2509;RBI=0.019121;REFB=0;REVB=-0.00185361;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34278e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:80:49:0:0:80:49:0:0 chr1 155912486 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7857;QD=51.9157;RBI=0.119682;REFB=0;REVB=-0.118976;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00333446;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 156107534 . C T 340.5 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00122745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0979;QD=23.4828;RBI=0.0146065;REFB=-0.0198991;REVB=-0.0145548;RO=24;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951357;STB=0.552209;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0105869;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:14:20:17:7:14:20:17:7 chr1 156215899 . G A 682.96 PASS AF=0.45122;AO=74;DP=163;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=0.00892866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7073;QD=16.6576;RBI=0.0108024;REFB=-0.00860298;REVB=0.00608038;RO=89;SAF=52;SAR=22;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829396;STB=0.543921;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00662728;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:89:90:74:74:0.45122:22:52:56:33:22:52:57:33 chr1 156220056 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.021787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.924;QD=17.7321;RBI=0.0439034;REFB=-0.0130316;REVB=-0.0381161;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15356;STB=0.588366;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.013949;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:12:7:4:13:12:7 chr1 156233189 . C T 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0613723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.646;QD=22.9063;RBI=0.0619339;REFB=-0.02563;REVB=0.00832155;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212877;STB=0.619715;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0249224;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:8:9:6:15:8:9 chr1 156255456 . G A 133.23 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0101684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.078;QD=21.3169;RBI=0.0272854;REFB=-0.0109373;REVB=0.0253199;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327439;STB=0.692023;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0130535;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:25:10:10:14:15:0.6:3:11:4:6:3:12:4:6 chr1 156263940 . T C 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0131237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.191;QD=17.7106;RBI=0.0153467;REFB=0.00185826;REVB=-0.00795541;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882547;STB=0.549241;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00306389;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:24:12:14:19:24:12 chr1 156264000 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0141887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.033;QD=25.6503;RBI=0.0256595;REFB=-0.0199467;REVB=-0.0213796;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118889;STB=0.565984;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00747507;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:10:15:8:10:10:15:8:10 chr1 156280969 . G A 65.26 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0410301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7782;QD=10.8761;RBI=0.0449369;REFB=0.0105788;REVB=0.0183264;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0126956;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:6:9:4:5:6:9 chr1 156280971 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0262644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.21;QD=13.4412;RBI=0.0282408;REFB=0.034449;REVB=0.0103789;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0179325;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:5:8:4:6:5:8 chr1 156351699 . G A 431.83 PASS AF=0.418803;AO=48;DP=114;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0150289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.319;QD=14.7633;RBI=0.0188013;REFB=-0.0352529;REVB=0.011297;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795756;STB=0.55708;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0441997;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:64:68:48:49:0.418803:24:24:37:27:25:24:40:28 chr1 156354293 . A G 1394.65 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244063;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.859;QD=62.681;RBI=0.0252337;REFB=0;REVB=-0.00640857;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43669e-05;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr1 156354367 . A G 742.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519814;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2071;QD=57.1024;RBI=0.0527913;REFB=0;REVB=-0.00921168;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708492;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr1 156446903 . T C 63.73 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00850557;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3684;QD=8.22308;RBI=0.0221995;REFB=-0.0229159;REVB=-0.0205055;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781278;STB=0.548905;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0285207;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:16:6:2:7:16:6 chr1 156450719 . G A 158.91 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00450133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.564;QD=16.7274;RBI=0.00736556;REFB=-0.034831;REVB=-0.00583005;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.562426;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0315732;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:21:17:17:0.447368:10:7:10:9:10:7:11:10 chr1 156450740 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.026307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.559;QD=19.3436;RBI=0.0295758;REFB=-0.000133379;REVB=0.0135155;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367357;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:8:10:10:8:8:10 chr1 156526387 . C G 1138.6 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00714925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.454;QD=59.1483;RBI=0.00920149;REFB=-0.0938881;REVB=-0.00579271;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00123236;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:30:45:0:0:31:45:0:1 chr1 156526444 . T C 728.96 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.081;QD=57.1732;RBI=0.0236134;REFB=0;REVB=0.0207678;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54153e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:23:25:0:0:26:25:0:0 chr1 156532977 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0021;QD=55.6519;RBI=0.0799564;REFB=0;REVB=0.046592;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435836;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 156536221 . G C 804.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000362452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.324;QD=64.3961;RBI=0.0030253;REFB=0;REVB=-0.00300351;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98947e-06;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 156536251 . T C 989.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.807;QD=59.0699;RBI=0.0123584;REFB=0;REVB=0.0121212;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11465e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:38:29:0:0 chr1 156556321 . G A 400.39 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0549;QD=53.385;RBI=0.035849;REFB=-0.1578;REVB=-0.0328757;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02071;STB=0.511104;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00236964;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:7:22:1:0:7:22:1:0 chr1 156561651 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.402;QD=53.9108;RBI=0.08435;REFB=0;REVB=0.0829994;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355966;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 156563375 . G A 308.69 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217032;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.507;QD=53.6852;RBI=0.0658799;REFB=0;REVB=0.0622024;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84895e-05;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr1 156563726 . A C 2316.43 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162153;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1007;QD=63.9015;RBI=0.0164247;REFB=0;REVB=0.00261414;RO=0;SAF=82;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105126;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:63:82:0:0:63:82:0:0 chr1 156563813 . G A 1564.41 PASS AF=1;AO=88;DP=102;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.491;QD=63.8534;RBI=0.0726462;REFB=0;REVB=0.0179651;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346165;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:98:0:0:88:98:1:46:42:0:0:45:53:0:0 chr1 156563852 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2845;QD=61.2131;RBI=0.0327121;REFB=0;REVB=0.00145287;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152713;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr1 156564922 . C T 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0511022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.981;QD=10.9724;RBI=0.0513807;REFB=-0.0123868;REVB=-0.00534182;RO=30;SAF=2;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515256;STB=0.820123;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0192003;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:13:2:16:14:13:2:17:14 chr1 156565049 . A AAC 340.8 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172745;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=2;MLLD=285.976;QD=54.5275;RBI=0.0210642;REFB=0;REVB=0.0120538;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000122611;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:27:25:25:0:14:11:0:0:4:3:10:10:2:1 chr1 156595447 . G A 985.54 PASS AF=0.898734;AO=71;DP=79;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00518658;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.243;QD=49.9009;RBI=0.0150968;REFB=0.00679602;REVB=0.0141779;RO=8;SAF=63;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619618;STB=0.532985;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-4.35033e-05;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:79:8:8:71:71:0.898734:8:63:6:2:8:63:6:2 chr1 156622252 . G A 103.46 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0424094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5029;QD=9.85347;RBI=0.0589386;REFB=0.0279925;REVB=0.0409292;RO=28;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113097;STB=0.521707;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0593868;OID=.;OPOS=156622252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:11:2:3:25:11:2:4:25 chr1 156627996 . T C 187.25 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00631592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.281;QD=8.8117;RBI=0.0128924;REFB=-0.0112276;REVB=-0.0112393;RO=60;SAF=16;SAR=9;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914829;STB=0.554411;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0282124;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:60:25:25:0.294118:9:16:34:26:9:16:34:26 chr1 156639636 . G A 190.62 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00421551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.629;QD=21.785;RBI=0.00462718;REFB=-0.0214847;REVB=-0.00190795;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115188;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0169742;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:18:19:0.542857:13:5:6:9:13:6:7:9 chr1 156639753 . G A 114.15 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0172258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.696;QD=18.2645;RBI=0.0204875;REFB=-0.0226393;REVB=0.0110909;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.689341;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.020135;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:13:13:0.52:10:3:6:5:10:3:7:5 chr1 156640156 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0249049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.852;QD=17.6438;RBI=0.0309236;REFB=-0.0257918;REVB=-0.0183306;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0166253;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr1 156640308 . C T 111.49 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0148982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.543;QD=12.3875;RBI=0.0168608;REFB=-0.0118129;REVB=-0.00789495;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0198002;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:13:14:0.388889:6:7:11:9:7:7:12:10 chr1 156640503 . C T 666.11 PASS AF=0.515625;AO=62;DP=123;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.107078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4816;QD=20.8158;RBI=0.110159;REFB=-0.00699221;REVB=0.0258683;RO=61;SAF=31;SAR=31;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125494;STB=0.576719;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00772094;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:61:62:62:66:0.515625:31:31:22:39:31:35:23:39 chr1 156640678 . G A 217.59 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.00419877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9564;QD=16.7376;RBI=0.0055937;REFB=-0.0112829;REVB=0.00369592;RO=28;SAF=2;SAR=22;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155298;STB=0.589201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0156421;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:22:2:4:24:22:2:4:24 chr1 156705593 . G C 1175.39 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052659;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.045;QD=61.0592;RBI=0.0573042;REFB=0;REVB=0.0226009;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5017e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:37:40:0:0 chr1 156712605 . C A 154.53 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0418127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.382;QD=14.717;RBI=0.0424059;REFB=-0.0136287;REVB=-0.0070684;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222905;STB=0.619913;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0471164;OID=.;OPOS=156712605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:5:12:12:12:5:12:13:12 chr1 156713512 . C T 477.84 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0742972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1638;QD=53.0937;RBI=0.0878317;REFB=-0.102184;REVB=0.0468438;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0141681;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:33:35:0.972222:12:21:1:0:13:22:0:1 chr1 156752048 . C G 382.49 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5767;QD=52.7567;RBI=0.0139021;REFB=0.00198043;REVB=-0.0078934;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000440252;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr1 156760887 . C A 859.75 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0151948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.071;QD=54.587;RBI=0.0291671;REFB=-0.164645;REVB=0.0248965;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.517236;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00130189;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:28:33:0:1:28:33:0:2 chr1 156784982 . T C 625.86 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665838;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.214;QD=61.0591;RBI=0.0680913;REFB=-0.0371761;REVB=0.0142484;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543043;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 156785617 . G A 696.69 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0533036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.511;QD=52.5804;RBI=0.0540022;REFB=-0.0299145;REVB=0.00865799;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294058;STB=0.515146;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000620052;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:19:31:2:0:19:32:2:0 chr1 156877457 . T C 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1358;QD=54.7442;RBI=0.0643829;REFB=0.0208995;REVB=0.054797;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000220495;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:0:1:21:32:0:1 chr1 156883546 . A G 249.78 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0198755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.72;QD=16.6519;RBI=0.0235008;REFB=-0.017563;REVB=0.0125399;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178411;STB=0.599931;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0106223;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:22:10:14:14:22:10 chr1 156902259 . G A 309.84 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0207232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.597;QD=18.778;RBI=0.0207858;REFB=-0.0296304;REVB=-0.00161157;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166877;STB=0.593163;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0184022;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:21:12:18:15:21:12:18:15 chr1 156907081 . T C 195.17 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00186223;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.044;QD=17.3483;RBI=0.00844137;REFB=-0.0123529;REVB=0.0082334;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040977;STB=0.523341;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.020012;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:9:16:12:8:9:16 chr1 156907115 . T C 190.25 PASS AF=0.433962;AO=20;DP=50;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0224191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7796;QD=14.3582;RBI=0.05613;REFB=-0.0263587;REVB=0.0514583;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741956;STB=0.514719;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0332043;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:29:30:20:23:0.433962:11:9:11:18:14:9:11:19 chr1 157062696 . G T 221.02 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0702196;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0948;QD=17.3352;RBI=0.0704931;REFB=0.00168519;REVB=-0.00620361;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181278;STB=0.602652;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.000277836;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:13:14:8:16:13:14 chr1 157069154 . A G 415.07 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0497267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2526;QD=24.7803;RBI=0.0578828;REFB=0.0037888;REVB=-0.0296256;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620506;STB=0.527722;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00670296;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:17:22:13:14:18:22:13:14 chr1 157490886 . C T 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00119951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.774;QD=19.9056;RBI=0.0141702;REFB=-0.0254995;REVB=-0.0141193;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441809;STB=0.524574;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0270266;OID=.;OPOS=157490886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:14:13:16:14:14:13 chr1 157508882 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.38;QD=58.1401;RBI=0.0690174;REFB=0;REVB=0.0612358;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918541;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 157509025 . C T 1138.57 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.074;QD=59.1466;RBI=0.0265238;REFB=-0.129935;REVB=-0.0262926;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000169891;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:0:1:35:41:0:1 chr1 157514097 . A G 1100.86 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249489;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.558;QD=60.3213;RBI=0.0293026;REFB=0;REVB=0.0153686;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18796e-05;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr1 157557701 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.767;QD=52.613;RBI=0.0170831;REFB=0;REVB=0.0115265;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36627e-06;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 157567751 . A G 341.89 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.406;QD=54.7021;RBI=0.0692691;REFB=0;REVB=0.0686582;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494426;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:13:9:0:0:16:9:0:0 chr1 157768000 . G C 346.38 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00378657;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.915;QD=16.6928;RBI=0.00611596;REFB=-0.0185199;REVB=-0.0048028;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901633;STB=0.550535;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0237607;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:17:20:29:17:17:20:29:17 chr1 157771880 . C T 369.18 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0353212;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.675;QD=21.7164;RBI=0.0386771;REFB=-0.0216577;REVB=0.0157586;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204286;STB=0.638276;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0327689;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:31:36:37:0.544118:16:20:10:22:16:21:8:23 chr1 157802979 . C T 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0263748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.752;QD=23.675;RBI=0.0405649;REFB=-0.00397386;REVB=-0.0308201;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177992;STB=0.598869;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00183624;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:4:12:11:10:4:12 chr1 157805650 . A T 164.45 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00260159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.296;QD=11.1494;RBI=0.00277317;REFB=-0.0121417;REVB=-0.000960327;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177666;STB=0.587196;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0245787;OID=.;OPOS=157805650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:38:20:21:0.355932:10:10:25:13:10:11:25:13 chr1 158066834 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5054;QD=62.0193;RBI=0.0290283;REFB=0;REVB=0.0152295;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045895;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr1 158436299 . T C 290.85 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00579165;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.952;QD=14.017;RBI=0.0725755;REFB=-0.00954649;REVB=0.072344;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160349;STB=0.509125;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0128232;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:50:33:33:0.39759:17:16:25:25:17:16:25:25 chr1 158450314 . A G 117.16 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0199681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8096;QD=12.0163;RBI=0.0363928;REFB=0.045781;REVB=-0.0304254;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108647;STB=0.564012;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0763697;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:15:10:7:7:15:10 chr1 158450382 . C T 236.81 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0138243;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.093;QD=15.5286;RBI=0.014036;REFB=-0.0340198;REVB=-0.00242887;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102211;STB=0.547583;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0469531;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:35:34:27:27:0.442623:9:18:20:15:9:18:20:14 chr1 158517142 . C T 220.61 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00893961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.027;QD=14.2331;RBI=0.0304433;REFB=-0.0209118;REVB=-0.0291011;RO=34;SAF=20;SAR=6;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839802;STB=0.57686;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0233795;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:36:26:26:0.419355:6:20:24:10:6:20:24:12 chr1 158517353 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00589756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.545;QD=8.3076;RBI=0.0181636;REFB=-0.0219817;REVB=-0.0171795;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351281;STB=0.719432;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0361889;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:10:8:6:2:10:8 chr1 158533140 . A G 199.51 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0189406;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6531;QD=19.0011;RBI=0.0293898;REFB=0.0119582;REVB=-0.0224725;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135421;STB=0.576846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0166846;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:10:12:8:12:10:12 chr1 158533224 . A G 125.7 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0135986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7647;QD=10.9305;RBI=0.0693058;REFB=0.0266842;REVB=0.0679586;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246153;STB=0.64686;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0276254;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:14:17:5:10:14:17 chr1 158549264 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0110258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.758;QD=20.8719;RBI=0.0154341;REFB=-0.0149524;REVB=-0.0108001;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703917;STB=0.539531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0149653;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:7:13:12:9:7:13 chr1 158549420 . C T 178.33 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00891303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.079;QD=12.5147;RBI=0.0378654;REFB=-0.0140634;REVB=-0.0368015;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140211;STB=0.571364;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0418121;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:14:20:10:12:15:20 chr1 158549492 . C T 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00286446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.64;QD=14.1875;RBI=0.00287011;REFB=-0.00652435;REVB=-0.000180024;RO=45;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196303;STB=0.612687;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0112318;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:24:7:17:28:24:7:17:28 chr1 158549511 . A G 218.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00157919;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.53;QD=13.6757;RBI=0.00513306;REFB=-0.00704841;REVB=-0.0048841;RO=38;SAF=6;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177522;STB=0.584546;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00818304;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:20:6:14:24:20:6:13:25 chr1 158577109 . A C 270.24 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0131448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.835;QD=16.8902;RBI=0.0133322;REFB=-0.0212932;REVB=-0.00222744;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683792;STB=0.538436;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0250083;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:18:16:12:18:18:16 chr1 158582646 . T C 1396.9 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.498;QD=62.7822;RBI=0.0399731;REFB=0;REVB=0.0138615;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59959e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr1 158584091 . A G 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.287;QD=62.001;RBI=0.00420559;REFB=0;REVB=-0.00123101;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77488e-06;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 158587390 . C A,T 801.5 PASS AF=0.474576,0.525424;AO=25,31;DP=58;FAO=28,31;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14,19;FSAR=14,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273297,0.0143489;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.9653,135.883;QD=54.3389;RBI=0.00629484,0.0325769;REFB=0,0;REVB=-0.00567062,-0.0292466;RO=2;SAF=12,19;SAR=13,12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0712357,-0.0466135;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00953202,0.0139838;OID=.,.;OPOS=158587390,158587390;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:59:2:0:25,31:28,31:0.474576,0.525424:13,12:12,19:2:0:14,12:14,19:0:0 chr1 158587858 . G A 423.79 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0201974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1255;QD=21.1894;RBI=0.0753298;REFB=-0.00872144;REVB=-0.0725717;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149991;STB=0.58299;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00719546;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:26:16:21:17:26:16:21:17 chr1 158592935 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0180502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.418;QD=6.26174;RBI=0.0192929;REFB=-0.00348097;REVB=-0.00681232;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242602;STB=0.651796;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0070992;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:5:16:4:3:5:16 chr1 158597507 . G C 566.61 PASS AF=0.5625;AO=49;DP=91;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0221479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=23.6089;RBI=0.0225648;REFB=-0.0210965;REVB=0.0043178;RO=42;SAF=17;SAR=32;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305229;STB=0.632171;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00802161;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:42:42:49:54:0.5625:32:17:30:12:32:22:30:12 chr1 158606449 . G T 285.05 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.00856273;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.857;QD=10.9634;RBI=0.0216833;REFB=-0.00817029;REVB=-0.019921;RO=68;SAF=19;SAR=17;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154665;STB=0.588697;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0149123;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:68:68:36:36:0.346154:17:19:45:23:17:19:45:23 chr1 158607935 . T G 221.79 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0740019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9515;QD=10.1975;RBI=0.0758345;REFB=0.00230662;REVB=-0.0165705;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462653;STB=0.527008;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00476127;OID=.;OPOS=158607935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:16:12:23:36:16:12:23:36 chr1 158612236 . A G 4451.2 PASS AF=1;AO=282;DP=283;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247797;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.897;QD=63.1376;RBI=0.0471064;REFB=-0.0388733;REVB=0.0400623;RO=0;SAF=145;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89142e-05;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:283:282:0:0:282:282:1:137:145:0:0:137:145:0:0 chr1 158619728 . A C 2081.19 PASS AF=0.992424;AO=86;DP=135;FAO=131;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197713;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.485;QD=63.0663;RBI=0.0403209;REFB=0;REVB=0.0351408;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802122;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:132:0:0:86:131:0.992424:40:46:0:0:83:48:0:0 chr1 158626378 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00822494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.857;QD=18.9137;RBI=0.0258345;REFB=0.000104223;REVB=-0.0244902;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478301;STB=0.526681;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000341151;OID=.;OPOS=158626378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:16:12:14:15:16:12 chr1 158631171 . A C 367.86 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0269537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.53;QD=13.8817;RBI=0.0311036;REFB=-0.0155734;REVB=-0.015522;RO=63;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948509;STB=0.553586;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0253097;OID=.;OPOS=158631171;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:20:23:28:35:20:23:28:35 chr1 158647495 . A T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00225768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.216;QD=60.8521;RBI=0.00256232;REFB=0.100729;REVB=-0.00121177;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-9.98994e-06;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:22:24:0:0:22:24:1:0 chr1 158647522 . A G 206.73 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0449479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9981;QD=15.035;RBI=0.0489498;REFB=-0.0152402;REVB=0.019385;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237445;STB=0.635654;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.023821;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:7:17:15:16:7:17:15:16 chr1 158655035 . CG C,CA 1271.33 PASS AF=0.202381,0.797619;AO=17,69;DP=86;FAO=17,67;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=16,26;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783105,0.080097;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.9651,112.34;QD=60.5397;RBI=0.0819925,0.0826214;REFB=0,0;REVB=-0.0242945,-0.0202676;RO=0;SAF=16,26;SAR=1,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0139828,0.00491968;OID=.,.;OPOS=158655036,158655036;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.202381,0.797619:17,69:86:17,67:84:0:16,26:1,41:0:0:81:0:16,26:1,43:0:0 chr1 158656281 . T C 1779.05 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0150169;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.772;QD=59.3016;RBI=0.0216965;REFB=-0.162707;REVB=0.0156598;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00029517;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:120:0:2:117:118:0.983333:50:67:0:0:50:68:0:2 chr1 158687163 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.159;QD=57.3857;RBI=0.0314015;REFB=0;REVB=0.0312878;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31521e-05;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 158687224 . G A 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6764;QD=52.7728;RBI=0.030929;REFB=-0.127187;REVB=0.000456081;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00455817;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr1 158735595 . C T 1529.9 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.178;QD=63.7459;RBI=0.0646909;REFB=0;REVB=0.0207889;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174925;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr1 158735691 . T C 1536.75 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0362586;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3867;QD=62.7246;RBI=0.0395507;REFB=-0.0863812;REVB=0.0157978;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939059;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000498942;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:96:97:0.989796:46:50:1:0:47:50:1:0 chr1 158735740 . A G 1341.98 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8771;QD=60.9991;RBI=0.0701693;REFB=0.0866931;REVB=-0.0676534;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957246;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00609875;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:38:49:1:0:38:49:1:0 chr1 158735892 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1481;QD=58.1409;RBI=0.0891567;REFB=0;REVB=-0.00558344;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597583;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 158736215 . G A 704.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7414;QD=62.6216;RBI=0.0548488;REFB=0;REVB=-0.019256;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319002;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr1 158736445 . C T 409.69 PASS AF=0.619048;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000833601;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.353;QD=26.0122;RBI=0.025925;REFB=-0.00870755;REVB=0.0259116;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504883;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00501154;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:38:39:0.619048:19:19:12:12:20:19:12:12 chr1 158813819 . A G 1116.91 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.433;QD=60.3736;RBI=0.0233848;REFB=0;REVB=-0.00784484;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96321e-06;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:35:39:0:0 chr1 158990247 . A G 725.53 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00349045;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.002;QD=54.7569;RBI=0.0224467;REFB=-0.0637211;REVB=0.0221737;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000209744;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr1 159024668 . A T 171.33 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447202;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.302;QD=42.8329;RBI=0.0456334;REFB=0.0167503;REVB=0.00908335;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00127368;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr1 159169641 . T C 610.12 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00828271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.383;QD=56.7549;RBI=0.00828965;REFB=-0.0687181;REVB=0.00033897;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539219;STB=0.502875;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00604064;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:18:23:1:1:18:23:1:1 chr1 159273892 . A G 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00891994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.67;QD=16.7137;RBI=0.010369;REFB=-0.0146498;REVB=0.00528686;RO=44;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082563;STB=0.546388;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0199144;OID=.;OPOS=159273892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:21:15:22:22:21:15:22:22 chr1 159283494 . T C 292.14 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0369345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6731;QD=17.1844;RBI=0.114755;REFB=-0.00894213;REVB=-0.108648;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322984;STB=0.523795;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00718694;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:12:20:23:12:12:20:24:12 chr1 159283746 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0490355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.716;QD=17.5599;RBI=0.0513106;REFB=-0.0141931;REVB=0.0151096;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299893;STB=0.670179;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0179419;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:6:15:7:11:6:15 chr1 159409734 . G T 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9007;QD=57.3798;RBI=0.0670327;REFB=0;REVB=-0.0289502;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108629;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr1 159409857 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.014089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5139;QD=17.6171;RBI=0.0436582;REFB=-0.000284098;REVB=-0.0413224;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156751;STB=0.588164;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000727959;OID=.;OPOS=159409857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:18:9:12:12:18:9 chr1 159505297 . C T 202.45 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0151219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.258;QD=12.2698;RBI=0.0261186;REFB=-0.0119372;REVB=-0.0212957;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173585;STB=0.59992;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0216965;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:15:10:23:18:15:10:23:18 chr1 159558258 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.369;QD=58.0597;RBI=0.00594257;REFB=0;REVB=0.00571781;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78139e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr1 159683438 . C G 1126.25 PASS AF=0.468254;AO=118;DP=252;FAO=118;FDP=252;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.00537797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.273;QD=17.8769;RBI=0.00764248;REFB=-0.0134649;REVB=0.00543001;RO=133;SAF=48;SAR=70;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165434;STB=0.589369;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0152789;OID=.;OPOS=159683438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:133:134:118:118:0.468254:70:48:77:56:70:48:77:57 chr1 159824967 . G C 1624.18 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.181;QD=60.1548;RBI=0.056124;REFB=0;REVB=0.0409738;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150324;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr1 159898100 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.688;QD=58.1379;RBI=0.0359901;REFB=0;REVB=-0.0229975;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54089e-05;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 159923111 . T G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.886;QD=57.1058;RBI=0.0325708;REFB=0;REVB=0.0265384;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97214e-05;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 160062472 . C T 269.3 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.11064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.345;QD=18.8981;RBI=0.148575;REFB=-0.0062318;REVB=0.0991628;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15377;STB=0.58531;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0100885;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:7:21:17:12:7:21 chr1 160062727 . A G 413.66 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0112144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.385;QD=15.0421;RBI=0.0299604;REFB=-0.00626962;REVB=-0.0277824;RO=61;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175452;STB=0.520243;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00672503;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:63:47:47:0.427273:20:27:34:27:20:27:34:29 chr1 160134205 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.105;QD=58.4166;RBI=0.0472143;REFB=0;REVB=-0.0469922;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165774;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr1 160136350 . G A 444.49 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0242984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8043;QD=17.9593;RBI=0.0326012;REFB=-0.0132462;REVB=0.0217353;RO=51;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059791;STB=0.538341;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0147567;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:54:45:45:0.454545:24:21:27:24:24:21:29:25 chr1 160141196 . C T 1411.65 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7638;QD=61.3761;RBI=0.0543531;REFB=0;REVB=0.0304158;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877147;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:87:92:1:48:39:0:0:50:42:0:0 chr1 160303416 . G A 326.82 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00313003;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.007;QD=29.051;RBI=0.0214286;REFB=-0.0218956;REVB=0.0211988;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806132;STB=0.538434;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0121249;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:17:27:28:0.622222:15:12:10:8:16:12:9:8 chr1 160341142 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0104176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.89;QD=11.0197;RBI=0.0104827;REFB=-0.00184294;REVB=-0.0011662;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00536528;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:2:4:2:5:2:4:3:5 chr1 160341245 . TCA T,TCT 256.18 PASS AF=0.387097,0.0967742;AO=20,7;DP=63;FAO=24,6;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14,1;FSAR=10,5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0447107,-0.0789244;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.638,81.9697;QD=16.5276;RBI=0.0545655,0.0826452;REFB=-0.0268289,-9.19065e-05;REVB=-0.0312786,-0.024519;RO=31;SAF=12,1;SAR=8,6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253884,-0.330185;STB=0.634394,0.696921;STBP=0.096,0.351;TYPE=del,snp;VARB=0.0586356,0.0352849;OID=.,.;OPOS=160341246,160341247;OREF=CA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0.0967742:20,7:63:24,6:62:32:14,1:10,5:11:21:99:31:12,1:8,6:11:20 chr1 160342015 . T G 291.5 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00544938;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.266;QD=16.6571;RBI=0.0131644;REFB=-0.0259877;REVB=0.0119836;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228818;STB=0.634364;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0195233;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:19:13:24:13:19:13:25:13 chr1 160398425 . ATTTTTTT AATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTT 288.33 PASS AF=0,0.0379747,0.78481;AO=3,3,35;DP=75;FAO=0,3,62;FDP=79;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,43;FSAR=0,3,19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.176626,-0.0350776,0.177669;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=14.2003,224.452,7.1881;QD=14.599;RBI=0.186983,0.0403268,0.193007;REFB=-0.0461307,0.00453445,-0.0746132;REVB=0.0613668,-0.019895,-0.0754023;RO=32;SAF=0,0,24;SAR=3,3,11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.667577,-0.667577,-0.066127;STB=0.5,0.996095,0.540605;STBP=1,0.071,0.149;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,-0.0142565,0.122752;OID=.,.,.;OPOS=160398426,160398432,160398426;OREF=T,T,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=AATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0379747,0.78481:3,3,35:75:0,3,62:79:14:0,0,43:0,3,19:7:7:20:32:0,0,24:3,3,11:24:8 chr1 160516542 . A T 201.33 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0460127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.321;QD=16.7775;RBI=0.0480362;REFB=-0.00502509;REVB=-0.0137953;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269621;STB=0.517911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00767506;OID=.;OPOS=160516542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:27:20:21:0.4375:11:9:11:15:11:10:12:15 chr1 160585554 . C G 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=62.0167;RBI=0.0387981;REFB=0;REVB=0.0344525;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2916e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 160650913 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6868;QD=57.6785;RBI=0.0657391;REFB=0;REVB=0.0652495;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102642;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr1 160650916 . GGAC GC,GGA 40.66 PASS AF=0,0.384615;AO=3,4;DP=24;FAO=0,10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,6;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.029822,-0.0176286;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=91.0674,16.4077;QD=6.25584;RBI=0.385756,0.155576;REFB=-0.0146375,0.0226024;REVB=-0.384602,0.154574;RO=8;SAF=0,4;SAR=3,0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.313333,0.416667;SSSB=-0.819744,0;STB=0.5,0.557266;STBP=1,0.676;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000770439;OID=.,.;OPOS=160650917,160650919;OREF=GA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.384615:3,4:24:0,10:26:16:0,6:0,4:11:5:41:8:0,4:3,0:8:0 chr1 160654786 . G A 455.13 PASS AF=0.48;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00303861;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.77;QD=18.205;RBI=0.00371903;REFB=-0.0063619;REVB=-0.00214431;RO=52;SAF=23;SAR=25;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144992;STB=0.580398;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00840137;OID=.;OPOS=160654786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:52:48:48:0.48:25:23:33:19:25:23:33:19 chr1 160793442 . A G 846.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139179;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9011;QD=56.4285;RBI=0.0239864;REFB=0;REVB=-0.0195355;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00627579;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:36:21:0:0:36:24:0:0 chr1 160793560 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.838;QD=57.5439;RBI=0.0197062;REFB=0;REVB=0.00739494;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45494e-05;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 160793962 . G C 1208.81 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000569149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.485;QD=61.2057;RBI=0.0500882;REFB=0;REVB=0.0500849;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71897e-05;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr1 160971146 . A G 247.12 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0751892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4341;QD=28.242;RBI=0.0856491;REFB=-0.0165128;REVB=-0.0410165;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256563;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:35:12:12:21:21:0.6:14:7:4:8:14:7:4:8 chr1 160990875 . TC CA 276.88 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0379744;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.127;QD=26.3698;RBI=0.0492343;REFB=-0.0473061;REVB=0.0313364;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.57137;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.0338892;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:15:9:9:8:16:9:9:8 chr1 160990878 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0119784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.878;QD=26.3714;RBI=0.0336416;REFB=-0.0185408;REVB=0.0314369;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935671;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0166454;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:8:8:15:9:8:8 chr1 161068836 . A C 492.69 PASS AF=0.463158;AO=32;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0164182;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8766;QD=20.745;RBI=0.0193428;REFB=-0.00841096;REVB=0.0102268;RO=46;SAF=19;SAR=13;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137784;STB=0.599956;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0454791;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:46:46:32:44:0.463158:13:19:33:13:22:22:32:14 chr1 161141432 . C G 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0390444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0349;QD=24.9283;RBI=0.0427146;REFB=0.0294132;REVB=0.0173226;RO=18;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371937;STB=0.528762;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0214981;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:17:8:5:13:17:8:5:14 chr1 161163037 . T C 275.44 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=68;FAO=30;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0137482;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.347;QD=16.9502;RBI=0.0221159;REFB=-0.0236068;REVB=0.0173234;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675485;STB=0.57138;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0266145;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:34:35:23:30:0.461538:10:13:19:15:10:20:19:16 chr1 161166596 . C T 429.23 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0159582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.174;QD=19.7347;RBI=0.0159756;REFB=-0.00715141;REVB=0.000744832;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18709;STB=0.600604;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00929759;OID=.;OPOS=161166596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:44:42:43:0.494253:27:15:24:19:27:16:25:19 chr1 161183516 . C T 326.06 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0105935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.222;QD=17.3896;RBI=0.0111019;REFB=-0.014497;REVB=-0.00332116;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132678;STB=0.574493;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0189768;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:12:23:21:19:12:23:21:19 chr1 161202605 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00285388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.363;QD=18.2489;RBI=0.013868;REFB=-0.0114676;REVB=0.0135711;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23066;STB=0.634379;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0126429;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:8:4:2:11:8:4 chr1 161254280 . G C 478.04 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0348277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1606;QD=19.7129;RBI=0.0504832;REFB=0.0222274;REVB=-0.0365456;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441921;STB=0.524521;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0257467;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:21:26:30:20:21:26:30:20 chr1 161275943 . C T 82.71 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00125547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.362;QD=9.19035;RBI=0.0965449;REFB=-0.00383832;REVB=0.0965367;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439633;STB=0.526832;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0130674;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:10:15:7:4:10:15 chr1 161284224 . A AGT 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00182109;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.582;QD=15.6193;RBI=0.0617166;REFB=-0.00390156;REVB=-0.0616898;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115251;STB=0.56659;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.00465534;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:18:43:18:43:25:12:6:14:11:99:25:12:6:14:11 chr1 161332608 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0200011;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.555;QD=33.8157;RBI=0.0200011;REFB=-0.012023;REVB=0;RO=3;SAF=14;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025964;OID=.;OPOS=161332608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:0:14:3:0:0:14:3:0 chr1 161333191 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0274655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.959;QD=7.76205;RBI=0.0328331;REFB=-0.00243892;REVB=-0.0179904;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602659;STB=0.871919;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00558918;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:3:10:1:5:3:10 chr1 161337604 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00737046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.749;QD=26.3409;RBI=0.00738189;REFB=-0.00793884;REVB=-0.000410674;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212716;STB=0.623482;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0083679;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:6:12:4:7:6:13:4:7 chr1 161369479 . G A 187.11 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0191644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.082;QD=14.6751;RBI=0.0210432;REFB=0.00287821;REVB=-0.00869136;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305611;STB=0.675159;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00812031;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:11:19:7:14:11:19 chr1 161390656 . G A 1499.21 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219695;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9509;QD=62.467;RBI=0.0579438;REFB=-0.0853272;REVB=0.0536174;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000753062;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:50:45:1:0:50:45:1:0 chr1 161410044 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.564;QD=49.5992;RBI=0.0299252;REFB=0;REVB=-0.0125151;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88965e-05;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 161479745 . A G 580.31 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0126057;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.044;QD=18.5698;RBI=0.0147985;REFB=-0.019675;REVB=0.00775182;RO=59;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113306;STB=0.562713;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0149126;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:65:60:60:0.48:26:34:26:33:26:34:29:36 chr1 161487863 . C T 661.14 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0193174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.385;QD=56.2675;RBI=0.0193933;REFB=-0.115787;REVB=-0.00171423;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143703;STB=0.500538;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00109908;OID=.;OPOS=161487863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:47:47:2:3:44:44:0.93617:29:15:1:1:29:15:1:2 chr1 161488017 . T C 550.3 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0181882;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.702;QD=53.6877;RBI=0.0181904;REFB=0.00246535;REVB=-0.000279831;RO=3;SAF=20;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652474;STB=0.534865;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000126218;OID=.;OPOS=161488017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:42:41:3:3:38:38:0.926829:18:20:3:0:18:20:3:0 chr1 161495040 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.589;QD=59.0177;RBI=0.0349894;REFB=0;REVB=0.0282813;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02832e-05;OID=.;OPOS=161495040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr1 161495477 . A T 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6622;QD=59.8342;RBI=0.0753714;REFB=0;REVB=0.070699;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122322;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 161495885 . T C 364.58 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00691241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.3323;QD=52.0825;RBI=0.0075513;REFB=-0.0538245;REVB=0.00303987;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00172497;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr1 161496134 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.574;QD=35.5759;RBI=0.0426434;REFB=0;REVB=-0.00447736;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538804;OID=.;OPOS=161496134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 161496178 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.443;QD=33.4253;RBI=0.0224613;REFB=0;REVB=-0.0162319;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583825;OID=.;OPOS=161496178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 161500130 . A G 399.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000829655;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.57;QD=57.0036;RBI=0.0183517;REFB=0;REVB=0.0183329;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759702;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 161500975 . A G 744.33 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.353;QD=63.3476;RBI=0.0614946;REFB=0;REVB=-0.0577401;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111589;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:20:27:0:0 chr1 161514542 . A C 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00221906;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=312.222;QD=61.7121;RBI=0.0245524;REFB=-0.0318917;REVB=-0.0244519;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.13203e-05;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:42:49:0:0:42:49:1:0 chr1 161518214 . T C 66.92 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.038174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.046;QD=3.07663;RBI=0.0644605;REFB=-0.00274358;REVB=0.0519413;RO=74;SAF=3;SAR=10;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212535;STB=0.648288;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0381841;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:74:74:13:13:0.149425:10:3:28:46:10:3:28:46 chr1 161518336 . C T 262.74 PASS AF=0.181159;AO=49;DP=275;FAO=50;FDP=276;FR=.;FRO=226;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=106;FSRR=120;FWDB=0.000220981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.627;QD=3.80787;RBI=0.0183573;REFB=-0.00272951;REVB=-0.018356;RO=226;SAF=20;SAR=29;SRF=106;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797366;STB=0.557499;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0199067;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:226:226:49:50:0.181159:29:20:106:120:30:20:106:120 chr1 161565604 . G A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0475782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.182;QD=15.5688;RBI=0.0476583;REFB=-0.0199839;REVB=0.00276349;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209846;STB=0.609788;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0192495;OID=.;OPOS=161565604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:16:12:22:12:16:12:22:13 chr1 161565761 . AT A 170.25 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.174323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.9612;QD=45.3991;RBI=0.185974;REFB=0;REVB=-0.0647898;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.347639;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0189961;OID=.;OPOS=161565762;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:6:7:0:0 chr1 161574654 . G A 1318.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229052;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.66;QD=62.0665;RBI=0.0229292;REFB=0;REVB=0.00105053;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4747e-05;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr1 161591542 . G A 479.21 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.922;QD=58.0858;RBI=0.109299;REFB=0;REVB=0.04151;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313582;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:15:12:0:0:18:15:0:0 chr1 161591548 . C T 465.15 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.943;QD=58.1435;RBI=0.0545923;REFB=0;REVB=0.0502913;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824352;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:27:32:1:15:12:0:0:17:15:0:0 chr1 161600995 . C T 1029.15 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.9;QD=58.8083;RBI=0.0967968;REFB=0;REVB=0.00948726;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274637;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:1:0:66:70:1:44:22:1:0:44:26:0:0 chr1 161641291 . C T 555.1 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0279252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.401;QD=22.4282;RBI=0.0341573;REFB=-0.0195306;REVB=0.0196699;RO=47;SAF=22;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130608;STB=0.571957;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0142058;OID=.;OPOS=161641291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:30:22:27:20:30:22:27:20 chr1 161643269 . C T 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00870682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.54;QD=8.99442;RBI=0.0380262;REFB=0.00161388;REVB=-0.037016;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181326;STB=0.609582;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00455667;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:10:19:6:6:10:19 chr1 161680258 . G A 587.79 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0175729;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1839;QD=19.7575;RBI=0.0180198;REFB=-0.00718466;REVB=-0.00398795;RO=59;SAF=41;SAR=19;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120861;STB=0.506664;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00793545;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:59:59:60:60:0.504202:19:41:41:18:19:41:41:18 chr1 161681780 . A G 211.38 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0225145;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7943;QD=18.7894;RBI=0.0357985;REFB=-0.0060114;REVB=-0.0278322;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432487;STB=0.524566;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0153555;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:9:15:14:7:9:15 chr1 161683136 . G A 298.77 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0690398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.789;QD=18.6733;RBI=0.0711417;REFB=-0.0138527;REVB=0.0171652;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280532;STB=0.515646;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0136433;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:15:17:16:16:15:17:16:16 chr1 161695639 . G T 327.31 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058986;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.226;QD=54.5523;RBI=0.0698453;REFB=0;REVB=0.0374035;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998193;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 161696782 . G C 187.39 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0383053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8742;QD=20.258;RBI=0.0531063;REFB=-0.00051453;REVB=-0.0367829;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744928;STB=0.542207;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00186869;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:6:12:14:5:6:12 chr1 161697072 . G C 509.01 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0229479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5094;QD=19.391;RBI=0.0328811;REFB=-0.013964;REVB=-0.0235491;RO=51;SAF=30;SAR=23;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129223;STB=0.564709;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0175289;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:52:53:53:0.504762:23:30:36:15:23:30:36:16 chr1 161697149 . G T 523.53 PASS AF=0.470588;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0253634;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.522;QD=17.5976;RBI=0.0346228;REFB=-0.0107752;REVB=0.0235677;RO=63;SAF=27;SAR=27;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161715;STB=0.588205;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0105454;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:63:63:54:56:0.470588:27:27:42:21:28:28:42:21 chr1 161705871 . C G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0114024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6345;QD=19.6459;RBI=0.102768;REFB=-0.0299199;REVB=-0.102133;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188135;STB=0.608486;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0152188;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:4:4:8:3:4:4 chr1 161722204 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0130833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.548;QD=16.8739;RBI=0.0356632;REFB=-0.020954;REVB=-0.0331767;RO=26;SAF=18;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625584;STB=0.863227;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157784;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:2:18:9:17:2:18:9:17 chr1 161748056 . C T 123.93 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0426467;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5211;QD=15.9913;RBI=0.0760089;REFB=-0.0449732;REVB=-0.0629174;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0237494;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:17:14:14:0.451613:8:6:7:11:8:6:6:11 chr1 161753802 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0222142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.135;QD=20.9185;RBI=0.0255774;REFB=-0.0245587;REVB=-0.0126782;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353721;STB=0.519618;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.018507;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:13:18:14:12:13:18:14:12 chr1 161753841 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00272603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.334;QD=23.1236;RBI=0.0215827;REFB=-0.038296;REVB=0.0214098;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932699;STB=0.505151;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0249197;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:12:10:14:16:12:10 chr1 161761276 . G C 111.99 PASS AF=0.28;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.023685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.693;QD=8.95945;RBI=0.0280697;REFB=-0.004742;REVB=0.0150642;RO=34;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29881;STB=0.66079;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0123455;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:36:14:14:0.28:5:9:13:21:5:9:15:21 chr1 161761312 . C T 103.31 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0360821;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9482;QD=9.18294;RBI=0.0409067;REFB=-0.00694212;REVB=-0.0192728;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780667;STB=0.580408;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0262332;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:10:21:8:5:9:23 chr1 161928327 . A G 471.11 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00965514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.966;QD=16.6763;RBI=0.00988259;REFB=-0.00416572;REVB=-0.00210807;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144462;STB=0.513269;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00528255;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:61:61:51:52:0.460177:25:26:32:29:26:26:32:29 chr1 161953402 . G A 288.73 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00701041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.422;QD=20.9985;RBI=0.055867;REFB=-0.0494068;REVB=-0.0554254;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714693;STB=0.539656;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0366273;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:12:13:13:17:12:13 chr1 161967681 . A G 466.72 PASS AF=0.567901;AO=41;DP=76;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0187385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.784;QD=23.0481;RBI=0.0205263;REFB=-0.0410687;REVB=0.00837851;RO=34;SAF=28;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220013;STB=0.535454;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0214232;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:34:35:41:46:0.567901:13:28:24:10:18:28:24:11 chr1 162344102 . C T 561.31 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00516064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.959;QD=19.3554;RBI=0.00570624;REFB=-0.0208058;REVB=-0.00243496;RO=58;SAF=31;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093433;STB=0.551584;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0156451;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:27:31:25:33:27:31:25:33 chr1 162345091 . G A 1933.16 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8168;QD=61.8611;RBI=0.0637876;REFB=0;REVB=0.0602395;RO=0;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297859;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:56:68:0:0:57:68:0:0 chr1 162346511 . C T 309.32 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00989367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.762;QD=16.0684;RBI=0.0132805;REFB=-0.0109856;REVB=0.00885935;RO=43;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694771;STB=0.539192;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0159849;OID=.;OPOS=162346511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:22:12:18:25:22:12:18:25 chr1 162467014 . C G 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0340922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.703;QD=15.8994;RBI=0.0356842;REFB=-0.00584224;REVB=0.0105398;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735496;STB=0.541379;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00637304;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:17:20:30:19:17:20:30:19 chr1 162493009 . C T 300.36 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0719718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.365;QD=24.5188;RBI=0.0725348;REFB=-0.0261621;REVB=-0.00901951;RO=21;SAF=3;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529866;STB=0.809251;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196065;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:24:3:13:8:24:3:14:8 chr1 162737116 . C G 584.78 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0096234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0297;QD=21.8609;RBI=0.0191554;REFB=-0.0148532;REVB=-0.0165626;RO=48;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171988;STB=0.505545;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0134489;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:48:58:59:0.551402:29:29:25:23:29:30:25:23 chr1 162740327 . T C 1375.14 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2585;QD=59.1456;RBI=0.0429558;REFB=-0.0711399;REVB=0.0409884;RO=2;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182246;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00158182;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:2:1:91:92:0.989247:51:40:0:2:52:40:0:1 chr1 162765475 . G C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.559;QD=43.4848;RBI=0.0170745;REFB=0;REVB=-0.009946;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85848e-05;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 162775267 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0250962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.548;QD=11.1041;RBI=0.0333915;REFB=0.019256;REVB=-0.0220267;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0246948;OID=.;OPOS=162775267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr1 163309219 . A T 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.00488881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.064;QD=10.4168;RBI=0.00789495;REFB=-0.0047273;REVB=-0.00619917;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331482;STB=0.690827;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00655164;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:33:12:13:10:33:12 chr1 163479278 . G A 527.48 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.023359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.463;QD=20.8902;RBI=0.023576;REFB=-0.0197144;REVB=-0.00319114;RO=47;SAF=34;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797927;STB=0.539881;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0231169;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:19:34:26:21:19:34:27:21 chr1 164529120 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.257;QD=50.134;RBI=0.0294129;REFB=-0.0772565;REVB=0.000356722;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00339383;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr1 164608825 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.603;QD=60.5459;RBI=0.0241801;REFB=0;REVB=0.0225034;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85477e-05;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr1 165173216 . A G 1047.72 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8399;QD=58.2069;RBI=0.0366503;REFB=0.00864588;REVB=0.0338973;RO=1;SAF=50;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936528;STB=0.504949;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0373217;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:21:50:1:0:21:50:1:0 chr1 165218792 . G A 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0248059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7685;QD=15.6443;RBI=0.0298118;REFB=0.0186172;REVB=0.0165351;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140021;STB=0.580195;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0276825;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:15:7:13:16:15:7:13:16 chr1 165377552 . G A 413.92 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00974709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8084;QD=16.557;RBI=0.0241095;REFB=0.00649076;REVB=0.0220513;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973826;STB=0.554706;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00755102;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:23:20:32:25:23:20:32:25 chr1 165533005 . C A 361.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068522;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.889;QD=55.6345;RBI=0.00696678;REFB=0;REVB=0.00125832;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26326e-05;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 165601466 . G A 993.7 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132154;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.369;QD=59.3253;RBI=0.00443868;REFB=0;REVB=-0.00423738;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32676e-05;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr1 165630698 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1587;QD=61.6761;RBI=0.0832345;REFB=0;REVB=0.00600981;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130165;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 165652273 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3841;QD=57.1767;RBI=0.0185703;REFB=0;REVB=-0.0185513;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014577;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr1 165737704 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.961;QD=58.1421;RBI=0.0182764;REFB=0;REVB=0.0139331;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18703e-06;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr1 166039898 . C G 826.75 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=5.91367e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.777;QD=17.6844;RBI=0.0118357;REFB=-0.0278851;REVB=-0.0118355;RO=100;SAF=42;SAR=44;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209923;STB=0.508953;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0253998;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:100:101:86:86:0.459893:44:42:51:49:44:42:51:50 chr1 166818566 . A G 852.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.91499e-05;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.138;QD=57.8193;RBI=0.0234409;REFB=0;REVB=0.0234407;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16843e-05;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 681.47 PASS AF=0.695122;AO=55;DP=85;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000950499;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=9;MLLD=291.86;QD=33.2425;RBI=0.00943925;REFB=-0.0338919;REVB=0.00939127;RO=25;SAF=26;SAR=29;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965034;STB=0.550559;STBP=0.172;TYPE=ins;VARB=0.0127768;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.695122:55:85:57:82:25:27:30:16:9:99:25:26:29:16:9 chr1 166927234 . G C 580.37 PASS AF=0.462121;AO=60;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00206862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8093;QD=17.587;RBI=0.0120825;REFB=-0.0040727;REVB=-0.0119041;RO=71;SAF=27;SAR=33;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283128;STB=0.519663;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00441861;OID=.;OPOS=166927234;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:60:61:0.462121:33:27:34:37:34:27:34:37 chr1 167095163 . G C 1586.25 PASS AF=0.965517;AO=107;DP=113;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0283309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5525;QD=54.6982;RBI=0.0563589;REFB=-0.148259;REVB=0.0487205;RO=6;SAF=55;SAR=52;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349358;STB=0.517854;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00358457;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:113:116:6:4:107:112:0.965517:52:55:1:5:54:58:0:4 chr1 167095691 . G A 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0183382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.31;QD=20.0724;RBI=0.0210586;REFB=-0.0378724;REVB=0.0103524;RO=31;SAF=9;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185026;STB=0.603293;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0254821;OID=.;OPOS=167095691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:25:9:14:17:25:9:14:17 chr1 167095765 . G A 1019.21 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758438;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.064;QD=58.2408;RBI=0.0145232;REFB=-0.11873;REVB=0.0123855;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947324;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:34:35:1:0:34:36:0:0 chr1 167095881 . G A 1528.8 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0781158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.39;QD=57.6905;RBI=0.0893246;REFB=-0.13469;REVB=0.0433221;RO=2;SAF=29;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097101;STB=0.508473;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00141;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:106:2:1:103:105:0.990566:74:29:1:1:76:29:1:0 chr1 167097739 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.957;QD=50.4135;RBI=0.0762757;REFB=0;REVB=0.0689036;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001003;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 167510996 . G A 677.38 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438116;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.354;QD=63.0121;RBI=0.0438295;REFB=0;REVB=0.00125317;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376768;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr1 167793719 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0225187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.75;QD=18.637;RBI=0.0255545;REFB=-0.0269122;REVB=-0.0120806;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166872;STB=0.595118;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0214768;OID=.;OPOS=167793719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:9:7:10:6:9:7 chr1 167802253 . G T 480.03 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00712133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.08;QD=18.2867;RBI=0.0158188;REFB=-0.0213796;REVB=0.0141252;RO=54;SAF=26;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597153;STB=0.533096;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0221825;OID=.;OPOS=167802253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:25:26:31:23:25:26:31:23 chr1 167817639 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.283;QD=62.1615;RBI=0.0166703;REFB=0;REVB=0.00727684;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7817e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr1 167906239 . A C 1470.52 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133143;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.585;QD=60.0212;RBI=0.0213161;REFB=0;REVB=0.0166464;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641641;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr1 168511284 . T C 60.29 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000374747;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.376;QD=5.48107;RBI=0.0015574;REFB=-0.0025296;REVB=0.00151164;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137913;STB=0.599782;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0175228;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:44:44:34:35:9:9:0.204545:5:4:19:15:5:4:20:15 chr1 168513129 . C T 352.43 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.000904812;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.591;QD=14.0973;RBI=0.0278454;REFB=-0.0148187;REVB=0.0278307;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567319;STB=0.536177;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0217357;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:17:23:37:22:17:23:38:22 chr1 168545949 . G A 516.91 PASS AF=0.491071;AO=53;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-3.56043e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.444;QD=18.4612;RBI=0.0143172;REFB=-0.0227189;REVB=0.0143172;RO=57;SAF=17;SAR=36;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153339;STB=0.591196;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0194009;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:57:57:53:55:0.491071:36:17:27:30:38:17:27:30 chr1 169101935 . C T 279.35 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0134045;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.899;QD=14.7025;RBI=0.016177;REFB=-0.0220208;REVB=-0.00905616;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331331;STB=0.500463;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268417;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:43:45:31:31:0.407895:20:11:14:29:20:11:16:29 chr1 169272451 . A T 1633.12 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0228517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.437;QD=57.3024;RBI=0.0228517;REFB=-0.0778723;REVB=-2.49374e-05;RO=2;SAF=50;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168095;STB=0.503114;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000469005;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:114:2:3:111:111:0.973684:61:50:1:1:61:50:1:2 chr1 169272453 . G A 1650.31 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00887747;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.401;QD=58.418;RBI=0.0169948;REFB=-0.0146498;REVB=0.0144919;RO=2;SAF=50;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168095;STB=0.500885;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-2.07414e-05;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:2:2:111:111:0.982301:61:50:1:1:61:50:1:1 chr1 169345868 . A G 414.65 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0316258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9369;QD=21.8237;RBI=0.0346121;REFB=0.00820902;REVB=-0.0140644;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783703;STB=0.549623;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00914786;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:35:41:41:0.539474:19:22:15:19:19:22:15:20 chr1 169366516 . G A 996.81 PASS AF=0.485714;AO=77;DP=216;FAO=102;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.0379354;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.388;QD=18.9868;RBI=0.0430298;REFB=-0.0125439;REVB=0.0203093;RO=110;SAF=34;SAR=43;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995505;STB=0.518306;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.014306;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:210:110:108:77:102:0.485714:43:34:59:51:48:54:61:47 chr1 169391135 . G A 631.21 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=141;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00981724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.01;QD=17.7807;RBI=0.0109236;REFB=-0.00757252;REVB=-0.00479032;RO=75;SAF=33;SAR=31;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432074;STB=0.534596;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0066515;OID=.;OPOS=169391135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:75:77:64:65:0.457746:31:33:42:33:32:33:44:33 chr1 169391154 . A G 1922.5 PASS AF=0.948529;AO=129;DP=136;FAO=129;FDP=136;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0102275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.941;QD=56.544;RBI=0.0104805;REFB=-0.0255809;REVB=0.00228898;RO=7;SAF=72;SAR=57;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131561;STB=0.500693;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=9.51515e-05;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:136:136:7:7:129:129:0.948529:57:72:4:3:57:72:4:3 chr1 169435027 . C T 617.2 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313157;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1157;QD=61.7203;RBI=0.0321018;REFB=0;REVB=-0.00706052;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.885e-05;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:37:40:1:17:20:0:0:18:22:0:0 chr1 169438025 . A G 283.71 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00938686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2837;QD=23.1599;RBI=0.0102091;REFB=-0.00476138;REVB=-0.00401399;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471213;STB=0.526295;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00247935;OID=.;OPOS=169438025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:15:11:11:12:15:11:11:12 chr1 169510139 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=0.0171502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.208;QD=21.377;RBI=0.0465992;REFB=-0.0153634;REVB=0.0433284;RO=22;SAF=20;SAR=3;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192222;STB=0.605835;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0141976;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:3:20:21:1:3:20:21:1 chr1 169510475 . G T 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00322745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.762;QD=13.4435;RBI=0.0494093;REFB=-0.0161949;REVB=-0.0493038;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20469;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.024433;OID=.;OPOS=169510475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:5:8:4:6:5:8 chr1 169519049 . T C 1171.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.935;QD=60.869;RBI=0.0176382;REFB=0;REVB=0.0119088;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62115e-05;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr1 169519112 . C T 574.44 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0111222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.322;QD=21.0804;RBI=0.0162882;REFB=0.000608827;REVB=0.0118996;RO=51;SAF=28;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103756;STB=0.505701;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000489917;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:30:28:24:27:30:28:24:27 chr1 169521849 . T C 602.01 PASS AF=0.456522;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0427374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4476;QD=17.4494;RBI=0.0511839;REFB=-0.00768083;REVB=0.0281656;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421841;STB=0.515175;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00987506;OID=.;OPOS=169521849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:74:75:62:63:0.456522:30:32:35:39:31:32:36:39 chr1 169551682 . T C 358.17 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0166715;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.156;QD=14.4714;RBI=0.0217024;REFB=-0.0128938;REVB=0.0138945;RO=60;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123981;STB=0.507039;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0213283;OID=.;OPOS=169551682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:18:21:33:27:18:21:33:27 chr1 169566313 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.533;QD=59.8331;RBI=0.0204984;REFB=0;REVB=0.0147299;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36251e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr1 169580885 . C T 166.37 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00801337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4083;QD=17.0638;RBI=0.0613124;REFB=-0.0146836;REVB=0.0607865;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328566;STB=0.636198;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0198283;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:21:17:18:0.461538:3:14:11:9:4:14:12:9 chr1 169702705 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0146155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.898;QD=20.0176;RBI=0.039308;REFB=-0.0239663;REVB=-0.0364898;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.569543;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0191385;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:7:10:8:10:7:10 chr1 169762338 . T A 56.07 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0346529;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.879;QD=8.0095;RBI=0.0435325;REFB=0.000594552;REVB=0.0263488;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35954;STB=0.6994;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00490082;OID=.;OPOS=169762338;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:26:28:17:20:8:8:0.285714:1:7:11:6:1:7:14:6 chr1 169768033 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0483;QD=60.6047;RBI=0.0792056;REFB=0;REVB=0.0791913;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915399;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr1 169768080 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.383;QD=60.9786;RBI=0.0275476;REFB=0;REVB=0.0274786;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8582e-05;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 169821135 . C T 130.15 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00554017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.509;QD=13.7005;RBI=0.00715715;REFB=0.00141569;REVB=0.00453115;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177621;STB=0.574368;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00131207;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:14:15:0.394737:9:5:12:11:9:6:12:11 chr1 169823718 . T C 957.5 PASS AF=0.92;AO=68;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0299429;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.698;QD=51.0666;RBI=0.0322536;REFB=-0.0703137;REVB=0.011988;RO=5;SAF=40;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249695;STB=0.520089;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00119925;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:75:5:6:68:69:0.92:28:40:2:3:29:40:2:4 chr1 169927228 . T TG 730.35 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105816;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7882;QD=49.5154;RBI=0.175741;REFB=0;REVB=0.140314;RO=3;SAF=47;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00705554;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:61:59:59:0:49:10:0:0:13:3:47:10:3:0 chr1 169951997 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.717;QD=58.4197;RBI=0.0261563;REFB=0;REVB=0.0141084;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36201e-05;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 170501385 . A C,G 513.96 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=32,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298538,0.0227832;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.476,97.4102;QD=58.7378;RBI=0.0506124,0.0267409;REFB=0,0;REVB=0.0408701,-0.014;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00189344,0.078897;OID=.,.;OPOS=170501385,170501385;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:35:35:0:0:32,2:33,2:0.942857,0.0571429:16,2:16,0:0:0:17,1:16,1:0:0 chr1 170521376 . G A 1084.07 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714797;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.201;QD=60.226;RBI=0.0359716;REFB=0;REVB=0.0352542;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001494;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr1 170916646 . G T 328.75 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0184418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.671;QD=15.4704;RBI=0.0256607;REFB=0.00112894;REVB=0.0178429;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716573;STB=0.529515;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0017918;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:49:36:36:0.423529:15:21:30:16:15:21:31:18 chr1 171461787 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.15;QD=54.5173;RBI=0.0412352;REFB=0;REVB=-0.0102731;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538705;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 171482616 . A C 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00697937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.803;QD=8.84587;RBI=0.0110336;REFB=0.00438737;REVB=-0.00854568;RO=38;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307846;STB=0.518495;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0101444;OID=.;OPOS=171482616;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:8:8:18:20:8:8:18:20 chr1 171486912 . G A 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0237533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.918;QD=18.6754;RBI=0.0278471;REFB=-0.013463;REVB=0.0145342;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606415;STB=0.533877;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.014023;OID=.;OPOS=171486912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:21:11:13:19:21:11:13:19 chr1 171509327 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.267;QD=53.2762;RBI=0.0286297;REFB=0;REVB=-0.00107036;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503758;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr1 171511039 . C G 504.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3246;QD=56.0237;RBI=0.0425779;REFB=-0.111948;REVB=-0.00614553;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.508767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00210024;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:28:7:0:1:28:7:0:1 chr1 171514731 . C A,G 697.67 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,43;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012212,-0.000936144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.2565,209.342;QD=62.0155;RBI=0.0194386,0.0190986;REFB=0,0;REVB=0.0151237,0.0190757;RO=0;SAF=0,27;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0279649,0.000309532;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:45:0:0:2,43:1,44:0.0222222,0.977778:2,16:0,27:0:0:1,17:0,27:0:0 chr1 171526570 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.418;QD=56.7042;RBI=0.00812334;REFB=0;REVB=0.00796361;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46476e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr1 171556165 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.52;QD=58.0611;RBI=0.0216555;REFB=0;REVB=0.020346;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14532e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 171558516 . C T 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.47;QD=54.8208;RBI=0.031725;REFB=-0.0290075;REVB=0.02576;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000190378;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr1 171560879 . GA AG,G,GAG 49.96 PASS AF=0.0909091,0.318182,0.0909091;AO=2,3,2;DP=20;FAO=2,7,2;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1,0;FSAR=2,6,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0241527,0.134849,0.0256053;FXX=0;HRUN=2,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=226.119,17.1027,217.616;QD=9.08434;RBI=0.0288469,0.138586,0.0293928;REFB=-0.0076184,-0.0488557,-0.00819527;REVB=-0.0157731,-0.031967,-0.0144327;RO=11;SAF=0,1,0;SAR=2,2,2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.711767,-0.502877,-0.711767;STB=0.996924,0.881353,0.996924;STBP=0.028,0.03,0.028;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0.126237,0.0269752,0.204244;OID=.,.,.;OPOS=171560879,171560880,171560881;OREF=GA,A,-;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:20:22:11:11:2,3,2:2,7,2:0.0909091,0.318182,0.0909091:2,2,2:0,1,0:9:2:2,6,2:0,1,0:9:2 chr1 171751236 . T C 1013.88 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601081;FXX=0.0821805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.72;QD=60.53;RBI=0.0634008;REFB=0;REVB=0.0201663;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106489;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr1 171753039 . A G 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0287864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.89;QD=16.0768;RBI=0.0362257;REFB=-0.0202497;REVB=-0.0219919;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546182;STB=0.52552;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0282597;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:12:22:25:17:12:22:26:17 chr1 171755170 . G A 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0042359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.574;QD=22.9808;RBI=0.0308353;REFB=-0.0287513;REVB=-0.030543;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200789;STB=0.61103;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0294348;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:4:18:15:10:4:18 chr1 171755182 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0309699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.461;QD=16.0425;RBI=0.0311824;REFB=-0.0135512;REVB=0.00363391;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221206;STB=0.628594;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0177808;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:15:4:10:16:15:4:10:16 chr1 171763549 . C T 681.89 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00594923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.575;QD=23.1149;RBI=0.0404459;REFB=-0.00274267;REVB=-0.040006;RO=51;SAF=35;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788075;STB=0.538726;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00176732;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:52:66:66:0.559322:31:35:22:29:31:35:23:29 chr1 171810960 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.375;QD=60.0297;RBI=0.0599862;REFB=0;REVB=-0.015678;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93599e-05;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chr1 171956803 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0144925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.974;QD=16.5039;RBI=0.0222072;REFB=-0.00353163;REVB=0.0168264;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178263;STB=0.601183;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00378845;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:7:19:17:13:7:19:17:13 chr1 172157585 . C A 260.01 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0151695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.147;QD=16.775;RBI=0.0171459;REFB=-0.0238498;REVB=0.00799176;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276697;STB=0.527759;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0233017;OID=.;OPOS=172157585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:32:33:27:29:0.467742:17:10:11:21:17:12:12:21 chr1 172356437 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.616;QD=60.2037;RBI=0.007266;REFB=0;REVB=0.00146345;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08283e-05;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr1 172378884 . G GT 253.34 PASS AF=0.5;AO=49;DP=109;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00313122;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9941;QD=9.38299;RBI=0.0534971;REFB=0.00796614;REVB=0.0534054;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679702;STB=0.518563;STBP=0.674;TYPE=ins;VARB=-0.00757933;OID=.;OPOS=172378885;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:49:109:54:108:54:29:25:27:27:99:54:28:21:27:27 chr1 172410967 . G A 441.7 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0518305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4282;QD=22.9454;RBI=0.0543395;REFB=-0.00704545;REVB=-0.0163212;RO=33;SAF=31;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132749;STB=0.582423;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00557882;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:34:43:43:0.558442:12:31:19:14:12:31:19:15 chr1 172411496 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.646;QD=42.1826;RBI=0.0229422;REFB=0;REVB=-0.0140774;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27964e-05;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 172411768 . T C 90.57 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0555521;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5095;QD=7.39322;RBI=0.0614296;REFB=-0.00345783;REVB=0.0262213;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524397;STB=0.532817;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00853041;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:20:17:5:7:20:17 chr1 172412845 . C A 236.52 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0038565;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.958;QD=15.7678;RBI=0.00989807;REFB=-0.0123885;REVB=-0.00911588;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120938;STB=0.568216;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00908522;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:20:13:14:13:20:13 chr1 172412995 . T C 446.08 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0185446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7426;QD=23.4779;RBI=0.054039;REFB=0.0260183;REVB=-0.0507574;RO=33;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205216;STB=0.612069;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0354378;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:20:23:26:7:20:23:26:7 chr1 172422209 . C T 281.03 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00952826;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6584;QD=14.2294;RBI=0.0194231;REFB=-0.00856708;REVB=-0.0169254;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20732;STB=0.624632;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0172004;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:47:32:32:0.405063:15:17:16:32:15:17:15:32 chr1 172434812 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0289843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.196;QD=18.4834;RBI=0.0311641;REFB=-0.0103112;REVB=-0.0114505;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230099;STB=0.629091;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00976218;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:4:17:11:8:4:17 chr1 172437592 . G A 1227.09 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.827;QD=61.3544;RBI=0.0396398;REFB=0;REVB=0.0102807;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111942;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:76:80:1:36:40:0:0:38:42:0:0 chr1 172501617 . G C 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0103348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.984;QD=11.1266;RBI=0.0117179;REFB=-0.0027931;REVB=-0.00552282;RO=34;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361199;STB=0.717659;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00703571;OID=.;OPOS=172501617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:3:14:19:15:3:14:19:15 chr1 172502479 . T C 2197.1 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2108;QD=63.226;RBI=0.0617141;REFB=0;REVB=-0.0456052;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421139;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:68:71:0:0:68:71:0:0 chr1 173429995 . G A 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.15;QD=59.7162;RBI=0.0322939;REFB=-0.0263168;REVB=0.00531548;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=8.44358e-05;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:1:0:40:39:1:0 chr1 173474429 . T C 748.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8365;QD=56.5004;RBI=0.0257175;REFB=0;REVB=0.0240738;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402695;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:32:18:0:0:35:18:0:0 chr1 173516871 . G C 838.49 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348059;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.038;QD=57.827;RBI=0.0475418;REFB=0;REVB=0.0323847;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159689;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:19:38:0:0:20:38:0:0 chr1 173516903 . A G 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032289;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.419;QD=57.7371;RBI=0.0351389;REFB=0;REVB=0.0138621;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211691;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr1 174274224 . G A 243.16 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0201189;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5006;QD=12.6316;RBI=0.0223149;REFB=-0.00750152;REVB=-0.00965312;RO=48;SAF=11;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28419;STB=0.662468;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147337;OID=.;OPOS=174274224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:48:29:29:0.376623:18:11:31:17:18:11:31:17 chr1 175092674 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00514682;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.396;QD=11.571;RBI=0.00526306;REFB=-0.0102629;REVB=-0.00110002;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174831;STB=0.512185;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0175965;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:39:42:23:24:0.363636:8:15:26:13:9:15:27:15 chr1 175113578 . T C 1716.12 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205538;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.123;QD=60.7474;RBI=0.0432684;REFB=0;REVB=0.0380748;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114646;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:114:113:1:52:62:0:0:52:61:0:0 chr1 175129924 . C CCTT,T 307.14 PASS AF=0.54386,0.0526316;AO=22,6;DP=128;FAO=31,3;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=24,1;FSAR=7,2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0055947,0.0484853;FXX=0.109358;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=112.263,40.8394;QD=21.5537;RBI=0.0484741,0.110045;REFB=-0.0931844,-0.0276898;REVB=-0.0481502,-0.0987879;RO=100;SAF=22,2;SAR=0,4;SRF=45;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.759005,-0.11655;STB=0.590706,0.730278;STBP=0.172,0.495;TYPE=ins,snp;VARB=0.077685,-0.0186458;OID=.,.;OPOS=175129925,175129924;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:57:100:23:22,6:31,3:0.54386,0.0526316:0,4:22,2:45:55:7,2:24,1:14:9 chr1 175129955 . G C 71.32 PASS AF=0.141509;AO=16;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.0937505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5036;QD=2.69115;RBI=0.0982299;REFB=-0.015307;REVB=-0.029325;RO=90;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169742;STB=0.580994;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0547996;OID=.;OPOS=175129955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:106:106:90:91:16:15:0.141509:8:8:33:57:8:7:34:57 chr1 175129958 . C G 31.57 PASS AF=0.0882353;AO=10;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0742563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.771;QD=1.23796;RBI=0.0768783;REFB=-0.00516574;REVB=-0.0199069;RO=90;SAF=8;SAR=2;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469715;STB=0.827003;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.138366;OID=.;OPOS=175129958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:102:102:90:93:10:9:0.0882353:2:8:34:56:2:7:36:57 chr1 175299301 . T C 720.93 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0549835;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0064;QD=61.3558;RBI=0.0765564;REFB=0.0036564;REVB=0.05327;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000955088;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:1:0:24:22:1:0 chr1 175324651 . A G 1026.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.34;QD=59.5102;RBI=0.0121379;REFB=0;REVB=0.0117587;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54714e-05;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr1 175335234 . C T 1952.25 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.669;QD=61.9761;RBI=0.0346629;REFB=0;REVB=0.0236323;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05349e-05;OID=.;OPOS=175335234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:74:52:0:0:74:52:0:0 chr1 176103053 . TAC T 857.18 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670896;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=2;MLLD=300.404;QD=58.1138;RBI=0.00967248;REFB=0;REVB=-0.00696755;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.66472e-06;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:60:59:59:0:34:25:0:0:5:0:31:25:0:0 chr1 176118218 . AG A,AA 542.39 PASS AF=0.135135,0.864865;AO=9,27;DP=36;FAO=5,32;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260217,0.0244511;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.18,183.632;QD=58.637;RBI=0.0409105,0.0411419;REFB=0,0;REVB=0.031568,0.0330878;RO=0;SAF=6,11;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0126745,0.00150267;OID=.,.;OPOS=176118219,176118219;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135135,0.864865:9,27:36:5,32:37:0:4,14:1,18:0:0:14:0:6,11:3,16:0:0 chr1 176863836 . G C 267.67 PASS AF=0.615385;AO=25;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0523707;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2654;QD=27.4528;RBI=0.0525911;REFB=-0.0256734;REVB=0.00480977;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09231;STB=0.562861;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0181099;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:25:24:0.615385:10:15:7:8:9:15:7:8 chr1 176863867 . T C 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0733369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0361;QD=27.2303;RBI=0.0825914;REFB=-0.0239053;REVB=0.0379873;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949121;STB=0.55254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0143615;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:9:17:9:8:9:17:9:8 chr1 176992553 . A G 1491.36 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3783;QD=63.4621;RBI=0.0255611;REFB=0;REVB=0.024795;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44808e-05;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:31:63:0:0:31:63:0:0 chr1 177001896 . C G 206.75 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.396;QD=48.6473;RBI=0.0178024;REFB=0;REVB=0.012532;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32545e-05;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr1 177247912 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.01274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.825;QD=12.2129;RBI=0.0305291;REFB=-0.0311505;REVB=-0.0277438;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208107;STB=0.621449;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0426644;OID=.;OPOS=177247912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:6:16:7:6:6:16 chr1 177908852 . C T 434.89 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00651931;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.808;QD=18.1204;RBI=0.0089861;REFB=-0.00629337;REVB=0.00618454;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118245;STB=0.566008;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00785766;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:52:44:44:0.458333:20:24:22:30:20:24:22:30 chr1 177915474 . A C 247.71 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0343697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.087;QD=15.2437;RBI=0.0365587;REFB=-0.0264769;REVB=0.0124604;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211595;STB=0.507071;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0171996;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:10:19:23:12:10:19:24:12 chr1 177915498 . G A 509.64 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00215471;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.907;QD=25.8045;RBI=0.00953075;REFB=-0.015685;REVB=0.00928399;RO=32;SAF=32;SAR=15;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060485;STB=0.532981;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00900932;OID=.;OPOS=177915498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:32:32:47:47:0.594937:15:32:24:8:15:32:24:8 chr1 177929554 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0208764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.479;QD=20.0176;RBI=0.0379118;REFB=-0.0232353;REVB=0.0316462;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123057;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0247893;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:10:7:10:8:10:7 chr1 177929940 . G A 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.011092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7613;QD=21.8685;RBI=0.0161182;REFB=-0.0161317;REVB=0.0116946;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959093;STB=0.553154;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00874126;OID=.;OPOS=177929940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:15:8:13:15:15:8 chr1 177929987 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2179;QD=58.0607;RBI=0.0699811;REFB=0;REVB=0.0693949;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489724;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 178483231 . G A 141.84 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00348939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.599;QD=11.1248;RBI=0.0082127;REFB=-0.017977;REVB=-0.00743455;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498251;STB=0.539124;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0424433;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:8:9:16:17:8:9:16:18 chr1 178489978 . T G 405.15 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0298303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.017;QD=19.7633;RBI=0.0350069;REFB=-0.0158511;REVB=-0.0183203;RO=39;SAF=26;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242054;STB=0.622694;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.028047;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:41:41:41:0.5:15:26:14:25:15:26:16:25 chr1 178492447 . T A 333.21 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00550759;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8878;QD=16.2542;RBI=0.00688326;REFB=-0.0231322;REVB=0.00412864;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375258;STB=0.521105;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0293696;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:17:19:26:20:17:19:26:20 chr1 178514622 . C T 367.16 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0640272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9035;QD=19.073;RBI=0.0645237;REFB=-0.00101455;REVB=-0.00798923;RO=38;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729301;STB=0.547977;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.000350301;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:15:23:20:18:15:23:20:19 chr1 178820159 . C A 435.46 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00393363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3877;QD=18.5302;RBI=0.0418059;REFB=-0.00460956;REVB=-0.0416204;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190739;STB=0.510633;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00868356;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:22:22:26:24:22:22:26:24 chr1 178858759 . G A 600.98 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0104134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7768;QD=21.657;RBI=0.0105203;REFB=0.0084294;REVB=-0.00149586;RO=50;SAF=36;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846522;STB=0.551453;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0109424;OID=.;OPOS=178858759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:24:36:25:25:24:36:25:26 chr1 179312752 . C T 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.016;QD=59.1421;RBI=0.0255391;REFB=0;REVB=0.0223139;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54487e-05;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr1 179319541 . C G 1165.82 PASS AF=0.939759;AO=74;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0112225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.309;QD=56.1843;RBI=0.0807684;REFB=-0.140387;REVB=0.079985;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137108;STB=0.508668;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0101231;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:1:3:74:78:0.939759:40:34:1:0:44:34:2:1 chr1 179320578 . A G 834.76 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.137;QD=57.5697;RBI=0.0200236;REFB=0;REVB=0.0134944;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111077;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr1 179347832 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.598;QD=59.6795;RBI=0.0213047;REFB=0;REVB=-0.0145778;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04488e-06;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr1 179452275 . G A 1083.71 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639159;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1229;QD=60.2063;RBI=0.0158398;REFB=0;REVB=-0.014493;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273707;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr1 179520151 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.735;QD=61.0492;RBI=0.0173586;REFB=0;REVB=-0.00864136;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79149e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr1 179604864 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.873;QD=59.8531;RBI=0.0248436;REFB=0;REVB=0.0239526;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43769e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr1 179609589 . G T 1729.17 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.575;QD=60.6727;RBI=0.0136317;REFB=0;REVB=-0.0104358;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42943e-06;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:50:62:0:0:50:64:0:0 chr1 179815307 . T A 1211.76 PASS AF=0.508547;AO=119;DP=233;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0127626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.383;QD=20.7139;RBI=0.0336141;REFB=0.00476258;REVB=0.031097;RO=114;SAF=53;SAR=66;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412197;STB=0.524866;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00480544;OID=.;OPOS=179815307;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:114:115:119:119:0.508547:66:53:56:58:66:53:57:58 chr1 179852074 . T C 241.97 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0293621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.221;QD=16.9806;RBI=0.0300642;REFB=-0.00552364;REVB=0.00645936;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139789;STB=0.578258;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00432637;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:9:21:15:12:9:21 chr1 179858444 . G A 569.02 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00327972;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.593;QD=16.9856;RBI=0.0126165;REFB=-0.0112755;REVB=-0.0121827;RO=74;SAF=38;SAR=22;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547361;STB=0.530548;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0109898;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:74:74:60:60:0.447761:22:38:43:31:22:38:43:31 chr1 179876988 . C G 560.13 PASS AF=0.481818;AO=51;DP=118;FAO=53;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00229817;FXX=0.0677909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.369;QD=20.3685;RBI=0.00608513;REFB=-0.00769764;REVB=0.00563447;RO=44;SAF=27;SAR=24;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252445;STB=0.605755;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0023702;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:110:44:49:51:53:0.481818:24:27:10:34:25:28:15:34 chr1 179887125 . G A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.043394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4785;QD=15.156;RBI=0.0479876;REFB=-0.00831728;REVB=0.0204884;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131021;STB=0.574408;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00713929;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:17:15:15:10:17:15 chr1 179989584 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0320091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7654;QD=12.8687;RBI=0.0771159;REFB=-0.0272418;REVB=0.070159;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0525107;OID=.;OPOS=179989584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:10:6:5:6:10:6 chr1 180003110 . C T 99.5 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0286939;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.074;QD=13.7241;RBI=0.0287645;REFB=0.00301983;REVB=-0.00201301;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.664545;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00714052;OID=.;OPOS=180003110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:18:17:12:12:0.413793:5:7:6:12:5:7:5:12 chr1 180010911 . A G 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.356;QD=60.5352;RBI=0.0520082;REFB=0;REVB=-0.00879945;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208898;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr1 180145088 . A G 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1198;QD=61.6917;RBI=0.0204528;REFB=0;REVB=-0.0147231;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13699e-06;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr1 180243524 . A G 814.38 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309388;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.073;QD=55.2122;RBI=0.0406705;REFB=-0.129735;REVB=0.0263985;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00114558;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:57:58:0.983051:26:31:1:0:27:31:1:0 chr1 180854067 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.42;QD=58.0599;RBI=0.0364961;REFB=0;REVB=0.0363135;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07403e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr1 180885430 . T C 708.98 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.057;QD=54.5368;RBI=0.0192972;REFB=-0.141466;REVB=0.0070215;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00048374;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:51:51:0.980769:29:22:0:0:29:22:1:0 chr1 180897569 . C T 677.42 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00861942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.592;QD=60.2155;RBI=0.022669;REFB=-0.166889;REVB=0.0209664;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028453;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000786207;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:1:0:28:16:1:0 chr1 180913597 . A G 663.49 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4943;QD=61.7199;RBI=0.0611492;REFB=0;REVB=0.00757429;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109325;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:2:0:39:43:1:16:23:2:0:17:26:0:0 chr1 181024404 . G A 1250.24 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239489;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.617;QD=61.7405;RBI=0.0128649;REFB=0;REVB=0.01264;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400535;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 181058313 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.829;QD=33.4285;RBI=0.114003;REFB=0;REVB=0.0842939;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441891;OID=.;OPOS=181058313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr1 181391978 . G A 620.18 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0346457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2847;QD=24.8073;RBI=0.0364283;REFB=0.00156723;REVB=-0.0112558;RO=44;SAF=28;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730559;STB=0.539986;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00122649;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:44:56:56:0.56:28:28:18:26:28:28:18:26 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=38;DP=113;LEN=5;RO=75;SAF=23;SAR=19;SRF=37;SRR=34;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:113:75:38:19:23:37:34 chr1 181768186 . T C 402.13 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00598059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2947;QD=21.7367;RBI=0.0194783;REFB=0.00489148;REVB=-0.0185374;RO=34;SAF=26;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294013;STB=0.662118;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00430606;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:14:26:10:24:14:26:10:24 chr1 182026813 . G C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0115847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.32;QD=15.837;RBI=0.0144843;REFB=-0.00832764;REVB=0.00869413;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00655705;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr1 182027022 . C T 384.1 PASS AF=0.487805;AO=37;DP=78;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0539364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3517;QD=18.7364;RBI=0.0553869;REFB=-0.0234098;REVB=0.0125926;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188103;STB=0.585413;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0242635;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:41:42:37:40:0.487805:21:16:26:15:21:19:27:15 chr1 182356399 . A G 227.69 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0288637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4192;QD=11.8281;RBI=0.0303301;REFB=-0.0222895;REVB=0.00931668;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910757;STB=0.536816;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0362002;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:27:28:0.363636:17:10:22:27:17:11:22:27 chr1 182369078 . G A 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0238417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.298;QD=14.795;RBI=0.0268579;REFB=-0.0119836;REVB=0.0123662;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1598;STB=0.59174;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0197001;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:19:8:8:10:19:8 chr1 182369233 . A G 404.59 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0219199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.46;QD=32.3673;RBI=0.0761528;REFB=0.0239955;REVB=0.0729298;RO=17;SAF=23;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191919;STB=0.605197;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00972584;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:10:23:7:10:10:23:7:10 chr1 182443462 . T C 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000914688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6482;QD=13.3673;RBI=0.0274435;REFB=-0.00652181;REVB=0.0274283;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170531;STB=0.599886;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0123182;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:15:16:12:6:15:16 chr1 182496829 . A G 259.67 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00203221;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4346;QD=16.4868;RBI=0.00366994;REFB=0.00142843;REVB=0.00305591;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111628;STB=0.56287;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00232768;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:18:16:17:12:18:16 chr1 182568204 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.461;QD=61.5363;RBI=0.0243724;REFB=0;REVB=0.0179475;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25981e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:34:47:0:0 chr1 182569626 . T C 690.41 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496286;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.031;QD=62.7644;RBI=0.0577889;REFB=0;REVB=0.0296067;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656845;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 182775319 . C T 258.35 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0100017;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.611;QD=22.9644;RBI=0.0272755;REFB=-0.0301372;REVB=0.0253756;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203935;STB=0.628473;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0163764;OID=.;OPOS=182775319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:21:24:24:0.533333:13:11:5:17:13:11:4:17 chr1 182778367 . G A 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.236;QD=58.6486;RBI=0.0235001;REFB=-0.000547819;REVB=0.0177203;RO=1;SAF=12;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=7.96376e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:28:12:1:0:28:12:1:0 chr1 182850727 . T C 1231.45 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0461757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5282;QD=60.0706;RBI=0.0917908;REFB=-0.109847;REVB=0.0793306;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.507245;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0019393;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:47:34:1:0:47:34:1:0 chr1 182993025 . C T 2607.5 PASS AF=0.977528;AO=172;DP=179;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0333107;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9068;QD=58.5955;RBI=0.0642934;REFB=0.0543367;REVB=0.0549913;RO=6;SAF=102;SAR=70;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061684;STB=0.503798;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00110243;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:179:178:6:4:172:174:0.977528:70:102:3:3:72:102:3:1 chr1 183072590 . T C 1367.93 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310986;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1644;QD=62.1786;RBI=0.0320375;REFB=0;REVB=0.00769922;RO=0;SAF=22;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196596;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:66:22:0:0:65:23:0:0 chr1 183083724 . C T 322.37 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0208702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5752;QD=11.7226;RBI=0.0214247;REFB=-0.00851264;REVB=-0.0048432;RO=69;SAF=20;SAR=20;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561566;STB=0.527259;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0350596;OID=.;OPOS=183083724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:20:20:38:31:20:20:38:32 chr1 183085755 . A G 1374.2 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237942;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.695;QD=61.0755;RBI=0.0274485;REFB=-0.156388;REVB=-0.0136842;RO=0;SAF=60;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000741561;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:90:0:1:88:89:0.988889:28:60:0:0:29:60:1:0 chr1 183086757 . A C 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.106;QD=63.6144;RBI=0.0105322;REFB=0;REVB=-0.00759306;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88199e-07;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr1 183093875 . T C 1448.58 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00274237;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.9;QD=60.9927;RBI=0.0199823;REFB=-0.0906427;REVB=0.0197932;RO=2;SAF=26;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139421;STB=0.507351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000248355;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:93:93:0.978947:67:26:0:2:67:26:0:2 chr1 183094547 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.061;QD=57.2377;RBI=0.0315445;REFB=0;REVB=0.0277008;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10952e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 183105534 . T C 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.796;QD=44.0972;RBI=0.0366;REFB=-0.0983135;REVB=0.0295382;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0034893;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr1 183105705 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.859;QD=60.0308;RBI=0.0236119;REFB=0;REVB=0.0161404;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43561e-05;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr1 183112041 . G C 1176.58 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820459;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.62;QD=61.1211;RBI=0.0394065;REFB=0;REVB=0.0385429;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438218;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr1 183112412 . A G 1084.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792064;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3615;QD=59.4422;RBI=0.081392;REFB=0;REVB=0.0187351;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454991;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr1 183112505 . T C 766.96 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00768491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.959;QD=47.1978;RBI=0.023194;REFB=-0.0756975;REVB=0.0218839;RO=7;SAF=22;SAR=36;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128786;STB=0.568603;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00182318;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:7:7:58:58:0.892308:36:22:7:0:36:22:7:0 chr1 183112566 . T C 953.41 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.111;QD=58.6714;RBI=0.0217119;REFB=0;REVB=-0.000497623;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50288e-05;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:35:28:0:0:35:30:0:0 chr1 183112764 . A G 638.93 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.495;QD=59.4351;RBI=0.0260457;REFB=-0.147594;REVB=-0.00617931;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000234642;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:22:20:0:0:22:20:0:1 chr1 183114634 . G A 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.001;QD=62.6116;RBI=0.0506467;REFB=0;REVB=-0.0493627;RO=0;SAF=27;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38769e-05;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:61:27:0:0:61:27:0:0 chr1 183155482 . C A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00688865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.962;QD=55.0448;RBI=0.00891607;REFB=-0.00284989;REVB=0.00566063;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=1.9776e-05;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:0:1:21:34:0:1 chr1 183486859 . G A 2208.39 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0059793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.673;QD=62.2082;RBI=0.0358114;REFB=-0.12044;REVB=0.0353087;RO=1;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664988;STB=0.503448;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000162381;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:142:1:1:140:141:0.992958:71:69:0:1:72:69:0:1 chr1 183532437 . G A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00965805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.897;QD=17.9428;RBI=0.035014;REFB=-0.0108981;REVB=0.0336556;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142756;STB=0.579943;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0134573;OID=.;OPOS=183532437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:17:12:16:12:17:12 chr1 183542387 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1456;QD=57.2359;RBI=0.0248522;REFB=0;REVB=-0.00428954;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373856;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 183616038 . G T 210.82 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0242452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.469;QD=15.6159;RBI=0.0283575;REFB=-0.00878693;REVB=-0.0147076;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794843;STB=0.565163;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0125279;OID=.;OPOS=183616038;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:22:24:0.444444:12:10:16:14:14:10:16:14 chr1 183616926 . T C 546.3 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.00932775;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.72;QD=14.4715;RBI=0.0233255;REFB=-0.00698043;REVB=0.0213792;RO=89;SAF=34;SAR=28;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987669;STB=0.555344;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00881047;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:89:89:62:62:0.410596:28:34:57:32:28:34:57:32 chr1 183617105 . A G 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.012504;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=316.505;QD=17.4545;RBI=0.0128056;REFB=-0.00294518;REVB=-0.00276283;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255902;STB=0.643217;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0042017;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:9:20:11:16:9:20 chr1 184039735 . T A 433.87 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0439174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7893;QD=13.7735;RBI=0.0439386;REFB=-0.0379847;REVB=-0.00136474;RO=76;SAF=31;SAR=19;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212232;STB=0.619952;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0549898;OID=.;OPOS=184039735;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:76:76:50:50:0.396825:19:31:32:44:19:31:32:44 chr1 184660204 . C CA 651.5 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785523;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=222.642;QD=57.9109;RBI=0.0786879;REFB=0;REVB=0.00461835;RO=36;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000171619;OID=.;OPOS=184660205;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:45:45:0:15:30:0:0:4:36:1:4:14:22 chr1 184660205 . T A 568.93 PASS AF=0.888889;AO=36;DP=43;FAO=40;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000431218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.031;QD=50.5715;RBI=0.00324978;REFB=-0.189971;REVB=-0.00322105;RO=5;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456676;STB=0.518509;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000978068;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:43:45:5:5:36:40:0.888889:22:14:1:4:26:14:1:4 chr1 184662181 . C T 729.37 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.745;QD=57.2057;RBI=0.0378552;REFB=0;REVB=0.0373036;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25774e-05;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr1 184663537 . A C 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000319835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.495;QD=61.1815;RBI=0.0287923;REFB=-0.0505047;REVB=0.0287905;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000502486;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:0:1:25:22:0:1 chr1 184663581 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.813;QD=53.9111;RBI=0.014077;REFB=0;REVB=-0.0110111;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192165;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr1 184675814 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.847;QD=60.3767;RBI=0.0129009;REFB=0;REVB=0.0056253;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42974e-05;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 184677464 . G A 1212.6 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0291911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7354;QD=59.8815;RBI=0.0509167;REFB=-0.130545;REVB=-0.041718;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00109256;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:36:43:0:0:36:44:1:0 chr1 184706212 . GT G 692.03 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3725;QD=48.5638;RBI=0.0880708;REFB=0;REVB=-0.0642439;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00303499;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:57:57:57:0:20:37:0:0:12:0:18:37:0:0 chr1 184764067 . C G 1062.56 PASS AF=0.855556;AO=77;DP=90;FAO=77;FDP=90;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0370926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.33;QD=47.2251;RBI=0.0371844;REFB=-0.0606954;REVB=0.00261088;RO=6;SAF=31;SAR=46;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137744;STB=0.553877;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00200708;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:6:13:77:77:0.855556:46:31:3:3:46:31:10:3 chr1 184777177 . C A 1099.09 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.844;QD=60.2239;RBI=0.0847447;REFB=0;REVB=0.0196549;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196865;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:37:34:0:0:37:36:0:0 chr1 185069561 . A G 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00656761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.943;QD=18.3893;RBI=0.0183215;REFB=-0.0143706;REVB=0.017104;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597499;STB=0.533318;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.015261;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:21:22:22:27:21:22:22:27 chr1 185069843 . T A 296.16 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=60;FAO=30;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0177226;FXX=0.0833194;HRUN=9;LEN=1;MLLD=289.138;QD=21.539;RBI=0.0465201;REFB=-0.00628757;REVB=-0.0430119;RO=10;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114141;STB=0.512187;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0048137;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:55:10:25:23:30:0.545455:9:14:8:2:14:16:14:11 chr1 185135745 . A G 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00933945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.615;QD=8.24376;RBI=0.0267846;REFB=-0.0185588;REVB=-0.0251036;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370142;STB=0.716554;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0221211;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:14:1:2:5:14:1 chr1 185137461 . A T 153.56 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0146731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.259;QD=8.41445;RBI=0.0296565;REFB=-0.00222294;REVB=0.0257722;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169733;STB=0.558324;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00472408;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:51:22:22:0.30137:10:12:31:14:10:12:32:19 chr1 185137463 . TT AA,TTAA 160.99 PASS AF=0.121622,0.202703;AO=8,10;DP=76;FAO=9,15;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=7,7;FSAR=2,8;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0147839,-0.011829;FXX=0.0133316;HRUN=3,1;LEN=2,2;MLLD=58.0216,35.0555;QD=8.70192;RBI=0.054502,0.0265678;REFB=-0.0153022,-0.0021571;REVB=-0.0524586,-0.0237891;RO=51;SAF=6,4;SAR=2,6;SRF=34;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119825,-0.32193;STB=0.641857,0.631413;STBP=0.448,0.298;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0768766,-0.00845652;OID=.,.;OPOS=185137463,185137465;OREF=TT,-;OALT=AA,AA;OMAPALT=AA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:76:74:51:50:8,10:9,15:0.121622,0.202703:2,6:6,4:34:17:2,8:7,7:32:18 chr1 185143721 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00150792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.51;QD=19.3695;RBI=0.00937903;REFB=0.00749311;REVB=0.00925702;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383022;STB=0.521712;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00499432;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:10:5:6:10:10:5 chr1 185277105 . G A 300.21 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0178219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6969;QD=16.4496;RBI=0.019054;REFB=0.00823575;REVB=-0.00674051;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634082;STB=0.535634;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00997589;OID=.;OPOS=185277105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:18:22:16:17:18:22 chr1 185984516 . AT AC,GC 713.55 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338899,-0.0111687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=174.645,136.759;QD=62.0481;RBI=0.0389368,0.0128359;REFB=0,0;REVB=-0.0191715,-0.00632619;RO=0;SAF=15,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000892775,0.0717228;OID=.,.;OPOS=185984517,185984516;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:29,2:15,0:0:0:29,2:15,0:0:0 chr1 186052064 . C A 78.98 PASS AF=0.109756;AO=30;DP=247;FAO=27;FDP=246;FR=.;FRO=219;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=134;FSRR=85;FWDB=-0.0708204;FXX=0.0120477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5801;QD=1.28416;RBI=0.103391;REFB=-0.00842245;REVB=-0.0753267;RO=201;SAF=6;SAR=24;SRF=129;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523771;STB=0.821931;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.13484;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:247:246:201:219:30:27:0.109756:24:6:129:72:21:6:134:85 chr1 186052065 . CA C,CC 903.45 PASS AF=0.786026,0.0567686;AO=114,24;DP=224;FAO=180,13;FDP=229;FR=.;FRO=36;FSAF=100,6;FSAR=80,7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.132562,0.0283411;FXX=0.0171666;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.17185,18.0044;QD=15.7808;RBI=0.133653,0.061476;REFB=-0.129442,-0.0874098;REVB=-0.0170423,0.0545534;RO=51;SAF=62,3;SAR=52,21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0372929,-0.594733;STB=0.514017,0.507874;STBP=0.336,0.957;TYPE=del,snp;VARB=0.09861,0.0393832;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.786026,0.0567686:114,24:224:180,13:229:36:100,6:80,7:17:19:59:51:62,3:52,21:31:20 chr1 186141181 . C G 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0249549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.396;QD=21.4828;RBI=0.0266952;REFB=-0.017901;REVB=0.00948098;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125225;STB=0.569042;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.015954;OID=.;OPOS=186141181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:23:22:26:15:23:22:26:15 chr1 186277088 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4228;QD=50.4122;RBI=0.0640837;REFB=0;REVB=0.0308464;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599597;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr1 186326757 . TA T 85.0 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.100033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.071;QD=11.3339;RBI=0.103564;REFB=-0.0668833;REVB=-0.0268105;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56069;STB=0.785306;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0441227;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:13:30:14:30:16:3:11:12:4:84:15:2:11:11:4 chr1 186648197 . C G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0123588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.188;QD=25.0388;RBI=0.0432323;REFB=-0.0135429;REVB=0.0414282;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170148;STB=0.594521;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0142901;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:8:12:10:16:8:12 chr1 186839879 . AAG A 339.6 PASS AF=0.384615;AO=58;DP=172;FAO=60;FDP=156;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=0.00191016;FXX=0.0930179;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.711;QD=8.70765;RBI=0.00583556;REFB=-0.0161533;REVB=-0.00551407;RO=94;SAF=21;SAR=37;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000433396;STB=0.501381;STBP=0.986;TYPE=del;VARB=0.0247828;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:58:172:60:156:96:22:38:35:61:99:94:21:37:34:60 chr1 186946912 . G A 1565.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1448;QD=63.895;RBI=0.106207;REFB=0;REVB=-0.0830145;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927078;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:61:37:0:0:61:37:0:0 chr1 187610537 . AC GG 201.37 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0165354;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=2;MLLD=318.907;QD=11.8453;RBI=0.0178768;REFB=-0.00642827;REVB=0.0067941;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110724;STB=0.563842;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=0.0124184;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:25:18:13:12:25:18 chr1 187610852 . A C 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0148596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.876;QD=19.9738;RBI=0.0185861;REFB=-0.00653307;REVB=-0.0111639;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275449;STB=0.656089;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0148479;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:8:12:6:14:8:12 chr1 192781172 . C G 1044.06 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.123;QD=59.6607;RBI=0.0361701;REFB=0;REVB=0.0361466;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94621e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr1 192844886 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.93;QD=53.3609;RBI=0.0392023;REFB=-0.0344615;REVB=0.0240396;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00664001;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:0:1:20:9:0:1 chr1 193054154 . G A 1680.62 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101527;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.411;QD=60.5628;RBI=0.0166648;REFB=0;REVB=-0.0132151;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73306e-05;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr1 193074651 . T A 1862.71 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359859;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8895;QD=61.577;RBI=0.0814087;REFB=0;REVB=0.0813291;RO=0;SAF=75;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058101;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:46:75:0:0:46:75:0:0 chr1 193701055 . G C 389.91 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0847037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.222;QD=21.6615;RBI=0.0850309;REFB=-0.0132319;REVB=-0.0074519;RO=33;SAF=25;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208063;STB=0.614991;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0146533;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:14:25:13:20:14:25:13:20 chr1 193701480 . G A 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00794532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.503;QD=18.9076;RBI=0.012118;REFB=-0.00440464;REVB=0.00914977;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118883;STB=0.566008;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0063335;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:31:16:20:23:31:16 chr1 193701489 . C T 424.09 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0510173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2077;QD=18.6415;RBI=0.0601291;REFB=-0.0220306;REVB=0.0318236;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126909;STB=0.570508;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0226397;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:20:23:32:16:20:23:32:16 chr1 194457292 . T C 1061.83 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00455045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.288;QD=55.8857;RBI=0.0255145;REFB=-0.183079;REVB=0.0251055;RO=3;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150402;STB=0.507957;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00133434;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:34:39:1:2:34:39:1:2 chr1 196227526 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.158;QD=61.5363;RBI=0.0179706;REFB=0;REVB=-0.0158241;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63663e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr1 196642233 . G A 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0362662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5506;QD=30.8104;RBI=0.0424631;REFB=-0.00298574;REVB=0.0220879;RO=13;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104419;STB=0.557476;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.001189;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:18:8:6:7:18:8:6:7 chr1 196654324 . A C 1338.24 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00427531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3036;QD=58.8236;RBI=0.0223729;REFB=-0.192929;REVB=-0.0219607;RO=3;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627039;STB=0.503311;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00617144;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:38:50:2:1:38:50:2:1 chr1 196659237 . C T 1286.46 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189046;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.655;QD=61.9981;RBI=0.0208678;REFB=0;REVB=0.00883636;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2776e-05;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr1 196682947 . G A 404.05 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00146159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3762;QD=19.4723;RBI=0.00456031;REFB=-0.0184151;REVB=0.00431974;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898203;STB=0.554487;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0131628;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:42:40:41:0.493976:19:21:17:23:19:22:18:24 chr1 196695742 . A G 526.32 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0057421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9389;QD=16.0709;RBI=0.0312815;REFB=-0.0105358;REVB=0.03075;RO=74;SAF=24;SAR=33;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445922;STB=0.524908;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.012607;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:33:24:28:46:33:24:28:46 chr1 196709774 . G T 469.9 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0250771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.638;QD=20.6551;RBI=0.0283614;REFB=-0.00562362;REVB=0.0132478;RO=45;SAF=33;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542698;STB=0.530107;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0101165;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:13:33:30:15:13:33:30:15 chr1 196712586 . C T 329.14 PASS AF=0.253968;AO=47;DP=188;FAO=48;FDP=189;FR=.;FRO=141;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=0.00033897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3949;QD=6.96591;RBI=0.00191529;REFB=-0.00141723;REVB=0.00188505;RO=141;SAF=21;SAR=26;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887091;STB=0.544274;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00647001;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:141:141:47:48:0.253968:26:21:73:68:26:22:73:68 chr1 196757392 . C T 1303.55 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=93;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0141138;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.091;QD=57.2988;RBI=0.0141669;REFB=0.00164025;REVB=0.00122525;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938213;STB=0.503899;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=4.4983e-05;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:91:1:4:86:87:0.956044:36:50:1:0:36:51:2:2 chr1 196757874 . G A 239.2 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0351229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3357;QD=14.0707;RBI=0.035696;REFB=-0.000462765;REVB=-0.0063706;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110625;STB=0.578667;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-8.43617e-05;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:40:28:28:0.411765:17:11:19:19:17:11:21:19 chr1 196757881 . G T 262.95 PASS AF=0.434783;AO=27;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00619134;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.524;QD=15.2434;RBI=0.00705927;REFB=-0.00859344;REVB=-0.00339126;RO=42;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141131;STB=0.578894;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0110627;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:39:27:30:0.434783:17:10:21:21:18:12:21:18 chr1 196797238 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8759;QD=53.2762;RBI=0.055607;REFB=0;REVB=0.0440769;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240805;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 196797244 . C G 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7667;QD=52.6024;RBI=0.0596112;REFB=0;REVB=0.0593533;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015763;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 196799691 . G A 383.73 PASS AF=0.393162;AO=44;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00234874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4961;QD=13.1189;RBI=0.0146582;REFB=0.00661642;REVB=-0.0144688;RO=70;SAF=16;SAR=28;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268679;STB=0.636772;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0135038;OID=.;OPOS=196799691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:71:44:46:0.393162:28:16:43:27:28:18:44:27 chr1 196801042 . G T 2881.72 PASS AF=0.965174;AO=194;DP=201;FAO=194;FDP=201;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00661386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.47;QD=57.3476;RBI=0.0076604;REFB=-0.122474;REVB=-0.00386505;RO=5;SAF=110;SAR=84;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160681;STB=0.50523;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000350458;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:201:201:5:7:194:194:0.965174:84:110:3:2:84:110:5:2 chr1 196801078 . A T 2991.86 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=193;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102873;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.874;QD=62.3304;RBI=0.024485;REFB=-0.197102;REVB=-0.022219;RO=2;SAF=99;SAR=91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952186;STB=0.502487;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000115757;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:193:192:2:1:190:191:0.994792:91:99:2:0:91:100:1:0 chr1 196874356 . G T 2928.71 PASS AF=0.989418;AO=187;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.48;QD=61.9832;RBI=0.0152307;REFB=0.0544761;REVB=0.00872089;RO=1;SAF=100;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544171;STB=0.50037;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=1.89641e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:189:1:2:187:187:0.989418:87:100:0:1:87:100:1:1 chr1 196876458 . A G 652.46 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00271418;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.885;QD=18.9118;RBI=0.0298944;REFB=-0.00702168;REVB=0.0297709;RO=72;SAF=35;SAR=31;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636155;STB=0.535182;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00686319;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:72:72:66:66:0.478261:31:35:43:29:31:35:43:29 chr1 196884258 . A T 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0126215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.32;QD=7.32747;RBI=0.0162612;REFB=-0.00458147;REVB=-0.010253;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520585;STB=0.53263;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0129243;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:7:14:5:3:7:14 chr1 196918731 . C T 580.85 PASS AF=0.5;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0310951;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6138;QD=19.3616;RBI=0.0325166;REFB=-0.0145741;REVB=-0.00950897;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128288;STB=0.583306;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0165871;OID=.;OPOS=196918731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:59:60:60:60:0.5:34:26:34:25:35:25:35:25 chr1 196920148 . C T 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0138624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.915;QD=20.4031;RBI=0.0161821;REFB=-0.0180921;REVB=-0.00834833;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473537;STB=0.526299;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0124727;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:12:20:16:12:12:20:16:12 chr1 197009798 . A G 401.34 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0727315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7286;QD=18.8867;RBI=0.0727379;REFB=0.00722168;REVB=0.000962589;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086374;STB=0.548169;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0101811;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:26:15:20:24:26:15:20:24 chr1 197030201 . T C 511.26 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.354;QD=58.4293;RBI=0.0152355;REFB=0;REVB=0.00593996;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410209;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr1 197031021 . C T 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.032;QD=63.3316;RBI=0.0121945;REFB=0;REVB=-0.0120453;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79097e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr1 197070442 . G T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0144339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.844;QD=16.7276;RBI=0.022348;REFB=0.00300525;REVB=-0.0170616;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240418;STB=0.639157;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00396708;OID=.;OPOS=197070442;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:10:9:4:12:10:9 chr1 197070697 . T C 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0990965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2587;QD=20.2056;RBI=0.0991484;REFB=-0.0485187;REVB=-0.00320823;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090647;STB=0.551643;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0445626;OID=.;OPOS=197070697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:5:5:8:5:5:5 chr1 197070707 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00596417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.711;QD=17.3781;RBI=0.0129995;REFB=0.00115792;REVB=0.0115505;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00129013;OID=.;OPOS=197070707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:6:4:7:4:6:4 chr1 197070776 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0259855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.445;QD=8.81101;RBI=0.0361172;REFB=-0.0220776;REVB=-0.025084;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308307;STB=0.691681;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0254092;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:4:7:2:4:4:7 chr1 197070815 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.515;QD=49.599;RBI=0.0460373;REFB=0;REVB=0.0322681;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327594;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 197070901 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1087;QD=60.9774;RBI=0.00575188;REFB=0;REVB=-0.000538801;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39436e-05;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr1 197072420 . T C 171.79 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0269673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.477;QD=11.0833;RBI=0.0272092;REFB=-0.00681313;REVB=-0.0036197;RO=40;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132867;STB=0.57719;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00894388;OID=.;OPOS=197072420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:12:10:23:17:12:10:23:17 chr1 197073932 . T C 242.32 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00650378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3544;QD=18.2881;RBI=0.0374515;REFB=-0.0535248;REVB=-0.0368824;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426327;STB=0.50819;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0282437;OID=.;OPOS=197073932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:24:27:26:26:0.490566:11:15:15:9:11:15:16:11 chr1 197091537 . A T 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7594;QD=62.3437;RBI=0.0357573;REFB=0;REVB=-0.00376658;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245915;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 197112533 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.006;QD=58.6004;RBI=0.028978;REFB=0;REVB=0.0120049;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71723e-05;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr1 197127041 . CA C 149.91 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273087;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.04843;QD=23.9848;RBI=0.19383;REFB=-0.0220463;REVB=0.191896;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.015104;OID=.;OPOS=197127042;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:19:25:25:25:0:13:12:0:0:3:4:10:9:1:3 chr1 197127491 . A C 516.72 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00440269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.689;QD=16.2746;RBI=0.0159373;REFB=-0.0106764;REVB=0.0153171;RO=71;SAF=29;SAR=27;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327567;STB=0.50183;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0145105;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:27:29:37:34:27:29:37:34 chr1 197128726 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0423483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6756;QD=14.8521;RBI=0.0551075;REFB=0.009438;REVB=0.0352627;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.666481;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0113025;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:5:14:14:15:5:14:14:15 chr1 197390368 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.444;QD=61.8523;RBI=0.0220316;REFB=0;REVB=0.015142;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86214e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr1 197446702 . G T 363.53 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00493918;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4674;QD=17.5193;RBI=0.00850788;REFB=-0.00632342;REVB=0.00692737;RO=44;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241927;STB=0.630182;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00981575;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:44:45:38:38:0.457831:13:25:18:26:13:25:19:26 chr1 197742171 . C T 144.05 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00925271;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.351;QD=14.4045;RBI=0.00960652;REFB=-0.00428547;REVB=0.00258314;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00754491;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:16:16:0.4:8:8:14:10:8:8:14:10 chr1 197874949 . T C 585.03 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.000749802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.408;QD=25.7156;RBI=0.00367179;REFB=-0.00719369;REVB=0.00359442;RO=38;SAF=27;SAR=26;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093615;STB=0.551103;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0056205;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:26:27:24:14:26:27:24:14 chr1 199977636 . C A 1504.39 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.827;QD=57.8611;RBI=0.0371336;REFB=-0.0831911;REVB=0.0165785;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029068;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:101:104:0:0:98:104:1:43:55:0:0:43:61:0:0 chr1 199977724 . G T 1080.25 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0248;QD=60.0136;RBI=0.0354788;REFB=0;REVB=0.00771917;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119431;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr1 200143281 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.000616598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.152;QD=13.3679;RBI=0.000973924;REFB=0.00253829;REVB=0.000753881;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108985;STB=0.558077;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00489292;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:31:18:18:0.367347:8:10:19:10:8:10:20:11 chr1 200146493 . GAAT GAA,GA,GAT 109.09 PASS AF=0,0.0967742,0.451613;AO=4,7,8;DP=31;FAO=0,3,14;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1,7;FSAR=0,2,7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0725529,0.0334638,-0.00354331;FXX=0;HRUN=10,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=5.32246,19.1674,18.1141;QD=14.076;RBI=0.176934,0.0644516,0.0700798;REFB=-0.0476473,-0.0432726,-0.0352458;REVB=0.161375,0.0550835,-0.0699902;RO=7;SAF=1,2,6;SAR=3,5,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.326128,-0.252798,0.168179;STB=0.5,0.582763,0.535663;STBP=1,0.91,0.765;TYPE=del,del,del;VARB=0.0712668,0.107882,0.0371715;OID=.,.,.;OPOS=200146496,200146495,200146494;OREF=T,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=GAA,GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0967742,0.451613:4,7,8:31:0,3,14:31:14:0,1,7:0,2,7:6:8:49:7:1,2,6:3,5,2:4:3 chr1 200182799 . G A 510.06 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0052264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.122;QD=26.4967;RBI=0.0249143;REFB=-0.0073653;REVB=0.02436;RO=28;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178427;STB=0.594675;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00613699;OID=.;OPOS=200182799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:30:47:47:0.61039:24:23:21:7:24:23:22:8 chr1 200182834 . A G 1471.87 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.467;QD=63.3061;RBI=0.0356938;REFB=0;REVB=0.0139978;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139613;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:34:59:0:0:34:59:0:0 chr1 200183398 . C A 1286.99 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161399;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.102;QD=62.0235;RBI=0.0162599;REFB=0;REVB=-0.00197174;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195295;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:78:83:1:44:34:0:0:45:38:0:0 chr1 200311868 . C G 370.89 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.012815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.799;QD=22.824;RBI=0.0191708;REFB=-0.0161079;REVB=-0.0142582;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953635;STB=0.544746;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0145216;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:28:36:37:0.569231:15:21:13:15:16:21:13:15 chr1 200375837 . T G 41.81 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00287685;FXX=0.0576812;HRUN=9;LEN=1;MLLD=18.7618;QD=3.41321;RBI=0.117181;REFB=-0.012438;REVB=-0.117146;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199261;STB=0.605152;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0767702;OID=.;OPOS=200375837;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:49:26:40:9:9:0.183673:4:5:10:16:4:5:17:23 chr1 200574959 . T C 451.4 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.018391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.113;QD=17.1962;RBI=0.0184621;REFB=-0.0099906;REVB=0.00161862;RO=55;SAF=30;SAR=19;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185136;STB=0.607669;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0138879;OID=.;OPOS=200574959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:19:30:23:32:19:30:23:33 chr1 200586744 . T C 234.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0197303;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.139;QD=15.1257;RBI=0.0391984;REFB=0.000864201;REVB=-0.0338708;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304084;STB=0.673439;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00160658;OID=.;OPOS=200586744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:7:20:16:19:7:20:16:19 chr1 200618238 . T C 1026.82 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.253;QD=59.5257;RBI=0.0503034;REFB=0;REVB=0.0365614;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100327;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr1 200730170 . A G 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0375679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8959;QD=25.3113;RBI=0.0556703;REFB=0.00583923;REVB=0.0410833;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183443;STB=0.602542;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00155584;OID=.;OPOS=200730170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:6:7:6:14:6:7 chr1 200880978 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.705;QD=47.8217;RBI=0.04839;REFB=0;REVB=0.0104057;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146324;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 200881172 . C A 51.7 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0597744;FXX=0.0713776;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3368;QD=15.9078;RBI=0.103061;REFB=-0.0416268;REVB=-0.083956;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637124;STB=0.873989;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0273108;OID=.;OPOS=200881172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:6:0:6:1:6:0 chr1 200940180 . G A 302.25 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00481902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.572;QD=16.7916;RBI=0.0325834;REFB=-0.0120757;REVB=-0.0322251;RO=37;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946252;STB=0.569511;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0161578;OID=.;OPOS=200940180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:39:33:33:0.458333:12:21:20:17:12:21:20:19 chr1 200941716 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.033873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.225;QD=13.2053;RBI=0.0447785;REFB=-0.0140151;REVB=0.029287;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00425508;OID=.;OPOS=200941716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:1:5:3:3:1:5 chr1 200956288 . A G 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0140469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.098;QD=15.2186;RBI=0.0145714;REFB=-0.00730803;REVB=-0.00387411;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12648;STB=0.571383;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.010048;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:25:16:16:15:25:16 chr1 200957691 . G C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00741996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.034;QD=25.4671;RBI=0.0514101;REFB=-0.0285679;REVB=0.0508718;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.010483;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:3:6:3:0:3:6:3:0 chr1 200959302 . G A 161.12 PASS AF=0.459459;AO=18;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000631999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.275;QD=17.4183;RBI=0.00141637;REFB=-0.0187004;REVB=-0.00126755;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330252;STB=0.670846;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0341041;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:18:17:0.459459:5:13:7:12:5:12:8:12 chr1 201030461 . G A 214.82 PASS AF=0.382353;AO=23;DP=65;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00450094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.042;QD=12.6365;RBI=0.0288817;REFB=-0.00474649;REVB=0.0285288;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108493;STB=0.584057;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00830236;OID=.;OPOS=201030461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:41:42:23:26:0.382353:14:9:20:21:17:9:20:22 chr1 201038651 . G A 536.98 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0120423;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.102;QD=23.6036;RBI=0.0352678;REFB=-0.025609;REVB=0.0331481;RO=39;SAF=33;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594661;STB=0.511589;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0214527;OID=.;OPOS=201038651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:41:50:50:0.549451:17:33:26:13:17:33:28:13 chr1 201112981 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8155;QD=60.9734;RBI=0.0333222;REFB=0;REVB=0.00996118;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541876;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 201115822 . A G 361.0 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0540951;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1152;QD=20.0556;RBI=0.0896761;REFB=0.0080808;REVB=-0.0715228;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224353;STB=0.618726;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00977298;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:35:37:37:0.513889:16:21:29:7:16:21:28:7 chr1 201122947 . T G 994.05 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000530908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8926;QD=57.6263;RBI=0.0219997;REFB=-0.146814;REVB=0.0219933;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00258601;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:1:0:30:38:1:0 chr1 201166383 . G A 208.69 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0532433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9449;QD=13.6844;RBI=0.053782;REFB=-0.0127817;REVB=0.00759309;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472438;STB=0.527005;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0176778;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:20:16:10:15:20:16 chr1 201166435 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0249244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.447;QD=14.1317;RBI=0.0249313;REFB=-0.0235366;REVB=0.000583509;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11387;STB=0.565969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0317912;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:18:13:10:9:18:13 chr1 201175227 . C A 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8172;QD=58.6227;RBI=0.0219473;REFB=-0.0774549;REVB=0.00930648;RO=1;SAF=68;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692608;STB=0.503649;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00072105;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:32:68:1:0:32:68:1:0 chr1 201175274 . A G 439.65 PASS AF=0.363014;AO=44;DP=138;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.00299303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.261;QD=12.0453;RBI=0.0157748;REFB=-0.0306237;REVB=0.0154883;RO=93;SAF=17;SAR=27;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201918;STB=0.591508;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0502778;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:146:93:93:44:53:0.363014:27:17:52:41:31:22:52:41 chr1 201175715 . G T 782.02 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.633;QD=52.1348;RBI=0.0298068;REFB=-0.164905;REVB=0.0262716;RO=3;SAF=19;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348548;STB=0.518512;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00147373;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:57:57:0.95:38:19:2:1:38:19:2:1 chr1 201176018 . A G 340.27 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.042;QD=54.4435;RBI=0.128686;REFB=0;REVB=-0.128233;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115264;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 201176108 . G A 209.48 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0202334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.423;QD=18.6206;RBI=0.0226385;REFB=-0.0185166;REVB=0.0101544;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.608407;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0264291;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:10:13:8:13:10:14 chr1 201176690 . T C 118.77 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0270564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.365;QD=22.6235;RBI=0.0283938;REFB=-0.0473654;REVB=0.00861137;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0255064;OID=.;OPOS=201176690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr1 201176968 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0149004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.085;QD=20.6011;RBI=0.0149005;REFB=-0.0166742;REVB=5.14973e-05;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.599908;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0122364;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:15:4:8:12:15:4 chr1 201177246 . T C 248.63 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00016685;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5853;QD=12.9157;RBI=0.00622835;REFB=0.00035366;REVB=-0.00622612;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300646;STB=0.526845;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000116231;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:29:30:0.38961:15:14:24:23:16:14:24:23 chr1 201177278 . C T 306.56 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0136942;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9794;QD=12.5125;RBI=0.0201537;REFB=-0.0312687;REVB=0.0147864;RO=61;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136652;STB=0.579594;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0245207;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:61:63:35:35:0.357143:22:13:30:31:22:13:31:32 chr1 201177538 . G T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00787153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.64;QD=16.993;RBI=0.0130413;REFB=-0.0127565;REVB=-0.0103978;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832719;STB=0.54684;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.012725;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:16:14:15:12:16:14 chr1 201178965 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.846;QD=32.8219;RBI=0.0255945;REFB=-0.0138481;REVB=0.023384;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00158776;OID=.;OPOS=201178965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:1:0:1:8:1:0 chr1 201181217 . A G 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00954437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.915;QD=14.2306;RBI=0.0105843;REFB=-0.0105543;REVB=0.00457509;RO=36;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655715;STB=0.537247;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0167241;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:11:15:23:13:11:15:23:13 chr1 201181223 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.594;QD=58.4197;RBI=0.0395372;REFB=0;REVB=0.0151599;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67754e-05;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr1 201181920 . G T 256.31 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0568083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.4194;QD=17.9864;RBI=0.0568641;REFB=0.00470457;REVB=0.00251861;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2731;STB=0.593728;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0510299;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:16:19:0.333333:10:6:16:9:10:9:16:9 chr1 201183363 . C T 327.76 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00413964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.473;QD=11.3022;RBI=0.0134678;REFB=-0.00723044;REVB=-0.0128159;RO=75;SAF=22;SAR=19;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187426;STB=0.510759;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0148022;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:75:75:41:41:0.353448:19:22:39:36:19:22:39:36 chr1 201183402 . T C 498.07 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00375898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.368;QD=13.194;RBI=0.00706042;REFB=-0.00315814;REVB=-0.00597658;RO=90;SAF=23;SAR=35;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148338;STB=0.587461;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00565513;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:90:93:58:58:0.384106:35:23:48:42:35:23:50:43 chr1 201184275 . C T 194.62 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000656408;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.021;QD=16.563;RBI=0.0144389;REFB=-0.00291201;REVB=0.014424;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114232;STB=0.574395;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00567613;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:27:20:20:0.425532:10:10:16:10:10:10:17:10 chr1 201187764 . T C 868.67 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.791;QD=57.9116;RBI=0.0452568;REFB=0;REVB=0.0434141;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79034e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:28:32:0:0 chr1 201195119 . C T 2027.41 PASS AF=0.970803;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0517007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.298;QD=59.1945;RBI=0.0555182;REFB=-0.0120972;REVB=0.0202313;RO=2;SAF=82;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346695;STB=0.503592;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000375099;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:137:2:4:133:133:0.970803:51:82:1:1:51:82:2:2 chr1 201197471 . T C 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0304924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.176;QD=8.08784;RBI=0.0312873;REFB=0.00294443;REVB=-0.0070081;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343623;STB=0.716021;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00618216;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:11:11:2:7:11:11 chr1 201285759 . A G 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.214;QD=64.1523;RBI=0.0242525;REFB=0;REVB=0.0166643;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62233e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr1 201286771 . C T 1327.79 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.037185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0341;QD=57.7299;RBI=0.0464604;REFB=-0.167721;REVB=0.0278539;RO=3;SAF=35;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388947;STB=0.527021;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00291357;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:3:4:88:88:0.956522:53:35:3:0:53:35:4:0 chr1 201288955 . G A 853.0 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0314032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7817;QD=53.3124;RBI=0.13531;REFB=-0.15028;REVB=0.131615;RO=2;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362693;STB=0.518513;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.013007;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:25:36:0:2:26:36:0:2 chr1 201299263 . A G 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.471;QD=59.9954;RBI=0.0397028;REFB=0;REVB=-0.0031411;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91998e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr1 201355522 . T C 279.59 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.767;QD=48.6244;RBI=0.0317566;REFB=-0.0230212;REVB=0.016059;RO=1;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102024;STB=0.555502;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00390193;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:21:22:0.956522:4:17:0:1:4:18:0:1 chr1 201355943 . C T 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.415;QD=62.9071;RBI=0.0140765;REFB=0;REVB=0.0120995;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61583e-05;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:27:63:0:0:27:63:0:0 chr1 201360240 . C T 153.63 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00291401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.586;QD=21.9475;RBI=0.0466826;REFB=-0.0056576;REVB=0.0465916;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.526993;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00348136;OID=.;OPOS=201360240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:6:6:9:7:6:6 chr1 201383643 . A C 241.8 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.013045;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.822;QD=18.5998;RBI=0.0192956;REFB=-0.0200988;REVB=-0.0142179;RO=26;SAF=23;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476142;STB=0.772855;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.016977;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:26:26:26:26:0.5:3:23:13:13:3:23:13:13 chr1 201386916 . C T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.000176232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.227;QD=23.5284;RBI=0.00407887;REFB=-0.00554066;REVB=0.00407506;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158572;STB=0.571359;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0055939;OID=.;OPOS=201386916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:10:10:4:10:10:10:5:10 chr1 201860626 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.342;QD=57.2;RBI=0.176587;REFB=0;REVB=0.0535879;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156288;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:23:5:0:0:23:7:0:0 chr1 201861016 . C G 582.21 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.057;QD=58.2214;RBI=0.0103153;REFB=-0.101734;REVB=-0.00981376;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000397348;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr1 201865763 . A G 368.68 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1203;QD=54.6192;RBI=0.0659159;REFB=0;REVB=0.0291719;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105479;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:13:14:0:0 chr1 201952574 . T C 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0164958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.703;QD=20.4368;RBI=0.0243331;REFB=-0.000169796;REVB=-0.0178882;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965033;STB=0.553536;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000164766;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:16:10:15:15:16:10 chr1 201969082 . G A 356.49 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0457311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3799;QD=12.6191;RBI=0.0458138;REFB=-0.01973;REVB=-0.00275137;RO=70;SAF=23;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401209;STB=0.522811;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0339215;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:20:23:40:30:20:23:40:30 chr1 201970562 . T C 2084.31 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.133;QD=62.686;RBI=0.00717226;REFB=0;REVB=-0.00558912;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06561e-06;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:68:64:0:0:68:65:0:0 chr1 201981862 . T C 166.74 PASS AF=0.372881;AO=18;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00224093;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.068;QD=11.3047;RBI=0.00254001;REFB=-0.00889861;REVB=-0.00119577;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786777;STB=0.520105;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0103486;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:35:37:18:22:0.372881:11:7:16:19:12:10:18:19 chr1 202092332 . C G 279.69 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0622505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7417;QD=46.615;RBI=0.0994931;REFB=-0.133611;REVB=-0.0776128;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768812;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00947984;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:2:1:22:23:0.958333:11:11:2:0:11:12:1:0 chr1 202092360 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.414;QD=52.6065;RBI=0.0172475;REFB=0;REVB=0.0172068;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52049e-05;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 202092415 . A G 517.02 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.701;QD=59.088;RBI=0.0594084;REFB=0;REVB=0.0584048;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114505;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:21:14:0:0 chr1 202092580 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.573;QD=58.2394;RBI=0.0605755;REFB=0;REVB=0.0292539;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91559e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 202104616 . T A 371.05 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00117958;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.888;QD=17.8817;RBI=0.0070136;REFB=-0.00825248;REVB=0.0069137;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879276;STB=0.548281;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0122401;OID=.;OPOS=202104616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:44:38:39:0.46988:22:16:23:22:23:16:22:22 chr1 202119546 . C G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00252447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.935;QD=16.4787;RBI=0.00724622;REFB=-0.0103764;REVB=-0.00679225;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458849;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0120892;OID=.;OPOS=202119546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:13:12:10:9:13:12 chr1 202129826 . T C 1069.86 PASS AF=0.571429;AO=99;DP=174;FAO=100;FDP=175;FR=.;FRO=75;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=0.0234193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.304;QD=24.454;RBI=0.0249866;REFB=-0.0414438;REVB=-0.00871017;RO=74;SAF=51;SAR=48;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20275;STB=0.613408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0284203;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:74:75:99:100:0.571429:48:51:19:55:48:52:19:56 chr1 202155543 . A C 1821.97 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.933;QD=61.2428;RBI=0.0944623;REFB=0;REVB=0.0417922;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64761e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:119:0:0:110:119:1:67:43:0:0:68:51:0:0 chr1 202156135 . C CCCTCGCT 147.18 PASS AF=0.309091;AO=13;DP=105;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.11176;FXX=0.4444;HRUN=6;LEN=7;MLLD=184.263;QD=10.7041;RBI=0.113293;REFB=-0.0524052;REVB=0.0185743;RO=68;SAF=8;SAR=5;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147932;STB=0.913718;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0549629;OID=.;OPOS=202156136;OREF=-;OALT=CCTCGCT;OMAPALT=CCCTCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:13:105:17:55:38:1:16:21:17:99:68:8:5:49:19 chr1 202156628 . A C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.373;QD=59.5012;RBI=0.00695579;REFB=0;REVB=0.000182787;RO=0;SAF=16;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09369e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:53:16:0:0:53:16:0:0 chr1 202172943 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0151992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.606;QD=18.0353;RBI=0.0495687;REFB=0.00122634;REVB=-0.0471809;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391584;STB=0.522224;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00147023;OID=.;OPOS=202172943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:10:17:13:9:10:17 chr1 202200799 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.492;QD=50.4131;RBI=0.184062;REFB=0;REVB=0.0166424;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000803612;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr1 202276494 . C T 1456.86 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0279385;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.889;QD=58.8631;RBI=0.0379589;REFB=-0.0512851;REVB=0.0256967;RO=2;SAF=48;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193458;STB=0.509889;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=6.72683e-05;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:99:99:2:4:95:95:0.959596:47:48:2:0:47:48:3:1 chr1 202287206 . T C 930.61 PASS AF=1;AO=47;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.177;QD=58.163;RBI=0.0383731;REFB=0;REVB=0.0286371;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033642;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:47:64:1:19:28:0:0:32:32:0:0 chr1 202287537 . G A 731.45 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139206;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.827;QD=63.6043;RBI=0.0463778;REFB=0;REVB=0.0442393;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128654;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr1 202287813 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.229;QD=40.7629;RBI=0.0454365;REFB=0;REVB=0.0256331;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168594;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 202531741 . C T 1526.89 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.941;QD=59.878;RBI=0.0493597;REFB=0;REVB=0.0490602;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02635e-05;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:46:54:0:0:48:54:0:0 chr1 202574784 . G A 766.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.052;QD=63.8415;RBI=0.0343545;REFB=0;REVB=0.0317848;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146191;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr1 202705455 . G C 565.63 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0373987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4242;QD=18.3944;RBI=0.0693639;REFB=0.00421045;REVB=0.0584182;RO=64;SAF=23;SAR=36;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120321;STB=0.566747;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00351318;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:36:23:33:31:36:23:33:31 chr1 202715284 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00623515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.891;QD=13.9479;RBI=0.00666068;REFB=0.00139719;REVB=-0.00234255;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672357;STB=0.539038;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00191464;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:11:16:9:8:11:16 chr1 202718202 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0626807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1431;QD=14.4115;RBI=0.0703123;REFB=0.00629757;REVB=-0.0318583;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585465;STB=0.533943;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0112151;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:14:14:8:10:14:14 chr1 202733238 . C T 173.35 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0219704;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.321;QD=17.3349;RBI=0.0219734;REFB=-0.0195818;REVB=0.000365049;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0183966;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:12:6:6:16:12:6:6:16 chr1 202794787 . T C 470.41 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0023168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.119;QD=20.6775;RBI=0.00752886;REFB=-0.0241515;REVB=-0.00716353;RO=45;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293477;STB=0.516245;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.024315;OID=.;OPOS=202794787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:24:22:23:22:24:22:23:22 chr1 202795262 . G A 132.61 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0145868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.285;QD=14.7346;RBI=0.0276865;REFB=-0.0194876;REVB=0.0235323;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105827;STB=0.541123;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0257935;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:14:6:6:9:14:7 chr1 202795849 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0219374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.429;QD=10.5408;RBI=0.0235323;REFB=-0.0069645;REVB=0.00851581;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163444;STB=0.5998;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0126601;OID=.;OPOS=202795849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:6:15:9:2:6:15 chr1 202861342 . A G 316.79 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0106208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.33;QD=20.4379;RBI=0.0179556;REFB=-0.0034103;REVB=-0.0144776;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118865;STB=0.565776;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00220577;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:19:10:16:17:19:10 chr1 202884063 . C T 288.66 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00826706;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.397;QD=24.5666;RBI=0.0198008;REFB=0.00620526;REVB=-0.0179924;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.548982;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00425061;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:21:25:26:0.553191:13:12:11:11:14:12:12:9 chr1 202888947 . T C 236.64 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00983304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.426;QD=19.7197;RBI=0.0233172;REFB=-0.00347714;REVB=0.0211424;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120722;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00366802;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:12:13:9:14:12:13 chr1 202910109 . GAAAAAAAAAAAATT GAAAAAAAAAAAAATT,GAAAAAAAAAAATAA,GAAAAAAAAAAATT,GAAAAAAAAAATAAA,GAAAAAAAAAATT 127.06 PASS AF=0,0.208333,0.354167,0.0208333,0.25;AO=9,3,12,2,7;DP=52;FAO=0,10,17,1,12;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=0,9,8,1,8;FSAR=0,1,9,0,4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.387128,-0.0217985,-0.245781,-0.0251892,-0.170616;FXX=0.0769083;HRUN=12,12,12,12,12;LEN=1,3,1,4,2;MLLD=3.76929,22.4023,4.17627,25.9886,6.71116;QD=10.5886;RBI=0.867587,0.100303,0.859727,0.0950356,0.455172;REFB=0.0696376,-0.0394791,-0.101569,-0.0366765,-0.0479361;REVB=-0.776427,0.0979061,0.823846,0.0916366,0.421985;RO=4;SAF=0,3,6,2,6;SAR=9,0,6,0,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.782218,0.224255,0.767801,0.563426;STB=0.5,0.899199,0.653685,0.997736,0.749624;STBP=1,0.003,0.041,0.046,0.01;TYPE=ins,mnp,del,mnp,del;VARB=0.0464368,0.0699117,0.130465,0.0916281,0.238465;OID=.,.,.,.,.;OPOS=202910110,202910121,202910110,202910120,202910110;OREF=-,ATT,A,AATT,AA;OALT=A,TAA,-,TAAA,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAAATT,GAAAAAAAAAAATAA,GAAAAAAAAAAATT,GAAAAAAAAAATAAA,GAAAAAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.208333,0.354167,0.0208333,0.25:9,3,12,2,7:52:0,10,17,1,12:48:8:0,9,8,1,8:0,1,9,0,4:0:8:48:4:0,3,6,2,6:9,0,6,0,1:0:4 chr1 202932154 . G A 433.85 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00304441;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.362;QD=16.2187;RBI=0.00867539;REFB=-0.0128243;REVB=-0.00812366;RO=59;SAF=25;SAR=23;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071824;STB=0.540101;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0184622;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:23:25:35:24:23:25:35:24 chr1 202935911 . T C 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0295617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.041;QD=14.7403;RBI=0.0295732;REFB=-0.00851241;REVB=-0.00082504;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559515;STB=0.531732;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0151183;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:20:21:17:13:20:21 chr1 203003870 . G A 726.78 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0913;QD=55.9064;RBI=0.114965;REFB=0;REVB=0.11496;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265167;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:45:52:1:18:27:0:0:24:28:0:0 chr1 203008174 . G C 743.01 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000356725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.606;QD=63.2349;RBI=0.0299838;REFB=0;REVB=0.0299816;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520259;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:27:15:0:0:32:15:0:0 chr1 203008286 . C G 520.7 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0354889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.733;QD=23.6682;RBI=0.0361598;REFB=-0.0204183;REVB=-0.00693293;RO=39;SAF=24;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313727;STB=0.51253;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0170501;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:48:49:0.556818:24:24:18:21:25:24:18:21 chr1 203040816 . G C 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0117338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.198;QD=18.4674;RBI=0.0121565;REFB=-0.0240329;REVB=0.00317802;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407599;STB=0.522716;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0299115;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:25:19:19:21:25:19 chr1 203053768 . T C 2351.47 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478934;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.917;QD=63.9855;RBI=0.0144221;REFB=0;REVB=0.0136036;RO=0;SAF=101;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43274e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:146:147:1:45:101:0:0:46:101:0:0 chr1 203054852 . C T 273.8 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0807066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7273;QD=17.6648;RBI=0.082059;REFB=0.0144221;REVB=0.0148365;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187225;STB=0.584359;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0117227;OID=.;OPOS=203054852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:32:29:30:0.483871:18:11:19:14:18:12:18:14 chr1 203135840 . CT C 1174.17 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5653;QD=44.7304;RBI=0.0768293;REFB=0;REVB=0.0744527;RO=1;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00134438;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:102:105:105:0:61:44:0:0:21:1:60:40:0:1 chr1 203137784 . A ACT,T 1199.66 PASS AF=0.879121,0.043956;AO=80,4;DP=92;FAO=80,4;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=46,2;FSAR=34,2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0255567,-0.0212372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=238.443,114.19;QD=52.7325;RBI=0.0374251,0.0499734;REFB=-0.0263627,-0.0489814;REVB=0.0273402,-0.0452362;RO=8;SAF=46,2;SAR=34,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0131302,0;STB=0.500294,0.545229;STBP=0.999,0.913;TYPE=ins,snp;VARB=0.00350839,-0.000683533;OID=.,.;OPOS=203137785,203137784;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:92:91:8:7:80,4:80,4:0.879121,0.043956:34,2:46,2:4:4:34,2:46,2:4:3 chr1 203143725 . G C 131.05 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0395996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5439;QD=14.9772;RBI=0.0550625;REFB=-0.0301761;REVB=-0.0382589;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0745311;OID=.;OPOS=203143725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:5:15:10:5:5:15 chr1 203148633 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.209;QD=48.7371;RBI=0.0250049;REFB=0;REVB=-0.0215141;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116777;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 203152801 . T C 243.26 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00498742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.335;QD=18.7125;RBI=0.0181775;REFB=-0.0143272;REVB=0.0174799;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130192;STB=0.571378;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00826874;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:25:26:0.5:17:8:5:20:18:8:5:21 chr1 203155703 . A T 241.91 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00520617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.211;QD=23.0391;RBI=0.00931053;REFB=-0.0249195;REVB=-0.00771892;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607908;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0265885;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:12:11:10:8:12:11:10:9 chr1 203309966 . G C 1536.46 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060476;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0053;QD=64.0192;RBI=0.0605165;REFB=0;REVB=-0.00221248;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018254;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr1 203652444 . A G 1007.61 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00737181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.228;QD=55.2117;RBI=0.0184982;REFB=0.0452661;REVB=-0.0169658;RO=3;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043578;STB=0.52307;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00298888;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:31:39:0:3:31:39:0:3 chr1 203667409 . T C 1482.48 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.499;QD=61.1332;RBI=0.0245806;REFB=-0.0458807;REVB=0.000214048;RO=2;SAF=50;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103148;STB=0.500544;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=8.96552e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:45:50:1:1:45:50:1:1 chr1 203681085 . T C 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8776;QD=58.1368;RBI=0.0270989;REFB=0;REVB=-0.00846311;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196589;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr1 203766964 . A G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0300064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.872;QD=17.9539;RBI=0.0326408;REFB=-0.0128499;REVB=0.0128467;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0136942;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:7:10:9:7:7:10 chr1 203768328 . T C 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0301037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2007;QD=13.5511;RBI=0.0482435;REFB=-0.000527405;REVB=-0.0376988;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124218;STB=0.500711;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00120039;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:19:16:11:13:19:16 chr1 203769532 . G A 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0495325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.393;QD=14.0769;RBI=0.0496379;REFB=-0.0286092;REVB=-0.00323312;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285645;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:14:16:12:12:0.428571:9:3:4:10:9:3:4:12 chr1 203787700 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.543;QD=57.1768;RBI=0.0195847;REFB=0;REVB=-0.0041632;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37434e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 204110334 . A G 678.13 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0618656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0225;QD=52.1638;RBI=0.0664151;REFB=-0.0532969;REVB=0.0241581;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469855;STB=0.5238;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0132515;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:52:2:2:49:50:0.961538:19:30:0:2:20:30:0:2 chr1 204159611 . CT C 37.27 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0482476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.636;QD=9.31729;RBI=0.0482775;REFB=-0.00355036;REVB=-0.00169844;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304772;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=0.00745594;OID=.;OPOS=204159612;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:15:6:16:10:3:3:7:3:37:10:2:3:7:3 chr1 204188371 . A G 499.08 PASS AF=0.705882;AO=43;DP=64;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0931248;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.2283;QD=29.3575;RBI=0.123413;REFB=-0.20157;REVB=0.0809844;RO=21;SAF=25;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534677;STB=0.514169;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0972911;OID=.;OPOS=204188371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:21:20:43:48:0.705882:18:25:14:7:19:29:13:7 chr1 204190412 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.081;QD=58.5867;RBI=0.0175628;REFB=0;REVB=0.00607527;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150829;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 204198209 . A G 464.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.283;QD=58.0478;RBI=0.0327035;REFB=0;REVB=-0.0322681;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256579;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr1 204199614 . C T 723.74 PASS AF=0.959184;AO=48;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0705341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9909;QD=59.0805;RBI=0.0784195;REFB=-0.0276958;REVB=0.0342718;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.518511;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00830123;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:48:47:0.959184:21:27:1:0:21:26:2:0 chr1 204230581 . G A 1509.38 PASS AF=0.938053;AO=106;DP=114;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0296219;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.282;QD=53.4293;RBI=0.0323492;REFB=-0.0816189;REVB=0.0130005;RO=7;SAF=56;SAR=50;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117284;STB=0.506192;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00223197;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:114:113:7:7:106:106:0.938053:50:56:3:4:50:56:3:4 chr1 204237416 . C T 2020.54 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348997;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.015;QD=62.6524;RBI=0.0184021;REFB=0;REVB=0.0180681;RO=0;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25357e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:83:46:0:0:83:46:0:0 chr1 204379617 . T C 1322.87 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.959;QD=58.7941;RBI=0.0159134;REFB=0.00870293;REVB=0.00805821;RO=2;SAF=43;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215241;STB=0.511109;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=3.79218e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:90:2:2:86:88:0.977778:43:43:2:0:44:44:2:0 chr1 204403659 . A G 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0197061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6158;QD=17.423;RBI=0.0198963;REFB=0.0105983;REVB=-0.0027445;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124587;STB=0.569689;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0143522;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:13:21:15:16:13:21 chr1 204438334 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.926;QD=47.8224;RBI=0.0658356;REFB=0;REVB=-0.0512759;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4039e-05;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 204438643 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.31;QD=53.9101;RBI=0.0118485;REFB=0;REVB=0.00323559;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15139e-05;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 204476182 . G GA 96.97 PASS AF=0.390244;AO=17;DP=43;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00514494;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.93;QD=9.46092;RBI=0.00847435;REFB=-0.00559426;REVB=0.00673381;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189915;STB=0.621474;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.00929042;OID=.;OPOS=204476183;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:17:43:16:41:25:9:7:9:16:96:26:9:8:9:17 chr1 204501383 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.015894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.546;QD=17.4015;RBI=0.0289294;REFB=-0.0111474;REVB=0.0241721;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00807216;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:6:7:6:7:6:7 chr1 204531567 . C T 561.05 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025452;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.11;QD=60.6535;RBI=0.0736446;REFB=0;REVB=0.0691066;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259844;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 204587240 . G A 447.68 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00411747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.235;QD=21.0675;RBI=0.0135379;REFB=-0.0157522;REVB=-0.0128966;RO=40;SAF=25;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376876;STB=0.5273;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0151697;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:41:44:44:0.517647:19:25:21:19:19:25:21:20 chr1 204590044 . G A 1559.65 PASS AF=0.990741;AO=103;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9366;QD=57.765;RBI=0.0516082;REFB=-0.142928;REVB=0.0409288;RO=2;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206186;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000953835;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:2:1:103:107:0.990741:45:58:0:2:48:59:0:1 chr1 204591237 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.317;QD=62.022;RBI=0.0294824;REFB=0;REVB=0.0242774;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20833e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 204943947 . C A 177.21 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0183453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.892;QD=12.221;RBI=0.0197273;REFB=-0.0207939;REVB=-0.00725368;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122979;STB=0.566947;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0297592;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:36:21:22:0.37931:14:7:15:19:15:7:15:21 chr1 204966428 . C G 230.2 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.0843136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.607;QD=21.9239;RBI=0.0845059;REFB=-0.0185364;REVB=0.00569805;RO=19;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28709;STB=0.661186;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0154429;OID=.;OPOS=204966428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:21:1:0:19:21:1:0:20 chr1 204966690 . G A 1105.79 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0305562;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.954;QD=58.9752;RBI=0.0489305;REFB=0.00741528;REVB=0.0382167;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000182599;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:74:74:0.986667:38:36:1:0:38:36:1:0 chr1 204966697 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0098765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.174;QD=17.8514;RBI=0.0143522;REFB=-0.0117709;REVB=-0.0104134;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145691;STB=0.581351;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0166997;OID=.;OPOS=204966697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:24:16:20:16:24:16 chr1 204970302 . T C 420.46 PASS AF=0.512195;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0197996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.88;QD=20.5102;RBI=0.0198052;REFB=-0.0159167;REVB=-0.000468557;RO=39;SAF=17;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16851;STB=0.583582;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0122703;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:39:40:40:42:0.512195:23:17:24:15:23:19:25:15 chr1 204978533 . A G 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0100605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.119;QD=21.664;RBI=0.0133848;REFB=-0.0141368;REVB=-0.00882845;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183251;STB=0.606712;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0109241;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:18:21:10:22:18:21:10:23 chr1 204991770 . C T 487.29 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0332808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7663;QD=24.0634;RBI=0.0362284;REFB=-0.0153184;REVB=-0.0143136;RO=34;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722068;STB=0.540175;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0168841;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:35:45:46:0.567901:24:21:19:15:24:22:20:15 chr1 205027737 . G A 544.25 PASS AF=0.40625;AO=60;DP=154;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0221375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.95;QD=13.6061;RBI=0.0227005;REFB=-0.0200077;REVB=0.00502464;RO=94;SAF=25;SAR=35;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158645;STB=0.599969;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0367916;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:160:94:95:60:65:0.40625:35:25:53:41:39:26:54:41 chr1 205031116 . C T 2535.95 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0577466;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9032;QD=60.3797;RBI=0.0603315;REFB=-0.0559871;REVB=0.0174705;RO=2;SAF=95;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167226;STB=0.500879;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00228683;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:168:2:2:166:166:0.988095:71:95:1:1:71:95:1:1 chr1 205041158 . C T 823.32 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00357685;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.619;QD=19.259;RBI=0.00868793;REFB=-0.0452868;REVB=0.00791746;RO=87;SAF=46;SAR=38;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388401;STB=0.521405;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0392287;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:87:87:84:84:0.491228:38:46:44:43:38:46:44:43 chr1 205052939 . G A 565.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.595;QD=58.0275;RBI=0.0213061;REFB=-0.154105;REVB=-0.0167895;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000824525;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:0:1:38:38:0.974359:28:10:0:0:28:10:0:1 chr1 205053219 . C T 1077.4 PASS AF=0.974026;AO=71;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.187;QD=55.9688;RBI=0.0206777;REFB=-0.206282;REVB=0.0129657;RO=2;SAF=43;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214858;STB=0.503508;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00222374;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:77:2:2:71:75:0.974026:28:43:2:0:28:47:1:1 chr1 205056844 . T TTA 112.96 PASS AF=0.75;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0293554;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=285.867;QD=28.2397;RBI=0.0307307;REFB=-0.00103149;REVB=0.00909049;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138896;STB=0.562397;STBP=0.407;TYPE=ins;VARB=0.000197237;OID=.;OPOS=205056845;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:11:17:12:16:4:6:6:1:3:20:4:6:5:1:3 chr1 205113595 . AG CA 223.96 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0206156;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.886;QD=21.3294;RBI=0.0220875;REFB=-0.0041279;REVB=-0.00792797;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214136;STB=0.616329;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.0039954;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:21:22:0.52381:14:7:11:8:15:7:11:9 chr1 205129319 . G A 162.77 PASS AF=0.35;AO=22;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.000868465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1419;QD=10.8515;RBI=0.0478474;REFB=-0.00384521;REVB=0.0478395;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2026;STB=0.593815;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00972106;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:22:21:0.35:11:11:26:12:10:11:26:13 chr1 205130413 . A G 800.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.251;QD=57.2121;RBI=0.0150277;REFB=0;REVB=0.00255766;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.738e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr1 205272983 . C G 77.41 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0197221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.708;QD=13.4618;RBI=0.0224652;REFB=-0.0079135;REVB=-0.0107575;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533172;STB=0.812949;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00542932;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:10:3:8:2:10:3 chr1 205275421 . A C,G 685.73 PASS AF=0.0392157,0.941176;AO=2,48;DP=51;FAO=2,48;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=1,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00703959,0.00850782;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.5376,99.0988;QD=53.7826;RBI=0.0322201,0.0352702;REFB=-0.0131378,-0.104524;REVB=-0.0314417,-0.0342287;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.510634;STBP=0.662,0.353;TYPE=snp,snp;VARB=0.161568,-0.00394884;OID=.,.;OPOS=205275421,205275421;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:1:2,48:2,48:0.0392157,0.941176:1,25:1,23:0:0:1,25:1,23:1:0 chr1 205306590 . G A 418.37 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0110111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.928;QD=17.4323;RBI=0.0192715;REFB=-0.0135078;REVB=-0.015816;RO=53;SAF=16;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447161;STB=0.525065;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0175788;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:27:16:22:31:27:16:22:31 chr1 205492756 . A G 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110071;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.577;QD=59.4593;RBI=0.0159936;REFB=0;REVB=-0.0159556;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010078;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr1 205570406 . T A 504.72 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.015137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7452;QD=22.9416;RBI=0.0200625;REFB=-0.0363451;REVB=-0.0131672;RO=39;SAF=32;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175614;STB=0.591961;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0272097;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:40:48:48:0.545455:16:32:18:21:16:32:19:21 chr1 205738166 . T C 580.33 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160035;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.701;QD=61.0873;RBI=0.020609;REFB=0;REVB=0.0129853;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045383;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 205779231 . G A 699.07 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0259852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.414;QD=54.8287;RBI=0.0286625;REFB=-0.109364;REVB=0.0120957;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00096722;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:1:0:19:31:1:0 chr1 205812912 . A G 253.22 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1057;QD=50.6446;RBI=0.211307;REFB=0;REVB=-0.0125381;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532373;OID=.;OPOS=205812912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:1:0:18:20:1:16:2:1:0:17:3:0:0 chr1 205814485 . G A 299.85 PASS AF=0.516129;AO=23;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0119896;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7097;QD=19.3451;RBI=0.0136022;REFB=-0.0466717;REVB=-0.00642419;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793022;STB=0.514277;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0681637;OID=.;OPOS=205814485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:18:30:23:32:0.516129:16:7:4:14:18:14:14:16 chr1 205814497 . T C 972.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.567;QD=58.9422;RBI=0.03123;REFB=0;REVB=0.0240839;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187083;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr1 205817018 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0233861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.306;QD=18.6369;RBI=0.0270195;REFB=-0.0145975;REVB=0.0135331;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320827;STB=0.681601;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0240979;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:12:4:10:6:12:4 chr1 205819039 . C T 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00942455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=21.4746;RBI=0.00942649;REFB=-0.004801;REVB=-0.000191146;RO=30;SAF=26;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868824;STB=0.548165;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00436499;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:10:26:19:11:10:26:19:11 chr1 205819104 . G A 302.82 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00453408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.099;QD=17.06;RBI=0.00472616;REFB=-0.0139213;REVB=-0.00133367;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071295;STB=0.540092;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0197021;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:10:23:24:14:10:23:24:14 chr1 206516261 . C T 284.59 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00310723;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.39;QD=12.6486;RBI=0.00634441;REFB=-0.00923725;REVB=-0.00553143;RO=56;SAF=14;SAR=19;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160774;STB=0.586525;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0236111;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:57:33:33:0.366667:19:14:32:24:19:14:32:25 chr1 206566195 . C T 138.37 PASS AF=0.196721;AO=24;DP=121;FAO=24;FDP=122;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0233257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4685;QD=4.53679;RBI=0.0249816;REFB=-0.00298373;REVB=-0.00894399;RO=97;SAF=10;SAR=14;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125547;STB=0.57528;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0121833;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:97:98:24:24:0.196721:14:10:50:47:14:10:50:48 chr1 206566904 . T C 317.4 PASS AF=0.328;AO=38;DP=123;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0185225;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.112;QD=10.1567;RBI=0.0188225;REFB=-0.0056901;REVB=-0.00334744;RO=84;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128952;STB=0.547922;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0172833;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:84:84:38:41:0.328:18:20:35:49:21:20:35:49 chr1 206603535 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0307459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.049;QD=18.49;RBI=0.0321693;REFB=-0.00106101;REVB=-0.00946328;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600311;STB=0.534105;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00107499;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:11:15:14:8:11:15 chr1 206626607 . G A 425.45 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0149504;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1131;QD=22.1015;RBI=0.0404988;REFB=-0.0287559;REVB=0.0376382;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189712;STB=0.502247;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0230228;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:35:42:42:0.545455:17:25:21:13:17:25:21:14 chr1 206635570 . C T 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0106338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.228;QD=18.3699;RBI=0.011401;REFB=-0.00217296;REVB=0.00411145;RO=75;SAF=38;SAR=28;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284026;STB=0.515757;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00247987;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:75:66:66:0.468085:28:38:41:34:28:38:41:34 chr1 206637395 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000398261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.315;QD=22.3966;RBI=0.0354151;REFB=-0.002539;REVB=-0.0354129;RO=23;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254979;STB=0.514274;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00185472;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:7:18:16:7:7:18:16:7 chr1 206647742 . A G 1305.03 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7496;QD=60.6993;RBI=0.0520571;REFB=0.0195063;REVB=-0.0463673;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00518386;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:39:46:0:0:39:46:1:0 chr1 206647787 . T C 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.771;QD=63.4758;RBI=0.0410496;REFB=0;REVB=0.0410081;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98507e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr1 206651107 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0105827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.341;QD=17.0592;RBI=0.0125708;REFB=-0.0175646;REVB=-0.00678464;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11666;STB=0.565616;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0174509;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:11:22:21:17:11:22:21:17 chr1 206652330 . C G 151.36 PASS AF=0.296296;AO=23;DP=80;FAO=24;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0399656;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.07;QD=7.47444;RBI=0.0745971;REFB=-0.0620346;REVB=0.0629879;RO=40;SAF=22;SAR=1;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775754;STB=0.944025;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.133773;OID=.;OPOS=206652330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:56:23:24:0.296296:1:22:11:29:1:23:23:33 chr1 206661285 . A T 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0110205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.326;QD=13.368;RBI=0.0148832;REFB=-0.0113573;REVB=0.0100029;RO=55;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119904;STB=0.568381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0128073;OID=.;OPOS=206661285;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:16:18:23:32:16:18:23:32 chr1 206661287 . C T 328.08 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00366838;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.99;QD=14.9128;RBI=0.0140898;REFB=-0.0262104;REVB=0.0136039;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102966;STB=0.534072;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0511991;OID=.;OPOS=206661287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:52:36:36:0.409091:18:18:20:30:18:18:23:29 chr1 206665896 . C G 1042.41 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.148;QD=57.1182;RBI=0.030067;REFB=-0.0570437;REVB=0.0141363;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024233;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00171411;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:2:1:70:72:0.986301:38:32:0:2:39:33:0:1 chr1 206669465 . C T 781.51 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0243205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6834;QD=52.1009;RBI=0.0243302;REFB=-0.0400606;REVB=-0.000686683;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495627;STB=0.526307;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00406787;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:27:30:0:3:27:30:0:3 chr1 206773656 . TTCA CTCG,TTC,TTCG 1514.08 PASS AF=0,0.00961538,0.990385;AO=5,13,35;DP=106;FAO=0,1,103;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,63;FSAR=0,0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244427,0.0448943,0.0441082;FXX=0.0095229;HRUN=2,1,1;LEN=4,1,1;MLLD=106.057,121.229,133.347;QD=58.2338;RBI=0.111437,0.0935367,0.124107;REFB=0,0,0;REVB=0.111411,0.0820586,0.116004;RO=0;SAF=5,1,8;SAR=0,12,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.00075e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.00792729,-0.00422395,0.00216696;OID=.,.,.;OPOS=206773656,206773659,206773659;OREF=TTCA,A,A;OALT=CTCG,-,G;OMAPALT=CTCG,TTC,TTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:3:106:104:0:0:5,13,35:0,1,103:0,0.00961538,0.990385:0,12,27:5,1,8:0:0:0,0,40:0,1,63:0:0 chr1 207015957 . T C 412.78 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0237967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4291;QD=15.8762;RBI=0.0308401;REFB=0.0106001;REVB=0.0196171;RO=58;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127352;STB=0.571397;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0189232;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:18:28:28:30:18:28:28:30 chr1 207071249 . G A 73.12 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0168517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.217;QD=22.4994;RBI=0.028713;REFB=-0.0273899;REVB=0.0232477;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0274166;OID=.;OPOS=207071249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:13:13:4:4:6:7:0.538462:4:2:2:2:5:2:2:2 chr1 207076321 . T G 492.36 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0243883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7838;QD=20.0962;RBI=0.0499986;REFB=0.0105352;REVB=0.0436472;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654039;STB=0.530998;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0126129;OID=.;OPOS=207076321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:50:48:48:0.489796:23:25:22:27:23:25:23:27 chr1 207106444 . A G 394.24 PASS AF=0.38843;AO=45;DP=113;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.069614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1115;QD=13.0327;RBI=0.120997;REFB=-0.0077071;REVB=-0.0989649;RO=68;SAF=11;SAR=34;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142155;STB=0.563586;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00652742;OID=.;OPOS=207106444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:68:74:45:47:0.38843:34:11:24:44:34:13:27:47 chr1 207106478 . G A 267.8 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0279349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.514;QD=11.6433;RBI=0.0362323;REFB=-0.00854223;REVB=-0.0230742;RO=60;SAF=7;SAR=24;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15578;STB=0.597279;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0145784;OID=.;OPOS=207106478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:24:7:20:40:25:7:20:40 chr1 207107079 . G A 245.44 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00660652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.04;QD=23.9453;RBI=0.0467988;REFB=-0.0177123;REVB=0.0463301;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823844;STB=0.545812;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.01104;OID=.;OPOS=207107079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:12:6:10:13:12:6 chr1 207110936 . T C 734.25 PASS AF=0.979167;AO=41;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.684;QD=61.1877;RBI=0.0252771;REFB=-0.0681964;REVB=0.00178101;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000467907;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:41:47:0.979167:20:21:0:0:22:25:1:0 chr1 207132345 . A G 602.75 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.405;QD=54.7955;RBI=0.0675759;REFB=0.0438194;REVB=-0.0667111;RO=3;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137229;STB=0.507325;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.000292512;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:3:3:41:41:0.931818:23:18:1:2:23:18:1:2 chr1 207140440 . C T 429.44 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0125392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.305;QD=28.1603;RBI=0.022462;REFB=0.00179168;REVB=-0.0186362;RO=21;SAF=17;SAR=23;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599179;STB=0.532583;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00109594;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:23:17:7:14:23:17:7:14 chr1 207143422 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.825;QD=57.381;RBI=0.0183783;REFB=0;REVB=-0.00814721;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30135e-05;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr1 207195779 . A G 454.01 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0711435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8359;QD=50.4456;RBI=0.104359;REFB=-0.0397568;REVB=0.0763512;RO=3;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798291;STB=0.540516;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0044687;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:36:3:3:32:33:0.916667:16:16:0:3:17:16:0:3 chr1 207263829 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.076;QD=56.9569;RBI=0.0150836;REFB=0;REVB=-0.0038877;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79639e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr1 207269919 . C T 263.28 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0200206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9252;QD=19.5018;RBI=0.022142;REFB=0.00420208;REVB=0.00945747;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271321;STB=0.515141;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00246466;OID=.;OPOS=207269919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:15:11:11:17:15:11 chr1 207297680 . T C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0242658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.014;QD=16.4438;RBI=0.0257112;REFB=-0.000799841;REVB=-0.00849925;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498699;STB=0.52847;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000871067;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:7:20:14:6:7:20 chr1 207317935 . T C 468.02 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0112892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.802;QD=22.8302;RBI=0.0294047;REFB=-0.0108565;REVB=0.0271512;RO=37;SAF=17;SAR=28;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121668;STB=0.566638;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00473928;OID=.;OPOS=207317935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:28:17:9:28:28:17:9:28 chr1 207642150 . C T 954.72 PASS AF=0.505376;AO=94;DP=186;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00970022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.81;QD=20.5317;RBI=0.0184316;REFB=-0.0127347;REVB=-0.0156726;RO=91;SAF=54;SAR=40;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919489;STB=0.54796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0163979;OID=.;OPOS=207642150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:91:92:94:94:0.505376:40:54:43:48:40:54:44:48 chr1 207646322 . G A 302.54 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0424405;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.043;QD=28.1436;RBI=0.0472206;REFB=0.00294923;REVB=0.0207024;RO=16;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19788;STB=0.612817;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-7.66315e-05;OID=.;OPOS=207646322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:26:27:0.627907:9:17:6:10:9:18:6:10 chr1 207646462 . G A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0103522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.669;QD=23.8195;RBI=0.0194153;REFB=-0.000319425;REVB=-0.0164252;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218672;STB=0.512184;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.000122001;OID=.;OPOS=207646462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:12:5:7:15:12:5 chr1 207646898 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0206881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.717;QD=22.3963;RBI=0.021156;REFB=0.0084815;REVB=0.00442477;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109959;STB=0.561413;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0105057;OID=.;OPOS=207646898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:14:9:13:12:14:9 chr1 207646923 . G A 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00804308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.694;QD=19.6176;RBI=0.00905901;REFB=0.00519428;REVB=0.00416829;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230918;STB=0.520049;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00452731;OID=.;OPOS=207646923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:17:20:18:17:17:20:18:18 chr1 207653395 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.26;QD=62.3508;RBI=0.0411286;REFB=0;REVB=0.0266018;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279752;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 207679307 . A G 1135.13 PASS AF=0.506726;AO=113;DP=224;FAO=113;FDP=223;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.00444523;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.65;QD=20.361;RBI=0.00472924;REFB=-0.0151143;REVB=0.00161419;RO=108;SAF=55;SAR=58;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365924;STB=0.51999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0174256;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:108:110:113:113:0.506726:58:55:57:51:58:55:58:52 chr1 207782916 . A T 1057.95 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919804;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.008;QD=59.6029;RBI=0.0712254;REFB=0;REVB=0.0706289;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251569;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:22:47:0:0:25:46:0:0 chr1 207795320 . A G 424.41 PASS AF=0.339623;AO=54;DP=159;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0090579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8256;QD=10.677;RBI=0.00962417;REFB=-0.0016092;REVB=0.00325255;RO=105;SAF=34;SAR=20;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114361;STB=0.565822;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00281333;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:105:105:54:54:0.339623:20:34:56:49:20:34:56:49 chr1 207812791 . A G 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00432454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.919;QD=14.1785;RBI=0.00671008;REFB=-0.00782059;REVB=0.00513064;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147958;STB=0.582102;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0148278;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:53:35:35:0.397727:18:17:32:19:18:17:33:20 chr1 207851611 . A G 800.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.104;QD=57.1932;RBI=0.0394533;REFB=0;REVB=0.0228883;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113919;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:24:32:0:0 chr1 207857254 . A G 640.69 PASS AF=0.448718;AO=69;DP=155;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0488952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0725;QD=16.4279;RBI=0.0490444;REFB=-0.0358854;REVB=0.00382238;RO=85;SAF=33;SAR=36;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739493;STB=0.53347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0434545;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:85:86:69:70:0.448718:36:33:47:38:36:34:47:39 chr1 207875116 . GAGA G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0100329;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=349.986;QD=24.8032;RBI=0.0385896;REFB=0.00847666;REVB=0.0372626;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=del;VARB=-0.002987;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:10:14:10:14:4:6:4:2:2:21:4:6:4:2:2 chr1 207881557 . A G 2143.72 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226211;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.773;QD=63.0507;RBI=0.0112613;REFB=0;REVB=0.0110317;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103716;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:58:76:0:0:60:76:0:0 chr1 207884105 . C A 1419.74 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1138;QD=62.4064;RBI=0.0217604;REFB=0;REVB=0.0195188;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141384;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:58:32:0:0:58:33:0:0 chr1 207884107 . G A 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.221;QD=62.908;RBI=0.0181627;REFB=0;REVB=0.0130394;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84348e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chr1 207885881 . C T 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.594;QD=61.6917;RBI=0.0245708;REFB=0;REVB=-0.0214066;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76041e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr1 207886150 . C T 2589.82 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=170;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.178;QD=60.5806;RBI=0.0186369;REFB=-0.166278;REVB=-0.0022561;RO=1;SAF=79;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598635;STB=0.506249;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000375957;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:171:1:2:168:169:0.988304:89:79:1:0:90:79:2:0 chr1 207888739 . G T 2330.88 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267057;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.568;QD=63.4254;RBI=0.0267392;REFB=0;REVB=0.00133792;RO=0;SAF=82;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345746;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:63:82:0:0:65:82:0:0 chr1 207941190 . AG A,AT 952.29 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=15,51;DP=66;FAO=6,60;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=5,33;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391495,0.0389666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.035,157.239;QD=57.7148;RBI=0.0402245,0.0560769;REFB=0,0;REVB=-0.00923718,-0.0403264;RO=0;SAF=13,25;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0257999,0.0090378;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:15,51:66:6,60:66:0:5,33:1,27:0:0:13:0:13,25:2,26:0:0 chr1 208390155 . C T 132.31 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.025263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.76;QD=9.98595;RBI=0.0282003;REFB=-0.00196548;REVB=-0.0125315;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945958;STB=0.555989;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00658162;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:9:8:14:22:9:8:14:22 chr1 208390162 . T C 107.92 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00221949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.259;QD=8.46454;RBI=0.00694801;REFB=-0.0236577;REVB=-0.00658397;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846975;STB=0.516592;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.048128;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:37:13:14:0.27451:9:4:13:22:9:5:14:23 chr1 208391098 . T C 520.28 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0416946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5663;QD=20.4033;RBI=0.044925;REFB=0.0231058;REVB=-0.0167279;RO=48;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753965;STB=0.536899;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00478426;OID=.;OPOS=208391098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:53:53:0.519608:30:23:25:23:30:23:25:24 chr1 209782343 . A G 1544.5 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108516;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.692;QD=58.8382;RBI=0.0119126;REFB=0.0294363;REVB=-0.00491456;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797558;STB=0.504201;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000110893;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:59:45:0:1:59:45:0:1 chr1 209788703 . T C 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0461523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.021;QD=19.0223;RBI=0.0477673;REFB=-0.0245561;REVB=-0.0123155;RO=35;SAF=10;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22329;STB=0.624925;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0167148;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:25:10:18:17:25:10:18:17 chr1 209791929 . G T 625.32 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00167698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.431;QD=20.1716;RBI=0.0294144;REFB=-0.00867754;REVB=-0.0293665;RO=60;SAF=26;SAR=37;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931982;STB=0.547635;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00775578;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:60:61:63:63:0.508065:37:26:31:29:37:26:31:30 chr1 209797198 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0120016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.487;QD=7.03151;RBI=0.0476691;REFB=-0.00882961;REVB=-0.0461336;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180355;STB=0.597271;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0228426;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:5:4:15:10:5:4:15:11 chr1 209797253 . T C 152.11 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00353321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.938;QD=13.2269;RBI=0.0173302;REFB=0.00853733;REVB=-0.0169662;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872883;STB=0.550961;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0160722;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:16:13:9:8:16:13 chr1 209799205 . A G 140.91 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0669627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.715;QD=13.4198;RBI=0.068577;REFB=-0.0403511;REVB=-0.0147924;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265522;STB=0.515041;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.056083;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:14:11:7:9:14:12 chr1 209799253 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7004;QD=56.7066;RBI=0.0543934;REFB=0;REVB=-0.0271321;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250043;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 209800230 . C T 1820.88 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0263049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.51;QD=59.2157;RBI=0.0347355;REFB=-0.0499575;REVB=0.0226849;RO=2;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202012;STB=0.510415;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000228359;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:2:2:120:121:0.98374:46:74:0:2:47:74:0:2 chr1 209801519 . C T 85.78 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00389508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.685;QD=11.8314;RBI=0.00899926;REFB=0.00606675;REVB=0.00811265;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.631311;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00502432;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:9:2:5:12:9:2:6:12 chr1 209807815 . T C 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0262272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4271;QD=17.066;RBI=0.027394;REFB=0.00368482;REVB=-0.00790989;RO=46;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274048;STB=0.653386;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00386812;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:24:14:30:16:24:14:30:16 chr1 209823354 . G A 244.16 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0091894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5435;QD=17.4403;RBI=0.0381924;REFB=-0.00846848;REVB=-0.0370704;RO=29;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025092;STB=0.514114;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00862319;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:21:6:7:22:21:6:7:22 chr1 209849399 . AG A 145.49 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00306568;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.817;QD=14.922;RBI=0.0181723;REFB=-0.0308069;REVB=0.0179119;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.0421397;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:16:42:17:39:22:8:9:13:9:99:24:8:8:14:10 chr1 209849406 . T G 221.93 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0109211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.242;QD=18.4943;RBI=0.019585;REFB=-0.0248901;REVB=0.0162574;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134722;STB=0.586389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.018532;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:11:10:16:10:12:10:16:10 chr1 209933528 . G A 110.55 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0181617;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.464;QD=7.49485;RBI=0.0540412;REFB=-0.00912126;REVB=-0.0508979;RO=43;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165347;STB=0.600731;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0289152;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:43:43:16:16:0.271186:10:6:22:21:10:6:22:21 chr1 209933540 . A G 481.43 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0223054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.772;QD=31.569;RBI=0.0254041;REFB=-0.00291915;REVB=0.0121589;RO=18;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04933;STB=0.526705;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000754884;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:20:23:8:10:20:23:8:10 chr1 209933660 . G C 153.9 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0512347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0181;QD=14.3166;RBI=0.0513875;REFB=-0.0365805;REVB=-0.00396019;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234575;STB=0.636202;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0630434;OID=.;OPOS=209933660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:15:11:11:6:15:11 chr1 209936466 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00312442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2186;QD=12.8971;RBI=0.051102;REFB=0.000263363;REVB=0.0510064;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162552;STB=0.509525;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00160521;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:19:11:6:11:19:11 chr1 209936673 . C G 254.4 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00843861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.528;QD=12.1143;RBI=0.00970652;REFB=-0.00501181;REVB=0.00479649;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191897;STB=0.591591;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0110448;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:30:31:0.369048:15:15:17:35:16:15:18:35 chr1 209936914 . C T 238.27 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0523753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8791;QD=16.1538;RBI=0.0654537;REFB=-0.0096642;REVB=-0.0392558;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197301;STB=0.610209;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0089077;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:7:25:16:11:7:25 chr1 209950760 . C G 946.6 PASS AF=0.475962;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00885335;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.794;QD=18.2039;RBI=0.0127827;REFB=-0.0136875;REVB=0.00922033;RO=105;SAF=47;SAR=52;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433703;STB=0.527775;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0137977;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:105:109:99:99:0.475962:52:47:45:60:52:47:46:63 chr1 209964080 . C T 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00470079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.668;QD=25.9901;RBI=0.0316025;REFB=0.00413848;REVB=0.0312509;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111022;STB=0.560692;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00234192;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:17:21:9:14:17:21:9:14 chr1 209968684 . C A 425.65 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0150783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.387;QD=15.3388;RBI=0.0158158;REFB=-0.0134243;REVB=-0.00477321;RO=63;SAF=33;SAR=15;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145215;STB=0.58176;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.01864;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:15:33:35:28:15:33:35:28 chr1 210012437 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00348384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.566;QD=11.7812;RBI=0.0326274;REFB=-0.0129156;REVB=-0.0324409;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179827;STB=0.510625;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.016034;OID=.;OPOS=210012437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:15:16:8:8:15:16 chr1 210337043 . A G 698.69 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.107758;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.055;QD=57.0359;RBI=0.112445;REFB=-0.13246;REVB=0.0321247;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426858;STB=0.533319;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00339304;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:49:2:3:46:46:0.938776:25:21:2:0:25:21:3:0 chr1 210407031 . G T 417.99 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00708388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.458;QD=19.9041;RBI=0.0171405;REFB=-0.0366929;REVB=0.0156081;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238946;STB=0.513268;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.027956;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:28:14:15:27:28:14:15:27 chr1 210547505 . C G 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00162905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.806;QD=9.36325;RBI=0.00583349;REFB=-0.00532164;REVB=-0.00560141;RO=62;SAF=15;SAR=12;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107314;STB=0.506324;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0121261;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:12:15:35:27:12:15:35:27 chr1 210547517 . C T 186.06 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00902111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.481;QD=8.55458;RBI=0.0255547;REFB=-0.00399879;REVB=-0.0239094;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645593;STB=0.531831;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0208725;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:62:25:25:0.287356:12:13:35:26:12:13:35:27 chr1 210577873 . G C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0117855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.287;QD=14.3904;RBI=0.0323582;REFB=-0.0139426;REVB=-0.0301356;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400401;STB=0.522714;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0178361;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:15:18:28:20:15:18:28:20 chr1 210577884 . G A 279.87 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0063666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.641;QD=14.1707;RBI=0.00917747;REFB=-0.00480348;REVB=0.00661002;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127591;STB=0.513118;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00894771;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:15:17:25:21:15:17:26:21 chr1 210857457 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.967;QD=46.8364;RBI=0.071776;REFB=0;REVB=0.00683978;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006923;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 211447625 . G A 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8181;QD=61.3661;RBI=0.0388429;REFB=0;REVB=-0.0161575;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405679;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:53:27:0:0:53:27:0:0 chr1 211846876 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9352;QD=56.9987;RBI=0.0120382;REFB=0;REVB=-0.00723613;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25001e-05;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr1 211922603 . G A 325.72 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00848258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.886;QD=14.8054;RBI=0.01817;REFB=-0.0117486;REVB=-0.0160685;RO=52;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777096;STB=0.543836;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0244536;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:24:12:14:38:24:12:14:38 chr1 212273639 . C T 1102.15 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386301;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.178;QD=59.5759;RBI=0.0394206;REFB=0;REVB=-0.0078552;RO=1;SAF=48;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94356e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:1:0:73:74:1:25:48:1:0:25:49:0:0 chr1 212274413 . A C 554.74 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.473;QD=55.4741;RBI=0.0380766;REFB=0.0423179;REVB=0.0209023;RO=2;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236747;STB=0.512651;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000439837;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:11:27:1:1:11:27:1:1 chr1 212515613 . C T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.091963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.476;QD=17.3204;RBI=0.0919829;REFB=-0.007623;REVB=0.00191112;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0055325;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:10:8:9:7:10:8 chr1 212526288 . C T 250.31 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00350482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.818;QD=12.0631;RBI=0.0130889;REFB=-0.00714476;REVB=-0.0126109;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113433;STB=0.569987;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0122315;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:30:30:0.361446:16:14:19:33:16:14:19:34 chr1 212534377 . T A 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0149651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.187;QD=16.824;RBI=0.0154048;REFB=-0.01447;REVB=0.00365421;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194149;STB=0.610137;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0223103;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:20:8:10:11:20:8 chr1 212560327 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.804;QD=62.349;RBI=0.13757;REFB=0;REVB=-0.12579;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00282414;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 212619339 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00961612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.835;QD=16.8839;RBI=0.0226117;REFB=-0.000214605;REVB=-0.0204651;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29008;STB=0.666444;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000192244;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:6:11:5:10:6:11 chr1 212799870 . A G 975.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4612;QD=58.2372;RBI=0.0458148;REFB=0;REVB=-0.0454394;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103825;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr1 212799949 . C T 1117.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.288;QD=60.4118;RBI=0.0337424;REFB=0;REVB=0.0250609;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46315e-05;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:44:30:0:0 chr1 212900487 . A G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.117;QD=57.6363;RBI=0.0220889;REFB=0.0262078;REVB=-0.000688397;RO=1;SAF=45;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010389;STB=0.505493;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-3.5159e-05;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:23:45:1:0:23:45:1:0 chr1 212902901 . G A 448.92 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0215062;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.54;QD=18.3234;RBI=0.0289232;REFB=-0.0247752;REVB=-0.0193399;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208677;STB=0.647936;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0254878;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:46:53:45:45:0.459184:27:18:29:17:27:18:36:17 chr1 212911836 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=59.1427;RBI=0.0342066;REFB=0;REVB=0.00768908;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128785;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr1 212965095 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0296866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.2;QD=16.0653;RBI=0.0309687;REFB=-0.0292553;REVB=0.00881846;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590993;STB=0.533861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0220742;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:16:8:7:11:16:8 chr1 212965284 . C G 952.11 PASS AF=0.461538;AO=73;DP=196;FAO=90;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.000203281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.599;QD=19.5305;RBI=0.00173712;REFB=-0.0188044;REVB=-0.00172518;RO=98;SAF=41;SAR=32;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423483;STB=0.575912;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0478452;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:98:98:73:90:0.461538:32:41:59:39:49:41:59:39 chr1 213009469 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.487;QD=59.8373;RBI=0.0538045;REFB=0;REVB=0.0272754;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54864e-05;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr1 213031944 . TGGGG TGGG,TGGGC 738.22 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=9,43;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309783,0.1366;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.6794,29.7746;QD=52.7299;RBI=0.113066,0.14625;REFB=0,0;REVB=-0.10874,-0.0522444;RO=1;SAF=7,13;SAR=2,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445161,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593592,-0.034749;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0750614,0.0102749;OID=.,.;OPOS=213031945,213031948;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:9,43:56:1,55:56:0:0,21:1,34:0:0:6:1:7,13:2,30:1:0 chr1 213068595 . C T 414.89 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650526;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.627;QD=57.2266;RBI=0.0084916;REFB=0;REVB=0.00545792;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31939e-06;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr1 214492286 . G A 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0497413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.958;QD=18.8949;RBI=0.0561878;REFB=0.00655417;REVB=0.0261318;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204028;STB=0.511365;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00726426;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:26:15:17:27:26:15:17:27 chr1 214542819 . T C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0445202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5812;QD=12.737;RBI=0.0445208;REFB=-0.0191406;REVB=-0.000234836;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326009;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:14:14:8:8:14:14 chr1 214564340 . T C 549.25 PASS AF=0.793103;AO=45;DP=57;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00995018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.936;QD=37.8794;RBI=0.0133081;REFB=-0.00238478;REVB=0.00883739;RO=12;SAF=21;SAR=24;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130966;STB=0.504503;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00064537;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:57:58:12:12:45:46:0.793103:24:21:6:6:24:22:6:6 chr1 214787130 . G A 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00582107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7744;QD=18.4939;RBI=0.0166833;REFB=-0.00352621;REVB=0.0156348;RO=30;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389908;STB=0.521725;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00551003;OID=.;OPOS=214787130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:8:22:23:7:8:22:23:7 chr1 214820099 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00209809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.674;QD=24.2461;RBI=0.00391156;REFB=-0.0215223;REVB=0.00330125;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115497;STB=0.564053;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156962;OID=.;OPOS=214820099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:14:6:11:14:14:6 chr1 214826196 . G A 124.03 PASS AF=0.451613;AO=15;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00830342;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=16.0044;RBI=0.0979093;REFB=-0.00372347;REVB=-0.0975566;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240166;STB=0.700644;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0101423;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:15:14:0.451613:10:5:10:7:10:4:11:6 chr1 214828616 . G A 200.49 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000128568;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.276;QD=19.5596;RBI=0.00577192;REFB=-0.014409;REVB=0.00577049;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.512183;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0164086;OID=.;OPOS=214828616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:21:20:20:0.487805:10:10:12:10:10:10:11:10 chr1 214830617 . A G 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00301674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.454;QD=32.4308;RBI=0.00383209;REFB=-0.0225636;REVB=-0.00236309;RO=10;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235364;STB=0.629517;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00950318;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:17:7:7:3:17:7:7:3 chr1 214837110 . C G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0276625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.769;QD=18.7772;RBI=0.0300979;REFB=-0.00323362;REVB=-0.0118606;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1202;STB=0.557991;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00215416;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:15:11:14:11:15:11:14:12 chr1 215256780 . AC A,CA,GA 101.21 PASS AF=0.727273,0,0;AO=24,2,3;DP=51;FAO=32,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=6,0,0;FSAR=26,0,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0790642,-0.013217,0.037591;FXX=0.137228;HRUN=7,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=6.58917,90.6532,20.9734;QD=9.2012;RBI=0.13676,0.0752128,0.0608119;REFB=-0.210488,-0.033525,-0.100296;REVB=-0.11159,-0.0740424,-0.0478018;RO=13;SAF=3,0,0;SAR=21,2,3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.215067,-0.490041,-0.576447;STB=0.509428,0.5,0.5;STBP=0.882,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.17714,0.0722475,0;OID=.,.,.;OPOS=215256781,215256780,215256780;OREF=C,AC,AC;OALT=-,CA,GA;OMAPALT=A,CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:44:13:12:24,2,3:32,0,0:0.727273,0,0:21,2,3:3,0,0:4:9:26,0,0:6,0,0:2:10 chr1 215741053 . T G 40.85 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0190989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.954;QD=10.2123;RBI=0.102287;REFB=-0.0499807;REVB=-0.100488;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0503719;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:4:9:6:6:0.375:2:4:3:1:2:4:3:6 chr1 215848062 . C T 727.2 PASS AF=0.67033;AO=61;DP=90;FAO=61;FDP=91;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0335639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1631;QD=31.9649;RBI=0.0514397;REFB=-0.0520133;REVB=-0.0389809;RO=29;SAF=26;SAR=35;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075935;STB=0.50886;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.029736;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:29:30:61:61:0.67033:35:26:12:17:35:26:12:18 chr1 215848641 . T C 362.53 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00443142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2368;QD=15.9354;RBI=0.0079726;REFB=-0.000863308;REVB=-0.00662758;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335803;STB=0.503719;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00197169;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:52:39:39:0.428571:17:22:26:23:17:22:29:23 chr1 215914826 . T C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0444629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.385;QD=17.5004;RBI=0.0453699;REFB=0.00259763;REVB=0.00902659;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248781;OID=.;OPOS=215914826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:14:14:13:13:14:14 chr1 215916563 . G A 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0067285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.843;QD=13.0207;RBI=0.0313539;REFB=-0.0166756;REVB=-0.0306235;RO=44;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133093;STB=0.576391;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0615493;OID=.;OPOS=215916563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:10:18:23:21:10:18:23:21 chr1 215960167 . T G 220.41 PASS AF=0.314607;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00295197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.352;QD=9.90623;RBI=0.00495827;REFB=-0.00998531;REVB=-0.00398376;RO=61;SAF=15;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217755;STB=0.501638;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0192361;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:61:61:27:28:0.314607:12:15:35:26:12:16:35:26 chr1 216172380 . A G 763.52 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297057;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.315;QD=57.6244;RBI=0.0323003;REFB=0;REVB=-0.0321634;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582799;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 216219781 . A G 558.62 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0197687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.788;QD=19.098;RBI=0.0225795;REFB=-0.00174238;REVB=0.0109101;RO=59;SAF=30;SAR=28;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132288;STB=0.572929;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00225127;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:28:30:39:20:28:30:39:20 chr1 216348764 . C T 469.93 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0230631;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6195;QD=17.0882;RBI=0.031523;REFB=0.0138365;REVB=-0.0214893;RO=59;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528048;STB=0.520335;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0187809;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:59:59:51:51:0.463636:24:27:28:31:24:27:29:30 chr1 216592003 . T C 548.62 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.01056;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.129;QD=20.509;RBI=0.0105768;REFB=-0.00815696;REVB=0.000594543;RO=51;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474287;STB=0.529719;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0065299;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:55:56:0.523364:31:24:25:26:32:24:25:26 chr1 216595306 . C T 347.63 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00147135;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.502;QD=19.585;RBI=0.0055649;REFB=0.0177748;REVB=-0.00536687;RO=35;SAF=10;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179519;STB=0.600296;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0286868;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:26:10:16:19:26:10:16:19 chr1 216678108 . A G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0162984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4562;QD=17.9902;RBI=0.0329765;REFB=-0.00514897;REVB=0.0286672;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13916;STB=0.577906;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00585209;OID=.;OPOS=216678108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:17:13:17:12:17:13 chr1 216692669 . C T 1324.22 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101837;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.12;QD=62.3161;RBI=0.0204109;REFB=0;REVB=0.0176888;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70717e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr1 217480756 . G A 466.45 PASS AF=0.429752;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0114258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.025;QD=15.42;RBI=0.0120898;REFB=-0.0123543;REVB=0.00395143;RO=68;SAF=20;SAR=31;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111939;STB=0.563209;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0118353;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:68:69:51:52:0.429752:31:20:34:34:32:20:34:35 chr1 217856622 . A G 582.07 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0181476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.796;QD=19.0843;RBI=0.0239883;REFB=-0.0110077;REVB=0.0156876;RO=62;SAF=27;SAR=33;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313255;STB=0.517321;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00960571;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:33:27:30:32:33:27:30:32 chr1 217947738 . G A 428.55 PASS AF=0.459184;AO=43;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.000982721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.517;QD=17.492;RBI=0.0252203;REFB=-0.0112393;REVB=0.0252012;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100199;STB=0.563658;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0120037;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:51:53:43:45:0.459184:20:23:22:29:21:24:22:31 chr1 218480973 . A G 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0599406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.761;QD=19.0566;RBI=0.0601861;REFB=-0.00329817;REVB=-0.00543084;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.595559;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00284743;OID=.;OPOS=218480973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:15:4:6:13:15:4:7:13 chr1 218683528 . A G 165.18 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0115022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7535;QD=7.86584;RBI=0.0139997;REFB=-0.004203;REVB=0.00798061;RO=61;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24406;STB=0.64527;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0221758;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:10:13:22:39:10:13:22:39 chr1 219383866 . G GC 475.8 PASS AF=1;AO=7;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813348;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.199;QD=55.9769;RBI=0.144693;REFB=0;REVB=0.119669;RO=25;SAF=0;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.793898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00528914;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:33:34:34:0:20:14:0:0:4:25:0:7:19:6 chr1 219383905 . A G 529.09 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.032;QD=55.694;RBI=0.0210426;REFB=-0.0853575;REVB=-0.00267587;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467499;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000762555;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:2:1:36:37:0.973684:17:19:2:0:17:20:1:0 chr1 220136115 . A G 477.74 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0101957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4204;QD=22.2204;RBI=0.0185262;REFB=-0.00884373;REVB=0.0154683;RO=40;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107103;STB=0.551192;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00771461;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:40:45:46:0.534884:29:16:19:21:29:17:19:21 chr1 220154768 . C T 509.13 PASS AF=0.526882;AO=47;DP=91;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0062198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.442;QD=21.8979;RBI=0.0462725;REFB=-0.0196049;REVB=-0.0458526;RO=44;SAF=27;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16387;STB=0.596982;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0165402;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:44:44:47:49:0.526882:20:27:17:27:20:29:17:27 chr1 220197625 . G T 1094.27 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7721;QD=59.9598;RBI=0.0408712;REFB=0;REVB=0.0322326;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18663e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr1 220239448 . T C 524.68 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00458571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.943;QD=46.6378;RBI=0.0222826;REFB=-0.114781;REVB=0.0218056;RO=5;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046866;STB=0.521728;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00426988;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:45:45:5:7:38:38:0.844444:22:16:2:3:22:16:2:5 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AAACACACACACACACACACACACACACC,AACACACACACACACACACACACACAC 152.28 PASS AF=0,1,0,0;AO=2,4,2,2;DP=16;FAO=0,13,0,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0,0;FSAR=0,9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412872,0.0594617,0.0690393,0.0499822;FXX=0.133244;HRUN=1,1,1,3;LEN=3,2,1,3;MLLD=118.818,133.456,119.894,116.837;QD=46.8541;RBI=0.128428,0.120529,0.0947072,0.0961934;REFB=0,0,0,0;REVB=0.121611,0.10484,0.0648307,0.0821885;RO=0;SAF=2,1,0,0;SAR=0,3,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.00328588,-0.0466882,0;OID=.,.,.,.;OPOS=220578919,220578894,220578920,220578893;OREF=CAC,AC,A,AAC;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACACA,AAACACACACACACACACACACACACAC,AAACACACACACACACACACACACACACC,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:2,4,2,2:16:0,13,0,0:13:0:0,4,0,0:0,9,0,0:0:0:3:0:2,1,0,0:0,3,2,2:0:0 chr1 220603314 . A T 107.81 PASS AF=0.619048;AO=10;DP=19;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0471734;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3169;QD=20.5344;RBI=0.29495;REFB=-0.132736;REVB=0.291153;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.666454;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.079646;OID=.;OPOS=220603314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:19:21:9:8:10:13:0.619048:2:8:8:1:5:8:8:0 chr1 220607685 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0218952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6636;QD=16.8245;RBI=0.0381627;REFB=-0.0309007;REVB=-0.0312569;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2266;STB=0.647372;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0103012;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:8:13:10:16:8:13:10:18 chr1 220789355 . ATTTTTTTA AATTTTTAA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA 574.52 PASS AF=0,0,0.909091,0,0.0909091;AO=3,7,16,7,14;DP=68;FAO=0,0,50,0,5;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19,0,3;FSAR=0,0,31,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638746,-0.0255332,0.0292812,0.0616469,0.140511;FXX=0.017854;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=7,3,2,2,1;MLLD=8.31955,15.6068,17.6802,10.3671,5.89898;QD=41.7832;RBI=0.06413,0.193094,0.139513,0.0701796,0.163354;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00571778,0.191399,0.136406,-0.0335387,-0.0833132;RO=0;SAF=0,5,11,6,6;SAR=3,2,5,1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,3.27427e-08,5.36667e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,snp;VARB=0,-0.0942504,0.00743909,0,-0.00544638;OID=.,.,.,.,.;OPOS=220789356,220789361,220789356,220789361,220789362;OREF=TTTTTTT,TTA,TT,TT,T;OALT=ATTTTTA,-,-,AA,A;OMAPALT=AATTTTTAA,ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAAA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0,0.909091,0,0.0909091:3,7,16,7,14:68:0,0,50,0,5:55:0:0,0,19,0,3:0,0,31,0,2:0:0:24:0:0,5,11,6,6:3,2,5,1,8:0:0 chr1 220935081 . G A 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0378321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.97;QD=19.9042;RBI=0.0378324;REFB=-0.00172619;REVB=0.000156934;RO=27;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141102;STB=0.578892;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00146717;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:8:22:16:11:8:22:16:11 chr1 220970028 . A G 1295.2 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189225;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0669;QD=62.4195;RBI=0.0262756;REFB=0;REVB=0.0182303;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849651;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr1 221509332 . G A 528.46 PASS AF=0.563218;AO=47;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00255569;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.496;QD=24.297;RBI=0.0103178;REFB=-0.0247118;REVB=0.00999629;RO=40;SAF=30;SAR=17;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106171;STB=0.52453;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0225824;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:38:47:49:0.563218:17:30:26:14:18:31:26:12 chr1 221874804 . A G 157.59 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0257276;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7498;QD=15.0088;RBI=0.0525239;REFB=-0.0162889;REVB=0.0457914;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297347;STB=0.517221;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0449485;OID=.;OPOS=221874804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:14:11:7:10:14:11 chr1 221912361 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.563;QD=62.7622;RBI=0.0167397;REFB=0;REVB=0.00256543;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77054e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:28:61:0:0:28:61:0:0 chr1 221912808 . T C 610.59 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.826;QD=56.7987;RBI=0.0133278;REFB=-0.148666;REVB=0.00337546;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00054819;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:0:2:40:41:0.953488:20:20:0:0:20:21:0:2 chr1 222649340 . GA G,GC 401.07 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,23;DP=27;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027789,0.0103079;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.5555,55.5652;QD=55.3206;RBI=0.082865,0.241676;REFB=0,0;REVB=0.0780666,0.241456;RO=1;SAF=0,11;SAR=3,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0370176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.017318,0.0077981;OID=.,.;OPOS=222649341,222649341;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:3,23:27:1,28:29:0:0,11:1,17:0:0:3:1:0,11:3,12:0:1 chr1 222696021 . C T 189.65 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.011819;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4257;QD=11.1558;RBI=0.0206403;REFB=0.00795483;REVB=0.0169214;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281375;STB=0.670337;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0141443;OID=.;OPOS=222696021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:44:24:24:0.352941:17:7:24:21:17:7:24:20 chr1 222713503 . C G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.094;QD=60.8835;RBI=0.0567637;REFB=0;REVB=0.0540062;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16762e-05;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr1 222713631 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000915981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3425;QD=57.385;RBI=0.00675669;REFB=0;REVB=0.00669431;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21656e-05;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr1 222717132 . C T 260.43 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0245129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.536;QD=21.2599;RBI=0.0266346;REFB=-0.00976258;REVB=-0.0104173;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151186;STB=0.591522;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0134649;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:9:15:11:13:9:16:11:13 chr1 222721288 . C T 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.5;QD=44.6707;RBI=0.0291995;REFB=0;REVB=0.026904;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283934;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 222798106 . G A 976.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101909;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184;QD=59.1577;RBI=0.0226877;REFB=0;REVB=0.0202701;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02062e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr1 222802006 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.483;QD=63.582;RBI=0.0761735;REFB=0;REVB=0.0469549;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528529;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr1 222802376 . A G 36.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00974542;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.152;QD=6.12114;RBI=0.00978172;REFB=0.000490644;REVB=0.000841978;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.780226;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00135772;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:18:18:6:6:0.25:5:1:9:9:5:1:9:9 chr1 222802803 . T G 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00410217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.466;QD=20.7382;RBI=0.00427701;REFB=-0.0106346;REVB=-0.00121039;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181936;STB=0.625864;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0072143;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:14:4:6:9:14:4:7:9 chr1 222802926 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.672;QD=55.6493;RBI=0.0387155;REFB=0;REVB=0.0061123;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174494;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 222803204 . A G 209.48 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00554506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.085;QD=13.7364;RBI=0.00753511;REFB=-0.021906;REVB=-0.00510198;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145299;STB=0.592031;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0432295;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:10:14:16:20:10:15:16:20 chr1 222823529 . A C 278.91 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0451839;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2146;QD=14.875;RBI=0.0761821;REFB=-0.0214704;REVB=0.0613363;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285818;STB=0.506662;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0320254;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:43:31:32:0.426667:16:15:20:19:16:16:22:21 chr1 222825403 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.107716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4129;QD=19.3696;RBI=0.107886;REFB=-0.00718517;REVB=-0.00605481;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199204;STB=0.613586;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0039319;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:8:7:11:5:8:7 chr1 222833538 . C G 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00443767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.694;QD=20.3055;RBI=0.00731017;REFB=-0.00807192;REVB=0.0058091;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945294;STB=0.5523;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00759698;OID=.;OPOS=222833538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:19:21:24:14:19:21:24:14 chr1 222833601 . T C 1355.24 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0683;QD=62.3098;RBI=0.0306335;REFB=0;REVB=0.0177512;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015636;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr1 222838216 . C T 129.12 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00816006;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.854;QD=11.4772;RBI=0.00845335;REFB=-0.0155803;REVB=-0.00220739;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282608;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:30:11:15:0.333333:7:4:10:9:7:8:16:14 chr1 222886119 . A G 1283.4 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2396;QD=61.8508;RBI=0.0649713;REFB=0;REVB=-0.0543547;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532178;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:37:45:0:0:38:45:0:0 chr1 222919895 . T G 178.66 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0167541;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.063;QD=14.5847;RBI=0.0203603;REFB=-0.0086978;REVB=0.0115689;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187564;STB=0.608398;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0166715;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:12:18:8:11:12:18 chr1 222923351 . A G 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0108045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3692;QD=21.6751;RBI=0.0109226;REFB=0.00448219;REVB=-0.00160198;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377288;STB=0.520824;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00528586;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:21:22:22:25:21:22 chr1 223116472 . G A 125.77 PASS AF=0.293103;AO=7;DP=60;FAO=17;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0665786;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.125;QD=8.67387;RBI=0.0668036;REFB=-0.00468287;REVB=0.00547848;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282585;STB=0.630992;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0136574;OID=.;OPOS=223116472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:32:41:7:17:0.293103:6:1:10:22:6:11:19:22 chr1 223116474 . G T 119.86 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0517426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.923;QD=7.99095;RBI=0.0526234;REFB=-0.000516561;REVB=0.00958762;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204526;STB=0.615861;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000867558;OID=.;OPOS=223116474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:6:11:20:22:6:11:21:22 chr1 223178561 . A C 730.05 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.284;QD=62.1317;RBI=0.0253359;REFB=0;REVB=0.0196469;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193319;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:16:28:0:0:17:30:0:0 chr1 223283910 . A G 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.251;QD=59.7968;RBI=0.0132564;REFB=0.00795569;REVB=-0.00814297;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=8.35899e-06;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr1 223284599 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.804;QD=57.5446;RBI=0.0459062;REFB=0;REVB=0.0219821;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181643;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr1 223566859 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0151034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.61;QD=10.6685;RBI=0.0157143;REFB=-0.00846825;REVB=-0.00433878;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18836;STB=0.615131;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.026869;OID=.;OPOS=223566859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:12:6:2:8:12:6 chr1 223566876 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00708728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.262;QD=13.5767;RBI=0.00833084;REFB=-0.00871096;REVB=0.00437873;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283998;STB=0.60224;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00976546;OID=.;OPOS=223566876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:2:10:12:7:3:10:12:7 chr1 223567267 . C T 389.36 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0383732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.282;QD=24.3352;RBI=0.0459763;REFB=-0.0148586;REVB=0.0253242;RO=25;SAF=22;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724872;STB=0.532537;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.012385;OID=.;OPOS=223567267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:16:22:12:13:16:22:13:13 chr1 223567401 . T C 632.69 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0910183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6075;QD=18.0767;RBI=0.0923351;REFB=-0.0244974;REVB=0.0155386;RO=73;SAF=31;SAR=34;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501206;STB=0.519853;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0344407;OID=.;OPOS=223567401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:75:65:65:0.464286:34:31:31:42:34:31:33:42 chr1 223567531 . G A 686.15 PASS AF=0.568966;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00401407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.277;QD=23.6605;RBI=0.00991208;REFB=-0.0247419;REVB=0.00906292;RO=50;SAF=36;SAR=30;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597303;STB=0.532582;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0181291;OID=.;OPOS=223567531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:50:66:66:0.568966:30:36:31:19:30:36:31:19 chr1 223567808 . C T 447.28 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.042529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4645;QD=18.6368;RBI=0.0488464;REFB=-0.0511255;REVB=0.0240261;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250546;STB=0.639284;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0286201;OID=.;OPOS=223567808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:27:18:34:17:27:18:34:17 chr1 223715248 . GT G 829.84 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4482;QD=46.1022;RBI=0.10864;REFB=0;REVB=-0.0256308;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0023013;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:72:72:72:0:29:43:0:0:15:1:25:42:1:0 chr1 223717484 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5792;QD=59.501;RBI=0.0353153;REFB=0;REVB=0.00819751;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265218;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr1 223718651 . G A 1329.36 PASS AF=1;AO=61;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.625;QD=61.8307;RBI=0.0373749;REFB=0;REVB=0.0106785;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46843e-05;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:61:86:1:42:19:0:0:46:40:0:0 chr1 223718670 . G A 1030.39 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209036;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.604;QD=59.7329;RBI=0.00937378;REFB=0;REVB=0.00913773;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70749e-05;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr1 223722780 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.173;QD=57.2376;RBI=0.0120029;REFB=0;REVB=0.00276626;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28661e-05;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr1 223813586 . G T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.032;QD=58.2386;RBI=0.0154106;REFB=0;REVB=0.00822257;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49772e-05;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr1 223877789 . T C 1293.27 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.185;QD=60.152;RBI=0.0491403;REFB=-0.116421;REVB=0.0127076;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00209727;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:86:0:1:82:85:0.988372:41:41:0:0:41:44:0:1 chr1 223877831 . T A 34.35 PASS AF=0.25;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0132853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.357;QD=5.72493;RBI=0.0201454;REFB=0.000354708;REVB=0.0151439;RO=18;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709451;STB=0.807742;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000276688;OID=.;OPOS=223877831;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:24:18:18:5:6:0.25:5:0:10:8:5:1:10:8 chr1 223900408 . C G 1660.38 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756572;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6847;QD=60.3776;RBI=0.0220648;REFB=0;REVB=0.0207271;RO=0;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23128e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:44:66:0:0:44:66:0:0 chr1 223900544 . A G 493.89 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.00331738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.317;QD=22.9714;RBI=0.00355993;REFB=-0.0132193;REVB=-0.00129155;RO=39;SAF=19;SAR=28;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177892;STB=0.597191;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00963278;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:28:19:8:31:28:19:8:31 chr1 223905532 . G A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0183033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.789;QD=16.4231;RBI=0.103369;REFB=-0.0243228;REVB=-0.101736;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512816;STB=0.554352;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0294633;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:20:22:9:11:11:11:0.5:3:8:7:2:3:8:7:4 chr1 223934720 . G A 253.14 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00151995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.148;QD=15.1126;RBI=0.0450509;REFB=-0.0150554;REVB=-0.0450253;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752614;STB=0.54249;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0218686;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:25:13:12:17:25:13 chr1 223947081 . A G 682.14 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0865119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6997;QD=58.0543;RBI=0.0865716;REFB=-0.0608727;REVB=0.00321317;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00576617;OID=.;OPOS=223947081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:22:22:1:1:22:23:1:1 chr1 223951841 . T C 998.49 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014083;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.509;QD=57.8836;RBI=0.0149776;REFB=-0.0370118;REVB=0.00509889;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119621;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00195341;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:27:39:1:0:27:41:1:0 chr1 223954080 . A C 1102.26 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00496072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0838;QD=58.7871;RBI=0.0280302;REFB=-0.0535404;REVB=0.0275877;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0084315;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:32:42:0:1:32:42:0:1 chr1 223962817 . C A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9348;QD=56.1856;RBI=0.0387608;REFB=0;REVB=-0.0186182;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455762;OID=.;OPOS=223962817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 223967953 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.741;QD=64.1537;RBI=0.0183732;REFB=0;REVB=-0.0144628;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70176e-06;OID=.;OPOS=223967953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 223976846 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.811;QD=62.0218;RBI=0.0103901;REFB=0;REVB=0.00696486;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0768e-05;OID=.;OPOS=223976846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr1 224346959 . G A 1206.61 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000733393;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.963;QD=59.5856;RBI=0.0117455;REFB=-0.0951136;REVB=0.0117225;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095643;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00441127;OID=.;OPOS=224346959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:30:49:1:0:30:50:1:0 chr1 224492746 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.703;QD=59.0171;RBI=0.0666147;REFB=0;REVB=-0.0551176;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108254;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 224495852 . C T 1551.02 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1065;QD=59.0866;RBI=0.0889299;REFB=0;REVB=-0.0749303;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000761906;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr1 224505570 . T TAA 339.05 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616995;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.0213;QD=46.7659;RBI=0.0856459;REFB=0;REVB=0.0594003;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000130732;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:29:29:0:16:13:0:0:6:2:15:11:1:1 chr1 224517842 . C T 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7269;QD=59.8226;RBI=0.0441602;REFB=0;REVB=0.0295613;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116498;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 224575373 . G A 804.37 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021105;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.052;QD=57.455;RBI=0.0824862;REFB=0;REVB=0.0797405;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244224;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr1 225288534 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.397;QD=62.3509;RBI=0.0166085;REFB=0;REVB=0.00817912;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38578e-05;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 225328432 . G T 141.63 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0207195;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0889;QD=7.97896;RBI=0.121297;REFB=-0.0299968;REVB=-0.119515;RO=51;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457162;STB=0.776183;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0609006;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:4:16:22:29:4:16:22:29 chr1 225506294 . A G 1330.87 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0270085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0347;QD=59.8143;RBI=0.0461241;REFB=-0.0772031;REVB=0.0373894;RO=2;SAF=55;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169177;STB=0.508927;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00479175;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:32:55:2:0:32:55:2:0 chr1 225533731 . T A 1440.99 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0130665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.441;QD=58.8159;RBI=0.0131574;REFB=-0.000421802;REVB=0.00154378;RO=2;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206044;STB=0.521272;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=2.99581e-05;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:2:4:94:94:0.959184:49:45:2:0:49:45:4:0 chr1 225541899 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.78;QD=60.1634;RBI=0.0392145;REFB=0;REVB=-0.00402375;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94159e-05;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:42:66:0:0:42:66:0:0 chr1 225565015 . T C 737.18 PASS AF=0.96;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0102264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2459;QD=58.9743;RBI=0.0615048;REFB=-0.00195649;REVB=0.0606486;RO=2;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551788;STB=0.526305;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00173505;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:50:2:2:45:48:0.96:16:29:0:2:18:30:0:2 chr1 225565073 . C T 673.99 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171194;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.56;QD=62.6964;RBI=0.0182431;REFB=0;REVB=0.00630375;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77907e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 225569241 . T A,G 1421.69 PASS AF=0.0471698,0.915094;AO=5,96;DP=106;FAO=5,97;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=0,60;FSAR=5,37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0174199,0.0133993;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=154.311,196.319;QD=53.6487;RBI=0.0266219,0.0296417;REFB=-0.103018,-0.00579925;REVB=0.0201314,0.0264403;RO=2;SAF=0,59;SAR=5,37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0249404;STB=0.5,0.525636;STBP=1,0.022;TYPE=snp,snp;VARB=0.173922,-0.000248053;OID=.,.;OPOS=225569241,225569241;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:106:106:2:4:5,96:5,97:0.0471698,0.915094:5,37:0,59:0:2:5,37:0,60:0:4 chr1 225601647 . C T 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.881;QD=55.6254;RBI=0.0784889;REFB=0;REVB=0.0779256;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064731;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 225607144 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.702;QD=57.1061;RBI=0.0044565;REFB=0;REVB=-0.00174753;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76703e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:18:37:0:0 chr1 225609884 . A G 1468.69 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.686;QD=63.1695;RBI=0.0172322;REFB=0;REVB=0.016432;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58298e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:46:44:0:0:48:45:0:0 chr1 225611661 . C T 1662.52 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332104;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.607;QD=60.4554;RBI=0.0339697;REFB=0;REVB=0.00714253;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58679e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:52:57:0:0:52:58:0:0 chr1 225682560 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.506;QD=50.4132;RBI=0.0621277;REFB=0;REVB=0.0349873;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 226016558 . G C 220.81 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00290745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.218;QD=14.2459;RBI=0.0133531;REFB=-0.00257008;REVB=-0.0130327;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104207;STB=0.559149;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0045235;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:13:23:14:12:13:23 chr1 226019633 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.757;QD=62.0182;RBI=0.0159018;REFB=0;REVB=0.0152723;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167778;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 226032928 . G A 552.87 PASS AF=0.542857;AO=54;DP=104;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00122321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.087;QD=21.0616;RBI=0.0173277;REFB=-0.0192575;REVB=0.0172845;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964889;STB=0.549983;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.016961;OID=.;OPOS=226032928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:48:54:57:0.542857:26:28:19:28:27:30:20:28 chr1 226053586 . C G 545.68 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0095109;FXX=0.0166653;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.941;QD=18.4977;RBI=0.00993189;REFB=-0.0186396;REVB=-0.00286099;RO=59;SAF=30;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000822129;STB=0.50938;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.021211;OID=.;OPOS=226053586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:59:61:57:57:0.483051:27:30:31:28:27:30:31:30 chr1 226054333 . G A 388.15 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0136723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7753;QD=21.2687;RBI=0.0552027;REFB=-0.0223698;REVB=0.0534827;RO=33;SAF=14;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109403;STB=0.554705;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0199905;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:25:14:16:17:25:14:16:18 chr1 226055595 . G A 631.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.6;QD=61.6318;RBI=0.0761135;REFB=0;REVB=0.049151;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695487;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 226074572 . G C 139.55 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00966395;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.763;QD=11.8764;RBI=0.0244414;REFB=0.00356816;REVB=0.0224497;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11566;STB=0.577159;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00519193;OID=.;OPOS=226074572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:31:16:16:0.340426:5:11:19:13:5:11:18:13 chr1 226352498 . T G 287.25 PASS AF=0.508772;AO=22;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.000639894;FXX=0.0172384;HRUN=9;LEN=1;MLLD=241.045;QD=20.1581;RBI=0.0154116;REFB=-0.000346365;REVB=0.0153983;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532078;STB=0.579727;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00187994;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:12:28:22:29:0.508772:11:11:7:5:14:15:19:9 chr1 226474132 . G A 361.37 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00891027;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.133;QD=20.9487;RBI=0.0161202;REFB=-0.00663657;REVB=-0.0134338;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756363;STB=0.549622;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00697201;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:32:36:37:0.536232:17:19:15:19:18:19:13:19 chr1 226555302 . A G 413.03 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0480822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5088;QD=15.0192;RBI=0.0504913;REFB=-0.00768666;REVB=0.0154103;RO=63;SAF=18;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977843;STB=0.555;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0113466;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:29:18:30:33:29:18:30:33 chr1 226570840 . T C 134.96 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00414034;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.661;QD=15.4238;RBI=0.00414336;REFB=-0.0136573;REVB=0.000158106;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072901;STB=0.558061;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.021731;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:9:10:9:6:10:10 chr1 226573364 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.522;QD=57.2002;RBI=0.0164523;REFB=0;REVB=0.0160748;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82056e-05;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 226589833 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0133565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.72;QD=18.4438;RBI=0.0137531;REFB=0.000879633;REVB=-0.00327901;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00052741;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:5:4:3:8:5:4 chr1 226589958 . G A 184.87 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0563845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.38;QD=18.4865;RBI=0.0567373;REFB=-0.0109564;REVB=0.00631725;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177419;STB=0.60042;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00807871;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:14:7:10:9:14:7 chr1 226613287 . A G 72.82 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.110341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0863;QD=9.10295;RBI=0.186702;REFB=0.00901603;REVB=-0.150607;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270173;STB=0.538384;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0362729;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:16:22:10:10:0.3125:6:4:6:10:6:4:10:12 chr1 226923505 . G T 400.43 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.817;QD=53.3912;RBI=0.0279178;REFB=-0.159753;REVB=0.0225571;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000996934;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr1 227069677 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.027914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=11.4396;RBI=0.040846;REFB=-0.00818811;REVB=-0.0298195;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300492;STB=0.677159;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0315684;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:16:8:8:5:16:8 chr1 227152778 . T G 1163.28 PASS AF=0.513393;AO=115;DP=223;FAO=115;FDP=224;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.000353634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5538;QD=20.7729;RBI=0.0128075;REFB=-0.0164758;REVB=-0.0128027;RO=108;SAF=59;SAR=56;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541168;STB=0.531668;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0145688;OID=.;OPOS=227152778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:108:109:115:115:0.513393:56:59:62:46:56:59:63:46 chr1 227153447 . G A 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0427734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3429;QD=17.7292;RBI=0.0533606;REFB=-0.0104574;REVB=0.0319029;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0163464;OID=.;OPOS=227153447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:9:10:9:8:9:10 chr1 227174210 . T C 365.88 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0138651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.46;QD=13.6777;RBI=0.014579;REFB=-0.00819104;REVB=0.00450626;RO=64;SAF=30;SAR=13;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189728;STB=0.607865;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0129554;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:13:30:34:30:13:30:34:30 chr1 227174267 . T C 456.31 PASS AF=0.4;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0444829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2568;QD=14.0403;RBI=0.109608;REFB=-0.0438088;REVB=-0.100175;RO=76;SAF=28;SAR=24;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416736;OID=.;OPOS=227174267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:76:78:52:52:0.4:24:28:40:36:24:28:42:36 chr1 227177731 . A T 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00991162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.304;QD=18.2083;RBI=0.0100917;REFB=-0.00331494;REVB=0.00189816;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778612;STB=0.543459;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00384522;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:24:21:29:24:24:21:29:24 chr1 227178127 . A G 85.32 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0105906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.963;QD=11.7683;RBI=0.0259207;REFB=-0.0304101;REVB=0.0236584;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286912;STB=0.559337;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0141266;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:13:5:4:7:13:5 chr1 227178948 . G A 569.36 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208079;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3203;QD=58.3957;RBI=0.0219421;REFB=-0.0230816;REVB=0.00696336;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0024146;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:37:38:0.974359:17:20:0:1:18:20:0:1 chr1 227182033 . G A 1468.86 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.467;QD=63.1768;RBI=0.0540549;REFB=0;REVB=0.0532315;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09383e-05;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:25:65:0:0:28:65:0:0 chr1 227182043 . G C 469.26 PASS AF=0.494624;AO=47;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00288023;FXX=0.0106372;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.477;QD=20.183;RBI=0.0130813;REFB=-0.0132075;REVB=-0.0127603;RO=47;SAF=28;SAR=19;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812921;STB=0.549758;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0111608;OID=.;OPOS=227182043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:47:47:46:0.494624:19:28:32:15:19:27:32:15 chr1 227182575 . A G 766.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0219;QD=63.8413;RBI=0.0385914;REFB=0;REVB=-0.0190347;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98577e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 227182607 . T C 248.72 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0191277;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.56;QD=21.168;RBI=0.0303;REFB=-0.0288444;REVB=0.0234994;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16078;STB=0.55491;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0214341;OID=.;OPOS=227182607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:23:23:24:0.510638:13:10:5:15:13:11:8:15 chr1 227182659 . G A 209.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0533131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7501;QD=18.6353;RBI=0.0606788;REFB=0.0145017;REVB=0.0289765;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335322;STB=0.687344;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0182295;OID=.;OPOS=227182659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:4:20:10:11:4:20 chr1 227216662 . T C 181.87 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0216157;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.891;QD=11.3669;RBI=0.0216562;REFB=0.00615564;REVB=0.00132278;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371955;STB=0.708007;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0116172;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:41:23:23:0.359375:14:9:31:11:14:9:30:11 chr1 227216775 . C T 198.36 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00387449;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.861;QD=13.0073;RBI=0.0205588;REFB=-0.000386925;REVB=0.0201904;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302953;STB=0.673769;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000626692;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:37:37:24:24:0.393443:16:8:23:14:16:8:23:14 chr1 227504794 . T C 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00175478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.335;QD=12.6701;RBI=0.0275215;REFB=0.00538247;REVB=-0.0274655;RO=52;SAF=14;SAR=17;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198014;STB=0.613129;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00851879;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:17:14:33:19:17:14:33:19 chr1 227681475 . T C 1906.28 PASS AF=0.752381;AO=150;DP=204;FAO=158;FDP=210;FR=.;FRO=52;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.014348;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.283;QD=36.31;RBI=0.0600531;REFB=-0.0395957;REVB=0.0583139;RO=49;SAF=69;SAR=81;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00436408;STB=0.503136;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0196405;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:210:49:52:150:158:0.752381:81:69:23:26:81:77:26:26 chr1 227920103 . G A 654.15 PASS AF=0.547009;AO=63;DP=116;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=9;FWDB=0.00375566;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5275;QD=22.3641;RBI=0.0424858;REFB=-0.0155242;REVB=0.0423195;RO=53;SAF=37;SAR=26;SRF=44;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219278;STB=0.615796;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0142987;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:53:53:63:64:0.547009:26:37:44:9:26:38:44:9 chr1 227922918 . A C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0197494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.142;QD=20.8377;RBI=0.0335467;REFB=-0.00208514;REVB=0.0271172;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00429935;OID=.;OPOS=227922918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr1 227935444 . A G 287.37 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.023249;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.932;QD=23.9478;RBI=0.0232604;REFB=-0.00515687;REVB=0.000729924;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299271;STB=0.535687;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00523864;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:25:26:0.541667:11:14:11:10:11:15:11:11 chr1 227963491 . G T 238.66 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0194783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.654;QD=14.0386;RBI=0.0357367;REFB=-0.0120864;REVB=-0.0299618;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321466;STB=0.682251;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0116382;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:10:18:13:27:10:18:13:27 chr1 228003839 . C T 486.38 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.00382328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.95;QD=18.8884;RBI=0.00397943;REFB=-0.0243481;REVB=-0.0011038;RO=52;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134263;STB=0.574075;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.029201;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:28:23:16:36:28:23:16:36 chr1 228033184 . C T 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00240179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.206;QD=12.0707;RBI=0.00554724;REFB=-0.0139835;REVB=0.00500032;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444893;STB=0.541632;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0296057;OID=.;OPOS=228033184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:40:24:24:0.375:11:13:19:19:11:13:19:21 chr1 228033197 . A G 944.21 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00152876;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.289;QD=57.2247;RBI=0.0159737;REFB=-0.00409553;REVB=0.0159003;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000286768;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:0:1:66:65:0.984848:33:33:0:0:32:33:0:1 chr1 228113163 . A G 1042.51 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0176;QD=59.572;RBI=0.0381134;REFB=0;REVB=0.0154671;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207226;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr1 228347352 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.536;QD=50.4126;RBI=0.0326566;REFB=0;REVB=-0.0295095;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314967;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 228352160 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.258;QD=46.8476;RBI=0.0302713;REFB=0;REVB=0.0297748;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772449;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 228362682 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0299626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.411;QD=17.3212;RBI=0.0301214;REFB=-0.0164423;REVB=-0.00308911;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299989;STB=0.674283;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0166176;OID=.;OPOS=228362682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:8:10:13:3:8:10 chr1 228399482 . C G 302.71 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00341811;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.177;QD=16.8172;RBI=0.00811428;REFB=-0.0214373;REVB=0.00735921;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503126;STB=0.539852;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0241918;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:39:33:33:0.458333:9:24:26:12:9:24:26:13 chr1 228399766 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0407047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.159;QD=20.0171;RBI=0.0415814;REFB=-0.0185732;REVB=-0.00849384;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.686255;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0195942;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:13:5:10:6:13:5:11:6 chr1 228402047 . A G 600.89 PASS AF=0.417178;AO=68;DP=163;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.014851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2682;QD=14.7457;RBI=0.0464979;REFB=0.00296378;REVB=-0.0440625;RO=95;SAF=50;SAR=18;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283208;STB=0.659659;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00494049;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:95:95:68:68:0.417178:18:50:46:49:18:50:46:49 chr1 228402121 . A G 510.65 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0471098;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=14.6949;RBI=0.0488503;REFB=-0.00314267;REVB=-0.0129233;RO=82;SAF=41;SAR=15;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177742;STB=0.582457;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00557946;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:82:82:56:57:0.410072:15:41:48:34:16:41:49:33 chr1 228402508 . C T 289.03 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.059883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1938;QD=32.1149;RBI=0.0912791;REFB=0.0441337;REVB=0.0688906;RO=11;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116468;STB=0.563708;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0147995;OID=.;OPOS=228402508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:13:12:3:8:13:12:3:8 chr1 228412227 . TG CA,CG 556.4 PASS AF=0.421053,0.578947;AO=15,23;DP=39;FAO=16,22;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7,11;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972428,-0.0288907;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.15,76.6219;QD=58.5682;RBI=0.0228468,0.0307575;REFB=0,0;REVB=0.020674,0.0105522;RO=0;SAF=7,11;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0175579,-0.0101565;OID=.,.;OPOS=228412227,228412227;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:38:0:0:15,23:16,22:0.421053,0.578947:8,12:7,11:0:0:9,11:7,11:0:0 chr1 228412308 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.62;QD=57.8838;RBI=0.00289358;REFB=0;REVB=-0.000375765;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23527e-06;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 228431095 . A G 989.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.697;QD=59.0882;RBI=0.0170937;REFB=0;REVB=0.0167081;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2203e-05;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:25:42:0:0 chr1 228432055 . G A 182.95 PASS AF=0.433962;AO=18;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0300858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.483;QD=13.8074;RBI=0.0474649;REFB=-0.029213;REVB=-0.0367119;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166409;STB=0.599584;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.041737;OID=.;OPOS=228432055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:30:18:23:0.433962:9:9:8:16:9:14:13:17 chr1 228433217 . A G 776.43 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.018;QD=54.486;RBI=0.0706479;REFB=0.101615;REVB=-0.0593537;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000767804;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:23:32:0:0:23:33:1:0 chr1 228433346 . C T 236.51 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00916316;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6493;QD=17.5191;RBI=0.0271896;REFB=-0.0170209;REVB=0.025599;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222689;STB=0.649747;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0161146;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:28:26:26:0.481481:16:10:16:9:16:10:19:9 chr1 228434395 . T C 821.99 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342089;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.013;QD=57.6838;RBI=0.0122481;REFB=0;REVB=0.0117607;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010526;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr1 228434467 . T C,G 729.01 PASS AF=0.938776,0.0408163;AO=44,3;DP=49;FAO=46,2;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23,1;FSAR=23,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373269,-0.000237643;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.585,150.456;QD=59.5111;RBI=0.0248576,0.036842;REFB=-0.000279537,0.086286;REVB=0.0245757,0.0368412;RO=1;SAF=21,2;SAR=23,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218451,-0.163246;STB=0.510634,0.665164;STBP=0.505,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00256451,-0.0467285;OID=.,.;OPOS=228434467,228434467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:49:49:1:1:44,3:46,2:0.938776,0.0408163:23,1:21,2:1:0:23,1:23,1:1:0 chr1 228437772 . G A 209.29 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0549608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3011;QD=11.627;RBI=0.0915168;REFB=-0.0187263;REVB=0.0731754;RO=46;SAF=8;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33246;STB=0.69216;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0309019;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:18:8:28:18:18:8:28:18 chr1 228437898 . C T 158.06 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.042287;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7397;QD=12.3966;RBI=0.046774;REFB=-0.0141278;REVB=0.0199904;RO=31;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393444;STB=0.739641;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0229801;OID=.;OPOS=228437898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:31:32:19:19:0.372549:15:4:17:14:15:4:18:14 chr1 228444565 . T A 727.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.895;QD=63.2757;RBI=0.0572116;REFB=0;REVB=0.0511991;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160716;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:19:24:0:0:22:24:0:0 chr1 228451826 . C T 214.02 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0906357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0908;QD=21.4019;RBI=0.11476;REFB=-0.0386795;REVB=0.0703913;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198786;STB=0.589395;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0377079;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:8:13:15:3:8:13:15:4 chr1 228452032 . G A 149.13 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0257011;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.636;QD=9.46853;RBI=0.0461756;REFB=-0.00462482;REVB=0.0383619;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711907;STB=0.542088;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0126968;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:22:21:11:9:22:21 chr1 228456147 . T C 786.77 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00583065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3329;QD=55.2121;RBI=0.0259798;REFB=-0.0338451;REVB=-0.025317;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00497881;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr1 228461129 . A G 629.35 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00812984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9406;QD=57.2138;RBI=0.0105876;REFB=-0.170707;REVB=0.00678261;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529398;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00316437;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:26:16:0:0:26:16:2:0 chr1 228464248 . T G 465.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.933;QD=58.1974;RBI=0.0573827;REFB=0;REVB=0.0417327;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294204;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:16:16:0:0 chr1 228464276 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.571;QD=57.679;RBI=0.0148226;REFB=0;REVB=-0.00578641;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4096e-05;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 228467711 . G A 441.3 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0119208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.357;QD=16.0472;RBI=0.0321409;REFB=-0.0435659;REVB=-0.0298485;RO=59;SAF=27;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250447;STB=0.512777;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.042167;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:61:49:49:0.445455:22:27:34:25:22:27:35:26 chr1 228468244 . G A 163.3 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0430583;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1225;QD=17.189;RBI=0.0430793;REFB=-0.0160582;REVB=0.00134619;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201851;STB=0.573688;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0208218;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:7:10:15:4:7:10:15:6 chr1 228469870 . C T 333.06 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0156038;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.398;QD=17.0802;RBI=0.0156496;REFB=-0.029411;REVB=-0.00119666;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653435;STB=0.536565;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0322181;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:19:17:17:25:19:17:17:25 chr1 228469903 . AG TT 285.36 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000125986;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.322;QD=24.2858;RBI=0.0104749;REFB=-0.0209891;REVB=0.0104742;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358603;STB=0.527847;STBP=0.694;TYPE=mnp;VARB=0.0193765;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:13:12:11:10:14:12:11:10 chr1 228471379 . G C 275.08 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00265725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8029;QD=13.099;RBI=0.0401797;REFB=0.00523745;REVB=0.0400917;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120969;STB=0.60512;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0080012;OID=.;OPOS=228471379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:52:32:32:0.380952:19:13:24:22:19:13:30:22 chr1 228476366 . GA TT 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00214991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.352;QD=7.83711;RBI=0.0367031;REFB=-0.00101784;REVB=0.0366401;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349848;STB=0.713753;STBP=0.225;TYPE=mnp;VARB=0.00244112;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:12:4:4:3:12:4 chr1 228476414 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00194615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.97;QD=9.47591;RBI=0.0373728;REFB=-0.037177;REVB=-0.0373221;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.069466;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:10:11:5:5:10:11 chr1 228480282 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.005;QD=58.9606;RBI=0.0103029;REFB=0;REVB=-0.0101961;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45139e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:31:33:0:0:33:33:0:0 chr1 228482028 . G C 701.1 PASS AF=0.47619;AO=68;DP=146;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00250497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.649;QD=19.0776;RBI=0.0245601;REFB=-0.0276036;REVB=0.024432;RO=78;SAF=32;SAR=36;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875036;STB=0.508879;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0270038;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:78:77:68:70:0.47619:36:32:36:42:37:33:35:42 chr1 228494696 . G A 451.34 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00820544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.737;QD=22.0165;RBI=0.0244906;REFB=-0.0449595;REVB=0.0230751;RO=38;SAF=28;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422624;STB=0.515432;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0318206;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:38:43:44:0.536585:15:28:23:15:16:28:23:15 chr1 228503677 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0172541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.731;QD=18.6419;RBI=0.0207285;REFB=-0.0260425;REVB=-0.0114876;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216766;STB=0.512185;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0329088;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:15:11:10:15:15:11 chr1 228504472 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00748256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9033;QD=16.0288;RBI=0.0080173;REFB=-0.0325348;REVB=-0.00287897;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278016;STB=0.648218;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0206738;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:9:16:10:19:9:16:11:19 chr1 228505204 . G A 300.48 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0155709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1137;QD=23.1137;RBI=0.0857237;REFB=-0.0163697;REVB=0.0842977;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164006;STB=0.581341;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0180942;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:18:12:13:8:18:12:13:9 chr1 228505668 . C G 187.42 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.000184488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.252;QD=14.6993;RBI=0.0421341;REFB=-0.0135714;REVB=-0.0421337;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113489;STB=0.564911;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0318986;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:19:11:10:11:19:11 chr1 228505699 . T C 122.09 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00608787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2327;QD=15.7536;RBI=0.0641265;REFB=-0.0290969;REVB=0.0638369;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613655;STB=0.535661;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0383086;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:12:2:3:14:12:2:3:14 chr1 228505727 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0125289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.039;QD=19.6682;RBI=0.0161485;REFB=-0.0116778;REVB=-0.0101883;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175082;STB=0.597845;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0167872;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:3:16:13:6:3:16 chr1 228509427 . A G 213.8 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0243322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7879;QD=15.0035;RBI=0.0303984;REFB=-0.0633894;REVB=-0.018221;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105728;STB=0.568283;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0506242;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:24:26:0.45614:13:11:17:13:15:11:17:14 chr1 228526665 . T C 997.91 PASS AF=0.481481;AO=102;DP=215;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.0252004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.912;QD=18.4798;RBI=0.0342663;REFB=-0.0248887;REVB=-0.0232189;RO=111;SAF=61;SAR=41;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115425;STB=0.554735;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.023764;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:111:112:102:104:0.481481:41:61:53:58:43:61:54:58 chr1 228528563 . C G 230.39 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0220661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.542;QD=16.4565;RBI=0.0226226;REFB=-0.00764502;REVB=0.00498684;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225367;STB=0.512702;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00891921;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:18:12:11:15:18:12 chr1 228547901 . C T 427.98 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0101753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.785;QD=19.4535;RBI=0.0135781;REFB=-0.0125103;REVB=0.00899049;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134509;STB=0.579521;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0177349;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:45:45:42:43:0.488636:21:21:16:29:21:22:16:29 chr1 228548197 . G A 260.7 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0051803;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.766;QD=25.4342;RBI=0.00520103;REFB=-0.00729299;REVB=-0.00046391;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342305;STB=0.717709;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0173824;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:15:16:18:20:0.487805:4:14:6:9:4:16:6:10 chr1 228550426 . C T 692.84 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00500373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.0752;QD=16.7961;RBI=0.00570373;REFB=-0.021387;REVB=0.00273774;RO=89;SAF=44;SAR=31;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058331;STB=0.535781;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0179256;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:89:90:75:75:0.454545:31:44:47:42:31:44:47:43 chr1 228558891 . CCG CC,C 283.51 PASS AF=0.969697,0;AO=20,4;DP=34;FAO=32,0;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.189996,-0.0988389;FXX=0.0294031;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.6407,8.43719;QD=34.3653;RBI=0.220917,0.109178;REFB=-0.0706293,-0.0265806;REVB=0.11272,0.0463758;RO=4;SAF=4,4;SAR=16,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0.416667;SSSB=-0.221732,0.687804;STB=0.512812,0.5;STBP=0.519,1;TYPE=del,del;VARB=0.0188973,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558892;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969697,0:20,4:34:32,0:33:1:13,0:19,0:0:1:3:4:4,4:16,0:3:1 chr1 228559994 . C T 1281.13 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0687549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.653;QD=60.2883;RBI=0.0687898;REFB=-0.142464;REVB=-0.00219211;RO=1;SAF=29;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01605;STB=0.508195;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00149147;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:83:84:0.988235:54:29:1:0:54:30:1:0 chr1 228560139 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.518;QD=53.911;RBI=0.0195122;REFB=0;REVB=0.0146356;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233103;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 228560700 . T C 3202.06 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8596;QD=61.8755;RBI=0.0335973;REFB=0;REVB=-0.0321247;RO=0;SAF=100;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64314e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:107:100:0:0:107:100:0:0 chr1 228564884 . G A 404.83 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0196436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.875;QD=19.7479;RBI=0.0220797;REFB=-0.0279431;REVB=0.0100819;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435341;STB=0.524422;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0321032;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:41:41:41:0.5:19:22:19:20:19:22:20:21 chr1 228602660 . G C 350.8 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.000957024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7801;QD=15.4199;RBI=0.00896574;REFB=0.00262963;REVB=-0.00891452;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815875;STB=0.545936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00321179;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:23:15:17:36:23:15:17:36 chr1 228612838 . G T 282.26 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0167472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.582;QD=22.5811;RBI=0.0188202;REFB=-2.58135e-05;REVB=-0.00858678;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652495;STB=0.536516;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=5.28857e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:10:14:17:9:10:14 chr1 228699477 . T C 727.06 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8478;QD=63.223;RBI=0.0178109;REFB=0;REVB=0.000205694;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171287;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 228743499 . C A 2191.63 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628332;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4778;QD=63.0686;RBI=0.0642046;REFB=0;REVB=0.0131993;RO=0;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409606;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:136:139:1:56:80:0:0:57:82:0:0 chr1 229460323 . G C 406.94 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0310288;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.504;QD=16.1164;RBI=0.0366602;REFB=-0.019562;REVB=-0.0195239;RO=56;SAF=16;SAR=29;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208481;STB=0.511678;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0196999;OID=.;OPOS=229460323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:56:56:45:45:0.445545:29:16:21:35:29:16:21:35 chr1 229730452 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0106898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.263;QD=12.8605;RBI=0.0221578;REFB=-0.0292052;REVB=-0.0194086;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0267648;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr1 229737680 . C T 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00227258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.435;QD=10.8325;RBI=0.0085767;REFB=-0.0115494;REVB=0.00827013;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889969;STB=0.551929;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0269016;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:13:9:20:21:13:9:20:21 chr1 229738170 . T G 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.954;QD=63.1949;RBI=0.0395948;REFB=0;REVB=0.0347628;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127416;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr1 229738236 . G A 1007.16 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00296082;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.331;QD=54.4412;RBI=0.0278215;REFB=0.0188599;REVB=0.0276635;RO=3;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539668;STB=0.503154;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-4.78553e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:74:3:3:70:71:0.959459:42:28:1:2:42:29:1:2 chr1 229772693 . T G 289.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.872;QD=52.6883;RBI=0.0715994;REFB=0;REVB=0.0267437;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421854;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr1 229772932 . A G 391.75 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0048321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.064;QD=22.0707;RBI=0.0143758;REFB=-0.0277781;REVB=-0.0135394;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149364;STB=0.561373;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0220547;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:32:39:39:0.549296:23:16:7:23:23:16:9:23 chr1 229773441 . C T 327.1 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00885063;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6541;QD=15.2141;RBI=0.00979006;REFB=0.00271412;REVB=0.0041847;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172029;STB=0.597693;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00753171;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:11:25:27:23:11:25:27:23 chr1 229790048 . A G 557.31 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=151;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0202511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.653;QD=14.666;RBI=0.0215273;REFB=0.0126517;REVB=-0.00730197;RO=88;SAF=35;SAR=28;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343735;STB=0.516219;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0192281;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:88:89:63:63:0.414474:28:35:46:42:28:35:47:42 chr1 230384937 . T C 335.79 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0138819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.948;QD=22.3858;RBI=0.0233359;REFB=-0.0287334;REVB=0.0187578;RO=26;SAF=24;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11511;STB=0.563719;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0130373;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:10:24:15:11:10:24:15:11 chr1 230384970 . G A 164.14 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.0284141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.515;QD=11.1279;RBI=0.0355714;REFB=-0.0137004;REVB=0.0214002;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399761;STB=0.737139;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0095843;OID=.;OPOS=230384970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:21:21:0.355932:12:9:29:7:12:9:31:7 chr1 230415148 . G A 716.52 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00430604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.641;QD=51.1801;RBI=0.00899265;REFB=-0.0416566;REVB=0.00789466;RO=3;SAF=30;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044814;STB=0.523801;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00257812;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:23:30:3:0:23:30:3:0 chr1 230416319 . A C 1188.76 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.604;QD=60.9621;RBI=0.0272957;REFB=0;REVB=0.0175498;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7119e-05;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:43:32:0:0:44:34:0:0 chr1 230417557 . T C 471.94 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00835484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.117;QD=55.5223;RBI=0.00852765;REFB=-0.111902;REVB=0.00170807;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183273;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000113822;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:8:25:1:0:8:25:1:0 chr1 230417560 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5165;QD=55.5192;RBI=0.0196355;REFB=-0.0971875;REVB=0.00020313;RO=1;SAF=25;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183273;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00388632;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:8:25:1:0:8:25:1:0 chr1 230461079 . G A 232.34 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0178753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.984;QD=12.559;RBI=0.0224918;REFB=-0.0196296;REVB=0.0136512;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248522;STB=0.64154;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0309327;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:15:13:32:14:15:13:32:14 chr1 230814431 . A G 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0101943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.621;QD=15.2605;RBI=0.0119325;REFB=-0.0103987;REVB=-0.00620168;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0194672;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:6:10:7:6:6:10 chr1 230829139 . A G 214.86 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00512035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9029;QD=21.4858;RBI=0.0227508;REFB=-0.0403924;REVB=0.0221671;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214136;STB=0.620572;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0375949;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:8:11:7:14:8:11 chr1 230841687 . T C 990.23 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1075;QD=59.1183;RBI=0.0440787;REFB=0;REVB=-0.043244;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184824;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr1 230845794 . A G 775.51 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.785;QD=55.3932;RBI=0.029334;REFB=-0.0421136;REVB=-0.00157901;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398222;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:29:26:1:0:29:27:0:0 chr1 230898494 . C T 617.07 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0208279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6188;QD=20.7419;RBI=0.0209125;REFB=-0.00033831;REVB=0.00187948;RO=56;SAF=38;SAR=24;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190601;STB=0.60084;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000501241;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:57:62:62:0.521008:24:38:22:34:24:38:23:34 chr1 230903350 . TG CG,GT 205.66 PASS AF=0.409836,0;AO=23,3;DP=61;FAO=25,0;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12,0;FSAR=13,0;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0096638,-0.0241748;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=220.396,41.4973;QD=13.4858;RBI=0.0131575,0.131393;REFB=-0.00450575,-0.0305674;REVB=0.00892918,-0.12915;RO=31;SAF=11,0;SAR=12,3;SRF=23;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.264805,-0.665535;STB=0.593148,0.5;STBP=0.249,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00742124,0.0354878;OID=.,.;OPOS=230903350,230903350;OREF=T,TG;OALT=C,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:36:23,3:25,0:0.409836,0:12,3:11,0:23:8:13,0:12,0:23:13 chr1 230933898 . C T 53.96 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00537496;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.716;QD=7.19436;RBI=0.00800496;REFB=-0.0174645;REVB=-0.00593205;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328123;STB=0.624688;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0611631;OID=.;OPOS=230933898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:23:22:7:8:0.266667:2:5:10:13:3:5:10:12 chr1 231042732 . T A 850.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.941;QD=56.6847;RBI=0.0581739;REFB=0;REVB=0.0574824;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137368;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:60:0:0:53:60:1:26:27:0:0:33:27:0:0 chr1 231161773 . C T 420.68 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0153969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1598;QD=20.5211;RBI=0.0189937;REFB=-0.0208609;REVB=0.0111219;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132354;STB=0.573137;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0156612;OID=.;OPOS=231161773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:14:26:21:21:14:26 chr1 231298898 . C A 230.86 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0673072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.908;QD=46.1713;RBI=0.0673768;REFB=-0.141539;REVB=0.00306223;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00182022;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:1:0 chr1 231339713 . C T 1782.73 PASS AF=0.50289;AO=174;DP=345;FAO=174;FDP=346;FR=.;FRO=172;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=91;FSRR=81;FWDB=-0.000279529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.134;QD=20.6096;RBI=0.00603081;REFB=-0.013973;REVB=0.00602432;RO=171;SAF=92;SAR=82;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219792;STB=0.500167;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0162851;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:346:171:172:174:174:0.50289:82:92:90:81:82:92:91:81 chr1 231353589 . A G 236.65 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00769198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.364;QD=15.7763;RBI=0.00869265;REFB=-0.015235;REVB=0.00404915;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016893;STB=0.509547;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0157373;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:19:14:11:16:19:14 chr1 231355912 . G T 301.58 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0165221;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.795;QD=14.3612;RBI=0.0226317;REFB=-0.00240281;REVB=0.0154665;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164682;STB=0.624926;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00342549;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:45:50:34:34:0.404762:22:12:23:22:22:12:28:22 chr1 231355918 . CG GT 320.01 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00652432;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=307.283;QD=16.2029;RBI=0.00718426;REFB=-0.00257525;REVB=0.00300781;RO=44;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220557;STB=0.616004;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.00353298;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:33:35:0.443038:22:11:24:20:23:12:24:20 chr1 231357102 . G C 434.49 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.000723918;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=301.26;QD=18.2941;RBI=0.0108542;REFB=5.45124e-05;REVB=-0.01083;RO=51;SAF=28;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881362;STB=0.549273;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-4.78125e-05;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:16:28:28:23:16:28:28:23 chr1 231401902 . G A 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.191;QD=59.3559;RBI=0.0232159;REFB=0.0393954;REVB=-0.00354131;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00404573;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:47:30:0:0:47:30:0:1 chr1 231480431 . TTA T,TTT 66.81 PASS AF=0.186047,0;AO=16,6;DP=98;FAO=16,0;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0283358,0.0939695;FXX=0.0337041;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=20.4174,16.4164;QD=3.10721;RBI=0.0988032,0.114973;REFB=-0.0182118,0.00478963;REVB=-0.0946528,-0.0662459;RO=61;SAF=5,0;SAR=11,6;SRF=39;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.368071,0;SSSB=-0.393123,-0.650901;STB=0.698092,0.5;STBP=0.094,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0571936,0;OID=.,.;OPOS=231480432,231480433;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186047,0:16,6:98:16,0:86:70:6,0:10,0:44:26:67:61:5,0:11,6:39:22 chr1 231830226 . GCCCCCA AGCCCCA,CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAG 38.83 PASS AF=0,0.0243902,0.170732,0.0731707;AO=2,2,6,3;DP=43;FAO=0,1,7,3;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1,6,3;FSAR=0,0,1,0;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0117396,-0.0566485,-0.0168394,-0.000327502;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,5,5;LEN=2,2,1,2;MLLD=30.739,45.3453,16.1218,34.2477;QD=3.78833;RBI=0.121494,0.120106,0.184026,0.0547208;REFB=-0.0212312,0.00127036,-0.024456,-0.00720365;REVB=-0.120925,-0.105907,-0.183254,-0.0547198;RO=30;SAF=2,2,4,3;SAR=0,0,2,0;SRF=24;SRR=6;SSEN=0,0,0.386364,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.354952,0.354952,-0.203123,0.445339;STB=0.5,0.984933,0.622975,0.994785;STBP=1,0.525,0.612,0.243;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0,0.0951492,0.076273,-0.0370199;OID=.,.,.,.;OPOS=231830226,231830226,231830227,231830231;OREF=GC,GC,C,CA;OALT=AG,CG,-,AG;OMAPALT=AGCCCCA,CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:19:43:41:30:30:2,2,6,3:0,1,7,3:0,0.0243902,0.170732,0.0731707:0,0,2,0:2,2,4,3:24:6:0,0,1,0:0,1,6,3:23:7 chr1 231830295 . G A 483.44 PASS AF=0.490385;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0220374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.725;QD=18.594;RBI=0.0220737;REFB=-0.0285869;REVB=-0.00126642;RO=53;SAF=32;SAR=18;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400324;STB=0.528631;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0441652;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:53:50:51:0.490385:18:32:36:17:19:32:36:17 chr1 231906589 . C T 260.07 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00975321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.29;QD=16.7784;RBI=0.0116787;REFB=-0.00869925;REVB=0.00642401;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227115;STB=0.522169;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00839084;OID=.;OPOS=231906589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:12:17:18:14:12:17:18:15 chr1 231931048 . T C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00308546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.127;QD=12.229;RBI=0.0152155;REFB=-0.0139467;REVB=0.0148994;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217245;STB=0.619603;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0167261;OID=.;OPOS=231931048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:6:16:19:16:6:16:20:16 chr1 232144598 . A T 464.57 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0105211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.157;QD=27.7353;RBI=0.0332246;REFB=-0.0146253;REVB=0.0315147;RO=24;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623918;STB=0.533965;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00657365;OID=.;OPOS=232144598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:21:22:10:14:21:22:10:14 chr1 232144887 . A G 137.78 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0491287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1885;QD=19.0043;RBI=0.0493039;REFB=-0.0145649;REVB=0.00415339;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146131;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0151543;OID=.;OPOS=232144887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:8:6:9:6:8:6 chr1 232534192 . CT C 40.54 PASS AF=0.262626;AO=31;DP=101;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0572246;FXX=0.0198;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.31292;QD=1.63795;RBI=0.104893;REFB=-0.055024;REVB=-0.0879079;RO=56;SAF=9;SAR=22;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405026;STB=0.772589;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0617521;OID=.;OPOS=232534193;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262626:31:101:26:99:73:6:20:44:29:40:56:9:22:37:19 chr1 232574921 . T C 676.27 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557186;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9276;QD=62.9093;RBI=0.0715963;REFB=0;REVB=0.0449607;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223924;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr1 232581501 . C T 612.56 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00182929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.311;QD=20.084;RBI=0.0178782;REFB=0.00204925;REVB=-0.0177844;RO=59;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525204;STB=0.532776;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00181034;OID=.;OPOS=232581501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:60:62:62:0.508197:31:31:26:33:31:31:26:34 chr1 232650750 . A G 299.13 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00298235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.483;QD=16.1691;RBI=0.00709554;REFB=-0.029686;REVB=-0.00643834;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825514;STB=0.535633;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0286658;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:41:32:33:0.445946:13:19:21:20:14:19:21:20 chr1 232650867 . C T 193.51 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00837221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.497;QD=16.4685;RBI=0.0240605;REFB=-0.0206334;REVB=-0.0225569;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246456;STB=0.622523;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0259735;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:11:8:18:9:11:9:18:9 chr1 232940863 . G A 593.62 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.0227624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.998;QD=17.4593;RBI=0.024705;REFB=-0.0158954;REVB=-0.00960281;RO=72;SAF=33;SAR=29;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362155;STB=0.52676;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0163258;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:74:62:62:0.455882:29:33:41:31:29:33:43:31 chr1 232940953 . T C 410.81 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0131697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.18;QD=18.6734;RBI=0.0183149;REFB=-0.0274532;REVB=0.0127277;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942029;STB=0.552547;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0291107;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:26:16:22:24:26:16:22:24 chr1 232941677 . G T 493.86 PASS AF=0.495652;AO=48;DP=107;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00892106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3895;QD=17.1778;RBI=0.0534846;REFB=-0.0253969;REVB=0.0527353;RO=53;SAF=35;SAR=13;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118908;STB=0.545531;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0235584;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:115:53:58:48:57:0.495652:13:35:33:20:18:39:35:23 chr1 232942251 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0132951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.345;QD=17.3208;RBI=0.0195912;REFB=0.000724152;REVB=0.0143894;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259537;STB=0.649799;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000380945;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:9:9:4:12:9:9 chr1 232942546 . A G 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0300119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.76;QD=16.9923;RBI=0.0304723;REFB=-0.00988192;REVB=0.00527712;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209809;STB=0.511802;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0128715;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:14:16:15:12:14:16 chr1 232944569 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.015237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.184;QD=21.7465;RBI=0.0152394;REFB=-0.0117062;REVB=0.000266581;RO=20;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214818;STB=0.621242;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0121647;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:6:16:10:10:6:16:10:10 chr1 232945255 . C G 92.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0179984;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0121;QD=16.7873;RBI=0.0983557;REFB=-0.026435;REVB=-0.0966949;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325354;STB=0.689298;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0200686;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:3:8:4:7:3:8:4:7 chr1 232967889 . T C 728.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.698;QD=63.3382;RBI=0.0214448;REFB=0;REVB=0.0172002;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08099e-06;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr1 233086456 . T C 254.29 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0292335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.698;QD=13.0407;RBI=0.0299878;REFB=-0.00463848;REVB=-0.00668393;RO=48;SAF=8;SAR=22;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184259;STB=0.606224;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00474482;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:22:8:20:28:22:8:20:28 chr1 233086483 . GCC G,GC 382.13 PASS AF=0,1;AO=9,39;DP=60;FAO=0,67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124937,-0.0277277;FXX=0.0147037;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=9.01497,8.41482;QD=22.8139;RBI=0.0343076,0.0685126;REFB=-0.0193116,-0.0153544;REVB=-0.0319519,-0.062651;RO=6;SAF=3,17;SAR=6,22;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122922,-0.016162;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0232425,-0.00412641;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,39:60:0,67:67:0:0,24:0,43:0:0:6:6:3,17:6,22:3:3 chr1 233152877 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00817262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.425;QD=18.0872;RBI=0.00818875;REFB=-0.0315647;REVB=-0.000513756;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218318;STB=0.622226;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0247154;OID=.;OPOS=233152877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:18:9:15:11:18:9 chr1 233514934 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0152542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.586;QD=20.8979;RBI=0.0182965;REFB=0.0550907;REVB=0.010103;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0078494;OID=.;OPOS=233514934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:2:6:2:2:2:6:2:2 chr1 233514975 . G T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.059329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.605;QD=16.4542;RBI=0.0742278;REFB=-0.0137807;REVB=-0.0446077;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00305999;OID=.;OPOS=233514975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr1 233515071 . C T 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00950769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.235;QD=17.156;RBI=0.0256027;REFB=-0.0269246;REVB=0.0237719;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.601147;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0250953;OID=.;OPOS=233515071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:8:12:7:10:8:12 chr1 233515102 . T G 132.52 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0118043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.913;QD=13.2523;RBI=0.0123847;REFB=-0.00794652;REVB=-0.00374697;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106613;STB=0.537688;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00942212;OID=.;OPOS=233515102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:15:16:0.4:6:9:12:12:7:9:12:12 chr1 233515413 . G A 187.61 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0101086;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.339;QD=19.2419;RBI=0.0103174;REFB=-0.00691864;REVB=-0.00206522;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203619;STB=0.614857;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00775543;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:6:14:9:10:6:14 chr1 233518983 . G GT 374.5 PASS AF=0.347458;AO=72;DP=245;FAO=82;FDP=236;FR=.;FRO=154;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=0.00564429;FXX=0.016666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1565;QD=6.3475;RBI=0.0399415;REFB=0.00258683;REVB=-0.0395407;RO=163;SAF=27;SAR=45;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134181;STB=0.514978;STBP=0.759;TYPE=ins;VARB=-0.00872523;OID=.;OPOS=233518984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347458:72:245:82:236:154:37:45:73:81:99:163:27:45:79:84 chr1 233518998 . C T 711.07 PASS AF=0.352697;AO=85;DP=235;FAO=85;FDP=241;FR=.;FRO=156;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.00346632;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0288;QD=11.8019;RBI=0.0882936;REFB=-0.01481;REVB=-0.0882255;RO=148;SAF=37;SAR=48;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804086;STB=0.53385;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0269261;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:241:148:156:85:85:0.352697:48:37:75:73:48:37:76:80 chr1 233520845 . T C 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.000618798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.896;QD=18.3356;RBI=0.0333093;REFB=0.00216518;REVB=0.0333036;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371785;STB=0.526301;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00207974;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:14:21:23:13:14:21:24:13 chr1 233785716 . T G 489.57 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0300232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.004;QD=17.0283;RBI=0.0322519;REFB=-0.012041;REVB=-0.011781;RO=62;SAF=30;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137942;STB=0.570278;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.014689;OID=.;OPOS=233785716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:52:53:0.46087:22:30:27:35:23:30:27:35 chr1 234041422 . G C 536.2 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0279265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9697;QD=23.8311;RBI=0.0458247;REFB=-0.0172044;REVB=0.036332;RO=40;SAF=29;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858697;STB=0.547151;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0102043;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:21:29:19:21:21:29:19:21 chr1 234509259 . G C 196.32 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00983;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.566;QD=12.6659;RBI=0.00994622;REFB=-0.0206471;REVB=-0.00151608;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342268;STB=0.698102;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0373008;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:6:18:17:21:6:18:17:21 chr1 234527453 . T A 250.44 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0448778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5319;QD=16.6963;RBI=0.0452507;REFB=-0.0198343;REVB=-0.00579739;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490181;STB=0.528041;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0166517;OID=.;OPOS=234527453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:32:27:28:0.466667:17:10:13:18:18:10:13:19 chr1 234529552 . C T 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0025857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.375;QD=17.5534;RBI=0.0078704;REFB=-0.0270208;REVB=-0.00743353;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880058;STB=0.543835;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0192521;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:23:13:18:22:23:13:18:23 chr1 234529570 . G A 258.39 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0139435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.604;QD=15.426;RBI=0.0210847;REFB=-0.00719918;REVB=-0.015816;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364721;STB=0.512492;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0174213;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:37:29:30:0.447761:17:12:14:23:18:12:14:23 chr1 234546245 . C T 281.62 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0218334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3809;QD=17.0681;RBI=0.0255123;REFB=-0.00399583;REVB=-0.0131977;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157227;STB=0.59527;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00776996;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:13:18:14:20:13:18:14:21 chr1 234569192 . T C 772.73 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.549;QD=61.818;RBI=0.01514;REFB=-0.130251;REVB=0.0041999;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00155306;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:16:33:0:0:16:33:0:1 chr1 234573025 . T C 446.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5607;QD=57.6571;RBI=0.0576227;REFB=0;REVB=0.0373321;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106098;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 234606998 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.031477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.798;QD=11.1041;RBI=0.0323548;REFB=-0.014574;REVB=0.00748523;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.542251;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0252826;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:3:4:5:4:3:4:5:5 chr1 235040004 . G A 602.49 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.031;QD=54.7714;RBI=0.0283054;REFB=-0.168288;REVB=0.0202296;RO=2;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00927352;STB=0.517585;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00186997;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:2:3:40:41:0.931818:16:24:1:1:17:24:1:2 chr1 235040045 . A G 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8016;QD=58.592;RBI=0.0161794;REFB=0;REVB=-0.0148212;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183078;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr1 235652513 . T C 847.52 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9196;QD=56.5016;RBI=0.072305;REFB=0;REVB=0.0242381;RO=1;SAF=18;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211486;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:41:18:1:0:41:19:0:0 chr1 235705001 . G T 1381.33 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.941;QD=61.3924;RBI=0.0354517;REFB=-0.017657;REVB=-0.0229601;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.002255;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:35:54:0:0:35:54:0:1 chr1 235715523 . A G 229.41 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0190952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.393;QD=14.1177;RBI=0.0206196;REFB=-0.00926714;REVB=-0.00778106;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265375;STB=0.650791;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0163659;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:24:14:17:10:24:14 chr1 236139141 . A T 161.68 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.133476;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.9697;QD=26.9467;RBI=0.138699;REFB=-0.0225239;REVB=-0.0377051;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188919;STB=0.606611;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0352139;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:24:24:5:6:11:16:0.666667:5:6:1:4:7:9:1:5 chr1 236141174 . T C 553.04 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00484173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.55;QD=24.5795;RBI=0.00841054;REFB=-0.0194953;REVB=-0.00687713;RO=39;SAF=28;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109505;STB=0.559977;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0150828;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:23:28:16:23:23:28:16:23 chr1 236144951 . A G 241.43 PASS AF=0.405797;AO=21;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.279852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7819;QD=13.9957;RBI=0.2823;REFB=-0.00377311;REVB=-0.0370963;RO=39;SAF=4;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403887;STB=0.586145;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.013199;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:21:28:0.405797:17:4:20:19:17:11:22:19 chr1 236175339 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.529;QD=60.0308;RBI=0.0221896;REFB=0;REVB=-0.00181517;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34665e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr1 236208773 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.198;QD=62.3509;RBI=0.00884726;REFB=0;REVB=0.00243585;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62567e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 236228288 . C A 289.11 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00738092;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.902;QD=18.6522;RBI=0.0121471;REFB=-0.0130534;REVB=0.00964751;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579871;STB=0.532338;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0150209;OID=.;OPOS=236228288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:16:15:13:18:16:15:13:18 chr1 236381825 . G C 993.85 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485354;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4343;QD=59.3344;RBI=0.0631469;REFB=0;REVB=0.0629601;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659684;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr1 236389999 . C T 351.0 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.015257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.841;QD=20.647;RBI=0.0203626;REFB=-0.0125761;REVB=-0.0134856;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200522;STB=0.611049;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0102831;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:14:22:12:20:14:22:12:20 chr1 236415347 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0125615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.903;QD=8.73785;RBI=0.0187705;REFB=-0.00102816;REVB=-0.0139478;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178269;STB=0.611381;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00236769;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:13:7:2:7:13:7 chr1 236557771 . G A 262.23 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0059932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.294;QD=13.2774;RBI=0.0407727;REFB=-0.0189417;REVB=-0.0403298;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976202;STB=0.572777;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0227824;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:48:31:31:0.392405:15:16:19:26:15:16:19:29 chr1 236645670 . C T 587.04 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00291482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.911;QD=28.9896;RBI=0.0175074;REFB=-0.00510341;REVB=-0.017263;RO=29;SAF=26;SAR=26;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795979;STB=0.543193;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00338747;OID=.;OPOS=236645670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:52:52:0.641975:26:26:18:11:26:26:18:11 chr1 236700807 . T A 853.7 PASS AF=0.923077;AO=59;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00692794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.132;QD=52.5354;RBI=0.0266527;REFB=-0.0160207;REVB=0.0257366;RO=2;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377019;STB=0.528292;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00153201;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:59:60:0.923077:24:35:0:2:25:35:0:3 chr1 236700823 . T C 979.27 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.03;QD=58.464;RBI=0.0365335;REFB=0;REVB=0.00559309;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144755;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr1 236700857 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.681;QD=59.855;RBI=0.0399214;REFB=0;REVB=-0.0321664;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61208e-05;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr1 236702209 . CA TG 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357825;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.736;QD=57.7124;RBI=0.0037262;REFB=0;REVB=0.00103954;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.27132e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 236702374 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.21;QD=57.1058;RBI=0.054255;REFB=0;REVB=0.039186;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02638e-06;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr1 236706780 . C T 1512.68 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.185;QD=59.9081;RBI=0.00852977;REFB=0;REVB=-0.00797339;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93301e-06;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:42:58:0:0:42:59:0:0 chr1 236706862 . G C 1572.71 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0985;QD=58.7929;RBI=0.0372658;REFB=-0.00636133;REVB=0.0310082;RO=1;SAF=59;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=8.46873e-05;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:47:59:1:0:47:59:1:0 chr1 236711323 . T C 976.35 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.94;QD=57.4324;RBI=0.0561492;REFB=-0.0296291;REVB=0.0545513;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00087755;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:1:0:29:38:1:0 chr1 236714064 . A C 282.45 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9235;QD=49.1217;RBI=0.121741;REFB=-0.0755769;REVB=0.117826;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392483;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:23:1:0:21:23:1:11:10:0:1:12:11:0:0 chr1 236716959 . C T 2623.6 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00941273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.803;QD=61.3709;RBI=0.0214832;REFB=-0.0240534;REVB=0.0193113;RO=1;SAF=92;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514545;STB=0.502702;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000173511;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:78:92:1:0:78:92:1:0 chr1 236717926 . T C 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9577;QD=63.8644;RBI=0.0742019;REFB=0;REVB=-0.0501087;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156898;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 236718620 . T C 994.21 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000364595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3939;QD=57.6353;RBI=0.0169053;REFB=-0.00671601;REVB=0.0169014;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000272955;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:27:41:1:0:27:41:1:0 chr1 236719135 . T C 689.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2186;QD=62.6429;RBI=0.108252;REFB=0;REVB=-0.0264462;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187225;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr1 236719193 . A G 364.73 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135158;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.89;QD=54.0333;RBI=0.13966;REFB=0;REVB=0.0351722;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022061;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:19:6:0:0:19:8:0:0 chr1 236721610 . G A 871.83 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3094;QD=57.169;RBI=0.0379986;REFB=0;REVB=0.0328325;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920505;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:1:0:57:61:1:21:36:0:1:24:37:0:0 chr1 236721660 . T C 1026.1 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.021;QD=59.4839;RBI=0.0615086;REFB=0;REVB=0.0543539;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170651;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr1 236721731 . T C 1318.93 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677406;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3201;QD=59.9514;RBI=0.0962154;REFB=-0.0167431;REVB=0.0683273;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275845;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:88:0:0:86:88:1:42:44:0:0:42:46:0:0 chr1 236724504 . G A 277.18 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428784;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.363;QD=52.7969;RBI=0.00437627;REFB=0;REVB=-0.000875343;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07929e-05;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:17:21:1:11:6:0:0:15:6:0:0 chr1 236744712 . C A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.127;QD=58.5805;RBI=0.0325145;REFB=0;REVB=0.0161964;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00685e-05;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 236746443 . C T 837.2 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322683;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.529;QD=57.7381;RBI=0.0384319;REFB=0;REVB=0.0382962;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114421;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr1 236748505 . T C 685.21 PASS AF=0.808824;AO=54;DP=68;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0411307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.661;QD=40.3065;RBI=0.0423953;REFB=-0.0208983;REVB=0.0102775;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.589989;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00798254;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:0:13:54:55:0.808824:33:21:0:0:34:21:11:2 chr1 236749649 . T C 898.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154993;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.471;QD=57.9592;RBI=0.0193818;REFB=0;REVB=0.0116372;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166957;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr1 236755837 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.815;QD=60.61;RBI=0.0157253;REFB=0;REVB=0.0109895;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121619;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 236758887 . T C 787.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932805;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.758;QD=57.2667;RBI=0.0596965;REFB=0;REVB=0.0589633;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114251;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:19:36:0:0 chr1 236767330 . A G 1317.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.503;QD=61.9821;RBI=0.0167172;REFB=0;REVB=-0.0139955;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94803e-05;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr1 236882303 . T C 806.51 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0191719;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.267;QD=55.6214;RBI=0.0349726;REFB=-0.0952266;REVB=0.0292492;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000660157;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr1 236883421 . C T 1449.85 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.904;QD=63.0368;RBI=0.0166255;REFB=0;REVB=-0.00605515;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84573e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:42:48:0:0:44:48:0:0 chr1 236899899 . TC T 221.44 PASS AF=0.521739;AO=38;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0863431;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.7958;QD=12.8369;RBI=0.139448;REFB=-0.00273926;REVB=-0.109502;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100604;STB=0.532536;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=-0.00432043;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:38:70:36:69:33:14:22:15:18:99:30:16:22:13:17 chr1 236926445 . T C 1035.93 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00486297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.566;QD=56.7633;RBI=0.00491856;REFB=-0.0749508;REVB=0.000737379;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109601;STB=0.50058;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000391922;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:34:37:1:1:34:37:1:1 chr1 237054569 . A G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.042;QD=61.535;RBI=0.0180627;REFB=0;REVB=0.0114412;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49625e-06;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr1 237058744 . C A 1034.41 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00982208;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.239;QD=58.2767;RBI=0.0731702;REFB=-0.134926;REVB=0.072508;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00140168;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:0:1:69:70:0.985915:31:38:0:0:32:38:0:1 chr1 237058828 . C T 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.019;QD=55.0857;RBI=0.04746;REFB=0;REVB=0.00753023;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436762;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 237061056 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=50.4133;RBI=0.0335159;REFB=0;REVB=0.0180314;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18271e-05;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 237063504 . A G 681.37 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315478;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2705;QD=60.5662;RBI=0.0406188;REFB=-0.119594;REVB=0.0255856;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0034172;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr1 237433625 . C T 2584.61 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.442;QD=61.9068;RBI=0.0373353;REFB=0;REVB=-0.0195777;RO=0;SAF=75;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02194e-06;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:165:167:1:90:75:0:0:90:77:0:0 chr1 237617757 . C T 958.63 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.304;QD=57.2319;RBI=0.0372642;REFB=-0.0627723;REVB=0.00712441;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000363393;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:1:0:38:28:1:0 chr1 237664108 . G T 557.17 PASS AF=0.504348;AO=55;DP=113;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00567162;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.097;QD=19.3799;RBI=0.00654822;REFB=-0.018538;REVB=-0.00327292;RO=57;SAF=22;SAR=33;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856073;STB=0.53015;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0159416;OID=.;OPOS=237664108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:57:57:55:58:0.504348:33:22:28:29:33:25:28:29 chr1 237711797 . A G 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7357;QD=60.7114;RBI=0.0369741;REFB=0;REVB=-0.00199972;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018662;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr1 237718431 . C A 217.11 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0169137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.152;QD=11.2784;RBI=0.0170264;REFB=-0.00312014;REVB=-0.00195612;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126922;STB=0.573589;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00580227;OID=.;OPOS=237718431;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:11:16:24:26:11:16:24:26 chr1 237801770 . T C 1641.66 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.478;QD=60.2445;RBI=0.0544621;REFB=0;REVB=0.023429;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160225;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:59:50:0:0:59:50:0:0 chr1 237814783 . C T 575.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8036;QD=60.5681;RBI=0.0492626;REFB=0;REVB=0.0049174;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611921;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 237863718 . T G 867.88 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.763;QD=57.8584;RBI=0.0469399;REFB=0;REVB=0.00440189;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130166;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr1 237881770 . C T 2643.86 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000925848;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.433;QD=61.4851;RBI=0.00531979;REFB=0.13093;REVB=0.0052386;RO=0;SAF=91;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000234647;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:171:171:0.994186:80:91:0:0:80:91:1:0 chr1 237890437 . C T 2431.26 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00430202;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.37;QD=59.299;RBI=0.0106156;REFB=-0.0852437;REVB=0.00970483;RO=2;SAF=85;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110631;STB=0.508669;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00156979;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:165:164:2:3:161:161:0.981707:76:85:2:0:76:85:3:0 chr1 237997087 . A G 740.17 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.347;QD=56.936;RBI=0.0542265;REFB=0;REVB=0.0442043;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360171;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:19:33:0:0 chr1 238107035 . C G 857.15 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00843418;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.216;QD=56.2066;RBI=0.0133251;REFB=-0.0278709;REVB=-0.0103161;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-8.05518e-05;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:1:0 chr1 238109693 . GTATATATATATATATATATATATATA G 86.48 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.89067e-20;FXX=0.27248;HRUN=1;LEN=26;MLLD=814.536;QD=43.2413;RBI=0.0844207;REFB=0;REVB=0.0844207;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000259436;OID=.;OPOS=238109694;OREF=TATATATATATATATATATATATATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:11:8:8:0:0:8:0:0:3:0:0:8:0:0 chr1 238114860 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.322;QD=59.1433;RBI=0.0136957;REFB=0;REVB=0.0135687;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13981e-05;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr1 238114934 . G A 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5906;QD=58.777;RBI=0.0131102;REFB=0;REVB=0.00405844;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6066e-05;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 238114936 . A G 791.52 PASS AF=0.921875;AO=61;DP=61;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00453743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.892;QD=49.4698;RBI=0.0195765;REFB=-0.0440118;REVB=0.0190434;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54097;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000702457;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:61:64:0:5:61:59:0.921875:31:30:0:0:28:31:0:5 chr1 240073226 . C T 1114.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.338;QD=60.2247;RBI=0.0209292;REFB=0;REVB=0.0171747;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49621e-05;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr1 240073619 . G A 143.59 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0644547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3144;QD=33.7866;RBI=0.0697681;REFB=-0.142583;REVB=0.0267053;RO=3;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103575;STB=0.557438;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0251928;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:9:5:2:1:9:5:2:1 chr1 240074981 . A G 658.84 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405283;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0863;QD=62.7465;RBI=0.0367441;REFB=0;REVB=0.0365199;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000962326;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 240076608 . A G 226.51 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0426044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.543;QD=15.6215;RBI=0.0432067;REFB=-0.0118586;REVB=0.00718887;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345168;STB=0.693738;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0239717;OID=.;OPOS=240076608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:10:16:8:24:10:16:8:24 chr1 240076975 . G A 288.85 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00781291;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4819;QD=31.2272;RBI=0.0871476;REFB=-0.016594;REVB=0.0867967;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127139;STB=0.560391;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0101387;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:13:12:24:25:0.675676:14:10:8:5:15:10:7:5 chr1 240077023 . A G 257.73 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0124646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.253;QD=30.3215;RBI=0.0268255;REFB=0.00240981;REVB=-0.0237537;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122436;STB=0.567507;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00202243;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:15:8:6:5:15:8:6:5 chr1 240077309 . A G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.106762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.567;QD=17.3203;RBI=0.107074;REFB=-0.00614951;REVB=-0.00816228;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356721;STB=0.698085;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00643027;OID=.;OPOS=240077309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:1:17:10:6:1:17 chr1 240077669 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0130972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.849;QD=15.3787;RBI=0.0288573;REFB=-0.0365444;REVB=-0.025714;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270556;STB=0.656002;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0292583;OID=.;OPOS=240077669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:10:4:7:5:10:4 chr1 240256822 . C A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.112807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.342;QD=22.8305;RBI=0.113712;REFB=-0.00346304;REVB=-0.0143122;RO=10;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861804;STB=0.548948;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00348021;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:14:1:1:9:14:1:1:9 chr1 240341268 . A G 151.94 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0145045;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0296;QD=10.1294;RBI=0.0311088;REFB=-0.000204815;REVB=0.0275205;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140962;STB=0.5827;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00150579;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:17:23:9:11:17:23 chr1 240370934 . G C 30.09 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0184456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.862;QD=8.59587;RBI=0.0226831;REFB=-0.0356102;REVB=0.0132016;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717807;STB=0.545277;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0190074;OID=.;OPOS=240370934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:3:6:3:2:3:6 chr1 240492414 . T C 336.2 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000490025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0868;QD=28.0168;RBI=0.0258781;REFB=-0.0139787;REVB=0.0258735;RO=19;SAF=21;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238785;STB=0.632233;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0106696;OID=.;OPOS=240492414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:8:21:8:11:8:21:8:11 chr1 240497265 . A C 999.08 PASS AF=0.539326;AO=96;DP=178;FAO=96;FDP=178;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0384627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.57;QD=22.4512;RBI=0.0387428;REFB=0.00689626;REVB=-0.00465028;RO=82;SAF=39;SAR=57;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171577;STB=0.593731;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00359824;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:82:82:96:96:0.539326:57:39:50:32:57:39:50:32 chr1 241695792 . T C 401.47 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0225776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2551;QD=18.8928;RBI=0.0251576;REFB=-0.0102556;REVB=0.0110976;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657504;STB=0.530714;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0129481;OID=.;OPOS=241695792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:19:22:20:23:19:22:21:23 chr1 241712134 . C T 2672.81 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.271;QD=62.1585;RBI=0.00119811;REFB=0;REVB=0.00041694;RO=0;SAF=74;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48644e-07;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:97:74:0:0:98:74:0:0 chr1 241907779 . G A 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0263075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7318;QD=11.2592;RBI=0.0346302;REFB=0.00137772;REVB=-0.0225204;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483676;STB=0.528033;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00127905;OID=.;OPOS=241907779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:28:27:13:16:28:27 chr1 241907817 . T C 181.28 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00349976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.956;QD=9.41689;RBI=0.00525072;REFB=-0.00259992;REVB=0.0039143;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110111;STB=0.506488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00542995;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:26:27:12:12:26:27 chr1 242030151 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.197;QD=60.2281;RBI=0.0530603;REFB=0;REVB=0.049544;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400142;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 242035382 . C T 359.45 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00606792;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.372;QD=19.4296;RBI=0.0184163;REFB=-0.0157984;REVB=-0.0173879;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487071;STB=0.527072;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0175577;OID=.;OPOS=242035382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:37:37:37:37:0.5:18:19:21:16:18:19:21:16 chr1 242042301 . G A 378.18 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00447202;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.455;QD=14.8307;RBI=0.0146738;REFB=-0.01327;REVB=-0.0139758;RO=59;SAF=32;SAR=10;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190276;STB=0.601316;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0138344;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:59:42:43:0.421569:10:32:36:23:10:33:37:22 chr1 242042545 . A G 231.66 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00440952;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.362;QD=16.5473;RBI=0.00500853;REFB=-0.00148897;REVB=0.00237518;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253694;STB=0.533308;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00276686;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:25:26:0.464286:11:14:17:12:12:14:18:12 chr1 242045275 . C T 2566.2 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.967;QD=61.8361;RBI=0.0115173;REFB=0;REVB=0.0108793;RO=0;SAF=79;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40752e-05;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:87:79:0:0:87:79:0:0 chr1 242048674 . C T 503.09 PASS AF=0.433071;AO=56;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0428658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9182;QD=15.8455;RBI=0.0518467;REFB=0.00723384;REVB=-0.0291651;RO=71;SAF=27;SAR=29;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327567;STB=0.510598;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0122777;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:72:56:55:0.433071:29:27:34:37:28:27:34:38 chr1 242053030 . AT A 142.56 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0617962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.7264;QD=11.6375;RBI=0.0670035;REFB=0.00694125;REVB=0.0258978;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240293;STB=0.511102;STBP=0.879;TYPE=del;VARB=0.00323425;OID=.;OPOS=242053031;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:22:49:24:49:25:13:11:13:12:99:25:12:10:13:12 chr1 242053042 . A G 241.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00308159;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.024;QD=20.9825;RBI=0.0175978;REFB=-0.0133812;REVB=0.0173259;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038794;STB=0.521803;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0115576;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:23:23:23:0.5:11:12:13:10:11:12:13:10 chr1 242222754 . A G 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00984347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.302;QD=16.2354;RBI=0.0124933;REFB=0.00179016;REVB=0.00769342;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956482;STB=0.549;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00203092;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:28:23:34:28:28:23:34:29 chr1 242687390 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000812043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7127;QD=14.3344;RBI=0.0427795;REFB=0.00491754;REVB=0.0427718;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969463;STB=0.517787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00416367;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:9:8:12:13:9:8:13:13 chr1 243328887 . G T 137.2 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0133348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.026;QD=7.22109;RBI=0.0165642;REFB=-0.00718589;REVB=0.00982631;RO=56;SAF=13;SAR=7;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122462;STB=0.574509;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0314308;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:7:13:31:25:7:13:31:25 chr1 243329049 . G A 531.98 PASS AF=0.379518;AO=63;DP=168;FAO=63;FDP=166;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00320569;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.206;QD=12.8187;RBI=0.00787189;REFB=-0.00725919;REVB=0.00718959;RO=97;SAF=31;SAR=32;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140667;STB=0.507934;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0127696;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:97:103:63:63:0.379518:32:31:49:48:32:31:52:51 chr1 243329075 . T C 299.1 PASS AF=0.27451;AO=39;DP=147;FAO=42;FDP=153;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=0.0267548;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5705;QD=7.81957;RBI=0.0481954;REFB=-0.017176;REVB=-0.040087;RO=108;SAF=18;SAR=21;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171957;STB=0.598224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0384963;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:153:108:111:39:42:0.27451:21:18:65:43:22:20:68:43 chr1 243579112 . G A 106.76 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0252112;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4563;QD=10.1679;RBI=0.0256742;REFB=-0.017722;REVB=-0.0048539;RO=32;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.606587;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0370416;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:32:29:13:13:0.309524:7:6:12:20:7:6:9:20 chr1 244219563 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.808;QD=59.1429;RBI=0.0149044;REFB=0;REVB=0.00854551;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96281e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr1 244724092 . G A 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0166112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.567;QD=18.6875;RBI=0.0232;REFB=-0.00651019;REVB=-0.016196;RO=52;SAF=25;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707675;STB=0.5392;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00720291;OID=.;OPOS=244724092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:25:25:22:30:25:25:22:30 chr1 244735858 . A G 305.76 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00100674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.296;QD=20.3837;RBI=0.016394;REFB=0.00294225;REVB=0.016363;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263216;STB=0.514605;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00216422;OID=.;OPOS=244735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:14:14:15:17:14:14 chr1 244754961 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00798627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.818;QD=12.73;RBI=0.0477677;REFB=0.0111558;REVB=-0.0470953;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0214977;OID=.;OPOS=244754961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr1 244773784 . T C 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00921329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.402;QD=17.2439;RBI=0.0103698;REFB=-0.00447699;REVB=0.00475904;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976478;STB=0.555504;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00878148;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:18:9:9:12:18:9 chr1 245027349 . C T 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0509264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8469;QD=15.652;RBI=0.0514423;REFB=-0.00713956;REVB=-0.00726708;RO=32;SAF=3;SAR=23;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891412;STB=0.550856;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00980518;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:23:3:5:27:23:3:5:27 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 168.05 PASS AF=0.125,0.8125;AO=3,13;DP=17;FAO=2,13;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2,8;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232181,-0.0119804;FXX=0.0587889;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=130.172,169.97;QD=42.0122;RBI=0.0274513,0.0132592;REFB=0.0320644,-0.0234051;REVB=-0.0146456,-0.00568129;RO=1;SAF=3,8;SAR=0,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0821523;STB=0.993266,0.545384;STBP=0.227,0.296;TYPE=snp,ins;VARB=0.00991131,0.00310369;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:17:16:1:1:3,13:2,13:0.125,0.8125:0,5:3,8:0:1:0,5:2,8:0:1 chr1 245133662 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6479;QD=53.9044;RBI=0.0877875;REFB=0;REVB=0.0732963;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696805;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr1 245297243 . G A 204.22 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0559733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8465;QD=22.6907;RBI=0.0563508;REFB=0.00225423;REVB=-0.00651164;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.52775;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00320443;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:9:10:9:7:10:10:9:7 chr1 245297324 . G T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0398521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.344;QD=18.9486;RBI=0.0401372;REFB=-0.01792;REVB=-0.00477557;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175439;STB=0.509797;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0145718;OID=.;OPOS=245297324;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:12:15:15:13:12:15 chr1 245848798 . C T 455.69 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0301892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3575;QD=20.7133;RBI=0.0321313;REFB=-0.0226702;REVB=0.0110015;RO=41;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573966;STB=0.544135;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0264171;OID=.;OPOS=245848798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:43:45:45:0.511364:26:19:20:21:26:19:22:21 chr1 245849729 . G A 521.54 PASS AF=0.382716;AO=61;DP=162;FAO=62;FDP=162;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0044696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.015;QD=12.8776;RBI=0.0168046;REFB=-0.0135537;REVB=-0.0161993;RO=100;SAF=33;SAR=28;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777675;STB=0.548371;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0255433;OID=.;OPOS=245849729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:100:100:61:62:0.382716:28:33:47:53:28:34:47:53 chr1 245851289 . G T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0804919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3344;QD=5.68921;RBI=0.0964695;REFB=-0.000735082;REVB=-0.0531735;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128081;STB=0.559803;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00529123;OID=.;OPOS=245851289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:3:3:11:7:3:3:11:8 chr1 245851304 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.338;QD=53.9112;RBI=0.040378;REFB=0;REVB=0.0129739;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163206;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 245861571 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.020245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.685;QD=27.2349;RBI=0.0246698;REFB=-0.0104773;REVB=0.0140974;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594986;STB=0.532966;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00615912;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:15:8:6:8:15:8:6:8 chr1 245912889 . G A 344.44 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0202086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6768;QD=19.6821;RBI=0.0202298;REFB=-0.00884118;REVB=-0.000925483;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738845;STB=0.54104;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0134217;OID=.;OPOS=245912889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:17:17:15:21:17:17 chr1 246021941 . T C 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.00955056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.011;QD=15.2437;RBI=0.0127652;REFB=-0.0141616;REVB=0.00846971;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159844;STB=0.593614;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0136738;OID=.;OPOS=246021941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:26:21:37:24:26:21:38:24 chr1 246670481 . C G 1467.75 PASS AF=0.463415;AO=152;DP=327;FAO=152;FDP=328;FR=.;FRO=176;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=83;FSRR=93;FWDB=0.0328888;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9379;QD=17.8994;RBI=0.0329099;REFB=-0.00300885;REVB=-0.00117588;RO=174;SAF=81;SAR=71;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651906;STB=0.53289;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00499021;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:328:174:176:152:152:0.463415:71:81:81:93:71:81:83:93 chr1 246720798 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7986;QD=60.9762;RBI=0.0734253;REFB=0;REVB=-0.072668;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000984429;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 246755124 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.595;QD=55.0968;RBI=0.0793804;REFB=0;REVB=0.00303081;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000955773;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 246829616 . T C 1594.11 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.552;QD=57.9677;RBI=0.0251406;REFB=-0.068991;REVB=0.0101482;RO=1;SAF=63;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747538;STB=0.501557;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000332388;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:45:63:1:0:45:63:1:1 chr1 246887780 . C T 467.25 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.010304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.608;QD=16.8377;RBI=0.0111167;REFB=-0.017001;REVB=-0.00417231;RO=59;SAF=22;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074772;STB=0.537405;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0190396;OID=.;OPOS=246887780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:51:51:0.459459:29:22:30:29:29:22:30:30 chr1 246939513 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0316918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1955;QD=15.1566;RBI=0.0516667;REFB=0.0188399;REVB=0.0408054;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120892;STB=0.568573;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0100183;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:14:18:11:14:14:18 chr1 246942159 . G A 289.41 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0152846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.867;QD=13.9475;RBI=0.0372545;REFB=-0.0078866;REVB=-0.0339746;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459779;STB=0.502616;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0147027;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:14:19:29:21:14:19:29:21 chr1 247150740 . T C 748.26 PASS AF=0.918033;AO=55;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00161249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1372;QD=49.0663;RBI=0.0483465;REFB=-0.133987;REVB=0.0483196;RO=5;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512562;STB=0.52754;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0062034;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:61:61:5:5:55:56:0.918033:26:29:1:4:26:30:1:4 chr1 247162658 . C T 797.94 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.973;QD=56.9956;RBI=0.0658565;REFB=0;REVB=0.0330744;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195239;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:27:25:0:0:27:29:0:0 chr1 247419509 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.138;QD=59.0176;RBI=0.0125637;REFB=0;REVB=0.00902101;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91425e-06;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 247419664 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.476;QD=43.4862;RBI=0.00910286;REFB=0;REVB=-0.00827167;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104683;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 247587477 . G A 406.89 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000496196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.98;QD=20.0932;RBI=0.0217686;REFB=-0.021852;REVB=0.0217629;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220049;STB=0.506021;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0225058;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:21:20:20:19:21:20:20:20 chr1 247587531 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.651;QD=61.3364;RBI=0.0566147;REFB=0;REVB=0.00662095;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151428;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 247614617 . C T 274.12 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000683234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0661;QD=24.9202;RBI=0.00977147;REFB=0.00957706;REVB=-0.00974756;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868166;STB=0.548347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00805757;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:8:17:11:8:8:17:11:8 chr1 247614693 . C T 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.349;QD=55.0759;RBI=0.0457845;REFB=0;REVB=0.000355919;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585742;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 247614896 . A C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0177798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.306;QD=14.0966;RBI=0.0375879;REFB=-0.0136819;REVB=-0.0331168;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38096;STB=0.717975;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0224228;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:2:12:5:6:2:12 chr1 247615261 . GA G 491.42 PASS AF=0.443878;AO=83;DP=195;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=0.050876;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0691;QD=10.029;RBI=0.163317;REFB=-0.0136584;REVB=-0.15519;RO=108;SAF=38;SAR=45;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126842;STB=0.565456;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0127262;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443878:83:195:87:196:109:40:47:63:46:99:108:38:45:63:45 chr1 247695612 . G A 894.3 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00732733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.91;QD=55.0337;RBI=0.0127652;REFB=0.0740788;REVB=0.0104528;RO=2;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023186;STB=0.501228;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=2.00579e-05;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:29:34:1:1:29:34:1:1 chr1 247695756 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.747;QD=56.1914;RBI=0.0973422;REFB=0;REVB=0.0932936;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682044;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 247752019 . G C 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8723;QD=57.535;RBI=0.0219762;REFB=0;REVB=0.0219167;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110189;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 247752367 . A G 498.05 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00289731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.193;QD=19.7246;RBI=0.00489831;REFB=-0.0124717;REVB=0.00394956;RO=50;SAF=23;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814543;STB=0.504503;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0113846;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:51:51:0.50495:28:23:23:27:28:23:23:27 chr1 247769592 . C T 403.21 PASS AF=0.634921;AO=36;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0408421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3041;QD=25.6005;RBI=0.0412295;REFB=-0.0359212;REVB=-0.00563899;RO=21;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484497;STB=0.527049;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0163381;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:23:36:40:0.634921:13:23:12:9:13:27:14:9 chr1 247769752 . A G 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0296693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.637;QD=14.4054;RBI=0.0336288;REFB=-0.0253975;REVB=-0.0158312;RO=46;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200002;STB=0.511357;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0335619;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:18:14:21:25:18:14:21:25 chr1 247835950 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.97;QD=53.2748;RBI=0.0239409;REFB=0;REVB=0.0185384;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046535;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 247921100 . T G 310.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191795;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.98;QD=54.0192;RBI=0.015186;REFB=0;REVB=0.0150644;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631105;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 247921108 . CA C 30.2 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.143533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2493;QD=4.83203;RBI=0.145591;REFB=-0.0441183;REVB=-0.0243922;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.325581;SSSB=0.0883077;STB=0.639677;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.103686;OID=.;OPOS=247921109;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:7:25:8:25:17:4:4:5:12:30:17:3:4:6:11 chr1 247921352 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.741;QD=53.9096;RBI=0.028758;REFB=0;REVB=0.0186251;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341205;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 247921717 . C A 914.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.55;QD=58.0786;RBI=0.0305472;REFB=0;REVB=0.00683421;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48075e-05;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:30:27:0:0:32:31:0:0 chr1 247921788 . CAG CAGTG,CA,GTG 104.67 PASS AF=0.611111,0,0.0555556;AO=7,3,2;DP=18;FAO=11,0,1;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5,0,0;FSAR=6,0,1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0262934,-0.0524714,-0.0888292;FXX=0.09995;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=44.0202,37.1825,62.812;QD=23.2601;RBI=0.0785197,0.173988,0.0924288;REFB=-0.190237,-0.106433,-0.0935379;REVB=0.0739865,-0.165887,-0.0255433;RO=1;SAF=4,0,0;SAR=3,3,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0971198,-0.727144,-0.697199;STB=0.5434,0.5,0.985953;STBP=0.684,1,0.51;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.162853,0,0.116171;OID=.,.,.;OPOS=247921790,247921790,247921788;OREF=-,G,CA;OALT=GT,-,GT;OMAPALT=CAGTG,CA,GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:18:1:6:7,3,2:11,0,1:0.611111,0,0.0555556:3,3,2:4,0,0:1:0:6,0,1:5,0,0:2:4 chr1 247921888 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7382;QD=56.9363;RBI=0.0499117;REFB=0;REVB=-0.0494251;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448852;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr1 247978319 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.554;QD=60.3759;RBI=0.0303905;REFB=0;REVB=0.0276114;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71301e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr1 247978541 . AAGG A 239.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815063;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=282.633;QD=45.6039;RBI=0.0390828;REFB=0;REVB=-0.0382234;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000149053;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:11:10:0:0:4:0:11:10:0:0 chr1 248004614 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.135;QD=59.8389;RBI=0.0489827;REFB=0;REVB=-0.04041;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17768e-05;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 248004686 . GC G,GG 416.33 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=4,25;DP=29;FAO=5,25;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559547,0.0547809;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.167,263.494;QD=55.5112;RBI=0.0804208,0.0728528;REFB=0,0;REVB=0.0577631,0.0480269;RO=0;SAF=4,15;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0102294,0.00162202;OID=.,.;OPOS=248004687,248004687;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:4,25:29:5,25:30:0:5,15:0,10:0:0:25:0:4,15:0,10:0:0 chr1 248004775 . C T 379.43 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301931;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.585;QD=56.2118;RBI=0.0315395;REFB=0;REVB=0.00911712;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16696e-05;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 248004848 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2446;QD=48.7373;RBI=0.00774534;REFB=0;REVB=0.00469594;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05976e-05;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 248004877 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.297;QD=46.8477;RBI=0.0451625;REFB=0;REVB=0.0425892;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318665;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 248004884 . T C 179.79 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635239;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.209;QD=47.9426;RBI=0.0513787;REFB=0;REVB=0.0509844;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538544;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 248005213 . G A,C 423.53 PASS AF=0.125,0.84375;AO=5,27;DP=32;FAO=4,27;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=2,9;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175465,0.0932748;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2123,82.2217;QD=52.9415;RBI=0.0175488,0.0951373;REFB=-0.207713,-0.0603644;REVB=0.000287981,-0.0187328;RO=0;SAF=2,9;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599516,0.513504;STBP=0.523,0.628;TYPE=snp,snp;VARB=0.109661,-0.000307588;OID=.,.;OPOS=248005213,248005213;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:32:32:0:1:5,27:4,27:0.125,0.84375:3,18:2,9:0:0:2,18:2,9:0:1 chr1 248020556 . G C 274.51 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.463;QD=45.7521;RBI=0.0459261;REFB=-0.177846;REVB=0.0368769;RO=1;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182729;STB=0.588144;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00582578;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:24:1:2:22:22:0.916667:2:20:0:1:2:20:1:1 chr1 248028219 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.428;QD=53.2758;RBI=0.0230322;REFB=0;REVB=0.0226908;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78091e-05;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr1 248039451 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0186821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.812;QD=14.2417;RBI=0.023245;REFB=-0.00374949;REVB=0.0138314;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14669;STB=0.584336;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0044322;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:17:14:7:15:17:14 chr1 248039713 . A G 191.55 PASS AF=0.423729;AO=21;DP=54;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0454153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5668;QD=12.9862;RBI=0.0455047;REFB=-0.0197769;REVB=0.00285093;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355241;STB=0.549798;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0348093;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:33:34:21:25:0.423729:7:14:21:12:7:18:22:12 chr1 248059423 . C T 1102.37 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.504;QD=58.7929;RBI=0.0407595;REFB=-0.037246;REVB=0.0305778;RO=1;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210118;STB=0.511108;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000400496;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:22:51:0:1:22:52:0:1 chr1 248059456 . G A 1698.21 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00414757;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8876;QD=59.5865;RBI=0.00417373;REFB=-0.0219432;REVB=0.000466517;RO=1;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117202;STB=0.506172;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000514545;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:111:113:0.991228:40:71:0:1:40:73:0:1 chr1 248059476 . A C 2216.79 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9733;QD=63.3368;RBI=0.00545622;REFB=0;REVB=0.00305309;RO=0;SAF=92;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64042e-06;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:47:92:0:0:47:93:0:0 chr1 248059703 . T A 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.288;QD=58.413;RBI=0.0298163;REFB=0;REVB=0.0110288;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116491;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 248059712 . T C 820.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132319;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.363;QD=57.5721;RBI=0.0123447;REFB=0;REVB=0.0122736;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45998e-05;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr1 248059856 . T C 1175.44 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.112243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0002;QD=59.516;RBI=0.11409;REFB=-0.0270703;REVB=0.0204479;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122936;STB=0.506492;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000307892;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:40:38:1:0:40:38:1:0 chr1 248060029 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.262;QD=53.9102;RBI=0.039522;REFB=0;REVB=0.0275345;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185955;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr1 248060230 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00784543;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.349;QD=36.3487;RBI=0.0619039;REFB=-0.117475;REVB=0.0614048;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00224715;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr1 248060279 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4022;QD=55.096;RBI=0.0344637;REFB=0;REVB=0.00463882;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983911;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr1 248060380 . C A,G 766.92 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=3,46;DP=49;FAO=3,46;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206228,-0.00620518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.54,88.9896;QD=62.6058;RBI=0.0211582,0.0155867;REFB=0,0;REVB=-0.00472983,0.0142982;RO=0;SAF=0,19;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0282629,0.00245573;OID=.,.;OPOS=248060380,248060380;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:49:49:0:0:3,46:3,46:0.0612245,0.938776:3,27:0,19:0:0:3,27:0,19:0:0 chr1 248084434 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.5;QD=59.323;RBI=0.0103235;REFB=0;REVB=0.0012388;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46085e-05;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr1 248084464 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.271;QD=58.4197;RBI=0.00610942;REFB=0;REVB=-0.00599918;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07281e-06;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr1 248085108 . C T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2206;QD=59.4288;RBI=0.054852;REFB=0;REVB=-0.0273654;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340821;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 248112627 . T C 1859.05 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2183;QD=61.4561;RBI=0.0274394;REFB=0;REVB=0.0270453;RO=0;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16197e-05;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:54:67:0:0:54:67:0:0 chr1 248112745 . G T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00472867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.794;QD=53.9324;RBI=0.024362;REFB=0.0213644;REVB=-0.0238986;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00328927;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr1 248112762 . TG CA 426.66 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121956;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.34;QD=56.8875;RBI=0.00861029;REFB=0;REVB=-0.00852348;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.26416e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:10:20:0:0 chr1 248112771 . C T 483.23 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.32;QD=58.5735;RBI=0.0168842;REFB=0;REVB=0.0167352;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10389e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:11:22:0:0 chr1 248112809 . A G 636.41 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270427;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.413;QD=62.089;RBI=0.0542375;REFB=0;REVB=-0.0470149;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730045;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 248112836 . A G 566.42 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1431;QD=59.6229;RBI=0.065313;REFB=0;REVB=0.0439831;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181504;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr1 248113026 . T A 465.7 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.061;QD=58.2125;RBI=0.0478698;REFB=0;REVB=0.00745686;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40945e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:23:9:0:0 chr1 248113040 . A G 600.83 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00435835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0415;QD=58.6175;RBI=0.00539262;REFB=-0.0784311;REVB=-0.0031757;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00293779;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr1 248129240 . G A 1098.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5869;QD=60.1669;RBI=0.0609065;REFB=0;REVB=0.0602557;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423768;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 248202344 . G C 243.23 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.0688925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.974;QD=12.8017;RBI=0.0714786;REFB=-0.00999709;REVB=-0.019053;RO=47;SAF=3;SAR=26;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240769;STB=0.64125;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00996012;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:26:3:10:37:26:3:10:37 chr1 248202412 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.0073313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.236;QD=2.28091;RBI=0.00928514;REFB=-0.00400063;REVB=-0.00569788;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516649;STB=0.85029;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0224637;OID=.;OPOS=248202412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:10:38:2:4:10:38 chr1 248202474 . A G 103.24 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00503537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.384;QD=4.9162;RBI=0.00547022;REFB=-0.00236294;REVB=0.00213737;RO=66;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221635;STB=0.644554;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0100962;OID=.;OPOS=248202474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:66:67:17:17:0.202381:7:10:27:39:7:10:27:40 chr1 248224690 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0207013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.323;QD=19.1479;RBI=0.0207279;REFB=-0.0108901;REVB=0.00105098;RO=36;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057479;STB=0.531898;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00912411;OID=.;OPOS=248224690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:24:12:10:26:24:12:10:26 chr1 248264018 . C T 1487.95 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.062;QD=61.3587;RBI=0.0327837;REFB=-0.133131;REVB=0.00536068;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316308;STB=0.506172;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000632778;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:2:1:95:96:0.989691:55:40:1:1:56:40:1:0 chr1 248343543 . C T 670.94 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0148156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5166;QD=21.6432;RBI=0.038059;REFB=-0.0230548;REVB=0.0350569;RO=57;SAF=37;SAR=29;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884997;STB=0.544638;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0174209;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:58:66:66:0.532258:29:37:26:31:29:37:27:31 chr1 248343945 . C G 675.13 PASS AF=0.43787;AO=73;DP=168;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.00245735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.96;QD=15.9794;RBI=0.00919579;REFB=-0.00767699;REVB=0.00886137;RO=95;SAF=36;SAR=37;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518111;STB=0.524993;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00864342;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:95:95:73:74:0.43787:37:36:42:53:38:36:42:53 chr1 248343990 . T C 712.81 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0165578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.941;QD=17.3857;RBI=0.017205;REFB=-0.0129153;REVB=0.00467464;RO=88;SAF=42;SAR=34;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401877;STB=0.522281;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0160833;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:88:76:76:0.463415:34:42:45:43:34:42:45:43 chr1 248366702 . G A 778.56 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0130064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.693;QD=21.0421;RBI=0.0192682;REFB=-0.0267408;REVB=0.014216;RO=73;SAF=35;SAR=40;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360784;STB=0.51985;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0241528;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:75:75:0.506757:40:35:37:36:40:35:37:36 chr1 248402758 . C T 302.54 PASS AF=0.453333;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000422545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.858;QD=16.1357;RBI=0.0080332;REFB=-0.0105272;REVB=0.00802208;RO=38;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241375;STB=0.634145;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0112055;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:41:32:34:0.453333:10:22:17:21:11:23:18:23 chr1 248436611 . G A 197.45 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.042263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.51;QD=12.9479;RBI=0.0555542;REFB=-0.0326662;REVB=0.0360569;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160604;STB=0.601574;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.034836;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:37:23:24:0.393443:14:9:20:17:15:9:20:17 chr1 248436616 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00610777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.753;QD=12.3388;RBI=0.00738429;REFB=-0.0118846;REVB=0.00415004;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177443;STB=0.602323;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.013115;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:21:18:15:9:21:18 chr1 248436805 . T G 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00658697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.729;QD=35.4818;RBI=0.0383293;REFB=-0.026505;REVB=0.0377591;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967792;STB=0.505295;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00696496;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:3:3:10:11:3:3 chr1 248457979 . C A 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00472262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.371;QD=19.1818;RBI=0.0111256;REFB=-0.00588402;REVB=0.0100735;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859799;STB=0.547698;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00616638;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:29:14:17:24:29:14 chr1 248458132 . TAA T 514.38 PASS AF=0.6;AO=63;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0207784;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=42.3379;QD=18.7046;RBI=0.0228049;REFB=0.0170606;REVB=0.00939782;RO=43;SAF=32;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0.396226;SSEP=0;SSSB=0.0837975;STB=0.545441;STBP=0.248;TYPE=del;VARB=-0.0116323;OID=.;OPOS=248458133;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:63:110:66:110:44:33:33:17:27:99:43:32:31:17:26 chr1 248458676 . T C 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00920941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.23;QD=8.11968;RBI=0.00968087;REFB=0.00148019;REVB=-0.0029843;RO=59;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196933;STB=0.618117;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00533278;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:15:8:30:29:15:8:30:29 chr1 248458689 . A G 230.63 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.010287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.068;QD=10.0273;RBI=0.0207992;REFB=-0.00765571;REVB=-0.0180772;RO=63;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128967;STB=0.575568;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0177228;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:63:29:29:0.315217:17:12:33:30:17:12:33:30 chr1 248458717 . C G 342.47 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00598351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7722;QD=13.6987;RBI=0.0245261;REFB=-0.00781433;REVB=-0.023785;RO=62;SAF=17;SAR=21;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07487;STB=0.542699;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0195421;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:21:17:32:30:21:17:32:30 chr1 248487300 . C T 988.84 PASS AF=0.5;AO=100;DP=200;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.0134609;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.771;QD=19.7768;RBI=0.022373;REFB=-0.00721859;REVB=0.0178705;RO=100;SAF=45;SAR=55;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117966;STB=0.564793;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00731967;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:100:100:100:100:0.5:55:45:58:42:55:45:58:42 chr1 248487338 . C A 1159.09 PASS AF=0.506608;AO=115;DP=227;FAO=115;FDP=227;FR=.;FRO=112;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0166872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.093;QD=20.4245;RBI=0.0197555;REFB=-0.0109105;REVB=0.0105744;RO=111;SAF=59;SAR=56;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408632;STB=0.524445;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0112942;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:111:112:115:115:0.506608:56:59:62:49:56:59:63:49 chr1 248487638 . A G 718.91 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00564565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.189;QD=18.673;RBI=0.0261351;REFB=-0.0280324;REVB=-0.025518;RO=77;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112304;STB=0.501222;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0270545;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:77:79:75:75:0.487013:34:41:42:35:34:41:43:36 chr1 248487768 . A G 277.38 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.071652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0698;QD=18.4921;RBI=0.127799;REFB=-0.0132865;REVB=-0.105823;RO=30;SAF=23;SAR=7;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428643;STB=0.52387;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0101809;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:7:23:24:6:7:23:24:6 chr1 248512094 . C T 545.36 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00105348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.056;QD=15.5816;RBI=0.00272679;REFB=-0.0164127;REVB=-0.00251507;RO=81;SAF=26;SAR=33;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551824;STB=0.53095;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0148261;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:33:26:40:41:33:26:40:41 chr1 248512637 . C T 507.92 PASS AF=0.514563;AO=51;DP=101;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00618627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.169;QD=19.725;RBI=0.00619925;REFB=-0.0145585;REVB=-0.000400844;RO=50;SAF=33;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172663;STB=0.580651;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0115734;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:50:50:51:53:0.514563:18:33:23:27:20:33:23:27 chr1 248512749 . G A 294.19 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00122701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.898;QD=17.5633;RBI=0.0105821;REFB=-0.0196031;REVB=0.0105107;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206044;STB=0.612121;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0147733;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:35:32:32:0.477612:15:17:10:23:15:17:11:24 chr1 248512767 . G T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0110221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.443;QD=17.423;RBI=0.0116561;REFB=-0.0179172;REVB=-0.00379185;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179383;STB=0.600135;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0120424;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:11:23:15:16:11:23 chr1 248525100 . G A 115.24 PASS AF=0.179487;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0572752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2076;QD=3.93975;RBI=0.0573708;REFB=0.000630065;REVB=0.00331019;RO=95;SAF=14;SAR=7;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196297;STB=0.631451;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00463901;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:95:96:21:21:0.179487:7:14:49:46:7:14:49:47 chr1 248525135 . G A 209.38 PASS AF=0.218543;AO=33;DP=152;FAO=33;FDP=151;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.044461;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.091;QD=5.54654;RBI=0.0504995;REFB=-0.0132723;REVB=-0.0239462;RO=103;SAF=25;SAR=8;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303878;STB=0.673137;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0464367;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:103:118:33:33:0.218543:8:25:55:48:8:25:66:52 chr1 248525138 . C T 227.43 PASS AF=0.229299;AO=36;DP=157;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=0.00637164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.933;QD=5.79439;RBI=0.0365954;REFB=-0.00304704;REVB=-0.0360364;RO=120;SAF=28;SAR=8;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319599;STB=0.700992;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00848177;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:120:121:36:36:0.229299:8:28:66:54:8:28:66:55 chr1 248525638 . CA C 453.34 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00600113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.257;QD=22.9539;RBI=0.0176293;REFB=-0.0282752;REVB=-0.0165764;RO=35;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210927;STB=0.50116;STBP=0.983;TYPE=del;VARB=0.0220002;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.556962:44:79:44:79:35:20:24:16:19:99:35:20:24:16:19 chr1 248550976 . T G 521.54 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0120328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.017;QD=23.44;RBI=0.0122605;REFB=-0.0181825;REVB=0.0023519;RO=40;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107626;STB=0.554195;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0183044;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:40:48:49:0.550562:23:25:26:14:23:26:26:14 chr1 248569369 . A G 443.04 PASS AF=0.466019;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0265471;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.135;QD=17.2055;RBI=0.0267231;REFB=-0.0146983;REVB=-0.00306227;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462613;STB=0.530465;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0159084;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:47:48:0.466019:20:27:29:26:20:28:29:26 chr1 248616401 . G A 2252.23 PASS AF=0.65411;AO=188;DP=289;FAO=191;FDP=292;FR=.;FRO=101;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.0103727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.499;QD=30.8525;RBI=0.0141757;REFB=-0.00391076;REVB=0.00966213;RO=101;SAF=90;SAR=98;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410764;STB=0.524628;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00213915;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:101:101:188:191:0.65411:98:90:42:59:98:93:42:59 chr1 248616408 . C T 2262.33 PASS AF=0.656357;AO=191;DP=291;FAO=191;FDP=291;FR=.;FRO=100;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00718326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.676;QD=31.0974;RBI=0.0194636;REFB=0.0181099;REVB=-0.0180896;RO=100;SAF=93;SAR=98;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429271;STB=0.523035;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00968614;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:100:100:191:191:0.656357:98:93:42:58:98:93:42:58 chr1 248637046 . G A 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0417942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.544;QD=12.775;RBI=0.045419;REFB=-0.0274023;REVB=-0.0177802;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.58316;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0359564;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:6:8:7:3:6:8 chr1 248637362 . C T 354.9 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00401914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0846;QD=13.3924;RBI=0.0187202;REFB=-0.0296609;REVB=-0.0182837;RO=64;SAF=27;SAR=14;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393763;STB=0.527764;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0247858;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:41:42:0.396226:14:27:40:24:14:28:40:24 chr1 248637480 . A G 90.81 PASS AF=0.1133;AO=22;DP=202;FAO=23;FDP=203;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=110;FSRR=70;FWDB=-0.00646018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.533;QD=1.7893;RBI=0.014922;REFB=-0.000503307;REVB=0.0134512;RO=176;SAF=10;SAR=12;SRF=106;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181276;STB=0.652594;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0059035;OID=.;OPOS=248637480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:202:203:176:180:22:23:0.1133:12:10:106:70:13:10:110:70 chr1 248637543 . C T 1603.44 PASS AF=0.580645;AO=144;DP=248;FAO=144;FDP=248;FR=.;FRO=104;FSAF=85;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00194025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.551;QD=25.8619;RBI=0.0181441;REFB=-0.0216618;REVB=0.01804;RO=103;SAF=85;SAR=59;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894769;STB=0.546664;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0150579;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:103:104:144:144:0.580645:59:85:49:54:59:85:50:54 chr1 248652009 . GAA GA,GAT 64.75 PASS AF=0.272727,0.545455;AO=3,6;DP=11;FAO=3,6;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,2;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0718462,-0.0513207;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.4542,142.887;QD=23.5445;RBI=0.0798298,0.0575785;REFB=-0.00349212,0.0137929;REVB=0.0347984,0.0261048;RO=2;SAF=0,2;SAR=3,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.173071;STB=0.5,0.599697;STBP=1,0.534;TYPE=del,snp;VARB=0.17847,-0.000274995;OID=.,.;OPOS=248652010,248652011;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.545455:3,6:11:3,6:11:2:0,2:3,4:0:2:15:2:0,2:3,4:0:2 chr1 248652023 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0910377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2612;QD=11.0899;RBI=0.113839;REFB=0.00228062;REVB=0.0683486;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429211;STB=0.749312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00549731;OID=.;OPOS=248652023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:0:6:3:2:0:6 chr1 248685253 . T C 943.9 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.318;QD=58.0864;RBI=0.0358231;REFB=0;REVB=0.0344349;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02549e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:36:29:0:0 chr1 248685719 . A T 231.97 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00129757;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.439;QD=13.6451;RBI=0.00423266;REFB=-0.0155;REVB=-0.00402887;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147727;STB=0.564808;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0254314;OID=.;OPOS=248685719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:40:27:28:0.411765:15:12:24:17:15:13:23:17 chr1 248722611 . C G 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.869;QD=33.4081;RBI=0.0876251;REFB=0;REVB=-0.0531628;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913938;OID=.;OPOS=248722611;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 248722621 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.685;QD=35.5759;RBI=0.0188752;REFB=0;REVB=0.011519;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79961e-05;OID=.;OPOS=248722621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 248722624 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.576;QD=35.5759;RBI=0.0461469;REFB=0;REVB=0.000598306;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863456;OID=.;OPOS=248722624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 248722659 . C T 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3754;QD=49.5801;RBI=0.057994;REFB=0;REVB=0.049631;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704314;OID=.;OPOS=248722659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 248722671 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.311;QD=52.6131;RBI=0.0279631;REFB=0;REVB=-0.025966;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464563;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 248722777 . T A 724.39 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0304601;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.595;QD=50.8344;RBI=0.0305309;REFB=-0.00614035;REVB=-0.0020781;RO=3;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275857;STB=0.502091;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00063992;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:3:3:53:54:0.947368:34:19:1:2:34:20:1:2 chr1 248737293 . GC AG 111.8 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.146886;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.865;QD=24.8449;RBI=0.191205;REFB=-0.1683;REVB=0.12241;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109421;STB=0.561308;STBP=0.35;TYPE=mnp;VARB=0.0583804;OID=.;OPOS=248737293;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:8:5:3:2:8:5:3:2 chr1 248737319 . G A 167.36 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00145286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4343;QD=23.0844;RBI=0.083338;REFB=-0.0258275;REVB=0.0833253;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126697;STB=0.570736;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0224258;OID=.;OPOS=248737319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:3:9:10:7:3:9 chr1 248737343 . C T 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0370428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.241;QD=14.6971;RBI=0.0387769;REFB=-0.019907;REVB=-0.0114666;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187268;STB=0.599867;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0335701;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:12:4:9:13:12:4:9:14 chr1 248737348 . G A 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8911;QD=61.6558;RBI=0.0168979;REFB=0;REVB=0.00908227;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6955e-05;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 248737511 . A G 57.25 PASS AF=0.15942;AO=10;DP=64;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0455395;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.6191;QD=3.31907;RBI=0.047367;REFB=-0.000443019;REVB=-0.0130304;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368082;STB=0.684734;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00124382;OID=.;OPOS=248737511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:64:69:54:58:10:11:0.15942:8:2:26:28:8:3:28:30 chr1 248737595 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.972;QD=51.1846;RBI=0.0770258;REFB=0;REVB=-0.00375039;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176033;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr1 248814052 . T A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.000472706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.357;QD=9.91658;RBI=0.0299634;REFB=-0.00322563;REVB=0.0299597;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00591431;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:9:8:5:4:9:8 chr1 248814080 . A C 300.58 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00377467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.578;QD=44.5296;RBI=0.0041153;REFB=-0.165699;REVB=-0.00163937;RO=2;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770585;STB=0.5232;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00208487;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:2:3:24:24:0.888889:13:11:2:0:13:11:2:1 chr1 248814126 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0132729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.341;QD=19.3683;RBI=0.018789;REFB=0.0215134;REVB=-0.0132988;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207621;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0312913;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:4:3:7:3:4:3 chr1 248844959 . T C 770.08 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812367;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.697;QD=64.1732;RBI=0.033388;REFB=0;REVB=0.0323846;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97598e-05;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 248845356 . G T 785.6 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.904;QD=54.179;RBI=0.0316125;REFB=-0.0899892;REVB=0.0232437;RO=2;SAF=38;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241662;STB=0.506171;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000222365;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:2:1:55:57:0.982759:17:38:2:0:17:40:1:0 chr1 248845471 . T C 977.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838116;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.229;QD=59.2518;RBI=0.0444341;REFB=0;REVB=0.0444262;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385367;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr1 248845499 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.804;QD=58.058;RBI=0.0389623;REFB=0;REVB=0.0167897;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264339;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr1 249105163 . T C 491.5 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0163318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4304;QD=16.1147;RBI=0.0185013;REFB=-0.0140098;REVB=0.00869316;RO=65;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203727;STB=0.504269;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0282907;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:65:68:53:54:0.442623:25:28:33:32:25:29:36:32 chr1 249141782 . A T 215.96 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0778868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.803;QD=15.4259;RBI=0.0778946;REFB=-0.0185092;REVB=-0.00110142;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353606;STB=0.506507;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0223488;OID=.;OPOS=249141782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:14:10:14:17:14:11:14:17 chr1 249143522 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00488958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.782;QD=15.9168;RBI=0.0536371;REFB=-0.0364615;REVB=0.0534138;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0490308;OID=.;OPOS=249143522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr1 249168107 . G C 283.59 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0185253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.625;QD=17.7246;RBI=0.0415558;REFB=0.000678434;REVB=0.0371981;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307875;STB=0.51723;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.000278065;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:17:14:16:17:17:14:16:17 chr1 249168436 . G A 378.54 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0241389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.327;QD=16.458;RBI=0.0294181;REFB=-0.0156012;REVB=-0.0168149;RO=51;SAF=27;SAR=13;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356582;STB=0.523918;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0206114;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:13:27:36:15:13:27:37:15 chr1 249168516 . A G 845.79 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3323;QD=54.5673;RBI=0.0322028;REFB=0.0658941;REVB=0.0105492;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282326;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0063469;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:62:2:1:57:61:0.983871:31:26:1:1:33:28:1:0 chr1 249208772 . C T 203.83 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00905862;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.297;QD=14.3036;RBI=0.0298896;REFB=-0.0233537;REVB=-0.0284839;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349646;STB=0.519924;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0377918;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:19:14:11:13:19:14 chr1 249211096 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.022015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.729;QD=16.4166;RBI=0.0225398;REFB=-0.00196854;REVB=-0.00483554;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00286981;OID=.;OPOS=249211096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:11:5:7:7:11:5 chr1 249211619 . G A 78.65 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.023442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.572;QD=14.9809;RBI=0.0288998;REFB=-0.0622369;REVB=0.0169018;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0296153;OID=.;OPOS=249211619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:6:4:8:2:6:5 chr1 249213998 . T TC 35.28 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0602732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.5092;QD=3.4422;RBI=0.148851;REFB=-0.0380536;REVB=0.136102;RO=31;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490205;STB=0.82275;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.157425;OID=.;OPOS=249213999;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:10:41:10:41:31:9:1:18:13:35:31:9:1:18:13 chr2 242800 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0748272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.395;QD=16.9313;RBI=0.0793423;REFB=-0.0127142;REVB=0.0263834;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00568793;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:4:8:10:2:4:8 chr2 243504 . C T 146.38 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00331907;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.299;QD=15.8251;RBI=0.00400672;REFB=-0.00801683;REVB=-0.00224446;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00756578;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:9:11:8:8:10:11 chr2 269352 . G A 410.57 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0141215;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.674;QD=18.0469;RBI=0.0152055;REFB=0.00043288;REVB=-0.00563818;RO=49;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200021;STB=0.511177;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000525454;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:18:24:27:22:18:24:27:22 chr2 676177 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.176;QD=58.4195;RBI=0.0389089;REFB=0;REVB=0.000750387;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60792e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr2 1079320 . C T 1631.49 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108046;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.305;QD=59.8714;RBI=0.0110856;REFB=0;REVB=-0.00248049;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172023;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:57:51:0:0:58:51:0:0 chr2 1099077 . AT CT,TC,TT 2341.29 PASS AF=0.473373,0.260355,0.260355;AO=61,22,44;DP=131;FAO=80,44,44;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=51,9,27;FSAR=29,35,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00466523,0.0096745,0.0238689;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=56.7765,82.6358,106.087;QD=55.4152;RBI=0.0607425,0.0651814,0.0410459;REFB=-0.0796325,-0.0384619,-0.0755455;REVB=0.0605631,0.0644595,0.0333922;RO=2;SAF=44,1,20;SAR=17,21,24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0523398,0.0420485,0.03755;STB=0.508472,0.507039,0.514279;STBP=0.27,0.641,0.295;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.00215815,-0.018646,0.00532394;OID=.,.,.;OPOS=1099077,1099077,1099077;OREF=A,AT,A;OALT=C,TC,T;OMAPALT=CT,TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:131:169:2:1:61,22,44:80,44,44:0.473373,0.260355,0.260355:17,21,24:44,1,20:0:2:29,35,17:51,9,27:0:1 chr2 1099079 . T C 104.53 PASS AF=0.137725;AO=24;DP=169;FAO=23;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.000108919;FXX=0.0118336;HRUN=11;LEN=1;MLLD=146.37;QD=2.50362;RBI=0.00755701;REFB=-0.00265562;REVB=-0.00755623;RO=144;SAF=9;SAR=15;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201627;STB=0.660141;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00878406;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:144:144:24:23:0.137725:15:9:77:67:15:8:77:67 chr2 1497803 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.516;QD=59.8559;RBI=0.0277814;REFB=0;REVB=0.0212731;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23428e-05;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr2 1499899 . C T 1013.38 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206332;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.818;QD=55.5279;RBI=0.0214513;REFB=-0.0857265;REVB=-0.00586755;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632021;STB=0.512111;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000515564;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:73:2:3:70:70:0.958904:43:27:1:1:43:27:2:1 chr2 1499927 . A C 871.56 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000100067;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.166;QD=58.1041;RBI=0.0407448;REFB=0;REVB=0.0407447;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102837;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr2 1520676 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.796;QD=57.7105;RBI=0.0181897;REFB=0;REVB=0.018016;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100915;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr2 1544617 . G A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.448;QD=60.3734;RBI=0.0395831;REFB=0;REVB=0.0212367;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24755e-05;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr2 1636904 . C T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0178541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.001;QD=19.941;RBI=0.0179869;REFB=-0.0110568;REVB=-0.00218157;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240132;STB=0.513332;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00907322;OID=.;OPOS=1636904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:13:19:18:11:13:19:18:11 chr2 1647171 . T C 1281.41 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512795;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.299;QD=61.7549;RBI=0.010975;REFB=0;REVB=0.00970331;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5821e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr2 1652459 . G A 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00227051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.187;QD=14.7414;RBI=0.00559856;REFB=-0.0492311;REVB=-0.00511748;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969463;STB=0.505611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0415898;OID=.;OPOS=1652459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:13:12:8:9:13:12 chr2 1652822 . T G 2030.49 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000305288;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.905;QD=62.4765;RBI=0.00307456;REFB=0;REVB=0.00305936;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44812e-06;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:64:66:0:0:64:66:0:0 chr2 1652891 . G A 581.59 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0195069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.425;QD=20.5871;RBI=0.0435296;REFB=-0.0418005;REVB=0.0389141;RO=54;SAF=27;SAR=32;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849642;STB=0.546747;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0398837;OID=.;OPOS=1652891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:32:27:30:24:32:27:30:24 chr2 1664654 . A G 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000722813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.752;QD=63.8851;RBI=0.0392811;REFB=0;REVB=0.0392745;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51956e-05;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr2 1842968 . T C 1712.36 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.046;QD=60.0827;RBI=0.0532541;REFB=0;REVB=0.0434566;RO=0;SAF=28;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120469;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:114:0:0:104:114:1:76:28:0:0:82:32:0:0 chr2 1893133 . C T 1606.86 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.364;QD=60.0694;RBI=0.0591556;REFB=0;REVB=0.0536195;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07972e-05;OID=.;OPOS=1893133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:44:61:0:0:45:62:0:0 chr2 1926437 . G T 770.02 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108422;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.558;QD=64.1687;RBI=0.0142829;REFB=0;REVB=0.00929779;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23252e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 1946914 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.796;QD=62.3509;RBI=0.0454551;REFB=0;REVB=0.020481;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218949;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 3605468 . A G 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.352;QD=60.5871;RBI=0.0917992;REFB=0;REVB=0.0181231;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568138;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr2 3652616 . G C 2239.35 PASS AF=0.993333;AO=146;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113594;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.325;QD=59.716;RBI=0.0374555;REFB=-0.112314;REVB=0.0356915;RO=1;SAF=86;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549828;STB=0.50289;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000552323;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:1:1:146:149:0.993333:60:86:1:0:63:86:1:0 chr2 3653844 . T C 573.03 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.145;QD=55.9051;RBI=0.0474782;REFB=-0.00898509;REVB=0.0401194;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353302;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000434478;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:21:18:1:1:21:18:1:1 chr2 3800383 . C T 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.89;QD=59.8639;RBI=0.0550299;REFB=0;REVB=-0.0547121;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47155e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr2 3826387 . T C 692.99 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015232;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2126;QD=62.9992;RBI=0.0449939;REFB=0;REVB=0.0423372;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490904;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr2 4874700 . AACA AAA,AA,AAC 81.63 PASS AF=0.333333,0.266667,0.133333;AO=3,3,5;DP=20;FAO=5,4,2;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=1,0,0;FSAR=4,4,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0354792,0.0371396,0.0857309;FXX=0;HRUN=1,1,9;LEN=1,2,1;MLLD=222.47,220.708,5.95151;QD=21.7687;RBI=0.0364534,0.039526,0.140761;REFB=-0.0235203,-0.0382196,-0.319542;REVB=0.00837135,0.0135259,0.111642;RO=4;SAF=0,0,2;SAR=3,3,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.683038,-0.683038,-0.0744193;STB=0.533194,0.995562,0.991616;STBP=0.995,0.252,0.42;TYPE=del,del,del;VARB=0.0260211,-0.00227881,-0.0967786;OID=.,.,.;OPOS=4874702,4874701,4874703;OREF=C,AC,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAA,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.266667,0.133333:3,3,5:20:5,4,2:15:4:1,0,0:4,4,2:1:3:10:4:0,0,2:3,3,3:2:2 chr2 7018021 . G A 254.43 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0212269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.465;QD=15.42;RBI=0.0377717;REFB=-0.00938197;REVB=-0.0312429;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275072;STB=0.654297;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0112427;OID=.;OPOS=7018021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:16:13:27:10:16:13:27:10 chr2 7137067 . A G 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.344;QD=60.0765;RBI=0.0203612;REFB=0;REVB=0.00925061;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08585e-05;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr2 7154632 . T C 1457.44 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00480269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.199;QD=62.0188;RBI=0.0268584;REFB=-0.0798564;REVB=0.0264256;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=4.41059e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:51:42:0:1:51:42:0:1 chr2 7164578 . A G 149.27 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0395041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1697;QD=10.6623;RBI=0.0514785;REFB=-0.0165086;REVB=-0.0330069;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263003;STB=0.633672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0281821;OID=.;OPOS=7164578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:12:8:22:12:12:8:22:14 chr2 7181560 . G A 257.92 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0692915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7002;QD=16.3757;RBI=0.0693758;REFB=-0.0146455;REVB=-0.00341805;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935705;STB=0.552537;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0152554;OID=.;OPOS=7181560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:22:12:13:16:22:12 chr2 7208422 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.661;QD=57.7114;RBI=0.0507821;REFB=0;REVB=0.0460563;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04813e-05;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr2 7716984 . A G 500.92 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0371846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2116;QD=22.0183;RBI=0.0870417;REFB=0.0117172;REVB=-0.0786992;RO=43;SAF=29;SAR=18;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112884;STB=0.5102;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00819953;OID=.;OPOS=7716984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:43:47:48:0.527473:18:29:26:17:18:30:26:17 chr2 8822319 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00744572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.668;QD=18.3005;RBI=0.0122883;REFB=-0.0160657;REVB=0.00977561;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.519211;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0123152;OID=.;OPOS=8822319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:13:10:8:12:13:10 chr2 8871342 . C A 123.3 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.004749;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.578;QD=14.9457;RBI=0.0157103;REFB=0.00547031;REVB=0.0149753;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00759348;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:14:5:6:8:14:5 chr2 9491017 . C T 1301.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7487;QD=61.9947;RBI=0.0512548;REFB=0;REVB=0.0474982;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172333;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr2 9880827 . A G 490.71 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0271682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8285;QD=22.3049;RBI=0.032289;REFB=-0.00990838;REVB=-0.017449;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276084;STB=0.515205;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00999301;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:17:24:26:21:17:24 chr2 9880897 . G A 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0017384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.684;QD=19.386;RBI=0.00551243;REFB=-0.016416;REVB=-0.00523114;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898386;STB=0.549971;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.018381;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:18:16:20:15:18:16 chr2 9983686 . G T 330.24 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=-0.0507015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5475;QD=13.6183;RBI=0.0561851;REFB=-0.000942924;REVB=0.02421;RO=59;SAF=6;SAR=31;SRF=12;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764421;STB=0.557204;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00121623;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:31:6:12:47:31:6:13:47 chr2 9983716 . A C 988.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.616;QD=59.0041;RBI=0.0386815;REFB=0;REVB=0.0277568;RO=0;SAF=8;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2688e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:58:8:0:0:58:9:0:0 chr2 10045014 . C T 522.14 PASS AF=0.427481;AO=55;DP=142;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00723823;FXX=0.0965451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7401;QD=15.9431;RBI=0.0400113;REFB=-0.0120177;REVB=-0.0393511;RO=59;SAF=26;SAR=29;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491841;STB=0.536878;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0127327;OID=.;OPOS=10045014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:131:59:75:55:56:0.427481:29:26:31:28:29:27:41:34 chr2 10045024 . G A 2293.76 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.778;QD=60.362;RBI=0.0281378;REFB=0;REVB=0.00555437;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42408e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:73:78:0:0:74:78:0:0 chr2 10059844 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0163546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.297;QD=12.7904;RBI=0.0175491;REFB=-0.00594382;REVB=-0.00636395;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177621;STB=0.604591;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0102928;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:12:11:9:5:12:11 chr2 10094992 . A G 155.77 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0121466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.396;QD=11.1263;RBI=0.0250683;REFB=-0.0222714;REVB=-0.021929;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237237;STB=0.521717;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0409589;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:9:11:20:15:9:11:21:15 chr2 10188649 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.358;QD=62.022;RBI=0.0146878;REFB=0;REVB=0.0107607;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6237e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr2 10262920 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.137;QD=63.5827;RBI=0.0575828;REFB=0;REVB=0.0453991;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245849;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 10267211 . T C 421.31 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.008267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.722;QD=15.8984;RBI=0.0172314;REFB=-0.00370478;REVB=-0.0151188;RO=59;SAF=30;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119848;STB=0.50671;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00735235;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:17:30:37:22:17:30:37:22 chr2 10295277 . C T 180.06 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00346262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5089;QD=11.0803;RBI=0.0297657;REFB=-0.0013498;REVB=-0.0295636;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227027;STB=0.519819;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00168497;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:13:10:17:24:13:10:17:25 chr2 10580967 . G A 909.62 PASS AF=0.942029;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0202577;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.659;QD=52.7314;RBI=0.0203193;REFB=-0.140737;REVB=-0.00158046;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277643;STB=0.500446;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00066357;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:69:2:4:64:65:0.942029:31:33:2:0:32:33:2:2 chr2 10712278 . C T 1226.2 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0124357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6491;QD=57.7035;RBI=0.0670576;REFB=-0.0910714;REVB=0.0658944;RO=3;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103251;STB=0.505455;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00307098;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:42:40:1:2:42:40:1:2 chr2 10784491 . A G 903.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6165;QD=58.2645;RBI=0.0531685;REFB=0;REVB=0.0484822;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272903;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr2 10808776 . C A,CAA 1829.86 PASS AF=0.0247934,0.975207;AO=5,114;DP=123;FAO=3,118;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=2,53;FSAR=1,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519967,0.0404233;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=35.1969,188.518;QD=60.4911;RBI=0.0552985,0.0433465;REFB=0,0;REVB=-0.018822,0.0156485;RO=2;SAF=4,51;SAR=1,63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171367,-0.0182545;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.145233,0.000989167;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:123:121:2:0:5,114:3,118:0.0247934,0.975207:1,63:4,51:2:0:1,65:2,53:0:0 chr2 10908893 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.293;QD=50.4133;RBI=0.0239469;REFB=0;REVB=0.0046085;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062871;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 10928906 . T C 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00909165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0635;QD=12.1815;RBI=0.0293663;REFB=-0.000329057;REVB=0.0279235;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000619054;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:7:3:6:7:7:3:7:8 chr2 10930903 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00403493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.921;QD=18.9665;RBI=0.0099355;REFB=-0.019007;REVB=0.00907929;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150844;STB=0.585578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.018776;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:13:12:14:8:13:12 chr2 10933249 . C T 81.21 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0153457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9965;QD=8.54798;RBI=0.0157254;REFB=-0.0039667;REVB=-0.00343495;RO=27;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556371;STB=0.852896;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0158095;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:1:10:14:13:1:10:14:13 chr2 10942687 . C T 360.75 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00921539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2226;QD=17.5976;RBI=0.042135;REFB=-0.00737566;REVB=-0.0411149;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327255;STB=0.518315;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0071702;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:20:24:22:16:20:24 chr2 11053020 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0662;QD=59.4322;RBI=0.0284225;REFB=0;REVB=-0.0173826;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47799e-05;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr2 11264830 . G A 1529.79 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1543;QD=63.7411;RBI=0.0713936;REFB=0;REVB=0.0437093;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545826;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr2 11680759 . A G 180.64 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0190339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.841;QD=12.9031;RBI=0.0203673;REFB=-0.0104144;REVB=0.00724818;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700616;STB=0.526292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0124973;OID=.;OPOS=11680759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:31:34:22:22:0.392857:12:10:12:19:12:10:14:20 chr2 11702661 . A C 757.18 PASS AF=0.5;AO=79;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00808825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.177;QD=19.4148;RBI=0.066983;REFB=0.00820006;REVB=-0.0664929;RO=74;SAF=39;SAR=40;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293707;STB=0.519226;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0102528;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:78:79:78:0.5:40:39:39:35:39:39:42:36 chr2 11725049 . T C 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.015945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.625;QD=25.7308;RBI=0.0205192;REFB=-0.00486489;REVB=-0.0129149;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290161;STB=0.666553;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00677175;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:13:13:2:16:13:13:2:17 chr2 11727507 . G A 208.36 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0213421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.792;QD=11.4171;RBI=0.0346099;REFB=-0.0193311;REVB=-0.0272463;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132984;STB=0.583532;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0365557;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:11:15:21:25:11:15:21:26 chr2 11738091 . T C 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2707;QD=57.1698;RBI=0.0352927;REFB=0;REVB=0.0165496;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277877;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr2 11752635 . T C 1631.13 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287121;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.534;QD=58.2547;RBI=0.0293719;REFB=-0.0131405;REVB=0.00619061;RO=1;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747632;STB=0.501326;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00167779;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:110:110:0.982143:63:47:0:1:63:47:1:1 chr2 11817812 . G C 304.72 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0340162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9789;QD=11.499;RBI=0.0580451;REFB=-0.0330249;REVB=-0.0470333;RO=68;SAF=21;SAR=17;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261469;STB=0.515007;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0643053;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:17:21:36:32:17:21:36:32 chr2 11853913 . G A 1171.32 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8675;QD=60.8479;RBI=0.0764758;REFB=0;REVB=-0.016603;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406033;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:51:26:0:0 chr2 11965541 . A G 338.0 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00294826;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.253;QD=14.6955;RBI=0.0123316;REFB=-0.000863412;REVB=-0.011974;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180884;STB=0.624456;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00032112;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:55:37:37:0.402174:26:11:21:24:26:11:27:28 chr2 12864766 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0388777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.741;QD=13.1196;RBI=0.039439;REFB=-0.0125804;REVB=-0.00663029;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172569;STB=0.598664;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0217475;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:15:23:11:14:15:23 chr2 12877501 . G GA 707.73 PASS AF=0.534351;AO=63;DP=134;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00213991;FXX=0.00757518;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.779;QD=21.6101;RBI=0.0103381;REFB=-0.0112741;REVB=0.0101142;RO=64;SAF=42;SAR=21;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174587;STB=0.588974;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.00952522;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534351:63:134:70:131:61:47:23:30:31:99:64:42:21:31:33 chr2 12882822 . ATC A 679.45 PASS AF=0.440476;AO=70;DP=173;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=0.00744052;FXX=0.0399977;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.59;QD=16.1773;RBI=0.0084398;REFB=-0.00722069;REVB=-0.00398358;RO=95;SAF=21;SAR=49;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068567;STB=0.532409;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.00845516;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440476:70:173:74:168:94:23:51:34:60:99:95:21:49:34:61 chr2 14779829 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00938306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.366;QD=14.6502;RBI=0.00981984;REFB=-0.0103615;REVB=0.00289613;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173382;STB=0.604157;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0182421;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:9:14:23:7:9:14:24:7 chr2 14780038 . T G 532.08 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0668489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7772;QD=16.8915;RBI=0.0783881;REFB=0.00357396;REVB=0.0409379;RO=69;SAF=25;SAR=31;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116726;STB=0.511807;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00399482;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:69:56:57:0.452381:31:25:30:39:31:26:30:39 chr2 14780131 . A G 441.32 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0187634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.906;QD=22.3451;RBI=0.0196404;REFB=-0.0120306;REVB=-0.00580341;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930241;STB=0.545434;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0149223;OID=.;OPOS=14780131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:42:43:0.544304:21:21:14:22:22:21:14:22 chr2 15372562 . C T 110.93 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00807515;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.165;QD=13.4465;RBI=0.00831984;REFB=0.0023377;REVB=0.00200293;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117418;STB=0.568618;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0035439;OID=.;OPOS=15372562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:13:7:6:7:13:7 chr2 15378808 . C G 165.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0197309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7079;QD=12.4606;RBI=0.0400772;REFB=-0.0229792;REVB=0.0348837;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600467;STB=0.534849;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0242363;OID=.;OPOS=15378808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:18:15:8:12:18:15 chr2 15542352 . C T 249.67 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00192666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.8;QD=20.8057;RBI=0.017278;REFB=0.000154111;REVB=-0.0171702;RO=24;SAF=18;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335125;STB=0.662646;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000187128;OID=.;OPOS=15542352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:5:18:11:13:6:18:11:13 chr2 15542412 . ATTTTTTGC ATTTTTGC,ATTTTTGCT 73.79 PASS AF=0.463415,0;AO=13,3;DP=41;FAO=19,0;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10,0;FSAR=9,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00631914,-0.141173;FXX=0.0238039;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=10.3167,19.042;QD=7.19889;RBI=0.0667455,0.144087;REFB=-0.0373299,-0.0287573;REVB=-0.0664457,0.0288336;RO=17;SAF=6,3;SAR=7,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0.333333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00884949,0.620678;STB=0.514124,0.5;STBP=0.821,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0405892,0;OID=.,.;OPOS=15542413,15542418;OREF=T,TGC;OALT=-,GCT;OMAPALT=ATTTTTGC,ATTTTTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415,0:13,3:41:19,0:41:22:10,0:9,0:11:11:75:17:6,3:7,0:8:9 chr2 15735648 . T C 477.77 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00788282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.154;QD=22.222;RBI=0.00788318;REFB=-0.00816528;REVB=-7.5355e-05;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974809;STB=0.553729;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00780746;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:20:26:18:22:20:26:18:22 chr2 15747393 . C T 1116.48 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.428;QD=60.3501;RBI=0.025562;REFB=0;REVB=0.00385203;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27707e-05;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr2 15840522 . G T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00476456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.476;QD=18.4984;RBI=0.00975323;REFB=-0.000524146;REVB=-0.00851025;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099885;STB=0.555821;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000490848;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:17:10:13:14:17:10 chr2 15840645 . T C 421.17 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.016375;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1365;QD=17.7335;RBI=0.0520672;REFB=-0.013316;REVB=0.0494253;RO=52;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903776;STB=0.550538;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0179889;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:52:43:43:0.452632:23:20:29:23:23:20:29:23 chr2 16090820 . T C 115.48 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0121196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6811;QD=20.0837;RBI=0.0494367;REFB=0.00294898;REVB=-0.0479281;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.507031;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00486903;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:10:12:13:0.565217:7:5:4:7:8:5:4:6 chr2 17304295 . A G 1396.2 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4384;QD=62.7507;RBI=0.078327;REFB=0;REVB=0.0146336;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488219;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr2 17696573 . C T 2800.42 PASS AF=0.983696;AO=181;DP=184;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0121543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.023;QD=60.8787;RBI=0.0148445;REFB=-0.0583155;REVB=-0.0085224;RO=3;SAF=82;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170957;STB=0.508981;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00202661;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:184:3:3:181:181:0.983696:99:82:3:0:99:82:3:0 chr2 17698678 . A G 2274.62 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.279;QD=63.6258;RBI=0.0234317;REFB=0;REVB=0.00672614;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68201e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:69:73:0:0:70:73:0:0 chr2 17699668 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0083372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4523;QD=14.7976;RBI=0.00986275;REFB=-0.0310692;REVB=-0.00526925;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0389086;OID=.;OPOS=17699668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr2 17942775 . T A 817.42 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0652055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9841;QD=55.4181;RBI=0.0828339;REFB=-0.131022;REVB=0.0510851;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00192522;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:0:1:56:58:0.983051:27:29:0:0:28:30:0:1 chr2 17954027 . G A 1116.46 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7636;QD=60.3492;RBI=0.0852214;REFB=0;REVB=-0.0673741;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102848;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr2 17954421 . C G 1152.62 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3688;QD=60.6641;RBI=0.0856662;REFB=0;REVB=0.0540519;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618145;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr2 17962450 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1771;QD=58.2343;RBI=0.025663;REFB=0;REVB=-0.0208898;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393026;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr2 17962518 . C T 731.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129281;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.605;QD=56.2327;RBI=0.0210686;REFB=0;REVB=-0.0166357;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159326;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr2 18112473 . G A 1939.06 PASS AF=0.984496;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0193577;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7876;QD=60.1258;RBI=0.104543;REFB=0.0612148;REVB=0.102735;RO=2;SAF=66;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141782;STB=0.507245;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000518618;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:129:2:2:124:127:0.984496:58:66:2:0:59:68:2:0 chr2 18113508 . G A 918.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.918;QD=58.342;RBI=0.0598336;REFB=0;REVB=0.0082938;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86587e-05;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr2 18113623 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.717;QD=51.9167;RBI=0.0282774;REFB=0;REVB=0.0257485;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304584;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 19551762 . GTTC G 321.34 PASS AF=0.419847;AO=43;DP=133;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00592306;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.463;QD=9.812;RBI=0.0324394;REFB=-0.000493423;REVB=0.031894;RO=70;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370615;STB=0.524693;STBP=0.646;TYPE=del;VARB=0.000712409;OID=.;OPOS=19551763;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419847:43:133:55:131:76:24:31:30:46:99:70:18:25:27:43 chr2 20101487 . G A 665.33 PASS AF=0.655172;AO=57;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00710675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.289;QD=30.59;RBI=0.0333394;REFB=-0.0301908;REVB=0.0325732;RO=29;SAF=22;SAR=35;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105949;STB=0.552307;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0234229;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:30:57:57:0.655172:35:22:16:13:35:22:16:14 chr2 20135283 . T C 441.32 PASS AF=0.449541;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.008191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0036;QD=16.1951;RBI=0.0184883;REFB=-0.00490044;REVB=0.0165748;RO=60;SAF=24;SAR=23;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729675;STB=0.551381;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0044074;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:60:47:49:0.449541:23:24:35:25:25:24:35:25 chr2 20205680 . C T 321.25 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0595095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3247;QD=16.2656;RBI=0.0681034;REFB=0.0162287;REVB=0.0331163;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066414;STB=0.537292;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0191598;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:28:16:15:20:28:16 chr2 20205848 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00805333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.496;QD=16.9414;RBI=0.00825574;REFB=-0.00956858;REVB=0.00181689;RO=24;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339238;STB=0.697745;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00832701;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:16:3:10:14:16:3:10:14 chr2 20206000 . A G 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00188038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.216;QD=12.2752;RBI=0.0180887;REFB=-0.0175216;REVB=-0.0179907;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150164;STB=0.578221;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0282918;OID=.;OPOS=20206000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:7:10:14:17:7:10:15:17 chr2 20240668 . C A 343.31 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00411533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2979;QD=13.8709;RBI=0.0628523;REFB=-0.0193403;REVB=-0.0627174;RO=59;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155059;STB=0.577432;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0295852;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:61:38:38:0.383838:17:21:24:35:17:21:26:35 chr2 20402876 . G T 447.95 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0184167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1761;QD=21.588;RBI=0.0240288;REFB=0.000892519;REVB=0.015434;RO=38;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991954;STB=0.554192;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00055309;OID=.;OPOS=20402876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:43:44:0.53012:22:21:23:15:22:22:24:15 chr2 20403794 . A T 721.93 PASS AF=1;AO=30;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0806;QD=56.6222;RBI=0.0426414;REFB=0;REVB=-0.0425383;RO=0;SAF=28;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031261;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:30:51:1:2:28:0:0:21:30:0:0 chr2 20453591 . T C 339.11 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0449788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8664;QD=17.8481;RBI=0.046695;REFB=0.000720297;REVB=0.0125429;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246418;STB=0.519806;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000186582;OID=.;OPOS=20453591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:21:14:17:23:22:14:17:23 chr2 20601461 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0230016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.155;QD=17.542;RBI=0.0230166;REFB=-0.0128204;REVB=0.000830552;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233128;STB=0.634425;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0119228;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:8:8:11:4:8:8 chr2 20648211 . G T 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.701;QD=51.173;RBI=0.0297959;REFB=0;REVB=-0.0148898;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.959e-05;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr2 20680665 . C A 263.12 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.218;QD=47.8403;RBI=0.0586968;REFB=-0.172779;REVB=0.0545603;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00176826;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr2 20680693 . G A 400.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1585;QD=55.2692;RBI=0.0496072;REFB=0;REVB=0.049147;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168662;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr2 20818454 . T A 595.1 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.721;QD=61.0363;RBI=0.0172092;REFB=0;REVB=0.016489;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68509e-05;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:16:23:0:0 chr2 20818458 . G A 183.7 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00223053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.23;QD=17.4952;RBI=0.0236251;REFB=-0.00159806;REVB=0.0235196;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253998;STB=0.653306;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00421119;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:11:7:15:8:12:7:15:8 chr2 20818586 . C T 573.05 PASS AF=0.479675;AO=39;DP=126;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0173518;FXX=0.0314936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.839;QD=18.6358;RBI=0.0203641;REFB=-0.0153348;REVB=-0.0106589;RO=57;SAF=31;SAR=8;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410472;STB=0.561758;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0184985;OID=.;OPOS=20818586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:57:64:39:59:0.479675:8:31:25:32:28:31:26:38 chr2 20823724 . T C 476.47 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.732;QD=57.7545;RBI=0.0552283;REFB=0;REVB=0.054924;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249433;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:23:10:0:0 chr2 20824559 . C T 475.4 PASS AF=0.5;AO=42;DP=108;FAO=53;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0853439;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9313;QD=17.9396;RBI=0.105229;REFB=-0.0587123;REVB=-0.0615594;RO=39;SAF=12;SAR=30;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750685;STB=0.548286;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0565023;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:39:53:42:53:0.5:30:12:14:25:32:21:26:27 chr2 20838318 . G A 631.48 PASS AF=0.57;AO=53;DP=96;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.017501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.65;QD=25.259;RBI=0.0180691;REFB=-0.00572381;REVB=0.00449545;RO=33;SAF=31;SAR=22;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827139;STB=0.504247;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00524555;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:33:43:53:57:0.57:22:31:23:10:22:35:26:17 chr2 21231524 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.025;QD=55.0446;RBI=0.0354091;REFB=-0.0764165;REVB=0.0289704;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00201242;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr2 21232803 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8145;QD=53.9098;RBI=0.0410171;REFB=0;REVB=0.0407066;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503197;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr2 21235475 . T C 2162.28 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.236;QD=62.224;RBI=0.0444476;REFB=-0.00298732;REVB=0.0373706;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=5.79482e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:76:62:0:0:76:62:1:0 chr2 21250914 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00323256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.374;QD=18.6416;RBI=0.0167465;REFB=-0.0150224;REVB=-0.0164316;RO=26;SAF=4;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249295;STB=0.642223;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0141722;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:21:4:9:17:21:4:9:17 chr2 21360583 . A G 135.23 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00590742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.203;QD=16.9037;RBI=0.00778879;REFB=-0.0310972;REVB=0.00507619;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0263736;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:9:8:6:9:9:8 chr2 21366324 . G C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0223945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.411;QD=14.6503;RBI=0.0238118;REFB=-0.0044303;REVB=-0.00809245;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152109;STB=0.586193;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00731012;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:22:9:10:13:22:9 chr2 23865260 . T C 3054.42 PASS AF=0.990196;AO=200;DP=203;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0319695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.518;QD=59.8905;RBI=0.0375957;REFB=-0.141019;REVB=0.0197835;RO=2;SAF=98;SAR=102;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00018864;STB=0.500146;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000712592;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:204:2:2:200:202:0.990196:102:98:1:1:104:98:1:1 chr2 23926659 . T C 213.06 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0560298;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.268;QD=14.4447;RBI=0.0627339;REFB=-0.0149318;REVB=-0.0282171;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116571;STB=0.566518;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0151653;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:16:18:16:9:16:18 chr2 23973799 . T C 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0213006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8275;QD=14.0432;RBI=0.0308162;REFB=-0.0111697;REVB=-0.0222693;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111111;STB=0.506325;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0156069;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:21:19:13:15:21:19 chr2 24055058 . G C 603.97 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176241;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7105;QD=61.9454;RBI=0.0342757;REFB=0;REVB=-0.0293976;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29143e-05;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 24108652 . T C 698.74 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216393;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.301;QD=63.5219;RBI=0.0296171;REFB=0;REVB=0.0202217;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420059;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr2 24223572 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT 200.91 PASS AF=0.442623,0.0382514,0;AO=71,7,12;DP=186;FAO=81,7,0;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=42,7,0;FSAR=39,0,0;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0890595,-0.0270049,0.00179618;FXX=0.0368402;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.12567,17.5219,23.1096;QD=4.39143;RBI=0.0923999,0.0287915,0.115946;REFB=-0.148505,-0.0870332,-0.0309674;REVB=0.02462,-0.00998428,-0.115932;RO=77;SAF=44,7,1;SAR=27,0,11;SRF=47;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00928323,0.540575,-0.621389;STB=0.532734,0.998268,0.5;STBP=0.446,0.008,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.13681,0.0435003,-0.0179116;OID=.,.,.;OPOS=24223573,24223579,24223572;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:183:77:95:71,7,12:81,7,0:0.442623,0.0382514,0:27,0,11:44,7,1:47:30:39,0,0:42,7,0:55:40 chr2 24262060 . G A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0460187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.878;QD=23.8367;RBI=0.0693556;REFB=0.00329236;REVB=-0.0518891;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112904;STB=0.562023;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00379192;OID=.;OPOS=24262060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:15:7:15:17:15:7 chr2 24300563 . T C 612.8 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00775275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.677;QD=18.5697;RBI=0.0156636;REFB=-0.00549043;REVB=-0.0136104;RO=68;SAF=23;SAR=40;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464934;STB=0.530602;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00850972;OID=.;OPOS=24300563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:69:63:63:0.477273:40:23:28:40:40:23:29:40 chr2 24338428 . T G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0232948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7226;QD=14.6569;RBI=0.0237693;REFB=-0.0101075;REVB=-0.00472528;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0124571;OID=.;OPOS=24338428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr2 24342505 . T C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0102569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.147;QD=9.09229;RBI=0.0128216;REFB=-0.00735737;REVB=0.00769352;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051235;STB=0.507235;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0146039;OID=.;OPOS=24342505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:12:13:0.288889:7:5:12:20:8:5:12:20 chr2 24342532 . G A 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.013165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.776;QD=8.51109;RBI=0.0147917;REFB=-0.00951422;REVB=0.00674348;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114355;STB=0.507028;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021633;OID=.;OPOS=24342532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:7:17:7:3:7:17 chr2 24358001 . G C 121.61 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0274608;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.823;QD=14.7404;RBI=0.0322902;REFB=-0.0108831;REVB=0.0169871;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253154;STB=0.647927;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0172113;OID=.;OPOS=24358001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:9:10:4:10:9:10 chr2 24369674 . C T 799.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000166291;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=57.0925;RBI=0.00440042;REFB=0;REVB=-0.00439728;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43521e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr2 24384424 . T C 670.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4051;QD=62.3973;RBI=0.0976178;REFB=0;REVB=0.06934;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021837;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr2 24387178 . G GC 435.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9103;QD=48.3608;RBI=0.114288;REFB=0;REVB=0.0853056;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00602473;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:18:18:0:0:8:1:18:17:1:0 chr2 24390517 . G A 432.12 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00513746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.171;QD=14.9007;RBI=0.00540234;REFB=-0.00479208;REVB=0.00167087;RO=66;SAF=30;SAR=19;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251088;STB=0.636467;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.010879;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:49:49:0.422414:19:30:24:42:19:30:25:42 chr2 24402127 . C A,CAA 404.25 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=3,24;DP=32;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034744,0.00368997;FXX=0.0333222;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=60.0036,158.171;QD=55.7587;RBI=0.0501576,0.0137569;REFB=0,0;REVB=-0.0361751,0.0132528;RO=2;SAF=2,11;SAR=1,13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.39997,0.0661048;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.027535,0.00175497;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:29:2:0:3,24:1,28:0.0344828,0.965517:1,13:2,11:0:2:1,14:0,14:0:0 chr2 24413298 . A G 310.37 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0386848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.453;QD=21.4047;RBI=0.0387879;REFB=-0.0192851;REVB=0.00282616;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132486;STB=0.5731;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0154421;OID=.;OPOS=24413298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:18:8:15:17:18:8 chr2 24587571 . A G 1029.63 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014102;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.306;QD=59.6889;RBI=0.0150725;REFB=0;REVB=-0.00532114;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91309e-05;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:50:19:0:0:50:19:0:0 chr2 24899185 . C G 432.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297087;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7302;QD=57.7134;RBI=0.0333217;REFB=0;REVB=0.0150908;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581231;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr2 24899204 . A G 398.02 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105122;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.622;QD=56.8595;RBI=0.0192157;REFB=0;REVB=0.0160853;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205897;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 24905927 . G C 759.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3122;QD=63.3282;RBI=0.0414119;REFB=0;REVB=-0.0037278;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314139;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chr2 24974945 . T G 854.16 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00388945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.831;QD=56.0103;RBI=0.0045472;REFB=-0.120525;REVB=-0.00235567;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000849404;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr2 25046090 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.034;QD=57.6807;RBI=0.0188553;REFB=0;REVB=0.00475601;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82261e-05;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 25047408 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.407;QD=47.8224;RBI=0.0362864;REFB=0;REVB=0.00269906;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253554;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr2 25050977 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.347;QD=63.2868;RBI=0.0272407;REFB=0;REVB=0.0255881;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19198e-05;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr2 25064193 . G A 1521.87 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357521;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.286;QD=59.6812;RBI=0.0591488;REFB=0;REVB=0.0471208;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129225;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr2 25194741 . G A 3188.35 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179752;FXX=0.00956892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.34;QD=61.6106;RBI=0.033242;REFB=-0.11857;REVB=0.0279629;RO=1;SAF=120;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232578;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:207:1:0:207:207:1:87:120:1:0:87:120:0:0 chr2 25314186 . T C 901.34 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.021435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.661;QD=53.8115;RBI=0.0828251;REFB=0.0771699;REVB=-0.0800033;RO=2;SAF=40;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076112;STB=0.501991;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0018723;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:24:40:1:1:24:40:2:1 chr2 25359422 . G A 256.36 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00937434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7481;QD=22.7877;RBI=0.0114457;REFB=-0.00470056;REVB=0.00656698;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215716;STB=0.526294;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00358852;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:9:15:12:8:9:15:12:9 chr2 25377176 . T C 766.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.825;QD=63.8529;RBI=0.0747515;REFB=0;REVB=0.0735049;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273635;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:33:15:0:0 chr2 25469502 . C T 1069.56 PASS AF=0.422383;AO=117;DP=278;FAO=117;FDP=277;FR=.;FRO=160;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=93;FWDB=-0.00441389;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.526;QD=15.4449;RBI=0.00888879;REFB=-0.0161592;REVB=0.00771546;RO=159;SAF=66;SAR=51;SRF=67;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146984;STB=0.583519;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0165171;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:159:160:117:117:0.422383:51:66:67:92:51:66:67:93 chr2 25471095 . T TC 36.28 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.117145;FXX=0.0882094;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.574;QD=4.68073;RBI=0.117145;REFB=-0.0169903;REVB=-0.000199853;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262867;STB=0.700354;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.0747711;OID=.;OPOS=25471096;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:7:34:7:31:24:2:5:13:11:36:26:2:5:13:13 chr2 26149968 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.071;QD=62.9816;RBI=0.0286231;REFB=0;REVB=-0.00398043;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106493;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 26204640 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0140306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.296;QD=21.7471;RBI=0.0155319;REFB=-0.00566408;REVB=-0.00666204;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224919;STB=0.616329;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0115553;OID=.;OPOS=26204640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:7:15:8:11:7:15:9:11 chr2 26321526 . T C 560.82 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200149;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.976;QD=60.6296;RBI=0.028953;REFB=0;REVB=0.0209208;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78724e-06;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 26358110 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4263;QD=49.5979;RBI=0.0162665;REFB=0;REVB=-0.0127159;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11045e-05;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 26399214 . G A 1609.38 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143152;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.051;QD=60.1637;RBI=0.0466087;REFB=0;REVB=0.0443559;RO=0;SAF=74;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28662e-05;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:104:107:1:30:74:0:0:33:74:0:0 chr2 26507076 . A T 753.34 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.621;QD=61.4968;RBI=0.0479896;REFB=0.0217808;REVB=-0.0408084;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00112801;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr2 26533989 . C G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0144824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.793;QD=25.3613;RBI=0.0200245;REFB=-0.00052135;REVB=0.0138289;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.578841;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000291385;OID=.;OPOS=26533989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:5:3:9:6:5:3 chr2 26534801 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.228;QD=59.8392;RBI=0.0691458;REFB=0;REVB=0.067797;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269662;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr2 26536694 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.193;QD=62.6704;RBI=0.0797112;REFB=0;REVB=-0.00719141;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323582;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr2 26606154 . T C 1105.89 PASS AF=0.974026;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0103204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.792;QD=57.4486;RBI=0.0760691;REFB=0.0276613;REVB=0.0753658;RO=2;SAF=34;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027006;STB=0.513885;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-5.99634e-05;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:77:2:2:72:75:0.974026:38:34:2:0:40:35:2:0 chr2 26607992 . T C 894.39 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00568356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3428;QD=55.0391;RBI=0.010249;REFB=-0.099845;REVB=0.00852877;RO=2;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00624921;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00236423;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:25:38:1:1:25:38:1:1 chr2 26613056 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.601;QD=60.8831;RBI=0.0461609;REFB=0;REVB=-0.0460469;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146474;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr2 26667615 . T C 753.8 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9271;QD=53.8426;RBI=0.0908784;REFB=0.0727838;REVB=0.0824533;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362146;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000121746;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:25:29:0:2:26:29:0:1 chr2 26676322 . A G 519.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0598;QD=59.4042;RBI=0.059043;REFB=0;REVB=0.0583362;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102185;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr2 26676395 . G T 312.41 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4059;QD=52.0675;RBI=0.0659106;REFB=0;REVB=0.0639717;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237072;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr2 26693967 . C T 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0540353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.337;QD=52.772;RBI=0.0546936;REFB=-0.103856;REVB=0.00846005;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000959439;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr2 26699126 . C G 2439.93 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.952;QD=60.6195;RBI=0.0881697;REFB=-0.0690485;REVB=0.0869975;RO=0;SAF=94;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40181e-08;STB=0.503759;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000382618;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:161:0:1:160:160:0.993789:66:94:0:0:66:94:0:1 chr2 26699855 . G C 731.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.301;QD=56.2957;RBI=0.00838279;REFB=0;REVB=-0.00109183;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59187e-05;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:11:38:0:0:11:41:0:0 chr2 26700700 . G A 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.297;QD=64.0213;RBI=0.0177036;REFB=0;REVB=0.0174002;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72898e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr2 26739423 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.294;QD=58.2383;RBI=0.0324422;REFB=0;REVB=0.00854112;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09227e-05;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr2 26798893 . A T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.094;QD=55.651;RBI=0.056047;REFB=0;REVB=0.0113331;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489265;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr2 26799031 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.347;QD=49.5991;RBI=0.0254339;REFB=0;REVB=-0.0250169;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116757;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr2 26804218 . G A 2401.02 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430291;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.642;QD=59.6528;RBI=0.0432028;REFB=0;REVB=0.00386953;RO=0;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151133;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:161:0:0:153:161:1:76:77:0:0:81:80:0:0 chr2 26804247 . T C 511.49 PASS AF=0.390411;AO=58;DP=146;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0193624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1728;QD=14.0133;RBI=0.0212339;REFB=-0.00619485;REVB=-0.0087163;RO=86;SAF=27;SAR=31;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000427005;STB=0.501084;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00754077;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:89:58:57:0.390411:31:27:40:46:30:27:42:47 chr2 26818042 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000597639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.194;QD=25.3679;RBI=0.00490847;REFB=-0.0187218;REVB=-0.00487195;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276164;STB=0.653698;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00671818;OID=.;OPOS=26818042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:4:10:7:14:4:10 chr2 26951449 . G A 593.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.812;QD=60.9069;RBI=0.0223755;REFB=0;REVB=0.0156605;RO=0;SAF=34;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69979e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:5:34:0:0:5:34:0:0 chr2 27169842 . C A 260.05 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0850744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.396;QD=17.9345;RBI=0.0879015;REFB=-0.0250443;REVB=0.0221137;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177703;STB=0.615915;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0147764;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:20:8:13:15:21:8:14:15 chr2 27246285 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.848;QD=59.5007;RBI=0.0207459;REFB=0;REVB=0.00627023;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60308e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 27260469 . G A 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0195193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1185;QD=12.5687;RBI=0.0196015;REFB=0.0104098;REVB=0.00179286;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.545394;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0136611;OID=.;OPOS=27260469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:14:12:8:7:14:12 chr2 27261329 . A G 632.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.08;QD=61.7078;RBI=0.00771333;REFB=0;REVB=0.00679791;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96544e-06;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:18:23:0:0 chr2 27290525 . A G 180.71 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00792046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.52;QD=7.60888;RBI=0.0418143;REFB=-0.00804613;REVB=-0.0410573;RO=70;SAF=12;SAR=13;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129067;STB=0.577475;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0231996;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:70:25:25:0.263158:13:12:41:29:13:12:41:29 chr2 27303755 . A G 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.774;QD=62.0144;RBI=0.047556;REFB=0;REVB=0.0436027;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113262;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 27305785 . TG T 36.4 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.109465;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.37308;QD=5.39309;RBI=0.118209;REFB=-0.0151676;REVB=0.0446166;RO=12;SAF=0;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.774946;STB=0.677626;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0182738;OID=.;OPOS=27305786;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:9:27:12:27:15:2:10:6:9:36:12:0:9:5:7 chr2 27315252 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00750231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.124;QD=15.7383;RBI=0.0103297;REFB=-0.0296157;REVB=0.00710062;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708212;STB=0.548353;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0325374;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:17:12:17:18:17:12:18:18 chr2 27323385 . C T 205.01 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0139179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.32;QD=16.4007;RBI=0.0541834;REFB=-0.0156797;REVB=-0.0523654;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259893;STB=0.64791;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0410118;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:20:9:12:9:20:9 chr2 27324036 . G A 233.42 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00500035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.018;QD=15.0594;RBI=0.0243613;REFB=-0.0104139;REVB=0.0238426;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327553;STB=0.502391;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0137803;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:14:13:17:16:14:13:17:18 chr2 27324724 . G C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00839092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.504;QD=19.0005;RBI=0.00890347;REFB=-0.00452779;REVB=-0.00297728;RO=17;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421363;STB=0.742539;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00531232;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:14:3:10:7:14:3:10:7 chr2 27324751 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0208811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.784;QD=21.1726;RBI=0.03079;REFB=-0.0454788;REVB=0.0226274;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211319;STB=0.620483;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0626849;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:5:3:8:4:5:3 chr2 27325063 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0122356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.214;QD=14.1694;RBI=0.0414308;REFB=-0.0187824;REVB=-0.0395829;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0509171;OID=.;OPOS=27325063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:7:5:6:4:7:5 chr2 27327483 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00830277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.612;QD=9.44336;RBI=0.0204663;REFB=-0.0103402;REVB=0.0187065;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260462;OID=.;OPOS=27327483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr2 27351948 . T G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.332;QD=64.1435;RBI=0.0532509;REFB=0;REVB=0.031801;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332747;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr2 27424636 . G A 362.58 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.145413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.61;QD=15.5947;RBI=0.150532;REFB=-0.0157566;REVB=0.0389193;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028175;STB=0.515905;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0278726;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:22:17:25:29:22:17:25:29 chr2 27428295 . A G 991.9 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7679;QD=58.3472;RBI=0.0182985;REFB=0;REVB=0.00163954;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216812;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:27:37:0:0:27:41:0:0 chr2 27429367 . T C 73.39 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00881305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1144;QD=9.47007;RBI=0.024203;REFB=0.0100974;REVB=-0.0225414;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0322129;OID=.;OPOS=27429367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:14:7:4:6:14:7 chr2 27435250 . A G 1817.35 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606062;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.73;QD=61.0873;RBI=0.0991054;REFB=0;REVB=0.0989199;RO=0;SAF=86;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12399e-05;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:115:119:1:29:86:0:0:33:86:0:0 chr2 27440785 . C T 530.04 PASS AF=0.826923;AO=42;DP=51;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0116739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.728;QD=40.7725;RBI=0.038259;REFB=-0.217845;REVB=0.0364345;RO=6;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164466;STB=0.621563;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00596804;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:6:9:42:43:0.826923:14:28:0:6:14:29:0:9 chr2 27460732 . C T 636.65 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00477149;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.372;QD=28.2954;RBI=0.0219153;REFB=-0.0155478;REVB=-0.0213896;RO=34;SAF=23;SAR=33;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837408;STB=0.545548;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00812486;OID=.;OPOS=27460732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:34:34:56:56:0.622222:33:23:18:16:33:23:18:16 chr2 27460968 . A G 37.94 PASS AF=0.375;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0235132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.034;QD=9.48439;RBI=0.0308221;REFB=-0.000388336;REVB=-0.0199282;RO=10;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.80368;STB=0.891803;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00108246;OID=.;OPOS=27460968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:16:10:10:4:6:0.375:0:4:1:9:1:5:1:9 chr2 27462076 . C T 169.34 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0362892;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.717;QD=19.3526;RBI=0.0365674;REFB=-0.0384742;REVB=0.00450245;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035106;STB=0.549435;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0345902;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:11:17:17:18:0.514286:7:10:7:4:7:11:12:5 chr2 27550967 . A G 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00520977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.012;QD=13.5513;RBI=0.0411832;REFB=-0.0106249;REVB=-0.0408524;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228885;STB=0.595156;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0208773;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:17:7:17:17:16:8:17:18 chr2 27559188 . G C 300.04 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0320122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2299;QD=19.0504;RBI=0.0708568;REFB=-0.0119844;REVB=0.0632132;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442485;STB=0.523795;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0108761;OID=.;OPOS=27559188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:32:32:0.507937:16:16:16:13:16:16:17:14 chr2 27590978 . TG T 56.5 PASS AF=0.3;AO=16;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0211147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3833;QD=4.51982;RBI=0.154775;REFB=-0.0551976;REVB=-0.153328;RO=34;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=0.509574;STB=0.894995;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0786224;OID=.;OPOS=27590979;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:16:50:15:50:35:14:1:17:18:56:34:14:2:17:17 chr2 27599875 . T G 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00190133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.906;QD=21.2651;RBI=0.0179134;REFB=-0.00616852;REVB=-0.0178122;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289578;STB=0.663832;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00330612;OID=.;OPOS=27599875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:9:5:12:5:9:5 chr2 27667297 . A G 128.62 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0269923;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7864;QD=11.6928;RBI=0.027522;REFB=-0.0139879;REVB=0.00537387;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142759;STB=0.508463;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0353724;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:19:10:5:10:19:10 chr2 27676287 . A T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7719;QD=18.3451;RBI=0.0372751;REFB=-0.00901653;REVB=-0.0358415;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.543573;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.014039;OID=.;OPOS=27676287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:8:9:8:9:8:9:8:10 chr2 27715207 . T A 523.44 PASS AF=0.423358;AO=55;DP=135;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0378366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4663;QD=15.283;RBI=0.0647638;REFB=-0.0231834;REVB=0.0525618;RO=79;SAF=20;SAR=35;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599869;STB=0.545193;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0336922;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:79:79:55:58:0.423358:35:20:33:46:38:20:33:46 chr2 27730940 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.239;QD=49.5992;RBI=0.0224781;REFB=0;REVB=0.00665147;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115687;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 27789861 . T A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00946338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.031;QD=16.4169;RBI=0.0100213;REFB=-0.0106528;REVB=-0.00329705;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00955591;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:9:7:7:7:9:7 chr2 27801403 . C G 136.84 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0331795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6845;QD=18.2452;RBI=0.0487168;REFB=-0.0478778;REVB=-0.0356713;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182502;STB=0.604508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0483148;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:7:8:5:10:7:8 chr2 27801418 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0148386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.324;QD=16.8839;RBI=0.0185673;REFB=-0.00874319;REVB=-0.0111607;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.569527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00744267;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:5:9:8:9:6:9:8:9 chr2 27802805 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0225508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.588;QD=15.8821;RBI=0.0240015;REFB=-0.0097901;REVB=0.00821786;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0088389;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:7:3:5:5:7:3 chr2 27804432 . T C 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0839802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4466;QD=21.1702;RBI=0.0839943;REFB=-0.0798926;REVB=0.00153668;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0172173;OID=.;OPOS=27804432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr2 27838058 . C A 216.62 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00230218;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.925;QD=10.9681;RBI=0.0232653;REFB=-0.0139252;REVB=-0.0231511;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170483;STB=0.598814;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0336257;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:12:15:21:31:12:15:21:31 chr2 27873415 . G A 339.21 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00931548;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1807;QD=17.6214;RBI=0.0178052;REFB=0.00250074;REVB=-0.0151739;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426125;STB=0.51612;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00174092;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:41:36:36:0.467532:16:20:24:16:16:20:24:17 chr2 27887034 . C A 593.97 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=6.45223e-05;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.812;QD=23.7588;RBI=0.0101338;REFB=-0.00977036;REVB=0.0101336;RO=41;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.57892;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0059472;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:43:57:57:0.57:33:24:25:16:33:24:26:17 chr2 28634790 . G A 510.34 PASS AF=0.387755;AO=56;DP=147;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0157755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.116;QD=13.8867;RBI=0.0159104;REFB=-0.0213932;REVB=0.00206791;RO=90;SAF=24;SAR=32;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102261;STB=0.55131;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0365663;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:90:56:57:0.387755:32:24:47:43:32:25:47:43 chr2 28635740 . T C 291.3 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0118604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7417;QD=14.565;RBI=0.015801;REFB=0.00391488;REVB=-0.0104403;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204722;STB=0.508004;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00756314;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:18:15:21:25:18:15:22:25 chr2 28814033 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0608362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6819;QD=8.69136;RBI=0.0609688;REFB=-0.0161294;REVB=-0.00401851;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377676;STB=0.734096;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0369901;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:7:10:2:6:7:10 chr2 28814548 . A T 307.01 PASS AF=0.56;AO=25;DP=47;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0515626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.696;QD=24.5609;RBI=0.051565;REFB=-0.00883825;REVB=-0.000496717;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128911;STB=0.585697;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00987394;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:20:22:25:28:0.56:15:10:5:15:15:13:6:16 chr2 28824793 . C G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273117;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.986;QD=39.6158;RBI=0.0423949;REFB=0;REVB=0.0324253;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120038;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr2 29092679 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.102;QD=64.4121;RBI=0.0110303;REFB=0;REVB=0.00600891;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60945e-05;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr2 29092850 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.663;QD=57.2377;RBI=0.0344464;REFB=0;REVB=0.0321949;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.212e-05;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr2 29129418 . A G 853.95 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00442449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1028;QD=55.9966;RBI=0.0510902;REFB=-0.082061;REVB=0.0508983;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00199037;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:28:32:0:0:28:32:0:1 chr2 29135468 . C G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.39329e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.376;QD=62.1623;RBI=0.00201247;REFB=0;REVB=0.00201246;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41874e-06;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr2 29169612 . T C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5768;QD=30.7868;RBI=0.0255942;REFB=-0.0174749;REVB=-0.0231619;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00114436;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr2 29170623 . G T 2477.46 PASS AF=0.993902;AO=150;DP=150;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.311;QD=60.426;RBI=0.0493691;REFB=-0.0282052;REVB=0.00886584;RO=0;SAF=74;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74915e-08;STB=0.50289;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000197294;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:164:0:1:150:163:0.993902:76:74:0:0:77:86:1:0 chr2 29222070 . G A 430.03 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.16;QD=57.3366;RBI=0.0561523;REFB=0;REVB=0.00278971;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144546;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:9:17:0:0:9:21:0:0 chr2 29226498 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.878;QD=55.6557;RBI=0.055945;REFB=0;REVB=0.0189557;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424412;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr2 29226512 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.441;QD=51.1846;RBI=0.0455088;REFB=0;REVB=-0.0130527;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111587;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr2 29240060 . A G 930.97 PASS AF=0.456221;AO=98;DP=215;FAO=99;FDP=217;FR=.;FRO=118;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.00795181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.209;QD=17.1608;RBI=0.0105434;REFB=-0.0248389;REVB=0.00692326;RO=116;SAF=53;SAR=45;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904549;STB=0.556845;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0365547;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:116:118:98:99:0.456221:45:53:52:64:45:54:52:66 chr2 29240673 . G A 827.85 PASS AF=0.545455;AO=81;DP=151;FAO=84;FDP=154;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=65;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.00636191;FXX=0.0253149;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.151;QD=21.5025;RBI=0.013165;REFB=-0.0287653;REVB=0.0115258;RO=65;SAF=16;SAR=65;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112195;STB=0.561944;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0212651;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:65:70:81:84:0.545455:65:16:19:46:65:19:23:47 chr2 29240686 . A C 1038.38 PASS AF=0.616438;AO=90;DP=147;FAO=90;FDP=146;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=75;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0012135;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.956;QD=28.4488;RBI=0.00121425;REFB=-0.0230142;REVB=-4.2711e-05;RO=55;SAF=15;SAR=75;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139898;STB=0.593502;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00970707;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:55:56:90:90:0.616438:75:15:16:39:75:15:18:38 chr2 29240783 . A G 346.08 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0638796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.132;QD=32.1931;RBI=0.0646077;REFB=-0.00966191;REVB=-0.00967201;RO=14;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12297;STB=0.566886;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00756447;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:20:9:2:12:20:9:2:12 chr2 29246044 . T C 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0663251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.658;QD=11.3565;RBI=0.0677438;REFB=-0.0100166;REVB=-0.0137914;RO=51;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132114;STB=0.582973;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0244838;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:11:17:25:26:11:17:25:27 chr2 29268375 . A C 458.09 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0209803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.19;QD=20.8223;RBI=0.0316182;REFB=-0.0123471;REVB=0.0236545;RO=42;SAF=12;SAR=33;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142063;STB=0.57474;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0151062;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:33:12:17:25:33:12:17:26 chr2 29286509 . T C 351.09 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0351418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7067;QD=18.0048;RBI=0.042426;REFB=0.00397942;REVB=-0.0237703;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124094;STB=0.500693;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00462401;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:20:21:19:18:20:21 chr2 29287926 . C CGCT 191.66 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0171193;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.492;QD=15.6456;RBI=0.0196127;REFB=-0.0302187;REVB=-0.00957016;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188929;STB=0.639146;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=0.0481055;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:20:57:20:49:29:11:9:9:20:99:37:11:9:14:23 chr2 29294629 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0044477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.449;QD=18.1745;RBI=0.00458975;REFB=-0.00832358;REVB=0.00113304;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476197;STB=0.526635;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00631136;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:12:19:18:14:12:19:18:14 chr2 29294754 . G C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0170536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.893;QD=12.4554;RBI=0.0181233;REFB=-0.0175264;REVB=0.00613408;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985706;STB=0.557088;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.011305;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:18:16:8:13:18:16 chr2 29295016 . A G 270.58 PASS AF=0.5625;AO=24;DP=50;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.027106;FXX=0.0943218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.727;QD=22.5483;RBI=0.0278109;REFB=-0.0206203;REVB=-0.00622166;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31586;STB=0.685888;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0206908;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:21:21:24:27:0.5625:8:16:6:15:8:19:6:15 chr2 29295676 . G A 347.95 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0278571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.439;QD=17.6176;RBI=0.0313895;REFB=-0.0200324;REVB=-0.0144665;RO=41;SAF=26;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194531;STB=0.604139;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0238374;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:11:26:21:20:11:26:22:20 chr2 29356669 . A G 466.4 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.024593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=19.847;RBI=0.0252278;REFB=0.00509062;REVB=-0.00562399;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145436;STB=0.574945;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00412342;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:21:25:18:29:21:25:19:29 chr2 29416025 . C CATTG 498.15 PASS AF=0.389262;AO=53;DP=150;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00898586;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.562;QD=13.3733;RBI=0.0108558;REFB=0.00195074;REVB=-0.00609122;RO=89;SAF=25;SAR=28;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990775;STB=0.550318;STBP=0.353;TYPE=ins;VARB=-0.00312029;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389262:53:150:58:149:91:29:29:53:38:99:89:25:28:50:39 chr2 29416366 . G C 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0592549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8169;QD=19.993;RBI=0.062337;REFB=-0.0160333;REVB=-0.0193587;RO=46;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132036;STB=0.5733;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0155316;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:18:27:21:25:18:27:21:25 chr2 29416481 . T C 495.11 PASS AF=0.473214;AO=51;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.052696;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9645;QD=17.6824;RBI=0.0533131;REFB=-0.0295687;REVB=0.00808871;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152401;STB=0.592137;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0371635;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:59:51:53:0.473214:23:28:23:36:23:30:23:36 chr2 29416572 . T C 729.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300773;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.453;QD=57.1821;RBI=0.032836;REFB=0;REVB=0.032698;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643886;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr2 29430942 . GTC G 327.48 PASS AF=0.53125;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0117462;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.038;QD=20.4674;RBI=0.0133056;REFB=-0.010885;REVB=0.00625033;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184591;STB=0.589364;STBP=0.146;TYPE=del;VARB=0.013087;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:32:65:34:64:30:15:19:19:11:99:29:14:18:19:10 chr2 29444076 . G T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0128884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.517;QD=10.7923;RBI=0.0150569;REFB=-0.00559899;REVB=-0.00778454;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461626;STB=0.527203;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0135134;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:11:7:15:20:11:7:15:20 chr2 29444095 . C T 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.588;QD=7.71661;RBI=0.0264563;REFB=-0.0144514;REVB=-0.0206805;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134889;STB=0.594412;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0282186;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:5:5:10:16:5:5:10:17 chr2 29445458 . G T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.167;QD=23.6725;RBI=0.0385369;REFB=-0.067708;REVB=0.0365548;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789132;STB=0.544;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0326529;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:6:10:11:10:6:10 chr2 29543663 . T C 2137.94 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0160714;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.955;QD=60.6507;RBI=0.0289847;REFB=0.0308805;REVB=-0.0241211;RO=3;SAF=99;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351682;STB=0.518516;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-5.2857e-05;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:3:3:138:138:0.978723:39:99:0:3:39:99:0:3 chr2 29903931 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6943;QD=56.9381;RBI=0.088643;REFB=0;REVB=0.0844844;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931315;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr2 29940529 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.16;QD=63.2865;RBI=0.0206835;REFB=0;REVB=0.00677188;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48808e-05;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 30864768 . T C 38.13 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0014889;FXX=0.049975;HRUN=11;LEN=1;MLLD=215.324;QD=8.02834;RBI=0.0321909;REFB=-0.00395707;REVB=-0.0321565;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462091;STB=0.57117;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00535449;OID=.;OPOS=30864768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:12:13:7:6:0.315789:2:5:9:3:1:5:10:3 chr2 30976058 . C T 589.68 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00992374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6789;QD=21.6396;RBI=0.018379;REFB=-0.0304187;REVB=-0.0154696;RO=50;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108947;STB=0.554776;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.019571;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:58:59:0.541284:33:25:28:22:33:26:28:22 chr2 30980940 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.293;QD=61.6836;RBI=0.0539946;REFB=0;REVB=0.0358153;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265685;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr2 31135184 . G T 372.58 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00216964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.229;QD=17.7416;RBI=0.036405;REFB=-0.00978836;REVB=0.0363403;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113427;STB=0.569798;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00886366;OID=.;OPOS=31135184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:21:17:15:30:21:18:15:30 chr2 31360928 . C G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0211227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.269;QD=15.6036;RBI=0.0215779;REFB=-0.00984301;REVB=0.00440876;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.634282;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0114062;OID=.;OPOS=31360928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:21:9:20:18:21:9:20:18 chr2 31399988 . C T 1017.85 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9294;QD=59.0055;RBI=0.0372918;REFB=0;REVB=0.0136263;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821371;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr2 31410653 . C T 381.8 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.452;QD=52.6618;RBI=0.0187114;REFB=-0.0103303;REVB=-0.00313024;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000994064;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:18:10:0:0:18:10:0:1 chr2 31411184 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.268;QD=56.1916;RBI=0.00927091;REFB=0;REVB=-0.00759953;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6095e-05;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr2 31411242 . C A 357.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.494;QD=55.0336;RBI=0.0274166;REFB=0;REVB=0.0200553;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.691e-05;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr2 31414223 . G A 340.22 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.277;QD=54.4357;RBI=0.0096078;REFB=0;REVB=-0.000496839;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69148e-05;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr2 31414807 . C G 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801008;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.519;QD=57.1425;RBI=0.0200969;REFB=0;REVB=-0.0184317;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12561e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr2 31414830 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00343747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.721;QD=18.0733;RBI=0.00903893;REFB=-0.0123603;REVB=0.00835979;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133526;STB=0.57465;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0118727;OID=.;OPOS=31414830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:13:17:13:18:13:17:13:18 chr2 31423443 . G A 2303.25 PASS AF=0.980892;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0271874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.475;QD=58.6814;RBI=0.0282618;REFB=0.0546253;REVB=-0.00771815;RO=2;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123527;STB=0.503309;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00052762;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:2:3:154:154:0.980892:76:78:0:2:76:78:1:2 chr2 31424792 . C A 481.25 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00956435;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7372;QD=22.647;RBI=0.0409739;REFB=0.0268462;REVB=-0.039842;RO=39;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895356;STB=0.549289;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0215077;OID=.;OPOS=31424792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:39:46:46:0.541176:25:21:22:17:25:21:22:17 chr2 31451224 . G C 428.56 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0294185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6503;QD=15.7268;RBI=0.0470325;REFB=-0.00612864;REVB=0.0366961;RO=60;SAF=17;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166361;STB=0.598225;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00973804;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:31:17:31:29:31:17:32:29 chr2 31490716 . C G 826.73 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0566591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5757;QD=54.2115;RBI=0.0761547;REFB=-0.18434;REVB=-0.0508851;RO=2;SAF=42;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00628123;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:59:59:0.967213:17:42:2:0:17:42:2:0 chr2 31571786 . A G 705.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.955;QD=61.3131;RBI=0.0121321;REFB=0;REVB=-0.0113194;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185821;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:17:27:0:0:17:29:0:0 chr2 31589847 . G A 473.22 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0121575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.219;QD=23.9606;RBI=0.0126979;REFB=-0.0223388;REVB=0.00366484;RO=34;SAF=15;SAR=30;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425164;STB=0.523354;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0136993;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:30:15:13:21:30:15:13:21 chr2 31805706 . G C 118.87 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0169802;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.569;QD=12.5124;RBI=0.0180264;REFB=-0.0526525;REVB=-0.00605189;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143497;STB=0.566908;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0564551;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:24:14:14:0.368421:3:11:15:7:3:11:17:7 chr2 31805880 . A AG 426.9 PASS AF=1;AO=35;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175143;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1779;QD=37.1217;RBI=0.178729;REFB=0;REVB=0.0356217;RO=12;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.005483;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:49:46:46:0:24:22:0:0:9:12:18:17:8:4 chr2 32248852 . C T 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00310786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2454;QD=8.08747;RBI=0.0393322;REFB=-0.00997041;REVB=-0.0392092;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207737;STB=0.626609;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0170136;OID=.;OPOS=32248852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:6:16:5:4:6:16 chr2 32342508 . A T 1858.35 PASS AF=0.517442;AO=178;DP=345;FAO=178;FDP=344;FR=.;FRO=166;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=-0.0352256;FXX=0.0114939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1907;QD=21.6087;RBI=0.0448;REFB=-0.00530174;REVB=0.0276803;RO=167;SAF=83;SAR=95;SRF=85;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378851;STB=0.522112;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00427431;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:167:166:178:178:0.517442:95:83:85:82:95:83:85:81 chr2 32475109 . G A 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00313445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.208;QD=20.2461;RBI=0.0114632;REFB=-0.0214254;REVB=-0.0110263;RO=33;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137525;STB=0.576398;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0165698;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:23:13:17:16:23:13:17:16 chr2 32476390 . T G 154.18 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0486458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.348;QD=14.3419;RBI=0.0505172;REFB=-0.0105273;REVB=-0.0136228;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0148191;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:10:16:10:7:10:16 chr2 32481795 . T A 189.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00849011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.967;QD=13.0495;RBI=0.0326311;REFB=-0.00210532;REVB=-0.0315073;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279234;STB=0.652042;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0215544;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:8:15:13:21:8:15:14:21 chr2 32667182 . G C 1011.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175801;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.715;QD=59.5118;RBI=0.0363954;REFB=0;REVB=0.0318679;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31102e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 32713706 . A T 484.27 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00681652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.909;QD=23.6228;RBI=0.00688954;REFB=0.00226669;REVB=0.0010004;RO=36;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222023;STB=0.51219;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00180226;OID=.;OPOS=32713706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:23:23:19:17:23:23:19:17 chr2 32855615 . A G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5005;QD=62.3436;RBI=0.0337087;REFB=0;REVB=0.0210211;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614099;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr2 32983480 . G A 687.71 PASS AF=0.507463;AO=36;DP=132;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0149846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.433;QD=20.5286;RBI=0.0521959;REFB=-0.000756446;REVB=0.0499987;RO=57;SAF=11;SAR=25;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230046;STB=0.53724;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000909099;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:57:66:36:68:0.507463:25:11:29:28:25:43:37:29 chr2 32983526 . C T 501.75 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00965157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4012;QD=18.5832;RBI=0.00968036;REFB=-0.0172996;REVB=-0.000746051;RO=54;SAF=25;SAR=27;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686723;STB=0.537159;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0146239;OID=.;OPOS=32983526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:55:52:53:0.490741:27:25:30:24:27:26:31:24 chr2 33412077 . G A 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00387462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.819;QD=14.8502;RBI=0.00431029;REFB=-0.015651;REVB=-0.00188837;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193357;STB=0.611854;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0241256;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:13:16:7:12:13:16 chr2 33447202 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0115507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.577;QD=18.6417;RBI=0.0144126;REFB=-0.00164393;REVB=-0.00861988;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241533;STB=0.638262;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000892175;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:13:11:5:16:13:11 chr2 33488419 . G A 1866.18 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552515;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.951;QD=61.6919;RBI=0.0255623;REFB=0;REVB=0.0249581;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88106e-05;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:121:121:1:55:66:0:0:55:66:0:0 chr2 33510916 . G T 1606.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.558;QD=64.2453;RBI=0.0623299;REFB=0;REVB=-0.0607005;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159795;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr2 33540248 . G A 1433.91 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00134082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6948;QD=61.6737;RBI=0.0162482;REFB=-0.147383;REVB=-0.0161927;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00817866;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:46:46:0:1:46:46:0:1 chr2 33557974 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000577587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.501;QD=11.4391;RBI=0.0137916;REFB=-0.019593;REVB=0.0137795;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408339;STB=0.748252;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0228813;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:2:11:13:11:2:11:13:11 chr2 33585796 . T C 2076.5 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435615;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2599;QD=62.4512;RBI=0.0512584;REFB=0;REVB=0.0270152;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457689;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:64:68:0:0:65:68:0:0 chr2 33774761 . T C 464.06 PASS AF=0.523256;AO=46;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00557173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.944;QD=21.5843;RBI=0.0371752;REFB=-0.00608891;REVB=-0.0367552;RO=39;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926824;STB=0.534316;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00563922;OID=.;OPOS=33774761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:41:46:45:0.523256:24:22:23:16:23:22:23:18 chr2 33952413 . T C 122.15 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0469901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.733;QD=15.7609;RBI=0.0540527;REFB=-0.0203701;REVB=-0.0267138;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287626;STB=0.668244;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0425093;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:8:9:11:3:8:9 chr2 33952456 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.99;QD=61.684;RBI=0.0332734;REFB=0;REVB=0.0314218;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62796e-05;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 36704144 . C T 1590.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.674;QD=60.0193;RBI=0.0263339;REFB=0;REVB=-0.0224017;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56181e-06;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:50:54:0:0:51:55:0:0 chr2 36756288 . T C 1528.93 PASS AF=0.972222;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0131107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.134;QD=56.6272;RBI=0.0175543;REFB=0.0181368;REVB=0.0116732;RO=2;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138486;STB=0.503721;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-8.08398e-05;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:104:105:0.972222:48:56:1:1:49:56:2:1 chr2 36776049 . GT G 721.83 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649741;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.9597;QD=47.3328;RBI=0.0776372;REFB=0;REVB=-0.0424959;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00203596;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:62:61:61:0:29:32:0:0:13:0:27:31:0:0 chr2 36782886 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000466818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.799;QD=61.3282;RBI=0.00513483;REFB=0;REVB=-0.00511357;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4231e-05;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr2 36808732 . T G 722.15 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050582;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.3595;QD=60.1791;RBI=0.0519828;REFB=-0.204203;REVB=0.0119862;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00195081;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:23:23:0:1:24:23:1:0 chr2 36810586 . T C 340.72 PASS AF=0.586207;AO=32;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00540797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.551;QD=23.4981;RBI=0.0187354;REFB=-0.02804;REVB=0.0179379;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195606;STB=0.588183;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.024284;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:32:34:0.586207:20:12:15:9:20:14:15:9 chr2 37000915 . C A 738.85 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0383176;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6307;QD=18.705;RBI=0.0769538;REFB=-0.00717901;REVB=-0.0667357;RO=81;SAF=37;SAR=40;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581801;STB=0.538401;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00750586;OID=.;OPOS=37000915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:81:81:77:77:0.487342:40:37:44:37:40:37:45:36 chr2 37035934 . A G 208.8 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0238862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7586;QD=11.6001;RBI=0.0261772;REFB=-0.0107587;REVB=-0.0107096;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221308;STB=0.628161;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.024298;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:25:21:17:9:25:21 chr2 37035945 . C A 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0113526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.672;QD=13.7734;RBI=0.0161392;REFB=-0.0095401;REVB=0.0114713;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150998;STB=0.586145;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0122205;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:22:19:17:11:22:19 chr2 37041439 . C T 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0278437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7706;QD=16.5773;RBI=0.0279874;REFB=-0.0172525;REVB=-0.00283265;RO=38;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106088;STB=0.559572;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0209444;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:15:17:16:22:15:17:16:22 chr2 37094945 . A G 486.26 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0287786;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.6184;QD=54.0294;RBI=0.0296436;REFB=-0.173862;REVB=0.00710875;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.545427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00393134;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:33:34:0.944444:23:10:1:0:24:10:2:0 chr2 37230728 . T C 857.01 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108327;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.919;QD=56.1976;RBI=0.0461113;REFB=-0.111191;REVB=0.0448208;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00250137;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr2 37241050 . G A 1791.87 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177665;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.154;QD=60.2311;RBI=0.0200861;REFB=-0.138093;REVB=0.00937038;RO=1;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693398;STB=0.503649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-5.20421e-05;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:68:50:0:1:68:50:0:1 chr2 37306343 . G A 2573.25 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122304;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.437;QD=61.2679;RBI=0.0143867;REFB=-0.0820159;REVB=0.00757594;RO=0;SAF=89;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04195e-08;STB=0.502793;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=4.00562e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:168:0:1:167:167:0.994048:78:89:0:0:78:89:1:0 chr2 37317869 . C T 1065.76 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304437;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.911;QD=60.0426;RBI=0.0216729;REFB=0;REVB=-0.021458;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26804e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 37365640 . G A 187.78 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.026357;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.382;QD=18.7779;RBI=0.0280929;REFB=-0.00690391;REVB=0.00972213;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516853;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00817487;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:8:11:11:10:8:11:11:10 chr2 37406644 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000620526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.91;QD=58.7758;RBI=0.0219644;REFB=0;REVB=0.0219556;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63204e-05;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 37406679 . GCA AGG,GAA,GGA 1081.9 PASS AF=0,0.0405405,0.959459;AO=3,3,61;DP=74;FAO=0,3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,35;FSAR=0,0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155436,0.0118113,0.0114148;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=74.9089,159.17,193.398;QD=58.4813;RBI=0.0293122,0.0352396,0.0115463;REFB=0,0,0;REVB=-0.0248516,0.0332013,-0.00173727;RO=0;SAF=0,3,31;SAR=3,0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.041548,0.00933743,-0.000734131;OID=.,.,.;OPOS=37406679,37406680,37406680;OREF=GCA,C,C;OALT=AGG,A,G;OMAPALT=AGG,GAA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:74:74:0:0:3,3,61:0,3,71:0,0.0405405,0.959459:3,0,30:0,3,31:0:0:0,0,36:0,3,35:0:0 chr2 37438993 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.102;QD=61.3327;RBI=0.0179918;REFB=0;REVB=-0.0176105;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111744;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 37456032 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5894;QD=45.8068;RBI=0.0833628;REFB=0;REVB=0.00484587;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0033283;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr2 37458711 . G A 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.885;QD=61.2109;RBI=0.0443084;REFB=0;REVB=0.042739;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147165;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr2 37477794 . C A 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.466;QD=62.3493;RBI=0.00901036;REFB=0;REVB=-0.00499577;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39494e-05;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr2 37518045 . G C 509.03 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158381;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=59.8858;RBI=0.0183828;REFB=0;REVB=0.00933187;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24284e-05;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr2 37558980 . A C 3442.73 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167656;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3228;QD=62.3119;RBI=0.026321;REFB=-0.104711;REVB=0.0202906;RO=0;SAF=140;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240875;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:221:0:0:220:221:1:80:140:0:0:80:141:0:0 chr2 37872315 . TAAAA TAAA,TAA,TAAAT 971.43 PASS AF=0.877419,0,0.0580645;AO=29,26,7;DP=154;FAO=136,0,9;FDP=155;FR=.;FRO=10;FSAF=78,0,2;FSAR=58,0,7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.79383,0.390441,0.0318469;FXX=0.012738;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=9.61841,11.5348,171.514;QD=25.069;RBI=0.888794,0.443751,0.0864388;REFB=0.200729,0.0990902,0.0350596;REVB=-0.399736,-0.210881,-0.0803581;RO=69;SAF=10,0,2;SAR=19,26,5;SRF=61;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.591227,-0.876265,-0.667666;STB=0.519039,0.5,0.555425;STBP=0.11,1,0.718;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0139473,0,0.036578;OID=.,.,.;OPOS=37872316,37872316,37872319;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAA,TAA,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.877419,0,0.0580645:29,26,7:154:136,0,9:155:10:78,0,2:58,0,7:3:7:22:69:10,0,2:19,26,5:61:8 chr2 37872508 . G A 1022.8 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0260776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.541;QD=57.6228;RBI=0.0270329;REFB=0.0255647;REVB=-0.00712323;RO=1;SAF=22;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000548925;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:47:22:1:0:48:22:1:0 chr2 38178406 . A G 490.9 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.013273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2523;QD=19.8344;RBI=0.0133094;REFB=-0.00407717;REVB=-0.000983802;RO=51;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659867;STB=0.536632;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00362563;OID=.;OPOS=38178406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:26:22:27:24:26:22:27:24 chr2 38179134 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.176;QD=56.9569;RBI=0.0448439;REFB=0;REVB=-0.0160668;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313751;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 38179414 . CTG C 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00635203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.893;QD=6.81532;RBI=0.0956411;REFB=-0.0125011;REVB=-0.0954299;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.609427;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.0240017;OID=.;OPOS=38179415;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:7:26:7:26:19:5:2:11:8:44:19:5:2:11:8 chr2 38298150 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.845;QD=62.9826;RBI=0.0401596;REFB=0;REVB=0.00506809;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155736;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 38298203 . C G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8184;QD=64.4141;RBI=0.0412861;REFB=0;REVB=0.0322475;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22248e-05;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr2 38709720 . A G 1035.78 PASS AF=0.507614;AO=100;DP=198;FAO=100;FDP=197;FR=.;FRO=97;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.00396962;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.047;QD=21.0311;RBI=0.00664154;REFB=-0.0117534;REVB=-0.00532468;RO=97;SAF=46;SAR=54;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150641;STB=0.582561;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0111198;OID=.;OPOS=38709720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:97:97:100:100:0.507614:54:46:61:36:54:46:61:36 chr2 38829957 . GCCCC GCCC,GCCCG 288.38 PASS AF=0.661538,0;AO=22,3;DP=65;FAO=43,0;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=39,0;FSAR=4,0;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.235982,0.0740494;FXX=0.0298463;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.8738,13.1039;QD=17.7466;RBI=0.23723,0.0950834;REFB=-0.147532,-0.106084;REVB=0.0243042,0.0596452;RO=32;SAF=21,3;SAR=1,0;SRF=28;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30513,0.416083;STB=0.577737,0.5;STBP=0.265,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103623,0;OID=.,.;OPOS=38829958,38829961;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.661538,0:22,3:65:43,0:65:22:39,0:4,0:18:4:99:32:21,3:1,0:28:4 chr2 39025555 . G A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.049;QD=58.0592;RBI=0.0175722;REFB=0;REVB=-0.000725059;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96731e-05;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 39050141 . A C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.67;QD=57.6784;RBI=0.0531594;REFB=0;REVB=0.0518573;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367635;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 39082344 . T C 1025.8 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.47;QD=59.4665;RBI=0.00530693;REFB=0;REVB=-0.00500856;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53997e-06;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:22:47:0:0:22:47:0:0 chr2 39185298 . G A 168.63 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.007334;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.764;QD=22.4835;RBI=0.00739238;REFB=-0.0251703;REVB=-0.00092719;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148243;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00937383;OID=.;OPOS=39185298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:7:6:11:6:7:6 chr2 39212566 . T TG 117.1 PASS AF=0.5;AO=6;DP=41;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00936724;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=288.665;QD=16.7278;RBI=0.0356977;REFB=-0.0215594;REVB=0.0344468;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515839;STB=0.53679;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=0.0198987;OID=.;OPOS=39212567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:41:14:28:14:6:8:5:9:99:33:4:2:7:26 chr2 39212567 . T G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0116175;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=189.541;QD=8.12809;RBI=0.0143316;REFB=-0.0103309;REVB=-0.00839213;RO=29;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448481;STB=0.790698;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0281179;OID=.;OPOS=39212567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:10:1:10:19:10:1:10:19 chr2 39212637 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.893;QD=42.1826;RBI=0.014131;REFB=0;REVB=1.65169e-05;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101542;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr2 39477170 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.857;QD=52.7696;RBI=0.0369423;REFB=-0.058332;REVB=0.0198712;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00297154;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr2 39507417 . T A 308.62 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330169;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.293;QD=53.6723;RBI=0.0392357;REFB=0;REVB=0.0211972;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508694;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 39583446 . A G 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00040999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8487;QD=58.0515;RBI=0.00118695;REFB=0;REVB=0.00111389;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44201e-05;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr2 39944278 . G T 623.03 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0117951;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8484;QD=16.6142;RBI=0.0327804;REFB=-0.0284836;REVB=-0.0305848;RO=81;SAF=35;SAR=32;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281147;STB=0.509063;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0202773;OID=.;OPOS=39944278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:83:67:67:0.446667:32:35:40:41:32:35:42:41 chr2 40403104 . A G 262.72 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00862825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.525;QD=17.5149;RBI=0.0406761;REFB=0.0035905;REVB=0.0397505;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107092;STB=0.549262;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00355648;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:13:16:20:10:13:16:20:11 chr2 42165754 . C T 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000974031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0773;QD=53.2634;RBI=0.0324212;REFB=0;REVB=0.0324066;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941367;OID=.;OPOS=42165754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 42510018 . A G 1571.3 PASS AF=0.981982;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0777886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7134;QD=56.6236;RBI=0.0778507;REFB=-0.0112765;REVB=-0.00310888;RO=2;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271272;STB=0.501263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00201668;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:111:2:2:106:109:0.981982:45:61:1:1:47:62:1:1 chr2 42515388 . A G 257.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00302518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.953;QD=11.594;RBI=0.00450032;REFB=-0.011008;REVB=0.00333185;RO=58;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402331;STB=0.523241;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0200289;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:15:16:32:26:15:16:32:26 chr2 42515437 . A G 150.3 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000493593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.684;QD=9.85573;RBI=0.0613324;REFB=0.00358274;REVB=0.0613304;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116263;STB=0.506842;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00671494;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:12:8:16:25:12:8:16:25 chr2 42560975 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1967;QD=62.6699;RBI=0.0635831;REFB=0;REVB=0.0269951;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835542;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 156.95 PASS AF=0.833333;AO=13;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0162851;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=323.672;QD=34.8775;RBI=0.0167625;REFB=-0.068031;REVB=-0.00397212;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436406;STB=0.522358;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=0.0143584;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:13:18:15:18:3:7:8:1:2:14:3:6:7:1:2 chr2 42588195 . T C 1773.02 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0857968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7287;QD=59.1008;RBI=0.128077;REFB=-0.0208475;REVB=-0.0950924;RO=2;SAF=60;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155669;STB=0.508195;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-4.25559e-06;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:58:60:2:0:58:60:2:0 chr2 42990101 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.575;QD=60.5472;RBI=0.0111675;REFB=0;REVB=-0.00414061;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64673e-06;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr2 42990336 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.705;QD=61.3363;RBI=0.0300387;REFB=0;REVB=0.0213067;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01082e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 42990522 . C T 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.768;QD=59.6728;RBI=0.0895313;REFB=0;REVB=0.0151344;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424368;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr2 43015704 . T A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.425;QD=64.4127;RBI=0.0557113;REFB=0;REVB=0.0520681;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194172;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr2 43015719 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.018;QD=64.4145;RBI=0.028165;REFB=0;REVB=0.0235466;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52876e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr2 43015757 . G A 554.86 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0276249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.443;QD=55.4856;RBI=0.0303479;REFB=-0.153429;REVB=0.0125641;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524987;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00134607;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:0:2:38:38:0.95:19:19:0:0:19:19:0:2 chr2 43452183 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0287318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.486;QD=11.9536;RBI=0.119404;REFB=-0.0227379;REVB=-0.115896;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221468;STB=0.631272;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0428817;OID=.;OPOS=43452183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:8:3:4:4:8:3 chr2 43793725 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00341237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.516;QD=18.4832;RBI=0.0156443;REFB=-0.0128264;REVB=-0.0152676;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0188455;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:12:9:9:10:12:9 chr2 43797619 . C T 323.51 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=102;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00962971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.431;QD=12.5636;RBI=0.0116889;REFB=-0.00911067;REVB=-0.00662559;RO=64;SAF=25;SAR=13;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936773;STB=0.541447;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0164909;OID=.;OPOS=43797619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:64:64:38:39:0.378641:13:25:37:27:14:25:37:27 chr2 43801712 . A G 211.91 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0570123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4156;QD=27.3434;RBI=0.0573587;REFB=-0.0621028;REVB=-0.00629368;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175983;STB=0.597348;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0358519;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:8:3:11:9:8:3 chr2 43804229 . T C 337.58 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0171422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8589;QD=28.7298;RBI=0.0408819;REFB=-0.0323927;REVB=-0.0371143;RO=17;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602201;STB=0.518446;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0245675;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:10:19:11:6:10:19:11:7 chr2 43902511 . G C 125.69 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0232434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4602;QD=9.66816;RBI=0.0400499;REFB=0.00290614;REVB=0.0326151;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906935;STB=0.598318;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0123226;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:17:16:0.307692:11:6:15:20:11:5:16:20 chr2 43903066 . A G 244.24 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0336467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.189;QD=23.261;RBI=0.0369848;REFB=-0.00490312;REVB=0.0153551;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182834;STB=0.608403;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00462006;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:7:15:9:10:7:16:9:10 chr2 43903354 . T C 642.75 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.000480566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.744;QD=17.7311;RBI=0.0158195;REFB=-0.0123905;REVB=-0.0158122;RO=79;SAF=40;SAR=26;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136581;STB=0.576004;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0125279;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:26:40:37:42:26:40:37:42 chr2 43926943 . T A 145.62 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0180431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.712;QD=13.2386;RBI=0.0189058;REFB=-0.00994124;REVB=0.00564574;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139475;STB=0.562091;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0187932;OID=.;OPOS=43926943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:27:16:17:0.386364:8:8:17:10:8:9:17:10 chr2 43931176 . T C 298.77 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00952667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.343;QD=18.6734;RBI=0.0295056;REFB=-0.0109546;REVB=0.0279254;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843072;STB=0.547029;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.006762;OID=.;OPOS=43931176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:18:14:17:15:18:14:17:15 chr2 43968167 . G A 1607.16 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0405166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1948;QD=58.9782;RBI=0.0429439;REFB=-0.0293851;REVB=-0.0142332;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939877;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00249027;OID=.;OPOS=43968167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:58:50:1:0:58:50:1:0 chr2 43991491 . TGGC GTGC,TGC,TGCA 216.78 PASS AF=0,0.657895,0;AO=2,17,3;DP=38;FAO=0,25,0;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=0,1,0;FSAR=0,24,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0683113,-0.22397,-0.0246594;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,2;MLLD=58.4314,18.0314,15.0064;QD=22.8191;RBI=0.139916,0.298176,0.0570112;REFB=-0.00127102,-0.0348143,-0.0379963;REVB=-0.122107,-0.196842,-0.0514023;RO=12;SAF=0,0,0;SAR=2,17,3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.285418,0;SSSB=-0.630414,-0.848494,-0.693733;STB=0.5,0.895087,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.00113402,0.0376118;OID=.,.,.;OPOS=43991491,43991492,43991493;OREF=TG,G,GC;OALT=GT,-,CA;OMAPALT=GTGC,TGC,TGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:90:38:38:12:13:2,17,3:0,25,0:0,0.657895,0:2,17,3:0,0,0:8:4:0,24,0:0,1,0:9:4 chr2 43992575 . C A 801.23 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.598;QD=57.231;RBI=0.0286163;REFB=0;REVB=-0.00555204;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104998;OID=.;OPOS=43992575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr2 43993448 . G C 868.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.474;QD=57.8728;RBI=0.0144193;REFB=0;REVB=0.00936911;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08701e-05;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr2 43995001 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.961;QD=57.7121;RBI=0.016836;REFB=0;REVB=0.00133305;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48624e-05;OID=.;OPOS=43995001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr2 44004010 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.977;QD=60.5101;RBI=0.0188759;REFB=-0.0215916;REVB=0.00834443;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000452244;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:1:0 chr2 44021826 . T A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.416;QD=60.5473;RBI=0.018326;REFB=0;REVB=0.00110301;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96994e-05;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr2 44066174 . T G 413.11 PASS AF=0.531646;AO=36;DP=72;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.066075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9039;QD=20.9171;RBI=0.0724311;REFB=-0.0677723;REVB=0.0296708;RO=36;SAF=28;SAR=8;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100926;STB=0.536476;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0425637;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:36:37:36:42:0.531646:8:28:25:11:11:31:25:12 chr2 44071743 . A G 817.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.645;QD=57.3545;RBI=0.0326317;REFB=0;REVB=0.00752542;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013994;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr2 44101538 . C T 1917.96 PASS AF=1;AO=92;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.5204;QD=59.9364;RBI=0.205861;REFB=0;REVB=-0.051966;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120695;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:127:128:0:0:92:128:1:43:49:0:0:57:71:0:0 chr2 44104925 . T C 975.37 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0839276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.147;QD=57.3746;RBI=0.0923466;REFB=-0.0647087;REVB=0.0385235;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0024237;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:0:1:64:67:0.985294:34:30:0:0:33:34:0:1 chr2 45149003 . C T 798.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.048;QD=57.0053;RBI=0.0224255;REFB=0;REVB=0.0210769;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04916e-05;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr2 45149373 . G T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.129;QD=46.8464;RBI=0.0514473;REFB=0;REVB=-0.0266354;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105108;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr2 45171842 . A G 1180.07 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.773;QD=60.5165;RBI=0.0448746;REFB=0;REVB=0.0382228;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117527;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:33:43:0:0:35:43:0:0 chr2 45640374 . C A 1791.35 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250733;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.155;QD=61.2429;RBI=0.0608014;REFB=0;REVB=0.0553908;RO=0;SAF=70;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044347;OID=.;OPOS=45640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:44:70:0:0:46:71:0:0 chr2 45645512 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.867;QD=60.7155;RBI=0.0192538;REFB=0;REVB=-0.00718611;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00333e-05;OID=.;OPOS=45645512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr2 45796468 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.042;QD=58.142;RBI=0.057474;REFB=0;REVB=0.0552076;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363469;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr2 45796479 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00457712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.875;QD=21.5103;RBI=0.00542757;REFB=-0.00836644;REVB=0.00291693;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119099;STB=0.567488;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00648115;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:10:5:4:14:10:5 chr2 46313481 . C T 290.31 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0100549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.097;QD=17.5947;RBI=0.010458;REFB=-0.0112267;REVB=-0.00287558;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453377;STB=0.516119;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0139263;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:14:17:17:17:15:17:17:17 chr2 46414446 . G A 205.92 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000101558;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.528;QD=21.6763;RBI=0.000722362;REFB=0.00542306;REVB=-0.000715187;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111128;STB=0.54995;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00281404;OID=.;OPOS=46414446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:19:18:20:20:0.526316:11:9:11:8:11:9:10:8 chr2 46987300 . T G 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4265;QD=55.6316;RBI=0.0193848;REFB=0;REVB=-0.017452;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211067;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr2 47045309 . C T 435.97 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0799266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5162;QD=54.4965;RBI=0.100131;REFB=-0.108512;REVB=-0.060315;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00593276;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:13:17:1:0:13:18:1:0 chr2 47045321 . A G 163.74 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0953754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6483;QD=19.8476;RBI=0.0970148;REFB=-0.0240584;REVB=-0.0177599;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264922;STB=0.656857;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0267897;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:14:15:15:18:0.545455:5:10:5:9:5:13:6:9 chr2 47168774 . C G 238.25 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0311095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.41;QD=20.2763;RBI=0.0313049;REFB=-0.0209074;REVB=-0.0034915;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771486;STB=0.553459;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0186737;OID=.;OPOS=47168774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:10:13:11:12:10:14 chr2 47201797 . A T 1157.18 PASS AF=0.919643;AO=82;DP=105;FAO=103;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.233913;FXX=0.00884877;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.8458;QD=41.3279;RBI=0.23447;REFB=-0.115591;REVB=0.0161572;RO=23;SAF=36;SAR=46;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122958;STB=0.504853;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0343434;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:105:112:23:9:82:103:0.919643:46:36:17:6:52:51:5:4 chr2 47251510 . G C 115.3 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0824701;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.34;QD=10.4817;RBI=0.0839708;REFB=-0.0128491;REVB=0.0158044;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11335;STB=0.567475;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.026128;OID=.;OPOS=47251510;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:20:10:6:8:20:10 chr2 47301029 . A G 444.15 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00135393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.484;QD=23.0729;RBI=0.00279665;REFB=-0.00257332;REVB=-0.00244706;RO=33;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899942;STB=0.507553;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00198473;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:33:34:42:43:0.558442:17:25:20:13:17:26:20:14 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 274.25 PASS AF=0.101449,0.362319;AO=10,21;DP=69;FAO=7,25;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=5,7;FSAR=2,18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00519287,-0.00789388;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=173.86,227.431;QD=15.8985;RBI=0.0182704,0.0173274;REFB=-0.00352038,-0.00939698;REVB=-0.0175169,-0.0154248;RO=37;SAF=5,7;SAR=5,14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252623,0.0453551;STB=0.813211,0.512648;STBP=0.129,0.906;TYPE=snp,ins;VARB=0.00813578,0.0165048;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:69:37:37:10,21:7,25:0.101449,0.362319:5,14:5,7:11:26:2,18:5,7:11:26 chr2 47596853 . C CG 133.69 PASS AF=0.44;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0358543;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3735;QD=10.695;RBI=0.0360659;REFB=0.00303403;REVB=0.00390161;RO=34;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185277;STB=0.617539;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=-0.0220183;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:21:56:22:50:28:14:8:12:16:99:34:14:7:17:17 chr2 47601106 . T C 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.597;QD=60.5988;RBI=0.0272553;REFB=0;REVB=0.011426;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031218;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr2 47604866 . C T 515.46 PASS AF=0.371257;AO=63;DP=167;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0285481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3023;QD=12.3462;RBI=0.0414094;REFB=-0.0120888;REVB=-0.0299957;RO=103;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218214;STB=0.63129;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.020493;OID=.;OPOS=47604866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:103:105:63:62:0.371257:23:40:45:58:22:40:46:59 chr2 48567964 . C G 647.12 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.011137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6857;QD=17.1423;RBI=0.0151246;REFB=-0.00659995;REVB=-0.0102333;RO=81;SAF=31;SAR=38;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291137;STB=0.512343;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00701955;OID=.;OPOS=48567964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:82:69:69:0.456954:38:31:34:47:38:31:35:47 chr2 48602252 . C T 420.05 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0133496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.034;QD=16.4727;RBI=0.0207398;REFB=-0.00777112;REVB=-0.0158722;RO=56;SAF=32;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188231;STB=0.605677;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:14:32:29:27:14:32:29:27 chr2 48756682 . C G 1115.92 PASS AF=0.561497;AO=104;DP=186;FAO=105;FDP=187;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.0650393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2882;QD=23.87;RBI=0.0710421;REFB=-0.0349;REVB=0.0285809;RO=82;SAF=40;SAR=64;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266641;STB=0.512762;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0426135;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:82:82:104:105:0.561497:64:40:29:53:65:40:29:53 chr2 48807796 . A C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00718234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.055;QD=13.6309;RBI=0.0200434;REFB=-0.00115725;REVB=-0.0187123;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000661218;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr2 48807976 . T C 83.12 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.229475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.3181;QD=8.31158;RBI=0.229534;REFB=-0.0108978;REVB=0.0052147;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314474;STB=0.562044;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0206325;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:40:20:29:11:11:0.275:8:3:5:15:8:3:10:19 chr2 48808152 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.021416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.669;QD=11.9536;RBI=0.0242669;REFB=-0.00488201;REVB=-0.0114122;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00463175;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:8:3:2:6:8:3 chr2 48808594 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0169096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.565;QD=11.1851;RBI=0.0343454;REFB=-0.0137244;REVB=-0.0298944;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905994;STB=0.552791;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0266055;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:12:23:11:8:12:23 chr2 48808882 . T A 215.55 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.026538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.162;QD=10.9141;RBI=0.028231;REFB=-0.00681129;REVB=-0.00962912;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127762;STB=0.574175;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0136418;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:12:15:23:29:12:15:23:29 chr2 48808898 . C T 238.03 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00940099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.276;QD=11.6114;RBI=0.0101543;REFB=-0.00116077;REVB=0.00383824;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547766;STB=0.531624;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00182976;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:15:14:23:30:15:14:23:30 chr2 48809593 . G T 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00594046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.496;QD=22.884;RBI=0.00692696;REFB=-0.0160678;REVB=0.00356281;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612995;STB=0.533734;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0172712;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:13:16:18:20:13:16 chr2 48825650 . C G 155.29 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0320292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8761;QD=18.8234;RBI=0.0331019;REFB=-0.0335587;REVB=0.00835884;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383022;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0312027;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:16:17:0.515152:6:10:10:5:6:11:11:5 chr2 48898798 . T A 1847.33 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00626372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3566;QD=59.5912;RBI=0.0465234;REFB=0.033245;REVB=-0.0460998;RO=2;SAF=51;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182624;STB=0.509614;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00111326;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:71:51:2:0:71:51:2:0 chr2 48915871 . A G 1120.2 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0600048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2644;QD=58.9579;RBI=0.094163;REFB=-0.00895458;REVB=0.0725679;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00120738;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:42:33:0:0:42:33:0:1 chr2 48921375 . T C 994.07 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.409;QD=57.6272;RBI=0.0376019;REFB=-0.14219;REVB=0.0265669;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000803349;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:36:32:0:0:36:32:1:0 chr2 48960032 . G A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.414;QD=54.5115;RBI=0.0156183;REFB=0;REVB=0.0144091;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02078e-05;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 49189921 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.357;QD=59.5004;RBI=0.0187805;REFB=0;REVB=0.018492;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42842e-05;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 49191041 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00339018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.029;QD=19.7022;RBI=0.0099786;REFB=-0.00131184;REVB=-0.00938505;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00051695;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr2 50201110 . A G 369.68 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0491001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5723;QD=19.7162;RBI=0.0518671;REFB=-0.0152068;REVB=0.0167146;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168197;STB=0.593821;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0167387;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:27:11:17:20:27:11:17:20 chr2 50850686 . G A 405.47 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0188966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.679;QD=17.0724;RBI=0.0210693;REFB=-0.0078394;REVB=-0.00931846;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329333;STB=0.529044;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0106615;OID=.;OPOS=50850686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:53:42:42:0.442105:22:20:26:25:22:20:28:25 chr2 52929658 . A G 2155.79 PASS AF=0.42963;AO=229;DP=541;FAO=232;FDP=540;FR=.;FRO=308;FSAF=121;FSAR=111;FSRF=180;FSRR=128;FWDB=-0.0252569;FXX=0.00184839;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.508;QD=15.9688;RBI=0.0285779;REFB=-0.00334384;REVB=-0.0133712;RO=294;SAF=120;SAR=109;SRF=168;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483945;STB=0.536031;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00441683;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:541:540:294:308:229:232:0.42963:109:120:168:126:111:121:180:128 chr2 54035508 . G C 2253.2 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6434;QD=63.4705;RBI=0.00886313;REFB=0;REVB=0.00477223;RO=0;SAF=87;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50755e-05;OID=.;OPOS=54035508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:54:87:0:0:54:88:0:0 chr2 54081923 . T C,G 1286.45 PASS AF=0.0232558,0.965116;AO=6,79;DP=87;FAO=2,83;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=2,35;FSAR=0,48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000820339,0.00628555;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.0247,159.558;QD=59.8347;RBI=0.0125788,0.0332217;REFB=-0.0616427,0.0281916;REVB=-0.012552,0.0326216;RO=1;SAF=3,34;SAR=3,45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123249,-0.0137195;STB=0.5,0.507041;STBP=1,0.303;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00914275,-0.000410886;OID=.,.;OPOS=54081923,54081923;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:87:86:1:1:6,79:2,83:0.0232558,0.965116:3,45:3,34:1:0:0,48:2,35:1:0 chr2 54120820 . G A 708.14 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0072884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1954;QD=54.4722;RBI=0.0121628;REFB=-0.0641368;REVB=-0.00973715;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017117;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000473983;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:23:27:1:0:23:28:1:0 chr2 54127041 . C T 1829.42 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0496721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6761;QD=59.4934;RBI=0.0558099;REFB=-0.00475943;REVB=-0.0254445;RO=1;SAF=68;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693513;STB=0.501023;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000593239;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:1:2:121:121:0.98374:53:68:1:0:53:68:1:1 chr2 54150237 . A G 739.24 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.768;QD=54.7582;RBI=0.0235815;REFB=-0.116644;REVB=0.00199856;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-1.03304e-05;OID=.;OPOS=54150237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr2 54362645 . T C 360.35 PASS AF=0.964286;AO=22;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.071728;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.451;QD=51.4786;RBI=0.0823037;REFB=-0.0718098;REVB=0.040361;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00656897;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:22:27:0.964286:12:10:0:0:17:10:1:0 chr2 54482989 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00493997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.006;QD=12.0207;RBI=0.0280643;REFB=-0.015292;REVB=0.0276261;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286691;STB=0.666455;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0219278;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:19:6:7:7:19:6 chr2 54494448 . G A 528.61 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.011952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.015;QD=17.9191;RBI=0.0144973;REFB=-0.0100408;REVB=-0.00820489;RO=61;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087351;STB=0.54412;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0126564;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:62:56:56:0.474576:30:26:34:27:30:26:34:28 chr2 54587596 . C T 434.7 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0467247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9728;QD=51.1412;RBI=0.0639082;REFB=-0.0460215;REVB=0.0436012;RO=2;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182271;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00514196;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:2:2:31:32:0.941176:15:16:1:1:16:16:2:0 chr2 54587659 . G C 71.04 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0395998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.604;QD=7.47772;RBI=0.0495684;REFB=-0.010806;REVB=-0.0298141;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181351;STB=0.603232;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0245592;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:12:15:7:3:12:16 chr2 54756740 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.084;QD=55.6558;RBI=0.0494128;REFB=0;REVB=0.0395966;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10521e-05;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr2 54844790 . C T 497.85 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00591525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.204;QD=18.1036;RBI=0.00636301;REFB=0.00290174;REVB=0.00234471;RO=57;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134337;STB=0.50745;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00180892;OID=.;OPOS=54844790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:29:24:25:32:29:24:25:32 chr2 54858511 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00811521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=21.5108;RBI=0.0179768;REFB=-0.0181912;REVB=0.0160409;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500673;STB=0.528269;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0130156;OID=.;OPOS=54858511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:4:11:14:4:4:11 chr2 54886347 . G A 323.17 PASS AF=0.5;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0185831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6289;QD=19.0097;RBI=0.0357708;REFB=-0.0206516;REVB=0.030565;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161123;STB=0.573107;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0230543;OID=.;OPOS=54886347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:34:34:34:0.5:18:16:21:11:18:16:21:13 chr2 55040426 . A G 1477.86 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321406;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.992;QD=62.8877;RBI=0.0440129;REFB=0;REVB=0.0300685;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139349;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:43:48:0:0:45:49:0:0 chr2 55185032 . A G 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00572002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2368;QD=14.6048;RBI=0.0562847;REFB=0.0161352;REVB=-0.0559933;RO=48;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522009;STB=0.502195;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0425585;OID=.;OPOS=55185032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:20:14:20:28:20:14:20:29 chr2 55186394 . A C 231.01 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00248082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.983;QD=16.501;RBI=0.00669209;REFB=0.000416891;REVB=-0.00621527;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14335;STB=0.580943;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000491171;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:16:14:16:10:16:14 chr2 55254165 . T A 316.12 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.00831848;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.555;QD=11.8175;RBI=0.030476;REFB=0.00193831;REVB=-0.0293188;RO=68;SAF=23;SAR=16;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101942;STB=0.558111;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00367791;OID=.;OPOS=55254165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:68:39:39:0.364486:16:23:46:22:16:23:46:22 chr2 55404794 . G A 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0056651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.479;QD=23.3482;RBI=0.0159006;REFB=-0.0374008;REVB=-0.0148572;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210055;STB=0.615701;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0217885;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:13:25:11:17:13:25:11:17 chr2 55404883 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0376848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3085;QD=8.89894;RBI=0.0415862;REFB=-0.00279457;REVB=0.017586;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907501;STB=0.571296;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0111571;OID=.;OPOS=55404883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:7:4:11:14:7:4:12:14 chr2 55407754 . C T 772.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536934;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.1;QD=56.155;RBI=0.0748567;REFB=-0.13039;REVB=0.0521588;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933113;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:55:0:0:53:55:1:21:32:0:0:22:33:0:0 chr2 55449464 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000340505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.957;QD=18.0733;RBI=0.00303069;REFB=-0.00942087;REVB=0.0030115;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482571;STB=0.527009;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0103871;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:14:17:18:12:14:17 chr2 55460017 . C T 442.81 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0157564;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.1;QD=22.4206;RBI=0.0370313;REFB=-0.0252961;REVB=-0.033512;RO=36;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206605;STB=0.613545;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0191473;OID=.;OPOS=55460017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:36:43:43:0.544304:19:24:11:25:19:24:11:25 chr2 55470115 . C T 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0030848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0347;QD=11.8415;RBI=0.0406401;REFB=-0.0305645;REVB=-0.0405228;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210977;STB=0.622644;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0300809;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:7:16:20:19:7:16:20:19 chr2 55490788 . T C 265.4 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00515592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.721;QD=27.2209;RBI=0.00537535;REFB=0.00606794;REVB=-0.00152017;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820839;STB=0.545416;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0034385;OID=.;OPOS=55490788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:7:8:10:14:7:8 chr2 55490819 . G T 188.66 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0312574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.893;QD=14.2386;RBI=0.0587925;REFB=-0.0212599;REVB=0.049795;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126135;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0447112;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:14:16:9:13:15:16 chr2 55516723 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.12;QD=57.544;RBI=0.0199712;REFB=0;REVB=-0.0137775;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45159e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr2 55522422 . A G 1573.22 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.004698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.657;QD=62.9287;RBI=0.0290607;REFB=-0.0436521;REVB=0.0286784;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.50495;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000219898;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:48:50:1:0:49:50:1:0 chr2 55599655 . G A 1338.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.961;QD=61.5334;RBI=0.0287773;REFB=0;REVB=0.0144149;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21087e-05;OID=.;OPOS=55599655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:38:44:0:0:40:47:0:0 chr2 55727140 . C A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0191703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.071;QD=6.54485;RBI=0.0203008;REFB=0.000449736;REVB=-0.00668011;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686913;STB=0.543375;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00261549;OID=.;OPOS=55727140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:5:19:6:2:5:19 chr2 55771161 . A G 348.58 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0550913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4309;QD=20.2076;RBI=0.055384;REFB=-0.0155631;REVB=0.00568698;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429338;STB=0.532536;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0221105;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:36:36:0.521739:14:22:18:14:14:22:18:15 chr2 55805440 . T C 745.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2294;QD=63.4817;RBI=0.0995461;REFB=0;REVB=0.0141059;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149577;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr2 55806543 . C CT,CTT,T 113.97 PASS AF=0.958333,0,0.0416667;AO=11,3,5;DP=25;FAO=23,0,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,1;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109955,-0.0518503,0.0149084;FXX=0.039984;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.19459,8.59739,249.109;QD=18.9956;RBI=0.111557,0.0526727,0.0286316;REFB=-0.0328388,-0.0319841,0.000254152;REVB=-0.0188386,-0.00927139,-0.024444;RO=6;SAF=4,1,5;SAR=7,2,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.190712,-0.317885,0.716421;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0142687,-0.0832377,0.0349595;OID=.,.,.;OPOS=55806544,55806544,55806543;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:25:24:6:0:11,3,5:23,0,1:0.958333,0,0.0416667:7,2,0:4,1,5:4:2:11,0,0:12,0,1:0:0 chr2 55873385 . C G 321.71 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0434235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.529;QD=16.7121;RBI=0.0533178;REFB=-0.017231;REVB=-0.0309385;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243116;STB=0.508595;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0211702;OID=.;OPOS=55873385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:12:23:26:15:12:23:27:15 chr2 55883317 . G T 276.71 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.000689164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.277;QD=16.5201;RBI=0.0206239;REFB=-0.00977377;REVB=0.0206124;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174433;STB=0.59764;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0128148;OID=.;OPOS=55883317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:12:24:15:16:12:24 chr2 55912120 . T C 126.82 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0127457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.374;QD=11.0273;RBI=0.0153406;REFB=-0.00571682;REVB=-0.00853704;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011734;STB=0.539629;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.010993;OID=.;OPOS=55912120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:14:15:0.326087:5:9:19:11:5:10:19:12 chr2 56411817 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.458;QD=37.4885;RBI=0.089044;REFB=0;REVB=0.0810513;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823918;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr2 58316814 . A G 307.77 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0087849;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.377;QD=17.8419;RBI=0.0100203;REFB=-0.00884253;REVB=0.00481991;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621747;STB=0.534738;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.010228;OID=.;OPOS=58316814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:22:14:15:18:22:14 chr2 58388696 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0174267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.959;QD=14.7015;RBI=0.0210438;REFB=-0.0106314;REVB=-0.0117963;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484683;STB=0.528254;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0131718;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:7:8:7:5:7:8 chr2 60614572 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.544;QD=61.3359;RBI=0.0165895;REFB=0;REVB=0.00645251;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107149;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 60614577 . A G 556.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.355;QD=60.2093;RBI=0.0140141;REFB=0;REVB=0.000423394;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16124e-05;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr2 60687959 . A G 863.58 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00137406;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.827;QD=55.7146;RBI=0.0123202;REFB=-0.033529;REVB=0.0122433;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000399367;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:31:29:0:0:31:30:1:0 chr2 60867976 . C T 219.56 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0374008;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7685;QD=17.2206;RBI=0.0375311;REFB=-0.0313131;REVB=0.00312497;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131253;STB=0.507407;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0382032;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:15:12:11:13:15:12 chr2 61009909 . C T 53.32 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00566684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.433;QD=7.35451;RBI=0.0165686;REFB=-0.0164212;REVB=-0.0155693;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454775;STB=0.785674;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.028881;OID=.;OPOS=61009909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:7:1:9:11:7:1:9:12 chr2 61175312 . T C 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0143238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.817;QD=14.0543;RBI=0.0217959;REFB=0.00902584;REVB=0.0164283;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153802;STB=0.575699;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00938609;OID=.;OPOS=61175312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:14:11:10:24:14:11:11:24 chr2 61308569 . ATTTT ATTTA,ATTT 123.23 PASS AF=0.159091,0.840909;AO=3,11;DP=43;FAO=7,37;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663021,-0.164901;FXX=0;HRUN=15,15;LEN=1,1;MLLD=163.613,2.67169;QD=11.2032;RBI=0.212517,1.39898;REFB=0.0101737,0.163758;REVB=-0.212413,-1.38923;RO=7;SAF=0,11;SAR=3,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812474,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.12021,-0.107808;OID=.,.;OPOS=61308573,61308570;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.159091,0.840909:3,11:43:7,37:44:0:0,31:7,6:0:0:38:7:0,11:3,0:7:0 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 273.69 PASS AF=0.77027,0;AO=32,10;DP=80;FAO=57,0;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=24,0;FSAR=33,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0217907,-0.00825168;FXX=0.038956;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.75017,12.3975;QD=14.7938;RBI=0.216069,0.044483;REFB=-0.10557,-0.014348;REVB=0.214967,-0.043711;RO=31;SAF=18,0;SAR=14,10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0698145,-0.748091;STB=0.502189,0.5;STBP=0.972,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.110622,-0.00419498;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.77027,0:32,10:80:57,0:74:17:24,0:33,0:7:10:41:31:18,0:14,10:15:16 chr2 61385100 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0242823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1147;QD=18.4981;RBI=0.0413426;REFB=0.0333028;REVB=0.0334601;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663602;STB=0.537162;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0409944;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:13:14:12:15:13:14 chr2 61385105 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000338792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.347;QD=19.1095;RBI=0.0166247;REFB=-0.00772213;REVB=0.0166212;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030859;STB=0.527406;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00702313;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:12:15:13:12:12:15:13:13 chr2 61389737 . T G 263.18 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0465037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8958;QD=14.421;RBI=0.0622307;REFB=-0.00924202;REVB=0.0413529;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15716;STB=0.604504;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0144504;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:42:30:31:0.424658:15:15:28:15:16:15:28:14 chr2 61415492 . A G 230.73 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00527379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.42;QD=17.7482;RBI=0.00721424;REFB=-0.00563865;REVB=-0.00492264;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069568;STB=0.539139;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0101765;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:15:12:13:12:15:12 chr2 61450454 . A G 304.82 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.033094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4241;QD=14.8692;RBI=0.0331556;REFB=0.00183624;REVB=0.0020213;RO=48;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127135;STB=0.572273;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00255773;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:23:11:21:27:23:11:21:27 chr2 61522123 . T C 1143.74 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2701;QD=58.6534;RBI=0.0757859;REFB=-0.164451;REVB=0.0531926;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101759;STB=0.505262;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00695877;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:75:77:0.987179:29:46:1:0:30:47:1:0 chr2 61575308 . A G 1153.22 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.558;QD=60.6959;RBI=0.053718;REFB=0;REVB=0.00107994;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141255;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr2 61577435 . T C 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0164291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.064;QD=17.5012;RBI=0.033067;REFB=-0.00955857;REVB=0.0286969;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683664;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00759958;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:13:15:12:14:13:15 chr2 62066927 . A G 1029.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318249;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7208;QD=59.6948;RBI=0.00326497;REFB=0;REVB=0.000729223;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04488e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr2 62081012 . A C 1288.8 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208983;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=62.111;RBI=0.0260796;REFB=0;REVB=0.0156015;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252764;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr2 62729674 . T C 805.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.16;QD=64.462;RBI=0.0702443;REFB=0;REVB=0.0702069;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195197;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr2 62733189 . C T 2380.49 PASS AF=0.427852;AO=255;DP=598;FAO=255;FDP=596;FR=.;FRO=341;FSAF=136;FSAR=119;FSRF=191;FSRR=150;FWDB=-0.00980851;FXX=0.00334443;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.882;QD=15.9765;RBI=0.0171594;REFB=-0.0214144;REVB=-0.0140797;RO=335;SAF=136;SAR=119;SRF=188;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287413;STB=0.515423;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0280234;OID=.;OPOS=62733189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:598:596:335:341:255:255:0.427852:119:136:188:147:119:136:191:150 chr2 62733253 . C T 5245.64 PASS AF=0.948649;AO=349;DP=373;FAO=351;FDP=370;FR=.;FRO=19;FSAF=173;FSAR=178;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.068046;FXX=0.0106949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.14;QD=56.7097;RBI=0.0802723;REFB=-0.0781251;REVB=0.0425839;RO=19;SAF=172;SAR=177;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446706;STB=0.523327;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.002037;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:373:370:19:19:349:351:0.948649:177:172:18:1:178:173:18:1 chr2 62738931 . G C 1645.52 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682197;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3379;QD=60.3861;RBI=0.0123761;REFB=0;REVB=-0.0103261;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0046e-05;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr2 63170921 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00325189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.06;QD=14.6579;RBI=0.0242314;REFB=0.00171682;REVB=-0.0240122;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305281;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00172178;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:12:5:8:5:12:5 chr2 63283178 . C G 116.6 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0172415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.087;QD=11.6597;RBI=0.0330255;REFB=-0.0282691;REVB=0.0281676;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533684;STB=0.830781;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0556729;OID=.;OPOS=63283178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:10:16:13:1:10:16 chr2 63395979 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0363567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.12;QD=12.4822;RBI=0.0421644;REFB=0.00458989;REVB=-0.0213548;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207284;STB=0.64494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00896969;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:17:19:12:12:0.387097:6:6:5:12:6:6:5:14 chr2 63849482 . AAC A 32.08 PASS AF=0.130769;AO=18;DP=133;FAO=17;FDP=130;FR=.;FRO=113;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.0748688;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.7212;QD=0.987045;RBI=0.138083;REFB=-0.0187734;REVB=-0.116025;RO=109;SAF=2;SAR=16;SRF=57;SRR=52;SSEN=0.395402;SSEP=0;SSSB=-0.540032;STB=0.868493;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.126241;OID=.;OPOS=63849483;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130769:18:133:17:130:113:2:15:59:54:32:109:2:16:57:52 chr2 63849491 . T C 579.88 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00204112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.285;QD=17.1817;RBI=0.00205127;REFB=-0.0105387;REVB=0.000203841;RO=74;SAF=35;SAR=26;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190696;STB=0.606026;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0174941;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:26:35:28:46:26:35:28:46 chr2 64069732 . G A 257.5 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171522;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.786;QD=51.4998;RBI=0.0348625;REFB=0;REVB=0.0303512;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430818;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 64199312 . A G 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00137824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.271;QD=16.9852;RBI=0.00398378;REFB=-0.0175016;REVB=0.00373778;RO=43;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245359;STB=0.637853;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.022464;OID=.;OPOS=64199312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:24:12:25:18:24:12:25:18 chr2 64327544 . G T 834.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.214;QD=57.5264;RBI=0.0209889;REFB=0;REVB=-0.0195533;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98791e-05;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr2 64327592 . T A,C 982.26 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=3,63;DP=66;FAO=2,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445404,-0.0188857;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.829,77.529;QD=58.6426;RBI=0.0122319,0.0969385;REFB=0,0;REVB=-0.0113921,0.095081;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.10549,7.11457e-05;OID=.,.;OPOS=64327592,64327592;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:66:67:0:0:3,63:2,65:0.0298507,0.970149:3,37:0,26:0:0:2,38:0,27:0:0 chr2 64860029 . CTTCAAA C 30.88 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00225116;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=6;MLLD=279.341;QD=4.94152;RBI=0.0143188;REFB=-0.00674907;REVB=-0.0141407;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074592;STB=0.515102;STBP=0.966;TYPE=del;VARB=0.0185948;OID=.;OPOS=64860030;OREF=TTCAAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:25:6:25:19:2:4:6:13:30:18:2:4:5:13 chr2 65044680 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0148842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.78;QD=9.13272;RBI=0.0151043;REFB=-0.00524341;REVB=0.00256904;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212501;STB=0.629375;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0165262;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:9:13:4:6:9:13 chr2 65299162 . CCG C,CC 142.78 PASS AF=0.8,0;AO=5,3;DP=21;FAO=16,0;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0192602,0.11505;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=21.1502,11.0609;QD=28.5551;RBI=0.211091,0.189226;REFB=-0.207976,-0.170327;REVB=0.21021,0.150233;RO=4;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.28673,0;STB=0.610975,0.5;STBP=0.077,1;TYPE=del,del;VARB=0.063774,0;OID=.,.;OPOS=65299163,65299164;OREF=CG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8,0:5,3:21:16,0:20:4:9,0:7,0:0:4:16:4:1,0:4,3:0:4 chr2 65311555 . C T 618.4 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.456;QD=58.8954;RBI=0.0412129;REFB=0.0078249;REVB=0.00851903;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=8.55956e-05;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:26:14:0:1:26:15:0:1 chr2 65495887 . G A 2319.29 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882637;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.507;QD=63.9803;RBI=0.0209913;REFB=0;REVB=0.0190454;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46859e-06;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr2 65496018 . C G 1066.09 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388369;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.552;QD=60.0612;RBI=0.0169187;REFB=0;REVB=0.016467;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38579e-05;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr2 65496144 . A G 1140.57 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312012;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2093;QD=60.8307;RBI=0.0401873;REFB=0;REVB=0.0253279;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159287;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:26:48:0:0:27:48:0:0 chr2 65496187 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8382;QD=58.2389;RBI=0.022097;REFB=0;REVB=-0.00101124;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161102;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr2 65497571 . C A 598.45 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.653;QD=58.3858;RBI=0.0297047;REFB=0;REVB=0.014197;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018605;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:2:0:39:41:1:18:21:1:1:19:22:0:0 chr2 65540905 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.993;QD=58.7817;RBI=0.0317908;REFB=0;REVB=-0.0229539;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93596e-07;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 65561392 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00723679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.187;QD=21.1302;RBI=0.00739988;REFB=-0.0165181;REVB=-0.001545;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649467;STB=0.536448;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0178945;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:8:13:12:10:8:13 chr2 67630980 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000866313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8736;QD=48.7372;RBI=0.0282138;REFB=0;REVB=0.0282005;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592961;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 67631831 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.735;QD=46.848;RBI=0.0788096;REFB=0;REVB=0.0526803;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36103e-05;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 67632125 . C T 754.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3092;QD=56.9147;RBI=0.0272758;REFB=0;REVB=-0.00095098;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036492;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr2 68364478 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0124454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.825;QD=23.4323;RBI=0.0457436;REFB=0.00185515;REVB=0.044018;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208993;STB=0.615298;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000332388;OID=.;OPOS=68364478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:17:3:9:15:17:3 chr2 68385097 . A G 133.22 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0239732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7982;QD=19.0306;RBI=0.0586852;REFB=0.0029079;REVB=0.0535653;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230767;STB=0.646239;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00242486;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:28:10:10:10:11:0.392857:3:7:9:1:4:7:9:1 chr2 68546374 . T C 388.66 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00617337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.192;QD=14.2628;RBI=0.0208541;REFB=-0.0130101;REVB=-0.0199194;RO=61;SAF=27;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773124;STB=0.56444;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0172263;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:61:64:44:45:0.412844:17:27:33:28:17:28:33:31 chr2 68546449 . G A 354.74 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0130434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.971;QD=13.9114;RBI=0.0219869;REFB=-0.00655642;REVB=0.0177;RO=61;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184604;STB=0.609703;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00589825;OID=.;OPOS=68546449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:61:61:40:41:0.401961:16:24:26:35:16:25:26:35 chr2 68607947 . G T 143.86 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00908548;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.951;QD=10.8572;RBI=0.00920365;REFB=9.92185e-05;REVB=0.00147009;RO=24;SAF=2;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612918;STB=0.816789;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000115833;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:35:18:18:0.339623:16:2:16:8:16:2:17:18 chr2 68613710 . G A 407.02 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0262515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5958;QD=13.0247;RBI=0.0305058;REFB=-0.00889818;REVB=0.0155391;RO=76;SAF=26;SAR=22;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309246;STB=0.513725;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0147785;OID=.;OPOS=68613710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:77:48:48:0.384:22:26:39:37:22:26:40:37 chr2 68622914 . G A 625.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.075;QD=61.0564;RBI=0.0499146;REFB=0;REVB=0.0263403;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172037;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:15:24:0:0:15:26:0:0 chr2 68729931 . A G 818.57 PASS AF=0.436548;AO=84;DP=195;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0163741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.557;QD=16.6208;RBI=0.0261867;REFB=0.0109077;REVB=0.020436;RO=108;SAF=45;SAR=39;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010755;STB=0.503391;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0150791;OID=.;OPOS=68729931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:108:111:84:86:0.436548:39:45:59:49:39:47:60:51 chr2 68729992 . A G 634.3 PASS AF=0.410405;AO=70;DP=175;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.0101181;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.018;QD=14.6658;RBI=0.0101875;REFB=-0.0104275;REVB=-0.00118712;RO=101;SAF=37;SAR=33;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695174;STB=0.53976;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0128939;OID=.;OPOS=68729992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:101:102:70:71:0.410405:33:37:60:41:34:37:60:42 chr2 68753240 . T A 232.44 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00195297;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.897;QD=14.5272;RBI=0.00198824;REFB=-0.00374218;REVB=-0.000372827;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11163;STB=0.570882;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00527819;OID=.;OPOS=68753240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:37:27:27:0.421875:15:12:20:16:15:12:21:16 chr2 68794483 . C A 150.67 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0784234;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.362;QD=9.88024;RBI=0.078445;REFB=0.0177247;REVB=0.00184131;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247577;STB=0.653698;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0334578;OID=.;OPOS=68794483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:42:41:20:20:0.327869:12:8:26:16:12:8:26:15 chr2 68794528 . G T 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0112181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.207;QD=12.0836;RBI=0.0154309;REFB=-0.000505474;REVB=-0.0105957;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196835;STB=0.628405;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00108829;OID=.;OPOS=68794528;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:16:16:0.347826:11:5:14:15:11:5:15:15 chr2 68873071 . A G 544.44 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00188125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.358;QD=17.0136;RBI=0.0104534;REFB=-0.0019458;REVB=0.0102828;RO=69;SAF=38;SAR=20;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642548;STB=0.54095;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00219672;OID=.;OPOS=68873071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:20:38:41:28:20:38:41:29 chr2 68882468 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00214806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.524;QD=61.8144;RBI=0.0125591;REFB=0.0213598;REVB=0.012374;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-4.96901e-05;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:19:30:1:0:19:30:1:0 chr2 68882661 . A G 63.42 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0107453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5736;QD=9.05931;RBI=0.0238043;REFB=-0.00555373;REVB=-0.0212411;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299589;STB=0.691927;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0110614;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:5:13:4:5:5:14 chr2 69040500 . G A 374.35 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0148484;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.043;QD=17.8262;RBI=0.0149384;REFB=0.0029016;REVB=-0.00163732;RO=45;SAF=13;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219276;STB=0.622886;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00386474;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:45:39:39:0.464286:26:13:25:20:26:13:25:20 chr2 69049939 . G T 67.06 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0186483;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.637;QD=11.1763;RBI=0.0188309;REFB=-0.0240331;REVB=-0.00261611;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0213567;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:15:15:9:9:0.375:5:4:9:6:5:4:9:6 chr2 69049941 . T C 143.91 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00722675;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.717;QD=21.3201;RBI=0.0111395;REFB=-0.0181182;REVB=0.00847712;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166822;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0167383;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:11:12:15:15:0.555556:5:10:5:6:5:10:5:7 chr2 69204671 . A T 444.56 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00884493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.424;QD=17.9619;RBI=0.0269915;REFB=-0.020665;REVB=-0.0255012;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912354;STB=0.556427;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0344958;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:22:22:22:32:22:23:22:32 chr2 69240651 . G A 187.45 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00384507;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.595;QD=14.1474;RBI=0.0300629;REFB=-0.0299425;REVB=0.029816;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278824;STB=0.533184;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0375201;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:31:20:22:0.415094:8:12:20:12:9:13:20:11 chr2 69330118 . A G 243.48 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0374504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0684;QD=17.0862;RBI=0.0374517;REFB=-0.00859391;REVB=0.000319147;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32496;STB=0.67429;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00616895;OID=.;OPOS=69330118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:9:18:9:20:9:18:10:20 chr2 69362161 . C T 900.78 PASS AF=0.444954;AO=97;DP=218;FAO=97;FDP=218;FR=.;FRO=121;FSAF=69;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.00328472;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.118;QD=16.5282;RBI=0.0256371;REFB=-0.00890044;REVB=-0.0254258;RO=120;SAF=69;SAR=28;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267133;STB=0.651303;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00917204;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:120:121:97:97:0.444954:28:69:55:65:28:69:55:66 chr2 69614161 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00297894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.806;QD=12.7388;RBI=0.0631709;REFB=-0.0327766;REVB=-0.0631006;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278203;STB=0.609128;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0286029;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:3:5:8:1:3:5:8:2 chr2 69659126 . A T 211.26 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0276609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.99;QD=12.0722;RBI=0.0284225;REFB=0.0011459;REVB=-0.00653548;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110696;STB=0.553735;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00193136;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:15:11:14:29:15:11:15:29 chr2 69693006 . C T 205.59 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0283371;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.393;QD=21.0865;RBI=0.0284754;REFB=-0.0549785;REVB=0.00280353;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127572;STB=0.51998;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0366989;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:13:18:19:20:0.512821:7:12:6:7:7:13:11:7 chr2 69698158 . G A 263.69 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0072429;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.434;QD=19.901;RBI=0.00869975;REFB=-0.00440634;REVB=-0.00481933;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387046;STB=0.509427;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00359726;OID=.;OPOS=69698158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:25:27:28:0.528302:14:13:10:13:14:14:12:13 chr2 69700684 . A G 384.6 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00501121;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7062;QD=22.6236;RBI=0.029514;REFB=-0.015822;REVB=0.0290854;RO=30;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121289;STB=0.566633;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00772862;OID=.;OPOS=69700684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:30:30:38:38:0.558824:21:17:9:21:21:17:9:21 chr2 69702628 . C T 452.5 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00137657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.598;QD=27.8464;RBI=0.0697016;REFB=-0.0109057;REVB=-0.0696881;RO=22;SAF=17;SAR=25;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283562;STB=0.504948;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00551918;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:23:42:42:0.646154:25:17:9:13:25:17:9:14 chr2 69741609 . C T 129.63 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00181868;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.819;QD=19.9428;RBI=0.0424241;REFB=-0.0515616;REVB=0.0423851;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0359076;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:26:12:12:11:14:0.538462:5:6:5:7:8:6:5:7 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 369.01 PASS AF=0.583333,0.0625;AO=25,3;DP=49;FAO=28,3;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=19,2;FSAR=9,1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0209595,0.0147691;FXX=0.039992;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=99.6482,77.5308;QD=30.7504;RBI=0.0212299,0.0486078;REFB=-0.0306511,-0.035643;REVB=-0.00337769,-0.0463097;RO=16;SAF=17,2;SAR=8,1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0915269,0.119082;STB=0.561694,0.619869;STBP=0.311,0.688;TYPE=del,snp;VARB=0.0221322,0.036966;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333,0.0625:25,3:49:28,3:48:17:19,2:9,1:9:8:99:16:17,2:8,1:9:7 chr2 69741854 . T G 1116.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.344;QD=60.3763;RBI=0.053994;REFB=0;REVB=0.0147856;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126644;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:29:45:0:0 chr2 69746142 . C G 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00103995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.397;QD=17.4972;RBI=0.00270695;REFB=-0.0280105;REVB=-0.00249921;RO=51;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480201;STB=0.526869;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0347116;OID=.;OPOS=69746142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:21:21:28:23:21:21:28:23 chr2 70182805 . T C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00629195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.293;QD=10.1037;RBI=0.0207752;REFB=-0.00581974;REVB=-0.0197995;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196629;STB=0.61502;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0229284;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:25:15:11:9:25:15 chr2 70190489 . C G 433.5 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0197883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.621;QD=20.643;RBI=0.0306434;REFB=-0.048688;REVB=-0.0233975;RO=41;SAF=27;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396318;STB=0.521958;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0401033;OID=.;OPOS=70190489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:16:27:24:17:16:27:24:17 chr2 70191360 . C T 193.25 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00362383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.212;QD=12.0784;RBI=0.00829437;REFB=-0.0118331;REVB=-0.00746086;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286013;STB=0.516515;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0204791;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:24:16:9:15:24:16 chr2 70528827 . G A 130.75 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0282303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.37;QD=22.739;RBI=0.0550008;REFB=-0.0176681;REVB=-0.0472032;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513324;STB=0.793643;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00311251;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:9:9:14:14:0.608696:2:12:2:7:2:12:2:7 chr2 70663983 . C T 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0164348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.862;QD=18.9366;RBI=0.0207337;REFB=-0.0140266;REVB=-0.0126406;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16765;STB=0.59316;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0186651;OID=.;OPOS=70663983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:20:9:15:15:20:9 chr2 70677994 . G A 238.53 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0199993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.589;QD=16.1716;RBI=0.0205749;REFB=-0.0173896;REVB=-0.00483239;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143575;STB=0.503814;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0196518;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:11:15:18:14:12:15:18:14 chr2 71004492 . T C 130.95 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.039368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5209;QD=14.157;RBI=0.0397413;REFB=-0.00240843;REVB=-0.00543429;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.519829;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00471356;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:7:8:11:10:7:8:11:11 chr2 71004494 . A T 150.57 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000829348;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.819;QD=17.2084;RBI=0.00504021;REFB=-0.00576776;REVB=-0.00497151;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00729959;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:19:19:15:16:0.457143:7:8:10:9:8:8:10:9 chr2 71012604 . G A 1653.87 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9947;QD=60.1408;RBI=0.023212;REFB=0;REVB=-0.0050748;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855445;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:57:51:0:0:57:53:0:0 chr2 71012734 . C G 446.36 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7983;QD=57.5945;RBI=0.105277;REFB=0;REVB=0.0484285;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000990252;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr2 71036482 . T C 902.02 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2604;QD=58.1948;RBI=0.0537733;REFB=0;REVB=0.0537412;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476115;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 71062833 . G GC 465.02 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701431;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8506;QD=48.9498;RBI=0.129833;REFB=0;REVB=0.109255;RO=6;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00140875;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:42:38:38:0:19:19:0:0:8:6:15:19:5:1 chr2 71163086 . T C 292.18 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00206861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5021;QD=21.6431;RBI=0.0411979;REFB=-0.0386483;REVB=0.041146;RO=20;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187083;STB=0.578892;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0344189;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:24:29:30:0.555556:8:21:10:10:8:22:14:10 chr2 71190405 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00592531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.224;QD=17.4276;RBI=0.0108031;REFB=-0.00925196;REVB=0.00903309;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298495;STB=0.668933;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0109246;OID=.;OPOS=71190405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:17:6:11:8:17:6 chr2 71211989 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0235122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.003;QD=20.0176;RBI=0.0238091;REFB=0.00151135;REVB=-0.00374834;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.510626;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00206384;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:6:11:12:6:6:11 chr2 71212432 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.761;QD=12.7375;RBI=0.00790463;REFB=0.0132115;REVB=0.00790463;RO=10;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.032481;OID=.;OPOS=71212432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:8:0:0:10:8:0:0:10 chr2 71273543 . C T 775.84 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0135491;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.303;QD=19.039;RBI=0.0243845;REFB=-0.0234097;REVB=0.0202738;RO=83;SAF=37;SAR=43;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433738;STB=0.502391;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0226636;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:83:83:80:80:0.490798:43:37:38:45:43:37:38:45 chr2 71297695 . T C 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0054612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.254;QD=19.1086;RBI=0.0358493;REFB=-0.02966;REVB=0.0354309;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154166;STB=0.585854;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.023288;OID=.;OPOS=71297695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:8:18:14:13:8:18 chr2 71305456 . C T 610.6 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.941;QD=61.0601;RBI=0.0351007;REFB=0;REVB=0.0113594;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04921e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:10:28:0:0:10:30:0:0 chr2 71351403 . C A 458.93 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00998132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.89;QD=18.3573;RBI=0.0115912;REFB=-0.00179573;REVB=0.00589317;RO=54;SAF=31;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862602;STB=0.548258;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00252399;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:15:31:32:22:15:31:32:22 chr2 71360282 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0334524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.796;QD=12.9749;RBI=0.0359844;REFB=-0.00927278;REVB=-0.0132595;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330707;STB=0.696084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0152516;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:10:8:9:3:10:8 chr2 71365805 . A G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0235562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.784;QD=16.2788;RBI=0.0318511;REFB=-0.00232986;REVB=0.0214383;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308914;STB=0.672613;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00368641;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:8:25:12:16:8:25 chr2 71366957 . C A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0200876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.125;QD=13.5039;RBI=0.0332729;REFB=-0.0081974;REVB=-0.0265249;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848265;STB=0.549915;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0221147;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:10:7:4:8:10:7 chr2 71415479 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.641;QD=54.5149;RBI=0.0527818;REFB=0;REVB=-0.0510612;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185772;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr2 71417065 . G T 1184.94 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157618;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.424;QD=60.7663;RBI=0.0162795;REFB=0;REVB=-0.00407265;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708958;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:27:49:0:0:28:50:0:0 chr2 71615571 . C T 791.59 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1097;QD=56.5422;RBI=0.0178359;REFB=0;REVB=-0.00821382;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124151;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:32:21:0:0:32:24:0:0 chr2 71633275 . T C 656.31 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00544169;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.828;QD=16.0077;RBI=0.0181375;REFB=-0.00557095;REVB=0.017302;RO=92;SAF=31;SAR=41;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595213;STB=0.533187;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00755181;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:92:72:72:0.439024:41:31:45:47:41:31:45:47 chr2 71633389 . C T 551.33 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00838892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.798;QD=19.5163;RBI=0.0120507;REFB=-0.00799263;REVB=-0.00865139;RO=54;SAF=21;SAR=36;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103771;STB=0.55866;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0130506;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:56:57:57:0.504425:36:21:26:28:36:21:27:29 chr2 71654175 . G A 593.14 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0239538;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.876;QD=14.0388;RBI=0.0298863;REFB=-0.0137843;REVB=-0.0178719;RO=101;SAF=40;SAR=28;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120854;STB=0.568002;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0199947;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:101:68:68:0.402367:28:40:48:53:28:40:48:53 chr2 72356449 . G T 725.96 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938921;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.048;QD=63.1266;RBI=0.0332289;REFB=0;REVB=0.0318748;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116149;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:37:46:1:23:14:0:0:28:18:0:0 chr2 72356627 . T G 790.63 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00687452;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.2647;QD=53.6022;RBI=0.0275553;REFB=-0.153301;REVB=0.026684;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000816556;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:0:2:28:29:0:2 chr2 72356745 . T TG 982.94 PASS AF=1;AO=41;DP=93;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310035;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0599;QD=45.7183;RBI=0.0390492;REFB=0;REVB=0.0237408;RO=50;SAF=4;SAR=37;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00101307;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:93:86:86:0:35:51:0:0:18:50:4:37:36:14 chr2 72356747 . A G 368.97 PASS AF=0.457447;AO=38;DP=89;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=45;FWDB=0.0397767;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=51.5413;QD=15.7008;RBI=0.0400291;REFB=-0.0278177;REVB=0.0044875;RO=51;SAF=29;SAR=9;SRF=6;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599363;STB=0.835925;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00956786;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:51:51:38:43:0.457447:9:29:6:45:9:34:6:45 chr2 72360160 . C T 239.83 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00664422;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.483;QD=14.1078;RBI=0.024642;REFB=-0.00950095;REVB=-0.0237294;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129439;STB=0.573478;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0159988;OID=.;OPOS=72360160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:15:25:14:14:15:25 chr2 72692272 . A AAG 700.77 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025397;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.882;QD=56.0612;RBI=0.0613581;REFB=0;REVB=0.0558553;RO=4;SAF=34;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000191999;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:50:50:0:35:15:0:0:4:4:34:14:2:2 chr2 73300560 . C G 108.27 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0444301;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.233;QD=21.6548;RBI=0.0469574;REFB=-0.0147992;REVB=-0.0151975;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00639829;OID=.;OPOS=73300560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr2 73339708 . G A 1719.84 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208211;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.821;QD=59.8206;RBI=0.0218457;REFB=-0.054511;REVB=0.00661187;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000104073;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:115:0:1:114:114:0.991304:52:62:0:0:52:62:0:1 chr2 73461483 . C A 469.31 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00242283;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4476;QD=20.1854;RBI=0.0327961;REFB=-0.0307444;REVB=0.0327065;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793336;STB=0.527091;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.025237;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:47:46:46:0.494624:24:22:25:19:24:22:25:22 chr2 73675227 . T TCTC 322.79 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00590817;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.515;QD=13.0422;RBI=0.00595998;REFB=-0.0168156;REVB=-0.000784176;RO=67;SAF=10;SAR=28;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12612;STB=0.60488;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.026812;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383838:38:110:38:99:61:10:28:25:36:99:67:10:28:24:43 chr2 73675844 . C T 94.91 PASS AF=0.351351;AO=11;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0291183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.828;QD=10.2606;RBI=0.02912;REFB=-0.0302085;REVB=-0.000319942;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190887;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0570607;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:37:24:24:11:13:0.351351:6:5:15:9:7:6:15:9 chr2 73716810 . G A 230.57 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0121844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8178;QD=12.1352;RBI=0.012274;REFB=-0.00935229;REVB=-0.00148019;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185979;STB=0.607066;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.016933;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:27:21:17:11:27:21 chr2 73717103 . G C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0005071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.404;QD=21.3524;RBI=0.0147263;REFB=-0.0336843;REVB=0.0147176;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.571317;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.026872;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:5:4:8:5:5:4 chr2 74135797 . T C 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0125776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.084;QD=19.3792;RBI=0.0126219;REFB=-0.00143397;REVB=-0.00105596;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00163645;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:12:9:11:9:12:9 chr2 74135898 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00614675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.756;QD=21.839;RBI=0.0105071;REFB=-0.0151142;REVB=-0.00852153;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931162;STB=0.552303;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0108905;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:17:8:10:14:17:8:10:14 chr2 74185876 . A T 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00421215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.448;QD=7.21189;RBI=0.0285074;REFB=-0.00453955;REVB=-0.0281945;RO=52;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250707;STB=0.5045;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0128636;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:19:19:0.263889:8:11:30:22:8:11:31:22 chr2 74300717 . T C 210.18 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00555292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.761;QD=15.569;RBI=0.00555324;REFB=-0.00622298;REVB=5.89604e-05;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326202;STB=0.518503;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0111587;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:14:16:12:12:14:16 chr2 74334462 . G A 628.64 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00362417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.489;QD=19.0498;RBI=0.0280105;REFB=-0.0241003;REVB=-0.027775;RO=68;SAF=39;SAR=25;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158069;STB=0.58749;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0170514;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:25:39:30:38:25:39:30:38 chr2 74362090 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4355;QD=42.1825;RBI=0.0319011;REFB=0;REVB=0.005251;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125124;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr2 74362459 . T C,TAGC 324.91 PASS AF=0.0487805,0.804878;AO=2,31;DP=41;FAO=2,33;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=1,14;FSAR=1,19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0286803,0.000925003;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=130.272,182.781;QD=31.6985;RBI=0.0718051,0.0390173;REFB=-0.0174203,-0.0118754;REVB=0.0658287,0.0390064;RO=7;SAF=1,12;SAR=1,19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224092,-0.114098;STB=0.623829,0.537713;STBP=0.784,0.314;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00940164,0.00371194;OID=.,.;OPOS=74362459,74362460;OREF=T,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,TAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:41:41:7:6:2,31:2,33:0.0487805,0.804878:1,19:1,12:5:2:1,19:1,14:4:2 chr2 74641624 . G C 793.37 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00500078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2451;QD=54.7152;RBI=0.00971791;REFB=-0.0311681;REVB=-0.00833247;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00309915;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:36:20:1:0:37:20:1:0 chr2 74682512 . C T 987.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.592;QD=58.9544;RBI=0.044879;REFB=0;REVB=0.0217224;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116295;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:37:30:0:0 chr2 74687548 . CCTCA CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA 767.27 PASS AF=0,0.763636,0,0.236364;AO=9,16,2,18;DP=56;FAO=0,42,0,13;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0,8;FSAR=0,19,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10767,0.138048,0.0977233,0.140475;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,3,1;MLLD=166.493,172.563,142.147,170.327;QD=55.8011;RBI=0.108354,0.138463,0.0982781,0.140783;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0121555,0.0107058,0.0104283,0.00930548;RO=1;SAF=7,6,2,6;SAR=2,10,0,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0593592,-0.0701691,0,-0.0704612;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0,-0.00571246,0.0629875,0.00482429;OID=.,.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687550,74687550;OREF=CT,T,TCA,T;OALT=-,-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.763636,0,0.236364:9,16,2,18:56:0,42,0,13:55:0:0,23,0,8:0,19,0,5:0:0:26:1:7,6,2,6:2,10,0,12:1:0 chr2 74690039 . G A 2838.14 PASS AF=0.900452;AO=199;DP=225;FAO=199;FDP=221;FR=.;FRO=22;FSAF=85;FSAR=114;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0276597;FXX=0.017777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=246.275;QD=51.369;RBI=0.0276627;REFB=-0.121368;REVB=-0.000408572;RO=7;SAF=83;SAR=116;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384832;STB=0.521147;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000554217;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:225:221:7:22:199:199:0.900452:116:83:7:0:114:85:14:8 chr2 74690378 . C T 594.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3843;QD=60.9899;RBI=0.0486727;REFB=0;REVB=0.00929429;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630886;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:16:23:0:0 chr2 74699778 . C A 672.6 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.59;QD=62.5678;RBI=0.0911547;REFB=0;REVB=-0.00765646;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173228;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:22:17:0:0:22:21:0:0 chr2 74710491 . C T 347.71 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.697;QD=53.4939;RBI=0.0259398;REFB=0;REVB=0.0135173;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012524;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:10:12:0:0:10:16:0:0 chr2 74725144 . T C 880.78 PASS AF=0.929577;AO=57;DP=64;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0224013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1469;QD=49.6213;RBI=0.123165;REFB=-0.0816899;REVB=0.121111;RO=5;SAF=36;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027669;STB=0.514384;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0285466;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:64:71:5:5:57:66:0.929577:21:36:4:1:26:40:4:1 chr2 74725178 . G A 1142.79 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0743391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3985;QD=53.7786;RBI=0.0817498;REFB=-0.220529;REVB=0.0340108;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505956;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0166521;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:85:85:0:6:79:79:0.929412:33:46:0:0:33:46:3:3 chr2 74746322 . A T 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.956;QD=58.226;RBI=0.0400739;REFB=-0.0813308;REVB=-0.0344159;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185371;STB=0.509801;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00261248;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:46:25:1:0:46:25:1:0 chr2 74756176 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.656;QD=51.1846;RBI=0.0322255;REFB=0;REVB=0.0309659;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95024e-05;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr2 74758666 . G A 386.75 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00692139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.812;QD=15.7856;RBI=0.0103606;REFB=-0.00655122;REVB=-0.00770951;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809426;STB=0.54557;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0199291;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:35:22:19:22:35:22 chr2 74761539 . T A 334.25 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00282271;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.777;QD=16.5061;RBI=0.0859522;REFB=-0.00948165;REVB=0.0859058;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384422;STB=0.521608;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0150493;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:23:22:19:17:23:22 chr2 74763258 . C G 217.9 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0485127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5573;QD=13.6188;RBI=0.0599628;REFB=0.000842685;REVB=-0.0352428;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187022;STB=0.517313;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00293346;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:15:11:15:22:15:11:15:23 chr2 75099477 . A T 313.52 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00359076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.091;QD=11.6119;RBI=0.00359376;REFB=-0.0171737;REVB=-0.000146873;RO=69;SAF=17;SAR=22;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798484;STB=0.545778;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0325683;OID=.;OPOS=75099477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:22:17:35:34:22:17:35:34 chr2 75101454 . T C 1419.6 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.567;QD=61.7219;RBI=0.0580378;REFB=-0.0910495;REVB=0.056387;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000103947;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:45:46:0:0:45:46:0:1 chr2 75113657 . C T 211.11 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0174313;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.918;QD=25.589;RBI=0.0797467;REFB=-0.0112181;REVB=-0.0778183;RO=13;SAF=18;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474477;STB=0.52629;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00632266;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:2:18:12:1:2:18:12:1 chr2 75113789 . C G 257.82 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0596639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3795;QD=21.9424;RBI=0.0638018;REFB=-0.0262948;REVB=0.0226026;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107581;STB=0.548982;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0511743;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:11:14:9:12:12:14:9:12 chr2 75115108 . A G 367.26 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00915267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.271;QD=16.5061;RBI=0.0176635;REFB=-0.011318;REVB=-0.0151072;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937309;STB=0.552818;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0191702;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:26:13:21:29:26:13:21:29 chr2 75116527 . G A 657.04 PASS AF=0.496241;AO=65;DP=132;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0535404;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2577;QD=19.7606;RBI=0.0621034;REFB=0.00278465;REVB=0.0314683;RO=67;SAF=32;SAR=33;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151071;STB=0.571407;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00161222;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:67:67:65:66:0.496241:33:32:44:23:33:33:43:24 chr2 75118737 . C T 731.85 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103105;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9012;QD=63.6394;RBI=0.0187618;REFB=0;REVB=-0.0156748;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616186;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 75124037 . C T 1028.5 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000993341;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.955;QD=59.6234;RBI=0.0482135;REFB=0;REVB=-0.0482033;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62982e-05;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr2 75185856 . G T 574.78 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00400391;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.04;QD=25.8326;RBI=0.00443006;REFB=-0.0239166;REVB=0.00189582;RO=37;SAF=27;SAR=25;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183017;STB=0.599615;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0153762;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:37:37:52:52:0.58427:25:27:28:9:25:27:28:9 chr2 75196731 . A G 213.79 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0159278;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.766;QD=12.3935;RBI=0.0169719;REFB=-0.00427582;REVB=-0.00586118;RO=42;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296546;STB=0.675196;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00929357;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:42:43:26:26:0.376812:10:16:14:28:10:16:14:29 chr2 75276429 . C G 266.92 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0114911;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.392;QD=13.346;RBI=0.0123853;REFB=-0.0181669;REVB=-0.00462048;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15918;STB=0.590633;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0269976;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:15:16:18:31:15:16:18:31 chr2 79254261 . T C 2046.73 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3634;QD=62.4955;RBI=0.0250048;REFB=0;REVB=-0.0123515;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21826e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:60:70:0:0:60:71:0:0 chr2 79255325 . G C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.132;QD=60.2276;RBI=0.0430933;REFB=0;REVB=0.0335475;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143284;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr2 79312414 . G A 278.94 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00121247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.923;QD=23.7399;RBI=0.016619;REFB=-0.00914731;REVB=-0.0165747;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242181;STB=0.502511;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00843499;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:10:15:12:9:11:15:12:9 chr2 79350347 . A G 563.72 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2114;QD=57.8178;RBI=0.035296;REFB=-0.0276983;REVB=-0.0302411;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000397155;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:1:0:21:17:1:0 chr2 79864080 . G C 169.38 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0183955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9138;QD=16.5252;RBI=0.0192075;REFB=-0.0296746;REVB=0.00552579;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.567493;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0449907;OID=.;OPOS=79864080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:13:10:10:8:13:10 chr2 79914689 . G A 284.99 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00533362;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.982;QD=14.9995;RBI=0.0118129;REFB=0.00616526;REVB=-0.0105402;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669575;STB=0.53123;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0110799;OID=.;OPOS=79914689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:44:32:32:0.421053:15:17:20:23:15:17:21:23 chr2 80101321 . T G 1661.7 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444227;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0291;QD=60.4254;RBI=0.0450245;REFB=0;REVB=0.00733655;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214444;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:40:69:0:0:40:70:0:0 chr2 80529738 . C A 193.08 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00478639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.433;QD=23.4038;RBI=0.0194941;REFB=-0.0113536;REVB=0.0188974;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089129;STB=0.549788;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00502489;OID=.;OPOS=80529738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:9:5:9:10:9:5 chr2 80529956 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0151615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.994;QD=20.8114;RBI=0.0153633;REFB=-0.0258192;REVB=-0.00248201;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0280643;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:15:8:11:12:15:8 chr2 80801346 . T C 795.76 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00744896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6148;QD=51.3394;RBI=0.0258195;REFB=-0.0986923;REVB=-0.0247216;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217703;STB=0.509307;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00711949;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:62:2:3:58:59:0.951613:31:27:1:1:31:28:2:1 chr2 80875725 . TCTTTTTA CTTTTTTA,TCTTTTTT,TCTTTTTTA,TTTTTTTA 440.76 PASS AF=0,0,0.981132,0.0188679;AO=8,2,28,2;DP=54;FAO=0,0,52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,24,0;FSAR=0,0,28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472133,0.0531754,0.0842896,-0.0110129;FXX=0;HRUN=9,2,5,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=8.11125,12.9402,11.3881,181.753;QD=33.2646;RBI=0.0529165,0.0647999,0.138101,0.0116439;REFB=-0.0400246,0.0261759,-0.000896419,0.022379;REVB=-0.023897,-0.0370323,-0.109394,-0.0037809;RO=5;SAF=2,0,15,1;SAR=6,2,13,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.376043,-0.705406,-0.0749276,-0.306614;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins,snp;VARB=0,0,-0.00302431,-0.00972557;OID=.,.,.,.;OPOS=80875725,80875732,80875727,80875726;OREF=TC,A,-,C;OALT=CT,T,T,T;OMAPALT=CTTTTTTA,TCTTTTTT,TCTTTTTTA,TTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:4:54:53:5:0:8,2,28,2:0,0,52,1:0,0,0.981132,0.0188679:6,2,13,1:2,0,15,1:4:1:0,0,28,1:0,0,24,0:0:0 chr2 83042810 . GGAAC G 285.1 PASS AF=0.462366;AO=39;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00155828;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=307.49;QD=12.2622;RBI=0.00156323;REFB=-0.00191199;REVB=0.000124341;RO=41;SAF=9;SAR=30;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275223;STB=0.645261;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.00224482;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462366:39:94:43:93:50:13:30:28:22:99:41:9:30:20:21 chr2 84756049 . G A 1847.51 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00985587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.696;QD=59.597;RBI=0.0137915;REFB=-0.17623;REVB=0.00964709;RO=2;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172672;STB=0.509089;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00374398;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:54:68:0:2:54:68:0:2 chr2 84771480 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.475;QD=61.5357;RBI=0.0306286;REFB=0;REVB=0.00120024;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127462;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr2 84771567 . C T 755.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000877702;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.909;QD=57.0439;RBI=0.00747695;REFB=0;REVB=0.00742525;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36947e-06;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 84800605 . C A 755.75 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298122;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.311;QD=57.0377;RBI=0.0324503;REFB=0;REVB=0.0128162;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78386e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr2 84897516 . T TG 430.12 PASS AF=1;AO=5;DP=38;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045521;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.718;QD=50.6018;RBI=0.118367;REFB=0;REVB=0.109264;RO=33;SAF=4;SAR=1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000771791;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:38:34:34:0:19:15:0:0:4:33:4:1:19:14 chr2 84897517 . A G 356.57 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0111261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.991;QD=41.949;RBI=0.0455808;REFB=-0.0898034;REVB=0.0442021;RO=5;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749276;STB=0.541723;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00264846;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:34:34:5:5:28:29:0.852941:13:15:4:1:14:15:4:1 chr2 85280873 . A C 424.36 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0480605;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.7481;QD=18.8605;RBI=0.0625851;REFB=0.00915506;REVB=0.0400885;RO=45;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754761;STB=0.528133;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0109446;OID=.;OPOS=85280873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:43:44:0.488889:29:14:18:27:29:15:18:28 chr2 85282879 . A G 421.33 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0352849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.414;QD=23.407;RBI=0.0407881;REFB=-0.00595821;REVB=0.0204608;RO=31;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228266;STB=0.625191;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00286079;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:24:17:22:9:24:17:22:9 chr2 85283329 . CTT C,CCT 231.62 PASS AF=0.468085,0.0212766;AO=21,2;DP=47;FAO=22,1;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10,1;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0168083,0.0352615;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=255.85,39.1294;QD=19.712;RBI=0.0189709,0.0359484;REFB=-0.00465053,-0.00149663;REVB=0.00879643,0.00699405;RO=24;SAF=9,2;SAR=12,0;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145018,0.453997;STB=0.566869,0.988251;STBP=0.427,0.467;TYPE=del,snp;VARB=0.00572495,0.0933234;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085,0.0212766:21,2:47:22,1:47:24:10,1:12,0:14:10:99:24:9,2:12,0:14:10 chr2 85283395 . C T 178.95 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0226413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4128;QD=21.0523;RBI=0.0276971;REFB=-0.00189313;REVB=-0.0159531;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.672214;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0118321;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:10:6:13:5:10:6 chr2 85546615 . C T 669.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.92;QD=62.2458;RBI=0.0117849;REFB=0;REVB=0.0039585;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59559e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:19:24:0:0 chr2 85549527 . T C 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.648;QD=59.004;RBI=0.0480948;REFB=0;REVB=0.0464275;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273382;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 85549547 . C T 673.88 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283505;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.11;QD=62.6861;RBI=0.033499;REFB=0;REVB=0.0178446;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31295e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 85553784 . C T 861.68 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3787;QD=56.5033;RBI=0.233561;REFB=0;REVB=0.225573;RO=1;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471587;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:61:1:0:55:61:1:15:40:0:1:21:40:0:0 chr2 85554080 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.144;QD=43.4861;RBI=0.0158148;REFB=0;REVB=0.0064845;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130382;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr2 85570849 . C T 106.8 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00857302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.211;QD=6.78108;RBI=0.00982759;REFB=-0.0260331;REVB=-0.00480467;RO=47;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239905;STB=0.646878;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0499136;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:10:6:27:20:10:6:27:20 chr2 85570857 . G A 108.72 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.000503077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.68;QD=7.12923;RBI=0.0874249;REFB=-0.0042577;REVB=0.0874234;RO=45;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267189;STB=0.662453;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0181746;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:10:6:27:18:10:6:27:18 chr2 85571256 . CAG TGC 155.53 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0138878;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.645;QD=14.4677;RBI=0.034555;REFB=-0.00847969;REVB=-0.0316414;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152274;STB=0.599339;STBP=0.284;TYPE=mnp;VARB=0.0111225;OID=.;OPOS=85571256;OREF=CAG;OALT=TGC;OMAPALT=TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:11:14:7:10:11:15 chr2 85573033 . G A 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1683;QD=58.417;RBI=0.0234315;REFB=0;REVB=0.0220921;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277708;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 85573049 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.197;QD=58.4191;RBI=0.0192694;REFB=0;REVB=0.0109774;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00535e-05;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr2 85771763 . G A 31.56 PASS AF=0.108108;AO=6;DP=72;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0165311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.204;QD=1.70592;RBI=0.0193264;REFB=0.000299735;REVB=0.0100116;RO=66;SAF=3;SAR=3;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083332;STB=0.567402;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00212557;OID=.;OPOS=85771763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:72:74:66:66:6:8:0.108108:3:3:28:38:4:4:28:38 chr2 85781318 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.286;QD=53.911;RBI=0.0227259;REFB=0;REVB=0.00438469;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45367e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 85893741 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.051568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.313;QD=17.0638;RBI=0.054567;REFB=-0.0258866;REVB=0.0178409;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565116;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0269545;OID=.;OPOS=85893741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:12:19:17:11:12:19 chr2 85894308 . G T 181.12 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0467412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.53;QD=14.4897;RBI=0.0472511;REFB=-0.010263;REVB=-0.00692316;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193357;STB=0.61259;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0187458;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:19:20:0.4:12:7:16:13:13:7:16:14 chr2 85895338 . T G 1221.01 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.314;QD=61.0507;RBI=0.0282908;REFB=0;REVB=0.0256372;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48892e-05;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:42:38:0:0 chr2 85924729 . C T 1764.69 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0274597;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.927;QD=58.3367;RBI=0.0280108;REFB=0.01482;REVB=0.00552896;RO=3;SAF=50;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506154;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-3.17866e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:121:3:3:118:118:0.975207:68:50:2:1:68:50:2:1 chr2 85925529 . A G 778.72 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=0.0671418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.267;QD=35.8033;RBI=0.0700848;REFB=-0.0334187;REVB=-0.0200964;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.606813;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00329915;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:0:24:63:63:0.724138:25:38:0:0:25:38:23:1 chr2 85925756 . C G 722.21 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00265396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0905;QD=54.506;RBI=0.0138974;REFB=-0.0910282;REVB=-0.0136416;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129067;STB=0.506847;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00137333;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:16:36:1:0:16:36:1:0 chr2 85925848 . C G 1223.9 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=61.1952;RBI=0.046252;REFB=0;REVB=0.0326749;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130504;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:29:49:0:0:29:51:0:0 chr2 86259443 . C T 142.7 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.000369981;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.228;QD=14.2695;RBI=0.00868459;REFB=-0.0189264;REVB=-0.00867671;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33866;STB=0.72553;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0168636;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:23:15:15:0.375:2:13:12:7:2:13:14:9 chr2 86272758 . G A 189.07 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0107496;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=19.9023;RBI=0.0359125;REFB=-0.00271581;REVB=-0.034266;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00117168;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr2 86315741 . C T 355.84 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000865861;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.686;QD=21.5659;RBI=0.0161583;REFB=-0.0103754;REVB=-0.0161351;RO=30;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253246;STB=0.640379;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00429377;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:25:11:18:12:25:11:18:12 chr2 86317037 . G C 224.91 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0202414;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.851;QD=10.71;RBI=0.0203976;REFB=-0.000917456;REVB=0.00251959;RO=54;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224448;STB=0.618359;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00181415;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:56:28:28:0.333333:17:11:32:22:17:11:32:24 chr2 86344237 . A G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00497396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.669;QD=15.4184;RBI=0.0109993;REFB=-0.00595629;REVB=-0.00981043;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158894;STB=0.589414;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00505125;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:25:12:14:15:25:12 chr2 86363074 . A G 510.97 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.035489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.394;QD=21.2903;RBI=0.0420528;REFB=-0.0310513;REVB=-0.0225603;RO=45;SAF=28;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129429;STB=0.581569;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0240989;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:47:49:49:0.510417:21:28:19:26:21:28:19:28 chr2 86364653 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0234778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.153;QD=17.1565;RBI=0.0289333;REFB=-0.0154069;REVB=-0.0169095;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196355;STB=0.622504;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0144615;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:8:9:6:13:8:9:6:14 chr2 86400824 . G A 312.97 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00156539;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.294;QD=11.485;RBI=0.00156581;REFB=-0.00775308;REVB=3.62578e-05;RO=70;SAF=21;SAR=18;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698057;STB=0.53998;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0167028;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:70:70:39:39:0.357798:18:21:42:28:18:21:42:28 chr2 86406556 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0178092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.065;QD=15.2625;RBI=0.0252809;REFB=-0.00407389;REVB=0.0179432;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208073;STB=0.619395;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00368945;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:12:4:6:7:12:4 chr2 86440718 . T C 198.12 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0365643;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.415;QD=11.4855;RBI=0.0368003;REFB=-0.000573578;REVB=0.0041612;RO=44;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348365;STB=0.701963;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00229242;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:7:18:18:26:7:18:18:26 chr2 86441334 . C CTGTT 124.24 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0127789;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.996;QD=9.03552;RBI=0.0128411;REFB=-0.00723207;REVB=-0.00126238;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724738;STB=0.574382;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.0168742;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:16:59:17:55:38:8:9:22:16:99:41:8:8:23:18 chr2 86481835 . C T 210.63 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=9.45943e-05;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.377;QD=13.812;RBI=0.00967015;REFB=0.00334117;REVB=-0.00966968;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231116;STB=0.631342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00508311;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:12:24:11:14:12:24 chr2 86683642 . A G 432.54 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9546;QD=52.4296;RBI=0.179094;REFB=0;REVB=0.0363671;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00989439;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:0:0:30:33:1:19:11:0:0:19:14:0:0 chr2 86691250 . G A 2355.7 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00528919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.681;QD=60.0178;RBI=0.0306719;REFB=-3.87966e-05;REVB=0.0302125;RO=1;SAF=88;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704753;STB=0.503649;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000111441;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:67:88:0:1:68:88:0:1 chr2 86707313 . G A 331.49 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00634122;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=23.6779;RBI=0.00788852;REFB=-0.00265759;REVB=-0.0046923;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129633;STB=0.563069;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00205883;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:23:33:33:0.589286:15:18:9:15:15:18:9:14 chr2 86979093 . G A 1825.73 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0723;QD=60.3547;RBI=0.070444;REFB=-0.0341613;REVB=0.0703606;RO=1;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601295;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:121:1:0:118:121:1:59:59:0:1:60:61:0:0 chr2 87015633 . T TGA 586.2 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0102958;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.804;QD=49.8894;RBI=0.0108919;REFB=-0.0802641;REVB=0.00355372;RO=6;SAF=16;SAR=25;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272899;STB=0.514619;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.0117044;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87234:41:47:41:47:6:16:25:3:3:33:6:16:25:3:3 chr2 87042825 . T C 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.002382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7241;QD=9.26146;RBI=0.0433576;REFB=-0.0211089;REVB=-0.0432921;RO=38;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161519;STB=0.597037;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0345381;OID=.;OPOS=87042825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:5:12:22:16:5:12:22:16 chr2 87069379 . G A 391.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4767;QD=55.8696;RBI=0.0496462;REFB=0;REVB=0.0278343;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121209;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr2 87069431 . C T 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2119;QD=43.4792;RBI=0.0752453;REFB=0;REVB=0.0422356;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400197;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr2 87073852 . C T 490.0 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0102344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.695;QD=17.1931;RBI=0.0221069;REFB=-0.0255953;REVB=0.0195952;RO=61;SAF=20;SAR=32;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420845;STB=0.516655;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0227793;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:52:53:0.464912:32:20:26:35:32:21:26:35 chr2 87276811 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0120785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.58;QD=6.52646;RBI=0.0195587;REFB=-0.0100129;REVB=-0.0153835;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146512;STB=0.594953;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0269662;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:8:12:5:2:8:12 chr2 88315934 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0112295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.977;QD=21.7464;RBI=0.0116228;REFB=-0.0245582;REVB=0.002998;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158483;STB=0.588161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.022273;OID=.;OPOS=88315934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:4:16:14:8:4:16 chr2 88315954 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.967;QD=62.6711;RBI=0.0128918;REFB=0;REVB=-0.00550966;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91371e-06;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr2 88315993 . A G 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0194458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.623;QD=15.6516;RBI=0.0215772;REFB=0.0293582;REVB=0.0093507;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198346;STB=0.615953;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0440138;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:7:14:13:3:7:14 chr2 88387403 . C A 526.8 PASS AF=0.972973;AO=29;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.435;QD=56.9516;RBI=0.060355;REFB=-0.00995652;REVB=0.0464393;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000615659;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:29:36:0.972973:5:24:0:0:12:24:1:0 chr2 88396210 . G A 367.24 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0206665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.67;QD=19.0774;RBI=0.0320583;REFB=-0.034131;REVB=-0.0245077;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236637;STB=0.51947;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0346464;OID=.;OPOS=88396210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:19:19:18:20:19:19:18:21 chr2 88407959 . T C 405.56 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0180038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9188;QD=17.2578;RBI=0.0321113;REFB=-0.00941145;REVB=-0.0265894;RO=47;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260088;STB=0.671905;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0105555;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:52:42:42:0.446809:13:29:20:27:13:29:20:32 chr2 88411605 . A T 1867.88 PASS AF=0.992;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7867;QD=59.772;RBI=0.0848189;REFB=-0.0596265;REVB=0.0840288;RO=2;SAF=68;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162404;STB=0.504504;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00430418;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:2:1:123:124:0.992:55:68:1:1:55:69:0:1 chr2 88472791 . G A 1249.76 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.273;QD=59.5124;RBI=0.0184953;REFB=0.0134305;REVB=-0.000773793;RO=1;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166109;STB=0.508473;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-7.27697e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:28:54:0:1:29:54:0:1 chr2 88874891 . C A 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210334;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.518;QD=57.1425;RBI=0.0350315;REFB=0;REVB=0.0280143;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03526e-05;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr2 88879131 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.066;QD=57.7112;RBI=0.0177773;REFB=0;REVB=-0.00377814;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91038e-05;OID=.;OPOS=88879131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr2 88895123 . T C 1556.99 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.771;QD=59.3141;RBI=0.0445454;REFB=0;REVB=0.0384125;RO=1;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09947e-05;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:104:105:1:48:56:1:0:48:57:0:0 chr2 88895351 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.664;QD=58.239;RBI=0.0367885;REFB=0;REVB=0.021049;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65022e-05;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr2 89292154 . G T 331.64 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0296823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6375;QD=21.396;RBI=0.0296937;REFB=-0.00125213;REVB=0.000821636;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108506;STB=0.569679;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000601316;OID=.;OPOS=89292154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:22:12:13:14:22:12:14:14 chr2 89339720 . GA AA,AG 91.08 PASS AF=0.27907,0;AO=12,2;DP=43;FAO=12,0;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7,0;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0871604,0.0831987;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=52.2899,36.6419;QD=8.47295;RBI=0.149069,0.124916;REFB=0.0444054,0.0428134;REVB=0.120933,0.0931765;RO=29;SAF=7,0;SAR=5,2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347956,-0.380995;STB=0.722925,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.101955,0;OID=.,.;OPOS=89339720,89339720;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:29:31:12,2:12,0:0.27907,0:5,2:7,0:8:21:5,0:7,0:8:23 chr2 90121675 . T C 59.12 PASS AF=0.225;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0467374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.937;QD=5.91156;RBI=0.0754623;REFB=-0.0189812;REVB=0.0592467;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485391;STB=0.720688;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0626538;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:40:31:31:8:9:0.225:1:7:16:15:2:7:16:15 chr2 90139116 . G A 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00373689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.983;QD=17.5365;RBI=0.0535793;REFB=-0.0255572;REVB=-0.0534488;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901754;STB=0.55697;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0276293;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:16:18:16:21:16:18:16:22 chr2 90154131 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00961936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.826;QD=15.2589;RBI=0.0366065;REFB=-3.77551e-05;REVB=0.03532;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000838873;OID=.;OPOS=90154131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr2 90211806 . T C 1029.77 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3755;QD=58.0152;RBI=0.0542375;REFB=-0.0389647;REVB=0.03809;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00161133;OID=.;OPOS=90211806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr2 90229260 . T C 226.03 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00320006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.764;QD=20.5479;RBI=0.00881708;REFB=-0.0133039;REVB=-0.00821587;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189052;STB=0.597253;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00998704;OID=.;OPOS=90229260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:7:15:10:11:7:15:11:11 chr2 90259848 . T G 352.61 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0101757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.336;QD=21.0514;RBI=0.0177931;REFB=-0.0199043;REVB=0.0145963;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717712;STB=0.539661;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.013942;OID=.;OPOS=90259848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:19:17:12:19:19:17:12:19 chr2 90259965 . T C 172.47 PASS AF=0.396226;AO=18;DP=50;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0451403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9068;QD=13.0164;RBI=0.0681539;REFB=-0.0470721;REVB=0.0510618;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949207;STB=0.533182;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0599546;OID=.;OPOS=90259965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:32:32:18:21:0.396226:10:8:17:15:11:10:17:15 chr2 90260191 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0196743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.514;QD=21.7158;RBI=0.02127;REFB=-0.0140704;REVB=0.00808302;RO=39;SAF=16;SAR=28;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195423;STB=0.607968;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.014633;OID=.;OPOS=90260191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:28:16:23:16:28:16:23:16 chr2 92129749 . T C 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00510911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6473;QD=9.41573;RBI=0.0504963;REFB=-0.0165039;REVB=-0.0502372;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346196;STB=0.704326;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0311072;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:6:12:14:25:6:12:14:25 chr2 95537568 . C G 57.28 PASS AF=0.181818;AO=7;DP=52;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00893415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.314;QD=4.16577;RBI=0.0225529;REFB=-0.0162376;REVB=0.0207079;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441332;STB=0.856327;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0748732;OID=.;OPOS=95537568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:55:43:45:7:10:0.181818:6:1:21:22:9:1:21:24 chr2 95537570 . C G 62.81 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0277948;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.907;QD=4.56786;RBI=0.0278124;REFB=-0.0266844;REVB=0.0009877;RO=44;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543323;STB=0.86529;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0508915;OID=.;OPOS=95537570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:9:1:22:22:9:1:22:23 chr2 95537593 . CA GG 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0137065;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.916;QD=4.36797;RBI=0.0158618;REFB=-0.00717583;REVB=-0.00798306;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269658;STB=0.685825;STBP=0.27;TYPE=mnp;VARB=0.0474698;OID=.;OPOS=95537593;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:7:2:18:25:7:2:18:25 chr2 95537605 . G A 74.18 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0302851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6759;QD=5.59855;RBI=0.0611015;REFB=-0.00963335;REVB=0.0530679;RO=41;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275472;STB=0.671207;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0219941;OID=.;OPOS=95537605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:8:3:20:21:8:3:20:22 chr2 95537633 . G A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00732684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.99;QD=3.84158;RBI=0.0264775;REFB=-0.00875221;REVB=-0.0254436;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206185;STB=0.640553;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0474665;OID=.;OPOS=95537633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:7:3:23:27:7:3:23:27 chr2 95537649 . A G 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0376755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.179;QD=3.33226;RBI=0.0727038;REFB=-0.00870552;REVB=-0.0621803;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276186;STB=0.713776;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0503468;OID=.;OPOS=95537649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:47:51:9:9:0.15:7:2:20:27:7:2:23:28 chr2 95542363 . C G 95.32 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0207784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.322;QD=5.69088;RBI=0.0229137;REFB=-0.0123748;REVB=-0.00965886;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1253;STB=0.584869;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0395517;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:67:67:51:52:15:15:0.223881:8:7:29:22:8:7:30:22 chr2 95542376 . GC TT 126.25 PASS AF=0.24359;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0159233;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.258;QD=6.47434;RBI=0.029271;REFB=-0.0106819;REVB=-0.0245609;RO=59;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792719;STB=0.526288;STBP=0.834;TYPE=mnp;VARB=0.0301535;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:59:59:18:19:0.24359:10:8:30:29:10:9:30:29 chr2 95542416 . A G 140.29 PASS AF=0.233333;AO=19;DP=88;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00663433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.665;QD=6.2352;RBI=0.0130448;REFB=-0.00287504;REVB=-0.0112318;RO=68;SAF=11;SAR=8;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809319;STB=0.549473;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.010204;OID=.;OPOS=95542416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:68:69:19:21:0.233333:8:11:35:33:9:12:35:34 chr2 95542419 . G A 149.92 PASS AF=0.23913;AO=21;DP=91;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0441595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8259;QD=6.51827;RBI=0.0475697;REFB=-0.00394658;REVB=-0.0176867;RO=69;SAF=12;SAR=9;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115826;STB=0.580284;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0104914;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:69:70:21:22:0.23913:9:12:33:36:9:13:34:36 chr2 95542476 . C T 112.39 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0301072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.958;QD=5.28883;RBI=0.0327564;REFB=-0.00565886;REVB=-0.0129049;RO=67;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974531;STB=0.56129;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0252272;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:67:18:18:0.211765:8:10:32:35:8:10:32:35 chr2 95753227 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 521.09 PASS AF=0,1;AO=25,29;DP=108;FAO=0,106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542086,0.0323775;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=7.75112,7.41869;QD=19.6638;RBI=0.227312,0.297312;REFB=0.0291473,-0.00811959;REVB=-0.220754,0.295543;RO=26;SAF=7,28;SAR=18,1;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0306127,0.762982;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.159656,0.0148248;OID=.,.;OPOS=95753232,95753228;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:25,29:108:0,106:106:0:0,52:0,54:0:0:8:26:7,28:18,1:8:18 chr2 95847040 . TGCG T 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262806;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.735;QD=54.5653;RBI=0.018274;REFB=0;REVB=0.018084;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.58263e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:24:24:0:11:13:0:0:4:0:11:13:0:0 chr2 95848354 . G A 753.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1568;QD=56.8479;RBI=0.0341955;REFB=0;REVB=-0.0331089;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445545;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 95947085 . A G 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.82;QD=61.5686;RBI=0.0235537;REFB=0;REVB=0.0226014;RO=0;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29037e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:69:53:0:0:69:53:0:0 chr2 96195632 . T C 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.481;QD=61.0448;RBI=0.0237715;REFB=0;REVB=0.0217056;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07561e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr2 96517452 . T C 115.62 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=132;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.00633564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.272;QD=3.50373;RBI=0.00971226;REFB=0.00414202;REVB=-0.00736122;RO=108;SAF=5;SAR=17;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312327;STB=0.701638;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0231647;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:108:110:22:22:0.166667:17:5:49:59:17:5:49:61 chr2 96517471 . A G 148.15 PASS AF=0.185714;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0223305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.112;QD=4.23281;RBI=0.0259479;REFB=0.00591218;REVB=-0.0132152;RO=113;SAF=9;SAR=17;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17227;STB=0.607059;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0038926;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:113:114:26:26:0.185714:17:9:54:59:17:9:54:60 chr2 96517474 . G A 154.92 PASS AF=0.1875;AO=26;DP=144;FAO=27;FDP=144;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.021823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.043;QD=4.30344;RBI=0.0221968;REFB=-0.0022068;REVB=0.0040567;RO=117;SAF=9;SAR=17;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173275;STB=0.621917;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.020405;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:117:117:26:27:0.1875:17:9:56:61:18:9:56:61 chr2 96517484 . T G 193.03 PASS AF=0.209459;AO=31;DP=147;FAO=31;FDP=148;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0491425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3927;QD=5.21712;RBI=0.0888334;REFB=-0.00971293;REVB=0.0740027;RO=116;SAF=11;SAR=20;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144952;STB=0.593998;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0435543;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:116:117:31:31:0.209459:20:11:54:62:20:11:55:62 chr2 96517502 . A C 237.24 PASS AF=0.241379;AO=31;DP=145;FAO=35;FDP=145;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.00821663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.643;QD=6.54462;RBI=0.0191709;REFB=-0.00119002;REVB=0.0173209;RO=110;SAF=10;SAR=21;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197382;STB=0.626272;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0132544;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:110:110:31:35:0.241379:21:10:52:58:24:11:52:58 chr2 96517518 . A G 352.27 PASS AF=0.304054;AO=43;DP=145;FAO=45;FDP=148;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0449964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1077;QD=9.52082;RBI=0.0452157;REFB=-0.00767028;REVB=-0.00444734;RO=100;SAF=16;SAR=27;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143961;STB=0.567093;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0125342;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:100:103:43:45:0.304054:27:16:49:51:27:18:51:52 chr2 96517885 . G A 115.63 PASS AF=0.181034;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=116;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0218825;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.248;QD=3.98715;RBI=0.0281128;REFB=-0.00571606;REVB=-0.017649;RO=92;SAF=13;SAR=8;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152368;STB=0.585894;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.033834;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:92:95:21:21:0.181034:8:13:46:46:8:13:49:46 chr2 96521455 . A G 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0201673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.544;QD=2.35807;RBI=0.020682;REFB=-0.00613232;REVB=0.00458545;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617887;STB=0.538351;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0431585;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:60:52:53:7:7:0.116667:4:3:25:27:4:3:25:28 chr2 96521481 . C T 55.74 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0138304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.577;QD=2.93344;RBI=0.0260917;REFB=-0.0123165;REVB=-0.0221245;RO=65;SAF=7;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232282;STB=0.660091;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0306713;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:4:7:29:36:4:7:29:36 chr2 96521483 . TG CA 43.86 PASS AF=0.136986;AO=8;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00466335;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.132;QD=2.40343;RBI=0.00704951;REFB=-0.00432694;REVB=0.00528666;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657611;STB=0.632173;STBP=0.412;TYPE=mnp;VARB=0.0309711;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:73:73:63:63:8:10:0.136986:4:4:28:35:4:6:28:35 chr2 96521486 . G A 52.63 PASS AF=0.139241;AO=12;DP=80;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00373974;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.665;QD=2.66475;RBI=0.0125757;REFB=-0.00405881;REVB=-0.0120067;RO=66;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261821;STB=0.641944;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0181981;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:80:79:66:68:12:11:0.139241:4:8:30:36:4:7:32:36 chr2 96521512 . A C 367.0 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0286221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5518;QD=10.1944;RBI=0.0546444;REFB=0.011922;REVB=0.0465488;RO=98;SAF=27;SAR=19;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910651;STB=0.55285;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.027471;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:98:98:46:46:0.319444:19:27:50:48:19:27:50:48 chr2 96521548 . G A 349.39 PASS AF=0.28;AO=49;DP=175;FAO=49;FDP=175;FR=.;FRO=126;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.000554396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.387;QD=7.98595;RBI=0.00152165;REFB=-0.00167383;REVB=-0.00141707;RO=125;SAF=26;SAR=23;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110193;STB=0.567421;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00665523;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:125:126:49:49:0.28:23:26:55:70:23:26:55:71 chr2 96521556 . T C 322.29 PASS AF=0.258242;AO=46;DP=181;FAO=47;FDP=182;FR=.;FRO=135;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.00171382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.76;QD=7.08325;RBI=0.00935421;REFB=-0.00849683;REVB=-0.00919587;RO=134;SAF=24;SAR=22;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101228;STB=0.548999;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0231447;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:134:135:46:47:0.258242:22:24:59:75:23:24:60:75 chr2 96521563 . G A 105.54 PASS AF=0.131868;AO=24;DP=182;FAO=24;FDP=182;FR=.;FRO=158;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.000637637;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.313;QD=2.31963;RBI=0.014764;REFB=-0.00114552;REVB=-0.0147502;RO=155;SAF=12;SAR=12;SRF=69;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693359;STB=0.5549;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0306508;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:155:158:24:24:0.131868:12:12:69:86:12:12:69:89 chr2 96521607 . GGT CAC 203.61 PASS AF=0.183673;AO=36;DP=198;FAO=36;FDP=196;FR=.;FRO=160;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=0.00204197;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=3;MLLD=221.639;QD=4.15537;RBI=0.013317;REFB=0.00195934;REVB=0.0131595;RO=157;SAF=18;SAR=18;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204594;STB=0.510198;STBP=0.883;TYPE=mnp;VARB=-0.00871885;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:157:160:36:36:0.183673:18:18:81:76:18:18:82:78 chr2 96521640 . C T 95.39 PASS AF=0.112613;AO=18;DP=222;FAO=25;FDP=222;FR=.;FRO=197;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=112;FSRR=85;FWDB=-0.0293229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.922;QD=1.71868;RBI=0.0465163;REFB=-0.00970179;REVB=-0.0361101;RO=194;SAF=9;SAR=9;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840847;STB=0.528734;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0346823;OID=.;OPOS=96521640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:222:222:194:197:18:25:0.112613:9:9:111:83:10:15:112:85 chr2 96523096 . T C 263.93 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0203566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.264;QD=15.3002;RBI=0.0205775;REFB=-0.0134298;REVB=-0.00300723;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106462;STB=0.50602;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:12:18:23:16:12:18:23:16 chr2 96525640 . G T 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00967463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.14;QD=1.84568;RBI=0.0285764;REFB=-0.000308978;REVB=-0.0268888;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33473;STB=0.759101;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00358062;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:67:68:8:8:0.105263:2:6:31:36:2:6:31:37 chr2 96525652 . T C 83.35 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.023894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.235;QD=3.7887;RBI=0.0406352;REFB=-0.00716116;REVB=-0.0328678;RO=73;SAF=8;SAR=7;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676203;STB=0.54457;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.034389;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:7:8:35:38:7:8:35:38 chr2 96525659 . C T 57.36 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0464845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4974;QD=2.4938;RBI=0.0510477;REFB=-0.00496128;REVB=-0.0210963;RO=80;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147731;STB=0.604144;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0293455;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:5:7:37:43:5:7:37:43 chr2 96525718 . G T 49.72 PASS AF=0.101562;AO=12;DP=127;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-6.27487e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.349;QD=1.55386;RBI=0.00791599;REFB=-0.0039092;REVB=0.00791574;RO=101;SAF=6;SAR=6;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101336;STB=0.561583;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0239449;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:127:128:101:115:12:13:0.101562:6:6:59:42:7:6:61:54 chr2 96525723 . C T 43.67 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=0.0128584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.259;QD=1.37532;RBI=0.0525357;REFB=-0.000440643;REVB=0.0509378;RO=114;SAF=5;SAR=7;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138083;STB=0.602178;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0491249;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:126:127:114:115:12:12:0.0944882:7:5:61:53:7:5:61:54 chr2 96525736 . T C 35.53 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.00582596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.638;QD=1.04499;RBI=0.0064771;REFB=0.00134176;REVB=-0.00283038;RO=122;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15469;STB=0.615485;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0118333;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:122:125:11:11:0.0808824:7:4:61:61:7:4:61:64 chr2 96525750 . T A 33.12 PASS AF=0.0748299;AO=11;DP=149;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=0.00170949;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3815;QD=0.901203;RBI=0.00577905;REFB=-0.00568233;REVB=0.00552042;RO=136;SAF=4;SAR=7;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142807;STB=0.620254;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.066461;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:149:147:136:136:11:11:0.0748299:7:4:67:69:7:4:67:69 chr2 96548068 . C T 402.43 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0397303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.9;QD=16.595;RBI=0.0418119;REFB=-0.00449504;REVB=-0.0130283;RO=54;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13014;STB=0.566979;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00743116;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:21:21:20:34:21:21:21:34 chr2 96563206 . A T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00528042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.917;QD=5.2145;RBI=0.00907628;REFB=-0.0132545;REVB=-0.00738215;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275267;STB=0.682326;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0524598;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:12:9:4:2:12:9 chr2 96583735 . A C 128.83 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0274921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.248;QD=8.44776;RBI=0.0281111;REFB=-0.00196176;REVB=0.00586661;RO=43;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312248;STB=0.687875;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00444663;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:5:13:20:23:5:13:20:23 chr2 96587496 . C T 228.72 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0476199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.392;QD=16.0505;RBI=0.0476499;REFB=-0.0150198;REVB=0.00169277;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508765;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0245943;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:13:13:15:15:13:13:15:16 chr2 96593000 . A G 111.79 PASS AF=0.137363;AO=25;DP=183;FAO=25;FDP=182;FR=.;FRO=157;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.0178976;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.542;QD=2.45696;RBI=0.0200239;REFB=-0.00365452;REVB=-0.00897961;RO=157;SAF=6;SAR=19;SRF=90;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413298;STB=0.779271;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0645248;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:157:157:25:25:0.137363:19:6:90:67:19:6:90:67 chr2 96593016 . C A 240.02 PASS AF=0.20098;AO=41;DP=205;FAO=41;FDP=204;FR=.;FRO=163;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=-0.0495343;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8332;QD=4.70628;RBI=0.0536448;REFB=-0.0143545;REVB=-0.0205941;RO=157;SAF=13;SAR=28;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280562;STB=0.678578;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0455156;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:157:163:41:41:0.20098:28:13:84:73:28:13:88:75 chr2 96593025 . C T 288.5 PASS AF=0.213333;AO=48;DP=225;FAO=48;FDP=225;FR=.;FRO=177;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.0358717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.84;QD=5.12893;RBI=0.0380793;REFB=-0.0032542;REVB=-0.0127768;RO=177;SAF=16;SAR=32;SRF=96;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267681;STB=0.66462;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0212887;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:177:177:48:48:0.213333:32:16:96:81:32:16:96:81 chr2 96593100 . G A 179.15 PASS AF=0.169154;AO=34;DP=204;FAO=34;FDP=201;FR=.;FRO=167;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=90;FSRR=77;FWDB=-0.0157847;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0573;QD=3.56524;RBI=0.0189526;REFB=-0.00649863;REVB=-0.0104902;RO=170;SAF=10;SAR=24;SRF=94;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33061;STB=0.703692;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0225278;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:170:167:34:34:0.169154:24:10:94:76:24:10:90:77 chr2 96593108 . T G 217.32 PASS AF=0.201087;AO=37;DP=184;FAO=37;FDP=184;FR=.;FRO=147;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=0.0274717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8216;QD=4.72444;RBI=0.0440527;REFB=0.000958367;REVB=0.0344375;RO=146;SAF=15;SAR=22;SRF=81;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189839;STB=0.620465;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0038773;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:146:147:37:37:0.201087:22:15:81:65:22:15:82:65 chr2 96593118 . T A 153.87 PASS AF=0.179487;AO=28;DP=157;FAO=28;FDP=156;FR=.;FRO=128;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.0058594;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8423;QD=3.94532;RBI=0.00607133;REFB=-0.00389511;REVB=-0.0015901;RO=123;SAF=14;SAR=14;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990807;STB=0.54484;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0231244;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:123:128:28:28:0.179487:14:14:71:52:14:14:71:57 chr2 96594958 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00851736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8584;QD=8.69804;RBI=0.0460833;REFB=0.00627353;REVB=-0.0452893;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0171055;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:11:3:2:5:11:3 chr2 96594966 . T G 144.23 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00502121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6662;QD=24.0386;RBI=0.0563796;REFB=0.0100641;REVB=0.0561556;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263939;STB=0.645004;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00563214;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:9:0:4:11:9:0 chr2 96595032 . A T 284.84 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0309125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.848;QD=29.9826;RBI=0.0309305;REFB=-0.0151622;REVB=-0.00105535;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101113;STB=0.56175;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00381116;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:9:15:10:3:10:15:10:3 chr2 96601240 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0176834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.771;QD=18.0362;RBI=0.0375495;REFB=-0.00405841;REVB=0.0331249;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354625;STB=0.702102;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00265921;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:17:10:16:6:17:10 chr2 96601345 . T C 188.67 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00310201;FXX=0.175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.473;QD=16.0566;RBI=0.0317115;REFB=-0.0195437;REVB=0.0315594;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293765;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0230153;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:47:25:26:20:21:0.446809:11:9:12:13:11:10:12:14 chr2 96601364 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0158716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.426;QD=23.5978;RBI=0.0298429;REFB=-0.00683819;REVB=-0.0252724;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411624;STB=0.513503;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00724167;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:15:10:9:11:15:10:9:12 chr2 96604591 . A G 1673.57 PASS AF=0.62931;AO=146;DP=233;FAO=146;FDP=232;FR=.;FRO=86;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0261359;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.217;QD=28.8546;RBI=0.027671;REFB=-0.0215034;REVB=-0.00908823;RO=86;SAF=80;SAR=66;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889649;STB=0.547939;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00853648;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:86:86:146:146:0.62931:66:80:36:50:66:80:36:50 chr2 96604632 . A T 1175.92 PASS AF=0.511013;AO=116;DP=228;FAO=116;FDP=227;FR=.;FRO=111;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.010627;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8178;QD=20.7211;RBI=0.017944;REFB=-0.0242873;REVB=-0.0144587;RO=111;SAF=67;SAR=49;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660336;STB=0.5362;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0365287;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:111:111:116:116:0.511013:49:67:56:55:49:67:56:55 chr2 96606944 . C T 281.28 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0315681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8343;QD=21.2284;RBI=0.0323331;REFB=0.0131459;REVB=-0.0069917;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002644;STB=0.514968;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00603274;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:19:10:8:15:19:10:9:15 chr2 96610399 . C A 135.65 PASS AF=0.188976;AO=25;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0115258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.158;QD=4.27253;RBI=0.0121439;REFB=0.000330207;REVB=0.0038252;RO=102;SAF=15;SAR=10;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12797;STB=0.606272;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00122903;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:102:103:25:24:0.188976:10:15:51:51:9:15:51:52 chr2 96610410 . T A 127.22 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=126;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.00522193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.583;QD=4.03868;RBI=0.00533153;REFB=0.00425448;REVB=0.00107545;RO=103;SAF=15;SAR=8;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236951;STB=0.652042;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0067599;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:103:103:23:23:0.18254:8:15:48:55:8:15:48:55 chr2 96610420 . G T 131.37 PASS AF=0.198276;AO=20;DP=113;FAO=23;FDP=116;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0364407;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.381;QD=4.52996;RBI=0.0378171;REFB=-0.00480028;REVB=0.0101098;RO=93;SAF=11;SAR=9;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110846;STB=0.616777;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0276562;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:93:93:20:23:0.198276:9:11:43:50:9:14:43:50 chr2 96610899 . T C 842.99 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00537836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5617;QD=20.1915;RBI=0.00856811;REFB=-0.0205805;REVB=0.00666976;RO=82;SAF=41;SAR=44;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278918;STB=0.515319;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.018522;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:82:85:85:0.508982:44:41:37:45:44:41:37:45 chr2 96610921 . T G 921.73 PASS AF=0.538922;AO=90;DP=167;FAO=90;FDP=167;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00758372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.594;QD=22.0775;RBI=0.00795842;REFB=-0.00711472;REVB=-0.00241322;RO=77;SAF=43;SAR=47;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196531;STB=0.510741;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00663854;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:77:77:90:90:0.538922:47:43:35:42:47:43:35:42 chr2 96610923 . C G 245.88 PASS AF=0.232143;AO=39;DP=168;FAO=39;FDP=168;FR=.;FRO=129;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0237396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.791;QD=5.85432;RBI=0.029108;REFB=-0.010715;REVB=-0.0168437;RO=129;SAF=22;SAR=17;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16299;STB=0.598861;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0197213;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:129:129:39:39:0.232143:17:22:56:73:17:22:56:73 chr2 96616485 . C G 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00322064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6199;QD=5.54636;RBI=0.0356046;REFB=-0.0164095;REVB=0.0354586;RO=59;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998134;STB=0.556347;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0133152;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:10:7:29:30:10:7:29:31 chr2 96616506 . GC CA 66.86 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.039261;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.885;QD=3.82031;RBI=0.0443036;REFB=-0.010424;REVB=-0.0205276;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615349;STB=0.540994;STBP=0.838;TYPE=mnp;VARB=0.0248027;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:72:70:58:58:12:12:0.171429:7:5:27:31:7:5:27:31 chr2 96616532 . T G 58.13 PASS AF=0.18;AO=10;DP=57;FAO=9;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00773633;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.391;QD=4.65039;RBI=0.00893354;REFB=0.00029608;REVB=-0.00446737;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129245;STB=0.535635;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00100055;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:57:50:38:41:10:9:0.18:5:5:15:23:4:5:21:20 chr2 96617090 . A G 48.48 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0027516;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.926;QD=1.46907;RBI=0.0031341;REFB=-0.000511577;REVB=0.00150043;RO=119;SAF=11;SAR=2;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433636;STB=0.833407;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0144956;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:132:119:119:13:13:0.0984848:2:11:58:61:2:11:58:61 chr2 96617106 . A C 59.58 PASS AF=0.107143;AO=14;DP=139;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.0234156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.215;QD=1.70234;RBI=0.0246247;REFB=-0.00471384;REVB=-0.00762143;RO=125;SAF=10;SAR=4;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296431;STB=0.679009;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0462331;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:139:140:125:125:14:15:0.107143:4:10:58:67:5:10:58:67 chr2 96617111 . G A 51.77 PASS AF=0.0979021;AO=14;DP=140;FAO=14;FDP=143;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=-0.0465663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5609;QD=1.44798;RBI=0.0465705;REFB=-0.00246712;REVB=-0.000620859;RO=125;SAF=10;SAR=4;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329618;STB=0.738968;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0270803;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:140:143:125:129:14:14:0.0979021:4:10:54:71:4:10:57:72 chr2 96617113 . G A 51.1 PASS AF=0.0965517;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=145;FR=.;FRO=131;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=0.00259398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.486;QD=1.40969;RBI=0.0321161;REFB=-0.000901449;REVB=-0.0320111;RO=130;SAF=10;SAR=4;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304801;STB=0.733265;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00616491;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:144:145:130:131:14:14:0.0965517:4:10:59:71:4:10:59:72 chr2 96617125 . T C 44.41 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=2.9407e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9973;QD=1.20841;RBI=0.0108755;REFB=0.00345346;REVB=0.0108755;RO=134;SAF=10;SAR=3;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33797;STB=0.766395;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0400644;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:147:147:134:134:13:13:0.0884354:3:10:64:70:3:10:64:70 chr2 96617132 . T C 43.95 PASS AF=0.0872483;AO=13;DP=149;FAO=13;FDP=149;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=71;FWDB=-0.00284207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.05;QD=1.17995;RBI=0.0246054;REFB=-0.00118282;REVB=-0.0244408;RO=136;SAF=10;SAR=3;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33652;STB=0.766428;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.013926;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:149:136:136:13:13:0.0872483:3:10:65:71:3:10:65:71 chr2 96617155 . A G 57.91 PASS AF=0.0981595;AO=16;DP=163;FAO=16;FDP=163;FR=.;FRO=147;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=0.00482137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.874;QD=1.42101;RBI=0.0275751;REFB=7.38701e-05;REVB=0.0271503;RO=147;SAF=9;SAR=7;SRF=68;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118602;STB=0.589379;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000527534;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:163:163:147:147:16:16:0.0981595:7:9:68:79:7:9:68:79 chr2 96619687 . CT CG,TG 142.03 PASS AF=0.266667,0.111111;AO=12,5;DP=45;FAO=12,5;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5,3;FSAR=7,2;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0125966,-0.0110727;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=186.31,222.35;QD=12.6251;RBI=0.0367244,0.0380723;REFB=-0.00562092,-0.0135983;REVB=0.0344964,0.0364266;RO=28;SAF=5,3;SAR=7,2;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20909,0.405533;STB=0.624812,0.774419;STBP=0.356,0.271;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0116827,0.00646708;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:45:45:28:28:12,5:12,5:0.266667,0.111111:7,2:5,3:7:21:7,2:5,3:7:21 chr2 96619734 . CA TA,TG 204.23 PASS AF=0.358491,0.0943396;AO=19,5;DP=53;FAO=19,5;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=7,2;FSAR=12,3;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0157288,0.00424403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.9966,80.7697;QD=15.4136;RBI=0.0161978,0.0047316;REFB=0.00908745,0.0193097;REVB=-0.00386976,-0.00209194;RO=29;SAF=7,2;SAR=12,3;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150516,0.213282;STB=0.586123,0.648838;STBP=0.406,0.555;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0176831,0.0202394;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:19,5:19,5:0.358491,0.0943396:12,3:7,2:7:22:12,3:7,2:7:22 chr2 96626292 . C T 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.875;QD=32.83;RBI=0.0487003;REFB=-0.174028;REVB=-0.0173361;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00558242;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr2 96780716 . T G 157.7 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00926108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.35;QD=13.7131;RBI=0.0213291;REFB=-0.0153717;REVB=-0.0192136;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.539638;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0205021;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:17:18:0.391304:5:12:17:11:6:12:17:11 chr2 96780986 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0405533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.866;QD=3.15697;RBI=0.0779666;REFB=-0.0011384;REVB=0.06659;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624283;STB=0.889353;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0184227;OID=.;OPOS=96780986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:33:36:6:6:0.142857:5:1:25:8:5:1:25:11 chr2 96789787 . T C 325.85 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000733591;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.535;QD=23.2753;RBI=0.0038304;REFB=-0.0312883;REVB=-0.00375949;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625847;STB=0.527671;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0360735;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:23:32:33:0.589286:14:18:10:11:15:18:11:12 chr2 96795608 . T G 232.03 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0353299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7623;QD=23.7983;RBI=0.0476562;REFB=-0.0367869;REVB=0.031983;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115028;STB=0.564045;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0257251;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:11:6:11:11:11:6 chr2 96795714 . G A 326.56 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0157047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.807;QD=17.652;RBI=0.0168943;REFB=-0.0134922;REVB=0.00622737;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124411;STB=0.569522;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0229435;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:19:16:23:16:19:16:23:16 chr2 96795857 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.491;QD=57.1756;RBI=0.0503019;REFB=0;REVB=0.0458518;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252819;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:37:13:0:0:38:13:0:0 chr2 96809331 . T C 214.05 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=13;FWDB=-0.0261318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4875;QD=8.82678;RBI=0.0377651;REFB=-0.0185223;REVB=-0.0272642;RO=68;SAF=21;SAR=7;SRF=55;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10037;STB=0.562003;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.034903;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:69:28:28:0.28866:7:21:55:13:7:21:56:13 chr2 96917588 . T G 215.51 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0111052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.65;QD=13.0609;RBI=0.0130741;REFB=-0.00390158;REVB=-0.00689976;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862245;STB=0.56056;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00532049;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:40:25:26:0.393939:13:12:16:24:13:13:16:24 chr2 96944553 . G A 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00779654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9589;QD=13.6256;RBI=0.0641425;REFB=0.00989298;REVB=0.0636669;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00584132;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:5:4:3:5:5:4 chr2 97166204 . A G 227.85 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0292992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.963;QD=21.7001;RBI=0.0319146;REFB=-0.00819589;REVB=-0.0126529;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246907;STB=0.638884;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0111215;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:8:12:7:15:8:12 chr2 97217273 . AGCCCCCA AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA 787.6 PASS AF=0.739496,0.134454,0;AO=59,18,6;DP=122;FAO=88,16,0;FDP=119;FR=.;FRO=15;FSAF=23,16,0;FSAR=65,0,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.098057,-0.025183,0.00970603;FXX=0.00833264;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=12.1379,156.964,13.4521;QD=26.474;RBI=0.142163,0.0252708,0.0160161;REFB=-0.170767,-0.0246074,-0.0749572;REVB=0.102933,-0.00210552,0.01274;RO=32;SAF=7,18,1;SAR=52,0,5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0.5625,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.431651,0.802815,-0.469703;STB=0.537329,0.999072,0.5;STBP=0.093,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.125092,0.089079,0;OID=.,.,.;OPOS=97217275,97217279,97217273;OREF=C,CA,AGC;OALT=-,AC,CAG;OMAPALT=AGCCCCA,AGCCCCAC,CAGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:122:119:32:15:59,18,6:88,16,0:0.739496,0.134454,0:52,0,5:7,18,1:18:14:65,0,0:23,16,0:7:8 chr2 97351840 . A G 186.53 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0342364;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.56;QD=18.6525;RBI=0.0490923;REFB=-0.00135835;REVB=-0.0351841;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244222;STB=0.639193;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00206768;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:13:6:12:9:13:6:12:9 chr2 97355026 . T C 830.28 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00402526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9453;QD=24.4201;RBI=0.00597389;REFB=-0.0183402;REVB=-0.00441414;RO=56;SAF=51;SAR=26;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188172;STB=0.593236;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00820284;OID=.;OPOS=97355026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:59:77:77:0.566176:26:51:24:32:26:51:27:32 chr2 97359364 . A G 126.65 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0049503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2669;QD=11.2581;RBI=0.127921;REFB=-0.000988928;REVB=-0.127825;RO=30;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585568;STB=0.862818;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00191681;OID=.;OPOS=97359364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:1:14:17:13:1:14:17:13 chr2 97477374 . C T 484.01 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0184719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.282;QD=23.6102;RBI=0.0199997;REFB=-0.0106019;REVB=-0.00766668;RO=36;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166811;STB=0.591444;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00915571;OID=.;OPOS=97477374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:25:21:24:12:25:21:24:12 chr2 97493877 . T C 369.91 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0331225;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2073;QD=13.0941;RBI=0.0365186;REFB=-0.0074426;REVB=-0.0153789;RO=66;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908225;STB=0.566403;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0113349;OID=.;OPOS=97493877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:69:44:44:0.389381:27:17:31:35:27:17:34:35 chr2 97527216 . T C 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0377694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.746;QD=19.4392;RBI=0.0406312;REFB=-0.0112304;REVB=0.0149787;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115448;STB=0.564283;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0116253;OID=.;OPOS=97527216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:16:13:18:13:16:13 chr2 97559759 . G A 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.051;QD=62.0123;RBI=0.0548315;REFB=0;REVB=0.0475857;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645573;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 97808394 . C G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00320326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.604;QD=2.6435;RBI=0.0202035;REFB=0.00189948;REVB=0.0199479;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.51017;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0155683;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:21:22:3:3:21:22 chr2 97827818 . CTTTTTTTTTTTT CTCTTTTTTTTTA 99.72 PASS AF=0.1375;AO=7;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=60;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00723705;FXX=0.0476134;HRUN=12;LEN=11;MLLD=227.242;QD=4.98577;RBI=0.138639;REFB=-0.00602091;REVB=-0.13845;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4053;STB=0.692736;STBP=0.185;TYPE=mnp;VARB=0.0215334;OID=.;OPOS=97827820;OREF=TTTTTTTTTTT;OALT=CTTTTTTTTTA;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1375:7:80:11:80:60:4:7:36:24:57:30:3:4:23:7 chr2 97827839 . G A 216.38 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00833957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2001;QD=9.11081;RBI=0.0275966;REFB=0.00112913;REVB=0.0263063;RO=67;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05591;STB=0.533006;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00534253;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:67:28:28:0.294737:15:13:28:39:15:13:28:39 chr2 97828982 . C T 45.59 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00973333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.982;QD=10.7274;RBI=0.028979;REFB=-0.0113441;REVB=0.0272955;RO=10;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.745952;STB=0.806717;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.05878;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:16:17:10:10:5:7:0.411765:5:0:6:4:6:1:6:4 chr2 97830053 . A G 37.96 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0189548;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.358;QD=2.76069;RBI=0.0206106;REFB=-0.00274022;REVB=-0.00809404;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189707;STB=0.529329;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.016341;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:55:46:48:7:7:0.127273:4:3:19:27:4:3:19:29 chr2 97833342 . G A 201.61 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000983587;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.177;QD=20.1607;RBI=0.00150834;REFB=-0.0192847;REVB=-0.00114352;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0131798;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:7:13:12:8:7:13 chr2 97833361 . A G 55.44 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0601119;FXX=0.131544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.677;QD=6.72026;RBI=0.0601703;REFB=0.0014947;REVB=0.00265123;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948687;STB=0.551051;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00135924;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:36:33:22:25:8:8:0.242424:5:3:10:12:5:3:11:14 chr2 97833466 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0279109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3205;QD=8.08927;RBI=0.0279944;REFB=-0.00782774;REVB=0.00216021;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21707;STB=0.633518;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0549914;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:8:14:4:5:8:14 chr2 97875438 . G T 624.72 PASS AF=0.53913;AO=61;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0144049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.958;QD=21.7295;RBI=0.0166517;REFB=0.00361476;REVB=0.00835346;RO=52;SAF=35;SAR=26;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786694;STB=0.550692;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00331236;OID=.;OPOS=97875438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:53:61:62:0.53913:26:35:25:27:26:36:25:28 chr2 97884763 . T C 906.04 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.992;QD=56.6277;RBI=0.0837445;REFB=-0.136252;REVB=0.0815677;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00156751;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:1:0:31:32:1:0 chr2 97909739 . G A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00763388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.109;QD=9.65102;RBI=0.0173872;REFB=0.000635938;REVB=-0.0156218;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219768;STB=0.632836;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00108103;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:5:9:15:18:5:9:15:18 chr2 98128172 . C A 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0334732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6169;QD=5.59693;RBI=0.0335129;REFB=-0.014253;REVB=-0.00163087;RO=44;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163931;STB=0.606194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0462056;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:9:3:16:28:9:3:16:28 chr2 98128194 . GGT CAC 184.47 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0110135;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.14;QD=10.1079;RBI=0.0153835;REFB=-0.00298993;REVB=0.0107403;RO=47;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908206;STB=0.548886;STBP=0.598;TYPE=mnp;VARB=0.00768458;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:49:24:24:0.328767:14:10:16:31:14:10:17:32 chr2 98128256 . C T 205.29 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0371649;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.232;QD=22.1934;RBI=0.0394458;REFB=0.00784132;REVB=-0.0132189;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117295;STB=0.503223;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00196666;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:17:20:20:0.540541:14:6:5:11:14:6:5:12 chr2 98128258 . G C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0613066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.462;QD=21.971;RBI=0.0613794;REFB=-0.00340913;REVB=0.00298943;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483382;STB=0.503223;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00486415;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:14:6:4:12:14:6:5:12 chr2 98128313 . G A 59.33 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0197727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.616;QD=16.9503;RBI=0.0262551;REFB=0.0150372;REVB=0.0172735;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.642528;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0313844;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:6:8:0.571429:3:3:1:5:4:4:1:5 chr2 98373006 . C T 107.36 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00883814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.158;QD=12.6305;RBI=0.00974861;REFB=0.0112327;REVB=-0.00411372;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016668;STB=0.528258;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.033275;OID=.;OPOS=98373006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:12:8:5:8:12:9 chr2 98409022 . G A 180.36 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00165747;FXX=0.0312402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=81.5677;QD=23.2725;RBI=0.0321812;REFB=0.00290257;REVB=0.0321385;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292544;STB=0.661499;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000289676;OID=.;OPOS=98409022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:12:1:8:10:12:1 chr2 98431740 . GAAAAC GAAAC,GAAACA 62.99 PASS AF=0.314815,0;AO=18,2;DP=55;FAO=17,0;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=14,0;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0894949,-0.0629681;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.1807,175.324;QD=4.66627;RBI=0.0984078,0.0681211;REFB=-0.116174,-0.00471703;REVB=-0.0409238,-0.0259902;RO=29;SAF=14,2;SAR=4,0;SRF=8;SRR=21;SSEN=0.428571,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51715,0.586032;STB=0.800546,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.13494,0;OID=.,.;OPOS=98431741,98431744;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAC,GAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815,0:18,2:55:17,0:54:37:14,0:3,0:15:22:63:29:14,2:4,0:8:21 chr2 98525107 . T C 231.11 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00729397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.129;QD=12.3261;RBI=0.0102268;REFB=-0.0194357;REVB=-0.00716838;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137608;STB=0.587833;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0362028;OID=.;OPOS=98525107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:27:28:0.373333:11:16:22:25:11:17:22:25 chr2 98795792 . C G 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247413;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.758;QD=57.2405;RBI=0.0525912;REFB=0;REVB=0.052533;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472751;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr2 98844674 . C G 820.11 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9927;QD=55.6004;RBI=0.0652014;REFB=-0.0472834;REVB=0.0630977;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00188445;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:23:35:0:0:23:35:1:0 chr2 98853173 . G A 1749.05 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5172;QD=60.8366;RBI=0.0154388;REFB=0;REVB=-0.000724373;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77351e-05;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr2 98928494 . G A 720.69 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.908;QD=60.0573;RBI=0.123008;REFB=0.0810277;REVB=0.122397;RO=1;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03755;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000301364;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:12:33:0:1:13:34:1:0 chr2 99013259 . C T 137.33 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0579455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8235;QD=11.2105;RBI=0.0654029;REFB=-0.017436;REVB=-0.0303292;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515226;STB=0.530574;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.037005;OID=.;OPOS=99013259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:18:15:8:8:18:15 chr2 99149946 . G A 322.85 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00648157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.638;QD=19.2746;RBI=0.0081764;REFB=-0.023058;REVB=-0.00498425;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402297;STB=0.522375;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.024653;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:15:18:17:17:15:18 chr2 99172244 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0171758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.112;QD=11.0197;RBI=0.0212232;REFB=0.00867744;REVB=-0.0124665;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074933;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.020944;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:1:7:5:1:1:7 chr2 99193496 . C T 673.4 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00797781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.335;QD=20.406;RBI=0.00965558;REFB=-0.0264179;REVB=-0.00543918;RO=65;SAF=39;SAR=28;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397723;STB=0.521913;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0304025;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:28:39:35:30:28:39:35:30 chr2 99219071 . T C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0182572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.893;QD=19.156;RBI=0.0193318;REFB=-0.0227076;REVB=-0.00635541;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018054;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0289024;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:9:13:12:9:9:14 chr2 99226173 . T A 257.61 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0189181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.365;QD=18.4007;RBI=0.030148;REFB=-0.000776403;REVB=-0.0234735;RO=27;SAF=22;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140187;STB=0.572861;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000525347;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:6:22:18:9:6:22:19:9 chr2 99279812 . C A 270.47 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0165667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7091;QD=23.5194;RBI=0.019107;REFB=-0.015196;REVB=-0.00951953;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138878;STB=0.577554;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0192106;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:11:10:16:9:11:10 chr2 99778985 . T C 565.53 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.025793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9614;QD=22.1777;RBI=0.0383971;REFB=0.000811242;REVB=-0.0284439;RO=46;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244279;STB=0.513394;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000745459;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:30:26:20:26:30:26:20:26 chr2 99779131 . T C 414.93 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0279639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0305;QD=24.7717;RBI=0.0299139;REFB=-0.025943;REVB=-0.0106235;RO=26;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761963;STB=0.547922;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0184902;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:27:40:40:0.597015:18:22:17:9:18:22:18:9 chr2 99804642 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.76;QD=57.1768;RBI=0.0348758;REFB=0;REVB=0.0342211;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66087e-05;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr2 99812070 . G A 373.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0198423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1577;QD=20.4404;RBI=0.0786897;REFB=-0.00661084;REVB=-0.0761469;RO=34;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140754;STB=0.58266;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00509417;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:16:22:25:9:16:22:26:9 chr2 100343557 . C T 902.75 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.589;QD=58.2421;RBI=0.00600539;REFB=0;REVB=0.00305257;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37448e-06;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:25:37:0:0 chr2 100623151 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0102378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.969;QD=11.571;RBI=0.010257;REFB=-0.00228861;REVB=-0.000626847;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126174;STB=0.581326;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00303685;OID=.;OPOS=100623151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:9:15:21:20:9:15:21:21 chr2 100897573 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.92;QD=59.6794;RBI=0.0379945;REFB=0;REVB=-0.000968957;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88162e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr2 100915772 . A G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3244;QD=62.0152;RBI=0.0295966;REFB=0;REVB=-0.011041;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595935;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr2 100916306 . A G 1172.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.862;QD=60.896;RBI=0.0113523;REFB=0;REVB=-0.00818149;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68992e-07;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:36:41:0:0 chr2 100916315 . A G 277.69 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00983571;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.222;QD=15.8678;RBI=0.0823031;REFB=-0.00267395;REVB=0.0817133;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256349;STB=0.512457;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00366622;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:29:31:0.442857:13:16:20:18:15:16:21:18 chr2 100917109 . C T 522.17 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0116625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.875;QD=15.4717;RBI=0.0136583;REFB=-0.0142675;REVB=-0.00710892;RO=77;SAF=38;SAR=18;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120142;STB=0.575782;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0223805;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:77:78:56:57:0.422222:18:38:44:33:18:39:44:34 chr2 101010082 . G C 288.78 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0122566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.379;QD=11.5511;RBI=0.0135844;REFB=-0.0102982;REVB=-0.00585775;RO=66;SAF=20;SAR=14;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574337;STB=0.53315;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0176021;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:14:20:42:24:14:20:42:24 chr2 101031561 . G T 435.47 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0222292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0118;QD=18.5306;RBI=0.0242954;REFB=-0.0135034;REVB=0.00980475;RO=50;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115063;STB=0.506414;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0128702;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:19:25:29:21:19:25:29:21 chr2 101086951 . A G 481.8 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00182436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.752;QD=28.7644;RBI=0.00239076;REFB=-0.0289949;REVB=-0.00154513;RO=23;SAF=28;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763097;STB=0.541528;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0112915;OID=.;OPOS=101086951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:16:28:12:11:16:28:12:11 chr2 101086966 . C T 173.53 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0105228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1786;QD=9.6404;RBI=0.0389716;REFB=-0.00544861;REVB=0.0375241;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854053;STB=0.561991;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0127432;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:47:49:23:23:0.319444:11:12:28:19:11:12:30:19 chr2 101096960 . C T 1620.34 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.22;QD=60.0126;RBI=0.0309781;REFB=0;REVB=0.030694;RO=0;SAF=69;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38547e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:37:69:0:0:37:71:0:0 chr2 101186088 . C T 1420.87 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3743;QD=62.456;RBI=0.00624353;REFB=0;REVB=0.00516696;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137955;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:52:38:0:0:52:39:0:0 chr2 101192883 . G A 50.76 PASS AF=0.104;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0362157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.51;QD=1.62426;RBI=0.03764;REFB=-0.00222959;REVB=-0.0102563;RO=112;SAF=4;SAR=9;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212744;STB=0.660507;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0245303;OID=.;OPOS=101192883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:112:112:13:13:0.104:9:4:54:58:9:4:54:58 chr2 101437561 . G A 1283.52 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.476;QD=61.8562;RBI=0.0305985;REFB=0;REVB=0.0301258;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72502e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:49:30:0:0:53:30:0:0 chr2 101437601 . C G 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.8;QD=60.372;RBI=0.0133426;REFB=0;REVB=0.00892288;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50693e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr2 101587455 . C T 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00872852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.202;QD=18.6873;RBI=0.0163331;REFB=-0.0148347;REVB=-0.0138052;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626399;STB=0.538904;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0162973;OID=.;OPOS=101587455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:52:50:50:0.490196:23:27:31:20:23:27:32:20 chr2 101591304 . A G 489.36 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000417203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4955;QD=24.7779;RBI=0.0387206;REFB=-0.0402343;REVB=-0.0387184;RO=33;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967328;STB=0.553024;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0344199;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:28:18:17:16:28:18:17:16 chr2 101612051 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0182475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.212;QD=24.4131;RBI=0.0732462;REFB=-0.0202115;REVB=-0.0709369;RO=5;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338888;STB=0.697224;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0075506;OID=.;OPOS=101612051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:1:10:3:2:1:10:3:2 chr2 101624471 . T C 57.89 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0405096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1176;QD=14.4728;RBI=0.0457961;REFB=-0.0383735;REVB=0.02136;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574942;STB=0.84389;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0412816;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:6:2:7:1:6:2 chr2 101638888 . A G 259.46 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0121402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.021;QD=14.2169;RBI=0.0121566;REFB=-0.00391974;REVB=0.000631823;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237736;STB=0.635422;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00608648;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:20:10:24:19:20:10:24:19 chr2 101646144 . G A 655.62 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.019692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.004;QD=24.2822;RBI=0.0315257;REFB=-0.0268895;REVB=0.024619;RO=45;SAF=38;SAR=25;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163704;STB=0.588771;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0113024;OID=.;OPOS=101646144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:45:63:63:0.583333:25:38:36:9:25:38:36:9 chr2 101656726 . T C 611.94 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0280647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3968;QD=16.1037;RBI=0.0436358;REFB=-0.0175179;REVB=-0.0334134;RO=84;SAF=33;SAR=34;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163259;STB=0.505696;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0231912;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:85:67:67:0.440789:34:33:40:44:34:33:41:44 chr2 101869588 . G T 197.51 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0172264;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=135.772;QD=18.8108;RBI=0.0203785;REFB=-0.0913445;REVB=0.0108874;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141327;STB=0.536057;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0255053;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:3:14:10:28:0.666667:2:8:3:0:13:15:9:5 chr2 101898412 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.802;QD=56.9382;RBI=0.0420883;REFB=0;REVB=0.00908108;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174324;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr2 102038849 . T A 285.54 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.000715636;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.196;QD=15.2285;RBI=0.0339456;REFB=-0.0065973;REVB=0.0339381;RO=43;SAF=9;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35681;STB=0.702162;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00884011;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:23:9:27:16:23:9:27:16 chr2 102067083 . T C 371.83 PASS AF=0.387931;AO=44;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0154965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.61;QD=12.8218;RBI=0.0155092;REFB=-0.0173083;REVB=-0.000627582;RO=71;SAF=15;SAR=29;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201275;STB=0.618993;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.025796;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:44:45:0.387931:29:15:37:34:30:15:37:34 chr2 102472459 . A G 72.68 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0143607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3908;QD=9.37804;RBI=0.0223884;REFB=-0.0350164;REVB=0.0171759;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.078163;OID=.;OPOS=102472459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:10:11:5:5:10:11 chr2 102957716 . C T 497.24 PASS AF=0.407407;AO=54;DP=137;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00162181;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.666;QD=14.733;RBI=0.00952359;REFB=-0.00578965;REVB=-0.00938448;RO=83;SAF=28;SAR=26;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000478936;STB=0.50135;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00866564;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:83:80:54:55:0.407407:26:28:43:40:26:29:42:38 chr2 103001402 . C T 191.48 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0027017;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.247;QD=16.65;RBI=0.01862;REFB=-0.0290478;REVB=0.018423;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17303;STB=0.579364;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0354028;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:18:20:0.434783:10:8:7:18:12:8:7:19 chr2 103095404 . G A 404.1 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0301125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0607;QD=19.9555;RBI=0.0303407;REFB=-0.0873546;REVB=-0.00371409;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230678;STB=0.615949;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0803279;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:38:43:43:0.530864:22:21:27:8:22:21:28:10 chr2 103149100 . G A 301.5 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0172286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.245;QD=19.4518;RBI=0.0193308;REFB=-0.0357679;REVB=-0.0087667;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175867;STB=0.518507;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0240895;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:18:13:12:18:18:14:12:18 chr2 103334969 . G A 658.26 PASS AF=0.418079;AO=73;DP=177;FAO=74;FDP=177;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.00436911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2585;QD=14.876;RBI=0.0424972;REFB=-0.0248745;REVB=0.042272;RO=101;SAF=38;SAR=35;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571962;STB=0.527609;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0279016;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:101:103:73:74:0.418079:35:38:47:54:36:38:48:55 chr2 103431404 . T C 1934.87 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044646;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3206;QD=61.9159;RBI=0.0475126;REFB=0;REVB=0.0162538;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160436;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:67:57:0:0:67:58:0:0 chr2 104995800 . C T 462.6 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0334539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.101;QD=16.2317;RBI=0.0339387;REFB=-0.00801335;REVB=-0.00571596;RO=63;SAF=22;SAR=29;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762369;STB=0.542603;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0114972;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:29:22:32:31:29:22:32:31 chr2 105709023 . T C 1212.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663205;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.726;QD=61.4139;RBI=0.0147421;REFB=0;REVB=0.0131661;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169017;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr2 105885961 . T C 306.81 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0458663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7216;QD=11.6881;RBI=0.0497882;REFB=-0.0143465;REVB=-0.0193689;RO=65;SAF=22;SAR=16;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415671;STB=0.531655;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.030706;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:67:38:38:0.361905:16:22:40:25:16:22:42:25 chr2 105924510 . A G 276.09 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0131611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.528;QD=15.7767;RBI=0.156329;REFB=-0.0117588;REVB=-0.155774;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175778;STB=0.599193;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0189723;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:19:12:22:17:19:12:22:17 chr2 105953938 . G GC 247.87 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0249215;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.983;QD=12.7112;RBI=0.037308;REFB=-0.041969;REVB=-0.0277634;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248768;STB=0.502607;STBP=0.979;TYPE=ins;VARB=0.0489248;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:29:78:30:78:48:17:13:27:21:99:47:16:13:27:20 chr2 105959592 . G A 53.77 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0108689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6995;QD=7.96535;RBI=0.0823972;REFB=-0.0246163;REVB=-0.0816772;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618928;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0263965;OID=.;OPOS=105959592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:10:8:4:4:11:8 chr2 105977761 . G A 166.83 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00663579;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.651;QD=12.8333;RBI=0.010001;REFB=-0.00749502;REVB=0.0074824;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34539;STB=0.6998;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.019626;OID=.;OPOS=105977761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:14:6:20:12:14:6:20:12 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 430.25 PASS AF=0.444444,0.0987654;AO=36,7;DP=87;FAO=36,8;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=18,4;FSAR=18,4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0203032,-0.0206344;FXX=0.0795364;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=157.781,59.4873;QD=21.2468;RBI=0.073013,0.084956;REFB=-0.0542351,-0.0492848;REVB=0.0701333,0.082412;RO=36;SAF=18,3;SAR=18,4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125,0.0849127;STB=0.575302,0.621935;STBP=0.23,0.474;TYPE=del,mnp;VARB=0.0591556,0.141353;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.0987654:36,7:87:36,8:81:37:18,4:18,4:13:24:99:36:18,3:18,4:13:23 chr2 106710108 . C T 1033.89 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.019;QD=56.6513;RBI=0.0458976;REFB=-0.0191355;REVB=0.0208183;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=7.46936e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:73:1:1:67:72:0.986301:39:28:1:0:41:31:1:0 chr2 106742139 . C T 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0405378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.773;QD=50.6213;RBI=0.0499362;REFB=-0.132919;REVB=-0.0291602;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53569;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00362298;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:13:16:0:0:13:16:0:2 chr2 107032417 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.503;QD=33.4285;RBI=0.04544;REFB=0;REVB=-0.0123954;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349045;OID=.;OPOS=107032417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 107049604 . T C 38.32 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00187518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.95;QD=10.2198;RBI=0.00576817;REFB=-0.00353669;REVB=-0.00545486;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291052;STB=0.713469;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00844926;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:1:4:5:4:1:5:5:4 chr2 107073469 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.608;QD=40.7629;RBI=0.0371925;REFB=0;REVB=0.0323906;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261961;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 107073501 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.956;QD=40.7629;RBI=0.0104857;REFB=0;REVB=-0.00651024;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98153e-05;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr2 107084739 . A G 2172.29 PASS AF=0.955128;AO=149;DP=157;FAO=149;FDP=156;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0137561;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.03;QD=55.6997;RBI=0.0358625;REFB=-0.0473625;REVB=0.0331193;RO=6;SAF=72;SAR=77;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233263;STB=0.508877;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00181378;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:157:156:6:7:149:149:0.955128:77:72:1:5:77:72:2:5 chr2 107107511 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00147127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.06;QD=56.0117;RBI=0.00254842;REFB=0.0144568;REVB=0.00208082;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000456856;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr2 107107567 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5958;QD=58.1411;RBI=0.0188017;REFB=0;REVB=-0.00579326;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018857;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr2 107450525 . T C 518.94 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.00106948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.245;QD=15.0416;RBI=0.00822097;REFB=0.00787554;REVB=0.0081511;RO=81;SAF=40;SAR=16;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144831;STB=0.572056;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00979943;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:81:81:56:57:0.413043:16:40:48:33:17:40:48:33 chr2 107450589 . C T 1914.95 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.426;QD=61.7727;RBI=0.014444;REFB=0;REVB=0.0121849;RO=0;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63454e-06;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:51:73:0:0:51:73:0:0 chr2 107459974 . C T 313.21 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0103667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.427;QD=19.5757;RBI=0.0450074;REFB=-0.0165901;REVB=-0.0437973;RO=28;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582197;STB=0.504613;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0121166;OID=.;OPOS=107459974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:31:33:33:0.515625:12:21:18:10:12:21:20:11 chr2 108443511 . C G 4027.01 PASS AF=0.984962;AO=262;DP=266;FAO=262;FDP=266;FR=.;FRO=4;FSAF=137;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0131165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4203;QD=60.5565;RBI=0.0146928;REFB=-0.0509418;REVB=0.00662093;RO=1;SAF=137;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379872;STB=0.504111;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000842604;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:266:266:1:4:262:262:0.984962:125:137:0:1:125:137:1:3 chr2 108475958 . A G 1442.43 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0320746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8845;QD=60.7341;RBI=0.0429661;REFB=-0.0770894;REVB=-0.0285886;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.509432;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00105692;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:52:41:0:1:52:41:0:2 chr2 108479432 . G A 56.41 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0948153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.976;QD=11.2813;RBI=0.110247;REFB=-0.0198152;REVB=-0.0562538;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0356178;OID=.;OPOS=108479432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:10:12:7:8:0.4:3:4:6:4:3:5:8:4 chr2 108479487 . A T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0593385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.339;QD=10.1733;RBI=0.059926;REFB=-0.00631124;REVB=-0.00837024;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0150907;OID=.;OPOS=108479487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr2 108496435 . T A 429.29 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.703;QD=57.2389;RBI=0.0400742;REFB=0;REVB=-0.0311377;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34529e-05;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr2 108863767 . A C 1301.94 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0471;QD=61.9969;RBI=0.028866;REFB=0;REVB=0.0120572;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308497;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:40:44:0:0 chr2 108875198 . G A 425.55 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00197766;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.202;QD=13.8389;RBI=0.00911973;REFB=-0.0140745;REVB=-0.00890272;RO=71;SAF=20;SAR=29;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457152;STB=0.515021;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0211094;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:71:74:49:49:0.398374:29:20:32:39:29:20:32:42 chr2 108875244 . T C 1823.79 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00462151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.94;QD=60.2905;RBI=0.00810088;REFB=-0.0215742;REVB=0.00665327;RO=1;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703708;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=2.81243e-06;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:67:52:0:1:68:52:0:1 chr2 108875471 . G T 1962.88 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2187;QD=61.8231;RBI=0.0483971;REFB=0;REVB=-0.00658859;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317497;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:68:58:0:0:69:58:0:0 chr2 108877062 . T A 1132.36 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.141;QD=60.3927;RBI=0.00819637;REFB=0;REVB=0.00757776;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07276e-06;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr2 108922036 . T G 312.73 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000696769;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.802;QD=19.2451;RBI=0.00624456;REFB=-0.0193776;REVB=0.00620556;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958301;STB=0.553402;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0136275;OID=.;OPOS=108922036;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:20:13:16:16:20:13:16:16 chr2 109099572 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.346;QD=57.2022;RBI=0.00938507;REFB=0;REVB=0.00130272;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24274e-05;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 109106381 . A G 836.62 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00755095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.613;QD=55.7746;RBI=0.0106318;REFB=-0.0160417;REVB=0.00748454;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000500683;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:1:1:57:59:0.983333:30:27:0:1:32:27:0:1 chr2 109389463 . G A 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8847;QD=57.7048;RBI=0.0324232;REFB=0;REVB=0.00831219;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414872;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr2 109429146 . T A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0837;QD=61.6809;RBI=0.0192542;REFB=0;REVB=0.00862252;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125339;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr2 109510937 . G A 2223.27 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220519;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5184;QD=62.6275;RBI=0.0305053;REFB=-0.119524;REVB=0.0210781;RO=1;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638242;STB=0.503355;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000321418;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:1:1:141:141:0.992958:74:67:0:1:74:67:0:1 chr2 109512234 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.887;QD=56.1915;RBI=0.0321573;REFB=0;REVB=-0.0309018;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010247;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr2 109513601 . A G 531.57 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0238807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.927;QD=18.3301;RBI=0.0256358;REFB=-0.0165227;REVB=0.00932227;RO=60;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166717;STB=0.509239;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0174765;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:29:27:30:30:29:27:30:30 chr2 109513654 . G A 1288.53 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198887;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.425;QD=62.0977;RBI=0.0605158;REFB=0;REVB=0.0604831;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308336;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr2 109526969 . G A 1128.85 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.547;QD=58.6417;RBI=0.032911;REFB=0;REVB=0.030246;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993186;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:73:77:1:34:39:0:0:38:39:0:0 chr2 109527373 . A G 1029.47 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000388874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9338;QD=57.9985;RBI=0.0194126;REFB=-0.161489;REVB=0.0194087;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193837;STB=0.50769;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0117614;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:2:1:69:70:0.985915:32:37:1:1:32:38:0:1 chr2 109745176 . G A 1200.49 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0259567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.495;QD=58.5605;RBI=0.0305251;REFB=-0.0116842;REVB=0.0160635;RO=2;SAF=33;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027824;STB=0.514282;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000149129;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:46:33:2:0:46:34:2:0 chr2 110373197 . G A 512.52 PASS AF=0.470588;AO=49;DP=113;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00376312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8546;QD=17.2275;RBI=0.0144152;REFB=-0.00657672;REVB=-0.0139153;RO=64;SAF=27;SAR=22;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117351;STB=0.509728;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0170252;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:64:63:49:56:0.470588:22:27:36:28:23:33:36:27 chr2 110373938 . T G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00864901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.966;QD=17.2293;RBI=0.0267239;REFB=-0.0181941;REVB=0.0252856;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0104426;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:2:4:4:4:2:4 chr2 110374215 . T C 153.91 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00484081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6351;QD=14.3172;RBI=0.0347636;REFB=-0.0422129;REVB=0.0344249;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408974;STB=0.738346;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0190983;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:10:16:4:13:10:16 chr2 110375025 . C T 311.9 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00760934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8493;QD=16.6344;RBI=0.0229786;REFB=-0.00423768;REVB=-0.0216821;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201471;STB=0.612378;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00571407;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:30:11:16:18:30:11 chr2 110855123 . G T 321.34 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000495077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.401;QD=47.6052;RBI=0.0214412;REFB=-0.171174;REVB=0.0214355;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.624884;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00281529;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:0:2:24:25:0.925926:2:22:0:0:3:22:0:2 chr2 111907691 . T C 440.3 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00338079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4825;QD=16.9345;RBI=0.0270689;REFB=-0.0130199;REVB=-0.0268569;RO=55;SAF=31;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253647;STB=0.645773;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.014994;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:17:31:21:34:17:31:21:35 chr2 111908262 . G A 503.98 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0219983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.895;QD=18.8404;RBI=0.0255808;REFB=-0.0113797;REVB=-0.0130557;RO=54;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421136;STB=0.523296;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0147158;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:27:26:24:30:27:26:24:30 chr2 111908388 . C T 381.43 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0853363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.012;QD=27.7405;RBI=0.0859393;REFB=-0.00281454;REVB=-0.0101624;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758182;STB=0.545429;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000265822;OID=.;OPOS=111908388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:35:36:0.654545:17:18:12:7:18:18:12:7 chr2 112605302 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00365219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.235;QD=5.85756;RBI=0.025543;REFB=-0.00416909;REVB=-0.0252805;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10443;STB=0.567418;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0111377;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:15:17:4:5:15:17 chr2 112615933 . T C 55.31 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0200043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5035;QD=3.51176;RBI=0.0200524;REFB=-0.0124153;REVB=-0.00138902;RO=52;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770707;STB=0.561167;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0621103;OID=.;OPOS=112615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:52:53:10:10:0.15873:6:4:24:28:6:4:25:28 chr2 112641255 . TGA TA,TAA,TAG 113.53 PASS AF=0,0.545455,0.454545;AO=2,3,5;DP=11;FAO=0,6,5;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,4;FSAR=0,3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202693,-0.0196508,-0.0369459;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=151.984,164.829,65.4992;QD=41.2824;RBI=0.0382442,0.0808359,0.11662;REFB=0,0,0;REVB=0.0324311,0.078411,-0.110613;RO=0;SAF=0,2,4;SAR=2,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,0.0090972,-0.046161;OID=.,.,.;OPOS=112641256,112641256,112641256;OREF=G,G,GA;OALT=-,A,AG;OMAPALT=TA,TAA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.545455,0.454545:2,3,5:11:0,6,5:11:0:0,3,4:0,3,1:0:0:30:0:0,2,4:2,1,1:0:0 chr2 112705143 . A G 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00827871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.97;QD=15.738;RBI=0.00966641;REFB=-0.00674206;REVB=-0.00499024;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874776;STB=0.549262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0121129;OID=.;OPOS=112705143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:16:13:13:23:16:13:13:23 chr2 112751928 . G A 298.75 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00351962;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.047;QD=14.9373;RBI=0.0156753;REFB=-0.00700069;REVB=0.0152751;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390676;STB=0.533367;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00909541;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:47:32:33:0.4125:12:20:31:16:13:20:31:16 chr2 112754828 . G T 326.25 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00534162;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.483;QD=15.5357;RBI=0.0146442;REFB=-0.00534003;REVB=-0.0136352;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105471;STB=0.555525;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00744251;OID=.;OPOS=112754828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:48:35:36:0.428571:15:20:23:26:16:20:22:26 chr2 112755001 . A G 241.0 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00530357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.597;QD=21.4222;RBI=0.0124331;REFB=-0.028179;REVB=0.0112451;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141499;STB=0.597973;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0132613;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:13:9:12:9:14:9:13:9 chr2 112765973 . A G 330.08 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00380514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.565;QD=18.3375;RBI=0.0347555;REFB=-0.0186641;REVB=-0.0345465;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175014;STB=0.59743;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0203592;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:24:13:19:16:24:13 chr2 112776979 . C A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000498623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6082;QD=23.758;RBI=0.00523327;REFB=-0.0165417;REVB=0.00520947;RO=22;SAF=6;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139946;STB=0.578448;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0160984;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:20:6:8:14:20:6:8:14 chr2 112939548 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8764;QD=59.4302;RBI=0.0763435;REFB=0;REVB=0.0640026;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420939;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr2 113089267 . T C 439.19 PASS AF=0.47;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00321119;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5882;QD=17.5678;RBI=0.00804232;REFB=0.00951622;REVB=-0.00737341;RO=52;SAF=22;SAR=25;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138422;STB=0.581361;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0110594;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:53:47:47:0.47:25:22:32:20:25:22:33:20 chr2 113090047 . T C 492.39 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.012748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6031;QD=20.0977;RBI=0.0360337;REFB=-0.00457351;REVB=0.0337034;RO=49;SAF=29;SAR=19;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107902;STB=0.563387;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00677108;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:19:29:35:14:19:29:36:14 chr2 113091685 . T G 257.27 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0526337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3565;QD=16.0792;RBI=0.0563295;REFB=-0.0378227;REVB=-0.0200676;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057773;STB=0.538436;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0430706;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:18:11:11:23:18:11:11:24 chr2 113277949 . T C 393.27 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0143005;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.729;QD=22.1558;RBI=0.0224433;REFB=-0.0323154;REVB=0.0172973;RO=32;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840845;STB=0.546259;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0242354;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:16:23:22:10:16:23:22:10 chr2 113289032 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3466;QD=58.0601;RBI=0.0169903;REFB=0;REVB=-0.0133446;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89395e-05;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr2 113300001 . TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG T,TTGCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG 81.84 PASS AF=0.192308,0.0384615;AO=10,2;DP=53;FAO=10,2;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=5,0;FSAR=5,2;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0129434,-0.0131069;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=428.604,320.311;QD=6.29563;RBI=0.0133974,0.0184252;REFB=-0.00372733,-0.00493786;REVB=-0.00345815,-0.0129497;RO=40;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=22;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0613001,-0.437383;STB=0.51996,0.995042;STBP=0.914,0.187;TYPE=del,snp;VARB=0.0261686,-0.0203748;OID=.,.;OPOS=113300002,113300003;OREF=TCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TTGCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192308,0.0384615:10,2:53:10,2:52:40:5,0:5,2:21:19:69:40:5,0:5,2:22:18 chr2 113300032 . C T 44.51 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00672095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.741;QD=2.04649;RBI=0.0334866;REFB=-0.00295624;REVB=0.0328052;RO=77;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158142;STB=0.616208;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0204756;OID=.;OPOS=113300032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:77:77:10:10:0.114943:4:6:36:41:4:6:36:41 chr2 113344047 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0846373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.755;QD=15.7002;RBI=0.0900538;REFB=-0.00147131;REVB=-0.0307606;RO=19;SAF=1;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51649;STB=0.811041;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00563716;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:14:1:7:12:14:1:7:12 chr2 113346413 . C G 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00696198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.527;QD=5.26469;RBI=0.0110868;REFB=-0.00262938;REVB=0.00862837;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744729;STB=0.552917;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00865091;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:7:8:32:22:7:8:33:22 chr2 113404708 . G A 239.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00662567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.677;QD=20.806;RBI=0.0120644;REFB=-0.0210675;REVB=0.0100822;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446302;STB=0.525142;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0106373;OID=.;OPOS=113404708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:7:16:15:8:7:16:15:8 chr2 113482779 . A C 417.63 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5735;QD=53.8881;RBI=0.109772;REFB=-0.0285785;REVB=-0.106097;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000178088;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:17:13:0:0:17:13:0:1 chr2 113484319 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.121;QD=58.1404;RBI=0.0354851;REFB=0;REVB=0.021827;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139382;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr2 113498566 . A G 1584.05 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.901;QD=59.7755;RBI=0.0715224;REFB=0;REVB=0.014043;RO=0;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136975;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:69:35:0:0:69:37:0:0 chr2 113513825 . T C 1193.66 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208896;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.468;QD=61.2132;RBI=0.0211759;REFB=0;REVB=0.0210726;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57957e-05;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr2 113671378 . G T 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.624;QD=56.9529;RBI=0.0214071;REFB=0;REVB=-0.0108666;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4247e-05;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr2 113671410 . A G 746.99 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7324;QD=63.5735;RBI=0.087928;REFB=0;REVB=-0.0147453;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449493;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr2 113763463 . A C 481.42 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0162172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9567;QD=19.0662;RBI=0.0187783;REFB=-0.00622091;REVB=0.00946715;RO=49;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100344;STB=0.566238;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00407923;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:51:50:50:0.49505:20:30:24:25:20:30:24:27 chr2 113763575 . A G 1356.76 PASS AF=1;AO=66;DP=94;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407729;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.973;QD=61.6707;RBI=0.0680021;REFB=0;REVB=0.0544229;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362762;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:88:0:0:66:88:1:37:29:0:0:54:34:0:0 chr2 113789316 . C T 244.24 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000695222;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2687;QD=19.938;RBI=0.0428372;REFB=-0.0356908;REVB=-0.0428316;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465511;STB=0.512185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0344592;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:23:24:0.489796:14:9:11:14:14:10:11:14 chr2 113818520 . T C 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0360198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6336;QD=12.5659;RBI=0.0433115;REFB=-0.00919801;REVB=0.0240513;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237403;STB=0.62702;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00937564;OID=.;OPOS=113818520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:11:14:13:26:11:14:14:26 chr2 113831945 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.252;QD=56.9356;RBI=0.0314144;REFB=0;REVB=0.0288427;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149692;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr2 113832234 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0276433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.92;QD=5.95861;RBI=0.0337315;REFB=-0.0123064;REVB=-0.0193304;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128081;STB=0.583063;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0404602;OID=.;OPOS=113832234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:11:7:3:3:11:7 chr2 113832333 . C A 1550.69 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944104;FXX=0.0280348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.185;QD=59.6418;RBI=0.0205381;REFB=0;REVB=0.0182395;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00591489;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:37:65:0:0:37:67:0:0 chr2 113890304 . T C 1193.73 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858274;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.509;QD=61.2171;RBI=0.0319191;REFB=0;REVB=0.0307435;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166711;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr2 113940681 . T C 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0558193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3004;QD=24.0246;RBI=0.0686435;REFB=-0.0374212;REVB=-0.0399516;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355542;STB=0.519972;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0223387;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:3:5:8:6:3:5 chr2 113940839 . G C 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0107403;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=305.474;QD=24.517;RBI=0.0112003;REFB=-0.0158063;REVB=0.00317675;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168548;STB=0.518445;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0111792;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:22:27:27:0.55102:10:17:13:7:10:17:13:9 chr2 113943470 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0176321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.382;QD=14.0965;RBI=0.0625401;REFB=0.0182891;REVB=-0.0600031;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578274;STB=0.848297;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00495915;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:6:8:1:10:6:8 chr2 113955074 . G A 961.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.361;QD=58.2952;RBI=0.0432639;REFB=0;REVB=0.043154;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244156;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:24:41:0:0:25:41:0:0 chr2 113956371 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.527;QD=55.6561;RBI=0.0762528;REFB=0;REVB=0.0730286;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358595;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 114220055 . T C 805.49 PASS AF=0.384937;AO=92;DP=239;FAO=92;FDP=239;FR=.;FRO=147;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=0.00923913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.502;QD=13.4811;RBI=0.0160828;REFB=-0.0124109;REVB=0.0131642;RO=147;SAF=40;SAR=52;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974141;STB=0.554895;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0351524;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:147:147:92:92:0.384937:52:40:77:70:52:40:77:70 chr2 114256840 . C T 211.6 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0720484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8478;QD=35.267;RBI=0.0898699;REFB=0.00793993;REVB=0.053718;RO=5;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151596;STB=0.583844;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00142923;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:16:3:2:3:16:3:2:3 chr2 114256859 . C T 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0596384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.995;QD=23.3972;RBI=0.060042;REFB=0.0115282;REVB=-0.0069495;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.588042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00096236;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:0:3:7:1:0:3 chr2 114391721 . T C 300.51 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=0.0267506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.39;QD=19.0801;RBI=0.0269971;REFB=-0.00531412;REVB=0.00363944;RO=31;SAF=24;SAR=8;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502244;STB=0.778459;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115594;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:8:24:5:26:8:24:5:26 chr2 114392716 . C T 326.68 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00708333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.362;QD=24.1988;RBI=0.00732376;REFB=0.00202709;REVB=-0.00186116;RO=20;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088778;STB=0.508469;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000701339;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:21:32:33:0.611111:14:18:11:9:15:18:11:10 chr2 114763169 . C G 507.43 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0630259;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.843;QD=19.1484;RBI=0.0636706;REFB=-0.00407294;REVB=-0.0090378;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02647;STB=0.509471;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00237637;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:25:28:29:23:25:28:29:24 chr2 116099725 . A T 818.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-2.9803e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6487;QD=55.471;RBI=0.0103854;REFB=-0.131267;REVB=-0.0103854;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0039328;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr2 116510817 . G C 2639.99 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.795;QD=62.1175;RBI=0.0175638;REFB=0;REVB=0.00267115;RO=0;SAF=97;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33378e-05;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:73:97:0:0:73:97:0:0 chr2 116525960 . G A 1443.35 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.583;QD=62.7544;RBI=0.0214503;REFB=0;REVB=0.0143104;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214601;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:42:49:0:0:43:49:0:0 chr2 116600388 . A G 190.58 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00355813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9295;QD=14.6603;RBI=0.0037893;REFB=-0.0140752;REVB=0.00130325;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558771;STB=0.531886;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0253129;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:12:18:12:10:12:18 chr2 118583940 . C T 1539.06 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.762;QD=59.1944;RBI=0.044692;REFB=0;REVB=0.000211947;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691993;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:100:104:1:52:48:0:0:53:51:0:0 chr2 118589808 . C T 182.76 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00732709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.551;QD=43.0026;RBI=0.0109658;REFB=0.040437;REVB=-0.00815854;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000558224;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr2 118731573 . G A 636.74 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245673;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.375;QD=62.1211;RBI=0.0278241;REFB=0;REVB=0.0130625;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814562;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 118774082 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.965;QD=62.0207;RBI=0.0145763;REFB=0;REVB=0.0122027;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58704e-05;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr2 118774178 . G C 481.91 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0317205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5971;QD=53.5459;RBI=0.0356534;REFB=-0.0697502;REVB=0.0162781;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00291362;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:20:14:2:0:20:14:2:0 chr2 118866000 . G C 138.52 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00524036;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.365;QD=9.72086;RBI=0.00590098;REFB=0.00186852;REVB=0.00271296;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172414;STB=0.511798;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00204894;OID=.;OPOS=118866000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:39:18:18:0.315789:10:8:17:20:10:8:18:21 chr2 118866033 . G GA 126.3 PASS AF=0.64;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.116897;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.7799;QD=20.208;RBI=0.126893;REFB=-0.0215218;REVB=0.0493654;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.519975;STBP=0.814;TYPE=ins;VARB=0.0291027;OID=.;OPOS=118866034;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:16:33:16:25:9:8:8:5:4:53:17:8:8:8:9 chr2 119591588 . C G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0114058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.916;QD=19.9056;RBI=0.0120388;REFB=-0.0181253;REVB=0.00385237;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023322;STB=0.512957;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0161625;OID=.;OPOS=119591588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:11:17:18:13:11:17 chr2 119591683 . C A 319.09 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0883516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1538;QD=20.2598;RBI=0.107705;REFB=-0.0122581;REVB=0.0615987;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308972;STB=0.510313;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.012792;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:16:17:16:13:16:18:16:13 chr2 119600067 . C CT,CTG 49.0 PASS AF=0.538462,0;AO=5,2;DP=13;FAO=7,0;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0077809,-0.00829895;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=189.377,187.486;QD=15.0762;RBI=0.061044,0.0411905;REFB=0.0166175,0.0138039;REVB=0.0605461,0.0403458;RO=4;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28673,0;STB=0.666317,0.5;STBP=0.741,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0186142,0.0262835;OID=.,.;OPOS=119600068,119600068;OREF=-,-;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0:5,2:13:7,0:13:6:6,0:1,0:6:0:37:4:4,2:1,0:4:0 chr2 119748143 . C G 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00118595;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=183.337;QD=8.05001;RBI=0.0138756;REFB=0.00165833;REVB=-0.0138248;RO=40;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443667;STB=0.728294;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00345429;OID=.;OPOS=119748143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:45:18:18:0.285714:5:13:13:27:5:13:18:27 chr2 119915249 . T C 276.75 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.025212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.995;QD=13.3372;RBI=0.0288988;REFB=-0.0137448;REVB=-0.0141243;RO=50;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00568622;STB=0.501607;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0169305;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:20:12:19:31:20:12:19:32 chr2 119927405 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0141137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.3;QD=10.0341;RBI=0.0166352;REFB=-0.00271207;REVB=-0.00880544;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00246666;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr2 119927411 . G T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0227156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5271;QD=11.1031;RBI=0.0856902;REFB=0.0175858;REVB=0.0826245;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0170065;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr2 119988565 . G A 638.19 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.015266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.796;QD=22.0064;RBI=0.0232195;REFB=-0.0307551;REVB=-0.0174956;RO=51;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853409;STB=0.55416;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0346613;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:53:63:63:0.543103:30:33:32:19:30:33:34:19 chr2 120005569 . C T 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0127989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9319;QD=17.7619;RBI=0.0258697;REFB=-0.0114468;REVB=-0.0224818;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410206;STB=0.522924;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0179914;OID=.;OPOS=120005569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:20:25:20:19:20:25 chr2 120021785 . T C 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6105;QD=62.9061;RBI=0.0249004;REFB=0;REVB=0.0210597;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0022e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr2 120125029 . A G 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.02;QD=53.2672;RBI=0.0628041;REFB=0;REVB=0.0627473;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264563;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC 868.66 PASS AF=1;AO=59;DP=85;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218482;FXX=0.0922935;HRUN=0;LEN=6;MLLD=317.165;QD=58.892;RBI=0.0231668;REFB=0;REVB=-0.00770439;RO=23;SAF=11;SAR=48;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.09983e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:85:59:59:0:11:48:0:0:5:23:11:48:12:11 chr2 120199140 . A G 246.02 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118232;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.058;QD=51.7939;RBI=0.118683;REFB=0;REVB=-0.0103319;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109521;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 120303820 . A T 196.14 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0195341;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.402;QD=16.6926;RBI=0.0210768;REFB=0.00217959;REVB=-0.00791512;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873898;STB=0.539406;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00191701;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:12:14:9:11:13:14 chr2 120369300 . T C 820.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513615;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.67;QD=57.5687;RBI=0.0126772;REFB=0;REVB=0.0115902;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28628e-06;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr2 120388412 . G A 1132.27 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3942;QD=60.388;RBI=0.0528474;REFB=0;REVB=-0.0495962;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328967;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:43:30:0:0:44:31:0:0 chr2 120409616 . G T 323.53 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0133894;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.883;QD=16.5912;RBI=0.0135312;REFB=-0.00367449;REVB=0.00195385;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682381;STB=0.524215;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00464721;OID=.;OPOS=120409616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:43:34:35:0.448718:17:17:25:19:17:18:24:19 chr2 120438515 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0109464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.236;QD=11.9708;RBI=0.0119589;REFB=-0.0074054;REVB=-0.00481579;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827841;STB=0.548868;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0230153;OID=.;OPOS=120438515;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:17:16:7:10:17:16 chr2 120438523 . A G 394.39 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0158446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.43;QD=28.1707;RBI=0.0159435;REFB=-0.00734417;REVB=0.00177305;RO=19;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247856;STB=0.513506;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00424011;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:19:18:10:9:19:18:10:9 chr2 120438696 . A G 854.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404792;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.255;QD=57.9122;RBI=0.0418422;REFB=0;REVB=0.0105926;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227436;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr2 120439230 . C G 181.6 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0168763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8017;QD=16.5089;RBI=0.0255958;REFB=-0.0746401;REVB=0.0192441;RO=23;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298009;STB=0.611157;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0260053;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:25:18:19:0.431818:3:15:14:9:4:15:16:9 chr2 120439459 . C A 167.82 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00473301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.601;QD=15.611;RBI=0.00772315;REFB=0.00278396;REVB=0.00610292;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941938;STB=0.554315;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00452335;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:13:12:7:11:13:12 chr2 120704166 . G T 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00329586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.201;QD=10.9355;RBI=0.00519484;REFB=-0.0134882;REVB=0.00401542;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854562;STB=0.514688;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.022309;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:11:5:8:24:11:5:10:24 chr2 120830815 . A G 103.09 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.129426;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.671;QD=16.495;RBI=0.132776;REFB=-0.01497;REVB=0.029637;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144848;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0230677;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:6:6:4:8:6:6:4:9 chr2 120830820 . TG T 33.52 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0892276;FXX=0.049975;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.0643;QD=7.05743;RBI=0.143571;REFB=-0.0674749;REVB=-0.112477;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545356;STB=0.834892;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0302567;OID=.;OPOS=120830821;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:20:8:19:11:1:7:7:4:33:9:1:7:6:3 chr2 120885310 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00562249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.737;QD=15.219;RBI=0.0140473;REFB=-0.0101287;REVB=-0.012873;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190304;STB=0.598869;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00859949;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:16:15:27:13:16:15:27:14 chr2 120980428 . G C 304.4 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00661992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0325;QD=17.394;RBI=0.0870913;REFB=0.005636;REVB=0.0868393;RO=35;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128526;STB=0.57606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00774907;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:37:33:33:0.471429:10:23:20:15:10:23:21:16 chr2 121052134 . C A 310.57 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=109;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.00486586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.38;QD=11.2936;RBI=0.0325716;REFB=-0.00811603;REVB=-0.0322061;RO=69;SAF=17;SAR=21;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163653;STB=0.592187;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0171388;OID=.;OPOS=121052134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:69:71:38:39:0.354545:21:17:41:28:21:18:43:28 chr2 121106850 . C T 431.83 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00428072;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.269;QD=15.9936;RBI=0.00795377;REFB=-0.00677648;REVB=-0.00670358;RO=58;SAF=20;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203503;STB=0.519161;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00848937;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:60:48:48:0.444444:28:20:23:35:28:20:23:37 chr2 121223274 . C T 373.31 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00568066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.875;QD=12.3409;RBI=0.00568366;REFB=-0.0185361;REVB=0.000184468;RO=74;SAF=20;SAR=25;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903046;STB=0.551448;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0278366;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:76:45:45:0.371901:25:20:39:35:25:20:40:36 chr2 121726447 . G A 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.102;QD=63.2714;RBI=0.0699807;REFB=0;REVB=0.0119304;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320793;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr2 121746956 . G T 396.05 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00812081;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.372;QD=20.0532;RBI=0.0524324;REFB=-0.00483423;REVB=0.0517997;RO=38;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257441;STB=0.64979;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00887841;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:39:40:40:0.506329:28:12:22:16:28:12:23:16 chr2 121747406 . G A 103.9 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00896474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.523;QD=10.1367;RBI=0.0342385;REFB=-0.0169523;REVB=0.033044;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218554;STB=0.633261;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0564172;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:10:3:11:17:10:3:11:17 chr2 121747429 . A G 232.69 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00105933;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3913;QD=16.6209;RBI=0.0231598;REFB=-0.0281311;REVB=-0.0231356;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144729;STB=0.56978;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0283488;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:9:20:14:12:10:20 chr2 121749067 . G C 310.1 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0240276;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.111;QD=18.5134;RBI=0.0274309;REFB=-0.00384066;REVB=-0.0132337;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148753;STB=0.582982;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00703561;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:14:20:14:19:14:20 chr2 121948235 . C G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00521009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.644;QD=32.8218;RBI=0.00521845;REFB=0.00128583;REVB=-0.000295219;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=5.64142e-05;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr2 121948239 . A C 137.57 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00384052;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.601;QD=39.3055;RBI=0.0353807;REFB=-0.113577;REVB=0.0351716;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000757103;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr2 121948262 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0515662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.753;QD=25.7106;RBI=0.0597971;REFB=-0.0340206;REVB=0.0302756;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114837;STB=0.564417;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0130841;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:2:4:6:7:2:4 chr2 121948307 . A G 83.87 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0171042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.989;QD=10.1661;RBI=0.0601162;REFB=0.0278512;REVB=-0.0576316;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100164;STB=0.56033;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0596987;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:12:10:6:5:12:10 chr2 125192068 . T C 277.44 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00377474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.056;QD=18.4962;RBI=0.0385235;REFB=-0.0030907;REVB=0.0383381;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266241;STB=0.647611;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00245517;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:23:7:16:14:23:7 chr2 125746817 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2058;QD=62.02;RBI=0.061456;REFB=0;REVB=0.0456872;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085059;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 127453664 . A C 567.83 PASS AF=1;AO=20;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5132;QD=58.2387;RBI=0.12781;REFB=0;REVB=0.124233;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258476;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:20:39:1:3:17:0:0:20:19:0:0 chr2 127809874 . G A 543.04 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00429382;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.395;QD=20.8862;RBI=0.00440476;REFB=-0.00532277;REVB=0.000982344;RO=48;SAF=42;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206192;STB=0.631;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00439881;OID=.;OPOS=127809874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:48:49:55:55:0.528846:13:42:27:21:13:42:26:23 chr2 127816695 . C T 397.22 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320262;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0945;QD=56.7452;RBI=0.0394625;REFB=0;REVB=0.0230566;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061283;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 127821207 . G A 954.0 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261195;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.641;QD=58.7076;RBI=0.0467425;REFB=0;REVB=0.0466694;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047118;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 127826533 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.349;QD=58.1407;RBI=0.01312;REFB=0;REVB=0.00834202;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88556e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 127839434 . C T 498.17 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00865647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.526;QD=18.2813;RBI=0.023079;REFB=-0.0162667;REVB=0.021394;RO=56;SAF=13;SAR=40;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.550113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0158475;OID=.;OPOS=127839434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:40:13:18:38:40:13:18:38 chr2 128065066 . CTT CTC,CT 387.35 PASS AF=0.0689655,0.913793;AO=4,29;DP=63;FAO=4,53;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=2,20;FSAR=2,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0292184,-0.120834;FXX=0.256377;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=145.341,10.4002;QD=26.7137;RBI=0.030098,0.174946;REFB=0.00239142,0.0587242;REVB=-0.00722323,0.126512;RO=9;SAF=2,12;SAR=2,17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.300398,0.0876434;STB=0.599516,0.51219;STBP=0.533,0.281;TYPE=snp,del;VARB=0.0400569,-0.00779687;OID=.,.;OPOS=128065068,128065067;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.913793:4,29:63:4,53:58:1:2,20:2,33:1:0:19:9:2,12:2,17:2:7 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG 228.24 PASS AF=0.636364,0.012987,0.012987;AO=33,4,6;DP=82;FAO=49,1,1;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=22,1,1;FSAR=27,0,0;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0308942,-0.0674184,-0.0692607;FXX=0.104639;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=10.0547,10.9063,56.7592;QD=11.8564;RBI=0.16495,0.109416,0.0709958;REFB=-0.12778,-0.0829419,-0.00283663;REVB=-0.162031,-0.0861784,-0.0155999;RO=19;SAF=11,2,6;SAR=22,2,0;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.456311,0,0;SSSB=0.0132313,0.21571,0.766227;STB=0.563763,0.994126,0.994126;STBP=0.149,0.129,0.129;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0784139,0.032403,0.0794803;OID=.,.,.;OPOS=128065076,128065081,128065081;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA,TAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364,0.012987,0.012987:33,4,6:82:49,1,1:77:26:22,1,1:27,0,0:7:19:99:19:11,2,6:22,2,0:6:13 chr2 128180872 . G T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.681;QD=60.5997;RBI=0.0733876;REFB=0;REVB=0.0673538;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428031;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr2 128321770 . G A 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.002;QD=61.867;RBI=0.0405083;REFB=-0.12536;REVB=0.0106788;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000577558;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:1:0:54:38:1:0 chr2 128400608 . C T 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9511;QD=55.2204;RBI=0.048388;REFB=-0.104735;REVB=-0.0451175;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00196354;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:1:0:29:27:1:0 chr2 128408717 . G A 54.51 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0563086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.1;QD=24.2255;RBI=0.0641614;REFB=0.00278308;REVB=0.0307576;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00215959;OID=.;OPOS=128408717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:0:2:4:3:0:2 chr2 128460956 . G A 669.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.118;QD=62.3131;RBI=0.10154;REFB=0;REVB=0.0233078;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020543;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:20:23:0:0 chr2 128495645 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0241217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.051;QD=18.9137;RBI=0.0252269;REFB=-0.0123418;REVB=0.00738489;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129449;STB=0.560398;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0099216;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:28:29:0.508772:17:11:15:13:17:12:15:13 chr2 128522203 . A T 165.38 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00935742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.184;QD=12.4813;RBI=0.00956926;REFB=-0.0034968;REVB=-0.00200236;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541842;STB=0.547123;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00554429;OID=.;OPOS=128522203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:9:10:19:14:10:10:19:14 chr2 128522275 . GT G 65.58 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0327427;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.5848;QD=7.71522;RBI=0.050198;REFB=-0.0186285;REVB=0.0380494;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5266;STB=0.81578;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0330421;OID=.;OPOS=128522276;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:12:35:12:34:22:10:2:8:14:65:22:10:2:8:14 chr2 128526579 . T TTAAA 102.42 PASS AF=0.6875;AO=9;DP=73;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00559459;FXX=0.111049;HRUN=2;LEN=4;MLLD=138.357;QD=25.6042;RBI=0.0212305;REFB=-0.0929548;REVB=0.0204801;RO=61;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270547;STB=0.509417;STBP=0.999;TYPE=ins;VARB=0.0439895;OID=.;OPOS=128526580;OREF=-;OALT=TAAA;OMAPALT=TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:9:73:11:16:5:2:9:1:4:31:61:2:7:26:35 chr2 128608184 . C T 427.68 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9314;QD=51.8396;RBI=0.0506419;REFB=-0.0945194;REVB=0.0493722;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.538436;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00467254;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:12:19:0:1:12:19:0:2 chr2 128757995 . A C 309.7 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0211697;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.794;QD=20.9967;RBI=0.0212239;REFB=-0.0222488;REVB=-0.00151594;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940809;STB=0.552174;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0178043;OID=.;OPOS=128757995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:14:13:19:13:14:13 chr2 128849114 . T C 173.03 PASS AF=0.370968;AO=21;DP=60;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00675232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.366;QD=11.163;RBI=0.00717333;REFB=-0.0368939;REVB=0.00242134;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336437;STB=0.682777;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.055193;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:39:39:21:23:0.370968:8:13:12:27:9:14:12:27 chr2 128870808 . T C 179.61 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0107507;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.885;QD=14.9674;RBI=0.0107737;REFB=-0.00690388;REVB=-0.000703534;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652617;STB=0.537738;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0126681;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:15:14:8:11:15:14 chr2 128878014 . G A 336.41 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0186302;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2333;QD=32.0394;RBI=0.0197522;REFB=-0.0686052;REVB=0.00656242;RO=15;SAF=4;SAR=24;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504381;STB=0.72878;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0331472;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:14:28:28:0.666667:24:4:12:3:24:4:9:5 chr2 128934400 . T C 128.76 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00721961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.277;QD=12.5623;RBI=0.0109975;REFB=-0.017911;REVB=-0.00829598;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614915;STB=0.536035;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0303828;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:9:17:9:6:9:17 chr2 128939817 . G A 483.36 PASS AF=0.472727;AO=53;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00460097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4078;QD=17.5766;RBI=0.0467221;REFB=-0.0237559;REVB=0.046495;RO=57;SAF=35;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991545;STB=0.569186;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0264736;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:58:53:52:0.472727:18:35:32:25:17:35:32:26 chr2 129023201 . G T 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0338707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.112;QD=1.48412;RBI=0.0338716;REFB=0.000211313;REVB=-0.000245741;RO=76;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998892;STB=0.591484;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00192463;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:86:76:78:8:8:0.0930233:5:3:35:41:5:3:37:41 chr2 129023282 . G C 962.7 PASS AF=0.944444;AO=55;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00428713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8608;QD=53.4835;RBI=0.0225244;REFB=0.0148548;REVB=0.0221127;RO=4;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045936;STB=0.523249;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000742731;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:55:68:0.944444:39:16:0:4:41:27:0:4 chr2 129075877 . G T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00779241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.736;QD=3.64934;RBI=0.0357626;REFB=-0.00361767;REVB=-0.0349033;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519933;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0165135;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:4:2:10:20:4:2:11:20 chr2 129075961 . T C 44.11 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00961823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8004;QD=22.0562;RBI=0.0290411;REFB=-0.133994;REVB=0.0274021;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0129377;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:8:8:1:2:6:6:0.75:1:5:1:0:1:5:2:0 chr2 130738163 . G A 93.66 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00200995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.305;QD=10.4068;RBI=0.00780088;REFB=-0.0111817;REVB=0.00753749;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15701;STB=0.555981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0172261;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:36:24:24:11:12:0.333333:7:4:12:12:7:5:12:12 chr2 130739444 . TGAAGACG T 134.22 PASS AF=0.3;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0183777;FXX=0.0908953;HRUN=1;LEN=7;MLLD=256.329;QD=8.94815;RBI=0.0190024;REFB=-0.00714059;REVB=0.00483254;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863604;STB=0.588134;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.0153456;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:59:18:60:42:6:12:19:23:99:32:6:12:13:19 chr2 130739646 . TTAAC T 77.07 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00368372;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=274.212;QD=7.16899;RBI=0.0192956;REFB=-0.00637999;REVB=-0.0189407;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488446;STB=0.558539;STBP=0.604;TYPE=del;VARB=0.0137187;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:13:44:14:43:29:8:6:19:10:77:29:8:5:19:10 chr2 130739891 . T A 257.67 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0206226;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.175;QD=13.5613;RBI=0.0209014;REFB=-0.00565721;REVB=-0.00340234;RO=47;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15892;STB=0.574061;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00729781;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:46:29:30:0.394737:22:7:17:30:22:8:17:29 chr2 130949411 . G T 54.43 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934108;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.539;QD=36.2887;RBI=0.096484;REFB=0;REVB=-0.0241573;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114844;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 130951548 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.225;QD=57.0007;RBI=0.0519997;REFB=0;REVB=0.044577;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179813;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr2 130951566 . G A 854.8 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00273177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.53;QD=56.0523;RBI=0.0616808;REFB=-0.163699;REVB=0.0616203;RO=1;SAF=44;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106073;STB=0.505616;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0021277;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:16:44:1:0:16:44:1:0 chr2 131266530 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.446;QD=55.0984;RBI=0.0542753;REFB=0;REVB=0.0215187;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540766;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 131414176 . C T 282.36 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.019175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.499;QD=12.4114;RBI=0.0944637;REFB=-0.0184031;REVB=-0.0924971;RO=58;SAF=18;SAR=15;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458156;STB=0.5263;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.029556;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:15:18:34:24:15:18:34:24 chr2 131487673 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.518;QD=57.1775;RBI=0.0150378;REFB=0;REVB=0.00729769;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40847e-06;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr2 131520663 . T C 804.11 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117677;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.912;QD=57.4365;RBI=0.0140049;REFB=0;REVB=0.00759335;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01813e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr2 131672950 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.106;QD=43.4858;RBI=0.129451;REFB=0;REVB=0.0684159;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932349;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr2 131673316 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.616;QD=35.5753;RBI=0.0332866;REFB=0;REVB=0.0332354;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345032;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr2 131674285 . A G 1404.35 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0171855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.865;QD=58.5146;RBI=0.0238579;REFB=-0.042047;REVB=0.0165487;RO=4;SAF=51;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242284;STB=0.512794;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00126845;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:96:4:4:92:92:0.958333:41:51:1:3:41:51:1:3 chr2 132137239 . C T 1567.78 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00644679;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.48;QD=58.6088;RBI=0.0238956;REFB=-0.00263597;REVB=0.0230095;RO=1;SAF=62;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759342;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.59662e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:105:106:0.990654:43:62:1:0:44:62:1:0 chr2 132140090 . A C 2213.44 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00917159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7628;QD=61.0605;RBI=0.116032;REFB=-0.20847;REVB=0.115669;RO=3;SAF=91;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271451;STB=0.514284;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00393554;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:3:3:142:142:0.97931:51:91:0:3:51:91:0:3 chr2 132140200 . C A 2458.07 PASS AF=0.970414;AO=164;DP=171;FAO=164;FDP=169;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00907538;FXX=0.0116952;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.242;QD=58.1792;RBI=0.0090873;REFB=-0.0293514;REVB=0.000465345;RO=4;SAF=102;SAR=62;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586257;STB=0.50069;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=2.45555e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:171:169:4:5:164:164:0.970414:62:102:2:2:62:102:3:2 chr2 132141767 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.031;QD=56.9561;RBI=0.037603;REFB=0;REVB=0.0174597;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001645;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 132200256 . T C 669.07 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.553;QD=62.239;RBI=0.0225541;REFB=0;REVB=-0.0199252;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81617e-05;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr2 132200307 . G A 715.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225765;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.118;QD=57.2439;RBI=0.0400184;REFB=0;REVB=0.033042;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18702e-05;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr2 132200345 . C T 1290.45 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.986;QD=60.727;RBI=0.0582785;REFB=-0.118304;REVB=0.0271161;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193918;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:85:1:0:83:85:1:36:47:0:1:37:48:0:0 chr2 132200529 . A G 679.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3095;QD=61.7457;RBI=0.0422764;REFB=0;REVB=-0.0344226;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155819;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr2 132200935 . C T 101.12 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.397;QD=40.4497;RBI=0.117244;REFB=0;REVB=0.0256216;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037102;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr2 132201288 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.697;QD=53.2771;RBI=0.0215212;REFB=0;REVB=-0.0101622;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019385;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr2 132201468 . G A 1320.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.2453;QD=62.1512;RBI=0.0243347;REFB=0;REVB=0.0124793;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220975;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr2 132201582 . A G 1325.33 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6822;QD=60.9349;RBI=0.0617946;REFB=0.025839;REVB=-0.0569806;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00120242;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:36:49:0:0:36:50:1:0 chr2 132201663 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=64.4148;RBI=0.0268407;REFB=0;REVB=0.0251793;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139501;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr2 132201718 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.005;QD=60.2292;RBI=0.0139264;REFB=0;REVB=0.008137;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28586e-05;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 132201736 . C G 544.15 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0868057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3934;QD=54.4147;RBI=0.102439;REFB=-0.13079;REVB=-0.054392;RO=2;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584497;STB=0.531233;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0186345;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:15:23:0:2:15:23:0:2 chr2 132201862 . C G 1380.71 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.052601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.052;QD=59.3852;RBI=0.0528542;REFB=-0.166208;REVB=-0.00516716;RO=2;SAF=46;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201594;STB=0.510414;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00120697;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:90:91:0.978495:44:46:2:0:44:47:2:0 chr2 132201889 . C A 1432.54 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014971;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1427;QD=63.6683;RBI=0.0343818;REFB=0;REVB=0.0309512;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115077;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr2 132201930 . T C 1208.72 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9709;QD=61.2012;RBI=0.0245816;REFB=0;REVB=0.0178484;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239387;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:63:79:1:30:33:0:0:45:34:0:0 chr2 132229720 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.204;QD=51.182;RBI=0.0341972;REFB=0;REVB=0.0134734;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054853;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr2 132237983 . A G 99.39 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298416;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.836;QD=39.7543;RBI=0.034725;REFB=0;REVB=0.0177568;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375483;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 132248379 . T G 1047.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404521;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.976;QD=59.8668;RBI=0.0417289;REFB=0;REVB=-0.0102436;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39371e-05;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 132248582 . CTT CT,CTC 534.21 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=4,27;DP=37;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536801,-0.166607;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.1925,41.9169;QD=59.3561;RBI=0.0708937,0.167264;REFB=0,0;REVB=-0.0463073,0.014811;RO=0;SAF=2,7;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0236378,-0.00136659;OID=.,.;OPOS=132248583,132248584;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:4,27:37:1,35:36:0:0,14:1,21:0:0:5:0:2,7:2,20:0:0 chr2 132266142 . G C 1499.41 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278762;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.32;QD=59.9765;RBI=0.0334252;REFB=0;REVB=0.0184435;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222527;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr2 132274474 . G A 1662.51 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326699;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.416;QD=60.455;RBI=0.0494104;REFB=0;REVB=0.0370684;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113766;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:66:44:0:0:66:44:0:0 chr2 132275343 . G T 1418.2 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0286488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0869;QD=61.6609;RBI=0.0376383;REFB=-0.0289209;REVB=0.0244108;RO=1;SAF=64;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734996;STB=0.503875;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-9.13129e-05;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:27:64:1:0:27:64:1:0 chr2 132275396 . T C 1659.44 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.867;QD=60.3432;RBI=0.0257775;REFB=0;REVB=0.0156279;RO=0;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43909e-05;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:43:67:0:0:43:67:0:0 chr2 132277686 . C T 356.41 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7891;QD=54.8316;RBI=0.0597602;REFB=0;REVB=0.0276804;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197743;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr2 132277962 . T C 766.15 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6043;QD=63.8459;RBI=0.118432;REFB=0;REVB=0.0244364;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123501;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr2 132277984 . G A 652.93 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.209;QD=62.1842;RBI=0.102615;REFB=0;REVB=0.00539572;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125042;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:27:12:0:0:27:15:0:0 chr2 132286046 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.532;QD=39.2068;RBI=0.0204295;REFB=0;REVB=0.0146131;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533359;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr2 132286061 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9253;QD=40.762;RBI=0.0268322;REFB=0;REVB=0.0233159;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242584;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 132287824 . C T 878.92 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.884;QD=56.7046;RBI=0.0549035;REFB=0;REVB=0.0477342;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268216;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr2 133010762 . G A 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0374415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.928;QD=4.63004;RBI=0.0550762;REFB=0.00254227;REVB=0.0403921;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0482028;OID=.;OPOS=133010762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:15:9:3:3:15:9 chr2 133010778 . CG C 34.17 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0600773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2978;QD=4.40883;RBI=0.0646068;REFB=0.00560638;REVB=-0.0237646;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167716;STB=0.612546;STBP=0.57;TYPE=del;VARB=-0.05384;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:6:31:6:31:25:3:3:16:9:34:25:3:3:16:9 chr2 133010783 . A T 42.93 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00494235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4847;QD=5.3667;RBI=0.0192879;REFB=-0.0146632;REVB=-0.0186439;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348364;STB=0.522871;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0487843;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:15:10:3:4:15:10 chr2 133010796 . C T 33.85 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00133771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4739;QD=4.1031;RBI=0.031866;REFB=-0.0144294;REVB=-0.031838;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236404;STB=0.713471;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0555035;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:33:27:27:5:6:0.181818:1:4:17:10:1:5:17:10 chr2 133010802 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0593728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0632;QD=4.15597;RBI=0.0599154;REFB=0.006946;REVB=-0.00804561;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336576;STB=0.739834;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0332385;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:16:11:1:5:16:11 chr2 133010834 . TG CA 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0234386;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.113;QD=4.16606;RBI=0.0348484;REFB=-0.00499454;REVB=-0.0257883;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448861;STB=0.815013;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.021418;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:17:16:1:6:17:16 chr2 133010838 . G C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0210988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.576;QD=4.16583;RBI=0.0275183;REFB=-0.00554342;REVB=0.0176662;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448861;STB=0.815013;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0822276;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:17:16:1:6:17:16 chr2 133010847 . CA TG 51.42 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0271966;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.848;QD=5.27431;RBI=0.0629399;REFB=-0.0120443;REVB=-0.0567607;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510135;STB=0.843037;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.0440837;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:39:31:31:8:8:0.205128:1:7:15:16:1:7:15:16 chr2 133011929 . C T 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.045136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5717;QD=9.33467;RBI=0.0535531;REFB=0.00217291;REVB=0.0288215;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140939;STB=0.586069;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00111095;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:18:13:4:9:18:13 chr2 133011933 . G A 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00494081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.643;QD=2.77405;RBI=0.0148405;REFB=-0.00454198;REVB=-0.0139939;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717473;STB=0.553663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.017936;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:25:16:2:4:25:16 chr2 133011953 . T C 139.48 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0147413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8614;QD=12.3977;RBI=0.0252793;REFB=0.0111559;REVB=-0.0205362;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409656;STB=0.741268;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0250793;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:4:12:11:18:4:12:11:18 chr2 133011994 . T C 78.58 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0211175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.647;QD=6.41454;RBI=0.0235308;REFB=-0.00669864;REVB=-0.0103802;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489684;STB=0.807598;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0351169;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:3:8:11:26:3:8:11:27 chr2 133012005 . C T 57.48 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0482672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.188;QD=4.50858;RBI=0.048298;REFB=-0.00352069;REVB=0.00172252;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164396;STB=0.594396;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0224639;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:41:42:9:9:0.176471:5:4:13:28:5:4:14:28 chr2 133012007 . T C 87.69 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0176066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.065;QD=6.87791;RBI=0.0344866;REFB=-0.00532816;REVB=-0.0296536;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388686;STB=0.73651;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0291406;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:10:29:5:7:10:29 chr2 133012012 . C A 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0247434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7051;QD=12.2763;RBI=0.0280165;REFB=-0.0150889;REVB=0.0131411;RO=32;SAF=3;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32202;STB=0.69324;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0177756;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:14:3:13:19:14:3:13:19 chr2 133012019 . A C 49.18 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0459149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.013;QD=4.09849;RBI=0.0500489;REFB=-0.00388539;REVB=-0.0199177;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434144;STB=0.785153;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0354123;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:48:39:40:8:8:0.166667:3:5:10:29:3:5:10:30 chr2 133012022 . G A 32.39 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0743017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.146;QD=2.64391;RBI=0.0863486;REFB=-0.00566456;REVB=-0.0439924;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48416;STB=0.818477;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0484302;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:42:43:6:6:0.122449:2:4:10:32:2:4:11:32 chr2 133012026 . T C 40.5 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0079555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.258;QD=3.37495;RBI=0.0173028;REFB=-0.00053245;REVB=-0.0153654;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364896;STB=0.74519;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00868006;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:11:30:3:4:11:30 chr2 133012032 . A G 154.16 PASS AF=0.375;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00519807;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.06;QD=15.4155;RBI=0.0213977;REFB=0.00119835;REVB=-0.0207567;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202117;STB=0.619542;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000638499;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:23:23:15:15:0.375:12:3:8:15:12:3:8:15 chr2 133012034 . C G 200.48 PASS AF=0.307692;AO=14;DP=42;FAO=12;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0212401;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.77;QD=20.5624;RBI=0.105721;REFB=-0.00810185;REVB=0.103566;RO=15;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385534;STB=0.576783;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.197895;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:39:15:16:14:12:0.307692:13:1:4:11:10:2:4:12 chr2 133012061 . C T 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.000130673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.914;QD=3.33637;RBI=0.0181433;REFB=-0.000910999;REVB=-0.0181428;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23589;STB=0.654196;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00902023;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:45:47:8:8:0.145455:4:4:14:31:4:4:15:32 chr2 133012072 . G T 30.02 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00241391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.982;QD=2.14423;RBI=0.0104423;REFB=-0.00195077;REVB=0.0101595;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115965;STB=0.588998;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0155917;OID=.;OPOS=133012072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:20:30:3:3:20:30 chr2 133012078 . C T 61.4 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0203361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5824;QD=4.38544;RBI=0.0418311;REFB=-0.00789487;REVB=-0.0365551;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227146;STB=0.650059;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0534807;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:4:6:19:27:4:6:19:27 chr2 133012079 . G A 118.99 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0106459;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.762;QD=8.81392;RBI=0.0107995;REFB=-0.00360774;REVB=0.00181479;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227647;STB=0.637504;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00852209;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:38:38:16:16:0.296296:11:5:19:19:11:5:19:19 chr2 133012080 . A AC 194.44 PASS AF=0.54;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0022589;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5713;QD=15.5548;RBI=0.0310685;REFB=0.059119;REVB=0.0309862;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386212;STB=0.512967;STBP=0.882;TYPE=ins;VARB=-0.0489389;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54:26:55:27:50:23:11:16:10:13:99:28:11:15:13:15 chr2 133012099 . G A 133.79 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00649137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.08;QD=9.38868;RBI=0.00691084;REFB=0.000777279;REVB=0.00237105;RO=38;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197024;STB=0.609631;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00231651;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:12:6:19:19:12:6:19:20 chr2 133012111 . T C 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00898015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.029;QD=4.9049;RBI=0.0160657;REFB=-0.0010023;REVB=-0.0133215;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182575;STB=0.644164;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00842511;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:40:43:10:10:0.188679:4:6:18:22:4:6:18:25 chr2 133012126 . A C 66.9 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0141136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.346;QD=5.57502;RBI=0.0169309;REFB=-0.00559349;REVB=-0.00935212;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841328;STB=0.579671;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.023991;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:46:48:37:38:9:10:0.208333:4:5:18:19:4:6:19:19 chr2 133012130 . C T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00165804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.436;QD=3.37599;RBI=0.0038277;REFB=-0.00270647;REVB=0.00344996;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248949;STB=0.678486;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0124564;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:2:5:21:20:2:5:21:20 chr2 133012147 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0177005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.268;QD=4.28885;RBI=0.0256432;REFB=-0.00170851;REVB=-0.0185544;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150958;STB=0.583084;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00517271;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:2:5:18:12:2:5:20:12 chr2 133012170 . CC AA 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0169054;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=175.423;QD=15.7005;RBI=0.0172439;REFB=-0.000718852;REVB=0.00339986;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209193;STB=0.620001;STBP=0.227;TYPE=mnp;VARB=0.000722186;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:13:6:8:7:13:6 chr2 133012182 . C T 104.52 PASS AF=0.40625;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0268641;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.023;QD=13.0655;RBI=0.0306875;REFB=-0.0328396;REVB=0.0148339;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191819;STB=0.578833;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0359776;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:18:19:11:13:0.40625:5:6:13:5:5:8:14:5 chr2 133012250 . T C 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=81;FWDB=-0.0342973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.541;QD=1.08939;RBI=0.0520323;REFB=-0.00172384;REVB=-0.0391287;RO=103;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575355;STB=0.905838;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0481265;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:113:103:104:9:9:0.079646:2:7:23:80:2:7:23:81 chr2 133012267 . T C 1066.06 PASS AF=0.790909;AO=80;DP=107;FAO=87;FDP=110;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=70;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0104109;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.643;QD=38.7659;RBI=0.0250474;REFB=-0.0259313;REVB=0.0227812;RO=22;SAF=17;SAR=63;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199118;STB=0.606909;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00664494;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:22:23:80:87:0.790909:63:17:13:9:70:17:13:10 chr2 133012274 . T C 1088.46 PASS AF=0.790909;AO=87;DP=110;FAO=87;FDP=110;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=69;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00653321;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.276;QD=39.5802;RBI=0.00665497;REFB=-0.00595694;REVB=-0.00126718;RO=22;SAF=18;SAR=69;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213243;STB=0.611268;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0028254;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:22:23:87:87:0.790909:69:18:14:8:69:18:14:9 chr2 133012309 . A G 1115.33 PASS AF=0.782609;AO=89;DP=115;FAO=90;FDP=115;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0256413;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.925;QD=38.7942;RBI=0.0260402;REFB=-0.0354358;REVB=-0.00453998;RO=24;SAF=19;SAR=70;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211103;STB=0.604913;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014612;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:24:25:89:90:0.782609:70:19:15:9:70:20:15:10 chr2 133012350 . T C 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0222319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.241;QD=5.3758;RBI=0.0243074;REFB=-0.00246127;REVB=-0.00982815;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240748;STB=0.659901;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.015687;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:12:13:5:2:12:13 chr2 133012358 . G A 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0293606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.897;QD=5.95641;RBI=0.0302827;REFB=-0.00340101;REVB=-0.00741601;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0483799;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:8:10:3:3:8:10 chr2 133012369 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0412096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2291;QD=9.10937;RBI=0.0605871;REFB=-0.0232506;REVB=0.0444136;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0301293;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:7:9:5:3:7:9 chr2 133012401 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0412184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.147;QD=6.02683;RBI=0.0436847;REFB=0.000642228;REVB=0.0144707;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39655;STB=0.7495;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00339861;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:21:10:6:3:21:10 chr2 133012414 . G A 127.22 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00949397;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.711;QD=10.8274;RBI=0.00964085;REFB=-0.00245416;REVB=-0.00167646;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2949;STB=0.675823;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00537129;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:19:13:10:5:19:13 chr2 133012439 . A AGAAC,C 268.86 PASS AF=0.285714,0.107143;AO=24,9;DP=84;FAO=24,9;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=22,9;FSAR=2,0;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0160031,-0.0274516;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=246.245,75.5621;QD=12.8028;RBI=0.0239482,0.0419457;REFB=-0.00385864,0.0112282;REVB=-0.0178163,-0.0317152;RO=51;SAF=22,9;SAR=2,0;SRF=29;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.554969,0.66812;STB=0.837745,0.998595;STBP=0.001,0.001;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000732804,-0.0197391;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:24,9:24,9:0.285714,0.107143:2,0:22,9:29:22:2,0:22,9:29:22 chr2 133012457 . C T 38.82 PASS AF=0.0588235;AO=21;DP=357;FAO=21;FDP=357;FR=.;FRO=336;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=145;FSRR=191;FWDB=0.0139743;FXX=0.00279322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.91;QD=0.434938;RBI=0.0382206;REFB=-0.00336541;REVB=-0.0355743;RO=333;SAF=10;SAR=11;SRF=145;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429063;STB=0.542242;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0340707;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:357:357:333:336:21:21:0.0588235:11:10:145:188:11:10:145:191 chr2 133012458 . GT AC 4246.45 PASS AF=0.852055;AO=309;DP=366;FAO=311;FDP=365;FR=.;FRO=54;FSAF=135;FSAR=176;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00347704;FXX=0.00544944;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.918;QD=46.5364;RBI=0.0305343;REFB=-0.0371566;REVB=0.0303357;RO=54;SAF=135;SAR=174;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232927;STB=0.512669;STBP=0.246;TYPE=mnp;VARB=0.00489868;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:54:54:309:311:0.852055:174:135:28:26:176:135:28:26 chr2 133012504 . A G 7116.66 PASS AF=0.896175;AO=491;DP=548;FAO=492;FDP=549;FR=.;FRO=57;FSAF=238;FSAR=254;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.000771081;FXX=0.00181815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.528;QD=51.8518;RBI=0.0100144;REFB=-0.0291039;REVB=-0.00998467;RO=56;SAF=237;SAR=254;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103258;STB=0.506246;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00320871;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:549:56:57:491:492:0.896175:254:237:30:26:254:238:31:26 chr2 133012508 . T C 7727.23 PASS AF=0.944043;AO=493;DP=545;FAO=523;FDP=554;FR=.;FRO=31;FSAF=260;FSAR=263;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00598837;FXX=0.0124775;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.443;QD=55.7922;RBI=0.0487634;REFB=-0.0150412;REVB=0.0483943;RO=31;SAF=247;SAR=246;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126091;STB=0.506478;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000946597;OID=.;OPOS=133012508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:545:554:31:31:493:523:0.944043:246:247:19:12:263:260:19:12 chr2 133012516 . T G 6975.4 PASS AF=0.882149;AO=475;DP=541;FAO=509;FDP=577;FR=.;FRO=68;FSAF=260;FSAR=249;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0382961;FXX=0.00688456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7115;QD=48.3563;RBI=0.0385224;REFB=-0.0328533;REVB=0.00416969;RO=66;SAF=258;SAR=217;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761236;STB=0.503928;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00487636;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:541:577:66:68:475:509:0.882149:217:258:38:28:249:260:37:31 chr2 133012523 . A G 7744.9 PASS AF=0.912371;AO=530;DP=582;FAO=531;FDP=582;FR=.;FRO=51;FSAF=270;FSAR=261;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0296982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.476;QD=53.2295;RBI=0.0336336;REFB=-0.0232261;REVB=0.0157873;RO=51;SAF=269;SAR=261;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134795;STB=0.506993;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000837676;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:582:51:51:530:531:0.912371:261:269:30:21:261:270:30:21 chr2 133012542 . T C 7906.76 PASS AF=0.925734;AO=534;DP=581;FAO=536;FDP=579;FR=.;FRO=43;FSAF=277;FSAR=259;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0121614;FXX=0.00344228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.595;QD=54.6235;RBI=0.0207391;REFB=0.00235732;REVB=-0.0167992;RO=43;SAF=276;SAR=258;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586471;STB=0.503075;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000118008;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:581:579:43:43:534:536:0.925734:258:276:24:19:259:277:24:19 chr2 133012571 . T C 8219.63 PASS AF=0.940171;AO=549;DP=584;FAO=550;FDP=585;FR=.;FRO=35;FSAF=297;FSAR=253;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00267833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.236;QD=56.2026;RBI=0.0100797;REFB=-0.0186962;REVB=0.00971737;RO=35;SAF=296;SAR=253;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285701;STB=0.501548;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000957539;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:584:585:35:35:549:550:0.940171:253:296:18:17:253:297:18:17 chr2 133012612 . T C 3529.71 PASS AF=0.956522;AO=220;DP=233;FAO=242;FDP=253;FR=.;FRO=11;FSAF=132;FSAR=110;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0481926;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.648;QD=55.8057;RBI=0.0481996;REFB=-0.0152397;REVB=0.000824203;RO=13;SAF=116;SAR=104;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119058;STB=0.503982;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000599336;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:233:253:13:11:220:242:0.956522:104:116:7:6:110:132:5:6 chr2 133012642 . TT CC 236.55 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0248421;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=265.562;QD=27.8288;RBI=0.0427245;REFB=-0.0429107;REVB=0.0347599;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600218;STB=0.519982;STBP=0.729;TYPE=mnp;VARB=0.0271712;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:14:7:5:7:14:8:5:7 chr2 133012655 . A G 1020.17 PASS AF=0.870588;AO=74;DP=85;FAO=74;FDP=85;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-3.53389e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.153;QD=48.0078;RBI=0.0223661;REFB=-0.0174504;REVB=0.0223661;RO=11;SAF=30;SAR=44;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123746;STB=0.506577;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00223213;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:11:11:74:74:0.870588:44:30:5:6:44:30:5:6 chr2 133012674 . A G 1447.31 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129469;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.817;QD=57.319;RBI=0.0131982;REFB=-0.0243982;REVB=0.00256302;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172095;STB=0.500907;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000421982;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:2:2:99:99:0.980198:54:45:1:1:54:45:1:1 chr2 133012680 . A G 1271.65 PASS AF=0.87963;AO=95;DP=108;FAO=95;FDP=108;FR=.;FRO=13;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00202519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.227;QD=47.0982;RBI=0.0267842;REFB=-0.0196625;REVB=-0.0267075;RO=13;SAF=42;SAR=53;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221135;STB=0.511722;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00238639;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:108:13:13:95:95:0.87963:53:42:7:6:53:42:7:6 chr2 133012688 . A G 1247.76 PASS AF=0.863636;AO=94;DP=110;FAO=95;FDP=110;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00385443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.482;QD=45.373;RBI=0.0266465;REFB=-0.0179448;REVB=0.0263662;RO=15;SAF=43;SAR=51;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197854;STB=0.511079;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00236939;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:110:110:15:15:94:95:0.863636:51:43:8:7:52:43:8:7 chr2 133012691 . T C 1479.49 PASS AF=0.945455;AO=104;DP=110;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00846599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.043;QD=53.7996;RBI=0.00861574;REFB=-0.0452388;REVB=0.00159935;RO=5;SAF=47;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129735;STB=0.511794;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00156621;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:110:110:5:6:104:104:0.945455:57:47:3:2:57:47:4:2 chr2 133012712 . T C 1853.51 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00184336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.044;QD=58.8416;RBI=0.0205535;REFB=-0.0528456;REVB=0.0204707;RO=3;SAF=60;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698981;STB=0.50368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00131211;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:3:3:123:123:0.97619:63:60:1:2:63:60:1:2 chr2 133012716 . A G 1796.46 PASS AF=0.938462;AO=122;DP=134;FAO=122;FDP=130;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0111069;FXX=0.0298485;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.238;QD=55.2758;RBI=0.0127923;REFB=-0.0117156;REVB=0.00634671;RO=8;SAF=62;SAR=60;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301113;STB=0.515882;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000114288;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:134:130:8:8:122:122:0.938462:60:62:2:6:60:62:2:6 chr2 133012797 . C CCG 551.06 PASS AF=0.811321;AO=41;DP=118;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0208642;FXX=0.283745;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.3656;QD=41.5896;RBI=0.0724739;REFB=-0.0221622;REVB=0.0694057;RO=75;SAF=15;SAR=26;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356901;STB=0.550538;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=0.00707437;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811321:41:118:43:53:10:15:28:6:4:63:75:15:26:52:23 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC 584.93 PASS AF=0.104167,0.8125;AO=3,39;DP=66;FAO=5,39;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=1,15;FSAR=4,24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00863273,0.0135982;FXX=0.272686;HRUN=1,3;LEN=5,5;MLLD=76.941,165.306;QD=48.7445;RBI=0.0124428,0.0174052;REFB=0.024301,0.00817658;REVB=-0.00896096,0.0108641;RO=4;SAF=1,15;SAR=2,24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348651,-0.0659336;STB=0.760793,0.535298;STBP=0.154,0.162;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.009998,-0.00262842;OID=.,.;OPOS=133012798,133012799;OREF=TAAAC,AAACT;OALT=CGTCT,CTTGC;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:66:48:4:4:3,39:5,39:0.104167,0.8125:2,24:1,15:3:1:4,24:1,15:3:1 chr2 133012807 . A G 604.66 PASS AF=0.728571;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=70;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00726028;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.173;QD=34.5522;RBI=0.0180043;REFB=-0.0254967;REVB=0.0164755;RO=19;SAF=17;SAR=34;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487619;STB=0.526305;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.011584;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:19:19:51:51:0.728571:34:17:8:11:34:17:8:11 chr2 133012832 . T C 1036.56 PASS AF=0.802083;AO=76;DP=97;FAO=77;FDP=96;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0443038;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.15;QD=43.1901;RBI=0.0611331;REFB=0.0301774;REVB=-0.0421239;RO=19;SAF=27;SAR=49;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162304;STB=0.510285;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00873884;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:19:19:76:77:0.802083:49:27:6:13:49:28:6:13 chr2 133012839 . T C 1064.8 PASS AF=0.79798;AO=78;DP=98;FAO=79;FDP=99;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00853249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.235;QD=43.0222;RBI=0.0262516;REFB=-0.00677602;REVB=0.0248263;RO=20;SAF=30;SAR=48;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034484;STB=0.517237;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00257627;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:20:20:78:79:0.79798:48:30:6:14:49:30:6:14 chr2 133012866 . C A 38.33 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=0.0110118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.686;QD=1.41978;RBI=0.0115701;REFB=-0.000465272;REVB=-0.00355068;RO=97;SAF=4;SAR=6;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746657;STB=0.551082;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00897714;OID=.;OPOS=133012866;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:108:97:98:10:10:0.0925926:6:4:33:64:6:4:34:64 chr2 133012901 . T C 485.01 PASS AF=0.818182;AO=37;DP=45;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0134749;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.626;QD=44.0922;RBI=0.0166372;REFB=-0.0181323;REVB=0.00975826;RO=8;SAF=14;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845544;STB=0.544246;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00448801;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:44:8:8:37:36:0.818182:23:14:5:3:22:14:5:3 chr2 133012903 . TG CA,CG 277.72 PASS AF=0.0909091,0.5;AO=4,21;DP=43;FAO=4,22;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=1,8;FSAR=3,14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0114564,0.0251861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.574,56.9946;QD=25.2468;RBI=0.0117882,0.0257209;REFB=-0.00594712,-0.0190588;REVB=-0.00277728,0.00521803;RO=18;SAF=1,8;SAR=3,13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347015,-0.146124;STB=0.748753,0.588703;STBP=0.347,0.224;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00833253,0.00760424;OID=.,.;OPOS=133012903,133012903;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:44:18:18:4,21:4,22:0.0909091,0.5:3,13:1,8:10:8:3,14:1,8:10:8 chr2 133012923 . A T 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0173152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.051;QD=15.1731;RBI=0.0326452;REFB=-0.0270012;REVB=-0.0276748;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110527;STB=0.552263;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0212373;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:10:7:12:11:10:7:12:12 chr2 133012930 . A G 157.79 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0125731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.997;QD=16.6094;RBI=0.0175818;REFB=-0.00038803;REVB=0.0122897;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.555491;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00114326;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:8:8:12:9:9:8:12:9 chr2 133012945 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0233033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.705;QD=17.1564;RBI=0.0335473;REFB=-0.00498847;REVB=0.0241325;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00329566;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:11:9:9:8:11:9 chr2 133012982 . GT AC 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00293223;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.241;QD=17.2298;RBI=0.00997932;REFB=-0.00692071;REVB=-0.0095388;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=mnp;VARB=0.0210017;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:4:2:3:5:4:2 chr2 133012994 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00194186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.465;QD=12.0157;RBI=0.0244739;REFB=0.00487613;REVB=-0.0243967;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0082342;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr2 133013103 . C T 30.08 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0217717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6137;QD=10.0273;RBI=0.0248648;REFB=-0.0173561;REVB=-0.0120105;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0177493;OID=.;OPOS=133013103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr2 133013144 . A G 567.58 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.053396;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2844;QD=36.0371;RBI=0.0547206;REFB=-0.0247484;REVB=0.0119673;RO=14;SAF=23;SAR=25;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817412;STB=0.534869;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00383618;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:64:63:14:15:48:48:0.761905:25:23:4:10:25:23:5:10 chr2 133013145 . C T 39.74 PASS AF=0.123288;AO=8;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00937754;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.785;QD=2.17742;RBI=0.0333224;REFB=-0.00426823;REVB=-0.0319757;RO=62;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452081;STB=0.752583;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0560304;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:72:73:62:64:8:9:0.123288:7:1:30:32:7:2:32:32 chr2 133013175 . T G 1175.76 PASS AF=0.901099;AO=82;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0399138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.301;QD=51.6819;RBI=0.044779;REFB=-0.0299251;REVB=-0.0202989;RO=9;SAF=44;SAR=38;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172571;STB=0.509147;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00719138;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:9:9:82:82:0.901099:38:44:4:5:38:44:4:5 chr2 133013183 . A G 902.79 PASS AF=0.752688;AO=70;DP=94;FAO=70;FDP=93;FR=.;FRO=23;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00557721;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.247;QD=38.8296;RBI=0.00558156;REFB=-0.0154418;REVB=-0.000220278;RO=22;SAF=40;SAR=30;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093316;STB=0.55554;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00865524;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:22:23:70:70:0.752688:30:40:8:14:30:40:8:15 chr2 133013189 . A G 867.57 PASS AF=0.71875;AO=69;DP=96;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0499264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9455;QD=36.1488;RBI=0.06775;REFB=0.00629882;REVB=0.0457975;RO=26;SAF=39;SAR=30;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111755;STB=0.554934;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00198367;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:26:27:69:69:0.71875:30:39:9:17:30:39:10:17 chr2 133013201 . C G 1179.39 PASS AF=0.882979;AO=81;DP=93;FAO=83;FDP=94;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0240788;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.659;QD=50.1869;RBI=0.0244849;REFB=-0.00241868;REVB=0.00444114;RO=11;SAF=40;SAR=41;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293432;STB=0.518068;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000347877;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:94:11:11:81:83:0.882979:41:40:4:7:40:43:4:7 chr2 133013224 . A C 1037.22 PASS AF=0.860215;AO=77;DP=99;FAO=80;FDP=93;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00945042;FXX=0.0792001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.275;QD=44.6116;RBI=0.0152077;REFB=-0.0573782;REVB=0.0119148;RO=14;SAF=41;SAR=36;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050724;STB=0.532142;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00518766;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:99:93:14:13:77:80:0.860215:36:41:5:9:37:43:4:9 chr2 133013250 . C T 36.02 PASS AF=0.1;AO=8;DP=99;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0116386;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6413;QD=1.44073;RBI=0.0163109;REFB=-0.00020556;REVB=-0.0114276;RO=91;SAF=5;SAR=3;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972598;STB=0.560853;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00894023;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:99:100:91:90:8:10:0.1:3:5:49:42:4:6:48:42 chr2 133013266 . T G 521.92 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0272932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.892;QD=23.457;RBI=0.0306574;REFB=0.00154781;REVB=-0.0139628;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206583;STB=0.515812;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.000495041;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:40:48:49:0.550562:24:24:19:21:24:25:19:21 chr2 133013270 . A G 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00209398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.966;QD=20.9597;RBI=0.0112498;REFB=-0.0102528;REVB=-0.0110532;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631103;STB=0.52887;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00707185;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:20:23:18:21:20:23:19:21 chr2 133013286 . AG CA,CG 127.31 PASS AF=0.170213,0.170213;AO=8,8;DP=47;FAO=8,8;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5,5;FSAR=3,3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00922247,0.0159236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=188.841,95.0746;QD=10.8353;RBI=0.00926987,0.0172412;REFB=-0.0049943,-0.00470668;REVB=0.000936216,-0.00661041;RO=31;SAF=5,5;SAR=3,3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207796,0.207796;STB=0.636603,0.636603;STBP=0.434,0.434;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0302438,0.000861862;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:47:47:31:31:8,8:8,8:0.170213,0.170213:3,3:5,5:14:17:3,3:5,5:14:17 chr2 133013288 . T C 49.36 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.013707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8289;QD=4.20122;RBI=0.0140185;REFB=0.00035701;REVB=0.00293877;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168052;STB=0.614685;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00154405;OID=.;OPOS=133013288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:3:5:19:20:3:5:19:20 chr2 133013318 . A G 160.73 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0152813;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.615;QD=17.3765;RBI=0.0244933;REFB=-0.0175937;REVB=-0.0191417;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165154;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.026113;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:20:17:17:0.459459:6:11:9:10:6:11:10:10 chr2 133013324 . C A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0136306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.427;QD=9.83004;RBI=0.0142686;REFB=3.36004e-05;REVB=-0.00421888;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744569;STB=0.504497;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=3.96804e-05;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:15:11:5:7:15:11 chr2 133013327 . G T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0209071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.441;QD=10.4723;RBI=0.0269408;REFB=-0.0072634;REVB=-0.0169911;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481035;STB=0.528799;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0183007;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:15:9:5:7:15:9 chr2 133013332 . T C 43.16 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0239517;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3017;QD=4.93222;RBI=0.0398053;REFB=-0.00873651;REVB=0.0317928;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434702;STB=0.799041;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0626765;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:35:28:28:7:7:0.2:1:6:15:13:1:6:15:13 chr2 133013351 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0067279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.412;QD=10.5421;RBI=0.0197236;REFB=0.00234495;REVB=0.0185407;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819168;STB=0.549045;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00185046;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:13:8:5:6:13:8 chr2 133013378 . A G 111.82 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00762847;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.847;QD=14.4281;RBI=0.036804;REFB=-0.0493423;REVB=0.0360048;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448575;STB=0.502614;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0564002;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:18:12:13:0.419355:4:8:10:6:5:8:11:7 chr2 133013418 . A G 101.59 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0054798;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.937;QD=12.6988;RBI=0.0268412;REFB=-0.00242771;REVB=-0.0262759;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.562397;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0069009;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:20:20:12:12:0.375:6:6:12:8:6:6:12:8 chr2 133013449 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0227516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.607;QD=9.47554;RBI=0.0227963;REFB=-0.00404469;REVB=-0.00142753;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101142;STB=0.561915;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0222744;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:13:8:3:7:13:8 chr2 133013461 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0135469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.308;QD=7.04793;RBI=0.021661;REFB=-0.00525233;REVB=0.016902;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726634;STB=0.508906;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0195527;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:3:5:13:8:3:5:14:8 chr2 133013475 . A G 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00350945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.728;QD=9.83952;RBI=0.0293809;REFB=-0.0190519;REVB=-0.0291705;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0561123;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:13:7:4:6:13:7 chr2 133013513 . A C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=8;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0140533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.562;QD=11.8308;RBI=0.0434049;REFB=-0.0161252;REVB=0.0410669;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341689;STB=0.506318;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0271372;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:18:8:11:0.37931:2:6:4:6:5:6:10:8 chr2 133013541 . G A 34.29 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.013815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.685;QD=4.5715;RBI=0.0151965;REFB=-0.0110466;REVB=0.00633069;RO=24;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020103;STB=0.566449;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0598467;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:24:24:5:6:0.2:2:3:14:10:3:3:14:10 chr2 133013556 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0135463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.108;QD=6.78766;RBI=0.0272406;REFB=-0.0121009;REVB=-0.0236336;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127341;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0413561;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:14:9:4:4:14:9 chr2 133013567 . T C 98.71 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0216878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.483;QD=14.1018;RBI=0.0297159;REFB=-0.00957457;REVB=0.0203143;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0132416;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:9:16:11:12:0.428571:6:5:3:6:6:6:10:6 chr2 133013590 . A G 411.02 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.425;QD=56.6927;RBI=0.0569316;REFB=0;REVB=-0.002306;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269185;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr2 133013631 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0252215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8362;QD=5.3769;RBI=0.0420621;REFB=0.00060471;REVB=0.0336615;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.509065;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00133897;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:14:11:3:4:14:11 chr2 133013644 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0104448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.163;QD=10.7534;RBI=0.0305561;REFB=0.00862009;REVB=-0.0287155;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172223;STB=0.603015;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0077371;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:12:14:5:8:12:14 chr2 133013680 . G A 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00281174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8994;QD=27.8845;RBI=0.0174737;REFB=0.0189834;REVB=-0.017246;RO=18;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538181;STB=0.529394;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00700254;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:16:18:8:10:16:18:8:10 chr2 133013687 . T C 178.84 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0179011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.614;QD=15.22;RBI=0.0188749;REFB=-0.0138918;REVB=0.00598432;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639693;STB=0.536874;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0215142;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:15:13:10:9:15:13 chr2 133013695 . CA CG,TG 369.57 PASS AF=0.255319,0.425532;AO=11,20;DP=48;FAO=12,20;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=7,10;FSAR=5,10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00192274,-0.00914311;FXX=0.020829;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=108.928,151.778;QD=31.4527;RBI=0.0092603,0.0323489;REFB=-0.0103181,-0.0113811;REVB=-0.00905849,-0.0310299;RO=15;SAF=7,10;SAR=4,10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105065,-0.0255391;STB=0.528254,0.514271;STBP=0.785,0.848;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00870181,-0.00169638;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:47:15:15:11,20:12,20:0.255319,0.425532:4,10:7,10:8:7:5,10:7,10:8:7 chr2 133013704 . G A 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0295421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.405;QD=8.02167;RBI=0.0376177;REFB=-0.00878745;REVB=-0.0232886;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459111;STB=0.538402;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0189759;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:37:13:13:0.26:6:7:18:18:6:7:18:19 chr2 133013756 . G A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0170592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9186;QD=13.0357;RBI=0.0229653;REFB=0.00595807;REVB=-0.015375;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128634;STB=0.575138;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00980852;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:14:18:8:10:14:18 chr2 133014552 . C T 64.38 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0383051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3404;QD=9.90519;RBI=0.0515878;REFB=-0.020271;REVB=0.0345546;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0338912;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:5:11:4:5:6:11 chr2 133014592 . G A 42.98 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00234814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.977;QD=5.37235;RBI=0.00433708;REFB=-0.0166145;REVB=-0.00364643;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324794;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0523823;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:11:14:2:5:11:14 chr2 133014602 . GG CG,CT 134.96 PASS AF=0.481481,0.0740741;AO=13,2;DP=27;FAO=13,2;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7,1;FSAR=6,1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0280012,0.000566444;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=88.7747,123.867;QD=19.9947;RBI=0.0619398,0.008974;REFB=-0.0340069,-0.0127366;REVB=-0.0552492,-0.0089561;RO=12;SAF=7,1;SAR=6,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0322932,0;STB=0.51849,0.5;STBP=0.949,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00336538,0.0433635;OID=.,.;OPOS=133014602,133014602;OREF=G,GG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:13,2:13,2:0.481481,0.0740741:6,1:7,1:6:6:6,1:7,1:6:6 chr2 133014612 . A C 174.3 PASS AF=0.580645;AO=19;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0169881;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.852;QD=22.4903;RBI=0.0295299;REFB=-0.0222897;REVB=-0.0241541;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.507238;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0227973;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:19:18:0.580645:8:11:7:6:8:10:7:6 chr2 133014619 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0426527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.211;QD=8.51159;RBI=0.0600131;REFB=-0.00187967;REVB=0.0422175;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378198;STB=0.736329;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0112877;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:12:12:2:8:12:12 chr2 133014640 . C T 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0142622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.896;QD=8.62748;RBI=0.0295065;REFB=-0.00397159;REVB=0.0258306;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27817;STB=0.674641;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00605068;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:2:9:17:10:2:9:17:10 chr2 133014651 . A AC 172.89 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.111349;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9087;QD=22.3079;RBI=0.111352;REFB=-0.00681682;REVB=0.000832515;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177111;STB=0.612132;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=0.00809952;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419:20:37:21:31:10:15:6:4:6:51:16:15:5:9:7 chr2 133036619 . CC TG 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00250644;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.909;QD=3.54005;RBI=0.00862183;REFB=-0.00454099;REVB=0.00824947;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25372;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=mnp;VARB=0.0203355;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:4:2:17:14:4:2:17:15 chr2 133036630 . A G 137.73 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00816416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.228;QD=10.0165;RBI=0.0995613;REFB=-0.0199096;REVB=0.099226;RO=35;SAF=2;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584013;STB=0.851416;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.056219;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:16:2:20:15:16:2:21:16 chr2 133036632 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0367054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.356;QD=10.4742;RBI=0.0376493;REFB=-0.00501054;REVB=-0.00837773;RO=36;SAF=3;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513879;STB=0.799657;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0205793;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:16:3:21:15:16:3:21:16 chr2 133036650 . T G 482.27 PASS AF=0.6;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00697933;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8197;QD=25.7213;RBI=0.0316841;REFB=-0.0238631;REVB=0.0309059;RO=30;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141218;STB=0.577285;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0160061;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:30:30:45:45:0.6:28:17:17:13:28:17:17:13 chr2 133036661 . A AT 339.37 PASS AF=0.468354;AO=39;DP=85;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0299635;FXX=0.0246883;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.2882;QD=17.1832;RBI=0.044734;REFB=-0.0102294;REVB=-0.0332163;RO=45;SAF=13;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219276;STB=0.640965;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0109292;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468354:39:85:37:79:42:11:26:23:19:99:45:13:26:25:20 chr2 133036666 . AC A,AT 435.26 PASS AF=0.488372,0.0465116;AO=43,5;DP=88;FAO=42,4;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=17,3;FSAR=25,1;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0029517,0.000513689;FXX=0.0227247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.6592,108.514;QD=20.2449;RBI=0.0106909,0.00691824;REFB=0.00594911,-0.00487329;REVB=0.0102753,-0.00689914;RO=39;SAF=17,3;SAR=26,2;SRF=23;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168054,0.0120897;STB=0.583391,0.674073;STBP=0.12,0.567;TYPE=del,snp;VARB=-0.00309029,0.00981814;OID=.,.;OPOS=133036667,133036667;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372,0.0465116:43,5:88:42,4:86:40:17,3:25,1:23:17:99:39:17,3:26,2:23:16 chr2 133036669 . G T 489.01 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00775497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.951;QD=21.978;RBI=0.0431382;REFB=-0.00613601;REVB=-0.0424354;RO=40;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890961;STB=0.53749;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00656966;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:42:47:47:0.52809:25:22:23:17:25:22:23:19 chr2 133036693 . T G 902.54 PASS AF=0.737864;AO=76;DP=103;FAO=76;FDP=103;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00321749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.98;QD=35.0502;RBI=0.031537;REFB=-0.016;REVB=0.0313724;RO=25;SAF=37;SAR=39;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522657;STB=0.527692;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0041597;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:25:27:76:76:0.737864:39:37:15:10:39:37:16:11 chr2 133036695 . C A 54.25 PASS AF=0.117647;AO=13;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0138276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.85;QD=2.12763;RBI=0.0326835;REFB=-0.000131259;REVB=-0.0296144;RO=89;SAF=10;SAR=3;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357282;STB=0.734601;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00294587;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:89:90:13:12:0.117647:3:10:43:46:3:9:44:46 chr2 133036697 . A G 871.21 PASS AF=0.72549;AO=74;DP=101;FAO=74;FDP=102;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0203288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.525;QD=34.1649;RBI=0.0211728;REFB=-0.00539225;REVB=0.00591848;RO=27;SAF=36;SAR=38;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528336;STB=0.533077;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00263039;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:27:28:74:74:0.72549:38:36:16:11:38:36:17:11 chr2 133036704 . T C 581.29 PASS AF=0.558824;AO=56;DP=101;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=1.04106e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.721;QD=22.7956;RBI=0.000367284;REFB=-0.0102391;REVB=-0.000367136;RO=45;SAF=22;SAR=34;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221253;STB=0.615187;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00538592;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:45:56:57:0.558824:34:22:30:15:34:23:30:15 chr2 133036714 . A G 579.02 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00235441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.373;QD=21.6456;RBI=0.0144438;REFB=-0.0189011;REVB=0.0142506;RO=48;SAF=25;SAR=33;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176117;STB=0.600732;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0274956;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:49:58:58:0.542056:33:25:31:17:33:25:32:17 chr2 133036716 . G T 513.56 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00891751;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.784;QD=19.7524;RBI=0.0216553;REFB=-0.0218067;REVB=0.019734;RO=49;SAF=21;SAR=32;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238972;STB=0.612606;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0191075;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:49:51:53:53:0.509615:32:21:33:16:31:22:33:18 chr2 133036720 . T C 66.23 PASS AF=0.135922;AO=13;DP=102;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0273931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.807;QD=2.57208;RBI=0.0292846;REFB=-0.00363985;REVB=-0.0103542;RO=89;SAF=10;SAR=3;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346064;STB=0.761518;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0154397;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:102:103:89:89:13:14:0.135922:3:10:44:45:3:11:44:45 chr2 133036742 . T C 298.47 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00368613;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0745;QD=15.9185;RBI=0.00580526;REFB=-0.0178117;REVB=0.0044848;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184622;STB=0.51041;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0164844;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:12:21:26:16:12:21:26:16 chr2 133036757 . A G 137.44 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00949318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5047;QD=9.16296;RBI=0.0272282;REFB=-0.0120866;REVB=-0.0255196;RO=41;SAF=17;SAR=2;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440346;STB=0.770315;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0436729;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:2:17:26:15:2:17:26:15 chr2 133036777 . A G 90.41 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00978221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.481;QD=7.86132;RBI=0.0239589;REFB=-0.00280059;REVB=-0.0218709;RO=34;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325508;STB=0.707151;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0111504;OID=.;OPOS=133036777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:2:10:21:13:2:10:21:13 chr2 133036787 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0120202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.266;QD=16.884;RBI=0.0416224;REFB=0.0042756;REVB=-0.0398489;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249131;STB=0.644946;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00522717;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:3:12:10:7:3:12:10:7 chr2 133036797 . A AAGC 46.45 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0036019;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=3;MLLD=221.179;QD=8.44478;RBI=0.0118944;REFB=0.00914291;REVB=0.0113359;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155554;STB=0.633402;STBP=0.464;TYPE=ins;VARB=-0.0248304;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:31:7:22:15:5:2:8:7:46:23:4:3:16:7 chr2 133036812 . T C 45.68 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00910295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.167;QD=7.61305;RBI=0.0100168;REFB=0.000831796;REVB=-0.00418007;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00789125;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:8:9:2:5:8:9 chr2 133036828 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0293791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.237;QD=9.57124;RBI=0.0383287;REFB=-0.0281426;REVB=-0.0246163;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0425899;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:7:8:3:5:7:8 chr2 133036840 . C T 95.91 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00561189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.906;QD=16.6792;RBI=0.0159089;REFB=-0.00580595;REVB=0.0148862;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419664;STB=0.745189;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0463314;OID=.;OPOS=133036840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:9:9:7:7:0.304348:3:4:1:8:3:4:1:8 chr2 133036856 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0130115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.798;QD=6.57358;RBI=0.0241602;REFB=-0.000229192;REVB=-0.0203572;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000176746;OID=.;OPOS=133036856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:7:9:3:3:7:9 chr2 133036858 . C G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.023294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.293;QD=6.57349;RBI=0.0439823;REFB=-0.0142543;REVB=-0.0373073;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0300383;OID=.;OPOS=133036858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:7:9:3:3:7:9 chr2 133037140 . G A 49.61 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.015635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.705;QD=15.2646;RBI=0.0156956;REFB=0.0284385;REVB=0.00137816;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0113156;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:6:0:1:6:6:0 chr2 133037146 . GAAAAAAC GAAAAAAT,GAAAAAC 63.38 PASS AF=0.545455,0.363636;AO=3,4;DP=11;FAO=6,4;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5,4;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334818,-0.0945242;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=61.6185,8.28784;QD=23.0475;RBI=0.0345701,0.19221;REFB=-0.0121677,-0.031095;REVB=0.00860569,-0.167361;RO=1;SAF=2,4;SAR=1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.413793;SSSB=-0.163246,0;STB=0.54531,0.5;STBP=0.659,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0436439,0.150561;OID=.,.;OPOS=133037153,133037147;OREF=C,A;OALT=T,-;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.545455,0.363636:3,4:11:6,4:11:1:5,4:1,0:1:0:21:1:2,4:1,0:1:0 chr2 133037226 . T C 90.84 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000694473;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.254;QD=17.3037;RBI=0.00180161;REFB=-0.0195554;REVB=0.00166238;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0201988;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:9:10:10:11:0.52381:6:4:4:5:7:4:5:5 chr2 133037311 . C A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0105883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9457;QD=23.8192;RBI=0.0108051;REFB=0.0156165;REVB=-0.00215367;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194558;STB=0.608199;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00784604;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:5:12:10:12:5:12 chr2 133037397 . C T 217.6 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00954826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.21;QD=22.9057;RBI=0.0195572;REFB=-0.0260157;REVB=0.017068;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558936;STB=0.519066;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0179017;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:12:9:8:8:12:9:8:9 chr2 133037512 . C T 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=47;FWDB=-0.0204495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.938;QD=2.14594;RBI=0.0289362;REFB=-0.00181615;REVB=-0.0204725;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318792;STB=0.721762;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0138032;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:48:50:6:6:0.107143:5:1:3:45:5:1:3:47 chr2 133037534 . C G 685.91 PASS AF=0.808824;AO=55;DP=68;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00250038;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.104;QD=40.3475;RBI=0.00279029;REFB=-0.0109434;REVB=-0.00123848;RO=10;SAF=1;SAR=54;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407314;STB=0.713548;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00184284;OID=.;OPOS=133037534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:10:13:55:55:0.808824:54:1:2:8:54:1:2:11 chr2 133037538 . A C 852.36 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0178984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.128;QD=48.7064;RBI=0.0218137;REFB=0.0126137;REVB=0.0124693;RO=7;SAF=1;SAR=62;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269887;STB=0.645774;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00298178;OID=.;OPOS=133037538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:62:1:1:6:62:1:1:6 chr2 133037558 . T TTTTAA 862.13 PASS AF=0.96875;AO=58;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000885232;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=246.692;QD=53.8828;RBI=0.0170773;REFB=0.0120364;REVB=-0.0170544;RO=4;SAF=1;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319677;STB=0.508062;STBP=0.603;TYPE=ins;VARB=0.000255525;OID=.;OPOS=133037559;OREF=-;OALT=TTTAA;OMAPALT=TTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:58:66:62:64:2:1:61:0:2:6:4:1:57:0:4 chr2 133037568 . T C 832.53 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00382814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9236;QD=54.5921;RBI=0.00603809;REFB=0.00968362;REVB=0.00466946;RO=1;SAF=1;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806833;STB=0.5042;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000632014;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:58:1:0:1:59:1:0:1 chr2 133037582 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.097;QD=63.5818;RBI=0.00804454;REFB=0;REVB=0.00804454;RO=0;SAF=0;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16025e-06;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:47:0:0:0:47:0:0:0 chr2 133037584 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1046;QD=62.6696;RBI=0.0157707;REFB=0;REVB=-0.0157707;RO=0;SAF=0;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145567;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:44:0:0:0:44:0:0:0 chr2 133037592 . CTA C 418.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.08;QD=57.7457;RBI=0.0103006;REFB=0;REVB=0.0103006;RO=0;SAF=0;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.37813e-05;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:0:29:0:0:4:0:0:29:0:0 chr2 133037609 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.738;QD=44.6873;RBI=0.0163378;REFB=0;REVB=-0.0163378;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317807;OID=.;OPOS=133037609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr2 133037612 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0556;QD=39.204;RBI=0.0342546;REFB=0;REVB=0.0342546;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130276;OID=.;OPOS=133037612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr2 133037683 . AGGGGGGG AGTGGGGA,GAGGGGGG 38.03 PASS AF=0.153846,0.307692;AO=2,2;DP=13;FAO=2,4;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2,3;FSAR=0,1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0157144,0.0235656;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=6,2;MLLD=289.784,25.0903;QD=11.7;RBI=0.0383633,0.129337;REFB=-0.00729115,-0.0880538;REVB=-0.0349971,0.127172;RO=5;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.576642;STB=0.5,0.768462;STBP=1,0.806;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00677493,0.174296;OID=.,.;OPOS=133037685,133037683;OREF=GGGGGG,AG;OALT=TGGGGA,GA;OMAPALT=AGTGGGGA,GAGGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:13:13:5:7:2,2:2,4:0.153846,0.307692:0,1:2,1:5:0:0,1:2,3:7:0 chr2 133037783 . G T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00531731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.748;QD=14.2606;RBI=0.0309196;REFB=-0.0198486;REVB=0.030459;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292524;OID=.;OPOS=133037783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:12:11:8:8:12:12 chr2 133037812 . A G 454.27 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.793;QD=55.0624;RBI=0.0591352;REFB=-0.144126;REVB=-0.0508248;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00109118;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:1:0:19:13:1:0 chr2 133038166 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0158794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0488;QD=9.11034;RBI=0.0631188;REFB=0.0147314;REVB=0.0610886;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266321;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00762481;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:6:10:3:5:6:10 chr2 133038179 . AG CC,CT 102.01 PASS AF=0.1875,0.21875;AO=6,7;DP=32;FAO=6,7;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5,4;FSAR=1,3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0211408,-0.026629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=98.2404,147.027;QD=12.7515;RBI=0.0231526,0.0266493;REFB=-0.00706085,-0.00719265;REVB=-0.00943979,0.00104029;RO=19;SAF=5,4;SAR=1,3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44328,0.111678;STB=0.796042,0.571225;STBP=0.113,0.723;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.000429508,0.0293556;OID=.,.;OPOS=133038179,133038179;OREF=AG,AG;OALT=CC,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:32:32:19:19:6,7:6,7:0.1875,0.21875:1,3:5,4:9:10:1,3:5,4:9:10 chr2 133038188 . T C 131.92 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00980392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.983;QD=14.6578;RBI=0.0714703;REFB=-0.00227746;REVB=-0.0707947;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125611;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000134058;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:10:11:6:9:10:11 chr2 133038221 . C T 32.94 PASS AF=0.136364;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0111665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.144;QD=2.99493;RBI=0.0321107;REFB=-0.00156181;REVB=0.0301065;RO=37;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389545;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0102057;OID=.;OPOS=133038221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:44:37:38:5:6:0.136364:1:4:17:20:2:4:18:20 chr2 133038228 . C T 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0101183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.214;QD=9.89707;RBI=0.0148405;REFB=-0.0144321;REVB=-0.0108564;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185179;STB=0.622464;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0311638;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:9:5:16:15:9:5:17:15 chr2 133038234 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0196624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.149;QD=6.73524;RBI=0.0199189;REFB=-0.000903107;REVB=0.00318636;RO=36;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315997;STB=0.70082;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00310883;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:8:3:19:17:8:3:19:17 chr2 133038264 . G A 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0288356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.444;QD=6.80508;RBI=0.0566178;REFB=-0.00230037;REVB=0.0487246;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51293;STB=0.834964;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00643692;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:8:1:13:14:8:1:13:14 chr2 133038365 . G T 82.3 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00853289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.1573;QD=9.1443;RBI=0.0226826;REFB=0.0168213;REVB=0.0210165;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209603;STB=0.628965;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00571586;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:11:14:8:3:11:14 chr2 133038366 . C T 240.14 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0509094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.149;QD=28.2521;RBI=0.0510966;REFB=-0.0192472;REVB=0.0043697;RO=11;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137565;STB=0.588157;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0156291;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:11:12:22:22:0.647059:11:11:3:8:11:11:3:9 chr2 133038378 . A G 74.75 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0117972;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.486;QD=10.3103;RBI=0.0119455;REFB=-0.00888703;REVB=0.00187643;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0309173;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:17:19:9:10:0.344828:5:4:8:9:5:5:9:10 chr2 133038383 . GC AT 75.25 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00670673;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.429;QD=11.1485;RBI=0.00719731;REFB=-0.0197977;REVB=-0.00261173;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=mnp;VARB=0.0209144;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:5:5:6:9:5:5:7:10 chr2 133038400 . GA G 36.96 PASS AF=0.3125;AO=11;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0274493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1788;QD=4.62042;RBI=0.133987;REFB=-0.0388445;REVB=-0.131145;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054687;STB=0.526264;STBP=0.864;TYPE=del;VARB=0.0758039;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:11:32:10:32:22:6:4:14:8:36:19:7:4:12:7 chr2 133038421 . G C 190.48 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0293801;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.829;QD=20.5919;RBI=0.0307886;REFB=-0.0105591;REVB=-0.00920576;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293275;STB=0.636178;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0240142;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:15:15:0.405405:5:10:4:9:5:10:6:9 chr2 133038491 . T C 109.84 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00539607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4434;QD=7.32236;RBI=0.00540664;REFB=-0.00010899;REVB=0.000337875;RO=44;SAF=13;SAR=3;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240566;STB=0.64979;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000191305;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:3:13:29:15:3:13:29:15 chr2 133038501 . G A 110.87 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0102258;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.587;QD=7.51629;RBI=0.016717;REFB=-0.00364405;REVB=-0.0132246;RO=43;SAF=12;SAR=4;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788929;STB=0.548324;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00853195;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:43:43:16:16:0.271186:4:12:30:13:4:12:30:13 chr2 133038515 . A G 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0110114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.395;QD=7.13202;RBI=0.0174646;REFB=-0.00197402;REVB=0.0135559;RO=45;SAF=10;SAR=6;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147523;STB=0.588938;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00765994;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:6:10:33:12:6:10:33:12 chr2 133038530 . A G 102.08 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.012914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.128;QD=5.91789;RBI=0.0388873;REFB=-0.0149117;REVB=0.0366804;RO=53;SAF=10;SAR=6;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183781;STB=0.612119;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0576878;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:53:53:16:16:0.231884:6:10:40:13:6:10:40:13 chr2 133038543 . A G 101.55 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00121984;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.505;QD=5.72085;RBI=0.0189065;REFB=-0.00701263;REVB=0.0188671;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947568;STB=0.573682;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0192714;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:35:20:7:9:36:19 chr2 133038569 . T C 101.05 PASS AF=0.191011;AO=17;DP=89;FAO=17;FDP=89;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0149849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.43;QD=4.54173;RBI=0.0199526;REFB=-0.0066576;REVB=-0.0131741;RO=72;SAF=9;SAR=8;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141047;STB=0.589711;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0271337;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:72:72:17:17:0.191011:8:9:46:26:8:9:46:26 chr2 133038580 . C T 147.65 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=99;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0283252;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.95;QD=6.02646;RBI=0.0308781;REFB=-0.00902218;REVB=0.012294;RO=76;SAF=10;SAR=12;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220021;STB=0.63492;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0192599;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:76:76:22:22:0.22449:12:10:48:28:12:10:48:28 chr2 133038625 . G A 109.9 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.00928314;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.631;QD=4.72678;RBI=0.0220558;REFB=-0.0100324;REVB=-0.0200071;RO=74;SAF=7;SAR=11;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19029;STB=0.626195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0503729;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:74:75:18:18:0.193548:11:7:40:34:11:7:41:34 chr2 133038681 . T C 31.53 PASS AF=0.0681818;AO=12;DP=175;FAO=12;FDP=176;FR=.;FRO=164;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=139;FWDB=-0.0156883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=0.716503;RBI=0.0158814;REFB=-0.00112295;REVB=-0.00246891;RO=163;SAF=3;SAR=9;SRF=25;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170939;STB=0.637745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0194235;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:175:176:163:164:12:12:0.0681818:9:3:25:138:9:3:25:139 chr2 133038686 . A G 1413.39 PASS AF=0.683908;AO=119;DP=175;FAO=119;FDP=174;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=111;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00444001;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.88;QD=32.4917;RBI=0.0150965;REFB=-0.00928221;REVB=0.0144288;RO=54;SAF=8;SAR=111;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416642;STB=0.726798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00246789;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:54:55:119:119:0.683908:111:8:20:34:111:8:20:35 chr2 133038693 . A T 1166.08 PASS AF=0.617647;AO=105;DP=170;FAO=105;FDP=170;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=100;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0050054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.162;QD=27.4372;RBI=0.00531171;REFB=0.00813463;REVB=0.0017777;RO=64;SAF=5;SAR=100;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524285;STB=0.790552;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00373119;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:64:65:105:105:0.617647:100:5:22:42:100:5:22:43 chr2 133038728 . CTA CGA,GGC 452.87 PASS AF=0.666667,0.181818;AO=22,6;DP=33;FAO=22,6;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=13,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597471,0.0203648;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=89.7367,99.0005;QD=54.8933;RBI=0.0671457,0.0223524;REFB=0,0;REVB=0.0306403,0.00921431;RO=0;SAF=9,0;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0128115,-0.0138903;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CTA;OALT=G,GGC;OMAPALT=CGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:33:33:0:0:22,6:22,6:0.666667,0.181818:13,6:9,0:0:0:13,6:9,0:0:0 chr2 133038886 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.542;QD=51.9167;RBI=0.0543033;REFB=0;REVB=-0.0529438;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351372;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr2 133038925 . A G 52.36 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00892316;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1502;QD=5.81768;RBI=0.0418253;REFB=-0.0114117;REVB=0.0408624;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348968;STB=0.754139;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0173875;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:27:28:8:8:0.222222:1:7:18:9:1:7:18:10 chr2 133038946 . C T 32.56 PASS AF=0.15;AO=5;DP=39;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.020996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.993;QD=3.25553;RBI=0.0210974;REFB=-0.00742583;REVB=0.0020661;RO=34;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212392;STB=0.518456;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0450415;OID=.;OPOS=133038946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:40:34:34:5:6:0.15:1:4:22:12:2:4:22:12 chr2 133038998 . A G 57.45 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0119704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.234;QD=4.50562;RBI=0.0162503;REFB=-0.00529065;REVB=-0.01099;RO=42;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489281;STB=0.821211;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0326863;OID=.;OPOS=133038998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:7:2:27:15:7:2:27:15 chr2 133039014 . A G 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.018244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.102;QD=7.98215;RBI=0.0258457;REFB=-0.00807679;REVB=-0.0183072;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130848;STB=0.578851;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0333802;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:25:16:8:8:25:16 chr2 133039048 . A G 115.55 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00720884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.644;QD=10.0474;RBI=0.0142819;REFB=-0.0127969;REVB=0.0123291;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072975;STB=0.576372;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.02609;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:14:15:0.326087:6:8:19:11:7:8:20:11 chr2 133039061 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0109884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3923;QD=11.0161;RBI=0.0286851;REFB=0.000175069;REVB=0.026497;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160611;STB=0.595107;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=8.90265e-05;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:18:10:7:7:18:10 chr2 133039063 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0239886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.653;QD=11.0156;RBI=0.0240029;REFB=0.00515343;REVB=-0.000827597;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160611;STB=0.595107;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0129628;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:18:10:7:7:18:10 chr2 133039074 . AT GC 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00326385;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.949;QD=12.6376;RBI=0.0227235;REFB=-0.00667251;REVB=-0.0224879;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154159;STB=0.509077;STBP=0.946;TYPE=mnp;VARB=0.0108238;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:11:10:6:7:11:10 chr2 133039087 . A G 155.96 PASS AF=0.472222;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0328622;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.151;QD=17.3291;RBI=0.0333647;REFB=-0.0225626;REVB=-0.00576893;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.621118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0276448;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:19:19:14:17:0.472222:7:7:8:11:6:11:8:11 chr2 133039090 . T C 231.8 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0413238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.206;QD=23.7744;RBI=0.0445265;REFB=-0.0027418;REVB=-0.0165817;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04913;STB=0.527421;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00175071;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:9:8:9:13:9:8 chr2 133039101 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0560914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9227;QD=17.1555;RBI=0.0564421;REFB=-0.00223249;REVB=0.0062822;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209548;STB=0.620541;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00671996;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:10:10:5:12:10:10 chr2 133039105 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0124637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4762;QD=16.1719;RBI=0.034548;REFB=-0.00794869;REVB=0.0322215;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268942;STB=0.656041;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0157799;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:10:10:4:12:10:10 chr2 133039128 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-7.32804e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5965;QD=7.48194;RBI=0.00677716;REFB=-0.00320686;REVB=-0.00677676;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533681;STB=0.548289;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0163455;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:4:6:15:12:4:6:15:13 chr2 133039132 . T C 61.51 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00469235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9641;QD=7.02952;RBI=0.00779177;REFB=-0.0249335;REVB=-0.00622041;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654726;STB=0.541309;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0519378;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:13:13:4:5:13:13 chr2 133039135 . G T 82.67 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00755283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.016;QD=9.18553;RBI=0.0121097;REFB=-0.014643;REVB=-0.00946576;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907501;STB=0.555453;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0273034;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:14:11:4:7:14:11 chr2 133039137 . A G 93.35 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.070724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4603;QD=9.82641;RBI=0.0710339;REFB=-0.00180732;REVB=-0.00662809;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146101;STB=0.565925;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00466466;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:24:26:12:12:0.315789:4:8:13:11:4:8:15:11 chr2 133039143 . C T 37.91 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0192682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7429;QD=2.75736;RBI=0.0206814;REFB=-0.0018545;REVB=-0.00751363;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366086;STB=0.762845;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.026784;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:5:2:29:19:5:2:29:19 chr2 133039156 . TG CA,CG 317.28 PASS AF=0.122807,0.473684;AO=7,25;DP=56;FAO=7,27;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=2,15;FSAR=5,12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0274028,-0.0193272;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=170.872,166.64;QD=22.2652;RBI=0.0275004,0.0204232;REFB=-0.00559985,-0.00114055;REVB=0.00231436,-0.00660042;RO=23;SAF=2,14;SAR=5,11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.371426,-0.0425862;STB=0.740075,0.524869;STBP=0.184,0.749;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00893237,0.00167748;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:57:23:23:7,25:7,27:0.122807,0.473684:5,11:2,14:14:9:5,12:2,15:14:9 chr2 133039164 . C T 59.41 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.000148492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.919;QD=4.09709;RBI=0.0145682;REFB=-0.0107666;REVB=-0.0145675;RO=47;SAF=2;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457573;STB=0.810203;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0416661;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:47:48:10:10:0.172414:8:2:27:20:8:2:28:20 chr2 133039166 . T C 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0352731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4443;QD=14.4008;RBI=0.070263;REFB=-0.00486341;REVB=-0.0607675;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.558573;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00774738;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:17:17:10:15:17:17 chr2 133039171 . C G 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00777295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.797;QD=11.4257;RBI=0.0210397;REFB=-0.00406448;REVB=0.0195512;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147518;STB=0.585894;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0053131;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:18:19:8:13:18:19 chr2 133039176 . A G 172.78 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0108246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.05;QD=11.5184;RBI=0.0125877;REFB=0.00449394;REVB=0.00642491;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504182;STB=0.541628;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0124289;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:9:12:20:18:9:13:20:18 chr2 133039199 . AC TG 125.89 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00231652;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.802;QD=8.9923;RBI=0.0100457;REFB=-0.00488531;REVB=-0.00977499;RO=37;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288626;STB=0.693492;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0352379;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:39:17:17:0.303571:4:13:20:17:4:13:20:19 chr2 133039208 . AC GT 115.15 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0039621;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=293.377;QD=8.22464;RBI=0.0128294;REFB=-0.00280414;REVB=-0.0122023;RO=40;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315101;STB=0.692054;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=0.00680785;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:4:12:20:20:4:12:20:20 chr2 133039221 . C T 100.93 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00615713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9091;QD=7.08242;RBI=0.00664983;REFB=-0.00817597;REVB=-0.00251195;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255734;STB=0.673251;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0462098;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:42:42:14:15:0.263158:8:6:27:15:9:6:27:15 chr2 133174764 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1621;QD=58.0599;RBI=0.0779882;REFB=0;REVB=0.0761608;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614993;OID=.;OPOS=133174764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 133174999 . A G 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253417;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.035;QD=59.6912;RBI=0.0290866;REFB=0;REVB=0.0142767;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112368;OID=.;OPOS=133174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr2 133281214 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.44;QD=56.9379;RBI=0.0351929;REFB=0;REVB=0.0147711;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51613e-05;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 133539566 . G A 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.694;QD=60.7473;RBI=0.0218987;REFB=0;REVB=0.0190358;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90714e-05;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr2 133541107 . T A 462.97 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0144476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.821;QD=17.4706;RBI=0.0166998;REFB=-0.0250294;REVB=0.00837555;RO=54;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929064;STB=0.542764;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0218326;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:50:50:0.471698:29:21:28:26:29:21:28:28 chr2 133541444 . T C 2535.91 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991806;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.93;QD=61.8514;RBI=0.0298483;REFB=0;REVB=0.0281523;RO=0;SAF=81;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44396e-05;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:163:164:1:82:81:0:0:83:81:0:0 chr2 133541454 . A G 2386.17 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00967333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.612;QD=60.4093;RBI=0.0104389;REFB=-0.0559569;REVB=-0.00392401;RO=1;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598446;STB=0.503144;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.95738e-06;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:79:78:0:1:79:78:0:1 chr2 133541575 . C T 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00676116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.735;QD=14.4727;RBI=0.00704425;REFB=-0.0207026;REVB=0.00197688;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030031;STB=0.517034;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0198915;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:17:13:17:25:17:13:17:25 chr2 133542014 . T C 1293.34 PASS AF=0.988636;AO=60;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0768704;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1587;QD=58.7882;RBI=0.158181;REFB=-0.0902786;REVB=0.138247;RO=1;SAF=49;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409724;STB=0.506848;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00252684;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:60:87:0.988636:11:49:0:1:36:51:0:1 chr2 133542545 . G A 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0142381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.233;QD=14.0971;RBI=0.0163193;REFB=-0.00546493;REVB=-0.00797474;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00494636;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:10:4:4:7:10:4 chr2 133542574 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0473927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.962;QD=12.782;RBI=0.0491108;REFB=-0.0140183;REVB=0.0128767;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0261713;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:7:7:4:6:7:7 chr2 133554288 . A G 704.27 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6693;QD=58.6888;RBI=0.0288209;REFB=-0.109709;REVB=-0.00157055;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028473;STB=0.529399;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0113401;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:30:16:1:0:30:16:2:0 chr2 134884697 . G C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0134083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.433;QD=23.0936;RBI=0.0876809;REFB=-0.0375608;REVB=0.0866496;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661604;STB=0.537146;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0215224;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:6:6:10:7:6:6 chr2 134884700 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0282385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.738;QD=11.3693;RBI=0.0336321;REFB=-0.00988267;REVB=-0.0182676;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0152637;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:8:11:6:5:8:11 chr2 135710322 . A G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8245;QD=61.3266;RBI=0.110802;REFB=0;REVB=-0.0290731;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902616;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 135711657 . G A 237.84 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.832;QD=50.0723;RBI=0.0479311;REFB=0;REVB=0.0233975;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172202;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr2 135740863 . C A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0276414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.677;QD=16.4078;RBI=0.0276696;REFB=-0.0163405;REVB=0.00124847;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259893;STB=0.64791;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0248265;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:9:20:9:12:9:20 chr2 135740876 . A G 271.36 PASS AF=0.543478;AO=26;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00595941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.902;QD=23.5968;RBI=0.00651805;REFB=-0.00865375;REVB=-0.00264015;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203743;STB=0.59885;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0129607;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:26:25:0.543478:17:9:12:8:16:9:12:9 chr2 135744007 . T C 78.84 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0708891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5704;QD=15.7678;RBI=0.0745456;REFB=0.00419051;REVB=-0.0230603;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172412;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0093621;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:7:3:5:5:7:3 chr2 135744416 . C G 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00403939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5536;QD=12.8669;RBI=0.0436066;REFB=0.00613208;REVB=0.0434191;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104637;STB=0.562378;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00714176;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:12:4:2:9:12:4 chr2 135745392 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00295991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.873;QD=14.4001;RBI=0.00719108;REFB=-0.00725155;REVB=-0.00655367;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202444;STB=0.511524;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0102229;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:17:17:13:12:17:17 chr2 135745545 . C T 657.59 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0972389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1464;QD=59.7807;RBI=0.0973309;REFB=-0.133856;REVB=-0.0042304;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00325755;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:1:0:19:24:1:0 chr2 135745722 . A G 152.52 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.699;QD=43.5774;RBI=0.0240093;REFB=0;REVB=0.0211827;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140396;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr2 135893372 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0581618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.614;QD=16.2713;RBI=0.0601635;REFB=-0.0197008;REVB=-0.0153899;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188518;STB=0.624829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0248515;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:9:8:10:5:10:8 chr2 135911422 . T C 1131.46 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0444584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4271;QD=55.8744;RBI=0.0567252;REFB=-0.199924;REVB=0.0352307;RO=3;SAF=31;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436187;STB=0.509776;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00510269;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:77:78:0.962963:46:31:3:0:46:32:2:1 chr2 136393658 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0539539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.798;QD=18.9017;RBI=0.0540095;REFB=0.0010554;REVB=-0.00244985;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942108;STB=0.552225;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00159759;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:23:11:8:26:23:11:8:26 chr2 136396300 . T C 229.01 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.013846;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.717;QD=17.6163;RBI=0.0145555;REFB=-0.0163272;REVB=0.00448897;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106526;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0217682;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:12:15:11:14:12:15 chr2 136407479 . A G 1158.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217025;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.597;QD=60.9785;RBI=0.0317921;REFB=0;REVB=-0.0232323;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196631;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:28:47:0:0:28:48:0:0 chr2 136482180 . T C 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0109725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.845;QD=21.6292;RBI=0.0195624;REFB=-0.0145397;REVB=0.0161955;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203441;STB=0.511271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0119528;OID=.;OPOS=136482180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:11:13:17:13:11:13 chr2 136511842 . C A 329.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0116015;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.437;QD=25.3722;RBI=0.0117277;REFB=-0.0317382;REVB=0.00171589;RO=19;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336249;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.023924;OID=.;OPOS=136511842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:20:32:32:0.615385:17:15:9:10:17:15:9:11 chr2 136546110 . A G 239.97 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0331372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.847;QD=14.5436;RBI=0.033184;REFB=0.0145426;REVB=-0.00176163;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122997;STB=0.556481;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0226518;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:11:16:18:20:12:16:18:20 chr2 136555659 . T C 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00623641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.7;QD=25.5708;RBI=0.0395868;REFB=-0.0187051;REVB=0.0390925;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017664;STB=0.509796;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0124933;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:11:6:9:15:11:6 chr2 136561557 . G A 1587.3 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4632;QD=64.1332;RBI=0.0135169;REFB=0;REVB=-0.00956565;RO=0;SAF=70;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53881e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:29:70:0:0:29:70:0:0 chr2 136567841 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00649846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.087;QD=17.953;RBI=0.00684903;REFB=-0.01359;REVB=0.00216316;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241614;STB=0.634825;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00908989;OID=.;OPOS=136567841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:8:20:12:15:8:20 chr2 136575199 . G T 51.78 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00181585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.847;QD=7.3974;RBI=0.0225647;REFB=-0.00141281;REVB=0.0224915;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.555414;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00799707;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:19:20:8:8:0.285714:5:3:9:10:5:3:9:11 chr2 136575534 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.248;QD=35.5758;RBI=0.0562554;REFB=0;REVB=0.0332144;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376825;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr2 136590746 . C T 295.61 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000918856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.224;QD=17.9154;RBI=0.0171121;REFB=-0.00396252;REVB=0.0170875;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529147;STB=0.529562;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00555916;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:14:20:17:15:14:20 chr2 136594158 . G A 527.51 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0144916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.909;QD=20.8914;RBI=0.0151357;REFB=-0.0163168;REVB=0.00436845;RO=48;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682968;STB=0.537571;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0157358;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:24:29:30:18:24:29:30:18 chr2 136623717 . C T 165.63 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0119888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5422;QD=11.4225;RBI=0.0188417;REFB=-0.0289198;REVB=-0.0145354;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180617;STB=0.60478;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0356554;OID=.;OPOS=136623717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:15:22:9:12:15:22 chr2 136624155 . G A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0127872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.749;QD=8.1147;RBI=0.0182348;REFB=-0.0139643;REVB=-0.0129998;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990002;STB=0.559922;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0374355;OID=.;OPOS=136624155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:15:24:8:7:15:24 chr2 136700927 . T C 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00525674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.235;QD=26.3387;RBI=0.00527298;REFB=-0.0219689;REVB=-0.000413572;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164045;STB=0.590831;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0125069;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:10:13:5:10:10:13:5:10 chr2 136743080 . G C 309.62 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00890098;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.82;QD=19.6584;RBI=0.055071;REFB=-0.0191874;REVB=-0.0543469;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140237;STB=0.567943;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0227002;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:32:33:0.52381:19:13:17:13:19:14:17:13 chr2 137814138 . T C 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00387638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.417;QD=16.0409;RBI=0.0283365;REFB=-0.00952075;REVB=-0.0280701;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142737;STB=0.57951;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0152019;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:23:26:41:20:23:26:41:20 chr2 137814258 . T C 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.000510452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.35;QD=13.4951;RBI=0.0110914;REFB=-0.00216622;REVB=-0.0110796;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267572;STB=0.652313;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00402582;OID=.;OPOS=137814258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:18:11:28:16:18:11:28:16 chr2 137917922 . T A 291.29 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0427214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.936;QD=14.3849;RBI=0.0430421;REFB=-0.0195164;REVB=0.00524429;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204722;STB=0.510198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0209437;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:33:33:0.407407:18:15:21:25:18:15:21:27 chr2 138237038 . C T 882.5 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6546;QD=57.8689;RBI=0.0982761;REFB=0;REVB=-0.0402351;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147042;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr2 138420996 . A G 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00152802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.11;QD=15.0668;RBI=0.0116136;REFB=-0.0196809;REVB=0.0115126;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747331;STB=0.534501;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0247538;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:19:15:17:29:19:15:18:29 chr2 139045855 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.292;QD=62.0197;RBI=0.0524924;REFB=0;REVB=-0.00167197;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541775;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 139045929 . C T 611.98 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.065;QD=61.1984;RBI=0.0332252;REFB=0;REVB=0.0272204;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278986;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr2 139045972 . T C 850.62 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.283;QD=57.6693;RBI=0.0415357;REFB=0;REVB=0.0270025;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617559;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr2 139045987 . C T 940.62 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013542;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.706;QD=58.7887;RBI=0.0208714;REFB=0;REVB=-0.0158817;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56132e-05;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr2 139326879 . G C 803.65 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.754;QD=55.4243;RBI=0.0187435;REFB=-0.166023;REVB=-0.016768;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00119087;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:30:27:0:0:30:27:1:0 chr2 139429068 . G A 382.2 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00081943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4673;QD=19.8547;RBI=0.0293721;REFB=-0.0424361;REVB=0.0293607;RO=38;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575427;STB=0.531956;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0378898;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:16:23:20:18:16:23:20:18 chr2 139621319 . A ATCT 205.25 PASS AF=0.317073;AO=25;DP=86;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00582343;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.863;QD=10.0123;RBI=0.0171534;REFB=-0.0127091;REVB=-0.0161347;RO=57;SAF=18;SAR=7;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244562;STB=0.657713;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.022195;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:25:86:26:82:56:19:7:29:27:99:57:18:7:30:27 chr2 139621326 . G A 257.49 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0434408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1748;QD=13.7326;RBI=0.0456179;REFB=0.00445807;REVB=-0.0139246;RO=44;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35045;STB=0.706281;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00971676;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:8:22:18:26:8:22:18:27 chr2 140979107 . C T 478.21 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00561565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.763;QD=16.9278;RBI=0.0528091;REFB=-0.0185236;REVB=-0.0525096;RO=60;SAF=22;SAR=29;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225233;STB=0.622147;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0286589;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:51:52:0.460177:29:22:40:20:29:23:41:20 chr2 141032088 . C T 389.5 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0164733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.151;QD=12.2678;RBI=0.0224242;REFB=-0.00856523;REVB=-0.0152144;RO=80;SAF=15;SAR=32;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182391;STB=0.604373;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0122031;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:80:47:47:0.370079:32:15:38:42:32:15:38:42 chr2 141260668 . A G 246.08 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0548627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4402;QD=9.65028;RBI=0.0549369;REFB=-0.013616;REVB=0.00285481;RO=70;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816098;STB=0.547619;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0329674;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:70:32:32:0.313725:17:15:28:42:17:15:28:42 chr2 141274576 . T C 211.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00842331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.51;QD=16.6193;RBI=0.00916158;REFB=-0.0171324;REVB=-0.00360311;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310157;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0192907;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:14:9:11:15:14:9:11:17 chr2 141571329 . T C 1462.65 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.321;QD=62.9097;RBI=0.0350057;REFB=0;REVB=0.0246533;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11936e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:40:47:0:0:44:49:0:0 chr2 141709419 . T G 1279.04 PASS AF=0.932039;AO=92;DP=103;FAO=96;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0732365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0837;QD=49.6715;RBI=0.0808181;REFB=-0.203828;REVB=0.0341758;RO=9;SAF=66;SAR=26;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139008;STB=0.555544;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0190324;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:103:103:9:7:92:96:0.932039:26:66:0:9:28:68:0:7 chr2 141750164 . A T 399.5 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00211328;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.952;QD=15.3656;RBI=0.0149424;REFB=-0.0105217;REVB=-0.0147922;RO=59;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387411;STB=0.52173;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0118252;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:25:20:24:35:25:20:24:35 chr2 141751592 . G A 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0120472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.407;QD=19.6554;RBI=0.0121349;REFB=-0.0137812;REVB=0.00145599;RO=40;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09;STB=0.549975;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0123741;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:18:22:18:22:18:22:18:22 chr2 141816621 . A G 860.32 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0123021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.812;QD=53.7699;RBI=0.0222131;REFB=-0.087283;REVB=0.0184953;RO=2;SAF=24;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377168;STB=0.519993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000587722;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:61:62:0.96875:37:24:2:0:38:24:2:0 chr2 143849094 . G A 302.15 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0535457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6723;QD=19.4934;RBI=0.0568096;REFB=-0.0194491;REVB=-0.0189787;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226982;STB=0.626463;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0201692;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:21:11:18:12:21:11:18:12 chr2 144899559 . C A 452.14 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0161267;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6689;QD=21.7901;RBI=0.0276515;REFB=0.00843437;REVB=-0.0224618;RO=40;SAF=11;SAR=33;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267208;STB=0.652987;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0046532;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:40:39:44:44:0.53012:33:11:21:19:33:11:21:18 chr2 148657117 . G A 509.58 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00534177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.551;QD=21.0137;RBI=0.00815327;REFB=-0.020464;REVB=-0.00615965;RO=48;SAF=18;SAR=31;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213414;STB=0.61811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0168702;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:31:18:29:19:31:18:29:19 chr2 148716428 . T C 291.97 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00504853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.952;QD=21.6273;RBI=0.00514388;REFB=-0.0215405;REVB=0.000985823;RO=22;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167973;STB=0.615919;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0152993;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:24:30:30:0.555556:21:9:11:11:21:9:13:11 chr2 150432976 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.568;QD=56.1916;RBI=0.021943;REFB=0;REVB=0.0219018;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06867e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 151219274 . G A 131.28 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0109421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4739;QD=8.9003;RBI=0.0142101;REFB=-0.0168655;REVB=-0.00906624;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158842;STB=0.595129;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0344879;OID=.;OPOS=151219274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:6:12:22:19:6:12:22:19 chr2 151219315 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.909;QD=58.9615;RBI=0.0312047;REFB=0;REVB=0.0199912;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181882;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr2 152117957 . T C 587.25 PASS AF=0.561905;AO=55;DP=103;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00722782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.207;QD=22.3713;RBI=0.0137197;REFB=-0.0177402;REVB=-0.0116614;RO=46;SAF=31;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891565;STB=0.552828;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0216874;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:46:46:55:59:0.561905:24:31:21:25:25:34:21:25 chr2 152118271 . G A 460.84 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0106505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.415;QD=13.1667;RBI=0.0282082;REFB=-0.018267;REVB=-0.0261203;RO=87;SAF=27;SAR=26;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117228;STB=0.566409;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.027301;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:87:53:53:0.378571:26:27:35:52:26:27:35:52 chr2 152118275 . A G 441.64 PASS AF=0.375;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.070315;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7586;QD=12.9895;RBI=0.074871;REFB=-0.00163903;REVB=-0.0257189;RO=81;SAF=25;SAR=26;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103464;STB=0.556497;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.000423255;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:81:85:51:51:0.375:26:25:32:49:26:25:34:51 chr2 152138522 . T C 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0142102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.369;QD=16.2364;RBI=0.0155955;REFB=-0.0133452;REVB=0.00642582;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118328;STB=0.566622;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0221917;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:20:16:17:13:20:16 chr2 152139416 . G A 1291.95 PASS AF=0.445513;AO=136;DP=309;FAO=139;FDP=312;FR=.;FRO=173;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=0.014987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.807;QD=16.5635;RBI=0.0196848;REFB=-0.00995237;REVB=0.0127625;RO=171;SAF=74;SAR=62;SRF=71;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129006;STB=0.571248;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00984273;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:312:171:173:136:139:0.445513:62:74:71:100:64:75:71:102 chr2 152423951 . C T 291.54 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0226234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7774;QD=19.436;RBI=0.0248018;REFB=0.0495673;REVB=0.0101642;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713473;STB=0.50397;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0234864;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:11:18:19:12:11:18 chr2 152490458 . A G 2351.91 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.947;QD=61.0886;RBI=0.0355103;REFB=0;REVB=0.0197934;RO=0;SAF=63;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02729e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:90:63:0:0:91:63:0:0 chr2 152496526 . A G 373.84 PASS AF=0.449438;AO=38;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0656131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5207;QD=16.8019;RBI=0.0656797;REFB=-0.0160606;REVB=0.00295839;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163041;STB=0.500567;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0293585;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:49:38:40:0.449438:17:21:27:22:18:22:27:22 chr2 152500449 . C G 706.02 PASS AF=0.466258;AO=75;DP=163;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00917789;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8917;QD=17.3257;RBI=0.00934112;REFB=0.00282134;REVB=-0.00173863;RO=88;SAF=39;SAR=36;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636246;STB=0.528465;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00317658;OID=.;OPOS=152500449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:87:75:76:0.466258:36:39:40:48:37:39:40:47 chr2 152511874 . A C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0689283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.131;QD=13.5519;RBI=0.0935477;REFB=-0.00539585;REVB=0.0632461;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204275;STB=0.616923;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0134535;OID=.;OPOS=152511874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:15:20:9:15:15:20 chr2 152518847 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0669226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.813;QD=18.483;RBI=0.066925;REFB=-0.00155676;REVB=0.000564651;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352017;STB=0.698537;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00206358;OID=.;OPOS=152518847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:5:16:7:12:5:16 chr2 152521096 . C T 201.52 PASS AF=0.413793;AO=25;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0364979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4264;QD=13.8976;RBI=0.037244;REFB=0.00315784;REVB=0.0074171;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818674;STB=0.531619;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00530561;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:25:24:0.413793:17:8:13:20:16:8:13:21 chr2 152527572 . C T 513.06 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0285366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.645;QD=18.6568;RBI=0.0291089;REFB=-0.0113008;REVB=-0.00574366;RO=56;SAF=20;SAR=33;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165715;STB=0.584835;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00941671;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:56:53:54:0.490909:33:20:31:25:33:21:31:25 chr2 152527608 . C T 482.63 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0101347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.514;QD=16.0877;RBI=0.0253513;REFB=-0.0305547;REVB=-0.0232373;RO=66;SAF=29;SAR=24;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136441;STB=0.571804;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0312814;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:67:53:53:0.441667:24:29:27:39:24:29:28:39 chr2 152531077 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.89;QD=61.3756;RBI=0.0112572;REFB=0;REVB=0.0108297;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04636e-06;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr2 152536498 . T A 655.82 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0197868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0768;QD=16.8158;RBI=0.0362994;REFB=-0.0117042;REVB=0.0304323;RO=82;SAF=36;SAR=35;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421376;STB=0.513446;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0156473;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:82:85:71:71:0.455128:35:36:38:44:35:36:41:44 chr2 152544903 . T C 413.37 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00105131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.634;QD=16.371;RBI=0.00435892;REFB=-0.012273;REVB=0.00423025;RO=54;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676391;STB=0.553413;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0119467;OID=.;OPOS=152544903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:56:44:45:0.445545:19:25:27:27:19:26:27:29 chr2 152573981 . A G 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.043;QD=61.6719;RBI=0.00591403;REFB=0;REVB=0.00160172;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25695e-06;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr2 152988610 . C CT,T 387.39 PASS AF=0.590909,0.0151515;AO=33,3;DP=67;FAO=39,1;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=15,0;FSAR=24,1;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0764696,-0.0720458;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.2619,24.2249;QD=23.4781;RBI=0.0764915,0.0740301;REFB=0.0475747,0.0352487;REVB=0.00182876,-0.017025;RO=30;SAF=12,1;SAR=21,2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00280344,-0.0375597;STB=0.532978,0.986272;STBP=0.534,0.484;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0349641,-0.122976;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:26:33,3:39,1:0.590909,0.0151515:21,2:12,1:11:19:24,1:15,0:8:18 chr2 153378459 . T C 1296.87 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638175;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.467;QD=61.0294;RBI=0.0640858;REFB=-0.0245971;REVB=0.00585727;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164646;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:85:0:0:83:85:1:38:45:0:0:39:46:0:0 chr2 153476066 . G GCCA 278.57 PASS AF=1;AO=14;DP=28;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=3;MLLD=223.167;QD=50.6486;RBI=0.0590333;REFB=0;REVB=0.0590333;RO=13;SAF=0;SAR=14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.790645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000315846;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:28:22:22:0:0:22:0:0:4:13:0:14:2:11 chr2 153476069 . C A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.639;QD=7.83716;RBI=0.0129755;REFB=-0.00587906;REVB=0.0129755;RO=16;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011592;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:7:0:0:16:7:0:0:16 chr2 153511027 . T C 1470.29 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=103;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0314989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8297;QD=56.5497;RBI=0.0755562;REFB=-0.0657488;REVB=0.0686772;RO=1;SAF=36;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012993;STB=0.502617;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000984916;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:104:1:2:99:102:0.980769:63:36:1:0:64:38:1:1 chr2 153577013 . G A 1283.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.009;QD=61.8453;RBI=0.0176567;REFB=0;REVB=-0.0019361;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79533e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr2 155265623 . G A 332.24 PASS AF=0.493151;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0465923;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.215;QD=18.2048;RBI=0.0488664;REFB=-0.0101757;REVB=-0.0147336;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0111995;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:37:34:36:0.493151:13:21:21:13:14:22:23:14 chr2 155307336 . G C 1687.05 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110235;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.58;QD=60.7946;RBI=0.0396429;REFB=0;REVB=-0.0380795;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03301e-05;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:110:111:1:57:53:0:0:57:54:0:0 chr2 155712136 . AT TA 86.92 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0032293;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=22.0704;QD=11.2158;RBI=0.150851;REFB=-0.0972355;REVB=0.150817;RO=18;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734475;STB=0.824;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.189422;OID=.;OPOS=155712136;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:31:18:18:6:7:0.225806:0:6:8:10:1:6:8:10 chr2 157189011 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.752;QD=59.0184;RBI=0.055178;REFB=0;REVB=0.0209922;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411758;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr2 157257361 . G A 1172.46 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.141;QD=60.9068;RBI=0.0462468;REFB=0;REVB=-0.0321823;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43735e-06;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:44:33:0:0 chr2 157406249 . G A 365.74 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.000488572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.733;QD=18.7558;RBI=0.00364979;REFB=-0.0175028;REVB=0.00361694;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164087;STB=0.59135;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0133692;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:24:16:22:16:24:16 chr2 157441664 . G C 374.02 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0045447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3581;QD=18.0252;RBI=0.0330289;REFB=-0.00725959;REVB=-0.0327147;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150186;STB=0.572102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00576236;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:16:23:18:24:16:23:20:24 chr2 157442253 . G A 523.11 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0197681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1439;QD=23.7779;RBI=0.0210573;REFB=-0.0083095;REVB=-0.00725462;RO=39;SAF=30;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616995;STB=0.533897;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00603648;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:19:30:21:18:19:30:21:18 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 964.64 PASS AF=0.794118,0.205882;AO=47,11;DP=70;FAO=54,14;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=17,11;FSAR=37,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268286,0.028265;FXX=0.0684838;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=211.345,256.536;QD=56.7434;RBI=0.0286936,0.0282753;REFB=0,0;REVB=0.0101761,0.000762051;RO=0;SAF=15,8;SAR=32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00509562,0.00734477;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.794118,0.205882:47,11:70:54,14:68:0:17,11:37,3:0:0:81:0:15,8:32,3:0:0 chr2 158155480 . A G 53.33 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=51;FWDB=-0.00798217;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.227;QD=2.57005;RBI=0.0235339;REFB=-0.00141237;REVB=-0.0221389;RO=72;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49864;STB=0.831887;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0111148;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:83:72:72:11:11:0.13253:3:8:21:51:3:8:21:51 chr2 158155576 . G A 731.42 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.001398;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.38;QD=59.7077;RBI=0.00944182;REFB=-0.0546369;REVB=0.00933775;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000760224;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr2 158157361 . C T 2955.56 PASS AF=1;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501858;FXX=0.0210515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.825;QD=63.5605;RBI=0.00624882;REFB=0;REVB=-0.00372312;RO=0;SAF=74;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30737e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:186:0:0:186:186:1:112:74:0:0:112:74:0:0 chr2 158291188 . A C 551.89 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0134087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.788;QD=50.172;RBI=0.0207317;REFB=0.00863047;REVB=0.0158117;RO=4;SAF=12;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133135;STB=0.562467;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000292714;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:44:44:4:5:39:39:0.886364:27:12:4:0:27:12:4:1 chr2 158386938 . C T 332.0 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00270749;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.649;QD=17.2468;RBI=0.00303067;REFB=-0.00927836;REVB=-0.00136178;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758284;STB=0.526867;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00866269;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:41:35:36:0.467532:21:14:13:27:22:14:14:27 chr2 158469405 . A G 191.97 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0549345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2974;QD=11.8138;RBI=0.0678105;REFB=0.00388294;REVB=0.0397551;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126174;STB=0.573061;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00550444;OID=.;OPOS=158469405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:21:20:9:15:21:20 chr2 158626980 . C T 963.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.269;QD=58.3984;RBI=0.0067726;REFB=0;REVB=-0.0006776;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37125e-06;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:39:26:0:0:39:27:0:0 chr2 158636910 . G A 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.765;QD=62.6128;RBI=0.0431716;REFB=0;REVB=0.0427128;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3556e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr2 159077216 . ATT A,AT,ATTT 30.02 PASS AF=0.333333,0,0;AO=3,2,4;DP=19;FAO=6,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0440028,-0.0745946,0.0770871;FXX=0.0526039;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=19.8517,9.44607,6.73143;QD=6.67211;RBI=0.244321,0.451272,0.47487;REFB=-0.00402117,-0.00406117,0.0225587;REVB=0.240326,0.445065,-0.468571;RO=7;SAF=3,0,0;SAR=0,2,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.684179,-0.577625,-0.694548;STB=0.757857,0.5,0.5;STBP=0.174,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.115153,0.0239037,-0.0476803;OID=.,.,.;OPOS=159077217,159077217,159077217;OREF=TT,T,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0,0:3,2,4:19:6,0,0:18:12:4,0,0:2,0,0:3:9:27:7:3,0,0:0,2,4:3:4 chr2 159166069 . T C 563.2 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0391512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3529;QD=57.7643;RBI=0.046951;REFB=-0.157478;REVB=0.0259148;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00493961;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr2 159434727 . T G 730.78 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00283641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5199;QD=18.8588;RBI=0.0209589;REFB=-0.015035;REVB=0.0207661;RO=79;SAF=37;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522983;STB=0.528834;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0152506;OID=.;OPOS=159434727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:79:76:76:0.490323:39:37:34:45:39:37:34:45 chr2 159440713 . T G 1007.23 PASS AF=0.389078;AO=111;DP=290;FAO=114;FDP=293;FR=.;FRO=179;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=109;FSRR=70;FWDB=0.0154087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.426;QD=13.7506;RBI=0.0154307;REFB=-0.00706828;REVB=-0.000823724;RO=178;SAF=59;SAR=52;SRF=108;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832494;STB=0.545623;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.010167;OID=.;OPOS=159440713;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:293:178:179:111:114:0.389078:52:59:108:70:53:61:109:70 chr2 159537868 . A G 487.07 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118257;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.124;QD=59.0394;RBI=0.0258254;REFB=0;REVB=0.0229587;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133689;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr2 159663599 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.112;QD=58.6002;RBI=0.0243802;REFB=0;REVB=-0.0140752;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05295e-05;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr2 160019863 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.855;QD=60.6083;RBI=0.0133679;REFB=0;REVB=-0.000889577;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03368e-05;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr2 160035195 . C T 183.4 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0102004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.215;QD=11.832;RBI=0.0184736;REFB=-0.0085698;REVB=-0.0154021;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423775;STB=0.517031;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0209093;OID=.;OPOS=160035195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:13:10:18:20:13:10:18:21 chr2 160035207 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.076;QD=57.5449;RBI=0.0307135;REFB=0;REVB=0.0162172;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76408e-05;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 160035552 . C T 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00869631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.798;QD=19.3861;RBI=0.0215974;REFB=-0.0247738;REVB=-0.0197693;RO=34;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521679;STB=0.528934;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0193244;OID=.;OPOS=160035552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:24:11:9:25:24:11:9:25 chr2 160076309 . A G 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0137492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.028;QD=18.902;RBI=0.0240626;REFB=-0.0210874;REVB=-0.0197477;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792277;STB=0.544092;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0174918;OID=.;OPOS=160076309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:20:14:17:17:20:14 chr2 160084473 . A C 288.83 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00436294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5814;QD=21.006;RBI=0.0321518;REFB=0.0214915;REVB=0.0318544;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038674;STB=0.521458;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0170263;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:12:13:17:13:12:13 chr2 160086468 . G A 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0321948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.28;QD=14.4732;RBI=0.034681;REFB=0.00222742;REVB=0.0128943;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415373;STB=0.523606;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00366213;OID=.;OPOS=160086468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:19:11:17:25:19:11:17:25 chr2 160086653 . CA TG 405.34 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0083124;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.367;QD=13.9772;RBI=0.0126978;REFB=-0.0163917;REVB=-0.00959881;RO=68;SAF=27;SAR=20;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167144;STB=0.505616;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=0.0228099;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:20:27:38:30:20:27:39:30 chr2 160086692 . A G 492.09 PASS AF=0.407407;AO=53;DP=133;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=0.00697002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.273;QD=14.5806;RBI=0.0203509;REFB=-0.00902476;REVB=0.01912;RO=80;SAF=32;SAR=21;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973802;STB=0.507737;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.014796;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:80:80:53:55:0.407407:21:32:49:31:22:33:49:31 chr2 160088607 . A G 304.26 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0281891;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.139;QD=22.1281;RBI=0.0328538;REFB=-0.00290099;REVB=0.0168744;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726312;STB=0.550691;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00247122;OID=.;OPOS=160088607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:24:31:31:0.563636:19:12:11:12:19:12:12:12 chr2 160105007 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0654597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.644;QD=7.83718;RBI=0.0741538;REFB=-0.0283443;REVB=-0.0348398;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.549857;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0449641;OID=.;OPOS=160105007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:7:8:4:3:8:8 chr2 160112881 . G T 940.69 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358316;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5757;QD=58.7932;RBI=0.0387483;REFB=0;REVB=0.0147487;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212483;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr2 160114315 . G A 192.41 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.029041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.929;QD=16.3757;RBI=0.0294796;REFB=-0.0161417;REVB=0.00506629;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239818;STB=0.635639;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0249048;OID=.;OPOS=160114315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:21:6:9:11:21:6 chr2 160114437 . G A 1096.69 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0142;QD=60.0926;RBI=0.023561;REFB=0;REVB=0.00913027;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114256;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:35:38:0:0 chr2 160116291 . T C 278.88 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00886295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3159;QD=13.9441;RBI=0.0285111;REFB=-0.00262139;REVB=0.0270985;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393216;STB=0.512492;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00397133;OID=.;OPOS=160116291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:15:16:23:25:16:16:23:25 chr2 160132089 . T G 197.15 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.016574;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.841;QD=12.7194;RBI=0.0172023;REFB=-0.00395305;REVB=-0.0046064;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231038;STB=0.624896;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00689245;OID=.;OPOS=160132089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:37:38:24:24:0.387097:9:15:15:22:9:15:16:22 chr2 160136337 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.222;QD=55.0987;RBI=0.0220698;REFB=0;REVB=0.0139281;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01861e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 160676427 . C A 715.49 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539133;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.278;QD=57.2395;RBI=0.00653398;REFB=0;REVB=-0.0036914;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07292e-06;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr2 160711045 . G C 1643.59 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.542;QD=59.2286;RBI=0.0346623;REFB=0.0137087;REVB=0.0257048;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.503759;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=4.25211e-05;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:66:44:0:0:66:44:0:1 chr2 160737621 . C T 1177.72 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103107;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.073;QD=61.1804;RBI=0.012526;REFB=0;REVB=0.00711272;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05292e-05;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr2 160738677 . G A 1556.09 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.229;QD=59.8496;RBI=0.0043348;REFB=0;REVB=0.00387386;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93084e-06;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:48:54:0:0:49:55:0:0 chr2 160833188 . A G 1909.83 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276446;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.511;QD=62.1084;RBI=0.035579;REFB=0;REVB=0.0223973;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75837e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr2 160901517 . A G 990.56 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3596;QD=59.138;RBI=0.0196799;REFB=0;REVB=-0.0177711;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.76195e-05;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr2 160983060 . G C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0200751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.514;QD=26.3129;RBI=0.0214774;REFB=-0.0111842;REVB=0.00763339;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360297;STB=0.538423;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00654006;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:12:8:5:6:12:8:6:6 chr2 161029218 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0394539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.147;QD=14.6577;RBI=0.0416708;REFB=-0.00434056;REVB=-0.0134105;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0116124;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:8:9:6:7:8:9 chr2 161174693 . C T 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00636086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.746;QD=18.4382;RBI=0.00989563;REFB=0.000634119;REVB=-0.00758043;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14314;STB=0.572813;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000837998;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:29:29:0.5:10:19:14:14:10:19:15:14 chr2 161253376 . A G 318.41 PASS AF=0.540984;AO=31;DP=59;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00152959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.675;QD=20.8796;RBI=0.0041159;REFB=-0.00152558;REVB=-0.00382112;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271364;STB=0.517809;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00117793;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:28:28:31:33:0.540984:12:19:18:10:13:20:18:10 chr2 162881369 . G A 251.84 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0266413;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.602;QD=12.285;RBI=0.0270992;REFB=-0.00342058;REVB=-0.00496069;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166846;STB=0.590409;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00635779;OID=.;OPOS=162881369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:53:52:30:30:0.365854:13:17:22:31:13:17:22:30 chr2 164145582 . C A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0175574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.858;QD=19.3689;RBI=0.0177476;REFB=0.00352609;REVB=0.00259162;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00201661;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:3:4:6:4:3:4 chr2 164465716 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000655018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.778;QD=18.3447;RBI=0.0027783;REFB=-0.0020406;REVB=0.00269998;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00151553;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:9:8:8:9:9:8:8:10 chr2 165353712 . C T 1408.08 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7345;QD=62.5814;RBI=0.0521539;REFB=0;REVB=-0.0464752;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115633;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:32:57:0:0:33:57:0:0 chr2 165476253 . A T 1011.5 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00714518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9159;QD=57.8002;RBI=0.012547;REFB=0.019687;REVB=0.0103138;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000529423;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:28:41:0:0:28:41:1:0 chr2 165586466 . T C 341.21 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0308066;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146;QD=11.7659;RBI=0.0308195;REFB=0.00325401;REVB=0.000890965;RO=73;SAF=24;SAR=18;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051503;STB=0.532979;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00619048;OID=.;OPOS=165586466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:73:74:42:42:0.362069:18:24:45:28:18:24:46:28 chr2 165996107 . T A 1450.25 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.063754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.143;QD=60.427;RBI=0.0645562;REFB=-0.100973;REVB=0.0101454;RO=1;SAF=53;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886281;STB=0.501351;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000871823;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:41:53:1:0:41:53:1:1 chr2 166170127 . T C 2629.82 PASS AF=0.988439;AO=172;DP=174;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192155;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6805;QD=60.8051;RBI=0.0406137;REFB=-0.00734495;REVB=0.0357804;RO=2;SAF=100;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182867;STB=0.501009;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00025604;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:173:2:2:172:171:0.988439:72:100:1:1:71:100:1:1 chr2 166248047 . G A 1511.17 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020711;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5667;QD=59.8484;RBI=0.0248176;REFB=0;REVB=-0.0136737;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62572e-06;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:49:52:0:0 chr2 166535918 . C T 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.015154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.346;QD=17.2641;RBI=0.0245483;REFB=-0.00509143;REVB=0.0193126;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771216;STB=0.50432;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0060178;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:23:19:16:20:23:19 chr2 166605010 . A T 226.04 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0219971;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.179;QD=15.8624;RBI=0.022234;REFB=-0.0165647;REVB=0.00323698;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236551;STB=0.619085;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0192504;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:15:10:20:11:15:11:20:11 chr2 166618262 . C T 253.61 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00474535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.827;QD=17.4901;RBI=0.00505462;REFB=-0.00578683;REVB=-0.00174091;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173283;STB=0.518505;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0063572;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:27:28:0.482759:13:14:15:15:13:15:15:15 chr2 166788336 . T C 1243.07 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0037849;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.725;QD=59.9072;RBI=0.0275277;REFB=-0.123442;REVB=0.0272663;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.50769;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000487209;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:81:82:0.987952:32:49:0:0:32:50:0:1 chr2 166797646 . C T 1060.63 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0596;QD=59.7537;RBI=0.0180121;REFB=0;REVB=0.0139249;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150723;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr2 166810159 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000251843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.465;QD=36.8924;RBI=0.0453529;REFB=-0.040281;REVB=-0.0453522;RO=2;SAF=13;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265818;STB=0.649735;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00548103;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:1:13:1:1:1:13:1:1 chr2 166810161 . G A 159.31 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00379631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9924;QD=39.8278;RBI=0.257286;REFB=0.0780163;REVB=0.257258;RO=2;SAF=14;SAR=0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.835524;STB=0.517219;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0028535;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:2:1:14:15:0.9375:0:14:1:1:1:14:1:0 chr2 166846730 . A G 189.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0128354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.537;QD=13.0496;RBI=0.018213;REFB=-0.00589911;REVB=-0.0129215;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518501;STB=0.542337;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00875507;OID=.;OPOS=166846730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:23:23:0.396552:15:8:10:23:15:8:10:25 chr2 166892788 . C T 1190.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.249;QD=61.0348;RBI=0.0768806;REFB=0;REVB=0.000948317;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020545;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr2 166897864 . A G 1880.16 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9185;QD=60.6502;RBI=0.0317331;REFB=-0.0190653;REVB=0.0285849;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703848;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000248517;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:56:67:1:0:56:67:1:0 chr2 166903445 . T C 2067.83 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244544;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.902;QD=62.6616;RBI=0.024493;REFB=0;REVB=0.0013745;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74065e-05;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:67:63:0:0:67:65:0:0 chr2 167099158 . A G 1190.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.225;QD=61.0418;RBI=0.0239805;REFB=0;REVB=0.0202436;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24527e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr2 167129256 . C A 372.12 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000170574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.434;QD=31.0102;RBI=0.0242787;REFB=-0.0195804;REVB=0.0242781;RO=17;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800132;STB=0.548356;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00835013;OID=.;OPOS=167129256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:17:30:31:0.645833:14:16:7:10:14:17:7:10 chr2 167133540 . T G 764.14 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00530293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9239;QD=20.793;RBI=0.00653572;REFB=-0.00728493;REVB=0.00382027;RO=72;SAF=35;SAR=39;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986509;STB=0.550692;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00746751;OID=.;OPOS=167133540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:72:73:74:74:0.503401:39:35:42:30:39:35:42:31 chr2 167134775 . T C 350.35 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0316194;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.952;QD=17.739;RBI=0.032902;REFB=-0.0231077;REVB=0.00909692;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470979;STB=0.53245;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0214366;OID=.;OPOS=167134775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:18:19:19:22:18:19:19:23 chr2 167144974 . A T 1498.15 PASS AF=0.990385;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0580272;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5285;QD=57.6213;RBI=0.0763023;REFB=-0.0639201;REVB=-0.0495469;RO=2;SAF=50;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185951;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000529118;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:2:1:100:103:0.990385:50:50:2:0:50:53:1:0 chr2 167144995 . T C 505.66 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0112165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.37;QD=17.4365;RBI=0.0143155;REFB=-0.0196276;REVB=0.00889519;RO=61;SAF=32;SAR=23;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132148;STB=0.573378;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0250727;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:23:32:27:34:23:32:27:34 chr2 167145142 . A G 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00164921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.099;QD=6.45693;RBI=0.0137614;REFB=-0.00658301;REVB=-0.0136623;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442683;STB=0.771056;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0355201;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:4:9:13:29:4:9:13:29 chr2 167163043 . T C 1182.68 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897469;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9005;QD=61.438;RBI=0.0393114;REFB=0;REVB=0.0382732;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276698;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr2 167168093 . C T 584.94 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00215637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.927;QD=16.362;RBI=0.0135598;REFB=-0.00730986;REVB=-0.0133873;RO=80;SAF=31;SAR=31;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252145;STB=0.510486;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00599949;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:80:81:62:62:0.433566:31:31:42:38:31:31:42:39 chr2 167262088 . T G 250.78 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0211552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.919;QD=20.0624;RBI=0.0323759;REFB=-0.011312;REVB=0.0245082;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189338;STB=0.602757;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00960277;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:23:24:0.48:10:13:19:6:10:14:20:6 chr2 167262353 . C G 498.01 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0175435;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0842;QD=20.969;RBI=0.018056;REFB=-0.0291656;REVB=-0.00427127;RO=47;SAF=18;SAR=30;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124676;STB=0.569076;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0447284;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:47:47:48:48:0.505263:30:18:24:23:30:18:24:23 chr2 167266344 . G A 380.98 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0083708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.472;QD=14.3765;RBI=0.0183739;REFB=-0.0102788;REVB=-0.0163563;RO=62;SAF=25;SAR=19;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100218;STB=0.556319;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0154066;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:19:25:41:21:19:25:41:21 chr2 167279922 . C A 993.4 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190105;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2611;QD=59.3074;RBI=0.0203866;REFB=0;REVB=-0.0073631;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.423e-05;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr2 167289224 . A T 247.02 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0574292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1111;QD=21.9575;RBI=0.0574742;REFB=0.0147003;REVB=-0.00227518;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387692;STB=0.511102;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0156475;OID=.;OPOS=167289224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:12:11:11:10:12:12:11:10 chr2 167334085 . G T 1525.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.096;QD=59.8077;RBI=0.00709723;REFB=0;REVB=0.000321473;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10311e-06;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:53:47:0:0:53:49:0:0 chr2 168726659 . A C 415.32 PASS AF=0.33758;AO=51;DP=158;FAO=53;FDP=157;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0045587;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.169;QD=10.5814;RBI=0.0119605;REFB=-0.00515075;REVB=-0.0110576;RO=104;SAF=29;SAR=22;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579613;STB=0.531284;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00907925;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:104:104:51:53:0.33758:22:29:54:50:23:30:54:50 chr2 168810754 . A G 605.21 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0109326;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.301;QD=26.6024;RBI=0.0125588;REFB=-0.021758;REVB=0.00618073;RO=36;SAF=35;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511911;STB=0.535155;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0144558;OID=.;OPOS=168810754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:37:54:54:0.593407:19:35:21:15:19:35:21:16 chr2 169707428 . C T 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.919;QD=60.8765;RBI=0.041022;REFB=0;REVB=0.0110378;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252457;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr2 169721377 . G A 714.27 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9579;QD=60.789;RBI=0.0493942;REFB=-0.0525537;REVB=0.0389308;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0231876;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:0:1:25:21:0:1 chr2 169764238 . CA C,GC 294.86 PASS AF=0.419355,0.129032;AO=25,10;DP=92;FAO=39,12;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=7,0;FSAR=32,12;FSRF=39;FSRR=3;FWDB=0.135848,0.0104191;FXX=0.0312467;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=10.2333,153.128;QD=12.6823;RBI=0.137101,0.0229777;REFB=-0.0948013,-0.0170472;REVB=-0.0184943,0.0204796;RO=41;SAF=4,0;SAR=21,10;SRF=38;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.71833,-0.862912;STB=0.857144,0.999537;STBP=0,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.164195,0.0888109;OID=.,.;OPOS=169764239,169764238;OREF=A,CA;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:42:25,10:39,12:0.419355,0.129032:21,10:4,0:38:3:32,12:7,0:39:3 chr2 169789016 . T C 233.09 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0356667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.741;QD=15.038;RBI=0.0434802;REFB=-0.016103;REVB=0.0248679;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133746;STB=0.566618;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0181546;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:21:13:14:13:21:14 chr2 169826877 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0357119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.614;QD=16.9316;RBI=0.0377361;REFB=0.0122322;REVB=-0.012193;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0196415;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:5:7:5:7:5:7 chr2 169830328 . A G 649.25 PASS AF=0.617021;AO=56;DP=93;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0110445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3398;QD=27.6277;RBI=0.0543768;REFB=-0.0089462;REVB=-0.0532434;RO=36;SAF=23;SAR=33;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371086;STB=0.527496;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00612058;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:36:36:56:58:0.617021:33:23:13:23:33:25:13:23 chr2 169847412 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0282578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.495;QD=23.8208;RBI=0.0291269;REFB=-0.0263484;REVB=0.00706241;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585855;STB=0.53268;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0258765;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:9:8:12:10:9:8 chr2 169870855 . A G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0205706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.578;QD=11.742;RBI=0.02086;REFB=-0.00999719;REVB=0.00346243;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146297;STB=0.584639;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0120372;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:14:22:10:11:14:22 chr2 169997051 . G A 148.66 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0139858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1351;QD=18.0188;RBI=0.0190168;REFB=-0.0332591;REVB=-0.0128855;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269615;STB=0.660802;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0669177;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:4:12:7:8:4:12:8:9 chr2 170003432 . T G 390.13 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=98;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.022117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5991;QD=15.1507;RBI=0.0307833;REFB=-0.0195736;REVB=-0.0214115;RO=54;SAF=30;SAR=13;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13606;STB=0.599953;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0246047;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:54:58:43:45:0.436893:13:30:31:23:13:32:32:26 chr2 170010985 . T C 69.18 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0229924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.399;QD=5.32185;RBI=0.0230385;REFB=-0.00100137;REVB=-0.00145677;RO=28;SAF=1;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643022;STB=0.918257;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00916106;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:52:52:28:42:9:10:0.192308:8:1:19:9:9:1:28:14 chr2 170025083 . A G 312.41 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0331499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9667;QD=12.6226;RBI=0.0497301;REFB=-0.0300804;REVB=-0.0370697;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139354;STB=0.572709;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0553096;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:36:36:0.363636:16:20:42:20:16:20:42:21 chr2 170053505 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0181826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.064;QD=13.7736;RBI=0.0288205;REFB=-0.00591923;REVB=-0.022361;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189371;STB=0.609266;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0117742;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:18:13:12:8:18:13 chr2 170129528 . G A 1264.56 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3336;QD=61.6861;RBI=0.00693699;REFB=0;REVB=0.00519712;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77428e-05;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:27:55:0:0:27:55:0:0 chr2 170150671 . G A 248.56 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0483376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.334;QD=25.4935;RBI=0.0483777;REFB=-0.0483524;REVB=-0.00196852;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248708;STB=0.638969;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0264991;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:9:7:17:6:9:7 chr2 170218847 . C G 738.2 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.469;QD=56.7847;RBI=0.0265169;REFB=0;REVB=0.0221539;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86298e-05;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:15:35:0:0:17:35:0:0 chr2 170402752 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0188282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.838;QD=15.293;RBI=0.0352877;REFB=0.0105236;REVB=0.029845;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00624513;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr2 170403030 . T C 604.19 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0126192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.156;QD=23.9284;RBI=0.0146174;REFB=-0.0156799;REVB=0.00737722;RO=43;SAF=31;SAR=27;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178618;STB=0.50976;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0147728;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:27:31:22:21:27:31:22:21 chr2 170411693 . T C 211.58 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00901156;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.774;QD=14.1051;RBI=0.0154039;REFB=0.00113655;REVB=0.0124929;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188838;STB=0.592517;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00161836;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:35:25:25:0.416667:9:16:15:18:9:16:17:18 chr2 170441001 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.033274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.054;QD=5.54306;RBI=0.036856;REFB=-0.00608615;REVB=-0.0158494;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481951;STB=0.814885;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0469956;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:2:7:12:21:2:7:12:22 chr2 170493103 . T A 208.67 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0218604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.099;QD=18.1456;RBI=0.021871;REFB=-0.0058707;REVB=0.000683027;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194062;STB=0.609756;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00801182;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:8:17:10:11:8:17 chr2 170605981 . C T 1066.0 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0332769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7843;QD=58.4111;RBI=0.0460471;REFB=-0.127406;REVB=-0.0318274;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185398;STB=0.509801;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00231109;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:47:25:1:0:47:25:1:0 chr2 170667832 . T C 186.25 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00393105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.791;QD=12.4165;RBI=0.0163532;REFB=-0.00181594;REVB=-0.0158737;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103988;STB=0.501474;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00376352;OID=.;OPOS=170667832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:13:10:16:20:13:10:16:21 chr2 170672843 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7578;QD=55.6503;RBI=0.023822;REFB=0;REVB=-0.0223748;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279521;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 170762566 . A T 788.75 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0310795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6607;QD=53.4746;RBI=0.0338651;REFB=-0.0763332;REVB=0.0134502;RO=3;SAF=31;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010968;STB=0.51562;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00393467;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:3:2:56:57:0.966102:25:31:2:1:26:31:2:0 chr2 170917648 . A G 426.56 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0847;QD=55.0403;RBI=0.100432;REFB=0;REVB=-0.0259065;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308987;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr2 170938659 . G A 391.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.283;QD=55.8665;RBI=0.0526474;REFB=0;REVB=0.0467198;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221126;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 170976590 . A G 237.31 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.258;QD=49.9602;RBI=0.0578844;REFB=0;REVB=-0.0167169;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197904;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr2 171073887 . G A 335.66 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0394136;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.797;QD=12.0959;RBI=0.0394211;REFB=0.000130455;REVB=0.000773055;RO=70;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292181;STB=0.516688;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00106251;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:70:70:41:41:0.369369:20:21:34:36:20:21:34:36 chr2 171225841 . A G 290.46 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0192347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6182;QD=10.7576;RBI=0.0195365;REFB=0.000665157;REVB=0.00342076;RO=70;SAF=19;SAR=18;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659494;STB=0.542146;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000785144;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:18:19:40:30:18:19:41:30 chr2 171260787 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.225;QD=57.8848;RBI=0.0473211;REFB=0;REVB=0.0385109;RO=0;SAF=49;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98664e-05;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:11:49:0:0:11:49:0:0 chr2 171260820 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9987;QD=56.9559;RBI=0.0278192;REFB=0;REVB=-0.0224068;RO=0;SAF=41;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510392;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:11:41:0:0:11:41:0:0 chr2 171355198 . A G 399.78 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.832;QD=55.1423;RBI=0.0624785;REFB=0;REVB=0.00114851;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028581;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr2 171356274 . G A 1495.96 PASS AF=0.979798;AO=89;DP=92;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3689;QD=60.4428;RBI=0.0334671;REFB=-0.158645;REVB=0.0263763;RO=2;SAF=53;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412399;STB=0.501378;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00212974;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:99:2:2:89:97:0.979798:36:53:1:1:42:55:1:1 chr2 171570488 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.008;QD=39.2068;RBI=0.0499576;REFB=0;REVB=0.0352048;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424035;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 171572940 . G A 871.38 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629545;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.236;QD=58.0917;RBI=0.0630082;REFB=0;REVB=0.0026011;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166574;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 171649402 . C T 1294.22 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.154;QD=59.5045;RBI=0.0213552;REFB=-0.0785343;REVB=-0.0164747;RO=2;SAF=46;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211573;STB=0.500953;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000628966;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:38:46:1:1:39:46:1:1 chr2 171822466 . C T 504.51 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.013767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.746;QD=50.4508;RBI=0.0281762;REFB=-0.212624;REVB=0.0245839;RO=2;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301943;STB=0.531233;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00279769;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:2:4:36:36:0.9:30:6:0:2:30:6:0:4 chr2 172174150 . AA GC 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016061;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.68;QD=56.1916;RBI=0.017742;REFB=0;REVB=-0.00753808;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.88271e-05;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 172180771 . A G 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.066;QD=61.5697;RBI=0.025679;REFB=0;REVB=0.0246387;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67276e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:58:64:0:0:58:64:0:0 chr2 172378818 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.983;QD=55.6496;RBI=0.0202679;REFB=0;REVB=0.0103069;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4944e-05;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr2 172379781 . G A 511.7 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.448;QD=53.8626;RBI=0.0276457;REFB=-0.0445686;REVB=0.0245553;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289379;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:0:0:35:38:1:18:17:0:0:21:17:0:0 chr2 172693780 . G A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00719718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1543;QD=17.1556;RBI=0.0165985;REFB=-0.011807;REVB=-0.0149569;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144153;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0130997;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:10:10:6:11:10:10 chr2 172709215 . G C 470.54 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010688;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.61;QD=58.8179;RBI=0.0159066;REFB=0;REVB=-0.0117808;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636198;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr2 172725301 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.376;QD=57.5423;RBI=0.0240188;REFB=0;REVB=-0.0187902;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08584e-06;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr2 172822320 . T C 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.000435495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.278;QD=18.7513;RBI=0.0185593;REFB=0.00011199;REVB=0.0185542;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166229;STB=0.592524;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-5.37243e-05;OID=.;OPOS=172822320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:17:23:17:26:17:23:17:26 chr2 172822999 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0141721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4538;QD=15.153;RBI=0.0249172;REFB=0.00614591;REVB=-0.0204943;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118319;STB=0.567176;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0112684;OID=.;OPOS=172822999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:22:10:18:25:22:10:18:25 chr2 172926226 . G T 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00351548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8163;QD=12.3935;RBI=0.0391313;REFB=0.00839589;REVB=-0.0389731;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0204015;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:15:9:7:7:15:9 chr2 172964638 . C A 206.46 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.03;QD=48.5784;RBI=0.0177108;REFB=0;REVB=0.0107804;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54032e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr2 172966250 . T C 351.75 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00399954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.928;QD=15.6332;RBI=0.0111622;REFB=-0.00355216;REVB=0.010421;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168083;STB=0.515214;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00531711;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:52:38:38:0.422222:20:18:25:26:20:18:26:26 chr2 173352103 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0101135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.401;QD=11.1041;RBI=0.0177837;REFB=0.0107203;REVB=0.0146279;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310426;STB=0.689101;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0186552;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:4:6:2:5:4:6 chr2 173352157 . A T 136.85 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0275265;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.166;QD=17.1057;RBI=0.0712046;REFB=-0.0159615;REVB=0.0656688;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.625378;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0383108;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:17:15:15:0.46875:7:8:13:5:7:8:13:4 chr2 173686663 . G T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.578;QD=63.5816;RBI=0.0522301;REFB=0;REVB=0.0503622;RO=0;SAF=40;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189044;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:7:40:0:0:7:40:0:0 chr2 173917425 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.28;QD=58.2387;RBI=0.00568009;REFB=0;REVB=0.00551427;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3939e-05;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr2 174068513 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.849;QD=63.5823;RBI=0.0159881;REFB=0;REVB=-0.00340635;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37153e-05;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 174091088 . T C 1339.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6089;QD=62.2962;RBI=0.0339464;REFB=0;REVB=0.0314975;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172619;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr2 174097106 . A G 276.55 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00833542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.036;QD=21.6904;RBI=0.00890021;REFB=-0.0114251;REVB=-0.00312001;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261201;STB=0.622323;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0104785;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:23:26:28:0.54902:15:11:17:6:15:13:17:6 chr2 174103160 . T C 269.39 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0237507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0938;QD=13.1409;RBI=0.0284659;REFB=-0.0134035;REVB=-0.0156911;RO=49;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032374;STB=0.51388;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0146988;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:31:32:0.390244:18:13:22:27:18:14:23:27 chr2 174128513 . C T 361.22 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00986663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0257;QD=25.8015;RBI=0.0443677;REFB=-0.018319;REVB=0.0432567;RO=21;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147546;STB=0.58457;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0087738;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:21:13:4:17:21:14:4:17 chr2 174232845 . T C 357.14 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00181919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6253;QD=26.9536;RBI=0.00992025;REFB=-0.0220794;REVB=0.00975202;RO=19;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675169;STB=0.536891;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0141325;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:16:18:12:7:16:18:12:7 chr2 174939983 . G GA 65.53 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252892;FXX=0.124844;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.497;QD=37.4449;RBI=0.129216;REFB=0;REVB=-0.126717;RO=5;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.24825e-05;OID=.;OPOS=174939984;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:8:7:7:0:6:1:0:0:3:5:3:0:4:1 chr2 175201299 . C G 3513.62 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.261;QD=62.188;RBI=0.0489191;REFB=0;REVB=0.0464189;RO=0;SAF=117;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158799;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:212:226:0:0:212:226:1:95:117:0:0:107:119:0:0 chr2 175424779 . T G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.023;QD=59.4247;RBI=0.0256496;REFB=0.0224954;REVB=-0.0200709;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000542523;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:1:0:25:17:1:0 chr2 175425476 . G A 727.37 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.66;QD=57.0485;RBI=0.0415256;REFB=0;REVB=0.0400472;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86619e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:26:23:0:0:28:23:0:0 chr2 175426274 . C G 1197.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138092;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8284;QD=61.4082;RBI=0.0235444;REFB=0;REVB=0.0190695;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364933;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr2 175436940 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.353;QD=54.6511;RBI=0.0682614;REFB=-0.0261583;REVB=0.0501795;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000533585;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:26:26:0:0:26:26:0:1 chr2 176866967 . C T 395.57 PASS AF=0.58209;AO=35;DP=64;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0322951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4967;QD=23.616;RBI=0.0619166;REFB=-0.0420425;REVB=0.0528271;RO=28;SAF=8;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314324;STB=0.617584;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0353258;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:28:28:35:39:0.58209:27:8:16:12:27:12:16:12 chr2 176984192 . TAAA T,TATA 581.87 PASS AF=0.326531,0.673469;AO=8,25;DP=35;FAO=16,33;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967979,0.0110215;FXX=0.039208;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=26.5126,78.4104;QD=47.4993;RBI=0.152613,0.0945252;REFB=0,0;REVB=-0.117986,-0.0938805;RO=0;SAF=4,5;SAR=4,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.039348,0.00949092;OID=.,.;OPOS=176984193,176984194;OREF=AAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.326531,0.673469:8,25:35:16,33:49:0:16,4:0,29:0:0:87:0:4,5:4,20:0:0 chr2 176984454 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0548998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.594;QD=10.6348;RBI=0.068231;REFB=-0.00336435;REVB=-0.0405152;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00991852;OID=.;OPOS=176984454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:6:2:5:7:6:2:6:7 chr2 176988290 . C CGCA 134.27 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0239418;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.583;QD=16.2754;RBI=0.0369338;REFB=-0.0263152;REVB=-0.0281229;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.028411;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:14:35:15:33:18:10:5:12:6:99:21:10:4:13:8 chr2 177016728 . T C 354.03 PASS AF=0.393939;AO=35;DP=96;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00456897;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.835;QD=14.3042;RBI=0.00866738;REFB=-0.0220642;REVB=0.00736532;RO=60;SAF=24;SAR=11;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446777;STB=0.522377;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0316239;OID=.;OPOS=177016728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:60:60:35:39:0.393939:11:24:39:21:15:24:39:21 chr2 177033879 . C A 249.4 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0227074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.242;QD=14.2515;RBI=0.02471;REFB=-0.0182532;REVB=0.00974469;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660041;STB=0.537523;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0259439;OID=.;OPOS=177033879;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:13:16:20:21:13:16:20:21 chr2 177036754 . T C 116.63 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7067;QD=42.4121;RBI=0.261511;REFB=0;REVB=-0.0386534;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013156;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:6:1:0:0:6:5:0:0 chr2 177054411 . T C 247.2 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0017267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.669;QD=13.7332;RBI=0.0391601;REFB=0.00723013;REVB=0.0391221;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679677;STB=0.503873;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0107965;OID=.;OPOS=177054411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:24:19:13:16:24:19 chr2 177054769 . G A 375.6 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0111296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1788;QD=23.8477;RBI=0.0123499;REFB=-0.0183853;REVB=0.00535296;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157138;STB=0.500863;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106885;OID=.;OPOS=177054769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:20:17:12:14:20:17:12:14 chr2 177055545 . T TTA 31.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.164321;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=22.9865;QD=4.43482;RBI=0.173896;REFB=-0.05158;REVB=0.0569064;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33919;STB=0.762911;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=0.173963;OID=.;OPOS=177055546;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:29:6:28:22:1:5:10:12:31:22:1:5:9:13 chr2 178085137 . G A 854.83 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00711524;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.54;QD=56.0544;RBI=0.0270598;REFB=0.0205606;REVB=0.0261076;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000298632;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:57:60:0.983607:22:35:1:0:24:36:1:0 chr2 178417142 . C T 1153.72 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5436;QD=59.9337;RBI=0.0393939;REFB=0;REVB=0.0271862;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114004;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr2 178417225 . C T 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.124;QD=58.5927;RBI=0.0253713;REFB=0;REVB=0.0122516;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110162;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr2 178481818 . G T 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.144;QD=62.6129;RBI=0.0312735;REFB=0;REVB=0.0102927;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01205e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr2 178482094 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00610089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.183;QD=30.7904;RBI=0.0788349;REFB=0.00971115;REVB=-0.0785984;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0005469;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:7:8:0.888889:1:6:1:0:2:6:1:0 chr2 178482560 . C T 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00100632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.501;QD=12.1823;RBI=0.0143302;REFB=-0.0171269;REVB=-0.0142948;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100702;STB=0.557937;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0231633;OID=.;OPOS=178482560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:16:13:27:23:16:13:27:23 chr2 178482698 . A G 350.84 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00675056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2487;QD=20.6375;RBI=0.00958589;REFB=0.0131272;REVB=0.00680583;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102941;STB=0.556972;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0106762;OID=.;OPOS=178482698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:13:19:17:19:13:19 chr2 178491217 . G A 1008.31 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.095;QD=59.3126;RBI=0.0124153;REFB=0;REVB=0.00607273;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09969e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:36:32:0:0 chr2 178493301 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.42;QD=55.656;RBI=0.0492767;REFB=0;REVB=-0.0171612;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012101;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 456.28 PASS AF=0.36;AO=50;DP=156;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=34;FWDB=0.00323953;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=291.875;QD=12.1675;RBI=0.00502862;REFB=-0.0125372;REVB=-0.0038461;RO=102;SAF=27;SAR=23;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115426;STB=0.570722;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.0203188;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:50:156:54:150:96:29:25:62:34:99:102:27:23:65:37 chr2 178936373 . T G 675.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.134;QD=61.3853;RBI=0.0166407;REFB=0;REVB=0.0151589;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153112;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:14:27:0:0:16:28:0:0 chr2 178936561 . G A 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0029966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.232;QD=24.3897;RBI=0.0308606;REFB=-0.00764117;REVB=0.0307147;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00627477;OID=.;OPOS=178936561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:8:6:7:13:8:6 chr2 178936614 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.895;QD=54.5162;RBI=0.0446523;REFB=0;REVB=0.022573;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237775;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 179188979 . C T 581.57 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00211608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.556;QD=15.9335;RBI=0.00328871;REFB=0.00074027;REVB=0.0025175;RO=84;SAF=30;SAR=32;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776139;STB=0.543436;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00289168;OID=.;OPOS=179188979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:84:62:62:0.424658:32:30:47:37:32:30:47:37 chr2 179188986 . C T 479.22 PASS AF=0.397059;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00365991;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.614;QD=14.0947;RBI=0.00989014;REFB=-0.00822162;REVB=0.00918803;RO=79;SAF=22;SAR=32;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144841;STB=0.592558;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0158061;OID=.;OPOS=179188986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:82:54:54:0.397059:32:22:43:36:32:22:46:36 chr2 179203797 . G A 447.23 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9194;QD=57.7077;RBI=0.003218;REFB=0;REVB=0.000703119;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32466e-05;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr2 179247322 . G C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.925;QD=19.9285;RBI=0.00191778;REFB=-0.0109529;REVB=0.00191778;RO=8;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00981157;OID=.;OPOS=179247322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:12:0:0:8:12:0:0:9 chr2 179260382 . A G 709.04 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0150446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6969;QD=25.0986;RBI=0.0353748;REFB=-0.0251363;REVB=0.0320162;RO=45;SAF=41;SAR=26;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126092;STB=0.564658;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00826648;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:45:46:67:67:0.59292:26:41:20:25:26:41:21:25 chr2 179414162 . T C 417.66 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00279638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.916;QD=19.8885;RBI=0.0238468;REFB=-0.0175625;REVB=0.0236823;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170336;STB=0.594338;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0193295;OID=.;OPOS=179414162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:23:19:27:15:23:19:27:15 chr2 179426979 . T A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00544353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.167;QD=16.8833;RBI=0.00556309;REFB=-0.0097824;REVB=-0.00114715;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264526;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00997669;OID=.;OPOS=179426979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:7:8:9:7:7:8:10:7 chr2 179440479 . C T 483.35 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0129438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.909;QD=20.7891;RBI=0.0144132;REFB=-0.0179126;REVB=0.00634028;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11977;STB=0.580259;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0175714;OID=.;OPOS=179440479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:46:47:47:0.505376:24:23:27:16:24:23:30:16 chr2 179444768 . C G 2332.46 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978678;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.691;QD=63.9031;RBI=0.0116835;REFB=0;REVB=0.00638141;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13699e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:81:64:0:0:81:65:0:0 chr2 179458002 . G A 377.81 PASS AF=0.542857;AO=34;DP=66;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0124829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.923;QD=21.5893;RBI=0.0125679;REFB=-0.0139317;REVB=0.00145865;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158815;STB=0.571394;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0107488;OID=.;OPOS=179458002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:31:32:34:38:0.542857:22:12:6:25:26:12:6:26 chr2 179569400 . C T 306.84 PASS AF=0.367347;AO=34;DP=96;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0666151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.995;QD=12.5241;RBI=0.0666327;REFB=0.00125006;REVB=0.00152839;RO=61;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403649;STB=0.537017;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00150122;OID=.;OPOS=179569400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:61:62:34:36:0.367347:20:14:23:38:20:16:24:38 chr2 179569436 . A G 140.31 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00522891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2554;QD=7.79476;RBI=0.0229426;REFB=-0.00543526;REVB=0.0223388;RO=52;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927636;STB=0.55599;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0130415;OID=.;OPOS=179569436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:13:7:22:30:13:7:22:30 chr2 179574384 . C T 567.7 PASS AF=0.429577;AO=60;DP=141;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00730613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2168;QD=15.9914;RBI=0.0755271;REFB=0.0166327;REVB=0.0751729;RO=81;SAF=24;SAR=36;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469355;STB=0.530076;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0211487;OID=.;OPOS=179574384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:81:81:60:61:0.429577:36:24:36:45:37:24:36:45 chr2 179578730 . G A 642.51 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=0.00827684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.261;QD=14.7702;RBI=0.0099081;REFB=-0.00979069;REVB=-0.0054465;RO=102;SAF=41;SAR=31;SRF=63;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518738;STB=0.529037;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0128151;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:102:102:72:72:0.413793:31:41:63:39:31:41:63:39 chr2 179579212 . T C 500.25 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00849199;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.713;QD=24.1082;RBI=0.0143206;REFB=-0.0222293;REVB=0.0115311;RO=36;SAF=13;SAR=34;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198117;STB=0.609199;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012152;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:36:36:47:47:0.566265:34:13:18:18:34:13:18:18 chr2 179579822 . T A 501.24 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0280197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.909;QD=16.0397;RBI=0.0411042;REFB=-0.00977921;REVB=0.0300741;RO=70;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234131;STB=0.513084;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0137995;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:27:28:34:36:27:28:34:36 chr2 179580434 . A G 507.82 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00307738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.054;QD=17.976;RBI=0.00490585;REFB=-0.0116196;REVB=-0.00382062;RO=59;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020751;STB=0.506089;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0115861;OID=.;OPOS=179580434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:59:53:54:0.477876:24:29:31:28:25:29:31:28 chr2 179581835 . C A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00340378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.617;QD=15.7059;RBI=0.00348188;REFB=-0.00703969;REVB=0.000733307;RO=48;SAF=24;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176647;STB=0.599943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0128164;OID=.;OPOS=179581835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:12:24:24:24:12:24:24:24 chr2 179582537 . G T 178.0 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0104489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.587;QD=10.6269;RBI=0.0370599;REFB=-0.00582622;REVB=-0.0355563;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028854;STB=0.515611;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00911902;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:12:11:19:23:12:11:20:24 chr2 179585266 . C T 1407.03 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0027009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8196;QD=60.5176;RBI=0.0183694;REFB=-0.0801422;REVB=0.0181697;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.500592;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00144931;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:91:91:0.978495:43:48:1:0:43:48:1:1 chr2 179585393 . A G 104.64 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00690156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.561;QD=19.9315;RBI=0.00899864;REFB=0.00264891;REVB=-0.00577442;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0009011;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:5:4:6:6:5:4 chr2 179600563 . G A 1606.82 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.573;QD=60.0682;RBI=0.0126663;REFB=0;REVB=-0.0110582;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68335e-06;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr2 179600648 . C T 925.39 PASS AF=0.545455;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0141956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9388;QD=22.4338;RBI=0.0158223;REFB=-0.00580357;REVB=0.00698779;RO=75;SAF=43;SAR=47;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185277;STB=0.501012;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0049683;OID=.;OPOS=179600648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:75:75:90:90:0.545455:47:43:36:39:47:43:36:39 chr2 179604160 . T G 313.17 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0147076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.951;QD=19.5731;RBI=0.0290807;REFB=-0.00995981;REVB=0.0250873;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537684;STB=0.529896;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00705967;OID=.;OPOS=179604160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:15:18:15:16:15:18:15:16 chr2 179604742 . G A 513.86 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000620902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.748;QD=21.8662;RBI=0.0130173;REFB=-0.0143614;REVB=0.0130024;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924496;STB=0.551;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0194966;OID=.;OPOS=179604742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:22:27:20:25:22:27:20:25 chr2 179605180 . C A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000305273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.248;QD=16.1721;RBI=0.0198977;REFB=0.00312614;REVB=-0.0198954;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192059;STB=0.610967;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00553237;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:10:10:5:11:10:10 chr2 179605705 . A G 361.44 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0123268;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.926;QD=17.6312;RBI=0.0344646;REFB=-0.0105834;REVB=0.0321848;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435898;STB=0.524377;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0205619;OID=.;OPOS=179605705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:20:24:19:19:20:24 chr2 179606538 . G A 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00177351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.355;QD=15.0059;RBI=0.00646656;REFB=-0.00651397;REVB=0.00621861;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916216;STB=0.545432;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00887996;OID=.;OPOS=179606538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:21:18:21:35:21:18:22:35 chr2 179611711 . C A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0025893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.533;QD=19.0178;RBI=0.0287666;REFB=0.000295063;REVB=0.0286498;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.000139179;OID=.;OPOS=179611711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:6:8:6:9:6:8 chr2 179614952 . A G 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00226017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.633;QD=60.0683;RBI=0.019801;REFB=-0.0770018;REVB=0.0196716;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00038786;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:42:39:0:0:42:39:1:0 chr2 179615887 . T C 145.08 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0555589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4167;QD=20.0116;RBI=0.100948;REFB=-0.0709925;REVB=0.084283;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0440426;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:13:15:16:0.551724:7:8:5:7:8:8:6:7 chr2 179615931 . C G 740.92 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423912;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.537;QD=56.9934;RBI=0.0514223;REFB=0;REVB=0.0512473;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135962;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr2 179615994 . T C 1292.55 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017071;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.731;QD=60.8259;RBI=0.0187002;REFB=0.101716;REVB=-0.00763407;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000241745;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:37:47:1:0:37:47:1:0 chr2 179620951 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00871471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.503;QD=11.0866;RBI=0.0247632;REFB=-0.00783281;REVB=-0.0231791;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150854;STB=0.590024;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0110759;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:13:12:8:5:13:12 chr2 179621477 . C T 1902.41 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391969;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.137;QD=60.3941;RBI=0.0402174;REFB=-0.0196855;REVB=0.0090024;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904904;STB=0.504672;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000590395;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:124:125:0.992063:52:72:0:1:53:72:0:1 chr2 179623758 . C T 641.65 PASS AF=0.452055;AO=65;DP=145;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0136208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.272;QD=17.5796;RBI=0.0143531;REFB=-0.0163637;REVB=0.00452604;RO=80;SAF=39;SAR=26;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128575;STB=0.510598;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0168084;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:80:80:65:66:0.452055:26:39:47:33:26:40:47:33 chr2 179629363 . T C 1063.67 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000354523;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.888;QD=59.9253;RBI=0.0149811;REFB=0;REVB=0.0149769;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04316e-05;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr2 179629461 . C T 231.01 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0121547;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.663;QD=21.4889;RBI=0.0144529;REFB=-0.0241518;REVB=-0.00781983;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649467;STB=0.536448;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0160824;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:13:8:10:12:13:8 chr2 179631214 . T C 481.67 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.000931939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.59;QD=17.3575;RBI=0.00101978;REFB=-0.0194358;REVB=0.000414056;RO=58;SAF=27;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182527;STB=0.514726;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0205545;OID=.;OPOS=179631214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:25:27:29:29:25:27:29:30 chr2 179634936 . C T 396.48 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0174981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.123;QD=18.0217;RBI=0.0175217;REFB=-0.0167801;REVB=0.000907955;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144087;STB=0.572104;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0213253;OID=.;OPOS=179634936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:47:40:41:0.465909:23:17:27:20:23:18:27:20 chr2 179637861 . C G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.017476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0824;QD=11.9921;RBI=0.0237517;REFB=0.00730355;REVB=-0.0160851;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286432;STB=0.656548;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0133131;OID=.;OPOS=179637861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:7:11:11:21:7:11:12:21 chr2 179641975 . C T 450.04 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.028057;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1582;QD=14.2871;RBI=0.0498475;REFB=0.00548975;REVB=-0.0412017;RO=77;SAF=16;SAR=35;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202399;STB=0.605816;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00822932;OID=.;OPOS=179641975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:77:75:51:51:0.404762:35:16:38:39:35:16:36:39 chr2 179644035 . G A 508.22 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00341924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.231;QD=20.7436;RBI=0.0110132;REFB=-0.0312164;REVB=0.010469;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156443;STB=0.591267;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.030318;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:28:21:29:19:28:21:30:19 chr2 179644160 . T C 217.07 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0633402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.131;QD=15.7872;RBI=0.072858;REFB=-0.0338309;REVB=0.0360043;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694183;STB=0.523346;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.039462;OID=.;OPOS=179644160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:30:23:25:0.454545:15:8:12:17:16:9:12:18 chr2 179647546 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.00271804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.29;QD=16.9233;RBI=0.0209754;REFB=0.00237051;REVB=-0.0207985;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197539;STB=0.609676;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00342506;OID=.;OPOS=179647546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:13:21:32:8:13:21:32:8 chr2 179659912 . G A 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0323049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.071;QD=14.2289;RBI=0.0488893;REFB=-0.00750285;REVB=0.0366954;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532731;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0127966;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:14:12:18:17:14:12:19:17 chr2 179702268 . A G 754.52 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.644;QD=56.9446;RBI=0.0127159;REFB=0;REVB=0.0111696;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28993e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr2 179839833 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0205165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.221;QD=12.9747;RBI=0.0236032;REFB=-0.014656;REVB=0.0116698;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0131638;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr2 179914640 . G A 432.13 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0326134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.055;QD=17.8199;RBI=0.0329159;REFB=-0.0243967;REVB=0.00445261;RO=53;SAF=13;SAR=31;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292968;STB=0.664317;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0266964;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:31:13:31:22:31:13:31:22 chr2 179990353 . C G 613.83 PASS AF=0.6;AO=43;DP=86;FAO=51;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00442748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2979;QD=28.8859;RBI=0.01085;REFB=-0.0090884;REVB=0.0099056;RO=26;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985941;STB=0.537711;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0104852;OID=.;OPOS=179990353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:26:25:43:51:0.6:21:22:17:9:22:29:17:8 chr2 180047908 . T C 893.47 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00509762;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7983;QD=54.9829;RBI=0.0151437;REFB=-0.0652399;REVB=-0.01426;RO=2;SAF=19;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133474;STB=0.506448;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0010732;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:43:19:1:1:43:20:1:1 chr2 180308028 . C T 165.01 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0124863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9114;QD=14.0433;RBI=0.0259327;REFB=-0.00232939;REVB=0.0227288;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270343;STB=0.658044;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00387962;OID=.;OPOS=180308028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:15:14:13:5:15:14 chr2 180810180 . C T 432.1 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0344308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.93;QD=23.0452;RBI=0.0355383;REFB=-0.00744151;REVB=-0.00880297;RO=33;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535149;STB=0.529398;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00531481;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:18:24:21:12:18:24:21:12 chr2 180810264 . A T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.979;QD=58.9623;RBI=0.0463197;REFB=0;REVB=-0.0460175;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24068e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr2 180835792 . T A 1567.74 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.657;QD=63.9895;RBI=0.0492646;REFB=0;REVB=-0.0106761;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81818e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:44:52:0:0:44:54:0:0 chr2 182374534 . A G 1176.84 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.076963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.225;QD=59.5866;RBI=0.0771928;REFB=-0.0148059;REVB=-0.00595201;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000502019;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:76:78:0.987342:45:31:0:0:45:33:0:1 chr2 182395345 . G A 1437.76 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692743;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.378;QD=63.1983;RBI=0.0158366;REFB=0;REVB=-0.0142411;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57966e-05;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr2 182399097 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.432;QD=58.1384;RBI=0.0654469;REFB=0;REVB=0.0235501;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730478;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr2 182399638 . A G 2185.98 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574108;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3196;QD=63.3617;RBI=0.0574582;REFB=0;REVB=-0.00233495;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238297;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:58:80:0:0:58:80:0:0 chr2 182400905 . T G 1826.04 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0543641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.67;QD=60.365;RBI=0.0552427;REFB=-0.0242287;REVB=0.00981354;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000148692;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:70:50:0:0:70:50:0:1 chr2 182403851 . G A 1171.82 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.712;QD=60.874;RBI=0.0285115;REFB=0;REVB=0.0211065;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88847e-06;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr2 182413259 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101131;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.314;QD=61.6103;RBI=0.032343;REFB=0;REVB=0.0307213;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207067;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:19:23:0:0:20:26:0:0 chr2 182521578 . G A 1602.56 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.398;QD=58.2751;RBI=0.0527817;REFB=0.494576;REVB=0.038953;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00170366;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:110:0:1:107:109:0.990909:63:44:0:0:65:44:0:1 chr2 182542864 . C G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0506255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3387;QD=12.9748;RBI=0.0682215;REFB=0.00698423;REVB=-0.04573;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.023468;OID=.;OPOS=182542864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:9:8:6:6:10:8 chr2 182543455 . T C 808.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.967;QD=56.7706;RBI=0.00943529;REFB=0;REVB=0.00845001;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1069e-05;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr2 182925120 . T C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0116469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.528;QD=13.7512;RBI=0.0127309;REFB=-0.00701546;REVB=-0.00514067;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144363;STB=0.583231;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00930274;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:18:5:5:10:18:5 chr2 183007502 . A G 205.4 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0111442;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9593;QD=14.6714;RBI=0.03944;REFB=-0.00629622;REVB=0.0378328;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273855;STB=0.512185;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00730627;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:32:24:24:0.428571:10:14:18:13:10:14:18:14 chr2 183593697 . C T 542.0 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0186808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.525;QD=16.6769;RBI=0.0279042;REFB=0.00151696;REVB=-0.0207286;RO=71;SAF=27;SAR=31;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15692;STB=0.582183;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00260562;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:71:72:58:58:0.446154:31:27:22:49:31:27:23:49 chr2 183622547 . T G 540.04 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0450463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.421;QD=14.7957;RBI=0.0452305;REFB=-0.0139357;REVB=-0.0040772;RO=84;SAF=13;SAR=46;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28592;STB=0.655067;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149164;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:84:87:59:59:0.40411:46:13:38:46:46:13:38:49 chr2 183627504 . A G 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00476674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.39;QD=8.69033;RBI=0.0233058;REFB=-0.00177345;REVB=-0.0228131;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255285;STB=0.666222;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00614797;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:2:6:8:7:2:6:9:8 chr2 183789649 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.126;QD=60.2307;RBI=0.0157555;REFB=0;REVB=0.00659965;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49134e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr2 183799558 . G C 1843.69 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441917;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.988;QD=61.4565;RBI=0.0451457;REFB=0;REVB=-0.0092319;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240064;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr2 183961650 . A C 1987.12 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243555;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.298;QD=61.1421;RBI=0.0315625;REFB=-0.139276;REVB=0.0200748;RO=1;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748343;STB=0.503875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000204766;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:128:129:0.992308:63:65:0:1:64:65:0:1 chr2 183961668 . A G,T 1836.89 PASS AF=0.942623,0.057377;AO=114,8;DP=123;FAO=115,7;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58,3;FSAR=57,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014416,-0.0377351;FXX=0.00812942;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.114,92.9436;QD=60.2261;RBI=0.015355,0.0494868;REFB=0,0;REVB=0.00528721,-0.0320157;RO=0;SAF=58,3;SAR=56,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23074e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000132085,0.171169;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:123:122:0:0:114,8:115,7:0.942623,0.057377:56,5:58,3:0:0:57,4:58,3:0:0 chr2 184814072 . T C 847.58 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.126;QD=54.6827;RBI=0.0349185;REFB=-0.189096;REVB=-0.00276949;RO=2;SAF=36;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254976;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00213059;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:2:1:60:61:0.983871:24:36:2:0:24:37:1:0 chr2 185469503 . C T 1120.59 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342918;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.037;QD=60.5723;RBI=0.0346726;REFB=0;REVB=0.00512485;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10012e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr2 185800905 . A T 670.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.673;QD=62.343;RBI=0.0694428;REFB=0;REVB=-0.0432146;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65428e-05;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr2 185801747 . G A 742.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.539;QD=63.1721;RBI=0.018531;REFB=0;REVB=0.00609376;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29311e-05;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr2 185801755 . A G 767.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.969;QD=63.9322;RBI=0.00908404;REFB=0;REVB=0.00482898;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92855e-05;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr2 185802211 . C CACA 92.95 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00951522;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.539;QD=30.9842;RBI=0.0204815;REFB=-0.0150236;REVB=0.0181371;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.00357668;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:9:14:10:12:2:5:5:2:0:10:3:5:4:3:0 chr2 185802243 . C A 102.03 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.65;QD=40.8131;RBI=0.0432275;REFB=0;REVB=0.0219117;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338497;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr2 185802363 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.634;QD=58.2392;RBI=0.0312674;REFB=0;REVB=0.00488354;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71094e-05;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr2 186526579 . G A 1658.07 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8612;QD=60.2935;RBI=0.0292813;REFB=0;REVB=-0.0274328;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178071;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr2 186603605 . A AG 45.44 PASS AF=0.209877;AO=15;DP=80;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.100827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6804;QD=2.24414;RBI=0.179855;REFB=0.00940003;REVB=0.148935;RO=59;SAF=13;SAR=2;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288553;STB=0.710599;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=-0.0567487;OID=.;OPOS=186603606;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209877:15:80:17:81:64:15:2:46:18:45:59:13:2:42:17 chr2 186653546 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0120099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.792;QD=16.755;RBI=0.0122769;REFB=-0.0266467;REVB=-0.00254622;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136311;STB=0.57686;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.031311;OID=.;OPOS=186653546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:10:18:12:12:10:18 chr2 186655726 . G A 688.26 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148903;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3323;QD=62.5691;RBI=0.0237884;REFB=0;REVB=0.0185517;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018851;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr2 186656657 . C T 404.36 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0125845;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.63;QD=15.8572;RBI=0.0783072;REFB=-0.012884;REVB=-0.0772894;RO=56;SAF=28;SAR=16;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104863;STB=0.569115;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0154575;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:57:44:45:0.441176:16:28:30:26:16:29:30:27 chr2 186667360 . A C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00275881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.241;QD=21.6304;RBI=0.00617084;REFB=0.000616036;REVB=-0.00551981;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142037;STB=0.578893;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000587739;OID=.;OPOS=186667360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:12:12:20:10:12:12 chr2 186668935 . A G 332.81 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0491564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.482;QD=19.0175;RBI=0.0491649;REFB=-0.0180407;REVB=0.000916743;RO=34;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275515;STB=0.647468;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.018832;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:11:24:13:21:11:24:14:21 chr2 186670104 . A C 1116.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.945;QD=60.3638;RBI=0.0537081;REFB=0;REVB=0.0493864;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526215;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr2 186670979 . T C 66.54 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00828238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175;QD=12.6735;RBI=0.00965666;REFB=-0.000974709;REVB=-0.00496521;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00192261;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:8:4:5:4:8:4 chr2 186697876 . A G 724.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9854;QD=54.6446;RBI=0.0478005;REFB=-0.110547;REVB=0.021531;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00240354;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:20:32:0:0:20:32:1:0 chr2 187487160 . G A 500.24 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0242895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.334;QD=15.6324;RBI=0.0260823;REFB=-0.000308205;REVB=-0.00950307;RO=72;SAF=33;SAR=22;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225682;STB=0.629583;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000568621;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:22:33:27:45:22:33:27:46 chr2 187498107 . T C 560.34 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00525203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.204;QD=17.6484;RBI=0.00724061;REFB=-0.00521928;REVB=0.00498424;RO=67;SAF=26;SAR=33;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106802;STB=0.563179;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00645465;OID=.;OPOS=187498107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:33:26:37:30:33:26:38:30 chr2 187532417 . G A 1501.39 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4993;QD=61.2814;RBI=0.0351566;REFB=-0.0510129;REVB=0.030726;RO=2;SAF=74;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126448;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00126689;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:22:74:2:0:22:74:2:0 chr2 187558960 . G A 276.95 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0195676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.579;QD=26.3763;RBI=0.0699054;REFB=-0.0205782;REVB=0.0671109;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611092;STB=0.536369;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0123616;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:17:24:25:0.595238:10:14:8:8:11:14:8:9 chr2 187559029 . A ACAG,G 257.66 PASS AF=0.45283,0.0566038;AO=20,7;DP=89;FAO=24,3;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16,3;FSAR=8,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0229419,-0.0407785;FXX=0.353615;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=132.634,67.0347;QD=19.4459;RBI=0.0344425,0.0407834;REFB=-0.0678682,-0.0366266;REVB=0.0256895,0.000630078;RO=62;SAF=14,6;SAR=6,1;SRF=38;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119392,0.331587;STB=0.529387,0.995659;STBP=0.737,0.141;TYPE=ins,snp;VARB=0.0723843,0.0460053;OID=.,.;OPOS=187559030,187559029;OREF=-,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=ACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:53:62:26:20,7:24,3:0.45283,0.0566038:6,1:14,6:38:24:8,0:16,3:16:10 chr2 187559047 . G A,GCAA 409.14 PASS AF=0.127451,0.343137;AO=19,26;DP=118;FAO=13,35;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=6,21;FSAR=7,14;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0211966,0.00698189;FXX=0.0467246;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=106.908,106.179;QD=16.0447;RBI=0.0323991,0.0296601;REFB=-0.0258356,-0.0480435;REVB=-0.0245032,-0.0288266;RO=73;SAF=6,18;SAR=13,8;SRF=41;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.307059,0.171598;STB=0.560548,0.539148;STBP=0.668,0.553;TYPE=snp,ins;VARB=0.0746765,0.0333455;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:118:102:73:54:19,26:13,35:0.127451,0.343137:13,8:6,18:41:32:7,14:6,21:29:25 chr2 187626338 . C T 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0110046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.398;QD=16.8791;RBI=0.0262297;REFB=-0.00935632;REVB=0.0238096;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158066;STB=0.608547;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0211853;OID=.;OPOS=187626338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:10:5:8:8:10:5:9:8 chr2 188250301 . T A 2350.31 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.265;QD=63.954;RBI=0.0165793;REFB=0;REVB=-0.0164835;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57192e-05;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:69:77:0:0:69:78:0:0 chr2 188343497 . T C 387.85 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00190095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.512;QD=15.9939;RBI=0.00191171;REFB=-0.0028648;REVB=-0.000202459;RO=56;SAF=25;SAR=16;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00280991;STB=0.501583;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00369233;OID=.;OPOS=188343497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:16:25:34:22:16:25:34:22 chr2 189460553 . T C 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00116342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.467;QD=58.6224;RBI=0.00819056;REFB=-0.0365875;REVB=0.00810751;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978065;STB=0.505154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000194642;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:52:48:1:0:52:48:1:0 chr2 189866199 . T A 2592.83 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.963;QD=61.7341;RBI=0.0344494;REFB=0;REVB=0.0331984;RO=0;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18215e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:168:0:0:162:168:1:66:96:0:0:72:96:0:0 chr2 189875421 . T G 784.78 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000716515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.34;QD=57.0752;RBI=0.0782324;REFB=0;REVB=0.0782292;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181471;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr2 189907937 . A G 998.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7572;QD=58.7633;RBI=0.0668038;REFB=0;REVB=0.00862075;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100499;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr2 189932831 . T C 1049.47 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185764;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.522;QD=59.9699;RBI=0.0218849;REFB=0;REVB=0.01157;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53544e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr2 189962072 . A T 838.99 PASS AF=0.451282;AO=86;DP=193;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=38;FWDB=0.0144874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.681;QD=17.21;RBI=0.0151479;REFB=0.00544224;REVB=-0.00442423;RO=107;SAF=42;SAR=44;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155968;STB=0.57947;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00655466;OID=.;OPOS=189962072;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:107:107:86:88:0.451282:44:42:69:38:44:44:69:38 chr2 189974958 . G T 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.145638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9776;QD=22.676;RBI=0.145715;REFB=0.0464805;REVB=-0.00474958;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34007;STB=0.691952;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0292287;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:0:5:4:6:0:5 chr2 189997837 . CG C,CA 466.42 PASS AF=0.361111,0.638889;AO=13,23;DP=36;FAO=13,23;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424691,0.00133293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.9324,38.252;QD=51.8243;RBI=0.0526503,0.104966;REFB=0,0;REVB=0.0311197,0.104957;RO=0;SAF=0,22;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.47154e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0021987,-0.00236363;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.361111,0.638889:13,23:36:13,23:36:0:1,21:12,2:0:0:63:0:0,22:13,1:0:0 chr2 190323530 . A G 346.95 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0146782;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.634;QD=16.5213;RBI=0.0146985;REFB=0.00346711;REVB=-0.000771899;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395563;STB=0.522232;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00413093;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:21:26:19:18:21:26 chr2 190430177 . A G 1583.33 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3167;QD=63.9729;RBI=0.0350479;REFB=0;REVB=0.0280504;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345859;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:36:62:0:0:37:62:0:0 chr2 190531426 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.469;QD=59.3219;RBI=0.00935233;REFB=0;REVB=-0.0011415;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07648e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr2 190595258 . G T 1523.04 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5849;QD=59.7271;RBI=0.0546;REFB=0;REVB=0.0448109;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27192e-05;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr2 190602513 . T C 883.57 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.019573;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7626;QD=53.55;RBI=0.0486204;REFB=0.0435238;REVB=0.0445066;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460997;STB=0.507216;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00207696;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:31:32:1:1:31:32:2:1 chr2 190617643 . A G,T 1407.28 PASS AF=0.880435,0.119565;AO=77,15;DP=92;FAO=81,11;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=34,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123702,-0.0412453;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.145,37.4837;QD=61.186;RBI=0.03177,0.0463198;REFB=0,0;REVB=0.0292628,-0.0210795;RO=0;SAF=43,4;SAR=34,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.11157e-08,3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00244454,0.147024;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:92:92:0:0:77,15:81,11:0.880435,0.119565:34,11:43,4:0:0:34,11:47,0:0:0 chr2 190618249 . T A 617.1 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342981;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.852;QD=61.7099;RBI=0.0360066;REFB=0;REVB=0.0109597;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288094;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 190636411 . C G 923.13 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408177;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.014;QD=58.6114;RBI=0.0196919;REFB=0;REVB=0.0192642;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24913e-05;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr2 190788844 . T TC 314.82 PASS AF=0.961538;AO=16;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202084;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.0191;QD=48.4339;RBI=0.106991;REFB=0.0100672;REVB=0.105065;RO=7;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20583;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=0.00245226;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:16:26:25:26:1:15:10:1:0:5:7:12:4:3:4 chr2 190788845 . G C 64.36 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00363557;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.4279;QD=9.53459;RBI=0.0856739;REFB=-0.0152897;REVB=0.0855967;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483664;STB=0.835167;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0147789;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:19:18:7:9:0.333333:5:2:14:5:7:2:14:4 chr2 190815211 . G A 751.94 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.105;QD=54.6868;RBI=0.0265476;REFB=-0.0739702;REVB=-0.00768086;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=4.57933e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:53:54:0.981818:24:29:0:0:25:29:1:0 chr2 191064753 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0060545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.618;QD=16.6271;RBI=0.0696901;REFB=-0.00565778;REVB=0.0694266;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.569509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00649051;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:8:6:4:9:8:6 chr2 191065595 . G T 197.08 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0127426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.535;QD=18.3326;RBI=0.0216953;REFB=-0.00694679;REVB=-0.0175588;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110866;STB=0.529383;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00692681;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:23:20:20:0.465116:12:8:6:15:12:8:8:15 chr2 191065782 . A AGAT 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0136486;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.876;QD=7.27141;RBI=0.0190137;REFB=-0.00910629;REVB=-0.0132377;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180355;STB=0.612659;STBP=0.435;TYPE=ins;VARB=0.0239218;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:9:34:9:34:25:5:4:10:15:61:25:5:4:10:15 chr2 191066683 . C T 576.74 PASS AF=0.56;AO=55;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00569163;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.535;QD=23.0695;RBI=0.0134219;REFB=-0.00526806;REVB=-0.0121553;RO=43;SAF=28;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910225;STB=0.547738;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00364901;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:44:55:56:0.56:27:28:17:26:27:29:18:26 chr2 191066769 . C T 391.81 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.675;QD=55.9722;RBI=0.0196337;REFB=0;REVB=0.0194474;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26232e-05;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:25:28:1:15:10:0:0:17:11:0:0 chr2 191066913 . T C 105.61 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0552851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.043;QD=11.4167;RBI=0.0563279;REFB=-0.0315619;REVB=0.0107886;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383131;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0546676;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:24:13:13:0.351351:7:6:9:9:7:6:15:9 chr2 191066970 . C T 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0134666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.352;QD=16.0279;RBI=0.0318175;REFB=-0.0278849;REVB=-0.0288272;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157788;STB=0.590816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0472754;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:14:14:7:13:14:14 chr2 191067233 . T C 192.77 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00652908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.234;QD=14.8288;RBI=0.0303631;REFB=0.00732745;REVB=0.0296528;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377977;STB=0.501885;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0121002;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:7:14:19:11:8:14:19:11 chr2 191067766 . T TTC 178.07 PASS AF=0.407407;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0171925;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=131.175;QD=13.1901;RBI=0.0201935;REFB=-0.0124887;REVB=-0.0105923;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327868;STB=0.536049;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.0162719;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:19:57:22:54:32:13:9:17:15:99:36:10:9:20:16 chr2 191068061 . A T 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.032343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2366;QD=7.95492;RBI=0.0365054;REFB=0.00696928;REVB=-0.0169284;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062059;STB=0.538369;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0133789;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:15:4:2:6:15:4 chr2 191161622 . T C 437.45 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0306183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.025;QD=16.6648;RBI=0.0309228;REFB=0.000159227;REVB=-0.00432859;RO=56;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814441;STB=0.541046;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000110714;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:20:28:28:28:20:28:29:28 chr2 191224981 . G T 305.08 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.011145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4099;QD=15.0659;RBI=0.0155994;REFB=-0.0043228;REVB=-0.0109146;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16671;STB=0.594538;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00936922;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:22:12:24:23:22:12:24:23 chr2 191227365 . GA G,GG 100.64 PASS AF=0.521739,0.0217391;AO=17,4;DP=48;FAO=24,1;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14,0;FSAR=10,1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0345488,-0.0138569;FXX=0.041658;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.39194,23.5691;QD=8.75083;RBI=0.114226,0.0691165;REFB=-0.140857,-0.0750712;REVB=0.108875,0.0677132;RO=23;SAF=12,0;SAR=5,4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155405,-0.658352;STB=0.517227,0.991927;STBP=0.832,0.245;TYPE=del,snp;VARB=0.164377,-0.0061162;OID=.,.;OPOS=191227366,191227366;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739,0.0217391:17,4:48:24,1:46:21:14,0:10,1:13:8:71:23:12,0:5,4:13:10 chr2 191231458 . G A 1048.26 PASS AF=0.948718;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00119646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9999;QD=53.7568;RBI=0.00867547;REFB=-0.0255044;REVB=-0.00859257;RO=2;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361604;STB=0.515719;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0105854;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:78:2:4:72:74:0.948718:31:41:1:1:33:41:1:3 chr2 191231503 . G A 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0242899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7161;QD=15.5558;RBI=0.0242899;REFB=-0.0291927;REVB=-2.1357e-05;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185001;STB=0.510442;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0316254;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:18:16:22:23:18:16:22:23 chr2 191235901 . A C 1267.44 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108722;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3476;QD=59.6442;RBI=0.0653238;REFB=0;REVB=0.0644127;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282688;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:81:85:1:31:50:0:0:33:52:0:0 chr2 191301368 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7474;QD=43.4859;RBI=0.0632619;REFB=0;REVB=0.043126;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415962;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr2 191354491 . T C 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0192071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.487;QD=16.0902;RBI=0.028349;REFB=-0.0109493;REVB=0.0208508;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279502;STB=0.515749;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0115198;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:17:21:18:13:17:21 chr2 191379268 . G A 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0762002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7375;QD=12.8974;RBI=0.07911;REFB=-0.00234673;REVB=0.0212583;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140389;STB=0.581995;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00115793;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:12:18:8:9:12:18 chr2 191402654 . A G 166.04 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.034189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.337;QD=22.139;RBI=0.133126;REFB=-0.0063686;REVB=-0.128661;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291437;STB=0.683978;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000994144;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:13:4:7:5:13:4:8:5 chr2 191402680 . A G 36.17 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00335872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.929;QD=1.98219;RBI=0.0174588;REFB=-0.00300741;REVB=-0.0171327;RO=65;SAF=6;SAR=2;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159757;STB=0.623668;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0299006;OID=.;OPOS=191402680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:2:6:41:24:2:6:41:24 chr2 191402685 . A C 677.66 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0081628;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3763;QD=35.6665;RBI=0.0467126;REFB=0.0127576;REVB=-0.0459938;RO=21;SAF=39;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124609;STB=0.558303;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00686218;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:21:20:56:56:0.736842:17:39:10:11:17:39:10:10 chr2 191402698 . A C 779.1 PASS AF=0.761905;AO=53;DP=84;FAO=64;FDP=84;FR=.;FRO=20;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0284262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9205;QD=37.1002;RBI=0.0303287;REFB=0.0768213;REVB=0.0105727;RO=18;SAF=31;SAR=22;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408704;STB=0.527544;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0225707;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:18:20:53:64:0.761905:22:31:9:9:22:42:11:9 chr2 191402702 . T C 823.29 PASS AF=0.764706;AO=64;DP=84;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00953268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1163;QD=38.7432;RBI=0.0483835;REFB=-0.0102291;REVB=-0.0474351;RO=20;SAF=42;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748692;STB=0.541293;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0080072;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:20:20:64:65:0.764706:22:42:10:10:22:43:10:10 chr2 191402710 . T C 833.25 PASS AF=0.75;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00527939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.548;QD=37.875;RBI=0.0155862;REFB=-0.0176301;REVB=0.0146648;RO=22;SAF=45;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138234;STB=0.574301;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00770215;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:22:66:66:0.75:21:45:9:13:21:45:9:13 chr2 191402712 . TA CG 837.02 PASS AF=0.75;AO=66;DP=89;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000323632;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=2;MLLD=121.043;QD=38.0462;RBI=0.00178295;REFB=0.00143832;REVB=0.00175333;RO=22;SAF=45;SAR=21;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116263;STB=0.56248;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=-0.000532312;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:22:22:66:66:0.75:21:45:10:12:21:45:10:12 chr2 191402748 . A T 823.15 PASS AF=0.683673;AO=67;DP=98;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0111669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.439;QD=33.598;RBI=0.0140102;REFB=-0.0202993;REVB=0.00846089;RO=29;SAF=42;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842996;STB=0.53673;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0114881;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:29:31:67:67:0.683673:25:42:14:15:25:42:16:15 chr2 191402761 . G A 684.68 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0477052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.349;QD=31.8453;RBI=0.0480447;REFB=-0.000786285;REVB=-0.00570152;RO=28;SAF=42;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155532;STB=0.584385;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000383223;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:16:42:14:14:16:42:14:14 chr2 191402775 . T C 457.94 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0235577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.714;QD=26.1678;RBI=0.0273206;REFB=-0.0528544;REVB=-0.0138365;RO=26;SAF=36;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320861;STB=0.672805;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00530358;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:27:43:43:0.614286:7:36:13:13:7:36:14:13 chr2 191402778 . T C 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00476999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.277;QD=24.7806;RBI=0.00544107;REFB=-0.0175003;REVB=0.00261773;RO=26;SAF=36;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460162;STB=0.767605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00639519;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:4:36:13:13:4:36:13:14 chr2 191818323 . A C 544.0 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.000427916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.891;QD=19.9632;RBI=0.0301403;REFB=-0.00690322;REVB=-0.0301372;RO=52;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107218;STB=0.553116;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00717996;OID=.;OPOS=191818323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:53:56:56:0.513761:25:31:35:17:25:31:35:18 chr2 191828203 . A T 411.06 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00445254;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9969;QD=20.2991;RBI=0.0135231;REFB=-0.0376764;REVB=0.0127691;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934995;STB=0.555262;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0268249;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:35:40:41:41:0.506173:21:20:21:14:21:20:24:16 chr2 191828205 . C A 389.12 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00430508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.087;QD=18.7525;RBI=0.00455442;REFB=-0.0194669;REVB=0.00148628;RO=43;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141634;STB=0.578751;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0207038;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:21:19:27:16:21:19:27:16 chr2 191841753 . T TA 124.31 PASS AF=0.69697;AO=4;DP=36;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0222043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5561;QD=15.0679;RBI=0.142732;REFB=0.0458942;REVB=-0.140995;RO=32;SAF=2;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695182;STB=0.519983;STBP=0.773;TYPE=ins;VARB=-0.000864427;OID=.;OPOS=191841754;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697:4:36:23:33:10:13:10:5:5:32:32:2:2:18:14 chr2 192160839 . A T 1553.0 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.331;QD=59.7308;RBI=0.0434052;REFB=0;REVB=0.014278;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37896e-05;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:39:64:0:0:39:65:0:0 chr2 192160875 . C T 1626.37 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112496;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.95;QD=60.2359;RBI=0.0112863;REFB=0;REVB=0.000909718;RO=1;SAF=71;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10374e-05;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:36:71:1:0:36:72:0:0 chr2 192250726 . G A 1053.9 PASS AF=0.986301;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.68;QD=57.7478;RBI=0.0560748;REFB=-0.0326946;REVB=0.0184612;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000987567;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:73:0:1:68:72:0.986301:39:29:0:0:41:31:0:1 chr2 192279327 . T C 1420.88 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873724;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.116;QD=62.4562;RBI=0.0354599;REFB=0;REVB=0.0343667;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0281e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:0:0:90:91:1:37:53:0:0:37:54:0:0 chr2 192699639 . A AG 300.2 PASS AF=0.401515;AO=52;DP=137;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0836595;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0431;QD=9.09704;RBI=0.090594;REFB=0.0038738;REVB=0.0347614;RO=83;SAF=29;SAR=23;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159584;STB=0.588202;STBP=0.114;TYPE=ins;VARB=-0.00224814;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401515:52:137:53:132:79:30:23:33:46:99:83:29:23:34:49 chr2 192701393 . A G 725.63 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=132;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00307736;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.16;QD=22.1566;RBI=0.00328982;REFB=-0.0305876;REVB=0.00116309;RO=60;SAF=39;SAR=31;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020262;STB=0.507609;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0278032;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:60:61:70:70:0.534351:31:39:32:28:31:39:33:28 chr2 195523141 . G T 957.1 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0697013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3738;QD=57.1404;RBI=0.0862673;REFB=-0.0132529;REVB=0.0508309;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000693266;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:31:34:0:1:32:34:0:1 chr2 196602089 . T TATCA 133.9 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0761343;FXX=0.104145;HRUN=1;LEN=4;MLLD=167.879;QD=12.4555;RBI=0.0763972;REFB=-0.00971066;REVB=-0.00633236;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276698;STB=0.59004;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=0.0367643;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:15:50:15:43:28:5:10:13:15:99:35:5:10:20:15 chr2 196602132 . GTGAT G 80.51 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0235779;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=4;MLLD=219.979;QD=15.3357;RBI=0.0312404;REFB=-0.0206114;REVB=0.0204949;RO=11;SAF=0;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.782597;STB=0.781906;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0321676;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:21:10:21:11:1:9:5:6:80:11:0:9:5:6 chr2 196602206 . A AAGTC 198.48 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0108968;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=4;MLLD=252.986;QD=18.4635;RBI=0.0223839;REFB=-0.0144311;REVB=-0.0195525;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378676;STB=0.531883;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=0.0169314;OID=.;OPOS=196602207;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=AAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:19:45:20:43:23:9:11:9:14:99:26:8:11:10:16 chr2 196673533 . A G 813.38 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3585;QD=57.0793;RBI=0.221934;REFB=0;REVB=0.221437;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412423;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:50:57:1:14:36:0:0:20:37:0:0 chr2 196765098 . G A 465.7 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0236366;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2611;QD=25.1727;RBI=0.0236469;REFB=-0.00369039;REVB=-0.000700256;RO=32;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948691;STB=0.569485;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00324032;OID=.;OPOS=196765098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:32:30:44:44:0.594595:19:25:22:10:19:25:22:8 chr2 196791276 . T G 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0594415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6767;QD=19.0772;RBI=0.0622844;REFB=0.00696023;REVB=-0.0186026;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237698;STB=0.632329;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00558564;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:20:11:20:12:20:11 chr2 196825402 . T C 375.72 PASS AF=0.587302;AO=34;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0248985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.331;QD=23.8549;RBI=0.0290249;REFB=-0.00275427;REVB=0.0149169;RO=15;SAF=18;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726823;STB=0.528172;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00205841;OID=.;OPOS=196825402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:15:26:34:37:0.587302:16:18:6:9:16:21:13:13 chr2 196851911 . G A 244.48 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00686174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.459;QD=15.5223;RBI=0.0186056;REFB=-0.012273;REVB=0.017294;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172992;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:15:12:14:20:16:12:15:20 chr2 196866420 . C T 564.69 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00112971;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.639;QD=17.9266;RBI=0.0107763;REFB=-0.013337;REVB=-0.0107169;RO=67;SAF=31;SAR=28;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690497;STB=0.538303;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0153258;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:67:59:59:0.468254:28:31:40:27:28:31:40:27 chr2 196877557 . T C 329.98 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00274337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.659;QD=18.3324;RBI=0.00343498;REFB=-0.000219586;REVB=-0.00206713;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149751;STB=0.583353;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000158648;OID=.;OPOS=196877557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:17:18:13:24:17:18:13:24 chr2 196912179 . G C 305.76 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00510673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.6;QD=12.8743;RBI=0.00621456;REFB=-0.00254066;REVB=-0.00354148;RO=60;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101719;STB=0.558107;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00401922;OID=.;OPOS=196912179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:19:16:22:38:19:16:22:38 chr2 196915989 . GAA GA,GAG 1428.36 PASS AF=0.0192308,0.971154;AO=12,86;DP=105;FAO=2,101;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=1,55;FSAR=1,46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.139512,-0.0284508;FXX=0.0095229;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.8132,34.5704;QD=54.9367;RBI=0.158299,0.0854326;REFB=-0.0428082,-0.0299371;REVB=-0.0747995,-0.0805561;RO=1;SAF=10,41;SAR=2,45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0430526,-0.0114156;STB=0.665164,0.504504;STBP=0.662,0.476;TYPE=del,snp;VARB=0.0923777,0.0115676;OID=.,.;OPOS=196915990,196915991;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.971154:12,86:105:2,101:104:1:1,55:1,46:1:0:5:1:10,41:2,45:1:0 chr2 197004439 . A G 2274.03 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0115678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.639;QD=61.4603;RBI=0.0147244;REFB=-0.0796113;REVB=0.00911016;RO=3;SAF=75;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566913;STB=0.506578;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00105214;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:148:3:2:144:146:0.986486:69:75:2:1:71:75:2:0 chr2 197021276 . T C 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0463356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.318;QD=23.252;RBI=0.0463383;REFB=-0.0153443;REVB=-0.000503759;RO=43;SAF=25;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986279;STB=0.554141;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0147991;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:26:25:16:27:26:25:16:27 chr2 197021372 . T A 693.72 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000782679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.717;QD=59.0398;RBI=0.010763;REFB=-0.133961;REVB=0.0107345;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00030769;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:31:14:0:0:31:15:1:0 chr2 197065221 . A G 1067.99 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00408867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.784;QD=58.5198;RBI=0.0354389;REFB=-0.207843;REVB=0.0352022;RO=1;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155031;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000596252;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:30:42:0:1:30:42:0:1 chr2 197065415 . T C 456.17 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00377642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7501;QD=20.2742;RBI=0.0242196;REFB=-0.0103758;REVB=0.0239234;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800866;STB=0.544359;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00675747;OID=.;OPOS=197065415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:22:23:19:26:22:23:19:26 chr2 197118729 . C T 575.86 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100576;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.121;QD=60.6163;RBI=0.012373;REFB=0;REVB=0.00720667;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167283;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:12:24:0:0:13:25:0:0 chr2 197154234 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00429223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.082;QD=59.7964;RBI=0.00963886;REFB=-0.00256764;REVB=0.00863044;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.89849e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr2 197183367 . A G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.037121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.793;QD=18.413;RBI=0.0392969;REFB=-0.0310705;REVB=-0.0128948;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716279;STB=0.540013;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0290026;OID=.;OPOS=197183367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:16:18:20:13:16:18 chr2 197184321 . C T 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0192876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.435;QD=24.4534;RBI=0.0209943;REFB=-0.0104311;REVB=0.00829153;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143662;STB=0.578903;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00508218;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:14:22:10:14:14:22:10:14 chr2 197504545 . C G 399.64 PASS AF=0.425926;AO=38;DP=101;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0149646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.656;QD=14.8014;RBI=0.0375795;REFB=-0.0597996;REVB=0.0344714;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107742;STB=0.515436;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0959585;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:60:62:38:46:0.425926:19:19:24:36:27:19:24:38 chr2 197537115 . T G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0387835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5406;QD=20.1597;RBI=0.0605856;REFB=-0.000585105;REVB=0.0465452;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177215;STB=0.59988;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00413026;OID=.;OPOS=197537115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:10:4:8:8:10:4 chr2 197597283 . G A 340.61 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.048104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.327;QD=20.9607;RBI=0.0519755;REFB=-0.0278736;REVB=0.0196838;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249026;STB=0.506593;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.019979;OID=.;OPOS=197597283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:16:18:15:15:17:18:15:15 chr2 197636527 . T C 357.27 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00156948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2857;QD=16.8125;RBI=0.00282061;REFB=-0.0251151;REVB=-0.00234363;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200147;STB=0.611709;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0297897;OID=.;OPOS=197636527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:19:19:33:14:19:19:33:14 chr2 197639796 . A G 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00729544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.623;QD=23.122;RBI=0.0122757;REFB=-0.0274494;REVB=0.00987271;RO=22;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214262;STB=0.618242;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0188324;OID=.;OPOS=197639796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:18:12:15:7:18:12:15:7 chr2 197654013 . C A 309.14 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.000311888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9186;QD=13.5885;RBI=0.00658474;REFB=-0.0123167;REVB=-0.00657735;RO=56;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270809;STB=0.515449;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0193935;OID=.;OPOS=197654013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:16:19:29:27:16:19:29:27 chr2 197697772 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0179305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.206;QD=14.1389;RBI=0.0391584;REFB=-0.018719;REVB=-0.034812;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328654;STB=0.693872;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180564;OID=.;OPOS=197697772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:10:10:3:11:10:10 chr2 197699178 . A G 250.12 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00146326;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.99;QD=11.9107;RBI=0.060808;REFB=-0.00328302;REVB=0.0607904;RO=54;SAF=18;SAR=12;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857577;STB=0.504947;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00807887;OID=.;OPOS=197699178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:54:30:30:0.357143:12:18:32:22:12:18:32:22 chr2 198001319 . A G 313.81 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0890596;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4011;QD=16.7364;RBI=0.0900345;REFB=-0.013734;REVB=-0.0132137;RO=41;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970241;STB=0.554661;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.017021;OID=.;OPOS=198001319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:11:23:24:17:11:23:24:17 chr2 198508951 . G A 703.26 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00510699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6508;QD=22.6859;RBI=0.0320987;REFB=0.000807175;REVB=0.0316898;RO=56;SAF=31;SAR=37;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138844;STB=0.575921;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000605615;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:37:31:35:21:37:31:35:21 chr2 198572076 . A ATTC 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217508;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.067;QD=52.6132;RBI=0.021809;REFB=0;REVB=-0.00159211;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000150668;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:12:10:0:0:4:0:12:10:0:0 chr2 198572461 . C T 490.17 PASS AF=0.398148;AO=33;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.00919418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.557;QD=18.1543;RBI=0.0290018;REFB=-0.0152369;REVB=0.0275059;RO=55;SAF=27;SAR=6;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263955;STB=0.518751;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0319932;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:55:33:43:0.398148:6:27:35:20:17:26:35:20 chr2 198950029 . A G 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0370736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7338;QD=19.3838;RBI=0.0468304;REFB=-0.00838636;REVB=-0.0286117;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1535;STB=0.586384;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0108671;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:6:15:11:9:6:15 chr2 200136583 . T A 766.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.215;QD=63.8918;RBI=0.0285436;REFB=0;REVB=0.0119577;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160918;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr2 200790050 . A G 438.35 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0261105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145;QD=27.3969;RBI=0.0270423;REFB=-0.0190791;REVB=0.00703753;RO=23;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629506;STB=0.503431;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00977751;OID=.;OPOS=200790050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:21:20:11:12:21:20:11:12 chr2 200792881 . C T 1153.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.299;QD=60.7129;RBI=0.0164067;REFB=0;REVB=0.0161445;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64868e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:35:41:0:0 chr2 201344434 . A G 185.0 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0425605;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.945;QD=18.0489;RBI=0.0453728;REFB=-0.0275847;REVB=0.0157257;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164384;STB=0.557582;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0198727;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:8:11:15:5:8:11:15:7 chr2 201344491 . G A 245.25 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0265599;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4141;QD=17.518;RBI=0.0305519;REFB=0.00318891;REVB=-0.0150995;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880688;STB=0.504947;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0030857;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:18:11:10:17:18:11 chr2 201344732 . C T 423.79 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00780881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.077;QD=21.1895;RBI=0.0145501;REFB=-0.00521506;REVB=-0.0122771;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172249;STB=0.595193;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00615458;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:17:25:15:23:17:25:15:23 chr2 201354935 . C G 435.39 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0111962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.449;QD=16.5863;RBI=0.0161473;REFB=-0.0292682;REVB=-0.0116354;RO=57;SAF=29;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567743;STB=0.536144;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0404848;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:18:29:32:25:18:30:32:25 chr2 201397724 . G A 239.06 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0426732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.277;QD=9.75746;RBI=0.0443463;REFB=-0.000324317;REVB=-0.012066;RO=67;SAF=15;SAR=15;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132187;STB=0.571382;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000361138;OID=.;OPOS=201397724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:68:30:30:0.306122:15:15:41:26:15:15:41:27 chr2 201437334 . T C 289.5 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00925288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.391;QD=21.8492;RBI=0.0152869;REFB=-0.019012;REVB=0.0121685;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657034;STB=0.528283;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0141527;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:15:14:13:10:15:15:13:10 chr2 201468732 . C G,T 694.62 PASS AF=0.942308,0.0384615;AO=48,3;DP=51;FAO=49,2;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=27,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00788727,-0.0110569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.938,103.459;QD=53.4319;RBI=0.0304108,0.0110829;REFB=-0.0322587,0.0682338;REVB=0.0293702,-0.000759539;RO=0;SAF=22,0;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46901e-08,0;STB=0.511107,0.993266;STBP=0.311,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000335929,0.174035;OID=.,.;OPOS=201468732,201468732;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:51:52:0:1:48,3:49,2:0.942308,0.0384615:26,3:22,0:0:0:27,2:22,0:1:0 chr2 202122995 . A G 451.75 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0141247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.013;QD=24.7532;RBI=0.0155882;REFB=0.00635572;REVB=-0.00659435;RO=29;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198669;STB=0.613773;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00501328;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:22:21:22:7:22:21:23:7 chr2 202149696 . G A 388.07 PASS AF=0.52;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00386761;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8221;QD=20.6971;RBI=0.00909301;REFB=0.0205215;REVB=0.00822949;RO=37;SAF=26;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.598079;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0182564;OID=.;OPOS=202149696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:37:36:39:39:0.52:13:26:18:19:13:26:17:19 chr2 202151781 . T C 426.91 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0115562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.947;QD=21.8926;RBI=0.029835;REFB=-0.0262179;REVB=0.027506;RO=36;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158679;STB=0.587338;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0211935;OID=.;OPOS=202151781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:22:20:24:12:22:20:24:12 chr2 202215492 . C G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0560333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.829;QD=11.9919;RBI=0.0583327;REFB=-0.00745304;REVB=-0.0162163;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769751;STB=0.51326;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0251271;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:10:8:14:18:10:8:14:19 chr2 202245244 . A G 270.06 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0191841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.996;QD=22.9836;RBI=0.022858;REFB=-0.010608;REVB=-0.0124282;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186637;STB=0.603462;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00927088;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:17:5:11:14:17:5 chr2 202260049 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.702;QD=59.4353;RBI=0.0329946;REFB=0;REVB=0.0151698;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92137e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:5:30:0:0:5:30:0:0 chr2 202264156 . C T 510.9 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0106175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.716;QD=21.2875;RBI=0.0184832;REFB=-0.00209264;REVB=-0.0151294;RO=47;SAF=33;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134733;STB=0.574671;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00232289;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:16:33:25:22:16:33:25:22 chr2 202337730 . A G 1264.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.809;QD=61.6896;RBI=0.0411008;REFB=0;REVB=0.0317144;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45632e-06;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr2 202342402 . G T 440.14 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.000803556;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.668;QD=16.9286;RBI=0.0119391;REFB=-0.0112518;REVB=0.011912;RO=56;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545595;STB=0.530412;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0115965;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:56:56:48:48:0.461538:23:25:26:30:23:25:26:30 chr2 202357949 . A C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1656;QD=51.9027;RBI=0.0154923;REFB=0;REVB=0.00758088;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136726;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 202410300 . A T 1301.91 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.058;QD=61.9959;RBI=0.0155272;REFB=0;REVB=0.00306321;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63442e-05;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr2 202469361 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.033;QD=58.5877;RBI=0.0110878;REFB=0;REVB=0.00629698;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09993e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr2 202557702 . C T 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5243;QD=62.6597;RBI=0.0278468;REFB=0;REVB=0.00907957;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358197;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 202575821 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.66322e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7369;QD=57.2007;RBI=0.0328852;REFB=0;REVB=-0.0328851;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000563318;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr2 202593280 . G A 219.43 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0166213;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.27;QD=23.0978;RBI=0.0178222;REFB=-0.0201527;REVB=-0.00643135;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238952;STB=0.513356;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0116411;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:6:11:13:8:6:11 chr2 202625615 . C T 983.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.067;QD=58.6976;RBI=0.0358036;REFB=0;REVB=0.034161;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145399;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:22:42:0:0:23:44:0:0 chr2 202633582 . A G 271.34 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0234016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.668;QD=23.5947;RBI=0.023786;REFB=0.00447903;REVB=0.00425922;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596777;STB=0.533306;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00463027;OID=.;OPOS=202633582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:12:9:9:16:12:9 chr2 202741256 . A T 1587.4 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.895;QD=64.1373;RBI=0.0479761;REFB=0;REVB=-0.0440279;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34007e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr2 202741269 . G A 1587.11 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.142;QD=64.1255;RBI=0.0236893;REFB=0;REVB=0.0216467;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10407e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr2 202901910 . G A 349.26 PASS AF=0.417582;AO=34;DP=87;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0420048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.382;QD=15.3521;RBI=0.0494167;REFB=-0.0264951;REVB=0.0260307;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126049;STB=0.527458;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0280719;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:53:53:34:38:0.417582:15:19:29:24:19:19:29:24 chr2 202939836 . G C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00695872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.689;QD=20.2741;RBI=0.0187852;REFB=-0.015199;REVB=-0.0174488;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0166063;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:14:10:11:12:14:10 chr2 202964380 . G A 484.9 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00068741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.399;QD=26.5697;RBI=0.00321306;REFB=-0.0125405;REVB=-0.00313866;RO=27;SAF=18;SAR=27;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575914;STB=0.539308;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00741043;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:27:18:13:14:27:18:14:14 chr2 203139844 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0152782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.973;QD=9.44485;RBI=0.0276496;REFB=-0.0109388;REVB=-0.0230451;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0114584;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr2 203155936 . A C 187.42 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00506661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.499;QD=20.2617;RBI=0.0490858;REFB=-0.031972;REVB=0.0488236;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163049;STB=0.591972;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0453109;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:7:11:8:11:7:11 chr2 203640713 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.828;QD=59.4354;RBI=0.0500904;REFB=0;REVB=0.0495368;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129698;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 204062061 . A G 2184.38 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000387542;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.435;QD=63.3154;RBI=0.0125965;REFB=0;REVB=0.0125906;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42182e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:72:66:0:0:72:66:0:0 chr2 204090887 . C G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00038649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.402;QD=55.8052;RBI=0.015854;REFB=-0.0334224;REVB=0.0158493;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000224111;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr2 204103779 . C T 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000734718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7336;QD=20.6409;RBI=0.0250762;REFB=-0.0116366;REVB=-0.0250654;RO=41;SAF=13;SAR=30;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.561768;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0132999;OID=.;OPOS=204103779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:30:13:17:24:30:13:17:24 chr2 204116690 . C T 756.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066707;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6288;QD=57.081;RBI=0.0140883;REFB=0;REVB=-0.012409;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180942;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr2 204154552 . C T 210.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0199362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2052;QD=12.1879;RBI=0.0208515;REFB=-0.000978109;REVB=0.00610999;RO=34;SAF=20;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276635;STB=0.694628;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00374658;OID=.;OPOS=204154552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:43:26:26:0.376812:6:20:18:16:6:20:21:22 chr2 204206977 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.395;QD=60.6101;RBI=0.0427706;REFB=0;REVB=-0.0277439;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03946e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 204298783 . A C 528.13 PASS AF=0.803571;AO=44;DP=55;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.092385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9231;QD=37.7236;RBI=0.126567;REFB=-0.126983;REVB=0.0865112;RO=10;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190057;STB=0.516122;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0299797;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:55:56:10:11:44:45:0.803571:24:20:4:6:25:20:4:7 chr2 204322298 . T C 235.66 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0221531;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.9638;QD=20.9472;RBI=0.0227001;REFB=-0.00411233;REVB=0.00495293;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798932;STB=0.512809;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0010388;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:20:22:22:23:0.511111:9:13:12:8:10:13:13:9 chr2 204602211 . GA G 75.22 PASS AF=0.541667;AO=16;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.189406;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9951;QD=12.5371;RBI=0.189634;REFB=-0.0780846;REVB=-0.00929263;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=0.198323;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.0557339;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:16:24:13:24:11:8:5:6:5:54:8:11:5:3:5 chr2 204732714 . A G 271.86 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0135841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.004;QD=19.4189;RBI=0.0153288;REFB=-0.0303359;REVB=-0.00710245;RO=26;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205663;STB=0.607585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0301736;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:20:9:14:12:20:9:14:13 chr2 204824283 . T G 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0539353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.228;QD=23.8979;RBI=0.0542123;REFB=-0.000619812;REVB=0.00547283;RO=24;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407186;STB=0.529773;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00287176;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:17:19:14:10:17:19:15:10 chr2 204824313 . G A 237.41 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00270342;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.008;QD=15.317;RBI=0.013569;REFB=-0.00945983;REVB=0.013297;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697573;STB=0.539539;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0101877;OID=.;OPOS=204824313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:18:17:15:12:18:17 chr2 205829991 . C T 714.09 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280191;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.817;QD=63.4744;RBI=0.0284592;REFB=0;REVB=0.00498609;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141805;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr2 205912403 . T C 316.9 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0120119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.175;QD=15.2722;RBI=0.0147484;REFB=-0.00114356;REVB=0.0085575;RO=45;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220588;STB=0.634248;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00253564;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:48:35:35:0.421687:10:25:23:22:10:25:24:24 chr2 205969220 . G A 555.5 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.316;QD=60.0537;RBI=0.00824555;REFB=0;REVB=0.0069468;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1737e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr2 205986321 . A G 332.61 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00404863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6947;QD=26.6088;RBI=0.00547955;REFB=0.00478324;REVB=0.00369243;RO=19;SAF=21;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34279;STB=0.707719;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00432707;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:21:29:29:0.58:8:21:5:14:8:21:5:16 chr2 205990353 . C T 360.1 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00716995;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.307;QD=19.465;RBI=0.0158524;REFB=-0.023766;REVB=0.0141382;RO=37;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486782;STB=0.527072;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.022528;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:20:17:19:18:20:17:19:18 chr2 206364737 . T C 394.52 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0010804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.723;QD=19.9755;RBI=0.0140085;REFB=-0.00683255;REVB=-0.0139667;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564191;STB=0.531294;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00682707;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:19:21:18:21:19:21:18:21 chr2 206581033 . G A 1763.47 PASS AF=0.983193;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301409;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1928;QD=59.2762;RBI=0.0302022;REFB=-0.120865;REVB=0.00192327;RO=2;SAF=63;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148353;STB=0.507574;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00436143;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:119:2:2:115:117:0.983193:52:63:2:0:52:65:2:0 chr2 206592695 . T C 1015.76 PASS AF=0.544944;AO=97;DP=177;FAO=97;FDP=178;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0130471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.338;QD=22.8261;RBI=0.0180171;REFB=-0.0130154;REVB=0.0124254;RO=80;SAF=43;SAR=54;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139589;STB=0.578755;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0112137;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:80:81:97:97:0.544944:54:43:49:31:54:43:50:31 chr2 206608039 . T C 905.85 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897149;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.464;QD=58.4419;RBI=0.00907329;REFB=0;REVB=-0.00135534;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73788e-05;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr2 206863874 . C T 715.09 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0684682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5382;QD=60.8589;RBI=0.0758824;REFB=-0.183127;REVB=-0.0327146;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00407648;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:0:1 chr2 206874339 . G A 1457.44 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0022446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.025;QD=62.0188;RBI=0.0611576;REFB=-0.00248992;REVB=0.0611164;RO=1;SAF=59;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796875;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000144201;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:34:59:1:0:34:59:1:0 chr2 206911228 . G A 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.028;QD=62.6687;RBI=0.0298796;REFB=0;REVB=0.0209976;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07915e-06;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr2 206921451 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.701;QD=58.6006;RBI=0.011775;REFB=0;REVB=0.00889717;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25439e-05;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr2 207472683 . C CTA 544.5 PASS AF=0.392638;AO=62;DP=170;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.00370352;FXX=0.0523225;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.525;QD=13.3619;RBI=0.00532443;REFB=-0.0111973;REVB=0.00382537;RO=99;SAF=44;SAR=18;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22753;STB=0.634836;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0139929;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392638:62:170:64:163:99:46:18:51:48:99:99:44:18:51:48 chr2 207527840 . G T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0140387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.891;QD=17.064;RBI=0.0175272;REFB=-0.00845717;REVB=0.0104937;RO=30;SAF=22;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682147;STB=0.555514;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0108515;OID=.;OPOS=207527840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:6:22:22:8:6:22:22:9 chr2 207603234 . T G 574.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5373;QD=60.4944;RBI=0.0341363;REFB=0;REVB=0.024706;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52006e-06;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr2 207621759 . A G 1083.92 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00963323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9943;QD=58.59;RBI=0.0115221;REFB=-0.0671043;REVB=0.00632142;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000828923;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:37:35:0:0:38:35:1:0 chr2 207647981 . C T 256.47 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.11;QD=44.6026;RBI=0.0421094;REFB=-0.013284;REVB=0.0216139;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.549952;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00142912;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:12:9:1:0:12:9:2:0 chr2 207820276 . G A 245.22 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0666462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.55;QD=13.2549;RBI=0.0668703;REFB=-0.000751765;REVB=0.00547005;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106935;STB=0.557635;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000974676;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:45:29:29:0.391892:16:13:15:28:16:13:16:29 chr2 207824384 . T G 237.6 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00226091;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.897;QD=19.3958;RBI=0.0176684;REFB=-0.00184072;REVB=0.0175232;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374865;STB=0.521217;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00259089;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:16:10:8:15:16:10 chr2 207825656 . A T 285.44 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0172199;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2448;QD=21.5429;RBI=0.0308461;REFB=-0.0198364;REVB=-0.0255921;RO=23;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463556;STB=0.515615;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0220669;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:11:18:13:10:12:18:13:10 chr2 207945785 . A G 67.5 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00932053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0331;QD=13.4999;RBI=0.0376281;REFB=-0.0297515;REVB=-0.0364555;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0302658;OID=.;OPOS=207945785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr2 207988613 . C T 1447.74 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0262765;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.171;QD=56.2228;RBI=0.0271735;REFB=0.0208965;REVB=0.00692425;RO=3;SAF=53;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757771;STB=0.503996;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-4.16746e-05;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:3:3:100:100:0.970874:47:53:2:1:47:53:2:1 chr2 207998800 . C T 459.09 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179651;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.86;QD=57.3862;RBI=0.0180572;REFB=0;REVB=-0.00182222;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129384;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr2 208477852 . G A 1372.42 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300863;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.33;QD=62.3829;RBI=0.0242659;REFB=0;REVB=0.0240787;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69755e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:84:88:1:47:37:0:0:49:39:0:0 chr2 208477956 . C T 789.61 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00489129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.343;QD=53.533;RBI=0.00496473;REFB=0.109316;REVB=0.000850794;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303982;STB=0.516123;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-2.99461e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:2:2:56:57:0.966102:30:26:0:2:30:27:0:2 chr2 208478055 . A G 531.31 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0853716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6271;QD=22.8521;RBI=0.0855571;REFB=0.00487097;REVB=-0.00562966;RO=43;SAF=20;SAR=30;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245668;STB=0.513508;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00310962;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:30:20:16:27:30:20:16:27 chr2 208632093 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00541911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.467;QD=24.1271;RBI=0.00796468;REFB=-0.00323637;REVB=0.0058369;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570112;STB=0.531981;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00227721;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:5:12:7:4:5:12:7:4 chr2 208633627 . C T 2403.87 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.653;QD=60.4746;RBI=0.0335874;REFB=0;REVB=0.0199955;RO=0;SAF=86;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30009e-05;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:154:159:1:68:86:0:0:72:87:0:0 chr2 208811097 . C T 425.62 PASS AF=0.473118;AO=42;DP=91;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.018475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6439;QD=18.3064;RBI=0.033512;REFB=-0.00440311;REVB=0.0279594;RO=47;SAF=28;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517693;STB=0.529204;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00399496;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:47:49:42:44:0.473118:14:28:29:18:14:30:31:18 chr2 208841964 . A G 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0258442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.132;QD=13.9654;RBI=0.0258498;REFB=-0.00390892;REVB=-0.000539924;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210477;STB=0.625586;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00606593;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:18:12:26:17:18:12:27:17 chr2 208918917 . C T 314.8 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0304044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1548;QD=14.814;RBI=0.098161;REFB=0.00955744;REVB=-0.0933336;RO=49;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227674;STB=0.624925;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0136044;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:50:35:35:0.411765:10:25:25:24:10:25:26:24 chr2 208938866 . G T 252.93 PASS AF=0.55814;AO=21;DP=41;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-6.19907e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.853;QD=23.5283;RBI=0.0539811;REFB=-0.0254244;REVB=0.0539811;RO=19;SAF=17;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20603;STB=0.539649;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0201122;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:19:21:24:0.55814:4:17:12:7:7:17:12:7 chr2 208986637 . T C 216.89 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0221342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.343;QD=18.4586;RBI=0.0229852;REFB=-0.0328798;REVB=0.00619656;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236878;STB=0.618217;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0361087;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:9:12:8:17:10:12:8:17 chr2 208989037 . A G 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.959;QD=61.5333;RBI=0.0352246;REFB=0;REVB=-0.0210986;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183548;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr2 208994297 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00954216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.654;QD=11.8815;RBI=0.0187868;REFB=-0.00777326;REVB=0.016183;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227404;STB=0.634737;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0120254;OID=.;OPOS=208994297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:13:15:5:10:13:15 chr2 209007559 . T G 210.65 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00837314;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3577;QD=13.5905;RBI=0.0481073;REFB=-0.0154979;REVB=-0.047373;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193857;STB=0.610086;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0228618;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:26:11:12:13:26:11 chr2 209027988 . G A 114.22 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00219264;FXX=0.0555453;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.694;QD=8.95801;RBI=0.00302551;REFB=0.00869932;REVB=-0.00208472;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117907;STB=0.578837;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0175433;OID=.;OPOS=209027988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:34:36:15:15:0.294118:4:11:22:12:4:11:23:13 chr2 209030050 . T A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0192567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5326;QD=11.3325;RBI=0.0491598;REFB=-0.0083495;REVB=0.0452312;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998837;STB=0.559355;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0124875;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:13:14:6:8:13:14 chr2 209033173 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.311;QD=57.0003;RBI=0.0502749;REFB=0;REVB=-0.0156866;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68503e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr2 209036712 . T C 1452.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000525803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.323;QD=63.1519;RBI=0.00564096;REFB=0;REVB=0.0056164;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52111e-06;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:42:50:0:0 chr2 209036778 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.473;QD=61.5362;RBI=0.072137;REFB=0;REVB=0.055247;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250542;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr2 209150500 . C T 389.29 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00264536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.928;QD=13.1962;RBI=0.0442582;REFB=-0.0136848;REVB=0.0441791;RO=72;SAF=24;SAR=22;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651138;STB=0.503691;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0151366;OID=.;OPOS=209150500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:22:24:38:34:22:24:38:34 chr2 209184980 . G A,T 908.78 PASS AF=0.984375,0.015625;AO=56,3;DP=59;FAO=63,1;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127848,0.0052526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.795,129.695;QD=56.7984;RBI=0.0259301,0.00539516;REFB=0,0;REVB=0.0225592,0.00123209;RO=0;SAF=24,3;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00107714,0.0301668;OID=.,.;OPOS=209184980,209184980;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:59:64:0:0:56,3:63,1:0.984375,0.015625:32,0:24,3:0:0:35,0:28,1:0:0 chr2 209184999 . C T 739.68 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00300454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.515;QD=50.1479;RBI=0.00373752;REFB=-0.0486056;REVB=-0.00222302;RO=3;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495407;STB=0.517554;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000258474;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:3:4:55:55:0.932203:27:28:0:3:27:28:1:3 chr2 209190330 . T C 1042.63 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0955198;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6449;QD=55.6069;RBI=0.0998361;REFB=-0.0848662;REVB=0.0290382;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410732;STB=0.503432;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00957586;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:2:3:71:72:0.96:30:41:1:1:30:42:2:1 chr2 209190519 . A T 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.27;QD=58.1161;RBI=0.0603934;REFB=0;REVB=0.0595571;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390528;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr2 209190528 . C G 403.88 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6194;QD=55.7069;RBI=0.0171044;REFB=0;REVB=0.0161467;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417564;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:17:8:0:0:18:11:0:0 chr2 209191082 . C A 208.34 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0378425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6673;QD=41.6689;RBI=0.0961691;REFB=0.0224103;REVB=-0.0884106;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916027;STB=0.549945;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0186717;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:9:9:2:0:9:9:2:0 chr2 209191099 . T C 220.45 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.961;QD=48.9887;RBI=0.0180233;REFB=0;REVB=0.0135503;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14772e-05;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr2 209209827 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.233;QD=62.0206;RBI=0.0435669;REFB=0;REVB=0.00368162;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139815;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 209212707 . G A 1194.26 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.304;QD=59.7129;RBI=0.028357;REFB=-0.080208;REVB=0.0181579;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104046;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000434909;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:34:45:1:0:34:45:1:0 chr2 209214770 . A G 965.02 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.015264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.477;QD=55.943;RBI=0.0403127;REFB=-0.156377;REVB=0.0373112;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122819;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000765555;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:35:32:1:1:35:32:1:1 chr2 209215586 . A G 1576.09 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0142552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7785;QD=57.838;RBI=0.0218482;REFB=-0.0591016;REVB=0.016557;RO=2;SAF=58;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160837;STB=0.508473;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00657316;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:49:58:2:0:49:58:2:0 chr2 209220157 . G T 2373.16 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0017609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.73;QD=63.2843;RBI=0.00182911;REFB=-0.0611127;REVB=-0.000494853;RO=0;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-5.54045e-06;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:76:73:0:0:76:73:1:0 chr2 209220238 . G C 2574.73 PASS AF=0.982558;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0391709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0801;QD=59.8775;RBI=0.066991;REFB=-0.107629;REVB=0.0543455;RO=3;SAF=64;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168585;STB=0.500841;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00180602;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:172:3:3:168:169:0.982558:104:64:1:2:105:64:1:2 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1180.32 PASS AF=0.987654,0.0123457;AO=76,4;DP=81;FAO=80,1;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=58,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569481,-0.0144204;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.7296,5.52872;QD=58.2872;RBI=0.0697699,0.0628854;REFB=0,0;REVB=-0.0403081,-0.0612097;RO=0;SAF=19,2;SAR=57,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000635957,-0.00188371;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.987654,0.0123457:76,4:81:80,1:81:0:22,0:58,1:0:0:3:0:19,2:57,2:0:0 chr2 209358027 . C T 326.14 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00439157;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.35;QD=17.165;RBI=0.0179553;REFB=-0.0174883;REVB=-0.0174099;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987995;STB=0.555523;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.024648;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:41:35:35:0.460526:12:23:23:18:12:23:23:18 chr2 209785278 . A G 1328.59 PASS AF=0.480427;AO=134;DP=280;FAO=135;FDP=281;FR=.;FRO=146;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=85;FSRR=61;FWDB=0.00173577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.497;QD=18.9123;RBI=0.00215189;REFB=-0.00228126;REVB=0.0012719;RO=146;SAF=69;SAR=65;SRF=85;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06394;STB=0.537005;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00193598;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:146:146:134:135:0.480427:65:69:85:61:66:69:85:61 chr2 210586685 . T C 1431.69 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.896;QD=61.5781;RBI=0.0317327;REFB=-0.110648;REVB=0.00761126;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133487;STB=0.507041;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00021371;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:90:92:0.989247:35:55:0:1:35:57:0:1 chr2 210685100 . G A 241.51 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00478723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.479;QD=12.385;RBI=0.00488616;REFB=-0.00609721;REVB=0.000978262;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637708;STB=0.522588;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0124244;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:28:29:0.371795:17:11:22:27:17:12:22:27 chr2 210843383 . G A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.010624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.735;QD=13.9179;RBI=0.0156227;REFB=-0.0162365;REVB=-0.0114541;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812418;STB=0.546306;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0207996;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:17:20:12:14:17:20 chr2 211060050 . T G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0486836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.148;QD=11.8137;RBI=0.0526444;REFB=0.000901703;REVB=0.0200335;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156584;STB=0.602471;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00149657;OID=.;OPOS=211060050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:7:6:7:15:7:6:7:16 chr2 211074909 . T C 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00278259;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.588;QD=25.0399;RBI=0.00287876;REFB=-1.4049e-05;REVB=-0.000737855;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486878;STB=0.527006;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=1.29108e-05;OID=.;OPOS=211074909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:12:8:12:14:12:8 chr2 211098113 . C T 1572.72 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.653;QD=59.913;RBI=0.00903639;REFB=0;REVB=-0.000520463;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59553e-06;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:60:43:0:0:61:44:0:0 chr2 211296239 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.563;QD=62.022;RBI=0.0214334;REFB=0;REVB=-0.0176329;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174076;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr2 211342502 . G A 1246.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.398;QD=61.5651;RBI=0.027024;REFB=0;REVB=0.021181;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07966e-06;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:38:41:0:0:40:41:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 292.92 PASS AF=0.297297,0.0540541;AO=33,6;DP=112;FAO=33,6;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=20,5;FSAR=13,1;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0096739,-0.00193594;FXX=0.00892777;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=213.235,115.076;QD=10.5555;RBI=0.0205694,0.0291195;REFB=-0.00833385,-0.00446441;REVB=-0.0181525,0.0290551;RO=73;SAF=20,5;SAR=13,1;SRF=43;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.020846,0.290204;STB=0.516197,0.76634;STBP=0.823,0.212;TYPE=ins,snp;VARB=0.0165823,0.0145272;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:73:72:33,6:33,6:0.297297,0.0540541:13,1:20,5:43:30:13,1:20,5:42:30 chr2 211456637 . A G 796.13 PASS AF=0.405405;AO=90;DP=222;FAO=90;FDP=222;FR=.;FRO=132;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0171481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9558;QD=14.3448;RBI=0.0190268;REFB=-0.000190791;REVB=0.00824399;RO=120;SAF=53;SAR=37;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159418;STB=0.566887;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000549935;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:120:132:90:90:0.405405:37:53:52:68:37:53:63:69 chr2 211456639 . C T 768.67 PASS AF=0.39819;AO=88;DP=221;FAO=88;FDP=221;FR=.;FRO=133;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0113153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.679;QD=13.9125;RBI=0.0258248;REFB=-0.0136116;REVB=-0.0232139;RO=133;SAF=54;SAR=34;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.585346;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0210436;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:133:133:88:88:0.39819:34:54:63:70:34:54:63:70 chr2 211481257 . C G 180.4 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0178934;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5526;QD=11.1017;RBI=0.0228906;REFB=-0.0331475;REVB=-0.014276;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147378;STB=0.516764;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0588551;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:42:23:23:0.353846:12:11:20:23:12:11:19:23 chr2 211540507 . C A 482.07 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.041383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.3851;QD=22.9557;RBI=0.0431934;REFB=-0.0669059;REVB=-0.0123742;RO=34;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168616;STB=0.562911;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0385826;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:34:36:43:48:0.571429:23:20:23:11:23:25:24:12 chr2 212241725 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00159222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.412;QD=18.9419;RBI=0.0274491;REFB=-0.0219897;REVB=0.0274028;RO=38;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255832;STB=0.64247;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0206319;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:24:13:24:14:24:13:24:14 chr2 212242745 . G C 281.24 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0144304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.241;QD=21.2253;RBI=0.0331605;REFB=-0.0196482;REVB=0.029856;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241382;STB=0.50134;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0204643;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:10:14:17:12:10:14 chr2 212244403 . G A 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0443108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.201;QD=19.9739;RBI=0.0449228;REFB=-0.0226113;REVB=-0.00738999;RO=48;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321776;STB=0.513508;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0221064;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:18:29:28:20:18:29:29:20 chr2 212251864 . T C 68.79 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0333277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2443;QD=15.2857;RBI=0.0346616;REFB=-0.00820652;REVB=0.00952299;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.689682;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00307025;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:4:5:2:7:4:5 chr2 213866714 . G A 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.123;QD=57.8345;RBI=0.0266783;REFB=-0.063856;REVB=0.0174314;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000507793;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:40:29:1:0:40:29:1:0 chr2 213886454 . A T 1018.2 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.404;QD=56.5665;RBI=0.037449;REFB=-0.0717824;REVB=0.0347999;RO=2;SAF=35;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262494;STB=0.513885;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000247749;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:35:35:2:0:35:35:2:0 chr2 214012405 . AA AC,CA 811.08 PASS AF=0.219178,0.684932;AO=4,38;DP=67;FAO=16,50;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=11,24;FSAR=5,26;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0113848,0.0134447;FXX=0.0135117;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=139.08,115.292;QD=44.4429;RBI=0.0127638,0.0224621;REFB=-0.0278321,-0.0327337;REVB=0.00577069,0.017994;RO=1;SAF=4,13;SAR=0,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0346745;STB=0.539826,0.511231;STBP=0.619,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00424475,0.0103145;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:67:73:1:7:4,38:16,50:0.219178,0.684932:0,25:4,13:1:0:5,26:11,24:4:3 chr2 214637044 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.023443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.896;QD=16.7279;RBI=0.0299214;REFB=-0.0180988;REVB=-0.0185935;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0179023;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:12:7:7:9:12:7 chr2 214794743 . A C 1457.47 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.124;QD=62.02;RBI=0.0330631;REFB=-0.0816826;REVB=0.0186629;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104194;STB=0.505493;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000225647;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:48:45:1:0:48:45:1:0 chr2 215102929 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.172;QD=59.4356;RBI=0.0117307;REFB=0;REVB=0.00988336;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9795e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 215632256 . A G 1614.95 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020598;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0724;QD=59.2644;RBI=0.0213795;REFB=-0.128635;REVB=-0.00572728;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00013364;OID=.;OPOS=215632256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:109:0:1:108:108:0.990826:47:61:0:0:47:61:0:1 chr2 215645545 . C G 291.58 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0366265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4453;QD=19.4389;RBI=0.0394751;REFB=0.0256649;REVB=-0.0147235;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359408;STB=0.519987;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0371596;OID=.;OPOS=215645545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:11:18:18:13:11:18 chr2 215818620 . GA G,GG 50.05 PASS AF=0.36,0;AO=12,2;DP=50;FAO=18,0;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.236581,0.0849011;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.06818,27.4685;QD=4.00394;RBI=0.257257,0.0921478;REFB=-0.0543108,-0.0236809;REVB=-0.101046,-0.0358193;RO=33;SAF=8,0;SAR=4,2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0779022,-0.495407;STB=0.571347,0.5;STBP=0.466,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0969351,0.040069;OID=.,.;OPOS=215818621,215818621;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0:12,2:50:18,0:50:32:12,0:6,0:18:14:50:33:8,0:4,2:20:13 chr2 215865575 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0206837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.714;QD=17.8516;RBI=0.0381986;REFB=-0.00979233;REVB=0.0321141;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138039;STB=0.507712;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0105813;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:22:14:15:25:22:14:15:25 chr2 215876166 . A T 1063.88 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0221017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3724;QD=58.2948;RBI=0.07987;REFB=-0.0349469;REVB=-0.0767511;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000598387;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:0:1:35:37:0:1 chr2 215901774 . C T 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0113809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.019;QD=14.0534;RBI=0.011391;REFB=-0.023561;REVB=-0.000480414;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149201;STB=0.592519;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0329918;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:14:11:20:14:14:11:21:14 chr2 215940242 . T C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00600662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.196;QD=20.3419;RBI=0.00863842;REFB=-0.00132505;REVB=-0.00620829;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416414;STB=0.523064;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00136639;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:20:14:17:20:20:14 chr2 216190020 . C G 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.10854e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.473;QD=61.6887;RBI=0.0367976;REFB=0;REVB=-0.0367975;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130695;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr2 216212339 . T C 1230.68 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000520058;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5627;QD=61.5342;RBI=0.00499856;REFB=0;REVB=0.00497143;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4479e-05;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr2 216229692 . A G 895.99 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.154;QD=57.8061;RBI=0.139775;REFB=0;REVB=-0.0065319;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701572;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:1:0:59:62:1:37:22:1:0:37:25:0:0 chr2 216235089 . C T 1324.31 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000298345;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.679;QD=62.3207;RBI=0.0414787;REFB=0;REVB=-0.0414776;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187139;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr2 216249587 . C T 1480.24 PASS AF=0.979381;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0303879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.62;QD=61.041;RBI=0.0799353;REFB=-0.185685;REVB=0.0739339;RO=1;SAF=82;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450617;STB=0.538453;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00115159;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:97:1:2:92:95:0.979381:10:82:0:1:12:83:0:2 chr2 216272900 . T G 726.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.125;QD=63.1861;RBI=0.037963;REFB=0;REVB=0.0363541;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152901;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr2 216272907 . A T 685.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263538;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.715;QD=62.273;RBI=0.0276934;REFB=0;REVB=0.00850878;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589276;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr2 216300482 . T A 884.99 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4317;QD=58.0324;RBI=0.025174;REFB=0;REVB=0.0248959;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194794;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr2 216878008 . C G 315.5 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0421086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9608;QD=17.5279;RBI=0.0536985;REFB=-0.00269913;REVB=0.0333227;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12647;STB=0.570691;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00270358;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:23:15:18:16:23:15 chr2 216904019 . A T 537.74 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0413022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2875;QD=19.3782;RBI=0.0692052;REFB=0.0139485;REVB=-0.0555291;RO=54;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314165;STB=0.51314;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0152533;OID=.;OPOS=216904019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:55:56:56:0.504505:31:25:26:28:31:25:26:29 chr2 216923679 . C T 192.9 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00689336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.727;QD=16.7742;RBI=0.0298967;REFB=-0.0143856;REVB=0.0290912;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173884;STB=0.509082;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.017738;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:19:20:0.434783:7:12:16:10:8:12:16:10 chr2 216967346 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA 141.84 PASS AF=0.0625,0.28125,0.3125,0.28125;AO=6,5,9,2;DP=36;FAO=2,9,10,9;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=0,5,7,8;FSAR=2,4,3,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.124532,-0.183271,-0.346946,-0.151182;FXX=0.135099;HRUN=14,14,14,14;LEN=3,2,1,1;MLLD=10.5674,7.89889,4.825,18.6388;QD=17.7303;RBI=0.1765,0.272603,0.505721,0.273963;REFB=-0.109021,-0.152758,-0.221137,-0.118648;REVB=-0.125077,-0.201802,-0.367943,-0.228473;RO=1;SAF=2,4,6,2;SAR=4,1,3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.171372,-0.0951258,-0.0684198,0;STB=0.994977,0.583156,0.562382,0.555441;STBP=0.131,0.31,0.527,0.64;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0753631,0.0186097,-0.0716194,0.0476363;OID=.,.,.,.;OPOS=216967347,216967347,216967347,216967360;OREF=TTT,TT,T,T;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0625,0.28125,0.3125,0.28125:6,5,9,2:36:2,9,10,9:32:2:0,5,7,8:2,4,3,1:2:0:35:1:2,4,6,2:4,1,3,0:1:0 chr2 217012901 . A G 761.18 PASS AF=0.904762;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0108138;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.4966;QD=48.3292;RBI=0.0109611;REFB=-0.111168;REVB=-0.0017908;RO=6;SAF=23;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484091;STB=0.525764;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00302421;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:63:63:6:6:57:57:0.904762:34:23:4:2:34:23:4:2 chr2 217148417 . C A 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0396892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.813;QD=29.7237;RBI=0.0412707;REFB=-0.0183601;REVB=0.0113153;RO=15;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138303;STB=0.576213;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00898486;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:18:9:8:7:18:9:8:7 chr2 217234962 . GC G 116.66 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0547295;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5414;QD=11.3818;RBI=0.0842607;REFB=-0.105559;REVB=-0.0640668;RO=20;SAF=2;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0.327869;SSEP=0;SSSB=-0.596345;STB=0.793073;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0807465;OID=.;OPOS=217234963;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:20:42:21:41:20:3:18:13:7:99:20:2:18:13:7 chr2 217288388 . G C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0113556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.106;QD=16.4438;RBI=0.014139;REFB=-0.0154408;REVB=-0.00842387;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231656;STB=0.633345;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0225593;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:13:14:6:14:13:14 chr2 217363597 . C T 406.36 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0131439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.938;QD=14.1344;RBI=0.0838127;REFB=-0.0170373;REVB=-0.0827756;RO=67;SAF=33;SAR=14;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232295;STB=0.628016;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0169324;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:68:47:47:0.408696:14:33:33:34:14:33:34:34 chr2 217363638 . G A 320.62 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0174793;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.686;QD=12.8249;RBI=0.0176894;REFB=-0.00219853;REVB=-0.00271857;RO=61;SAF=26;SAR=12;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234533;STB=0.629885;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00391863;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:62:38:38:0.38:12:26:29:32:12:26:30:32 chr2 217364539 . C T 2252.93 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6323;QD=59.2878;RBI=0.0212512;REFB=-0.060565;REVB=-0.0159112;RO=1;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629973;STB=0.506578;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000239192;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:151:152:1:2:149:150:0.986842:75:74:0:1:75:75:0:2 chr2 217364764 . G T 439.4 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0394046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.861;QD=19.3145;RBI=0.0394046;REFB=-0.0103328;REVB=-3.29384e-05;RO=46;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408989;STB=0.517234;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0125044;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:23:21:24:22:23:21:24:23 chr2 217537685 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0227366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.769;QD=17.2298;RBI=0.023048;REFB=-0.000761493;REVB=0.00377546;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000225317;OID=.;OPOS=217537685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:6:2:2:3:6:2:3:3 chr2 217537699 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0296486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.664;QD=17.2298;RBI=0.0434774;REFB=-0.0117705;REVB=0.0318;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00547162;OID=.;OPOS=217537699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chr2 217538816 . T C 333.64 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0286957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5919;QD=21.8778;RBI=0.0343461;REFB=0.0410732;REVB=0.0188736;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975541;STB=0.553722;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0383549;OID=.;OPOS=217538816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:8:19:20:14:8:19 chr2 217538961 . T C 404.28 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00459754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=19.4835;RBI=0.0359731;REFB=-0.0239957;REVB=0.0356781;RO=42;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123737;STB=0.568828;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0286694;OID=.;OPOS=217538961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:25:16:22:20:25:16:22:20 chr2 217541426 . C T 111.12 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00517912;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8188;QD=15.3263;RBI=0.032257;REFB=-0.0659256;REVB=0.0318385;RO=15;SAF=12;SAR=0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.771275;STB=0.657235;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0963988;OID=.;OPOS=217541426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:12:13:0.448276:0:12:12:3:1:12:13:3 chr2 217541582 . T C 1556.4 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.599;QD=58.7323;RBI=0.0202746;REFB=-0.0570855;REVB=-0.0198612;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811238;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=9.80032e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:58:47:0:1:58:47:0:1 chr2 218604246 . G GC 386.27 PASS AF=1;AO=4;DP=36;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186667;FXX=0.0294031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.5977;QD=46.8207;RBI=0.0403982;REFB=0;REVB=0.0358269;RO=32;SAF=0;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00133458;OID=.;OPOS=218604247;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:36:33:33:0:13:20:0:0:4:32:0:4:13:19 chr2 218604247 . A C,G 431.15 PASS AF=0.852941,0.0882353;AO=30,3;DP=34;FAO=29,3;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=13,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101563,0.031471;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=111.69,11.7378;QD=50.7236;RBI=0.0181996,0.0480837;REFB=-0.078748,0.109096;REVB=0.0151021,-0.036354;RO=1;SAF=13,0;SAR=17,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0266361,0;STB=0.529392,0.5;STBP=0.229,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00562365,0.0136835;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:1:2:30,3:29,3:0.852941,0.0882353:17,3:13,0:0:1:16,3:13,0:0:2 chr2 218664633 . T G 582.99 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0159254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.842;QD=22.2093;RBI=0.0201325;REFB=0.00467701;REVB=0.0123166;RO=46;SAF=32;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944294;STB=0.546992;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00395178;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:47:58:58:0.552381:26:32:20:26:26:32:21:26 chr2 218674697 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.686;QD=56.9379;RBI=0.0154395;REFB=0;REVB=0.0132811;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27361e-05;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:40:13:0:0:40:13:0:0 chr2 218683154 . A G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00444209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5946;QD=20.2094;RBI=0.0174627;REFB=-0.0456205;REVB=-0.0168883;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638491;STB=0.536526;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0343551;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:8:2:2:11:8:2 chr2 218695102 . G A 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0187452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.924;QD=13.57;RBI=0.0190467;REFB=-0.0178374;REVB=-0.00337536;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123637;STB=0.507235;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0130879;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:10:9:6:7:10:9 chr2 218706857 . T C 692.57 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0181872;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.028;QD=19.3725;RBI=0.0191584;REFB=-0.0187047;REVB=-0.00602252;RO=72;SAF=31;SAR=38;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213793;STB=0.512356;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0219998;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:72:74:69:69:0.482517:38:31:34:38:38:31:35:39 chr2 218712290 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0124121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.459;QD=16.728;RBI=0.0124121;REFB=0.00976191;REVB=0;RO=19;SAF=16;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0159113;OID=.;OPOS=218712290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:0:16:19:0:0:16:19:0 chr2 218712306 . C T 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=0.00540026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9862;QD=18.0354;RBI=0.0765415;REFB=0.0182713;REVB=0.0763508;RO=27;SAF=21;SAR=1;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360357;STB=0.695538;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0201672;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:1:21:27:0:1:21:27:0 chr2 218712606 . G A 287.81 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0096831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.556;QD=18.5682;RBI=0.00968329;REFB=-0.0274003;REVB=-6.0554e-05;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579364;STB=0.532338;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0280808;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:16:15:17:14:16:15 chr2 218712726 . A G 180.73 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0327115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0342;QD=13.9024;RBI=0.0556407;REFB=-0.0214622;REVB=-0.0450094;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303603;STB=0.6715;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0318056;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:25:6:10:11:25:6 chr2 218745685 . G A 547.55 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0227323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.466;QD=17.6629;RBI=0.0279839;REFB=-0.00523926;REVB=0.01632;RO=65;SAF=35;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487293;STB=0.523582;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00596654;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:65:66:58:58:0.467742:23:35:36:29:23:35:37:29 chr2 218750817 . T C 156.92 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.884;QD=44.8336;RBI=0.0966431;REFB=0;REVB=0.0965376;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151615;OID=.;OPOS=218750817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:14:0:0:12:14:1:2:10:0:0:3:11:0:0 chr2 219000310 . C T 398.0 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00586431;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.847;QD=17.8875;RBI=0.00589561;REFB=-0.030914;REVB=-0.000606759;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133111;STB=0.579862;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0342823;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:48:41:41:0.460674:17:24:22:27:17:24:21:27 chr2 219000734 . T C 194.83 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0364551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2152;QD=17.3184;RBI=0.042855;REFB=-0.00183449;REVB=0.0225295;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1182;STB=0.567499;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00380274;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:12:13:8:12:12:13 chr2 219110555 . A G 268.7 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00870103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.803;QD=19.5421;RBI=0.00870341;REFB=0.016365;REVB=0.00020346;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06955;STB=0.530591;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00695052;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:28:29:0.527273:13:15:16:10:13:16:16:10 chr2 219110625 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0107502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.351;QD=21.3873;RBI=0.0107583;REFB=0.000795006;REVB=0.000419404;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105291;STB=0.56518;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000932186;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:12:20:20:7:13:20:20:7 chr2 219128506 . C T 3533.81 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807652;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.473;QD=62.5452;RBI=0.014127;REFB=-0.0370763;REVB=0.0115906;RO=1;SAF=123;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.833e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:226:1:0:226:226:1:103:123:1:0:103:123:0:0 chr2 219140288 . G C 489.05 PASS AF=0.48;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0849919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0535;QD=19.562;RBI=0.120971;REFB=0.00858144;REVB=-0.086084;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131914;STB=0.569971;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0116577;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:48:52:48:48:0.48:24:24:31:17:24:24:33:19 chr2 219143229 . G A 207.7 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0161013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.506;QD=17.6764;RBI=0.0749338;REFB=-0.0154521;REVB=-0.0731835;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604045;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0189041;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:14:12:11:10:14:12 chr2 219144089 . G A 255.44 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0041024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.972;QD=22.2118;RBI=0.00763586;REFB=-0.0128808;REVB=-0.00644023;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189331;STB=0.605649;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0141048;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:7:15:11:13:7:15 chr2 219144815 . T C 1097.56 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.683;QD=58.5364;RBI=0.0315661;REFB=0.0168189;REVB=0.0314064;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000107362;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:42:31:1:0:43:31:1:0 chr2 219210382 . C CCT 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00852782;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.892;QD=6.80722;RBI=0.00889553;REFB=-0.00105772;REVB=0.00253115;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446862;STB=0.52824;STBP=0.878;TYPE=ins;VARB=0.0042576;OID=.;OPOS=219210383;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:9:36:9:36:27:4:5:11:16:61:27:4:5:11:16 chr2 219231807 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.477;QD=60.9775;RBI=0.0252919;REFB=0;REVB=0.00256062;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03936e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 219254622 . A G 1059.85 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.196;QD=59.7101;RBI=0.0245679;REFB=0;REVB=0.0108612;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24436e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:45:26:0:0:45:26:0:0 chr2 219265094 . T C 519.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6306;QD=59.3625;RBI=0.0358936;REFB=0;REVB=0.0262738;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999996;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:26:9:0:0 chr2 219267781 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.442;QD=55.6551;RBI=0.0412711;REFB=0;REVB=0.0332968;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103357;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 219319657 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.308;QD=58.9606;RBI=0.00946819;REFB=0;REVB=0.00198288;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28272e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:22:44:0:0:22:44:0:0 chr2 219492924 . T C 1079.65 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5755;QD=59.9804;RBI=0.0272326;REFB=0;REVB=0.0247179;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137555;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr2 219508988 . T C 1322.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.361;QD=62.2176;RBI=0.0448203;REFB=0;REVB=0.0137282;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52039e-05;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:49:34:0:0:49:36:0:0 chr2 219509618 . C A 1109.41 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.013442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8573;QD=57.6315;RBI=0.0292664;REFB=-0.128105;REVB=0.0259969;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255553;STB=0.513154;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00256312;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:77:2:2:74:75:0.974026:36:38:0:2:37:38:0:2 chr2 219867669 . T C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0371008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.891;QD=23.6746;RBI=0.0371023;REFB=-0.00156535;REVB=0.000329379;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426487;STB=0.523787;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00107511;OID=.;OPOS=219867669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:6:10:12:9:6:10 chr2 219920037 . A G 645.71 PASS AF=0.467105;AO=67;DP=148;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.0131188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.719;QD=16.9922;RBI=0.0131264;REFB=-0.0169294;REVB=0.00044655;RO=81;SAF=30;SAR=37;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11569;STB=0.556729;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0223391;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:152:81:81:67:71:0.467105:37:30:27:54:40:31:27:54 chr2 219940484 . C T 666.91 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.463;QD=57.9924;RBI=0.027418;REFB=0.0505647;REVB=-0.0134686;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036109;STB=0.519222;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00645523;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:25:19:0:2:25:19:0:2 chr2 219967380 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.144;QD=59.8392;RBI=0.0550939;REFB=0;REVB=0.00132187;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433774;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr2 220037393 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.069;QD=55.6561;RBI=0.0475871;REFB=0;REVB=0.0324671;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159628;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 220045454 . G A 613.52 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.029822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3129;QD=17.0423;RBI=0.0363289;REFB=-0.0100542;REVB=0.0207469;RO=80;SAF=25;SAR=39;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988148;STB=0.555143;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0127485;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:80:64:64:0.444444:39:25:39:41:39:25:39:41 chr2 220072766 . G T 727.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2426;QD=63.2188;RBI=0.0558643;REFB=0;REVB=-0.0320502;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227588;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr2 220083279 . C T 843.02 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0238506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.746;QD=52.6886;RBI=0.028164;REFB=-0.0697764;REVB=0.0149786;RO=2;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999562;STB=0.533322;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000870233;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:60:61:0.953125:21:39:1:1:21:40:0:3 chr2 220084902 . G A 1042.05 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0498516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.5966;QD=55.576;RBI=0.0654929;REFB=-0.109503;REVB=0.0424751;RO=1;SAF=49;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955569;STB=0.515785;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000721166;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:1:3:72:72:0.96:23:49:1:0:23:49:1:2 chr2 220085845 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0777;QD=54.5168;RBI=0.05275;REFB=0;REVB=0.0497992;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560663;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr2 220100201 . C G 108.01 PASS AF=0.258065;AO=17;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0205925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6493;QD=6.9686;RBI=0.0221032;REFB=-0.0165485;REVB=0.00803122;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145482;STB=0.624844;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0234544;OID=.;OPOS=220100201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:17:16:0.258065:7:10:21:24:6:10:21:25 chr2 220113242 . T G 4618.49 PASS AF=1;AO=288;DP=295;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149346;FXX=0.0169486;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.483;QD=63.7034;RBI=0.0151966;REFB=-0.040306;REVB=0.015123;RO=1;SAF=159;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53487e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:295:290:1:0:288:290:1:129:159:0:1:129:161:0:0 chr2 220118531 . G C 471.77 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0804122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2899;QD=55.502;RBI=0.0806553;REFB=-0.213471;REVB=-0.00625744;RO=1;SAF=25;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183157;STB=0.509798;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00148674;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:7:25:1:0:8:25:1:0 chr2 220118556 . AC A,AG,GA 35.24 PASS AF=0.225,0.025,0;AO=8,3,4;DP=41;FAO=9,1,0;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0,0;FSAR=3,1,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.137773,-0.0640096,-0.0844321;FXX=0.0243843;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=12.4301,57.3131,23.7331;QD=3.5244;RBI=0.151782,0.115982,0.0846266;REFB=-0.142821,-0.0211444,-0.0888261;REVB=-0.0636899,-0.0967188,0.00573441;RO=24;SAF=6,1,4;SAR=2,2,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.390754,-0.0936103,0.661284;STB=0.631281,0.989867,0.5;STBP=0.4,0.462,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.144962,0.103691,0;OID=.,.,.;OPOS=220118557,220118557,220118556;OREF=C,C,AC;OALT=-,G,GA;OMAPALT=A,AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:41:40:24:30:8,3,4:9,1,0:0.225,0.025,0:2,2,0:6,1,4:10:14:3,1,0:6,0,0:15:15 chr2 220136155 . T C 1192.74 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1314;QD=59.637;RBI=0.023653;REFB=0.0737837;REVB=0.0207872;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=4.81001e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:43:35:0:0:44:35:1:0 chr2 220136351 . G A 346.54 PASS AF=0.4;AO=35;DP=98;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0598402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9716;QD=13.2015;RBI=0.0638732;REFB=-0.0211927;REVB=0.0223369;RO=63;SAF=11;SAR=24;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275211;STB=0.620632;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0322037;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:63:63:35:42:0.4:24:11:35:28:27:15:35:28 chr2 220136371 . T C 1463.15 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0642185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.664;QD=60.9644;RBI=0.0643021;REFB=-0.0413174;REVB=0.00327867;RO=2;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000420359;STB=0.500222;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000148984;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:48:46:1:1:48:46:1:1 chr2 220250147 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.788;QD=56.9371;RBI=0.0323128;REFB=0;REVB=-0.0240788;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1669e-06;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr2 220283259 . A G 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.365;QD=54.5079;RBI=0.0352812;REFB=0;REVB=-0.00197923;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198528;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 220283277 . T C 346.17 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.918;QD=51.2848;RBI=0.0689424;REFB=0.0266618;REVB=0.0658629;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000504319;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:15:10:0:1:15:11:0:1 chr2 220315970 . G A 222.3 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0483683;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.106;QD=18.1469;RBI=0.0494748;REFB=-0.0123634;REVB=0.0104049;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306992;STB=0.503996;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0154871;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:27:22:22:0.44898:14:8:11:17:14:8:10:17 chr2 220330804 . T C 89.43 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0735633;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.019;QD=14.3092;RBI=0.0741753;REFB=-0.0298079;REVB=0.00950863;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425352;STB=0.758894;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00960992;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:10:1:5:9:10:1:5:9 chr2 220333950 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.806;QD=60.6103;RBI=0.0255629;REFB=0;REVB=0.0200992;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35733e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 220362899 . C G 392.42 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.465;QD=56.0604;RBI=0.1211;REFB=0;REVB=-0.0569557;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076902;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr2 220379560 . C G 1377.88 PASS AF=0.957447;AO=92;DP=97;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0142405;FXX=0.0309246;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.498;QD=58.6332;RBI=0.0143732;REFB=0.0316737;REVB=-0.00194848;RO=4;SAF=42;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232788;STB=0.513124;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000561349;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:97:94:4:4:92:90:0.957447:50:42:3:1:50:40:3:1 chr2 220402671 . G T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00740795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.732;QD=48.6257;RBI=0.115548;REFB=0.0711627;REVB=-0.11531;RO=1;SAF=19;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237245;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000688431;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:3:19:1:0:3:19:1:0 chr2 220402680 . T C 353.86 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6414;QD=54.4403;RBI=0.0794883;REFB=0;REVB=0.0791074;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046224;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:3:21:0:0:4:22:0:0 chr2 220404381 . A G 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0628481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.367;QD=55.0405;RBI=0.0637462;REFB=-0.0950201;REVB=0.0106631;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00257799;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:38:17:1:0:38:17:1:0 chr2 220405321 . T C 1885.0 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.952;QD=61.3007;RBI=0.0243056;REFB=0;REVB=0.000379289;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64417e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:62:60:0:0:63:60:0:0 chr2 220406722 . T C 322.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6021;QD=53.7442;RBI=0.062656;REFB=0;REVB=-0.011845;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517518;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr2 220412256 . T C 655.99 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0568807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4799;QD=59.6358;RBI=0.0590971;REFB=0.0154697;REVB=0.0160328;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00154911;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr2 220414016 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.424;QD=53.2772;RBI=0.0337526;REFB=0;REVB=0.019035;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236085;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr2 220419236 . T C 2663.29 PASS AF=1;AO=169;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543461;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.671;QD=62.2993;RBI=0.0316847;REFB=0;REVB=0.0312151;RO=0;SAF=81;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85621e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:169:171:1:88:81:0:0:90:81:0:0 chr2 220419339 . T C 2584.65 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.12;QD=61.9078;RBI=0.0232239;REFB=0;REVB=-0.0182051;RO=0;SAF=81;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39521e-06;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:86:81:0:0:86:81:0:0 chr2 220420956 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.85;QD=47.8222;RBI=0.00563457;REFB=0;REVB=-0.00289066;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12439e-05;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 220421417 . C G 323.32 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.267;QD=53.8858;RBI=0.0369723;REFB=0;REVB=0.0326548;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138457;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr2 220430203 . C T 1116.07 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0343261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3304;QD=56.5101;RBI=0.0797195;REFB=-0.152354;REVB=0.0719507;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201293;STB=0.515785;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00676614;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:2:3:76:76:0.962025:30:46:2:0:30:46:3:0 chr2 220435034 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.324;QD=61.3364;RBI=0.0195764;REFB=0;REVB=0.0183966;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33173e-05;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr2 220435375 . G A 441.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.937;QD=56.9573;RBI=0.0604879;REFB=0;REVB=0.0445052;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752131;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr2 220462640 . G T 1697.66 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=120;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0232883;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.469;QD=57.5478;RBI=0.023867;REFB=-0.152949;REVB=0.00522363;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.512603;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000384134;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:118:0:3:114:115:0.974576:56:58:0:0:57:58:3:0 chr2 220466199 . G T 753.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293015;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.105;QD=64.0875;RBI=0.0306906;REFB=0;REVB=0.00912857;RO=0;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153433;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:8:39:0:0:8:39:0:0 chr2 220471116 . C G 1145.4 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00400433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.342;QD=57.9952;RBI=0.00687637;REFB=-0.00717261;REVB=0.00559015;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0119807;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:37:40:1:0:37:40:1:1 chr2 220472832 . G T 382.72 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0103175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.937;QD=25.5145;RBI=0.0106683;REFB=-0.0230593;REVB=-0.00271305;RO=23;SAF=23;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25066;STB=0.637103;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0116084;OID=.;OPOS=220472832;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:14:23:6:17:14:23:6:17 chr2 220473355 . G A 1513.55 PASS AF=0.981308;AO=102;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0140819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.379;QD=56.5813;RBI=0.0350673;REFB=-0.113821;REVB=0.0321157;RO=3;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101028;STB=0.509998;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00109887;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:3:2:102:105:0.981308:49:53:1:2:49:56:0:2 chr2 220476443 . C T 1313.33 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585826;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.064;QD=61.8039;RBI=0.0596346;REFB=0;REVB=0.0111522;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106226;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:52:28:0:0:52:33:0:0 chr2 220479312 . T C 722.83 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.88;QD=54.5528;RBI=0.0432411;REFB=-0.044576;REVB=-0.0335148;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000241004;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:24:27:0:1:24:28:0:1 chr2 220494117 . CA C,CC 710.33 PASS AF=0.282609,0.717391;AO=15,29;DP=44;FAO=13,33;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=6,16;FSAR=7,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416672,0.0387103;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.28,216.755;QD=61.7682;RBI=0.0433667,0.0403681;REFB=0,0;REVB=0.0120216,0.0114498;RO=0;SAF=4,16;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0141289,0.0104788;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.282609,0.717391:15,29:44:13,33:46:0:6,16:7,17:0:0:27:0:4,16:11,13:0:0 chr2 220500423 . A G 1606.64 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5386;QD=64.2656;RBI=0.0217406;REFB=0;REVB=-5.61995e-05;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42725e-05;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr2 220500426 . A G 1532.84 PASS AF=0.963636;AO=104;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00764025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.438;QD=55.7395;RBI=0.0206831;REFB=-0.0344832;REVB=-0.0192202;RO=4;SAF=66;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278906;STB=0.51449;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000231681;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:4:4:104:106:0.963636:38:66:4:0:39:67:4:0 chr2 220502367 . A C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.842;QD=58.5848;RBI=0.0237726;REFB=0;REVB=0.00755106;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62051e-05;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 220505265 . T C 1525.97 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00241104;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.585;QD=58.6911;RBI=0.0150611;REFB=-0.0893158;REVB=0.0148669;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.505262;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000224037;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:102:103:0.990385:55:47:1:0:56:47:1:0 chr2 220771223 . C T 1268.79 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.491;QD=60.4186;RBI=0.0268524;REFB=-0.147323;REVB=0.0185785;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000372391;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:33:50:0:0:33:50:1:0 chr2 220771290 . G A 1587.2 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703826;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.93;QD=59.8942;RBI=0.00760359;REFB=0;REVB=-0.00287706;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188239;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:48:58:0:0 chr2 222282765 . C T 1071.26 PASS AF=0.36;AO=126;DP=349;FAO=126;FDP=350;FR=.;FRO=224;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=105;FSRR=119;FWDB=0.000447025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.615;QD=12.2429;RBI=0.00222941;REFB=-0.00351408;REVB=0.00218413;RO=222;SAF=56;SAR=70;SRF=103;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022206;STB=0.515693;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00634835;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:350:222:224:126:126:0.36:70:56:103:119:70:56:105:119 chr2 222283000 . A T 288.86 PASS AF=0.402439;AO=29;DP=79;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00891943;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.994;QD=14.0907;RBI=0.0131359;REFB=-0.0295685;REVB=0.00964348;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122403;STB=0.569495;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.039337;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:50:49:29:33:0.402439:16:13:28:22:18:15:28:21 chr2 222290027 . T G 375.62 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00512083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.791;QD=18.5489;RBI=0.0104925;REFB=-0.00978929;REVB=0.00915798;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101948;STB=0.556789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0112512;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:21:18:24:18:21:18:24:18 chr2 222310917 . T A 54.77 PASS AF=0.111111;AO=25;DP=129;FAO=15;FDP=135;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=83;FWDB=-0.0702124;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.0008;QD=1.62268;RBI=0.0704964;REFB=-0.00292808;REVB=0.00632126;RO=93;SAF=20;SAR=5;SRF=25;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608688;STB=0.916577;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173385;OID=.;OPOS=222310917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:129:135:93:120:25:15:0.111111:5:20:25:68:2:13:37:83 chr2 223161889 . A G 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5093;QD=60.3715;RBI=0.0305882;REFB=0;REVB=-0.0304847;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148622;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr2 223169150 . G T 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.023722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4886;QD=16.7302;RBI=0.0290942;REFB=-0.00646562;REVB=0.0168447;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156417;STB=0.58784;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00732142;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:21:15:18:13:21:15 chr2 223423362 . A G 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0708188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.987;QD=54.7444;RBI=0.0708479;REFB=-0.0144094;REVB=0.00203211;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000912512;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:1:0:20:33:1:0 chr2 223436607 . C T 491.51 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0415205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.656;QD=25.2057;RBI=0.0455339;REFB=-0.00106584;REVB=-0.0186918;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762871;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:23:23:16:16:23:23:16:16 chr2 223509221 . T G 263.27 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0136801;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.727;QD=14.8322;RBI=0.0137928;REFB=-0.00626555;REVB=0.00175982;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23792;STB=0.633246;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0116618;OID=.;OPOS=223509221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:41:30:30:0.422535:12:18:14:25:12:18:15:26 chr2 223785740 . A G 527.63 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375489;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.801;QD=60.3;RBI=0.0426966;REFB=0;REVB=-0.0203244;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100876;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr2 223807380 . C A 1762.14 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00664035;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.165;QD=59.2316;RBI=0.0151177;REFB=0.0150879;REVB=0.0135813;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=6.77775e-06;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:119:0:2:117:117:0.983193:57:60:0:0:57:60:1:1 chr2 223917629 . C T 873.68 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0701975;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5722;QD=56.3666;RBI=0.070347;REFB=-0.0617167;REVB=0.00458436;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00240449;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:26:35:0:0:26:35:1:0 chr2 223917812 . T C 1580.6 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.208;QD=63.8626;RBI=0.0470693;REFB=0;REVB=0.0360232;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91871e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:48:49:0:0:50:49:0:0 chr2 223917983 . T G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.535;QD=57.1768;RBI=0.0253692;REFB=0;REVB=-0.0213552;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31694e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr2 223918080 . C G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6377;QD=54.5143;RBI=0.0684727;REFB=0;REVB=0.0431821;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240161;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr2 223918363 . T C 471.31 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.845;QD=55.4478;RBI=0.038317;REFB=-0.0834976;REVB=-0.00609918;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00109572;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr2 223919877 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA 71.46 PASS AF=0.12,0.52;AO=3,4;DP=26;FAO=3,13;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=1,8;FSAR=2,5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.386017,-0.0984032;FXX=0.0384468;HRUN=13,3;LEN=2,1;MLLD=4.93122,13.6308;QD=11.4329;RBI=0.792325,0.115224;REFB=-0.15759,0.00336272;REVB=-0.691932,0.0599448;RO=4;SAF=0,3;SAR=3,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782218,-0.338535;STB=0.798399,0.572413;STBP=0.423,0.492;TYPE=del,ins;VARB=0.442963,-0.0138264;OID=.,.;OPOS=223919878,223919891;OREF=TT,-;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.52:3,4:26:3,13:25:9:1,8:2,5:7:2:36:4:0,3:3,1:4:0 chr2 224620181 . G T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0193827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.648;QD=22.3967;RBI=0.0344999;REFB=-0.0142269;REVB=-0.0285404;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872469;STB=0.548635;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0183809;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:16:7:10:15:16:7 chr2 224640803 . C CAA 95.7 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0180806;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.6954;QD=13.1999;RBI=0.0318476;REFB=-0.0352805;REVB=0.0262176;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277322;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.0430156;OID=.;OPOS=224640804;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:13:29:14:29:15:4:10:9:6:95:15:4:9:9:6 chr2 224743373 . C T 160.37 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0176212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.124;QD=18.3279;RBI=0.0179584;REFB=-0.0246197;REVB=-0.00346367;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0225495;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:8:10:8:9:8:10 chr2 224765956 . C T 254.3 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0198448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8963;QD=15.4122;RBI=0.050805;REFB=-0.00391684;REVB=0.0467689;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500693;STB=0.528282;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00493253;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:14:15:21:16:14:15:21:16 chr2 224856650 . G A 510.36 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00306722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.465;QD=21.7173;RBI=0.0215348;REFB=-0.00316206;REVB=0.0213152;RO=44;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057388;STB=0.520825;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00326152;OID=.;OPOS=224856650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:45:48:49:0.521277:23:25:20:24:24:25:21:24 chr2 224866387 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00345168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.859;QD=13.4859;RBI=0.0260013;REFB=-0.00127734;REVB=-0.0257711;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00189656;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:8:3:2:7:8:3 chr2 224866576 . C A 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0542271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.136;QD=17.9225;RBI=0.0543494;REFB=-0.0183165;REVB=0.00364488;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190055;STB=0.606405;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0145573;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:26:14:25:21:26:14:25:21 chr2 225434445 . A G 1025.51 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7287;QD=59.4498;RBI=0.0607797;REFB=0;REVB=0.0600289;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376469;OID=.;OPOS=225434445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr2 225630233 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0574664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9898;QD=13.336;RBI=0.0584362;REFB=0.0292123;REVB=-0.010602;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0484184;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:11:13:10:5:11:13 chr2 225630435 . C T 564.0 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0200129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.134;QD=18.1934;RBI=0.0340596;REFB=-0.0308843;REVB=-0.0275598;RO=58;SAF=34;SAR=25;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251069;STB=0.52016;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0344624;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:58:65:59:59:0.475806:25:34:35:23:25:34:35:30 chr2 225706613 . C T 207.45 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00519449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1856;QD=11.2132;RBI=0.0171568;REFB=0.00166388;REVB=-0.0163516;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198871;STB=0.615296;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00410874;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:10:16:21:27:10:16:21:27 chr2 225738847 . CT C 102.35 PASS AF=0.583333;AO=37;DP=74;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.208106;FXX=0.0270234;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.81776;QD=5.6859;RBI=0.221629;REFB=-0.0712795;REVB=-0.0762313;RO=26;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199156;STB=0.565186;STBP=0.227;TYPE=del;VARB=0.103528;OID=.;OPOS=225738848;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:37:74:42:72:30:16:26:16:14:65:26:12:25:15:11 chr2 225758378 . TAAAAAAA AAAAAAAA,ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT 35.32 PASS AF=0,0,0.222222,0.0222222;AO=2,2,5,2;DP=42;FAO=0,0,10,1;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=0,0,5,0;FSAR=0,0,5,1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00131669,0.0115868,0.0453275,-0.0275571;FXX=0;HRUN=1,1,7,7;LEN=1,2,1,1;MLLD=219.744,16.6309,9.80484,50.6622;QD=3.13987;RBI=0.00203032,0.0199314,0.0461072,0.0275585;REFB=-0.00126374,-0.00297437,-0.0243285,-0.00161069;REVB=0.00154548,-0.0162175,-0.00844337,0.000277821;RO=27;SAF=1,2,2,0;SAR=1,0,3,2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0507908,0.49706,-0.052991,-0.448702;STB=0.5,0.5,0.545364,0.988807;STBP=1,1,0.762,0.463;TYPE=snp,mnp,del,snp;VARB=0,0,-0.0701524,-0.0159565;OID=.,.,.,.;OPOS=225758378,225758378,225758379,225758385;OREF=T,TA,A,A;OALT=A,AT,-,T;OMAPALT=AAAAAAAA,ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:42:45:27:34:2,2,5,2:0,0,10,1:0,0,0.222222,0.0222222:1,0,3,2:1,2,2,0:12:15:0,0,5,1:0,0,5,0:15:19 chr2 225798838 . T C 566.14 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.0348675;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8566;QD=13.6419;RBI=0.0348717;REFB=-0.0253687;REVB=-0.000543055;RO=99;SAF=33;SAR=33;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161476;STB=0.512045;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0387537;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:99:100:66:66:0.39759:33:33:48:51:33:33:48:52 chr2 225811581 . T A 444.58 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00751355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9008;QD=15.1993;RBI=0.0129503;REFB=-0.0126328;REVB=0.0105479;RO=67;SAF=39;SAR=11;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276287;STB=0.656605;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0172699;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:11:39:37:30:11:39:37:30 chr2 226273689 . T C 641.21 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0118245;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.382;QD=20.6841;RBI=0.0142986;REFB=-0.0110371;REVB=0.00803938;RO=58;SAF=36;SAR=27;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754998;STB=0.551851;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.012206;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:60:63:64:0.516129:27:36:38:20:28:36:40:20 chr2 226447735 . C T 1142.48 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0513287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2018;QD=56.419;RBI=0.0570379;REFB=-0.0575244;REVB=-0.0248735;RO=3;SAF=35;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151432;STB=0.507632;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00959195;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:77:78:0.962963:42:35:2:1:42:36:2:1 chr2 226491770 . A C 982.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4924;QD=58.6675;RBI=0.174734;REFB=0;REVB=-0.0122831;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001402;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:43:19:0:0:43:24:0:0 chr2 227660220 . G A 255.77 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.01481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5372;QD=12.0363;RBI=0.0608781;REFB=-0.000420915;REVB=0.0590492;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11679;STB=0.528205;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00255554;OID=.;OPOS=227660220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:54:31:31:0.364706:11:20:37:13:11:20:37:17 chr2 227807202 . G T 137.69 PASS AF=0.652174;AO=13;DP=21;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0270865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.423;QD=23.9457;RBI=0.0416864;REFB=-0.0362453;REVB=0.0316872;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0207948;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:23:7:8:13:15:0.652174:5:8:4:3:5:10:5:3 chr2 227872182 . G A 454.28 PASS AF=0.619718;AO=36;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.011188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4414;QD=25.593;RBI=0.0660059;REFB=-0.0267913;REVB=0.0650508;RO=26;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2081;STB=0.588757;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0181728;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:36:44:0.619718:15:21:8:18:19:25:9:18 chr2 227872995 . T C 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0481615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3054;QD=15.6224;RBI=0.0517486;REFB=-0.021052;REVB=-0.018931;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0292569;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:16:11:11:8:16:11 chr2 227886773 . A G 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00780834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.649;QD=16.2652;RBI=0.0135167;REFB=-0.00925923;REVB=-0.0110332;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041761;STB=0.523934;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0112607;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:19:16:21:21:19:16:22:22 chr2 227892619 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00232257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.136;QD=13.6997;RBI=0.00871992;REFB=-0.00494308;REVB=-0.00840492;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288487;STB=0.668922;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00769316;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:16:14:13:5:16:14 chr2 227892720 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0173779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.734;QD=12.0232;RBI=0.0202766;REFB=-0.000108205;REVB=0.0104475;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351471;STB=0.71693;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000195072;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:11:1:5:15:11:1:5:15 chr2 227896886 . C T 825.95 PASS AF=0.400844;AO=88;DP=234;FAO=95;FDP=237;FR=.;FRO=142;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=-0.000216522;FXX=0.0206603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.777;QD=13.9401;RBI=0.00604922;REFB=-0.00305477;REVB=0.00604535;RO=139;SAF=43;SAR=45;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385518;STB=0.509583;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00449072;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:237:139:142:88:95:0.400844:45:43:63:76:50:45:65:77 chr2 227896976 . C T 825.2 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=199;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=-0.0107802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.5739;QD=16.422;RBI=0.0129564;REFB=-0.0073109;REVB=0.00718705;RO=110;SAF=38;SAR=51;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369147;STB=0.519527;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00542738;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:110:112:89:89:0.442786:51:38:43:67:51:38:44:68 chr2 227915832 . G A 148.1 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0223378;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.21;QD=9.25644;RBI=0.0226037;REFB=-0.00318653;REVB=0.00345668;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532074;STB=0.503151;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0100492;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:44:44:20:20:0.3125:9:11:24:20:9:11:24:20 chr2 227954599 . G A 460.2 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0157332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.493;QD=18.5941;RBI=0.0163389;REFB=-0.00848225;REVB=0.00440753;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936028;STB=0.552223;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0078385;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:27:19:27:26:27:19:27:26 chr2 228102752 . C A 200.29 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0180057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1556;QD=10.5414;RBI=0.0258291;REFB=-0.00768583;REVB=0.0185186;RO=49;SAF=13;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129361;STB=0.578888;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0100859;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:49:50:25:26:0.342105:12:13:31:18:13:13:31:19 chr2 228111435 . T C 1563.35 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214631;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.641;QD=63.8104;RBI=0.0334661;REFB=0;REVB=-0.0256772;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131676;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:53:44:0:0:53:45:0:0 chr2 228111600 . G T 884.94 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7654;QD=58.029;RBI=0.0457482;REFB=0;REVB=-0.0424082;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600968;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr2 228113175 . A G 1138.64 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0856355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6139;QD=59.1499;RBI=0.0868861;REFB=-0.128739;REVB=-0.0146887;RO=1;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150195;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00151995;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:31:45:0:1:31:45:0:1 chr2 228128540 . C T 3292.46 PASS AF=0.969298;AO=217;DP=226;FAO=221;FDP=228;FR=.;FRO=7;FSAF=123;FSAR=98;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0266047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3976;QD=57.7625;RBI=0.0487664;REFB=-0.0769353;REVB=-0.0408699;RO=7;SAF=123;SAR=94;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169832;STB=0.500462;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00683398;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:226:228:7:7:217:221:0.969298:94:123:2:5:98:123:4:3 chr2 228128568 . G A 990.59 PASS AF=0.439331;AO=105;DP=239;FAO=105;FDP=239;FR=.;FRO=134;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.000668101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0104;QD=16.5789;RBI=0.0302081;REFB=-0.0128414;REVB=0.0302007;RO=127;SAF=57;SAR=48;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773425;STB=0.544925;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0115495;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:127:134:105:105:0.439331:48:57:59:68:48:57:62:72 chr2 228131169 . A G 572.95 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00289162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.235;QD=19.4222;RBI=0.03167;REFB=-0.0282322;REVB=-0.0315377;RO=58;SAF=32;SAR=27;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690707;STB=0.542359;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0264848;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:59:59:59:0.5:27:32:27:31:27:32:27:32 chr2 228131752 . G A 240.56 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0591611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9562;QD=12.1802;RBI=0.061918;REFB=-0.00348549;REVB=0.0182702;RO=48;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011843;STB=0.507484;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00801672;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:50:29:29:0.367089:13:16:27:21:13:16:27:23 chr2 228135631 . C T 222.84 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00471237;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.41;QD=14.6122;RBI=0.0188892;REFB=-0.00831988;REVB=-0.018292;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147235;STB=0.573715;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0134373;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:35:26:26:0.42623:13:13:22:12:13:13:22:13 chr2 228177479 . C T 465.09 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0093508;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.386;QD=21.6321;RBI=0.00935596;REFB=-0.00212526;REVB=0.000310596;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131216;STB=0.566981;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0014317;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:42:41:45:45:0.523256:25:20:25:17:25:20:24:17 chr2 228177825 . C G 258.15 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0192539;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.306;QD=14.9653;RBI=0.0563531;REFB=-0.0203502;REVB=0.0529619;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111888;STB=0.51162;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0268091;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:39:29:30:0.434783:13:16:20:17:14:16:20:19 chr2 228179238 . G A 1044.42 PASS AF=0.407018;AO=116;DP=286;FAO=116;FDP=285;FR=.;FRO=169;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=-0.0154435;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6358;QD=14.6586;RBI=0.0487878;REFB=-0.0235845;REVB=-0.046279;RO=167;SAF=52;SAR=64;SRF=79;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263537;STB=0.518515;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0375444;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:167:169:116:116:0.407018:64:52:79:88:64:52:81:88 chr2 228194480 . AG TT 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.000120338;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.169;QD=20.2687;RBI=0.00508097;REFB=-0.0174661;REVB=0.00507955;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210139;STB=0.61787;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.0185358;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:15:6:11:10:15:6 chr2 228416712 . A G 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.937;QD=58.5763;RBI=0.11733;REFB=0;REVB=0.0276907;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912378;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr2 228476140 . C T 376.29 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0218053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2144;QD=18.5821;RBI=0.0484285;REFB=-0.0121936;REVB=0.0432418;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067842;STB=0.531293;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0133068;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:42:39:39:0.481481:20:19:23:18:20:19:23:19 chr2 228476253 . C G 1497.84 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300695;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5021;QD=63.7378;RBI=0.0426695;REFB=0;REVB=-0.030274;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042482;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr2 228758580 . G C 331.76 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00661037;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.814;QD=14.5828;RBI=0.0116571;REFB=-0.0149171;REVB=0.00960162;RO=53;SAF=26;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332817;STB=0.688755;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0199917;OID=.;OPOS=228758580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:54:36:37:0.406593:10:26:22:31:10:27:23:31 chr2 228776996 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.578;QD=52.6132;RBI=0.00756303;REFB=0;REVB=0.00594277;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99446e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 228882970 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00742134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=7.762;RBI=0.0433776;REFB=-0.0051276;REVB=0.0427381;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.689036;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0206258;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:8:5:4:2:8:5 chr2 228883721 . T C 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00348527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.39;QD=21.1293;RBI=0.0122368;REFB=-0.00144658;REVB=0.0117299;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143335;STB=0.580711;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00267276;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:10:11:8:14:10:11 chr2 230045542 . C G 1315.74 PASS AF=0.655172;AO=114;DP=174;FAO=114;FDP=174;FR=.;FRO=60;FSAF=75;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0373607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9281;QD=30.2468;RBI=0.0401804;REFB=-0.0305871;REVB=-0.0147865;RO=60;SAF=75;SAR=39;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140588;STB=0.575802;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0149679;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:60:60:114:114:0.655172:39:75:27:33:39:75:27:33 chr2 230045545 . T C 1413.6 PASS AF=0.677966;AO=118;DP=176;FAO=120;FDP=177;FR=.;FRO=57;FSAF=83;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00434661;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.2;QD=31.9457;RBI=0.00612035;REFB=-0.039671;REVB=0.00430878;RO=57;SAF=81;SAR=37;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162725;STB=0.589;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130417;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:57:57:118:120:0.677966:37:81:25:32:37:83:25:32 chr2 230045554 . G C 1511.71 PASS AF=0.702247;AO=125;DP=178;FAO=125;FDP=178;FR=.;FRO=53;FSAF=89;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0146771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.846;QD=33.9709;RBI=0.014962;REFB=-0.0107835;REVB=-0.0029057;RO=53;SAF=89;SAR=36;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151182;STB=0.581211;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00381209;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:53:53:125:125:0.702247:36:89:25:28:36:89:25:28 chr2 230045564 . T C 1488.4 PASS AF=0.710983;AO=123;DP=173;FAO=123;FDP=173;FR=.;FRO=50;FSAF=91;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0148255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.689;QD=34.4138;RBI=0.0274704;REFB=-0.00971139;REVB=0.0231263;RO=49;SAF=91;SAR=32;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181574;STB=0.595414;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0077196;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:49:50:123:123:0.710983:32:91:22:27:32:91:23:27 chr2 230045568 . T C 1421.8 PASS AF=0.715152;AO=118;DP=167;FAO=118;FDP=165;FR=.;FRO=47;FSAF=92;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00289484;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.752;QD=34.468;RBI=0.0214559;REFB=-0.0200542;REVB=-0.0212597;RO=48;SAF=92;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230236;STB=0.626068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00622447;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:48:47:118:118:0.715152:26:92:21:27:26:92:20:27 chr2 230045615 . G A 1564.72 PASS AF=0.857143;AO=114;DP=133;FAO=114;FDP=133;FR=.;FRO=19;FSAF=95;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00833326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.769;QD=47.0592;RBI=0.017403;REFB=-0.00682967;REVB=0.0152782;RO=19;SAF=95;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154497;STB=0.582314;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000970762;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:133:133:19:19:114:114:0.857143:19:95:9:10:19:95:9:10 chr2 230092723 . G A 359.86 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0269057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6621;QD=14.9943;RBI=0.0417279;REFB=-0.0133397;REVB=0.0318951;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118292;STB=0.566742;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0197443;OID=.;OPOS=230092723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:18:21:37:20:18:21:37:20 chr2 230135711 . G C,GC 2086.56 PASS AF=0,1;AO=17,106;DP=156;FAO=0,138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0958133,-0.168074;FXX=0.0142847;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.80541,26.2978;QD=60.4799;RBI=0.150139,0.267979;REFB=0,0;REVB=0.115592,0.208719;RO=25;SAF=6,45;SAR=11,61;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.21537,-0.0493265;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00038592;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:12:156:138:25:0:17,106:0,138:0,1:11,61:6,45:14:11:0,78:0,60:0:0 chr2 230223097 . AT AA,A,TA,TT 37.58 PASS AF=0.0208333,0.270833,0,0;AO=2,12,2,2;DP=51;FAO=1,13,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=1,5,0,0;FSAR=0,8,0,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0968094,0.250404,0.0948098,0.00916806;FXX=0.058812;HRUN=6,6,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=21.7172,8.9145,26.8711,224.012;QD=3.13129;RBI=0.103697,0.265057,0.118288,0.00920732;REFB=-0.0370725,-0.0976972,-0.0178423,0.0011818;REVB=-0.0371619,-0.0869092,-0.0707337,0.000849362;RO=24;SAF=2,3,0,1;SAR=0,9,2,1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0.475962,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.453997,-0.378726,-0.525765,-0.0787327;STB=0.989356,0.605101,0.5,0.5;STBP=0.457,0.382,1,1;TYPE=snp,del,mnp,snp;VARB=0.0545488,0.163576,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=230223098,230223098,230223097,230223097;OREF=T,T,AT,A;OALT=A,-,TA,T;OMAPALT=AA,A,TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:51:48:24:34:2,12,2,2:1,13,0,0:0.0208333,0.270833,0,0:0,9,2,1:2,3,0,1:14:10:0,8,0,0:1,5,0,0:18:16 chr2 230650536 . C T 336.74 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.023037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.382;QD=17.2689;RBI=0.028217;REFB=-0.0136379;REVB=0.0162941;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126303;STB=0.570776;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0125478;OID=.;OPOS=230650536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:19:23:15:21:19:23 chr2 231035359 . C T 251.97 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0479781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1212;QD=14.8218;RBI=0.0553736;REFB=-0.0202137;REVB=-0.0276466;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546043;STB=0.522127;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0232349;OID=.;OPOS=231035359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:15:23:16:13:16:23 chr2 231050715 . A G 1487.16 PASS AF=0.981132;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0552022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9297;QD=56.1191;RBI=0.0564768;REFB=-0.0185592;REVB=0.0119308;RO=3;SAF=67;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389395;STB=0.513155;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00152867;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:105:106:3:2:102:104:0.981132:35:67:0:3:37:67:0:2 chr2 231072709 . C T 714.51 PASS AF=0.915254;AO=55;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0050072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3965;QD=48.4414;RBI=0.0257822;REFB=-0.0409683;REVB=-0.0252913;RO=4;SAF=24;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723243;STB=0.549001;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0230255;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:4:5:55:54:0.915254:31:24:4:0:31:23:5:0 chr2 231077725 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.615;QD=53.9087;RBI=0.086441;REFB=0;REVB=0.085826;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217742;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 231149108 . G A 866.76 PASS AF=1;AO=43;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197502;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6833;QD=57.7843;RBI=0.200731;REFB=0;REVB=0.199757;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049657;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:43:60:1:17:26:0:0:32:28:0:0 chr2 231331896 . G A 340.73 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0108739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.312;QD=15.6656;RBI=0.0348528;REFB=-0.0154446;REVB=-0.0331131;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569038;STB=0.532128;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0227929;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:15:22:27:23:15:22:27:23 chr2 231406680 . T C 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0194781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.918;QD=13.6197;RBI=0.0194911;REFB=-0.0145363;REVB=0.000711098;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122349;STB=0.56997;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0173952;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:16:10:19:19:16:10:19:19 chr2 231407663 . C T 205.85 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0533063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2821;QD=23.5262;RBI=0.0601019;REFB=0.0147374;REVB=-0.0277611;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948697;STB=0.553137;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0196556;OID=.;OPOS=231407663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:7:8:13:7:7:8 chr2 231738168 . G A 250.4 PASS AF=0.48;AO=20;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0194536;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.141;QD=20.0322;RBI=0.0201087;REFB=-0.0207831;REVB=0.0050909;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157965;STB=0.630026;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0139111;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:26:20:24:0.48:13:7:10:9:16:8:15:11 chr2 231738263 . C T 226.45 PASS AF=0.433333;AO=27;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.032657;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2967;QD=15.0964;RBI=0.0413376;REFB=-0.00763605;REVB=0.025344;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131258;STB=0.566877;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0101199;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:27:26:0.433333:17:10:17:17:16:10:17:17 chr2 231738269 . G A 200.52 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.019283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.881;QD=15.1333;RBI=0.0381415;REFB=-0.0114676;REVB=0.032908;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138404;STB=0.589664;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0203724;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:15:8:14:15:15:8:15:15 chr2 231861044 . C T 82.99 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00144155;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.445;QD=8.97204;RBI=0.00395055;REFB=-0.0261526;REVB=-0.00367814;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254659;STB=0.663188;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0637852;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:25:26:11:11:0.297297:6:5:17:8:6:5:18:8 chr2 231861071 . T C 40.66 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0328234;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.338;QD=4.27968;RBI=0.0661851;REFB=-0.0222301;REVB=-0.0574725;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615238;STB=0.545324;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.113408;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:36:38:29:31:6:7:0.184211:3:3:13:16:4:3:15:16 chr2 231865090 . T C 676.41 PASS AF=0.389744;AO=76;DP=194;FAO=76;FDP=195;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.035749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7752;QD=13.8752;RBI=0.0540176;REFB=-0.00302315;REVB=-0.0404959;RO=117;SAF=46;SAR=30;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831015;STB=0.547455;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00483562;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:117:119:76:76:0.389744:30:46:62:55:30:46:63:56 chr2 232035429 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0172891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0598;QD=15.1717;RBI=0.0218496;REFB=-0.00525982;REVB=-0.0133602;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541701;STB=0.8059;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0081118;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:3:21:5:12:3:21 chr2 232087474 . AT GA 649.55 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861852;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.433;QD=49.0227;RBI=0.163508;REFB=0;REVB=0.13895;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000806146;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:27:24:0:0:28:25:0:0 chr2 232091479 . C T 170.61 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00795645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4705;QD=11.0074;RBI=0.0122493;REFB=0.00126431;REVB=0.00931343;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138516;STB=0.558228;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00158447;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:14:7:18:22:14:8:18:22 chr2 232196564 . C T 181.97 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0067919;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.554;QD=21.4079;RBI=0.0738986;REFB=-0.00796166;REVB=0.0735858;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383022;STB=0.533297;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0025994;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:16:16:18:0.529412:6:10:10:5:8:10:10:6 chr2 232196597 . G A 155.07 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0126907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.841;QD=22.9736;RBI=0.0214039;REFB=-0.00453233;REVB=-0.0172358;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944299;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00219337;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:10:11:15:16:0.592593:7:8:4:6:7:9:4:7 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1824.44 PASS AF=0,0,1;AO=6,22,87;DP=157;FAO=0,0,139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,61;FSAR=0,0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112012,-0.120354,0.24247;FXX=0.00714235;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=6.1552,6.34517,19.375;QD=52.5018;RBI=0.112027,0.122083,0.2425;REFB=0,0,0;REVB=-0.00179601,-0.0204761,0.00378996;RO=4;SAF=5,14,20;SAR=1,8,67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0921951,-0.0350876,-0.0589378;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0,0.00198202;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:10:157:139:4:0:6,22,87:0,0,139:0,0,1:1,8,67:5,14,20:3:1:0,0,78:0,0,61:0:0 chr2 232263127 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0045521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.028;QD=10.851;RBI=0.00688654;REFB=-0.00801871;REVB=-0.00516748;RO=43;SAF=4;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265359;STB=0.657404;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0225892;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:19:4:15:28:19:4:15:28 chr2 232317402 . CA C 141.8 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00500385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7264;QD=20.2566;RBI=0.0112245;REFB=-0.0914921;REVB=0.0100474;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359018;STB=0.54368;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0468434;OID=.;OPOS=232317403;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.678571:18:28:19:28:9:11:8:4:5:47:10:10:8:5:5 chr2 232325414 . TTCA T 96.92 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00161664;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.016;QD=13.3679;RBI=0.0178817;REFB=-0.0533171;REVB=-0.0178085;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.58811;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=0.0424573;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:14:31:14:29:15:6:8:9:6:96:13:6:8:8:5 chr2 232326417 . C T 523.73 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0234382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2594;QD=21.8222;RBI=0.0314294;REFB=-0.0713148;REVB=-0.0209393;RO=46;SAF=31;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964297;STB=0.505317;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0742857;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:19:31:29:17:19:31:29:17 chr2 232378231 . T C 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3139;QD=61.2101;RBI=0.0278755;REFB=0;REVB=0.0264837;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215205;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr2 232457880 . T C 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00627993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.794;QD=26.3137;RBI=0.00659785;REFB=-0.04195;REVB=0.00202337;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180555;STB=0.599911;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.023338;OID=.;OPOS=232457880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:4:10:10:12:4:10 chr2 232458443 . T C 670.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.858;QD=62.3428;RBI=0.00148998;REFB=0;REVB=0.000964845;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55936e-06;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr2 232458458 . G GGTA 54.25 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.002189;FXX=0.0749813;HRUN=2;LEN=3;MLLD=176.997;QD=5.8648;RBI=0.0220219;REFB=-0.00874746;REVB=0.0219129;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196656;STB=0.685833;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.0418613;OID=.;OPOS=232458459;OREF=-;OALT=GTA;OMAPALT=GGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216:7:41:8:37:29:3:5:18:11:54:32:3:4:19:13 chr2 232458460 . CA AT 52.58 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0115784;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=2;MLLD=141.423;QD=5.6846;RBI=0.0267529;REFB=-0.0126703;REVB=-0.0241176;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288092;STB=0.685833;STBP=0.269;TYPE=mnp;VARB=0.0202116;OID=.;OPOS=232458460;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:18:11:5:3:18:11 chr2 232458464 . G C 51.7 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00640355;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.646;QD=5.44207;RBI=0.0383711;REFB=-0.00231392;REVB=-0.037833;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288092;STB=0.67266;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0257232;OID=.;OPOS=232458464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:29:30:8:8:0.210526:5:3:18:11:5:3:18:12 chr2 232458466 . G T 70.08 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00252634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.012;QD=7.18761;RBI=0.0378227;REFB=-0.00630746;REVB=-0.0377382;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.659693;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0375565;OID=.;OPOS=232458466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:18:11:6:4:18:11 chr2 232458468 . AGA TAC 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.020648;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.155;QD=7.48154;RBI=0.0246176;REFB=-0.000834882;REVB=-0.0134048;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222806;STB=0.649195;STBP=0.292;TYPE=mnp;VARB=0.00162402;OID=.;OPOS=232458468;OREF=AGA;OALT=TAC;OMAPALT=TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:6:4:16:11:6:4:17:11 chr2 232672932 . C T 644.39 PASS AF=0.977778;AO=17;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109773;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.162;QD=57.2788;RBI=0.0231911;REFB=-0.0101949;REVB=0.0204285;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00742816;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:17:44:0.977778:13:4:0:0:20:24:1:0 chr2 233201328 . A G 173.91 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.016345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.282;QD=19.3232;RBI=0.0168391;REFB=-0.0248125;REVB=0.00404931;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247082;STB=0.638746;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0169317;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:14:4:9:9:14:4 chr2 233243981 . A T 373.15 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00817223;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.159;QD=17.56;RBI=0.0118812;REFB=-0.00387389;REVB=0.00862419;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276548;STB=0.52293;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00420291;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:46:39:39:0.458824:16:23:29:18:16:23:29:17 chr2 233244586 . C G 284.47 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0124116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3047;QD=17.7796;RBI=0.0395619;REFB=-0.017155;REVB=-0.0375645;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288079;STB=0.516119;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0214028;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:17:16:16:15:17:16 chr2 233245141 . T C 67.64 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0237887;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.95;QD=11.7633;RBI=0.0341882;REFB=-0.0197688;REVB=-0.0245546;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0470009;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:6:8:3:6:6:8 chr2 233349588 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.452;QD=58.9624;RBI=0.0102765;REFB=0;REVB=-0.000774278;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31324e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr2 233385396 . G A 544.82 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00896854;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9803;QD=18.4686;RBI=0.0516663;REFB=-0.0450928;REVB=0.0508819;RO=53;SAF=29;SAR=28;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147861;STB=0.551051;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0358674;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:53:61:57:57:0.483051:28:29:18:35:28:29:25:36 chr2 233390937 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0224479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.601;QD=14.0965;RBI=0.023072;REFB=-0.0168891;REVB=0.00532985;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.578801;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0264893;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:7:7:4:7:7:7 chr2 233413771 . C T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0399962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8918;QD=22.5797;RBI=0.0533738;REFB=-0.0195579;REVB=-0.0353422;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191823;STB=0.608516;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00639693;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:5:2:7:5:5:2 chr2 233414341 . C T 112.34 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0140179;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4494;QD=15.4948;RBI=0.0159407;REFB=0.011093;REVB=0.00758988;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340275;STB=0.657235;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0180259;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:16:13:13:0.448276:1:12:13:4:1:12:13:3 chr2 233470843 . G A 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0156435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.886;QD=21.5025;RBI=0.0331536;REFB=-0.0302736;REVB=0.0292309;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273255;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:10:9:10:11:10:9 chr2 233498669 . G T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.278;QD=63.8872;RBI=0.0221079;REFB=0;REVB=0.00549639;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89481e-05;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr2 233514636 . G T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.00138948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.511;QD=12.8974;RBI=0.0128329;REFB=-0.0132425;REVB=-0.0127574;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197767;STB=0.613916;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0229093;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:24:6:6:11:24:6 chr2 233514638 . G C 151.56 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0123566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.556;QD=12.8989;RBI=0.0136384;REFB=-0.00866754;REVB=-0.0057725;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197767;STB=0.613916;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0128599;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:24:6:6:11:24:6 chr2 233537125 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.751;QD=58.2396;RBI=0.0301826;REFB=0;REVB=0.0204295;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54734e-05;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr2 233599904 . A C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0106535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.857;QD=14.0786;RBI=0.0211702;REFB=-0.00208218;REVB=0.0182943;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00330975;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr2 233633460 . G A 157.78 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0411026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8107;QD=12.1366;RBI=0.0521481;REFB=-0.000400722;REVB=-0.0320936;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133126;STB=0.507764;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0013203;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:5:14:24:9:5:14:24:9 chr2 233660846 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000691013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.59;QD=24.2461;RBI=0.0306224;REFB=-0.0139542;REVB=0.0306146;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145316;STB=0.580583;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00988744;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:14:6:12:13:14:6 chr2 233708806 . A G 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0255138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.905;QD=23.0904;RBI=0.0277675;REFB=-0.082747;REVB=-0.0109582;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.564025;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.043841;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:6:6:6:11:6:6 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 138.25 PASS AF=0.48,0.12;AO=9,6;DP=25;FAO=12,3;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10,1;FSAR=2,2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.014215,0.0017817;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=213.442,75.1133;QD=22.1201;RBI=0.0509009,0.00191432;REFB=-0.0508962,-0.0542247;REVB=-0.0488757,-0.000700122;RO=9;SAF=7,4;SAR=2,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.400241,0.318047;STB=0.740286,0.555176;STBP=0.034,0.916;TYPE=del,snp;VARB=0.0439539,0.0205922;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0.12:9,6:25:12,3:25:10:10,1:2,2:4:6:81:9:7,4:2,2:3:6 chr2 233723182 . G A 559.43 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479202;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4627;QD=60.4785;RBI=0.0513559;REFB=0;REVB=0.0184684;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87176e-05;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr2 233740227 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00170534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.209;QD=13.5055;RBI=0.00215376;REFB=-0.0180154;REVB=-0.00131549;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.612045;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0291224;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:15:17:12:12:0.413793:3:9:9:6:3:9:10:7 chr2 233757697 . A G 1047.93 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.578;QD=58.2185;RBI=0.020516;REFB=-0.00320506;REVB=-0.010095;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=4.43947e-05;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:1:0:36:35:1:0 chr2 233785015 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.084;QD=56.1914;RBI=0.0481433;REFB=0;REVB=-0.0452586;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129998;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr2 233834975 . A G 1938.56 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369241;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.953;QD=62.034;RBI=0.0373048;REFB=0;REVB=0.00531622;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44317e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr2 234055004 . T C 628.97 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4424;QD=61.3633;RBI=0.0525971;REFB=0;REVB=0.0507298;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271805;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr2 234066969 . C G 843.9 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384658;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0867;QD=57.2138;RBI=0.0482932;REFB=0;REVB=-0.0291996;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558324;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:22:37:0:0 chr2 234113057 . G A 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.957;QD=58.0541;RBI=0.0142692;REFB=0;REVB=0.00600403;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83726e-05;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr2 234113301 . C T 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.054;QD=48.6247;RBI=0.033595;REFB=-0.0844343;REVB=0.0182343;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00980956;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chr2 234227523 . A G 634.86 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0403766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.296;QD=27.6026;RBI=0.0403777;REFB=-0.00692015;REVB=-0.000302141;RO=32;SAF=17;SAR=39;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187948;STB=0.627946;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00435013;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:32:36:56:56:0.608696:39:17:18:14:39:17:22:14 chr2 234449316 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.61;QD=64.4141;RBI=0.0140325;REFB=0;REVB=0.0132968;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00497e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr2 234469664 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0824;QD=58.2371;RBI=0.0359438;REFB=0;REVB=0.0357877;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017157;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr2 234526871 . C G 480.02 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0360918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7517;QD=17.1436;RBI=0.0364504;REFB=-0.00583192;REVB=0.00509972;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150473;STB=0.580292;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00583629;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:35:17:28:31:35:17:28:32 chr2 234527118 . A G 401.78 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0126335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.863;QD=27.2395;RBI=0.0130949;REFB=-0.0199086;REVB=-0.00344527;RO=21;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147751;STB=0.58066;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0100698;OID=.;OPOS=234527118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:23:15:13:8:23:15:13:8 chr2 234545773 . C T 310.63 PASS AF=0.375;AO=33;DP=93;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00697662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.887;QD=12.943;RBI=0.0215252;REFB=-0.0046215;REVB=-0.0203632;RO=58;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186486;STB=0.521571;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0105266;OID=.;OPOS=234545773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:58:60:33:36:0.375:21:12:22:36:21:15:23:37 chr2 234545861 . C T 268.38 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0453214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3535;QD=18.8337;RBI=0.0528987;REFB=-0.0106706;REVB=-0.0272807;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162796;STB=0.509085;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0195858;OID=.;OPOS=234545861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:15:13:14:15:15:13 chr2 234590970 . T G 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.259;QD=58.7809;RBI=0.0215931;REFB=0;REVB=0.020998;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12837e-05;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:23:41:0:0:24:41:0:0 chr2 234590974 . CG AA,CA 881.94 PASS AF=0.920635,0.0793651;AO=58,5;DP=63;FAO=58,5;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385894,-0.0109223;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=148.452,102.161;QD=55.9961;RBI=0.0156631,0.0220613;REFB=0,0;REVB=-0.0151803,0.0191678;RO=0;SAF=36,3;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0010378,-0.038696;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:63:63:0:0:58,5:58,5:0.920635,0.0793651:22,2:36,3:0:0:22,2:36,3:0:0 chr2 234591248 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 36.2 PASS AF=0.175258,0.0412371;AO=25,8;DP=101;FAO=17,4;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=14,4;FSAR=3,0;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=-0.236986,-0.0962887;FXX=0.010203;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.38134,126.764;QD=1.49276;RBI=0.24064,0.0963675;REFB=-0.186357,-0.00828862;REVB=0.041774,-0.00389628;RO=53;SAF=18,8;SAR=7,0;SRF=7;SRR=46;SSEN=0.526316,0;SSEP=0,0;SSSB=0.610074,0.819812;STB=0.875603,0.998316;STBP=0.005,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=0.163554,0.172685;OID=.,.;OPOS=234591249,234591254;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175258,0.0412371:25,8:101:17,4:97:76:14,4:3,0:23:53:22:53:18,8:7,0:7:46 chr2 234591339 . G A 886.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276777;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.064;QD=58.1193;RBI=0.0348842;REFB=0;REVB=0.0212332;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290429;OID=.;OPOS=234591339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr2 234621780 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1406;QD=62.6674;RBI=0.0092303;REFB=0;REVB=0.000944342;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8776e-05;OID=.;OPOS=234621780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr2 234621787 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.827;QD=62.3502;RBI=0.0277592;REFB=0;REVB=0.00801263;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22832e-05;OID=.;OPOS=234621787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr2 234621825 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.314;QD=63.8715;RBI=0.0179473;REFB=0;REVB=0.00952958;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95274e-06;OID=.;OPOS=234621825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr2 234622061 . C A 1731.52 PASS AF=0.991379;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.179;QD=59.7075;RBI=0.0364049;REFB=-0.0544493;REVB=0.0277425;RO=1;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811651;STB=0.504131;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000762731;OID=.;OPOS=234622061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:116:1:1:113:115:0.991379:58:55:0:1:60:55:0:1 chr2 234622110 . C G 2258.01 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.048;QD=61.8633;RBI=0.019868;REFB=-0.021404;REVB=-0.0123742;RO=2;SAF=75;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125104;STB=0.506493;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=2.38675e-05;OID=.;OPOS=234622110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:146:2:2:143:144:0.986301:68:75:2:0:68:76:2:0 chr2 234622282 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.991;QD=63.872;RBI=0.0201546;REFB=0;REVB=0.0192213;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05877e-05;OID=.;OPOS=234622282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr2 234622294 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00922008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.989;QD=57.3941;RBI=0.0291953;REFB=-0.133146;REVB=0.0277012;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000785913;OID=.;OPOS=234622294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr2 234622310 . C T 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000431434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.822;QD=53.9266;RBI=0.0147718;REFB=-0.0363141;REVB=0.0147655;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000240534;OID=.;OPOS=234622310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:1:0 chr2 234622379 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3459;QD=43.4848;RBI=0.0132048;REFB=0;REVB=-0.00936492;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49359e-06;OID=.;OPOS=234622379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr2 234622382 . G C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00515489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.274;QD=36.3515;RBI=0.0216746;REFB=-0.124295;REVB=0.0210526;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00588755;OID=.;OPOS=234622382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr2 234622412 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.643;QD=37.4885;RBI=0.0452932;REFB=0;REVB=-0.0450946;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292592;OID=.;OPOS=234622412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr2 234622420 . T C 74.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.112;QD=37.1822;RBI=0.0251765;REFB=0;REVB=0.0228494;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570574;OID=.;OPOS=234622420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr2 234622429 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.783;QD=26.0262;RBI=0.0185479;REFB=0.104398;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00364597;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr2 234627608 . T G 1054.62 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00335501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.298;QD=57.0065;RBI=0.00425592;REFB=-0.186705;REVB=-0.00261854;RO=2;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201187;STB=0.510635;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000176236;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:46:26:0:2:46:26:0:2 chr2 234627914 . T C 2156.84 PASS AF=0.965517;AO=140;DP=147;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00768861;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.822;QD=59.4989;RBI=0.00800354;REFB=-0.0273235;REVB=0.00222305;RO=3;SAF=78;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442747;STB=0.508501;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000325085;OID=.;OPOS=234627914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:147:145:3:5:140:140:0.965517:62:78:2:1:62:78:4:1 chr2 234627937 . T C,G 2397.93 PASS AF=0.95122,0.0304878;AO=155,6;DP=165;FAO=156,5;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=95,0;FSAR=61,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00871942,-0.0111609;FXX=0.0238081;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.2327,183.062;QD=58.486;RBI=0.0925911,0.0154584;REFB=-0.0975982,-0.0983659;REVB=0.0921796,-0.0106957;RO=1;SAF=94,1;SAR=61,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00773476,0.0789211;STB=0.511998,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000817582,0.156282;OID=.,.;OPOS=234627937,234627937;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:165:164:1:3:155,6:156,5:0.95122,0.0304878:61,5:94,1:0:1:61,5:95,0:0:3 chr2 234628270 . G A 2423.93 PASS AF=0.975904;AO=156;DP=161;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0583358;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.771;QD=58.4079;RBI=0.0583369;REFB=-0.0132209;REVB=0.000361134;RO=4;SAF=81;SAR=75;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01281;STB=0.506787;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000338319;OID=.;OPOS=234628270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:166:4:4:156:162:0.975904:75:81:1:3:76:86:1:3 chr2 234637803 . T C 745.99 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3894;QD=53.285;RBI=0.0514374;REFB=-0.145515;REVB=0.0493766;RO=1;SAF=41;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113527;STB=0.506022;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00501743;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:56:1:1:52:55:0.982143:11:41:1:0:14:41:1:0 chr2 234637853 . G A 1060.74 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.535;QD=58.1226;RBI=0.0593594;REFB=0.0362207;REVB=0.0506149;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-9.4753e-05;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:35:35:1:0:35:37:1:0 chr2 234638249 . A G 3075.21 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.732;QD=63.7348;RBI=0.0271498;REFB=0;REVB=-0.00311454;RO=0;SAF=119;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26426e-05;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:191:193:1:72:119:0:0:73:120:0:0 chr2 234652482 . C T 658.2 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.28;QD=59.8364;RBI=0.0269327;REFB=-0.141521;REVB=0.0145767;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00074774;OID=.;OPOS=234652482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:1:0:25:18:1:0 chr2 234688036 . C A 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000515845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.12;QD=58.7773;RBI=0.0346792;REFB=0;REVB=-0.0346754;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019746;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr2 234702459 . T C 2301.18 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.129;QD=60.9583;RBI=0.0250965;REFB=0;REVB=0.0249605;RO=0;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88085e-06;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:88:62:0:0:89:62:0:0 chr2 234703136 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3434;QD=62.9803;RBI=0.0385501;REFB=0;REVB=0.0385184;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530074;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr2 234704318 . A G 883.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8902;QD=57.9416;RBI=0.0574587;REFB=0;REVB=-0.055532;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747615;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr2 234704690 . T C 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.058;QD=44.0909;RBI=0.0240935;REFB=-0.0240741;REVB=0.0211925;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00135088;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr2 234708428 . G A 186.02 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=70;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00107557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3256;QD=10.4802;RBI=0.00520662;REFB=-0.00930399;REVB=0.00509431;RO=47;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943846;STB=0.535026;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0266744;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:47:23:24:0.338028:8:15:27:20:9:15:27:20 chr2 234710831 . G C 260.87 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0198752;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.203;QD=18.9726;RBI=0.0198792;REFB=-0.0369207;REVB=0.000400074;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052687;STB=0.529391;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0280082;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:10:17:16:12:10:17 chr2 234713706 . T C 564.41 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0267688;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.163;QD=21.0993;RBI=0.0282919;REFB=-0.0197158;REVB=0.00915763;RO=50;SAF=25;SAR=32;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509596;STB=0.527982;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0188895;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:32:25:19:31:32:25:19:31 chr2 234716426 . G A 384.04 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00468171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.258;QD=18.5082;RBI=0.00538972;REFB=-0.00736155;REVB=-0.00267033;RO=43;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346468;STB=0.502636;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00861596;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:43:39:40:0.481928:28:11:12:31:29:11:12:31 chr2 234725502 . T C 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3109;QD=59.4977;RBI=0.0249318;REFB=0;REVB=-0.0163242;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351225;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr2 234727333 . C G 290.88 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0100235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.681;QD=15.3093;RBI=0.0324439;REFB=-0.0239258;REVB=0.0308568;RO=42;SAF=23;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113098;STB=0.558919;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0254812;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:10:23:25:17:10:23:26:17 chr2 234728078 . T C 1157.35 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.077147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4579;QD=59.3511;RBI=0.0774846;REFB=-0.0832346;REVB=0.00722501;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00233467;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:1:0:38:39:1:0 chr2 234730807 . G A 831.97 PASS AF=0.462366;AO=85;DP=185;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00461381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5805;QD=17.8918;RBI=0.00499696;REFB=-0.0108647;REVB=0.00191895;RO=100;SAF=35;SAR=50;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135401;STB=0.57734;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.016497;OID=.;OPOS=234730807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:100:100:85:86:0.462366:50:35:55:45:51:35:55:45 chr2 234732317 . A G 738.62 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.734;QD=54.7125;RBI=0.0441803;REFB=-0.124653;REVB=0.00730493;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000751436;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:0:1 chr2 234737275 . G C 640.28 PASS AF=0.430303;AO=70;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.0191992;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.757;QD=15.5219;RBI=0.0228971;REFB=-0.024494;REVB=-0.0124767;RO=92;SAF=39;SAR=31;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832993;STB=0.50026;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243297;OID=.;OPOS=234737275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:92:94:70:71:0.430303:31:39:52:40:31:40:53:41 chr2 234737372 . C A 1561.13 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166152;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.946;QD=60.0434;RBI=0.0405779;REFB=0;REVB=0.0370203;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33467e-05;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr2 234740136 . G A 1047.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306334;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.908;QD=59.835;RBI=0.00466072;REFB=0;REVB=0.00351258;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97825e-05;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr2 234740157 . G A 219.49 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0130753;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.807;QD=15.4027;RBI=0.0131531;REFB=-0.0104519;REVB=-0.00142893;RO=28;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257345;STB=0.634856;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0215814;OID=.;OPOS=234740157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:32:25:25:0.438596:7:18:13:15:7:18:16:16 chr2 234741808 . C T 179.08 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00537843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.289;QD=8.95415;RBI=0.00791618;REFB=-0.0109854;REVB=0.00580848;RO=54;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204161;STB=0.619244;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0254644;OID=.;OPOS=234741808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:56:24:24:0.3:10:14:22:32:10:14:23:33 chr2 234749354 . G A 156.02 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0556474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6703;QD=15.602;RBI=0.0602639;REFB=-0.000203358;REVB=0.0231323;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419362;STB=0.733084;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00322892;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:17:17:0.425:6:11:4:17:6:11:5:18 chr2 234749780 . G C 192.9 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0212346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.728;QD=13.7786;RBI=0.0276098;REFB=-0.00585677;REVB=-0.0176464;RO=31;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077502;STB=0.510195;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00971725;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:8:15:20:11:8:15:21:12 chr2 234750542 . G C 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0111028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.534;QD=13.5123;RBI=0.01999;REFB=-0.0120071;REVB=0.0166231;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457921;STB=0.526137;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0220925;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:14:18:26:24:14:18:26:24 chr2 234750831 . T C 491.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.302;QD=57.8237;RBI=0.00841746;REFB=0;REVB=-0.00689663;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01355e-06;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr2 234761225 . C T 248.25 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0159465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.967;QD=11.6825;RBI=0.0194257;REFB=-0.0133245;REVB=-0.0110934;RO=53;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407899;STB=0.712081;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0354718;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:30:31:0.364706:10:20:15:38:11:20:16:38 chr2 234762480 . A T 414.71 PASS AF=0.439252;AO=45;DP=108;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0108515;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.148;QD=15.5031;RBI=0.0123678;REFB=-0.00283833;REVB=0.00593365;RO=59;SAF=28;SAR=17;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800741;STB=0.540061;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00351724;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:59:60:45:47:0.439252:17:28:41:18:18:29:41:19 chr2 234775675 . G T 796.6 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.000914843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.364;QD=17.901;RBI=0.00697203;REFB=-0.0069708;REVB=0.00691175;RO=95;SAF=43;SAR=40;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012357;STB=0.50684;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00683778;OID=.;OPOS=234775675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:95:83:83:0.466292:40:43:48:47:40:43:48:47 chr2 234854540 . G C 259.65 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0134663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4183;QD=14.4251;RBI=0.0155467;REFB=0.0111466;REVB=0.00776895;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565174;STB=0.522373;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0174395;OID=.;OPOS=234854540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:14:15:24:18:14:16:24:18 chr2 234854547 . A T 436.51 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0339277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.588;QD=24.592;RBI=0.0399721;REFB=0.0120016;REVB=0.0211348;RO=21;SAF=23;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141196;STB=0.528912;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000207447;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:28:41:42:0.591549:18:23:7:14:18:24:14:14 chr2 234854552 . A G 236.39 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0187902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9949;QD=13.5081;RBI=0.019354;REFB=-0.0298586;REVB=0.00463747;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750984;STB=0.542827;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0554315;OID=.;OPOS=234854552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:24:18:14:14:24:18 chr2 234863788 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.767;QD=63.284;RBI=0.0488526;REFB=0;REVB=0.0268229;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350798;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr2 234967539 . T A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.435;QD=60.883;RBI=0.0305478;REFB=0;REVB=-0.00504594;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03743e-05;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr2 235402279 . T C 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0183149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.383;QD=28.5583;RBI=0.0378383;REFB=-0.0328885;REVB=0.0331104;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214723;STB=0.618927;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0220493;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:7:3:13:7:7:3 chr2 235950187 . T C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.581;QD=60.0766;RBI=0.0191198;REFB=0;REVB=0.0144083;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89337e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr2 235951752 . A G 413.71 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0451897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.738;QD=16.3844;RBI=0.0506286;REFB=-0.00629243;REVB=-0.0228286;RO=56;SAF=17;SAR=28;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192992;STB=0.608108;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00605298;OID=.;OPOS=235951752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:28:17:32:24:28:17:32:24 chr2 235951819 . A G 1406.52 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321661;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.816;QD=58.6051;RBI=0.0333682;REFB=-0.112867;REVB=0.00887575;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531167;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:96:0:0:85:96:1:55:30:0:0:58:38:0:0 chr2 235964277 . T C 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0122221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7146;QD=20.8689;RBI=0.0515164;REFB=0.0110727;REVB=0.0500455;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236234;STB=0.632065;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00171597;OID=.;OPOS=235964277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:5:15:10:11:5:15 chr2 236433161 . G A 207.92 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0250647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.8107;QD=16.9728;RBI=0.0250978;REFB=-0.0172107;REVB=0.0012885;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545082;STB=0.52069;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00928434;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:28:21:21:0.428571:12:9:11:15:12:9:13:15 chr2 236761396 . C T 701.42 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0331094;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.36;QD=51.9573;RBI=0.0332655;REFB=-0.135206;REVB=-0.00321914;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.51666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00202592;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:1:2:51:52:0.962963:29:22:1:0:29:23:0:2 chr2 236957822 . G A 1184.31 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.986;QD=60.734;RBI=0.0119959;REFB=0;REVB=-0.0048082;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103408;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:30:47:0:0:30:48:0:0 chr2 237149941 . C T 246.86 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0188473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.008;QD=17.9534;RBI=0.0199254;REFB=-0.0208118;REVB=-0.00646529;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240616;STB=0.513503;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0200059;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:18:10:9:18:18:10 chr2 237150166 . A C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.613;QD=62.6702;RBI=0.0137314;REFB=0;REVB=0.0133797;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36798e-05;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr2 237247013 . G A 214.32 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0190127;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.403;QD=12.607;RBI=0.0190726;REFB=-0.00291637;REVB=0.00151015;RO=37;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324913;STB=0.679494;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00625309;OID=.;OPOS=237247013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:42:26:26:0.382353:8:18:14:23:8:18:17:25 chr2 237923851 . AG A,AA 942.14 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=8,57;DP=65;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264396,0.0308644;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.362,293.508;QD=57.9777;RBI=0.0274462,0.0318058;REFB=0,0;REVB=0.00736488,0.0076812;RO=0;SAF=6,22;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0141812,0.00093807;OID=.,.;OPOS=237923852,237923852;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:8,57:65:1,64:65:0:0,28:1,36:0:0:4:0:6,22:2,35:0:0 chr2 238166147 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=347.088;QD=42.1826;RBI=0.0230722;REFB=0;REVB=0.00381771;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115468;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 238461773 . G A 132.35 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0177117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9441;QD=9.98827;RBI=0.0361177;REFB=-0.0180874;REVB=-0.0314767;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038202;STB=0.5227;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0371506;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:16:20:10:7:16:20 chr2 238462324 . A G 155.52 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0325641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.713;QD=10.9136;RBI=0.0331615;REFB=-0.0153835;REVB=0.00626648;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197506;STB=0.511534;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0476087;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:11:9:16:21:11:9:16:21 chr2 238483164 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0265598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.184;QD=25.3616;RBI=0.0378719;REFB=-0.0218209;REVB=-0.0269974;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995014;STB=0.555484;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.018202;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:2:6:9:6:2:6 chr2 238483729 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00912752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.192;QD=16.0647;RBI=0.011591;REFB=-0.0122082;REVB=-0.00714417;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39861;STB=0.727036;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0174504;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:6:18:6:12:6:18 chr2 238499863 . A AAATTCTTCAGGAGACTCT,T 143.99 PASS AF=0.190476,0.142857;AO=11,10;DP=67;FAO=12,9;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11,9;FSAR=1,0;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0111083,-0.0124771;FXX=0.0454477;HRUN=2,2;LEN=18,1;MLLD=672.596,509.607;QD=9.14235;RBI=0.0117092,0.015961;REFB=-0.00820443,-0.00961591;REVB=-0.00370297,-0.00995361;RO=44;SAF=11,10;SAR=0,0;SRF=35;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.665856,0.648359;STB=0.737297,0.998216;STBP=0.141,0.049;TYPE=ins,snp;VARB=0.0180183,0.0299845;OID=.,.;OPOS=238499864,238499863;OREF=-,A;OALT=AATTCTTCAGGAGACTCT,T;OMAPALT=AAATTCTTCAGGAGACTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:67:63:44:42:11,10:12,9:0.190476,0.142857:0,0:11,10:35:9:1,0:11,9:32:10 chr2 238499866 . C T 175.26 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.00834035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.289;QD=10.0148;RBI=0.0265672;REFB=-0.0165495;REVB=-0.0252241;RO=46;SAF=22;SAR=1;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540955;STB=0.833407;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0168167;OID=.;OPOS=238499866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:47:23:23:0.328571:1:22:34:12:1:22:35:12 chr2 238499874 . C T 325.9 PASS AF=0.409091;AO=34;DP=85;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00589059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.572;QD=14.8136;RBI=0.0297433;REFB=-0.00985257;REVB=0.0291542;RO=50;SAF=25;SAR=9;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635792;STB=0.512005;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00574965;OID=.;OPOS=238499874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:50:52:34:36:0.409091:9:25:37:13:11:25:37:15 chr2 238643907 . G A 275.69 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0106367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.221;QD=25.6456;RBI=0.0592828;REFB=-0.00125029;REVB=0.0583207;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360994;STB=0.531573;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00196459;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:13:12:9:8:13:12:10:8 chr2 238668802 . A G 334.87 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00716284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.112;QD=14.4029;RBI=0.0114929;REFB=-0.00549777;REVB=0.00898776;RO=54;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241957;STB=0.646508;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00662318;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:54:56:37:37:0.397849:14:23:21:33:14:23:21:35 chr2 238671328 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00215199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.697;QD=21.9446;RBI=0.0234468;REFB=-0.0220864;REVB=0.0233478;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160942;STB=0.590794;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0178395;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:7:5:10:6:7:5 chr2 238672703 . C G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.021433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.75;QD=12.8607;RBI=0.0444315;REFB=-0.00225957;REVB=-0.0389203;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00293502;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:3:4:4:3:3:5 chr2 238733016 . G A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0255149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9884;QD=14.3343;RBI=0.0255662;REFB=0.00335592;REVB=0.00161858;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630339;STB=0.536697;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00605521;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:9:17:12:5:9:17 chr2 238991733 . C A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0284751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.552;QD=23.8368;RBI=0.0311778;REFB=-0.0264284;REVB=0.0126974;RO=22;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958677;STB=0.552851;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00896836;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:20:12:11:11:20:12:11:11 chr2 238991796 . C T 247.89 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0137693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.2;QD=13.5832;RBI=0.0158952;REFB=-0.00726905;REVB=-0.00794117;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188388;STB=0.601075;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00812814;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:11:18:19:24:11:18:20:24 chr2 239006879 . C T 345.1 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0387459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.06;QD=20.006;RBI=0.0463693;REFB=-0.0218425;REVB=0.0254728;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132679;STB=0.569499;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0132468;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:33:35:36:0.521739:20:15:9:23:20:16:10:23 chr2 239010719 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.482;QD=63.8859;RBI=0.0495648;REFB=0;REVB=0.0471674;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09722e-05;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr2 239016539 . C G 1589.79 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5705;QD=59.9922;RBI=0.011023;REFB=0;REVB=0.0107221;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64984e-05;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:38:68:0:0:38:68:0:0 chr2 239038912 . T C 587.18 PASS AF=0.536364;AO=58;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0577893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0806;QD=21.3521;RBI=0.0627747;REFB=0.0136661;REVB=-0.0245167;RO=50;SAF=11;SAR=47;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309704;STB=0.670594;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0121277;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:58:59:0.536364:47:11:24:26:48:11:24:27 chr2 239039057 . A G 391.11 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0119519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8922;QD=16.8219;RBI=0.0322431;REFB=-0.00102117;REVB=-0.0299461;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161621;STB=0.509067;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00138832;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:18:23:30:22:18:23:30:22 chr2 239039075 . G T 446.78 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0230641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.711;QD=16.7021;RBI=0.0232538;REFB=-0.0218772;REVB=0.00296444;RO=57;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853114;STB=0.552919;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0198729;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:19:30:30:27:19:30:30:28 chr2 239039637 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3116;QD=47.8217;RBI=0.0773282;REFB=0;REVB=-0.0253501;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383855;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 239039841 . A G 95.09 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00809856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0813;QD=9.75323;RBI=0.0308353;REFB=-0.0245011;REVB=-0.0297528;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478567;STB=0.607422;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.121583;OID=.;OPOS=239039841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:39:21:25:12:14:0.358974:2:10:18:3:2:12:19:6 chr2 239039896 . G C 1693.69 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00500304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8584;QD=56.4564;RBI=0.0691471;REFB=-0.156263;REVB=-0.0689658;RO=4;SAF=65;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283268;STB=0.514923;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00502068;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:120:120:4:4:116:116:0.966667:51:65:4:0:51:65:4:0 chr2 239040187 . T C 445.77 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.066;QD=57.5186;RBI=0.0553669;REFB=0;REVB=0.0324953;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89902e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr2 239050033 . C T 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.625;QD=42.1707;RBI=0.0836249;REFB=0;REVB=0.0231815;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487136;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr2 239051550 . T C 2223.54 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0445593;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2592;QD=58.5143;RBI=0.051585;REFB=-0.199464;REVB=0.0259901;RO=1;SAF=53;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492919;STB=0.507691;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000404003;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:153:152:1:3:149:149:0.980263:96:53:0:1:96:53:0:3 chr2 239059484 . T C 968.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.218;QD=58.7215;RBI=0.018895;REFB=0;REVB=0.00692903;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244563;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr2 239075935 . A G 296.11 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0502118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4711;QD=28.8884;RBI=0.0586679;REFB=-0.0354402;REVB=-0.030343;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847213;STB=0.546524;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0186442;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:4:11:16:10:4:11 chr2 239147490 . C T 435.93 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00753109;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.506;QD=15.2957;RBI=0.00763864;REFB=0.00229214;REVB=-0.00127729;RO=62;SAF=28;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151232;STB=0.588493;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00280054;OID=.;OPOS=239147490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:65:49:49:0.429825:21:28:26:36:21:28:27:38 chr2 239155053 . C T 580.05 PASS AF=0.451852;AO=60;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00433947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6393;QD=17.1865;RBI=0.0578078;REFB=0.00672739;REVB=0.0576447;RO=74;SAF=30;SAR=30;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013385;STB=0.502914;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0115629;OID=.;OPOS=239155053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:74:74:60:61:0.451852:30:30:36:38:31:30:36:38 chr2 239229372 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4963;QD=43.4854;RBI=0.0628898;REFB=0;REVB=0.0322804;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019335;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr2 239237953 . G T 654.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3272;QD=60.8927;RBI=0.207131;REFB=0;REVB=0.115811;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457183;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:28:15:0:0 chr2 239321367 . A T 1395.87 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.481;QD=62.0389;RBI=0.00594732;REFB=0;REVB=0.00198694;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01453e-05;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:29:58:0:0:32:58:0:0 chr2 239973560 . CTT C,CT 131.22 PASS AF=0.0384615,0.692308;AO=3,15;DP=24;FAO=1,18;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=0,2;FSAR=1,16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0969937,0.161116;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.4151,13.8405;QD=20.1874;RBI=0.124891,0.223237;REFB=-0.0326054,-0.055616;REVB=-0.0786764,-0.154519;RO=5;SAF=0,1;SAR=3,14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.658479,-0.370366;STB=0.987707,0.666444;STBP=0.488,0.062;TYPE=del,del;VARB=0.102229,-0.00899312;OID=.,.;OPOS=239973561,239973561;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.692308:3,15:24:1,18:26:7:0,2:1,16:3:4:24:5:0,1:3,14:2:3 chr2 240003870 . G A 634.48 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00334492;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.047;QD=19.5223;RBI=0.0261986;REFB=-0.00749527;REVB=0.0259842;RO=63;SAF=27;SAR=37;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639668;STB=0.524687;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0077138;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:63:66:64:64:0.492308:37:27:31:32:37:27:31:35 chr2 240083528 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.995;QD=19.1323;RBI=0.0587366;REFB=0.0252197;REVB=-0.0587366;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0180064;OID=.;OPOS=240083528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr2 240084053 . T A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.537;QD=20.4558;RBI=0.00184554;REFB=0.00709554;REVB=-0.00184554;RO=15;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00552523;OID=.;OPOS=240084053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:17:0:0:15:17:0:0:15 chr2 240112718 . C T 214.74 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0181817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.577;QD=14.5588;RBI=0.0196821;REFB=-0.00552822;REVB=0.00753721;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27443;STB=0.655509;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0136219;OID=.;OPOS=240112718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:11:23:10:15:11:23 chr2 240323661 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.006;QD=35.5759;RBI=0.00959083;REFB=0;REVB=0.00846118;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152661;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 240323905 . T TG 185.04 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=74;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00228644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8781;QD=10.2797;RBI=0.0730932;REFB=-0.0236936;REVB=-0.0730574;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161096;STB=0.52446;STBP=0.741;TYPE=ins;VARB=0.0221084;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:30:74:32:72:40:17:15:23:17:99:44:17:13:25:19 chr2 240684619 . G A 433.82 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00930887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.154;QD=17.0126;RBI=0.00981856;REFB=-0.0191638;REVB=0.00312233;RO=55;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513593;STB=0.522129;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0172949;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:46:47:0.460784:21:25:27:28:22:25:27:28 chr2 240900607 . TG T 76.21 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0106751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7341;QD=4.54988;RBI=0.0384117;REFB=-0.0297424;REVB=-0.0368986;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204178;STB=0.621206;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=-0.0101825;OID=.;OPOS=240900608;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:24:67:25:67:42:10:15:25:17:76:34:10:14:21:13 chr2 240923050 . C T 701.14 PASS AF=0.544;AO=67;DP=126;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0262162;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.117;QD=22.4366;RBI=0.0262186;REFB=-0.0133976;REVB=-0.000356537;RO=57;SAF=36;SAR=31;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680727;STB=0.540134;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0108657;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:57:57:67:68:0.544:31:36:26:31:31:37:26:31 chr2 240946766 . T C 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0185399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.562;QD=19.4011;RBI=0.018591;REFB=0.000847219;REVB=-0.00137767;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946483;STB=0.552604;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000625943;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:17:21:17:21:17:21:17:21 chr2 240961728 . T C 373.32 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=81;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0174533;FXX=0.0370325;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.306;QD=19.1446;RBI=0.0444186;REFB=-0.00840126;REVB=0.040846;RO=33;SAF=25;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223617;STB=0.530598;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0107262;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:33:36:33:42:0.538462:8:25:18:15:16:26:20:16 chr2 240981262 . A C 224.9 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00116165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.361;QD=19.9909;RBI=0.0116534;REFB=-0.0159956;REVB=0.0115953;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19093;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0186486;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:23:21:22:0.488889:8:13:9:13:9:13:10:13 chr2 240981375 . T A 696.81 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0340746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.83;QD=52.5894;RBI=0.0598554;REFB=0.00717046;REVB=0.0492097;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336073;STB=0.51785;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000548325;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:2:0:24:27:2:0 chr2 240982228 . C T 65.05 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0538191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7344;QD=26.018;RBI=0.0569029;REFB=-0.0678879;REVB=0.0184782;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0632314;OID=.;OPOS=240982228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:10:10:1:2:6:6:0.6:4:2:1:0:4:2:2:0 chr2 240984789 . C T 296.29 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.06009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.39;QD=22.3613;RBI=0.0600902;REFB=-0.0159612;REVB=0.000154245;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193491;STB=0.617197;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00992521;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:29:30:0.566038:19:10:3:19:19:11:3:20 chr2 240984833 . C G 146.12 PASS AF=0.421053;AO=11;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0227121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.339;QD=15.3805;RBI=0.034606;REFB=-0.0358626;REVB=0.02611;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85412e-08;STB=0.57343;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0561642;OID=.;OPOS=240984833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:11:16:0.421053:8:3:6:16:13:3:6:16 chr2 240985347 . G A 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.589;QD=61.3257;RBI=0.0288841;REFB=0;REVB=-0.0143391;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01241e-05;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 241066280 . C T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2341;QD=43.0147;RBI=0.0606003;REFB=0.014825;REVB=0.035417;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00580436;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr2 241066325 . A C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0273326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.703;QD=14.6539;RBI=0.0275026;REFB=-0.00659334;REVB=-0.00305288;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00623273;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:5:2:3:5:6:2 chr2 241463453 . C A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0145628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.457;QD=11.2959;RBI=0.014887;REFB=-0.00639306;REVB=-0.00308989;RO=34;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22316;STB=0.63143;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0101593;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:6:12:16:18:6:12:16:18 chr2 241492255 . G T 768.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948511;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3419;QD=64.0611;RBI=0.0200893;REFB=0;REVB=-0.0177091;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363419;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr2 241492350 . A G 533.56 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0183322;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.39;QD=21.1311;RBI=0.0413173;REFB=-0.0438134;REVB=-0.0370277;RO=46;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808727;STB=0.539815;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.036626;OID=.;OPOS=241492350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:47:54:54:0.534653:23:31:22:24:23:31:23:24 chr2 241511974 . C T 228.11 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0637174;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.577;QD=11.4054;RBI=0.0655875;REFB=-0.0160028;REVB=-0.0155502;RO=53;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112773;STB=0.558228;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0362216;OID=.;OPOS=241511974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:52:28:28:0.35:18:10:24:29:18:10:23:29 chr2 241537421 . G A 724.21 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.719;QD=59.1192;RBI=0.0387233;REFB=-0.0687919;REVB=0.0316151;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046957;STB=0.524989;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00101561;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:19:28:0:2:19:28:0:2 chr2 241538074 . A G 847.61 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.485;QD=57.4649;RBI=0.00887383;REFB=0;REVB=0.00033345;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47286e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr2 241558397 . G A 785.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.193;QD=57.1187;RBI=0.0228203;REFB=0;REVB=0.0180523;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153459;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr2 241570249 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.515;QD=53.2771;RBI=0.0424181;REFB=0;REVB=-0.0288143;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69642e-06;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr2 241570391 . A G 675.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536976;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.271;QD=62.8022;RBI=0.0665696;REFB=0;REVB=0.0393455;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208612;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr2 241621799 . GC G 315.84 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3923;QD=52.6407;RBI=0.0475321;REFB=0;REVB=0.0474271;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000967756;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:11:13:0:0:4:0:10:13:0:0 chr2 241622195 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.826;QD=49.5988;RBI=0.0434462;REFB=0;REVB=0.0289159;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681453;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 241622209 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2727;QD=43.4861;RBI=0.0815766;REFB=0;REVB=0.0274721;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290652;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr2 241627928 . A G 698.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.504;QD=62.0608;RBI=0.0163353;REFB=0;REVB=0.0012544;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25493e-05;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:16:29:0:0 chr2 241631459 . T C 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0144644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.292;QD=2.58853;RBI=0.0163595;REFB=-0.00566634;REVB=-0.00764292;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.596741;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0322031;OID=.;OPOS=241631459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:48:50:7:7:0.122807:3:4:21:27:3:4:23:27 chr2 241631476 . C G 497.28 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3024;QD=58.504;RBI=0.0374309;REFB=0;REVB=-0.0218275;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000983121;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:15:18:1:0:15:19:0:0 chr2 241664801 . C T 547.65 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068966;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.417;QD=57.6469;RBI=0.0753352;REFB=0.0962352;REVB=0.0303166;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000858424;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:1:0:10:27:1:0 chr2 241667783 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.266;QD=51.1821;RBI=0.0650512;REFB=0;REVB=0.0114489;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475116;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 936.64 PASS AF=0.104478,0.656716,0.238806;AO=13,18,19;DP=75;FAO=7,44,16;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6,1;FSAR=0,38,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923603,0.0854251,0.029946;FXX=0.129853;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=82.4143,87.3387,66.8879;QD=55.919;RBI=0.101235,0.103297,0.0714223;REFB=0,0,0;REVB=0.04145,0.0580757,0.0648412;RO=0;SAF=9,0,1;SAR=4,18,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00302896,0.0406695,-0.0122387;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:75:67:0:0:13,18,19:7,44,16:0.104478,0.656716,0.238806:4,18,18:9,0,1:0:0:0,38,15:7,6,1:0:0 chr2 241713646 . A G 500.52 PASS AF=0.657143;AO=26;DP=71;FAO=46;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.228415;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6692;QD=28.6013;RBI=0.229657;REFB=-0.0918817;REVB=-0.023855;RO=23;SAF=5;SAR=21;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487826;STB=0.572213;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0635563;OID=.;OPOS=241713646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:23:24:26:46:0.657143:21:5:17:6:21:25:18:6 chr2 241722445 . G A 311.85 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00817927;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.273;QD=18.8999;RBI=0.0175193;REFB=-0.00964433;REVB=-0.0154927;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116619;STB=0.565177;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00426615;OID=.;OPOS=241722445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:11:22:18:15:11:22:18:15 chr2 241816545 . C T 397.9 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0571573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.204;QD=28.9383;RBI=0.0576633;REFB=-0.0283;REVB=0.00762234;RO=18;SAF=16;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612745;STB=0.533316;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0124293;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:21:16:6:12:21:16:6:12 chr2 241826517 . C T 506.52 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0134115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.278;QD=25.6465;RBI=0.0181841;REFB=-0.0115197;REVB=0.0122799;RO=32;SAF=19;SAR=27;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525681;STB=0.508003;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0072909;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:32:32:46:47:0.594937:27:19:13:19:27:20:13:19 chr2 241828012 . T C 286.82 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=8.09332e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.829;QD=24.4101;RBI=0.00448482;REFB=-0.0369126;REVB=0.00448408;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078328;STB=0.553151;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0439094;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:26:26:0.553191:13:13:12:8:13:13:13:8 chr2 241828034 . A G 454.37 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.895;QD=56.796;RBI=0.0162198;REFB=0;REVB=0.00922763;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143089;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:15:17:0:0 chr2 241830969 . G A 446.39 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00962368;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.232;QD=17.5055;RBI=0.0884459;REFB=-0.0116248;REVB=0.0879208;RO=53;SAF=33;SAR=15;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068976;STB=0.545435;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0229137;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:54:48:48:0.470588:15:33:33:20:15:33:33:21 chr2 241831005 . C T 825.29 PASS AF=0.450262;AO=88;DP=191;FAO=86;FDP=191;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.0497178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8802;QD=17.2835;RBI=0.0609397;REFB=0.00767421;REVB=0.0352389;RO=102;SAF=56;SAR=32;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693565;STB=0.527229;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00913416;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:102:105:88:86:0.450262:32:56:58:44:32:54:61:44 chr2 241831296 . C G 116.24 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0967305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0969;QD=12.2361;RBI=0.102922;REFB=-0.0318212;REVB=0.0351579;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319567;STB=0.681132;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0689872;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:11:3:11:12:11:3:11:13 chr2 241834944 . T C 515.99 PASS AF=0.571429;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0222889;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.122;QD=24.5708;RBI=0.0231812;REFB=-0.00453637;REVB=0.0063697;RO=37;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893276;STB=0.547599;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00266142;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:36:47:48:0.571429:23:24:23:14:24:24:22:14 chr2 241835379 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0579202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.419;QD=25.2548;RBI=0.0682376;REFB=-0.0239638;REVB=0.036078;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806144;STB=0.504499;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.014777;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:4:6:10:7:4:6 chr2 241865156 . T C 960.48 PASS AF=0.416031;AO=105;DP=259;FAO=109;FDP=262;FR=.;FRO=153;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=-0.0215213;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.66;QD=14.6638;RBI=0.0240557;REFB=-0.00623955;REVB=-0.0107476;RO=153;SAF=54;SAR=51;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324397;STB=0.512217;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00984774;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:262:153:153:105:109:0.416031:51:54:74:79:54:55:74:79 chr2 241872722 . G A 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0206961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.433;QD=13.0312;RBI=0.0441249;REFB=-0.0244943;REVB=-0.0389703;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120607;STB=0.568934;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0402808;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:17:25:13:14:17:25 chr2 241922430 . T C 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.019456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.582;QD=21.2711;RBI=0.0235713;REFB=-0.0195387;REVB=-0.0133067;RO=43;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127977;STB=0.570701;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0170005;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:20:26:18:25:20:26:18:25 chr2 241925343 . T C 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.015864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.046;QD=18.902;RBI=0.0194309;REFB=-0.00951886;REVB=0.0112202;RO=33;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256211;STB=0.636525;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00921879;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:23:11:20:13:23:11:20:14 chr2 241929228 . A G 1377.31 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.855;QD=62.6051;RBI=0.0203849;REFB=0;REVB=0.0196643;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60281e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr2 241973223 . C T 292.99 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00698857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.265;QD=22.9795;RBI=0.0229397;REFB=-0.0197689;REVB=0.0218492;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222625;STB=0.627584;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00896019;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:19:9:13:9:20:9:13:9 chr2 241979550 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.716;QD=64.4146;RBI=0.0742462;REFB=0;REVB=0.0699909;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161779;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr2 241991875 . G A 747.82 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.053356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.549;QD=52.4789;RBI=0.0540546;REFB=-0.119539;REVB=0.00866274;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.513884;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00555754;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:54:55:0.964912:20:34:1:0:20:35:2:0 chr2 242002306 . G A 105.79 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00955389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3927;QD=16.276;RBI=0.0546146;REFB=-0.0281742;REVB=0.0537724;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122798;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0435378;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:10:13:11:13:0.5:8:3:4:6:9:4:5:8 chr2 242003487 . C T 3156.9 PASS AF=0.990476;AO=204;DP=210;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0551715;FXX=0.0366956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9901;QD=60.1314;RBI=0.0620939;REFB=-0.0161541;REVB=0.0284915;RO=2;SAF=90;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828265;STB=0.504237;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00185354;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:210:210:2:2:204:208:0.990476:114:90:0:2:117:91:0:2 chr2 242004866 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.396;QD=63.5826;RBI=0.019025;REFB=0;REVB=0.000608799;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09762e-05;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 242011330 . C A 1082.97 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000151328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1194;QD=58.539;RBI=0.000952635;REFB=-0.0398341;REVB=0.000940539;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178434;STB=0.509431;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000820587;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:47:26:1:0:47:26:1:0 chr2 242011531 . G A 164.75 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0110427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7884;QD=14.3264;RBI=0.0886323;REFB=-0.0153818;REVB=0.0879417;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552467;STB=0.532127;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0278516;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:5:13:19:9:5:13:19:9 chr2 242021742 . G T 700.14 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0701124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4598;QD=18.9226;RBI=0.0703087;REFB=-0.0250374;REVB=-0.00524982;RO=78;SAF=33;SAR=37;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958496;STB=0.552986;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0193508;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:70:70:0.472973:37:33:29:49:37:33:29:49 chr2 242029426 . G A 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00427129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.061;QD=13.7819;RBI=0.0150704;REFB=-0.00638456;REVB=-0.0144525;RO=54;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487393;STB=0.534227;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00812626;OID=.;OPOS=242029426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:21:14:24:30:21:14:25:30 chr2 242036797 . A G 360.23 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0370234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5199;QD=32.0208;RBI=0.0379714;REFB=-0.0153996;REVB=-0.0084316;RO=15;SAF=18;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123353;STB=0.567522;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00911328;OID=.;OPOS=242036797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:12:18:6:9:12:18:6:9 chr2 242046785 . A C 244.38 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0132592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.557;QD=17.4553;RBI=0.0228638;REFB=-0.0150842;REVB=0.0186265;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284925;STB=0.658805;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0143582;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:22:7:15:12:22:7 chr2 242051777 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0304118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.882;QD=24.5876;RBI=0.0340342;REFB=-0.0187926;REVB=0.0152791;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406445;STB=0.516004;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0121322;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:15:16:12:9:15:17:12:9 chr2 242054403 . G A 288.49 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0168589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.046;QD=13.7376;RBI=0.0175062;REFB=-0.00961038;REVB=0.00471615;RO=50;SAF=16;SAR=17;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20639;STB=0.609692;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0242226;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:51:33:33:0.392857:17:16:34:16:17:16:34:17 chr2 242062162 . C T 53.11 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00787116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1224;QD=7.32501;RBI=0.0901556;REFB=0.0128713;REVB=0.0898113;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252565;STB=0.640677;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0266701;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:3:5:8:12:3:5:9:12 chr2 242082262 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.558;QD=60.2304;RBI=0.0366711;REFB=0;REVB=0.0357977;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176388;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr2 242122391 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.129;QD=64.4152;RBI=0.0175232;REFB=0;REVB=-0.017416;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33638e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr2 242129515 . G A 2157.57 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=141;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190436;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.817;QD=61.645;RBI=0.0274248;REFB=-0.179029;REVB=0.0197347;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704294;STB=0.507352;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000475393;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:140:1:2:137:138:0.985714:70:67:1:0:71:67:2:0 chr2 242157087 . C T 117.96 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00531621;FXX=0.0638162;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.745;QD=10.7232;RBI=0.13757;REFB=-0.0198452;REVB=-0.137468;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177621;STB=0.683291;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.037248;OID=.;OPOS=242157087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:23:30:14:14:0.318182:5:9:11:12:5:9:11:19 chr2 242157241 . G A 502.21 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0116292;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.365;QD=26.7847;RBI=0.042792;REFB=-0.053361;REVB=0.0411815;RO=29;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273294;STB=0.648465;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0387438;OID=.;OPOS=242157241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:29:29:46:46:0.613333:26:20:24:5:26:20:24:5 chr2 242168518 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00748341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3272;QD=17.0986;RBI=0.0100631;REFB=-0.0130075;REVB=0.00672783;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.685472;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00725616;OID=.;OPOS=242168518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:12:3:8:6:12:3 chr2 242168976 . T C 213.21 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.00251933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.264;QD=8.36122;RBI=0.0296542;REFB=-0.00610866;REVB=-0.029547;RO=70;SAF=13;SAR=16;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246908;STB=0.63736;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0160048;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:70:73:29:29:0.284314:16:13:46:24:16:13:47:26 chr2 242203916 . A C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.927;QD=59.9954;RBI=0.0100625;REFB=0;REVB=0.00199263;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55162e-06;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr2 242434602 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0181884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.739;QD=17.542;RBI=0.0200572;REFB=0.00791738;REVB=0.00845433;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00328375;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:8:8:9:6:8:8 chr2 242438368 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=7;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0258958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0905;QD=12.0155;RBI=0.0524295;REFB=0.0296573;REVB=0.0455879;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0061922;OID=.;OPOS=242438368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:7:6:0.461538:1:6:3:3:1:5:4:3 chr2 242572846 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.066;QD=63.286;RBI=0.0411511;REFB=0;REVB=0.0173086;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233443;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr2 242573211 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.688;QD=56.7061;RBI=0.0288841;REFB=0;REVB=0.0131294;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160068;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr2 242610773 . T A 1434.4 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.694;QD=63.0506;RBI=0.0858912;REFB=0;REVB=0.0709019;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344115;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:42:49:0:0 chr2 242611934 . T C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0072269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.741;QD=12.7852;RBI=0.0072895;REFB=-0.0149751;REVB=0.000953248;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536493;STB=0.530722;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.023102;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:15:12:17:26:15:12:17:26 chr2 242613133 . T G 320.87 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00490242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.097;QD=16.2467;RBI=0.00592059;REFB=-0.0238349;REVB=0.00331959;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361113;STB=0.526425;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0278712;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:34:35:0.443038:22:12:17:27:23:12:17:27 chr2 242664433 . GGAA AGAG,G 187.74 PASS AF=0.0491803,0.344262;AO=3,18;DP=59;FAO=3,21;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=3,13;FSAR=0,8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0121676,-0.0262367;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=103.007,218.212;QD=12.3108;RBI=0.0132618,0.0285694;REFB=-0.0190352,-0.00589804;REVB=-0.00527491,0.0113069;RO=33;SAF=3,11;SAR=0,7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.492108,0.00585061;STB=0.995697,0.501741;STBP=0.135,0.997;TYPE=mnp,del;VARB=0.0212543,0.00738831;OID=.,.;OPOS=242664433,242664434;OREF=GGAA,GAA;OALT=AGAG,-;OMAPALT=AGAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:61:33:37:3,18:3,21:0.0491803,0.344262:0,7:3,11:20:13:0,8:3,13:23:14 chr2 242742875 . C T 791.4 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=125;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.00479282;FXX=0.0149243;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0212;QD=23.9817;RBI=0.00543298;REFB=-0.0410875;REVB=-0.00255854;RO=51;SAF=38;SAR=36;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160328;STB=0.593057;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0252258;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:51:58:74:74:0.560606:36:38:37:14:36:38:42:16 chr2 242757411 . C T 1048.23 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628562;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.762;QD=59.8986;RBI=0.0700378;REFB=0;REVB=0.0308932;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314879;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr2 242758203 . T C 1206.14 PASS AF=1;AO=47;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.036;QD=61.8532;RBI=0.117806;REFB=0;REVB=0.117346;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166163;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:47:78:1:17:30:0:0:46:32:0:0 chr2 242758326 . G A,C 956.11 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=56,12;DP=68;FAO=66,4;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30,3;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215606,-0.0141009;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.349,83.5187;QD=54.6349;RBI=0.215808,0.017276;REFB=0,0;REVB=0.0093371,0.00998118;RO=0;SAF=21,11;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00161147,0.0698787;OID=.,.;OPOS=242758326,242758326;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:68:70:0:0:56,12:66,4:0.942857,0.0571429:35,1:21,11:0:0:36,1:30,3:0:0 chr2 242793273 . A G 259.4 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0137353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.775;QD=11.9266;RBI=0.0505456;REFB=-0.00505681;REVB=-0.0486436;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790964;STB=0.545426;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00955535;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:12:19:38:18:12:19:38:18 chr2 242813124 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2619;QD=64.412;RBI=0.0585022;REFB=0;REVB=0.0562478;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350744;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr2 242814009 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0254735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.899;QD=22.7239;RBI=0.0255319;REFB=-0.0208425;REVB=-0.00172662;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117295;STB=0.506572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0170777;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:5:11:14:6:5:11 chr2 242839355 . C T 388.49 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00486789;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7472;QD=18.282;RBI=0.0221794;REFB=-0.00821808;REVB=-0.0216386;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552757;STB=0.530849;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00951899;OID=.;OPOS=242839355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:45:40:40:0.470588:19:21:21:24:19:21:21:24 chr2 242839363 . G C 452.21 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0401081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5973;QD=19.4498;RBI=0.0497909;REFB=0.00399902;REVB=0.0295039;RO=48;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682818;STB=0.537931;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00446132;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:23:22:27:21:23:22:27:21 chr3 391100 . A G 1739.43 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0171076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.413;QD=58.4683;RBI=0.0257724;REFB=-0.112306;REVB=0.0192756;RO=3;SAF=61;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227801;STB=0.507935;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000220429;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:3:2:116:117:0.983193:55:61:3:0:55:62:2:0 chr3 439963 . A G 1178.38 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4118;QD=59.6649;RBI=0.0492142;REFB=-0.0986923;REVB=-0.0488866;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127979;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr3 440028 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.509;QD=59.5015;RBI=0.0156318;REFB=0;REVB=0.00804064;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71431e-06;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr3 450391 . T C 379.21 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152435;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.026;QD=56.1789;RBI=0.0322331;REFB=0;REVB=0.0284008;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218152;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr3 450534 . T C 1116.37 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7072;QD=60.3446;RBI=0.0254006;REFB=0;REVB=0.0227631;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302664;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr3 1107455 . T C 1097.14 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.496;QD=60.1173;RBI=0.0305924;REFB=0;REVB=0.029994;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99987e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr3 1107550 . A T 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=61.6662;RBI=0.120954;REFB=0;REVB=-0.0304124;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809739;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr3 1262474 . T C 610.7 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0316399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.992;QD=18.2298;RBI=0.0316399;REFB=0.00387523;REVB=-8.85504e-06;RO=70;SAF=32;SAR=31;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481969;STB=0.522844;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00444149;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:71:63:63:0.470149:31:32:32:38:31:32:33:38 chr3 1424718 . G A 488.11 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00858242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.688;QD=16.8313;RBI=0.0136502;REFB=0.0128517;REVB=-0.0106146;RO=63;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661826;STB=0.536873;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0099175;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:25:28:29:34:25:28:29:34 chr3 1424850 . T G 776.88 PASS AF=0.517241;AO=73;DP=144;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00252593;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.742;QD=21.4312;RBI=0.00611252;REFB=-0.0129837;REVB=0.0055662;RO=67;SAF=24;SAR=49;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138866;STB=0.572096;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0143029;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:67:70:73:75:0.517241:49:24:32:35:51:24:32:38 chr3 3067850 . A G 522.3 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00949974;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.942;QD=15.3617;RBI=0.0126296;REFB=0.00133271;REVB=0.00832229;RO=79;SAF=28;SAR=29;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156256;STB=0.508769;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00324841;OID=.;OPOS=3067850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:29:28:40:39:29:28:40:39 chr3 3067853 . G A 558.54 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0178295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=15.845;RBI=0.0262051;REFB=-0.00561743;REVB=0.0192045;RO=81;SAF=30;SAR=30;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189908;STB=0.510635;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0257597;OID=.;OPOS=3067853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:81:60:60:0.425532:30:30:42:39:30:30:42:39 chr3 3076443 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0119865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.311;QD=13.2126;RBI=0.02851;REFB=0.00383761;REVB=0.0258678;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00138574;OID=.;OPOS=3076443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:12:10:8:6:12:10 chr3 3081750 . A T 761.92 PASS AF=0.415459;AO=86;DP=207;FAO=86;FDP=207;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0109582;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4317;QD=14.7231;RBI=0.0172285;REFB=-0.0056031;REVB=0.0132944;RO=119;SAF=34;SAR=52;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123539;STB=0.569457;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00937657;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:121:86:86:0.415459:52:34:61:58:52:34:62:59 chr3 3081825 . T C 3298.68 PASS AF=1;AO=212;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742738;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.871;QD=61.6577;RBI=0.0498124;REFB=-0.0646605;REVB=0.0492556;RO=0;SAF=88;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342369;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:215:214:0:0:212:214:1:124:88:0:0:126:88:0:0 chr3 3098041 . G C 1491.86 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00809231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.592;QD=58.5043;RBI=0.0378044;REFB=-0.0337485;REVB=-0.0369281;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939421;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000210706;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:51:50:1:0:51:50:1:0 chr3 3099460 . T C 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0656426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.588;QD=19.8656;RBI=0.0661532;REFB=-0.029301;REVB=0.00820338;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351064;STB=0.527141;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0204407;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:20:16:16:17:20:16:17:17 chr3 3115478 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.724;QD=57.711;RBI=0.0401367;REFB=0;REVB=0.0192709;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150926;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 3115482 . T A 312.74 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00156342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.573;QD=21.9467;RBI=0.00673097;REFB=-0.00590303;REVB=0.00654688;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973538;STB=0.553812;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00373462;OID=.;OPOS=3115482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:14:11:18:14:14:11 chr3 3115514 . C A 238.21 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0100038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.291;QD=22.6866;RBI=0.0100081;REFB=-0.00966717;REVB=0.000293785;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545875;STB=0.538428;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0077332;OID=.;OPOS=3115514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:13:9:9:10:14:9:9:10 chr3 3139957 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0178508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.027;QD=11.7804;RBI=0.0190861;REFB=0.00182613;REVB=-0.00675484;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179827;STB=0.510625;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00516474;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:16:15:8:8:16:15 chr3 3170792 . C T 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.941;QD=60.3711;RBI=0.0173392;REFB=0;REVB=0.00306147;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19367e-05;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr3 3189279 . A G 1080.39 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014255;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.197;QD=57.6207;RBI=0.0157625;REFB=-0.111633;REVB=0.00672684;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000722372;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:75:1:1:71:74:0.986667:41:30:1:0:44:30:1:0 chr3 3197918 . A G 883.9 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.023638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.332;QD=53.5697;RBI=0.0265547;REFB=-0.0633317;REVB=-0.0120996;RO=3;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240295;STB=0.51274;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00658511;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:25:38:1:2:25:38:1:2 chr3 3886580 . A G 1298.0 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.812;QD=61.0825;RBI=0.0294445;REFB=0;REVB=0.0182447;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401349;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:44:39:0:0:46:39:0:0 chr3 3886721 . C A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0343215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.595;QD=32.3518;RBI=0.0343265;REFB=0.00559279;REVB=-0.000584463;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00223605;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:5:6:1:1:5:6:1:1 chr3 3886847 . G C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0381973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8946;QD=18.6426;RBI=0.0405803;REFB=-0.00858004;REVB=-0.0137014;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.576852;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0101798;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:15:8:10:11:16:8 chr3 3886919 . C T 419.22 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0122292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.693;QD=15.6717;RBI=0.0350602;REFB=-0.00950467;REVB=-0.0328583;RO=59;SAF=25;SAR=22;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786623;STB=0.538507;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:60:47:47:0.439252:22:25:36:23:22:25:36:24 chr3 3887876 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0206547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.534;QD=18.3449;RBI=0.023235;REFB=0.0136524;REVB=-0.0106417;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765705;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00742732;OID=.;OPOS=3887876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:10:8:9:8:10:8 chr3 3889222 . G T 255.63 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.75;QD=51.1266;RBI=0.043022;REFB=0;REVB=-0.0299566;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18675e-06;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr3 4403837 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00487885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.539;QD=10.3803;RBI=0.00494085;REFB=-0.0104391;REVB=-0.000780248;RO=36;SAF=15;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434152;STB=0.760546;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0243862;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:3:15:18:18:3:15:18:18 chr3 4712413 . G A 161.9 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00881307;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.492;QD=11.9926;RBI=0.00978654;REFB=-0.00816544;REVB=-0.00425513;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120233;OID=.;OPOS=4712413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:34:20:20:0.37037:10:10:15:17:10:10:17:17 chr3 4716811 . A C 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00705405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.384;QD=16.8911;RBI=0.00743139;REFB=0.000368668;REVB=0.00233793;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351019;STB=0.513506;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000281205;OID=.;OPOS=4716811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:19:18:23:21:19:18:23:22 chr3 4767262 . T C 1253.55 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296249;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.223;QD=60.4119;RBI=0.0309182;REFB=0.00340464;REVB=0.0088487;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137242;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000328116;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:48:34:1:0:48:34:1:0 chr3 4817057 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.924;QD=59.1415;RBI=0.039921;REFB=0;REVB=0.0243313;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148961;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr3 4842231 . C T 624.11 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00480169;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.892;QD=19.8131;RBI=0.024424;REFB=0.000376108;REVB=-0.0239474;RO=63;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287537;STB=0.515864;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000503909;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:31:32:30:33:31:32:30:33 chr3 4856180 . T C 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8554;QD=58.9566;RBI=0.0454547;REFB=0;REVB=0.0332427;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404791;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr3 4856234 . G A 493.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.205;QD=58.004;RBI=0.00930723;REFB=0;REVB=0.00321789;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44197e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:30:34:1:16:14:0:0:16:18:0:0 chr3 4920353 . A AC 162.97 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0190726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.8848;QD=9.31236;RBI=0.020162;REFB=-0.0254138;REVB=0.00653762;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163258;STB=0.60431;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=-0.00608754;OID=.;OPOS=4920354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442857:31:70:31:70:39:14:17:25:14:99:37:14:17:23:14 chr3 5021403 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0161577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.449;QD=8.69174;RBI=0.0182527;REFB=-0.0158633;REVB=0.00849056;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22957;STB=0.639677;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.044812;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:12:5:4:4:12:5 chr3 5024771 . T C 298.89 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0217195;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.981;QD=20.9747;RBI=0.0280886;REFB=-0.0151379;REVB=-0.0178111;RO=25;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678772;STB=0.527791;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0123326;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:15:16:15:10:15:16:15:11 chr3 5025645 . G C 342.16 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00414951;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.217;QD=12.9115;RBI=0.00422699;REFB=0.00129119;REVB=0.000805588;RO=65;SAF=16;SAR=25;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239678;STB=0.513612;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00257814;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:25:16:24:41:25:16:24:41 chr3 5025650 . G T 352.88 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00509291;FXX=0.0092584;HRUN=7;LEN=1;MLLD=191.113;QD=13.1919;RBI=0.0051264;REFB=0.00146373;REVB=0.000585;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398504;STB=0.522579;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00594268;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:65:65:42:42:0.392523:25:17:24:41:25:17:24:41 chr3 5025654 . G A 347.9 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0142989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4021;QD=12.6508;RBI=0.014881;REFB=-0.00166931;REVB=0.00412141;RO=67;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529071;STB=0.533651;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00584596;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:68:42:42:0.381818:25:17:24:43:25:17:24:44 chr3 5241309 . C A 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.552;QD=53.9069;RBI=0.011676;REFB=-0.031326;REVB=-0.00362707;RO=2;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428212;STB=0.522719;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00173967;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:21:37:0:2:21:37:0:2 chr3 5294713 . C T 347.54 PASS AF=0.493333;AO=34;DP=73;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0327173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6157;QD=18.5355;RBI=0.0539722;REFB=0.011267;REVB=0.0429253;RO=39;SAF=25;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187435;STB=0.622683;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00935644;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:39:38:34:37:0.493333:9:25:22:17:9:28:21:17 chr3 5294774 . C T 248.63 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00318396;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.964;QD=13.8126;RBI=0.0180211;REFB=0.000929997;REVB=-0.0177376;RO=38;SAF=24;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29768;STB=0.705721;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00146845;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:43:29:29:0.402778:5:24:23:15:5:24:24:19 chr3 6828364 . A G 393.5 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.752;QD=56.2137;RBI=0.0405181;REFB=0;REVB=-0.0186167;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41417e-05;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr3 7494417 . A T 379.23 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.014066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.138;QD=21.9846;RBI=0.0183309;REFB=0.000133536;REVB=0.0117545;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680765;STB=0.537614;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000136344;OID=.;OPOS=7494417;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:25:13:13:18:25:13:13:18 chr3 7620789 . T C 1233.74 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2305;QD=60.9253;RBI=0.0698389;REFB=0;REVB=0.0686806;RO=0;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551473;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:56:24:0:0:57:24:0:0 chr3 7782257 . T C 378.07 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00734403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7382;QD=18.9034;RBI=0.00772585;REFB=-0.00974306;REVB=0.00239875;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11332;STB=0.562883;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00764565;OID=.;OPOS=7782257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:28:13:17:22:28:13 chr3 8556671 . T G 537.56 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00290122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.21;QD=17.6248;RBI=0.00622192;REFB=-0.00155811;REVB=-0.00550411;RO=65;SAF=34;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719037;STB=0.539986;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00171915;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:23:34:34:31:23:34:34:31 chr3 8609277 . G A 288.54 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0022193;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.433;QD=16.7268;RBI=0.0193835;REFB=-0.0168677;REVB=0.019256;RO=37;SAF=7;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164404;STB=0.593057;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0318174;OID=.;OPOS=8609277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:25:7:13:24:25:7:13:24 chr3 8675539 . G A 789.62 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0222645;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.511;QD=23.928;RBI=0.0239521;REFB=-0.0305552;REVB=0.00883146;RO=58;SAF=38;SAR=36;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801475;STB=0.543733;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0262389;OID=.;OPOS=8675539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:58:74:74:0.560606:36:38:24:34:36:38:24:34 chr3 8676204 . A G 1098.18 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.187;QD=60.1743;RBI=0.0690519;REFB=0;REVB=0.067597;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181107;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:21:52:0:0:21:52:0:0 chr3 8705555 . T C 221.7 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.023081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.382;QD=18.475;RBI=0.0250263;REFB=-0.00907269;REVB=-0.00967392;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265418;STB=0.649869;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0226627;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:18:8:13:9:18:8 chr3 8809703 . G A 1622.27 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535539;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.676;QD=60.084;RBI=0.0282541;REFB=0;REVB=0.0277419;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24336e-05;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr3 8955389 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0243822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.563;QD=20.8119;RBI=0.0253837;REFB=-0.00577817;REVB=-0.00705964;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204137;STB=0.61377;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00505828;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:5:18:13:10:5:18 chr3 8973271 . G T 58.06 PASS AF=0.4375;AO=4;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0259157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.997;QD=14.5145;RBI=0.0376135;REFB=-0.00993109;REVB=0.0272608;RO=8;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.730747;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0264069;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:16:8:8:4:7:0.4375:4:0:5:3:5:2:5:3 chr3 8973283 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6129;QD=44.6898;RBI=0.0410308;REFB=0;REVB=-0.0404233;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236513;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 9005078 . C T 1102.03 PASS AF=0.514019;AO=109;DP=214;FAO=110;FDP=214;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=71;FSRF=39;FSRR=65;FWDB=0.00213957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.841;QD=20.5987;RBI=0.00551095;REFB=-0.0236217;REVB=-0.00507866;RO=104;SAF=38;SAR=71;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256266;STB=0.510789;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0213189;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:104:104:109:110:0.514019:71:38:39:65:71:39:39:65 chr3 9024017 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.652;QD=52.6131;RBI=0.0389338;REFB=0;REVB=0.038903;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525551;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr3 9024146 . C A,T 1114.93 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325821,-0.0134012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.703,122.076;QD=59.4627;RBI=0.0317838,0.0214208;REFB=0,0;REVB=0.0316163,-0.0167111;RO=0;SAF=36,3;SAR=36,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00175713,0.117627;OID=.,.;OPOS=9024146,9024146;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:36,0:36,3:0:0:36,0:36,3:0:0 chr3 9091151 . C G 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00464738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.262;QD=10.853;RBI=0.0290029;REFB=-0.0128256;REVB=-0.0286282;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.538425;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0198777;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:9:12:19:19:9:12:20:19 chr3 9122948 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.469;QD=61.695;RBI=0.0430541;REFB=0;REVB=0.0228009;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100864;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr3 9406836 . T C 1441.38 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00136464;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1285;QD=61.9948;RBI=0.0259259;REFB=-0.0169889;REVB=0.0258899;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000268662;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:1:0:54:38:1:0 chr3 9422210 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.621;QD=57.7082;RBI=0.0204855;REFB=0;REVB=0.0191846;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49913e-05;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr3 9425911 . G A 538.09 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.895;QD=59.788;RBI=0.0471965;REFB=0;REVB=0.0153204;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114109;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr3 9487415 . T C 255.08 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0217412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.46;QD=22.1804;RBI=0.0437852;REFB=-0.01035;REVB=0.0380061;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260862;STB=0.647591;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0114039;OID=.;OPOS=9487415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:19:5:10:12:19:5:10:12 chr3 9540366 . C G 821.36 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.028;QD=55.6856;RBI=0.048667;REFB=-0.153777;REVB=0.0396892;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00123736;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr3 9692087 . G A 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.004304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.502;QD=36.3121;RBI=0.00560094;REFB=-0.0253138;REVB=-0.00358414;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182451;STB=0.599891;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00256198;OID=.;OPOS=9692087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:0:4:8:10:0:4 chr3 9768336 . C G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0043238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.06;QD=20.5629;RBI=0.00897111;REFB=-0.0233444;REVB=0.00786038;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343727;STB=0.524869;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0197828;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:13:22:20:10:13:22:21:10 chr3 9769008 . A T 98.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00900572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7781;QD=15.7921;RBI=0.0712769;REFB=-0.00262881;REVB=-0.0707057;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222009;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000847178;OID=.;OPOS=9769008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:25:12:13:12:12:0.48:8:4:7:5:8:4:7:6 chr3 9867625 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00417518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.403;QD=24.246;RBI=0.0222464;REFB=-0.0206772;REVB=-0.021851;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641943;STB=0.535686;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0152468;OID=.;OPOS=9867625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:12:8:12:13:12:8 chr3 9871030 . T G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.00427624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.745;QD=28.283;RBI=0.00998192;REFB=-0.00647368;REVB=-0.00901956;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322994;STB=0.67633;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00353186;OID=.;OPOS=9871030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:0:12:11:11:0:12 chr3 9876919 . G A 193.0 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0704943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.444;QD=13.7855;RBI=0.0705164;REFB=-0.00206101;REVB=0.00176548;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144484;STB=0.582618;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00153498;OID=.;OPOS=9876919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:19:14:13:10:19:14 chr3 9876987 . G A 281.04 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0413856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6336;QD=28.1041;RBI=0.0620228;REFB=-0.0102695;REVB=0.0461958;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477178;STB=0.526295;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00922083;OID=.;OPOS=9876987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:15:10:5:10:15:10:5:10 chr3 9908749 . G C 977.65 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00818227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4362;QD=55.0786;RBI=0.0949923;REFB=-0.206813;REVB=0.0946393;RO=2;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337246;STB=0.517236;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00919515;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:68:69:0.971831:27:41:0:2:28:41:0:2 chr3 9934605 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.797;QD=53.277;RBI=0.0352437;REFB=0;REVB=0.0320752;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194916;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr3 9970031 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4735;QD=37.4885;RBI=0.0272027;REFB=0;REVB=-0.0271631;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214021;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 9975247 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.101;QD=33.4285;RBI=0.0344585;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290912;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr3 9976159 . A G 789.78 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.834;QD=56.4128;RBI=0.0111338;REFB=0;REVB=0.00123906;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177128;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:53:56:1:23:30:0:0:26:30:0:0 chr3 9985656 . C T 473.27 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00437184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.978;QD=16.3197;RBI=0.0119886;REFB=-0.00716954;REVB=-0.0111631;RO=63;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141719;STB=0.583027;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0225716;OID=.;OPOS=9985656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:64:52:52:0.448276:23:29:26:37:23:29:26:38 chr3 9990800 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00209746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.438;QD=12.7299;RBI=0.0377446;REFB=-0.0110836;REVB=0.0376863;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0161384;OID=.;OPOS=9990800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chr3 9991101 . C G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0103467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.41;QD=9.56963;RBI=0.0109676;REFB=-0.0143226;REVB=-0.00363782;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43557;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0275628;OID=.;OPOS=9991101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:10:5:6:2:10:5 chr3 9991163 . A G 44.52 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0428821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1735;QD=7.12263;RBI=0.046061;REFB=-0.00726631;REVB=-0.0168151;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316679;STB=0.703244;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0169072;OID=.;OPOS=9991163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:17:18:7:7:0.28:3:4:14:3:3:4:15:3 chr3 9991388 . G C 1747.73 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8902;QD=60.7907;RBI=0.0242713;REFB=0;REVB=-0.0234511;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011359;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:59:54:0:0:61:54:0:0 chr3 10044457 . C T 181.34 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.019988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8294;QD=32.9702;RBI=0.0289503;REFB=-0.0498508;REVB=-0.0209428;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.599891;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0145698;OID=.;OPOS=10044457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:22:4:5:17:17:0.772727:7:10:4:0:7:10:5:0 chr3 10049287 . T C 120.59 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00807441;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.778;QD=21.9259;RBI=0.0235293;REFB=-0.027731;REVB=0.0221005;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00874424;OID=.;OPOS=10049287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:5:4:5:8:5:4 chr3 10088266 . G T 93.48 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.00137103;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.315;QD=4.34771;RBI=0.0103998;REFB=-0.00396244;REVB=0.010309;RO=68;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167946;STB=0.616142;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0150627;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:87:86:68:70:16:16:0.186047:8:8:25:43:8:8:25:45 chr3 10088299 . C T 114.37 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00169535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=5.64768;RBI=0.0109876;REFB=-0.00371707;REVB=-0.010856;RO=63;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169465;STB=0.604827;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00547291;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:9:9:23:40:9:9:23:40 chr3 10088308 . T C 126.61 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0205864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.071;QD=6.57723;RBI=0.0238919;REFB=-0.00370289;REVB=0.0121253;RO=58;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139653;STB=0.584976;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00858623;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:10:9:21:37:10:9:21:37 chr3 10088343 . A G 122.3 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00472367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.812;QD=8.43412;RBI=0.00792896;REFB=0.000906268;REVB=-0.0063683;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245675;STB=0.653292;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00401643;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:7:10:15:25:7:10:15:26 chr3 10088404 . C T 40.6 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0329477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.536;QD=7.73255;RBI=0.0412812;REFB=-0.0504524;REVB=0.0248714;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.693879;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.111124;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:6:8:2:5:6:8 chr3 10089723 . G A 145.6 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0749123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.451;QD=8.95992;RBI=0.0751346;REFB=-0.00710652;REVB=0.005775;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195374;STB=0.628575;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0124576;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:45:19:20:0.307692:12:7:24:21:13:7:24:21 chr3 10089738 . A G 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.050258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2459;QD=6.95129;RBI=0.0582219;REFB=0.00205659;REVB=0.0293924;RO=46;SAF=5;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258482;STB=0.658888;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00261342;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:11:5:24:22:11:5:24:22 chr3 10242070 . A G 196.33 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0205992;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.616;QD=12.6667;RBI=0.0253473;REFB=-0.00913226;REVB=-0.0147703;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113469;STB=0.56492;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0145403;OID=.;OPOS=10242070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:10:14:26:12:10:14:26:12 chr3 10255215 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0300619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.811;QD=10.1679;RBI=0.0301804;REFB=-0.00331176;REVB=-0.00267202;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118764;STB=0.56978;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00551626;OID=.;OPOS=10255215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:16:22:9:10:16:22 chr3 10276163 . T A 1203.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.346;QD=60.916;RBI=0.0226599;REFB=0;REVB=0.0084948;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27522e-05;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:46:30:0:0:47:32:0:0 chr3 10302045 . C T 60.26 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0714245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=17.2183;RBI=0.0730796;REFB=-0.00575282;REVB=0.0154649;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265615;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr3 10302056 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.448;QD=45.8063;RBI=0.118255;REFB=0;REVB=0.072378;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495323;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr3 10302172 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.699;QD=56.7066;RBI=0.0639658;REFB=0;REVB=0.0108761;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118632;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 10320592 . T C 257.16 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00675135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.325;QD=16.0725;RBI=0.00766546;REFB=-0.0286872;REVB=0.00363023;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240108;STB=0.635202;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0231961;OID=.;OPOS=10320592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:22:13:18:11:22:13 chr3 10334516 . C T 278.83 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0802877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8961;QD=21.8693;RBI=0.0974362;REFB=-0.0225561;REVB=0.0552061;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104877;STB=0.564808;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0246834;OID=.;OPOS=10334516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:13:14:9:14:13:15:9:14 chr3 10353626 . C T 576.42 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00633744;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.799;QD=23.7699;RBI=0.0113486;REFB=-0.0159783;REVB=0.00941418;RO=44;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129459;STB=0.571069;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0134719;OID=.;OPOS=10353626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:44:44:53:53:0.546392:30:23:26:18:30:23:26:18 chr3 10368948 . G A 516.69 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0130994;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.99;QD=16.1464;RBI=0.0135084;REFB=-0.00576272;REVB=0.00329856;RO=69;SAF=28;SAR=28;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035848;STB=0.531239;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00741992;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:72:56:56:0.4375:28:28:32:37:28:28:32:40 chr3 10379923 . C T 761.13 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=165;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.022715;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.971;QD=18.6779;RBI=0.0294325;REFB=-0.0267654;REVB=0.0187162;RO=82;SAF=40;SAR=39;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166874;STB=0.50901;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0253658;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:82:84:79:79:0.484663:39:40:43:39:39:40:44:40 chr3 10413601 . G A 698.04 PASS AF=0.531746;AO=64;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0145787;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3006;QD=22.16;RBI=0.0385084;REFB=-0.0376942;REVB=0.0356421;RO=43;SAF=41;SAR=23;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145918;STB=0.502318;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0246134;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:43:57:64:67:0.531746:23:41:35:8:25:42:36:21 chr3 10413715 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000470839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.544;QD=24.8186;RBI=0.00564592;REFB=0.00813253;REVB=-0.00562625;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856818;STB=0.54758;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00554841;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:12:12:11:7:12:12:11:7 chr3 10420087 . T C 140.54 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0051991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.076;QD=13.0737;RBI=0.0060525;REFB=-0.0225447;REVB=-0.00309873;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483701;STB=0.775123;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0201301;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:23:4:10:6:23:4 chr3 11302884 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0144775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.298;QD=21.5459;RBI=0.0152974;REFB=-0.0022131;REVB=-0.00494085;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132182;STB=0.574225;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000906701;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:8:2:5:9:8:2 chr3 11302933 . A G 451.42 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00146943;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.216;QD=53.1087;RBI=0.0261303;REFB=-0.100192;REVB=0.0260889;RO=2;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929902;STB=0.549968;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00108206;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:9:23:0:2:9:23:0:2 chr3 11303874 . T C 1386.47 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294914;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.662;QD=63.0213;RBI=0.0109284;REFB=0;REVB=0.0105229;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166448;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr3 11596348 . C T 295.68 PASS AF=0.457143;AO=26;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0381787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.165;QD=16.8961;RBI=0.0383744;REFB=-0.0164063;REVB=-0.00387047;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170669;STB=0.562579;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0196139;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:26:32:0.457143:13:13:24:12:14:18:25:12 chr3 11606490 . G A 68.57 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0817244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6453;QD=16.1347;RBI=0.0909375;REFB=-0.0477862;REVB=0.0398842;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275003;STB=0.516092;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0503926;OID=.;OPOS=11606490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:1:7:8:1:1:7 chr3 11643465 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121068;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.614;QD=56.9552;RBI=0.0198154;REFB=0;REVB=0.0197783;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22933e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 11880760 . T C 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0195929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.458;QD=20.5451;RBI=0.0204427;REFB=-0.000642191;REVB=0.00583286;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821771;STB=0.546177;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000849477;OID=.;OPOS=11880760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:8:14:12:10:8:14 chr3 11887991 . C G 435.67 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0272185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.315;QD=19.5806;RBI=0.0286003;REFB=-0.0172696;REVB=-0.0087823;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081588;STB=0.550539;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0172462;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:45:43:44:0.494382:21:22:27:18:22:22:27:18 chr3 11994493 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.05;QD=48.7373;RBI=0.0406113;REFB=0;REVB=0.0334895;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215467;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr3 12046076 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.822;QD=44.6882;RBI=0.0244625;REFB=0;REVB=0.0052969;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025852;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr3 12229015 . A G 871.84 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2396;QD=56.2477;RBI=0.0502977;REFB=-0.149022;REVB=-0.0404278;RO=0;SAF=13;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13514e-08;STB=0.518512;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00102086;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:48:13:0:0:48:13:1:0 chr3 12232074 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.329;QD=60.0308;RBI=0.0110466;REFB=0;REVB=0.0107304;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38719e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr3 12848822 . T C 102.48 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0296916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0338;QD=17.8223;RBI=0.038165;REFB=-0.00526843;REVB=-0.0239786;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116603;STB=0.567449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00596155;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:4:7:9:3:4:7 chr3 12856856 . A G 157.53 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0184657;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.582;QD=19.0945;RBI=0.0211044;REFB=-0.000495607;REVB=-0.0102183;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.519975;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00149988;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:6:10:9:7:6:10:10:7 chr3 12858028 . T C 652.11 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00280205;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.801;QD=23.4995;RBI=0.00441479;REFB=-0.0172595;REVB=-0.00341158;RO=48;SAF=31;SAR=32;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928966;STB=0.5507;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0110183;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:48:48:63:63:0.567568:32:31:18:30:32:31:18:30 chr3 12858822 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00135396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.986;QD=20.4402;RBI=0.0279792;REFB=-3.84659e-05;REVB=-0.0279464;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563312;STB=0.531231;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.000358106;OID=.;OPOS=12858822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:16:13:17:16:16:13 chr3 12859004 . A C 441.12 PASS AF=0.602941;AO=34;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00248967;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.884;QD=25.948;RBI=0.0530156;REFB=-0.0301406;REVB=0.0529571;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193674;STB=0.602691;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0207065;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:27:26:34:41:0.602941:17:17:20:7:22:19:19:7 chr3 12861586 . T C 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0257158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0958;QD=16.4788;RBI=0.080666;REFB=-0.00784499;REVB=0.0764572;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00949259;OID=.;OPOS=12861586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr3 12861608 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0213745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.677;QD=16.7545;RBI=0.0219195;REFB=-0.0404566;REVB=-0.00485737;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680146;STB=0.53843;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0236434;OID=.;OPOS=12861608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:12:16:12:12:12:16 chr3 12875443 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0502927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.676;QD=25.1493;RBI=0.0520361;REFB=0.0092312;REVB=-0.0133569;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195268;STB=0.608613;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0039084;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:12:9:18:9:12:9 chr3 13358204 . G A 277.89 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0395227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.726;QD=18.526;RBI=0.0917935;REFB=-0.02102;REVB=0.0828492;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12306;STB=0.566328;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0245195;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:29:30:0.5:15:14:18:11:16:14:18:12 chr3 13361287 . C T 602.21 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00986299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.328;QD=26.4707;RBI=0.0316468;REFB=-0.00957957;REVB=0.0300706;RO=36;SAF=33;SAR=21;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877621;STB=0.539855;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00688101;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:37:54:54:0.593407:21:33:26:10:21:33:26:11 chr3 13361391 . A G 1767.39 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.647;QD=60.9444;RBI=0.0225585;REFB=0;REVB=0.00883348;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91292e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:53:62:0:0:54:62:0:0 chr3 13364876 . G T 336.77 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0542811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9401;QD=17.0519;RBI=0.164468;REFB=0.0176584;REVB=0.155252;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14034;STB=0.592974;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.017774;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:43:43:34:36:0.455696:14:20:31:12:16:20:31:12 chr3 13367406 . C T 453.28 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0126698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.766;QD=16.3342;RBI=0.0177259;REFB=-0.0239463;REVB=0.012397;RO=60;SAF=18;SAR=32;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757856;STB=0.547926;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0270771;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:50:50:0.45045:32:18:26:34:32:18:27:34 chr3 13368892 . G A 473.15 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00573044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.389;QD=21.2653;RBI=0.0176789;REFB=-0.00876879;REVB=0.0167244;RO=43;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127509;STB=0.570485;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00967991;OID=.;OPOS=13368892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:27:19:24:19:27:19:24:19 chr3 13379400 . C T 204.99 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0513609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4933;QD=15.7685;RBI=0.0697444;REFB=0.00864116;REVB=0.0471841;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295102;STB=0.516764;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00923825;OID=.;OPOS=13379400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:13:16:12:11:13:16 chr3 13383540 . A G 207.88 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00384257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.348;QD=13.4115;RBI=0.00640889;REFB=0.0038676;REVB=-0.00512919;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164123;STB=0.594088;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00839706;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:18:19:9:16:18:19 chr3 13395475 . G C 374.98 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00843715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1523;QD=18.2915;RBI=0.0477962;REFB=-0.0132771;REVB=0.0470456;RO=41;SAF=25;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425127;STB=0.505791;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0194231;OID=.;OPOS=13395475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:14:25:28:13:14:25:28:15 chr3 13395579 . C A 315.56 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00677777;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7325;QD=16.6086;RBI=0.0210147;REFB=-0.0282682;REVB=-0.0198917;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408235;STB=0.51952;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0332757;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:35:42:34:34:0.447368:19:15:17:18:19:15:20:22 chr3 13407556 . T C 565.68 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0193232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.424;QD=22.1835;RBI=0.0211825;REFB=-0.0135299;REVB=0.00867842;RO=46;SAF=27;SAR=29;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14759;STB=0.58072;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0159189;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:29:27:14:32:29:27:14:32 chr3 13421150 . C T 367.64 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.000651437;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.683;QD=15.6443;RBI=0.0202227;REFB=-0.013259;REVB=0.0202122;RO=54;SAF=11;SAR=28;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277852;STB=0.661261;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0279011;OID=.;OPOS=13421150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:54:39:40:0.425532:28:11:29:25:29:11:29:25 chr3 13545697 . C T 236.84 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0595469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.968;QD=17.544;RBI=0.0614628;REFB=-0.0195291;REVB=0.0152264;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268035;STB=0.54274;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0173382;OID=.;OPOS=13545697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:28:26:26:0.481481:10:16:4:13:10:16:15:13 chr3 13611850 . T C 489.11 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0254069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.711;QD=21.9825;RBI=0.0266803;REFB=-0.00664499;REVB=0.00814433;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113653;STB=0.562564;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00771131;OID=.;OPOS=13611850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:24:23:15:27:24:23:15:27 chr3 13612020 . T C 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0321977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5348;QD=16.0761;RBI=0.0348836;REFB=-0.0213303;REVB=-0.0134228;RO=43;SAF=22;SAR=12;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300221;STB=0.516882;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0407495;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:12:22:29:14:12:22:29:14 chr3 13612286 . A G 128.29 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0249675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.031;QD=12.2176;RBI=0.0499693;REFB=-0.0221245;REVB=-0.0432846;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1026;STB=0.578837;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0342444;OID=.;OPOS=13612286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:4:11:17:9:4:11:17:10 chr3 13612296 . C T 317.42 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00863891;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9118;QD=30.9681;RBI=0.0228256;REFB=-0.0165643;REVB=-0.0211276;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101385;STB=0.555515;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0295949;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:14:14:27:27:0.658537:12:15:10:4:12:15:10:4 chr3 13612534 . GGC G,GG 30.68 PASS AF=0.333333,0;AO=4,3;DP=21;FAO=6,0;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.14726,-0.423603;FXX=0.0526039;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=23.6137,11.813;QD=6.81685;RBI=0.206151,0.433493;REFB=-0.0281889,-0.0246063;REVB=-0.144266,-0.0920671;RO=11;SAF=2,2;SAR=2,1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.375,0.494118;SSEP=0,0.764706;SSSB=0.14919,0.318673;STB=0.61499,0.5;STBP=0.541,1;TYPE=del,del;VARB=0.0284632,0;OID=.,.;OPOS=13612535,13612536;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:4,3:21:6,0:18:12:4,0:2,0:6:6:30:11:2,2:2,1:4:7 chr3 13612936 . A G 457.61 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.02606;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.829;QD=18.8705;RBI=0.0274708;REFB=-0.0238427;REVB=-0.00869007;RO=50;SAF=22;SAR=23;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860148;STB=0.547386;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0258559;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:45:46:0.474227:23:22:29:21:24:22:29:22 chr3 13670481 . A G 798.54 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7803;QD=63.8829;RBI=0.0630299;REFB=0;REVB=0.0617757;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586555;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:24:25:0:1:25:25:0:0 chr3 13670536 . A G 582.25 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1199;QD=59.7178;RBI=0.105622;REFB=0;REVB=-0.0163485;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299546;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 13670776 . T C 392.25 PASS AF=0.857143;AO=20;DP=34;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0168544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.427;QD=44.8289;RBI=0.0382403;REFB=-0.0178405;REVB=0.0343257;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519071;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0037134;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:35:0:5:20:30:0.857143:15:5:0:0:16:14:3:2 chr3 13679203 . G A 997.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205455;FXX=0.042851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.66;QD=59.5364;RBI=0.0391011;REFB=0;REVB=0.0390471;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2219e-06;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr3 13679335 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.879;QD=63.2855;RBI=0.0388063;REFB=0;REVB=0.0224098;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193164;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr3 13689452 . C T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0190788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.452;QD=20.0303;RBI=0.0212312;REFB=-0.0140082;REVB=-0.00931483;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919975;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0331556;OID=.;OPOS=13689452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:11:13:11:14:11:13:12:14 chr3 13896140 . A G 527.08 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00770684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.65;QD=21.9617;RBI=0.0123988;REFB=-0.0114038;REVB=-0.00971261;RO=46;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966109;STB=0.553206;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00754788;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:26:24:17:29:26:24:17:29 chr3 13896284 . C T 676.58 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0187494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.182;QD=16.0137;RBI=0.0190356;REFB=-0.00704529;REVB=0.003289;RO=95;SAF=37;SAR=37;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371594;STB=0.520704;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00863804;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:95:95:74:74:0.43787:37:37:44:51:37:37:44:51 chr3 14106499 . G A 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.297;QD=57.0975;RBI=0.00472957;REFB=0;REVB=0.00385015;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46145e-06;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr3 14174427 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.653;QD=58.1421;RBI=0.00464569;REFB=0;REVB=-0.00429478;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53595e-06;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr3 14175262 . T C 851.06 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.483;QD=57.6991;RBI=0.0737509;REFB=0;REVB=0.0736507;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138889;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:19:39:0:0:19:40:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA 108.35 PASS AF=0.025,0.4;AO=6,8;DP=43;FAO=1,16;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=0,8;FSAR=1,8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00650515,-0.00597053;FXX=0.0697512;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=224.965,226.091;QD=10.8351;RBI=0.00653423,0.00867561;REFB=-0.00982723,-0.0108239;REVB=0.00061573,0.00629435;RO=14;SAF=3,4;SAR=3,4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0784305,-0.0746008;STB=0.990976,0.538414;STBP=0.258,0.707;TYPE=del,del;VARB=0.00377117,0.0189775;OID=.,.;OPOS=14184062,14184057;OREF=AAAACA,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.025,0.4:6,8:43:1,16:40:23:0,8:1,8:13:10:75:14:3,4:3,4:8:6 chr3 14187449 . G T 432.85 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0100757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.206;QD=23.0853;RBI=0.0217653;REFB=-0.0234021;REVB=0.0192927;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345975;STB=0.506664;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0163331;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:41:42:0.56:20:21:15:17:21:21:16:17 chr3 14197987 . A T 323.7 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.854;QD=53.9491;RBI=0.0488574;REFB=0;REVB=0.0454762;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159957;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:1:0:22:24:1:14:8:0:1:15:9:0:0 chr3 14199887 . G A 320.78 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0337301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4657;QD=29.1616;RBI=0.0577878;REFB=-0.0499319;REVB=-0.0469225;RO=16;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413386;STB=0.522711;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0207128;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:14:14:9:7:14:14:9:7 chr3 14436183 . CGT C,CG 993.18 PASS AF=0.101449,0.898551;AO=8,60;DP=69;FAO=7,62;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=7,35;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270831,0.0198033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=181.319,201.368;QD=57.5757;RBI=0.0377224,0.0333664;REFB=0,0;REVB=0.0262581,0.0268541;RO=0;SAF=8,33;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.7886e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0745565,0.00601213;OID=.,.;OPOS=14436184,14436185;OREF=GT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.101449,0.898551:8,60:69:7,62:69:0:7,35:0,27:0:0:25:0:8,33:0,27:0:0 chr3 14485484 . C A 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0774871;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=305.061;QD=44.0946;RBI=0.0778833;REFB=0.0189304;REVB=0.00784582;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.571337;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=4.69024e-05;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:1:0:14:3:1:0 chr3 14526538 . G A 1696.94 PASS AF=0.541528;AO=163;DP=301;FAO=163;FDP=301;FR=.;FRO=138;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=0.0107602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.4;QD=22.5508;RBI=0.013462;REFB=0.00645064;REVB=0.00808972;RO=137;SAF=85;SAR=78;SRF=70;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088408;STB=0.50653;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00544845;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:137:138:163:163:0.541528:78:85:70:67:78:85:70:68 chr3 14526656 . A G 89.02 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00945845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3442;QD=27.3922;RBI=0.0123523;REFB=-0.0573647;REVB=0.00794455;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244374;STB=0.639689;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0143363;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:2:8:1:2:2:8:1:2 chr3 14547198 . G A 66.93 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0310671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.532;QD=12.7488;RBI=0.0381329;REFB=-0.030834;REVB=0.0221123;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.713877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0195959;OID=.;OPOS=14547198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:2:10:4:5:2:10 chr3 14551444 . A G 1264.5 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0304;QD=61.683;RBI=0.00557965;REFB=0;REVB=-0.00323091;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51772e-06;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:35:46:0:0:36:46:0:0 chr3 14552994 . A G 333.22 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.8387;QD=53.3144;RBI=0.0736815;REFB=0;REVB=-0.027055;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126562;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:15:6:0:0:16:9:0:0 chr3 14555216 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.574;QD=57.2359;RBI=0.0227753;REFB=0;REVB=0.0175954;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71897e-05;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr3 14555811 . A G 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4969;QD=51.1727;RBI=0.0477989;REFB=0;REVB=0.02451;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964435;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr3 14561627 . A AG 714.24 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7845;QD=42.6414;RBI=0.233934;REFB=0;REVB=-0.0121189;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00510343;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:67:67:67:0:34:33:0:0:14:0:33:32:0:0 chr3 14563237 . G A 235.63 PASS AF=0.490566;AO=23;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0115716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.7;QD=17.7834;RBI=0.0480829;REFB=-0.0394019;REVB=0.0466697;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923585;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0313754;OID=.;OPOS=14563237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:27:23:26:0.490566:11:12:11:15:12:14:11:16 chr3 14563258 . A G 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0146125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4168;QD=17.751;RBI=0.0267655;REFB=-0.0216375;REVB=-0.0224247;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0232529;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:14:12:15:10:14:13 chr3 14712473 . G A 586.8 PASS AF=0.576087;AO=42;DP=94;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0182117;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0818;QD=25.513;RBI=0.0201646;REFB=0.0011227;REVB=0.008657;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106884;STB=0.552806;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000956931;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:37:39:42:53:0.576087:20:22:24:13:27:26:24:15 chr3 14724413 . G A 302.87 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-3.98214e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3236;QD=22.0265;RBI=0.0547604;REFB=-0.0158989;REVB=0.0547604;RO=24;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15015;STB=0.583278;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0161679;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:10:21:12:12:10:21:12:12 chr3 14768534 . A G 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00731986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.789;QD=21.0645;RBI=0.0119497;REFB=-0.0208329;REVB=-0.00944538;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390642;STB=0.52196;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0200178;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:10:14:15:9:10:14 chr3 14798976 . G A 677.06 PASS AF=0.407609;AO=73;DP=185;FAO=75;FDP=184;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=-0.011873;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.96;QD=14.7187;RBI=0.0220812;REFB=-0.0118712;REVB=0.0186175;RO=108;SAF=36;SAR=37;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15092;STB=0.580456;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0161156;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:108:109:73:75:0.407609:37:36:38:70:38:37:39:70 chr3 14801487 . G A 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00314248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.34;QD=16.5643;RBI=0.0110163;REFB=-0.0142056;REVB=-0.0105585;RO=46;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811554;STB=0.54375;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0192408;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:48:38:38:0.44186:20:18:18:28:20:18:19:29 chr3 14939479 . G T 290.5 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0059512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0654;QD=14.3457;RBI=0.00645931;REFB=-0.00963898;REVB=0.00251115;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186944;STB=0.600089;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0238037;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:48:33:33:0.407407:20:13:27:20:20:13:27:21 chr3 15084880 . TA AT,T 71.65 PASS AF=0,0.3625;AO=5,35;DP=81;FAO=0,29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=0,11;FSAR=0,18;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0360753,-0.0236883;FXX=0.0361402;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=22.086,7.15623;QD=3.58248;RBI=0.20836,0.251194;REFB=-0.0549248,-0.198063;REVB=-0.205213,-0.250075;RO=34;SAF=5,11;SAR=0,24;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.559147,-0.367645;STB=0.5,0.666556;STBP=1,0.032;TYPE=mnp,del;VARB=0.0484576,0.174307;OID=.,.;OPOS=15084880,15084881;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:81:80:34:51:5,35:0,29:0,0.3625:0,24:5,11:25:9:0,18:0,11:33:18 chr3 15132958 . T C 255.82 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0221216;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.143;QD=21.7722;RBI=0.026079;REFB=-0.0226268;REVB=0.0138112;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161771;STB=0.5307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0295595;OID=.;OPOS=15132958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:23:24:0.510638:14:9:9:13:15:9:10:13 chr3 15216429 . C T 472.8 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0233727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6609;QD=17.5111;RBI=0.0233744;REFB=0.0103495;REVB=0.000289033;RO=57;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311233;STB=0.517314;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0146542;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:32:19:23:34:32:19:23:34 chr3 15216703 . A T 267.04 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00227662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.005;QD=17.2282;RBI=0.00559616;REFB=-0.00130928;REVB=-0.00511214;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028787;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000868508;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:15:17:15:15:15:17 chr3 15492150 . C T 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.016066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.591;QD=16.753;RBI=0.0247513;REFB=0.0220596;REVB=-0.0188283;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10211;STB=0.557645;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0218743;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:11:17:12:12:11:17 chr3 15492786 . T A 230.93 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0132425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.611;QD=16.4949;RBI=0.0217026;REFB=-0.00301376;REVB=0.0171941;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152328;STB=0.586139;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00695844;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:15:15:17:9:15:15 chr3 15492807 . G A 271.47 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0102752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8584;QD=17.2358;RBI=0.027035;REFB=-0.0140406;REVB=0.0250063;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567961;STB=0.531893;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00860349;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:14:19:19:11:14:19 chr3 15509327 . C G 1446.53 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0149489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.553;QD=56.1761;RBI=0.036074;REFB=-0.143011;REVB=0.0328309;RO=2;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189666;STB=0.514849;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00378408;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:2:3:100:100:0.970874:49:51:0:2:49:51:0:3 chr3 15515695 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0206205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.645;QD=9.09994;RBI=0.0233448;REFB=0.000518344;REVB=-0.0109441;RO=19;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355283;STB=0.726653;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00310312;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:1:8:13:6:1:8:13:6 chr3 15516481 . T C 436.41 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0421659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1105;QD=21.288;RBI=0.0423824;REFB=-0.011061;REVB=0.00427857;RO=39;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103077;STB=0.557009;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00772475;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:26:17:20:19:26:17:20:19 chr3 15548131 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.316;QD=60.6102;RBI=0.013898;REFB=0;REVB=-0.0134274;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11906e-05;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr3 15548227 . G A 416.1 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0147908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.226;QD=22.192;RBI=0.021644;REFB=-0.00327396;REVB=0.0158017;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126293;STB=0.569546;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00307189;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:21:13:22:19:21:13 chr3 15613279 . T G 122.98 PASS AF=0.916667;AO=6;DP=20;FAO=11;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566497;FXX=0.333148;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.927;QD=40.9929;RBI=0.0784243;REFB=-0.162118;REVB=0.0542327;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0244771;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:12:8:1:6:11:0.916667:4:2:1:7:5:6:1:0 chr3 15643043 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.905;QD=56.7037;RBI=0.0381237;REFB=0;REVB=0.013724;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248507;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr3 15643175 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0492942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.972;QD=16.0426;RBI=0.0493064;REFB=-0.00486199;REVB=-0.00109612;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173884;STB=0.509989;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00598548;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:10:16:12:7:10:16 chr3 15686776 . T C 630.15 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0349881;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.636;QD=19.0954;RBI=0.0371906;REFB=-0.00942809;REVB=0.0126086;RO=68;SAF=30;SAR=34;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973345;STB=0.553808;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.011745;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:68:68:64:64:0.484848:34:30:39:29:34:30:39:29 chr3 15710011 . T C 147.73 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00729424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.354;QD=17.3802;RBI=0.012904;REFB=-0.022154;REVB=0.0106446;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104939;STB=0.556749;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0334655;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:9:6:5:12:9:7:6:12 chr3 15737689 . G A 206.89 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00791307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5268;QD=17.2412;RBI=0.0106251;REFB=0.0138572;REVB=0.00709062;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592063;STB=0.533711;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0129574;OID=.;OPOS=15737689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:10:17:12:9:10:17 chr3 15737698 . T C 156.05 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0286782;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8608;QD=13.8708;RBI=0.0355286;REFB=-0.0267279;REVB=-0.0209725;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205747;STB=0.606097;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0471963;OID=.;OPOS=15737698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:8:9:9:18:8:9:10:18 chr3 15753641 . A G 299.06 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0185746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8803;QD=18.6909;RBI=0.0216172;REFB=-0.00500419;REVB=-0.0110584;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228407;STB=0.638647;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00389683;OID=.;OPOS=15753641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:32:32:32:0.5:15:17:8:22:15:17:8:24 chr3 16305674 . C G 168.21 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0596338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1608;QD=16.0199;RBI=0.0691215;REFB=-0.0238015;REVB=-0.0349512;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.571351;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0317508;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:9:14:9:9:9:15 chr3 16312564 . C T 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00847227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.742;QD=23.393;RBI=0.0094397;REFB=-0.00918233;REVB=-0.00416277;RO=45;SAF=27;SAR=26;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147019;STB=0.580615;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0088954;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:26:27:15:30:26:27:15:30 chr3 16327855 . T G 538.65 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.000296284;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.359;QD=21.3325;RBI=0.0131953;REFB=-0.0204412;REVB=-0.013192;RO=46;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136939;STB=0.579839;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0152347;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:47:54:54:0.534653:24:30:18:28:24:30:18:29 chr3 16358584 . T C 660.06 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0017291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.774;QD=23.3648;RBI=0.00270703;REFB=-0.0233373;REVB=-0.00208285;RO=47;SAF=32;SAR=32;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412744;STB=0.522117;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0193863;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:47:49:64:64:0.566372:32:32:26:21:32:32:27:22 chr3 16364919 . A C 352.32 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0123901;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.329;QD=18.0677;RBI=0.0389123;REFB=-0.00856792;REVB=0.036887;RO=41;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447548;STB=0.524987;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0137462;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:41:37:37:0.474359:18:19:23:18:18:19:23:18 chr3 16535229 . C T 223.55 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0219031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.108;QD=26.2996;RBI=0.0230199;REFB=-0.00779242;REVB=-0.00708328;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180237;STB=0.599906;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00695417;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:4:9:9:12:4:9 chr3 16646745 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.086;QD=59.0164;RBI=0.0160036;REFB=0;REVB=0.00792023;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26355e-05;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 17053499 . A G 235.04 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00528969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3913;QD=15.1638;RBI=0.0756784;REFB=-0.0348019;REVB=-0.0754933;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259652;STB=0.523448;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0418612;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:18:16:12:15:18:17 chr3 17741409 . C G 1053.52 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02461;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.125;QD=58.529;RBI=0.0327476;REFB=-0.0970084;REVB=0.0216045;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000193741;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:25:46:0:0:25:46:1:0 chr3 18055231 . A C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.604;QD=61.0492;RBI=0.0229;REFB=0;REVB=0.000750703;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09412e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr3 18427924 . G T 536.54 PASS AF=0.391304;AO=63;DP=161;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.00168368;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.635;QD=13.3302;RBI=0.0221165;REFB=-0.00702815;REVB=-0.0220523;RO=98;SAF=44;SAR=19;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194934;STB=0.610553;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00829746;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:98:98:63:63:0.391304:19:44:52:46:19:44:52:46 chr3 18459188 . A G 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00910147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.017;QD=18.2934;RBI=0.00961959;REFB=-0.00395253;REVB=-0.00311445;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471504;STB=0.526304;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00508243;OID=.;OPOS=18459188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:22:22:23:28:22:22:23:28 chr3 19930130 . A T 380.13 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00205684;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.283;QD=17.8884;RBI=0.0204999;REFB=-0.0157509;REVB=-0.0203964;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286085;STB=0.649697;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.025821;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:45:39:40:0.470588:24:15:31:14:24:16:31:14 chr3 19959756 . G A 414.74 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.00499518;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.381;QD=24.3963;RBI=0.00952238;REFB=0.00491395;REVB=0.00810703;RO=28;SAF=21;SAR=19;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285109;STB=0.655226;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00180965;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:28:28:40:40:0.588235:19:21:4:24:19:21:4:24 chr3 19961330 . C T 345.11 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.000884692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.214;QD=16.632;RBI=0.0101192;REFB=-0.0138203;REVB=0.0100804;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112283;STB=0.562881;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0141906;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:17:20:30:16:17:20:30:16 chr3 19962044 . G A 595.11 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0385933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9783;QD=20.8811;RBI=0.0429835;REFB=0.0248855;REVB=-0.0189246;RO=54;SAF=34;SAR=26;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122717;STB=0.567251;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0192743;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:26:34:38:16:26:34:38:16 chr3 19975215 . C A 201.31 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00372016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.615;QD=13.648;RBI=0.0206858;REFB=-0.00587159;REVB=0.0203485;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701368;STB=0.541512;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00605849;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:35:24:24:0.40678:10:14:17:16:10:14:18:17 chr3 19992432 . G T 299.45 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0190174;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.107;QD=18.4276;RBI=0.0247735;REFB=-0.000373989;REVB=0.0158766;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152411;STB=0.585033;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000378033;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:20:13:18:14:20:13 chr3 20042834 . C T 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0123201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5015;QD=19.1087;RBI=0.0426741;REFB=0.0143724;REVB=-0.040857;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229356;STB=0.512811;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0151895;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:9:17:17:10:9:17 chr3 20053581 . C T 418.31 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0564671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1396;QD=28.3602;RBI=0.0621317;REFB=0.00577643;REVB=0.0259196;RO=20;SAF=26;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204755;STB=0.611706;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000600477;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:13:26:7:13:13:26:7:13 chr3 20310556 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0432145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.256;QD=12.9223;RBI=0.0523783;REFB=-0.0181196;REVB=-0.0295973;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969754;STB=0.55587;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0371238;OID=.;OPOS=20310556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:17:17:9:13:17:17 chr3 21462754 . A G 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.577;QD=63.88;RBI=0.0152694;REFB=0;REVB=0.0132616;RO=0;SAF=66;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67022e-06;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:31:66:0:0:31:66:0:0 chr3 21462787 . G A 1617.25 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.666;QD=58.2795;RBI=0.0635182;REFB=0.00456247;REVB=0.0476992;RO=0;SAF=73;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98939e-08;STB=0.506665;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00012274;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:111:0:1:109:110:0.990991:36:73:0:0:37:73:0:1 chr3 21462880 . A G 241.62 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=60;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0145855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.087;QD=15.3411;RBI=0.030735;REFB=-0.0249246;REVB=0.0270537;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238629;STB=0.536207;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0473684;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:34:34:26:29:0.460317:10:16:21:13:13:16:21:13 chr3 22423393 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0803096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4642;QD=33.4284;RBI=0.0827818;REFB=0;REVB=0.0200798;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00601054;OID=.;OPOS=22423393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 23258771 . A G 521.81 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0135697;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.944;QD=18.3091;RBI=0.0255608;REFB=-0.0149905;REVB=-0.0216615;RO=58;SAF=24;SAR=31;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111972;STB=0.51115;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0151906;OID=.;OPOS=23258771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:58:59:55:55:0.482456:31:24:26:32:31:24:27:32 chr3 24006477 . T A 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0507;QD=56.9504;RBI=0.0121015;REFB=0;REVB=-0.00967266;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224341;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr3 24164500 . GTTTTGG GTTT,GTTTG,GTTTGG 164.67 PASS AF=0,0,0.437037;AO=21,23,16;DP=143;FAO=0,0,59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=0,0,35;FSAR=0,0,24;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0276189,-0.201475,-0.066492;FXX=0.0559401;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=178.788,20.805,10.8867;QD=4.87896;RBI=0.0430656,0.30216,0.107232;REFB=0.00304025,-0.020261,-0.114373;REVB=-0.0330431,-0.225186,-0.0841282;RO=67;SAF=11,12,14;SAR=10,11,2;SRF=39;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.072844,-0.0746614,0.447592;STB=0.5,0.5,0.50704;STBP=1,1,0.905;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.161463;OID=.,.,.;OPOS=24164504,24164504,24164501;OREF=TGG,TG,T;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTG,GTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.437037:21,23,16:143:0,0,59:135:76:0,0,35:0,0,24:46:30:99:67:11,12,14:10,11,2:39:28 chr3 24562877 . G T 852.69 PASS AF=0.586466;AO=77;DP=135;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=49;FWDB=0.0468726;FXX=0.0431624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.575;QD=25.6449;RBI=0.0515664;REFB=-0.0198892;REVB=0.0214954;RO=54;SAF=13;SAR=64;SRF=6;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829893;STB=0.545444;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0108778;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:54:55:77:78:0.586466:64:13:6:48:65:13:6:49 chr3 25646268 . G A 193.11 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00309953;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.461;QD=11.8839;RBI=0.0102723;REFB=-0.00331309;REVB=-0.00979356;RO=40;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344106;STB=0.694044;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00460548;OID=.;OPOS=25646268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:6:18:18:22:6:18:19:22 chr3 25679738 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0220744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.211;QD=20.4561;RBI=0.0247631;REFB=-0.00815567;REVB=-0.011222;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420242;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00310544;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:9:6:6:11:9:6 chr3 25904828 . A G 259.25 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00841994;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.924;QD=14.4029;RBI=0.0149679;REFB=-0.0139788;REVB=0.0123751;RO=41;SAF=5;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393426;STB=0.726572;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0310035;OID=.;OPOS=25904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:24:5:20:21:25:5:20:22 chr3 26751493 . A T 76.55 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0594513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0451;QD=12.7581;RBI=0.0849834;REFB=-0.0111119;REVB=-0.0607266;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299057;STB=0.619359;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0197063;OID=.;OPOS=26751493;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:3:7:12:1:3:7:12:2 chr3 26752237 . A G 546.85 PASS AF=0.427536;AO=58;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.00356807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2193;QD=15.8506;RBI=0.0230233;REFB=-0.021423;REVB=0.0227451;RO=79;SAF=34;SAR=24;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500499;STB=0.52374;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0380216;OID=.;OPOS=26752237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:79:58:59:0.427536:24:34:50:29:24:35:50:29 chr3 27424718 . A G 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6355;QD=63.194;RBI=0.061643;REFB=0;REVB=0.0316377;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450011;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr3 28520417 . T A 2012.77 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142523;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.282;QD=62.4115;RBI=0.00662837;REFB=0;REVB=-0.00647333;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12369e-05;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr3 28533658 . G A 460.3 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.477;QD=57.5376;RBI=0.049021;REFB=0;REVB=0.0459858;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719213;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:24:32:1:12:12:0:0:17:15:0:0 chr3 29628639 . C T 664.52 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0395573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1255;QD=28.2772;RBI=0.0405994;REFB=0.00371881;REVB=-0.0091395;RO=36;SAF=37;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061558;STB=0.533503;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00302462;OID=.;OPOS=29628639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:36:58:58:0.617021:21:37:20:16:21:37:20:16 chr3 29804487 . A T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00108803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.439;QD=23.8208;RBI=0.0138559;REFB=-0.0273444;REVB=-0.0138131;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140481;STB=0.578383;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0192883;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:10:7:13:9:10:7 chr3 30827904 . A G 167.85 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000628853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.99;QD=15.6135;RBI=0.0360872;REFB=-0.000323653;REVB=0.0360817;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966124;STB=0.543992;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000862355;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:10:8:13:11:10:8:13:12 chr3 30875428 . T A 233.93 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00315776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.918;QD=14.6205;RBI=0.0128475;REFB=-0.0217649;REVB=-0.0124534;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584953;STB=0.542859;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0213649;OID=.;OPOS=30875428;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:36:26:28:0.4375:14:12:15:22:15:13:14:22 chr3 31705649 . C T 589.39 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00234446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.359;QD=16.9609;RBI=0.00490179;REFB=-0.00744399;REVB=0.00430477;RO=76;SAF=33;SAR=29;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189307;STB=0.507099;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00761417;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:77:62:62:0.446043:29:33:39:37:29:33:40:37 chr3 31712393 . C T 1059.93 PASS AF=0.987179;AO=57;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325566;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.548;QD=54.3555;RBI=0.0697823;REFB=-0.120798;REVB=0.0617223;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00829428;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:0:1:57:77:0.987179:23:34:0:0:43:34:0:1 chr3 31725316 . G A 798.66 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.0147005;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.087;QD=17.9474;RBI=0.0157126;REFB=-0.0204229;REVB=0.00554807;RO=91;SAF=41;SAR=42;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114285;STB=0.561477;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0346793;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:91:95:83:83:0.466292:42:41:34:57:42:41:36:59 chr3 31789582 . T C 753.16 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0744665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6976;QD=61.4822;RBI=0.095231;REFB=0.0495833;REVB=0.0593606;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00162272;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:1:0:31:17:1:0 chr3 31839242 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.766;QD=60.9759;RBI=0.0321055;REFB=0;REVB=0.0291944;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186851;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr3 32031962 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.959;QD=48.7359;RBI=0.0200363;REFB=0;REVB=0.0170631;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335866;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 32208621 . T C 739.91 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.808;QD=56.9164;RBI=0.0209899;REFB=0;REVB=0.0136431;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71144e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 32209927 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.96;QD=59.1428;RBI=0.0527827;REFB=0;REVB=0.00979892;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002933;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr3 32214179 . A T 1193.71 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147281;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1164;QD=61.2158;RBI=0.0237547;REFB=0;REVB=-0.0186379;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86598e-05;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr3 32214212 . A C 984.17 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0281634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.218;QD=54.6762;RBI=0.034265;REFB=-0.133521;REVB=-0.0195169;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.507857;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00150931;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:36:33:2:0:36:33:2:1 chr3 32524707 . T C 287.88 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0105236;FXX=0.0156226;HRUN=7;LEN=1;MLLD=163.963;QD=18.2783;RBI=0.0114467;REFB=-0.0316065;REVB=-0.00450338;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166476;STB=0.588799;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0162536;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:27:32:31:31:0.492063:17:14:7:20:17:14:9:23 chr3 32815231 . A T 448.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272824;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.487;QD=57.8509;RBI=0.0458431;REFB=0;REVB=0.036841;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134476;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr3 32927509 . G T 696.74 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0473146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.611;QD=52.5839;RBI=0.0811478;REFB=-0.00151152;REVB=0.0659264;RO=2;SAF=20;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447795;STB=0.5238;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000326003;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:31:20:2:0:31:20:2:0 chr3 32996423 . C T 538.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9057;QD=59.8025;RBI=0.0350368;REFB=0;REVB=0.00255056;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614731;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr3 33038747 . C G 785.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6432;QD=64.1166;RBI=0.0512617;REFB=0;REVB=0.0101852;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398485;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr3 33055721 . A G 1492.46 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00887791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.793;QD=58.528;RBI=0.0298557;REFB=-0.130657;REVB=0.0285051;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939421;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000486858;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:51:50:1:0:51:50:1:0 chr3 33118631 . G A 647.17 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=20;FWDB=-0.0290431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.898;QD=18.3595;RBI=0.0366945;REFB=-0.0243217;REVB=0.0224274;RO=72;SAF=48;SAR=18;SRF=53;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105583;STB=0.504077;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0223679;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:72:75:66:66:0.468085:18:48:53:19:18:48:55:20 chr3 33138544 . A G 2096.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.511;QD=62.5869;RBI=0.0493406;REFB=0;REVB=0.0330669;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0394e-06;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:65:69:0:0:65:69:0:0 chr3 33138549 . G A 971.05 PASS AF=0.651163;AO=84;DP=126;FAO=84;FDP=129;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0160639;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3647;QD=30.1101;RBI=0.0628376;REFB=-0.0722942;REVB=-0.0607496;RO=41;SAF=43;SAR=41;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044819;STB=0.50748;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0376293;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:41:45:84:84:0.651163:41:43:24:17:41:43:24:21 chr3 33155782 . G A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00894392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.317;QD=13.4407;RBI=0.0278972;REFB=-0.0173379;REVB=0.0264246;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133539;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0212196;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:6:7:4:6:6:7 chr3 33161898 . C T 358.84 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00716091;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.47;QD=16.6901;RBI=0.0169721;REFB=-0.00970102;REVB=-0.0153874;RO=48;SAF=17;SAR=21;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195238;STB=0.609376;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0191447;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:48:38:38:0.44186:21:17:31:17:21:17:31:17 chr3 33194990 . C A 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149554;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.8107;QD=62.9775;RBI=0.0286076;REFB=0;REVB=0.0243871;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143602;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 33195284 . G A 251.41 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00242392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5839;QD=20.5231;RBI=0.00303602;REFB=-0.0311594;REVB=0.00182812;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957053;STB=0.579642;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0315775;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:25:24:24:0.489796:16:8:10:13:16:8:12:13 chr3 33195309 . A G 340.07 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.043444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2168;QD=29.571;RBI=0.0448;REFB=-0.0696948;REVB=0.0109386;RO=16;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337262;STB=0.5301;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0359613;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:17:29:29:0.630435:16:13:8:8:16:13:9:8 chr3 33255592 . A G 344.36 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109632;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.263;QD=55.0971;RBI=0.0150636;REFB=0;REVB=0.0103306;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34909e-05;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 33434831 . G A 1451.89 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00749963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.186;QD=59.8719;RBI=0.0150418;REFB=0.00587005;REVB=0.0130388;RO=3;SAF=65;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465518;STB=0.524585;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-6.89147e-05;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:29:65:0:3:29:65:0:3 chr3 33458266 . T C 815.13 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.016616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.566;QD=52.5892;RBI=0.0257785;REFB=-0.161657;REVB=0.0197088;RO=3;SAF=39;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349219;STB=0.518512;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00165343;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:3:3:59:59:0.951613:20:39:3:0:20:39:3:0 chr3 33877626 . G A 362.06 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0254523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.603;QD=17.8795;RBI=0.025778;REFB=-0.0321549;REVB=-0.00408489;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255258;STB=0.652235;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0499509;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:37:38:0.469136:13:24:16:26:13:25:16:27 chr3 33879770 . G A 186.08 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0440694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.237;QD=10.4831;RBI=0.0442706;REFB=0.00678556;REVB=-0.00421624;RO=44;SAF=16;SAR=8;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484793;STB=0.52686;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00951563;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:47:24:24:0.338028:8:16:31:13:8:16:33:14 chr3 33895391 . A G 817.57 PASS AF=0.443299;AO=85;DP=191;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.00319791;FXX=0.0299985;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.588;QD=16.8572;RBI=0.0160134;REFB=-0.0112525;REVB=0.0156908;RO=103;SAF=40;SAR=45;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528219;STB=0.523231;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0117879;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:103:108:85:86:0.443299:45:40:43:60:45:41:47:61 chr3 33905566 . C T 340.06 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0338285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.245;QD=18.1366;RBI=0.0421247;REFB=-0.0187153;REVB=0.0251022;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656569;STB=0.530596;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0326999;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:13:22:27:12:13:23:27:12 chr3 33907945 . A G 277.36 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00226833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.575;QD=18.4908;RBI=0.00633322;REFB=-0.0111987;REVB=-0.00591307;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127436;STB=0.57138;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0166288;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:10:20:16:14:10:20:16:14 chr3 35725250 . C T 3491.31 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870935;FXX=0.00881018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.441;QD=62.0677;RBI=0.00898569;REFB=0.0703723;REVB=-0.00221133;RO=2;SAF=103;SAR=122;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000713946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1859e-05;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:227:225:2:0:225:225:1:122:103:1:1:122:103:0:0 chr3 35778773 . A G 271.62 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0214724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.152;QD=20.8938;RBI=0.0225104;REFB=-0.0197558;REVB=0.00675683;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159185;STB=0.588579;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0274644;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:10:14:11:17:10:14 chr3 35779750 . A G 270.18 PASS AF=0.260274;AO=38;DP=146;FAO=38;FDP=146;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=82;FSRR=26;FWDB=0.00531455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.756;QD=7.40209;RBI=0.0102235;REFB=-0.00576151;REVB=0.00873361;RO=108;SAF=22;SAR=16;SRF=82;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243908;STB=0.642901;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0142004;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:108:38:38:0.260274:16:22:82:26:16:22:82:26 chr3 36570259 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAG,TTAAAAAAAA 103.66 PASS AF=0.666667,0.133333,0.133333,0;AO=8,6,2,2;DP=31;FAO=20,4,4,0;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13,2,1,0;FSAR=7,2,3,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.195586,0.111104,-0.0218453,0.141013;FXX=0.0624805;HRUN=10,10,10,10;LEN=1,2,1,1;MLLD=4.83991,8.21842,234.096,14.6799;QD=13.821;RBI=0.385752,0.19278,0.041766,0.173567;REFB=-0.167533,-0.103798,-0.00521101,-0.081682;REVB=-0.332492,-0.157544,-0.0355975,-0.101196;RO=8;SAF=7,2,0,0;SAR=1,4,2,2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.474505,-0.742825,-0.742825;STB=0.535679,0.66592,0.748744,0.5;STBP=0.41,0.375,0.206,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.109731,0.0664914,0.0104505,0;OID=.,.,.,.;OPOS=36570260,36570260,36570268,36570260;OREF=A,AA,A,A;OALT=-,-,G,T;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAG,TTAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.666667,0.133333,0.133333,0:8,6,2,2:31:20,4,4,0:30:2:13,2,1,0:7,2,3,0:2:0:25:8:7,2,0,0:1,4,2,2:7:1 chr3 36897811 . CT C,CC 61.77 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,7;DP=9;FAO=1,6;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230429,0.214936;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.619,169.795;QD=35.2978;RBI=0.238133,0.220187;REFB=0,0;REVB=0.0600838,0.0477974;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0401695,-0.000736315;OID=.,.;OPOS=36897812,36897812;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:2,7:9:1,6:7:0:0,1:1,5:0:0:5:0:1,2:1,5:0:0 chr3 36940741 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.264;QD=57.2026;RBI=0.0244601;REFB=0;REVB=-0.0174895;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68011e-07;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr3 37035164 . G T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00352031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.571;QD=18.0355;RBI=0.00854861;REFB=-0.0159538;REVB=0.00779014;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351417;STB=0.519982;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0147143;OID=.;OPOS=37035164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:15:12:9:13:15:12 chr3 37163039 . G A 1069.43 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.37;QD=59.413;RBI=0.0273804;REFB=0;REVB=0.00197713;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27109e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:63:72:1:25:38:0:0:28:44:0:0 chr3 37459227 . C T 72.89 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.0066002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.48;QD=8.57507;RBI=0.0251642;REFB=-0.00553469;REVB=0.0242832;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453381;STB=0.764324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0201931;OID=.;OPOS=37459227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:21:3:5:5:21:3 chr3 37459334 . TACACACACACACACAC T,TCACACACACACACACAC 30.26 PASS AF=0.375,0.25;AO=3,2;DP=9;FAO=3,2;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2,0;FSAR=1,2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0141931,-0.030047;FXX=0.110988;HRUN=1,0;LEN=16,1;MLLD=378.482,43.787;QD=15.1296;RBI=0.0252982,0.140957;REFB=-0.0263586,-0.0175173;REVB=0.0209417,0.137717;RO=3;SAF=2,0;SAR=1,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352427,-0.74993;STB=0.713247,0.995982;STBP=0.746,0.052;TYPE=del,ins;VARB=0.03017,0.0671898;OID=.,.;OPOS=37459335,37459335;OREF=ACACACACACACACAC,-;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.25:3,2:9:3,2:8:3:2,0:1,2:3:0:18:3:2,0:1,2:3:0 chr3 37523079 . G A 345.75 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0181286;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.623;QD=21.9521;RBI=0.0321116;REFB=-0.0152126;REVB=0.0265049;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212366;STB=0.616708;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0193963;OID=.;OPOS=37523079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:18:17:21:7:18:17:21:7 chr3 37535984 . C G 695.42 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296554;FXX=0.0338926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.773;QD=48.8012;RBI=0.0378353;REFB=-0.098887;REVB=0.0234961;RO=0;SAF=38;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012065;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:57:0:0:45:57:1:7:38:0:0:10:47:0:0 chr3 37536056 . C T 460.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0128701;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.096;QD=17.0664;RBI=0.0151929;REFB=-0.00584304;REVB=-0.00807378;RO=55;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209261;STB=0.504503;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00654581;OID=.;OPOS=37536056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:55:58:50:50:0.462963:22:28:32:23:22:28:32:26 chr3 37574951 . G A 1529.69 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7511;QD=63.7372;RBI=0.0345414;REFB=0;REVB=-0.00440907;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252501;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr3 37670876 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0205979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1987;QD=15.8391;RBI=0.0317244;REFB=-0.00841788;REVB=-0.0241281;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0033776;OID=.;OPOS=37670876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:3:4:7:1:3:4 chr3 38052725 . C T 427.06 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0104146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0253;QD=15.3895;RBI=0.0450683;REFB=-0.0187168;REVB=-0.0438484;RO=63;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024089;STB=0.513508;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0231015;OID=.;OPOS=38052725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:24:24:33:30:24:24:33:30 chr3 38080952 . T G 230.65 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0257769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3531;QD=14.4154;RBI=0.0344372;REFB=-0.0333783;REVB=0.0228358;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202006;STB=0.615705;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0357005;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:7:20:21:16:7:20:21:16 chr3 38081031 . A T 205.52 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=81;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0493912;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7945;QD=10.4059;RBI=0.0495226;REFB=-0.00902006;REVB=0.00360578;RO=53;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062669;STB=0.547247;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0243079;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:53:53:25:26:0.329114:10:15:29:24:10:16:29:24 chr3 38105366 . C G 362.19 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00621149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.387;QD=23.3674;RBI=0.00636718;REFB=-0.014037;REVB=0.00139944;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376678;STB=0.520709;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0137596;OID=.;OPOS=38105366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:17:19:15:11:17:19:15:11 chr3 38125705 . G A 513.86 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.026127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1835;QD=17.4189;RBI=0.0473695;REFB=-0.0334895;REVB=-0.0395126;RO=62;SAF=33;SAR=22;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128567;STB=0.510634;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0327394;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:22:33:38:24:22:33:39:24 chr3 38151731 . T C 382.17 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0708739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9634;QD=25.4783;RBI=0.0722689;REFB=-0.0175352;REVB=-0.0141306;RO=23;SAF=11;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109208;STB=0.559966;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0101789;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:26:11:10:13:26:11:10:13 chr3 38164624 . AA AAAACTT,TT 172.09 PASS AF=0.36,0.04;AO=16,2;DP=50;FAO=18,2;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8,2;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000665825,-0.00788272;FXX=0.019604;HRUN=4,4;LEN=5,2;MLLD=241.812,207.485;QD=13.7671;RBI=0.0101373,0.017932;REFB=-0.00216973,-0.00956409;REVB=-0.0101154,-0.0161065;RO=28;SAF=8,2;SAR=8,0;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0774906,0.499993;STB=0.514003,0.99504;STBP=0.905,0.166;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00538686,-0.044533;OID=.,.;OPOS=38164626,38164624;OREF=-,AA;OALT=AACTT,TT;OMAPALT=AAAACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:16,2:18,2:0.36,0.04:8,0:8,2:12:16:10,0:8,2:14:16 chr3 38271881 . C T 728.41 PASS AF=0.534351;AO=71;DP=134;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00496364;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.766;QD=22.2414;RBI=0.0166977;REFB=-0.011039;REVB=-0.0159429;RO=58;SAF=31;SAR=40;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466884;STB=0.506665;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00965396;OID=.;OPOS=38271881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:58:61:71:70:0.534351:40:31:25:33:40:30:27:34 chr3 38296817 . G A 302.7 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0040615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.339;QD=17.0533;RBI=0.0196901;REFB=-0.0136826;REVB=-0.0192666;RO=38;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000796299;STB=0.500447;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0199235;OID=.;OPOS=38296817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:20:13:15:23:20:13:15:23 chr3 38347633 . G A 1033.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3395;QD=58.2337;RBI=0.0445905;REFB=-0.104595;REVB=0.044011;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158872;OID=.;OPOS=38347633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:35:35:1:0:35:36:0:0 chr3 38347851 . A G 793.67 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099678;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9343;QD=57.7211;RBI=0.0319229;REFB=0;REVB=-0.0303268;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201673;OID=.;OPOS=38347851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr3 38355225 . G A 502.06 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8267;QD=59.0661;RBI=0.0657892;REFB=0;REVB=0.0650509;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143682;OID=.;OPOS=38355225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr3 38357817 . C T 1500.7 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208138;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.564;QD=63.8597;RBI=0.0273237;REFB=0;REVB=0.0177023;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160225;OID=.;OPOS=38357817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr3 38401839 . T C 950.82 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.337;QD=55.9304;RBI=0.0417383;REFB=-0.086193;REVB=0.0393698;RO=2;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362956;STB=0.509431;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00314683;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:2:1:65:67:0.985294:25:40:0:2:26:41:0:1 chr3 38404472 . C A 1382.62 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398535;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.534;QD=62.8463;RBI=0.0428415;REFB=0;REVB=0.0157192;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85942e-07;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr3 38406773 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.794;QD=57.6807;RBI=0.0739059;REFB=0;REVB=0.0489403;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039704;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr3 38408361 . G A 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.971;QD=60.1633;RBI=0.0199045;REFB=0;REVB=0.0115761;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69651e-06;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:57:51:0:0:57:51:0:0 chr3 38442490 . G A 184.84 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0233031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.519;QD=12.1206;RBI=0.0244966;REFB=-0.00555511;REVB=-0.00755304;RO=37;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273398;STB=0.669889;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00885317;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:38:23:23:0.377049:18:5:16:21:18:5:17:21 chr3 38519424 . A G 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0180796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.802;QD=18.4446;RBI=0.0210106;REFB=-0.0218842;REVB=-0.0107039;RO=52;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291442;STB=0.516255;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0240661;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:23:22:27:25:23:22:27:25 chr3 38524742 . C T 1022.42 PASS AF=0.51;AO=102;DP=200;FAO=102;FDP=200;FR=.;FRO=98;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.000510041;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.252;QD=20.4484;RBI=0.00146144;REFB=-0.010926;REVB=-0.00136954;RO=98;SAF=56;SAR=46;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621858;STB=0.534113;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0127552;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:98:98:102:102:0.51:46:56:47:51:46:56:47:51 chr3 38525567 . T C 516.84 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0041174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1494;QD=22.4714;RBI=0.0183366;REFB=-0.0107412;REVB=-0.0178683;RO=42;SAF=28;SAR=21;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125102;STB=0.572787;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00426293;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:43:49:49:0.532609:21:28:30:12:21:28:31:12 chr3 38529818 . C T 151.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0288546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.263;QD=13.4899;RBI=0.0296641;REFB=-0.0121738;REVB=0.00688265;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338348;STB=0.695982;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0110267;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:9:19:6:11:9:19 chr3 38529825 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00736505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.986;QD=13.4584;RBI=0.0283315;REFB=-0.00915902;REVB=-0.0273575;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327081;STB=0.689431;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0154371;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:8:18:6:10:8:18 chr3 38532511 . G A 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0602293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.953;QD=17.0933;RBI=0.0604298;REFB=-0.0151954;REVB=-0.00491927;RO=51;SAF=14;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951999;STB=0.553504;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0160491;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:27:14:22:29:27:14:22:29 chr3 38534142 . T A 357.83 PASS AF=0.38;AO=38;DP=98;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.128529;FXX=0.166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.202;QD=28.6263;RBI=0.128543;REFB=-0.0148107;REVB=-0.00187927;RO=36;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242714;STB=0.592501;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.015975;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:50:36:14:38:19:0.38:29:9:17:19:11:8:3:11 chr3 38589665 . T TTCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTC 92.61 PASS AF=0.565217;AO=3;DP=30;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0112836;FXX=0.206825;HRUN=2;LEN=24;MLLD=512.222;QD=16.1065;RBI=0.01838;REFB=-0.0160483;REVB=0.0145087;RO=27;SAF=3;SAR=0;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524993;STB=0.661851;STBP=0.133;TYPE=ins;VARB=0.00408752;OID=.;OPOS=38589666;OREF=-;OALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTC;OMAPALT=TTCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:3:30:13:23:10:7:6:9:1:84:27:3:0:16:11 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 126.96 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0132233;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=25;MLLD=498.609;QD=18.8095;RBI=0.0269745;REFB=-0.0221417;REVB=0.023511;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464746;STB=0.753379;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0146534;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:13:30:14:27:13:5:9:12:1:99:14:5:8:13:1 chr3 38590358 . C CT 179.5 PASS AF=0.565217;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00336563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0284;QD=15.6086;RBI=0.0270417;REFB=0.0398111;REVB=0.0268314;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425359;STB=0.549115;STBP=0.451;TYPE=ins;VARB=-0.0300272;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:24:48:26:46:20:12:14:7:13:99:22:11:13:9:13 chr3 38592406 . A G 352.4 PASS AF=0.338462;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0441839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.398;QD=10.843;RBI=0.0528491;REFB=-0.0134539;REVB=-0.0289967;RO=82;SAF=21;SAR=23;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119507;STB=0.508061;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0375761;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:86:44:44:0.338462:23:21:40:42:23:21:40:46 chr3 38622467 . T C 1444.08 PASS AF=0.978947;AO=94;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0313886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.867;QD=60.8035;RBI=0.0368253;REFB=-0.0815157;REVB=-0.0192576;RO=1;SAF=64;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155407;STB=0.516663;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00898538;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:94:93:0.978947:30:64:0:1:29:64:0:2 chr3 38674712 . T C 3359.56 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.428;QD=62.214;RBI=0.0264242;REFB=0;REVB=0.0253322;RO=0;SAF=115;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84362e-06;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:215:216:1:100:115:0:0:100:116:0:0 chr3 38739574 . T C 1945.53 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103917;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0886;QD=61.7628;RBI=0.078801;REFB=0;REVB=0.0781128;RO=1;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514766;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:1:0:124:126:1:52:72:0:1:54:72:0:0 chr3 38739845 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.869;QD=62.3504;RBI=0.053316;REFB=0;REVB=-0.00453651;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371082;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 38763863 . G C 394.23 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0151443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.913;QD=18.3364;RBI=0.0154328;REFB=-0.0125988;REVB=-0.00297015;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016046;STB=0.50894;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0113621;OID=.;OPOS=38763863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:18:23:26:19:18:23:26:19 chr3 38764998 . A G 186.03 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00790384;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.081;QD=12.199;RBI=0.0100743;REFB=-0.0262312;REVB=-0.0062467;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108324;STB=0.508713;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0429866;OID=.;OPOS=38764998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:38:23:23:0.377049:13:10:11:22:13:10:16:22 chr3 38766675 . A G 269.21 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0588839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.334;QD=16.5666;RBI=0.0590062;REFB=-0.000424133;REVB=-0.00379705;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609604;STB=0.534224;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000595602;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:17:13:13:22:17:13:13:22 chr3 38768247 . G A 305.83 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0166627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.662;QD=15.2913;RBI=0.0173937;REFB=-0.0102764;REVB=0.00498948;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977302;STB=0.544181;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0159607;OID=.;OPOS=38768247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:46:34:34:0.425:13:21:23:21:13:21:25:21 chr3 38768300 . T C 395.98 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0153244;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=17.4056;RBI=0.0269669;REFB=-0.00120428;REVB=-0.0221895;RO=49;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741722;STB=0.547505;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00108437;OID=.;OPOS=38768300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:24:17:24:25:24:17:25:25 chr3 38798171 . C T 292.99 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0216954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.862;QD=17.2349;RBI=0.0373543;REFB=-0.0219976;REVB=0.0304082;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179429;STB=0.60623;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0191478;OID=.;OPOS=38798171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:10:21:18:18:10:22:18:18 chr3 38802251 . A G 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0247382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5613;QD=20.8082;RBI=0.0442165;REFB=0.00192512;REVB=-0.0366486;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15404;STB=0.586393;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00330981;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:15:8:12:11:15:8 chr3 38888584 . G A 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0132973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.807;QD=12.5606;RBI=0.0267657;REFB=-0.010599;REVB=-0.023229;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09384;STB=0.554091;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00998139;OID=.;OPOS=38888584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:16:19:10:12:16:19 chr3 38945560 . A G 1510.51 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00458041;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=58.6604;RBI=0.0218903;REFB=-0.141989;REVB=-0.0214057;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000851339;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:102:102:0.990291:51:51:0:0:51:51:0:1 chr3 39136699 . ATAAAG A 310.52 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.000187483;FXX=0.077912;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.073;QD=17.4942;RBI=0.0220229;REFB=-0.00373846;REVB=-0.0220221;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291206;STB=0.503874;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.00499146;OID=.;OPOS=39136700;OREF=TAAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464789:33:78:33:71:38:18:15:21:17:99:40:18:15:23:17 chr3 39180099 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.01;QD=58.961;RBI=0.0290757;REFB=0;REVB=-0.00852328;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267275;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr3 39180263 . G A 698.57 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0729473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5554;QD=54.7897;RBI=0.0807498;REFB=-0.10141;REVB=0.0346298;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00293243;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr3 39184959 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.434;QD=57.2375;RBI=0.0324006;REFB=0;REVB=-0.018804;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97729e-05;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr3 39185077 . G A 469.76 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716476;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.75;QD=58.7196;RBI=0.0778198;REFB=0;REVB=0.0303734;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537561;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr3 39185248 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8236;QD=57.2023;RBI=0.0530888;REFB=0;REVB=-0.0445331;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245232;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr3 39186728 . C T 1319.62 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0296655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.538;QD=58.6499;RBI=0.0369517;REFB=0.00389445;REVB=0.0220315;RO=3;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733882;STB=0.503875;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-3.57078e-05;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:48:39:1:2:48:39:1:2 chr3 39227447 . G A 178.56 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0126046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.005;QD=12.5308;RBI=0.0163197;REFB=-0.0257822;REVB=-0.0103661;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262169;STB=0.644314;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0297382;OID=.;OPOS=39227447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:35:20:22:0.385965:13:7:16:10:14:8:21:14 chr3 39229900 . T C 1080.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.507;QD=60.026;RBI=0.039842;REFB=0;REVB=0.0352297;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160289;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr3 39323163 . A C 297.42 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0310419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.721;QD=15.8624;RBI=0.0339754;REFB=-0.0183586;REVB=0.0138104;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260903;STB=0.514697;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0233793;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:18:15:18:24:18:15:18:24 chr3 39374873 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0211098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9498;QD=16.1191;RBI=0.0211393;REFB=-0.0265805;REVB=-0.00111743;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.66637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0356621;OID=.;OPOS=39374873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:6:7:3:9:6:7 chr3 39431081 . G A 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.985;QD=53.8913;RBI=0.0971589;REFB=0;REVB=0.0125719;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405924;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr3 40231883 . C T 1666.37 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3802;QD=58.9864;RBI=0.0969476;REFB=0;REVB=0.0565092;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285553;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:113:0:0:105:113:1:48:57:0:0:56:57:0:0 chr3 40251392 . T C 197.5 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0124828;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.6;QD=13.6204;RBI=0.0241145;REFB=-0.00392519;REVB=-0.0206322;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391584;STB=0.543193;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00536658;OID=.;OPOS=40251392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:34:22:23:0.396552:9:13:17:10:9:14:23:11 chr3 40286017 . T C 1802.82 PASS AF=0.991803;AO=114;DP=115;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103337;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5954;QD=59.109;RBI=0.0274169;REFB=-0.0764677;REVB=0.0253949;RO=1;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736218;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00197079;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:122:1:1:114:121:0.991803:64:50:0:1:66:55:0:1 chr3 40351484 . C T 318.69 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0329048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.711;QD=26.5578;RBI=0.0334712;REFB=-0.0633985;REVB=0.00613182;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215754;STB=0.623405;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.02348;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:27:28:0.583333:17:10:13:7:18:10:13:7 chr3 40435890 . A G 95.68 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0549221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.621;QD=12.3461;RBI=0.0624855;REFB=-0.0294633;REVB=0.0297993;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0281912;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:12:7:4:8:12:7 chr3 40466308 . C T 225.71 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00253176;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.264;QD=19.6265;RBI=0.00501462;REFB=0.00545513;REVB=0.00432858;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290404;STB=0.665735;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00485183;OID=.;OPOS=40466308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:17:5:12:12:17:5:12:12 chr3 40468896 . C T 367.58 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0196262;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.554;QD=15.9818;RBI=0.0220081;REFB=-0.0113178;REVB=-0.00995832;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104154;STB=0.56407;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0151159;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:53:39:39:0.423913:17:22:24:28:17:22:24:29 chr3 40519429 . T C 382.34 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.0106;QD=52.736;RBI=0.0491314;REFB=0.0544083;REVB=-0.0341283;RO=1;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618951;STB=0.533309;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00430053;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:21:7:1:0:21:7:1:0 chr3 40559078 . G C 272.55 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00712642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8323;QD=15.355;RBI=0.0145169;REFB=-0.000887131;REVB=-0.0126473;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192067;STB=0.519113;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00259263;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:30:31:0.43662:14:16:21:17:15:16:22:18 chr3 41756965 . C T 106.81 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0133479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.102;QD=6.78131;RBI=0.0133485;REFB=-0.0039005;REVB=0.000122231;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632864;STB=0.538873;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00730579;OID=.;OPOS=41756965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:9:7:23:24:9:7:23:24 chr3 41756986 . A T 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0189179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.634;QD=7.35783;RBI=0.0248128;REFB=-0.00298926;REVB=0.0160558;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110403;STB=0.574958;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00565943;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:11:7:23:25:11:7:24:25 chr3 41841716 . A C 746.44 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.036376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7438;QD=54.2864;RBI=0.130697;REFB=-0.0560006;REVB=0.125533;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00363273;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:55:0:1:49:54:0.981818:20:29:0:0:23:31:1:0 chr3 41877414 . T C 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.000575836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.85;QD=10.5625;RBI=0.00291578;REFB=-0.00198767;REVB=0.00285836;RO=49;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568579;STB=0.533162;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00417587;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:14:11:24:25:14:11:24:25 chr3 41910571 . T C 793.97 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3655;QD=56.7122;RBI=0.0718896;REFB=0;REVB=-0.00413058;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161269;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:27:19:0:0:27:29:0:0 chr3 41925398 . C T 537.52 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=120;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00820582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.99;QD=17.6236;RBI=0.0330023;REFB=-0.0181917;REVB=-0.0319659;RO=63;SAF=27;SAR=29;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245863;STB=0.508769;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0208424;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:63:65:56:57:0.467213:29:27:32:31:29:28:33:32 chr3 41925423 . T C 1770.26 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198635;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.914;QD=60.0087;RBI=0.0357901;REFB=-0.0709972;REVB=0.0297721;RO=1;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007599;STB=0.503999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000408938;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:62:55:0:1:62:55:0:1 chr3 41937000 . C T 334.64 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0101245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.355;QD=14.3931;RBI=0.0124498;REFB=0.00631711;REVB=0.00724516;RO=56;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181286;STB=0.603175;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00822172;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:24:13:29:27:24:13:29:27 chr3 41939993 . T A 764.72 PASS AF=1;AO=35;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.6599;QD=54.6232;RBI=0.214018;REFB=0;REVB=0.0787871;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00611139;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:35:56:1:12:23:0:0:22:34:0:0 chr3 41940710 . A C 45.46 PASS AF=0.117647;AO=9;DP=82;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.00143516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.08;QD=2.13948;RBI=0.00333226;REFB=-0.00718326;REVB=-0.00300737;RO=73;SAF=0;SAR=9;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705251;STB=0.92379;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0900253;OID=.;OPOS=41940710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:82:85:73:75:9:10:0.117647:9:0:48:25:9:1:48:27 chr3 41952838 . A G 194.95 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.119534;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.594;QD=19.995;RBI=0.119981;REFB=0.00279893;REVB=-0.0103563;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.652011;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00454449;OID=.;OPOS=41952838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:19:20:0.512821:5:14:7:10:5:15:9:10 chr3 41957466 . T G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0156679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4847;QD=13.7741;RBI=0.023373;REFB=-0.0250814;REVB=-0.017344;RO=31;SAF=18;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426601;STB=0.75452;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0466518;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:2:18:20:11:2:18:20:11 chr3 41960006 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00754904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=21.9446;RBI=0.0250737;REFB=-0.0204525;REVB=0.0239103;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126935;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0221948;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:8:4:8:8:8:4 chr3 41996136 . T C 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00803343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.868;QD=21.1223;RBI=0.00843663;REFB=-0.0187047;REVB=-0.00257694;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11748;STB=0.564946;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0153501;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:28:22:28:21:28:22:28:21 chr3 42236415 . A G 328.66 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023036;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1882;QD=54.7769;RBI=0.0672334;REFB=0;REVB=-0.0631639;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162458;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr3 42244321 . G A 1444.78 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.409;QD=61.4801;RBI=0.0423991;REFB=0;REVB=0.042372;RO=1;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125455;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:1:0:92:94:1:42:50:0:1:44:50:0:0 chr3 42251263 . C T 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00758835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.359;QD=57.6029;RBI=0.0289844;REFB=-0.0821868;REVB=0.0279734;RO=2;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426412;STB=0.522717;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00300786;OID=.;OPOS=42251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:22:21:2:0:22:21:2:0 chr3 42251329 . C T 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.187;QD=59.4999;RBI=0.0161951;REFB=0;REVB=0.0160477;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79492e-05;OID=.;OPOS=42251329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr3 42251868 . CT C 203.58 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931095;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.417;QD=38.7773;RBI=0.110205;REFB=0.118072;REVB=0.0589561;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00639148;OID=.;OPOS=42251869;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:21:21:0:13:8:0:0:3:1:12:6:0:1 chr3 42263355 . T C 344.71 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.003662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.79;QD=13.258;RBI=0.0187077;REFB=-0.0107542;REVB=0.0183458;RO=63;SAF=24;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134351;STB=0.56654;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0141808;OID=.;OPOS=42263355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:63:40:41:0.394231:16:24:30:33:17:24:30:33 chr3 42304784 . A G 243.83 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.036132;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3733;QD=17.7329;RBI=0.0660539;REFB=-0.0147504;REVB=-0.0552956;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451535;STB=0.508191;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.012074;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:28:26:27:0.490909:12:14:17:12:12:15:16:12 chr3 42438754 . T C 808.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2449;QD=56.7035;RBI=0.0247836;REFB=0;REVB=0.0196557;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54396e-05;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr3 42448471 . G A 1225.15 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.098;QD=61.2575;RBI=0.0553545;REFB=0;REVB=0.0334838;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167858;OID=.;OPOS=42448471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:33:45:0:0:34:46:0:0 chr3 42568929 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0274872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.447;QD=22.831;RBI=0.0278669;REFB=-0.0213538;REVB=-0.00458489;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0158585;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:3:7:8:7:3:7 chr3 42599091 . G A 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0163294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.172;QD=26.3429;RBI=0.0225748;REFB=-0.0360172;REVB=0.0155876;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039106;STB=0.521716;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0198934;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:7:4:8:11:7:4 chr3 42610374 . A G 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.0159528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.929;QD=9.62221;RBI=0.0169866;REFB=-0.010535;REVB=-0.00583566;RO=40;SAF=16;SAR=3;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356297;STB=0.52115;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0203175;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:3:16:33:7:3:16:33:7 chr3 42610515 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00682574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7364;QD=11.2568;RBI=0.0126002;REFB=-0.0455587;REVB=-0.0105912;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102563;STB=0.562336;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0646617;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:4:8:6:2:4:8 chr3 42636141 . G A 52.39 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.056566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7884;QD=9.1118;RBI=0.0594105;REFB=0.000877907;REVB=-0.0181631;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.608437;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00639961;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:23:15:15:7:8:0.347826:4:3:5:10:4:4:5:10 chr3 42700456 . C T 330.02 PASS AF=0.433735;AO=30;DP=81;FAO=36;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0204645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.901;QD=15.9047;RBI=0.0256179;REFB=-0.0294412;REVB=-0.0154104;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396165;STB=0.518062;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0339526;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:36:47:30:36:0.433735:12:18:23:13:18:18:25:22 chr3 42700630 . A G 241.93 PASS AF=0.3125;AO=31;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0385385;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.752;QD=10.0806;RBI=0.0415193;REFB=-0.0102485;REVB=-0.0154478;RO=65;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00640021;STB=0.518869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0193304;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:66:31:30:0.3125:14:17:36:29:14:16:37:29 chr3 42728144 . A G 542.88 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219231;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.611;QD=60.3198;RBI=0.0277784;REFB=0;REVB=-0.0170592;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114621;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr3 42733468 . T C 941.13 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443166;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.468;QD=58.8206;RBI=0.0450465;REFB=0;REVB=0.00807634;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210754;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr3 42735150 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.47;QD=55.0986;RBI=0.0134401;REFB=0;REVB=-0.00153365;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30921e-05;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr3 42735274 . A G 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.863;QD=51.9026;RBI=0.0385655;REFB=0;REVB=-0.0100828;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242002;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr3 42907112 . A C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00429312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.501;QD=26.3157;RBI=0.0255484;REFB=-0.005763;REVB=0.0251851;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306391;STB=0.668972;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00415409;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:12:2:13:9:12:2 chr3 42908775 . A C 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0935762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.023;QD=20.868;RBI=0.0936439;REFB=-0.0140641;REVB=0.00356127;RO=20;SAF=3;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927269;STB=0.552578;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0116445;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:18:3:4:16:18:3:4:16 chr3 42917047 . A G 1256.69 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.927;QD=61.3018;RBI=0.0328285;REFB=0;REVB=0.0326191;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21543e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:36:42:0:0:38:44:0:0 chr3 42954792 . C T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000416125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.086;QD=15.0177;RBI=0.00892766;REFB=-0.0117407;REVB=0.00891795;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21183;STB=0.636269;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0169644;OID=.;OPOS=42954792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:40:30:30:0.428571:21:9:19:19:21:9:21:19 chr3 42956273 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.948;QD=53.2753;RBI=0.0646907;REFB=0;REVB=0.0449357;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847065;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 42956519 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00406309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.603;QD=23.0939;RBI=0.00876387;REFB=-0.0178091;REVB=-0.0077651;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060464;STB=0.533859;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0126901;OID=.;OPOS=42956519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:4:8:10:7:4:8 chr3 43073761 . G A 151.12 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0181775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2456;QD=20.1488;RBI=0.0514359;REFB=-0.050257;REVB=0.0481168;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0472021;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:10:4:7:9:10:4 chr3 43074430 . A G 124.97 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00880665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.652;QD=17.8533;RBI=0.0135601;REFB=-0.0362936;REVB=0.0103112;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305023;STB=0.642653;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0221262;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:9:4:9:5:9:5:9:5 chr3 43074434 . C T 112.06 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0348284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2704;QD=16.6009;RBI=0.0375085;REFB=-0.0213804;REVB=0.0139238;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162012;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0414527;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:9:5:7:6:9:5 chr3 43074871 . A G 3030.7 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986685;FXX=0.0521302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=60.614;RBI=0.0122501;REFB=0;REVB=0.0072602;RO=0;SAF=103;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0059887;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:200:0:0:191:200:1:88:103:0:0:96:104:0:0 chr3 43074872 . C G 49.0 PASS AF=0.0794393;AO=15;DP=212;FAO=17;FDP=214;FR=.;FRO=197;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=104;FSRR=93;FWDB=-0.00880856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2157;QD=0.915825;RBI=0.0202436;REFB=-0.0297947;REVB=0.0182267;RO=197;SAF=2;SAR=13;SRF=104;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432122;STB=0.879948;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.047959;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:212:214:197:197:15:17:0.0794393:13:2:104:93:15:2:104:93 chr3 43095101 . A G 85.81 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00379275;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.94;QD=10.0952;RBI=0.0173923;REFB=-0.00268975;REVB=0.0169737;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375094;STB=0.72686;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0105326;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:9:14:3:8:9:14 chr3 43095245 . A G 306.44 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.004313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.211;QD=27.2393;RBI=0.0235007;REFB=-0.00438183;REVB=0.0231015;RO=18;SAF=5;SAR=22;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582469;STB=0.821194;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00117122;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:22:5:18:0:22:5:18:0 chr3 43121534 . C T 210.22 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0183974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.185;QD=15.5718;RBI=0.0199302;REFB=-0.0291463;REVB=0.00766472;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146767;STB=0.583264;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0312497;OID=.;OPOS=43121534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:13:17:10:14:13:17 chr3 43390387 . C CT,T 491.18 PASS AF=0.891304,0.0652174;AO=32,4;DP=51;FAO=41,3;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22,3;FSAR=19,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00883964,0.00825606;FXX=0.041658;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=17.2621,208.703;QD=42.7109;RBI=0.0113385,0.00973959;REFB=-0.0667553,0.00205773;REVB=-0.00710084,0.00516693;RO=11;SAF=20,4;SAR=12,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.039521,0.67888;STB=0.521729,0.5;STBP=0.246,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00361885,-0.0242981;OID=.,.;OPOS=43390388,43390387;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:51:46:11:2:32,4:41,3:0.891304,0.0652174:12,0:20,4:6:5:19,0:22,3:2:0 chr3 43392356 . G A,GTA 795.75 PASS AF=0.0675676,0.783784;AO=6,50;DP=91;FAO=5,58;FDP=74;FR=.;FRO=11;FSAF=1,24;FSAR=4,34;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0208674,0.0446898;FXX=0.0512755;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.3261,156.24;QD=43.0135;RBI=0.0446602,0.0566118;REFB=-0.0936976,-0.1204;REVB=0.0394852,0.0347522;RO=31;SAF=1,20;SAR=5,30;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.375747,-0.0374327;STB=0.755664,0.521465;STBP=0.215,0.456;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00300994,0.0242341;OID=.,.;OPOS=43392356,43392357;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:91:74:31:11:6,50:5,58:0.0675676,0.783784:5,30:1,20:14:17:4,34:1,24:6:5 chr3 43414318 . A G 1583.58 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.287;QD=59.7577;RBI=0.0261085;REFB=0;REVB=0.00187655;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06308e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:60:44:0:0:62:44:0:0 chr3 43602803 . C T 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.397;QD=61.3281;RBI=0.00710337;REFB=0;REVB=-0.00460949;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92707e-05;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr3 43607136 . T C 490.19 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.921;QD=56.0212;RBI=0.0109805;REFB=-0.0911706;REVB=0.0100558;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000358902;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:11:23:0:0:11:23:1:0 chr3 44283672 . T C 96.61 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.458;QD=38.6458;RBI=0.0480174;REFB=0;REVB=-0.0392454;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160705;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr3 44283808 . C A 724.61 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.222;QD=59.152;RBI=0.0417333;REFB=-0.15222;REVB=0.0378851;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.518511;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000450413;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:26:21:0:2:26:21:0:2 chr3 44284584 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.973;QD=61.684;RBI=0.0146434;REFB=0;REVB=0.000521711;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41913e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr3 44540791 . TTC T 567.43 PASS AF=0.894737;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0160998;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=2;MLLD=286.528;QD=39.8194;RBI=0.0226261;REFB=0.0305563;REVB=-0.0158977;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540301;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=-0.00208822;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:49:53:51:57:6:23:28:5:1:12:0:23:26:0:0 chr3 44612050 . C T 365.7 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.998;QD=54.1779;RBI=0.0595166;REFB=0;REVB=0.0205886;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142892;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:10:17:0:0 chr3 44692564 . C G 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4761;QD=61.2102;RBI=0.0181814;REFB=0;REVB=0.0172353;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.959e-05;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:26:53:0:0:26:53:0:0 chr3 44763037 . A C 219.39 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0220275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.505;QD=39.8899;RBI=0.0364585;REFB=-0.0541245;REVB=0.0290518;RO=2;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182147;STB=0.636205;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00244772;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:15:4:2:0:15:4:3:0 chr3 44775962 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.159;QD=60.2267;RBI=0.0315841;REFB=0;REVB=0.00332887;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123874;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 44777795 . CT TC 298.77 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000319512;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.529;QD=42.6814;RBI=0.00183977;REFB=0.0507089;REVB=0.00181181;RO=3;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894972;STB=0.56245;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=-0.00363218;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:28:3:4:24:24:0.857143:10:14:3:0:10:14:4:0 chr3 44869026 . A T 2506.57 PASS AF=0.988166;AO=164;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8018;QD=59.3272;RBI=0.0624262;REFB=-0.184924;REVB=0.0596507;RO=1;SAF=64;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473526;STB=0.501296;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00268544;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:1:2:164:167:0.988166:100:64:0:1:101:66:1:1 chr3 44884647 . C A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.798;QD=60.5472;RBI=0.0344306;REFB=0;REVB=0.0185718;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01306e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr3 44929287 . G C 616.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018357;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1234;QD=61.6668;RBI=0.0330343;REFB=0;REVB=0.0274643;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505579;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr3 44943069 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.694;QD=60.9744;RBI=0.0110227;REFB=0;REVB=0.00473995;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21948e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr3 44943389 . G A 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.798;QD=58.0486;RBI=0.0789273;REFB=0;REVB=0.0788287;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219244;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr3 44948479 . C T 436.76 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.805;QD=54.5951;RBI=0.0355878;REFB=-0.0922081;REVB=0.0297881;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000783835;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr3 44948590 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0014172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.723;QD=57.8843;RBI=0.0129876;REFB=0;REVB=0.0129101;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26316e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr3 45052775 . G C 1646.5 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820335;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.626;QD=59.3334;RBI=0.0364785;REFB=-0.0992054;REVB=0.0355441;RO=1;SAF=62;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759585;STB=0.503999;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=3.97752e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:48:62:1:0:48:62:1:0 chr3 45077123 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.301;QD=57.5453;RBI=0.0359522;REFB=0;REVB=0.0193076;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86002e-05;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr3 45127515 . T C 1382.94 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2774;QD=62.1547;RBI=0.0815288;REFB=0;REVB=0.0744663;RO=0;SAF=27;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685185;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:61:27:0:0:61:28:0:0 chr3 45134822 . T C 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000521702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.541;QD=62.0056;RBI=0.0242734;REFB=0;REVB=-0.0242678;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06557e-05;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr3 45153708 . G A 782.07 PASS AF=0.579365;AO=72;DP=125;FAO=73;FDP=126;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00153809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.511;QD=24.8275;RBI=0.0164851;REFB=-0.0102664;REVB=0.0164132;RO=53;SAF=25;SAR=47;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246373;STB=0.629106;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00597823;OID=.;OPOS=45153708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:53:53:72:73:0.579365:47:25:35:18:47:26:35:18 chr3 45527218 . T C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00342442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.772;QD=58.6113;RBI=0.0177977;REFB=-0.0209687;REVB=0.0174652;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000533583;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:34:39:0:0:34:39:1:0 chr3 45533224 . G A 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.358;QD=62.3126;RBI=0.0222492;REFB=0;REVB=0.00623376;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1807e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr3 45557707 . G A 489.6 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.017383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.107;QD=24.7898;RBI=0.0259359;REFB=-0.00477561;REVB=0.0192484;RO=33;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413642;STB=0.522642;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00523124;OID=.;OPOS=45557707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:22:24:19:14:22:24:19:14 chr3 45559519 . T C 1372.29 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816933;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.952;QD=62.3767;RBI=0.0291247;REFB=0;REVB=0.0279555;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332069;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:45:41:0:0:46:42:0:0 chr3 45565554 . A G 2307.55 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561282;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.918;QD=61.1272;RBI=0.0585229;REFB=0;REVB=-0.0165697;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123996;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:84:67:0:0:84:67:0:0 chr3 45637253 . C T 748.95 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0123524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.808;QD=51.652;RBI=0.01793;REFB=-0.080696;REVB=0.0129963;RO=3;SAF=18;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000669858;STB=0.500356;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000380114;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:37:18:1:2:37:18:1:2 chr3 45637439 . T C 4313.34 PASS AF=1;AO=227;DP=269;FAO=272;FDP=272;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409719;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.37;QD=63.4315;RBI=0.0709579;REFB=0;REVB=0.0579338;RO=0;SAF=128;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80908e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:272:0:0:227:272:1:99:128:0:0:141:131:0:0 chr3 45722654 . C G 364.25 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.015589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4487;QD=21.1158;RBI=0.015889;REFB=-0.0345917;REVB=-0.00307279;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823094;STB=0.546074;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.021819;OID=.;OPOS=45722654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:37:37:0.536232:21:16:16:14:21:16:17:15 chr3 45730482 . C G 250.13 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0303787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3149;QD=16.6752;RBI=0.0460449;REFB=-0.0321597;REVB=0.0346016;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119524;STB=0.567483;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0275745;OID=.;OPOS=45730482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:9:19:18:14:9:19:18:14 chr3 45779136 . A T 1331.95 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.35;QD=61.9511;RBI=0.0513642;REFB=0;REVB=0.0493799;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32525e-05;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:1:0:80:86:1:40:40:1:0:45:41:0:0 chr3 45817418 . A G 787.53 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932351;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.684;QD=57.2752;RBI=0.0179739;REFB=0;REVB=-0.0153666;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103166;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr3 45942608 . G A 211.83 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00951323;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.555;QD=18.8297;RBI=0.0254138;REFB=-0.0365277;REVB=-0.0235661;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677185;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0406142;OID=.;OPOS=45942608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:12:12:9:12:12:12 chr3 45959515 . A T 712.07 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400087;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5934;QD=63.2948;RBI=0.0429856;REFB=0;REVB=0.0157181;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311201;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr3 45959757 . CCT C,CC,CCC 979.79 PASS AF=0.0144928,0.0289855,0.942029;AO=8,17,44;DP=71;FAO=1,2,65;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,26;FSAR=1,2,39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0952298,0.106111,0.110143;FXX=0.0142837;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=206.761,219.275,224.679;QD=56.7992;RBI=0.0971055,0.107242,0.110913;REFB=0.0385893,0.0316067,0.0243821;REVB=0.0189942,0.0155326,0.0130517;RO=0;SAF=7,11,6;SAR=1,6,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318777,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.78849e-08,0,0;STB=0.989913,0.993266,0.509431;STBP=0.496,0.232,0.315;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00842227,-0.00728714,0.00523783;OID=.,.,.;OPOS=45959758,45959759,45959759;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0144928,0.0289855,0.942029:8,17,44:71:1,2,65:69:1:0,0,26:1,2,39:1:0:8:0:7,11,6:1,6,38:0:0 chr3 45989044 . T G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.792;QD=60.6085;RBI=0.0353543;REFB=0;REVB=0.0336777;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107989;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr3 45996761 . G A 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.503;QD=60.5453;RBI=0.0057589;REFB=0;REVB=0.00535086;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88948e-06;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr3 46008790 . G A 1880.98 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947139;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3235;QD=61.6716;RBI=0.103944;REFB=0;REVB=0.0428207;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549865;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chr3 46009864 . C G 1008.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.879;QD=59.2998;RBI=0.0572918;REFB=0;REVB=0.0079591;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626695;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr3 46010077 . C T 1144.97 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.425;QD=57.9729;RBI=0.0323369;REFB=-0.0924699;REVB=0.0112872;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516662;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000626982;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:0:2:77:77:0.974684:29:48:0:0:29:48:0:2 chr3 46021218 . G T 829.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748507;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.388;QD=57.1964;RBI=0.026343;REFB=0;REVB=0.0252572;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117675;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:21:36:0:0:22:36:0:0 chr3 46416470 . G T 818.24 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0575877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7126;QD=52.7898;RBI=0.0672365;REFB=-0.189029;REVB=0.0347044;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314298;STB=0.524582;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0141311;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:3:59:59:0.951613:29:30:0:2:29:30:0:3 chr3 46417312 . G T 709.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.529;QD=63.0528;RBI=0.0384647;REFB=0;REVB=0.027267;RO=0;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148863;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:10:34:0:0:10:35:0:0 chr3 46449978 . A C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.041;QD=62.6144;RBI=0.0343957;REFB=0;REVB=0.0265708;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7044e-06;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr3 46450070 . T A 758.38 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0153132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.203;QD=53.2199;RBI=0.0656416;REFB=-0.100161;REVB=0.0638304;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.521731;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00334606;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:22:33:0:1:22:33:0:2 chr3 46480801 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00545384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.415;QD=59.4248;RBI=0.0447387;REFB=-0.0104916;REVB=0.044405;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000234392;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr3 46484964 . G A 1347.6 PASS AF=1;AO=64;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8039;QD=61.2545;RBI=0.0477062;REFB=0;REVB=0.0396012;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453253;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:64:88:1:44:20:0:0:48:40:0:0 chr3 46501213 . T C 1325.85 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.197;QD=60.9588;RBI=0.0288313;REFB=-0.148103;REVB=0.0166625;RO=1;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133435;STB=0.507041;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000400796;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:35:51:0:1:35:51:0:1 chr3 46501268 . C T 1250.02 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.415;QD=60.2417;RBI=0.0383611;REFB=-0.0699277;REVB=0.0351694;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126271;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00036526;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:37:45:0:1:37:45:0:1 chr3 46501284 . C CCTT 986.86 PASS AF=1;AO=63;DP=73;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000207006;FXX=0.0571347;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.988;QD=59.8098;RBI=0.0278745;REFB=0;REVB=0.0278737;RO=7;SAF=34;SAR=29;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000183647;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:73:66:66:0:37:29:0:0:5:7:34:29:4:3 chr3 46509712 . A G 462.3 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0180662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.467;QD=24.3318;RBI=0.0216426;REFB=-0.00826056;REVB=0.0119169;RO=32;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333132;STB=0.513152;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00609527;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:32:43:44:0.578947:22:21:17:15:22:22:17:15 chr3 46580591 . G T 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0123989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.291;QD=16.817;RBI=0.0227421;REFB=-0.0258349;REVB=-0.0190649;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187176;STB=0.607965;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0451709;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:11:17:16:5:11:17 chr3 46620614 . T C 2104.59 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5668;QD=61.8997;RBI=0.0477445;REFB=-0.00623764;REVB=0.0474771;RO=0;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74051e-08;STB=0.504132;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000102286;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:0:1:134:135:0.992647:60:74:0:0:60:75:0:1 chr3 46621299 . T G 244.75 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00321641;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.036;QD=14.1884;RBI=0.00362761;REFB=-0.0262893;REVB=0.00167758;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.573266;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0259622;OID=.;OPOS=46621299;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:28:29:0.42029:20:8:17:22:20:9:17:23 chr3 46654132 . G A 481.03 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0331838;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.33;QD=18.3249;RBI=0.0456718;REFB=-0.0214611;REVB=0.0313808;RO=53;SAF=34;SAR=16;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040286;STB=0.510634;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0270887;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:54:50:51:0.485714:16:34:34:19:17:34:35:19 chr3 46658737 . A G 1454.79 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114854;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9311;QD=57.0506;RBI=0.110084;REFB=-0.161388;REVB=0.109483;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.504672;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0057672;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:102:0:1:98:101:0.990196:50:48:0:0:53:48:0:1 chr3 46713457 . C G 461.22 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0585012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2174;QD=21.4518;RBI=0.0585028;REFB=0.0116639;REVB=0.000428848;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671383;STB=0.543345;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.012429;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:26:19:20:20:26:19:21:20 chr3 46722692 . G T 203.28 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00710321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4306;QD=21.9764;RBI=0.0378528;REFB=-0.00842852;REVB=0.0371804;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112803;STB=0.563279;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00813897;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:10:7:11:9:10:7 chr3 46729757 . C G 324.37 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.027579;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1752;QD=16.8501;RBI=0.0292398;REFB=-0.0187634;REVB=0.00971401;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700576;STB=0.510442;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0189189;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:34:35:0.454545:16:18:22:19:16:19:22:20 chr3 46933960 . C G 166.58 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.013452;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2393;QD=14.177;RBI=0.0480099;REFB=-0.019653;REVB=-0.0460868;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275788;STB=0.516031;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0277363;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:7:11:17:12:7:11:17:12 chr3 46944274 . T C 161.55 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0146431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3009;QD=14.0475;RBI=0.0146592;REFB=-0.0159708;REVB=0.000688173;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776268;STB=0.512182;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0207315;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:28:17:18:0.391304:7:10:15:14:8:10:15:13 chr3 47018214 . T C 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.321;QD=61.8486;RBI=0.0357854;REFB=0;REVB=0.00205269;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06544e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr3 47033985 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 203.19 PASS AF=0.151316,0.0263158;AO=15,11;DP=152;FAO=23,4;FDP=152;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=103;FSAF=6,2;FSAR=17,2;FSRF=87;FSRR=16;FWDB=-0.0323292,-0.061995;FXX=0.0379723;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=29.2664,19.2176;QD=5.34712;RBI=0.032364,0.0965717;REFB=-0.0109458,-0.0340075;REVB=-0.00149866,-0.0740453;RO=77;SAF=1,8;SAR=14,3;SRF=67;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.804775,-0.277791;STB=0.888489,0.830849;STBP=0.002,0.535;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.114189,0.111542;OID=.,.;OPOS=47033985,47033991;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:152:152:77:103:15,11:23,4:0.151316,0.0263158:14,3:1,8:67:10:17,2:6,2:87:16 chr3 47043538 . C T 1169.99 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8176;QD=57.0727;RBI=0.0330378;REFB=-0.0264997;REVB=0.0154191;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262805;STB=0.508271;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00937973;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:79:79:0.963415:44:35:2:0:44:35:2:1 chr3 47045606 . G A 344.88 PASS AF=0.493151;AO=37;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00890062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5836;QD=18.8974;RBI=0.0231227;REFB=-0.00234498;REVB=-0.021341;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568839;STB=0.536987;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00199852;OID=.;OPOS=47045606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:37:37:36:0.493151:15:22:20:14:14:22:20:17 chr3 47045739 . C G 229.85 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0664506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2894;QD=45.9705;RBI=0.0665383;REFB=-0.0838076;REVB=0.00341493;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00436122;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:18:19:0.95:12:6:1:0:13:6:1:0 chr3 47125385 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.262;QD=60.2046;RBI=0.00686996;REFB=0;REVB=-0.00331582;RO=0;SAF=64;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98012e-05;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:9:64:0:0:9:64:0:0 chr3 47161214 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.817;QD=35.5759;RBI=0.0405337;REFB=0;REVB=-0.0215488;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93901e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr3 47162661 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.098;QD=47.822;RBI=0.0214451;REFB=0;REVB=0.0209025;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166097;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr3 47282303 . G A 820.77 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204064;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.845;QD=57.5978;RBI=0.0209577;REFB=0;REVB=0.00477542;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141486;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr3 47322496 . C T 724.11 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4237;QD=54.6501;RBI=0.0482246;REFB=-0.066915;REVB=0.0424641;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00277031;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:32:20:0:1:32:20:0:1 chr3 47385585 . C A 620.69 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0196223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.373;QD=55.1725;RBI=0.0331758;REFB=-0.155521;REVB=0.0267508;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.511622;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0121811;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:45:45:0:3:42:42:0.933333:9:33:0:0:9:33:2:1 chr3 47386059 . TG CC 530.48 PASS AF=1;AO=2;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189355;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=2;MLLD=58.3242;QD=57.3495;RBI=0.257416;REFB=0;REVB=0.174377;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00403575;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:2:37:1:1:1:0:0:21:16:0:0 chr3 47386874 . A G 311.57 PASS AF=0.425;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0200564;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.369;QD=15.5784;RBI=0.0234767;REFB=-0.00903899;REVB=0.0122022;RO=45;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249871;STB=0.63725;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0120516;OID=.;OPOS=47386874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:45:46:34:34:0.425:9:25:23:22:9:25:24:22 chr3 47449058 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.518;QD=40.7629;RBI=0.0706016;REFB=0;REVB=0.0284825;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686843;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr3 47452087 . G A 198.48 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.824;QD=44.1074;RBI=0.00386878;REFB=0.0388502;REVB=0.00386878;RO=1;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000774541;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:17:0:0:1:17:0:0:1 chr3 47452786 . G A 616.43 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228421;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.057;QD=61.6427;RBI=0.02499;REFB=0;REVB=0.010136;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38533e-05;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr3 47454399 . G A 77.06 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5425;QD=38.5299;RBI=0.119619;REFB=0;REVB=0.119619;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226668;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:7:0:0:0:8:0:0:0 chr3 47459679 . C T 1380.48 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033215;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.249;QD=62.749;RBI=0.0350971;REFB=0;REVB=0.0113388;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04721e-05;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr3 47462200 . T C 390.73 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.74;QD=55.8185;RBI=0.0335244;REFB=0;REVB=0.0334853;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135857;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:11:17:0:0 chr3 47539751 . T C 1013.59 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363129;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.226;QD=59.6227;RBI=0.00847444;REFB=0;REVB=0.00765701;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76578e-05;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr3 47618953 . C A 251.73 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00374697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.655;QD=21.4234;RBI=0.0241132;REFB=-0.0174909;REVB=-0.0238203;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128525;STB=0.579089;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0152083;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:7:16:13:10:7:17:13:10 chr3 47645933 . A T 377.42 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0052633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.059;QD=18.638;RBI=0.0404479;REFB=-0.00242763;REVB=-0.040104;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133758;STB=0.567534;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00203044;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:42:38:39:0.481481:18:20:28:14:18:21:28:14 chr3 47953405 . A C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00802773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.732;QD=21.7444;RBI=0.0163104;REFB=0.00607058;REVB=-0.014198;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00289732;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:4:7:6:9:4:7 chr3 47953733 . C A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0122139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.162;QD=17.0892;RBI=0.0125538;REFB=-0.00826122;REVB=-0.00290133;RO=28;SAF=20;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302649;STB=0.672743;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0091879;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:5:20:15:13:5:20:15:13 chr3 47956424 . C T 527.35 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0210486;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.163;QD=21.7462;RBI=0.0210627;REFB=-0.0109484;REVB=-0.00077186;RO=47;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116629;STB=0.506437;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0095951;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:47:50:50:0.515464:27:23:21:26:27:23:21:26 chr3 47958037 . G T 303.1 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0134163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.613;QD=14.6071;RBI=0.0146021;REFB=-0.0167653;REVB=-0.00576404;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104644;STB=0.559287;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0265623;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:28:21:18:16:28:21 chr3 48299439 . T C 351.1 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00134539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4935;QD=18.0052;RBI=0.0587889;REFB=-0.0152692;REVB=0.0587735;RO=41;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179325;STB=0.600373;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0235361;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:24:13:22:19:24:13:22:19 chr3 48419897 . C T 221.77 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.013734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.094;QD=18.4812;RBI=0.0164935;REFB=-0.00712107;REVB=0.00913305;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262502;STB=0.64694;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0203006;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:5:21:12:10:5:21 chr3 48421387 . G T 112.91 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.031601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5953;QD=18.8177;RBI=0.0798517;REFB=-0.0244052;REVB=0.0733327;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0131366;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:5:7:6:5:5:8:6:5 chr3 48422235 . T A 140.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000493036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.446;QD=12.7327;RBI=0.00518179;REFB=-0.0134703;REVB=-0.00515828;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249201;STB=0.645887;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0273901;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:17:11:10:6:17:11 chr3 48461313 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.756;QD=21.1668;RBI=0.0279165;REFB=0.00423954;REVB=-0.0249217;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.599677;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0112095;OID=.;OPOS=48461313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:2:1:1:6:2:1 chr3 48474249 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0155233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9888;QD=19.7024;RBI=0.0650201;REFB=0.0403334;REVB=-0.0631398;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265217;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0380769;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:16:16:17:0.515152:8:8:9:8:8:9:8:8 chr3 48476431 . C G 1509.78 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177062;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.8;QD=59.7931;RBI=0.0227276;REFB=0;REVB=0.014249;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197374;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr3 48508585 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.02264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.16;QD=13.7732;RBI=0.0305651;REFB=-0.00803762;REVB=0.0205343;RO=31;SAF=3;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460166;STB=0.770575;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0303744;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:17:3:16:15:17:3:16:15 chr3 48510511 . G A 183.91 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00285538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1628;QD=35.0295;RBI=0.138669;REFB=-0.0418374;REVB=0.138639;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906511;STB=0.55301;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156121;OID=.;OPOS=48510511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:21:4:4:16:17:0.809524:8:8:3:1:9:8:3:1 chr3 48599944 . C A 216.52 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0148188;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.723;QD=15.1947;RBI=0.0232275;REFB=-0.0169814;REVB=0.0178864;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232114;STB=0.63177;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0195583;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:19:13:16:9:19:13 chr3 48610925 . T C 235.87 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0417128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.85;QD=19.6556;RBI=0.04783;REFB=-0.0161144;REVB=-0.0234041;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17163;STB=0.583111;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0142325;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:17:7:11:12:17:8 chr3 48613074 . G A 402.98 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0144679;FXX=0.0116266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.475;QD=18.9639;RBI=0.0223834;REFB=-0.0118196;REVB=0.0170792;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116175;STB=0.564467;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00946961;OID=.;OPOS=48613074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:18:23:30:14:18:23:30:14 chr3 48616675 . G A 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0329529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0238;QD=16.2687;RBI=0.0937627;REFB=-0.000528076;REVB=0.0877813;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240166;STB=0.624829;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00577257;OID=.;OPOS=48616675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:7:10:5:10:8:10 chr3 48620881 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0217813;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.079;QD=16.0643;RBI=0.0219145;REFB=0.00128171;REVB=0.0024119;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108824;STB=0.561357;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00128224;OID=.;OPOS=48620881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:19:12:13:13:19:12 chr3 48625266 . T C 354.01 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639683;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.848;QD=54.4637;RBI=0.0462305;REFB=0;REVB=0.0457858;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233365;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:11:15:0:0 chr3 48628014 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00389502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.25;QD=28.1411;RBI=0.00502427;REFB=-0.001115;REVB=0.00317366;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153563;STB=0.585687;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000349699;OID=.;OPOS=48628014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:3:4:5:11:3:4 chr3 48638807 . G C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0435454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6597;QD=19.3857;RBI=0.0598444;REFB=-0.00263184;REVB=-0.0410506;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244909;STB=0.638681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00277624;OID=.;OPOS=48638807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:8:13:7:13:8:13 chr3 48669447 . C T 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8467;QD=59.418;RBI=0.0378683;REFB=-0.0582824;REVB=0.0215195;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000965592;OID=.;OPOS=48669447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr3 48681053 . C T 825.43 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0216376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4836;QD=54.1265;RBI=0.0323509;REFB=-0.094753;REVB=0.0240498;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00396133;OID=.;OPOS=48681053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:2:0:26:33:2:0 chr3 48691316 . T C 1391.33 PASS AF=0.989011;AO=80;DP=81;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7469;QD=61.1573;RBI=0.134983;REFB=-0.117851;REVB=0.0646909;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116896;STB=0.506172;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00200831;OID=.;OPOS=48691316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:91:1:1:80:90:0.989011:40:40:0:1:40:50:0:1 chr3 48694147 . G A 182.83 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.046;QD=43.0199;RBI=0.0681245;REFB=-0.153874;REVB=-0.026577;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00815804;OID=.;OPOS=48694147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:7:9:0:0:7:9:0:1 chr3 48697654 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.877;QD=56.1909;RBI=0.0053468;REFB=0;REVB=-0.00413857;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3653e-06;OID=.;OPOS=48697654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 48699519 . C T 745.37 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.434;QD=63.4353;RBI=0.0267037;REFB=0;REVB=-0.0117928;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27073e-05;OID=.;OPOS=48699519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr3 48727112 . G A 279.95 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0148986;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.319;QD=16.4677;RBI=0.0155902;REFB=-0.0211705;REVB=0.00459199;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288097;STB=0.653857;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0323788;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:31:31:0.455882:12:19:11:25:12:19:12:25 chr3 48731655 . AG A 32.82 PASS AF=0.3;AO=7;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.156605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0608;QD=6.5635;RBI=0.189912;REFB=-0.0266529;REVB=-0.107431;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413297;STB=0.728298;STBP=0.243;TYPE=del;VARB=0.0156196;OID=.;OPOS=48731656;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:7:20:6:20:14:5:1:8:6:32:13:6:1:7:6 chr3 48731961 . A G 126.77 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0266615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1397;QD=19.5031;RBI=0.0366505;REFB=0.0147057;REVB=0.025148;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00477935;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:2:10:10:4:2:10 chr3 48732223 . G A 429.3 PASS AF=0.354167;AO=45;DP=143;FAO=51;FDP=144;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=-0.0128844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4716;QD=11.925;RBI=0.0133555;REFB=-0.00509563;REVB=-0.00351578;RO=92;SAF=17;SAR=28;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512707;STB=0.513971;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00620553;OID=.;OPOS=48732223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:92:93:45:51:0.354167:28:17:31:61:33:18:31:62 chr3 48732480 . T C 128.8 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0267099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.905;QD=12.5658;RBI=0.0311435;REFB=-0.00834868;REVB=-0.0160156;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200637;STB=0.617213;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0302069;OID=.;OPOS=48732480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:17:9:8:7:17:9 chr3 48986546 . CATTTATTT C 83.37 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00345805;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=8;MLLD=263.027;QD=18.5266;RBI=0.0115351;REFB=0.0041473;REVB=0.0110046;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=-0.00353566;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:9:15:10:18:8:4:6:5:3:59:2:4:5:2:0 chr3 48995487 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00715374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.629;QD=14.6582;RBI=0.0150455;REFB=-0.00599981;REVB=-0.013236;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149999;STB=0.58809;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00699145;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:6:11:10:3:6:11 chr3 49053219 . A G,T 979.62 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=60,3;DP=63;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113753,0.0179843;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.97,128.338;QD=56.7896;RBI=0.0130037,0.0213734;REFB=0,0;REVB=0.0063006,-0.0115494;RO=0;SAF=30,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00597097,0.0757387;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:63:69:0:0:60,3:66,3:0.956522,0.0434783:30,2:30,1:0:0:32,2:34,1:0:0 chr3 49054692 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.095;QD=57.1775;RBI=0.0185339;REFB=0;REVB=0.0166827;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39883e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr3 49067904 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0215387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.812;QD=18.1184;RBI=0.028633;REFB=-0.0125781;REVB=-0.0188661;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187649;STB=0.605951;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0222031;OID=.;OPOS=49067904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:15:5:8:10:15:5 chr3 49141116 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00821114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.162;QD=12.4668;RBI=0.00986585;REFB=-0.00669217;REVB=0.0054692;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129;STB=0.574396;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0176402;OID=.;OPOS=49141116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:11:22:11:9:11:22 chr3 49156473 . C G 384.17 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00525924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.238;QD=17.663;RBI=0.0290135;REFB=-0.00871934;REVB=0.0285329;RO=46;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135346;STB=0.582931;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0110005;OID=.;OPOS=49156473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:13:27:25:21:13:27:25:22 chr3 49200627 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.931;QD=39.2062;RBI=0.134091;REFB=0;REVB=0.0535906;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490296;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 49200692 . T A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5349;QD=58.5785;RBI=0.179318;REFB=0;REVB=0.178239;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240598;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr3 49273996 . C T 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0172428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.835;QD=29.7817;RBI=0.0222208;REFB=-0.0588656;REVB=0.0140161;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583218;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0141158;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:0:4:13:13:0.764706:3:10:0:0:3:10:4:0 chr3 49298139 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.335;QD=59.6782;RBI=0.0312675;REFB=0;REVB=-0.0132126;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217531;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr3 49298205 . T C 860.4 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.244;QD=57.3601;RBI=0.0531587;REFB=0;REVB=0.0270916;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53891e-05;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:20:39:0:0:21:39:0:0 chr3 49548008 . C G 819.73 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5858;QD=54.6488;RBI=0.0243968;REFB=-0.0495313;REVB=-0.0137037;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000395463;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:30:30:0:0:30:29:1:0 chr3 49570882 . T C 1305.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.341;QD=60.7435;RBI=0.0558365;REFB=-0.0170242;REVB=0.0511805;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011696;STB=0.506171;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000312466;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:45:40:1:0:45:40:1:0 chr3 49690199 . G A 1478.19 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485041;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.495;QD=63.578;RBI=0.0558905;REFB=0;REVB=0.0277687;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20754e-05;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr3 49701298 . G A 1556.42 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.075;QD=59.8624;RBI=0.00969936;REFB=0;REVB=-0.0095399;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69248e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr3 49708769 . T C 1633.87 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000478161;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3278;QD=56.3402;RBI=0.00230792;REFB=-0.00419871;REVB=-0.00225785;RO=3;SAF=53;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261135;STB=0.518179;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000630475;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:116:116:3:4:112:112:0.965517:59:53:3:0:59:53:4:0 chr3 49721773 . G A 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00249665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.79;QD=18.4426;RBI=0.0507893;REFB=-0.00474584;REVB=-0.0507279;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675635;OID=.;OPOS=49721773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr3 49723350 . T C 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0570285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8811;QD=15.2515;RBI=0.060011;REFB=-0.0335638;REVB=-0.0186832;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0249954;OID=.;OPOS=49723350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:3:3:1:6:3:3 chr3 49723784 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.628;QD=48.7367;RBI=0.0345465;REFB=0;REVB=0.0325487;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017859;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 49724808 . T C 1466.52 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131989;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.037;QD=58.6609;RBI=0.013881;REFB=-0.0566378;REVB=0.00429785;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000191174;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:100:0:1:99:99:0.99:54:45:0:0:54:45:1:0 chr3 49736537 . C T 360.25 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00794012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0012;QD=32.0225;RBI=0.0224414;REFB=-0.0014588;REVB=-0.0209898;RO=15;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105731;STB=0.55792;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000257056;OID=.;OPOS=49736537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:19:11:8:7:19:11:8:7 chr3 49739507 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4862;QD=51.9166;RBI=0.00799641;REFB=0;REVB=-0.000619328;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191947;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr3 49760039 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.423;QD=59.8376;RBI=0.0282145;REFB=0;REVB=-0.00118696;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132073;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr3 49928691 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1577;QD=47.8209;RBI=0.0772172;REFB=0;REVB=-0.0623606;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296428;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr3 50114515 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.32;QD=57.6804;RBI=0.0305642;REFB=0;REVB=-0.0157766;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0218e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:9:22:0:0 chr3 50129399 . C T 340.31 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00883388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.78;QD=48.6163;RBI=0.055538;REFB=-0.0369078;REVB=-0.054831;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294963;STB=0.515911;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000197438;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:8:18:1:1:8:18:1:1 chr3 50144951 . T C 509.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8563;QD=58.217;RBI=0.062271;REFB=0;REVB=-0.0597883;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475226;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr3 50153356 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5244;QD=64.4128;RBI=0.0403811;REFB=0;REVB=0.0377069;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434389;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr3 50197092 . C T 867.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1443;QD=57.8661;RBI=0.00866286;REFB=0;REVB=0.00836437;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73154e-05;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr3 50222926 . T A 453.84 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.648;QD=55.0106;RBI=0.040309;REFB=-0.108563;REVB=0.0343677;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00115868;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr3 50251833 . A AG 319.99 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8151;QD=42.6654;RBI=0.213752;REFB=0;REVB=0.132819;RO=3;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0134936;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:30:30:0:17:13:0:0:6:3:16:11:1:2 chr3 50311899 . AC A,AT 736.73 PASS AF=0.229167,0.770833;AO=10,37;DP=49;FAO=11,37;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7,12;FSAR=4,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.2956e-05,0.00121657;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.519,229.64;QD=61.3944;RBI=0.0334294,0.0271525;REFB=0,0;REVB=0.0334294,0.0271253;RO=0;SAF=7,12;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0146663,0.00630408;OID=.,.;OPOS=50311900,50311900;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.229167,0.770833:10,37:49:11,37:48:0:7,12:4,25:0:0:68:0:7,12:3,25:0:0 chr3 50311902 . G T 86.32 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0652559;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.4522;QD=7.04616;RBI=0.0739352;REFB=-0.0266427;REVB=0.0347576;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306374;STB=0.688237;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.110073;OID=.;OPOS=50311902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:12:25:5:7:12:25 chr3 50326020 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.975;QD=57.2025;RBI=0.0158732;REFB=0;REVB=-0.0156967;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.85933e-05;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr3 50327429 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5857;QD=48.731;RBI=0.111499;REFB=0;REVB=-0.0996166;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00561044;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr3 50329826 . A G 580.03 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962283;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.827;QD=61.0559;RBI=0.115591;REFB=0;REVB=0.0640416;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706655;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr3 50330383 . T C 273.05 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0197844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.219;QD=15.6027;RBI=0.0200061;REFB=-0.0204493;REVB=0.00296973;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152792;STB=0.576486;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0250211;OID=.;OPOS=50330383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:36:39:29:31:0.442857:14:15:13:23:14:17:16:23 chr3 50334231 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.159;QD=60.2305;RBI=0.00252185;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=37;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06635e-06;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:0:37:0:0:0:37:0:0 chr3 50336661 . T C 771.52 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496233;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.93;QD=57.1494;RBI=0.00520746;REFB=0;REVB=-0.0015789;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190564;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:21:33:0:0 chr3 50355730 . T G 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.067;QD=63.8695;RBI=0.0153181;REFB=0;REVB=-0.00572783;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14976e-05;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 50357869 . A C 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5452;QD=64.4051;RBI=0.012243;REFB=0;REVB=-0.00911206;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127408;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr3 50367867 . A C 332.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.445;QD=53.1727;RBI=0.00600164;REFB=0;REVB=0.00445261;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653022;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr3 50401841 . G A 562.78 PASS AF=0.913043;AO=39;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.166488;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.9311;QD=48.9375;RBI=0.19394;REFB=-0.112103;REVB=0.0994703;RO=5;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094241;STB=0.510199;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0165764;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:46:46:5:4:39:42:0.913043:25:14:2:3:27:15:1:3 chr3 50403455 . CGGGG CCGGG,CGGGC,CGGG 103.14 PASS AF=0,0,0.6;AO=2,2,12;DP=32;FAO=0,0,18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0228355,-0.121294,-0.0574252;FXX=0.0624805;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=13.4022,137.5,12.7301;QD=13.7523;RBI=0.0952727,0.13312,0.0820389;REFB=-0.155605,-0.00529374,-0.148907;REVB=0.0924955,-0.0548514,-0.0585894;RO=11;SAF=0,2,5;SAR=2,0,7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.552517,0.585255,-0.0321591;STB=0.5,0.5,0.511266;STBP=1,1,0.91;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,0,0.120804;OID=.,.,.;OPOS=50403456,50403459,50403456;OREF=G,G,G;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCGGG,CGGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.6:2,2,12:32:0,0,18:30:12:0,0,8:0,0,10:5:7:62:11:0,2,5:2,0,7:5:6 chr3 50457227 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000193181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.388;QD=23.4117;RBI=0.012421;REFB=-0.0155449;REVB=-0.0124194;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137275;STB=0.575274;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0142183;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:16:19:18:7:16:19:18:7 chr3 50597092 . G A 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0394241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.633;QD=24.2456;RBI=0.0589243;REFB=-0.0213684;REVB=0.0437928;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104611;STB=0.558094;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0149863;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:13:7:12:13:13:7 chr3 50603102 . C T 266.27 PASS AF=0.454545;AO=27;DP=69;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0134155;FXX=0.0704126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.207;QD=16.1378;RBI=0.0468764;REFB=-0.0211658;REVB=-0.0449157;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193248;STB=0.610451;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0326979;OID=.;OPOS=50603102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:31:36:27:30:0.454545:19:8:15:16:20:10:19:17 chr3 50645158 . A G 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0105099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3108;QD=18.343;RBI=0.0389509;REFB=-0.00762466;REVB=-0.0375062;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0083728;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:10:8:8:9:10:8 chr3 50645413 . G A 228.93 PASS AF=0.409091;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00130026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.192;QD=13.8746;RBI=0.00298767;REFB=-0.0115167;REVB=0.00268989;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668933;STB=0.510197;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0189171;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:39:25:27:0.409091:10:15:21:18:12:15:21:18 chr3 50647888 . T G 623.28 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00326394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.453;QD=19.9451;RBI=0.00409849;REFB=-0.014002;REVB=-0.00247877;RO=62;SAF=40;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182653;STB=0.600848;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0159892;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:23:40:27:35:23:40:27:35 chr3 51273773 . T C 936.6 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0275572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.113;QD=54.2956;RBI=0.0276075;REFB=-0.0748007;REVB=-0.00166601;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.522381;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000540561;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:0:3:66:66:0.956522:32:34:0:0:32:34:0:3 chr3 51430657 . A C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0368657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.255;QD=19.7024;RBI=0.0372981;REFB=-0.0123603;REVB=-0.00566277;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204867;STB=0.511614;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0125258;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:6:10:11:6:6:10 chr3 51431981 . C CTTAT,T 118.91 PASS AF=0.37931,0.103448;AO=10,3;DP=30;FAO=11,3;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6,3;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0145601,-0.00859888;FXX=0.0333222;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=181.53,132.962;QD=16.4015;RBI=0.0171992,0.034643;REFB=0.00104715,-0.00341618;REVB=0.00915508,0.0335588;RO=15;SAF=5,3;SAR=5,0;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101015,0.589173;STB=0.531857,0.995577;STBP=0.792,0.15;TYPE=ins,snp;VARB=0.0101291,-0.029484;OID=.,.;OPOS=51431982,51431981;OREF=-,C;OALT=TTAT,T;OMAPALT=CTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:29:15:15:10,3:11,3:0.37931,0.103448:5,0:5,3:9:6:5,0:6,3:9:6 chr3 51432847 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00259071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.641;QD=16.993;RBI=0.00960538;REFB=0.00735746;REVB=-0.00924941;RO=30;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251082;STB=0.642223;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00696254;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:7:20:15:15:7:20:15:15 chr3 51432895 . T C 260.48 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.026279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.572;QD=24.8079;RBI=0.050222;REFB=-0.0279842;REVB=0.0427979;RO=18;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223096;STB=0.624888;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00350402;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:6:18:9:9:6:18:9:9 chr3 51433932 . AACTT A 86.99 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0173335;FXX=0.0937207;HRUN=4;LEN=4;MLLD=256.849;QD=11.9991;RBI=0.0181271;REFB=-0.00195225;REVB=0.00530472;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.742812;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.00357221;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:12:23:13:29:16:11:2:8:8:86:9:10:2:5:4 chr3 51737965 . G A 245.1 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0150608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.578;QD=8.45154;RBI=0.0157584;REFB=-0.0145095;REVB=-0.00463679;RO=79;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119911;STB=0.584486;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0425937;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:79:82:34:34:0.293103:13:21:41:38:13:21:41:41 chr3 51812952 . C T 173.7 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0279241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.437;QD=12.867;RBI=0.0386055;REFB=-0.0228206;REVB=0.0266577;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285945;STB=0.679808;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0304515;OID=.;OPOS=51812952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:4:17:19:13:4:17:19:14 chr3 51978220 . A G 726.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.288;QD=63.1966;RBI=0.0106966;REFB=0;REVB=-0.0084198;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05141e-06;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr3 52007861 . G A 230.74 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0304798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.504;QD=14.4215;RBI=0.0318837;REFB=-0.0160486;REVB=0.00935695;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962579;STB=0.501198;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0222052;OID=.;OPOS=52007861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:11:16:21:15:11:16:22:15 chr3 52233295 . G A 343.28 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00243139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5606;QD=21.7954;RBI=0.0680248;REFB=0.00128198;REVB=-0.0679813;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506348;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00297615;OID=.;OPOS=52233295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:17:17:14:14:17:18:14:14 chr3 52237970 . C T 327.68 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0127134;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.03;QD=15.0658;RBI=0.0197125;REFB=-0.0208854;REVB=0.015065;RO=49;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105303;STB=0.572131;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0303276;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:51:36:36:0.413793:14:22:25:24:14:22:25:26 chr3 52242101 . GCG CGA,GCA 208.78 PASS AF=0,0.45098;AO=5,23;DP=52;FAO=0,23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=0,16;FSAR=0,7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0245499,0.00876063;FXX=0.0192271;HRUN=4,2;LEN=3,1;MLLD=120.982,81.948;QD=16.3751;RBI=0.033985,0.016667;REFB=0.00451901,-0.0255269;REVB=0.0235006,0.0141789;RO=21;SAF=0,16;SAR=5,7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.675191,0.200216;STB=0.5,0.687121;STBP=1,0.022;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0278892;OID=.,.;OPOS=52242101,52242103;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:51:21:28:5,23:0,23:0,0.45098:5,7:0,16:10:11:0,7:0,16:10:18 chr3 52255744 . C T 383.56 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0381553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4379;QD=15.3424;RBI=0.059914;REFB=-0.00527152;REVB=0.0461937;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998524;STB=0.556393;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0121501;OID=.;OPOS=52255744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:19:22:26:33:19:22:26:33 chr3 52256697 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0235425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2336;QD=14.2415;RBI=0.023569;REFB=-0.0132203;REVB=-0.00111802;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211422;STB=0.621507;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0384784;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:15:16:7:15:15:16 chr3 52256805 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0507269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.5;QD=12.7298;RBI=0.0507655;REFB=-0.0426247;REVB=0.00198012;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0604403;OID=.;OPOS=52256805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:6:6:5:4:6:6 chr3 52257183 . C T 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0159801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.091;QD=16.2691;RBI=0.0277143;REFB=-0.00339135;REVB=-0.0226433;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.524966;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00308447;OID=.;OPOS=52257183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:10:8:6:9:10:8 chr3 52264907 . T C 521.69 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00960764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.553;QD=16.9655;RBI=0.010429;REFB=-0.00839078;REVB=-0.00405682;RO=67;SAF=33;SAR=23;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229937;STB=0.512801;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0102502;OID=.;OPOS=52264907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:23:33:41:26:23:33:41:26 chr3 52290474 . C G 193.63 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0376947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.695;QD=16.4793;RBI=0.0377496;REFB=-0.014317;REVB=0.00203478;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285559;STB=0.673491;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0232568;OID=.;OPOS=52290474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:4:15:15:12:4:16:15:12 chr3 52321202 . G A 341.61 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0428459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8787;QD=18.4655;RBI=0.0513914;REFB=-0.00320768;REVB=0.0283779;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134965;STB=0.500753;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00474813;OID=.;OPOS=52321202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:19:17:18:20:19:17:18:20 chr3 52325759 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.91458e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.234;QD=59.5018;RBI=0.0129155;REFB=0;REVB=-0.0129154;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94893e-06;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr3 52360318 . T C 191.06 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0120869;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.973;QD=15.597;RBI=0.0195038;REFB=-0.0278951;REVB=-0.015307;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652617;STB=0.519488;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0419226;OID=.;OPOS=52360318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:8:11:15:14:9:11:15:14 chr3 52366368 . A G 221.93 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0109256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2934;QD=25.3635;RBI=0.0302696;REFB=-0.000709773;REVB=0.028229;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683667;STB=0.538007;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0010306;OID=.;OPOS=52366368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:6:8:10:11:6:8 chr3 52381865 . A G 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0205549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3641;QD=13.7407;RBI=0.0320966;REFB=0.000281844;REVB=-0.0246513;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185125;STB=0.510549;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000950738;OID=.;OPOS=52381865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:15:14:20:23:15:14:20:23 chr3 52385992 . A G 242.36 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.104784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.851;QD=29.3772;RBI=0.107586;REFB=0.00924075;REVB=-0.0243912;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550494;STB=0.530359;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0372414;OID=.;OPOS=52385992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:5:6:10:12:5:6 chr3 52387181 . G A 601.45 PASS AF=0.561905;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0113611;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.677;QD=22.9122;RBI=0.0294482;REFB=-0.0149214;REVB=0.0271685;RO=46;SAF=30;SAR=29;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241803;STB=0.51323;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0138138;OID=.;OPOS=52387181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:46:46:59:59:0.561905:29:30:22:24:29:30:22:24 chr3 52392750 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0162695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.036;QD=20.8914;RBI=0.0188905;REFB=-0.00967923;REVB=-0.00959971;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634568;STB=0.535189;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00687108;OID=.;OPOS=52392750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:13:14:19:13:13:14 chr3 52406395 . G A 83.04 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0511734;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.02;QD=8.74106;RBI=0.0518183;REFB=-0.0114821;REVB=-0.00815022;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301211;STB=0.6834;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0304613;OID=.;OPOS=52406395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:17:10:7:4:17:10 chr3 52407041 . C T 418.2 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00514893;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.777;QD=19.6799;RBI=0.0164115;REFB=-0.00762998;REVB=-0.0155829;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012325;STB=0.506846;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00652165;OID=.;OPOS=52407041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:43:42:42:0.494118:18:24:24:19:18:24:24:19 chr3 52417991 . G A 189.25 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00970585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5608;QD=13.0518;RBI=0.0264367;REFB=-0.00692592;REVB=0.0245906;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130914;STB=0.575276;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0125145;OID=.;OPOS=52417991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:17:18:9:14:17:18 chr3 52426989 . T C 398.64 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0303623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7705;QD=14.3654;RBI=0.0334611;REFB=0.00437891;REVB=-0.0140633;RO=64;SAF=23;SAR=23;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113199;STB=0.558533;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00651967;OID=.;OPOS=52426989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:23:23:25:39:23:23:26:39 chr3 52430698 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.27;QD=62.671;RBI=0.0197597;REFB=0;REVB=-0.00300448;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28601e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 52433151 . A T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0234612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.703;QD=20.1561;RBI=0.023854;REFB=-0.0143031;REVB=-0.00431092;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847192;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.010738;OID=.;OPOS=52433151;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:10:15:14:14:10:15 chr3 52436917 . C G 201.68 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00847045;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.603;QD=13.0119;RBI=0.0118237;REFB=-0.00959395;REVB=0.00824938;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165723;STB=0.589385;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0176074;OID=.;OPOS=52436917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:24:25:0.403226:16:8:17:18:17:8:17:20 chr3 52439240 . T C 394.27 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=0.00061914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.247;QD=19.9632;RBI=0.0160502;REFB=-0.0136179;REVB=0.0160383;RO=39;SAF=33;SAR=6;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460306;STB=0.542177;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0116233;OID=.;OPOS=52439240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:39:39:40:0.506329:6:33:34:5:7:33:34:5 chr3 52448085 . T G 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00716869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.78;QD=10.9369;RBI=0.00732843;REFB=-0.00980335;REVB=-0.00152175;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209751;STB=0.624844;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0195962;OID=.;OPOS=52448085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:19:15:10:6:19:15 chr3 52453893 . C T 1063.58 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.964;QD=59.0879;RBI=0.0518839;REFB=0;REVB=0.0504461;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010054;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:35:33:0:0:38:34:0:0 chr3 52454214 . A G 254.26 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00308713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8689;QD=13.0388;RBI=0.0158294;REFB=-0.0157923;REVB=-0.0155255;RO=48;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185715;STB=0.510631;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0295275;OID=.;OPOS=52454214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:12:18:28:20:12:18:28:20 chr3 52454268 . A G 204.33 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0153078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.568;QD=10.4783;RBI=0.0159467;REFB=-0.0306617;REVB=0.00446857;RO=50;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176243;STB=0.589323;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0486318;OID=.;OPOS=52454268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:52:26:26:0.333333:15:11:29:21:15:11:29:23 chr3 52456833 . C T 367.17 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0111506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.075;QD=19.074;RBI=0.0165881;REFB=-0.0226231;REVB=0.0122813;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349998;STB=0.51947;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0262358;OID=.;OPOS=52456833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:19:19:21:18:19:19:21:18 chr3 52457282 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0283868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0376;QD=12.942;RBI=0.0475489;REFB=-0.00567895;REVB=-0.0381456;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285998;STB=0.516756;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00874217;OID=.;OPOS=52457282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:14:11:7:8:14:11 chr3 52474480 . A G 613.52 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00433743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.95;QD=18.5915;RBI=0.00503964;REFB=-0.00831507;REVB=-0.00256606;RO=69;SAF=34;SAR=29;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520371;STB=0.528802;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00853372;OID=.;OPOS=52474480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:29:34:41:28:29:34:41:28 chr3 52477080 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0018508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.049;QD=13.8995;RBI=0.00652295;REFB=-0.0167432;REVB=0.00625487;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191691;STB=0.602322;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0145983;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:8:16:16:17:8:16:17:17 chr3 52492707 . T C 352.43 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0199375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.26;QD=18.3081;RBI=0.019939;REFB=-0.0145388;REVB=0.000249194;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188299;STB=0.510509;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0167558;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:15:22:23:17:15:22:23:17 chr3 52510592 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.866;QD=57.202;RBI=0.0512866;REFB=0;REVB=0.0381192;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866079;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr3 52522591 . C T 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0607918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8246;QD=21.9179;RBI=0.0973301;REFB=0.0130244;REVB=0.0760099;RO=29;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132625;STB=0.572994;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00803318;OID=.;OPOS=52522591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:19:17:9:20:19:17:9:20 chr3 52523405 . C T 208.38 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=0.131791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5864;QD=18.1201;RBI=0.150899;REFB=-0.0468417;REVB=-0.0734946;RO=25;SAF=19;SAR=2;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182175;STB=0.601318;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0554542;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:2:19:24:1:2:19:24:1 chr3 52535766 . C T 351.11 PASS AF=0.455696;AO=33;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00707667;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.564;QD=17.7778;RBI=0.0201591;REFB=-0.0376504;REVB=-0.0188762;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135884;STB=0.523243;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0387172;OID=.;OPOS=52535766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:41:33:36:0.455696:15:18:21:9:16:20:21:20 chr3 52536664 . C T 370.06 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0158894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9254;QD=30.2088;RBI=0.0169324;REFB=-0.0408161;REVB=0.00585109;RO=18;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787962;STB=0.543113;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0272778;OID=.;OPOS=52536664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:19:12:5:13:19:12:5:13 chr3 52538122 . G A 249.82 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0016056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.105;QD=18.5055;RBI=0.0235652;REFB=-0.029536;REVB=0.0235105;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660356;STB=0.536959;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0328921;OID=.;OPOS=52538122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:12:15:13:14:12:15 chr3 52539880 . CCT C 140.6 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00490239;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=254.936;QD=9.86679;RBI=0.0157039;REFB=-0.0242916;REVB=-0.0149191;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265418;STB=0.641138;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=0.0327307;OID=.;OPOS=52539881;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509:22:54:23:57:34:10:13:23:11:99:26:9:13:18:8 chr3 52540773 . T C 623.24 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0161433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.859;QD=18.3305;RBI=0.0185222;REFB=-0.0174484;REVB=-0.00908112;RO=72;SAF=25;SAR=39;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080111;STB=0.544472;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0180709;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:39:25:34:38:39:25:34:38 chr3 52540809 . G A 514.0 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00594554;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5413;QD=17.7242;RBI=0.00849214;REFB=-0.020739;REVB=0.00606359;RO=61;SAF=21;SAR=33;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100596;STB=0.559513;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0213855;OID=.;OPOS=52540809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:61:54:55:0.474138:33:21:30:31:34:21:30:31 chr3 52544470 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.019;QD=57.6798;RBI=0.0515099;REFB=0;REVB=-0.0237504;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190207;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr3 52546872 . G A 327.49 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.000437613;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.265;QD=20.1535;RBI=0.0507204;REFB=-0.0086962;REVB=0.0507185;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279753;STB=0.66776;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0168049;OID=.;OPOS=52546872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:27:31:34:34:0.523077:22:12:19:8:22:12:22:9 chr3 52548136 . T C 224.05 PASS AF=0.376812;AO=13;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0119762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.572;QD=12.9887;RBI=0.011994;REFB=-0.000982229;REVB=-0.000652203;RO=26;SAF=12;SAR=1;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223484;STB=0.509084;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00179291;OID=.;OPOS=52548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:42:13:26:0.376812:1:12:22:4:12:14:22:20 chr3 52554304 . G C 638.4 PASS AF=0.976744;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8311;QD=59.3862;RBI=0.0212408;REFB=-0.0936405;REVB=-0.0049817;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00223847;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:43:42:0.976744:23:20:0:0:23:19:1:0 chr3 52555957 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6056;QD=56.1914;RBI=0.05331;REFB=0;REVB=-0.0528451;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000929413;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr3 52556890 . A G 320.78 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0171949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9175;QD=21.3855;RBI=0.0352117;REFB=-0.024263;REVB=-0.0307278;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.509273;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0265963;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:19:14:12:15:19:14:12:15 chr3 52557038 . C T 245.15 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.01643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.207;QD=17.8291;RBI=0.0205072;REFB=-0.00573975;REVB=0.0122719;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504043;STB=0.545665;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00967322;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:26:27:0.490909:13:13:12:15:13:14:12:16 chr3 52557069 . C T 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0163918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.164;QD=21.6118;RBI=0.0169318;REFB=-0.00979833;REVB=-0.00424232;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949181;STB=0.553148;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00995379;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:14:9:12:12:14:9 chr3 52558008 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.937;QD=59.142;RBI=0.0117269;REFB=0;REVB=-0.000485462;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06755e-05;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr3 52558133 . T C 1288.36 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216156;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.825;QD=62.0896;RBI=0.0245638;REFB=0;REVB=0.0116682;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68941e-05;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr3 52558904 . A T 140.56 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0246001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.269;QD=21.6245;RBI=0.0246865;REFB=-0.0107907;REVB=0.00206299;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.583226;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00778099;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:3:8:8:7:3:8 chr3 52559042 . C T 250.74 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00581714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8342;QD=19.6656;RBI=0.0526061;REFB=0.0109131;REVB=-0.0522835;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178125;STB=0.592032;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00804593;OID=.;OPOS=52559042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:18:8:12:12:18:8:12:13 chr3 52584787 . T C 1276.1 PASS AF=0.977528;AO=81;DP=86;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0974891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8548;QD=57.3527;RBI=0.0976269;REFB=-0.0948895;REVB=-0.00518492;RO=4;SAF=41;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439813;STB=0.510636;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00599068;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:89:4:2:81:87:0.977528:40:41:4:0:41:46:2:0 chr3 52610651 . T A 390.16 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00741542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.914;QD=28.375;RBI=0.00924593;REFB=-0.0631408;REVB=0.00552257;RO=17;SAF=16;SAR=21;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154935;STB=0.590723;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0163211;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:18:37:37:0.672727:21:16:3:14:21:16:3:15 chr3 52643307 . A G 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00116553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.91;QD=60.8506;RBI=0.0182699;REFB=0.184706;REVB=-0.0182326;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00035429;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr3 52643685 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.396;QD=63.8715;RBI=0.0319979;REFB=0;REVB=0.0215575;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316758;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr3 52676063 . TAC T,TA,TAT 411.65 PASS AF=0.133333,0,0.866667;AO=5,4,18;DP=33;FAO=4,0,26;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,9;FSAR=3,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177916,0.0171927,0.00479854;FXX=0.0624805;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=109.739,109.032,102.417;QD=54.8871;RBI=0.0179611,0.0209611,0.0147973;REFB=0,0,0;REVB=-0.00246176,-0.0119908,0.0139977;RO=0;SAF=2,0,9;SAR=3,4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0220342,0,0.00102503;OID=.,.,.;OPOS=52676064,52676065,52676065;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.133333,0,0.866667:5,4,18:33:4,0,26:30:0:1,0,9:3,0,17:0:0:23:0:2,0,9:3,4,9:0:0 chr3 52720080 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.609;QD=45.8068;RBI=0.0465719;REFB=0;REVB=-0.0390046;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194233;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 52721305 . G A 207.4 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00352644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.2748;QD=15.0839;RBI=0.0336451;REFB=0.00539174;REVB=-0.0334598;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353606;STB=0.520107;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.024086;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:14:17:14:10:14:17 chr3 52727257 . G A 1160.27 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651287;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.868;QD=61.067;RBI=0.00715713;REFB=0;REVB=0.00296767;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52729e-05;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr3 52728804 . C T 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00652184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.672;QD=21.9184;RBI=0.0135823;REFB=0.00374746;REVB=-0.011914;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900392;STB=0.549571;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00332679;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:15:21:20:9:15:21:20:9 chr3 52740182 . C G 923.83 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0626791;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.811;QD=54.3429;RBI=0.0635496;REFB=-0.164161;REVB=-0.0104823;RO=3;SAF=17;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076352;STB=0.540528;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0031687;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:48:17:3:0:48:17:3:0 chr3 52797634 . G C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0703947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.948;QD=17.7314;RBI=0.0703972;REFB=-0.0173204;REVB=-0.000596562;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514284;STB=0.555487;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0160398;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:13:4:5:13:13:4:6:13 chr3 52800284 . T C 2050.29 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593941;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.319;QD=62.6042;RBI=0.024397;REFB=0;REVB=0.0236629;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204868;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:57:73:0:0:58:73:0:0 chr3 52802402 . A C 850.93 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.381;QD=56.7286;RBI=0.0576278;REFB=0;REVB=0.0347314;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115465;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:22:36:0:0:24:36:0:0 chr3 52820981 . A T 228.12 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00244235;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0434;QD=20.7386;RBI=0.0708274;REFB=-0.0226973;REVB=-0.0707853;RO=22;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419237;STB=0.738889;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0362957;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:4:18:9:13:4:18:9:13 chr3 52821011 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0261164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.234;QD=22.9823;RBI=0.0483996;REFB=-0.0172035;REVB=-0.0407487;RO=21;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356581;STB=0.712684;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0272372;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:5:20:9:12:5:20:9:13 chr3 52821177 . A C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00251115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.555;QD=16.9852;RBI=0.0146471;REFB=-0.00907146;REVB=0.0144302;RO=43;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300754;STB=0.516877;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00751561;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:14:22:25:18:14:22:25:18 chr3 52821992 . CT C,CC 172.94 PASS AF=0.413043,0;AO=11,5;DP=43;FAO=19,0;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000750962,-0.00032601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=285.5,284.954;QD=15.0382;RBI=0.036919,0.034663;REFB=-0.000882852,-0.00117764;REVB=-0.0369114,-0.0346615;RO=25;SAF=5,0;SAR=6,5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254659,-0.729161;STB=0.684017,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0015513,-0.00646793;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0:11,5:43:19,0:46:27:6,0:13,0:17:10:99:25:5,0:6,5:17:8 chr3 52825585 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00039694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.072;QD=11.3359;RBI=0.0127273;REFB=-0.00773733;REVB=-0.0127211;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165731;STB=0.603686;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0141868;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:15:9:22:20:15:9:23:20 chr3 52833805 . C A 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0255132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.564;QD=12.7843;RBI=0.0333955;REFB=-0.00772767;REVB=-0.0215485;RO=43;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226312;STB=0.631266;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.012451;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:6:21:26:17:6:21:26:17 chr3 52834608 . G A 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00647814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3853;QD=12.2278;RBI=0.0185908;REFB=-0.00248194;REVB=0.0174255;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204604;STB=0.6187;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00225798;OID=.;OPOS=52834608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:18:18:7:15:18:18 chr3 52852538 . G T 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0640599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5759;QD=9.33373;RBI=0.0685677;REFB=-0.00432255;REVB=0.024451;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316582;STB=0.692012;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0138889;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:13:18:4:9:13:18 chr3 52853747 . C G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00891982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.103;QD=12.0244;RBI=0.010614;REFB=-0.0136623;REVB=-0.00575276;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0212898;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr3 52860816 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0078494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.769;QD=14.6497;RBI=0.0615568;REFB=-0.0157046;REVB=0.0610543;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224506;STB=0.618869;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0171226;OID=.;OPOS=52860816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:9:9:4:10:10:9 chr3 52860936 . C T 148.45 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00303986;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.055;QD=10.7966;RBI=0.0131443;REFB=-0.00192484;REVB=-0.012788;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121951;STB=0.571354;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00317799;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:15:21:9:10:15:21 chr3 52861211 . A T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0723021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.026;QD=18.6368;RBI=0.0723122;REFB=-0.00706062;REVB=-0.00120698;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223322;STB=0.628853;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00945778;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:6:10:13:3:6:10 chr3 52864584 . A G 178.4 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0253019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.059;QD=18.2979;RBI=0.0254231;REFB=-0.0144261;REVB=0.0024791;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895477;STB=0.537776;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0117067;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:10:8:7:13:11:8:7:13 chr3 52867715 . G C 1264.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.692;QD=61.6947;RBI=0.0178577;REFB=0;REVB=0.0136427;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63545e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr3 52870618 . T A 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0247512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.803;QD=21.4483;RBI=0.0247819;REFB=-0.0212753;REVB=-0.00123135;RO=36;SAF=29;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215455;STB=0.619512;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0156737;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:12:29:17:19:12:29:17:19 chr3 52874288 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0134078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.108;QD=8.81184;RBI=0.0220951;REFB=0.00467024;REVB=-0.017562;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627527;STB=0.52495;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0111226;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:12:10:4:6:13:10 chr3 52874296 . G A 61.7 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0409123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8013;QD=7.25855;RBI=0.0570557;REFB=-0.00885464;REVB=0.0397687;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530852;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0277093;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:15:10:4:5:15:10 chr3 52874446 . C T 353.72 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0261887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2707;QD=35.372;RBI=0.0500437;REFB=-7.21038e-05;REVB=0.0426441;RO=9;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016884;STB=0.501741;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00150256;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:9:11:29:29:0.725:16:13:4:5:16:13:5:6 chr3 53125922 . T C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0283817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1474;QD=12.211;RBI=0.0332456;REFB=0.0109823;REVB=0.0173132;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414735;STB=0.741145;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0200622;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:2:11:11:10:2:11:12:10 chr3 53215875 . A C 790.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610768;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.729;QD=64.5324;RBI=0.0652099;REFB=0;REVB=0.0228462;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273336;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr3 53222761 . C T 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.274;QD=58.0543;RBI=0.0342152;REFB=0;REVB=-0.0341551;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25493e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr3 53223927 . C G 917.26 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6451;QD=56.4468;RBI=0.0531135;REFB=-0.0490519;REVB=-0.048997;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0092197;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr3 53224002 . T C 879.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5138;QD=56.7229;RBI=0.0556742;REFB=0;REVB=0.0536656;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140052;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:29:30:0:0:31:31:0:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 162.07 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00994024;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=333.09;QD=38.1351;RBI=0.0100451;REFB=0.00141409;REVB=-0.00144736;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571332;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=-0.000427064;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:14:15:15:17:2:9:6:0:2:10:0:8:6:0:0 chr3 53700550 . T C 309.06 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.00424483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.635;QD=8.95815;RBI=0.00522798;REFB=-0.00850163;REVB=-0.00305175;RO=96;SAF=14;SAR=27;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701997;STB=0.545952;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0180775;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:96:97:41:41:0.297101:27:14:38:58:27:14:39:58 chr3 53766026 . T C 878.19 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172665;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2813;QD=56.6572;RBI=0.0235537;REFB=-0.112859;REVB=0.0160202;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00050565;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:60:61:0.983871:21:39:0:0:22:39:0:1 chr3 53856653 . C T 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.186;QD=57.7077;RBI=0.0499464;REFB=0;REVB=0.0251462;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278276;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr3 53857803 . A C 728.32 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602618;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.332;QD=57.1233;RBI=0.0672244;REFB=0;REVB=0.0297933;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76395e-05;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr3 53882663 . G A 774.09 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480426;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.849;QD=57.3399;RBI=0.017413;REFB=0;REVB=0.0167371;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106844;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:14:39:0:0:15:39:0:0 chr3 53882673 . G GT 265.08 PASS AF=1;AO=29;DP=54;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434966;FXX=0.040808;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.82544;QD=22.56;RBI=0.256436;REFB=0.0476442;REVB=0.25272;RO=21;SAF=23;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0152831;OID=.;OPOS=53882674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:54:47:47:0:34:13:0:0:3:21:23:6:14:7 chr3 53883722 . C G 588.74 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00645448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7103;QD=16.9422;RBI=0.0394311;REFB=-0.00443149;REVB=-0.0388993;RO=73;SAF=32;SAR=30;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310133;STB=0.523492;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00378366;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:77:62:62:0.446043:30:32:40:33:30:32:43:34 chr3 53886912 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0152543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.609;QD=16.533;RBI=0.0258453;REFB=-0.00920505;REVB=0.0208635;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954798;STB=0.553744;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00736855;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:23:20:13:22:23:20 chr3 53899276 . C T 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0262993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.043;QD=16.279;RBI=0.0262996;REFB=-0.00966917;REVB=0.000119179;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127613;STB=0.572075;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0110632;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:16:17:18:10:16:17 chr3 53905308 . T C 923.06 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00270989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.4344;QD=56.8035;RBI=0.0201589;REFB=-0.0454893;REVB=0.019976;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304411;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000617808;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:2:1:63:64:0.984615:33:30:2:0:33:31:1:0 chr3 53906513 . G A 1262.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000667656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.688;QD=61.6059;RBI=0.0148259;REFB=0;REVB=0.0148109;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88467e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:46:34:0:0:46:36:0:0 chr3 53916130 . A G 239.45 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0405509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.301;QD=15.2029;RBI=0.0411014;REFB=0.00565301;REVB=-0.00670459;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811656;STB=0.537607;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00689026;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:29:28:0.444444:20:9:10:23:20:8:12:23 chr3 53919630 . T A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.003494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.332;QD=22.6;RBI=0.0218446;REFB=-0.00867637;REVB=-0.0215634;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654221;STB=0.536554;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00677586;OID=.;OPOS=53919630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:8:12:12:11:8:12 chr3 53925775 . C T 453.73 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0108161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.399;QD=22.4066;RBI=0.0187571;REFB=-0.0251844;REVB=0.0153245;RO=37;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106317;STB=0.558658;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0226731;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:28:16:18:19:28:16:18:19 chr3 53925849 . C T 195.26 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0273194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.193;QD=12.5972;RBI=0.0322306;REFB=-0.0293673;REVB=-0.0171015;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108383;STB=0.562447;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0319851;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:18:20:15:9:18:20 chr3 54354510 . T C 1375.73 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0198957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4692;QD=59.1713;RBI=0.0262229;REFB=-0.0143085;REVB=0.0170821;RO=2;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480906;STB=0.509385;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00216249;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:2:3:90:90:0.967742:35:55:1:1:35:55:1:2 chr3 54401650 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0043983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.396;QD=16.4166;RBI=0.0212711;REFB=0.000818337;REVB=-0.0208114;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000854915;OID=.;OPOS=54401650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:10:6:4:10:10:6 chr3 54401666 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00546186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.139;QD=15.5715;RBI=0.00802565;REFB=0.000759304;REVB=0.0058804;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00135283;OID=.;OPOS=54401666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:6:6:3:8:6:6 chr3 54419977 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.026;QD=57.7124;RBI=0.0126836;REFB=0;REVB=-0.0110457;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20596e-06;OID=.;OPOS=54419977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:24:35:0:0 chr3 54798258 . G A 518.12 PASS AF=0.431818;AO=51;DP=130;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0271363;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.096;QD=15.7006;RBI=0.027148;REFB=-0.00747378;REVB=-0.000796672;RO=79;SAF=24;SAR=27;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119538;STB=0.549822;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00940384;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:79:75:51:57:0.431818:27:24:46:33:27:30:46:29 chr3 54880461 . A G 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.011956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.596;QD=17.2366;RBI=0.013587;REFB=0.00143677;REVB=0.00645447;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416465;STB=0.523352;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00135171;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:15:24:27:20:15:24:27:20 chr3 54961949 . C T 226.69 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0913865;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0975;QD=18.135;RBI=0.0916168;REFB=-0.0149043;REVB=-0.00649289;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858497;STB=0.538163;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0179247;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:10:13:17:9:10:14:17:9 chr3 55018619 . T G,TG 39.6 PASS AF=0,0.4;AO=3,4;DP=22;FAO=0,6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0090268,0.00842676;FXX=0.210416;HRUN=10,0;LEN=1,1;MLLD=240.748,251.147;QD=10.5592;RBI=0.0350194,0.0311786;REFB=0.00279722,0.00408662;REVB=-0.033836,-0.0300183;RO=13;SAF=3,3;SAR=0,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.576447,0.0795218;STB=0.5,0.666172;STBP=1,0.36;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00613022;OID=.,.;OPOS=55018619,55018620;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:22:15:13:9:3,4:0,6:0,0.4:0,1:3,3:9:4:0,3:0,3:7:2 chr3 55501002 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.425;QD=59.4355;RBI=0.0279485;REFB=0;REVB=0.0229631;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143969;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr3 56106226 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3729;QD=63.8688;RBI=0.0526839;REFB=0;REVB=0.0359173;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103764;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr3 56219179 . GAAGCT G 240.3 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0136426;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=5;MLLD=266.262;QD=11.8665;RBI=0.0272054;REFB=-0.0139613;REVB=-0.0235375;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764872;STB=0.536992;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.0158053;OID=.;OPOS=56219180;OREF=AAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:37:85:37:81:44:21:16:22:22:99:43:21:16:21:22 chr3 56219210 . T C 1327.75 PASS AF=0.956044;AO=84;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0030383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8513;QD=58.3626;RBI=0.0425339;REFB=-0.0949413;REVB=0.0424253;RO=2;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225432;STB=0.506529;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00234235;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:2:3:84:87:0.956044:41:43:0:2:41:46:1:2 chr3 56592879 . G C 191.37 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00191696;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.877;QD=13.4295;RBI=0.0198019;REFB=-0.00423466;REVB=-0.0197089;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158932;STB=0.505613;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00601911;OID=.;OPOS=56592879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:34:23:23:0.403509:9:14:19:13:9:14:21:13 chr3 56627598 . A G 1660.02 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.863;QD=60.3643;RBI=0.0865749;REFB=0;REVB=0.00742682;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256264;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:105:110:1:42:63:0:0:42:68:0:0 chr3 56650012 . G C 713.7 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081184;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9241;QD=57.0956;RBI=0.0572691;REFB=0;REVB=0.0566908;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150609;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr3 56650054 . T TCTC 675.49 PASS AF=0.927273;AO=49;DP=56;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0253307;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.307;QD=49.1264;RBI=0.0259199;REFB=-0.0939139;REVB=0.00549507;RO=4;SAF=31;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200943;STB=0.511623;STBP=0.583;TYPE=ins;VARB=0.00750808;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927273:49:56:51:55:4:33:18:2:2:17:4:31:18:2:2 chr3 56658871 . T C 787.57 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124799;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.867;QD=57.2777;RBI=0.0352127;REFB=0;REVB=0.032927;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160124;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:19:36:0:0:19:36:0:0 chr3 56667682 . G C 766.24 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3831;QD=63.8529;RBI=0.0495113;REFB=0;REVB=0.0315156;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960569;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 56716922 . T G 582.56 PASS AF=0.930233;AO=38;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0497671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.496;QD=54.1919;RBI=0.053406;REFB=0.0481607;REVB=-0.019376;RO=3;SAF=26;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277339;STB=0.501278;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0243134;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:38:40:0.930233:12:26:2:1:14:26:2:1 chr3 56763228 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0224566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.273;QD=16.417;RBI=0.0267793;REFB=-0.00544952;REVB=-0.0145888;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.611489;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00706959;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:7:9:5:9:7:9 chr3 56763316 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.738;QD=63.8717;RBI=0.00430185;REFB=0;REVB=0.00299063;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82476e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr3 56763328 . T C 734.17 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0385253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.78;QD=61.1809;RBI=0.0513191;REFB=-0.0402035;REVB=-0.0339035;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000156925;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr3 56763525 . A G 328.94 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00427786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.246;QD=12.8997;RBI=0.0245467;REFB=-0.0121269;REVB=0.024171;RO=63;SAF=25;SAR=14;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717041;STB=0.504085;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0177654;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:14:25:40:23:14:25:40:23 chr3 56763619 . A G 326.68 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.04275;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8773;QD=13.6115;RBI=0.0463453;REFB=-0.0256883;REVB=0.0178975;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970359;STB=0.51476;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0309898;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:54:59:35:37:0.385417:14:21:37:17:14:23:38:21 chr3 56766435 . C G 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0385687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.84;QD=23.3797;RBI=0.0403398;REFB=-0.000903642;REVB=0.0118217;RO=30;SAF=16;SAR=24;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027243;STB=0.514963;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000650159;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:24:16:11:19:24:16:11:19 chr3 57108551 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000746297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.039;QD=17.5876;RBI=0.0385642;REFB=-0.00738983;REVB=-0.0385569;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554061;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00805401;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:15:13:9:13:15:13 chr3 57109095 . T C 277.81 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0221008;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.878;QD=25.8427;RBI=0.0299623;REFB=-0.00473476;REVB=0.020231;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456248;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00612114;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:9:9:14:11:9:9 chr3 57131529 . A C 528.31 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0017236;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.122;QD=20.5167;RBI=0.00819412;REFB=-0.0150155;REVB=0.00801079;RO=47;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052554;STB=0.520318;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0113904;OID=.;OPOS=57131529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:47:49:54:54:0.524272:22:32:25:22:22:32:27:22 chr3 57132200 . A G 187.98 PASS AF=0.297619;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0222292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3069;QD=8.95126;RBI=0.0263486;REFB=0.00812985;REVB=0.014146;RO=57;SAF=9;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160786;STB=0.588446;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.013241;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:57:59:24:25:0.297619:15:9:29:28:15:10:31:28 chr3 57136585 . C T 1899.74 PASS AF=0.538922;AO=179;DP=334;FAO=180;FDP=334;FR=.;FRO=154;FSAF=101;FSAR=79;FSRF=70;FSRR=84;FWDB=-0.0038137;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2381;QD=22.7513;RBI=0.00858575;REFB=0.000294009;REVB=0.00769226;RO=148;SAF=101;SAR=78;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875663;STB=0.549274;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000213869;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:148:154:179:180:0.538922:78:101:68:80:79:101:70:84 chr3 57139972 . A G 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00933035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.329;QD=20.646;RBI=0.0342498;REFB=-0.00761807;REVB=-0.0329544;RO=37;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186014;STB=0.602362;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00453457;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:18:22:28:9:18:22:28:9 chr3 57176505 . A G 161.52 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000106683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.246;QD=19.0028;RBI=0.0130322;REFB=-0.00971341;REVB=-0.0130318;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060353;STB=0.534371;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00988035;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:6:11:12:5:6:11 chr3 57323170 . A G 587.39 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.959;QD=58.7391;RBI=0.134976;REFB=0;REVB=0.0216758;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306184;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:1:0:38:40:1:16:22:1:0:16:24:0:0 chr3 57335876 . C T 2585.79 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165846;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.058;QD=61.9351;RBI=0.0228008;REFB=0;REVB=0.015647;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48848e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:167:167:1:89:78:0:0:89:78:0:0 chr3 57386148 . C G 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0413518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2467;QD=27.8846;RBI=0.050399;REFB=0.000403803;REVB=0.0288113;RO=18;SAF=20;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570148;STB=0.531159;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000958358;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:14:20:9:9:14:20:9:9 chr3 57388114 . C T 386.36 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0203629;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.43;QD=17.97;RBI=0.0324095;REFB=-0.0099173;REVB=-0.0252137;RO=45;SAF=28;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214397;STB=0.6268;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0151644;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:12:28:22:23:12:28:22:24 chr3 57414071 . G A 948.37 PASS AF=0.446903;AO=101;DP=227;FAO=101;FDP=226;FR=.;FRO=125;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.0773662;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8235;QD=16.7854;RBI=0.0793419;REFB=-0.0291227;REVB=-0.0175956;RO=123;SAF=68;SAR=33;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069425;STB=0.544621;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0371226;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:123:125:101:101:0.446903:33:68:75:48:33:68:75:50 chr3 57414434 . A G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0699699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.522;QD=19.4659;RBI=0.0717631;REFB=-0.00299901;REVB=0.0159421;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420867;STB=0.523788;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00437634;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:12:12:12:10:12:12 chr3 57419497 . C T 220.81 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0288683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6689;QD=18.0253;RBI=0.0374058;REFB=0.0156793;REVB=-0.0237868;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335461;STB=0.690436;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0176942;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:18:9:15:7:18:9 chr3 57430988 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0205525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.136;QD=23.2361;RBI=0.0206055;REFB=-0.0209128;REVB=0.00147688;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274539;STB=0.515401;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0146845;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:4:9:13:5:4:9 chr3 57443841 . C T 73.37 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0175886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.463;QD=9.46681;RBI=0.0279337;REFB=-0.00576225;REVB=-0.0217009;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155879;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0275949;OID=.;OPOS=57443841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:9:12:7:3:9:12 chr3 57475351 . T G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0153201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.862;QD=23.5284;RBI=0.0197751;REFB=0.00701072;REVB=-0.012504;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196189;STB=0.609859;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0042527;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:9:6:13:7:9:6 chr3 57479493 . C T 161.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0149529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9318;QD=19.5774;RBI=0.023124;REFB=-0.019455;REVB=0.0176389;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0129053;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:10:6:9:8:10:6 chr3 57542173 . C T 497.88 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00282422;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5178;QD=21.1864;RBI=0.0117735;REFB=-0.0234361;REVB=-0.0114297;RO=39;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129323;STB=0.532489;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0254134;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:39:46:47:48:0.510638:23:24:26:13:23:25:27:19 chr3 57563120 . GA G 134.09 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.118547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3123;QD=10.5172;RBI=0.138679;REFB=-0.0193103;REVB=0.0719605;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816934;STB=0.550328;STBP=0.445;TYPE=del;VARB=0.0163522;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:26:50:27:51:24:14:13:15:9:99:22:14:12:14:8 chr3 57611237 . A G 61.24 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00645405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.435;QD=6.8046;RBI=0.0411056;REFB=-0.0066113;REVB=0.0405958;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31115e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173047;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:15:12:4:5:15:12 chr3 57882601 . C T 356.08 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00588915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.653;QD=24.5574;RBI=0.00849744;REFB=-0.00270445;REVB=-0.00612571;RO=23;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732561;STB=0.540124;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00111942;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:21:14:7:16:21:14:7:16 chr3 58081888 . T C 715.38 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443928;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.382;QD=57.2302;RBI=0.0773328;REFB=0;REVB=0.0633217;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295368;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr3 58109162 . G A 833.94 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5546;QD=57.513;RBI=0.0508699;REFB=0;REVB=0.0127455;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065545;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr3 58112440 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000827762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1028;QD=64.4147;RBI=0.0187436;REFB=0;REVB=0.0187254;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27881e-05;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr3 58112488 . C T 370.24 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.2686;QD=51.0676;RBI=0.0830227;REFB=0.135109;REVB=0.0030957;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925505;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000404344;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:2:1:26:28:0.965517:17:9:2:0:18:10:1:0 chr3 58117724 . G A 304.21 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00767902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.539;QD=27.0409;RBI=0.0436474;REFB=-0.0157938;REVB=0.0429665;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165781;STB=0.582031;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0172355;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:26:27:0.6:12:14:13:4:13:14:13:5 chr3 58118555 . G A 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.561;QD=59.6753;RBI=0.0285079;REFB=0;REVB=0.023515;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126703;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr3 58154327 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.639;QD=57.7121;RBI=0.0156167;REFB=0;REVB=0.000818751;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79519e-05;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr3 58191266 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.275;QD=58.7816;RBI=0.0221397;REFB=0;REVB=0.00036631;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73519e-05;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr3 58305033 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.696;QD=63.8718;RBI=0.00635449;REFB=0;REVB=4.32388e-06;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14815e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr3 58305079 . T C 923.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526687;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.338;QD=58.6211;RBI=0.0482358;REFB=0;REVB=0.0479474;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129916;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 58305235 . G T 385.01 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.435;QD=55.0008;RBI=0.0413352;REFB=0;REVB=0.0290406;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560869;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:13:9:0:0:18:10:0:0 chr3 58395891 . C G 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0429802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.524;QD=16.9418;RBI=0.0429803;REFB=-0.0207347;REVB=-5.51027e-05;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372377;STB=0.521254;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.013276;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:8:16:12:7:8:16 chr3 58409173 . A T 319.9 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.008281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.401;QD=18.5449;RBI=0.0245159;REFB=-0.00377327;REVB=0.023075;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492187;STB=0.538146;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00365157;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:35:34:34:0.492754:12:22:23:10:12:22:25:10 chr3 58416538 . T C 969.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.574;QD=58.7533;RBI=0.0421418;REFB=0;REVB=0.029174;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8097e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:24:38:0:0:24:42:0:0 chr3 58484521 . T C 2181.39 PASS AF=0.992857;AO=137;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6361;QD=62.3253;RBI=0.0357237;REFB=-0.0220595;REVB=0.034037;RO=1;SAF=76;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772981;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000375201;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:137:139:0.992857:61:76:0:1:62:77:1:0 chr3 58512237 . A G 750.75 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275586;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.55;QD=63.8938;RBI=0.0277556;REFB=0;REVB=-0.00330118;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010999;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr3 58516318 . G A 282.38 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00983428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.434;QD=12.4124;RBI=0.0107421;REFB=0.00211431;REVB=0.00432211;RO=57;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745754;STB=0.537713;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0035238;OID=.;OPOS=58516318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:58:33:33:0.362637:14:19:29:28:14:19:30:28 chr3 58520306 . G C 1366.21 PASS AF=1;AO=72;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3707;QD=60.7204;RBI=0.00428168;REFB=0;REVB=-0.000402441;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0067869;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:72:90:1:38:34:0:0:38:52:0:0 chr3 58551247 . TG CA 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662225;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.529;QD=39.2068;RBI=0.0669378;REFB=0;REVB=0.00975959;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00180424;OID=.;OPOS=58551247;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr3 58572577 . C G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000620944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.124;QD=56.6223;RBI=0.0285286;REFB=-0.0624653;REVB=0.0285218;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000582879;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr3 58572625 . G A 567.35 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524396;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.496;QD=58.1902;RBI=0.0549352;REFB=-0.0743327;REVB=0.0163695;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000445962;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:1:0:23:15:1:0 chr3 59908126 . A G 216.17 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0207588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.439;QD=17.2935;RBI=0.0218422;REFB=-0.0131496;REVB=0.00679375;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133157;STB=0.565158;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0168204;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:10:12:11:16:10:12:12:16 chr3 60519224 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7836;QD=57.676;RBI=0.0370433;REFB=0;REVB=0.0175853;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318691;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 62189142 . C G 160.6 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0325653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9998;QD=21.4135;RBI=0.0410005;REFB=-0.0488049;REVB=-0.0249107;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261193;STB=0.646886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.041446;OID=.;OPOS=62189142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:4:9:6:11:4:9 chr3 62189189 . G A 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0104247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.279;QD=16.1728;RBI=0.0180926;REFB=-0.0137656;REVB=-0.0147874;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316371;STB=0.677241;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:18:2:6:10:18:2 chr3 62189437 . G C 801.86 PASS AF=0.491124;AO=82;DP=167;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0281302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3236;QD=18.9789;RBI=0.0405306;REFB=-0.0251867;REVB=0.0291791;RO=85;SAF=36;SAR=46;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105248;STB=0.545418;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0231415;OID=.;OPOS=62189437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:85:86:82:83:0.491124:46:36:47:38:46:37:46:40 chr3 62229553 . C T 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.065;QD=54.822;RBI=0.00568354;REFB=-0.0605432;REVB=-0.00355061;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.001676;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr3 62384314 . A G 479.23 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.254;QD=58.089;RBI=0.028579;REFB=0;REVB=0.0273469;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117161;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:10:18:0:0:12:21:0:0 chr3 62431415 . T C 362.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076158;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.248;QD=55.7933;RBI=0.00793528;REFB=0;REVB=0.00222897;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120638;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr3 62556622 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.94;QD=59.4356;RBI=0.00949806;REFB=0;REVB=0.0094313;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8234e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr3 64133350 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.115;QD=45.8068;RBI=0.0878786;REFB=0;REVB=0.0340996;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129256;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr3 64502189 . G A 117.62 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0157202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.556;QD=7.58815;RBI=0.0337067;REFB=-0.017966;REVB=-0.0298164;RO=44;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179062;STB=0.601441;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0325459;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:44:45:17:17:0.274194:6:11:22:22:6:11:23:22 chr3 65425559 . GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG 37.2 PASS AF=0.181818,0.272727,0.0909091;AO=2,2,2;DP=13;FAO=2,3,1;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2,1,1;FSAR=0,2,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0155966,0.0054536,-0.133474;FXX=0.153728;HRUN=1,0,2;LEN=1,3,1;MLLD=34.8756,102.067,16.681;QD=13.5262;RBI=0.0511212,0.0492811,0.151246;REFB=-0.0554371,-0.0536552,-0.144009;REVB=-0.0486839,-0.0489784,-0.0711343;RO=3;SAF=2,1,2;SAR=0,1,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.74993,0.473628,0.74993;STB=0.994301,0.545144,0.990101;STBP=0.168,0.937,0.486;TYPE=del,ins,del;VARB=0.0610713,0.180599,0.0864604;OID=.,.,.;OPOS=65425560,65425561,65425591;OREF=T,-,T;OALT=-,CTG,-;OMAPALT=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,GTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.181818,0.272727,0.0909091:2,2,2:13:2,3,1:11:5:2,1,1:0,2,0:2:3:17:3:2,1,2:0,1,0:0:3 chr3 65583502 . G A 1003.49 PASS AF=0.425287;AO=109;DP=260;FAO=111;FDP=261;FR=.;FRO=150;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=-0.00663488;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.316;QD=15.3791;RBI=0.0069889;REFB=-0.0125797;REVB=-0.00219613;RO=142;SAF=60;SAR=49;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942851;STB=0.560436;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0174117;OID=.;OPOS=65583502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:142:150:109:111:0.425287:49:60:65:77:49:62:68:82 chr3 66354911 . G C 638.46 PASS AF=0.461538;AO=67;DP=144;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0205812;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9123;QD=17.859;RBI=0.0346551;REFB=-0.0156192;REVB=0.0278817;RO=77;SAF=32;SAR=35;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115119;STB=0.568425;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.025136;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:77:77:67:66:0.461538:35:32:46:31:35:31:46:31 chr3 66374361 . G C 192.74 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0465011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4957;QD=23.3624;RBI=0.113812;REFB=-0.0056616;REVB=0.103879;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218133;STB=0.512182;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00980132;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:2:12:16:3:2:12 chr3 66396845 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0132398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.327;QD=11.1042;RBI=0.0222427;REFB=0.00571032;REVB=0.017873;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00379525;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr3 66419956 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.012197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.399;QD=14.6506;RBI=0.02162;REFB=-0.0164424;REVB=-0.017851;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952689;STB=0.554408;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0166709;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:15:16:14:9:15:16 chr3 66433676 . A G 1415.19 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2121;QD=62.8974;RBI=0.0831458;REFB=0;REVB=-0.0808063;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00080049;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr3 66434643 . T C,G 1512.79 PASS AF=0.961165,0.038835;AO=99,4;DP=103;FAO=99,4;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=60,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607539,-0.000809592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.026,125.611;QD=58.7491;RBI=0.0391887,0.0289138;REFB=0,0;REVB=0.0387149,-0.0289025;RO=0;SAF=39,1;SAR=60,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.47126e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00146642,0.114669;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:103:103:0:0:99,4:99,4:0.961165,0.038835:60,3:39,1:0:0:60,3:39,1:0:0 chr3 67048761 . GT CG,G,GC 993.07 PASS AF=0,0.185714,0.814286;AO=5,7,56;DP=69;FAO=0,13,57;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,32;FSAR=0,12,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167561,0.0101767,0.0611293;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=17.6874,69.3866,85.9038;QD=56.747;RBI=0.0535173,0.0325533,0.0652343;REFB=0,0,0;REVB=-0.0508265,0.0309217,0.0227755;RO=0;SAF=0,2,31;SAR=5,5,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.140116,-0.00246298,-0.00205402;OID=.,.,.;OPOS=67048761,67048762,67048762;OREF=GT,T,T;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CG,G,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:58:69:70:0:0:5,7,56:0,13,57:0,0.185714,0.814286:5,5,25:0,2,31:0:0:0,12,25:0,1,32:0:0 chr3 67048766 . GGCCCCA GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG 149.01 PASS AF=0.25,0.3125,0;AO=10,16,3;DP=53;FAO=12,15,0;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=2,14,0;FSAR=10,1,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.122163,-0.13315,-0.135796;FXX=0.0769083;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=21.2834,13.2604,68.1447;QD=12.4174;RBI=0.199206,0.13399,0.139013;REFB=-0.124931,-0.166231,-0.00592712;REVB=-0.15735,0.0149819,-0.0297355;RO=22;SAF=3,13,3;SAR=7,3,0;SRF=6;SRR=16;SSEN=0.445946,0,0;SSEP=0,0.441379,0;SSSB=0.0372818,0.540073,0.686038;STB=0.684578,0.898456,0.5;STBP=0.155,0.005,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.13224,0.131958,0;OID=.,.,.;OPOS=67048767,67048768,67048771;OREF=GC,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.3125,0:10,16,3:53:12,15,0:48:21:2,14,0:10,1,0:8:13:62:22:3,13,3:7,3,0:6:16 chr3 67411103 . C T 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0160157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.994;QD=19.0494;RBI=0.0186979;REFB=-0.0160691;REVB=0.00964936;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374347;STB=0.520824;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0173974;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:23:21:21:27:23:21:21:27 chr3 67411166 . A G 243.64 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00782742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.461;QD=12.6569;RBI=0.0315691;REFB=0.00411602;REVB=-0.0305834;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701055;STB=0.541372;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00747229;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:48:29:29:0.376623:17:12:22:24:17:12:23:25 chr3 69024687 . C CTT 94.92 PASS AF=0.4;AO=12;DP=48;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0482467;FXX=0.0425441;HRUN=6;LEN=2;MLLD=18.0265;QD=8.43724;RBI=0.0647502;REFB=-0.0225786;REVB=-0.0431838;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279931;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.0298097;OID=.;OPOS=69024688;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:48:18:45:27:8:10:18:9:94:27:5:7:18:9 chr3 69038088 . A G 185.27 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=71;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0128425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.148;QD=10.2929;RBI=0.013043;REFB=-0.0103;REVB=-0.00227818;RO=48;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313375;STB=0.663133;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0150158;OID=.;OPOS=69038088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:48:48:23:24:0.333333:15:8:30:18:15:9:30:18 chr3 69091716 . T C 234.59 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000350122;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.967;QD=15.1351;RBI=0.0102291;REFB=-0.00617337;REVB=-0.0102231;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159763;STB=0.59084;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0117931;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:18:9:17:18:18:9:17:18 chr3 69151152 . C A 3351.48 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404095;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1152;QD=62.3531;RBI=0.0416314;REFB=0;REVB=0.0100123;RO=0;SAF=116;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55826e-05;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:99:116:0:0:99:116:0:0 chr3 69154386 . T A 1194.51 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000989837;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.925;QD=57.5669;RBI=0.00422569;REFB=-0.053441;REVB=-0.00410813;RO=3;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318883;STB=0.51685;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-4.73433e-05;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:83:3:3:80:80:0.963855:43:37:0:3:43:37:0:3 chr3 69158231 . T C 400.93 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.000153417;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.834;QD=20.0463;RBI=0.0150904;REFB=-0.0260253;REVB=-0.0150896;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511998;STB=0.527919;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0393901;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:40:40:40:0.5:14:26:26:11:14:26:28:12 chr3 69158298 . G C 297.4 PASS AF=0.44;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0716053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.2726;QD=15.8615;RBI=0.092391;REFB=-0.0192115;REVB=0.0583846;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280119;STB=0.51041;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0321869;OID=.;OPOS=69158298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:42:33:33:0.44:12:21:25:16:12:21:26:16 chr3 69168864 . C T 241.16 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00149421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.319;QD=13.5865;RBI=0.0525234;REFB=-0.0047287;REVB=-0.0525022;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777586;STB=0.534931;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0107992;OID=.;OPOS=69168864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:12:16:27:15:12:17:27:15 chr3 69220042 . G A 317.53 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00474046;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.012;QD=15.8766;RBI=0.00661122;REFB=0.00462776;REVB=0.00460828;RO=41;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25206;STB=0.645704;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00565517;OID=.;OPOS=69220042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:41:45:33:35:0.4375:11:22:17:24:12:23:18:27 chr3 69245454 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00199844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.075;QD=55.8048;RBI=0.00851648;REFB=-0.0154149;REVB=-0.00827868;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-1.03454e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr3 69299233 . C G 223.81 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0112251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2565;QD=19.4617;RBI=0.0369939;REFB=-0.00476676;REVB=-0.0352498;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074684;STB=0.542131;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0038567;OID=.;OPOS=69299233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:15:9:10:12:15:9 chr3 71591156 . T G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00430976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.622;QD=18.6449;RBI=0.0531849;REFB=-0.0167691;REVB=0.05301;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219641;STB=0.625487;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00984736;OID=.;OPOS=71591156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:5:8:5:9:5:8 chr3 71823582 . C T 453.21 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0139548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.979;QD=16.332;RBI=0.0143599;REFB=0.00214663;REVB=0.00338659;RO=61;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153652;STB=0.589792;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00575743;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:61:49:50:0.45045:19:30:28:33:19:31:28:33 chr3 71876449 . A G 147.14 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0169694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.937;QD=17.3106;RBI=0.0235344;REFB=-0.00556081;REVB=-0.0163067;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24692;STB=0.643363;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00917891;OID=.;OPOS=71876449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:3:13:11:7:3:13:11:7 chr3 72426901 . A G 5116.84 PASS AF=1;AO=324;DP=324;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3254;QD=63.1708;RBI=0.121813;REFB=0;REVB=0.066038;RO=0;SAF=196;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271738;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:324:0:0:324:324:1:128:196:0:0:128:196:0:0 chr3 72495777 . C G 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6676;QD=62.9757;RBI=0.0605935;REFB=0;REVB=-0.0303051;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111391;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr3 72495945 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.199;QD=51.1846;RBI=0.0661982;REFB=0;REVB=0.0187717;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336283;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr3 72799703 . C T 294.12 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0108855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5198;QD=17.5593;RBI=0.0115031;REFB=0.00638736;REVB=0.00371848;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127983;STB=0.503386;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00617787;OID=.;OPOS=72799703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:19:12:14:21:19:13:14:21 chr3 72895345 . G T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0103298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.962;QD=22.7235;RBI=0.0198477;REFB=-0.0143766;REVB=-0.0169478;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111828;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00895359;OID=.;OPOS=72895345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:5:11:11:9:5:11 chr3 73111368 . T C 273.06 PASS AF=0.385542;AO=34;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0115141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7307;QD=13.1595;RBI=0.0943794;REFB=0.0159864;REVB=-0.0936744;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134031;STB=0.552377;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0264674;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:51:34:32:0.385542:21:13:24:23:19:13:25:26 chr3 73111481 . C A,CA 291.8 PASS AF=0.0138889,0.458333;AO=5,26;DP=70;FAO=1,33;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=1,13;FSAR=0,20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0143232,0.0667382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.48,25.9897;QD=16.2113;RBI=0.0159607,0.0673948;REFB=0.00655076,-0.00707515;REVB=0.00704186,0.00938456;RO=39;SAF=3,10;SAR=2,16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156672,-0.0831725;STB=0.990428,0.543833;STBP=0.278,0.51;TYPE=snp,ins;VARB=0.00863125,0.0105584;OID=.,.;OPOS=73111481,73111482;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:72:39:38:5,26:1,33:0.0138889,0.458333:2,16:3,10:18:21:0,20:1,13:18:20 chr3 73111973 . A G 237.52 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0222588;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.973;QD=25.6775;RBI=0.0249237;REFB=-0.0236746;REVB=0.0112134;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183875;STB=0.504946;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0113109;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:15:22:22:0.594595:10:12:8:6:10:12:8:7 chr3 73111998 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00515747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.427;QD=20.7379;RBI=0.0249189;REFB=-0.00550848;REVB=-0.0243793;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591057;STB=0.533297;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00568803;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:6:10:10:8:6:10 chr3 73112378 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00237237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.366;QD=13.5803;RBI=0.0160966;REFB=-0.00858354;REVB=0.0159209;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102001;STB=0.559161;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0161146;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:19:9:7:10:19:9 chr3 73114003 . T C 384.39 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0350797;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8183;QD=13.7282;RBI=0.0445044;REFB=-0.0062459;REVB=0.0273871;RO=67;SAF=30;SAR=15;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011781;STB=0.506664;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0104127;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:15:30:44:23:15:30:44:23 chr3 73290979 . G T 1385.55 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.251;QD=62.2719;RBI=0.0447401;REFB=0;REVB=0.0289804;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131036;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:41:44:0:0:41:48:0:0 chr3 73433494 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0187501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.174;QD=13.2053;RBI=0.0401618;REFB=-0.0169569;REVB=0.0355163;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151474;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr3 73453325 . C T 1370.07 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180358;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.98;QD=62.2758;RBI=0.0397798;REFB=0;REVB=-0.0354561;RO=0;SAF=81;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08315e-05;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:5:81:0:0:5:83:0:0 chr3 74413676 . T C 308.09 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00716777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.708;QD=20.8876;RBI=0.0355447;REFB=-0.0258068;REVB=0.0348145;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323128;STB=0.678722;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0161346;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:11:21:7:20:11:21:7:20 chr3 75232044 . C T 334.11 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00219062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.435;QD=16.7052;RBI=0.0225145;REFB=-0.00929555;REVB=-0.0224076;RO=43;SAF=29;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321479;STB=0.690358;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0269502;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:7:29:23:20:7:29:23:21 chr3 75476936 . A T 294.84 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00176603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.281;QD=22.2518;RBI=0.0779244;REFB=-0.00225653;REVB=-0.0779044;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104841;STB=0.55783;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00144563;OID=.;OPOS=75476936;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:13:17:16:7:13:17:16:7 chr3 75679930 . A C 59.44 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0231052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.63;QD=2.76454;RBI=0.0437997;REFB=-0.00441093;REVB=-0.0372097;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137098;STB=0.605595;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0202003;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:84:86:72:74:12:12:0.139535:5:7:34:38:5:7:34:40 chr3 75679937 . G A 55.04 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00225822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.32;QD=2.20164;RBI=0.014833;REFB=0.00138891;REVB=-0.0146601;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101646;STB=0.573456;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0163907;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:88:88:12:12:0.12:7:5:44:44:7:5:44:44 chr3 75679938 . T C 69.88 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00172936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.013;QD=2.74027;RBI=0.00503603;REFB=-0.000673094;REVB=-0.00472979;RO=87;SAF=9;SAR=5;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199425;STB=0.642653;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00795663;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:87:88:14:14:0.137255:5:9:42:45:5:9:42:46 chr3 75679944 . C T 32.55 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.00254765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.467;QD=1.21666;RBI=0.0139762;REFB=-0.00209602;REVB=-0.013742;RO=98;SAF=8;SAR=1;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466142;STB=0.882359;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0130824;OID=.;OPOS=75679944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:1:8:47:51:1:8:47:51 chr3 75679945 . C G 38.69 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0168909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.479;QD=1.44646;RBI=0.0234159;REFB=-0.00396984;REVB=-0.0162173;RO=96;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241545;STB=0.513991;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0404654;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:96:97:10:10:0.0934579:5:5:50:46:5:5:50:47 chr3 75679958 . C T 63.43 PASS AF=0.125;AO=14;DP=112;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00743053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.221;QD=2.26541;RBI=0.0105768;REFB=-0.00222302;REVB=-0.00752701;RO=98;SAF=6;SAR=8;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100481;STB=0.571327;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0197506;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:112:112:98:98:14:14:0.125:8:6:50:48:8:6:50:48 chr3 75679963 . C T 170.87 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0219883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8813;QD=5.89193;RBI=0.0219913;REFB=-0.00431739;REVB=0.000362857;RO=87;SAF=11;SAR=16;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123509;STB=0.584178;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0135215;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:87:89:27:27:0.232759:16:11:44:43:16:11:46:43 chr3 75679965 . C A 75.56 PASS AF=0.137931;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0285903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.493;QD=2.60542;RBI=0.0296792;REFB=-0.00166866;REVB=-0.00796546;RO=100;SAF=10;SAR=6;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19301;STB=0.632882;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0275099;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:116:116:100:100:16:16:0.137931:6:10:47:53:6:10:47:53 chr3 75679973 . A G 71.56 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0161343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.543;QD=2.30835;RBI=0.0207763;REFB=-0.00650278;REVB=-0.0130895;RO=108;SAF=6;SAR=10;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133887;STB=0.594143;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0537666;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:124:124:108:108:16:16:0.129032:10:6:52:56:10:6:52:56 chr3 75679975 . C T 85.61 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.0149258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.89;QD=2.71787;RBI=0.0217927;REFB=-0.00223439;REVB=-0.0158789;RO=108;SAF=11;SAR=7;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218733;STB=0.648019;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0133161;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:126:126:108:108:18:18:0.142857:7:11:47:61:7:11:47:61 chr3 75679988 . A G 98.88 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.064427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8953;QD=2.99638;RBI=0.0696954;REFB=0.00563033;REVB=0.0265821;RO=112;SAF=12;SAR=8;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236186;STB=0.656654;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0303558;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:132:112:112:20:20:0.151515:8:12:46:66:8:12:46:66 chr3 75679993 . C T 153.17 PASS AF=0.2;AO=24;DP=129;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00378875;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.077;QD=4.71296;RBI=0.014056;REFB=-0.00821215;REVB=-0.0135357;RO=101;SAF=10;SAR=14;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501163;STB=0.555377;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0246852;OID=.;OPOS=75679993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:101:104:24:26:0.2:14:10:46:55:16:10:47:57 chr3 75679997 . C T 89.52 PASS AF=0.150376;AO=17;DP=130;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00503005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2739;QD=2.69221;RBI=0.0390185;REFB=0.00554614;REVB=0.0386929;RO=113;SAF=12;SAR=5;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361917;STB=0.659671;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0269428;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:130:133:113:113:17:20:0.150376:5:12:46:67:8:12:46:67 chr3 75680006 . T C 55.68 PASS AF=0.106061;AO=13;DP=135;FAO=14;FDP=132;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0150646;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.921;QD=1.68718;RBI=0.0186529;REFB=-0.000896268;REVB=-0.0109995;RO=120;SAF=5;SAR=8;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493009;STB=0.503307;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00670205;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:135:132:120:118:13:14:0.106061:8:5:51:69:8:6:51:67 chr3 75680010 . T C 89.53 PASS AF=0.140741;AO=19;DP=135;FAO=19;FDP=135;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0162246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2663;QD=2.65277;RBI=0.0162251;REFB=-0.00776103;REVB=-0.000124781;RO=116;SAF=7;SAR=12;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817587;STB=0.556038;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0430366;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:135:135:116:116:19:19:0.140741:12:7:50:66:12:7:50:66 chr3 75714298 . A G 757.23 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00158886;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.175;QD=22.1089;RBI=0.00333189;REFB=-0.0114227;REVB=0.00292865;RO=65;SAF=47;SAR=25;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912527;STB=0.55017;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0084841;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:65:65:72:72:0.525547:25:47:36:29:25:47:36:29 chr3 75714311 . G A 381.76 PASS AF=0.312883;AO=51;DP=164;FAO=51;FDP=163;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=43;FWDB=0.00578744;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8291;QD=9.36836;RBI=0.0110434;REFB=0.00999175;REVB=0.00940541;RO=109;SAF=32;SAR=19;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386423;STB=0.508324;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0197386;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:109:112:51:51:0.312883:19:32:65:44:19:32:69:43 chr3 75714337 . T G 1498.08 PASS AF=0.68306;AO=125;DP=183;FAO=125;FDP=183;FR=.;FRO=58;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0114772;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.205;QD=32.7449;RBI=0.0139486;REFB=-0.00672691;REVB=0.00792693;RO=58;SAF=73;SAR=52;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912286;STB=0.504895;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00258471;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:58:58:125:125:0.68306:52:73:33:25:52:73:33:25 chr3 75714345 . G T 287.93 PASS AF=0.236559;AO=44;DP=186;FAO=44;FDP=186;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=-0.00929418;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.13;QD=6.1921;RBI=0.0134417;REFB=-0.00793589;REVB=0.0097107;RO=141;SAF=35;SAR=9;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41181;STB=0.749879;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0149808;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:141:142:44:44:0.236559:9:35:69:72:9:35:70:72 chr3 75714702 . A G 499.64 PASS AF=0.621622;AO=45;DP=73;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0256068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.063;QD=27.0075;RBI=0.0304338;REFB=0.0108875;REVB=0.0164471;RO=28;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328962;STB=0.513508;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00546825;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:28:28:45:46:0.621622:22:23:13:15:23:23:13:15 chr3 75714709 . G T 76.74 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=5.26527e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.115;QD=3.69807;RBI=0.00382404;REFB=0.00210864;REVB=-0.00382367;RO=69;SAF=10;SAR=4;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330705;STB=0.718867;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0203725;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:4:10:31:38:4:10:31:38 chr3 75714809 . C T 55.94 PASS AF=0.0952381;AO=15;DP=169;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=-0.0143876;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.41;QD=1.33186;RBI=0.0273876;REFB=-0.00510856;REVB=-0.023304;RO=86;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997551;STB=0.54756;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.054246;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:169:168:86:152:15:16:0.0952381:7:8:39:47:8:8:68:84 chr3 75714819 . G A 136.0 PASS AF=0.142157;AO=29;DP=203;FAO=29;FDP=204;FR=.;FRO=175;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.0234975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.087;QD=2.6667;RBI=0.0339714;REFB=-0.00290242;REVB=-0.0245342;RO=174;SAF=16;SAR=13;SRF=79;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123915;STB=0.58059;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00992366;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:174:175:29:29:0.142157:13:16:79:95:13:16:80:95 chr3 75714825 . G A 764.31 PASS AF=0.331797;AO=69;DP=219;FAO=72;FDP=217;FR=.,HEALED;FRO=123;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.0257683;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9702;QD=14.0886;RBI=0.0258082;REFB=-0.0079573;REVB=-0.00143351;RO=117;SAF=38;SAR=31;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154844;STB=0.601807;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0288234;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:117:123:69:72:0.331797:31:38:48:69:31:41:50:73 chr3 75714831 . G A 290.83 PASS AF=0.197674;AO=51;DP=252;FAO=51;FDP=258;FR=.;FRO=207;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=93;FSRR=114;FWDB=-0.0253334;FXX=0.00386085;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.442;QD=4.50901;RBI=0.0254932;REFB=-0.0147563;REVB=0.00285015;RO=201;SAF=23;SAR=28;SRF=87;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236409;STB=0.501381;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0447003;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:258:201:207:51:51:0.197674:28:23:87:114:28:23:93:114 chr3 75714835 . C T 317.46 PASS AF=0.207692;AO=54;DP=260;FAO=54;FDP=260;FR=.;FRO=206;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=89;FSRR=117;FWDB=-0.00156511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.779;QD=4.88404;RBI=0.0131784;REFB=-0.00465636;REVB=-0.0130852;RO=206;SAF=24;SAR=30;SRF=89;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161727;STB=0.50997;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0206544;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:206:206:54:54:0.207692:30:24:89:117:30:24:89:117 chr3 75714840 . A G 1434.1 PASS AF=0.516484;AO=141;DP=272;FAO=141;FDP=273;FR=.;FRO=132;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=0.00332905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.198;QD=21.0125;RBI=0.0268566;REFB=-0.00537452;REVB=-0.0266494;RO=131;SAF=65;SAR=76;SRF=54;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434132;STB=0.525345;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00485452;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:131:132:141:141:0.516484:76:65:54:77:76:65:54:78 chr3 75714843 . T A 665.89 PASS AF=0.310714;AO=87;DP=278;FAO=87;FDP=280;FR=.;FRO=193;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=115;FWDB=-0.028179;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7609;QD=9.51275;RBI=0.0312211;REFB=-0.00113504;REVB=0.0134426;RO=190;SAF=43;SAR=44;SRF=75;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118808;STB=0.562193;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00232132;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:280:190:193:87:87:0.310714:44:43:75:115:44:43:78:115 chr3 75714853 . G A 739.86 PASS AF=0.318937;AO=96;DP=300;FAO=96;FDP=301;FR=.;FRO=205;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=89;FSRR=116;FWDB=0.00485581;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2722;QD=9.83203;RBI=0.00577338;REFB=-0.025125;REVB=-0.00312298;RO=200;SAF=51;SAR=45;SRF=88;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107044;STB=0.565833;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0405806;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:200:205:96:96:0.318937:45:51:88:112:45:51:89:116 chr3 75714898 . G A 816.27 PASS AF=0.318182;AO=103;DP=328;FAO=105;FDP=330;FR=.;FRO=225;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=112;FSRR=113;FWDB=-0.00884573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9182;QD=9.89417;RBI=0.0943499;REFB=-0.0168649;REVB=0.0939343;RO=225;SAF=51;SAR=52;SRF=112;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313287;STB=0.508226;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.037781;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:330:225:225:103:105:0.318182:52:51:112:113:54:51:112:113 chr3 75714917 . G A 535.7 PASS AF=0.26;AO=76;DP=303;FAO=78;FDP=300;FR=.,HEALED;FRO=222;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=109;FSRR=113;FWDB=-0.0136124;FXX=0.0163929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.407;QD=7.14272;RBI=0.0141621;REFB=-0.00618542;REVB=-0.00390732;RO=159;SAF=42;SAR=34;SRF=101;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996622;STB=0.554228;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0171688;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:300:159:222:76:78:0.26:34:42:101:58:34:44:109:113 chr3 75714929 . G A 468.41 PASS AF=0.240678;AO=71;DP=295;FAO=71;FDP=295;FR=.;FRO=224;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=110;FSRR=114;FWDB=-0.0395536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.879;QD=6.35125;RBI=0.0401643;REFB=-0.0212924;REVB=-0.00697726;RO=223;SAF=41;SAR=30;SRF=109;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112425;STB=0.565824;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0677485;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:223:224:71:71:0.240678:30:41:109:114:30:41:110:114 chr3 75714950 . C A 357.68 PASS AF=0.227451;AO=57;DP=255;FAO=58;FDP=255;FR=.;FRO=197;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=91;FSRR=106;FWDB=0.00110439;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.288;QD=5.61068;RBI=0.0041187;REFB=-0.00918577;REVB=-0.00396788;RO=198;SAF=29;SAR=28;SRF=92;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562562;STB=0.542642;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0242018;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:198:197:57:58:0.227451:28:29:92:106:28:30:91:106 chr3 75714976 . C T 654.5 PASS AF=0.383838;AO=75;DP=199;FAO=76;FDP=198;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=0.0251588;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.416;QD=13.2222;RBI=0.0253437;REFB=-0.00382486;REVB=0.00305542;RO=123;SAF=32;SAR=43;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120916;STB=0.569048;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00519459;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:123:122:75:76:0.383838:43:32:66:57:44:32:65:57 chr3 75714980 . C A 246.21 PASS AF=0.213904;AO=40;DP=189;FAO=40;FDP=187;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=0.0188567;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.807;QD=5.26657;RBI=0.0343804;REFB=-0.00372812;REVB=0.0287478;RO=144;SAF=19;SAR=21;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406653;STB=0.527653;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00925061;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:144:147:40:40:0.213904:21:19:73:71:21:19:75:72 chr3 75715118 . G A 133.81 PASS AF=0.289855;AO=18;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00342166;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.403;QD=7.75717;RBI=0.0102592;REFB=-0.0147206;REVB=0.00967184;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845433;STB=0.536196;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0543662;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:49:18:20:0.289855:8:10:27:21:10:10:27:22 chr3 75715124 . C T 174.72 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0141871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8471;QD=8.22206;RBI=0.0232687;REFB=-0.041608;REVB=0.0184434;RO=60;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100623;STB=0.511365;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.104815;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:61:24:24:0.282353:11:13:33:27:11:13:34:27 chr3 75715173 . CT TG 243.81 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00689243;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.528;QD=8.19518;RBI=0.00842301;REFB=-0.0151211;REVB=-0.00484164;RO=84;SAF=14;SAR=20;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135343;STB=0.575923;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.0373894;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:85:34:34:0.285714:20:14:44:40:20:14:44:41 chr3 75715181 . G A 232.23 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0325303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.356;QD=7.87207;RBI=0.0349134;REFB=-0.0142254;REVB=0.0126778;RO=85;SAF=13;SAR=20;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178674;STB=0.605996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0352484;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:85:85:33:33:0.279661:20:13:46:39:20:13:46:39 chr3 75779719 . T C 81.84 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0148127;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.322;QD=4.74461;RBI=0.0240528;REFB=-0.00177437;REVB=0.0189504;RO=56;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320436;STB=0.714286;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0241457;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:70:69:56:55:14:14:0.202899:11:3:25:31:11:3:25:30 chr3 75779724 . T C 187.11 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0489521;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.916;QD=10.6918;RBI=0.0515614;REFB=-0.0224915;REVB=0.0161949;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201333;STB=0.618079;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0388963;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:46:24:24:0.342857:17:7:21:25:17:7:21:25 chr3 75779727 . A G 185.32 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.123416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6862;QD=10.4406;RBI=0.131302;REFB=-0.000200454;REVB=-0.0448179;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211372;STB=0.612514;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00317021;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:45:47:24:24:0.338028:17:7:21:24:17:7:21:26 chr3 75779769 . C G 285.3 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0156871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.977;QD=15.4214;RBI=0.0159299;REFB=-0.0228644;REVB=0.00277066;RO=42;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208939;STB=0.618968;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0219409;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:24:8:18:24:24:8:18:24 chr3 75779777 . TA T 131.17 PASS AF=0.390625;AO=26;DP=68;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.060928;FXX=0.0588149;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8014;QD=8.19803;RBI=0.0609295;REFB=-0.0187571;REVB=-0.000423165;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=-0.0820263;STB=0.526739;STBP=0.759;TYPE=del;VARB=0.0394784;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:26:68:25:64:39:8:17:14:25:99:37:8:18:14:23 chr3 75781222 . C T 207.57 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0186817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6025;QD=13.3919;RBI=0.0528483;REFB=-0.0132591;REVB=0.0494362;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504486;STB=0.528902;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0305975;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:22:15:9:16:22:15 chr3 75781243 . T C 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0241639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.096;QD=6.90925;RBI=0.0241749;REFB=-0.000271344;REVB=-0.000729993;RO=48;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832764;STB=0.562042;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000105112;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:5:12:31:17:5:12:31:18 chr3 75781257 . T C 169.18 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0141314;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6926;QD=11.8722;RBI=0.0209403;REFB=0.00689494;REVB=0.0154532;RO=36;SAF=17;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333293;STB=0.696512;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00902602;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:57:36:36:21:21:0.368421:4:17:20:16:4:17:20:16 chr3 75781263 . T C 214.08 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0215605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.192;QD=14.7642;RBI=0.0305545;REFB=0.034159;REVB=-0.02165;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224011;STB=0.628117;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0453826;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:7:18:17:16:7:18:17:16 chr3 75786031 . A C 249.57 PASS AF=0.223464;AO=40;DP=177;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=87;FSRR=52;FWDB=-0.0264075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1559;QD=5.57693;RBI=0.0264098;REFB=-0.00418508;REVB=-0.000344479;RO=136;SAF=26;SAR=14;SRF=86;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243022;STB=0.520305;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0149082;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:136:139:40:40:0.223464:14:26:86:50:14:26:87:52 chr3 75786036 . A C 217.27 PASS AF=0.214286;AO=35;DP=177;FAO=36;FDP=168;FR=.;FRO=132;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=54;FWDB=-0.0175197;FXX=0.101599;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.896;QD=5.1731;RBI=0.0283986;REFB=-0.0113093;REVB=-0.0223503;RO=109;SAF=23;SAR=12;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116619;STB=0.564066;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.02706;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:168:109:132:35:36:0.214286:12:23:62:47:12:24:78:54 chr3 75786042 . G A 533.23 PASS AF=0.366834;AO=63;DP=198;FAO=73;FDP=199;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=49;FWDB=0.00694621;FXX=0.0432672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.662;QD=10.7182;RBI=0.00814948;REFB=-0.0135968;REVB=0.00426195;RO=135;SAF=38;SAR=25;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399961;STB=0.50356;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0237026;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:135:126:63:73:0.366834:25:38:77:58:28:45:77:49 chr3 75786059 . CA TA,TG 601.28 PASS AF=0.0562771,0.285714;AO=13,66;DP=234;FAO=13,66;FDP=231;FR=.;FRO=152;FSAF=5,43;FSAR=8,23;FSRF=87;FSRR=65;FWDB=-0.0115594,-0.0042656;FXX=0.0170206;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=146.648,225.73;QD=10.4118;RBI=0.011915,0.0087281;REFB=-0.00313686,-0.00708959;REVB=0.00288902,-0.00761474;RO=152;SAF=5,43;SAR=8,23;SRF=87;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208651,0.100506;STB=0.668234,0.558588;STBP=0.235,0.25;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00703468,0.0228597;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:234:231:152:152:13,66:13,66:0.0562771,0.285714:8,23:5,43:87:65:8,23:5,43:87:65 chr3 75786073 . C G 405.18 PASS AF=0.243137;AO=62;DP=254;FAO=62;FDP=255;FR=.;FRO=193;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=114;FSRR=79;FWDB=0.0184121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2246;QD=6.35579;RBI=0.0207548;REFB=0.000311066;REVB=-0.00957891;RO=191;SAF=34;SAR=28;SRF=114;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622052;STB=0.532501;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00113079;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:191:193:62:62:0.243137:28:34:114:77:28:34:114:79 chr3 75786079 . CG CA,TA 790.67 PASS AF=0.372642,0.0566038;AO=79,14;DP=269;FAO=79,12;FDP=212;FR=.;FRO=121;FSAF=53,5;FSAR=26,7;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.00102823,-0.00433756;FXX=0.211888;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.752,110.393;QD=14.9182;RBI=0.00563618,0.00867039;REFB=-0.00702825,-0.00357228;REVB=0.0055416,-0.00750742;RO=121;SAF=53,5;SAR=26,9;SRF=65;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152636,-0.214245;STB=0.586166,0.608517;STBP=0.073,0.484;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00465297,0.0336314;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:212:121:121:79,14:79,12:0.372642,0.0566038:26,9:53,5:65:56:26,7:53,5:65:56 chr3 75786132 . T C 51.38 PASS AF=0.0721649;AO=21;DP=291;FAO=21;FDP=291;FR=.;FRO=270;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=154;FSRR=116;FWDB=-0.00917363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.15;QD=0.706196;RBI=0.0166498;REFB=-0.00102703;REVB=-0.0138946;RO=264;SAF=10;SAR=11;SRF=148;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945871;STB=0.586777;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0107732;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:291:291:264:270:21:21:0.0721649:11:10:148:116:11:10:154:116 chr3 75786163 . C T 59.42 PASS AF=0.0843882;AO=21;DP=238;FAO=20;FDP=237;FR=.;FRO=217;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=112;FSRR=105;FWDB=-0.00794308;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.63;QD=1.00282;RBI=0.0371497;REFB=6.08536e-05;REVB=-0.0362906;RO=217;SAF=12;SAR=9;SRF=113;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598067;STB=0.577435;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00178086;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:238:237:217:217:21:20:0.0843882:9:12:113:104:8:12:112:105 chr3 75786175 . C A 411.59 PASS AF=0.25974;AO=60;DP=231;FAO=60;FDP=231;FR=.;FRO=171;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.0190181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9876;QD=7.12709;RBI=0.0254815;REFB=-0.00888416;REVB=-0.0169593;RO=168;SAF=28;SAR=32;SRF=88;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709138;STB=0.539779;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0173591;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:168:171:60:60:0.25974:32:28:88:80:32:28:89:82 chr3 75786202 . TG CA 261.92 PASS AF=0.230337;AO=40;DP=178;FAO=41;FDP=178;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=0.00741689;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.198;QD=5.88594;RBI=0.0146644;REFB=-0.00710433;REVB=0.0126505;RO=136;SAF=17;SAR=23;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086175;STB=0.563349;STBP=0.375;TYPE=mnp;VARB=0.0192301;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:136:137:40:41:0.230337:23:17:67:69:24:17:68:69 chr3 75786211 . A G 74.56 PASS AF=0.115385;AO=18;DP=155;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=0.019582;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.956;QD=1.91178;RBI=0.0366237;REFB=-0.00427604;REVB=-0.030949;RO=136;SAF=10;SAR=8;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954061;STB=0.574386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0346159;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:155:156:136:138:18:18:0.115385:8:10:65:71:8:10:65:73 chr3 75786221 . G A 207.77 PASS AF=0.233577;AO=30;DP=138;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.000424248;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.082;QD=6.06624;RBI=0.00178837;REFB=-0.00206438;REVB=0.00173732;RO=103;SAF=15;SAR=15;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183597;STB=0.518237;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00707932;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:103:105:30:32:0.233577:15:15:53:50:16:16:50:55 chr3 75786225 . G A 309.06 PASS AF=0.330769;AO=33;DP=122;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0167236;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5504;QD=9.50952;RBI=0.0249029;REFB=-0.0218046;REVB=0.018452;RO=81;SAF=13;SAR=20;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207932;STB=0.635005;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0765661;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:81:87:33:43:0.330769:20:13:46:35:27:16:50:37 chr3 75786230 . C T 87.07 PASS AF=0.144;AO=18;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0094305;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9451;QD=2.7863;RBI=0.0357041;REFB=-0.00906055;REVB=-0.0344361;RO=107;SAF=9;SAR=9;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176379;STB=0.511987;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0533074;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:125:125:107:107:18:18:0.144:9:9:55:52:9:9:55:52 chr3 75786243 . C T 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0103088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.33;QD=1.69013;RBI=0.0387599;REFB=-6.26821e-05;REVB=-0.0373639;RO=88;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22583;STB=0.673286;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000423479;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:3:7:45:43:3:7:45:43 chr3 75786244 . A T 35.67 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00800696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.662;QD=1.50193;RBI=0.0341096;REFB=-0.00352507;REVB=-0.0331565;RO=86;SAF=3;SAR=6;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255765;STB=0.698202;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0286201;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:86:86:9:9:0.0947368:6:3:48:38:6:3:48:38 chr3 75786245 . T A 37.28 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00823372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.422;QD=1.67551;RBI=0.0107077;REFB=0.00124818;REVB=-0.00684552;RO=80;SAF=7;SAR=2;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295341;STB=0.731359;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0117438;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:80:80:9:9:0.101124:2:7:43:37:2:7:43:37 chr3 75786251 . GG AT,GT 189.99 PASS AF=0.217949,0.115385;AO=17,9;DP=79;FAO=17,9;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=10,7;FSAR=7,2;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00740466,-0.00773003;FXX=0.0126566;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=190.135,207.361;QD=9.74318;RBI=0.00817278,0.0158317;REFB=0.00253348,0.00163048;REVB=-0.0034591,-0.0138163;RO=52;SAF=10,7;SAR=7,2;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0619207,0.312263;STB=0.538149,0.721697;STBP=0.738,0.202;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0214934,-0.0033653;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:52:17,9:17,9:0.217949,0.115385:7,2:10,7:28:24:7,2:10,7:28:24 chr3 75786256 . T A 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0102886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.918;QD=1.68356;RBI=0.0291835;REFB=-0.0018612;REVB=-0.0273098;RO=65;SAF=5;SAR=2;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175178;STB=0.640605;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0141023;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:2:5:37:28:2:5:37:28 chr3 75786261 . C T 149.1 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0141338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.367;QD=9.6194;RBI=0.0148738;REFB=-0.0150303;REVB=-0.00463314;RO=42;SAF=6;SAR=14;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452339;STB=0.763395;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0150215;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:14:6:30:12:14:6:30:12 chr3 75786278 . A C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00761104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.921;QD=17.8006;RBI=0.0133664;REFB=-0.0165228;REVB=-0.0109879;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348318;STB=0.681252;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0187277;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:19:4:11:9:19:5 chr3 75786288 . A G 113.32 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00249129;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.43;QD=11.6227;RBI=0.0151105;REFB=0.00270987;REVB=0.0149038;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3315;STB=0.692073;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00569398;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:27:25:13:14:0.358974:6:7:22:5:7:7:20:5 chr3 75786298 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0109532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6978;QD=6.10489;RBI=0.0172312;REFB=-0.000210121;REVB=0.013302;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311264;STB=0.519951;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000873747;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:20:6:2:6:20:6 chr3 75786355 . T A 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0232547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.598;QD=3.67473;RBI=0.0240643;REFB=-0.00215141;REVB=0.00618973;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139321;STB=0.597755;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00734455;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:33:15:2:7:33:15 chr3 75786379 . T C 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0101952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.713;QD=3.79128;RBI=0.0187324;REFB=0.00139882;REVB=0.015715;RO=53;SAF=5;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230872;STB=0.657269;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0121337;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:53:54:11:11:0.169231:6:5:34:19:6:5:35:19 chr3 75786381 . T C 365.89 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00130868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1807;QD=21.8439;RBI=0.054491;REFB=0.00279194;REVB=0.0544753;RO=30;SAF=25;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117127;STB=0.553557;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00183753;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:11:25:17:13:12:25:17:13 chr3 75786385 . C G 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00409471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.558;QD=9.93958;RBI=0.0337209;REFB=0.000528533;REVB=0.0334713;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541762;STB=0.537662;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00186067;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:45:22:22:0.328358:9:13:28:16:9:13:29:16 chr3 75786387 . T C 46.12 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0212746;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.907;QD=2.79528;RBI=0.0335032;REFB=0.00156333;REVB=0.0258816;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583692;STB=0.565069;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00425007;OID=.;OPOS=75786387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:68:66:53:57:9:9:0.136364:3:6:33:20:3:6:34:23 chr3 75786403 . A T 61.23 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00400447;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.889;QD=2.98688;RBI=0.0145959;REFB=-0.00432992;REVB=-0.0140358;RO=72;SAF=7;SAR=5;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522817;STB=0.522783;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0304778;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:84:82:72:70:12:12:0.146341:5:7:39:33:5:7:39:31 chr3 75786415 . C T 81.82 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0112375;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.436;QD=3.24033;RBI=0.0326409;REFB=-0.00993177;REVB=-0.0306455;RO=84;SAF=7;SAR=8;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1161;STB=0.567585;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.05326;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:101:101:84:86:15:15:0.148515:8:7:47:37:8:7:47:39 chr3 75786417 . T C 67.03 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00411146;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.21;QD=2.52954;RBI=0.0367241;REFB=-0.00242143;REVB=-0.0364933;RO=92;SAF=9;SAR=5;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152533;STB=0.607282;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0540542;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:107:106:92:92:14:14:0.132075:5:9:48:44:5:9:48:44 chr3 75786438 . G A 68.12 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0114032;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.76;QD=2.3489;RBI=0.0198466;REFB=-0.00231972;REVB=-0.0162435;RO=98;SAF=6;SAR=9;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12469;STB=0.591573;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0236045;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:118:116:98:101:15:15:0.12931:9:6:49:49:9:6:51:50 chr3 75786440 . C T 661.69 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0570566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.199;QD=22.2419;RBI=0.0623211;REFB=-0.00743037;REVB=-0.0250693;RO=53;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702469;STB=0.534271;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00484464;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:53:54:65:65:0.546218:35:30:29:24:35:30:29:25 chr3 75786449 . C T 58.07 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0261588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1277;QD=1.88854;RBI=0.0422036;REFB=-0.00616738;REVB=-0.0331189;RO=109;SAF=8;SAR=6;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103511;STB=0.575298;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0242357;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:123:123:109:109:14:14:0.113821:6:8:53:56:6:8:53:56 chr3 75786450 . G A 58.06 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0370924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.702;QD=1.88828;RBI=0.0427607;REFB=-0.000975268;REVB=-0.0212751;RO=108;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504059;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00785573;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:123:123:108:109:14:14:0.113821:7:7:54:54:7:7:54:55 chr3 75786453 . C T 167.86 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0244789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.277;QD=5.50372;RBI=0.0333212;REFB=-0.00696256;REVB=-0.0226073;RO=91;SAF=14;SAR=13;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163568;STB=0.526679;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0205017;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:95:27:27:0.221311:13:14:46:45:13:14:46:49 chr3 75786499 . CA CG,TG 170.32 PASS AF=0.153153,0.0990991;AO=17,11;DP=113;FAO=17,11;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=11,4;FSAR=6,7;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00725676,-0.00910086;FXX=0.0176975;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.295,232.789;QD=6.13767;RBI=0.0100301,0.0203886;REFB=-0.00264732,-0.00274542;REVB=-0.00692399,-0.0182447;RO=79;SAF=11,4;SAR=6,7;SRF=34;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.26984,-0.0841545;STB=0.68255,0.553653;STBP=0.099,0.724;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00479179,0.0172641;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:113:111:79:83:17,11:17,11:0.153153,0.0990991:6,7:11,4:34:45:6,7:11,4:35:48 chr3 75786506 . T C 77.05 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.00375283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.541;QD=2.70353;RBI=0.00689669;REFB=-0.000350332;REVB=0.00578624;RO=93;SAF=11;SAR=5;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317571;STB=0.723723;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000859409;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:110:114:93:98:16:16:0.140351:5:11:40:53:5:11:41:57 chr3 75786515 . GG AG,AT 209.47 PASS AF=0.178571,0.107143;AO=20,11;DP=111;FAO=20,12;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=12,6;FSAR=8,6;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00807382,0.00104571;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=188.931,189.896;QD=7.48124;RBI=0.0094735,0.00154913;REFB=0.00108512,-0.00222203;REVB=-0.00495588,-0.00114292;RO=78;SAF=12,6;SAR=8,5;SRF=31;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25116,0.179651;STB=0.665212,0.597669;STBP=0.117,0.487;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00443016,0.0170564;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:78:80:20,11:20,12:0.178571,0.107143:8,5:12,6:31:47:8,6:12,6:31:49 chr3 75786533 . T G 144.86 PASS AF=0.19685;AO=25;DP=127;FAO=25;FDP=127;FR=.;FRO=102;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.00510409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.758;QD=4.56251;RBI=0.00520216;REFB=-0.0086382;REVB=0.00100536;RO=102;SAF=18;SAR=7;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363983;STB=0.729245;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.028369;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:102:102:25:25:0.19685:7:18:44:58:7:18:44:58 chr3 75786555 . C CTG 385.84 PASS AF=0.379032;AO=40;DP=132;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00934054;FXX=0.0387567;HRUN=0;LEN=2;MLLD=230.818;QD=12.4464;RBI=0.00976548;REFB=-0.0116366;REVB=0.00284938;RO=81;SAF=33;SAR=7;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499505;STB=0.719252;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00986012;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379032:40:132:47:124:77:35:12:31:46:99:81:33:7:34:47 chr3 75786572 . T C 380.49 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0430131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.617;QD=11.984;RBI=0.0430301;REFB=-0.00754569;REVB=0.00120705;RO=79;SAF=27;SAR=19;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104251;STB=0.552144;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0253688;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:81:46:46:0.362205:19:27:39:40:19:27:41:40 chr3 75786586 . G T 60.27 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.00196355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.737;QD=2.04291;RBI=0.0288082;REFB=-0.00157651;REVB=-0.0287412;RO=104;SAF=9;SAR=5;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842101;STB=0.56098;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0217124;OID=.;OPOS=75786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:104:104:14:14:0.118644:5:9:60:44:5:9:60:44 chr3 75786593 . C A 51.29 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.00913205;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.5202;QD=1.89965;RBI=0.00997517;REFB=0.000247419;REVB=-0.00401369;RO=94;SAF=8;SAR=4;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142029;STB=0.597236;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00495489;OID=.;OPOS=75786593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:107:108:94:96:12:12:0.111111:4:8:52:42:4:8:54:42 chr3 75786597 . C T 196.77 PASS AF=0.263636;AO=28;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00510071;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.031;QD=7.15535;RBI=0.00674271;REFB=-0.00314067;REVB=0.00440986;RO=81;SAF=18;SAR=10;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127369;STB=0.586282;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0113641;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:81:28:29:0.263636:10:18:44:37:10:19:44:37 chr3 75786598 . G A 71.86 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=110;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0181724;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.701;QD=2.61306;RBI=0.0183193;REFB=-0.00187446;REVB=0.00231545;RO=95;SAF=9;SAR=6;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403968;STB=0.528052;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0264684;OID=.;OPOS=75786598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:110:110:95:95:15:15:0.136364:6:9:54:41:6:9:54:41 chr3 75786607 . C T 197.1 PASS AF=0.263636;AO=29;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.00572173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.925;QD=7.1672;RBI=0.00851183;REFB=-0.000860479;REVB=-0.00630183;RO=81;SAF=18;SAR=11;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443;STB=0.502658;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00128122;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:81:29:29:0.263636:11:18:50:31:11:18:50:31 chr3 75786608 . C T 73.44 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.0181645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.113;QD=2.72017;RBI=0.0195347;REFB=-0.000102201;REVB=-0.00718704;RO=93;SAF=9;SAR=6;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310713;STB=0.521373;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000803969;OID=.;OPOS=75786608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:93:93:15:15:0.138889:6:9:58:35:6:9:58:35 chr3 75786610 . T G 92.42 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0325534;FXX=0.105759;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0704;QD=3.97486;RBI=0.0380936;REFB=0.00989866;REVB=0.0197838;RO=77;SAF=11;SAR=5;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106153;STB=0.570279;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.050278;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:104:93:77:77:16:16:0.172043:5:11:47:30:5:11:47:30 chr3 75786619 . T C 202.69 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0165669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.338;QD=7.94849;RBI=0.0166767;REFB=-0.0100863;REVB=0.00191067;RO=74;SAF=20;SAR=8;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14503;STB=0.587236;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0192578;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:74:28:28:0.27451:8:20:45:29:8:20:45:29 chr3 75786620 . G A 69.86 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0024716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.063;QD=2.73954;RBI=0.00314813;REFB=-0.0025958;REVB=-0.00194985;RO=88;SAF=8;SAR=6;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844049;STB=0.558059;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0188423;OID=.;OPOS=75786620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:88:88:14:14:0.137255:6:8:56:32:6:8:56:32 chr3 75786623 . G T 126.32 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=104;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0146595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.169;QD=4.8586;RBI=0.0194176;REFB=0.00228718;REVB=0.0127335;RO=83;SAF=18;SAR=3;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422912;STB=0.775209;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00401498;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:83:83:21:21:0.201923:3:18:48:35:3:18:48:35 chr3 75786628 . G C 82.04 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=27;FWDB=-0.00518275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.123;QD=3.06683;RBI=0.00818313;REFB=-0.000444526;REVB=0.00633267;RO=87;SAF=6;SAR=10;SRF=61;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397093;STB=0.758947;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00239292;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:107:87:91:16:16:0.149533:10:6:61:26:10:6:64:27 chr3 75786662 . A T 125.25 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=0.0196442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.541;QD=4.72654;RBI=0.0211496;REFB=-0.00622996;REVB=-0.0078366;RO=84;SAF=13;SAR=8;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487367;STB=0.534334;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0358186;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:84:85:21:21:0.198113:8:13:55:29:8:13:56:29 chr3 75786670 . G A 98.21 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00637555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.775;QD=3.67148;RBI=0.00639718;REFB=-0.00242642;REVB=-0.000525576;RO=88;SAF=15;SAR=3;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384218;STB=0.756139;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00653977;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:88:89:18:18:0.168224:3:15:50:38:3:15:51:38 chr3 75786672 . C T 126.75 PASS AF=0.205607;AO=17;DP=101;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=0.00256501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.716;QD=4.73836;RBI=0.00259987;REFB=-0.00346845;REVB=-0.000424299;RO=84;SAF=11;SAR=6;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220234;STB=0.572853;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0160093;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:84:85:17:22:0.205607:6:11:53:31:10:12:54:31 chr3 75786681 . G A 675.94 PASS AF=0.59596;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0157016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.594;QD=27.3108;RBI=0.0189789;REFB=-0.00870852;REVB=-0.010661;RO=39;SAF=36;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240772;STB=0.511641;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0106961;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:39:40:58:59:0.59596:22:36:23:16:22:37:24:16 chr3 75786684 . G T 136.2 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00773354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.49;QD=5.5029;RBI=0.0141468;REFB=-0.00414149;REVB=-0.0118458;RO=78;SAF=10;SAR=11;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223892;STB=0.638316;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.016133;OID=.;OPOS=75786684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:78:21:21:0.212121:11:10:51:27:11:10:51:27 chr3 75786737 . A T 283.96 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=90;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0294775;FXX=0.153829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.298;QD=14.7513;RBI=0.0294902;REFB=-0.00479562;REVB=-0.000864772;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502326;STB=0.536604;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00816401;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:77:43:46:30:31:0.402597:14:16:25:18:14:17:28:18 chr3 75786740 . CA GG 203.59 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00705714;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.686;QD=9.04856;RBI=0.00834157;REFB=-0.00157535;REVB=-0.00444731;RO=59;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393013;STB=0.517779;STBP=0.869;TYPE=mnp;VARB=0.0138228;OID=.;OPOS=75786740;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:62:21:21:0.233333:11:10:30:29:11:10:31:31 chr3 75786743 . TA T 42.64 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0022453;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.528;QD=1.98307;RBI=0.00979408;REFB=-0.00150767;REVB=-0.00953323;RO=76;SAF=4;SAR=6;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243174;STB=0.675345;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.0148085;OID=.;OPOS=75786744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116279:10:87:10:86:76:4:6:46:30:42:76:4:6:46:30 chr3 75786748 . C T 198.37 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0426483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4506;QD=9.22629;RBI=0.0664098;REFB=0.00679254;REVB=-0.0509057;RO=60;SAF=11;SAR=15;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282345;STB=0.665098;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0198752;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:15:11:40:20:15:11:40:20 chr3 75786753 . C T 327.83 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0141879;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.798;QD=15.0728;RBI=0.0261975;REFB=0.000929856;REVB=-0.022023;RO=51;SAF=24;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154235;STB=0.573728;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0011188;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:35:36:0.413793:11:24:28:23:12:24:28:23 chr3 75786754 . G T 121.12 PASS AF=0.218391;AO=17;DP=85;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00131818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.217;QD=5.56891;RBI=0.00944778;REFB=-0.00829255;REVB=-0.00935537;RO=68;SAF=10;SAR=7;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385194;STB=0.531296;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.031066;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:68:68:17:19:0.218391:7:10:42:26:8:11:42:26 chr3 75786759 . T C 132.25 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00372949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.064;QD=6.22357;RBI=0.0063649;REFB=-0.00594019;REVB=-0.0051578;RO=63;SAF=14;SAR=6;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13204;STB=0.596798;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0210178;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:65:20:20:0.235294:6:14:38:25:6:14:38:27 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC 212.67 PASS AF=0.205479,0.342466;AO=13,23;DP=72;FAO=15,25;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=9,10;FSAR=6,15;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0334553,-0.00810961;FXX=0.0135117;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=164.592,17.0324;QD=11.6532;RBI=0.0334921,0.0107567;REFB=0.00349669,0.0670543;REVB=0.00157099,-0.00706693;RO=31;SAF=7,10;SAR=6,13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206439,-0.271902;STB=0.571338,0.664304;STBP=0.556,0.038;TYPE=ins,del;VARB=-0.000178805,0.0413298;OID=.,.;OPOS=75786765,75786761;OREF=-,C;OALT=T,-;OMAPALT=TCCCCT,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.205479,0.342466:13,23:72:15,25:73:33:9,10:6,15:23:10:99:31:7,10:6,13:22:9 chr3 75786784 . T C 67.6 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00565966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.01;QD=3.9765;RBI=0.00570321;REFB=-0.0047711;REVB=0.00070339;RO=56;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151631;STB=0.510033;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0306814;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:5:7:32:24:5:7:32:24 chr3 75786817 . CACATTCATT AACATTCATT,C 47.92 PASS AF=0,0.153846;AO=4,8;DP=65;FAO=0,8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00369256,0.0116471;FXX=0.187471;HRUN=2,1;LEN=1,9;MLLD=37.6377,229.434;QD=3.68644;RBI=0.0864536,0.0126335;REFB=-0.00199212,-0.00205612;REVB=0.0863747,-0.00489392;RO=43;SAF=2,7;SAR=2,1;SRF=19;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0616812,0.531321;STB=0.5,0.874064;STBP=1,0.022;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0203355;OID=.,.;OPOS=75786817,75786818;OREF=C,ACATTCATT;OALT=A,-;OMAPALT=AACATTCATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:65:52:43:44:4,8:0,8:0,0.153846:2,1:2,7:19:24:0,1:0,7:19:25 chr3 75786827 . A T 87.26 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00968487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.999;QD=4.41831;RBI=0.0112582;REFB=-0.0036749;REVB=0.00574024;RO=64;SAF=7;SAR=8;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807816;STB=0.552119;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00863096;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:8:7:34:30:8:7:34:30 chr3 75786832 . C T 278.95 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00410579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.739;QD=13.9473;RBI=0.00705302;REFB=-0.00894147;REVB=-0.00573476;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768424;STB=0.537712;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.010429;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:14:18:23:24:14:18:24:24 chr3 75786833 . G A 262.98 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00702447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.261;QD=12.8284;RBI=0.011633;REFB=-0.0172558;REVB=0.0092727;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140703;STB=0.580593;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00809277;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:18:13:28:23:18:13:28:23 chr3 75786845 . T C 672.53 PASS AF=0.634409;AO=54;DP=88;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0175985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.288;QD=28.9259;RBI=0.0176933;REFB=-0.0223227;REVB=0.00182889;RO=33;SAF=24;SAR=30;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916493;STB=0.54769;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0113801;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:33:34:54:59:0.634409:30:24:19:14:32:27:20:14 chr3 75786866 . G T 237.61 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0329869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.383;QD=8.48598;RBI=0.0350834;REFB=-0.0174555;REVB=-0.0119463;RO=79;SAF=14;SAR=19;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986989;STB=0.55818;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.032932;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:79:79:33:33:0.294643:19:14:40:39:19:14:40:39 chr3 75786888 . C T 212.95 PASS AF=0.246154;AO=31;DP=129;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00537449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.474;QD=6.5524;RBI=0.0375506;REFB=-0.00866639;REVB=-0.037164;RO=98;SAF=15;SAR=16;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309448;STB=0.53075;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0134047;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:98:98:31:32:0.246154:16:15:45:53:16:16:45:53 chr3 75786892 . A C 325.82 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=131;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.00562066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.944;QD=9.87324;RBI=0.00635253;REFB=-0.00977334;REVB=-0.0029602;RO=88;SAF=16;SAR=26;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167084;STB=0.604601;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0147257;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:88:90:42:42:0.318182:26:16:46:42:26:16:48:42 chr3 75786899 . T C 714.48 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=134;FAO=44;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.109146;FXX=0.0149243;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.7793;QD=21.651;RBI=0.148662;REFB=0.0404047;REVB=-0.100933;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083386;STB=0.55553;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00495985;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:48:53:41:44:0.333333:24:17:24:24:26:18:27:26 chr3 75786916 . C A 401.89 PASS AF=0.315476;AO=53;DP=167;FAO=53;FDP=168;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00649402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.03;QD=9.56884;RBI=0.00654067;REFB=0.00207549;REVB=0.00077975;RO=114;SAF=25;SAR=28;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230492;STB=0.516413;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00828634;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:114:115:53:53:0.315476:28:25:56:58:28:25:57:58 chr3 75786919 . A T 359.15 PASS AF=0.297619;AO=49;DP=167;FAO=50;FDP=168;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=1.34682e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.183;QD=8.55123;RBI=0.0115134;REFB=0.00095409;REVB=-0.0115134;RO=113;SAF=21;SAR=28;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911113;STB=0.548214;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00283669;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:113:118:49:50:0.297619:28:21:57:56:28:22:60:58 chr3 75786921 . G A 65.92 PASS AF=0.102857;AO=16;DP=173;FAO=18;FDP=175;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=0.0116307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.959;QD=1.50674;RBI=0.0128882;REFB=-0.000227737;REVB=0.00555269;RO=156;SAF=6;SAR=10;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118599;STB=0.529979;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00270422;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:173:175:156:157:16:18:0.102857:10:6:74:82:10:8:75:82 chr3 75786942 . C A 120.63 PASS AF=0.142857;AO=26;DP=182;FAO=26;FDP=182;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=88;FWDB=-0.0234838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4767;QD=2.6513;RBI=0.0270263;REFB=-0.00683959;REVB=-0.0133766;RO=155;SAF=11;SAR=15;SRF=67;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119125;STB=0.511208;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0405938;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:155:156:26:26:0.142857:15:11:67:88:15:11:68:88 chr3 75786965 . C T 110.46 PASS AF=0.132275;AO=24;DP=189;FAO=25;FDP=189;FR=.;FRO=164;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=99;FWDB=-0.0145777;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.681;QD=2.33773;RBI=0.0155666;REFB=-0.0023276;REVB=-0.00546002;RO=161;SAF=16;SAR=8;SRF=63;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336351;STB=0.703144;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0160856;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:161:164:24:25:0.132275:8:16:63:98:9:16:65:99 chr3 75786991 . C T 106.07 PASS AF=0.135593;AO=24;DP=177;FAO=24;FDP=177;FR=.;FRO=153;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=90;FWDB=-0.0506099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.663;QD=2.397;RBI=0.0506242;REFB=-0.00438063;REVB=0.00120527;RO=152;SAF=16;SAR=8;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311667;STB=0.712558;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0444396;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:152:153:24:24:0.135593:8:16:63:89:8:16:63:90 chr3 75786993 . T A 202.93 PASS AF=0.201149;AO=35;DP=173;FAO=35;FDP=174;FR=.;FRO=139;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=-0.0185158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4933;QD=4.66514;RBI=0.045503;REFB=-0.00593041;REVB=0.0415655;RO=138;SAF=14;SAR=21;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921967;STB=0.560713;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0300143;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:138:139:35:35:0.201149:21:14:65:73:21:14:66:73 chr3 75787015 . C T 385.58 PASS AF=0.324675;AO=49;DP=153;FAO=50;FDP=154;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00523075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.561;QD=10.0152;RBI=0.00533636;REFB=-0.00174669;REVB=0.0010564;RO=104;SAF=17;SAR=32;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162717;STB=0.584284;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00302405;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:104:104:49:50:0.324675:32:17:50:54:32:18:50:54 chr3 75787032 . T C 118.1 PASS AF=0.155405;AO=23;DP=148;FAO=23;FDP=148;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.011354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.253;QD=3.19179;RBI=0.0143243;REFB=0.000378194;REVB=0.00873338;RO=125;SAF=15;SAR=8;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303934;STB=0.699493;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00450729;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:125:125:23:23:0.155405:8:15:51:74:8:15:51:74 chr3 75787043 . G A 343.23 PASS AF=0.309859;AO=58;DP=142;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0506207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4606;QD=9.66831;RBI=0.0525655;REFB=-0.00115037;REVB=-0.0141661;RO=83;SAF=26;SAR=32;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100987;STB=0.565785;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00321888;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:98:58:44:0.309859:32:26:38:45:27:17:47:51 chr3 75787049 . C A 209.25 PASS AF=0.233577;AO=32;DP=137;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.00497277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.343;QD=6.10948;RBI=0.00751566;REFB=-0.00906798;REVB=-0.0056353;RO=104;SAF=12;SAR=20;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995533;STB=0.564931;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.032459;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:104:105:32:32:0.233577:20:12:47:57:20:12:48:57 chr3 75787057 . G A 605.6 PASS AF=0.570093;AO=54;DP=100;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0165088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.544;QD=22.6391;RBI=0.0234475;REFB=-0.0116289;REVB=0.0166507;RO=44;SAF=20;SAR=34;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911979;STB=0.560126;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0228006;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:107:44:46:54:61:0.570093:34:20:21:23:41:20:21:25 chr3 75787081 . A T 100.22 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0243412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.46;QD=3.51644;RBI=0.0243661;REFB=-0.00889317;REVB=0.00110062;RO=95;SAF=2;SAR=17;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571513;STB=0.880321;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260907;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:95:95:19:19:0.166667:17:2:51:44:17:2:51:44 chr3 75787116 . T G 64.03 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0124579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.307;QD=2.30729;RBI=0.0128933;REFB=-0.00271191;REVB=0.00332259;RO=97;SAF=3;SAR=11;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474826;STB=0.82753;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0244953;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:111:97:97:14:14:0.126126:11:3:60:37:11:3:60:37 chr3 75787127 . G T 60.24 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=118;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=37;FWDB=0.0208527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9487;QD=2.04204;RBI=0.0381484;REFB=0.00121077;REVB=-0.0319447;RO=104;SAF=4;SAR=10;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418471;STB=0.79028;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00884715;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:118:118:104:104:14:14:0.118644:10:4:67:37:10:4:67:37 chr3 75787145 . T C 66.26 PASS AF=0.125;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.00045098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.774;QD=2.20864;RBI=0.00249733;REFB=-0.00080685;REVB=-0.00245627;RO=105;SAF=6;SAR=9;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231941;STB=0.662131;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00709866;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:120:120:105:105:15:15:0.125:9:6:62:43:9:6:62:43 chr3 75787159 . C T 49.38 PASS AF=0.100775;AO=13;DP=129;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=-0.0314578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.65;QD=1.53114;RBI=0.0342732;REFB=0.00176441;REVB=-0.0136038;RO=116;SAF=6;SAR=7;SRF=72;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189889;STB=0.640641;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0160717;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:129:129:116:116:13:13:0.100775:7:6:72:44:7:6:72:44 chr3 75787169 . G A 286.3 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.010197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.284;QD=8.29842;RBI=0.0106208;REFB=-0.00402329;REVB=0.00297004;RO=99;SAF=23;SAR=16;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593782;STB=0.534975;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00683356;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:99:99:39:39:0.282609:16:23:63:36:16:23:63:36 chr3 75787186 . C T 287.54 PASS AF=0.286765;AO=39;DP=136;FAO=39;FDP=136;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=0.000734151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.775;QD=8.45708;RBI=0.020882;REFB=0.00328643;REVB=-0.020869;RO=97;SAF=25;SAR=14;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158814;STB=0.509368;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0118475;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:97:97:39:39:0.286765:14:25:61:36:14:25:61:36 chr3 75787199 . A C 121.14 PASS AF=0.166667;AO=23;DP=138;FAO=23;FDP=138;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=-0.0375273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.535;QD=3.51134;RBI=0.0376664;REFB=-0.00211271;REVB=-0.00323361;RO=115;SAF=16;SAR=7;SRF=74;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749267;STB=0.549312;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0221147;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:115:115:23:23:0.166667:7:16:74:41:7:16:74:41 chr3 75787221 . C T 153.23 PASS AF=0.20155;AO=24;DP=129;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=-0.00587453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.006;QD=4.75131;RBI=0.0463023;REFB=-0.00128564;REVB=-0.0459281;RO=103;SAF=17;SAR=7;SRF=70;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430299;STB=0.549491;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00669182;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:103:103:24:26:0.20155:7:17:70:33:7:19:70:33 chr3 75787222 . A G 62.63 PASS AF=0.116279;AO=13;DP=128;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=79;FSRR=35;FWDB=-0.0422261;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.251;QD=1.94199;RBI=0.0482578;REFB=0.00204251;REVB=-0.0233617;RO=112;SAF=9;SAR=4;SRF=77;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670745;STB=0.543666;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00619181;OID=.;OPOS=75787222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:128:129:112:114:13:15:0.116279:4:9:77:35:4:11:79:35 chr3 75787224 . C G 150.09 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=-0.0230686;FXX=0.126974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.266;QD=5.45776;RBI=0.0247468;REFB=-0.000785327;REVB=-0.00895803;RO=86;SAF=17;SAR=7;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500916;STB=0.531223;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00825431;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:110:86:86:24:24:0.218182:7:17:58:28:7:17:58:28 chr3 75787236 . C T 117.01 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=30;FWDB=-0.00826958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.572;QD=4.10554;RBI=0.00842205;REFB=-0.00460814;REVB=0.00159528;RO=93;SAF=16;SAR=5;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132442;STB=0.5863;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0222819;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:5:16:63:30:5:16:63:30 chr3 75787240 . A G 43.46 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=-0.000522506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.466;QD=1.56605;RBI=0.0009683;REFB=-0.000502906;REVB=0.000815225;RO=95;SAF=9;SAR=2;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228145;STB=0.67416;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00744862;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:95:100:11:11:0.0990991:2:9:63:32:2:9:67:33 chr3 75787288 . T C 45.55 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0377158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.448;QD=3.25332;RBI=0.0558865;REFB=-0.0078519;REVB=-0.0412411;RO=48;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266867;STB=0.691801;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0463941;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:6:2:22:26:6:2:22:26 chr3 75787382 . T C 426.97 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0156882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.835;QD=46.1584;RBI=0.0230356;REFB=-0.0290835;REVB=0.0168677;RO=5;SAF=11;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155535;STB=0.508375;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00412817;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:37:5:5:32:32:0.864865:21:11:2:3:21:11:2:3 chr3 75787405 . C T 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0171742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.745;QD=4.0018;RBI=0.0362854;REFB=-0.0021958;REVB=-0.0319636;RO=52;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485521;STB=0.822277;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0261207;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:2:9:22:30:2:9:22:30 chr3 75787416 . C T 39.93 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00358866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0146;QD=1.99657;RBI=0.077644;REFB=-0.00507831;REVB=-0.077561;RO=71;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751875;STB=0.505606;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0376012;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:80:80:71:71:9:9:0.1125:5:4:32:39:5:4:32:39 chr3 75787424 . C G 213.95 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00500104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.955;QD=10.5655;RBI=0.0252531;REFB=-0.00609924;REVB=-0.024753;RO=53;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288862;STB=0.645057;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0244856;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:53:54:26:27:0.333333:10:16:19:34:11:16:20:34 chr3 75787427 . T C 113.45 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0152324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.031;QD=5.46727;RBI=0.0153204;REFB=-0.00296858;REVB=0.00163994;RO=59;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297378;STB=0.712952;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00733024;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:59:65:18:18:0.216867:6:12:25:34:6:12:25:40 chr3 75787458 . G A 109.11 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00324757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.345;QD=4.15644;RBI=0.0106761;REFB=-0.00536759;REVB=-0.0101702;RO=86;SAF=10;SAR=9;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106723;STB=0.568791;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0259412;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:86:19:19:0.180952:9:10:38:48:9:10:38:48 chr3 75787464 . C T 286.67 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0119472;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.743;QD=10.4242;RBI=0.0136309;REFB=-0.00210412;REVB=0.00656243;RO=74;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30419;STB=0.671524;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00356727;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:74:73:37:37:0.336364:14:23:26:48:14:23:26:47 chr3 75787476 . C T 103.85 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.0109638;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.404;QD=3.81095;RBI=0.0298207;REFB=-0.00133697;REVB=-0.0277321;RO=90;SAF=15;SAR=4;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500311;STB=0.820852;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00341306;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:109:90:90:19:19:0.174312:4:15:34:56:4:15:34:56 chr3 75787486 . C T 420.09 PASS AF=0.411765;AO=45;DP=115;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.00859506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.26;QD=14.1208;RBI=0.00881984;REFB=-0.00770248;REVB=0.00197852;RO=70;SAF=28;SAR=17;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279993;STB=0.647496;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0131692;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:70:70:45:49:0.411765:17:28:25:45:19:30:25:45 chr3 75787511 . C A 48.77 PASS AF=0.0735294;AO=10;DP=137;FAO=10;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=119;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=0.000786862;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.895;QD=1.43448;RBI=0.0106188;REFB=0.00106757;REVB=-0.0105896;RO=97;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101912;STB=0.519192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.000387882;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:137:136:97:119:10:10:0.0735294:6:4:31:66:6:4:50:69 chr3 75787516 . C G 518.29 PASS AF=0.419118;AO=56;DP=133;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.0113839;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.674;QD=15.2437;RBI=0.0146731;REFB=-0.00976544;REVB=-0.00925786;RO=75;SAF=32;SAR=24;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226618;STB=0.618474;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0154224;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:75:79:56:57:0.419118:24:32:26:49:25:32:28:51 chr3 75787519 . CT AG,CG 701.17 PASS AF=0.42446,0.0935252;AO=59,13;DP=139;FAO=59,13;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=33,7;FSAR=26,6;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0102348,-0.00738145;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=116.539,160.302;QD=20.1776;RBI=0.011487,0.012783;REFB=-0.012401,-0.00283651;REVB=-0.00521528,0.0104364;RO=67;SAF=33,7;SAR=26,6;SRF=23;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.204646,0.244019;STB=0.613345,0.660151;STBP=0.026,0.267;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00696067,0.00952297;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:59,13:59,13:0.42446,0.0935252:26,6:33,7:23:44:26,6:33,7:23:44 chr3 75787540 . T C 93.0 PASS AF=0.134228;AO=20;DP=147;FAO=20;FDP=149;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.0254683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.817;QD=2.49676;RBI=0.0326758;REFB=-0.00516262;REVB=-0.0204713;RO=127;SAF=9;SAR=11;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382539;STB=0.526609;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0346665;OID=.;OPOS=75787540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:147:149:127:129:20:20:0.134228:11:9:61:66:11:9:62:67 chr3 75787576 . A G 110.11 PASS AF=0.148649;AO=22;DP=148;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=0.00295214;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.856;QD=2.97602;RBI=0.00469965;REFB=-0.00532839;REVB=0.00365672;RO=124;SAF=16;SAR=6;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240668;STB=0.657674;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0209092;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:124:126:22:22:0.148649:6:16:68:56:6:16:70:56 chr3 75787583 . AC GA 123.47 PASS AF=0.163265;AO=22;DP=144;FAO=24;FDP=147;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=0.0189625;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.462;QD=3.35961;RBI=0.019107;REFB=-0.0121623;REVB=-0.00234533;RO=121;SAF=18;SAR=4;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372792;STB=0.680138;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.0436238;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:121:123:22:24:0.163265:4:18:67:54:6:18:68:55 chr3 75787620 . T C 195.93 PASS AF=0.207792;AO=32;DP=153;FAO=32;FDP=154;FR=.;FRO=122;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=0.033078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7457;QD=5.08918;RBI=0.033946;REFB=-0.00193355;REVB=0.00762748;RO=121;SAF=24;SAR=8;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300871;STB=0.692181;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00622818;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:121:122:32:32:0.207792:8:24:64:57:8:24:64:58 chr3 75787637 . C T 573.7 PASS AF=0.424658;AO=60;DP=144;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.00303981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.82;QD=15.7177;RBI=0.010841;REFB=-0.0135934;REVB=-0.0104061;RO=83;SAF=31;SAR=29;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892397;STB=0.55258;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.017143;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:83:84:60:62:0.424658:29:31:50:33:30:32:51:33 chr3 75787645 . GAA G 317.67 PASS AF=0.419847;AO=40;DP=137;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0466423;FXX=0.0437924;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.9613;QD=9.69989;RBI=0.0472173;REFB=0.0074152;REVB=-0.00734597;RO=66;SAF=16;SAR=24;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28511;STB=0.604113;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=-0.0110822;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419847:40:137:55:131:76:27:28:51:25:99:66:16:24:44:22 chr3 75787679 . T C 576.95 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0130392;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.079;QD=14.9858;RBI=0.0138582;REFB=-0.0104309;REVB=-0.00469339;RO=85;SAF=39;SAR=26;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247083;STB=0.522781;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.013932;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:89:65:65:0.422078:26:39:49:36:26:39:50:39 chr3 75787688 . T A 668.51 PASS AF=0.456376;AO=57;DP=151;FAO=68;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0249691;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.272;QD=17.9467;RBI=0.0489477;REFB=-0.0320042;REVB=0.0421002;RO=59;SAF=28;SAR=29;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124948;STB=0.528819;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.027336;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:59:81:57:68:0.456376:29:28:21:38:30:38:41:40 chr3 75787702 . C G 1211.65 PASS AF=0.644578;AO=106;DP=164;FAO=107;FDP=166;FR=.;FRO=59;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00874306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1776;QD=29.1963;RBI=0.0371956;REFB=-0.0267877;REVB=-0.0361535;RO=57;SAF=56;SAR=50;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035483;STB=0.520691;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0141192;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:57:59:106:107:0.644578:50:56:27:30:50:57:28:31 chr3 75787726 . G A 1923.94 PASS AF=0.766839;AO=147;DP=192;FAO=148;FDP=193;FR=.;FRO=45;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00355808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.663;QD=39.8744;RBI=0.0106259;REFB=-0.0101944;REVB=0.0100125;RO=45;SAF=71;SAR=76;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464556;STB=0.525397;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00635617;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:45:45:147:148:0.766839:76:71:17:28:76:72:17:28 chr3 75787728 . C T 233.54 PASS AF=0.203125;AO=39;DP=193;FAO=39;FDP=192;FR=.;FRO=153;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=79;FWDB=-0.00531594;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9456;QD=4.86533;RBI=0.05634;REFB=-0.0108848;REVB=-0.0560886;RO=153;SAF=14;SAR=25;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162942;STB=0.601698;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0120401;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:153:153:39:39:0.203125:25:14:74:79:25:14:74:79 chr3 75787732 . A C 138.13 PASS AF=0.145729;AO=29;DP=199;FAO=29;FDP=199;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=-0.00590029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.98;QD=2.77638;RBI=0.0274298;REFB=-0.003673;REVB=-0.0267877;RO=168;SAF=13;SAR=16;SRF=80;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357925;STB=0.524208;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0237077;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:168:170:29:29:0.145729:16:13:80:88:16:13:81:89 chr3 75787739 . A T 3040.76 PASS AF=1;AO=179;DP=183;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011996;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.275;QD=60.8153;RBI=0.0437044;REFB=-0.0647573;REVB=0.0420258;RO=1;SAF=91;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80352e-05;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:183:200:1:0:179:200:1:88:91:1:0:106:94:0:0 chr3 75787770 . C T 682.65 PASS AF=0.342975;AO=83;DP=242;FAO=83;FDP=242;FR=.;FRO=159;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=86;FWDB=-0.0124959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.131;QD=11.2834;RBI=0.0153529;REFB=-0.0138185;REVB=-0.00891988;RO=159;SAF=50;SAR=33;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165314;STB=0.594442;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0278418;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:159:159:83:83:0.342975:33:50:73:86:33:50:73:86 chr3 75787794 . A G 2432.79 PASS AF=0.736842;AO=196;DP=266;FAO=196;FDP=266;FR=.;FRO=70;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0153948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.758;QD=36.5832;RBI=0.0268754;REFB=-0.0356558;REVB=0.0220292;RO=70;SAF=103;SAR=93;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151569;STB=0.500808;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0128465;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:70:70:196:196:0.736842:93:103:37:33:93:103:37:33 chr3 75787809 . T C 196.48 PASS AF=0.149466;AO=41;DP=280;FAO=42;FDP=281;FR=.;FRO=239;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=122;FSRR=117;FWDB=-0.0108054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.01;QD=2.79693;RBI=0.0114424;REFB=-0.015225;REVB=0.00376455;RO=237;SAF=28;SAR=13;SRF=121;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226049;STB=0.635856;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.041273;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:237:239:41:42:0.149466:13:28:121:116:14:28:122:117 chr3 75787812 . C CT 101.88 PASS AF=0.164286;AO=45;DP=284;FAO=46;FDP=280;FR=.;FRO=234;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=131;FSRR=103;FWDB=0.0231332;FXX=0.014084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8058;QD=1.45549;RBI=0.112552;REFB=0.00514841;REVB=0.110149;RO=234;SAF=18;SAR=27;SRF=132;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209582;STB=0.638838;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=-0.0183395;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164286:45:284:46:280:234:18:28:131:103:99:234:18:27:132:102 chr3 75787840 . C A 219.21 PASS AF=0.155709;AO=45;DP=290;FAO=45;FDP=289;FR=.;FRO=244;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=128;FSRR=116;FWDB=-0.0241151;FXX=0.0102736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.548;QD=3.034;RBI=0.0249211;REFB=-0.00136148;REVB=0.00628673;RO=241;SAF=16;SAR=29;SRF=126;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215995;STB=0.642794;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00496092;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:241:244:45:45:0.155709:29:16:126:115:29:16:128:116 chr3 75787863 . AT TA 188.99 PASS AF=0.151515;AO=40;DP=268;FAO=40;FDP=264;FR=.;FRO=224;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=110;FSRR=114;FWDB=-0.0093028;FXX=0.0149248;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.654;QD=2.8635;RBI=0.00972414;REFB=-0.00417633;REVB=-0.00283139;RO=222;SAF=15;SAR=25;SRF=109;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150742;STB=0.599758;STBP=0.183;TYPE=mnp;VARB=0.0213813;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:264:222:224:40:40:0.151515:25:15:109:113:25:15:110:114 chr3 75787869 . CA TG 2123.51 PASS AF=0.693548;AO=172;DP=249;FAO=172;FDP=248;FR=.;FRO=76;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.000992265;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.974;QD=34.2501;RBI=0.0101291;REFB=-0.0192065;REVB=-0.0100804;RO=76;SAF=78;SAR=94;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026792;STB=0.514338;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.00728749;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:76:76:172:172:0.693548:94:78:38:38:94:78:38:38 chr3 75787876 . G T 2196.71 PASS AF=0.706827;AO=176;DP=250;FAO=176;FDP=249;FR=.;FRO=73;FSAF=80;FSAR=96;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0341247;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.465;QD=35.2886;RBI=0.0341374;REFB=-0.0347952;REVB=0.000930955;RO=71;SAF=80;SAR=96;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284002;STB=0.515417;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0159852;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:71:73:176:176:0.706827:96:80:36:35:96:80:37:36 chr3 75787880 . A G 1074.6 PASS AF=0.454183;AO=114;DP=250;FAO=114;FDP=251;FR=.;FRO=137;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=61;FSRR=76;FWDB=-0.00793114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.551;QD=17.1251;RBI=0.0277199;REFB=-0.00319025;REVB=-0.026561;RO=135;SAF=57;SAR=57;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047197;STB=0.529875;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00534123;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:135:137:114:114:0.454183:57:57:61:74:57:57:61:76 chr3 75787918 . C T 195.05 PASS AF=0.183246;AO=35;DP=191;FAO=35;FDP=191;FR=.;FRO=156;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=-0.00938573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.274;QD=4.08483;RBI=0.0137714;REFB=-0.0014933;REVB=-0.0100777;RO=155;SAF=17;SAR=18;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224946;STB=0.511663;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0056824;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:155:156:35:35:0.183246:18:17:78:77:18:17:78:78 chr3 75787926 . T C 160.43 PASS AF=0.177515;AO=30;DP=169;FAO=30;FDP=169;FR=.;FRO=139;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=-0.000723463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.464;QD=3.7971;RBI=0.00374319;REFB=-0.00130838;REVB=0.00367261;RO=135;SAF=15;SAR=15;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02373;STB=0.50887;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0432472;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:135:139:30:30:0.177515:15:15:70:65:15:15:71:68 chr3 75787927 . A G 755.57 PASS AF=0.484663;AO=77;DP=162;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.00698727;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.991;QD=18.5416;RBI=0.0112108;REFB=-0.00718659;REVB=-0.008767;RO=83;SAF=36;SAR=41;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474854;STB=0.528582;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00845318;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:83:84:77:79:0.484663:41:36:43:40:42:37:44:40 chr3 75787949 . C T 1089.97 PASS AF=0.661871;AO=90;DP=137;FAO=92;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0275265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.758;QD=31.3661;RBI=0.0275352;REFB=-0.0294826;REVB=0.000690969;RO=46;SAF=36;SAR=54;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366463;STB=0.52296;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0146733;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:46:47:90:92:0.661871:54:36:21:25:55:37:22:25 chr3 75787962 . G C 363.54 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0248511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1637;QD=12.3233;RBI=0.0286877;REFB=-0.00627036;REVB=-0.014332;RO=73;SAF=12;SAR=32;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275129;STB=0.65435;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.031206;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:74:44:44:0.372881:32:12:37:36:32:12:37:37 chr3 75787996 . C T 180.47 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00233327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7981;QD=9.25469;RBI=0.00689415;REFB=-0.00318374;REVB=0.00648731;RO=54;SAF=4;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445073;STB=0.767079;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00758139;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:20:4:27:27:20:4:27:27 chr3 75788010 . A C 869.69 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.915;QD=57.0288;RBI=0.0601516;REFB=0;REVB=0.00982859;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220538;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr3 75788023 . C T 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0100463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5488;QD=13.0533;RBI=0.051286;REFB=-0.0200197;REVB=-0.0502924;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29215;STB=0.667512;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0247111;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:22:13:15:8:22:13 chr3 75788028 . G C 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0203422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.137;QD=2.14548;RBI=0.0246967;REFB=0.00192437;REVB=0.0140044;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459403;STB=0.535596;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0111142;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:23:27:3:3:23:27 chr3 75788040 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00665449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.975;QD=2.56862;RBI=0.00938827;REFB=-0.00559511;REVB=-0.00662249;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403181;STB=0.808778;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0412699;OID=.;OPOS=75788040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:1:5:22:22:1:5:22:22 chr3 75788076 . A C 334.29 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0122904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5957;QD=19.3794;RBI=0.0235187;REFB=0.0165339;REVB=0.0200518;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126586;STB=0.507038;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0182226;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:17:18:17:17:17:18:17:17 chr3 75788088 . C T 101.51 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0429922;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.658;QD=5.71906;RBI=0.0657193;REFB=-0.00628475;REVB=-0.0497061;RO=56;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156778;STB=0.618226;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0179352;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:56:55:16:16:0.225352:10:6:28:28:10:6:29:26 chr3 75788115 . G A 397.39 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00308149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5105;QD=20.6434;RBI=0.0044496;REFB=-0.0122452;REVB=-0.00320989;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767584;STB=0.542532;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0102458;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:19:18:16:24:19:18 chr3 75788130 . C A 31.17 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.000698034;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.208;QD=1.40094;RBI=0.00989618;REFB=-1.87254e-06;REVB=-0.00987153;RO=81;SAF=5;SAR=3;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806793;STB=0.565052;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-4.27678e-05;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:90:89:81:81:8:8:0.0898876:3:5:45:36:3:5:45:36 chr3 75788152 . T G 357.22 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00769986;FXX=0.0990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.845;QD=15.702;RBI=0.0319364;REFB=-0.000320031;REVB=0.0309942;RO=52;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333423;STB=0.518787;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000258548;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:91:52:52:39:39:0.428571:16:23:29:23:16:23:29:23 chr3 75788156 . C T 188.93 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0183558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.222;QD=7.33718;RBI=0.0260596;REFB=-0.00449852;REVB=0.0184978;RO=76;SAF=14;SAR=13;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419972;STB=0.525234;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00607801;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:13:14:42:34:13:14:42:34 chr3 75788158 . G C 188.78 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00868111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.126;QD=7.33131;RBI=0.013242;REFB=0.00106974;REVB=-0.00999946;RO=76;SAF=15;SAR=12;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199062;STB=0.511974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00489164;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:12:15:41:35:12:15:41:35 chr3 75788165 . T C 156.05 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.00505454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.185;QD=5.62335;RBI=0.0302308;REFB=-0.00411549;REVB=-0.0298052;RO=86;SAF=13;SAR=12;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187369;STB=0.511551;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0139724;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:12:13:46:40:12:13:46:40 chr3 75788199 . T C 51.49 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.00642448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.821;QD=1.6744;RBI=0.037192;REFB=-0.000662895;REVB=0.0366329;RO=110;SAF=8;SAR=5;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962703;STB=0.572046;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00588833;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:123:123:110:110:13:13:0.105691:5:8:59:51:5:8:59:51 chr3 75788217 . G A 126.58 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00865029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.745;QD=4.48053;RBI=0.0106404;REFB=-0.00253607;REVB=-0.00619593;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100437;STB=0.575932;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0103845;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:88:91:22:22:0.19469:12:10:47:41:12:10:50:41 chr3 75788226 . CA AG,GG 402.96 PASS AF=0.12844,0.311927;AO=14,34;DP=109;FAO=14,34;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=8,16;FSAR=6,18;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00144161,-0.00108038;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=219.432,220.49;QD=14.7874;RBI=0.0170906,0.0172339;REFB=-0.00627443,-0.00327968;REVB=-0.0170297,-0.0172;RO=60;SAF=8,16;SAR=6,18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0271699,-0.0880199;STB=0.511611,0.555523;STBP=0.957,0.435;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.01827,-0.000587056;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:109:109:60:61:14,34:14,34:0.12844,0.311927:6,18:8,16:33:27:6,18:8,16:34:27 chr3 75788230 . C T 51.1 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0195328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.328;QD=1.87531;RBI=0.0195457;REFB=-0.00205116;REVB=-0.00071066;RO=97;SAF=6;SAR=6;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434319;STB=0.532057;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0117847;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:109:97:97:12:12:0.110092:6:6:52:45:6:6:52:45 chr3 75788245 . C T 203.39 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0251878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.953;QD=8.38718;RBI=0.0286526;REFB=-0.0103558;REVB=-0.0136582;RO=69;SAF=13;SAR=14;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834186;STB=0.554415;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0258162;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:70:27:27:0.278351:14:13:38:31:14:13:39:31 chr3 75788258 . C A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00353817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.901;QD=14.8325;RBI=0.00366676;REFB=-0.0022991;REVB=0.000962526;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137436;STB=0.577701;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00356718;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:29:19:18:16:29:19 chr3 75788281 . T C 275.66 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0202902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.739;QD=15.5298;RBI=0.0226056;REFB=0.00185879;REVB=0.00996595;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127432;STB=0.578896;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00361486;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:18:12:21:19:19:12:21:19 chr3 75788291 . AT AA,GA 210.44 PASS AF=0.295082,0.131148;AO=17,8;DP=61;FAO=18,8;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8,3;FSAR=10,5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0614526,0.0213853;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=118.399,200.864;QD=13.7996;RBI=0.0623507,0.0228887;REFB=-0.00555491,0.00662189;REVB=0.0105444,-0.00815865;RO=34;SAF=7,3;SAR=10,5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0673668,-0.118068;STB=0.527396,0.591484;STBP=0.826,0.59;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0172513,-0.0136784;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:17,8:18,8:0.295082,0.131148:10,5:7,3:16:18:10,5:8,3:17:18 chr3 75788314 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0126126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.689;QD=3.93889;RBI=0.023646;REFB=-0.00604006;REVB=-0.0200014;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.673247;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0277199;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:17:18:5:2:17:18 chr3 75790444 . G A 339.42 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.000754459;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.453;QD=14.9197;RBI=0.012758;REFB=-0.0214018;REVB=-0.0127357;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15286;STB=0.573673;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0192074;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:52:54:37:37:0.406593:18:19:19:33:18:19:21:33 chr3 75790446 . GG TA 222.52 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0256953;FXX=0.0326052;HRUN=4;LEN=2;MLLD=250.888;QD=10.0007;RBI=0.0266024;REFB=-0.0137497;REVB=-0.00688779;RO=60;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112858;STB=0.561507;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.020507;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:60:61:28:28:0.314607:18:10:27:33:18:10:27:34 chr3 75790448 . T C 50.84 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=88;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0593279;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.651;QD=2.2347;RBI=0.0594957;REFB=-0.00464281;REVB=-0.0044653;RO=77;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500171;STB=0.556381;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0227878;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:88:91:77:80:11:11:0.120879:7:4:31:46:7:4:34:46 chr3 75790466 . G T 238.96 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0275336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.474;QD=9.75331;RBI=0.030123;REFB=0.00127464;REVB=0.0122187;RO=68;SAF=10;SAR=20;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152332;STB=0.589866;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00467392;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:30:30:0.306122:20:10:31:37:20:10:31:37 chr3 75790472 . C T 105.5 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00615167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.948;QD=4.178;RBI=0.0186766;REFB=-0.00372929;REVB=-0.0176344;RO=83;SAF=5;SAR=13;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241078;STB=0.658237;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0191167;OID=.;OPOS=75790472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:83:83:18:18:0.178218:13:5:38:45:13:5:38:45 chr3 75790479 . C T 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0134092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.991;QD=1.52792;RBI=0.0170087;REFB=-0.0010341;REVB=-0.0104637;RO=94;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18969;STB=0.648885;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0130695;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:7:3:43:51:7:3:43:51 chr3 75790513 . T C 1309.12 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273506;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.896;QD=62.3393;RBI=0.0324723;REFB=0;REVB=0.017504;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29989e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr3 75790516 . T A 97.98 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00250095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.957;QD=4.50465;RBI=0.00352203;REFB=0.00302156;REVB=0.00247991;RO=70;SAF=12;SAR=5;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390361;STB=0.746806;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0201794;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:87:87:70:70:17:17:0.195402:5:12:27:43:5:12:27:43 chr3 75790797 . C T 41.06 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.043953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0106;QD=3.35156;RBI=0.0487776;REFB=-0.00304101;REVB=-0.0211516;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461278;STB=0.783058;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0150019;OID=.;OPOS=75790797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:49:40:42:8:7:0.142857:6:2:26:14:5:2:27:15 chr3 75790814 . C T 45.18 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0579788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.228;QD=3.22733;RBI=0.0724085;REFB=-0.00377604;REVB=-0.0433757;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483816;STB=0.799315;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0283076;OID=.;OPOS=75790814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:9:8:0.142857:7:2:30:17:6:2:30:18 chr3 75790822 . A G 386.62 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0425098;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.161;QD=28.6385;RBI=0.0496437;REFB=-0.0162366;REVB=-0.0256401;RO=17;SAF=23;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118821;STB=0.567558;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00845816;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:35:36:0.666667:12:23:8:9:13:23:8:10 chr3 75790838 . C T 60.78 PASS AF=0.175439;AO=11;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.062146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1747;QD=4.26497;RBI=0.0837837;REFB=-0.0221375;REVB=-0.0561925;RO=44;SAF=4;SAR=7;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300785;STB=0.673142;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0694021;OID=.;OPOS=75790838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:44:47:11:10:0.175439:7:4:27:17:6:4:29:18 chr3 75790860 . C T 42.14 PASS AF=0.152174;AO=8;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.038687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.113;QD=3.66449;RBI=0.0409793;REFB=-0.00407742;REVB=-0.0135137;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46904;STB=0.894055;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0363987;OID=.;OPOS=75790860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:46:46:38:39:8:7:0.152174:6:2:25:13:6:1:26:13 chr3 75986663 . C A 1194.28 PASS AF=0.40118;AO=125;DP=328;FAO=136;FDP=339;FR=.;FRO=203;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=93;FSRR=110;FWDB=-0.00808069;FXX=0.00294109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.829;QD=14.0918;RBI=0.0170835;REFB=-0.033714;REVB=0.0150515;RO=203;SAF=67;SAR=58;SRF=93;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085488;STB=0.533837;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0401288;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:339:203:203:125:136:0.40118:58:67:93:110:66:70:93:110 chr3 75986686 . A G 1374.47 PASS AF=0.412399;AO=151;DP=370;FAO=153;FDP=371;FR=.;FRO=218;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=101;FSRR=117;FWDB=-0.00147526;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.966;QD=14.819;RBI=0.0221915;REFB=-0.0159153;REVB=-0.0221424;RO=218;SAF=78;SAR=73;SRF=100;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611545;STB=0.527302;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0237956;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:371:218:218:151:153:0.412399:73:78:100:118:75:78:101:117 chr3 75986695 . G A 245.86 PASS AF=0.142857;AO=55;DP=379;FAO=55;FDP=385;FR=.;FRO=330;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=155;FSRR=175;FWDB=-0.0162295;FXX=0.00516783;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.094;QD=2.55438;RBI=0.0162458;REFB=-0.00416186;REVB=-0.000727141;RO=323;SAF=27;SAR=28;SRF=150;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341996;STB=0.518193;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0261876;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:385:323:330:55:55:0.142857:28:27:150:173:28:27:155:175 chr3 75986717 . G A 278.6 PASS AF=0.153646;AO=59;DP=384;FAO=59;FDP=384;FR=.;FRO=325;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=148;FSRR=177;FWDB=0.00467212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.008;QD=2.90207;RBI=0.00785572;REFB=-0.00494973;REVB=-0.00631535;RO=321;SAF=29;SAR=30;SRF=146;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475647;STB=0.530618;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0310951;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:321:325:59:59:0.153646:30:29:146:175:30:29:148:177 chr3 75986719 . G C 1373.15 PASS AF=0.409091;AO=153;DP=378;FAO=153;FDP=374;FR=.;FRO=221;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=0.00363832;FXX=0.0183722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.278;QD=14.6861;RBI=0.00713011;REFB=-0.00608728;REVB=0.00613197;RO=207;SAF=70;SAR=83;SRF=96;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650614;STB=0.510454;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00611892;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:374:207:221:153:153:0.409091:83:70:96:111:83:70:105:116 chr3 77860987 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00628207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6986;QD=15.1962;RBI=0.00928067;REFB=0.0146996;REVB=0.00683128;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167947;STB=0.597587;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0216079;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:5:13:15:11:5:13:15:11 chr3 80677187 . T C 594.04 PASS AF=0.97619;AO=36;DP=38;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.363;QD=56.5754;RBI=0.0167355;REFB=-0.0463121;REVB=-0.010208;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00240012;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:42:1:1:36:41:0.97619:22:14:1:0:22:19:1:0 chr3 81643167 . T C 878.19 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0387328;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.377;QD=52.4291;RBI=0.0387467;REFB=0.0222405;REVB=0.00104081;RO=4;SAF=27;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649628;STB=0.534472;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000216079;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:67:4:4:62:63:0.940299:35:27:4:0:36:27:4:0 chr3 81698130 . T C 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00844062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.972;QD=58.4193;RBI=0.01925;REFB=0.0281415;REVB=0.0173009;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-3.2474e-05;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:40:32:0:0:40:32:1:0 chr3 81810702 . A AG 604.44 PASS AF=1;AO=50;DP=65;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404689;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3739;QD=45.618;RBI=0.0650478;REFB=-0.0373293;REVB=0.0509264;RO=14;SAF=24;SAR=26;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00585176;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:65:53:53:0:26:27:0:0:8:14:24:26:10:4 chr3 81810725 . C T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.249;QD=61.3326;RBI=0.0676657;REFB=0;REVB=-0.00490164;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281262;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 86117224 . G T 194.23 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.010429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.021;QD=11.2597;RBI=0.0188837;REFB=-0.000288001;REVB=0.0157427;RO=41;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228767;STB=0.622973;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000608363;OID=.;OPOS=86117224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:44:24:25:0.362319:17:7:20:21:18:7:20:24 chr3 86411414 . G A 271.47 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0302845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4296;QD=14.8752;RBI=0.0310912;REFB=-0.0226536;REVB=-0.0070362;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731452;STB=0.541341;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0268519;OID=.;OPOS=86411414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:26:16:14:17:26:16 chr3 86411527 . G A 464.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5175;QD=58.1112;RBI=0.0441282;REFB=0;REVB=0.0172769;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797906;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 86995839 . T TC 66.88 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.109071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2731;QD=9.90761;RBI=0.139197;REFB=0.0170026;REVB=0.0864839;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474686;STB=0.806326;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.000967457;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:11:29:11:27:16:2:9:11:5:66:18:2:9:11:7 chr3 87295049 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.63;QD=64.4148;RBI=0.0127132;REFB=0;REVB=0.012662;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34674e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr3 87304561 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0193915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.614;QD=12.3074;RBI=0.0240036;REFB=-0.0109835;REVB=0.0141472;RO=41;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285124;STB=0.666518;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0133568;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:20:5:17:24:20:5:17:24 chr3 88041650 . G A 566.4 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00702979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.312;QD=20.0494;RBI=0.0103529;REFB=-0.0141059;REVB=-0.00760034;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648598;STB=0.530963;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0114002;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:55:58:58:0.513274:29:29:31:23:29:29:31:24 chr3 88042501 . GT G 39.43 PASS AF=0.425;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0299343;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.02933;QD=3.94342;RBI=0.214172;REFB=-0.0420415;REVB=-0.21207;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200359;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=del;VARB=-0.0409492;OID=.;OPOS=88042502;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:15:40:17:40:23:9:8:14:9:39:21:9:6:13:8 chr3 88101694 . G T 2317.27 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0148934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3928;QD=59.4171;RBI=0.0322158;REFB=-0.111677;REVB=-0.0285665;RO=2;SAF=77;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121945;STB=0.506409;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000546893;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:2:2:154:154:0.987179:77:77:2:0:77:77:2:0 chr3 88105264 . A C 2273.21 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.394;QD=60.2174;RBI=0.0274116;REFB=-0.0669416;REVB=-0.00832693;RO=0;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.70067e-05;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:150:150:0.993377:77:73:0:0:77:73:0:1 chr3 88105818 . T C 776.19 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0160985;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9828;QD=53.5304;RBI=0.0947086;REFB=-0.0159325;REVB=0.0933304;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303982;STB=0.516123;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00562029;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:26:30:2:0:26:30:2:0 chr3 88105879 . TACTTC T 485.25 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389497;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=5;MLLD=290.569;QD=58.8185;RBI=0.0617768;REFB=0;REVB=0.0479509;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000314526;OID=.;OPOS=88105880;OREF=ACTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:35:33:33:0:19:14:0:0:3:0:19:14:0:0 chr3 88189341 . T C 1026.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7711;QD=59.4877;RBI=0.0722653;REFB=0;REVB=0.0655712;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305116;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr3 88190768 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.287;QD=57.1774;RBI=0.0129962;REFB=0;REVB=-0.0124923;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14816e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 88190809 . C T 958.81 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341732;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.172;QD=59.0039;RBI=0.00422961;REFB=0;REVB=-0.0024923;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05995e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr3 88191144 . A G,T 683.5 PASS AF=0.0833333,0.875;AO=4,41;DP=47;FAO=4,42;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=0,31;FSAR=4,11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000333901,-0.00171624;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=264.916,311.059;QD=56.9581;RBI=0.0131264,0.00543339;REFB=0.103046,-0.0101689;REVB=0.0131221,0.00515522;RO=0;SAF=0,30;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996649,0.515618;STBP=0.036,0.507;TYPE=snp,snp;VARB=0.0334564,-0.000390207;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:47:48:0:2:4,41:4,42:0.0833333,0.875:4,11:0,30:0:0:4,11:0,31:2:0 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 523.87 PASS AF=0,1;AO=24,26;DP=52;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246992,-0.0578642;FXX=0.0192271;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=181.406,20.7991;QD=41.088;RBI=0.0311889,0.219104;REFB=0.0651666,-0.0558723;REVB=0.0190447,-0.211325;RO=0;SAF=11,22;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.50493e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00116117;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:24,26:52:0,51:51:0:0,33:0,18:0:0:7:0:11,22:13,4:0:0 chr3 88192423 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.589;QD=63.8713;RBI=0.0539718;REFB=0;REVB=0.0212516;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287034;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr3 88192484 . T C 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3409;QD=56.0047;RBI=0.0832858;REFB=0;REVB=0.0778225;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175514;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:2:0:60:62:1:35:25:0:2:37:25:0:0 chr3 88199298 . T C 492.22 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110082;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.452;QD=54.6916;RBI=0.0152859;REFB=-0.126195;REVB=-0.0106055;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00820919;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:0:1:33:35:0.972222:14:19:0:0:14:21:0:1 chr3 93593119 . T C 303.79 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00488503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.123;QD=17.6109;RBI=0.0298583;REFB=-0.00882335;REVB=0.029456;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495611;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00810151;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:32:33:0.478261:17:15:15:21:18:15:15:21 chr3 96327750 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00624934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.402;QD=11.0198;RBI=0.0300175;REFB=-0.0190418;REVB=-0.0293597;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0314074;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr3 96963004 . C T 481.43 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00497411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.478;QD=21.3971;RBI=0.0196927;REFB=-0.00756071;REVB=-0.0190542;RO=43;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.51159;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00661275;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:46:47:0.522222:23:23:20:23:24:23:20:23 chr3 97365038 . G A 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0136781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.864;QD=20.6463;RBI=0.0225777;REFB=-0.00456756;REVB=0.0179629;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176518;STB=0.597356;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0045485;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:26:11:20:20:26:11 chr3 97365074 . A G 410.88 PASS AF=0.539474;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.000818407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3314;QD=21.625;RBI=0.010956;REFB=-0.0166752;REVB=-0.0109254;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149934;STB=0.575586;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0201079;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:35:40:41:0.539474:22:18:22:13:22:19:22:13 chr3 97660106 . A C 464.23 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0200317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.432;QD=24.7591;RBI=0.0200372;REFB=-0.0234655;REVB=0.000466807;RO=30;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409211;STB=0.514699;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0191673;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:24:20:12:18:24:20:13:18 chr3 97663686 . A C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00483622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.197;QD=15.1563;RBI=0.0113776;REFB=-0.00895331;REVB=0.0102986;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127291;STB=0.525432;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0121801;OID=.;OPOS=97663686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:24:25:0.438596:7:17:23:9:8:17:23:9 chr3 97664725 . C T 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0563683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.152;QD=17.2871;RBI=0.0577407;REFB=-0.0158793;REVB=-0.0125138;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20608;STB=0.622561;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0113598;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:18:12:20:12:18:12:21:12 chr3 97673268 . A C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.553;QD=63.8864;RBI=0.0251546;REFB=0;REVB=0.0237763;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81389e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr3 97726747 . T A 444.77 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0124832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.883;QD=20.449;RBI=0.0163613;REFB=-0.00765584;REVB=0.0105764;RO=42;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147626;STB=0.577078;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00658497;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:29:15:21:21:29:15:21:22 chr3 97806616 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6651;QD=61.3328;RBI=0.0394407;REFB=0;REVB=-0.0330591;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764721;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr3 97851998 . A C 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0303263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5758;QD=18.3088;RBI=0.043505;REFB=0.00860975;REVB=-0.031193;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634061;STB=0.535392;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.010292;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:16:21:20:20:16:21:20:20 chr3 97852083 . C T 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0304664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.103;QD=21.3876;RBI=0.0384197;REFB=-0.0178492;REVB=-0.0234066;RO=27;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521612;STB=0.528858;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0118785;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:15:18:13:14:15:18:13:14 chr3 97852229 . T A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0058218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.939;QD=19.4209;RBI=0.00633175;REFB=-0.00709451;REVB=0.00248952;RO=26;SAF=24;SAR=5;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811687;STB=0.539848;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00799767;OID=.;OPOS=97852229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:5:24:20:6:5:24:21:6 chr3 97868419 . G A 590.57 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.0124671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.674;QD=15.3394;RBI=0.0392215;REFB=0.000625049;REVB=-0.0371873;RO=88;SAF=37;SAR=29;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554756;STB=0.530977;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000902226;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:88:66:66:0.428571:29:37:54:34:29:37:54:34 chr3 97868616 . C T 102.75 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0203841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3386;QD=6.04434;RBI=0.0205913;REFB=-0.000582932;REVB=-0.00291428;RO=50;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523818;STB=0.518564;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000419574;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:52:16:16:0.235294:7:9:26:24:7:9:28:24 chr3 97868795 . A G 414.21 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0311605;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.206;QD=24.3654;RBI=0.0311794;REFB=-0.0107877;REVB=0.00108588;RO=28;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455624;STB=0.524987;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00710613;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:28:28:40:40:0.588235:19:21:13:15:19:21:13:15 chr3 97868970 . T A 751.92 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0284621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5752;QD=19.6579;RBI=0.0307276;REFB=-0.0286358;REVB=-0.01158;RO=76;SAF=43;SAR=34;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188109;STB=0.510349;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0243327;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:34:43:44:32:34:43:44:32 chr3 97887865 . G A 279.93 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0276815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.018;QD=16.9655;RBI=0.034136;REFB=-0.00639897;REVB=0.019975;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142668;STB=0.557238;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00602353;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:35:30:31:0.469697:10:20:19:17:11:20:19:16 chr3 97887985 . T A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00943449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.859;QD=12.1428;RBI=0.01039;REFB=-0.00383306;REVB=0.00435224;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194043;STB=0.61361;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00572758;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:6:13:17:16:6:13:17:16 chr3 97888042 . A T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0284174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.04;QD=15.1662;RBI=0.03856;REFB=-0.00429976;REVB=0.0260639;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168441;STB=0.596776;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00476498;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:14:6:7:8:14:6 chr3 97888197 . C T 211.84 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0200166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.063;QD=16.615;RBI=0.0894025;REFB=-0.0109252;REVB=-0.0871329;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482873;STB=0.527374;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0138967;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:12:16:12:11:12:16 chr3 97888337 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0061424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.211;QD=18.413;RBI=0.00732364;REFB=-0.0328295;REVB=0.00398832;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101566;STB=0.556783;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.033316;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:21:12:16:18:21:12:16:18 chr3 97888438 . G C 219.83 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0333396;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2495;QD=15.9878;RBI=0.0453379;REFB=-0.0126004;REVB=-0.0307246;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0287086;OID=.;OPOS=97888438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:30:25:25:0.454545:14:11:12:16:14:11:13:17 chr3 97957349 . G A 345.58 PASS AF=0.4625;AO=34;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0172827;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.121;QD=17.2788;RBI=0.0177339;REFB=-0.0102692;REVB=0.00397488;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698761;STB=0.522715;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.013399;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:43:34:37:0.4625:14:20:25:18:14:23:25:18 chr3 97983257 . C G 1513.4 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.551;QD=59.9368;RBI=0.0125197;REFB=0;REVB=0.00728169;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32159e-05;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:48:53:0:0 chr3 97983374 . A G 616.27 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.0058169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.552;QD=17.3597;RBI=0.013734;REFB=-0.00937924;REVB=-0.0124413;RO=77;SAF=42;SAR=22;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214522;STB=0.509211;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0123842;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:78:64:64:0.450704:22:42:49:28:22:42:50:28 chr3 97983391 . C G,T 2258.34 PASS AF=0.466216,0.533784;AO=69,78;DP=147;FAO=69,79;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=43,49;FSAR=26,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414503,-0.00528562;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.78,209.547;QD=61.0361;RBI=0.0221588,0.0134862;REFB=0,0;REVB=0.0217676,0.0124072;RO=0;SAF=43,49;SAR=26,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.6597e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00443206,0.00128254;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:147:148:0:0:69,78:69,79:0.466216,0.533784:26,29:43,49:0:0:26,30:43,49:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 224.71 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00495104;FXX=0.0891001;HRUN=2;LEN=9;MLLD=305.393;QD=9.77019;RBI=0.00768569;REFB=-0.00117551;REVB=-0.00587852;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126832;STB=0.502957;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.00174382;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402174:37:98:37:92:55:17:20:25:30:99:47:17:20:21:26 chr3 97983561 . G C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0329676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.565;QD=57.436;RBI=0.0340424;REFB=-0.0727696;REVB=0.00848651;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000131667;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:1:0 chr3 97983711 . T C 747.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.307;QD=56.3933;RBI=0.0607066;REFB=0;REVB=-0.0242;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298805;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr3 97983942 . A G 1586.44 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022078;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.9;QD=58.7572;RBI=0.0341482;REFB=0.00169649;REVB=0.0260511;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978482;STB=0.505154;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=7.84305e-05;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:58:48:1:0:59:48:1:0 chr3 97983981 . G A 420.21 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0115993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6568;QD=16.4787;RBI=0.0380549;REFB=0.00315672;REVB=-0.036244;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818928;STB=0.54715;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00465718;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:56:46:46:0.45098:24:22:20:31:24:22:22:34 chr3 98002587 . A G 268.48 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0023572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.262;QD=18.8406;RBI=0.00245606;REFB=-0.00637943;REVB=-0.00068981;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112336;STB=0.543448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00565827;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:28:29:0.508772:15:13:16:11:15:14:16:12 chr3 98073313 . A G 295.37 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0027747;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.655;QD=15.1471;RBI=0.0123808;REFB=-0.00220251;REVB=-0.0120658;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941736;STB=0.568142;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00445572;OID=.;OPOS=98073313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:45:33:33:0.423077:14:19:28:14:14:19:31:14 chr3 98250986 . C T 358.96 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0234884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.643;QD=20.5122;RBI=0.0266832;REFB=0.00773627;REVB=0.0126605;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165071;STB=0.595674;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00565635;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:24:12:17:16:25:12:17:16 chr3 98304467 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.847;QD=59.0145;RBI=0.0208997;REFB=0;REVB=0.0144307;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36773e-05;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 98501128 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0174029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.965;QD=7.46418;RBI=0.0215084;REFB=-0.0174042;REVB=-0.0126393;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281972;STB=0.689165;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0150472;OID=.;OPOS=98501128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:11:5:4:3:12:5 chr3 98518072 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00309875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.022;QD=20.3166;RBI=0.00659676;REFB=-0.00800401;REVB=0.00582366;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255221;STB=0.643917;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0069554;OID=.;OPOS=98518072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:12:6:12:7:12:6 chr3 98540931 . T C 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00495579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.395;QD=24.1255;RBI=0.0134182;REFB=-0.00543367;REVB=-0.0124695;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.542324;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00330942;OID=.;OPOS=98540931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:7:4:8:9:7:4 chr3 98540982 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0406511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.144;QD=17.0331;RBI=0.0463988;REFB=-0.0190716;REVB=0.0223682;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23275;STB=0.633989;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0200523;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:11:11:5:13:11:11 chr3 98541012 . G A 563.46 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.138;QD=57.7908;RBI=0.0338799;REFB=-0.057243;REVB=0.000376661;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000765893;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:15:22:0:1:15:23:0:1 chr3 98541116 . G A 187.54 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.031576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2056;QD=14.7089;RBI=0.0319137;REFB=0.0012342;REVB=0.00463017;RO=30;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371216;STB=0.715958;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00115365;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:4:17:15:15:4:17:15:15 chr3 100084432 . G A 1688.64 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119373;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.089;QD=60.8519;RBI=0.0211349;REFB=0;REVB=0.0174409;RO=0;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548935;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:38:73:0:0:38:73:0:0 chr3 100170628 . A G 172.53 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0321996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7911;QD=18.6523;RBI=0.0403363;REFB=0.00568074;REVB=0.024294;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286395;STB=0.654488;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00328997;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:4:14:9:9:4:14:10:9 chr3 100170634 . T C 146.33 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0246424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5231;QD=16.7234;RBI=0.0256699;REFB=0.000588293;REVB=0.00719012;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348589;STB=0.693062;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0014226;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:3:13:9:9:3:13:10:9 chr3 100174722 . G A 738.66 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.624;QD=56.8201;RBI=0.0509053;REFB=0;REVB=0.0245172;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170335;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr3 100287764 . T C 611.76 PASS AF=0.438356;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=146;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0251814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.932;QD=16.7606;RBI=0.027674;REFB=-0.00265217;REVB=-0.011478;RO=82;SAF=36;SAR=28;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998475;STB=0.555729;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00389906;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:82:64:64:0.438356:28:36:38:44:28:36:38:44 chr3 100368546 . A G 209.53 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00977744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.012;QD=11.6407;RBI=0.00980166;REFB=-0.0102176;REVB=-0.000688627;RO=46;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712433;STB=0.559761;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0187882;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:46:24:26:0.361111:16:8:18:28:18:8:18:28 chr3 100467018 . T C 134.69 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00503509;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.794;QD=24.4881;RBI=0.0297109;REFB=-0.0197751;REVB=0.0292812;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.588103;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0123738;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:9:8:14:14:0.636364:10:4:4:5:10:4:4:4 chr3 100468407 . C CAGTT 278.52 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=95;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0262464;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.863;QD=11.8519;RBI=0.0265259;REFB=-0.0103698;REVB=-0.0038402;RO=61;SAF=13;SAR=19;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224463;STB=0.636051;STBP=0.063;TYPE=ins;VARB=0.0187187;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351064:32:95:33:94:61:13:20:37:24:99:61:13:19:37:24 chr3 100539887 . C T 496.91 PASS AF=0.49;AO=47;DP=98;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0211672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.589;QD=19.8762;RBI=0.0247927;REFB=-0.00896247;REVB=-0.0129084;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832035;STB=0.529593;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0128238;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:50:51:47:49:0.49:24:23:20:30:26:23:21:30 chr3 100558416 . T C 749.48 PASS AF=0.559055;AO=70;DP=125;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0224779;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.284;QD=23.6057;RBI=0.0241543;REFB=-0.0123412;REVB=-0.00884152;RO=54;SAF=29;SAR=41;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842357;STB=0.541128;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00988783;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:54:56:70:71:0.559055:41:29:28:26:42:29:28:28 chr3 100558913 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.000262807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.784;QD=22.582;RBI=0.0277665;REFB=-0.00494744;REVB=-0.0277653;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255262;STB=0.514275;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00400472;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:16:8:8:18:16:8 chr3 100617680 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.859;QD=63.0524;RBI=0.00502666;REFB=0;REVB=0.0048647;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51371e-05;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:36:55:0:0:36:55:0:0 chr3 100712249 . T C 566.96 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00558508;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.027;QD=17.9988;RBI=0.00570489;REFB=-0.00745436;REVB=0.00116303;RO=65;SAF=34;SAR=24;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315376;STB=0.521066;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00644432;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:65:67:58:59:0.468254:24:34:36:29:25:34:36:31 chr3 100949842 . G A 1108.34 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9675;QD=57.5759;RBI=0.0352978;REFB=-0.198567;REVB=-0.0212481;RO=1;SAF=46;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101759;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00391662;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:1:2:75:75:0.974026:29:46:1:0:29:46:2:0 chr3 100963154 . G A 1542.14 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000430864;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.534;QD=59.8891;RBI=0.00449372;REFB=0;REVB=0.00447302;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106993;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr3 101043906 . G A 1224.87 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4982;QD=61.2434;RBI=0.0234014;REFB=0;REVB=0.023335;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174474;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:47:32:1:0:47:33:0:0 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA 44.46 PASS AF=0.194805,0;AO=14,10;DP=79;FAO=15,0;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.101003,-0.19819;FXX=0.0253133;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.7745,9.2961;QD=2.3098;RBI=0.13714,0.21083;REFB=-0.0434244,-0.0443588;REVB=-0.0927662,-0.0719003;RO=43;SAF=10,8;SAR=4,2;SRF=24;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.204763,0.331893;STB=0.566582,0.5;STBP=0.594,1;TYPE=del,del;VARB=0.118141,-0.0881758;OID=.,.;OPOS=101044311,101044305;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194805,0:14,10:79:15,0:77:62:9,0:6,0:42:20:40:43:10,8:4,2:24:19 chr3 101080694 . T C 1286.92 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.044;QD=60.5607;RBI=0.0327067;REFB=-0.0330089;REVB=0.0203929;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000534612;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:44:40:1:0:44:40:1:0 chr3 101085413 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.122;QD=60.8836;RBI=0.00662506;REFB=0;REVB=-0.00178353;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0375e-06;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr3 101219889 . G C 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00700165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.176;QD=59.042;RBI=0.0777985;REFB=0.0375098;REVB=0.0774828;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00125859;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:17:24:1:0:17:24:1:0 chr3 101221069 . T C 676.01 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4198;QD=60.0898;RBI=0.063072;REFB=-0.0559293;REVB=-0.0345227;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00200594;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr3 101231921 . T C 1432.65 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.413;QD=62.9738;RBI=0.0287751;REFB=0;REVB=0.0151739;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26382e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr3 101285224 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.254;QD=42.1826;RBI=0.0287627;REFB=0;REVB=-0.0275703;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279541;OID=.;OPOS=101285224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 101334753 . C A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0124614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.135;QD=19.6682;RBI=0.0147339;REFB=0.001267;REVB=-0.00786145;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00184495;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:12:7:8:11:12:7 chr3 101395629 . C T 915.62 PASS AF=0.502762;AO=91;DP=181;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0248283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7692;QD=20.2348;RBI=0.0385045;REFB=-0.0226848;REVB=0.0294305;RO=89;SAF=55;SAR=36;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150856;STB=0.58035;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0239561;OID=.;OPOS=101395629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:89:90:91:91:0.502762:36:55:39:50:36:55:40:50 chr3 101484335 . G A 1686.28 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0480618;FXX=0.0168053;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9869;QD=57.6507;RBI=0.0481098;REFB=-0.164444;REVB=0.00214705;RO=3;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501453;STB=0.502525;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00756277;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:117:3:3:113:114:0.974359:64:49:1:2:65:49:1:2 chr3 101571550 . A G 305.08 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0174281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.555;QD=17.6857;RBI=0.0471887;REFB=-0.0111832;REVB=0.0438524;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288461;STB=0.509278;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0152297;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:15:18:18:17:15:18:19:17 chr3 101576175 . T C 461.74 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00678333;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1897;QD=18.8464;RBI=0.0181791;REFB=-0.0151691;REVB=-0.0168661;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135485;STB=0.573666;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0162924;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:52:45:46:0.469388:20:25:22:31:21:25:21:31 chr3 101674012 . G A 234.8 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0014382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5341;QD=18.784;RBI=0.00828939;REFB=-0.0310019;REVB=-0.00816367;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302085;STB=0.672158;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0196314;OID=.;OPOS=101674012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:15:12:17:6:15:12 chr3 103879569 . G A 6277.29 PASS AF=1;AO=382;DP=383;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.552;QD=63.891;RBI=0.0572201;REFB=0;REVB=-0.00165836;RO=0;SAF=167;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87029e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:383:393:0:0:382:393:1:215:167:0:0:218:175:0:0 chr3 103879598 . AT A,AA 2893.46 PASS AF=0.484375,0.515625;AO=35,128;DP=182;FAO=93,99;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=36,22;FSAR=57,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123572,0.122384;FXX=0.0204071;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.678,188.536;QD=60.2804;RBI=0.123895,0.124125;REFB=0,0;REVB=-0.00893715,-0.0207219;RO=18;SAF=1,23;SAR=34,105;SRF=16;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.787687,-0.234029;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.010339,0.013289;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.484375,0.515625:35,128:182:93,99:192:0:36,22:57,77:0:0:87:18:1,23:34,105:16:2 chr3 105260596 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.55;QD=55.8049;RBI=0.0156339;REFB=-0.0507486;REVB=0.0103835;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000291254;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:1:0:33:26:1:0 chr3 105421034 . C T 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0452562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.547;QD=17.5172;RBI=0.0459169;REFB=-0.0113605;REVB=-0.00776119;RO=56;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965513;STB=0.549;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0230667;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:23:28:25:31:23:28:26:31 chr3 105422844 . C T 812.51 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.826;QD=57.0184;RBI=0.0173117;REFB=0;REVB=-0.0115145;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50127e-05;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr3 106234757 . G C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0234682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.239;QD=13.4417;RBI=0.0234825;REFB=-0.00217771;REVB=0.000817297;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00297328;OID=.;OPOS=106234757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr3 106617500 . C T 693.32 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423027;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.958;QD=63.029;RBI=0.0428818;REFB=0;REVB=-0.00702386;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34028e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 107096547 . G A 121.28 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00697918;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.021;QD=13.4758;RBI=0.00745368;REFB=-0.00189348;REVB=-0.00261695;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.562409;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00248316;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:10:12:9:5:10:12 chr3 107097346 . C A 907.7 PASS AF=0.489247;AO=91;DP=186;FAO=91;FDP=186;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0713954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6441;QD=19.5205;RBI=0.0809167;REFB=-0.00514861;REVB=-0.0380815;RO=95;SAF=48;SAR=43;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381782;STB=0.521022;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00530869;OID=.;OPOS=107097346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:95:95:91:91:0.489247:43:48:54:41:43:48:54:41 chr3 107646728 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.208;QD=56.7047;RBI=0.0622884;REFB=0;REVB=0.0599867;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244689;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr3 107646807 . G T 804.61 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509241;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.32;QD=56.464;RBI=0.0518507;REFB=0;REVB=0.00975833;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327915;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr3 107646895 . T C 725.34 PASS AF=0.903226;AO=54;DP=61;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00382326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4044;QD=46.7963;RBI=0.0209022;REFB=-0.00446938;REVB=-0.0205495;RO=7;SAF=21;SAR=33;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723669;STB=0.546202;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00632745;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:61:62:7:6:54:56:0.903226:33:21:5:2:35:21:5:1 chr3 107762143 . A G 413.64 PASS AF=0.335443;AO=53;DP=158;FAO=53;FDP=158;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.00673438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.299;QD=10.4719;RBI=0.00673468;REFB=-0.000548446;REVB=-6.34274e-05;RO=104;SAF=30;SAR=23;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355318;STB=0.516595;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00108332;OID=.;OPOS=107762143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:104:105:53:53:0.335443:23:30:62:42:23:30:62:43 chr3 107765392 . G A 206.61 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0537698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7343;QD=17.5839;RBI=0.0540873;REFB=-0.0186983;REVB=0.00585191;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.502144;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0334482;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:16:10:8:13:16:10 chr3 107884269 . A G 348.67 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0105662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.738;QD=17.4333;RBI=0.013709;REFB=-0.00912712;REVB=-0.00873454;RO=43;SAF=25;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189113;STB=0.606217;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00864342;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:12:25:21:22:12:25:21:22 chr3 107937408 . C T 190.37 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0106361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=14.9312;RBI=0.0106762;REFB=-0.0105143;REVB=0.000924162;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220443;STB=0.529385;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0173312;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:29:20:22:0.431373:11:9:12:16:11:11:13:16 chr3 108072298 . T C 1244.41 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00645528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.273;QD=57.8797;RBI=0.015528;REFB=-0.073894;REVB=0.0141226;RO=3;SAF=47;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292721;STB=0.51546;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000415799;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:36:47:3:0:36:47:3:0 chr3 108081217 . C A 292.05 PASS AF=0.54;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0070964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.928;QD=23.3641;RBI=0.03291;REFB=-0.0082145;REVB=0.0321358;RO=23;SAF=19;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3568;STB=0.632227;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00771017;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:23:23:24:27:0.54:5:19:10:13:8:19:10:13 chr3 108096098 . C G,T 1279.18 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=81,3;DP=84;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=55,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719905,-0.0128235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.787,190.166;QD=60.9134;RBI=0.0137737,0.0180266;REFB=0,0;REVB=-0.0117426,-0.0126696;RO=0;SAF=26,2;SAR=55,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000543909,-0.00540259;OID=.,.;OPOS=108096098,108096098;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:0:81,3:81,3:0.964286,0.0357143:55,1:26,2:0:0:55,1:26,2:0:0 chr3 108135680 . C T 362.97 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.00690161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.051;QD=15.6115;RBI=0.0176675;REFB=-0.0186882;REVB=0.0162637;RO=54;SAF=23;SAR=16;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210506;STB=0.617522;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0308632;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:16:23:42:12:16:23:42:12 chr3 108159977 . G A 204.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0188287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3415;QD=12.5642;RBI=0.0234232;REFB=-0.0219998;REVB=0.0139329;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377794;STB=0.521722;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0438519;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:19:21:14:11:19:21 chr3 108298260 . C T 197.59 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0165256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4478;QD=21.9539;RBI=0.0199385;REFB=-0.00325452;REVB=0.0111557;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122168;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0051533;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:18:20:0.555556:7:11:10:6:9:11:10:6 chr3 108351907 . C G 505.28 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00778199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7221;QD=20.2114;RBI=0.00947079;REFB=-0.0255336;REVB=-0.00539782;RO=51;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530877;STB=0.5294;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0134638;OID=.;OPOS=108351907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:28:21:19:32:28:21:19:32 chr3 108367749 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 909.89 PASS AF=0.784553,0.0243902;AO=107,17;DP=248;FAO=193,6;FDP=246;FR=.;FRO=47;FSAF=75,6;FSAR=118,0;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=-0.275763,-0.123409;FXX=0.0120477;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.81182,108.296;QD=14.795;RBI=0.29134,0.123987;REFB=-0.218912,-0.0261369;REVB=0.0939883,0.0119579;RO=85;SAF=33,17;SAR=74,0;SRF=4;SRR=81;SSEN=0.40625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282194,0.883418;STB=0.550492,0.999182;STBP=0.005,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.193292,0.0827167;OID=.,.;OPOS=108367750,108367755;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.784553,0.0243902:107,17:248:193,6:246:47:75,6:118,0:7:40:55:85:33,17:74,0:4:81 chr3 108403086 . T C 1960.26 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.343;QD=61.258;RBI=0.0408493;REFB=0;REVB=0.00322101;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3906e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:128:0:0:122:128:1:58:64:0:0:60:68:0:0 chr3 108557820 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.687;QD=63.5821;RBI=0.0183096;REFB=0;REVB=0.0174871;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106522;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr3 108703587 . C T 995.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386716;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8893;QD=59.4196;RBI=0.0489414;REFB=0;REVB=0.0299962;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727024;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr3 108754238 . A T 1572.68 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000642924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.027;QD=59.9117;RBI=0.00196179;REFB=0;REVB=0.00185344;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54338e-06;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr3 108867128 . A G 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3234;QD=61.8481;RBI=0.0461273;REFB=0;REVB=-0.0437126;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309003;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr3 109052732 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.35;QD=59.501;RBI=0.00992239;REFB=0;REVB=0.00878947;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08099e-06;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr3 109136723 . A C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00415256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.899;QD=17.6453;RBI=0.0350383;REFB=-0.00289773;REVB=-0.0347913;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474609;STB=0.783546;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00401202;OID=.;OPOS=109136723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:4:3:8:1:4:3 chr3 109178707 . C G 211.76 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0162325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.613;QD=19.699;RBI=0.017153;REFB=-0.0145632;REVB=-0.00554347;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850945;STB=0.557981;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0152607;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:13:8:10:11:14:8 chr3 109178758 . C T 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5155;QD=60.5961;RBI=0.0830924;REFB=0;REVB=0.0712578;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358435;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 110611137 . G A 686.61 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370071;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1354;QD=62.4194;RBI=0.0372728;REFB=0;REVB=0.00444254;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668774;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:15:27:0:0:17:27:0:0 chr3 110789199 . G A 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00516966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.811;QD=16.7813;RBI=0.0270324;REFB=-0.0176666;REVB=0.0265335;RO=33;SAF=24;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419123;STB=0.738771;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0406002;OID=.;OPOS=110789199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:5:24:15:18:5:24:15:18 chr3 110863855 . A C 319.96 PASS AF=0.36036;AO=39;DP=104;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00230396;FXX=0.0347796;HRUN=8;LEN=1;MLLD=175.306;QD=11.5301;RBI=0.00903701;REFB=-0.00200186;REVB=0.00873838;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098464;STB=0.54052;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00295089;OID=.;OPOS=110863855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:63:71:39:40:0.36036:20:19:25:38:20:20:31:40 chr3 111298145 . A G 379.33 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000886095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7284;QD=21.99;RBI=0.0191093;REFB=0.00652209;REVB=-0.0190887;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782521;STB=0.543187;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00337603;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:15:16:16:22:15:16 chr3 111313457 . T C 336.35 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0162972;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2664;QD=14.4664;RBI=0.0275427;REFB=0.0101228;REVB=-0.0222036;RO=56;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716449;STB=0.540614;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0100881;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:17:20:34:22:17:20:34:22 chr3 111356083 . G C 1866.68 PASS AF=1;AO=102;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811331;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1287;QD=60.705;RBI=0.0832531;REFB=0;REVB=0.018668;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105664;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:102:123:1:55:47:0:0:61:62:0:0 chr3 111604541 . G C 599.13 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0112773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.64;QD=46.9909;RBI=0.0117221;REFB=0.0085182;REVB=0.00319847;RO=5;SAF=18;SAR=27;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386667;STB=0.521267;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000327124;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:45:46:0.901961:27:18:3:2:28:18:3:2 chr3 111677526 . G A 436.99 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00496186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.884;QD=23.9447;RBI=0.00931265;REFB=-0.000775972;REVB=-0.0078807;RO=31;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485285;STB=0.526598;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00105915;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:26:16:10:21:26:16:10:21 chr3 111688578 . C T 401.62 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0191632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.287;QD=19.8329;RBI=0.0241087;REFB=-0.0197481;REVB=-0.0146287;RO=37;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10065;STB=0.557391;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0276465;OID=.;OPOS=111688578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:37:40:40:41:0.506173:14:26:20:17:14:27:22:18 chr3 111694438 . T C 1389.0 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349798;FXX=0.063823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.691;QD=63.1365;RBI=0.0520162;REFB=0;REVB=0.038498;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010823;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:50:36:0:0:51:37:0:0 chr3 111732608 . G A 668.26 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0474124;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.64;QD=23.8663;RBI=0.047583;REFB=-0.00488927;REVB=-0.0040258;RO=42;SAF=35;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516585;STB=0.537998;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00409063;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:42:48:64:64:0.571429:29:35:20:22:29:35:22:26 chr3 111760771 . A G 551.14 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0286181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.268;QD=20.7977;RBI=0.0309296;REFB=-0.0131279;REVB=-0.0117323;RO=49;SAF=28;SAR=28;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779929;STB=0.537722;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0137645;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:50:56:56:0.528302:28:28:20:29:28:28:21:29 chr3 111765834 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.224;QD=58.6005;RBI=0.0177004;REFB=0;REVB=0.0100354;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52765e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr3 111799845 . A T 3724.39 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3929;QD=63.3939;RBI=0.0675141;REFB=0;REVB=-0.0202635;RO=0;SAF=119;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134079;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:116:119:0:0:116:119:0:0 chr3 111805256 . T A 718.25 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=94;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.006547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.316;QD=30.2422;RBI=0.00662624;REFB=-0.0159337;REVB=0.00102171;RO=33;SAF=23;SAR=38;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092802;STB=0.55641;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00798663;OID=.;OPOS=111805256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:33:34:61:61:0.642105:38:23:17:16:38:23:18:16 chr3 111828423 . G A 1406.45 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0323254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.182;QD=60.4926;RBI=0.0329896;REFB=-0.051977;REVB=0.00658644;RO=2;SAF=43;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215343;STB=0.511361;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000265333;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:48:43:2:0:48:43:2:0 chr3 111898387 . A G 321.08 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00139639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.88;QD=17.8376;RBI=0.00929976;REFB=-0.00723548;REVB=0.00919433;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177891;STB=0.591648;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00653819;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:37:33:35:0.486111:11:22:18:19:12:23:18:19 chr3 111918215 . CA CG,TG 846.9 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=33,25;DP=66;FAO=35,25;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15,11;FSAR=20,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944904,0.0105726;FXX=0.0908953;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=128.68,207.611;QD=56.4599;RBI=0.0123561,0.0161757;REFB=0,0;REVB=-0.00796177,0.0122423;RO=0;SAF=15,11;SAR=18,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0018934,0.00354823;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:60:0:0:33,25:35,25:0.583333,0.416667:18,14:15,11:0:0:20,14:15,11:0:0 chr3 111921116 . C A 553.11 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00934298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1224;QD=19.7539;RBI=0.0136749;REFB=-0.0172849;REVB=0.00998558;RO=55;SAF=27;SAR=30;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170992;STB=0.509431;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00923835;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:30:27:25:30:30:27:25:30 chr3 111921225 . G T 569.63 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.402;QD=59.9609;RBI=0.0210164;REFB=0;REVB=0.0153393;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039284;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:18:20:0:0 chr3 111923123 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.382;QD=61.0482;RBI=0.01853;REFB=0;REVB=0.0117222;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25073e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr3 111962851 . T C 392.69 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.0113049;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.506;QD=14.5441;RBI=0.0254696;REFB=-0.0146125;REVB=0.0228233;RO=62;SAF=20;SAR=25;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220584;STB=0.627476;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0274031;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:25:20:41:21:25:20:42:21 chr3 111981849 . C T 197.01 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00143269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1073;QD=18.3269;RBI=0.015192;REFB=-0.0320792;REVB=0.0151243;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256086;STB=0.632897;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0357089;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:8:12:7:15:8:12:8:15 chr3 111981878 . T C 163.55 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00291767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.572;QD=20.4439;RBI=0.0131292;REFB=-0.0195672;REVB=0.0128009;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.015527;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:6:9:9:8:6:9 chr3 111981924 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0682004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9607;QD=12.7388;RBI=0.082337;REFB=-0.00873384;REVB=-0.0461312;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0141134;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr3 111985107 . T C 958.61 PASS AF=0.445415;AO=102;DP=229;FAO=102;FDP=229;FR=.;FRO=127;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=0.0178254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.783;QD=16.7442;RBI=0.0205783;REFB=-0.00591409;REVB=0.0102822;RO=126;SAF=57;SAR=45;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036981;STB=0.522384;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00769253;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:126:127:102:102:0.445415:45:57:75:51:45:57:76:51 chr3 112059768 . C G 180.81 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0430535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.349;QD=13.9088;RBI=0.0568465;REFB=-0.016503;REVB=-0.0371204;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976768;STB=0.505613;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0272661;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:18:13:9:12:18:13 chr3 112081560 . T TTA 1201.7 PASS AF=0.886598;AO=74;DP=125;FAO=86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0427066;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=2;MLLD=176.831;QD=49.5548;RBI=0.101743;REFB=-0.123392;REVB=0.0923461;RO=43;SAF=45;SAR=29;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308998;STB=0.548662;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.00954823;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.886598:74:125:86:97:11:51:35:11:0:47:43:45:29:28:15 chr3 112185025 . G A 1400.61 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235569;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.148;QD=62.2491;RBI=0.0265005;REFB=0;REVB=0.0121389;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238681;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:47:43:0:0 chr3 112190137 . G T 959.96 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.699;QD=56.4685;RBI=0.0359087;REFB=-0.138968;REVB=0.03293;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106189;STB=0.505493;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000802442;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:22:44:1:0:22:45:1:0 chr3 112546306 . C A 596.52 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0078266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3264;QD=20.2211;RBI=0.0138705;REFB=-0.0164459;REVB=0.0114515;RO=57;SAF=43;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122619;STB=0.55984;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0103225;OID=.;OPOS=112546306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:57:60:61:0.516949:17:43:34:23:18:43:34:23 chr3 112548182 . T A 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00290218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.322;QD=15.9121;RBI=0.00291997;REFB=-0.00595657;REVB=-0.000321768;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159559;STB=0.597903;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00669747;OID=.;OPOS=112548182;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:11:19:17:19:11:19:17:20 chr3 112727184 . A T 423.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0112883;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.07;QD=20.9333;RBI=0.0115291;REFB=-0.0149456;REVB=-0.00234436;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895522;STB=0.510099;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0110817;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:38:39:42:42:0.518519:17:25:23:15:17:25:24:15 chr3 112732840 . C T 371.62 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0162637;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7375;QD=17.2846;RBI=0.0369646;REFB=0.0168263;REVB=0.0331945;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276548;STB=0.515482;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0172774;OID=.;OPOS=112732840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:23:16:18:29:23:16:18:29 chr3 112935113 . G C 192.95 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0823307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3463;QD=12.0596;RBI=0.11399;REFB=-0.00306195;REVB=0.0788376;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164695;STB=0.595158;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0092622;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:21:19:15:9:21:19 chr3 112935138 . C G 962.29 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343156;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.284;QD=59.2177;RBI=0.0351881;REFB=0;REVB=0.00778755;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158332;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr3 112991312 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0304446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9777;QD=12.4812;RBI=0.0304602;REFB=-0.0158273;REVB=0.000975327;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0130171;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr3 112991959 . C T 708.17 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0207347;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5363;QD=18.1583;RBI=0.0211501;REFB=-0.0122344;REVB=0.00417116;RO=79;SAF=46;SAR=29;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159974;STB=0.57618;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0194682;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:79:81:75:75:0.480769:29:46:35:44:29:46:38:43 chr3 112993367 . G A 332.95 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0163396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.202;QD=14.0189;RBI=0.0166964;REFB=-0.00358238;REVB=-0.0034334;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430574;STB=0.522437;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00531328;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:58:37:37:0.389474:16:21:34:22:16:21:35:23 chr3 112997554 . A G 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1483;QD=64.385;RBI=0.0681089;REFB=0;REVB=-0.0651583;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000965635;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr3 112998265 . A G 489.75 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0250362;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.119;QD=18.1389;RBI=0.0260569;REFB=-0.0037891;REVB=-0.00722157;RO=53;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930878;STB=0.507888;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00517599;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:56:52:52:0.481481:24:28:28:25:24:28:31:25 chr3 112998268 . G A 521.01 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0129182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.44;QD=19.6607;RBI=0.0130806;REFB=-0.0072748;REVB=0.00205447;RO=52;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177582;STB=0.5098;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0136231;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:26:28:28:24:26:28:28:24 chr3 113010466 . T C 1117.42 PASS AF=0.531401;AO=110;DP=206;FAO=110;FDP=207;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0085426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.999;QD=21.5927;RBI=0.00854301;REFB=-0.015712;REVB=8.39925e-05;RO=95;SAF=53;SAR=57;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248292;STB=0.508403;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0105449;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:95:97:110:110:0.531401:57:53:43:52:57:53:45:52 chr3 113015660 . G A 527.96 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=113;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0189513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.207;QD=18.5248;RBI=0.0230485;REFB=-0.015544;REVB=-0.0131181;RO=56;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00931576;STB=0.50095;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0175452;OID=.;OPOS=113015660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:58:55:56:0.491228:24:31:31:25:25:31:32:26 chr3 113022870 . T C 1324.37 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00603854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5622;QD=60.8906;RBI=0.0327502;REFB=-0.084697;REVB=0.0321887;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000636324;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:41:45:0:0:41:45:0:1 chr3 113046640 . A G 266.99 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0100719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.095;QD=20.1499;RBI=0.0205818;REFB=-0.00848748;REVB=-0.0179491;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133537;STB=0.507437;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00641396;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:13:12:13:15:13:12 chr3 113052357 . T C 439.42 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0339477;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6378;QD=19.1054;RBI=0.0663404;REFB=-0.00586461;REVB=0.0569965;RO=48;SAF=12;SAR=32;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215787;STB=0.620784;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00718805;OID=.;OPOS=113052357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:32:12:23:25:32:12:23:25 chr3 113145006 . C T 586.89 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0153854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.535;QD=26.0841;RBI=0.0155009;REFB=-0.0124996;REVB=0.0018888;RO=37;SAF=37;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253269;STB=0.638724;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0113739;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:16:37:14:23:16:37:14:23 chr3 113146130 . T C 423.79 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0235611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.079;QD=18.6281;RBI=0.0240841;REFB=-0.00435414;REVB=0.00499182;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117006;STB=0.565232;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00752644;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:25:18:26:22:25:18:26:22 chr3 113164109 . A G 352.36 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5298;QD=52.2008;RBI=0.200522;REFB=-0.0350918;REVB=0.195539;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00745394;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:27:1:0:24:27:1:12:12:0:1:15:12:0:0 chr3 113176122 . G A 421.67 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0331462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.653;QD=18.1362;RBI=0.0331789;REFB=-0.00592091;REVB=0.00147177;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046659;STB=0.52604;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00658263;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:21:22:28:22:21:22:28:22 chr3 113222036 . G A 736.83 PASS AF=0.550388;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00138925;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.331;QD=22.8475;RBI=0.0227675;REFB=0.00475491;REVB=0.022725;RO=58;SAF=41;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057731;STB=0.534127;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00532729;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:58:70:71:0.550388:29:41:30:28:29:42:30:28 chr3 113233563 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0207615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2168;QD=9.19936;RBI=0.0333246;REFB=-0.00737103;REVB=0.026067;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478256;STB=0.788742;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0153594;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:10:3:5:2:10:3 chr3 113252042 . C T 521.54 PASS AF=0.386667;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=150;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.00670339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.841;QD=13.9077;RBI=0.0186285;REFB=-0.00287764;REVB=-0.0173806;RO=91;SAF=27;SAR=31;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643471;STB=0.532471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00555553;OID=.;OPOS=113252042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:91:92:58:58:0.386667:31:27:37:54:31:27:38:54 chr3 113285276 . G A 369.69 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00678997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.535;QD=13.0862;RBI=0.00681883;REFB=-0.0160649;REVB=0.000626718;RO=69;SAF=29;SAR=15;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753643;STB=0.542862;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0235495;OID=.;OPOS=113285276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:15:29:41:28:15:29:41:28 chr3 113286405 . C T 401.85 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.000403696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.933;QD=19.6026;RBI=0.0129293;REFB=-0.00435402;REVB=-0.012923;RO=41;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153725;STB=0.585324;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00396787;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:17:24:17:24:17:24:17:24 chr3 113320477 . C T 473.17 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0131947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9628;QD=23.9579;RBI=0.0594276;REFB=-0.0143636;REVB=0.0579443;RO=34;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281126;STB=0.515433;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0144077;OID=.;OPOS=113320477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:17:28:20:14:17:28:20:14 chr3 113323787 . G A 251.79 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0163434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.759;QD=14.811;RBI=0.0191945;REFB=-0.0128875;REVB=-0.0100658;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115437;STB=0.556537;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0143315;OID=.;OPOS=113323787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:14:15:24:14:14:15:24:15 chr3 113323793 . C T 384.67 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0059297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.885;QD=23.313;RBI=0.016338;REFB=-0.0214974;REVB=0.0152239;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775434;STB=0.542691;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0449858;OID=.;OPOS=113323793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:14:24:15:13:14:24:15:13 chr3 113329886 . G A 673.53 PASS AF=0.503759;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0254459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.25;QD=20.2565;RBI=0.0257322;REFB=-0.0140899;REVB=0.00382749;RO=65;SAF=43;SAR=23;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996988;STB=0.502856;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0137717;OID=.;OPOS=113329886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:66:66:67:0.503759:23:43:43:22:23:44:43:23 chr3 113330953 . A G 422.29 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00848523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.711;QD=18.3604;RBI=0.0196866;REFB=0.00524971;REVB=0.017764;RO=50;SAF=20;SAR=22;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812854;STB=0.556425;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00715232;OID=.;OPOS=113330953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:49:42:43:0.467391:22:20:28:22:23:20:28:21 chr3 113367340 . T C 228.24 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0367581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2365;QD=16.017;RBI=0.0790799;REFB=-0.0157451;REVB=-0.0700176;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234665;STB=0.631485;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0180073;OID=.;OPOS=113367340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:8:23:13:13:8:23 chr3 113368172 . T C 143.31 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0330947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.829;QD=9.88311;RBI=0.0354665;REFB=-0.00363055;REVB=-0.0127522;RO=39;SAF=15;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213447;STB=0.627759;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0106346;OID=.;OPOS=113368172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:4:15:25:14:4:15:25:14 chr3 113368643 . A T 344.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0196217;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.433;QD=21.5552;RBI=0.0200647;REFB=-0.0107871;REVB=0.004193;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822353;STB=0.545429;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00711774;OID=.;OPOS=113368643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:17:12:18:17:17:12 chr3 113371382 . AG A,AA 263.84 PASS AF=0.528302,0;AO=24,2;DP=52;FAO=28,0;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16,0;FSAR=12,0;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00337922,-0.00135579;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.823,225.162;QD=19.9126;RBI=0.011992,0.0117418;REFB=-0.0137991,-0.0114472;REVB=0.011506,0.0116633;RO=25;SAF=12,2;SAR=12,0;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200499,0.402785;STB=0.593158,0.5;STBP=0.175,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00980612,-0.00536579;OID=.,.;OPOS=113371383,113371383;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302,0:24,2:52:28,0:53:25:16,0:12,0:19:6:99:25:12,2:12,0:18:7 chr3 113373797 . A G 223.62 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0197249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.439;QD=17.5386;RBI=0.0197251;REFB=-0.00845752;REVB=8.86858e-05;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138273;STB=0.548345;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0340163;OID=.;OPOS=113373797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:17:6:10:16:17:7:10:17 chr3 113373930 . A G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7564;QD=58.0548;RBI=0.0241856;REFB=0;REVB=-0.00529899;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017295;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr3 113374097 . G A 132.62 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0289858;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.652;QD=18.2923;RBI=0.0290436;REFB=-0.00185836;REVB=0.00183162;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.52171;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00510675;OID=.;OPOS=113374097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:13:15:0.517241:7:6:5:8:9:6:5:9 chr3 113374646 . G A 152.97 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0627699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2831;QD=13.597;RBI=0.0648837;REFB=-0.0142284;REVB=-0.0164264;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161623;STB=0.594481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0183884;OID=.;OPOS=113374646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:14:14:11:6:14:14 chr3 113377361 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.015807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.625;QD=18.8282;RBI=0.023575;REFB=-0.00448742;REVB=0.0174905;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256086;STB=0.644719;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00387024;OID=.;OPOS=113377361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:15:7:12:8:15:7 chr3 113377505 . T G 172.97 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0523552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.336;QD=11.342;RBI=0.0600887;REFB=-0.00426394;REVB=0.0294887;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258853;STB=0.648996;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00738185;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:27:12:12:10:27:12 chr3 113380232 . G A 257.12 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0325165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5056;QD=16.0703;RBI=0.0382793;REFB=0.0342236;REVB=-0.0201985;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116817;STB=0.501617;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0403264;OID=.;OPOS=113380232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:14:15:18:16:14:15:18:17 chr3 113383221 . A G 135.88 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0146687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1365;QD=17.5323;RBI=0.0149466;REFB=-0.00698951;REVB=-0.00286877;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.55806;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0125767;OID=.;OPOS=113383221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:9:7:5:10:9:7 chr3 113557787 . AGCC A 309.81 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277443;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=302.414;QD=53.8807;RBI=0.0135395;REFB=0;REVB=0.0132522;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.77704e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:23:23:0:10:13:0:0:4:0:7:13:0:0 chr3 113801826 . C T 325.92 PASS AF=0.559322;AO=34;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0282679;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6331;QD=22.0962;RBI=0.0307185;REFB=-0.00646293;REVB=0.0120229;RO=26;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113333;STB=0.57051;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00513079;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:34:33:0.559322:16:18:10:16:15:18:10:16 chr3 113858350 . C T 2110.85 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.747;QD=62.0838;RBI=0.0209416;REFB=0;REVB=0.0183806;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703668;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:136:0:0:132:136:1:67:65:0:0:67:69:0:0 chr3 113890815 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.596;QD=60.716;RBI=0.0266431;REFB=0;REVB=-0.0195228;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53456e-06;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr3 113955164 . T G 282.7 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00497452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.771;QD=28.995;RBI=0.0119678;REFB=-0.00458443;REVB=0.010885;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594869;STB=0.532761;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00248605;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:12:13:6:8:12:13:6:8 chr3 113955265 . G A 373.4 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00469436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.277;QD=15.3981;RBI=0.00816138;REFB=-0.01676;REVB=-0.00667616;RO=57;SAF=18;SAR=22;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169307;STB=0.595459;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0218092;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:22:18:35:22:22:18:35:22 chr3 113955320 . C T 343.73 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0024239;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3487;QD=15.9876;RBI=0.00246118;REFB=-0.0227866;REVB=-0.000426772;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180545;STB=0.594444;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0223756;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:19:18:32:16:19:18:32:17 chr3 113955820 . G C 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00101989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.913;QD=14.5968;RBI=0.00700097;REFB=-0.0070253;REVB=-0.00692628;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204451;STB=0.511592;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0092066;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:17:19:29:24:17:19:29:24 chr3 115440007 . T G 426.2 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00945248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4781;QD=21.8563;RBI=0.0105263;REFB=0.0186711;REVB=-0.00463184;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0133303;OID=.;OPOS=115440007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:34:36:42:42:0.538462:21:21:17:17:21:21:18:18 chr3 116301660 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.682;QD=37.4885;RBI=0.0171672;REFB=0;REVB=0.01712;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361619;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr3 116683964 . G C 6637.0 PASS AF=1;AO=422;DP=426;FAO=422;FDP=422;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161969;FXX=0.0117093;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.211;QD=62.9099;RBI=0.0271408;REFB=0.00585807;REVB=0.021778;RO=3;SAF=214;SAR=208;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02988e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:426:422:3:0:422:422:1:208:214:2:1:208:214:0:0 chr3 118381320 . C A 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.794;QD=57.1865;RBI=0.0325384;REFB=0;REVB=0.0261136;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122615;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr3 118621103 . G A 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0232712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5904;QD=16.2794;RBI=0.0249757;REFB=-0.0276405;REVB=-0.00906859;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251008;STB=0.514129;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0208482;OID=.;OPOS=118621103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:22:11:10:18:22:11 chr3 118649060 . G T 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.131;QD=61.5305;RBI=0.0357334;REFB=0;REVB=0.0304939;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90313e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr3 118865126 . GGAA G 278.69 PASS AF=0.447917;AO=41;DP=92;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0218519;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.246;QD=11.612;RBI=0.0243767;REFB=-0.0108977;REVB=0.0108038;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318465;STB=0.524491;STBP=0.647;TYPE=del;VARB=0.0158954;OID=.;OPOS=118865127;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447917:41:92:43:96:53:20:23:27:26:99:48:20:21:25:23 chr3 118865801 . C T 205.67 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00495848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.087;QD=22.8524;RBI=0.0116298;REFB=-0.0159117;REVB=0.0105197;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299533;STB=0.506572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0130641;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:14:6:5:10:14:6:5:11 chr3 118867047 . C G 198.21 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00624635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.88;QD=18.4385;RBI=0.00851873;REFB=-0.0102371;REVB=0.0057924;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129545;STB=0.561424;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0118316;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:13:9:11:9:13:10 chr3 118909159 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.417;QD=62.0187;RBI=0.0230157;REFB=0;REVB=-0.0020223;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122949;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr3 118945796 . G C 860.44 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=138;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00590902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.315;QD=24.9401;RBI=0.00952354;REFB=-0.0331289;REVB=0.00746868;RO=59;SAF=53;SAR=26;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023601;STB=0.512865;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0267012;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:59:79:79:0.572464:26:53:38:21:26:53:38:21 chr3 118948716 . G A 666.78 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00393305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.622;QD=24.2464;RBI=0.0314662;REFB=0.00673836;REVB=0.0312194;RO=45;SAF=37;SAR=27;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000269538;STB=0.505522;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00640846;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:46:64:64:0.581818:27:37:26:19:27:37:26:20 chr3 119118104 . A G 657.74 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.394;QD=59.7946;RBI=0.0753262;REFB=-0.0452824;REVB=0.0678987;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00117314;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:18:25:0:0:18:25:0:1 chr3 119120777 . A G 342.46 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0156372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8802;QD=13.6984;RBI=0.0361973;REFB=0.00206205;REVB=-0.0326454;RO=62;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240948;STB=0.513735;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00401531;OID=.;OPOS=119120777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:20:18:28:34:20:18:28:34 chr3 119133183 . G A 629.13 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0346232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.758;QD=57.1937;RBI=0.0474323;REFB=-0.00546702;REVB=0.03242;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000574056;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:23:19:2:0:23:19:2:0 chr3 119196166 . T C 425.11 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00413874;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.222;QD=16.3503;RBI=0.0405242;REFB=-0.0157513;REVB=0.0403123;RO=56;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302468;STB=0.502512;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0223812;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:56:57:47:47:0.451923:27:20:24:32:27:20:24:33 chr3 119197285 . A G 1434.14 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1983;QD=63.0392;RBI=0.0466325;REFB=0;REVB=0.0435704;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197332;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr3 119248301 . G A 1034.02 PASS AF=0.436293;AO=113;DP=258;FAO=113;FDP=259;FR=.;FRO=146;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=90;FWDB=-0.0337162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6853;QD=15.9695;RBI=0.0472978;REFB=0.00183297;REVB=-0.0331708;RO=145;SAF=71;SAR=42;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244074;STB=0.637267;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00337443;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:145:146:113:113:0.436293:42:71:56:89:42:71:56:90 chr3 119248321 . A G 360.11 PASS AF=0.23913;AO=53;DP=217;FAO=55;FDP=230;FR=.;FRO=175;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=103;FWDB=-0.00148068;FXX=0.00432882;HRUN=9;LEN=1;MLLD=265.33;QD=6.26273;RBI=0.0178789;REFB=4.6435e-05;REVB=-0.0178175;RO=80;SAF=39;SAR=14;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298365;STB=0.737415;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000157834;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:230:80:175:53:55:0.23913:14:39:38:42:15:40:72:103 chr3 119263680 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0177396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5999;QD=13.7734;RBI=0.0177466;REFB=0.00613456;REVB=-0.000497967;RO=31;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391857;STB=0.727039;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0162992;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:15:5:19:12:15:5:19:12 chr3 119301139 . C T 492.76 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0397275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6416;QD=23.1888;RBI=0.0415113;REFB=-0.065453;REVB=-0.0120382;RO=33;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453648;STB=0.533691;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0177255;OID=.;OPOS=119301139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:38:47:47:0.552941:27:20:16:17:27:20:19:19 chr3 119305169 . G A 160.86 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0117897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.844;QD=17.8734;RBI=0.0197048;REFB=-0.0270407;REVB=-0.0157886;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.614753;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0254691;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:19:17:17:0.472222:7:10:7:10:7:10:7:12 chr3 119305379 . T A 546.65 PASS AF=0.54;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0163147;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.744;QD=21.8658;RBI=0.023303;REFB=-0.0201691;REVB=-0.0166391;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094846;STB=0.555535;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0152947;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:46:46:53:54:0.54:24:29:20:26:24:30:20:26 chr3 119327653 . T C 1803.41 PASS AF=0.975806;AO=120;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0096091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.228;QD=58.1744;RBI=0.0547808;REFB=-0.143591;REVB=0.0539315;RO=3;SAF=77;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154498;STB=0.500792;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000588791;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:124:3:3:120:121:0.975806:43:77:1:2:44:77:2:1 chr3 119328329 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000716493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.426;QD=12.6193;RBI=0.0100216;REFB=-0.00826684;REVB=0.00999594;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016436;STB=0.509452;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0105899;OID=.;OPOS=119328329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:18:20:13:11:18:20 chr3 119331874 . C T 881.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.093;QD=57.7943;RBI=0.00517064;REFB=0;REVB=-0.00461639;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2911e-06;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr3 119331892 . C G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.208;QD=58.2391;RBI=0.106917;REFB=0;REVB=-0.099841;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107258;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr3 119338956 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.627;QD=59.8288;RBI=0.0130669;REFB=0;REVB=0.00597457;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12798e-05;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr3 119361415 . A G 339.12 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0525331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.206;QD=17.8486;RBI=0.0857967;REFB=-0.00816456;REVB=-0.0678332;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131588;STB=0.578905;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00542559;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:18:18:14:25:18:18:14:26 chr3 119367390 . T C 770.13 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200271;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.169;QD=64.1773;RBI=0.037201;REFB=0;REVB=0.0371471;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128903;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr3 119378872 . G A 1088.5 PASS AF=0.542105;AO=103;DP=190;FAO=103;FDP=190;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0157395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9658;QD=22.9159;RBI=0.0159229;REFB=-0.00167271;REVB=0.00240953;RO=86;SAF=38;SAR=65;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640294;STB=0.53278;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00153319;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:86:87:103:103:0.542105:65:38:38:48:65:38:38:49 chr3 119379186 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000628741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2535;QD=15.166;RBI=0.0197642;REFB=0.00321758;REVB=0.0197542;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17989;STB=0.603639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00292593;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:13:7:8:7:13:7 chr3 119395662 . C G 622.52 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00796055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9614;QD=21.466;RBI=0.0122947;REFB=-0.0162877;REVB=0.00936962;RO=54;SAF=44;SAR=18;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210939;STB=0.616282;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0113151;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:18:44:26:28:18:44:26:28 chr3 119395799 . A C 523.35 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.027563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.114;QD=20.3241;RBI=0.0284046;REFB=-0.00872013;REVB=0.006863;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813887;STB=0.504853;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00800744;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:48:49:53:54:0.524272:27:26:24:24:27:27:24:25 chr3 119421963 . C T 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0112697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.207;QD=21.1684;RBI=0.0489766;REFB=-0.013797;REVB=0.0476624;RO=42;SAF=16;SAR=29;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270817;STB=0.649628;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0136647;OID=.;OPOS=119421963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:29:16:28:14:29:16:28:14 chr3 119422106 . C A 115.18 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0193758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5429;QD=10.9698;RBI=0.0232368;REFB=-0.0155334;REVB=-0.0128267;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249201;STB=0.629435;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0282648;OID=.;OPOS=119422106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:28:14:14:0.333333:10:4:13:13:10:4:13:15 chr3 119426307 . T C 62.52 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0420472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.083;QD=8.62297;RBI=0.0555568;REFB=-0.0198656;REVB=0.0363125;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0472249;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:29:20:20:8:9:0.310345:4:4:9:11:5:4:9:11 chr3 119434527 . G C 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.324;QD=64.2848;RBI=0.0165963;REFB=0;REVB=0.00505566;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52522e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr3 119528940 . GC CG 30.91 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=121;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.0431243;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=2;MLLD=55.3109;QD=1.01333;RBI=0.0817438;REFB=-0.000490519;REVB=-0.0694431;RO=103;SAF=1;SAR=10;SRF=70;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620975;STB=0.932308;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.0129741;OID=.;OPOS=119528940;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:121:122:103:111:11:11:0.0901639:10:1:70:33:10:1:70:41 chr3 119531621 . G A 436.63 PASS AF=0.4375;AO=47;DP=110;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00438004;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.602;QD=15.5938;RBI=0.00772321;REFB=-0.00846897;REVB=0.00636107;RO=63;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10708;STB=0.568956;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0116988;OID=.;OPOS=119531621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:63:63:47:49:0.4375:28:19:32:31:30:19:32:31 chr3 119533910 . T C 1232.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194876;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1077;QD=61.6015;RBI=0.0271726;REFB=0;REVB=0.0189364;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288374;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr3 119886548 . G C 518.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.972;QD=59.2005;RBI=0.0531056;REFB=0;REVB=0.047062;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173174;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:18:15:0:0:20:15:0:0 chr3 119886776 . T A 1557.14 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.158;QD=59.8901;RBI=0.0293635;REFB=0;REVB=0.0251032;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07732e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chr3 120389316 . T A 385.17 PASS AF=0.41;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0258014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.429;QD=15.4069;RBI=0.0305903;REFB=-0.0252446;REVB=-0.0164333;RO=56;SAF=27;SAR=14;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151066;STB=0.582692;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0342586;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:56:59:41:41:0.41:14:27:29:27:14:27:31:28 chr3 120924762 . TTC T,TT,TTT 1641.94 PASS AF=0,0.00909091,0.990909;AO=21,42,61;DP=124;FAO=0,1,109;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,74;FSAR=0,1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135223,0.0154291,0.0167103;FXX=0.0598239;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=207.438,211.333,211.382;QD=59.7069;RBI=0.133283,0.132984,0.131042;REFB=0,0,0;REVB=0.132596,0.132086,0.129972;RO=0;SAF=5,31,46;SAR=16,11,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.78933e-08,3.72514e-08,-3.7396e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0446311,0.0987633,4.38764e-05;OID=.,.,.;OPOS=120924763,120924764,120924764;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.00909091,0.990909:21,42,61:124:0,1,109:110:0:0,0,74:0,1,35:0:0:28:0:5,31,46:16,11,15:0:0 chr3 121043357 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.15;QD=56.7066;RBI=0.00834775;REFB=0;REVB=0.00568451;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42091e-06;OID=.;OPOS=121043357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 121137976 . C T 859.75 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.267;QD=54.5874;RBI=0.022434;REFB=-0.124238;REVB=0.0133404;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348075;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0010412;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:1:1:34:27:1:1 chr3 121138015 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.652;QD=62.0206;RBI=0.0262096;REFB=0;REVB=0.00565943;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201914;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr3 121154974 . T C 1643.13 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.673;QD=59.2118;RBI=0.0291074;REFB=0.00729961;REVB=-0.0114263;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939993;STB=0.50495;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=3.32592e-05;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:50:60:0:1:50:60:0:1 chr3 121208833 . G C 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.553;QD=55.0806;RBI=0.00607234;REFB=0;REVB=0.00422098;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22483e-06;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr3 121238749 . G A 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9011;QD=64.1474;RBI=0.048086;REFB=0;REVB=-0.0480819;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275746;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr3 121263720 . C A 1414.29 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=95;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270502;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2141;QD=62.1666;RBI=0.0455713;REFB=-0.150751;REVB=0.0366747;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00111544;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:91:0:1:89:90:0.989011:47:42:0:0:47:43:0:1 chr3 121350966 . C G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.634;QD=51.9128;RBI=0.0731674;REFB=0;REVB=0.0561579;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157226;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr3 121353254 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.481;QD=42.1826;RBI=0.0356124;REFB=0;REVB=0.00875616;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316265;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 121354583 . G A 229.28 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00293029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.501;QD=14.1098;RBI=0.0158629;REFB=-0.0228899;REVB=0.0155899;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265774;STB=0.51514;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0279222;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:15:23:17:10:15:23 chr3 121361787 . G A 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00760159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5667;QD=27.389;RBI=0.0196937;REFB=-0.0340014;REVB=-0.0181675;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290777;STB=0.516113;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.026226;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:6:5:10:10:6:5 chr3 121372875 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5106;QD=55.0985;RBI=0.0227155;REFB=0;REVB=-0.016902;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53782e-05;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr3 121373058 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0259249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9146;QD=21.7438;RBI=0.0273206;REFB=-0.00919596;REVB=0.00862078;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799786;STB=0.545391;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00858639;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:3:12:8:3:3:12:8:3 chr3 121373111 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.838;QD=50.4135;RBI=0.0379783;REFB=0;REVB=0.0210574;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226601;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 121374361 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00992283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.417;QD=10.715;RBI=0.0294265;REFB=0.00648953;REVB=0.027703;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583684;STB=0.534834;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0140777;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:13:16:7:7:13:16 chr3 121414061 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00269632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.174;QD=19.1479;RBI=0.00707893;REFB=-0.0195105;REVB=0.00654532;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187701;STB=0.611049;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0228773;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:22:14:21:14:22:14:22:14 chr3 121415720 . T C 378.77 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00853409;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.422;QD=16.291;RBI=0.0106485;REFB=-0.0180949;REVB=0.00636868;RO=53;SAF=30;SAR=10;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27239;STB=0.654463;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0244987;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:53:40:40:0.430108:10:30:27:26:10:30:27:26 chr3 121416623 . G C 217.66 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0222009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.665;QD=13.6034;RBI=0.0442242;REFB=-0.0201526;REVB=-0.0382479;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1841;STB=0.604347;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0371513;OID=.;OPOS=121416623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:27:11:12:14:27:11 chr3 121435621 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5473;QD=42.1821;RBI=0.0696651;REFB=0;REVB=0.0342531;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139136;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr3 121435624 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.523;QD=42.1826;RBI=0.0492966;REFB=0;REVB=-0.038066;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55385e-05;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr3 121563355 . T C 544.72 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0326406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3792;QD=18.6229;RBI=0.0342712;REFB=0.00127055;REVB=0.0104456;RO=57;SAF=36;SAR=21;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668033;STB=0.535092;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000831341;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:60:57:57:0.487179:21:36:32:25:21:36:34:26 chr3 121712051 . A C 221.03 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0103405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5199;QD=18.0434;RBI=0.0160899;REFB=0.00865889;REVB=-0.0123271;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386939;STB=0.722987;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0102689;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:4:18:13:14:4:18:13:14 chr3 121825197 . G A 2335.4 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012771;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.396;QD=63.9836;RBI=0.03458;REFB=0;REVB=-0.0321353;RO=0;SAF=79;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113008;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:67:79:0:0:67:79:0:0 chr3 121836966 . TGA T 574.66 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205195;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.82;QD=58.9389;RBI=0.0403532;REFB=0;REVB=0.0347467;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.02412e-05;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:40:39:39:0:20:19:0:0:4:0:18:15:0:0 chr3 121838319 . G A 435.04 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00102424;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.416;QD=16.7321;RBI=0.00229792;REFB=-0.00626178;REVB=-0.00205703;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164134;STB=0.588994;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00622086;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:56:47:48:0.461538:22:25:19:34:22:26:21:35 chr3 122002576 . A G 490.97 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0112283;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.981;QD=21.8207;RBI=0.0138904;REFB=-0.0105737;REVB=0.00817734;RO=43;SAF=30;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173985;STB=0.596177;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0121567;OID=.;OPOS=122002576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:43:43:47:47:0.522222:17:30:19:24:17:30:19:24 chr3 122003045 . G C 2002.57 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.357;QD=62.0953;RBI=0.0378754;REFB=0;REVB=0.0263769;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94063e-05;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:123:129:1:61:62:0:0:63:66:0:0 chr3 122003769 . A G 219.76 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0166318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.101;QD=17.5807;RBI=0.0166691;REFB=-0.0141222;REVB=-0.00111418;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156575;STB=0.594962;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0209603;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:14:8:6:21:14:8:6:22 chr3 122003832 . G C 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.03;QD=56.995;RBI=0.010729;REFB=0;REVB=-0.00661441;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88081e-06;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 122133830 . T G 148.74 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00786957;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.77;QD=16.5266;RBI=0.0357724;REFB=-0.0291977;REVB=-0.034896;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.598467;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0266138;OID=.;OPOS=122133830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:9:11:6:10:9:11 chr3 122145324 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0259224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.305;QD=17.3781;RBI=0.0260401;REFB=-0.0168515;REVB=0.00247241;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0171092;OID=.;OPOS=122145324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr3 122186188 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4956;QD=57.176;RBI=0.0507823;REFB=0;REVB=0.0258711;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147386;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr3 122259606 . T C 1743.37 PASS AF=0.95935;AO=118;DP=124;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.032595;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.991;QD=56.6949;RBI=0.0579241;REFB=-0.189654;REVB=0.0478828;RO=1;SAF=63;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747975;STB=0.513608;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00299316;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:124:123:1:5:118:118:0.95935:55:63:1:0:55:63:1:4 chr3 122274757 . G C 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00835146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.622;QD=17.499;RBI=0.00949161;REFB=-0.0170536;REVB=0.00451041;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759229;STB=0.54274;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0248149;OID=.;OPOS=122274757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:15:13:10:16:15:13 chr3 122288210 . G A 572.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8143;QD=58.6941;RBI=0.0653512;REFB=0;REVB=-0.0616091;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399392;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:24:12:0:0:26:13:0:0 chr3 122296638 . G A 4551.52 PASS AF=1;AO=286;DP=288;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473001;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.437;QD=63.6577;RBI=0.0523432;REFB=0;REVB=0.0224167;RO=0;SAF=125;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4515e-05;OID=.;OPOS=122296638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:286:0:0:286:286:1:161:125:0:0:161:125:0:0 chr3 122354037 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.748;QD=41.8682;RBI=0.02707;REFB=0.0394084;REVB=-0.024065;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000403052;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chr3 122354792 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.884;QD=60.7137;RBI=0.0195902;REFB=0;REVB=-0.0023164;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33121e-05;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr3 122437321 . T C 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.707;QD=58.0558;RBI=0.0312693;REFB=0;REVB=0.0265051;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239637;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr3 122645493 . C T 104.62 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0372823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6062;QD=10.7306;RBI=0.0583522;REFB=-0.00350351;REVB=0.0448889;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.551921;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00694231;OID=.;OPOS=122645493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:15:10:6:7:16:10 chr3 122680141 . A G 839.95 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122097;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.995;QD=55.9966;RBI=0.0148298;REFB=-0.0340201;REVB=0.00841702;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-5.26147e-05;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr3 122694930 . C T 192.11 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0213699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3502;QD=10.9777;RBI=0.045787;REFB=-0.0396768;REVB=0.0404941;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894001;STB=0.551683;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0491457;OID=.;OPOS=122694930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:18:27:13:12:18:27 chr3 122843110 . G T 634.03 PASS AF=0.507937;AO=62;DP=123;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00827632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.244;QD=20.128;RBI=0.0182812;REFB=-0.0111869;REVB=0.0163005;RO=60;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737723;STB=0.531736;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0154488;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:60:62:62:64:0.507937:32:30:34:26:32:32:35:27 chr3 122864436 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.698;QD=58.5999;RBI=0.0174793;REFB=0;REVB=-0.0026605;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41572e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr3 122869147 . G C 226.71 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00739288;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.4069;QD=28.3388;RBI=0.0437336;REFB=-0.0842716;REVB=-0.0431042;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447397;STB=0.538885;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00861413;OID=.;OPOS=122869147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:32:10:11:21:21:0.65625:11:10:4:6:11:10:4:7 chr3 122880191 . T C 533.12 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0436342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.447;QD=23.1789;RBI=0.0440247;REFB=-0.0177226;REVB=0.00585062;RO=41;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159609;STB=0.515092;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0198158;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:29:21:18:23:29:21:19:23 chr3 122991021 . A T 1467.55 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.491;QD=63.1204;RBI=0.024182;REFB=0;REVB=-0.0109953;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70654e-05;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:1:0:91:93:1:45:46:1:0:45:48:0:0 chr3 122991038 . C T 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.792;QD=63.4742;RBI=0.0422639;REFB=0;REVB=0.0334539;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99539e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr3 123331775 . TA T,TT 254.54 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=14,6;DP=21;FAO=15,6;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176764,0.0424467;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.3941,18.4052;QD=48.4833;RBI=0.0282472,0.0456817;REFB=0,0;REVB=-0.022033,-0.0168848;RO=0;SAF=6,1;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0205652,0.00907938;OID=.,.;OPOS=123331776,123331776;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:14,6:21:15,6:21:0:7,1:8,5:0:0:34:0:6,1:8,5:0:0 chr3 123357037 . A G 1350.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.452;QD=62.1053;RBI=0.0263468;REFB=0;REVB=0.00441612;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54601e-05;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:49:36:0:0:49:38:0:0 chr3 123368013 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.913;QD=47.8191;RBI=0.0373965;REFB=0;REVB=0.0212114;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814175;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr3 123385126 . C G 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00420904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2605;QD=9.73945;RBI=0.00464258;REFB=-0.0120931;REVB=0.00195896;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303174;STB=0.517841;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0170859;OID=.;OPOS=123385126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:13:9:20:26:13:9:20:26 chr3 123418913 . G A 725.2 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.45;QD=54.7323;RBI=0.0130159;REFB=-0.137321;REVB=0.0038191;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229661;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000640864;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:20:32:0:1:20:32:0:1 chr3 123451773 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.207;QD=63.0524;RBI=0.0337721;REFB=0;REVB=0.0238962;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41348e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr3 123452838 . G A 1254.37 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209819;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.822;QD=58.3427;RBI=0.0267666;REFB=-0.099492;REVB=0.0166196;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210376;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000297891;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:86:2:2:82:84:0.976744:38:44:2:0:39:45:2:0 chr3 123457893 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.773;QD=56.7015;RBI=0.0301146;REFB=0;REVB=0.0213892;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938323;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr3 123634046 . G A 1589.75 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.676;QD=59.9907;RBI=0.0278905;REFB=0;REVB=0.0201158;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55718e-06;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr3 123946895 . G A 395.05 PASS AF=0.394958;AO=42;DP=113;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0406289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8062;QD=13.2789;RBI=0.0550842;REFB=-0.0203555;REVB=0.0371963;RO=71;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102225;STB=0.580599;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0318886;OID=.;OPOS=123946895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:71:72:42:47:0.394958:18:24:34:37:18:29:35:37 chr3 123988039 . T C 1354.29 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.545;QD=61.5584;RBI=0.0271968;REFB=0;REVB=0.0167053;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223052;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:41:46:1:0:41:47:0:0 chr3 124044949 . C T 1970.13 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.557;QD=61.5666;RBI=0.0744291;REFB=0;REVB=0.0178558;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817373;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:128:0:0:119:128:1:65:54:0:0:65:63:0:0 chr3 124196094 . A T 332.25 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00453934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.203;QD=16.2073;RBI=0.0103556;REFB=-0.0241971;REVB=0.00930769;RO=45;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109634;STB=0.56753;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0165995;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:16:20:20:25:16:20:20:26 chr3 124351316 . G A 1197.89 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00744245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.049;QD=56.3713;RBI=0.019741;REFB=-0.0556708;REVB=0.0182844;RO=4;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429841;STB=0.522722;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00445583;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:4:4:81:81:0.952941:42:39:0:4:42:39:0:4 chr3 124351424 . T C 1384.69 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205416;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.632;QD=61.5417;RBI=0.0278852;REFB=-0.0614711;REVB=0.018858;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000407173;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:46:43:0:1:46:43:0:1 chr3 124376653 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.216;QD=57.0003;RBI=0.00806738;REFB=0;REVB=0.00328951;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64682e-05;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr3 124379748 . G C 1624.51 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.353;QD=60.167;RBI=0.0250913;REFB=0;REVB=0.0224731;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80809e-05;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:49:59:0:0 chr3 124379817 . T C 2231.08 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0218202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1659;QD=61.1255;RBI=0.0665223;REFB=-0.066248;REVB=0.0628418;RO=2;SAF=66;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000934452;STB=0.50279;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00487156;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:146:2:3:142:143:0.979452:76:66:1:1:76:67:1:2 chr3 124412634 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.223;QD=56.9383;RBI=0.0234751;REFB=0;REVB=0.0207483;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96512e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr3 124439127 . T A 186.96 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0323626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3808;QD=14.6637;RBI=0.0400881;REFB=-0.013472;REVB=-0.0236582;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0187137;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:18:12:9:12:18:12 chr3 124451284 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=4.385e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.438;QD=18.1541;RBI=0.0216898;REFB=-0.00497909;REVB=0.0216898;RO=25;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260531;STB=0.650113;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0042114;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:4:17:15:10:4:17:15:10 chr3 124458938 . T A 432.01 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0110129;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.398;QD=20.0935;RBI=0.011092;REFB=-0.0206701;REVB=0.00132275;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630456;STB=0.534943;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0187615;OID=.;OPOS=124458938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:43:43:43:0.5:22:21:18:25:22:21:18:25 chr3 124462824 . A G 575.29 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00413924;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.04;QD=20.7312;RBI=0.0200274;REFB=-0.0158961;REVB=-0.019595;RO=53;SAF=35;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116112;STB=0.563959;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0181531;OID=.;OPOS=124462824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:23:35:25:28:23:35:25:28 chr3 124515308 . A G 196.52 PASS AF=0.421053;AO=20;DP=63;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00703337;FXX=0.095223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.626;QD=13.7907;RBI=0.0183823;REFB=-0.026153;REVB=0.0169835;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094944;STB=0.531889;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.036573;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:57:33:33:20:24:0.421053:11:9:12:21:14:10:12:21 chr3 124515498 . T C 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00581754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.308;QD=10.1399;RBI=0.0261773;REFB=-0.00923308;REVB=0.0255227;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124171;STB=0.574513;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0176255;OID=.;OPOS=124515498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:12:16:6:7:12:16 chr3 124515646 . A C 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0274412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.384;QD=15.9134;RBI=0.0291248;REFB=-0.017659;REVB=-0.00975875;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164464;STB=0.592752;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0404851;OID=.;OPOS=124515646;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:16:21:12:18:16:21 chr3 124646594 . A G 636.49 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0105631;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.361;QD=27.6736;RBI=0.0123058;REFB=0.0130961;REVB=0.00631299;RO=35;SAF=28;SAR=28;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707137;STB=0.543463;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00681384;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:35:36:56:56:0.608696:28:28:21:14:28:28:22:14 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 1241.3 PASS AF=1,0;AO=51,14;DP=92;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003934,-0.00649924;FXX=0.111099;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=228.062,210.621;QD=62.0649;RBI=0.0658058,0.0658809;REFB=0,0;REVB=0.0656881,0.0655595;RO=13;SAF=20,0;SAR=31,14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0969798,-0.790645;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000343066,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:51,14:92:80,0:80:0:23,0:57,0:0:0:6:13:20,0:31,14:2:11 chr3 124728626 . A G 1544.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7137;QD=63.6726;RBI=0.0207674;REFB=0;REVB=0.0151453;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114697;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr3 124731485 . C G 1008.03 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.55;QD=59.2958;RBI=0.0374898;REFB=0;REVB=0.0317099;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146268;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:27:41:0:0 chr3 124731689 . T A 842.56 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=143;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00646259;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.817;QD=23.7342;RBI=0.0118587;REFB=-0.00685304;REVB=-0.00994297;RO=64;SAF=39;SAR=39;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515484;STB=0.528162;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00671768;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:64:64:78:78:0.549296:39:39:28:36:39:39:28:36 chr3 124732618 . A G 130.27 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0118326;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.264;QD=13.7126;RBI=0.0132979;REFB=-0.0111815;REVB=0.00606824;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.624835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0226083;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:14:9:9:6:14:9 chr3 124733649 . T G 1918.82 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.86;QD=61.4024;RBI=0.0288246;REFB=0;REVB=0.0225922;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234175;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:125:0:0:119:125:1:56:63:0:0:59:66:0:0 chr3 124738107 . C T 411.31 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.013617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.074;QD=21.0926;RBI=0.0230592;REFB=0.00621284;REVB=-0.0186092;RO=37;SAF=27;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595966;STB=0.532999;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00494885;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:14:27:22:15:14:27:22:15 chr3 124739892 . G A 674.08 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.000635973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.951;QD=18.7244;RBI=0.00888167;REFB=-0.00968141;REVB=0.00885887;RO=76;SAF=24;SAR=44;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561655;STB=0.531158;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0111332;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:76:68:68:0.472222:44:24:31:45:44:24:31:45 chr3 124746049 . A G 201.87 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0102136;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.487;QD=16.1494;RBI=0.0186388;REFB=0.000939833;REVB=-0.0155913;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125275;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00152243;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:13:9:15:13:13:9:15:13 chr3 124746182 . C A 303.89 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00241185;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.213;QD=12.2784;RBI=0.00374675;REFB=-0.018966;REVB=-0.00286725;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093336;STB=0.552853;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0316799;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:61:63:36:36:0.363636:19:17:34:27:19:17:35:28 chr3 124746347 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.006;QD=58.6002;RBI=0.0325144;REFB=0;REVB=0.0150722;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3492e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr3 124748226 . G A 324.91 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00799107;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.722;QD=16.6623;RBI=0.00827746;REFB=0.00223858;REVB=-0.00215847;RO=39;SAF=8;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128085;STB=0.570015;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00489077;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:43:35:35:0.448718:27:8:13:26:27:8:14:29 chr3 124802881 . A G 703.76 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262555;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.144;QD=62.5565;RBI=0.0570693;REFB=0;REVB=0.0506711;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607397;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:36:45:1:13:23:0:0:16:29:0:0 chr3 124802888 . C T 669.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.911;QD=62.2968;RBI=0.0142652;REFB=0;REVB=0.00736607;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73378e-06;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr3 124837684 . T C 1295.81 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.042;QD=61.7051;RBI=0.027837;REFB=0;REVB=0.0214885;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65225e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr3 124839470 . G A 1567.32 PASS AF=0.948276;AO=108;DP=118;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0193088;FXX=0.0333306;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.105;QD=54.0456;RBI=0.0272786;REFB=-0.0680758;REVB=0.019269;RO=6;SAF=61;SAR=47;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103464;STB=0.505423;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000289182;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:118:116:6:6:108:110:0.948276:47:61:4:2:48:62:4:2 chr3 124946370 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0070394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.48;QD=13.6609;RBI=0.0109767;REFB=-0.00676323;REVB=-0.00842223;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266846;STB=0.65565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00996769;OID=.;OPOS=124946370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:8:13:5:9:8:13 chr3 124951184 . T A 38.25 PASS AF=0.127273;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00784258;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=136.395;QD=2.78197;RBI=0.0104752;REFB=-0.0017237;REVB=-0.00694431;RO=41;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437768;STB=0.821861;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0657607;OID=.;OPOS=124951184;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:55:41:48:6:7:0.127273:1:5:19:22:1:6:25:23 chr3 124951821 . C T 155.4 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0116093;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.886;QD=20.0513;RBI=0.0124133;REFB=-0.0177242;REVB=0.00439477;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256161;STB=0.639826;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0144017;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:15:14:16:0.516129:6:8:3:9:6:10:5:10 chr3 125235852 . A ATTTAT 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00337566;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=276.426;QD=11.3237;RBI=0.0103757;REFB=-0.00856515;REVB=0.00981124;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634454;STB=0.561904;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.0130763;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359375:23:68:23:64:41:15:8:23:18:99:45:15:8:27:18 chr3 125266387 . G A 271.91 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00841803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9338;QD=20.9165;RBI=0.0265904;REFB=-0.00844331;REVB=-0.0252227;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208478;STB=0.615307;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00508795;OID=.;OPOS=125266387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:6:18:14:14:6:18 chr3 125653291 . A G 193.47 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00384275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.365;QD=32.2448;RBI=0.00907019;REFB=-7.63864e-05;REVB=-0.00821594;RO=6;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270647;STB=0.649825;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000150231;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:13:5:5:1:13:5:5:1 chr3 125692141 . G A 1495.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.097;QD=62.3197;RBI=0.0405295;REFB=-0.0258118;REVB=0.0302502;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000332952;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:0:1:46:49:0:1 chr3 125692148 . G A 588.08 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0150466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1918;QD=23.7609;RBI=0.0152086;REFB=-0.0210534;REVB=0.00221413;RO=45;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613774;STB=0.50337;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0157695;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:26:28:23:22:26:28:23:22 chr3 125725268 . TAACAAACAAA TAACAAA,TAACAAAAAGG 163.22 PASS AF=0.391304,0;AO=16,4;DP=55;FAO=18,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0132521,-0.012638;FXX=0.09802;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=213.908,141.069;QD=14.1931;RBI=0.0370164,0.0354964;REFB=-0.00602587,0.00622468;REVB=0.0345629,-0.0331704;RO=22;SAF=11,0;SAR=5,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241692,-0.624481;STB=0.626722,0.5;STBP=0.189,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00598549,0;OID=.,.;OPOS=125725269,125725275;OREF=AACA,CAAA;OALT=-,AAGG;OMAPALT=TAACAAA,TAACAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0:16,4:55:18,0:46:28:12,0:6,0:13:15:99:22:11,0:5,4:10:12 chr3 125726048 . G C 788.18 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.545;QD=63.0543;RBI=0.047029;REFB=0;REVB=0.020237;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293331;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:44:50:1:32:12:0:0:32:18:0:0 chr3 125775227 . CT C,CC 731.81 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=21,31;DP=52;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551213,-0.00966301;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.6571,121.099;QD=56.2934;RBI=0.11915,0.155992;REFB=0,0;REVB=0.119022,0.155692;RO=0;SAF=0,30;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0372172,0.00526479;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0576923,0.942308:21,31:52:3,49:52:0:0,30:3,19:0:0:8:0:0,30:21,1:0:0 chr3 125775321 . G C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00140944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.741;QD=15.6538;RBI=0.0140009;REFB=-0.00728366;REVB=-0.0139298;RO=32;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275694;STB=0.656933;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0121309;OID=.;OPOS=125775321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:7:19:15:17:7:19:15:17 chr3 125786852 . C T 73.12 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0225942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.862;QD=8.60209;RBI=0.0250139;REFB=-0.0179905;REVB=-0.0107331;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288731;STB=0.624724;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.037022;OID=.;OPOS=125786852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:19:24:10:10:0.294118:8:2:8:11:8:2:8:16 chr3 125786879 . T C 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3312;QD=62.651;RBI=0.0328096;REFB=0;REVB=0.00437742;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338809;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr3 125826059 . T C 574.62 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0417722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4332;QD=23.6956;RBI=0.0421863;REFB=-0.00912786;REVB=0.00589638;RO=44;SAF=32;SAR=21;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685352;STB=0.537558;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00524817;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:21:32:30:14:21:32:30:14 chr3 125854311 . TC T 162.99 PASS AF=0.586667;AO=42;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.10588;FXX=0.0131562;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.41397;QD=8.69252;RBI=0.205306;REFB=-0.0439591;REVB=0.175897;RO=28;SAF=18;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537781;STB=0.569276;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.0736653;OID=.;OPOS=125854312;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586667:42:76:44:75:31:20:24:9:22:70:28:18:24:10:18 chr3 125854409 . T C 299.29 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.011114;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.12;QD=23.0221;RBI=0.0115848;REFB=-0.0279974;REVB=-0.00326922;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603097;STB=0.533311;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0230468;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:12:10:16:14:12:10 chr3 125856695 . C A 384.52 PASS AF=0.427184;AO=42;DP=101;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0602819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8882;QD=14.9326;RBI=0.0643661;REFB=-0.0272994;REVB=0.0225631;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204151;STB=0.595551;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0337721;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:56:59:42:44:0.427184:25:17:34:22:26:18:34:25 chr3 125865766 . C A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0177833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.382;QD=20.3167;RBI=0.0178576;REFB=-0.0111344;REVB=0.00162735;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173386;STB=0.509794;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0122575;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:6:13:12:6:6:13:12:6 chr3 126169230 . C T 1419.76 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0275853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=56.2282;RBI=0.0290059;REFB=-0.142585;REVB=0.00896629;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.51648;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000931428;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:0:3:98:98:0.970297:44:54:0:0:44:54:0:3 chr3 126169472 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.728;QD=43.4861;RBI=0.0612005;REFB=0;REVB=0.00413822;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513774;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr3 126194076 . T C 861.78 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.223;QD=57.4517;RBI=0.0279835;REFB=0;REVB=0.0246304;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68646e-05;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr3 126202257 . G A 5730.33 PASS AF=0.989218;AO=367;DP=373;FAO=367;FDP=371;FR=.;FRO=4;FSAF=190;FSAR=177;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0249214;FXX=0.00802118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.336;QD=61.7826;RBI=0.0309492;REFB=-0.0613171;REVB=0.0183516;RO=3;SAF=190;SAR=177;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023078;STB=0.502508;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000435603;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:373:371:3:4:367:367:0.989218:177:190:2:1:177:190:3:1 chr3 126218167 . G A 447.27 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0109752;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.939;QD=16.5657;RBI=0.0248305;REFB=-0.00928255;REVB=-0.0222733;RO=58;SAF=27;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518258;STB=0.532859;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00716602;OID=.;OPOS=126218167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:58:59:49:49:0.453704:22:27:35:23:22:27:36:23 chr3 126260608 . G T 837.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320433;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.87;QD=57.7505;RBI=0.0718663;REFB=0;REVB=0.0643272;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702314;OID=.;OPOS=126260608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr3 126268918 . G A 754.33 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.344;QD=56.9303;RBI=0.0653254;REFB=0;REVB=0.0469238;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115985;OID=.;OPOS=126268918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:30:21:0:0:32:21:0:0 chr3 126329910 . A G 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0264714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.64;QD=21.5102;RBI=0.0267313;REFB=-0.00630696;REVB=-0.00371861;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127072;STB=0.571361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00686613;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:11:8:12:9:11:8 chr3 126451937 . G T 233.33 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0246232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.67;QD=12.7851;RBI=0.0260997;REFB=-0.0183591;REVB=0.008654;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112771;STB=0.56466;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0295246;OID=.;OPOS=126451937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:21:24:12:16:21:24 chr3 126708453 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.468;QD=59.0181;RBI=0.018604;REFB=0;REVB=0.00915021;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76953e-05;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 126708459 . C T 240.92 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0299684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.468;QD=28.3434;RBI=0.0621518;REFB=-0.0217119;REVB=0.0544494;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945353;STB=0.558771;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.010908;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:10:11:8:4:11:11:8:4 chr3 126722304 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0123676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.62;QD=16.1562;RBI=0.0157034;REFB=-0.00213771;REVB=0.00967669;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643182;STB=0.536206;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00287063;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:11:21:16:11:11:21 chr3 126723549 . C T 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00663504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.726;QD=21.9526;RBI=0.00979946;REFB=-0.0124025;REVB=-0.00721149;RO=25;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144143;STB=0.580023;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0108529;OID=.;OPOS=126723549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:9:23:14:11:9:23:14:11 chr3 126726705 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0321715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.953;QD=12.7821;RBI=0.0353255;REFB=-0.0177555;REVB=-0.0145907;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396837;STB=0.733421;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0365911;OID=.;OPOS=126726705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:10:4:7:3:10:4 chr3 126735453 . C T 395.2 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.031211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.295;QD=22.91;RBI=0.0325855;REFB=-0.0286963;REVB=-0.00936414;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829424;STB=0.545634;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0185494;OID=.;OPOS=126735453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:21:18:17:13:21:18:17:13 chr3 126737268 . C A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0487761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.9;QD=19.2747;RBI=0.0589895;REFB=-0.016418;REVB=-0.0331761;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858497;STB=0.548405;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0226643;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:17:9:10:13:17:9 chr3 126741011 . G A 556.1 PASS AF=0.64557;AO=49;DP=78;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0148094;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.698;QD=28.157;RBI=0.0669073;REFB=-0.0127225;REVB=0.0652477;RO=27;SAF=19;SAR=30;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112226;STB=0.552142;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0140008;OID=.;OPOS=126741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:27:28:49:51:0.64557:30:19:15:12:31:20:15:13 chr3 126741674 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0244272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.015;QD=14.1953;RBI=0.0247892;REFB=-0.0265248;REVB=-0.0042211;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.561963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0404134;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:14:8:7:8:14:8 chr3 126746690 . A G 263.55 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.010251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.645;QD=21.5145;RBI=0.0104786;REFB=-0.00506879;REVB=0.00217213;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237824;STB=0.639314;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00688301;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:7:17:11:13:7:18:11:13 chr3 126746731 . T G 116.49 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00485365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3889;QD=14.1199;RBI=0.00855751;REFB=-0.0402764;REVB=-0.00704791;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376485;STB=0.676646;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00972677;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:19:13:14:0.424242:2:11:8:7:3:11:10:9 chr3 126754711 . G A 644.31 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0361318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.789;QD=26.8463;RBI=0.0606649;REFB=-0.0227913;REVB=0.0487312;RO=39;SAF=34;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549903;STB=0.529944;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0163185;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:23:34:26:13:23:34:26:13 chr3 126916371 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2873;QD=48.7332;RBI=0.0804792;REFB=0;REVB=0.00449993;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300781;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr3 126916432 . CT C,CTTTC 167.45 PASS AF=0.266667,0.733333;AO=3,10;DP=17;FAO=4,11;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513339,0.00356791;FXX=0.117578;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=15.4761,254.291;QD=44.654;RBI=0.0745854,0.00652283;REFB=0,0;REVB=0.0541092,0.00546052;RO=0;SAF=3,5;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0575765,-0.00561096;OID=.,.;OPOS=126916433,126916434;OREF=T,-;OALT=-,TTC;OMAPALT=C,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.733333:3,10:17:4,11:15:0:4,5:0,6:0:0:22:0:3,5:0,5:0:0 chr3 127317348 . G C 42.13 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.02246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.4754;QD=2.85643;RBI=0.0416331;REFB=-0.0697028;REVB=0.0350552;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457823;STB=0.817192;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.15261;OID=.;OPOS=127317348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:59:41:49:6:7:0.118644:5:1:23:18:6:1:23:26 chr3 127379795 . A G 691.97 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=23;FWDB=-0.0125891;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.904;QD=17.2992;RBI=0.0139769;REFB=-0.0289528;REVB=-0.00607184;RO=84;SAF=47;SAR=27;SRF=62;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110597;STB=0.558256;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.034127;OID=.;OPOS=127379795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:84:86:74:74:0.4625:27:47:62:22:27:47:63:23 chr3 127641968 . C A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.431;QD=56.1901;RBI=0.0239534;REFB=0;REVB=0.0235802;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108666;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr3 127642814 . G C 467.9 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00342567;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.676;QD=17.9961;RBI=0.00540882;REFB=-0.0211567;REVB=-0.00418569;RO=54;SAF=22;SAR=28;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175924;STB=0.597522;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.024563;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:54:50:50:0.480769:28:22:34:20:28:22:34:20 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 181.6 PASS AF=0.257143;AO=26;DP=116;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00261872;FXX=0.0186898;HRUN=0;LEN=7;MLLD=325.356;QD=6.91822;RBI=0.00361444;REFB=-0.0014887;REVB=-0.00249128;RO=88;SAF=8;SAR=18;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361967;STB=0.699568;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0039116;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:26:116:27:105:78:8:19:44:34:99:88:8:18:53:35 chr3 127682477 . AC GT 190.88 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0104222;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.489;QD=7.20307;RBI=0.0126804;REFB=-0.0056516;REVB=0.00722286;RO=75;SAF=9;SAR=16;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261194;STB=0.648867;STBP=0.087;TYPE=mnp;VARB=0.0131934;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:77:25:25:0.235849:16:9:43:32:16:9:43:34 chr3 127983495 . T C 784.38 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506657;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.515;QD=57.0458;RBI=0.0544625;REFB=0;REVB=0.0199786;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083507;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:43:55:1:14:29:0:0:14:41:0:0 chr3 128181537 . C T 335.83 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0111667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.8;QD=14.6013;RBI=0.0459202;REFB=-0.00750728;REVB=0.0445418;RO=55;SAF=13;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261953;STB=0.648568;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0144087;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:24:13:33:22:24:13:33:22 chr3 128182074 . G A 254.29 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.014511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.688;QD=15.6489;RBI=0.0175875;REFB=-0.0162726;REVB=0.00993735;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120979;STB=0.501638;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0111225;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:12:16:21:15:12:17:21:15 chr3 128182444 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0223665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.426;QD=18.6448;RBI=0.0258173;REFB=0.00925225;REVB=0.0128946;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427123;STB=0.745392;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00160772;OID=.;OPOS=128182444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:9:4:11:3:9:4 chr3 128205860 . G C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0449;QD=47.815;RBI=0.0667307;REFB=0;REVB=-0.028294;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126037;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr3 128292844 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=37.4885;RBI=0.0767216;REFB=0;REVB=-0.00386323;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141532;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr3 128580574 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.428;QD=63.8862;RBI=0.0464712;REFB=0;REVB=0.0349545;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118232;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr3 128580585 . C A 651.25 PASS AF=0.585859;AO=55;DP=98;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00477283;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.876;QD=26.3132;RBI=0.00488119;REFB=-0.0311553;REVB=0.00102278;RO=41;SAF=28;SAR=27;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927123;STB=0.538448;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0277554;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:41:41:55:58:0.585859:27:28:16:25:30:28:16:25 chr3 128580767 . T TG 141.58 PASS AF=0.4;AO=28;DP=95;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.155291;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.983;QD=6.66278;RBI=0.157283;REFB=0.0143906;REVB=-0.0249556;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539047;STB=0.529395;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=-0.0366534;OID=.;OPOS=128580768;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:28:95:34:85:51:17:17:23:28:99:59:12:16:28:31 chr3 128614185 . A C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9123;QD=60.6073;RBI=0.0562445;REFB=0;REVB=-0.0157926;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934084;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr3 128618283 . T C 294.13 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00770622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1365;QD=17.5597;RBI=0.0198479;REFB=0.00776432;REVB=0.0182908;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109195;STB=0.566967;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00247362;OID=.;OPOS=128618283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:31:32:0.477612:21:10:15:20:22:10:15:20 chr3 128627021 . A G 306.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.676;QD=53.2614;RBI=0.0550513;REFB=0;REVB=0.0548803;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299694;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr3 128627933 . C T 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0043267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.868;QD=29.0932;RBI=0.0177398;REFB=-0.0108453;REVB=-0.0172041;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175337;STB=0.581588;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00725645;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:11:13:3:9:11:13:4:9 chr3 128629137 . G C 275.35 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00549356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.452;QD=20.3962;RBI=0.0093244;REFB=-0.0117152;REVB=0.00753427;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528308;STB=0.529391;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0103183;OID=.;OPOS=128629137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:11:18:14:11:11:18:14:11 chr3 128651796 . G A 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0130673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.45;QD=22.4036;RBI=0.0138369;REFB=-0.0136208;REVB=-0.00455012;RO=27;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105465;STB=0.561005;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0106232;OID=.;OPOS=128651796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:29:37:37:0.560606:24:13:13:14:24:13:14:15 chr3 128664663 . CTC CC,CCC,CCG 466.26 PASS AF=0.449541,0,0.0366972;AO=12,36,5;DP=110;FAO=49,0,4;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=32,0,4;FSAR=17,0,0;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0375312,0.0316578,0.00715088;FXX=0.00909008;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=180.62,182.36,71.5011;QD=17.1106;RBI=0.0383076,0.0323043,0.0251006;REFB=-0.011176,-0.0105679,-0.0186441;REVB=0.00767317,0.00643027,0.0240604;RO=55;SAF=4,27,5;SAR=8,9,0;SRF=29;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.241989,0.265329,0.555553;STB=0.566227,0.5,0.99718;STBP=0.226,1,0.031;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0214004,-0.0222187,0.090564;OID=.,.,.;OPOS=128664664,128664664,128664664;OREF=T,T,TC;OALT=-,C,CG;OMAPALT=CC,CCC,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449541,0,0.0366972:12,36,5:110:49,0,4:109:56:32,0,4:17,0,0:30:26:99:55:4,27,5:8,9,0:29:26 chr3 128712083 . G C 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0583224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9309;QD=14.5542;RBI=0.0691443;REFB=0.0162998;REVB=0.0371408;RO=64;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650217;STB=0.536702;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0206179;OID=.;OPOS=128712083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:32:14:23:41:32:14:23:41 chr3 128780714 . G A 537.15 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.0257819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.073;QD=17.6115;RBI=0.0287009;REFB=-0.0166718;REVB=-0.0126109;RO=65;SAF=37;SAR=20;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801452;STB=0.544379;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0288705;OID=.;OPOS=128780714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:20:37:47:18:20:37:47:18 chr3 128840321 . C T 145.08 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0113192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.598;QD=18.135;RBI=0.0175337;REFB=-0.0111937;REVB=0.0133905;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378218;STB=0.735034;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00683331;OID=.;OPOS=128840321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:16:15:16:0.5:6:9:3:14:6:10:2:14 chr3 128890350 . G A 121.67 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00131691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.842;QD=25.6137;RBI=0.0307433;REFB=-0.0192126;REVB=0.030715;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510973;STB=0.540921;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00869908;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:6:6:12:13:0.684211:5:7:4:2:6:7:4:2 chr3 128973598 . C G 359.33 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0452113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5646;QD=14.972;RBI=0.0455759;REFB=-0.000876689;REVB=0.00575289;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238896;STB=0.508017;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00239752;OID=.;OPOS=128973598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:57:39:39:0.40625:19:20:30:26:19:20:30:27 chr3 128976396 . T C 182.06 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00552316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.541;QD=16.9355;RBI=0.0154449;REFB=0.00141605;REVB=-0.0144235;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687748;STB=0.503933;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00201987;OID=.;OPOS=128976396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:15:9:7:12:15:9 chr3 128979256 . C G 170.31 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0460189;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.71;QD=32.4407;RBI=0.046019;REFB=-0.0154732;REVB=7.4879e-05;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702821;STB=0.538873;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00643425;OID=.;OPOS=128979256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:2:3:7:9:2:3 chr3 128984583 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00236142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.485;QD=8.37027;RBI=0.00428432;REFB=0.000422679;REVB=-0.00357478;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.599815;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000926497;OID=.;OPOS=128984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:14:14:4:7:14:14 chr3 129034578 . G A 291.33 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0290899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4448;QD=16.8886;RBI=0.029643;REFB=-0.0105366;REVB=-0.00569959;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361337;STB=0.520304;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.013647;OID=.;OPOS=129034578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:21:11:14:23:21:11:14:23 chr3 129035021 . T C 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00496764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.647;QD=10.0155;RBI=0.00644595;REFB=-0.0133266;REVB=-0.00410766;RO=43;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267828;STB=0.666508;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0314343;OID=.;OPOS=129035021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:47:23:23:0.328571:5:18:25:18:5:18:27:20 chr3 129134242 . G A 270.37 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0369997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.204;QD=17.1661;RBI=0.0408554;REFB=-0.0105253;REVB=-0.0173259;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181078;STB=0.589846;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0156791;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:12:17:13:20:13:17:13:20 chr3 129137127 . G A 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0184596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.169;QD=9.88494;RBI=0.0258424;REFB=-0.00707829;REVB=-0.0180851;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445678;STB=0.526288;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0135058;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:20:19:10:9:20:19 chr3 129140499 . T C 300.6 PASS AF=0.568182;AO=21;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000799163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.434;QD=27.3269;RBI=0.0223835;REFB=-0.0241241;REVB=0.0223692;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115968;STB=0.522431;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0160316;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:21:25:0.568182:6:15:10:7:9:16:10:7 chr3 129155451 . C T 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0200846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.885;QD=21.8821;RBI=0.0216618;REFB=-0.0331832;REVB=-0.00811432;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622926;STB=0.534412;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.020988;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:19:15:14:13:19:15:14:13 chr3 129210977 . G C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0109555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.38;QD=20.7548;RBI=0.0322577;REFB=-0.00593133;REVB=0.0303403;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004563;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:4:8:10:5:4:8 chr3 129268116 . GC CG,G 35.61 PASS AF=0.0153846,0.230769;AO=3,28;DP=65;FAO=1,15;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=1,12;FSAR=0,3;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0361721,-0.168356;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=32.1627,8.20394;QD=2.19155;RBI=0.0628015,0.182392;REFB=-0.0290288,-0.195016;REVB=-0.0513381,-0.0701642;RO=30;SAF=3,25;SAR=0,3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0.714286;SSSB=0.607609,0.587855;STB=0.987884,0.676661;STBP=0.507,0.153;TYPE=mnp,del;VARB=0.0539338,0.18225;OID=.,.;OPOS=129268116,129268117;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:65:65:30:49:3,28:1,15:0.0153846,0.230769:0,3:3,25:11:19:0,3:1,12:30:19 chr3 129279597 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.367;QD=63.8693;RBI=0.040865;REFB=0;REVB=0.0405845;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117056;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:37:11:0:0 chr3 129281980 . C T 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8121;QD=57.0989;RBI=0.0399968;REFB=0;REVB=-0.0203181;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116342;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr3 129293183 . T C 976.75 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000337741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.813;QD=57.4558;RBI=0.034769;REFB=-0.104693;REVB=-0.0347674;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000483435;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:0:1 chr3 129293256 . T C 379.7 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0376327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.558;QD=13.2069;RBI=0.0479407;REFB=-0.0172346;REVB=-0.0297;RO=68;SAF=37;SAR=8;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334782;STB=0.68681;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0278505;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:70:45:45:0.391304:8:37:39:29:8:37:41:29 chr3 129302495 . G A 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0162282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.308;QD=24.5874;RBI=0.0175648;REFB=-0.026695;REVB=-0.00672056;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625847;STB=0.53442;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0156781;OID=.;OPOS=129302495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:11:10:18:14:11:10 chr3 129305459 . C A 391.28 PASS AF=0.431579;AO=42;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0683449;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5115;QD=16.475;RBI=0.0697259;REFB=0.000936464;REVB=-0.0138082;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447837;STB=0.510304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.000411234;OID=.;OPOS=129305459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:42:41:0.431579:22:20:25:28:22:19:26:28 chr3 129367024 . T A 790.16 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.75;QD=55.4495;RBI=0.0445952;REFB=-0.130942;REVB=0.00293316;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107385;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr3 129538635 . A G 445.41 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0220553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.536;QD=52.4012;RBI=0.0236463;REFB=-0.00188526;REVB=0.0085271;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.54164;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000226082;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:31:32:0.941176:11:20:0:1:11:21:0:2 chr3 129546729 . T C 723.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424918;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.98;QD=62.9162;RBI=0.00761306;REFB=0;REVB=-0.0063169;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200836;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr3 129694681 . C G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.751;QD=61.3753;RBI=0.0298218;REFB=0;REVB=0.0296932;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9074e-05;OID=.;OPOS=129694681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr3 129695954 . T C 445.39 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00763937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4449;QD=52.3987;RBI=0.0304975;REFB=0.0477892;REVB=-0.0295252;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0215321;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:2:0:14:18:2:0 chr3 129696041 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.499;QD=56.9569;RBI=0.0201221;REFB=0;REVB=0.013126;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18146e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr3 129800823 . T G 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00523857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.418;QD=6.27804;RBI=0.00632213;REFB=-0.00535576;REVB=-0.0035393;RO=55;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37091;STB=0.737732;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0113632;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:57:18:18:0.24:5:13:23:32:5:13:23:34 chr3 129800888 . G A 110.13 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00957123;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.735;QD=4.89469;RBI=0.0281438;REFB=-0.0054284;REVB=-0.0264663;RO=71;SAF=10;SAR=8;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787373;STB=0.555494;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0153081;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:72:18:18:0.2:8:10:35:36:8:10:35:37 chr3 129800895 . G A 103.03 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00539804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.282;QD=4.84848;RBI=0.00870722;REFB=-0.00221309;REVB=-0.00683204;RO=67;SAF=8;SAR=9;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102159;STB=0.558552;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0183264;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:68:17:17:0.2:9:8:37:30:9:8:37:31 chr3 130098349 . G A 459.92 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.0514826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1146;QD=13.1404;RBI=0.0552605;REFB=-0.00964331;REVB=0.0200813;RO=85;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.572493;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0179081;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:85:87:53:53:0.378571:28:25:30:55:28:25:31:56 chr3 130103709 . G A 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00870605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4525;QD=19.8239;RBI=0.00940329;REFB=0.0216522;REVB=0.00355338;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.558697;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0190444;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:9:16:14:13:9:16 chr3 130104062 . T C 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.000382501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.736;QD=15.0668;RBI=0.00209708;REFB=-0.00145507;REVB=-0.0020619;RO=47;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20005;STB=0.612838;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00163447;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:19:15:30:17:19:15:30:17 chr3 130104206 . A G 386.97 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0394056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5628;QD=22.1124;RBI=0.0397662;REFB=0.0100358;REVB=-0.00534252;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510805;STB=0.535775;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00813306;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:22:17:15:15:22:17:16:15 chr3 130110550 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0224922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.238;QD=15.1604;RBI=0.0258942;REFB=0.00302483;REVB=-0.0128301;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619123;STB=0.535671;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00428974;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:7:15:10:6:7:15 chr3 130116684 . G A 343.24 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0182968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.842;QD=18.8078;RBI=0.0197639;REFB=-0.0318337;REVB=0.00747239;RO=37;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23775;STB=0.63247;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0191155;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:23:13:23:14:23:13:23:14 chr3 130162395 . A G 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0447985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.1894;QD=25.8964;RBI=0.0554922;REFB=-0.0167303;REVB=-0.0327488;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742888;STB=0.541147;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0115171;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:12:16:10:11:12:16:10:11 chr3 130174334 . G A 447.43 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00259873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.904;QD=15.5627;RBI=0.00325869;REFB=-0.00934684;REVB=-0.00196613;RO=64;SAF=39;SAR=11;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453534;STB=0.758266;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0128231;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:64:65:50:50:0.434783:11:39:22:42:11:39:22:43 chr3 130187817 . T C 1083.32 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.941;QD=58.5579;RBI=0.0469925;REFB=-0.0105527;REVB=0.0276454;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.92241e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:37:35:0:0:37:36:1:0 chr3 130190630 . G A 327.23 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0397622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.728;QD=20.4518;RBI=0.0481927;REFB=-0.0233428;REVB=-0.0272306;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240242;STB=0.632835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0124035;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:20:14:21:9:20:14:21:9 chr3 130190716 . G A 235.86 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.037439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.173;QD=27.7482;RBI=0.0396178;REFB=-0.0200837;REVB=0.0129573;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155585;STB=0.590826;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0182475;OID=.;OPOS=130190716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:12:12:21:22:0.647059:9:12:4:8:9:13:4:8 chr3 130190720 . AT A 65.63 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0984347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0372;QD=7.95456;RBI=0.100255;REFB=0.0256711;REVB=0.019016;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.624787;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=-0.0273998;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:11:33:12:33:21:4:8:11:10:65:18:4:7:8:10 chr3 130195917 . T G 451.44 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00641932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.24;QD=17.1976;RBI=0.00875058;REFB=0.0082766;REVB=0.00594685;RO=56;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634767;STB=0.535339;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00965117;OID=.;OPOS=130195917;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:23:26:26:30:23:26:26:30 chr3 130284284 . G A 221.73 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0201519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4453;QD=18.4777;RBI=0.0212458;REFB=-0.016429;REVB=-0.00672957;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195574;STB=0.610802;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0312684;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:16:10:13:9:16:10 chr3 130287194 . AGG AAG,A,AG 183.44 PASS AF=0,0,0.766667;AO=3,3,16;DP=29;FAO=0,0,23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=0,0,16;FSAR=0,0,7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0526742,-0.0790307,-0.149746;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=11.5285,16.1005,15.1171;QD=24.4585;RBI=0.0880548,0.0872453,0.164706;REFB=-0.0821252,-0.0356828,-0.0634973;REVB=0.0705626,-0.036958,-0.0685883;RO=7;SAF=3,2,11;SAR=0,1,5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.221239,0.221239;SSSB=0.722194,0.371415,0.230206;STB=0.5,0.5,0.603679;STBP=1,1,0.048;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0416437,0.00950305;OID=.,.,.;OPOS=130287195,130287195,130287195;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.766667:3,3,16:29:0,0,23:30:7:0,0,16:0,0,7:2:5:32:7:3,2,11:0,1,5:2:5 chr3 130300650 . T C 187.2 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0235912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2279;QD=14.6822;RBI=0.0246894;REFB=0.0062582;REVB=-0.0072818;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696766;STB=0.514005;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.010827;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:30:20:21:0.411765:11:9:16:15:11:10:15:15 chr3 130308840 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA 125.01 PASS AF=0.740741,0;AO=7,8;DP=31;FAO=20,0;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=10,0;FSAR=10,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.23635,0.126447;FXX=0.0357015;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=16.1902,7.75719;QD=18.5199;RBI=0.253175,0.186145;REFB=-0.151856,-0.174548;REVB=0.0907542,0.136606;RO=10;SAF=1,7;SAR=6,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341391,0.51755;STB=0.555501,0.5;STBP=0.373,1;TYPE=del,del;VARB=0.070627,0;OID=.,.;OPOS=130308847,130308841;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741,0:7,8:31:20,0:27:7:10,0:10,0:2:5:27:10:1,7:6,1:4:6 chr3 130311398 . C T 416.79 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00659757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.411;QD=14.1284;RBI=0.00749405;REFB=-0.0110744;REVB=0.00355427;RO=67;SAF=19;SAR=29;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117312;STB=0.562878;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0175213;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:67:70:48:48:0.40678:29:19:34:33:29:19:35:35 chr3 130361856 . G A 449.07 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0226257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.352;QD=21.384;RBI=0.0248001;REFB=-0.0113657;REVB=0.0101548;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.550638;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0114162;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:44:44:0.52381:24:20:13:26:24:20:14:26 chr3 130368069 . A G 450.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02459;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.287;QD=58.1692;RBI=0.0347725;REFB=0;REVB=0.0245857;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309083;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr3 130368301 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0133713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.311;QD=16.9316;RBI=0.0172496;REFB=-0.0445986;REVB=-0.0108976;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154012;STB=0.588097;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0359742;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:3:9:7:5:3:9 chr3 130395749 . A G 243.06 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0180552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.89;QD=14.9573;RBI=0.0277646;REFB=-0.00848175;REVB=0.0210923;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136271;STB=0.584553;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0134018;OID=.;OPOS=130395749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:27:28:0.430769:18:9:17:20:19:9:17:20 chr3 130449222 . A G 151.28 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0199085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4664;QD=12.8744;RBI=0.0199098;REFB=0.00684942;REVB=0.000221775;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17055;STB=0.598822;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0121992;OID=.;OPOS=130449222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:8:22:10:7:8:22 chr3 130449248 . G A 362.47 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0570674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4039;QD=32.952;RBI=0.0752372;REFB=-0.00697302;REVB=-0.0490301;RO=14;SAF=8;SAR=22;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158772;STB=0.587127;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000958141;OID=.;OPOS=130449248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:22:8:7:7:22:8:7:7 chr3 130718472 . G A 232.9 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0271312;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5686;QD=18.2668;RBI=0.0330577;REFB=0.00111518;REVB=-0.0188868;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053429;STB=0.528903;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00326581;OID=.;OPOS=130718472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:24:25:0.490196:10:14:16:9:10:15:17:9 chr3 130852185 . TG CA 445.24 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203156;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.849;QD=57.4505;RBI=0.0216808;REFB=0;REVB=-0.00757182;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.2477e-05;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr3 130947435 . A T 499.29 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0150957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.446;QD=21.4747;RBI=0.0275425;REFB=-0.0395052;REVB=-0.0230371;RO=45;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834723;STB=0.546145;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0285458;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:19:29:23:22:19:29:23:22 chr3 131136797 . T C 375.0 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0136886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.695;QD=17.2415;RBI=0.0333614;REFB=-0.0148948;REVB=0.0304238;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064312;STB=0.528721;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0180507;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:19:20:21:26:20:20:21:26 chr3 131947937 . A G 523.26 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0438269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4475;QD=23.7847;RBI=0.0495966;REFB=-0.00719372;REVB=-0.0232169;RO=38;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500002;STB=0.532887;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00519771;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:25:24:21:17:25:24:22:17 chr3 132218623 . G T 1496.62 PASS AF=1;AO=92;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069396;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.703;QD=63.0156;RBI=0.0251777;REFB=0;REVB=0.0242025;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231636;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:92:95:1:39:53:0:0:41:54:0:0 chr3 132360883 . C T 1248.82 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0035245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.974;QD=60.184;RBI=0.00666268;REFB=-0.110342;REVB=-0.00565413;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000296326;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr3 132401600 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9222;QD=62.6686;RBI=0.0448895;REFB=0;REVB=0.0249367;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618825;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr3 132436967 . A G 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00951962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0511;QD=18.3415;RBI=0.0228645;REFB=-0.0422333;REVB=0.0207885;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214115;STB=0.512181;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0570105;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:7:11:10:7:7:11 chr3 133114893 . C T 854.16 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00305464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.609;QD=56.0106;RBI=0.018297;REFB=0.0124556;REVB=-0.0180402;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.506664;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000241902;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:23:37:0:0:23:37:1:0 chr3 133119306 . C G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0347408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.852;QD=16.6272;RBI=0.0353574;REFB=-0.0161256;REVB=-0.00657416;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.569509;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.013903;OID=.;OPOS=133119306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:6:8:9:4:6:8 chr3 133167363 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.985;QD=44.0918;RBI=0.0327554;REFB=-0.0278095;REVB=0.028173;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0140833;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr3 133329943 . G A 801.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.133;QD=56.278;RBI=0.0339254;REFB=0;REVB=0.0333265;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101417;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:19:33:0:0:22:35:0:0 chr3 133368362 . T G 1220.83 PASS AF=0.97619;AO=80;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0117471;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.602;QD=58.1346;RBI=0.0227883;REFB=-0.101247;REVB=0.0195273;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996796;STB=0.510202;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-3.1913e-05;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:80:82:0.97619:33:47:1:0:34:48:2:0 chr3 133465283 . A G 1461.74 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.063953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9919;QD=56.2207;RBI=0.071187;REFB=-0.019192;REVB=-0.0312664;RO=3;SAF=56;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621548;STB=0.503277;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00406468;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:45:56:2:1:45:56:2:1 chr3 133474328 . G A 1208.56 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295241;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.525;QD=59.6818;RBI=0.0302303;REFB=-0.0545538;REVB=0.00649605;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00111586;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:0:1:45:35:0:1 chr3 133475722 . C T 565.8 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00525135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8777;QD=21.351;RBI=0.00597929;REFB=0.00315185;REVB=0.00285925;RO=48;SAF=30;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477648;STB=0.520951;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00425996;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:48:49:57:57:0.537736:27:30:28:20:27:30:28:21 chr3 133483696 . T C 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0104746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.072;QD=17.0641;RBI=0.0134661;REFB=-0.00567551;REVB=-0.00846271;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930556;STB=0.552391;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00728205;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:17:14:10:18:17:14 chr3 133485133 . A G 1377.22 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.768;QD=62.6011;RBI=0.0235444;REFB=0;REVB=0.0232729;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43127e-05;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr3 133547245 . G A 99.97 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0566403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7076;QD=16.6618;RBI=0.0922333;REFB=0.00205225;REVB=-0.0727932;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102811;STB=0.558732;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00649276;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:10:2:3:9:10:2 chr3 133547692 . G A 412.51 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00538869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.417;QD=16.3371;RBI=0.0155147;REFB=-0.0161201;REVB=0.0145488;RO=55;SAF=28;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112585;STB=0.549749;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.019065;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:56:44:45:0.445545:16:28:29:26:17:28:30:26 chr3 133666209 . C T 492.78 PASS AF=0.505263;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0142762;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.765;QD=20.7485;RBI=0.0259088;REFB=-0.00986942;REVB=0.0216207;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362667;STB=0.515433;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00879066;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:47:47:48:0.505263:16:31:28:17:17:31:29:18 chr3 133670073 . T C 217.51 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0164428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.49;QD=15.8185;RBI=0.0368332;REFB=-0.0114278;REVB=0.0329594;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249511;STB=0.579121;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0104634;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:30:30:22:25:0.454545:6:16:15:15:9:16:15:15 chr3 133698349 . C T 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000279996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.206;QD=56.417;RBI=0.0187392;REFB=0.0744314;REVB=0.0187371;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012264;STB=0.506491;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=3.71696e-05;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:38:24:0:1:38:24:0:1 chr3 133941320 . C T 1000.95 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3663;QD=58.8797;RBI=0.00402663;REFB=0;REVB=0.000468652;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276559;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:31:37:0:0 chr3 134075522 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.064;QD=61.5363;RBI=0.02842;REFB=0;REVB=-0.0133234;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87383e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr3 134077470 . C G 1819.54 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.468;QD=61.1609;RBI=0.0234728;REFB=0;REVB=0.00537087;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17028e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:117:119:1:55:62:0:0:57:62:0:0 chr3 134278270 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0076359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=22.1884;RBI=0.0091755;REFB=-0.0192587;REVB=0.00508752;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196107;STB=0.510992;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00899474;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:9:9:10:11:9:9 chr3 134280395 . T A 785.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.043;QD=57.1246;RBI=0.0238461;REFB=0;REVB=-0.00690797;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89592e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr3 134322163 . C A 249.52 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00377692;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.257;QD=16.6345;RBI=0.00448821;REFB=-0.0154549;REVB=-0.00242466;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117647;STB=0.568672;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0176096;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:32:26:28:0.466667:13:13:21:13:15:13:19:13 chr3 134322742 . A G 218.38 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0156655;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.351;QD=15.5986;RBI=0.0230354;REFB=-0.00216427;REVB=0.0168885;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518286;STB=0.529388;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00242252;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:14:17:15:10:14:17 chr3 134322814 . G C 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0281447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.147;QD=30.3963;RBI=0.0431084;REFB=-0.00380068;REVB=0.0326529;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973734;STB=0.553451;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00228145;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:9:7:17:12:9:7 chr3 134323156 . A G 640.63 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00026068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9388;QD=61.0127;RBI=0.00844598;REFB=0;REVB=0.00844196;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814877;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr3 134499419 . G A 182.94 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00630383;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.886;QD=16.6309;RBI=0.00729236;REFB=-0.00730783;REVB=-0.0036661;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.014977;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:10:15:10:9:10:15 chr3 134898742 . C T 2206.63 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00559452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.044;QD=61.724;RBI=0.0336824;REFB=-0.098235;REVB=0.0332146;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.507245;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000352322;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:143:0:2:141:141:0.986014:68:73:0:0:68:73:0:2 chr3 135978029 . C T 272.68 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00626341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.248;QD=21.8143;RBI=0.00673564;REFB=-0.00573175;REVB=-0.0024776;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127161;STB=0.556918;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00587158;OID=.;OPOS=135978029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:9:16:12:12:10:16:12:12 chr3 136045224 . G T 390.85 PASS AF=0.44086;AO=39;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0365882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.549;QD=16.8107;RBI=0.0374801;REFB=-0.0213397;REVB=0.00812801;RO=52;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138208;STB=0.571234;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.022688;OID=.;OPOS=136045224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:39:41:0.44086:26:13:24:28:27:14:24:28 chr3 136088038 . G A 151.66 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0383013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.19;QD=12.9074;RBI=0.0444554;REFB=-0.00612522;REVB=0.0225675;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617763;STB=0.545402;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00514064;OID=.;OPOS=136088038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:12:17:9:8:12:18 chr3 136573440 . A G 215.39 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0561244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8941;QD=13.054;RBI=0.0700041;REFB=-0.0280035;REVB=-0.0418405;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122887;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0401598;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:22:18:12:14:22:18 chr3 136574501 . A G 324.06 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0455024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2055;QD=12.5848;RBI=0.0474596;REFB=0.00382916;REVB=-0.0134888;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464364;STB=0.530922;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0055631;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:20:19:28:35:20:19:28:36 chr3 136574578 . T TTAA 313.48 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00601639;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.769;QD=15.1073;RBI=0.00611357;REFB=-0.0137695;REVB=-0.00108572;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812682;STB=0.540049;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=0.0203459;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421687:33:84:35:83:48:13:22:21:27:99:49:13:20:23:26 chr3 136649463 . C T 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00850996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.664;QD=16.7851;RBI=0.0185631;REFB=-0.0162339;REVB=0.0164976;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683278;STB=0.538435;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0159528;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:16:17:17:12:16:17 chr3 136667405 . T C 415.03 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.017206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3806;QD=19.3038;RBI=0.0282863;REFB=-0.0212093;REVB=0.0224515;RO=44;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681535;STB=0.537921;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0207722;OID=.;OPOS=136667405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:25:17:21:23:25:17:21:23 chr3 137786442 . T C 130.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00841723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.502;QD=22.7222;RBI=0.00844236;REFB=-0.0241853;REVB=0.000650874;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643851;STB=0.536371;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0056977;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:5:4:5:9:5:4 chr3 137787047 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00904874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.543;QD=13.4589;RBI=0.00931008;REFB=-0.00568714;REVB=0.00219043;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708092;STB=0.541612;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0178918;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:3:13:20:6:3:13:20:6 chr3 137787192 . T C 193.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00946898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5815;QD=16.4273;RBI=0.00978186;REFB=-0.0391267;REVB=0.0024542;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458562;STB=0.526289;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0486199;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:12:15:12:8:12:15 chr3 137787963 . T G 385.71 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=-0.00728777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.339;QD=11.3443;RBI=0.00867197;REFB=-0.00575764;REVB=-0.00470015;RO=87;SAF=30;SAR=17;SRF=58;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352234;STB=0.509533;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.010773;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:87:89:47:47:0.345588:17:30:58:29:17:30:58:31 chr3 137807259 . G A 356.41 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0220158;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.058;QD=16.3866;RBI=0.0229261;REFB=-0.0144488;REVB=0.00639618;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734202;STB=0.534178;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.020166;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:17:21:30:18:17:21:30:19 chr3 137843106 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00390602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.295;QD=55.0097;RBI=0.00601751;REFB=-0.0100907;REVB=-0.00457749;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000208097;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:0:1:12:20:0:1 chr3 137843476 . G C,T 798.26 PASS AF=0.0877193,0.912281;AO=5,52;DP=57;FAO=5,52;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=5,34;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184811,-0.00231794;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.5908,90.1552;QD=56.018;RBI=0.0246471,0.00251229;REFB=0,0;REVB=0.0163074,-0.000968896;RO=0;SAF=5,34;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.19096e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129949,-0.00383894;OID=.,.;OPOS=137843476,137843476;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:57:57:0:0:5,52:5,52:0.0877193,0.912281:0,18:5,34:0:0:0,18:5,34:0:0 chr3 137850003 . A G 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.035048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.504;QD=19.1538;RBI=0.0472184;REFB=-0.0478282;REVB=-0.0316419;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353336;STB=0.519981;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.048338;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:14:9:9:12:14:9 chr3 137880743 . G A 192.75 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0180701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2065;QD=24.8715;RBI=0.139338;REFB=-0.0681345;REVB=-0.138161;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281689;STB=0.522364;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0489478;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:4:14:9:3:4:15:9:3 chr3 137881265 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0356731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.058;QD=18.4438;RBI=0.0393702;REFB=-0.018286;REVB=-0.0166565;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153845;STB=0.588621;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0143243;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:4:5:4:7:4:5 chr3 138033181 . C T 798.95 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6749;QD=63.9161;RBI=0.12938;REFB=0;REVB=0.0105664;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203737;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:44:50:1:20:24:0:0:20:30:0:0 chr3 138187568 . C T 2602.85 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.162;QD=61.9725;RBI=0.00963868;REFB=0;REVB=0.00444395;RO=0;SAF=86;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07606e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:82:86:0:0:82:86:0:0 chr3 138191232 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00112633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.304;QD=19.646;RBI=0.00117684;REFB=-0.0251469;REVB=-0.000341076;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154763;STB=0.588082;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0208242;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:6:2:5:6:6:2 chr3 138191448 . A T 431.53 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0659601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.632;QD=17.6134;RBI=0.0664839;REFB=-0.0106177;REVB=0.00832904;RO=54;SAF=28;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174034;STB=0.601786;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0161705;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:54:43:44:0.44898:15:28:26:28:15:29:26:28 chr3 138218994 . T C 864.35 PASS AF=0.483516;AO=87;DP=179;FAO=88;FDP=182;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00370521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.751;QD=18.9967;RBI=0.0202769;REFB=-0.0264494;REVB=-0.0199355;RO=92;SAF=47;SAR=40;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12814;STB=0.56132;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0237622;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:92:94:87:88:0.483516:40:47:37:55:41:47:39:55 chr3 138219315 . C T 645.64 PASS AF=0.413408;AO=70;DP=176;FAO=74;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.00654718;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.834;QD=14.4277;RBI=0.0188855;REFB=-0.0108351;REVB=0.0177143;RO=104;SAF=43;SAR=27;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012328;STB=0.523037;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0205647;OID=.;OPOS=138219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:104:105:70:74:0.413408:27:43:64:40:31:43:65:40 chr3 138289163 . T C 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00323456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9329;QD=15.568;RBI=0.0426978;REFB=-0.0227686;REVB=0.0425751;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159077;STB=0.590098;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0334935;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:17:18:10:18:17:18 chr3 138289221 . C T 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7657;QD=63.049;RBI=0.0242533;REFB=0;REVB=0.023811;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134292;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr3 138329862 . G A 1012.34 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.067;QD=57.8482;RBI=0.0229258;REFB=-0.113158;REVB=0.0200072;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000556398;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr3 138724757 . C G 251.19 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0363827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.163;QD=17.9422;RBI=0.0495423;REFB=-0.0329047;REVB=0.0336265;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131904;STB=0.571379;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0473263;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:13:14:10:17:14:14:10:18 chr3 138739617 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.078;QD=35.5759;RBI=0.0685276;REFB=0;REVB=0.0674493;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452261;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr3 138762707 . C G 386.44 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0140252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.75;QD=18.1852;RBI=0.0140559;REFB=-8.27137e-05;REVB=0.000928543;RO=44;SAF=25;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113422;STB=0.514012;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=3.91746e-05;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:15:25:27:17:15:25:27:18 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1309.22 PASS AF=0,1;AO=13,63;DP=93;FAO=0,85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345572,0.0298276;FXX=0.0957345;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=245.254,260.287;QD=61.6103;RBI=0.0665779,0.0827242;REFB=0,0;REVB=0.0569071,0.0771596;RO=0;SAF=5,34;SAR=8,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0265997,0.000782125;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:13,63:93:0,85:85:0:0,44:0,41:0:0:7:0:5,34:8,29:0:0 chr3 139102120 . C A 894.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.996;QD=57.6839;RBI=0.0168987;REFB=0;REVB=0.0164081;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82804e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr3 139303248 . G A 554.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.121;QD=59.9375;RBI=0.0373125;REFB=0;REVB=0.0298454;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96304e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr3 139328739 . C T 380.06 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480412;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.2;QD=56.3048;RBI=0.014299;REFB=0;REVB=0.0134678;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394243;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr3 140167536 . A G 1425.51 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.488;QD=60.6602;RBI=0.0133507;REFB=-0.0964166;REVB=-0.00304365;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.500463;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-1.04522e-05;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:44:48:1:0:44:48:1:1 chr3 140401693 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5012;QD=53.2767;RBI=0.0471528;REFB=0;REVB=0.0465305;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997193;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr3 140406947 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.236;QD=56.7064;RBI=0.0221822;REFB=0;REVB=0.0215106;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109618;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr3 140407260 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.811;QD=47.8215;RBI=0.0252939;REFB=0;REVB=0.0181456;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371974;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr3 140695332 . C T 355.91 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00233236;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.231;QD=21.57;RBI=0.0184107;REFB=0.00203878;REVB=-0.0182623;RO=28;SAF=9;SAR=27;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360917;STB=0.701495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00241495;OID=.;OPOS=140695332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:30:36:36:0.545455:27:9:19:9:27:9:20:10 chr3 140697301 . T C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0542887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.938;QD=16.6605;RBI=0.0548243;REFB=-0.0146809;REVB=0.00764455;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805686;STB=0.545421;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0155322;OID=.;OPOS=140697301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:14:18:18:10:14:18 chr3 140785175 . C A,G 157.42 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=12,2;DP=14;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764495,0.0122141;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=112.702,32.5618;QD=44.9772;RBI=0.0195709,0.0596421;REFB=0,0;REVB=0.0180159,-0.0583781;RO=0;SAF=10,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00241898,0.00439966;OID=.,.;OPOS=140785175,140785175;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:12,2:12,2:0.857143,0.142857:2,0:10,2:0:0:2,0:10,2:0:0 chr3 141011630 . C T 426.1 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.021888;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0653;QD=29.9017;RBI=0.0236956;REFB=-0.00894542;REVB=0.00907721;RO=17;SAF=17;SAR=22;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816409;STB=0.551411;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00807267;OID=.;OPOS=141011630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:17:18:39:39:0.684211:22:17:5:12:22:17:5:13 chr3 142030227 . GAA G 38.45 PASS AF=0.4;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.112116;FXX=0.117578;HRUN=7;LEN=2;MLLD=23.4073;QD=10.2539;RBI=0.116193;REFB=-0.0141486;REVB=-0.0305093;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0176799;OID=.;OPOS=142030228;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:17:6:15:9:3:3:4:5:38:7:2:3:3:4 chr3 142078759 . C T 216.19 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0143525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6537;QD=18.3991;RBI=0.0455492;REFB=-0.0168573;REVB=-0.0432288;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104963;STB=0.54961;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0191051;OID=.;OPOS=142078759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:14:7:6:19:15:7:6:19 chr3 142123841 . C T 573.0 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.037742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5213;QD=22.6929;RBI=0.0382103;REFB=-0.030577;REVB=0.00596411;RO=45;SAF=19;SAR=37;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110688;STB=0.560796;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0173768;OID=.;OPOS=142123841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:37:19:21:24:37:19:21:24 chr3 142139172 . T C 298.27 PASS AF=0.5625;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0112011;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.812;QD=24.8557;RBI=0.0133722;REFB=-0.00302577;REVB=0.00730427;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104611;STB=0.528281;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0128534;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:20:21:25:27:0.5625:13:12:7:13:15:12:8:13 chr3 142168331 . C T 1116.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0203;QD=60.3466;RBI=0.0583759;REFB=0;REVB=0.0573397;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281724;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:31:42:1:0:31:43:0:0 chr3 142178144 . C T 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0116188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7984;QD=16.6329;RBI=0.0364096;REFB=0.0144544;REVB=-0.034506;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597575;STB=0.533498;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0281316;OID=.;OPOS=142178144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:22:15:16:30:22:15:16:30 chr3 142277575 . A T 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0129047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.547;QD=12.7893;RBI=0.0150147;REFB=-0.0120208;REVB=-0.00767542;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265586;STB=0.656383;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0142922;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:12:16:14:30:12:16:14:31 chr3 142281612 . A G 72.83 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00410174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.791;QD=8.82843;RBI=0.0145823;REFB=-0.00119482;REVB=0.0139935;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889948;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00141487;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:23:23:9:10:0.30303:4:5:11:12:4:6:11:12 chr3 142392596 . T TC 540.18 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2058;QD=38.5845;RBI=0.0700883;REFB=0;REVB=-0.0654837;RO=5;SAF=25;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000220154;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:60:56:56:0:29:27:0:0:10:5:25:25:5:0 chr3 142408606 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.447;QD=59.5016;RBI=0.0151388;REFB=0;REVB=-0.0116527;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21508e-05;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr3 142503605 . G A 2745.58 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=180;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232786;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.075;QD=61.3538;RBI=0.0255962;REFB=0.0671217;REVB=0.0106429;RO=2;SAF=73;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128614;STB=0.506756;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=3.00611e-05;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:179:2:2:177:177:0.988827:104:73:2:0:104:73:2:0 chr3 142523349 . G A 1252.5 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000138639;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.378;QD=60.3615;RBI=0.00138678;REFB=0.00565736;REVB=-0.00137983;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126271;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-7.02179e-05;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:1:0:45:37:1:0 chr3 142524858 . G A 1376.02 PASS AF=0.925234;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=107;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00740994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5634;QD=51.4401;RBI=0.0154377;REFB=0.00244983;REVB=0.013543;RO=6;SAF=51;SAR=48;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164157;STB=0.51759;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00181278;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:106:107:6:8:99:99:0.925234:48:51:4:2:48:51:6:2 chr3 142670616 . A G 184.72 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0539664;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.721;QD=17.5925;RBI=0.0544878;REFB=0.00160701;REVB=0.0075196;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207579;STB=0.618918;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0017978;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:12:11:13:6:12:11 chr3 142681090 . T G 201.74 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0163021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8652;QD=13.9129;RBI=0.0483593;REFB=0.00197129;REVB=-0.0455287;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701368;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00706525;OID=.;OPOS=142681090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:10:14:17:16:10:14:18:16 chr3 142681642 . G A 328.73 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00733083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.821;QD=15.4696;RBI=0.0342274;REFB=-0.0121134;REVB=0.0334331;RO=49;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221072;STB=0.625362;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0209305;OID=.;OPOS=142681642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:11:25:24:25:11:25:24:25 chr3 142730774 . T G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0249864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1019;QD=20.899;RBI=0.026478;REFB=0.0266221;REVB=0.00876179;RO=24;SAF=21;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166082;STB=0.592952;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0273792;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:7:21:14:10:7:21:14:10 chr3 142779294 . C T 82.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.000515646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.417;QD=8.90003;RBI=0.0146447;REFB=-0.000901006;REVB=0.0146356;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.590735;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00142906;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:16:10:3:8:16:10 chr3 143692018 . C G 219.17 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0160079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9655;QD=13.283;RBI=0.0470593;REFB=-0.00350467;REVB=0.044253;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137465;STB=0.585222;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00356997;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:15:12:22:16:15:12:23:16 chr3 145782812 . T C 143.65 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00351238;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2868;QD=22.1;RBI=0.0255164;REFB=-0.028693;REVB=0.0252735;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148112;STB=0.583226;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0201024;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:8:3:7:8:8:3 chr3 145803138 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0123683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9277;QD=19.5227;RBI=0.0203256;REFB=0.00258175;REVB=-0.0161293;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.608543;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00260156;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:4:8:6:8:4:8 chr3 145803142 . T A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00783803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.005;QD=20.4858;RBI=0.0148587;REFB=-0.0157953;REVB=-0.0126233;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160162;STB=0.59078;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0116593;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:4:7:6:8:4:7 chr3 146177815 . C T 396.4 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0420383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3196;QD=17.8156;RBI=0.0661294;REFB=-0.0175476;REVB=-0.0510478;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117645;STB=0.506576;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0126493;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:20:21:24:24:20:21:24:24 chr3 146289323 . T C 500.81 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.203;QD=57.2352;RBI=0.0378831;REFB=0;REVB=0.0226675;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00898573;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:29:35:1:20:9:0:0:23:12:0:0 chr3 148459395 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=15;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0305183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4305;QD=12.0206;RBI=0.0391088;REFB=-0.033192;REVB=0.0244567;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371963;STB=0.51877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0593256;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:25:15:14:0.358974:9:6:10:13:8:6:10:15 chr3 148460467 . C A 1973.41 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000151249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.608;QD=61.1911;RBI=0.0328585;REFB=0.0368355;REVB=0.0328581;RO=1;SAF=67;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704024;STB=0.503703;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000268255;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:61:67:1:0:61:67:1:0 chr3 148562310 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0249954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.406;QD=20.9178;RBI=0.0263286;REFB=-0.0163162;REVB=-0.00827221;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132702;STB=0.507357;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0131363;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:15:16:13:13:15:16:13:13 chr3 148597612 . C T 1231.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101276;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.601;QD=61.5784;RBI=0.0192584;REFB=0;REVB=-0.0163805;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196183;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr3 148759325 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0382842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0323;QD=12.4026;RBI=0.0400031;REFB=-0.0150398;REVB=0.0116005;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116415;STB=0.555487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0279476;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:8:8:11:17:8:8:12:17 chr3 148786108 . C T 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.968;QD=59.8487;RBI=0.0155066;REFB=0;REVB=-0.0132137;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42444e-06;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr3 148863151 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00710284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.06;QD=19.9924;RBI=0.00710318;REFB=-0.0110058;REVB=6.89563e-05;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100952;STB=0.509425;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0143509;OID=.;OPOS=148863151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:8:13:14:9:9:13:14:9 chr3 148916235 . T A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6213;QD=57.1729;RBI=0.0366291;REFB=0;REVB=-0.0332313;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112767;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr3 149093238 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.489;QD=56.955;RBI=0.00706136;REFB=0;REVB=-0.00257204;RO=0;SAF=39;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.362e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:13:39:0:0:13:39:0:0 chr3 149216629 . C T 709.6 PASS AF=0.457831;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0154855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.674;QD=17.0987;RBI=0.0160841;REFB=-0.0148754;REVB=-0.00434722;RO=90;SAF=34;SAR=42;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948283;STB=0.552618;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0151197;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:90:90:76:76:0.457831:42:34:49:41:42:34:49:41 chr3 149220517 . C T 301.48 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0140959;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.948;QD=18.8424;RBI=0.0141159;REFB=-0.00838764;REVB=0.000752222;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941566;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:18:14:14:18:18:14 chr3 149459341 . A G 424.97 PASS AF=0.443396;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.010959;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.914;QD=16.0368;RBI=0.0142268;REFB=-0.00126749;REVB=0.00907211;RO=57;SAF=28;SAR=17;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671023;STB=0.513792;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00162483;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:57:59:45:47:0.443396:17:28:39:18:17:30:39:20 chr3 149678534 . C T 594.05 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000774133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.252;QD=60.9282;RBI=0.00386687;REFB=0;REVB=-0.00378859;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38634e-05;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr3 150128154 . T C 74.14 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.004031;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.812;QD=8.98627;RBI=0.0201969;REFB=-0.0222154;REVB=-0.0197905;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.660047;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0541382;OID=.;OPOS=150128154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:33:25:23:9:10:0.30303:3:6:12:13:3:7:11:12 chr3 150128484 . C A 47.9 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00164824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7524;QD=11.9751;RBI=0.0447;REFB=-0.0279353;REVB=0.0446696;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439266;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0315655;OID=.;OPOS=150128484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:7:2:5:2:7:2 chr3 150128994 . T G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0117353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.477;QD=12.4815;RBI=0.0120383;REFB=-0.0106065;REVB=-0.00268408;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467161;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0131955;OID=.;OPOS=150128994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:11:8:5:7:11:8 chr3 150280445 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1004;QD=60.6089;RBI=0.10246;REFB=0;REVB=0.00480861;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131349;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 150903122 . G A 623.08 PASS AF=0.504;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00562457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.699;QD=19.9385;RBI=0.0377424;REFB=-0.0165214;REVB=0.0373209;RO=60;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793743;STB=0.535694;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.015317;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:60:62:63:63:0.504:29:34:27:33:29:34:29:33 chr3 150905972 . A G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00627722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.604;QD=10.1857;RBI=0.0088447;REFB=0.00414769;REVB=-0.006231;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182819;STB=0.60961;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00918401;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:19:15:9:6:19:15 chr3 150911405 . T C 627.59 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00970592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.039;QD=20.5768;RBI=0.0137754;REFB=0.00255092;REVB=0.00977529;RO=59;SAF=30;SAR=33;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729371;STB=0.540128;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0020096;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:33:30:33:26:33:30:33:26 chr3 150916327 . T C 302.75 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=97;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00282845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.298;QD=12.3572;RBI=0.00456382;REFB=-0.00855044;REVB=0.00358166;RO=62;SAF=14;SAR=20;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990289;STB=0.510442;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0136057;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:62:63:34:35:0.357143:20:14:25:37:20:15:26:37 chr3 151011969 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0154188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.968;QD=19.523;RBI=0.019198;REFB=0.00420589;REVB=-0.0114378;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211639;STB=0.512031;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00371288;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:8:4:5:9:8:4 chr3 151012497 . T C 523.24 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0114078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5165;QD=23.7834;RBI=0.0130113;REFB=-0.0107227;REVB=0.00625753;RO=39;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268899;STB=0.518211;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00936695;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:48:49:0.556818:31:17:15:24:32:17:15:24 chr3 151046308 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.819;QD=53.9101;RBI=0.0234896;REFB=0;REVB=0.0150565;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15791e-05;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr3 151046604 . G T 339.25 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0155406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2406;QD=15.5975;RBI=0.0186894;REFB=-0.0147558;REVB=0.0103818;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000554068;STB=0.500313;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0144479;OID=.;OPOS=151046604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:17:20:27:23:17:20:27:23 chr3 151056598 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.215;QD=39.2068;RBI=0.0350755;REFB=0;REVB=0.0203576;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800597;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 151082923 . T C 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0092455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.781;QD=19.9733;RBI=0.0109212;REFB=-0.0032716;REVB=0.00581314;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170404;STB=0.594543;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00253699;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:15:22:14:21:15:22:14:21 chr3 151131077 . C T 281.39 PASS AF=0.484375;AO=28;DP=61;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0371185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2897;QD=17.5869;RBI=0.0469607;REFB=-0.0101;REVB=0.0287667;RO=33;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209069;STB=0.589573;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0158116;OID=.;OPOS=151131077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:33:33:28:31:0.484375:20:8:16:17:21:10:16:17 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=32;DP=119;LEN=87;RO=87;SAF=8;SAR=40;SRF=19;SRR=52;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:119:87:32:40:8:19:52 chr3 151143447 . G T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000709517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.54;QD=13.2119;RBI=0.0224579;REFB=0.0027666;REVB=0.0224467;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0044891;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:10:12:8:6:10:12 chr3 151150968 . T G 356.94 PASS AF=0.935484;AO=12;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00479272;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=125.722;QD=46.0568;RBI=0.124415;REFB=0.00526083;REVB=-0.124323;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.555516;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00120429;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:30:31:1:2:12:29:0.935484:10:2:1:0:21:8:2:0 chr3 151154666 . T C 1436.85 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149673;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.017;QD=63.1584;RBI=0.00366363;REFB=0;REVB=0.00334395;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201238;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:38:52:0:0:38:53:0:0 chr3 151155248 . A C 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00344279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.82;QD=16.9796;RBI=0.00461712;REFB=0.00011552;REVB=0.00307652;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134233;STB=0.575787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000127847;OID=.;OPOS=151155248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:15:14:9:17:15:14 chr3 151155620 . G A 350.36 PASS AF=0.487179;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0433499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5083;QD=17.9672;RBI=0.0473342;REFB=-0.00934998;REVB=-0.0190083;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602428;STB=0.548167;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00940118;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:33:40:36:38:0.487179:12:24:24:9:12:26:24:16 chr3 151155758 . A C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00363117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.952;QD=11.9918;RBI=0.0447664;REFB=-0.000334904;REVB=0.0446188;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236019;STB=0.636227;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000987173;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:25:8:8:10:25:8 chr3 151165678 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.058;QD=48.7373;RBI=0.0154579;REFB=0;REVB=0.00789082;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158543;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr3 151166422 . C T 501.44 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.841;QD=58.9926;RBI=0.0413679;REFB=0;REVB=0.0331987;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221074;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:13:18:0:0:15:19:0:0 chr3 151171439 . A C 1112.04 PASS AF=0.987654;AO=71;DP=73;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117743;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.701;QD=54.9156;RBI=0.0234996;REFB=-0.0663968;REVB=0.0203371;RO=2;SAF=32;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028636;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000540338;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:81:2:1:71:80:0.987654:39:32:2:0:41:39:1:0 chr3 151171542 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.286;QD=62.0214;RBI=0.00963776;REFB=0;REVB=0.000688556;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78176e-05;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr3 151283691 . C A 1194.89 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040939;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.067;QD=60.5006;RBI=0.0465531;REFB=0;REVB=0.0221628;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573707;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:43:33:0:0:44:35:0:0 chr3 151463421 . G T 1492.25 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.585;QD=63.5;RBI=0.0508652;REFB=0;REVB=0.0504665;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05807e-05;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:52:41:0:0:53:41:0:0 chr3 151545601 . G A 950.44 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777371;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.212;QD=58.4887;RBI=0.078996;REFB=0;REVB=0.0140467;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171598;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:29:36:0:0 chr3 152554357 . A G 464.32 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00528637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.566;QD=16.4361;RBI=0.0109029;REFB=-0.0046699;REVB=0.00953554;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175734;STB=0.505378;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00539909;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:25:26:30:31:25:26:31:31 chr3 152637565 . C T 539.67 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00942071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.92;QD=24.5304;RBI=0.0124976;REFB=-0.000349531;REVB=-0.00821214;RO=37;SAF=22;SAR=28;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924265;STB=0.543319;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000263683;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:38:50:50:0.568182:28:22:12:25:28:22:13:25 chr3 152852067 . C T 130.26 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0300661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.806;QD=13.3602;RBI=0.0308147;REFB=-0.00704745;REVB=-0.00675111;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0167659;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:24:13:15:0.384615:6:7:12:12:8:7:12:12 chr3 152852070 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0292309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.211;QD=13.336;RBI=0.0308076;REFB=-0.0284639;REVB=0.00972941;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0326828;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:12:12:8:7:12:12 chr3 152852188 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00409144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.394;QD=19.8256;RBI=0.012073;REFB=0.0025612;REVB=0.0113586;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331541;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00230684;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:12:13:13:14:12:13 chr3 152883036 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00895058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.293;QD=21.9708;RBI=0.0213948;REFB=-0.0188609;REVB=-0.0194326;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.586736;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0250844;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:8:9:14:6:8:9 chr3 152885599 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.99;QD=61.3364;RBI=0.0110804;REFB=0;REVB=0.0105858;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54275e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 152917590 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0039232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.449;QD=11.6231;RBI=0.00498756;REFB=-0.011166;REVB=-0.00307965;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19171;STB=0.610681;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0190139;OID=.;OPOS=152917590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:14:24:10:12:14:24 chr3 153725166 . G A 305.54 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.03423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.965;QD=10.7206;RBI=0.0417973;REFB=-0.0116172;REVB=-0.0239858;RO=75;SAF=22;SAR=17;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576691;STB=0.533194;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0182789;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:17:22:46:29:17:22:46:29 chr3 153725172 . C T 325.57 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00727529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.331;QD=11.0363;RBI=0.0268771;REFB=-0.00437551;REVB=-0.0258737;RO=73;SAF=24;SAR=17;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521409;STB=0.516908;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00499113;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:73:77:41:41:0.347458:17:24:46:27:17:24:47:30 chr3 153725251 . T C 413.24 PASS AF=0.341935;AO=53;DP=155;FAO=53;FDP=155;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00535104;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2215;QD=10.6644;RBI=0.0145013;REFB=-0.00201151;REVB=-0.0134779;RO=101;SAF=34;SAR=19;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927465;STB=0.537117;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00517916;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:101:102:53:53:0.341935:19:34:57:44:20:33:58:44 chr3 153839866 . G C 2399.48 PASS AF=0.95858;AO=162;DP=169;FAO=162;FDP=169;FR=.;FRO=7;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00516743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.378;QD=56.7925;RBI=0.0113241;REFB=-0.0261675;REVB=0.0100763;RO=7;SAF=85;SAR=77;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368845;STB=0.501941;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000332243;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:169:169:7:7:162:162:0.95858:77:85:4:3:77:85:4:3 chr3 153839959 . CT CC,TC 568.95 PASS AF=0.634146,0.341463;AO=24,14;DP=41;FAO=26,14;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11,1;FSAR=15,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00782626,-0.0272203;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=172.926,49.0781;QD=55.5074;RBI=0.0176466,0.041391;REFB=-0.0171004,0.0185406;REVB=0.0158162,0.0311812;RO=1;SAF=10,1;SAR=14,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440956,-0.295994;STB=0.521722,0.666367;STBP=0.325,0.051;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0107478,-0.0122413;OID=.,.;OPOS=153839960,153839959;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:1:1:24,14:26,14:0.634146,0.341463:14,13:10,1:1:0:15,13:11,1:1:0 chr3 153840389 . T C 732.57 PASS AF=0.489796;AO=70;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0132434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.695;QD=19.9339;RBI=0.0133386;REFB=-0.0121524;REVB=-0.00159147;RO=74;SAF=46;SAR=24;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19007;STB=0.605002;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0164046;OID=.;OPOS=153840389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:74:75:70:72:0.489796:24:46:34:40:25:47:34:41 chr3 154018887 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.405;QD=60.9782;RBI=0.0031738;REFB=0;REVB=0.00278105;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54695e-05;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr3 154878158 . GA G 766.86 PASS AF=0.646465;AO=63;DP=99;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00262256;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.094;QD=30.9841;RBI=0.00359081;REFB=0.00103935;REVB=0.00245278;RO=35;SAF=29;SAR=34;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544923;STB=0.526208;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=-0.000583385;OID=.;OPOS=154878159;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.646465:63:99:64:99:35:30:34:19:16:99:35:29:34:19:16 chr3 155241740 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.554;QD=63.2867;RBI=0.0190256;REFB=0;REVB=-0.0115846;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77083e-06;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr3 155314034 . A G 256.44 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00332015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.709;QD=11.2721;RBI=0.021073;REFB=-0.0183963;REVB=0.0208098;RO=60;SAF=26;SAR=5;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254891;STB=0.650567;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0248014;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:5:26:41:19:5:26:41:19 chr3 155481609 . G A 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0155766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2936;QD=18.4253;RBI=0.0189261;REFB=-0.0190256;REVB=0.0107501;RO=27;SAF=21;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325655;STB=0.692163;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0158957;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:7:21:11:16:7:21:11:17 chr3 155485302 . C T 434.23 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210019;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.669;QD=57.8978;RBI=0.023653;REFB=0;REVB=-0.0108805;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490016;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr3 155571275 . T C 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00475559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.472;QD=14.5571;RBI=0.0143762;REFB=0.00174367;REVB=-0.0135669;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.578887;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00272658;OID=.;OPOS=155571275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:12:14:14:20:12:14:14:21 chr3 155632314 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0121536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.982;QD=18.9665;RBI=0.0266442;REFB=-0.021606;REVB=-0.0237109;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112812;STB=0.50209;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0220728;OID=.;OPOS=155632314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:8:14:15:9:8:14:16:9 chr3 156249214 . T C 1227.99 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.911;QD=61.3996;RBI=0.0295531;REFB=0;REVB=0.00151089;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013127;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:43:37:0:0 chr3 156266774 . C T 271.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0366876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4578;QD=23.5937;RBI=0.0402081;REFB=-0.0152022;REVB=-0.0164535;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798025;STB=0.544296;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0163957;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:5:16:17:8:5:16 chr3 156544584 . C T 1547.46 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1017;QD=57.3132;RBI=0.0222625;REFB=-0.126927;REVB=0.0129532;RO=2;SAF=66;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487596;STB=0.502413;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000590317;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:108:2:2:105:106:0.981481:39:66:1:1:40:66:1:1 chr3 156763279 . C T 512.22 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.102966;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3887;QD=19.7007;RBI=0.117568;REFB=-0.0117254;REVB=0.0567468;RO=53;SAF=29;SAR=24;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169341;STB=0.584983;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0134211;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:53:51:53:53:0.509615:24:29:19:34:24:29:19:32 chr3 157155314 . C A 1490.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.721;QD=63.4434;RBI=0.0266852;REFB=0;REVB=0.0214715;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48554e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:45:46:0:0:47:47:0:0 chr3 157161198 . A AT,T 559.29 PASS AF=0.578947,0.421053;AO=20,16;DP=41;FAO=22,16;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11,9;FSAR=11,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261278,0.0262675;FXX=0.0499875;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=118.771,118.194;QD=58.8723;RBI=0.026303,0.0263813;REFB=0,0;REVB=-0.00303086,-0.00244861;RO=2;SAF=11,8;SAR=9,8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766752,-0.101301;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00638805,-0.00955192;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:41:38:2:0:20,16:22,16:0.578947,0.421053:9,8:11,8:2:0:11,7:11,9:0:0 chr3 157815088 . G A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.986;QD=62.0069;RBI=0.0313441;REFB=0;REVB=0.0193432;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147018;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr3 157815217 . A T 341.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906149;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4201;QD=52.494;RBI=0.0908961;REFB=0;REVB=-0.00714391;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272787;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:26:0:0:22:26:1:9:13:0:0:9:17:0:0 chr3 158320597 . T C 772.47 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190308;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.722;QD=57.2202;RBI=0.0562973;REFB=0;REVB=0.0529831;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050956;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr3 158320703 . C A 901.55 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00673716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.551;QD=53.824;RBI=0.0106212;REFB=-0.0042668;REVB=-0.008211;RO=3;SAF=29;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463838;STB=0.524583;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-3.9376e-05;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:35:29:3:0:35:29:3:0 chr3 158362441 . T C 2570.99 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132781;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2257;QD=61.9515;RBI=0.0259899;REFB=0;REVB=-0.0223421;RO=0;SAF=99;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79737e-05;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:166:0:0:167:166:1:68:99:0:0:68:98:0:0 chr3 158366900 . G A 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.555;QD=58.7998;RBI=0.0125862;REFB=-0.0424219;REVB=-0.00587541;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-2.0508e-05;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:1:0:36:38:1:0 chr3 158367837 . C T 414.99 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0159379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.936;QD=16.7674;RBI=0.0177023;REFB=-0.0147252;REVB=-0.00770431;RO=56;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465966;STB=0.502617;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.018326;OID=.;OPOS=158367837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:24:19:25:31:24:19:25:31 chr3 158388780 . T C 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215239;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.289;QD=59.3359;RBI=0.0260128;REFB=0;REVB=-0.0146078;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38125e-05;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr3 158428642 . G A 174.33 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0162194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.479;QD=9.82112;RBI=0.0162967;REFB=-0.00180092;REVB=0.00158541;RO=48;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119603;STB=0.584601;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00340075;OID=.;OPOS=158428642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:22:23:0.323944:10:12:31:17:11:12:31:17 chr3 158520011 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0026584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.444;QD=21.1726;RBI=0.00274384;REFB=0.00819483;REVB=-0.000679417;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00529144;OID=.;OPOS=158520011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:4:4:5:7:4:4 chr3 158537443 . A G 194.86 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0334879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7805;QD=17.3209;RBI=0.0513679;REFB=-0.0222555;REVB=0.0389515;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315722;STB=0.679563;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0389417;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:17:8:13:7:17:8 chr3 159744438 . C T 265.49 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0239704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2165;QD=17.9992;RBI=0.0240039;REFB=-0.0153598;REVB=0.00126868;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802329;STB=0.560845;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0246512;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:30:28:29:0.491525:11:17:20:9:12:17:21:9 chr3 159744440 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0478835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2393;QD=18.4386;RBI=0.0514957;REFB=-0.0236259;REVB=0.0189469;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681233;STB=0.53725;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0136957;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:28:29:0.5:11:17:19:9:11:18:20:9 chr3 160414759 . G A 1715.32 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.963;QD=59.6634;RBI=0.014869;REFB=0.0317005;REVB=0.00440259;RO=1;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978918;STB=0.50505;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00010413;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:48:65:0:1:49:65:0:1 chr3 160436316 . A G 757.83 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4314;QD=55.1149;RBI=0.0523274;REFB=-0.145634;REVB=0.0359566;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213156;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr3 160939776 . T A 107.09 PASS AF=0.875;AO=10;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.155512;FXX=0.0587889;HRUN=30;LEN=1;MLLD=15.7939;QD=26.7735;RBI=0.155544;REFB=-0.156014;REVB=-0.00316269;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671499;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0896584;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:16:5:2:10:14:0.875:7:3:2:3:8:6:1:1 chr3 160956548 . A G 230.33 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0632622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7448;QD=12.1228;RBI=0.0802432;REFB=-0.021682;REVB=0.0493646;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205044;STB=0.618235;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.037514;OID=.;OPOS=160956548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:10:18:22:26:10:18:22:26 chr3 161221705 . A C 279.19 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0227599;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9888;QD=16.4229;RBI=0.0263436;REFB=0.00453469;REVB=0.0132653;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111519;STB=0.501424;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00685009;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:31:31:0.455882:16:15:17:19:16:15:18:19 chr3 164714532 . C T 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6199;QD=59.353;RBI=0.0356674;REFB=-0.0359982;REVB=0.0169681;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000366518;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:39:38:0:1:39:38:0:1 chr3 164764719 . C A 2340.53 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.274;QD=62.833;RBI=0.0287352;REFB=-0.111525;REVB=-0.0176268;RO=1;SAF=81;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583576;STB=0.503067;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000153213;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:149:1:1:147:148:0.993289:66:81:1:0:67:81:1:0 chr3 164773057 . G A 748.91 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00476281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.315;QD=53.4936;RBI=0.0194886;REFB=-0.127572;REVB=0.0188976;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392253;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000832829;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:2:1:54:55:0.982143:23:31:0:2:24:31:0:1 chr3 164783165 . T C 2181.32 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178641;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.4;QD=63.2266;RBI=0.0304922;REFB=0;REVB=0.0247113;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13985e-05;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:74:64:0:0:74:64:0:0 chr3 165951073 . C A 976.16 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108221;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.478;QD=59.1614;RBI=0.0151797;REFB=0;REVB=0.0106444;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41514e-05;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr3 166900401 . C G 33.09 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0252356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.412;QD=7.78673;RBI=0.109748;REFB=-0.0126817;REVB=-0.106807;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.705311;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0201334;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:16:17:11:11:5:6:0.352941:3:2:2:9:3:3:2:9 chr3 166966436 . C T 878.7 PASS AF=0.354949;AO=104;DP=287;FAO=104;FDP=293;FR=.;FRO=189;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=125;FSRR=64;FWDB=-0.0116962;FXX=0.0134676;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.898;QD=11.9959;RBI=0.0177206;REFB=-0.0139967;REVB=-0.0133124;RO=182;SAF=49;SAR=55;SRF=121;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216411;STB=0.621366;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0232824;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:293:182:189:104:104:0.354949:55:49:121:61:55:49:125:64 chr3 167000256 . G C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00422181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.995;QD=19.6684;RBI=0.0115033;REFB=-0.00452807;REVB=0.0107005;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229316;STB=0.629295;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00352108;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:8:11:6:13:8:11:6:13 chr3 167034814 . T C 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00995239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.84;QD=12.8886;RBI=0.0149228;REFB=-0.0115671;REVB=0.0111193;RO=84;SAF=23;SAR=28;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116325;STB=0.509914;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0199453;OID=.;OPOS=167034814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:84:85:51:51:0.375:28:23:37:47:28:23:37:48 chr3 167051726 . A G 247.46 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0186819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0589;QD=11.5099;RBI=0.0272511;REFB=0.0043823;REVB=-0.0198396;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776032;STB=0.544862;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00702773;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:30:26:16:14:30:26 chr3 167051769 . T C 326.6 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00984685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.001;QD=36.2891;RBI=0.0442253;REFB=-0.00965095;REVB=-0.0431152;RO=9;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519826;STB=0.528281;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00268785;OID=.;OPOS=167051769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:15:12:3:6:15:12:3:6 chr3 167068256 . T A 852.8 PASS AF=0.449275;AO=91;DP=206;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=75;FSRR=39;FWDB=0.0448141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9802;QD=16.4793;RBI=0.044817;REFB=-0.0069579;REVB=-0.000506929;RO=113;SAF=63;SAR=28;SRF=75;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032948;STB=0.512192;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0073784;OID=.;OPOS=167068256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:113:114:91:93:0.449275:28:63:75:38:30:63:75:39 chr3 167077691 . T A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.142;QD=60.2046;RBI=0.0246268;REFB=0;REVB=-0.00916224;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34177e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr3 167159980 . A G 200.0 PASS AF=0.689655;AO=7;DP=23;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0186573;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=63.5991;QD=27.5859;RBI=0.0971463;REFB=-0.0964814;REVB=0.0953378;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00614953;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:29:3:9:7:20:0.689655:5:2:2:1:9:11:5:4 chr3 167164187 . A G 423.53 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0160374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.306;QD=18.6165;RBI=0.0260344;REFB=-0.0152299;REVB=0.0205083;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398083;STB=0.528077;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0198958;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:21:21:22:26:21:22:22:26 chr3 167167186 . T A 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00736494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.421;QD=18.8064;RBI=0.019338;REFB=-0.0074657;REVB=-0.0178806;RO=37;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26063;STB=0.645105;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0062822;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:13:23:13:24:13:23:13:24 chr3 167184878 . T C 399.63 PASS AF=0.527778;AO=32;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0900732;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.979;QD=22.2017;RBI=0.0903036;REFB=-0.0438717;REVB=-0.00644693;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564896;STB=0.51839;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.044121;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:32:32:38:0.527778:15:17:19:13:14:24:19:13 chr3 167217960 . C T 349.27 PASS AF=0.361345;AO=42;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0273933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0476;QD=11.7401;RBI=0.0414849;REFB=0.004062;REVB=-0.0311545;RO=76;SAF=21;SAR=21;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739474;STB=0.534649;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00958227;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:42:43:0.361345:21:21:43:33:21:22:43:33 chr3 167217964 . A G 375.16 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00193452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.695;QD=12.1018;RBI=0.00392072;REFB=-0.00432133;REVB=-0.00341023;RO=76;SAF=22;SAR=24;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109954;STB=0.569802;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00790797;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:78:46:46:0.370968:24:22:44:32:24:22:46:32 chr3 167506937 . C G 255.55 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0193955;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0711;QD=10.9913;RBI=0.0546731;REFB=-0.0266402;REVB=-0.0511172;RO=62;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153411;STB=0.575351;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0251636;OID=.;OPOS=167506937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:62:62:30:31:0.333333:18:12:33:29:18:13:33:29 chr3 167506967 . A G 357.07 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00076539;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.43;QD=11.9024;RBI=0.00347446;REFB=0.00328865;REVB=0.00338911;RO=73;SAF=19;SAR=24;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869134;STB=0.559958;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00611547;OID=.;OPOS=167506967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:76:43:44:0.366667:24:19:38:35:25:19:40:36 chr3 167510472 . G A 407.52 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0736061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0546;QD=15.3782;RBI=0.0757935;REFB=-0.00610577;REVB=0.0180777;RO=55;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830715;STB=0.531134;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00740096;OID=.;OPOS=167510472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:60:46:46:0.433962:22:24:24:31:22:24:28:32 chr3 168538993 . A G 1587.98 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.164;QD=64.1607;RBI=0.054977;REFB=0;REVB=0.0331207;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95733e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:53:42:0:0:55:44:0:0 chr3 168546914 . C T 1663.56 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.571;QD=59.4127;RBI=0.0289604;REFB=-0.116596;REVB=0.0286849;RO=1;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351796;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:112:1:0:111:112:1:56:55:0:1:57:55:0:0 chr3 169098992 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00190714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.547;QD=18.8207;RBI=0.0146327;REFB=-0.00124134;REVB=0.0145079;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00116867;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:6:4:6:6:6:4 chr3 169492101 . C T 281.34 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0116379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.872;QD=19.4029;RBI=0.0600461;REFB=-0.0128131;REVB=-0.0589075;RO=28;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572902;STB=0.531978;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0141335;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:9:21:18:10:9:21:18:10 chr3 169514585 . A T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00057856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3583;QD=20.4364;RBI=0.0194377;REFB=0.0266791;REVB=-0.0194291;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919229;STB=0.551035;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0249985;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:16:14:15:11:16:14:15:11 chr3 169518455 . T C 223.42 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00598459;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.915;QD=12.587;RBI=0.0242956;REFB=-0.0226255;REVB=0.023547;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143151;STB=0.582379;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0309982;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:10:17:22:22:10:17:22:22 chr3 169540397 . T C 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0656359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2636;QD=16.4526;RBI=0.077488;REFB=0.0241408;REVB=-0.0411864;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0122903;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr3 169558025 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.11541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.787;QD=21.7437;RBI=0.115708;REFB=0.00453097;REVB=0.00829913;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00121977;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:9:7:7:12:9:7 chr3 169806170 . G A 255.13 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00892014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8923;QD=22.1855;RBI=0.0120045;REFB=0.00749317;REVB=0.00803361;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139454;STB=0.565164;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00723868;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:7:14:12:12:8:14 chr3 169894680 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00672979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.514;QD=18.0733;RBI=0.00708479;REFB=-0.0131225;REVB=-0.00221453;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794795;STB=0.544275;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0123299;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:10:20:23:8:10:20:23:8 chr3 169988286 . C T 336.56 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.000119337;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.563;QD=19.7977;RBI=0.0123899;REFB=-0.00195063;REVB=0.0123893;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24393;STB=0.628498;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00190879;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:33:33:35:0.514706:21:12:22:13:22:13:21:12 chr3 170078232 . C T 436.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=56.3127;RBI=0.0201513;REFB=0;REVB=-0.00616652;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532103;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr3 170198367 . G A 131.72 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0386895;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.883;QD=13.5102;RBI=0.038709;REFB=-0.0279198;REVB=-0.00122722;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0377812;OID=.;OPOS=170198367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:11:13:8:7:11:13 chr3 170198898 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.361;QD=44.6898;RBI=0.0137362;REFB=0;REVB=-0.0084931;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131394;OID=.;OPOS=170198898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr3 170825905 . C G 1568.21 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.216;QD=64.0084;RBI=0.0207926;REFB=0;REVB=3.74827e-05;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3854e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr3 170825920 . G A 1254.36 PASS AF=0.945652;AO=85;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.126491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.6344;QD=54.5373;RBI=0.15727;REFB=-0.14714;REVB=0.0934546;RO=4;SAF=36;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665056;STB=0.512568;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0142361;OID=.;OPOS=170825920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:92:92:4:5:85:87:0.945652:49:36:2:2:50:37:1:4 chr3 170893070 . G A 499.39 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000825367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.738;QD=53.9878;RBI=0.0369328;REFB=-0.038514;REVB=0.0369236;RO=1;SAF=29;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158633;STB=0.530008;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=7.65316e-05;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:6:29:1:0:6:29:1:1 chr3 170946002 . A G 699.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.291;QD=54.8245;RBI=0.0352311;REFB=-0.104621;REVB=0.0122803;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00040968;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr3 171065030 . AG AC,CA 247.25 PASS AF=0.95,0.05;AO=13,4;DP=20;FAO=19,1;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.289795,0.129893;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=136.822,118.951;QD=49.4493;RBI=0.289822,0.129921;REFB=0,0;REVB=0.0039828,0.00270137;RO=2;SAF=3,0;SAR=10,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.223563,-0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000346865,0.0356954;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:20:20:2:0:13,4:19,1:0.95,0.05:10,4:3,0:2:0:14,1:5,0:0:0 chr3 171087469 . G A 38.56 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.145304;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.336;QD=9.07406;RBI=0.147232;REFB=-0.00434858;REVB=-0.0237511;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313619;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00404826;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:8:11:5:6:0.352941:3:2:1:7:4:2:2:9 chr3 171844787 . A T 480.2 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0114795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.939;QD=20.434;RBI=0.011533;REFB=-0.0152373;REVB=0.00110973;RO=47;SAF=29;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186116;STB=0.59801;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0237434;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:47:45:47:0.5:16:29:21:26:17:30:21:26 chr3 171969077 . C G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4426;QD=58.2371;RBI=0.0167005;REFB=0;REVB=0.00166874;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117612;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr3 172046861 . T C 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3741;QD=60.3764;RBI=0.0727572;REFB=0;REVB=0.0450972;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98266e-05;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr3 172115465 . TT AA,TA 72.78 PASS AF=0.294118,0.470588;AO=4,6;DP=13;FAO=5,8;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=1,2;FSAR=4,6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0231787,-0.0279223;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=21.7359,13.2618;QD=17.1254;RBI=0.026242,0.0309095;REFB=-0.155035,-0.251115;REVB=-0.0123041,-0.0132569;RO=3;SAF=0,0;SAR=4,6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74182,-0.778585;STB=0.760793,0.681335;STBP=0.154,0.121;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0437263,0.0979734;OID=.,.;OPOS=172115465,172115466;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:13:17:3:4:4,6:5,8:0.294118,0.470588:4,6:0,0:2:1:4,6:1,2:3:1 chr3 172165727 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00853286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.467;QD=10.8848;RBI=0.00858716;REFB=-0.00560598;REVB=0.000964133;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350904;STB=0.713775;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00826698;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:7:8:2:7:7:8 chr3 172166033 . G A 141.75 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0393909;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4657;QD=10.6982;RBI=0.0421671;REFB=-0.0164059;REVB=0.0150474;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501683;STB=0.528271;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0335374;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:18:18:0.339623:9:9:18:15:9:9:19:16 chr3 172224303 . A G 233.08 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00531108;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=141.813;QD=22.739;RBI=0.0185929;REFB=-0.0124228;REVB=-0.0178182;RO=9;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119999;STB=0.568061;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0121014;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:9:18:21:23:0.560976:5:16:7:2:6:17:11:7 chr3 172348906 . A ACCTC 140.4 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00132889;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=4;MLLD=309.088;QD=12.2087;RBI=0.00481424;REFB=-0.0059142;REVB=-0.0046272;RO=33;SAF=12;SAR=3;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715492;STB=0.514268;STBP=0.919;TYPE=ins;VARB=0.0098732;OID=.;OPOS=172348907;OREF=-;OALT=CCTC;OMAPALT=ACCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:15:49:16:46:30:12:4:22:8:99:33:12:3:25:8 chr3 172428782 . T C 1210.94 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.072;QD=59.7997;RBI=0.0216457;REFB=0;REVB=0.0211904;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255636;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:44:33:0:0:45:36:0:0 chr3 172489076 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.04;QD=56.9567;RBI=0.0693335;REFB=0;REVB=-0.0690167;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192681;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 172514294 . G A 1198.35 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204509;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3379;QD=60.676;RBI=0.0419662;REFB=0;REVB=0.036646;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691836;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:32:46:0:0:32:47:0:0 chr3 172766822 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00156431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.699;QD=20.7689;RBI=0.0292023;REFB=-0.0123036;REVB=-0.0291604;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332555;STB=0.528281;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00955827;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:13:14:11:12:13:14:11:13 chr3 174951756 . T C 658.76 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144585;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.576;QD=62.7386;RBI=0.0162956;REFB=0;REVB=0.00751653;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94416e-05;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 175165079 . C CT,T 547.08 PASS AF=0.324324,0.675676;AO=4,33;DP=37;FAO=12,25;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8,20;FSAR=4,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062043,-0.0365818;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=210.601,107.978;QD=59.1432;RBI=0.0148116,0.0754443;REFB=0,0;REVB=-0.0134495,-0.0659819;RO=0;SAF=0,28;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.47732e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0464448,0.061001;OID=.,.;OPOS=175165080,175165079;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:37:37:0:0:4,33:12,25:0.324324,0.675676:4,5:0,28:0:0:4,5:8,20:0:0 chr3 175327309 . G A 3486.36 PASS AF=0.995575;AO=223;DP=225;FAO=225;FDP=226;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249004;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3516;QD=61.7055;RBI=0.0278032;REFB=-0.104443;REVB=-0.0123689;RO=1;SAF=109;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435152;STB=0.502262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000708893;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:225:226:1:1:223:225:0.995575:114:109:1:0:115:110:1:0 chr3 175345143 . C G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.182;QD=58.6114;RBI=0.0197259;REFB=-0.0868279;REVB=0.0168916;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103967;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000995545;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:45:28:0:1:45:28:0:1 chr3 175473047 . T C 2146.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00541449;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9466;QD=62.2186;RBI=0.0122767;REFB=0.0190157;REVB=-0.0110182;RO=0;SAF=76;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000372068;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:0:1:137:137:0.992754:61:76:0:0:61:76:1:0 chr3 176838514 . C G 667.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.335;QD=60.7183;RBI=0.0401418;REFB=0;REVB=0.0160786;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931395;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:17:24:0:0:19:25:0:0 chr3 178742675 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.000889959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.095;QD=9.85698;RBI=0.00743903;REFB=-0.00682155;REVB=0.0073856;RO=41;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544869;STB=0.531884;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0171417;OID=.;OPOS=178742675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:16:4:7:34:16:4:7:34 chr3 178742690 . T C 902.02 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.253;QD=58.1948;RBI=0.0317617;REFB=0;REVB=0.0267841;RO=0;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06231e-05;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:49:13:0:0:49:13:0:0 chr3 178815528 . G A 2071.62 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7891;QD=62.3045;RBI=0.0403708;REFB=0;REVB=0.0194633;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183437;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:73:57:0:0:75:58:0:0 chr3 178976777 . C T 364.89 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.085721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6934;QD=52.1273;RBI=0.088182;REFB=0.0119529;REVB=0.0206874;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06184;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00232754;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:20:7:1:0:20:7:1:0 chr3 179096508 . C G 1275.28 PASS AF=0.955056;AO=80;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0212802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.662;QD=57.3161;RBI=0.0347709;REFB=0.00435738;REVB=0.0274985;RO=3;SAF=46;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168566;STB=0.516275;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000390306;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:3:4:80:85:0.955056:34:46:1:2:34:51:1:3 chr3 179298999 . C T 1992.97 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117489;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.482;QD=62.2802;RBI=0.0518561;REFB=0;REVB=-0.0505076;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132472;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr3 179306775 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0277877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.265;QD=15.2294;RBI=0.029094;REFB=-0.0270649;REVB=-0.00861994;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164113;STB=0.595077;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.013907;OID=.;OPOS=179306775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:13:15:13:6:13:15 chr3 179322385 . A C 291.0 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0624535;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9314;QD=14.7339;RBI=0.0624752;REFB=-0.00252825;REVB=-0.00164495;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467709;STB=0.503838;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00573791;OID=.;OPOS=179322385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:46:33:33:0.417722:17:16:23:24:17:16:22:24 chr3 179325566 . G GCTGT 383.07 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0120169;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.456;QD=14.1876;RBI=0.0162648;REFB=-0.00942636;REVB=-0.0109608;RO=64;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302659;STB=0.525862;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.0136748;OID=.;OPOS=179325567;OREF=-;OALT=CTGT;OMAPALT=GCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:44:109:45:108:63:16:29:25:38:99:64:16:28:25:39 chr3 179371154 . C T 1107.12 PASS AF=0.476596;AO=110;DP=236;FAO=112;FDP=235;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=0.00696788;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.324;QD=18.8446;RBI=0.015853;REFB=-0.0139751;REVB=0.0142396;RO=120;SAF=44;SAR=66;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104252;STB=0.567881;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0118879;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:120:123:110:112:0.476596:66:44:61:59:68:44:64:59 chr3 179424862 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00276064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6585;QD=18.3451;RBI=0.0148594;REFB=0.0185418;REVB=-0.0146007;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339734;STB=0.693647;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0320501;OID=.;OPOS=179424862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:12:6:12:5:12:6 chr3 181431138 . CAAAGA CAAAAGA,CAAAG 31.32 PASS AF=0,0.35;AO=2,2;DP=20;FAO=0,7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0786197,0.140444;FXX=0;HRUN=3,5;LEN=1,1;MLLD=16.2521,15.3938;QD=6.26349;RBI=0.0913986,0.228659;REFB=-0.0602131,-0.0314788;REVB=0.0466117,-0.180445;RO=10;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.612877,0.103256;STB=0.5,0.571224;STBP=1,0.714;TYPE=ins,del;VARB=0,0.056379;OID=.,.;OPOS=181431139,181431143;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAAAAGA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.35:2,2:20:0,7:20:13:0,3:0,4:7:6:32:10:2,1:0,1:4:6 chr3 182584117 . A G 281.14 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0112486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1565;QD=21.2179;RBI=0.0336271;REFB=0.00487254;REVB=0.0316899;RO=23;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524312;STB=0.539655;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00840214;OID=.;OPOS=182584117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:12:17:12:11:12:17:12:12 chr3 182614493 . T C 329.64 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0108057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.596;QD=20.9294;RBI=0.0318485;REFB=-0.0138191;REVB=0.0299593;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821821;STB=0.537292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0148159;OID=.;OPOS=182614493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:16:18:12:16:16:18:13:16 chr3 182681740 . C T 1105.63 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126376;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.443;QD=58.9671;RBI=0.0126409;REFB=0.0589181;REVB=-0.000293046;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119748;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=5.78166e-05;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:34:39:1:0:34:40:1:0 chr3 182755209 . T G 570.73 PASS AF=0.535354;AO=51;DP=97;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0284656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.24;QD=23.0596;RBI=0.0302263;REFB=-0.00826455;REVB=0.0101656;RO=45;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828712;STB=0.530689;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00761962;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:45:46:51:53:0.535354:28:23:16:29:30:23:17:29 chr3 182790249 . G A 1283.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.251;QD=61.8484;RBI=0.017924;REFB=0;REVB=0.0096984;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85823e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:51:31:0:0:52:31:0:0 chr3 182871962 . C T 338.47 PASS AF=0.355932;AO=41;DP=115;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0636503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.903;QD=11.4736;RBI=0.0639049;REFB=-0.00776341;REVB=0.00569804;RO=72;SAF=20;SAR=21;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753332;STB=0.549091;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0107028;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:72:76:41:42:0.355932:21:20:40:32:22:20:42:34 chr3 182897920 . A G 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00535676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6721;QD=16.7527;RBI=0.0278941;REFB=-0.0117188;REVB=-0.0273749;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113945;STB=0.564462;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0103361;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:13:15:10:14:13:15 chr3 182925404 . T C 720.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.422;QD=55.4142;RBI=0.0289998;REFB=0;REVB=0.0242333;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217036;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:20:28:0:0:21:31:0:0 chr3 183027542 . T G 164.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0127534;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.217;QD=12.3846;RBI=0.0273801;REFB=0.00668375;REVB=0.0242285;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.5218;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0103825;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:17:16:9:11:17:16 chr3 183211906 . A G 1011.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845475;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.358;QD=59.5159;RBI=0.0195087;REFB=0;REVB=-0.0175815;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17127e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr3 183476685 . G A 232.41 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0465356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1148;QD=12.5624;RBI=0.0592563;REFB=-0.000871593;REVB=-0.0366845;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778441;STB=0.544715;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.000324849;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:16:12:23:23:16:12:23:23 chr3 183521133 . A G 251.59 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0304292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.881;QD=20.5377;RBI=0.0305128;REFB=-0.00371066;REVB=-0.00225671;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216524;STB=0.512185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00374656;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:11:14:14:10:11:14 chr3 183523984 . A G 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0111565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.177;QD=32.7484;RBI=0.0111803;REFB=-0.0417383;REVB=0.000729816;RO=15;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489532;STB=0.526743;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0174556;OID=.;OPOS=183523984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:17:14:8:7:17:14:8:7 chr3 183524193 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0113882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.377;QD=15.1715;RBI=0.0135203;REFB=-0.00809793;REVB=0.00728747;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312091;STB=0.679569;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00875119;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:8:16:6:11:8:16 chr3 183533964 . T C 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0969151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2521;QD=11.9218;RBI=0.121231;REFB=-0.00613322;REVB=-0.0728317;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45597;STB=0.781686;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00791009;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:5:4:6:1:5:4 chr3 183638026 . AGGGGAGA AGGGAGA,AGGG 53.17 PASS AF=0,0.310345;AO=4,9;DP=17;FAO=0,9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0310419,-0.0368407;FXX=0.0333222;HRUN=4,4;LEN=1,4;MLLD=17.5159,192.096;QD=7.33315;RBI=0.25097,0.0466868;REFB=-0.0897995,-0.02787;REVB=-0.249043,-0.0286779;RO=2;SAF=0,2;SAR=4,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.560403,0.560403;SSEP=0,0;SSSB=-0.725637,-0.118266;STB=0.5,0.711359;STBP=1,0.157;TYPE=del,del;VARB=0,0.0484979;OID=.,.;OPOS=183638027,183638030;OREF=G,GAGA;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGAGA,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.310345:4,9:17:0,9:29:20:0,2:0,7:10:10:53:2:0,2:4,7:1:1 chr3 183660585 . G A 397.64 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00393809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5356;QD=18.0746;RBI=0.0360554;REFB=-0.0121132;REVB=0.0358397;RO=47;SAF=24;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031477;STB=0.517585;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0221737;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:17:24:26:21:17:24:26:21 chr3 183685534 . A G 631.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8861;QD=61.6365;RBI=0.0590555;REFB=0;REVB=0.0384236;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921121;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 183696402 . A G 1228.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.645;QD=61.4146;RBI=0.0765361;REFB=0;REVB=-0.00255471;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103293;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:39:36:0:0:39:41:0:0 chr3 183699516 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0109174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.429;QD=19.1804;RBI=0.0189178;REFB=-0.0298183;REVB=0.0154497;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283465;STB=0.66015;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0214727;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:9:2:7:6:9:2 chr3 183753777 . G A 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0267617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6567;QD=14.9761;RBI=0.0469975;REFB=-0.0644938;REVB=-0.0386338;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0306841;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:9:11:10:10:0.47619:5:5:4:5:5:5:5:6 chr3 183754294 . G C 358.1 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00508405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2381;QD=22.3814;RBI=0.00688346;REFB=0.000109989;REVB=-0.00464052;RO=28;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127699;STB=0.507038;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000161354;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:20:16:12:16:20:16:12:16 chr3 183755822 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8405;QD=57.7113;RBI=0.054618;REFB=0;REVB=0.0545477;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361472;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr3 183756702 . G A 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184786;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.329;QD=64.4264;RBI=0.0797932;REFB=0;REVB=0.077624;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256612;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr3 183756742 . C T 196.76 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0874162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.669;QD=18.3029;RBI=0.0895743;REFB=-0.0186684;REVB=-0.0195439;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166923;STB=0.595083;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0294008;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:11:12:7:13:11:12 chr3 183774762 . C A 293.45 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0367194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3249;QD=14.8584;RBI=0.0506056;REFB=0.0105554;REVB=0.0348225;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132963;STB=0.575382;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0123775;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:13:20:22:24:13:20:22:24 chr3 183778010 . G C 238.73 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00534213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.097;QD=14.0432;RBI=0.0255451;REFB=-0.0235811;REVB=-0.0249803;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456088;STB=0.519637;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0473041;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:11:17:22:17:11:17:23:17 chr3 183818416 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0304783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.398;QD=17.9408;RBI=0.0310472;REFB=0.00305297;REVB=-0.00591601;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159409;STB=0.590698;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00282605;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:13:9:11:8:13:9 chr3 183823575 . GT G,GC 697.58 PASS AF=0.185185,0.814815;AO=16,38;DP=56;FAO=10,44;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=10,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156119,0.00386978;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.259,151.365;QD=51.6729;RBI=0.191913,0.334385;REFB=0,0;REVB=0.191277,0.334362;RO=0;SAF=0,34;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0338934,0.00294269;OID=.,.;OPOS=183823576,183823576;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.814815:16,38:56:10,44:54:0:0,32:10,12:0:0:27:0:0,34:16,4:0:0 chr3 183823967 . C T 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0261008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.725;QD=15.2531;RBI=0.0272503;REFB=-0.0207758;REVB=0.00783121;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0277198;OID=.;OPOS=183823967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr3 183861243 . A G 298.81 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00184275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.736;QD=26.5613;RBI=0.0087802;REFB=-0.0205158;REVB=-0.00858465;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122015;STB=0.545421;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0149639;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:26:27:0.6:14:12:5:12:15:12:6:12 chr3 183863084 . AAG A 43.45 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.03705;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=256.079;QD=6.43695;RBI=0.0385734;REFB=-0.00595228;REVB=-0.0107334;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-0.478793;STB=0.812866;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.00959487;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:8:27:8:27:19:2:6:14:5:43:17:2:6:12:5 chr3 183900680 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5144;QD=60.6102;RBI=0.0635658;REFB=0;REVB=0.0626306;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012383;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 183900729 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.57;QD=50.4128;RBI=0.0159227;REFB=0;REVB=-0.01476;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85356e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr3 183907032 . G C,T 2216.56 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=135,6;DP=141;FAO=135,6;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=75,2;FSAR=60,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488448,0.0078321;FXX=0.0408136;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.342,102.433;QD=62.8811;RBI=0.0167487,0.0113176;REFB=0,0;REVB=0.0160206,0.00816987;RO=0;SAF=75,2;SAR=60,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.67788e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00105457,0.0093923;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:141:141:0:0:135,6:135,6:0.957447,0.0425532:60,4:75,2:0:0:60,4:75,2:0:0 chr3 183975365 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.249;QD=54.481;RBI=0.0904883;REFB=0.00418884;REVB=0.0650874;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000728451;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr3 183976103 . C T 385.58 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00210657;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.878;QD=20.2938;RBI=0.0298026;REFB=-0.0129048;REVB=0.0297281;RO=37;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18534;STB=0.602798;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.013588;OID=.;OPOS=183976103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:15:24:15:22:15:24:15:22 chr3 183996068 . C T 344.0 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0555992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.151;QD=16.3811;RBI=0.0587256;REFB=-0.00188315;REVB=-0.0189057;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204743;STB=0.615321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00304908;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:13:24:21:26:13:24:21:26 chr3 184037533 . A G 726.21 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015631;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.141;QD=55.862;RBI=0.0156462;REFB=0;REVB=-0.000689006;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233873;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:26:26:0:0 chr3 184039666 . A G 83.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.01863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9659;QD=10.1631;RBI=0.0315434;REFB=-0.0019362;REVB=0.0254541;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155754;STB=0.593059;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00432546;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:7:15:6:5:7:15 chr3 184056252 . C G 320.0 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00154391;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.519;QD=22.8571;RBI=0.00358432;REFB=-0.0247557;REVB=-0.00323476;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138272;STB=0.576356;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0180152;OID=.;OPOS=184056252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:13:19:10:14:13:19:10:14 chr3 184075047 . A G 157.13 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0116727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.388;QD=16.5397;RBI=0.0302197;REFB=-0.0189243;REVB=-0.0278744;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728783;STB=0.541619;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0241923;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:15:6:6:11:15:6 chr3 184102396 . C T 447.13 PASS AF=0.425;AO=48;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0046125;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2714;QD=14.9044;RBI=0.00497353;REFB=-0.00181102;REVB=0.00186033;RO=69;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104928;STB=0.562476;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00316441;OID=.;OPOS=184102396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:69:48:51:0.425:23:25:29:40:24:27:29:40 chr3 184103903 . A C 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.000664243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.325;QD=20.0287;RBI=0.00185158;REFB=-0.0159246;REVB=0.00172833;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684376;STB=0.53843;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0210857;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:7:19:16:8:7:19 chr3 184144585 . A G 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00484143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.572;QD=3.649;RBI=0.0400347;REFB=0.0028977;REVB=-0.0397408;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218433;STB=0.654027;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0137852;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:16:15:4:2:16:15 chr3 184289152 . A G 587.4 PASS AF=0.472868;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.000647246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.575;QD=18.2139;RBI=0.026678;REFB=-0.0189403;REVB=-0.0266702;RO=68;SAF=22;SAR=38;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200209;STB=0.604533;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0238714;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:60:61:0.472868:38:22:39:29:38:23:39:29 chr3 184428903 . T G 218.82 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00827544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.084;QD=11.6703;RBI=0.0178043;REFB=-0.00360382;REVB=-0.0157642;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119032;STB=0.568539;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00684411;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:18:30:14:13:18:30 chr3 184429133 . A ATCC 178.48 PASS AF=0.44186;AO=14;DP=53;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0163826;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.851;QD=16.6025;RBI=0.039183;REFB=-0.0317973;REVB=0.0355938;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201754;STB=0.503933;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.0416346;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:14:53:19:43:24:12:7:15:9:99:37:8:6:27:10 chr3 184429414 . C A 114.86 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0222436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.109;QD=25.5239;RBI=0.023745;REFB=-0.0101453;REVB=-0.00830953;RO=5;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548501;STB=0.81895;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.005709;OID=.;OPOS=184429414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:18:18:5:5:11:11:0.611111:1:10:1:4:1:10:1:4 chr3 184429718 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0822426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2891;QD=17.8254;RBI=0.0822449;REFB=-0.0129927;REVB=0.000613637;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00398349;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:5:6:6:6:5:6 chr3 184550501 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0377;QD=56.9567;RBI=0.0505223;REFB=0;REVB=-0.035355;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79876e-06;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr3 184573555 . C T 754.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.377;QD=56.915;RBI=0.0267395;REFB=0;REVB=-0.0222584;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07187e-05;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr3 184647413 . T C 1227.79 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000781853;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.675;QD=61.3893;RBI=0.0116817;REFB=0;REVB=0.0116555;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181189;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:42:36:0:0:44:36:0:0 chr3 184700426 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0156893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7246;QD=15.2616;RBI=0.028255;REFB=-0.013491;REVB=-0.0234987;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233108;STB=0.636714;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0103561;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:9:7:3:10:9:7 chr3 184795895 . A G 682.99 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0331745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.653;QD=52.538;RBI=0.0387948;REFB=0.00464369;REVB=0.0201119;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.504884;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-3.25767e-06;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:49:50:0.961538:18:31:0:1:19:31:1:1 chr3 184797765 . C T 229.76 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0135411;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=17.6739;RBI=0.0203786;REFB=-0.0108307;REVB=-0.0152291;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520842;STB=0.518504;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0086515;OID=.;OPOS=184797765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:12:12:15:12:12:13:15:12 chr3 184798067 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00561606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.701;QD=16.4804;RBI=0.032085;REFB=-0.0209253;REVB=0.0315897;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0239232;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:15:10:9:10:15:10 chr3 184798097 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0281543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.701;QD=17.7324;RBI=0.0299128;REFB=-0.0206597;REVB=0.0101048;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00784756;OID=.;OPOS=184798097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr3 184798149 . A C 291.57 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0457823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9607;QD=19.4378;RBI=0.0679776;REFB=-0.0329717;REVB=-0.0502488;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116484;STB=0.564803;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0184697;OID=.;OPOS=184798149;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:12:17:14:17:12:17 chr3 184922294 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00498999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.57;QD=17.7316;RBI=0.00747091;REFB=-0.000109683;REVB=-0.00556008;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274563;STB=0.657342;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000175203;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:8:11:5:12:8:11 chr3 185046975 . T C 1553.28 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.095;QD=62.7588;RBI=0.0191647;REFB=-0.0744327;REVB=0.0125814;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000142048;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:36:62:0:0:36:62:0:1 chr3 185146702 . C T 122.81 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.55;QD=40.936;RBI=0.0980741;REFB=0;REVB=0.0980096;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545032;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr3 185300589 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0101205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.408;QD=10.823;RBI=0.0213879;REFB=-0.0345865;REVB=-0.0188419;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987403;STB=0.542786;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0643554;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:9:13:6:6:10:13 chr3 185331165 . C A 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0419409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.013;QD=10.4284;RBI=0.0420973;REFB=-0.0196736;REVB=0.00362623;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117583;STB=0.569759;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0516426;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:8:22:9:5:8:22 chr3 185348402 . C T 438.59 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=81;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0365589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8103;QD=21.1371;RBI=0.0464241;REFB=-0.0118582;REVB=-0.0286119;RO=38;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393013;STB=0.515411;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0156589;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:38:39:42:44:0.53012:18:24:20:18:20:24:20:19 chr3 185867550 . G C 166.91 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0136003;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.703;QD=21.5373;RBI=0.0140123;REFB=0.000166525;REVB=0.00337277;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116477;STB=0.576373;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-9.21757e-05;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:14:17:17:0.548387:14:3:4:11:14:3:4:10 chr3 185867637 . C T 130.34 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0100229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.427;QD=12.7163;RBI=0.0144938;REFB=-0.0219165;REVB=-0.0104695;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694862;STB=0.532214;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0264421;OID=.;OPOS=185867637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:11:4:8:17:11:4:8:18 chr3 185990096 . C T 1290.72 PASS AF=1;AO=68;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.806;QD=61.4627;RBI=0.0518116;REFB=0;REVB=0.0453141;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626174;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:68:84:1:33:35:0:0:46:38:0:0 chr3 186006566 . T C 677.2 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0132284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.167;QD=52.0922;RBI=0.0553382;REFB=-0.0231879;REVB=0.0537339;RO=2;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781596;STB=0.538446;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000247172;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:49:50:0.961538:11:38:0:2:12:38:0:2 chr3 186006618 . G C 337.95 PASS AF=0.617021;AO=21;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00941407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=145.342;QD=28.7617;RBI=0.0645728;REFB=-0.0448917;REVB=-0.0638829;RO=13;SAF=17;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353461;STB=0.725956;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0191422;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:18:21:29:0.617021:4:17:5:8:4:25:8:10 chr3 186015283 . A G 286.26 PASS AF=0.492063;AO=26;DP=57;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00136413;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=277.657;QD=18.1751;RBI=0.0117863;REFB=0.00253236;REVB=-0.0117071;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110804;STB=0.523599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0022505;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:15:32:26:31:0.492063:13:13:5:10:16:15:14:18 chr3 186337713 . T C 112.14 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00726457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.746;QD=16.6132;RBI=0.0115382;REFB=-0.020218;REVB=-0.0089641;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200611;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0309659;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:8:5:8:5:8:5:8:6 chr3 186338382 . G C 201.97 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0364747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.524;QD=12.058;RBI=0.0368028;REFB=0.0119528;REVB=0.00490322;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099147;STB=0.557097;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00976961;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:12:13:18:24:12:13:18:24 chr3 186338425 . A C 138.74 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0244985;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.661;QD=8.95081;RBI=0.0255971;REFB=-0.00230317;REVB=-0.00741837;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054724;STB=0.532434;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00596026;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:14:29:12:7:14:29 chr3 186370333 . G T 767.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1668;QD=56.8822;RBI=0.0335256;REFB=0;REVB=-0.0294089;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524203;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:23:30:0:0:23:31:0:0 chr3 186390627 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00294518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.739;QD=16.8095;RBI=0.0176223;REFB=-0.0195898;REVB=0.0173744;RO=42;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342957;STB=0.519265;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0210004;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:13:22:25:17:13:22:25:17 chr3 186395113 . A G 92.38 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0518828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3304;QD=7.54094;RBI=0.054576;REFB=-0.00705493;REVB=0.0169325;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402468;STB=0.761081;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0786112;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:49:49:35:36:12:13:0.265306:2:10:19:16:2:11:20:16 chr3 186395180 . T C 408.61 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5104;QD=54.4816;RBI=0.0722401;REFB=0;REVB=0.0239346;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246743;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:25:30:1:6:19:0:0:6:24:0:0 chr3 186395436 . C T 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0155166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.523;QD=21.9409;RBI=0.0194935;REFB=-0.0292821;REVB=0.0117997;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.558753;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0265767;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:10:6:3:8:10:6:3:9 chr3 186395572 . A T 230.42 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00956226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.822;QD=46.0833;RBI=0.0135419;REFB=-0.172211;REVB=0.00958881;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297028;STB=0.516112;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00993548;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:15:4:0:1:15:4:0:1 chr3 186443018 . T C 300.2 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00302002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.742;QD=16.4495;RBI=0.0140045;REFB=-0.00420593;REVB=0.013675;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291206;STB=0.516363;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00585203;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:17:23:18:15:17:23 chr3 186489724 . T C 172.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0919022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6389;QD=18.113;RBI=0.111544;REFB=-0.0093645;REVB=0.0632152;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895477;STB=0.550843;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0167261;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:13:7:8:10:13:7 chr3 186509517 . G A 427.13 PASS AF=0.517647;AO=42;DP=82;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0278329;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.087;QD=20.1002;RBI=0.027833;REFB=-0.0145355;REVB=-9.12154e-05;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545338;STB=0.527884;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0124273;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:37:41:42:44:0.517647:20:22:17:20:20:24:20:21 chr3 186570892 . T G 364.69 PASS AF=0.43956;AO=38;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0254903;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.509;QD=16.0302;RBI=0.0406323;REFB=-0.0384884;REVB=-0.0316422;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367715;STB=0.521728;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0406186;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:51:38:40:0.43956:17:21:30:21:18:22:30:21 chr3 186917751 . C G 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8041;QD=57.5353;RBI=0.0526181;REFB=0;REVB=0.0524053;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348115;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr3 186937568 . A G 432.61 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00550049;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.477;QD=20.1214;RBI=0.0144473;REFB=-0.00504551;REVB=0.0133592;RO=41;SAF=27;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14837;STB=0.594669;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00308945;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:43:43:43:0.5:16:27:19:22:16:27:19:24 chr3 186953932 . C A 344.66 PASS AF=0.638298;AO=27;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00958424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.141;QD=29.333;RBI=0.0683577;REFB=-0.0303587;REVB=-0.0676825;RO=13;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124652;STB=0.576421;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0184861;OID=.;OPOS=186953932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:16:27:30:0.638298:13:14:4:9:16:14:4:12 chr3 186954285 . A G 1170.38 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5121;QD=60.7988;RBI=0.066853;REFB=0;REVB=0.0624614;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227184;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:33:41:0:0:34:43:0:0 chr3 187088656 . C T 322.27 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00408244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.422;QD=14.1656;RBI=0.0333583;REFB=-0.0130031;REVB=0.0331076;RO=55;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.560942;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.01787;OID=.;OPOS=187088656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:20:16:30:25:20:16:30:25 chr3 187088812 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00482186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.675;QD=10.1487;RBI=0.0188383;REFB=-0.00937027;REVB=-0.0182107;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516989;STB=0.530276;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0271126;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:24:20:11:11:24:20 chr3 187088903 . C A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0177936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3042;QD=17.099;RBI=0.043295;REFB=0.00196631;REVB=0.0394695;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34729;STB=0.69971;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00106431;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:5:10:4:10:5:10 chr3 187088926 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000962884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.125;QD=55.0981;RBI=0.0392682;REFB=0;REVB=0.0392564;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244245;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 187089031 . C A 148.34 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0137667;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.913;QD=10.7882;RBI=0.0640385;REFB=-0.0193755;REVB=-0.0625413;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272208;STB=0.659985;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0323285;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:6:13:16:20:6:13:16:20 chr3 187416634 . C A 245.26 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0161253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5721;QD=13.2571;RBI=0.0186111;REFB=0.0324724;REVB=0.00929224;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885621;STB=0.550527;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0505535;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:18:27:15:14:18:27 chr3 187416719 . T C 211.99 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0228614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.404;QD=16.6263;RBI=0.0229045;REFB=-0.0228975;REVB=-0.00140423;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620852;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0204738;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:22:23:0.45098:12:10:14:13:12:11:14:14 chr3 187446211 . C T 355.55 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0185933;FXX=0.052627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.135;QD=13.1684;RBI=0.0196374;REFB=-0.0104869;REVB=0.00631788;RO=65;SAF=18;SAR=24;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523491;STB=0.534743;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0154163;OID=.;OPOS=187446211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:108:65:66:42:42:0.388889:24:18:31:34:24:18:32:34 chr3 187447032 . G A 266.52 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0226588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.632;QD=15.9115;RBI=0.0256776;REFB=-0.0102559;REVB=0.0120797;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145953;STB=0.582036;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0120212;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:24:13:15:15:24:13 chr3 187450128 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0192977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5907;QD=12.4807;RBI=0.0491483;REFB=-0.00143777;REVB=-0.0452012;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000466249;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:12:7:5:7:12:7 chr3 187897059 . G A 312.6 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.007439;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6351;QD=18.9454;RBI=0.0164957;REFB=-0.00716637;REVB=0.0147231;RO=29;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339377;STB=0.53689;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00751346;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:29:33:33:33:0.5:24:9:7:22:24:9:11:22 chr3 187897283 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00692384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.676;QD=8.6968;RBI=0.0375226;REFB=-0.0028791;REVB=0.0368783;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.547808;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00835704;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:6:7:4:3:7:7 chr3 187897614 . C G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0170225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.526;QD=16.1187;RBI=0.0209893;REFB=-0.0139548;REVB=-0.0122795;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.015298;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:8:5:7:5:8:5 chr3 187897954 . T A 531.59 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0262967;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1954;QD=15.0805;RBI=0.0321565;REFB=-0.013436;REVB=0.0185074;RO=81;SAF=31;SAR=28;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019887;STB=0.509258;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0220983;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:81:82:59:59:0.41844:28:31:41:40:29:30:43:39 chr3 187898523 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0126026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.433;QD=15.9167;RBI=0.0127436;REFB=0.0201711;REVB=0.00189;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417614;STB=0.74247;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00806831;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:5:10:3:10:5:10 chr3 188327461 . C T 1155.31 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853444;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.809;QD=59.2465;RBI=0.0148942;REFB=-0.118516;REVB=0.0122066;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122921;STB=0.506492;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000120693;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:38:39:0:1:38:39:0:1 chr3 188464248 . G GT 1108.63 PASS AF=1;AO=91;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523315;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0058;QD=45.7168;RBI=0.0782371;REFB=0;REVB=-0.058159;RO=6;SAF=57;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00279509;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:99:97:97:0:60:37:0:0:20:6:57:34:4:2 chr3 188868715 . A C 690.68 PASS AF=0.54918;AO=64;DP=119;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0059297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.782;QD=22.6453;RBI=0.0171117;REFB=-0.0225643;REVB=0.0160514;RO=55;SAF=21;SAR=43;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16185;STB=0.586828;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0157161;OID=.;OPOS=188868715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:55:55:64:67:0.54918:43:21:28:27:45:22:28:27 chr3 188868753 . A G 595.16 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0026288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.834;QD=20.8827;RBI=0.013126;REFB=-0.00574196;REVB=-0.0128601;RO=54;SAF=23;SAR=37;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103319;STB=0.556874;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0054807;OID=.;OPOS=188868753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:37:23:27:27:37:23:27:27 chr3 189033292 . C G 548.62 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0161855;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.068;QD=19.0824;RBI=0.0184116;REFB=-0.0205839;REVB=-0.00877587;RO=58;SAF=28;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800148;STB=0.504423;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0236566;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:58:57:57:0.495652:29:28:29:29:29:28:29:29 chr3 189713205 . T C 353.51 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0556586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9376;QD=23.9669;RBI=0.057897;REFB=-0.0171959;REVB=-0.0159433;RO=24;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123227;STB=0.567861;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0102114;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:12:23:12:12:12:23:12:12 chr3 190023552 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.485;QD=48.7373;RBI=0.0311752;REFB=0;REVB=0.0305847;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59448e-05;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr3 190024457 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.573;QD=59.1431;RBI=0.0322603;REFB=0;REVB=0.0290168;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108841;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr3 190030680 . A G 1269.39 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112826;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.917;QD=59.0416;RBI=0.0153158;REFB=-0.0247956;REVB=0.0103575;RO=1;SAF=48;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976474;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000261091;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:82:85:0.988372:34:48:1:0:34:51:1:0 chr3 190333162 . TG T,TT 1552.15 PASS AF=1,0;AO=96,9;DP=105;FAO=105,0;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153397,-0.0149162;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=323.009,302.906;QD=59.1295;RBI=0.0154685,0.0150274;REFB=0,0;REVB=0.00199186,0.0018252;RO=0;SAF=58,5;SAR=38,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-1.82947e-06,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:96,9:105:105,0:105:0:63,0:42,0:0:0:9:0:58,5:38,4:0:0 chr3 190360102 . G A 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8273;QD=62.6555;RBI=0.039628;REFB=0;REVB=-0.0182735;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162939;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr3 191047532 . A G 2851.9 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.862;QD=62.3367;RBI=0.076773;REFB=0;REVB=0.0610416;RO=0;SAF=81;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5238e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:183:0:0:179:183:1:98:81:0:0:102:81:0:0 chr3 191074873 . C G 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.769;QD=57.3802;RBI=0.0541418;REFB=0;REVB=0.027355;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111062;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 191075902 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0192617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.91;QD=15.1112;RBI=0.0277401;REFB=0.000301173;REVB=-0.0199625;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520206;STB=0.529452;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000652874;OID=.;OPOS=191075902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:19:19:16:13:19:19 chr3 191093053 . T C 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00329665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.769;QD=14.6631;RBI=0.0167545;REFB=-0.0042789;REVB=0.016427;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197969;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00402156;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:11:10:10:5:11:10 chr3 191093175 . T A 53.66 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.030318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4933;QD=8.25572;RBI=0.0833166;REFB=-0.022855;REVB=-0.0776046;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0427513;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr3 191093310 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.011734;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.376;QD=23.5284;RBI=0.0119292;REFB=-0.000165077;REVB=-0.00214917;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251709;STB=0.640312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000113373;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:4:11:8:12:4:11 chr3 191097966 . T C 324.57 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00417056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.834;QD=17.0828;RBI=0.0330451;REFB=-0.0127771;REVB=0.0327809;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489956;STB=0.535115;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0148024;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:41:35:35:0.460526:14:21:22:18:14:21:22:19 chr3 191098539 . C G 319.17 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0110541;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.427;QD=15.5691;RBI=0.0155453;REFB=-0.00273785;REVB=-0.01093;RO=48;SAF=11;SAR=24;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392464;STB=0.716298;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00492241;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:47:35:35:0.426829:24:11:34:14:24:11:33:14 chr3 191100561 . C A 242.66 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0227894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2628;QD=14.9331;RBI=0.0307144;REFB=-0.0751957;REVB=-0.0205916;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019846;STB=0.518259;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0342498;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:13:15:20:16:13:15:21:16 chr3 191810914 . TAT CGC,CGT 402.56 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013077,0.0123844;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=114.063,133.252;QD=55.5254;RBI=0.0276496,0.0504095;REFB=0,0;REVB=0.0276186,0.0488646;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0263685,-0.000590381;OID=.,.;OPOS=191810914,191810914;OREF=TAT,TA;OALT=CGC,CG;OMAPALT=CGC,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,15:0,12:0:0:2,15:0,12:0:0 chr3 192447403 . G A 1069.06 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234239;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.814;QD=60.2288;RBI=0.0237323;REFB=0;REVB=-0.00381366;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01903e-05;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr3 192447418 . A G 1133.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.524;QD=60.4775;RBI=0.0207273;REFB=0;REVB=0.0157179;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00946e-05;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:46:27:0:0:46:29:0:0 chr3 192515557 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.371;QD=58.1372;RBI=0.0172407;REFB=0;REVB=-0.0149978;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27424e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr3 192994543 . A G 791.49 PASS AF=0.631579;AO=71;DP=113;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0450365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3148;QD=27.7715;RBI=0.0586396;REFB=-0.0177649;REVB=0.0375541;RO=42;SAF=31;SAR=40;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439021;STB=0.525893;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00970231;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:42:42:71:72:0.631579:40:31:21:21:41:31:21:21 chr3 193031926 . C T 90.4 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0166609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.316;QD=7.86075;RBI=0.0370605;REFB=-0.000714239;REVB=-0.0331043;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601742;STB=0.503725;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000916115;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:20:14:5:7:20:14 chr3 193036783 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00925864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.216;QD=19.8488;RBI=0.00925869;REFB=-0.00136822;REVB=3.12899e-05;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517022;STB=0.529372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000658788;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:6:7:9:6:6:7 chr3 193036794 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.274;QD=57.2018;RBI=0.0251085;REFB=0;REVB=0.0191821;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024164;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr3 193042776 . T C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.003;QD=60.5922;RBI=0.0348871;REFB=0;REVB=0.00237211;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102389;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr3 193080414 . C G 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.617;QD=61.0777;RBI=0.0192793;REFB=-0.0246121;REVB=0.0068776;RO=1;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101877;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000254732;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:39:46:1:0:39:48:1:0 chr3 193096529 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.51;QD=61.8523;RBI=0.031185;REFB=0;REVB=0.00175786;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106775;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr3 193120359 . GA G 246.73 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0157315;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.577;QD=13.3365;RBI=0.0171818;REFB=-0.0141059;REVB=0.00690913;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412031;STB=0.502355;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=0.0246112;OID=.;OPOS=193120360;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391892:29:75:29:74:45:16:13:25:20:99:45:16:13:25:20 chr3 193183817 . A G 194.68 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0544762;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.483;QD=16.5681;RBI=0.0579843;REFB=-0.037368;REVB=0.0198625;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120199;STB=0.568561;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0300086;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:18:9:9:11:18:9 chr3 193209178 . T C 153.05 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.016542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5316;QD=13.9133;RBI=0.0196471;REFB=-0.010782;REVB=0.0106005;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474575;STB=0.502759;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00984947;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:11:16:10:7:11:16 chr3 193210768 . A G 370.32 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0243116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.501;QD=20.0174;RBI=0.0276478;REFB=-0.00966859;REVB=0.013166;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618152;STB=0.527013;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0114256;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:38:38:0.513514:19:19:15:20:19:19:16:20 chr3 193334991 . G A 229.41 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.026636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0895;QD=14.1179;RBI=0.0280225;REFB=-0.00979762;REVB=0.00870531;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144698;STB=0.582031;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0185786;OID=.;OPOS=193334991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:25:13:13:14:25:13 chr3 193355074 . T C 1541.01 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105377;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.463;QD=59.8451;RBI=0.0313911;REFB=0;REVB=0.0313734;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06922e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr3 193365939 . T G 381.07 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0274667;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.085;QD=14.3801;RBI=0.0501207;REFB=-0.0136297;REVB=0.0419246;RO=62;SAF=26;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620491;STB=0.53501;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0166148;OID=.;OPOS=193365939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:18:26:33:29:18:26:33:29 chr3 193374964 . T C 446.05 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00403445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.416;QD=18.2062;RBI=0.0187653;REFB=-0.00520236;REVB=0.0183265;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116242;STB=0.506491;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00429732;OID=.;OPOS=193374964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:26:19:23:30:26:19:23:30 chr3 193386239 . C T 306.11 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=0.00842141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.317;QD=15.499;RBI=0.0313562;REFB=-0.00347639;REVB=-0.0302041;RO=40;SAF=25;SAR=9;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505802;STB=0.532001;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00297188;OID=.;OPOS=193386239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:45:34:34:0.43038:9:25:31:9:9:25:35:10 chr3 193863706 . A G 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00340043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4831;QD=18.6411;RBI=0.0309472;REFB=-0.020853;REVB=-0.0307598;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0292569;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr3 194061826 . C T 209.0 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.051344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4212;QD=14.9284;RBI=0.0513683;REFB=-0.0420011;REVB=0.00158028;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597569;STB=0.55334;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0589807;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:24:25:0.446429:9:15:17:13:9:16:17:14 chr3 194061906 . TG CA,CG 837.3 PASS AF=0.55,0.45;AO=32,27;DP=59;FAO=33,27;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20,19;FSAR=13,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201334,-0.00507225;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.041,70.5919;QD=55.8199;RBI=0.0219113,0.00507517;REFB=0,0;REVB=0.00864603,0.000172076;RO=0;SAF=19,19;SAR=13,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.06954e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00182992,0.0124107;OID=.,.;OPOS=194061906,194061906;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:59:60:0:0:32,27:33,27:0.55,0.45:13,8:19,19:0:0:13,8:20,19:0:0 chr3 194062519 . C T 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000185968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2856;QD=11.0932;RBI=0.0608847;REFB=-0.0512185;REVB=-0.0608844;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.599562;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0452434;OID=.;OPOS=194062519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:4:2:1:4:4:2 chr3 194062565 . C T 152.44 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1594;QD=43.5527;RBI=0.0837914;REFB=0;REVB=0.0149262;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158745;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:2:11:0:0:3:11:0:0 chr3 194063153 . G A 268.69 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0226065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.304;QD=16.5347;RBI=0.0275974;REFB=-0.0242085;REVB=0.0158291;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299237;STB=0.535187;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0299032;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:15:35:19:30:0.461538:7:12:10:5:11:19:20:15 chr3 194063300 . T C 1345.36 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134411;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7874;QD=62.575;RBI=0.0263613;REFB=0;REVB=0.0226772;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609076;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:46:40:0:0 chr3 194118874 . T C 729.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.219;QD=57.1907;RBI=0.0285059;REFB=0;REVB=0.0201863;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143611;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr3 194124421 . A G 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0109298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.662;QD=23.9246;RBI=0.0110699;REFB=0.00086169;REVB=-0.00175579;RO=33;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118292;STB=0.506491;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000614989;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:22:22:16:17:22:22:16:17 chr3 194124427 . C T 281.1 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0177789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.035;QD=14.4156;RBI=0.0260664;REFB=-0.00840952;REVB=-0.0190621;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550159;STB=0.53123;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0111727;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:22:24:15:17:22:24 chr3 194313832 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.241;QD=48.7372;RBI=0.00915727;REFB=0;REVB=0.00865103;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46791e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr3 194337901 . T C,G 1232.76 PASS AF=0.987654,0.0123457;AO=78,3;DP=81;FAO=80,1;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534174,-0.00955662;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.315,119.682;QD=60.8769;RBI=0.00743257,0.0113338;REFB=0,0;REVB=-0.00516806,-0.00609304;RO=0;SAF=35,3;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.91087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00198027,0.0948141;OID=.,.;OPOS=194337901,194337901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:81:81:0:0:78,3:80,1:0.987654,0.0123457:43,0:35,3:0:0:43,0:37,1:0:0 chr3 194338423 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000137727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.945;QD=63.8717;RBI=0.00502004;REFB=0;REVB=0.00501815;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76955e-05;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 194349178 . C T 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.09;QD=63.0481;RBI=0.0479912;REFB=0;REVB=0.00981521;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191714;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr3 194373832 . TG CA 2239.27 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027368;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=2;MLLD=349.015;QD=63.5255;RBI=0.0299864;REFB=0;REVB=0.0122546;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.67454e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:61:80:0:0:61:80:0:0 chr3 194408704 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.4;QD=33.4284;RBI=0.0623921;REFB=0;REVB=0.00497055;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255303;OID=.;OPOS=194408704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 194842877 . A G 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0336557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.953;QD=13.4909;RBI=0.0423267;REFB=-0.0120499;REVB=-0.0256681;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175123;STB=0.599933;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0185412;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:26:20:18:12:26:20 chr3 195076877 . C G 124.79 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0023383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=10.1868;RBI=0.0557395;REFB=-0.0185446;REVB=0.0556904;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439694;STB=0.529372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0468848;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:34:15:15:0.306122:6:9:18:14:6:9:19:15 chr3 195242526 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.684;QD=50.4133;RBI=0.065738;REFB=0;REVB=0.00818512;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363293;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr3 195345828 . AG GA 337.94 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00477924;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.747;QD=51.9909;RBI=0.00562955;REFB=-0.0207043;REVB=0.00297501;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=mnp;VARB=0.000398012;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr3 195345953 . C T 297.61 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.117189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.08;QD=44.0908;RBI=0.118016;REFB=0.000985739;REVB=-0.0139476;RO=3;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176421;STB=0.509546;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00152889;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:10:14:2:1:10:14:2:1 chr3 195346477 . C T 373.66 PASS AF=0.603175;AO=35;DP=62;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0367043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.967;QD=23.7242;RBI=0.0383473;REFB=-0.0469986;REVB=-0.0111046;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956521;STB=0.529396;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0461613;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:25:35:38:0.603175:18:17:9:16:20:18:10:15 chr3 195346906 . C T 172.55 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0124639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1089;QD=7.58469;RBI=0.0458023;REFB=-0.0175059;REVB=0.0440738;RO=65;SAF=11;SAR=13;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413798;STB=0.536175;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0337338;OID=.;OPOS=195346906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:67:24:24:0.263736:13:11:32:33:13:11:34:33 chr3 195399505 . C T 45.22 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0380047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.735;QD=3.22965;RBI=0.0412626;REFB=-0.00263129;REVB=0.01607;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748471;STB=0.555415;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0251935;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:46:48:8:8:0.142857:5:3:20:26:5:3:21:27 chr3 195404649 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0646495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3775;QD=8.24465;RBI=0.0764316;REFB=-0.00734099;REVB=0.0407705;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185114;STB=0.615062;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.016128;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:9:6:4:3:9:6 chr3 195447886 . G C 571.46 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0184273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8877;QD=17.5833;RBI=0.0186033;REFB=-0.0205375;REVB=-0.00255305;RO=70;SAF=34;SAR=26;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469851;STB=0.502611;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0267323;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:26:34:40:30:26:34:40:30 chr3 195451880 . AG GA 56.33 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0235203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.3471;QD=14.0837;RBI=0.0355132;REFB=-0.0117889;REVB=0.0266079;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.590707;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.0060957;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:15:16:8:8:7:8:0.5:1:6:7:1:2:6:7:1 chr3 195452770 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0121113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.359;QD=9.56954;RBI=0.0360357;REFB=-0.00673135;REVB=0.0339394;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456052;STB=0.787884;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0226892;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:7:8:7:1:7:8 chr3 195452799 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0393365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9382;QD=18.4826;RBI=0.0877997;REFB=0.0125419;REVB=0.0784947;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114238;STB=0.565146;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00801276;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:9:12:13:6:9:12 chr3 195452951 . G C 344.02 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00018985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2313;QD=31.2749;RBI=0.0195836;REFB=-0.0390984;REVB=-0.0195827;RO=15;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632871;STB=0.534735;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0169212;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:20:9:6:9:20:9:6:9 chr3 195452987 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0582468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7047;QD=7.79811;RBI=0.0582833;REFB=-0.00716381;REVB=0.00206213;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.524421;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0265114;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:10:12:5:4:11:12 chr3 195452991 . C T 52.85 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0175983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6624;QD=6.03981;RBI=0.0891939;REFB=-0.00154977;REVB=0.0874406;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51425;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0152716;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:35:26:27:8:8:0.228571:4:4:13:13:4:4:13:14 chr3 195453014 . G A 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0141954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.588;QD=9.09193;RBI=0.0194067;REFB=0.0011012;REVB=0.0132329;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.562406;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00325482;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:20:12:6:7:20:12 chr3 195453064 . T G 278.66 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0229786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4507;QD=21.8559;RBI=0.0613163;REFB=-0.00304925;REVB=-0.0568478;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118036;STB=0.561753;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00470815;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:23:27:28:0.54902:12:15:9:13:12:16:10:13 chr3 195453243 . C T 140.27 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0303035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.728;QD=6.16574;RBI=0.0342243;REFB=-0.0105573;REVB=0.0159059;RO=69;SAF=7;SAR=14;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20338;STB=0.631451;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0313075;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:70:21:21:0.230769:14:7:34:35:14:7:35:35 chr3 195453257 . G A 139.7 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0448293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5085;QD=6.27877;RBI=0.0448293;REFB=-0.0190472;REVB=5.85658e-05;RO=68;SAF=7;SAR=14;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159025;STB=0.598329;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0548302;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:14:7:31:37:14:7:31:37 chr3 195456561 . C G 81.43 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=27;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000412021;FXX=0.119952;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.405;QD=14.8049;RBI=0.00404079;REFB=0.0105003;REVB=0.00401973;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.000161275;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:22:13:12:11:10:0.454545:6:5:5:8:6:4:5:7 chr3 195477791 . G A 574.74 PASS AF=0.517241;AO=51;DP=109;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0209956;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.945;QD=19.8185;RBI=0.0220314;REFB=-0.0195732;REVB=0.00667581;RO=58;SAF=32;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15792;STB=0.557875;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0192368;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:58:56:51:60:0.517241:19:32:27:31:24:36:27:29 chr3 195479256 . T C 183.41 PASS AF=0.370968;AO=21;DP=60;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.047797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3123;QD=11.8328;RBI=0.0512759;REFB=-0.0115917;REVB=0.0185652;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976387;STB=0.526737;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0189526;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:39:39:21:23:0.370968:10:11:17:22:12:11:17:22 chr3 195489009 . C A 1219.09 PASS AF=0.519651;AO=118;DP=228;FAO=119;FDP=229;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=0.00128527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.024;QD=21.2942;RBI=0.00939438;REFB=-0.0269693;REVB=0.00930604;RO=109;SAF=58;SAR=60;SRF=62;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677757;STB=0.540924;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0229636;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:109:110:118:119:0.519651:60:58:62:47:61:58:63:47 chr3 195489067 . C G 1163.53 PASS AF=0.478088;AO=120;DP=251;FAO=120;FDP=251;FR=.;FRO=131;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=-0.0326036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3546;QD=18.5424;RBI=0.0501415;REFB=0.0278388;REVB=-0.0380943;RO=131;SAF=58;SAR=62;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494581;STB=0.502725;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.02862;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:131:131:120:120:0.478088:62:58:64:67:62:58:64:67 chr3 195495916 . G C 341.9 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00138042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.49;QD=18.4811;RBI=0.0124905;REFB=-0.0210515;REVB=-0.012414;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162202;STB=0.609315;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0137485;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:38:36:36:0.486486:21:15:21:14:21:15:24:14 chr3 195497143 . C T 485.77 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00374527;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.846;QD=17.1953;RBI=0.00811794;REFB=-0.0140239;REVB=0.00720236;RO=58;SAF=19;SAR=33;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226812;STB=0.626743;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0144534;OID=.;OPOS=195497143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:60:52:53:0.469027:33:19:35:23:33:20:37:23 chr3 195497174 . C G 478.68 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00386396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9722;QD=19.7395;RBI=0.027441;REFB=-0.0214621;REVB=0.0271676;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202663;STB=0.599436;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0306369;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:50:46:47:0.484536:20:26:16:31:20:27:19:31 chr3 195497743 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0224246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.666;QD=13.5765;RBI=0.0240257;REFB=0.000601434;REVB=0.00862382;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385393;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000236356;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:8:11:8:5:8:11 chr3 195501149 . C T 234.75 PASS AF=0.411765;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0494257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1955;QD=13.8088;RBI=0.0555787;REFB=-0.0510365;REVB=0.0254184;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135331;STB=0.598434;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0852045;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:39:40:25:28:0.411765:15:10:11:28:15:13:12:28 chr3 195505664 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00722856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.966;QD=12.7907;RBI=0.0228452;REFB=-0.0133718;REVB=0.0216715;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18878;STB=0.609611;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0295296;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:17:6:6:8:17:6 chr3 195505788 . G C 31.82 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0105405;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.753;QD=10.6075;RBI=0.0107871;REFB=-0.0373668;REVB=-0.00229308;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987559;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0387441;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:8:7:5:5:0.416667:2:3:4:4:2:3:3:4 chr3 195515594 . C G 448.48 PASS AF=0.475728;AO=47;DP=101;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00866248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.847;QD=17.4166;RBI=0.0113445;REFB=-0.0213695;REVB=-0.00732523;RO=52;SAF=31;SAR=16;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558193;STB=0.530088;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0179699;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:52:54:47:49:0.475728:16:31:37:15:18:31:37:17 chr3 195515617 . G C 520.36 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=0.0489726;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6282;QD=20.0139;RBI=0.142359;REFB=-0.0236563;REVB=0.133671;RO=50;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149328;STB=0.596605;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0252464;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:53:54:0.519231:21:32:38:12:22:32:39:11 chr3 195516087 . G A 345.41 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0185486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5072;QD=19.4597;RBI=0.0264905;REFB=-0.00974062;REVB=0.0189129;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088222;STB=0.549087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0106991;OID=.;OPOS=195516087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:14:22:18:17:14:22:18:17 chr3 195516630 . G T 358.41 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00498435;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.587;QD=22.4007;RBI=0.00854179;REFB=-0.0152878;REVB=-0.00693675;RO=28;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270411;STB=0.514917;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0114538;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:28:36:36:0.5625:23:13:11:17:23:13:11:17 chr3 195516878 . T C 64.69 PASS AF=0.321429;AO=6;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00809746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.39;QD=9.24089;RBI=0.044883;REFB=-0.0392248;REVB=0.0441465;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0492129;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:6:9:0.321429:3:3:10:9:6:3:10:9 chr3 195517258 . G A 102.63 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00104472;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.005;QD=7.07783;RBI=0.0104307;REFB=-0.00136128;REVB=-0.0103782;RO=42;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287032;STB=0.511612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00236881;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:42:43:15:15:0.258621:4:11:30:12:4:11:31:12 chr3 195517321 . G A 104.67 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0155427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.823;QD=7.75314;RBI=0.0178048;REFB=-0.0161121;REVB=-0.00868535;RO=38;SAF=12;SAR=1;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488256;STB=0.814907;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0318136;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:54:38:39:13:13:0.240741:1:12:25:13:1:12:26:13 chr3 195517553 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0156289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.772;QD=17.402;RBI=0.0190645;REFB=0.0087712;REVB=0.0109175;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00846102;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:9:4:5:8:9:4 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 181.17 PASS AF=0.0454545,0.218182;AO=5,23;DP=114;FAO=5,24;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=5,10;FSAR=0,14;FSRF=57;FSRR=24;FWDB=0.0166433,0.00325937;FXX=0.0090082;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=129.887,424.126;QD=6.58814;RBI=0.0166853,0.0089634;REFB=-0.00655115,-0.00546101;REVB=0.00118423,-0.0083498;RO=84;SAF=5,10;SAR=0,13;SRF=58;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.421091,-0.317608;STB=0.997129,0.711529;STBP=0.071,0.031;TYPE=snp,ins;VARB=-0.011618,0.0169358;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:114:110:84:81:5,23:5,24:0.0454545,0.218182:0,13:5,10:58:26:0,14:5,10:57:24 chr3 195518330 . C G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0436339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.578;QD=15.2911;RBI=0.0436592;REFB=-0.00489469;REVB=0.00148598;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566819;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:4:5:5:4:4:5 chr3 195615376 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0822203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.822;QD=15.6508;RBI=0.0824919;REFB=-0.0229333;REVB=0.00668903;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304145;STB=0.675546;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0163597;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:13:8:11:5:13:8 chr3 195668443 . GA G 48.34 PASS AF=0.170213;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0315211;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.627;QD=4.11419;RBI=0.0394848;REFB=-0.0109454;REVB=-0.0237795;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665484;STB=0.584192;STBP=0.692;TYPE=del;VARB=0.0595946;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170213:7:47:8:47:39:6:2:26:13:48:39:5:2:26:13 chr3 195668478 . A G 695.52 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0468018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5641;QD=56.7768;RBI=0.0667087;REFB=-0.113072;REVB=-0.0475357;RO=3;SAF=31;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000946795;STB=0.500504;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00459539;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:15:31:2:1:15:31:2:1 chr3 195692347 . G A 39.86 PASS AF=0.0669291;AO=17;DP=254;FAO=17;FDP=254;FR=.;FRO=237;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=123;FSRR=114;FWDB=-0.00640114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.524;QD=0.627704;RBI=0.00720403;REFB=-0.00121944;REVB=0.00330505;RO=237;SAF=10;SAR=7;SRF=123;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752432;STB=0.565079;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.019741;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:254:254:237:237:17:17:0.0669291:7:10:123:114:7:10:123:114 chr3 195701278 . C T 170.03 PASS AF=0.208955;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0363082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.691;QD=5.07539;RBI=0.0363269;REFB=-0.00143338;REVB=0.00116736;RO=105;SAF=20;SAR=8;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328694;STB=0.708005;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0137772;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:105:106:28:28:0.208955:8:20:48:57:8:20:48:58 chr3 195701285 . G T 178.52 PASS AF=0.211679;AO=29;DP=137;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.0156887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.28;QD=5.21217;RBI=0.0182639;REFB=-0.00640807;REVB=-0.00935057;RO=108;SAF=21;SAR=8;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345826;STB=0.715153;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0229686;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:108:108:29:29:0.211679:8:21:49:59:8:21:49:59 chr3 195701304 . C T 255.96 PASS AF=0.236686;AO=40;DP=169;FAO=40;FDP=169;FR=.;FRO=129;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.0109962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.363;QD=6.05826;RBI=0.0159743;REFB=-0.00287649;REVB=0.0115872;RO=129;SAF=23;SAR=17;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166619;STB=0.600772;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0191983;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:129:129:40:40:0.236686:17:23:57:72:17:23:57:72 chr3 195701310 . C CAA 134.81 PASS AF=0.222857;AO=38;DP=176;FAO=39;FDP=175;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.00439448;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.0415;QD=3.08135;RBI=0.00971176;REFB=0.00813808;REVB=0.00866064;RO=137;SAF=21;SAR=17;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117651;STB=0.583631;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=-0.0270258;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222857:38:176:39:175:136:22:17:62:74:99:137:21:17:63:74 chr3 195701331 . G A 307.91 PASS AF=0.243386;AO=46;DP=190;FAO=46;FDP=189;FR=.;FRO=143;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=-0.0253477;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.717;QD=6.51658;RBI=0.0526665;REFB=4.96371e-06;REVB=0.0461655;RO=144;SAF=25;SAR=21;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132669;STB=0.577374;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=1.41076e-05;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:144:143:46:46:0.243386:21:25:63:81:21:25:63:80 chr3 195701388 . GC AA 837.88 PASS AF=0.508982;AO=84;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0102314;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.221;QD=20.0689;RBI=0.0220555;REFB=-0.00746302;REVB=0.0195387;RO=82;SAF=32;SAR=52;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153265;STB=0.57999;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.00706841;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:82:84:85:0.508982:52:32:45:37:52:33:45:37 chr3 195702731 . G C 32.39 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0305721;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.742;QD=11.7792;RBI=0.0755653;REFB=0.00130013;REVB=-0.0691047;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00500645;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:7:6:5:5:0.454545:3:2:2:5:3:2:2:4 chr3 195709172 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6532;QD=33.427;RBI=0.00240038;REFB=0;REVB=-0.00240038;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157071;OID=.;OPOS=195709172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr3 195710989 . G A 255.61 PASS AF=0.265152;AO=27;DP=132;FAO=35;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0339207;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.419;QD=7.74569;RBI=0.0360365;REFB=-0.00335079;REVB=0.0121661;RO=74;SAF=8;SAR=19;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951299;STB=0.567647;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0430555;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:96:27:35:0.265152:19:8:27:47:20:15:50:46 chr3 195710993 . A G 259.04 PASS AF=0.25;AO=37;DP=150;FAO=38;FDP=152;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.0198229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.913;QD=6.81679;RBI=0.0251073;REFB=-0.00357078;REVB=-0.0154088;RO=112;SAF=17;SAR=20;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617401;STB=0.552604;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00726287;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:112:114:37:38:0.25:20:17:57:55:21:17:59:55 chr3 195711016 . G A 1306.03 PASS AF=0.660819;AO=113;DP=171;FAO=113;FDP=171;FR=.;FRO=58;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0172416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.024;QD=30.5504;RBI=0.0177787;REFB=-0.0183812;REVB=-0.00433728;RO=58;SAF=56;SAR=57;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136585;STB=0.507347;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0106346;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:58:58:113:113:0.660819:57:56:30:28:57:56:30:28 chr3 195938177 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.143093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6576;QD=13.5766;RBI=0.143189;REFB=0.0102425;REVB=-0.0052368;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.021546;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:12:7:7:6:12:7 chr3 195941216 . C G 1533.41 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982997;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.164;QD=63.8922;RBI=0.0330209;REFB=0;REVB=0.0315238;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30099e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr3 195955762 . G A 1742.02 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.033;QD=60.5921;RBI=0.0211061;REFB=0;REVB=0.0174053;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77692e-05;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr3 195956827 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.841;QD=59.678;RBI=0.0234079;REFB=0;REVB=-0.0231196;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150229;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr3 196054439 . T G 405.45 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.204;QD=55.9235;RBI=0.0200515;REFB=0;REVB=-0.0137846;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732419;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr3 196294104 . C G 1303.04 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.757;QD=61.3193;RBI=0.023851;REFB=0;REVB=0.0237524;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276327;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:36:46:0:0:37:48:0:0 chr3 196386964 . C G 1152.81 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.525;QD=56.9287;RBI=0.0244807;REFB=-0.0222767;REVB=0.0168372;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000606876;STB=0.506648;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00030092;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:40:38:1:1:40:38:2:1 chr3 196435534 . T C 787.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460984;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.479;QD=57.2695;RBI=0.0461991;REFB=0;REVB=0.00304792;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129466;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr3 196438826 . G T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8882;QD=59.4323;RBI=0.0619286;REFB=0;REVB=0.0471685;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164487;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr3 196443803 . T C 2505.5 PASS AF=0.495088;AO=247;DP=503;FAO=252;FDP=509;FR=.;FRO=257;FSAF=115;FSAR=137;FSRF=119;FSRR=138;FWDB=0.0387212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2916;QD=19.6895;RBI=0.0471769;REFB=-0.0247167;REVB=0.0269506;RO=255;SAF=112;SAR=135;SRF=118;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869352;STB=0.503399;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0357;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:509:255:257:247:252:0.495088:135:112:118:137:137:115:119:138 chr3 196448103 . C T 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0138775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.312;QD=20.8118;RBI=0.0170361;REFB=-0.0124388;REVB=-0.00988157;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0120149;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:9:14:12:11:9:14 chr3 196557130 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0101177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.871;QD=5.39764;RBI=0.0158958;REFB=-0.0104516;REVB=-0.0122601;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506565;STB=0.533258;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0532654;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:13:22:6:3:13:22 chr3 196674749 . C T 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0255271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.102;QD=21.1291;RBI=0.0792798;REFB=-0.0124012;REVB=0.0750576;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469145;STB=0.536448;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00939838;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:10:12:12:8:10:12:13:8 chr3 196674879 . A G 1145.09 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0299278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8576;QD=57.9794;RBI=0.0346662;REFB=0.00220791;REVB=-0.017495;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.515148;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000617044;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:1:2:77:77:0.974684:45:32:1:0:45:32:2:0 chr3 196674916 . A C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.016;QD=59.3216;RBI=0.0263244;REFB=0;REVB=0.00597256;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50101e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 517.2 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,32;DP=36;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3,10;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749163,0.0110273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=111.652,242.585;QD=57.4665;RBI=0.0232386,0.0115447;REFB=0,0;REVB=-0.0219979,0.00341722;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0669606,-0.00743787;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:36:36:0:0:2,32:3,33:0.0833333,0.916667:1,22:1,10:0:0:0,23:3,10:0:0 chr3 196675533 . C T 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0281263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2804;QD=17.4025;RBI=0.0361882;REFB=-0.0169069;REVB=-0.0227706;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101817;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00570858;OID=.;OPOS=196675533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:5:7:9:4:5:8 chr3 196742290 . T C 396.38 PASS AF=0.424242;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00812912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.096;QD=16.0155;RBI=0.00816256;REFB=-0.013559;REVB=-0.00073816;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264428;STB=0.652988;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0150491;OID=.;OPOS=196742290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:41:42:0.424242:27:14:34:23:28:14:34:23 chr3 196743130 . T C 354.06 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0271454;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=21.1381;RBI=0.0274601;REFB=-0.0143861;REVB=0.00414572;RO=31;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137393;STB=0.576017;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0100109;OID=.;OPOS=196743130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:36:36:0.537313:21:15:18:13:21:15:18:13 chr3 196743994 . G A 667.49 PASS AF=0.445122;AO=72;DP=163;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0420081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.179;QD=16.2803;RBI=0.0446926;REFB=-0.00979797;REVB=0.0152562;RO=91;SAF=39;SAR=33;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693145;STB=0.534237;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0148489;OID=.;OPOS=196743994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:91:91:72:73:0.445122:33:39:43:48:34:39:43:48 chr3 196746629 . T C 402.92 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0291106;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3207;QD=14.7859;RBI=0.0486155;REFB=-0.0226309;REVB=0.0389364;RO=63;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853611;STB=0.557078;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0316034;OID=.;OPOS=196746629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:63:46:46:0.422018:21:25:29:34:21:25:28:35 chr3 196770355 . TAAGG T,TAAGA 2643.44 PASS AF=1,0;AO=165,7;DP=183;FAO=169,0;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=73,0;FSAR=96,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322259,-0.0318298;FXX=0.0662947;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=167.281,10.1668;QD=62.5666;RBI=0.032331,0.0406591;REFB=0,0;REVB=-0.00260576,-0.0252988;RO=1;SAF=70,0;SAR=95,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00674969,-0.794046;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=2.43776e-05,0;OID=.,.;OPOS=196770356,196770359;OREF=AAGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:165,7:183:169,0:169:0:73,0:96,0:0:0:14:1:70,0:95,7:1:0 chr3 196771245 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.703;QD=56.9561;RBI=0.027392;REFB=0;REVB=-0.00963889;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34205e-05;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr3 197020780 . G A,GA 539.66 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=5,53;DP=119;FAO=4,88;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,43;FSAR=3,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136432,0.146117;FXX=0.0212743;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=245.171,8.62689;QD=23.4635;RBI=0.0479973,0.17875;REFB=-0.00875957,0.106279;REVB=-0.0460175,-0.102963;RO=50;SAF=1,26;SAR=4,27;SRF=38;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567075,-0.237346;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.049592,-0.00390965;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:119:92:50:0:5,53:4,88:0.0434783,0.956522:4,27:1,26:38:12:3,45:1,43:0:0 chr3 197495334 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5511;QD=62.3501;RBI=0.0480431;REFB=0;REVB=0.0441385;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883995;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr3 197602648 . TAATA T 228.88 PASS AF=0.507463;AO=30;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00284554;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=4;MLLD=286.228;QD=13.6642;RBI=0.0160386;REFB=-0.00119254;REVB=0.0157842;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133526;STB=0.580739;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.00172147;OID=.;OPOS=197602649;OREF=AATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507463:30:68:34:67:33:15:19:20:13:99:31:13:17:18:13 chr3 197846850 . G A 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8838;QD=44.6791;RBI=0.0570226;REFB=0;REVB=0.00754445;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021804;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr3 197882505 . CT C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.644;QD=44.6898;RBI=0.0359598;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000210923;OID=.;OPOS=197882506;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:13:13:13:0:13:0:0:0:4:0:13:0:0:0 chr3 197894585 . A C 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00610218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.722;QD=12.86;RBI=0.0386192;REFB=-0.0104992;REVB=-0.038134;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162992;STB=0.599679;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00984931;OID=.;OPOS=197894585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:2:6:6:1:2:6 chr4 53428 . G A 781.19 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.317;QD=54.8206;RBI=0.0792854;REFB=0;REVB=0.0653256;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616485;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:31:26:0:0 chr4 60303 . G A 53.02 PASS AF=0.0821918;AO=18;DP=219;FAO=18;FDP=219;FR=.;FRO=201;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=111;FWDB=-0.0325997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.257;QD=0.968407;RBI=0.0512324;REFB=-0.00406179;REVB=-0.0395224;RO=198;SAF=11;SAR=7;SRF=88;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19033;STB=0.647222;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0512058;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:219:219:198:201:18:18:0.0821918:7:11:88:110:7:11:90:111 chr4 85995 . C CA 177.94 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3668;QD=41.8678;RBI=0.0947156;REFB=-0.0260553;REVB=-0.0355768;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00763319;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:21:17:17:0:6:11:0:0:3:5:5:10:3:2 chr4 86738 . A G 442.42 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009419;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.902;QD=57.0868;RBI=0.0544036;REFB=0;REVB=0.053582;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682917;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr4 87277 . G C 525.07 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4968;QD=52.5066;RBI=0.0402069;REFB=-0.000866873;REVB=-0.0389198;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.535694;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000510586;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:40:1:2:35:36:0.9:12:23:0:1:13:23:0:2 chr4 87313 . G GA 493.59 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.6422;QD=43.8745;RBI=0.105961;REFB=0;REVB=0.0939405;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00162072;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:45:45:0:25:20:0:0:9:2:23:19:1:1 chr4 331740 . G T 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0113651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.858;QD=25.8969;RBI=0.0161678;REFB=-0.00188061;REVB=0.0114993;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129189;STB=0.571379;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00133651;OID=.;OPOS=331740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:14:7:14:14:14:7 chr4 376888 . C A 301.28 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0297813;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.012;QD=21.5199;RBI=0.031379;REFB=-0.00166823;REVB=-0.00988532;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106339;STB=0.578403;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00165752;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:25:31:31:0.553571:12:19:11:12:12:19:11:14 chr4 420664 . G T 566.21 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=169;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.000415544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.801;QD=13.4013;RBI=0.00347197;REFB=-0.00983219;REVB=-0.00344701;RO=103;SAF=38;SAR=28;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11879;STB=0.567042;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0154042;OID=.;OPOS=420664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:103:103:66:66:0.390533:28:38:48:55:28:38:48:55 chr4 420688 . C T 531.09 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0301015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2401;QD=13.6177;RBI=0.0397849;REFB=-0.0138743;REVB=-0.0260142;RO=93;SAF=28;SAR=34;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345386;STB=0.516432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0200511;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:93:94:62:62:0.397436:34:28:45:48:34:28:45:49 chr4 437831 . C T 174.69 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00515512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4284;QD=12.9398;RBI=0.00740141;REFB=0.00255029;REVB=0.0053109;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155392;STB=0.578874;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00817775;OID=.;OPOS=437831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:20:12:11:10:20:13 chr4 515489 . G A 209.0 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00215795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.095;QD=18.174;RBI=0.0105718;REFB=-0.020602;REVB=0.0103492;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019185;STB=0.510907;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0330469;OID=.;OPOS=515489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:15:10:8:13:15:10 chr4 517376 . T C 360.26 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00110179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.011;QD=20.0145;RBI=0.00567739;REFB=-0.0100346;REVB=-0.00556945;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172425;STB=0.594584;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00932395;OID=.;OPOS=517376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:35:37:37:0.513889:16:21:12:21:16:21:13:22 chr4 517461 . T C 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.011276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.129;QD=20.7678;RBI=0.0114302;REFB=-0.0104228;REVB=-0.00187087;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114445;STB=0.563829;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00932927;OID=.;OPOS=517461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:13:11:16:11:13:11 chr4 517622 . C T 262.93 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00449607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7342;QD=12.8258;RBI=0.0108535;REFB=-0.015896;REVB=-0.00987848;RO=51;SAF=14;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147443;STB=0.584321;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0422673;OID=.;OPOS=517622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:17:14:30:21:17:14:30:21 chr4 520853 . G A 592.49 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0117437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8745;QD=27.2408;RBI=0.0123547;REFB=-0.0181258;REVB=-0.00383714;RO=33;SAF=29;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227097;STB=0.50699;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0083779;OID=.;OPOS=520853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:34:53:53:0.609195:24:29:17:16:24:29:18:16 chr4 527677 . T C 367.18 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00301334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.681;QD=19.3251;RBI=0.00656832;REFB=-0.010195;REVB=0.00583632;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803166;STB=0.558251;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00811279;OID=.;OPOS=527677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:37:38:0.5:12:25:22:15:12:26:22:16 chr4 533001 . T C 283.39 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.04248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5252;QD=23.134;RBI=0.0598811;REFB=0.00409078;REVB=-0.0422042;RO=23;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169326;STB=0.595159;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00558249;OID=.;OPOS=533001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:6:20:14:9:6:20:14:9 chr4 648643 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.598;QD=54.5176;RBI=0.0198593;REFB=0;REVB=0.00762384;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181559;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr4 663908 . A G 269.54 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00103907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.599;QD=16.5871;RBI=0.00529086;REFB=-0.00243267;REVB=-0.00518783;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.5562;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00345299;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:29:30:0.461538:14:15:15:20:14:16:15:20 chr4 677103 . G A 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.642;QD=60.1957;RBI=0.036586;REFB=0;REVB=0.0205471;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010733;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr4 759872 . T C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00969683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.558;QD=16.0281;RBI=0.00970402;REFB=-0.0160098;REVB=-0.000373256;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725478;STB=0.540951;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0188049;OID=.;OPOS=759872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:19:11:11:14:19:11 chr4 762963 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.241;QD=33.4284;RBI=0.0276249;REFB=0;REVB=-0.0276249;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441866;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 780286 . C G 1185.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.238;QD=60.7812;RBI=0.102323;REFB=0;REVB=0.0948098;RO=0;SAF=47;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125181;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:61:78:0:0:61:78:1:14:47:0:0:31:47:0:0 chr4 843508 . C T 224.73 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0163904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.476;QD=17.6258;RBI=0.0163905;REFB=0.00521874;REVB=1.7917e-05;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187882;STB=0.615667;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00544801;OID=.;OPOS=843508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:15:9:15:11:15:9:16:11 chr4 843695 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.599;QD=58.5877;RBI=0.0136319;REFB=0;REVB=0.00831028;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211984;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr4 858941 . T C 765.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9067;QD=56.6781;RBI=0.0965263;REFB=0;REVB=0.087715;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971173;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:21:31:0:0:23:31:0:0 chr4 860192 . A G 195.1 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00444196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.62;QD=23.6483;RBI=0.00730498;REFB=-0.0506906;REVB=-0.00579928;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340658;STB=0.660845;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.019363;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:4:15:5:8:5:15:5:8 chr4 882643 . G A 523.27 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.010733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.815;QD=23.7851;RBI=0.0276202;REFB=-0.00675961;REVB=0.0254495;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517565;STB=0.528413;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0058647;OID=.;OPOS=882643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:22:27:19:20:22:27:19:20 chr4 951947 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0223347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.432;QD=24.246;RBI=0.0399536;REFB=-0.0264183;REVB=0.0331279;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482616;STB=0.52686;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0134034;OID=.;OPOS=951947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:10:10:14:11:10:10 chr4 960331 . C G 195.95 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0270403;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.751;QD=16.6764;RBI=0.0303845;REFB=-0.0148321;REVB=-0.0138579;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244461;STB=0.640116;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0270734;OID=.;OPOS=960331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:11:16:7:13:11:16 chr4 961373 . G A 813.76 PASS AF=0.509202;AO=82;DP=162;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=0.00965392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.043;QD=19.9695;RBI=0.00974355;REFB=-0.0205581;REVB=0.00131851;RO=79;SAF=57;SAR=25;SRF=58;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419457;STB=0.51546;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0252441;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:79:80:82:83:0.509202:25:57:58:21:25:58:58:22 chr4 962665 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GCGCCCC 180.26 PASS AF=0.0163934,0.42623,0,0.147541;AO=9,18,3,3;DP=64;FAO=1,26,0,9;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=0,21,0,0;FSAR=1,5,0,9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.070521,0.00105866,0.0676301,-0.0293655;FXX=0.031741;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,5;MLLD=14.185,9.16953,10.4624,190.893;QD=11.8206;RBI=0.274191,0.066619,0.204908,0.124287;REFB=0.0274209,-0.0794925,-0.112063,-0.00370003;REVB=-0.264967,-0.0666106,0.193425,-0.120768;RO=19;SAF=3,17,2,0;SAR=6,1,1,3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.474619,0.383061,-0.1723,-0.727768;STB=0.990174,0.677267,0.5,0.998628;STBP=0.464,0.029,1,0;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.072407,0.187595,0,0.0413918;OID=.,.,.,.;OPOS=962670,962666,962670,962667;OREF=CG,C,C,CCCCG;OALT=-,-,G,GCCCC;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GCGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0163934,0.42623,0,0.147541:9,18,3,3:64:1,26,0,9:61:25:0,21,0,0:1,5,0,9:13:12:99:19:3,17,2,0:6,1,1,3:15:4 chr4 982852 . G A 723.34 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00182548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.894;QD=20.3756;RBI=0.0278768;REFB=-0.0306822;REVB=0.027817;RO=70;SAF=32;SAR=39;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188187;STB=0.507099;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.030916;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:71:71:71:0.5:39:32:33:37:39:32:33:38 chr4 983041 . C T 303.0 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.028334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.24;QD=22.0365;RBI=0.0316898;REFB=-0.0191542;REVB=0.0141923;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129688;STB=0.571718;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0111063;OID=.;OPOS=983041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:14:10:18:13:14:10 chr4 983060 . T C 958.49 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981172;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.385;QD=58.9837;RBI=0.057734;REFB=0;REVB=0.0568941;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181949;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr4 983809 . C T 357.74 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00579204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5172;QD=22.3588;RBI=0.00588332;REFB=-0.0419755;REVB=-0.00103236;RO=27;SAF=27;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822091;STB=0.558789;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0403941;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:9:27:18:9:9:27:18:10 chr4 985727 . A G 2067.67 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000646225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.375;QD=62.1856;RBI=0.056841;REFB=0;REVB=0.0568373;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78621e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:60:70:0:0:62:71:0:0 chr4 994452 . C T 491.56 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0330905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2404;QD=15.8566;RBI=0.0516024;REFB=0.0109361;REVB=0.0395958;RO=70;SAF=24;SAR=30;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274536;STB=0.515365;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0124703;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:70:54:54:0.435484:30:24:33:37:30:24:33:37 chr4 1006333 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9396;QD=46.9591;RBI=0.0645563;REFB=0.15891;REVB=0.0534022;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00264228;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr4 1018271 . T C 826.94 PASS AF=0.380567;AO=94;DP=247;FAO=94;FDP=247;FR=.;FRO=153;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=111;FSRR=42;FWDB=-0.0187811;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8369;QD=13.3917;RBI=0.0189364;REFB=-0.00441886;REVB=-0.00242018;RO=152;SAF=55;SAR=39;SRF=110;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162373;STB=0.592351;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00629454;OID=.;OPOS=1018271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:152:153:94:94:0.380567:39:55:110:42:39:55:111:42 chr4 1050653 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00872561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.867;QD=14.3343;RBI=0.0223511;REFB=-0.0225144;REVB=-0.0205775;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564879;STB=0.827303;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.020416;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:9:1:7:2:9:1 chr4 1052125 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0276122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6771;QD=15.3788;RBI=0.0296037;REFB=-0.00144458;REVB=-0.0106745;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259174;STB=0.651902;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0014417;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:7:7:3:9:7:7 chr4 1052166 . A C 115.32 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00609119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.59;QD=15.3759;RBI=0.00619639;REFB=-0.00853966;REVB=-0.00113696;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219892;STB=0.656332;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0140431;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:4:9:7:8:4:10:7:9 chr4 1075271 . C T 349.12 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00506869;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.818;QD=19.9495;RBI=0.0490716;REFB=-0.000513451;REVB=0.0488092;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125133;STB=0.56954;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000585216;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:14:22:16:18:14:22:16:18 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 42.64 PASS AF=0.130435,0.173913;AO=3,4;DP=23;FAO=3,4;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3,3;FSAR=0,1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0287268,-0.0126316;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=189.582,640.5;QD=7.41541;RBI=0.0287904,0.0149936;REFB=-0.0129567,-0.00566085;REVB=-0.00191262,-0.00807777;RO=15;SAF=3,3;SAR=0,1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518187,-0.210999;STB=0.994036,0.65324;STBP=0.385,0.801;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00575665,0.0258842;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:23:23:15:16:3,4:3,4:0.130435,0.173913:0,1:3,3:13:2:0,1:3,3:14:2 chr4 1087329 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00277793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.055;QD=7.12516;RBI=0.0498484;REFB=-0.0107347;REVB=-0.0497709;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798903;STB=0.549867;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0288644;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:1:6:16:2:1:6:16:2 chr4 1087338 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0239289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6768;QD=9.82139;RBI=0.0721797;REFB=-0.032581;REVB=0.0680978;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322573;STB=0.687631;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0123582;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:20:3:4:7:20:3 chr4 1090625 . G A 181.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0189859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.95;QD=16.4735;RBI=0.0243875;REFB=-0.0143077;REVB=-0.0153064;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203561;STB=0.615997;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0234068;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:17:8:10:9:17:8 chr4 1164277 . C G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.012347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.708;QD=12.6371;RBI=0.0686668;REFB=-0.00177295;REVB=-0.0675477;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506597;STB=0.811409;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00198578;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:1:12:13:8:1:12:13:8 chr4 1164552 . A G 698.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.349;QD=62.0628;RBI=0.0548067;REFB=0;REVB=0.0454693;RO=0;SAF=40;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97848e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042046;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:4:40:0:0:4:41:0:0 chr4 1165130 . G T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0202085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.587;QD=17.5599;RBI=0.0497448;REFB=-0.0179346;REVB=0.045455;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107618;STB=0.504499;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0183661;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:11:7:8:12:11:7:8:13 chr4 1165741 . A G 1451.99 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000427801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.966;QD=63.1302;RBI=0.0231132;REFB=0;REVB=0.0231092;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47731e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:37:53:0:0:39:53:0:0 chr4 1165764 . C T 480.08 PASS AF=0.51087;AO=45;DP=90;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00238914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.28;QD=20.8728;RBI=0.0282445;REFB=-0.00249624;REVB=0.0281433;RO=45;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607117;STB=0.523262;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00221461;OID=.;OPOS=1165764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:45:45:47:0.51087:21:24:27:18:21:26:27:18 chr4 1194586 . T A 274.51 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0293846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.383;QD=19.9645;RBI=0.0419501;REFB=-0.011413;REVB=0.0299391;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047259;STB=0.526298;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00774448;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:14:12:15:14:14:12 chr4 1194594 . A T 243.97 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00846007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.797;QD=18.7669;RBI=0.0313269;REFB=0.00282602;REVB=-0.0301629;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00320328;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:13:13:12:14:13:13 chr4 1194630 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0762386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.11;QD=15.1715;RBI=0.0769937;REFB=-0.012256;REVB=-0.0107564;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718897;STB=0.541498;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0179029;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:11:13:8:9:11:13 chr4 1244416 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.33962e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.591;QD=61.5363;RBI=0.00668987;REFB=0;REVB=-0.00668935;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95821e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:53:28:0:0 chr4 1244879 . A G 191.64 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0112189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3076;QD=15.6439;RBI=0.0188854;REFB=-0.0254358;REVB=-0.0151919;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870393;STB=0.560022;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0584681;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:13:15:9:11:13:16 chr4 1330759 . T C 130.06 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00807265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.744;QD=15.7647;RBI=0.00834961;REFB=-0.0285062;REVB=-0.00213267;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.548323;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.033616;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:8:6:10:8:8:7:10:8 chr4 1343405 . T C 404.55 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.012577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.264;QD=17.0338;RBI=0.0148537;REFB=-0.0148914;REVB=-0.00790267;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210015;STB=0.620998;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0205619;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:21:21:15:37:21:21:15:38 chr4 1349029 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00781705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3557;QD=14.1697;RBI=0.124727;REFB=0.0303834;REVB=0.124482;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557933;STB=0.83641;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0216769;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:5:7:1:9:5:7 chr4 1374695 . C A 1238.74 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.445;QD=61.1724;RBI=0.0483752;REFB=0;REVB=0.0452718;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88092e-05;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:36:45:0:0 chr4 1374774 . C T 446.88 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.005;QD=57.6614;RBI=0.0250509;REFB=0;REVB=0.0156664;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90311e-05;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:23:31:1:4:19:0:0:12:19:0:0 chr4 1377615 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.114;QD=59.4348;RBI=0.0140527;REFB=0;REVB=-0.00853616;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65217e-05;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 1389674 . GTTTTTGT GTTTTGT,GTTTTGTG 57.72 PASS AF=0.47619,0.047619;AO=7,2;DP=43;FAO=20,2;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18,2;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0123778,-0.0585492;FXX=0.0454442;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=8.28066,63.4174;QD=5.49758;RBI=0.173319,0.0590829;REFB=-0.156509,-0.0190955;REVB=0.172876,0.0079233;RO=13;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.473679,0.569211;STB=0.793754,0.994589;STBP=0.006,0.16;TYPE=del,mnp;VARB=0.153499,0.174059;OID=.,.;OPOS=1389675,1389679;OREF=T,TGT;OALT=-,GTG;OMAPALT=GTTTTGT,GTTTTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0.047619:7,2:43:20,2:42:20:18,2:2,0:10:10:49:13:6,2:1,0:6:7 chr4 1619865 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.745;QD=56.1908;RBI=0.0262922;REFB=0;REVB=0.0233926;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011999;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr4 1619868 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0233835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.545;QD=19.5229;RBI=0.02815;REFB=0.0211603;REVB=0.0156727;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980136;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0149753;OID=.;OPOS=1619868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:3:9:9:5:3:9 chr4 1646017 . C G 399.96 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00291489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9253;QD=14.5441;RBI=0.0435381;REFB=-0.0146975;REVB=-0.0434404;RO=63;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101775;STB=0.5669;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0219283;OID=.;OPOS=1646017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:63:64:45:46:0.418182:22:23:26:37:22:24:26:38 chr4 1659128 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0480841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.993;QD=12.7388;RBI=0.0485397;REFB=-0.0312962;REVB=0.00663505;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0452312;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr4 1659162 . C T 60.66 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000791114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.858;QD=12.7708;RBI=0.0109335;REFB=-0.0227193;REVB=-0.0109049;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418021;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0234582;OID=.;OPOS=1659162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:19:19:10:10:8:9:0.473684:2:6:3:7:3:6:4:6 chr4 1685211 . T C 575.48 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000270896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.61;QD=60.5771;RBI=0.0334491;REFB=0;REVB=0.033448;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512025;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr4 1701317 . G A 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000566623;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.388;QD=60.0419;RBI=0.00608357;REFB=0;REVB=0.00605712;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02637e-05;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr4 1737502 . C T 905.88 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.832;QD=56.6172;RBI=0.0184564;REFB=-0.166771;REVB=0.013627;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00117818;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:0:1:32:31:0:1 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 439.2 PASS AF=0.763158,0.236842;AO=30,9;DP=42;FAO=29,9;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612763,-0.00426701;FXX=0.136333;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=296.331,282.205;QD=46.2314;RBI=0.0257241,0.0232047;REFB=0,0;REVB=0.0249837,0.022809;RO=0;SAF=4,9;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=-2.9955e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00339815,0.0156627;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.763158,0.236842:30,9:42:29,9:38:0:4,9:25,0:0:0:24:0:4,9:26,0:0:0 chr4 1739592 . A G 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.604;QD=62.6599;RBI=0.122468;REFB=0;REVB=-0.122147;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632992;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr4 1805478 . C T 429.07 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0042252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7778;QD=25.2394;RBI=0.0105367;REFB=0.0643338;REVB=0.00965243;RO=26;SAF=28;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235781;STB=0.50741;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0136318;OID=.;OPOS=1805478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:41:41:0.602941:13:28:17:9:13:28:18:9 chr4 1807894 . G A 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121139;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2224;QD=55.1409;RBI=0.124605;REFB=0;REVB=0.0291837;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024357;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1261.11 PASS AF=0.858824,0.141176;AO=55,17;DP=93;FAO=73,12;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=23,10;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024185,-0.00517143;FXX=0.0957345;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=75.7831,76.4958;QD=59.3466;RBI=0.0331238,0.0325508;REFB=0,0;REVB=0.0226334,-0.0321374;RO=1;SAF=13,9;SAR=42,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.034876,-0.0482085;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0178624,0.0872996;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:93:85:1:0:55,17:73,12:0.858824,0.141176:42,8:13,9:1:0:50,2:23,10:0:0 chr4 1815990 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.965;QD=52.6131;RBI=0.0343099;REFB=0;REVB=0.0337496;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31726e-05;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr4 1818594 . C T 1871.83 PASS AF=0.991935;AO=115;DP=119;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305989;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.449;QD=60.3815;RBI=0.0389882;REFB=0.0384177;REVB=0.0241616;RO=1;SAF=64;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736263;STB=0.503448;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.23066e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:124:1:1:115:123:0.991935:51:64:1:0:51:72:1:0 chr4 1954945 . A G 2027.2 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.207;QD=62.3755;RBI=0.0141798;REFB=0;REVB=-0.00161705;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44835e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:56:73:0:0:56:74:0:0 chr4 1986542 . C T 445.67 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0484;QD=57.5052;RBI=0.0347346;REFB=0;REVB=0.00625764;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145832;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr4 2160894 . C T 326.34 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0103609;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.485;QD=17.1757;RBI=0.0384488;REFB=-0.00616304;REVB=-0.0370265;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169653;STB=0.561428;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0120748;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:41:35:35:0.460526:13:22:30:8:13:22:30:11 chr4 2175733 . A G 620.9 PASS AF=0.559633;AO=59;DP=106;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0258826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.938;QD=22.7854;RBI=0.0260791;REFB=-0.00133145;REVB=0.00319492;RO=47;SAF=30;SAR=29;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154725;STB=0.520005;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000955266;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:47:48:59:61:0.559633:29:30:23:24:29:32:23:25 chr4 2176454 . G A 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00906037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.443;QD=8.5106;RBI=0.0292451;REFB=-0.00888711;REVB=-0.0278062;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589079;STB=0.862195;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0696913;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:21:24:10:10:0.294118:9:1:12:9:9:1:13:11 chr4 2181080 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0102542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.951;QD=22.5825;RBI=0.0103063;REFB=0.000243522;REVB=0.00103517;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174947;STB=0.597488;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000264161;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:8:16:12:14:8:16 chr4 2194946 . C T 117.43 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0049166;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.531;QD=11.4565;RBI=0.0157491;REFB=-0.0229172;REVB=-0.014962;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240355;STB=0.514265;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0206866;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:11:16:8:6:11:16 chr4 2194953 . G A 154.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00862638;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.466;QD=14.0743;RBI=0.032141;REFB=-0.0254619;REVB=-0.0309617;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12816;STB=0.574382;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0166011;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:11:16:8:9:11:16 chr4 2195024 . T G 219.88 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0348672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.351;QD=17.5904;RBI=0.0356748;REFB=-0.0163545;REVB=0.00754772;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142375;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0351975;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:9:13:12:15:9:13:12:16 chr4 2306053 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00687549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.631;QD=8.73782;RBI=0.0210689;REFB=0.00679768;REVB=-0.0199155;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0141283;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr4 2341194 . T C 1606.2 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.852;QD=60.0449;RBI=0.00421467;REFB=0;REVB=0.00230509;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45429e-06;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr4 2451694 . T C 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.549;QD=60.22;RBI=0.0324074;REFB=0;REVB=0.00541867;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107855;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 2460571 . C T 220.49 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0903845;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5873;QD=17.2933;RBI=0.0914491;REFB=-0.0234908;REVB=0.0139132;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173553;STB=0.509796;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0315082;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:13:14:12:12:13:14 chr4 2461888 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.506;QD=56.9569;RBI=0.0504977;REFB=0;REVB=0.0460943;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197002;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr4 2743999 . A G 609.43 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00571072;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.862;QD=19.347;RBI=0.024366;REFB=-0.00978146;REVB=-0.0236874;RO=64;SAF=24;SAR=38;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184529;STB=0.510201;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00927733;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:38:24:26:38:38:24:26:38 chr4 2822467 . G T 226.0 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0295564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.605;QD=20.5456;RBI=0.0338805;REFB=-0.0158543;REVB=0.0165623;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306753;STB=0.661615;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0125875;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:15:6:13:8:15:7:14:8 chr4 2826400 . T C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0630118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3521;QD=19.2738;RBI=0.0650633;REFB=-0.00433737;REVB=-0.0162094;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205784;STB=0.620326;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00379335;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:22:15:23:13:22:15:24:13 chr4 2828630 . G T 285.15 PASS AF=0.490909;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0940672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.986;QD=20.7378;RBI=0.0941997;REFB=-0.01364;REVB=-0.0049944;RO=26;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.558099;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0160026;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:25:24:27:0.490909:20:4:6:20:19:8:5:20 chr4 2828771 . T G 164.31 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00184912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5167;QD=19.9159;RBI=0.0163747;REFB=-0.0335379;REVB=0.01627;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.585478;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0395914;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:17:17:0.515152:13:4:5:10:13:4:6:10 chr4 2831383 . T G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0180072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.059;QD=21.2671;RBI=0.0663705;REFB=-0.01597;REVB=-0.063881;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150576;STB=0.58452;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.024914;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:10:4:8:9:10:4 chr4 2906707 . G T 386.81 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0198502;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.827;QD=17.9911;RBI=0.0272162;REFB=-0.0292317;REVB=-0.0186197;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258715;STB=0.566004;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0381954;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:46:39:40:0.465116:23:16:24:9:24:16:24:22 chr4 2916762 . C G 310.97 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.000154167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.376;QD=13.976;RBI=0.0698808;REFB=-0.0256619;REVB=-0.0698806;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243515;STB=0.501638;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.036947;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:34:35:0.393258:20:14:23:30:20:15:23:31 chr4 2928413 . T C 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00569404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.404;QD=18.1745;RBI=0.0116953;REFB=-0.0107972;REVB=0.0102155;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422491;STB=0.523599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0134102;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:14:18:16:15:14:18 chr4 3039150 . T C 424.96 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0542937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.921;QD=21.2479;RBI=0.0548103;REFB=-0.0147316;REVB=0.00750734;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141362;STB=0.507809;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0123346;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:27:15:13:25:27:15:13:25 chr4 3129240 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0111306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.119;QD=22.7204;RBI=0.0156278;REFB=-0.0249127;REVB=0.0109698;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115717;STB=0.565126;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0139414;OID=.;OPOS=3129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:6:3:7:7:6:3 chr4 3219613 . A C 1558.92 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338069;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.028;QD=59.9586;RBI=0.0758546;REFB=0;REVB=0.0757792;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80046e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr4 3231661 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0277744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.548;QD=14.6971;RBI=0.0315637;REFB=-0.00379181;REVB=0.0149951;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497535;STB=0.502854;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00463458;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:17:13:9:12:17:13 chr4 3318413 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.777;QD=60.9784;RBI=0.0149598;REFB=0;REVB=0.00933046;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50855e-05;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr4 3319271 . C T 141.06 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.00774296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.093;QD=7.94699;RBI=0.00991452;REFB=-0.0170462;REVB=-0.00619228;RO=50;SAF=16;SAR=4;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102276;STB=0.575918;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0390017;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:51:20:20:0.28169:4:16:37:13:4:16:37:14 chr4 3319553 . C T 309.97 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.038015;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9381;QD=14.4171;RBI=0.0411685;REFB=-0.0372527;REVB=-0.0158021;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650154;STB=0.536892;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0661989;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:51:35:35:0.406977:20:15:25:26:20:15:25:26 chr4 3417845 . G C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00960612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.844;QD=21.9722;RBI=0.00995111;REFB=-0.0164051;REVB=-0.0025975;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287671;STB=0.662188;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0184536;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:17:6:12:9:17:6:12:9 chr4 3444593 . G A 69.06 PASS AF=0.36;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0234174;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.252;QD=11.0494;RBI=0.0234176;REFB=-0.0161235;REVB=8.42338e-05;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0381547;OID=.;OPOS=3444593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:26:25:15:16:8:9:0.36:5:3:6:9:5:4:7:9 chr4 3446091 . G T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00666895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5311;QD=18.4895;RBI=0.0103245;REFB=-9.27872e-05;REVB=0.00788159;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976477;STB=0.555504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000236842;OID=.;OPOS=3446091;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:12:14:14:8:12:14 chr4 3446132 . C G 177.56 PASS AF=0.44186;AO=16;DP=40;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00483965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.886;QD=16.5174;RBI=0.00499465;REFB=-0.0164751;REVB=0.00123462;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217597;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0258837;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:24:24:16:19:0.44186:9:7:11:13:10:9:11:13 chr4 3446682 . C T 523.82 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0150447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4135;QD=19.9549;RBI=0.0151482;REFB=-0.0171086;REVB=-0.00176731;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750245;STB=0.541386;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0232425;OID=.;OPOS=3446682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:24:30:24:27:24:30:24:27 chr4 3449886 . G A 786.37 PASS AF=0.524476;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0111277;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6937;QD=21.9962;RBI=0.0478083;REFB=-0.0283655;REVB=0.0464953;RO=67;SAF=30;SAR=44;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178604;STB=0.596613;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0356642;OID=.;OPOS=3449886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:68:74:75:0.524476:44:30:41:26:45:30:41:27 chr4 3475252 . T C 4393.44 PASS AF=0.996441;AO=278;DP=280;FAO=280;FDP=281;FR=.;FRO=1;FSAF=148;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0471955;FXX=0.00706689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1434;QD=62.5401;RBI=0.0481805;REFB=-0.0526632;REVB=-0.00969272;RO=0;SAF=147;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501683;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000718002;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:280:281:0:1:278:280:0.996441:131:147:0:0:132:148:1:0 chr4 3494850 . GGCC GC,G,GGC,GG 154.83 PASS AF=0.85,0.1,0,0;AO=5,2,2,6;DP=20;FAO=17,2,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13,1,0,0;FSAR=4,1,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103716,-0.153838,-0.703306,-0.361131;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,3,1,2;MLLD=16.4174,12.9591,8.47228,10.3243;QD=30.9649;RBI=0.0176187,0.157793,0.725052,0.374536;REFB=-0.0908497,-0.0865656,-0.124246,-0.0987781;REVB=-0.0142425,0.0351072,0.176243,0.0993034;RO=3;SAF=2,2,2,6;SAR=3,0,0,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.555556,0.555556;SSSB=0.0436878,0.666583,0.666583,0.778585;STB=0.555487,0.665164,0.5,0.5;STBP=0.149,0.662,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0316461,-0.143148,0.0445861,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3494851,3494851,3494852,3494852;OREF=GC,GCC,C,CC;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GC,G,GGC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.85,0.1,0,0:5,2,2,6:20:17,2,0,0:20:1:13,1,0,0:4,1,0,0:0:1:7:3:2,2,2,6:3,0,0,0:1:2 chr4 3514695 . A G 1600.36 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.566;QD=58.7289;RBI=0.0195476;REFB=-0.124173;REVB=-0.0101227;RO=1;SAF=66;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713773;STB=0.503759;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000857509;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:107:108:0.990826:41:66:1:0:42:66:1:0 chr4 3589689 . C A 358.33 PASS AF=0.578125;AO=32;DP=61;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0551915;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4531;QD=22.3957;RBI=0.0917223;REFB=-0.0643131;REVB=0.073259;RO=27;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101953;STB=0.555993;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.041478;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:27:27:32:37:0.578125:17:15:16:11:20:17:16:11 chr4 3589719 . CA C 277.88 PASS AF=0.558824;AO=39;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.067354;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6825;QD=16.3458;RBI=0.128985;REFB=-0.000865768;REVB=-0.110002;RO=28;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176518;STB=0.578906;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=-0.00578846;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:39:69:38:68:30:16:22:18:12:99:28:16:23:18:10 chr4 3590683 . T G 378.56 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00489478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.784;QD=16.459;RBI=0.00759326;REFB=-0.00509263;REVB=0.00580505;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112642;STB=0.568148;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00569044;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:21:19:30:21:21:19:31:21 chr4 3590711 . G T 352.95 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00706595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8209;QD=15.8627;RBI=0.0132441;REFB=-0.0158536;REVB=-0.0112017;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112812;STB=0.565337;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0217681;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:51:37:38:0.426966:20:17:28:21:20:18:30:21 chr4 3590730 . G A 346.5 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00351903;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.143;QD=16.6989;RBI=0.0103511;REFB=-0.0179744;REVB=-0.00973458;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812119;STB=0.504561;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0104309;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:18:19:24:22:18:19:24:22 chr4 3590817 . T C 255.9 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00711745;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.453;QD=19.685;RBI=0.014279;REFB=-0.0362407;REVB=-0.0123787;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16577;STB=0.592524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0372578;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:15:10:16:11:15:10 chr4 3590823 . GACAC CACAG,G,GAC 331.68 PASS AF=0,0.666667,0.296296;AO=2,16,5;DP=35;FAO=0,18,8;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10,7;FSAR=0,8,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.048156,0.0296138,0.0730328;FXX=0.181763;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=72.6557,73.5501,30.0676;QD=49.1375;RBI=0.0908901,0.114787,0.106748;REFB=-0.0720128,0.0143744,-0.0491384;REVB=0.0770844,0.110901,0.0778541;RO=1;SAF=2,10,4;SAR=0,6,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.043542,-0.0951258;STB=0.5,0.523783,0.533253;STBP=1,0.517,0.649;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0779312,0.0628919;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,-,-;OMAPALT=CACAG,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:53:35:27:1:1:2,16,5:0,18,8:0,0.666667,0.296296:0,6,1:2,10,4:1:0:0,8,1:0,10,7:1:0 chr4 3590878 . C T 504.52 PASS AF=0.44;AO=54;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=7.02335e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.661;QD=16.1445;RBI=0.0592847;REFB=-0.0240386;REVB=0.0592847;RO=69;SAF=26;SAR=28;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112819;STB=0.552987;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0352788;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:54:55:0.44:28:26:41:28:28:27:41:29 chr4 3590911 . A C 845.13 PASS AF=0.44;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0114398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4784;QD=16.9027;RBI=0.0257854;REFB=-0.0149065;REVB=0.0231088;RO=112;SAF=54;SAR=34;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809139;STB=0.54506;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0175001;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:112:112:88:88:0.44:34:54:60:52:34:54:60:52 chr4 3591015 . A C 1199.54 PASS AF=0.434932;AO=127;DP=295;FAO=127;FDP=292;FR=.;FRO=165;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=-0.040276;FXX=0.0101691;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0307;QD=16.4321;RBI=0.0417209;REFB=-0.00694;REVB=-0.0108847;RO=156;SAF=71;SAR=56;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090846;STB=0.548892;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00918249;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:292:156:165:127:127:0.434932:56:71:73:83:56:71:78:87 chr4 3591049 . C T 859.18 PASS AF=0.413502;AO=94;DP=231;FAO=98;FDP=237;FR=.;FRO=139;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=0.0176811;FXX=0.00836785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.3896;QD=14.5009;RBI=0.0698727;REFB=-0.0152811;REVB=0.0675986;RO=137;SAF=51;SAR=43;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721191;STB=0.530924;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0175437;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:237:137:139:94:98:0.413502:43:51:65:72:47:51:65:74 chr4 3591069 . C T 895.4 PASS AF=0.463415;AO=95;DP=204;FAO=95;FDP=205;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0137627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.421;QD=17.4711;RBI=0.0218036;REFB=-0.00950376;REVB=-0.0169111;RO=103;SAF=46;SAR=49;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355514;STB=0.515946;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00897075;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:103:110:95:95:0.463415:49:46:46:57:49:46:50:60 chr4 4199634 . A T 800.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.758;QD=57.1752;RBI=0.0545416;REFB=0;REVB=0.00914453;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89809e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr4 4204299 . T C 765.18 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.279;QD=63.7646;RBI=0.0140268;REFB=0;REVB=0.00375473;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80935e-05;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:18:30:0:0 chr4 4228273 . TCCACAGCAG T 50.0 PASS AO=37;DP=94;LEN=9;RO=57;SAF=26;SAR=18;SRF=31;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=4228274;OREF=CCACAGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:94:57:37:18:26:31:19 chr4 4237495 . A G 42.01 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0578264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.033;QD=4.30864;RBI=0.0595666;REFB=-0.00496266;REVB=0.0142929;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329903;STB=0.724004;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0163006;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:18:14:5:2:18:14 chr4 4237511 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00704591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.19;QD=3.54005;RBI=0.0204035;REFB=0.00149149;REVB=-0.0191483;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26883;STB=0.689037;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0108243;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:4:2:18:14:4:2:18:14 chr4 4239587 . G T 92.23 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0316567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7524;QD=4.19238;RBI=0.0434326;REFB=0.000241621;REVB=0.0297363;RO=71;SAF=12;SAR=4;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288208;STB=0.68494;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00083132;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:71:72:16:16:0.181818:4:12:38:33:4:12:39:33 chr4 4249297 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.067;QD=57.6807;RBI=0.0468707;REFB=0;REVB=0.0444576;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365728;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr4 4249300 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9804;QD=57.6806;RBI=0.0321497;REFB=0;REVB=-0.0161842;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000950002;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr4 4249855 . G A 296.49 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0518965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.706;QD=49.4154;RBI=0.0535975;REFB=-0.0224526;REVB=0.0133954;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000389749;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr4 4249909 . C T 182.73 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7119;QD=42.9959;RBI=0.0306358;REFB=0.0536452;REVB=0.0225246;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00195819;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr4 4276132 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.393;QD=62.6643;RBI=0.0448339;REFB=0;REVB=0.0360457;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228381;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 4304337 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.153;QD=40.7629;RBI=0.0529969;REFB=0;REVB=-0.026588;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395363;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 4864301 . C A 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0313776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.592;QD=14.6693;RBI=0.0334371;REFB=-0.0128394;REVB=-0.0115534;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993981;STB=0.565813;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0167061;OID=.;OPOS=4864301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:16:15:14:10:17:15 chr4 4865685 . CTTTTAT C,CTTTAAT 1126.64 PASS AF=0.4375,0;AO=109,23;DP=315;FAO=119,0;FDP=272;FR=.;FRO=153;FSAF=63,0;FSAR=56,0;FSRF=85;FSRR=68;FWDB=0.00867522,0.0494833;FXX=0.0810783;HRUN=4,4;LEN=6,1;MLLD=241.568,35.9612;QD=16.5682;RBI=0.0425097,0.110685;REFB=-0.00188012,0.0123561;REVB=0.0416151,0.0990082;RO=140;SAF=58,13;SAR=51,10;SRF=78;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0254864,0.0103695;STB=0.51478,0.5;STBP=0.685,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00252528,0;OID=.,.;OPOS=4865686,4865689;OREF=TTTTAT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:109,23:315:119,0:272:153:63,0:56,0:85:68:99:140:58,13:51,10:78:62 chr4 5448429 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.173;QD=57.8844;RBI=0.010636;REFB=0;REVB=-0.00178991;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36211e-05;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr4 5570221 . G A 1813.7 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043644;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.811;QD=60.9647;RBI=0.0258974;REFB=0;REVB=0.025527;RO=0;SAF=76;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134388;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:42:76:0:0:42:77:0:0 chr4 5624670 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00373844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.107;QD=8.24603;RBI=0.00425067;REFB=-0.020055;REVB=-0.00202293;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420002;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.037206;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:8:7:3:4:8:7 chr4 5690902 . T C 297.58 PASS AF=0.516667;AO=32;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00571004;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.885;QD=19.8389;RBI=0.00835604;REFB=-0.016736;REVB=0.00610073;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112583;STB=0.548356;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0119517;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:32:31:0.516667:18:14:16:12:17:14:16:13 chr4 5721021 . A C 307.79 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.025664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6112;QD=16.1996;RBI=0.0365677;REFB=-0.0123544;REVB=0.0260491;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151812;STB=0.581491;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.01293;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:33:34:0.447368:18:15:25:16:18:16:26:16 chr4 5743509 . C T 1279.74 PASS AF=0.955556;AO=89;DP=89;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0296836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.252;QD=56.8773;RBI=0.0380716;REFB=-0.029902;REVB=0.0238397;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520828;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000378416;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:90:0:4:89:86:0.955556:50:39:0:0:46:40:0:4 chr4 5743512 . T C 1324.87 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.699;QD=60.9137;RBI=0.0522652;REFB=-0.0211843;REVB=0.034705;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000197;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:46:39:0:0:46:40:0:1 chr4 5749904 . T C 174.08 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0124267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0617;QD=19.3427;RBI=0.0396835;REFB=0.0361647;REVB=0.0376877;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150899;STB=0.594959;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0189447;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:5:12:10:8:5:13:10:8 chr4 5749961 . G C 172.11 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0185068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.753;QD=20.8617;RBI=0.0193034;REFB=-0.0442315;REVB=-0.00548846;RO=15;SAF=14;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365035;STB=0.666464;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0320968;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:17:18:0.545455:3:14:7:8:4:14:7:8 chr4 5750003 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0463476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.943;QD=13.4411;RBI=0.0543193;REFB=-0.000779827;REVB=0.0283283;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490172;STB=0.783502;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0052923;OID=.;OPOS=5750003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:11:2:7:3:11:2 chr4 5755542 . C A 1376.64 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00594982;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.958;QD=61.1842;RBI=0.0306638;REFB=-0.0283354;REVB=0.030081;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.506023;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000290269;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:88:89:0.988889:40:48:0:0:41:48:0:1 chr4 5795412 . C T 202.61 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0815418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7066;QD=12.2794;RBI=0.0823528;REFB=-0.0317307;REVB=0.0115291;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230904;STB=0.625815;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.056994;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:9:16:17:23:9:16:18:23 chr4 5838513 . C G 378.47 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=14;FWDB=0.0135742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8113;QD=14.1483;RBI=0.0155887;REFB=-0.00468838;REVB=-0.00766479;RO=62;SAF=25;SAR=19;SRF=48;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227721;STB=0.630157;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00832546;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:63:44:44:0.411215:19:25:48:14:19:25:49:14 chr4 5975538 . G A 726.97 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.378;QD=52.8703;RBI=0.0136352;REFB=-0.084976;REVB=-0.00441529;RO=2;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074118;STB=0.503936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-2.66922e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:32:21:1:1:32:21:1:1 chr4 5990110 . C A 1287.59 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000129468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.293;QD=60.5926;RBI=0.0131381;REFB=-0.0511316;REVB=0.0131374;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=5.57576e-05;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:45:39:0:0:45:39:0:1 chr4 5990339 . G A 1245.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.865;QD=61.491;RBI=0.0103234;REFB=0;REVB=0.00985535;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75899e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr4 5990551 . G A 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2406;QD=53.2586;RBI=0.0559523;REFB=0;REVB=-0.0554378;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173981;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr4 5990599 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.36;QD=53.2749;RBI=0.0366385;REFB=0;REVB=0.0203576;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519238;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 5990791 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.803;QD=63.2826;RBI=0.036794;REFB=0;REVB=0.0367616;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016877;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr4 5991384 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.696;QD=59.4332;RBI=0.0663824;REFB=0;REVB=-0.00811758;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413585;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr4 5991476 . G A 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.958;QD=35.564;RBI=0.0442196;REFB=0;REVB=-0.038293;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281029;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 6293696 . C G 842.08 PASS AF=0.426606;AO=92;DP=217;FAO=93;FDP=218;FR=.;FRO=125;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=0.0233971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.634;QD=15.4511;RBI=0.0234045;REFB=-0.0151705;REVB=0.00059071;RO=125;SAF=53;SAR=39;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124192;STB=0.571668;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0207793;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:125:125:92:93:0.426606:39:53:57:68:39:54:57:68 chr4 6302519 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.014;QD=59.4353;RBI=0.0200986;REFB=0;REVB=0.00147398;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179518;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 6302707 . C T 152.02 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.021315;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.306;QD=19.0021;RBI=0.0257974;REFB=-0.0068912;REVB=0.0145318;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158374;STB=0.576834;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00769775;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:10:5:3:13:11:5:3:13 chr4 6302831 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0582837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.044;QD=6.54486;RBI=0.0632613;REFB=-0.00948433;REVB=-0.0245967;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980232;STB=0.562346;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.022909;OID=.;OPOS=6302831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:10:14:4:4:10:14 chr4 6303022 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.47;QD=59.8394;RBI=0.0242516;REFB=0;REVB=-0.0221703;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00023e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 6303354 . G A 255.08 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00671237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.713;QD=15.0047;RBI=0.0849441;REFB=-0.0613695;REVB=0.0846785;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25;STB=0.64036;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0997566;OID=.;OPOS=6303354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:13:24:12:19:13:24 chr4 6303955 . G A 231.84 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00829501;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.168;QD=18.1833;RBI=0.0178329;REFB=-0.017507;REVB=0.0157862;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.571371;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0215014;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:26:25:25:0.490196:10:15:14:13:10:15:12:14 chr4 6304087 . A G 207.56 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00177122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.16;QD=13.3906;RBI=0.0595271;REFB=-0.0131533;REVB=-0.0595008;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164123;STB=0.594088;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0154519;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:9:16:18:19:9:16:18:19 chr4 6304242 . T C 348.61 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0517961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6501;QD=46.4809;RBI=0.0715837;REFB=-0.129106;REVB=-0.0494105;RO=2;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308107;STB=0.542824;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.012127;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:30:2:3:27:27:0.9:8:19:1:1:8:19:1:2 chr4 6304286 . C T 450.62 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549448;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0087;QD=58.1443;RBI=0.0550004;REFB=0;REVB=0.00247198;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117399;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr4 6304344 . G A 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0096359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.763;QD=16.2787;RBI=0.0308055;REFB=0.000288609;REVB=-0.0292596;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684256;STB=0.538625;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000416413;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:19:14:10:18:19:14 chr4 6325086 . G A 1554.21 PASS AF=0.990566;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00852134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.086;QD=58.6494;RBI=0.0435349;REFB=-0.0947876;REVB=0.0426928;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00030959;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:106:0:1:101:105:0.990566:56:45:0:0:58:47:0:1 chr4 6382919 . C T 131.63 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0275142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.321;QD=14.626;RBI=0.0275204;REFB=0.00463444;REVB=-0.000585217;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531334;STB=0.79968;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00889399;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:2:19:5:10:2:19 chr4 6415618 . G A 110.52 PASS AF=0.35;AO=12;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0171284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.232;QD=11.0523;RBI=0.0179139;REFB=-0.0179253;REVB=0.00524634;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296676;STB=0.619551;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0414121;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:26:12:14:0.35:8:4:15:10:8:6:16:10 chr4 6536979 . G A 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0134619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.581;QD=25.3397;RBI=0.0233341;REFB=-0.0104893;REVB=0.0190593;RO=20;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213738;STB=0.617684;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00543602;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:20:11:13:7:20:11:13:7 chr4 6596360 . G A 2077.95 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0502201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.171;QD=60.2306;RBI=0.0516556;REFB=-0.0803094;REVB=0.0120931;RO=3;SAF=68;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205067;STB=0.51079;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000717537;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:67:68:3:0:67:68:3:0 chr4 6619165 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3216;QD=56.1859;RBI=0.0615702;REFB=0;REVB=0.00626954;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810213;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:6:21:0:0:7:21:0:0 chr4 6619204 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.925;QD=55.6531;RBI=0.0114689;REFB=0;REVB=0.00947547;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199187;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 6698667 . T C 719.89 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.976;QD=53.3248;RBI=0.0262558;REFB=-0.102047;REVB=0.0219225;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00253886;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:1:1:52:53:0.981481:28:24:0:1:29:24:0:1 chr4 6698706 . A C 1026.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4506;QD=59.4947;RBI=0.0459144;REFB=0;REVB=-0.0451316;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359847;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:36:33:0:0 chr4 6718775 . G T 242.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0057268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.914;QD=20.218;RBI=0.010632;REFB=-0.0040629;REVB=0.00895785;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464258;STB=0.543441;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00582841;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:23:24:21:24:0.5:12:9:11:12:15:9:11:13 chr4 6719092 . TAGTC T 164.77 PASS AF=0.35;AO=19;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00652671;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=4;MLLD=290.423;QD=10.9847;RBI=0.0106582;REFB=-0.0098052;REVB=-0.00842616;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237264;STB=0.651539;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0107362;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:19:60:21:60:39:14:7:17:22:99:38:12:7:16:22 chr4 6884329 . T C 879.62 PASS AF=0.914286;AO=65;DP=71;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00636293;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.006;QD=50.2638;RBI=0.0148865;REFB=0.024305;REVB=-0.0134581;RO=5;SAF=41;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443986;STB=0.503816;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000181691;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:70:5:6:65:64:0.914286:24:41:3:2:24:40:4:2 chr4 6884352 . GGTGT GGTGG,GGT,TGGGT 120.91 PASS AF=0.0232558,0.325581,0;AO=3,14,2;DP=55;FAO=1,14,0;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=0,10,0;FSAR=1,4,0;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.029358,-0.0622224,-0.0190911;FXX=0.188644;HRUN=1,1,3;LEN=1,2,3;MLLD=114.624,102.629,67.6884;QD=11.2476;RBI=0.0300471,0.062924,0.0196207;REFB=-0.0328434,-0.0541908,-0.00517785;REVB=-0.00639827,-0.00937008,-0.00452802;RO=25;SAF=0,10,2;SAR=3,4,0;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.650786,0.0443499,0.415184;STB=0.993853,0.5,0.5;STBP=0.144,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0218749,0.127267,0;OID=.,.,.;OPOS=6884356,6884353,6884352;OREF=T,GT,GGT;OALT=G,-,TGG;OMAPALT=GGTGG,GGT,TGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:43:25:28:3,14,2:1,14,0:0.0232558,0.325581,0:3,4,0:0,10,2:17:8:1,4,0:0,10,0:20:8 chr4 7044357 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.709;QD=33.4282;RBI=0.0584783;REFB=0;REVB=0.00450381;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136925;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 7044600 . G A 1859.89 PASS AF=0.984496;AO=121;DP=124;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.107447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1023;QD=57.671;RBI=0.130418;REFB=-0.0561247;REVB=0.0739198;RO=3;SAF=55;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981594;STB=0.500428;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00268852;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:129:3:2:121:127:0.984496:66:55:2:1:67:60:1:1 chr4 7057106 . G C 599.52 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0546558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.822;QD=58.4898;RBI=0.0557886;REFB=0.0759199;REVB=0.0111853;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000295324;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:1:0 chr4 7114091 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00458328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.532;QD=11.3453;RBI=0.0222902;REFB=-0.00454105;REVB=-0.0218139;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281163;STB=0.66438;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00484078;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:16:6:20:19:16:6:20:19 chr4 7325840 . G T 521.1 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0387607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.133;QD=26.0551;RBI=0.0391577;REFB=-0.00879785;REVB=-0.00556161;RO=32;SAF=28;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785728;STB=0.50429;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0056359;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:20:28:19:13:20:28:19:13 chr4 7398094 . C G 540.5 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00427757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6011;QD=15.0139;RBI=0.00606214;REFB=-0.0159791;REVB=0.00429558;RO=85;SAF=24;SAR=35;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930262;STB=0.552349;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0241313;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:85:59:59:0.409722:35:24:42:43:35:24:42:43 chr4 7435194 . G A 88.6 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0187334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3694;QD=14.7667;RBI=0.0221324;REFB=-0.0267405;REVB=0.0117857;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0486461;OID=.;OPOS=7435194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:3:10:5:6:3:10 chr4 7435379 . A G 1425.11 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00448011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6356;QD=60.643;RBI=0.0624856;REFB=0.0913282;REVB=-0.0623248;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.509257;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00263903;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:1:2:92:92:0.978723:53:39:0:1:53:39:0:2 chr4 7461826 . C CCCA 255.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00531561;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=3;MLLD=249.187;QD=21.3136;RBI=0.0118962;REFB=-0.0190997;REVB=0.0106425;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2793;STB=0.647763;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0196866;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:51:24:48:24:8:16:15:9:99:27:8:16:17:10 chr4 7655855 . C T 1719.11 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0382814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9462;QD=58.7731;RBI=0.065427;REFB=-0.10661;REVB=0.0530587;RO=2;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163687;STB=0.508619;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00257946;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:57:58:0:2:57:58:0:2 chr4 7714490 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7726;QD=57.2344;RBI=0.0194894;REFB=0;REVB=0.0110906;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10946e-05;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr4 7716932 . T C 920.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.652;QD=58.439;RBI=0.0635725;REFB=0;REVB=0.0476806;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119042;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:39:19:0:0:42:21:0:0 chr4 7770723 . G T 2093.5 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0582676;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.369;QD=62.0296;RBI=0.0635525;REFB=0.018285;REVB=0.0253734;RO=0;SAF=58;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=7.43673e-05;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:76:58:0:0:76:58:0:1 chr4 7774667 . C A 865.64 PASS AF=0.45641;AO=89;DP=195;FAO=89;FDP=195;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0249594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.31;QD=17.7566;RBI=0.03188;REFB=-0.0118628;REVB=0.0198334;RO=106;SAF=50;SAR=39;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516775;STB=0.502864;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0137644;OID=.;OPOS=7774667;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:106:106:89:89:0.45641:39:50:59:47:39:50:59:47 chr4 7783163 . G A 923.32 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0684812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.921;QD=56.8195;RBI=0.0995554;REFB=-0.0503906;REVB=0.0722606;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00105083;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:1:0:28:36:1:0 chr4 7845067 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.552;QD=47.8144;RBI=0.057096;REFB=0.0380396;REVB=0.0329762;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00259509;OID=.;OPOS=7845067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr4 7940903 . A G 428.2 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0050979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.479;QD=17.8416;RBI=0.060981;REFB=-0.00322373;REVB=-0.0607675;RO=52;SAF=28;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415286;STB=0.523222;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00635756;OID=.;OPOS=7940903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:16:28:31:21:16:28:31:21 chr4 7940915 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=36;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00694473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.343;QD=17.8206;RBI=0.00952207;REFB=-0.0131649;REVB=0.00651464;RO=44;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171231;STB=0.527074;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.019607;OID=.;OPOS=7940915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:53:36:44:0.453608:12:24:22:22:17:27:30:23 chr4 7941788 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00112181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.563;QD=17.6438;RBI=0.0135731;REFB=-0.00288482;REVB=-0.0135266;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00297853;OID=.;OPOS=7941788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr4 7941901 . A C 676.67 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.063;QD=60.1481;RBI=0.0262666;REFB=0.0533045;REVB=0.004712;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000878799;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:20:23:0:1:21:23:0:1 chr4 8031471 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=60.7159;RBI=0.0487693;REFB=0;REVB=-0.0487526;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135778;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr4 8062689 . TG CA 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014651;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=167.1;QD=62.022;RBI=0.024937;REFB=0;REVB=-0.0201793;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000117569;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr4 8207083 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0224328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.003;QD=16.7279;RBI=0.0390311;REFB=-0.00774733;REVB=-0.0319405;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136325;STB=0.526283;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00806438;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:10:6:7:11:10:6:8:11 chr4 8228731 . T C 1507.27 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.649;QD=59.694;RBI=0.0860269;REFB=0;REVB=0.00650103;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529951;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:62:36:0:0:62:39:0:0 chr4 8228894 . T C 1343.07 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400621;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.086;QD=62.4683;RBI=0.00550912;REFB=0;REVB=0.00378163;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14531e-07;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr4 8229218 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.659;QD=59.3229;RBI=0.0144833;REFB=0;REVB=-0.00949815;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56569e-06;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr4 8229326 . T C 265.02 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.499;QD=50.4805;RBI=0.0361781;REFB=0;REVB=-0.00773365;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79007e-06;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr4 8229713 . A G 61.09 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.469;QD=15.272;RBI=0.0201114;REFB=-0.0222169;REVB=0.0201114;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155174;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:16:7:8:8:8:0.5:8:0:0:7:8:0:0:8 chr4 8229774 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.112274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2781;QD=13.2052;RBI=0.114429;REFB=-0.0266095;REVB=0.0221044;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372539;STB=0.713771;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0285308;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:0:6:4:2:0:6 chr4 8230070 . T C 94.22 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0213508;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.714;QD=9.66324;RBI=0.0304601;REFB=-0.013157;REVB=-0.0217247;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911487;STB=0.555461;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0294896;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:16:11:4:8:16:11 chr4 8230235 . T C 30.79 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00895782;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.066;QD=8.79618;RBI=0.0639277;REFB=-0.00904462;REVB=-0.063297;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046104;STB=0.529293;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.017337;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:4:5:3:2:4:5 chr4 8242466 . A G 2732.6 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362682;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.029;QD=61.7537;RBI=0.0390405;REFB=0;REVB=0.014449;RO=0;SAF=84;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029772;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:177:0:0:171:177:1:87:84:0:0:91:86:0:0 chr4 8391358 . G A 391.15 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0567363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5282;QD=19.3163;RBI=0.0656364;REFB=-0.00373475;REVB=0.033002;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144672;STB=0.580208;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00665288;OID=.;OPOS=8391358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:20:20:27:14:20:20:27:14 chr4 8394124 . C T 329.71 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0200283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.199;QD=15.7005;RBI=0.0239629;REFB=-0.0106554;REVB=-0.0131563;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217007;STB=0.622301;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0110875;OID=.;OPOS=8394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:22:14:29:19:22:14:29:19 chr4 8398837 . G A 132.75 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.03574;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.681;QD=14.3514;RBI=0.0360604;REFB=-0.0147;REVB=-0.0047964;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194053;STB=0.612754;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.031665;OID=.;OPOS=8398837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:9:13:6:9:9:13 chr4 8588917 . G A 480.23 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0070701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.368;QD=20.0094;RBI=0.00803926;REFB=-0.0255936;REVB=-0.00382666;RO=48;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964275;STB=0.541815;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0168262;OID=.;OPOS=8588917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:48:49:46:47:0.489583:24:22:28:20:24:23:28:21 chr4 8594574 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.311;QD=33.4168;RBI=0.0201431;REFB=0;REVB=0.000606148;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553911;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr4 8602884 . T C 563.74 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.125174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6242;QD=57.8191;RBI=0.125174;REFB=0.135878;REVB=0.000260755;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00573112;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:0:1:22:16:0:1 chr4 8602935 . A G 819.78 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381817;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.744;QD=57.5284;RBI=0.0493067;REFB=0;REVB=-0.031198;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52129e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr4 8616096 . T C 266.33 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00285111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3874;QD=14.2043;RBI=0.055752;REFB=0.00165724;REVB=-0.0556791;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50946;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00191225;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:42:44:30:31:0.413333:15:15:21:21:15:16:22:22 chr4 8616179 . T C 1362.85 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00260169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.448;QD=61.2518;RBI=0.0138498;REFB=-0.123454;REVB=0.0136033;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000531539;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:37:50:1:0:37:51:1:0 chr4 8621167 . G A 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0145994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.782;QD=14.5583;RBI=0.0254858;REFB=-0.0183603;REVB=-0.0208898;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926565;STB=0.552691;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0229749;OID=.;OPOS=8621167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:18:17:15:11:18:17 chr4 8621194 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.926;QD=63.5812;RBI=0.0131695;REFB=0;REVB=0.0104599;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8868e-06;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 8951816 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.334;QD=40.7629;RBI=0.0652619;REFB=0;REVB=0.0208382;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505323;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr4 9387462 . C T 1161.71 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.014387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.315;QD=55.986;RBI=0.0145362;REFB=-0.0738252;REVB=-0.0020774;RO=4;SAF=42;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200013;STB=0.510577;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000261841;OID=.;OPOS=9387462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:37:42:3:1:37:42:3:1 chr4 9390660 . A G 183.06 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00489415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.712;QD=43.0724;RBI=0.0612553;REFB=-0.0327754;REVB=0.0610595;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000886587;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:0:1:15:16:0.941176:11:4:0:0:12:4:1:0 chr4 9446325 . AG A 564.04 PASS AF=0.513274;AO=55;DP=117;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00349982;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.773;QD=19.9659;RBI=0.00360236;REFB=-0.0158714;REVB=-0.000853382;RO=58;SAF=29;SAR=26;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136536;STB=0.557503;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.014286;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513274:55:117:58:113:55:29:29:21:34:99:58:29:26:22:36 chr4 9784631 . C T 445.46 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.000520963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.489;QD=23.1408;RBI=0.00528678;REFB=-0.0286036;REVB=-0.00526105;RO=31;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225131;STB=0.608239;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0230184;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:31:34:43:43:0.558442:19:24:26:5:19:24:27:7 chr4 9785134 . T C 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0140931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.206;QD=13.7726;RBI=0.0152316;REFB=-0.0198398;REVB=-0.00577795;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275137;STB=0.658711;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0194696;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:7:13:12:19:7:13:12:19 chr4 9785265 . G T 110.68 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0132859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.835;QD=15.2665;RBI=0.0137742;REFB=-0.00852791;REVB=0.00363476;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0106555;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr4 9909923 . G A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0204118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.377;QD=20.0157;RBI=0.022322;REFB=-0.00500546;REVB=-0.00903476;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205512;STB=0.605611;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0073617;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:17:18:18:0.514286:13:5:8:8:13:5:8:9 chr4 9922130 . C T 1190.13 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8582;QD=61.0322;RBI=0.0662588;REFB=0;REVB=0.0333181;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589002;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr4 9982329 . T TG 285.28 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471855;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.1871;QD=43.8899;RBI=0.0668203;REFB=0;REVB=-0.0473126;RO=22;SAF=0;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00137712;OID=.;OPOS=9982330;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:26:26:26:0:9:17:0:0:4:22:0:4:9:13 chr4 9982330 . A G 357.79 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9019;QD=55.0453;RBI=0.0124024;REFB=0;REVB=0.0121765;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020331;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr4 9987324 . G A 728.31 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3129;QD=57.1226;RBI=0.0372218;REFB=0;REVB=-0.0363749;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335376;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr4 9998493 . A G 1844.72 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.669;QD=60.4826;RBI=0.0252291;REFB=-0.137173;REVB=0.0180587;RO=1;SAF=76;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621008;STB=0.503267;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000104094;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:122:1:1:121:121:0.991803:45:76:1:0:45:76:1:0 chr4 10090178 . T C 1084.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555679;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.36;QD=60.2696;RBI=0.0139378;REFB=0;REVB=0.0127821;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52484e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr4 10099340 . T C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.034;QD=63.6134;RBI=0.0236474;REFB=0;REVB=0.0173775;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05724e-06;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr4 10442700 . C T 1536.01 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0922;QD=62.6944;RBI=0.00297846;REFB=-0.114072;REVB=-0.000758205;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024577;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:0:97:98:1:37:60:0:0:38:60:0:0 chr4 10446385 . C T 833.94 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.073;QD=57.5128;RBI=0.014576;REFB=0;REVB=0.0126134;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07249e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr4 10446906 . A G 579.24 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525796;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=60.9729;RBI=0.0541862;REFB=0;REVB=0.013097;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022317;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 629.69 PASS AF=0,1;AO=4,36;DP=42;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.186521,-0.105064;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.8585,27.4375;QD=58.5758;RBI=0.189412,0.110878;REFB=0,0;REVB=0.0329657,0.0354337;RO=0;SAF=4,17;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00197212;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,36:42:0,43:43:0:0,22:0,21:0:0:4:0:4,17:0,19:0:0 chr4 10502937 . T G 1110.33 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0361303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8381;QD=57.6797;RBI=0.0379306;REFB=-0.191705;REVB=-0.0115469;RO=2;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438581;STB=0.507934;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00180197;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:31:44:1:1:31:45:0:1 chr4 13545792 . G C,T 646.05 PASS AF=0.116279,0.883721;AO=5,37;DP=42;FAO=5,38;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010409,0.0226668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.387,129.021;QD=60.0978;RBI=0.0366132,0.0619707;REFB=0,0;REVB=-0.0351024,0.0576765;RO=0;SAF=2,17;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0613073,-0.00912713;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:42:43:0:0:5,37:5,38:0.116279,0.883721:3,20:2,17:0:0:3,21:2,17:0:0 chr4 13548796 . T G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.045;QD=60.2212;RBI=0.0105922;REFB=0;REVB=0.00684982;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56559e-05;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr4 13601977 . C A 315.25 PASS AF=0.55;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0264978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.211;QD=21.0167;RBI=0.0608149;REFB=-0.0019596;REVB=0.0547386;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101953;STB=0.561896;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0015441;OID=.;OPOS=13601977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:27:32:33:0.55:15:17:11:16:15:18:11:16 chr4 13606575 . A T 882.09 PASS AF=1;AO=5;DP=117;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.235767;FXX=0.129299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3495;QD=34.9343;RBI=0.298891;REFB=0;REVB=0.183712;RO=96;SAF=3;SAR=2;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.125412;OID=.;OPOS=13606575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:101:96:0:5:101:1:2:3:49:47:46:55:0:0 chr4 13606576 . A T 1473.81 PASS AF=0.891667;AO=106;DP=118;FAO=107;FDP=120;FR=.;FRO=13;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0143573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7769;QD=49.1269;RBI=0.0145767;REFB=-0.0188734;REVB=0.0025197;RO=10;SAF=50;SAR=56;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535301;STB=0.532704;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0106362;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:118:120:10:13:106:107:0.891667:56:50:8:2:57:50:10:3 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 138.17 PASS AF=0.263158;AO=19;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.015982;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=295.875;QD=7.27215;RBI=0.0177246;REFB=-0.00589973;REVB=-0.00766393;RO=56;SAF=6;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272141;STB=0.677239;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0196189;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:19:76:20:76:56:6:14:30:26:99:56:6:13:30:26 chr4 15516389 . C T 2695.37 PASS AF=0.983146;AO=175;DP=180;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0448107;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8173;QD=60.57;RBI=0.0451726;REFB=-0.0623602;REVB=-0.00570617;RO=1;SAF=88;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537871;STB=0.508379;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0012646;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:178:1:3:175:175:0.983146:87:88:1:0:87:88:3:0 chr4 15689928 . G A 632.74 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514465;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.67;QD=61.7306;RBI=0.0705777;REFB=0;REVB=-0.0483165;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38219e-05;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:34:41:1:16:18:0:0:16:25:0:0 chr4 15709252 . G A 354.54 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.000213555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.762;QD=13.9036;RBI=0.00368956;REFB=0.000962712;REVB=-0.00368337;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470893;STB=0.526807;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00144187;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:61:41:41:0.401961:19:22:29:30:19:22:30:31 chr4 15713446 . C T 472.21 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00834309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5534;QD=21.7106;RBI=0.0126691;REFB=-0.00362488;REVB=-0.00953413;RO=41;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247818;STB=0.513672;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00270517;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:26:20:19:22:26:20:19:22 chr4 15724487 . T G 536.68 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.00657687;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.01;QD=14.5049;RBI=0.0100923;REFB=-0.0101539;REVB=-0.00765504;RO=84;SAF=40;SAR=19;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1209;STB=0.568696;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0163471;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:84:89:59:59:0.398649:19:40:48:36:19:40:51:38 chr4 15733454 . A C 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0127222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.127;QD=15.8509;RBI=0.0141234;REFB=-0.00889275;REVB=0.00613317;RO=57;SAF=30;SAR=14;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149457;STB=0.584186;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00947158;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:14:30:31:26:14:30:31:26 chr4 15739390 . T G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0204953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.872;QD=17.956;RBI=0.0222771;REFB=-0.000568575;REVB=0.00872977;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132974;STB=0.575665;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0008498;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:11:6:8:8:11:6 chr4 15835844 . A C 657.47 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00733694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.872;QD=50.5749;RBI=0.0337077;REFB=-0.186535;REVB=0.0328995;RO=3;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345412;STB=0.518387;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00276571;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:18:31:1:2:18:31:1:2 chr4 15937731 . T C 383.04 PASS AF=0.471264;AO=38;DP=83;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.000530628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2629;QD=17.6109;RBI=0.00490887;REFB=-0.0136162;REVB=-0.0048801;RO=45;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244907;STB=0.612938;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0162462;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:45:46:38:41:0.471264:24:14:28:17:24:17:29:17 chr4 15964485 . G A 360.82 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=30;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00184474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.942;QD=46.5569;RBI=0.0243551;REFB=-0.0391643;REVB=0.0242851;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579914;STB=0.542827;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0062261;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:31:2:3:26:28:0.903226:15:11:0:2:16:12:0:3 chr4 15964494 . C G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0276254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.315;QD=14.6582;RBI=0.0691052;REFB=0.00830265;REVB=0.0633433;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.562406;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00985852;OID=.;OPOS=15964494;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:6:11:7:6:6:11 chr4 15964573 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.659;QD=62.9826;RBI=0.0375661;REFB=0;REVB=-0.0295712;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29562e-05;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr4 15981559 . ATTTTTTT AATTTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 36.17 PASS AF=0,0.163265,0.0204082;AO=2,10,2;DP=50;FAO=0,8,1;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=0,4,1;FSAR=0,4,0;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.109978,-0.143656,-0.15847;FXX=0.039208;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=27.7023,13.4961,27.1549;QD=2.95248;RBI=0.110172,0.144677,0.163983;REFB=-0.00952468,-0.0317239,-0.00948335;REVB=-0.00654311,-0.0171553,-0.0421612;RO=33;SAF=1,2,2;SAR=1,8,0;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0660139,-0.311966,0.479285;STB=0.5,0.624707,0.992777;STBP=1,0.46,0.262;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0228069,0.0572774,0.0136757;OID=.,.,.;OPOS=15981560,15981560,15981566;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.163265,0.0204082:2,10,2:50:0,8,1:49:40:0,4,1:0,4,0:14:26:28:33:1,2,2:1,8,0:14:19 chr4 16164193 . T TTA 332.84 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00189953;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=2;MLLD=318.18;QD=13.7253;RBI=0.00721498;REFB=-0.00553088;REVB=-0.00696044;RO=69;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25803;STB=0.643857;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.00755738;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381443:37:107:37:97:60:24:13:25:35:99:69:24:13:29:40 chr4 16198378 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00789775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.486;QD=10.6682;RBI=0.00807368;REFB=-0.00266736;REVB=-0.00167626;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059334;STB=0.535643;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00673185;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:10:8:5:5:10:8 chr4 16675898 . C A 99.26 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0260417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.337;QD=14.7053;RBI=0.0266758;REFB=-0.0151369;REVB=-0.00578138;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.666419;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0183404;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:12:3:6:6:12:3 chr4 17517099 . A G 400.12 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8749;QD=53.3493;RBI=0.029078;REFB=-0.00977888;REVB=-0.025239;RO=2;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901772;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000252036;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:2:1:28:29:0.966667:12:16:1:1:13:16:1:0 chr4 17524570 . C G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0145476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.728;QD=9.18835;RBI=0.014962;REFB=-0.0229712;REVB=0.00349697;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980574;STB=0.572733;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0527974;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:6:5:13:11:6:5:14:11 chr4 17586703 . T C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.172;QD=59.4996;RBI=0.00493631;REFB=0;REVB=0.00118153;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16513e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr4 17627294 . A G 1011.67 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189169;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.946;QD=59.5098;RBI=0.0210109;REFB=0;REVB=-0.00914384;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63185e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr4 17627332 . T C 595.22 PASS AF=0.952381;AO=41;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00778072;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.899;QD=56.6878;RBI=0.0153303;REFB=0.00699552;REVB=0.0132091;RO=2;SAF=30;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516658;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=1.72577e-05;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:2:2:41:40:0.952381:11:30:2:0:11:29:2:0 chr4 17634213 . A G 953.71 PASS AF=0.985075;AO=60;DP=62;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.766;QD=56.9379;RBI=0.0923125;REFB=-0.0939702;REVB=0.0835471;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209661;STB=0.509088;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00369873;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:67:1:1:60:66:0.985075:22:38:0:1:27:39:0:1 chr4 17660082 . C T 644.16 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194487;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1257;QD=59.9221;RBI=0.044448;REFB=-0.0910699;REVB=0.0399671;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00326122;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr4 17694943 . A G 757.55 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138423;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5651;QD=61.8409;RBI=0.0302251;REFB=-0.0454074;REVB=-0.026869;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000935928;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr4 17706665 . G T 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.033719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.052;QD=7.81211;RBI=0.0359485;REFB=-0.011034;REVB=-0.012463;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178316;STB=0.608551;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0488388;OID=.;OPOS=17706665;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:9:6:22:18:9:6:22:18 chr4 17710905 . G C 705.11 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0209307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.311;QD=21.2063;RBI=0.0248708;REFB=-0.0290069;REVB=-0.0134337;RO=64;SAF=39;SAR=30;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152173;STB=0.58358;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0322774;OID=.;OPOS=17710905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:30:39:25:39:30:39:25:39 chr4 17711076 . T C 905.51 PASS AF=0.46;AO=92;DP=200;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0190481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.287;QD=18.1101;RBI=0.0192371;REFB=-0.00684789;REVB=-0.00269007;RO=107;SAF=56;SAR=36;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148067;STB=0.584597;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00903061;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:107:108:92:92:0.46:36:56:49:58:36:56:49:59 chr4 17802388 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00378242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.844;QD=15.9166;RBI=0.00691673;REFB=-0.00613082;REVB=0.0057909;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477061;STB=0.780161;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149481;OID=.;OPOS=17802388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:9:6:11:2:9:6 chr4 17805379 . G A 390.89 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00631659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4704;QD=16.6338;RBI=0.00642933;REFB=-0.00275227;REVB=-0.00119873;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648352;STB=0.536463;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00384751;OID=.;OPOS=17805379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:16:25:29:24:16:25:29:24 chr4 17812796 . C T 486.01 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0401728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9754;QD=24.0006;RBI=0.0422873;REFB=-0.012067;REVB=0.0132049;RO=35;SAF=14;SAR=32;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174655;STB=0.509574;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00784524;OID=.;OPOS=17812796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:32:14:10:25:32:14:10:25 chr4 17819695 . G A 204.37 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0204295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.324;QD=22.7076;RBI=0.0211669;REFB=-0.0148394;REVB=-0.00553837;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.541624;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.012411;OID=.;OPOS=17819695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:13:7:6:9:13:7:7:9 chr4 19183454 . A G 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.613;QD=60.9725;RBI=0.0367399;REFB=0;REVB=-0.0267482;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68809e-06;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr4 20520993 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000446815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.045;QD=63.8682;RBI=0.0261883;REFB=0;REVB=0.0261844;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72202e-05;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 20544184 . C T 925.86 PASS AF=0.447964;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=221;FR=.;FRO=122;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=-0.0124237;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.78;QD=16.7577;RBI=0.0163155;REFB=-0.00977451;REVB=-0.0105757;RO=123;SAF=51;SAR=48;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540284;STB=0.527902;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0113789;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:123:122:99:99:0.447964:48:51:70:53:48:51:69:53 chr4 20568902 . A G 478.36 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00163122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.792;QD=16.9331;RBI=0.0363151;REFB=0.00168516;REVB=-0.0362785;RO=61;SAF=40;SAR=12;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2113;STB=0.61868;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00230195;OID=.;OPOS=20568902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:12:40:36:25:12:40:36:25 chr4 20621987 . G A 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00921192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.898;QD=14.8157;RBI=0.0115825;REFB=-0.00664888;REVB=-0.00702106;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652005;STB=0.541643;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0112698;OID=.;OPOS=20621987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:15:20:31:18:15:20:32:18 chr4 20622009 . C T 270.49 PASS AF=0.359551;AO=33;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00162757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6978;QD=12.1566;RBI=0.0114747;REFB=-0.0103221;REVB=-0.0113586;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487818;STB=0.510723;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.020112;OID=.;OPOS=20622009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:33:32:0.359551:15:18:33:23:14:18:33:24 chr4 20733708 . C A,CA 371.84 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,32;DP=52;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228751,-0.0654484;FXX=0.0217344;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=249.957,11.5469;QD=33.0528;RBI=0.00809428,0.0730988;REFB=0.0155782,-0.0184031;REVB=-0.00776433,-0.0325567;RO=12;SAF=0,21;SAR=2,11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.630414,-0.0058035;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0847753,-0.00611261;OID=.,.;OPOS=20733708,20733709;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:45:12:0:2,32:1,44:0.0222222,0.977778:2,11:0,21:8:4:1,16:0,28:0:0 chr4 20751278 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.414;QD=63.2868;RBI=0.0287415;REFB=0;REVB=0.0209912;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35183e-05;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr4 20852166 . A G 740.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194273;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.863;QD=54.8835;RBI=0.0199721;REFB=0.12429;REVB=0.00463306;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000731244;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:0:1:21:32:0:1 chr4 20852244 . A G 870.23 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.128;QD=56.1442;RBI=0.023915;REFB=-0.129678;REVB=-0.0112672;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000753223;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:27:33:0:0:27:34:1:0 chr4 21950259 . A G 3971.25 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.869;QD=61.5697;RBI=0.0283898;REFB=0;REVB=0.0261398;RO=0;SAF=103;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7952e-05;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:249:258:0:0:249:258:1:146:103:0:0:153:105:0:0 chr4 22394239 . T G 538.43 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0467564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0675;QD=16.826;RBI=0.0535758;REFB=-0.00462521;REVB=-0.0261573;RO=70;SAF=29;SAR=29;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701512;STB=0.539049;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00470457;OID=.;OPOS=22394239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:70:58:58:0.453125:29:29:40:30:29:29:40:30 chr4 22404391 . G A 215.96 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000368685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.029;QD=15.7061;RBI=0.0253819;REFB=-0.00470418;REVB=0.0253793;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752953;STB=0.510908;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00526539;OID=.;OPOS=22404391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:30:24:25:0.454545:11:13:15:9:12:13:15:15 chr4 22415234 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00605325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.305;QD=21.0079;RBI=0.0061596;REFB=-0.012327;REVB=-0.00113968;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155957;STB=0.586152;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00789091;OID=.;OPOS=22415234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:14:16:18:7:14:16:18:7 chr4 22444692 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.764;QD=48.7373;RBI=0.013797;REFB=0;REVB=0.0111606;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77767e-05;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 22820504 . A T 1123.79 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.177;QD=59.1467;RBI=0.0277775;REFB=-0.119013;REVB=-0.00504727;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435163;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr4 23815522 . C T 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.222;QD=60.8809;RBI=0.0595843;REFB=0;REVB=0.0310465;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205725;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr4 23815662 . C T 775.24 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0191962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.183;QD=53.4645;RBI=0.0480622;REFB=-0.0585927;REVB=0.0440623;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303982;STB=0.516123;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00120236;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:26:30:2:0:26:30:2:0 chr4 23815924 . T C 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.658;QD=63.4745;RBI=0.0147746;REFB=0;REVB=-0.00205987;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32727e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr4 23886323 . G T 143.19 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00845708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.03;QD=10.8067;RBI=0.018976;REFB=-0.00505144;REVB=-0.0169873;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110127;STB=0.564782;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0101621;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:8:10:16:19:8:10:16:19 chr4 24534687 . T C 350.53 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0117651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.248;QD=15.4079;RBI=0.0117926;REFB=-0.00147468;REVB=-0.00080588;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986467;STB=0.505573;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00168057;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:20:33:24:14:20:33 chr4 24801354 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.000490773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.973;QD=11.0198;RBI=0.0130735;REFB=0.00912509;REVB=0.0130643;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00660272;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr4 24802323 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.225;QD=60.977;RBI=0.023547;REFB=0;REVB=0.0233715;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63564e-05;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr4 25001439 . T C 440.87 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0196287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3902;QD=16.0317;RBI=0.0411824;REFB=-0.0180942;REVB=-0.0362037;RO=58;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330307;STB=0.51476;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.022378;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:61:49:49:0.445455:22:27:30:28:22:27:32:29 chr4 25005193 . G A 1120.28 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577099;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.333;QD=60.5556;RBI=0.0161077;REFB=0;REVB=-0.0150385;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27125e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr4 25032135 . C T 866.83 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00989034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.998;QD=53.3432;RBI=0.0433825;REFB=-0.0881976;REVB=0.0422401;RO=3;SAF=45;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644469;STB=0.503417;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00175146;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:17:45:2:1:17:45:2:1 chr4 25253995 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.434;QD=57.3852;RBI=0.0165049;REFB=0;REVB=0.0162093;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88754e-05;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr4 25278988 . T C 429.45 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0107707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2301;QD=18.2742;RBI=0.0229857;REFB=-0.014641;REVB=-0.020306;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489439;STB=0.52726;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0118568;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:49:50:43:44:0.468085:26:17:17:32:26:18:18:32 chr4 25334874 . A G 551.97 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0115235;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.917;QD=21.8603;RBI=0.0123333;REFB=-0.0138656;REVB=0.00439525;RO=45;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19802;STB=0.604023;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0116409;OID=.;OPOS=25334874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:46:55:55:0.544554:34:21:28:17:34:21:28:18 chr4 25363901 . T A 1500.69 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9223;QD=59.4335;RBI=0.07182;REFB=0;REVB=0.0695711;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434537;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:2:0:99:101:1:54:45:2:0:54:47:0:0 chr4 25408516 . T A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00721903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.774;QD=14.1958;RBI=0.0072618;REFB=0.003175;REVB=0.000787054;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801421;STB=0.527844;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00404068;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:8:14:18:14:9:14:18:14 chr4 25419283 . T C 370.08 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0128585;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.755;QD=14.0982;RBI=0.0137587;REFB=-0.0169882;REVB=-0.00489496;RO=62;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202448;STB=0.614404;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0196111;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:62:62:43:43:0.409524:16:27:27:35:16:27:27:35 chr4 25678199 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.388;QD=52.6117;RBI=0.0413187;REFB=0;REVB=-0.00742427;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041755;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr4 25749303 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.998;QD=54.5176;RBI=0.00608723;REFB=0;REVB=0.00123519;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77264e-05;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr4 25915858 . C A 635.61 PASS AF=0.574074;AO=59;DP=106;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0313909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2818;QD=23.5409;RBI=0.0486444;REFB=-0.0389734;REVB=0.0371603;RO=46;SAF=30;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149426;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:46:46:59:62:0.574074:29:30:23:23:31:31:23:23 chr4 26274274 . T A 179.48 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000950262;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3194;QD=13.8059;RBI=0.021615;REFB=-0.0102721;REVB=-0.0215941;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635824;STB=0.534038;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0107997;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:31:21:21:0.403846:11:10:12:17:11:10:13:18 chr4 26417136 . T C 407.91 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=3.04227e-06;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.988;QD=22.3514;RBI=0.033317;REFB=-0.0269871;REVB=0.033317;RO=32;SAF=12;SAR=28;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119347;STB=0.517676;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0193224;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:33:40:40:0.547945:28:12:10:22:28:12:11:22 chr4 26586832 . G A 253.84 PASS AF=0.657143;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0292919;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.335;QD=29.0099;RBI=0.0350768;REFB=-0.0401034;REVB=0.0192968;RO=13;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400097;STB=0.653704;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0254287;OID=.;OPOS=26586832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:35:13:12:21:23:0.657143:17:4:9:4:17:6:8:4 chr4 26673761 . T A 491.53 PASS AF=0.310502;AO=74;DP=217;FAO=68;FDP=219;FR=.;FRO=151;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=96;FSRR=55;FWDB=-0.0222826;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=33.8799;QD=8.9777;RBI=0.0436171;REFB=-0.0208281;REVB=-0.0374958;RO=122;SAF=38;SAR=36;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847307;STB=0.612734;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0465411;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:122:151:74:68:0.310502:36:38:72:50:36:32:96:55 chr4 26673787 . A G 4085.5 PASS AF=0.971014;AO=267;DP=277;FAO=268;FDP=276;FR=.;FRO=8;FSAF=129;FSAR=139;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0640965;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.472;QD=59.2102;RBI=0.0642597;REFB=-0.142242;REVB=0.00457762;RO=2;SAF=129;SAR=138;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733379;STB=0.511416;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000426334;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:277:276:2:8:267:268:0.971014:138:129:2:0:139:129:7:1 chr4 27004011 . G A 668.29 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5406;QD=59.4036;RBI=0.0244543;REFB=0.0439671;REVB=-0.0182323;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149167;STB=0.507933;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0102026;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:31:13:0:1:31:13:0:1 chr4 28712912 . C G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6465;QD=60.2285;RBI=0.0644557;REFB=0;REVB=-0.0375097;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160373;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr4 28712968 . A G 954.53 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8928;QD=58.7402;RBI=0.00998949;REFB=0;REVB=0.00959582;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06292e-05;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:35:29:0:1:36:29:0:0 chr4 30725696 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0106933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.405;QD=19.646;RBI=0.0112409;REFB=-0.00198471;REVB=-0.00346592;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00159452;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:2:6:8:3:2:6 chr4 30725987 . G A 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.015689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.609;QD=24.0441;RBI=0.0172856;REFB=-0.0199636;REVB=0.00725571;RO=36;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506842;STB=0.527825;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0132731;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:18:29:20:16:18:29:20:16 chr4 31146018 . A G 191.52 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0191436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5904;QD=15.6342;RBI=0.0457608;REFB=-0.0182644;REVB=0.0415641;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327;STB=0.518828;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0271946;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:11:18:13:7:11:18 chr4 31147272 . A C 563.36 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0211291;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.573;QD=28.8904;RBI=0.0231004;REFB=0.0031042;REVB=-0.00933752;RO=28;SAF=19;SAR=31;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898775;STB=0.504884;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00155663;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:31:19:11:17:31:19:11:17 chr4 34967868 . G T 736.64 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175114;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2792;QD=62.6928;RBI=0.0295604;REFB=0;REVB=-0.0238153;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184931;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:20:27:0:0 chr4 36081878 . C T 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179557;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.708;QD=61.0475;RBI=0.0182807;REFB=0;REVB=0.00343154;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266337;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr4 36258197 . T C 4603.78 PASS AF=1;AO=290;DP=291;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143931;FXX=0.00343631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.669;QD=63.5004;RBI=0.0268726;REFB=-0.062671;REVB=0.022693;RO=1;SAF=146;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101883;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:291:290:1:0:290:290:1:144:146:0:1:144:146:0:0 chr4 36292009 . T A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.01925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.435;QD=18.7956;RBI=0.0198565;REFB=-0.0088045;REVB=0.00486983;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143808;STB=0.581246;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0100222;OID=.;OPOS=36292009;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:10:17:11:12:10:17 chr4 36292018 . T A 772.34 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000345495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6096;QD=61.7871;RBI=0.0524013;REFB=0.0490752;REVB=0.0524002;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000247693;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr4 36310049 . C T 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0130018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.206;QD=18.3451;RBI=0.0131663;REFB=0.00221159;REVB=0.00207488;RO=46;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273415;STB=0.515247;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00250972;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:22:19:20:26:22:19:20:26 chr4 36317965 . T C 635.79 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0107214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.759;QD=16.622;RBI=0.0125107;REFB=-0.00370334;REVB=-0.00644732;RO=84;SAF=28;SAR=41;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117678;STB=0.565498;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00446769;OID=.;OPOS=36317965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:84:69:69:0.45098:41:28:44:40:41:28:44:40 chr4 37592250 . T C 53.99 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0048184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.469;QD=8.30611;RBI=0.00482784;REFB=-0.0162309;REVB=0.00030174;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110839;STB=0.524936;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0415726;OID=.;OPOS=37592250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:7:8:0.307692:5:2:5:13:6:2:5:13 chr4 37612486 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.391;QD=62.9821;RBI=0.0456059;REFB=0;REVB=0.0450429;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178219;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 37836302 . T C 1050.63 PASS AF=0.486486;AO=106;DP=220;FAO=108;FDP=222;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.0345158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.4111;QD=18.9304;RBI=0.0364715;REFB=-0.00279337;REVB=0.0117826;RO=114;SAF=56;SAR=50;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146922;STB=0.50829;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00314236;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:114:114:106:108:0.486486:50:56:62:52:51:57:62:52 chr4 37857342 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0126124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.258;QD=16.8247;RBI=0.0203783;REFB=-0.0133708;REVB=-0.0160063;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25847;STB=0.647372;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0104341;OID=.;OPOS=37857342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:10:18:8:13:10:18 chr4 37903756 . T C 694.04 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4957;QD=61.6924;RBI=0.0625714;REFB=0;REVB=-0.0384833;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106908;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:14:22:0:0:21:24:0:0 chr4 37904082 . T C 216.18 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0183019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9402;QD=29.8173;RBI=0.0401911;REFB=-0.0410447;REVB=0.0357822;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114047;STB=0.529383;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0254348;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:8:9:20:20:0.689655:14:6:1:7:14:6:2:7 chr4 37904089 . C T 176.15 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0352911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.767;QD=29.358;RBI=0.035751;REFB=-0.0252329;REVB=0.00571555;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533511;STB=0.502955;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133335;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:2:5:12:5:2:5 chr4 37962186 . G C 700.65 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.238;QD=62.2802;RBI=0.0189431;REFB=0;REVB=0.0186393;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050734;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:9:35:0:0:9:36:0:0 chr4 38016372 . G A 304.89 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.00339986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.99;QD=26.5124;RBI=0.00721222;REFB=-0.00748486;REVB=0.00636058;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228377;STB=0.624336;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00664456;OID=.;OPOS=38016372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:1:18:20:7:1:18 chr4 38016395 . T G 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.00784118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.57;QD=19.519;RBI=0.00997372;REFB=-0.0235255;REVB=0.00616368;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199676;STB=0.609861;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0200006;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:20:8:3:23:20:8:3:23 chr4 38053599 . C T 337.64 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0103714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.828;QD=19.861;RBI=0.0120647;REFB=-0.0191722;REVB=-0.0061637;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275519;STB=0.643193;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0164679;OID=.;OPOS=38053599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:16:19:7:25:16:19:8:25 chr4 38258908 . G T 629.02 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0590134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.139;QD=57.1834;RBI=0.059441;REFB=0.0282863;REVB=0.00711659;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084084;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.012799;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:17:25:1:1:17:25:1:1 chr4 38259004 . CTT CGT,CGTT,GTT,TCG 514.36 PASS AF=0.861111,0,0.138889,0;AO=26,5,2,3;DP=38;FAO=31,0,5,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,3,0;FSAR=15,0,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139152,-0.0151265,-0.00379789,-0.011446;FXX=0.0270197;HRUN=8,0,1,1;LEN=1,1,1,3;MLLD=90.279,87.0078,99.8483,74.3665;QD=57.1511;RBI=0.0141922,0.0167492,0.0331177,0.035543;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00279021,0.00719213,-0.0328992,-0.0336496;RO=0;SAF=16,3,0,0;SAR=10,2,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-7.71087e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,snp,mnp;VARB=0.0185023,-0.0140021,0.00168215,0;OID=.,.,.,.;OPOS=38259005,38259005,38259004,38259004;OREF=T,-,C,CTT;OALT=G,G,G,TCG;OMAPALT=CGT,CGTT,GTT,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:28:38:36:0:0:26,5,2,3:31,0,5,0:0.861111,0,0.138889,0:10,2,2,3:16,3,0,0:0:0:15,0,2,0:16,0,3,0:0:0 chr4 38259310 . T C 339.38 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.095167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9588;QD=54.3003;RBI=0.104515;REFB=0;REVB=-0.0432052;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036218;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr4 38628725 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6047;QD=59.4339;RBI=0.0850958;REFB=0;REVB=0.0458306;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr4 38702437 . A G 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.191;QD=57.1648;RBI=0.0893978;REFB=0;REVB=0.026246;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625465;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr4 38776107 . T G 146.44 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00887693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.084;QD=17.228;RBI=0.00904364;REFB=-0.0105823;REVB=-0.00172842;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169121;STB=0.596892;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0174731;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:10:8:10:6:10:8 chr4 38776303 . T C 133.19 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0238638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8524;QD=15.2214;RBI=0.0242148;REFB=-0.0192584;REVB=0.00410821;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221869;STB=0.640267;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0289176;OID=.;OPOS=38776303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:6:9:7:12:6:9:7:13 chr4 38776491 . T G 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0011264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.557;QD=14.5589;RBI=0.00750851;REFB=-0.0155967;REVB=0.00742354;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257234;STB=0.646275;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0197508;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:14:21:9:17:14:21 chr4 38777173 . A T 337.67 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0182194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.547;QD=20.1595;RBI=0.0251641;REFB=-0.002395;REVB=-0.0173575;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138579;STB=0.563567;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00164981;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:32:35:35:0.522388:13:22:14:16:13:22:16:16 chr4 38777236 . T G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00393189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.314;QD=13.5796;RBI=0.00393977;REFB=-0.000922542;REVB=0.000248932;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00171312;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:5:12:12:15:5:12:12:16 chr4 38798648 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.729;QD=60.2307;RBI=0.0225995;REFB=0;REVB=0.01694;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122446;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr4 38798935 . C T 293.41 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223522;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.8;QD=53.3475;RBI=0.0346799;REFB=0;REVB=0.0265155;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156188;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 38799710 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9243;QD=50.4097;RBI=0.051638;REFB=0;REVB=-0.0282837;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028785;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 38830012 . G C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0120366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.249;QD=19.7024;RBI=0.0120501;REFB=-0.0106181;REVB=-0.000568462;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237515;STB=0.633654;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00956037;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:12:4:9:8:12:4 chr4 38830116 . C T 188.69 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0180077;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.571;QD=19.8624;RBI=0.0181016;REFB=-0.00460825;REVB=-0.00184166;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266391;STB=0.526732;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00852959;OID=.;OPOS=38830116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:18:19:0.5:8:10:10:9:8:11:10:9 chr4 38830350 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9272;QD=62.0206;RBI=0.0338939;REFB=0;REVB=-0.00184122;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531567;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr4 38830736 . A G 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0158648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.339;QD=21.9193;RBI=0.0166802;REFB=-0.012754;REVB=-0.00515142;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155801;STB=0.587616;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00942508;OID=.;OPOS=38830736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:29:36:36:0.553846:23:13:15:12:23:13:16:13 chr4 38879949 . G A 189.93 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0285881;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.449;QD=19.9922;RBI=0.0394878;REFB=-0.0172129;REVB=0.0272398;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371351;STB=0.706337;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0170959;OID=.;OPOS=38879949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:9:10:2:17:9:10:2:17 chr4 38880046 . T C 120.16 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0378278;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.088;QD=21.8466;RBI=0.037834;REFB=-0.012416;REVB=-0.000687963;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163432;STB=0.571317;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00489642;OID=.;OPOS=38880046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:22:8:9:13:13:0.590909:5:8:3:5:5:8:4:5 chr4 38916631 . T C 416.34 PASS AF=0.494118;AO=40;DP=83;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0205416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3844;QD=19.5923;RBI=0.050256;REFB=-0.00588169;REVB=0.0458662;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190495;STB=0.599953;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00424052;OID=.;OPOS=38916631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:43:40:42:0.494118:16:24:16:25:18:24:16:27 chr4 38933859 . G A 251.44 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00986422;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=25.7889;RBI=0.00986654;REFB=-0.0325472;REVB=0.000214161;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108071;STB=0.559948;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0427284;OID=.;OPOS=38933859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:6:10:11:12:6:10 chr4 38937372 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3727;QD=60.2297;RBI=0.0377772;REFB=0;REVB=-0.0331863;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268775;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr4 38995374 . T C 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.228;QD=60.1628;RBI=0.021999;REFB=0;REVB=0.0150802;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50057e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr4 39000305 . A G 295.85 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0211768;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.257;QD=22.3281;RBI=0.0214637;REFB=-0.027338;REVB=0.00349745;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119517;STB=0.565995;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0366187;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:8:15:15:15:8:15 chr4 39064162 . A C,T 1379.91 PASS AF=0.945055,0.0549451;AO=82,5;DP=88;FAO=86,5;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=65,2;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276082,0.00106266;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.6996,169.364;QD=60.6553;RBI=0.0405244,0.00181102;REFB=0,0;REVB=0.0296651,-0.00146647;RO=0;SAF=61,2;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.06518e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000639429,0.091818;OID=.,.;OPOS=39064162,39064162;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:88:91:0:0:82,5:86,5:0.945055,0.0549451:21,3:61,2:0:0:21,3:65,2:0:0 chr4 39094738 . G A 728.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000186697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.514;QD=57.1581;RBI=0.0106153;REFB=0;REVB=0.0106136;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80915e-05;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr4 39116911 . T C 375.85 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00809565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.444;QD=19.2742;RBI=0.010892;REFB=-0.00355095;REVB=0.00728669;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581119;STB=0.538543;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00406546;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:20:18:16:23:20:19:16:23 chr4 39122697 . C T 197.03 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0235737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.467;QD=10.9464;RBI=0.0290717;REFB=-0.00233194;REVB=-0.017013;RO=44;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470491;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00708349;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:47:25:25:0.347222:12:13:21:23:12:13:23:24 chr4 39302029 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.636;QD=57.6791;RBI=0.0799442;REFB=0;REVB=-0.0112122;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495072;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr4 39448542 . C G 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411406;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.117;QD=54.567;RBI=0.0421077;REFB=0;REVB=0.0089726;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247168;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 39450229 . C A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0175433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.041;QD=20.4843;RBI=0.017625;REFB=-0.0223707;REVB=-0.00169511;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0142229;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr4 39458051 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.693;QD=62.3456;RBI=0.0806057;REFB=0;REVB=0.0763807;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218057;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr4 39459724 . T C 1554.13 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144784;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.81;QD=58.6464;RBI=0.0145381;REFB=-0.0452527;REVB=0.00131623;RO=1;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109082;STB=0.505746;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000770038;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:43:62:0:1:43:62:0:1 chr4 39460490 . C G 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00481811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.293;QD=20.2398;RBI=0.00967131;REFB=-0.0113707;REVB=-0.0083857;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858766;STB=0.50476;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0102654;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:26:21:21:27:26:21:21:27 chr4 39472842 . T A 132.83 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00605693;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.901;QD=13.9822;RBI=0.0291772;REFB=-5.00382e-05;REVB=0.0285416;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243559;STB=0.666444;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000544384;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:14:15:0.394737:9:5:13:9:10:5:14:9 chr4 39501086 . G A 139.39 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0438254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0495;QD=12.3903;RBI=0.044031;REFB=0.00980439;REVB=-0.0042502;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320833;STB=0.657918;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0259274;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:29:16:16:0.355556:11:5:16:10:11:5:16:13 chr4 39826199 . TA T,TT 33.16 PASS AF=0.116279,0.0930233;AO=7,5;DP=42;FAO=5,4;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3,0;FSAR=2,4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.144066,-0.0536638;FXX=0.0227221;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.7909,19.211;QD=3.08451;RBI=0.144107,0.059106;REFB=-0.0380949,-0.0416798;REVB=0.00342319,-0.0247733;RO=28;SAF=4,1;SAR=3,4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0855974,-0.364066;STB=0.562248,0.997378;STBP=0.754,0.031;TYPE=del,snp;VARB=-0.00852202,0.0902069;OID=.,.;OPOS=39826200,39826200;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116279,0.0930233:7,5:42:5,4:43:34:3,0:2,4:18:16:16:28:4,1:3,4:14:14 chr4 39921942 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.000697331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.005;QD=14.0792;RBI=0.010419;REFB=-0.0205338;REVB=0.0103956;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433444;STB=0.746851;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0184676;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:14:2:7:5:14:2 chr4 40045139 . T C 333.72 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00171518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.248;QD=16.4798;RBI=0.00694859;REFB=0.000158912;REVB=0.00673358;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890647;STB=0.567864;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000221793;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:45:35:36:0.444444:17:18:26:17:18:18:28:17 chr4 40045340 . G C 481.27 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.000354855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.615;QD=18.3342;RBI=0.0077886;REFB=-0.0153087;REVB=0.00778051;RO=54;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434054;STB=0.524067;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0186477;OID=.;OPOS=40045340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:26:25:29:25:26:25:29:25 chr4 40079556 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00531595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.316;QD=13.2127;RBI=0.00819711;REFB=-0.00850769;REVB=0.00623966;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213991;STB=0.624826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0145226;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:14:8:8:6:14:8 chr4 40121562 . G A 1085.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254339;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.478;QD=60.2949;RBI=0.0294523;REFB=0;REVB=-0.014851;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88084e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr4 40138676 . A G 409.14 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0324628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6959;QD=23.3793;RBI=0.035218;REFB=-0.0262677;REVB=0.0136555;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150207;STB=0.586164;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0186768;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:30:39:40:0.571429:23:16:18:12:24:16:18:12 chr4 40155927 . T C 358.01 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.005578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.435;QD=19.6171;RBI=0.0124274;REFB=-0.00126355;REVB=-0.0111052;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357345;STB=0.519864;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00119786;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:21:15:14:23:21:15 chr4 40337566 . C T 117.67 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0191309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.879;QD=12.3862;RBI=0.0198635;REFB=-0.0104008;REVB=-0.00534482;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319567;STB=0.681132;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0180383;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:3:11:12:11:3:11:13:11 chr4 40337908 . T C 1272.57 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292215;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.096;QD=62.0764;RBI=0.0292622;REFB=0;REVB=0.00154224;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84909e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr4 40356422 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3097;QD=58.1404;RBI=0.0625225;REFB=0;REVB=0.0614373;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409702;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr4 40428010 . T C 346.94 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0149101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.113;QD=14.6078;RBI=0.0158101;REFB=-0.00428963;REVB=-0.00525795;RO=55;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895835;STB=0.559244;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00920075;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:57:38:38:0.4:21:17:20:35:21:17:20:37 chr4 40438576 . A G 375.69 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00829155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=17.0769;RBI=0.00851841;REFB=-0.013012;REVB=-0.00195281;RO=48;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796128;STB=0.538443;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0191334;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:39:40:0.454545:16:23:32:16:16:24:32:16 chr4 40440215 . T C 536.45 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0137573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.663;QD=23.8424;RBI=0.0155883;REFB=-0.0175393;REVB=-0.00733012;RO=40;SAF=25;SAR=25;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141976;STB=0.577747;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0149343;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:25:25:27:13:25:25:27:13 chr4 40778146 . C T 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00660274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.528;QD=15.2711;RBI=0.00743173;REFB=-0.0142695;REVB=-0.00341093;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419031;STB=0.523663;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0197425;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:16:19:28:20:16:19:28:20 chr4 40778162 . T G 306.44 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0192525;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.17;QD=15.1329;RBI=0.0194152;REFB=-0.00900297;REVB=0.00250808;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134198;STB=0.508216;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0117722;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:27:19:14:20:27:20 chr4 40810747 . A G 712.31 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456033;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.151;QD=63.3164;RBI=0.0133817;REFB=0;REVB=0.0125807;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36174e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr4 40870972 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0133025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.698;QD=18.7119;RBI=0.019194;REFB=-0.0246475;REVB=-0.0138366;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227404;STB=0.629483;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0190461;OID=.;OPOS=40870972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:8:11:6:12:8:11 chr4 41015823 . G A,T 1446.11 PASS AF=0.494737,0.505263;AO=47,48;DP=95;FAO=47,48;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=17,17;FSAR=30,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247119,-0.0113394;FXX=0.0206164;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.5089,199.341;QD=60.889;RBI=0.0194804,0.0117484;REFB=0,0;REVB=0.019323,-0.003073;RO=0;SAF=17,17;SAR=30,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0070579,0.0150903;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:95:0:0:47,48:47,48:0.494737,0.505263:30,31:17,17:0:0:30,31:17,17:0:0 chr4 41015899 . C T 1062.64 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000631292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.052;QD=58.2267;RBI=0.0400096;REFB=-0.0570116;REVB=0.0400046;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000284022;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:0:1:71:72:0.986301:41:30:0:0:41:31:0:1 chr4 41016484 . T C 117.09 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00187907;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.992;QD=21.2884;RBI=0.0162949;REFB=-0.0189093;REVB=-0.0161862;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132648;STB=0.574364;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00942284;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:1:8:10:3:1:8 chr4 41259633 . C A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5756;QD=57.8797;RBI=0.0894964;REFB=0;REVB=0.089352;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033868;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr4 41526503 . C T 400.21 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00217581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.47;QD=14.5531;RBI=0.0173077;REFB=-0.00140851;REVB=-0.0171704;RO=64;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178968;STB=0.600583;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00289996;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:20:26:25:39:20:26:25:39 chr4 41634859 . C T 1207.57 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.869;QD=61.1428;RBI=0.0424004;REFB=0;REVB=0.0412772;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307327;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:53:26:0:0:53:26:0:0 chr4 41701248 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0218856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.856;QD=18.3449;RBI=0.0258268;REFB=-0.0190798;REVB=-0.0137128;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.574236;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00976267;OID=.;OPOS=41701248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:8:10:7:10:8:10 chr4 41984118 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.908;QD=56.9565;RBI=0.0152657;REFB=0;REVB=-0.0047169;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11092e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr4 41985101 . A G 3273.2 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374462;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.169;QD=61.7585;RBI=0.050825;REFB=0.0105403;REVB=0.0343651;RO=1;SAF=119;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25506e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:1:0:212:212:1:93:119:1:0:93:119:0:0 chr4 41985478 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.742;QD=64.1538;RBI=0.0305809;REFB=0;REVB=0.0253168;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111309;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr4 41985688 . TC T,TT 774.99 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=7,46;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394223,0.092151;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.3859,44.036;QD=55.3562;RBI=0.134267,0.100738;REFB=0,0;REVB=-0.128349,-0.0406981;RO=0;SAF=7,14;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0215813,0.00221564;OID=.,.;OPOS=41985689,41985689;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:7,46:56:1,55:56:0:1,22:0,33:0:0:4:0:7,14:0,32:0:0 chr4 41986857 . A G 1272.27 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488254;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2969;QD=60.584;RBI=0.052305;REFB=-0.129431;REVB=0.0187588;RO=1;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853463;STB=0.504503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0076552;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:55:28:0:1:55:28:0:1 chr4 41987892 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.257;QD=62.9828;RBI=0.0277409;REFB=0;REVB=0.0238587;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16283e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 702.28 PASS AF=0,1;AO=5,37;DP=45;FAO=0,45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.1486e-05,0.00878737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=181.748,167.663;QD=62.4245;RBI=0.0181352,0.0204774;REFB=0,0;REVB=-0.0181352,-0.0184961;RO=0;SAF=4,10;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.67388e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-6.83992e-05;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,37:45:0,45:45:0:0,15:0,30:0:0:4:0:4,10:1,27:0:0 chr4 41992677 . C G 4444.87 PASS AF=0.973856;AO=294;DP=307;FAO=298;FDP=306;FR=.;FRO=8;FSAF=163;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0939356;FXX=0.00325722;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5886;QD=58.1029;RBI=0.104478;REFB=-0.104676;REVB=0.0457362;RO=8;SAF=159;SAR=135;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427994;STB=0.504532;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00330108;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:307:306:8:8:294:298:0.973856:135:159:5:3:135:163:3:5 chr4 42003671 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.94;QD=62.013;RBI=0.0181618;REFB=0;REVB=-0.0065072;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87462e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 42020142 . A G 1590.61 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9532;QD=58.9116;RBI=0.0432046;REFB=0.0432447;REVB=0.0377021;RO=1;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855182;STB=0.504504;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-7.80762e-05;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:55:52:0:1:55:52:0:1 chr4 42022464 . C A 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.065;QD=57.0312;RBI=0.0284424;REFB=-0.0646067;REVB=0.00713343;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154862;STB=0.508194;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00020334;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:30:35:0:1:30:35:0:1 chr4 42400112 . G T 217.7 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.013895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9043;QD=16.7463;RBI=0.0358405;REFB=-0.0223115;REVB=0.0330374;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147764;STB=0.564462;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0389795;OID=.;OPOS=42400112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:14:10:15:11:14:10:15:13 chr4 42414273 . A G 418.49 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0128997;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.379;QD=18.5994;RBI=0.0223871;REFB=-0.00462921;REVB=0.018297;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504197;STB=0.520713;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00763636;OID=.;OPOS=42414273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:45:48:42:42:0.466667:20:22:26:19:20:22:27:21 chr4 42545955 . T C 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00804484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=21.4976;RBI=0.0087567;REFB=-0.0254997;REVB=0.00345837;RO=48;SAF=23;SAR=28;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144009;STB=0.583067;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0168053;OID=.;OPOS=42545955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:49:51:51:0.51:28:23:14:34:28:23:14:35 chr4 42895423 . C T 479.41 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0189603;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2373;QD=22.2979;RBI=0.0429781;REFB=-0.00656572;REVB=-0.0385697;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241631;STB=0.517609;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00519856;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:45:46:0.534884:26:19:18:22:27:19:18:22 chr4 44295839 . G A 270.44 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0442657;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.685;QD=16.6427;RBI=0.0677742;REFB=0.0185191;REVB=-0.0513215;RO=35;SAF=7;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278129;STB=0.657812;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0252806;OID=.;OPOS=44295839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:23:7:17:18:23:7:17:18 chr4 44626641 . A G 210.89 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0305046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.008;QD=11.8808;RBI=0.0309632;REFB=-0.0140729;REVB=-0.00530922;RO=45;SAF=9;SAR=16;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309318;STB=0.660897;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0156336;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:45:25:26:0.366197:16:9:29:16:16:10:29:16 chr4 44652030 . C T 696.42 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00697556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.313;QD=17.7431;RBI=0.0286604;REFB=-0.00996287;REVB=-0.0277985;RO=83;SAF=35;SAR=39;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545428;STB=0.530193;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0118876;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:83:74:74:0.471338:39:35:44:39:39:35:44:39 chr4 44682465 . T C 417.23 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0864953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6828;QD=18.7519;RBI=0.0866985;REFB=-0.04345;REVB=0.0059324;RO=45;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118156;STB=0.564867;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0457659;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:45:46:42:43:0.483146:18:24:20:25:18:25:21:25 chr4 44699484 . T G 211.53 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.000328369;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.745;QD=14.1017;RBI=0.00787544;REFB=-0.00438809;REVB=-0.00786859;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162603;STB=0.586136;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00976955;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:35:25:25:0.416667:17:8:16:18:17:8:16:19 chr4 44704757 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.659;QD=62.3509;RBI=0.011893;REFB=0;REVB=-0.00528596;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34436e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 46086060 . T C 313.87 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00263052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.154;QD=21.2793;RBI=0.0210169;REFB=-0.0121592;REVB=0.0208516;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065842;STB=0.537015;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0142188;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:26:32:33:0.559322:18:14:13:12:18:15:14:12 chr4 46314593 . T C 377.01 PASS AF=0.387755;AO=35;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0466469;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.806;QD=15.388;RBI=0.0467781;REFB=-0.0371478;REVB=-0.00350093;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158323;STB=0.563323;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0338843;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:31:54:35:38:0.387755:19:16:20:11:21:17:30:24 chr4 46334702 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0357919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0746;QD=11.6277;RBI=0.0359235;REFB=-0.00612417;REVB=0.00307237;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790837;STB=0.545836;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0124696;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:19:27:17:9:19:27 chr4 46995366 . G T 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000753164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.34;QD=20.3968;RBI=0.00899456;REFB=-0.0258724;REVB=-0.00896297;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111368;STB=0.562003;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0327722;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:15:12:10:21:15:12 chr4 47034626 . C G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00191675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.646;QD=15.7731;RBI=0.0135924;REFB=-0.0238968;REVB=0.0134566;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27107;STB=0.652068;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0238401;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:12:15:9:24:12:15:9:24 chr4 47322190 . T C 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00273128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0163;QD=50.8387;RBI=0.0220772;REFB=-0.148026;REVB=0.0219076;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00777881;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr4 47428335 . C CT 216.85 PASS AF=0.401575;AO=49;DP=131;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0355277;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3957;QD=6.83003;RBI=0.0500273;REFB=0.0108557;REVB=-0.035221;RO=73;SAF=21;SAR=28;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112171;STB=0.572458;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=-0.0366993;OID=.;OPOS=47428336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401575:49:131:51:127:76:22:29:42:34:99:73:21:28:39:34 chr4 47584046 . G A 2769.2 PASS AF=1;AO=175;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199469;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.431;QD=62.5809;RBI=0.019947;REFB=0;REVB=-5.32884e-05;RO=0;SAF=100;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96672e-05;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:175:177:1:75:100:0:0:75:102:0:0 chr4 47589203 . G A 1659.55 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.298;QD=60.3473;RBI=0.0248195;REFB=0;REVB=0.00803569;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94025e-05;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:52:58:0:0 chr4 47667064 . T C 595.53 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000105482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8414;QD=58.1;RBI=0.115758;REFB=-0.142886;REVB=0.115758;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0037647;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:39:40:0.97561:16:23:0:0:17:23:0:1 chr4 47839929 . C T 359.64 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00976645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8518;QD=13.8322;RBI=0.0247659;REFB=-0.0304543;REVB=0.0227589;RO=60;SAF=28;SAR=14;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198112;STB=0.613278;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0434255;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:62:42:42:0.403846:14:28:29:31:14:28:30:32 chr4 47887536 . T C 396.61 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00503916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.694;QD=17.8254;RBI=0.00503931;REFB=-0.00946407;REVB=-3.94516e-05;RO=47;SAF=28;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134793;STB=0.582598;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0113399;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:41:41:0.460674:13:28:26:21:13:28:26:22 chr4 47887991 . G A 716.29 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0256188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.69;QD=21.0674;RBI=0.0324572;REFB=-0.0177263;REVB=-0.0199286;RO=66;SAF=43;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116825;STB=0.56431;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0155669;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:66:70:70:0.514706:27:43:32:34:27:43:32:34 chr4 47901476 . G A 345.21 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0121927;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.026;QD=16.4385;RBI=0.0184233;REFB=-0.013849;REVB=-0.0138115;RO=47;SAF=28;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353293;STB=0.699886;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0282515;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:9:28:20:27:9:28:20:27 chr4 47936972 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00601335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.387;QD=21.0138;RBI=0.0101788;REFB=0.0109337;REVB=-0.00821265;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00686457;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr4 47945295 . C T 94.53 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.016359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1416;QD=21.0071;RBI=0.0677719;REFB=-0.0371789;REVB=-0.0657679;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175522;STB=0.599822;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0270755;OID=.;OPOS=47945295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:2:5:5:6:2:5 chr4 47945455 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.339;QD=43.4854;RBI=0.0422237;REFB=0;REVB=0.00716037;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364827;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr4 48069696 . G C 405.77 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.0370778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4863;QD=17.4523;RBI=0.0519747;REFB=0.00626434;REVB=0.0364225;RO=51;SAF=25;SAR=17;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158459;STB=0.588099;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00804275;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:17:25:38:13:17:25:38:13 chr4 48069725 . G A 296.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=0.0124467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.291;QD=15.6176;RBI=0.0207458;REFB=-0.00778721;REVB=0.0165973;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179175;STB=0.599945;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00912656;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:35:8:11:22:35:8 chr4 48170669 . A G 575.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.555;QD=60.5915;RBI=0.00895101;REFB=0;REVB=0.00511697;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6548e-06;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 48172266 . G A 654.79 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132581;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.368;QD=62.3609;RBI=0.0401224;REFB=0;REVB=-0.0378686;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54477e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 48426066 . A T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.019572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3373;QD=11.4253;RBI=0.0203564;REFB=-0.0269132;REVB=0.00559657;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912352;STB=0.501741;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.026616;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:14:22:13:8:14:23 chr4 48492434 . G C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.693;QD=40.7614;RBI=0.0810059;REFB=0;REVB=0.0810059;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233416;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr4 48582909 . G A 391.27 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0204284;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.255;QD=20.5934;RBI=0.0208324;REFB=-0.023767;REVB=0.00408303;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150272;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0281972;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:16:23:15:21:16:23:16:21 chr4 48588742 . C T 285.79 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.010353;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.17;QD=21.5689;RBI=0.01081;REFB=-0.00718359;REVB=-0.00311002;RO=23;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108548;STB=0.545423;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00413413;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:29:30:0.566038:21:8:9:14:21:9:9:14 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA,AAT 665.38 PASS AF=0,0.931818,0,0.0681818;AO=6,11,24,4;DP=45;FAO=0,41,0,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0,3;FSAR=0,28,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291121,0.0273853,0.0234488,0.0515844;FXX=0.0434688;HRUN=8,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=209.133,211.056,206.887,63.7793;QD=60.4892;RBI=0.0530669,0.0533479,0.0520573,0.0522382;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0443687,-0.0457826,-0.046477,0.00823928;RO=0;SAF=6,3,3,4;SAR=0,8,21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,4.86584e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0165478,0.00289731,0.0204636,0.0126776;OID=.,.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213,48625213;OREF=AC,C,C,C;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=A,AA,AAA,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.931818,0,0.0681818:6,11,24,4:45:0,41,0,3:44:0:0,13,0,3:0,28,0,0:0:0:10:0:6,3,3,4:0,8,21,0:0:0 chr4 49063872 . C A 327.57 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0170212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.49;QD=14.0889;RBI=0.0195781;REFB=-0.00297352;REVB=-0.00967377;RO=54;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13171;STB=0.564297;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00391399;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:54:56:36:37:0.397849:13:23:28:26:14:23:29:27 chr4 49550892 . T C 43.25 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00114022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.863;QD=5.58111;RBI=0.0068784;REFB=0.00215923;REVB=0.00678324;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326205;STB=0.707442;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0128797;OID=.;OPOS=49550892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:17:7:4:3:17:7 chr4 52714354 . A ATTTC,C 284.36 PASS AF=0.55102,0.0408163;AO=22,2;DP=52;FAO=27,2;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=23,2;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0010625,0.0117039;FXX=0.0576812;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=206.064,145.325;QD=23.2129;RBI=0.0105501,0.0137011;REFB=0.000411765,-0.0105879;REVB=-0.0104965,0.00712303;RO=20;SAF=18,2;SAR=4,0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296114,0.489708;STB=0.70907,0.994589;STBP=0.004,0.16;TYPE=ins,snp;VARB=0.000779515,-0.0111839;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:20:20:22,2:27,2:0.55102,0.0408163:4,0:18,2:11:9:4,0:23,2:10:10 chr4 52752812 . A T 555.31 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00433142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.583;QD=15.4254;RBI=0.00945113;REFB=-0.0122457;REVB=0.00840016;RO=84;SAF=28;SAR=32;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223273;STB=0.512531;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0198185;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:32:28:41:43:32:28:41:43 chr4 52780048 . G C 567.88 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.00648673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.345;QD=14.3768;RBI=0.00882884;REFB=-0.00494592;REVB=0.00598922;RO=93;SAF=35;SAR=30;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218515;STB=0.512263;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0114442;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:93:65:65:0.411392:30:35:52:41:30:35:52:41 chr4 52938243 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4223;QD=61.682;RBI=0.0320998;REFB=0;REVB=0.0153617;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198088;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr4 53822307 . A G 379.36 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00483048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.472;QD=20.7868;RBI=0.0263523;REFB=-0.0199259;REVB=0.0259057;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531552;STB=0.523392;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0251767;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:18:20:20:14:18:21:20:14 chr4 54011526 . A G 2204.82 PASS AF=0.973856;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00897188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.661;QD=57.6425;RBI=0.035169;REFB=-0.00209092;REVB=0.0340054;RO=4;SAF=77;SAR=72;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000834716;STB=0.500439;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000141343;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:153:4:4:149:149:0.973856:72:77:2:2:72:77:2:2 chr4 54310281 . T G 1376.63 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.647;QD=62.574;RBI=0.0339403;REFB=0;REVB=0.0319278;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136056;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr4 54966667 . C T 919.06 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0773833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.108;QD=54.0623;RBI=0.0778962;REFB=-0.0443134;REVB=0.00892499;RO=3;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828035;STB=0.504387;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00157364;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:37:28:1:2:37:28:1:2 chr4 54966830 . G A 753.25 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321205;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.079;QD=62.7706;RBI=0.0397734;REFB=0;REVB=0.0234562;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77999e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:1:0:47:48:1:29:18:1:0:29:19:0:0 chr4 54966919 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.952;QD=55.0978;RBI=0.11601;REFB=0;REVB=-0.00635989;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660871;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chr4 55141055 . A G 1893.61 PASS AF=1;AO=92;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.38;QD=61.5807;RBI=0.0285561;REFB=0;REVB=0.0285558;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15772e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:92:123:1:47:45:0:0:60:63:0:0 chr4 55161391 . T C 2242.75 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176659;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.516;QD=62.7342;RBI=0.0404712;REFB=-0.108683;REVB=0.036412;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.503267;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-8.33785e-06;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:0:1:142:142:0.993007:66:76:0:0:66:76:1:0 chr4 55161517 . A G 2701.68 PASS AF=0.988701;AO=176;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00523546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.095;QD=61.055;RBI=0.0124075;REFB=0.0221227;REVB=0.0112488;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=3.91085e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:177:0:2:176:175:0.988701:93:83:0:0:92:83:0:2 chr4 55930179 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0147909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.777;QD=14.654;RBI=0.0188981;REFB=-0.0122404;REVB=-0.0117629;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00739949;OID=.;OPOS=55930179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr4 55946081 . A G 1679.47 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00615858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.032;QD=59.4501;RBI=0.0219316;REFB=-0.0923959;REVB=0.0210491;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000208407;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:111:112:0.99115:56:55:0:0:57:55:1:0 chr4 55972974 . T A 152.91 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0197088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.198;QD=13.2964;RBI=0.0266406;REFB=-0.0369936;REVB=0.0179244;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584989;STB=0.541354;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0449692;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:5:12:21:7:5:12:22:7 chr4 56291620 . CAA C 1123.14 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282201;FXX=0.0721575;HRUN=2;LEN=2;MLLD=91.711;QD=49.9174;RBI=0.0282491;REFB=0;REVB=0.00128007;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000934367;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:88:90:90:0:48:42:0:0:20:0:47:37:0:0 chr4 56300685 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254564;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.9;QD=56.2289;RBI=0.0365668;REFB=0;REVB=0.0262507;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267822;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr4 56301049 . G GA 779.79 PASS AF=1;AO=65;DP=82;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038108;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1211;QD=42.7281;RBI=0.0618141;REFB=0;REVB=-0.0486699;RO=13;SAF=36;SAR=29;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000376278;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:82:73:73:0:39:34:0:0:15:13:36:29:6:7 chr4 56306111 . G A 1081.06 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.138;QD=60.0589;RBI=0.00610689;REFB=0;REVB=0.00569746;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63471e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr4 56309992 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.486;QD=62.671;RBI=0.0873454;REFB=0;REVB=-0.00522663;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501273;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr4 56318462 . G A 484.91 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00260303;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8678;QD=53.8789;RBI=0.00458232;REFB=-0.0279881;REVB=-0.00377119;RO=3;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756242;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0115813;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:3:2:34:34:0.944444:17:17:0:3:17:17:0:2 chr4 56367796 . T G 726.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.619;QD=57.0164;RBI=0.0566974;REFB=0;REVB=0.0476591;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114021;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:15:32:0:0:18:33:0:0 chr4 56502307 . G T 175.49 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1138;QD=46.7978;RBI=0.111505;REFB=0;REVB=0.0924994;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301204;OID=.;OPOS=56502307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 56756531 . T C 231.23 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0102561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=17.7866;RBI=0.0136371;REFB=-0.0249846;REVB=0.00898793;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143808;STB=0.557231;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0404104;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:27:23:25:0.480769:11:12:10:17:13:12:10:17 chr4 56771089 . G A 168.47 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00613822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.124;QD=10.3674;RBI=0.00665014;REFB=-0.0106825;REVB=0.00255864;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225026;STB=0.506488;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0215427;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:43:22:22:0.338462:9:13:24:18:9:13:25:18 chr4 56835309 . T C 1153.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.751;QD=60.7004;RBI=0.0427334;REFB=0;REVB=0.0362489;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158277;OID=.;OPOS=56835309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr4 57154737 . T C 364.63 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00451116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.032;QD=18.4623;RBI=0.00452154;REFB=-0.0236212;REVB=0.000306195;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115072;STB=0.564281;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0375194;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:14:24:21:20:14:24:21:20 chr4 57154755 . A ACTCTTC 186.71 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=73;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0380234;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=6;MLLD=188.148;QD=10.8239;RBI=0.0380493;REFB=-0.0314163;REVB=-0.00140508;RO=47;SAF=8;SAR=15;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34716;STB=0.697953;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0459905;OID=.;OPOS=57154756;OREF=-;OALT=CTCTTC;OMAPALT=ACTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:23:73:24:69:45:8:16:29:16:99:47:8:15:31:16 chr4 57181632 . G C 2241.85 PASS AF=1;AO=112;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.25;QD=62.7092;RBI=0.0353911;REFB=0;REVB=0.0284931;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195182;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:112:143:1:66:46:0:0:87:56:0:0 chr4 57194329 . G T 1518.54 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0526993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2444;QD=61.3551;RBI=0.0897052;REFB=-0.0679411;REVB=-0.0725934;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182337;STB=0.509613;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00344393;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:46:51:2:0:46:51:2:0 chr4 57196155 . C T 285.07 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00569909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4664;QD=23.7559;RBI=0.0219379;REFB=-0.0283644;REVB=-0.0211847;RO=22;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243844;STB=0.636255;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0190031;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:8:18:9:13:8:18:9:13 chr4 57197402 . T C 382.63 PASS AF=0.251121;AO=33;DP=178;FAO=56;FDP=223;FR=.;FRO=167;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=92;FWDB=0.00193599;FXX=0.0346305;HRUN=13;LEN=1;MLLD=147.737;QD=6.8633;RBI=0.021148;REFB=-0.003817;REVB=-0.0210592;RO=15;SAF=31;SAR=2;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18136;STB=0.672613;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00361065;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:223:15:167:33:56:0.251121:2:31:15:0:18:38:75:92 chr4 57204777 . A C 237.44 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000285863;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6551;QD=25.6686;RBI=0.0561708;REFB=0.0156191;REVB=0.05617;RO=15;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222193;STB=0.624873;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00909046;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:4:18:9:6:4:18:9:6 chr4 57204960 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00333662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.503;QD=19.0582;RBI=0.00683586;REFB=-0.0227207;REVB=0.00596624;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252995;STB=0.643282;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0240994;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:13:7:12:7:13:7 chr4 57211352 . T C 276.27 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0141218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.508;QD=15.7871;RBI=0.0160898;REFB=-0.00299475;REVB=-0.00771094;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258604;STB=0.657035;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00832331;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:29:31:0.442857:21:8:20:19:23:8:20:19 chr4 57219592 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.057;QD=64.4109;RBI=0.0155448;REFB=0;REVB=-0.003943;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38078e-05;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr4 57219613 . C T 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0111245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.607;QD=5.64503;RBI=0.0111317;REFB=-0.00691595;REVB=0.000398882;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220183;STB=0.638964;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0142416;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:8:5:26:20:8:5:26:20 chr4 57248591 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0594012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.582;QD=9.44307;RBI=0.0629012;REFB=-0.0198473;REVB=-0.0206895;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0705462;OID=.;OPOS=57248591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:6:4:2:4:6:4 chr4 57259856 . C T 280.65 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0111333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.755;QD=18.1063;RBI=0.0123542;REFB=-0.0163134;REVB=-0.00535484;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300353;STB=0.516322;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0196325;OID=.;OPOS=57259856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:30:31:0.5:14:16:17:13:14:17:18:13 chr4 57268328 . T C 446.42 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.000489193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.62;QD=15.2622;RBI=0.00289327;REFB=0.000691758;REVB=0.00285161;RO=66;SAF=29;SAR=21;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512302;STB=0.524877;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00120663;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:66:67:50:50:0.42735:21:29:35:31:21:29:36:31 chr4 57270197 . T C 1279.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.208;QD=61.6614;RBI=0.0527322;REFB=0;REVB=0.0527163;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80676e-05;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:28:53:0:0:30:53:0:0 chr4 57333822 . G T 1232.59 PASS AF=0.553097;AO=65;DP=234;FAO=125;FDP=226;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.0227876;FXX=0.0341866;HRUN=7;LEN=1;MLLD=179.424;QD=21.8158;RBI=0.0328615;REFB=-0.0204167;REVB=0.023677;RO=52;SAF=55;SAR=10;SRF=42;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571843;STB=0.552373;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0108144;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:226:52:93:65:125:0.553097:10:55:42:10:61:64:59:34 chr4 57344779 . A G 888.27 PASS AF=0.52381;AO=88;DP=168;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00942619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.589;QD=21.1493;RBI=0.00945074;REFB=-0.00144785;REVB=0.000680744;RO=80;SAF=46;SAR=42;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128719;STB=0.507052;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00127388;OID=.;OPOS=57344779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:80:80:88:88:0.52381:42:46:43:37:42:46:43:37 chr4 57361553 . A G 643.78 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00594218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.691;QD=15.8959;RBI=0.0192559;REFB=-0.0114559;REVB=-0.0183162;RO=90;SAF=36;SAR=35;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293486;STB=0.513209;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0169677;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:90:91:71:71:0.438272:35:36:43:47:35:36:44:47 chr4 57368807 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.263;QD=57.5451;RBI=0.00545648;REFB=0;REVB=-0.00252795;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14799e-05;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr4 57797100 . G T 257.63 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0241899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.961;QD=27.8524;RBI=0.0242211;REFB=-0.0439512;REVB=-0.00122814;RO=13;SAF=3;SAR=20;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277216;STB=0.658667;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0318081;OID=.;OPOS=57797100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:23:24:0.648649:20:3:5:8:21:3:5:8 chr4 57797253 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0552836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.532;QD=9.91656;RBI=0.0556344;REFB=0.00116689;REVB=-0.00623771;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509244;STB=0.832479;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0026771;OID=.;OPOS=57797253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:8:1:8:8:8:1:9:8 chr4 57876955 . G A 405.95 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0143816;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.136;QD=15.1756;RBI=0.0191316;REFB=-0.0119587;REVB=0.012617;RO=61;SAF=25;SAR=21;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255052;STB=0.501432;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0143573;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:21:25:33:28:21:25:33:28 chr4 57881715 . G A 285.31 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-8.46477e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.868;QD=15.4222;RBI=0.0194415;REFB=-0.00415306;REVB=-0.0194414;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091221;STB=0.505151;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00526122;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:24:18:14:18:24:18 chr4 57887150 . C T 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00762148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.275;QD=16.1687;RBI=0.0358015;REFB=0.00132649;REVB=-0.0349809;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00325713;OID=.;OPOS=57887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr4 57889677 . C T 381.82 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0403937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.506;QD=17.1604;RBI=0.0418919;REFB=-0.0123704;REVB=-0.0111031;RO=49;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697879;STB=0.539151;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0177422;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:16:24:26:23:16:24:26:23 chr4 62598689 . C T 1057.44 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00281321;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.145;QD=57.1588;RBI=0.0215424;REFB=-0.00791931;REVB=-0.021358;RO=2;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000114487;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:35:37:0:2:35:37:0:2 chr4 62800728 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6528;QD=57.71;RBI=0.0268527;REFB=0;REVB=0.00884382;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163609;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr4 62845388 . G C 1718.92 PASS AF=0.936508;AO=117;DP=128;FAO=118;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00884418;FXX=0.0307669;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.674;QD=54.5688;RBI=0.00974475;REFB=-0.00888832;REVB=-0.00409154;RO=7;SAF=47;SAR=70;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298796;STB=0.502092;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000134206;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:128:126:7:8:117:118:0.936508:70:47:3:4:70:48:3:5 chr4 62845490 . A G 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00186434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.662;QD=21.9591;RBI=0.0031289;REFB=0.00911854;REVB=-0.00251282;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392894;STB=0.521652;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00628883;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:23:14:10:20:23:14:10:20 chr4 65473384 . C G 775.8 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00500987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.672;QD=15.8325;RBI=0.00546886;REFB=-0.0118867;REVB=-0.00219309;RO=113;SAF=39;SAR=44;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065404;STB=0.536489;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0178151;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:113:113:83:83:0.423469:44:39:46:67:44:39:46:67 chr4 66197804 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00105758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.85;QD=10.1037;RBI=0.0196755;REFB=-0.00644566;REVB=-0.019647;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174717;STB=0.602988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0114089;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:7:13:20:20:7:13:20:20 chr4 68374597 . C T 1658.96 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0157;QD=60.326;RBI=0.0340038;REFB=0;REVB=-0.0240987;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26614e-07;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr4 68376708 . T C 682.7 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.028;QD=52.5155;RBI=0.0165691;REFB=-0.0828895;REVB=0.012621;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918946;STB=0.504884;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00429908;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:31:19:1:1:31:19:1:1 chr4 68380215 . G A 1515.99 PASS AF=0.990476;AO=99;DP=101;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5771;QD=57.7519;RBI=0.114122;REFB=-0.0548335;REVB=0.112444;RO=2;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00095076;STB=0.504761;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00568905;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:105:2:1:99:104:0.990476:47:52:1:1:52:52:1:0 chr4 68384008 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.41678e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.583;QD=56.9996;RBI=0.0209954;REFB=0;REVB=0.0209952;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70034e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr4 68409936 . A G 395.87 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.0137551;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.201;QD=15.6778;RBI=0.0197874;REFB=0.00316642;REVB=0.0142246;RO=57;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164789;STB=0.592047;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00275089;OID=.;OPOS=68409936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:57:57:44:44:0.435644:23:21:18:39:23:21:18:39 chr4 68436883 . T C 303.29 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0270731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9795;QD=12.3793;RBI=0.0418904;REFB=0.00715511;REVB=0.0319665;RO=61;SAF=11;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206866;STB=0.620618;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00947033;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:63:35:35:0.357143:24:11:30:31:24:11:31:32 chr4 68749618 . G A 734.41 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.424;QD=56.4927;RBI=0.0204259;REFB=0;REVB=0.0199301;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4879e-05;OID=.;OPOS=68749618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr4 68784774 . T C 1615.26 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121404;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.191;QD=60.3836;RBI=0.021901;REFB=0;REVB=0.0182281;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10055e-06;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:107:0:0:107:107:1:43:64:0:0:43:64:0:0 chr4 68812283 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.958;QD=57.1774;RBI=0.0231879;REFB=0;REVB=0.0108325;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80196e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr4 68995529 . C T 410.81 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00212208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.976;QD=16.4325;RBI=0.0318019;REFB=-0.00348609;REVB=-0.0317311;RO=56;SAF=14;SAR=29;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112485;STB=0.559362;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00443948;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:29:14:24:32:29:14:24:33 chr4 69078113 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00069465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.571;QD=62.6711;RBI=0.00285661;REFB=0;REVB=0.00277087;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08318e-06;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr4 69094507 . T A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000214815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.471;QD=56.9548;RBI=0.00114011;REFB=0;REVB=-0.00111969;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72116e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr4 69094575 . T G 763.29 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=63.6072;RBI=0.0303239;REFB=0;REVB=0.00172452;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9906e-05;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:18:30:0:0 chr4 69095197 . T C 690.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0835;QD=62.7778;RBI=0.0628683;REFB=0;REVB=0.0427598;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906366;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:29:13:0:0:31:13:0:0 chr4 69203080 . T C 266.99 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00938132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.833;QD=15.2568;RBI=0.0136834;REFB=-0.0223633;REVB=-0.00996119;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562829;STB=0.548356;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.026006;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:39:29:31:0.442857:14:15:18:21:14:17:18:21 chr4 69203551 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.779;QD=57.1775;RBI=0.0107487;REFB=0;REVB=-0.00172453;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21495e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr4 69340500 . A G 455.55 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0189996;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.032;QD=21.9541;RBI=0.020475;REFB=-0.0274343;REVB=-0.00763142;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297092;STB=0.504661;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0147935;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:38:39:43:44:0.53012:23:20:19:19:23:21:19:20 chr4 69417570 . A G 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.571;QD=58.9842;RBI=0.0255651;REFB=-0.0503817;REVB=-0.00957629;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145558;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=1.39001e-05;OID=.;OPOS=69417570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:43:32:1:0:43:32:1:0 chr4 69536084 . A C 726.82 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00677809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.722;QD=52.8595;RBI=0.00847777;REFB=-0.0511774;REVB=0.00509216;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194369;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00275047;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:25:28:1:1:25:28:1:1 chr4 69683875 . C G 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.008674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.773;QD=16.979;RBI=0.0163428;REFB=-0.00103807;REVB=-0.0138509;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117125;STB=0.56547;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000893605;OID=.;OPOS=69683875;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:23:6:8:18:23:6 chr4 69687987 . C A 1283.02 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.036;QD=61.8321;RBI=0.0050406;REFB=0;REVB=0.00150553;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88885e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr4 69795626 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.009;QD=59.8381;RBI=0.0420833;REFB=0;REVB=-0.0332518;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108165;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 69817080 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00352508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.437;QD=15.172;RBI=0.0166395;REFB=-0.0167359;REVB=-0.0162619;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511715;STB=0.502955;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0171038;OID=.;OPOS=69817080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:14:10:7:10:14:10 chr4 69870721 . A G 600.37 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0101167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.383;QD=20.0124;RBI=0.0162721;REFB=-0.0139839;REVB=-0.0127449;RO=59;SAF=36;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741234;STB=0.540888;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0103611;OID=.;OPOS=69870721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:25:36:30:29:25:36:30:29 chr4 69964337 . AT TC 945.05 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751123;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.533;QD=59.0657;RBI=0.00792388;REFB=0;REVB=0.00252375;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000428795;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr4 69972949 . C G 3402.93 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330716;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.395;QD=61.8714;RBI=0.00584508;REFB=-0.0750794;REVB=-0.00481951;RO=2;SAF=111;SAR=108;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013115;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:222:220:2:0:219:220:1:108:111:2:0:108:112:0:0 chr4 70078385 . C T 262.02 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0163736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5763;QD=19.7748;RBI=0.0339339;REFB=-0.0380744;REVB=0.0297223;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136111;STB=0.565991;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0338565;OID=.;OPOS=70078385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:13:14:9:16:14:14:9:16 chr4 70146230 . G A 400.51 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=101;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0144043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.524;QD=15.5537;RBI=0.0292132;REFB=-0.0169046;REVB=0.0254151;RO=57;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206794;STB=0.518798;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.017394;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:58:43:45:0.436893:22:21:29:28:24:21:29:29 chr4 70146704 . G A 674.91 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00397868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.85;QD=20.4518;RBI=0.0264317;REFB=-0.00779253;REVB=-0.0261305;RO=65;SAF=37;SAR=30;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400648;STB=0.522069;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00669234;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:30:37:33:32:30:37:33:32 chr4 70156313 . T A 107.63 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00503443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.565;QD=5.81783;RBI=0.0430339;REFB=-0.00547898;REVB=-0.0427384;RO=55;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849244;STB=0.541546;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0342114;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:55:57:17:17:0.22973:11:6:23:32:11:6:23:34 chr4 70156392 . A G 134.01 PASS AF=0.221154;AO=15;DP=96;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.020201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140;QD=5.15409;RBI=0.0221444;REFB=-0.0132221;REVB=-0.00907159;RO=80;SAF=11;SAR=4;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314513;STB=0.700082;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0799117;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:80:81:15:23:0.221154:4:11:39:41:6:17:40:41 chr4 70160277 . T G 111.73 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.020499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7688;QD=15.4116;RBI=0.0205462;REFB=-0.0151646;REVB=0.00139168;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0145402;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr4 70160309 . C G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00432928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.446;QD=16.6157;RBI=0.0201968;REFB=-0.0142397;REVB=-0.0197274;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0163716;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:10:11:8:9:10:11 chr4 70296603 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8814;QD=59.4352;RBI=0.0610894;REFB=0;REVB=-0.00635864;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610708;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr4 70296618 . G C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0085476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.557;QD=6.31113;RBI=0.0526064;REFB=-0.00217578;REVB=-0.0519074;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330263;STB=0.715316;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00671183;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:2:8:19:15:2:8:19:15 chr4 70296641 . A G 113.85 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0282555;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.342;QD=9.29346;RBI=0.0336375;REFB=-0.023692;REVB=0.0182513;RO=34;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41946;STB=0.748852;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0277649;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:35:14:14:0.285714:3:11:15:19:3:11:16:19 chr4 70296644 . A G 129.21 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0122249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.927;QD=10.1338;RBI=0.0227579;REFB=-0.0325109;REVB=-0.0191957;RO=32;SAF=12;SAR=3;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463664;STB=0.766398;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0156072;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:35:15:16:0.313725:3:12:13:19:3:13:16:19 chr4 70296648 . T G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00857415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.973;QD=10.9363;RBI=0.0373032;REFB=0.00766909;REVB=-0.0363044;RO=34;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45327;STB=0.772609;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0165124;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:3:13:15:19:3:13:15:19 chr4 70296653 . GCCT TGGG 130.8 PASS AF=0.313725;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00153764;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.344;QD=10.2587;RBI=0.00417605;REFB=-0.00560256;REVB=-0.00388266;RO=32;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361205;STB=0.766398;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0159707;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:35:14:16:0.313725:3:11:16:16:3:13:16:19 chr4 70296660 . A G 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00656843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0548;QD=11.9716;RBI=0.0198814;REFB=0.00113645;REVB=0.018765;RO=33;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478991;STB=0.785355;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00130382;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:3:14:14:19:3:14:14:19 chr4 70296662 . C T 357.13 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00253751;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.335;QD=30.3943;RBI=0.0260815;REFB=-0.0355706;REVB=0.0259577;RO=17;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29658;STB=0.662376;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0191375;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:17:30:30:0.638298:19:11:14:3:19:11:14:3 chr4 70296734 . T C 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0106665;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.651;QD=15.3239;RBI=0.0130532;REFB=-0.0129234;REVB=-0.00752413;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342528;STB=0.709421;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0116349;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:22:16:16:0.421053:5:11:8:15:5:11:7:15 chr4 70355211 . T C 1376.15 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00360485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.239;QD=59.1893;RBI=0.00938038;REFB=-0.0794163;REVB=-0.00866006;RO=3;SAF=44;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03122;STB=0.51648;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000459547;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:46:44:3:0:46:44:3:0 chr4 70391429 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0545536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.382;QD=9.60052;RBI=0.0556425;REFB=-0.016928;REVB=-0.0109544;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117703;STB=0.570092;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0275292;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:19:18:10:7:19:18 chr4 70391454 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00235408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.952;QD=10.7149;RBI=0.011639;REFB=0.00196836;REVB=-0.0113984;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583684;STB=0.534834;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00323942;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:16:13:7:7:16:13 chr4 70513139 . C T 669.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7454;QD=62.3226;RBI=0.0528768;REFB=0;REVB=-0.052422;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104932;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr4 70807771 . C T 260.34 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0240727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0002;QD=14.8767;RBI=0.0255388;REFB=-0.0275934;REVB=0.00852867;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284794;STB=0.510631;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0381929;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:10:20:25:14:10:20:26:14 chr4 70824619 . C A 1888.73 PASS AF=0.232068;AO=104;DP=446;FAO=110;FDP=474;FR=.,HEALED;FRO=262;FSAF=30;FSAR=80;FSRF=133;FSRR=129;FWDB=0.0381733;FXX=0.00836803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.316;QD=15.9386;RBI=0.0385305;REFB=-0.0333738;REVB=-0.00523386;RO=258;SAF=24;SAR=80;SRF=128;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35166;STB=0.675264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0561947;OID=.;OPOS=70824619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:474:258:262:104:110:0.232068:80:24:128:130:80:30:133:129 chr4 70898953 . C T 437.38 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0165922;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7204;QD=22.1457;RBI=0.0167791;REFB=-0.0156085;REVB=-0.002497;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131943;STB=0.550702;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0187506;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:36:42:43:0.544304:19:23:24:10:19:24:24:12 chr4 70944452 . G A 732.95 PASS AF=0.358871;AO=89;DP=252;FAO=89;FDP=248;FR=.;FRO=159;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=-0.0187146;FXX=0.0197621;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.576;QD=11.8217;RBI=0.0341365;REFB=-0.00701155;REVB=-0.0285494;RO=156;SAF=48;SAR=41;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442409;STB=0.531294;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0122932;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:248:156:159:89:89:0.358871:41:48:78:78:41:48:78:81 chr4 71062256 . C T 492.28 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0109139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.924;QD=17.273;RBI=0.0738762;REFB=-0.0323001;REVB=-0.0730656;RO=59;SAF=20;SAR=33;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095361;STB=0.554316;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0495221;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:61:53:53:0.464912:33:20:28:31:33:20:29:32 chr4 71062426 . C T 318.51 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.015819;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.049;QD=15.5371;RBI=0.0273757;REFB=-0.00660293;REVB=0.0223425;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250232;STB=0.645852;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0125192;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:47:35:35:0.426829:21:14:30:16:21:14:31:16 chr4 71068489 . T C 119.22 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.024916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.769;QD=14.0261;RBI=0.0249265;REFB=0.00530005;REVB=-0.00072146;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.57884;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00947728;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:14:6:6:8:14:6 chr4 71115060 . G A 169.92 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00563583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7168;QD=18.8797;RBI=0.028064;REFB=0.00246394;REVB=-0.0274923;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182248;STB=0.623166;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00289887;OID=.;OPOS=71115060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:17:18:0.5:6:11:14:3:7:11:15:3 chr4 71115152 . T C 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0270404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7718;QD=19.521;RBI=0.031423;REFB=-0.0348349;REVB=0.0160071;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339143;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0210172;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:12:14:14:0.538462:5:9:6:4:5:9:7:5 chr4 71201388 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0949;QD=59.4345;RBI=0.0311484;REFB=0;REVB=0.0298398;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351151;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr4 71232388 . G A 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.806;QD=61.7128;RBI=0.0276546;REFB=0.0235607;REVB=0.00775084;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.507461;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-7.08184e-06;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:33:58:0:0:33:58:0:1 chr4 71232430 . T C 748.3 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000800035;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9025;QD=63.6847;RBI=0.0533046;REFB=0;REVB=-0.0532986;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500893;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:1:0:46:47:1:35:11:1:0:35:12:0:0 chr4 71275232 . C T 276.83 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0123669;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.702;QD=13.341;RBI=0.0125216;REFB=-0.0200573;REVB=0.0019622;RO=52;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15682;STB=0.603513;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0234674;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:51:31:32:0.385542:14:17:21:31:14:18:20:31 chr4 71339723 . G A 210.48 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0379815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.751;QD=19.1345;RBI=0.038008;REFB=-0.00868632;REVB=0.00141789;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149496;STB=0.508466;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.012962;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:15:8:7:14:15:8 chr4 71339728 . C T 250.33 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0228721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1919;QD=20.0262;RBI=0.0328336;REFB=-0.0134118;REVB=-0.0235566;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136499;STB=0.577291;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0199201;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:7:17:15:11:7:17:15:11 chr4 71346701 . C G 211.53 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0301703;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=164.086;QD=21.1534;RBI=0.0317747;REFB=-0.0330198;REVB=0.0099691;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.560983;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0191271;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:20:21:0.525:12:8:5:13:13:8:5:14 chr4 71384488 . C T 732.03 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.243;QD=56.3097;RBI=0.0363938;REFB=0;REVB=0.0133589;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145339;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr4 71384537 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00327498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.786;QD=21.2269;RBI=0.0138617;REFB=-0.0115753;REVB=-0.0134692;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462135;STB=0.533752;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00548273;OID=.;OPOS=71384537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:16:13:9:14:16:13:9:15 chr4 71467593 . A C 207.58 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00626346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.359;QD=15.0966;RBI=0.00648011;REFB=-0.00156331;REVB=0.00166159;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28094;STB=0.652668;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00342775;OID=.;OPOS=71467593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:7:17:13:17:7:17:14:17 chr4 71509314 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0377618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.39;QD=20.5425;RBI=0.0416585;REFB=-0.00955651;REVB=-0.0175919;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559706;STB=0.53149;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0152389;OID=.;OPOS=71509314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:12:13:11:13:12:13 chr4 71657772 . G A 1143.59 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156669;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.621;QD=60.9917;RBI=0.0269039;REFB=0;REVB=0.0218716;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209732;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr4 71704965 . C T 325.79 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0402387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.193;QD=29.6176;RBI=0.068015;REFB=-0.0494911;REVB=0.0548351;RO=16;SAF=21;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103478;STB=0.5571;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0280226;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:7:21:10:6:7:21:10:6 chr4 71848156 . GCCT GCT,TGCA 1210.79 PASS AF=0.882979,0.117021;AO=10,4;DP=93;FAO=83,11;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=21,11;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.191523,-0.0226902;FXX=0.0408122;HRUN=2,1;LEN=1,4;MLLD=16.8944,203.001;QD=51.523;RBI=0.938966,0.0855335;REFB=0,0;REVB=0.919225,0.082469;RO=63;SAF=10,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=63;SSEN=0.285418,0;SSEP=0,0;SSSB=0.89847,0.896917;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00429203,0.182947;OID=.,.;OPOS=71848157,71848156;OREF=C,GCCT;OALT=-,TGCA;OMAPALT=GCT,TGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:93:94:63:0:10,4:83,11:0.882979,0.117021:0,0:10,4:0:63:62,0:21,11:0:0 chr4 71849697 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.768;QD=61.684;RBI=0.0231845;REFB=0;REVB=0.0221959;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24924e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr4 71849888 . G T 187.57 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00181725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.031;QD=14.7114;RBI=0.00456509;REFB=-0.0304864;REVB=-0.00418779;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364741;STB=0.537537;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0324916;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:12:8:11:19:12:9:11:19 chr4 72425863 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0262158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.892;QD=14.6973;RBI=0.0313376;REFB=-0.0238297;REVB=-0.0171691;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331905;STB=0.687344;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.040427;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:24:6:11:10:24:6 chr4 72433642 . TG T,TT 397.53 PASS AF=0.471264,0;AO=34,10;DP=97;FAO=41,0;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=16,0;FSAR=25,0;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0180464,-0.0170169;FXX=0.0333296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.877,257.692;QD=18.2774;RBI=0.0190823,0.0170181;REFB=-0.00283593,-0.00184051;REVB=0.00620175,0.000207475;RO=53;SAF=14,4;SAR=20,6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0651773,-0.0894579;STB=0.524463,0.5;STBP=0.686,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00262537,0.0173549;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471264,0:34,10:97:41,0:87:46:16,0:25,0:20:26:99:53:14,4:20,6:25:28 chr4 72434406 . G C 457.04 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0266633;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.995;QD=17.7492;RBI=0.0270287;REFB=-0.00915172;REVB=-0.00442944;RO=53;SAF=22;SAR=27;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141807;STB=0.582215;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0132797;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:54:49:49:0.475728:27:22:16:37:27:22:16:38 chr4 72436804 . G A 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.836;QD=62.1772;RBI=0.0199694;REFB=0;REVB=0.0173303;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87216e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr4 72618296 . T C 2472.93 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.796;QD=61.4393;RBI=0.0317502;REFB=0;REVB=0.026998;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61773e-05;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:88:72:0:0:89:72:0:0 chr4 72649774 . G A 769.05 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7912;QD=56.9665;RBI=0.101835;REFB=0;REVB=0.00194856;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000688968;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 73433122 . GA G 181.54 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.146135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.2766;QD=10.524;RBI=0.180141;REFB=-0.0428127;REVB=-0.105334;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18387;STB=0.577896;STBP=0.263;TYPE=del;VARB=0.0408427;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:31:69:31:69:38:19:12:18:20:99:37:20:11:17:20 chr4 73942678 . C T 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.000774214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.302;QD=19.6088;RBI=0.0248045;REFB=-0.0121797;REVB=-0.0247925;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03115;STB=0.517292;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0123733;OID=.;OPOS=73942678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:19:23:25:18:19:23:25:18 chr4 73991006 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.767;QD=56.938;RBI=0.0074703;REFB=0;REVB=-0.000991828;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06358e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr4 74285239 . C T 86.85 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0603291;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.999;QD=11.2065;RBI=0.0618116;REFB=-0.00150481;REVB=-0.0134564;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.582641;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00517031;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:19:20:11:11:0.354839:4:7:14:5:4:7:15:5 chr4 74302071 . T A 341.77 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000390823;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.403;QD=23.5701;RBI=0.012668;REFB=-0.0145674;REVB=0.0126619;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725624;STB=0.505089;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00719007;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:24:34:34:0.586207:18:16:12:13:18:16:11:13 chr4 74302870 . T C 391.66 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0244579;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5937;QD=16.491;RBI=0.0254941;REFB=-0.0178101;REVB=0.00719457;RO=54;SAF=20;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087083;STB=0.548926;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0183554;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:21:20:31:23:21:20:31:23 chr4 74318330 . A G 582.51 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.035;QD=58.2508;RBI=0.0420727;REFB=-0.10183;REVB=0.00535157;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000917418;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:14:25:0:1:14:25:0:1 chr4 74347503 . TA T 369.64 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=67;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0176881;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8372;QD=22.4026;RBI=0.212191;REFB=-0.0228368;REVB=-0.211452;RO=16;SAF=28;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0620811;STB=0.556054;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.0320221;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:45:67:54:66:12:34:20:4:8:36:16:28:17:8:8 chr4 74447510 . A C 1290.09 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00562015;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.99;QD=57.9814;RBI=0.00634701;REFB=-0.103682;REVB=-0.00294932;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103784;STB=0.505617;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000333357;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:85:86:0.966292:42:43:2:1:43:43:2:1 chr4 74714098 . G A 483.73 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0573436;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.484;QD=20.3676;RBI=0.0574612;REFB=-0.00810982;REVB=-0.00367495;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664744;STB=0.515541;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00850014;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:48:48:47:47:0.494737:22:25:29:19:22:25:27:21 chr4 74719617 . C T 241.82 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0145859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1307;QD=16.9698;RBI=0.0511386;REFB=-0.0340201;REVB=-0.0490144;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075151;STB=0.534858;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0357879;OID=.;OPOS=74719617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:10:17:16:13:10:17:17:13 chr4 74863997 . T C 951.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0016;QD=58.5741;RBI=0.0758834;REFB=0;REVB=0.0368345;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299213;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr4 75023609 . T C 1153.1 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.659;QD=60.6893;RBI=0.147117;REFB=0;REVB=-0.0220601;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139145;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr4 75023709 . C T 1910.7 PASS AF=0.976744;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0157109;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.443;QD=59.2465;RBI=0.0187558;REFB=-0.0912469;REVB=0.0102445;RO=3;SAF=66;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605752;STB=0.503151;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000343647;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:129:3:3:124:126:0.976744:58:66:2:1:59:67:2:1 chr4 75046465 . C G 666.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190972;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8265;QD=63.5163;RBI=0.0228451;REFB=0;REVB=0.0125377;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258183;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr4 75168785 . A G 407.66 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0452293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.568;QD=17.7244;RBI=0.0454039;REFB=-0.0147633;REVB=-0.00397698;RO=50;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456197;STB=0.525476;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0244763;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:25:17:18:32:25:17:18:32 chr4 75248434 . A G 282.15 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00206684;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.192;QD=12.5401;RBI=0.0127991;REFB=-0.00593745;REVB=-0.0126311;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317355;STB=0.518208;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00676543;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:57:33:33:0.366667:17:16:26:31:17:16:26:31 chr4 75254282 . G A 573.05 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00449702;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.853;QD=17.4977;RBI=0.00451656;REFB=-0.000427273;REVB=0.000419741;RO=70;SAF=31;SAR=29;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532241;STB=0.525381;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000840751;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:70:71:60:60:0.458015:29:31:40:30:29:31:40:31 chr4 75675841 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.018644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.948;QD=12.4027;RBI=0.0190721;REFB=-0.0160049;REVB=0.00401827;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280271;STB=0.666444;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0313274;OID=.;OPOS=75675841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:14:15:12:4:14:15 chr4 76407217 . A ACT,T 1741.56 PASS AF=0.90678,0.0932203;AO=102,11;DP=126;FAO=107,11;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60,7;FSAR=47,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018897,0.0204183;FXX=0.0166653;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=249.965,89.2853;QD=59.036;RBI=0.0276862,0.0526713;REFB=0,0;REVB=-0.0202344,0.0485527;RO=8;SAF=60,7;SAR=42,4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00522725,0.00898424;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000274142,0.000653911;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:126:118:8:0:102,11:107,11:0.90678,0.0932203:42,4:60,7:5:3:47,4:60,7:0:0 chr4 76452558 . T A 494.41 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00491144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.756;QD=18.8347;RBI=0.00899465;REFB=-0.0170452;REVB=-0.00753535;RO=53;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860019;STB=0.50476;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0167965;OID=.;OPOS=76452558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:26:26:26:27:26:26:26:27 chr4 76489345 . C T 517.68 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.231;QD=54.4921;RBI=0.0348581;REFB=-0.0458696;REVB=-0.00158269;RO=2;SAF=25;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308285;STB=0.517232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00790232;OID=.;OPOS=76489345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:38:2:2:34:36:0.947368:9:25:1:1:9:27:1:1 chr4 76720885 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.33;QD=57.8826;RBI=0.00788691;REFB=0;REVB=0.00176074;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79044e-05;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr4 76722353 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3866;QD=56.1911;RBI=0.024898;REFB=0;REVB=-0.023263;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000789816;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr4 76787673 . T C 919.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5579;QD=58.3882;RBI=0.0858285;REFB=0;REVB=0.0683409;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166697;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:22:40:0:0:23:40:0:0 chr4 76793228 . A G 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.438;QD=57.228;RBI=0.142968;REFB=0;REVB=-0.142362;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240545;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr4 76794345 . T G 1221.35 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273618;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.163;QD=61.0674;RBI=0.0305189;REFB=0;REVB=0.013518;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046045;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:40:40:0:0 chr4 76805902 . C T 958.3 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112369;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.807;QD=58.9725;RBI=0.0200161;REFB=0;REVB=-0.0165643;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201013;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr4 76807218 . C G 1161.52 PASS AF=0.734375;AO=94;DP=129;FAO=94;FDP=128;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=74;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00673629;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8015;QD=36.2974;RBI=0.0300651;REFB=-0.00258727;REVB=-0.0293008;RO=33;SAF=20;SAR=74;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139455;STB=0.572322;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000866025;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:33:34:94:94:0.734375:74:20:14:19:74:20:14:20 chr4 76807249 . C G 974.73 PASS AF=0.697479;AO=83;DP=118;FAO=83;FDP=119;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00282185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.728;QD=32.7641;RBI=0.0468808;REFB=0.00220352;REVB=-0.0467958;RO=33;SAF=15;SAR=68;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188324;STB=0.614905;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00267954;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:33:36:83:83:0.697479:68:15:14:19:68:15:16:20 chr4 76807252 . C A 920.01 PASS AF=0.672269;AO=82;DP=118;FAO=80;FDP=119;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=66;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00571534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5287;QD=30.9249;RBI=0.0115151;REFB=-0.0437496;REVB=0.0099966;RO=36;SAF=16;SAR=66;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175788;STB=0.634197;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0209776;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:36:39:82:80:0.672269:66:16:15:21:66:14:18:21 chr4 76807270 . C T 1010.67 PASS AF=0.68254;AO=86;DP=126;FAO=86;FDP=126;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=69;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0249178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.603;QD=32.0847;RBI=0.0293946;REFB=-0.0348749;REVB=0.0155931;RO=40;SAF=17;SAR=69;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235937;STB=0.627857;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0157297;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:40:40:86:86:0.68254:69:17:20:20:69:17:20:20 chr4 76807288 . A G 941.94 PASS AF=0.653543;AO=81;DP=125;FAO=83;FDP=127;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00857625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.496;QD=29.6674;RBI=0.0146673;REFB=-0.0351093;REVB=0.0118987;RO=43;SAF=13;SAR=68;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316749;STB=0.650761;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145197;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:43:44:81:83:0.653543:68:13:22:21:68:15:22:22 chr4 76807302 . A G 961.02 PASS AF=0.669355;AO=83;DP=124;FAO=83;FDP=124;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.035419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.159;QD=31.0006;RBI=0.0477996;REFB=0.00332765;REVB=-0.0320981;RO=41;SAF=15;SAR=68;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291391;STB=0.658423;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00385294;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:41:41:83:83:0.669355:68:15:22:19:68:15:22:19 chr4 76807304 . A G 958.52 PASS AF=0.664;AO=83;DP=124;FAO=83;FDP=125;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00501351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.71;QD=30.6726;RBI=0.0063027;REFB=0.00894551;REVB=0.00381952;RO=41;SAF=15;SAR=68;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275282;STB=0.655849;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00281627;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:41:42:83:83:0.664:68:15:21:20:68:15:22:20 chr4 76807313 . C A 888.33 PASS AF=0.661017;AO=78;DP=119;FAO=78;FDP=118;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=64;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00382549;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.913;QD=30.1128;RBI=0.00382843;REFB=-0.0288513;REVB=-0.000149955;RO=39;SAF=14;SAR=64;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279046;STB=0.65839;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00576308;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:39:40:78:78:0.661017:64:14:20:19:64:14:21:19 chr4 76807325 . T A 591.68 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.041944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.457;QD=24.3993;RBI=0.0419458;REFB=-0.0287886;REVB=-0.000389937;RO=43;SAF=11;SAR=43;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322357;STB=0.678349;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0159904;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:43:11:23:20:43:11:23:20 chr4 76807334 . T C 364.48 PASS AF=0.487179;AO=27;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.029567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.283;QD=18.6912;RBI=0.0353197;REFB=-0.00890562;REVB=0.0193204;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080169;STB=0.569795;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0209825;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:40:27:38:0.487179:14:13:18:20:24:14:20:20 chr4 76809386 . A G 2343.49 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551826;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1514;QD=60.4771;RBI=0.0657102;REFB=-0.0785005;REVB=-0.035675;RO=1;SAF=81;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058371;STB=0.503067;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00039255;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:155:1:1:154:154:0.993548:73:81:1:0:73:81:1:0 chr4 76836137 . A G 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0624;QD=64.1432;RBI=0.022807;REFB=0;REVB=0.000400723;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293927;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr4 76857309 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3178;QD=62.9825;RBI=0.0301504;REFB=0;REVB=0.0202461;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524753;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr4 76857388 . C T 411.56 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.834;QD=56.7675;RBI=0.0587414;REFB=0;REVB=-0.0479143;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105078;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr4 76878688 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.468;QD=63.8714;RBI=0.0391971;REFB=0;REVB=0.0254585;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215674;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 76942943 . C G 1498.59 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467633;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7179;QD=63.7696;RBI=0.0490336;REFB=0;REVB=-0.0147474;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338226;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr4 76943137 . G C 1198.08 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0757903;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0181;QD=59.904;RBI=0.0797654;REFB=-0.139845;REVB=0.0248666;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00255799;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:46:33:0:0:46:33:1:0 chr4 76955913 . CT C,CC 790.42 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=6,50;DP=56;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440833,0.0464271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.67,248.185;QD=56.4586;RBI=0.0489783,0.054951;REFB=0,0;REVB=0.0213433,0.0293962;RO=0;SAF=5,20;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0268764,0.00251538;OID=.,.;OPOS=76955914,76955914;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143:6,50:56:1,55:56:0:1,24:0,31:0:0:6:0:5,20:1,30:0:0 chr4 76956188 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.317;QD=58.7817;RBI=0.0248389;REFB=0;REVB=0.0220307;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2091e-05;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr4 77021433 . C T 302.35 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00219686;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.179;QD=18.6062;RBI=0.00784505;REFB=-0.00189132;REVB=-0.00753118;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000901156;STB=0.522458;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00350121;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:32:31:33:0.507692:15:16:17:16:15:18:16:16 chr4 77033590 . C T 513.2 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0196487;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.217;QD=18.4937;RBI=0.0198761;REFB=-0.0146849;REVB=-0.00299752;RO=54;SAF=23;SAR=31;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509061;STB=0.524881;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0127306;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:57:54:54:0.486486:31:23:26:28:31:23:27:30 chr4 77055474 . A G 388.04 PASS AF=0.470588;AO=38;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0311833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.083;QD=18.2606;RBI=0.0314796;REFB=-0.0146574;REVB=0.00430902;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134935;STB=0.587624;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0190338;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:45:38:40:0.470588:22:16:13:32:22:18:13:32 chr4 77057501 . A G 540.29 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00322879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.842;QD=22.0527;RBI=0.0154809;REFB=-0.0183037;REVB=0.0151404;RO=47;SAF=28;SAR=23;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179899;STB=0.599011;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0138381;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:23:28:16:31:23:28:16:31 chr4 77065318 . C CTGT,T 464.38 PASS AF=0.423423,0.045045;AO=45,5;DP=121;FAO=47,5;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=19,1;FSAR=28,4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0262221,-0.0196575;FXX=0.0430997;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=155.489,177.248;QD=16.7344;RBI=0.0285315,0.0220145;REFB=-0.0169821,-0.00934884;REVB=-0.0112448,-0.0099107;RO=71;SAF=17,1;SAR=28,4;SRF=36;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14215,-0.312471;STB=0.549447,0.778068;STBP=0.372,0.265;TYPE=ins,snp;VARB=0.0206389,0.0635463;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:111:71:59:45,5:47,5:0.423423,0.045045:28,4:17,1:36:35:28,4:19,1:29:30 chr4 77065580 . T C 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00684915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.594;QD=21.6258;RBI=0.0132438;REFB=-0.0139409;REVB=0.0113352;RO=37;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879765;STB=0.5003;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106477;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:26:17:15:22:26:17:15:23 chr4 77081814 . G C 225.54 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0244276;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.94;QD=19.6117;RBI=0.0250038;REFB=2.42438e-06;REVB=0.005337;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519249;STB=0.529385;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-2.6338e-05;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:10:14:14:8:10:14 chr4 77192868 . G A 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0357927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0498;QD=19.1087;RBI=0.0368854;REFB=-0.0132492;REVB=0.00891144;RO=26;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572964;STB=0.532139;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0150287;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:21:6:7:19:21:6:7:19 chr4 77201487 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0123019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.899;QD=18.6357;RBI=0.0239432;REFB=-0.0406811;REVB=-0.0205411;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358766;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:5:10:10:6:6:10 chr4 77631425 . T A 160.51 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0207471;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.042;QD=17.3521;RBI=0.0210206;REFB=-0.0113566;REVB=0.0033795;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0111417;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr4 77637502 . A C 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00618857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.71;QD=13.7242;RBI=0.00622346;REFB=-0.0100031;REVB=0.000658146;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10925;STB=0.5624;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0157579;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:19:11:21:24:19:11:21:24 chr4 77660162 . G C 119.52 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0739117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2205;QD=10.8655;RBI=0.0833179;REFB=-0.0410724;REVB=-0.0384568;RO=29;SAF=13;SAR=2;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150537;STB=0.590774;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.109595;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:2:13:23:6:2:13:23:6 chr4 77675505 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0173989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.323;QD=24.9291;RBI=0.0178493;REFB=-0.0135355;REVB=0.00398452;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673971;STB=0.537447;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0122433;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:10:9:14:11:10:9 chr4 77817362 . T C 192.14 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.009384;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.97;QD=11.4709;RBI=0.0193385;REFB=-0.0178029;REVB=-0.0169091;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190909;STB=0.617879;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0228281;OID=.;OPOS=77817362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:43:24:24:0.358209:9:15:19:23:9:15:19:24 chr4 77817874 . G T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00116225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.481;QD=19.6924;RBI=0.0566963;REFB=-0.00867005;REVB=-0.0566843;RO=25;SAF=22;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378278;STB=0.715255;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00541179;OID=.;OPOS=77817874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:4:22:13:12:4:22:13:12 chr4 78638730 . T C 398.22 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0156397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6163;QD=20.9591;RBI=0.0735012;REFB=-0.0299985;REVB=0.071818;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168464;STB=0.599949;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0260602;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:25:15:20:15:25:15:21:15 chr4 78669454 . A G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00289706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.971;QD=16.0924;RBI=0.0046794;REFB=0.00214498;REVB=-0.00367475;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138848;STB=0.500959;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00257486;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:13:18:22:15:13:18:22:16 chr4 78740132 . G C 34.81 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.586;QD=23.2069;RBI=0.0459762;REFB=-0.0568789;REVB=0.0122959;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.012393;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr4 78987157 . A G 1451.13 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.923;QD=62.4142;RBI=0.0491652;REFB=0;REVB=0.0272026;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112087;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:46:41:0:0:50:43:0:0 chr4 79186047 . G A 247.66 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0416954;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9754;QD=15.9782;RBI=0.0466113;REFB=0.000813821;REVB=0.0208353;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347599;STB=0.519616;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0014104;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:17:17:13:15:17:17 chr4 79186171 . G A 776.05 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.332;QD=56.4402;RBI=0.0366907;REFB=0;REVB=0.0364392;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807067;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:16:38:0:0:17:38:0:0 chr4 79205699 . T A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00637238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.061;QD=18.035;RBI=0.00996484;REFB=-0.0213551;REVB=-0.00766099;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172799;STB=0.586421;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0254927;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:38:39:0.46988:24:14:24:20:24:15:24:20 chr4 79238649 . T C 631.41 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.00608114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.236;QD=19.4279;RBI=0.00666063;REFB=0.0020285;REVB=0.0027173;RO=65;SAF=30;SAR=34;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202643;STB=0.607111;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00129918;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:64:64:0.492308:34:30:45:20:34:30:45:21 chr4 79240063 . A G 263.67 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.001862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2914;QD=12.8617;RBI=0.021445;REFB=-0.0402383;REVB=-0.021364;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662231;STB=0.542227;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0457185;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:31:31:0.378049:11:20:35:15:11:20:36:15 chr4 79284694 . C T 149.0 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0348122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.261;QD=9.93313;RBI=0.039797;REFB=-0.0251987;REVB=0.0192851;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478915;STB=0.74975;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.026442;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:40:19:20:0.333333:15:4:25:15:15:5:25:15 chr4 79300993 . G A 451.08 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0248917;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0114;QD=21.2273;RBI=0.0981177;REFB=0.00641773;REVB=0.0949077;RO=30;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18063;STB=0.520539;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0033971;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:30:41:44:44:0.517647:19:25:24:6:19:25:25:16 chr4 79372930 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.182;QD=57.3852;RBI=0.00839288;REFB=0;REVB=0.00231105;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93291e-05;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr4 79385719 . G A 609.46 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0140267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.005;QD=19.66;RBI=0.014055;REFB=-0.020498;REVB=-0.000891979;RO=62;SAF=35;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879944;STB=0.548574;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0185177;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:27:35:29:33:27:35:29:33 chr4 79387442 . C T 344.16 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00573229;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.214;QD=16.1958;RBI=0.0106648;REFB=-0.00685585;REVB=0.00899322;RO=48;SAF=11;SAR=26;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197475;STB=0.611702;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00770394;OID=.;OPOS=79387442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:26:11:23:25:26:11:23:25 chr4 79387464 . A G 1319.72 PASS AF=0.988506;AO=82;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177217;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6222;QD=60.6768;RBI=0.0183768;REFB=-0.100708;REVB=-0.00486285;RO=2;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396046;STB=0.505153;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00494672;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:2:1:82:86:0.988506:48:34:1:1:48:38:0:1 chr4 79400868 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.118;QD=57.1062;RBI=0.00670472;REFB=0;REVB=-0.00406519;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37416e-06;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr4 79455714 . C G 483.41 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0463457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.23;QD=20.7917;RBI=0.0511036;REFB=-0.00826151;REVB=0.0215327;RO=46;SAF=28;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21953;STB=0.621326;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00915396;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:19:28:16:30:19:28:16:30 chr4 79455733 . C T 479.34 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00465266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9093;QD=22.557;RBI=0.00473596;REFB=-0.0387263;REVB=0.000884324;RO=39;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187102;STB=0.603032;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0186881;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:18:28:15:24:18:28:15:24 chr4 79531202 . C T 425.12 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.975;QD=56.6826;RBI=0.0599425;REFB=0;REVB=0.0158724;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956177;OID=.;OPOS=79531202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:15:11:0:0:16:14:0:0 chr4 79786856 . G A 581.46 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0110731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.438;QD=27.6887;RBI=0.0111785;REFB=0.0121018;REVB=-0.00153158;RO=32;SAF=20;SAR=32;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304522;STB=0.516563;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00614374;OID=.;OPOS=79786856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:32:52:52:0.619048:32:20:11:21:32:20:11:21 chr4 79800080 . G A 462.58 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0158173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.099;QD=19.0755;RBI=0.0158301;REFB=-0.00540341;REVB=-0.00063467;RO=51;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123921;STB=0.568913;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00653555;OID=.;OPOS=79800080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:21:25:21:30:21:25:21:30 chr4 79832509 . A C 497.1 PASS AF=0.453782;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0237537;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.132;QD=16.7093;RBI=0.0284618;REFB=-0.00570788;REVB=-0.0156792;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691126;STB=0.523221;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00737172;OID=.;OPOS=79832509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:65:53:54:0.453782:23:30:40:23:23:31:40:25 chr4 79845007 . C A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00313892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.768;QD=16.1065;RBI=0.0103045;REFB=-0.00783391;REVB=-0.00981474;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0108484;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:13:9:9:8:13:9 chr4 80329343 . T C 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0617525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.969;QD=10.933;RBI=0.0617944;REFB=-0.0294446;REVB=-0.00227512;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381171;STB=0.747397;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0190506;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:34:16:16:0.32:10:6:22:8:10:6:26:8 chr4 80827062 . T C 1364.62 PASS AF=0.941748;AO=96;DP=102;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00876861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.284;QD=52.995;RBI=0.0123659;REFB=-0.0303104;REVB=-0.00871934;RO=6;SAF=50;SAR=46;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208907;STB=0.511225;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000518773;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:102:103:6:6:96:97:0.941748:46:50:2:4:46:51:2:4 chr4 80828555 . G A 380.71 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00315656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.555;QD=16.9204;RBI=0.00786131;REFB=-0.015831;REVB=-0.00719975;RO=48;SAF=33;SAR=7;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309739;STB=0.68031;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0187796;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:50:40:40:0.444444:7:33:28:20:7:33:29:21 chr4 80905990 . C G 409.06 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.347;QD=56.4225;RBI=0.0445614;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116437;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:0:23:0:0:0:29:0:0 chr4 80977078 . T G 1308.8 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017202;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2054;QD=62.3239;RBI=0.0391939;REFB=0;REVB=0.0352172;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44565e-05;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr4 81124596 . G C 1117.01 PASS AF=0.539604;AO=109;DP=202;FAO=109;FDP=202;FR=.;FRO=93;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0333077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0234;QD=22.1189;RBI=0.044476;REFB=0.00272381;REVB=0.0294739;RO=93;SAF=59;SAR=50;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304053;STB=0.516597;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00209343;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:93:93:109:109:0.539604:50:59:47:46:50:59:47:46 chr4 81529518 . T C 1353.13 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.039;QD=62.2131;RBI=0.0327214;REFB=0;REVB=0.0324432;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2749e-05;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:43:42:0:0:44:43:0:0 chr4 81791163 . G A 131.32 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0389143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.119;QD=14.197;RBI=0.039598;REFB=0.00269308;REVB=0.00732675;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0038178;OID=.;OPOS=81791163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:9:12:6:9:10:12 chr4 81884722 . G A 1629.22 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.055;QD=59.2443;RBI=0.00298708;REFB=-0.0842105;REVB=-0.000823259;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212951;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:110:0:0:109:110:1:48:61:0:0:48:62:0:0 chr4 81967150 . G A 210.68 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0519472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.452;QD=19.1525;RBI=0.0524263;REFB=-0.0143554;REVB=-0.00707112;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132566;STB=0.575149;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0181037;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:11:12:8:13:11:12 chr4 81967188 . C T 712.93 PASS AF=1;AO=34;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.68;QD=63.3719;RBI=0.103525;REFB=0;REVB=-0.00623523;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604492;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:34:45:1:21:13:0:0:21:24:0:0 chr4 81974809 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0236132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.675;QD=18.7769;RBI=0.0259912;REFB=-0.0242279;REVB=0.0108609;RO=26;SAF=3;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415415;STB=0.738308;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0308397;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:23:3:11:15:23:3:11:15 chr4 81975088 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.029;QD=62.9821;RBI=0.0240737;REFB=0;REVB=0.0235037;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83897e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 81977690 . C T 169.88 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00463916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.922;QD=8.8249;RBI=0.0221771;REFB=-0.0179421;REVB=-0.0216864;RO=51;SAF=7;SAR=15;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376468;STB=0.703212;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0299609;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:54:22:23:0.298701:15:7:33:18:15:8:35:19 chr4 81977730 . A T 1362.41 PASS AF=0.960784;AO=96;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0217645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.248;QD=53.4278;RBI=0.0226835;REFB=-0.203184;REVB=0.00639109;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.510202;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00182511;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:1:4:96:98:0.960784:48:48:0:1:48:50:1:3 chr4 82025509 . G T 1793.48 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128344;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.974;QD=61.3155;RBI=0.00160334;REFB=0;REVB=-0.000960983;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37242e-05;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:56:61:0:0:56:61:0:0 chr4 83274634 . C T 832.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0950545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8541;QD=57.4447;RBI=0.0978037;REFB=0;REVB=-0.0230262;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669307;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr4 83551007 . G A 858.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.128;QD=57.2233;RBI=0.0260869;REFB=0;REVB=0.0111002;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01211e-05;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:41:17:0:0:42:18:0:0 chr4 83551119 . T C 651.46 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.737;QD=62.0439;RBI=0.042519;REFB=0;REVB=0.035977;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10759e-05;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:26:14:0:0:28:14:0:0 chr4 83582064 . G T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0226729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.156;QD=11.4395;RBI=0.0296415;REFB=-0.0110422;REVB=0.0190934;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364894;STB=0.521705;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0214732;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:10:14:8:5:10:14 chr4 83582211 . C G 598.44 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085443;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.328;QD=61.3782;RBI=0.00902662;REFB=0;REVB=0.00291115;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202323;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 83778839 . T C 286.05 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00183608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.251;QD=20.4322;RBI=0.00747789;REFB=-0.010954;REVB=0.00724897;RO=26;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115024;STB=0.564059;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.007039;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:10:20:14:12:10:20:14:12 chr4 83788344 . A T 1102.15 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260123;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.482;QD=60.392;RBI=0.0401125;REFB=0;REVB=0.0305348;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09273e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr4 83792555 . C A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0281631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.326;QD=15.7837;RBI=0.0286436;REFB=0.0164307;REVB=-0.00522475;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123893;STB=0.555476;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0227176;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:9:7:8:6:9:8 chr4 83838217 . G A,T 1472.13 PASS AF=0.97,0.03;AO=95,4;DP=99;FAO=97,3;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974733,0.00298188;FXX=0.00990001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.4869,112.302;QD=58.8851;RBI=0.0097576,0.0209655;REFB=0,0;REVB=-0.000447544,-0.0207524;RO=0;SAF=46,3;SAR=49,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00583761,0.14042;OID=.,.;OPOS=83838217,83838217;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:99:100:0:0:95,4:97,3:0.97,0.03:49,1:46,3:0:0:51,0:46,3:0:0 chr4 83839799 . A G 803.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00796887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.416;QD=55.4076;RBI=0.0215323;REFB=0.0415636;REVB=-0.0200034;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000131121;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr4 83849057 . G A 1139.21 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.4533;QD=59.1798;RBI=0.0205247;REFB=-0.0629195;REVB=-0.0160277;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.505881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000191379;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:42:34:0:0:42:34:0:1 chr4 83900043 . A G 977.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000969378;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.086;QD=59.2207;RBI=0.00600133;REFB=0;REVB=-0.00592252;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267861;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr4 84191031 . A G 598.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435506;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.602;QD=61.3986;RBI=0.0441321;REFB=0;REVB=0.0071406;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325366;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr4 84230619 . T C 417.99 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0691512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5559;QD=53.9336;RBI=0.0751556;REFB=-0.0298026;REVB=-0.0294359;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00185684;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr4 84364751 . A G 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0108034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.429;QD=24.3819;RBI=0.0109022;REFB=-0.0010989;REVB=-0.00146449;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114879;STB=0.563072;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000865497;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:22:15:14:11:22:15:14:11 chr4 84370091 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000447196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.485;QD=18.3009;RBI=0.0135333;REFB=-0.0198739;REVB=0.0135259;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853815;STB=0.504849;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0201151;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:9:14:12:8:9:14 chr4 84374480 . C T 490.7 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0683279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6659;QD=22.3047;RBI=0.0769293;REFB=-0.0296099;REVB=0.035347;RO=40;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140841;STB=0.584819;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0354833;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:40:41:47:47:0.534091:32:15:19:21:32:15:20:21 chr4 84376743 . A T 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.268;QD=60.8821;RBI=0.068116;REFB=0;REVB=0.00652514;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195739;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:52:25:0:0:52:25:0:0 chr4 84380955 . G T 161.09 PASS AF=0.35;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00693359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.285;QD=10.7393;RBI=0.0152755;REFB=-0.0128143;REVB=-0.0136112;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217246;STB=0.620572;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0370579;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:38:39:19:21:0.35:13:6:19:19:14:7:20:19 chr4 84382552 . A T 435.51 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0161547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.948;QD=23.8637;RBI=0.0169773;REFB=0.0177709;REVB=0.00522066;RO=29;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151291;STB=0.579673;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0115304;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:31:42:42:0.575342:20:22:21:8:20:22:22:9 chr4 84383810 . C T 445.23 PASS AF=0.458716;AO=47;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00789003;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.712;QD=16.3388;RBI=0.0090699;REFB=-0.0242775;REVB=-0.00447331;RO=54;SAF=24;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431568;STB=0.507927;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.029495;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:54:59:47:50:0.458716:23:24:30:24:23:27:31:28 chr4 85154902 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0130256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.942;QD=16.4266;RBI=0.0137217;REFB=-0.00729571;REVB=0.00431472;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316352;STB=0.689226;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00620035;OID=.;OPOS=85154902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:3:8:10:1:3:8 chr4 85569994 . C T 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0181111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.999;QD=12.1408;RBI=0.0208401;REFB=0.000531391;REVB=-0.0103102;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104827;STB=0.576187;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00189508;OID=.;OPOS=85569994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:5:14:21:11:5:14:21:12 chr4 85762385 . T C 624.95 PASS AF=0.43949;AO=68;DP=157;FAO=69;FDP=157;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00527723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.546;QD=15.9222;RBI=0.00749507;REFB=-0.0122657;REVB=0.0053223;RO=88;SAF=38;SAR=30;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368025;STB=0.515801;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0151052;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:88:68:69:0.43949:30:38:46:42:31:38:46:42 chr4 86021741 . C T 595.3 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.628;QD=61.0563;RBI=0.0524451;REFB=0;REVB=0.00921629;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206693;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:14:21:0:0:16:23:0:0 chr4 86021765 . C T 903.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8827;QD=58.2706;RBI=0.0824046;REFB=0;REVB=0.0412533;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011533;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chr4 86021800 . A T 325.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00375498;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2002;QD=16.2549;RBI=0.00809099;REFB=-0.00821077;REVB=-0.00716689;RO=45;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249344;STB=0.640867;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00648178;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:80:45:45:35:35:0.4375:11:24:20:25:11:24:20:25 chr4 86021967 . C T 794.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.736;QD=56.7686;RBI=0.0343024;REFB=0;REVB=0.0342092;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30989e-05;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr4 86021976 . T A 124.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0112883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.975;QD=11.2899;RBI=0.0346507;REFB=-0.00044182;REVB=-0.0327604;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517022;STB=0.555481;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00105729;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:13:29:15:15:0.340909:9:6:6:7:9:6:14:15 chr4 87024409 . T C 714.9 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515226;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.499;QD=57.192;RBI=0.0702695;REFB=0;REVB=0.0477831;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347887;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr4 87809387 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.183;QD=60.6103;RBI=0.0270671;REFB=0;REVB=0.0204021;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196748;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr4 88056925 . A G 271.2 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977224;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.474;QD=51.6578;RBI=0.0330388;REFB=0;REVB=0.0315605;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241062;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:20:21:1:4:16:0:0:5:16:0:0 chr4 88057353 . G A 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0200319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8139;QD=12.6172;RBI=0.0204311;REFB=0.00569397;REVB=-0.00401906;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688272;STB=0.539442;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00772945;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:12:26:15:9:12:26 chr4 88059415 . G A 432.78 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0326695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1902;QD=18.0326;RBI=0.0336959;REFB=-0.00517446;REVB=0.00825351;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406713;STB=0.522717;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00711801;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:21:23:25:27:21:23:25:27 chr4 88059642 . GGTGTGTGTGT G,GGT 119.48 PASS AF=0.115385,0.384615;AO=3,10;DP=16;FAO=3,10;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=1,1;FSAR=2,9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-2.57234e-05,0.034075;FXX=0.212057;HRUN=2,1;LEN=10,8;MLLD=303.442,275.691;QD=18.3818;RBI=0.0303997,0.0550536;REFB=-0.0121339,-0.0196695;REVB=0.0303997,0.0432411;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.76768,0.872965;STBP=0.425,0.007;TYPE=del,del;VARB=0.0500878,0.00832916;OID=.,.;OPOS=88059643,88059643;OREF=GTGTGTGTGT,GTGTGTGT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.384615:3,10:16:3,10:26:13:1,1:2,9:9:4:91:0:1,1:2,9:0:0 chr4 88061624 . ATATATTATATTATATTATATTATATAT ATATATTATATTATATTATATAT,ATATATTATATTATATTATATTATATA 137.85 PASS AF=0.576923,0.153846;AO=11,5;DP=26;FAO=15,4;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=6,4;FSAR=9,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0200932,0.16984;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=5,1;MLLD=274.84,8.91786;QD=21.2078;RBI=0.0202539,0.288356;REFB=-0.0259517,-0.20741;REVB=0.0025457,-0.233031;RO=5;SAF=5,1;SAR=6,4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188919,-0.487487;STB=0.538411,0.997273;STBP=0.59,0.019;TYPE=del,del;VARB=0.00455762,0.246861;OID=.,.;OPOS=88061625,88061651;OREF=TATAT,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATATATTATATTATATTATATAT,ATATATTATATTATATTATATTATATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923,0.153846:11,5:26:15,4:26:7:6,4:9,0:2:5:27:5:5,1:6,4:4:1 chr4 88116518 . A G 221.42 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0371713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2667;QD=19.2538;RBI=0.0617947;REFB=0.019918;REVB=-0.0493648;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220951;STB=0.609278;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0209886;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:16:8:12:10:16:8 chr4 88258483 . T C 1023.49 PASS AF=0.959459;AO=57;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00913257;FXX=0.0133316;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.128;QD=55.3238;RBI=0.00983019;REFB=-0.0240915;REVB=0.00363715;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518513;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=3.66277e-05;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:74:0:3:57:71:0.959459:29:28:0:0:32:39:3:0 chr4 88293887 . G A 117.95 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0192901;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.012;QD=11.7952;RBI=0.019678;REFB=-0.0017902;REVB=-0.00388748;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102754;STB=0.574895;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00290413;OID=.;OPOS=88293887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:26:14:14:0.35:7:7:16:11:7:7:16:10 chr4 88308057 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00954789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.805;QD=12.9747;RBI=0.030841;REFB=0.00329169;REVB=-0.0293259;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105067;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0049942;OID=.;OPOS=88308057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:11:12:0.4:6:5:10:8:6:6:10:8 chr4 88333389 . G A 200.21 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0412756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9232;QD=21.6439;RBI=0.0435487;REFB=-0.011654;REVB=-0.0138856;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799136;STB=0.51779;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00999573;OID=.;OPOS=88333389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:11:8:7:10:11:9:7:10 chr4 88333400 . A T 173.97 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0199885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.821;QD=19.3297;RBI=0.0202543;REFB=-0.0270409;REVB=-0.00327061;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202714;OID=.;OPOS=88333400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:7:11:11:7:7:11 chr4 88401616 . A G 1591.07 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0202452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.643;QD=57.336;RBI=0.0277516;REFB=-0.0581477;REVB=0.0189812;RO=3;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256373;STB=0.508927;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00068648;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:111:3:2:108:109:0.981982:54:54:0:3:55:54:0:2 chr4 88415463 . G A 650.97 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=49;FWDB=-0.0199395;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.783;QD=19.8771;RBI=0.0205518;REFB=-0.00547989;REVB=0.00497947;RO=65;SAF=24;SAR=41;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108476;STB=0.562335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00591273;OID=.;OPOS=88415463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:65:66:65:65:0.496183:41:24:17:48:41:24:17:49 chr4 88415636 . G C 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00254844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.06;QD=10.1699;RBI=0.0174573;REFB=-0.00225998;REVB=-0.0172703;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636416;STB=0.873214;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00220292;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:4:18:2:9:4:18 chr4 88416188 . G T 467.35 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0653322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.088;QD=16.8416;RBI=0.0657635;REFB=-0.00906805;REVB=0.0075201;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555503;STB=0.535586;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0116432;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:23:28:29:30:23:28:29:31 chr4 88416223 . A G 1759.34 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0216;QD=60.6668;RBI=0.037935;REFB=0;REVB=0.0172322;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101881;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:113:116:1:64:49:0:0:65:51:0:0 chr4 88535156 . G A 373.3 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0115179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.845;QD=28.1735;RBI=0.0127419;REFB=-0.0214759;REVB=-0.00544932;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889339;STB=0.504852;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00779779;OID=.;OPOS=88535156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:18:17:9:9:18:17:9:9 chr4 88536520 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8648;QD=39.2036;RBI=0.117401;REFB=0;REVB=0.0355449;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00566753;OID=.;OPOS=88536520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr4 88583135 . A T 385.34 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0288157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.02;QD=26.1244;RBI=0.0521205;REFB=-0.0163952;REVB=0.0434305;RO=22;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178394;STB=0.597185;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00584712;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:18:19:17:5:18:19:17:5 chr4 88732531 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.254;QD=49.5992;RBI=0.0155159;REFB=0;REVB=0.0142329;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187567;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 88732692 . G A 340.81 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5032;QD=48.6872;RBI=0.0733691;REFB=-0.154308;REVB=0.0677349;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0638503;OID=.;OPOS=88732692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:28:1:1:26:27:0.964286:15:11:0:1:15:12:0:1 chr4 88732746 . A G 670.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.529;QD=62.3308;RBI=0.0532708;REFB=0;REVB=0.0258062;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459991;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr4 88732918 . A T 716.39 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0535602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5173;QD=51.1705;RBI=0.0670278;REFB=-0.044232;REVB=0.0402992;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495172;STB=0.526306;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0157027;OID=.;OPOS=88732918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:27:26:0:3:27:26:0:3 chr4 88767008 . G A 124.94 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00447006;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.897;QD=16.6584;RBI=0.0597115;REFB=0.00610651;REVB=0.0595439;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00393944;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:11:5:7:7:11:5 chr4 88813100 . G A 558.07 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0171864;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.713;QD=17.0404;RBI=0.0176977;REFB=-0.00726917;REVB=0.00422331;RO=74;SAF=26;SAR=33;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532228;STB=0.509816;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00762769;OID=.;OPOS=88813100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:74:72:59:59:0.450382:33:26:33:41:33:26:33:39 chr4 88813126 . C A 667.08 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0284539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7376;QD=17.7888;RBI=0.0292882;REFB=-0.0143698;REVB=0.00694059;RO=82;SAF=32;SAR=36;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049514;STB=0.502753;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0213749;OID=.;OPOS=88813126;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:36:32:39:43:36:32:39:43 chr4 88813503 . T C 3734.06 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00094062;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.019;QD=63.5585;RBI=0.0289241;REFB=0;REVB=0.0289088;RO=0;SAF=98;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168018;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:235:0:0:235:235:1:137:98:0:0:137:98:0:0 chr4 88813583 . G A 725.77 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0184278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.903;QD=18.4909;RBI=0.0234045;REFB=-0.0198998;REVB=-0.0144287;RO=81;SAF=35;SAR=41;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542462;STB=0.529957;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0188135;OID=.;OPOS=88813583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:81:76:76:0.484076:41:35:42:39:41:35:42:39 chr4 88813659 . C G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00659099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.239;QD=20.8995;RBI=0.0211947;REFB=-0.036249;REVB=-0.0201439;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402124;STB=0.533513;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0329808;OID=.;OPOS=88813659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:27:28:0.538462:18:9:7:17:18:10:7:17 chr4 88814048 . A C 586.73 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00619293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.904;QD=21.3357;RBI=0.0117784;REFB=-0.0241252;REVB=0.0100189;RO=50;SAF=34;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978138;STB=0.549393;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.026047;OID=.;OPOS=88814048;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:25:34:23:27:25:34:24:27 chr4 88814125 . C G 575.85 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00945351;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.337;QD=20.0295;RBI=0.0172683;REFB=-0.00862243;REVB=-0.0144508;RO=56;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539916;STB=0.529748;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0112963;OID=.;OPOS=88814125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:56:56:59:59:0.513043:28:31:26:30:28:31:26:30 chr4 88814665 . A C 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0138421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.743;QD=16.2365;RBI=0.0140889;REFB=-0.0146219;REVB=0.00262523;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720958;STB=0.540514;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0120709;OID=.;OPOS=88814665;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:13:23:17:13:13:23 chr4 88814683 . G T 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00747674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.103;QD=15.4184;RBI=0.00873985;REFB=-0.0174811;REVB=-0.00452585;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189635;STB=0.510722;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0165867;OID=.;OPOS=88814683;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:17:12:16:21:17:12:16:21 chr4 88814989 . C T 438.32 PASS AF=0.434783;AO=47;DP=111;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.0104022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.791;QD=15.2459;RBI=0.033517;REFB=-0.0142753;REVB=0.031862;RO=64;SAF=22;SAR=25;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207612;STB=0.610455;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0120984;OID=.;OPOS=88814989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:64:65:47:50:0.434783:25:22:43:21:26:24:44:21 chr4 88815148 . G A 385.01 PASS AF=0.34058;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0149423;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.328;QD=11.1598;RBI=0.0205252;REFB=-0.00786155;REVB=-0.0140716;RO=84;SAF=24;SAR=23;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065264;STB=0.517872;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0124543;OID=.;OPOS=88815148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:84:91:47:47:0.34058:23:24:38:46:23:24:44:47 chr4 88815163 . A ATTAGG 154.33 PASS AF=0.203125;AO=25;DP=131;FAO=26;FDP=128;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0179007;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=5;MLLD=269.294;QD=4.82289;RBI=0.025148;REFB=-0.00259561;REVB=-0.0176631;RO=103;SAF=7;SAR=18;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326657;STB=0.705284;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0096738;OID=.;OPOS=88815164;OREF=-;OALT=TTAGG;OMAPALT=ATTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:25:131:26:128:102:7:19:53:49:99:103:7:18:55:48 chr4 88898941 . C T 305.06 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00725702;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7488;QD=19.0661;RBI=0.0157993;REFB=0.00376196;REVB=-0.0140341;RO=31;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344278;STB=0.505879;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00160193;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:31:33:0.515625:9:22:21:10:11:22:21:10 chr4 88902692 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.626;QD=57.1058;RBI=0.0551695;REFB=0;REVB=0.0537189;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265751;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr4 88903853 . C T 1312.09 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193201;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.333;QD=61.0275;RBI=0.0317102;REFB=0.00795958;REVB=0.0251449;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=4.35858e-05;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:0:1:85:85:0.988372:58:27:0:0:58:27:1:0 chr4 88921446 . G C 464.15 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0427796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1025;QD=24.7546;RBI=0.0454088;REFB=0.0155189;REVB=0.0152269;RO=31;SAF=20;SAR=24;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101593;STB=0.555531;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0152384;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:24:20:10:21:24:20:10:21 chr4 88921512 . G A 453.71 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00640528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.241;QD=25.206;RBI=0.0125344;REFB=-0.00257135;REVB=-0.0107742;RO=29;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941769;STB=0.551392;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00217165;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:26:17:8:21:26:17:8:21 chr4 89052323 . G T 250.33 PASS AF=0.322917;AO=30;DP=95;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00174267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.982;QD=10.4304;RBI=0.010799;REFB=0.0059238;REVB=-0.0106575;RO=65;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17292;STB=0.609493;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0102589;OID=.;OPOS=89052323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:65:30:31:0.322917:14:16:25:40:14:17:25:40 chr4 89061114 . C T 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.013436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.162;QD=20.9367;RBI=0.0145734;REFB=-0.0095295;REVB=-0.00564423;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101416;STB=0.505615;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00637287;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:14:15:18:16:14:15 chr4 89182518 . T C 443.17 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119042;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.902;QD=55.3963;RBI=0.0468361;REFB=0.0988985;REVB=0.045298;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00128212;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:32:1:1:31:31:0.96875:21:10:0:1:21:10:0:1 chr4 89311962 . T C 501.75 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0111916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.175;QD=18.5832;RBI=0.0121337;REFB=-0.0349707;REVB=0.00468773;RO=55;SAF=35;SAR=18;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243745;STB=0.513508;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0261751;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:18:35:35:20:18:35:35:20 chr4 89319296 . T C 457.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4649;QD=57.1259;RBI=0.0568054;REFB=0;REVB=0.0453937;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501349;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:18:14:0:0 chr4 89397091 . A G 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.394;QD=61.5308;RBI=0.0400308;REFB=0;REVB=0.0209245;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183773;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr4 89415396 . T C 1325.24 PASS AF=0.906542;AO=97;DP=107;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0278019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3159;QD=49.5418;RBI=0.0287479;REFB=-0.00220906;REVB=0.00731444;RO=9;SAF=52;SAR=45;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391204;STB=0.515431;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00241655;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:107:107:9:10:97:97:0.906542:45:52:7:2:45:52:7:3 chr4 89443162 . G A 265.22 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0946515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7478;QD=15.6009;RBI=0.094969;REFB=0.000207503;REVB=0.0077591;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13651;STB=0.576947;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0018498;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:15:23:14:16:15:23 chr4 89577214 . A T 460.38 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00227511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.682;QD=21.1668;RBI=0.0141794;REFB=-0.0127087;REVB=-0.0139957;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150816;STB=0.583339;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0134468;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:19:26:17:25:19:26:17:25 chr4 89618567 . A G 480.84 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.00423061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4496;QD=12.9085;RBI=0.00642517;REFB=-0.0144657;REVB=0.00483578;RO=93;SAF=24;SAR=31;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158553;STB=0.593088;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0294967;OID=.;OPOS=89618567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:93:94:55:55:0.369128:31:24:54:39:31:24:55:39 chr4 89618837 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0490975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.231;QD=16.9408;RBI=0.0521085;REFB=-0.0167838;REVB=0.0174565;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150284;STB=0.50859;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0282406;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:13:11:9:10:13:11 chr4 89619276 . A G 372.61 PASS AF=0.458824;AO=37;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=38;FWDB=0.0313674;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.926;QD=17.5348;RBI=0.0362656;REFB=-0.0106155;REVB=0.0182011;RO=46;SAF=8;SAR=29;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643808;STB=0.545433;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0147654;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:46:37:39:0.458824:29:8:8:38:30:9:8:38 chr4 89625427 . G C 929.32 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0130807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.78;QD=55.482;RBI=0.0275852;REFB=-0.0544875;REVB=0.0242866;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013692;STB=0.514281;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000984012;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:34:31:0:1:34:31:0:2 chr4 89647798 . AAC AAA,AA,A 332.1 PASS AF=0,0,1;AO=8,6,15;DP=29;FAO=0,0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18;FSAR=0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318235,-0.00147336,0.000442623;FXX=0;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,2;MLLD=288.943,296.484,304.139;QD=53.1354;RBI=0.0157214,0.0153812,0.0148983;REFB=0,0,0;REVB=0.015396,0.0153105,0.0148917;RO=0;SAF=2,6,9;SAR=6,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,-9.23959e-05;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799;OREF=C,C,AC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:8,6,15:29:0,0,25:25:0:0,0,18:0,0,7:0:0:4:0:2,6,9:6,0,6:0:0 chr4 89653257 . G A 1558.16 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096548;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.109;QD=59.9293;RBI=0.0132472;REFB=0;REVB=-0.00907047;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196721;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:51:53:0:0 chr4 89668859 . C T 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7029;QD=63.6135;RBI=0.0448549;REFB=0;REVB=-0.0439946;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346475;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr4 89670155 . C T 1320.86 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.81;QD=62.1579;RBI=0.00505883;REFB=0;REVB=-0.000965844;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76083e-06;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr4 90034686 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.188;QD=56.1916;RBI=0.0188082;REFB=0;REVB=-0.0156267;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92886e-05;OID=.;OPOS=90034686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 90168415 . A T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0224877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.964;QD=16.755;RBI=0.0246315;REFB=0.000857267;REVB=0.0100506;RO=28;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180731;STB=0.602747;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000721736;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:7:17:15:13:7:17:15:13 chr4 90169925 . A G 118.65 PASS AF=0.35;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00541371;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.744;QD=11.8651;RBI=0.0108339;REFB=-0.0147644;REVB=-0.00938436;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109654;STB=0.564429;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0221662;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:26:26:14:14:0.35:5:9:19:7:5:9:19:7 chr4 90857479 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0430041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.456;QD=17.6896;RBI=0.0431735;REFB=-0.00235448;REVB=-0.00382109;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545082;STB=0.503103;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00313974;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:15:11:9:12:15:11 chr4 90874879 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.479;QD=62.3498;RBI=0.0551412;REFB=0;REVB=-0.0220167;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70708e-05;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr4 91291407 . C T 1453.11 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.267;QD=63.1786;RBI=0.0385743;REFB=0;REVB=0.0266918;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48981e-05;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr4 92185835 . C A 258.38 PASS AF=0.3875;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00539357;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.777;QD=12.919;RBI=0.016024;REFB=-0.0345632;REVB=-0.015089;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118084;STB=0.585717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0664104;OID=.;OPOS=92185835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:80:42:49:29:31:0.3875:19:10:19:23:20:11:24:25 chr4 92240276 . TAA TA,TAT 2189.27 PASS AF=1,0;AO=79,64;DP=157;FAO=155,0;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82,0;FSAR=73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344367,-0.255761;FXX=0.012738;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.2813,18.7344;QD=56.4973;RBI=0.0344852,0.303476;REFB=0,0;REVB=0.00182879,-0.163352;RO=0;SAF=34,43;SAR=45,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.40017e-08,-5.72439e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00205153,-0.0875101;OID=.,.;OPOS=92240277,92240278;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:79,64:157:155,0:155:0:82,0:73,0:0:0:13:0:34,43:45,21:0:0 chr4 92240802 . C T 1491.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000393315;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.032;QD=63.486;RBI=0.0327118;REFB=0;REVB=-0.0327094;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425437;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:43:51:0:0 chr4 92246344 . G A 2086.49 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.847;QD=61.8219;RBI=0.0483965;REFB=-0.0904166;REVB=0.0226983;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000371923;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:132:134:0.992593:73:59:0:0:74:60:0:1 chr4 94316763 . T G 1042.37 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0969;QD=57.9095;RBI=0.0255951;REFB=0.00890573;REVB=0.017517;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160211;STB=0.507934;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-9.19361e-05;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:29:40:0:1:31:40:0:1 chr4 95134165 . C G 838.31 PASS AF=1;AO=39;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7849;QD=52.3943;RBI=0.0246799;REFB=0;REVB=0.0160131;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152002;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:39:64:1:14:25:0:0:28:36:0:0 chr4 95169682 . G T 1028.3 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0338749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5963;QD=54.1212;RBI=0.0413584;REFB=-0.0422083;REVB=0.0237277;RO=4;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306307;STB=0.51622;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0285387;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:72:72:0.947368:32:40:1:3:32:40:1:3 chr4 95170839 . G A 1452.68 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.883;QD=63.1599;RBI=0.0283042;REFB=0;REVB=0.0273453;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87702e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:36:55:0:0:37:55:0:0 chr4 95173779 . T C 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8343;QD=60.1984;RBI=0.027759;REFB=0;REVB=-0.0212501;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7587e-05;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr4 95186055 . A G 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.012361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.736;QD=14.3247;RBI=0.0125206;REFB=0.00332413;REVB=-0.00199293;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101896;STB=0.557876;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00426037;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:13:15:17:22:13:15:17:22 chr4 95197520 . C T 1509.53 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.951;QD=63.5592;RBI=0.00579701;REFB=0;REVB=-0.00450395;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00525e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr4 95211610 . T C 752.49 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.836;QD=54.7268;RBI=0.02524;REFB=-0.144994;REVB=0.00901507;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00074901;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:29:24:0:1:30:24:0:1 chr4 95503902 . T C 419.46 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0552041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4956;QD=22.9842;RBI=0.0585776;REFB=-0.0286971;REVB=0.0195918;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266068;STB=0.514629;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0230682;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:13:19:23:18:13:19 chr4 95506827 . G A 385.85 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0189129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4165;QD=14.8402;RBI=0.0319356;REFB=-0.00832905;REVB=-0.0257329;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497826;STB=0.535698;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0105735;OID=.;OPOS=95506827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:60:44:44:0.423077:18:26:37:21:18:26:39:21 chr4 95531417 . A G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0145246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.235;QD=21.839;RBI=0.0160105;REFB=-0.0337604;REVB=-0.00673591;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527657;STB=0.529593;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0310037;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:9:16:14:10:9:16:14:10 chr4 95539267 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.844;QD=64.4104;RBI=0.0183245;REFB=0;REVB=0.015804;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38634e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr4 95561459 . A G 162.34 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00749327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.775;QD=14.7584;RBI=0.0237205;REFB=-0.0128911;REVB=0.0225059;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288615;STB=0.664855;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0272898;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:19:7:10:8:19:7 chr4 95578588 . G A 1914.49 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.606;QD=61.7576;RBI=0.0162606;REFB=0;REVB=0.00943138;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02931e-06;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:57:66:0:0:58:66:0:0 chr4 95587587 . T C 453.19 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00023247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.209;QD=16.331;RBI=0.0502019;REFB=0.00149899;REVB=-0.0502013;RO=61;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227406;STB=0.512702;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00142097;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:29:21:27:34:29:21:27:34 chr4 95588075 . G A 410.21 PASS AF=0.423423;AO=45;DP=109;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0033952;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.579;QD=14.7822;RBI=0.00737676;REFB=-0.0194942;REVB=-0.00654898;RO=63;SAF=24;SAR=21;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731113;STB=0.535948;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0264244;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:63:64:45:47:0.423423:21:24:38:25:22:25:38:26 chr4 96075965 . C T 450.85 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00288299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.865;QD=19.3914;RBI=0.0236487;REFB=-0.0141727;REVB=0.0234723;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585972;STB=0.526556;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.015576;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:22:22:21:27:23:22:21:27 chr4 96106322 . A G 1541.62 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150925;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.889;QD=59.8687;RBI=0.02036;REFB=0;REVB=0.0203039;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367938;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr4 96169733 . G T 325.75 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00485507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.366;QD=20.0464;RBI=0.0486414;REFB=-0.0186774;REVB=-0.0483985;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114389;STB=0.506348;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.016269;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:16:15:16:18:16:15 chr4 96256616 . A G 1069.43 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231822;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1264;QD=58.5988;RBI=0.0289913;REFB=-0.101574;REVB=0.0174092;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00231161;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:32:40:1:0:32:40:1:0 chr4 96256673 . G A 1127.8 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00886111;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.102;QD=59.358;RBI=0.0364021;REFB=-0.010612;REVB=-0.0353071;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=5.04352e-05;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr4 97270063 . C A 727.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.641;QD=60.6587;RBI=0.0470934;REFB=0;REVB=0.0372321;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105052;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:24:21:0:0:24:24:0:0 chr4 98902409 . C T 369.65 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0289746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.795;QD=22.4027;RBI=0.0392322;REFB=0.013374;REVB=-0.0264507;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117861;STB=0.565002;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0217911;OID=.;OPOS=98902409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:15:22:13:16:15:22:13:16 chr4 99218108 . G GA 214.69 PASS AF=0.5;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00372007;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=183.207;QD=14.3128;RBI=0.0134339;REFB=-0.0077208;REVB=0.0129086;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614561;STB=0.533311;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.00930784;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:28:60:30:60:30:15:15:17:13:99:30:14:14:17:13 chr4 99363485 . G A 548.14 PASS AF=0.464;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.027479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.561;QD=17.5405;RBI=0.0298239;REFB=0.00100356;REVB=0.0115918;RO=65;SAF=31;SAR=27;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693936;STB=0.530489;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00134333;OID=.;OPOS=99363485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:65:67:58:58:0.464:27:31:30:35:27:31:32:35 chr4 99802070 . A C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0187236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.613;QD=11.257;RBI=0.0247882;REFB=-0.00424828;REVB=0.0162444;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00817377;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:7:5:6:2:7:5 chr4 99850126 . A G 346.13 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0150921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.115;QD=20.0655;RBI=0.0467538;REFB=-0.0244267;REVB=0.044251;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14669;STB=0.604142;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0212768;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:33:36:36:0.521739:14:22:12:16:14:22:13:20 chr4 99926965 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00216768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.102;QD=19.1341;RBI=0.014388;REFB=-0.0131226;REVB=-0.0142238;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00971006;OID=.;OPOS=99926965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr4 99952710 . A G 485.78 PASS AF=0.435484;AO=52;DP=123;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00594092;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.81;QD=15.6703;RBI=0.00624114;REFB=-0.00338471;REVB=0.00191238;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269352;STB=0.52095;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00385531;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:69:70:52:54:0.435484:25:27:34:35:25:29:35:35 chr4 100045574 . T C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.128;QD=54.4784;RBI=0.0469969;REFB=0.0469419;REVB=-0.010719;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00137496;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr4 100045616 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.178;QD=58.5874;RBI=0.020689;REFB=0;REVB=0.0206316;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020869;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr4 100045647 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.986;QD=51.9163;RBI=0.0114886;REFB=0;REVB=-0.00339016;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44433e-05;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr4 100048414 . T C 962.82 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985582;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.42;QD=59.2505;RBI=0.0487978;REFB=0;REVB=0.0477921;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279891;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr4 100048472 . G A 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00080316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.243;QD=16.5024;RBI=0.0139628;REFB=-0.00901398;REVB=-0.0139397;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180918;STB=0.510196;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.019501;OID=.;OPOS=100048472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:11:19:16:10:11:19 chr4 100052733 . C A 852.2 PASS AF=0.984127;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00262957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.34;QD=54.1078;RBI=0.0291429;REFB=-0.0474298;REVB=0.029024;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000737926;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:1:1:57:62:0.984127:22:35:1:0:27:35:1:0 chr4 100062819 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.811;QD=61.3364;RBI=0.047947;REFB=0;REVB=0.0338306;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204231;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr4 100064247 . G T 328.26 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0267618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2583;QD=14.272;RBI=0.0580471;REFB=-0.00776385;REVB=-0.0515099;RO=54;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100379;STB=0.507894;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0103479;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:54:55:36:37:0.402174:15:21:31:23:15:22:32:23 chr4 100064305 . C G 1564.53 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141059;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.44;QD=59.0388;RBI=0.0147376;REFB=-0.0511023;REVB=0.00426845;RO=1;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106617;STB=0.505617;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000591212;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:103:105:0.990566:44:59:0:1:44:61:0:1 chr4 100140306 . A T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.735;QD=64.4105;RBI=0.0129663;REFB=0;REVB=0.0101618;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128387;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr4 100235053 . A G 612.08 PASS AF=0.418182;AO=67;DP=163;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0197131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5408;QD=14.8382;RBI=0.0217463;REFB=-0.0137691;REVB=0.00918138;RO=96;SAF=36;SAR=31;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392296;STB=0.521121;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0190445;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:96:96:67:69:0.418182:31:36:48:48:32:37:48:48 chr4 100239319 . T C 1759.9 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244536;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9693;QD=60.6862;RBI=0.0422943;REFB=0;REVB=0.0345084;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643116;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:115:116:1:59:56:0:0:59:57:0:0 chr4 100266133 . T C 2317.53 PASS AF=0.99359;AO=151;DP=152;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320948;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.941;QD=59.4237;RBI=0.0359866;REFB=-0.0646241;REVB=0.0162775;RO=0;SAF=65;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77232e-08;STB=0.503597;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00051794;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:156:0:1:151:155:0.99359:86:65:0:0:86:69:1:0 chr4 100268190 . A C 2419.75 PASS AF=0.981818;AO=160;DP=163;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0447197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2451;QD=58.6605;RBI=0.0456641;REFB=-0.0296165;REVB=0.00923877;RO=3;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202337;STB=0.510637;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000929764;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:165:3:3:160:162:0.981818:69:91:0:3:69:93:0:3 chr4 100443720 . G A 1167.49 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1066;QD=60.6488;RBI=0.0603066;REFB=0;REVB=-0.058994;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039859;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr4 100443782 . T C 1061.19 PASS AF=1;AO=56;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.14;QD=59.7856;RBI=0.047445;REFB=0;REVB=0.0278761;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182804;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:56:71:1:28:28:0:0:33:38:0:0 chr4 100443784 . C G 936.48 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0401608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.222;QD=52.0269;RBI=0.0454189;REFB=-0.0932018;REVB=0.0212129;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.510662;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000721277;OID=.;OPOS=100443784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:1:5:67:67:0.930556:30:37:0:1:30:37:2:3 chr4 100443800 . G A 1080.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5173;QD=60.021;RBI=0.0270636;REFB=0;REVB=-0.0237155;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338748;OID=.;OPOS=100443800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr4 100457117 . A ACAGT 764.7 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00397861;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=304.534;QD=54.6214;RBI=0.0294493;REFB=0.0514507;REVB=0.0291793;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012566;STB=0.506327;STBP=0.626;TYPE=ins;VARB=1.65327e-05;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982143:53:56:55:56:1:39:16:1:0:4:1:37:16:1:0 chr4 100485255 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.898;QD=46.848;RBI=0.0462595;REFB=0;REVB=0.0460967;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167051;OID=.;OPOS=100485255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr4 100504664 . T C 1369.29 PASS AF=1;AO=74;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8922;QD=62.2406;RBI=0.0393955;REFB=0;REVB=0.031849;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282561;OID=.;OPOS=100504664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:74:88:1:50:24:0:0:52:36:0:0 chr4 100784980 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0167749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.608;QD=13.4055;RBI=0.0224051;REFB=-0.0075483;REVB=-0.0148523;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133657;STB=0.576855;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0183034;OID=.;OPOS=100784980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:18:16:8:15:18:16 chr4 100805207 . C A 424.52 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0164229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.359;QD=17.8743;RBI=0.0189378;REFB=-0.00394627;REVB=-0.00943021;RO=51;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104266;STB=0.554776;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00372333;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:51:51:42:44:0.463158:25:17:26:25:26:18:26:25 chr4 101368661 . A G 181.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00221339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.023;QD=16.4739;RBI=0.0466786;REFB=-0.0163034;REVB=-0.0466261;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275086;STB=0.659639;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0362791;OID=.;OPOS=101368661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:14:11:4:15:14:11 chr4 101401161 . TAAC T 422.7 PASS AF=0.405714;AO=70;DP=172;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0210728;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=3;MLLD=241.306;QD=9.66163;RBI=0.0213905;REFB=-0.00242149;REVB=0.0036731;RO=97;SAF=36;SAR=34;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415275;STB=0.512561;STBP=0.771;TYPE=del;VARB=0.00382077;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405714:70:172:71:175:104:37:34:52:52:99:97:36:34:46:51 chr4 102251501 . T C 2248.99 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432298;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5729;QD=62.472;RBI=0.0951442;REFB=-0.076985;REVB=0.0847561;RO=0;SAF=77;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2093e-08;STB=0.503225;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000455009;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:142:143:0.993056:65:77:0:0:66:77:1:0 chr4 102965043 . T C 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.94;QD=60.5381;RBI=0.0179575;REFB=0;REVB=0.0167189;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68154e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr4 103225513 . T C 627.55 PASS AF=0.594059;AO=59;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0141285;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0175;QD=24.8533;RBI=0.0164233;REFB=-0.0217565;REVB=-0.00837315;RO=41;SAF=35;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117152;STB=0.566243;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0180213;OID=.;OPOS=103225513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:59:60:0.594059:24:35:18:23:24:36:18:23 chr4 103228734 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000786398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.944;QD=15.568;RBI=0.0465006;REFB=-0.0103037;REVB=0.0464939;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364209;STB=0.520598;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0114593;OID=.;OPOS=103228734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:15:20:17:11:15:20 chr4 103514658 . T C 839.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606976;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.567;QD=57.8971;RBI=0.0113791;REFB=0;REVB=0.00962506;RO=0;SAF=49;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66482e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:8:49:0:0:8:50:0:0 chr4 103611845 . C T 342.85 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0278817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1179;QD=16.1341;RBI=0.0407907;REFB=-0.0102406;REVB=-0.029774;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116949;STB=0.56588;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0153713;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:15:22:23:25:15:22:23:25 chr4 103866480 . G A 248.74 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00390907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.835;QD=19.5093;RBI=0.00768133;REFB=-0.00846108;REVB=0.00661226;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106646;STB=0.548982;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0099462;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:13:12:15:10:13:13:15:10 chr4 103911069 . C A 327.43 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100855;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.717;QD=54.5723;RBI=0.0102605;REFB=0;REVB=-0.00188682;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78732e-05;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr4 106155185 . C G 425.11 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0585169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5007;QD=24.2919;RBI=0.0811456;REFB=-0.017518;REVB=0.0562173;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482404;STB=0.52645;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0109608;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:21:20:16:13:21:20:16:13 chr4 106155751 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0117795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.522;QD=11.5763;RBI=0.0160115;REFB=-0.0159846;REVB=0.0108449;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586769;STB=0.533951;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0321346;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:23:17:11:12:23:17 chr4 106158216 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00324851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.594;QD=24.3902;RBI=0.0188508;REFB=0.00961891;REVB=-0.0185687;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107084;STB=0.559938;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.010751;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:6:8:14:6:6:8 chr4 106159644 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.172;QD=53.2772;RBI=0.0225989;REFB=0;REVB=0.000438587;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74189e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 106160239 . T G 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00861216;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=218.108;QD=4.55128;RBI=0.0208932;REFB=-0.00352219;REVB=-0.0190357;RO=45;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134456;STB=0.590173;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00754502;OID=.;OPOS=106160239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:3:7:27:18:3:7:27:18 chr4 106190862 . T C 304.0 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00317387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.472;QD=19.9341;RBI=0.0338241;REFB=-0.00861987;REVB=0.0336749;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116999;STB=0.513332;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00744246;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:19:13:11:17:19:13:11:18 chr4 106328200 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0113192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.41;QD=21.353;RBI=0.0155327;REFB=-0.00923161;REVB=-0.0106368;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163432;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00581039;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:5:8:3:5:5:8:3:6 chr4 106474096 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.942;QD=61.684;RBI=0.0026491;REFB=0;REVB=0.000813001;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11934e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr4 106861730 . A G 1145.95 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.545;QD=60.3134;RBI=0.033791;REFB=0;REVB=-0.0145769;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16663e-05;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:52:22:0:0:53:23:0:0 chr4 106924931 . G A 1729.2 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1664;QD=60.6736;RBI=0.0476158;REFB=0;REVB=0.0194167;RO=0;SAF=76;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191939;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:37:76:0:0:37:77:0:0 chr4 107133919 . A G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00131113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.623;QD=18.9649;RBI=0.0103009;REFB=-0.0199764;REVB=-0.0102172;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.559632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0279599;OID=.;OPOS=107133919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:13:11:13:9:13:12 chr4 107156462 . C T 986.67 PASS AF=0.47032;AO=103;DP=219;FAO=103;FDP=219;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=0.0116437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.257;QD=18.0214;RBI=0.0175153;REFB=-0.0156104;REVB=-0.0130848;RO=116;SAF=54;SAR=49;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264331;STB=0.514593;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0187827;OID=.;OPOS=107156462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:116:116:103:103:0.47032:49:54:64:52:49:54:64:52 chr4 107168431 . G C 902.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4861;QD=58.2274;RBI=0.0599983;REFB=0;REVB=0.0594515;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658538;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr4 107171637 . TAAATA T,TAAATG 662.85 PASS AF=0.41954,0;AO=71,9;DP=194;FAO=73,0;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=38,0;FSAR=35,0;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0114257,-0.0255177;FXX=0.0439536;HRUN=3,4;LEN=5,1;MLLD=196.459,160.273;QD=15.238;RBI=0.0171751,0.0274674;REFB=-0.00724426,-0.00318662;REVB=0.0128233,-0.0101638;RO=96;SAF=37,0;SAR=34,9;SRF=50;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000302168,-0.606017;STB=0.502445,0.5;STBP=0.976,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0107079,0;OID=.,.;OPOS=107171638,107171642;OREF=AAATA,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41954,0:71,9:194:73,0:174:101:38,0:35,0:53:48:99:96:37,0:34,9:50:46 chr4 107279450 . C T 564.26 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00910879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.336;QD=18.2021;RBI=0.0091647;REFB=0.0014741;REVB=-0.00101072;RO=65;SAF=30;SAR=29;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283669;STB=0.515727;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00218998;OID=.;OPOS=107279450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:29:30:35:30:29:30:35:30 chr4 107279482 . T A 536.53 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00601752;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.248;QD=15.7804;RBI=0.00997138;REFB=-0.0150117;REVB=-0.00795097;RO=78;SAF=32;SAR=26;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268961;STB=0.515069;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0188424;OID=.;OPOS=107279482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:78:78:58:58:0.426471:26:32:41:37:26:32:41:37 chr4 107288334 . A T 629.32 PASS AF=0.410405;AO=71;DP=172;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0408818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.778;QD=14.5508;RBI=0.0409081;REFB=-0.0188337;REVB=-0.00146447;RO=101;SAF=44;SAR=27;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102413;STB=0.554979;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0248265;OID=.;OPOS=107288334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:101:102:71:71:0.410405:27:44:53:48:27:44:54:48 chr4 107845794 . C T 444.74 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0213691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6015;QD=16.4717;RBI=0.0307301;REFB=-0.024564;REVB=-0.022084;RO=59;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582318;STB=0.532547;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0213224;OID=.;OPOS=107845794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:18:31:34:25:18:31:34:25 chr4 108641300 . T C 1140.24 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00378258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.433;QD=56.3082;RBI=0.0343043;REFB=-0.0953048;REVB=-0.0340951;RO=2;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219482;STB=0.504322;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00184308;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:81:2:3:77:78:0.962963:35:42:1:1:35:43:2:1 chr4 108641317 . G A 364.2 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0479161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8869;QD=18.9194;RBI=0.0521268;REFB=-0.0352516;REVB=0.0205243;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179787;STB=0.584477;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0442031;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:38:39:37:38:0.493506:21:16:24:14:21:17:24:15 chr4 108931039 . T C 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.863;QD=60.1943;RBI=0.0884573;REFB=0;REVB=-0.00360559;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081718;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr4 108969338 . C A,CA 30.66 PASS AF=0.0120482,0.156627;AO=4,16;DP=89;FAO=1,13;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=0,8;FSAR=1,5;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0112331,-0.0297139;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=190.104,12.507;QD=1.47752;RBI=0.011239,0.0301189;REFB=-0.00247512,-0.120908;REVB=-0.000362448,0.00492277;RO=68;SAF=3,11;SAR=1,5;SRF=18;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.446934,0.49691;STB=0.986906,0.724381;STBP=0.557,0.096;TYPE=snp,ins;VARB=0.0553453,0.192853;OID=.,.;OPOS=108969338,108969339;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:89:83:68:69:4,16:1,13:0.0120482,0.156627:1,5:3,11:18:50:1,5:0,8:23:46 chr4 108969883 . G A 651.5 PASS AF=0.47482;AO=65;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0315382;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2186;QD=18.7482;RBI=0.0324884;REFB=-0.0155177;REVB=0.00779988;RO=71;SAF=34;SAR=31;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107778;STB=0.554573;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0169575;OID=.;OPOS=108969883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:73:65:66:0.47482:31:34:29:42:32:34:30:43 chr4 109674116 . A G 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0109137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.867;QD=18.5415;RBI=0.0180641;REFB=-0.015779;REVB=0.0143945;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705493;STB=0.539392;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.015738;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:13:21:19:16:13:21:19:16 chr4 109735133 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0207386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.159;QD=18.4831;RBI=0.0228989;REFB=-0.0192226;REVB=-0.00970926;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223922;STB=0.626813;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0325381;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:7:14:8:11:7:14 chr4 109745336 . T G 260.32 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00145696;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.685;QD=23.6653;RBI=0.010166;REFB=-0.00220627;REVB=-0.010061;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235124;STB=0.630493;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00277714;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:11:13:5:15:11:13:5:15 chr4 109769899 . C T 259.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0267402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3396;QD=11.9324;RBI=0.0515631;REFB=-0.00436531;REVB=0.0440876;RO=56;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223737;STB=0.629129;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00653581;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:11:20:25:31:11:20:25:31 chr4 109969337 . G T 234.97 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0154698;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.151;QD=13.6214;RBI=0.0158305;REFB=-0.00350427;REVB=-0.00335972;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206357;STB=0.529759;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00429823;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:27:28:0.405797:12:15:23:17:13:15:24:17 chr4 110442602 . A G 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00787678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.195;QD=16.0328;RBI=0.0274918;REFB=-0.0163032;REVB=0.0263392;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146258;STB=0.508395;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0160293;OID=.;OPOS=110442602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:13:15:11:9:13:15 chr4 110581363 . T A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.856;QD=57.3911;RBI=0.0867964;REFB=-0.0470863;REVB=-0.0860232;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00029686;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr4 110661937 . G A 464.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.617;QD=58.1105;RBI=0.0462618;REFB=0;REVB=0.0121865;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012605;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr4 110667590 . C T 530.26 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00691996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.921;QD=25.2505;RBI=0.0072437;REFB=-0.0252162;REVB=-0.00214133;RO=35;SAF=16;SAR=33;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130596;STB=0.571623;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0220536;OID=.;OPOS=110667590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:33:16:17:18:33:16:17:18 chr4 110678925 . T C 914.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4145;QD=58.0354;RBI=0.124278;REFB=0;REVB=-0.0227523;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599215;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:42:20:0:0:42:21:0:0 chr4 110737389 . T C 768.43 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497551;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.564;QD=64.036;RBI=0.0545638;REFB=0;REVB=-0.0223971;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99767e-05;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr4 110757224 . G A 440.62 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00231948;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.562;QD=12.7715;RBI=0.0122896;REFB=-0.00129172;REVB=-0.0120687;RO=84;SAF=24;SAR=27;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123053;STB=0.558176;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000427181;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:84:87:51:51:0.369565:27:24:49:35:27:24:49:38 chr4 110757287 . G A 401.59 PASS AF=0.394958;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0247118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.05;QD=13.4988;RBI=0.033163;REFB=-0.0103446;REVB=-0.0221159;RO=72;SAF=20;SAR=26;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202526;STB=0.60653;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0184546;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:72:72:46:47:0.394958:26:20:45:27:26:21:45:27 chr4 110773067 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00124771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.995;QD=15.8822;RBI=0.00786609;REFB=-0.0276584;REVB=0.0077665;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0157098;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr4 110790911 . A T 551.82 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.000621621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.521;QD=16.4722;RBI=0.00232724;REFB=-0.0185053;REVB=0.00224269;RO=75;SAF=26;SAR=33;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132526;STB=0.57396;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0193058;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:33:26:43:32:33:26:43:32 chr4 110791361 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00807493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.13;QD=12.9746;RBI=0.0172369;REFB=-0.0341916;REVB=-0.0152284;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.624812;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0292687;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:4:14:7:5:4:14 chr4 110791413 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0157653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.297;QD=15.7819;RBI=0.0269569;REFB=-0.00144667;REVB=-0.0218662;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00181294;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:8:9:8:6:8:9 chr4 110791543 . C T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00302222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.344;QD=15.1036;RBI=0.0164395;REFB=0.00471399;REVB=-0.0161594;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232301;STB=0.505879;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00654282;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:15:18:25:19:15:18:25:20 chr4 110901198 . G A 612.38 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00155723;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.05;QD=19.9147;RBI=0.00843097;REFB=-0.0198795;REVB=-0.00828591;RO=62;SAF=18;SAR=44;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116906;STB=0.567804;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0185803;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:61:62:62:0.504065:44:18:25:37:44:18:25:36 chr4 110914427 . A T 1306.28 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212394;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8049;QD=62.2037;RBI=0.0359135;REFB=0;REVB=-0.0289597;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8497e-05;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:28:56:0:0:28:56:0:0 chr4 110971030 . G T 400.48 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0103258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0396;QD=16.5148;RBI=0.0459164;REFB=-0.00556363;REVB=-0.0447403;RO=53;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107828;STB=0.559659;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00497951;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:55:42:42:0.43299:22:20:31:22:22:20:32:23 chr4 111398208 . A G 755.99 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114792;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.417;QD=57.0557;RBI=0.0208486;REFB=0;REVB=0.0174038;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148817;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr4 111409705 . T C 436.88 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00563148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.135;QD=18.7904;RBI=0.0146846;REFB=-0.0388773;REVB=-0.0135618;RO=49;SAF=29;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18591;STB=0.603811;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0317151;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:15:29:23:26:15:29:23:26 chr4 111542124 . G A 845.18 PASS AF=0.531646;AO=84;DP=157;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00615241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.125;QD=21.397;RBI=0.0105439;REFB=-0.0144714;REVB=0.00856287;RO=71;SAF=43;SAR=41;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432074;STB=0.519766;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0100837;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:71:74:84:84:0.531646:41:43:40:31:41:43:41:33 chr4 112252643 . G T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0286693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8889;QD=22.831;RBI=0.045744;REFB=-0.036825;REVB=-0.0356452;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164712;STB=0.592472;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0244147;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:3:7:7:8:3:7 chr4 113178893 . AATTTGT A,AA 707.01 PASS AF=0,1;AO=8,46;DP=58;FAO=0,56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147932,0.0162699;FXX=0.0344768;HRUN=2,3;LEN=6,5;MLLD=232.15,256.294;QD=50.5004;RBI=0.0548197,0.0650011;REFB=0,0;REVB=0.052786,0.0629319;RO=0;SAF=0,27;SAR=8,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,9.44953e-05;OID=.,.;OPOS=113178894,113178895;OREF=ATTTGT,TTTGT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,46:58:0,56:56:0:0,27:0,29:0:0:12:0:0,27:8,19:0:0 chr4 113178894 . ATTTGT A 50.0 PASS AO=46;DP=73;LEN=5;RO=27;SAF=28;SAR=22;SRF=8;SRR=15;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:73:27:46:22:28:8:15 chr4 113195245 . T TA 147.64 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00883896;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1347;QD=11.3566;RBI=0.0216905;REFB=0.0137657;REVB=0.0198079;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177777;STB=0.620985;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=-0.0146005;OID=.;OPOS=113195246;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:23:54:23:52:29:13:10:10:19:99:31:13:10:12:19 chr4 113198805 . G C 655.19 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104821;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.091;QD=62.3989;RBI=0.0105881;REFB=0;REVB=0.00149433;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134285;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr4 113198889 . AC TT 246.45 PASS AF=0.5;AO=21;DP=46;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.110146;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.907;QD=19.7158;RBI=0.177691;REFB=-0.128441;REVB=0.139435;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347428;STB=0.520048;STBP=0.825;TYPE=mnp;VARB=0.0908962;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:25:25:21:25:0.5:11:10:11:14:13:12:11:14 chr4 113199075 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4649;QD=58.5988;RBI=0.0365929;REFB=0;REVB=0.0365642;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226563;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr4 113344925 . C T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.192;QD=54.6352;RBI=0.0124331;REFB=-0.072865;REVB=-0.00181274;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000127403;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:50:51:0.980769:19:31:0:0:20:31:1:0 chr4 113352397 . G A 820.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990224;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.554;QD=57.5716;RBI=0.00998985;REFB=0;REVB=-0.00132017;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04563e-05;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr4 113352628 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.585;QD=51.9166;RBI=0.00999782;REFB=0;REVB=0.00504534;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94872e-05;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 113352899 . G A 1412.82 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.952;QD=60.12;RBI=0.0173929;REFB=-0.0630319;REVB=-0.00382752;RO=2;SAF=35;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496059;STB=0.502424;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000328935;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:2:2:91:92:0.978723:56:35:1:1:56:36:1:1 chr4 113353285 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.696;QD=57.6788;RBI=0.0306602;REFB=0;REVB=-0.0292778;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101783;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr4 113359703 . A G 1231.56 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193843;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.173;QD=61.5782;RBI=0.0308608;REFB=0;REVB=0.0240133;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119298;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr4 113360925 . G A 660.69 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000498029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.485;QD=22.7823;RBI=0.00627206;REFB=0.000172407;REVB=-0.00625226;RO=48;SAF=20;SAR=45;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146496;STB=0.58778;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000304559;OID=.;OPOS=113360925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:48:51:65:65:0.560345:45:20:23:25:45:20:25:26 chr4 113362316 . A G 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00101009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.489;QD=18.7627;RBI=0.00142246;REFB=0.00158487;REVB=-0.00100155;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144314;STB=0.580448;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00152502;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:15:23:18:22:15:23:18:22 chr4 113362622 . C G 1282.81 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9325;QD=61.0861;RBI=0.0172088;REFB=0;REVB=0.0143985;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172725;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:36:48:0:0 chr4 113436044 . T G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.501;QD=50.4033;RBI=0.00184934;REFB=0;REVB=0.000957837;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85211e-05;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 113539969 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00493743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.425;QD=16.9314;RBI=0.0249101;REFB=-0.0183052;REVB=0.0244158;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432925;STB=0.749583;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0291879;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:9:3:9:3:9:3 chr4 113549989 . G A 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000611528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.782;QD=30.1499;RBI=0.00391404;REFB=-0.0130873;REVB=-0.00386597;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109935;STB=0.56072;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00566526;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:8:11:3:5:8:11:3:5 chr4 114309839 . C T 995.56 PASS AF=0.495146;AO=102;DP=206;FAO=102;FDP=206;FR=.;FRO=104;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00329649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.144;QD=19.3312;RBI=0.00857518;REFB=-0.00874691;REVB=-0.00791624;RO=104;SAF=60;SAR=42;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822147;STB=0.545235;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00995799;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:104:104:102:102:0.495146:42:60:52:52:42:60:52:52 chr4 114341210 . T C 728.81 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.921;QD=57.1614;RBI=0.0251604;REFB=0;REVB=-0.000792547;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38027e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:43:51:1:17:26:0:0:17:34:0:0 chr4 114341631 . T C 480.3 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.105;QD=56.506;RBI=0.054277;REFB=0;REVB=-0.00841127;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038113;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:1:0:32:34:1:17:15:1:0:18:16:0:0 chr4 114429407 . C T 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0157445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.293;QD=17.5843;RBI=0.0165744;REFB=0.00221412;REVB=0.00517894;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114534;STB=0.565158;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00292575;OID=.;OPOS=114429407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:16:12:12:10:16:12 chr4 114822485 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000447765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.141;QD=62.9829;RBI=0.0135518;REFB=0;REVB=-0.0135444;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39324e-05;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 115544714 . A G 851.44 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0748;QD=57.725;RBI=0.0285004;REFB=0;REVB=-0.0094641;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27838e-05;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:18:40:0:0:19:40:0:0 chr4 115544777 . A G 344.69 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0345046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0408;QD=19.1492;RBI=0.0345441;REFB=-0.018846;REVB=-0.00165065;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501957;STB=0.527935;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0185806;OID=.;OPOS=115544777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:18:18:16:20:18:18 chr4 115589302 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7542;QD=61.8523;RBI=0.0120422;REFB=0;REVB=0.0079968;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13569e-06;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr4 117760488 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0255547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.378;QD=20.3971;RBI=0.0263307;REFB=0.00102641;REVB=0.00634545;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331252;STB=0.518383;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.000849169;OID=.;OPOS=117760488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:12:15:16:15:12:15 chr4 119237348 . T C 358.25 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00986657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.172;QD=17.0597;RBI=0.0112593;REFB=-0.00306838;REVB=-0.00542423;RO=46;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424605;STB=0.523797;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0038178;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:19:19:25:21:19:19:25:21 chr4 119435061 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.092;QD=45.8066;RBI=0.0322483;REFB=0;REVB=-0.0204778;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8876e-05;OID=.;OPOS=119435061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr4 119944611 . G T 272.62 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0527489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.062;QD=14.938;RBI=0.0888001;REFB=-0.00241863;REVB=-0.0714354;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12336;STB=0.569577;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00143413;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:14:28:17:14:14:28 chr4 119947961 . AAAG A 211.05 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00720515;FXX=0.0563301;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.958;QD=12.5998;RBI=0.00908835;REFB=-0.00144435;REVB=-0.00553931;RO=35;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118171;STB=0.555398;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.00199704;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612:31:72:32:67:35:23:9:22:13:99:35:22:9:21:14 chr4 119947985 . G C 327.91 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.040589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0691;QD=20.4941;RBI=0.0412812;REFB=0.0146003;REVB=-0.0075278;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333037;STB=0.523795;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0112731;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:33:34:0.53125:12:21:18:12:12:22:18:12 chr4 119951647 . A G 223.87 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0433771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6233;QD=20.8253;RBI=0.091786;REFB=-0.0347269;REVB=0.0808894;RO=21;SAF=20;SAR=1;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305337;STB=0.568113;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0358724;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:1:20:18:3:2:20:18:3 chr4 120158580 . C A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00726372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.731;QD=13.4057;RBI=0.0137251;REFB=-0.00348598;REVB=0.0116455;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560058;STB=0.532054;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0052472;OID=.;OPOS=120158580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:13:21:13:10:13:21 chr4 120158685 . T G 101.8 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0028748;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.157;QD=14.5432;RBI=0.00408193;REFB=-0.00365203;REVB=0.00289789;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113103;STB=0.512175;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00558052;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:17:16:12:12:0.428571:7:5:9:8:7:5:7:9 chr4 120214030 . T G 233.43 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0234431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1145;QD=15.3067;RBI=0.0265635;REFB=0.0195707;REVB=0.0124916;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245386;STB=0.649409;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0250237;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:20:7:16:17:20:7:17:17 chr4 120215314 . A G 534.32 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00436502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.54;QD=17.236;RBI=0.00729066;REFB=-0.00155428;REVB=-0.00583955;RO=65;SAF=36;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108021;STB=0.569395;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00166308;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:67:57:57:0.459677:21:36:34:31:21:36:34:33 chr4 120239831 . A G 177.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0455848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.423;QD=15.448;RBI=0.0456446;REFB=-0.0162877;REVB=0.00233573;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935823;STB=0.553644;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0345835;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:8:11:18:9:8:11:18:9 chr4 120239878 . G A 253.85 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0237148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.085;QD=15.3848;RBI=0.023746;REFB=-0.011994;REVB=0.0012173;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333549;STB=0.520593;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0117358;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:37:28:29:0.439394:11:17:23:13:12:17:23:14 chr4 120240238 . T C 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0227005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1681;QD=20.2736;RBI=0.0261331;REFB=-0.0264728;REVB=-0.0129471;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387428;STB=0.716638;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0344144;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:8:15:5:19:8:15:5:19 chr4 120241849 . A G 296.67 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0104303;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.809;QD=22.821;RBI=0.0106103;REFB=-0.0181848;REVB=-0.00194611;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155908;STB=0.581341;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00896004;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:29:30:0.576923:12:17:8:13:12:18:9:13 chr4 120241902 . T C 371.52 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0175831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.072;QD=20.0822;RBI=0.0183895;REFB=0.00230791;REVB=0.00538582;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474267;STB=0.526302;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0028489;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:18:20:17:19:18:20:17:19 chr4 120325594 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0545807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1903;QD=11.1042;RBI=0.0546716;REFB=0.0173911;REVB=-0.00315271;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487741;STB=0.777266;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0260371;OID=.;OPOS=120325594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:0:10:4:3:0:10 chr4 120528064 . A C 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0164002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.544;QD=19.2765;RBI=0.0233396;REFB=-0.019177;REVB=-0.0166063;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14546;STB=0.580938;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.022987;OID=.;OPOS=120528064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:14:20:14:19:14:20:14:19 chr4 120528327 . G A 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00334557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.794;QD=25.1486;RBI=0.0095301;REFB=-0.0111288;REVB=-0.00892356;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415133;STB=0.52306;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00445492;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:9:18:13:8:9:18:13:8 chr4 121706201 . A G 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0059859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.906;QD=15.8995;RBI=0.00726506;REFB=0.000907974;REVB=0.00411704;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112812;STB=0.563522;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.001239;OID=.;OPOS=121706201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:17:20:21:28:17:20:21:28 chr4 121738049 . T C 197.64 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0252724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5669;QD=18.823;RBI=0.0256922;REFB=-0.0132398;REVB=-0.00462535;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046355;STB=0.526289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00808553;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:11:11:11:9:11:11 chr4 121957051 . C T 809.3 PASS AF=0.368821;AO=97;DP=264;FAO=97;FDP=263;FR=.;FRO=166;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=81;FSRR=85;FWDB=-0.0275858;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.775;QD=12.3087;RBI=0.0476191;REFB=-0.0211069;REVB=-0.0388149;RO=166;SAF=54;SAR=43;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768976;STB=0.543515;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.031686;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:166:166:97:97:0.368821:43:54:81:85:43:54:81:85 chr4 121957734 . T C 544.88 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0153278;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.548;QD=22.7032;RBI=0.0236049;REFB=-0.00161432;REVB=0.0179513;RO=46;SAF=32;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107532;STB=0.546057;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00158392;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:45:50:51:0.53125:18:32:24:22:19:32:24:21 chr4 121958091 . T G 257.31 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0020061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.885;QD=13.7229;RBI=0.0146627;REFB=-0.0161727;REVB=0.0145248;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584661;STB=0.527454;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0199958;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:12:18:24:20:12:18:25:20 chr4 121958187 . A G 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0193774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.634;QD=19.2108;RBI=0.0194903;REFB=-0.000929058;REVB=-0.00209409;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125255;STB=0.569544;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000919626;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:20:19:25:15:20:19:25:15 chr4 121958697 . G A 63.54 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0228045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.972;QD=8.76477;RBI=0.0336496;REFB=0.00842593;REVB=0.0247438;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429415;STB=0.765024;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0115223;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:12:8:7:2:12:8 chr4 121966807 . C T 287.94 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00800914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.896;QD=15.9964;RBI=0.00868043;REFB=-0.0100566;REVB=0.00334718;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568597;STB=0.514916;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0120655;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:31:32:0.444444:12:19:26:13:12:20:26:14 chr4 122137662 . T G 825.41 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477566;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9585;QD=56.9249;RBI=0.0528248;REFB=0;REVB=0.0225779;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747971;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:31:27:0:0 chr4 122250272 . C G 168.06 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0103893;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.311;QD=21.6852;RBI=0.0126772;REFB=0.000323567;REVB=0.00726447;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210286;STB=0.617631;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000783717;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:3:11:9:8:3:11 chr4 122250734 . A G 380.78 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0240718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.8566;QD=14.369;RBI=0.0260217;REFB=-0.0132496;REVB=0.00988316;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170811;STB=0.50943;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0157637;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:60:62:44:44:0.415094:22:22:29:31:22:22:30:32 chr4 122254119 . G A 350.75 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0850416;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0319;QD=14.9255;RBI=0.0879316;REFB=-0.00526207;REVB=-0.0223584;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560371;STB=0.537748;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00870822;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:57:56:38:38:0.404255:18:20:33:24:18:20:33:23 chr4 122257950 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.338;QD=60.2305;RBI=0.0384006;REFB=0;REVB=0.00215644;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298117;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr4 122617718 . G C 219.08 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00703653;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.706;QD=16.8519;RBI=0.0184613;REFB=-0.0229532;REVB=-0.0170677;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.58296;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0322768;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:17:7:12:15:17:7:12:16 chr4 122617745 . G A 279.3 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00533254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.267;QD=18.9356;RBI=0.019352;REFB=-0.0135049;REVB=-0.0186028;RO=28;SAF=7;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268551;STB=0.644755;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0271562;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:23:7:14:14:23:7:14:15 chr4 122683007 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.082;QD=64.1537;RBI=0.0399404;REFB=0;REVB=-0.0372001;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65144e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:38:61:0:0:38:61:0:0 chr4 122687238 . A G 315.48 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=128;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0253271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.104;QD=9.70711;RBI=0.0288311;REFB=-0.0131337;REVB=-0.0137756;RO=82;SAF=22;SAR=19;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426038;STB=0.525168;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0305619;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:82:89:41:41:0.315385:19:22:47:35:19:22:51:38 chr4 122687491 . G C 471.53 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0146012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5892;QD=18.3118;RBI=0.0474883;REFB=-0.015574;REVB=-0.0451879;RO=53;SAF=26;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273022;STB=0.515145;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0153725;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:24:26:26:27:24:26:26:27 chr4 122742217 . T C 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.594;QD=62.3119;RBI=0.0570759;REFB=0;REVB=0.0513114;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243913;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr4 122824052 . C T 1914.95 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.202;QD=61.7727;RBI=0.0230852;REFB=0;REVB=0.0115195;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20767e-06;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:62:62:0:0:62:62:0:0 chr4 122872719 . G A 607.17 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103608;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.177;QD=60.7165;RBI=0.0510033;REFB=0;REVB=0.0499399;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201523;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:10:28:0:0:11:29:0:0 chr4 123008808 . C T 1153.83 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00360697;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.545;QD=59.1706;RBI=0.0256063;REFB=-0.201135;REVB=-0.025351;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000287606;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:76:77:0.987179:31:45:0:0:32:45:1:0 chr4 123145751 . T A 321.31 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00267135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.134;QD=16.4776;RBI=0.0128646;REFB=-0.013017;REVB=-0.0125842;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883729;STB=0.549709;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0123597;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:14:21:22:21:14:21:22:21 chr4 123192383 . T C 300.24 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0169627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.954;QD=16.4513;RBI=0.0172796;REFB=-0.00574072;REVB=0.00329412;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634082;STB=0.535634;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00388586;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:22:18:17:16:22:18 chr4 123229132 . C T 416.18 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00731519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.949;QD=16.1623;RBI=0.00941596;REFB=-0.0051226;REVB=-0.00592861;RO=56;SAF=15;SAR=31;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127313;STB=0.57743;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00566325;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:31:15:25:31:31:15:26:31 chr4 123267860 . T C 581.37 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00656227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9593;QD=25.0051;RBI=0.00881334;REFB=-0.0206273;REVB=-0.00588316;RO=40;SAF=23;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719992;STB=0.539421;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0175973;OID=.;OPOS=123267860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:30:23:21:19:30:23:21:19 chr4 123377482 . C A 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.02204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.39;QD=17.9426;RBI=0.0220405;REFB=0.00536845;REVB=-0.000143128;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124903;STB=0.570207;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00970486;OID=.;OPOS=123377482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:13:16:19:9:13:16 chr4 123536963 . G A 1465.48 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.168;QD=62.3609;RBI=0.024711;REFB=0;REVB=0.0171244;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169342;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:89:94:1:38:51:0:0:39:55:0:0 chr4 123664204 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.851;QD=45.8068;RBI=0.0412279;REFB=0;REVB=0.0398148;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342094;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr4 123664254 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0172529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.333;QD=19.646;RBI=0.0222759;REFB=-0.00998862;REVB=-0.0140909;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00745701;OID=.;OPOS=123664254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:5:3:4:7:5:3 chr4 123664445 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.726;QD=51.9166;RBI=0.0712011;REFB=0;REVB=0.0542565;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129874;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr4 123665428 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0860206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.37;QD=42.1826;RBI=0.0867503;REFB=0;REVB=-0.011228;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196234;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 123665991 . C G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.099;QD=57.5437;RBI=0.0219344;REFB=0;REVB=-0.0140126;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14103e-06;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr4 123747947 . G A 240.86 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00470412;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.072;QD=27.5263;RBI=0.00477447;REFB=-0.0157758;REVB=0.000816574;RO=12;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250848;STB=0.644338;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00837638;OID=.;OPOS=123747947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:13:22:22:0.628571:6:16:12:0:6:16:13:0 chr4 123814308 . C T 581.07 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0100876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7371;QD=22.7871;RBI=0.0160316;REFB=0.0023308;REVB=0.0124601;RO=44;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578163;STB=0.535386;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00152882;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:45:57:57:0.558824:22:35:30:14:22:35:31:14 chr4 123838758 . A G 448.03 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0347826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.245;QD=15.5835;RBI=0.0347879;REFB=-0.0194255;REVB=0.000607185;RO=61;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351675;STB=0.503525;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0222104;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:65:50:50:0.434783:22:28:32:29:22:28:36:29 chr4 123843716 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0253321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.719;QD=11.0202;RBI=0.0257736;REFB=-0.0195384;REVB=-0.00475038;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074933;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0139574;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:1:7:5:1:1:7 chr4 123949556 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00269149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.079;QD=17.3212;RBI=0.00629275;REFB=0.0178826;REVB=-0.00568811;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012959;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr4 124324242 . CCTT C 152.69 PASS AF=0.45283;AO=19;DP=56;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0193763;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=3;MLLD=269.444;QD=11.524;RBI=0.0209058;REFB=-0.0119848;REVB=0.00784931;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274918;STB=0.598003;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.0136731;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45283:19:56:24:53:29:9:15:16:13:99:24:8:11:17:7 chr4 126238924 . A T 469.57 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00636932;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.112;QD=22.906;RBI=0.0125146;REFB=-0.0166777;REVB=0.0107725;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731712;STB=0.540212;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0118222;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:37:45:45:0.54878:24:21:14:23:24:21:14:23 chr4 126239986 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00249767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.399;QD=19.3861;RBI=0.00419266;REFB=-0.00427753;REVB=-0.0033675;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244909;STB=0.638681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0064134;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:8:13:7:13:8:13 chr4 126240510 . T C 370.01 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0291384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4031;QD=19.7336;RBI=0.0291433;REFB=-0.00343451;REVB=-0.000530015;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058947;STB=0.532746;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00393872;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:22:16:18:19:22:16:18:19 chr4 126241871 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0108074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.076;QD=24.1271;RBI=0.0113089;REFB=-0.0152901;REVB=0.00333049;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202648;STB=0.613598;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.016385;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:4:7:6:11:4:7 chr4 126329789 . T C 1499.02 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639664;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.754;QD=59.9607;RBI=0.0279646;REFB=0;REVB=0.0272232;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59601e-06;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr4 126369872 . G C 1320.69 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.146;QD=62.1499;RBI=0.0171908;REFB=0;REVB=-0.00756545;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21838e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr4 126370647 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9002;QD=55.096;RBI=0.0820366;REFB=0;REVB=-0.0819875;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183315;OID=.;OPOS=126370647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr4 126373789 . G A 903.36 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.204;QD=58.2812;RBI=0.018742;REFB=0;REVB=0.00678893;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2188e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:27:32:0:0:27:35:0:0 chr4 126412575 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6852;QD=59.4331;RBI=0.0330279;REFB=0;REVB=0.0195504;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796429;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr4 128565000 . A G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00512524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.316;QD=13.3358;RBI=0.00513713;REFB=-0.00210579;REVB=-0.0003493;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787323;STB=0.546014;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00313328;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:11:13:7:8:11:13 chr4 128584580 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0385463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.134;QD=11.5971;RBI=0.0388445;REFB=-0.000891394;REVB=-0.00480397;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064554;STB=0.538397;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00142969;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:10:11:7:5:10:11 chr4 128689936 . A G 879.23 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.388;QD=57.6547;RBI=0.0328097;REFB=0;REVB=0.00467622;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43235e-05;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:27:34:0:0 chr4 128723042 . T C 1255.54 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6266;QD=59.0844;RBI=0.0678816;REFB=-0.0412219;REVB=0.0611928;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.512497;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00825737;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:44:39:1:0:44:39:2:0 chr4 128807219 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.663;QD=55.6561;RBI=0.0233395;REFB=0;REVB=0.0180119;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94385e-06;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr4 128814964 . G T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0813;QD=62.67;RBI=0.0267114;REFB=0;REVB=0.0248877;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454582;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr4 128842876 . C G 800.6 PASS AF=0.559701;AO=73;DP=132;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00499821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.408;QD=23.8984;RBI=0.0197289;REFB=0.0141125;REVB=-0.0190852;RO=58;SAF=44;SAR=29;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154239;STB=0.579388;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00870474;OID=.;OPOS=128842876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:58:59:73:75:0.559701:29:44:24:34:31:44:24:35 chr4 129012181 . G A 815.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.694;QD=57.234;RBI=0.0198252;REFB=0;REVB=0.00718479;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89011e-05;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:34:23:0:0 chr4 129012638 . A G 1324.95 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366452;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.079;QD=62.3506;RBI=0.0400773;REFB=0;REVB=-0.0162272;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346567;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr4 129029009 . G GA 270.57 PASS AF=0.979167;AO=33;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.212548;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.32464;QD=22.5475;RBI=0.285413;REFB=0.0431243;REVB=-0.190483;RO=10;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123116;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=0.0213937;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979167:33:48:47:48:1:25:22:1:0:3:10:17:16:8:2 chr4 129043204 . C G 820.5 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729252;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.77;QD=57.5788;RBI=0.0748655;REFB=0;REVB=0.0169339;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57326e-05;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr4 129043286 . C T 1135.56 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.683;QD=60.5634;RBI=0.0352235;REFB=0;REVB=0.0303956;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158182;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr4 129043614 . G T 172.96 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.772;QD=46.1232;RBI=0.110266;REFB=0;REVB=0.0242801;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023392;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:5:10:0:0 chr4 129043616 . T TG 170.69 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237169;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.823;QD=45.5165;RBI=0.0622223;REFB=0;REVB=-0.057525;RO=13;SAF=1;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00054517;OID=.;OPOS=129043617;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:15:15:0:11:4:0:0:4:13:1:1:10:3 chr4 129043617 . T G 110.83 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00321407;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=174.143;QD=26.0781;RBI=0.0203048;REFB=-0.13144;REVB=-0.0200488;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405126;STB=0.731268;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00188157;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:2:10:1:4:2:10:1:4 chr4 129100643 . G A 1268.59 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00308612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.554;QD=60.4088;RBI=0.00625864;REFB=0.0127979;REVB=0.00544485;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106431;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=2.51338e-05;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:39:44:1:0:39:44:1:0 chr4 129677239 . T C 363.95 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0668636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.117;QD=23.1078;RBI=0.0710907;REFB=-0.0586934;REVB=0.0241483;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102931;STB=0.519848;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0393639;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:27:36:0.571429:17:10:13:14:17:19:13:14 chr4 129867280 . T A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0077466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.303;QD=20.9021;RBI=0.0157357;REFB=-0.0251966;REVB=0.0136968;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886647;STB=0.548991;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0173508;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:9:19:19:14:9:19 chr4 129913345 . G A 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0301088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7;QD=10.8505;RBI=0.0334208;REFB=-0.00520712;REVB=-0.0145054;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452231;STB=0.526293;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00585246;OID=.;OPOS=129913345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:10:13:26:17:10:13:26:17 chr4 129924977 . C A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00910333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8337;QD=16.9926;RBI=0.00928413;REFB=-0.000453763;REVB=0.00182331;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566566;STB=0.531891;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000324835;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:16:14:11:16:16:14 chr4 130023884 . G T 351.7 PASS AF=0.316901;AO=42;DP=136;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0322173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.224;QD=9.90703;RBI=0.0323894;REFB=-0.0113294;REVB=-0.00333474;RO=94;SAF=14;SAR=28;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372011;STB=0.502658;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0324771;OID=.;OPOS=130023884;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:94:97:42:45:0.316901:28:14:34:60:28:17:37:60 chr4 130030644 . C T 220.8 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00482109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.198;QD=18.0241;RBI=0.0141999;REFB=0.00297045;REVB=0.0133564;RO=26;SAF=18;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297783;STB=0.664855;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00609876;OID=.;OPOS=130030644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:4:18:15:11:4:18:16:11 chr4 130030652 . A G 785.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.277;QD=64.1161;RBI=0.0487887;REFB=0;REVB=0.0321955;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261696;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr4 132641498 . T A 333.7 PASS AF=0.346774;AO=40;DP=118;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00262204;FXX=0.0312476;HRUN=7;LEN=1;MLLD=215.822;QD=10.7644;RBI=0.0241217;REFB=-0.00108683;REVB=0.0239788;RO=78;SAF=25;SAR=15;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271657;STB=0.532562;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00267445;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:78:81:40:43:0.346774:15:25:47:31:15:28:49:32 chr4 133367588 . T C 1120.57 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0407075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5116;QD=58.9771;RBI=0.0451248;REFB=-0.052355;REVB=0.0194717;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00238782;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:31:43:0:0:31:44:1:0 chr4 134082967 . T C 2857.15 PASS AF=0.492228;AO=281;DP=584;FAO=285;FDP=579;FR=.;FRO=294;FSAF=145;FSAR=140;FSRF=156;FSRR=138;FWDB=-0.00972716;FXX=0.0153059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.152;QD=19.7385;RBI=0.0565828;REFB=0.00409281;REVB=0.0557404;RO=278;SAF=143;SAR=138;SRF=150;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279296;STB=0.511097;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00431459;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:584:579:278:294:281:285:0.492228:138:143:150:128:140:145:156:138 chr4 134085027 . TTA T,TTT 96.31 PASS AF=0.263158,0;AO=13,9;DP=70;FAO=15,0;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=37;FSRR=5;FWDB=0.0498121,0.143489;FXX=0.095223;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=27.5694,21.9791;QD=6.75851;RBI=0.0750865,0.151149;REFB=-0.0519041,-0.0107474;REVB=-0.0561848,0.0475059;RO=41;SAF=4,0;SAR=9,9;SRF=35;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.604354,-0.830095;STB=0.848173,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=del,snp;VARB=0.137435,0;OID=.,.;OPOS=134085028,134085029;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0:13,9:70:15,0:57:42:5,0:10,0:37:5:96:41:4,0:9,9:35:6 chr4 134710268 . G A 160.88 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0120567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.18;QD=11.9168;RBI=0.0124392;REFB=-0.0113048;REVB=-0.003061;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932609;STB=0.568198;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0162248;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:10:9:19:15:11:9:19:15 chr4 135121066 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.626;QD=64.1539;RBI=0.0245708;REFB=0;REVB=-0.0131039;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1989e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr4 135121368 . G T 770.11 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000992664;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.765;QD=64.176;RBI=0.032319;REFB=0;REVB=0.0323037;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002502;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr4 135121601 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.043;QD=54.5173;RBI=0.0378215;REFB=0;REVB=0.00745007;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385386;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:5:15:0:0:6:19:0:0 chr4 138449683 . A G 421.38 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.014013;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.092;QD=23.0892;RBI=0.0252124;REFB=-0.0325397;REVB=0.0209595;RO=32;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712912;STB=0.53917;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0342924;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:32:41:41:0.561644:19:22:20:12:19:22:20:12 chr4 138453453 . G A 573.68 PASS AF=0.5;AO=58;DP=117;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-5.70108e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.984;QD=19.4469;RBI=0.0227713;REFB=-0.00775689;REVB=0.0227713;RO=59;SAF=24;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720174;STB=0.534331;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00680808;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:59:59:58:59:0.5:34:24:29:30:34:25:29:30 chr4 139086246 . A G 161.51 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.000545958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.153;QD=10.5907;RBI=0.027645;REFB=-0.00450078;REVB=-0.0276396;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162185;STB=0.626629;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0113819;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:39:40:19:21:0.344262:11:8:22:17:13:8:23:17 chr4 139100372 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.399;QD=57.106;RBI=0.0253254;REFB=0;REVB=0.0159448;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47949e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr4 139140494 . G C 280.75 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0062405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.442;QD=12.0754;RBI=0.00647493;REFB=0.000496201;REVB=0.00172652;RO=60;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323756;STB=0.518653;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.000753163;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:15:18:31:29:15:18:31:29 chr4 140005294 . A G 1415.28 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5131;QD=62.9013;RBI=0.0493745;REFB=0;REVB=-0.0485079;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041803;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr4 140417671 . G C 1102.08 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115306;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.932;QD=60.3882;RBI=0.0160816;REFB=0;REVB=-0.0112099;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91526e-07;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 105.09 PASS AF=0,1;AO=2,3;DP=10;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680019,0.0648149;FXX=0.0908265;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=198.187,218.426;QD=42.0377;RBI=0.0986166,0.100301;REFB=0,0;REVB=0.0714211,0.0765461;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000804871;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,3:10:0,10:10:0:0,5:0,5:0:0:4:0:2,3:0,0:0:0 chr4 140812005 . G A 553.49 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00618343;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.043;QD=20.8864;RBI=0.0109571;REFB=-0.00900252;REVB=0.00904562;RO=50;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618673;STB=0.534048;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0101644;OID=.;OPOS=140812005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:50:50:56:56:0.528302:24:32:25:25:24:32:25:25 chr4 141499166 . G A 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.244;QD=55.2208;RBI=0.0460676;REFB=-0.0880478;REVB=0.0278746;RO=1;SAF=19;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241661;STB=0.512816;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000580752;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:37:19:1:0:37:19:1:0 chr4 141543997 . G A 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0102308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.408;QD=28.3145;RBI=0.0200517;REFB=-0.0315182;REVB=0.0172453;RO=23;SAF=14;SAR=29;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155793;STB=0.508471;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0146496;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:29:14:7:16:29:14:7:16 chr4 141600320 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0234611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0994;QD=8.30735;RBI=0.0293696;REFB=-0.00462745;REVB=0.0176678;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121057;STB=0.574292;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0125719;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:5:13:5:3:5:13 chr4 141974816 . A C 523.15 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.758;QD=59.7888;RBI=0.223817;REFB=0;REVB=0.223617;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684098;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:15:15:0:0:20:15:0:0 chr4 142640637 . A G 312.16 PASS AF=0.447368;AO=27;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00649688;FXX=0.0129853;HRUN=8;LEN=1;MLLD=227.092;QD=16.4296;RBI=0.0192239;REFB=-0.0118412;REVB=-0.0180928;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144761;STB=0.568527;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00903005;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:42:27:34:0.447368:12:15:12:18:16:18:17:25 chr4 142654084 . C A 284.8 PASS AF=0.39759;AO=31;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00722737;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.798;QD=13.7254;RBI=0.0183338;REFB=0.000956565;REVB=-0.0168491;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07522;STB=0.521592;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00115589;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:50:31:33:0.39759:18:13:18:33:20:13:18:32 chr4 143043340 . A G 165.09 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0103453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.199;QD=12.4594;RBI=0.0116639;REFB=-0.00180169;REVB=0.00538721;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198217;STB=0.614414;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00380521;OID=.;OPOS=143043340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:21:12:11:9:21:12 chr4 143094911 . C G 420.16 PASS AF=0.457447;AO=41;DP=96;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0114916;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.978;QD=17.8793;RBI=0.0178467;REFB=-0.0194156;REVB=-0.0136546;RO=50;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189922;STB=0.507096;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0194737;OID=.;OPOS=143094911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:50:51:41:43:0.457447:18:23:29:21:18:25:29:22 chr4 143324094 . G A 138.23 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0650992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9512;QD=7.37204;RBI=0.0652362;REFB=-0.0110993;REVB=-0.00422664;RO=55;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131926;STB=0.580113;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0299833;OID=.;OPOS=143324094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:7:13:30:25:7:13:30:25 chr4 143344932 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0269605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.803;QD=9.89815;RBI=0.0269607;REFB=0.00648276;REVB=9.83397e-05;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100544;STB=0.528261;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00953025;OID=.;OPOS=143344932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:13:14:0.304348:5:8:17:15:6:8:17:15 chr4 144135718 . G A 973.8 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.013916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3405;QD=53.3591;RBI=0.0179011;REFB=-0.0220931;REVB=-0.0112604;RO=4;SAF=36;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225204;STB=0.501193;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0108244;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:4:4:69:69:0.945205:33:36:2:2:33:36:2:2 chr4 144442611 . T C 54.33 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0187213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6953;QD=8.69294;RBI=0.0387783;REFB=0.0165622;REVB=0.0339598;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323425;STB=0.701598;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00846067;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:9:8:6:2:9:8 chr4 144442735 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7304;QD=47.8218;RBI=0.107478;REFB=0;REVB=-0.0158232;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00429165;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr4 144467104 . T C 812.46 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.876;QD=57.0146;RBI=0.0174583;REFB=0;REVB=0.00363482;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56997e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr4 144618610 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=58.9615;RBI=0.0262156;REFB=0;REVB=-0.0167723;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80626e-06;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr4 144794616 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.981;QD=60.2307;RBI=0.0173344;REFB=0;REVB=-0.0142041;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01178e-05;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr4 144799840 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.368;QD=61.3356;RBI=0.00717851;REFB=0;REVB=-0.00432298;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76661e-06;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr4 144801662 . C G,T 1679.7 PASS AF=0.34188,0.649573;AO=40,76;DP=117;FAO=40,76;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=13,41;FSAR=27,35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00598086,-0.0331076;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.093,38.2516;QD=57.4255;RBI=0.0456118,0.0502095;REFB=-0.0663944,0.0604878;REVB=-0.045218,-0.0377476;RO=1;SAF=13,41;SAR=27,35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0347063,-0.0114027;STB=0.518509,0.506023;STBP=0.262,0.491;TYPE=snp,snp;VARB=0.0217107,0.0152311;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:117:117:1:1:40,76:40,76:0.34188,0.649573:27,35:13,41:1:0:27,35:13,41:1:0 chr4 144918712 . C G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5441;QD=58.4174;RBI=0.0363046;REFB=0;REVB=-0.0235774;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13084e-05;OID=.;OPOS=144918712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr4 144922436 . T G 36.45 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0119254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.408;QD=1.58481;RBI=0.0327841;REFB=-0.00222661;REVB=-0.0305382;RO=83;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311943;STB=0.745623;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0534422;OID=.;OPOS=144922436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:83:83:9:9:0.0978261:7:2:40:43:7:2:40:43 chr4 145041686 . A G 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.739;QD=55.9992;RBI=0.0242553;REFB=-0.114937;REVB=-0.0113416;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0184297;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr4 145041741 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.859;QD=57.2025;RBI=0.0460951;REFB=0;REVB=0.00446796;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384525;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr4 146054799 . G C 415.54 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00303062;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5667;QD=19.1052;RBI=0.0121325;REFB=-0.0275707;REVB=-0.0117479;RO=45;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479836;STB=0.526666;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0377478;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:45:42:42:0.482759:17:25:29:16:17:25:29:16 chr4 146057637 . A AAC,C 89.17 PASS AF=0.5,0;AO=9,2;DP=26;FAO=11,0;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0115913,-0.00922649;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=256.234,253.11;QD=16.2133;RBI=0.0468483,0.0441091;REFB=-0.0150437,-0.00480846;REVB=0.0453916,0.0431334;RO=13;SAF=8,2;SAR=1,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325655,0.490041;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0147258,0;OID=.,.;OPOS=146057638,146057637;OREF=-,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:22:13:11:9,2:11,0:0.5,0:1,0:8,2:9:4:2,0:9,0:9:2 chr4 146479247 . C A 41.96 PASS AF=0.233333;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0243783;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.004;QD=5.59514;RBI=0.0244907;REFB=-0.00288015;REVB=0.00234413;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675667;STB=0.523743;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0130298;OID=.;OPOS=146479247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:30:30:25:23:5:7:0.233333:4:1:6:19:5:2:6:17 chr4 147788728 . G A 3264.57 PASS AF=1;AO=159;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945614;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.701;QD=61.8876;RBI=0.00953919;REFB=0;REVB=-0.00125603;RO=0;SAF=77;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03761e-05;OID=.;OPOS=147788728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:211:0:0:159:211:1:82:77:0:0:93:118:0:0 chr4 147824864 . G A 755.78 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266053;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5107;QD=57.0402;RBI=0.0363883;REFB=0;REVB=-0.0248247;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510901;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr4 149000023 . TC T,TT 837.51 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=6,54;DP=60;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254028,0.0248905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.233,218.927;QD=56.7801;RBI=0.0260726,0.0257991;REFB=0,0;REVB=0.00587165,0.00678662;RO=0;SAF=2,28;SAR=4,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0460803,0.00185285;OID=.,.;OPOS=149000024,149000024;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:6,54:60:1,58:59:0:1,29:0,29:0:0:6:0:2,28:4,26:0:0 chr4 149002016 . AT A 206.3 PASS AF=0.967742;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.181058;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.3118;QD=26.6196;RBI=0.18487;REFB=-0.0130441;REVB=-0.0373468;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291362;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.00128713;OID=.;OPOS=149002017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967742:25:31:30:31:1:13:17:1:0:3:3:12:13:1:2 chr4 149356516 . A G 1609.97 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379452;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.13;QD=60.1859;RBI=0.0430279;REFB=0;REVB=-0.020287;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162648;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr4 149357475 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.353;QD=55.6561;RBI=0.0387097;REFB=0;REVB=0.0386118;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347322;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr4 149358014 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.731;QD=45.8068;RBI=0.0197067;REFB=0;REVB=0.0180669;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218756;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr4 150769133 . G A 613.07 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00230051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.075;QD=23.1347;RBI=0.00609033;REFB=0.000674049;REVB=0.00563913;RO=46;SAF=36;SAR=24;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071995;STB=0.503936;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.000453892;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:24:36:28:18:24:36:28:18 chr4 151000419 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00822722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.164;QD=20.0828;RBI=0.0094674;REFB=-0.0073712;REVB=0.0046845;RO=35;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106162;STB=0.553406;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00809998;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:13:25:19:16:13:25:20:16 chr4 151120242 . C T 304.36 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00937495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7399;QD=11.9356;RBI=0.016499;REFB=-0.00334674;REVB=-0.0135767;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113452;STB=0.506097;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00758409;OID=.;OPOS=151120242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:65:37:37:0.362745:18:19:33:30:18:19:34:31 chr4 151177340 . CC TG 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.693;QD=53.2772;RBI=0.0185434;REFB=0;REVB=0.0185434;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.72557e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr4 151199080 . G A 688.83 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00611185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.186;QD=26.7508;RBI=0.0217526;REFB=-0.0017549;REVB=0.0208763;RO=39;SAF=36;SAR=28;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932957;STB=0.550546;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00111992;OID=.;OPOS=151199080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:39:39:64:64:0.621359:28:36:27:12:28:36:27:12 chr4 151207127 . C T 154.15 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0271975;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.661;QD=13.7018;RBI=0.0279414;REFB=0.01325;REVB=-0.00640446;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674743;STB=0.503932;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0215762;OID=.;OPOS=151207127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:15:13:8:9:15:13 chr4 151505322 . T A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.836;QD=62.0207;RBI=0.0920079;REFB=0;REVB=-0.0181897;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069794;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr4 151505505 . A G 315.06 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0112264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.7743;QD=20.0037;RBI=0.0192749;REFB=-0.00924945;REVB=-0.0156681;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191851;STB=0.615313;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0123788;OID=.;OPOS=151505505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:30:33:33:0.52381:22:11:16:13:22:11:17:13 chr4 151719263 . A G 162.45 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0178844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6569;QD=10.8297;RBI=0.0262457;REFB=-0.00701776;REVB=0.019209;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739725;STB=0.54309;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0182031;OID=.;OPOS=151719263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:10:11:23:16:10:11:23:16 chr4 152041502 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.159;QD=60.6093;RBI=0.0129845;REFB=0;REVB=-0.00889971;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67338e-06;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 152070633 . T A 1564.94 PASS AF=0.964286;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00663666;FXX=0.0175423;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.798;QD=55.8909;RBI=0.0157857;REFB=-0.104773;REVB=0.0143228;RO=4;SAF=61;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125642;STB=0.506435;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000287374;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:4:4:107:108:0.964286:46:61:3:1:46:62:3:1 chr4 152201018 . G GCAGGT,T 312.14 PASS AF=0.739726,0.0410959;AO=41,3;DP=73;FAO=54,3;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=36,3;FSAR=18,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0258077,0.00946896;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=5,1;MLLD=114.361,143.882;QD=17.1037;RBI=0.0335167,0.0268977;REFB=-0.0371898,-0.00446799;REVB=0.0213854,-0.0251758;RO=29;SAF=23,3;SAR=18,0;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155304,0.461911;STB=0.526306,0.99581;STBP=0.472,0.107;TYPE=ins,snp;VARB=0.0177781,-0.0625359;OID=.,.;OPOS=152201019,152201018;OREF=-,G;OALT=CAGGT,T;OMAPALT=GCAGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:16:41,3:54,3:0.739726,0.0410959:18,0:23,3:22:7:18,0:36,3:9:7 chr4 152201053 . G A 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00842992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.114;QD=16.9238;RBI=0.00991752;REFB=-0.00319047;REVB=-0.00522434;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746666;STB=0.546372;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00409584;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:24:22:30:24:24:22:31:24 chr4 152212486 . C T 344.19 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0681963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0984;QD=19.1215;RBI=0.0949617;REFB=-0.0381026;REVB=-0.0660832;RO=35;SAF=30;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34;STB=0.701091;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0510943;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:6:30:19:16:6:30:19:17 chr4 152212603 . T G 788.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251979;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0033;QD=57.3326;RBI=0.0686183;REFB=0;REVB=0.0638243;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137543;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr4 152498625 . C T 383.17 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00621585;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.821;QD=17.2212;RBI=0.0100744;REFB=-0.00852728;REVB=0.00792825;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552657;STB=0.503097;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.010452;OID=.;OPOS=152498625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:26:23:19:21:26:23 chr4 152624972 . A G 452.33 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0342489;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2323;QD=14.7099;RBI=0.0351691;REFB=0.00110705;REVB=0.00799263;RO=72;SAF=17;SAR=34;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138205;STB=0.578003;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000944122;OID=.;OPOS=152624972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:34:17:33:39:34:17:33:39 chr4 152682046 . G T 273.58 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000992439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2863;QD=15.1988;RBI=0.00547387;REFB=-0.0286248;REVB=0.00538315;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199356;STB=0.61283;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0353094;OID=.;OPOS=152682046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:41:30:31:0.430556:19:11:22:17:19:12:24:17 chr4 153896358 . C T 868.86 PASS AF=0.424107;AO=95;DP=226;FAO=95;FDP=224;FR=.;FRO=129;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=-0.00771519;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.465;QD=15.5154;RBI=0.00825309;REFB=-0.00488323;REVB=0.00293074;RO=128;SAF=39;SAR=56;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120356;STB=0.509385;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00588458;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:128:129:95:95:0.424107:56:39:54:74:56:39:55:74 chr4 153897770 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0160949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.206;QD=19.6972;RBI=0.0162075;REFB=-0.0123315;REVB=0.00190711;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0107631;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:10:12:11:10:10:12 chr4 153898178 . A G 296.03 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00184355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.325;QD=49.338;RBI=0.00300341;REFB=-0.0552244;REVB=0.00237103;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0262597;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:16:7:0:0:16:7:0:1 chr4 154216710 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00660455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.718;QD=21.1726;RBI=0.0455249;REFB=-0.0196323;REVB=-0.0450433;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0103893;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr4 154388403 . A G 215.32 PASS AF=0.48;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00833686;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2648;QD=17.2254;RBI=0.0088992;REFB=-0.0146944;REVB=-0.00311326;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600311;STB=0.503422;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0230455;OID=.;OPOS=154388403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:22:24:0.48:8:14:15:11:10:14:15:11 chr4 154478222 . C T 847.8 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9441;QD=57.4782;RBI=0.0201532;REFB=0;REVB=-0.0170318;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65255e-05;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr4 154479430 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.836;QD=63.5819;RBI=0.0190315;REFB=0;REVB=-0.0172303;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27403e-05;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr4 154525458 . C T 365.28 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.903;QD=52.1829;RBI=0.0122829;REFB=-0.147803;REVB=0.00390938;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00134825;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr4 154624656 . T C 349.12 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00181097;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.145;QD=19.9498;RBI=0.018315;REFB=-0.00192469;REVB=-0.0182252;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175357;STB=0.59739;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00182657;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:14:22:14:20:14:22:14:20 chr4 154625409 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0142866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.532;QD=15.1602;RBI=0.0275312;REFB=-0.00533587;REVB=0.0235343;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00921221;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:9:13:6:10:9:13 chr4 154626180 . T C 534.07 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.016177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.871;QD=20.944;RBI=0.0164089;REFB=-0.0104007;REVB=-0.00274855;RO=48;SAF=32;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446454;STB=0.524581;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0115198;OID=.;OPOS=154626180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:22:32:26:22:22:32:26:22 chr4 154631543 . A T 888.61 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.572;QD=56.4194;RBI=0.00800017;REFB=-0.0440428;REVB=-0.001249;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000303675;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:32:30:0:0:32:30:1:0 chr4 154702283 . G C 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.417;QD=58.5793;RBI=0.0183725;REFB=0;REVB=-0.0141391;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162414;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr4 154709856 . A C 719.7 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.264;QD=56.4471;RBI=0.0556984;REFB=0;REVB=0.0375087;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051875;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr4 155156207 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.226;QD=64.4146;RBI=0.0225785;REFB=0;REVB=0.00972303;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58224e-05;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr4 155219318 . C T 193.46 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0532514;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.638;QD=21.4953;RBI=0.0568931;REFB=-0.0367139;REVB=-0.0200277;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0307926;OID=.;OPOS=155219318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:11:8:8:8:11:8:8:9 chr4 155219361 . A G 269.53 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00742078;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6081;QD=28.3713;RBI=0.0448965;REFB=0.000676986;REVB=0.044279;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116021;STB=0.552588;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-3.01267e-05;OID=.;OPOS=155219361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:14:24:24:0.631579:12:12:10:5:12:12:9:5 chr4 155219662 . G C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0060032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0651;QD=16.4058;RBI=0.007404;REFB=0.00416251;REVB=0.00433368;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765032;STB=0.504303;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00292657;OID=.;OPOS=155219662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:20:17:14:17:20:17 chr4 155243573 . C T 1259.09 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3904;QD=61.419;RBI=0.0379045;REFB=0;REVB=-0.0223193;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13727e-05;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr4 155243604 . T C 1208.54 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2556;QD=61.192;RBI=0.0188789;REFB=0;REVB=-0.00196821;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30422e-05;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr4 155244401 . TTTTG T 154.5 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00224406;FXX=0.0937207;HRUN=4;LEN=4;MLLD=229.899;QD=21.3107;RBI=0.0152086;REFB=-0.0201054;REVB=-0.0150422;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=0;STB=0.516112;STBP=0.863;TYPE=del;VARB=0.0101276;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:18:29:19:29:10:14:5:7:3:56:0:14:4:0:0 chr4 155244475 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.736;QD=55.0987;RBI=0.0306594;REFB=0;REVB=0.0288627;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127766;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr4 155256177 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00714613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.884;QD=11.6231;RBI=0.0114153;REFB=-0.00896504;REVB=-0.00890182;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220124;STB=0.620906;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0160598;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:15:7:19:18:15:7:19:19 chr4 155256205 . G A 746.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.507;QD=63.5118;RBI=0.0250189;REFB=0;REVB=0.0248729;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41119e-05;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr4 155287535 . T C 238.74 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00833279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.174;QD=14.0436;RBI=0.0119199;REFB=-0.0140408;REVB=0.0085234;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671896;STB=0.53819;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0151415;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:24:16:13:15:24:16 chr4 155295076 . A G 189.25 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0112169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2712;QD=13.0514;RBI=0.0118838;REFB=-0.00847936;REVB=-0.00392491;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677458;STB=0.538888;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0244789;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:19:16:12:11:19:16 chr4 155407680 . A G 334.07 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0422926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4715;QD=46.0779;RBI=0.0474057;REFB=-0.132581;REVB=-0.0214159;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579914;STB=0.54542;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0108226;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:26:26:0.896552:15:11:0:2:15:11:0:3 chr4 155410650 . T C 668.96 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0218737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=17.9586;RBI=0.0299757;REFB=-0.0193872;REVB=-0.020496;RO=80;SAF=25;SAR=43;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334934;STB=0.515887;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0316903;OID=.;OPOS=155410650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:81:68:68:0.456376:43:25:32:48:43:25:32:49 chr4 155410667 . G A 571.41 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0201554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7868;QD=16.3259;RBI=0.0204881;REFB=-0.0182038;REVB=0.00367744;RO=79;SAF=24;SAR=37;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386805;STB=0.521626;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0166456;OID=.;OPOS=155410667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:37:24:34:45:37:24:34:45 chr4 155410731 . G C 211.1 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00644367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5859;QD=12.063;RBI=0.0204485;REFB=-0.0137659;REVB=0.0194067;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114785;STB=0.573933;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0279005;OID=.;OPOS=155410731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:10:16:22:21:10:16:22:22 chr4 155410822 . G A 391.91 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.028664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8052;QD=16.8562;RBI=0.0289042;REFB=-0.0128404;REVB=-0.00371839;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712364;STB=0.509737;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0148323;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:52:41:41:0.44086:19:22:27:24:19:22:27:25 chr4 155411065 . T C 2121.67 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.494;QD=62.8643;RBI=0.0193106;REFB=0;REVB=-0.00852516;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25426e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:72:62:0:0:72:63:0:0 chr4 155411104 . A C 2199.92 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9013;QD=62.4091;RBI=0.0400963;REFB=-0.030046;REVB=-0.0355252;RO=1;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704382;STB=0.503703;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00015801;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:67:73:0:1:67:73:0:1 chr4 155411939 . A C 658.09 PASS AF=0.357143;AO=79;DP=224;FAO=80;FDP=224;FR=.;FRO=144;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=-0.029266;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5723;QD=11.7516;RBI=0.0606286;REFB=-0.0166673;REVB=-0.0530974;RO=145;SAF=52;SAR=27;SRF=87;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714625;STB=0.531753;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0351632;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:145:144:79:80:0.357143:27:52:87:58:28:52:87:57 chr4 155412464 . C T 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0210318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0582;QD=19.8262;RBI=0.0212566;REFB=-0.0212161;REVB=-0.00308353;RO=50;SAF=29;SAR=23;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121945;STB=0.567318;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0268644;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:23:29:21:29:23:29:21:29 chr4 155459194 . A T 345.4 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00185058;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.231;QD=14.0981;RBI=0.00562686;REFB=-0.00718795;REVB=0.00531385;RO=60;SAF=18;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640928;STB=0.536462;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0104079;OID=.;OPOS=155459194;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:20:18:32:28:20:18:32:28 chr4 155461113 . T C 401.09 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0073585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.089;QD=24.3087;RBI=0.00862333;REFB=-0.0101773;REVB=0.00449603;RO=27;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343715;STB=0.518858;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00651344;OID=.;OPOS=155461113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:17:22:14:13:17:22:14:13 chr4 155486381 . C T 101.17 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0346528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.348;QD=8.43044;RBI=0.0388235;REFB=0.000708877;REVB=-0.0175057;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962662;STB=0.559015;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00327208;OID=.;OPOS=155486381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:19:16:7:6:19:16 chr4 155488821 . C T 262.67 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00583335;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.351;QD=19.1032;RBI=0.0277983;REFB=-0.00318469;REVB=0.0271794;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25643;STB=0.632561;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00401121;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:27:28:28:0.509091:16:12:19:7:16:12:19:8 chr4 155490832 . C T 384.41 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00461703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.691;QD=16.8971;RBI=0.0211915;REFB=-0.0111183;REVB=-0.0206824;RO=50;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110837;STB=0.562284;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0167732;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:28:13:21:29:28:13:21:29 chr4 155491759 . G A 486.18 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0317616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7429;QD=21.3704;RBI=0.0411087;REFB=0.0165341;REVB=0.0260984;RO=44;SAF=18;SAR=29;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183226;STB=0.601276;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0139413;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:29:18:26:18:29:18:26:18 chr4 155507382 . G A 376.59 PASS AF=0.470588;AO=35;DP=80;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0191642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.08;QD=17.7219;RBI=0.0192726;REFB=-0.0153618;REVB=0.00204081;RO=45;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456985;STB=0.538442;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0180016;OID=.;OPOS=155507382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:45:45:35:40:0.470588:14:21:25:20:15:25:25:20 chr4 155511824 . T C 223.43 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.196;QD=19.429;RBI=0.0205107;REFB=-0.0207188;REVB=0.0201048;RO=24;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213517;STB=0.621831;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0206613;OID=.;OPOS=155511824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:5:17:14:10:5:17:14:10 chr4 155720274 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0151578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.538;QD=18.8286;RBI=0.0153979;REFB=-0.00480611;REVB=0.00270896;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352803;STB=0.51998;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00623403;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:8:14:12:8:8:14 chr4 156135676 . C T 1196.62 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8558;QD=56.3118;RBI=0.0788051;REFB=0.0153962;REVB=0.072177;RO=4;SAF=36;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274371;STB=0.514508;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=3.3379e-05;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:85:85:4:4:81:81:0.952941:45:36:3:1:45:36:3:1 chr4 156136027 . C T 1003.18 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.295;QD=59.0106;RBI=0.052767;REFB=0;REVB=0.0520426;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198773;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:38:30:0:0 chr4 156273768 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.211;QD=63.2823;RBI=0.0156206;REFB=0;REVB=0.0143831;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12763e-05;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr4 156274377 . T C 918.95 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0515486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9031;QD=54.0557;RBI=0.0539589;REFB=-0.00750464;REVB=-0.0159471;RO=3;SAF=41;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321076;STB=0.501701;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00544722;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:24:41:2:1:24:41:2:1 chr4 156276289 . C T 785.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8781;QD=64.1172;RBI=0.0292402;REFB=0;REVB=-0.00542778;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181506;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 156276317 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.076;QD=61.3325;RBI=0.0214173;REFB=0;REVB=-0.00394829;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104653;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 156281371 . T C 502.2 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0144614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.683;QD=14.3486;RBI=0.0148497;REFB=-0.0176994;REVB=-0.00337389;RO=84;SAF=28;SAR=28;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025327;STB=0.514281;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0364197;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:84:56:56:0.4:28:28:44:40:28:28:44:40 chr4 156289900 . C T 523.39 PASS AF=0.460938;AO=54;DP=123;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0101953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.014;QD=16.3558;RBI=0.0128716;REFB=-0.015572;REVB=0.00785707;RO=54;SAF=24;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10326;STB=0.519152;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0207684;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:54:69:54:59:0.460938:30:24:18:36:33:26:28:41 chr4 156380807 . T G 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.303;QD=63.7972;RBI=0.0195963;REFB=0;REVB=-0.00709148;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73937e-06;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:68:77:0:0:68:77:0:0 chr4 156382707 . T A 1264.38 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00446462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.871;QD=58.1325;RBI=0.011497;REFB=-0.0558913;REVB=0.0105947;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.504938;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00103318;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:87:87:1:3:84:84:0.965517:44:40:1:0:44:40:1:2 chr4 156632391 . A G 1208.17 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.013852;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.118;QD=55.548;RBI=0.0172448;REFB=-0.103732;REVB=0.0102716;RO=4;SAF=32;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013002;STB=0.500589;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.000463529;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:87:87:4:5:82:82:0.942529:50:32:1:3:50:32:2:3 chr4 156680340 . G T 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.068;QD=60.5095;RBI=0.0679291;REFB=-0.00143474;REVB=0.00468338;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000266375;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:0:1:23:22:0:1 chr4 156787340 . G A 806.51 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023219;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.891;QD=57.6076;RBI=0.0291126;REFB=0;REVB=0.0175619;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122197;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr4 156847230 . A G 774.18 PASS AF=0.966102;AO=54;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0824403;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.4115;QD=52.4868;RBI=0.107657;REFB=-0.0643808;REVB=-0.0692356;RO=2;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285458;STB=0.514701;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00139154;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:54:57:0.966102:32:22:0:2:33:24:0:2 chr4 156847237 . AGG AAG,AG,AGA 735.77 PASS AF=0,1,0;AO=6,39,2;DP=47;FAO=0,53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802337,-0.0268178,-0.000623064;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=20.672,28.3101,4.73065;QD=55.5297;RBI=0.0805944,0.123715,0.0600319;REFB=0,0,0;REVB=0.00761595,-0.120774,-0.0600286;RO=0;SAF=4,15,0;SAR=2,24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.00368197,0;OID=.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239;OREF=G,G,G;OALT=A,-,A;OMAPALT=AAG,AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,39,2:47:0,53,0:53:0:0,23,0:0,30,0:0:0:4:0:4,15,0:2,24,2:0:0 chr4 158043559 . C T 398.97 PASS AF=0.342857;AO=49;DP=141;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00996204;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8576;QD=11.3992;RBI=0.0274317;REFB=-0.0127311;REVB=-0.0255588;RO=90;SAF=17;SAR=32;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776588;STB=0.556677;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0281339;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:90:92:49:48:0.342857:32:17:37:53:32:16:38:54 chr4 158065038 . T C 1217.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.402;QD=60.8891;RBI=0.0570842;REFB=0;REVB=-0.00283914;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50815e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr4 158238830 . T C 4348.91 PASS AF=0.985866;AO=277;DP=281;FAO=279;FDP=283;FR=.;FRO=4;FSAF=136;FSAR=143;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0253328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.132;QD=61.4686;RBI=0.0268064;REFB=-0.145132;REVB=0.00876561;RO=0;SAF=135;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42997e-08;STB=0.507246;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000200424;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:281:283:0:4:277:279:0.985866:142:135:0:0:143:136:4:0 chr4 159076826 . C T 1594.35 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0263645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.201;QD=57.9762;RBI=0.0266712;REFB=-0.0612287;REVB=-0.00403296;RO=1;SAF=37;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663926;STB=0.50317;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000156629;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:71:37:0:1:71:37:1:1 chr4 159092137 . T C 31.2 PASS AF=0.0810811;AO=8;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=-0.152355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.669;QD=1.12441;RBI=0.200193;REFB=-0.00661848;REVB=-0.129866;RO=80;SAF=7;SAR=1;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58075;STB=0.935868;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.025836;OID=.;OPOS=159092137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:111:111:80:102:8:9:0.0810811:1:7:25:55:1:8:31:71 chr4 159092633 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.033;QD=58.7806;RBI=0.0237198;REFB=0;REVB=-0.0142912;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99543e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr4 159601676 . C T 484.55 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00812617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.778;QD=55.3768;RBI=0.00815761;REFB=-0.117352;REVB=0.000715535;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00130267;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:13:21:0:0:13:21:0:1 chr4 159621997 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0319461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.513;QD=10.8321;RBI=0.0342701;REFB=0.00571355;REVB=-0.012405;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317058;STB=0.518502;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0104244;OID=.;OPOS=159621997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:16:25:14:8:16:25 chr4 159789282 . A G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00420873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.267;QD=18.2898;RBI=0.0322317;REFB=-0.00533618;REVB=-0.0319557;RO=33;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162359;STB=0.590896;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00548119;OID=.;OPOS=159789282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:11:21:16:17:11:21:16:17 chr4 159826773 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.124;QD=53.9112;RBI=0.0312555;REFB=0;REVB=0.0169874;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2718e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 159894250 . C T 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00299954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.776;QD=55.7008;RBI=0.00576518;REFB=-0.0424609;REVB=-0.00492342;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028614;STB=0.515147;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-9.55524e-06;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:34:32:2:0:34:32:2:0 chr4 159894305 . T C 1302.25 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.213;QD=59.8737;RBI=0.0229764;REFB=-0.00812103;REVB=0.0135445;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123019;STB=0.506492;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00015861;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:84:86:0.988506:46:38:1:0:48:38:1:0 chr4 160428588 . G A 873.18 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027647;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.942;QD=56.3345;RBI=0.0354941;REFB=-0.0268211;REVB=0.0222593;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00020605;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:29:31:1:0:29:32:1:0 chr4 162307060 . G T 812.93 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00485922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.079;QD=17.2048;RBI=0.00727975;REFB=-0.00885132;REVB=-0.00542058;RO=103;SAF=45;SAR=40;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024282;STB=0.516206;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0115579;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:103:104:85:85:0.449735:40:45:52:51:40:45:52:52 chr4 164048199 . G C 1583.92 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236655;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9376;QD=59.7707;RBI=0.0250668;REFB=0;REVB=0.0082638;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63844e-05;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:59:45:0:0:60:46:0:0 chr4 164085425 . T C 2458.99 PASS AF=0.959538;AO=164;DP=172;FAO=166;FDP=173;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0560318;FXX=0.0114279;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.211;QD=56.8553;RBI=0.0598772;REFB=-0.100877;REVB=0.021112;RO=7;SAF=87;SAR=77;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795407;STB=0.504372;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00110172;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:172:173:7:7:164:166:0.959538:77:87:3:4:77:89:3:4 chr4 164272703 . G A 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00699673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.127;QD=18.4446;RBI=0.0190547;REFB=-0.0107071;REVB=-0.0177236;RO=51;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120128;STB=0.573496;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0118087;OID=.;OPOS=164272703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:30:15:23:28:30:15:24:28 chr4 164272857 . T C 646.81 PASS AF=0.557522;AO=63;DP=113;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00395402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.112;QD=22.8959;RBI=0.0044966;REFB=-0.0093362;REVB=0.00214129;RO=49;SAF=22;SAR=41;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167452;STB=0.596593;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0229706;OID=.;OPOS=164272857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:50:63:63:0.557522:41:22:27:22:41:22:28:22 chr4 164415930 . C T 490.26 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.000300616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.903;QD=17.0524;RBI=0.013661;REFB=-0.0209257;REVB=-0.0136577;RO=62;SAF=31;SAR=21;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110905;STB=0.565685;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0278473;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:62:62:52:53:0.46087:21:31:30:32:21:32:30:32 chr4 164433954 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00944907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0466;QD=17.3779;RBI=0.0365941;REFB=-0.0395004;REVB=0.0353532;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258219;STB=0.643984;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0235762;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:26:11:19:14:26:11 chr4 164533702 . T C 1438.39 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00470036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.443;QD=61.8664;RBI=0.0836444;REFB=-0.01676;REVB=0.0835122;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000984679;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:46:46:1:0:46:46:1:0 chr4 165878335 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=42;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0857127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5619;QD=56.9344;RBI=0.086402;REFB=0;REVB=-0.0108924;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000956486;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:42:53:1:13:29:0:0:23:30:0:0 chr4 165961917 . AC CA 74.26 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.048618;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.8569;QD=5.12166;RBI=0.101142;REFB=-0.035175;REVB=-0.0886901;RO=44;SAF=12;SAR=1;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640203;STB=0.906298;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.125048;OID=.;OPOS=165961917;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:58:44:45:13:13:0.224138:1:12:19:25:1:12:20:25 chr4 166000194 . CA C,CG 524.19 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=5,31;DP=36;FAO=4,32;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=4,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295538,0.0290313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.002,154.175;QD=58.2434;RBI=0.0322334,0.0412039;REFB=0,0;REVB=0.0128671,0.0292395;RO=0;SAF=0,27;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00650567,0.00131913;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:5,31:36:4,32:36:0:0,27:4,5:0:0:17:0:0,27:5,4:0:0 chr4 166000263 . C T 954.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7167;QD=58.7558;RBI=0.0827604;REFB=0;REVB=-0.058172;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119534;OID=.;OPOS=166000263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr4 166021811 . G C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0238666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.167;QD=23.001;RBI=0.025399;REFB=-0.0201008;REVB=0.00868896;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258503;STB=0.522457;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0192521;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:12:17:13:8:12:17:14:8 chr4 166199250 . A T 525.85 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0165659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3608;QD=17.5285;RBI=0.0255154;REFB=-0.043482;REVB=-0.0194063;RO=64;SAF=36;SAR=20;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112181;STB=0.562477;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0462579;OID=.;OPOS=166199250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:20:36:34:30:20:36:34:30 chr4 166199390 . C T 754.13 PASS AF=0.549618;AO=71;DP=130;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00889485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.517;QD=23.0268;RBI=0.0192569;REFB=-0.000653791;REVB=0.0170795;RO=59;SAF=32;SAR=39;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199422;STB=0.507356;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00058671;OID=.;OPOS=166199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:59:59:71:72:0.549618:39:32:28:31:39:33:28:31 chr4 166199763 . A C 1166.66 PASS AF=0.548544;AO=113;DP=206;FAO=113;FDP=206;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00705622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8251;QD=22.6537;RBI=0.0342836;REFB=0.0112521;REVB=0.0335496;RO=93;SAF=51;SAR=62;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018184;STB=0.509911;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0188557;OID=.;OPOS=166199763;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:93:93:113:113:0.548544:62:51:44:49:62:51:44:49 chr4 166231868 . A G 750.21 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0436248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.422;QD=24.0068;RBI=0.0453486;REFB=-0.0135705;REVB=-0.0123845;RO=52;SAF=33;SAR=38;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047699;STB=0.524993;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0121486;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:52:54:71:71:0.568:38:33:21:31:38:33:22:32 chr4 166264119 . A G 609.7 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00792119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.823;QD=18.0652;RBI=0.0102889;REFB=-0.0108369;REVB=-0.00656624;RO=72;SAF=35;SAR=28;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269223;STB=0.514945;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0103703;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:28:35:38:34:28:35:38:34 chr4 166405584 . C T 2200.81 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00510332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.089;QD=62.4343;RBI=0.00855383;REFB=-0.0899712;REVB=0.0068647;RO=1;SAF=78;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760704;STB=0.503999;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000315339;OID=.;OPOS=166405584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:62:78:0:1:62:78:0:1 chr4 167012381 . G A 3037.51 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8711;QD=63.6128;RBI=0.0316842;REFB=0;REVB=-0.0230398;RO=0;SAF=84;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44848e-06;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:107:84:0:0:107:84:0:0 chr4 167012480 . T C 1784.07 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00898127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.312;QD=58.9775;RBI=0.0287037;REFB=-0.193665;REVB=0.0272624;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785093;STB=0.500069;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000844663;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:1:2:119:119:0.983471:59:60:1:0:59:60:1:1 chr4 167020644 . A G 347.94 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00135481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.529;QD=14.8058;RBI=0.0137905;REFB=0.00435586;REVB=0.0137238;RO=56;SAF=27;SAR=11;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103374;STB=0.558829;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00756461;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:11:27:35:21:11:27:35:21 chr4 167023255 . A G 445.52 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0117474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.285;QD=26.2073;RBI=0.0376975;REFB=-0.0190083;REVB=-0.0358204;RO=26;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132596;STB=0.507243;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00730971;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:17:25:15:11:17:25:15:11 chr4 167063842 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0314206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.603;QD=15.6258;RBI=0.0410837;REFB=-0.0123498;REVB=-0.0264691;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796412;STB=0.504582;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.026325;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:13:14:10:9:13:14 chr4 168004426 . C T 175.87 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0146821;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.584;QD=19.5406;RBI=0.0199634;REFB=0.0103985;REVB=0.0135267;RO=18;SAF=2;SAR=16;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0179011;OID=.;OPOS=168004426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:16:2:2:16:16:2:2:16 chr4 168584259 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.484;QD=51.1845;RBI=0.0398914;REFB=0;REVB=0.0293756;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3289e-05;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 169083694 . A C 779.95 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.421;QD=62.3959;RBI=0.118795;REFB=0;REVB=0.116557;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154966;OID=.;OPOS=169083694;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:46:50:1:16:30:0:0:20:30:0:0 chr4 169086441 . A G 505.03 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188381;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.396;QD=59.4155;RBI=0.0304867;REFB=0;REVB=0.0239701;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114601;OID=.;OPOS=169086441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr4 169098914 . A G 289.45 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0019388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.796;QD=13.9496;RBI=0.0221615;REFB=-0.00191412;REVB=0.0220765;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101812;STB=0.557968;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00327911;OID=.;OPOS=169098914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:14:19:24:26:14:19:24:26 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 357.84 PASS AF=0.431159,0.0108696,0;AO=59,15,49;DP=279;FAO=119,3,0;FDP=276;FR=.;FRO=154;FSAF=16,0,0;FSAR=103,3,0;FSRF=119;FSRR=35;FWDB=0.230425,-0.0124006,0.0995202;FXX=0.00360998;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.41925,111.024,22.634;QD=5.18613;RBI=0.296485,0.0498616,0.105233;REFB=-0.181996,-0.0139356,-0.0917299;REVB=-0.186568,-0.048295,-0.0342018;RO=128;SAF=7,0,1;SAR=52,15,48;SRF=112;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.76461,-0.825445,-0.862804;STB=0.862906,0.998391,0.5;STBP=0,0.002,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.179585,0.0440738,0;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431159,0.0108696,0:59,15,49:279:119,3,0:276:154:16,0,0:103,3,0:119:35:99:128:7,0,1:52,15,48:112:16 chr4 169282355 . T C 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00602179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.612;QD=16.7443;RBI=0.00721229;REFB=-0.0113546;REVB=-0.00396927;RO=48;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149983;STB=0.57866;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0163681;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:16:23:21:27:16:23:22:27 chr4 169315760 . C A 958.32 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.085;QD=57.2128;RBI=0.0151624;REFB=-0.0878808;REVB=0.00778171;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000469958;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:41:25:0:1:41:25:0:1 chr4 169317279 . C T 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5937;QD=54.4925;RBI=0.0712252;REFB=0;REVB=-0.00365528;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102153;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr4 169336662 . T C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5715;QD=60.5976;RBI=0.037873;REFB=0;REVB=0.0190701;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837362;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 169341435 . A G 1567.02 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00695983;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.48;QD=56.9825;RBI=0.0623302;REFB=0.00460635;REVB=-0.0619404;RO=3;SAF=63;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136096;STB=0.507174;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.000146544;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:44:63:1:2:44:63:1:2 chr4 169362557 . C G 954.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3631;QD=58.7164;RBI=0.0477022;REFB=0;REVB=-0.0367531;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74489e-05;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr4 169369820 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.357;QD=62.9829;RBI=0.0420829;REFB=0;REVB=0.0411224;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026086;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 169369853 . A T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=56.9536;RBI=0.0560443;REFB=0;REVB=0.0165999;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226114;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 169369920 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.987;QD=56.1914;RBI=0.0238109;REFB=0;REVB=0.00608425;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275355;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 169393595 . A G 1171.83 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0419;QD=60.8741;RBI=0.0601988;REFB=0;REVB=0.020789;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060433;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr4 169621191 . G A 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00472564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4427;QD=17.0876;RBI=0.0528199;REFB=0.00597615;REVB=-0.0526081;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821117;STB=0.557797;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0107122;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:9:16:15:12:9:16:15:13 chr4 169630204 . T G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00238031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.111;QD=19.0782;RBI=0.00259344;REFB=-0.00872757;REVB=-0.00102958;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041253;STB=0.522998;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00837973;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:13:18:20:12:13:18 chr4 169806527 . A G 354.7 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00810588;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2492;QD=15.9415;RBI=0.0156993;REFB=-0.0245946;REVB=0.0134448;RO=50;SAF=27;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209155;STB=0.613972;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0300259;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:51:38:38:0.426966:11:27:26:24:11:27:27:24 chr4 169846359 . GCT G 741.09 PASS AF=1;AO=39;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596706;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.49;QD=55.931;RBI=0.0597738;REFB=0;REVB=0.00351163;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000149063;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:52:53:53:0:19:34:0:0:4:0:17:22:0:0 chr4 169928842 . G T 4373.34 PASS AF=1;AO=277;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.062;QD=63.1529;RBI=0.0185256;REFB=0;REVB=0.00685859;RO=0;SAF=150;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52027e-06;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:0:0:277:277:1:127:150:0:0:127:150:0:0 chr4 170017669 . C T 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00730521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3176;QD=20.2457;RBI=0.0261773;REFB=0.00016347;REVB=0.0251374;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190668;STB=0.606;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000338518;OID=.;OPOS=170017669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:12:24:15:18:12:24:15:18 chr4 170077789 . A G 458.97 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0242493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.217;QD=18.3588;RBI=0.0245312;REFB=-0.0173547;REVB=-0.00370806;RO=54;SAF=15;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279243;STB=0.656016;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0134127;OID=.;OPOS=170077789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:31:15:33:21:31:15:33:21 chr4 170581570 . G A 1536.84 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840401;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6403;QD=63.3748;RBI=0.0840543;REFB=0;REVB=0.00154355;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347146;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:46:49:0:0:47:50:0:0 chr4 170663235 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.247;QD=58.2425;RBI=0.0221946;REFB=0.013794;REVB=0.011061;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000393646;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:24:14:0:0:25:14:0:1 chr4 170678993 . T C 818.9 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.652;QD=57.4666;RBI=0.116543;REFB=0;REVB=0.0154909;RO=1;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623663;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:1:0:49:57:1:39:10:0:1:39:18:0:0 chr4 170987636 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.482;QD=58.2429;RBI=0.0204933;REFB=0.0586303;REVB=0.0170604;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.000133109;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:1:0:13:26:1:0 chr4 172735897 . C G 1006.63 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1386;QD=59.2136;RBI=0.0602155;REFB=0;REVB=-0.0594825;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560067;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr4 174062875 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.421;QD=53.9111;RBI=0.0168404;REFB=0;REVB=-0.0164938;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174019;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr4 174090004 . G A 1572.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.315;QD=59.9166;RBI=0.0413475;REFB=0;REVB=0.0380515;RO=0;SAF=75;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107628;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:30:75:0:0:30:75:0:0 chr4 174458022 . T A 500.97 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0283666;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.695;QD=18.384;RBI=0.0283697;REFB=-0.00457314;REVB=-0.000421858;RO=58;SAF=30;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900225;STB=0.543348;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0056191;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:56:52:53:0.486239:22:30:28:30:23:30:27:29 chr4 175184131 . A C 586.68 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0128883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.377;QD=19.7204;RBI=0.0238199;REFB=-0.0119114;REVB=0.0200319;RO=59;SAF=41;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153195;STB=0.584796;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0141247;OID=.;OPOS=175184131;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:19:41:31:28:19:41:31:28 chr4 175237408 . T C 413.03 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00037687;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.697;QD=15.8858;RBI=0.0031649;REFB=-0.0136581;REVB=0.00314238;RO=57;SAF=22;SAR=24;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116595;STB=0.569496;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0167112;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:24:22:34:23:24:22:35:23 chr4 175443156 . C T 1245.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.939;QD=61.5302;RBI=0.0364536;REFB=0;REVB=0.00166795;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120164;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr4 175598334 . T C 1785.24 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.534;QD=61.034;RBI=0.0233139;REFB=0;REVB=0.0215936;RO=0;SAF=78;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35036e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:39:78:0:0:39:78:0:0 chr4 175688138 . A G 939.84 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0011499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.212;QD=56.9601;RBI=0.0262117;REFB=0.088884;REVB=-0.0261864;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00229019;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:0:1:35:30:0:1 chr4 175688141 . G A 219.15 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0791535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.631;QD=12.8912;RBI=0.091228;REFB=-0.0542554;REVB=0.0453573;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165012;STB=0.562873;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.060721;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:37:29:31:0.455882:12:17:16:22:14:17:16:21 chr4 176555585 . A C 610.62 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00761527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.425;QD=16.6156;RBI=0.00935235;REFB=-0.0178226;REVB=-0.005429;RO=83;SAF=34;SAR=30;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479502;STB=0.526758;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0158726;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:30:34:48:35:30:34:48:35 chr4 176892056 . CTTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTC 649.05 PASS AF=0,0.977528,0.0224719;AO=17,57,4;DP=88;FAO=0,87,2;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,1;FSAR=0,51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0946693,-0.188133,-0.076686;FXX=0.0111099;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=7.99527,9.24289,10.4662;QD=29.1708;RBI=0.148788,0.295224,0.135;REFB=0.130796,0.092601,0.0321549;REVB=-0.114785,-0.227515,-0.111104;RO=2;SAF=6,25,1;SAR=11,32,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0306173,-0.00398104,-0.161039;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.114782,-0.0149336,0.116228;OID=.,.,.;OPOS=176892057,176892057,176892064;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.977528,0.0224719:17,57,4:88:0,87,2:89:0:0,36,1:0,51,1:0:0:4:2:6,25,1:11,32,3:1:1 chr4 177073026 . G A 813.54 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.63;QD=56.106;RBI=0.0434789;REFB=0;REVB=0.0346327;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241838;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:45:58:1:23:22:0:0:25:33:0:0 chr4 177073027 . C A 75.33 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0570935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1699;QD=5.0219;RBI=0.105491;REFB=-0.0255955;REVB=-0.0887052;RO=46;SAF=11;SAR=2;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447837;STB=0.796599;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.190834;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:60:60:46:47:13:13:0.216667:2:11:24:22:2:11:24:23 chr4 177087322 . C T 1019.55 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5139;QD=59.1046;RBI=0.0152668;REFB=0;REVB=0.00572447;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402735;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:41:26:0:0:41:28:0:0 chr4 177113779 . T C 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00455542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.331;QD=19.345;RBI=0.00486156;REFB=-0.00791484;REVB=0.00169789;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125761;STB=0.569965;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0084223;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:16:24:19:22:16:24:19:22 chr4 177113836 . C T 723.7 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.000256156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.138;QD=18.9203;RBI=0.0253208;REFB=-0.0158874;REVB=-0.0253195;RO=78;SAF=41;SAR=34;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195535;STB=0.510789;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0117478;OID=.;OPOS=177113836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:75:75:0.490196:34:41:41:37:34:41:41:37 chr4 177113956 . A G 582.04 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0720546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.911;QD=19.0834;RBI=0.0729559;REFB=-0.0116826;REVB=-0.0114321;RO=61;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826328;STB=0.541471;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0118051;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:62:60:60:0.491803:32:28:34:27:32:28:34:28 chr4 177137988 . C T 483.38 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.02567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5153;QD=20.7905;RBI=0.026062;REFB=0.0431133;REVB=0.00450296;RO=46;SAF=31;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496539;STB=0.527516;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.04967;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:16:31:28:18:16:31:28:18 chr4 177605081 . CTCA C 1103.84 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00732093;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.327;QD=56.6069;RBI=0.00775482;REFB=-0.0306603;REVB=-0.0025576;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503672;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=4.42849e-07;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:74:79:75:78:3:43:32:2:1:8:0:43:31:0:0 chr4 178102691 . C G 445.63 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00937585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2458;QD=15.3666;RBI=0.0169983;REFB=0.0128252;REVB=-0.0141787;RO=65;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636582;STB=0.539984;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0168185;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:66:50:50:0.431034:23:27:31:34:23:27:31:35 chr4 178231152 . C A 518.62 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0127932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.513;QD=19.3876;RBI=0.0246523;REFB=-0.000765779;REVB=0.0210729;RO=53;SAF=25;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786811;STB=0.504346;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00103252;OID=.;OPOS=178231152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:29:25:25:28:29:25:25:28 chr4 178272700 . A G 526.4 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00152421;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.822;QD=19.4962;RBI=0.0115942;REFB=-0.0181195;REVB=-0.0114936;RO=52;SAF=29;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747591;STB=0.545682;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0235946;OID=.;OPOS=178272700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:55:55:0.509259:26:29:23:29:26:29:23:30 chr4 178274565 . A G 512.88 PASS AF=0.52;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0563478;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9625;QD=20.5153;RBI=0.058126;REFB=0.00881736;REVB=-0.0142674;RO=45;SAF=23;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395951;STB=0.537852;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00807806;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:45:48:52:52:0.52:29:23:22:23:29:23:25:23 chr4 178274694 . T G 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0116581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.393;QD=18.5937;RBI=0.0117497;REFB=-0.00345987;REVB=-0.00146428;RO=63;SAF=26;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092466;STB=0.551208;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00396798;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:33:26:34:29:33:26:34:29 chr4 178274750 . C T 212.17 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0037833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.882;QD=12.2996;RBI=0.0120001;REFB=-0.00777502;REVB=-0.0113881;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933606;STB=0.545622;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.017846;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:43:26:26:0.376812:14:12:22:18:14:12:23:20 chr4 178281754 . G A 1049.14 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=82;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0100071;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.448;QD=51.8095;RBI=0.0257748;REFB=-0.175311;REVB=0.0237529;RO=7;SAF=46;SAR=28;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811208;STB=0.543044;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00186863;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:82:81:7:7:74:74:0.91358:28:46:1:6:28:46:1:6 chr4 178359960 . G C 1004.18 PASS AF=1;AO=63;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569497;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1756;QD=58.2133;RBI=0.076725;REFB=0;REVB=0.0514147;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727042;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:63:69:1:27:36:0:0:32:37:0:0 chr4 178881982 . G T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.283;QD=58.1404;RBI=0.00970607;REFB=0;REVB=0.00839229;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35362e-05;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr4 179037990 . C T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.015573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=19.9048;RBI=0.0228337;REFB=-0.00752863;REVB=-0.0166992;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277861;STB=0.654687;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.005091;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:21:10:18:10:21:10:18:10 chr4 179327856 . G A 1935.19 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9062;QD=61.4346;RBI=0.0829452;REFB=0;REVB=-0.0345609;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263296;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:126:0:0:120:126:1:52:68:0:0:52:74:0:0 chr4 183601847 . T C 587.59 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.035351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.325;QD=16.6693;RBI=0.0582513;REFB=-0.00157449;REVB=0.0462982;RO=79;SAF=33;SAR=29;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121517;STB=0.506781;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00340504;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:79:62:62:0.439716:29:33:43:36:29:33:43:36 chr4 183652175 . T C 2795.53 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00812538;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.5;QD=62.1229;RBI=0.0206051;REFB=-0.0191954;REVB=0.0189353;RO=1;SAF=100;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598802;STB=0.503144;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=3.02143e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:1:1:179:179:0.994444:79:100:0:1:79:100:0:1 chr4 183713630 . A G 350.18 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00466469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.221;QD=28.0142;RBI=0.0147533;REFB=-0.0189822;REVB=-0.0139965;RO=20;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204133;STB=0.612065;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0159663;OID=.;OPOS=183713630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:16:14:15:5:16:14:15:5 chr4 183720850 . C T 1100.68 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0907676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.341;QD=58.7027;RBI=0.104395;REFB=-0.102992;REVB=0.0515703;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0012478;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr4 183721852 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.621;QD=57.884;RBI=0.0243825;REFB=0;REVB=-0.00134118;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06145e-05;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr4 184367558 . TCTG T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00768456;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=325.207;QD=7.83716;RBI=0.0117413;REFB=-0.00677329;REVB=-0.0088773;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275096;STB=0.678645;STBP=0.377;TYPE=del;VARB=0.0165529;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:23:7:23:16:6:1:11:5:45:16:6:1:11:5 chr4 184368314 . CA AC,C 35.31 PASS AF=0.0151515,0.166667;AO=12,18;DP=67;FAO=1,11;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=0,1;FSAR=1,10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0287814,-0.0572997;FXX=0.0149231;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=67.5498,10.0203;QD=2.14015;RBI=0.167125,0.184164;REFB=-0.0287541,-0.159329;REVB=-0.164628,-0.175023;RO=32;SAF=0,2;SAR=12,16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0,0.355932;SSEP=0,0;SSSB=-0.81818,-0.664445;STB=0.99036,0.888803;STBP=0.288,0.012;TYPE=mnp,del;VARB=0.118072,0.157725;OID=.,.;OPOS=184368314,184368315;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:67:66:32:54:12,18:1,11:0.0151515,0.166667:12,16:0,2:23:9:1,10:0,1:28:26 chr4 184426387 . C T 2487.74 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=166;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000937939;FXX=0.0178561;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.879;QD=60.3088;RBI=0.0655576;REFB=0.157986;REVB=0.0655509;RO=2;SAF=85;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110634;STB=0.505746;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00106385;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:165:2:2:162:163:0.987879:77:85:2:0:77:86:2:0 chr4 184570715 . T G 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0142173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=10.9396;RBI=0.0161345;REFB=-0.0161522;REVB=-0.00762842;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.65491;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0220221;OID=.;OPOS=184570715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:6:13:5:6:6:14 chr4 184596838 . ATTTTA ATTTA,ATTTAT 193.91 PASS AF=0.64,0.24;AO=15,5;DP=25;FAO=16,6;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=14,6;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.167204,-0.0158201;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.0852,143.516;QD=31.0253;RBI=0.169915,0.0403601;REFB=-0.183884,-0.085608;REVB=0.0302275,-0.0371303;RO=3;SAF=13,5;SAR=2,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267373,0.762666;STB=0.65094,0.997391;STBP=0.049,0.024;TYPE=del,mnp;VARB=0.10743,-0.0124059;OID=.,.;OPOS=184596839,184596842;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTA,ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.64,0.24:15,5:25:16,6:25:3:14,6:2,0:1:2:31:3:13,5:2,0:1:2 chr4 184618936 . G C 307.77 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0255073;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.28;QD=13.2374;RBI=0.034524;REFB=-0.00114124;REVB=-0.0232655;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152486;STB=0.587106;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00161357;OID=.;OPOS=184618936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:20:15:33:25:20:15:33:25 chr4 184931818 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0399107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.191;QD=13.948;RBI=0.0408826;REFB=-0.0146611;REVB=-0.00886113;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383678;STB=0.726972;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0219612;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:14:3:13:14:14:3:13:14 chr4 185012425 . C T 179.43 PASS AF=0.4;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00164638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2602;QD=13.0492;RBI=0.017749;REFB=-0.0330569;REVB=0.0176724;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416127;OID=.;OPOS=185012425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:28:33:21:22:0.4:12:9:11:17:12:10:15:18 chr4 185310218 . C T 724.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0418659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.556;QD=59.108;RBI=0.0434833;REFB=0.0582171;REVB=-0.0117491;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058354;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00155584;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:20:27:1:1:20:27:1:1 chr4 185587165 . A G 1321.64 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.029;QD=62.1948;RBI=0.0520001;REFB=0;REVB=0.00497702;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76346e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:45:40:0:0 chr4 185622046 . C T 252.37 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00771581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7129;QD=17.4046;RBI=0.0416791;REFB=-0.0481037;REVB=-0.0409587;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423586;STB=0.523792;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0508343;OID=.;OPOS=185622046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:12:18:18:10:12:18 chr4 185652147 . G A 312.56 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0122827;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.155;QD=21.1905;RBI=0.0126819;REFB=-0.00915715;REVB=0.00315688;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159501;STB=0.567643;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00479709;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:27:31:32:0.542373:20:11:15:13:20:12:14:13 chr4 185655171 . C T 400.35 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0161333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.836;QD=16.1757;RBI=0.0173049;REFB=-0.0296876;REVB=-0.00625926;RO=57;SAF=16;SAR=26;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150936;STB=0.585086;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0292939;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:26:16:30:27:26:16:30:27 chr4 185655190 . C G 145.46 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=59;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00406945;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.135;QD=10.2079;RBI=0.00565928;REFB=-0.00430231;REVB=-0.00393281;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101869;STB=0.517872;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00923489;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:40:38:18:19:0.333333:11:7:19:21:11:8:17:21 chr4 185678110 . A G 553.66 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0251907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.734;QD=18.3027;RBI=0.0252596;REFB=-0.00510467;REVB=-0.00186521;RO=63;SAF=31;SAR=27;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490846;STB=0.50272;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00726274;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:27:31:34:29:27:31:34:29 chr4 185678118 . C G 1789.53 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171469;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.157;QD=61.1805;RBI=0.0272562;REFB=0;REVB=0.0211869;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18163e-05;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr4 185686032 . C T 794.54 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0018;QD=63.5632;RBI=0.158706;REFB=0;REVB=0.158648;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171414;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:18:29:0:0:21:29:0:0 chr4 185687863 . A G 337.71 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00911053;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.485;QD=22.514;RBI=0.0509698;REFB=0.00612097;REVB=-0.050149;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181875;STB=0.599944;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00324339;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:17:17:7:19:17:17:7:19 chr4 185940952 . C G 554.39 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00652892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.403;QD=25.7857;RBI=0.00888257;REFB=-0.00738601;REVB=-0.00602273;RO=35;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385276;STB=0.521027;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0058132;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:23:28:21:14:23:28:21:14 chr4 185940991 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 508.94 PASS AF=0.9,0.1;AO=31,9;DP=70;FAO=63,7;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33,7;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.396207,0.185223;FXX=0.0140825;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.25775,13.5767;QD=29.082;RBI=0.604616,0.264919;REFB=-0.00447129,-0.000719684;REVB=0.456706,0.189406;RO=26;SAF=17,7;SAR=14,2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=-0.0560016,0.22689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0478882,-0.134481;OID=.,.;OPOS=185940992,185940996;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:31,9:70:63,7:70:0:33,7:30,0:0:0:32:26:17,7:14,2:16:10 chr4 186091487 . G A 399.04 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000948256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.806;QD=23.8234;RBI=0.00499976;REFB=-0.0254558;REVB=-0.00490901;RO=28;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118255;STB=0.564853;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0276535;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:20:19:18:10:20:19:18:10 chr4 186097045 . C T 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00335136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.41;QD=19.8662;RBI=0.0059042;REFB=0.00350843;REVB=-0.00486085;RO=42;SAF=23;SAR=21;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19324;STB=0.619194;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00321346;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:45:44:44:0.494382:21:23:31:11:21:23:34:11 chr4 186111639 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00893526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.612;QD=13.9179;RBI=0.0115862;REFB=-0.00414208;REVB=0.00737579;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380814;STB=0.521722;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00787217;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:20:17:11:15:20:17 chr4 186112111 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00777088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.533;QD=16.8837;RBI=0.031473;REFB=-0.00306658;REVB=0.0304986;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836314;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00372003;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:6:10:8:7:7:10 chr4 186339584 . A G 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.825;QD=60.2154;RBI=0.0374113;REFB=0;REVB=0.0118335;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190326;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr4 186347055 . G A 542.28 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992486;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.244;QD=60.2531;RBI=0.0367818;REFB=0;REVB=0.0354175;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112785;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr4 186357523 . C G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.802;QD=58.9615;RBI=0.00790629;REFB=0;REVB=-0.00595103;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83054e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr4 186361876 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.045;QD=53.2761;RBI=0.0338449;REFB=0;REVB=-0.0263264;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261141;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr4 186379371 . G A 1461.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4088;QD=62.8401;RBI=0.022379;REFB=0;REVB=0.0115179;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23944e-05;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:34:59:0:0:34:59:0:0 chr4 186379899 . G C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0192206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.233;QD=8.69793;RBI=0.0209767;REFB=-0.00326418;REVB=0.00840176;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226678;STB=0.639616;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00792354;OID=.;OPOS=186379899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:9:5:4:3:9:5 chr4 186380243 . A C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0425005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5434;QD=16.5358;RBI=0.0630282;REFB=0.00494459;REVB=0.0465432;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329958;STB=0.691127;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00572908;OID=.;OPOS=186380243;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:4:14:11:12:4:14:11:12 chr4 186380295 . A G 233.23 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0543465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0969;QD=20.7315;RBI=0.055014;REFB=-0.0307634;REVB=0.00854341;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892695;STB=0.557682;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0315045;OID=.;OPOS=186380295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:7:15:13:9:7:16:13:9 chr4 186380515 . G A 282.75 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00570668;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.659;QD=19.5;RBI=0.00856095;REFB=-0.00491495;REVB=0.0063815;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129938;STB=0.549364;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00323425;OID=.;OPOS=186380515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:28:29:30:0.517241:19:10:14:15:19:11:13:15 chr4 186380846 . A T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00364732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.902;QD=20.8722;RBI=0.0106663;REFB=-0.0106213;REVB=0.0100233;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664426;STB=0.537348;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0118781;OID=.;OPOS=186380846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:12:8:10:11:12:8 chr4 186381115 . G T 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0300418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9092;QD=15.4084;RBI=0.035505;REFB=-0.0155262;REVB=0.0189234;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634844;STB=0.535953;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0183292;OID=.;OPOS=186381115;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:16:18:16:11:16:18 chr4 186381165 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.056474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.56;QD=10.8325;RBI=0.0565754;REFB=-0.0104583;REVB=-0.00338638;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169025;STB=0.598729;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0197866;OID=.;OPOS=186381165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:21:20:14:8:21:20 chr4 186382206 . A G 164.09 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00581851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.359;QD=12.8695;RBI=0.00782738;REFB=-0.00643918;REVB=0.00523574;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018117;STB=0.510537;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.012263;OID=.;OPOS=186382206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:14:18:11:8:14:18 chr4 186391868 . T C 356.12 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0157254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.591;QD=14.3888;RBI=0.0157342;REFB=-0.0195216;REVB=-0.000525084;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298848;STB=0.516954;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0295614;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:23:16:23:37:23:16:23:37 chr4 186391898 . C T 269.92 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0109809;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.518;QD=11.8644;RBI=0.0173087;REFB=-0.00133258;REVB=-0.0133795;RO=59;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746972;STB=0.542992;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00240964;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:59:59:32:32:0.351648:18:14:22:37:18:14:22:37 chr4 186393372 . T C 238.37 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0105516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9829;QD=17.9903;RBI=0.0448092;REFB=0.0127032;REVB=-0.0435491;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348936;STB=0.530168;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0144808;OID=.;OPOS=186393372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:11:15:14:12:11:15:14:13 chr4 186423637 . G A 1277.54 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254924;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5782;QD=61.568;RBI=0.0321617;REFB=0;REVB=-0.019609;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121657;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:54:28:0:0:55:28:0:0 chr4 186507298 . AAT A 77.12 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0240753;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.851;QD=13.4126;RBI=0.024076;REFB=-0.0159753;REVB=-0.000176822;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323019;STB=0.662823;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0331278;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:11:24:11:23:12:9:2:7:5:76:13:9:2:7:6 chr4 187004074 . C T 180.28 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00708859;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.049;QD=14.1397;RBI=0.0109069;REFB=-0.0168954;REVB=-0.00828936;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744285;STB=0.542815;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0169531;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:7:14:18:12:7:14:18:12 chr4 187074833 . A G 217.69 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00755976;FXX=0.101842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.962;QD=8.97691;RBI=0.010493;REFB=-0.00121404;REVB=-0.00727689;RO=68;SAF=20;SAR=9;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298245;STB=0.676136;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00160652;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:68:68:29:29:0.298969:9:20:30:38:9:20:30:38 chr4 187077206 . A G 1612.57 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.63;QD=58.1108;RBI=0.0423335;REFB=-0.175892;REVB=-0.0359087;RO=2;SAF=59;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142134;STB=0.500749;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000560044;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:50:59:1:1:50:59:1:1 chr4 187078785 . A G 3204.01 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.487;QD=61.3207;RBI=0.0402636;REFB=-0.0219645;REVB=0.0282636;RO=1;SAF=96;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136556;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:208:209:1:0:207:209:1:111:96:1:0:112:97:0:0 chr4 187078866 . C T 515.42 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0251057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5145;QD=17.6211;RBI=0.0261048;REFB=-0.0393069;REVB=0.00715263;RO=60;SAF=30;SAR=25;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1052;STB=0.558118;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0325317;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:62:55:55:0.470085:25:30:26:34:25:30:27:35 chr4 187079047 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.696;QD=56.9374;RBI=0.0102546;REFB=0;REVB=-0.00659868;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14427e-05;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr4 187113041 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5078;QD=33.4247;RBI=0.0543113;REFB=0;REVB=-0.0365782;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375507;OID=.;OPOS=187113041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 187120211 . C A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0620371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.586;QD=7.27197;RBI=0.0625266;REFB=-0.00398587;REVB=0.0078084;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180355;STB=0.612659;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00845426;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:10:15:4:5:10:15 chr4 187122319 . T G 262.81 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0119398;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.8;QD=17.2337;RBI=0.0133692;REFB=-0.00664597;REVB=0.0060146;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110173;STB=0.552021;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0163076;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:32:29:29:0.47541:10:19:18:15:10:19:18:14 chr4 187133576 . A C 1204.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.923;QD=60.9893;RBI=0.0416629;REFB=0;REVB=0.0295005;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041542;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:38:41:0:0 chr4 187173012 . T G 303.75 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00445946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=17.3569;RBI=0.00741054;REFB=-0.00300113;REVB=0.00591856;RO=36;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906352;STB=0.545426;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00313761;OID=.;OPOS=187173012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:23:10:14:22:23:10:14:23 chr4 187179210 . T C 301.6 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0263118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0602;QD=28.7241;RBI=0.0523896;REFB=-0.0305495;REVB=-0.0453029;RO=15;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143769;STB=0.561507;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0166199;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:26:27:0.642857:20:6:6:9:20:7:6:9 chr4 187194319 . C T 783.05 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00975027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6183;QD=21.6013;RBI=0.0303839;REFB=-0.0136832;REVB=-0.0287769;RO=70;SAF=22;SAR=53;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247123;STB=0.636254;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129819;OID=.;OPOS=187194319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:70:75:75:0.517241:53:22:39:31:53:22:39:31 chr4 187201211 . A G 156.57 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00435829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.308;QD=16.0579;RBI=0.0177453;REFB=0.00458144;REVB=0.0172018;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192683;STB=0.610978;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0104338;OID=.;OPOS=187201211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:10:12:6:11:10:12 chr4 187205301 . T C 444.51 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00960885;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9122;QD=22.7952;RBI=0.0290815;REFB=-0.0138998;REVB=-0.0274482;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126028;STB=0.506937;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00899672;OID=.;OPOS=187205301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:35:43:43:0.551282:19:24:19:16:19:24:19:16 chr4 187510280 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0191834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.098;QD=20.4561;RBI=0.0511231;REFB=-0.00492948;REVB=0.0473874;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416548;STB=0.731474;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00383012;OID=.;OPOS=187510280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:1:14:7:10:1:14 chr4 187516880 . A G 855.47 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543139;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.099;QD=57.9978;RBI=0.0317847;REFB=0;REVB=0.0313172;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232518;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr4 187517758 . G A 195.9 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00830222;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.802;QD=25.2769;RBI=0.0192795;REFB=-0.00620765;REVB=0.0174004;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107221;STB=0.570179;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.004181;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:6:13:9:2:6:13:10:2 chr4 187519206 . C G 1351.57 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.723;QD=62.1411;RBI=0.0487075;REFB=0;REVB=0.0485829;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09273e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:38:48:0:0:38:49:0:0 chr4 187522528 . C T 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00832073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.816;QD=17.3696;RBI=0.00990313;REFB=-0.0220476;REVB=-0.00537005;RO=55;SAF=26;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11817;STB=0.566235;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0353724;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:18:26:26:29:18:26:26:29 chr4 187525020 . A C 519.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.452;QD=59.3929;RBI=0.101177;REFB=0;REVB=-0.0263494;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410263;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr4 187534363 . G A 541.26 PASS AF=0.439394;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0338517;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.415;QD=16.4017;RBI=0.0338636;REFB=0.00922088;REVB=0.000897398;RO=73;SAF=14;SAR=43;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253096;STB=0.636045;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00877089;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:73:74:57:58:0.439394:43:14:34:39:43:15:35:39 chr4 187534375 . A G 603.56 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00134892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.166;QD=17.2445;RBI=0.0205202;REFB=-0.0163237;REVB=-0.0204759;RO=77;SAF=20;SAR=43;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172098;STB=0.596174;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0250995;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:77:63:63:0.45:43:20:37:40:43:20:37:40 chr4 187538330 . G A 497.86 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00267082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.937;QD=18.1038;RBI=0.00271905;REFB=-0.0138484;REVB=0.000509848;RO=57;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557145;STB=0.530921;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0146088;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:31:22:27:30:31:22:27:30 chr4 187538942 . T G 552.25 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00245642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3044;QD=14.4379;RBI=0.00598543;REFB=0.00604168;REVB=0.00545815;RO=84;SAF=31;SAR=32;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283956;STB=0.507479;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0098669;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:84:90:63:63:0.411765:32:31:39:45:33:30:44:46 chr4 187539217 . G A 107.14 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.102243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.77;QD=12.6047;RBI=0.103917;REFB=-0.0218693;REVB=0.0185761;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.567464;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0540808;OID=.;OPOS=187539217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:12:13:0.382353:6:6:8:12:6:7:9:12 chr4 187540635 . T G 240.51 PASS AF=0.469388;AO=16;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0130105;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.057;QD=19.6331;RBI=0.0138794;REFB=-0.0194016;REVB=0.00483377;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774182;STB=0.591357;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.02143;OID=.;OPOS=187540635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:16:23:0.469388:6:10:15:12:7:16:14:12 chr4 187540918 . G C 275.63 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0215245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3078;QD=25.6399;RBI=0.0281457;REFB=-0.0165832;REVB=0.0181349;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378993;STB=0.710356;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0243867;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:7:18:4:14:7:18:4:14 chr4 187541761 . G A 632.45 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00964835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.364;QD=22.7909;RBI=0.00988553;REFB=0.00186319;REVB=0.00215246;RO=49;SAF=27;SAR=35;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12599;STB=0.568918;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00120522;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:35:27:29:20:35:27:29:20 chr4 187542316 . T C 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0276695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.516;QD=14.6586;RBI=0.0280495;REFB=-0.0281005;REVB=-0.00460143;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161764;STB=0.593087;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0373584;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:13:4:5:8:13:4 chr4 187542736 . T C 289.07 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00865574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.311;QD=15.2142;RBI=0.0399645;REFB=-0.0112721;REVB=0.0390159;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284331;STB=0.532354;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00874608;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:43:31:33:0.434211:16:15:22:21:18:15:22:21 chr4 187549428 . C T 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0175031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.11;QD=20.9873;RBI=0.0188405;REFB=-0.0224477;REVB=0.00697177;RO=28;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126927;STB=0.50489;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0216006;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:30:35:35:0.538462:23:12:10:18:23:12:10:20 chr4 187557893 . T C 821.02 PASS AF=0.472222;AO=85;DP=180;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.00492116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2181;QD=18.2449;RBI=0.0569414;REFB=-0.0340881;REVB=0.0567283;RO=95;SAF=48;SAR=37;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167866;STB=0.509282;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0325848;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:95:95:85:85:0.472222:37:48:52:43:37:48:52:43 chr4 187627792 . T C 150.43 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00218665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.12;QD=15.4283;RBI=0.0198049;REFB=-0.0287439;REVB=-0.0196838;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0393244;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:11:5:11:11:11:6:11:11 chr4 187628398 . C G 294.24 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00567275;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4556;QD=21.7959;RBI=0.020906;REFB=-0.0249324;REVB=-0.0201217;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250019;STB=0.637926;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00857549;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:13:17:6:18:13:17:6:18 chr4 187629140 . G C 217.15 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0108029;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7649;QD=14.2395;RBI=0.0128024;REFB=-0.000267882;REVB=0.00687022;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201407;STB=0.63114;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000162002;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:35:26:26:0.42623:9:17:15:18:9:17:15:20 chr4 187630590 . G A 273.36 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00161973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.21;QD=12.7146;RBI=0.0134278;REFB=-0.00211127;REVB=-0.0133297;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544686;STB=0.53123;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00249526;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:15:17:26:28:15:17:26:28 chr4 188924979 . C T 353.07 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.799;QD=54.3187;RBI=0.0171132;REFB=0;REVB=0.0060291;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180845;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:8:16:0:0:9:17:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 994.87 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00050054;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=3;MLLD=300.295;QD=58.5217;RBI=0.00296918;REFB=0;REVB=0.00292668;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000283947;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:68:68:0:44:24:0:0:5:1:43:24:1:0 chr4 189012728 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.287;QD=59.323;RBI=0.00388271;REFB=0;REVB=-0.00373697;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr4 189012809 . C T 748.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.61;QD=56.5105;RBI=0.0105086;REFB=0;REVB=0.00313226;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0686e-05;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr4 189022324 . C T 1493.88 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.537;QD=62.9003;RBI=0.0121363;REFB=0;REVB=-0.00480051;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933974;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:40:53:0:0:42:53:0:0 chr4 190630778 . GC AT 1347.08 PASS AF=0.594737;AO=113;DP=189;FAO=113;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0103915;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.368;QD=28.3595;RBI=0.0244438;REFB=-0.0364023;REVB=-0.022125;RO=58;SAF=61;SAR=52;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107141;STB=0.534345;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.0222857;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:58:70:113:113:0.594737:52:61:41:17:52:61:44:26 chr4 190630786 . A G 1474.15 PASS AF=0.63;AO=126;DP=199;FAO=126;FDP=200;FR=.;FRO=74;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0139519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.419;QD=29.483;RBI=0.0219452;REFB=-0.0236143;REVB=-0.0169393;RO=73;SAF=73;SAR=53;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356739;STB=0.521308;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0148267;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:73:74:126:126:0.63:53:73:46:27:53:73:47:27 chr4 190630805 . G C 361.54 PASS AF=0.255924;AO=54;DP=211;FAO=54;FDP=211;FR=.;FRO=157;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=-0.0121417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4394;QD=6.85387;RBI=0.0313645;REFB=-0.00428004;REVB=0.0289191;RO=157;SAF=31;SAR=23;SRF=87;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252999;STB=0.515092;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0148841;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:157:157:54:54:0.255924:23:31:87:70:23:31:87:70 chr4 190630812 . C T 88.22 PASS AF=0.107623;AO=23;DP=222;FAO=24;FDP=223;FR=.;FRO=199;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=110;FSRR=89;FWDB=-0.0162639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.659;QD=1.58246;RBI=0.0200415;REFB=-0.00323013;REVB=-0.011711;RO=198;SAF=12;SAR=11;SRF=109;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352078;STB=0.50998;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0287576;OID=.;OPOS=190630812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:222:223:198:199:23:24:0.107623:11:12:109:89:11:13:110:89 chr4 190814952 . T C 32.67 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.016104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0715;QD=2.84078;RBI=0.0277799;REFB=-0.0150554;REVB=-0.0226359;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450148;STB=0.832224;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0833355;OID=.;OPOS=190814952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:22:18:5:1:22:18 chr4 190814990 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00404343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.687;QD=2.6435;RBI=0.0206794;REFB=3.4091e-05;REVB=-0.0202802;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465008;STB=0.84856;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000967778;OID=.;OPOS=190814990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:5:1:24:18:5:1:25:18 chr4 190862154 . T C 256.62 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0139464;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.149;QD=15.5526;RBI=0.0167531;REFB=-0.0118904;REVB=-0.00928238;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.547413;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0115538;OID=.;OPOS=190862154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:35:37:29:29:0.439394:14:15:15:20:14:15:16:21 chr4 190862155 . T G 302.31 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00141652;FXX=0.0579626;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3926;QD=18.6039;RBI=0.0202206;REFB=-0.0275586;REVB=-0.0201709;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100311;STB=0.556062;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.021538;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:17:16:19:13:17:16 chr4 190862182 . C T 1127.65 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.627;QD=60.1416;RBI=0.0185253;REFB=0;REVB=-0.0112549;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163414;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:40:35:0:0 chr4 190874206 . T A 247.16 PASS AF=0.242038;AO=38;DP=158;FAO=38;FDP=157;FR=.;FRO=119;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.000193266;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.283;QD=6.29718;RBI=0.0448146;REFB=0.000257311;REVB=-0.0448142;RO=119;SAF=23;SAR=15;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128037;STB=0.577495;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000427657;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:119:119:38:38:0.242038:15:23:60:59:15:23:60:59 chr4 190874234 . C T 314.38 PASS AF=0.237374;AO=47;DP=199;FAO=47;FDP=198;FR=.;FRO=151;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=-0.00718802;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.988;QD=6.35103;RBI=0.00878054;REFB=-0.00540807;REVB=0.00504283;RO=151;SAF=26;SAR=21;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021331;STB=0.512893;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0187269;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:151:151:47:47:0.237374:21:26:81:70:21:26:81:70 chr4 190874255 . A T 34.95 PASS AF=0.0686275;AO=13;DP=203;FAO=14;FDP=204;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=101;FSRR=89;FWDB=-0.015003;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.244;QD=0.685279;RBI=0.0168908;REFB=-0.00250713;REVB=-0.00775949;RO=190;SAF=7;SAR=6;SRF=101;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730079;STB=0.52937;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0402925;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:203:204:190:190:13:14:0.0686275:6:7:101:89:7:7:101:89 chr4 190874256 . C T 103.2 PASS AF=0.120773;AO=25;DP=207;FAO=25;FDP=207;FR=.;FRO=182;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=-0.00114614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.778;QD=1.99414;RBI=0.0276652;REFB=-0.000973983;REVB=-0.0276414;RO=179;SAF=12;SAR=13;SRF=97;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773414;STB=0.546434;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00900808;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:179:182:25:25:0.120773:13:12:97:82:13:12:97:85 chr4 190874290 . T A 111.47 PASS AF=0.126829;AO=26;DP=207;FAO=26;FDP=205;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=94;FSRR=85;FWDB=0.00914742;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.394;QD=2.17506;RBI=0.0161853;REFB=-0.00498882;REVB=0.0133524;RO=179;SAF=12;SAR=14;SRF=94;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797872;STB=0.555347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0277686;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:179:179:26:26:0.126829:14:12:94:85:14:12:94:85 chr4 190876192 . A C 51.54 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0117493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.419;QD=1.67596;RBI=0.0129795;REFB=-0.00138327;REVB=0.00551565;RO=107;SAF=8;SAR=5;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155693;STB=0.603613;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0177139;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:120:123:107:110:13:13:0.105691:5:8:52:55:5:8:55:55 chr4 190876195 . C T 765.2 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0184943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.884;QD=24.2921;RBI=0.018908;REFB=-0.00987504;REVB=-0.00393393;RO=54;SAF=36;SAR=36;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291042;STB=0.515869;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00798635;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:54:54:72:72:0.571429:36:36:29:25:36:36:29:25 chr4 190876196 . G A 43.54 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.00124188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.83;QD=1.36053;RBI=0.0151917;REFB=-0.00422048;REVB=-0.0151409;RO=115;SAF=8;SAR=4;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191509;STB=0.652375;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0271658;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:115:116:12:12:0.09375:4:8:58:57:4:8:58:58 chr4 190876204 . G A 776.4 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00810134;FXX=0.0719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.574;QD=24.0745;RBI=0.0282728;REFB=0.00917709;REVB=0.0270872;RO=56;SAF=41;SAR=31;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847731;STB=0.542622;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00373653;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:129:56:57:72:72:0.55814:31:41:26:30:31:41:27:30 chr4 190876242 . G A 1674.87 PASS AF=0.697436;AO=136;DP=195;FAO=136;FDP=195;FR=.;FRO=59;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00939108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7797;QD=34.3564;RBI=0.0280046;REFB=-0.0309188;REVB=-0.026383;RO=58;SAF=77;SAR=59;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663565;STB=0.533131;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0121761;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:58:59:136:136:0.697436:59:77:26:32:59:77:27:32 chr4 190876256 . C T 193.09 PASS AF=0.178571;AO=35;DP=196;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=81;FWDB=-0.0527078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.76;QD=3.94066;RBI=0.0527697;REFB=-0.00101651;REVB=-0.0025547;RO=160;SAF=25;SAR=10;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290257;STB=0.684103;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00867433;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:160:161:35:35:0.178571:10:25:79:81:10:25:80:81 chr4 190876269 . T C 54.25 PASS AF=0.0876289;AO=17;DP=194;FAO=17;FDP=194;FR=.;FRO=177;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=93;FSRR=84;FWDB=-0.00118843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.748;QD=1.11858;RBI=0.00631906;REFB=-0.00025155;REVB=0.0062063;RO=177;SAF=10;SAR=7;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737645;STB=0.557871;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00271136;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:194:194:177:177:17:17:0.0876289:7:10:93:84:7:10:93:84 chr4 190876278 . G A 43.78 PASS AF=0.078534;AO=15;DP=195;FAO=15;FDP=191;FR=.;FRO=176;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=92;FSRR=84;FWDB=-0.0143461;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.199;QD=0.916889;RBI=0.0143756;REFB=-0.00165981;REVB=-0.000920867;RO=179;SAF=12;SAR=3;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325773;STB=0.769535;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0181086;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:195:191:179:176:15:15:0.078534:3:12:93:86:3:12:92:84 chr4 190876293 . C A 44.98 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=185;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=84;FSRR=86;FWDB=-0.0285078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.989;QD=0.972512;RBI=0.0286213;REFB=0.00355657;REVB=-0.0025466;RO=170;SAF=12;SAR=3;SRF=84;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353209;STB=0.787219;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0416524;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:185:185:170:170:15:15:0.0810811:3:12:84:86:3:12:84:86 chr4 190878563 . C A 102.79 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0104806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3591;QD=6.0465;RBI=0.0156182;REFB=-0.000920756;REVB=0.0115796;RO=48;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326689;STB=0.711972;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00313968;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:52:16:16:0.235294:5:11:20:28:5:11:21:31 chr4 190878569 . T C 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0390579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.694;QD=2.08397;RBI=0.0400329;REFB=-0.00191385;REVB=-0.00878133;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468971;STB=0.535124;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0159244;OID=.;OPOS=190878569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:4:4:29:34:4:4:29:34 chr4 190878597 . C T 289.96 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0168834;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.94;QD=13.8075;RBI=0.0218852;REFB=-0.0158067;REVB=-0.0139251;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381219;STB=0.521726;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0235342;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:26:25:15:18:26:25 chr4 190878599 . A G 37.56 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00710442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.651;QD=1.70733;RBI=0.0140121;REFB=-0.00534173;REVB=0.0120775;RO=78;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352613;STB=0.52158;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.036116;OID=.;OPOS=190878599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:78:79:9:9:0.102273:4:5:41:37:4:5:42:37 chr4 190878654 . C G 157.46 PASS AF=0.23301;AO=23;DP=101;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0311348;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9093;QD=6.11492;RBI=0.0424332;REFB=-0.0129578;REVB=-0.0288306;RO=76;SAF=13;SAR=10;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11405;STB=0.546445;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0286425;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:76:79:23:24:0.23301:10:13:36:40:11:13:38:41 chr4 190881969 . G A 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0130359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.728;QD=3.4366;RBI=0.036498;REFB=-0.000111283;REVB=-0.0340906;RO=33;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429448;STB=0.809727;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000468417;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:5:1:17:16:5:1:17:16 chr4 190881992 . T C 33.24 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00426038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.095;QD=3.24284;RBI=0.00664466;REFB=-0.00167558;REVB=0.00509909;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42656;STB=0.810881;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0148458;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:18:17:5:1:18:17 chr4 190881997 . A G 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0192829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.058;QD=3.24564;RBI=0.0201467;REFB=-0.00889968;REVB=-0.00583587;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42656;STB=0.810881;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0347504;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:5:1:18:17:5:1:18:17 chr4 190884225 . T TTTC 464.79 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318308;FXX=0.162118;HRUN=4;LEN=3;MLLD=274.455;QD=59.9724;RBI=0.0176737;REFB=0;REVB=-0.0173847;RO=7;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.60325e-05;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:38:31:31:0:17:14:0:0:3:7:16:13:6:1 chr4 190903688 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2696;QD=26.6016;RBI=0.0440372;REFB=-0.0473406;REVB=0.0324218;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0190465;OID=.;OPOS=190903688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:0:2:7:1:0:2 chr4 190903938 . C T 423.52 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00547078;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.379;QD=18.2157;RBI=0.00607101;REFB=0.00992955;REVB=0.00263206;RO=49;SAF=31;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201963;STB=0.619941;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0087743;OID=.;OPOS=190903938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:50:43:43:0.462366:12:31:26:23:12:31:26:24 chr4 190903950 . A G 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.023022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.984;QD=17.7375;RBI=0.0240461;REFB=0.00150769;REVB=0.00694299;RO=50;SAF=30;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226034;STB=0.627055;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00310469;OID=.;OPOS=190903950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:12:30:25:25:12:30:25:25 chr4 190904645 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0685935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.646;QD=12.0157;RBI=0.071941;REFB=-0.00597338;REVB=0.0216894;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0054079;OID=.;OPOS=190904645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr4 190905505 . GA G 36.97 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0606927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7442;QD=9.24219;RBI=0.0868299;REFB=-0.0137923;REVB=-0.0620953;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105052;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=-0.000587387;OID=.;OPOS=190905506;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:16:6:16:10:4:2:5:5:36:10:3:2:5:5 chr4 190906015 . A G 197.14 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.0168105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.88;QD=8.96099;RBI=0.0580094;REFB=-0.00311603;REVB=0.0555202;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228601;STB=0.638454;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0135026;OID=.;OPOS=190906015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:61:62:26:26:0.295455:14:12:40:21:14:12:41:21 chr4 190906025 . G A 735.64 PASS AF=0.693182;AO=61;DP=88;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00246406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.372;QD=33.438;RBI=0.0336234;REFB=-0.0306022;REVB=0.033533;RO=27;SAF=41;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139003;STB=0.575125;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00655532;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:27:61:61:0.693182:20:41:12:15:20:41:12:15 chr4 190906043 . GGGC G 60.94 PASS AF=0.219178;AO=15;DP=74;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00163624;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=3;MLLD=210.579;QD=3.33895;RBI=0.00177499;REFB=-0.0076543;REVB=-0.00068798;RO=50;SAF=2;SAR=13;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.318945;SSSB=-0.62065;STB=0.88879;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0332312;OID=.;OPOS=190906044;OREF=GGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219178:15:74:16:73:57:2:14:37:20:60:50:2:13:33:17 chr4 190936390 . G T 33.45 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.0482156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.535;QD=1.08795;RBI=0.050179;REFB=7.84972e-06;REVB=-0.0138993;RO=111;SAF=9;SAR=1;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518172;STB=0.911668;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00172683;OID=.;OPOS=190936390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:111:113:10:10:0.0813008:1:9:47:64:1:9:48:65 chr4 190936397 . G C 320.39 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00600415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.534;QD=10.419;RBI=0.056015;REFB=-0.00429919;REVB=-0.0556923;RO=82;SAF=15;SAR=26;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158147;STB=0.591584;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00769514;OID=.;OPOS=190936397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:82:41:41:0.333333:26:15:41:41:26:15:41:41 chr5 140515 . C A 797.41 PASS AF=0.48538;AO=78;DP=170;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0215021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8595;QD=18.6529;RBI=0.021566;REFB=-0.0192653;REVB=-0.00165956;RO=92;SAF=38;SAR=40;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870817;STB=0.503455;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0202459;OID=.;OPOS=140515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:92:88:78:83:0.48538:40:38:44:48:43:40:43:45 chr5 163259 . GA G,GC 328.96 PASS AF=0.08,0.92;AO=3,21;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533997,0.0530559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.984,156.543;QD=52.6327;RBI=0.0627819,0.0597371;REFB=0,0;REVB=0.0330158,0.0274515;RO=0;SAF=1,12;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0668337,0.0014456;OID=.,.;OPOS=163260,163260;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.08,0.92:3,21:25:2,23:25:0:0,13:2,10:0:0:7:0:1,12:2,9:0:0 chr5 174106 . G A 444.85 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0125614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.832;QD=16.4759;RBI=0.0288091;REFB=-0.000701411;REVB=0.0259263;RO=58;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375154;STB=0.525104;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000787512;OID=.;OPOS=174106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:59:49:49:0.453704:26:23:25:33:26:23:25:34 chr5 181660 . T G 107.18 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0145756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.969;QD=9.52713;RBI=0.0260022;REFB=-0.022782;REVB=0.0215329;RO=31;SAF=9;SAR=0;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.704077;STB=0.787607;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0572511;OID=.;OPOS=181660;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:45:31:31:9:10:0.222222:0:9:20:11:1:9:20:11 chr5 181730 . C G 181.15 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0295876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.873;QD=11.6871;RBI=0.0980649;REFB=-0.011373;REVB=0.0934949;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111107;STB=0.569772;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0113624;OID=.;OPOS=181730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:39:23:23:0.370968:12:11:21:15:12:11:23:16 chr5 181762 . A G 172.07 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000606396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.361;QD=12.5144;RBI=0.0396788;REFB=-0.0132483;REVB=0.0396742;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685479;STB=0.568901;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0223485;OID=.;OPOS=181762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:34:34:19:21:0.381818:9:10:20:14:11:10:20:14 chr5 231111 . T C 435.15 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0299643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.11;QD=20.0068;RBI=0.0311068;REFB=-0.0148736;REVB=0.0083531;RO=42;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734871;STB=0.551125;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0164563;OID=.;OPOS=231111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:43:44:0.505747:23:20:23:19:24:20:24:19 chr5 311478 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0369154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.752;QD=17.2467;RBI=0.0389853;REFB=-0.0191261;REVB=0.0125342;RO=27;SAF=17;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274294;STB=0.658745;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0348222;OID=.;OPOS=311478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:4:17:16:11:4:17:16:11 chr5 315024 . T A 37.36 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0104719;FXX=0.0112347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.4362;QD=1.6981;RBI=0.0105025;REFB=-0.0144435;REVB=0.000801004;RO=73;SAF=9;SAR=1;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553272;STB=0.799401;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.109835;OID=.;OPOS=315024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:84:88:73:78:10:10:0.113636:1:9:32:41:2:8:36:42 chr5 436265 . G C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00343429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.431;QD=20.9025;RBI=0.0222954;REFB=-0.0136994;REVB=-0.0220293;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125917;STB=0.569691;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0124589;OID=.;OPOS=436265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:17:11:18:15:17:11 chr5 442586 . G C 101.92 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0581936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4426;QD=16.9862;RBI=0.074304;REFB=-0.0277687;REVB=-0.0462015;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402998;STB=0.736478;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0235745;OID=.;OPOS=442586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:4:7:2:10:4:8:2:10 chr5 442790 . G A 627.87 PASS AF=0.516393;AO=62;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0207022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.213;QD=20.586;RBI=0.0224708;REFB=-0.0131526;REVB=0.00873815;RO=59;SAF=44;SAR=18;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509274;STB=0.530716;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0159748;OID=.;OPOS=442790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:62:63:0.516393:18:44:39:20:18:45:39:20 chr5 453567 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00145377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.137;QD=12.0157;RBI=0.0298632;REFB=0.00624089;REVB=0.0298278;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00136343;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr5 462465 . C A 626.33 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0151592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.322;QD=20.3684;RBI=0.0170484;REFB=-0.0242491;REVB=0.00780041;RO=60;SAF=33;SAR=30;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799948;STB=0.544035;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0132361;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:30:33:26:34:30:33:26:34 chr5 475104 . A G 243.85 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0144725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.372;QD=15.2403;RBI=0.0304576;REFB=-0.0219722;REVB=-0.0267995;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131366;STB=0.567708;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0225192;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:10:18:18:17:10:18:19:17 chr5 482186 . C G 425.44 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0405602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8634;QD=24.311;RBI=0.0406629;REFB=-0.0302269;REVB=0.00288713;RO=28;SAF=24;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116904;STB=0.557326;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0203267;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:29:41:41:0.585714:17:24:12:16:17:24:13:16 chr5 601966 . T A 570.89 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0321128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4536;QD=17.5657;RBI=0.0412642;REFB=-0.0285147;REVB=0.0259134;RO=70;SAF=36;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708474;STB=0.539419;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0250398;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:24:36:37:33:24:36:37:33 chr5 640705 . A G 306.86 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0146816;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4173;QD=22.7303;RBI=0.0329852;REFB=-0.0310345;REVB=-0.0295376;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113075;STB=0.562459;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0228052;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:23:31:31:0.574074:13:18:10:13:13:18:10:13 chr5 665280 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0197499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.108;QD=14.1322;RBI=0.021529;REFB=0.00260926;REVB=-0.00856956;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04531;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00477323;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:16:15:10:9:16:15 chr5 678062 . A G 1859.17 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.494;QD=61.4602;RBI=0.0233251;REFB=0;REVB=0.0122555;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12206e-06;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr5 766910 . C T 2245.16 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=153;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00303153;FXX=0.0196066;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.82;QD=59.8709;RBI=0.009354;REFB=-0.00740644;REVB=0.00884914;RO=1;SAF=83;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569613;STB=0.502958;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-3.93576e-05;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:150:1:1:148:149:0.993333:65:83:1:0:65:84:1:0 chr5 767033 . A C 1014.93 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.121;QD=58.8364;RBI=0.0543299;REFB=0;REVB=0.027971;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235645;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:37:32:0:0 chr5 795933 . C G 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0759745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6386;QD=21.0624;RBI=0.0817439;REFB=0.00633246;REVB=0.0301653;RO=24;SAF=3;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484326;STB=0.777503;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0039317;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:21:3:13:11:21:3:13:11 chr5 795947 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0197561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.811;QD=22.7239;RBI=0.0213708;REFB=-0.0172932;REVB=0.00814914;RO=16;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321775;STB=0.684556;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0164609;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:18:2:5:11:18:2:5:11 chr5 825280 . C T 517.93 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0138198;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.291;QD=17.8595;RBI=0.0157876;REFB=-0.0137962;REVB=0.007633;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385157;STB=0.516781;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.027152;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:61:55:55:0.474138:28:27:27:33:28:27:28:33 chr5 837556 . T G 59.43 PASS AF=0.0875576;AO=19;DP=220;FAO=19;FDP=217;FR=.;FRO=198;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=99;FSRR=99;FWDB=0.0183149;FXX=0.0136357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.187;QD=1.09556;RBI=0.0261289;REFB=-0.000814797;REVB=-0.0186356;RO=200;SAF=16;SAR=3;SRF=99;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414025;STB=0.825138;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00510184;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:220:217:200:198:19:19:0.0875576:3:16:99:101:3:16:99:99 chr5 840342 . A G 973.24 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=177;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0165533;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.848;QD=22.119;RBI=0.0359743;REFB=-0.025334;REVB=-0.0319396;RO=82;SAF=50;SAR=44;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790324;STB=0.543207;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0279973;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:82:82:94:94:0.534091:44:50:36:46:44:50:36:46 chr5 840506 . C T 218.48 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00441865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.606;QD=31.2117;RBI=0.0130904;REFB=-0.000100406;REVB=-0.0123221;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148599;STB=0.582005;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=5.0182e-05;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:3:5:7:13:3:5 chr5 878525 . T A 498.76 PASS AF=0.301802;AO=67;DP=222;FAO=67;FDP=222;FR=.;FRO=155;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=97;FSRR=58;FWDB=-0.0456954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.035;QD=8.98665;RBI=0.0461384;REFB=-0.00741787;REVB=-0.00637773;RO=155;SAF=25;SAR=42;SRF=97;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297398;STB=0.672039;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0150963;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:155:155:67:67:0.301802:42:25:97:58:42:25:97:58 chr5 1009145 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.815;QD=53.2772;RBI=0.0527255;REFB=0;REVB=0.0527255;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300449;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr5 1009164 . G C 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.919;QD=15.2879;RBI=0.000740914;REFB=-0.0049005;REVB=-0.000740914;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0518352;OID=.;OPOS=1009164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:9:0:0:9:9:0:0:9 chr5 1033590 . G A 1180.24 PASS AF=0.534884;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=215;FR=.;FRO=100;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00866795;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0445;QD=21.958;RBI=0.0137043;REFB=-0.0127557;REVB=0.0106148;RO=99;SAF=61;SAR=54;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440694;STB=0.504868;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0112792;OID=.;OPOS=1033590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:99:100:115:115:0.534884:54:61:52:47:54:61:52:48 chr5 1038666 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0144225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.019;QD=18.7117;RBI=0.0147033;REFB=-0.00647333;REVB=-0.00285951;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356233;STB=0.701537;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0063997;OID=.;OPOS=1038666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:5:14:6:12:5:14 chr5 1052360 . C T 410.02 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0411618;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.339;QD=19.5245;RBI=0.0423809;REFB=-0.0197511;REVB=0.010092;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177596;STB=0.583582;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0118865;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:39:43:41:41:0.488095:22:19:26:13:22:19:27:16 chr5 1052505 . G A 264.87 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00322203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.613;QD=15.8132;RBI=0.0483576;REFB=-0.0069593;REVB=0.0482502;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590432;STB=0.527454;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00781021;OID=.;OPOS=1052505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:20:10:14:22:20:10:14:23 chr5 1057615 . A G 746.81 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.212;QD=63.5586;RBI=0.017078;REFB=0;REVB=0.0122209;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81453e-07;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 1063998 . G A 1510.7 PASS AF=0.545113;AO=145;DP=267;FAO=145;FDP=266;FR=.;FRO=121;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.0084276;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.15;QD=22.7173;RBI=0.0236068;REFB=-0.0131055;REVB=0.0220512;RO=115;SAF=72;SAR=73;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780844;STB=0.500311;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0117042;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:115:121:145:145:0.545113:73:72:56:59:73:72:60:61 chr5 1065399 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00883634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.659;QD=15.643;RBI=0.0127053;REFB=-0.00644334;REVB=0.00912929;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00995111;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:18:11:11:9:18:11 chr5 1074818 . C T 257.13 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0292258;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.265;QD=22.8563;RBI=0.033984;REFB=-0.0183879;REVB=0.0173426;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014;STB=0.505699;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.016245;OID=.;OPOS=1074818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:21:24:24:0.533333:14:10:8:12:14:10:9:12 chr5 1081702 . A G 376.04 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0100831;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5719;QD=20.6049;RBI=0.0358476;REFB=-0.00780296;REVB=-0.0344003;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166742;STB=0.572826;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0118599;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:35:38:38:0.520548:17:21:13:23:17:21:14:21 chr5 1081767 . C T 357.23 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0395402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.244;QD=16.8108;RBI=0.0401119;REFB=-0.0226267;REVB=0.00674765;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835438;STB=0.553486;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0277515;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:38:38:0.447059:23:15:22:24:23:15:23:24 chr5 1294086 . C T 1443.89 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.291;QD=62.1028;RBI=0.0508235;REFB=-0.0712042;REVB=0.0206418;RO=1;SAF=60;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525924;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:93:1:0:91:93:1:31:60:1:0:32:61:0:0 chr5 1364242 . C G 113.01 PASS AF=0.466667;AO=8;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0472554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6278;QD=15.0681;RBI=0.047307;REFB=-0.0043055;REVB=0.00220978;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405711;STB=0.52937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00233342;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:8:14:0.466667:2:6:6:10:8:6:6:10 chr5 1364617 . G C 157.86 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.113902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.694;QD=12.3815;RBI=0.114432;REFB=-0.018503;REVB=-0.011005;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210579;STB=0.603663;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0408915;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:28:32:19:19:0.372549:7:12:12:16:7:12:15:17 chr5 1463203 . A T 131.1 PASS AF=0.64;AO=11;DP=21;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0341063;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.1528;QD=20.9763;RBI=0.0699963;REFB=-0.0664598;REVB=0.0611249;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.571347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0347004;OID=.;OPOS=1463203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:21:25:9:9:11:16:0.64:3:8:8:1:4:12:8:1 chr5 1466919 . G A 405.7 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00455291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.966;QD=17.2638;RBI=0.0146149;REFB=0.000129972;REVB=0.0138876;RO=52;SAF=14;SAR=27;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145791;STB=0.586424;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-7.08667e-05;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:27:14:25:27:28:14:25:27 chr5 1494909 . C T 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0461315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.244;QD=22.0083;RBI=0.0462034;REFB=-0.0163264;REVB=0.0025776;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191127;STB=0.60509;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.018278;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:9:22:18:20:9:22 chr5 1708983 . G A 141.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0144385;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.779;QD=22.6716;RBI=0.0325528;REFB=-0.0380235;REVB=0.0291756;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187356;STB=0.567485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.025377;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:26:25:11:10:15:15:0.6:4:11:10:1:3:12:9:1 chr5 1880865 . T C 404.37 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0167765;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.205;QD=18.8077;RBI=0.0168407;REFB=-0.019376;REVB=-0.00146941;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127802;STB=0.575999;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0189555;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:40:41:0.476744:16:24:21:24:16:25:21:24 chr5 2184901 . C T 1650.85 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0424183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.822;QD=55.9612;RBI=0.0429462;REFB=-0.180346;REVB=-0.00671295;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150689;STB=0.510772;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00135327;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:118:118:2:5:113:113:0.957627:51:62:2:0:51:62:4:1 chr5 3600334 . T C 346.31 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0168076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.263;QD=12.4796;RBI=0.0479771;REFB=-0.0098138;REVB=-0.0449367;RO=69;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600019;STB=0.534177;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0146263;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:23:19:35:34:23:19:35:34 chr5 3610658 . T C 236.14 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0170373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8598;QD=10.9834;RBI=0.0191535;REFB=-0.00378815;REVB=0.00875152;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313172;STB=0.684093;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00491869;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:57:29:29:0.337209:17:12:39:17:17:12:40:17 chr5 5126260 . C CATCT 154.47 PASS AF=0.25;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0190943;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.58;QD=7.02137;RBI=0.0242594;REFB=-0.0108286;REVB=-0.0149642;RO=67;SAF=9;SAR=13;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281395;STB=0.66552;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=0.0334807;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:22:89:22:88:66:9:13:42:24:99:67:9:13:43:24 chr5 5126265 . C A 35.4 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0358938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2712;QD=1.47508;RBI=0.0383161;REFB=-0.00364216;REVB=-0.0134073;RO=87;SAF=7;SAR=2;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331365;STB=0.762437;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0697487;OID=.;OPOS=5126265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:87:87:9:9:0.09375:2:7:43:44:2:7:43:44 chr5 5146377 . T C 296.09 PASS AF=0.44;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00397486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.137;QD=15.7914;RBI=0.0168324;REFB=-0.00819582;REVB=-0.0163563;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791833;STB=0.565616;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0156591;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:41:42:31:33:0.44:19:12:19:22:21:12:20:22 chr5 5146395 . A G 393.29 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0158307;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.674;QD=22.1574;RBI=0.016765;REFB=-0.0149338;REVB=-0.0055183;RO=32;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128746;STB=0.57098;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00926334;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:17:22:13:19:17:22:13:19 chr5 5200281 . C T 718.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779196;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.956;QD=63.8437;RBI=0.0298038;REFB=0;REVB=0.0287672;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74777e-05;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr5 5209210 . G A 207.87 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0459468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.24;QD=13.4112;RBI=0.0477954;REFB=-0.0361899;REVB=-0.013164;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174696;STB=0.59992;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0371392;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:21:16:15:10:21:16 chr5 5239921 . C T 837.81 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.014575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.979;QD=18.515;RBI=0.0151398;REFB=-0.0154061;REVB=0.00409646;RO=92;SAF=29;SAR=57;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877827;STB=0.559196;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.019026;OID=.;OPOS=5239921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:95:86:86:0.475138:57:29:39:53:57:29:42:53 chr5 5240002 . C A 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0268198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.225;QD=14.8508;RBI=0.0274173;REFB=-0.0191864;REVB=0.00569278;RO=64;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101705;STB=0.557069;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0192943;OID=.;OPOS=5240002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:24:23:25:39:24:23:25:39 chr5 5436609 . G A 1856.79 PASS AF=0.478481;AO=182;DP=394;FAO=189;FDP=395;FR=.;FRO=206;FSAF=95;FSAR=94;FSRF=112;FSRR=94;FWDB=0.00295026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.473;QD=18.8029;RBI=0.00592041;REFB=-0.002967;REVB=-0.00513295;RO=202;SAF=94;SAR=88;SRF=111;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316483;STB=0.521408;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00349605;OID=.;OPOS=5436609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:395:202:206:182:189:0.478481:88:94:111:91:94:95:112:94 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTTT,TATTTTT 178.83 PASS AF=0.1,0.6,0;AO=2,23,2;DP=51;FAO=5,30,0;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=5,5,0;FSAR=0,25,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00449545,0.0364143,5.50835e-05;FXX=0.0384541;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=158.778,9.14899,85.9765;QD=14.3061;RBI=0.0446548,0.12948,0.136694;REFB=0.0151602,0.0218137,-0.00462034;REVB=-0.0444279,-0.124254,-0.136694;RO=15;SAF=2,1,0;SAR=0,22,2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.528044,-0.646117,-0.554201;STB=0.997604,0.645051,0.5;STBP=0.015,0.018,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.168825,0.037235,0;OID=.,.,.;OPOS=5457730,5457725,5457724;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTT,TATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:51:50:15:15:2,23,2:5,30,0:0.1,0.6,0:0,22,2:2,1,0:8:7:0,25,0:5,5,0:7:8 chr5 5460569 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.027256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9294;QD=15.6262;RBI=0.0298621;REFB=-0.0250398;REVB=0.0122007;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021328;STB=0.501227;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.030397;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:17:10:7:12:17:10 chr5 5460619 . G C 229.51 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00840004;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.393;QD=16.1056;RBI=0.0285896;REFB=-0.00312935;REVB=0.0273277;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104487;STB=0.55886;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00319088;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:20:11:12:14:20:11 chr5 5462148 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0575001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.587;QD=12.8683;RBI=0.0668988;REFB=-0.00314588;REVB=-0.0341933;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00265875;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:10:6:8:3:10:6 chr5 6602544 . T C 1245.36 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3034;QD=61.4992;RBI=0.0454555;REFB=0;REVB=0.0301622;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22187e-05;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr5 6604787 . C T 860.08 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.561;QD=54.6084;RBI=0.031383;REFB=-0.110665;REVB=0.0164061;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000930447;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:34:27:1:0:34:27:2:0 chr5 7826853 . G A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0162448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.568;QD=15.7909;RBI=0.0171696;REFB=0.00469566;REVB=-0.00555919;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199725;STB=0.618108;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00559089;OID=.;OPOS=7826853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:14:17:13:25:14:17:13:26 chr5 7866821 . T C 280.59 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0199334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1124;QD=14.3892;RBI=0.0210421;REFB=-0.00632446;REVB=0.00674005;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903964;STB=0.55125;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0119682;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:16:16:27:19:16:16:27:19 chr5 7866967 . G C 1480.01 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.771;QD=58.6144;RBI=0.011277;REFB=-0.0700581;REVB=0.00453381;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000282405;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:46:54:1:0:46:54:1:0 chr5 7868030 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000464635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.697;QD=62.6146;RBI=0.00445566;REFB=0;REVB=0.00443137;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0694e-06;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr5 7870973 . A G 732.27 PASS AF=0.489796;AO=70;DP=147;FAO=72;FDP=147;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0128461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.029;QD=19.9257;RBI=0.0204069;REFB=-0.00657292;REVB=-0.0158563;RO=75;SAF=24;SAR=46;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972082;STB=0.542571;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00572522;OID=.;OPOS=7870973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:75:70:72:0.489796:46:24:33:42:46:26:33:42 chr5 7889216 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0110424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.558;QD=15.419;RBI=0.0138447;REFB=-0.00299417;REVB=-0.00835112;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581729;STB=0.526846;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00444231;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:13:19:22:19:13:19:23:19 chr5 7889304 . C T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0102688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.444;QD=17.1583;RBI=0.0239878;REFB=-0.0120859;REVB=0.0216787;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351019;STB=0.519669;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0178183;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:23:21:19:18:23:21 chr5 7891506 . C G 244.88 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00168386;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.549;QD=17.4911;RBI=0.00548962;REFB=-0.00530309;REVB=-0.005225;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948121;STB=0.553153;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00478797;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:18:11:13:14:18:11 chr5 8620513 . G A 130.26 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0122797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3289;QD=13.3602;RBI=0.0125981;REFB=0.00221325;REVB=0.00281422;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.610949;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00436088;OID=.;OPOS=8620513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:12:3:8:14:12:3:8:16 chr5 9041924 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.77;QD=62.9816;RBI=0.0640869;REFB=0;REVB=0.0612832;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412444;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr5 9041935 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.708;QD=62.9814;RBI=0.0350339;REFB=0;REVB=-0.0194027;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13121e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr5 9053945 . C T 165.93 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3241;QD=44.2486;RBI=0.0656732;REFB=0;REVB=-0.0620756;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494785;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr5 9108333 . C T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.027375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.717;QD=14.4199;RBI=0.0288547;REFB=0.00723649;REVB=0.00912168;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121727;STB=0.569326;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0104412;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:19:18:10:17:19:18 chr5 9122926 . C T 194.8 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0297036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.49;QD=12.3683;RBI=0.0302028;REFB=-0.0312957;REVB=-0.00546857;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103749;STB=0.530096;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0517894;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:36:39:24:24:0.380952:13:11:13:23:13:11:16:23 chr5 9190404 . G A 1434.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.636;QD=63.0485;RBI=0.0331131;REFB=0;REVB=0.017961;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66854e-05;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr5 9265584 . G A 457.56 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0077251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.461;QD=20.5645;RBI=0.00773294;REFB=-0.0012564;REVB=0.000348233;RO=44;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172116;STB=0.5954;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00124221;OID=.;OPOS=9265584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:17:28:19:25:17:28:19:25 chr5 9265602 . C T 1377.11 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.595;QD=62.5959;RBI=0.0196565;REFB=0;REVB=-0.0135581;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69165e-05;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr5 9280957 . C A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000643069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2786;QD=60.6024;RBI=0.0207586;REFB=0;REVB=-0.0207486;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115029;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr5 9629529 . G A 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0241939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.742;QD=12.5685;RBI=0.0273537;REFB=-0.0139007;REVB=-0.0127623;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147931;STB=0.587663;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0232034;OID=.;OPOS=9629529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:10:16:11:4:10:16 chr5 10237036 . A G 704.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.642;QD=62.6096;RBI=0.0169507;REFB=0;REVB=0.010999;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25325e-06;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr5 10239261 . G A 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00081541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.155;QD=57.2272;RBI=0.0059474;REFB=0;REVB=0.00589123;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98533e-05;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr5 10239278 . C T 1006.92 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053827;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.504;QD=59.2307;RBI=0.00948938;REFB=0;REVB=-0.00781504;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103904;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr5 10250430 . G A 1556.41 PASS AF=0.957265;AO=108;DP=116;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0584748;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.1927;QD=53.2105;RBI=0.138872;REFB=-0.156579;REVB=0.125961;RO=5;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251634;STB=0.50504;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00938992;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:116:117:5:5:108:112:0.957265:54:54:1:4:58:54:3:2 chr5 10250443 . T C 1930.57 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00138337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.167;QD=60.3304;RBI=0.00456762;REFB=-0.110371;REVB=-0.0043531;RO=0;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000154606;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:126:127:0.992188:66:60:0:0:67:60:0:1 chr5 10254817 . A G 1059.12 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000569473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.695;QD=59.6687;RBI=0.0450765;REFB=0;REVB=0.045073;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87611e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:30:38:0:0:32:39:0:0 chr5 10256161 . T C 1171.5 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.487;QD=60.8574;RBI=0.0486657;REFB=0;REVB=0.00726484;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024718;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr5 10261966 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7797;QD=57.7085;RBI=0.0506873;REFB=0;REVB=-0.047971;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326479;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 10564846 . C T 1123.0 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0690218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6579;QD=55.4566;RBI=0.0715247;REFB=-0.118518;REVB=0.0187556;RO=3;SAF=29;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327153;STB=0.506465;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00697347;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:3:4:77:77:0.950617:48:29:1:2:48:29:2:2 chr5 10624866 . T G 136.26 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0167988;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.97;QD=8.51638;RBI=0.0175963;REFB=-0.00729721;REVB=0.00523736;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573845;STB=0.526288;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0232093;OID=.;OPOS=10624866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:10:9:23:21:10:9:23:22 chr5 10624887 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.905;QD=58.9626;RBI=0.0128059;REFB=0;REVB=-0.00303564;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33461e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr5 10638180 . T C 1351.91 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.434;QD=62.1567;RBI=0.0106655;REFB=0;REVB=0.0047451;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2996e-05;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr5 10649784 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0161969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9712;QD=13.6304;RBI=0.0446456;REFB=-0.0458624;REVB=0.0416039;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0433949;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr5 10761182 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.139135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0063;QD=14.0426;RBI=0.149638;REFB=-0.00676787;REVB=-0.0550716;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00908882;OID=.;OPOS=10761182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr5 10973727 . G A 1013.7 PASS AF=0.5;AO=96;DP=195;FAO=99;FDP=198;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.000911977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.892;QD=20.4788;RBI=0.0135776;REFB=-0.023794;REVB=0.013547;RO=99;SAF=41;SAR=55;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445775;STB=0.52564;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0225742;OID=.;OPOS=10973727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:99:99:96:99:0.5:55:41:47:52:57:42:47:52 chr5 13701470 . C A 320.63 PASS AF=0.507246;AO=30;DP=64;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0741353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8759;QD=18.5873;RBI=0.0741407;REFB=-0.0164107;REVB=-0.000893313;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754039;STB=0.521979;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.030845;OID=.;OPOS=13701470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:34:34:30:35:0.507246:17:13:15:19:18:17:15:19 chr5 13701525 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00297529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.393;QD=15.6257;RBI=0.0192753;REFB=-0.0045425;REVB=0.0190442;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037855;STB=0.531112;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00362939;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:11:6:7:15:11:6:7:16 chr5 13701536 . T C 128.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=27;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.064454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.559;QD=17.1404;RBI=0.0650128;REFB=-0.0364978;REVB=0.00850597;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374254;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:15:15:12:15:0.5:9:3:5:10:10:5:5:10 chr5 13708284 . C T 544.32 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0434143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.283;QD=15.4416;RBI=0.0451272;REFB=-0.00408602;REVB=-0.0123154;RO=82;SAF=37;SAR=22;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15993;STB=0.589864;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00797136;OID=.;OPOS=13708284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:82:59:59:0.41844:22:37:39:43:22:37:39:43 chr5 13717471 . T C 372.45 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0103636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.22;QD=15.202;RBI=0.0145857;REFB=-0.0109811;REVB=-0.0102635;RO=58;SAF=29;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336705;STB=0.691109;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0219056;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:11:29:24:34:11:29:24:34 chr5 13719018 . G A 373.45 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00100931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.481;QD=14.7901;RBI=0.00141337;REFB=0.00261948;REVB=-0.000989396;RO=58;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231517;STB=0.514844;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00381949;OID=.;OPOS=13719018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:58:59:41:42:0.415842:21:20:27:31:21:21:28:31 chr5 13719022 . T G 361.25 PASS AF=0.41;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0354679;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9568;QD=14.4498;RBI=0.0360152;REFB=-0.0189173;REVB=0.00625506;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00911926;STB=0.522173;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0611374;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:57:59:40:41:0.41:20:20:28:29:20:21:28:31 chr5 13719089 . G A 283.23 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0048951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.721;QD=12.5882;RBI=0.00716098;REFB=-0.0100106;REVB=-0.00522663;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112912;STB=0.564825;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0151553;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:19:14:30:27:19:14:30:27 chr5 13737444 . G A 588.28 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0254908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6181;QD=19.9417;RBI=0.0320638;REFB=-0.0109653;REVB=0.0194501;RO=58;SAF=31;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000512771;STB=0.500283;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112976;OID=.;OPOS=13737444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:29:31:30:28:29:31:30:28 chr5 13788886 . C A 305.39 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0164173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3516;QD=17.704;RBI=0.0273016;REFB=-0.0223845;REVB=-0.021814;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742877;STB=0.559192;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0269503;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:21:12:15:19:21:12:17:19 chr5 13811775 . T C 285.63 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00457119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1704;QD=13.1323;RBI=0.0104852;REFB=-0.0193746;REVB=-0.00943634;RO=54;SAF=22;SAR=11;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871193;STB=0.549969;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0372075;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:11:22:32:22:11:22:32:22 chr5 13829799 . G A 549.67 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0177607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.493;QD=23.8987;RBI=0.018001;REFB=-0.0131115;REVB=0.00293143;RO=41;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140121;STB=0.507689;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00959931;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:24:27:21:20:24:27:21:20 chr5 13845045 . G A 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0111388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.88;QD=25.6382;RBI=0.0145405;REFB=-0.0282787;REVB=-0.00934628;RO=33;SAF=26;SAR=22;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284297;STB=0.501554;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0167636;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:22:26:18:15:22:26:18:15 chr5 13864728 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0105354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.157;QD=17.588;RBI=0.0138006;REFB=-0.015646;REVB=-0.00891414;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212105;STB=0.619897;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0159722;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:8:20:11:11:8:20 chr5 13865980 . T C 178.08 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00603617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.797;QD=14.8396;RBI=0.0205015;REFB=-0.0182399;REVB=0.0195928;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24096;STB=0.638569;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0168021;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:10:19:8:11:10:19 chr5 13894894 . T A 546.01 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0343011;FXX=0.0183469;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8472;QD=20.4116;RBI=0.0343743;REFB=-0.071463;REVB=0.00224171;RO=48;SAF=32;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606376;STB=0.54837;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0564665;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:48:51:56:56:0.523364:24:32:24:24:24:32:24:27 chr5 13900345 . A G 2170.29 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516199;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.771;QD=63.3661;RBI=0.0187058;REFB=0;REVB=0.0179794;RO=0;SAF=76;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86782e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:61:76:0:0:61:76:0:0 chr5 13902220 . T C 400.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0519118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.956;QD=53.3646;RBI=0.058252;REFB=-0.0935182;REVB=0.0264284;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0020551;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:1:0 chr5 13913885 . A G 2300.86 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00807896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.653;QD=60.1531;RBI=0.0148395;REFB=-0.0577621;REVB=-0.0124476;RO=1;SAF=79;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598343;STB=0.503144;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000134062;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:73:79:1:0:73:79:1:0 chr5 13931340 . C T 871.15 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00701864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9289;QD=56.2033;RBI=0.00707698;REFB=-0.0873047;REVB=0.000906818;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00224526;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr5 13944512 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9935;QD=57.1766;RBI=0.00736785;REFB=0;REVB=0.00538339;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6369e-06;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr5 14184022 . G A 900.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146878;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.035;QD=58.0862;RBI=0.0296097;REFB=0;REVB=-0.02571;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21246e-05;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:22:39:0:0:22:40:0:0 chr5 14184079 . G A 834.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4371;QD=57.5367;RBI=0.0458927;REFB=0;REVB=0.000367643;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371794;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr5 14420027 . A C 1305.77 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2134;QD=60.7336;RBI=0.0682397;REFB=-0.028579;REVB=0.0503049;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129756;STB=0.506665;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00562941;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:36:48:0:1:37:48:0:1 chr5 14488160 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0194017;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=326.695;QD=16.4544;RBI=0.0206428;REFB=-0.00863596;REVB=0.00704986;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00467741;OID=.;OPOS=14488160;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr5 14498727 . G A 188.27 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0217576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.115;QD=14.2091;RBI=0.0482682;REFB=-0.0224668;REVB=0.0430862;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191462;STB=0.599909;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0285116;OID=.;OPOS=14498727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:9:13:12:18:9:13:13:18 chr5 14741984 . T C 805.96 PASS AF=0.506173;AO=82;DP=162;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00631591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.957;QD=19.9003;RBI=0.0182111;REFB=-0.0129804;REVB=0.0170808;RO=80;SAF=51;SAR=31;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442605;STB=0.524353;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00852708;OID=.;OPOS=14741984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:80:80:82:82:0.506173:31:51:46:34:31:51:46:34 chr5 14871635 . A AG 76.37 PASS AF=0.611111;AO=4;DP=21;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.19714;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.45;QD=16.9718;RBI=0.198154;REFB=-0.091764;REVB=0.0200182;RO=16;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086955;STB=0.740184;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.00884867;OID=.;OPOS=14871636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:4:21:11:18:7:1:10:3:4:45:16:1:3:5:11 chr5 14871645 . C G 38.22 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.26;QD=25.4767;RBI=0.0343459;REFB=-0.0121486;REVB=0.0343459;RO=2;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117024;OID=.;OPOS=14871645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:6:2:1:4:5:0.833333:4:0:1:1:5:0:0:1 chr5 15928163 . C T 118.83 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00660869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.087;QD=22.6334;RBI=0.013756;REFB=-0.01974;REVB=0.0120645;RO=7;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132449;STB=0.563996;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00381136;OID=.;OPOS=15928163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:11:2:1:6:11:2:2:6 chr5 16673975 . C G 615.15 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176739;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.742;QD=61.5148;RBI=0.024375;REFB=0;REVB=0.0167861;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157299;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:28:10:0:0:29:11:0:0 chr5 16766269 . T C 409.81 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.016113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.093;QD=20.7501;RBI=0.0285755;REFB=0.000169477;REVB=0.0235994;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392928;STB=0.521729;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-2.93621e-05;OID=.;OPOS=16766269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:23:18:15:23:23:18:15:23 chr5 16794916 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0193336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2089;QD=18.767;RBI=0.0309751;REFB=-0.0100789;REVB=0.0242006;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0063662;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr5 17240819 . A G 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0839606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.492;QD=22.4044;RBI=0.0859317;REFB=-0.0176618;REVB=0.0182995;RO=29;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136012;STB=0.575179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0395191;OID=.;OPOS=17240819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:25:12:14:15:25:12:14:15 chr5 17345804 . C A 589.78 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00920229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.471;QD=24.0726;RBI=0.0219047;REFB=-0.010557;REVB=0.019878;RO=44;SAF=28;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523069;STB=0.52869;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00788897;OID=.;OPOS=17345804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:26:28:20:24:26:28:20:24 chr5 19721490 . T C 2469.72 PASS AF=0.97093;AO=162;DP=170;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.029552;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9486;QD=57.4354;RBI=0.0431239;REFB=-0.0785542;REVB=0.0314062;RO=6;SAF=57;SAR=105;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354185;STB=0.513526;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00872441;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:170:172:6:5:162:167:0.97093:105:57:5:1:106:61:4:1 chr5 23526968 . T C 36.99 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.019203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8034;QD=8.70324;RBI=0.0258917;REFB=-0.0450118;REVB=-0.0173674;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339569;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.191038;OID=.;OPOS=23526968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:17:9:10:5:7:0.411765:1:4:7:2:1:6:8:2 chr5 24910721 . C G 637.63 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3394;QD=59.3147;RBI=0.0204074;REFB=-0.0291461;REVB=0.00395258;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.007483;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:1:0:21:21:1:0 chr5 26198575 . G T 1833.48 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8585;QD=61.1158;RBI=0.0432374;REFB=0;REVB=-0.00370978;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246752;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:54:65:0:0:54:66:0:0 chr5 26198591 . C T 1934.17 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.857;QD=61.8936;RBI=0.0243761;REFB=0;REVB=0.00510032;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8076e-05;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:123:125:1:58:65:0:0:59:66:0:0 chr5 26903557 . G A 320.02 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0117332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.752;QD=13.6178;RBI=0.0712124;REFB=-0.0142362;REVB=-0.0702392;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221516;OID=.;OPOS=26903557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:50:58:36:36:0.382979:18:18:28:22:18:18:29:29 chr5 31302288 . C T 491.05 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0270921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6671;QD=20.0427;RBI=0.0407893;REFB=-0.0161517;REVB=-0.0304925;RO=50;SAF=26;SAR=22;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356291;STB=0.519751;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0182297;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:22:26:29:21:22:26:29:21 chr5 31317494 . C T 373.27 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.11169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9378;QD=15.3927;RBI=0.121244;REFB=-0.00231007;REVB=0.0471749;RO=57;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125909;STB=0.571027;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00189187;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:21:19:34:23:21:19:34:23 chr5 31317529 . A G 346.3 PASS AF=0.395833;AO=37;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00593289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.642;QD=14.4292;RBI=0.00709027;REFB=0.00520031;REVB=0.00388237;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166336;STB=0.589024;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00841773;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:58:37:38:0.395833:22:15:32:25:22:16:33:25 chr5 31317952 . T C 383.6 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0041247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.429;QD=20.1892;RBI=0.0166124;REFB=-0.00226692;REVB=0.0160922;RO=37;SAF=24;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115805;STB=0.564282;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00262235;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:15:24:18:19:15:24:18:19 chr5 31409252 . A G 273.29 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00393653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.792;QD=26.0274;RBI=0.00795131;REFB=-0.0131832;REVB=0.00690848;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171409;STB=0.59992;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00541508;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:24:25:0.595238:14:10:11:6:15:10:11:6 chr5 31423007 . T C 1777.95 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149496;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.036;QD=60.7845;RBI=0.0173618;REFB=0;REVB=0.00882837;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96001e-05;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr5 31538692 . A C 727.8 PASS AF=0.589744;AO=66;DP=114;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00352905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.488;QD=24.8819;RBI=0.0293952;REFB=-0.014236;REVB=0.0291826;RO=48;SAF=25;SAR=41;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160473;STB=0.593055;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0137697;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:48:48:66:69:0.589744:41:25:28:20:44:25:28:20 chr5 32058115 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.538;QD=62.0218;RBI=0.0320755;REFB=0;REVB=-0.00247545;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108272;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 32087253 . A G 589.43 PASS AF=0.430464;AO=64;DP=150;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0169967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.617;QD=15.6141;RBI=0.0174325;REFB=-0.025548;REVB=-0.00387362;RO=86;SAF=37;SAR=27;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151231;STB=0.587801;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0279914;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:86:86:64:65:0.430464:27:37:37:49:27:38:37:49 chr5 32087374 . A G 264.41 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00492885;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=12.7429;RBI=0.00704957;REFB=-0.0109433;REVB=0.00504013;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120924;STB=0.560581;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0264056;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:52:31:31:0.373494:18:13:16:35:18:13:17:35 chr5 32087801 . CA C 39.16 PASS AF=0.545455;AO=2;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0860325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=14.2408;RBI=0.0915611;REFB=-0.0212402;REVB=0.0313344;RO=3;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473628;STB=0.805371;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0122097;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:2:10:6:11:5:1:5:4:1:30:3:1:1:3:0 chr5 32403346 . C T 2293.16 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4919;QD=63.699;RBI=0.0240798;REFB=0;REVB=0.00298683;RO=0;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.25873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46913e-05;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:81:63:0:0:81:63:0:0 chr5 32594752 . C T 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.015979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.566;QD=12.326;RBI=0.0290437;REFB=-0.00982881;REVB=-0.024253;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229905;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0296116;OID=.;OPOS=32594752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:7:10:4:7:7:10 chr5 32789852 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.142;QD=59.8385;RBI=0.0248311;REFB=0;REVB=-0.00647877;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120333;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr5 32790616 . T C 1989.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.426;QD=62.1772;RBI=0.00583499;REFB=0;REVB=-0.00546389;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77803e-06;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr5 33278049 . T C 919.91 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.104;QD=58.407;RBI=0.0036261;REFB=0;REVB=0.00260166;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87807e-05;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 33535060 . G A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.045133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1891;QD=17.8383;RBI=0.0470751;REFB=0.0210603;REVB=0.0133817;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147527;STB=0.545392;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0349469;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:10:4:2:11:10:4:3:11 chr5 33751454 . A T 224.52 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00269241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.758;QD=20.4112;RBI=0.0674075;REFB=-0.00394259;REVB=0.0673537;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186486;STB=0.590083;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00186752;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:9:12:8:14:10:12:8:14 chr5 33938447 . G A 400.28 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000407975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.569;QD=53.3712;RBI=0.0359967;REFB=-0.114974;REVB=0.0359944;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000883448;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:0:1:9:20:0:1 chr5 33954511 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.655;QD=60.7161;RBI=0.0506152;REFB=0;REVB=0.048251;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18877e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr5 33989503 . C G 217.78 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0543011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3762;QD=13.6109;RBI=0.0595828;REFB=-0.0265175;REVB=0.0245256;RO=38;SAF=21;SAR=5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240597;STB=0.639304;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0362929;OID=.;OPOS=33989503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:5:21:24:14:5:21:24:14 chr5 33989518 . C T 868.72 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.243;QD=57.9148;RBI=0.0707454;REFB=0;REVB=0.0480954;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160749;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:21:39:0:0 chr5 33998883 . A G 773.74 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0628574;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9661;QD=50.7368;RBI=0.0628641;REFB=-0.0672877;REVB=0.000921901;RO=4;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553863;STB=0.529402;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00523577;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:62:61:4:4:57:57:0.934426:32:25:0:4:32:25:0:4 chr5 34020277 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.529;QD=59.839;RBI=0.0267672;REFB=0;REVB=0.00818847;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018056;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr5 34038537 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.161;QD=59.8531;RBI=0.0209614;REFB=0;REVB=-0.0192643;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03723e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr5 34802384 . A G 1084.67 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528603;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.258;QD=60.2596;RBI=0.0529063;REFB=0;REVB=-0.00220747;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120095;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr5 34807928 . C T 1248.72 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172199;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.736;QD=61.665;RBI=0.0205689;REFB=0;REVB=-0.0112496;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68173e-05;OID=.;OPOS=34807928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr5 34811137 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.862;QD=57.0008;RBI=0.018508;REFB=0;REVB=0.0161251;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3505e-05;OID=.;OPOS=34811137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr5 34824555 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.932;QD=42.1826;RBI=0.0244017;REFB=0;REVB=0.0120665;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260948;OID=.;OPOS=34824555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 34840841 . A G 152.93 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0109445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.831;QD=13.9029;RBI=0.0171543;REFB=-0.00623045;REVB=-0.0132094;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186684;STB=0.625228;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0134804;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:27:16:17:0.386364:6:10:21:6:7:10:21:6 chr5 34862125 . C T 1701.33 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0141724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.272;QD=58.6665;RBI=0.0143094;REFB=0.0292969;REVB=0.0019752;RO=2;SAF=58;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160906;STB=0.508473;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000318844;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:56:58:2:0:56:58:2:0 chr5 34998877 . C A 584.99 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0136545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9537;QD=25.7138;RBI=0.0446888;REFB=-0.0107238;REVB=-0.0425517;RO=38;SAF=24;SAR=29;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763085;STB=0.541703;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00718506;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:29:24:21:17:29:24:21:17 chr5 35010138 . A G 684.39 PASS AF=0.476821;AO=65;DP=146;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0594223;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.9;QD=18.1296;RBI=0.059871;REFB=-0.0147003;REVB=-0.00731628;RO=78;SAF=40;SAR=25;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779716;STB=0.560272;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0218995;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:151:78:79:65:72:0.476821:25:40:42:36:25:47:43:36 chr5 35033605 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00941899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.335;QD=22.583;RBI=0.0186477;REFB=-0.00536579;REVB=0.0160941;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068799;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00629772;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:13:11:14:12:13:11 chr5 35037115 . C T 1061.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.159;QD=59.7884;RBI=0.0157982;REFB=0;REVB=0.0098648;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49895e-05;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:37:34:0:0 chr5 35039486 . C T 309.04 PASS AF=0.36;AO=34;DP=98;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00285905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.048;QD=12.3616;RBI=0.00710877;REFB=-0.00829231;REVB=-0.00650849;RO=62;SAF=24;SAR=10;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173929;STB=0.614361;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0137921;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:62:64:34:36:0.36:10:24:35:27:10:26:36:28 chr5 35641582 . A C 305.58 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.01008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.888;QD=10.7221;RBI=0.0100841;REFB=-0.0036081;REVB=0.000288615;RO=75;SAF=15;SAR=24;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271566;STB=0.656007;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.005867;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:24:15:47:28:24:15:47:28 chr5 35643615 . G A 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0220585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.186;QD=17.6903;RBI=0.0305531;REFB=0.00326996;REVB=-0.0211403;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418656;STB=0.513172;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00443022;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:13:12:11:10:13:13 chr5 35644621 . T C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2927;QD=64.1416;RBI=0.0469525;REFB=0;REVB=0.0276318;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011081;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr5 35654711 . C T 646.43 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0198339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.875;QD=16.7905;RBI=0.0204948;REFB=0.00299317;REVB=-0.00516282;RO=84;SAF=42;SAR=28;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290018;STB=0.516124;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00403162;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:28:42:48:36:28:42:48:36 chr5 35692775 . T A 640.29 PASS AF=0.438596;AO=63;DP=160;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0541396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.454;QD=14.9776;RBI=0.0557114;REFB=-0.007401;REVB=0.01314;RO=96;SAF=32;SAR=31;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419477;STB=0.500468;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0103568;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:171:96:96:63:75:0.438596:31:32:45:51:39:36:46:50 chr5 35695915 . A C 391.42 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.011969;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5594;QD=15.3498;RBI=0.017402;REFB=-0.012849;REVB=-0.0126322;RO=57;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173225;STB=0.606214;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0101753;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:43:44:0.431373:19:24:22:35:19:25:22:36 chr5 35700598 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0202265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.866;QD=21.0134;RBI=0.0222336;REFB=-0.0278577;REVB=-0.00923156;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230775;STB=0.63353;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0303121;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:3:4:9:2:3:4 chr5 35702306 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0117373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.026;QD=25.3684;RBI=0.0122729;REFB=-0.0106849;REVB=-0.003586;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251622;STB=0.653698;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00618836;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:14:7:9:4:14:7:10:4 chr5 35709095 . C T 1468.79 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00202527;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.147;QD=58.1698;RBI=0.00822464;REFB=-0.0482752;REVB=-0.00797138;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000242054;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:100:100:0.990099:52:48:0:0:53:47:0:1 chr5 35709184 . G C 1244.87 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0254495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5947;QD=57.901;RBI=0.0261374;REFB=-0.0199998;REVB=0.00595707;RO=3;SAF=33;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018463;STB=0.509756;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0115776;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:50:33:2:1:50:33:2:1 chr5 35764696 . C T 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.175;QD=58.9987;RBI=0.036734;REFB=0;REVB=0.0365412;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202558;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr5 35861068 . T C 1465.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.006;QD=63.026;RBI=0.0483819;REFB=0;REVB=0.0476861;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09745e-05;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:43:48:0:0:45:48:0:0 chr5 35871190 . G A 1212.21 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174571;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.875;QD=61.3779;RBI=0.00607705;REFB=0;REVB=0.00582091;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35749e-05;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr5 35871273 . C T 300.08 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0560499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2554;QD=13.9573;RBI=0.0720511;REFB=-0.0173206;REVB=-0.0452744;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726498;STB=0.529394;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0269179;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:52:34:34:0.395349:16:18:23:27:16:18:25:27 chr5 35874575 . C T 431.95 PASS AF=0.356643;AO=51;DP=142;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00280893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.453;QD=12.0826;RBI=0.0485096;REFB=-0.0075506;REVB=-0.0484282;RO=91;SAF=26;SAR=25;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817434;STB=0.549733;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0170725;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:91:92:51:51:0.356643:25:26:53:38:25:26:54:38 chr5 35875593 . A T 684.21 PASS AF=0.467949;AO=64;DP=148;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0476275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.295;QD=17.5439;RBI=0.0482437;REFB=-0.0208478;REVB=0.00768575;RO=82;SAF=24;SAR=40;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326868;STB=0.542519;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0218891;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:156:82:83:64:73:0.467949:40:24:31:51:40:33:31:52 chr5 35910529 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00322553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.199;QD=26.3417;RBI=0.00353071;REFB=-0.0162077;REVB=-0.00143593;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265276;STB=0.592501;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0114037;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:9:11:19:19:0.633333:11:8:0:9:11:8:2:9 chr5 36142648 . A G 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0172782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0681;QD=26.3375;RBI=0.0730835;REFB=0.00717654;REVB=0.0710117;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432106;STB=0.51275;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00198029;OID=.;OPOS=36142648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:13:10:6:8:13:10:7:8 chr5 36143392 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00706378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0789;QD=12.0149;RBI=0.00706391;REFB=-0.00381999;REVB=4.35326e-05;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833978;STB=0.560722;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00696385;OID=.;OPOS=36143392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:7:12:19:15:7:13:19:15 chr5 36155318 . C CT,CTT,CTTT 113.67 PASS AF=0,0.422222,0;AO=5,9,6;DP=49;FAO=0,19,0;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=0,9,0;FSAR=0,10,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0552728,0.0293319,0.0196058;FXX=0.0425441;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=14.7438,23.4507,25.7032;QD=10.1043;RBI=0.284667,0.151676,0.103711;REFB=-0.0411891,-0.0217178,-0.0146616;REVB=-0.279249,-0.148813,-0.101841;RO=27;SAF=4,5,0;SAR=1,4,6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.194063,-0.136882,-0.742964;STB=0.5,0.603143,0.5;STBP=1,0.26,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.042551,0.0194222,0;OID=.,.,.;OPOS=36155319,36155319,36155319;OREF=-,-,-;OALT=T,TT,TTT;OMAPALT=CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.422222,0:5,9,6:49:0,19,0:45:26:0,9,0:0,10,0:17:9:97:27:4,5,0:1,4,6:18:9 chr5 36249731 . A G 2217.15 PASS AF=0.469979;AO=226;DP=481;FAO=227;FDP=483;FR=.;FRO=256;FSAF=147;FSAR=80;FSRF=163;FSRR=93;FWDB=0.0127783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.637;QD=18.3615;RBI=0.0158825;REFB=-0.00609438;REVB=-0.00943239;RO=254;SAF=147;SAR=79;SRF=161;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174315;STB=0.50628;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00684676;OID=.;OPOS=36249731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:483:254:256:226:227:0.469979:79:147:161:93:80:147:163:93 chr5 36269551 . G C 281.9 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000604637;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.291;QD=13.9208;RBI=0.00290881;REFB=-0.000716395;REVB=-0.00284527;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270584;STB=0.639256;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000718715;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:49:31:32:0.395062:21:10:27:20:21:11:28:21 chr5 36976364 . TG T 123.27 PASS AF=0.73913;AO=15;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.157837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.1969;QD=21.4376;RBI=0.196025;REFB=-0.0815247;REVB=0.116246;RO=7;SAF=0;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.82388;STB=0.529375;STBP=0.804;TYPE=del;VARB=0.0750776;OID=.;OPOS=36976365;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:15:23:17:23:6:2:15:1:5:26:7:0:15:2:5 chr5 36984973 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA 37.31 PASS AF=0.307692,0.0192308;AO=18,3;DP=53;FAO=16,1;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11,1;FSAR=5,0;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00220054,-0.0387978;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.98026,156.992;QD=2.86963;RBI=0.0390809,0.0423123;REFB=-0.128396,-0.00666155;REVB=-0.0390189,-0.0168839;RO=25;SAF=9,3;SAR=9,0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101062,0.532459;STB=0.586554,0.988579;STBP=0.46,0.472;TYPE=del,mnp;VARB=0.116248,-0.0318956;OID=.,.;OPOS=36984974,36984979;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0192308:18,3:53:16,1:52:35:11,1:5,0:20:15:35:25:9,3:9,0:15:10 chr5 37036492 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0018903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.653;QD=14.0966;RBI=0.055858;REFB=-0.015733;REVB=0.055826;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.586784;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0222261;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:10:4:2:9:10:4 chr5 37244479 . CATT CAGG,CAT,TCAT 147.69 PASS AF=0.142857,0.6,0;AO=2,6,7;DP=35;FAO=5,21,0;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=5,10,0;FSAR=0,11,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0416653,-0.0713916,0.000690415;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,3;MLLD=136.161,10.581,22.2844;QD=16.8787;RBI=0.0619458,0.078378,0.0138041;REFB=0.00123102,-0.140515,-0.106039;REVB=-0.0458398,-0.0323475,-0.0137868;RO=10;SAF=2,3,0;SAR=0,3,7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0.33042,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.612877,0.100718,-0.75076;STB=0.997715,0.54309,0.5;STBP=0.015,0.537,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.128668,0.0696052,0;OID=.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244479;OREF=TT,T,CAT;OALT=GG,-,TCA;OMAPALT=CAGG,CAT,TCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:35:35:10:9:2,6,7:5,21,0:0.142857,0.6,0:0,3,7:2,3,0:4:6:0,11,0:5,10,0:3:6 chr5 37244488 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACG 116.93 PASS AF=0.463415,0.0731707;AO=18,2;DP=44;FAO=19,3;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=2,3;FSAR=17,0;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.06874,-0.0404806;FXX=0.0681663;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.4295,48.3936;QD=11.4074;RBI=0.087259,0.0406353;REFB=-0.106695,-0.0350246;REVB=0.0537489,0.00354315;RO=17;SAF=1,2;SAR=17,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.72593,0.439097;STB=0.860336,0.994877;STBP=0,0.238;TYPE=del,mnp;VARB=0.17146,0.0583733;OID=.,.;OPOS=37244489,37244493;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415,0.0731707:18,2:44:19,3:41:19:2,3:17,0:14:5:88:17:1,2:17,0:13:4 chr5 37294473 . T C 818.35 PASS AF=0.506098;AO=82;DP=163;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0103897;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.084;QD=19.9598;RBI=0.0272915;REFB=-0.00643197;REVB=0.0252364;RO=80;SAF=42;SAR=40;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340093;STB=0.524476;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00663648;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:80:81:82:83:0.506098:40:42:44:36:41:42:45:36 chr5 37309371 . TAGA T 56.76 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00517711;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.261;QD=9.45986;RBI=0.00913015;REFB=-0.00469428;REVB=-0.00752045;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.699533;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.00818083;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:26:8:24:16:5:3:5:11:56:14:5:3:5:9 chr5 37364443 . C T 600.71 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122001;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.508;QD=61.6107;RBI=0.0200178;REFB=0;REVB=0.0158705;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700421;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr5 37688010 . A G 356.55 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0114244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.351;QD=19.2732;RBI=0.012065;REFB=-0.0195938;REVB=-0.00387911;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159692;STB=0.582667;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0193961;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:14:23:16:20:14:23:17:20 chr5 37688094 . C T 250.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0120805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.788;QD=14.5305;RBI=0.0158866;REFB=-0.0250144;REVB=-0.0103172;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22457;STB=0.627402;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.029063;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:11:18:16:24:11:18:16:24 chr5 37700516 . C T 1611.89 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=111;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016555;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.116;QD=59.1519;RBI=0.0278604;REFB=-0.10855;REVB=-0.0224084;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939812;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000751831;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:109:1:1:107:108:0.990826:50:57:0:1:50:58:0:1 chr5 38823254 . C T 785.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.88;QD=64.1199;RBI=0.0160072;REFB=0;REVB=0.0121377;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83484e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr5 38823306 . A G 114.68 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0237376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8393;QD=8.82145;RBI=0.0254962;REFB=-0.00956333;REVB=-0.00930484;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216044;STB=0.631997;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0454111;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:4:11:21:16:4:11:21:16 chr5 38938573 . CTTTTT CTTTTG,CTTTT 132.01 PASS AF=0.0607477,0.17757;AO=11,34;DP=230;FAO=13,38;FDP=214;FR=.;FRO=163;FSAF=13,15;FSAR=0,23;FSRF=63;FSRR=100;FWDB=-0.0333507,-0.127425;FXX=0.0735899;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=218.238,7.47024;QD=2.4675;RBI=0.0378622,0.229422;REFB=-0.0176297,-0.136863;REVB=0.0179241,0.190781;RO=141;SAF=11,16;SAR=0,18;SRF=46;SRR=95;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.654983,0.190823;STB=0.999337,0.507004;STBP=0,0.93;TYPE=snp,del;VARB=0.0544136,0.0234687;OID=.,.;OPOS=38938578,38938574;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CTTTTG,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0607477,0.17757:11,34:230:13,38:214:163:13,15:0,23:63:100:67:141:11,16:0,18:46:95 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1256.07 PASS AF=0.164474,0.835526;AO=25,31;DP=153;FAO=25,127;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=25,36;FSAR=0,91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057297,-0.0289878;FXX=0.00653552;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=187.325,10.177;QD=33.0545;RBI=0.130711,0.848396;REFB=0,0;REVB=0.117483,0.847901;RO=83;SAF=25,20;SAR=0,11;SRF=6;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.883868,0.64461;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0982923,-0.0157393;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.164474,0.835526:25,31:153:25,127:152:0:25,36:0,91:0:0:99:83:25,20:0,11:6:77 chr5 38941426 . TG TGT,T,TT 267.2 PASS AF=0,0.47619,0;AO=6,18,7;DP=58;FAO=0,30,0;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=0,16,0;FSAR=0,14,0;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0575339,-0.00213152,-0.0018037;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=5.24099,218.925,219.284;QD=16.9651;RBI=0.129267,0.0313255,0.032752;REFB=-0.0451485,-0.000794305,-0.00119318;REVB=-0.115757,-0.0312529,-0.0327023;RO=21;SAF=2,10,4;SAR=4,8,3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.275267,-0.0151842,0;STB=0.5,0.509548,0.5;STBP=1,0.885,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.0147783,-0.000411693,0.0030332;OID=.,.,.;OPOS=38941428,38941427,38941427;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.47619,0:6,18,7:58:0,30,0:63:33:0,16,0:0,14,0:17:16:99:21:2,10,4:4,8,3:12:9 chr5 38942090 . T C 1249.23 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116567;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.67;QD=61.6903;RBI=0.0258912;REFB=0;REVB=0.0231187;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13365e-06;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr5 38950776 . G A 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.246;QD=58.5987;RBI=0.0261881;REFB=0;REVB=0.00940992;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40267e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr5 38955796 . G A 293.78 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=127;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.033436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1397;QD=9.25298;RBI=0.038357;REFB=0.0106232;REVB=0.0187961;RO=88;SAF=18;SAR=21;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322172;STB=0.518824;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0223928;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:88:88:39:39:0.307087:21:18:43:45:21:18:43:45 chr5 39107100 . A G 383.76 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0472444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6428;QD=18.2741;RBI=0.0513876;REFB=-0.00458609;REVB=0.0202152;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647925;STB=0.527764;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00669542;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:44:39:40:0.47619:23:16:21:23:23:17:21:23 chr5 39108309 . A G 818.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.003;QD=57.4292;RBI=0.0427059;REFB=0;REVB=0.0259287;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74014e-05;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:17:38:0:0:17:40:0:0 chr5 39108322 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.121;QD=57.2376;RBI=0.0101278;REFB=0;REVB=0.00384106;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93821e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:14:42:0:0:14:42:0:0 chr5 39119723 . C A 556.51 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.715;QD=60.1637;RBI=0.0234457;REFB=0;REVB=0.0195589;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166709;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:12:21:0:0:13:24:0:0 chr5 39376972 . G T 412.66 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00503762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.768;QD=18.7574;RBI=0.00691985;REFB=-0.0123052;REVB=0.00474412;RO=46;SAF=29;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192376;STB=0.611455;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0115818;OID=.;OPOS=39376972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:12:29:24:22:12:30:24:22 chr5 40852451 . C G 1072.03 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0372332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1112;QD=57.1749;RBI=0.0458044;REFB=-0.0707713;REVB=-0.0266782;RO=2;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210146;STB=0.511108;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00566201;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:44:29:0:2:44:29:0:2 chr5 40955561 . G C 1777.86 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146352;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.386;QD=59.7601;RBI=0.0222237;REFB=-0.0941133;REVB=0.0167243;RO=1;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887625;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00144874;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:116:118:0.991597:53:63:0:1:54:64:0:1 chr5 40955653 . A C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0108367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.481;QD=11.7419;RBI=0.0108805;REFB=0.00105325;REVB=0.000975449;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977291;STB=0.556906;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00170941;OID=.;OPOS=40955653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:15:21:14:7:15:21 chr5 40972111 . C T 3904.15 PASS AF=1;AO=251;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105047;FXX=0.0155636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.007;QD=61.7256;RBI=0.0109057;REFB=0.0071571;REVB=0.00293026;RO=1;SAF=139;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145954;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:254:253:1:0:251:253:1:112:139:1:0:113:140:0:0 chr5 40998196 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00199577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.319;QD=13.7531;RBI=0.0340488;REFB=-0.0129262;REVB=-0.0339903;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127399;STB=0.574368;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0327827;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:12:11:9:6:12:11 chr5 40998235 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0661514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.371;QD=17.4275;RBI=0.0661941;REFB=-0.00841935;REVB=-0.00237657;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225554;STB=0.641405;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0101561;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:13:6:12:10:13:6:13:10 chr5 41000343 . G A 399.03 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0151923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.396;QD=18.346;RBI=0.0154213;REFB=0.000341583;REVB=0.00264808;RO=45;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124537;STB=0.564821;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00060209;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:41:41:0.471264:14:27:24:21:14:27:25:21 chr5 41008780 . A G 1513.43 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.317;QD=59.9378;RBI=0.0394965;REFB=0;REVB=0.0357991;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06085e-05;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:59:41:0:0:59:42:0:0 chr5 41018452 . A T 346.12 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0431289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.195;QD=19.4997;RBI=0.0438143;REFB=0.0019822;REVB=-0.0077193;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861793;STB=0.552578;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00146625;OID=.;OPOS=41018452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:36:36:0.507042:25:11:13:20:25:11:14:21 chr5 41042284 . G T 305.36 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0746632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0719;QD=15.6596;RBI=0.0747689;REFB=-0.0269301;REVB=-0.00397407;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0337572;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:44:33:34:0.435897:15:18:24:20:16:18:24:20 chr5 41049389 . T C 752.86 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3867;QD=56.8199;RBI=0.0478808;REFB=0;REVB=0.0478601;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337775;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr5 41049397 . C T 700.81 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0702039;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.448;QD=52.891;RBI=0.0731357;REFB=-0.11026;REVB=0.0205;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000945219;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:53:1:1:51:52:0.981132:21:30:1:0:21:31:1:0 chr5 41061715 . CA CG,TG 1437.71 PASS AF=0.473684,0.526316;AO=43,50;DP=95;FAO=45,50;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=21,19;FSAR=24,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126119,0.00563924;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=91.5658,167.488;QD=60.5353;RBI=0.0128865,0.0056415;REFB=0,0;REVB=-0.00264571,0.000159539;RO=0;SAF=19,19;SAR=24,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00178896,-0.00212747;OID=.,.;OPOS=41061716,41061715;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:95:0:0:43,50:45,50:0.473684,0.526316:24,31:19,19:0:0:24,31:21,19:0:0 chr5 41061829 . G A 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00303634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.243;QD=17.2385;RBI=0.00416428;REFB=-0.0111092;REVB=0.00284989;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902027;STB=0.550634;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0124186;OID=.;OPOS=41061829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:25:14:21:26:25:14:21:26 chr5 41069852 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00600175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.338;QD=19.666;RBI=0.00736461;REFB=-0.00350656;REVB=0.00426807;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333257;STB=0.527916;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00400481;OID=.;OPOS=41069852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:13:21:18:13:13:21:18:14 chr5 41142932 . C T 587.95 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00259466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0032;QD=22.6135;RBI=0.0239264;REFB=0.0148343;REVB=-0.0237852;RO=46;SAF=29;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.509612;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00854189;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:29:29:24:22:29:29:24:22 chr5 41158863 . G A 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.377;QD=63.1939;RBI=0.0100294;REFB=0;REVB=0.00982473;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86243e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr5 41159192 . C T 240.99 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0111472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.124;QD=10.1468;RBI=0.0174111;REFB=-0.0147894;REVB=-0.0133748;RO=64;SAF=21;SAR=9;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986487;STB=0.565276;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0253252;OID=.;OPOS=41159192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:65:30:30:0.315789:9:21:40:24:9:21:40:25 chr5 41159339 . C G 303.29 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.081751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5841;QD=22.0576;RBI=0.0826724;REFB=-0.00328039;REVB=0.0123085;RO=24;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148987;STB=0.582726;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00320688;OID=.;OPOS=41159339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:22:9:11:13:22:9:11:13 chr5 41159345 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0139821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.069;QD=29.5624;RBI=0.0139824;REFB=-0.0168901;REVB=7.59278e-05;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11918;STB=0.565677;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00669008;OID=.;OPOS=41159345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:8:9:20:9:8:9 chr5 41160311 . A G 374.07 PASS AF=0.378151;AO=41;DP=115;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.0453947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5926;QD=12.5737;RBI=0.051166;REFB=-0.0118669;REVB=0.0236068;RO=74;SAF=25;SAR=16;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177781;STB=0.524704;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0157617;OID=.;OPOS=41160311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:74:74:41:45:0.378151:16:25:44:30:20:25:44:30 chr5 41175273 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0088289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.642;QD=17.9198;RBI=0.0106884;REFB=-0.0215973;REVB=-0.00602437;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21006;STB=0.622516;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0228087;OID=.;OPOS=41175273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:17:14:8:26:17:15:8:26 chr5 41176812 . A G 146.66 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00431223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.632;QD=10.4756;RBI=0.00559889;REFB=-0.00152905;REVB=-0.00357103;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742884;STB=0.54368;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00324041;OID=.;OPOS=41176812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:19:18:8:11:19:18 chr5 41199959 . G T 204.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0059982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.214;QD=22.7258;RBI=0.0170826;REFB=-0.0162287;REVB=0.0159949;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141707;STB=0.568679;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0141623;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:14:6:7:8:14:6:7:9 chr5 42700044 . A G 967.39 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5826;QD=58.6295;RBI=0.0437804;REFB=0;REVB=0.0292414;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246453;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:38:28:0:0 chr5 42719092 . C A 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0528111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.361;QD=15.8853;RBI=0.0550851;REFB=-0.0142428;REVB=-0.0156637;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139708;STB=0.578899;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0167016;OID=.;OPOS=42719092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:21:12:21:21:21:12:21:21 chr5 42719239 . A C 923.63 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.072;QD=56.8388;RBI=0.0135523;REFB=-0.124032;REVB=0.00617901;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000324085;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:65:1:1:61:64:0.984615:33:28:1:0:33:31:1:0 chr5 42720068 . T TA 314.86 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00185388;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.581;QD=39.3571;RBI=0.00200987;REFB=-0.0473135;REVB=-0.000776341;RO=6;SAF=14;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548354;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0014123;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90625:28:34:29:32:3:15:14:0:3:9:6:14:14:3:3 chr5 43120098 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1812;QD=44.6885;RBI=0.0298826;REFB=0;REVB=-0.0110221;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384402;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr5 43175103 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.715;QD=37.4879;RBI=0.0380171;REFB=0;REVB=-0.0378222;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185374;OID=.;OPOS=43175103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 43175369 . G T 1608.97 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.055;QD=59.5916;RBI=0.0226131;REFB=0;REVB=0.0156119;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54484e-05;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:60:46:0:0:62:46:0:0 chr5 43492357 . C T 276.77 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=63;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00681015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.638;QD=17.032;RBI=0.00703365;REFB=-0.0109453;REVB=-0.00175897;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227607;STB=0.620101;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0125331;OID=.;OPOS=43492357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:34:29:31:0.476923:11:18:13:21:12:19:13:21 chr5 43492978 . G A 584.0 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298968;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.136;QD=61.4737;RBI=0.0142735;REFB=0;REVB=0.0139568;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032676;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr5 43506449 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.058849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.586;QD=13.486;RBI=0.0775;REFB=0.00718917;REVB=0.0504287;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00269366;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:4:7:3:6:4:7 chr5 43509348 . T A 1245.61 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3651;QD=61.5117;RBI=0.032022;REFB=0;REVB=0.0220967;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290539;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr5 43527135 . A C 1489.82 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0083631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.191;QD=60.1946;RBI=0.0120451;REFB=-0.00297115;REVB=0.00866845;RO=2;SAF=60;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155445;STB=0.512193;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-7.72524e-05;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:2:3:96:96:0.969697:36:60:2:0:36:60:3:0 chr5 45259363 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.01011;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.24;QD=14.262;RBI=0.0135379;REFB=0.00509369;REVB=0.00900345;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947353;STB=0.554729;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00731784;OID=.;OPOS=45259363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:17:7:6:10:17:7 chr5 49698180 . G A 485.28 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0118607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.099;QD=17.8085;RBI=0.0124079;REFB=-0.00142017;REVB=-0.0036442;RO=57;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354284;STB=0.501967;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00193213;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:23:29:32:25:23:29:32:25 chr5 50045966 . TG T,TT 370.53 PASS AF=0.264706,0.166667;AO=16,29;DP=110;FAO=27,17;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=15,13;FSAR=12,4;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00779806,-0.00699832;FXX=0.0285687;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.265,205.556;QD=14.5308;RBI=0.0110619,0.0102112;REFB=-0.0133837,-0.0117284;REVB=0.00784574,0.00743582;RO=65;SAF=11,21;SAR=5,8;SRF=32;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249338,0.287494;STB=0.526296,0.707224;STBP=0.794,0.063;TYPE=del,snp;VARB=0.00659226,0.0336011;OID=.,.;OPOS=50045967,50045967;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706,0.166667:16,29:110:27,17:102:58:15,13:12,4:30:28:99:65:11,21:5,8:32:33 chr5 50053015 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.956;QD=58.1418;RBI=0.0232237;REFB=0;REVB=0.00662423;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93309e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr5 50057729 . G A,T 444.35 PASS AF=0.285714,0.657143;AO=10,23;DP=35;FAO=10,23;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=5,9;FSAR=5,14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00941353,-0.00265824;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=127.931,91.0586;QD=50.7827;RBI=0.00961874,0.0148332;REFB=-0.141032,-0.0293523;REVB=0.00197622,0.0145931;RO=2;SAF=5,9;SAR=5,14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.148436,0.0616508;STB=0.583171,0.533305;STBP=0.269,0.306;TYPE=snp,snp;VARB=0.019281,0.017439;OID=.,.;OPOS=50057729,50057729;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:35:35:2:2:10,23:10,23:0.285714,0.657143:5,14:5,9:0:2:5,14:5,9:0:2 chr5 52096889 . C A 614.58 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0109629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.812;QD=21.9494;RBI=0.0153546;REFB=-0.0176569;REVB=0.0107508;RO=48;SAF=35;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432221;STB=0.511478;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0139622;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:51:61:61:0.544643:26:35:25:23:26:35:28:23 chr5 52193287 . C T 124.01 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0184415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3356;QD=17.105;RBI=0.0243205;REFB=-0.0024042;REVB=0.0158556;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00173314;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:10:5:6:8:10:5 chr5 52248291 . T C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0123063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.331;QD=25.5723;RBI=0.0226643;REFB=-0.00809638;REVB=0.0190323;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245725;STB=0.636251;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0081581;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:5:12:9:15:5:12 chr5 52347366 . A AT 364.41 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122975;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9817;QD=34.7055;RBI=0.138224;REFB=0;REVB=-0.0631101;RO=44;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00589643;OID=.;OPOS=52347367;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:42:42:0:20:22:0:0:8:44:4:1:22:22 chr5 52347369 . C G,T 692.08 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=3,42;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263998,0.0058664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8409,64.5527;QD=61.5185;RBI=0.0270548,0.0160456;REFB=0,0;REVB=0.00591737,-0.0149348;RO=0;SAF=3,19;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140982,0.00387365;OID=.,.;OPOS=52347369,52347369;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:45:0:0:3,42:1,44:0.0222222,0.977778:0,23:3,19:0:0:0,23:1,21:0:0 chr5 52351413 . G A 2065.97 PASS AF=0.992647;AO=124;DP=127;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00445139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.599;QD=60.7639;RBI=0.0492415;REFB=-0.122255;REVB=0.0490399;RO=1;SAF=66;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071447;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000467758;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:136:1:1:124:135:0.992647:58:66:1:0:68:67:1:0 chr5 52379277 . C T 1304.24 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476776;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.585;QD=62.1068;RBI=0.00961622;REFB=0;REVB=0.00835106;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29206e-05;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:39:45:0:0 chr5 52389428 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0465367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.84;QD=15.6512;RBI=0.0559315;REFB=-0.0197523;REVB=0.0310269;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230244;STB=0.601881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0217092;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:21:16:16:0.432432:9:7:13:6:9:7:13:8 chr5 52389455 . A G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.574;QD=60.51;RBI=0.0354191;REFB=-0.0479398;REVB=-0.00842079;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000257508;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:0:1:19:26:0:1 chr5 52389811 . T TAAAG 351.49 PASS AF=0.9;AO=23;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00893241;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=4;MLLD=202.247;QD=46.8656;RBI=0.0103881;REFB=-0.0100191;REVB=-0.0053032;RO=3;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309352;STB=0.51127;STBP=0.721;TYPE=ins;VARB=0.000682788;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:23:31:27:30:3:12:15:1:2:14:3:11:12:1:2 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 371.92 PASS AF=0.678571,0.321429;AO=13,9;DP=41;FAO=19,9;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9,9;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134959,-0.00718432;FXX=0.0666445;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=700.188,287.851;QD=53.1318;RBI=0.0152926,0.0124516;REFB=0,0;REVB=0.00719178,0.0101699;RO=17;SAF=4,9;SAR=9,0;SRF=15;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.518668,0.713817;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00247885,0.000520343;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:41:28:17:0:13,9:19,9:0.678571,0.321429:9,0:4,9:15:2:10,0:9,9:0:0 chr5 52394018 . GC G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00550135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.92;QD=13.486;RBI=0.041003;REFB=-0.016047;REVB=-0.0406323;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=del;VARB=0.0177136;OID=.;OPOS=52394019;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:20:9:20:11:6:3:7:4:67:11:6:3:7:4 chr5 52397311 . T C 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00219221;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=315.833;QD=17.6607;RBI=0.00462746;REFB=-0.0011367;REVB=-0.00407524;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188992;STB=0.614441;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00121703;OID=.;OPOS=52397311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:52:43:43:0.452632:19:24:18:32:19:24:18:34 chr5 52398005 . T C 385.5 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00754569;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.993;QD=14.8268;RBI=0.0103327;REFB=-0.00804844;REVB=-0.00705881;RO=59;SAF=29;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160381;STB=0.586357;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0111507;OID=.;OPOS=52398005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:60:44:44:0.423077:15:29:30:29:15:29:31:29 chr5 52942083 . A C 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0135903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.34;QD=16.5332;RBI=0.0172256;REFB=0.00955678;REVB=0.0105841;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173234;STB=0.599344;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0108405;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:13:10:11:7:13:10 chr5 52942197 . A G 416.48 PASS AF=0.554054;AO=38;DP=72;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0126863;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.333;QD=22.5127;RBI=0.0227345;REFB=-0.025128;REVB=0.0188657;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165923;STB=0.596769;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0216203;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:34:33:38:41:0.554054:23:15:20:14:25:16:20:13 chr5 52979097 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00643752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.667;QD=16.0336;RBI=0.00922692;REFB=-0.00334507;REVB=0.00661018;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458562;STB=0.538423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00351421;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:12:15:12:8:13:15 chr5 53344135 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.818;QD=52.6129;RBI=0.0799451;REFB=0;REVB=0.0078261;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584837;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr5 53606295 . T C 2002.55 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0577097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0967;QD=59.7777;RBI=0.0608792;REFB=-0.0258897;REVB=-0.0193874;RO=1;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725611;STB=0.511276;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00107517;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:1:3:131:131:0.977612:65:66:0:1:65:66:0:3 chr5 53751901 . G A 178.97 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00373512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.075;QD=15.2311;RBI=0.00496399;REFB=-0.0104643;REVB=0.00326957;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639693;STB=0.536874;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0148959;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:13:15:9:10:13:15 chr5 53751988 . T C 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0158386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.339;QD=15.9779;RBI=0.021648;REFB=-0.0208027;REVB=-0.0147573;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190664;STB=0.510746;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0275727;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:23:17:13:19:23:17 chr5 53814394 . T C 199.7 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0275215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.071;QD=36.3098;RBI=0.0351754;REFB=-0.0187229;REVB=0.021906;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.580553;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00723699;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:3:4:18:18:0.818182:6:12:0:3:6:12:1:3 chr5 53815495 . A C 208.73 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000866065;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.553;QD=13.4661;RBI=0.0262488;REFB=-0.00101078;REVB=0.0262345;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630533;STB=0.536054;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00319606;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:20:17:13:12:20:17 chr5 53815721 . G C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0167192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.766;QD=25.7315;RBI=0.0201272;REFB=-0.00286649;REVB=-0.011206;RO=19;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052929;STB=0.529389;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0019203;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:8:18:12:7:8:18:12:7 chr5 53815918 . A C 159.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0131741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.943;QD=17.7246;RBI=0.0137057;REFB=0.0141463;REVB=-0.00378019;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554799;STB=0.538415;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0169805;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:17:17:0.472222:6:11:10:7:6:11:11:8 chr5 53816782 . T C 254.47 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0134959;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.807;QD=15.4225;RBI=0.01353;REFB=-0.0106431;REVB=-0.000960484;RO=34;SAF=7;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356565;STB=0.698268;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.010964;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:34:37:29:29:0.439394:22:7:20:14:22:7:21:16 chr5 53840239 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAT 213.62 PASS AF=0.736842,0;AO=27,2;DP=51;FAO=42,0;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=24,0;FSAR=18,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.135055,-0.114932;FXX=0.0338926;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=9.15548,13.0893;QD=14.9908;RBI=0.137797,0.119124;REFB=-0.0222179,0.0383221;REVB=0.027355,-0.0313255;RO=16;SAF=18,2;SAR=9,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120707,0.534299;STB=0.510199,0.5;STBP=0.817,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0324229,0;OID=.,.;OPOS=53840240,53840247;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842,0:27,2:51:42,0:57:15:24,0:18,0:8:7:41:16:18,2:9,0:8:8 chr5 54252345 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.44;QD=61.3314;RBI=0.0457174;REFB=0;REVB=-0.0200563;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98662e-05;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr5 54253555 . A G 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8171;QD=64.403;RBI=0.0193658;REFB=0;REVB=0.0123561;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46232e-05;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr5 54253581 . A G 710.78 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.703;QD=55.747;RBI=0.0274773;REFB=0;REVB=0.0110105;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479941;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:21:28:0:0:21:30:0:0 chr5 54327392 . C T 483.66 PASS AF=0.490385;AO=52;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00692885;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.666;QD=18.6021;RBI=0.00917501;REFB=-0.00912611;REVB=-0.00601431;RO=51;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610723;STB=0.538968;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0125552;OID=.;OPOS=54327392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:53:52:51:0.490385:27:25:28:23:27:24:29:24 chr5 54403957 . T C 740.3 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.816;QD=56.9465;RBI=0.0336781;REFB=0;REVB=0.0336611;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137239;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr5 54404015 . C T 1191.21 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.878;QD=61.0875;RBI=0.0334687;REFB=0;REVB=-0.0042849;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38531e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:30:48:0:0 chr5 54410120 . A C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4128;QD=58.9615;RBI=0.0110528;REFB=0;REVB=-0.00986679;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96196e-05;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr5 54433393 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.947;QD=56.7066;RBI=0.0201362;REFB=0;REVB=-0.00811195;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09205e-05;OID=.;OPOS=54433393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr5 54439466 . G A 1023.39 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223324;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.818;QD=57.656;RBI=0.0265451;REFB=-0.148182;REVB=0.0143494;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00078734;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:36:33:1:0:36:34:1:0 chr5 54459961 . A G 1025.67 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5492;QD=59.4592;RBI=0.0863546;REFB=0;REVB=-0.0828284;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000982659;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr5 54468124 . A T 660.69 PASS AF=0.496241;AO=64;DP=131;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0190211;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9241;QD=19.8703;RBI=0.0200752;REFB=-0.016123;REVB=-0.00641954;RO=67;SAF=34;SAR=30;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082248;STB=0.503649;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0170462;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:67:67:64:66:0.496241:30:34:35:32:32:34:35:32 chr5 54516521 . G A 687.1 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0134504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.779;QD=18.8246;RBI=0.0290551;REFB=-0.0199118;REVB=0.0257544;RO=76;SAF=32;SAR=36;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152619;STB=0.583572;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0248221;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:77:68:69:0.472603:36:32:48:28:37:32:48:29 chr5 54830380 . A G 839.41 PASS AF=1;AO=52;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757158;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.6559;QD=54.1554;RBI=0.0814357;REFB=0;REVB=-0.0299814;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0292681;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:52:62:1:17:35:0:0:16:46:0:0 chr5 55058992 . C A 1025.73 PASS AF=0.972973;AO=67;DP=72;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.13623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9696;QD=55.4446;RBI=0.136779;REFB=-0.133808;REVB=-0.0122376;RO=4;SAF=34;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524129;STB=0.512497;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00531717;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:74:4:2:67:72:0.972973:33:34:4:0:33:39:2:0 chr5 55062756 . G A 768.33 PASS AF=0.949153;AO=57;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0289975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4039;QD=52.0902;RBI=0.0902184;REFB=-0.224745;REVB=0.0854312;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516834;STB=0.504949;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0135381;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:3:57:56:0.949153:33:24:1:1:32:24:1:2 chr5 55062764 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.794;QD=58.061;RBI=0.0348885;REFB=0;REVB=0.019844;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63031e-05;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr5 55082474 . C T 1624.23 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.974;QD=60.1567;RBI=0.0183155;REFB=0;REVB=0.0168458;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51902e-05;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr5 55212667 . G C 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0272529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.918;QD=16.9913;RBI=0.0273413;REFB=0.000351731;REVB=0.00219709;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034568;STB=0.519466;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00014504;OID=.;OPOS=55212667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:9:18:19:11:9:18:19:11 chr5 55243417 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0116563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3723;QD=11.1268;RBI=0.0204777;REFB=0.00519196;REVB=0.0168365;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233135;STB=0.637888;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00639788;OID=.;OPOS=55243417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:19:15:11:6:19:15 chr5 56161787 . G A 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.021;QD=59.4986;RBI=0.0262262;REFB=0;REVB=0.0237287;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110387;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr5 56177743 . G A 803.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117081;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5954;QD=57.4072;RBI=0.0178746;REFB=0;REVB=-0.0135064;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59971e-05;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 48.88 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150748;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.896;QD=32.588;RBI=0.0509603;REFB=0;REVB=-0.0486796;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00174163;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:6:6:0:4:2:0:0:4:0:4:1:0:0 chr5 56178217 . A C 362.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8747;QD=53.7194;RBI=0.00974408;REFB=0;REVB=0.00838288;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813003;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr5 56526565 . G T 1016.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.199;QD=58.956;RBI=0.0582352;REFB=0;REVB=0.0177355;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091032;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:33:30:0:0:33:36:0:0 chr5 56526783 . G A 971.76 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.724;QD=57.1623;RBI=0.025049;REFB=0;REVB=0.0184509;RO=2;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102989;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:65:68:1:35:30:0:2:37:31:0:0 chr5 57750267 . A C 836.94 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00541057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1977;QD=55.7959;RBI=0.00541284;REFB=-0.0544641;REVB=0.000156709;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00893094;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:30:30:0:0:29:30:0:1 chr5 57750350 . C G 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00291956;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.065;QD=16.038;RBI=0.00645535;REFB=-0.000722008;REVB=-0.0057574;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061768;STB=0.57347;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000929479;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:30:25:25:0.454545:10:15:15:13:10:15:14:16 chr5 57754004 . C T 289.26 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0133469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.759;QD=18.9676;RBI=0.0261893;REFB=0.00901237;REVB=0.022533;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101324;STB=0.556458;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00645187;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:17:13:17:14:17:13 chr5 57754132 . G C 805.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.902;QD=64.4301;RBI=0.00187113;REFB=0;REVB=-0.00182554;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27266e-06;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr5 57754808 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5097;QD=63.8659;RBI=0.0244381;REFB=0;REVB=0.0045668;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264324;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 57754851 . A G 508.16 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0153759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5599;QD=26.0593;RBI=0.0485878;REFB=0.00498069;REVB=-0.0460908;RO=31;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900256;STB=0.549182;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00422405;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:27:20:17:14:27:20:17:14 chr5 57913623 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0125287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.395;QD=13.4159;RBI=0.0202248;REFB=0.00356981;REVB=-0.0158768;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657736;STB=0.528475;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00690499;OID=.;OPOS=57913623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:12:13:21:15:12:13:21:16 chr5 58267557 . C T 1606.93 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.577;QD=64.2771;RBI=0.0202465;REFB=0;REVB=0.0102048;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97945e-05;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr5 58267723 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4654;QD=33.4275;RBI=0.0945548;REFB=0;REVB=0.0120547;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512153;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 58489384 . G A 1315.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328029;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5464;QD=61.923;RBI=0.0370595;REFB=0;REVB=-0.0172448;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247275;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr5 59984897 . A T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00868154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.041;QD=12.1356;RBI=0.0086868;REFB=-0.00467703;REVB=-0.000302431;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163957;STB=0.59445;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0143556;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:11:17:22:26:11:17:22:26 chr5 60241142 . G A 853.56 PASS AF=0.983607;AO=49;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9374;QD=55.971;RBI=0.149204;REFB=0.029546;REVB=0.148456;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00179352;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:49:60:0.983607:27:22:0:1:38:22:0:1 chr5 60454626 . A G 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00471196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.671;QD=13.9456;RBI=0.00917582;REFB=-0.00945393;REVB=0.00787357;RO=48;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109756;STB=0.562461;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0114995;OID=.;OPOS=60454626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:18:14:26:22:18:14:26:22 chr5 60817237 . A G 460.42 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0394237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.282;QD=21.1686;RBI=0.0399192;REFB=-0.0246344;REVB=0.00627023;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111809;STB=0.561955;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0129223;OID=.;OPOS=60817237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:30:15:19:23:30:15:19:23 chr5 60982841 . G A 792.04 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0194289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7857;QD=22.7925;RBI=0.047397;REFB=-0.0174162;REVB=-0.0432318;RO=64;SAF=34;SAR=41;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130587;STB=0.507149;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0173677;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:64:75:75:0.539568:41:34:30:34:41:34:30:34 chr5 61653504 . CTTTTTA CTTTTA,CTTTTAA,CTTTTAT 45.96 PASS AF=0.25,0.0833333,0.0833333;AO=3,2,3;DP=26;FAO=6,2,2;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3,2,2;FSAR=3,0,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0120904,-0.0416043,0.00762451;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=15.4974,25.2271,21.0902;QD=7.66071;RBI=0.18511,0.106232,0.102652;REFB=-0.0766767,-0.0611007,-0.068592;REVB=0.184714,0.0977457,0.102368;RO=12;SAF=1,2,3;SAR=2,0,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.435284,0.481962,0.569201;STB=0.649545,0.992568,0.992568;STBP=0.415,0.331,0.331;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.132975,0.00622722,0.0785718;OID=.,.,.;OPOS=61653505,61653509,61653509;OREF=T,T,TA;OALT=-,A,AT;OMAPALT=CTTTTA,CTTTTAA,CTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0833333,0.0833333:3,2,3:26:6,2,2:24:14:3,2,2:3,0,0:10:4:19:12:1,2,3:2,0,0:9:3 chr5 61684882 . GA GAA,G 85.85 PASS AF=0,0.636364;AO=4,13;DP=33;FAO=0,21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.180423,0.180826;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.39574,9.56227;QD=10.406;RBI=0.205611,0.20667;REFB=-0.00426382,0.00675179;REVB=0.098608,-0.100072;RO=14;SAF=4,6;SAR=0,7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.37037;SSSB=0.638343,-0.162012;STB=0.5,0.513665;STBP=1,0.836;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0640449;OID=.,.;OPOS=61684883,61684883;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.636364:4,13:33:0,21:33:12:0,13:0,8:7:5:36:14:4,6:0,7:9:5 chr5 61694379 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.537;QD=62.0186;RBI=0.0224274;REFB=0;REVB=0.0201368;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00556e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr5 61697859 . C T 163.36 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0167517;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.411;QD=12.329;RBI=0.017736;REFB=-0.00475558;REVB=0.00582612;RO=35;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329788;STB=0.690698;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00736127;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:33:18:20:0.377358:4:14:18:17:4:16:18:15 chr5 61772535 . G T 446.77 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00127863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.033;QD=17.1833;RBI=0.00179996;REFB=-0.0135285;REVB=-0.00126686;RO=55;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113437;STB=0.557238;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0163568;OID=.;OPOS=61772535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:55:48:49:0.471154:24:24:34:21:24:25:34:21 chr5 63905068 . A G 748.65 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00996908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2453;QD=19.4453;RBI=0.0111553;REFB=-0.0269156;REVB=-0.0050059;RO=76;SAF=37;SAR=38;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223532;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:76:77:75:77:0.5:38:37:38:38:38:39:39:38 chr5 64018730 . A G 206.02 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0194446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6319;QD=16.818;RBI=0.0359664;REFB=0.0108688;REVB=0.030257;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0133872;OID=.;OPOS=64018730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:12:16:12:9:12:16 chr5 64019300 . A C 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0135605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.874;QD=33.6875;RBI=0.0137369;REFB=0.00179186;REVB=-0.00219422;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920004;STB=0.505018;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00062544;OID=.;OPOS=64019300;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:15:16:7:7:15:16:7:7 chr5 64020241 . T C 116.92 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00990298;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.449;QD=11.4065;RBI=0.0160365;REFB=0.00691024;REVB=0.0126135;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0129167;OID=.;OPOS=64020241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:14:13:6:8:14:13 chr5 64023924 . C A 436.21 PASS AF=0.357143;AO=48;DP=147;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.00139354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.339;QD=11.3302;RBI=0.017078;REFB=-0.00756262;REVB=0.0170211;RO=80;SAF=38;SAR=10;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23148;STB=0.632672;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.01239;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:154:80:99:48:55:0.357143:10:38:50:30:12:43:61:38 chr5 64023981 . C T 635.74 PASS AF=0.417143;AO=69;DP=175;FAO=73;FDP=175;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.00679084;FXX=0.0331473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.006;QD=14.5312;RBI=0.00774706;REFB=-0.0111586;REVB=0.00372847;RO=101;SAF=34;SAR=35;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442866;STB=0.508659;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0149555;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:101:102:69:73:0.417143:35:34:54:47:34:39:56:46 chr5 64103497 . G A 143.69 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00615481;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.695;QD=14.0182;RBI=0.0104642;REFB=-0.0108237;REVB=-0.00846276;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154199;STB=0.589948;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0118075;OID=.;OPOS=64103497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:13:12:10:6:13:12 chr5 64103523 . A C 108.95 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0100905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.894;QD=10.6295;RBI=0.0132162;REFB=-0.0112743;REVB=0.00853517;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320333;STB=0.653761;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0336431;OID=.;OPOS=64103523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:27:13:14:0.341463:9:4:16:11:9:5:16:11 chr5 64267595 . T C 169.92 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.014081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.147;QD=16.992;RBI=0.0546471;REFB=-0.0265225;REVB=-0.0528018;RO=13;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134393;STB=0.681587;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0293819;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:22:18:18:0.45:3:15:12:1:3:15:13:9 chr5 64553480 . A G 322.99 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0114275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.796;QD=16.7787;RBI=0.0179803;REFB=-0.00960878;REVB=-0.0138818;RO=42;SAF=26;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144051;STB=0.581346;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0125793;OID=.;OPOS=64553480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:9:26:26:16:9:26:26:16 chr5 64881936 . A G 437.12 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0650806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.089;QD=24.2845;RBI=0.0658821;REFB=-0.00630774;REVB=-0.0102453;RO=30;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27989;STB=0.644841;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00228271;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:30:41:42:0.583333:26:15:22:8:26:16:22:8 chr5 64926315 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00534544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.843;QD=23.0883;RBI=0.0217851;REFB=-0.00728168;REVB=-0.0211191;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820253;STB=0.504583;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00399484;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:10:8:10:12:10:8 chr5 64926553 . G C 275.63 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0527931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8191;QD=25.6395;RBI=0.0727142;REFB=0.00266706;REVB=0.0500024;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25103;STB=0.63858;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000747361;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:4:14:11:14:4:14 chr5 65108215 . A G 359.12 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0112959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.646;QD=13.8124;RBI=0.0181242;REFB=-6.29198e-05;REVB=-0.0141735;RO=62;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112046;STB=0.563221;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-2.83168e-05;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:22:20:23:39:22:20:23:39 chr5 65317181 . C T 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00477317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.203;QD=12.7807;RBI=0.00503385;REFB=-0.0134279;REVB=0.0015989;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0273398;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:9:5:3:7:9:5 chr5 65350374 . A G 396.58 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0255271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.242;QD=17.8239;RBI=0.0460329;REFB=0.000118171;REVB=-0.0383065;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339194;STB=0.523771;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.000234683;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:23:18:19:28:23:18:19:29 chr5 66084607 . G C 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0398683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.495;QD=13.6062;RBI=0.0398796;REFB=-0.0116427;REVB=-0.000952468;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147697;STB=0.505167;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0170419;OID=.;OPOS=66084607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:63:42:42:0.4:27:15:21:40:27:15:23:40 chr5 66283374 . C T 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.106587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7568;QD=15.6163;RBI=0.106801;REFB=-0.0178993;REVB=0.00674876;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269032;STB=0.52827;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0250465;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:43:33:33:0.434211:17:16:21:20:17:16:23:20 chr5 66459878 . G C 237.4 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2516;QD=49.978;RBI=0.114596;REFB=0;REVB=0.0904978;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169057;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr5 66480004 . T C 681.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7405;QD=61.9241;RBI=0.0492663;REFB=0;REVB=0.0285229;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464742;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr5 67522722 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0081311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.674;QD=15.6454;RBI=0.0150979;REFB=0.00856759;REVB=-0.0127213;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630218;STB=0.503594;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0100473;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:13:16:12:10:13:16 chr5 68266553 . A T 124.12 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00405367;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.238;QD=15.0454;RBI=0.0222505;REFB=-0.0139023;REVB=0.0218781;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0194474;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr5 68471247 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0126702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.464;QD=12.0588;RBI=0.0157775;REFB=-0.00536578;REVB=-0.00940187;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198864;STB=0.621206;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00841936;OID=.;OPOS=68471247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:15:10:24:17:15:10:25:17 chr5 68471657 . A G 357.35 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00324583;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.365;QD=16.6211;RBI=0.00859395;REFB=-0.00726685;REVB=-0.00795742;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134518;STB=0.575717;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00788319;OID=.;OPOS=68471657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:48:38:38:0.44186:14:24:24:24:14:24:24:24 chr5 68525027 . C T 355.82 PASS AF=0.625;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0495756;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2692;QD=29.6514;RBI=0.0497535;REFB=-0.00724095;REVB=-0.00420381;RO=16;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111753;STB=0.512526;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00893968;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:29:30:0.625:14:15:8:8:14:16:9:9 chr5 68531253 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.404;QD=58.9625;RBI=0.00509963;REFB=0;REVB=0.00200742;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44823e-05;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 68546706 . A G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000716743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.728;QD=10.3431;RBI=0.0144925;REFB=-7.26803e-05;REVB=-0.0144748;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.556206;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=3.54484e-05;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:22:19:8:13:22:19 chr5 68551507 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1529;QD=51.1842;RBI=0.0402856;REFB=0;REVB=-0.00300452;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641522;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr5 68609885 . G T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0213128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.217;QD=21.744;RBI=0.0372759;REFB=-0.0166344;REVB=0.030582;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305574;STB=0.671425;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00566991;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:2:9:6:9:2:9 chr5 68616331 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0279275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9124;QD=10.4385;RBI=0.0298004;REFB=-0.00297065;REVB=-0.0103981;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193766;STB=0.51161;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00885791;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:12:15:7:6:12:15 chr5 68688608 . T C 193.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0544905;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.784;QD=19.3788;RBI=0.0545943;REFB=-0.00865939;REVB=-0.00336529;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151073;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0282301;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:20:19:19:0.475:9:10:5:10:9:10:9:11 chr5 68720419 . T G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00659074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.704;QD=19.2752;RBI=0.0141104;REFB=0.00128413;REVB=0.0124766;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314153;STB=0.686777;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00207486;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:7:16:9:16:7:16:9:17 chr5 68775065 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00144139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.753;QD=10.8852;RBI=0.00848638;REFB=-0.0207715;REVB=-0.00836308;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547961;STB=0.826739;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0182565;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:1:8:6:8:1:8:7:8 chr5 70308251 . C T 817.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.009;QD=57.3623;RBI=0.016539;REFB=0;REVB=-0.00546957;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63442e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr5 70308603 . G C 102.38 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0212976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.35;QD=17.8058;RBI=0.0254615;REFB=-0.0243589;REVB=0.0139536;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198673;STB=0.615179;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.016036;OID=.;OPOS=70308603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:6:5:3:9:6:5 chr5 70751818 . T G 1399.8 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100298;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9396;QD=62.9124;RBI=0.0365239;REFB=0;REVB=0.0351198;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35239e-05;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr5 70800475 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0259681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.367;QD=19.0782;RBI=0.0432663;REFB=-0.00343426;REVB=-0.0346067;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10488;STB=0.558247;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00179519;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:10:21:18:14:10:21 chr5 70800538 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0149471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.668;QD=13.3343;RBI=0.0151989;REFB=-0.00793448;REVB=0.00275485;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251922;STB=0.642237;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0166128;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:14:12:9:30:14:12:9:30 chr5 70806457 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00497821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.671;QD=11.9197;RBI=0.00898983;REFB=-0.0269331;REVB=-0.00748562;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.021762;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:5:4:2:5:5:4 chr5 70806649 . T A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0108313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.401;QD=15.293;RBI=0.0129902;REFB=-0.00860652;REVB=0.00717133;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280017;STB=0.662315;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00848848;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:2:7:4:5:2:7 chr5 70806711 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2855;QD=45.8065;RBI=0.140969;REFB=0;REVB=-0.0426181;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00749353;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr5 70806958 . G A 504.79 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503669;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.856;QD=59.387;RBI=0.0503801;REFB=0;REVB=0.00115129;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390882;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 70809169 . A G 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0143112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.126;QD=20.3967;RBI=0.0150801;REFB=0.000871707;REVB=-0.00475368;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290379;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00132776;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:14:13:16:15:14:13 chr5 70834926 . T C 110.63 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00960324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.01;QD=15.2598;RBI=0.0136506;REFB=-0.00863419;REVB=0.00970137;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0197208;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr5 70837295 . A C 365.05 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5663;QD=52.1496;RBI=0.0354718;REFB=-0.105951;REVB=0.0216692;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00418286;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr5 70840233 . C T 377.38 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0125249;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.135;QD=26.4831;RBI=0.0126167;REFB=-0.0115323;REVB=0.00151877;RO=23;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069607;STB=0.523796;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00617954;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:23:21:36:36:0.631579:20:16:10:13:20:16:8:13 chr5 70849021 . G T 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0101026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.315;QD=9.70531;RBI=0.0294543;REFB=-0.0181102;REVB=-0.0276675;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243379;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:9:9:19:18:9:9:19:19 chr5 70858194 . C T 513.83 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0149883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8863;QD=21.8649;RBI=0.0477043;REFB=-0.004981;REVB=-0.0452886;RO=44;SAF=35;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121712;STB=0.574881;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00227705;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:45:49:49:0.521277:14:35:26:18:14:35:26:19 chr5 70932002 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.621;QD=56.1897;RBI=0.0256787;REFB=0;REVB=-0.0253435;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259483;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr5 70945075 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.811;QD=52.6132;RBI=0.0488267;REFB=0;REVB=0.0317074;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560307;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr5 71146757 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6638;QD=56.9457;RBI=0.043271;REFB=0;REVB=-0.0416948;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020197;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr5 71146882 . T C 3636.34 PASS AF=0.949807;AO=246;DP=262;FAO=246;FDP=259;FR=.;FRO=13;FSAF=164;FSAR=82;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00534854;FXX=0.0114499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.063;QD=56.1597;RBI=0.0126445;REFB=-0.0191349;REVB=0.0114576;RO=13;SAF=164;SAR=82;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137044;STB=0.507204;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000683657;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:262:259:13:13:246:246:0.949807:82:164:7:6:82:164:7:6 chr5 71146889 . A G 3603.99 PASS AF=0.953125;AO=244;DP=256;FAO=244;FDP=256;FR=.;FRO=12;FSAF=164;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00370083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.945;QD=56.3123;RBI=0.016054;REFB=-0.0552106;REVB=0.0156216;RO=11;SAF=164;SAR=80;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117457;STB=0.509095;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00141828;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:256:256:11:12:244:244:0.953125:80:164:6:5:80:164:6:6 chr5 71490962 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7823;QD=59.8317;RBI=0.0462127;REFB=0;REVB=-0.0145427;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365852;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr5 71495041 . T C 881.35 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8214;QD=55.9586;RBI=0.0515882;REFB=0;REVB=0.0411364;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901581;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:51:63:1:25:26:0:0:34:29:0:0 chr5 71756102 . G A 2343.21 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=154;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4605;QD=60.0824;RBI=0.0597813;REFB=-0.1335;REVB=0.0383077;RO=1;SAF=70;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056971;STB=0.502994;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00156245;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:156:1:1:153:155:0.99359:83:70:0:1:83:72:0:1 chr5 72174432 . C G 2178.63 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8989;QD=63.1486;RBI=0.0459936;REFB=0;REVB=-0.0445488;RO=0;SAF=53;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111528;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:83:53:0:0:83:55:0:0 chr5 72184098 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.75;QD=59.0183;RBI=0.0398497;REFB=0;REVB=-0.00867919;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251276;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr5 72210039 . A T 30.62 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0193;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9673;QD=1.77501;RBI=0.0293081;REFB=-0.00354747;REVB=-0.0220561;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412939;STB=0.814072;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0298222;OID=.;OPOS=72210039;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:41:21:5:2:42:20 chr5 72347223 . A G 165.77 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00023497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.532;QD=14.415;RBI=0.0217266;REFB=-0.00701346;REVB=-0.0217253;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0178018;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:16:12:11:7:16:12 chr5 72385914 . A G 353.64 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0183053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4688;QD=29.4697;RBI=0.0286;REFB=-0.0145262;REVB=0.0219744;RO=18;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228035;STB=0.512526;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0184346;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:16:14:9:9:16:14:9:9 chr5 72395915 . G A 332.0 PASS AF=0.439024;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.010596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.913;QD=16.195;RBI=0.043647;REFB=-0.0210636;REVB=0.0423413;RO=46;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132347;STB=0.580044;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0233015;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:35:36:0.439024:11:24:26:20:11:25:26:20 chr5 72419267 . T C 292.85 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0179368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0349;QD=24.9231;RBI=0.0193501;REFB=-0.055587;REVB=-0.00725937;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249949;STB=0.639322;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0375154;OID=.;OPOS=72419267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:7:20:9:11:7:20:9:11 chr5 72419410 . A G 1167.78 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.278;QD=60.6641;RBI=0.0380235;REFB=0;REVB=0.0169434;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24799e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:42:32:0:0:44:33:0:0 chr5 72795160 . AATCTC A 148.25 PASS AF=0.4;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.015868;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=5;MLLD=263.632;QD=9.88316;RBI=0.016313;REFB=-0.0142341;REVB=-0.00378442;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.560294;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.0233179;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:23:62:24:60:36:9:15:17:19:99:36:8:15:16:20 chr5 72795176 . G A 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00560247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.611;QD=9.85703;RBI=0.00561339;REFB=-0.0102046;REVB=0.000349867;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416435;STB=0.527;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0137669;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:12:8:17:22:12:8:18:23 chr5 72798845 . A G 162.92 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0503368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6692;QD=23.2742;RBI=0.0664402;REFB=-0.105909;REVB=0.0433648;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102466;STB=0.519976;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0638268;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:25:28:10:11:15:17:0.607143:3:12:7:3:4:13:8:3 chr5 72877797 . A T 38.81 PASS AF=0.0690608;AO=34;DP=314;FAO=25;FDP=362;FR=.;FRO=337;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=140;FSRR=197;FWDB=-0.0325047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.5334;QD=0.428844;RBI=0.0618517;REFB=-0.0139658;REVB=-0.052622;RO=280;SAF=4;SAR=30;SRF=126;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456188;STB=0.938277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.118303;OID=.;OPOS=72877797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:314:362:280:337:34:25:0.0690608:30:4:126:154:24:1:140:197 chr5 73072354 . T C 331.11 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0140999;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.187;QD=18.3951;RBI=0.0190365;REFB=-0.0166359;REVB=0.0127899;RO=36;SAF=9;SAR=25;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335513;STB=0.678907;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0122695;OID=.;OPOS=73072354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:34:35:0.486111:25:9:22:14:25:10:23:14 chr5 73076511 . C A 398.98 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00579622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6365;QD=18.344;RBI=0.0305877;REFB=0.0161367;REVB=0.0300335;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106262;STB=0.559351;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0195868;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:16:25:23:23:16:25:23:23 chr5 73090261 . T C 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0126349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.206;QD=15.6935;RBI=0.0160906;REFB=-0.0134546;REVB=0.00996325;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432631;STB=0.524406;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0153749;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:17:15:21:20:17:15:21:20 chr5 73091149 . C T 183.02 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00478797;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.861;QD=11.6204;RBI=0.00494007;REFB=-0.0137581;REVB=0.00121641;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642755;STB=0.545415;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0251889;OID=.;OPOS=73091149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:40:23:23:0.365079:12:11:22:19:12:11:22:18 chr5 73144845 . A G 1453.1 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.686;QD=63.1783;RBI=0.0357715;REFB=0;REVB=0.03332;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129397;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:34:58:0:0:34:58:0:0 chr5 73163831 . C T 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00832455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.928;QD=16.9922;RBI=0.0352661;REFB=-0.0128665;REVB=-0.0342696;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811688;STB=0.523792;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0146269;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:12:15:18:10:12:15:18:12 chr5 73163965 . C A 266.87 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.021392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1984;QD=16.9444;RBI=0.0429697;REFB=-0.0565716;REVB=0.0372664;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119058;STB=0.570756;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0775662;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:33:29:30:0.47619:13:16:21:10:13:17:23:10 chr5 73181756 . A G 220.3 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00708649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.848;QD=16.0215;RBI=0.00743038;REFB=-0.00845024;REVB=0.0022343;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833889;STB=0.547132;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00954103;OID=.;OPOS=73181756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:13:17:12:13:13:17 chr5 73207372 . T A 1510.83 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.097;QD=63.6139;RBI=0.00889237;REFB=0;REVB=-0.00216573;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1297e-05;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr5 73471318 . CT C 46.67 PASS AF=0.21875;AO=17;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.127766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7038;QD=1.94438;RBI=0.173916;REFB=-0.00832716;REVB=0.117994;RO=67;SAF=16;SAR=1;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624006;STB=0.866269;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.0209467;OID=.;OPOS=73471319;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:17:96:21:96:75:19:2:38:37:46:67:16:1:35:32 chr5 73471334 . G C 571.55 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0191686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5827;QD=23.093;RBI=0.0254382;REFB=-0.0218552;REVB=-0.0167232;RO=46;SAF=31;SAR=22;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787043;STB=0.543194;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0126577;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:22:31:31:15:22:31:31:15 chr5 73613858 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.298;QD=60.2303;RBI=0.0381781;REFB=0;REVB=0.0296818;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61197e-05;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr5 73613972 . G C 817.01 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.713;QD=57.3342;RBI=0.0227729;REFB=0;REVB=-0.0128454;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84274e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr5 73930751 . C T 231.6 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0041323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6653;QD=14.7047;RBI=0.038121;REFB=-0.0171054;REVB=0.0378964;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779232;STB=0.544302;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0263888;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:16:20:17:10:16:20 chr5 73931246 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0376081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.304;QD=8.73744;RBI=0.040859;REFB=-0.00337037;REVB=-0.0159715;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436167;STB=0.757215;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00574262;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:6:3:1:18:6:3:1:19 chr5 73932315 . T C 264.17 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00292072;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.432;QD=25.7728;RBI=0.00598329;REFB=0.0036312;REVB=0.00522199;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07445;STB=0.541366;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00340884;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:9:8:9:15:9:8 chr5 73981270 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.644;QD=53.2739;RBI=0.0456587;REFB=0;REVB=0.0436229;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112448;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr5 73985215 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0171552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.475;QD=16.1724;RBI=0.0413305;REFB=-0.00847624;REVB=0.037602;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222029;STB=0.628859;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0115456;OID=.;OPOS=73985215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:9:11:12:4:9:11 chr5 74021846 . TACTCAA T 288.01 PASS AF=0.392857;AO=31;DP=86;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0139922;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=6;MLLD=264.311;QD=13.7146;RBI=0.025264;REFB=-0.0144211;REVB=0.0210354;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972751;STB=0.560352;STBP=0.445;TYPE=del;VARB=0.0215819;OID=.;OPOS=74021847;OREF=ACTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:31:86:33:84:51:21:12:37:14:99:45:21:10:34:11 chr5 74046464 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00720635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.142;QD=15.7005;RBI=0.0126198;REFB=-0.015316;REVB=-0.0103599;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210988;STB=0.512179;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0199458;OID=.;OPOS=74046464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:8:11:9:6:8:11 chr5 74063154 . C G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00107696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.67;QD=16.4805;RBI=0.0305511;REFB=-0.00669706;REVB=-0.0305321;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197124;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00913353;OID=.;OPOS=74063154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:15:9:11:8:15:10 chr5 74069863 . A G 469.08 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0216123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.487;QD=22.8821;RBI=0.0389745;REFB=-0.0146097;REVB=-0.0324334;RO=37;SAF=26;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053468;STB=0.529431;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0109708;OID=.;OPOS=74069863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:19:26:19:18:19:26:19:18 chr5 74178511 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00819591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.027;QD=19.3697;RBI=0.00819609;REFB=-0.0224717;REVB=-5.34571e-05;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0179738;OID=.;OPOS=74178511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr5 74323529 . G C 245.28 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.013248;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8632;QD=15.3302;RBI=0.0287174;REFB=0.00206299;REVB=0.025479;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226484;STB=0.628286;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00265737;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:18:10:21:15:18:10:21:15 chr5 74324548 . G A 291.32 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00945905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.205;QD=16.8883;RBI=0.0196424;REFB=-0.00143137;REVB=-0.0172149;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361337;STB=0.520304;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00294561;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:11:21:23:14:11:21:23:14 chr5 74324902 . C T 275.56 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0059299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5611;QD=18.0692;RBI=0.0320149;REFB=-0.0103204;REVB=-0.0314609;RO=30;SAF=22;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172344;STB=0.607964;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00632218;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:8:22:17:13:8:22:17:14 chr5 74400516 . G C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0145973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.99;QD=17.0589;RBI=0.0171016;REFB=-0.00463165;REVB=-0.00890976;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114732;STB=0.57188;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00480214;OID=.;OPOS=74400516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:20:13:19:18:20:13:20:18 chr5 74442410 . G A 281.2 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0236219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2004;QD=19.393;RBI=0.0255311;REFB=0.000210467;REVB=0.00968718;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269577;STB=0.649344;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=7.97697e-05;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:21:7:17:13:21:7 chr5 74442920 . A G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00392092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.064;QD=16.6612;RBI=0.0081234;REFB=-0.00885481;REVB=0.00711449;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151448;STB=0.585047;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0117501;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:20:12:15:13:20:12 chr5 74442964 . T C 463.5 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00211004;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.585;QD=21.5581;RBI=0.0243485;REFB=-0.00195165;REVB=0.0242569;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109761;STB=0.554478;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00187499;OID=.;OPOS=74442964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:41:45:45:0.523256:27:18:22:20:27:18:21:20 chr5 74443132 . C T 459.83 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0307792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.445;QD=15.8561;RBI=0.0325444;REFB=-0.0101623;REVB=-0.0105725;RO=65;SAF=36;SAR=15;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343075;STB=0.519223;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0131183;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:15:36:44:21:15:36:44:21 chr5 74491715 . TTCA T 201.19 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=62;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00881811;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=279.094;QD=12.3807;RBI=0.00962835;REFB=-0.00915772;REVB=-0.003866;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216186;STB=0.645582;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.00872404;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:27:62:31:65:34:15:16:26:8:99:34:15:12:26:8 chr5 74639775 . CAAA CAA,CAAT 44.95 PASS AF=0.25,0.05;AO=8,2;DP=40;FAO=10,2;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8,2;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0677571,-0.0333224;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.0018,272.116;QD=4.49481;RBI=0.0712442,0.041103;REFB=-0.0608236,0.000161188;REVB=-0.0220163,-0.0240639;RO=27;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.397881,0;SSSB=0.538507,0.60589;STB=0.859202,0.99701;STBP=0.016,0.034;TYPE=del,snp;VARB=0.0200774,-0.0240613;OID=.,.;OPOS=74639776,74639778;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAA,CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.05:8,2:40:10,2:40:28:8,2:2,0:7:21:35:27:6,2:2,0:7:20 chr5 74951901 . G A 120.79 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0609493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.207;QD=8.18915;RBI=0.0728958;REFB=-0.0102572;REVB=-0.0399874;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150345;STB=0.5908;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0250413;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:6:11:22:20:6:11:22:20 chr5 74970024 . T C 606.62 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00552841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.803;QD=24.7598;RBI=0.00765017;REFB=-0.00242291;REVB=0.00528789;RO=42;SAF=32;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109293;STB=0.500191;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226957;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:43:55:55:0.561224:23:32:25:17:23:32:25:18 chr5 75001582 . A G 80.0 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0714123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.544;QD=5.81827;RBI=0.0717211;REFB=-0.000109648;REVB=-0.00664886;RO=43;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22755;STB=0.643686;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00386476;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:55:55:43:43:12:12:0.218182:7:5:26:17:7:5:26:17 chr5 75003678 . T C 451.73 PASS AF=0.382353;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=136;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00945731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.729;QD=13.2863;RBI=0.010233;REFB=0.00196912;REVB=0.00390805;RO=82;SAF=25;SAR=27;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187957;STB=0.517577;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00235416;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:82:84:52:52:0.382353:27:25:38:44:27:25:38:46 chr5 75427935 . G A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00674873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.232;QD=20.8909;RBI=0.0487722;REFB=-0.00187617;REVB=0.048303;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124337;STB=0.568941;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00237014;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:13:19:12:15:13:19:12:15 chr5 75884734 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6306;QD=61.6824;RBI=0.0403576;REFB=0;REVB=0.0383309;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284135;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr5 75912401 . A G 166.25 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0467727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.119;QD=11.6668;RBI=0.0488206;REFB=-0.0226573;REVB=-0.0139916;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703432;STB=0.545411;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0363692;OID=.;OPOS=75912401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:36:20:21:0.368421:11:9:18:17:12:9:18:18 chr5 75923285 . C T 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=-0.0223837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8291;QD=15.5559;RBI=0.0335525;REFB=-0.0149056;REVB=-0.0249948;RO=45;SAF=27;SAR=7;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824111;STB=0.546193;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0181699;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:7:27:38:7:7:27:38:7 chr5 75923294 . T G 1129.53 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.394;QD=60.2414;RBI=0.0417449;REFB=0;REVB=-0.0122366;RO=0;SAF=51;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686011;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:64:75:1:13:51:0:0:15:60:0:0 chr5 75923307 . A G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00552353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.244;QD=58.6114;RBI=0.00645396;REFB=0.0103954;REVB=-0.0033383;RO=1;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255483;STB=0.51351;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-8.84208e-06;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:18:55:0:1:18:55:0:1 chr5 75932869 . C T 229.38 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00225917;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.772;QD=12.9225;RBI=0.0087591;REFB=-0.0170372;REVB=-0.00846274;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715169;STB=0.549261;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0319555;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:43:27:28:0.394366:13:14:18:22:14:14:18:25 chr5 75932965 . G C 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0021562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.895;QD=15.2687;RBI=0.0208967;REFB=-0.00752537;REVB=-0.0207851;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232673;STB=0.63907;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00556795;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:12:20:10:16:12:21 chr5 75948650 . A G 663.45 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0418357;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4908;QD=17.345;RBI=0.0420754;REFB=0.00732421;REVB=0.00448406;RO=81;SAF=27;SAR=44;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238335;STB=0.634964;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00896547;OID=.;OPOS=75948650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:82:71:71:0.464052:44:27:51:30:44:27:52:30 chr5 75960865 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.892;QD=56.6963;RBI=0.0524706;REFB=0;REVB=0.0412653;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324731;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr5 76128521 . G A 623.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.131;QD=60.8047;RBI=0.0288831;REFB=0;REVB=0.0190502;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330726;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr5 76129053 . T C 612.04 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.116781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5029;QD=52.0887;RBI=0.120963;REFB=-0.159036;REVB=-0.0315317;RO=4;SAF=24;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720548;STB=0.53702;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0177907;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:46:47:4:4:42:43:0.914894:18:24:4:0:18:25:4:0 chr5 76343999 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.524;QD=21.377;RBI=0.00342439;REFB=0.00130639;REVB=-0.00134312;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161771;STB=0.509083;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00122474;OID=.;OPOS=76343999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:13:9:9:14:13:9 chr5 76704849 . T C 750.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.012;QD=56.6636;RBI=0.0246866;REFB=0;REVB=0.0158763;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119128;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:25:25:0:0:26:27:0:0 chr5 76708987 . A G 2098.58 PASS AF=0.898734;AO=141;DP=158;FAO=142;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0247403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.466;QD=53.1287;RBI=0.0254119;REFB=0.000591906;REVB=-0.00580347;RO=8;SAF=66;SAR=75;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415153;STB=0.518696;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000899074;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:158:158:8:9:141:142:0.898734:75:66:7:1:76:66:7:2 chr5 76722442 . C T 351.06 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0130496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.648;QD=34.2501;RBI=0.0235703;REFB=-0.0154268;REVB=0.0196283;RO=12;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263106;STB=0.644424;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00156332;OID=.;OPOS=76722442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:22:7:8:4:22:7:8:4 chr5 76722443 . G A 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00865759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.693;QD=8.99368;RBI=0.0213241;REFB=-0.0016373;REVB=-0.0194875;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464663;STB=0.775727;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0176857;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:7:22:4:8:7:22 chr5 76722895 . A G 133.35 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00748033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.911;QD=21.3361;RBI=0.0384118;REFB=-0.0208807;REVB=0.0376764;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.526846;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0107874;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:11:10:14:15:0.6:7:7:7:4:7:8:6:4 chr5 76734084 . C T 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0141724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.609;QD=16.0773;RBI=0.0152829;REFB=-0.0110995;REVB=0.00571934;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299515;STB=0.667563;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00642797;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:20:14:31:12:20:14:31:12 chr5 76916335 . G GC 171.48 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0133181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4126;QD=9.94079;RBI=0.0530112;REFB=-0.0213926;REVB=0.0513109;RO=41;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275421;STB=0.657648;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0310528;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029:28:71:29:69:40:20:9:17:23:99:41:20:8:19:22 chr5 76926578 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.556;QD=62.3509;RBI=0.0026525;REFB=0;REVB=-0.000722542;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08203e-06;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr5 77011066 . T C 415.06 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00225777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.172;QD=24.7796;RBI=0.0265609;REFB=-0.00854999;REVB=0.0264648;RO=27;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132635;STB=0.507265;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00490304;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:17:23:16:11:17:23:16:11 chr5 77298619 . A T 368.71 PASS AF=0.642857;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00317416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6424;QD=26.3367;RBI=0.0404001;REFB=0.00569506;REVB=0.0402752;RO=18;SAF=23;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12137;STB=0.576879;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0015343;OID=.;OPOS=77298619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:20:34:36:0.642857:11:23:9:9:11:25:10:10 chr5 77318835 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0276861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.605;QD=8.30751;RBI=0.0286623;REFB=-0.00683034;REVB=-0.0074166;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490672;STB=0.813055;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00982318;OID=.;OPOS=77318835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:9:9:7:1:9:9 chr5 77425028 . A T 2480.82 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231389;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.9;QD=61.2547;RBI=0.0237701;REFB=0;REVB=0.00544149;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6533e-05;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:162:0:0:157:162:1:79:78:0:0:79:83:0:0 chr5 77745853 . C CA 412.21 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188113;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7931;QD=45.8005;RBI=0.193385;REFB=0;REVB=0.192468;RO=3;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0075409;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:36:36:36:0:25:11:0:0:8:3:24:8:0:3 chr5 77781152 . TTACAA T,TTATAA 451.14 PASS AF=0.493827,0.0617284;AO=38,5;DP=84;FAO=40,5;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21,3;FSAR=19,2;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00222909,-0.0300804;FXX=0.0121936;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=214.127,67.9196;QD=22.2787;RBI=0.00503907,0.0479428;REFB=-0.0120595,-0.0130473;REVB=-0.00451922,-0.0373321;RO=38;SAF=19,3;SAR=19,2;SRF=19;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.114431;STB=0.524987,0.611207;STBP=0.676,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.0127485,0.0393956;OID=.,.;OPOS=77781153,77781155;OREF=TACAA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493827,0.0617284:38,5:84:40,5:81:36:21,3:19,2:17:19:99:38:19,3:19,2:19:19 chr5 77781390 . G A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0509454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.101;QD=17.9417;RBI=0.0551096;REFB=-0.00878353;REVB=-0.0210152;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157237;STB=0.588523;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0106599;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:4:18:13:6:4:18 chr5 77781785 . C CT 613.59 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284383;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5308;QD=40.9057;RBI=0.128105;REFB=0;REVB=0.124909;RO=8;SAF=29;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00385161;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:65:60:60:0:32:28:0:0:12:8:29:27:5:3 chr5 77782447 . C G 1042.62 PASS AF=0.5;AO=106;DP=212;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=69;FSRR=37;FWDB=-0.0172443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4534;QD=19.672;RBI=0.04254;REFB=-0.00231666;REVB=-0.0388881;RO=104;SAF=56;SAR=50;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105809;STB=0.561938;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00217274;OID=.;OPOS=77782447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:104:106:106:106:0.5:50:56:67:37:50:56:69:37 chr5 77784433 . T C 439.81 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0043795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5981;QD=13.2273;RBI=0.0333158;REFB=-0.000638035;REVB=-0.0330267;RO=82;SAF=30;SAR=21;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104864;STB=0.505945;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00103301;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:21:30:49:33:21:30:49:33 chr5 77784438 . T A 431.72 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0122316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1178;QD=13.3867;RBI=0.0266667;REFB=-0.00567426;REVB=-0.0236961;RO=78;SAF=29;SAR=21;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174938;STB=0.506507;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00788465;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:78:79:50:50:0.387597:21:29:44:34:21:29:45:34 chr5 77784738 . A G 410.06 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00565999;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.788;QD=18.2248;RBI=0.0236272;REFB=0.00310565;REVB=0.0229392;RO=45;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617304;STB=0.50955;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00269618;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:48:41:42:0.466667:20:21:26:19:20:22:26:22 chr5 78181477 . C T 336.12 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0119163;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.338;QD=13.0532;RBI=0.020295;REFB=-0.000399745;REVB=-0.0164283;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240031;STB=0.636562;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000309865;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:63:40:40:0.38835:14:26:27:36:14:26:27:36 chr5 78324352 . A G 949.74 PASS AF=0.537572;AO=90;DP=171;FAO=93;FDP=173;FR=.;FRO=80;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.00958788;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.911;QD=21.9594;RBI=0.00984162;REFB=-0.0115411;REVB=0.00222036;RO=79;SAF=65;SAR=25;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782664;STB=0.545682;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00910805;OID=.;OPOS=78324352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:79:80:90:93:0.537572:25:65:51:28:27:66:50:30 chr5 78326750 . G C 926.61 PASS AF=0.481865;AO=90;DP=190;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.0194545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.201;QD=19.2044;RBI=0.024636;REFB=-0.0150765;REVB=0.0151147;RO=99;SAF=49;SAR=41;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183123;STB=0.509174;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0158585;OID=.;OPOS=78326750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:99:100:90:93:0.481865:41:49:52:47:43:50:52:48 chr5 78328560 . G A 1071.74 PASS AF=0.528497;AO=101;DP=193;FAO=102;FDP=193;FR=.;FRO=91;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0168011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6418;QD=22.2123;RBI=0.0172143;REFB=-0.012451;REVB=0.00374896;RO=89;SAF=62;SAR=39;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08568;STB=0.544306;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0113468;OID=.;OPOS=78328560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:89:91:101:102:0.528497:39:62:46:43:40:62:47:44 chr5 78340257 . C G 528.48 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0146982;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.154;QD=19.0444;RBI=0.01666;REFB=-0.00472541;REVB=0.00784337;RO=57;SAF=30;SAR=25;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640435;STB=0.53155;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00429871;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:57:56:55:55:0.495495:25:30:35:22:25:30:34:22 chr5 78340286 . A G 574.22 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0227344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.559;QD=19.6316;RBI=0.0239127;REFB=-0.0190675;REVB=-0.00741365;RO=58;SAF=29;SAR=30;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849814;STB=0.546859;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.019874;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:30:29:34:24:30:29:34:24 chr5 78351636 . A C 209.83 PASS AF=0.239437;AO=14;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00641127;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2393;QD=11.8213;RBI=0.0239696;REFB=-0.0184666;REVB=-0.0230963;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280582;STB=0.62723;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0901089;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:14:17:0.239437:9:5:26:18:10:7:26:18 chr5 78373431 . C T 510.94 PASS AF=0.61039;AO=46;DP=76;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00353333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.688;QD=26.5423;RBI=0.0154523;REFB=-0.0226928;REVB=-0.0150429;RO=30;SAF=17;SAR=29;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736082;STB=0.533932;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0183117;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:30:30:46:47:0.61039:29:17:14:16:29:18:14:16 chr5 78421959 . G A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00464409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.936;QD=18.3161;RBI=0.00757995;REFB=-0.0145328;REVB=-0.00599066;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638592;STB=0.535696;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0151877;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:13:26:26:17:13:26:26:17 chr5 78573790 . A T 954.29 PASS AF=0.957143;AO=68;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0117236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9731;QD=54.5311;RBI=0.0457862;REFB=-0.00927769;REVB=-0.0442598;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50811;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000184346;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:1:3:68:67:0.957143:36:32:1:0:35:32:2:1 chr5 78596044 . T C 640.11 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00554778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.037;QD=22.2646;RBI=0.0135554;REFB=-0.00926101;REVB=0.0123681;RO=52;SAF=31;SAR=32;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729582;STB=0.539938;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00764811;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:32:31:21:31:32:31:21:31 chr5 78596500 . A G 78.09 PASS AF=0.121622;AO=18;DP=148;FAO=18;FDP=148;FR=.;FRO=130;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=55;FWDB=0.00388143;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=152.235;QD=2.11058;RBI=0.0232481;REFB=-0.00648062;REVB=-0.0229218;RO=129;SAF=1;SAR=17;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638105;STB=0.94673;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.057675;OID=.;OPOS=78596500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:148:148:129:130:18:18:0.121622:17:1:75:54:17:1:75:55 chr5 78617534 . T G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0101629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=344.224;QD=21.4069;RBI=0.0102578;REFB=-0.0154142;REVB=-0.00139164;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253516;STB=0.51403;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.01264;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:17:15:13:13:17:15:13:13 chr5 79025157 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00827601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.522;QD=21.5105;RBI=0.00973871;REFB=-0.00643871;REVB=-0.00513324;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018107;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00326559;OID=.;OPOS=79025157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:7:8:10:8:7:8 chr5 79028472 . C T 462.32 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342662;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.134;QD=57.7899;RBI=0.0634229;REFB=0;REVB=0.0533694;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257824;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:27:32:1:14:13:0:0:17:15:0:0 chr5 79030045 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.657;QD=58.5871;RBI=0.0135845;REFB=0;REVB=0.0134287;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29854e-06;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 79031558 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.323;QD=47.8223;RBI=0.0275874;REFB=0;REVB=-0.0275422;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248788;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 79033391 . G A 340.56 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0139883;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.02;QD=17.9242;RBI=0.014087;REFB=-0.00482355;REVB=0.00166436;RO=40;SAF=24;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433409;STB=0.524258;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00583312;OID=.;OPOS=79033391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:12:24:25:15:12:24:25:15 chr5 79048562 . C T 277.96 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=61;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.000272886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.7;QD=17.1052;RBI=0.00138339;REFB=-0.027023;REVB=-0.00135621;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327271;STB=0.554421;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0202049;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:34:34:27:31:0.476923:15:12:14:20:15:16:14:20 chr5 79277817 . A C 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0750116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.94;QD=7.79586;RBI=0.0751684;REFB=-0.00324361;REVB=-0.00485283;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48617;STB=0.791921;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0130766;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:5:18:3:6:5:18 chr5 79351852 . A T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00153561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.316;QD=9.49171;RBI=0.0102035;REFB=-0.0178928;REVB=-0.0100873;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515523;STB=0.823899;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0161336;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:9:9:1:8:9:9 chr5 79616083 . G C 632.04 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.663;QD=61.6625;RBI=0.0669386;REFB=0;REVB=-0.00907605;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2762e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:20:21:0:0 chr5 79617628 . A T 305.13 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.826;QD=53.0662;RBI=0.0325531;REFB=0;REVB=-0.00962432;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114806;OID=.;OPOS=79617628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr5 79733079 . T C 88.09 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.604;QD=39.15;RBI=0.0534789;REFB=0;REVB=-0.00335945;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963382;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr5 79734297 . T C 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3862;QD=55.0805;RBI=0.0523605;REFB=0;REVB=0.0491287;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012199;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr5 79734409 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.991;QD=60.2307;RBI=0.0117959;REFB=0;REVB=0.00560986;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31851e-05;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr5 79735858 . A G 1264.63 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.45;QD=61.6893;RBI=0.0191143;REFB=0;REVB=0.00189493;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28664e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr5 79745469 . A G 1211.15 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2518;QD=59.81;RBI=0.0342053;REFB=-0.0908175;REVB=-0.0308794;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122965;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000836485;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:42:38:1:0:42:38:1:0 chr5 79855372 . A G 455.79 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.093;QD=56.9731;RBI=0.0200734;REFB=0;REVB=-0.0197296;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245046;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:8:24:0:0 chr5 79950512 . A G 158.02 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00759284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.205;QD=25.2836;RBI=0.0103075;REFB=-0.0357142;REVB=0.00697096;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151559;STB=0.585252;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0142028;OID=.;OPOS=79950512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:4:12:5:4:4:12:5:4 chr5 80149981 . A G 187.22 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.241;QD=46.8045;RBI=0.0498338;REFB=0;REVB=-0.00286337;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172364;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr5 80168937 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0258089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6165;QD=14.2414;RBI=0.0303422;REFB=0.0063226;REVB=0.0159546;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300867;STB=0.517226;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00708098;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:16:15:10:12:16:15 chr5 80736444 . A G 165.17 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00931985;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.738;QD=13.4835;RBI=0.0429987;REFB=-0.0237808;REVB=0.0419766;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140389;STB=0.571351;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0412681;OID=.;OPOS=80736444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:17:18:0.367347:9:8:18:12:9:9:19:12 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1706.52 PASS AF=0.295533,0.522337;AO=60,66;DP=323;FAO=86,152;FDP=291;FR=.;FRO=53;FSAF=44,96;FSAR=42,56;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=-0.365734,-0.0798492;FXX=0.104612;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.01024,145.144;QD=23.4573;RBI=0.366465,0.080109;REFB=-0.20004,-0.0385395;REVB=-0.0231359,0.00644668;RO=49;SAF=25,47;SAR=35,19;SRF=5;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282373,0.459567;STB=0.622476,0.615529;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.141557,0.033944;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.295533,0.522337:60,66:323:86,152:291:53:44,96:42,56:10:43:99:49:25,47:35,19:5:44 chr5 81549216 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.493;QD=57.1041;RBI=0.0328691;REFB=0;REVB=0.00505875;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0491e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr5 81549240 . C A 554.75 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00227767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.629;QD=55.475;RBI=0.0101253;REFB=-0.0350971;REVB=0.00986581;RO=1;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170418;STB=0.512651;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000282173;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:27:11:0:1:27:11:1:1 chr5 81572184 . G C 1277.47 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.915;QD=61.5649;RBI=0.030865;REFB=0;REVB=-0.00373592;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177981;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:44:39:0:0 chr5 82648943 . G A 840.03 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145172;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.691;QD=57.9331;RBI=0.0296917;REFB=0;REVB=0.0259007;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74405e-05;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:17:41:0:0:17:41:0:0 chr5 82648977 . T A,G 982.38 PASS AF=0.057971,0.942029;AO=5,60;DP=66;FAO=4,65;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2,45;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192067,0.00215288;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.657,182.26;QD=56.9495;RBI=0.019439,0.111281;REFB=0,0;REVB=0.0193439,0.11126;RO=0;SAF=3,41;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.31043e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0701811,-0.00105105;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:66:69:0:0:5,60:4,65:0.057971,0.942029:2,19:3,41:0:0:2,20:2,45:0:0 chr5 82652551 . C G 294.63 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00931292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.63;QD=17.8565;RBI=0.0125012;REFB=-0.0100032;REVB=-0.00833971;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486165;STB=0.533893;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0134667;OID=.;OPOS=82652551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:18:13:16:18:19:13:16:18 chr5 82808072 . C T 443.49 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0290971;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9775;QD=19.9321;RBI=0.107124;REFB=0.00685275;REVB=0.103097;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516204;STB=0.516459;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00453238;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:45:43:44:0.494382:19:24:27:17:19:25:27:18 chr5 82833145 . G A 207.92 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0064208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.897;QD=21.3253;RBI=0.0139901;REFB=-0.0306686;REVB=0.0124296;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299989;STB=0.594959;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0279837;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:16:18:0.461538:13:3:8:10:13:5:8:10 chr5 82875800 . C T 1506.91 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.583;QD=58.5209;RBI=0.0366202;REFB=-0.0330672;REVB=-0.0133945;RO=0;SAF=38;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30493e-08;STB=0.503875;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.62817e-05;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:64:38:0:0:64:38:0:1 chr5 82999357 . ATT AGT,TAG 186.28 PASS AF=0.53125,0.0625;AO=13,2;DP=31;FAO=17,2;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6,1;FSAR=11,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.000357327,-0.00438801;FXX=0.0302939;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=103.673,109.53;QD=23.2845;RBI=0.0764172,0.0755353;REFB=-0.00760898,-0.00251804;REVB=-0.0764164,-0.0754077;RO=10;SAF=4,1;SAR=9,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00691362,0.213474;STB=0.559933,0.731512;STBP=0.586,0.708;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0025596,-0.00121792;OID=.,.;OPOS=82999358,82999357;OREF=T,ATT;OALT=G,TAG;OMAPALT=AGT,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:10:13:13,2:17,2:0.53125,0.0625:9,1:4,1:3:7:11,1:6,1:3:10 chr5 83360520 . C T 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00225416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.381;QD=21.007;RBI=0.0353956;REFB=-0.00913597;REVB=0.0353238;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960798;STB=0.553157;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00612438;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:13:17:17:8:13:17:17:8 chr5 85582712 . T C 537.86 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.378;QD=59.7619;RBI=0.101332;REFB=0;REVB=0.10131;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473186;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 85583507 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.521;QD=44.6898;RBI=0.056487;REFB=0;REVB=0.0296952;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791755;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr5 85583642 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0310591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.143;QD=10.3791;RBI=0.0320216;REFB=-0.00725615;REVB=-0.00779166;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34364;STB=0.715828;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00941544;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:5:11:8:1:5:11 chr5 85586831 . C T 541.86 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=144;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0457527;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.527;QD=15.157;RBI=0.0461051;REFB=-0.0129454;REVB=-0.00568969;RO=84;SAF=24;SAR=35;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231506;STB=0.629777;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0249004;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:84:84:59:59:0.412587:35:24:53:31:35:24:53:31 chr5 86513974 . A G 1337.91 PASS AF=0.927835;AO=90;DP=97;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0433004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.036;QD=55.1714;RBI=0.0547384;REFB=-0.0133451;REVB=-0.0334869;RO=7;SAF=25;SAR=65;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939457;STB=0.549784;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00118508;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:97:97:7:7:90:90:0.927835:65:25:6:1:65:25:6:1 chr5 87497977 . C T 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7664;QD=61.6783;RBI=0.041163;REFB=0;REVB=-0.0335449;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518715;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 87498849 . G A 1651.03 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.64;QD=59.4964;RBI=0.0381464;REFB=0;REVB=0.0244493;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965331;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:111:0:0:106:111:1:60:46:0:0:63:48:0:0 chr5 87502320 . TGGGGGA ATGGGGA,TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA 378.38 PASS AF=0,0.578947,0.421053,0;AO=3,12,8,35;DP=71;FAO=0,22,16,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,5,0;FSAR=0,12,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911135,-0.688491,0.00994391,0.593218;FXX=0.224444;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=37.5957,11.5971,10.8863,8.52131;QD=39.829;RBI=0.00981413,0.84486,0.0639219,0.813138;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00364699,0.489661,-0.0631437,-0.556135;RO=1;SAF=3,11,0,20;SAR=0,1,8,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-0.0393232,-0.803989,-0.022817;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.172714,0.0253951,0.201096;OID=.,.,.,.;OPOS=87502320,87502325,87502321,87502325;OREF=TG,GA,G,G;OALT=AT,-,-,A;OMAPALT=ATGGGGA,TGGGG,TGGGGA,TGGGGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:71:38:1:0:3,12,8,35:0,22,16,0:0,0.578947,0.421053,0:0,1,8,15:3,11,0,20:1:0:0,12,11,0:0,10,5,0:0:0 chr5 87968864 . A G 1494.74 PASS AF=0.446927;AO=158;DP=357;FAO=160;FDP=358;FR=.;FRO=198;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=101;FSRR=97;FWDB=-0.0177898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.661;QD=16.701;RBI=0.0232601;REFB=-0.0122463;REVB=0.0149851;RO=198;SAF=76;SAR=82;SRF=101;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292185;STB=0.519422;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0150472;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:358:198:198:158:160:0.446927:82:76:101:97:84:76:101:97 chr5 89703641 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7838;QD=59.0175;RBI=0.046447;REFB=0;REVB=0.00469296;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067487;OID=.;OPOS=89703641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr5 89769728 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5844;QD=51.1842;RBI=0.0256169;REFB=0;REVB=0.0157673;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661022;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 89808944 . A G 139.91 PASS AF=0.167442;AO=37;DP=213;FAO=36;FDP=215;FR=.,HEALED;FRO=175;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=135;FWDB=-0.120978;FXX=0.00462942;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.7433;QD=2.60289;RBI=0.122719;REFB=-0.0227434;REVB=-0.0206017;RO=131;SAF=8;SAR=29;SRF=16;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207667;STB=0.507549;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0853666;OID=.;OPOS=89808944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:131:175:37:36:0.167442:29:8:16:115:28:8:40:135 chr5 89810077 . G A 213.55 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0135619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6303;QD=16.1169;RBI=0.0316377;REFB=-0.00681479;REVB=-0.0285836;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172952;STB=0.606446;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.011699;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:23:24:0.45283:12:11:19:10:13:11:19:10 chr5 89812725 . CACTG C 84.04 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00794339;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.261;QD=10.1867;RBI=0.0111059;REFB=-0.0120609;REVB=-0.00776173;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0260639;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:33:11:33:22:4:7:8:14:84:18:4:7:7:11 chr5 89816299 . C A 1029.54 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640807;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.526;QD=59.6834;RBI=0.00772851;REFB=0;REVB=-0.00432048;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48692e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:27:42:0:0 chr5 89816309 . A AT 111.38 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00600847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5729;QD=6.75038;RBI=0.131657;REFB=-0.0426485;REVB=0.13152;RO=36;SAF=23;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50502;STB=0.79568;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0565669;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:27:68:28:66:38:24:4:16:22:99:36:23:4:15:21 chr5 89820984 . T C 973.15 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.046;QD=56.4145;RBI=0.0224739;REFB=-0.0869442;REVB=0.000938473;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133112;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000236864;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:32:35:1:0:32:36:1:0 chr5 89943433 . A G 446.1 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0354864;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8095;QD=23.174;RBI=0.0419325;REFB=-0.0135039;REVB=-0.0223393;RO=34;SAF=26;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156009;STB=0.585831;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0224321;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:17:26:14:20:17:26:14:20 chr5 89943571 . G T 160.04 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0810158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.93;QD=26.673;RBI=0.0815518;REFB=0.0159541;REVB=0.00933479;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245929;STB=0.610967;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00269784;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:15:16:0.666667:11:4:5:3:11:5:5:3 chr5 89979589 . G A 367.79 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00888519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1722;QD=13.8788;RBI=0.0100035;REFB=0.0115329;REVB=-0.00459609;RO=63;SAF=14;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167638;STB=0.595104;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0129183;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:29:14:30:33:29:14:30:33 chr5 89979691 . A G 328.67 PASS AF=0.479452;AO=32;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0160227;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.218;QD=18.0095;RBI=0.0182828;REFB=-0.0080391;REVB=-0.00880539;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21881;STB=0.607087;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00805781;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:29:38:32:35:0.479452:19:13:5:24:21:14:8:30 chr5 89979750 . G T 285.68 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00110387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.317;QD=16.3244;RBI=0.00380877;REFB=-0.0073564;REVB=-0.0036453;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138848;STB=0.523708;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00993211;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:31:32:0.457143:18:13:15:22:18:14:15:23 chr5 89990324 . A G 67.39 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00380481;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3673;QD=11.7203;RBI=0.0210825;REFB=-0.0214774;REVB=-0.0207363;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0205245;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:7:7:6:3:7:7 chr5 90001368 . T G 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00159694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.447;QD=22.7217;RBI=0.00782873;REFB=-0.0046589;REVB=0.00766412;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00357697;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:13:10:16:15:13:10 chr5 90016871 . G A 316.66 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0105022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.451;QD=20.4298;RBI=0.0178707;REFB=-0.0185266;REVB=0.0144591;RO=29;SAF=9;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249876;STB=0.642995;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00981211;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:32:33:0.532258:23:9:16:13:24:9:16:13 chr5 90024735 . G A 392.19 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0102717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.456;QD=14.6614;RBI=0.0188704;REFB=-0.00636518;REVB=-0.0158299;RO=59;SAF=21;SAR=24;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934072;STB=0.547243;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00969557;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:62:45:45:0.420561:24:21:33:26:24:21:34:28 chr5 90107108 . A G 928.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.169;QD=58.0086;RBI=0.0437542;REFB=0;REVB=0.0252471;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010637;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:28:30:0:0:30:34:0:0 chr5 90119293 . C T 359.44 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0578314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1407;QD=19.9689;RBI=0.0802535;REFB=0.0348366;REVB=0.0556432;RO=35;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121553;STB=0.56749;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0182652;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:22:15:19:16:22:15:19:16 chr5 90119324 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000695926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.118;QD=59.1432;RBI=0.00625738;REFB=0;REVB=0.00621856;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45571e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr5 90151589 . G A 427.17 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0119614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.35;QD=16.9178;RBI=0.0174651;REFB=-0.00257999;REVB=-0.0127261;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390122;STB=0.536528;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00420976;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:55:46:46:0.455446:24:22:27:25:24:22:30:25 chr5 93731985 . A G 1568.31 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.429;QD=64.0126;RBI=0.019216;REFB=0;REVB=0.00668662;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49081e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:56:42:0:0 chr5 93752874 . C T 772.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102951;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.527;QD=57.2038;RBI=0.0211293;REFB=0;REVB=0.0184515;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103806;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr5 93753060 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.647;QD=51.1842;RBI=0.0262764;REFB=0;REVB=0.0198704;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166727;OID=.;OPOS=93753060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr5 94050487 . T A 251.07 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0281772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0034;QD=12.3983;RBI=0.0288534;REFB=-0.0178936;REVB=-0.00620983;RO=51;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744017;STB=0.542828;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0295427;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:11:19:29:22:11:19:29:22 chr5 94206202 . C T 540.17 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0417028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5225;QD=22.0478;RBI=0.0745567;REFB=-0.0280562;REVB=-0.0618027;RO=47;SAF=31;SAR=20;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299734;STB=0.664655;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0194541;OID=.;OPOS=94206202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:20:31:12:35:20:31:12:35 chr5 94259653 . G C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0183934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.002;QD=13.5052;RBI=0.0184772;REFB=-0.0107813;REVB=0.00175779;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218026;STB=0.512799;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0175337;OID=.;OPOS=94259653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:6:11:8:4:6:11 chr5 94278129 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.042624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4223;QD=28.141;RBI=0.0459658;REFB=0.00160998;REVB=-0.0172062;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230206;STB=0.628405;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000184133;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:2:5:5:11:2:5 chr5 94772540 . C T 765.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.192;QD=63.7554;RBI=0.106107;REFB=0;REVB=-0.068626;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174025;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr5 94957676 . A T 140.65 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0727333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1451;QD=13.084;RBI=0.0737944;REFB=-0.0151985;REVB=0.0124693;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252144;STB=0.635669;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0222987;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:6:10:10:16:6:10:11:16 chr5 94957685 . G A 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0288681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4708;QD=14.6952;RBI=0.0426008;REFB=0.0203826;REVB=-0.0313282;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0175258;OID=.;OPOS=94957685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:10:13:7:9:10:13 chr5 95084131 . G A 1544.98 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.657;QD=59.4224;RBI=0.0297506;REFB=0;REVB=0.0227787;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119513;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:61:41:0:0:62:42:0:0 chr5 95091194 . C T 1227.04 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00036463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.443;QD=61.3519;RBI=0.0211656;REFB=0;REVB=-0.0211624;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43552e-05;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr5 95091201 . A G 1118.82 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00763507;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.297;QD=54.5767;RBI=0.0092422;REFB=-0.0180839;REVB=-0.00520807;RO=4;SAF=43;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552546;STB=0.50257;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000217818;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:82:4:5:77:77:0.939024:34:43:2:2:34:43:3:2 chr5 95194571 . T C 1513.27 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3084;QD=59.9315;RBI=0.0782437;REFB=0;REVB=-0.0694288;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000661278;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr5 95194593 . G T 452.77 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00397985;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.628;QD=17.4144;RBI=0.00427585;REFB=-0.0112024;REVB=-0.00156324;RO=53;SAF=33;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19754;STB=0.611316;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00799618;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:55:49:49:0.471154:16:33:25:28:16:33:26:29 chr5 95194667 . C T 593.14 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0173926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=22.1733;RBI=0.0281957;REFB=-0.0304104;REVB=-0.0221922;RO=48;SAF=35;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947622;STB=0.551962;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0281716;OID=.;OPOS=95194667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:24:35:23:25:24:35:23:25 chr5 95222277 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.26;QD=55.6561;RBI=0.0542373;REFB=0;REVB=-0.0485001;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118985;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr5 95234377 . C T 84.43 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0131864;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9393;QD=6.49446;RBI=0.0794426;REFB=0.0030838;REVB=-0.0783406;RO=39;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383795;STB=0.741731;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0184215;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:52:52:39:40:12:12:0.230769:2:10:22:17:2:10:23:17 chr5 95234392 . A C 125.88 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00944912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.083;QD=7.86721;RBI=0.013312;REFB=-0.00885898;REVB=-0.00937671;RO=44;SAF=13;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200483;STB=0.624853;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0518023;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:44:46:18:18:0.28125:5:13:25:19:5:13:26:20 chr5 95236415 . G A 262.29 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0230719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4804;QD=25.5891;RBI=0.0249246;REFB=-0.0497049;REVB=0.00942987;RO=16;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580257;STB=0.523789;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0223523;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:6:18:11:5:6:18:12:5 chr5 95236459 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00179426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.606;QD=26.3418;RBI=0.0354215;REFB=-0.0165571;REVB=-0.035376;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148936;STB=0.583241;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00734995;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:5:14:6:5:5:14:6:5 chr5 95728898 . C G 385.26 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0196471;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.201;QD=20.277;RBI=0.0283076;REFB=-0.0217192;REVB=-0.0203792;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290998;STB=0.516121;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0202412;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:16:23:23:14:16:23:23:14 chr5 95728974 . G C 240.85 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0010322;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.791;QD=27.5256;RBI=0.01329;REFB=-0.0178614;REVB=0.0132498;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475351;STB=0.526292;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0123407;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:8:5:10:12:8:5 chr5 95733112 . A G 263.95 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.000668523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.17;QD=12.8756;RBI=0.0206449;REFB=0.00108186;REVB=0.0206341;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126493;STB=0.572389;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00172276;OID=.;OPOS=95733112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:14:17:22:29:14:17:22:29 chr5 96031569 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0101849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.558;QD=10.8845;RBI=0.0196054;REFB=-0.00944731;REVB=0.0167523;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212338;STB=0.62828;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0247642;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:7:8:3:6:7:8 chr5 96079387 . C T 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0442236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0583;QD=25.4286;RBI=0.0580905;REFB=-0.0460507;REVB=-0.0376666;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269698;STB=0.648525;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0348336;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:11:11:2:13:11:11:2:13 chr5 96079402 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.009;QD=58.1418;RBI=0.00832784;REFB=0;REVB=0.00123054;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43087e-05;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 96093222 . G A 2272.91 PASS AF=0.993377;AO=151;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.07;QD=60.2095;RBI=0.0492808;REFB=-0.0262342;REVB=0.0468598;RO=0;SAF=90;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84104e-08;STB=0.504132;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000264346;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:0:1:151:150:0.993377:61:90:0:0:60:90:0:1 chr5 96118852 . G C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1039;QD=62.3456;RBI=0.0290863;REFB=0;REVB=0.0158101;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5983e-05;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr5 96121524 . C T 994.39 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334595;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.316;QD=59.3662;RBI=0.0357583;REFB=0;REVB=0.0126143;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040908;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr5 96122260 . T A,G 782.06 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,46;DP=50;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4,19;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113469,0.0413601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.454,95.5634;QD=62.565;RBI=0.0115455,0.0485651;REFB=0,0;REVB=0.00213231,0.0254541;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.185743,0.00120846;OID=.,.;OPOS=96122260,96122260;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:50:50:0:0:4,46:4,46:0.08,0.92:0,27:4,19:0:0:0,27:4,19:0:0 chr5 96124330 . T C 2733.65 PASS AF=0.973118;AO=173;DP=178;FAO=181;FDP=186;FR=.;FRO=5;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0129428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0803;QD=58.7881;RBI=0.0454755;REFB=-0.042957;REVB=0.0435948;RO=5;SAF=94;SAR=79;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184515;STB=0.508591;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00873017;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:178:186:5:5:173:181:0.973118:79:94:1:4:87:94:1:4 chr5 96126308 . A G 1043.53 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.57;QD=59.6301;RBI=0.104473;REFB=0;REVB=0.094214;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616264;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr5 96129512 . A G 686.58 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.21;QD=62.4163;RBI=0.0265343;REFB=0;REVB=0.0260981;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7692e-05;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:12:30:0:0:12:32:0:0 chr5 96130836 . T C 726.66 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075002;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7502;QD=56.9931;RBI=0.0869731;REFB=0;REVB=0.0440343;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621337;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr5 96139250 . C G 1452.21 PASS AF=1;AO=88;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000588769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.661;QD=52.332;RBI=0.021236;REFB=0;REVB=0.0212278;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348528;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:111:0:0:88:111:1:33:55:0:0:43:68:0:0 chr5 96364300 . CT CA,C 83.97 PASS AF=0,0.234234;AO=4,20;DP=113;FAO=0,26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=0,4;FSAR=0,22;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.00482091,-0.0316648;FXX=0.0176975;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=75.6897,15.0888;QD=3.02598;RBI=0.0794811,0.136754;REFB=0.0066445,-0.0181348;REVB=-0.0793348,-0.133037;RO=79;SAF=0,4;SAR=4,16;SRF=49;SRR=30;SSEN=0,0.306122;SSEP=0,0;SSSB=-0.515896,-0.513293;STB=0.5,0.838718;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0749506,-0.0314209;OID=.,.;OPOS=96364301,96364301;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.234234:4,20:113:0,26:111:85:0,4:0,22:50:35:79:79:0,4:4,16:49:30 chr5 96498783 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.013579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.827;QD=14.0465;RBI=0.0136005;REFB=-0.0183897;REVB=-0.00076431;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313994;STB=0.68456;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0255415;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:4:14:15:14:4:14:15:14 chr5 96503523 . C T 93.38 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00661845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.884;QD=19.6583;RBI=0.0274403;REFB=0.0398309;REVB=0.0266302;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314973;STB=0.659488;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.028383;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:3:8:2:5:3:8:3:5 chr5 96511780 . C CT 189.73 PASS AF=0.387097;AO=38;DP=96;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0860189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9413;QD=8.1606;RBI=0.0883639;REFB=0.0381306;REVB=0.0202219;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039164;STB=0.542421;STBP=0.557;TYPE=ins;VARB=-0.0643583;OID=.;OPOS=96511781;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:38:96:36:93:57:19:17:34:23:99:56:21:17:33:23 chr5 96512865 . T A 884.8 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.434;QD=57.0839;RBI=0.0383354;REFB=0;REVB=0.0382397;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90824e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:31:31:0:0 chr5 96512871 . T A 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.386;QD=56.2106;RBI=0.0162862;REFB=-0.115271;REVB=0.00537373;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00100986;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr5 96513471 . G C 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0334686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2688;QD=19.762;RBI=0.0376996;REFB=-0.00498843;REVB=-0.0173526;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115482;STB=0.565161;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00486241;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:14:11:13:10:14:11 chr5 96518792 . T G 162.35 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0387467;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5926;QD=27.0585;RBI=0.0410506;REFB=-0.0415412;REVB=0.0135592;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146799;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0254774;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:9:8:16:16:0.666667:9:7:6:3:9:7:5:3 chr5 96724999 . C T 229.52 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0137608;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.072;QD=16.1064;RBI=0.0195169;REFB=0.00107762;REVB=-0.0138402;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903871;STB=0.529707;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00137187;OID=.;OPOS=96724999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:31:25:26:0.45614:14:11:17:15:14:12:16:15 chr5 98115828 . A G 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0128187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.506;QD=20.4487;RBI=0.012918;REFB=-0.0183209;REVB=-0.00159831;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239265;STB=0.632722;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0215543;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:29:15:26:17:29:15:26:17 chr5 98131505 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.628;QD=60.6046;RBI=0.0945684;REFB=0;REVB=0.0102775;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426823;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr5 100068875 . C T 1415.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5629;QD=62.906;RBI=0.0367382;REFB=0;REVB=0.00305919;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283223;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr5 100143084 . G C 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00519723;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.642;QD=19.4707;RBI=0.00520687;REFB=-0.00234678;REVB=0.000316716;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645559;STB=0.503595;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00213538;OID=.;OPOS=100143084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:11:17:18:12:11:17 chr5 100145388 . A C 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.013374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.797;QD=10.1983;RBI=0.0187667;REFB=-0.00972364;REVB=0.0131654;RO=51;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225294;STB=0.632276;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0259129;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:8:17:25:26:8:17:25:26 chr5 100145662 . A AACAC 43.23 PASS AF=0.2;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0589338;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=4;MLLD=194.896;QD=4.94113;RBI=0.0679657;REFB=-0.0304097;REVB=-0.0338548;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627151;STB=0.620376;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.128738;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:45:7:35:28:4:3:20:8:43:37:4:3:23:14 chr5 100146447 . G T 1600.55 PASS AF=0.990991;AO=100;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187006;FXX=0.0263135;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.488;QD=57.6776;RBI=0.0188112;REFB=-0.10947;REVB=-0.00203683;RO=1;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106594;STB=0.504761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-5.00335e-05;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:1:1:100:110:0.990991:56:44:1:0:58:52:1:0 chr5 101638381 . G A 229.08 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0455837;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.603;QD=17.6211;RBI=0.0463356;REFB=-0.0166879;REVB=0.00831348;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658101;STB=0.536979;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0146675;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:17:10:11:14:17:10 chr5 101816104 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0785493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2731;QD=22.9818;RBI=0.0793316;REFB=0.00575481;REVB=0.0111134;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439647;STB=0.52457;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0123962;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:13:9:9:16:13:9 chr5 102365186 . G A 1044.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2866;QD=59.6576;RBI=0.0472084;REFB=0;REVB=-0.0139818;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276121;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr5 102365426 . C CAG 1022.77 PASS AF=0.935065;AO=71;DP=79;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0136395;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.899;QD=53.131;RBI=0.0160314;REFB=0.0207596;REVB=0.00842439;RO=7;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398126;STB=0.521294;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=-0.00064039;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935065:71:79:72:77:5:38:34:1:4:17:7:37:34:2:5 chr5 102512570 . C A,CA 1157.29 PASS AF=0.0121951,0.987805;AO=3,76;DP=85;FAO=1,81;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566728,-0.053849;FXX=0.0120467;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.46173,23.4952;QD=56.4533;RBI=0.134597,0.113515;REFB=0,0;REVB=-0.122084,-0.09993;RO=5;SAF=1,29;SAR=2,47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247694,-0.0267842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0324606,-0.00252507;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:85:82:5:0:3,76:1,81:0.0121951,0.987805:2,47:1,29:3:2:0,51:1,30:0:0 chr5 102891695 . A G 433.85 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00837913;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.237;QD=13.6647;RBI=0.00987973;REFB=-0.0117941;REVB=0.00523443;RO=76;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730802;STB=0.500315;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131182;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:77:50:50:0.393701:24:26:39:37:24:26:40:37 chr5 108168631 . C T 282.83 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0106497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.371;QD=19.848;RBI=0.0267134;REFB=-0.027967;REVB=-0.0244988;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019029;STB=0.510581;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0194112;OID=.;OPOS=108168631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:12:15:16:14:12:15 chr5 108281909 . C G 372.98 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.000134522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8768;QD=17.761;RBI=0.0120093;REFB=-0.0220228;REVB=-0.0120085;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129185;STB=0.572088;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0192612;OID=.;OPOS=108281909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:28:17:20:19:28:17 chr5 108373106 . C A 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0415117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2376;QD=16.0715;RBI=0.0559206;REFB=0.00473656;REVB=-0.0374685;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708212;STB=0.53995;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00617262;OID=.;OPOS=108373106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:17:18:17:12:17:18 chr5 108672755 . T A 651.1 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=167;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00885328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.738;QD=15.5952;RBI=0.008969;REFB=-0.00364743;REVB=-0.00143608;RO=95;SAF=36;SAR=36;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536187;STB=0.502993;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00414841;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:95:95:72:72:0.431138:36:36:48:47:36:36:48:47 chr5 108672946 . C T 277.41 PASS AF=0.421053;AO=30;DP=74;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0244369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=14.6004;RBI=0.073744;REFB=-0.0057937;REVB=-0.0695774;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888066;STB=0.557592;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00974026;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:44:30:32:0.421053:12:18:26:12:14:18:29:15 chr5 108713970 . C T 295.97 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0134291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.13;QD=13.1541;RBI=0.0258385;REFB=0.00137625;REVB=-0.0220746;RO=55;SAF=10;SAR=24;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401501;STB=0.723876;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00286283;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:24:10:37:18:24:10:37:19 chr5 108713982 . T C 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00582073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.946;QD=13.3334;RBI=0.00885541;REFB=-0.0153007;REVB=-0.00667363;RO=53;SAF=9;SAR=24;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43053;STB=0.745196;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0189874;OID=.;OPOS=108713982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:24:9:36:17:24:9:36:17 chr5 108714298 . T C 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0188358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.386;QD=11.6352;RBI=0.0220033;REFB=0.00833587;REVB=-0.0113736;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235856;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0259397;OID=.;OPOS=108714298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:14:16:10:10:0.384615:6:4:9:5:6:4:10:6 chr5 108719151 . G A 519.16 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.021453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.037;QD=25.6376;RBI=0.0219085;REFB=-0.00666057;REVB=0.00444407;RO=33;SAF=31;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213859;STB=0.617028;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00622385;OID=.;OPOS=108719151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:17:31:12:21:17:31:12:21 chr5 109035302 . T TAAAG 162.02 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00688239;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.747;QD=10.6243;RBI=0.00860604;REFB=-0.00346234;REVB=-0.00516687;RO=40;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29747;STB=0.673748;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0101348;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262:21:61:21:61:40:14:7:16:24:99:40:14:7:16:24 chr5 109035496 . A G 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0368147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.655;QD=25.3652;RBI=0.0368148;REFB=-0.0111123;REVB=-0.000107271;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170423;STB=0.594507;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00332374;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:4:10:10:11:4:10 chr5 109117171 . A G 623.46 PASS AF=0.392265;AO=70;DP=183;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=0.0151685;FXX=0.0163035;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5855;QD=13.7781;RBI=0.0273084;REFB=-0.0172549;REVB=-0.0227083;RO=105;SAF=46;SAR=24;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223414;STB=0.519549;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0319589;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:105:110:70:71:0.392265:24:46:67:38:25:46:68:42 chr5 109181682 . A T 665.74 PASS AF=0.605769;AO=60;DP=103;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0100429;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.804;QD=25.6055;RBI=0.0182872;REFB=-0.0274763;REVB=0.0152827;RO=40;SAF=30;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183613;STB=0.507934;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0160829;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:40:41:60:63:0.605769:30:30:19:21:31:32:20:21 chr5 109190935 . TCTC T 779.45 PASS AF=0.528571;AO=72;DP=140;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.012791;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=3;MLLD=152.349;QD=22.27;RBI=0.0177395;REFB=-0.00679646;REVB=-0.0122915;RO=65;SAF=37;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021272;STB=0.515077;STBP=0.726;TYPE=del;VARB=0.0073622;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528571:72:140:74:140:66:38:36:36:30:99:65:37:35:35:30 chr5 110096939 . G A 1643.59 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000784592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.63;QD=59.2286;RBI=0.0101511;REFB=0.100844;REVB=0.0101207;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.504131;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-7.99283e-05;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:0:1:109:110:0.990991:60:49:0:0:60:50:0:1 chr5 110439509 . A G 458.72 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.023276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.041;QD=16.9897;RBI=0.0258748;REFB=-0.00198059;REVB=0.0113019;RO=57;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136278;STB=0.504889;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0028303;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:28:22:25:32:28:22:25:33 chr5 110456704 . A T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000199514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.117;QD=17.9407;RBI=0.0153314;REFB=-0.0233128;REVB=0.0153301;RO=22;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35732;STB=0.705646;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0223141;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:15:4:12:10:15:4:12:10 chr5 111065696 . C CAAAG 160.74 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0155873;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=4;MLLD=262.591;QD=11.9065;RBI=0.0179806;REFB=-0.00470053;REVB=-0.00896313;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543356;STB=0.531567;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=0.00819897;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:20:56:20:54:34:9:11:17:17:99:34:9:11:17:17 chr5 111065764 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00107041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.848;QD=21.2931;RBI=0.0076075;REFB=-0.0127551;REVB=-0.00753181;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901406;STB=0.539904;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00381317;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:13:12:14:10:13:12:14:11 chr5 111066697 . T C 408.11 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00972843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.587;QD=15.4003;RBI=0.019882;REFB=-0.0192948;REVB=-0.0173393;RO=60;SAF=31;SAR=14;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203712;STB=0.618575;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0301261;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:60:45:46:0.433962:14:31:30:30:14:32:30:30 chr5 111496593 . T G 680.21 PASS AF=0.506579;AO=66;DP=141;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0133543;FXX=0.00653552;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6205;QD=17.9003;RBI=0.131678;REFB=-0.057887;REVB=0.130999;RO=75;SAF=45;SAR=21;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191471;STB=0.559504;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.045919;OID=.;OPOS=111496593;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:152:75:75:66:77:0.506579:21:45:37:38:29:48:38:37 chr5 111496598 . G T 658.73 PASS AF=0.360544;AO=48;DP=149;FAO=53;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00476781;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.453;QD=17.9247;RBI=0.00508113;REFB=-0.0183562;REVB=0.00175665;RO=75;SAF=30;SAR=18;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173101;STB=0.523643;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0350565;OID=.;OPOS=111496598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:75:77:48:53:0.360544:18:30:48:27:22:31:48:29 chr5 111500222 . TAAAAC AAAACA,T 184.93 PASS AF=0.0689655,0.586207;AO=2,15;DP=31;FAO=2,17;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2,6;FSAR=0,11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0147148,-0.00520093;FXX=0.0644953;HRUN=2,4;LEN=6,5;MLLD=52.712,232.769;QD=25.5081;RBI=0.0190592,0.0223107;REFB=-0.00235984,-0.00654584;REVB=0.0121132,-0.021696;RO=10;SAF=2,5;SAR=0,10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0.333333;SSEP=0,0;SSSB=0.612877,-0.0520923;STB=0.995025,0.518845;STBP=0.199,0.826;TYPE=mnp,del;VARB=0.233887,0.0147334;OID=.,.;OPOS=111500222,111500223;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=AAAACA,-;OMAPALT=AAAACA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:31:29:10:10:2,15:2,17:0.0689655,0.586207:0,10:2,5:4:6:0,11:2,6:4:6 chr5 111500816 . C CTAAAA 683.41 PASS AF=0.531746;AO=64;DP=127;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=13;FWDB=-0.0198233;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=248.91;QD=21.6955;RBI=0.0201594;REFB=-0.0181078;REVB=0.00366562;RO=59;SAF=23;SAR=41;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355904;STB=0.691264;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0137443;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531746:64:127:67:126:59:24:43:46:13:99:59:23:41:46:13 chr5 111504479 . C T 1710.16 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229887;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.942;QD=61.0771;RBI=0.0239698;REFB=0;REVB=0.00678734;RO=0;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014601;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:47:65:0:0:47:65:0:0 chr5 111506069 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.861;QD=57.712;RBI=0.016647;REFB=0;REVB=0.0151803;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54983e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr5 111519740 . T C 2367.16 PASS AF=0.969512;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0154704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.873;QD=57.7357;RBI=0.0286454;REFB=-0.0390853;REVB=0.0241086;RO=4;SAF=81;SAR=78;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112327;STB=0.502762;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000760366;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:164:164:4:5:159:159:0.969512:78:81:3:1:78:81:3:2 chr5 111530284 . A G 692.63 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359367;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8026;QD=62.9661;RBI=0.0509121;REFB=0;REVB=0.0360637;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810738;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr5 111545670 . C G 1462.44 PASS AF=0.989474;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.681;QD=61.5762;RBI=0.0631438;REFB=-0.0618013;REVB=-0.0611608;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000690339;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:0:1:91:94:0.989474:50:41:0:0:50:44:1:0 chr5 112162854 . T C 570.18 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0186533;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6284;QD=20.3635;RBI=0.0344179;REFB=-0.0222787;REVB=0.0289248;RO=54;SAF=27;SAR=31;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117551;STB=0.564585;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0114731;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:54:54:58:58:0.517857:31:27:18:36:31:27:18:36 chr5 112164561 . G A 927.97 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0311034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8643;QD=55.401;RBI=0.0661662;REFB=-0.137323;REVB=0.0583998;RO=1;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219605;STB=0.52272;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00180416;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:21:44:0:1:21:44:0:2 chr5 112175770 . G A 508.5 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.868;QD=56.5001;RBI=0.0266515;REFB=-0.132996;REVB=0.000156476;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000983979;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:1:0:25:10:1:0 chr5 112176325 . G A 450.03 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0143845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.6;QD=48.652;RBI=0.0149105;REFB=0.0257467;REVB=-0.00392546;RO=4;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980312;STB=0.5526;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00216542;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:17:16:0:4:17:16:0:4 chr5 112176559 . T G 849.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607222;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2206;QD=57.5843;RBI=0.0622164;REFB=0;REVB=-0.0135534;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511099;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:21:37:0:0:21:38:0:0 chr5 112176756 . T A 885.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8089;QD=58.0827;RBI=0.0475892;REFB=0;REVB=0.0390378;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114172;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr5 112177171 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.907;QD=47.8221;RBI=0.00347094;REFB=0;REVB=0.00345071;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38063e-05;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 112179909 . C A 232.18 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00705559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4966;QD=23.8133;RBI=0.0148978;REFB=-0.0151634;REVB=0.0131211;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0105563;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:11:11:8:8:11:11:8:9 chr5 112197082 . C T 264.67 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00061984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.926;QD=13.0699;RBI=0.0144955;REFB=-0.0240244;REVB=-0.0144822;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110393;STB=0.571034;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0374812;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:50:30:31:0.382716:12:18:25:25:12:19:25:25 chr5 112200098 . A G 214.05 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0566805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0669;QD=14.7618;RBI=0.0689844;REFB=-0.00523853;REVB=0.0393214;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147307;STB=0.508373;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00778613;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:18:15:11:14:18:15 chr5 112203564 . T A 349.43 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00234917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.386;QD=19.9676;RBI=0.00326636;REFB=-0.00332528;REVB=-0.00226948;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.570208;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00370384;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:34:36:36:0.514286:13:23:16:15:13:23:17:17 chr5 112228670 . G A 342.59 PASS AF=0.440476;AO=22;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0324919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6377;QD=16.314;RBI=0.059666;REFB=-0.0455031;REVB=0.0500431;RO=27;SAF=1;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509044;STB=0.579175;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0741689;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:27:47:22:37:0.440476:21:1:7:20:21:16:27:20 chr5 112228765 . C A 222.37 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00708003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3468;QD=13.0804;RBI=0.0133348;REFB=-0.0144989;REVB=-0.0113;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123816;STB=0.578255;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.021509;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:16:11:21:19:16:11:22:19 chr5 112257908 . T C 772.93 PASS AF=0.517241;AO=73;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00974781;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.101;QD=21.3222;RBI=0.0174451;REFB=-0.0162236;REVB=0.0144676;RO=69;SAF=31;SAR=42;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914146;STB=0.507967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0145857;OID=.;OPOS=112257908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:69:70:73:75:0.517241:42:31:30:39:43:32:31:39 chr5 112312528 . T C 591.26 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9035;QD=56.3109;RBI=0.128784;REFB=-0.0182079;REVB=0.126371;RO=2;SAF=30;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302498;STB=0.516121;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00622272;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:10:30:2:0:10:30:2:0 chr5 112312676 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.154;QD=61.852;RBI=0.0304095;REFB=0;REVB=0.0158519;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25656e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr5 112346430 . G T 30.83 PASS AF=0.3;AO=2;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00212843;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.609;QD=6.16615;RBI=0.0441046;REFB=-0.0015753;REVB=0.0440532;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521257;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00184818;OID=.;OPOS=112346430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:20:14:14:2:6:0.3:0:2:8:6:1:5:9:5 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 309.07 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0195854;FXX=0;HRUN=2;LEN=11;MLLD=313.549;QD=27.4728;RBI=0.0198173;REFB=-0.0432205;REVB=0.00302292;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.547032;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=0.00844141;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.755556:34:37:34:45:11:22:12:9:2:49:0:22:12:0:0 chr5 112384802 . G A 785.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9674;QD=57.0908;RBI=0.11686;REFB=0;REVB=0.0313168;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102566;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr5 112406862 . G A 736.47 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0479338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.432;QD=60.1203;RBI=0.0549719;REFB=-0.0277121;REVB=0.026912;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348091;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000923846;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:47:48:0.979592:26:21:0:2:27:21:0:1 chr5 112439941 . T C 1004.15 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.92;QD=59.0676;RBI=0.0815268;REFB=0;REVB=0.0638141;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971864;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:24:40:0:0:26:42:0:0 chr5 112479004 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.304;QD=58.057;RBI=0.0250098;REFB=0;REVB=0.0156196;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108383;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr5 112823998 . C T 3178.82 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.739;QD=61.7246;RBI=0.0510141;REFB=0;REVB=0.0264043;RO=1;SAF=70;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50546e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:200:206:1:0:198:206:1:128:70:1:0:129:77:0:0 chr5 112824039 . T C 1031.07 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0648675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.686;QD=58.0887;RBI=0.0907235;REFB=0.0604347;REVB=0.0634268;RO=1;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010389;STB=0.505375;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=2.42308e-05;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:45:23:0:1:46:24:0:1 chr5 112871492 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0326027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2194;QD=13.6603;RBI=0.0560934;REFB=-0.00485414;REVB=0.0456457;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133193;OID=.;OPOS=112871492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:9:12:8:6:9:12 chr5 113589389 . T A 429.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00730641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.501;QD=14.5663;RBI=0.0168405;REFB=-0.00101808;REVB=-0.015173;RO=66;SAF=22;SAR=27;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991078;STB=0.508719;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00115447;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:69:49:49:0.415254:27:22:29:37:27:22:32:37 chr5 113698544 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0140703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.83;QD=11.4396;RBI=0.0184431;REFB=-0.0140612;REVB=-0.0119236;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132226;STB=0.578393;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.023889;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:14:10:7:6:14:10 chr5 113698631 . T TGCC 112.33 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=52;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0336678;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=156.811;QD=10.2117;RBI=0.0382936;REFB=-0.0229424;REVB=-0.0182449;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545269;STB=0.568086;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=0.0616948;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:12:52:14:44:30:7:7:18:12:99:38:7:5:22:16 chr5 113829121 . A G 1256.08 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000704359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.542;QD=59.1094;RBI=0.00853277;REFB=-0.0093456;REVB=0.00850365;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.501887;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00031996;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:1:2:83:83:0.976471:48:35:1:0:48:35:1:1 chr5 114460539 . T C 1588.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.033;QD=64.1814;RBI=0.0338743;REFB=0;REVB=0.0330106;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52937e-05;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:38:60:0:0:39:60:0:0 chr5 114460580 . C G 453.97 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.000410786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.191;QD=16.3592;RBI=0.0115375;REFB=-0.0109999;REVB=-0.0115302;RO=61;SAF=31;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446633;STB=0.529219;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0127205;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:61:49:50:0.45045:18:31:36:25:18:32:36:25 chr5 114462355 . C T 851.52 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.035;QD=57.7299;RBI=0.0283642;REFB=0;REVB=0.020665;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74083e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr5 114469724 . T C 1948.21 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7651;QD=60.4095;RBI=0.041478;REFB=-0.0766113;REVB=0.0112361;RO=2;SAF=68;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137689;STB=0.503546;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00460687;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:2:1:126:128:0.992248:58:68:2:0:58:70:1:0 chr5 114480364 . C T 753.85 PASS AF=0.475904;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=0.000731551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.759;QD=18.1651;RBI=0.0167755;REFB=0.0133972;REVB=0.0167595;RO=87;SAF=46;SAR=33;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383012;STB=0.502117;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.014149;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:87:79:79:0.475904:33:46:51:36:33:46:51:36 chr5 114858437 . G T 952.1 PASS AF=1;AO=53;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.523;QD=57.7027;RBI=0.070988;REFB=0;REVB=0.0680574;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432812;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:53:66:1:21:32:0:0:30:36:0:0 chr5 115176589 . A G 1294.8 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.392;QD=60.2232;RBI=0.0377064;REFB=-0.0911432;REVB=-0.00136794;RO=1;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145713;STB=0.507461;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00116061;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:32:52:0:1:33:52:0:1 chr5 115188660 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.291;QD=60.9776;RBI=0.0100802;REFB=0;REVB=0.00968911;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123628;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr5 115249078 . C T 39.43 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.000407539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.193;QD=3.03298;RBI=0.0239792;REFB=-0.00361685;REVB=-0.0239758;RO=45;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192217;STB=0.513927;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0318945;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:45:45:7:7:0.134615:4:3:20:25:4:3:20:25 chr5 115249271 . G A 408.48 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=142;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0149246;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9514;QD=11.5882;RBI=0.0150974;REFB=-0.00549806;REVB=0.00227774;RO=93;SAF=23;SAR=26;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165609;STB=0.512905;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0114731;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:93:92:49:49:0.347518:26:23:45:48:26:23:45:47 chr5 115298232 . G C 1228.31 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.72;QD=61.4154;RBI=0.0463729;REFB=0;REVB=-0.000133808;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02232e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:30:47:0:0:30:50:0:0 chr5 115298378 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.842;QD=60.2306;RBI=0.0683399;REFB=0;REVB=0.0114944;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188416;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:29:37:1:5:24:0:0:13:24:0:0 chr5 115298475 . T C 317.3 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5889;QD=52.8831;RBI=0.00898444;REFB=0;REVB=0.00475847;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00493e-05;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr5 115298503 . G C 160.36 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0658289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8105;QD=18.3265;RBI=0.119864;REFB=-0.0520608;REVB=-0.100169;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0483588;OID=.;OPOS=115298503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:11:7:5:12:11:7 chr5 115298518 . A G 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.041;QD=61.6616;RBI=0.0347117;REFB=0;REVB=0.0301839;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189335;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr5 115298977 . C T 4601.72 PASS AF=1;AO=292;DP=297;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809182;FXX=0.00993345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9582;QD=61.5615;RBI=0.10395;REFB=-0.087433;REVB=0.0652519;RO=4;SAF=163;SAR=129;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108731;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:297:299:4:0:292:299:1:129:163:4:0:129:170:0:0 chr5 115341611 . G T 2479.8 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00918594;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.872;QD=60.8539;RBI=0.025782;REFB=-0.0970763;REVB=0.02409;RO=0;SAF=78;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000158958;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:163:0:1:162:162:0.993865:84:78:0:0:84:78:0:1 chr5 115341638 . G C 2403.24 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000376506;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7755;QD=61.2291;RBI=0.00735399;REFB=0;REVB=-0.00734435;RO=0;SAF=77;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188143;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:79:77:0:0:80:77:0:0 chr5 115362148 . A G 505.02 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0252414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7584;QD=19.0574;RBI=0.0357186;REFB=-0.00118149;REVB=-0.0252724;RO=51;SAF=23;SAR=30;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153714;STB=0.593605;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000738116;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:53:53:53:0.5:30:23:31:20:30:23:33:20 chr5 115783320 . C T 379.54 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0490322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6305;QD=22.0021;RBI=0.0506358;REFB=-0.0259078;REVB=0.0126423;RO=31;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178106;STB=0.598265;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0184681;OID=.;OPOS=115783320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:15:23:12:19:15:23:12:19 chr5 115811220 . T C 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.239;QD=58.9598;RBI=0.0205642;REFB=0;REVB=0.0182556;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9815e-05;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr5 115813726 . A G 1317.06 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529269;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1224;QD=61.9792;RBI=0.0558445;REFB=0;REVB=0.0178143;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3559e-05;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:34:50:0:0:35:50:0:0 chr5 118484804 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.746;QD=57.1062;RBI=0.0496325;REFB=0;REVB=0.012825;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97847e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG 65.43 PASS AF=0,0.478261;AO=8,13;DP=46;FAO=0,22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0497322,0.0133732;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=75.6174,7.53934;QD=5.68995;RBI=0.0503978,0.0222949;REFB=-0.0149338,-0.163262;REVB=-0.0081641,-0.0178387;RO=23;SAF=3,7;SAR=5,6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0.302326;SSSB=-0.0201057,0.157662;STB=0.5,0.609278;STBP=1,0.142;TYPE=del,del;VARB=0,0.166512;OID=.,.;OPOS=118503405,118503400;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.478261:8,13:46:0,22:46:24:0,12:0,10:8:16:60:23:3,7:5,6:9:14 chr5 118669339 . G C 101.39 PASS AF=0.206186;AO=8;DP=93;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=0.154036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0285;QD=4.18116;RBI=0.161801;REFB=0.0081189;REVB=0.0495207;RO=74;SAF=8;SAR=0;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.706783;STB=0.918336;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0102105;OID=.;OPOS=118669339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:74:77:8:20:0.206186:0:8:22:52:2:18:25:52 chr5 118691065 . C T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00689533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.473;QD=12.1359;RBI=0.00766971;REFB=-0.0138368;REVB=0.00335841;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228416;STB=0.513149;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0241455;OID=.;OPOS=118691065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:14:14:25:23:14:14:25:23 chr5 118811533 . G A 337.97 PASS AF=0.4;AO=39;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0193298;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=13.5188;RBI=0.0211427;REFB=-0.0165702;REVB=-0.00856569;RO=57;SAF=17;SAR=22;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185162;STB=0.604012;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0271626;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:60:39:40:0.4:22:17:35:22:23:17:36:24 chr5 118827842 . T C 468.82 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0161301;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.911;QD=20.1642;RBI=0.0213097;REFB=-0.0209787;REVB=-0.0139256;RO=46;SAF=13;SAR=31;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203969;STB=0.588078;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0218594;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:46:47:44:46:0.494624:31:13:23:23:31:15:23:24 chr5 118845139 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4874;QD=42.1763;RBI=0.0383968;REFB=0;REVB=0.0280336;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034532;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr5 118861713 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000750572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.055;QD=19.6682;RBI=0.0404547;REFB=0.00294683;REVB=0.0404478;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00304734;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:11:8:10:9:11:8 chr5 118969960 . C T 224.63 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000265519;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.572;QD=17.618;RBI=0.00520529;REFB=-0.00526286;REVB=0.00519851;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279866;STB=0.67518;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00421768;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:27:24:24:0.470588:16:8:15:8:16:8:18:9 chr5 120021819 . G A 756.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198014;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.156;QD=57.0815;RBI=0.0226662;REFB=0;REVB=0.01103;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101648;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr5 121309893 . T C 252.7 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0583863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.59;QD=21.0582;RBI=0.0584905;REFB=0.00183155;REVB=0.0034889;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370741;STB=0.520816;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00145569;OID=.;OPOS=121309893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:11:13:12:12:11:13 chr5 121356189 . T A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0254706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.625;QD=19.7024;RBI=0.0258163;REFB=0.00438132;REVB=-0.00421097;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.604121;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00549788;OID=.;OPOS=121356189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:5:11:8:9:5:11 chr5 121413208 . C T 2608.21 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0348312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.007;QD=60.6561;RBI=0.0392088;REFB=-0.074396;REVB=0.0180034;RO=2;SAF=93;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101246;STB=0.505319;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000309459;OID=.;OPOS=121413208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:2:2:170:170:0.988372:77:93:2:0:77:93:2:0 chr5 121488442 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00385994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.038;QD=16.172;RBI=0.0108078;REFB=0.00178131;REVB=0.0100951;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0024144;OID=.;OPOS=121488442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:7:9:10:9:7:9:11:9 chr5 121488506 . C G 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0277156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.545;QD=17.8245;RBI=0.028118;REFB=-0.00906345;REVB=0.00473963;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0104583;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr5 121489122 . T C 115.68 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0250743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.658;QD=11.0171;RBI=0.0435163;REFB=0.00320071;REVB=0.0355662;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318687;STB=0.692612;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00430104;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:11:3:13:15:11:3:13:15 chr5 121518309 . G A 580.99 PASS AF=0.375691;AO=67;DP=181;FAO=68;FDP=181;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=0.000221424;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.143;QD=12.8397;RBI=0.0242187;REFB=-0.0156366;REVB=-0.0242177;RO=114;SAF=35;SAR=32;SRF=46;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131564;STB=0.575931;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.020758;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:114:113:67:68:0.375691:32:35:46:68:32:36:46:67 chr5 122435627 . G A 729.01 PASS AF=0.570248;AO=68;DP=122;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0231815;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4564;QD=24.0995;RBI=0.0272925;REFB=-0.029066;REVB=0.0144049;RO=52;SAF=28;SAR=40;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649433;STB=0.507266;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0187527;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:52:52:68:69:0.570248:40:28:21:31:40:29:21:31 chr5 122681834 . C T 538.92 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0126169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0305;QD=17.8155;RBI=0.0378826;REFB=-0.0112259;REVB=-0.0357199;RO=64;SAF=25;SAR=32;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147114;STB=0.581622;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0187476;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:32:25:38:26:32:25:38:26 chr5 122682348 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00390308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.274;QD=10.1418;RBI=0.0206831;REFB=-0.0125657;REVB=0.0203115;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171304;STB=0.603596;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0196914;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:13:12:4:8:13:12 chr5 122718736 . G C 1037.9 PASS AF=0.455696;AO=108;DP=237;FAO=108;FDP=237;FR=.;FRO=129;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=-0.0183805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7274;QD=17.5172;RBI=0.0205459;REFB=-0.0157558;REVB=0.00918095;RO=129;SAF=57;SAR=51;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300043;STB=0.516605;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0165838;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:129:129:108:108:0.455696:51:57:72:57:51:57:72:57 chr5 122727026 . G A 517.27 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0153473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.971;QD=25.2325;RBI=0.0165642;REFB=-0.00887598;REVB=-0.00623143;RO=34;SAF=25;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825019;STB=0.545113;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00650181;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:23:25:14:20:23:25:14:20 chr5 122739421 . G C 129.39 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0576661;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8196;QD=12.6229;RBI=0.0588279;REFB=0.01015;REVB=0.011634;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229423;STB=0.634439;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0188183;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:16:10:9:6:16:10 chr5 122758167 . A T 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0175452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.226;QD=18.2939;RBI=0.0193044;REFB=0.000751929;REVB=0.00805145;RO=51;SAF=14;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26622;STB=0.648898;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000631237;OID=.;OPOS=122758167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:30:14:30:21:30:14:30:21 chr5 122758268 . G C 1158.21 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.311;QD=60.1667;RBI=0.0682415;REFB=0;REVB=0.0205454;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308799;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:72:77:1:44:28:0:0:45:32:0:0 chr5 122950330 . G C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0493547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1211;QD=16.1561;RBI=0.0506001;REFB=0.00678457;REVB=-0.0111573;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150947;STB=0.595165;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0123974;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:18:9:15:16:18:9:16:16 chr5 122950589 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.00527723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.68;QD=14.6578;RBI=0.0129849;REFB=-0.00629095;REVB=0.0118642;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444514;STB=0.761572;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0116692;OID=.;OPOS=122950589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:14:2:8:5:15:2 chr5 122950911 . G A 745.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.717;QD=63.4769;RBI=0.0479545;REFB=0;REVB=0.00931826;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011601;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 122990902 . A T 199.22 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0081308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.598;QD=15.6249;RBI=0.0145037;REFB=-0.0111874;REVB=-0.0120103;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190118;STB=0.608596;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0125004;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:13:16:8:14:13:16 chr5 123973360 . T TTA 83.89 PASS AF=0.625;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0180896;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=150.254;QD=20.9728;RBI=0.0494911;REFB=-0.0791814;REVB=0.0460666;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370541;STB=0.594418;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=0.0239325;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:9:47:10:16:6:6:4:5:1:37:37:6:3:13:24 chr5 123984763 . C T 339.89 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.123;QD=54.3823;RBI=0.0283757;REFB=0;REVB=0.0237834;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285649;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:19:5:0:0:20:5:0:0 chr5 124686757 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.189;QD=54.5162;RBI=0.0378082;REFB=0;REVB=-0.00908967;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236837;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 125696140 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.181;QD=58.2396;RBI=0.0301746;REFB=0;REVB=0.0106557;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96849e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr5 125828803 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.91;QD=56.9383;RBI=0.0117722;REFB=0;REVB=0.0102003;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54303e-06;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr5 126171999 . T C 280.21 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00260485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2736;QD=10.9887;RBI=0.00746413;REFB=-0.0110041;REVB=-0.00699486;RO=66;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471306;STB=0.532559;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0285162;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:66:67:35:35:0.343137:20:15:31:35:20:15:32:35 chr5 126383592 . G T 315.42 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00418805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.863;QD=22.5296;RBI=0.0209629;REFB=-0.0161347;REVB=0.0205403;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139719;STB=0.576877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0147538;OID=.;OPOS=126383592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:17:7:15:17:17:7 chr5 126746277 . C T 819.38 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00836473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.797;QD=52.8633;RBI=0.0138998;REFB=-0.0164879;REVB=0.0111011;RO=3;SAF=23;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576513;STB=0.519993;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000989497;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:62:62:3:2:59:60:0.967742:36:23:3:0:36:24:2:0 chr5 126792974 . T A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.041;QD=59.6781;RBI=0.0299549;REFB=0;REVB=-0.000780683;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013005;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr5 126993249 . G C 778.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.906;QD=56.6074;RBI=0.0174794;REFB=0;REVB=0.0174042;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346175;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:30:21:0:0:32:23:0:0 chr5 126993263 . A T 954.12 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0235146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.114;QD=54.5209;RBI=0.0236035;REFB=-0.0407855;REVB=-0.00204687;RO=3;SAF=31;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435582;STB=0.52307;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000758443;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:36:31:3:0:36:31:3:0 chr5 126993282 . G A 314.28 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0150264;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0077;QD=14.2856;RBI=0.0165552;REFB=-0.0043975;REVB=-0.00694841;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456465;STB=0.536944;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00661822;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:53:35:35:0.397727:18:17:27:24:18:17:29:24 chr5 126993958 . C T 946.92 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00881955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.455;QD=55.701;RBI=0.0120351;REFB=-0.10094;REVB=-0.00818897;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.517852;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000449701;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:27:39:0:1:27:39:0:2 chr5 127469859 . A G 155.73 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00273085;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.352;QD=11.979;RBI=0.00585989;REFB=-0.0131599;REVB=0.00518466;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135921;STB=0.578645;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.021933;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:10:23:11:8:10:23 chr5 127522543 . C T 787.86 PASS AF=0.423077;AO=88;DP=209;FAO=88;FDP=208;FR=.;FRO=120;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.000824822;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.926;QD=15.1512;RBI=0.00178581;REFB=-0.0145116;REVB=0.00158392;RO=120;SAF=39;SAR=49;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847052;STB=0.547295;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0211733;OID=.;OPOS=127522543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:120:120:88:88:0.423077:49:39:63:57:49:39:63:57 chr5 127614472 . A G 1008.13 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.633;QD=59.3017;RBI=0.0152136;REFB=0;REVB=-0.00670354;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18145e-05;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr5 127622491 . T C 279.22 PASS AF=0.4;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0147026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.595;QD=13.9608;RBI=0.0175158;REFB=0.000565746;REVB=-0.00952042;RO=47;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319894;STB=0.676545;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000753783;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:48:32:32:0.4:10:22:18:29:10:22:19:29 chr5 127625559 . T C 289.28 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0323544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1895;QD=10.7141;RBI=0.0535253;REFB=0.00339098;REVB=0.0426397;RO=71;SAF=19;SAR=18;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247501;STB=0.514278;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00622262;OID=.;OPOS=127625559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:18:19:38:33:18:19:38:33 chr5 127685135 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.673;QD=58.9627;RBI=0.00794711;REFB=0;REVB=-0.00651949;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26053e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr5 128430757 . T C 1572.11 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.937;QD=59.8897;RBI=0.0303833;REFB=0;REVB=0.0224384;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52168e-06;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:57:46:0:0:58:47:0:0 chr5 128797156 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.857;QD=19.1341;RBI=0.0798578;REFB=-0.0185886;REVB=-0.0621062;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00242709;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr5 128797315 . T TCCCGGC 95.75 PASS AF=0.171717;AO=16;DP=107;FAO=17;FDP=99;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0244644;FXX=0.0294089;HRUN=3;LEN=6;MLLD=253.107;QD=3.86871;RBI=0.0388773;REFB=-0.00586926;REVB=-0.0302149;RO=84;SAF=3;SAR=13;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367321;STB=0.788371;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0285027;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171717:16:107:17:99:82:3:14:41:41:95:84:3:13:38:46 chr5 128863471 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.484;QD=58.4197;RBI=0.0226212;REFB=0;REVB=0.0124026;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58603e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr5 129072943 . G T 666.69 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4838;QD=62.0173;RBI=0.0345787;REFB=0;REVB=-0.0224627;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768181;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:30:11:0:0:31:12:0:0 chr5 129520679 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0179822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.466;QD=13.4858;RBI=0.0233846;REFB=-0.0182519;REVB=-0.0149492;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322491;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0141855;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:6:3:7:3:6:3:7:4 chr5 129521126 . A G 142.04 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00397107;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.176;QD=13.2134;RBI=0.00475723;REFB=-0.00294226;REVB=-0.00261952;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293432;STB=0.504419;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0044329;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:27:16:16:0.372093:9:7:13:15:9:7:12:15 chr5 130500751 . A C 416.91 PASS AF=0.443396;AO=42;DP=102;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.00504166;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.16;QD=15.7325;RBI=0.0140706;REFB=-0.0160414;REVB=0.0131364;RO=60;SAF=33;SAR=9;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163029;STB=0.602444;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209498;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:60:59:42:47:0.443396:9:33:40:20:9:38:40:19 chr5 130766662 . T C 817.22 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147518;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.125;QD=57.3486;RBI=0.0196999;REFB=0;REVB=0.0130564;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33564e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr5 130805475 . C T 937.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.819;QD=58.5834;RBI=0.0220205;REFB=0;REVB=0.00793579;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44542e-05;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr5 131008194 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0077886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.895;QD=21.2673;RBI=0.0174313;REFB=-0.0239656;REVB=-0.0155944;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.540492;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0149474;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:6:7:7:10:7:7 chr5 131066725 . C A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.982;QD=57.5447;RBI=0.0180894;REFB=0;REVB=0.0108984;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105522;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr5 131283376 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1488;QD=58.5991;RBI=0.0112711;REFB=0;REVB=-0.0107869;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86619e-05;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr5 131396478 . C T 1245.91 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.255;QD=61.5262;RBI=0.0402378;REFB=0;REVB=-0.0390694;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0353e-05;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr5 131411460 . T C 2020.79 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00749659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.415;QD=61.2361;RBI=0.0385912;REFB=-0.0369936;REVB=0.0378561;RO=1;SAF=80;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590442;STB=0.503105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000163631;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:51:80:1:0:51:80:1:0 chr5 131553428 . T TA 483.63 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=131;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.0024259;FXX=0.0314936;HRUN=0;LEN=1;MLLD=261.004;QD=15.7277;RBI=0.00707469;REFB=-0.00113801;REVB=-0.00664577;RO=78;SAF=32;SAR=20;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437275;STB=0.540904;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.00143608;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430894:52:131:53:123:70:32:21:47:23:99:78:32:20:51:27 chr5 131602166 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0162532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7965;QD=15.914;RBI=0.0701407;REFB=0.00317009;REVB=0.0682316;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509315;STB=0.529367;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000864903;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:10:5:5:8:10:5 chr5 131607080 . A G 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0582888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6843;QD=13.313;RBI=0.0589394;REFB=-0.0135655;REVB=-0.00873308;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337589;STB=0.519417;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0315048;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:20:13:8:14:20:13 chr5 131607297 . A G 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0167323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9789;QD=20.7532;RBI=0.0297673;REFB=-0.014477;REVB=0.0246195;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106709;STB=0.559925;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00485004;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:2:10:11:4:2:10 chr5 131607588 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0155635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.136;QD=14.0434;RBI=0.0272346;REFB=-0.0247896;REVB=0.0223496;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0316313;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr5 131663062 . T C 367.22 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0135309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8022;QD=19.0761;RBI=0.0152284;REFB=-0.0142074;REVB=0.00698713;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107435;STB=0.559803;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0155639;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:22:16:21:18:22:16:21:18 chr5 131670546 . C G 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0242646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.776;QD=19.2741;RBI=0.0279835;REFB=-0.020657;REVB=-0.0139392;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357345;STB=0.528315;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0202619;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:14:23:21:15:14:23:21:16 chr5 131701279 . T C 810.26 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809155;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.182;QD=57.876;RBI=0.0156016;REFB=0;REVB=0.0133393;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101054;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr5 131705949 . T C 170.65 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0549789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.007;QD=10.8347;RBI=0.112432;REFB=0.00852841;REVB=-0.0980722;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156682;STB=0.613632;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0343016;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:41:22:22:0.349206:9:13:17:21:9:13:17:24 chr5 131721174 . A G 490.94 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0187049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.08;QD=19.2523;RBI=0.0344853;REFB=-0.0281386;REVB=-0.0289717;RO=50;SAF=24;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541565;STB=0.539155;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0165786;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:50:51:50:51:0.5:26:24:27:23:27:24:28:23 chr5 131731304 . A T 262.67 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.134;QD=47.7587;RBI=0.0464499;REFB=-0.0243026;REVB=0.0167406;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00520046;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr5 131796497 . AT AC,GC 385.15 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089095,-0.0777401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=262.949,155.677;QD=55.0214;RBI=0.00916323,0.0778396;REFB=0,0;REVB=-0.00214139,-0.00393394;RO=0;SAF=13,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00578517,0.0509117;OID=.,.;OPOS=131796498,131796497;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:13,2:13,0:0:0:13,2:13,0:0:0 chr5 131819126 . C T 320.75 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00278714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.401;QD=21.3835;RBI=0.00801759;REFB=-0.0154084;REVB=0.00751755;RO=27;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117505;STB=0.564916;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0112265;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:17:16:17:10:17:16:17:10 chr5 131822055 . T C 112.01 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00446109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5483;QD=16.5934;RBI=0.0397866;REFB=-0.0551209;REVB=0.0395357;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.517215;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0390075;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:6:8:7:6:6:8 chr5 131822072 . A G 60.77 PASS AF=0.533333;AO=9;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0798903;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8596;QD=16.2066;RBI=0.086281;REFB=-0.087134;REVB=0.0325876;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0719209;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:15:7:7:9:8:0.533333:3:6:4:3:3:5:4:3 chr5 131822133 . T C 60.8 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0348398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.627;QD=18.7083;RBI=0.0431827;REFB=-0.05769;REVB=-0.0255135;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0545065;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:5:5:6:7:0.538462:3:3:2:3:3:4:2:3 chr5 131822224 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00144685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.05;QD=18.4438;RBI=0.00273211;REFB=-0.00858088;REVB=-0.00231755;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188266;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00668037;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:2:7:6:5:2:7 chr5 131892357 . C T 358.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2724;QD=55.0776;RBI=0.0715236;REFB=0;REVB=-0.0021189;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106411;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr5 131995964 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.225;QD=62.6706;RBI=0.0373356;REFB=0;REVB=0.0356688;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202008;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr5 131996500 . A C 768.47 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.876;QD=56.9234;RBI=0.0193087;REFB=0;REVB=0.0165891;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85046e-05;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:17:36:0:0:18:36:0:0 chr5 132030414 . T A 658.39 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0638914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9746;QD=56.0331;RBI=0.0649465;REFB=0.0232483;REVB=0.011659;RO=3;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967857;STB=0.5517;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0201305;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:13:31:0:3:13:31:0:3 chr5 132031972 . T C 263.13 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0434231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6815;QD=47.841;RBI=0.0539773;REFB=-0.216741;REVB=0.0320622;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00585131;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:15:6:0:1:15:6:0:1 chr5 132042146 . C T 2178.6 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.766;QD=63.1477;RBI=0.026579;REFB=0;REVB=0.0234116;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15679e-05;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:138:0:0:133:138:1:60:73:0:0:63:75:0:0 chr5 132098242 . A G 1087.11 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106955;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.812;QD=60.3948;RBI=0.0250207;REFB=0;REVB=-0.0226195;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30173e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr5 132099999 . A G 1231.28 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.409;QD=60.0626;RBI=0.0319494;REFB=0.155104;REVB=0.0198243;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996906;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00111806;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:34:47:1:0:34:47:1:0 chr5 132150948 . T G 1414.99 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.641;QD=62.8886;RBI=0.0380384;REFB=0;REVB=0.0161608;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99512e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:53:36:0:0:53:37:0:0 chr5 132151071 . A G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00233601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.437;QD=17.5991;RBI=0.0148623;REFB=-0.00956078;REVB=-0.0146776;RO=44;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241927;STB=0.635521;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0094588;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:13:25:18:26:13:25:18:26 chr5 132151751 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.014327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.83;QD=18.6416;RBI=0.0815141;REFB=-0.00660435;REVB=-0.0802451;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153231;STB=0.587013;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0213408;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:13:11:13:8:13:11 chr5 132159134 . C T 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0560601;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.248;QD=18.9065;RBI=0.0720207;REFB=-0.0252156;REVB=-0.0452134;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327536;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0282654;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:19:18:18:0.486486:7:11:11:6:7:11:11:8 chr5 132232315 . G A 333.21 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00194363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.716;QD=16.455;RBI=0.00817473;REFB=-0.0104975;REVB=-0.00794031;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449012;STB=0.522376;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0165331;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:45:36:36:0.444444:15:21:27:16:15:21:28:17 chr5 132437531 . C T 175.22 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0364363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6152;QD=10.0127;RBI=0.0493839;REFB=-0.00606364;REVB=-0.033334;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406389;STB=0.52385;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.010523;OID=.;OPOS=132437531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:9:14:27:20:9:14:27:20 chr5 132534059 . T G 369.48 PASS AF=0.4;AO=42;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0113336;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.013;QD=13.4357;RBI=0.0115782;REFB=-0.0136397;REVB=-0.00236741;RO=67;SAF=19;SAR=23;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917361;STB=0.554431;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0267235;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:66:42:44:0.4:23:19:36:31:24:20:36:30 chr5 132535046 . G A 318.72 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00537594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.142;QD=18.2125;RBI=0.00645969;REFB=-0.010008;REVB=0.00358145;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118234;STB=0.558789;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0092152;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:15:19:15:20:15:19:16:20 chr5 132918994 . G A 162.38 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0380695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.684;QD=38.2068;RBI=0.0381403;REFB=-0.138741;REVB=-0.00232242;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910485;STB=0.549935;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0104378;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:0:2:9:6:0:2 chr5 133186603 . A C 182.63 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00679834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.049;QD=42.9715;RBI=0.0682482;REFB=-0.132552;REVB=-0.0679087;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.004564;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:0:1:7:9:0:1 chr5 133477802 . C T 438.49 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.000229215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.035;QD=14.3767;RBI=0.0457388;REFB=-0.0175257;REVB=-0.0457382;RO=72;SAF=30;SAR=20;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121568;STB=0.506847;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0214263;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:72:50:50:0.409836:20:30:44:28:20:30:44:28 chr5 133481467 . G A 220.9 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00795387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.477;QD=16.6719;RBI=0.0120773;REFB=-0.0132425;REVB=0.00908825;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461679;STB=0.534856;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0134301;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:10:14:15:13:10:15:15:13 chr5 133909475 . G A 270.08 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0129664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.746;QD=18.0054;RBI=0.0222127;REFB=-0.015203;REVB=0.0180354;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489716;STB=0.516881;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0236241;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:12:17:16:14:13:17:16:14 chr5 133915477 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0158042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.642;QD=18.0868;RBI=0.0263084;REFB=-0.0164477;REVB=-0.0210323;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118443;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0324026;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:11:16:12:14:11:16 chr5 133915761 . G A 86.09 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.028874;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.296;QD=10.4349;RBI=0.0479719;REFB=-0.0180083;REVB=0.0383092;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174704;STB=0.603603;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.040403;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:17:5:4:7:17:5 chr5 133956668 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0160295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.43;QD=14.0542;RBI=0.0207869;REFB=-0.0132726;REVB=0.0132345;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.618957;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0161383;OID=.;OPOS=133956668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:24:11:13:12:24:11 chr5 134076812 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00301885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.133;QD=8.40192;RBI=0.00353234;REFB=-0.00281389;REVB=-0.00183412;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24873;STB=0.651856;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00638764;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:14:7:5:4:14:7 chr5 134165896 . T A,TTA 34.69 PASS AF=0,0.24;AO=5,3;DP=29;FAO=0,6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0202621,-0.00295716;FXX=0.0384468;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=27.4567,31.1299;QD=5.54961;RBI=0.103468,0.146431;REFB=0.0183972,-0.0306445;REVB=0.101465,0.146401;RO=20;SAF=2,1;SAR=3,2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.07715;STB=0.5,0.700985;STBP=1,0.315;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.111537;OID=.,.;OPOS=134165896,134165897;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:29:25:20:19:5,3:0,6:0,0.24:3,2:2,1:8:12:0,5:0,1:7:12 chr5 134193187 . T A 214.39 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00488693;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.448;QD=17.1513;RBI=0.00616508;REFB=0.00169413;REVB=0.00375848;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132824;STB=0.562444;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00165332;OID=.;OPOS=134193187;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:27:23:23:0.46:16:7:12:16:16:7:11:16 chr5 134223593 . A G 288.83 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0681425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7344;QD=21.0057;RBI=0.0850165;REFB=0.0604257;REVB=-0.050837;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107976;STB=0.552596;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0569893;OID=.;OPOS=134223593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:10:20:13:11:10:20:14:11 chr5 134262271 . C A 317.31 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0180684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2295;QD=15.4786;RBI=0.0259507;REFB=-0.0327635;REVB=-0.0186271;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612928;STB=0.534572;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0460864;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:20:27:18:17:20:27 chr5 134263809 . T C 407.78 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0116739;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.943;QD=15.388;RBI=0.012639;REFB=-0.0177428;REVB=-0.00484411;RO=60;SAF=20;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829662;STB=0.546558;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0226276;OID=.;OPOS=134263809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:60:46:46:0.433962:26:20:31:29:26:20:31:29 chr5 134343799 . A G 908.74 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344273;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.545;QD=58.6285;RBI=0.0347754;REFB=0;REVB=-0.00490792;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27136e-05;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr5 134364517 . GCC GC,GCG,GGC 269.26 PASS AF=0,0.047619,0.952381;AO=7,2,12;DP=21;FAO=0,1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,12;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239893,-0.0352978,0.106551;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=21.1809,6.57798,41.0067;QD=51.288;RBI=0.21967,0.0453514,0.26481;REFB=0,0,0;REVB=-0.218356,-0.0284748,0.242427;RO=0;SAF=0,2,11;SAR=7,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.349185,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.146974,0.0073518;OID=.,.,.;OPOS=134364518,134364519,134364518;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GC,GCG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.047619,0.952381:7,2,12:21:0,1,20:21:0:0,1,12:0,0,8:0:0:5:0:0,2,11:7,0,1:0:0 chr5 134670741 . C T 745.06 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0104743;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.356;QD=23.1025;RBI=0.0470974;REFB=-0.0012327;REVB=-0.0459179;RO=58;SAF=38;SAR=33;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566499;STB=0.530959;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00106121;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:58:71:71:0.550388:33:38:35:23:33:38:35:23 chr5 134670765 . A G 836.66 PASS AF=0.549296;AO=78;DP=142;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0238179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.279;QD=23.568;RBI=0.0269412;REFB=-0.00706319;REVB=0.0125912;RO=63;SAF=42;SAR=36;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667333;STB=0.532303;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00374686;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:63:64:78:78:0.549296:36:42:39:24:36:42:39:25 chr5 134782414 . G T 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0279957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.751;QD=12.2132;RBI=0.0283409;REFB=-0.0183599;REVB=-0.00440974;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348754;STB=0.533283;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0209637;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:12:9:6:7:13:9 chr5 134782450 . T A 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00794538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.736;QD=9.58981;RBI=0.00794761;REFB=-0.00632349;REVB=-0.000188207;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355242;STB=0.520629;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0138027;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:4:9:20:9:4:9:20:10 chr5 134782510 . T C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00497264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.289;QD=13.7477;RBI=0.0362178;REFB=-0.00746837;REVB=-0.0358748;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467638;STB=0.526857;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0103369;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:19:13:8:14:19:13 chr5 134782576 . T G 451.93 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0470426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6753;QD=21.7799;RBI=0.047364;REFB=-0.0263037;REVB=0.00550808;RO=38;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980795;STB=0.546777;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0201186;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:38:44:45:0.542169:17:27:19:19:18:27:19:19 chr5 134986196 . C T 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.020145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.347;QD=37.4117;RBI=0.021586;REFB=-0.00326698;REVB=0.00775462;RO=6;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106722;STB=0.558231;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000985027;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:14:9:4:2:14:9:4:2 chr5 135178124 . T C 685.11 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0121921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8245;QD=50.7486;RBI=0.0353315;REFB=-0.123486;REVB=0.0331612;RO=2;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.522379;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00867725;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:2:3:51:51:0.944444:32:19:0:2:32:19:0:3 chr5 135207187 . G A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.845;QD=43.016;RBI=0.0366767;REFB=0.0504;REVB=0.0316489;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00309782;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr5 135207382 . C T 785.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.836;QD=64.1241;RBI=0.0569821;REFB=0;REVB=0.0296467;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151701;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr5 135276201 . AGTT A 832.74 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634457;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.08;QD=57.4306;RBI=0.0244563;REFB=0;REVB=0.023619;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.75465e-05;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:59:58:58:0:25:33:0:0:5:0:23:25:0:0 chr5 135276314 . C T 1212.43 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.705;QD=59.8729;RBI=0.0239454;REFB=-0.0401687;REVB=0.00551008;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919411;STB=0.504853;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=8.74158e-05;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:51:29:0:1:51:29:0:1 chr5 135276814 . G A 1099.46 PASS AF=0.579545;AO=99;DP=173;FAO=102;FDP=176;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00558895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.33;QD=24.9876;RBI=0.00567994;REFB=-0.0176151;REVB=-0.00101258;RO=72;SAF=45;SAR=54;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461475;STB=0.532075;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0120463;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:72:74:99:102:0.579545:54:45:37:35:56:46:39:35 chr5 135276847 . T C 2134.45 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015292;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.622;QD=63.2429;RBI=0.0176305;REFB=0;REVB=0.00877423;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51741e-05;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:135:0:0:135:135:1:68:67:0:0:68:67:0:0 chr5 135282630 . C T 412.13 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0336135;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.113;QD=18.5226;RBI=0.0351151;REFB=-0.021745;REVB=0.010159;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032448;STB=0.505615;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0168775;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:47:41:42:0.47191:20:21:21:23:21:21:23:24 chr5 135287029 . T C 179.61 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0163765;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.678;QD=14.9672;RBI=0.0391113;REFB=-0.0207452;REVB=0.0355177;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0284217;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:14:15:9:10:14:15 chr5 135388663 . A G 1476.49 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.25;QD=62.168;RBI=0.0196573;REFB=0.0260882;REVB=0.0077165;RO=1;SAF=66;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713089;STB=0.503759;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.000266644;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:28:66:1:0:28:66:1:0 chr5 135391366 . C T 455.41 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0142394;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.3;QD=25.3003;RBI=0.0345399;REFB=-0.0256481;REVB=-0.0314682;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056723;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.023586;OID=.;OPOS=135391366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:18:11:16:27:18:11 chr5 135391374 . C T 270.7 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00259056;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.305;QD=14.2474;RBI=0.0131473;REFB=-0.0147914;REVB=-0.0128896;RO=46;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284497;STB=0.508016;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0217933;OID=.;OPOS=135391374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:45:31:31:0.407895:12:19:27:19:12:19:27:18 chr5 135392426 . T C 1342.74 PASS AF=1;AO=70;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.388;QD=60.3478;RBI=0.0421072;REFB=0;REVB=0.0095266;RO=1;SAF=20;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130465;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:70:89:1:50:20:1:0:50:39:0:0 chr5 135394903 . G A 775.86 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0167493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.079;QD=20.6895;RBI=0.0226298;REFB=-0.00998043;REVB=0.0152173;RO=75;SAF=43;SAR=32;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246291;STB=0.513569;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0130732;OID=.;OPOS=135394903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:32:43:41:34:32:43:41:34 chr5 135399373 . G A 608.46 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.000936084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=17.8959;RBI=0.00285789;REFB=-0.00659347;REVB=0.00270024;RO=72;SAF=37;SAR=26;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800408;STB=0.54722;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00745717;OID=.;OPOS=135399373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:73:63:63:0.463235:26:37:48:24:26:37:49:24 chr5 135399452 . T G 671.88 PASS AF=0.465753;AO=67;DP=146;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.00543048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.886;QD=18.4077;RBI=0.00967661;REFB=-0.00488039;REVB=-0.00800917;RO=78;SAF=42;SAR=25;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147288;STB=0.513301;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00553299;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:78:67:68:0.465753:25:42:50:28:26:42:50:28 chr5 135508381 . A G 345.39 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00885666;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.976;QD=12.2264;RBI=0.0164511;REFB=-0.0148826;REVB=0.0138636;RO=71;SAF=17;SAR=25;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189274;STB=0.607915;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0286125;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:71:71:42:42:0.371681:25:17:41:30:25:17:41:30 chr5 135513085 . T TC 997.14 PASS AF=1;AO=63;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436794;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.7322;QD=58.6551;RBI=0.0438014;REFB=0;REVB=-0.00326674;RO=4;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000420791;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:70:68:68:0:43:25:0:0:5:4:41:22:0:4 chr5 135514055 . A G 169.73 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0141357;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.5;QD=10.4449;RBI=0.0288642;REFB=-0.0153043;REVB=-0.0251659;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279083;STB=0.657401;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0196791;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:41:43:22:22:0.338462:10:12:12:29:10:12:13:30 chr5 135517740 . T G 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00785358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.307;QD=9.36312;RBI=0.0129383;REFB=-0.00184438;REVB=-0.010282;RO=62;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450838;STB=0.526525;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00426892;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:16:11:23:39:16:11:23:39 chr5 135522878 . GT TA 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0362322;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.059;QD=11.4183;RBI=0.0363298;REFB=-0.00258243;REVB=0.00266172;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460877;STB=0.526639;STBP=0.764;TYPE=mnp;VARB=0.00554025;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:15:11:18:29:15:11:18:29 chr5 136304985 . T C 509.43 PASS AF=0.414815;AO=56;DP=135;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00421173;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.292;QD=15.0943;RBI=0.0137395;REFB=-0.0173728;REVB=0.013078;RO=76;SAF=31;SAR=25;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161985;STB=0.593463;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0279691;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:79:56:56:0.414815:25:31:30:46:25:31:31:48 chr5 136312039 . A G 383.13 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00434437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.706;QD=18.6895;RBI=0.0544144;REFB=-0.0173512;REVB=0.0542407;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667448;STB=0.537131;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0218539;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:23:19:21:19:23:19 chr5 136313330 . A AG,G 262.0 PASS AF=0.473118,0;AO=36,5;DP=95;FAO=44,0;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25,0;FSAR=19,0;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.174675,0.112343;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=13.1561,23.4676;QD=11.2688;RBI=0.175699,0.120423;REFB=0.0087752,-0.00564683;REVB=0.0189434,-0.043368;RO=49;SAF=22,1;SAR=14,4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.020573,-0.415988;STB=0.523799,0.5;STBP=0.695,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0125887,0;OID=.,.;OPOS=136313331,136313330;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:49:49:36,5:44,0:0.473118,0:14,4:22,1:29:20:19,0:25,0:30:19 chr5 136953577 . T C 334.23 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.861;QD=53.4767;RBI=0.0652927;REFB=0;REVB=0.0652082;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245002;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:8:14:0:0:11:14:0:0 chr5 136954719 . T C 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.926;QD=60.8798;RBI=0.0057921;REFB=0;REVB=-0.000205496;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01561e-05;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr5 136955383 . G T 474.13 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=105;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00698611;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.534;QD=18.2359;RBI=0.010827;REFB=-0.0108205;REVB=0.0082715;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541183;STB=0.548514;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0107998;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:45:53:49:51:0.490385:22:27:22:23:24:27:23:30 chr5 137028029 . T C 905.73 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7544;QD=56.6079;RBI=0.05835;REFB=0.00350223;REVB=0.0561415;RO=1;SAF=50;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009353;STB=0.504949;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000570062;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:13:50:1:0:13:50:1:0 chr5 137206560 . A C 507.59 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5897;QD=56.3988;RBI=0.0561877;REFB=-0.0172961;REVB=-0.0544284;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00187045;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:1:0:13:22:1:0 chr5 137244517 . G A 220.67 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0131541;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.225;QD=14.0107;RBI=0.0136756;REFB=-0.0045588;REVB=0.00374043;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134961;STB=0.577054;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00484205;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:19:18:16:10:19:18 chr5 137259179 . T C 3131.35 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438226;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.376;QD=63.5807;RBI=0.00532014;REFB=-0.0699454;REVB=0.00301656;RO=1;SAF=93;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45276e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:197:1:0:194:197:1:101:93:0:1:103:94:0:0 chr5 137347498 . G A 1372.01 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00071723;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.271;QD=60.3083;RBI=0.0188936;REFB=-0.0791919;REVB=0.01888;RO=2;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000702661;STB=0.500371;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000548419;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:2:2:89:89:0.978022:43:46:1:1:43:46:1:1 chr5 137372207 . A T 575.41 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=60.5694;RBI=0.0727837;REFB=0;REVB=0.0603273;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826463;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr5 137426447 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00349114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.931;QD=9.44486;RBI=0.00793973;REFB=-0.0106089;REVB=-0.00713101;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0262604;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr5 137476416 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2572;QD=60.8825;RBI=0.0365248;REFB=0;REVB=0.0150628;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24963e-05;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr5 137521224 . G A 301.27 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00480934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.492;QD=16.7371;RBI=0.0204823;REFB=-0.00802332;REVB=-0.0199097;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265679;STB=0.649033;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0137225;OID=.;OPOS=137521224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:12:21:14:25:12:21:14:25 chr5 137665323 . G A 201.04 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0468016;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4108;QD=16.7532;RBI=0.0496889;REFB=-0.00192454;REVB=0.0166912;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126472;STB=0.515643;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00368289;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:27:20:21:0.4375:7:13:12:11:8:13:16:11 chr5 137708434 . C T 292.45 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00214041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.685;QD=12.3137;RBI=0.0154168;REFB=-0.00211226;REVB=-0.0152675;RO=61;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34653;STB=0.698092;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00553282;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:12:22:20:41:12:22:20:41 chr5 137717265 . G A 740.07 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.607;QD=56.9282;RBI=0.0367542;REFB=0;REVB=-0.0200859;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18275e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 137754695 . T C 540.17 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00963227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1452;QD=22.0478;RBI=0.0137074;REFB=-0.00902458;REVB=-0.00975258;RO=47;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218418;STB=0.501204;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00595899;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:24:27:25:22:24:27:25:22 chr5 137782335 . G A 239.53 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.017136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.334;QD=11.9766;RBI=0.0224821;REFB=-0.0146087;REVB=0.0145534;RO=51;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986304;STB=0.545424;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0173726;OID=.;OPOS=137782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:51:28:29:0.3625:14:14:30:21:14:15:30:21 chr5 137892170 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0109405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.322;QD=16.156;RBI=0.0137601;REFB=-0.0185529;REVB=-0.00834542;RO=32;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249293;STB=0.642087;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0150332;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:6:21:18:14:6:21:18:14 chr5 137902339 . T C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0180172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.357;QD=14.7653;RBI=0.0306083;REFB=0.007842;REVB=-0.0247437;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105494;STB=0.559952;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0133479;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:18:15:14:11:18:15 chr5 138705187 . AC ACATT,TT 774.85 PASS AF=0.820896,0.0746269;AO=49,5;DP=67;FAO=55,5;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=37,5;FSAR=18,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0212779,-0.0203913;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=231.064,117.824;QD=46.2595;RBI=0.0318084,0.0782668;REFB=-0.00957474,0.00938862;REVB=-0.0236437,-0.0755638;RO=7;SAF=35,5;SAR=14,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0787949,0.748008;STB=0.530627,0.997332;STBP=0.209,0.026;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.000953697,0.0404948;OID=.,.;OPOS=138705189,138705187;OREF=-,AC;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ACATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:67:67:7:7:49,5:55,5:0.820896,0.0746269:14,0:35,5:3:4:18,0:37,5:3:4 chr5 138713959 . A C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.449;QD=63.2824;RBI=0.0370133;REFB=0;REVB=0.0327542;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287173;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr5 138720108 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0641;QD=56.9983;RBI=0.101353;REFB=0;REVB=0.0918445;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174706;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr5 138728483 . A G 817.34 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.121;QD=57.3574;RBI=0.046773;REFB=0;REVB=0.0338508;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280481;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr5 138728533 . C T 836.9 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3977;QD=55.793;RBI=0.0504601;REFB=-0.0666794;REVB=0.0425182;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0112111;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:35:24:1:0:35:24:1:0 chr5 138856982 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0267098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.347;QD=28.0161;RBI=0.031913;REFB=-0.0149433;REVB=0.0174649;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13876;STB=0.576129;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0104547;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:15:5:13:17:15:5 chr5 138857919 . T C 1550.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.53;QD=63.9192;RBI=0.0244008;REFB=0;REVB=0.0226374;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47593e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:51:46:0:0 chr5 138857925 . C G 551.14 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0114559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.605;QD=20.7976;RBI=0.0246415;REFB=-0.00623103;REVB=-0.0218166;RO=50;SAF=29;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837544;STB=0.54605;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00523322;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:27:29:21:29:27:29:21:29 chr5 138861078 . C T 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00226592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.16;QD=12.1411;RBI=0.0293217;REFB=-0.0116088;REVB=-0.029234;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165178;STB=0.597048;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0183219;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:5:14:20:13:5:14:20:13 chr5 139097627 . A C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0418687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.304;QD=12.7912;RBI=0.0424148;REFB=0.00633339;REVB=0.00678419;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276642;STB=0.664857;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0121583;OID=.;OPOS=139097627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:10:13:11:3:10:13 chr5 139217320 . G C 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0131476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.466;QD=16.4052;RBI=0.014535;REFB=-0.0227695;REVB=-0.00619714;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985625;STB=0.555519;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0247882;OID=.;OPOS=139217320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:19:18:12:19:19:18 chr5 139574050 . G A 350.68 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.035035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5411;QD=20.6285;RBI=0.0414213;REFB=-0.00982137;REVB=-0.022097;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380532;STB=0.523796;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0113796;OID=.;OPOS=139574050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:32:36:36:0.529412:14:22:17:13:14:22:18:14 chr5 139712548 . TAA TA,TAC 413.47 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=5,24;DP=30;FAO=5,25;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467485,-0.0322326;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.994,48.9284;QD=55.1293;RBI=0.0742529,0.0480839;REFB=0,0;REVB=-0.0576895,-0.0356809;RO=0;SAF=5,12;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.024007,-0.00872992;OID=.,.;OPOS=139712549,139712550;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:5,24:30:5,25:30:0:5,13:0,12:0:0:26:0:5,12:0,12:0:0 chr5 139740454 . C T 111.89 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.095421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.15;QD=15.9848;RBI=0.0954211;REFB=-0.0026952;REVB=-0.000154402;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.680587;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00454936;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:5:7:4:11:5:8:4:11 chr5 139745154 . T C 772.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0612501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.125;QD=61.8073;RBI=0.0674184;REFB=-0.0169783;REVB=0.0281722;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000543308;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:1:0:26:23:1:0 chr5 139936760 . G T 511.93 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351487;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6539;QD=56.8809;RBI=0.1073;REFB=-0.087174;REVB=0.10138;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00392937;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:0:1:35:35:0.972222:9:26:0:0:9:26:1:0 chr5 139936980 . A G 719.31 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000883011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.526;QD=61.2177;RBI=0.00885414;REFB=0;REVB=-0.00881;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256162;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:30:15:0:0:30:17:0:0 chr5 139940233 . G A 1350.08 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.874;QD=60.0037;RBI=0.0130513;REFB=-0.136684;REVB=0.00229385;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.51351;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000203501;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:2:88:88:0.977778:36:52:0:0:36:52:0:2 chr5 139941228 . A G 274.24 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.5943;QD=47.6946;RBI=0.0370136;REFB=-0.0805653;REVB=0.0131274;RO=2;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296733;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00339092;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:1:21:22:0.956522:14:7:1:1:14:8:0:1 chr5 140021482 . C T 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.060009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.109;QD=13.4825;RBI=0.0622314;REFB=-0.00729073;REVB=-0.0164822;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.571265;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00966854;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:5:6:6:3:5:6 chr5 140023238 . C G 739.82 PASS AF=0.605263;AO=57;DP=114;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00538375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.434;QD=25.9584;RBI=0.00538681;REFB=-0.00880438;REVB=-0.000181357;RO=35;SAF=26;SAR=31;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194764;STB=0.504586;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00601166;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:35:45:57:69:0.605263:31:26:15:20:36:33:21:24 chr5 140048209 . T C 254.8 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00602759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2277;QD=22.1566;RBI=0.0112802;REFB=-0.006812;REVB=0.00953479;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666255;STB=0.503728;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00600922;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:13:9:10:14:13:9 chr5 140048267 . T C 825.6 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905754;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.411;QD=57.9367;RBI=0.038568;REFB=0;REVB=0.0374893;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48441e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr5 140048544 . C T 276.28 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00730862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.025;QD=20.0927;RBI=0.0435236;REFB=-0.0261534;REVB=0.0429056;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109059;STB=0.537288;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.01853;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:25:28:30:0.545455:10:18:13:12:12:18:13:12 chr5 140098596 . T G 253.62 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000521949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.293;QD=17.4912;RBI=0.0052391;REFB=-0.0265742;REVB=-0.00521304;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129314;STB=0.514276;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0244186;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:17:11:11:18:17:11:11:19 chr5 140111764 . AT A 267.98 PASS AF=0.526316;AO=37;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0573317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5111;QD=14.104;RBI=0.147822;REFB=0.0231952;REVB=0.136251;RO=35;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147294;STB=0.588729;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=-0.00407006;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:37:75:40:76:36:18:22:23:13:99:35:17:20:22:13 chr5 140167463 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0265002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.365;QD=13.0886;RBI=0.0265663;REFB=-0.018639;REVB=-0.00187186;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118024;STB=0.540931;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0263241;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:27:16:16:0.372093:11:5:10:14:11:5:10:17 chr5 140168070 . A G 224.86 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0105867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4999;QD=19.9878;RBI=0.0742559;REFB=-0.0523243;REVB=-0.0734973;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638561;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.036959;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:11:12:13:9:11:12 chr5 140168151 . G T 249.71 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0229441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.995;QD=18.4969;RBI=0.0234886;REFB=-0.016722;REVB=0.00502842;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180839;STB=0.601731;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.016735;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:8:19:14:13:8:19:14:13 chr5 140174622 . G A 403.09 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0796726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1702;QD=21.7887;RBI=0.0977193;REFB=-0.0217013;REVB=0.0565804;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024477;STB=0.513507;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0168493;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:20:20:18:16:20:20:18:16 chr5 140174865 . G C 389.25 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0243109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1869;QD=19.4626;RBI=0.0246458;REFB=0.011277;REVB=0.00404946;RO=40;SAF=24;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218185;STB=0.624937;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00689298;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:15:24:15:25:15:25:15:25 chr5 140181734 . A G 422.58 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0113262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5708;QD=26.4114;RBI=0.0125385;REFB=-0.0347559;REVB=-0.00537896;RO=23;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231519;STB=0.519283;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0156976;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:24:40:40:0.625:17:23:14:9:17:23:15:9 chr5 140181892 . T C 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00730081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.686;QD=20.2461;RBI=0.015233;REFB=-0.00299415;REVB=-0.0133695;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212742;STB=0.617912;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00261712;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:21:12:22:14:21:12 chr5 140182101 . G T 283.15 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0389433;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.317;QD=14.7091;RBI=0.0389631;REFB=0.00265309;REVB=0.0012435;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971349;STB=0.561999;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00311177;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:45:32:32:0.415584:19:13:22:22:19:13:23:22 chr5 140183058 . G A 145.47 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0269782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1137;QD=16.163;RBI=0.0349279;REFB=-0.00407883;REVB=0.0221841;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369908;STB=0.52125;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00379106;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:8:12:9:7:8:12 chr5 140187048 . G C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0350157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.789;QD=9.49166;RBI=0.0350343;REFB=-0.00764577;REVB=-0.00114303;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.015691;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:7:11:5:4:7:11 chr5 140187102 . A G 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00475456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.009;QD=12.2757;RBI=0.0270999;REFB=-0.0176501;REVB=-0.0266795;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720787;STB=0.542324;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.020626;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:13:19:9:8:13:19 chr5 140187322 . C T 330.88 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0268037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.087;QD=15.9459;RBI=0.0275943;REFB=-0.00267899;REVB=0.00655803;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623396;STB=0.541728;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00511134;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:15:21:24:22:15:21:24:23 chr5 140188383 . T G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0589139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.015;QD=17.6895;RBI=0.058991;REFB=-0.00716652;REVB=0.00301521;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547268;STB=0.53122;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00777142;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:10:16:14:7:10:16 chr5 140188401 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0186962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.63;QD=18.3451;RBI=0.0212145;REFB=-0.0189646;REVB=0.0100254;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113657;STB=0.565136;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0194664;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:6:12:13:4:6:12 chr5 140188575 . G C 267.82 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0153828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0234;QD=18.4706;RBI=0.0217335;REFB=-0.00797513;REVB=0.015353;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.517353;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00893286;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:15:14:13:16:15:14 chr5 140201420 . T C 214.64 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0275381;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.622;QD=14.8028;RBI=0.0276286;REFB=-0.014915;REVB=-0.00223371;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680861;STB=0.538768;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0259456;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:33:25:25:0.431034:9:16:19:14:9:16:19:14 chr5 140203432 . C T 132.44 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00772398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.341;QD=24.0798;RBI=0.0201745;REFB=-0.0300794;REVB=-0.0186373;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170491;STB=0.554715;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0142958;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:20:22:6:8:14:14:0.636364:9:5:4:2:9:5:4:4 chr5 140209467 . T G 271.55 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0338151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2985;QD=24.1376;RBI=0.0494516;REFB=-0.0249828;REVB=-0.0360832;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121239;STB=0.567513;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0205511;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:9:11:10:15:9:11 chr5 140214231 . C G 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0379807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9608;QD=14.4186;RBI=0.0764138;REFB=-0.032406;REVB=-0.0663064;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163653;STB=0.593335;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0309053;OID=.;OPOS=140214231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:18:9:18:19:18:9:18:19 chr5 140214381 . G A 138.96 PASS AF=0.228261;AO=20;DP=91;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0207293;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5663;QD=6.0419;RBI=0.0240288;REFB=0.000659767;REVB=0.0121524;RO=71;SAF=9;SAR=11;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.623738;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00531291;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:71:71:20:21:0.228261:11:9:42:29:12:9:42:29 chr5 140221139 . G A 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00705219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=9.1878;RBI=0.0398368;REFB=0.00439162;REVB=0.0392076;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223495;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0136768;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:14:11:7:4:14:11 chr5 140228164 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.099;QD=49.5989;RBI=0.0904384;REFB=0;REVB=0.0853691;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411157;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 140229086 . C G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4527;QD=61.6764;RBI=0.0511217;REFB=0;REVB=-0.0303371;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179321;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 140229368 . G C 648.88 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00553274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.6527;QD=55.2237;RBI=0.0055347;REFB=-0.0167618;REVB=-0.000147348;RO=3;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162078;STB=0.50921;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00308808;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:3:3:43:44:0.93617:23:20:1:2:23:21:1:2 chr5 140229526 . T G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.023;QD=57.3838;RBI=0.0354622;REFB=0;REVB=0.0263336;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50917e-06;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr5 140230370 . AA CC 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680341;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.219;QD=61.684;RBI=0.00810351;REFB=0;REVB=0.00440232;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.31421e-05;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr5 140231237 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000601087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1656;QD=57.1992;RBI=0.0369709;REFB=0;REVB=0.036966;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458624;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr5 140232950 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5226;QD=43.4854;RBI=0.0788022;REFB=0;REVB=0.0598538;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00529374;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr5 140236950 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.813;QD=61.3364;RBI=0.00889083;REFB=0;REVB=0.0069967;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1359e-05;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr5 140237109 . T G 971.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6841;QD=58.8865;RBI=0.0604129;REFB=0;REVB=-0.0334445;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777054;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 140237387 . T G 236.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2393;QD=49.7777;RBI=0.113486;REFB=0;REVB=0.112475;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423746;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:13:6:0:0 chr5 140237548 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.836;QD=52.6128;RBI=0.0416224;REFB=0;REVB=0.0352829;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350759;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr5 140242451 . GC G 479.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7109;QD=46.8284;RBI=0.0408039;REFB=0;REVB=-0.0402509;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00140517;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:41:41:41:0:26:15:0:0:9:0:26:15:0:0 chr5 140242479 . T A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.347;QD=60.8526;RBI=0.0301998;REFB=0.0389374;REVB=0.0262364;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00148479;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:20:26:0:0:20:26:1:0 chr5 140250252 . T C 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.024226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.9;QD=18.5767;RBI=0.024531;REFB=-0.0217933;REVB=0.0038561;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228501;STB=0.626971;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0156973;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:14:17:9:22:14:17:9:22 chr5 140255792 . C A 56.94 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0184345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8716;QD=11.3889;RBI=0.160852;REFB=-0.0564055;REVB=-0.159792;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0212896;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:12:8:8:0.4:3:5:7:1:3:5:7:5 chr5 140262492 . A T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0351473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.337;QD=15.2613;RBI=0.0450225;REFB=-0.0143985;REVB=0.0281371;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212123;STB=0.621135;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0244725;OID=.;OPOS=140262492;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:13:3:5:8:13:3 chr5 140263290 . T G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.959;QD=58.9627;RBI=0.0382686;REFB=0;REVB=0.0279947;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108082;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr5 140307284 . G A 319.73 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0224728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2357;QD=18.5352;RBI=0.0224736;REFB=0.00892346;REVB=0.000191633;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129874;STB=0.507242;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0128265;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:17:18:17:17:17:18 chr5 140307969 . C G 300.51 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0732408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8074;QD=23.1162;RBI=0.0922532;REFB=-0.0187738;REVB=-0.0560931;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145775;STB=0.571381;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0162235;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:16:13:14:8:16:14:14:8 chr5 140309016 . C T 320.94 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00609689;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.41;QD=13.5131;RBI=0.00610079;REFB=-0.00413404;REVB=0.000218108;RO=59;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150029;STB=0.585751;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00680062;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:14:22:28:31:14:22:28:31 chr5 140346468 . T A 324.68 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00406944;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.665;QD=16.6504;RBI=0.0277775;REFB=-0.0296213;REVB=0.0274778;RO=41;SAF=12;SAR=23;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258638;STB=0.657053;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0309319;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:23:12:25:16:23:12:27:16 chr5 140347398 . C T 324.46 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00697635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.711;QD=19.6644;RBI=0.0145711;REFB=-0.0197455;REVB=0.0127924;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178301;STB=0.511621;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0180206;OID=.;OPOS=140347398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:22:12:11:20:22:12:12:20 chr5 140389536 . A G 119.71 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0625205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8727;QD=13.6812;RBI=0.0625488;REFB=0.0213964;REVB=0.00188237;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185781;STB=0.615966;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0380189;OID=.;OPOS=140389536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:5:9:16:4:5:9:17:4 chr5 140431103 . T C 812.2 PASS AF=0.43;AO=82;DP=196;FAO=86;FDP=200;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0105545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.098;QD=16.2439;RBI=0.0185332;REFB=-0.00852482;REVB=0.0152343;RO=113;SAF=39;SAR=43;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252711;STB=0.50352;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0114855;OID=.;OPOS=140431103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:113:114:82:86:0.43:43:39:51:62:47:39:51:63 chr5 140476653 . GC AA 172.96 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00454016;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.179;QD=11.5306;RBI=0.00585964;REFB=-0.00640669;REVB=0.00370436;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104201;STB=0.538426;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=0.0107157;OID=.;OPOS=140476653;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:38:38:21:22:0.366667:7:14:22:16:8:14:22:16 chr5 140476805 . T G 809.67 PASS AF=0.391489;AO=92;DP=235;FAO=92;FDP=235;FR=.;FRO=143;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=65;FWDB=0.0152031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.681;QD=13.7816;RBI=0.0196976;REFB=-0.00192229;REVB=-0.0125245;RO=143;SAF=35;SAR=57;SRF=78;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180009;STB=0.601322;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00317838;OID=.;OPOS=140476805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:143:143:92:92:0.391489:57:35:78:65:57:35:78:65 chr5 140480852 . G A 77.25 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00520195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4732;QD=13.4341;RBI=0.0351879;REFB=0.03716;REVB=0.0348013;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.048728;OID=.;OPOS=140480852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:8:5:3:7:8:5 chr5 140481475 . A T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00720168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.009;QD=11.4396;RBI=0.0093582;REFB=-0.0129376;REVB=-0.00597594;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.524961;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0310589;OID=.;OPOS=140481475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:12:12:6:7:12:12 chr5 140482483 . G A 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.573;QD=46.9576;RBI=0.0420836;REFB=0.0381113;REVB=0.0397593;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000569207;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr5 140502343 . CC TT 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0130665;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=255.091;QD=13.9458;RBI=0.0141672;REFB=-0.0121279;REVB=-0.00547499;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229091;STB=0.629553;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0174219;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:17:15:33:15:17:15:33:15 chr5 140503237 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0262701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.613;QD=11.3692;RBI=0.0271085;REFB=-0.0179634;REVB=-0.00669004;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309174;STB=0.66637;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0380005;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:7:4:12:6:7:4:12:7 chr5 140517174 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0156533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.363;QD=16.9316;RBI=0.0181431;REFB=-0.0125802;REVB=0.00917325;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0102346;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:8:4:5:7:8:4 chr5 140530852 . G C 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0253983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.732;QD=25.6764;RBI=0.0268434;REFB=-0.00496713;REVB=0.00868896;RO=28;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102155;STB=0.55582;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0027903;OID=.;OPOS=140530852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:23:20:17:11:23:20:17:11 chr5 140531175 . T C 399.55 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.244;QD=55.1096;RBI=0.0845909;REFB=0;REVB=0.0232407;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419563;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:21:4:0:0:22:7:0:0 chr5 140531374 . T C 93.11 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.117994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.094;QD=9.80098;RBI=0.121695;REFB=-0.0110589;REVB=-0.0297865;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264332;STB=0.661477;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0302238;OID=.;OPOS=140531374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:14:12:3:9:14:12 chr5 140531746 . C G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00802213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2806;QD=6.81338;RBI=0.0513676;REFB=-0.0150582;REVB=-0.0507374;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521321;STB=0.836197;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0360403;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:1:6:8:11:1:6:8:11 chr5 140532165 . G A 525.74 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0158998;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.168;QD=21.4589;RBI=0.0236912;REFB=-0.0266018;REVB=-0.0175633;RO=46;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703724;STB=0.539686;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0290213;OID=.;OPOS=140532165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:48:50:50:0.510204:21:29:23:23:21:29:24:24 chr5 140537004 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-3.53759e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4609;QD=10.173;RBI=0.00583078;REFB=-0.0376821;REVB=-0.00583068;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0417858;OID=.;OPOS=140537004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:2:7:3:3:2:7 chr5 140552558 . T C 347.46 PASS AF=0.481013;AO=32;DP=74;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.0471998;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6014;QD=17.593;RBI=0.0472196;REFB=-0.0126523;REVB=-0.00136856;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405379;STB=0.670807;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0273276;OID=.;OPOS=140552558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:41:41:32:38:0.481013:19:13:34:7:19:19:34:7 chr5 140552774 . G A 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00227086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.245;QD=13.9113;RBI=0.00383562;REFB=-0.0224619;REVB=0.00309114;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377977;STB=0.514272;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0343723;OID=.;OPOS=140552774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:14:7:11:19:14:7:11:20 chr5 140553581 . G C 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00764635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.966;QD=11.6227;RBI=0.0117586;REFB=-0.01663;REVB=0.00893299;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186902;STB=0.607385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0175332;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:27:11:10:12:27:11 chr5 140553664 . G A 164.52 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0354895;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3385;QD=12.655;RBI=0.0469825;REFB=-0.028645;REVB=-0.0307872;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611614;STB=0.54873;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0249738;OID=.;OPOS=140553664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:34:32:20:20:0.384615:5:15:24:10:5:15:22:10 chr5 140553856 . G A 113.2 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0156421;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.72;QD=16.7702;RBI=0.0213072;REFB=-0.00922627;REVB=0.0144679;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00926459;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr5 140553917 . G A 66.77 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0226182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.718;QD=12.7176;RBI=0.0392497;REFB=-0.0139461;REVB=-0.0320773;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318271;OID=.;OPOS=140553917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:4:8:6:3:4:8 chr5 140553919 . C A 60.98 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0391088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4974;QD=11.6143;RBI=0.0394733;REFB=-0.0208407;REVB=0.00535198;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123496;OID=.;OPOS=140553919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:21:21:12:12:8:9:0.428571:5:3:4:8:6:3:4:8 chr5 140554006 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00827467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.722;QD=15.3789;RBI=0.011816;REFB=-0.0130653;REVB=0.00843484;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0166341;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:5:9:7:5:5:9 chr5 140554808 . T A 372.45 PASS AF=0.230159;AO=57;DP=250;FAO=58;FDP=252;FR=.;FRO=194;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=107;FSRR=87;FWDB=0.0158446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8136;QD=5.91191;RBI=0.0173068;REFB=-0.00692491;REVB=-0.00696211;RO=179;SAF=35;SAR=22;SRF=97;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933132;STB=0.54102;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0173637;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:179:194:57:58:0.230159:22:35:97:82:23:35:107:87 chr5 140555181 . T TTA 42.12 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.167665;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=2;MLLD=18.9412;QD=2.7175;RBI=0.182112;REFB=-0.0684814;REVB=0.0710865;RO=47;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155702;STB=0.518763;STBP=0.906;TYPE=ins;VARB=0.249888;OID=.;OPOS=140555182;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:11:67:11:62:51:3:8:13:38:42:47:4:7:12:35 chr5 140558326 . T C 325.67 PASS AF=0.237209;AO=51;DP=215;FAO=51;FDP=215;FR=.;FRO=164;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=78;FSRR=86;FWDB=0.0524409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.871;QD=6.05903;RBI=0.0525235;REFB=-0.00152602;REVB=-0.00294554;RO=164;SAF=27;SAR=24;SRF=78;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678933;STB=0.540968;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00478981;OID=.;OPOS=140558326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:164:164:51:51:0.237209:24:27:78:86:24:27:78:86 chr5 140558528 . A G 151.91 PASS AF=0.19697;AO=26;DP=132;FAO=26;FDP=132;FR=.;FRO=106;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.00106361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.477;QD=4.60335;RBI=0.0129029;REFB=-0.00484422;REVB=-0.012859;RO=105;SAF=11;SAR=15;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681929;STB=0.547022;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0200633;OID=.;OPOS=140558528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:105:106:26:26:0.19697:15:11:50:55:15:11:51:55 chr5 140559103 . T C 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0130769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.926;QD=4.078;RBI=0.025413;REFB=-0.00718045;REVB=-0.0217903;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269671;STB=0.682526;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0262311;OID=.;OPOS=140559103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:6:3:25:20:6:3:25:20 chr5 140559596 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.387;QD=53.9112;RBI=0.047559;REFB=0;REVB=0.036362;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268302;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr5 140559679 . C G 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0539176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2737;QD=12.7808;RBI=0.0563427;REFB=0.0339134;REVB=0.0163519;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139625;STB=0.58316;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0414601;OID=.;OPOS=140559679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:8:6:3:7:8:6 chr5 140559849 . G A 535.49 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0225992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.054;QD=19.1247;RBI=0.0228516;REFB=-0.024594;REVB=-0.0033872;RO=55;SAF=33;SAR=22;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839717;STB=0.536398;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0234345;OID=.;OPOS=140559849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:56:55:56:0.5:22:33:28:27:23:33:29:27 chr5 140559914 . T C 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.016442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.41;QD=19.7137;RBI=0.0182857;REFB=-0.0140536;REVB=0.00800183;RO=50;SAF=9;SAR=38;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329554;STB=0.685158;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0139678;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:38:9:24:26:38:9:24:26 chr5 140563173 . G T 252.54 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0436803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1002;QD=14.4307;RBI=0.0452663;REFB=-0.0180921;REVB=0.0118775;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260992;STB=0.514783;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0236364;OID=.;OPOS=140563173;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:17:23:18:12:17:23 chr5 140564214 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0159785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.584;QD=29.0288;RBI=0.0186819;REFB=-0.0419097;REVB=0.00967998;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812834;STB=0.504499;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0141919;OID=.;OPOS=140564214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:5:3:7:11:5:3 chr5 140564594 . C T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00341173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.852;QD=3.89778;RBI=0.00636927;REFB=-0.00799439;REVB=-0.00537844;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964213;STB=0.56684;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0448265;OID=.;OPOS=140564594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:5:3:19:23:5:3:19:23 chr5 140564661 . T C 177.58 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0320077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0835;QD=15.442;RBI=0.0568095;REFB=-0.0308432;REVB=-0.0469343;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278341;STB=0.642054;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0630731;OID=.;OPOS=140564661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:24:26:18:20:0.434783:13:5:13:11:14:6:14:12 chr5 140564672 . T A 175.52 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0106379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3901;QD=13.7664;RBI=0.0619872;REFB=-0.0267773;REVB=-0.0610676;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146393;STB=0.58478;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0430903;OID=.;OPOS=140564672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:13:7:15:16:13:7:15:16 chr5 140567608 . C T 242.05 PASS AF=0.510638;AO=18;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.216876;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5636;QD=20.6002;RBI=0.222276;REFB=-0.0128244;REVB=-0.0486958;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197011;STB=0.594515;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00679494;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:23:18:24:0.510638:9:9:5:13:9:15:10:13 chr5 140568034 . C CA 1109.71 PASS AF=1;AO=90;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.693;QD=45.761;RBI=0.153275;REFB=0;REVB=-0.143301;RO=4;SAF=52;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000146466;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:97:97:97:0:57:40:0:0:19:4:52:38:3:1 chr5 140568131 . A G 232.77 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00796064;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.555;QD=16.6266;RBI=0.0352292;REFB=-0.0226381;REVB=-0.034318;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052192;STB=0.520645;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0243982;OID=.;OPOS=140568131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:15:14:14:12:15:15 chr5 140568167 . T A 181.3 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0120991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.811;QD=16.4814;RBI=0.0239168;REFB=-0.0211105;REVB=-0.0206307;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465133;STB=0.512302;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00712735;OID=.;OPOS=140568167;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:9:15:11:8:10:15 chr5 140568869 . G T 94.48 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0273015;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.101;QD=6.63032;RBI=0.027304;REFB=-0.0106109;REVB=-0.000373478;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137745;STB=0.593081;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0386807;OID=.;OPOS=140568869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:58:57:44:43:14:14:0.245614:10:4:17:27:10:4:17:26 chr5 140572668 . C T 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0196003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3796;QD=21.1273;RBI=0.0196264;REFB=-0.0106691;REVB=-0.00101231;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121974;STB=0.583445;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0111031;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:7:15:11:9:7:15:11:10 chr5 140573439 . G C 246.17 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.107305;FXX=0.0508388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3183;QD=17.5838;RBI=0.108122;REFB=0.00220198;REVB=0.0132639;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215465;STB=0.595615;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00529544;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:32:29:27:27:0.482143:17:10:19:13:17:10:16:13 chr5 140573442 . C G 227.24 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0149097;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.985;QD=16.8327;RBI=0.0195709;REFB=-0.0256422;REVB=0.0126776;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243007;STB=0.61944;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0263217;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:25:26:0.481481:17:8:16:12:17:9:16:12 chr5 140573754 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0320368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9933;QD=11.6342;RBI=0.0596889;REFB=-0.0180147;REVB=-0.0503627;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223443;OID=.;OPOS=140573754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:8:8:5:5:8:8 chr5 140575211 . G T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00102426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.477;QD=28.0216;RBI=0.00246052;REFB=-0.00395932;REVB=0.0022372;RO=16;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678736;STB=0.519842;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00302686;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:18:28:28:0.608696:9:19:11:5:9:19:13:5 chr5 140579358 . A G 165.38 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0139262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3932;QD=14.0749;RBI=0.0144068;REFB=0.00905352;REVB=0.00369005;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320821;STB=0.675862;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0244145;OID=.;OPOS=140579358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:18:18:0.382979:12:6:18:10:12:6:18:11 chr5 140580931 . C G 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0088798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2593;QD=28.0211;RBI=0.00997759;REFB=-0.00731213;REVB=-0.00454988;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512911;STB=0.528282;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0107729;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:12:16:9:9:12:16:9:9 chr5 140580941 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.024364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.926;QD=8.0678;RBI=0.0252254;REFB=-0.00874084;REVB=-0.00653554;RO=33;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36043;STB=0.723753;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0246557;OID=.;OPOS=140580941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:3:9:15:18:3:9:15:18 chr5 140580967 . T G 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0882487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.613;QD=8.22922;RBI=0.0882841;REFB=0.00235536;REVB=-0.00249919;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324412;STB=0.687482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.037984;OID=.;OPOS=140580967;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:24:25:10:10:0.285714:3:7:10:14:3:7:11:14 chr5 140590766 . A G 245.25 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0362195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2356;QD=15.5716;RBI=0.0371289;REFB=-0.00220114;REVB=-0.00816715;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239562;STB=0.635438;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00245344;OID=.;OPOS=140590766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:14:21:10:18:14:21 chr5 140595001 . A G 475.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00353076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.368;QD=24.3591;RBI=0.0192712;REFB=-0.00477733;REVB=0.018945;RO=33;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101311;STB=0.555531;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00431283;OID=.;OPOS=140595001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:25:20:19:14:25:20:19:14 chr5 140595106 . C G 55.65 PASS AF=0.5;AO=6;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0441091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4569;QD=13.9134;RBI=0.0458474;REFB=-0.0342942;REVB=-0.0125049;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210115;STB=0.590707;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.066039;OID=.;OPOS=140595106;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:16:7:8:6:8:0.5:2:4:6:1:2:6:7:1 chr5 140595756 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0429795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.897;QD=11.6343;RBI=0.044316;REFB=-0.0331173;REVB=0.0108016;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015192;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0450079;OID=.;OPOS=140595756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:5:11:7:3:5:11 chr5 140595802 . T C 85.15 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0460205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2331;QD=11.353;RBI=0.070198;REFB=0.0272033;REVB=-0.0530083;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151945;STB=0.589906;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0553195;OID=.;OPOS=140595802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:6:13:6:5:6:13 chr5 140596704 . A G 240.31 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0156243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7146;QD=12.8165;RBI=0.0569538;REFB=-0.0133941;REVB=0.0547688;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122332;STB=0.569796;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.027779;OID=.;OPOS=140596704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:14:15:29:17:14:15:29:17 chr5 140604721 . C A 81.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0484095;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.85;QD=16.2787;RBI=0.0575133;REFB=8.56989e-05;REVB=-0.0310531;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916023;STB=0.553088;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.000345926;OID=.;OPOS=140604721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:4:6:7:3:4:6:7:3 chr5 140605601 . A G 537.43 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00348322;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.5;QD=17.4774;RBI=0.024963;REFB=-0.00125968;REVB=0.0247188;RO=66;SAF=23;SAR=34;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109153;STB=0.560742;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00192049;OID=.;OPOS=140605601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:66:57:57:0.463415:34:23:34:32:34:23:34:32 chr5 140615413 . C G 143.32 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00831367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9414;QD=16.3792;RBI=0.0095915;REFB=-0.0186815;REVB=-0.00478328;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.610022;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00872012;OID=.;OPOS=140615413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:4:11:11:8:4:12:11:8 chr5 140620221 . GCCAC G 155.61 PASS AF=0.72;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0137706;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=4;MLLD=294.208;QD=24.8973;RBI=0.0139529;REFB=-0.035109;REVB=0.00224829;RO=8;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213627;STB=0.593799;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0101045;OID=.;OPOS=140620222;OREF=CCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:18:27:18:25:7:5:13:4:3:38:8:5:13:5:3 chr5 140626529 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.379;QD=12.3961;RBI=0.0152666;REFB=-0.00336002;REVB=0.0152666;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272064;OID=.;OPOS=140626529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr5 140626627 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0133318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.487;QD=6.01599;RBI=0.0134246;REFB=-0.00880061;REVB=-0.00157613;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291872;STB=0.685231;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0226722;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:7:15:3:4:7:15 chr5 140626724 . T G 78.91 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0244247;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.007;QD=7.01449;RBI=0.0506649;REFB=-0.0209901;REVB=-0.0443888;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415998;STB=0.705077;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0408817;OID=.;OPOS=140626724;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:45:26:34:10:11:0.244444:4:6:6:20:4:7:12:22 chr5 140682891 . A C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0235695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.873;QD=17.6438;RBI=0.0291428;REFB=-0.00633811;REVB=0.01714;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449879;OID=.;OPOS=140682891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:3:4:5:4:3:4 chr5 140683265 . G A 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0117444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.593;QD=20.9981;RBI=0.0141694;REFB=-0.0104034;REVB=-0.00792736;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135557;STB=0.574962;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00935329;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:15:21:17:23:15:21 chr5 140710705 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000922404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.209;QD=55.0985;RBI=0.00344337;REFB=0;REVB=-0.00331752;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79814e-05;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 140718683 . G A 372.74 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00702326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.653;QD=17.7494;RBI=0.0070236;REFB=-0.00971545;REVB=-6.93715e-05;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040128;STB=0.542835;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0140147;OID=.;OPOS=140718683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:45:39:39:0.464286:23:16:19:23:23:16:22:23 chr5 140720516 . C G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00518296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.885;QD=24.4133;RBI=0.0292153;REFB=0.00627342;REVB=-0.0287518;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0018427;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:2:3:6:5:2:3 chr5 140720543 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.010253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.518;QD=9.44486;RBI=0.0320828;REFB=-0.00443617;REVB=-0.0304004;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00767759;OID=.;OPOS=140720543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr5 140725828 . C T 415.73 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0540303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.202;QD=24.8195;RBI=0.0549817;REFB=-0.00431581;REVB=0.0101843;RO=26;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267662;STB=0.507993;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00249789;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:17:23:14:12:17:23:15:12 chr5 140735119 . C A 219.93 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0782802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.559;QD=18.3275;RBI=0.078341;REFB=-0.00986303;REVB=0.00308704;RO=25;SAF=2;SAR=19;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285558;STB=0.666481;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00820118;OID=.;OPOS=140735119;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:21:22:0.458333:19:2:6:19:20:2:6:20 chr5 140750044 . T C 3682.91 PASS AF=0.991597;AO=233;DP=238;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=126;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0447352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.84;QD=61.8976;RBI=0.0479716;REFB=-0.0754704;REVB=0.0173216;RO=2;SAF=123;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000453933;STB=0.500286;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=9.17569e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:238:238:2:2:233:236:0.991597:110:123:1:1:110:126:1:1 chr5 140751128 . C G 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0203372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5859;QD=9.47311;RBI=0.0328941;REFB=-0.00756788;REVB=-0.0258539;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138367;STB=0.584246;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0604795;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:11:10:6:4:11:10 chr5 140763029 . A G 235.38 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0371271;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5953;QD=17.1186;RBI=0.0607705;REFB=-0.0130096;REVB=0.0481107;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205099;STB=0.606659;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0144874;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:10:16:11:17:10:16:12:17 chr5 140772427 . T G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0237904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.461;QD=12.5696;RBI=0.0245965;REFB=-0.0230728;REVB=-0.00624519;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.545394;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0350247;OID=.;OPOS=140772427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:14:12:8:7:14:12 chr5 140774288 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.089;QD=56.1914;RBI=0.0171507;REFB=0;REVB=0.0157025;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34207e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr5 140783596 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0069026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=19.3859;RBI=0.0192552;REFB=-0.00969401;REVB=-0.0179755;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00877844;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr5 140793007 . A G 375.94 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0236281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.282;QD=14.5998;RBI=0.0256106;REFB=-0.0156432;REVB=-0.00988022;RO=60;SAF=26;SAR=17;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00501841;STB=0.502829;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0251584;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:17:26:36:24:17:26:36:24 chr5 140797630 . G T 476.55 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0373801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.392;QD=21.9105;RBI=0.0417352;REFB=-0.0130096;REVB=0.0185621;RO=41;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261414;STB=0.50968;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:41:45:46:0.528736:25:20:17:24:26:20:17:24 chr5 140810773 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00963855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.331;QD=18.9979;RBI=0.0105359;REFB=-0.00301299;REVB=-0.00425486;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721736;STB=0.540228;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00244309;OID=.;OPOS=140810773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:14:16:14:17:14:16 chr5 140856265 . G C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0242589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5608;QD=16.9308;RBI=0.0272575;REFB=-0.033845;REVB=0.0124289;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351049;STB=0.6997;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0191784;OID=.;OPOS=140856265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:10:2:7:5:10:2 chr5 140857798 . T C 186.08 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00119742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.791;QD=10.4836;RBI=0.00136654;REFB=-0.00538433;REVB=-0.000658488;RO=47;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103121;STB=0.506019;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0119225;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:14:10:20:27:14:10:20:27 chr5 140859088 . T C 291.52 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00376847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4601;QD=19.4349;RBI=0.024679;REFB=-0.0276495;REVB=0.0243896;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442158;STB=0.516119;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0276454;OID=.;OPOS=140859088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:16:15:15:13:16:15:15:14 chr5 140869003 . T C 269.13 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00312988;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.85;QD=18.886;RBI=0.0248746;REFB=-0.00177731;REVB=0.0246769;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769295;STB=0.542968;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00299914;OID=.;OPOS=140869003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:14:14:17:12:14:14 chr5 140870516 . A G 286.89 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0112002;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.807;QD=20.1326;RBI=0.0165635;REFB=0.0102762;REVB=-0.0122026;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227154;STB=0.641287;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00820629;OID=.;OPOS=140870516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:27:30:30:0.526316:18:12:17:8:18:12:19:8 chr5 140870949 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0268359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6864;QD=14.7987;RBI=0.0422613;REFB=-0.022672;REVB=0.0326474;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0184261;OID=.;OPOS=140870949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:10:11:0.458333:6:4:7:5:7:4:7:6 chr5 140871425 . A G 607.72 PASS AF=0.382514;AO=69;DP=178;FAO=70;FDP=183;FR=.;FRO=113;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=36;FWDB=-0.00505135;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9384;QD=13.2834;RBI=0.0714156;REFB=-0.00846408;REVB=-0.0712367;RO=109;SAF=42;SAR=27;SRF=76;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103824;STB=0.544617;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0128434;OID=.;OPOS=140871425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:183:109:113:69:70:0.382514:27:42:76:33:27:43:77:36 chr5 140966709 . G A 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0141446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.922;QD=18.4673;RBI=0.0165629;REFB=-0.0137811;REVB=-0.00861747;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210584;STB=0.620634;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0144783;OID=.;OPOS=140966709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:33:10:18:22:34:10 chr5 141014494 . T C 415.04 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=8.41314e-07;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.764;QD=16.7695;RBI=0.0165371;REFB=-0.00664962;REVB=-0.0165371;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207186;STB=0.516667;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00923374;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:56:43:43:0.434343:22:21:28:27:22:21:29:27 chr5 141016288 . T G 577.73 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.000161694;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.352;QD=18.3406;RBI=0.00842147;REFB=-0.0215119;REVB=-0.00841992;RO=62;SAF=33;SAR=27;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105085;STB=0.557825;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0171286;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:62:66:60:60:0.47619:27:33:27:35:27:33:29:37 chr5 141026182 . G T 85.69 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.013233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4741;QD=11.8191;RBI=0.0783621;REFB=0.00395223;REVB=-0.0772367;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278876;STB=0.669074;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0175751;OID=.;OPOS=141026182;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:7:11:9:2:7:11 chr5 141036337 . A G 146.52 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.139545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6943;QD=17.2376;RBI=0.142902;REFB=-0.0602194;REVB=-0.0307959;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.620528;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0599808;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:18:16:16:0.470588:12:4:5:9:12:4:8:10 chr5 141051236 . C T 262.14 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0302895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4303;QD=17.476;RBI=0.0361645;REFB=-0.0397124;REVB=-0.019759;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095296;STB=0.553451;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0125482;OID=.;OPOS=141051236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:16:15:17:12:16:15 chr5 141059868 . T C 251.4 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0402032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7295;QD=20.5224;RBI=0.0881403;REFB=-0.0278593;REVB=0.0784373;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0399191;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:12:13:15:9:12:13 chr5 141243646 . A G 2379.23 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.342;QD=61.0059;RBI=0.0161099;REFB=0;REVB=0.0149026;RO=0;SAF=83;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68661e-05;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:0:0:153:156:1:70:83:0:0:72:84:0:0 chr5 141244356 . C T 1587.39 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9352;QD=64.137;RBI=0.0375667;REFB=0;REVB=0.0233449;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038769;OID=.;OPOS=141244356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr5 141248533 . G A 374.46 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00286969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.726;QD=20.8032;RBI=0.0563609;REFB=-0.0195997;REVB=0.0562878;RO=34;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12716;STB=0.569998;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0143739;OID=.;OPOS=141248533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:24:14:8:26:24:14:8:26 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 586.1 PASS AF=0.848,0.08;AO=43,10;DP=123;FAO=106,10;FDP=125;FR=.;FRO=9;FSAF=88,9;FSAR=18,1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0301699,-0.0122599;FXX=0.00793588;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=98.9394,157.225;QD=18.7551;RBI=0.0333879,0.0199272;REFB=-0.0710157,0.000259408;REVB=0.0143012,-0.0157094;RO=60;SAF=27,9;SAR=16,1;SRF=60;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.486693,-0.698799;STB=0.508234,0.514256;STBP=0.708,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.013583,0.0398794;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:123:125:60:9:43,10:106,10:0.848,0.08:16,1:27,9:60:0:18,1:88,9:8:1 chr5 141325249 . T C 2054.2 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401757;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.257;QD=62.7237;RBI=0.0180206;REFB=0;REVB=0.017567;RO=0;SAF=44;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31942e-06;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:130:131:1:86:44:0:0:86:45:0:0 chr5 141335241 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.517;QD=54.5173;RBI=0.00973101;REFB=0;REVB=0.00851947;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76089e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr5 141335284 . G A 437.96 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7673;QD=54.7454;RBI=0.14773;REFB=0;REVB=0.124303;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373649;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:1:0:28:32:1:14:14:1:0:15:17:0:0 chr5 141336264 . G T 460.44 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.639;QD=57.5551;RBI=0.0581236;REFB=0;REVB=0.0144644;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132309;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr5 141337126 . C T 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3437;QD=57.0973;RBI=0.0825695;REFB=0;REVB=0.0292957;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798348;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr5 141337225 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.521;QD=55.656;RBI=0.0458685;REFB=0;REVB=-0.0125358;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206775;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 141391532 . G A 450.79 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0231234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0975;QD=16.2448;RBI=0.0327198;REFB=0.00131855;REVB=0.0231493;RO=61;SAF=38;SAR=11;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349732;STB=0.699465;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00174439;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:49:50:0.45045:11:38:28:33:11:39:28:33 chr5 141531735 . C T 587.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.496;QD=60.2478;RBI=0.0356677;REFB=0;REVB=0.0328987;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.412e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:22:17:0:0 chr5 141973349 . C G 1348.43 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245508;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.027;QD=61.9967;RBI=0.0352601;REFB=0;REVB=0.0253087;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2807e-05;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr5 141973501 . T C 1105.31 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.227;QD=59.7466;RBI=0.0372975;REFB=0;REVB=0.0332929;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013428;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:33:41:0:0 chr5 142254679 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.615;QD=57.7114;RBI=0.00452213;REFB=0;REVB=-0.0010681;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45831e-06;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr5 142593652 . C T 873.93 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660949;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.022;QD=58.2622;RBI=0.03088;REFB=0;REVB=0.0301643;RO=0;SAF=56;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48334e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:4:56:0:0:4:56:0:0 chr5 143059433 . T C 220.75 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0142019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8237;QD=18.0204;RBI=0.0246256;REFB=-0.00831296;REVB=-0.0201178;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177218;STB=0.600648;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0163605;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:11:16:9:13:11:16 chr5 143200053 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0740525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.088;QD=17.9405;RBI=0.0847255;REFB=-0.0224428;REVB=-0.041166;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.572866;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0204302;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:11:11:7:12:11:11 chr5 145246085 . T G 2259.28 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.754;QD=61.8981;RBI=0.0150539;REFB=-0.0442064;REVB=-0.00207326;RO=1;SAF=76;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621611;STB=0.503225;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=4.24254e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:143:145:0.993151:67:76:1:0:68:77:1:0 chr5 145393364 . C T 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00970872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.923;QD=16.8721;RBI=0.0138492;REFB=-0.00636299;REVB=0.00987629;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236678;STB=0.634487;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00636831;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:8:18:9:11:8:18 chr5 145439647 . T C 874.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.138;QD=57.3131;RBI=0.0140636;REFB=0;REVB=0.01287;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229342;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:39:20:0:0:40:21:0:0 chr5 145442133 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00998973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.766;QD=21.0155;RBI=0.017493;REFB=-0.0123912;REVB=-0.01436;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304602;STB=0.672271;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00779015;OID=.;OPOS=145442133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:4:9:5:11:4:9 chr5 145442203 . G C 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0143;QD=58.2391;RBI=0.018935;REFB=-0.0433676;REVB=0.012819;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00385766;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:0:1:16:23:0:1 chr5 145890028 . A G 810.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.652;QD=56.8832;RBI=0.0387121;REFB=0;REVB=0.0366778;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125904;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr5 145894896 . G C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.487;QD=57.5437;RBI=0.0367399;REFB=0;REVB=0.0308491;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239455;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr5 146092291 . C G 371.57 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0244118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.12;QD=22.8656;RBI=0.024579;REFB=-0.0107577;REVB=-0.0028625;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173862;STB=0.50957;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00774813;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:13:15:19:18:13:15 chr5 146619206 . G C 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.03;QD=58.0539;RBI=0.0507557;REFB=0;REVB=0.0389096;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293025;OID=.;OPOS=146619206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr5 147012291 . G A 405.81 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0125031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0097;QD=17.2686;RBI=0.0134232;REFB=-0.0102605;REVB=-0.00488411;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441163;STB=0.518811;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0128005;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:52:42:42:0.446809:22:20:22:29:22:20:23:29 chr5 147024476 . C A 488.15 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.015534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.789;QD=21.6953;RBI=0.0155343;REFB=5.39767e-06;REVB=-9.28666e-05;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171941;STB=0.599111;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=5.54048e-05;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:43:47:47:0.522222:24:23:29:13:24:23:30:13 chr5 147024509 . C T 314.38 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0536693;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1467;QD=16.9932;RBI=0.0906074;REFB=-0.00384637;REVB=-0.0730021;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242679;STB=0.635061;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00653409;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:17:17:30:10:17:17:30:10 chr5 147281308 . C T 1051.01 PASS AF=0.37963;AO=122;DP=323;FAO=123;FDP=324;FR=.;FRO=201;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=106;FSRR=95;FWDB=-0.0157205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5036;QD=12.9754;RBI=0.027667;REFB=-0.00321397;REVB=0.0227668;RO=198;SAF=49;SAR=73;SRF=105;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142364;STB=0.580717;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0077793;OID=.;OPOS=147281308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:324:198:201:122:123:0.37963:73:49:105:93:74:49:106:95 chr5 147286013 . A T 180.91 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.006789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8179;QD=16.4467;RBI=0.0627558;REFB=-0.0200867;REVB=-0.0623875;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0498327;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:15:10:9:10:15:10 chr5 147286054 . G A 251.68 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.00819356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.804;QD=14.8047;RBI=0.00993001;REFB=-0.0152299;REVB=0.00560986;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168337;STB=0.594534;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0249305;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:9:30:18:11:9:30 chr5 147468614 . A G 1334.11 PASS AF=0.940594;AO=95;DP=105;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0177925;FXX=0.0380916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2674;QD=52.8361;RBI=0.0401431;REFB=-0.0348448;REVB=-0.0359847;RO=9;SAF=56;SAR=39;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795659;STB=0.525704;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0368724;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:101:9:6:95:95:0.940594:39:56:1:8:39:56:1:5 chr5 147475386 . A G 1213.08 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00195019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.385;QD=59.9054;RBI=0.00796243;REFB=-0.0144278;REVB=0.00771991;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=5.59524e-05;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:27:52:0:0:27:53:0:1 chr5 147477551 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.371;QD=59.6795;RBI=0.0138526;REFB=0;REVB=0.0118419;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59854e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr5 147480027 . G A 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.36;QD=56.9457;RBI=0.0469806;REFB=0;REVB=0.045649;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39307e-05;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr5 147480112 . T C 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000596746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.628;QD=63.6117;RBI=0.0313867;REFB=0;REVB=0.031381;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67987e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr5 147480955 . A G 348.27 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.073;QD=51.5954;RBI=0.0668687;REFB=-0.146219;REVB=0.0305162;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00209607;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:16:10:0:0:16:10:1:0 chr5 147481430 . A G 1529.49 PASS AF=0.990741;AO=100;DP=102;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00303314;FXX=0.0181802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0297;QD=56.6478;RBI=0.0740096;REFB=-0.165093;REVB=0.0739474;RO=2;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189666;STB=0.504586;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00814436;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:108:2:1:100:107:0.990741:49:51:0:2:54:53:0:1 chr5 147486677 . C A 1236.19 PASS AF=0.988235;AO=79;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2856;QD=58.1737;RBI=0.080856;REFB=-0.00471734;REVB=-0.0490219;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937498;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00154785;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:85:1:1:79:84:0.988235:29:50:1:0:34:50:1:0 chr5 147488367 . C A,T 738.71 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,50;DP=53;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05792,-0.0370463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.8636,71.0901;QD=55.7519;RBI=0.0579957,0.0418869;REFB=0,0;REVB=-0.00296057,0.019547;RO=0;SAF=2,24;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.106863,0.00163745;OID=.,.;OPOS=147488367,147488367;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:53:0:0:3,50:3,50:0.0566038,0.943396:1,26:2,24:0:0:1,26:2,24:0:0 chr5 147498019 . G A 1944.78 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000773454;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.866;QD=60.3031;RBI=0.00264633;REFB=-0.0156379;REVB=0.00253078;RO=1;SAF=50;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613176;STB=0.501725;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=4.12374e-05;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:127:127:0.984496:77:50:0:1:77:50:1:1 chr5 147499616 . C T 847.51 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147165;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.95;QD=57.4587;RBI=0.0211031;REFB=0;REVB=0.015125;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208436;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr5 147499670 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.839;QD=57.0007;RBI=0.0200853;REFB=0;REVB=-0.0153763;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07843e-06;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr5 147505116 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.623;QD=58.4177;RBI=0.0183874;REFB=0;REVB=-0.00126418;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42551e-05;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr5 147510866 . T C 1639.74 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00289615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.125;QD=59.0898;RBI=0.0743614;REFB=0.0468749;REVB=0.0743049;RO=1;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978674;STB=0.50505;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000124342;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:48:61:0:1:49:61:0:1 chr5 147593497 . C A 719.65 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0175128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.904;QD=17.9913;RBI=0.0247852;REFB=-0.00378107;REVB=-0.0175388;RO=84;SAF=41;SAR=35;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149373;STB=0.508262;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00405558;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:84:76:76:0.475:35:41:44:40:35:41:44:40 chr5 147665537 . ATCT A 389.59 PASS AF=0.465909;AO=29;DP=91;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00318242;FXX=0.0833246;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.173;QD=17.7086;RBI=0.00521633;REFB=-0.00667661;REVB=0.00413307;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115772;STB=0.563097;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.00639167;OID=.;OPOS=147665538;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465909:29:91:41:88:47:24:17:22:25:99:41:16:13:18:23 chr5 147665620 . A G 257.99 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0192228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.004;QD=18.4277;RBI=0.0206587;REFB=-0.0146411;REVB=0.00756759;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133645;STB=0.574417;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0178222;OID=.;OPOS=147665620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:8:20:16:12:8:20 chr5 147703416 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.503;QD=56.1915;RBI=0.038482;REFB=0;REVB=0.000925157;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197217;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 147805120 . T C 287.8 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0202694;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.616;QD=13.3859;RBI=0.0231523;REFB=-0.00488552;REVB=-0.0111884;RO=54;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504086;STB=0.533612;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00769621;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:54:53:33:33:0.383721:21:12:22:32:21:12:22:31 chr5 147822069 . A T 533.18 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0267795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.465;QD=18.5453;RBI=0.0271076;REFB=-0.0157837;REVB=-0.00420457;RO=59;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103448;STB=0.557255;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0115564;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:30:26:34:25:30:26:34:25 chr5 147856333 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0197918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.481;QD=14.0472;RBI=0.0200256;REFB=0.00343628;REVB=-0.00305146;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00561069;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:15:14:8:10:15:14 chr5 148042230 . G T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00664913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.206;QD=16.6176;RBI=0.01094;REFB=0.00233246;REVB=-0.00868749;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150804;STB=0.585036;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0054836;OID=.;OPOS=148042230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:8:20:13:10:8:20 chr5 148206440 . G A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00174007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.819;QD=23.8205;RBI=0.0070053;REFB=-0.0135829;REVB=0.00678575;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104181;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00808865;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:10:7:12:10:10:7 chr5 148206473 . G C 589.4 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00806714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.168;QD=51.2521;RBI=0.0691527;REFB=-0.0532926;REVB=0.0686805;RO=5;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079407;STB=0.542498;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00129707;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:46:46:5:5:41:41:0.891304:17:24:1:4:17:24:1:4 chr5 148206646 . G A 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0351659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.512;QD=20.8425;RBI=0.0431804;REFB=-0.0253507;REVB=0.025058;RO=53;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678959;STB=0.537301;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0197494;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:28:31:32:21:28:31:32:21 chr5 148206917 . C A 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00420265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.286;QD=15.0614;RBI=0.0229586;REFB=-0.000682447;REVB=0.0225706;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915618;STB=0.534581;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000996237;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:14:13:19:14:14:13:19:16 chr5 148207447 . G C 1899.0 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.1;QD=60.768;RBI=0.0258234;REFB=-0.0821426;REVB=0.0124807;RO=1;SAF=61;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772532;STB=0.504064;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000206091;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:63:61:1:0:63:61:1:0 chr5 148207573 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=20;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0210955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.162;QD=18.4833;RBI=0.0338989;REFB=-0.010038;REVB=-0.0265351;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332541;STB=0.674028;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00396932;OID=.;OPOS=148207573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:20:19:0.475:5:15:8:12:5:14:9:12 chr5 148207633 . G A 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.184;QD=61.6792;RBI=0.00777212;REFB=0;REVB=-0.0010773;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04658e-05;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 148207667 . C CCCG,CCG,CG 271.01 PASS AF=0,0.73913,0.217391;AO=5,11,6;DP=24;FAO=0,17,5;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,0;FSAR=0,17,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=11,11,0;LEN=3,2,1;MLLD=273.866,280.188,278.065;QD=47.1327;RBI=0.000340754,0.000220199,7.02292e-05;REFB=-0.0200825,-0.0186929,-0.0172773;REVB=0.000340754,0.000220199,7.02292e-05;RO=1;SAF=0,0,0;SAR=5,11,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.0223863,0.00328429,-0.00460074;OID=.,.,.;OPOS=148207668,148207668,148207668;OREF=-,-,-;OALT=CCG,CG,G;OMAPALT=CCCG,CCG,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.73913,0.217391:5,11,6:24:0,17,5:23:1:0,0,0:0,17,5:0:1:13:1:0,0,0:5,11,6:0:1 chr5 148407708 . A C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=59.4342;RBI=0.0484009;REFB=0;REVB=0.0244072;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018548;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr5 148578636 . T C 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000303486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.838;QD=62.9039;RBI=0.00591507;REFB=0;REVB=0.00590728;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93285e-06;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr5 148610276 . C A 945.97 PASS AF=0.457014;AO=96;DP=216;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0107527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.066;QD=17.1217;RBI=0.0123749;REFB=-0.0206128;REVB=0.00612514;RO=119;SAF=30;SAR=66;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152866;STB=0.589888;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0243362;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:221:119:120:96:101:0.457014:66:30:54:65:70:31:55:65 chr5 148627252 . G A 409.06 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00844941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.742;QD=23.3747;RBI=0.0150997;REFB=-0.0230899;REVB=-0.0125143;RO=30;SAF=14;SAR=26;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13494;STB=0.573736;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.012315;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:26:14:6:24:26:14:6:24 chr5 148699940 . A C 132.96 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000129406;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.413;QD=12.6633;RBI=0.0180894;REFB=-0.00914098;REVB=0.018089;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652938;STB=0.538411;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0152968;OID=.;OPOS=148699940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:16:11:7:8:16:11 chr5 148700031 . A T 147.15 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0104695;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.395;QD=12.0121;RBI=0.0304952;REFB=0.0156956;REVB=-0.0286417;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166646;STB=0.597971;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.022574;OID=.;OPOS=148700031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:14:18:7:10:14:18 chr5 148986244 . G C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9821;QD=60.7141;RBI=0.0476303;REFB=0;REVB=-0.0240762;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44799e-05;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr5 149006640 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7553;QD=52.6111;RBI=0.0350282;REFB=0;REVB=-0.0178938;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273435;OID=.;OPOS=149006640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:3:19:0:0:3:19:0:0 chr5 149006837 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.255;QD=49.5991;RBI=0.0323218;REFB=0;REVB=0.00605486;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013002;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 149008403 . A G 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.031;QD=61.5343;RBI=0.00722493;REFB=0;REVB=-0.00644989;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68732e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr5 149008521 . A G 935.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.265;QD=58.4383;RBI=0.0414097;REFB=0;REVB=-0.00907674;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118095;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr5 149212462 . G A 221.35 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0034903;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.492;QD=11.965;RBI=0.0065036;REFB=-0.0119786;REVB=0.00548768;RO=46;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107118;STB=0.501519;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0209364;OID=.;OPOS=149212462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:27:27:0.364865:15:12:20:26:15:12:21:26 chr5 149247738 . C A 234.23 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0935965;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7056;QD=18.3709;RBI=0.103844;REFB=-0.0402892;REVB=0.0449805;RO=26;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292783;STB=0.666518;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0420664;OID=.;OPOS=149247738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:5:20:14:12:5:20:14:12 chr5 149323772 . G A 229.22 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0026134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.868;QD=29.5772;RBI=0.0177093;REFB=-0.0113756;REVB=-0.0175154;RO=10;SAF=19;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522691;STB=0.794997;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0163009;OID=.;OPOS=149323772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:2:19:3:7:2:19:3:7 chr5 149323906 . T G 179.53 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.013355;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.774;QD=21.7606;RBI=0.0168927;REFB=0.000990725;REVB=-0.0103443;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355809;STB=0.696785;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00137086;OID=.;OPOS=149323906;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:1:14:9:9:1:14 chr5 149360877 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6407;QD=56.9999;RBI=0.0331518;REFB=0;REVB=0.0280574;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99177e-05;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr5 149374879 . CT C 108.11 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0597309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3611;QD=9.00889;RBI=0.060556;REFB=-0.0705234;REVB=0.00996272;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30206;STB=0.541629;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.0527133;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:22:48:22:48:26:11:11:11:15:99:17:11:11:2:15 chr5 149374932 . T C 233.33 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00894481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.491;QD=15.0532;RBI=0.0157783;REFB=-0.00258591;REVB=-0.0129979;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528987;STB=0.529954;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00741475;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:15:20:14:13:15:20 chr5 149406271 . C T 162.46 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0177958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.128;QD=11.6041;RBI=0.0186836;REFB=-0.0196934;REVB=-0.00569119;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263003;STB=0.66817;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.024373;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:20:21:0.375:12:8:22:12:13:8:23:12 chr5 149433398 . AGGGGGGGGT AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG 58.02 PASS AF=0.244898,0.102041;AO=10,6;DP=49;FAO=12,5;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10,5;FSAR=2,0;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00709726,-0.0188753;FXX=0.0576812;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.76918,19.0747;QD=4.73638;RBI=0.131528,0.0440301;REFB=-0.147325,-0.0862435;REVB=-0.131337,-0.0397791;RO=24;SAF=8,6;SAR=2,0;SRF=21;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152705,0.608678;STB=0.52627,0.996658;STBP=0.926,0.18;TYPE=del,mnp;VARB=0.102153,0.140259;OID=.,.;OPOS=149433399,149433406;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898,0.102041:10,6:49:12,5:49:32:10,5:2,0:26:6:35:24:8,6:2,0:21:3 chr5 149493472 . C T 819.76 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009911;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.066;QD=57.5273;RBI=0.0109626;REFB=0;REVB=-0.00468508;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91079e-05;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr5 149495050 . T C 3446.66 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575652;FXX=0.0090086;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.67;QD=62.6665;RBI=0.00992436;REFB=0;REVB=0.00808427;RO=0;SAF=119;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30027e-06;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:220:0:0:219:220:1:100:119:0:0:100:120:0:0 chr5 149563715 . T C 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1415;QD=58.7758;RBI=0.103104;REFB=0;REVB=-0.0467964;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148706;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr5 149582191 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0107971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.183;QD=17.84;RBI=0.0415621;REFB=-0.0220315;REVB=0.0401351;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0267846;OID=.;OPOS=149582191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr5 149583300 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5701;QD=54.5135;RBI=0.0370079;REFB=0;REVB=-0.0368326;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906514;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr5 149583336 . T C 206.89 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6499;QD=48.6796;RBI=0.0766686;REFB=0;REVB=0.0208806;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179143;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr5 149584197 . G A 229.39 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0140382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.949;QD=14.5643;RBI=0.063069;REFB=-0.0121845;REVB=0.0614869;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186436;STB=0.51058;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.020057;OID=.;OPOS=149584197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:18:18:14:13:18:18 chr5 149585025 . A C 850.43 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.861;QD=57.6559;RBI=0.00979924;REFB=0;REVB=0.00972508;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60303e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:18:40:0:0:18:41:0:0 chr5 149597160 . A G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0177089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0624;QD=17.6162;RBI=0.0848886;REFB=-0.0157356;REVB=-0.0830209;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305958;STB=0.525403;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0233706;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:10:14:16:10:10:14:17:10 chr5 149602608 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0393504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.779;QD=15.1603;RBI=0.0395988;REFB=-0.0133249;REVB=0.0044284;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0211787;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:14:8:7:9:14:8 chr5 149644597 . T G 2420.85 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.555;QD=61.2873;RBI=0.0386216;REFB=0;REVB=0.0147478;RO=0;SAF=62;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97514e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:96:62:0:0:96:62:0:0 chr5 149677851 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.629;QD=57.709;RBI=0.023682;REFB=0;REVB=0.0183821;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22608e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr5 149759263 . G A 52.71 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0115483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.608;QD=7.02801;RBI=0.0400212;REFB=-0.00742068;REVB=0.0383189;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496771;STB=0.822617;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0312744;OID=.;OPOS=149759263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:7:1:11:11:7:1:11:11 chr5 149824223 . T C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0507426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.623;QD=6.31776;RBI=0.0511097;REFB=0.000646217;REVB=0.0061146;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235792;STB=0.515114;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00245448;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:4:4:13:12:4:4:13:12 chr5 149826526 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00814328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.583;QD=17.1565;RBI=0.0189079;REFB=-0.0156636;REVB=-0.0170645;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296693;STB=0.673912;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0141357;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:6:14:15:2:6:14 chr5 149907533 . T G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0174925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.024;QD=22.0722;RBI=0.0340538;REFB=-0.0025974;REVB=-0.0292177;RO=24;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452488;STB=0.524984;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00183048;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:19:12:8:16:19:12:8:16 chr5 149907641 . C T 310.09 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0148968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4102;QD=28.8456;RBI=0.0149048;REFB=-0.0615399;REVB=0.000488835;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674114;STB=0.537044;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0285545;OID=.;OPOS=149907641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:16:11:5:11:16:11:5:11 chr5 149912527 . C T 229.17 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0203232;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.88;QD=13.8889;RBI=0.0207097;REFB=-0.0163622;REVB=0.00398232;RO=39;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309911;STB=0.677827;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0150719;OID=.;OPOS=149912527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:27:27:0.409091:7:20:18:21:7:20:18:21 chr5 149919739 . G C 1346.02 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.514;QD=61.8861;RBI=0.00233688;REFB=0;REVB=0.000973212;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50782e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:31:55:0:0:31:56:0:0 chr5 149923178 . A G 669.87 PASS AF=0.528;AO=65;DP=124;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00385189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.318;QD=21.4359;RBI=0.00646388;REFB=-0.0147047;REVB=0.00519082;RO=59;SAF=39;SAR=26;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919082;STB=0.509431;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.014154;OID=.;OPOS=149923178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:59:59:65:66:0.528:26:39:36:23:27:39:36:23 chr5 149932934 . G A 327.37 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00441036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6471;QD=15.0515;RBI=0.0320902;REFB=-0.011849;REVB=-0.0317857;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912334;STB=0.533485;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0145576;OID=.;OPOS=149932934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:48:51:36:36:0.413793:19:17:27:21:19:17:27:24 chr5 149932996 . G A 241.97 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00874984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.947;QD=16.98;RBI=0.0165766;REFB=-0.00484029;REVB=-0.0140792;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389278;STB=0.725028;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0152129;OID=.;OPOS=149932996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:19:8:21:8:19:8:22:8 chr5 149933222 . C G 392.7 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0310355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5201;QD=18.4801;RBI=0.0760426;REFB=-0.0164263;REVB=0.069421;RO=44;SAF=27;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867013;STB=0.537964;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0217369;OID=.;OPOS=149933222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:44:40:41:0.482353:13:27:26:18:14:27:26:18 chr5 149998128 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00681833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.994;QD=17.5593;RBI=0.032555;REFB=-0.017005;REVB=-0.031833;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.538419;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0215077;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:9:11:9:9:9:12 chr5 150030596 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0225751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.239;QD=27.592;RBI=0.0373748;REFB=0.00632159;REVB=-0.0297866;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205918;STB=0.615207;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00512778;OID=.;OPOS=150030596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:8:5:4:1:8:5:4:1 chr5 150030853 . G C 70.71 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.018508;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.775;QD=15.7124;RBI=0.020837;REFB=-0.0375481;REVB=0.00957249;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02714;OID=.;OPOS=150030853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:8:9:9:9:0.5:4:5:5:3:4:5:5:4 chr5 150030886 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00379097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6898;QD=12.7388;RBI=0.00510288;REFB=0.00396289;REVB=0.00341584;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187303;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00529205;OID=.;OPOS=150030886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:7:3:4:4:7:3 chr5 150030987 . C T 281.25 PASS AF=0.54717;AO=22;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0050837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.679;QD=21.2268;RBI=0.0204284;REFB=-0.0113621;REVB=0.0197858;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504408;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0103303;OID=.;OPOS=150030987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:24:22:29:0.54717:8:14:11:8:14:15:11:13 chr5 150051779 . G C 239.03 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0092105;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.132;QD=16.2056;RBI=0.0093238;REFB=-0.0247144;REVB=-0.00144911;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327146;STB=0.677368;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0197675;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:32:27:27:0.457627:20:7:19:14:20:7:18:14 chr5 150051958 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.685;QD=60.5459;RBI=0.023536;REFB=0;REVB=0.0093863;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41422e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:48:64:0:0:48:64:0:0 chr5 150056296 . C T 310.69 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0108433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.381;QD=13.9634;RBI=0.0109014;REFB=-0.0144208;REVB=-0.00112405;RO=54;SAF=24;SAR=11;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067166;STB=0.538328;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0210356;OID=.;OPOS=150056296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:11:24:34:20:11:24:34:20 chr5 150056307 . C A 334.44 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00132508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2767;QD=14.7008;RBI=0.00806438;REFB=-0.0113653;REVB=0.00795477;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767438;STB=0.554077;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0436314;OID=.;OPOS=150056307;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:54:37:37:0.406593:12:25:31:20:12:25:32:22 chr5 150088545 . G A 222.47 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00252507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.423;QD=20.2246;RBI=0.00909959;REFB=-0.0300652;REVB=0.00874223;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021567;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0183245;OID=.;OPOS=150088545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:11:10:11:11:12:10:11:11 chr5 150089766 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0102173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.623;QD=20.274;RBI=0.0144003;REFB=-0.00888776;REVB=-0.0101476;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262743;STB=0.648515;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0143158;OID=.;OPOS=150089766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:14:10:16:7:14:10 chr5 150090781 . C T 394.08 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0041063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.372;QD=17.322;RBI=0.00912856;REFB=-0.00455881;REVB=-0.00815284;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191849;STB=0.522716;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00373801;OID=.;OPOS=150090781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:40:41:0.450549:18:22:26:23:18:23:26:24 chr5 150097883 . G C 323.42 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.919;QD=53.9035;RBI=0.0305414;REFB=0;REVB=0.0290188;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018475;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr5 150158164 . C G 816.17 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.75;QD=57.2748;RBI=0.0263287;REFB=0;REVB=0.0219407;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37042e-06;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr5 150158199 . C T 702.51 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0995;QD=61.088;RBI=0.165832;REFB=-0.0648109;REVB=0.0133646;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466893;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:20:25:1:0:20:26:0:0 chr5 150158226 . A C 453.87 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.136;QD=55.0146;RBI=0.0152751;REFB=-0.131632;REVB=0.00889457;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000648138;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr5 150227966 . C A 355.24 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.082;QD=54.652;RBI=0.0508826;REFB=0;REVB=0.0438148;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021449;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:1:0:24:26:1:9:15:1:0:10:16:0:0 chr5 150275787 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.996;QD=54.5158;RBI=0.0214287;REFB=0;REVB=-0.0214254;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77364e-05;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 150407456 . T C 2685.09 PASS AF=0.994318;AO=173;DP=175;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.133;QD=61.0247;RBI=0.0528321;REFB=-0.0122883;REVB=0.0515978;RO=2;SAF=89;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000314663;STB=0.502793;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000191754;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:175:176:2:1:173:175:0.994318:84:89:1:1:86:89:1:0 chr5 150408215 . C A 74.8 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0301969;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.4141;QD=12.466;RBI=0.109483;REFB=-0.0110146;REVB=0.105236;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377183;STB=0.718482;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0224218;OID=.;OPOS=150408215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:24:13:14:10:10:0.416667:9:1:0:13:9:1:0:14 chr5 150409477 . T C 283.81 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0133788;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.847;QD=19.573;RBI=0.0147712;REFB=-0.012943;REVB=0.00626056;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359131;STB=0.519987;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0112411;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:11:17:17:13:11:17 chr5 150415196 . G A 165.42 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0104398;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.529;QD=13.7846;RBI=0.015039;REFB=-0.00416677;REVB=0.0108251;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012088;STB=0.507034;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00580674;OID=.;OPOS=150415196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:8:10:17:13:8:10:17:13 chr5 150429444 . G A 229.04 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0205027;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=16.0728;RBI=0.022963;REFB=-0.00613428;REVB=0.0103412;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.568283;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00474171;OID=.;OPOS=150429444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:13:17:11:15:14:17 chr5 150429452 . G A 270.61 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0187322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2494;QD=16.9129;RBI=0.0239596;REFB=0.00479776;REVB=0.0149388;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151022;STB=0.584849;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00517633;OID=.;OPOS=150429452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:15:19:12:18:15:19 chr5 150480520 . C T 348.63 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0239927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8573;QD=17.4316;RBI=0.0475006;REFB=-0.0255379;REVB=-0.0409958;RO=42;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124435;STB=0.564469;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.032376;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:13:24:22:20:13:24:23:20 chr5 150489390 . A G 334.25 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0094217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.139;QD=19.3766;RBI=0.0124434;REFB=-0.00847186;REVB=0.00812835;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131544;STB=0.56432;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00976585;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:19:15:20:14:19:16:20:14 chr5 150518988 . G A 246.31 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0123455;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.165;QD=13.3141;RBI=0.0130317;REFB=-0.00336938;REVB=0.00417315;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245224;STB=0.645715;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0108057;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:45:29:29:0.391892:11:18:17:27:11:18:17:28 chr5 150639409 . A G 420.88 PASS AF=0.421053;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0106675;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.185;QD=14.7677;RBI=0.0113724;REFB=-0.00978813;REVB=-0.0039414;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128369;STB=0.517537;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0125874;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:65:66:47:48:0.421053:24:23:31:34:24:24:31:35 chr5 150639439 . A G 1361.74 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949631;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8016;QD=62.6089;RBI=0.00953539;REFB=0;REVB=0.000862436;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21223e-05;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr5 150647156 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00672679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.363;QD=16.0643;RBI=0.0184121;REFB=-0.00297603;REVB=-0.0171393;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961627;STB=0.505431;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00348126;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:14:17:14:12:14:17 chr5 150666843 . A C 211.78 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0128612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0545;QD=16.6099;RBI=0.01883;REFB=0.00400379;REVB=0.0137534;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186815;STB=0.606232;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00442771;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:15:13:15:8:15:13 chr5 150666962 . G A 667.67 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0196429;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.365;QD=22.6328;RBI=0.0278513;REFB=-0.0065594;REVB=0.0197446;RO=53;SAF=29;SAR=36;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083008;STB=0.545441;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00507452;OID=.;OPOS=150666962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:53:53:65:65:0.550847:36:29:29:24:36:29:29:24 chr5 150667016 . T C 1576.66 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0259927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.961;QD=57.8592;RBI=0.0259928;REFB=-0.0689382;REVB=-9.7743e-05;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797715;STB=0.508332;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=9.76551e-05;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:59:48:0:1:59:48:0:2 chr5 150696447 . C T 1131.24 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0839846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0307;QD=56.5619;RBI=0.124592;REFB=-0.0383824;REVB=-0.0920311;RO=2;SAF=34;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270237;STB=0.521121;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00360015;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:2:3:77:77:0.9625:43:34:2:0:43:34:3:0 chr5 150696498 . G A 1109.38 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00013007;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.11;QD=59.1669;RBI=0.0197061;REFB=-0.12081;REVB=0.0197057;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000175706;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:75:0:1:73:74:0.986667:43:30:0:0:44:30:0:1 chr5 150696540 . C T 874.49 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.084;QD=57.3438;RBI=0.0259935;REFB=0;REVB=-0.0184106;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024687;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr5 150723806 . G A 1491.84 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0625;QD=60.8916;RBI=0.0194885;REFB=-0.0796883;REVB=0.0131391;RO=2;SAF=23;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135353;STB=0.510202;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00355292;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:2:1:94:97:0.989796:71:23:1:1:73:24:1:0 chr5 150886725 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.005;QD=64.1535;RBI=0.0655832;REFB=0;REVB=-0.0636133;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574243;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr5 150886882 . G A 2171.12 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.971;QD=62.0321;RBI=0.0187708;REFB=-0.0555233;REVB=0.0134633;RO=1;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737074;STB=0.503816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=2.21603e-05;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:64:74:0:1:65:74:0:1 chr5 150891733 . A G 616.98 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344613;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.669;QD=61.698;RBI=0.0383027;REFB=0;REVB=0.0167187;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017101;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr5 150901111 . A G 1371.09 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.722;QD=60.9372;RBI=0.0194099;REFB=-0.15266;REVB=-0.018058;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108931;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000335077;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:43:45:0:1:43:46:0:1 chr5 150901261 . C T 310.6 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138889;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.921;QD=54.017;RBI=0.0144165;REFB=0;REVB=-0.00386448;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200448;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr5 150901300 . G A 227.09 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627251;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=50.4638;RBI=0.0272141;REFB=0;REVB=0.0264814;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241978;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr5 150901613 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.471;QD=53.9102;RBI=0.06583;REFB=0;REVB=0.0209664;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704684;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr5 150914184 . A T 168.19 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0283111;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.636;QD=10.193;RBI=0.037604;REFB=-0.00461053;REVB=-0.0247495;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121113;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:22:22:11:11:22:22 chr5 150923405 . A G 1042.89 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000946274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8075;QD=59.5938;RBI=0.031576;REFB=0;REVB=-0.0315618;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272406;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr5 150925144 . A G 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00234069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.022;QD=19.3837;RBI=0.0260293;REFB=-0.000480951;REVB=0.0259239;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136701;STB=0.586384;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000663915;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:9:11:14:6:9:11:15:6 chr5 150942919 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.294;QD=58.1393;RBI=0.0144347;REFB=0;REVB=0.0132667;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82197e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr5 150946966 . G A 2403.09 PASS AF=0.981928;AO=138;DP=167;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00339216;FXX=0.0177504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2856;QD=57.9057;RBI=0.0351865;REFB=-0.0778821;REVB=0.0350226;RO=2;SAF=83;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113175;STB=0.508771;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00193562;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:167:166:2:3:138:163:0.981928:55:83:2:0:79:84:3:0 chr5 151043103 . G C 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0655732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.163;QD=21.2877;RBI=0.0656947;REFB=-0.0108505;REVB=-0.00399377;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720146;STB=0.531236;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00886809;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:43:43:0.52439:26:17:12:26:26:17:13:26 chr5 151083909 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.887;QD=55.0987;RBI=0.0661968;REFB=0;REVB=0.0627908;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314891;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr5 151084026 . G A 252.65 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0192368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.11;QD=21.0541;RBI=0.0229927;REFB=-0.000463061;REVB=-0.012594;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321344;STB=0.681657;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00152284;OID=.;OPOS=151084026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:6:18:10:14:6:18:10:14 chr5 151084036 . T C 706.45 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1348;QD=62.7952;RBI=0.0415846;REFB=0;REVB=0.0412995;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289439;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr5 151255217 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.37;QD=56.9983;RBI=0.0270525;REFB=0;REVB=0.0216353;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27069e-05;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr5 151771817 . C T 2677.93 PASS AF=0.988636;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0197365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.829;QD=60.862;RBI=0.0402083;REFB=0.0176941;REVB=0.0350311;RO=2;SAF=77;SAR=96;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012201;STB=0.50641;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000171569;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:2:2:173:174:0.988636:96:77:2:0:97:77:2:0 chr5 151784183 . G A 229.3 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.868;QD=22.3703;RBI=0.022859;REFB=-0.0163912;REVB=0.00898581;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167953;STB=0.52425;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0117451;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:7:14:13:6:8:14:13:6 chr5 153413390 . C T 906.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880411;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.868;QD=58.4541;RBI=0.0140659;REFB=0;REVB=-0.0109699;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32194e-05;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr5 153429459 . T C 1373.89 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7284;QD=62.4494;RBI=0.0386808;REFB=0;REVB=0.0380492;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198508;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:47:39:0:0:49:39:0:0 chr5 153432733 . T C 371.77 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.551;QD=55.0768;RBI=0.127451;REFB=0;REVB=0.127267;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019004;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:24:27:1:15:9:0:0:18:9:0:0 chr5 153432970 . C T 1047.62 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6293;QD=58.2012;RBI=0.0228457;REFB=-0.145894;REVB=-0.013552;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00133015;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:35:35:0:1:36:35:0:1 chr5 153735709 . A G 323.9 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.00227714;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.371;QD=14.0827;RBI=0.0305826;REFB=-0.0286426;REVB=0.0304977;RO=56;SAF=28;SAR=8;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182491;STB=0.604875;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0475008;OID=.;OPOS=153735709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:8:28:36:20:8:28:36:20 chr5 153788991 . G C 527.14 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.00287965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.287;QD=14.6429;RBI=0.00859503;REFB=-0.00346202;REVB=-0.00809829;RO=85;SAF=37;SAR=21;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940704;STB=0.550134;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00400701;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:21:37:47:38:21:37:48:38 chr5 154065382 . TA T,TT 340.21 PASS AF=0.260163,0.178862;AO=13,29;DP=114;FAO=32,22;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=20,14;FSAR=12,8;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0451877,0.0283038;FXX=0.00806387;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.105,19.1818;QD=11.0638;RBI=0.0509909,0.112269;REFB=-0.0346991,-0.0436371;REVB=0.0236252,0.108643;RO=65;SAF=12,14;SAR=1,15;SRF=39;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.516363,-0.137778;STB=0.532447,0.545221;STBP=0.686,0.628;TYPE=del,snp;VARB=0.024752,0.0573695;OID=.,.;OPOS=154065383,154065383;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260163,0.178862:13,29:114:32,22:123:69:20,14:12,8:40:29:92:65:12,14:1,15:39:26 chr5 154166084 . A AG 310.46 PASS AF=0.446281;AO=53;DP=127;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.040858;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.2395;QD=10.2632;RBI=0.0654636;REFB=0.0103725;REVB=-0.0511479;RO=73;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018934;STB=0.503906;STBP=0.957;TYPE=ins;VARB=-0.0192542;OID=.;OPOS=154166085;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446281:53:127:54:121:67:23:31:29:38:99:73:23:30:33:40 chr5 154193919 . AT AG,A 60.63 PASS AF=0.0277778,0.472222;AO=3,13;DP=37;FAO=1,17;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=1,11;FSAR=0,6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0190372,0.041707;FXX=0.0769034;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=83.3646,7.56447;QD=6.73715;RBI=0.028368,0.0491517;REFB=0.00186764,-0.125123;REVB=-0.0210316,-0.026008;RO=16;SAF=1,8;SAR=2,5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0496198,0.226907;STB=0.991691,0.633739;STBP=0.25,0.163;TYPE=snp,del;VARB=0.0150337,0.146504;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0277778,0.472222:3,13:37:1,17:36:18:1,11:0,6:7:11:51:16:1,8:2,5:6:10 chr5 154268902 . C T 1451.54 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9923;QD=63.1104;RBI=0.060284;REFB=0;REVB=0.060204;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256942;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:42:50:0:0 chr5 154271948 . G A 768.43 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00989616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8377;QD=54.8875;RBI=0.0136725;REFB=0.0205351;REVB=0.00943422;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000114579;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:24:31:0:0:24:31:1:0 chr5 154291409 . C T 1219.65 PASS AF=0.976471;AO=80;DP=83;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0344393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.585;QD=57.3954;RBI=0.063442;REFB=-0.116187;REVB=0.0532806;RO=3;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359169;STB=0.512192;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00353379;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:3:2:80:83:0.976471:38:42:0:3:40:43:0:2 chr5 154300940 . A C 975.94 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0625798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6802;QD=57.4082;RBI=0.0802334;REFB=-0.0282409;REVB=0.0502112;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000604846;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr5 154306972 . T C 1472.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.435;QD=63.3283;RBI=0.0240235;REFB=0;REVB=0.0163905;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58507e-05;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr5 154395158 . G T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0373823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.147;QD=18.6369;RBI=0.03773;REFB=0.0146151;REVB=0.00511072;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0123691;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:8:8:9:7:8:8 chr5 154395458 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000225589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.406;QD=24.127;RBI=0.00503294;REFB=-0.0117687;REVB=0.00502788;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0111411;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:5:6:8:9:5:6 chr5 154395682 . G A 472.94 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00918758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.579;QD=17.5162;RBI=0.00948346;REFB=-0.0109748;REVB=0.00235039;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342703;STB=0.519049;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0152899;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:26:25:30:27:26:25:30:27 chr5 154396505 . G A 508.09 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00171123;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0268;QD=20.529;RBI=0.0454686;REFB=-0.00286506;REVB=-0.0454364;RO=49;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110863;STB=0.566447;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00161342;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:28:21:27:22:28:21:28:22 chr5 155771579 . T C 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.867;QD=59.8321;RBI=0.0117856;REFB=0;REVB=0.00731344;RO=0;SAF=36;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40639e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63112e-06;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:66:36:0:0:66:36:0:0 chr5 156376703 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.745;QD=47.8224;RBI=0.0340579;REFB=0;REVB=0.031017;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537435;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 156479424 . A C 2103.09 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.006;QD=62.7787;RBI=0.0234246;REFB=0;REVB=0.0168305;RO=0;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:56:77:0:0:57:77:0:0 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=37;DP=164;LEN=66;RO=127;SAF=20;SAR=36;SRF=55;SRR=53;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:164:127:37:36:20:55:53 chr5 156479509 . A G 2353.37 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207491;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.176;QD=64.0373;RBI=0.0342192;REFB=0;REVB=0.0272108;RO=0;SAF=65;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06189e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:81:65:0:0:81:66:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTTGTCG 1033.8 PASS AF=0.56338,0.084507,0.352113;AO=48,6,13;DP=84;FAO=40,6,25;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,0;FSAR=20,6,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398309,0.0407516,0.0176615;FXX=0.144561;HRUN=2,1,1;LEN=15,2,5;MLLD=170.681,241.027,130.635;QD=58.2423;RBI=0.0484886,0.0476457,0.017689;REFB=0,0,0;REVB=-0.0276522,-0.0246865,-0.000986568;RO=0;SAF=20,0,0;SAR=28,6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.56477e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00226476,0.0402933,0.000172683;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479571,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CA,CGTCA;OALT=-,TG,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.56338,0.084507,0.352113:48,6,13:84:40,6,25:71:0:20,0,0:20,6,25:0:0:99:0:20,0,0:28,6,13:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=41;DP=164;LEN=51;RO=123;SAF=20;SAR=36;SRF=55;SRR=53;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:164:123:41:36:20:55:53 chr5 156482459 . G T 1435.29 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303462;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9615;QD=63.0895;RBI=0.0448077;REFB=0;REVB=-0.0329672;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441674;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:41:50:0:0 chr5 156531736 . C A 775.47 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0388934;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.1;QD=55.3903;RBI=0.0396959;REFB=-0.0763236;REVB=0.00794164;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000287089;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:0:1:30:25:0:1 chr5 156589481 . C T 301.25 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00913211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.809;QD=16.736;RBI=0.00947136;REFB=-0.0216692;REVB=0.00251222;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259075;STB=0.645075;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0339295;OID=.;OPOS=156589481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:20:13:26:13:20:13:26:13 chr5 156721863 . T TC 1000.24 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7229;QD=40.4138;RBI=0.177896;REFB=0;REVB=0.172316;RO=7;SAF=54;SAR=34;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0018095;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:100:99:99:0:60:39:0:0:19:7:54:34:3:4 chr5 156898690 . A G 1507.85 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.826;QD=63.4883;RBI=0.0321404;REFB=0;REVB=0.0319377;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8883e-05;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:31:60:0:0:34:61:0:0 chr5 156899869 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.333;QD=33.4285;RBI=0.0742522;REFB=0;REVB=-0.0740222;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00358445;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 156904633 . C T 871.17 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157655;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.005;QD=58.0781;RBI=0.015882;REFB=0;REVB=0.00191974;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72986e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr5 157078475 . C G 582.2 PASS AF=0.352041;AO=70;DP=197;FAO=69;FDP=196;FR=.;FRO=127;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.012978;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9766;QD=11.8816;RBI=0.0751732;REFB=0.00810126;REVB=0.0740445;RO=125;SAF=36;SAR=34;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029601;STB=0.521733;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0133713;OID=.;OPOS=157078475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:125:127:70:69:0.352041:34:36:61:64:33:36:62:65 chr5 157098756 . G T 808.44 PASS AF=0.62931;AO=73;DP=118;FAO=73;FDP=116;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00169857;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.198;QD=27.8771;RBI=0.0242074;REFB=-0.0182198;REVB=0.0241477;RO=39;SAF=42;SAR=31;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436419;STB=0.538;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0116697;OID=.;OPOS=157098756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:39:43:73:73:0.62931:31:42:25:14:31:42:29:14 chr5 157102185 . A G 289.43 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0141451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.893;QD=25.7269;RBI=0.0311029;REFB=-0.0402079;REVB=0.0277003;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850615;STB=0.547034;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0269144;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:15:11:6:13:15:11:6:13 chr5 157106968 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00675651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.213;QD=11.1978;RBI=0.00918991;REFB=0.00570223;REVB=0.00622928;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337572;STB=0.70277;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00714374;OID=.;OPOS=157106968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:12:10:9:3:12:10 chr5 157164962 . T C 373.38 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.017666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0505;QD=23.3364;RBI=0.0629791;REFB=-0.0415532;REVB=0.0604507;RO=27;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384117;STB=0.502112;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0288238;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:18:19:14:13:18:19:14:13 chr5 157183739 . G A 238.09 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00975133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.9976;QD=20.2626;RBI=0.0700985;REFB=0.00336299;REVB=0.069417;RO=24;SAF=19;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161527;STB=0.59198;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0143216;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:4:19:17:7:4:19:17:7 chr5 157183770 . C T 171.09 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0108206;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5005;QD=12.443;RBI=0.025959;REFB=-0.01836;REVB=-0.0235963;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182247;STB=0.627967;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0284867;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:20:21:0.381818:5:15:20:13:5:16:20:14 chr5 157213497 . A G 883.69 PASS AF=0.491713;AO=89;DP=181;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0496951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.674;QD=19.529;RBI=0.0532334;REFB=-0.014711;REVB=0.0190838;RO=92;SAF=36;SAR=53;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119522;STB=0.565869;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127683;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:92:89:89:0.491713:53:36:49:43:53:36:49:43 chr5 157403931 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0117073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.274;QD=14.1388;RBI=0.0291362;REFB=-0.00868855;REVB=0.0266806;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220592;STB=0.627922;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0196061;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:13:7:8:6:13:7 chr5 158123008 . A T 40.08 PASS AF=0.123288;AO=7;DP=72;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0184197;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=135.006;QD=2.19633;RBI=0.0202918;REFB=-0.00418718;REVB=-0.00851318;RO=62;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46321;STB=0.879632;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0375492;OID=.;OPOS=158123008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:72:73:62:64:7:9:0.123288:1:6:28:34:1:8:30:34 chr5 158204425 . A G 1105.13 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.786;QD=59.7368;RBI=0.0266195;REFB=0;REVB=-0.0246919;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93901e-06;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:38:36:0:0 chr5 159344461 . G A 1476.21 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0030375;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.237;QD=57.8906;RBI=0.0251297;REFB=-0.00149569;REVB=0.0249455;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771412;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000317113;OID=.;OPOS=159344461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:100:101:0.990196:61:39:0:1:61:40:0:1 chr5 159505208 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.3;QD=60.9783;RBI=0.0372996;REFB=0;REVB=-0.000641442;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134115;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr5 159659273 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00368005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1779;QD=16.6154;RBI=0.0279809;REFB=0.0147471;REVB=-0.0277378;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541022;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0171658;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:11:10:8:9:11:10 chr5 159665599 . G A 775.84 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8806;QD=53.5064;RBI=0.0317518;REFB=-0.215994;REVB=0.0238293;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00466531;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:0:2:28:28:0:2 chr5 159775741 . G A 1679.65 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551422;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2943;QD=60.5278;RBI=0.0592611;REFB=0;REVB=-0.0217075;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261919;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr5 159776047 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.233;QD=52.6125;RBI=0.0125905;REFB=0;REVB=0.0080075;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23584e-06;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr5 159776637 . C T 810.41 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0314478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.5489;QD=52.2848;RBI=0.0352388;REFB=-0.00273995;REVB=-0.0159001;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.512961;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=8.7097e-05;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:1:3:59:59:0.951613:24:35:1:0:24:35:1:2 chr5 159835658 . A G 2317.13 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.385;QD=60.9771;RBI=0.0526651;REFB=0;REVB=0.0281538;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.467e-05;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:152:0:0:149:152:1:85:64:0:0:86:66:0:0 chr5 159901408 . C A 1055.43 PASS AF=0.895349;AO=74;DP=84;FAO=77;FDP=86;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.044462;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.134;QD=49.0899;RBI=0.0518544;REFB=-0.0873993;REVB=0.0266836;RO=9;SAF=45;SAR=29;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112282;STB=0.507528;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0075145;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:86:9:9:74:77:0.895349:29:45:5:4:29:48:5:4 chr5 159912418 . C G 286.52 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0374703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3628;QD=15.9176;RBI=0.0473194;REFB=-0.00551552;REVB=-0.028898;RO=39;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515029;STB=0.523794;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00743962;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:22:10:14:25:22:10:14:26 chr5 160097496 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7824;QD=59.6784;RBI=0.0143485;REFB=0;REVB=-0.00267964;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8951e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr5 160097632 . G A 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.111;QD=59.4466;RBI=0.0371697;REFB=0.0349091;REVB=-0.0264428;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.51785;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000727694;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:27:21:0:1:27:21:0:2 chr5 161113004 . G A 529.16 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0385124;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.283;QD=17.9376;RBI=0.0397016;REFB=-0.0130859;REVB=0.00964424;RO=61;SAF=32;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116893;STB=0.572751;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0184275;OID=.;OPOS=161113004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:62:55:56:0.474576:23:32:28:33:23:33:28:34 chr5 161114522 . T C 805.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.025;QD=64.4212;RBI=0.0248748;REFB=0;REVB=0.0167753;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45881e-06;OID=.;OPOS=161114522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:21:29:0:0 chr5 161119071 . G T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3232;QD=63.0513;RBI=0.00978049;REFB=0;REVB=0.00285123;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75385e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr5 161119125 . C A,G 1432.99 PASS AF=0.0416667,0.9375;AO=7,85;DP=95;FAO=4,90;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=3,48;FSAR=1,42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0447579,0.0165036;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.5528,85.5414;QD=59.7078;RBI=0.0519189,0.0330866;REFB=-0.0381085,-0.0578455;REVB=-0.0263117,-0.0286767;RO=1;SAF=6,45;SAR=1,40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0674964,-0.0104115;STB=0.599463,0.500728;STBP=0.601,0.865;TYPE=snp,snp;VARB=0.10034,-0.000202214;OID=.,.;OPOS=161119125,161119125;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:95:96:1:2:7,85:4,90:0.0416667,0.9375:1,40:6,45:1:0:1,42:3,48:1:1 chr5 161128761 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2068;QD=57.1057;RBI=0.0369017;REFB=0;REVB=-0.01164;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509542;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 161128914 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.648;QD=56.9383;RBI=0.015075;REFB=0;REVB=-0.010345;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17126e-06;OID=.;OPOS=161128914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr5 161325934 . A C 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190826;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.622;QD=56.9524;RBI=0.0473706;REFB=0;REVB=0.043357;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137094;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr5 161528280 . C T 1134.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.712;QD=60.5328;RBI=0.0106281;REFB=0;REVB=0.0101191;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60579e-06;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr5 161582493 . CAT C 378.5 PASS AF=0.407407;AO=42;DP=110;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00716037;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.458;QD=14.0187;RBI=0.00924333;REFB=0.00572403;REVB=-0.00584535;RO=63;SAF=12;SAR=30;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169065;STB=0.593326;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=-0.00866506;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:42:110:44:108:64:13:31:28:36:99:63:12:30:27:36 chr5 161904930 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0628569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.067;QD=11.9539;RBI=0.0629573;REFB=-0.0169816;REVB=0.00355416;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0310815;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr5 162210532 . A G 602.9 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.651;QD=60.2901;RBI=0.0470982;REFB=0;REVB=0.0458977;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380609;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr5 162890953 . G A 993.86 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00816061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.008;QD=57.6152;RBI=0.020343;REFB=-0.0666973;REVB=-0.0186345;RO=1;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113879;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000559252;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:67:68:0.985507:26:41:1:0:26:42:1:0 chr5 167489093 . A T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0211306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.957;QD=27.2216;RBI=0.021424;REFB=-0.0251098;REVB=-0.00353378;RO=15;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766154;STB=0.532198;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0107787;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:9:16:8:7:9:16:9:7 chr5 167674370 . C T 210.23 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000447749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.772;QD=11.8442;RBI=0.0690177;REFB=-0.0105364;REVB=0.0690162;RO=44;SAF=7;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1995;STB=0.61054;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0246447;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:19:7:19:25:19:7:19:26 chr5 167850748 . A G 3048.14 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251563;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.175;QD=63.5029;RBI=0.0346919;REFB=0;REVB=0.0238891;RO=0;SAF=87;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75745e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:192:0:0:187:192:1:100:87:0:0:101:91:0:0 chr5 167868741 . C T 393.42 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00184134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.299;QD=15.4284;RBI=0.0102472;REFB=-0.00805588;REVB=-0.0100804;RO=58;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596046;STB=0.533439;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0111634;OID=.;OPOS=167868741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:24:20:23:35:24:20:23:35 chr5 167868779 . A G 434.54 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0353742;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.08;QD=18.1058;RBI=0.0353852;REFB=-0.00986064;REVB=-0.000883336;RO=52;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661502;STB=0.53702;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0106311;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:52:44:44:0.458333:29:15:21:31:29:15:21:31 chr5 167868809 . C T 317.3 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0831334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.238;QD=17.876;RBI=0.0832523;REFB=-0.00873378;REVB=0.00444853;RO=36;SAF=7;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290854;STB=0.638419;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00768805;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:33:34:0.478873:26:7:17:19:26:8:17:20 chr5 167891830 . T C 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00530757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.305;QD=19.7379;RBI=0.0219874;REFB=-0.0237597;REVB=-0.0213372;RO=44;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731047;STB=0.540579;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0233659;OID=.;OPOS=167891830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:20:23:20:24:20:23:20:24 chr5 167913510 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.012;QD=59.8379;RBI=0.0464717;REFB=0;REVB=0.0447651;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130124;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 167915643 . C T 141.27 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00377387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.622;QD=13.4547;RBI=0.0594836;REFB=-0.00107359;REVB=-0.0593638;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100129;STB=0.558211;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00257334;OID=.;OPOS=167915643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:17:9:7:9:17:9 chr5 167943827 . G A 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.158;QD=58.4208;RBI=0.0186842;REFB=-0.106597;REVB=0.00365058;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000603541;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:29:43:0:0:29:43:0:1 chr5 167957055 . G A 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.171;QD=55.6061;RBI=0.0401364;REFB=-0.0496777;REVB=0.0182708;RO=0;SAF=9;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84053e-08;STB=0.526306;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000491638;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:49:9:0:0:49:9:1:0 chr5 168093522 . G A 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00361426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.521;QD=27.2643;RBI=0.0348602;REFB=0.00152205;REVB=0.0346724;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189007;STB=0.604557;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000229574;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:9:13:4:9:9:13:4:9 chr5 168098463 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.43662e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.442;QD=62.9826;RBI=0.00473592;REFB=0;REVB=-0.0047358;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03923e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr5 168212950 . GA G,GG 553.15 PASS AF=0.025641,0.948718;AO=6,29;DP=39;FAO=1,37;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,26;FSAR=1,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0570566,0.194183;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.3052,96.6907;QD=56.7337;RBI=0.0591852,0.194988;REFB=-0.0864526,-0.0722848;REVB=-0.0157299,-0.0176969;RO=2;SAF=6,18;SAR=0,11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0489889;STB=0.989913,0.509429;STBP=0.496,0.586;TYPE=del,snp;VARB=0.032885,-0.00319924;OID=.,.;OPOS=168212951,168212951;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.948718:6,29:39:1,37:39:1:0,26:1,11:1:0:7:2:6,18:0,11:2:0 chr5 168233474 . G A 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0246685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.013;QD=12.9214;RBI=0.0248143;REFB=0.000112126;REVB=0.00268577;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.55587;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=3.46827e-05;OID=.;OPOS=168233474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:17:17:13:9:17:17 chr5 168250350 . C G 299.77 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.25;QD=52.1339;RBI=0.0495353;REFB=0;REVB=0.00154964;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97116e-06;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr5 168671698 . A T 2204.21 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.321;QD=62.9773;RBI=0.0464887;REFB=0;REVB=-0.0331711;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73692e-07;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:138:140:1:64:74:0:0:65:75:0:0 chr5 168690612 . A G 4419.73 PASS AF=1;AO=276;DP=276;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.003;QD=63.139;RBI=0.00944489;REFB=0;REVB=-0.0046741;RO=0;SAF=139;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112961;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:280:0:0:276:280:1:137:139:0:0:138:142:0:0 chr5 169021610 . C T 364.35 PASS AF=0.552239;AO=34;DP=65;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0185283;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.107;QD=21.7522;RBI=0.0337002;REFB=-0.0417483;REVB=0.0281497;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145056;STB=0.560194;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0415074;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:30:34:37:0.552239:13:21:14:17:16:21:13:17 chr5 169028481 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00160948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.598;QD=16.417;RBI=0.042944;REFB=-0.00860781;REVB=0.0429138;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00716295;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr5 169031150 . T C 483.99 PASS AF=0.36646;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.000486189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.858;QD=12.0247;RBI=0.0225662;REFB=-0.00122627;REVB=0.0225609;RO=101;SAF=31;SAR=28;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010281;STB=0.502533;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00216511;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:101:102:59:59:0.36646:28:31:54:47:28:31:54:48 chr5 169129422 . A G 860.47 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000533051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.844;QD=54.6328;RBI=0.00560896;REFB=-0.159529;REVB=0.00558357;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000491064;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000895891;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:1:1:31:30:1:1 chr5 169309659 . C T 379.56 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0371519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.219;QD=19.218;RBI=0.0372417;REFB=-0.00709868;REVB=0.00258565;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139427;STB=0.582477;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00801652;OID=.;OPOS=169309659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:20:19:13:26:20:19:13:27 chr5 169435713 . A C 932.09 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.000726131;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.406;QD=21.8032;RBI=0.0165345;REFB=-0.0137296;REVB=-0.0165185;RO=80;SAF=57;SAR=34;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111688;STB=0.561189;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.010634;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:80:80:91:91:0.532164:34:57:40:40:34:57:40:40 chr5 169454941 . C G 435.39 PASS AF=0.542169;AO=39;DP=79;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00686281;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3436;QD=20.9825;RBI=0.00900142;REFB=0.00116926;REVB=0.00582473;RO=38;SAF=26;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599276;STB=0.512942;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00029594;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:38:38:39:45:0.542169:13:26:23:15:19:26:23:15 chr5 169461547 . C T 229.1 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0316328;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7074;QD=15.0227;RBI=0.0325556;REFB=-0.00726787;REVB=0.00769621;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502282;STB=0.538996;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.010833;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:26:27:0.442623:12:14:20:14:13:14:20:14 chr5 169504743 . T C 725.86 PASS AF=0.538462;AO=69;DP=127;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0120862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.343;QD=22.3341;RBI=0.0198464;REFB=-0.0106584;REVB=-0.0157418;RO=58;SAF=43;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474722;STB=0.514966;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00472102;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:58:60:69:70:0.538462:26:43:33:25:27:43:35:25 chr5 169533240 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00623057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.698;QD=22.8308;RBI=0.0333382;REFB=-0.00877469;REVB=0.0327508;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327413;STB=0.683968;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.011374;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:8:2:10:5:8:2 chr5 169535522 . T C 1512.92 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266179;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.267;QD=59.9175;RBI=0.0355756;REFB=0;REVB=0.0236032;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150257;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:62:38:0:0:63:38:0:0 chr5 169715038 . A G 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0176021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7673;QD=21.9192;RBI=0.0230961;REFB=-0.0080258;REVB=-0.0149531;RO=28;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250628;STB=0.64666;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.007373;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:25:11:17:11:25:11:18:11 chr5 169910084 . G T 685.93 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106192;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5105;QD=54.8743;RBI=0.0377868;REFB=-0.0236041;REVB=-0.036264;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00349997;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:25:23:0:1:25:24:0:1 chr5 170215638 . T C 253.4 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0723715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7234;QD=12.8304;RBI=0.0765598;REFB=0.00306512;REVB=-0.0249755;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339827;STB=0.694089;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00784233;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:10:20:17:32:10:20:17:32 chr5 170215670 . G A 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0272415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.98;QD=11.5425;RBI=0.0273044;REFB=-0.00727045;REVB=-0.00185246;RO=51;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219221;STB=0.626247;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0138073;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:12:16:19:32:12:16:19:32 chr5 170240990 . TAAAAAC TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1173.95 PASS AF=0,0,0.905405,0.0945946;AO=28,19,41,19;DP=148;FAO=0,0,134,14;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,80,0;FSAR=0,0,54,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.650378,0.032803,0.691912,0.0321192;FXX=0;HRUN=2,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=13.0606,6.07532,11.0529,160.407;QD=31.7284;RBI=0.65366,0.0373378,0.696625,0.0443344;REFB=-0.000249405,-0.00242183,-0.00242426,0.0450408;REVB=0.0654276,-0.0178345,-0.0808911,-0.0305597;RO=24;SAF=28,19,7,0;SAR=0,0,34,19;SRF=21;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.824505,0.787994,-0.520735,-0.871104;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,-0.0231749,0.0555754;OID=.,.,.,.;OPOS=170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=-,AC,A,A;OALT=A,CA,-,T;OMAPALT=TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.905405,0.0945946:28,19,41,19:148:0,0,134,14:148:0:0,0,80,0:0,0,54,14:0:0:54:24:28,19,7,0:0,0,34,19:21:3 chr5 170294132 . G A 246.95 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00884182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.12;QD=24.6954;RBI=0.0135643;REFB=-0.0346039;REVB=-0.0102866;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527522;STB=0.529386;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.017005;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:7:10:15:8:7:10 chr5 170338106 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0281852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.197;QD=16.923;RBI=0.0289129;REFB=-0.0110766;REVB=0.0064459;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734824;STB=0.548824;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00725534;OID=.;OPOS=170338106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:16:14:18:15:16:14:19:15 chr5 170395512 . A T 522.33 PASS AF=0.590361;AO=47;DP=81;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0383719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.098;QD=25.1727;RBI=0.0383755;REFB=-0.0343253;REVB=0.000530802;RO=34;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183886;STB=0.517475;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0279482;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:34:34:47:49:0.590361:26:21:16:18:28:21:16:18 chr5 170819911 . TTA T,TAA 32.68 PASS AF=0.21875,0;AO=7,2;DP=38;FAO=7,0;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0780693,-0.0455206;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=30.684,23.8416;QD=4.08452;RBI=0.123715,0.0583455;REFB=-0.022233,-0.00260561;REVB=-0.0959713,-0.0364975;RO=28;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0892627,0.411757;STB=0.588546,0.5;STBP=0.664,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0621137,0;OID=.,.;OPOS=170819912,170819912;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875,0:7,2:38:7,0:32:25:4,0:3,0:17:8:33:28:4,2:3,0:18:10 chr5 171201499 . G C 245.96 PASS AF=0.39726;AO=30;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0252861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4988;QD=13.4773;RBI=0.0302173;REFB=-0.0104845;REVB=0.0165438;RO=42;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537871;STB=0.512439;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0128355;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:44:30:29:0.39726:20:10:16:26:19:10:16:28 chr5 171472417 . A G 356.23 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0123734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.3373;QD=45.9653;RBI=0.0147527;REFB=-0.187596;REVB=-0.00803373;RO=3;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778937;STB=0.543446;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00742374;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:31:3:3:26:28:0.903226:18:8:2:1:20:8:2:1 chr5 171481606 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0534842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.86;QD=16.4802;RBI=0.0762374;REFB=-0.0275293;REVB=-0.0543284;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628676;STB=0.535943;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0394761;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:16:9:8:11:16:9 chr5 171533629 . A G 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00805849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.796;QD=22.534;RBI=0.0147239;REFB=-0.0182953;REVB=-0.0123229;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901714;STB=0.566625;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0131534;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:24:32:32:0.571429:17:15:13:9:17:15:15:9 chr5 171533656 . C T 500.73 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00107963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.775;QD=21.7707;RBI=0.00791823;REFB=-0.00414046;REVB=0.00784428;RO=44;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348272;STB=0.519223;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00398347;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:21:27:23:21:21:27:23:21 chr5 171533782 . T C 419.9 PASS AF=0.458333;AO=40;DP=92;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0151061;FXX=0.0303;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2371;QD=17.4957;RBI=0.0335979;REFB=-0.0352089;REVB=-0.0300104;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760728;STB=0.537232;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0507612;OID=.;OPOS=171533782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:52:52:40:44:0.458333:23:17:26:26:25:19:26:26 chr5 171636926 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00313703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.093;QD=12.0207;RBI=0.00360138;REFB=0.0022996;REVB=0.0017689;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221229;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00256111;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:11:14:5:9:11:14 chr5 171760569 . A G 332.93 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00618018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.34;QD=21.1382;RBI=0.00631224;REFB=-0.00943413;REVB=0.00128442;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992332;STB=0.550696;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00934621;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:25:28:34:35:0.555556:18:16:15:10:19:16:16:12 chr5 171763620 . C CCA 41.02 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0677194;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=2;MLLD=20.5097;QD=3.6463;RBI=0.180681;REFB=-0.0469582;REVB=0.167511;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197392;STB=0.666223;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.112647;OID=.;OPOS=171763621;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:8:44:8:45:37:6:2:21:16:41:33:6:2:20:13 chr5 171849471 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.229;QD=59.0181;RBI=0.0152685;REFB=0;REVB=-0.000334465;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010914;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr5 172196711 . G T 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.515;QD=55.6253;RBI=0.0866299;REFB=0;REVB=0.0655788;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548336;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr5 172294193 . C T 309.27 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.0380741;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.554;QD=20.9673;RBI=0.0405857;REFB=0.0044303;REVB=0.0140559;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29413;STB=0.655802;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00192455;OID=.;OPOS=172294193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:27:32:32:0.542373:17:15:23:5:17:15:22:5 chr5 172294513 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.029244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6285;QD=22.6782;RBI=0.0406771;REFB=-0.00370134;REVB=-0.0282739;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000295416;OID=.;OPOS=172294513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:1:4:6:4:1:4 chr5 172381973 . A AGGT 994.73 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=74;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0077576;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.105;QD=55.2628;RBI=0.0152918;REFB=-0.00576777;REVB=0.013178;RO=3;SAF=52;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107974;STB=0.505894;STBP=0.709;TYPE=ins;VARB=1.79709e-05;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:68:74:69:72:3:53:16:2:1:9:3:52:16:2:1 chr5 172447762 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.302;QD=55.0986;RBI=0.0562584;REFB=0;REVB=-0.0271326;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540531;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 172631051 . T G 141.74 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.1119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6101;QD=21.8058;RBI=0.113007;REFB=0.0228452;REVB=0.0157769;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160162;STB=0.571334;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0112643;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:8:6:7:4:8:7:7:4 chr5 172660527 . T A 223.55 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0562784;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.789;QD=25.5481;RBI=0.0563734;REFB=0.0095467;REVB=0.00327268;RO=12;SAF=2;SAR=19;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119958;STB=0.651991;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00643665;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:14:21:21:0.6:19:2:2:10:20:1:2:12 chr5 172662024 . T C 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0272542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.227;QD=11.2588;RBI=0.0336327;REFB=-0.00927596;REVB=0.019707;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00743785;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:4:4:5:6:4:4:6:6 chr5 172681229 . G A 343.18 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0483907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2262;QD=24.083;RBI=0.0508399;REFB=-0.00316259;REVB=-0.0155899;RO=23;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373114;STB=0.520493;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0033779;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:15:19:14:9:15:19:14:9 chr5 172750436 . G A 177.69 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0236559;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4906;QD=12.2546;RBI=0.023656;REFB=-0.00910068;REVB=-5.01761e-05;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221707;STB=0.620143;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0192524;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:36:22:22:0.37931:8:14:16:21:8:14:16:20 chr5 172789203 . T C 951.36 PASS AF=0.582192;AO=85;DP=146;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00460966;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.376;QD=26.0646;RBI=0.0293814;REFB=-0.0149967;REVB=0.0290175;RO=61;SAF=28;SAR=57;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13384;STB=0.572946;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00971149;OID=.;OPOS=172789203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:61:61:85:85:0.582192:57:28:30:31:57:28:30:31 chr5 173034989 . T C 438.6 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0106397;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.835;QD=14.2634;RBI=0.0161546;REFB=-8.9126e-05;REVB=0.012156;RO=73;SAF=28;SAR=22;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706575;STB=0.539853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000172662;OID=.;OPOS=173034989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:73:73:50:50:0.406504:22:28:36:37:22:28:36:37 chr5 173376506 . A G 337.66 PASS AF=0.537313;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00704296;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8148;QD=20.1587;RBI=0.0124673;REFB=-0.0194348;REVB=0.0102873;RO=31;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900059;STB=0.531628;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0200153;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:34:36:0.537313:21:13:15:16:21:15:15:16 chr5 174156168 . T C 766.18 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.467;QD=63.8486;RBI=0.0150034;REFB=0;REVB=-0.00100915;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06068e-05;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr5 174422374 . C T 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0142352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.554;QD=21.1899;RBI=0.0264917;REFB=-0.0104865;REVB=-0.0223421;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139535;STB=0.576888;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00841135;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:20:22:26:12:20:22:26:12 chr5 174868840 . T C 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.397;QD=64.4037;RBI=0.0190726;REFB=0;REVB=0.0104137;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63738e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr5 174870150 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0143046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.967;QD=15.1969;RBI=0.0276891;REFB=0.00204848;REVB=-0.023708;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0022096;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:12:6:4:10:12:6 chr5 174937193 . C T 283.65 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.032163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.524;QD=23.1554;RBI=0.032622;REFB=-0.0172512;REVB=-0.00545298;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471213;STB=0.526295;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00831776;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:11:15:12:11:11:15:12:11 chr5 175110779 . G A 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0344322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.277;QD=10.5912;RBI=0.0351971;REFB=-0.00886282;REVB=-0.00729774;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805604;STB=0.547125;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0186933;OID=.;OPOS=175110779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:12:9:20:20:12:9:20:20 chr5 175130907 . A T 383.62 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00376252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8477;QD=20.1906;RBI=0.0177656;REFB=0.00409926;REVB=0.0173626;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138682;STB=0.576909;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00582555;OID=.;OPOS=175130907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:21:16:23:16:21:16 chr5 175307256 . T C 334.41 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6805;QD=53.5052;RBI=0.0698639;REFB=0;REVB=-0.0666309;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000913969;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr5 175307373 . G A 382.35 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00372792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3686;QD=17.3794;RBI=0.0311587;REFB=-0.0174839;REVB=0.0309349;RO=48;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142401;STB=0.579507;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0299153;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:20:20:31:17:20:20:31:17 chr5 175307969 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0169984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.463;QD=16.2716;RBI=0.0171051;REFB=-0.0263986;REVB=0.00190814;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047599;STB=0.527238;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0461486;OID=.;OPOS=175307969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:2:16:13:2:2:16 chr5 175308022 . A G 545.22 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.366;QD=57.392;RBI=0.060313;REFB=0.0374508;REVB=-0.00353729;RO=1;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491764;STB=0.526301;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000489624;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:27:9:1:0:28:9:1:0 chr5 175308768 . G A 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0154195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.487;QD=26.3044;RBI=0.0174034;REFB=-0.0309464;REVB=0.00806961;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346987;STB=0.692129;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133811;OID=.;OPOS=175308768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:2:11:7:14:2:11 chr5 175309540 . T C 303.39 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0647214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2779;QD=22.0646;RBI=0.066877;REFB=-0.00895012;REVB=-0.0168428;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279185;STB=0.515429;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00501894;OID=.;OPOS=175309540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:10:14:17:14:10:14 chr5 175309601 . G A 334.3 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0318199;FXX=0.0307645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.5609;QD=21.2254;RBI=0.0555976;REFB=-0.0524944;REVB=-0.0455915;RO=21;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101509;STB=0.54948;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0698708;OID=.;OPOS=175309601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:24:25:39:0.619048:20:5:6:15:21:18:8:16 chr5 175511992 . C T 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0214397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.864;QD=8.24502;RBI=0.0429032;REFB=-0.0110101;REVB=-0.0371622;RO=44;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176217;STB=0.607177;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0312102;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:14:4:15:29:14:4:15:29 chr5 175530790 . A G 306.55 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0206557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4895;QD=10.8513;RBI=0.0363608;REFB=0.00650098;REVB=-0.0299241;RO=73;SAF=23;SAR=16;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140776;STB=0.585411;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0121871;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:74:39:39:0.345133:16:23:34:39:16:23:34:40 chr5 175811094 . C CGT 191.1 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0182076;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.355;QD=14.1554;RBI=0.0391441;REFB=-0.0289302;REVB=0.0346518;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22144;STB=0.590169;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.0426326;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:22:59:23:54:31:12:11:21:10:99:37:11:11:26:11 chr5 175955813 . CA C,CG 83.54 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,8;DP=10;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000189143,-0.0033053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.9196,113.243;QD=37.1305;RBI=0.121368,0.0357627;REFB=0,0;REVB=0.121368,0.0356096;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.028484,-0.000291607;OID=.,.;OPOS=175955814,175955814;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,8:10:1,8:9:0:0,6:1,2:0:0:6:0:1,6:1,2:0:0 chr5 175956271 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.014;QD=63.583;RBI=0.0185064;REFB=0;REVB=-0.00976029;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43606e-06;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 175998246 . T C 242.91 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0256828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.176;QD=15.1817;RBI=0.035669;REFB=-0.00626858;REVB=-0.0247523;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173779;STB=0.598552;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0020272;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:17:19:10:18:17:19 chr5 176002144 . A C 468.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300486;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.264;QD=58.613;RBI=0.0560613;REFB=0;REVB=-0.0473282;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07537e-05;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:3:29:0:0:3:29:0:0 chr5 176004476 . T C,G 299.62 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=20,2;DP=22;FAO=22,1;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320281,-0.00385282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.6317,153.487;QD=52.1085;RBI=0.0559702,0.0232182;REFB=0,0;REVB=0.0558785,0.0228963;RO=0;SAF=15,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00942279,0.0479838;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:22:23:0:0:20,2:22,1:0.956522,0.0434783:5,0:15,2:0:0:6,0:16,1:0:0 chr5 176004703 . C T 211.12 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0139676;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.726;QD=18.3579;RBI=0.0290777;REFB=-0.0139316;REVB=0.0255033;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218916;STB=0.637447;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0222579;OID=.;OPOS=176004703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:6:15:12:12:6:15:12:13 chr5 176005477 . C T 170.05 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0140003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.293;QD=16.5901;RBI=0.0510334;REFB=-0.00667322;REVB=0.0490754;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122016;STB=0.518498;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00533509;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:5:12:16:7:6:12:16:7 chr5 176011264 . T C 167.14 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0132037;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.105;QD=14.5339;RBI=0.0135875;REFB=-0.0274196;REVB=0.00320666;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.584519;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.028676;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:12:6:12:15:12:6:13:15 chr5 176017455 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00188454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.772;QD=13.7738;RBI=0.00633516;REFB=-0.0144047;REVB=0.00604837;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30303;STB=0.672882;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188274;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:23:8:11:9:23:8 chr5 176017639 . C A 550.66 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.016783;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.927;QD=17.0747;RBI=0.0201998;REFB=-0.0218156;REVB=0.0112411;RO=69;SAF=31;SAR=27;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830274;STB=0.546203;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0316173;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:69:70:58:59:0.457364:27:31:31:38:27:32:32:38 chr5 176024880 . C T 612.16 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0118294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.354;QD=47.0892;RBI=0.011971;REFB=-0.106807;REVB=0.00183529;RO=4;SAF=11;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143714;STB=0.59255;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00192057;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:52:52:4:5:47:47:0.903846:36:11:4:0:36:11:5:0 chr5 176025938 . TG CA,CG 565.9 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,36;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116023,0.0013621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=85.1547,140.8;QD=58.0409;RBI=0.0144244,0.0393131;REFB=0,0;REVB=-0.00857041,-0.0392895;RO=1;SAF=2,22;SAR=0,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0208029;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0167425,-0.000833356;OID=.,.;OPOS=176025938,176025938;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:1:0:2,36:2,37:0.0512821,0.948718:0,14:2,22:1:0:0,14:2,23:0:0 chr5 176047761 . G A 55.27 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-9.15125e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.296;QD=24.566;RBI=0.00171432;REFB=-0.109265;REVB=0.00171188;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00766581;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr5 176053622 . G A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0185961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8063;QD=13.6289;RBI=0.104426;REFB=0.027825;REVB=0.102757;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.55541;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0226798;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:3:5:6:2:3:6 chr5 176069831 . G A 1472.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.928;QD=63.3301;RBI=0.0368182;REFB=0;REVB=-0.00494149;RO=0;SAF=18;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87177e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:75:18:0:0:75:18:0:0 chr5 176081907 . C T 276.57 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0320822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0796;QD=15.8039;RBI=0.0321229;REFB=-0.000130654;REVB=0.00161723;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130512;STB=0.566624;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000303165;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:31:31:0.442857:18:13:21:17:18:13:21:18 chr5 176304670 . G A 1489.69 PASS AF=0.487179;AO=151;DP=314;FAO=152;FDP=312;FR=.;FRO=160;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=78;FSRR=82;FWDB=0.00507655;FXX=0.00636922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.778;QD=19.0985;RBI=0.0147251;REFB=-0.00127167;REVB=-0.0138223;RO=156;SAF=79;SAR=72;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274101;STB=0.519916;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00114437;OID=.;OPOS=176304670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:312:156:160:151:152:0.487179:72:79:77:79:72:80:78:82 chr5 176314459 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.010164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.036;QD=15.3788;RBI=0.0440691;REFB=-0.0146938;REVB=0.0428809;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0197362;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr5 176314639 . G A 115.31 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00475283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.492;QD=10.7269;RBI=0.0139066;REFB=-0.0361341;REVB=0.0130692;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442444;STB=0.535006;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0478811;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:14:14:0.325581:5:9:19:9:5:9:20:9 chr5 176334195 . C T 286.24 PASS AF=0.492063;AO=25;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00915375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1034;QD=18.1741;RBI=0.0383886;REFB=0.0131503;REVB=-0.0372813;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114898;STB=0.571531;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0112499;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:32:25:31:0.492063:10:15:20:8:15:16:21:11 chr5 176378574 . G T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00206793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.309;QD=16.1192;RBI=0.0391385;REFB=0.00892818;REVB=-0.0390838;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122788;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00995656;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:7:6:4:8:7:6 chr5 176382995 . G A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0112774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.799;QD=22.1883;RBI=0.0137766;REFB=-0.0171464;REVB=-0.00791297;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690758;STB=0.503872;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0148823;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:7:11:13:8:7:11 chr5 176402401 . G A 504.95 PASS AF=0.542553;AO=46;DP=89;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0176869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.963;QD=21.4873;RBI=0.0394484;REFB=-0.0225973;REVB=-0.0352611;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517206;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0191214;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:42:43:46:51:0.542553:23:23:21:21:23:28:22:21 chr5 176516631 . G A 394.62 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00161087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.161;QD=21.0462;RBI=0.0161397;REFB=-0.0233886;REVB=0.0160592;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149186;STB=0.503363;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0249359;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:35:39:40:0.533333:21:18:16:20:22:18:16:19 chr5 176517170 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.72;QD=48.7372;RBI=0.078761;REFB=0;REVB=0.0324772;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133049;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr5 176517292 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.568;QD=63.583;RBI=0.0850495;REFB=0;REVB=-0.084565;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185829;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr5 176517326 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.272;QD=62.9829;RBI=0.0331947;REFB=0;REVB=0.0330211;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71244e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr5 176517461 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.561;QD=53.2772;RBI=0.0300289;REFB=0;REVB=0.0228645;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07189e-05;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr5 176517797 . C T 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00877492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.518;QD=56.2121;RBI=0.0159758;REFB=0.0025126;REVB=0.0133502;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=1.94062e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:1:0:24:37:1:0 chr5 176518784 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.952;QD=56.9569;RBI=0.00373389;REFB=0;REVB=0.00176794;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32726e-06;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr5 176520243 . G A 225.16 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0254031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.959;QD=27.2919;RBI=0.0255737;REFB=-0.044956;REVB=-0.00294939;RO=12;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250654;STB=0.636258;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0230425;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:16:5:0:12:16:5:0:12 chr5 176636882 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0339553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.662;QD=13.0888;RBI=0.0340741;REFB=-0.0108322;REVB=-0.00284371;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204178;STB=0.511931;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.015117;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:8:19:11:5:8:19 chr5 176637149 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00124491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.794;QD=22.3968;RBI=0.0280981;REFB=-0.0124577;REVB=0.0280705;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155059;STB=0.508664;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0110375;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:16:7:8:17:16:7 chr5 176637240 . G T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0674369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4153;QD=24.2928;RBI=0.0684103;REFB=0.00902018;REVB=-0.0114992;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146285;STB=0.581234;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00906256;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:10:3:8:11:10:3 chr5 176637576 . T C 124.17 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0150992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.108;QD=27.5923;RBI=0.015185;REFB=-0.0181364;REVB=0.00161237;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109421;STB=0.561308;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00473125;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:2:3:5:8:2:3 chr5 176721198 . T C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00815325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.814;QD=12.9412;RBI=0.0185699;REFB=-0.00552248;REVB=0.0166843;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077181;STB=0.545393;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00723331;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:10:15:10:5:10:15 chr5 176728400 . G A 185.42 PASS AF=0.347826;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0465945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4022;QD=10.7491;RBI=0.0733104;REFB=0.00278615;REVB=0.0565983;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061674;STB=0.519983;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00344231;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:45:23:24:0.347826:10:13:23:22:11:13:23:22 chr5 176728458 . G T 288.76 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00601403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.788;QD=14.438;RBI=0.0107964;REFB=-0.0133598;REVB=-0.00896631;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14544;STB=0.582343;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0282763;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:19:28:15:18:19:28 chr5 176733116 . A G 380.93 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0018193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.923;QD=19.5347;RBI=0.021359;REFB=-0.0192549;REVB=-0.0212814;RO=39;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123033;STB=0.512865;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0216463;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:20:18:19:20:21:18:19:20 chr5 176733616 . T C 84.92 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0146287;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.979;QD=9.18039;RBI=0.0209524;REFB=-0.0165308;REVB=0.0150001;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360393;STB=0.709776;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0394848;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:37:28:26:10:11:0.297297:6:4:4:24:7:4:3:23 chr5 176737720 . A G 106.91 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0148096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.958;QD=12.2179;RBI=0.0263383;REFB=-0.0177039;REVB=-0.0217803;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148529;STB=0.562406;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0254836;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:6:6:14:8:6:7:14:8 chr5 176831826 . C G 1840.93 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.354;QD=61.3643;RBI=0.0166693;REFB=0;REVB=0.0156736;RO=0;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10242e-06;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:45:74:0:0:45:75:0:0 chr5 176863519 . G C 346.85 PASS AF=0.411765;AO=39;DP=99;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00450532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.199;QD=13.602;RBI=0.0163901;REFB=-0.022054;REVB=-0.0157588;RO=58;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219571;STB=0.623211;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0353671;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:58:60:39:42:0.411765:23:16:36:22:25:17:37:23 chr5 176867943 . A G 193.94 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0195387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8653;QD=12.3134;RBI=0.0604953;REFB=0.0147535;REVB=-0.0572531;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413201;STB=0.52379;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0263586;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:12:12:18:21:12:12:18:21 chr5 176884511 . C G 220.08 PASS AF=0.55;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00900077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.243;QD=22.0082;RBI=0.0130899;REFB=-0.023192;REVB=-0.00950425;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936166;STB=0.549955;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0206189;OID=.;OPOS=176884511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:20:22:0.55:10:10:7:11:11:11:7:11 chr5 176885178 . A G 289.69 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3741;QD=50.38;RBI=0.0658816;REFB=0;REVB=-0.0312302;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418129;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:13:10:0:0 chr5 176885499 . T C 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0150671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.111;QD=18.035;RBI=0.017031;REFB=-0.0106405;REVB=0.00793945;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171689;STB=0.595512;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00964315;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:44:39:39:0.46988:16:23:17:25:16:23:18:26 chr5 176894756 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00518944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.694;QD=13.6609;RBI=0.00830545;REFB=-0.0236681;REVB=0.00648461;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14059;STB=0.581287;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0366002;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:5:16:9:5:5:16 chr5 176916516 . C T 352.57 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481283;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.254;QD=52.232;RBI=0.0555371;REFB=0.0341759;REVB=0.0277134;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000716878;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr5 176917078 . T C 657.32 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.362;QD=59.7565;RBI=0.0327532;REFB=-0.0236127;REVB=0.0268418;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000326023;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:17:25:0:1:18:25:0:1 chr5 176930135 . G A 831.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176399;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.817;QD=57.3262;RBI=0.0501659;REFB=0;REVB=0.0469623;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028882;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 1105.1 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361915;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.559;QD=60.5536;RBI=0.0615025;REFB=0;REVB=0.0497266;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000133321;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:75:73:73:0:40:33:0:0:6:0:38:33:0:0 chr5 176931146 . C T 716.74 PASS AF=0.565574;AO=68;DP=121;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00247298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.532;QD=23.4995;RBI=0.0148433;REFB=-0.0341579;REVB=0.0146359;RO=53;SAF=29;SAR=39;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056261;STB=0.527783;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0248298;OID=.;OPOS=176931146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:53:53:68:69:0.565574:39:29:19:34:40:29:19:34 chr5 176936590 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.218;QD=57.3858;RBI=0.0535227;REFB=0;REVB=-0.0144899;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108821;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr5 176936650 . T C 348.65 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0522035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9433;QD=51.6519;RBI=0.057738;REFB=-0.165241;REVB=0.0246672;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00421778;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:14:11:1:0:15:11:1:0 chr5 176936819 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9509;QD=40.7624;RBI=0.180006;REFB=0;REVB=0.166322;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00782938;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 176951276 . A G 1245.23 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.984;QD=60.7432;RBI=0.0526246;REFB=0;REVB=0.0467991;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118216;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:76:82:1:36:40:0:0:39:43:0:0 chr5 177022652 . A G 339.09 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.108;QD=52.1682;RBI=0.170199;REFB=0;REVB=0.15004;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00715631;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:19:26:1:0:19:0:0:2:24:0:0 chr5 177031348 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.034;QD=42.1819;RBI=0.061856;REFB=0;REVB=0.0166163;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392376;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 177035964 . T C 885.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.859;QD=58.0566;RBI=0.0449731;REFB=0;REVB=0.0178906;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55764e-05;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr5 177158620 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.896;QD=40.763;RBI=0.0623036;REFB=0;REVB=-0.0290136;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134936;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 177161891 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4656;QD=33.4285;RBI=0.0948908;REFB=0;REVB=-0.0204834;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00672366;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr5 177180236 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.307;QD=57.3858;RBI=0.0453355;REFB=0;REVB=-0.043287;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53169e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr5 177310717 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5616;QD=35.57;RBI=0.0584079;REFB=0;REVB=-0.00172551;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300932;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr5 177422823 . C T 320.41 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00807135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.636;QD=14.7316;RBI=0.0214501;REFB=-0.0161223;REVB=0.0198736;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139886;STB=0.579004;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0154703;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:19:17:31:20:19:17:31:20 chr5 177422876 . T C 1533.32 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.722;QD=62.5845;RBI=0.0146892;REFB=-0.0109293;REVB=0.00786354;RO=1;SAF=59;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797141;STB=0.504201;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.33272e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:38:59:1:0:38:59:1:0 chr5 177422908 . A G 493.22 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0282027;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.713;QD=23.7694;RBI=0.0295554;REFB=-0.0388084;REVB=-0.00883907;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125455;STB=0.556677;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0221502;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:35:36:46:47:0.566265:19:27:15:20:20:27:16:20 chr5 177547247 . T A,C 1079.61 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=3,70;DP=73;FAO=2,72;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000739777,0.0020836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.3685,242.193;QD=58.3571;RBI=0.0328911,0.00208545;REFB=0,0;REVB=0.0328827,8.78578e-05;RO=0;SAF=3,9;SAR=0,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0243493,0.00171714;OID=.,.;OPOS=177547247,177547247;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:73:74:0:0:3,70:2,72:0.027027,0.972973:0,61:3,9:0:0:0,61:2,11:0:0 chr5 177551154 . C T 279.85 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.215;QD=48.67;RBI=0.0537725;REFB=-0.214597;REVB=0.040558;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.014992;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr5 177551169 . T C 334.86 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5103;QD=53.5778;RBI=0.0367371;REFB=0;REVB=-0.0262506;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594709;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:7:17:0:0:7:18:0:0 chr5 177551176 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.726;QD=55.6531;RBI=0.103118;REFB=0;REVB=-0.0100452;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807374;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr5 177612734 . T C 1996.91 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00180754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.035;QD=60.5124;RBI=0.0122522;REFB=0.0128495;REVB=0.0121182;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146176;STB=0.507691;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=7.69303e-06;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:129:130:0.984848:65:64:2:0:66:64:2:0 chr5 177612739 . G T 604.16 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00955933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8704;QD=17.9009;RBI=0.0528098;REFB=-0.00384383;REVB=-0.0519374;RO=72;SAF=36;SAR=26;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131984;STB=0.567775;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00401955;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:72:62:63:0.466667:26:36:32:40:27:36:32:40 chr5 177612744 . A G 2043.45 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.435;QD=61.4572;RBI=0.034508;REFB=0.0696522;REVB=-0.000774458;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.88557e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:131:132:0.992481:63:68:0:0:64:68:1:0 chr5 177612983 . G A 253.45 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.02602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.309;QD=17.4794;RBI=0.0281834;REFB=-0.0329219;REVB=0.0108289;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699934;STB=0.539312;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0316927;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:16:14:11:17:16:14 chr5 177613123 . T C 657.62 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0298749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1692;QD=59.784;RBI=0.0305028;REFB=-0.00727239;REVB=0.00615696;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-7.60008e-05;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:1:0:20:23:1:0 chr5 177613168 . C T 358.08 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00558447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5572;QD=22.38;RBI=0.00688334;REFB=-0.0189293;REVB=-0.00402419;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106722;STB=0.558791;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0245767;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:19:17:17:11:19:17:17:11 chr5 177613296 . C T 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00693086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.525;QD=24.1567;RBI=0.0120585;REFB=-0.0112386;REVB=-0.00986765;RO=21;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114538;STB=0.563337;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0133929;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:10:20:11:10:10:20:11:10 chr5 177614001 . T C 254.44 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00471717;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.734;QD=21.2032;RBI=0.022695;REFB=-0.015175;REVB=0.0221994;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156482;STB=0.58816;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0161436;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:12:12:16:8:12:12 chr5 177614090 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0284462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.538;QD=18.6371;RBI=0.0449935;REFB=-0.0151242;REVB=0.0348602;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0172115;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:10:6:10:6:10:6 chr5 177614094 . C G 152.06 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0570297;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.186;QD=19.6211;RBI=0.0625721;REFB=-0.0231825;REVB=-0.0257464;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220472;STB=0.639826;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0187329;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:15:16:16:0.516129:10:6:9:5:10:6:10:5 chr5 177614137 . C T 203.61 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0135643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.251;QD=30.1639;RBI=0.0261834;REFB=-0.0277471;REVB=0.022396;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1332;STB=0.578229;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.018348;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:11:7:5:3:12:7:5:3 chr5 177614183 . T C 223.53 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.079;QD=49.6738;RBI=0.0620153;REFB=0;REVB=0.0261361;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584249;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr5 177669413 . T G 285.24 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00494558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.35;QD=15.4184;RBI=0.0250341;REFB=-0.0162628;REVB=0.0245408;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173915;STB=0.59793;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0144518;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:15:17:15:27:15:17:15:27 chr5 177675217 . C T 730.14 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0199104;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2002;QD=22.9966;RBI=0.0332975;REFB=0.0034746;REVB=0.026689;RO=57;SAF=24;SAR=46;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230727;STB=0.512626;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00275833;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:57:57:70:70:0.551181:46:24:21:36:46:24:21:36 chr5 177682816 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTG 79.68 PASS AF=0.627907,0;AO=20,2;DP=44;FAO=27,0;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.108183,0.0652274;FXX=0.0227221;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.90032,24.1617;QD=7.41247;RBI=0.18856,0.0771435;REFB=-0.0948939,-0.0528522;REVB=0.154438,0.0411886;RO=17;SAF=12,0;SAR=8,2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107478,-0.516333;STB=0.530098,0.5;STBP=0.596,1;TYPE=del,snp;VARB=0.113105,0.0311133;OID=.,.;OPOS=177682817,177682824;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627907,0:20,2:44:27,0:43:16:14,0:13,0:7:9:46:17:12,0:8,2:8:9 chr5 177683377 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0226949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8791;QD=15.7842;RBI=0.0230378;REFB=-0.00790626;REVB=-0.0039599;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139967;STB=0.580533;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0101779;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:11:6:7:7:11:6 chr5 177688772 . G A 225.32 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000591142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4308;QD=27.3118;RBI=0.00915363;REFB=-0.0181116;REVB=-0.00913452;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156396;STB=0.508662;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00707903;OID=.;OPOS=177688772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:6:6:11:10:6:6 chr5 177715291 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00783454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.664;QD=10.1418;RBI=0.0133306;REFB=-0.00783784;REVB=-0.0107854;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114783;STB=0.56861;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0129446;OID=.;OPOS=177715291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:17:8:5:7:17:8 chr5 177715302 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT 184.89 PASS AF=0.972222,0.0277778,0;AO=18,3,5;DP=36;FAO=35,1,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,0;FSAR=12,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685158,-0.0297672,-0.0347503;FXX=0.0270197;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.36534,12.2933,10.324;QD=20.5436;RBI=0.277987,0.135427,0.150101;REFB=-0.0442927,-0.0593912,-0.0376221;REVB=0.269411,0.132116,0.146023;RO=6;SAF=15,0,5;SAR=3,3,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.223974,-0.672276,0.739739;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0154945,0.108979,-0.0013426;OID=.,.,.;OPOS=177715303,177715309,177715303;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972222,0.0277778,0:18,3,5:36:35,1,0:36:0:23,0,0:12,1,0:0:0:5:6:15,0,5:3,3,0:3:3 chr5 177715580 . CT C,CC 757.46 PASS AF=1,0;AO=11,22;DP=47;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468578,-0.0234312;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.405,169.706;QD=63.1216;RBI=0.0110547,0.0237814;REFB=0,0;REVB=0.0100125,-0.00406654;RO=0;SAF=4,17;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.58081e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00093329,0.0154478;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:11,22:47:48,0:48:0:31,0:17,0:0:0:4:0:4,17:7,5:0:0 chr5 178030591 . T G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.125825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.626;QD=12.9729;RBI=0.126087;REFB=-0.00957458;REVB=0.00812207;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113436;STB=0.566558;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0149603;OID=.;OPOS=178030591;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:11:7:6:6:11:7 chr5 178359136 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0401521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.439;QD=26.6002;RBI=0.0421639;REFB=0.0259294;REVB=0.0128687;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00512942;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr5 178391860 . G A 1003.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.72;QD=59.0157;RBI=0.0118954;REFB=0;REVB=-0.00431733;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13775e-05;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr5 178412273 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.05;QD=56.1909;RBI=0.0499341;REFB=0;REVB=0.0497954;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297826;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr5 178412715 . AC A,AA 86.86 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,6;DP=8;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830792,0.0803535;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.25,188.447;QD=38.6029;RBI=0.0830818,0.0803563;REFB=0,0;REVB=0.000646143,0.000668035;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.02438,0.00315536;OID=.,.;OPOS=178412716,178412716;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,6:8:1,8:9:0:1,2:0,6:0:0:8:0:0,2:2,4:0:0 chr5 178413816 . T C 1401.23 PASS AF=0.970297;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0280863;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.359;QD=55.4944;RBI=0.0473044;REFB=-0.0164847;REVB=0.0380639;RO=3;SAF=72;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193458;STB=0.509802;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00159593;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:101:3:3:94:98:0.970297:22:72:3:0:23:75:3:0 chr5 178413947 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.488;QD=57.2377;RBI=0.0235997;REFB=0;REVB=0.0234381;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17545e-05;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr5 178415937 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.583;QD=60.2298;RBI=0.0135587;REFB=0;REVB=0.0127328;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82697e-05;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr5 178415982 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.488;QD=58.0607;RBI=0.0144477;REFB=0;REVB=-0.00823185;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45157e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr5 178416063 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.62;QD=60.883;RBI=0.0292561;REFB=0;REVB=0.0180923;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16289e-05;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr5 178416288 . G A 1247.06 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.968;QD=57.3359;RBI=0.0423316;REFB=-0.237737;REVB=0.0389187;RO=3;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350394;STB=0.511902;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00308158;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:3:2:82:85:0.977011:39:43:0:3:41:44:0:2 chr5 178419278 . TG TGGGCAAGGTCT,T 90.52 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=5,2;DP=10;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100513,-0.049557;FXX=0.0999001;HRUN=2,2;LEN=10,1;MLLD=347.22,22.4251;QD=40.2302;RBI=0.0757368,0.109559;REFB=0,0;REVB=0.0750668,0.0977107;RO=0;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.00385234,0.0625959;OID=.,.;OPOS=178419280,178419279;OREF=-,G;OALT=GGCAAGGTCT,-;OMAPALT=TGGGCAAGGTCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:5,2:10:7,2:9:0:4,2:3,0:0:0:11:0:3,2:2,0:0:0 chr5 178419288 . C T 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4795;QD=43.474;RBI=0.00259816;REFB=0;REVB=-0.000634401;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113184;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr5 178459283 . A G 544.5 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00974276;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9449;QD=18.3026;RBI=0.0102153;REFB=-0.0229372;REVB=0.00307105;RO=62;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17541;STB=0.596982;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0293822;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:119:62:62:57:57:0.478992:27:30:21:41:27:30:21:41 chr5 178459426 . A C 337.4 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00301537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.467;QD=13.1029;RBI=0.00460988;REFB=-0.0112345;REVB=-0.00348691;RO=61;SAF=25;SAR=15;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926837;STB=0.563877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0121499;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:63:40:40:0.38835:15:25:33:28:15:25:33:30 chr5 178507069 . T C 162.56 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0205779;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.924;QD=11.6111;RBI=0.0221188;REFB=-0.0170811;REVB=0.00811137;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686689;STB=0.607779;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0198797;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:35:19:20:0.357143:8:11:18:10:9:11:25:10 chr5 178507090 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0188947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.984;QD=12.0843;RBI=0.0199328;REFB=-0.0162225;REVB=-0.00634887;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119657;STB=0.57014;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0267553;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:20:10:7:9:20:10 chr5 178555045 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0237575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.672;QD=20.8115;RBI=0.0462701;REFB=-0.00719155;REVB=0.0397052;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117974;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00899847;OID=.;OPOS=178555045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:11:12:9:14:11:12 chr5 178562967 . G A 321.11 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.023207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.345;QD=16.2588;RBI=0.0246494;REFB=-0.00719892;REVB=0.00830818;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190668;STB=0.606643;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.011927;OID=.;OPOS=178562967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:13:31:18:17:13:31 chr5 178634619 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.526;QD=60.0305;RBI=0.0532591;REFB=0;REVB=0.0424331;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282241;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr5 178634672 . C T 788.98 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348579;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.129;QD=57.3803;RBI=0.0348747;REFB=0;REVB=0.00108402;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124306;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 178949560 . AG GT 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00648427;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.684;QD=10.1699;RBI=0.0144395;REFB=0.0282386;REVB=-0.0129016;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312258;STB=0.689298;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=-0.0455053;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:10:12:3:8:10:12 chr5 178951598 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00420008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.734;QD=11.5971;RBI=0.0120259;REFB=-0.00368726;REVB=0.0112686;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250162;STB=0.651885;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00222466;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:10:2:7:14:10:2:7:14 chr5 179020622 . T C 151.07 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00622931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.146;QD=20.1421;RBI=0.0435018;REFB=-0.00580151;REVB=0.0430535;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0160748;OID=.;OPOS=179020622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:8:6:8:8:8:6 chr5 179025789 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.028777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8776;QD=11.8306;RBI=0.0483553;REFB=0.00898354;REVB=-0.0388603;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.018342;OID=.;OPOS=179025789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:12:6:6:5:12:6 chr5 179069468 . A G 34.97 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0251033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8026;QD=3.68133;RBI=0.0355827;REFB=0.000839642;REVB=-0.0252181;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145837;STB=0.592276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0104282;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:17:14:2:4:18:14 chr5 179069912 . C T 101.52 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0389355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5318;QD=16.9206;RBI=0.0402286;REFB=0.00347568;REVB=0.0101177;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282867;STB=0.661906;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00253324;OID=.;OPOS=179069912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:9:3:7:5:9:3 chr5 179071866 . A G 385.67 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00968667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0587;QD=20.847;RBI=0.0131279;REFB=-0.0250703;REVB=-0.00886059;RO=35;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23374;STB=0.629562;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0176192;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:26:13:21:14:26:13:21:14 chr5 179078940 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.705;QD=59.0185;RBI=0.0203241;REFB=0;REVB=-0.00254409;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70148e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 179126090 . C T 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.923;QD=63.5647;RBI=0.0364377;REFB=0;REVB=-0.00576209;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66779e-05;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr5 179203933 . A G 981.99 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0456741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.963;QD=56.114;RBI=0.0457397;REFB=-0.0870592;REVB=0.00244747;RO=2;SAF=31;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295161;STB=0.51562;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00115901;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:37:31:2:0:37:31:2:0 chr5 179219647 . GCCCCCAG CGCCCCAG,GCCCCAG,GCCCCAGC 43.71 PASS AF=0.010101,0.191919,0;AO=7,21,6;DP=101;FAO=1,19,0;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=1,15,0;FSAR=0,4,0;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0934638,-0.105412,-0.0803909;FXX=0.0198;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,3;MLLD=29.8897,11.0392,25.9092;QD=1.76591;RBI=0.0994568,0.122982,0.08185;REFB=-0.0500297,-0.110068,-0.0590943;REVB=0.0340026,0.063347,0.0153858;RO=58;SAF=7,18,6;SAR=0,3,0;SRF=29;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.627055,0.49181,0.596373;STB=0.98827,0.685065,0.5;STBP=0.484,0.093,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.140916,0.163266,0.101915;OID=.,.,.;OPOS=179219647,179219648,179219652;OREF=GC,C,CAG;OALT=CG,-,AGC;OMAPALT=CGCCCCAG,GCCCCAG,GCCCCAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:101:99:58:79:7,21,6:1,19,0:0.010101,0.191919,0:0,3,0:7,18,6:29:29:0,4,0:1,15,0:47:32 chr5 179260153 . C T 200.59 PASS AF=0.473684;AO=20;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0416245;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.7905;QD=14.0763;RBI=0.0420598;REFB=-0.0316017;REVB=0.00603524;RO=26;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346774;STB=0.5877;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0219569;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:30:20:27:0.473684:4:16:13:13:10:17:14:16 chr5 179260213 . G A 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0793329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4917;QD=16.0625;RBI=0.0989151;REFB=0.0159471;REVB=0.0590802;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465727;STB=0.526296;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0164689;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:14:17:13:13:14:17 chr5 179263446 . G A 257.36 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0173435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.076;QD=26.3957;RBI=0.0442864;REFB=-0.01666;REVB=0.0407492;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.548767;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00966807;OID=.;OPOS=179263446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:23:24:0.615385:10:13:10:4:11:13:10:5 chr5 179263515 . G A 432.86 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0232142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8456;QD=20.8607;RBI=0.0264602;REFB=-0.0297231;REVB=-0.0126981;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184304;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0262672;OID=.;OPOS=179263515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:40:42:43:0.518072:23:19:18:20:23:20:20:20 chr5 179264731 . T C 396.51 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00444646;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.312;QD=17.6228;RBI=0.00612363;REFB=-0.00470147;REVB=0.00421045;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378354;STB=0.521162;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00547432;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:49:41:41:0.455556:20:21:27:22:20:21:27:22 chr5 179267949 . T C 489.52 PASS AF=0.575;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0068683;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.427;QD=24.476;RBI=0.0188669;REFB=-0.00730909;REVB=-0.0175723;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.555833;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00514841;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:34:46:46:0.575:25:21:20:14:25:21:20:14 chr5 179280379 . T C 521.62 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00507591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.236;QD=23.4434;RBI=0.00966491;REFB=-0.0164684;REVB=0.00822469;RO=40;SAF=27;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827055;STB=0.545436;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0112509;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:22:27:18:22:22:27:18:22 chr5 179285752 . G A 602.9 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0228118;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.869;QD=29.0554;RBI=0.0753476;REFB=-0.0529421;REVB=0.0718115;RO=30;SAF=42;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246998;STB=0.635197;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.036067;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:30:30:53:53:0.638554:11:42:15:15:11:42:15:15 chr5 179287576 . C G 196.56 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00830479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.289;QD=19.177;RBI=0.0121604;REFB=-0.0120529;REVB=0.00888287;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864484;STB=0.535945;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0162579;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:10:9:8:13:11:9:8:13 chr5 179287585 . GC CT,TC 175.9 PASS AF=0.414634,0.0487805;AO=17,2;DP=41;FAO=17,2;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7,1;FSAR=10,1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00152981,0.0063469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.442,109.661;QD=17.1611;RBI=0.029078,0.0184231;REFB=-0.019173,-0.0173792;REVB=-0.0290378,-0.0172953;RO=22;SAF=7,1;SAR=10,1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00270738,0.0875446;STB=0.501556,0.582529;STBP=0.994,0.867;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0202571,-0.136444;OID=.,.;OPOS=179287585,179287585;OREF=GC,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:17,2:17,2:0.414634,0.0487805:10,1:7,1:9:13:10,1:7,1:9:13 chr5 179287622 . G GTA 185.58 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0200235;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.001;QD=18.1055;RBI=0.0298483;REFB=-0.0184038;REVB=0.0221355;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148808;STB=0.58433;STBP=0.353;TYPE=ins;VARB=0.0191193;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:19:42:19:41:22:10:9:15:7:99:22:10:9:15:7 chr5 179290845 . T G 347.47 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00314346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.417;QD=17.1591;RBI=0.0192092;REFB=-0.0196669;REVB=-0.0189502;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439364;STB=0.524632;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0202827;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:23:21:16:21:23:21 chr5 179393927 . G A 694.07 PASS AF=0.338583;AO=44;DP=128;FAO=43;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00126621;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.069;QD=21.8604;RBI=0.00830654;REFB=-0.00551561;REVB=0.00820947;RO=56;SAF=37;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421316;STB=0.763207;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00506967;OID=.;OPOS=179393927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:56:56:44:43:0.338583:7:37:28:28:6:37:28:28 chr5 179498595 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.986;QD=33.4284;RBI=0.0351912;REFB=0;REVB=0.0344434;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832542;OID=.;OPOS=179498595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 179529124 . G A 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175297;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.942;QD=57.2415;RBI=0.0326882;REFB=0;REVB=0.0275904;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43365e-06;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr5 179542290 . TAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAATAAAC,TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAA 210.71 PASS AF=0.047619,0.111111,0.031746,0.809524;AO=4,3,6,8;DP=58;FAO=3,7,2,51;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7,0,15;FSAR=2,0,2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.991912,-0.229821,-1.45591,-0.659136;FXX=0.136968;HRUN=5,5,17,17;LEN=1,17,1,2;MLLD=8.94128,160.817,2.5896,4.39458;QD=13.3785;RBI=0.995326,0.230141,1.45679,0.659643;REFB=-0.0626685,0.00633329,0.0702443,-0.0407044;REVB=-0.0823707,0.0121383,0.0506456,0.0258538;RO=4;SAF=0,3,0,0;SAR=4,0,6,8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.782218,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,del,del;VARB=0.151873,0.0872904,-0.450112,-0.0982233;OID=.,.,.,.;OPOS=179542290,179542290,179542291,179542291;OREF=T,TAAAAAAAAAAAAAAAA,A,AA;OALT=A,AAAAAAAAAAAATAAAC,-,-;OMAPALT=AAAAAAAAAAAAAAAAA,AAAAAAAAAAAATAAAC,TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:37:58:63:4:0:4,3,6,8:3,7,2,51:0.047619,0.111111,0.031746,0.809524:4,0,6,8:0,3,0,0:0:4:2,0,2,36:1,7,0,15:0:0 chr5 179554602 . C T 98.4 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0242198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2573;QD=9.37132;RBI=0.0563975;REFB=-0.0213508;REVB=-0.0509321;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164281;STB=0.608534;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0885954;OID=.;OPOS=179554602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:42:42:28:29:13:13:0.309524:6:7:11:17:6:7:11:18 chr5 179555407 . T C 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=-0.0139575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.787;QD=8.55729;RBI=0.027202;REFB=-0.00795592;REVB=-0.0233482;RO=48;SAF=12;SAR=9;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225235;STB=0.625424;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0128176;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:50:21:21:0.295775:9:12:36:12:9:12:37:13 chr5 179563435 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8306;QD=57.8836;RBI=0.0531215;REFB=0;REVB=-0.00247836;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048483;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr5 179727681 . A G 226.83 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0160498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.115;QD=15.6434;RBI=0.0180023;REFB=-0.0033214;REVB=-0.00815376;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20382;STB=0.615296;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00460025;OID=.;OPOS=179727681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:19:13:16:10:19:13 chr5 179729519 . A G 1212.87 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0738875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9547;QD=59.8949;RBI=0.0782631;REFB=-0.0936052;REVB=0.025802;RO=1;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000463877;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:46:34:0:1:46:34:0:1 chr5 179740827 . T C 3840.07 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254223;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0438;QD=63.4723;RBI=0.0542993;REFB=-0.0995086;REVB=0.0479804;RO=0;SAF=119;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247055;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:242:242:0:0:241:242:1:122:119:0:0:123:119:0:0 chr5 179996111 . C T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.68;QD=55.4093;RBI=0.0240436;REFB=-0.00557378;REVB=-0.000235984;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000185957;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr5 180035182 . CAGT C,CAGA 62.48 PASS AF=0.3,0.15;AO=6,2;DP=21;FAO=6,3;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3,3;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00190584,0.0332258;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=177.695,103.917;QD=12.4957;RBI=0.00695469,0.0776512;REFB=-0.0249886,-0.0568384;REVB=-0.00668846,-0.0701837;RO=11;SAF=3,2;SAR=3,0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.141704,0.622114;STB=0.58795,0.996675;STBP=0.583,0.058;TYPE=del,snp;VARB=0.00449653,0.108281;OID=.,.;OPOS=180035183,180035185;OREF=AGT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.15:6,2:21:6,3:20:11:3,3:3,0:4:7:44:11:3,2:3,0:4:7 chr5 180043388 . G A 238.27 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00809326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.194;QD=20.2782;RBI=0.0133123;REFB=-0.0014219;REVB=-0.0105696;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302012;STB=0.658095;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00245353;OID=.;OPOS=180043388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:14:9:17:6:14:9:17:7 chr5 180046492 . CAG C 157.53 PASS AF=0.323077;AO=17;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00124284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.517;QD=9.69409;RBI=0.0596116;REFB=-0.00804423;REVB=-0.0595987;RO=35;SAF=13;SAR=4;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033621;STB=0.505742;STBP=0.972;TYPE=del;VARB=0.0171525;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:17:65:21:65:44:14:7:29:15:99:35:13:4:26:9 chr5 180048035 . T C 211.43 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00844044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0826;QD=19.6676;RBI=0.023205;REFB=-0.0370775;REVB=-0.0216156;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825909;STB=0.546829;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0531489;OID=.;OPOS=180048035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:14:8:6:15:14:8 chr5 180048056 . C T 199.67 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0308162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6801;QD=19.9666;RBI=0.0414634;REFB=-0.00260526;REVB=0.0277412;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00301016;OID=.;OPOS=180048056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:13:7:8:12:13:7 chr5 180052946 . G A 66.15 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0361498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.316;QD=12.0278;RBI=0.036411;REFB=-0.00453821;REVB=0.00435384;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00617093;OID=.;OPOS=180052946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:10:13:6:9:0.409091:4:2:6:4:5:4:9:4 chr5 180057231 . C A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00509742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.768;QD=27.3842;RBI=0.0783833;REFB=-0.0654938;REVB=0.0782174;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163937;STB=0.593025;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0118851;OID=.;OPOS=180057231;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:3:7:1:2:3:7:1:2 chr5 180058747 . C CG 34.7 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=28;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.117641;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.15593;QD=5.78375;RBI=0.186513;REFB=-0.120075;REVB=0.144734;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=ins;VARB=0.136844;OID=.;OPOS=180058748;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:13:28:10:24:14:5:5:8:6:34:14:8:5:5:9 chr5 180120192 . G T 83.42 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0184191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.7;QD=10.1109;RBI=0.0188474;REFB=-0.0183132;REVB=-0.00399512;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0415179;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:21:22:10:11:0.333333:6:4:9:12:6:5:10:12 chr5 180166461 . C G 243.63 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141591;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2902;QD=51.2902;RBI=0.0276843;REFB=0;REVB=0.0237895;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000774386;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr5 180218668 . A G 388.65 PASS AF=0.487805;AO=38;DP=80;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0131571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.736;QD=18.9586;RBI=0.0325045;REFB=-0.0178468;REVB=0.0297226;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362777;STB=0.516121;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0289322;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:42:42:38:40:0.487805:14:24:25:17:15:25:25:17 chr5 180218820 . C A 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00553573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.075;QD=13.8912;RBI=0.00895386;REFB=-0.0189243;REVB=0.00703756;RO=61;SAF=25;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747621;STB=0.542385;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0229211;OID=.;OPOS=180218820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:16:25:33:28:16:25:33:28 chr5 180218831 . G A 467.07 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.000759282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.717;QD=16.8314;RBI=0.00526223;REFB=-0.00682517;REVB=-0.00520716;RO=60;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705778;STB=0.539359;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0138126;OID=.;OPOS=180218831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:21:30:31:29:21:30:31:29 chr5 180219304 . C T 891.02 PASS AF=0.610687;AO=80;DP=131;FAO=80;FDP=131;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.00135479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.212;QD=27.2069;RBI=0.0087586;REFB=-0.020345;REVB=0.00865319;RO=51;SAF=44;SAR=36;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854998;STB=0.546292;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0117971;OID=.;OPOS=180219304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:51:51:80:80:0.610687:36:44:34:17:36:44:34:17 chr5 180276402 . C T 1453.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8611;QD=63.1875;RBI=0.0104935;REFB=0;REVB=0.00515019;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62331e-05;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr5 180277343 . T C 265.89 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00772218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.033;QD=21.2712;RBI=0.0117704;REFB=-0.00280467;REVB=-0.00888312;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129489;STB=0.580583;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00267572;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:12:13:16:8:12:13:17:8 chr5 180278393 . C G 206.34 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.208;QD=48.5504;RBI=0.050149;REFB=0;REVB=-0.0271759;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236636;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:7:8:0:0:7:10:0:0 chr5 180329359 . T C 245.6 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0160367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7677;QD=23.9615;RBI=0.0816085;REFB=0.00822521;REVB=0.0800173;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131239;STB=0.573211;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00302678;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:8:10:9:14:8:10 chr5 180335743 . C T 408.64 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0024301;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.523;QD=22.3913;RBI=0.0103932;REFB=-0.00412413;REVB=-0.0101051;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123694;STB=0.567989;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00336858;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:23:10:18:22:23:10 chr5 180338368 . A G 441.84 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0693073;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.393;QD=22.3715;RBI=0.0705259;REFB=-0.00464348;REVB=0.0130542;RO=34;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616583;STB=0.532728;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00333302;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:36:43:43:0.544304:21:22:20:14:21:22:21:15 chr5 180374523 . G A 659.04 PASS AF=0.456376;AO=67;DP=148;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.00103205;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.804;QD=17.6924;RBI=0.0203916;REFB=-0.0124973;REVB=0.0203654;RO=80;SAF=41;SAR=26;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135086;STB=0.508167;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0161629;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:80:81:67:68:0.456376:26:41:50:30:27:41:50:31 chr5 180374534 . G A 739.06 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=166;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.0289763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9861;QD=17.8088;RBI=0.031021;REFB=-0.0163021;REVB=0.0110758;RO=88;SAF=47;SAR=31;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022555;STB=0.512477;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0233126;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:88:78:78:0.46988:31:47:55:33:31:47:55:33 chr5 180376208 . T G 147.89 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00984896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.068;QD=7.12742;RBI=0.0207884;REFB=-0.0123869;REVB=-0.0183072;RO=60;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205832;STB=0.608172;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0282945;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:61:21:22:0.26506:8:13:27:33:9:13:27:34 chr5 180376223 . G C 186.07 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0383948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4938;QD=8.55499;RBI=0.0387258;REFB=-0.0189604;REVB=-0.00505217;RO=62;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148284;STB=0.588058;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0464688;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:11:14:27:35:11:14:27:35 chr5 180376972 . C G 74.3 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0248331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.623;QD=10.2487;RBI=0.0248754;REFB=-0.00620314;REVB=-0.00145047;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331982;STB=0.684939;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00775274;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:7:3:11:7:7:3:11:8 chr5 180376974 . T G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000303647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9485;QD=9.10002;RBI=0.00858661;REFB=-0.0245256;REVB=-0.00858124;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0308426;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:11:7:6:3:11:8 chr5 180377331 . T C 507.95 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00116424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.119;QD=20.7325;RBI=0.0686583;REFB=-0.0161962;REVB=0.0686485;RO=47;SAF=31;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168063;STB=0.583869;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0146559;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:49:49:49:0.5:18:31:21:26:18:31:23:26 chr5 180377470 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00823824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.645;QD=9.56946;RBI=0.0104905;REFB=-0.0186571;REVB=-0.00649474;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178816;STB=0.608437;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0266575;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:5:10:4:4:5:10 chr5 180430895 . G A 545.85 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0104321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.662;QD=23.4772;RBI=0.0262943;REFB=-0.01654;REVB=-0.0241363;RO=42;SAF=32;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348473;STB=0.519118;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0157311;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:19:32:28:14:19:32:28:14 chr5 180432416 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0191497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.059;QD=20.7548;RBI=0.0194007;REFB=-0.00366062;REVB=0.00311111;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330375;STB=0.685483;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00245;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:10:2:9:6:10:2 chr5 180472498 . C T 132.19 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0105329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.768;QD=14.6875;RBI=0.0149848;REFB=0.000669354;REVB=0.0106585;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376148;STB=0.531873;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00200272;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:10:5:6:14:10:5:6:15 chr5 180472513 . A G 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00557653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.888;QD=24.5158;RBI=0.0215778;REFB=0.011014;REVB=-0.0208448;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759446;STB=0.5421;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0105646;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:7:15:16:11:7:15 chr5 180486247 . G C,T 1072.32 PASS AF=0.0684932,0.931507;AO=4,69;DP=73;FAO=5,68;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=5,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876016,0.0232298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.4384,136.168;QD=58.7572;RBI=0.0113005,0.033567;REFB=0,0;REVB=-0.00713874,0.0242306;RO=0;SAF=0,32;SAR=4,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111889,-0.000194254;OID=.,.;OPOS=180486247,180486247;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:73:73:0:0:4,69:5,68:0.0684932,0.931507:4,37:0,32:0:0:5,36:0,32:0:0 chr5 180486305 . TC GT,TT 142.04 PASS AF=0,0.372093;AO=2,8;DP=43;FAO=0,16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00420197,0.0194898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.545,161.512;QD=13.2133;RBI=0.00547366,0.0417938;REFB=-0.0348552,-0.0329215;REVB=0.00350776,0.0369712;RO=27;SAF=0,2;SAR=2,6;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386095,-0.014516;STB=0.5,0.540021;STBP=1,0.71;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0481832;OID=.,.;OPOS=180486305,180486306;OREF=TC,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:27:27:2,8:0,16:0,0.372093:2,6:0,2:7:20:0,11:0,5:7:20 chr5 180486785 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.411;QD=45.8068;RBI=0.0194102;REFB=0;REVB=0.00799749;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24046e-05;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr5 180600638 . T C 215.52 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0130474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.436;QD=10.9126;RBI=0.0146164;REFB=-0.00279203;REVB=-0.00658835;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445204;STB=0.525851;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00402793;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:14:13:23:29:14:13:23:29 chr5 180600702 . G C 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.032077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.328;QD=11.9319;RBI=0.0324623;REFB=0.00120852;REVB=-0.0049865;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128671;STB=0.573671;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00317309;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:17:11:14:35:17:11:14:35 chr5 180615403 . A C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0406895;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=219.614;QD=19.9285;RBI=0.0408441;REFB=0.000701588;REVB=0.00355046;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.61886;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00264654;OID=.;OPOS=180615403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:2:7:6:6:2:7 chr5 180615933 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.856;QD=62.006;RBI=0.00857689;REFB=0;REVB=-0.00394726;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69589e-06;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr5 180618713 . A AC 790.74 PASS AF=1;AO=65;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112531;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7948;QD=42.7427;RBI=0.166669;REFB=0;REVB=-0.122945;RO=10;SAF=32;SAR=33;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00077391;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:78:74:74:0:40:34:0:0:15:10:32:33:10:0 chr5 180622615 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00947047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.366;QD=9.91648;RBI=0.0136291;REFB=-0.0018991;REVB=-0.00980116;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0042953;OID=.;OPOS=180622615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:8:9:5:4:8:9 chr5 180626927 . A G 1458.79 PASS AF=0.936364;AO=103;DP=112;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=73;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.022712;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.693;QD=53.0468;RBI=0.024776;REFB=-0.0299952;REVB=0.0099002;RO=7;SAF=73;SAR=30;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433556;STB=0.522871;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0025447;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:110:7:7:103:103:0.936364:30:73:7:0:30:73:7:0 chr5 180633891 . C T 193.01 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0156887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9523;QD=12.0628;RBI=0.0322786;REFB=-0.0190522;REVB=-0.0282095;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566953;STB=0.532759;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0281948;OID=.;OPOS=180633891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:17:23:15:9:17:23 chr5 180634747 . C T 363.8 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00792359;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.951;QD=12.1268;RBI=0.0111334;REFB=0.00738623;REVB=0.00782102;RO=75;SAF=25;SAR=19;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820576;STB=0.541355;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0127175;OID=.;OPOS=180634747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:44:44:0.366667:19:25:48:27:19:25:48:28 chr5 180634754 . C T 371.46 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0583639;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.947;QD=11.7923;RBI=0.0587668;REFB=-0.0287469;REVB=0.00687012;RO=81;SAF=25;SAR=20;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709289;STB=0.540523;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0375858;OID=.;OPOS=180634754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:20:25:50:31:20:25:50:31 chr5 180645350 . G T 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00368652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.821;QD=15.3078;RBI=0.0147483;REFB=0.0120487;REVB=-0.0142801;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165644;STB=0.593694;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0200725;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:21:13:25:21:21:13:25:21 chr5 180648971 . C A 418.03 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0149504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1752;QD=19.9062;RBI=0.0304645;REFB=-0.0275981;REVB=0.0265438;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428935;STB=0.523798;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0292804;OID=.;OPOS=180648971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:22:20:22:20:22:20:22:20 chr5 180664256 . C T 63.36 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00894503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.294;QD=8.73882;RBI=0.0194569;REFB=-0.000819598;REVB=0.0172788;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00139314;OID=.;OPOS=180664256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 224.54 PASS AF=0.555556,0.0277778;AO=19,2;DP=38;FAO=20,1;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11,0;FSAR=9,1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0147559,-0.0363004;FXX=0.121921;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=217.269,51.1134;QD=24.9488;RBI=0.0390074,0.049873;REFB=-0.041188,-0.0483972;REVB=0.0361088,0.0341993;RO=12;SAF=10,1;SAR=9,1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341801,-0.725467;STB=0.640823,0.996249;STBP=0.097,0.088;TYPE=del,snp;VARB=0.0368855,0.0362104;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.0277778:19,2:38:20,1:36:15:11,0:9,1:13:2:99:12:10,1:9,1:12:0 chr6 203878 . C T 320.85 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00132347;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6257;QD=21.3898;RBI=0.02341;REFB=-0.00374882;REVB=0.0233725;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403098;STB=0.528891;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00346104;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:27:33:33:0.55:13:20:17:9:13:20:18:9 chr6 203909 . A G 305.5 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00686374;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.674;QD=18.5153;RBI=0.0302999;REFB=-0.023524;REVB=0.0295122;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881998;STB=0.516844;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.025328;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:31:33:0.5:11:20:21:12:11:22:21:12 chr6 204072 . G T 215.54 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00354803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.119;QD=10.9136;RBI=0.00396044;REFB=-0.00899438;REVB=-0.0017597;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277602;STB=0.523563;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.014119;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:11:16:29:22:11:16:29:23 chr6 335175 . A T 520.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.067;QD=59.4899;RBI=0.0143672;REFB=0;REVB=0.00502845;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87369e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr6 348906 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00988724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.92;QD=7.66789;RBI=0.0102758;REFB=-0.00860532;REVB=-0.00279908;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127435;STB=0.507923;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0211968;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:4:8:23:12:4:8:23:12 chr6 350829 . G A 664.88 PASS AF=0.655172;AO=57;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000887498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.809;QD=30.5691;RBI=0.0067672;REFB=-0.00211112;REVB=0.00670875;RO=29;SAF=25;SAR=32;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157212;STB=0.501843;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00109241;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:30:57:57:0.655172:32:25:12:17:32:25:13:17 chr6 350940 . T TA 92.51 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0564424;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7044;QD=6.72818;RBI=0.0578875;REFB=0.00456605;REVB=0.0128538;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226519;STB=0.605713;STBP=0.262;TYPE=ins;VARB=-0.0143492;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:18:60:19:55:36:7:12:19:17:92:40:6:12:21:19 chr6 408012 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1155;QD=57.7111;RBI=0.0176174;REFB=0;REVB=0.009684;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46555e-05;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr6 408079 . C T 407.83 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0178061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.731;QD=14.3097;RBI=0.0328705;REFB=-0.00839599;REVB=-0.0276299;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136641;STB=0.58054;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.01411;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:67:47:47:0.412281:23:24:25:41:23:24:25:42 chr6 564145 . A G 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0.0179521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.273;QD=10.2382;RBI=0.0333658;REFB=0.0323521;REVB=0.0281247;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462872;STB=0.756482;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0516823;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:0:19:9:1:0:19 chr6 656143 . C A 971.4 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.446;QD=57.9937;RBI=0.0436418;REFB=0;REVB=-0.0244874;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218495;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr6 1313470 . C T 411.3 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00506315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.931;QD=21.0926;RBI=0.00633985;REFB=-0.00747823;REVB=0.00381552;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029399;STB=0.516244;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00616036;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:18:23:22:15:18:23:22:15 chr6 1395043 . T C 814.31 PASS AF=0.477273;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0167614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.858;QD=18.5069;RBI=0.0169744;REFB=-0.0138231;REVB=0.00268064;RO=91;SAF=48;SAR=36;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124267;STB=0.565838;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.013892;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:91:92:84:84:0.477273:36:48:40:51:36:48:41:51 chr6 1507626 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.691;QD=63.7515;RBI=0.0149584;REFB=0;REVB=0.0114711;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94543e-05;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr6 1507808 . G T 2253.44 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.416;QD=62.5955;RBI=0.0284271;REFB=0.0420156;REVB=0.026462;RO=1;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569488;STB=0.502958;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000173265;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:142:143:0.993056:83:59:0:1:84:59:0:1 chr6 1523145 . C G 747.96 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0127388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4797;QD=49.0464;RBI=0.0527195;REFB=0.0035411;REVB=-0.0511573;RO=1;SAF=49;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626876;STB=0.631524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00124805;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:1:5:56:56:0.918033:7:49:0:1:7:49:0:5 chr6 1742794 . A G 278.77 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0416488;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6014;QD=18.2797;RBI=0.0417713;REFB=-0.0119347;REVB=-0.00319719;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433238;STB=0.524213;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0179072;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:13:18:16:14:13:18 chr6 2623820 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00274761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.55;QD=17.6172;RBI=0.0732529;REFB=-0.0156842;REVB=0.0732013;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422146;STB=0.52379;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0290071;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:18:9:9:15:18:9 chr6 2624053 . T A 592.14 PASS AF=0.563107;AO=57;DP=102;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0030301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.147;QD=22.9959;RBI=0.0232357;REFB=-0.0223144;REVB=0.0230373;RO=45;SAF=30;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480397;STB=0.522081;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.015127;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:45:45:57:58:0.563107:27:30:21:24:28:30:21:24 chr6 2664375 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00873381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.059;QD=14.6492;RBI=0.0393033;REFB=0.00583976;REVB=-0.0383206;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00928375;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr6 2667031 . A G 241.28 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00506368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.344;QD=21.9342;RBI=0.0377979;REFB=0.000928563;REVB=0.0374572;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.564459;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000475214;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:11:10:14:9:11:10 chr6 2667863 . ATTTTTTTA AATTTTTAA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA 93.53 PASS AF=0.0909091,0.0454545,0.636364,0.0454545;AO=2,3,7,4;DP=30;FAO=2,1,14,1;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=0,1,6,1;FSAR=2,0,8,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0453205,0.0765506,0.110776,0.0523358;FXX=0.241296;HRUN=7,7,7,7;LEN=7,2,1,1;MLLD=23.4687,13.2771,9.94876,6.88337;QD=17.0054;RBI=0.0453214,0.193254,0.192991,0.0601943;REFB=-0.0780232,0.124553,-0.0174425,-0.143616;REVB=0.000295679,-0.177446,-0.158032,0.0297374;RO=7;SAF=0,2,2,4;SAR=2,1,5,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.539624,0.371415,0,0.751977;STB=0.993343,0.988136,0.516106,0.988136;STBP=0.303,0.484,0.881,0.484;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0834147,-0.0359438,0.0204407,0.0921956;OID=.,.,.,.;OPOS=2667864,2667870,2667864,2667870;OREF=TTTTTTT,TA,T,T;OALT=ATTTTTA,-,-,A;OMAPALT=AATTTTTAA,ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0909091,0.0454545,0.636364,0.0454545:2,3,7,4:30:2,1,14,1:22:4:0,1,6,1:2,0,8,0:2:2:19:7:0,2,2,4:2,1,5,0:2:5 chr6 2679676 . G A 393.35 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00908879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.887;QD=22.4771;RBI=0.0179977;REFB=-0.0222126;REVB=-0.0155342;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108354;STB=0.56407;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0140318;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:38:39:0.557143:17:21:13:18:17:22:13:18 chr6 2749381 . C T 571.86 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0102774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.354;QD=14.663;RBI=0.0120784;REFB=-0.00883354;REVB=-0.00634532;RO=91;SAF=38;SAR=27;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257493;STB=0.514443;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0130158;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:65:65:0.416667:27:38:51:40:27:38:51:40 chr6 2766465 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00417309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3819;QD=8.24597;RBI=0.0272918;REFB=-0.0372814;REVB=-0.0269708;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237013;STB=0.637842;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0363804;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:1:6:10:4:1:6:11:4 chr6 2784571 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0513231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6484;QD=14.0541;RBI=0.0513609;REFB=0.00861322;REVB=0.00197063;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141903;STB=0.580583;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.018887;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:23:12:12:13:23:12 chr6 2838843 . C T 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0114137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.013;QD=16.5331;RBI=0.0204868;REFB=-0.00653628;REVB=-0.0170128;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709486;STB=0.539846;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00761469;OID=.;OPOS=2838843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:18:17:24:19:18:17:24:19 chr6 2889071 . A C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0110139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.515;QD=15.2932;RBI=0.014684;REFB=-0.012645;REVB=0.00971146;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614015;STB=0.863987;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00553538;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:2:7:1:8:2:7 chr6 2953394 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0259731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.425;QD=9.85698;RBI=0.0303156;REFB=-0.0178458;REVB=-0.0156343;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153739;STB=0.590077;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0360016;OID=.;OPOS=2953394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:26:15:10:10:26:15 chr6 2959513 . C T 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000222865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0712;QD=60.3717;RBI=0.0119803;REFB=0;REVB=-0.0119783;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06699e-05;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr6 2994222 . G A 181.35 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00292741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.869;QD=32.9723;RBI=0.0577954;REFB=-0.00384079;REVB=0.0577213;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159885;STB=0.588131;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00140935;OID=.;OPOS=2994222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:7:10:1:4:7:10:1:4 chr6 3077141 . T C 743.77 PASS AF=0.489933;AO=70;DP=147;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00702692;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.003;QD=19.9669;RBI=0.0295639;REFB=-0.00854173;REVB=-0.0287166;RO=73;SAF=43;SAR=27;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112263;STB=0.512602;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00872089;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:73:76:70:73:0.489933:27:43:44:29:29:44:44:32 chr6 3154871 . A C 77.73 PASS AF=0.119205;AO=18;DP=149;FAO=18;FDP=151;FR=.;FRO=133;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.011199;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3579;QD=2.05897;RBI=0.0375142;REFB=0.00123037;REVB=-0.0358036;RO=131;SAF=15;SAR=3;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432697;STB=0.807603;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0171208;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:149:151:131:133:18:18:0.119205:3:15:65:66:3:15:67:66 chr6 3154882 . C T 129.52 PASS AF=0.170213;AO=24;DP=141;FAO=24;FDP=141;FR=.;FRO=117;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.00930392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0354;QD=3.67426;RBI=0.00950565;REFB=0.00502751;REVB=-0.00194793;RO=112;SAF=13;SAR=11;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00763624;STB=0.502675;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.012687;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:112:117:24:24:0.170213:11:13:60:52:11:13:63:54 chr6 3225759 . C A 169.07 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0236999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.393;QD=8.67016;RBI=0.0285271;REFB=-0.0151731;REVB=0.0158781;RO=54;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108478;STB=0.558671;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0310113;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:55:23:23:0.294872:9:14:28:26:9:14:29:26 chr6 3255327 . G A 354.32 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00678429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.217;QD=21.474;RBI=0.0483178;REFB=-0.0109742;REVB=-0.0478391;RO=30;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554812;STB=0.530596;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00651731;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:13:23:21:9:13:23:21:9 chr6 3255340 . A C 381.39 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0135894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.488;QD=19.5582;RBI=0.0185026;REFB=-0.00189293;REVB=-0.0125569;RO=39;SAF=25;SAR=13;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621807;STB=0.529397;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00211083;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:13:25:28:11:13:26:28:11 chr6 3264440 . C G 440.24 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00264057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1463;QD=16.9324;RBI=0.0254127;REFB=-0.00156134;REVB=-0.0252751;RO=55;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389072;STB=0.516174;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00124245;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:26:22:23:32:26:22:24:32 chr6 3264487 . T C 323.86 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0310664;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.039;QD=12.5772;RBI=0.0313675;REFB=-0.025534;REVB=0.00433618;RO=63;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496047;STB=0.524168;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0256316;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:24:15:27:36:24:15:27:37 chr6 3264502 . G C 267.53 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0203431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.352;QD=12.0236;RBI=0.0203542;REFB=-0.00300051;REVB=-0.000672404;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733457;STB=0.542143;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00733982;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:23:34:17:15:23:34 chr6 3264527 . T C 191.12 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0637255;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1878;QD=9.55591;RBI=0.0650684;REFB=-0.00606374;REVB=-0.0131513;RO=56;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395126;STB=0.530097;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0137809;OID=.;OPOS=3264527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:56:55:25:25:0.3125:13:12:25:31:13:12:24:31 chr6 3285280 . C T 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0257175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.068;QD=20.9589;RBI=0.0257249;REFB=-0.00926462;REVB=-0.000617224;RO=40;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304587;STB=0.516846;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0122083;OID=.;OPOS=3285280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:23:20:20:20:23:20:20:20 chr6 3285286 . A G 389.65 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0137903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.213;QD=21.6474;RBI=0.0502282;REFB=-0.0391645;REVB=-0.0482981;RO=33;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194252;STB=0.510724;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0336817;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:21:18:16:17:21:18:16:17 chr6 3438738 . G A 699.77 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00789955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.248;QD=54.8838;RBI=0.011413;REFB=-0.131691;REVB=0.00823733;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000863215;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:22:28:0:0:22:28:0:1 chr6 3727811 . C G 477.37 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00843906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.666;QD=18.0138;RBI=0.0116759;REFB=-0.0123829;REVB=-0.008069;RO=54;SAF=27;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957162;STB=0.5575;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0146989;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:55:51:51:0.481132:24:27:23:31:24:27:23:32 chr6 4031998 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.718;QD=44.6882;RBI=0.0370441;REFB=0;REVB=-0.0248034;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17218e-05;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 4069166 . C T 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000670189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8023;QD=64.4121;RBI=0.0312003;REFB=0;REVB=-0.0311931;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281873;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr6 4074612 . A C 2465.09 PASS AF=0.943503;AO=165;DP=176;FAO=167;FDP=177;FR=.;FRO=10;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.032415;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.241;QD=55.7082;RBI=0.0326593;REFB=-0.0217236;REVB=0.00398711;RO=3;SAF=72;SAR=93;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355973;STB=0.520331;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000257827;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:176:177:3:10:165:167:0.943503:93:72:1:2:93:74:8:2 chr6 4133855 . C T 635.57 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.016385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.022;QD=23.3236;RBI=0.0362513;REFB=-0.0164208;REVB=-0.0323371;RO=47;SAF=28;SAR=34;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299644;STB=0.516374;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0145011;OID=.;OPOS=4133855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:34:28:23:24:34:28:23:24 chr6 4428223 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00292495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.961;QD=11.9536;RBI=0.00391622;REFB=-0.00853404;REVB=0.00260411;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00836808;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr6 4735035 . T C 242.9 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0477523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4869;QD=22.5954;RBI=0.0479588;REFB=-0.0426525;REVB=-0.00444497;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136927;STB=0.576546;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0426789;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:8:12:10:13:8:12 chr6 4735071 . C G 299.75 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00320912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.392;QD=26.0649;RBI=0.01183;REFB=-0.0114083;REVB=-0.0113865;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159667;STB=0.571375;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00701382;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:19:26:27:0.586957:11:15:6:11:11:16:8:11 chr6 4773438 . C T 492.6 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.000940036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.953;QD=20.1063;RBI=0.0207472;REFB=-0.0179003;REVB=-0.0207259;RO=49;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893024;STB=0.500426;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0108462;OID=.;OPOS=4773438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:23:25:26:23:23:25:26:24 chr6 5086211 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.672;QD=42.1826;RBI=0.0445797;REFB=0;REVB=0.0365288;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477588;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 5086558 . C A 1048.17 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00717956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.462;QD=58.2314;RBI=0.0394355;REFB=-0.00927039;REVB=0.0387764;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.76867e-05;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:38:33:0:0:38:33:0:1 chr6 5139012 . C A 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9486;QD=50.4005;RBI=0.0642654;REFB=0;REVB=-0.0210797;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00279188;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr6 6145726 . A G 666.64 PASS AF=0.47651;AO=69;DP=151;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00938354;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.681;QD=17.8963;RBI=0.00965857;REFB=-0.014401;REVB=-0.00228848;RO=82;SAF=37;SAR=32;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243642;STB=0.50171;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0184515;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:82:78:69:71:0.47651:32:37:46:36:33:38:42:36 chr6 6152137 . C G 278.87 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0133132;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.733;QD=17.4294;RBI=0.0154218;REFB=-0.00645874;REVB=-0.00778409;RO=32;SAF=5;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270504;STB=0.637485;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0202735;OID=.;OPOS=6152137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:30:31:0.484375:25:5:12:20:25:6:13:20 chr6 6152140 . C T 285.72 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.011924;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.276;QD=17.8573;RBI=0.0124152;REFB=-0.0170699;REVB=-0.00345762;RO=33;SAF=5;SAR=26;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236208;STB=0.634048;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0273248;OID=.;OPOS=6152140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:26:5:11:22:26:5:11:22 chr6 6320808 . T G 2133.86 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0853;QD=62.7606;RBI=0.0770545;REFB=0;REVB=-0.074236;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313797;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:76:59:0:0:76:60:0:0 chr6 7211818 . G A 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.097;QD=60.7491;RBI=0.0329517;REFB=-0.0287112;REVB=0.0291198;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885539;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000121952;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:32:53:1:0:32:53:1:0 chr6 7230680 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.619;QD=50.4125;RBI=0.0238366;REFB=0;REVB=0.0133514;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39731e-05;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 7246998 . G A 188.65 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.014666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.33;QD=11.2625;RBI=0.0160548;REFB=-0.0274758;REVB=0.00653173;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872913;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0510779;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:67:36:43:24:24:0.358209:12:12:15:21:12:12:22:21 chr6 7247248 . T C 322.17 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000323619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.988;QD=53.6949;RBI=0.0271152;REFB=0;REVB=0.0271133;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106855;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:12:12:0:0 chr6 7248925 . C T 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0831582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.105;QD=24.1981;RBI=0.0919203;REFB=0.0025415;REVB=-0.0391672;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.588138;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00437824;OID=.;OPOS=7248925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:4:8:8:10:4:8 chr6 7288544 . A C 71.6 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0159328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0198;QD=7.95515;RBI=0.0718989;REFB=-0.00912988;REVB=0.0701113;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246612;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0254195;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:16:10:6:4:16:10 chr6 7289957 . CCA C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00845752;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.646;QD=11.2625;RBI=0.00873449;REFB=-0.00625664;REVB=-0.00218212;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=0.00819488;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:15:37:15:35:20:7:8:10:10:98:20:7:8:10:10 chr6 7295283 . T A 168.41 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0381055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1807;QD=22.4543;RBI=0.0398467;REFB=-0.0753596;REVB=-0.0116502;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186812;STB=0.610988;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0322868;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:12:17:18:0.6:7:10:4:8:7:11:4:8 chr6 7295300 . TA TAA,T 50.7 PASS AF=0,0.535714;AO=4,11;DP=28;FAO=0,15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.1994,0.182569;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.41728,8.46355;QD=7.24223;RBI=0.300861,0.283698;REFB=-0.0125411,0.0039567;REVB=-0.225293,0.217149;RO=11;SAF=2,3;SAR=2,8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253419,0;STB=0.5,0.52628;STBP=1,0.793;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0683844;OID=.,.;OPOS=7295301,7295301;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.535714:4,11:28:0,15:28:13:0,5:0,10:5:8:38:11:2,3:2,8:3:8 chr6 7393452 . C T 523.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021096;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1531;QD=59.8696;RBI=0.0468803;REFB=0;REVB=-0.0418655;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241499;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 7563983 . T G 2127.42 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106284;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7508;QD=63.0348;RBI=0.0174291;REFB=0;REVB=0.0138134;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337449;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr6 7572262 . A G 972.95 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.442;QD=58.0865;RBI=0.0400047;REFB=0;REVB=-0.00270723;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1808e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:35:29:0:0:36:31:0:0 chr6 7576527 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0319796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3728;QD=16.5274;RBI=0.0449333;REFB=0.0185512;REVB=-0.0315643;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797048;STB=0.504501;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0140296;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:16:13:11:14:16:13 chr6 7577260 . C T 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0150759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.832;QD=20.8712;RBI=0.0226014;REFB=-0.0193603;REVB=-0.0168386;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00523696;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:7:13:11:10:7:13 chr6 7581636 . G A 241.66 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00308869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.569;QD=21.9687;RBI=0.00364132;REFB=-0.0113031;REVB=0.00192853;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.587351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0126236;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:8:13:10:13:8:13 chr6 7585967 . G C 47.23 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00196558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.281;QD=11.1119;RBI=0.00261858;REFB=-0.0215961;REVB=-0.00173017;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0333103;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr6 7601720 . C T 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00234667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0752;QD=16.0762;RBI=0.046893;REFB=-0.00355436;REVB=-0.0468343;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286403;STB=0.51612;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00370061;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:19:24:18:16:19:24 chr6 7862631 . G C 574.97 PASS AF=0.569892;AO=47;DP=87;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0296573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.073;QD=24.7298;RBI=0.0296804;REFB=-0.0176516;REVB=-0.00117074;RO=39;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872381;STB=0.52823;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0151866;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:93:39:40:47:53:0.569892:27:20:17:22:27:26:17:23 chr6 7881907 . A T 51.34 PASS AF=0.149425;AO=16;DP=71;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0687289;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.4089;QD=2.36041;RBI=0.0728122;REFB=-0.00976011;REVB=-0.0240407;RO=55;SAF=2;SAR=14;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397373;STB=0.701423;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.112877;OID=.;OPOS=7881907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:87:55:74:16:13:0.149425:14:2:20:35:10:3:33:41 chr6 7986847 . G A 180.45 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0403508;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6406;QD=10.9362;RBI=0.0462581;REFB=-0.0191455;REVB=-0.0226191;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137386;STB=0.579334;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0620733;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:43:23:23:0.348485:14:9:12:31:14:9:12:31 chr6 7987883 . G C 502.47 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0039601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.111;QD=24.8133;RBI=0.0234435;REFB=-0.00274598;REVB=-0.0231066;RO=34;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815418;STB=0.504465;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00168591;OID=.;OPOS=7987883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:24:23:17:17:24:23:17:17 chr6 7988189 . T C 258.75 PASS AF=0.4;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0161018;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.298;QD=13.8001;RBI=0.0247691;REFB=-0.0079581;REVB=-0.0188212;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465483;STB=0.521767;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0182109;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:45:30:30:0.4:11:19:29:14:11:19:30:15 chr6 8015129 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.184;QD=62.3507;RBI=0.053447;REFB=0;REVB=0.0111112;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257362;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr6 9776058 . G A 729.45 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0513;QD=56.1117;RBI=0.0563664;REFB=0;REVB=-0.0474781;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124381;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr6 9903626 . C T 403.68 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0067833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.965;QD=14.9511;RBI=0.0232232;REFB=-0.0241082;REVB=-0.0222105;RO=62;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249332;STB=0.640433;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0215407;OID=.;OPOS=9903626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:15:31:27:35:15:31:27:35 chr6 10439968 . T C 195.12 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0236487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.284;QD=17.7384;RBI=0.0245009;REFB=-0.0155186;REVB=0.0064059;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.565053;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00904556;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:9:10:16:8:9:11:16:8 chr6 10439972 . GTC G,GT 56.54 PASS AF=0,0.384615;AO=5,6;DP=35;FAO=0,15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=0,14;FSAR=0,1;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.199051,-0.0495963;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=89.4724,15.7544;QD=5.79917;RBI=0.19943,0.0535792;REFB=0.0032892,-0.0335168;REVB=-0.0122913,-0.0202716;RO=23;SAF=5,6;SAR=0,0;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.709336,0.734556;STB=0.5,0.896809;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.0573706;OID=.,.;OPOS=10439973,10439974;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.384615:5,6:35:0,15:39:24:0,14:0,1:10:14:57:23:5,6:0,0:9:14 chr6 10509380 . T A 305.4 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.000836666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.903;QD=15.0816;RBI=0.00399427;REFB=-0.0186264;REVB=0.00390567;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808627;STB=0.503309;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0213962;OID=.;OPOS=10509380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:15:18:26:21:15:19:26:21 chr6 10587038 . C G 708.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0494;QD=62.959;RBI=0.024197;REFB=0;REVB=-0.0051902;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194895;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr6 10634214 . T C 425.37 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0128877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.926;QD=18.9053;RBI=0.01801;REFB=-0.00711192;REVB=0.0125805;RO=47;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235996;STB=0.507713;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0170661;OID=.;OPOS=10634214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:42:43:0.477778:18:24:28:19:18:25:28:19 chr6 10647272 . C T 313.13 PASS AF=0.465753;AO=35;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00157326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3052;QD=17.1578;RBI=0.026585;REFB=-0.000945815;REVB=-0.0265384;RO=37;SAF=27;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323825;STB=0.717551;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000381865;OID=.;OPOS=10647272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:35:34:0.465753:8:27:17:20:7:27:17:22 chr6 10671764 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0143989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.134;QD=14.2598;RBI=0.0473542;REFB=-0.000841779;REVB=0.0451119;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173892;STB=0.601138;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00215974;OID=.;OPOS=10671764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:13:11:10:6:13:11 chr6 10687746 . G T 342.37 PASS AF=0.38;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0184949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.599;QD=13.6949;RBI=0.0231672;REFB=-0.000227881;REVB=0.013952;RO=61;SAF=15;SAR=23;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176177;STB=0.605208;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000325375;OID=.;OPOS=10687746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:62:38:38:0.38:23:15:34:27:23:15:35:27 chr6 10729020 . C T 1493.39 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0440715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6566;QD=62.2244;RBI=0.0449786;REFB=0.00112724;REVB=0.00898769;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000336141;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:54:41:0:0:54:41:1:0 chr6 10753107 . T A 268.87 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00721385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.8088;QD=14.3395;RBI=0.0231942;REFB=-0.0238346;REVB=0.0220439;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187717;STB=0.593689;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0245866;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:44:31:31:0.413333:19:12:24:18:19:12:24:20 chr6 10763312 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0285466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.337;QD=9.25819;RBI=0.0286408;REFB=-0.00898008;REVB=-0.00232097;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247733;STB=0.642602;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0222656;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:9:3:12:15:9:3:12:16 chr6 10764727 . A G 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00373774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.893;QD=18.7626;RBI=0.00957313;REFB=-0.015161;REVB=-0.00881329;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121472;STB=0.567447;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0193123;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:23:19:15:31:23:19:15:31 chr6 10891781 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.275;QD=59.679;RBI=0.015177;REFB=0;REVB=-0.0134108;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31562e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr6 10906256 . A G 378.99 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0354297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5639;QD=21.9705;RBI=0.0415189;REFB=0.0270369;REVB=-0.0216462;RO=30;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173369;STB=0.515715;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0234138;OID=.;OPOS=10906256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:16:22:18:12:16:22:19:12 chr6 10955408 . C T 1322.59 PASS AF=0.966667;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0849973;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2874;QD=58.7816;RBI=0.0862058;REFB=0.0465242;REVB=0.0143839;RO=2;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026295;STB=0.519995;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000398698;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:90:2:3:84:87:0.966667:35:49:0:2:36:51:0:3 chr6 10981053 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000118208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.117;QD=15.6194;RBI=0.0273624;REFB=1.31337e-05;REVB=-0.0273621;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192488;STB=0.581307;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-9.54763e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:9:9:16:7:9:9:16:9 chr6 11079286 . G A 404.02 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0206958;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5617;QD=16.6607;RBI=0.0218004;REFB=-0.0122868;REVB=0.00685128;RO=55;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801199;STB=0.504502;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0155269;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:55:55:42:42:0.43299:24:18:24:31:24:18:24:31 chr6 11105763 . C T 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0133512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.401;QD=21.268;RBI=0.0159973;REFB=-0.0228957;REVB=0.00881236;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193942;STB=0.608899;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0170208;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:10:4:9:8:10:4 chr6 11185257 . A T 559.6 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.05041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7004;QD=52.0556;RBI=0.0522733;REFB=-0.19645;REVB=0.0138324;RO=2;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520011;STB=0.552604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00524984;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:43:43:2:4:39:39:0.906977:22:17:2:0:22:17:4:0 chr6 11185509 . G T 385.68 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0275401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3911;QD=15.5832;RBI=0.030897;REFB=0.00294966;REVB=-0.014006;RO=58;SAF=21;SAR=20;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204582;STB=0.614722;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00795475;OID=.;OPOS=11185509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:20:21:41:17:20:21:41:17 chr6 11185533 . G A 568.78 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00812698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.112;QD=20.8726;RBI=0.0316454;REFB=-0.00466171;REVB=0.0305841;RO=51;SAF=39;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109367;STB=0.562961;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00434705;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:51:51:57:58:0.53211:18:39:29:22:18:40:29:22 chr6 11190626 . A G 1500.17 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117951;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.273;QD=60.0069;RBI=0.0120116;REFB=0;REVB=-0.00227024;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81044e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr6 11192575 . C T 1058.11 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000394505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.68;QD=57.9788;RBI=0.00251352;REFB=-0.0462754;REVB=-0.00248237;RO=1;SAF=49;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955282;STB=0.504853;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000426294;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:70:72:0.986301:21:49:1:0:21:51:1:0 chr6 11193860 . G A 1641.76 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00309478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.44;QD=60.2482;RBI=0.0240879;REFB=0;REVB=0.0238883;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88496e-05;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr6 11213832 . T C 729.45 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.675;QD=57.2119;RBI=0.0479001;REFB=0;REVB=0.0320507;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04727e-05;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr6 11538534 . C T 395.56 PASS AF=0.446809;AO=37;DP=89;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00375671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.653;QD=16.8321;RBI=0.0232812;REFB=-0.00129607;REVB=0.0229761;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140184;STB=0.595701;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00187397;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:52:52:37:42:0.446809:17:20:35:17:21:21:35:17 chr6 11576130 . T C 731.65 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0287539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.038;QD=48.7764;RBI=0.05978;REFB=-0.121694;REVB=0.0524105;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517235;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00846271;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:60:60:0:5:55:55:0.916667:22:33:0:0:22:33:2:3 chr6 11644302 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5432;QD=39.2052;RBI=0.156555;REFB=0;REVB=-0.00690952;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108212;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 11644518 . C T 948.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2065;QD=58.3962;RBI=0.102843;REFB=0;REVB=-0.02148;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616538;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:28:35:0:0:28:37:0:0 chr6 12122645 . A G 1302.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.803;QD=62.0013;RBI=0.0103775;REFB=0;REVB=0.0073387;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35652e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr6 12122773 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00861446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.487;QD=11.0866;RBI=0.0166591;REFB=-0.000619742;REVB=-0.0142589;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130276;STB=0.56746;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000708439;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:4:9:14:10:4:9:15:10 chr6 12124587 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0388962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.188;QD=25.0397;RBI=0.0410569;REFB=-0.0114083;REVB=0.0131436;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185652;STB=0.510301;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0107753;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:8:12:15:11:8:12 chr6 12294258 . A G 1181.92 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0136776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.543;QD=58.3662;RBI=0.0136813;REFB=-0.0273696;REVB=-0.000316719;RO=2;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185567;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-1.65035e-05;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:78:79:0.975309:50:28:0:2:50:29:0:2 chr6 12296255 . G T 706.25 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00725048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.991;QD=21.4014;RBI=0.00793334;REFB=0.00421621;REVB=-0.00321999;RO=63;SAF=34;SAR=35;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000599682;STB=0.500329;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00508173;OID=.;OPOS=12296255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:63:69:69:0.522727:35:34:31:32:35:34:31:32 chr6 13470113 . A T 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0991;QD=62.9773;RBI=0.0588123;REFB=0;REVB=0.0585358;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513136;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr6 13548165 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.47;QD=58.5874;RBI=0.0310762;REFB=0;REVB=0.0297347;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120466;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr6 13622132 . T TC 60.41 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00753565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0435;QD=10.0687;RBI=0.0243905;REFB=0.0179143;REVB=0.0231972;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=-0.0225582;OID=.;OPOS=13622133;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:9:24:10:24:14:5:5:6:8:60:15:4:5:7:8 chr6 13794147 . C T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0119065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8664;QD=18.7955;RBI=0.0140015;REFB=0.0031698;REVB=-0.00736733;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210583;STB=0.511916;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00815995;OID=.;OPOS=13794147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:17:10:9:14:17:10 chr6 13978207 . CA C 285.26 PASS AF=0.469027;AO=44;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.000937206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.6395;QD=10.0978;RBI=0.00960102;REFB=-0.00905255;REVB=-0.00955517;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440515;STB=0.53534;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.0120706;OID=.;OPOS=13978208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469027:44:112:53:113:60:23:30:30:30:99:59:19:25:28:31 chr6 13978275 . A C 596.71 PASS AF=0.512605;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0332595;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8997;QD=20.0575;RBI=0.0342442;REFB=-0.0109523;REVB=0.00815289;RO=58;SAF=28;SAR=32;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475287;STB=0.530184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00984446;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:58:58:60:61:0.512605:32:28:24:34:32:29:24:34 chr6 13978287 . G C 500.68 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0077657;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.477;QD=16.8297;RBI=0.0229843;REFB=-0.0217841;REVB=-0.0216326;RO=65;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471778;STB=0.526306;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0223816;OID=.;OPOS=13978287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:30:24:32:33:30:24:32:33 chr6 13978618 . C G 198.41 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00360976;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.783;QD=18.4569;RBI=0.00780514;REFB=-0.02225;REVB=-0.00692025;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420163;STB=0.523905;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0211024;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:13:7:9:14:13:7:9:14 chr6 13978802 . TCTC T 237.79 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00191249;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.799;QD=17.6141;RBI=0.00665409;REFB=-0.0212429;REVB=-0.00637333;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263653;STB=0.636781;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0187252;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:25:55:26:54:28:9:17:17:11:99:28:9:16:18:10 chr6 13978837 . G T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0146984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.142;QD=17.0637;RBI=0.0154213;REFB=-0.0176923;REVB=0.00466621;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168037;STB=0.594172;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0312744;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:15:13:20:11:15:13:20:11 chr6 13978910 . G T 200.28 PASS AF=0.512821;AO=22;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0104459;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6535;QD=20.5416;RBI=0.0180036;REFB=0.0129999;REVB=-0.0146633;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129455;STB=0.652011;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.010677;OID=.;OPOS=13978910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:19:22:20:0.512821:7:15:9:8:5:15:9:10 chr6 13979369 . T C 402.57 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00109806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1955;QD=15.6339;RBI=0.0132646;REFB=0.00242641;REVB=-0.0132191;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201424;STB=0.608383;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00355744;OID=.;OPOS=13979369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:58:45:45:0.436893:28:17:33:24:28:17:33:25 chr6 13980157 . A T 228.79 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0670558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2435;QD=16.0553;RBI=0.074695;REFB=-0.0397363;REVB=-0.032907;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250873;STB=0.515806;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0429866;OID=.;OPOS=13980157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:31:25:26:0.45614:14:11:14:18:15:11:14:17 chr6 14131804 . G A 362.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00428685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.707;QD=17.8769;RBI=0.0358857;REFB=-0.0186776;REVB=0.0356287;RO=43;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191753;STB=0.606881;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0247255;OID=.;OPOS=14131804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:21:17:28:15:21:17:28:15 chr6 14646772 . A G 817.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2309;QD=57.3699;RBI=0.0569235;REFB=0;REVB=-0.0201197;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397934;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr6 14646864 . GTTTTTTTA GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA 62.44 PASS AF=0.434783,0.0434783,0;AO=4,7,3;DP=27;FAO=10,1,0;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7,0,0;FSAR=3,1,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.129422,-0.257137,-0.159149;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.9792,9.1513,13.8084;QD=10.8583;RBI=0.147461,0.395499,0.273182;REFB=-0.112161,-0.11853,-0.0152406;REVB=0.070673,0.3005,0.222036;RO=8;SAF=3,6,2;SAR=1,1,1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.149602,0.300057,0.047266;STB=0.521233,0.992387,0.5;STBP=0.852,0.255,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.149757,0.104353,0;OID=.,.,.;OPOS=14646871,14646865,14646871;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTA,GTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0.0434783,0:4,7,3:27:10,1,0:23:12:7,0,0:3,1,0:8:4:53:8:3,6,2:1,1,1:5:3 chr6 15513482 . G A 120.12 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00158352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0469;QD=14.1319;RBI=0.0242832;REFB=0.00294788;REVB=0.0242315;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191809;STB=0.610474;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00357145;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:5:15:8:6:5:15 chr6 15546277 . GA G 40.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00679097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0578;QD=6.95861;RBI=0.0588185;REFB=-0.0826282;REVB=-0.0584252;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349847;STB=0.713752;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0854138;OID=.;OPOS=15546278;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:1:9:4:9:40:13:1:9:4:9 chr6 15586009 . G T 1153.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.84;QD=60.7351;RBI=0.0296925;REFB=0;REVB=0.00225097;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52186e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:39:36:0:0:39:37:0:0 chr6 16145325 . A G 961.84 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00413834;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.484;QD=57.4233;RBI=0.0104545;REFB=-0.0224649;REVB=0.00960051;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.0728e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:39:27:0:0:39:27:0:1 chr6 16290761 . T A 1219.15 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0180997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.789;QD=58.7544;RBI=0.0299641;REFB=-0.0132086;REVB=0.0238798;RO=2;SAF=47;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197198;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=3.04839e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:80:81:0.975904:33:47:2:0:34:47:2:0 chr6 16300444 . G GTCCTT 270.6 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0223235;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=5;MLLD=274.964;QD=22.5503;RBI=0.0238595;REFB=-0.0171607;REVB=-0.00842253;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890431;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=0.0149767;OID=.;OPOS=16300445;OREF=-;OALT=TCCTT;OMAPALT=GTCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:25:50:25:48:23:14:11:10:13:99:24:14:11:11:13 chr6 16327330 . T C 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3972;QD=55.0884;RBI=0.00696902;REFB=0;REVB=-0.0059449;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95584e-05;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 16327534 . GGC G,GG 99.51 PASS AF=0.590909,0;AO=8,4;DP=25;FAO=13,0;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0550526,0.00322977;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.4509,13.5686;QD=18.0919;RBI=0.107403,0.0362171;REFB=-0.0903089,-0.12251;REVB=-0.0922202,0.0360728;RO=10;SAF=6,3;SAR=2,1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0.418605,0;SSEP=0,0.395939;SSSB=0.556609,0.621758;STB=0.729391,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,del;VARB=0.0565364,0.0482808;OID=.,.;OPOS=16327535,16327536;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909,0:8,4:25:13,0:22:9:9,0:4,0:1:8:52:10:6,3:2,1:1:9 chr6 16327615 . A G 426.93 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=53.3664;RBI=0.0282364;REFB=0.0290428;REVB=0.0176131;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00180393;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:32:0:1:29:31:0.96875:10:19:0:0:10:21:1:0 chr6 17293058 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.021238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.163;QD=10.6346;RBI=0.0212388;REFB=-0.00731166;REVB=0.000192437;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.602151;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0107047;OID=.;OPOS=17293058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:7:6:5:3:7:6 chr6 17543302 . A G 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0194133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.749;QD=19.2742;RBI=0.0201721;REFB=0.000612643;REVB=-0.00548071;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976586;STB=0.554223;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.000517735;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:14:23:19:18:14:23 chr6 17629616 . G A 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.51;QD=52.5374;RBI=0.0127231;REFB=-0.00873662;REVB=0.00127514;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000688041;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:22:28:1:1:22:28:1:1 chr6 17633061 . C T 688.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.919;QD=62.6167;RBI=0.0500765;REFB=0;REVB=0.0134182;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181202;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr6 17665479 . G C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0395245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.765;QD=11.8156;RBI=0.0481191;REFB=0.00280243;REVB=-0.0274457;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653351;STB=0.53757;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0047075;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:7:17:31:10:7:17:31:10 chr6 17675246 . T C 358.72 PASS AF=0.447059;AO=39;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0118686;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.167;QD=16.8808;RBI=0.0193935;REFB=-0.0109253;REVB=-0.0153377;RO=47;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200716;STB=0.628259;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0107321;OID=.;OPOS=17675246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:39:38:0.447059:28:11:22:25:28:10:22:25 chr6 17731096 . A G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00608617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.495;QD=16.2755;RBI=0.0275555;REFB=-0.00279178;REVB=0.026875;RO=51;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147713;STB=0.508314;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00422192;OID=.;OPOS=17731096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:14:25:32:19:14:25:32:19 chr6 17764530 . C T 281.34 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0274194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.075;QD=17.0511;RBI=0.0449164;REFB=0.0156964;REVB=-0.0355761;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139505;STB=0.578181;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0187162;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:21:14:17:14:21:14 chr6 17764731 . G C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0122648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6799;QD=17.2886;RBI=0.0148188;REFB=-0.0145212;REVB=-0.00831689;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865263;STB=0.504851;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00857401;OID=.;OPOS=17764731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:14:19:17:13:14:19 chr6 17794494 . G A 1424.73 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244233;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.134;QD=63.3214;RBI=0.0327104;REFB=0;REVB=0.0217593;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07005e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr6 18122506 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0120132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.608;QD=15.2625;RBI=0.0126355;REFB=-0.0288182;REVB=-0.00391672;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54129;STB=0.816623;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0291669;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:5:11:2:11:5:11 chr6 18139214 . G A 292.64 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0228913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.81;QD=17.2141;RBI=0.0418329;REFB=-0.00579887;REVB=-0.0350139;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239174;STB=0.633494;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0135393;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:25:11:18:14:25:11 chr6 18188091 . T C 365.15 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00557933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.118;QD=16.0504;RBI=0.0221471;REFB=-0.00940876;REVB=-0.0214328;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791494;STB=0.544498;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00826719;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:18:21:32:20:18:21:32:20 chr6 18215303 . T C 2679.72 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.584;QD=61.6027;RBI=0.031618;REFB=-0.107112;REVB=0.0152331;RO=0;SAF=83;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000127676;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:0:1:173:173:0.994253:90:83:0:0:90:83:0:1 chr6 18273431 . G A 195.1 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0362811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9732;QD=14.189;RBI=0.0467147;REFB=-0.019842;REVB=-0.029427;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221385;STB=0.512647;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0286809;OID=.;OPOS=18273431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:16:16:11:12:16:16 chr6 18466677 . A T 561.62 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0412788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.694;QD=53.4879;RBI=0.0418929;REFB=-0.0384616;REVB=-0.00714676;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.533316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.027326;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:18:21:3:0:18:21:3:0 chr6 18466750 . C T 965.62 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124018;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.538;QD=58.5224;RBI=0.0368897;REFB=0;REVB=0.0347426;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237055;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr6 20102439 . C T 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00499695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.181;QD=16.9851;RBI=0.0173006;REFB=0.0115463;REVB=-0.0165632;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205113;STB=0.50645;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.011606;OID=.;OPOS=20102439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:13:23:26:16:13:23:27:16 chr6 20282269 . T C 222.94 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127379;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.114;QD=49.5431;RBI=0.0149172;REFB=0;REVB=0.00776325;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113629;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr6 20492407 . C G 1151.87 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7693;QD=60.6248;RBI=0.0732521;REFB=0;REVB=0.0243367;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065275;OID=.;OPOS=20492407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr6 20492995 . T C 671.75 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00505432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.185;QD=52.6861;RBI=0.0222528;REFB=-0.0695116;REVB=-0.0216712;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380022;STB=0.50202;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00015864;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:27:22:1:1:27:22:1:1 chr6 20599628 . C T 648.88 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0267685;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.329;QD=18.408;RBI=0.0267772;REFB=-0.0242558;REVB=-0.000683247;RO=76;SAF=36;SAR=30;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581111;STB=0.506492;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0271902;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:76:75:66:66:0.468085:30:36:41:35:30:36:40:35 chr6 21201493 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.948;QD=61.375;RBI=0.0147493;REFB=0;REVB=0.0112551;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83458e-05;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:34:46:0:0:34:46:0:0 chr6 24147409 . C A 357.41 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.103871;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3573;QD=19.3194;RBI=0.106176;REFB=-0.0108785;REVB=0.0220026;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482359;STB=0.513809;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0114493;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:16:19:22:15:16:21:22:15 chr6 24147483 . A G 363.18 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0740837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.807;QD=18.1591;RBI=0.0840724;REFB=-0.0143092;REVB=-0.0397463;RO=42;SAF=28;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225664;STB=0.626795;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0256884;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:10:28:22:20:10:28:22:20 chr6 24174955 . G C 1582.86 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.4044e-05;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5675;QD=60.2994;RBI=0.00394314;REFB=0;REVB=-0.00394277;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365623;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:105:0:0:105:105:1:43:62:0:0:43:62:0:0 chr6 24291203 . T C 554.78 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0459124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.24;QD=24.9341;RBI=0.0463837;REFB=-0.000828884;REVB=0.00659552;RO=38;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069149;STB=0.537837;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000867938;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:26:25:22:16:26:25:22:16 chr6 24418348 . G A 476.89 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00802292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.981;QD=24.7735;RBI=0.0173875;REFB=-0.00405641;REVB=-0.0154259;RO=32;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159674;STB=0.587354;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00345612;OID=.;OPOS=24418348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:25:20:21:11:25:20:21:11 chr6 24437445 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.043;QD=58.2396;RBI=0.0501381;REFB=0;REVB=0.0324138;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293193;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr6 24437458 . T C 220.87 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0327336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5757;QD=14.0236;RBI=0.0327345;REFB=-0.0229301;REVB=0.000247847;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307531;STB=0.674958;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0363038;OID=.;OPOS=24437458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:17:9:24:13:17:9:24:13 chr6 24445829 . G A 189.92 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0325129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.482;QD=11.3382;RBI=0.0325156;REFB=-0.0199225;REVB=0.000419998;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663346;STB=0.531619;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0285557;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:43:24:24:0.358209:14:10:20:22:14:10:20:23 chr6 24588884 . C T 406.2 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00642549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1386;QD=17.4707;RBI=0.00648912;REFB=-0.0331364;REVB=-0.000906531;RO=50;SAF=30;SAR=12;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147698;STB=0.590233;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0296464;OID=.;OPOS=24588884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:12:30:29:21:12:30:29:22 chr6 24596478 . T G 582.38 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2879;QD=58.2375;RBI=0.053404;REFB=-0.0261703;REVB=0.0427721;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000835562;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr6 24653273 . G C 436.44 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0188892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.46;QD=21.2897;RBI=0.0225129;REFB=-0.00336278;REVB=0.0122485;RO=38;SAF=14;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223348;STB=0.618427;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00358001;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:43:43:0.52439:29:14:22:16:29:14:22:17 chr6 24653376 . G A 650.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.255;QD=61.9908;RBI=0.0362359;REFB=0;REVB=-0.00926269;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017292;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr6 24780892 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.561;QD=61.684;RBI=0.0428819;REFB=0;REVB=0.0374827;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033016;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr6 24804808 . G C 270.81 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0532291;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.609;QD=9.50197;RBI=0.054742;REFB=-0.00188508;REVB=-0.0127809;RO=78;SAF=18;SAR=18;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075279;STB=0.543835;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0119048;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:78:78:36:36:0.315789:18:18:34:44:18:18:34:44 chr6 24804860 . G T 308.95 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.020416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.011;QD=10.0471;RBI=0.0256681;REFB=-0.00773333;REVB=0.0155575;RO=83;SAF=17;SAR=23;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387828;STB=0.5225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0169678;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:23:17:38:45:23:17:38:45 chr6 24818785 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.449;QD=56.9569;RBI=0.0153743;REFB=0;REVB=-0.014203;RO=0;SAF=9;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09695e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:43:9:0:0:43:9:0:0 chr6 24825511 . A G 750.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509632;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2723;QD=63.8818;RBI=0.0629378;REFB=0;REVB=-0.0369313;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198945;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr6 25084718 . A G 478.37 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00203748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6425;QD=16.9334;RBI=0.0460183;REFB=0.0069247;REVB=0.0459732;RO=60;SAF=34;SAR=18;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138507;STB=0.582409;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00761116;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:61:52:52:0.460177:18:34:31:29:18:34:31:30 chr6 25106745 . A G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0192351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.531;QD=13.5535;RBI=0.0200991;REFB=-0.0129571;REVB=-0.00582988;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206357;STB=0.511776;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0262882;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:17:23:15:12:17:23 chr6 25106783 . G A 131.86 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0580968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6359;QD=15.0695;RBI=0.0581173;REFB=0.00541938;REVB=0.00154281;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.558061;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0158204;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:6:8:10:10:6:9:10:10 chr6 25287726 . C T 172.08 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0391921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0348;QD=18.1137;RBI=0.0397578;REFB=-0.0172104;REVB=0.00668307;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0182345;OID=.;OPOS=25287726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:9:11:11:7:9:11 chr6 25420344 . C G 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.335;QD=63.7519;RBI=0.0205041;REFB=0;REVB=0.00112554;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83478e-05;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr6 25426768 . G A 269.13 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00300965;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.378;QD=21.9696;RBI=0.0155654;REFB=0.00247999;REVB=0.0152717;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693373;STB=0.508468;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00149667;OID=.;OPOS=25426768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:19:24:25:25:0.510204:10:15:13:6:10:15:14:10 chr6 25435758 . A G 597.63 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918764;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5686;QD=58.305;RBI=0.019441;REFB=0;REVB=0.017133;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161402;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:19:18:0:0:23:18:0:0 chr6 25511008 . C CAT 130.2 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0592787;FXX=0.0512689;HRUN=0;LEN=2;MLLD=206.803;QD=14.0755;RBI=0.0608626;REFB=0.00539836;REVB=0.013795;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.645582;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=-0.0109011;OID=.;OPOS=25511009;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:14:41:15:37:22:7:8:5:17:99:22:7:7:8:14 chr6 25600968 . G A 286.09 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5451;QD=47.6818;RBI=0.17821;REFB=0;REVB=0.1289;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00794307;OID=.;OPOS=25600968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:21:24:1:11:10:0:1:12:12:0:0 chr6 25605091 . G A 738.95 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4042;QD=54.7373;RBI=0.0269962;REFB=0.0215786;REVB=-0.0100155;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000296309;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr6 25726675 . G A 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00544014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.267;QD=11.6207;RBI=0.00625136;REFB=-0.0104198;REVB=-0.00307968;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328244;STB=0.690082;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0131207;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:12:23:7:13:12:23 chr6 25727196 . C T 414.89 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00468479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.516;QD=36.0777;RBI=0.0143157;REFB=-0.0218809;REVB=0.0135275;RO=12;SAF=21;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153236;STB=0.595083;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0203008;OID=.;OPOS=25727196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:12:13:33:33:0.717391:12:21:4:8:12:21:4:9 chr6 25727265 . C T 272.78 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00488473;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.141;QD=12.3991;RBI=0.0185659;REFB=-0.0162517;REVB=-0.0179118;RO=56;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128117;STB=0.573609;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0269967;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:56:56:32:32:0.363636:14:18:25:31:14:18:25:31 chr6 25727334 . C T 349.39 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0116424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3186;QD=15.1907;RBI=0.0331951;REFB=-0.00306531;REVB=-0.0310865;RO=54;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051805;STB=0.502929;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00405602;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:22:16:23:31:22:16:23:31 chr6 25727517 . G A 116.13 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0113466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.804;QD=20.1957;RBI=0.0174327;REFB=0.00014571;REVB=0.0132345;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000136271;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr6 25769349 . T C 560.34 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.101391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7096;QD=57.471;RBI=0.101397;REFB=0.016588;REVB=0.00115425;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00747619;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:0:1:22:16:0:1 chr6 25776949 . G A 500.04 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00191411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.958;QD=16.9505;RBI=0.00198733;REFB=-0.0159917;REVB=0.000534479;RO=63;SAF=37;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197995;STB=0.615392;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0177542;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:64:54:54:0.457627:17:37:31:32:17:37:31:33 chr6 25813150 . G A 199.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00780741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2448;QD=13.5497;RBI=0.0160439;REFB=-0.00827747;REVB=-0.0140161;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562209;STB=0.524475;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0123504;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:10:14:18:16:10:14:19:16 chr6 25849620 . A G 285.8 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00787148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7698;QD=20.4143;RBI=0.0660573;REFB=-0.00529254;REVB=0.0655866;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599773;STB=0.533311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00655296;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:12:14:14:16:12:14 chr6 25914801 . G A 136.58 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00616577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.472;QD=10.9263;RBI=0.0658672;REFB=-0.00974487;REVB=-0.065578;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241349;STB=0.643387;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0162097;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:20:14:10:6:20:14 chr6 25914901 . G A 137.39 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.014086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.631;QD=11.2154;RBI=0.0145443;REFB=2.33278e-06;REVB=-0.00362242;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300176;STB=0.678438;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000207963;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:19:14:11:5:19:14 chr6 25916979 . C T 222.81 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00973342;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.184;QD=14.375;RBI=0.0185319;REFB=-0.0105725;REVB=-0.01577;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063253;STB=0.536054;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0159318;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:16:20:16:10:16:20 chr6 26027433 . G A 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0327712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.152;QD=28.0796;RBI=0.0334746;REFB=-0.0276245;REVB=0.0068266;RO=15;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362204;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0139692;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:12:13:7:8:12:13:7:8 chr6 26027481 . G A 116.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0273173;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.805;QD=17.2111;RBI=0.0291513;REFB=-0.00570117;REVB=-0.0101765;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106228;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00727177;OID=.;OPOS=26027481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:7:7:8:5:7:7 chr6 26033506 . G A 513.1 PASS AF=0.556818;AO=46;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00147518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.259;QD=23.3228;RBI=0.0148198;REFB=0.00111045;REVB=0.0147462;RO=39;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470348;STB=0.5102;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000632421;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:39:46:49:0.556818:21:25:19:20:24:25:19:20 chr6 26044369 . A G 489.22 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0193271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.049;QD=27.5618;RBI=0.027683;REFB=-0.0403659;REVB=-0.0198195;RO=26;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891754;STB=0.548568;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0268743;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:25:20:15:11:25:20:15:11 chr6 26045929 . T C 322.37 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0219463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9762;QD=16.5318;RBI=0.0355884;REFB=-0.00915514;REVB=-0.028016;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138815;STB=0.514278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0087327;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:17:18:21:21:17:18:21:22 chr6 26056072 . G C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=9;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0176926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.563;QD=14.8515;RBI=0.0368559;REFB=-0.0239102;REVB=-0.0323315;RO=27;SAF=0;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712323;STB=0.578634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0347598;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:9:19:0.395833:9:0:9:18:10:9:10:19 chr6 26056549 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.012313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.301;QD=21.4742;RBI=0.0128203;REFB=0.0143664;REVB=0.00357101;RO=25;SAF=25;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145776;STB=0.581339;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0109724;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:6:25:17:8:6:25:17:8 chr6 26056575 . C T 287.58 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00738186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.585;QD=15.9766;RBI=0.0110947;REFB=0.00380071;REVB=-0.00828253;RO=39;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351433;STB=0.524676;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00418443;OID=.;OPOS=26056575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:10:22:28:11:10:22:29:11 chr6 26094624 . C G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0127506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.321;QD=17.791;RBI=0.0156699;REFB=-0.004524;REVB=-0.00910867;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114035;STB=0.563778;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00613871;OID=.;OPOS=26094624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:14:17:14:19:14:17:14:19 chr6 26104280 . T C 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.018049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2636;QD=20.6444;RBI=0.0181216;REFB=0.0277791;REVB=-0.00162101;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540552;STB=0.529939;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0244534;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:23:17:18:19:23:17:18:19 chr6 26104448 . A G 245.3 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00253485;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.411;QD=12.9108;RBI=0.0105164;REFB=-0.000159372;REVB=0.0102063;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135051;STB=0.568326;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000342604;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:47:29:29:0.381579:13:16:31:15:13:16:31:16 chr6 26107790 . G T 656.81 PASS AF=0.469799;AO=66;DP=150;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0109324;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.728;QD=17.6326;RBI=0.0227797;REFB=-0.0201123;REVB=0.0199849;RO=82;SAF=34;SAR=32;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057899;STB=0.530193;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.023306;OID=.;OPOS=26107790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:82:79:66:70:0.469799:32:34:47:35:35:35:44:35 chr6 26108282 . C G 786.43 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.083;QD=55.1881;RBI=0.0436004;REFB=-0.146599;REVB=0.0134745;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00296713;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:1:0:21:35:1:0 chr6 26184041 . A G 283.32 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0368977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.069;QD=19.8821;RBI=0.0390315;REFB=0.0132998;REVB=-0.0127286;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225501;STB=0.512536;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0198879;OID=.;OPOS=26184041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:16:11:13:17:16:11 chr6 26199222 . G A 626.97 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0260922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6396;QD=18.8561;RBI=0.0349914;REFB=-0.00884086;REVB=0.0233151;RO=69;SAF=25;SAR=38;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370594;STB=0.523802;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0146975;OID=.;OPOS=26199222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:69:63:64:0.481203:38:25:30:39:39:25:30:39 chr6 26199822 . A G 857.55 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0022719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.219;QD=23.3348;RBI=0.00418722;REFB=-0.0100501;REVB=0.00351728;RO=67;SAF=46;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106555;STB=0.558276;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00809996;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:67:80:80:0.544218:34:46:30:37:34:46:30:37 chr6 26200083 . A G 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0148738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.465;QD=25.7578;RBI=0.0170214;REFB=-0.0069335;REVB=-0.0082764;RO=20;SAF=17;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147681;STB=0.580818;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00653525;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:16:17:6:14:16:17:6:14 chr6 26200256 . C T 379.6 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0105541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.674;QD=16.6856;RBI=0.0226061;REFB=0.00414556;REVB=-0.0199912;RO=51;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107749;STB=0.56041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00666051;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:20:20:31:20:20:20:31:20 chr6 26205052 . G A 557.42 PASS AF=0.522523;AO=53;DP=106;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00562652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8299;QD=20.0873;RBI=0.0261516;REFB=0.00989923;REVB=0.0255391;RO=53;SAF=36;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939515;STB=0.526986;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0130022;OID=.;OPOS=26205052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:53:53:53:58:0.522523:17:36:31:22:21:37:31:22 chr6 26205293 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00382218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.009;QD=17.6441;RBI=0.00491566;REFB=-0.0193657;REVB=-0.00309107;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00892716;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:6:3:3:3:6:3:4:3 chr6 26205500 . C T 55.87 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0267039;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4655;QD=9.31177;RBI=0.027453;REFB=-0.0234159;REVB=-0.00636941;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107891;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.033278;OID=.;OPOS=26205500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:17:16:8:8:0.333333:5:3:8:9:5:3:8:8 chr6 26205604 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000705984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.815;QD=25.8983;RBI=0.00445939;REFB=-0.0191922;REVB=0.00440315;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589591;STB=0.532687;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.014577;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:10:18:12:9:10:18:12:9 chr6 26205718 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00603615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.491;QD=16.2717;RBI=0.0149986;REFB=0.00248614;REVB=0.0137304;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669461;STB=0.538411;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00250992;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:12:6:6:9:12:6 chr6 26205939 . A AG 285.49 PASS AF=0.6;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0143738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7143;QD=19.033;RBI=0.0536101;REFB=0.0137284;REVB=-0.0516472;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15127;STB=0.571916;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=-0.0134449;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:35:62:36:60:24:16:20:15:9:99:26:16:19:17:9 chr6 26206074 . C A 72.3 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0153398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3236;QD=18.074;RBI=0.0286993;REFB=0.0024693;REVB=0.0242557;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0169386;OID=.;OPOS=26206074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:16:4:7:8:9:0.5625:4:4:3:1:5:4:5:2 chr6 26216584 . C T 298.48 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00263587;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.907;QD=18.0897;RBI=0.0054125;REFB=0.00250665;REVB=0.0047273;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789925;STB=0.533893;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00279422;OID=.;OPOS=26216584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:34:30:32:0.484848:11:19:20:16:13:19:18:16 chr6 26234883 . A G 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0233908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.741;QD=17.0703;RBI=0.0301722;REFB=-0.00732584;REVB=0.0190588;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150559;STB=0.500978;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00896532;OID=.;OPOS=26234883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:16:15:17:17:16:15:17:18 chr6 26234952 . A G 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0272154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.381;QD=25.0392;RBI=0.0283963;REFB=-0.00975295;REVB=-0.00810378;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108067;STB=0.559954;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00721463;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:8:12:12:14:8:12 chr6 26240752 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00273465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.084;QD=27.3905;RBI=0.0249402;REFB=-0.0276135;REVB=-0.0247899;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111446;STB=0.561979;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.028767;OID=.;OPOS=26240752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:6:14:6:5:6:14:6:5 chr6 26285503 . C T 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.01548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.723;QD=15.3408;RBI=0.0166612;REFB=-0.00917664;REVB=-0.00616141;RO=63;SAF=30;SAR=18;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456123;STB=0.525537;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00918397;OID=.;OPOS=26285503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:18:30:42:21:18:30:42:21 chr6 26285560 . A G 431.46 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00374416;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.062;QD=15.9798;RBI=0.00908378;REFB=-0.0139891;REVB=0.00827625;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183029;STB=0.512033;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.017666;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:60:48:48:0.444444:19:29:34:24:19:29:35:25 chr6 26285683 . T C 228.42 PASS AF=0.319588;AO=26;DP=92;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00782011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.56;QD=9.41956;RBI=0.00876842;REFB=-0.0162414;REVB=-0.00396624;RO=66;SAF=9;SAR=17;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291422;STB=0.593876;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0687688;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:66:66:26:31:0.319588:17:9:39:27:17:14:39:27 chr6 26285759 . A G 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-9.07277e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.542;QD=5.83277;RBI=0.00259964;REFB=-0.00399151;REVB=-0.00259806;RO=41;SAF=1;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559066;STB=0.870598;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0175959;OID=.;OPOS=26285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:10:1:20:21:10:1:20:21 chr6 26286748 . C T 488.06 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00868841;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.031;QD=21.2199;RBI=0.0206108;REFB=-0.00068026;REVB=-0.01869;RO=45;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115326;STB=0.563778;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000513305;OID=.;OPOS=26286748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:45:45:47:47:0.51087:27:20:25:20:27:20:25:20 chr6 26299900 . C T 1001.35 PASS AF=0.397306;AO=112;DP=298;FAO=118;FDP=297;FR=.;FRO=179;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=94;FSRR=85;FWDB=0.00222479;FXX=0.0230256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8173;QD=13.4861;RBI=0.100253;REFB=-0.0279981;REVB=-0.100228;RO=160;SAF=65;SAR=47;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392526;STB=0.515603;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0289239;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:160:179:112:118:0.397306:47:65:87:73:53:65:94:85 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 136.79 PASS AF=0.25974;AO=19;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.000162694;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=408.535;QD=7.10591;RBI=0.0117107;REFB=-0.00349098;REVB=-0.0117096;RO=57;SAF=11;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219364;STB=0.529382;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.011245;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:19:77:20:77:57:12:8:32:25:99:57:11:8:32:25 chr6 26305796 . C T 218.58 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0281725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7501;QD=11.5043;RBI=0.0610874;REFB=-0.0141391;REVB=-0.0542032;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962455;STB=0.54249;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0328402;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:47:49:27:27:0.355263:15:12:25:22:15:12:25:24 chr6 26305801 . C G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0306277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.197;QD=13.0286;RBI=0.0315512;REFB=-0.0106981;REVB=0.00757759;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163825;STB=0.579668;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0158706;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:17:11:25:21:17:12:25:21 chr6 26311503 . G A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00976634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.269;QD=8.12775;RBI=0.0206673;REFB=0.00257775;REVB=-0.0182141;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220447;STB=0.636116;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00290299;OID=.;OPOS=26311503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:16:13:7:4:16:13 chr6 26319404 . G A 591.26 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0163537;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.719;QD=22.9614;RBI=0.0171578;REFB=-0.000719479;REVB=-0.00519091;RO=45;SAF=23;SAR=35;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934167;STB=0.551163;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000747882;OID=.;OPOS=26319404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:45:58:58:0.563107:35:23:23:22:35:23:23:22 chr6 26327810 . G C 345.14 PASS AF=0.391753;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0098772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5244;QD=14.2326;RBI=0.0105954;REFB=0.0048889;REVB=0.00383451;RO=59;SAF=23;SAR=14;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511719;STB=0.5183;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0185414;OID=.;OPOS=26327810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:59:37:38:0.391753:14:23:34:25:15:23:34:25 chr6 26328426 . C T 416.36 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0268379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.05;QD=16.1692;RBI=0.0621804;REFB=-0.0184605;REVB=0.0560904;RO=55;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190736;STB=0.58873;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0173815;OID=.;OPOS=26328426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:57:45:46:0.446602:16:29:25:30:17:29:27:30 chr6 26365595 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0131927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.536;QD=14.794;RBI=0.0171916;REFB=-0.0100327;REVB=-0.0110229;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0142847;OID=.;OPOS=26365595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:11:16:8:10:11:16 chr6 26368938 . C T 100.04 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0212614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.797;QD=8.00334;RBI=0.0230951;REFB=-0.00862225;REVB=-0.00901866;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222946;STB=0.636165;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0208974;OID=.;OPOS=26368938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:13:24:6:7:13:24 chr6 26370605 . T C 669.21 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00390106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.66;QD=19.8283;RBI=0.00402727;REFB=-0.0119679;REVB=-0.00100028;RO=67;SAF=50;SAR=17;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161906;STB=0.595208;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.012177;OID=.;OPOS=26370605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:68:67:67:0.496296:17:50:40:27:17:50:40:28 chr6 26370707 . T C 501.73 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.0174097;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=15.5575;RBI=0.0305648;REFB=-0.0175933;REVB=0.0251219;RO=71;SAF=29;SAR=25;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143952;STB=0.56956;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0207918;OID=.;OPOS=26370707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:74:54:55:0.426357:25:29:28:43:26:29:30:44 chr6 26370748 . G A 443.73 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00521097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.633;QD=17.7493;RBI=0.00605241;REFB=-0.0207207;REVB=0.00307853;RO=55;SAF=19;SAR=25;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094996;STB=0.545637;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0267095;OID=.;OPOS=26370748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:55:44:45:0.45:25:19:29:26:25:20:29:26 chr6 26390963 . C T 1074.38 PASS AF=0.53125;AO=102;DP=192;FAO=102;FDP=192;FR=.;FRO=90;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.0105861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.024;QD=22.383;RBI=0.0411637;REFB=-0.00784799;REVB=-0.0397792;RO=90;SAF=56;SAR=46;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541;STB=0.529552;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00695921;OID=.;OPOS=26390963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:90:90:102:102:0.53125:46:56:55:35:46:56:55:35 chr6 26391005 . C A 1023.22 PASS AF=0.554286;AO=92;DP=171;FAO=97;FDP=175;FR=.;FRO=78;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00191851;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.329;QD=23.3879;RBI=0.00220956;REFB=-0.0176882;REVB=0.00109614;RO=77;SAF=53;SAR=39;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294508;STB=0.526652;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0146509;OID=.;OPOS=26391005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:175:77:78:92:97:0.554286:39:53:47:30:43:54:48:30 chr6 26393021 . G A 573.09 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0250138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.192;QD=23.3916;RBI=0.0250139;REFB=-0.0100867;REVB=5.12865e-05;RO=45;SAF=30;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999724;STB=0.505492;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00861883;OID=.;OPOS=26393021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:23:30:26:19:23:30:26:19 chr6 26405835 . G A 430.1 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0274491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3159;QD=20.0045;RBI=0.0366392;REFB=-0.0169296;REVB=0.0242689;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963098;STB=0.558877;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0396986;OID=.;OPOS=26405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:19:23:28:15:20:23:28:15 chr6 26410227 . G A 405.7 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0212303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.832;QD=17.2639;RBI=0.0259835;REFB=-0.000113404;REVB=-0.0149805;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599674;STB=0.538087;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000183253;OID=.;OPOS=26410227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:19:23:31:20:19:23:32:20 chr6 26413744 . C A 433.38 PASS AF=0.485437;AO=47;DP=94;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00491685;FXX=0.0190458;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.46;QD=16.8305;RBI=0.0793029;REFB=-0.0100608;REVB=-0.0791503;RO=46;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516325;STB=0.517234;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0115238;OID=.;OPOS=26413744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:103:46:53:47:50:0.485437:20:27:29:17:21:29:29:24 chr6 26422336 . T C 109.9 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=42;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00208782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.451;QD=9.99084;RBI=0.0162007;REFB=-0.0274942;REVB=-0.0160656;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275941;STB=0.577589;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0598074;OID=.;OPOS=26422336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:30:30:12:14:0.318182:3:9:16:14:5:9:16:14 chr6 26422354 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0088717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.837;QD=10.4292;RBI=0.0314922;REFB=-0.016069;REVB=-0.0302168;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129098;STB=0.577589;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0321432;OID=.;OPOS=26422354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:16:14:5:9:16:14 chr6 26423317 . G A 651.1 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=0.0217036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.124;QD=16.4835;RBI=0.0268816;REFB=-0.0427268;REVB=-0.015861;RO=86;SAF=28;SAR=43;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598781;STB=0.535698;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0469926;OID=.;OPOS=26423317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:86:87:71:71:0.449367:43:28:29:57:43:28:29:58 chr6 26426487 . G A 191.2 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0164886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.971;QD=15.2959;RBI=0.0172653;REFB=-0.0152238;REVB=0.00512039;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174744;STB=0.510071;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0187898;OID=.;OPOS=26426487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:14:16:11:9:14:16 chr6 26430981 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0152996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.128;QD=24.4132;RBI=0.0478835;REFB=-0.027943;REVB=0.0453734;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0260369;OID=.;OPOS=26430981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:4:1:3:8:4:1 chr6 26431340 . A G 411.27 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00925688;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.742;QD=20.8239;RBI=0.0175031;REFB=-0.0128871;REVB=-0.0148549;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143039;STB=0.579169;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0125834;OID=.;OPOS=26431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:22:16:24:17:22:16 chr6 26443853 . C A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00247286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.722;QD=17.3212;RBI=0.0219047;REFB=-0.0227566;REVB=0.0217647;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416489;STB=0.744313;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0273267;OID=.;OPOS=26443853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:2:14:10:8:2:14:10:8 chr6 26446209 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00484437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.81;QD=28.9921;RBI=0.0285513;REFB=-0.014767;REVB=-0.0281373;RO=14;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060325;STB=0.533306;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00852714;OID=.;OPOS=26446209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:18:7:5:9:18:7:5:9 chr6 26452271 . A G 102.29 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0715402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.796;QD=14.1084;RBI=0.073228;REFB=-0.00680568;REVB=-0.0156313;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410147;STB=0.756355;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0189851;OID=.;OPOS=26452271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:16:16:11:13:0.448276:3:8:5:11:3:10:5:11 chr6 26452274 . T A 109.97 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0158502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.076;QD=14.6622;RBI=0.0164087;REFB=0.000706673;REVB=-0.00424457;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441132;STB=0.768816;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00242413;OID=.;OPOS=26452274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:3:10:5:11:3:10:5:12 chr6 26466225 . A C 548.15 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00920309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=17.5409;RBI=0.0135015;REFB=0.00156106;REVB=-0.00987899;RO=67;SAF=34;SAR=24;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040873;STB=0.502272;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00296076;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:24:34:39:28:24:34:39:28 chr6 26466234 . A G 598.6 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00479731;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.496;QD=19.6264;RBI=0.0247925;REFB=-0.0019698;REVB=0.024324;RO=56;SAF=34;SAR=27;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124069;STB=0.508288;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00104821;OID=.;OPOS=26466234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:56:61:61:61:0.5:27:34:32:24:27:34:33:28 chr6 26501897 . T C 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0527389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.902;QD=12.7982;RBI=0.0532944;REFB=-0.0138724;REVB=-0.00767438;RO=41;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231847;STB=0.633191;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0194298;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:17:9:23:18:17:9:23:18 chr6 26505362 . G A 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0587215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2469;QD=13.7735;RBI=0.0587687;REFB=0.0159419;REVB=-0.00235418;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148502;STB=0.50052;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0259117;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:18:22:15:13:19:22 chr6 26505403 . C A 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0881545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.429;QD=12.0195;RBI=0.0884843;REFB=-0.0143022;REVB=-0.00763323;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226397;STB=0.634719;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0164756;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:12:13:10:4:12:13 chr6 26509330 . C G 340.87 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=47;FWDB=-0.0332344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2339;QD=13.3675;RBI=0.0334231;REFB=-0.0209252;REVB=-0.00354623;RO=61;SAF=11;SAR=28;SRF=14;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724262;STB=0.543457;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0311688;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:39:40:0.392157:28:11:14:47:28:12:15:47 chr6 26521435 . C G 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00228688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.91;QD=20.639;RBI=0.00975746;REFB=-0.0115086;REVB=-0.00948569;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381748;STB=0.521001;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0104255;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:31:29:29:26:31:29:29:26 chr6 26521520 . T C 1696.47 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113227;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.975;QD=60.5881;RBI=0.0298444;REFB=0;REVB=0.0276131;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18889e-05;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr6 26533140 . A G 205.76 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00468992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9255;QD=23.5155;RBI=0.0285842;REFB=0.00782059;REVB=0.0281969;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242757;STB=0.636222;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00947411;OID=.;OPOS=26533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:9:6:14:6:9:6 chr6 26538268 . T C 188.82 PASS AF=0.411765;AO=22;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00203741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.004;QD=14.8097;RBI=0.0814291;REFB=-0.0112538;REVB=0.0814036;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625554;STB=0.561739;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0109277;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:22:21:0.411765:10:12:14:15:9:12:14:16 chr6 26545632 . G A 205.03 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0328249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1256;QD=16.4027;RBI=0.0358692;REFB=-0.026555;REVB=-0.0144612;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0361408;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:13:16:11:10:13:16 chr6 26546048 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00446466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.342;QD=54.883;RBI=0.0180669;REFB=-0.0316137;REVB=0.0175065;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129132;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00127221;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:1:0:18:36:1:0 chr6 26546808 . T C 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0105812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.733;QD=8.99374;RBI=0.0251201;REFB=-0.0021089;REVB=-0.0227828;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361735;STB=0.718405;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00424935;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:10:19:4:8:10:19 chr6 26553815 . C G 282.19 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.034602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9056;QD=19.8026;RBI=0.0349013;REFB=-0.00630353;REVB=-0.00456106;RO=25;SAF=21;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34626;STB=0.69245;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00518307;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:27:30:30:0.526316:9:21:7:18:9:21:8:19 chr6 26555484 . A G 435.77 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0151562;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.643;QD=16.444;RBI=0.0208696;REFB=9.91792e-05;REVB=0.0143468;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578379;STB=0.503954;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000108788;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:56:58:48:48:0.45283:22:26:30:26:22:26:31:27 chr6 26556769 . G T 593.9 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00720337;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.045;QD=17.3401;RBI=0.0273304;REFB=-0.0222693;REVB=-0.026364;RO=74;SAF=43;SAR=19;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122087;STB=0.565321;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0276702;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:74:75:62:62:0.452555:19:43:43:31:19:43:44:31 chr6 26556800 . T G 699.75 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=148;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=0.00172827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.135;QD=18.7852;RBI=0.0124209;REFB=-0.0116434;REVB=-0.0123001;RO=79;SAF=45;SAR=24;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721895;STB=0.542845;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0143757;OID=.;OPOS=26556800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:79:79:69:70:0.469799:24:45:46:33:24:46:46:33 chr6 26572165 . G T 245.86 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.010838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.019;QD=13.4718;RBI=0.0125646;REFB=0.00119871;REVB=0.00635659;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605911;STB=0.55845;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00161547;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:44:28:29:0.39726:16:12:19:20:16:13:24:20 chr6 26575798 . CT CC,C 649.56 PASS AF=0.0451613,0.445161;AO=7,65;DP=156;FAO=7,69;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=2,29;FSAR=5,40;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=-0.01934,-0.0630358;FXX=0.00640985;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=28.0129,24.1516;QD=16.7629;RBI=0.0292687,0.0996828;REFB=0.0528776,0.0668408;REVB=-0.0219687,-0.0772214;RO=78;SAF=2,25;SAR=5,40;SRF=52;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403059,-0.272381;STB=0.815281,0.631461;STBP=0.143,0.005;TYPE=snp,del;VARB=-0.0189164,-0.0879898;OID=.,.;OPOS=26575799,26575799;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0451613,0.445161:7,65:156:7,69:155:79:2,29:5,40:53:26:99:78:2,25:5,40:52:26 chr6 26577326 . C A 550.57 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0212379;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3241;QD=16.1932;RBI=0.0311793;REFB=-0.0201961;REVB=0.0228277;RO=77;SAF=32;SAR=27;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364499;STB=0.520383;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0247096;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:27:32:39:38:27:32:39:38 chr6 26577370 . C T 716.79 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0050674;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.293;QD=16.5732;RBI=0.00730781;REFB=-0.00863363;REVB=-0.00526551;RO=94;SAF=41;SAR=36;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531751;STB=0.535335;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00965016;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:94:96:77:77:0.445087:36:41:45:49:36:41:45:51 chr6 26595097 . G C 865.0 PASS AF=0.552632;AO=84;DP=152;FAO=84;FDP=152;FR=.;FRO=68;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.0103358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6715;QD=22.7632;RBI=0.0263451;REFB=0.0142039;REVB=-0.0242329;RO=68;SAF=57;SAR=27;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197138;STB=0.501076;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0165261;OID=.;OPOS=26595097;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:68:68:84:84:0.552632:27:57:46:22:27:57:46:22 chr6 26595168 . T C 671.93 PASS AF=0.391089;AO=76;DP=200;FAO=79;FDP=202;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=0.0329576;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6244;QD=13.3055;RBI=0.0391594;REFB=-0.0180132;REVB=-0.0211484;RO=122;SAF=42;SAR=34;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600138;STB=0.52509;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.03672;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:122:123:76:79:0.391089:34:42:74:48:34:45:75:48 chr6 26597333 . A G 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00436586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.291;QD=12.07;RBI=0.0090097;REFB=0.00137038;REVB=-0.00788124;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279448;STB=0.516117;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00262285;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:10:16:26:18:10:16:26:18 chr6 26598188 . A G 536.36 PASS AF=0.536842;AO=40;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0476615;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.7669;QD=22.5837;RBI=0.197787;REFB=0.00458393;REVB=-0.191958;RO=28;SAF=33;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372297;STB=0.660802;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00794527;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:28:44:40:51:0.536842:7:33:12:16:13:38:19:25 chr6 26701706 . C T 191.1 PASS AF=0.189944;AO=34;DP=179;FAO=34;FDP=179;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=77;FWDB=-0.00381265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=4.27047;RBI=0.0389168;REFB=-0.00775051;REVB=0.0387296;RO=145;SAF=16;SAR=18;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208853;STB=0.501319;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.031663;OID=.;OPOS=26701706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:145:145:34:34:0.189944:18:16:68:77:18:16:68:77 chr6 26745250 . A G 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0107148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.44;QD=10.7521;RBI=0.0224428;REFB=-0.00752203;REVB=-0.0197199;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871439;STB=0.551921;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00820845;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:16:10:6:7:16:10 chr6 26745254 . C G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0233042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.684;QD=29.9649;RBI=0.0248242;REFB=-0.00456083;REVB=-0.00855295;RO=13;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00402413;OID=.;OPOS=26745254;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:10:15:7:6:10:15:7:6 chr6 26745257 . G A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0281167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0527;QD=11.087;RBI=0.0286388;REFB=-0.0562928;REVB=-0.00544345;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960675;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0293984;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:13:13:0.342105:6:7:15:9:6:7:15:10 chr6 26745260 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0179391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.614;QD=11.0863;RBI=0.0190843;REFB=-0.00423908;REVB=-0.00651128;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0154216;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chr6 26745262 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00317494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.205;QD=11.086;RBI=0.0280678;REFB=-0.00495633;REVB=0.0278876;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0177237;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chr6 26745286 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0282992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.584;QD=20.5426;RBI=0.0284981;REFB=0.000905739;REVB=-0.00336158;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257361;STB=0.645443;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00152092;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:17:7:14:11:17:7:14:11 chr6 26745312 . A G 308.11 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00213125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.88;QD=20.8886;RBI=0.0022412;REFB=-0.00610983;REVB=0.000693369;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154254;STB=0.585494;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00387981;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:19:13:16:11:19:13:16:11 chr6 26745330 . C T 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0127864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.277;QD=16.5608;RBI=0.0136951;REFB=-0.0113497;REVB=0.00490532;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134461;STB=0.575779;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00622863;OID=.;OPOS=26745330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:14:17:11:16:14:17 chr6 26752665 . CT C 735.97 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247017;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.846;QD=56.6134;RBI=0.0251029;REFB=0;REVB=0.00447018;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000336026;OID=.;OPOS=26752666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:53:52:52:0:29:23:0:0:4:0:29:22:0:0 chr6 26752691 . C T 652.67 PASS AF=0.9;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.126452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8307;QD=52.2134;RBI=0.129092;REFB=-0.0635962;REVB=-0.0259744;RO=5;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141462;STB=0.575723;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0103454;OID=.;OPOS=26752691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:50:5:5:44:45:0.9:14:30:0:5:14:31:0:5 chr6 26758631 . AT GC 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394822;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.24;QD=40.7629;RBI=0.0550118;REFB=0;REVB=0.0383073;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.87897e-05;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr6 26758634 . ATGC TCAA 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237347;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=232.485;QD=39.2068;RBI=0.0122889;REFB=0;REVB=0.0120575;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000167088;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 27181610 . G A 374.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.388;QD=55.448;RBI=0.077631;REFB=0;REVB=0.0400146;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100249;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr6 27181701 . T C 518.59 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5232;QD=59.2676;RBI=0.0243259;REFB=0;REVB=-0.0126172;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569829;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 27203319 . C G 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0323983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.636;QD=14.9192;RBI=0.032614;REFB=-0.015279;REVB=-0.00374481;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127913;STB=0.577928;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0177344;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:12:16:25:11:12:16:26:11 chr6 27205435 . A G 262.82 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00784222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.592;QD=15.018;RBI=0.0138573;REFB=-0.00341093;REVB=0.0114247;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294227;STB=0.666556;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00519593;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:10:20:15:25:10:20:15:25 chr6 27248044 . C G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0214385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.758;QD=21.8388;RBI=0.0216081;REFB=0.000695064;REVB=0.00270212;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.577294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000349983;OID=.;OPOS=27248044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:14:10:7:18:14:10 chr6 27258487 . T C 500.75 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00448062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.613;QD=16.2845;RBI=0.00869896;REFB=0.0074688;REVB=-0.00745628;RO=68;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924133;STB=0.551583;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00851731;OID=.;OPOS=27258487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:24:31:32:36:24:31:32:36 chr6 27261700 . C G 789.35 PASS AF=0.524476;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0122619;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.84;QD=22.0798;RBI=0.0150225;REFB=-0.0118129;REVB=-0.00867879;RO=67;SAF=41;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276444;STB=0.514702;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0100345;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:68:74:75:0.524476:33:41:35:32:33:42:36:32 chr6 27271634 . T C 775.85 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0106086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.436;QD=20.022;RBI=0.0119011;REFB=-0.0204727;REVB=-0.0053939;RO=76;SAF=39;SAR=40;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112069;STB=0.561503;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0207444;OID=.;OPOS=27271634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:40:39:28:48:40:39:28:48 chr6 27277051 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.019284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4884;QD=19.7637;RBI=0.0196192;REFB=-0.00458277;REVB=-0.00361127;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180981;STB=0.600624;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00209147;OID=.;OPOS=27277051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:19:14:22:13:19:14 chr6 27277402 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.608;QD=55.6561;RBI=0.0105175;REFB=0;REVB=0.00285424;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24949e-05;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 27279774 . C T 338.44 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00118605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.529;QD=26.5446;RBI=0.0211965;REFB=0.00265133;REVB=-0.0211633;RO=19;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103928;STB=0.5057;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00160101;OID=.;OPOS=27279774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:13:19:11:8:13:19:11:8 chr6 27279852 . T C 220.64 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0169914;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.189;QD=16.0463;RBI=0.0195401;REFB=-0.0232594;REVB=-0.00964926;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508299;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0305297;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:24:25:0.454545:8:16:20:10:8:17:20:10 chr6 27300755 . T TA 945.43 PASS AF=1;AO=89;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3409;QD=34.3792;RBI=0.203794;REFB=0.021064;REVB=0.188042;RO=18;SAF=43;SAR=46;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00470647;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:111:110:110:0:53:57:0:0:15:18:43:46:7:11 chr6 27327349 . C G 1283.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5184;QD=61.8432;RBI=0.0457124;REFB=0;REVB=0.0202097;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344723;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr6 27356867 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.443;QD=60.3766;RBI=0.00669324;REFB=0;REVB=0.00431745;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32508e-06;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr6 27473602 . C G 190.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0194596;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7516;QD=14.6811;RBI=0.0196617;REFB=-0.00523098;REVB=-0.00281204;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964222;STB=0.512356;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00444932;OID=.;OPOS=27473602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:30:22:22:0.423077:12:10:13:15:12:10:13:17 chr6 27515519 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0269291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.11;QD=14.2619;RBI=0.0357402;REFB=-0.0274701;REVB=0.0234987;RO=23;SAF=2;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530615;STB=0.807248;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0274852;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:14:2:13:10:14:2:13:11 chr6 27551316 . C G 327.31 PASS AF=0.344262;AO=46;DP=139;FAO=42;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00646458;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.566;QD=10.7314;RBI=0.00758212;REFB=-0.000426775;REVB=0.00396205;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127193;STB=0.539465;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00130709;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:122:58:80:46:42:0.344262:24:22:27:31:19:23:39:41 chr6 27560587 . A G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00826949;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=274.223;QD=18.4269;RBI=0.00942314;REFB=-0.000497981;REVB=0.00451786;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431273;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:16:12:12:16:16:12 chr6 27573463 . G A 362.85 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0176909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.407;QD=18.1427;RBI=0.0224303;REFB=-0.0188684;REVB=-0.0137895;RO=42;SAF=12;SAR=25;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176579;STB=0.58697;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.020049;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:42:37:38:0.475:25:12:21:21:25:13:21:21 chr6 27618731 . G T 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00992022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.255;QD=18.9039;RBI=0.0101086;REFB=-0.0081543;REVB=-0.00194252;RO=41;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127869;STB=0.571391;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00996149;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:13:26:22:19:13:26:22:19 chr6 27636354 . A G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0172499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5962;QD=16.4058;RBI=0.0172503;REFB=5.5355e-05;REVB=0.000122481;RO=36;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300852;STB=0.507807;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000234307;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:13:18:22:14:13:18:22:15 chr6 27636378 . C T 295.49 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0106417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.685;QD=16.416;RBI=0.0115737;REFB=-0.0187789;REVB=-0.00455038;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00404736;STB=0.509213;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0242607;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:39:32:33:0.458333:13:19:23:16:13:20:23:16 chr6 27648894 . C T 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0115237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.133;QD=22.3224;RBI=0.0116343;REFB=-0.00814934;REVB=-0.00159982;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511513;STB=0.528283;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00611606;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:10:13:15:15:10:13 chr6 27648908 . C G 306.86 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000588925;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.791;QD=22.7302;RBI=0.0140871;REFB=-0.00307661;REVB=0.0140747;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933603;STB=0.553005;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00213355;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:23:30:31:0.574074:14:16:10:14:15:16:9:14 chr6 27650521 . C T 302.94 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0141208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2051;QD=17.0671;RBI=0.0641757;REFB=-0.0108817;REVB=-0.0626029;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729947;STB=0.540959;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00894805;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:19:19:14:19:19:19 chr6 27652560 . G A 254.42 PASS AF=0.568627;AO=2;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0400774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.405;QD=19.9545;RBI=0.0653087;REFB=-0.0628004;REVB=0.0515657;RO=22;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182516;STB=0.543111;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.120588;OID=.;OPOS=27652560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:2:29:0.568627:1:1:7:15:17:12:7:15 chr6 27655994 . T G 695.14 PASS AF=0.544;AO=66;DP=123;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00678805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.733;QD=22.2446;RBI=0.023628;REFB=-0.0104984;REVB=-0.0226319;RO=57;SAF=37;SAR=29;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309099;STB=0.517484;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00813313;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:57:57:66:68:0.544:29:37:34:23:30:38:34:23 chr6 27694460 . A G 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0184846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.143;QD=14.0439;RBI=0.0187761;REFB=-0.0134928;REVB=-0.00329516;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936036;STB=0.553154;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0189747;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:15:25:15:13:15:25 chr6 27792221 . C T 737.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7517;QD=55.6644;RBI=0.039054;REFB=0;REVB=0.018827;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109246;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:28:24:1:0:28:25:0:0 chr6 27792228 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.532;QD=56.9383;RBI=0.0256514;REFB=0;REVB=-0.0154618;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48067e-06;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr6 28180818 . G C 555.41 PASS AF=0.405063;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=158;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=8.59228e-05;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7283;QD=14.061;RBI=0.0312873;REFB=-0.000713893;REVB=0.0312871;RO=94;SAF=34;SAR=30;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331015;STB=0.518615;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000737562;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:94:64:64:0.405063:30:34:47:47:30:34:47:47 chr6 28180870 . A C 508.44 PASS AF=0.411765;AO=52;DP=133;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0486524;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=14.9542;RBI=0.0659265;REFB=-0.0221418;REVB=-0.0444886;RO=79;SAF=28;SAR=24;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613403;STB=0.549665;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.027564;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:79:80:52:56:0.411765:24:28:38:41:24:32:39:41 chr6 28180904 . A G 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00923666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.673;QD=13.7881;RBI=0.00952446;REFB=-0.0105229;REVB=-0.00232365;RO=74;SAF=27;SAR=22;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545035;STB=0.53081;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0172238;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:22:27:37:37:22:27:37:37 chr6 28213239 . T C 225.92 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00103143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.072;QD=20.538;RBI=0.029151;REFB=-0.00255055;REVB=0.0291328;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221279;STB=0.612603;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0017868;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:9:13:7:14:9:13:8:14 chr6 28219270 . G A 512.26 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0748135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7907;QD=19.7023;RBI=0.0768019;REFB=-0.0310325;REVB=-0.0173629;RO=50;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600548;STB=0.537862;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0188563;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:25:28:23:27:25:28:23:28 chr6 28219496 . C T 136.73 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00122135;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.195;QD=16.0858;RBI=0.0109751;REFB=-0.0129582;REVB=0.0109069;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375681;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0336516;OID=.;OPOS=28219496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:7:12:10:5:7:12 chr6 28227436 . A G 624.9 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.000651842;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.274;QD=18.3795;RBI=0.0127901;REFB=-0.0096852;REVB=-0.0127734;RO=71;SAF=31;SAR=33;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140054;STB=0.580419;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00913128;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:71:72:64:64:0.470588:33:31:24:47:33:31:24:48 chr6 28227604 . C A 112.1 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0723146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7142;QD=16.6081;RBI=0.0723903;REFB=0.0286679;REVB=0.00330886;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0332764;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr6 28228342 . A G 736.33 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.635;QD=60.1082;RBI=0.0304329;REFB=0.0128801;REVB=0.0189174;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=8.51803e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:49:0:1:46:48:0.979592:27:19:0:0:28:20:1:0 chr6 28239873 . A G 310.28 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0264759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.868;QD=21.3988;RBI=0.0264986;REFB=-0.0189101;REVB=0.00109586;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112874;STB=0.562461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0148697;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:15:11:18:14:15:11 chr6 28239932 . T TG 324.57 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.6908;QD=41.8803;RBI=0.0507175;REFB=0;REVB=0.0377593;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000983733;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:35:31:31:0:16:15:0:0:6:5:14:15:5:0 chr6 28264681 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00314167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.443;QD=12.6193;RBI=0.0333535;REFB=-0.0146439;REVB=-0.0332052;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413014;STB=0.523789;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0242427;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:24:14:8:16:24:14 chr6 28269407 . G A 359.56 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0157401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.182;QD=19.9755;RBI=0.0190418;REFB=-0.0259246;REVB=-0.0107164;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978589;STB=0.554278;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0233689;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:15:20:17:20:15:20 chr6 28269663 . A G 439.76 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0055193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.219;QD=17.4164;RBI=0.0159367;REFB=-0.0291411;REVB=-0.0149505;RO=54;SAF=29;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201453;STB=0.612283;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0316276;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:18:29:22:32:18:29:22:32 chr6 28294550 . T C 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00860409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.723;QD=11.3448;RBI=0.00862106;REFB=-0.0125884;REVB=-0.000540669;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605275;STB=0.503505;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0259345;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:13:17:32:25:13:17:32:25 chr6 28327371 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.017703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.906;QD=15.2618;RBI=0.0230835;REFB=-0.00870146;REVB=0.0148138;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282428;STB=0.66297;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0081782;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:11:5:8:5:11:5 chr6 28329197 . A C 380.19 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0072068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.31;QD=14.9094;RBI=0.0173859;REFB=-0.0238402;REVB=-0.0158219;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627701;STB=0.5178;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0254577;OID=.;OPOS=28329197;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:59:43:43:0.421569:22:21:27:29:22:21:27:32 chr6 28359170 . A G 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00968137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.802;QD=22.4372;RBI=0.00973843;REFB=-0.00541545;REVB=-0.00105267;RO=30;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159156;STB=0.587232;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00351177;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:16:22:23:7:16:22:23:7 chr6 28359186 . C T 391.78 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0164454;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2948;QD=22.0724;RBI=0.0552682;REFB=-0.0226212;REVB=-0.0527648;RO=31;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740053;STB=0.546259;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0187019;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:32:39:39:0.549296:16:23:21:10:16:23:22:10 chr6 28483482 . A C 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00699496;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.69;QD=19.6955;RBI=0.0101124;REFB=-0.0164198;REVB=-0.00730281;RO=51;SAF=23;SAR=30;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234127;STB=0.501292;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0151906;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:30:23:22:29:30:23:22:29 chr6 28542424 . G A 183.95 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0169222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3948;QD=17.9464;RBI=0.0196892;REFB=-0.0336828;REVB=-0.0100649;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223024;STB=0.609267;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0521111;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:16:5:9:10:16:6 chr6 28542520 . C T 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0170715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.57;QD=15.1036;RBI=0.0227969;REFB=-0.0131714;REVB=0.0151083;RO=43;SAF=24;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237436;STB=0.637444;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0163965;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:45:33:33:0.423077:9:24:22:21:9:24:23:22 chr6 28601934 . A T 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.358;QD=56.9477;RBI=0.054653;REFB=0;REVB=0.00978193;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241279;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr6 28616066 . T A 1180.4 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153894;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.96;QD=61.3194;RBI=0.0786169;REFB=0;REVB=0.077096;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331127;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr6 28626098 . G A,T 789.96 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132591,0.028086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.888,70.7263;QD=63.1966;RBI=0.0143548,0.0281709;REFB=0,0;REVB=-0.00550064,0.0021854;RO=0;SAF=23,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00111511,0.0199408;OID=.,.;OPOS=28626098,28626098;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:25,1:23,1:0:0:25,1:23,1:0:0 chr6 28641689 . A G 207.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00528374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5759;QD=17.6857;RBI=0.0323138;REFB=-0.021729;REVB=-0.0318789;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261577;STB=0.648564;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0310214;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:9:17:8:13:9:17 chr6 28641695 . C G 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0143372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.741;QD=24.7085;RBI=0.018368;REFB=-0.00308863;REVB=-0.0114817;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355354;STB=0.69845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00158889;OID=.;OPOS=28641695;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:17:6:12:5:17:6:12:5 chr6 28663703 . G GA 102.53 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0790479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3811;QD=6.30979;RBI=0.126045;REFB=-0.055458;REVB=-0.0981771;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122862;STB=0.541589;STBP=0.581;TYPE=ins;VARB=0.0482379;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:27:65:28:65:37:17:11:25:12:99:34:15:12:23:11 chr6 28663716 . A G 1087.08 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.444;QD=59.566;RBI=0.0125129;REFB=0;REVB=-0.00864897;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136314;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:28:45:0:0 chr6 28663754 . T C 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.983;QD=60.4124;RBI=0.0537564;REFB=0.075727;REVB=0.0350097;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000213775;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:41:42:0:0:41:42:0:1 chr6 28678357 . T C 638.9 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.679;QD=60.8472;RBI=0.0153967;REFB=0;REVB=0.015345;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491118;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:21:21:0:0 chr6 28687469 . G A 123.39 PASS AF=0.538462;AO=9;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0503567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0532;QD=18.9832;RBI=0.13246;REFB=-0.0381236;REVB=0.122515;RO=12;SAF=0;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.821149;STB=0.814321;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0780861;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:26:12:12:9:14:0.538462:9:0:9:3:12:2:9:3 chr6 28687542 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.93;QD=60.2306;RBI=0.0452941;REFB=0;REVB=-0.042427;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289655;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr6 28697086 . C T 256.33 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0158397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5414;QD=11.2674;RBI=0.0417472;REFB=-0.00379892;REVB=-0.0386256;RO=60;SAF=15;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751194;STB=0.543496;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0105107;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:16:15:33:27:16:15:33:27 chr6 28703244 . T C 366.87 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.011119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.383;QD=12.7606;RBI=0.0112401;REFB=-0.00605894;REVB=-0.00164525;RO=70;SAF=32;SAR=12;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235876;STB=0.631516;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00864951;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:71:44:44:0.382609:12:32:37:33:12:32:38:33 chr6 28703281 . T C 278.58 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00206832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.441;QD=9.52418;RBI=0.0154836;REFB=-0.00138107;REVB=0.0153449;RO=80;SAF=27;SAR=10;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338706;STB=0.698165;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00260736;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:80:80:37:37:0.316239:10:27:36:44:10:27:36:44 chr6 28715604 . G C 445.95 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0301847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3676;QD=15.3777;RBI=0.0302272;REFB=-0.00376193;REVB=0.00160257;RO=66;SAF=26;SAR=24;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356592;STB=0.519992;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00537533;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:66:50:50:0.431034:24:26:32:34:24:26:32:34 chr6 28758580 . TTTG T 193.52 PASS AF=0.330435;AO=35;DP=111;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.0054128;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=259.221;QD=6.73113;RBI=0.0107373;REFB=0.000106671;REVB=0.00927312;RO=68;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277868;STB=0.632862;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=-0.000229311;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330435:35:111:38:115:77:21:17:27:50:99:68:20:15:22:46 chr6 28770596 . A AC,C 221.07 PASS AF=0.489362,0;AO=21,2;DP=48;FAO=23,0;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16,0;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.076682,0.00769015;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.2227,32.6136;QD=18.8144;RBI=0.0768832,0.033431;REFB=-0.00588002,0.0212087;REVB=0.00555853,0.0325345;RO=25;SAF=14,2;SAR=7,0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0696018,0.44242;STB=0.541189,0.5;STBP=0.629,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0104467,0;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:24:21,2:23,0:0.489362,0:7,0:14,2:15:10:7,0:16,0:15:9 chr6 28775664 . C T 461.37 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0078684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.288;QD=18.8312;RBI=0.0129789;REFB=-0.0098067;REVB=0.0103218;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105719;STB=0.558958;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0110136;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:28:18:26:26:28:18:26:26 chr6 28779933 . G A 264.67 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0278939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.942;QD=13.0701;RBI=0.0309356;REFB=-0.0131692;REVB=0.0133771;RO=50;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808322;STB=0.504623;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0230157;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:19:12:19:31:19:12:19:31 chr6 28785085 . C T 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.128;QD=64.4062;RBI=0.0282529;REFB=0;REVB=0.0113034;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120807;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr6 28791134 . G A 309.47 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=9.52652e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.66;QD=16.0765;RBI=0.0123698;REFB=-0.0208896;REVB=-0.0123695;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355935;STB=0.519469;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0258986;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:43:34:34:0.441558:17:17:19:22:17:17:20:23 chr6 28791150 . A C 370.58 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0227983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8684;QD=17.2364;RBI=0.0248438;REFB=0.0143101;REVB=-0.0098718;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212906;STB=0.501193;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0264107;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:23:24:20:19:23:24 chr6 28806218 . G A 139.01 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.014243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6792;QD=12.3565;RBI=0.0700835;REFB=0.00968101;REVB=0.0686209;RO=27;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114319;STB=0.553121;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0277805;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:3:13:20:7:3:13:22:7 chr6 28849157 . T C 423.5 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00975778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.141;QD=15.125;RBI=0.0765004;REFB=-0.00808755;REVB=-0.0758755;RO=63;SAF=27;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395269;STB=0.527016;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00661343;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:21:27:33:30:21:27:33:31 chr6 28872112 . GC CG 32.87 PASS AF=0.12069;AO=4;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00506674;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=88.0422;QD=2.2672;RBI=0.00649525;REFB=-0.00310382;REVB=0.00406405;RO=46;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465348;STB=0.893764;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.0829134;OID=.;OPOS=28872112;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:58:58:46:51:4:7:0.12069:1:3:13:33:1:6:18:33 chr6 28911802 . G A 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0392883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0643;QD=18.6052;RBI=0.067773;REFB=0.0152983;REVB=0.0552232;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169489;STB=0.59389;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0134118;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:17:22:31:11:17:22:31:11 chr6 28912076 . C T 318.18 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=-0.0118838;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.442;QD=15.334;RBI=0.0186646;REFB=-0.00861012;REVB=0.0143924;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314179;STB=0.675218;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0152701;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:38:10:18:17:38:10 chr6 28921046 . C T 225.68 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0177946;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.948;QD=13.8881;RBI=0.0231791;REFB=-0.0560411;REVB=-0.0148534;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200032;STB=0.665463;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0485074;OID=.;OPOS=28921046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:32:10:25:0.384615:4:6:16:5:19:6:16:16 chr6 28945522 . C T 594.27 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0189456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.722;QD=19.17;RBI=0.0246213;REFB=-0.0152411;REVB=-0.0157249;RO=63;SAF=40;SAR=21;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678965;STB=0.537591;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0150615;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:21:40:37:26:21:40:37:26 chr6 28963248 . T G 795.79 PASS AF=0.439791;AO=84;DP=191;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0158879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7356;QD=16.6658;RBI=0.0249565;REFB=-0.016283;REVB=-0.0192458;RO=105;SAF=37;SAR=47;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149151;STB=0.582601;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0186287;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:105:107:84:84:0.439791:47:37:62:43:47:37:63:44 chr6 29012067 . C T 631.4 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.00839979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7036;QD=17.9122;RBI=0.0676599;REFB=0.0295824;REVB=-0.0671365;RO=76;SAF=47;SAR=18;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902997;STB=0.550335;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0358168;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:76:65:65:0.460993:18:47:49:27:18:47:49:27 chr6 29012116 . G A 683.1 PASS AF=0.473684;AO=71;DP=151;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00400806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.025;QD=17.9764;RBI=0.00576498;REFB=-0.00877413;REVB=-0.00414372;RO=80;SAF=43;SAR=28;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304232;STB=0.512095;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00848942;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:80:80:71:72:0.473684:28:43:46:34:29:43:46:34 chr6 29068759 . C A 632.64 PASS AF=0.456954;AO=68;DP=152;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0238895;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5497;QD=16.7588;RBI=0.0244475;REFB=0.0017273;REVB=-0.00519378;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121214;STB=0.559195;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00169479;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:81:82:68:69:0.456954:37:31:47:34:37:32:47:35 chr6 29069016 . G A 1257.24 PASS AF=0.451724;AO=131;DP=290;FAO=131;FDP=290;FR=.;FRO=159;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=70;FSRR=89;FWDB=0.0142002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.886;QD=17.3413;RBI=0.0164951;REFB=-0.000270506;REVB=0.00839301;RO=159;SAF=65;SAR=66;SRF=70;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554609;STB=0.530677;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000384694;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:159:159:131:131:0.451724:66:65:70:89:66:65:70:89 chr6 29069264 . T C 712.75 PASS AF=0.414894;AO=78;DP=187;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.00401658;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.157;QD=15.1649;RBI=0.00515657;REFB=-0.0170272;REVB=0.00323377;RO=109;SAF=34;SAR=44;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336964;STB=0.521782;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0186573;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:109:110:78:78:0.414894:44:34:51:58:44:34:52:58 chr6 29069299 . C T 768.64 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.00958234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.498;QD=16.2675;RBI=0.0133666;REFB=-0.0110704;REVB=-0.00931899;RO=105;SAF=49;SAR=33;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662982;STB=0.537598;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0164899;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:105:107:82:82:0.433862:33:49:56:49:33:49:57:50 chr6 29069337 . A T 959.86 PASS AF=0.438819;AO=99;DP=232;FAO=104;FDP=237;FR=.;FRO=133;FSAF=77;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=-0.00168399;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.095;QD=16.2002;RBI=0.00547462;REFB=-0.0106455;REVB=-0.00520919;RO=125;SAF=75;SAR=24;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21575;STB=0.614588;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0115629;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:237:125:133:99:104:0.438819:24:75:72:53:27:77:75:58 chr6 29080349 . A G 940.36 PASS AF=0.502703;AO=92;DP=184;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00578417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.644;QD=20.3321;RBI=0.0138319;REFB=-0.00883458;REVB=0.0125644;RO=91;SAF=53;SAR=39;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245601;STB=0.513345;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00873838;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:91:92:92:93:0.502703:39:53:50:41:40:53:50:42 chr6 29080450 . G A 569.5 PASS AF=0.402439;AO=66;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.00852747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8472;QD=13.8901;RBI=0.00901355;REFB=-0.0326988;REVB=-0.00292001;RO=98;SAF=36;SAR=30;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015866;STB=0.508926;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0486049;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:98:98:66:66:0.402439:30:36:52:46:30:36:52:46 chr6 29141743 . A G 3859.38 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671426;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7726;QD=61.7501;RBI=0.0688245;REFB=-0.0453179;REVB=0.0151225;RO=1;SAF=123;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373876;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261809;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:1:0:250:250:1:127:123:0:1:127:123:0:0 chr6 29141772 . A G 1413.27 PASS AF=0.520599;AO=139;DP=267;FAO=139;FDP=267;FR=.;FRO=128;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=0.00232417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.555;QD=21.1726;RBI=0.0137932;REFB=-0.0205062;REVB=-0.0135959;RO=128;SAF=75;SAR=64;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689816;STB=0.537701;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.020057;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:128:128:139:139:0.520599:64:75:59:69:64:75:59:69 chr6 29275507 . T C 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00440529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.355;QD=19.9989;RBI=0.0186075;REFB=-0.00460412;REVB=0.0180785;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929959;STB=0.551692;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00326723;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:20:13:15:15:20:13:15:15 chr6 29323259 . G A 443.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.504;QD=57.1949;RBI=0.0401394;REFB=0;REVB=0.0315411;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06211e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:13:15:0:0:16:15:0:0 chr6 29323905 . A C 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0911335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2518;QD=7.2695;RBI=0.115197;REFB=0.00582084;REVB=0.0704631;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348376;STB=0.716524;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00307983;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:16:9:6:3:16:9 chr6 29364615 . G T 831.8 PASS AF=0.441624;AO=82;DP=192;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.0101111;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.516;QD=16.8894;RBI=0.0176061;REFB=-0.0319486;REVB=0.0144132;RO=110;SAF=49;SAR=33;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260399;STB=0.512192;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0390184;OID=.;OPOS=29364615;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:110:110:82:87:0.441624:33:49:66:44:33:54:66:44 chr6 29364643 . T C 629.53 PASS AF=0.423529;AO=70;DP=167;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.00516141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.519;QD=14.8125;RBI=0.110168;REFB=-0.0201322;REVB=0.110047;RO=97;SAF=49;SAR=21;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118797;STB=0.550149;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0286829;OID=.;OPOS=29364643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:97:98:70:72:0.423529:21:49:58:39:23:49:59:39 chr6 29364787 . C T 1555.02 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0633223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.878;QD=58.6798;RBI=0.0643998;REFB=-0.211924;REVB=0.0117314;RO=1;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958663;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0099316;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:49:56:0:1:49:56:0:1 chr6 29364815 . C G 457.32 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0175182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.708;QD=17.0962;RBI=0.0186276;REFB=-0.00808062;REVB=0.00633235;RO=57;SAF=25;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155548;STB=0.503369;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00841963;OID=.;OPOS=29364815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:57:49:50:0.46729:24:25:30:27:24:26:30:27 chr6 29364835 . T G 445.62 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00796494;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.384;QD=16.5044;RBI=0.0210835;REFB=0.000208485;REVB=0.0195211;RO=58;SAF=27;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552436;STB=0.530774;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.000351054;OID=.;OPOS=29364835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:58:50:50:0.462963:23:27:28:30:23:27:28:30 chr6 29364951 . G A 690.85 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0143479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.196;QD=22.6507;RBI=0.0145626;REFB=-0.0124599;REVB=-0.00249138;RO=55;SAF=41;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131898;STB=0.572261;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113292;OID=.;OPOS=29364951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:55:67:67:0.54918:26:41:25:30:26:41:25:30 chr6 29365241 . T C 412.12 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00477303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.053;QD=14.851;RBI=0.0228183;REFB=-0.01484;REVB=-0.0223135;RO=64;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04877;STB=0.527415;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0189439;OID=.;OPOS=29365241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:22:25:31:33:22:25:31:33 chr6 29365423 . A T 523.53 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00890487;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.285;QD=23.5294;RBI=0.0092452;REFB=-0.0218205;REVB=0.00248538;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528953;STB=0.533817;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0195086;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:48:49:0.550562:21:27:25:15:22:27:25:15 chr6 29385237 . T C 418.65 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0317837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4024;QD=13.0827;RBI=0.0362787;REFB=-0.0009224;REVB=0.0174912;RO=78;SAF=21;SAR=28;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346375;STB=0.514868;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00219954;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:79:49:49:0.382812:28:21:31:47:28:21:32:47 chr6 29394926 . C T 540.08 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00784544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.609;QD=27.3457;RBI=0.0141857;REFB=-0.0233091;REVB=0.0118187;RO=30;SAF=23;SAR=26;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113891;STB=0.561992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0105268;OID=.;OPOS=29394926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:26:23:19:11:26:23:19:11 chr6 29407970 . T C 684.46 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0125212;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.561;QD=18.4989;RBI=0.018523;REFB=-0.0297957;REVB=-0.0136499;RO=80;SAF=36;SAR=33;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274343;STB=0.512077;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0327308;OID=.;OPOS=29407970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:80:79:69:69:0.466216:33:36:44:36:33:36:43:36 chr6 29408313 . C A 522.35 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0076452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.428;QD=21.1049;RBI=0.0349297;REFB=-0.0155091;REVB=0.0340827;RO=49;SAF=31;SAR=19;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316856;STB=0.517503;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0144533;OID=.;OPOS=29408313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:19:31:32:17:19:31:32:17 chr6 29408528 . A G 798.22 PASS AF=0.56391;AO=74;DP=131;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0504614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3019;QD=24.0067;RBI=0.051806;REFB=-0.0420522;REVB=0.0117261;RO=57;SAF=46;SAR=28;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845874;STB=0.511363;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0304314;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:57:58:74:75:0.56391:28:46:36:21:29:46:37:21 chr6 29431698 . A G 319.22 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0319431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0296;QD=15.9608;RBI=0.0335177;REFB=-0.0238169;REVB=-0.0101525;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181118;STB=0.607713;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0393889;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:19:15:28:17:20:15:28:17 chr6 29523676 . C G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1145;QD=59.8536;RBI=0.056844;REFB=0;REVB=-0.0341285;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40183e-05;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr6 29555778 . A G 999.27 PASS AF=0.505155;AO=98;DP=192;FAO=98;FDP=194;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.000869373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2337;QD=20.6034;RBI=0.00410985;REFB=-0.00923114;REVB=0.00401685;RO=93;SAF=46;SAR=52;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700725;STB=0.535737;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0102289;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:93:96:98:98:0.505155:52:46:51:42:52:46:52:44 chr6 29555809 . C T 3073.51 PASS AF=0.98;AO=196;DP=200;FAO=196;FDP=200;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0447915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2536;QD=61.4703;RBI=0.0589556;REFB=-0.0278138;REVB=0.0383338;RO=3;SAF=97;SAR=99;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144987;STB=0.505102;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00283012;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:200:200:3:4:196:196:0.98:99:97:3:0:99:97:3:1 chr6 29555864 . C T 1025.4 PASS AF=0.52381;AO=98;DP=189;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00693116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.589;QD=21.7016;RBI=0.0122366;REFB=-0.0358327;REVB=0.0100843;RO=90;SAF=44;SAR=54;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054524;STB=0.527022;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0255578;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:90:90:98:99:0.52381:54:44:46:44:54:45:46:44 chr6 29571387 . C G 35.24 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0317791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.0629;QD=2.38923;RBI=0.0556021;REFB=-0.00264749;REVB=-0.0456255;RO=50;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37504;STB=0.780149;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.125019;OID=.;OPOS=29571387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:50:52:7:7:0.118644:1:6:29:21:1:6:31:21 chr6 29625001 . A G 994.14 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.689;QD=57.6314;RBI=0.0224969;REFB=0.0216483;REVB=-0.00735634;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00028192;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:28:40:1:0:28:40:1:0 chr6 29634003 . G C 515.43 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0226361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.557;QD=24.8401;RBI=0.0359517;REFB=-0.010971;REVB=-0.0279308;RO=35;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270505;STB=0.514811;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0073561;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:23:25:17:18:23:25:17:18 chr6 29634012 . A G 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0050203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.697;QD=60.0686;RBI=0.00856554;REFB=0.00557936;REVB=-0.0069401;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011691;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-4.23319e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:0:1:40:41:0:1 chr6 29691857 . C G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0143097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.037;QD=17.1002;RBI=0.0211093;REFB=-0.00518413;REVB=-0.0155188;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00557481;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:5:10:8:6:5:10 chr6 29693011 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5312;QD=62.019;RBI=0.0426008;REFB=0;REVB=0.012369;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047049;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr6 29695854 . G A 288.46 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0552108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0395;QD=13.736;RBI=0.0673758;REFB=0.0210781;REVB=0.038617;RO=51;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00383;STB=0.502182;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0326964;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:18:15:23:28:18:15:23:28 chr6 29718220 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0339441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.803;QD=16.504;RBI=0.0341555;REFB=-0.0247248;REVB=-0.00379472;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228198;STB=0.628282;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0207299;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:10:20:11:15:10:20 chr6 29760084 . T C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0131305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9261;QD=10.389;RBI=0.0461794;REFB=-0.010325;REVB=0.0442734;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734487;STB=0.545316;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0239261;OID=.;OPOS=29760084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:2:9:6:1:2:9 chr6 29794860 . C T 541.9 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0152588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8269;QD=20.8425;RBI=0.0226304;REFB=-0.00703208;REVB=-0.0167125;RO=49;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480711;STB=0.502645;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00789158;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:30:25:22:27:30:25:22:27 chr6 29795636 . G A 376.81 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0310787;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3998;QD=15.7003;RBI=0.0428149;REFB=-0.0168808;REVB=0.0294488;RO=50;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046833;STB=0.543456;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0344713;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:56:40:40:0.416667:25:15:21:29:25:15:25:31 chr6 29795657 . G A 279.4 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0136691;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0038;QD=13.7977;RBI=0.0138203;REFB=-0.00787427;REVB=-0.00203871;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210291;STB=0.501198;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0200926;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:32:32:0.395062:19:13:20:29:19:13:20:29 chr6 29795993 . G A 141.92 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0147369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.489;QD=11.131;RBI=0.0335965;REFB=-0.0124839;REVB=-0.0301919;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462569;STB=0.784911;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0317685;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:34:17:17:0.333333:4:13:11:21:4:13:11:23 chr6 29796376 . C A 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00624082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.312;QD=17.1614;RBI=0.00719359;REFB=-0.016207;REVB=0.00357771;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458471;STB=0.525679;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0189348;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:28:21:19:21:28:21 chr6 29797696 . A G 505.01 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0314904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3791;QD=22.6969;RBI=0.086919;REFB=-0.00430605;REVB=-0.081014;RO=40;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149358;STB=0.587893;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0019784;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:41:48:48:0.539326:19:29:17:23:19:29:17:24 chr6 29798140 . A G 430.98 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00588898;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.944;QD=22.1014;RBI=0.0262383;REFB=0.0135533;REVB=-0.0255688;RO=35;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112931;STB=0.556648;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0132974;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:36:42:42:0.538462:26:16:18:17:26:16:18:18 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 620.3 PASS AF=0.809524,0.0952381,0.0952381;AO=32,5,4;DP=43;FAO=34,4,4;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2,3;FSAR=22,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370836,0.0635536,-0.091155;FXX=0.10636;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=236.368,80.7063,149.032;QD=59.0761;RBI=0.038331,0.0635657,0.0913888;REFB=0,0,0;REVB=0.00969904,0.00123871,0.00653272;RO=0;SAF=11,3,3;SAR=21,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00321832,-0.0116677,0.0334467;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.809524,0.0952381,0.0952381:32,5,4:43:34,4,4:42:0:12,2,3:22,2,1:0:0:23:0:11,3,3:21,2,1:0:0 chr6 29855849 . A C 80.8 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4961;QD=35.909;RBI=0.0479087;REFB=0;REVB=0.0392816;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145734;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr6 29855858 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.693;QD=40.7629;RBI=0.0348281;REFB=0;REVB=0.0294195;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212298;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr6 29855862 . AGA GAT 94.81 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901375;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.534;QD=42.1374;RBI=0.113991;REFB=0;REVB=0.113634;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00374369;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 29855901 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.947;QD=44.6898;RBI=0.0319476;REFB=0;REVB=0.0314111;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96939e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:3:10:0:0 chr6 29856330 . G A 642.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01511;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.65;QD=61.1536;RBI=0.0198481;REFB=0;REVB=0.01287;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702572;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:14:26:0:0:16:26:0:0 chr6 29856347 . C T 615.29 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023709;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.556;QD=57.2366;RBI=0.0268323;REFB=-0.105339;REVB=0.0125642;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585266;STB=0.531235;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00104197;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:2:2:41:41:0.953488:15:26:0:2:15:26:0:2 chr6 29856427 . G A 313.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8598;QD=50.116;RBI=0.0509274;REFB=0.0149576;REVB=0.0189545;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00124728;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr6 29856550 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.102;QD=52.613;RBI=0.0385848;REFB=0;REVB=0.00534058;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224186;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 29856633 . T C 357.27 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5898;QD=49.2779;RBI=0.0359839;REFB=-0.0351414;REVB=-0.0343362;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0211552;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:18:9:0:2:18:9:0:2 chr6 29856686 . C G 392.2 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00792213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3465;QD=50.6062;RBI=0.0126595;REFB=-0.131657;REVB=-0.00987434;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.541638;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00609888;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:18:11:1:0:18:11:2:0 chr6 29856693 . C T 447.09 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.141;QD=57.6884;RBI=0.0362102;REFB=0;REVB=0.033766;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169363;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr6 29856718 . G C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9732;QD=53.9317;RBI=0.0517333;REFB=-0.0640472;REVB=0.0488074;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00327221;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:29:30:0.967742:16:13:0:0:16:14:1:0 chr6 29910358 . C G 696.38 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.659;QD=52.5572;RBI=0.0673994;REFB=-0.103744;REVB=0.0623406;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.51785;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00545842;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:24:27:1:0:24:27:2:0 chr6 29910378 . C T 223.4 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0172954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.711;QD=20.309;RBI=0.0173259;REFB=-0.0225406;REVB=0.00102775;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013838;STB=0.571361;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0133134;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:21:17:21:0.477273:10:7:6:8:12:9:12:9 chr6 29910402 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0345625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.409;QD=13.0909;RBI=0.0345959;REFB=-0.016587;REVB=0.00152063;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.600783;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0251148;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:13:13:0.393939:5:8:9:10:5:8:9:11 chr6 29910558 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0183762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.82;QD=20.8977;RBI=0.0756945;REFB=0.00512459;REVB=-0.0734301;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292303;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00689683;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:0:4:4:4:0:4 chr6 29910700 . G T 82.33 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0276632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.217;QD=19.3722;RBI=0.0290572;REFB=-0.0067435;REVB=-0.00889197;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00160808;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:4:3:5:5:4:3 chr6 29910716 . CA GA,GG 128.03 PASS AF=0.25,0.75;AO=3,9;DP=12;FAO=3,9;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540451,0.0665078;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=79.4709,170.463;QD=42.6781;RBI=0.05915,0.0759825;REFB=0,0;REVB=0.0240384,0.036743;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0100433,0.00357287;OID=.,.;OPOS=29910716,29910716;OREF=C,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:12:12:0:0:3,9:3,9:0.25,0.75:2,5:1,4:0:0:2,5:1,4:0:0 chr6 29910730 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2793;QD=42.1826;RBI=0.0585692;REFB=0;REVB=0.0237809;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212082;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 29910742 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1965;QD=43.4857;RBI=0.0926177;REFB=0;REVB=0.0779399;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692287;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr6 29910752 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.102;QD=34.6654;RBI=0.0321406;REFB=-0.0396452;REVB=0.0230969;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00448932;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chr6 29911056 . A C,G 293.72 PASS AF=0.478261,0.521739;AO=11,11;DP=22;FAO=11,12;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,10;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151911,-0.000634777;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.733,53.0361;QD=51.0818;RBI=0.0219622,0.0665968;REFB=0,0;REVB=0.0158608,-0.0665938;RO=0;SAF=9,9;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00932031,0.00722079;OID=.,.;OPOS=29911056,29911056;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:22:23:0:0:11,11:11,12:0.478261,0.521739:2,2:9,9:0:0:2,2:9,10:0:0 chr6 29911063 . TA GG,TG 311.95 PASS AF=0.5,0.5;AO=11,12;DP=23;FAO=12,12;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,9;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678736,-0.02124;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=117.375,124.364;QD=51.9916;RBI=0.0474442,0.0679457;REFB=0,0;REVB=-0.0469562,-0.0645406;RO=0;SAF=10,9;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0103516,-0.00719091;OID=.,.;OPOS=29911063,29911064;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:23:24:0:0:11,12:12,12:0.5,0.5:1,3:10,9:0:0:2,3:10,9:0:0 chr6 29911069 . A T 100.97 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00314991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.355;QD=16.1547;RBI=0.00693446;REFB=0.00253113;REVB=-0.00617776;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.571319;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00267632;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:3:8:11:2:3:9:11:2 chr6 29911092 . G T 136.74 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00307939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.358;QD=17.6435;RBI=0.052503;REFB=-0.0209963;REVB=-0.0524126;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298151;STB=0.693027;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0320634;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:16:16:13:15:0.483871:2:11:10:6:2:13:10:6 chr6 29911114 . GG AC 411.12 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006985;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.806;QD=56.7066;RBI=0.00764632;REFB=0;REVB=0.00311061;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.37539e-05;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:9:15:0:0:9:20:0:0 chr6 29911119 . G T 374.7 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0270201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.423;QD=49.9598;RBI=0.0527201;REFB=-0.184613;REVB=0.0452695;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.524983;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0104434;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:9:19:0:0:9:19:2:0 chr6 29911154 . C A 483.06 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5292;QD=58.5521;RBI=0.0709743;REFB=0;REVB=0.0628074;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132822;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr6 29911190 . G A 84.67 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00532655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2127;QD=10.9253;RBI=0.01728;REFB=-0.00283139;REVB=-0.0164386;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00878535;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:4:6:11:9:4:7:11:9 chr6 29911198 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0127916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.185;QD=14.6981;RBI=0.0479525;REFB=-0.0111268;REVB=-0.0462149;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0241485;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:14:9:8:8:14:9 chr6 29911207 . G A 144.49 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0181309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7494;QD=15.6202;RBI=0.0772812;REFB=0.0114036;REVB=0.0751243;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222638;STB=0.627753;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00460874;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:14:7:9:7:14:7 chr6 29911218 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0380896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.586;QD=16.172;RBI=0.0692265;REFB=-0.0176395;REVB=0.0578056;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393675;STB=0.723432;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0246178;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:16:4:10:6:16:4 chr6 29911228 . A T 162.99 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.039672;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3926;QD=18.1101;RBI=0.0455438;REFB=-0.0250623;REVB=0.0223689;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345359;STB=0.698675;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.034582;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:8:11:4:13:8:11 chr6 29911239 . TT CA,TG 570.51 PASS AF=0.512821,0.487179;AO=20,18;DP=39;FAO=20,19;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15,7;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268146,-0.0888208;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=97.6765,35.6127;QD=58.514;RBI=0.0271849,0.121118;REFB=0,0;REVB=0.00447145,-0.0823433;RO=0;SAF=15,6;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00300179,0.00914423;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:39:0:0:20,18:20,19:0.512821,0.487179:5,12:15,6:0:0:5,12:15,7:0:0 chr6 29911256 . T G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.93;QD=62.9829;RBI=0.0459528;REFB=0;REVB=0.0245047;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107966;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr6 29911271 . GT CG 167.36 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0231022;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.119;QD=14.5531;RBI=0.0375201;REFB=-0.00394234;REVB=-0.0295643;RO=27;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409116;STB=0.758771;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00495365;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:28:18:18:0.391304:2:16:17:10:2:16:17:11 chr6 29911306 . C T 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.031733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.416;QD=3.29635;RBI=0.0438982;REFB=-0.00383755;REVB=-0.0303326;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176932;STB=0.629297;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0457976;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:49:41:42:7:7:0.142857:3:4:29:12:3:4:30:12 chr6 29911319 . G T 32.89 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0330501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.789;QD=2.79903;RBI=0.0483227;REFB=-0.00556372;REVB=0.0352531;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303991;STB=0.722809;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0543209;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:39:41:6:6:0.12766:3:3:29:10:3:3:31:10 chr6 29912086 . G A 74.46 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0463149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.285;QD=22.9115;RBI=0.0463806;REFB=-0.0500285;REVB=-0.00246711;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0444288;OID=.;OPOS=29912086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr6 29912098 . G A 126.49 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0021562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.824;QD=29.7628;RBI=0.0514371;REFB=-0.0153674;REVB=0.0513919;RO=4;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00638878;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:7:6:2:2:7:6:2:2 chr6 29912108 . G C 45.31 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0106788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.909;QD=8.2374;RBI=0.0678677;REFB=-0.0168532;REVB=0.0670223;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420002;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0327724;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:8:7:3:4:8:7 chr6 29912147 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00374686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.448;QD=10.5421;RBI=0.025903;REFB=-0.0157234;REVB=0.0256305;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0276289;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:10:11:6:5:10:11 chr6 29912280 . TG CA,CG 431.54 PASS AF=0.709677,0.290323;AO=22,9;DP=31;FAO=22,9;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020862,0.0197563;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.696,110.66;QD=55.6832;RBI=0.0215229,0.0255507;REFB=0,0;REVB=0.00529242,-0.0162027;RO=0;SAF=11,4;SAR=11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00344573,-0.0142758;OID=.,.;OPOS=29912280,29912280;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:31:31:0:0:22,9:22,9:0.709677,0.290323:11,5:11,4:0:0:11,5:11,4:0:0 chr6 29912297 . A G 268.93 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00884622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.446;QD=29.0731;RBI=0.0100223;REFB=-0.0129124;REVB=-0.00471066;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210947;STB=0.511618;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0112532;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:8:5:10:14:8:5 chr6 29912333 . C T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0144336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7494;QD=9.14797;RBI=0.0257392;REFB=0.0187959;REVB=0.0213114;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121143;STB=0.566857;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0498808;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:40:18:18:0.310345:8:10:25:13:8:10:26:14 chr6 29912368 . C T 923.68 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.384;QD=56.842;RBI=0.0367813;REFB=-0.150312;REVB=-0.00910692;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.505375;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000799746;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:18:46:0:0:18:46:1:0 chr6 29912386 . G C 356.08 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0520351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1279;QD=24.5572;RBI=0.0660462;REFB=-0.0635168;REVB=0.0406749;RO=23;SAF=25;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457555;STB=0.534143;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0426104;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:23:34:35:0.603448:9:25:18:5:10:25:18:5 chr6 29912398 . A G 193.13 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0116086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.892;QD=14.8565;RBI=0.0167875;REFB=-0.018879;REVB=0.0121269;RO=30;SAF=18;SAR=3;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.517225;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0268401;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:3:18:24:6:4:18:24:6 chr6 29912413 . TG T 96.07 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0571042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.2958;QD=8.53926;RBI=0.0619539;REFB=0.0591603;REVB=-0.024029;RO=28;SAF=14;SAR=2;SRF=23;SRR=5;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=0.117136;STB=0.580006;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=-0.0910051;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:16:45:17:45:28:15:2:23:5:96:28:14:2:23:5 chr6 29912830 . T C 1008.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.329;QD=59.3297;RBI=0.0310294;REFB=0;REVB=-0.000603397;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68551e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr6 29912852 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000658071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.166;QD=58.0611;RBI=0.0334235;REFB=0;REVB=0.033417;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79205e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr6 29912856 . A T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7971;QD=58.5997;RBI=0.0373072;REFB=0;REVB=0.00535501;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347354;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr6 29913042 . C T 1212.3 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.163;QD=59.1367;RBI=0.0286059;REFB=0.0292187;REVB=0.011358;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=4.19493e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:42:38:0:1:42:39:0:1 chr6 29913067 . T C 449.92 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00924389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7581;QD=24.9954;RBI=0.0332657;REFB=-0.00488736;REVB=0.0319556;RO=29;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142932;STB=0.581357;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00677084;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:29:42:43:0.597222:24:18:18:11:25:18:18:11 chr6 29913074 . A G 1042.15 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8831;QD=58.7129;RBI=0.0238836;REFB=0;REVB=0.0224779;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522824;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:62:71:1:29:33:0:0:36:35:0:0 chr6 29913078 . A G 946.84 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0133579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.552;QD=55.6967;RBI=0.0287258;REFB=-0.00965055;REVB=-0.025431;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842368;STB=0.500446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000250007;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:32:34:1:1:32:34:1:1 chr6 29913211 . AATA AA,AAT,AATT 614.35 PASS AF=0.025,0.675,0;AO=15,30,7;DP=79;FAO=2,54,0;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=1,24,0;FSAR=1,30,0;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0174254,-0.0162485,-0.0150981;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=223.19,227.541,223.9;QD=30.7175;RBI=0.0381759,0.0583366,0.0670128;REFB=0.0194199,0.0164324,0.0138686;REVB=0.0339669,0.0560281,0.0652899;RO=19;SAF=3,19,3;SAR=12,11,4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.445552,0.00132998,-0.229193;STB=0.652462,0.568157,0.5;STBP=0.725,0.09,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0284273,-0.0118084,-0.0209328;OID=.,.,.;OPOS=29913212,29913214,29913214;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=AA,AAT,AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.025,0.675,0:15,30,7:79:2,54,0:80:24:1,24,0:1,30,0:16:8:99:19:3,19,3:12,11,4:12:7 chr6 29976838 . A G 1061.92 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4042;QD=59.8262;RBI=0.0390773;REFB=0;REVB=-0.0358166;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188321;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr6 29977145 . G C 754.62 PASS AF=0.407583;AO=86;DP=211;FAO=86;FDP=211;FR=.;FRO=125;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.00307513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.444;QD=14.3055;RBI=0.0183637;REFB=-0.00554482;REVB=0.0181044;RO=124;SAF=56;SAR=30;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705699;STB=0.537687;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00798154;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:124:125:86:86:0.407583:30:56:73:51:30:56:74:51 chr6 30075843 . T C 232.37 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00349889;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=135.112;QD=12.5606;RBI=0.00391518;REFB=-0.00509714;REVB=0.00175681;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160724;STB=0.594529;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00456949;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:46:28:28:0.378378:14:14:28:15:14:14:30:16 chr6 30075864 . A G 323.81 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00461188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8423;QD=14.3915;RBI=0.0147932;REFB=-0.0106926;REVB=-0.0140559;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552611;STB=0.535601;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00902164;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:14:22:35:18:14:22:36:18 chr6 30075903 . C T 320.62 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0207541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.693;QD=15.8329;RBI=0.026064;REFB=-0.0108928;REVB=0.0157672;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020099;STB=0.501133;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0115433;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:29:17:13:22:29:17 chr6 30114845 . T C 437.93 PASS AF=0.583333;AO=40;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00517974;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.135;QD=24.3294;RBI=0.00838792;REFB=-0.0214282;REVB=0.00659754;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863829;STB=0.543979;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0145819;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:30:40:42:0.583333:23:17:17:15:24:18:16:14 chr6 30114955 . C T 340.67 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00304562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.569;QD=23.4945;RBI=0.00955203;REFB=-0.00498735;REVB=0.00905348;RO=24;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169511;STB=0.593766;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00326856;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:25:9:11:13:25:9:11:13 chr6 30115542 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0239282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1062;QD=17.7529;RBI=0.0285753;REFB=0.00579719;REVB=0.0156201;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355086;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00688549;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:13:14:12:13:13:14 chr6 30121460 . C T 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0212707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.632;QD=22.5296;RBI=0.0362739;REFB=0.00806098;REVB=0.0293828;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101974;STB=0.505615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00666847;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:18:22:18:14:18:22:18:14 chr6 30122154 . T C 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00346964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.926;QD=57.0299;RBI=0.0154407;REFB=-0.0750354;REVB=-0.0150458;RO=1;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219605;STB=0.511624;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=8.47966e-05;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:21:44:0:1:21:44:0:1 chr6 30131515 . C A 515.24 PASS AF=0.495413;AO=55;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0189782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8534;QD=18.9078;RBI=0.0486016;REFB=-0.0156949;REVB=0.044743;RO=54;SAF=27;SAR=28;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745316;STB=0.55049;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0174995;OID=.;OPOS=30131515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:55:55:54:0.495413:28:27:31:23:28:26:32:23 chr6 30139699 . G A 470.71 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=130;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00266579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.783;QD=14.3729;RBI=0.00289386;REFB=-0.0115703;REVB=-0.00112604;RO=78;SAF=25;SAR=27;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102991;STB=0.563235;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0136569;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:78:78:52:53:0.40458:27:25:30:48:27:26:30:48 chr6 30140342 . T C 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.356;QD=59.9365;RBI=0.0293993;REFB=0;REVB=0.0291703;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09716e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:40:61:0:0:40:61:0:0 chr6 30154199 . T C 808.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.003;QD=56.7135;RBI=0.0128956;REFB=0;REVB=0.0118922;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49825e-05;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:35:20:0:0:37:20:0:0 chr6 30166266 . C T 365.12 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.0032832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.877;QD=16.0492;RBI=0.0291703;REFB=-0.0168383;REVB=-0.0289849;RO=52;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312242;STB=0.674247;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0199918;OID=.;OPOS=30166266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:17:22:13:39:17:22:13:39 chr6 30227583 . C G 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000408745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7194;QD=6.01584;RBI=0.00595976;REFB=0.00455612;REVB=0.00594572;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378269;STB=0.727514;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0172028;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:2:5:8:13:2:5:9:13 chr6 30228230 . A C 1209.23 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.557;QD=61.2268;RBI=0.0770484;REFB=0;REVB=0.0680091;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012429;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:32:44:0:0:34:45:0:0 chr6 30228379 . A G 701.25 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.707;QD=59.6812;RBI=0.0396182;REFB=-0.112774;REVB=0.0162422;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0024469;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:44:45:0.957447:17:27:0:0:18:27:1:0 chr6 30228398 . CGGGGGCG CGGGGCG,CGGGGCGC 599.0 PASS AF=1,0;AO=42,2;DP=45;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933968,0.0138321;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=18.5292,7.60687;QD=53.2445;RBI=0.107355,0.0179493;REFB=0,0;REVB=0.052936,0.011439;RO=0;SAF=24,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00427962,0;OID=.,.;OPOS=30228399,30228403;OREF=G,GCG;OALT=-,CGC;OMAPALT=CGGGGCG,CGGGGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,2:45:45,0:45:0:26,0:19,0:0:0:4:0:24,1:18,1:0:0 chr6 30229013 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.032;QD=55.656;RBI=0.05136;REFB=0;REVB=0.0192012;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122797;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr6 30229034 . C CT,T 352.85 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=22,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103403,0.0629784;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=27.4303,15.0105;QD=52.2733;RBI=0.136639,0.0858416;REFB=0,0;REVB=0.0893193,0.058331;RO=2;SAF=6,1;SAR=16,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0430223,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0154244,0.0337843;OID=.,.;OPOS=30229035,30229034;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:27:27:2:0:22,2:26,1:0.962963,0.037037:16,1:6,1:1:1:18,0:8,1:0:0 chr6 30229457 . C T 1498.82 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161554;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2943;QD=59.9528;RBI=0.0200494;REFB=0;REVB=0.0118735;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18491e-05;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr6 30229463 . G A 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.163;QD=64.0212;RBI=0.03356;REFB=0;REVB=0.0271457;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84001e-05;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr6 30230085 . T C 764.86 PASS AF=1;AO=29;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.893;QD=57.7249;RBI=0.185182;REFB=0;REVB=0.0308658;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715297;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:29:53:1:21:8:0:0:24:29:0:0 chr6 30230128 . T C 188.64 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747722;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8418;QD=44.3867;RBI=0.0782658;REFB=-0.140779;REVB=0.0231227;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0190749;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr6 30231071 . G A 1142.77 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00639854;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1434;QD=59.3646;RBI=0.0305625;REFB=-0.0719742;REVB=0.0298852;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00015431;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:0:1:36:40:0:1 chr6 30231108 . G T 1393.34 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0562333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7992;QD=59.2913;RBI=0.0586201;REFB=0.0303384;REVB=0.016557;RO=4;SAF=47;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179352;STB=0.504799;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00336149;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:4:3:90:91:0.968085:43:47:2:2:44:47:2:1 chr6 30297529 . T C 1011.76 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816164;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.316;QD=59.5151;RBI=0.00822439;REFB=0;REVB=-0.00101402;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49237e-05;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr6 30309508 . T C 989.13 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.77;QD=59.0525;RBI=0.0479666;REFB=0;REVB=0.0461051;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87259e-05;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:25:37:0:0:28:39:0:0 chr6 30314566 . TC GA 1329.69 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023986;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.711;QD=62.5737;RBI=0.0246874;REFB=0;REVB=0.00584289;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000111864;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr6 30457732 . T C 284.7 PASS AF=0.472727;AO=22;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0251103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.795;QD=20.7055;RBI=0.0373907;REFB=-0.0595273;REVB=0.0277044;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224331;STB=0.579941;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0293108;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:21:22:26:0.472727:8:14:15:2:12:14:15:6 chr6 30575603 . A G 804.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5985;QD=64.3697;RBI=0.0468648;REFB=0;REVB=-0.00943624;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000808108;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr6 30615213 . C T 159.76 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.029612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1739;QD=26.627;RBI=0.0407645;REFB=-0.00272174;REVB=0.0280156;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.523779;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0019848;OID=.;OPOS=30615213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:8:8:15:16:0.666667:10:5:3:5:11:5:3:5 chr6 30615603 . A G 393.56 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0236415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.196;QD=20.9899;RBI=0.0303215;REFB=-0.0306405;REVB=-0.0189861;RO=35;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137642;STB=0.580164;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0311343;OID=.;OPOS=30615603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:15:24:16:19:15:25:16:19 chr6 30652872 . G A 406.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0242343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.092;QD=15.9558;RBI=0.0347123;REFB=-0.0239248;REVB=0.0248525;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858959;STB=0.543062;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.030445;OID=.;OPOS=30652872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:56:57:45:45:0.441176:24:21:31:25:24:21:31:26 chr6 30658385 . C T 173.0 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0109639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6166;QD=18.7025;RBI=0.0112208;REFB=-0.0127529;REVB=0.00238699;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417766;STB=0.523783;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0391541;OID=.;OPOS=30658385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:13:6:5:13:13:6 chr6 30671452 . T C 489.64 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00478898;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.618;QD=16.7397;RBI=0.0201446;REFB=-0.0130596;REVB=0.019567;RO=64;SAF=29;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617125;STB=0.53442;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0190882;OID=.;OPOS=30671452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:24:29:31:33:24:29:31:33 chr6 30671760 . C T 632.8 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.000583659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6985;QD=19.6216;RBI=0.00170118;REFB=-0.00625106;REVB=0.00159792;RO=65;SAF=28;SAR=36;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784466;STB=0.543317;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00728967;OID=.;OPOS=30671760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:36:28:34:31:36:28:34:31 chr6 30671969 . G C 623.21 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00564202;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.116;QD=18.3297;RBI=0.00932093;REFB=-0.000184397;REVB=-0.00741939;RO=70;SAF=44;SAR=20;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175514;STB=0.606265;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000196126;OID=.;OPOS=30671969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:72:64:64:0.470588:20:44:36:34:20:44:36:36 chr6 30672718 . G A 153.73 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0191654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4996;QD=14.6414;RBI=0.103646;REFB=-0.00517241;REVB=0.101859;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836578;STB=0.557457;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0126344;OID=.;OPOS=30672718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:8:16:10:7:8:17 chr6 30673113 . G T 64.25 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0738972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6703;QD=9.88451;RBI=0.120938;REFB=-0.0349859;REVB=-0.0957345;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547831;STB=0.510614;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0622607;OID=.;OPOS=30673113;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:1:8:13:2:1:8:15:2 chr6 30673489 . G C 199.91 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00617289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.316;QD=13.5529;RBI=0.0212031;REFB=0.00690791;REVB=0.0202846;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101325;STB=0.567628;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.009258;OID=.;OPOS=30673489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:9:15:18:16:9:15:18:17 chr6 30676046 . C G 339.36 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00565677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.01;QD=20.5672;RBI=0.00970262;REFB=0.00586868;REVB=0.00788301;RO=30;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220491;STB=0.62867;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00317589;OID=.;OPOS=30676046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:21:14:20:10:21:14:21:10 chr6 30680562 . G A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00956064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.296;QD=12.6188;RBI=0.0132098;REFB=-0.0219235;REVB=-0.00911551;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479998;STB=0.50276;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0325322;OID=.;OPOS=30680562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:16:22:14:10:16:22 chr6 30680608 . C T 250.77 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0295185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0797;QD=14.5374;RBI=0.035987;REFB=0.00400895;REVB=0.0205845;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112681;STB=0.579104;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0040112;OID=.;OPOS=30680608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:40:28:29:0.42029:12:16:18:21:12:17:18:22 chr6 30691490 . G A 374.2 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00217989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.332;QD=18.0337;RBI=0.0133409;REFB=-0.00978354;REVB=0.0131616;RO=43;SAF=25;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082254;STB=0.540962;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00941064;OID=.;OPOS=30691490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:14:25:24:19:14:25:25:19 chr6 30692752 . C CTG 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00163402;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.27;QD=9.19063;RBI=0.0112096;REFB=-0.0120759;REVB=-0.0110899;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328597;STB=0.528543;STBP=0.787;TYPE=ins;VARB=0.0254704;OID=.;OPOS=30692753;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:20:65:20:64:44:9:11:18:26:99:45:9:11:19:26 chr6 30692754 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.000876779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.96;QD=10.1038;RBI=0.00090824;REFB=-0.00493535;REVB=0.000236977;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870009;STB=0.55097;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.010859;OID=.;OPOS=30692754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:15:25:11:9:15:25 chr6 30693121 . A G 319.04 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00221244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.089;QD=15.7548;RBI=0.00969276;REFB=-0.0188898;REVB=0.00943688;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442291;STB=0.524967;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.019985;OID=.;OPOS=30693121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:27:19:13:22:27:19 chr6 30697931 . T C 243.33 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00437276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.789;QD=12.8067;RBI=0.00588827;REFB=-0.0137601;REVB=-0.00394343;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851815;STB=0.548736;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0227809;OID=.;OPOS=30697931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:14:15:28:19:14:15:28:19 chr6 30711805 . C G 804.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.716;QD=64.375;RBI=0.0404901;REFB=0;REVB=0.0391246;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31079e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:33:14:0:0:35:15:0:0 chr6 30712327 . G A 194.93 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.020891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5799;QD=17.7212;RBI=0.0768719;REFB=-0.0299576;REVB=0.0739787;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0546803;OID=.;OPOS=30712327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:9:9:13:11:11:9:13:11 chr6 30782105 . T C 1326.24 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144923;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.852;QD=60.2836;RBI=0.0366218;REFB=-0.202394;REVB=-0.0336322;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104248;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:0:86:88:1:36:50:1:0:37:51:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 282.59 PASS AF=0.39759;AO=30;DP=85;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0351194;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=4;MLLD=251.413;QD=13.6186;RBI=0.0364527;REFB=-0.0105286;REVB=0.0097687;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219097;STB=0.508844;STBP=0.906;TYPE=ins;VARB=0.0150421;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39759:30:85:33:83:50:18:15:28:22:99:53:17:13:29:24 chr6 30782235 . G A 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.479;QD=58.7998;RBI=0.0354707;REFB=-0.0837571;REVB=0.0197628;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000644356;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:38:36:0:1:38:36:0:1 chr6 30782303 . C T 790.65 PASS AF=0.982759;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.779;QD=54.5273;RBI=0.0240762;REFB=-0.0736729;REVB=0.0156631;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0015407;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:58:1:1:53:57:0.982759:30:23:0:1:32:25:0:1 chr6 30782323 . T C 227.23 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.011374;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.494;QD=18.178;RBI=0.0190417;REFB=-0.00255084;REVB=0.0152715;RO=27;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403833;STB=0.720129;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0053054;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:26:24:24:0.48:20:4:14:13:20:4:13:13 chr6 30782361 . G A 213.45 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00195011;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.831;QD=19.8555;RBI=0.0112767;REFB=-0.024934;REVB=-0.0111068;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239577;STB=0.633689;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0221994;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:4:18:12:9:4:18 chr6 30782407 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.972;QD=60.9786;RBI=0.0329354;REFB=0;REVB=0.00659982;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135417;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 30832063 . C T 487.71 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0245803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.043;QD=21.6759;RBI=0.0247981;REFB=-0.0163321;REVB=-0.00327924;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978169;STB=0.553961;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.015107;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:18:25:22:25:18:25 chr6 30832119 . T C 434.09 PASS AF=0.468085;AO=45;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0200479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3121;QD=18.4718;RBI=0.0435879;REFB=-0.0157361;REVB=-0.0387039;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168172;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:45:44:0.468085:23:22:25:24:22:22:25:25 chr6 30857072 . G C 316.81 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00360661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.191;QD=17.8485;RBI=0.0131193;REFB=-0.0108916;REVB=-0.0126138;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166977;STB=0.593208;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0175378;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:23:14:19:15:23:14 chr6 30858837 . C T 492.38 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=127;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0209776;FXX=0.0156238;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.426;QD=15.6312;RBI=0.0211071;REFB=-0.013606;REVB=0.00233496;RO=57;SAF=13;SAR=25;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182382;STB=0.534338;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0242859;OID=.;OPOS=30858837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:57:72:38:54:0.428571:25:13:29:28:28:26:39:33 chr6 30858857 . C T 966.88 PASS AF=0.596026;AO=90;DP=151;FAO=90;FDP=151;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0278832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.288;QD=25.6126;RBI=0.0287474;REFB=-0.0349398;REVB=-0.0069957;RO=61;SAF=47;SAR=43;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140045;STB=0.507598;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0174355;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:61:61:90:90:0.596026:43:47:33:28:43:47:33:28 chr6 30864829 . T C 794.71 PASS AF=0.578125;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00316662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.974;QD=24.8347;RBI=0.0183679;REFB=-0.00508716;REVB=0.0180929;RO=54;SAF=48;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619904;STB=0.533808;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00368701;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:54:54:74:74:0.578125:26:48:31:23:26:48:31:23 chr6 30865204 . A C 459.16 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00818583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9767;QD=21.3561;RBI=0.0116712;REFB=-0.0192853;REVB=-0.00831918;RO=39;SAF=29;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719421;STB=0.504346;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0213066;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:39:41:44:45:0.523256:15:29:26:13:15:30:27:14 chr6 30876238 . G A 209.76 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00613052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.922;QD=18.6456;RBI=0.0066781;REFB=-0.0329396;REVB=-0.00264836;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183126;STB=0.603676;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0358973;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:9:15:9:12:9:15 chr6 30877760 . A C 309.04 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0292207;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.328;QD=15.8483;RBI=0.0297984;REFB=-0.0113705;REVB=-0.00583911;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038607;STB=0.521727;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0149924;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:12:22:30:14:12:22:30:14 chr6 30882203 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2656;QD=46.8478;RBI=0.0598404;REFB=0;REVB=-0.0594039;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262609;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr6 30882634 . C T 285.09 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.116921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.842;QD=15.4104;RBI=0.123105;REFB=-0.0183204;REVB=0.0385271;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055294;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0278934;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:17:15:22:20:17:15:22:20 chr6 30882781 . G T 144.05 PASS AF=0.4;AO=17;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.000435283;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.422;QD=14.4048;RBI=0.00821403;REFB=-0.0246175;REVB=-0.00820249;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2255;STB=0.612549;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0334058;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:24:17:16:0.4:7:10:19:5:6:10:19:5 chr6 30887972 . C T 730.65 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00928807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.328;QD=23.0126;RBI=0.0142823;REFB=-0.0241764;REVB=-0.0108497;RO=57;SAF=38;SAR=32;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156545;STB=0.585505;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0210206;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:57:70:70:0.551181:32:38:20:37:32:38:20:37 chr6 30887988 . C T 474.23 PASS AF=0.417323;AO=54;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0164695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.668;QD=14.9362;RBI=0.0174664;REFB=-0.0111171;REVB=-0.0058164;RO=73;SAF=20;SAR=34;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157147;STB=0.581025;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0294111;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:74:54:53:0.417323:34:20:38:35:33:20:38:36 chr6 30888161 . T C,G 798.29 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=53,3;DP=56;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371274,0.00961192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.9114,88.3144;QD=56.0206;RBI=0.039573,0.0102651;REFB=0,0;REVB=0.0136959,-0.00360312;RO=0;SAF=22,1;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000186343,0.161131;OID=.,.;OPOS=30888161,30888161;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:57:0:0:53,3:54,3:0.947368,0.0526316:31,2:22,1:0:0:31,2:23,1:0:0 chr6 30888169 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0170828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.695;QD=14.3991;RBI=0.0203948;REFB=-0.00587119;REVB=-0.0111412;RO=34;SAF=5;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379519;STB=0.718558;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0143557;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:20:5:18:16:20:5:18:16 chr6 30889389 . T C 217.08 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=10;FWDB=0.0426233;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.573;QD=10.8538;RBI=0.0446684;REFB=-0.00833822;REVB=0.0133609;RO=52;SAF=12;SAR=15;SRF=42;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404653;STB=0.733191;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00863943;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:52:53:27:27:0.3375:15:12:42:10:15:12:43:10 chr6 30890206 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00987757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.932;QD=13.088;RBI=0.0699086;REFB=-0.0242287;REVB=-0.0692073;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.504419;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0221522;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:14:12:7:9:15:12 chr6 30890483 . G T 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0316535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5691;QD=20.1566;RBI=0.0652794;REFB=-0.00518896;REVB=0.0570917;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193001;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00711679;OID=.;OPOS=30890483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:7:9:7:6:7:9:8:6 chr6 30892322 . C T 280.47 PASS AF=0.641026;AO=15;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0413453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.7802;QD=28.7658;RBI=0.0473912;REFB=-0.050567;REVB=0.0231623;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726419;STB=0.507181;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0117417;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:10:14:15:25:0.641026:9:6:5:5:13:12:7:7 chr6 30893127 . G A 329.33 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0446542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3792;QD=21.2473;RBI=0.0455451;REFB=-0.015606;REVB=0.00896424;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177156;STB=0.602234;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0200352;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:20:13:17:11:21:13:17:11 chr6 30893428 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00132082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.583;QD=10.074;RBI=0.0508647;REFB=-0.00989166;REVB=0.0508475;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522846;STB=0.811807;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0525992;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:11:3:6:2:11:3 chr6 30893728 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2828;QD=60.9766;RBI=0.0964663;REFB=0;REVB=0.0776225;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185259;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 30899571 . C T 165.08 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00282664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6225;QD=12.4588;RBI=0.0148514;REFB=0.00293482;REVB=0.0145799;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212961;STB=0.623675;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00254759;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:15:18:7:13:15:18 chr6 30900399 . C G 160.37 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0191801;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.769;QD=17.3375;RBI=0.0240944;REFB=-0.0213307;REVB=0.0145831;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.542807;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.022301;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:10:9:9:8:11:9 chr6 30900427 . T G 738.32 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.627;QD=60.2708;RBI=0.0415592;REFB=-0.0663947;REVB=0.0344723;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0011116;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:21:26:0:1:22:26:0:1 chr6 30900435 . G T 235.96 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00747296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7288;QD=18.8764;RBI=0.0863224;REFB=-0.0264155;REVB=0.0859983;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314148;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0415619;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:27:21:23:0.46:10:11:15:12:12:11:15:12 chr6 30920890 . G A 295.74 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0233785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.564;QD=20.396;RBI=0.025035;REFB=-0.0146362;REVB=-0.00895529;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148374;STB=0.582268;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.01633;OID=.;OPOS=30920890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:10:17:14:17:10:17 chr6 30993377 . T A 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8326;QD=59.4228;RBI=0.0454148;REFB=0;REVB=0.0436171;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270988;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr6 30993440 . G A 290.75 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0156965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5442;QD=26.4317;RBI=0.0222722;REFB=-0.0285256;REVB=0.015801;RO=17;SAF=23;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277562;STB=0.654399;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0346752;OID=.;OPOS=30993440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:18:25:26:0.590909:2:23:13:4:2:24:14:4 chr6 30993499 . C T 195.09 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=3;FWDB=0.0428887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7055;QD=14.1881;RBI=0.053924;REFB=-0.0347305;REVB=0.0326857;RO=32;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256956;STB=0.643256;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0241642;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:6:17:29:3:6:17:29:3 chr6 30993533 . A G 644.85 PASS AF=1;AO=26;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542611;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.116;QD=62.9124;RBI=0.144578;REFB=0;REVB=0.134009;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713158;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:26:41:1:6:20:0:0:11:30:0:0 chr6 30993590 . A G 241.72 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0656634;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.143;QD=21.0189;RBI=0.0814781;REFB=-0.0127694;REVB=0.048239;RO=21;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.530803;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.015699;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:5:18:17:4:5:18:17:6 chr6 30993958 . A G 844.2 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727756;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5298;QD=57.2338;RBI=0.0755652;REFB=0;REVB=-0.0203422;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208684;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:54:59:1:18:36:0:0:19:40:0:0 chr6 30994327 . C T 81.34 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0103749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.97;QD=18.0754;RBI=0.0237381;REFB=-0.0211357;REVB=-0.0213509;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0147379;OID=.;OPOS=30994327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr6 30994759 . A C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00897554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.193;QD=19.3436;RBI=0.0121798;REFB=-0.0106244;REVB=0.00823337;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152434;STB=0.585896;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00907523;OID=.;OPOS=30994759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:13:5:8:10:13:5 chr6 30997692 . G C 456.4 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.185;QD=55.3205;RBI=0.0239366;REFB=-0.0439373;REVB=0.00698649;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000764973;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:0:1:32:32:0.969697:10:22:0:0:10:22:0:1 chr6 30999997 . T C 654.93 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00584652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.466;QD=26.1971;RBI=0.010601;REFB=-0.020402;REVB=-0.00884304;RO=41;SAF=24;SAR=34;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112603;STB=0.566644;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0137665;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:42:58:58:0.58:34:24:23:18:34:24:24:18 chr6 31002452 . A G 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00243472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.005;QD=14.9;RBI=0.00561114;REFB=0.00228335;REVB=-0.0050554;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21278;STB=0.620164;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00300878;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:23:11:14:12:23:11 chr6 31002527 . A G 406.88 PASS AF=0.434343;AO=41;DP=97;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0564815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3636;QD=16.4394;RBI=0.0569579;REFB=-0.000793943;REVB=-0.00735173;RO=56;SAF=19;SAR=22;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236676;STB=0.641117;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000681186;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:56:56:41:43:0.434343:22:19:39:17:24:19:39:17 chr6 31002616 . C T 236.87 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0106648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.42;QD=11.4154;RBI=0.0303725;REFB=-0.00332757;REVB=-0.0284385;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172538;STB=0.604695;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00290435;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:16:13:32:21:16:13:33:21 chr6 31079889 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.193;QD=21.1692;RBI=0.0249605;REFB=-0.0474765;REVB=0.0214082;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0190811;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr6 31080016 . C G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0085609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.674;QD=10.9436;RBI=0.0105043;REFB=-0.00303184;REVB=-0.00608689;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185452;STB=0.608284;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00488781;OID=.;OPOS=31080016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:16:21:8:12:16:21 chr6 31084163 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9263;QD=39.2067;RBI=0.1149;REFB=0;REVB=-0.0551337;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00943579;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 31084170 . A C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00225903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.984;QD=24.3281;RBI=0.0111284;REFB=-0.0405394;REVB=0.0108967;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.571243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00784122;OID=.;OPOS=31084170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:2:0:1:6:2:0 chr6 31084684 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1081;QD=40.7627;RBI=0.0821949;REFB=0;REVB=0.0661347;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315026;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 31084787 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.017306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.537;QD=12.0207;RBI=0.0380431;REFB=-0.0146357;REVB=-0.0338788;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179997;STB=0.606587;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0252545;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:13:12:9:5:13:12 chr6 31084792 . C T 582.83 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230353;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.508;QD=61.3506;RBI=0.0708733;REFB=0;REVB=0.0670253;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404634;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:14:18:0:0:20:18:0:0 chr6 31088202 . A G 293.41 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0259375;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4739;QD=14.1401;RBI=0.0261533;REFB=-0.00730036;REVB=-0.00335305;RO=46;SAF=11;SAR=21;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535738;STB=0.548357;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0132994;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:46:50:32:33:0.39759:21:11:18:28:21:12:22:28 chr6 31097453 . T G 1208.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0314;QD=61.2033;RBI=0.052085;REFB=0;REVB=0.00650615;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342427;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr6 31105891 . A G 102.15 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.416;QD=40.859;RBI=0.0623129;REFB=0;REVB=0.061269;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399072;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:8:10:1:3:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31106177 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0194267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.217;QD=12.4823;RBI=0.0637989;REFB=-0.011684;REVB=-0.0607692;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352939;STB=0.709789;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0122192;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:2:16:7:5:2:17 chr6 31138212 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA,TGGGGC 31.56 PASS AF=0.176471,0.0588235,0.0588235;AO=4,2,2;DP=35;FAO=6,2,2;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2,0,0;FSAR=4,2,2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0611441,0.0615259,-0.0368984;FXX=0.0285633;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=9.71934,22.1097,168.592;QD=3.71321;RBI=0.0643544,0.143273,0.0369903;REFB=-0.109212,-0.0612917,-0.0130733;REVB=0.0200723,0.12939,-0.002605;RO=19;SAF=3,0,0;SAR=1,2,2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.354839,0,0;SSSB=0.0195822,-0.636236,-0.636236;STB=0.722705,0.995795,0.995795;STBP=0.255,0.096,0.096;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0882406,0.0926232,0.140978;OID=.,.,.;OPOS=31138213,31138217,31138217;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471,0.0588235,0.0588235:4,2,2:35:6,2,2:34:24:2,0,0:4,2,2:15:9:17:19:3,0,0:1,2,2:14:5 chr6 31170228 . G C 249.84 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0113732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.721;QD=12.0406;RBI=0.0131299;REFB=-0.0165345;REVB=-0.00656086;RO=53;SAF=22;SAR=8;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288174;STB=0.667127;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0226567;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:8:22:26:27:8:22:26:27 chr6 31238851 . T C 174.04 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0122143;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.882;QD=11.4122;RBI=0.0154563;REFB=-0.0172217;REVB=0.00947152;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100342;STB=0.566856;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0264288;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:9:13:19:19:9:13:19:20 chr6 31238925 . C T 190.74 PASS AF=0.363636;AO=21;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0229044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.933;QD=11.5601;RBI=0.0302456;REFB=-0.0224047;REVB=0.0197531;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176405;STB=0.583264;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0486542;OID=.;OPOS=31238925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:42:21:24:0.363636:10:11:13:23:10:14:19:23 chr6 31238942 . G A 154.9 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0124622;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.4;QD=9.11179;RBI=0.0153393;REFB=-0.00936243;REVB=0.00894353;RO=47;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466269;STB=0.527633;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0269272;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:47:21:21:0.308824:9:12:25:22:9:12:25:22 chr6 31238957 . A C 120.9 PASS AF=0.218391;AO=20;DP=86;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0574213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6172;QD=5.5586;RBI=0.071395;REFB=0.00799435;REVB=-0.042427;RO=66;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246234;STB=0.513959;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0346882;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:66:68:20:19:0.218391:9:11:35:31:9:10:37:31 chr6 31238992 . G C 52.25 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0113046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0683;QD=2.459;RBI=0.0386728;REFB=0.000450322;REVB=0.0369837;RO=74;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276769;STB=0.69388;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00123986;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:7:4:44:30:7:4:44:30 chr6 31322470 . C A,G 732.78 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287283,-0.04571;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.143,182.895;QD=62.3639;RBI=0.0507272,0.0538894;REFB=0,0;REVB=0.0418082,0.0285424;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.158225,-0.00120037;OID=.,.;OPOS=31322470,31322470;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:0,21:2,24:0:0:0,21:2,24:0:0 chr6 31322888 . A G 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0137399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.549;QD=23.2602;RBI=0.0139059;REFB=-0.0392015;REVB=0.00214197;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176854;STB=0.598245;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0316588;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:5:14:12:11:5:14 chr6 31322996 . C T 712.8 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043816;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.187;QD=63.3595;RBI=0.0235776;REFB=0;REVB=0.0231669;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13066e-05;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr6 31323203 . A G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00504021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.92;QD=15.7842;RBI=0.0132813;REFB=0.014312;REVB=-0.0122877;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494838;STB=0.790738;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0366394;OID=.;OPOS=31323203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:2:12:7:10:2:12:7:10 chr6 31323233 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.027631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.88;QD=14.6495;RBI=0.0529772;REFB=-0.0211892;REVB=-0.0452007;RO=19;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500043;STB=0.795442;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0263281;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:2:12:8:11:2:12:8:11 chr6 31323296 . A G 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.791;QD=57.8256;RBI=0.0272249;REFB=-0.0949781;REVB=-0.00409002;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000352751;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr6 31323353 . G A 154.75 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0551505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6428;QD=14.738;RBI=0.0818351;REFB=-0.0125695;REVB=0.06046;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507581;STB=0.529377;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0347581;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:12:13:8:9:12:13 chr6 31323524 . TCTCC TC,TCTAT 33.5 PASS AF=0.162162,0;AO=6,4;DP=41;FAO=6,0;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0089855,0.0349518;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=237.628,106.804;QD=3.62163;RBI=0.0138123,0.0349807;REFB=-0.00135684,0.00733329;REVB=-0.0104901,-0.00142118;RO=31;SAF=3,0;SAR=3,4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175342,-0.662572;STB=0.621241,0.5;STBP=0.544,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00527615,0;OID=.,.;OPOS=31323525,31323527;OREF=CTC,CC;OALT=-,AT;OMAPALT=TC,TCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162162,0:6,4:41:6,0:37:31:3,0:3,0:20:11:33:31:3,0:3,4:20:11 chr6 31323567 . G A 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0137748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.899;QD=5.53978;RBI=0.0151675;REFB=0.006787;REVB=-0.00634878;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398662;STB=0.75936;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0214036;OID=.;OPOS=31323567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:6:2:17:12:6:2:17:12 chr6 31323875 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0138698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4699;QD=16.4532;RBI=0.0882424;REFB=-0.00317608;REVB=0.0871456;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42622;STB=0.749247;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0128343;OID=.;OPOS=31323875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:0:4:2:4:0:4 chr6 31323885 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00539295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8834;QD=14.6511;RBI=0.173414;REFB=-0.00481264;REVB=-0.17333;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0152096;OID=.;OPOS=31323885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr6 31323945 . A C 145.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.636;QD=44.7517;RBI=0.0744826;REFB=0;REVB=-0.00539657;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358352;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr6 31323953 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.332;QD=44.6893;RBI=0.0690459;REFB=0;REVB=-0.000806338;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104175;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 31323958 . T G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3058;QD=37.892;RBI=0.0432864;REFB=0.167636;REVB=0.0385146;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00726388;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr6 31323960 . G C 145.21 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.728;QD=44.6786;RBI=0.0498236;REFB=0;REVB=-0.0102488;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497905;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr6 31324024 . C A 45.34 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.301;QD=25.9072;RBI=0.0356645;REFB=-0.243456;REVB=0.0356645;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015184;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr6 31324036 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.937;QD=39.2064;RBI=0.0330579;REFB=0;REVB=0.0330579;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159601;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr6 31324077 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5724;QD=40.7619;RBI=0.0461662;REFB=0;REVB=0.0248649;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719558;OID=.;OPOS=31324077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 31324086 . G C 109.14 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5574;QD=36.3805;RBI=0.0592303;REFB=-0.14325;REVB=-0.056297;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0147156;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr6 31324100 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.744;QD=45.8068;RBI=0.0169987;REFB=0;REVB=0.00354831;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279321;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 31324143 . GT GA,TA 148.99 PASS AF=0.733333,0.2;AO=11,3;DP=15;FAO=11,3;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4,0;FSAR=7,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0268009,0.0290697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=99.6231,60.8102;QD=39.7316;RBI=0.0286108,0.0299119;REFB=-0.023357,0.0259246;REVB=0.0100145,0.00704798;RO=1;SAF=4,0;SAR=7,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0994753,-0.727144;STB=0.555452,0.994936;STBP=0.296,0.121;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00531803,0.0358589;OID=.,.;OPOS=31324144,31324143;OREF=T,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:15:15:1:1:11,3:11,3:0.733333,0.2:7,3:4,0:1:0:7,3:4,0:1:0 chr6 31324151 . C T 164.43 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141788;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.103;QD=46.9794;RBI=0.0184549;REFB=0;REVB=0.0118129;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98987e-05;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 31324200 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.205;QD=43.4861;RBI=0.0436228;REFB=0;REVB=0.0282685;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160286;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 31324643 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00788255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.04;QD=14.0438;RBI=0.00795129;REFB=0.00214169;REVB=0.00104326;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.000793573;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr6 31324742 . TG CC,CG 100.18 PASS AF=0.3,0.7;AO=3,7;DP=10;FAO=3,7;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417353,0.028736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.242,126.802;QD=40.0733;RBI=0.0453033,0.034768;REFB=0,0;REVB=0.0176226,0.0195718;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000375288,-0.00974464;OID=.,.;OPOS=31324742,31324742;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:10:10:0:0:3,7:3,7:0.3,0.7:2,1:1,6:0:0:2,1:1,6:0:0 chr6 31324925 . A G 54.57 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00750151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.78;QD=9.0949;RBI=0.0141805;REFB=-0.00121268;REVB=-0.0120339;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343725;STB=0.599733;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00495989;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:7:8:0.333333:1:6:10:6:2:6:10:6 chr6 31324931 . A C 45.94 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00635044;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1491;QD=7.6559;RBI=0.0559669;REFB=-0.00350212;REVB=-0.0556054;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156386;STB=0.5997;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0127646;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:10:7:2:5:10:7 chr6 31337968 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0258612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4291;QD=18.4436;RBI=0.0373176;REFB=0.0115812;REVB=-0.0269036;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.04349;OID=.;OPOS=31337968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:6:3:6:5:6:3 chr6 31337986 . A T 76.51 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00590614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.683;QD=18.0014;RBI=0.0255304;REFB=-0.0640531;REVB=-0.0248379;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.05283;OID=.;OPOS=31337986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:5:4:5:2:5:5:5:2 chr6 31370027 . C CTAAT 236.62 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00360776;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=4;MLLD=319.938;QD=15.5158;RBI=0.0222459;REFB=-0.011197;REVB=-0.0219514;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16509;STB=0.591721;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=0.0128972;OID=.;OPOS=31370028;OREF=-;OALT=TAAT;OMAPALT=CTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623:26:63:27:61:34:14:13:12:22:99:33:13:13:11:22 chr6 31371430 . T C 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0943542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6674;QD=57.658;RBI=0.103902;REFB=0;REVB=-0.0435069;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300616;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 31378358 . T G 174.01 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0157183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.253;QD=13.3855;RBI=0.0157187;REFB=-0.00278906;REVB=0.000108845;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210881;STB=0.600643;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00293083;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:29:31:20:21:0.403846:7:13:13:16:8:13:14:17 chr6 31378387 . T C 753.26 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0326544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9665;QD=61.4908;RBI=0.0328286;REFB=0.00643894;REVB=0.0033772;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000312453;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr6 31378425 . A G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.306;QD=62.0153;RBI=0.039292;REFB=0;REVB=0.035642;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388402;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 31378977 . G A 916.37 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.61095e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.029;QD=57.2729;RBI=0.00152641;REFB=0;REVB=-0.00152598;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07513e-05;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:31:32:1:0:31:33:0:0 chr6 31379109 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.987;QD=57.2377;RBI=0.0162599;REFB=0;REVB=0.0126168;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79163e-06;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr6 31379752 . C T 153.63 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0948394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.725;QD=14.2912;RBI=0.0960954;REFB=-0.0156073;REVB=-0.015486;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0283765;OID=.;OPOS=31379752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:16:10:6:11:16:10 chr6 31379773 . C T 640.42 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.191;QD=60.9923;RBI=0.0827918;REFB=0;REVB=0.050145;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369359;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:16:26:0:0 chr6 31379794 . CA TG 547.34 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289446;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.963;QD=60.8149;RBI=0.00958858;REFB=0;REVB=-0.00914128;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.24662e-05;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 31379807 . C T 503.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243439;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.003;QD=54.4442;RBI=0.0244708;REFB=-0.0562317;REVB=0.00248815;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000598161;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:0:2:35:35:0.945946:15:20:0:0:15:20:2:0 chr6 31379817 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.485;QD=59.435;RBI=0.0447267;REFB=0;REVB=0.0316821;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338615;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr6 31379823 . C G 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1447;QD=58.5686;RBI=0.0258919;REFB=0;REVB=0.000802369;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322597;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 31379930 . CG CA,GA 470.21 PASS AF=0.5,0.421053;AO=19,16;DP=38;FAO=19,16;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=11,9;FSAR=8,7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00902488,0.0315883;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=153.656,48.3205;QD=49.4958;RBI=0.0163562,0.033479;REFB=-0.0480349,-0.0102142;REVB=0.013641,0.0110915;RO=3;SAF=11,9;SAR=8,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110114,-0.130187;STB=0.559939,0.571342;STBP=0.191,0.187;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0202108,-0.015789;OID=.,.;OPOS=31379931,31379930;OREF=G,CG;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:38:3:3:19,16:19,16:0.5,0.421053:8,7:11,9:3:0:8,7:11,9:3:0 chr6 31380157 . TGCTG T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT 475.88 PASS AF=0.514286,0.114286,0.371429;AO=15,6,12;DP=39;FAO=18,4,13;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4,1;FSAR=8,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136329,0.00857186,-0.0303171;FXX=0.124969;HRUN=1,2,1;LEN=4,1,11;MLLD=238.801,25.0553,226.577;QD=54.386;RBI=0.0138434,0.116214,0.0323042;REFB=0,0,0;REVB=-0.00240495,-0.115897,-0.011155;RO=0;SAF=7,6,1;SAR=8,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0135938,0.0370399,0.0261563;OID=.,.,.;OPOS=31380158,31380161,31380162;OREF=GCTG,G,-;OALT=-,-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCT,TGCTGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.514286,0.114286,0.371429:15,6,12:39:18,4,13:35:0:10,4,1:8,0,12:0:0:99:0:7,6,1:8,0,11:0:0 chr6 31380194 . T C 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0133042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=14.6551;RBI=0.0237181;REFB=-0.0172238;REVB=0.0196353;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593217;STB=0.856462;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0171518;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:12:1:9:8:12:1:9:8 chr6 31380198 . C T 107.64 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00603023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.54;QD=15.3778;RBI=0.00959878;REFB=-0.019871;REVB=0.00746813;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574387;STB=0.849719;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0153137;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:11:1:8:7:12:1:8:7 chr6 31382882 . C A 1194.29 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.55;QD=59.7147;RBI=0.0284382;REFB=-0.0798412;REVB=0.0206544;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000401922;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr6 31382911 . A G 822.17 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385008;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.388;QD=57.6958;RBI=0.0414015;REFB=0;REVB=-0.0152239;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29793e-05;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr6 31473546 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.078;QD=59.1432;RBI=0.0320663;REFB=0;REVB=0.0146656;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10314e-05;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr6 31474884 . G A 306.31 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00481571;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9666;QD=15.7083;RBI=0.0467573;REFB=-0.0127;REVB=0.0465086;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191555;STB=0.602506;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0171977;OID=.;OPOS=31474884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:44:34:34:0.435897:17:17:14:31:17:17:14:30 chr6 31477681 . A G 1156.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136072;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7564;QD=60.8837;RBI=0.138707;REFB=0;REVB=-0.0269092;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692592;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr6 31496791 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0794317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.971;QD=17.8395;RBI=0.0854929;REFB=0.00261282;REVB=0.0316169;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306296;STB=0.674756;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00102789;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:4:10:5:9:4:10 chr6 31496915 . G A 593.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.89;QD=60.8846;RBI=0.0678193;REFB=0;REVB=-0.0105231;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122236;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr6 31496925 . G A 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.857;QD=59.8236;RBI=0.0254225;REFB=0;REVB=0.0251541;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71334e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 31497706 . C T 2696.98 PASS AF=0.994413;AO=175;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.696;QD=60.2677;RBI=0.103281;REFB=-0.161597;REVB=0.0056985;RO=4;SAF=83;SAR=92;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223833;STB=0.50289;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000806648;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:179:179:4:1:175:178:0.994413:92:83:4:0:92:86:1:0 chr6 31499238 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0186818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7406;QD=7.32271;RBI=0.0309042;REFB=-0.0101472;REVB=-0.0246183;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666221;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0260561;OID=.;OPOS=31499238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:12:2:2:4:12:2 chr6 31506624 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.393;QD=57.0007;RBI=0.00341156;REFB=0;REVB=0.00245311;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98508e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr6 31506648 . G T 738.98 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0784558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3941;QD=54.7393;RBI=0.0794767;REFB=-0.0975298;REVB=-0.0126977;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00308669;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:31:22:0:0:31:22:0:1 chr6 31506801 . G A 568.39 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00953497;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.437;QD=58.2963;RBI=0.0113467;REFB=-0.0122656;REVB=0.00615071;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000224432;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr6 31509432 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.455;QD=56.9554;RBI=0.0238042;REFB=0;REVB=0.0203635;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016346;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr6 31510105 . A G 1359.14 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.255;QD=62.4893;RBI=0.0350702;REFB=0;REVB=-0.0333919;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88216e-05;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:27:59:0:0:27:60:0:0 chr6 31525448 . C T 287.98 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0272819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.608;QD=25.0419;RBI=0.0278075;REFB=-0.0315633;REVB=0.00538089;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207713;STB=0.615296;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0243747;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:16:10:13:7:16:10:13:7 chr6 31525912 . C T 775.8 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.778;QD=53.5035;RBI=0.0238749;REFB=-0.015644;REVB=0.0178019;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000270161;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:2:0:28:28:2:0 chr6 31528326 . G C 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.402;QD=61.9974;RBI=0.0314109;REFB=0;REVB=0.0307724;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013033;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr6 31540556 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.551;QD=42.1825;RBI=0.0269632;REFB=0;REVB=0.00869315;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663221;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 31555130 . A G 1388.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.902;QD=62.4102;RBI=0.049082;REFB=0;REVB=0.0483155;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72476e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:38:47:0:0:40:49:0:0 chr6 31555656 . GA G,GG 640.94 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=8,33;DP=41;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492553,0.0471412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.308,224.714;QD=61.0423;RBI=0.0689127,0.0644144;REFB=0,0;REVB=0.0481963,0.0438967;RO=0;SAF=8,31;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.05502e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0068515,0.00341042;OID=.,.;OPOS=31555657,31555657;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:8,33:41:2,40:42:0:2,38:0,2:0:0:7:0:8,31:0,2:0:0 chr6 31556581 . T A 762.94 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2371;QD=62.2806;RBI=0.122173;REFB=0;REVB=0.0573742;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252651;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:2:0:43:49:1:21:22:2:0:23:26:0:0 chr6 31557791 . G A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0335552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.144;QD=28.1268;RBI=0.035939;REFB=-0.00829028;REVB=0.012871;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127526;STB=0.507036;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00335439;OID=.;OPOS=31557791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:5:9:15:9:5:9 chr6 31583312 . G A 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00218457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.163;QD=27.2322;RBI=0.0103106;REFB=-0.0119459;REVB=0.0100765;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650637;STB=0.503594;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00665934;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:14:12:8:9:14:12:8:9 chr6 31583931 . C T 248.33 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00519649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.752;QD=11.686;RBI=0.00527779;REFB=-0.00520851;REVB=0.000922792;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293076;STB=0.662236;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.010159;OID=.;OPOS=31583931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:55:30:30:0.352941:17:13:36:15:17:13:38:17 chr6 31594628 . T A 734.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3939;QD=56.4947;RBI=0.0249043;REFB=0;REVB=0.0205238;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200995;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:25:26:0:1:26:26:0:0 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G 121.34 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00898692;FXX=0.145428;HRUN=2;LEN=12;MLLD=298.371;QD=10.3267;RBI=0.0232194;REFB=-0.0183826;REVB=0.0214097;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302687;STB=0.660627;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.0209499;OID=.;OPOS=31595773;OREF=CCTGCTGCCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:55:19:47:28:7:12:18:10:99:25:7:12:17:8 chr6 31595882 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.861;QD=56.9383;RBI=0.0621329;REFB=0;REVB=0.0120712;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136084;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr6 31600304 . G C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0255365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.947;QD=18.0355;RBI=0.0312153;REFB=-0.0180186;REVB=0.0179522;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120329;STB=0.568122;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.017672;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:18:9:10:12:18:9 chr6 31601344 . T C 555.83 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0338858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9565;QD=51.7048;RBI=0.0552426;REFB=0.00961278;REVB=0.0436291;RO=4;SAF=18;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469151;STB=0.503595;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0266192;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:43:4:4:38:39:0.906977:20:18:2:2:21:18:2:2 chr6 31602967 . G A 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.157;QD=60.5412;RBI=0.0188413;REFB=0;REVB=0.0187016;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30053e-05;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr6 31604040 . T TG 242.4 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=7.07065;QD=20.2001;RBI=0.0481393;REFB=-0.0206046;REVB=-0.0408672;RO=43;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00491828;OID=.;OPOS=31604041;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:48:48:48:0:9:39:0:0:5:43:3:2:5:38 chr6 31604044 . T G 634.17 PASS AF=0.941176;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00831072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4121;QD=49.7391;RBI=0.0308901;REFB=0.00960682;REVB=0.0297511;RO=2;SAF=8;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10387;STB=0.543707;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00436103;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:51:2:3:44:48:0.941176:36:8:2:0:39:9:2:1 chr6 31605278 . C T 681.04 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.013416;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1071;QD=19.4583;RBI=0.0155111;REFB=-0.0123567;REVB=0.00778478;RO=72;SAF=26;SAR=42;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125157;STB=0.569256;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0141075;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:72:68:68:0.485714:42:26:37:35:42:26:37:35 chr6 31608570 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 51.11 PASS AF=0.313725,0.0392157;AO=20,2;DP=51;FAO=16,2;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9,0;FSAR=7,2;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.165638,-0.0651996;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.24972,140.349;QD=4.009;RBI=0.171144,0.0653922;REFB=-0.139845,-0.00863616;REVB=0.0430608,0.00501515;RO=24;SAF=13,0;SAR=7,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0260366,-0.547397;STB=0.551119,0.996025;STBP=0.654,0.101;TYPE=del,snp;VARB=0.142835,0.10481;OID=.,.;OPOS=31608571,31608577;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725,0.0392157:20,2:51:16,2:51:33:9,0:7,2:21:12:42:24:13,0:7,2:15:9 chr6 31625507 . G T 769.35 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00234911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.238;QD=23.1382;RBI=0.00248865;REFB=-0.0114113;REVB=-0.000821597;RO=60;SAF=32;SAR=41;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064987;STB=0.535549;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0102858;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:60:73:73:0.548872:41:32:31:29:41:32:31:29 chr6 31625541 . C A 599.73 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0114045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0603;QD=18.3122;RBI=0.0367155;REFB=0.0134002;REVB=-0.0348993;RO=67;SAF=33;SAR=29;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233078;STB=0.513202;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0109693;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:69:62:62:0.473282:29:33:34:33:29:33:35:34 chr6 31627449 . C G 795.36 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.0115038;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.036;QD=18.825;RBI=0.0117376;REFB=-0.00439919;REVB=-0.00233072;RO=84;SAF=49;SAR=33;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22936;STB=0.617294;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00743039;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:84:87:82:82:0.485207:33:49:29:55:33:49:32:55 chr6 31627523 . C T 2219.05 PASS AF=0.980263;AO=150;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0159414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.1283;QD=58.3959;RBI=0.0190602;REFB=-0.624107;REVB=0.0104482;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509553;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00515971;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:152:152:0:3:150:149:0.980263:78:72:0:0:77:72:0:3 chr6 31628113 . A C 308.31 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0165599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.746;QD=15.811;RBI=0.017668;REFB=0.0133848;REVB=0.00615856;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1454;STB=0.575713;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0271835;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:14:20:19:24:14:20:20:24 chr6 31630241 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.335;QD=57.1063;RBI=0.034266;REFB=0;REVB=0.0270512;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99404e-05;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr6 31634758 . G A 2153.71 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.777;QD=62.8822;RBI=0.0244901;REFB=0;REVB=0.0190592;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56712e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:73:62:0:0:75:62:0:0 chr6 31635710 . T C 727.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.194;QD=63.2413;RBI=0.0302244;REFB=0;REVB=0.0258738;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55674e-05;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr6 31639757 . G A 451.7 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00841376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.695;QD=22.8711;RBI=0.0564996;REFB=0.00841011;REVB=-0.0558696;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109592;STB=0.564191;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00519427;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:43:44:0.556962:23:20:21:14:24:20:21:14 chr6 31657413 . T C 1190.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.501;QD=61.0691;RBI=0.0920038;REFB=0;REVB=0.0889682;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228506;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:37:35:0:0:41:37:0:0 chr6 31657924 . G A 812.7 PASS AF=0.576923;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=130;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.000751154;FXX=0.0151504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7174;QD=25.0061;RBI=0.0229531;REFB=-0.0266669;REVB=0.0229408;RO=55;SAF=46;SAR=29;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340465;STB=0.51853;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0203237;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:55:55:75:75:0.576923:29:46:36:19:29:46:36:19 chr6 31675297 . C T 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000729032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.342;QD=20.6287;RBI=0.0072981;REFB=-0.00216522;REVB=0.00726159;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192685;STB=0.510672;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00210589;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:20:28:27:21:20:28:27:21 chr6 31675765 . G A 192.61 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0117531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9327;QD=13.7578;RBI=0.015533;REFB=-0.0353938;REVB=-0.0101557;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416666;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0481957;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:18:14:11:12:18:15 chr6 31679874 . G T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00446286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.62;QD=16.35;RBI=0.0349584;REFB=-0.00279594;REVB=-0.0346723;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02979;STB=0.516769;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00288894;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:12:22:26:16:12:22:26:16 chr6 31683157 . T G 284.85 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0209178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.777;QD=12.9476;RBI=0.0218806;REFB=-9.54252e-05;REVB=0.00641928;RO=55;SAF=10;SAR=23;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326564;STB=0.687168;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=7.32195e-05;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:23:10:33:22:23:10:33:22 chr6 31687008 . G A 558.07 PASS AF=0.586207;AO=49;DP=86;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0316019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.32;QD=25.6586;RBI=0.0446726;REFB=-0.0414116;REVB=0.0315748;RO=36;SAF=29;SAR=20;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198749;STB=0.604798;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0232475;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:36:49:51:0.586207:20:29:12:24:21:30:12:24 chr6 31708328 . C T 604.96 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0052474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.125;QD=24.4429;RBI=0.00524926;REFB=-0.0210126;REVB=0.000139966;RO=44;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154676;STB=0.584585;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0180424;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:27:28:14:30:27:28:14:30 chr6 31729359 . A G 1209.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459478;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.819;QD=61.262;RBI=0.0444507;REFB=0;REVB=-0.0442126;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137118;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr6 31731881 . C T 284.33 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00677633;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.921;QD=17.7708;RBI=0.0075385;REFB=0.00334474;REVB=0.00330306;RO=31;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312618;STB=0.659239;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00522102;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:33:31:31:0.484375:11:20:9:22:11:20:11:22 chr6 31745284 . C T 745.78 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0863;QD=63.4702;RBI=0.0577676;REFB=0;REVB=0.0522122;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439918;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 31748820 . G A 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00409074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.73;QD=25.2436;RBI=0.00811819;REFB=-0.0104393;REVB=-0.00701219;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0051299;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:13:9:12:16:13:9 chr6 31750509 . G A 53.93 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00874064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6348;QD=5.99241;RBI=0.029366;REFB=-0.014433;REVB=-0.028035;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164614;STB=0.606044;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0440034;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:9:18:7:2:9:18 chr6 31753423 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.033285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5259;QD=16.4201;RBI=0.0458738;REFB=0.00257173;REVB=-0.0315676;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13356;STB=0.575112;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00519062;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:14:20:13:16:14:20 chr6 31778272 . G A 510.32 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.41;QD=56.7022;RBI=0.133236;REFB=-0.178465;REVB=0.00632902;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00396847;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr6 31778529 . C T 51.82 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00953921;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.781;QD=15.9441;RBI=0.0102294;REFB=-0.0464356;REVB=-0.00369384;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.571239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0479045;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:5:6:7:7:0.538462:2:5:4:1:2:5:5:1 chr6 31778831 . A G 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0146079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.439;QD=18.7945;RBI=0.0152213;REFB=-0.0231164;REVB=-0.00427753;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143808;STB=0.581246;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0264595;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:17:10:12:11:17:10 chr6 31795561 . G C 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0288519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4957;QD=19.975;RBI=0.0322327;REFB=0.0239245;REVB=0.0143708;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261066;STB=0.646916;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0194413;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:6:14:8:12:6:14 chr6 31797587 . C G 114.03 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0118984;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.65;QD=16.8928;RBI=0.0149426;REFB=-0.0267329;REVB=0.00903934;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149152;STB=0.610919;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0218801;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:14:12:13:0.481481:10:2:4:11:11:2:4:10 chr6 31797769 . A AAAGTT 279.76 PASS AF=0.308333;AO=35;DP=128;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0261223;FXX=0.0476153;HRUN=3;LEN=5;MLLD=280.35;QD=9.32523;RBI=0.0261344;REFB=-0.0118248;REVB=0.000796066;RO=86;SAF=8;SAR=27;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291544;STB=0.659068;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0231834;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308333:35:128:37:120:83:9:28:37:46:99:86:8:27:38:48 chr6 31797923 . G T 157.8 PASS AF=0.6;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.026041;FXX=0.285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.444;QD=25.2483;RBI=0.0269523;REFB=0.0203833;REVB=0.00694936;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412888;STB=0.646851;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0142433;OID=.;OPOS=31797923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:33:25:15:10:13:15:0.6:3:10:12:3:4:11:4:6 chr6 31838441 . T C 253.08 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0237378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.581;QD=15.1094;RBI=0.0340453;REFB=-0.0068105;REVB=0.0244049;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172735;STB=0.509777;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00647478;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:19:19:15:14:19:19 chr6 31839309 . C T 401.67 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0317719;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3425;QD=18.6825;RBI=0.0353112;REFB=0.00132313;REVB=-0.0154088;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137701;STB=0.581035;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00158489;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:45:41:41:0.476744:19:22:30:14:19:22:31:14 chr6 31839331 . C T 235.45 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0456954;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.8304;QD=14.0568;RBI=0.0840576;REFB=-0.0144006;REVB=-0.0705522;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799782;STB=0.526297;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0264203;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:39:27:28:0.41791:12:15:24:14:12:16:24:15 chr6 31855959 . TG T 43.44 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0837796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8757;QD=6.95036;RBI=0.0903463;REFB=-0.0670425;REVB=-0.0338146;RO=16;SAF=0;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741505;STB=0.756057;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.118785;OID=.;OPOS=31855960;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:8:25:9:25:16:1:8:6:10:43:16:0:8:6:10 chr6 31860337 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.68;QD=57.5451;RBI=0.00579525;REFB=0;REVB=0.00554316;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14292e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr6 31864547 . G T 141.06 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0488643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.875;QD=21.7013;RBI=0.0539614;REFB=0.0155405;REVB=-0.0228934;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726419;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0101428;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:6:9:5:5:6:9:6:5 chr6 31867835 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0146612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.258;QD=7.83708;RBI=0.0256792;REFB=0.00493197;REVB=0.0210825;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482514;STB=0.780311;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00858973;OID=.;OPOS=31867835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:15:1:3:4:15:1 chr6 31903804 . G C 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0166057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.898;QD=21.5947;RBI=0.0208861;REFB=-0.0380589;REVB=0.0126681;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776285;STB=0.542835;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0323093;OID=.;OPOS=31903804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:19:19:13:19:19:19:13:19 chr6 31912773 . A G 464.61 PASS AF=0.559524;AO=41;DP=78;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0711155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7143;QD=22.1242;RBI=0.0711255;REFB=-0.0258519;REVB=-0.00118927;RO=37;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085873;STB=0.548999;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00928753;OID=.;OPOS=31912773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:37:37:41:47:0.559524:17:24:18:19:19:28:18:19 chr6 31913075 . C T 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0286422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.298;QD=23.1605;RBI=0.0301536;REFB=-0.0185992;REVB=-0.00942684;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813267;STB=0.545419;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0207634;OID=.;OPOS=31913075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:12:11:10:16:12:11 chr6 31914024 . T A 506.86 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0120934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2843;QD=23.0389;RBI=0.0211702;REFB=-0.0112844;REVB=-0.0173761;RO=40;SAF=22;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278153;STB=0.51529;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0111827;OID=.;OPOS=31914024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:26:22:17:23:26:22:17:23 chr6 31914935 . A G 1358.96 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.123;QD=62.481;RBI=0.0388669;REFB=0;REVB=-0.00636544;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96362e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:35:52:0:0 chr6 31915144 . G A 191.05 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0157112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.722;QD=13.4071;RBI=0.0157235;REFB=-0.00743883;REVB=0.000621625;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979514;STB=0.505613;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0101567;OID=.;OPOS=31915144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:21:13:9:14:21:13 chr6 31928799 . T C 1339.56 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00378707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3763;QD=60.8889;RBI=0.0536831;REFB=-0.011883;REVB=-0.0535493;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997538;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000281876;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:40:47:1:0:40:47:1:0 chr6 31929014 . A C 1452.57 PASS AF=1;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609204;FXX=0.0582468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0593;QD=59.8998;RBI=0.00630414;REFB=0;REVB=0.00162148;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24032e-05;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr6 31930351 . A G 533.34 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0163079;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.7;QD=22.9395;RBI=0.0245501;REFB=-0.00254358;REVB=-0.0183511;RO=43;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158542;STB=0.510057;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00204752;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:22:28:24:19:22:28:25:18 chr6 31935567 . G A 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0234407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9783;QD=15.8605;RBI=0.0385023;REFB=0.00935656;REVB=0.0305444;RO=51;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103928;STB=0.558442;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0129673;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:18:20:32:19:18:20:32:19 chr6 31936668 . T C 686.81 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0220464;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.717;QD=58.4517;RBI=0.0221016;REFB=0.0348304;REVB=-0.00156198;RO=2;SAF=39;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234974;STB=0.512495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000697893;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:6:39:2:0:6:39:2:0 chr6 31939345 . G A 776.52 PASS AF=0.458101;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.0156407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2615;QD=17.3523;RBI=0.0335217;REFB=-0.0319664;REVB=0.0296492;RO=97;SAF=47;SAR=35;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352487;STB=0.51953;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0401908;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:97:97:82:82:0.458101:35:47:59:38:35:47:59:38 chr6 31973653 . A T 33.63 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0238975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1092;QD=6.72528;RBI=0.0335165;REFB=-0.0493628;REVB=-0.0235004;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130656;STB=0.624531;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.115124;OID=.;OPOS=31973653;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:20:20:14:14:5:6:0.3:4:1:4:10:5:1:4:10 chr6 31976139 . G C 416.71 PASS AF=1;AO=22;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.0766;QD=49.0252;RBI=0.0266754;REFB=0;REVB=0.0234776;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430925;OID=.;OPOS=31976139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:22:34:1:9:13:0:0:21:13:0:0 chr6 31977391 . C T 2556.32 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461433;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.522;QD=61.9713;RBI=0.0826326;REFB=0;REVB=0.0685489;RO=0;SAF=85;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011942;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:80:85:0:0:80:85:0:0 chr6 31978746 . G A 73.41 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=33;FWDB=-0.0677373;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.244;QD=2.71893;RBI=0.0741069;REFB=-0.00913949;REVB=-0.0300582;RO=80;SAF=7;SAR=8;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198768;STB=0.651089;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0541191;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:107:108:80:93:15:15:0.138889:8:7:50:30:8:7:60:33 chr6 31978824 . G A 1286.99 PASS AF=0.811475;AO=99;DP=123;FAO=99;FDP=122;FR=.;FRO=23;FSAF=75;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00706635;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.662;QD=42.1964;RBI=0.0207309;REFB=0.000705548;REVB=0.0194894;RO=20;SAF=75;SAR=24;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325522;STB=0.515632;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00021322;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:20:23:99:99:0.811475:24:75:15:5:24:75:16:7 chr6 32006317 . C T 213.97 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8141;QD=45.0463;RBI=0.208664;REFB=0;REVB=0.0282776;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093582;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:19:1:0:17:19:1:14:3:1:0:14:5:0:0 chr6 32006337 . C A 153.21 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0552438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9353;QD=40.8571;RBI=0.076405;REFB=-0.180942;REVB=0.0527811;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0172585;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:14:14:0.933333:12:2:0:0:12:2:0:1 chr6 32013037 . C T 37.83 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=-0.0446461;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.098;QD=1.86809;RBI=0.0477849;REFB=-0.0061713;REVB=-0.017033;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255953;STB=0.654871;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0460024;OID=.;OPOS=32013037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:81:81:65:72:8:9:0.111111:4:4:19:46:5:4:20:52 chr6 32017105 . A G 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0132511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.782;QD=15.1115;RBI=0.0373384;REFB=-0.00306122;REVB=-0.0349079;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139351;STB=0.578893;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00287153;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:17:21:12:17:17:21 chr6 32025863 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0345266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.374;QD=19.3686;RBI=0.0377135;REFB=-0.0265382;REVB=-0.0151729;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.615175;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0181786;OID=.;OPOS=32025863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:1:6:6:4:1:6 chr6 32026107 . C T 74.42 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00994059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.457;QD=22.8995;RBI=0.0106156;REFB=-0.0124562;REVB=0.00372512;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00973744;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr6 32029226 . A G 225.15 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00584492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.893;QD=15.2644;RBI=0.00663541;REFB=-0.0174334;REVB=-0.00314096;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924233;STB=0.5522;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0212572;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:11:22:15:11:11:22 chr6 32119898 . T C 3967.51 PASS AF=0.946619;AO=265;DP=281;FAO=266;FDP=281;FR=.;FRO=15;FSAF=129;FSAR=137;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0169297;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.076;QD=56.477;RBI=0.0227357;REFB=-0.0109188;REVB=0.0151756;RO=14;SAF=129;SAR=136;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489782;STB=0.52747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00137559;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:281:281:14:15:265:266:0.946619:136:129:14:0:137:129:15:0 chr6 32122385 . GC G,GG 768.69 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=9,41;DP=50;FAO=3,46;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218492,0.0185926;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.114,200.324;QD=62.7501;RBI=0.0637264,0.0634323;REFB=0,0;REVB=0.0598637,0.0606463;RO=0;SAF=1,24;SAR=8,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0193731,0.0020989;OID=.,.;OPOS=32122386,32122386;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0612245,0.938776:9,41:50:3,46:49:0:0,25:3,21:0:0:9:0:1,24:8,17:0:0 chr6 32151294 . T C 2364.76 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.246;QD=63.9125;RBI=0.0968375;REFB=0;REVB=0.0956746;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175031;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:80:67:0:0:81:67:0:0 chr6 32151690 . TGGGGGC TGGGC,TGGGG,TGGGGC 576.49 PASS AF=0,1,0;AO=9,23,20;DP=67;FAO=0,64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953235,-0.0832018,0.19113;FXX=0.0153822;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=9.8518,17.7998,10.0402;QD=36.0304;RBI=0.334554,0.086067,0.667454;REFB=0,0,0;REVB=-0.320686,0.0220226,-0.639503;RO=3;SAF=0,23,9;SAR=9,0,11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0.305263;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.826066,0,-0.13106;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.00740893,0.0249514;OID=.,.,.;OPOS=32151691,32151695,32151691;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,23,20:67:0,64,0:64:0:0,40,0:0,24,0:0:0:11:3:0,23,9:9,0,11:3:0 chr6 32151994 . A T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.645;QD=63.5808;RBI=0.0261579;REFB=0;REVB=-0.00879683;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60783e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr6 32159956 . T C 195.41 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103189;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.459;QD=48.8532;RBI=0.0454295;REFB=0;REVB=0.044242;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272215;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 32172065 . T G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.21;QD=59.8291;RBI=0.0203632;REFB=0;REVB=-0.0201486;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82805e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:46:57:0:0:46:57:0:0 chr6 32184705 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.777;QD=62.6699;RBI=0.0553375;REFB=0;REVB=0.00443345;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296915;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr6 32190390 . T G 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6106;QD=58.9548;RBI=0.0790598;REFB=0;REVB=-0.0290235;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000865635;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 32190406 . A G 1007.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.947;QD=59.2929;RBI=0.0444777;REFB=0;REVB=0.00565213;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185561;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr6 32191620 . C T 118.27 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0296688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7977;QD=7.75515;RBI=0.0303062;REFB=-0.0118208;REVB=-0.00618299;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786776;STB=0.528122;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0356626;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:44:17:17:0.278689:9:8:17:25:9:8:19:25 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T,TAGCAGCAGC 605.4 PASS AF=0.634146,0.365854;AO=22,12;DP=45;FAO=26,15;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,8;FSAR=12,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153402,0.000872388;FXX=0.108672;HRUN=1,1;LEN=12,3;MLLD=315.779,73.6051;QD=59.0634;RBI=0.046715,0.0528274;REFB=0,0;REVB=0.0441245,0.0528202;RO=0;SAF=12,7;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0142788,0.0325322;OID=.,.;OPOS=32191659,32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC,AGC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.634146,0.365854:22,12:45:26,15:41:0:14,8:12,7:0:0:99:0:12,7:10,5:0:0 chr6 32223632 . G A 304.86 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00848816;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.322;QD=19.991;RBI=0.0435631;REFB=-0.00389451;REVB=0.0427281;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120172;STB=0.506676;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00314535;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:14:15:17:15:14:15 chr6 32256418 . T C 367.43 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0428424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9633;QD=15.3094;RBI=0.0577019;REFB=0.0185667;REVB=0.0386529;RO=56;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275873;STB=0.521042;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0282972;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:56:39:40:0.416667:26:13:20:36:27:13:20:36 chr6 32261507 . T C 656.65 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.034599;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.592;QD=21.1822;RBI=0.0367259;REFB=-0.0268819;REVB=0.0123166;RO=59;SAF=35;SAR=30;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628352;STB=0.534494;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0256852;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:59:59:65:65:0.524194:30:35:36:23:30:35:36:23 chr6 32261952 . G A 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00919046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.554;QD=16.6139;RBI=0.00920787;REFB=-0.00635136;REVB=0.000565995;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279199;STB=0.658365;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00662448;OID=.;OPOS=32261952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:16:5:9:8:16:5 chr6 32270363 . A T 253.28 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00882217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4679;QD=17.4677;RBI=0.0144457;REFB=-0.00670418;REVB=0.0114388;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240277;STB=0.642755;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0198446;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:18:10:18:11:18:10:19:11 chr6 32290927 . G T 581.23 PASS AF=0.421769;AO=62;DP=147;FAO=62;FDP=147;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00645284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.847;QD=15.8157;RBI=0.07696;REFB=0.0107943;REVB=-0.076689;RO=83;SAF=32;SAR=30;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718573;STB=0.539864;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0141194;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:85:62:62:0.421769:30:32:37:46:30:32:38:47 chr6 32291359 . T G 189.42 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0722698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7158;QD=13.0634;RBI=0.0759567;REFB=-0.000534518;REVB=-0.0233773;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179956;STB=0.603623;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00170681;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:18:17:15:8:18:17 chr6 32291407 . G C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0111377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.051;QD=22.3751;RBI=0.0113369;REFB=-0.0121708;REVB=0.00211549;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.55879;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0120785;OID=.;OPOS=32291407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:16:19:11:16:16:19:11:16 chr6 32317859 . T C 402.19 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00826808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.306;QD=13.6336;RBI=0.0384542;REFB=-0.0072285;REVB=0.0375548;RO=70;SAF=20;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109444;STB=0.566132;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0110587;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:71:47:47:0.398305:27:20:37:33:27:20:38:33 chr6 32337686 . A G 236.58 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0252899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.159;QD=15.7719;RBI=0.0315635;REFB=-0.0166036;REVB=0.0188859;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.522371;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0198332;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:26:27:0.45:12:14:17:15:12:15:17:16 chr6 32361821 . C T 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00131434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.035;QD=15.4224;RBI=0.0135476;REFB=-0.000420589;REVB=-0.0134837;RO=53;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160164;STB=0.590315;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0010944;OID=.;OPOS=32361821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:17:21:21:32:17:21:21:32 chr6 32370794 . C T 358.18 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0155522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2314;QD=14.6197;RBI=0.031306;REFB=0.0142472;REVB=0.0271697;RO=59;SAF=25;SAR=14;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148098;STB=0.583294;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0210144;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:14:25:45:14:14:25:45:14 chr6 32370816 . G A 324.79 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.0121233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4853;QD=12.6133;RBI=0.0477084;REFB=0.00426738;REVB=0.0461423;RO=63;SAF=26;SAR=13;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801334;STB=0.537295;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00684586;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:13:26:46:17:13:26:46:18 chr6 32370835 . T C 324.81 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.0245842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3117;QD=12.6139;RBI=0.0301145;REFB=-0.0193912;REVB=-0.0173926;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152226;STB=0.579506;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0220132;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:17:22:44:19:17:22:44:20 chr6 32370879 . C T 304.01 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0453166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.554;QD=14.8296;RBI=0.0470143;REFB=-0.00424279;REVB=0.0125202;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151155;STB=0.585317;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00563454;OID=.;OPOS=32370879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:17:17:31:17:17:17:31:17 chr6 32370908 . T A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00030373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.145;QD=16.0289;RBI=0.00836788;REFB=-0.00165287;REVB=-0.00836236;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147383;STB=0.583148;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00190398;OID=.;OPOS=32370908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:11:19:12:13:11:19 chr6 32370969 . TG T 153.74 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00109475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.9107;QD=13.9766;RBI=0.0160845;REFB=0.00496481;REVB=0.0160472;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304151;STB=0.673565;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=-0.00293179;OID=.;OPOS=32370970;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:22:44:23:44:21:13:10:4:17:99:21:12:10:4:17 chr6 32370975 . C T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0123229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.732;QD=21.746;RBI=0.0139235;REFB=-0.00512637;REVB=-0.00648153;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322902;STB=0.679764;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00206519;OID=.;OPOS=32370975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:4:16:9:13:4:16 chr6 32370986 . C A 161.04 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00840805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6114;QD=16.9515;RBI=0.0152924;REFB=-0.00776431;REVB=0.0127735;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437128;STB=0.733093;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00229853;OID=.;OPOS=32370986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:3:16:6:12:4:16 chr6 32372863 . A T 683.3 PASS AF=0.489362;AO=68;DP=139;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.035136;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.933;QD=19.3844;RBI=0.0370728;REFB=-0.0295322;REVB=-0.0118258;RO=68;SAF=21;SAR=47;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199455;STB=0.612743;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0456124;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:68:72:68:69:0.489362:47:21:35:33:47:22:38:34 chr6 32372963 . G A 416.61 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0113329;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.34;QD=14.243;RBI=0.0136059;REFB=-0.0180023;REVB=0.00752894;RO=69;SAF=22;SAR=26;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964543;STB=0.554348;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0252674;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:69:48:48:0.410256:26:22:38:31:26:22:38:31 chr6 32410987 . A G 789.05 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00216778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8835;QD=50.9064;RBI=0.0137363;REFB=-0.0622641;REVB=0.0135642;RO=4;SAF=34;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123353;STB=0.50695;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0020492;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:62:4:4:57:58:0.935484:23:34:2:2:23:35:2:2 chr6 32411035 . A C 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493993;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.992;QD=61.8584;RBI=0.00803989;REFB=0;REVB=0.00634325;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3044e-06;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr6 32411646 . T G 1572.74 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4456;QD=58.7942;RBI=0.0226022;REFB=0.0269108;REVB=-0.0118822;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999006;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00292771;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:58:47:1:0:58:48:1:0 chr6 32412480 . G A 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.396;QD=63.7502;RBI=0.020948;REFB=0;REVB=0.0150937;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51604e-05;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr6 32489766 . A G 267.55 PASS AF=0.258065;AO=38;DP=153;FAO=40;FDP=155;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0245024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9199;QD=6.90442;RBI=0.0422846;REFB=0.00243187;REVB=-0.0344618;RO=115;SAF=16;SAR=22;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168122;STB=0.596876;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00976402;OID=.;OPOS=32489766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:115:115:38:40:0.258065:22:16:64:51:23:17:64:51 chr6 32551911 . CA AC 454.8 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383773;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=72.4977;QD=55.1276;RBI=0.0419319;REFB=0.0266378;REVB=-0.0168956;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=-0.00414268;OID=.;OPOS=32551911;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:30:32:0.969697:18:12:1:0:18:14:1:0 chr6 32551970 . T G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00295358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.024;QD=2.56844;RBI=0.0138001;REFB=-0.000758336;REVB=0.0134803;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142944;STB=0.519934;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00397325;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:41:44:6:6:0.12:3:3:21:20:3:3:21:23 chr6 32552029 . A T 70.54 PASS AF=0.207547;AO=10;DP=52;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00751059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.863;QD=5.32361;RBI=0.0104911;REFB=-0.0156255;REVB=0.00732497;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108699;STB=0.536017;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0430287;OID=.;OPOS=32552029;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:52:53:41:42:10:11:0.207547:6:4:20:21:6:5:21:21 chr6 32557435 . A C 138.96 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00260767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6804;QD=21.3777;RBI=0.0362946;REFB=-0.00304544;REVB=0.0362008;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147608;STB=0.608996;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00279592;OID=.;OPOS=32557435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:10:11:14:15:0.576923:7:7:7:3:8:7:8:3 chr6 32606701 . A G 1014.11 PASS AF=0.475113;AO=101;DP=217;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=0.0331668;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1752;QD=18.3549;RBI=0.033333;REFB=-0.0226919;REVB=-0.00332417;RO=114;SAF=53;SAR=48;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864229;STB=0.542056;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0451363;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:221:114:116:101:105:0.475113:48:53:70:44:50:55:70:46 chr6 32609813 . T C 306.95 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0226388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.042;QD=18.0561;RBI=0.0393604;REFB=-0.0159672;REVB=-0.0321983;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699063;STB=0.527843;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0180679;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:12:21:24:10:12:21:24:11 chr6 32610948 . AG A 522.97 PASS AF=0.356757;AO=58;DP=183;FAO=66;FDP=185;FR=.;FRO=119;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00830329;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.548;QD=11.3074;RBI=0.0219064;REFB=-0.00509782;REVB=0.0202718;RO=117;SAF=27;SAR=31;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648465;STB=0.557924;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=0.00932475;OID=.;OPOS=32610949;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356757:58:183:66:185:119:29:37:63:56:99:117:27:31:61:56 chr6 32627988 . A G 70.69 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0517728;FXX=0.0689536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8495;QD=5.23596;RBI=0.085098;REFB=0.000134437;REVB=-0.0675369;RO=42;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397005;STB=0.768988;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0135769;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:58:54:42:43:11:11:0.203704:2:9:22:20:2:9:22:21 chr6 32627991 . C T 65.82 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00989011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9362;QD=4.46251;RBI=0.0217325;REFB=0.00902728;REVB=-0.0193516;RO=48;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581798;STB=0.899565;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0243962;OID=.;OPOS=32627991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:59:48:48:10:11:0.186441:1:9:21:27:1:10:21:27 chr6 32628001 . T C 93.71 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0197518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4417;QD=5.67935;RBI=0.0570406;REFB=-0.01532;REVB=-0.0535116;RO=49;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267198;STB=0.666445;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0676761;OID=.;OPOS=32628001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:66:66:49:51:15:15:0.227273:5:10:22:27:5:10:23:28 chr6 32628057 . CA TT 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0160004;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.416;QD=8.46436;RBI=0.0219542;REFB=-0.0111572;REVB=-0.0150324;RO=35;SAF=1;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521449;STB=0.846173;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.031946;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:38:15:15:0.283019:14:1:12:23:14:1:14:24 chr6 32629129 . T C 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0105216;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.371;QD=16.0379;RBI=0.0116137;REFB=-0.0127245;REVB=-0.00491674;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320215;STB=0.67314;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.01528;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:14:11:24:7:14:11:23:7 chr6 32629155 . C A 270.72 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0459503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7128;QD=16.92;RBI=0.0582455;REFB=0.00160072;REVB=0.0357926;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307152;STB=0.670654;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-6.85244e-05;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:27:7:16:14:27:7 chr6 32629847 . A G 294.78 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0298596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.119;QD=17.8656;RBI=0.0440522;REFB=-0.0140363;REVB=-0.0323883;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696401;STB=0.546285;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0134207;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:15:17:15:18:15:17:15:19 chr6 32629859 . A G 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000193336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.384;QD=16.7501;RBI=0.0171403;REFB=-0.0114346;REVB=-0.0171393;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638003;STB=0.526566;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0307813;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:39:33:33:0.458333:17:16:15:21:17:16:17:22 chr6 32629868 . A G 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00761223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.18;QD=15.8854;RBI=0.0148984;REFB=0.00650822;REVB=0.0128069;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115727;STB=0.565178;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00651913;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:15:18:18:24:15:18:18:24 chr6 32629931 . C G 423.61 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.018218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0622;QD=16.1373;RBI=0.0223718;REFB=-0.0183895;REVB=-0.0129846;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357414;STB=0.519991;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.026362;OID=.;OPOS=32629931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:26:21:28:30:26:21:28:30 chr6 32629936 . C T 409.61 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0436075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1749;QD=15.6041;RBI=0.0494988;REFB=-0.00125918;REVB=-0.0234205;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216584;STB=0.507459;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00213927;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:24:22:29:29:24:22:29:30 chr6 32629963 . C T 387.76 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00999305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.941;QD=15.99;RBI=0.0578698;REFB=0.00157791;REVB=-0.0570005;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650992;STB=0.521159;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00258674;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:53:56:41:41:0.42268:22:19:28:25:22:19:28:28 chr6 32630028 . G A 290.43 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00697995;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.406;QD=13.8299;RBI=0.00705327;REFB=-0.0176964;REVB=-0.00101435;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041286;STB=0.523546;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0202604;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:20:13:22:29:20:13:22:29 chr6 32632587 . A G 58.16 PASS AF=0.0987654;AO=16;DP=163;FAO=16;FDP=162;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.00290031;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.11;QD=1.43603;RBI=0.0217524;REFB=3.81436e-05;REVB=0.0215581;RO=146;SAF=9;SAR=7;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175603;STB=0.507033;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00101798;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:163:162:146:146:16:16:0.0987654:7:9:80:66:7:9:81:65 chr6 32632598 . A T 44.5 PASS AF=0.0838323;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=167;FR=.;FRO=153;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=86;FSRR=67;FWDB=-0.0377861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.697;QD=1.06595;RBI=0.0383103;REFB=-0.00472887;REVB=0.00631581;RO=150;SAF=7;SAR=7;SRF=83;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615438;STB=0.556806;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0350859;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:164:167:150:153:14:14:0.0838323:7:7:83:67:7:7:86:67 chr6 32632627 . CG TC 51.75 PASS AF=0.0920245;AO=15;DP=163;FAO=15;FDP=163;FR=.;FRO=148;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=74;FWDB=0.0057042;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.851;QD=1.27004;RBI=0.0197345;REFB=-0.00425519;REVB=-0.0188921;RO=147;SAF=7;SAR=8;SRF=74;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043139;STB=0.530238;STBP=0.828;TYPE=mnp;VARB=0.0497452;OID=.;OPOS=32632627;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:163:163:147:148:15:15:0.0920245:8:7:74:73:8:7:74:74 chr6 32632647 . T C 33.59 PASS AF=0.0758621;AO=12;DP=144;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.00895321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.442;QD=0.926517;RBI=0.00897952;REFB=-0.00515742;REVB=-0.000686876;RO=122;SAF=3;SAR=9;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293317;STB=0.815545;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0362422;OID=.;OPOS=32632647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:145:122:134:12:11:0.0758621:9:3:61:61:9:2:70:64 chr6 32632714 . G C 31.44 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0176752;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.916;QD=1.36682;RBI=0.0262325;REFB=0.00166062;REVB=-0.0193838;RO=83;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095177;STB=0.583122;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0180406;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:93:92:83:84:8:8:0.0869565:5:3:38:45:5:3:39:45 chr6 32632745 . G A 44.21 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00376612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.361;QD=2.00976;RBI=0.00410992;REFB=-0.00870496;REVB=-0.00164552;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242541;STB=0.680189;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0259158;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:78:78:10:10:0.113636:7:3:39:39:7:3:39:39 chr6 32632770 . A G 59.16 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0446558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6933;QD=3.42955;RBI=0.0464291;REFB=-0.00649957;REVB=-0.0127094;RO=57;SAF=3;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353969;STB=0.743752;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0352703;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:57:58:11:11:0.15942:8:3:32:25:8:3:33:25 chr6 32632781 . AGA CCC 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0106442;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=211.052;QD=3.51291;RBI=0.0200252;REFB=-0.00442982;REVB=-0.016962;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323212;STB=0.719196;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.0265407;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AGA;OALT=CCC;OMAPALT=CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:7:3:30:23:7:3:30:23 chr6 32634302 . AG GA 209.49 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0211771;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.894;QD=18.2163;RBI=0.0220786;REFB=-0.00729605;REVB=0.00624454;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350741;STB=0.697638;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00516954;OID=.;OPOS=32634302;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:19:6:13:8:19:6 chr6 32634313 . C G 213.64 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00458884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.573;QD=16.1238;RBI=0.00663614;REFB=-0.019117;REVB=0.00479385;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387817;STB=0.717324;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0178364;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:23:6:15:9:23:6 chr6 32634369 . C A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00739631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.517;QD=19.9664;RBI=0.0309308;REFB=-0.000799225;REVB=0.0300334;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322623;STB=0.678714;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00136454;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:20:6:18:11:20:6 chr6 32634387 . C T 282.23 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0276883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=22.5781;RBI=0.0286908;REFB=-0.00907083;REVB=-0.00751789;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22407;STB=0.634044;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0121149;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:16:10:15:8:16:10:16:8 chr6 32636040 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0286428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.609;QD=13.5806;RBI=0.0296531;REFB=0.00745685;REVB=0.00767409;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451358;STB=0.526285;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0121387;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:16:12:8:9:16:12 chr6 32636073 . A G 231.79 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0154704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.766;QD=14.7171;RBI=0.0184;REFB=-0.00616415;REVB=-0.00996123;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744381;STB=0.542222;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00690006;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:20:16:14:13:20:16 chr6 32636093 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0171044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.949;QD=15.7056;RBI=0.0189908;REFB=-0.010323;REVB=0.00825155;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354328;STB=0.519989;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0135528;OID=.;OPOS=32636093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:25:23:16:20:25:23 chr6 32636364 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000975067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.826;QD=18.7442;RBI=0.0352947;REFB=-0.0306475;REVB=0.0352813;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0261991;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr6 32636433 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0192487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.594;QD=14.0438;RBI=0.0562842;REFB=-0.00527595;REVB=-0.0528905;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0020995;OID=.;OPOS=32636433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr6 32709309 . A G 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150659;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.413;QD=56.9833;RBI=0.0436606;REFB=0;REVB=0.0409789;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189602;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr6 32713018 . C T 492.57 PASS AF=0.363636;AO=60;DP=166;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.000337017;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.136;QD=11.941;RBI=0.0159523;REFB=-0.00760352;REVB=-0.0159487;RO=105;SAF=26;SAR=34;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143222;STB=0.581462;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0136848;OID=.;OPOS=32713018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:105:105:60:60:0.363636:34:26:59:46:34:26:59:46 chr6 32713030 . T C 2624.07 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313551;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.954;QD=62.1082;RBI=0.0072958;REFB=0;REVB=-0.00658766;RO=0;SAF=91;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59992e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:78:91:0:0:78:91:0:0 chr6 32714143 . G A 574.71 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0368512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.14;QD=19.648;RBI=0.0382975;REFB=-0.0242708;REVB=0.0104254;RO=58;SAF=35;SAR=24;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091662;STB=0.550442;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0180709;OID=.;OPOS=32714143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:24:35:40:18:24:35:40:18 chr6 32724258 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.091;QD=60.6086;RBI=0.035641;REFB=0;REVB=0.003919;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206821;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr6 32725062 . T A 685.33 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356646;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.507;QD=60.9185;RBI=0.129395;REFB=0.0383112;REVB=0.124383;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000350393;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr6 32725619 . TG CA 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.62936e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.401;QD=59.5018;RBI=0.00927391;REFB=0;REVB=-0.00927379;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.72964e-05;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr6 32725625 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.506;QD=59.8559;RBI=0.0190147;REFB=0;REVB=0.0162578;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85082e-05;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr6 32726803 . C T 2403.31 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.034;QD=61.2309;RBI=0.0198854;REFB=0;REVB=0.0154996;RO=0;SAF=69;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78062e-05;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:87:69:0:0:87:70:0:0 chr6 32726838 . C T 2124.55 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0464681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.263;QD=62.0306;RBI=0.0507785;REFB=0.0217638;REVB=0.0204735;RO=1;SAF=57;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826702;STB=0.504347;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000119275;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:79:57:1:0:79:57:1:0 chr6 32729459 . C T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.271;QD=60.0282;RBI=0.0438814;REFB=0;REVB=-0.00422245;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169918;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr6 32729642 . G C 1576.14 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269451;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.439;QD=60.0435;RBI=0.0359019;REFB=0;REVB=0.0237256;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77128e-06;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr6 32797809 . C T 327.68 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0154945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.136;QD=16.1817;RBI=0.0158507;REFB=-0.0120344;REVB=0.00334145;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121403;STB=0.56161;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.012616;OID=.;OPOS=32797809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:35:36:0.444444:19:16:25:18:20:16:25:20 chr6 32800412 . C T 409.24 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0157136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0048;QD=13.5286;RBI=0.0200009;REFB=-0.0226623;REVB=0.0123742;RO=73;SAF=28;SAR=20;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874834;STB=0.504948;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0433909;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:20:28:42:31:20:28:42:31 chr6 32818774 . T C 470.63 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00464999;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.159;QD=17.1139;RBI=0.0305656;REFB=-0.0422889;REVB=-0.0302099;RO=58;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175542;STB=0.601234;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0366368;OID=.;OPOS=32818774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:59:51:51:0.463636:24:27:20:38:24:27:20:39 chr6 32825090 . G A 514.47 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0102814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3853;QD=27.4381;RBI=0.0109407;REFB=-0.0558488;REVB=0.00374053;RO=28;SAF=19;SAR=28;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337695;STB=0.518379;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0304367;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:28:19:10:18:28:19:10:18 chr6 32844922 . G A 279.15 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0342045;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0102;QD=18.9257;RBI=0.0699528;REFB=-0.0088788;REVB=-0.0610201;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612244;STB=0.524459;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00694114;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:29:30:30:0.508475:18:12:14:16:18:12:13:16 chr6 32904981 . G A 2011.18 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.974;QD=61.41;RBI=0.01481;REFB=-0.0153661;REVB=0.00528155;RO=1;SAF=72;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655489;STB=0.503355;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=2.44237e-05;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:128:130:0.992366:56:72:1:0:56:74:1:0 chr6 32917544 . C T 729.39 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110877;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.889;QD=62.0756;RBI=0.0124787;REFB=0;REVB=0.00572548;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3592e-05;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:1:0:46:47:1:24:22:0:1:25:22:0:0 chr6 32939894 . G T 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395603;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.548;QD=49.6934;RBI=0.0433567;REFB=0;REVB=0.0177422;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316754;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr6 32948462 . G A 1117.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6952;QD=60.4202;RBI=0.0393443;REFB=0;REVB=0.0261315;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476663;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:30:42:0:0:30:44:0:0 chr6 32948607 . C CT,CTG,T 80.39 PASS AF=0.466667,0,0.2;AO=2,2,5;DP=15;FAO=7,0,3;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0,1;FSAR=6,0,2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0320427,0.0313779,0.0106909;FXX=0;HRUN=0,0,9;LEN=1,2,1;MLLD=179.134,171.156,176.249;QD=21.4374;RBI=0.0325343,0.0318999,0.0123146;REFB=-0.00269332,-0.00248268,-0.0040267;REVB=0.00563455,0.00574779,0.00611183;RO=6;SAF=0,0,2;SAR=2,2,3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.524163,-0.524163,0.231195;STB=0.545316,0.5,0.599397;STBP=0.886,1,0.807;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00860698,0,0.00223124;OID=.,.,.;OPOS=32948608,32948608,32948607;OREF=-,-,C;OALT=T,TG,T;OMAPALT=CT,CTG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:15:15:6:5:2,2,5:7,0,3:0.466667,0,0.2:2,2,3:0,0,2:1:5:6,0,2:1,0,1:1:4 chr6 32948804 . C T 1193.28 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121311;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2741;QD=61.194;RBI=0.0558915;REFB=0;REVB=-0.0545592;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029166;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr6 32974934 . G A 646.11 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000638487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5626;QD=50.6754;RBI=0.0227589;REFB=-0.0859099;REVB=0.0227499;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036156;STB=0.52829;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0112234;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:48:48:0.941176:25:23:0:2:25:23:0:3 chr6 32975014 . T C 697.72 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0327438;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.714;QD=52.6583;RBI=0.0347584;REFB=-0.0431199;REVB=0.0116616;RO=2;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.519223;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0042299;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:51:51:0.962264:25:26:0:2:25:26:0:2 chr6 32975257 . C T 1752.4 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552024;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6312;QD=60.9529;RBI=0.0579404;REFB=0;REVB=0.0176008;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286655;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:67:47:0:0:67:48:0:0 chr6 32975869 . G A 901.71 PASS AF=0.984848;AO=46;DP=69;FAO=65;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126289;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8854;QD=54.6491;RBI=0.178594;REFB=-0.0637744;REVB=0.126281;RO=4;SAF=13;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00508497;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:66:4:1:46:65:0.984848:33:13:4:0:35:30:1:0 chr6 32975870 . C A 92.96 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.000723024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9864;QD=5.38871;RBI=0.00240331;REFB=-0.0392285;REVB=0.00229197;RO=54;SAF=14;SAR=1;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700134;STB=0.937985;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122328;OID=.;OPOS=32975870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:1:14:19:35:1:14:19:35 chr6 33036434 . GTC G,GGC 151.02 PASS AF=0.214286,0.785714;AO=2,12;DP=14;FAO=3,11;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438647,-0.0425759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=16.674,36.876;QD=43.1492;RBI=0.0438647,0.0425759;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0835538,0.0232266;OID=.,.;OPOS=33036435,33036435;OREF=TC,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.785714:2,12:14:3,11:14:0:3,11:0,0:0:0:13:0:2,12:0,0:0:0 chr6 33036505 . GA AC,CA 709.61 PASS AF=0.0208333,0.958333;AO=2,43;DP=48;FAO=1,46;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1,28;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022691,0.0436431;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=77.1645,111.416;QD=59.1345;RBI=0.0370022,0.0521085;REFB=-0.0442463,-0.0615876;REVB=-0.0292281,0.0284706;RO=1;SAF=2,25;SAR=0,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0253725;STB=0.989913,0.513508;STBP=0.496,0.3;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0736924,0.00216745;OID=.,.;OPOS=33036505,33036505;OREF=GA,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:1:1:2,43:1,46:0.0208333,0.958333:0,18:2,25:0:1:0,18:1,28:0:1 chr6 33036549 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00136372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.371;QD=15.6506;RBI=0.00928532;REFB=-0.0141378;REVB=-0.00918463;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154904;STB=0.590044;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.020817;OID=.;OPOS=33036549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:13:8:4:12:13:8 chr6 33036853 . A C 1589.85 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.001;QD=59.9942;RBI=0.00517202;REFB=0;REVB=0.000635748;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57954e-05;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:49:56:0:0:49:57:0:0 chr6 33036950 . CA CG,TG 1502.07 PASS AF=0.485714,0.514286;AO=50,53;DP=105;FAO=51,54;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=31,31;FSAR=20,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532169,0.00328582;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=70.952,90.4497;QD=57.2216;RBI=0.021302,0.0206674;REFB=0,0;REVB=0.0206266,0.0204045;RO=0;SAF=31,31;SAR=19,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00355021,-0.013175;OID=.,.;OPOS=33036951,33036950;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:105:105:0:0:50,53:51,54:0.485714,0.514286:19,22:31,31:0:0:20,23:31,31:0:0 chr6 33036959 . G A 1476.6 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.261;QD=62.1725;RBI=0.0290018;REFB=-0.09433;REVB=0.00140576;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.505881;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000148992;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:42:52:0:1:42:52:0:1 chr6 33036971 . C T 1488.38 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.163;QD=63.3352;RBI=0.0885801;REFB=0;REVB=-0.0135839;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150801;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr6 33036977 . G A 325.81 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0155538;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.576;QD=14.3215;RBI=0.0164019;REFB=-0.00756911;REVB=-0.00520599;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129036;STB=0.57139;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.011868;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:55:36:36:0.395604:18:18:33:20:18:18:34:21 chr6 33036999 . T C 366.11 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0281058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2283;QD=16.2717;RBI=0.0305875;REFB=0.00639629;REVB=0.0120689;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961526;STB=0.554004;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00831974;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:19:20:31:20:19:20:31:20 chr6 33037045 . G C 367.09 PASS AF=0.493506;AO=40;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00310397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9184;QD=19.0695;RBI=0.0089089;REFB=0.00544436;REVB=0.00835069;RO=37;SAF=28;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222903;STB=0.606356;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00526672;OID=.;OPOS=33037045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:39:40:38:0.493506:12:28:17:20:12:26:19:20 chr6 33037061 . G C 292.66 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0887431;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2351;QD=16.9659;RBI=0.0895868;REFB=0.0120284;REVB=-0.0122661;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257044;STB=0.637989;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0107445;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:37:32:32:0.463768:17:15:28:10:17:15:27:10 chr6 33037080 . G A 720.51 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0328621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.557;QD=50.5624;RBI=0.0364004;REFB=-0.192577;REVB=0.0156547;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.519224;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00158656;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:53:55:0.964912:23:30:0:1:25:30:0:2 chr6 33037419 . G A 1286.79 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256354;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.404;QD=62.014;RBI=0.0286647;REFB=0;REVB=0.0285498;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20733e-05;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:32:51:0:0:32:51:0:0 chr6 33037424 . T C 1369.8 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8116;QD=61.564;RBI=0.0415223;REFB=0;REVB=0.0410714;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465876;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:38:51:0:0 chr6 33037452 . CAA AGC 336.16 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00263491;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.67;QD=13.0548;RBI=0.00316069;REFB=-0.00990285;REVB=-0.00174561;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173372;STB=0.601893;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.0154836;OID=.;OPOS=33037452;OREF=CAA;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:62:63:40:40:0.38835:20:20:41:21:20:20:42:21 chr6 33037456 . G A 362.37 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0141657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.857;QD=13.2981;RBI=0.0208793;REFB=-0.00889101;REVB=0.0153387;RO=65;SAF=23;SAR=20;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137224;STB=0.571644;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0108138;OID=.;OPOS=33037456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:43:43:0.394495:20:23:43:22:20:23:43:23 chr6 33037522 . T C 1496.13 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.912;QD=62.3386;RBI=0.0253409;REFB=-0.137123;REVB=0.0143933;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000266649;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:46:48:0:0:47:48:1:0 chr6 33037579 . AT TG 283.11 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00618169;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.579;QD=14.9006;RBI=0.0143663;REFB=-0.0171723;REVB=-0.0129683;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10669;STB=0.580941;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=0.0199629;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:44:32:32:0.421053:13:19:20:21:13:19:20:24 chr6 33037587 . T A 397.41 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0262082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.318;QD=20.6448;RBI=0.0338965;REFB=-0.00825032;REVB=-0.0214966;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586463;STB=0.532451;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00730133;OID=.;OPOS=33037587;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:20:20:21:16:20:20:21:16 chr6 33037596 . T C 375.03 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00614789;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.19;QD=20.5498;RBI=0.00980645;REFB=-0.0101163;REVB=-0.00764001;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.533124;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0294556;OID=.;OPOS=33037596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:20:18:18:16:20:18:19:16 chr6 33037611 . C T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00754877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.889;QD=55.6059;RBI=0.0131906;REFB=-0.0880482;REVB=0.0108171;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=8.4794e-08;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:1:0:30:28:1:0 chr6 33037619 . G T 310.2 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0518029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9423;QD=21.3929;RBI=0.0523811;REFB=0.0266231;REVB=-0.00776128;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340708;STB=0.528243;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0268509;OID=.;OPOS=33037619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:18:14:12:13:18:14:13:13 chr6 33037626 . C G 231.1 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00999466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.446;QD=17.7767;RBI=0.0102992;REFB=-0.00765834;REVB=-0.00248615;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121745;STB=0.577275;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00991354;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:12:12:10:17:12:13:10:17 chr6 33037639 . GC AT 227.0 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0404381;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.417;QD=19.7388;RBI=0.0405818;REFB=-0.00964327;REVB=-0.00341223;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115537;STB=0.565159;STBP=0.408;TYPE=mnp;VARB=0.00868043;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:9:15:11:11:9:15 chr6 33041339 . A T 259.68 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00953314;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.15;QD=16.4876;RBI=0.0120158;REFB=-0.0335926;REVB=0.00731436;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555995;STB=0.538435;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0159342;OID=.;OPOS=33041339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:34:29:29:0.460317:14:15:19:14:14:15:20:14 chr6 33041349 . T C 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00360423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.895;QD=14.4201;RBI=0.00737837;REFB=-0.0104739;REVB=-0.00643815;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142139;STB=0.580587;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.025806;OID=.;OPOS=33041349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:23:14:14:13:23:14 chr6 33043842 . G A 539.87 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0368505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.416;QD=22.0355;RBI=0.0413766;REFB=-0.0387355;REVB=0.0188167;RO=47;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581318;STB=0.532031;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.028387;OID=.;OPOS=33043842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:24:27:28:19:24:27:28:19 chr6 33043865 . C T 542.21 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0104652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.995;QD=22.5922;RBI=0.0298182;REFB=-0.0156735;REVB=-0.0279214;RO=45;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668625;STB=0.531902;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.018315;OID=.;OPOS=33043865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:45:50:51:0.53125:25:25:26:19:25:26:26:19 chr6 33048457 . C G 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0211543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.683;QD=12.1415;RBI=0.0247774;REFB=0.000462865;REVB=-0.0129001;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018117;STB=0.521627;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00241711;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:11:8:14:18:11:8:15:18 chr6 33048459 . T G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0074625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.483;QD=10.7925;RBI=0.0187784;REFB=0.00045873;REVB=-0.017232;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180657;STB=0.510626;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00170108;OID=.;OPOS=33048459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:15:20:10:8:15:20 chr6 33048461 . T A 161.1 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00584546;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6438;QD=11.9333;RBI=0.0428464;REFB=-0.00901421;REVB=-0.0424458;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358815;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0189827;OID=.;OPOS=33048461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:10:9:15:19:11:9:15:19 chr6 33048464 . AGGG AGTT 337.42 PASS AF=0.352941;AO=15;DP=53;FAO=18;FDP=51;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0341619;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=2;MLLD=103.916;QD=26.4645;RBI=0.0416524;REFB=-0.0170363;REVB=-0.0238304;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261037;STB=0.646909;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.020373;OID=.;OPOS=33048466;OREF=GG;OALT=TT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:15:53:18:51:16:9:9:13:3:99:16:8:7:13:3 chr6 33048538 . T C 395.95 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0211559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.162;QD=20.3052;RBI=0.0227164;REFB=-0.013502;REVB=-0.00827442;RO=37;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498112;STB=0.514279;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00693743;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:39:40:0.512821:21:18:15:22:22:18:16:22 chr6 33048539 . T A 354.61 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0482121;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0342;QD=18.6637;RBI=0.0495033;REFB=-0.0256121;REVB=-0.0112322;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529363;STB=0.529524;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0275266;OID=.;OPOS=33048539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:18:21:22:15:18:21 chr6 33048542 . C T 385.17 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00175717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.496;QD=20.5423;RBI=0.0124446;REFB=-0.0203719;REVB=0.0123199;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164771;STB=0.509403;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0254651;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:38:39:0.52:21:17:15:20:22:17:15:21 chr6 33048599 . CT AG 332.31 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00633632;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.758;QD=23.3202;RBI=0.0176716;REFB=-0.0292383;REVB=-0.0164965;RO=24;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292623;STB=0.516119;STBP=0.799;TYPE=mnp;VARB=0.0250742;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:24:24:33:33:0.578947:18:15:10:14:18:15:10:14 chr6 33048640 . A G 209.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0559888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0587;QD=15.5017;RBI=0.10596;REFB=-0.0190939;REVB=-0.0899601;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024699;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0205536;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:13:17:13:11:13:17 chr6 33048663 . G A 90.57 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0531728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8159;QD=9.28905;RBI=0.0534582;REFB=0.00302066;REVB=0.00551638;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117982;STB=0.519618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00385925;OID=.;OPOS=33048663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:39:27:27:11:12:0.307692:6:5:12:15:7:5:12:15 chr6 33048686 . G A 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7359;QD=55.0907;RBI=0.0308359;REFB=0;REVB=0.0305466;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499023;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 33048689 . G A 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00994135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.697;QD=47.1187;RBI=0.0135869;REFB=-0.0868829;REVB=0.00926143;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109865;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:1:1:12:12:1:1 chr6 33048693 . CAT CGT,GTC 333.62 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941395,-0.00515534;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=154.022,122.969;QD=53.3787;RBI=0.0156182,0.0283563;REFB=0,0;REVB=-0.0124621,-0.0278838;RO=0;SAF=12,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0046747,-0.0651507;OID=.,.;OPOS=33048694,33048693;OREF=A,CAT;OALT=G,GTC;OMAPALT=CGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:11,1:12,1:0:0:11,1:12,1:0:0 chr6 33052734 . T TA 176.69 PASS AF=1;AO=3;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.8514;QD=39.2652;RBI=0.0377317;REFB=0;REVB=-0.0361366;RO=14;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00309184;OID=.;OPOS=33052735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:17:18:18:0:3:15:0:0:4:14:0:3:3:11 chr6 33052736 . G A 181.2 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0320675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0183;QD=38.1477;RBI=0.0740376;REFB=-0.0567546;REVB=0.0667326;RO=2;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653276;STB=0.533296;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0112058;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:16:17:0.894737:13:3:0:2:14:3:0:2 chr6 33052743 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3015;QD=51.9165;RBI=0.0157594;REFB=0;REVB=-0.0152494;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158986;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr6 33052768 . T C 650.98 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00393571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4147;QD=59.1801;RBI=0.0130345;REFB=0.0485275;REVB=0.0124261;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0156451;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:27:14:0:1:29:14:0:1 chr6 33052803 . G A 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0200508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.3;QD=58.9874;RBI=0.0348511;REFB=-0.0672168;REVB=0.0285056;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996177;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000376439;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:47:28:0:1:47:28:0:1 chr6 33052950 . T C 1549.44 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.637;QD=59.594;RBI=0.0231751;REFB=0;REVB=-0.0189362;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70373e-06;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:43:59:0:0:45:59:0:0 chr6 33052958 . C T 1520.25 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.535;QD=61.4244;RBI=0.0303554;REFB=-0.0278382;REVB=0.00951023;RO=2;SAF=54;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172401;STB=0.509089;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00138939;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:43:54:2:0:43:54:2:0 chr6 33052986 . T C 1396.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000866832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.61;QD=62.7587;RBI=0.0162603;REFB=0;REVB=-0.0162371;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71338e-05;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:37:52:0:0 chr6 33053609 . G A 509.1 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0228943;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.949;QD=20.5696;RBI=0.0229927;REFB=-0.00755867;REVB=0.00212491;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732413;STB=0.545436;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00544764;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:48:49:0.494949:23:25:30:20:24:25:30:20 chr6 33053682 . G A 836.92 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8198;QD=55.7947;RBI=0.0610991;REFB=-0.0780251;REVB=0.0596652;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00172892;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:1:0:33:26:1:0 chr6 33053968 . T A 376.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3383;QD=55.7245;RBI=0.198495;REFB=0;REVB=0.195789;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415419;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr6 33053971 . T C 365.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00451916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.652;QD=52.1435;RBI=0.0540344;REFB=-0.000930143;REVB=0.0538451;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000270102;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr6 33053982 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.436;QD=57.2025;RBI=0.0213352;REFB=0;REVB=0.0090492;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172965;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr6 33054013 . TA T 143.07 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0216599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.6797;QD=16.3506;RBI=0.0334763;REFB=-0.0211553;REVB=-0.0255248;RO=15;SAF=17;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705449;STB=0.539641;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.0156231;OID=.;OPOS=33054014;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:20:35:20:35:15:17:3:12:3:98:15:17:3:12:3 chr6 33054046 . T G 376.3 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.246;QD=55.7486;RBI=0.0196098;REFB=0;REVB=0.0184225;RO=0;SAF=24;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44387e-05;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:1:24:0:0:1:26:0:0 chr6 33054057 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.985;QD=56.1882;RBI=0.0149229;REFB=0;REVB=-0.00407628;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117471;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr6 33080359 . CT TG 286.38 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0138307;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.385;QD=20.4555;RBI=0.019841;REFB=-0.00370955;REVB=-0.0142259;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555383;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=mnp;VARB=0.00281233;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:17:13:11:14:17:13:11:15 chr6 33134278 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0438665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2525;QD=15.6429;RBI=0.0825631;REFB=-0.0192487;REVB=0.0699457;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338792;STB=0.519488;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0293853;OID=.;OPOS=33134278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:14:15:11:9:14:15 chr6 33136310 . G T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0118659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.677;QD=11.6341;RBI=0.0142191;REFB=-0.00222742;REVB=0.00783478;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475038;STB=0.760389;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00164778;OID=.;OPOS=33136310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:3:12:3:7:4:12 chr6 33138955 . G A 169.56 PASS AF=0.372881;AO=19;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.000487384;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.939;QD=11.4952;RBI=0.0154596;REFB=-0.0190888;REVB=0.0154519;RO=37;SAF=17;SAR=2;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28856;STB=0.509969;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0387949;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:37:37:19:22:0.372881:2:17:28:9:5:17:29:8 chr6 33141161 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=44;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.946;QD=57.3854;RBI=0.0339679;REFB=0;REVB=-0.000472897;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47247e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:44:57:1:23:21:0:0:24:33:0:0 chr6 33141475 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0206054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.99;QD=16.8983;RBI=0.0638718;REFB=0.0303632;REVB=0.0604568;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0201721;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr6 33141797 . C T 544.53 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0138523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.285;QD=19.9826;RBI=0.0151124;REFB=-0.0158147;REVB=0.00604127;RO=52;SAF=23;SAR=33;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620657;STB=0.507293;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0132782;OID=.;OPOS=33141797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:53:56:56:0.513761:33:23:21:31:33:23:21:32 chr6 33141920 . G C 483.49 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.139;QD=58.6053;RBI=0.0650757;REFB=0;REVB=0.0312751;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383104;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:24:4:0:0:27:6:0:0 chr6 33144243 . T A 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101579;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.13;QD=57.2406;RBI=0.0222839;REFB=0;REVB=0.0222608;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132295;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 33145018 . G A 227.34 PASS AF=0.464286;AO=23;DP=53;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.045912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.857;QD=16.2388;RBI=0.0465928;REFB=-0.0202697;REVB=0.00793604;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15706;STB=0.610531;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0289247;OID=.;OPOS=33145018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:30:30:23:26:0.464286:8:15:15:15:8:18:15:15 chr6 33145418 . G A 205.57 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00286158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2894;QD=23.4942;RBI=0.0446422;REFB=-0.0238112;REVB=0.0445504;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.507879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0182407;OID=.;OPOS=33145418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:20:20:0.571429:13:7:5:8:13:7:5:10 chr6 33163451 . G A 835.2 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.058;QD=57.5998;RBI=0.0915371;REFB=0;REVB=0.0870552;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602436;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:51:58:1:29:22:0:0:35:23:0:0 chr6 33168574 . G A 578.64 PASS AF=0.483871;AO=61;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0131519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9525;QD=18.6658;RBI=0.0751655;REFB=0.031249;REVB=0.074006;RO=63;SAF=28;SAR=33;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578899;STB=0.556167;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0302483;OID=.;OPOS=33168574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:64:61:60:0.483871:33:28:25:38:31:29:24:40 chr6 33172479 . G T 352.28 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.00320508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9087;QD=21.3501;RBI=0.0411988;REFB=-0.0416381;REVB=0.041074;RO=29;SAF=9;SAR=27;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130409;STB=0.576048;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0296224;OID=.;OPOS=33172479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:27:9:4:25:27:9:4:26 chr6 33176958 . C T 386.69 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0102434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.658;QD=14.0614;RBI=0.0116761;REFB=-0.0166338;REVB=-0.0056039;RO=65;SAF=27;SAR=18;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167028;STB=0.50943;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0245921;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:18:27:38:27:18:27:38:27 chr6 33235755 . G A 438.97 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.00559832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.254;QD=15.8187;RBI=0.0143961;REFB=-0.0168708;REVB=-0.013263;RO=61;SAF=17;SAR=31;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422477;STB=0.511788;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0204253;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:62:48:49:0.441441:31:17:24:37:31:18:24:38 chr6 33256471 . T C 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.883;QD=54.5084;RBI=0.0269459;REFB=0;REVB=0.0168539;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49428e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr6 33272855 . G C 224.64 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0345548;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3921;QD=10.4482;RBI=0.0361696;REFB=-0.00673024;REVB=0.0106867;RO=57;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171685;STB=0.593993;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0118641;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:57:58:28:28:0.325581:12:16:24:33:12:16:25:33 chr6 33281842 . GA TT 153.6 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0042746;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.497;QD=21.1868;RBI=0.0248879;REFB=-0.0242513;REVB=-0.0245181;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645261;STB=0.536539;STBP=0.699;TYPE=mnp;VARB=0.0176448;OID=.;OPOS=33281842;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:5:8:11:5:5:8 chr6 33283766 . T C 558.88 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.000771119;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.411;QD=18.7857;RBI=0.0162762;REFB=-0.0153928;REVB=-0.0162579;RO=60;SAF=21;SAR=37;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100664;STB=0.55222;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0223656;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:61:58:58:0.487395:37:21:28:32:37:21:28:33 chr6 33288271 . A G 361.85 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0444189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3282;QD=25.8467;RBI=0.055218;REFB=-0.0174517;REVB=-0.0328024;RO=21;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480943;STB=0.526301;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00903562;OID=.;OPOS=33288271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:14:21:14:7:14:21:14:7 chr6 33333446 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0375373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.235;QD=16.3859;RBI=0.0752323;REFB=-0.0259242;REVB=-0.0651985;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315978;STB=0.518476;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.014133;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:6:2:2:7:6:2 chr6 33333916 . G T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00608485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.03;QD=29.5807;RBI=0.0103267;REFB=0.00125578;REVB=0.00834359;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247492;STB=0.637539;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000544803;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:5:16:4:6:5:16:4:6 chr6 33377484 . G C 131.47 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-1.11783e-05;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4316;QD=21.9111;RBI=0.0713804;REFB=-0.0481918;REVB=-0.0713804;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0501048;OID=.;OPOS=33377484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr6 33382241 . T C 281.92 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0675221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3579;QD=14.6451;RBI=0.0785132;REFB=-0.00301388;REVB=-0.0400636;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464742;STB=0.5263;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00116834;OID=.;OPOS=33382241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:12:20:30:15:12:20:30:15 chr6 33382288 . G A 822.52 PASS AF=0.983607;AO=54;DP=56;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7153;QD=53.9359;RBI=0.0907292;REFB=-0.137068;REVB=0.00533446;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229779;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00993891;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:61:1:1:54:60:0.983607:34:20:1:0:35:25:1:0 chr6 33399778 . C T 340.45 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.109592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.251;QD=18.1571;RBI=0.111589;REFB=-0.02016;REVB=-0.0210171;RO=39;SAF=5;SAR=31;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738347;STB=0.54146;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0208049;OID=.;OPOS=33399778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:31:5:7:32:31:5:7:32 chr6 33408542 . G A 278.11 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0120118;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.292;QD=25.871;RBI=0.0326654;REFB=0.003029;REVB=0.0303767;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219912;STB=0.512185;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00180286;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:6:12:16:9:6:12 chr6 33416605 . G A 253.32 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0442034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.037;QD=21.1099;RBI=0.0442048;REFB=-0.0212943;REVB=0.000353857;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.562884;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0255509;OID=.;OPOS=33416605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:24:22:24:0.5:14:8:13:11:14:10:13:11 chr6 33422976 . T G 538.18 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2177;QD=59.7977;RBI=0.122499;REFB=0;REVB=0.121859;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220157;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 33541507 . A G 327.42 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514484;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.041;QD=54.5702;RBI=0.0514648;REFB=0;REVB=0.00130126;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39764e-05;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 33560896 . A G 156.84 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0267997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.342;QD=16.0858;RBI=0.0352843;REFB=-0.0179816;REVB=0.0229512;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.560437;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0115588;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:6:11:11:10:6:11:12:10 chr6 33636907 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.481;QD=42.1826;RBI=0.017209;REFB=0;REVB=0.00490617;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299776;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 33638180 . C T 889.45 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1191;QD=56.473;RBI=0.0705545;REFB=-0.109847;REVB=0.0414223;RO=1;SAF=39;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00150806;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:23:39:1:0:23:39:1:0 chr6 33641379 . T C 804.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.978;QD=64.3627;RBI=0.00485973;REFB=0;REVB=-0.00452036;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25067e-06;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr6 33648228 . C T 1181.95 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.942;QD=58.3678;RBI=0.029337;REFB=0.00439083;REVB=0.0247734;RO=2;SAF=43;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215054;STB=0.511361;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-4.92045e-05;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:78:79:0.975309:35:43:2:0:36:43:2:0 chr6 33653448 . C T 747.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.511;QD=63.6065;RBI=0.084648;REFB=0;REVB=0.0835497;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178695;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:13:32:0:0:14:33:0:0 chr6 33659472 . C G 1009.06 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316855;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9077;QD=59.3567;RBI=0.045618;REFB=0;REVB=-0.0328181;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44969e-05;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr6 33690796 . CA TG 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503727;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.374;QD=57.3858;RBI=0.0184042;REFB=0;REVB=0.0177014;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.61418e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr6 33739960 . A G 1137.7 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9191;QD=59.1013;RBI=0.0400683;REFB=-0.0697266;REVB=0.0361007;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0172168;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:1:0:38:38:1:0 chr6 33740025 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1585;QD=60.9742;RBI=0.0746303;REFB=0;REVB=0.0746303;RO=0;SAF=0;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132716;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:39:0:0:0:39:0:0:0 chr6 33768897 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000770984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.11;QD=59.8394;RBI=0.00567514;REFB=0;REVB=-0.00562253;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39547e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr6 34212743 . A G 385.21 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5298;QD=55.0303;RBI=0.0288932;REFB=0;REVB=-0.0288932;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145336;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:21:28:1:21:0:0:0:28:0:0:0 chr6 34213296 . T C 561.63 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.565;QD=57.6034;RBI=0.0170186;REFB=-0.135429;REVB=0.00854408;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000907228;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr6 34213868 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00025388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.84;QD=33.4284;RBI=0.00630676;REFB=0;REVB=-0.00630164;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24845e-05;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 34214322 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.343;QD=62.6711;RBI=0.0243746;REFB=0;REVB=0.0090974;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72727e-05;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr6 34502687 . T C 1512.51 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.385;QD=59.3143;RBI=0.0233012;REFB=0;REVB=0.0231191;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02511e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:51:49:0:0:52:50:0:0 chr6 34557374 . A G 297.15 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.654;QD=51.6784;RBI=0.0172032;REFB=0;REVB=0.01619;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151245;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr6 34653268 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0217098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.715;QD=18.8865;RBI=0.0262601;REFB=0.0150666;REVB=0.0147743;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00647004;OID=.;OPOS=34653268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr6 34725655 . G GTCA 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00294155;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.083;QD=8.62782;RBI=0.0223201;REFB=-0.0166325;REVB=-0.0221254;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185713;STB=0.616203;STBP=0.425;TYPE=ins;VARB=0.0319492;OID=.;OPOS=34725656;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:38:11:38:27:9:2:19:8:81:27:9:2:19:8 chr6 34725658 . G T 83.36 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.069121;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7198;QD=9.01171;RBI=0.0742566;REFB=-0.0175339;REVB=-0.0271355;RO=24;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229949;STB=0.624747;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.049737;OID=.;OPOS=34725658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:37:24:26:11:11:0.297297:2:9:16:8:2:9:18:8 chr6 34803947 . C T 106.02 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00168287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.272;QD=11.7795;RBI=0.00966407;REFB=-0.0099485;REVB=-0.00951642;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14875;STB=0.588643;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0142031;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:13:10:4:9:13:10 chr6 34824107 . A C 236.88 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00520241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.539;QD=11.2801;RBI=0.0176941;REFB=-0.0162149;REVB=-0.016912;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205185;STB=0.632681;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0326712;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:55:29:29:0.345238:13:16:19:33:13:16:19:36 chr6 34824636 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0114381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.959;QD=12.0244;RBI=0.0126528;REFB=-0.0178321;REVB=-0.00540956;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819582;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0259842;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:6:6:8:11:6:6:9:11 chr6 34831813 . GCCCCAG GCCCAG,GCCCAGC 133.62 PASS AF=0.612245,0;AO=18,5;DP=50;FAO=30,0;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13,0;FSAR=17,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0980682,-0.11557;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=8.88537,61.1352;QD=10.9075;RBI=0.164052,0.122988;REFB=-0.215056,-0.0312833;REVB=0.131513,0.0420675;RO=25;SAF=7,5;SAR=11,0;SRF=7;SRR=18;SSEN=0.341176,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119839,0.744675;STB=0.525785,0.5;STBP=0.685,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.17799,0;OID=.,.;OPOS=34831814,34831817;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=GCCCAG,GCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612245,0:18,5:50:30,0:49:19:13,0:17,0:7:12:69:25:7,5:11,0:7:18 chr6 34831866 . G A 433.94 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00771901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.282;QD=18.2713;RBI=0.00904638;REFB=-0.0125271;REVB=-0.00471739;RO=51;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11274;STB=0.563077;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0152423;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:29:15:23:28:29:15:23:28 chr6 34949607 . C T 287.27 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00979859;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.41;QD=17.9542;RBI=0.0119003;REFB=-0.0053236;REVB=0.00675316;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121924;STB=0.578264;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00746011;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:33:31:31:0.484375:16:15:17:10:16:15:21:12 chr6 34977663 . C A 175.5 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3632;QD=46.799;RBI=0.0458256;REFB=0;REVB=-0.0310967;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86376e-05;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 35027927 . T C 1611.24 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.754;QD=59.128;RBI=0.0232717;REFB=0;REVB=0.0209502;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305464;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:109:1:0:105:109:1:53:52:0:1:55:54:0:0 chr6 35050506 . G A 611.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.839;QD=61.147;RBI=0.0293488;REFB=0;REVB=0.0199023;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494049;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr6 35203203 . T G 701.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230731;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.13;QD=62.3172;RBI=0.07488;REFB=0;REVB=0.0748445;RO=0;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02029e-05;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:8:36:0:0:9:36:0:0 chr6 35208941 . C T 536.98 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00541132;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.88;QD=22.1434;RBI=0.0139506;REFB=0.00498496;REVB=0.0128583;RO=42;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908739;STB=0.542032;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00497455;OID=.;OPOS=35208941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:42:46:51:51:0.525773:31:20:21:21:31:20:22:24 chr6 35216740 . G A 177.45 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0317294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2937;QD=21.5093;RBI=0.0361457;REFB=-0.0324739;REVB=0.0173135;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0160422;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:7:8:10:8:7:8 chr6 35260503 . C T 723.94 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.22;QD=54.6373;RBI=0.0540361;REFB=-0.048291;REVB=-0.00705868;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000363839;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:27:25:0:0:27:25:0:1 chr6 35260530 . C T 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3331;QD=62.6641;RBI=0.0728118;REFB=0;REVB=0.0356493;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144213;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr6 35263555 . A G 853.99 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0002;QD=55.9996;RBI=0.039866;REFB=0.158994;REVB=-0.018206;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00445774;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr6 35285720 . A C 593.67 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2503;QD=60.8893;RBI=0.0615044;REFB=0;REVB=-0.0580221;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119715;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr6 35391787 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.481;QD=61.3364;RBI=0.0305136;REFB=0;REVB=0.00507571;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80261e-05;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr6 35395010 . C T 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0319415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.66;QD=55.4807;RBI=0.0393159;REFB=0.00286563;REVB=0.0229234;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586349;STB=0.503105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=3.832e-05;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:26:39:1:1:26:39:1:1 chr6 35395795 . G C 1273.98 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959367;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.954;QD=61.3964;RBI=0.0535302;REFB=0;REVB=0.0526635;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93764e-05;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:80:83:1:28:52:0:0:30:53:0:0 chr6 35423662 . A C 114.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0141454;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.585;QD=15.8093;RBI=0.0142209;REFB=-0.00558974;REVB=-0.00146412;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457924;STB=0.770229;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00437547;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:11:2:9:7:11:2:9:7 chr6 35430686 . G A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0140405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.306;QD=14.5325;RBI=0.0180602;REFB=-0.0230273;REVB=0.0113594;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16302;STB=0.592084;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0299212;OID=.;OPOS=35430686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:27:13:14:15:27:13 chr6 35436571 . C T 160.84 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0131667;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.441;QD=17.3883;RBI=0.0165032;REFB=-0.0159166;REVB=0.00994944;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0175169;OID=.;OPOS=35436571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:10:10:10:7:10:10 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 720.13 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=53,11;DP=87;FAO=78,8;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34,5;FSAR=44,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571625,-0.0844525;FXX=0.0227247;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.9571,140.941;QD=33.4943;RBI=0.115048,0.0908027;REFB=-0.0212527,-0.0384795;REVB=-0.099842,-0.0333602;RO=8;SAF=18,8;SAR=35,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0760312,0.0897445;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0151238,0.0394547;OID=.,.;OPOS=35441517,35441522;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.906977,0.0930233:53,11:87:78,8:86:0:34,5:44,3:0:0:35:8:18,8:35,3:5:3 chr6 35477025 . C G 631.98 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.648;QD=61.6563;RBI=0.0644077;REFB=0;REVB=0.0635572;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388317;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr6 35479574 . G C 223.52 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.153;QD=49.6706;RBI=0.0863208;REFB=0;REVB=0.0471582;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402694;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr6 35705892 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.918;QD=57.2026;RBI=0.0259895;REFB=0;REVB=0.0210488;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64873e-05;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr6 35745655 . C T 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0239234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9353;QD=11.0847;RBI=0.0294088;REFB=0.00623629;REVB=-0.017104;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.514264;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00875344;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:6:7:13:11:6:7:14:11 chr6 35748931 . T C 257.1 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0204488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0735;QD=13.7118;RBI=0.0478502;REFB=0.000756292;REVB=-0.0432607;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132549;STB=0.575706;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00364522;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:19:11:22:23:19:11:22:23 chr6 35755658 . A G 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0119468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.354;QD=9.73877;RBI=0.0200939;REFB=-0.0032836;REVB=-0.0161567;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171712;STB=0.608596;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00657696;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:14:8:23:22:14:8:24:22 chr6 35923246 . T C 140.59 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0165209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5592;QD=9.37273;RBI=0.0185519;REFB=-0.000852404;REVB=-0.00843992;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561056;STB=0.533298;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00169018;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:7:12:24:17:7:12:24:17 chr6 35995950 . C G 239.82 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0291485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.83;QD=21.3175;RBI=0.063036;REFB=-0.0222183;REVB=-0.0558919;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125399;STB=0.578024;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0192176;OID=.;OPOS=35995950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:14:8:11:11:15:8:11:11 chr6 36098410 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.4;QD=39.2068;RBI=0.061744;REFB=0;REVB=0.0302057;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070574;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 36198577 . G A,C 1159.06 PASS AF=0.0253165,0.962025;AO=4,74;DP=80;FAO=2,76;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29;FSAR=2,47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040306,0.0249586;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.678,109.283;QD=58.6866;RBI=0.0529434,0.0370412;REFB=-0.0734632,-0.0946664;REVB=0.0343283,0.02737;RO=0;SAF=0,29;SAR=4,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97903e-08;STB=0.5,0.505262;STBP=1,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.0740204,0.00272743;OID=.,.;OPOS=36198577,36198577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:80:79:0:1:4,74:2,76:0.0253165,0.962025:4,45:0,29:0:0:2,47:0,29:0:1 chr6 36260858 . C T 226.19 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00901941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.366;QD=17.0706;RBI=0.0360203;REFB=-0.0145696;REVB=0.0348728;RO=28;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163164;STB=0.569362;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00924659;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:6:18:17:11:7:18:17:11 chr6 36270130 . C A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00477941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.002;QD=17.1002;RBI=0.00490194;REFB=-0.0127349;REVB=-0.00108918;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0113495;OID=.;OPOS=36270130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:8:7:6:8:8:7 chr6 36275458 . T C 268.42 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00390394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6961;QD=28.2544;RBI=0.0568305;REFB=-0.00928307;REVB=-0.0566962;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292365;STB=0.504501;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00680494;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:14:24:24:0.631579:10:14:7:6:10:14:8:6 chr6 36341243 . T A 320.85 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0228102;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.343;QD=17.5808;RBI=0.0348955;REFB=-0.00113166;REVB=0.0264082;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525073;STB=0.518314;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00170173;OID=.;OPOS=36341243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:37:39:34:34:0.465753:12:22:22:15:12:22:24:15 chr6 36418781 . T TG 146.52 PASS AF=0.438596;AO=19;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0146887;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2276;QD=10.2819;RBI=0.0490154;REFB=0.0396362;REVB=-0.0467627;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411666;STB=0.574408;STBP=0.349;TYPE=ins;VARB=-0.0551482;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:19:58:25:57:32:10:15:17:15:99:36:4:15:20:16 chr6 36446975 . G C 212.56 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00995869;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.36;QD=16.0419;RBI=0.0170867;REFB=0.01204;REVB=0.0138845;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0194652;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:12:17:12:12:12:17 chr6 36490133 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0149594;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=292.748;QD=20.8721;RBI=0.0150303;REFB=-0.0125348;REVB=0.00145823;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355486;STB=0.509795;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00996246;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:13:8:8:11:13:8:8:12 chr6 36645696 . A G 668.32 PASS AF=0.489209;AO=66;DP=139;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00628793;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.596;QD=19.2321;RBI=0.00836457;REFB=-0.00727612;REVB=0.00551615;RO=70;SAF=38;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977114;STB=0.555823;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0084707;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:71:66:68:0.489209:28:38:33:37:29:39:33:38 chr6 36708556 . C G 411.19 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0222146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7713;QD=18.4805;RBI=0.0235889;REFB=-0.036495;REVB=-0.00793405;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100967;STB=0.560921;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0405186;OID=.;OPOS=36708556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:22:20:17:29:22:20:17:30 chr6 36710132 . C T 102.8 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0123221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4919;QD=19.5816;RBI=0.0464803;REFB=-0.0370741;REVB=-0.0448172;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532904;STB=0.814147;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0300652;OID=.;OPOS=36710132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:1:11:4:5:1:11:4:5 chr6 36711562 . G C 469.89 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0230592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.279;QD=15.7945;RBI=0.0281315;REFB=-0.0176143;REVB=-0.0161139;RO=66;SAF=24;SAR=28;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703839;STB=0.50065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019876;OID=.;OPOS=36711562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:28:24:30:36:28:24:31:36 chr6 36711589 . C A 607.96 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.013953;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.221;QD=20.9643;RBI=0.0147481;REFB=0.000715624;REVB=-0.004777;RO=54;SAF=28;SAR=33;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339405;STB=0.502134;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.000750804;OID=.;OPOS=36711589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:54:55:61:61:0.525862:33:28:25:29:33:28:25:30 chr6 36713263 . A G 3096.8 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3826;QD=63.2001;RBI=0.0123695;REFB=0.0196355;REVB=-0.00478495;RO=1;SAF=103;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460141;STB=0.502415;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-6.99952e-05;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:92:103:1:0:92:103:1:0 chr6 36733132 . G A,C 1022.05 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=67,3;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=41,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176478,-0.0646066;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.508,56.4996;QD=58.4026;RBI=0.019005,0.0682721;REFB=0,0;REVB=0.0189229,-0.0220695;RO=0;SAF=26,0;SAR=41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000131137,0.159107;OID=.,.;OPOS=36733132,36733132;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:0:0:67,3:67,3:0.957143,0.0428571:41,3:26,0:0:0:41,3:26,0:0:0 chr6 36766292 . C T 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00936597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.661;QD=21.3736;RBI=0.0126999;REFB=-0.0112788;REVB=-0.00857707;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154712;STB=0.597973;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0114817;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:14:9:12:9:14:9:13:9 chr6 36824399 . C T 360.77 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00984148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.693;QD=17.5985;RBI=0.0271259;REFB=-0.0285426;REVB=0.0252777;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930799;STB=0.557636;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0255924;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:22:15:22:22:23:15:22:22 chr6 36867376 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0173812;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=240.108;QD=22.1886;RBI=0.0179789;REFB=-4.55666e-05;REVB=0.00459701;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517698;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=2.3177e-05;OID=.;OPOS=36867376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:7:10:11:10:7:11 chr6 36922684 . A C 1680.82 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0887;QD=59.4981;RBI=0.054823;REFB=-0.119097;REVB=-0.0163534;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871142;STB=0.504586;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0016226;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:58:54:1:0:58:54:1:0 chr6 36931162 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.145;QD=57.1983;RBI=0.0378838;REFB=0;REVB=-0.0279265;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00392e-05;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 36976637 . G C 338.22 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0341232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.474;QD=17.57;RBI=0.0346705;REFB=-0.0138192;REVB=0.00613589;RO=41;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13191;STB=0.574032;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0132192;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:24:12:19:22:24:12:19:22 chr6 36978834 . A G 206.69 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.564;QD=48.6327;RBI=0.0262674;REFB=0;REVB=0.0262595;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4234e-05;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chr6 36995222 . G A 220.08 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0171973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.011;QD=14.1985;RBI=0.029282;REFB=-0.0138648;REVB=-0.0237;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106604;STB=0.56105;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0187184;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:15:11:18:16:15:11:19:17 chr6 37013127 . G A 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0246807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.123;QD=10.8219;RBI=0.0258842;REFB=-0.0213744;REVB=-0.00780106;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.521703;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0321694;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:35:21:23:12:12:0.342857:8:4:5:16:8:4:7:16 chr6 37138220 . C G 134.8 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885483;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.109;QD=44.9332;RBI=0.170059;REFB=0;REVB=0.145187;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302526;OID=.;OPOS=37138220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:10:12:1:1:9:0:0:3:9:0:0 chr6 37180237 . G A 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6254;QD=63.5737;RBI=0.0573752;REFB=0;REVB=0.0477096;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191427;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 37180355 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.301;QD=62.9829;RBI=0.0249425;REFB=0;REVB=0.00566621;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38541e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr6 37180523 . A G 1211.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2767;QD=59.8438;RBI=0.028088;REFB=-0.00235554;REVB=-0.0137623;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000580887;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:39:41:1:0:39:41:1:0 chr6 37250112 . A G 341.64 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.908;QD=48.8058;RBI=0.0296711;REFB=-0.0851184;REVB=0.0201742;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.520532;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00142817;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:1:2:26:26:0.928571:19:7:0:1:19:7:1:1 chr6 37252210 . C T 716.12 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.709;QD=54.0467;RBI=0.0306926;REFB=-0.152821;REVB=0.0180619;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00196389;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:29:22:1:0:29:23:1:0 chr6 37288036 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.872;QD=63.8719;RBI=0.0113008;REFB=0;REVB=0.0111702;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27593e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr6 37349033 . G A 1171.37 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.466;QD=60.8502;RBI=0.0271195;REFB=0;REVB=-0.0160358;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60936e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr6 37450914 . T C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00194733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.083;QD=19.1551;RBI=0.0106879;REFB=0.0026888;REVB=-0.010509;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.597281;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00265854;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:10:13:8:13:10:13 chr6 37475508 . A G 36.07 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00141166;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.798;QD=16.032;RBI=0.00141166;REFB=-0.0381357;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023346;OID=.;OPOS=37475508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:11:9:6:4:5:5:0.555556:0:5:6:0:0:5:4:0 chr6 37502110 . C G 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00561779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.878;QD=18.6163;RBI=0.00694549;REFB=-0.0029003;REVB=-0.00408414;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129339;STB=0.513369;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00321565;OID=.;OPOS=37502110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:19:22:23:21:19:22:23:22 chr6 37603102 . TG CA,CG 528.22 PASS AF=0.621622,0.324324;AO=23,12;DP=38;FAO=23,12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032435,0.0290894;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.12,43.0245;QD=57.1048;RBI=0.0386104,0.0424606;REFB=0,0;REVB=0.020946,-0.0309307;RO=0;SAF=14,4;SAR=9,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84921e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00526553,0.0411977;OID=.,.;OPOS=37603102,37603102;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:38:37:0:0:23,12:23,12:0.621622,0.324324:9,8:14,4:0:0:9,8:14,4:0:0 chr6 37604885 . A G 174.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0199256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.394;QD=13.9895;RBI=0.0387148;REFB=-0.0219474;REVB=-0.0331934;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252627;STB=0.510906;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0293898;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:30:18:20:0.4:7:11:19:11:7:13:19:11 chr6 37623566 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00660757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.521;QD=24.39;RBI=0.00870986;REFB=-0.000425225;REVB=-0.00567466;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.503223;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00024593;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:13:7:5:8:13:7:5:9 chr6 37623626 . C T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0148375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2764;QD=8.22933;RBI=0.0204784;REFB=0.00254479;REVB=0.0141144;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18386;STB=0.613411;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00544124;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:14:11:6:4:14:11 chr6 37626142 . C T 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0177254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.699;QD=12.059;RBI=0.0178895;REFB=-0.00808119;REVB=0.00241757;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192708;STB=0.610762;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0115689;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:26:16:14:11:26:16 chr6 37800789 . A C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00296335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.443;QD=17.7531;RBI=0.0174616;REFB=-0.0131163;REVB=-0.0172084;RO=27;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821117;STB=0.546304;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00995983;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:16:9:12:15:16:9:12:15 chr6 38110010 . G A 758.56 PASS AF=0.437838;AO=81;DP=185;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.00754202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.716;QD=16.4013;RBI=0.0077513;REFB=-0.019725;REVB=0.00178902;RO=104;SAF=43;SAR=38;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214955;STB=0.51197;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0230135;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:104:104:81:81:0.437838:38:43:53:51:38:43:53:51 chr6 38120660 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.23;QD=8.2549;RBI=0.0124281;REFB=-0.041973;REVB=0.0124281;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0281177;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:6:0:0:11:6:0:0:12 chr6 38121211 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0308411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.106;QD=16.0289;RBI=0.0316752;REFB=-0.0300626;REVB=-0.00722089;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0267852;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:13:17:14:11:13:17 chr6 38139032 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00869762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.354;QD=14.3349;RBI=0.00929178;REFB=-0.00967815;REVB=0.00326933;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0151311;OID=.;OPOS=38139032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:13:13:9:8:13:13 chr6 38147355 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00190138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.712;QD=17.1564;RBI=0.0103775;REFB=-0.0164381;REVB=-0.0102018;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113332;STB=0.565138;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0148741;OID=.;OPOS=38147355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:5:12:12:8:5:12:12:8 chr6 38704943 . A G 264.63 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00949058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.853;QD=13.0684;RBI=0.0148582;REFB=-0.0193969;REVB=0.0114322;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153568;STB=0.614708;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0280686;OID=.;OPOS=38704943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:50:31:31:0.382716:17:14:27:18:17:14:32:18 chr6 38750888 . A G 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00992633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.33;QD=20.5296;RBI=0.0137853;REFB=0.00536625;REVB=-0.00956574;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105065;STB=0.500582;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00484909;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:20:22:21:19:20:22:21:19 chr6 38754694 . A G 279.23 PASS AF=0.609756;AO=26;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0581982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6698;QD=27.2415;RBI=0.114191;REFB=0.015012;REVB=-0.0982476;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135562;STB=0.595669;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0215766;OID=.;OPOS=38754694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:26:25:0.609756:12:14:5:10:11:14:5:11 chr6 38773293 . G A 269.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00210822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8952;QD=14.1862;RBI=0.00659174;REFB=0.00402592;REVB=-0.00624551;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157903;STB=0.523389;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00633112;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:17:14:21:24:16:15:20:25 chr6 38781866 . C G 166.93 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0030133;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3239;QD=13.9107;RBI=0.016429;REFB=0.00429775;REVB=-0.0161502;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200194;STB=0.615266;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.002296;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:30:30:18:18:0.375:8:10:22:8:8:10:22:8 chr6 38800164 . G A 288.68 PASS AF=0.450704;AO=33;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0218156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4711;QD=16.2637;RBI=0.0349725;REFB=-0.00782843;REVB=-0.0273341;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435141;STB=0.510144;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0115089;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:33:32:0.450704:18:15:19:19:17:15:19:20 chr6 38825329 . C T 292.69 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.000826644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4448;QD=17.2171;RBI=0.0363853;REFB=-0.0183137;REVB=-0.036376;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541877;STB=0.529393;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0225143;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:34:36:32:32:0.470588:16:16:19:15:16:16:20:16 chr6 38841101 . G A 149.51 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0130623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.421;QD=15.3348;RBI=0.0134524;REFB=-0.0163368;REVB=-0.00321576;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0174525;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:13:9:6:11:13:9 chr6 38843426 . C T 897.59 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.000289008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5387;QD=19.7273;RBI=0.0270739;REFB=-0.00207782;REVB=-0.0270723;RO=92;SAF=47;SAR=43;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019578;STB=0.510774;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00245878;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:92:90:90:0.494505:43:47:50:42:43:47:50:42 chr6 38851669 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.021605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.905;QD=19.7017;RBI=0.035785;REFB=0.0102151;REVB=-0.028527;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099476;STB=0.574537;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0126458;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:6:11:8:7:6:11:8:8 chr6 38858493 . G A 289.07 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0335272;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.959;QD=13.7651;RBI=0.0342258;REFB=-0.0492394;REVB=-0.00688002;RO=48;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103081;STB=0.543352;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0572866;OID=.;OPOS=38858493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:51:33:33:0.392857:21:12:22:26:21:12:22:29 chr6 38957853 . A G 469.52 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0134553;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.816;QD=15.6508;RBI=0.0144419;REFB=-0.00655287;REVB=-0.00524635;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453774;STB=0.521774;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00868251;OID=.;OPOS=38957853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:67:68:52:52:0.433333:21:31:37:30:21:31:38:30 chr6 38980087 . C T 195.65 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0301182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.206;QD=12.6227;RBI=0.0307854;REFB=-0.00764455;REVB=-0.00637456;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157377;STB=0.590831;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0122987;OID=.;OPOS=38980087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:20:18:8:16:20:18 chr6 39024225 . G A 673.37 PASS AF=0.470199;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00748701;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.061;QD=17.8376;RBI=0.0206713;REFB=-0.0126847;REVB=0.0192678;RO=79;SAF=36;SAR=35;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475377;STB=0.522772;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0164709;OID=.;OPOS=39024225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:79:80:71:71:0.470199:35:36:44:35:35:36:44:36 chr6 39033602 . A G 834.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.989;QD=57.5244;RBI=0.0283317;REFB=0;REVB=0.0245746;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99001e-05;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr6 39282036 . T C 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0441907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9516;QD=11.6315;RBI=0.0510453;REFB=-0.00188566;REVB=0.02555;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409094;STB=0.537663;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00624569;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:3:7:11:4:3:7:12:4 chr6 39282806 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00839822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.163;QD=14.0436;RBI=0.0160293;REFB=0.00537645;REVB=-0.0136531;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00931698;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr6 39283083 . G A 200.48 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00855252;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5807;QD=13.5919;RBI=0.0270464;REFB=0.0142555;REVB=0.0256586;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039205;STB=0.541512;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0163282;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:35:24:24:0.40678:14:10:15:18:14:10:17:18 chr6 39284050 . G T 237.76 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000785296;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.879;QD=19.409;RBI=0.0369877;REFB=-0.00451339;REVB=0.0369794;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00410695;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:26:23:23:0.469388:11:12:14:10:11:12:14:12 chr6 39284184 . A G 645.32 PASS AF=0.44375;AO=70;DP=159;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.00227045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.898;QD=16.1331;RBI=0.01545;REFB=-0.012493;REVB=-0.0152823;RO=89;SAF=41;SAR=29;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218544;STB=0.516768;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0165294;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:89:89:70:71:0.44375:29:41:54:35:30:41:54:35 chr6 39290200 . C T 97.73 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0399881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9737;QD=13.4801;RBI=0.050534;REFB=-0.0198124;REVB=0.0308972;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861339;STB=0.511609;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.040333;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:9:3:3:13:9:3:4:13 chr6 39824105 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0262216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.449;QD=12.6375;RBI=0.0297358;REFB=-0.00626672;REVB=0.0140232;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397392;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0129023;OID=.;OPOS=39824105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:10:10:7:6:11:10 chr6 39828862 . A C 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0428854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.072;QD=17.4992;RBI=0.0443742;REFB=-0.0117379;REVB=-0.0113981;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123257;STB=0.569565;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00993985;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:12:16:18:8:12:16 chr6 39851818 . G A 905.07 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.983;QD=58.3919;RBI=0.0478144;REFB=0;REVB=-0.000718406;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59811e-06;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:51:62:1:36:15:0:0:36:26:0:0 chr6 39855288 . C A 301.48 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.025986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.11;QD=16.7487;RBI=0.0275492;REFB=-0.0100191;REVB=0.00914801;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244218;STB=0.642127;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0232811;OID=.;OPOS=39855288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:19:14:26:12:19:14:27:12 chr6 39864730 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00224595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.308;QD=16.7276;RBI=0.0208154;REFB=-0.00796997;REVB=0.0206938;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390572;STB=0.722915;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00450601;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:14:5:11:5:14:5 chr6 39865047 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.4;QD=53.9111;RBI=0.0563435;REFB=0;REVB=0.0547093;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073485;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr6 39867871 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0182722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2819;QD=23.8193;RBI=0.0242869;REFB=-0.0107677;REVB=-0.0159993;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176727;STB=0.598002;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0084191;OID=.;OPOS=39867871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:13:4:10:12:13:4 chr6 39869952 . T A 237.63 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00156982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9816;QD=18.6373;RBI=0.0179696;REFB=-0.0294259;REVB=0.0179009;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716692;STB=0.548857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.019578;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:15:10:12:13:16:10 chr6 39872504 . C A 269.53 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0385705;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.146;QD=15.8546;RBI=0.0677138;REFB=-0.0165433;REVB=0.055655;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1436;STB=0.590846;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0257748;OID=.;OPOS=39872504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:21:9:16:21:21:9:17:21 chr6 39873309 . G C 365.81 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0556651;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6461;QD=13.6752;RBI=0.0567656;REFB=0.00740674;REVB=0.0111231;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127133;STB=0.57189;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0117205;OID=.;OPOS=39873309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:64:64:43:43:0.401869:19:24:28:36:19:24:28:36 chr6 40360465 . A G 498.16 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4082;QD=58.6074;RBI=0.0635104;REFB=0;REVB=0.0438936;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025864;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr6 40998141 . G A 639.5 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.601;QD=60.9045;RBI=0.0872342;REFB=0;REVB=0.086263;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217635;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr6 41029109 . T C 465.2 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0212074;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.542;QD=18.4237;RBI=0.021261;REFB=-0.0236924;REVB=0.00150874;RO=52;SAF=27;SAR=21;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200358;STB=0.604275;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0296428;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:52:48:49:0.485149:21:27:18:34:22:27:18:34 chr6 41029342 . T C 320.85 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00916207;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.665;QD=15.8445;RBI=0.00916212;REFB=0.00123259;REVB=-3.08776e-05;RO=46;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10232;STB=0.557756;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.000767814;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:14:21:23:23:14:21:23:23 chr6 41037778 . C T 125.89 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00685709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9807;QD=15.736;RBI=0.0390005;REFB=-0.00589938;REVB=-0.038393;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837908;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0007102;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:7:7:10:7:7:8:10:7 chr6 41037876 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00619932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.705;QD=11.2572;RBI=0.0125794;REFB=-0.0209924;REVB=0.0109457;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220812;OID=.;OPOS=41037876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr6 41038845 . C T 384.09 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0117124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.498;QD=22.5936;RBI=0.0118058;REFB=-0.0112614;REVB=-0.00148144;RO=30;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371794;STB=0.520494;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00986766;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:16:22:16:14:16:22:16:14 chr6 41162518 . T C 1767.32 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.141;QD=60.942;RBI=0.0341223;REFB=0;REVB=0.0276663;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06449e-05;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:50:62:0:0:53:63:0:0 chr6 41196156 . C T 674.55 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163056;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.37;QD=62.7492;RBI=0.0289251;REFB=0;REVB=0.0238912;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13243e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr6 41196492 . C A 357.9 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00888123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7279;QD=22.3688;RBI=0.0204639;REFB=0.00654343;REVB=-0.0184362;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566776;STB=0.531233;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00525;OID=.;OPOS=41196492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:18:18:16:12:18:18:16:12 chr6 41196605 . T C 935.93 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.22;QD=58.4959;RBI=0.0198459;REFB=0;REVB=-0.000330176;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40505e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:36:26:0:0:37:27:0:0 chr6 41196727 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.942;QD=59.0186;RBI=0.0457149;REFB=0;REVB=-0.0109162;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461184;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr6 41197785 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.846;QD=57.0007;RBI=0.0535051;REFB=0;REVB=0.0461434;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150146;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr6 41197857 . C T 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.166;QD=57.1736;RBI=0.0598989;REFB=0;REVB=0.0598774;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160428;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr6 41270223 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1535;QD=57.1061;RBI=0.0604223;REFB=0;REVB=-0.0377395;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101378;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr6 41303592 . T C 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0603;QD=57.1846;RBI=0.0320421;REFB=0;REVB=-0.00834407;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246113;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 41309552 . T C 436.38 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.355;QD=54.5469;RBI=0.0232288;REFB=-0.0459825;REVB=0.011853;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00187318;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:15:14:1:0:16:15:1:0 chr6 41318438 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.215;QD=58.2392;RBI=0.0420918;REFB=0;REVB=0.0229023;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8804e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr6 41533579 . C A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270;QD=58.2396;RBI=0.0611997;REFB=0;REVB=0.0310982;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123255;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr6 41568064 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00810658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.071;QD=19.3853;RBI=0.0216105;REFB=-0.00816771;REVB=0.0200323;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0093205;OID=.;OPOS=41568064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:8:13:12:8:8:13 chr6 41621618 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.527;QD=52.6114;RBI=0.0090145;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10155e-05;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:0:22:0:0:0:22:0:0 chr6 41621625 . G A 276.53 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00525097;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.111;QD=46.0876;RBI=0.00525097;REFB=-0.0445764;REVB=0;RO=1;SAF=22;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093092;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:1:2:22:22:0.916667:0:22:1:0:0:22:2:0 chr6 41652514 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00549457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.676;QD=19.3686;RBI=0.00587965;REFB=0.0178428;REVB=0.00209285;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296836;STB=0.658152;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.013427;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:9:1:2:4:9:1:2:5 chr6 41739653 . GC G,GG 45.96 PASS AF=0.166667,0.0185185;AO=9,2;DP=54;FAO=9,1;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8,1;FSAR=1,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.027093,-0.0530441;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.9525,33.5691;QD=3.40461;RBI=0.10596,0.0926642;REFB=-0.0411967,-0.0154916;REVB=-0.102437,-0.0759801;RO=43;SAF=8,1;SAR=1,1;SRF=23;SRR=20;SSEN=0.243808,0;SSEP=0,0;SSSB=0.492493,-0.0276211;STB=0.849372,0.989542;STBP=0.031,0.49;TYPE=del,snp;VARB=0.124269,0.143612;OID=.,.;OPOS=41739654,41739654;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0185185:9,2:54:9,1:54:44:8,1:1,0:23:21:42:43:8,1:1,1:23:20 chr6 41753084 . C T 362.89 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00061085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.299;QD=14.0928;RBI=0.0164485;REFB=-0.00725425;REVB=0.0164372;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858575;STB=0.504852;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0119559;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:21:21:31:30:21:21:31:30 chr6 41754576 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0734777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.011;QD=18.9994;RBI=0.0746191;REFB=-0.00501282;REVB=0.0130013;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00869999;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:9:8:9:8:9:8 chr6 41773576 . G C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0189927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.206;QD=24.0666;RBI=0.0190429;REFB=-0.0223291;REVB=0.00138205;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34883;STB=0.694216;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.012052;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:1:9:6:10:1:9 chr6 41800629 . T C 337.16 PASS AF=0.6;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00746638;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.706;QD=24.5204;RBI=0.00988275;REFB=-0.00475169;REVB=-0.00647471;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044455;STB=0.518384;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00377027;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:32:33:0.6:15:17:13:9:15:18:13:9 chr6 41903782 . A C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0790838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.681;QD=11.1041;RBI=0.0807068;REFB=0.0137305;REVB=-0.0161043;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0257609;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:6:3:5:2:6:4 chr6 42044945 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7149;QD=56.9363;RBI=0.0278014;REFB=0;REVB=-0.0276695;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122664;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr6 42072989 . G A 350.04 PASS AF=0.5;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.011222;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.841;QD=18.9212;RBI=0.0256783;REFB=-0.018642;REVB=0.0230964;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142687;STB=0.513626;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0131611;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:37:35:37:0.5:16:19:19:15:17:20:21:16 chr6 42073958 . C T 168.57 PASS AF=0.396226;AO=14;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0398081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8217;QD=12.7222;RBI=0.0469253;REFB=-0.0306019;REVB=-0.0248455;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972001;STB=0.641205;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0557267;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:14:21:0.396226:5:9:18:14:5:16:18:14 chr6 42074106 . A G 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0128723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.159;QD=29.3742;RBI=0.0179741;REFB=-0.0207274;REVB=-0.0125447;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175742;STB=0.596906;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00741944;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:8:9:6:1:8:9:6:1 chr6 42123317 . A C 1731.61 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151427;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.991;QD=60.7581;RBI=0.0285165;REFB=0;REVB=0.0241638;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74586e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:51:62:0:0:52:62:0:0 chr6 42162388 . A G 1726.42 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.48;QD=60.5761;RBI=0.0543191;REFB=0;REVB=0.0317083;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74775e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:111:114:1:61:50:0:0:62:52:0:0 chr6 42224546 . A T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0397828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.176;QD=15.5754;RBI=0.0398113;REFB=-0.0152568;REVB=0.00150684;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07463;STB=0.54229;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0249814;OID=.;OPOS=42224546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:15:16:11:14:15:16 chr6 42236821 . A C 195.79 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0150613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4712;QD=25.2629;RBI=0.0213034;REFB=-0.00519853;REVB=-0.0150663;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00263112;OID=.;OPOS=42236821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:7:5:5:14:7:5 chr6 42532102 . C T 351.79 PASS AF=0.583333;AO=33;DP=58;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00533144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.406;QD=23.4525;RBI=0.00715021;REFB=-0.0138971;REVB=0.00476459;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140409;STB=0.567529;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0086414;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:24:25:33:35:0.583333:12:21:11:13:14:21:11:14 chr6 42600319 . A G 1443.67 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.434;QD=60.7861;RBI=0.0326919;REFB=-0.0432933;REVB=0.00730837;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194873;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000455582;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:42:51:1:1:42:51:1:1 chr6 42627430 . C T 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00620005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.2711;QD=16.4791;RBI=0.00922422;REFB=0.00130368;REVB=-0.00682975;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382992;STB=0.721673;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0020873;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:11:14:4:15:11:14 chr6 42627434 . G A 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0513526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0514;QD=16.8724;RBI=0.0581961;REFB=0.00700555;REVB=0.0273806;RO=26;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379932;STB=0.719759;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0101541;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:4:16:12:14:4:16:12:14 chr6 42666061 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4676;QD=64.153;RBI=0.0408165;REFB=0;REVB=0.0401972;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448034;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr6 42666145 . C T 808.53 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.067917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9898;QD=53.9019;RBI=0.0690758;REFB=-0.10118;REVB=-0.0125993;RO=2;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935481;STB=0.504961;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0183406;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:37:21:1:1:37:21:1:1 chr6 42666164 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.337;QD=56.938;RBI=0.0453665;REFB=0;REVB=0.0426329;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73566e-05;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr6 42689755 . A G 129.58 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0250195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7368;QD=9.59829;RBI=0.0974083;REFB=-0.0052311;REVB=-0.0941403;RO=35;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290349;STB=0.690039;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00674384;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:35:37:17:17:0.314815:5:12:16:19:5:12:16:21 chr6 42713618 . A G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.794;QD=57.436;RBI=0.022035;REFB=-0.0824487;REVB=0.0100422;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=3.50403e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:26:40:0:0:27:40:0:1 chr6 42933526 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.236;QD=46.8478;RBI=0.0237855;REFB=0;REVB=0.020622;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169942;OID=.;OPOS=42933526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 42989057 . T C 835.55 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287379;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.465;QD=57.624;RBI=0.0380876;REFB=0;REVB=0.0249961;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69801e-05;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr6 42992808 . T C 322.38 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0106886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4965;QD=16.5322;RBI=0.0233871;REFB=-0.0043862;REVB=0.0208017;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654651;STB=0.536821;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00698835;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:21:14:20:23:21:14:20:23 chr6 42992825 . C G 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0240504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.985;QD=15.8854;RBI=0.0246379;REFB=-0.00972036;REVB=0.00534822;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391578;STB=0.52949;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00771926;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:19:14:19:22:19:14:20:22 chr6 42995211 . A G 91.8 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0239589;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.081;QD=14.1226;RBI=0.0267158;REFB=-0.00942682;REVB=-0.0118198;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00433023;OID=.;OPOS=42995211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:11:14:11:11:0.423077:6:5:4:7:6:5:6:8 chr6 43004055 . CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT 145.63 PASS AF=0.761905,0;AO=8,2;DP=20;FAO=16,0;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00292382,-0.00217948;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=12,11;MLLD=259.093,256.866;QD=27.7382;RBI=0.0366499,0.0381914;REFB=-0.00536844,-0.0021051;REVB=0.036533,0.0381291;RO=2;SAF=2,2;SAR=6,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.288883,0;STB=0.555485,0.5;STBP=0.377,1;TYPE=del,del;VARB=0.00172785,-0.000199259;OID=.,.;OPOS=43004056,43004078;OREF=ATTTATTTATTT,TTATTTATTTA;OALT=-,-;OMAPALT=CATTTATTTATTTATTTATTTA,CATTTATTTATTTATTTATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905,0:8,2:20:16,0:21:5:6,0:10,0:3:2:24:2:2,2:6,0:2:0 chr6 43004132 . C T 152.33 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1561;QD=40.6209;RBI=0.046593;REFB=0.0763665;REVB=-0.0158263;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00642265;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:1:0:8:6:1:0 chr6 43008298 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00947714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.142;QD=14.3344;RBI=0.0302053;REFB=-0.000216245;REVB=-0.02868;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-2.562e-05;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:6:4:4:5:6:4 chr6 43014298 . TT CC 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693538;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.698;QD=50.4135;RBI=0.0433296;REFB=0;REVB=0.042771;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000212276;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 43020188 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.011337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.587;QD=26.8493;RBI=0.0113391;REFB=0.0100862;REVB=0.000219582;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951497;STB=0.552779;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00436539;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:6:1:4:11:6:1 chr6 43034850 . C T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.055;QD=12.7835;RBI=0.0085226;REFB=-0.000554146;REVB=0.0085226;RO=13;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395972;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:10:0:0:13:10:0:0:14 chr6 43148987 . G C 692.81 PASS AF=0.48;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00305186;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.214;QD=18.4748;RBI=0.0127725;REFB=-0.0154945;REVB=0.0124026;RO=76;SAF=40;SAR=32;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112654;STB=0.55554;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0176203;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:76:78:72:72:0.48:32:40:33:43:32:40:35:43 chr6 43152573 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0363111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.124;QD=8.69133;RBI=0.0406184;REFB=-0.0073678;REVB=-0.0182032;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.639677;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0185054;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:4:4:4:11:4:4:5:12 chr6 43154091 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.355;QD=58.5878;RBI=0.0316934;REFB=0;REVB=0.0274901;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124787;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr6 43184132 . A C 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0236917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.885;QD=25.3158;RBI=0.0287904;REFB=-0.0168356;REVB=-0.0163582;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205605;STB=0.614344;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00713908;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:4:9:8:12:4:9 chr6 43251479 . GCCCCCCG GCCCCCCA,GCCCCCG 119.04 PASS AF=0.526316,0.473684;AO=5,3;DP=21;FAO=10,9;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868988,-1.0022;FXX=0.0951928;HRUN=3,6;LEN=1,1;MLLD=239.153,4.15635;QD=25.0612;RBI=0.0872738,1.00636;REFB=-0.0413909,-0.251947;REVB=0.00808274,0.0913092;RO=3;SAF=0,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0.465116;SSEP=0,0.6;SSSB=0,0.352427;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0139509,0.129392;OID=.,.;OPOS=43251486,43251480;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.526316,0.473684:5,3:21:10,9:19:0:1,3:9,6:0:0:36:3:0,1:5,2:0:3 chr6 43270097 . T C 744.49 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0751;QD=56.1877;RBI=0.0552112;REFB=0;REVB=0.0259784;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565553;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr6 43270151 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00513354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.126;QD=20.7692;RBI=0.0378793;REFB=-0.0310968;REVB=0.0375298;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198756;STB=0.620348;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0167311;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:10:17:9:14:10:17:9:15 chr6 43273604 . A G 223.71 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00036161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.285;QD=12.7834;RBI=0.0221445;REFB=0.00697731;REVB=-0.0221415;RO=43;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659983;STB=0.53775;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0162548;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:11:16:28:15:11:16:28:15 chr6 43306346 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.031;QD=62.3146;RBI=0.0462879;REFB=0;REVB=0.0339663;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28137e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr6 43492578 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.001;QD=60.6102;RBI=0.00637372;REFB=0;REVB=0.00353037;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89785e-05;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr6 43753325 . G A 770.49 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.624;QD=55.0349;RBI=0.00660854;REFB=-0.115319;REVB=0.00466741;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000312521;OID=.;OPOS=43753325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:24:31:0:0:24:31:0:1 chr6 44081718 . G A 1524.08 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.41262e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8196;QD=62.8487;RBI=0.216232;REFB=0;REVB=0.216232;RO=1;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607722;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:97:1:0:89:97:1:39:50:0:1:47:50:0:0 chr6 44108848 . C T 138.14 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00314744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1522;QD=10.0463;RBI=0.00391517;REFB=-0.00774545;REVB=-0.00232856;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470398;STB=0.533296;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0144588;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:37:18:18:0.327273:12:6:13:22:12:6:14:23 chr6 44137663 . A G 144.87 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0280227;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4979;QD=14.8584;RBI=0.0319243;REFB=-0.0261108;REVB=0.0152934;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108015;STB=0.574986;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0377187;OID=.;OPOS=44137663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:9:7:12:10:9:7:13:10 chr6 44218120 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.144;QD=32.8232;RBI=0.0324496;REFB=-0.10003;REVB=0.0307298;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599759;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00249895;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:7:2:0:0:7:2:1:0 chr6 44222047 . G A 856.77 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0113565;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.643;QD=19.1456;RBI=0.0150317;REFB=-0.00790071;REVB=0.00984799;RO=91;SAF=44;SAR=43;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610043;STB=0.530584;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00913142;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:91:92:87:87:0.486034:43:44:52:39:43:44:52:40 chr6 44223010 . G T 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0362699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.052;QD=25.2874;RBI=0.0387702;REFB=0.00696744;REVB=-0.0136975;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225306;STB=0.627408;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00343655;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:13:3:4:5:13:3:4:5 chr6 44232772 . CGC CG,GCG 162.41 PASS AF=0.571429,0.0612245;AO=27,2;DP=49;FAO=28,3;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13,3;FSAR=15,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.113423,-0.0383002;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=9.77827,29.5589;QD=13.2579;RBI=0.119374,0.050772;REFB=-0.174308,-0.102303;REVB=0.0372195,-0.0333301;RO=18;SAF=15,2;SAR=12,0;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.238113,0.666653;STB=0.529759,0.996836;STBP=0.604,0.039;TYPE=del,mnp;VARB=0.180208,0.0357717;OID=.,.;OPOS=44232774,44232772;OREF=C,CGC;OALT=-,GCG;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:18:18:27,2:28,3:0.571429,0.0612245:12,0:15,2:4:14:15,0:13,3:7:11 chr6 44232782 . TG CT,GT,T 53.84 PASS AF=0,0.037037,0.296296;AO=2,4,19;DP=55;FAO=0,2,16;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=0,0,3;FSAR=0,2,13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.027713,0.0100863,0.0189652;FXX=0.0181785;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=144.867,30.7818,9.56272;QD=3.98833;RBI=0.0300442,0.047208,0.0970769;REFB=-0.00747621,-0.0223947,-0.150095;REVB=-0.0116036,-0.046118,-0.0952063;RO=27;SAF=0,0,4;SAR=2,4,15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0,0.357143;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.49706,-0.638932,-0.386995;STB=0.5,0.994783,0.745565;STBP=1,0.191,0.034;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.112429,0.168092;OID=.,.,.;OPOS=44232782,44232782,44232783;OREF=TG,TG,G;OALT=CT,GT,-;OMAPALT=CT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:45:55:54:27:36:2,4,19:0,2,16:0,0.037037,0.296296:2,4,15:0,0,4:15:12:0,2,13:0,0,3:18:18 chr6 44247951 . T G 1072.26 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.239;QD=57.187;RBI=0.0254009;REFB=0.0276761;REVB=-0.0132456;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.500183;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000448375;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:0:2:73:73:0.973333:37:36:0:0:37:36:1:1 chr6 44253749 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0628;QD=53.2757;RBI=0.0292574;REFB=0;REVB=-0.0215509;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119057;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 44253765 . A G 400.24 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0009;QD=53.3649;RBI=0.0613693;REFB=0.0368983;REVB=-0.0535847;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00189325;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:14:14:0:1:14:15:0:1 chr6 44268135 . C T 888.7 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.535;QD=56.4256;RBI=0.0455047;REFB=-0.0821948;REVB=0.0301648;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000843008;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:24:38:0:0:24:38:1:0 chr6 44268371 . T C 937.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.114;QD=58.5926;RBI=0.0425566;REFB=0;REVB=0.0355755;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146648;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr6 44275011 . T C 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090862;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.881;QD=60.8921;RBI=0.0115288;REFB=0;REVB=0.00709612;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16482e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr6 44310854 . G A 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0072602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.97;QD=56.8263;RBI=0.0573665;REFB=-0.0153314;REVB=0.0569052;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230263;STB=0.512191;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000264764;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:20:44:0:1:20:44:0:1 chr6 44320548 . T A 399.7 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00361337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1037;QD=18.5907;RBI=0.00472973;REFB=-0.0197639;REVB=-0.00305188;RO=45;SAF=28;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864362;STB=0.548302;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0211061;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:13:28:27:18:13:28:27:18 chr6 44371714 . C T 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.333;QD=60.0299;RBI=0.0192916;REFB=0;REVB=0.00633847;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10466e-05;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr6 44403438 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.821;QD=53.2771;RBI=0.0355477;REFB=0;REVB=0.0262604;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23932e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr6 44982593 . G A 513.07 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0369884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7945;QD=21.8328;RBI=0.0485132;REFB=0.00219113;REVB=-0.0313909;RO=44;SAF=32;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268637;STB=0.643298;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00323348;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:17:32:15:29:17:32:16:29 chr6 46047458 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00826821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.606;QD=17.8006;RBI=0.010624;REFB=-0.00194478;REVB=-0.00667126;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00237125;OID=.;OPOS=46047458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:14:10:8:12:14:10 chr6 46107752 . C G 882.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7113;QD=57.8527;RBI=0.0705912;REFB=0;REVB=0.0688499;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681462;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:24:35:0:0:24:37:0:0 chr6 46108083 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0589584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.505;QD=21.0117;RBI=0.0604244;REFB=-0.0018394;REVB=-0.0132292;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09158;STB=0.55166;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00130128;OID=.;OPOS=46108083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:5:8:8:8:5:8 chr6 46128688 . G C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.804;QD=58.5999;RBI=0.0032495;REFB=0;REVB=0.002854;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90612e-06;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr6 46128745 . C T 744.54 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.32;QD=63.3652;RBI=0.0763519;REFB=0;REVB=-0.0596075;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149498;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 46129345 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.39;QD=56.9999;RBI=0.0384302;REFB=0;REVB=0.0345601;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170714;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr6 46135489 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.463;QD=45.7977;RBI=0.0474798;REFB=0;REVB=0.0432871;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411186;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 46135984 . G T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2624;QD=63.2829;RBI=0.0736024;REFB=0;REVB=-0.0471255;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139843;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 46563817 . A T 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00383177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.089;QD=11.4249;RBI=0.00427509;REFB=0.00137052;REVB=-0.00189577;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158976;STB=0.592084;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00200149;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:14:23:10:11:14:23 chr6 46623698 . T C 384.03 PASS AF=0.43956;AO=37;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00135192;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.398;QD=16.8804;RBI=0.0377799;REFB=-0.0167745;REVB=0.0377557;RO=53;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911278;STB=0.56482;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0240544;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:51:37:40:0.43956:24:13:23:30:27:13:22:29 chr6 46657057 . A G 595.76 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0123296;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.457;QD=23.3632;RBI=0.0129003;REFB=-0.0264999;REVB=-0.0037946;RO=44;SAF=42;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198624;STB=0.609121;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0149668;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:16:42:22:22:16:42:22:22 chr6 46658905 . C G 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000720229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.228;QD=23.8985;RBI=0.02047;REFB=-0.00833339;REVB=-0.0204573;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198756;STB=0.610696;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00674637;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:10:17:9:14:10:17:9:14 chr6 46672943 . A G 690.68 PASS AF=0.536;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00345815;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.498;QD=22.1017;RBI=0.00383958;REFB=-0.00324746;REVB=-0.00166839;RO=58;SAF=37;SAR=30;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000440201;STB=0.500241;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284494;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:58:58:67:67:0.536:30:37:32:26:30:37:32:26 chr6 46677098 . C A 600.52 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0124986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.552;QD=20.3566;RBI=0.0865215;REFB=0.0188544;REVB=-0.0856139;RO=57;SAF=33;SAR=27;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547937;STB=0.515147;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0181253;OID=.;OPOS=46677098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:57:60:61:0.516949:27:33:31:26:27:34:30:27 chr6 46679303 . A G 529.13 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0247121;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.433;QD=15.9138;RBI=0.0285443;REFB=0.00178812;REVB=-0.0142859;RO=75;SAF=30;SAR=27;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739794;STB=0.545008;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00366673;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:75:76:57:57:0.428571:27:30:34:41:27:30:34:42 chr6 46802370 . G A 756.67 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.008936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.981;QD=19.9124;RBI=0.0242662;REFB=-0.011795;REVB=0.0225609;RO=75;SAF=44;SAR=33;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587174;STB=0.532311;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0121734;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:75:77:77:0.506579:33:44:38:37:33:44:38:37 chr6 46803018 . A T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00745903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.349;QD=17.5418;RBI=0.0225477;REFB=-0.0185348;REVB=-0.0212782;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.549291;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0196196;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:9:7:8:7:9:7 chr6 46803102 . A G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0100438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.437;QD=21.2645;RBI=0.010955;REFB=0.00331353;REVB=-0.00437434;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00335603;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:11:7:11:9:11:7 chr6 46824448 . A G 303.37 PASS AF=0.806452;AO=27;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0199613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0176;QD=39.1449;RBI=0.0387564;REFB=-0.10185;REVB=-0.0332206;RO=4;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731859;STB=0.584348;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0258069;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:4:6:27:25:0.806452:12:15:1:3:10:15:1:5 chr6 46826508 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.903;QD=57.2021;RBI=0.0329447;REFB=0;REVB=-0.0234489;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208766;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 46826715 . T A 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.143;QD=63.8868;RBI=0.0244187;REFB=0;REVB=-0.000561916;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12242e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr6 46826844 . T C 1543.28 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.947;QD=57.6928;RBI=0.0421132;REFB=-0.211885;REVB=0.0237463;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.500089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000865226;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:107:1:2:103:105:0.981308:53:50:0:1:53:52:1:1 chr6 46826910 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.007;QD=63.1954;RBI=0.0122281;REFB=0;REVB=0.0120398;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39364e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr6 46826979 . A G 556.21 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=33;FWDB=-0.000380862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.435;QD=13.4026;RBI=0.00749595;REFB=-0.00954747;REVB=0.00748627;RO=101;SAF=29;SAR=36;SRF=68;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241756;STB=0.635678;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0119151;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:101:65:65:0.391566:36:29:68:33:36:29:68:33 chr6 46827073 . A G 686.73 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00364736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.737;QD=17.7221;RBI=0.00527171;REFB=-0.00795998;REVB=-0.00380627;RO=82;SAF=46;SAR=27;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185135;STB=0.602628;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0112596;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:82:73:73:0.470968:27:46:36:46:27:46:36:46 chr6 46827126 . C T 1553.27 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00421127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.94;QD=62.7583;RBI=0.00809613;REFB=-0.0535326;REVB=0.00691466;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-1.68933e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:44:54:1:0:44:54:1:0 chr6 46827239 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00857698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.672;QD=23.2183;RBI=0.0258443;REFB=-0.0257321;REVB=0.0243795;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0292226;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr6 46832813 . G A 396.34 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00368311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.365;QD=15.0988;RBI=0.00837365;REFB=-0.0162822;REVB=0.00752016;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280554;STB=0.522245;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0227385;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:60:44:45:0.428571:21:23:33:27:22:23:33:27 chr6 46834685 . G A 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.708;QD=60.2536;RBI=0.0106261;REFB=0;REVB=-0.00147963;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56438e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr6 46856100 . G A 1296.57 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105454;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.987;QD=61.015;RBI=0.0163155;REFB=-0.0621166;REVB=0.0124495;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284091;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:0:0:84:85:1:30:54:0:0:30:55:0:0 chr6 47252157 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0622471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.774;QD=12.0157;RBI=0.0635185;REFB=-0.0102436;REVB=-0.0126448;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0105825;OID=.;OPOS=47252157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr6 47563692 . C T 1426.04 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619933;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2148;QD=62.0016;RBI=0.0628571;REFB=0;REVB=0.0103849;RO=0;SAF=21;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013078;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:67:21:0:0:67:25:0:0 chr6 47591983 . C G 451.13 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0167551;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7467;QD=15.9691;RBI=0.0175664;REFB=-0.010535;REVB=-0.00527659;RO=62;SAF=19;SAR=31;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040859;STB=0.519159;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.01143;OID=.;OPOS=47591983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:63:50:50:0.442478:31:19:26:36:31:19:26:37 chr6 47594302 . T C 1396.33 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.183;QD=62.7564;RBI=0.0101137;REFB=0;REVB=0.00266198;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27715e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:44:42:0:0:46:43:0:0 chr6 47594722 . G A 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.275;QD=61.6949;RBI=0.0128121;REFB=0;REVB=-0.0108017;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92388e-06;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr6 47649265 . T A 923.99 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.622;QD=55.9992;RBI=0.0179851;REFB=-0.0512266;REVB=-0.00621738;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917194;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:2:0:64:66:1:31:33:2:0:31:35:0:0 chr6 47682604 . A C 1843.36 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.274;QD=60.4381;RBI=0.0622904;REFB=-0.0439168;REVB=0.00314329;RO=1;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979346;STB=0.505154;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=9.7916e-06;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:48:73:0:1:48:73:0:1 chr6 47685097 . CCCCTTTTA CCCCCTTTA,CCCCTTTA,CCCCTTTAT,TCCCGTTTA 189.33 PASS AF=0,0.742857,0,0.0285714;AO=2,6,2,2;DP=36;FAO=0,26,0,1;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=0,11,0,0;FSAR=0,15,0,1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.168644,-0.0969735,-0.168496,0.0148906;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,1,2,5;MLLD=7.22229,12.5704,27.7442,47.7263;QD=21.6376;RBI=0.290588,0.0970429,0.168581,0.157202;REFB=-0.178989,-0.0941815,-0.0177265,0.0473429;REVB=0.236645,0.00366887,0.00536845,-0.156495;RO=7;SAF=2,5,2,0;SAR=0,1,0,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.621371,0.413635,0.621371,-0.577625;STB=0.5,0.542222,0.5,0.984745;STBP=1,0.41,1,0.54;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.096757,0,0.202014;OID=.,.,.,.;OPOS=47685101,47685101,47685104,47685097;OREF=T,T,TA,CCCCT;OALT=C,-,AT,TCCCG;OMAPALT=CCCCCTTTA,CCCCTTTA,CCCCTTTAT,TCCCGTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:36:35:7:8:2,6,2,2:0,26,0,1:0,0.742857,0,0.0285714:0,1,0,2:2,5,2,0:3:4:0,15,0,1:0,11,0,0:2:6 chr6 47847179 . A G 786.8 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0315992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7565;QD=55.2142;RBI=0.0323826;REFB=-0.0625969;REVB=0.00707966;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000472774;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:0:1:27:29:0:1 chr6 47847401 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.614;QD=63.582;RBI=0.0320527;REFB=0;REVB=0.0178122;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29647e-05;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr6 49403282 . T C 479.42 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0379063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4915;QD=19.9757;RBI=0.0379366;REFB=-0.0464617;REVB=0.00151523;RO=49;SAF=30;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231608;STB=0.628567;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0255114;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:17:30:19:30:17:30:19:30 chr6 49425521 . C T 330.82 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00959006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.106;QD=15.9432;RBI=0.00969801;REFB=-0.00838262;REVB=0.00144293;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104005;STB=0.569582;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0144452;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:47:36:36:0.433735:19:17:26:19:19:17:28:19 chr6 49459978 . A G 290.26 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00504277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5449;QD=19.0336;RBI=0.00691372;REFB=-0.0183233;REVB=0.00472969;RO=29;SAF=5;SAR=26;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467661;STB=0.758695;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0034067;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:26:5:18:11:26:5:18:12 chr6 49460152 . A G 209.39 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0478878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9359;QD=18.6124;RBI=0.0523749;REFB=-0.0292923;REVB=0.0212106;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100444;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0277942;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:14:10:11:10:14:10 chr6 49479750 . T C 881.67 PASS AF=0.426667;AO=96;DP=228;FAO=96;FDP=225;FR=.;FRO=129;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=0.0169049;FXX=0.0174665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.307;QD=15.674;RBI=0.0213068;REFB=0.00205855;REVB=0.0129694;RO=129;SAF=47;SAR=49;SRF=81;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142155;STB=0.579062;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00234307;OID=.;OPOS=49479750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:225:129:129:96:96:0.426667:49:47:81:48:49:47:81:48 chr6 49479775 . A T 827.98 PASS AF=0.441624;AO=87;DP=198;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.0539728;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7151;QD=16.8118;RBI=0.0573471;REFB=-0.0219296;REVB=0.0193811;RO=109;SAF=36;SAR=51;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199438;STB=0.613012;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0290973;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:109:110:87:87:0.441624:51:36:67:42:51:36:68:42 chr6 49485266 . C A 698.38 PASS AF=0.566667;AO=66;DP=118;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00768216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.842;QD=23.2792;RBI=0.00858337;REFB=-0.00766604;REVB=0.00382866;RO=51;SAF=23;SAR=43;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390866;STB=0.503225;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00561004;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:51:52:66:68:0.566667:43:23:18:33:44:24:18:34 chr6 49489397 . C A 174.31 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00422795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7701;QD=11.6208;RBI=0.0242296;REFB=-0.0062999;REVB=-0.0238578;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717298;STB=0.541628;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0104177;OID=.;OPOS=49489397;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:20:18:9:13:20:18 chr6 49494241 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00160088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.327;QD=14.0791;RBI=0.0445776;REFB=0.00458878;REVB=0.0445489;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201473;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00625222;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:6:10:5:7:6:10 chr6 49518914 . C G 1864.94 PASS AF=0.991935;AO=119;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249083;FXX=0.0461503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3938;QD=60.1594;RBI=0.0281683;REFB=-0.100258;REVB=0.013154;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.503816;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00249469;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:119:123:0.991935:62:57:0:0:65:58:0:1 chr6 50683009 . T C 147.1 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0233243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9425;QD=17.3055;RBI=0.0240931;REFB=0.00563943;REVB=-0.00603744;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00942217;OID=.;OPOS=50683009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:6:12:10:6:6:12 chr6 50815333 . G T 1555.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.559;QD=59.8212;RBI=0.0228767;REFB=0;REVB=0.00872741;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75678e-05;OID=.;OPOS=50815333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr6 51480486 . G T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.645;QD=55.8046;RBI=0.0455757;REFB=-0.00325115;REVB=-0.0439963;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=1.38949e-05;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr6 51586771 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.455;QD=59.8368;RBI=0.0189021;REFB=0;REVB=0.0188528;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10861e-05;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr6 51613177 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4796;QD=54.5168;RBI=0.0518914;REFB=0;REVB=0.0501927;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160568;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr6 51720838 . T C 245.27 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00436823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.128;QD=13.258;RBI=0.0289297;REFB=-0.00854866;REVB=0.028598;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177843;STB=0.524819;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0183799;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:45:29:29:0.391892:16:13:20:23:16:13:22:23 chr6 51732807 . C T 522.51 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0187127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.55;QD=21.1117;RBI=0.022808;REFB=-0.0118894;REVB=-0.01304;RO=49;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913111;STB=0.505048;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.012154;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:25:25:24:25:25:25:24:25 chr6 51875250 . A C 917.0 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012147;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.719;QD=55.5755;RBI=0.0147192;REFB=-0.0423305;REVB=0.00831292;RO=1;SAF=15;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304411;STB=0.53124;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0018672;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:1:2:64:64:0.969697:49:15:1:0:49:15:2:0 chr6 51890823 . G A 728.54 PASS AF=0.424731;AO=76;DP=185;FAO=79;FDP=186;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.0112368;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.458;QD=15.6674;RBI=0.0124968;REFB=-0.01527;REVB=0.00546851;RO=107;SAF=38;SAR=38;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102584;STB=0.559996;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0214579;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:107:107:76:79:0.424731:38:38:64:43:40:39:64:43 chr6 51910905 . T C 424.41 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00235473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.15;QD=15.1575;RBI=0.0263946;REFB=-0.01303;REVB=-0.0262894;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175656;STB=0.598175;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0180729;OID=.;OPOS=51910905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:24:24:21:43:24:24:21:43 chr6 51914956 . G A 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00679545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.995;QD=19.0565;RBI=0.0133651;REFB=-0.00597954;REVB=-0.0115086;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111802;STB=0.563838;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00686853;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:4:15:14:6:4:15:14:6 chr6 51921703 . A G 119.92 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00229806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1348;QD=17.1312;RBI=0.0392808;REFB=-0.0160258;REVB=0.0392135;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050746;STB=0.529364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0205359;OID=.;OPOS=51921703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:12:12:0.428571:8:4:4:10:8:4:4:10 chr6 51924774 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2038;QD=58.4169;RBI=0.0286529;REFB=0;REVB=0.027098;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183827;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr6 52051274 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0415386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.12;QD=21.065;RBI=0.0455561;REFB=-0.00338963;REVB=0.0187057;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741341;STB=0.541632;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0031317;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:13:11:13:11:13:11 chr6 52101739 . T C 305.25 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00187965;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9834;QD=25.9791;RBI=0.0778615;REFB=-0.0345471;REVB=0.0778388;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283314;STB=0.657026;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0314858;OID=.;OPOS=52101739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:6:14:9:18:6:14 chr6 52269547 . A G 450.09 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0136969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.448;QD=14.5192;RBI=0.0193298;REFB=-0.000748854;REVB=0.0136394;RO=70;SAF=17;SAR=34;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179462;STB=0.59883;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00106857;OID=.;OPOS=52269547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:73:51:51:0.41129:34:17:35:35:34:17:36:37 chr6 52269685 . C A 97.61 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0119493;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.721;QD=12.2016;RBI=0.0251452;REFB=-0.0117567;REVB=-0.0221245;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.562397;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0262642;OID=.;OPOS=52269685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:21:20:12:12:0.375:6:6:9:12:6:6:8:12 chr6 52270544 . TTTG T 208.27 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0029816;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=3;MLLD=271.84;QD=11.4119;RBI=0.0208835;REFB=-0.00666548;REVB=0.0206696;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110591;STB=0.563597;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=0.00792389;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:31:73:33:73:40:21:12:21:19:99:39:20:11:21:18 chr6 52271204 . C T 388.76 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0017326;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.284;QD=23.9239;RBI=0.016138;REFB=-0.00945656;REVB=0.0160447;RO=26;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182239;STB=0.516836;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00489275;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:27:38:38:0.584615:21:17:11:15:21:17:11:16 chr6 52271707 . G A 291.34 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0162901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4934;QD=16.889;RBI=0.0439597;REFB=-0.0173055;REVB=0.04083;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684955;STB=0.538438;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0189428;OID=.;OPOS=52271707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:17:20:15:17:17:20 chr6 52272033 . C T 443.43 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00256242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6086;QD=25.7059;RBI=0.0193179;REFB=-0.010288;REVB=-0.0191472;RO=27;SAF=26;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153918;STB=0.584229;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00501391;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:16:26:11:16:16:26:11:16 chr6 52272467 . C CTTGA 89.18 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0211756;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=4;MLLD=220.848;QD=12.7405;RBI=0.0278486;REFB=0.00361099;REVB=-0.018087;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187387;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=ins;VARB=-0.00440584;OID=.;OPOS=52272468;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=CTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:10:37:11:28:17:7:4:12:5:89:26:6:4:16:10 chr6 52272574 . C T 205.54 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0549183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.975;QD=15.8112;RBI=0.0581824;REFB=-0.0443345;REVB=-0.0192137;RO=29;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497246;STB=0.545416;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.06179;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:15:7:8:21:15:8:8:21 chr6 52360283 . T A 365.66 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00281214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.197;QD=18.9951;RBI=0.0152845;REFB=0.00216055;REVB=0.0150236;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218713;STB=0.504585;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00155441;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:37:38:0.493506:10:27:27:11:11:27:28:11 chr6 52362844 . T A 103.15 PASS AF=0.342105;AO=14;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00458141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.8366;QD=10.8584;RBI=0.00984546;REFB=-0.0204265;REVB=-0.00871457;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171518;STB=0.564215;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0295598;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:25:14:13:0.342105:5:9:9:10:5:8:13:12 chr6 52374319 . T C,TAC 468.14 PASS AF=0.038835,0.456311;AO=4,47;DP=104;FAO=4,47;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=4,32;FSAR=0,15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.010356,-0.0124173;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.876,138.936;QD=18.1803;RBI=0.0228286,0.0202774;REFB=0.00495635,-0.00342202;REVB=-0.0203445,0.0160307;RO=52;SAF=4,32;SAR=0,15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481816,0.0689547;STB=0.996802,0.538445;STBP=0.055,0.485;TYPE=snp,ins;VARB=0.0174265,0.00489068;OID=.,.;OPOS=52374319,52374320;OREF=T,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:103:52:52:4,47:4,47:0.038835,0.456311:0,15:4,32:32:20:0,15:4,32:32:20 chr6 52617731 . C G 592.85 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0147548;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.947;QD=21.9573;RBI=0.0153274;REFB=-0.00601669;REVB=-0.00415062;RO=47;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671049;STB=0.536206;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00667375;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:49:59:59:0.546296:30:29:27:20:30:29:28:21 chr6 52617738 . G A 417.15 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00219673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.955;QD=15.4501;RBI=0.0092315;REFB=-0.00918713;REVB=-0.00896633;RO=61;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569024;STB=0.531901;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0202213;OID=.;OPOS=52617738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:22:25:29:32:22:25:29:32 chr6 52658962 . T C 588.06 PASS AF=0.488;AO=59;DP=123;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0498279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2373;QD=18.818;RBI=0.0549762;REFB=-0.00986065;REVB=-0.0232286;RO=63;SAF=20;SAR=39;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208054;STB=0.614848;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00773906;OID=.;OPOS=52658962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:63:64:59:61:0.488:39:20:35:28:40:21:36:28 chr6 52701143 . C T 337.96 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0258461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.929;QD=28.7627;RBI=0.0258954;REFB=-0.0181226;REVB=-0.00159774;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047461;STB=0.526136;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0094946;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:8:10:18:11:8:10 chr6 52761651 . C T 515.49 PASS AF=0.448;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0105185;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.027;QD=16.4957;RBI=0.0648853;REFB=-0.0115408;REVB=-0.0640271;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952345;STB=0.55844;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0168888;OID=.;OPOS=52761651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:69:55:56:0.448:28:27:26:40:29:27:26:43 chr6 52843131 . G T 458.22 PASS AF=0.46;AO=44;DP=98;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0197834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2915;QD=18.3288;RBI=0.0737413;REFB=-0.036237;REVB=0.071038;RO=54;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13236;STB=0.569881;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0303791;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:54:54:44:46:0.46:17:27:26:28:18:28:26:28 chr6 52844040 . C G 369.77 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00432528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.881;QD=17.1988;RBI=0.00688758;REFB=-0.0115781;REVB=-0.0053601;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215546;STB=0.620386;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0127275;OID=.;OPOS=52844040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:31:16:22:17:31:16 chr6 52844045 . G A 420.87 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00162395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.56;QD=20.53;RBI=0.0100934;REFB=-0.0286686;REVB=0.00996193;RO=40;SAF=29;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244356;STB=0.635743;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0204874;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:13:29:17:23:13:29:17:23 chr6 52963071 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.151;QD=54.5176;RBI=0.0530236;REFB=0;REVB=0.0467179;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162363;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 53084208 . C A 88.44 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0043194;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.321;QD=13.1025;RBI=0.00902353;REFB=-0.0170847;REVB=0.00792255;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0163474;OID=.;OPOS=53084208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr6 53363487 . GGGCT G 246.49 PASS AF=0.493151;AO=30;DP=67;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.021693;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=4;MLLD=219.202;QD=13.5065;RBI=0.0410214;REFB=-0.0296111;REVB=0.0348162;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0.38835;SSEP=0;SSSB=0.041025;STB=0.522132;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.0318262;OID=.;OPOS=53363488;OREF=GGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493151:30:67:36:73:37:15:21:17:20:99:35:15:15:16:19 chr6 53370107 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.008018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.542;QD=9.19975;RBI=0.0285775;REFB=-0.0111218;REVB=0.0274296;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0320822;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:8:5:5:2:8:5 chr6 53372378 . T A 669.93 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00533143;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.729;QD=21.2676;RBI=0.00930385;REFB=-0.0118695;REVB=0.00762479;RO=60;SAF=26;SAR=40;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940216;STB=0.551708;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.014371;OID=.;OPOS=53372378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:40:26:30:30:40:26:30:30 chr6 53516876 . T G 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.157;QD=60.1631;RBI=0.00622023;REFB=0;REVB=0.00223025;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33965e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr6 53519062 . A G 1664.8 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0168281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5874;QD=58.4141;RBI=0.0411058;REFB=-0.0356007;REVB=-0.0375034;RO=2;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206305;STB=0.510868;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00264846;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:45:67:0:2:45:67:0:2 chr6 53519605 . C T 1923.34 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191771;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.616;QD=62.0432;RBI=0.0364011;REFB=0;REVB=0.03094;RO=0;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571029;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:66:58:0:0:66:58:0:0 chr6 53519857 . G A 480.35 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0311729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0942;QD=20.2251;RBI=0.0653881;REFB=-0.0242394;REVB=-0.0574791;RO=47;SAF=29;SAR=18;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06204;STB=0.538334;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0227946;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:47:47:0.494737:18:29:32:15:18:29:33:15 chr6 53989526 . G A 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2636;QD=58.0578;RBI=0.0562256;REFB=0;REVB=0.0470217;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395134;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr6 54054686 . T A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.956;QD=57.1752;RBI=0.0425792;REFB=0;REVB=0.0164078;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183474;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr6 54079968 . G A 1996.51 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0145601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.828;QD=60.5002;RBI=0.0233566;REFB=-0.0137464;REVB=0.018263;RO=2;SAF=71;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013198;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=7.11768e-06;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:2:2:130:130:0.984848:59:71:2:0:59:71:2:0 chr6 54186147 . T C 1012.04 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7178;QD=57.8311;RBI=0.0371627;REFB=0.00703437;REVB=0.0338728;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=3.84477e-05;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:27:42:0:0:27:42:1:0 chr6 54191970 . T A 919.98 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8895;QD=58.4113;RBI=0.0893076;REFB=0;REVB=-0.00246073;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684592;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr6 55142337 . A G 1683.69 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.145;QD=60.1319;RBI=0.0172597;REFB=0;REVB=-0.000298065;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87697e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:60:51:0:0:61:51:0:0 chr6 55196587 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0268417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1227;QD=22.1885;RBI=0.0465919;REFB=-0.000894521;REVB=-0.0380832;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881565;STB=0.549202;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000275987;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:15:7:10:14:15:7 chr6 55266625 . T C 730.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=62.1727;RBI=0.0215183;REFB=0;REVB=-0.000668012;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72465e-05;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr6 55428650 . T C 210.48 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0163491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.726;QD=26.3094;RBI=0.0523879;REFB=-0.0116323;REVB=-0.0497715;RO=12;SAF=18;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489583;STB=0.778499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107897;OID=.;OPOS=55428650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:2:18:5:7:2:18:5:7 chr6 55428658 . A C 82.81 PASS AF=0.289474;AO=9;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0455494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.009;QD=8.71704;RBI=0.0491184;REFB=-0.0133602;REVB=0.0183813;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366592;STB=0.68869;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0233903;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:38:38:25:26:9:11:0.289474:5:4:19:6:6:5:19:7 chr6 55428724 . A C 75.07 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0205783;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9474;QD=9.68708;RBI=0.0270521;REFB=-0.00979773;REVB=0.0175598;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.548291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0253935;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:12:9:5:5:12:9 chr6 55739553 . A G 1154.76 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.199;QD=57.0254;RBI=0.0327722;REFB=-0.188129;REVB=0.00737353;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.512817;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00102651;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:81:81:1:2:78:79:0.975309:41:37:1:0:41:38:2:0 chr6 55925801 . G T 295.95 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=-0.0633413;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4423;QD=13.0089;RBI=0.0636056;REFB=-0.0222282;REVB=-0.00579281;RO=55;SAF=7;SAR=27;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980005;STB=0.52072;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0272558;OID=.;OPOS=55925801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:55:57:34:34:0.373626:27:7:11:44:27:7:13:44 chr6 56044578 . T C 417.16 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.021885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.858;QD=17.2022;RBI=0.0218852;REFB=-0.00658522;REVB=-7.74017e-05;RO=54;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874917;STB=0.549093;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0123181;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:26:17:26:28:26:17:26:28 chr6 56351972 . G C 732.49 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0089354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.841;QD=18.1985;RBI=0.0171301;REFB=-0.00465197;REVB=0.0146151;RO=83;SAF=40;SAR=37;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465486;STB=0.528769;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0062354;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:83:84:77:77:0.478261:37:40:39:44:37:40:39:45 chr6 56417282 . C T 1525.59 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.24;QD=59.8272;RBI=0.0342332;REFB=0;REVB=-0.0112442;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99358e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:47:55:0:0:47:55:0:0 chr6 56417545 . T C 427.63 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.093;QD=51.8342;RBI=0.0451837;REFB=-0.0463178;REVB=0.0430298;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0178112;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:13:18:2:0:13:18:2:0 chr6 56482801 . C G 394.23 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00434527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.033;QD=17.3288;RBI=0.00741148;REFB=0.00249479;REVB=0.00600405;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143619;STB=0.580115;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00232828;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:34:16:19:22:34:16 chr6 56810539 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.818;QD=44.0922;RBI=0.0231308;REFB=-0.0774438;REVB=-0.00532378;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00474912;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr6 57244780 . G A 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0217266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.514;QD=13.2582;RBI=0.0217793;REFB=-0.0121122;REVB=-0.00151379;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773081;STB=0.544156;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0140005;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:25:20:15:14:25:20 chr6 57246884 . A G 1225.75 PASS AF=0.493878;AO=120;DP=247;FAO=121;FDP=245;FR=.;FRO=124;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=-0.00468579;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.386;QD=20.0123;RBI=0.0124257;REFB=-0.00953571;REVB=-0.0115084;RO=124;SAF=71;SAR=49;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258313;STB=0.515736;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00835158;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:245:124:124:120:121:0.493878:49:71:70:54:50:71:69:55 chr6 57246969 . G A 978.47 PASS AF=0.428571;AO=104;DP=245;FAO=105;FDP=245;FR=.;FRO=140;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.0155692;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.278;QD=15.9751;RBI=0.0159751;REFB=-0.0120769;REVB=-0.00357811;RO=139;SAF=57;SAR=47;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236671;STB=0.512307;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0160748;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:139:140:104:105:0.428571:47:57:73:66:48:57:73:67 chr6 57246982 . G T 830.67 PASS AF=0.407895;AO=90;DP=228;FAO=93;FDP=228;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=-0.0157356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.141;QD=14.5731;RBI=0.0157554;REFB=-0.00793802;REVB=0.000788851;RO=133;SAF=51;SAR=39;SRF=71;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353424;STB=0.50898;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0104818;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:133:135:90:93:0.407895:39:51:71:62:42:51:72:63 chr6 57254927 . A G 214.12 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00834687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.45;QD=8.73969;RBI=0.0235836;REFB=-0.00441161;REVB=0.0220571;RO=68;SAF=11;SAR=17;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24773;STB=0.635876;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0168177;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:70:28:28:0.285714:17:11:41:27:17:11:41:29 chr6 57254950 . A AT 83.36 PASS AF=0.292135;AO=28;DP=92;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.163358;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.9982;QD=3.74636;RBI=0.172732;REFB=-0.0556008;REVB=-0.0561286;RO=64;SAF=7;SAR=21;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438775;STB=0.743645;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0650071;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292135:28:92:26:89:63:7:19:39:24:83:64:7:21:40:24 chr6 57254955 . G A 101.19 PASS AF=0.192308;AO=14;DP=85;FAO=15;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0258796;FXX=0.0823433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.58;QD=5.18901;RBI=0.058529;REFB=-0.00612079;REVB=-0.0524966;RO=37;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145165;STB=0.57821;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0414336;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:85:78:37:62:14:15:0.192308:7:7:23:14:8:7:35:27 chr6 57254986 . G A 73.18 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0706548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.253;QD=4.06538;RBI=0.0766014;REFB=-0.00698531;REVB=-0.0295918;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348272;STB=0.726373;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0205964;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:9:4:35:24:9:4:35:24 chr6 57255001 . C A 36.94 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0329739;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9308;QD=2.59199;RBI=0.0803099;REFB=-0.00230425;REVB=-0.0732284;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231481;STB=0.646659;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0141586;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:48:50:7:7:0.122807:4:3:30:18:4:3:30:20 chr6 57372361 . C A 1022.84 PASS AF=0.578313;AO=95;DP=166;FAO=96;FDP=166;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0255557;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7141;QD=24.6468;RBI=0.0256015;REFB=0.00796783;REVB=0.0015304;RO=70;SAF=41;SAR=54;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482045;STB=0.524143;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0107337;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:70:70:95:96:0.578313:54:41:26:44:55:41:26:44 chr6 57393112 . T C 234.41 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.00884002;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.055;QD=8.08317;RBI=0.00977766;REFB=0.00434435;REVB=-0.00417812;RO=84;SAF=18;SAR=15;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910365;STB=0.559071;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00709336;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:84:83:33:33:0.284483:15:18:52:32:15:18:52:31 chr6 57393125 . A G 614.83 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0145995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.605;QD=18.7734;RBI=0.022171;REFB=-0.0104121;REVB=0.0166855;RO=68;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000228575;STB=0.500127;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.01091;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:25:38:41:27:25:38:41:27 chr6 57393160 . G A 164.92 PASS AF=0.189189;AO=27;DP=149;FAO=28;FDP=148;FR=.;FRO=120;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0242595;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.193;QD=4.45733;RBI=0.0303554;REFB=-0.00538926;REVB=-0.0182463;RO=121;SAF=17;SAR=10;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10016;STB=0.56473;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0241911;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:121:120:27:28:0.189189:10:17:67:54:10:18:68:52 chr6 57398154 . T C 545.39 PASS AF=0.369318;AO=65;DP=176;FAO=65;FDP=176;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.0240782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4678;QD=12.3952;RBI=0.0250778;REFB=-0.00494674;REVB=-0.00700946;RO=111;SAF=24;SAR=41;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108669;STB=0.506171;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0085837;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:111:111:65:65:0.369318:41:24:42:69:41:24:42:69 chr6 57398157 . A G 563.09 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.0177554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.04;QD=12.2411;RBI=0.0190216;REFB=-0.026805;REVB=0.00682416;RO=117;SAF=25;SAR=42;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02376;STB=0.513514;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0500254;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:117:117:67:67:0.36413:42:25:46:71:42:25:46:71 chr6 57398163 . A G 689.83 PASS AF=0.392857;AO=77;DP=196;FAO=77;FDP=196;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=-0.000322968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.971;QD=14.0782;RBI=0.019211;REFB=-0.014857;REVB=-0.0192083;RO=119;SAF=32;SAR=45;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230025;STB=0.512944;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0346308;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:119:119:77:77:0.392857:45:32:47:72:45:32:47:72 chr6 57398186 . G GA 60.03 PASS AF=0.168182;AO=37;DP=223;FAO=37;FDP=220;FR=.;FRO=183;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=77;FSRR=106;FWDB=0.210213;FXX=0.0090086;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0123;QD=1.09143;RBI=0.211388;REFB=-0.00856106;REVB=0.0222537;RO=171;SAF=14;SAR=23;SRF=70;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041729;STB=0.536784;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=-0.00822845;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168182:37:223:37:220:183:14:23:77:106:60:171:14:23:70:101 chr6 57398201 . T C 950.67 PASS AF=0.423868;AO=103;DP=243;FAO=103;FDP=243;FR=.;FRO=140;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=85;FWDB=-0.00665058;FXX=0.00409819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1379;QD=15.6488;RBI=0.00766984;REFB=-0.00990061;REVB=-0.0038205;RO=140;SAF=43;SAR=60;SRF=55;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262909;STB=0.514648;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0174092;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:140:140:103:103:0.423868:60:43:55:85:60:43:55:85 chr6 57398207 . G T 80.16 PASS AF=0.0963855;AO=24;DP=248;FAO=24;FDP=249;FR=.;FRO=225;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=93;FSRR=132;FWDB=-0.00622008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2678;QD=1.28775;RBI=0.0181648;REFB=0.00323318;REVB=0.0170666;RO=224;SAF=8;SAR=16;SRF=92;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984061;STB=0.577077;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0314125;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:248:249:224:225:24:24:0.0963855:16:8:92:132:16:8:93:132 chr6 57398226 . T G 476.85 PASS AF=0.308458;AO=60;DP=244;FAO=62;FDP=201;FR=.;FRO=139;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=88;FWDB=-0.02727;FXX=0.186227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3368;QD=9.48955;RBI=0.0364474;REFB=-0.0132449;REVB=0.0241819;RO=138;SAF=32;SAR=28;SRF=51;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195089;STB=0.602585;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0300675;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:201:138:139:60:62:0.308458:28:32:51:87:30:32:51:88 chr6 57398264 . A G 876.51 PASS AF=0.443925;AO=95;DP=213;FAO=95;FDP=214;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.0168022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.227;QD=16.3833;RBI=0.0241794;REFB=-0.0184658;REVB=-0.0173876;RO=118;SAF=50;SAR=45;SRF=44;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152442;STB=0.586492;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0165754;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:118:119:95:95:0.443925:45:50:44:74:45:50:44:75 chr6 57398270 . C T 183.74 PASS AF=0.169903;AO=35;DP=206;FAO=35;FDP=206;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=0.00750078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.344;QD=3.56771;RBI=0.0195943;REFB=-0.00263472;REVB=-0.0181018;RO=170;SAF=18;SAR=17;SRF=74;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101596;STB=0.56744;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00910175;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:170:171:35:35:0.169903:17:18:74:96:17:18:74:97 chr6 57467084 . A G 139.56 PASS AF=0.159091;AO=28;DP=176;FAO=28;FDP=176;FR=.;FRO=148;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.00263263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.971;QD=3.17191;RBI=0.0028886;REFB=-0.00369639;REVB=0.00118879;RO=146;SAF=16;SAR=12;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742688;STB=0.55461;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0150151;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:146:148:28:28:0.159091:12:16:75:71:12:16:75:73 chr6 57467093 . A G 153.81 PASS AF=0.164835;AO=30;DP=182;FAO=30;FDP=182;FR=.;FRO=152;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=75;FWDB=-0.00712717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.68;QD=3.38051;RBI=0.0132568;REFB=-0.000478427;REVB=0.011178;RO=151;SAF=16;SAR=14;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385226;STB=0.522362;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00206686;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:151:152:30:30:0.164835:14:16:76:75:14:16:77:75 chr6 57467100 . G C 956.17 PASS AF=0.508108;AO=94;DP=185;FAO=94;FDP=185;FR=.;FRO=91;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.025364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.454;QD=20.674;RBI=0.0264647;REFB=-0.0173316;REVB=0.00755287;RO=91;SAF=52;SAR=42;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724567;STB=0.539784;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.01368;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:91:91:94:94:0.508108:42:52:43:48:42:52:43:48 chr6 57467107 . C T 169.59 PASS AF=0.171123;AO=32;DP=188;FAO=32;FDP=187;FR=.;FRO=155;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=78;FSRR=77;FWDB=-0.00943083;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.43;QD=3.62753;RBI=0.0359637;REFB=-0.00524888;REVB=-0.0347051;RO=154;SAF=16;SAR=16;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502672;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0395906;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:154:155:32:32:0.171123:16:16:77:77:16:16:78:77 chr6 57467175 . A G 259.62 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=146;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.013884;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.317;QD=7.11286;RBI=0.0139033;REFB=-0.00569952;REVB=-0.00073157;RO=108;SAF=20;SAR=17;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084683;STB=0.547312;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0215939;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:109:37:37:0.253425:17:20:51:57:17:20:52:57 chr6 57512476 . G A 2074.38 PASS AF=0.563422;AO=191;DP=340;FAO=191;FDP=339;FR=.;FRO=148;FSAF=120;FSAR=71;FSRF=79;FSRR=69;FWDB=-0.00185466;FXX=0.00294109;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.154;QD=24.4765;RBI=0.00553046;REFB=-0.0123658;REVB=-0.0052102;RO=145;SAF=120;SAR=71;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752805;STB=0.543175;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00981069;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:339:145:148:191:191:0.563422:71:120:78:67:71:120:79:69 chr6 57512510 . T G 2136.69 PASS AF=0.554945;AO=201;DP=362;FAO=202;FDP=364;FR=.;FRO=162;FSAF=120;FSAR=82;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.0199521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.164;QD=23.4801;RBI=0.0208232;REFB=-0.0241447;REVB=0.00595993;RO=161;SAF=119;SAR=82;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691197;STB=0.539936;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0170742;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:364:161:162:201:202:0.554945:82:119:82:79:82:120:82:80 chr6 57512529 . C A 694.59 PASS AF=0.278736;AO=96;DP=350;FAO=97;FDP=348;FR=.;FRO=251;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=144;FSRR=107;FWDB=0.000924293;FXX=0.00854676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.499;QD=7.98376;RBI=0.0283754;REFB=0.00346418;REVB=-0.0283603;RO=247;SAF=53;SAR=43;SRF=143;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033568;STB=0.519941;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0095778;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:348:247:251:96:97:0.278736:43:53:143:104:44:53:144:107 chr6 57512565 . T C 1362.9 PASS AF=0.518797;AO=124;DP=251;FAO=138;FDP=266;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=0.0220161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.589;QD=20.4947;RBI=0.025161;REFB=-0.00918544;REVB=-0.0121806;RO=127;SAF=58;SAR=66;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261448;STB=0.51047;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0113737;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:266:127:128:124:138:0.518797:66:58:63:64:66:72:64:64 chr6 57512678 . G A 369.27 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0191809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2894;QD=22.3802;RBI=0.0206001;REFB=-0.0224227;REVB=-0.00751388;RO=29;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786753;STB=0.543454;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.021058;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:25:12:12:17:25:12:12:17 chr6 58141869 . C T 182.3 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0157264;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.02;QD=7.75763;RBI=0.0430754;REFB=-0.00229851;REVB=-0.040102;RO=69;SAF=16;SAR=9;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774868;STB=0.546724;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0068224;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:69:69:25:25:0.265957:9:16:40:29:9:16:40:29 chr6 58141876 . C T 854.07 PASS AF=0.723404;AO=68;DP=94;FAO=68;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00771859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.337;QD=36.3436;RBI=0.0125598;REFB=0.0228137;REVB=-0.00990812;RO=26;SAF=39;SAR=29;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425639;STB=0.522852;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0141759;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:26:26:68:68:0.723404:29:39:17:9:29:39:17:9 chr6 58141878 . A G 193.47 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00661812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.625;QD=8.23265;RBI=0.0518812;REFB=-0.000643892;REVB=-0.0514573;RO=68;SAF=17;SAR=9;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102886;STB=0.561691;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00155489;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:68:26:26:0.276596:9:17:39:29:9:17:39:29 chr6 58141886 . G C 1532.35 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000202236;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.082;QD=62.545;RBI=0.0166169;REFB=-0.0295081;REVB=0.0166156;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824859;STB=0.504347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000144978;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:40:57:1:0:40:57:1:0 chr6 58141920 . G C 106.52 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00406008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.476;QD=4.30393;RBI=0.00790768;REFB=-0.00902656;REVB=-0.0067858;RO=81;SAF=15;SAR=3;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398586;STB=0.764379;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0421981;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:3:15:45:36:3:15:45:36 chr6 58141935 . T C 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0205552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6009;QD=3.61357;RBI=0.0324065;REFB=0.00381761;REVB=-0.0250533;RO=75;SAF=12;SAR=3;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349019;STB=0.741116;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0162735;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:91:75:76:15:15:0.164835:3:12:41:34:3:12:41:35 chr6 58141946 . C T 897.2 PASS AF=0.839506;AO=67;DP=80;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0100224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9825;QD=44.3062;RBI=0.0457855;REFB=-0.0805181;REVB=0.0446751;RO=13;SAF=34;SAR=33;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103509;STB=0.555539;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0198832;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:80:81:13:13:67:68:0.839506:33:34:11:2:34:34:11:2 chr6 62282965 . C T 1394.99 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0948708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4405;QD=59.3612;RBI=0.0972995;REFB=-0.152358;REVB=0.0216042;RO=2;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220344;STB=0.517238;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00423473;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:42:49:0:2:42:49:0:3 chr6 62283016 . T G 816.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4363;QD=57.29;RBI=0.080222;REFB=0;REVB=0.0211775;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507968;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr6 62284247 . T G 2069.21 PASS AF=0.971429;AO=133;DP=137;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0423402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0453;QD=59.1203;RBI=0.0657056;REFB=-0.0255687;REVB=0.0502448;RO=4;SAF=57;SAR=76;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181451;STB=0.50942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00210117;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:140:4:4:133:136:0.971429:76:57:3:1:78:58:3:1 chr6 62284487 . C T 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=59.9947;RBI=0.0121385;REFB=0;REVB=0.010839;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42063e-05;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr6 62284512 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.763;QD=59.8292;RBI=0.0242206;REFB=0;REVB=0.0237572;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02242e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr6 62390916 . T C 1992.45 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00886367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.89;QD=61.3062;RBI=0.0134581;REFB=-0.00552196;REVB=0.010127;RO=1;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772717;STB=0.504064;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=1.36013e-05;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:61:68:0:1:61:68:0:1 chr6 62887099 . C T 396.02 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.03848;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7058;QD=20.0514;RBI=0.0493031;REFB=-0.0309417;REVB=-0.0308235;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.028058;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:39:40:40:0.506329:20:20:20:20:20:20:20:19 chr6 63921853 . A G 1213.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328226;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.087;QD=61.4192;RBI=0.0389264;REFB=0;REVB=-0.0209269;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166325;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:48:30:0:0:49:30:0:0 chr6 63921873 . A T 1245.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.482;QD=61.5251;RBI=0.017702;REFB=0;REVB=-0.00869865;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56355e-06;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr6 63921924 . A G 987.06 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420238;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.288;QD=59.8215;RBI=0.0430699;REFB=0;REVB=-0.009435;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588355;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:37:27:0:0:37:29:0:0 chr6 63922023 . C T 953.62 PASS AF=0.971014;AO=64;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0237656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.066;QD=55.2821;RBI=0.0296318;REFB=-0.114569;REVB=-0.0176986;RO=2;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871163;STB=0.50341;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000644963;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:69:2:2:64:67:0.971014:41:23:1:1:41:26:1:1 chr6 63922916 . T C 694.26 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7872;QD=61.7115;RBI=0.0868778;REFB=0;REVB=0.0644326;RO=1;SAF=2;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668565;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:1:0:42:45:1:40:2:0:1:42:3:0:0 chr6 64498055 . T A 235.13 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0292502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4245;QD=25.4196;RBI=0.0371498;REFB=-0.0118348;REVB=0.0229027;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167828;STB=0.593579;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00656698;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:8:7:15:7:8:7 chr6 65016977 . TGA T 69.77 PASS AF=0.375;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0184759;FXX=0.142806;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.2916;QD=11.6285;RBI=0.0597145;REFB=-0.111348;REVB=-0.0567843;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746008;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=del;VARB=0.189306;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:27:9:24:15:5:4:9:6:69:14:4:4:8:6 chr6 65149185 . T A 177.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0636507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2791;QD=12.2255;RBI=0.0648009;REFB=-0.000282412;REVB=0.012155;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313338;STB=0.518056;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000961861;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:9:27:16:6:9:27 chr6 65301504 . A G 1567.93 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292024;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.636;QD=57.0156;RBI=0.0448226;REFB=-0.111059;REVB=0.0340042;RO=3;SAF=50;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103514;STB=0.505456;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00114979;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:3:3:107:107:0.972727:57:50:2:1:57:50:2:1 chr6 65301834 . C T 340.5 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000747053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.634;QD=17.921;RBI=0.000951554;REFB=-0.0164899;REVB=-0.000589378;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111253;STB=0.568475;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0174605;OID=.;OPOS=65301834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:20:16:22:17:20:16:23:17 chr6 66005794 . C A 406.18 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00515075;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.5979;QD=17.2841;RBI=0.0330707;REFB=-0.00312572;REVB=0.0326671;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132945;STB=0.581979;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00527573;OID=.;OPOS=66005794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:52:42:42:0.446809:15:27:25:24:15:27:26:26 chr6 66005888 . C T 1752.31 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228475;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.856;QD=60.9499;RBI=0.0228475;REFB=0;REVB=-7.31529e-06;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79397e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr6 66005970 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.499;QD=57.0006;RBI=0.0342325;REFB=0;REVB=-0.00901782;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69919e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr6 68599166 . A G 1807.33 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189223;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.819;QD=61.2653;RBI=0.0268069;REFB=0;REVB=-0.0189883;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89437e-05;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:61:57:0:0:61:57:0:0 chr6 68599169 . A T 445.99 PASS AF=0.434783;AO=48;DP=114;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00751437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.781;QD=15.5127;RBI=0.00859938;REFB=-0.0143419;REVB=0.00418133;RO=65;SAF=22;SAR=26;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819636;STB=0.52433;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0181707;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:65:48:50:0.434783:26:22:35:30:26:24:34:31 chr6 69666684 . A G 1309.87 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.491;QD=60.9243;RBI=0.0178266;REFB=-0.092613;REVB=-0.0155172;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879735;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:52:34:0:0 chr6 70071173 . G A 542.75 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521976;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.146;QD=60.3056;RBI=0.00544057;REFB=0;REVB=-0.00153423;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055501;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 70407465 . A T 1190.44 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.424;QD=61.0482;RBI=0.0218643;REFB=0;REVB=0.0188258;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15979e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:34:43:0:0:34:44:0:0 chr6 70733547 . C G 232.25 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0101798;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.539;QD=12.0652;RBI=0.0115905;REFB=-0.00844696;REVB=-0.00554196;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132102;STB=0.575819;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0130686;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:15:13:17:32:15:13:17:32 chr6 70778378 . GC CT 194.51 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00650169;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.002;QD=16.209;RBI=0.00716085;REFB=-0.0183095;REVB=0.00300097;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277403;STB=0.658384;STBP=0.077;TYPE=mnp;VARB=0.0203783;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:9:19:8:12:9:19 chr6 70812123 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00684289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.692;QD=13.7843;RBI=0.00763402;REFB=-0.00646661;REVB=0.00338423;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830421;STB=0.54754;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0111209;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:17:16:13:10:17:16 chr6 70916888 . A C 794.84 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.283;QD=56.7743;RBI=0.027361;REFB=0;REVB=-0.000991018;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37672e-05;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:29:23:0:0:30:26:0:0 chr6 70917550 . T C 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00105429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.135;QD=12.4027;RBI=0.0289892;REFB=-0.0173138;REVB=-0.02897;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194375;STB=0.614381;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0304867;OID=.;OPOS=70917550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:13:16:6:10:13:16 chr6 70917559 . A AT 435.42 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=43;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00876868;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.109;QD=42.4803;RBI=0.0275129;REFB=-0.0364797;REVB=-0.0260782;RO=5;SAF=18;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694945;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.00111213;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97561:37:43:40:41:1:21:19:0:1:4:5:18:19:4:1 chr6 71236216 . C T 512.12 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.00739574;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9413;QD=17.0708;RBI=0.037774;REFB=-0.00245798;REVB=-0.0370429;RO=65;SAF=30;SAR=25;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845231;STB=0.546979;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0034708;OID=.;OPOS=71236216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:25:30:41:24:25:30:41:24 chr6 71238105 . A G 192.59 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00692366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.366;QD=16.0491;RBI=0.00757209;REFB=-0.014351;REVB=-0.00306586;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331904;STB=0.69582;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0124548;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:8:12:7:20:8:12:7:21 chr6 71269459 . C T 262.42 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0148189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.495;QD=17.7914;RBI=0.0148279;REFB=-0.012338;REVB=-0.000515025;RO=30;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117102;STB=0.56571;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0151225;OID=.;OPOS=71269459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:10:19:16:14:10:19:16:14 chr6 71269632 . G A 96.32 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00959068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.64;QD=13.286;RBI=0.0168194;REFB=-0.0217301;REVB=0.0138171;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0393037;OID=.;OPOS=71269632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:29:17:17:10:12:0.413793:5:5:8:9:5:7:8:9 chr6 71289189 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0288837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.307;QD=23.7579;RBI=0.0288854;REFB=-0.0136359;REVB=0.000316271;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106116;STB=0.55906;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0092427;OID=.;OPOS=71289189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:13:9:14:12:13:9 chr6 71546702 . C T 1513.97 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4669;QD=59.3713;RBI=0.0455734;REFB=0;REVB=-0.0418442;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112865;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:43:58:0:0:43:59:0:0 chr6 71547572 . A T 1633.51 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3548;QD=59.4005;RBI=0.0274833;REFB=0;REVB=-0.0129132;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51533e-05;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:59:50:0:0:59:51:0:0 chr6 71570464 . AT TA 184.41 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0452718;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.6693;QD=12.7183;RBI=0.0683093;REFB=-0.0730526;REVB=0.051153;RO=28;SAF=1;SAR=22;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.789986;STB=0.942964;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0896446;OID=.;OPOS=71570464;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:35:23:23:0.396552:22:1:23:5:22:1:24:11 chr6 71665986 . G A 358.01 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.008;QD=55.079;RBI=0.09803;REFB=0;REVB=0.0963414;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297555;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:9:14:0:0:11:15:0:0 chr6 72892257 . A G 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487324;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5531;QD=52.6739;RBI=0.0611553;REFB=0;REVB=0.0369476;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171782;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 74019376 . T C 339.56 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0293513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.149;QD=23.4176;RBI=0.0814463;REFB=-0.0179056;REVB=0.0759737;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125485;STB=0.568926;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0136047;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:17:17:16:8:17:17:16:8 chr6 74073531 . C G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0100765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.089;QD=15.1662;RBI=0.013465;REFB=-0.0152005;REVB=0.00893135;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853845;STB=0.555509;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0220929;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:14:9:9:20:14:9:9:21 chr6 74079024 . A G 479.38 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0128762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.938;QD=19.9741;RBI=0.0155017;REFB=-0.00152294;REVB=-0.00863181;RO=49;SAF=17;SAR=30;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213886;STB=0.618783;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00218968;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:30:17:29:20:30:17:29:20 chr6 74079041 . A C 1444.3 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1016;QD=60.8126;RBI=0.0590378;REFB=-0.00887415;REVB=0.0509992;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182277;STB=0.509613;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00120603;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:51:42:0:2:51:42:0:2 chr6 74125875 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0280128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.736;QD=20.0305;RBI=0.0282185;REFB=-0.0106104;REVB=0.00340077;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167744;STB=0.593408;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00689196;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:17:7:4:22:17:7:4:22 chr6 74125888 . A G 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.00921769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.874;QD=19.1509;RBI=0.0106105;REFB=-0.0220587;REVB=-0.00525518;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967022;STB=0.554259;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0258059;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:17:4:3:20:17:4:3:20 chr6 74135016 . C T 154.71 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0391148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7331;QD=14.7345;RBI=0.0643515;REFB=0.00468454;REVB=0.0510994;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392194;STB=0.728333;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00308466;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:13:4:15:10:13:4:15:10 chr6 74161503 . A G 88.12 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.692;QD=39.1662;RBI=0.0734278;REFB=0;REVB=0.0201661;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659149;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr6 74161801 . G T 509.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.058991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2399;QD=56.5988;RBI=0.090209;REFB=-0.148311;REVB=0.0682475;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.511621;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00794162;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:0:1 chr6 74331619 . C T 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0203455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.593;QD=21.9585;RBI=0.0206643;REFB=-0.00643545;REVB=0.00361547;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058812;STB=0.503245;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00274631;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:14:16:20:17:14:16 chr6 74354175 . C T 243.32 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00655801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6763;QD=12.8065;RBI=0.0401488;REFB=0.00428212;REVB=-0.0396096;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712683;STB=0.504084;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00376845;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:14:15:24:23:14:15:24:23 chr6 74466377 . C T 942.39 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807317;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.382;QD=58.8991;RBI=0.0240004;REFB=0;REVB=0.0226018;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673311;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr6 74521947 . C T 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.016755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.48;QD=13.9184;RBI=0.0493849;REFB=-0.0137081;REVB=-0.0464558;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109435;STB=0.514695;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0168697;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:17:19:14:12:18:19 chr6 74533192 . T G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.245;QD=62.6625;RBI=0.0266825;REFB=0;REVB=0.0180622;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263061;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr6 75797302 . C T 1282.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2028;QD=61.7986;RBI=0.0575044;REFB=0;REVB=0.0524155;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524662;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr6 75841722 . A T 1525.14 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00620424;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.104;QD=58.6592;RBI=0.00964021;REFB=-0.00601559;REVB=0.00737842;RO=0;SAF=65;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-1.41634e-06;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:103:103:0.990385:38:65:0:0:38:65:1:0 chr6 75848181 . A G 471.01 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00462135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.163;QD=17.2846;RBI=0.0231472;REFB=-0.00524461;REVB=-0.0226812;RO=57;SAF=28;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828438;STB=0.544455;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00681483;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:58:50:51:0.46789:22:28:27:30:23:28:27:31 chr6 76138146 . C CAG 359.5 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0203255;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.852;QD=19.6987;RBI=0.0292395;REFB=-0.0232976;REVB=0.0210195;RO=36;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481072;STB=0.526664;STBP=0.673;TYPE=ins;VARB=0.0224052;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506849:37:74:37:73:36:25:12:26:10:99:36:25:12:26:10 chr6 76312315 . C T 195.3 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00128945;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.247;QD=15.3175;RBI=0.00201352;REFB=-0.0253167;REVB=0.00154648;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860282;STB=0.570305;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0370125;OID=.;OPOS=76312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:21:22:0.431373:8:13:15:13:8:14:15:14 chr6 76369054 . A G 553.07 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00541954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.646;QD=24.5807;RBI=0.010695;REFB=0.000822969;REVB=0.00922013;RO=39;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988957;STB=0.554133;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000436819;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:26:25:24:15:26:25:24:15 chr6 76425594 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.308;QD=55.656;RBI=0.0263991;REFB=0;REVB=0.00471968;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15884e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 76540178 . A T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00783345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.053;QD=15.2678;RBI=0.0130217;REFB=-0.0167845;REVB=0.010402;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131143;STB=0.57441;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0186755;OID=.;OPOS=76540178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:16:17:10:16:16:17 chr6 76564953 . A G 484.79 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00107049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.782;QD=21.078;RBI=0.0099135;REFB=-0.0124182;REVB=0.00985553;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573766;STB=0.531772;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0114675;OID=.;OPOS=76564953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:16:31:27:18:16:31:27:18 chr6 76625079 . T C 306.82 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00891475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.6;QD=10.861;RBI=0.00959258;REFB=-0.00214711;REVB=-0.00354188;RO=74;SAF=18;SAR=21;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646306;STB=0.537171;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00436182;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:39:39:0.345133:21:18:30:44:21:18:30:44 chr6 76640781 . C T 1797.13 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459185;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7321;QD=58.9222;RBI=0.0871875;REFB=-0.162022;REVB=0.0741158;RO=2;SAF=57;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163723;STB=0.504273;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00469404;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:122:122:2:1:119:121:0.991803:62:57:2:0:63:58:1:0 chr6 76660397 . T C 504.76 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0145978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1499;QD=51.7706;RBI=0.049003;REFB=-0.0122326;REVB=0.0467782;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.522243;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00654638;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:1:3:36:36:0.923077:14:22:0:1:14:22:1:2 chr6 76660551 . G C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8522;QD=60.0276;RBI=0.049317;REFB=0;REVB=0.0482947;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376274;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr6 78172260 . C G 138.9 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=0.00240733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5699;QD=12.0778;RBI=0.024799;REFB=-0.0241933;REVB=-0.0246818;RO=30;SAF=15;SAR=1;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191962;STB=0.511349;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0477718;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:1:15:28:2:1:15:28:2 chr6 78172992 . G A 567.62 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.016906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.46;QD=17.0711;RBI=0.0370115;REFB=-0.0294879;REVB=0.0329247;RO=73;SAF=30;SAR=30;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337412;STB=0.518791;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0246961;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:73:60:60:0.451128:30:30:39:34:30:30:39:34 chr6 79595167 . A ACTTAT 394.7 PASS AF=0.711111;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.018239;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=287.507;QD=35.0841;RBI=0.0184283;REFB=-0.0154037;REVB=-0.00263498;RO=14;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875781;STB=0.538982;STBP=0.439;TYPE=ins;VARB=0.00548191;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.711111:31:46:32:45:13:13:19:7:6:99:14:13:18:8:6 chr6 79612800 . G A 991.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.8;QD=59.1723;RBI=0.0513327;REFB=0;REVB=0.0120355;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125193;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:47:19:0:0:47:20:0:0 chr6 79657391 . G A 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.239;QD=58.9603;RBI=0.0378774;REFB=0;REVB=-0.0375388;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167393;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr6 79679577 . A G 655.14 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277249;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.2;QD=62.3944;RBI=0.0279124;REFB=0;REVB=-0.00323024;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62457e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr6 79708000 . A C 975.75 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4298;QD=57.3972;RBI=0.0257829;REFB=-0.0313413;REVB=-0.0193275;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00084505;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr6 79918309 . G A 1017.44 PASS AF=1;AO=56;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.684;QD=58.1395;RBI=0.2186;REFB=-0.0729137;REVB=-0.0167036;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420306;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:56:70:1:25:31:1:0:26:44:0:0 chr6 79918321 . ATTTT ATTTG,ATTT 48.55 PASS AF=0.0769231,0.153846;AO=4,13;DP=53;FAO=4,8;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4,5;FSAR=0,3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00376381,0.0351244;FXX=0.0188644;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=219.523,9.65891;QD=3.73435;RBI=0.00538689,0.0436832;REFB=-0.0128601,-0.11228;REVB=-0.00385387,0.0259711;RO=31;SAF=4,7;SAR=0,6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.572433,-0.0495167;STB=0.997059,0.564352;STBP=0.05,0.663;TYPE=snp,del;VARB=0.051681,0.132095;OID=.,.;OPOS=79918325,79918322;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=ATTTG,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.153846:4,13:53:4,8:52:40:4,5:0,3:22:18:25:31:4,7:0,6:18:13 chr6 80196498 . T C 197.98 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.016559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5018;QD=15.5279;RBI=0.0474249;REFB=-0.0213061;REVB=0.04444;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120507;STB=0.568566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0299887;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:18:11:11:11:18:11 chr6 80228541 . A G 2958.66 PASS AF=0.979381;AO=189;DP=194;FAO=190;FDP=194;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0118999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.005;QD=61.0032;RBI=0.0209791;REFB=-0.039385;REVB=0.0172776;RO=2;SAF=104;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101242;STB=0.504118;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000332766;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:194:194:2:4:189:190:0.979381:85:104:1:1:85:105:3:1 chr6 80341234 . TGG T,TG 138.2 PASS AF=0,0.9;AO=2,12;DP=20;FAO=0,18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.120386,-0.228314;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.3492,14.5172;QD=27.6408;RBI=0.131489,0.246272;REFB=0.022387,0.0340223;REVB=0.0528824,0.092319;RO=4;SAF=2,9;SAR=0,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.136204;STB=0.5,0.538417;STBP=1,0.349;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0127687;OID=.,.;OPOS=80341235,80341235;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.9:2,12:20:0,18:20:2:0,14:0,4:1:1:11:4:2,9:0,3:2:2 chr6 80410956 . A G 512.08 PASS AF=0.509615;AO=54;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.000863074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.834;QD=19.6955;RBI=0.000865625;REFB=-0.00677961;REVB=6.64055e-05;RO=50;SAF=31;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100012;STB=0.547028;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00653767;OID=.;OPOS=80410956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:54:53:0.509615:23:31:23:27:23:30:24:27 chr6 80580038 . T G 1542.96 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.176;QD=58.7794;RBI=0.057871;REFB=-0.0656497;REVB=0.0132434;RO=1;SAF=47;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615205;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:105:105:1:0:104:105:1:57:47:1:0:57:48:0:0 chr6 80715838 . T G 263.22 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00122859;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.623;QD=12.2426;RBI=0.00275325;REFB=0.00250497;REVB=0.00246393;RO=55;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137393;STB=0.579217;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00379357;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:12:19:27:28:12:19:27:28 chr6 80837253 . G T 67.46 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=26;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00666018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8391;QD=8.995;RBI=0.0557454;REFB=-0.0130761;REVB=0.0553461;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377555;STB=0.534177;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0170205;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:30:20:20:6:10:0.333333:1:5:11:9:4:6:11:9 chr6 82457147 . C G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0048331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.279;QD=19.9672;RBI=0.0113709;REFB=-0.000975911;REVB=-0.0102927;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498781;STB=0.520534;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000850775;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:10:19:15:10:10:19:16:10 chr6 82458639 . G T 476.52 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00662097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.255;QD=18.687;RBI=0.03562;REFB=-0.0171378;REVB=-0.0349992;RO=51;SAF=38;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227087;STB=0.62319;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0197992;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:52:50:50:0.490196:12:38:28:23:12:38:29:23 chr6 82461520 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-8.14604e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.937;QD=9.44485;RBI=0.0255327;REFB=0.0088756;REVB=0.0255326;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00385282;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr6 82900811 . G A 357.24 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00462033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.028;QD=16.8112;RBI=0.0174702;REFB=-0.00394145;REVB=-0.0168482;RO=47;SAF=25;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172565;STB=0.597107;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00434863;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:13:25:23:24:13:25:23:24 chr6 82933309 . C T 347.2 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0090991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.511;QD=25.2511;RBI=0.0113254;REFB=0.00476799;REVB=0.00674313;RO=19;SAF=23;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198354;STB=0.600393;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00148939;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:21:33:34:0.618182:10:23:8:11:11:23:9:12 chr6 83075914 . G A 689.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7591;QD=62.6434;RBI=0.047927;REFB=0;REVB=0.00943703;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477677;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr6 83076791 . T C 364.86 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0665025;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.9248;QD=13.6397;RBI=0.0665414;REFB=-0.0126154;REVB=0.00227692;RO=63;SAF=20;SAR=23;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116846;STB=0.502182;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0186645;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:63:64:43:43:0.401869:23:20:30:33:23:20:30:34 chr6 83078575 . T C 187.95 PASS AF=0.513514;AO=20;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.113799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2828;QD=20.3183;RBI=0.113879;REFB=-0.0243228;REVB=-0.0042626;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307373;STB=0.516112;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0407364;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:18:20:19:0.513514:12:8:7:9:11:8:7:11 chr6 83080386 . C CTTTG 570.51 PASS AF=0.62963;AO=47;DP=84;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.000874158;FXX=0.0470533;HRUN=3;LEN=4;MLLD=246.26;QD=28.1734;RBI=0.00266189;REFB=-0.00760222;REVB=0.00251426;RO=29;SAF=24;SAR=23;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125909;STB=0.565192;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.00206253;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963:47:84:51:81:30:25:26:20:10:99:29:24:23:20:9 chr6 83949261 . T C 1315.49 PASS AF=0.988372;AO=73;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0879851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.69;QD=61.1856;RBI=0.0899228;REFB=-0.0352608;REVB=0.0185666;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165924;STB=0.506023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000529925;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:73:85:0.988372:45:28:1:0:44:41:1:0 chr6 84108219 . C T 222.61 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0126995;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5607;QD=12.1978;RBI=0.0406847;REFB=-0.00172927;REVB=0.0386519;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121569;STB=0.570178;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00758482;OID=.;OPOS=84108219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:17:10:22:24:17:10:22:24 chr6 84234144 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00130496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.089;QD=21.0076;RBI=0.0242792;REFB=0.00114689;REVB=0.0242441;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152848;STB=0.585712;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000752811;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:12:5:9:10:12:5 chr6 84300997 . A G 720.55 PASS AF=0.400966;AO=83;DP=207;FAO=83;FDP=207;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.00479892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.578;QD=13.9237;RBI=0.0278806;REFB=-0.0207812;REVB=0.0274645;RO=124;SAF=42;SAR=41;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797695;STB=0.544745;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0335205;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:124:124:83:83:0.400966:41:42:72:52:41:42:72:52 chr6 84303342 . T C 790.45 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702198;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.101;QD=64.5262;RBI=0.025958;REFB=0;REVB=0.0249902;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72441e-05;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr6 84563410 . G A 939.29 PASS AF=0.525424;AO=91;DP=184;FAO=93;FDP=177;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.00470194;FXX=0.0380414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8893;QD=21.2269;RBI=0.0227327;REFB=-0.0591127;REVB=0.0222411;RO=82;SAF=29;SAR=62;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692097;STB=0.537182;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0570626;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:177:82:84:91:93:0.525424:62:29:32:50:62:31:34:50 chr6 85473758 . C T 854.37 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.02;QD=56.0241;RBI=0.0384725;REFB=-0.137201;REVB=0.0357602;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000323458;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr6 86199233 . A G 1665.26 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.197;QD=59.4734;RBI=0.0352096;REFB=0;REVB=0.0351666;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892193;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:110:112:1:57:53:0:0:57:55:0:0 chr6 86205323 . T G 674.16 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00345124;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.043;QD=57.3752;RBI=0.0438946;REFB=-0.0573162;REVB=0.0437587;RO=2;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669296;STB=0.535698;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000367903;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:44:45:0.957447:13:31:0:2:13:32:0:2 chr6 86445651 . A G 272.66 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0904638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8754;QD=14.9404;RBI=0.0936732;REFB=0.0037476;REVB=0.02431;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973885;STB=0.555128;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0049123;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:19:23:14:17:19:23 chr6 86445706 . C T 200.48 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0627142;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4935;QD=14.8506;RBI=0.0805816;REFB=-0.00506908;REVB=0.0505996;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124081;OID=.;OPOS=86445706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:21:24:0.444444:10:11:15:15:12:12:15:15 chr6 87796233 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.264;QD=33.4255;RBI=0.0167956;REFB=0;REVB=-0.0167956;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171349;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 87967636 . A G 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00541592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.677;QD=23.7546;RBI=0.0098269;REFB=-0.0224128;REVB=0.00819974;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586968;STB=0.532621;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0157232;OID=.;OPOS=87967636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:7:15:16:10:7:15 chr6 87968265 . G C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0240045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.825;QD=11.6341;RBI=0.0245538;REFB=-0.0081265;REVB=-0.00516448;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.562374;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0200851;OID=.;OPOS=87968265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:8:8:4:6:8:8 chr6 87968565 . A G 271.61 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0246392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.837;QD=20.893;RBI=0.0278357;REFB=0.00126825;REVB=0.0129513;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155756;STB=0.586149;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00174316;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:6:18:16:12:6:18 chr6 87969737 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.021368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.223;QD=10.6347;RBI=0.0218783;REFB=0.0080563;REVB=-0.00469759;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.618767;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0107263;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:8:4:4:4:9:4 chr6 87970301 . C G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00579593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.724;QD=8.8111;RBI=0.02429;REFB=-0.0120068;REVB=0.0235884;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273912;STB=0.517182;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0247486;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:2:9:5:1:2:9 chr6 87994015 . A G 90.19 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0120807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1044;QD=16.3977;RBI=0.146642;REFB=-0.00904896;REVB=0.146144;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0188288;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:5:5:5:6:5:6 chr6 87994572 . G A 75.25 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00619154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.916;QD=11.1487;RBI=0.00620059;REFB=-0.0196214;REVB=-0.000334908;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0222011;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:17:17:9:10:0.37037:6:3:8:9:6:4:8:9 chr6 88046800 . G A 331.09 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0026728;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.46;QD=15.7662;RBI=0.00453976;REFB=-0.00807654;REVB=-0.00366955;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376926;STB=0.528286;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0117742;OID=.;OPOS=88046800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:48:36:36:0.428571:20:16:20:29:20:16:19:29 chr6 88058596 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0303864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.954;QD=20.2093;RBI=0.0424717;REFB=-0.0479958;REVB=0.0296734;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124041;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0213642;OID=.;OPOS=88058596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:7:6:4:5:7:6:4:6 chr6 88108048 . AGATG AG,AGAGT 311.04 PASS AF=0.565217,0.0434783;AO=25,2;DP=45;FAO=26,2;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12,2;FSAR=14,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0308674,-0.00514252;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=143.613,86.0647;QD=27.047;RBI=0.03143,0.00616858;REFB=-0.0211218,-0.0232515;REVB=0.00592018,0.00340673;RO=18;SAF=12,2;SAR=13,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0691082,0.571416;STB=0.530012,0.995527;STBP=0.662,0.103;TYPE=del,mnp;VARB=0.011637,0.0585882;OID=.,.;OPOS=88108049,88108051;OREF=GAT,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=AG,AGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217,0.0434783:25,2:45:26,2:46:18:12,2:14,0:7:11:99:18:12,2:13,0:7:11 chr6 88125542 . G A 240.15 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00840973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5157;QD=28.2525;RBI=0.012041;REFB=-0.00418942;REVB=0.00861758;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246609;STB=0.63624;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00560447;OID=.;OPOS=88125542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:3:9:8:14:3:9 chr6 88126423 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0292264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.441;QD=13.2053;RBI=0.0387378;REFB=0.00447392;REVB=-0.0254251;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323721;OID=.;OPOS=88126423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr6 88136324 . C T 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00619734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.049;QD=21.1901;RBI=0.00624038;REFB=-0.0146894;REVB=0.000731644;RO=38;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585945;STB=0.532427;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0150944;OID=.;OPOS=88136324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:27:15:16:22:27:15:16:22 chr6 88182704 . G C 158.2 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00190277;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.951;QD=25.3113;RBI=0.0528273;REFB=-0.0419105;REVB=-0.052793;RO=8;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192473;STB=0.615268;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0130694;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:8:9:16:16:0.64:1:15:8:0:1:15:9:0 chr6 88221892 . T G 292.84 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0284782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.225;QD=17.2261;RBI=0.0304089;REFB=-0.00937762;REVB=0.0106627;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918667;STB=0.557586;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0119219;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:17:15:13:22:17:15:13:23 chr6 88239266 . T C 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0157522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.812;QD=25.5725;RBI=0.0158334;REFB=-0.00582279;REVB=0.00160129;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531724;STB=0.529507;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00443649;OID=.;OPOS=88239266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:9:8:13:11:9:8 chr6 88315741 . TA T 446.07 PASS AF=0.582192;AO=76;DP=153;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0198009;FXX=0.0457486;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7758;QD=12.2212;RBI=0.0381621;REFB=-0.0140851;REVB=-0.0326231;RO=60;SAF=34;SAR=42;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157364;STB=0.509767;STBP=0.799;TYPE=del;VARB=0.0290711;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582192:76:153:85:146:61:41:44:28:33:99:60:34:42:28:32 chr6 88385019 . T C 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0149666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.268;QD=21.128;RBI=0.0162342;REFB=-0.00184531;REVB=-0.0062888;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100802;STB=0.556693;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00175217;OID=.;OPOS=88385019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:11:10:13:9:11:10 chr6 89675471 . CTTTTTTA CTTTTTA,CTTTTTAT 40.9 PASS AF=0.216216,0.0540541;AO=7,2;DP=36;FAO=8,2;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0300887,0.0486371;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.9701,29.8587;QD=4.42127;RBI=0.0460711,0.0997965;REFB=-0.0172074,-0.0174927;REVB=0.0348887,0.0871423;RO=25;SAF=5,2;SAR=2,0;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.372727,0;SSSB=0.149757,0.44242;STB=0.526249,0.993855;STBP=0.924,0.197;TYPE=del,mnp;VARB=0.0198998,0.0408318;OID=.,.;OPOS=89675472,89675477;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=CTTTTTA,CTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216,0.0540541:7,2:36:8,2:37:27:5,2:3,0:16:11:31:25:5,2:2,0:15:10 chr6 89793894 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.254;QD=59.1432;RBI=0.026009;REFB=0;REVB=0.0203403;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80464e-05;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr6 89806689 . T C 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8445;QD=62.6633;RBI=0.0962077;REFB=0;REVB=0.0851987;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133889;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr6 89806992 . A C 817.46 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.793;QD=57.3658;RBI=0.0152082;REFB=0;REVB=0.0122768;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67995e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr6 89888744 . C T 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1816;QD=63.8614;RBI=0.0507509;REFB=0;REVB=0.0443503;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917113;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr6 89907873 . G A 1513.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.907;QD=59.9318;RBI=0.0164946;REFB=0;REVB=0.00307301;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52654e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr6 89913209 . C T 1194.31 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00736779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.37;QD=59.7156;RBI=0.0167344;REFB=-0.0833037;REVB=0.0150252;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000602041;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:1:0:39:40:1:0 chr6 89913218 . T A 967.56 PASS AF=0.932432;AO=70;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00146046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2953;QD=52.3003;RBI=0.0104418;REFB=-0.0633861;REVB=-0.0103392;RO=4;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524363;STB=0.535201;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0124097;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:4:5:70:69:0.932432:34:36:0:4:33:36:0:5 chr6 89926966 . T C 238.71 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0268137;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.848;QD=19.4869;RBI=0.0334209;REFB=-0.0156053;REVB=0.0199494;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262252;STB=0.637361;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0273676;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:14:9:17:8:14:9:17:9 chr6 89981413 . T C 222.68 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.014705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.326;QD=18.9512;RBI=0.0202116;REFB=-0.00473948;REVB=0.0138663;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803666;STB=0.555934;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00562005;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:10:12:11:13:10:12:11:14 chr6 90039670 . G C 781.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.134;QD=56.8322;RBI=0.027933;REFB=0;REVB=0.0160443;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131236;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr6 90315789 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.803;QD=60.9777;RBI=0.022431;REFB=0;REVB=0.00160981;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173248;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr6 90327873 . G A 975.18 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3308;QD=57.3637;RBI=0.0549229;REFB=-0.0691299;REVB=0.0529419;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00421173;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:40:26:0:0:41:26:0:1 chr6 90333599 . A G,T 787.72 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=54,3;DP=59;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04103,-0.00910211;FXX=0.0338926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.88,104.927;QD=55.2783;RBI=0.0414505,0.0113846;REFB=-0.048128,-0.0545364;REVB=0.00588879,0.00683818;RO=0;SAF=19,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.86274e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000608979,0.116507;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:59:57:0:0:54,3:54,3:0.947368,0.0526316:35,2:19,1:0:0:35,1:19,2:0:0 chr6 90340276 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.724;QD=62.021;RBI=0.00851667;REFB=0;REVB=0.000723184;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91681e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 90362783 . A C 1884.29 PASS AF=1;AO=117;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220712;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.13;QD=60.2974;RBI=0.0114823;REFB=0;REVB=0.0112682;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010951;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:117:125:1:45:72:0:0:47:78:0:0 chr6 90371202 . G A 1712.92 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022782;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7329;QD=60.6344;RBI=0.0227991;REFB=0;REVB=0.000882898;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01886e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:53:58:0:0:53:60:0:0 chr6 90383870 . G A 56.84 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00355158;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2785;QD=10.3353;RBI=0.00427612;REFB=-0.00505742;REVB=0.00238148;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0147341;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:6:7:6:2:6:8 chr6 90390443 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.094;QD=53.9094;RBI=0.101388;REFB=0;REVB=0.0136437;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951257;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr6 90402482 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.967;QD=62.9828;RBI=0.0340516;REFB=0;REVB=0.0335502;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115954;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 90402840 . C G 96.08 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.572;QD=34.9381;RBI=0.0401527;REFB=-0.140294;REVB=0.024428;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00948846;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:1:0 chr6 90418262 . C T 1810.92 PASS AF=0.983607;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00362214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.526;QD=59.3743;RBI=0.0292493;REFB=-0.13435;REVB=0.0290242;RO=2;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000537026;STB=0.500137;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00193105;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:122:2:2:118:120:0.983607:57:61:1:1:59:61:1:1 chr6 90448092 . C T 1035.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.653;QD=59.1632;RBI=0.036529;REFB=0;REVB=0.0338042;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199462;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr6 90455084 . A G 971.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.373;QD=58.9012;RBI=0.0921809;REFB=0;REVB=0.00171144;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367188;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr6 90459454 . G A 686.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.254;QD=62.4535;RBI=0.0214888;REFB=0;REVB=-0.00110438;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7267e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr6 90484356 . C G 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0413898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.371;QD=10.1072;RBI=0.0425876;REFB=0.00414424;REVB=-0.010029;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00814022;OID=.;OPOS=90484356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:9:12:24:18:9:12:24:18 chr6 90636410 . C CT,T 35.85 PASS AF=0.191489,0.0212766;AO=9,3;DP=51;FAO=9,1;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6,1;FSAR=3,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0443969,0.000930263;FXX=0.020829;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.71769,184.735;QD=3.05092;RBI=0.145979,0.00284287;REFB=-0.000689847,-0.00263203;REVB=0.139064,-0.00268636;RO=34;SAF=5,3;SAR=4,0;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0674498,0.529115;STB=0.666297,0.990688;STBP=0.287,0.292;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0808172,0.0161649;OID=.,.;OPOS=90636411,90636410;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:47:34:37:9,3:9,1:0.191489,0.0212766:4,0:5,3:17:17:3,0:6,1:17:20 chr6 90637504 . A C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0128686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.847;QD=14.4115;RBI=0.0159043;REFB=-0.00688685;REVB=0.00934587;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132711;STB=0.576838;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0124713;OID=.;OPOS=90637504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:16:12:10:8:16:12 chr6 90638390 . G A 251.58 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0197238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6151;QD=20.5369;RBI=0.0276392;REFB=-0.0114769;REVB=-0.0193623;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058343;STB=0.532844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0138512;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:13:12:10:14:13:12 chr6 90638553 . T G 740.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9956;QD=56.9467;RBI=0.072288;REFB=0;REVB=0.0266631;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120389;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr6 90641674 . ATAT A 50.43 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111897;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=107.358;QD=33.6217;RBI=0.289586;REFB=0;REVB=0.267093;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00994149;OID=.;OPOS=90641675;OREF=TAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:8:6:6:0:3:3:0:0:4:3:2:2:1:2 chr6 90642358 . G A 333.9 PASS AF=0.659574;AO=27;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0108649;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.44;QD=28.4166;RBI=0.0264684;REFB=-0.0142706;REVB=0.0241357;RO=15;SAF=20;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515948;STB=0.528828;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00692914;OID=.;OPOS=90642358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:16:27:31:0.659574:7:20:12:3:10:21:12:4 chr6 90660319 . T C 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00692527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.929;QD=13.4373;RBI=0.0182218;REFB=-0.00931752;REVB=-0.0168545;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339259;STB=0.69532;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.010635;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:11:2:5:5:11:2 chr6 93967851 . C T 402.72 PASS AF=0.358209;AO=49;DP=135;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0383962;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9936;QD=12.0215;RBI=0.0401442;REFB=-0.0065783;REVB=-0.0117173;RO=85;SAF=32;SAR=17;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117436;STB=0.566921;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0116684;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:85:86:49:48:0.358209:17:32:47:38:17:31:47:39 chr6 93982124 . A G 365.18 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0387491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.747;QD=18.7272;RBI=0.0388624;REFB=-0.00853362;REVB=0.00296623;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186374;STB=0.603694;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00900838;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:25:15:22:16:25:15 chr6 94067981 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.716;QD=63.1953;RBI=0.0301282;REFB=0;REVB=0.0299531;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3099e-05;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr6 94120219 . G A 117.2 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0111912;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.337;QD=9.19175;RBI=0.0112681;REFB=-0.00282886;REVB=-0.00131411;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261068;STB=0.645965;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00709377;OID=.;OPOS=94120219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:6:9:13:22:6:9:14:22 chr6 94120639 . T C 360.09 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0360292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9964;QD=14.5491;RBI=0.0464139;REFB=-0.0213196;REVB=0.02926;RO=60;SAF=17;SAR=22;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191079;STB=0.594548;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0562646;OID=.;OPOS=94120639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:59:39:40:0.40404:22:17:37:23:22:18:36:23 chr6 96034869 . G A,GTATA 164.05 PASS AF=0.043956,0.21978;AO=15,16;DP=138;FAO=4,20;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=4,10;FSAR=0,10;FSRF=65;FSRR=2;FWDB=-0.16935,-0.16562;FXX=0.330858;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=65.2175,132.338;QD=7.21114;RBI=0.169516,0.180957;REFB=-0.0678393,-0.140062;REVB=0.00750488,0.072906;RO=105;SAF=12,9;SAR=3,7;SRF=79;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0836384,-0.262318;STB=0.995128,0.861897;STBP=0.479,0.049;TYPE=snp,ins;VARB=0.137705,0.108719;OID=.,.;OPOS=96034869,96034870;OREF=G,-;OALT=A,TATA;OMAPALT=A,GTATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:138:91:105:67:15,16:4,20:0.043956,0.21978:3,7:12,9:79:26:0,10:4,10:65:2 chr6 96034879 . A G 119.57 PASS AF=0.127753;AO=29;DP=227;FAO=29;FDP=227;FR=.;FRO=198;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=129;FSRR=69;FWDB=-0.00599227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9876;QD=2.10701;RBI=0.0864078;REFB=-0.00649642;REVB=-0.0861998;RO=196;SAF=19;SAR=10;SRF=127;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100157;STB=0.50352;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0601725;OID=.;OPOS=96034879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:196:198:29:29:0.127753:10:19:127:69:10:19:129:69 chr6 96034881 . A ATGTG,G 989.63 PASS AF=0.35545,0.146919;AO=73,33;DP=235;FAO=75,31;FDP=211;FR=.;FRO=105;FSAF=51,20;FSAR=24,11;FSRF=60;FSRR=45;FWDB=-0.0102297,0.00675886;FXX=0.0495473;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=148.668,74.964;QD=18.7608;RBI=0.0247864,0.0155295;REFB=-0.0443536,-0.0130089;REVB=-0.022577,-0.0139815;RO=127;SAF=50,22;SAR=23,11;SRF=81;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.059385,0.0405945;STB=0.569122,0.55996;STBP=0.136,0.46;TYPE=ins,snp;VARB=0.0512505,0.0165674;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TGTG,G;OMAPALT=ATGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:211:127:105:73,33:75,31:0.35545,0.146919:23,11:50,22:81:46:24,11:51,20:60:45 chr6 96035175 . T C 2320.47 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.84;QD=61.065;RBI=0.0590123;REFB=0;REVB=0.0571552;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155883;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:77:75:0:0:77:75:0:0 chr6 96055915 . G C 5233.38 PASS AF=1;AO=329;DP=330;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454921;FXX=0.0119757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.72;QD=63.4349;RBI=0.0833413;REFB=0;REVB=0.0698301;RO=0;SAF=154;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153468;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:330:330:0:0:329:330:1:175:154:0:0:176:154:0:0 chr6 96386151 . G A 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.374;QD=59.996;RBI=0.0181923;REFB=0;REVB=0.00608784;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63386e-05;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr6 96651740 . A G 905.57 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6367;QD=56.5983;RBI=0.0279219;REFB=0.0230432;REVB=0.0197317;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000267595;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:22:40:0:1:22:41:0:1 chr6 96652371 . T C 349.18 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000821263;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.045;QD=51.7305;RBI=0.00196919;REFB=-0.137241;REVB=0.00178976;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000413632;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr6 96652582 . G T 693.18 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445526;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.879;QD=63.0159;RBI=0.00816228;REFB=0;REVB=0.00683911;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6762e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr6 96652706 . G A 735.81 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.825;QD=61.3174;RBI=0.0177967;REFB=-0.116375;REVB=-0.000798182;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=5.20279e-06;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:1:0:17:30:1:0 chr6 96653038 . T C 4278.48 PASS AF=0.992806;AO=217;DP=275;FAO=276;FDP=278;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=146;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379668;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7508;QD=61.5608;RBI=0.0697863;REFB=0;REVB=0.0585547;RO=0;SAF=135;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82706e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533143;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:275:278:0:0:217:276:0.992806:82:135:0:0:130:146:0:0 chr6 96653208 . C G 820.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170131;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9577;QD=57.5721;RBI=0.00909965;REFB=0;REVB=0.0089392;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0386e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr6 96661315 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.879;QD=46.848;RBI=0.0226918;REFB=0;REVB=0.0164231;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054452;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr6 96661410 . A G 600.18 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.461;QD=58.5544;RBI=0.0173448;REFB=0.0421598;REVB=0.0097052;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00598959;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:12:28:0:0:12:28:0:1 chr6 96730731 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.427;QD=54.5175;RBI=0.00672541;REFB=0;REVB=-0.00109073;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70858e-05;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr6 97339078 . A G 1589.84 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.611;QD=59.9939;RBI=0.0432698;REFB=0;REVB=0.032275;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131866;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr6 97339088 . C T 1470.44 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0476148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7583;QD=60.018;RBI=0.0479704;REFB=0.0486867;REVB=-0.00582976;RO=3;SAF=45;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112186;STB=0.505919;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00840056;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:50:45:2:1:50:45:2:1 chr6 97613163 . T C 183.02 PASS AF=0.359375;AO=24;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0078825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.697;QD=11.4386;RBI=0.00830567;REFB=-0.0048845;REVB=-0.00261731;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585885;STB=0.549752;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00570908;OID=.;OPOS=97613163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:41:24:23:0.359375:11:13:19:20:10:13:20:21 chr6 97626374 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0020559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.246;QD=14.3997;RBI=0.00420588;REFB=-0.00110399;REVB=0.00366915;RO=34;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298352;STB=0.672116;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00184989;OID=.;OPOS=97626374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:5:20:19:15:5:20:19:15 chr6 97677118 . G A 334.75 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00806926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.358;QD=27.3261;RBI=0.0190115;REFB=-0.00408444;REVB=0.0172141;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144276;STB=0.567976;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00203698;OID=.;OPOS=97677118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:20:29:29:0.591837:15:14:13:6:15:14:13:7 chr6 97694582 . A ATAG 226.97 PASS AF=0.48;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00267617;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.354;QD=18.1573;RBI=0.00575357;REFB=-0.000356742;REVB=-0.0050933;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452756;STB=0.533305;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.000381437;OID=.;OPOS=97694583;OREF=-;OALT=TAG;OMAPALT=ATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:23:51:24:50:26:7:17:9:17:99:26:7:16:9:17 chr6 99284532 . T C 172.86 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00826508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.281;QD=11.335;RBI=0.0274201;REFB=-0.00128134;REVB=0.0261448;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423195;STB=0.524568;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00270405;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:18:21:11:11:18:21 chr6 99771540 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.733;QD=60.9767;RBI=0.00897008;REFB=0;REVB=-0.00391692;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45366e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 99817419 . T TC 212.09 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00820726;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=310.549;QD=19.2807;RBI=0.00999236;REFB=-0.00805174;REVB=-0.00569983;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.501084;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=0.00849658;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:21:45:21:44:23:11:10:12:11:99:24:11:10:12:12 chr6 99817601 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.275;QD=55.4104;RBI=0.0134975;REFB=-0.0744235;REVB=-0.00582799;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=2.99125e-05;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:25:31:0:0:26:31:0:1 chr6 99819379 . T C 259.08 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0389542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6765;QD=24.1008;RBI=0.0716864;REFB=0.0069731;REVB=0.0601791;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289305;STB=0.662193;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00291201;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:18:6:11:8:18:6:11:8 chr6 99842056 . C A 268.78 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00468611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.896;QD=13.9624;RBI=0.0142782;REFB=-0.0180316;REVB=-0.0134873;RO=44;SAF=6;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390103;STB=0.737226;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0286674;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:46:31:31:0.402597:25:6:23:21:25:6:25:21 chr6 99883694 . T C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00981619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.95;QD=16.0925;RBI=0.039095;REFB=-0.0204523;REVB=0.0378426;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105199;STB=0.559284;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0224655;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:13:18:18:20:13:18:18:20 chr6 99883704 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.239;QD=58.962;RBI=0.0132621;REFB=0;REVB=0.00751235;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60803e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr6 99893938 . T C 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00415925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.447;QD=7.81065;RBI=0.0184943;REFB=0.00543395;REVB=-0.0180206;RO=48;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346494;STB=0.514836;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0137325;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:7:12:29:19:7:12:30:19 chr6 99956560 . T C 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0084705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.927;QD=15.3079;RBI=0.0159448;REFB=-0.00692812;REVB=-0.0135088;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16882;STB=0.599944;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0092739;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:17:17:30:15:17:17:31:15 chr6 100868721 . G A 561.81 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.00233766;FXX=0.031248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1031;QD=14.4983;RBI=0.0066562;REFB=0.00365677;REVB=0.0062322;RO=81;SAF=39;SAR=25;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030386;STB=0.549394;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0100289;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:155:81:91:64:64:0.412903:25:39:47:34:25:39:48:43 chr6 100868779 . G T 449.14 PASS AF=0.385185;AO=53;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.037563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3282;QD=13.3079;RBI=0.0398712;REFB=-0.0102587;REVB=0.0133692;RO=81;SAF=31;SAR=22;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163078;STB=0.606768;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0256978;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:83:53:52:0.385185:22:31:35:46:21:31:35:48 chr6 100964147 . G C 1757.81 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00263096;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.777;QD=60.0961;RBI=0.0131483;REFB=-0.0675351;REVB=0.0128824;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=2.62851e-06;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:117:0:1:116:116:0.991453:55:61:0:0:55:61:0:1 chr6 101094554 . A G 1567.58 PASS AF=0.990654;AO=99;DP=100;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.841;QD=58.6013;RBI=0.0252729;REFB=-0.10793;REVB=0.0220072;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000415866;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:107:0:1:99:106:0.990654:48:51:0:0:55:51:1:0 chr6 101253658 . A T 340.45 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0122392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.272;QD=18.1574;RBI=0.0244346;REFB=-0.0212855;REVB=0.0211484;RO=39;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559015;STB=0.531161;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0177148;OID=.;OPOS=101253658;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:15:21:25:14:15:21:25:14 chr6 102503317 . G A 332.06 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0123352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.606;QD=19.8245;RBI=0.0252155;REFB=-0.0158803;REVB=0.0219923;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211265;STB=0.607534;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0154067;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:34:35:0.522388:20:14:21:11:20:15:21:11 chr6 104031012 . G A 344.35 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.000575635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.212;QD=13.1181;RBI=0.00557879;REFB=-0.00444278;REVB=0.00554901;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.560156;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00626214;OID=.;OPOS=104031012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:22:19:35:28:22:19:36:28 chr6 104031076 . A C 486.47 PASS AF=0.352941;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=170;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=0.00640539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.203;QD=11.4464;RBI=0.034177;REFB=-0.0114897;REVB=0.0335713;RO=110;SAF=25;SAR=35;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175905;STB=0.600357;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.016009;OID=.;OPOS=104031076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:110:110:60:60:0.352941:35:25:63:47:35:25:63:47 chr6 105300250 . A G 134.72 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.015482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.236;QD=16.3294;RBI=0.0201251;REFB=-0.00861571;REVB=0.0128579;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0101565;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:7:11:6:9:7:11 chr6 105300252 . TAAAAAAAAAC TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC 153.86 PASS AF=0.484848,0.030303;AO=8,7;DP=33;FAO=16,1;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7,1;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0155239,-0.0785621;FXX=0;HRUN=3,9;LEN=2,1;MLLD=238.459,5.1908;QD=18.65;RBI=0.0156554,0.0940851;REFB=0.007967,0.0332522;REVB=-0.00202503,-0.0517687;RO=6;SAF=4,5;SAR=4,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.183303;STB=0.531457,0.989595;STBP=0.687,0.473;TYPE=ins,del;VARB=-0.00612677,-0.00766565;OID=.,.;OPOS=105300263,105300253;OREF=-,A;OALT=AG,-;OMAPALT=TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848,0.030303:8,7:33:16,1:33:16:7,1:9,0:8:8:90:6:4,5:4,2:3:3 chr6 105530994 . GTA G,GTG 476.89 PASS AF=0.441176,0.0686275;AO=40,9;DP=106;FAO=45,7;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=27,3;FSAR=18,4;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00757542,0.0586559;FXX=0.0192289;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=268.545,57.8832;QD=18.7016;RBI=0.0085966,0.0601643;REFB=-0.00882465,-0.0278016;REVB=-0.0040638,-0.0133878;RO=45;SAF=22,3;SAR=18,6;SRF=15;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.203414,0;STB=0.624945,0.562328;STBP=0.032,0.758;TYPE=del,snp;VARB=0.0106409,0.03093;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0.0686275:40,9:106:45,7:102:50:27,3:18,4:18:32:99:45:22,3:18,6:15:30 chr6 106352428 . G A 264.35 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0093742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.91;QD=15.3246;RBI=0.0114952;REFB=-0.010989;REVB=0.00665315;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125348;STB=0.576421;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.015273;OID=.;OPOS=106352428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:16:14:13:25:16:14:13:26 chr6 106556784 . A G 454.79 PASS AF=0.494505;AO=43;DP=89;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00491311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.79;QD=19.9906;RBI=0.0195242;REFB=-0.0095359;REVB=0.0188959;RO=46;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226738;STB=0.516659;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00995832;OID=.;OPOS=106556784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:46:46:43:45:0.494505:29:14:14:32:30:15:14:32 chr6 106959424 . A G 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00239976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0114;QD=7.95613;RBI=0.0311633;REFB=-0.0113411;REVB=-0.0310707;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283248;STB=0.675254;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0207709;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:12:7:5:3:12:7 chr6 106959999 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0314433;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.188;QD=11.9197;RBI=0.0339682;REFB=-0.0107324;REVB=0.0128514;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.633826;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0108144;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:8:1:2:5:8:1 chr6 106960039 . G A 71.22 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0952606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.5229;QD=10.551;RBI=0.101476;REFB=-0.0314736;REVB=0.0349685;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00936461;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:24:27:15:17:9:10:0.37037:4:5:8:7:5:5:10:7 chr6 106960447 . G A 75.92 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0690209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.955;QD=17.8642;RBI=0.0859627;REFB=-0.061495;REVB=0.0512416;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0282853;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:17:7:7:9:10:0.588235:4:5:4:3:4:6:4:3 chr6 106987370 . A C 1512.45 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.96;QD=59.8989;RBI=0.00846467;REFB=0;REVB=0.00586436;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46516e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:58:42:0:0:58:43:0:0 chr6 106992464 . A G 1372.44 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0127242;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.864;QD=60.3272;RBI=0.0237578;REFB=0.0542756;REVB=0.0200631;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.511109;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000144625;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:1:2:89:89:0.978022:45:44:1:0:45:44:2:0 chr6 107000051 . A T 36.48 PASS AF=0.09375;AO=14;DP=130;FAO=12;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=78;FWDB=-0.080895;FXX=0.0153834;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.2244;QD=1.14008;RBI=0.106381;REFB=-0.0328144;REVB=-0.0690861;RO=75;SAF=13;SAR=1;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677561;STB=0.946035;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.079396;OID=.;OPOS=107000051;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:130:128:75:116:14:12:0.09375:1:13:26:49:1:11:38:78 chr6 107016731 . T C 400.24 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.000581899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.733;QD=14.5543;RBI=0.00166811;REFB=-0.0062871;REVB=0.00156332;RO=64;SAF=28;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130341;STB=0.573462;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0111754;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:18:28:31:33:18:28:31:33 chr6 107076696 . G A 410.61 PASS AF=0.47191;AO=40;DP=86;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0355799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.123;QD=18.4544;RBI=0.0362251;REFB=-0.0225515;REVB=0.00680633;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447243;STB=0.530849;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.022068;OID=.;OPOS=107076696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:46:47:40:42:0.47191:19:21:22:24:19:23:23:24 chr6 107076783 . A T 866.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.508;QD=57.7794;RBI=0.0236096;REFB=0;REVB=0.0109127;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172437;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:30:30:0:0 chr6 107077550 . G A 372.7 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00021615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.146;QD=14.3348;RBI=0.0278922;REFB=-0.011899;REVB=0.0278913;RO=61;SAF=29;SAR=14;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148092;STB=0.583852;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0177562;OID=.;OPOS=107077550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:14:29:33:28:14:29:33:28 chr6 107387708 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00373886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.262;QD=8.40197;RBI=0.0361003;REFB=-0.00671056;REVB=-0.0359062;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150678;OID=.;OPOS=107387708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:14:7:3:6:14:7 chr6 107388504 . C T 1789.02 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065867;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=61.1632;RBI=0.00867893;REFB=0;REVB=0.00565148;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18865e-05;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:44:73:0:0:44:73:0:0 chr6 107391396 . G A 170.02 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-3.56658e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2783;QD=12.3652;RBI=0.0642147;REFB=-0.0037807;REVB=0.0642147;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738375;STB=0.55841;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0147573;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:10:11:19:13:10:11:21:13 chr6 107420516 . A C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00495432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.161;QD=58.032;RBI=0.00565219;REFB=0.0313818;REVB=-0.00272066;RO=1;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936384;STB=0.504949;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000348095;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:50:20:0:1:50:20:0:1 chr6 107565060 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718834;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.465;QD=64.1662;RBI=0.0756613;REFB=0;REVB=0.0236096;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335809;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 108026146 . C T 113.74 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00716148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.978;QD=9.89036;RBI=0.0081406;REFB=-0.00409955;REVB=0.00387073;RO=32;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972001;STB=0.558738;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0108513;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:9:5:14:18:9:5:14:18 chr6 108026317 . G T 2517.83 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.327;QD=61.0382;RBI=0.0333029;REFB=0;REVB=0.0304444;RO=0;SAF=93;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514815;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:165:0:0:158:165:1:65:93:0:0:69:96:0:0 chr6 108026402 . A C 607.91 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00987087;FXX=0.00799936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.092;QD=19.61;RBI=0.00998078;REFB=-0.000746464;REVB=-0.00147714;RO=61;SAF=31;SAR=31;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515972;STB=0.532248;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000625595;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:62:62:62:0.5:31:31:34:27:31:31:35:27 chr6 108026455 . A G 1582.22 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.073;QD=63.928;RBI=0.0110082;REFB=0;REVB=-0.0104825;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04356e-06;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:45:51:0:0:48:51:0:0 chr6 108029091 . G A 204.61 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0307085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.067;QD=22.7345;RBI=0.0313163;REFB=-0.028161;REVB=-0.00613995;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.541136;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00629456;OID=.;OPOS=108029091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:5:11:12:8:5:11 chr6 108029109 . T C 207.03 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00581399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.183;QD=21.7927;RBI=0.0078692;REFB=-0.011286;REVB=-0.005303;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014105;STB=0.513356;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00751452;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:17:20:21:0.552632:13:7:5:10:13:8:6:11 chr6 108233929 . G A 104.18 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00225791;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.124;QD=9.26;RBI=0.00497347;REFB=-0.0090267;REVB=0.00443139;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190871;STB=0.577235;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0183431;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:32:12:13:0.288889:3:9:17:11:4:9:19:13 chr6 108277287 . C A 2351.88 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.376;QD=61.0877;RBI=0.0193933;REFB=0;REVB=-0.00239677;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53501e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:91:63:0:0:91:63:0:0 chr6 108364582 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00830395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.887;QD=17.8006;RBI=0.0112916;REFB=-0.0269461;REVB=-0.00765137;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048064;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0265572;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:12:12:9:11:12:12 chr6 109576672 . A G 431.97 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0159921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.879;QD=23.0383;RBI=0.0224606;REFB=-0.021787;REVB=-0.0157713;RO=33;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353628;STB=0.501945;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.018752;OID=.;OPOS=109576672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:24:18:14:19:24:18:14:19 chr6 109583186 . A G 321.96 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00757176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.219;QD=13.9983;RBI=0.0140992;REFB=-0.000200915;REVB=-0.0118935;RO=56;SAF=20;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786592;STB=0.544769;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000248492;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:16:20:27:29:16:20:27:29 chr6 109615603 . G T 980.06 PASS AF=0.485714;AO=99;DP=207;FAO=102;FDP=210;FR=.;FRO=108;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.0290336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.647;QD=18.6677;RBI=0.0296396;REFB=-0.0127393;REVB=0.00596267;RO=108;SAF=53;SAR=46;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160041;STB=0.506213;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0158306;OID=.;OPOS=109615603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:210:108:108:99:102:0.485714:46:53:58:50:46:56:58:50 chr6 109616762 . A G 524.81 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0033472;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.373;QD=17.2069;RBI=0.00825777;REFB=-0.0344523;REVB=-0.00754898;RO=65;SAF=23;SAR=33;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153254;STB=0.589254;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0330184;OID=.;OPOS=109616762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:65:66:56:56:0.459016:33:23:37:28:33:23:38:28 chr6 109621494 . T C 489.98 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0215672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.788;QD=23.0577;RBI=0.0369157;REFB=-0.0258059;REVB=-0.0299603;RO=36;SAF=1;SAR=29;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682914;STB=0.89467;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0177024;OID=.;OPOS=109621494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:30:25:0.294118:29:1:15:21:24:1:15:21 chr6 109621572 . G A 225.05 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00125481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.379;QD=21.9557;RBI=0.00620286;REFB=-0.00758217;REVB=0.00607461;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350656;STB=0.519613;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0045902;OID=.;OPOS=109621572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:7:12:13:9:7:12 chr6 109665191 . CT TC,TT 190.95 PASS AF=0,0.5;AO=2,19;DP=39;FAO=0,19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=0,7;FSAR=0,12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00714305,0.000773117;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=90.748,116.357;QD=20.0998;RBI=0.0293513,0.0450035;REFB=-0.0186631,-0.00970635;REVB=0.0284689,0.0449969;RO=18;SAF=2,7;SAR=0,12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.545442,-0.0687735;STB=0.5,0.52783;STBP=1,0.735;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0120077;OID=.,.;OPOS=109665191,109665191;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:39:38:18:19:2,19:0,19:0,0.5:0,12:2,7:8:10:0,12:0,7:8:11 chr6 109674055 . C T 508.35 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00912418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.361;QD=56.4834;RBI=0.0111053;REFB=-0.130815;REVB=0.0063307;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00101439;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:0:1:15:20:0:1 chr6 109689431 . A G 989.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.739;QD=59.0784;RBI=0.0250448;REFB=0;REVB=0.0199843;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79357e-05;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr6 109761437 . A G 573.3 PASS AF=0.901961;AO=45;DP=52;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00560892;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.2336;QD=44.9644;RBI=0.0416294;REFB=-0.162627;REVB=0.0412498;RO=7;SAF=10;SAR=35;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227692;STB=0.505298;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0260858;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:52:51:7:5:45:46:0.901961:35:10:2:5:35:11:1:4 chr6 109762332 . C T 826.78 PASS AF=0.649123;AO=74;DP=114;FAO=74;FDP=114;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=36;FWDB=-0.0073375;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.693;QD=29.0096;RBI=0.0128778;REFB=-0.0301321;REVB=-0.0105829;RO=40;SAF=26;SAR=48;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191306;STB=0.602624;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0110104;OID=.;OPOS=109762332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:40:40:74:74:0.649123:48:26:4:36:48:26:4:36 chr6 109764535 . G T 772.87 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00572242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.264;QD=50.6801;RBI=0.0152426;REFB=-0.0604386;REVB=-0.0141276;RO=4;SAF=14;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000729967;STB=0.500388;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00090562;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:43:14:1:3:43:14:1:3 chr6 109767930 . GC TT 1328.93 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114826;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.711;QD=61.8106;RBI=0.0422044;REFB=0;REVB=0.0406124;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.02447e-05;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:77:86:1:46:31:0:0:52:34:0:0 chr6 109768295 . G A 433.16 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688065;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3713;QD=57.7549;RBI=0.0977315;REFB=0;REVB=0.0694054;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021723;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr6 109775436 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.552;QD=45.8068;RBI=0.0620608;REFB=0;REVB=0.0413625;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937749;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 109827716 . C T 958.32 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270346;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7741;QD=57.2129;RBI=0.0376266;REFB=-0.107419;REVB=0.0261704;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00167514;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:41:24:0:1:42:24:0:1 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTCT GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT,GCTTCTTCTTCTT,GTCTTCTTCTTCT 1365.14 PASS AF=0,1,0,0;AO=17,38,13,11;DP=98;FAO=0,91,0,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53,0,0;FSAR=0,38,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207843,0.0195249,0.0181778,0.0189115;FXX=0.0319115;HRUN=2,2,1,1;LEN=4,3,2,2;MLLD=184.502,189.203,183.367,155.58;QD=60.0062;RBI=0.0512775,0.0450215,0.0254761,0.029995;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0468764,0.0405674,0.0178494,0.0232821;RO=0;SAF=11,29,7,1;SAR=6,9,6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.0213987,0.000153017,0.0164659,0;OID=.,.,.,.;OPOS=109906340,109906330,109906341,109906330;OREF=TTCT,CTT,TC,CT;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT,GCTTCTTCTTCTT,GTCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:17,38,13,11:98:0,91,0,0:91:0:0,53,0,0:0,38,0,0:0:0:7:0:11,29,7,1:6,9,6,10:0:0 chr6 109954252 . C A,T 856.83 PASS AF=0.114754,0.885246;AO=5,54;DP=59;FAO=7,54;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=5,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697186,-0.0123974;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.683,86.8957;QD=56.1855;RBI=0.0102244,0.0125005;REFB=0,0;REVB=-0.00747881,-0.00160246;RO=0;SAF=2,29;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0126334,-0.00496791;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:59:61:0:0:5,54:7,54:0.114754,0.885246:3,25:2,29:0:0:5,25:2,29:0:0 chr6 110064928 . A T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.938;QD=60.0277;RBI=0.0189993;REFB=0;REVB=-0.017897;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5796e-05;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr6 110301661 . A G 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.000133929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.382;QD=26.3695;RBI=0.0109158;REFB=-0.0103543;REVB=0.010915;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279926;STB=0.654349;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0111673;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:10:14:3:13:10:14:3:13 chr6 110421361 . C T 210.57 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0135411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8252;QD=19.1426;RBI=0.0395411;REFB=-0.00848872;REVB=-0.0371502;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383911;STB=0.521719;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00579061;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:10:13:11:10:10:13 chr6 110746526 . T C 432.0 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0393835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.734;QD=20.3293;RBI=0.0419251;REFB=-0.0154665;REVB=0.0143755;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108522;STB=0.565044;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0135799;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:21:22:26:15:21:22:27:15 chr6 110746545 . T G 485.14 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0198124;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9188;QD=20.8663;RBI=0.0388594;REFB=-0.0123682;REVB=0.0334294;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134932;STB=0.579584;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0136775;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:26:21:27:18:26:21:28:18 chr6 110777818 . C G 174.32 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.02602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4398;QD=11.6211;RBI=0.050099;REFB=-0.000723599;REVB=-0.042812;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100342;STB=0.558229;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000784526;OID=.;OPOS=110777818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:19:19:9:13:19:19 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 537.07 PASS AF=0.710526,0.184211;AO=26,7;DP=37;FAO=27,7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=21,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234108,0.0195011;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=145.486,115.415;QD=56.534;RBI=0.0250605,0.0207889;REFB=0,0;REVB=0.00894221,0.00720298;RO=0;SAF=5,2;SAR=21,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00430039,0.0104667;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:37:38:0:0:26,7:27,7:0.710526,0.184211:21,5:5,2:0:0:21,5:6,2:0:0 chr6 110797713 . C T 373.25 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.012748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.559;QD=37.3253;RBI=0.0183251;REFB=-0.0389648;REVB=0.0131643;RO=8;SAF=9;SAR=21;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341351;STB=0.52905;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0065481;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:8:10:30:30:0.75:21:9:3:5:21:9:4:6 chr6 110964409 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3026;QD=61.3354;RBI=0.0277528;REFB=0;REVB=-0.0237537;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88931e-05;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr6 111280038 . C T 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0875152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.323;QD=48.6298;RBI=0.0881531;REFB=-0.0865562;REVB=0.0105856;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00332663;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr6 111283592 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.14352e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.793;QD=55.6558;RBI=0.0886026;REFB=0;REVB=-0.0886025;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145139;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 111587266 . T C 498.7 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00437087;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.87;QD=20.5648;RBI=0.0212897;REFB=0.000551597;REVB=0.0208362;RO=49;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12266;STB=0.567777;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000623108;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:49:49:48:48:0.494845:22:26:33:16:22:26:33:16 chr6 111589293 . A C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00951933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.2837;QD=11.5957;RBI=0.0447995;REFB=-0.00473831;REVB=0.0437765;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357831;STB=0.713915;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110583;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:12:9:9:3:12:9 chr6 111620758 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.555;QD=60.6093;RBI=0.0260241;REFB=0;REVB=0.0124869;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64247e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr6 111695073 . C T 76.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0184835;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.627;QD=10.9551;RBI=0.0188076;REFB=-0.000556332;REVB=-0.00347665;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0036712;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr6 111695268 . C T 354.88 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.000653645;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.198;QD=18.678;RBI=0.00115463;REFB=-0.0262119;REVB=-0.000951796;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942035;STB=0.505252;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0276148;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:39:37:37:0.486842:12:25:26:13:12:25:26:13 chr6 111695887 . G A 94.08 PASS AF=0.578947;AO=8;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0793247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6584;QD=19.8067;RBI=0.0830732;REFB=-0.0126024;REVB=-0.0246727;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861157;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00656341;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:6:8:8:11:0.578947:2:6:5:1:5:6:5:3 chr6 111696257 . G A 587.21 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0187787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7892;QD=18.2081;RBI=0.0192143;REFB=0.0233248;REVB=0.00406824;RO=68;SAF=36;SAR=25;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030578;STB=0.516966;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0254221;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:25:36:38:30:25:36:38:30 chr6 111696852 . T C 322.7 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.106917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8062;QD=21.8779;RBI=0.107728;REFB=-0.0170845;REVB=-0.013195;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199958;STB=0.520112;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0131097;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:18:15:12:13:18:15:13:13 chr6 111726698 . G C 470.28 PASS AF=0.401515;AO=52;DP=133;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.00379395;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.091;QD=14.2508;RBI=0.00886365;REFB=0.00175095;REVB=-0.00801063;RO=79;SAF=26;SAR=26;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142261;STB=0.574105;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00210524;OID=.;OPOS=111726698;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:79:79:52:53:0.401515:26:26:29:50:27:26:29:50 chr6 111901453 . G T 1153.04 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.754;QD=60.6862;RBI=0.0140479;REFB=0;REVB=-0.0082373;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44652e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr6 112393272 . GTTTT GTTT,GTTTA 106.98 PASS AF=0.538462,0.0384615;AO=13,2;DP=27;FAO=14,1;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10,1;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.216047,-0.202487;FXX=0.0370233;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.895,20.6728;QD=16.4586;RBI=0.266827,0.350942;REFB=-0.0970896,-0.0364406;REVB=0.15659,0.286635;RO=8;SAF=10,2;SAR=3,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.490566,0;SSSB=0.125311,0.55315;STB=0.584289,0.988542;STBP=0.409,0.53;TYPE=del,snp;VARB=0.079631,0.0591276;OID=.,.;OPOS=112393273,112393276;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0.0384615:13,2:27:14,1:26:11:10,1:4,0:6:5:68:8:10,2:3,0:5:3 chr6 112457390 . C T 1629.37 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00692061;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.712;QD=59.2499;RBI=0.0107241;REFB=-0.0776243;REVB=0.0081921;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921694;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=1.8697e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:58:51:1:0:58:51:1:0 chr6 112493872 . A G 1887.67 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.63;QD=61.3876;RBI=0.018856;REFB=0;REVB=0.00825918;RO=0;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14333e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:55:67:0:0:56:67:0:0 chr6 112508769 . TG GT 378.52 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103027;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.027;QD=24.8208;RBI=0.138424;REFB=0;REVB=0.0924473;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00613614;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:61:0:0:65:61:1:36:29:0:0:33:28:0:0 chr6 112512905 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00409984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.386;QD=12.0831;RBI=0.00713776;REFB=-0.00065533;REVB=0.00584285;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385681;STB=0.522272;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000806939;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:26:9:6:15:26:9 chr6 116262976 . G A,T 778.87 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,2;DP=55;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181575,-0.039128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.441,18.0182;QD=55.6338;RBI=0.0187165,0.0432799;REFB=0,0;REVB=-0.00454009,0.0184972;RO=0;SAF=13,1;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000436399,0.0289593;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:56:0:0:53,2:54,2:0.964286,0.0357143:40,1:13,1:0:0:41,1:13,1:0:0 chr6 116263181 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.395;QD=56.1916;RBI=0.0388696;REFB=0;REVB=0.0383128;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117656;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr6 116325142 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.554;QD=57.7124;RBI=0.0152785;REFB=0;REVB=-0.00975419;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69673e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr6 116441646 . C G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-4.19051e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.316;QD=15.5754;RBI=0.00212726;REFB=-0.0102031;REVB=0.00212685;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16085;STB=0.590838;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00975375;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:20:11:13:12:20:11 chr6 116446576 . A G 1167.57 PASS AF=0.495726;AO=116;DP=235;FAO=116;FDP=234;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0323469;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.258;QD=19.9585;RBI=0.0441545;REFB=-0.0111227;REVB=-0.0300549;RO=113;SAF=43;SAR=73;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595966;STB=0.523783;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0123329;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:113:118:116:116:0.495726:73:43:49:64:73:43:49:69 chr6 116571255 . G A 335.62 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.031288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4703;QD=22.3748;RBI=0.0515365;REFB=-0.00330203;REVB=-0.0409521;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325259;STB=0.678607;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000960663;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:13:21:5:21:13:21:5:21 chr6 116574455 . G A 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0400379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3506;QD=6.81184;RBI=0.040062;REFB=-0.0163914;REVB=-0.00139091;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0481824;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:9:10:3:4:9:10 chr6 116575083 . C A 896.86 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587551;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.306;QD=57.8617;RBI=0.0627417;REFB=0;REVB=0.0220083;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212033;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:35:26:1:0:35:27:0:0 chr6 116599665 . T C 129.33 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0765759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3665;QD=9.58033;RBI=0.112384;REFB=-0.00728622;REVB=-0.0822582;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291146;STB=0.673947;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.010576;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:5:12:17:20:5:12:17:20 chr6 116600465 . T C,TCAC 393.86 PASS AF=0.0526316,0.789474;AO=2,29;DP=39;FAO=2,30;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=2,22;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.156019,0.0122866;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=45.5742,165.368;QD=41.4585;RBI=0.156279,0.0332964;REFB=-0.00912829,-0.0751453;REVB=0.00900854,0.0309466;RO=8;SAF=2,21;SAR=0,8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.519945,-0.0129858;STB=0.992527,0.514009;STBP=0.358,0.777;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0213037,0.0131868;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:39:38:8:6:2,29:2,30:0.0526316,0.789474:0,8:2,21:6:2:0,8:2,22:4:2 chr6 116600774 . C G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00131357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.843;QD=21.3532;RBI=0.0188829;REFB=-0.0384579;REVB=0.0188371;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0240938;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:5:4:5:8:5:4 chr6 116600810 . GA AA,AG 204.63 PASS AF=0.571429,0;AO=20,2;DP=35;FAO=20,0;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0662572,0.0320312;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=45.7415,21.9991;QD=23.3863;RBI=0.0788985,0.044461;REFB=-0.00366681,-0.00739489;REVB=0.0428365,-0.0308348;RO=13;SAF=14,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0688599,-0.601607;STB=0.579535,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00557427,0;OID=.,.;OPOS=116600810,116600810;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:15:20,2:20,0:0.571429,0:6,2:14,0:8:5:6,0:14,0:8:7 chr6 116757557 . T C 260.09 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365456;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4486;QD=52.0187;RBI=0.0396696;REFB=0;REVB=0.0154304;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367261;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 116783330 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0212676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.053;QD=19.8495;RBI=0.0280579;REFB=-0.0365514;REVB=0.0183012;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304504;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:7:6:7:8:7:6 chr6 116875427 . G A 1503.91 PASS AF=0.963636;AO=104;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0360968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.811;QD=54.6878;RBI=0.0377107;REFB=-0.107849;REVB=0.0109142;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017368;STB=0.507451;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000378399;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:110:110:2:4:104:106:0.963636:47:57:1:1:48:58:3:1 chr6 116875493 . T C 308.29 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0212031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4909;QD=28.0263;RBI=0.0270059;REFB=0.00569024;REVB=0.0167257;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746571;STB=0.541146;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00207869;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:10:7:14:13:10:7 chr6 116950734 . G A 106.24 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0476462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9935;QD=11.8047;RBI=0.0686164;REFB=0.00148485;REVB=-0.0493766;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396655;STB=0.715147;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0075045;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:8:5:17:5:8:5:17:6 chr6 116950833 . T C 300.92 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0404075;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7973;QD=16.4887;RBI=0.0416248;REFB=-0.0132332;REVB=-0.00999318;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138381;STB=0.513644;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0129922;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:14:19:23:16:14:19:24:16 chr6 116973182 . T C 405.38 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00195212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8179;QD=19.7746;RBI=0.00447358;REFB=0.015067;REVB=-0.00402518;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220368;STB=0.512233;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0147578;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:19:22:21:20:19:22:21:20 chr6 117113653 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.777;QD=63.2856;RBI=0.00590664;REFB=0;REVB=0.0053035;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81786e-05;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr6 117114025 . G A 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.647;QD=53.8951;RBI=0.101006;REFB=0;REVB=-0.081573;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000557;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr6 117114223 . T A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9567;QD=60.9773;RBI=0.0137621;REFB=0;REVB=-0.0119575;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241263;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr6 117114403 . G A 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7968;QD=58.7764;RBI=0.0337327;REFB=0;REVB=0.00498625;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311316;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr6 117121894 . G A 1030.16 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00310316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.363;QD=58.0374;RBI=0.0102045;REFB=-0.102841;REVB=-0.00972126;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000398947;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:36:34:0:0:36:34:1:0 chr6 117121939 . ATT A,AT,TAT 107.13 PASS AF=0.0487805,0.609756,0;AO=6,14,4;DP=42;FAO=2,25,0;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=0,7,0;FSAR=2,18,0;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.101893,0.193462,0.00918577;FXX=0.0465008;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,2;MLLD=16.4061,8.77994,85.9901;QD=10.4521;RBI=0.142227,0.274468,0.165494;REFB=-0.0561461,-0.104955,-0.0106867;REVB=-0.0992288,-0.194693,-0.165238;RO=14;SAF=0,3,1;SAR=6,11,3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0.322581,0.322581,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.837202,-0.583094,-0.681464;STB=0.997498,0.709374,0.5;STBP=0.015,0.002,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0138404,0.0623113,0.0231573;OID=.,.,.;OPOS=117121940,117121940,117121939;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,TA;OMAPALT=A,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:42:41:14:14:6,14,4:2,25,0:0.0487805,0.609756,0:6,11,3:0,3,1:13:1:2,18,0:0,7,0:12:2 chr6 117130704 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3872;QD=58.9609;RBI=0.0514363;REFB=0;REVB=0.0308564;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4485e-05;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:27:39:0:0 chr6 117591781 . C A 270.31 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0341725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.093;QD=19.6589;RBI=0.0341769;REFB=-0.00155202;REVB=-0.000547545;RO=26;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707213;STB=0.503934;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00128452;OID=.;OPOS=117591781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:21:8:7:19:21:8:7:19 chr6 117710661 . T C 568.32 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0283973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.748;QD=20.2971;RBI=0.0284905;REFB=-0.00612148;REVB=-0.00230269;RO=53;SAF=24;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116527;STB=0.559954;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0045452;OID=.;OPOS=117710661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:54:58:58:0.517857:34:24:29:24:34:24:29:25 chr6 117725448 . T G 464.98 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00467903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.402;QD=15.1213;RBI=0.00567524;REFB=0.00335532;REVB=0.0032117;RO=71;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02066;STB=0.511594;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0045188;OID=.;OPOS=117725448;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:71:52:52:0.422764:29:23:30:41:29:23:30:41 chr6 117725578 . T A 447.17 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00196737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.414;QD=18.44;RBI=0.0111738;REFB=-0.00201535;REVB=0.0109993;RO=52;SAF=30;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111479;STB=0.552215;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00237;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:14:30:30:22:15:30:30:22 chr6 117842698 . A G 239.91 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.000448197;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.414;QD=9.7921;RBI=0.00118262;REFB=-0.000588717;REVB=-0.0010944;RO=68;SAF=11;SAR=19;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177327;STB=0.604356;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0018487;OID=.;OPOS=117842698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:68:68:30:30:0.306122:19:11:35:33:19:11:35:33 chr6 118786486 . T C 389.94 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00709608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.829;QD=21.6634;RBI=0.0188005;REFB=-0.00844025;REVB=-0.0174098;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456387;STB=0.517233;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0100578;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:21:18:13:19:21:18:14:19 chr6 118880640 . T G 392.34 PASS AF=0.431373;AO=42;DP=99;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0206781;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.744;QD=15.3858;RBI=0.0408616;REFB=-0.0116642;REVB=0.0352432;RO=54;SAF=15;SAR=27;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578243;STB=0.504235;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0207177;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:54:58:42:44:0.431373:27:15:19:35:27:17:22:36 chr6 118881822 . C T 485.96 PASS AF=0.404412;AO=54;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0203439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.856;QD=14.293;RBI=0.0249122;REFB=-0.0121338;REVB=-0.0143786;RO=80;SAF=32;SAR=22;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17699;STB=0.606999;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0237829;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:81:54:55:0.404412:22:32:34:46:22:33:34:47 chr6 118886961 . G T 285.08 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0221176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.739;QD=23.7564;RBI=0.0295469;REFB=-0.0203871;REVB=-0.0195915;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149966;STB=0.583271;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0273464;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:7:15:13:13:7:15 chr6 118887303 . T C 548.2 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0143058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.363;QD=17.5423;RBI=0.0332574;REFB=-0.00850497;REVB=0.0300233;RO=66;SAF=29;SAR=29;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145526;STB=0.583972;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0140271;OID=.;OPOS=118887303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:67:58:58:0.464:29:29:43:23:29:29:44:23 chr6 118973953 . A G 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00608905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.805;QD=19.5188;RBI=0.0146153;REFB=-0.00941163;REVB=-0.0132864;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159954;STB=0.589269;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00704801;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:15:11:17:11:15:11 chr6 119149149 . C G 736.73 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242325;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.197;QD=56.6715;RBI=0.0247832;REFB=0;REVB=-0.00519569;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397994;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:23:29:0:0 chr6 119245024 . C T 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0117562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.478;QD=20.768;RBI=0.0400542;REFB=-0.0220795;REVB=-0.0382901;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185879;STB=0.603373;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0180053;OID=.;OPOS=119245024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:16:8:15:12:16:8 chr6 119327663 . G A 421.16 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00644658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.349;QD=14.7777;RBI=0.0103297;REFB=-0.000682891;REVB=-0.00807125;RO=65;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722176;STB=0.536409;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000841645;OID=.;OPOS=119327663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:27:21:33:32:27:21:33:33 chr6 119510941 . C A 1326.56 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0392316;FXX=0.0210504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=123.341;QD=57.0565;RBI=0.039965;REFB=-0.121093;REVB=-0.00762143;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504164;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000709294;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:93:93:0:5:88:88:0.946237:42:46:0:0:42:46:3:2 chr6 120583498 . G A 195.66 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0186225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.836;QD=12.6234;RBI=0.0301286;REFB=-0.0102753;REVB=0.0236841;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204053;STB=0.624896;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00634951;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:15:9:21:16:15:9:22:16 chr6 120583501 . T G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0254904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.809;QD=13.5518;RBI=0.0325686;REFB=0.00151215;REVB=0.0202721;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232262;STB=0.632801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00234046;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:21:14:15:9:21:14 chr6 120583509 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0165847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.938;QD=15.101;RBI=0.0302971;REFB=-0.00225626;REVB=0.0253547;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234835;STB=0.633373;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00371167;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:19:12:15:9:19:12 chr6 120583521 . A T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00472748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.181;QD=18.7948;RBI=0.040546;REFB=-0.00240098;REVB=-0.0402694;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174786;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0140516;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:15:11:14:9:15:12 chr6 120583526 . C G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0240334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.361;QD=14.3348;RBI=0.0240557;REFB=-0.00367693;REVB=-0.00103529;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000781056;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:14:12:9:8:14:12 chr6 120583533 . A G 155.44 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00853503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.063;QD=15.942;RBI=0.0147311;REFB=0.00867387;REVB=-0.0120066;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454969;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00485537;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:8:8:12:10:9:8:12:10 chr6 120847506 . C T 93.87 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0165175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.076;QD=10.1486;RBI=0.0224138;REFB=-0.0151634;REVB=0.015151;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321616;STB=0.695309;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0395733;OID=.;OPOS=120847506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:13:12:9:3:13:12 chr6 120847544 . C A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.048851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.582;QD=10.8237;RBI=0.0519578;REFB=-0.01689;REVB=-0.0176971;RO=23;SAF=1;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593602;STB=0.86594;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0320677;OID=.;OPOS=120847544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:11:1:12:11:11:1:12:11 chr6 121007775 . C G 67.94 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0186673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4249;QD=14.304;RBI=0.0186675;REFB=0.00837588;REVB=-9.30328e-05;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.592381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00773067;OID=.;OPOS=121007775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:5:5:3:6:5:5 chr6 121620608 . G T 746.99 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000668141;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.617;QD=56.3763;RBI=0.00598468;REFB=0;REVB=0.00594727;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054596;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:49:53:1:23:26:0:0:26:27:0:0 chr6 121629167 . G A 1992.7 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055276;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8487;QD=62.272;RBI=0.0661539;REFB=0;REVB=-0.0363442;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457793;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:54:73:0:0:55:73:0:0 chr6 121632008 . T A 1750.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1397;QD=60.8798;RBI=0.0494871;REFB=0;REVB=0.0494637;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021928;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:52:61:0:0:54:61:0:0 chr6 121901599 . A G 445.54 PASS AF=0.581081;AO=38;DP=69;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.106012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7473;QD=24.083;RBI=0.11146;REFB=-0.0569765;REVB=0.034421;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174736;STB=0.554825;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0468423;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:31:31:38:43:0.581081:25:13:17:14:25:18:17:14 chr6 123066514 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.715;QD=60.0309;RBI=0.0227222;REFB=0;REVB=0.0226479;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76266e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr6 123066585 . G A 687.36 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00800543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3129;QD=58.499;RBI=0.018047;REFB=-0.0868402;REVB=-0.0161742;RO=3;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217931;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00449827;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:47:3:2:43:45:0.957447:21:22:1:2:22:23:1:1 chr6 123101646 . GA G,GG 251.73 PASS AF=1,0;AO=10,5;DP=22;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739437,-0.0765407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.76,246.381;QD=50.3454;RBI=0.147874,0.153982;REFB=0,0;REVB=0.128059,0.133611;RO=7;SAF=4,5;SAR=6,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.32827,0.826071;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=9.39351e-05,-0.0407029;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,5:22:20,0:20:0:9,0:11,0:0:0:4:7:4,5:6,0:0:7 chr6 123102360 . A G 250.13 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0049308;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.653;QD=11.9108;RBI=0.0164197;REFB=-0.00146548;REVB=-0.0156618;RO=52;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212582;STB=0.613323;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00253764;OID=.;OPOS=123102360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:54:30:30:0.357143:21:9:25:27:21:9:25:29 chr6 123126138 . T C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0212072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4531;QD=15.7727;RBI=0.0323364;REFB=-0.011716;REVB=-0.024411;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122563;STB=0.51484;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00683087;OID=.;OPOS=123126138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:14:13:15:17:14:13:15:18 chr6 123594510 . T TA 467.3 PASS AF=0.423077;AO=111;DP=314;FAO=121;FDP=286;FR=.;FRO=165;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=100;FWDB=0.0583886;FXX=0.0069442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5573;QD=6.53563;RBI=0.0755077;REFB=-0.0266487;REVB=-0.0478767;RO=195;SAF=44;SAR=67;SRF=77;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179324;STB=0.506611;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=0.0164953;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:111:314:121:286:165:49:72:65:100:99:195:44:67:77:118 chr6 123687288 . A C 1997.22 PASS AF=0.970588;AO=131;DP=138;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0170711;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.683;QD=58.7416;RBI=0.0170729;REFB=0.00308762;REVB=0.000243614;RO=2;SAF=70;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000986352;STB=0.508265;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-7.38189e-05;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:138:136:2:4:131:132:0.970588:61:70:1:1:62:70:1:3 chr6 123702499 . G A 1534.77 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541844;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=59.6028;RBI=0.00707112;REFB=0;REVB=0.00454326;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08829e-06;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:47:55:0:0:47:56:0:0 chr6 123758492 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.888;QD=58.9617;RBI=0.032648;REFB=0;REVB=0.0225704;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37759e-06;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr6 123833457 . G C 2161.6 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.117;QD=62.2043;RBI=0.0239347;REFB=-0.120784;REVB=0.0185496;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000431389;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:0:1:137:138:0.992806:64:73:0:0:65:73:1:0 chr6 124603378 . A G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00441232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.917;QD=15.6038;RBI=0.0080738;REFB=-0.0151056;REVB=0.00676148;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032813;STB=0.518506;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0202715;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:14:24:18:12:14:24 chr6 124603390 . A G 244.33 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0601978;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1135;QD=15.2708;RBI=0.0602203;REFB=0.00230797;REVB=-0.00164465;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719901;STB=0.518855;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00393916;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:36:28:28:0.4375:17:11:11:23:17:11:13:23 chr6 125144352 . T G 260.49 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0282499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.324;QD=18.945;RBI=0.0283107;REFB=-0.0264127;REVB=-0.00185484;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206896;STB=0.615304;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0288458;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:18:9:16:12:18:9 chr6 125284457 . T C 559.18 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0240084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.878;QD=20.5203;RBI=0.0275345;REFB=-0.0152569;REVB=0.0134813;RO=52;SAF=17;SAR=40;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1039;STB=0.557368;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0136129;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:40:17:21:31:40:17:21:31 chr6 125573194 . A G 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.583;QD=60.1996;RBI=0.0276359;REFB=0;REVB=-0.0244685;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68334e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr6 126249914 . T G 267.32 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0111684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.639;QD=18.4357;RBI=0.0134534;REFB=-0.00942175;REVB=0.00750068;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319937;STB=0.517867;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00903712;OID=.;OPOS=126249914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:18:11:12:17:18:11 chr6 126250397 . TT AA,TA 187.42 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=3,4;DP=18;FAO=10,8;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384745,0.0636751;FXX=0;HRUN=13,13;LEN=2,1;MLLD=72.5442,15.338;QD=41.6477;RBI=0.0404625,0.0824466;REFB=0,0;REVB=-0.0125269,-0.052373;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00528554,-0.0905411;OID=.,.;OPOS=126250397,126250398;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:18:18:0:0:3,4:10,8:0.555556,0.444444:3,3:0,1:0:0:8,4:2,4:0:0 chr6 126278230 . G C 1567.78 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1462;QD=63.991;RBI=0.105908;REFB=0;REVB=-0.0184345;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000874649;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr6 127476516 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.039178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0534;QD=16.4073;RBI=0.0468921;REFB=-0.0126221;REVB=-0.0257673;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313752;STB=0.680296;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0154051;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:17:12:15:6:17:12 chr6 127609691 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.492;QD=40.7629;RBI=0.0212194;REFB=0;REVB=0.00341784;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026434;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 127768472 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.524;QD=59.0167;RBI=0.0269299;REFB=0;REVB=0.0251363;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76477e-05;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr6 127797179 . G A 728.62 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.436;QD=63.3584;RBI=0.0443454;REFB=0;REVB=0.0169837;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr6 127797374 . G A 1178.71 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343303;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4416;QD=59.6816;RBI=0.0344939;REFB=-0.0523125;REVB=0.00335567;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101798;STB=0.505375;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00063601;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:32:46:1:0:32:46:1:0 chr6 128134798 . T C 637.12 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00707818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8078;QD=20.226;RBI=0.0323579;REFB=-0.0207069;REVB=-0.0315743;RO=59;SAF=38;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905938;STB=0.538995;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0228966;OID=.;OPOS=128134798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:59:62:64:64:0.507937:26:38:29:30:26:38:32:30 chr6 128151042 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00647214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.126;QD=8.69806;RBI=0.00661041;REFB=-0.00969075;REVB=0.00134495;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550754;STB=0.844052;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0192468;OID=.;OPOS=128151042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:5:9:1:6:5:9 chr6 128312033 . A G 466.4 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0248929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.687;QD=19.847;RBI=0.0313874;REFB=-0.00328051;REVB=-0.0191185;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959186;STB=0.553129;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0019823;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:21:25:31:17:21:25:31:17 chr6 128403745 . A G 501.12 PASS AF=0.509615;AO=50;DP=101;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0144162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7152;QD=19.2737;RBI=0.0154892;REFB=-0.0442417;REVB=0.00566458;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288182;STB=0.518003;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0457053;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:51:51:50:53:0.509615:21:29:28:23:22:31:28:23 chr6 129371106 . C T 645.58 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00271948;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.675;QD=18.7125;RBI=0.0100672;REFB=-0.00327332;REVB=-0.00969296;RO=73;SAF=39;SAR=25;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713552;STB=0.510941;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0036319;OID=.;OPOS=129371106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:72:64:66:0.478261:25:39:45:28:27:39:44:28 chr6 129381026 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.184;QD=57.8849;RBI=0.00638127;REFB=0;REVB=0.00335835;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10905e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr6 129511373 . T C 882.86 PASS AF=0.592593;AO=80;DP=135;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00793838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=26.1588;RBI=0.00873311;REFB=-0.0192307;REVB=-0.00363996;RO=55;SAF=43;SAR=37;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033514;STB=0.518203;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0134326;OID=.;OPOS=129511373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:55:55:80:80:0.592593:37:43:32:23:37:43:32:23 chr6 129635800 . G A 291.92 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0152738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1708;QD=16.923;RBI=0.0391047;REFB=-0.00432077;REVB=-0.0359985;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610415;STB=0.534225;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00403525;OID=.;OPOS=129635800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:22:15:15:17:22:15 chr6 129722389 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00973669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.069;QD=25.8983;RBI=0.0113256;REFB=-0.0220976;REVB=0.00578503;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827791;STB=0.545819;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0132801;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:13:15:9:12:13:15:9:12 chr6 129722425 . G A 266.99 PASS AF=0.528302;AO=29;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0404368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5815;QD=20.1505;RBI=0.0404546;REFB=-0.0686668;REVB=-0.00119977;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169396;STB=0.600731;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0556283;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:25:29:28:0.528302:14:15:7:16:13:15:8:17 chr6 129777594 . T C 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0232058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.551;QD=18.3424;RBI=0.0566604;REFB=-0.00689329;REVB=0.0516903;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171001;STB=0.598202;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00893648;OID=.;OPOS=129777594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:7:11:13:4:7:11 chr6 129807629 . C T 484.04 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00234604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.974;QD=23.6118;RBI=0.00371924;REFB=-0.00625824;REVB=0.00288597;RO=36;SAF=24;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173925;STB=0.50955;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00473348;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:22:24:18:18:22:24:18:18 chr6 129807699 . G C 474.76 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00675094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.589;QD=21.5798;RBI=0.00947529;REFB=-0.00325646;REVB=-0.00664876;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0090685;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:21:21:23:23:21:21 chr6 129807714 . G A 433.77 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00449106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7737;QD=20.1752;RBI=0.0154759;REFB=-0.00941581;REVB=-0.01481;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843638;STB=0.545434;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00805358;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:43:44:0.511628:23:20:23:18:24:20:23:19 chr6 129813053 . A G 344.01 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0554344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8574;QD=31.2736;RBI=0.0573453;REFB=-0.0390371;REVB=0.0146802;RO=15;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192829;STB=0.605985;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0285634;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:9:20:6:9:9:20:6:9 chr6 130374102 . C A 260.28 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00928774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9006;QD=22.6328;RBI=0.0969667;REFB=-0.00227209;REVB=-0.0965209;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250791;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00523051;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:13:11:9:12:14:11:9:12 chr6 130381246 . T C 424.63 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0153762;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.841;QD=20.9696;RBI=0.0192068;REFB=-0.0042843;REVB=0.0115098;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457608;STB=0.53085;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00457239;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:41:42:0.518519:21:20:17:22:21:21:17:22 chr6 131148737 . G A 2793.65 PASS AF=1;AO=173;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345156;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.704;QD=62.7786;RBI=0.036639;REFB=0;REVB=0.0122919;RO=0;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84106e-05;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:0:0:173:178:1:86:87:0:0:89:89:0:0 chr6 131156102 . G T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.916;QD=57.2344;RBI=0.0129671;REFB=-0.0101417;REVB=-0.00618136;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111183;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.30204e-06;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:24:42:1:0:24:42:1:0 chr6 131160876 . G T 879.39 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.203;QD=56.7348;RBI=0.0624441;REFB=0;REVB=0.0593771;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029267;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:56:62:1:24:32:0:0:28:34:0:0 chr6 131603366 . AGT A 299.76 PASS AF=0.445946;AO=30;DP=78;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0189376;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.768;QD=16.203;RBI=0.0386573;REFB=-0.0294939;REVB=0.033701;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133944;STB=0.568938;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.0349182;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:30:78:33:74:41:16:17:25:16:99:40:14:16:24:16 chr6 131995313 . A G 854.93 PASS AF=0.508876;AO=85;DP=168;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.00112522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.782;QD=20.2351;RBI=0.00307658;REFB=-0.0137049;REVB=0.00286343;RO=82;SAF=49;SAR=36;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193677;STB=0.510636;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0149589;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:82:83:85:86:0.508876:36:49:49:33:36:50:50:33 chr6 132022419 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0259856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.753;QD=19.3697;RBI=0.0285818;REFB=-0.0276505;REVB=-0.0119024;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464188;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0136307;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:11:4:5:11:11:4 chr6 132168910 . C T 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0138803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7498;QD=18.9964;RBI=0.0321116;REFB=-0.00146735;REVB=0.0289567;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292682;STB=0.667771;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00167269;OID=.;OPOS=132168910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:8:9:4:13:8:9 chr6 132271952 . G C 955.07 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.122;QD=58.7735;RBI=0.0667985;REFB=0;REVB=0.065968;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239302;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:19:45:0:0:20:45:0:0 chr6 132271959 . T G 971.51 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9028;QD=58.8796;RBI=0.0478317;REFB=0;REVB=0.00829614;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312208;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:24:42:0:0 chr6 132271980 . T G 1041.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=58.6861;RBI=0.0988639;REFB=0;REVB=0.0823653;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356408;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:32:34:0:0:34:37:0:0 chr6 132859609 . T A 1686.78 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484082;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.579;QD=59.7091;RBI=0.0578984;REFB=-0.0565779;REVB=0.0317627;RO=1;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251627;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:113:1:0:109:113:1:49:60:0:1:50:63:0:0 chr6 132910612 . G A 283.04 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0254346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4386;QD=17.4181;RBI=0.0553796;REFB=-0.0299037;REVB=0.0491933;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210263;STB=0.617572;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0337445;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:12:22:13:18:12:22 chr6 132910634 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0180305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.501;QD=17.9201;RBI=0.0217999;REFB=-0.0203542;REVB=0.012253;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151575;STB=0.59111;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0214868;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:15:17:12:21:15:17:12:22 chr6 132938842 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0491559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7054;QD=17.378;RBI=0.0491952;REFB=-0.0444116;REVB=0.00196638;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.568841;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.021068;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:6:5:5:4:6:5:6:4 chr6 132966279 . T C 403.18 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00248391;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.023;QD=24.4349;RBI=0.0322491;REFB=-0.0178903;REVB=0.0321533;RO=27;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784962;STB=0.543035;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0154497;OID=.;OPOS=132966279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:27:27:39:39:0.590909:20:19:16:11:20:19:16:11 chr6 133015271 . T C 583.5 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00803961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.949;QD=17.9539;RBI=0.0113811;REFB=-0.00176768;REVB=0.00805569;RO=67;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333261;STB=0.519078;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00227316;OID=.;OPOS=133015271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:67:69:61:61:0.469231:34:27:32:35:34:27:33:36 chr6 133035098 . G A 295.74 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00884438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.397;QD=22.3199;RBI=0.00936677;REFB=-0.000826003;REVB=0.00308438;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698145;STB=0.538631;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000715973;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:17:13:12:11:17:13:12:11 chr6 133070995 . G T 1120.8 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.224;QD=58.9897;RBI=0.0321738;REFB=-0.0774197;REVB=0.0301671;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000397821;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:40:35:0:0:40:35:1:0 chr6 133119568 . G T 1207.47 PASS AF=0.539171;AO=117;DP=217;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.0605086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1402;QD=22.2575;RBI=0.0615678;REFB=-0.00560379;REVB=-0.0113712;RO=100;SAF=70;SAR=47;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118313;STB=0.564595;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00560224;OID=.;OPOS=133119568;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:100:100:117:117:0.539171:47:70:46:54:47:70:46:54 chr6 133789728 . G A 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0179068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.315;QD=16.9924;RBI=0.0184604;REFB=-0.029567;REVB=0.00448728;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173283;STB=0.509746;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0355534;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:15:15:14:13:15:15 chr6 133850668 . AC A,AA 529.15 PASS AF=0.472222,0.527778;AO=12,18;DP=30;FAO=17,19;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=16,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709053,0.06585;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.661,156.156;QD=58.7941;RBI=0.0739766,0.0689919;REFB=0,0;REVB=0.0210944,0.0205831;RO=0;SAF=0,6;SAR=12,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0251217,0.0174076;OID=.,.;OPOS=133850669,133850669;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.472222,0.527778:12,18:30:17,19:36:0:1,6:16,13:0:0:14:0:0,6:12,12:0:0 chr6 133852127 . A T 445.72 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8221;QD=55.7145;RBI=0.0225472;REFB=0;REVB=0.00647724;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196691;OID=.;OPOS=133852127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:18:13:1:0:18:14:0:0 chr6 134493397 . G A 164.45 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0404709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.109;QD=21.2197;RBI=0.0475201;REFB=0.00144971;REVB=0.0249052;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177215;STB=0.58452;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000386846;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:8:8:10:4:8:9:10:4 chr6 135287533 . A G 1422.17 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169775;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.379;QD=61.8333;RBI=0.0196828;REFB=-0.0815336;REVB=-0.00995869;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=8.83761e-05;OID=.;OPOS=135287533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:50:41:0:1:50:41:0:1 chr6 135358567 . T G 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.163;QD=56.4867;RBI=0.0639848;REFB=-0.0703205;REVB=0.0607584;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00073485;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:1:0 chr6 135375762 . G A 454.48 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141892;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.923;QD=58.6431;RBI=0.0178651;REFB=0;REVB=-0.0108549;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96241e-06;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr6 135523774 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00309876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.069;QD=14.0975;RBI=0.0042831;REFB=-0.0100762;REVB=-0.00295679;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0155892;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:10:8:8:5:10:8 chr6 136582401 . A T 60.78 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00483087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.385;QD=6.75388;RBI=0.0227565;REFB=-0.00924415;REVB=-0.0222378;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260288;STB=0.662315;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0561334;OID=.;OPOS=136582401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:18:9:5:4:18:9 chr6 136582417 . G A 145.07 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0438191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.384;QD=8.79232;RBI=0.0438193;REFB=-0.019826;REVB=-0.000118707;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122598;STB=0.57974;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0439309;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:11:9:25:20:11:9:26:20 chr6 136582497 . G T 375.25 PASS AF=0.314465;AO=50;DP=158;FAO=50;FDP=159;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.00338934;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.025;QD=9.44034;RBI=0.00467775;REFB=-0.0102293;REVB=0.00322392;RO=107;SAF=28;SAR=22;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324008;STB=0.500886;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0254576;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:107:109:50:50:0.314465:22:28:57:50:23:27:59:50 chr6 136597262 . T C 147.61 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00419577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.237;QD=7.6679;RBI=0.00980939;REFB=-0.00858215;REVB=-0.00886677;RO=55;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241026;STB=0.50913;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0181996;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:56:21:21:0.272727:13:8:22:33:13:8:22:34 chr6 136597281 . A T 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00589249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.609;QD=6.04589;RBI=0.0250844;REFB=-0.0038668;REVB=-0.0243825;RO=52;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424028;STB=0.526283;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0169403;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:9:7:21:31:9:7:21:31 chr6 136597288 . A C 75.24 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00280874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.627;QD=4.36149;RBI=0.0222823;REFB=-0.00257627;REVB=-0.0221046;RO=55;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171698;STB=0.616567;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0199975;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:69:55:56:13:13:0.188406:6:7:22:33:6:7:22:34 chr6 136599393 . G C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0250173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.417;QD=17.7318;RBI=0.0355494;REFB=-0.0188509;REVB=-0.0252565;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.614753;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0178772;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:7:12:7:10:7:12 chr6 136599404 . T C 201.58 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0116897;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=20.1577;RBI=0.0160874;REFB=-0.0245425;REVB=-0.0110523;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0274862;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:9:11:9:11:9:11:9:11 chr6 136599822 . C G 126.44 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00636066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.667;QD=5.16095;RBI=0.00940133;REFB=-0.00703435;REVB=-0.00692293;RO=78;SAF=9;SAR=11;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190894;STB=0.619603;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0432698;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:78:20:20:0.204082:11:9:47:31:11:9:47:31 chr6 136599836 . G A 89.93 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0618128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7858;QD=3.82663;RBI=0.0721567;REFB=-0.00423208;REVB=-0.0372259;RO=77;SAF=7;SAR=9;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199659;STB=0.634303;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.021867;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:94:77:78:16:16:0.170213:9:7:46:31:9:7:47:31 chr6 136599842 . G A 81.94 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0871803;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7103;QD=3.48686;RBI=0.0872775;REFB=-0.00796213;REVB=-0.00411811;RO=78;SAF=6;SAR=9;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250347;STB=0.659547;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0164501;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:95:94:78:79:15:15:0.159574:9:6:47:31:9:6:47:32 chr6 136664997 . T A 125.48 PASS AF=0.327273;AO=5;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0176737;FXX=0.0350816;HRUN=8;LEN=1;MLLD=227.398;QD=9.12546;RBI=0.0185378;REFB=-0.032595;REVB=-0.0055938;RO=22;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599887;STB=0.707471;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0309238;OID=.;OPOS=136664997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:24:5:18:0.327273:4:1:17:5:12:6:17:7 chr6 136682172 . G A 726.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.96;QD=57.0066;RBI=0.0630552;REFB=0;REVB=0.0557242;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435395;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr6 137026266 . T G 3837.22 PASS AF=1;AO=240;DP=244;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387449;FXX=0.0122946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.282;QD=63.6883;RBI=0.0438647;REFB=0;REVB=0.0205656;RO=0;SAF=119;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94804e-05;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:241:0:0:240:241:1:121:119:0:0:122:119:0:0 chr6 137176884 . C T 204.17 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0341454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.544;QD=10.4702;RBI=0.0341507;REFB=-0.00903578;REVB=0.000599009;RO=52;SAF=7;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301522;STB=0.677006;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0145846;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:19:7:27:25:19:7:27:25 chr6 137325847 . C T 574.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541456;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8585;QD=60.4815;RBI=0.054149;REFB=0;REVB=0.00060693;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426601;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr6 138413269 . A G 251.04 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0395068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5434;QD=19.6892;RBI=0.0397603;REFB=-0.00678786;REVB=0.00448273;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860871;STB=0.548156;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0101318;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:11:14:12:14:11:14 chr6 138413333 . G C 283.92 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0243616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.666;QD=23.1769;RBI=0.0251635;REFB=-0.006241;REVB=0.00630216;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373912;STB=0.510196;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00616741;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:13:13:12:10:13:13:12:11 chr6 138539183 . A AG 90.76 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0372471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.5294;QD=7.56343;RBI=0.10219;REFB=0.0317811;REVB=0.0951596;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201243;STB=0.631417;STBP=0.184;TYPE=ins;VARB=-0.0543702;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:16:48:17:48:31:12:5:16:15:90:31:11:5:16:15 chr6 138539315 . A G 936.43 PASS AF=0.541667;AO=91;DP=169;FAO=91;FDP=168;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0158331;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6955;QD=22.2959;RBI=0.0158335;REFB=0.0116796;REVB=0.000120439;RO=77;SAF=44;SAR=47;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838551;STB=0.504581;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0114736;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:77:77:91:91:0.541667:47:44:38:39:47:44:38:39 chr6 138539556 . T C 349.27 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0390457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.258;QD=25.4016;RBI=0.0441527;REFB=-0.018994;REVB=0.0206129;RO=21;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578726;STB=0.531736;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00844212;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:19:15:11:10:19:15:11:10 chr6 138584685 . T G 689.15 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0333169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.188;QD=20.7263;RBI=0.0366094;REFB=-0.0205784;REVB=-0.0151735;RO=65;SAF=35;SAR=33;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623114;STB=0.503429;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0194649;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:33:35:33:32:33:35:33:32 chr6 138645228 . G A 266.89 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0117253;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.369;QD=17.5008;RBI=0.0132369;REFB=-0.0324147;REVB=-0.00614255;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158101;STB=0.597186;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0229034;OID=.;OPOS=138645228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:31:32:29:29:0.47541:11:18:14:17:11:18:14:18 chr6 138655939 . C T 264.98 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0708026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7241;QD=15.5872;RBI=0.0865025;REFB=-0.0208848;REVB=0.0496959;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141015;STB=0.507963;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0294407;OID=.;OPOS=138655939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:17:21:17:13:17:21 chr6 138734029 . A C 437.03 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=127;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00614039;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.379;QD=13.8739;RBI=0.0176883;REFB=-0.0146649;REVB=-0.0165883;RO=75;SAF=22;SAR=28;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711161;STB=0.536384;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0299131;OID=.;OPOS=138734029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:75:76:50:50:0.396825:28:22:38:37:28:22:38:38 chr6 138753121 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0602201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.396;QD=7.32292;RBI=0.0642947;REFB=-0.0152537;REVB=-0.0225242;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275858;STB=0.681124;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0231931;OID=.;OPOS=138753121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:5:9:5:1:5:9 chr6 138753337 . C T 230.01 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0141366;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.84;QD=31.725;RBI=0.0220129;REFB=-0.0252596;REVB=-0.0168739;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121516;STB=0.585282;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00810005;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:9:8:20:21:0.724138:7:13:4:5:7:14:3:5 chr6 138754323 . A G 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.000123089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.696;QD=16.5066;RBI=0.0204867;REFB=-0.00851001;REVB=-0.0204863;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507916;STB=0.528565;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.014066;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:16:23:27:23:16:23:27:23 chr6 139013188 . C T 679.76 PASS AF=0.614583;AO=54;DP=91;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00264249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.229;QD=28.3234;RBI=0.0320049;REFB=-0.00942827;REVB=0.0318956;RO=37;SAF=33;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128994;STB=0.513829;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00586656;OID=.;OPOS=139013188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:37:37:54:59:0.614583:21:33:22:15:26:33:22:15 chr6 139017780 . G A 322.83 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0231127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8515;QD=14.1903;RBI=0.0269122;REFB=0.0132402;REVB=0.0137866;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137093;STB=0.577938;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0222007;OID=.;OPOS=139017780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:15:21:25:30:15:21:25:30 chr6 139017815 . A G 1299.68 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.11;QD=61.8896;RBI=0.0528879;REFB=0;REVB=-0.0350453;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00714e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:46:38:0:0 chr6 139097232 . C T 280.23 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0115119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.561;QD=16.7302;RBI=0.0209439;REFB=-0.011294;REVB=-0.0174964;RO=36;SAF=23;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306981;STB=0.673522;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0145189;OID=.;OPOS=139097232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:8:23:16:20:8:23:16:20 chr6 139487836 . T C 133.72 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0825627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2912;QD=12.7356;RBI=0.111483;REFB=-0.00691999;REVB=-0.0749116;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291989;STB=0.624833;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0260281;OID=.;OPOS=139487836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:12:3:11:15:12:4:11:15 chr6 139498628 . A G 515.68 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.017803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.167;QD=20.0265;RBI=0.0215232;REFB=-0.0099623;REVB=-0.0120955;RO=50;SAF=37;SAR=16;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320687;STB=0.677183;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0086059;OID=.;OPOS=139498628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:16:37:17:33:16:37:17:33 chr6 139694971 . ATG AGT,AT,GAT 45.29 PASS AF=0,0.272727,0;AO=2,16,3;DP=55;FAO=0,15,0;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=0,8,0;FSAR=0,7,0;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0332013,-0.141967,-0.113924;FXX=0;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,3;MLLD=42.8595,11.6471,25.3373;QD=3.29381;RBI=0.16997,0.194361,0.119221;REFB=-0.0351755,-0.16436,-0.0904792;REVB=-0.166696,-0.132747,-0.0351433;RO=31;SAF=0,10,3;SAR=2,6,0;SRF=19;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.5625,0;SSSB=-0.507952,0.0143154,0.498728;STB=0.5,0.56748,0.5;STBP=1,0.585,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.168728,0;OID=.,.,.;OPOS=139694972,139694973,139694971;OREF=TG,G,ATG;OALT=GT,-,GAT;OMAPALT=AGT,AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:55:55:31:40:2,16,3:0,15,0:0,0.272727,0:2,6,0:0,10,3:19:12:0,7,0:0,8,0:25:15 chr6 141004961 . CT TG 32.43 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=157;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.00176553;FXX=0.0126574;HRUN=4;LEN=2;MLLD=40.624;QD=0.831634;RBI=0.0297298;REFB=-0.00550045;REVB=-0.0296774;RO=143;SAF=7;SAR=5;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127501;STB=0.601743;STBP=0.488;TYPE=mnp;VARB=0.0961671;OID=.;OPOS=141004961;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:157:156:143:144:12:12:0.0769231:5:7:67:76:5:7:68:76 chr6 141004964 . G GT,T 2138.24 PASS AF=0.858065,0.141935;AO=104,33;DP=164;FAO=133,22;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=61,15;FSAR=72,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594881,-0.0488816;FXX=0.0189861;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=30.0288,17.2986;QD=55.1803;RBI=0.0639349,0.0522413;REFB=0,0;REVB=-0.0234272,0.0184321;RO=10;SAF=31,28;SAR=73,5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.113296,-0.0445762;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0159972,-0.0286745;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:164:155:10:0:104,33:133,22:0.858065,0.141935:73,5:31,28:9:1:72,7:61,15:0:0 chr6 141807392 . G A 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0158118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.126;QD=16.6677;RBI=0.017386;REFB=-0.00808645;REVB=0.00722914;RO=57;SAF=29;SAR=19;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776317;STB=0.543363;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0094335;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:19:29:30:27:19:29:30:27 chr6 142688811 . C T 948.64 PASS AF=0.547619;AO=92;DP=168;FAO=92;FDP=168;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0171467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.559;QD=22.5865;RBI=0.0171558;REFB=-0.0209571;REVB=-0.000559395;RO=76;SAF=35;SAR=57;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911805;STB=0.549828;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.01173;OID=.;OPOS=142688811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:76:76:92:92:0.547619:57:35:37:39:57:35:37:39 chr6 142688827 . C T 886.37 PASS AF=0.52071;AO=88;DP=169;FAO=88;FDP=169;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00462908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.776;QD=20.9792;RBI=0.00488321;REFB=-0.00988115;REVB=0.0015548;RO=81;SAF=43;SAR=45;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261184;STB=0.514317;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00726493;OID=.;OPOS=142688827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:81:81:88:88:0.52071:45:43:42:39:45:43:42:39 chr6 142718801 . G A 1092.81 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.334;QD=59.8801;RBI=0.013135;REFB=0;REVB=0.0107671;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81753e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 142758631 . A G 1116.55 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8513;QD=60.3538;RBI=0.0471936;REFB=0;REVB=-0.0471765;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211104;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr6 143074700 . T C 301.46 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0244423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.652;QD=16.7478;RBI=0.0430599;REFB=-0.0140133;REVB=0.0354504;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110549;STB=0.562092;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.022719;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:19:14:21:18:19:14:21:18 chr6 143090734 . T C 636.16 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0437487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.28;QD=21.7492;RBI=0.0439919;REFB=0.0124043;REVB=-0.00461991;RO=53;SAF=28;SAR=35;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701298;STB=0.542844;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0101139;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:54:63:63:0.538462:35:28:28:25:35:28:29:25 chr6 143091263 . A G 783.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.849;QD=63.9421;RBI=0.0293571;REFB=0;REVB=0.0289701;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97392e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr6 143091769 . G A 72.65 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.013649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1534;QD=8.80568;RBI=0.0518267;REFB=0.00313073;REVB=-0.0499971;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588526;STB=0.868145;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0228514;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:9:1:13:10:9:1:13:10 chr6 143092442 . G A 350.51 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0123116;FXX=0.0348797;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.722;QD=16.892;RBI=0.0184935;REFB=-0.0154408;REVB=0.0137998;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041156;STB=0.504561;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0181295;OID=.;OPOS=143092442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:32:46:37:37:0.445783:18:19:18:14:18:19:24:22 chr6 143382110 . T C 1498.45 PASS AF=0.498361;AO=152;DP=301;FAO=152;FDP=305;FR=.;FRO=153;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=-0.0436562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3171;QD=19.6517;RBI=0.0975864;REFB=-0.026713;REVB=-0.0872768;RO=149;SAF=85;SAR=67;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325964;STB=0.524985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0267812;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:305:149:153:152:152:0.498361:67:85:78:71:67:85:78:75 chr6 143745915 . A G 1293.05 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0374053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3409;QD=59.4507;RBI=0.0416951;REFB=-0.034026;REVB=0.0184209;RO=2;SAF=25;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363921;STB=0.519226;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00400724;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:60:25:2:0:60:25:2:0 chr6 143792675 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00245766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.62;QD=18.6416;RBI=0.00264517;REFB=-0.00387989;REVB=-0.000978188;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100444;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00299407;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:14:10:11:10:14:10 chr6 143816859 . C T 870.82 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00487738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.357;QD=56.182;RBI=0.0104706;REFB=-0.0573489;REVB=0.00926521;RO=2;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020369;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00245502;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:32:28:1:1:32:29:0:1 chr6 143823112 . G A 482.62 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00615075;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.781;QD=17.2365;RBI=0.00891998;REFB=-0.010448;REVB=-0.00646021;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127861;STB=0.564955;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0110392;OID=.;OPOS=143823112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:60:51:52:0.464286:28:23:35:25:28:24:35:25 chr6 143823157 . T C 515.05 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00738719;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.141;QD=17.4595;RBI=0.00908865;REFB=0.000669285;REVB=0.00529462;RO=60;SAF=26;SAR=29;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569586;STB=0.527263;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000792851;OID=.;OPOS=143823157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:63:55:55:0.466102:29:26:32:28:29:26:33:30 chr6 144081609 . C T 375.07 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00521431;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.661;QD=17.6505;RBI=0.010628;REFB=-0.00886187;REVB=0.00926096;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296831;STB=0.516608;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0113891;OID=.;OPOS=144081609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:46:39:39:0.458824:20:19:21:25:20:19:21:25 chr6 144081768 . C A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0707654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.099;QD=15.2589;RBI=0.0708284;REFB=-0.00883901;REVB=0.00298517;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293682;STB=0.666317;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00404343;OID=.;OPOS=144081768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:0:6:6:1:0:6 chr6 144263532 . C A 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00026318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.611;QD=12.5606;RBI=0.00651892;REFB=-0.00256644;REVB=0.0065136;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330132;STB=0.689211;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00490853;OID=.;OPOS=144263532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:15:7:21:12:15:7:22:13 chr6 144507910 . G A 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00188681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.991;QD=16.2756;RBI=0.00498493;REFB=-0.00321442;REVB=0.00461406;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185462;STB=0.604009;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0043463;OID=.;OPOS=144507910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:21:18:33:18:21:18:33:18 chr6 144537771 . T C 318.83 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=-0.037259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.736;QD=15.7446;RBI=0.0372629;REFB=0.00107652;REVB=-0.000544734;RO=46;SAF=5;SAR=30;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989529;STB=0.556257;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00179755;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:30:5:9:37:30:5:9:37 chr6 144758799 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0113065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.254;QD=19.0778;RBI=0.0350816;REFB=-0.00843389;REVB=-0.0332097;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985575;STB=0.554862;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0069433;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:13:18:15:17:13:18 chr6 144852201 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00307756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.571;QD=13.3678;RBI=0.0239216;REFB=-0.00867887;REVB=-0.0237228;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272734;STB=0.658366;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0105281;OID=.;OPOS=144852201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:11:20:7:11:11:20 chr6 144869785 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.377;QD=58.9614;RBI=0.028038;REFB=0;REVB=0.0238928;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23595e-05;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr6 144878337 . G T 496.4 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00663609;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.765;QD=19.0922;RBI=0.0264255;REFB=-0.0221348;REVB=0.0255787;RO=48;SAF=23;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679534;STB=0.529137;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0171499;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:48:52:51:52:0.5:28:23:18:30:28:24:21:31 chr6 145051594 . G A 1152.66 PASS AF=0.962963;AO=79;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0267249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.313;QD=56.9213;RBI=0.0308205;REFB=0.0106468;REVB=-0.0153519;RO=2;SAF=14;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253889;STB=0.531906;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000268864;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:79:78:0.962963:65:14:1:1:65:13:2:1 chr6 145115037 . T C 479.91 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=112;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00642352;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.632;QD=16.988;RBI=0.00816853;REFB=-0.0122895;REVB=-0.00504612;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465271;STB=0.530962;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0132186;OID=.;OPOS=145115037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:61:61:51:52:0.460177:25:26:34:27:26:26:34:27 chr6 145167978 . C G 783.52 PASS AF=0.460674;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0100858;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.422;QD=17.6072;RBI=0.0163762;REFB=-0.00581038;REVB=0.0129019;RO=96;SAF=44;SAR=38;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861462;STB=0.547731;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00779667;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:96:96:82:82:0.460674:38:44:43:53:38:44:43:53 chr6 145822992 . A G 264.43 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0244548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5751;QD=15.7866;RBI=0.0269136;REFB=-0.00371053;REVB=-0.0112386;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294167;STB=0.649026;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0148086;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:12:18:10:25:12:18:12:25 chr6 145823642 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0159543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.065;QD=15.1659;RBI=0.0189178;REFB=-0.010209;REVB=0.0101658;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174859;STB=0.599584;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0167277;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:9:14:13:17:9:14:13:17 chr6 146125793 . A T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0422822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5001;QD=6.0149;RBI=0.0516634;REFB=0.011622;REVB=0.0296871;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239723;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0378004;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:14:8:4:3:14:8 chr6 146126419 . C T 74.0 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0158634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.752;QD=9.86705;RBI=0.0166964;REFB=-0.00555236;REVB=0.00520811;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144092;STB=0.574472;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00853748;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:8:11:7:3:8:12 chr6 146207563 . A G 216.5 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0113689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.984;QD=15.1927;RBI=0.0431522;REFB=-0.0414349;REVB=0.0416276;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330859;STB=0.503647;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0479603;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:15:9:13:19:15:10:13:19 chr6 146234644 . G A 319.6 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0432837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8024;QD=21.3065;RBI=0.0438551;REFB=-0.0501783;REVB=-0.00705621;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147349;STB=0.589976;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0358214;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:20:13:15:11:20:13:16:11 chr6 146264480 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00965182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.374;QD=15.1718;RBI=0.0242494;REFB=-0.00460596;REVB=0.0222458;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262598;STB=0.652382;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00449492;OID=.;OPOS=146264480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:11:13:5:12:11:13 chr6 147049868 . G A 538.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.878;QD=59.8807;RBI=0.0220802;REFB=0;REVB=0.0035226;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23955e-05;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr6 147136212 . A T 1425.4 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.457;QD=60.6554;RBI=0.0327253;REFB=-0.0540671;REVB=0.00370222;RO=2;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221718;STB=0.50117;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=4.57102e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:51:41:1:1:51:41:1:1 chr6 147136244 . A G 1066.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893396;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5834;QD=60.1002;RBI=0.0893533;REFB=0;REVB=-0.0015666;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878685;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr6 147635385 . C G 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.385;QD=58.7645;RBI=0.00450013;REFB=0;REVB=0.00415164;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01339e-06;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 147635413 . A G 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.209;QD=58.23;RBI=0.0196805;REFB=0;REVB=-0.00817431;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98248e-05;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr6 147680359 . A G 1283.36 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2786;QD=61.8485;RBI=0.0286986;REFB=0;REVB=-0.0212797;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1808e-05;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr6 147830073 . C T 4129.21 PASS AF=0.981685;AO=268;DP=274;FAO=268;FDP=273;FR=.;FRO=5;FSAF=139;FSAR=129;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0241705;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.576;QD=60.5013;RBI=0.0340446;REFB=-0.1193;REVB=0.0239754;RO=4;SAF=139;SAR=129;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649592;STB=0.505162;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000529339;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:274:273:4:5:268:268:0.981685:129:139:3:1:129:139:4:1 chr6 147886107 . C G 581.07 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0057304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0899;QD=17.3452;RBI=0.00573171;REFB=-0.0319489;REVB=-0.000122379;RO=71;SAF=32;SAR=29;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065239;STB=0.542843;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.042504;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:73:61:61:0.455224:29:32:42:29:29:32:44:29 chr6 148854984 . G A 418.0 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0142944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.522;QD=23.5495;RBI=0.0269711;REFB=0.0050101;REVB=0.0228716;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116251;STB=0.50638;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0031934;OID=.;OPOS=148854984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:17:24:18:12:17:24:18:12 chr6 148865257 . A G 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0351392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.131;QD=14.3334;RBI=0.0351802;REFB=-0.00630047;REVB=-0.00169743;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0125958;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr6 149700491 . G A 274.56 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00141411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0174;QD=19.9682;RBI=0.0354337;REFB=-0.00995034;REVB=-0.0354055;RO=25;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287661;STB=0.67009;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00642557;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:29:29:0.527273:8:21:10:15:8:21:10:16 chr6 149721690 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0053988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.407;QD=21.0153;RBI=0.0227816;REFB=-0.0269901;REVB=0.0221327;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190679;STB=0.608154;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0242525;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:6:7:5:11:6:7 chr6 149721965 . T C 174.93 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0433113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.518;QD=19.9919;RBI=0.0442369;REFB=-0.0344061;REVB=-0.00900217;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0292682;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr6 149722040 . A G 310.71 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406853;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.772;QD=54.0367;RBI=0.0407244;REFB=0;REVB=-0.00178477;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239763;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 149730846 . G A 419.48 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0147825;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2823;QD=19.9751;RBI=0.0156743;REFB=-0.0214613;REVB=-0.0052119;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644755;STB=0.535778;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0247289;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:42:42:42:0.5:19:23:20:22:19:23:20:22 chr6 149953981 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.124;QD=59.8557;RBI=0.0216587;REFB=0;REVB=0.0104859;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04858e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:23:48:0:0:23:48:0:0 chr6 149983216 . G A,T 623.08 PASS AF=0.930233,0.0465116;AO=40,2;DP=43;FAO=40,2;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211888,0.00469996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.8946,46.3544;QD=57.9605;RBI=0.0251616,0.122162;REFB=-0.0142502,-0.134784;REVB=-0.01357,0.122072;RO=1;SAF=26,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0323178,0.697199;STB=0.517233,0.993266;STBP=0.28,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146188,0.146329;OID=.,.;OPOS=149983216,149983216;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:1:1:40,2:40,2:0.930233,0.0465116:14,0:26,2:0:1:14,0:26,2:0:1 chr6 150004779 . A G 1054.5 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163487;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.986;QD=59.4084;RBI=0.0164393;REFB=0;REVB=0.00172384;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02635e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:37:31:0:0:39:32:0:0 chr6 150023048 . CCA C 57.89 PASS AF=0.269841;AO=18;DP=66;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0693639;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=2;MLLD=24.5248;QD=3.67531;RBI=0.136102;REFB=-0.0776422;REVB=-0.1171;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182841;STB=0.712791;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.156202;OID=.;OPOS=150023049;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269841:18:66:17:63:46:10:7:13:33:57:46:9:9:16:30 chr6 150039148 . G A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.78;QD=43.4811;RBI=0.0174213;REFB=0;REVB=0.0174213;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291657;OID=.;OPOS=150039148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr6 150067675 . A G 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358481;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.274;QD=58.6185;RBI=0.0137168;REFB=0;REVB=-0.0132401;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25229e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 150093678 . C T 392.31 PASS AF=0.935484;AO=31;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00250343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.177;QD=50.6202;RBI=0.00977767;REFB=-0.0350657;REVB=0.00945175;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524983;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00467022;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:31:29:0.935484:10:21:0:0:10:19:2:0 chr6 150093682 . C T 427.34 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.308;QD=53.4173;RBI=0.136196;REFB=-0.0414255;REVB=0.010588;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00210846;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:10:20:1:0:11:20:1:0 chr6 150114745 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.555;QD=57.674;RBI=0.0330413;REFB=0;REVB=0.0131772;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244948;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr6 150209717 . C G 1065.71 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894958;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8773;QD=60.0401;RBI=0.0158501;REFB=0;REVB=0.0130817;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206769;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr6 150210681 . G A 1311.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.164;QD=61.0115;RBI=0.0293964;REFB=-0.0743908;REVB=-0.00393601;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030112;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr6 150210685 . C T 1396.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.403;QD=62.7482;RBI=0.0389927;REFB=0;REVB=0.0357118;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108153;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr6 150211123 . A T 1340.06 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.957;QD=62.3284;RBI=0.0177732;REFB=0;REVB=0.0122597;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88094e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:39:47:0:0 chr6 150212003 . C T 754.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2756;QD=56.9083;RBI=0.0507068;REFB=0;REVB=0.0487079;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777006;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr6 150239330 . C T 110.5 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0232691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6176;QD=15.2413;RBI=0.0357199;REFB=-0.0149504;REVB=-0.0271009;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0174618;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:6:9:7:6:7:9 chr6 150240829 . G C 587.44 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0278351;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6153;QD=18.0749;RBI=0.0338724;REFB=-0.0169395;REVB=-0.0193016;RO=69;SAF=30;SAR=30;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348827;STB=0.514887;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0236474;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:60:61:0.469231:30:30:37:32:30:31:37:32 chr6 150267527 . A C 764.52 PASS AF=0.95;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00599441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0358;QD=50.9679;RBI=0.0531957;REFB=-0.06104;REVB=0.0528569;RO=2;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250439;STB=0.510585;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0150406;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:60:2:3:54:57:0.95:25:29:1:1:26:31:1:2 chr6 150290371 . A T 599.47 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00718025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4549;QD=18.3045;RBI=0.0184358;REFB=-0.0123932;REVB=0.01698;RO=69;SAF=26;SAR=36;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138685;STB=0.576898;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.010752;OID=.;OPOS=150290371;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:36:26:39:30:36:26:39:30 chr6 150342232 . G A 664.01 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0342902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.815;QD=18.9716;RBI=0.0347076;REFB=0.00207751;REVB=0.00536662;RO=73;SAF=39;SAR=28;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200706;STB=0.511103;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00269586;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:28:39:44:29:28:39:44:29 chr6 150346532 . T C 184.16 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0177582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.72;QD=21.6661;RBI=0.0229873;REFB=-0.0383289;REVB=-0.0145967;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0349707;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:15:16:0.470588:8:7:7:7:8:8:7:8 chr6 150385730 . T G 1297.55 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151715;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.324;QD=62.5324;RBI=0.0455223;REFB=0;REVB=0.0429197;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281203;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr6 150665278 . A G 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0224037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.661;QD=13.8491;RBI=0.0275082;REFB=-0.00163842;REVB=-0.0159617;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078021;STB=0.523437;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0029121;OID=.;OPOS=150665278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:11:5:6:18:11:5:7:18 chr6 150716696 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.054;QD=59.0187;RBI=0.059845;REFB=0;REVB=0.0587385;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198523;OID=.;OPOS=150716696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 150722187 . T C 1455.46 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015559;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.037;QD=63.281;RBI=0.0336724;REFB=0;REVB=0.0298621;RO=0;SAF=66;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03878e-05;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:26:66:0:0:26:66:0:0 chr6 151121915 . G A 1467.8 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.42;QD=63.1312;RBI=0.0261224;REFB=0;REVB=0.0240739;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57284e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:50:43:0:0 chr6 151152257 . A G 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0163758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.956;QD=24.3363;RBI=0.0164295;REFB=-0.0206104;REVB=0.00132605;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132859;STB=0.572794;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0141437;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:18:20:9:17:18:20:9:17 chr6 151152656 . T C 313.15 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00334842;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.573;QD=16.701;RBI=0.00828103;REFB=-0.00302601;REVB=-0.00757387;RO=41;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217112;STB=0.501617;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00346022;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:14:20:25:16:14:20:24:17 chr6 151164764 . C T 524.77 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00575398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.758;QD=21.4191;RBI=0.00752839;REFB=-0.0188424;REVB=-0.00485473;RO=47;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116629;STB=0.511107;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0148327;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:23:27:26:21:23:27:27:21 chr6 151198895 . T C 440.63 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0451793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.835;QD=19.5837;RBI=0.0459337;REFB=-0.0101079;REVB=-0.00829094;RO=46;SAF=15;SAR=29;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705931;STB=0.503922;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0102743;OID=.;OPOS=151198895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:29:15:16:30:29:15:16:30 chr6 151336739 . C G 1607.18 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3511;QD=58.9792;RBI=0.049068;REFB=-0.146793;REVB=-0.0162547;RO=1;SAF=55;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085524;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00217896;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:53:55:1:0:53:55:1:0 chr6 151358223 . C T 328.58 PASS AF=0.362832;AO=40;DP=112;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00272971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.14;QD=11.631;RBI=0.0160715;REFB=-0.00715497;REVB=-0.015838;RO=72;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109142;STB=0.569489;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0118912;OID=.;OPOS=151358223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:72:72:40:41:0.362832:20:20:29:43:20:21:29:43 chr6 151669875 . A G 178.6 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0164318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.33;QD=22.325;RBI=0.0240574;REFB=0.0070947;REVB=-0.0175714;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143909;STB=0.580895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0071985;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:8:6:11:7:8:6 chr6 151670897 . T C 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00950204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.323;QD=21.8974;RBI=0.0213913;REFB=-0.0297446;REVB=0.019165;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147349;STB=0.581466;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0175586;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:20:13:15:11:20:13:15:11 chr6 151674116 . T TGAG 160.19 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00339617;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.721;QD=18.3069;RBI=0.0120593;REFB=-0.00463833;REVB=0.0115712;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.00956951;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:16:35:17:35:18:9:8:6:12:99:18:9:7:6:12 chr6 151674326 . A C 156.9 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0425131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4516;QD=16.0919;RBI=0.042823;REFB=-0.0162776;REVB=-0.00514203;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872856;STB=0.560905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.022011;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:8:13:9:8:8:14 chr6 151686905 . C T 427.18 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0208698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8333;QD=17.2596;RBI=0.0309928;REFB=0.00221595;REVB=-0.022913;RO=55;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591249;STB=0.533133;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00504509;OID=.;OPOS=151686905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:25:19:27:28:25:19:27:28 chr6 151766552 . G A 2642.91 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104163;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.746;QD=62.1862;RBI=0.0239164;REFB=0;REVB=0.0215289;RO=0;SAF=79;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0732e-05;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:91:79:0:0:91:79:0:0 chr6 151789912 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4869;QD=46.848;RBI=0.0195797;REFB=0;REVB=0.0154802;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141834;OID=.;OPOS=151789912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 151859314 . A G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.017182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.122;QD=28.1267;RBI=0.0278834;REFB=0.0163069;REVB=0.0219605;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020029;STB=0.511053;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0120767;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:13:11:6:8:13:11:6:8 chr6 151894340 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00686616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.309;QD=11.2669;RBI=0.0077258;REFB=-0.00851777;REVB=-0.00354174;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20074;STB=0.616905;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0106223;OID=.;OPOS=151894340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:8:12:15:21:8:12:15:21 chr6 151894505 . T C 954.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2097;QD=58.7343;RBI=0.0607014;REFB=0;REVB=-0.0504288;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000789541;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr6 151936677 . G A 294.23 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0019178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0508;QD=17.5657;RBI=0.0154143;REFB=-0.014152;REVB=-0.0152945;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020818;STB=0.504741;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0103493;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:31:32:0.477612:18:13:15:19:18:14:15:20 chr6 151939181 . G A 322.65 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0190141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.385;QD=25.3061;RBI=0.019949;REFB=-0.00907558;REVB=0.00603562;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147876;STB=0.581013;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0173226;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:5:15:17:14:5:15 chr6 152129077 . T C 672.67 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00223272;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.443;QD=17.3593;RBI=0.0200763;REFB=-0.00393934;REVB=-0.0199517;RO=80;SAF=42;SAR=30;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683397;STB=0.535509;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00464588;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:80:83:72:72:0.464516:30:42:41:39:30:42:43:40 chr6 152201875 . T C 1123.42 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107152;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.475;QD=59.9156;RBI=0.0123889;REFB=0;REVB=-0.00621847;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012702;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:45:27:0:0:45:30:0:0 chr6 152422062 . ATT ATA,AT 1625.56 PASS AF=0.0479705,0.95203;AO=14,82;DP=274;FAO=13,258;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=0,149;FSAR=13,109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108772,0.958182;FXX=0.025179;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=182.764,7.92254;QD=23.9936;RBI=0.159288,0.979043;REFB=0.00687658,0.031922;REVB=-0.116366,-0.201029;RO=113;SAF=0,18;SAR=14,64;SRF=107;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.870928,-0.66542;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.19475,-0.00642968;OID=.,.;OPOS=152422064,152422063;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0479705,0.95203:14,82:274:13,258:271:0:0,149:13,109:0:0:18:113:0,18:14,64:107:6 chr6 152422335 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.924;QD=63.476;RBI=0.0287464;REFB=0;REVB=0.0171487;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61184e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr6 152423905 . T A 467.37 PASS AF=0.471698;AO=33;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00294967;FXX=0.0185168;HRUN=8;LEN=1;MLLD=269.09;QD=17.6365;RBI=0.0428708;REFB=-0.00792145;REVB=-0.0427692;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041242;STB=0.538446;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00153412;OID=.;OPOS=152423905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:40:54:33:50:0.471698:12:21:27:13:25:25:31:23 chr6 152464839 . A G 1373.4 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00330452;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.269;QD=60.3692;RBI=0.00496118;REFB=-0.0681482;REVB=-0.00370047;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510867;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=6.70891e-05;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:0:2:89:89:0.978022:44:45:0:0:44:45:2:0 chr6 152466674 . T C 638.46 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.663;QD=59.3911;RBI=0.0769882;REFB=0;REVB=0.0727203;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216495;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:21:22:0:0 chr6 152469188 . C G 954.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.966;QD=58.7141;RBI=0.0193012;REFB=0;REVB=-0.00307568;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226077;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:25:40:0:0 chr6 152469331 . C T 1134.82 PASS AF=0.939024;AO=73;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0221007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.326;QD=55.3569;RBI=0.0960087;REFB=-0.115029;REVB=0.0934303;RO=4;SAF=32;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188133;STB=0.508439;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00196458;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:82:4:4:73:77:0.939024:41:32:1:3:45:32:1:3 chr6 152489294 . T C 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.432;QD=53.9303;RBI=0.0306739;REFB=-0.145044;REVB=0.0232748;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0126911;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:12:18:0:1 chr6 152529260 . G A 772.09 PASS AF=0.493902;AO=79;DP=161;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.0199044;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7686;QD=18.8314;RBI=0.0199052;REFB=-0.00130848;REVB=-0.000180597;RO=82;SAF=41;SAR=38;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130078;STB=0.561276;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00154754;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:82:83:79:81:0.493902:38:41:54:28:38:43:54:29 chr6 152540278 . A C 1403.86 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00673818;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.621;QD=54.5188;RBI=0.0117116;REFB=-0.130246;REVB=-0.00957912;RO=3;SAF=47;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293136;STB=0.510703;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-4.62068e-05;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:3:4:99:99:0.961165:52:47:3:0:52:47:3:1 chr6 152583258 . T A 1015.1 PASS AF=0.481982;AO=81;DP=222;FAO=107;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.0225267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=18.2901;RBI=0.054126;REFB=-0.0644827;REVB=0.0492156;RO=109;SAF=46;SAR=35;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396301;STB=0.515392;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0570974;OID=.;OPOS=152583258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:109:115:81:107:0.481982:35:46:66:43:38:69:71:44 chr6 152647681 . A T 535.98 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0014225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8551;QD=20.2255;RBI=0.0317012;REFB=-0.017675;REVB=-0.0316693;RO=51;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348967;STB=0.519224;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0173909;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:28:27:23:28:28:27:23:28 chr6 152651759 . C G 80.91 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0474828;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.952;QD=7.3558;RBI=0.0482506;REFB=-0.0105256;REVB=0.00857311;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724969;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0292111;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:33:33:11:11:0.25:6:5:17:16:6:5:17:16 chr6 152652034 . A T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0147163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.132;QD=18.4123;RBI=0.0151173;REFB=-0.0251226;REVB=-0.00345874;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404875;STB=0.52259;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0250379;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:16:18:16:17:16:18 chr6 152658142 . T C 353.89 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0186753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5179;QD=36.2963;RBI=0.0195549;REFB=-0.0484305;REVB=0.00579894;RO=8;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566373;STB=0.530015;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0165029;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:37:39:8:10:29:29:0.74359:14:15:3:5:14:15:4:6 chr6 152665261 . C A 535.05 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.000303968;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.415;QD=23.2629;RBI=0.00881071;REFB=-0.0093171;REVB=-0.00880547;RO=42;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959464;STB=0.552611;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00808057;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:42:50:50:0.543478:21:29:29:13:21:29:29:13 chr6 152675854 . A G 475.54 PASS AF=0.427419;AO=51;DP=122;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.00764247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.405;QD=15.3401;RBI=0.00933715;REFB=-0.0083629;REVB=0.00536424;RO=71;SAF=28;SAR=23;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089663;STB=0.560998;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0103502;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:71:71:51:53:0.427419:23:28:45:26:25:28:45:26 chr6 152683413 . G T 359.6 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00555437;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.032;QD=22.475;RBI=0.0192707;REFB=-0.0161509;REVB=0.0184529;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14669;STB=0.58094;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00881774;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:28:28:36:36:0.5625:14:22:12:16:14:22:12:16 chr6 152694184 . T C 627.95 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00167256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.692;QD=17.3227;RBI=0.0507254;REFB=-0.00517379;REVB=0.0506978;RO=79;SAF=38;SAR=27;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151674;STB=0.512504;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00701078;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:79:80:65:65:0.448276:27:38:45:34:27:38:45:35 chr6 152772264 . A G 636.94 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0416116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.245;QD=23.3738;RBI=0.0434459;REFB=-0.0119161;REVB=0.0124909;RO=47;SAF=32;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378963;STB=0.520703;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0103355;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:30:32:22:25:30:32:22:25 chr6 152777051 . T C 414.23 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00362061;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.242;QD=18.8288;RBI=0.0183705;REFB=-0.0126647;REVB=0.0180102;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136527;STB=0.57001;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0125886;OID=.;OPOS=152777051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:46:42:42:0.477273:23:19:27:18:23:19:27:19 chr6 152777819 . G A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0037242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.781;QD=12.6192;RBI=0.0306765;REFB=-0.0106706;REVB=0.0304496;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155596;STB=0.58926;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0195992;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:23:15:13:11:23:15 chr6 153296541 . G C 280.76 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.116018;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.216;QD=21.1893;RBI=0.11603;REFB=-0.0593784;REVB=0.00168333;RO=24;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310613;STB=0.674731;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0267663;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:29:29:0.54717:24:5:11:13:24:5:11:13 chr6 153315695 . C T 578.86 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.00309403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.328;QD=19.136;RBI=0.0137042;REFB=-0.0139076;REVB=-0.0133504;RO=61;SAF=30;SAR=30;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187702;STB=0.603273;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0189754;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:30:30:18:43:30:30:18:43 chr6 153315921 . G A 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0403905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.453;QD=24.0646;RBI=0.0449791;REFB=-0.0351799;REVB=0.0197921;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181774;STB=0.510191;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0152122;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:6:4:6:10:6:4 chr6 153316326 . A G 298.87 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0545305;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0589;QD=13.2831;RBI=0.0568894;REFB=0.00565097;REVB=0.016212;RO=56;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154238;STB=0.588183;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00645807;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:56:56:34:34:0.377778:20:14:31:25:20:14:31:25 chr6 153323594 . C T 737.28 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0245545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8643;QD=17.6595;RBI=0.0251529;REFB=-0.0104739;REVB=0.00545372;RO=88;SAF=39;SAR=39;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326486;STB=0.514966;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.012555;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:89:78:78:0.467066:39:39:41:47:39:39:42:47 chr6 153323709 . T C 108.96 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0823967;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7676;QD=11.7799;RBI=0.0827944;REFB=-0.0165741;REVB=-0.00810577;RO=24;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247002;STB=0.651887;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0742511;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:24:24:13:13:0.351351:12:1:4:20:12:1:4:20 chr6 153365100 . A C 333.47 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0124686;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.378;QD=12.8258;RBI=0.013726;REFB=-0.00779809;REVB=-0.00573901;RO=63;SAF=17;SAR=23;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156908;STB=0.58433;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0111487;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:63:64:40:40:0.384615:23:17:36:27:23:17:36:28 chr6 153741613 . G C 557.28 PASS AF=0.483333;AO=57;DP=119;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0132547;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3339;QD=18.5759;RBI=0.0255503;REFB=-0.00440885;REVB=0.0218433;RO=62;SAF=20;SAR=37;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529587;STB=0.532699;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00669431;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:62:62:57:58:0.483333:37:20:25:37:38:20:25:37 chr6 154360797 . A G 2085.88 PASS AF=0.964789;AO=135;DP=141;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00743521;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.813;QD=58.7572;RBI=0.0247781;REFB=-0.0921481;REVB=-0.0236362;RO=5;SAF=65;SAR=70;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216136;STB=0.510947;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00229916;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:142:5:5:135:137:0.964789:70:65:4:1:70:67:4:1 chr6 154414446 . A T 2181.72 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115097;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.13;QD=63.2383;RBI=0.0739154;REFB=0;REVB=-0.0730138;RO=0;SAF=81;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106581;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:57:81:0:0:57:81:0:0 chr6 154414563 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.908;QD=60.3756;RBI=0.0347212;REFB=0;REVB=0.0114762;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71755e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:33:41:0:0 chr6 154414573 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9097;QD=58.5999;RBI=0.0780891;REFB=0;REVB=0.0058351;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919879;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr6 154727408 . T C 446.42 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00181191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9296;QD=29.2738;RBI=0.0172353;REFB=-0.0326702;REVB=0.0171398;RO=19;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106545;STB=0.503648;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0174317;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:19:20:41:41:0.672131:18:23:11:8:18:23:11:9 chr6 154771277 . A G 960.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142824;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6455;QD=59.098;RBI=0.0228074;REFB=0;REVB=0.0177817;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477288;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr6 155485554 . G A 1306.12 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839924;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3103;QD=62.1963;RBI=0.0480773;REFB=0;REVB=-0.047338;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99067e-05;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr6 155561760 . T C 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.956;QD=61.5321;RBI=0.0325171;REFB=0;REVB=0.0324462;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10355e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr6 155577823 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.412;QD=51.9164;RBI=0.0339202;REFB=0;REVB=0.0282843;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693554;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 155578599 . A T 825.36 PASS AF=0.967742;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.921;QD=53.2492;RBI=0.0613101;REFB=-0.0417554;REVB=-0.0601545;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039261;STB=0.519993;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000932344;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:62:2:2:58:60:0.967742:23:35:0:2:24:36:0:2 chr6 155578756 . A T 707.43 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5606;QD=51.4493;RBI=0.0367104;REFB=-0.23019;REVB=-0.0322204;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00648075;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:55:1:2:52:53:0.963636:28:24:1:0:28:25:2:0 chr6 155596901 . T C,G 1080.14 PASS AF=0.959459,0.0405405;AO=69,3;DP=72;FAO=71,3;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000610637,-0.000865563;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.687,201.979;QD=58.3861;RBI=0.0103499,0.011078;REFB=0,0;REVB=0.0103319,0.0110442;RO=0;SAF=39,3;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000579776,0.0186696;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:72:74:0:0:69,3:71,3:0.959459,0.0405405:30,0:39,3:0:0:32,0:39,3:0:0 chr6 155597147 . C T 1970.83 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.914;QD=62.0733;RBI=0.0112685;REFB=0;REVB=-0.00299663;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36966e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:75:52:0:0:75:52:0:0 chr6 155606325 . C T 1167.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.178;QD=60.6614;RBI=0.0247958;REFB=0;REVB=0.0106908;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46625e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr6 155750035 . C T 667.14 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0114939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4544;QD=47.6525;RBI=0.0196175;REFB=-0.0275804;REVB=0.0158977;RO=5;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09104;STB=0.54857;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0478905;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:5:5:51:51:0.910714:16:35:1:4:16:35:1:4 chr6 155761246 . G T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0136044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.118;QD=26.3058;RBI=0.0162365;REFB=-0.0124586;REVB=0.00886251;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578375;STB=0.532133;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0087146;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:6:7:13:8:6:7 chr6 157801040 . T A 789.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385064;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.29;QD=57.44;RBI=0.0385104;REFB=0;REVB=-0.000558784;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79578e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr6 157801186 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.203;QD=53.9112;RBI=0.0195409;REFB=0;REVB=0.0191102;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81286e-05;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 157801516 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.327;QD=62.4655;RBI=0.0158655;REFB=0;REVB=0.00714849;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82793e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:38:48:0:0:38:49:0:0 chr6 157963743 . G A 150.51 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00409277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.759;QD=12.2868;RBI=0.00555081;REFB=-0.00333167;REVB=0.00374976;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775411;STB=0.558305;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0082625;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:11:6:13:18:11:6:14:18 chr6 158497717 . T C 158.6 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-6.90484e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8804;QD=10.7526;RBI=0.0150651;REFB=-0.00464282;REVB=-0.015065;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144192;STB=0.575689;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0083886;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:20:21:0.355932:9:11:25:12:9:12:26:12 chr6 158499302 . G T 404.47 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0157388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.896;QD=17.3965;RBI=0.0338949;REFB=-0.012711;REVB=0.0300192;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387197;STB=0.509429;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0153801;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:51:51:40:42:0.451613:18:22:30:21:18:24:30:21 chr6 158505088 . A G 352.99 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0197386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.142;QD=21.0742;RBI=0.0207414;REFB=-0.00453946;REVB=-0.00637102;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138579;STB=0.574462;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00348457;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:31:35:36:0.537313:13:22:14:16:13:23:15:16 chr6 158507981 . G A 288.73 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0500947;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6553;QD=24.5726;RBI=0.0595915;REFB=-0.0338615;REVB=0.0322749;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749087;STB=0.541565;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0412753;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:15:11:7:14:15:11:7:14 chr6 158509750 . A G 394.02 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.115444;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5461;QD=16.9469;RBI=0.122128;REFB=-0.0166616;REVB=-0.039851;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128909;STB=0.56267;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0218834;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:52:52:40:41:0.44086:25:15:26:26:25:16:26:26 chr6 158517308 . A G 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0471551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6403;QD=25.2869;RBI=0.0661664;REFB=0.0433;REVB=-0.0464154;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0281249;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:3:6:11:5:3:6 chr6 158571501 . G A 196.44 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00593343;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1521;QD=12.6737;RBI=0.0199702;REFB=-0.00866715;REVB=-0.0190684;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172066;STB=0.598849;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:10:14:16:22:10:14:16:22 chr6 158735087 . C T 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00861095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.264;QD=23.2588;RBI=0.00941518;REFB=0.0200668;REVB=-0.00380752;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465365;STB=0.525965;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0171594;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:11:8:11:12:11:8 chr6 158735090 . T C 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0346961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.12;QD=21.7456;RBI=0.034854;REFB=-0.0102932;REVB=0.00331409;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849073;STB=0.547576;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0110809;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:12:8:11:11:12:8 chr6 158870081 . A G 1090.36 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0266731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7326;QD=57.3873;RBI=0.0667182;REFB=0.0424135;REVB=-0.0611544;RO=2;SAF=41;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225169;STB=0.511901;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00210601;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:33:41:2:0:33:41:2:0 chr6 158923434 . G C 1343.33 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3875;QD=61.7621;RBI=0.0190745;REFB=0;REVB=0.0176345;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264593;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:37:49:0:0:38:49:0:0 chr6 158924088 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.729;QD=56.9558;RBI=0.0457974;REFB=0;REVB=0.0456585;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39052e-05;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chr6 158927651 . A G 784.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.499;QD=64.0286;RBI=0.0266714;REFB=0;REVB=0.0140886;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47564e-05;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr6 158932817 . G C 651.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4598;QD=62.0197;RBI=0.0720411;REFB=0;REVB=0.0705068;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106325;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr6 159058767 . C A 458.15 PASS AF=0.435897;AO=49;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0210757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1835;QD=15.6632;RBI=0.0421111;REFB=-0.00382571;REVB=-0.0364577;RO=68;SAF=30;SAR=19;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220128;STB=0.503755;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00941974;OID=.;OPOS=159058767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:66:49:51:0.435897:19:30:43:25:19:32:41:25 chr6 159065758 . C G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.531;QD=60.3767;RBI=0.053166;REFB=0;REVB=-0.00246857;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53135e-05;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr6 159178345 . C T 1579.16 PASS AF=0.990741;AO=99;DP=101;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0948264;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8086;QD=58.4875;RBI=0.108514;REFB=-0.00368246;REVB=0.0527561;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.50505;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00177498;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:108:1:1:99:107:0.990741:46:53:0:1:49:58:0:1 chr6 159398633 . T C 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-8.90437e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.601;QD=15.4433;RBI=0.00495977;REFB=-0.0242469;REVB=-0.00495897;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171176;STB=0.596419;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0359804;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:17:20:19:32:17:20:19:32 chr6 159398700 . C T 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00206829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.824;QD=15.6165;RBI=0.0062372;REFB=0.00572773;REVB=-0.00588429;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065003;STB=0.536701;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00757847;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:22:21:14:19:22:21 chr6 159398764 . G A 433.51 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00128513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9774;QD=23.4331;RBI=0.0134135;REFB=-0.00772551;REVB=-0.0133518;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716212;STB=0.503935;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00571369;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:18:24:18:14:18:24:18:14 chr6 159399348 . A G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0552254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=9.65089;RBI=0.0557463;REFB=-0.00560174;REVB=-0.00760283;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881337;STB=0.553116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0123061;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:19:14:7:7:19:14 chr6 159407446 . C T 412.27 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00313757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.389;QD=21.1418;RBI=0.0143766;REFB=0.00849107;REVB=-0.01403;RO=35;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151413;STB=0.585756;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00602097;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:37:41:41:0.525641:27:14:18:17:27:14:19:18 chr6 159414899 . T C 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00250075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.417;QD=16.0643;RBI=0.0217456;REFB=0.00199041;REVB=0.0216013;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181409;STB=0.602332;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00227164;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:19:12:15:11:19:12 chr6 159420574 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0240709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.478;QD=22.9085;RBI=0.0311776;REFB=-0.0377176;REVB=-0.019815;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254125;STB=0.627676;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0236307;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:11:9:13:4:11:10:13:4 chr6 159650978 . A G 1624.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.727;QD=60.1488;RBI=0.0208179;REFB=0;REVB=-0.0191565;RO=0;SAF=72;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48125e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:35:72:0:0:35:73:0:0 chr6 159652931 . G C 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.021291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0467;QD=16.5031;RBI=0.0417794;REFB=-0.0209152;REVB=0.0359473;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270068;STB=0.515224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0196089;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:17:13:12:14:17:13 chr6 159654487 . G T 275.58 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0318343;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2515;QD=15.3102;RBI=0.0344831;REFB=-0.0201924;REVB=0.0132538;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236486;STB=0.539543;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0289592;OID=.;OPOS=159654487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:37:41:31:31:0.430556:15:16:20:17:15:16:24:17 chr6 159654551 . C G 120.42 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0790413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2556;QD=13.3801;RBI=0.0883778;REFB=-0.026256;REVB=0.0395363;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370619;STB=0.591404;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0360762;OID=.;OPOS=159654551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:22:13:14:0.388889:12:1:5:15:12:2:5:17 chr6 159654829 . G A 196.27 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0713937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3262;QD=20.6598;RBI=0.0786082;REFB=-0.0353174;REVB=0.0328967;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999867;STB=0.505489;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0211694;OID=.;OPOS=159654829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:7:10:12:8:7:11 chr6 159654913 . C T 106.85 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.010479;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7872;QD=20.3518;RBI=0.0698292;REFB=-0.0671466;REVB=0.0690385;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155545;STB=0.588097;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.040226;OID=.;OPOS=159654913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:2:7:7:5:2:7 chr6 159654994 . A C 185.57 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0211359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3983;QD=16.8699;RBI=0.0225207;REFB=-0.00360742;REVB=-0.00777527;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267886;STB=0.638261;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0291028;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:24:18:20:0.454545:10:8:16:6:11:9:17:7 chr6 159655084 . C G 1505.56 PASS AF=0.462908;AO=154;DP=335;FAO=156;FDP=337;FR=.;FRO=181;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=70;FSRR=111;FWDB=-0.0184736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0211;QD=17.8702;RBI=0.0322403;REFB=-0.0260379;REVB=-0.0264228;RO=179;SAF=73;SAR=81;SRF=69;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870401;STB=0.544038;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0308634;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:337:179:181:154:156:0.462908:81:73:69:110:83:73:70:111 chr6 159655102 . A G 1460.64 PASS AF=0.465753;AO=128;DP=327;FAO=170;FDP=365;FR=.;FRO=195;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=79;FSRR=116;FWDB=0.00236975;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.781;QD=16.007;RBI=0.0175375;REFB=-0.0132092;REVB=0.0173767;RO=170;SAF=62;SAR=66;SRF=66;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992121;STB=0.550679;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0162566;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:365:170:195:128:170:0.465753:66:62:66:104:85:85:79:116 chr6 159655326 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00805157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.029;QD=11.1041;RBI=0.0113129;REFB=0.0106743;REVB=0.00794691;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.565043;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00755653;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:2:8:5:2:2:8 chr6 159655383 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00627269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.26;QD=21.5458;RBI=0.025797;REFB=-0.0201713;REVB=-0.0250228;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327439;STB=0.687207;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0211044;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:3:11:4:6:3:11:4:6 chr6 159655402 . A G 255.56 PASS AF=0.638889;AO=16;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0429319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.312;QD=28.3955;RBI=0.0464228;REFB=-0.0529172;REVB=-0.0176614;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113207;STB=0.572454;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00647308;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:4:13:16:23:0.638889:7:9:1:3:8:15:6:7 chr6 159670100 . A G 171.17 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.027624;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.467;QD=12.4487;RBI=0.0294215;REFB=-0.0178216;REVB=0.0101264;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305846;STB=0.69983;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026743;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:34:21:21:0.381818:12:9:22:8:12:9:26:8 chr6 159672419 . G C 578.94 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0230488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.377;QD=19.625;RBI=0.0275246;REFB=-0.0271093;REVB=-0.0150452;RO=57;SAF=32;SAR=27;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200089;STB=0.608005;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0240682;OID=.;OPOS=159672419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:57:58:59:60:0.508475:27:32:18:39:27:33:19:39 chr6 159672542 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00889933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.621;QD=22.3968;RBI=0.00892611;REFB=-0.0122584;REVB=0.000690851;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295957;STB=0.663802;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00714222;OID=.;OPOS=159672542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:4:19:12:13:4:19 chr6 159692405 . C T 628.78 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0138021;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.605;QD=18.9108;RBI=0.0138028;REFB=-0.0164951;REVB=-0.000134546;RO=68;SAF=33;SAR=31;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128566;STB=0.503175;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0196963;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:69:64:64:0.481203:31:33:36:32:31:33:36:33 chr6 160114168 . T C 329.19 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0548154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4411;QD=18.5459;RBI=0.0609129;REFB=-0.0496043;REVB=-0.026564;RO=36;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190591;STB=0.521255;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0352004;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:11:23:25:11:12:23:25:11 chr6 160169258 . G T 386.36 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.016753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.697;QD=18.1817;RBI=0.0324614;REFB=-0.0125007;REVB=-0.0278043;RO=45;SAF=28;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349102;STB=0.694937;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0103017;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:12:28:15:30:12:28:15:30 chr6 160170458 . GTTTT GTTTG,GTT,GTTT 252.33 PASS AF=0.23913,0.608696,0.152174;AO=2,5,8;DP=46;FAO=11,28,7;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,7;FSAR=11,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464796,0.512206,0.989088;FXX=0.079984;HRUN=15,15,15;LEN=1,2,1;MLLD=201.559,5.89635,3.93829;QD=21.942;RBI=0.0660948,0.537855,1.03493;REFB=-0.0135511,0.0274704,0.0259484;REVB=-0.0469911,-0.164112,-0.304622;RO=14;SAF=0,5,8;SAR=2,0,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.844806,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0914205,0.10093,-0.184796;OID=.,.,.;OPOS=160170462,160170459,160170459;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTTG,GTT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.23913,0.608696,0.152174:2,5,8:46:11,28,7:46:0:0,24,7:11,4,0:0:0:81:14:0,5,8:2,0,0:14:0 chr6 160182617 . C T 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0104965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.277;QD=16.8174;RBI=0.0162147;REFB=-0.0174245;REVB=0.0123589;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376649;STB=0.719369;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0372978;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:8:13:6:21:8:13:6:22 chr6 160198359 . C T 335.79 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0471452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1132;QD=22.3861;RBI=0.0476984;REFB=0.00902289;REVB=-0.00724358;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187949;STB=0.501037;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0102358;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:13:21:16:10:13:21:16:10 chr6 160201295 . C A 315.29 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0157019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.11;QD=22.5208;RBI=0.0388529;REFB=-0.031236;REVB=-0.0355387;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184781;STB=0.601708;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0300545;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:17:15:17:7:17:15:17:7 chr6 160206716 . T C 71.06 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0699342;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3356;QD=14.9604;RBI=0.0740979;REFB=-0.0162717;REVB=0.0244887;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0351284;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:18:19:10:10:8:9:0.473684:4:4:5:5:5:4:5:5 chr6 160211636 . G A 771.74 PASS AF=0.383621;AO=87;DP=232;FAO=89;FDP=232;FR=.;FRO=143;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.00175689;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.15;QD=13.3059;RBI=0.0230182;REFB=-0.0143391;REVB=0.022951;RO=140;SAF=42;SAR=45;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422689;STB=0.532377;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0221109;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:140:143:87:89:0.383621:45:42:73:67:47:42:75:68 chr6 160211645 . GGTT G 420.82 PASS AF=0.380952;AO=55;DP=207;FAO=80;FDP=210;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.0067827;FXX=0.0322566;HRUN=5;LEN=3;MLLD=269.055;QD=8.01564;RBI=0.0123372;REFB=0.00404923;REVB=0.0103054;RO=128;SAF=29;SAR=26;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327434;STB=0.55006;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=-0.00538169;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:55:207:80:210:130:33:47:64:66:99:128:29:26:64:64 chr6 160224346 . T C 179.96 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0361863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.064;QD=15.9962;RBI=0.0461843;REFB=-0.0168145;REVB=0.0286975;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055766;STB=0.532129;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0225208;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:18:8:5:14:18:8 chr6 160234625 . G C 505.37 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0163929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1257;QD=20.2146;RBI=0.0675351;REFB=-0.00826734;REVB=0.0655154;RO=51;SAF=31;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620843;STB=0.534468;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00884032;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:18:31:29:22:18:31:29:22 chr6 160448324 . C G 324.0 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00737539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6818;QD=28.8001;RBI=0.00801949;REFB=-0.00974091;REVB=-0.00314894;RO=17;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135843;STB=0.574825;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00656693;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:17:11:10:7:17:11:10:7 chr6 160453978 . A G,T 1053.09 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=65,6;DP=71;FAO=66,6;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31,6;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264128,0.000329645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.041,100.073;QD=58.5048;RBI=0.0325004,0.00920851;REFB=0,0;REVB=0.0189378,0.00920261;RO=0;SAF=30,6;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00112567,0.0531183;OID=.,.;OPOS=160453978,160453978;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:71:72:0:0:65,6:66,6:0.916667,0.0833333:35,0:30,6:0:0:35,0:31,6:0:0 chr6 160464289 . G A 1438.54 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.466;QD=61.8728;RBI=0.0369402;REFB=-0.10897;REVB=0.0320098;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0002649;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:0:1:44:48:0:1 chr6 160468278 . A G 339.31 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00232678;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6393;QD=17.1805;RBI=0.0168679;REFB=-0.00838452;REVB=0.0167066;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449012;STB=0.52515;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.012815;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:27:16:15:21:27:16 chr6 160494409 . A G 403.51 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0103307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.331;QD=16.8128;RBI=0.0127987;REFB=-0.0239744;REVB=0.00755543;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293149;STB=0.516459;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.023988;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:23:19:26:28:23:19:26:28 chr6 160505199 . C G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7783;QD=64.1509;RBI=0.0435997;REFB=0;REVB=0.0176225;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360375;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr6 160524773 . T A 70.39 PASS AF=0.27027;AO=8;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0181073;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=36.0662;QD=7.61005;RBI=0.0483123;REFB=0.00586401;REVB=-0.0447907;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295481;STB=0.707;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0172004;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:37:19:27:8:10:0.27027:3:5:16:3:4:6:23:4 chr6 160526904 . TCAAA T,TCAAC 164.11 PASS AF=0.310345,0.0689655;AO=16,4;DP=61;FAO=18,4;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12,0;FSAR=6,4;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=-0.027947,-0.0543709;FXX=0.0645057;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=205.41,43.5871;QD=11.3181;RBI=0.0279674,0.0714123;REFB=-0.00372404,-0.00702066;REVB=-0.0010675,0.0462982;RO=36;SAF=12,0;SAR=4,4;SRF=31;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195678,-0.773105;STB=0.661393,0.998875;STBP=0.179,0;TYPE=del,snp;VARB=0.00755819,0.0367767;OID=.,.;OPOS=160526905,160526908;OREF=CAAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345,0.0689655:16,4:61:18,4:58:36:12,0:6,4:31:5:99:36:12,0:4,4:31:5 chr6 160543122 . GT G,GC 245.39 PASS AF=0.283333,0.216667;AO=21,11;DP=61;FAO=17,13;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11,5;FSAR=6,8;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0365607,0.110774;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.54,41.4121;QD=16.3596;RBI=0.0405507,0.110821;REFB=-0.016523,-0.00864885;REVB=-0.0175405,-0.0032402;RO=29;SAF=14,4;SAR=7,7;SRF=6;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44186,0.218216;STB=0.746815,0.617368;STBP=0.022,0.342;TYPE=del,snp;VARB=0.0114765,0.0990367;OID=.,.;OPOS=160543123,160543123;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333,0.216667:21,11:61:17,13:60:30:11,5:6,8:7:23:92:29:14,4:7,7:6:23 chr6 160551204 . G C 427.14 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0465425;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5377;QD=15.1199;RBI=0.0466746;REFB=-0.010928;REVB=0.00351022;RO=65;SAF=25;SAR=23;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975674;STB=0.554709;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0127707;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:113:65:65:48:48:0.424779:23:25:40:25:23:25:40:25 chr6 160560845 . A G 356.83 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.03478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.656;QD=19.2882;RBI=0.0360404;REFB=-0.0294259;REVB=-0.00944785;RO=36;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149803;STB=0.584428;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0207776;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:37:35:37:0.5:12:23:18:18:13:24:18:19 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 97.43 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0140174;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=8;MLLD=238.386;QD=9.50518;RBI=0.0148596;REFB=-0.000493655;REVB=-0.00493177;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176841;STB=0.655476;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.00089366;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:12:39:12:41:29:4:8:16:13:97:18:4:8:9:9 chr6 160645832 . C T 189.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00420648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.849;QD=21.0039;RBI=0.0113343;REFB=-0.0197793;REVB=0.0105248;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144674;STB=0.581311;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0386121;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:6:11:9:10:6:11 chr6 160670282 . A C 1263.86 PASS AF=0.5;AO=128;DP=256;FAO=128;FDP=256;FR=.;FRO=128;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=0.00137465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.329;QD=19.7479;RBI=0.012057;REFB=-0.0300301;REVB=-0.0119783;RO=128;SAF=69;SAR=59;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214481;STB=0.511767;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0307435;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:128:128:128:128:0.5:59:69:66:62:59:69:66:62 chr6 160858188 . G A 590.82 PASS AF=0.431507;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0257733;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.203;QD=16.1867;RBI=0.0271675;REFB=-0.0116681;REVB=-0.00859128;RO=83;SAF=32;SAR=30;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101205;STB=0.551889;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0164619;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:83:83:62:63:0.431507:30:32:51:32:30:33:51:32 chr6 160872151 . C T 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0054186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.553;QD=17.9912;RBI=0.0235722;REFB=-0.0339254;REVB=0.0229409;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450249;STB=0.525188;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0255159;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:17:13:14:15:17:13 chr6 160961137 . T C 564.86 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0112548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.449;QD=17.652;RBI=0.0159698;REFB=0.00556424;REVB=0.0113297;RO=68;SAF=26;SAR=34;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783096;STB=0.543486;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00527285;OID=.;OPOS=160961137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:34:26:35:33:34:26:35:33 chr6 161085267 . C T 1201.47 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250113;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.815;QD=60.8337;RBI=0.0347203;REFB=0;REVB=0.0240819;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635076;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:45:32:0:0:45:34:0:0 chr6 161137779 . T C 219.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0363273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7592;QD=17.5887;RBI=0.0401295;REFB=-0.0127852;REVB=-0.0170502;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0144073;OID=.;OPOS=161137779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:17:11:10:12:17:11 chr6 161139480 . C T 316.74 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0400444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1507;QD=20.435;RBI=0.0492564;REFB=0.00864985;REVB=0.0286816;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110707;STB=0.561366;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00563365;OID=.;OPOS=161139480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:17:12:18:15:17:12 chr6 161173946 . T G 3107.21 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152399;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.272;QD=63.7377;RBI=0.0127557;REFB=0;REVB=0.0126643;RO=0;SAF=97;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07131e-05;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:191:195:0:0:189:195:1:92:97:0:0:94:101:0:0 chr6 161469774 . G A 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0466;QD=63.5757;RBI=0.0114121;REFB=0;REVB=0.0096121;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03192e-05;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr6 161538250 . G A 2363.56 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815017;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.788;QD=60.604;RBI=0.04745;REFB=0;REVB=0.0467448;RO=1;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102434;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:157:156:1:0:155:156:1:87:68:0:1:88:68:0:0 chr6 161790964 . C T 276.59 PASS AF=0.358696;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.00100461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.17;QD=12.0258;RBI=0.0228497;REFB=-0.000851836;REVB=-0.0228276;RO=59;SAF=13;SAR=19;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226372;STB=0.617615;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00198374;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:59:32:33:0.358696:19:13:36:23:19:14:36:23 chr6 161807855 . C G 644.43 PASS AF=0.449367;AO=61;DP=148;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00290811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.641;QD=16.3148;RBI=0.00298851;REFB=-0.0185207;REVB=0.000688524;RO=87;SAF=38;SAR=23;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027881;STB=0.53474;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0233461;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:158:87:87:61:71:0.449367:23:38:52:35:33:38:52:35 chr6 162622197 . C T 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0204196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.943;QD=18.7849;RBI=0.0206092;REFB=-0.0295075;REVB=-0.00278931;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135613;STB=0.575435;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0298447;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:12:21:16:17:12:21 chr6 163587146 . C G 1384.07 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.357;QD=62.2056;RBI=0.0527234;REFB=0;REVB=0.0520761;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99526e-05;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:0:0:83:89:1:33:50:0:0:37:52:0:0 chr6 163612783 . C A 132.43 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.151082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6791;QD=15.1346;RBI=0.162975;REFB=-0.0386185;REVB=0.0611133;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212967;STB=0.512299;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0571156;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:5:15:11:4:5:15 chr6 163736204 . T C 805.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.765;QD=64.4186;RBI=0.0261301;REFB=0;REVB=0.009419;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46377e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr6 166307718 . T C 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0135774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.933;QD=18.9346;RBI=0.0321749;REFB=0.00687524;REVB=0.0291698;RO=50;SAF=22;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293919;STB=0.516363;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00905296;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:23:22:26:24:23:22:26:24 chr6 166308090 . AT TC 1001.06 PASS AF=0.542373;AO=94;DP=175;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.000630284;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.447;QD=22.6228;RBI=0.0476764;REFB=-0.00479336;REVB=0.0476722;RO=79;SAF=63;SAR=31;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228882;STB=0.611553;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.00303739;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:79:81:94:96:0.542373:31:63:32:47:33:63:34:47 chr6 166308198 . A G 1379.13 PASS AF=0.449231;AO=146;DP=325;FAO=146;FDP=325;FR=.;FRO=179;FSAF=51;FSAR=95;FSRF=107;FSRR=72;FWDB=-0.00781885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.441;QD=16.9739;RBI=0.00799279;REFB=-0.00435098;REVB=0.00165841;RO=178;SAF=51;SAR=95;SRF=107;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251756;STB=0.637971;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00417729;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:178:179:146:146:0.449231:95:51:107:71:95:51:107:72 chr6 166308584 . C A 413.52 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0715181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3035;QD=16.3769;RBI=0.0730676;REFB=0.00810623;REVB=0.0149682;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135598;STB=0.575966;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00876804;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:27:18:30:26:27:18:30:26 chr6 166308611 . G C 358.54 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00532782;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.771;QD=14.4866;RBI=0.00853889;REFB=-0.00573173;REVB=-0.00667285;RO=60;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103435;STB=0.565047;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00830613;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:38:39:0.393939:22:16:31:29:23:16:31:29 chr6 166308682 . G GAAAT 207.07 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=83;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0166051;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=4;MLLD=290.055;QD=10.2255;RBI=0.0212594;REFB=-0.00853064;REVB=-0.0132751;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671056;STB=0.537163;STBP=0.667;TYPE=ins;VARB=0.0160603;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:24:83:27:81:54:13:14:23:31:99:52:12:12:23:29 chr6 166308924 . G A 513.85 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00465885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.385;QD=21.8658;RBI=0.0256298;REFB=-0.0241078;REVB=0.0252028;RO=44;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411878;STB=0.52173;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0257196;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:45:48:49:0.521277:23:25:25:19:24:25:25:20 chr6 166309167 . G A 137.81 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0188412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.648;QD=10.0225;RBI=0.0355607;REFB=-0.028947;REVB=-0.0301591;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452709;STB=0.52672;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0525139;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:15:22:10:8:15:22 chr6 166309245 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.162;QD=53.911;RBI=0.0129452;REFB=0;REVB=0.00615015;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49902e-05;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 166309249 . G T 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0293067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.9064;QD=49.4006;RBI=0.0294078;REFB=-0.130877;REVB=-0.00243705;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00493966;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr6 166309288 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000208593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9406;QD=62.0197;RBI=0.0315156;REFB=0;REVB=-0.0315149;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026672;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr6 166571157 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.01787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.93;QD=17.0891;RBI=0.0291989;REFB=0.00136508;REVB=0.0230919;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182299;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00197791;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:9:15:18:10:10:15:18:10 chr6 166571164 . T G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00600309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.402;QD=14.0542;RBI=0.00689563;REFB=-0.0124771;REVB=-0.00339302;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301953;STB=0.517228;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0181117;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:20:15:10:15:20:15 chr6 166572005 . T C 174.02 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0138182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.472;QD=19.3356;RBI=0.0536663;REFB=-0.02556;REVB=-0.0518568;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194029;STB=0.609637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0175404;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:6:12:8:10:6:12 chr6 166572045 . C T 136.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00194652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.572;QD=18.2439;RBI=0.00739751;REFB=-0.0125061;REVB=-0.00713682;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0222712;OID=.;OPOS=166572045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:7:8:9:6:7:8 chr6 166721211 . G T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.032;QD=43.0167;RBI=0.030789;REFB=-0.158613;REVB=0.0274678;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0018484;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:10:6:0:0:10:6:1:0 chr6 166721224 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.777;QD=48.7373;RBI=0.0216926;REFB=0;REVB=0.0216206;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107039;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 166736362 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.012748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.214;QD=14.6165;RBI=0.0143401;REFB=-0.00631248;REVB=0.00656713;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201908;STB=0.607066;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0072962;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:11:17:15:22:11:17:16:22 chr6 166739646 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00842595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.229;QD=9.49164;RBI=0.0300314;REFB=-0.00159606;REVB=0.0288252;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107891;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00276362;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:8:9:0.333333:5:3:8:9:6:3:9:9 chr6 166739684 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.224;QD=47.8216;RBI=0.0453645;REFB=0;REVB=0.010123;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339848;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr6 166755975 . T C 1008.26 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.779;QD=58.45;RBI=0.0183639;REFB=0;REVB=0.00343304;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89327e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:43:24:0:0:44:25:0:0 chr6 166755979 . A C 959.08 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.08;QD=57.2586;RBI=0.0186756;REFB=-0.103688;REVB=-0.0113778;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000236475;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:44:22:0:0:44:22:1:0 chr6 166778679 . T G 921.71 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00765599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.471;QD=56.7207;RBI=0.0358956;REFB=-0.0399337;REVB=0.0350696;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0035757;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr6 166826255 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.033741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.989;QD=6.8134;RBI=0.0339332;REFB=-0.0035044;REVB=0.00360737;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28397;STB=0.687892;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00766021;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:1:6:13:6:1:6:13:6 chr6 166826304 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0231562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.011;QD=9.13198;RBI=0.030531;REFB=-0.0215619;REVB=-0.0198981;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232628;STB=0.644839;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0167645;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:14:8:2:8:14:8 chr6 166864693 . G A 110.36 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0680861;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.594;QD=13.7953;RBI=0.0682113;REFB=-0.012831;REVB=0.00413146;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202481;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0179286;OID=.;OPOS=166864693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:12:6:7:6:12:7 chr6 166873010 . C T 236.51 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00125912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0604;QD=15.7671;RBI=0.0562235;REFB=-0.0259981;REVB=-0.0562094;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236876;STB=0.620352;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0202907;OID=.;OPOS=166873010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:11:15:11:22:12:15:11:22 chr6 166952264 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0219;QD=62.9822;RBI=0.0334917;REFB=0;REVB=0.0187601;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105282;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 167271711 . T C 1176.25 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246489;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1027;QD=61.1039;RBI=0.0412355;REFB=0;REVB=0.0330575;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913965;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr6 167271716 . T C 1172.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.886;QD=60.9335;RBI=0.038089;REFB=0;REVB=0.0317827;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16857e-05;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr6 167352104 . C A 369.06 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00319122;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.141;QD=25.0212;RBI=0.0463659;REFB=-0.00270843;REVB=0.046256;RO=23;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115373;STB=0.506326;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00136409;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:23:23:36:36:0.610169:12:24:15:8:12:24:15:8 chr6 167411298 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0417336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.948;QD=8.69793;RBI=0.0496253;REFB=-0.0174677;REVB=-0.026851;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0330997;OID=.;OPOS=167411298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:3:11:5:2:3:11 chr6 167411300 . TG CA 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0394724;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.528;QD=8.69804;RBI=0.0396899;REFB=0.00820674;REVB=-0.00414936;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=mnp;VARB=-0.0318115;OID=.;OPOS=167411300;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:3:11:5:2:3:11 chr6 167413539 . T C 374.53 PASS AF=0.343284;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=134;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00437386;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=289.021;QD=11.18;RBI=0.0147125;REFB=-0.00348239;REVB=-0.0140473;RO=87;SAF=31;SAR=15;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186945;STB=0.611931;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00541925;OID=.;OPOS=167413539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:88:46:46:0.343284:15:31:45:42:15:31:45:43 chr6 167424293 . TAT ATA,CAT 155.39 PASS AF=0,0.535714;AO=2,13;DP=29;FAO=0,15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.125692,-0.000582813;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=34.2712,117.915;QD=22.1991;RBI=0.127813,0.00423309;REFB=-0.0488473,-0.0160019;REVB=0.0231897,0.00419277;RO=7;SAF=2,5;SAR=0,8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.539624,-0.204544;STB=0.5,0.639163;STBP=1,0.082;TYPE=mnp,snp;VARB=0.161665,0.0260172;OID=.,.;OPOS=167424293,167424293;OREF=TAT,T;OALT=ATA,C;OMAPALT=ATA,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:29:28:7:9:2,13:0,15:0,0.535714:0,8:2,5:5:2:0,9:0,6:7:2 chr6 167571048 . T C 1212.65 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110535;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3303;QD=61.4;RBI=0.0283663;REFB=0;REVB=0.0261241;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184991;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr6 167571430 . A T 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.4;QD=60.2534;RBI=0.0288168;REFB=0;REVB=0.016154;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76561e-05;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:61:48:0:0:61:48:0:0 chr6 167590541 . G A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0320746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.253;QD=9.46353;RBI=0.0370398;REFB=-0.000299349;REVB=-0.0185248;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658997;STB=0.538868;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000411855;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:11:10:24:21:11:10:24:21 chr6 167590574 . G C 651.4 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.548;QD=62.0379;RBI=0.0278632;REFB=0;REVB=-0.00302345;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163661;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr6 167591954 . G A 408.87 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.00843242;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.017;QD=12.7772;RBI=0.0157606;REFB=-0.023167;REVB=-0.013315;RO=80;SAF=11;SAR=37;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11908;STB=0.568229;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0298941;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:80:80:48:48:0.375:37:11:25:55:37:11:25:55 chr6 167592524 . T C 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00954942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.794;QD=9.62217;RBI=0.0169017;REFB=-0.00409489;REVB=-0.0139455;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.635589;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0106069;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:25:15:11:8:25:15 chr6 167592576 . G A 168.27 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0157296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5103;QD=10.3549;RBI=0.0590491;REFB=-0.0182926;REVB=0.0569155;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168499;STB=0.59825;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0486014;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:26:17:12:10:26:17 chr6 167728774 . T C 59.72 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00168031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.763;QD=3.51284;RBI=0.0583921;REFB=-0.00626853;REVB=-0.0583679;RO=57;SAF=8;SAR=3;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353969;STB=0.738358;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0164951;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:3:8:25:32:3:8:25:32 chr6 167753691 . C T 867.29 PASS AF=0.480874;AO=88;DP=184;FAO=88;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.014437;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3087;QD=18.9572;RBI=0.0179336;REFB=-0.00404624;REVB=-0.0106389;RO=95;SAF=47;SAR=41;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271832;STB=0.515001;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0044288;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:95:95:88:88:0.480874:41:47:48:47:41:47:48:47 chr6 167754661 . A G 385.44 PASS AF=0.549296;AO=35;DP=67;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0153255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.061;QD=21.7147;RBI=0.015365;REFB=-0.0162564;REVB=-0.00110109;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119671;STB=0.550699;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0124003;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:32:32:35:39:0.549296:18:17:20:12:19:20:20:12 chr6 167754702 . C T 369.09 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00771303;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.524;QD=21.3964;RBI=0.020918;REFB=0.00436915;REVB=0.019444;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120411;STB=0.566448;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00252267;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:21:11:18:19:21:11 chr6 167789493 . T C 251.57 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.016384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2018;QD=12.4233;RBI=0.024435;REFB=-0.0129085;REVB=0.0181283;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116129;STB=0.572671;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.016423;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:17:13:27:23:17:13:28:23 chr6 167796280 . C T 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0139851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.435;QD=13.8734;RBI=0.0175546;REFB=-0.007976;REVB=0.0106104;RO=61;SAF=25;SAR=13;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601874;STB=0.534355;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0128137;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:13:25:37:24:13:25:37:24 chr6 167796309 . C T 416.11 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0174681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.339;QD=16.9843;RBI=0.0174693;REFB=-0.018222;REVB=-0.000203352;RO=55;SAF=26;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142031;STB=0.507964;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0225006;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:17:26:34:21:17:26:34:21 chr6 167796319 . T C 483.58 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0240684;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=20.578;RBI=0.0265179;REFB=-0.00391933;REVB=-0.0111316;RO=48;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321776;STB=0.522265;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00880673;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:47:47:47:0.5:18:29:28:20:18:29:27:20 chr6 167797844 . C T 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00462373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.774;QD=54.8096;RBI=0.0140964;REFB=-0.0512108;REVB=0.0133165;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314482;STB=0.516661;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00161326;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:29:33:0:2:29:33:0:2 chr6 168069834 . A G 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00866979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.298;QD=14.7649;RBI=0.0732363;REFB=0.0045563;REVB=-0.0727213;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194565;STB=0.610268;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00390197;OID=.;OPOS=168069834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:12:21:11:14:12:21 chr6 168070293 . G A 183.29 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0156713;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.965;QD=11.6374;RBI=0.0177218;REFB=-0.0167665;REVB=0.00827476;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1275;STB=0.576857;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0281639;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:40:23:23:0.365079:12:11:21:14:12:11:24:16 chr6 168315978 . G C 543.15 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00857754;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.437;QD=16.7122;RBI=0.00876311;REFB=-0.005396;REVB=0.00179382;RO=71;SAF=33;SAR=25;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157714;STB=0.583965;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00580958;OID=.;OPOS=168315978;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:72:58:58:0.446154:25:33:29:42:25:33:30:42 chr6 168317816 . A C 504.42 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00185846;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8591;QD=22.1722;RBI=0.0354468;REFB=0.00224433;REVB=-0.035398;RO=45;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14136;STB=0.588253;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00349729;OID=.;OPOS=168317816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:45:43:48:48:0.527473:19:29:20:25:19:29:18:25 chr6 168323664 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0212531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5255;QD=19.4206;RBI=0.0723978;REFB=0.0258365;REVB=-0.069208;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185851;STB=0.603655;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.025387;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:16:11:18:11:16:11 chr6 168343838 . T C 1541.75 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405185;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8867;QD=59.8739;RBI=0.0530062;REFB=0;REVB=0.0341747;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201728;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr6 168349011 . C T 174.16 PASS AF=0.396552;AO=20;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0366779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9595;QD=12.0113;RBI=0.0554737;REFB=-0.0755967;REVB=-0.0416181;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070966;STB=0.551954;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0731688;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:35:20:23:0.396552:8:12:16:14:8:15:20:15 chr6 168457801 . A G 969.01 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.868;QD=57.8512;RBI=0.0278272;REFB=0;REVB=0.0260937;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89766e-05;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:28:34:0:0:30:37:0:0 chr6 168457966 . G A 357.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.121;QD=55.0152;RBI=0.0616403;REFB=0;REVB=0.0390614;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938159;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 168459790 . G T 1970.03 PASS AF=0.94964;AO=131;DP=137;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0179688;FXX=0.00714235;HRUN=7;LEN=1;MLLD=59.0543;QD=56.6915;RBI=0.0656832;REFB=-0.0462586;REVB=0.0631775;RO=6;SAF=75;SAR=56;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022225;STB=0.514886;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0141275;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:137:139:6:7:131:132:0.94964:56:75:5:1:57:75:6:1 chr6 168459792 . G A 1997.5 PASS AF=0.95;AO=131;DP=139;FAO=133;FDP=140;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000829998;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=237.175;QD=57.0715;RBI=0.0217569;REFB=-0.0872895;REVB=0.0217411;RO=7;SAF=76;SAR=55;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000861628;STB=0.500385;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720301;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:139:140:7:7:131:133:0.95:55:76:4:3:56:77:4:3 chr6 168459845 . G C 2320.58 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.577;QD=61.0679;RBI=0.0402422;REFB=0;REVB=0.0394077;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1455e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:74:77:0:0:74:78:0:0 chr6 168479604 . G A 1503.89 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.849;QD=63.3217;RBI=0.0490364;REFB=0;REVB=0.0471491;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4861e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:42:51:0:0:42:53:0:0 chr6 168482110 . C T 837.82 PASS AF=1;AO=52;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531932;FXX=0.102926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.39;QD=54.9389;RBI=0.117336;REFB=0;REVB=0.104585;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381942;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:61:0:0:52:61:1:16:36:0:0:23:38:0:0 chr6 168694594 . C T 1768.02 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0465936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7749;QD=57.4964;RBI=0.0470429;REFB=0.0193756;REVB=-0.00648605;RO=4;SAF=72;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256549;STB=0.513511;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00107571;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:123:4:4:119:119:0.96748:47:72:4:0:47:72:4:0 chr6 168695309 . C T 507.38 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0108352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7506;QD=16.6353;RBI=0.054657;REFB=-0.0068547;REVB=-0.0535723;RO=65;SAF=41;SAR=14;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135244;STB=0.588201;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0104569;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:67:55:55:0.45082:14:41:41:24:14:41:41:26 chr6 168695345 . G A 670.7 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=161;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0271607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0756;QD=16.459;RBI=0.0329841;REFB=-0.0303232;REVB=0.0187149;RO=88;SAF=47;SAR=26;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789296;STB=0.55155;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0326601;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:88:90:73:73:0.447853:26:47:50:38:26:47:50:40 chr6 169617726 . A C 425.08 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000167635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0206;QD=24.2901;RBI=0.00110029;REFB=-0.0201738;REVB=-0.00108744;RO=27;SAF=26;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115076;STB=0.550742;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0150182;OID=.;OPOS=169617726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:29:41:41:0.585714:15:26:13:14:15:26:15:14 chr6 169619933 . T C,TTTCCTTCC 197.01 PASS AF=0.0869565,0.695652;AO=4,15;DP=36;FAO=2,16;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=2,2;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0669341,-0.0255341;FXX=0.079968;HRUN=3,3;LEN=1,8;MLLD=43.3409,214.826;QD=34.2631;RBI=0.0674865,0.0279403;REFB=-0.0516699,-0.0614165;REVB=-0.00861735,-0.0113431;RO=15;SAF=3,2;SAR=1,13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190249,-0.497965;STB=0.995714,0.53841;STBP=0.09,0.763;TYPE=snp,ins;VARB=-2.89031e-06,0.0201675;OID=.,.;OPOS=169619933,169619934;OREF=T,-;OALT=C,TTCCTTCC;OMAPALT=C,TTTCCTTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:36:23:15:5:4,15:2,16:0.0869565,0.695652:1,13:3,2:9:6:0,14:2,2:1:4 chr6 169619943 . G T 34.33 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0881327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.748;QD=5.49305;RBI=0.0886021;REFB=-0.00918317;REVB=-0.0091075;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176343;STB=0.612571;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0723179;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:4:15:4:2:4:15 chr6 170062481 . C T 393.04 PASS AF=0.445652;AO=42;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0188872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9599;QD=17.0888;RBI=0.0194547;REFB=0.0177132;REVB=0.00466439;RO=50;SAF=14;SAR=28;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111399;STB=0.553504;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0216948;OID=.;OPOS=170062481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:42:41:0.445652:28:14:22:28:27:14:22:29 chr6 170068086 . C T 981.1 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4345;QD=56.0627;RBI=0.172963;REFB=0;REVB=0.171606;RO=4;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103552;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:4:0:66:70:1:25:41:0:4:29:41:0:0 chr6 170070723 . A G 499.42 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.307;QD=58.7554;RBI=0.0691285;REFB=0;REVB=0.0497328;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521366;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:12:16:0:0:15:19:0:0 chr6 170102267 . A G 461.57 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8335;QD=55.9473;RBI=0.0525512;REFB=0;REVB=-0.036397;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829648;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:14:18:1:0:14:19:0:0 chr6 170144194 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0129532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.855;QD=15.8821;RBI=0.0555192;REFB=-0.0245415;REVB=0.053987;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0252557;OID=.;OPOS=170144194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr6 170151766 . C T 272.73 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=51.9481;RBI=0.0487648;REFB=0;REVB=0.00840683;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306807;OID=.;OPOS=170151766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:1:17:0:0:2:19:0:0 chr6 170162537 . C T 1549.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6941;QD=63.8786;RBI=0.0277951;REFB=0;REVB=-0.0100586;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192831;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr6 170176146 . G A 371.41 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0647572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.087;QD=20.0761;RBI=0.0672854;REFB=-0.0394727;REVB=-0.0182709;RO=35;SAF=28;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846113;STB=0.54223;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0409771;OID=.;OPOS=170176146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:38:38:0.513514:10:28:23:12:10:28:24:12 chr6 170176467 . A G 939.52 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0471658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.654;QD=50.1075;RBI=0.0523444;REFB=-0.0305399;REVB=0.0227008;RO=7;SAF=38;SAR=30;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535576;STB=0.528414;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000583939;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:75:75:7:7:68:68:0.906667:30:38:6:1:30:38:6:1 chr6 170176647 . CA TG 1433.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113122;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.911;QD=63.0029;RBI=0.0113749;REFB=0;REVB=0.0011925;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.13105e-05;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:40:51:0:0 chr6 170190200 . G A 1608.27 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4371;QD=59.5655;RBI=0.0960182;REFB=0;REVB=0.0461099;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657134;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:108:0:0:103:108:1:51:52:0:0:52:56:0:0 chr6 170190418 . T G 708.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.79;QD=62.9586;RBI=0.0119625;REFB=0;REVB=0.00189195;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89285e-05;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr6 170190659 . G T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0530789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.214;QD=22.9576;RBI=0.0532372;REFB=0.0108514;REVB=0.00410303;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27115;STB=0.651405;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00504656;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:9:2:9:7:9:2 chr6 170591923 . T G 426.34 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0166931;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.131;QD=15.7902;RBI=0.0287932;REFB=-0.0184713;REVB=-0.0234604;RO=60;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13147;STB=0.578189;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0194719;OID=.;OPOS=170591923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:60:47:48:0.444444:22:25:24:36:22:26:24:36 chr6 170592945 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.491;QD=59.4356;RBI=0.0195547;REFB=0;REVB=0.00576266;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78098e-05;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 170597305 . C T 1035.83 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594105;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.724;QD=58.3565;RBI=0.0744927;REFB=0;REVB=0.0449394;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232583;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:30:37:0:0:34:37:0:0 chr6 170845354 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.339;QD=63.2843;RBI=0.101835;REFB=0;REVB=0.0931653;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115775;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr6 170862300 . G C 1491.9 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00965324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.094;QD=57.3808;RBI=0.021604;REFB=0.0391188;REVB=0.0193274;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771525;STB=0.501959;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-7.37634e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:61:41:0:1:61:41:1:1 chr6 170878793 . T C 1877.76 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.353;QD=61.5658;RBI=0.0662243;REFB=0;REVB=0.0539039;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251338;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr6 170887693 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.219;QD=50.4133;RBI=0.0314476;REFB=0;REVB=0.0194793;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642217;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 228780 . C T 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0220985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.451;QD=30.8107;RBI=0.0503268;REFB=0.00653111;REVB=0.0452155;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104419;STB=0.557476;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00146183;OID=.;OPOS=228780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:8:18:7:6:8:18:7:6 chr7 228813 . G A 250.8 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000437328;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.944;QD=25.7226;RBI=0.0161864;REFB=-0.0125309;REVB=-0.0161805;RO=16;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248708;STB=0.638969;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0121222;OID=.;OPOS=228813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:6:17:7:9:6:17:7:9 chr7 229248 . T G 591.22 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00224847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.204;QD=17.1368;RBI=0.00629846;REFB=-0.0127171;REVB=-0.00588345;RO=74;SAF=29;SAR=33;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973868;STB=0.546649;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0143493;OID=.;OPOS=229248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:76:62:62:0.449275:33:29:42:32:33:29:42:34 chr7 229313 . C T 477.77 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00713015;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.465;QD=16.7637;RBI=0.00723384;REFB=-0.00666702;REVB=-0.00122041;RO=61;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108421;STB=0.564492;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0082542;OID=.;OPOS=229313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:61:62:52:52:0.45614:28:24:35:26:28:24:36:26 chr7 299850 . G T 1569.99 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507063;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.729;QD=64.0813;RBI=0.050298;REFB=0;REVB=0.0500418;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01299e-05;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:56:41:0:0:57:41:0:0 chr7 299881 . A G 1387.17 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2026;QD=60.9744;RBI=0.0619209;REFB=-0.0120903;REVB=-0.0489399;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000799468;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:88:90:0.989011:49:39:0:0:51:39:0:1 chr7 470239 . A G 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.042;QD=61.533;RBI=0.0446609;REFB=0;REVB=-0.0135578;RO=0;SAF=25;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50976e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:56:25:0:0:56:25:0:0 chr7 470281 . A G 607.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.274;QD=60.7134;RBI=0.0348668;REFB=0;REVB=0.0163873;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991871;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:34:5:0:0:34:6:0:0 chr7 540794 . G A 657.25 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.000693729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4374;QD=20.0687;RBI=0.0528004;REFB=-0.0236259;REVB=0.0527958;RO=64;SAF=36;SAR=30;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579806;STB=0.527418;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0241998;OID=.;OPOS=540794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:65:66:66:0.503817:30:36:39:25:30:36:39:26 chr7 552046 . A G 251.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00557459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0938;QD=19.6883;RBI=0.0163494;REFB=0.00444214;REVB=-0.0153697;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255395;STB=0.514275;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00388419;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:8:17:17:9:8:17 chr7 618938 . A G 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00722125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.137;QD=15.9145;RBI=0.00890941;REFB=-0.00140766;REVB=0.00521834;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857841;STB=0.548353;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000675749;OID=.;OPOS=618938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:14:20:14:14:14:20 chr7 624221 . T G 987.75 PASS AF=0.502283;AO=92;DP=201;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0111476;FXX=0.0600833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.523;QD=18.0412;RBI=0.0166552;REFB=-0.0112116;REVB=0.0123744;RO=91;SAF=40;SAR=52;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144785;STB=0.506999;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:219:91:109:92:110:0.502283:52:40:41:50:58:52:50:59 chr7 624222 . A G 103.77 PASS AF=0.119658;AO=23;DP=215;FAO=28;FDP=234;FR=.;FRO=206;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=116;FWDB=-0.0023487;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.359;QD=1.77379;RBI=0.0364242;REFB=-0.00295521;REVB=-0.0363484;RO=192;SAF=18;SAR=5;SRF=85;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409252;STB=0.799553;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.183106;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:234:192:206:23:28:0.119658:5:18:85:107:6:22:90:116 chr7 772174 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00512991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.515;QD=14.698;RBI=0.0157923;REFB=-0.0176973;REVB=-0.0149359;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221035;STB=0.512805;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0289519;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:12:11:8:8:12:11 chr7 878471 . G A 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0167761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.187;QD=17.0937;RBI=0.0169324;REFB=-0.00250981;REVB=0.00229487;RO=50;SAF=25;SAR=16;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052522;STB=0.533619;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00294167;OID=.;OPOS=878471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:16:25:33:17:16:25:34:17 chr7 881668 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0306769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.363;QD=19.3864;RBI=0.0507229;REFB=-0.0344151;REVB=-0.0403948;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107847;STB=0.560915;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0280727;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:8:13:10:10:8:13 chr7 882828 . TGT TTG,TT,TTT 126.22 PASS AF=0.428571,0.571429,0;AO=3,5,3;DP=24;FAO=6,8,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.380488,0.040718,0.0404812;FXX=0.0666222;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=10.2956,192.065,190.814;QD=36.0625;RBI=0.549676,0.0566612,0.0507134;REFB=0,0,0;REVB=0.396703,-0.0394023,-0.0305472;RO=3;SAF=3,3,3;SAR=0,2,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.664835,-0.0436878,0.664835;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.145063,0.0179259,0.0293176;OID=.,.,.;OPOS=882829,882829,882829;OREF=GT,G,G;OALT=TG,-,T;OMAPALT=TTG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.571429,0:3,5,3:24:6,8,0:14:0:4,8,0:2,0,0:0:0:36:3:3,3,3:0,2,0:2:1 chr7 882895 . C G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0268462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=20.1554;RBI=0.0338665;REFB=-0.00514742;REVB=-0.0206451;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155877;STB=0.503524;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00391771;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:11:17:15:9:11:17:15:10 chr7 897492 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.042;QD=63.5828;RBI=0.0254421;REFB=0;REVB=0.0227837;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96926e-05;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr7 909048 . G A 128.8 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00380102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.884;QD=12.5657;RBI=0.0220777;REFB=-0.00888074;REVB=-0.021748;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173508;STB=0.510191;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0163531;OID=.;OPOS=909048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:16:10:6:9:16:10 chr7 923855 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0250499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.8;QD=14.2619;RBI=0.0353793;REFB=-0.0152288;REVB=0.0249839;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284119;STB=0.665395;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0366924;OID=.;OPOS=923855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:14:10:11:5:14:10 chr7 923935 . G A 273.61 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00171231;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.301;QD=14.9923;RBI=0.0018635;REFB=-0.00386727;REVB=0.000735275;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959134;STB=0.505431;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0046175;OID=.;OPOS=923935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:24:18:13:18:24:18 chr7 926791 . G GCGTC 145.11 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0280804;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=4;MLLD=206.811;QD=10.3652;RBI=0.0284983;REFB=-0.00635954;REVB=0.00486257;RO=42;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902831;STB=0.601499;STBP=0.277;TYPE=ins;VARB=0.0184321;OID=.;OPOS=926792;OREF=-;OALT=CGTC;OMAPALT=GCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339286:18:64:19:56:37:6:13:17:20:99:42:6:12:17:25 chr7 926827 . T C 675.52 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948365;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.392;QD=62.839;RBI=0.0190491;REFB=0;REVB=0.0165205;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221385;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr7 930689 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.014506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.568;QD=14.262;RBI=0.0210867;REFB=-0.0221313;REVB=-0.0153044;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891363;STB=0.551882;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0291712;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:13:11:6:10:13:11 chr7 940181 . C T 772.53 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.457;QD=61.8024;RBI=0.0162031;REFB=-0.0474097;REVB=0.00171955;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000232029;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:24:25:0:0:24:25:1:0 chr7 959692 . G A 1519.32 PASS AF=0.503378;AO=148;DP=292;FAO=149;FDP=296;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=61;FSRR=86;FWDB=0.00525689;FXX=0.00671118;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.7546;QD=20.5313;RBI=0.00541857;REFB=-0.0249891;REVB=0.00131377;RO=142;SAF=70;SAR=78;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390419;STB=0.527418;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0207291;OID=.;OPOS=959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:296:142:147:148:149:0.503378:78:70:61:81:79:70:61:86 chr7 960450 . C T 230.59 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=41;FWDB=0.00876205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.469;QD=12.1364;RBI=0.0178604;REFB=-0.00928282;REVB=0.0155634;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412014;STB=0.708052;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0189506;OID=.;OPOS=960450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:48:28:28:0.368421:15:13:5:41:15:13:7:41 chr7 1098404 . C T 319.19 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00364506;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.1;QD=17.7326;RBI=0.0261127;REFB=-0.00758977;REVB=0.025857;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425543;STB=0.517317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00841499;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:38:34:34:0.472222:15:19:19:18:15:19:20:18 chr7 1098518 . G A 73.64 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0184327;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.574;QD=8.66309;RBI=0.0199946;REFB=-0.00643532;REVB=-0.00774724;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34695;STB=0.6996;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0121352;OID=.;OPOS=1098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:23:24:10:10:0.294118:3:7:9:14:3:7:10:14 chr7 1132720 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.001775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.079;QD=18.7441;RBI=0.0344743;REFB=-0.0156502;REVB=0.0344286;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0171558;OID=.;OPOS=1132720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:2:2:2:5:2:2 chr7 1132972 . G A 224.69 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00970738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6659;QD=17.6225;RBI=0.0416269;REFB=-0.0292304;REVB=0.0404792;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197324;STB=0.507407;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0328246;OID=.;OPOS=1132972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:25:27:24:24:0.470588:13:11:12:13:13:11:12:15 chr7 1133305 . C G 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0945813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6576;QD=23.2621;RBI=0.097636;REFB=-0.0230088;REVB=0.0242315;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465365;STB=0.525965;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0147836;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:11:8:11:12:11:8 chr7 1481919 . C A 694.1 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293657;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.063;QD=54.4393;RBI=0.039066;REFB=-0.133188;REVB=0.0257645;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000568383;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:32:18:1:0:32:18:1:0 chr7 1482009 . G C 296.94 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0329012;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.154;QD=17.9965;RBI=0.0334372;REFB=-0.0128001;REVB=-0.00596299;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111718;STB=0.562461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00994015;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:19:15:18:14:19:15 chr7 1484572 . A G 237.75 PASS AF=1;AO=10;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6172;QD=50.0516;RBI=0.106093;REFB=0;REVB=0.0161831;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00327917;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:10:19:1:3:7:0:0:8:11:0:0 chr7 1513844 . GC G 32.9 PASS AF=0.238095;AO=19;DP=85;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=0.00865981;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.801;QD=1.56661;RBI=0.152511;REFB=-0.0297083;REVB=-0.152265;RO=59;SAF=4;SAR=15;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544144;STB=0.882776;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0399741;OID=.;OPOS=1513845;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:19:85:20:84:64:3:17:45:19:32:59:4:15:40:19 chr7 1533513 . A G 1522.63 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=111;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00304855;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.249;QD=55.8765;RBI=0.00345417;REFB=-0.0345028;REVB=-0.00162408;RO=4;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305874;STB=0.516126;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000803917;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:109:4:4:105:105:0.963303:60:45:0:4:60:45:0:4 chr7 1538614 . G A 969.79 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00630344;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.236;QD=55.4164;RBI=0.010093;REFB=-0.0956731;REVB=0.00788257;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242219;STB=0.512817;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000592677;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:67:68:0.971429:29:38:2:0:30:38:2:0 chr7 1542697 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.709;QD=62.022;RBI=0.0410366;REFB=0;REVB=0.0394203;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242942;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr7 1542814 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.701;QD=53.9096;RBI=0.0574757;REFB=0;REVB=0.0179738;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311501;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr7 1543981 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.364;QD=53.276;RBI=0.0384527;REFB=0;REVB=0.0250702;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040485;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr7 1544128 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.043;QD=39.2068;RBI=0.065639;REFB=0;REVB=0.0647396;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138512;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 45.66 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0780278;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.484;QD=26.091;RBI=0.0824615;REFB=-0.00731085;REVB=0.0266749;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78221;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.00173207;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:5:7:6:7:1:1:5:1:0:6:2:0:5:2:0 chr7 1586662 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.411;QD=37.4881;RBI=0.0439095;REFB=0;REVB=0.0392169;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551306;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 1588391 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0886;QD=46.8468;RBI=0.0503823;REFB=0;REVB=-0.0121607;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840863;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 1588549 . G A 94.16 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153432;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.082;QD=41.8483;RBI=0.0138867;REFB=0;REVB=0.0138016;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025741;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 1588768 . G A 227.97 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025089;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.889;QD=50.6608;RBI=0.0250907;REFB=0;REVB=-0.000291842;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293067;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr7 1594986 . GGC G,GG 408.56 PASS AF=0.813559,0;AO=32,7;DP=61;FAO=48,0;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=21,0;FSAR=27,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.27745,0.150346;FXX=0.0166639;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.5405,10.5822;QD=27.6988;RBI=0.2775,0.150348;REFB=-0.121751,-0.1289;REVB=0.00530685,-0.00092977;RO=15;SAF=8,7;SAR=24,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.195998,0.744308;STB=0.514033,0.5;STBP=0.702,1;TYPE=del,del;VARB=0.0393419,0;OID=.,.;OPOS=1594987,1594988;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.813559,0:32,7:61:48,0:59:11:21,0:27,0:4:7:27:15:8,7:24,0:8:7 chr7 1595068 . G A 228.3 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0117535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.074;QD=21.7429;RBI=0.0237044;REFB=-0.0143429;REVB=-0.0205853;RO=20;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413009;STB=0.734457;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.010979;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:4:18:8:12:4:18:8:12 chr7 1785738 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00197585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.431;QD=23.4118;RBI=0.046893;REFB=-0.0231277;REVB=-0.0468513;RO=25;SAF=30;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222419;STB=0.623919;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0308149;OID=.;OPOS=1785738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:5:30:17:8:5:30:17:8 chr7 1878377 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.013622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.972;QD=11.6231;RBI=0.0350133;REFB=-0.00763856;REVB=-0.0322548;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135168;STB=0.578243;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0120603;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:10:12:16:22:10:12:16:22 chr7 1878453 . T A 272.61 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0290708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2196;QD=14.9377;RBI=0.0310167;REFB=-0.00565491;REVB=0.0108134;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121279;STB=0.568618;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00881788;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:18:24:14:17:18:24 chr7 1886937 . C T 601.75 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0124159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.118;QD=20.2268;RBI=0.0282787;REFB=-0.0176881;REVB=-0.0254073;RO=58;SAF=31;SAR=30;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844854;STB=0.546493;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0178564;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:30:31:35:23:30:31:35:23 chr7 1887037 . T C 546.06 PASS AF=0.403727;AO=60;DP=159;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.0485094;FXX=0.0473345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.586;QD=13.5666;RBI=0.0523952;REFB=-0.022139;REVB=-0.0198013;RO=79;SAF=29;SAR=31;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362134;STB=0.513768;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0250941;OID=.;OPOS=1887037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:79:96:60:65:0.403727:31:29:41:38:34:31:48:48 chr7 1887362 . G A 333.08 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0144287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.065;QD=14.0244;RBI=0.0185774;REFB=-0.0234568;REVB=0.0117017;RO=58;SAF=11;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591566;STB=0.533756;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0327575;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:26:11:20:38:26:11:20:38 chr7 1976457 . C T 393.67 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0452434;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.916;QD=17.116;RBI=0.045752;REFB=-0.0366839;REVB=0.00680307;RO=51;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076859;STB=0.504308;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0387689;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:51:51:41:41:0.445652:18:23:29:22:18:23:29:22 chr7 2257612 . G A 1568.42 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0575;QD=64.017;RBI=0.0415168;REFB=0;REVB=0.0145689;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305076;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr7 2297006 . A G 784.62 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0010702;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.389;QD=49.817;RBI=0.028924;REFB=-0.116163;REVB=-0.0289042;RO=4;SAF=25;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392531;STB=0.529597;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00537879;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:4:5:58:58:0.920635:33:25:3:1:33:25:4:1 chr7 2303986 . T C 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.575;QD=55.0866;RBI=0.127247;REFB=0;REVB=0.114854;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011763;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr7 2314844 . G A 354.15 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0215511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.094;QD=21.4635;RBI=0.0297558;REFB=0.00148605;REVB=-0.0205173;RO=30;SAF=28;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244537;STB=0.636281;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00215834;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:8:28:16:14:8:28:16:14 chr7 2472555 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0516917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.295;QD=14.6557;RBI=0.0517582;REFB=-0.00349031;REVB=0.0026229;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235954;STB=0.636165;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00669371;OID=.;OPOS=2472555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:5:12:6:7:5:12 chr7 2472707 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0159359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.078;QD=19.0582;RBI=0.0188319;REFB=-0.0272624;REVB=-0.0100344;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578687;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0305349;OID=.;OPOS=2472707;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:5:14:13:6:5:14:13:7 chr7 2473804 . G T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0121449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.207;QD=29.5804;RBI=0.0352476;REFB=-0.0346799;REVB=0.0330892;RO=10;SAF=18;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161613;STB=0.590068;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.011922;OID=.;OPOS=2473804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:3:18:7:3:3:18:7:3 chr7 2552881 . A AGATG 75.17 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0137944;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=182.8;QD=10.0229;RBI=0.0150255;REFB=-0.0538065;REVB=0.0059565;RO=25;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472135;STB=0.731977;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.0847892;OID=.;OPOS=2552882;OREF=-;OALT=GATG;OMAPALT=AGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:35:10:30:20:1:9:6:14:75:25:1:9:10:15 chr7 2578246 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0208369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1891;QD=26.0484;RBI=0.0511004;REFB=-0.0531202;REVB=0.0466592;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0404008;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr7 2629549 . T C 755.34 PASS AF=0.496815;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0394595;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.951;QD=19.2443;RBI=0.0416191;REFB=-0.0206341;REVB=-0.0132325;RO=78;SAF=40;SAR=38;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128874;STB=0.567054;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0307776;OID=.;OPOS=2629549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:78:79:78:78:0.496815:38:40:51:27:38:40:51:28 chr7 2644519 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0167613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.487;QD=19.5231;RBI=0.0264385;REFB=-0.00129777;REVB=0.0204464;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135393;STB=0.576816;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00153511;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:8:4:7:7:8:4 chr7 2645526 . G A 389.12 PASS AF=0.345588;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=27;FWDB=-0.0145883;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7438;QD=11.4447;RBI=0.0322033;REFB=-0.0130854;REVB=0.0287095;RO=83;SAF=19;SAR=28;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295375;STB=0.684503;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0295877;OID=.;OPOS=2645526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:83:89:47:47:0.345588:28:19:56:27:28:19:62:27 chr7 2645552 . A G 377.92 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=-0.00224203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6471;QD=11.7185;RBI=0.0478862;REFB=-0.0194927;REVB=-0.0478337;RO=83;SAF=26;SAR=20;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142711;STB=0.581199;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0255087;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:83:46:46:0.356589:20:26:57:26:20:26:57:26 chr7 2646950 . T G 89.49 PASS AF=0.478261;AO=12;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0276522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.584;QD=15.564;RBI=0.0282321;REFB=-0.039429;REVB=-0.00569279;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325459;STB=0.650906;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0242841;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:12:11:0.478261:5:7:2:9:5:6:3:9 chr7 2649704 . T G 308.31 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00897512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.793;QD=13.4048;RBI=0.0148986;REFB=-0.00317201;REVB=-0.0118919;RO=57;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440089;STB=0.525125;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00361654;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:18:17:30:27:18:17:30:27 chr7 2653792 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00227221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.717;QD=14.9784;RBI=0.0594898;REFB=0.012857;REVB=-0.0594464;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0251288;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:4:7:7:3:4:7 chr7 2748758 . G C 799.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167914;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7713;QD=57.0824;RBI=0.022475;REFB=0;REVB=-0.0149389;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225504;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:40:15:0:0:41:15:0:0 chr7 2748803 . C T 724.46 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.848;QD=54.676;RBI=0.0550474;REFB=-0.144571;REVB=0.0413732;RO=1;SAF=15;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.516123;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000681521;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:37:15:1:0:37:15:1:0 chr7 2946461 . T C 145.3 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.15;QD=44.7078;RBI=0.0701079;REFB=0;REVB=0.0115082;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106119;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr7 2957005 . T C,G 598.04 PASS AF=0.925,0.075;AO=37,3;DP=40;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267584,0.0201707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.541,115.607;QD=59.8039;RBI=0.0286406,0.0290992;REFB=0,0;REVB=0.0102114,-0.020974;RO=0;SAF=18,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00623466,0.0642943;OID=.,.;OPOS=2957005,2957005;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:40:0:0:37,3:37,3:0.925,0.075:19,0:18,3:0:0:19,0:18,3:0:0 chr7 4026944 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7309;QD=64.1521;RBI=0.0481514;REFB=0;REVB=0.00843351;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327853;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr7 4050731 . C T 241.68 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0232581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0788;QD=21.9704;RBI=0.026781;REFB=-0.0113997;REVB=0.0132772;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312453;STB=0.673565;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0118629;OID=.;OPOS=4050731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:4:17:10:13:4:17 chr7 4116665 . G A 277.19 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00544536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6157;QD=26.3988;RBI=0.0207366;REFB=0.0344762;REVB=0.0200089;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244554;STB=0.63606;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0116984;OID=.;OPOS=4116665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:7:10:7:18:7:10 chr7 4189075 . G C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3864;QD=61.5098;RBI=0.105139;REFB=-0.0746381;REVB=0.103038;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0030162;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr7 4213877 . T C 1485.7 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00268872;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.536;QD=62.5559;RBI=0.0330703;REFB=0.00624038;REVB=0.0329608;RO=1;SAF=51;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920527;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000135712;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:92:94:0.989474:41:51:1:0:43:51:1:0 chr7 4213940 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.933;QD=61.213;RBI=0.0203124;REFB=0;REVB=0.0199009;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21394e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr7 4213975 . A G 888.41 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864645;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.785;QD=58.2561;RBI=0.0267973;REFB=0;REVB=0.0253641;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65584e-05;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr7 4267072 . T A 93.67 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0129183;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.7646;QD=5.5921;RBI=0.0227636;REFB=-0.0153136;REVB=0.0187429;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147594;STB=0.540701;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0522491;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:67:67:44:52:15:15:0.223881:7:8:24:20:7:8:25:27 chr7 4714912 . C T 478.15 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00787176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.672;QD=19.7175;RBI=0.0142105;REFB=0.00520541;REVB=-0.0118311;RO=50;SAF=29;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069241;STB=0.530636;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0142953;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:50:46:47:0.484536:17:29:28:22:18:29:28:22 chr7 4780514 . G T 561.12 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0134506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.574;QD=17.8132;RBI=0.0151193;REFB=-0.0163919;REVB=-0.00690463;RO=64;SAF=32;SAR=27;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637998;STB=0.537484;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0182744;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:67:59:59:0.468254:27:32:39:25:27:32:41:26 chr7 4800759 . G A 1051.75 PASS AF=0.515306;AO=101;DP=195;FAO=101;FDP=196;FR=.;FRO=95;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=-0.026682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.619;QD=21.4642;RBI=0.02672;REFB=-0.0221151;REVB=-0.0014236;RO=94;SAF=60;SAR=41;SRF=62;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605858;STB=0.529755;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0233616;OID=.;OPOS=4800759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:94:95:101:101:0.515306:41:60:62:32:41:60:62:33 chr7 4802029 . T G 437.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.093;QD=56.4243;RBI=0.0565295;REFB=0;REVB=0.0137064;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020506;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:10:18:0:0:10:21:0:0 chr7 4823070 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.488;QD=51.1842;RBI=0.0445742;REFB=0;REVB=0.0436189;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266855;OID=.;OPOS=4823070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 4823396 . C T 1708.82 PASS AF=0.958678;AO=116;DP=123;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0660431;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.8;QD=56.4901;RBI=0.0680449;REFB=-0.16306;REVB=0.0163833;RO=4;SAF=51;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357954;STB=0.52336;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0031972;OID=.;OPOS=4823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:123:121:4:5:116:116:0.958678:65:51:4:0:65:51:5:0 chr7 4841470 . T C,G 835.6 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=56,3;DP=59;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000437663,-0.000947289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=283.116,237.982;QD=56.6507;RBI=0.0132881,0.0134769;REFB=0,0;REVB=0.0132809,0.0134435;RO=0;SAF=19,2;SAR=37,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.65905e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000577093,0.0527296;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:59:59:0:0:56,3:56,3:0.949153,0.0508475:37,1:19,2:0:0:37,1:19,2:0:0 chr7 4874250 . G A 937.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.478;QD=58.5968;RBI=0.0249461;REFB=0;REVB=0.0247818;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41311e-05;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:22:42:0:0 chr7 4874334 . C G 2343.91 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.799;QD=63.3489;RBI=0.0355647;REFB=0;REVB=0.000118246;RO=0;SAF=79;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3526e-05;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:147:148:1:68:79:0:0:69:79:0:0 chr7 4874655 . C T 35.39 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.000877929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7898;QD=1.88737;RBI=0.00392633;REFB=-0.00495732;REVB=-0.00382692;RO=66;SAF=7;SAR=1;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424139;STB=0.830496;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0440404;OID=.;OPOS=4874655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:75:66:67:8:8:0.106667:1:7:36:30:1:7:37:30 chr7 5096958 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0203124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.922;QD=23.0011;RBI=0.0210355;REFB=-0.0161865;REVB=-0.00546791;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488142;STB=0.527008;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00737759;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:10:12:14:15:10:12 chr7 5104275 . G A 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0132067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.728;QD=10.4731;RBI=0.0260919;REFB=-0.00792177;REVB=0.0225027;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228069;STB=0.636143;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0195791;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:15:9:7:5:15:9 chr7 5104359 . G A 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0125909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.175;QD=18.6309;RBI=0.0170399;REFB=-0.00396614;REVB=0.0114817;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.562423;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0018915;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:6:10:8:8:6:10 chr7 5112035 . C T 246.78 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0336645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0446;QD=31.8429;RBI=0.0361732;REFB=-0.0328457;REVB=0.0132364;RO=9;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380614;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149764;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:17:5:2:7:17:5:2:7 chr7 5161512 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.089;QD=46.848;RBI=0.0284995;REFB=0;REVB=0.0237704;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73096e-05;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr7 5161640 . G C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00899184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.995;QD=55.4104;RBI=0.0175739;REFB=0.0982325;REVB=0.0150993;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000556122;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:0:1:30:27:0:1 chr7 5166500 . A C,G 467.15 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=4,27;DP=31;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460214,0.080845;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.676,56.7542;QD=56.6246;RBI=0.052946,0.0860989;REFB=0,0;REVB=-0.0261785,-0.029616;RO=0;SAF=0,14;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0184301,0.0096439;OID=.,.;OPOS=5166500,5166500;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:31:33:0:0:4,27:4,29:0.121212,0.878788:4,13:0,14:0:0:4,13:0,16:0:0 chr7 5254227 . C G 1064.72 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0812736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8266;QD=59.1511;RBI=0.0823357;REFB=0;REVB=0.0131823;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583558;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 176.5 PASS AF=0.529412;AO=19;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00393238;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=186.577;QD=20.7645;RBI=0.0146776;REFB=-0.0223439;REVB=-0.014141;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739392;STB=0.584323;STBP=0.288;TYPE=del;VARB=0.0176576;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:19:33:18:34:16:8:10:10:6:99:14:9:10:8:6 chr7 5338714 . T C 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0199953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.921;QD=12.7835;RBI=0.0370981;REFB=-0.00882608;REVB=-0.0312483;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202433;STB=0.617968;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0127897;OID=.;OPOS=5338714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:3:11:6:4:3:11 chr7 5347749 . G A 229.23 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0466872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.665;QD=29.5778;RBI=0.0549866;REFB=-0.0533289;REVB=-0.0290487;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139312;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0315403;OID=.;OPOS=5347749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:31:10:10:21:21:0.677419:11:10:5:5:11:10:5:5 chr7 5347914 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0179845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.477;QD=24.493;RBI=0.0226951;REFB=-0.0113469;REVB=0.0138428;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218763;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0118812;OID=.;OPOS=5347914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:9:6:9:12:9:6 chr7 5352923 . G A 167.92 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00568168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.819;QD=15.9922;RBI=0.0238133;REFB=-0.0212213;REVB=0.0231256;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292634;STB=0.615249;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0353233;OID=.;OPOS=5352923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:24:17:18:0.428571:4:13:11:11:5:13:13:11 chr7 5372406 . G T 87.6 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.111;QD=38.9312;RBI=0.0731184;REFB=0;REVB=0.0474364;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180383;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr7 5427517 . G A 148.06 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00524557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9685;QD=17.9471;RBI=0.113034;REFB=-0.0453745;REVB=0.112912;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236638;STB=0.513497;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0267882;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:10:7:7:9:10:7 chr7 5427652 . G A 183.01 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0783957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.068;QD=17.4291;RBI=0.0790621;REFB=-0.0178666;REVB=0.0102438;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165359;STB=0.593814;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00898055;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:16:7:9:10:16:7 chr7 5427720 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9002;QD=47.8214;RBI=0.0326019;REFB=0;REVB=-0.0310028;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569958;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr7 5434135 . A G 309.49 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5295;QD=51.5823;RBI=0.0913655;REFB=0;REVB=0.048051;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267823;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:1:0:22:24:1:9:13:0:1:11:13:0:0 chr7 5487423 . C G 70.02 PASS AF=0.322581;AO=8;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0577328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9817;QD=9.03454;RBI=0.0673086;REFB=-0.0197784;REVB=-0.0346032;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446598;STB=0.810052;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0466508;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:29:31:18:21:8:10:0.322581:1:7:10:8:1:9:12:9 chr7 5487457 . CT AC,CC 430.47 PASS AF=0.34375,0.65625;AO=10,19;DP=32;FAO=11,21;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,13;FSAR=4,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116525,0.0204836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.092,134.602;QD=53.8084;RBI=0.0119731,0.0217093;REFB=0,0;REVB=0.00275228,-0.00719114;RO=0;SAF=7,12;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0031947,-0.00136585;OID=.,.;OPOS=5487457,5487458;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:79:32:32:0:0:10,19:11,21:0.34375,0.65625:3,7:7,12:0:0:4,8:7,13:0:0 chr7 5515624 . T G 1061.9 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.603;QD=59.8255;RBI=0.030073;REFB=0;REVB=0.0297986;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80449e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:23:47:0:0:24:47:0:0 chr7 5518331 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1532;QD=44.6837;RBI=0.0844007;REFB=0;REVB=0.0178229;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457193;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 5518333 . A T 159.76 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.651;QD=45.6464;RBI=0.0993703;REFB=0;REVB=0.0534243;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217934;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr7 5528883 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.989;QD=57.6807;RBI=0.0249425;REFB=0;REVB=0.0239595;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71303e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr7 5529758 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.463;QD=46.8455;RBI=0.0766514;REFB=0;REVB=0.0637117;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101997;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr7 5540769 . A C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4255;QD=58.7803;RBI=0.0277367;REFB=0;REVB=-0.0252755;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298165;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr7 5541657 . G A 528.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5094;QD=57.1604;RBI=0.074485;REFB=-0.113365;REVB=0.0547429;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00427886;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr7 5959485 . G A 310.57 PASS AF=0.447368;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0211359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2888;QD=16.3458;RBI=0.0398477;REFB=-0.0133806;REVB=-0.0337804;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154049;STB=0.523351;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.014815;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:41:42:32:34:0.447368:14:18:23:18:16:18:24:18 chr7 5983012 . A G 184.53 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0217308;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.105;QD=33.5506;RBI=0.0310495;REFB=-0.0180483;REVB=0.0221777;RO=5;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107276;STB=0.559251;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00715626;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:23:22:5:5:17:17:0.772727:11:6:3:2:11:6:3:2 chr7 6026775 . T C 490.73 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.532;QD=56.0833;RBI=0.0274074;REFB=-0.192281;REVB=0.0175074;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000631204;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:0:1:34:34:0.971429:24:10:0:0:24:10:0:1 chr7 6026942 . G T 817.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.847;QD=56.4122;RBI=0.0640291;REFB=0;REVB=0.0581431;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371248;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:29:29:0:0 chr7 6036980 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5967;QD=51.1834;RBI=0.100575;REFB=0;REVB=-0.0909163;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00449818;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 6043386 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0136639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.589;QD=18.0363;RBI=0.0235679;REFB=-0.0045933;REVB=-0.0192027;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351417;STB=0.519982;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00528278;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:15:12:9:13:15:12 chr7 6043964 . CTG ATC,C 221.37 PASS AF=0.111111,0.291667;AO=6,19;DP=70;FAO=8,21;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=6,9;FSAR=2,12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00380882,-0.00518037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=115.422,226.651;QD=12.298;RBI=0.00740813,0.00578193;REFB=-0.0155876,-0.0101086;REVB=-0.00635399,0.00256798;RO=43;SAF=4,8;SAR=2,11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.183642,-0.105996;STB=0.710791,0.556;STBP=0.213,0.534;TYPE=mnp,del;VARB=0.0368025,0.0190615;OID=.,.;OPOS=6043964,6043965;OREF=CTG,TG;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:72:43:43:6,19:8,21:0.111111,0.291667:2,11:4,8:22:21:2,12:6,9:22:21 chr7 6045627 . C T 48.91 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0263631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.535;QD=13.9731;RBI=0.0291924;REFB=-0.0330295;REVB=0.0125373;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374419;STB=0.651795;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0255006;OID=.;OPOS=6045627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:4:3:0:6:4:3:1:6 chr7 6056530 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0144548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.401;QD=19.3857;RBI=0.0579302;REFB=-0.00649781;REVB=-0.0560978;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.512183;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00656825;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:11:10:10:10:11:10 chr7 6066450 . T C 362.68 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00775934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3563;QD=20.7248;RBI=0.0366411;REFB=0.0180118;REVB=0.0358101;RO=33;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253394;STB=0.514011;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.021525;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:11:26:24:9:11:26:24:9 chr7 6066461 . T C 912.22 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0109533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.927;QD=55.2858;RBI=0.0256163;REFB=-0.0384538;REVB=0.0231564;RO=2;SAF=43;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214621;STB=0.51136;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=7.87904e-05;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:21:43:2:0:21:43:2:0 chr7 6075721 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0145967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.777;QD=16.2715;RBI=0.0156949;REFB=-0.00800268;REVB=-0.00576775;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577205;STB=0.533288;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0100379;OID=.;OPOS=6075721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:11:7:5:10:11:7 chr7 6087389 . C A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0132571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.818;QD=21.0139;RBI=0.0143166;REFB=-0.00985999;REVB=-0.00540512;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553556;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:5:2:3:8:5:2 chr7 6087400 . C A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00936523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.638;QD=22.6322;RBI=0.0580559;REFB=-0.00607645;REVB=0.0572955;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518484;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00272736;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:5:3:4:9:5:3 chr7 6088420 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0407428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4571;QD=21.3521;RBI=0.0464597;REFB=-0.0196872;REVB=-0.0223277;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29985;STB=0.67316;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0118201;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:4:5:11:2:4:5 chr7 6189780 . T C 359.4 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0577973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.411;QD=19.9666;RBI=0.058156;REFB=-0.00202069;REVB=-0.00644852;RO=35;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242652;STB=0.634529;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00110412;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:14:23:12:23:14:23:12:23 chr7 6190126 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00500672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.303;QD=16.8248;RBI=0.0320215;REFB=-0.00741777;REVB=-0.0316276;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101676;OID=.;OPOS=6190126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:16:12:9:12:16:12 chr7 6193464 . T G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00451617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.392;QD=16.9929;RBI=0.012161;REFB=-0.00813314;REVB=-0.0112914;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846649;STB=0.521111;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0103867;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:30:27:27:0.473684:17:10:8:20:17:10:10:20 chr7 6193521 . G C 189.82 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.716;QD=47.4555;RBI=0.0604351;REFB=0;REVB=0.0194188;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258454;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:5:11:0:0 chr7 6194274 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.399;QD=61.6837;RBI=0.0229079;REFB=0;REVB=-0.00376278;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91844e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr7 6199072 . G C 225.16 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0173947;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.6;QD=15.0105;RBI=0.0174098;REFB=-0.0238348;REVB=0.000725829;RO=34;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194285;STB=0.611021;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0333207;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:7:19:19:15:7:19:19:15 chr7 6202413 . T C 45.72 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0390697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6781;QD=9.14409;RBI=0.0651192;REFB=-0.0320692;REVB=-0.0520967;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527602;STB=0.829762;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0547845;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:8:5:6:1:8:5 chr7 6204999 . A C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.699;QD=56.1911;RBI=0.0399046;REFB=0;REVB=0.0398785;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392777;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 6252291 . G A 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0368275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.464;QD=8.74514;RBI=0.0405931;REFB=-0.015496;REVB=0.0170743;RO=30;SAF=3;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554378;STB=0.829324;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0331906;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:9:3:23:7:9:3:23:7 chr7 6370194 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2091;QD=62.3444;RBI=0.0260979;REFB=0;REVB=0.00692965;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269348;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 6370305 . C G 217.4 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977666;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8462;QD=51.1521;RBI=0.03948;REFB=0;REVB=-0.0382503;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00567573;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 6370406 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.952;QD=33.4285;RBI=0.0744883;REFB=0;REVB=-0.0686335;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638542;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 6442371 . G A 151.01 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0823627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.49;QD=11.1858;RBI=0.082396;REFB=0.00218066;REVB=-0.00234156;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298474;STB=0.687856;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00267174;OID=.;OPOS=6442371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:15:4:15:19:15:4:16:19 chr7 6449496 . T C 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0246491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.646;QD=17.5008;RBI=0.0247332;REFB=0.00244289;REVB=0.002038;RO=28;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150103;STB=0.583571;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00184645;OID=.;OPOS=6449496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:8:18:23:5:8:18:23:5 chr7 6456302 . C T 450.02 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00960107;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4317;QD=17.8224;RBI=0.0680321;REFB=-0.0199842;REVB=0.0673512;RO=50;SAF=19;SAR=29;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257522;STB=0.65504;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0193467;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:53:48:48:0.475248:29:19:34:16:29:19:37:16 chr7 6456347 . G T 151.24 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.000401239;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.493;QD=11.6335;RBI=0.00388621;REFB=-0.00934111;REVB=-0.00386544;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165517;STB=0.639862;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0232706;OID=.;OPOS=6456347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:33:18:19:0.365385:9:9:10:19:9:10:10:23 chr7 6461534 . C G,T 740.87 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,48;DP=52;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853634,0.0238832;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.61,63.0327;QD=54.879;RBI=0.0171459,0.0446073;REFB=0,0;REVB=0.0148699,0.0376749;RO=0;SAF=3,23;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0842033,-3.77674e-05;OID=.,.;OPOS=6461534,6461534;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:52:54:0:0:3,48:3,51:0.0555556,0.944444:0,25:3,23:0:0:0,28:3,23:0:0 chr7 6590996 . A T 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00167744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.844;QD=19.6953;RBI=0.00643637;REFB=-0.0252328;REVB=-0.00621394;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0231818;OID=.;OPOS=6590996;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:10:11:10:11:10:12 chr7 6656830 . G A 623.4 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207634;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.401;QD=59.3718;RBI=0.0232394;REFB=0.00751486;REVB=0.0104379;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=1.31781e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:0:1:20:21:0:1 chr7 6656897 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9848;QD=59.4319;RBI=0.0540426;REFB=0;REVB=-0.0485399;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000957394;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr7 6660790 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.577;QD=58.5878;RBI=0.0427018;REFB=0;REVB=0.0385549;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030063;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr7 6713985 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.553;QD=55.6504;RBI=0.0667943;REFB=0;REVB=0.0666372;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr7 6859453 . C G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0197504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5344;QD=19.9287;RBI=0.0411057;REFB=-0.00575233;REVB=0.0360499;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463907;STB=0.774057;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00699253;OID=.;OPOS=6859453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:11:1:4:5:11:1:4:5 chr7 7283569 . G A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0442655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.901;QD=7.71919;RBI=0.0445787;REFB=-0.001168;REVB=0.00527515;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550329;STB=0.533929;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00102175;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:25:13:5:8:25:13 chr7 7476098 . T C 73.15 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0164462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.313;QD=9.14392;RBI=0.028547;REFB=-0.0175725;REVB=0.0233335;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436299;STB=0.778152;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0262656;OID=.;OPOS=7476098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:1:9:14:8:1:9:14:8 chr7 7493097 . C G 486.62 PASS AF=0.318408;AO=60;DP=198;FAO=64;FDP=201;FR=.;FRO=137;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.00494182;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.372;QD=9.68404;RBI=0.00606567;REFB=-0.00592931;REVB=-0.00351722;RO=136;SAF=26;SAR=34;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361305;STB=0.503899;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0123022;OID=.;OPOS=7493097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:136:137:60:64:0.318408:34:26:63:73:34:30:65:72 chr7 7495735 . T C 433.12 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0230054;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.574;QD=20.1449;RBI=0.0242901;REFB=-0.00919102;REVB=0.00779478;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125248;STB=0.569398;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00792997;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:43:43:43:0.5:23:20:26:17:23:20:26:17 chr7 7514235 . C G 480.55 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0164536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8894;QD=22.614;RBI=0.017868;REFB=-0.00990299;REVB=-0.00696724;RO=38;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289244;STB=0.510768;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00770503;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:39:46:46:0.541176:27:19:17:21:27:19:17:22 chr7 7545691 . G C 583.66 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0201677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.543;QD=25.9402;RBI=0.0207549;REFB=-0.00940879;REVB=-0.00490209;RO=37;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431178;STB=0.527416;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00488812;OID=.;OPOS=7545691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:52:53:0.588889:24:28:22:15:25:28:22:15 chr7 7551443 . A T 377.79 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00174329;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.822;QD=21.2843;RBI=0.0156735;REFB=-0.00585179;REVB=0.0155762;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097472;STB=0.561268;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00461673;OID=.;OPOS=7551443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:33:38:38:0.535211:18:20:14:20:18:20:13:20 chr7 7571094 . G C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.903;QD=62.6138;RBI=0.0119067;REFB=0;REVB=0.011652;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25407e-06;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr7 7646651 . G T 990.2 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000881468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.826;QD=59.1164;RBI=0.0241666;REFB=0;REVB=0.0241506;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28641e-05;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr7 7646687 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.961;QD=62.6145;RBI=0.0187383;REFB=0;REVB=0.0185916;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36577e-05;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr7 8125964 . C T 1309.58 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00571311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.145;QD=57.5638;RBI=0.0387365;REFB=-0.181907;REVB=0.0383128;RO=3;SAF=54;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191588;STB=0.505617;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00115594;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:3:4:87:87:0.956044:33:54:1:2:33:54:2:2 chr7 8132252 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.987;QD=58.0611;RBI=0.00576795;REFB=0;REVB=-0.00039742;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0969e-05;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr7 8167632 . C T 549.54 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00194098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.047;QD=23.6359;RBI=0.00194226;REFB=-0.0292738;REVB=7.0428e-05;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574264;STB=0.536633;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0182202;OID=.;OPOS=8167632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:42:51:51:0.548387:26:25:23:18:26:25:24:18 chr7 8196529 . A T 808.69 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.22;QD=56.7502;RBI=0.0080427;REFB=0;REVB=-0.0077847;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12896e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr7 8475410 . A G 474.19 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=68;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0285186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1301;QD=27.4891;RBI=0.0407277;REFB=-0.00208343;REVB=-0.0290763;RO=24;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764841;STB=0.507243;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00279125;OID=.;OPOS=8475410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:24:25:43:44:0.637681:21:22:12:12:22:22:12:13 chr7 8792148 . T C 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5681;QD=62.3103;RBI=0.0580417;REFB=0;REVB=0.0327042;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362038;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr7 11581121 . T C 918.06 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00389917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.547;QD=54.0037;RBI=0.00807649;REFB=-0.067477;REVB=0.00707291;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286092;STB=0.50769;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00551414;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:33:32:2:0:33:32:2:1 chr7 11581134 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00598581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.617;QD=12.5461;RBI=0.0093344;REFB=-0.0203105;REVB=-0.00716248;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135598;STB=0.587088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0300492;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:25:26:0.382353:10:15:20:22:10:16:20:22 chr7 11675855 . C T 448.43 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0750558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4729;QD=15.7344;RBI=0.0813042;REFB=-0.00297081;REVB=-0.031257;RO=64;SAF=29;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.562783;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00607101;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:21:29:30:34:21:29:30:34 chr7 11676065 . G C 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0242421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.539;QD=30.5464;RBI=0.0363043;REFB=0.0116524;REVB=-0.0270244;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158355;STB=0.587064;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00523259;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:1:6:10:8:1:6 chr7 11676377 . G A 437.48 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00155634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.97;QD=16.666;RBI=0.00739998;REFB=-0.00637091;REVB=-0.00723446;RO=57;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355595;STB=0.519847;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00848621;OID=.;OPOS=11676377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:27:21:27:30:27:21:27:30 chr7 12269417 . C G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0215691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.487;QD=23.8998;RBI=0.0380421;REFB=0.00398213;REVB=0.0313365;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163914;STB=0.591479;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00370132;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:11:12:9:18:11:12 chr7 12271997 . G A 197.39 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0135944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4475;QD=15.4818;RBI=0.0312126;REFB=-0.030238;REVB=0.0280966;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120359;STB=0.568566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0495439;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:21:22:0.431373:10:11:18:10:11:11:18:11 chr7 12370794 . T C 384.74 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00319976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7647;QD=17.6892;RBI=0.0522519;REFB=-0.0167905;REVB=0.0521538;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312755;STB=0.503745;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0191536;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:21:19:22:24:21:19:22:25 chr7 12376811 . A C 280.24 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00376392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.258;QD=14.1893;RBI=0.0088885;REFB=-0.00205312;REVB=0.00805222;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1662;STB=0.575091;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00438692;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:44:47:31:32:0.405063:14:17:17:27:15:17:19:28 chr7 12391319 . G T 292.4 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000891518;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.234;QD=21.6591;RBI=0.000920507;REFB=-0.0229525;REVB=0.00022919;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.559961;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0155197;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:29:30:0.555556:15:14:8:15:16:14:8:16 chr7 12393966 . A G 1044.43 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00605986;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4113;QD=57.229;RBI=0.0681241;REFB=-0.19342;REVB=0.067854;RO=2;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034987;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0112446;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:2:1:71:72:0.986301:26:45:0:2:27:45:0:1 chr7 12393974 . A C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.811;QD=60.3759;RBI=0.0151114;REFB=0;REVB=0.00641436;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37903e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr7 12394053 . G T 1012.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000833474;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.634;QD=59.5509;RBI=0.031406;REFB=0;REVB=0.0313949;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037543;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr7 12395813 . T C 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.293;QD=60.5434;RBI=0.0356724;REFB=0;REVB=0.0329912;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162167;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr7 12400837 . G A 1157.44 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218128;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.056;QD=60.9178;RBI=0.0230554;REFB=0;REVB=0.0074668;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433827;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:36:40:0:0 chr7 12406989 . C G 1310.4 PASS AF=1;AO=69;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.957;QD=61.666;RBI=0.0994049;REFB=0;REVB=0.0985918;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515488;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:69:85:1:21:48:0:0:37:48:0:0 chr7 12410112 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00456835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.754;QD=16.0289;RBI=0.029965;REFB=0.00162297;REVB=0.0296147;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217006;STB=0.631473;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00136973;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:9:16:12:17:9:16:12:18 chr7 12417407 . C T 608.51 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.905;QD=57.9535;RBI=0.0165029;REFB=-0.0166445;REVB=0.00938573;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00106433;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:21:19:1:0:21:20:1:0 chr7 12419108 . A T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00767739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.813;QD=16.1145;RBI=0.0108001;REFB=-0.0235472;REVB=-0.00759597;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163212;STB=0.5924;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0310895;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:17:12:14:10:17:12 chr7 12428608 . C A 150.44 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00229102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.674;QD=12.5366;RBI=0.00613894;REFB=-0.00282166;REVB=0.00569542;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447419;STB=0.526285;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00595814;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:14:17:10:7:14:17 chr7 12428803 . G A 433.35 PASS AF=0.478723;AO=39;DP=89;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00592988;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.487;QD=18.4403;RBI=0.00594362;REFB=-0.0145321;REVB=0.00040381;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493871;STB=0.511106;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0145082;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:45:49:39:45:0.478723:21:18:21:24:22:23:24:25 chr7 12610594 . A G 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0387139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6774;QD=21.6114;RBI=0.0557287;REFB=-0.0358599;REVB=-0.0400864;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981691;STB=0.55491;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0301692;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:8:15:13:11:8:15 chr7 12611252 . T C 885.51 PASS AF=0.5625;AO=81;DP=145;FAO=81;FDP=144;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0161946;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.49;QD=24.5975;RBI=0.0396776;REFB=-0.00794334;REVB=0.0362223;RO=63;SAF=27;SAR=54;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422613;STB=0.523071;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00607619;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:63:63:81:81:0.5625:54:27:24:39:54:27:24:39 chr7 12620804 . C T 424.17 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0299661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.129;QD=15.1489;RBI=0.0299705;REFB=-0.00754271;REVB=0.000513144;RO=64;SAF=27;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122316;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:21:27:36:28:21:27:36:28 chr7 12636026 . T C 398.25 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198007;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9933;QD=56.893;RBI=0.0403512;REFB=0;REVB=0.035159;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994632;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr7 12730503 . T G 305.7 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0217212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.654;QD=15.4785;RBI=0.0232434;REFB=-0.00843876;REVB=-0.00827303;RO=45;SAF=6;SAR=28;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473322;STB=0.769827;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011995;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:28:6:27:18:28:6:27:18 chr7 13933478 . G T 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0361566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8641;QD=20.8982;RBI=0.0470596;REFB=-0.00023933;REVB=0.0301216;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019951;OID=.;OPOS=13933478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:14:14:12:12:14:14:12:12 chr7 13935307 . C T 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.31;QD=54.3576;RBI=0.0298899;REFB=-0.00323378;REVB=0.0138658;RO=2;SAF=1;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157323;STB=0.508331;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000108849;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:59:1:0:2:59:1:0:2 chr7 13978809 . T C 295.86 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00854025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.138;QD=13.0049;RBI=0.0148512;REFB=-0.00554258;REVB=0.01215;RO=57;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457093;STB=0.534863;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0093398;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:57:33:34:0.373626:16:17:27:30:16:18:27:30 chr7 14758273 . C T 1387.61 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0484165;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2798;QD=58.4256;RBI=0.0540158;REFB=-0.0136713;REVB=-0.0239489;RO=4;SAF=38;SAR=53;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473176;STB=0.524994;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000178084;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:95:4:4:91:91:0.957895:53:38:4:0:53:38:4:0 chr7 15651770 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2934;QD=56.7046;RBI=0.0230291;REFB=0;REVB=0.0192793;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101816;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr7 16129072 . G A 37.74 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.048357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.299;QD=9.43506;RBI=0.0516893;REFB=-0.00800154;REVB=-0.0182589;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597745;STB=0.864277;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0222332;OID=.;OPOS=16129072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:8:2:5:1:8:2 chr7 16129075 . TAC T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0663919;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.477;QD=9.44485;RBI=0.080659;REFB=-0.001788;REVB=0.0458038;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597745;STB=0.864277;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.00226828;OID=.;OPOS=16129076;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:16:6:16:10:1:5:8:2:37:10:1:5:8:2 chr7 16129083 . T C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0623281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.81;QD=8.80966;RBI=0.123579;REFB=-0.0191383;REVB=0.106709;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61859;STB=0.876102;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0335147;OID=.;OPOS=16129083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:9:2:5:1:9:2 chr7 16129085 . T G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0524766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.732;QD=8.81109;RBI=0.070463;REFB=0.00186733;REVB=0.0470239;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61859;STB=0.876102;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00250914;OID=.;OPOS=16129085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:9:2:5:1:9:2 chr7 16129171 . TA GG,TG 86.72 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,7;DP=9;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=43.1029,152.255;QD=38.5419;RBI=0.0654658,0.0163715;REFB=0,0;REVB=0.0654658,-0.0163715;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.221408,0.0740227;OID=.,.;OPOS=16129171,16129172;OREF=TA,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:9:9:0:0:2,7:2,7:0.222222,0.777778:2,7:0,0:0:0:2,7:0,0:0:0 chr7 16255722 . A G 181.54 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00638963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.863;QD=13.9648;RBI=0.0146219;REFB=-0.00438347;REVB=0.013152;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223506;STB=0.636894;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00924072;OID=.;OPOS=16255722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:13:8:18:12:13:8:19:12 chr7 16621104 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00618819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9394;QD=4.30342;RBI=0.0423672;REFB=-0.00656338;REVB=-0.0419129;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545872;STB=0.864279;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0338259;OID=.;OPOS=16621104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:9:17:1:5:9:17 chr7 16639615 . A C 359.8 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0240624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8996;QD=14.9917;RBI=0.0722283;REFB=-0.0252361;REVB=0.0681023;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242546;STB=0.513725;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0418475;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:18:21:32:25:18:21:32:25 chr7 16816000 . T C 701.59 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00411969;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.738;QD=19.0908;RBI=0.00931314;REFB=-0.000733161;REVB=-0.0083524;RO=70;SAF=42;SAR=28;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026821;STB=0.543163;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000751039;OID=.;OPOS=16816000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:70:77:70:70:0.47619:28:42:40:30:28:42:40:37 chr7 16823095 . G A 206.96 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.011381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.84;QD=24.3487;RBI=0.0154479;REFB=-0.0157248;REVB=-0.0104456;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895656;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00676803;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:6:8:9:11:6:8 chr7 16834551 . C A 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.646;QD=62.4672;RBI=0.0126181;REFB=-0.0507712;REVB=-0.00630588;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111571;STB=0.505881;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000341973;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:42:54:0:1:42:54:0:1 chr7 16834597 . A G 467.62 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00593927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.695;QD=22.8109;RBI=0.0132776;REFB=-0.0168122;REVB=0.0118752;RO=35;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559132;STB=0.519117;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0148137;OID=.;OPOS=16834597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:35:37:45:45:0.54878:20:25:17:18:20:25:19:18 chr7 16899197 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.157;QD=62.0215;RBI=0.00507604;REFB=0;REVB=-0.000558363;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93053e-06;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr7 16913394 . A G 707.86 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0625;QD=62.9204;RBI=0.0740442;REFB=0;REVB=0.00809577;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119357;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr7 17349626 . T C 412.9 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.010209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.128;QD=20.3899;RBI=0.0187881;REFB=-0.0197513;REVB=0.0157725;RO=39;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203894;STB=0.511273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0192196;OID=.;OPOS=17349626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:16:26:25:14:16:26:25:14 chr7 17831806 . C T 269.39 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0109766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.003;QD=17.1042;RBI=0.0422651;REFB=-0.0291333;REVB=-0.0408149;RO=33;SAF=22;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414973;STB=0.736853;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.01718;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:7:22:11:22:7:23:11:22 chr7 17854532 . G T 1198.79 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0180843;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.383;QD=58.4774;RBI=0.0200383;REFB=-0.0681249;REVB=0.00863093;RO=2;SAF=35;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262835;STB=0.513885;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-8.74316e-05;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:45:35:2:0:45:35:2:0 chr7 18767343 . A G 300.26 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0123476;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.098;QD=10.6287;RBI=0.0123614;REFB=-0.0091924;REVB=0.000585142;RO=74;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044761;STB=0.514278;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0178101;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:38:39:0.345133:24:14:30:44:24:15:30:44 chr7 18977653 . G A 549.48 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00694891;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9895;QD=17.5833;RBI=0.0113252;REFB=-0.0239665;REVB=0.00894269;RO=67;SAF=39;SAR=19;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949661;STB=0.552922;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.027529;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:19:39:39:28:19:39:39:28 chr7 18993870 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.909;QD=57.2026;RBI=0.0295076;REFB=0;REVB=0.00587278;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98086e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr7 19155074 . T C 246.23 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0176212;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.076;QD=13.3099;RBI=0.0184183;REFB=-0.019634;REVB=-0.00535975;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184916;STB=0.59919;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0379682;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:45:28:29:0.391892:12:16:17:26:12:17:19:26 chr7 19184732 . C A 374.7 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0358523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9447;QD=15.6126;RBI=0.0511594;REFB=-0.00291524;REVB=0.0364952;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015862;STB=0.502104;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00584476;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:56:39:40:0.416667:18:21:31:25:18:22:31:25 chr7 19744417 . T C 451.51 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0101104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.634;QD=17.2005;RBI=0.0131657;REFB=0.00096199;REVB=-0.00843294;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508771;STB=0.532697;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0013802;OID=.;OPOS=19744417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:25:24:24:31:25:24:24:32 chr7 20178175 . C T 175.19 PASS AF=0.348485;AO=16;DP=61;FAO=23;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00208527;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.047;QD=10.6173;RBI=0.018862;REFB=-0.00893544;REVB=0.0187463;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320514;STB=0.626528;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0123657;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:28:43:16:23:0.348485:6:10:9:19:11:12:14:29 chr7 20180717 . C G 378.74 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0218712;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.706;QD=16.2898;RBI=0.0220012;REFB=-0.0219607;REVB=0.00238788;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955005;STB=0.505374;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0260706;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:53:40:40:0.430108:20:20:26:27:20:20:26:27 chr7 20198440 . G A 523.25 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00750224;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6784;QD=15.5037;RBI=0.0101367;REFB=-0.00526652;REVB=0.00681678;RO=78;SAF=32;SAR=25;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636217;STB=0.535692;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00873972;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:25:32:39:39:25:32:39:39 chr7 20418678 . C T 1861.95 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.779;QD=60.5512;RBI=0.0315521;REFB=-0.0185527;REVB=-0.0011554;RO=1;SAF=77;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613003;STB=0.503184;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000109157;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:121:122:0.99187:44:77:1:0:44:78:1:0 chr7 20421490 . T C 1495.73 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.434;QD=62.3221;RBI=0.0206954;REFB=-0.107862;REVB=0.0120137;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977679;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=2.52558e-05;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:0:1:48:47:0:1 chr7 20698270 . A G 631.21 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00590617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.991;QD=19.5723;RBI=0.00851244;REFB=-0.0217304;REVB=-0.00613015;RO=64;SAF=27;SAR=37;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574405;STB=0.528172;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0251269;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:64:65:64:64:0.496124:37:27:31:33:37:27:31:34 chr7 20768013 . G A 1461.38 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00120979;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.977;QD=57.3092;RBI=0.0132014;REFB=0.0707595;REVB=-0.0131458;RO=2;SAF=66;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270834;STB=0.514283;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000383844;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:2:2:100:100:0.980392:34:66:0:2:34:66:0:2 chr7 20778646 . G A 1505.88 PASS AF=1;AO=83;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.611;QD=63.4055;RBI=0.0399558;REFB=0;REVB=0.0147408;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013583;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:83:95:1:47:36:0:0:49:46:0:0 chr7 20822196 . A AC 466.49 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820597;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3262;QD=40.5641;RBI=0.150783;REFB=-0.021125;REVB=0.126498;RO=6;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0120154;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:49:46:46:0:24:22:0:0:8:6:23:19:4:2 chr7 20824614 . C T 353.64 PASS AF=0.480519;AO=29;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0102994;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.619;QD=18.371;RBI=0.0117209;REFB=-0.0185573;REVB=0.00559482;RO=36;SAF=23;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166281;STB=0.529886;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0285597;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:40:29:37:0.480519:6:23:24:12:14:23:27:13 chr7 20826452 . T G 230.43 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00965019;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.289;QD=14.1804;RBI=0.0182795;REFB=-0.0121377;REVB=-0.0155246;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34565;STB=0.592953;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00984623;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:22:38:26:27:0.415385:10:16:4:18:10:17:18:20 chr7 20858986 . A G 48.82 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00360829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.41;QD=13.9474;RBI=0.0177374;REFB=-0.0290193;REVB=-0.0173665;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0282671;OID=.;OPOS=20858986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:4:2:3:4:5:2 chr7 21599233 . C T 187.86 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0213984;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.99;QD=10.7346;RBI=0.0303448;REFB=-0.00834773;REVB=-0.0215155;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213449;STB=0.614195;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0181899;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:12:12:31:14:12:12:31:15 chr7 21603886 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.237;QD=58.586;RBI=0.062609;REFB=0;REVB=0.0253502;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353005;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr7 21628237 . C T 1857.7 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.731;QD=61.4116;RBI=0.0405928;REFB=0;REVB=0.00613651;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56655e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:119:121:1:55:64:0:1:56:65:0:0 chr7 21630982 . A G 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00545774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7537;QD=15.9777;RBI=0.00666358;REFB=-0.0165082;REVB=0.00382314;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158878;STB=0.507063;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0145124;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:18:14:17:22:18:14:17:23 chr7 21640405 . A G 506.39 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00410184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5173;QD=19.1089;RBI=0.0668606;REFB=-0.0112137;REVB=0.0667346;RO=53;SAF=31;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170072;STB=0.594003;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0108671;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:22:31:21:32:22:31:21:32 chr7 21641129 . A G 222.75 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0117886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4782;QD=16.5;RBI=0.025994;REFB=-0.0171269;REVB=0.0231671;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882944;STB=0.549959;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0266191;OID=.;OPOS=21641129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:16:13:9:16:16:13 chr7 21641218 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0100444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4674;QD=21.0149;RBI=0.0158603;REFB=0.0222528;REVB=-0.0122743;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0188542;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:7:6:9:7:7:6 chr7 21659645 . T C 680.65 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0139136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7658;QD=24.5277;RBI=0.0289976;REFB=0.0043524;REVB=0.0254415;RO=44;SAF=33;SAR=32;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618153;STB=0.532879;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00288065;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:46:65:65:0.585586:32:33:26:18:32:33:27:19 chr7 21737718 . A G 378.5 PASS AF=0.425743;AO=41;DP=105;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00330264;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.293;QD=14.9902;RBI=0.00335625;REFB=0.000750218;REVB=-0.00059751;RO=58;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885281;STB=0.536706;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000816992;OID=.;OPOS=21737718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:58:58:41:43:0.425743:22:19:22:36:24:19:22:36 chr7 21775387 . T C 230.73 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.010638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.862;QD=14.4205;RBI=0.0111614;REFB=-0.0168686;REVB=0.00337775;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584953;STB=0.544154;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.026872;OID=.;OPOS=21775387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:26:27:0.421875:14:12:15:22:14:13:15:22 chr7 21775443 . G A 110.08 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0435155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.604;QD=14.2034;RBI=0.0575299;REFB=-0.0421428;REVB=0.037631;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0506808;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:18:18:11:13:0.419355:7:4:7:11:7:6:7:11 chr7 21778449 . C T 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0540805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6604;QD=9.70472;RBI=0.056665;REFB=-0.0194291;REVB=-0.016918;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348817;STB=0.709001;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.026708;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:19:19:14:4:19:19 chr7 21856151 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.766;QD=59.3221;RBI=0.0342461;REFB=0;REVB=-0.0308008;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92585e-05;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr7 21901566 . T C 452.14 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00938051;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.761;QD=19.447;RBI=0.0192085;REFB=-0.0175412;REVB=0.0167622;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116555;STB=0.558755;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0180611;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:44:45:0.483871:23:21:17:31:24:21:17:31 chr7 21901593 . G A 406.82 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0101496;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.044;QD=19.8448;RBI=0.0180193;REFB=-0.00810055;REVB=-0.014889;RO=41;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164953;STB=0.591882;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0116347;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:41:41:0.5:28:13:20:21:28:13:20:21 chr7 21924014 . A G 1139.42 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.009;QD=59.1908;RBI=0.042526;REFB=-0.0857346;REVB=0.00721909;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00125726;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:48:28:1:0:48:28:1:0 chr7 21932044 . C T 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.394;QD=64.141;RBI=0.034442;REFB=0;REVB=0.0323942;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69845e-05;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1069.53 PASS AF=0.915663;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0137967;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=7;MLLD=278.909;QD=51.5434;RBI=0.0228156;REFB=-0.0417036;REVB=0.0181715;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.501803;STBP=0.924;TYPE=del;VARB=0.00338679;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915663:73:76:76:83:7:45:31:4:3:27:0:42:31:0:0 chr7 21941439 . A G 599.45 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00659653;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.027;QD=24.9773;RBI=0.00870512;REFB=-9.39449e-05;REVB=-0.00568022;RO=42;SAF=34;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213004;STB=0.619059;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000145991;OID=.;OPOS=21941439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:42:53:54:0.5625:19:34:16:26:19:35:16:26 chr7 22197507 . A G 1109.94 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000465335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5029;QD=57.6593;RBI=0.0299339;REFB=-0.174984;REVB=-0.0299302;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230683;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00665068;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:2:1:75:76:0.987013:35:40:2:0:35:41:1:0 chr7 22202117 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0114915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.401;QD=22.1266;RBI=0.013254;REFB=-0.0047263;REVB=-0.00660404;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466839;STB=0.525717;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00464862;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:22:18:13:20:22:18:13:20 chr7 22478207 . G T 606.32 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0135841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3575;QD=19.2482;RBI=0.014794;REFB=0.0205554;REVB=-0.00585961;RO=64;SAF=31;SAR=31;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574542;STB=0.531736;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0203772;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:31:31:36:28:31:31:36:28 chr7 22532260 . A G 323.8 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0279461;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.205;QD=21.2326;RBI=0.0287641;REFB=0.00247419;REVB=0.00681109;RO=28;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232684;STB=0.629133;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000317417;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:22:11:17:11:22:11:17:11 chr7 22533452 . C T 74.37 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0882195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.303;QD=10.2576;RBI=0.0885126;REFB=-0.0129184;REVB=-0.00719667;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0275476;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:5:4:9:10:5:5:9:10 chr7 22787205 . G T 1322.84 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.445;QD=60.8203;RBI=0.0213566;REFB=-0.093142;REVB=-0.015345;RO=1;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123045;STB=0.506492;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000339186;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:38:48:0:1:38:48:0:1 chr7 22857682 . A G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0409638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.906;QD=17.752;RBI=0.0411341;REFB=-0.00827972;REVB=-0.00373835;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274754;STB=0.654016;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0131688;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:8:19:10:15:8:19 chr7 23015831 . T C 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.779;QD=58.7738;RBI=0.0423073;REFB=0;REVB=0.041589;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35092e-05;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr7 23164526 . C G 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2242;QD=62.3488;RBI=0.0135276;REFB=0;REVB=0.013319;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234948;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr7 23313171 . T C 1419.32 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.669;QD=61.7097;RBI=0.0219389;REFB=-0.0284223;REVB=0.0169616;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000115347;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:50:41:0:1:50:41:0:1 chr7 23728916 . G A 389.89 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00788857;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.505;QD=21.364;RBI=0.00986123;REFB=0.00510861;REVB=-0.0059173;RO=35;SAF=27;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165296;STB=0.597202;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00520659;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:34:39:39:0.534247:12:27:18:17:12:27:17:17 chr7 23728931 . T C 481.0 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0114253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7366;QD=20.468;RBI=0.0136361;REFB=-0.0317202;REVB=-0.00744348;RO=47;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141749;STB=0.578711;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0417526;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:16:31:24:23:16:31:24:23 chr7 23737891 . A G 747.2 PASS AF=0.493243;AO=72;DP=147;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0139805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.429;QD=20.1946;RBI=0.014171;REFB=-0.0199497;REVB=0.00231553;RO=74;SAF=33;SAR=39;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755167;STB=0.534237;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0190172;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:74:75:72:73:0.493243:39:33:40:34:39:34:40:35 chr7 23751736 . A G 515.7 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0101907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.639;QD=20.0273;RBI=0.010202;REFB=-0.0176256;REVB=-0.000480913;RO=50;SAF=34;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759713;STB=0.541975;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0183432;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:19:34:28:22:19:34:28:22 chr7 23757162 . G C 323.0 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0659588;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4129;QD=14.0436;RBI=0.0688955;REFB=-0.00724691;REVB=0.0199004;RO=54;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117109;STB=0.555525;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0325834;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:36:36:0.391304:16:20:24:30:16:20:26:30 chr7 23854838 . G GA 154.11 PASS AF=0.357143;AO=28;DP=87;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0933138;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3718;QD=7.33837;RBI=0.0985168;REFB=-0.0263229;REVB=-0.0315926;RO=59;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227159;STB=0.655714;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0510305;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:28:87:30:84:54:18:12:19:35:99:59:16:12:22:37 chr7 23934657 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.638;QD=57.68;RBI=0.019128;REFB=0;REVB=0.0180776;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010456;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr7 24325009 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00359752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.709;QD=19.9928;RBI=0.0305653;REFB=-0.00488666;REVB=0.0303529;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986588;STB=0.555506;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00577164;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:8:15:12:10:8:15 chr7 24329133 . C T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0117577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.397;QD=11.4912;RBI=0.0123457;REFB=-0.0144473;REVB=-0.00376458;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404204;STB=0.735035;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0343547;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:24:8:10:6:24:8 chr7 24703298 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.866;QD=58.4197;RBI=0.0488826;REFB=0;REVB=0.0465678;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74191e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr7 24758753 . C T 815.33 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379375;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.652;QD=57.216;RBI=0.0392296;REFB=0;REVB=0.00998547;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172802;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr7 24758795 . T C 764.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0862;QD=63.7035;RBI=0.119364;REFB=0;REVB=0.0321282;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120707;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr7 24758818 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.599;QD=59.0187;RBI=0.0400001;REFB=0;REVB=-0.0168091;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46234e-05;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr7 24854765 . G A 1034.1 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017088;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3867;QD=58.2589;RBI=0.0172524;REFB=-0.158078;REVB=0.00237577;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00279251;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:32:36:1:0:34:36:1:0 chr7 25194665 . G C 377.3 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00320548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.641;QD=16.2279;RBI=0.00670046;REFB=-0.00544252;REVB=0.00588396;RO=53;SAF=23;SAR=17;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900079;STB=0.550506;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00827782;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:17:23:35:18:17:23:35:18 chr7 25198089 . C G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.021917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.463;QD=21.5459;RBI=0.0222378;REFB=-0.0599292;REVB=-0.00376353;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215412;STB=0.512178;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0103578;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:6:4:6:8:6:4 chr7 25207974 . T C 380.98 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0242983;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4184;QD=16.7465;RBI=0.0406202;REFB=0.00845085;REVB=0.0325514;RO=51;SAF=9;SAR=31;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013443;STB=0.507542;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0109494;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:31:9:11:40:31:9:11:40 chr7 25207994 . G A 311.51 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.0153457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.915;QD=13.845;RBI=0.015394;REFB=-0.0348654;REVB=-0.00121859;RO=54;SAF=4;SAR=31;SRF=11;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191586;STB=0.607773;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0456275;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:55:35:35:0.388889:31:4:11:43:31:4:11:44 chr7 25267934 . T C 180.82 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00543598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9415;QD=13.909;RBI=0.0170435;REFB=0.00938516;REVB=0.0161533;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906091;STB=0.563028;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0143363;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:13:8:14:16:13:8:15:16 chr7 25267963 . G C 787.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104859;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5917;QD=57.2695;RBI=0.050275;REFB=0;REVB=0.0491693;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546946;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr7 25304395 . A G 492.18 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0075059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.26;QD=22.6291;RBI=0.0174422;REFB=-0.00999135;REVB=0.0157446;RO=40;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103797;STB=0.509859;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0069277;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:46:47:0.54023:27:19:17:23:28:19:17:23 chr7 26224668 . C T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.255;QD=60.3756;RBI=0.0445149;REFB=0;REVB=-0.0115033;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83e-05;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr7 26251843 . C T 47.55 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=48;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0161417;FXX=0.137228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.95;QD=4.32262;RBI=0.016277;REFB=-0.00896923;REVB=0.00209438;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299512;STB=0.603188;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0554164;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:48:44:42:36:6:8:0.181818:4:2:25:17:5:3:18:18 chr7 26251869 . TAA TA,TAT 66.36 PASS AF=0.254902,0.0588235;AO=10,7;DP=55;FAO=13,3;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5,0;FSAR=8,3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0516463,-0.0300722;FXX=0.0892698;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.4981,151.894;QD=5.20482;RBI=0.120898,0.0755689;REFB=-0.0837092,-0.00460774;REVB=-0.109311,-0.0693277;RO=32;SAF=3,0;SAR=7,7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347378,-0.727038;STB=0.615207,0.996683;STBP=0.376,0.071;TYPE=del,snp;VARB=-0.0504353,0.112515;OID=.,.;OPOS=26251870,26251871;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902,0.0588235:10,7:55:13,3:51:35:5,0:8,3:19:16:44:32:3,0:7,7:19:13 chr7 27135314 . C T 284.17 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0049317;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9181;QD=49.4214;RBI=0.0230668;REFB=-0.172425;REVB=-0.0225335;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00617408;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:0:1:22:22:0.956522:8:14:0:0:8:14:0:1 chr7 27169093 . T G 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.258;QD=61.6718;RBI=0.0274288;REFB=0;REVB=0.0234066;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73332e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:56:67:0:0:56:67:0:0 chr7 27181145 . G T 35.97 PASS AF=0.122449;AO=5;DP=60;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0156468;FXX=0.109071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.736;QD=2.9363;RBI=0.0371507;REFB=0.00249831;REVB=0.033695;RO=32;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640751;STB=0.814513;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0121796;OID=.;OPOS=27181145;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:60:49:32:43:5:6:0.122449:0:5:16:16:1:5:21:22 chr7 27196069 . A C,G 2274.65 PASS AF=0.965753,0.0342466;AO=140,6;DP=147;FAO=141,5;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=56,4;FSAR=85,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750679,-0.00826434;FXX=0.00680226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.8066,157.393;QD=62.3192;RBI=0.0824038,0.0108222;REFB=0,0;REVB=0.0339882,-0.00698723;RO=1;SAF=55,5;SAR=85,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00856611,-0.0789211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000304962,0.0747421;OID=.,.;OPOS=27196069,27196069;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:147:146:1:0:140,6:141,5:0.965753,0.0342466:85,1:55,5:1:0:85,1:56,4:0:0 chr7 27196113 . C T 2605.89 PASS AF=0.982759;AO=170;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0306575;FXX=0.00571396;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.8773;QD=59.9056;RBI=0.0455152;REFB=-0.0520806;REVB=0.0336415;RO=3;SAF=78;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417063;STB=0.502232;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00150207;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:174:3:3:170:171:0.982759:92:78:1:2:92:79:1:2 chr7 27202289 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.588;QD=57.6807;RBI=0.102761;REFB=0;REVB=0.102516;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183282;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr7 27210428 . A AG 1307.0 PASS AF=1;AO=68;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3909;QD=46.6787;RBI=0.105715;REFB=0;REVB=0.0827879;RO=46;SAF=37;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00183078;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:115:112:112:0:58:54:0:0:24:46:37:31:22:24 chr7 27210429 . G GGT 82.42 PASS AF=0.171717;AO=13;DP=118;FAO=17;FDP=99;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0734711;FXX=0.0747594;HRUN=1;LEN=2;MLLD=26.7168;QD=3.33022;RBI=0.0934124;REFB=-0.0334951;REVB=0.0576877;RO=103;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272505;STB=0.612355;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.280241;OID=.;OPOS=27210430;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171717:13:118:17:99:82:7:10:45:37:82:103:4:9:55:48 chr7 27210430 . T G 167.96 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00795643;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.9663;QD=5.64567;RBI=0.0193536;REFB=-0.0197247;REVB=-0.0176425;RO=90;SAF=16;SAR=12;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130669;STB=0.575486;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.124939;OID=.;OPOS=27210430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:90:91:28:28:0.235294:12:16:42:48:12:16:43:48 chr7 27210606 . C T 80.19 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00964575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.667;QD=15.2735;RBI=0.0476641;REFB=-0.0157167;REVB=-0.0466779;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0176484;OID=.;OPOS=27210606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr7 27279191 . T G 415.3 PASS AF=0.371212;AO=48;DP=131;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0159203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.62;QD=12.5849;RBI=0.0185076;REFB=-0.00920414;REVB=0.00943802;RO=82;SAF=19;SAR=29;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766471;STB=0.553061;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0140892;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:82:83:48:49:0.371212:29:19:38:44:30:19:39:44 chr7 27702390 . C A 704.69 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=123;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0194542;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.214;QD=22.9168;RBI=0.034082;REFB=-0.0349442;REVB=0.0279842;RO=55;SAF=29;SAR=39;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127108;STB=0.569527;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0290872;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:55:68:68:0.552846:39:29:32:23:39:29:32:23 chr7 27842733 . A G 487.03 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00311507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.288;QD=15.1016;RBI=0.011191;REFB=-0.023979;REVB=-0.0107487;RO=72;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127035;STB=0.556941;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.039948;OID=.;OPOS=27842733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:74:54:55:0.426357:24:30:31:41:25:30:33:41 chr7 27886171 . A G 420.73 PASS AF=0.531646;AO=37;DP=74;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0234411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.025;QD=21.3027;RBI=0.0306014;REFB=-0.0305829;REVB=0.0196712;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110434;STB=0.533318;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0234661;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:36:37:37:42:0.531646:18:19:14:22:22:20:15:22 chr7 28319007 . T A 928.1 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.595;QD=56.2482;RBI=0.0274214;REFB=-0.0951658;REVB=0.0229002;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078871;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:66:0:0:64:66:1:38:26:0:0:38:28:0:0 chr7 28319234 . A C 620.65 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0179265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6535;QD=55.169;RBI=0.0208443;REFB=-0.0195916;REVB=0.0106361;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.5319;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0047438;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:45:1:3:42:42:0.933333:22:20:0:1:22:20:0:3 chr7 28450207 . A G 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00505357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.36;QD=20.5991;RBI=0.00582371;REFB=-0.0216594;REVB=0.00289431;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222922;STB=0.638104;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0213717;OID=.;OPOS=28450207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:7:11:7:13:7:12 chr7 28995800 . G A 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8942;QD=50.3976;RBI=0.0707788;REFB=0;REVB=0.0453529;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213184;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr7 28996557 . C T 766.91 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.522;QD=63.9093;RBI=0.084877;REFB=0;REVB=0.0659077;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395798;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:16:32:0:0 chr7 28996944 . T C 229.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.407;QD=48.2107;RBI=0.0921088;REFB=0;REVB=0.0905653;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167342;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr7 28997141 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.908;QD=61.3363;RBI=0.0387949;REFB=0;REVB=0.0287081;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041137;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 678.25 PASS AF=1,0,0;AO=40,2,4;DP=46;FAO=46,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=27,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412531,-0.0198103,-0.0194997;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=23.8498,5.61696,5.89787;QD=58.9782;RBI=0.0668151,0.0864192,0.144571;REFB=0,0,0;REVB=-0.0525588,-0.084118,-0.14325;RO=0;SAF=16,2,1;SAR=24,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.00171155,0.0621096,0.0760959;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:40,2,4:46:46,0,0:46:0:19,0,0:27,0,0:0:0:4:0:16,2,1:24,0,3:0:0 chr7 29035469 . TA T 37.0 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0143523;FXX=0.0384541;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.2663;QD=2.95972;RBI=0.03764;REFB=-0.0309326;REVB=-0.0347963;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520578;STB=0.82358;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0535143;OID=.;OPOS=29035470;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:13:50:13:50:37:2:11:21:16:36:35:2:11:20:15 chr7 29186256 . A G 1147.35 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108313;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.139;QD=60.3868;RBI=0.0130519;REFB=0;REVB=-0.00728257;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61329e-05;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:37:39:0:0 chr7 29186576 . A G 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.476;QD=61.3695;RBI=0.00849668;REFB=0;REVB=-0.000549189;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2163e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr7 29433356 . A G 396.08 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00401011;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.848;QD=17.4101;RBI=0.00908039;REFB=-0.0142277;REVB=0.00814693;RO=50;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541352;STB=0.503032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0182116;OID=.;OPOS=29433356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:50:41:41:0.450549:24:17:21:29:24:17:21:29 chr7 29440195 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0152437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.931;QD=16.4429;RBI=0.0625253;REFB=-0.0203875;REVB=-0.0606386;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400263;STB=0.725609;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0195155;OID=.;OPOS=29440195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:5:22:8:12:5:22 chr7 29523563 . G A 1481.7 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0024797;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.903;QD=58.106;RBI=0.026996;REFB=-0.032554;REVB=0.0268819;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.505154;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000420029;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:99:101:0.990196:46:53:0:1:48:53:0:1 chr7 29552213 . T C 468.4 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00502934;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.704;QD=22.5735;RBI=0.0323883;REFB=-0.0136757;REVB=0.0319954;RO=38;SAF=24;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585528;STB=0.503224;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0111935;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:21:24:20:18:21:24:20:18 chr7 29605975 . C G 162.5 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0230491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3268;QD=19.6969;RBI=0.036902;REFB=0.00537282;REVB=0.0288183;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383504;STB=0.545399;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00133406;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:12:5:5:10:12:5:6:10 chr7 29606288 . C T 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0189617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.659;QD=19.8496;RBI=0.0191402;REFB=-0.00280317;REVB=0.00260831;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395277;STB=0.538411;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00195278;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:7:8:7:5:7:8:8:5 chr7 29952207 . C G 1153.48 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6528;QD=60.7092;RBI=0.0485664;REFB=0;REVB=0.0192537;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343171;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr7 30177278 . C T 579.68 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0430255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8768;QD=14.5831;RBI=0.0476465;REFB=0.0167278;REVB=0.0204693;RO=93;SAF=25;SAR=41;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134876;STB=0.575752;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0226268;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:93:66:66:0.415094:41:25:47:46:41:25:47:46 chr7 30395402 . G A 339.84 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0132233;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2011;QD=17.8861;RBI=0.01562;REFB=-0.0126489;REVB=0.00831433;RO=41;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654723;STB=0.526966;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0142953;OID=.;OPOS=30395402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:40:36:36:0.473684:25:11:15:26:25:11:14:26 chr7 30491311 . C T 393.1 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0144214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.259;QD=33.4552;RBI=0.0158581;REFB=-0.0306807;REVB=-0.00659562;RO=14;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174945;STB=0.520626;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0142482;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:15:32:32:0.680851:15:17:7:7:15:17:7:8 chr7 30492237 . C T 45.1 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000574815;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.416;QD=20.0444;RBI=0.0247833;REFB=-0.0305304;REVB=0.0247766;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00749058;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr7 30492550 . G A 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0486966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.564;QD=19.6996;RBI=0.0539678;REFB=-0.0119969;REVB=0.023263;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0365749;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:8:8:9:8:8:8 chr7 30496382 . G C 298.57 PASS AF=0.5;AO=33;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0237807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2235;QD=18.6609;RBI=0.0491823;REFB=-0.0140446;REVB=-0.0430509;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109536;STB=0.546754;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0364182;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:33:32:0.5:18:15:18:13:17:15:18:14 chr7 30538651 . T C 156.13 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00439789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.685;QD=9.46222;RBI=0.00447957;REFB=-0.00815084;REVB=0.000851534;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339029;STB=0.519981;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0202145;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:18:27:12:9:18:27 chr7 30693145 . CCGGG C,CCGG,CG,CGG 120.24 PASS AF=0,0.0588235,0,0.823529;AO=3,3,3,5;DP=21;FAO=0,1,0,14;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,0,6;FSAR=0,1,0,8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0104146,0.262635,0.114188,0.127761;FXX=0.149925;HRUN=3,3,3,3;LEN=4,1,3,2;MLLD=117.217,12.8621,20.0387,22.4358;QD=28.2914;RBI=0.0505083,0.262727,0.11437,0.128286;REFB=-0.05695,-0.126237,-0.124436,-0.187007;REVB=0.0494229,-0.00693141,-0.00643988,-0.0115954;RO=4;SAF=0,0,1,4;SAR=3,3,2,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.729277,-0.729277,-0.348651,0.0543107;STB=0.5,0.986712,0.5,0.509078;STBP=1,0.516,1,0.885;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0889764,0.0432196,0.0592223;OID=.,.,.,.;OPOS=30693146,30693147,30693146,30693146;OREF=CGGG,G,CGG,CG;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=C,CCGG,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0588235,0,0.823529:3,3,3,5:21:0,1,0,14:17:2:0,0,0,6:0,1,0,8:1:1:10:4:0,0,1,4:3,3,2,1:3:1 chr7 30695575 . G A 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0162145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.789;QD=14.4732;RBI=0.0218852;REFB=-0.017968;REVB=-0.0146987;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12648;STB=0.571383;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0213951;OID=.;OPOS=30695575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:30:12:12:18:30:12 chr7 30795331 . A G 1561.9 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.891;QD=63.7508;RBI=0.0411606;REFB=0;REVB=0.0374395;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.514e-05;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:45:51:0:0:47:51:0:0 chr7 30795436 . T G 610.61 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0147514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.156;QD=56.801;RBI=0.0150072;REFB=-0.0517244;REVB=-0.00275911;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000109273;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:1:2:41:41:0.953488:23:18:0:1:23:18:1:1 chr7 30795447 . C G 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0658024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.427;QD=20.2673;RBI=0.0672211;REFB=-0.0216055;REVB=0.0137379;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168145;STB=0.594507;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0233382;OID=.;OPOS=30795447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:7:14:10:11:7:14 chr7 30951704 . C T 880.03 PASS AF=0.465;AO=93;DP=202;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.114595;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.548;QD=17.6006;RBI=0.114616;REFB=-0.0152089;REVB=0.00219783;RO=109;SAF=38;SAR=55;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948273;STB=0.547164;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0147319;OID=.;OPOS=30951704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:109:107:93:93:0.465:55:38:55:54:55:38:53:54 chr7 31594508 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0767505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.736;QD=10.075;RBI=0.0797537;REFB=-0.0163165;REVB=-0.0216798;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0227114;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr7 31611758 . G T 502.03 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0355679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.824;QD=17.3114;RBI=0.0362747;REFB=-0.00164448;REVB=-0.00712564;RO=60;SAF=28;SAR=26;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080589;STB=0.552847;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00201176;OID=.;OPOS=31611758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:62:54:54:0.465517:26:28:26:34:26:28:26:36 chr7 31617733 . T C 328.6 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0228654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9124;QD=43.8136;RBI=0.0908354;REFB=0.0181683;REVB=-0.0879104;RO=4;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975607;STB=0.552593;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0198549;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:9:17:4:0:9:17:4:0 chr7 31618008 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.885;QD=42.1821;RBI=0.10009;REFB=0;REVB=0.00465975;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219835;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 31682453 . C T 1007.76 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0786;QD=58.4207;RBI=0.0456876;REFB=0;REVB=0.0247718;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100168;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr7 31683410 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.953;QD=57.544;RBI=0.026365;REFB=0;REVB=0.0208505;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210635;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr7 31815326 . C T 776.22 PASS AF=0.443243;AO=82;DP=186;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.00964309;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.842;QD=16.7832;RBI=0.0108132;REFB=-0.0126079;REVB=0.00489253;RO=103;SAF=37;SAR=45;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145022;STB=0.508064;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0160256;OID=.;OPOS=31815326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:103:103:82:82:0.443243:45:37:45:58:45:37:45:58 chr7 31855578 . G A 961.58 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.021;QD=56.5634;RBI=0.0202485;REFB=-0.0265255;REVB=0.00799341;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000325895;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:0:1:65:67:0.985294:29:36:0:0:30:37:0:1 chr7 31920395 . G A 419.36 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00841474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.74;QD=17.6571;RBI=0.0263959;REFB=-0.0166472;REVB=-0.0250187;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21397;STB=0.619595;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0171634;OID=.;OPOS=31920395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:17:26:20:32:17:26:20:32 chr7 32209425 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.848;QD=63.8873;RBI=0.018284;REFB=0;REVB=0.017723;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86681e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr7 32209459 . C T 633.78 PASS AF=0.563636;AO=60;DP=108;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000138423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.546;QD=23.0466;RBI=0.0015081;REFB=-0.00596721;REVB=0.00150174;RO=48;SAF=38;SAR=22;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607114;STB=0.530602;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00421495;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:48:48:60:62:0.563636:22:38:27:21:23:39:27:21 chr7 32526687 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000958271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.683;QD=18.966;RBI=0.0063127;REFB=-0.00861982;REVB=0.00623954;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112812;STB=0.50209;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0079677;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:14:8:9:15:14:8:9:16 chr7 32529936 . G C 586.8 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00258788;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2883;QD=58.6802;RBI=0.00412433;REFB=-0.0858625;REVB=-0.00321138;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00284196;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:0:1:21:18:0:1 chr7 32530105 . G C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00893482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.448;QD=55.6055;RBI=0.0287216;REFB=-0.00141096;REVB=0.0272965;RO=1;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241769;STB=0.512816;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=6.35451e-05;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:19:39:0:1:19:39:0:1 chr7 32530198 . AA TC 782.73 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794736;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.265;QD=56.9261;RBI=0.00874005;REFB=0;REVB=-0.00363701;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000939053;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr7 32598940 . A G 119.36 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0402932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9339;QD=10.3791;RBI=0.0764557;REFB=0.000931247;REVB=0.0649764;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.533289;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000731105;OID=.;OPOS=32598940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:31:14:15:0.326087:6:8:14:15:7:8:15:16 chr7 32613020 . A G 801.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7926;QD=57.2263;RBI=0.0587693;REFB=0;REVB=0.0402761;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894786;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr7 32623796 . C T 1107.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.94;QD=59.8541;RBI=0.0215134;REFB=0;REVB=0.00415988;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169359;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:28:41:0:0:29:45:0:0 chr7 32908135 . C G 275.45 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00839099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.586;QD=18.062;RBI=0.0803419;REFB=-0.0149586;REVB=-0.0799025;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344788;STB=0.69294;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0131387;OID=.;OPOS=32908135;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:21:9:21:10:21:9:21:10 chr7 32908287 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.502;QD=62.0186;RBI=0.010553;REFB=0;REVB=0.00150631;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60279e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr7 32909182 . G A 379.2 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0280748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.72;QD=23.7;RBI=0.0287944;REFB=0.000994987;REVB=-0.00639707;RO=24;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104738;STB=0.574287;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000409529;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:26:37:38:0.59375:21:16:7:17:21:17:7:19 chr7 33003171 . G A 180.09 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00250129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.661;QD=15.6603;RBI=0.0124097;REFB=-0.00812716;REVB=0.012155;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243285;STB=0.514004;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00965232;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:12:15:11:8:12:15 chr7 33054112 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0214621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.825;QD=17.4013;RBI=0.022618;REFB=-0.00632033;REVB=0.00713803;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265217;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:8:5:5:8:8:5 chr7 33054114 . CTTTT C,CT,CTTTAAGAT 208.46 PASS AF=0,0.36,0.52;AO=4,3,5;DP=26;FAO=0,9,13;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=0,5,8;FSAR=0,4,5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0361721,0.0481945,0.00228928;FXX=0;HRUN=14,14,0;LEN=4,3,4;MLLD=11.4943,10.9242,260.872;QD=33.3538;RBI=0.266161,0.337699,0.0978645;REFB=-0.172017,-0.223601,-0.0471062;REVB=-0.263692,-0.334242,-0.0978378;RO=2;SAF=1,2,5;SAR=3,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.407562,-0.272699,0;STB=0.5,0.528239,0.510188;STBP=1,0.796,0.974;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0642286,0.134444,-0.00904223;OID=.,.,.;OPOS=33054115,33054115,33054118;OREF=TTTT,TTT,-;OALT=-,-,AAGA;OMAPALT=C,CT,CTTTAAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.36,0.52:4,3,5:26:0,9,13:25:3:0,5,8:0,4,5:2:1:52:2:1,2,5:3,1,0:2:0 chr7 33385852 . C T 265.15 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00472354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.249;QD=15.5972;RBI=0.0793381;REFB=-0.0235333;REVB=-0.0791973;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938856;STB=0.553155;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0194091;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:10:20:22:16:10:20:22:16 chr7 34125420 . G T 467.36 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00565303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.067;QD=20.1016;RBI=0.0386362;REFB=-0.0164724;REVB=0.0382204;RO=47;SAF=27;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117027;STB=0.506491;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0180098;OID=.;OPOS=34125420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:19:27:27:20:19:27:27:20 chr7 34192762 . G C 803.93 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239627;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.566;QD=57.4234;RBI=0.0426675;REFB=0;REVB=0.035303;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111308;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 34889182 . A G 573.63 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00320953;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.119;QD=58.8343;RBI=0.0496803;REFB=-0.071532;REVB=0.0495765;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000626793;OID=.;OPOS=34889182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:0:1:11:27:0:1 chr7 34889222 . T C 614.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.716;QD=61.4357;RBI=0.0238122;REFB=0;REVB=0.0223558;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111345;OID=.;OPOS=34889222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:13:25:0:0:15:25:0:0 chr7 34917740 . C T 1338.96 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1895;QD=62.2772;RBI=0.00932408;REFB=0;REVB=0.00271106;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51e-05;OID=.;OPOS=34917740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr7 34932074 . G C 1380.03 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.18;QD=61.3346;RBI=0.042749;REFB=-0.0851213;REVB=-0.00408871;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000176513;OID=.;OPOS=34932074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:90:0:1:89:89:0.988889:40:49:0:0:40:49:1:0 chr7 34932102 . G A 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.755;QD=60.9142;RBI=0.0175488;REFB=0.048055;REVB=-0.0104798;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00130313;OID=.;OPOS=34932102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:0:1:85:86:0.988506:41:44:0:0:41:45:0:1 chr7 34932113 . T A 1361.5 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000688101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.811;QD=61.1911;RBI=0.0172602;REFB=-0.123485;REVB=0.0172465;RO=1;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111493;STB=0.505881;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-1.00945e-05;OID=.;OPOS=34932113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:42:46:0:1:42:46:0:1 chr7 34968498 . A T 1002.13 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154933;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.838;QD=58.9488;RBI=0.0285925;REFB=0;REVB=0.024031;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91397e-05;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:30:35:0:0:31:37:0:0 chr7 34979905 . C A 766.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7098;QD=63.8604;RBI=0.0789232;REFB=0;REVB=-0.0781935;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123399;OID=.;OPOS=34979905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr7 35058177 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.618;QD=62.6689;RBI=0.0505438;REFB=0;REVB=0.0286569;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220165;OID=.;OPOS=35058177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr7 35293193 . A G 250.37 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00641876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.644;QD=19.6372;RBI=0.0285121;REFB=-0.030701;REVB=0.0277802;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855759;STB=0.547908;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0266158;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:13:12:15:11:13:12 chr7 35673101 . TAAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAT 100.3 PASS AF=0,0.4375,0.5625;AO=2,2,2;DP=18;FAO=0,7,9;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,9;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.832765,-0.465539,-0.0589349;FXX=0.111049;HRUN=18,18,18;LEN=1,2,1;MLLD=2.25155,4.83419,137.764;QD=25.0753;RBI=0.94967,0.534129,0.0606764;REFB=-0.173829,0.190453,0.0207357;REVB=-0.456481,0.261853,0.0144327;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=2,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,-0.0684025,0.0393932;OID=.,.,.;OPOS=35673102,35673102,35673115;OREF=-,AA,A;OALT=A,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.4375,0.5625:2,2,2:18:0,7,9:16:0:0,1,9:0,6,0:0:0:31:0:0,0,2:2,2,0:0:0 chr7 35674884 . T C 538.45 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=147;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00849506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.709;QD=14.6517;RBI=0.0143041;REFB=-0.00554459;REVB=-0.0115083;RO=87;SAF=29;SAR=30;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515132;STB=0.532247;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00776088;OID=.;OPOS=35674884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:87:88:59:59:0.401361:30:29:47:40:30:29:48:40 chr7 35840898 . G C,GC 1209.33 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=6,76;DP=92;FAO=4,80;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=3,34;FSAR=1,46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336136,0.0364653;FXX=0.0114929;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=112.678,133.181;QD=56.2479;RBI=0.0421339,0.0364788;REFB=-0.192608,-0.0607282;REVB=-0.0254046,0.000992464;RO=8;SAF=3,34;SAR=3,42;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.495365,-0.0992222;STB=0.624469,0.514282;STBP=0.679,0.121;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0052267,0.000844476;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:92:86:8:2:6,76:4,80:0.0465116,0.930233:3,42:3,34:8:0:1,46:3,34:2:0 chr7 36124292 . G A 784.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7726;QD=57.0698;RBI=0.0133542;REFB=0;REVB=-0.0111811;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61556e-05;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr7 36194769 . CCGGGGT CCGGGT,CCGGGTG,CGGGT 119.42 PASS AF=0,0,0.447368;AO=8,2,8;DP=40;FAO=0,0,17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.143674,0.0495417,0.142806;FXX=0.0256345;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=11.8702,22.6752,24.2185;QD=12.57;RBI=0.176287,0.0591638,0.150179;REFB=-0.122535,-0.0383953,-0.12098;REVB=-0.102152,-0.0323416,0.0464803;RO=20;SAF=0,2,1;SAR=8,0,7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.703852,0.640575,-0.240044;STB=0.5,0.5,0.573043;STBP=1,1,0.529;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0344255,0,0.16347;OID=.,.,.;OPOS=36194771,36194774,36194770;OREF=G,GT,CG;OALT=-,TG,-;OMAPALT=CCGGGT,CCGGGTG,CGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.447368:8,2,8:40:0,0,17:38:21:0,0,5:0,0,12:4:17:99:20:0,2,1:8,0,7:5:15 chr7 36320821 . G A 1358.24 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.346;QD=62.448;RBI=0.024249;REFB=0;REVB=0.00533232;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68628e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr7 36338749 . T C 1511.72 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.757;QD=63.6512;RBI=0.0291354;REFB=0;REVB=0.0289743;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5536e-05;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr7 36339269 . C G 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0131;QD=56.4863;RBI=0.0446597;REFB=-0.0147304;REVB=0.0196065;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00359903;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:18:17:1:0:18:17:1:0 chr7 36396480 . A G 271.36 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.01546;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.7794;QD=16.6993;RBI=0.0530661;REFB=-0.0363433;REVB=0.0507641;RO=31;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168549;STB=0.502611;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0285529;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:35:30:30:0.461538:13:17:17:14:13:17:20:15 chr7 36445856 . G A 1302.84 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.667;QD=62.0402;RBI=0.0400554;REFB=0;REVB=-0.0208542;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24293e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:47:35:0:0:47:37:0:0 chr7 36447349 . A ACTT 232.35 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00304321;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.107;QD=14.5217;RBI=0.0082906;REFB=-0.00989141;REVB=0.00771187;RO=39;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157371;STB=0.521456;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=0.0176738;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421875:27:68:27:64:37:17:10:22:15:99:39:17:10:24:15 chr7 36552729 . A AT,ATT 595.05 PASS AF=1,0;AO=48,6;DP=60;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.247103,-0.124119;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.3165,8.79133;QD=40.3421;RBI=0.260807,0.131886;REFB=0,0;REVB=0.0834283,0.0445899;RO=5;SAF=24,6;SAR=24,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0176863,0.773282;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00322062,0;OID=.,.;OPOS=36552730,36552730;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:48,6:60:59,0:59:0:32,0:27,0:0:0:12:5:24,6:24,0:2:3 chr7 36552790 . G GT 730.97 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5636;QD=41.77;RBI=0.115041;REFB=0;REVB=-0.000534619;RO=5;SAF=32;SAR=30;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00134435;OID=.;OPOS=36552791;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:72:70:70:0:37:33:0:0:14:5:32:30:5:0 chr7 36729757 . T C 1035.42 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.716;QD=59.1668;RBI=0.0243927;REFB=0;REVB=0.0050147;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165854;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:26:42:0:0:27:43:0:0 chr7 36763672 . C T 124.29 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0469357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.909;QD=14.6219;RBI=0.0496109;REFB=-0.018643;REVB=-0.016071;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158812;STB=0.629772;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0127737;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:19:13:15:0.441176:4:9:11:9:4:11:10:9 chr7 36763688 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00798768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.033;QD=22.3414;RBI=0.0168719;REFB=-0.0499811;REVB=0.0148613;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167427;STB=0.593649;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0187724;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:10:4:9:9:10:4 chr7 37209284 . G A 411.45 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.199;QD=56.7522;RBI=0.0174977;REFB=0;REVB=-0.0166244;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28768e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:11:18:0:0 chr7 37354536 . A G 271.63 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0818396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.381;QD=20.8943;RBI=0.0824615;REFB=0.00709203;REVB=0.0101083;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159185;STB=0.588579;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00428681;OID=.;OPOS=37354536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:17:11:14:10:17:11:14:10 chr7 37355590 . C CT 708.65 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8226;QD=44.2905;RBI=0.026967;REFB=0;REVB=0.00792094;RO=3;SAF=25;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000796778;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:64:64:0:28:36:0:0:14:3:25:36:3:0 chr7 37780436 . G A 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00360669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.709;QD=23.3223;RBI=0.0154007;REFB=-0.0110817;REVB=0.0149724;RO=44;SAF=25;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160451;STB=0.508818;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00915455;OID=.;OPOS=37780436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:27:25:22:22:27:25:22:22 chr7 37907304 . T C 421.68 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0117842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.5;QD=18.3337;RBI=0.02034;REFB=-0.0120517;REVB=0.0165785;RO=48;SAF=28;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316319;STB=0.683809;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0195416;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:42:43:0.467391:14:28:16:32:14:29:16:33 chr7 37934146 . TA CT 173.7 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00930216;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.211;QD=11.3904;RBI=0.0106835;REFB=-0.0044673;REVB=-0.00525422;RO=39;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425274;STB=0.746137;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0103449;OID=.;OPOS=37934146;OREF=TA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:22:22:0.360656:6:16:13:26:6:16:13:26 chr7 37936530 . T C 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00077098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.26;QD=20.4164;RBI=0.0164486;REFB=-0.00367979;REVB=-0.0164305;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735087;STB=0.501547;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00436571;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:39:41:41:0.5125:23:18:17:21:23:18:17:22 chr7 37951726 . G A 1606.32 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.727;QD=64.2529;RBI=0.0529752;REFB=0;REVB=0.0404859;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237045;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:41:57:0:0:43:57:0:0 chr7 37960262 . AAGGCAGTGGCAGC A 149.04 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00406652;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=13;MLLD=289.344;QD=10.6457;RBI=0.00666808;REFB=-0.0212586;REVB=0.00528457;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139271;STB=0.559298;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.0332576;OID=.;OPOS=37960263;OREF=AGGCAGTGGCAGC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:23:57:24:56:32:13:11:14:18:99:29:12:11:11:18 chr7 37988589 . C T 390.81 PASS AF=0.454545;AO=38;DP=91;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0505824;FXX=0.0736765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.065;QD=17.7643;RBI=0.0514943;REFB=-0.0182254;REVB=-0.00964826;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486818;STB=0.504585;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0181971;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:40:48:38:40:0.454545:21:17:20:20:22:18:22:26 chr7 37991129 . C A,T 1667.59 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=104,5;DP=111;FAO=108,4;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=42,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110904,0.00988644;FXX=0.0260847;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.808,137.835;QD=59.5568;RBI=0.0385138,0.0123861;REFB=0,0;REVB=0.0368824,0.0074614;RO=0;SAF=63,0;SAR=41,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.05495e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000655891,0.122295;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:111:112:0:0:104,5:108,4:0.964286,0.0357143:41,5:63,0:0:0:42,4:66,0:0:0 chr7 37991186 . C T 628.06 PASS AF=0.443038;AO=68;DP=159;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.021693;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.489;QD=15.9003;RBI=0.0224416;REFB=-0.0124354;REVB=0.0057482;RO=89;SAF=38;SAR=30;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429397;STB=0.517612;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0225226;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:89:88:68:70:0.443038:30:38:46:43:32:38:45:43 chr7 38268395 . C T 289.68 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00277778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.36;QD=18.9957;RBI=0.0029627;REFB=-0.0179384;REVB=0.0010303;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791725;STB=0.544025;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0207492;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:10:20:18:13:10:20 chr7 38269668 . G A 221.43 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000675443;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.993;QD=14.2859;RBI=0.0113186;REFB=-0.0026518;REVB=-0.0112984;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063253;STB=0.552389;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0037772;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:20:16:10:16:19:17 chr7 38284794 . C T 240.13 PASS AF=0.319149;AO=28;DP=93;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0207988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1174;QD=10.2181;RBI=0.0315107;REFB=-0.0107014;REVB=0.0236713;RO=62;SAF=17;SAR=11;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322677;STB=0.515408;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0143563;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:62:64:28:30:0.319149:11:17:36:26:12:18:37:27 chr7 38284804 . T C 290.82 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0367411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.208;QD=11.9927;RBI=0.0419222;REFB=-0.00855781;REVB=0.0201882;RO=62;SAF=19;SAR=15;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808917;STB=0.540014;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0189062;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:63:34:34:0.350515:15:19:39:23:15:19:39:24 chr7 38284808 . A C 279.43 PASS AF=0.34375;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0208622;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.116;QD=11.6427;RBI=0.0280753;REFB=-0.0055055;REVB=-0.018788;RO=62;SAF=18;SAR=14;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780092;STB=0.549104;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0113695;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:32:33:0.34375:14:18:39:23:15:18:39:24 chr7 38284834 . A G 281.53 PASS AF=0.354839;AO=32;DP=92;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00457529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.254;QD=12.1087;RBI=0.0267732;REFB=-0.00726151;REVB=-0.0263794;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784628;STB=0.535693;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0104278;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:60:60:32:33:0.354839:15:17:36:24:15:18:36:24 chr7 38284854 . C T 237.43 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00088822;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.343;QD=11.3062;RBI=0.00182902;REFB=-0.0119883;REVB=0.00159886;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767399;STB=0.544358;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0208567;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:55:55:29:29:0.345238:13:16:34:21:13:16:34:21 chr7 38289121 . C T 1518.2 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197145;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2466;QD=59.5373;RBI=0.0263162;REFB=0;REVB=0.0174322;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20273e-05;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:99:102:1:44:55:0:0:44:58:0:0 chr7 38295958 . C T 283.36 PASS AF=0.525424;AO=26;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.071949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5086;QD=19.2111;RBI=0.101307;REFB=-0.0449006;REVB=-0.0713198;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170582;STB=0.573402;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0513362;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:26:31:0.525424:11:15:10:16:14:17:11:17 chr7 38305043 . T C 106.74 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=133;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=41;FWDB=-0.000415143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.448;QD=3.21009;RBI=0.000636145;REFB=-0.00233592;REVB=0.000482014;RO=112;SAF=11;SAR=10;SRF=71;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1429;STB=0.593687;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0133541;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:112:112:21:21:0.157895:10:11:71:41:10:11:71:41 chr7 38309102 . A C 1175.3 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5694;QD=59.5089;RBI=0.0325432;REFB=-0.0706296;REVB=0.0228657;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000606938;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:0:1:36:42:0:1 chr7 38331271 . C A 369.7 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00574537;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.366;QD=14.0838;RBI=0.0187636;REFB=-0.01813;REVB=0.0178624;RO=57;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335572;STB=0.52324;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0277461;OID=.;OPOS=38331271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:57:62:43:43:0.409524:24:19:25:32:24:19:25:37 chr7 38331416 . C T 456.2 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.000742857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.363;QD=20.2755;RBI=0.0439091;REFB=-0.0258685;REVB=-0.0439028;RO=43;SAF=27;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239443;STB=0.64186;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0144687;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:45:45:45:0.5:18:27:14:29:18:27:14:31 chr7 38331504 . C T 203.08 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00376084;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.666;QD=15.6215;RBI=0.00842754;REFB=-0.00553407;REVB=-0.00754185;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238839;STB=0.62622;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00423819;OID=.;OPOS=38331504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:29:23:23:0.442308:16:7:16:14:16:7:15:14 chr7 38357075 . T C 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00833975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.938;QD=13.0288;RBI=0.00834059;REFB=-0.0188239;REVB=0.000118116;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881836;STB=0.550424;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0300498;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:15:14:26:20:15:14:26:20 chr7 38388761 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0863459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0893;QD=23.2181;RBI=0.116307;REFB=0.0444148;REVB=-0.0779208;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.030681;OID=.;OPOS=38388761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr7 38388895 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.57;QD=55.0984;RBI=0.0303578;REFB=0;REVB=0.0280428;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181606;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr7 38389410 . G C 1376.45 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039947;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3699;QD=60.5032;RBI=0.0399547;REFB=-0.0414989;REVB=-0.000784058;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397436;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:91:1:0:86:91:1:41:45:1:0:41:50:0:0 chr7 38393319 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4909;QD=44.689;RBI=0.0949287;REFB=0;REVB=-0.034926;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262024;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr7 38393343 . T C 289.05 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.078;QD=52.5553;RBI=0.0327011;REFB=0;REVB=0.0326836;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166258;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:9:13:0:0 chr7 38393390 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00027899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.084;QD=61.3364;RBI=0.00377387;REFB=0;REVB=0.00376354;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05743e-05;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr7 38393424 . G A 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.343;QD=64.395;RBI=0.0163159;REFB=0;REVB=-0.00152577;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12538e-05;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 38393448 . G C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.041;QD=57.0008;RBI=0.0147962;REFB=0;REVB=0.00550103;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55876e-05;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr7 38393524 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.842;QD=57.7107;RBI=0.0197235;REFB=0;REVB=0.00544892;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12858e-05;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr7 38393534 . C T 851.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0575;QD=57.7022;RBI=0.0292502;REFB=0;REVB=-0.000297638;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326897;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr7 38393592 . C A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0008;QD=60.9756;RBI=0.0178751;REFB=0;REVB=0.00712347;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105447;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr7 38393713 . A G 289.53 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9082;QD=52.641;RBI=0.0868798;REFB=0;REVB=0.0789925;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187855;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:6:12:0:0:10:12:0:0 chr7 38393798 . A G 176.16 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.47;QD=46.9749;RBI=0.0632481;REFB=0;REVB=0.0233357;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977369;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:7:8:0:0 chr7 38397930 . A G 88.33 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.599;QD=39.2581;RBI=0.0948922;REFB=0;REVB=0.0948698;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154456;OID=.;OPOS=38397930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:1:8:0:0 chr7 38398565 . G C 582.94 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0735;QD=59.7885;RBI=0.047605;REFB=0;REVB=0.0327247;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518426;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr7 38402496 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.314;QD=61.5363;RBI=0.0213342;REFB=0;REVB=0.0152531;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83226e-05;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr7 38402517 . C T 323.02 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0257524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0017;QD=12.793;RBI=0.0347326;REFB=0.000310032;REVB=-0.023306;RO=62;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504948;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00335221;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:62:63:38:38:0.376238:19:19:31:31:19:19:31:32 chr7 38431436 . C T 625.3 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0221291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.773;QD=25.7857;RBI=0.0241826;REFB=-0.0340182;REVB=-0.00975197;RO=41;SAF=32;SAR=24;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273792;STB=0.514965;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0273675;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:24:32:22:19:24:32:22:19 chr7 38431481 . C A 1532.17 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00524465;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.522;QD=57.8179;RBI=0.0697576;REFB=-0.192273;REVB=0.0695601;RO=2;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00034436;STB=0.500181;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00135313;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:106:2:2:104:104:0.981132:53:51:1:1:53:51:1:1 chr7 38433726 . T G 129.04 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00116666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.088;QD=21.5064;RBI=0.00143711;REFB=-0.0444213;REVB=-0.000839157;RO=10;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258022;STB=0.649736;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0303215;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:13:1:2:8:13:1:2:8 chr7 38467842 . A G 337.96 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0472341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2134;QD=22.9127;RBI=0.0501827;REFB=-0.01822;REVB=0.0169482;RO=25;SAF=11;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161167;STB=0.58906;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0160978;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:23:11:13:12:23:11:13:12 chr7 38467923 . A G 502.05 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.19;QD=59.0641;RBI=0.116623;REFB=0;REVB=0.0083767;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122505;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr7 38468463 . C T 351.17 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00189529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.95;QD=18.0088;RBI=0.00635143;REFB=0.00406569;REVB=-0.00606205;RO=41;SAF=26;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743437;STB=0.541644;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00515676;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:11:26:26:15:11:26:26:15 chr7 38468695 . C T 50.07 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.149;QD=33.3805;RBI=0.0748357;REFB=0;REVB=-0.0321064;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143126;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 38726005 . C G 129.37 PASS AF=0.375;AO=16;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0019741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3902;QD=12.937;RBI=0.151097;REFB=-0.0524708;REVB=-0.151084;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442902;STB=0.827235;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0682132;OID=.;OPOS=38726005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:25:16:15:0.375:3:13:9:13:2:13:10:15 chr7 38780883 . C T 2034.44 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00174736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.252;QD=60.7297;RBI=0.00303803;REFB=-0.00816395;REVB=-0.00248523;RO=1;SAF=80;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590469;STB=0.501656;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=2.91991e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:1:2:132:132:0.985075:52:80:1:0:52:80:1:1 chr7 38780924 . T C 2597.49 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.164;QD=61.4791;RBI=0.0334102;REFB=0;REVB=0.0178343;RO=0;SAF=103;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.30886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23069e-05;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:65:103:0:0:65:104:0:0 chr7 38796570 . G A 435.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0701278;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.577;QD=18.3357;RBI=0.0705675;REFB=-0.0194391;REVB=-0.00786485;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942743;STB=0.505261;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0165907;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:44:44:0.463158:22:22:25:26:22:22:25:26 chr7 39368609 . T C 514.34 PASS AF=0.470085;AO=53;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0146359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.395;QD=17.5843;RBI=0.0150974;REFB=-0.01086;REVB=-0.00370405;RO=62;SAF=28;SAR=25;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986038;STB=0.554386;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0130362;OID=.;OPOS=39368609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:62:53:55:0.470085:25:28:39:23:26:29:39:23 chr7 39379325 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0617804;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.889;QD=19.1327;RBI=0.0646138;REFB=0.0416875;REVB=0.0189242;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00224501;OID=.;OPOS=39379325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr7 39472681 . C T 189.12 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0143518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7859;QD=13.0427;RBI=0.0208533;REFB=0.011104;REVB=0.015129;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799572;STB=0.512771;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0158999;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:23:23:0.396552:12:11:16:18:12:11:16:19 chr7 39472708 . A G 179.64 PASS AF=0.338028;AO=22;DP=69;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0121763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.497;QD=10.1207;RBI=0.013053;REFB=-0.00489853;REVB=-0.00470295;RO=42;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496925;STB=0.520367;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00760911;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:42:47:22:24:0.338028:9:13:23:19:10:14:26:21 chr7 39472846 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0794395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.182;QD=19.2754;RBI=0.0806151;REFB=0.00125758;REVB=0.013717;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374865;STB=0.521217;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00378552;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:16:10:8:15:16:10 chr7 40027484 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0344151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3331;QD=21.014;RBI=0.0346185;REFB=-0.0197748;REVB=0.00374746;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251894;STB=0.639799;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0115278;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:0:7:9:2:0:7 chr7 40127767 . G A 224.75 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00495867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.852;QD=15.7718;RBI=0.00559489;REFB=-0.00915257;REVB=0.00259121;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237445;STB=0.595997;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0136773;OID=.;OPOS=40127767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:31:24:26:0.45614:7:17:15:16:9:17:15:16 chr7 40173878 . AC A,GA 44.78 PASS AF=0.266667,0;AO=10,2;DP=44;FAO=12,0;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0655442,-0.0603461;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.0845,24.5303;QD=3.98013;RBI=0.10904,0.0714692;REFB=-0.0837778,-0.0568863;REVB=-0.087142,-0.0382909;RO=29;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=20;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.533333,0;SSSB=0.0144526,-0.181313;STB=0.57521,0.5;STBP=0.601,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.155476,0;OID=.,.;OPOS=40173879,40173878;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:44:45:29:33:10,2:12,0:0.266667,0:3,1:7,1:20:9:3,0:9,0:22:11 chr7 40314165 . G A 305.72 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00680065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.531;QD=20.381;RBI=0.0243269;REFB=-0.0101581;REVB=0.023357;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05;STB=0.52776;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00919091;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:15:13:13:19:15:13 chr7 40314243 . A G 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0400228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.309;QD=20.4028;RBI=0.0400335;REFB=-0.00450121;REVB=0.000927057;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188036;STB=0.603752;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00228483;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:21:7:15:17:21:7 chr7 40899967 . G C 259.06 PASS AF=0.509091;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0139851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.312;QD=18.8407;RBI=0.0142081;REFB=-0.0322168;REVB=0.00250701;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137398;STB=0.570779;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0214177;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:27:27:23:28:0.509091:9:14:20:7:11:17:20:7 chr7 42003680 . A T 118.76 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0440142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.0464;QD=10.5567;RBI=0.0441493;REFB=-0.0647158;REVB=-0.00345077;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428487;STB=0.679782;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0785815;OID=.;OPOS=42003680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:15:3:14:13:14:4:13:14 chr7 42088222 . T C 1154.86 PASS AF=0.975309;AO=68;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2828;QD=57.03;RBI=0.0971489;REFB=-0.143892;REVB=0.0899865;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0453129;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:1:1:68:79:0.975309:31:37:0:1:32:47:1:0 chr7 42950640 . C T 1047.51 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689494;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1313;QD=59.8577;RBI=0.0690137;REFB=0;REVB=-0.00297847;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138403;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr7 42970733 . C T 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.525;QD=57.5387;RBI=0.050371;REFB=0;REVB=0.0261299;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167879;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr7 42976789 . A G 1791.87 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00701802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.318;QD=59.729;RBI=0.03561;REFB=-0.00918894;REVB=0.0349116;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772287;STB=0.504064;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00012757;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:118:119:0.991667:57:61:1:0:58:61:1:0 chr7 42977091 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8953;QD=62.0213;RBI=0.0514585;REFB=0;REVB=0.013417;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310406;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr7 43484136 . A G 76.74 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0218341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.465;QD=13.9524;RBI=0.024549;REFB=-0.0222912;REVB=0.0112217;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0298232;OID=.;OPOS=43484136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:22:12:12:9:10:0.454545:4:5:8:4:5:5:8:4 chr7 43506059 . A G 677.16 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0583514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9212;QD=57.6306;RBI=0.059765;REFB=-0.0219277;REVB=0.0129217;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.520824;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00971218;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:22:22:2:0:22:23:2:0 chr7 43506158 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.706;QD=58.1407;RBI=0.025846;REFB=0;REVB=-0.00497408;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125155;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr7 43664280 . A G 472.19 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00645168;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.811;QD=20.9862;RBI=0.00676605;REFB=-0.00981125;REVB=0.00203844;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646399;STB=0.535699;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00770749;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:16:28:26:20:16:28 chr7 43664625 . G T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000361842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.383;QD=11.4396;RBI=0.00662187;REFB=-0.00488303;REVB=-0.00661198;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14875;STB=0.605213;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00966365;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:4:9:13:10:4:9:13:11 chr7 43664785 . C T 368.54 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0051227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.526;QD=19.3971;RBI=0.0134622;REFB=-0.0145374;REVB=-0.0124495;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14527;STB=0.591676;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0273599;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:37:38:0.5:21:16:22:15:22:16:23:15 chr7 43810764 . G A 425.58 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0275116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.663;QD=19.1273;RBI=0.0276058;REFB=-0.0260001;REVB=-0.00227852;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526307;STB=0.529275;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0260584;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:20:23:22:24:20:23:22:24 chr7 43846603 . A G 596.86 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00175879;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.596;QD=27.7609;RBI=0.00384681;REFB=0.00147764;REVB=-0.0034212;RO=32;SAF=29;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544335;STB=0.52401;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000708009;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:33:53:53:0.616279:24:29:15:17:24:29:16:17 chr7 43916128 . C CCT 297.03 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00343619;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=271.942;QD=14.4894;RBI=0.00367862;REFB=-0.0180936;REVB=0.00131333;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116123;STB=0.564956;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.0226695;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:32:84:34:82:48:19:15:32:16:99:51:18:14:34:17 chr7 43916138 . C G 314.94 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0276882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.821;QD=14.8206;RBI=0.0323535;REFB=-0.0234607;REVB=-0.0167364;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726522;STB=0.546049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0228678;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:50:35:35:0.411765:16:19:30:19:16:19:31:19 chr7 43916727 . T G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0161369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8862;QD=18.0498;RBI=0.0230677;REFB=0.00366252;REVB=-0.0164839;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00316381;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr7 43917013 . G A 600.36 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00218067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.813;QD=20.012;RBI=0.0038143;REFB=-0.0191909;REVB=-0.00312946;RO=58;SAF=18;SAR=43;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102528;STB=0.562595;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0206413;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:58:59:61:61:0.508333:43:18:23:35:43:18:24:35 chr7 43917274 . A G 192.82 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0311807;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1046;QD=20.8451;RBI=0.0320599;REFB=-0.00232244;REVB=-0.00745685;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253869;STB=0.622621;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.002214;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:11:18:17:19:0.513514:5:12:4:7:6:13:8:10 chr7 44148553 . A G 1011.98 PASS AF=0.985714;AO=70;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0579075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.391;QD=57.8275;RBI=0.0584051;REFB=-0.0577493;REVB=-0.00760785;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000912996;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:70:69:0.985714:36:34:0:0:35:34:0:1 chr7 44148952 . G A 69.56 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0542926;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.7192;QD=16.368;RBI=0.0623756;REFB=-0.0185402;REVB=0.0307088;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394541;STB=0.709643;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0226962;OID=.;OPOS=44148952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:2:7:2:5:2:7:3:5 chr7 44180079 . A AG 331.76 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5571;QD=39.0309;RBI=0.0386696;REFB=0;REVB=-0.0159726;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00133096;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:36:34:34:0:18:16:0:0:7:5:14:15:4:1 chr7 44258964 . G T 74.87 PASS AF=0.158537;AO=8;DP=71;FAO=13;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=66;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=11;FWDB=0.00544669;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.15;QD=3.6521;RBI=0.0200859;REFB=-0.0109242;REVB=-0.0193333;RO=39;SAF=8;SAR=0;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604211;STB=0.581977;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0369446;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:71:82:39:66:8:13:0.158537:0:8:34:5:3:10:55:11 chr7 44259706 . G A 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0269399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.446;QD=10.4706;RBI=0.0309877;REFB=-0.00718867;REVB=-0.0153126;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046246;STB=0.527732;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0208979;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:13:11:6:6:13:11 chr7 44259871 . C T 211.71 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00702227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.097;QD=19.6939;RBI=0.0106458;REFB=-0.00762331;REVB=-0.00800127;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210959;STB=0.607914;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0111767;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:8:13:8:13:8:13:9:13 chr7 44442296 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.965;QD=62.3506;RBI=0.016231;REFB=0;REVB=-0.0112816;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71814e-06;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr7 44574064 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0157071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.561;QD=25.1494;RBI=0.0157072;REFB=-0.00846996;REVB=4.31252e-05;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418422;STB=0.523203;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00628677;OID=.;OPOS=44574064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:9:12:14:13:9:12 chr7 44579180 . G C 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00534745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=17.9371;RBI=0.0592172;REFB=-0.00166082;REVB=0.0589753;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260317;STB=0.501482;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00560228;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:15:7:6:13:15:7 chr7 44608718 . C T 119.47 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00210883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6344;QD=13.6534;RBI=0.0283915;REFB=-0.00969196;REVB=0.0283131;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822685;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.017167;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:8:6:7:13:8:6:8:13 chr7 44612229 . G A 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00161135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.564;QD=13.0291;RBI=0.0181763;REFB=-0.0116547;REVB=-0.0181047;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323258;STB=0.518506;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0187543;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:16:13:22:24:16:13:22:24 chr7 44620836 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.811;QD=40.7629;RBI=0.00355381;REFB=0;REVB=-0.00325757;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52281e-05;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 44747499 . G A 77.48 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0381653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8877;QD=14.0878;RBI=0.0791924;REFB=-0.0245067;REVB=0.0693891;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393982;STB=0.734184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0472335;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:7:5:8:2:7:5 chr7 44748451 . G A 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0145914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.602;QD=16.6288;RBI=0.0155188;REFB=-0.00333119;REVB=-0.00528436;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120928;STB=0.568868;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00225502;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:2:12:10:3:2:12 chr7 44836314 . A G 1659.59 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000103867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6449;QD=60.3488;RBI=0.0227079;REFB=0;REVB=0.0227077;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90181e-05;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:56:52:0:0:58:52:0:0 chr7 45004063 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.231;QD=59.1401;RBI=0.0202668;REFB=0;REVB=0.0197718;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79218e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr7 45009325 . G A 648.75 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.608;QD=57.6664;RBI=0.0447423;REFB=-0.00886606;REVB=0.0357933;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00043592;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:43:43:0.955556:23:20:0:1:23:20:1:1 chr7 45009341 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7478;QD=63.8704;RBI=0.0394961;REFB=0;REVB=-0.0363511;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598032;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr7 45009723 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.574;QD=55.0984;RBI=0.0429941;REFB=0;REVB=0.0345255;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302908;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 45765234 . G T 135.79 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0393101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4452;QD=17.5212;RBI=0.0436185;REFB=-0.002354;REVB=-0.0189022;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839727;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00221762;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:5:11:9:6:5:11 chr7 45932669 . A G 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00599368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8749;QD=20.2677;RBI=0.00602668;REFB=0.00610169;REVB=0.000629739;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849174;STB=0.547899;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0100983;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:10:11:9:12:10:11 chr7 45956969 . T G 401.95 PASS AF=0.452632;AO=39;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00386863;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.57;QD=16.9241;RBI=0.00908855;REFB=-0.0211224;REVB=-0.00822408;RO=54;SAF=26;SAR=13;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421049;STB=0.53961;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0283271;OID=.;OPOS=45956969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:52:39:43:0.452632:13:26:34:20:13:30:33:19 chr7 46732428 . A G 1341.17 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0293804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.881;QD=58.9526;RBI=0.0296159;REFB=-0.168658;REVB=-0.0037279;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.500123;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000226606;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:1:2:87:89:0.978022:43:44:1:0:44:45:1:1 chr7 47323456 . A G 437.38 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00951332;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.877;QD=54.672;RBI=0.017999;REFB=0.0101628;REVB=-0.0152795;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000984632;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr7 47333332 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000134649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.035;QD=18.2478;RBI=0.0485321;REFB=-0.000364354;REVB=0.0485319;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.558527;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000460688;OID=.;OPOS=47333332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:7:5:4:9:7:5 chr7 47408029 . A G 362.14 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000730389;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9417;QD=15.4104;RBI=0.00977601;REFB=-0.0177303;REVB=-0.00974869;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144549;STB=0.580447;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0175202;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:18:21:21:32:18:21:22:33 chr7 47408104 . G A 216.99 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0148639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.8;QD=16.073;RBI=0.025588;REFB=-0.0263836;REVB=-0.020828;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882001;STB=0.593573;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0294218;OID=.;OPOS=47408104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:29:24:25:0.462963:9:15:15:13:8:17:15:14 chr7 47408974 . T A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0264542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.115;QD=19.8255;RBI=0.0265798;REFB=0.00175548;REVB=0.00258052;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.561359;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00178849;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:15:12:8:17:15:12:8:17 chr7 47481602 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.509;QD=54.5173;RBI=0.0497972;REFB=0;REVB=-0.0496514;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417158;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 47872845 . A G 987.55 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4112;QD=58.9583;RBI=0.0624248;REFB=0;REVB=0.0623474;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533028;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:36:31:0:0 chr7 47879049 . G A 1061.11 PASS AF=0.555556;AO=100;DP=180;FAO=100;FDP=180;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00314478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.424;QD=23.5803;RBI=0.00491662;REFB=-0.00388408;REVB=-0.00377935;RO=80;SAF=46;SAR=54;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205147;STB=0.501118;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00260809;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:80:80:100:100:0.555556:54:46:37:43:54:46:37:43 chr7 47913579 . T C 972.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.916;QD=58.9283;RBI=0.0260338;REFB=0;REVB=0.0144415;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43306e-06;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr7 47921682 . A T 577.72 PASS AF=0.546392;AO=43;DP=99;FAO=53;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0169829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.302;QD=23.8236;RBI=0.047415;REFB=-0.0377905;REVB=0.0442692;RO=45;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164806;STB=0.534429;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0413506;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:45:43:43:53:0.546392:19:24:17:28:28:25:17:26 chr7 47925331 . C G 901.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.488;QD=58.166;RBI=0.0578783;REFB=0;REVB=0.0111355;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58004e-05;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:62:0:0:55:62:1:32:23:0:0:33:29:0:0 chr7 47942009 . G A 487.76 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00420307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.31;QD=24.0866;RBI=0.0338912;REFB=-0.0114549;REVB=0.0336296;RO=35;SAF=29;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157342;STB=0.500863;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00855581;OID=.;OPOS=47942009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:17:29:22:13:17:29:22:13 chr7 47968927 . C A 140.64 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00881728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.38;QD=11.0307;RBI=0.00948379;REFB=-0.00867996;REVB=0.00349255;RO=33;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529197;STB=0.765283;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0195027;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:33:34:15:17:0.333333:2:13:15:18:3:14:16:18 chr7 47971575 . A G 340.5 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0114354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.53;QD=18.1598;RBI=0.0445299;REFB=-0.0200546;REVB=-0.0430365;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400696;STB=0.522376;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0188668;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:16:20:20:19:16:20:20:19 chr7 48004962 . C T 332.52 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00164162;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.054;QD=31.669;RBI=0.00362542;REFB=-0.0494961;REVB=0.00323245;RO=14;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671388;STB=0.536815;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0176441;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:14:28:28:0.666667:17:11:7:7:17:11:7:7 chr7 48035641 . T G 211.12 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00823187;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.669;QD=11.8942;RBI=0.00973203;REFB=-0.0119621;REVB=0.00519122;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115848;STB=0.57322;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0196602;OID=.;OPOS=48035641;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:45:26:26:0.366197:14:12:25:19:14:12:26:19 chr7 48081095 . G T 152.09 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0218085;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.444;QD=12.6739;RBI=0.0224449;REFB=-0.0153089;REVB=-0.00530671;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191074;STB=0.611524;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0412624;OID=.;OPOS=48081095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:11:20:8:9:11:20 chr7 48086077 . C T 909.1 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110395;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.338;QD=56.8187;RBI=0.0139995;REFB=0.0102568;REVB=-0.00860904;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000283656;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:0:1 chr7 48086161 . T C 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.666;QD=60.2156;RBI=0.05668;REFB=0;REVB=0.0450969;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050728;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 48089542 . T C 869.37 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2711;QD=57.9581;RBI=0.0697865;REFB=0;REVB=0.0222374;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262973;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:25:30:0:0:25:35:0:0 chr7 48089571 . C A 651.13 PASS AF=0.909091;AO=37;DP=54;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0006576;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=165.594;QD=47.3549;RBI=0.0180577;REFB=-0.0277981;REVB=0.0180457;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.523355;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000470175;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:55:0:5:37:50:0.909091:17:20:0:0:18:32:2:3 chr7 48092486 . T C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.758;QD=48.7257;RBI=0.0949102;REFB=0;REVB=0.0251042;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700605;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr7 48287840 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.131;QD=58.962;RBI=0.0105395;REFB=0;REVB=0.0104328;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65011e-05;OID=.;OPOS=48287840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr7 48311485 . A C 1279.61 PASS AF=0.412281;AO=141;DP=342;FAO=141;FDP=342;FR=.;FRO=201;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=98;FSRR=103;FWDB=-0.0139451;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7279;QD=14.9662;RBI=0.0140468;REFB=-0.0177999;REVB=0.00168723;RO=200;SAF=82;SAR=59;SRF=98;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970813;STB=0.555715;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0199703;OID=.;OPOS=48311485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:200:201:141:141:0.412281:59:82:98:102:59:82:98:103 chr7 48311563 . T G 3563.62 PASS AF=1;AO=226;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489279;FXX=0.0130429;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.212;QD=62.795;RBI=0.0579481;REFB=-0.0583128;REVB=0.031049;RO=1;SAF=100;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273768;OID=.;OPOS=48311563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:228:227:1:0:226:227:1:126:100:1:0:126:101:0:0 chr7 48311803 . G T 423.81 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00153673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6891;QD=33.9048;RBI=0.0100585;REFB=-0.00750304;REVB=-0.0099404;RO=16;SAF=16;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565432;STB=0.530788;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00171069;OID=.;OPOS=48311803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:18:16:6:10:18:16:6:10 chr7 48313949 . C T 765.08 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.129;QD=63.7565;RBI=0.0123519;REFB=0;REVB=0.00310779;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89833e-05;OID=.;OPOS=48313949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr7 48314279 . G A 732.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0329;QD=56.3096;RBI=0.0695996;REFB=0;REVB=0.0550559;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107257;OID=.;OPOS=48314279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:21:29:0:0:23:29:0:0 chr7 48315796 . C A 838.62 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.082;QD=56.8559;RBI=0.0541145;REFB=0;REVB=0.0282446;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557631;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:31:28:0:0 chr7 48318811 . C T 381.78 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291555;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.605;QD=56.5599;RBI=0.00482593;REFB=0;REVB=-0.00384566;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486549;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 48336844 . C T 1482.44 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10121;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0432;QD=59.8966;RBI=0.10125;REFB=0;REVB=0.00283993;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020947;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr7 48450157 . T C 660.41 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0012298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.869;QD=18.4731;RBI=0.0121584;REFB=-0.0140277;REVB=-0.0120961;RO=75;SAF=34;SAR=33;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769574;STB=0.538883;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.015473;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:76:67:67:0.468531:33:34:32:43:33:34:33:43 chr7 48506566 . A G 682.1 PASS AF=0.527559;AO=66;DP=126;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00658946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.395;QD=21.4835;RBI=0.00829885;REFB=0.00393547;REVB=0.00504479;RO=60;SAF=29;SAR=37;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110281;STB=0.556113;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00311507;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:60:60:66:67:0.527559:37:29:34:26:37:30:34:26 chr7 48506642 . A G 284.11 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00305223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.189;QD=15.1523;RBI=0.00443592;REFB=8.73336e-05;REVB=0.00321889;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117814;STB=0.506662;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-8.52716e-05;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:16:16:21:22:16:16:21:22 chr7 48545976 . A G 1324.75 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00875125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.953;QD=60.9082;RBI=0.0132713;REFB=-0.00919587;REVB=-0.00997715;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-1.93185e-06;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:1:0:44:42:1:0 chr7 48964322 . G T 1761.74 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172321;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.35;QD=60.7496;RBI=0.0179687;REFB=0;REVB=0.00509177;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217551;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:56:59:0:0:57:59:0:0 chr7 48964751 . G A 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0239451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.566;QD=17.3259;RBI=0.0277828;REFB=0.00483521;REVB=-0.0140897;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.5827;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00880872;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:9:11:10:14:9:11:10:15 chr7 48965000 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.968;QD=56.1915;RBI=0.0329768;REFB=0;REVB=0.0219699;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17072e-06;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 48965141 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0561951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7086;QD=8.24535;RBI=0.119346;REFB=0.00115699;REVB=0.105288;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0107642;OID=.;OPOS=48965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr7 48965426 . CA C 56.13 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.67;QD=32.0718;RBI=0.163556;REFB=0;REVB=0.141793;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0144103;OID=.;OPOS=48965427;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:7:7:0:6:1:0:0:4:0:5:0:0:0 chr7 49815390 . C G 74.52 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0111474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.138;QD=11.0406;RBI=0.0190199;REFB=-0.0114646;REVB=0.0154108;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0271525;OID=.;OPOS=49815390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:16:17:9:10:0.37037:5:4:9:7:5:5:10:7 chr7 49815474 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00397668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.752;QD=10.9435;RBI=0.00992985;REFB=-0.0041497;REVB=0.00909879;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229882;STB=0.641241;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00936149;OID=.;OPOS=49815474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:12:8:22:14:12:8:23:14 chr7 49815493 . C G 177.15 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00689204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7379;QD=12.2173;RBI=0.0139283;REFB=-0.0024081;REVB=-0.0121036;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18609;STB=0.60738;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00666776;OID=.;OPOS=49815493;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:21:15:13:9:21:15 chr7 50143938 . C T 856.99 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.00123542;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6721;QD=19.1507;RBI=0.0338343;REFB=-0.0148288;REVB=0.0338117;RO=93;SAF=44;SAR=43;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909553;STB=0.54759;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0161218;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:93:92:87:87:0.486034:43:44:38:55:43:44:38:54 chr7 50173777 . A G 237.03 PASS AF=0.480769;AO=17;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00519574;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=193.887;QD=18.2332;RBI=0.0112514;REFB=-0.0102982;REVB=0.00997991;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672545;STB=0.549257;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0167498;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:26:17:25:0.480769:8:9:12:8:13:12:15:11 chr7 50175681 . C T 1060.43 PASS AF=0.597561;AO=98;DP=163;FAO=98;FDP=164;FR=.;FRO=66;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0103004;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.3;QD=25.8641;RBI=0.0111107;REFB=-0.00622133;REVB=-0.0041653;RO=65;SAF=52;SAR=46;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400039;STB=0.518274;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0068019;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:65:66:98:98:0.597561:46:52:38:27:46:52:38:28 chr7 50180970 . T C 411.74 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00846597;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2702;QD=18.2997;RBI=0.0145059;REFB=-0.0148443;REVB=0.0117792;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117672;STB=0.506569;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0148051;OID=.;OPOS=50180970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:48:42:42:0.466667:17:25:28:20:17:25:28:20 chr7 50180972 . C T 380.01 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00799979;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.448;QD=17.2732;RBI=0.00908204;REFB=-0.022676;REVB=-0.00429963;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03153;STB=0.504654;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0286712;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:39:40:0.454545:17:22:28:19:17:23:28:20 chr7 50436033 . A G 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0258086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.541;QD=19.4078;RBI=0.0260077;REFB=-0.00698849;REVB=-0.00321145;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420259;STB=0.50234;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00671796;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:12:16:17:13:12:16 chr7 50467767 . C A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0023585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.252;QD=18.4984;RBI=0.022259;REFB=-0.0191215;REVB=0.0221337;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230904;STB=0.628482;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0178564;OID=.;OPOS=50467767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:20:7:14:13:20:7 chr7 50467941 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0189892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.159;QD=22.3965;RBI=0.019706;REFB=0.00503339;REVB=0.0052666;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107666;STB=0.56039;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00329012;OID=.;OPOS=50467941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:10:13:17:8:10:13 chr7 50468334 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0114521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.197;QD=8.06754;RBI=0.0117504;REFB=-0.00684247;REVB=-0.00263046;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106194;STB=0.57132;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.018161;OID=.;OPOS=50468334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:9:3:6:26:9:3:6:27 chr7 50470604 . T G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00943201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.71;QD=12.396;RBI=0.0148988;REFB=-0.0395031;REVB=-0.011533;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266668;OID=.;OPOS=50470604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr7 50471613 . G A 561.82 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0156014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5993;QD=16.4034;RBI=0.0324374;REFB=-0.00998801;REVB=-0.0284391;RO=73;SAF=25;SAR=35;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129767;STB=0.586848;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0121863;OID=.;OPOS=50471613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:77:60:60:0.437956:35:25:40:33:35:25:44:33 chr7 50514577 . C T 256.03 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0168336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.905;QD=17.9673;RBI=0.0181641;REFB=-0.0183359;REVB=0.00682389;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329533;STB=0.508766;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0182118;OID=.;OPOS=50514577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:14:13:15:14:14:14:15:14 chr7 50544314 . C T 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0120748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.869;QD=20.4043;RBI=0.0131148;REFB=-0.000557927;REVB=-0.00511848;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000989924;STB=0.506489;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.000459172;OID=.;OPOS=50544314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:19:13:11:16:19:13:11:17 chr7 50595900 . T C 385.04 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00151898;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.965;QD=20.2653;RBI=0.0345364;REFB=-0.00491453;REVB=0.034503;RO=37;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134462;STB=0.579621;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00444577;OID=.;OPOS=50595900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:38:39:0.513158:18:20:25:12:19:20:25:12 chr7 50611735 . T C 2159.47 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712117;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0345;QD=63.0503;RBI=0.0211596;REFB=0;REVB=-0.0199253;RO=0;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04312e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:71:65:0:0:72:65:0:0 chr7 50660438 . T C 890.94 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.156;QD=56.5676;RBI=0.0399459;REFB=-0.150565;REVB=0.0382607;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116587;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00138284;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:22:40:1:0:22:40:1:0 chr7 50673029 . T C 1004.71 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950985;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.72;QD=59.1004;RBI=0.022495;REFB=0;REVB=0.0203859;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121231;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr7 50742180 . C T 674.92 PASS AF=0.554622;AO=62;DP=116;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00414023;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.747;QD=22.6862;RBI=0.010186;REFB=-0.0211332;REVB=0.00930661;RO=51;SAF=40;SAR=22;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840189;STB=0.543033;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0147973;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:51:53:62:66:0.554622:22:40:28:23:25:41:28:25 chr7 51093013 . A T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0350852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.358;QD=14.0437;RBI=0.0367851;REFB=-0.0350361;REVB=-0.011053;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.022415;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr7 51096974 . C T 434.28 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00622275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.957;QD=17.0304;RBI=0.00713272;REFB=-0.00466722;REVB=-0.00348612;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873598;STB=0.546967;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00513199;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:55:47:47:0.460784:22:25:33:20:22:25:34:21 chr7 51097063 . T G 902.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.945;QD=58.2369;RBI=0.0118211;REFB=0;REVB=0.0117771;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15707e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr7 51133140 . C G 315.03 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0324554;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.397;QD=24.2331;RBI=0.0354603;REFB=-0.0316336;REVB=-0.0142856;RO=21;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243421;STB=0.632035;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.016724;OID=.;OPOS=51133140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:22:9:1:20:22:9:1:20 chr7 51287470 . A G 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00100508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3048;QD=7.81241;RBI=0.0218568;REFB=-0.00550654;REVB=-0.0218337;RO=40;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18018;STB=0.610954;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0176515;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:4:11:24:16:4:11:24:16 chr7 53103371 . G T 1665.13 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.082968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8419;QD=58.4256;RBI=0.0897391;REFB=-0.149205;REVB=0.0341967;RO=1;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010913;STB=0.511362;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00244563;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:43:69:0:1:43:69:0:2 chr7 53103382 . G T 1902.27 PASS AF=0.992;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320466;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.125;QD=60.8728;RBI=0.0660647;REFB=-0.0868023;REVB=0.0577716;RO=1;SAF=77;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613092;STB=0.503225;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00061312;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:125:1:1:124:124:0.992:47:77:1:0:47:77:1:0 chr7 53103673 . C A 630.43 PASS AF=0.907407;AO=47;DP=52;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0155809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.918;QD=46.6986;RBI=0.0378476;REFB=-0.20611;REVB=0.0344917;RO=4;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208108;STB=0.503245;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0023258;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:52:54:4:5:47:49:0.907407:29:18:1:3:31:18:2:3 chr7 53104078 . G A 1556.44 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.753;QD=59.863;RBI=0.0338612;REFB=0;REVB=0.00906236;RO=0;SAF=17;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14777e-05;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:87:17:0:0:87:17:0:0 chr7 53557963 . A G 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0142497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.704;QD=12.4139;RBI=0.0148994;REFB=-0.0032656;REVB=0.0043518;RO=64;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226638;STB=0.512947;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00570014;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:18:20:35:29:18:20:35:29 chr7 53558015 . G T 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00614878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.492;QD=12.7965;RBI=0.0202737;REFB=-0.0101435;REVB=0.0193188;RO=63;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201042;STB=0.511476;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0161623;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:18:20:32:31:18:20:32:31 chr7 55229255 . G A 1908.01 PASS AF=0.977941;AO=127;DP=132;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00348149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8042;QD=56.1179;RBI=0.0129797;REFB=-0.105112;REVB=0.012504;RO=5;SAF=48;SAR=79;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168475;STB=0.509315;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00729826;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:136:5:3:127:133:0.977941:79:48:2:3:79:54:0:3 chr7 55238874 . T A 681.24 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122744;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.757;QD=63.3714;RBI=0.0743399;REFB=0;REVB=0.0733195;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797119;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr7 55266417 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.531;QD=62.9079;RBI=0.0195624;REFB=0;REVB=0.0131868;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01443e-06;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr7 55433880 . G C 676.23 PASS AF=0.440476;AO=73;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0173734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1488;QD=16.1008;RBI=0.0217694;REFB=-0.00465151;REVB=0.0131177;RO=94;SAF=36;SAR=37;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028387;STB=0.519454;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0063399;OID=.;OPOS=55433880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:94:73:74:0.440476:37:36:49:45:38:36:49:45 chr7 55433884 . A C 651.46 PASS AF=0.439024;AO=68;DP=162;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.00769432;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.921;QD=15.8893;RBI=0.0082596;REFB=-0.00576315;REVB=0.00300308;RO=92;SAF=32;SAR=36;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302692;STB=0.507792;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00761978;OID=.;OPOS=55433884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:92:92:68:72:0.439024:36:32:46:46:37:35:46:46 chr7 55499058 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000858692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.496;QD=60.977;RBI=0.0407805;REFB=0;REVB=0.0407714;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159205;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 55750390 . A G 249.82 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00960645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.011;QD=8.05865;RBI=0.0237145;REFB=-0.00437235;REVB=-0.0216816;RO=89;SAF=23;SAR=12;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201803;STB=0.619788;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00918773;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:89:35:35:0.282258:12:23:44:45:12:23:44:45 chr7 56022810 . G C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00229973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.061;QD=11.5764;RBI=0.00261256;REFB=-0.0101093;REVB=0.00123965;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511613;STB=0.529629;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00603389;OID=.;OPOS=56022810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:19:21:11:12:19:21 chr7 56087319 . T G 31.3 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0437657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8054;QD=2.31817;RBI=0.0656182;REFB=0.00467017;REVB=0.0488907;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408002;STB=0.821686;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0380872;OID=.;OPOS=56087319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:54:47:48:6:6:0.111111:1:5:23:24:1:5:23:25 chr7 56087374 . C T 78.82 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0136556;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.158;QD=4.92654;RBI=0.0152789;REFB=-0.000523113;REVB=0.00685347;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10862;STB=0.569915;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0007086;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:65:64:51:51:13:13:0.203125:8:5:24:27:8:5:24:27 chr7 56087379 . T C 88.2 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00639269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.999;QD=5.59972;RBI=0.00832613;REFB=-0.0104404;REVB=-0.00533461;RO=49;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142307;STB=0.590033;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0214562;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:9:5:23:26:9:5:23:26 chr7 56087399 . G A 79.46 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00683429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.129;QD=5.04478;RBI=0.0440012;REFB=0.00443509;REVB=0.0434672;RO=50;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174094;STB=0.612386;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0178884;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:9:4:22:28:9:4:22:28 chr7 56087409 . G A 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0244084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5874;QD=5.47973;RBI=0.0413036;REFB=-0.0216031;REVB=0.0333199;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438709;STB=0.785225;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0406096;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:11:2:22:25:11:2:22:25 chr7 56087423 . G A 78.37 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0370446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8053;QD=5.5975;RBI=0.0420568;REFB=-0.00624332;REVB=-0.0199115;RO=44;SAF=1;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584021;STB=0.883887;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0165653;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:11:1:22:22:11:1:22:22 chr7 56087465 . G A 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0343748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2701;QD=7.86283;RBI=0.0523289;REFB=0.00687268;REVB=0.0394549;RO=34;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441029;STB=0.778179;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0297998;OID=.;OPOS=56087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:10:2:17:17:10:2:17:17 chr7 56087474 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00730136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5688;QD=7.08576;RBI=0.00730167;REFB=-0.00284721;REVB=6.70014e-05;RO=34;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389413;STB=0.7495;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0119563;OID=.;OPOS=56087474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:9:2:16:18:9:2:16:18 chr7 56087504 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00857352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5673;QD=5.78765;RBI=0.013932;REFB=-0.0040534;REVB=-0.0109816;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138371;STB=0.591124;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0358378;OID=.;OPOS=56087504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:9:14:5:2:9:14 chr7 56088780 . G A 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0280402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.188;QD=2.66476;RBI=0.043808;REFB=-0.00198312;REVB=-0.0336585;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174699;STB=0.621393;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0202661;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:5:5:41:23:5:5:41:23 chr7 56088786 . A T 49.74 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0156124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.735;QD=2.72544;RBI=0.0233185;REFB=-0.00295425;REVB=-0.0173206;RO=63;SAF=5;SAR=5;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167526;STB=0.616218;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.042529;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:5:5:40:23:5:5:40:23 chr7 56088789 . G A 50.21 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00953124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.422;QD=2.78943;RBI=0.00955611;REFB=0.00283071;REVB=-0.000689011;RO=62;SAF=5;SAR=5;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180846;STB=0.624766;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0197371;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:5:5:40:22:5:5:40:22 chr7 56088811 . T C 48.4 PASS AF=0.136986;AO=9;DP=72;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00968742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4909;QD=2.65186;RBI=0.00973016;REFB=0.00080952;REVB=0.000911011;RO=63;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190372;STB=0.588869;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00489755;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:72:73:63:63:9:10:0.136986:5:4:38:25:5:5:38:25 chr7 56088825 . T A 49.28 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00323032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.259;QD=2.66396;RBI=0.0144848;REFB=-0.00552581;REVB=0.01412;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115331;STB=0.580923;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0373456;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:5:5:38:26:5:5:38:26 chr7 56126360 . T C 589.75 PASS AF=0.921569;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.14024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5003;QD=46.2546;RBI=0.156941;REFB=-0.202555;REVB=0.0704507;RO=4;SAF=27;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186155;STB=0.511665;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00944055;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:51:4:4:44:47:0.921569:17:27:2:2:17:30:2:2 chr7 56136194 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00844343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.363;QD=18.3353;RBI=0.0187148;REFB=-0.0137529;REVB=-0.0167018;RO=37;SAF=26;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165674;STB=0.597525;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0156156;OID=.;OPOS=56136194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:34:35:0.486111:8:26:23:14:8:27:23:14 chr7 56136260 . C A 1503.86 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143214;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.436;QD=63.3206;RBI=0.0805652;REFB=0;REVB=0.0792821;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224033;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:88:95:1:37:51:0:0:44:51:0:0 chr7 56149362 . C T 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0582857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.711;QD=18.2423;RBI=0.0628588;REFB=-0.0472442;REVB=0.0235375;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0530173;OID=.;OPOS=56149362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:7:5:5:8:7:5 chr7 56149410 . G A 125.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0652272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.81;QD=18.6469;RBI=0.0714465;REFB=-0.00837075;REVB=0.0291548;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.625487;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00712144;OID=.;OPOS=56149410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:9:5:6:5:9:5:8:5 chr7 56174115 . A C 194.27 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00757373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3479;QD=17.268;RBI=0.0201785;REFB=-0.0104854;REVB=-0.0187032;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13024;STB=0.57396;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0167155;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:8:17:11:9:8:17 chr7 56871760 . C T 102.44 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000681691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.145;QD=7.73121;RBI=0.00304839;REFB=-0.0151697;REVB=0.00297119;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17214;STB=0.598195;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0378166;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:39:14:14:0.264151:9:5:18:18:9:5:19:20 chr7 56879502 . C A 3298.48 PASS AF=0.745763;AO=264;DP=351;FAO=264;FDP=354;FR=.;FRO=90;FSAF=157;FSAR=107;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00974019;FXX=0.00281682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.514;QD=37.271;RBI=0.0457423;REFB=-0.0321517;REVB=-0.0446932;RO=85;SAF=157;SAR=107;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864512;STB=0.513184;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0126431;OID=.;OPOS=56879502;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:354:85:90:264:264:0.745763:107:157:49:36:107:157:49:41 chr7 56879527 . A G 4039.16 PASS AF=0.765133;AO=315;DP=413;FAO=316;FDP=413;FR=.;FRO=97;FSAF=167;FSAR=149;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.00611619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.773;QD=39.1202;RBI=0.0152103;REFB=-0.0237319;REVB=0.0139264;RO=97;SAF=166;SAR=149;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270113;STB=0.513958;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00680622;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:413:97:97:315:316:0.765133:149:166:57:40:149:167:57:40 chr7 56879552 . T C 4247.64 PASS AF=0.765661;AO=328;DP=427;FAO=330;FDP=431;FR=.;FRO=101;FSAF=165;FSAR=165;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.014012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6608;QD=39.4212;RBI=0.015268;REFB=-0.0103945;REVB=-0.00606432;RO=95;SAF=165;SAR=163;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455169;STB=0.5174;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00819375;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:431:95:101:328:330:0.765661:163:165:58:37:165:165:58:43 chr7 57257226 . G A 41.59 PASS AF=0.0948276;AO=11;DP=115;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00725837;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.488;QD=1.43429;RBI=0.0448929;REFB=-0.00767687;REVB=-0.0443022;RO=101;SAF=3;SAR=8;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285706;STB=0.705877;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0432155;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:115:116:101:105:11:11:0.0948276:8:3:52:49:8:3:52:53 chr7 57509966 . C A 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.409;QD=60.9744;RBI=0.0328867;REFB=0;REVB=0.0131847;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266745;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr7 57510054 . CGT C,CGA 172.75 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=12,4;DP=16;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133638,0.0442127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=223.844,31.3478;QD=46.0668;RBI=0.0870053,0.0518528;REFB=0,0;REVB=0.0859729,0.0270916;RO=0;SAF=5,2;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0107646,0.0129748;OID=.,.;OPOS=57510055,57510056;OREF=GT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:12,4:16:13,2:15:0:5,2:8,0:0:0:10:0:5,2:7,2:0:0 chr7 57528996 . GT G,GC 130.11 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,6;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378964,0.0401891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.488,256.494;QD=43.3697;RBI=0.0385396,0.0427173;REFB=0,0;REVB=-0.00701188,0.0144777;RO=0;SAF=1,4;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00950396,-0.00124658;OID=.,.;OPOS=57528997,57528997;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:6,6:12:1,11:12:0:1,4:0,7:0:0:5:0:1,4:5,2:0:0 chr7 57529392 . A C 167.32 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.124492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1309;QD=41.8289;RBI=0.127822;REFB=0.0654445;REVB=-0.0289852;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00317126;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr7 63529956 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0225288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.687;QD=22.3223;RBI=0.0291267;REFB=-0.0192426;REVB=-0.0184613;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13719;STB=0.575859;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0131973;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:13:17:9:14:13:17:9:14 chr7 63537849 . G A 202.85 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0115261;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.9;QD=12.1106;RBI=0.0131805;REFB=0.00241071;REVB=-0.00639328;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219708;STB=0.610762;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00417468;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:24:25:0.373134:14:10:26:16:14:11:26:16 chr7 63565953 . A C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00917981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.334;QD=51.5084;RBI=0.0527903;REFB=-0.115768;REVB=0.051986;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00314056;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr7 63566387 . A ATGT 540.71 PASS AF=0.833333;AO=43;DP=55;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0239081;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.413;QD=40.0523;RBI=0.0559664;REFB=-0.0204463;REVB=0.0506028;RO=9;SAF=20;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670172;STB=0.50741;STBP=0.815;TYPE=ins;VARB=0.00259705;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:43:55:45:54:9:22:23:4:5:55:9:20:23:4:5 chr7 63568887 . A ATAACT 274.86 PASS AF=0.685714;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0132106;FXX=0.102538;HRUN=1;LEN=5;MLLD=258.218;QD=31.4124;RBI=0.0479861;REFB=-0.0523602;REVB=-0.0461318;RO=17;SAF=20;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583589;STB=0.674525;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.0132105;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685714:22:41:24:35:11:21:3:6:5:87:17:20:2:6:11 chr7 63568892 . T TTAAC 46.96 PASS AF=0.148148;AO=9;DP=58;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.023382;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=4;MLLD=210.764;QD=3.47888;RBI=0.042986;REFB=-0.022319;REVB=-0.0360705;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453604;STB=0.533895;STBP=0.866;TYPE=ins;VARB=0.0683812;OID=.;OPOS=63568893;OREF=-;OALT=TAAC;OMAPALT=TTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:9:58:8:54:46:5:3:27:19:46:49:5:4:29:20 chr7 63570733 . T C 756.73 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417741;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.531;QD=55.0348;RBI=0.0434939;REFB=-0.112353;REVB=0.0121096;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000525669;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:1:0 chr7 63572047 . A G 666.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.243;QD=62.0345;RBI=0.24088;REFB=0;REVB=0.238849;RO=0;SAF=40;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560978;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:0:40:0:0:3:40:0:0 chr7 63679733 . A G 490.72 PASS AF=0.534091;AO=45;DP=86;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00465238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.022;QD=22.3055;RBI=0.0374671;REFB=-0.0162562;REVB=0.0371771;RO=40;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191438;STB=0.606177;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0228729;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:40:41:45:47:0.534091:27:18:25:15:29:18:25:16 chr7 63796744 . T C 606.44 PASS AF=0.488189;AO=60;DP=125;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0350294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.425;QD=19.1005;RBI=0.0461629;REFB=0.00440227;REVB=0.0300658;RO=65;SAF=17;SAR=43;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15671;STB=0.592247;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00383714;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:65:65:60:62:0.488189:43:17:28:37:45:17:28:37 chr7 63981563 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0181389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.943;QD=10.9407;RBI=0.0306332;REFB=0.012079;REVB=0.0246854;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0247428;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:11:9:5:6:11:9 chr7 64169016 . T TGAA 60.22 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0488939;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.796;QD=13.3819;RBI=0.0490301;REFB=-0.00810481;REVB=0.00365199;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.74148;STB=0.728476;STBP=0.153;TYPE=ins;VARB=0.00913485;OID=.;OPOS=64169017;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=TGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:20:8:18:10:1:7:4:6:60:11:0:7:4:7 chr7 64169019 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=17;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00292592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.246;QD=12.7385;RBI=0.0101497;REFB=-0.00523568;REVB=-0.0097188;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.609128;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0134263;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:0:10:17:8:0.444444:12:5:0:0:5:3:2:8 chr7 64254901 . T C 262.96 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00311137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6597;QD=47.8115;RBI=0.0940269;REFB=0.0261347;REVB=0.0939754;RO=1;SAF=18;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249712;STB=0.513501;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00483068;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:3:18:1:0:3:18:1:0 chr7 64291333 . T A 1507.15 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.004;QD=58.5301;RBI=0.0334361;REFB=-0.101812;REVB=-0.0134749;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839763;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000150242;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:56:46:0:1:56:46:0:1 chr7 64291987 . G A 122.27 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0320311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9049;QD=15.7771;RBI=0.0434052;REFB=0.00367533;REVB=-0.0292919;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516106;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00717875;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:7:7:8:8:7:7:8:9 chr7 64291991 . T A 392.39 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000232843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.657;QD=50.6305;RBI=0.00536882;REFB=-0.0414255;REVB=0.00536377;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00192635;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:15:14:1:0:15:14:1:1 chr7 64389089 . A C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8107;QD=59.0165;RBI=0.0274466;REFB=0;REVB=0.0230385;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131948;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 64438667 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.95;QD=53.9112;RBI=0.0222503;REFB=0;REVB=0.0218688;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7023e-05;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr7 64439613 . T G 148.59 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0247263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.774;QD=10.8063;RBI=0.0372914;REFB=-0.00424629;REVB=0.0279152;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191986;STB=0.61154;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.02813;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:25:11:9:10:25:11 chr7 64439701 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00905738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.525;QD=16.1951;RBI=0.0131574;REFB=-0.00873903;REVB=0.00954358;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474838;STB=0.526746;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00940293;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:14:22:26:20:14:22:26:20 chr7 64451656 . G A 461.27 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0125374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5282;QD=18.8275;RBI=0.0129367;REFB=-0.0147762;REVB=-0.0031893;RO=49;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825439;STB=0.501333;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0242133;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:52:46:46:0.469388:24:22:23:26:24:22:25:27 chr7 64451699 . T C 1375.59 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0248437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.222;QD=53.9446;RBI=0.0288099;REFB=0.0446843;REVB=0.0145876;RO=5;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046877;STB=0.524747;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00296001;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:97:97:0.95098:48:49:0:5:48:49:0:5 chr7 64451963 . T C 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.452;QD=57.8712;RBI=0.0418503;REFB=0;REVB=0.0210324;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281393;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr7 64452830 . C T 487.25 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00144627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.237;QD=18.0464;RBI=0.0510459;REFB=-0.0240118;REVB=-0.0510254;RO=54;SAF=27;SAR=25;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154326;STB=0.592638;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0262563;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:56:52:52:0.481481:25:27:37:17:25:27:39:17 chr7 64453136 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.723;QD=53.2772;RBI=0.00429076;REFB=0;REVB=-0.00428923;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80671e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr7 64453615 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4366;QD=58.1395;RBI=0.0313062;REFB=0;REVB=0.0289771;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592647;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr7 64453634 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0284279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.627;QD=21.5108;RBI=0.0329791;REFB=-0.0101961;REVB=0.0167175;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112634;STB=0.506323;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0103311;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:12:7:8:13:12:7 chr7 64453768 . T A 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0140904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.515;QD=21.8378;RBI=0.0646431;REFB=-0.0439184;REVB=0.0630887;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703223;STB=0.529581;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0338883;OID=.;OPOS=64453768;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:14:11:12:11:14:11:12:12 chr7 64483597 . T C 302.76 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00172622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8709;QD=17.057;RBI=0.0494934;REFB=-0.0251713;REVB=0.0494632;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431937;STB=0.524266;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0304591;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:10:23:25:13:10:23:25:13 chr7 64864894 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0210177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5054;QD=27.4994;RBI=0.0226926;REFB=-0.0159987;REVB=-0.00855618;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783405;STB=0.543433;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0114877;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:4:6:9:10:4:6 chr7 65279676 . A T 949.78 PASS AF=0.46729;AO=100;DP=214;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=0.00554114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.426;QD=17.7529;RBI=0.0356332;REFB=-0.0197126;REVB=-0.0351998;RO=114;SAF=57;SAR=43;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170251;STB=0.509411;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0254848;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:114:114:100:100:0.46729:43:57:63:51:43:57:63:51 chr7 65279757 . A T 757.67 PASS AF=0.289308;AO=40;DP=170;FAO=46;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.00524418;FXX=0.101689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.52;QD=19.0608;RBI=0.0056476;REFB=-0.0133082;REVB=0.00209619;RO=85;SAF=24;SAR=16;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13863;STB=0.620017;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0165988;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:159:85:79:40:46:0.289308:16:24:41:44:18:28:33:46 chr7 65425894 . A G 698.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.946;QD=62.0491;RBI=0.0268812;REFB=0;REVB=-0.0170901;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615258;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:22:23:0:0 chr7 65429359 . G A 433.6 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0330105;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.992;QD=20.4046;RBI=0.034339;REFB=-0.00113542;REVB=0.00945907;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259064;STB=0.643023;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00131257;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:42:43:43:0.505882:18:25:12:30:18:25:12:30 chr7 65579838 . A G 33.23 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0174028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.917;QD=6.64631;RBI=0.0301583;REFB=-0.0303324;REVB=-0.0246306;RO=14;SAF=5;SAR=0;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693086;STB=0.728298;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0466027;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:19:20:14:14:5:6:0.3:0:5:8:6:1:5:8:6 chr7 65579987 . C G 172.21 PASS AF=0.396226;AO=18;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0381065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2594;QD=12.9967;RBI=0.0759119;REFB=-0.0103356;REVB=-0.0656545;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205391;STB=0.533182;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0203204;OID=.;OPOS=65579987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:32:18:21:0.396226:11:7:19:14:11:10:17:15 chr7 65842543 . C CAT 696.47 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452683;FXX=0.0434688;HRUN=0;LEN=2;MLLD=176.724;QD=63.3151;RBI=0.0217318;REFB=0;REVB=0.0212551;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.75183e-05;OID=.;OPOS=65842544;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:46:44:44:0:25:19:0:0:4:2:25:19:2:0 chr7 65842545 . T C 664.2 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0218578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.915;QD=57.7562;RBI=0.0370825;REFB=-0.040379;REVB=0.0299558;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036109;STB=0.519222;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00858979;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:19:25:2:0:19:25:2:0 chr7 65860213 . T TAGAG 344.23 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0173225;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=4;MLLD=285.814;QD=43.0281;RBI=0.0184342;REFB=-0.0497979;REVB=-0.00630481;RO=5;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838088;STB=0.54542;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=0.00883591;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:27:33:27:32:5:9:18:3:2:27:5:9:18:3:2 chr7 65860264 . CCATAT C 237.71 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160365;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=5;MLLD=227.628;QD=38.0332;RBI=0.0202801;REFB=0;REVB=0.0124142;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000660845;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:24:25:25:0:6:19:0:0:5:0:2:13:0:0 chr7 66015630 . C G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0213352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.197;QD=7.76204;RBI=0.0402121;REFB=-0.0198568;REVB=0.0340855;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.689036;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0447722;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:8:5:4:2:8:5 chr7 66147057 . T C 339.07 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.033973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.233;QD=20.5494;RBI=0.0348527;REFB=-0.0289164;REVB=-0.00778099;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231933;STB=0.628498;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0278524;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:22:13:20:11:22:13:20:11 chr7 66273886 . CT C 31.49 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0675418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.4526;QD=7.87321;RBI=0.0743982;REFB=-0.0752851;REVB=-0.0311962;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253419;STB=0.693701;STBP=0.267;TYPE=del;VARB=0.0907834;OID=.;OPOS=66273887;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:16:6:16:10:5:1:6:4:31:10:4:1:6:4 chr7 66463938 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0104533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.873;QD=6.31791;RBI=0.0108177;REFB=-0.0190553;REVB=0.00278421;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330551;STB=0.71373;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0771101;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:13:12:6:2:13:12 chr7 66774604 . G C 1216.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193892;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.687;QD=61.6183;RBI=0.0120593;REFB=0;REVB=0.0119024;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030715;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr7 66785137 . C A 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00934318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8887;QD=8.24813;RBI=0.0490867;REFB=-0.0345279;REVB=-0.0481893;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.713674;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0448286;OID=.;OPOS=66785137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:2:5:6:8:2:5:6:9 chr7 66785634 . T A 69.51 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0036302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9449;QD=6.46602;RBI=0.0786415;REFB=-0.0207487;REVB=-0.0785576;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311966;STB=0.702848;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0657846;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:19:14:2:8:19:14 chr7 68796377 . G A 471.42 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=0.00560835;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.212;QD=14.2854;RBI=0.0216499;REFB=-0.00932345;REVB=-0.0209109;RO=79;SAF=30;SAR=23;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871826;STB=0.549054;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0142795;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:79:79:53:53:0.401515:23:30:51:28:23:30:51:28 chr7 70228020 . G T 190.93 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.021592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.351;QD=11.5715;RBI=0.0246501;REFB=-0.016426;REVB=-0.0118917;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.597909;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0188973;OID=.;OPOS=70228020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:18:24:10:14:18:24 chr7 70252283 . G A 199.69 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000506763;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6128;QD=13.3126;RBI=0.00394295;REFB=-0.00664407;REVB=0.00391025;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145299;STB=0.583264;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.013049;OID=.;OPOS=70252283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:14:10:20:16:14:10:20:16 chr7 70257628 . TA T 82.11 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.208223;FXX=0.017854;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.33757;QD=5.97171;RBI=0.209927;REFB=-0.0450691;REVB=-0.0266921;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573093;STB=0.53189;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0701305;OID=.;OPOS=70257629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:25:56:26:55:29:11:15:14:15:80:26:10:15:12:14 chr7 70597522 . C A 2743.16 PASS AF=0.994413;AO=171;DP=176;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0519536;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1472;QD=61.2996;RBI=0.0805587;REFB=-0.0307316;REVB=0.0615672;RO=1;SAF=73;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647543;STB=0.503184;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0015297;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:176:179:1:1:171:178:0.994413:98:73:1:0:100:78:1:0 chr7 70597675 . T C 888.47 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3105;QD=56.4106;RBI=0.0233873;REFB=-0.0448859;REVB=-0.0195082;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019264;STB=0.510201;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000543761;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:38:24:1:0:38:24:1:0 chr7 70598059 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8547;QD=35.5759;RBI=0.0580018;REFB=0;REVB=-0.0568997;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00398062;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 71150706 . A T 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.153;QD=57.3899;RBI=0.058592;REFB=-0.115856;REVB=-0.0274305;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00218104;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:16:21:0:0:16:21:1:0 chr7 71248676 . C T 193.96 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0425581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7878;QD=12.3151;RBI=0.0427296;REFB=-0.017177;REVB=0.00382512;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281108;STB=0.661348;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0258384;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:25:14:15:9:25:14 chr7 71252189 . A AG 211.9 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1022;QD=42.3796;RBI=0.115198;REFB=0;REVB=-0.10612;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00225022;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:20:20:0:9:11:0:0:4:0:8:10:0:0 chr7 72413487 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000522944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2793;QD=6.92887;RBI=0.0544376;REFB=0.0127345;REVB=0.0544351;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323033;STB=0.71347;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0290475;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:6:9:5:1:6:9 chr7 72413494 . G A 37.13 PASS AF=0.25;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0109856;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.428;QD=6.1883;RBI=0.0111283;REFB=-0.000787529;REVB=0.00177651;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147854;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00738036;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:17:18:5:6:0.25:3:2:9:8:4:2:9:9 chr7 72413593 . T C 171.23 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0255502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.064;QD=12.4528;RBI=0.0351997;REFB=-0.0136079;REVB=-0.0242117;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920612;STB=0.56244;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0237216;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:9:12:16:17:9:12:16:18 chr7 72413874 . T C 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212419;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.477;QD=38.0145;RBI=0.0376888;REFB=0;REVB=-0.0311324;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109577;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 72418963 . T C 556.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8658;QD=60.1821;RBI=0.072263;REFB=0;REVB=-0.0377443;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188082;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 72738749 . A G 556.87 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.43;QD=60.2019;RBI=0.0564691;REFB=0;REVB=0.024573;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336806;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr7 72738762 . CA TG 375.38 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303987;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.773;QD=55.6119;RBI=0.0409987;REFB=0;REVB=0.0275102;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000293366;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr7 72891754 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0206252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.197;QD=23.3816;RBI=0.0216593;REFB=-0.00668673;REVB=-0.00661277;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302134;STB=0.650938;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00373494;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:11:8:11:2:11:8:11:3 chr7 72951204 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00196088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.755;QD=10.6681;RBI=0.0249421;REFB=-0.0126223;REVB=-0.0248649;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583487;STB=0.534817;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0296374;OID=.;OPOS=72951204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:3:15:8:2:3:15 chr7 73020301 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.911;QD=60.0304;RBI=0.0123265;REFB=0;REVB=0.0122748;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78254e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr7 73097238 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0477417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.725;QD=20.158;RBI=0.0477523;REFB=-0.00215247;REVB=0.00100694;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157568;STB=0.508917;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00136656;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:9:5:6:10:9:5 chr7 73097948 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00458894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3437;QD=16.3856;RBI=0.120377;REFB=0.0388541;REVB=0.120289;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522614;STB=0.812733;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0264841;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:3:5:1:8:3:5 chr7 73108310 . T C 187.3 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0239257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6745;QD=20.2488;RBI=0.0510425;REFB=-0.047629;REVB=-0.0450876;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226898;STB=0.512807;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.045633;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:9:9:10:9:9:9 chr7 73246461 . A G 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00592537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.939;QD=12.5643;RBI=0.00606896;REFB=-0.0170579;REVB=0.00131231;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543623;STB=0.531228;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0246366;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:16:12:22:24:16:12:22:24 chr7 73246496 . C T 356.09 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.002791;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.459;QD=12.4943;RBI=0.0230118;REFB=-0.00616881;REVB=0.0228419;RO=71;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715233;STB=0.540743;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00512122;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:71:71:43:43:0.377193:24:19:36:35:24:19:36:35 chr7 73246555 . C G 332.56 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0158225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.71;QD=10.7278;RBI=0.0175133;REFB=-0.0170662;REVB=-0.00750777;RO=82;SAF=21;SAR=21;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027967;STB=0.516121;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0358126;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:82:42:42:0.33871:21:21:43:39:21:21:43:39 chr7 73249165 . T A 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0819801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6208;QD=10.8212;RBI=0.0832314;REFB=-0.00768527;REVB=0.014378;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492868;STB=0.542786;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0198499;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:10:12:6:6:10:13 chr7 73249299 . G C 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0257964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107;QD=22.1833;RBI=0.0304445;REFB=-0.00949718;REVB=0.0161682;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145377;STB=0.581738;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0148696;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:9:9:14:7:9:9 chr7 73254812 . T C 118.31 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0125375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4146;QD=12.7899;RBI=0.0183324;REFB=-0.0234551;REVB=0.0133749;RO=23;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441115;STB=0.658273;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0594965;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:12:1:7:16:12:2:7:16 chr7 73275565 . T A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00590444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.103;QD=17.2263;RBI=0.00929803;REFB=0.0131494;REVB=-0.00718269;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0118593;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:4:2:3:5:4:2 chr7 73279482 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00531689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.487;QD=24.4122;RBI=0.00573218;REFB=-0.0534723;REVB=-0.00214209;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144298;STB=0.581253;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0176735;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:4:1:5:6:4:1 chr7 73604082 . G A 76.81 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0120701;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.807;QD=6.02447;RBI=0.0205146;REFB=-0.00767547;REVB=-0.0165879;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430816;STB=0.758522;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.021495;OID=.;OPOS=73604082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:51:51:37:40:11:11:0.215686:9:2:19:18:9:2:19:21 chr7 73753250 . T C 447.87 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418746;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.581;QD=57.7898;RBI=0.0368756;REFB=0;REVB=0.0366371;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222896;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr7 73814749 . G C 2033.6 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8411;QD=61.6243;RBI=0.113376;REFB=0;REVB=0.00876263;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620758;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:132:0:0:122:132:1:67:55:0:0:69:63:0:0 chr7 73815960 . CTTG CT,CTG 34.74 PASS AF=0,0.5;AO=2,7;DP=18;FAO=0,8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0689533,-0.142597;FXX=0.0587889;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=59.6166,13.3304;QD=8.68537;RBI=0.0690588,0.16692;REFB=-0.0206759,-0.207869;REVB=-0.00381644,0.0867668;RO=8;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.55315,0.300057;STB=0.5,0.699398;STBP=1,0.201;TYPE=del,del;VARB=0,0.117692;OID=.,.;OPOS=73815962,73815961;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,7:18:0,8:16:8:0,7:0,1:5:3:35:8:2,6:0,1:5:3 chr7 73933815 . C T 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0208006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.258;QD=29.3741;RBI=0.0255646;REFB=-0.0139952;REVB=-0.0148622;RO=7;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236193;STB=0.631417;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0167283;OID=.;OPOS=73933815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:5:12:2:5:5:12:2:5 chr7 74193668 . G A 89.88 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.045411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.684;QD=15.6321;RBI=0.0628933;REFB=-0.0173812;REVB=-0.0435132;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373453;STB=0.730475;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0197048;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:21:23:10:12:11:11:0.478261:7:4:0:10:7:4:0:12 chr7 75401418 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.15;QD=55.0441;RBI=0.0486449;REFB=-0.08576;REVB=0.0455811;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00062982;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:1:0 chr7 75441111 . G T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0113029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.456;QD=25.4682;RBI=0.0113129;REFB=-0.0979808;REVB=-0.000475024;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118266;STB=0.636032;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0263247;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:2:3:9:9:0.75:2:7:1:1:2:7:1:2 chr7 75442723 . G A 211.76 PASS AF=0.4;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00522831;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.506;QD=13.0316;RBI=0.0166181;REFB=-0.0307745;REVB=0.0157743;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243314;STB=0.538432;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0426986;OID=.;OPOS=75442723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:39:24:26:0.4:13:11:17:22:13:13:17:22 chr7 75442730 . T G 334.52 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0386203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0999;QD=20.9076;RBI=0.06198;REFB=-0.0195852;REVB=-0.0484767;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016175;STB=0.504048;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0262942;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:29:34:35:0.546875:19:15:12:14:19:16:13:16 chr7 75513062 . A G 729.13 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403069;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.212;QD=63.4024;RBI=0.0491049;REFB=0;REVB=0.0280472;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332183;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 75544591 . G A 185.1 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.10743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.222;QD=26.4429;RBI=0.108183;REFB=-0.0415309;REVB=0.0127416;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324495;STB=0.678398;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0306879;OID=.;OPOS=75544591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:10:10:17:18:0.642857:9:8:0:10:9:9:0:10 chr7 75614953 . T C 994.76 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578715;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1961;QD=59.3885;RBI=0.0824399;REFB=0;REVB=0.0822365;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106445;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:38:27:0:0:40:27:0:0 chr7 75615006 . C T 900.9 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0702501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.171;QD=53.7851;RBI=0.070267;REFB=-0.100592;REVB=-0.00154186;RO=3;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.508164;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00134144;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:31:33:1:2:31:33:1:2 chr7 75616577 . G A 265.33 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0193522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5684;QD=17.9883;RBI=0.0301713;REFB=-0.00755553;REVB=0.0231474;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755256;STB=0.542225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00785422;OID=.;OPOS=75616577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:12:18:15:14:12:18 chr7 75621827 . A G 676.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114612;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.971;QD=62.9004;RBI=0.0280446;REFB=0;REVB=0.0255957;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169247;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr7 75629778 . T C 232.9 PASS AF=0.435484;AO=24;DP=59;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00635338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.711;QD=15.0261;RBI=0.0124367;REFB=-0.0201295;REVB=0.0106915;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487319;STB=0.562455;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0209105;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:35:35:24:27:0.435484:10:14:22:13:13:14:22:13 chr7 75633160 . C T 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0297553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.806;QD=37.5264;RBI=0.0300379;REFB=-0.0372064;REVB=-0.00411089;RO=7;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705506;STB=0.53843;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0127027;OID=.;OPOS=75633160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:15:10:4:3:15:10:4:3 chr7 75677504 . C T 1431.5 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2836;QD=62.2392;RBI=0.172222;REFB=0;REVB=0.0108973;RO=1;SAF=28;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129033;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:92:1:0:86:92:1:58:28:1:0:58:34:0:0 chr7 75716765 . C T 130.39 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00821097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.419;QD=5.06353;RBI=0.0179174;REFB=-0.00633698;REVB=-0.0159252;RO=81;SAF=15;SAR=6;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24363;STB=0.650738;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0165423;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:82:21:21:0.203883:6:15:43:38:6:15:44:38 chr7 75716781 . G A 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.609;QD=59.9955;RBI=0.042592;REFB=0;REVB=0.0342241;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91718e-05;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr7 75716789 . C A 114.96 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0025541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.635;QD=4.55296;RBI=0.0184837;REFB=-0.00270301;REVB=-0.0183064;RO=81;SAF=14;SAR=5;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261633;STB=0.674694;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.008175;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:82:19:19:0.188119:5:14:44:37:5:14:44:38 chr7 75716799 . A G 105.49 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.000374321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.114;QD=4.17784;RBI=0.0701204;REFB=0.00470323;REVB=-0.0701194;RO=82;SAF=13;SAR=5;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233364;STB=0.658237;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0129331;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:82:83:18:18:0.178218:5:13:45:37:5:13:45:38 chr7 75716804 . G A 106.13 PASS AF=0.18;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0157353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.996;QD=4.24508;RBI=0.0283045;REFB=-2.61352e-06;REVB=-0.0235276;RO=82;SAF=13;SAR=5;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233364;STB=0.652932;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-1.46752e-05;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:82:82:18:18:0.18:5:13:45:37:5:13:45:37 chr7 75716832 . C T 51.61 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0274216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.587;QD=2.37306;RBI=0.0530655;REFB=-0.00528153;REVB=-0.0454313;RO=76;SAF=8;SAR=3;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210255;STB=0.652768;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.01585;OID=.;OPOS=75716832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:76:76:11:11:0.126437:3:8:43:33:3:8:43:33 chr7 75716842 . G A 42.97 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0112276;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.013;QD=2.2034;RBI=0.0112519;REFB=-0.00279052;REVB=-0.000738276;RO=67;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192966;STB=0.631281;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00696193;OID=.;OPOS=75716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:79:78:67:69:9:9:0.115385:3:6:34:33:3:6:36:33 chr7 75914934 . G GC 1043.67 PASS AF=1;AO=89;DP=105;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564038;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2245;QD=42.1683;RBI=0.189567;REFB=0;REVB=0.180981;RO=11;SAF=53;SAR=36;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00146049;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:105:99:99:0:57:42:0:0:20:11:53:36:6:5 chr7 75959188 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0107503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.397;QD=12.8606;RBI=0.0117076;REFB=-0.00294567;REVB=-0.00463662;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00330363;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:7:1:3:4:7:1 chr7 76029673 . G A 189.37 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0468473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5396;QD=11.477;RBI=0.101985;REFB=-0.0394405;REVB=0.0905889;RO=41;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278376;STB=0.655451;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0717231;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:7:17:19:22:7:17:20:22 chr7 76069811 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000773208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.814;QD=13.0887;RBI=0.00803903;REFB=-0.0221376;REVB=-0.00800176;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530213;STB=0.503102;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0360921;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:10:17:10:6:10:17 chr7 76112060 . C T 135.11 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00253279;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.837;QD=15.8954;RBI=0.00293423;REFB=-0.000375292;REVB=-0.00148145;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717256;STB=0.553119;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000417426;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:19:15:15:0.441176:10:5:8:12:10:5:8:11 chr7 76131645 . A G 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110108;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=63.5949;RBI=0.0114153;REFB=0;REVB=0.00301205;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35636e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr7 76131650 . G A 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0169749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.894;QD=13.6995;RBI=0.0298256;REFB=0.00227588;REVB=0.0245239;RO=30;SAF=15;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36042;STB=0.714014;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00463811;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:3:15:17:13:3:15:17:13 chr7 76131695 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.417;QD=64.1435;RBI=0.0225576;REFB=0;REVB=-0.0207168;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102172;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr7 76132898 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0384087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.562;QD=21.0135;RBI=0.0418948;REFB=-0.0275987;REVB=-0.0167317;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0354633;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:5:2:3:8:5:2 chr7 76135134 . G A 187.8 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0810663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.221;QD=20.3027;RBI=0.0825393;REFB=-0.00215584;REVB=0.015524;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0051025;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:9:9:9:9:9:10:9:9 chr7 76140023 . G A 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00856425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.167;QD=13.0888;RBI=0.00874795;REFB=-0.00646233;REVB=0.00178337;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178261;STB=0.596733;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0155568;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:2:11:14:5:2:11:15:5 chr7 76140186 . T C 116.37 PASS AF=0.26087;AO=15;DP=66;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0042802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.47;QD=6.74624;RBI=0.00911719;REFB=-0.0187136;REVB=-0.00805003;RO=48;SAF=3;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396221;STB=0.633512;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0390892;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:48:51:15:18:0.26087:12:3:24:24:12:6:26:25 chr7 76144455 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.257;QD=58.1416;RBI=0.0364066;REFB=0;REVB=0.0101003;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102545;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr7 76144483 . A G 121.82 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0226033;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9179;QD=22.1489;RBI=0.0506668;REFB=-0.000918521;REVB=-0.0453456;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749681;STB=0.54231;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00283815;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:2:7:9:4:2:7 chr7 76144560 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.526;QD=45.7978;RBI=0.0171006;REFB=0;REVB=0.00512999;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37672e-05;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 76239503 . G GC 117.03 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1305;QD=29.257;RBI=0.166797;REFB=0;REVB=-0.0818529;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00916121;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:16:16:16:0:12:4:0:0:3:3:9:3:3:0 chr7 76240785 . CA C,CC 186.95 PASS AF=0.444444,0;AO=18,2;DP=45;FAO=20,0;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0304863,0.0105559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.922,108.327;QD=16.6177;RBI=0.0435088,0.0371388;REFB=-0.0259041,-0.0165827;REVB=-0.0310419,-0.0356071;RO=25;SAF=14,0;SAR=4,2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.299582,-0.490704;STB=0.608582,0.5;STBP=0.224,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0441151,0;OID=.,.;OPOS=76240786,76240786;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:18,2:45:20,0:45:25:14,0:6,0:13:12:99:25:14,0:4,2:13:12 chr7 76240888 . A G 205.85 PASS AF=0.346667;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0263789;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.456;QD=10.9788;RBI=0.0284998;REFB=-0.0164199;REVB=-0.0107887;RO=49;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218245;STB=0.608969;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0440013;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:49:49:25:26:0.346667:9:16:22:27:10:16:22:27 chr7 76885769 . A AG,G 415.27 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=4,26;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190706,0.00246129;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=41.8217,55.5455;QD=55.3691;RBI=0.052213,0.0448758;REFB=0,0;REVB=0.0486057,0.0448082;RO=0;SAF=3,12;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0029955,0.0118839;OID=.,.;OPOS=76885770,76885769;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:30:30:0:0:4,26:2,28:0.0666667,0.933333:1,14:3,12:0:0:1,14:1,14:0:0 chr7 76984572 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.112;QD=62.6708;RBI=0.0564985;REFB=0;REVB=0.0395642;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635641;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr7 76990178 . C G 328.93 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0163361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.625;QD=12.8993;RBI=0.019458;REFB=-0.0152247;REVB=-0.010571;RO=62;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000453428;STB=0.505357;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0268232;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:63:39:39:0.382353:22:17:27:35:22:17:28:35 chr7 76991935 . C T 340.2 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0217288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5876;QD=20.6183;RBI=0.0312571;REFB=0.000709234;REVB=0.0224692;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601719;STB=0.541461;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00150426;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:35:35:0.530303:15:20:15:15:15:20:15:16 chr7 77010682 . AAAAC A,AAGAA 132.33 PASS AF=0.565217,0;AO=12,4;DP=29;FAO=13,0;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.021116,0.00909589;FXX=0.233256;HRUN=5,5;LEN=4,3;MLLD=182.36,115.222;QD=23.0134;RBI=0.022272,0.00921257;REFB=-0.0294566,-0.00949251;REVB=0.00708202,-0.00146159;RO=10;SAF=4,3;SAR=8,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140099,0.282644;STB=0.591095,0.5;STBP=0.376,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0139731,0;OID=.,.;OPOS=77010683,77010684;OREF=AAAC,AAC;OALT=-,GAA;OMAPALT=A,AAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217,0:12,4:29:13,0:23:10:4,0:9,0:5:5:84:10:4,3:8,1:5:5 chr7 77033937 . A G 392.18 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00890143;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=297.353;QD=14.6609;RBI=0.00890157;REFB=-0.000272529;REVB=5.11015e-05;RO=61;SAF=17;SAR=28;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152783;STB=0.581812;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000382053;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:62:45:45:0.420561:28:17:32:29:28:17:32:30 chr7 77035392 . T C 730.45 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00667102;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.52;QD=60.871;RBI=0.034933;REFB=-0.0520146;REVB=0.0342901;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000582775;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr7 77053084 . T C 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000686761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.164;QD=11.9187;RBI=0.00344035;REFB=-0.0338872;REVB=0.0033711;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0386246;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:4:5:6:1:4:5 chr7 77247821 . G A 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0145606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9189;QD=21.8914;RBI=0.0146822;REFB=0.00143656;REVB=0.00188579;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040214;STB=0.522199;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0010746;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:18:17:15:13:18:17:15:13 chr7 77268968 . G A 254.56 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.009286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.431;QD=15.4277;RBI=0.00933702;REFB=-0.0124677;REVB=0.000974796;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204749;STB=0.622327;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0179483;OID=.;OPOS=77268968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:14:14:11:26:14:15:11:26 chr7 77552127 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.368;QD=62.3509;RBI=0.0185414;REFB=0;REVB=0.0126701;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10332e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:27:16:0:0 chr7 77648671 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0685927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3224;QD=12.3964;RBI=0.0914435;REFB=-0.0658912;REVB=0.0604728;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0227245;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr7 77756580 . T C 197.57 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0160444;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.722;QD=12.9553;RBI=0.023976;REFB=3.09538e-06;REVB=0.0178164;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155015;STB=0.594129;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=8.66071e-05;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:10:14:26:10:10:14:27:10 chr7 77789403 . A G 306.8 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0098307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.145;QD=22.7259;RBI=0.0546278;REFB=0.00929585;REVB=-0.053736;RO=23;SAF=24;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163146;STB=0.590706;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00520217;OID=.;OPOS=77789403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:7:24:14:9:7:24:14:9 chr7 80088041 . G A 1544.1 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194735;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.249;QD=59.965;RBI=0.0194736;REFB=0;REVB=-7.363e-05;RO=0;SAF=70;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71669e-05;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:33:70:0:0:33:70:0:0 chr7 80290528 . T TG 174.72 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.000982759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.5702;QD=10.9201;RBI=0.00522862;REFB=-0.018066;REVB=0.00513543;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0226954;OID=.;OPOS=80290529;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:28:64:28:64:36:14:14:18:18:99:35:14:14:18:17 chr7 80374342 . A G 1946.29 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9946;QD=59.4288;RBI=0.00709172;REFB=-0.0332562;REVB=-0.00183575;RO=2;SAF=72;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185563;STB=0.502424;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-1.98707e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:2:3:128:128:0.977099:56:72:1:1:56:72:2:1 chr7 80374438 . T C 1969.15 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246576;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.182;QD=62.0206;RBI=0.028233;REFB=0;REVB=0.0137515;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101864;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:125:127:1:54:71:0:0:54:73:0:0 chr7 80378319 . G C 2566.22 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218;QD=61.8366;RBI=0.0118734;REFB=0;REVB=0.00102402;RO=0;SAF=66;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47511e-06;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:99:66:0:0:100:66:0:0 chr7 80387766 . C T 349.77 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.041367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9785;QD=17.71;RBI=0.0478722;REFB=0.00926993;REVB=-0.024094;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913391;STB=0.55112;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00990854;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:22:15:21:21:22:15:21:21 chr7 80418689 . A G 863.22 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.000233619;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9493;QD=19.8442;RBI=0.0184964;REFB=0.0147384;REVB=0.0184949;RO=87;SAF=52;SAR=35;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108336;STB=0.50596;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.01369;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:87:87:87:0.5:35:52:51:36:35:52:51:36 chr7 80466586 . T C 450.89 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.00951352;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.335;QD=13.5604;RBI=0.0120157;REFB=-0.00514354;REVB=0.00733954;RO=80;SAF=33;SAR=18;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278232;STB=0.657232;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00933956;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:133:80:82:51:51:0.383459:18:33:31:49:18:33:32:50 chr7 80962963 . A T 3059.19 PASS AF=1;AO=198;DP=201;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393445;FXX=0.0149246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.912;QD=61.8017;RBI=0.005506;REFB=0;REVB=-0.00385177;RO=0;SAF=97;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63764e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:198:0:0:198:198:1:101:97:0:0:101:97:0:0 chr7 82453708 . A C 384.91 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0112338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.114;QD=15.3964;RBI=0.0116416;REFB=-0.0144611;REVB=0.0030542;RO=57;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100766;STB=0.566262;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0215647;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:22:19:32:25:22:19:34:25 chr7 82455895 . A G 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00551812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.406;QD=17.9232;RBI=0.0151891;REFB=-0.00372426;REVB=0.0141513;RO=46;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427539;STB=0.523917;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00467253;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:14:26:28:18:14:26:28:18 chr7 82544987 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00412109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.732;QD=15.5771;RBI=0.00509019;REFB=0.00243221;REVB=-0.00298775;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156499;STB=0.588166;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0038533;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:14:10:8:22:14:10:8:22 chr7 82581470 . G A 236.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0303786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4804;QD=25.537;RBI=0.0368505;REFB=0.00702919;REVB=0.020859;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146067;STB=0.590474;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00603854;OID=.;OPOS=82581470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:13:9:3:11:13:9:3:12 chr7 82581488 . T TTCA 344.79 PASS AF=0.870968;AO=25;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00885943;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=346.044;QD=44.4895;RBI=0.0098899;REFB=0.000517464;REVB=-0.00439552;RO=4;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119571;STB=0.566344;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=-5.32353e-05;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968:25:31:27:31:4:8:19:3:1:19:4:8:17:3:1 chr7 82581859 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0202804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.685;QD=10.0339;RBI=0.0216402;REFB=-0.0119167;REVB=-0.00755018;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0147537;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr7 82582846 . C T 515.43 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0039539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.217;QD=24.8401;RBI=0.0246299;REFB=0.00415357;REVB=0.0243104;RO=35;SAF=30;SAR=18;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124898;STB=0.568079;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00399362;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:18:30:27:8:18:30:27:8 chr7 82764425 . C G 649.82 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250124;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.377;QD=61.8872;RBI=0.0386899;REFB=0;REVB=0.0295176;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25501e-05;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:25:14:0:0:28:14:0:0 chr7 82784832 . C G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.058824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8619;QD=11.6327;RBI=0.062001;REFB=-0.0196398;REVB=-0.0195924;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352803;STB=0.713815;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0429963;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:8:8:2:8:8:8 chr7 83023587 . TAC T 1004.85 PASS AF=1;AO=64;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336089;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.965;QD=59.9911;RBI=0.0873335;REFB=0;REVB=0.0806076;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000220699;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:70:67:67:0:31:36:0:0:5:0:30:34:0:0 chr7 83029438 . C T 572.98 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0219847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.915;QD=19.589;RBI=0.022607;REFB=-0.0564817;REVB=-0.00526813;RO=57;SAF=28;SAR=31;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637525;STB=0.530293;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0420679;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:58:59:59:0.504274:31:28:23:34:31:28:24:34 chr7 83034754 . T A 1555.86 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.822;QD=59.271;RBI=0.0181342;REFB=0;REVB=-0.00591909;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30525e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:98:105:1:50:48:0:0:55:50:0:0 chr7 83037751 . C A 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0975;QD=63.8435;RBI=0.030849;REFB=0;REVB=0.0301501;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214844;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr7 83590852 . T C 721.26 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9157;QD=54.4345;RBI=0.0225303;REFB=-0.105125;REVB=0.0197294;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0086865;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr7 83606518 . G A 1152.02 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.861;QD=60.6325;RBI=0.028019;REFB=0;REVB=0.00412447;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98624e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:40:36:0:0 chr7 83636809 . T C 221.84 PASS AF=0.369863;AO=28;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0213636;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.918;QD=12.1555;RBI=0.0234128;REFB=0.00544484;REVB=-0.00957911;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136226;STB=0.562264;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.010995;OID=.;OPOS=83636809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:46:28:27:0.369863:12:16:20:25:12:15:21:25 chr7 86800351 . A G 198.97 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0209897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.948;QD=11.3695;RBI=0.0321705;REFB=-0.00170357;REVB=0.0243797;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663486;STB=0.526234;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00296347;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:45:24:25:0.357143:13:11:18:27:14:11:18:27 chr7 87082292 . G A 490.82 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0103457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.797;QD=14.2267;RBI=0.0241149;REFB=0.000533643;REVB=-0.0217829;RO=80;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183774;STB=0.59191;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000778372;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:83:55:55:0.398551:24:31:31:49:24:31:34:49 chr7 87138645 . A G 622.85 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.000165205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0027;QD=25.4224;RBI=0.0274758;REFB=-0.0282899;REVB=-0.0274753;RO=42;SAF=24;SAR=32;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148841;STB=0.581366;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0236105;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:32:24:26:16:32:24:26:16 chr7 87160618 . A C 446.05 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0210883;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.587;QD=16.5203;RBI=0.0220703;REFB=-0.010423;REVB=0.00651023;RO=59;SAF=31;SAR=18;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158278;STB=0.588495;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0136925;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:59:59:49:49:0.453704:18:31:28:31:18:31:28:31 chr7 87229501 . T C 1157.95 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6131;QD=59.3819;RBI=0.0203569;REFB=-0.119463;REVB=-0.0197228;RO=1;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937273;STB=0.504949;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00170562;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:50:27:0:1:50:27:0:1 chr7 87774727 . T C 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0340158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.121;QD=15.5737;RBI=0.0347362;REFB=-0.00935776;REVB=-0.00703752;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248743;STB=0.641741;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00769843;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:18:7:16:15:18:7:16:15 chr7 87778380 . A T 336.59 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00248961;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.007;QD=19.7995;RBI=0.00249258;REFB=-0.0101427;REVB=0.000121747;RO=33;SAF=24;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237473;STB=0.618596;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0113113;OID=.;OPOS=87778380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:10:24:15:18:11:24:15:18 chr7 87813635 . C T 396.2 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.000195707;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.493;QD=14.0247;RBI=0.0164035;REFB=-0.00520056;REVB=0.0164023;RO=67;SAF=20;SAR=26;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184458;STB=0.603916;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0105694;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:67:67:46:46:0.40708:26:20:41:26:26:20:41:26 chr7 87913361 . C T 728.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2106;QD=57.1662;RBI=0.0657553;REFB=0;REVB=0.0207127;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102787;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr7 88423881 . T C 123.13 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00238977;FXX=0.0877039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.789;QD=9.47126;RBI=0.0105623;REFB=-0.00307867;REVB=-0.0102884;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222878;STB=0.635504;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0107375;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:34:36:16:16:0.307692:11:5:17:17:11:5:18:18 chr7 88956699 . A G 4341.31 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182988;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.258;QD=62.6904;RBI=0.0246181;REFB=-0.0324868;REVB=0.0164683;RO=2;SAF=118;SAR=158;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61013e-05;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:278:277:2:0:276:277:1:158:118:2:0:158:119:0:0 chr7 88963039 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.982;QD=51.1843;RBI=0.0323421;REFB=0;REVB=0.0042117;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520087;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 88964000 . C T 470.84 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022571;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.182;QD=58.855;RBI=0.0228461;REFB=0;REVB=0.0035352;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772402;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr7 88964196 . T A 1009.84 PASS AF=0.911392;AO=72;DP=79;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00370583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.348;QD=51.1309;RBI=0.0114978;REFB=0.128088;REVB=0.0108842;RO=7;SAF=37;SAR=35;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814902;STB=0.543198;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000887319;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:79:79:7:7:72:72:0.911392:35:37:7:0:35:37:7:0 chr7 89797144 . G T 1575.62 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285011;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.599;QD=60.0238;RBI=0.033596;REFB=0;REVB=0.017787;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77536e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:37:68:0:0:37:68:0:0 chr7 89861890 . G T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7245;QD=56.7015;RBI=0.0448925;REFB=0;REVB=-0.00278573;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957304;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 494.84 PASS AF=0.54023;AO=42;DP=99;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.032546;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.382;QD=22.7514;RBI=0.0334988;REFB=-0.0356672;REVB=0.00793275;RO=54;SAF=26;SAR=16;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278602;STB=0.554676;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=0.0392105;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54023:42:99:47:87:40:30:17:21:19:99:54:26:16:32:22 chr7 89881239 . G C 288.31 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0131228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.745;QD=13.7289;RBI=0.039049;REFB=0.00601249;REVB=0.0367779;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836258;STB=0.547713;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.010759;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:20:13:24:27:20:13:24:27 chr7 89906609 . C T 390.38 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0167147;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.745;QD=13.2331;RBI=0.0167239;REFB=-0.0029721;REVB=0.000555332;RO=70;SAF=19;SAR=27;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063316;STB=0.545231;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00467653;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:70:72:46:46:0.389831:27:19:33:37:27:19:35:37 chr7 89912301 . G A 758.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7641;QD=56.1645;RBI=0.0161632;REFB=0;REVB=0.0101501;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408625;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:22:32:0:0 chr7 89938588 . C G 817.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8687;QD=57.3621;RBI=0.036199;REFB=0;REVB=0.031369;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579194;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr7 89938680 . C T 447.97 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00630609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.252;QD=23.8917;RBI=0.0137632;REFB=-0.00893139;REVB=0.0122336;RO=32;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271824;STB=0.514918;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00616128;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:23:20:16:16:23:20:16:16 chr7 89969831 . A G 432.27 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0184816;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.413;QD=16.0101;RBI=0.0194889;REFB=-0.016698;REVB=0.00618452;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115774;STB=0.553549;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0183965;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:60:48:48:0.444444:23:25:37:21:23:25:37:23 chr7 89969878 . A G 386.56 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0173183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.673;QD=15.7779;RBI=0.0281476;REFB=0.0117838;REVB=0.0221892;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440948;STB=0.52485;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0138883;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:19:22:33:24:19:22:33:24 chr7 89983808 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.384;QD=62.3509;RBI=0.046379;REFB=0;REVB=0.0456454;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86582e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 89984409 . A G 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.042;QD=57.3838;RBI=0.0108065;REFB=0;REVB=0.00703913;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51958e-06;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr7 90042857 . G T 140.07 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00102279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.679;QD=10.3754;RBI=0.0156178;REFB=-0.0364249;REVB=-0.0155843;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144755;STB=0.592493;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0453727;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:18:18:0.333333:9:9:13:22:9:9:13:23 chr7 90043182 . A G 389.39 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00272588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.562;QD=24.3367;RBI=0.00554916;REFB=-0.0178672;REVB=-0.0048335;RO=26;SAF=25;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152527;STB=0.583865;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0130116;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:13:25:12:14:13:25:12:14 chr7 90043304 . C T 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0231244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.158;QD=20.9036;RBI=0.025016;REFB=-0.0168568;REVB=0.00954272;RO=35;SAF=27;SAR=12;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282346;STB=0.65657;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00977732;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:12:27:13:22:12:27:13:22 chr7 90043314 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.529;QD=60.2042;RBI=0.0141331;REFB=0;REVB=0.000944014;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68869e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr7 90044945 . G A 434.99 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0325824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4391;QD=13.9198;RBI=0.0332179;REFB=-0.0119581;REVB=0.00646669;RO=74;SAF=22;SAR=28;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637155;STB=0.508098;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00768089;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:28:22:33:41:28:22:34:41 chr7 90236415 . A G 743.08 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.033;QD=59.4466;RBI=0.016469;REFB=-0.073988;REVB=0.00263034;RO=2;SAF=16;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552325;STB=0.529399;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000867547;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:32:16:2:0:32:16:2:0 chr7 90338850 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0228005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.311;QD=18.4981;RBI=0.026041;REFB=-0.0210089;REVB=-0.0125807;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189028;OID=.;OPOS=90338850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:12:15:15:12:12:15 chr7 90836916 . C A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.02853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.591;QD=16.8738;RBI=0.0323101;REFB=-0.0149499;REVB=-0.0151653;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418209;STB=0.50239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0275103;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:17:9:7:13:17:9 chr7 90838866 . G A 273.62 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0353099;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.101;QD=23.7929;RBI=0.0376926;REFB=-0.00893064;REVB=0.0131888;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322743;STB=0.679856;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0112549;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:8:17:6:15:8:17:6:15 chr7 90838869 . G C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0503;QD=63.5781;RBI=0.0331279;REFB=0;REVB=-0.0182972;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128718;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr7 90894459 . A ACCG 50.52 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0193046;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=229.705;QD=16.8396;RBI=0.0340188;REFB=-0.0592807;REVB=0.0280109;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545316;STBP=0.875;TYPE=ins;VARB=0.0508752;OID=.;OPOS=90894460;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=ACCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:6:13:7:12:5:6:1:4:1:30:6:5:1:5:1 chr7 91599825 . A C 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0120025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5559;QD=7.3241;RBI=0.0123516;REFB=-0.0266453;REVB=-0.00291579;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0316898;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:6:8:4:2:6:8 chr7 91630620 . G T 123.16 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0135918;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=16.4217;RBI=0.0142018;REFB=-0.0155418;REVB=0.00411746;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477061;STB=0.709353;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0225726;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:13:14:0.466667:11:2:9:6:11:3:9:7 chr7 91632306 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.94;QD=57.106;RBI=0.00778223;REFB=0;REVB=0.00364147;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51796e-05;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr7 91641928 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0115452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.805;QD=20.1597;RBI=0.0127314;REFB=-0.0115788;REVB=-0.00536633;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241139;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:7:7:8:8:7:7 chr7 91652178 . A AAAC 74.26 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00148641;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=285.247;QD=10.2429;RBI=0.00693289;REFB=-0.00510167;REVB=0.00677167;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563151;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=ins;VARB=0.0100748;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:31:10:29:19:4:6:8:11:74:20:4:6:9:11 chr7 91691601 . C T 244.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0292111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.398;QD=13.0291;RBI=0.0341456;REFB=-0.0147798;REVB=-0.0176815;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13665;STB=0.583278;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0228258;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:15:14:16:29:15:14:16:30 chr7 91712698 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000771304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.03;QD=15.6997;RBI=0.00386612;REFB=-0.0219365;REVB=0.0037884;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316837;STB=0.685439;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.01795;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:9:10:12:3:9:10 chr7 91713972 . C T 403.99 PASS AF=0.401709;AO=46;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0199753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.789;QD=13.8116;RBI=0.027371;REFB=-0.00965705;REVB=-0.0187125;RO=70;SAF=27;SAR=19;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093729;STB=0.558115;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0154717;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:70:46:47:0.401709:19:27:35:35:19:28:35:35 chr7 91714911 . C T 2220.28 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00663996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.576;QD=62.5432;RBI=0.0119033;REFB=-0.132193;REVB=-0.00987924;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.62005e-05;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:0:1:141:141:0.992958:55:86:0:0:55:86:1:0 chr7 91715662 . C T 542.52 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0132202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.272;QD=21.4858;RBI=0.0284087;REFB=-0.00412672;REVB=-0.0251452;RO=46;SAF=25;SAR=29;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606555;STB=0.527572;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0043144;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:29:25:18:28:29:25:19:28 chr7 91726927 . A C 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00785275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.513;QD=14.6472;RBI=0.00902224;REFB=-0.00526205;REVB=0.00444242;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00628074;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr7 91743150 . A G 318.14 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00559499;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.858;QD=20.5249;RBI=0.00588037;REFB=0.00467344;REVB=0.00180964;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563312;STB=0.531231;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00199162;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:13:16:16:17:13:16 chr7 91779242 . G A 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0393178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.993;QD=10.8526;RBI=0.0425195;REFB=-0.000437455;REVB=-0.0161869;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208931;STB=0.512184;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000329163;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:9:12:23:16:9:12:23:16 chr7 91779971 . T G 282.36 PASS AF=0.410256;AO=24;DP=81;FAO=32;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0796193;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7569;QD=14.4798;RBI=0.0828785;REFB=-0.0326832;REVB=-0.0230133;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584059;STB=0.509161;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0354545;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:25:46:24:32:0.410256:17:7:6:19:19:13:18:28 chr7 91842554 . T C 268.85 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00164388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.889;QD=13.9664;RBI=0.00545708;REFB=-0.0266061;REVB=-0.0052036;RO=46;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339021;STB=0.530823;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0302199;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:46:30:31:0.402597:12:18:29:17:13:18:29:17 chr7 92027537 . C G 372.0 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0119228;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.566;QD=19.8397;RBI=0.0157777;REFB=-0.00597343;REVB=0.0103336;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0052249;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:36:37:36:38:0.506667:16:20:20:16:18:20:20:17 chr7 92029302 . G A 467.9 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0210961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4187;QD=17.9963;RBI=0.0397361;REFB=-0.0104948;REVB=-0.0336736;RO=54;SAF=29;SAR=21;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127086;STB=0.570574;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0123338;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:21:29:24:30:21:29:24:30 chr7 92098776 . C T 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00741377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6501;QD=13.4949;RBI=0.0369876;REFB=0.007535;REVB=-0.036237;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066825;STB=0.503814;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0141021;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:16:13:20:24:16:13:20:24 chr7 92100399 . C T 416.18 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0223996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.222;QD=14.1078;RBI=0.0226142;REFB=-0.00568065;REVB=-0.00310773;RO=70;SAF=18;SAR=30;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207262;STB=0.616972;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0114765;OID=.;OPOS=92100399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:30:18:40:30:30:18:40:30 chr7 92131289 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.424;QD=61.3362;RBI=0.0351444;REFB=0;REVB=-0.00575261;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3316e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 92241633 . G C 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0451293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.211;QD=19.4674;RBI=0.0464894;REFB=-0.00812135;REVB=-0.0111627;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270897;STB=0.652376;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0152251;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:7:17:9:13:7:17 chr7 92600509 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.149;QD=58.1419;RBI=0.0213506;REFB=0;REVB=-0.00427534;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91282e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 92734451 . A G 257.71 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0639049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6984;QD=16.6266;RBI=0.0765387;REFB=-0.0229742;REVB=-0.0421229;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592334;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0499446;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:28:30:0.483871:14:14:14:18:14:16:14:18 chr7 92762681 . A G 551.01 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0267034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4238;QD=20.7926;RBI=0.0285043;REFB=-0.0104397;REVB=0.00997112;RO=50;SAF=30;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649027;STB=0.535702;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00993029;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:50:56:56:0.528302:26:30:23:27:26:30:23:27 chr7 92764982 . C T 475.79 PASS AF=0.445378;AO=50;DP=117;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.00804795;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.639;QD=15.9931;RBI=0.00805701;REFB=-0.000781417;REVB=-0.000381919;RO=66;SAF=32;SAR=18;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530577;STB=0.532859;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00106803;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:66:66:50:53:0.445378:18:32:39:27:18:35:40:26 chr7 92900512 . GTTTT GTTTG,G 175.0 PASS AF=0.75,0.25;AO=8,2;DP=19;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621092,0.259903;FXX=0.157812;HRUN=14,14;LEN=1,4;MLLD=161.854,14.172;QD=43.7487;RBI=0.0717144,0.28111;REFB=0,0;REVB=-0.0358526,-0.107114;RO=0;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0353499,0.215304;OID=.,.;OPOS=92900516,92900513;OREF=T,TTTT;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:8,2:19:12,4:16:0:2,2:10,2:0:0:23:0:1,0:7,2:0:0 chr7 92970847 . C T 601.27 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0257827;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.677;QD=18.3592;RBI=0.0294825;REFB=-0.00693844;REVB=-0.0142993;RO=69;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003791;STB=0.502102;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00655802;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:69:69:62:62:0.473282:33:29:32:37:33:29:32:37 chr7 93054827 . C CTCTT 1008.84 PASS AF=0.891566;AO=62;DP=84;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00365583;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.951;QD=48.619;RBI=0.0107238;REFB=-0.0130638;REVB=-0.0100814;RO=12;SAF=52;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129274;STB=0.565087;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00104836;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891566:62:84:74:83:9:61:13:4:5:39:12:52:10:7:5 chr7 93054884 . AAT A,ATT 34.77 PASS AF=0.128205,0;AO=13,11;DP=100;FAO=10,0;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.168481,-0.0483321;FXX=0.0249969;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.4585,22.272;QD=1.783;RBI=0.214595,0.0483731;REFB=-0.0269157,0.00405842;REVB=-0.132912,0.00199097;RO=68;SAF=8,10;SAR=5,1;SRF=29;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232755,0.589172;STB=0.659693,0.5;STBP=0.316,1;TYPE=del,snp;VARB=0.114273,0;OID=.,.;OPOS=93054885,93054885;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128205,0:13,11:100:10,0:78:68:6,0:4,0:28:40:35:68:8,10:5,1:29:39 chr7 93055650 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4342;QD=59.855;RBI=0.0357703;REFB=0;REVB=0.0232585;RO=0;SAF=54;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363825;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:17:54:0:0:17:54:0:0 chr7 93055753 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.882;QD=58.0609;RBI=0.0396556;REFB=0;REVB=0.0349313;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157319;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr7 93116299 . A G,T 705.46 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=45,2;DP=47;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135773,0.00602588;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.788,109.182;QD=55.3299;RBI=0.0144797,0.00662727;REFB=0,0;REVB=0.00503191,0.00275853;RO=0;SAF=24,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00032021,0.00676194;OID=.,.;OPOS=93116299,93116299;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:47:51:0:0:45,2:50,1:0.980392,0.0196078:21,2:24,0:0:0:23,1:27,0:0:0 chr7 93515993 . T G 201.68 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00102191;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=142.412;QD=21.2294;RBI=0.0184452;REFB=-0.00442634;REVB=0.0184169;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539316;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00784631;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:18:20:20:0.526316:8:12:10:5:8:12:11:7 chr7 93518486 . C T 333.59 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0477732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5417;QD=21.8748;RBI=0.0510033;REFB=-0.00358454;REVB=-0.0178622;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743547;STB=0.541152;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00161964;OID=.;OPOS=93518486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:11:23:16:11:11:23:16:11 chr7 93623458 . A G 291.43 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00644032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.198;QD=14.3915;RBI=0.00940085;REFB=-0.000171677;REVB=0.00684824;RO=48;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243951;STB=0.630551;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000200685;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:31:33:0.407407:11:20:20:28:12:21:20:28 chr7 94027699 . T C 5498.67 PASS AF=1;AO=349;DP=352;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291142;FXX=0.0166662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.185;QD=62.1318;RBI=0.0376949;REFB=0.0596373;REVB=0.0239431;RO=3;SAF=180;SAR=169;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10323e-05;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:352:354:3:0:349:354:1:169:180:0:3:172:182:0:0 chr7 94030899 . T C 9456.38 PASS AF=1;AO=591;DP=596;FAO=593;FDP=593;FR=.;FRO=0;FSAF=348;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171439;FXX=0.0100165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.974;QD=63.7867;RBI=0.0171813;REFB=-0.0399407;REVB=0.00113232;RO=0;SAF=347;SAR=244;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100651;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:596:593:0:0:591:593:1:244:347:0:0:245:348:0:0 chr7 94038934 . C T 3608.65 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188669;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0984;QD=63.0332;RBI=0.0239199;REFB=0;REVB=-0.0147038;RO=0;SAF=126;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556666;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:103:126:0:0:103:126:0:0 chr7 94039032 . C T 2010.63 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00700672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.961;QD=61.3933;RBI=0.00730543;REFB=-0.00576427;REVB=-0.00206765;RO=1;SAF=75;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629474;STB=0.503267;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=1.05393e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:129:130:0.992366:54:75:1:0:54:76:1:0 chr7 94043239 . C G 1176.35 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.671;QD=58.0912;RBI=0.0208067;REFB=-0.100639;REVB=0.0181131;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262805;STB=0.513885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00073913;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:44:35:2:0:44:35:2:0 chr7 94047050 . G T 709.83 PASS AF=0.5;AO=66;DP=135;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0342097;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8698;QD=20.2808;RBI=0.0619309;REFB=-0.0609145;REVB=0.0516249;RO=68;SAF=27;SAR=39;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713143;STB=0.551499;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0598959;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:68:70:66:70:0.5:39:27:33:35:43:27:34:36 chr7 94059899 . C T 220.97 PASS AF=0.396552;AO=20;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.000401781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.053;QD=15.2391;RBI=0.00631305;REFB=-0.00877587;REVB=-0.00630025;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22793;STB=0.620342;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00621663;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:20:23:0.396552:12:8:5:21:13:10:6:21 chr7 94174854 . T C 2124.33 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00239633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7729;QD=62.0243;RBI=0.0620405;REFB=0.0277619;REVB=0.0619942;RO=1;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704267;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.72822e-05;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:67:69:0:1:67:69:0:1 chr7 94176476 . G A 970.18 PASS AF=0.553571;AO=93;DP=168;FAO=93;FDP=168;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00459346;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3477;QD=23.0994;RBI=0.00800601;REFB=-0.0241405;REVB=0.00655716;RO=73;SAF=41;SAR=52;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245566;STB=0.506435;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0120447;OID=.;OPOS=94176476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:75:93:93:0.553571:52:41:30:43:52:41:32:43 chr7 94180691 . T C 88.57 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0369593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2573;QD=14.7617;RBI=0.0369619;REFB=-0.0388339;REVB=-0.000439528;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0423521;OID=.;OPOS=94180691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr7 94186068 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.008;QD=56.1916;RBI=0.0222108;REFB=0;REVB=0.00114815;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76875e-05;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr7 94295183 . T A 507.5 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0319068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4109;QD=22.0651;RBI=0.0321186;REFB=-0.0284765;REVB=0.00368265;RO=27;SAF=30;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211976;STB=0.574393;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00724838;OID=.;OPOS=94295183;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:27:39:42:44:0.478261:12:30:12:15:13:31:22:17 chr7 94296769 . T C 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00529006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.331;QD=9.93981;RBI=0.0348621;REFB=-0.00869312;REVB=0.0344584;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229564;STB=0.626393;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0202241;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:13:9:27:17:13:9:27:18 chr7 94297293 . GTT GTG,GT 252.1 PASS AF=0.0422535,0.619718;AO=3,34;DP=71;FAO=3,44;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=0,24;FSAR=3,20;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00949664,-0.0140854;FXX=0.0273935;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=204.848,9.85748;QD=14.2031;RBI=0.0527545,0.112593;REFB=-0.00452369,-0.0519519;REVB=-0.0518927,-0.111709;RO=25;SAF=0,18;SAR=3,16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.672124,-0.148928;STB=0.997537,0.558557;STBP=0.005,0.239;TYPE=snp,del;VARB=0.0852678,0.0563088;OID=.,.;OPOS=94297295,94297294;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0422535,0.619718:3,34:71:3,44:71:24:0,24:3,20:17:7:75:25:0,18:3,16:18:7 chr7 94297814 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00700877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.553;QD=26.4936;RBI=0.00701399;REFB=-0.0153883;REVB=0.000270483;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050836;STB=0.528269;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00657219;OID=.;OPOS=94297814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:6:3:7:10:6:3 chr7 94898811 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0139835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.549;QD=20.8921;RBI=0.0148336;REFB=0.00104379;REVB=0.00494958;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249643;STB=0.644839;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00135417;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:3:3:8:2:3:3 chr7 94903420 . G A 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00190051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=20.5405;RBI=0.0254196;REFB=-0.0275503;REVB=-0.0253484;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165647;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0279622;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:15:10:14:10:15:10 chr7 94924538 . G T 428.79 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000591015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.294;QD=22.275;RBI=0.00411696;REFB=-0.0118839;REVB=0.00407431;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631765;STB=0.539307;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0097507;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:35:41:42:0.545455:18:23:17:18:18:24:17:18 chr7 94937446 . T C 204.14 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00204853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.604;QD=12.5627;RBI=0.0112934;REFB=-0.0125318;REVB=0.0111061;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091092;STB=0.552362;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0150914;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:21:19:14:11:21:19 chr7 95001555 . C T 528.95 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0647107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.912;QD=19.4109;RBI=0.0647431;REFB=-0.016846;REVB=-0.00204606;RO=52;SAF=30;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620822;STB=0.5042;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0150465;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:54:55:55:0.504587:25:30:28:24:25:30:29:25 chr7 95024046 . A G 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0346633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.757;QD=23.483;RBI=0.0346646;REFB=-0.0238035;REVB=0.000298318;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188601;STB=0.603244;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0136096;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:21:22:9:24:21:22:9:24 chr7 95045623 . G A 240.45 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0656124;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3292;QD=19.2361;RBI=0.0832659;REFB=0.0110742;REVB=-0.0512662;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191936;STB=0.599287;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0122558;OID=.;OPOS=95045623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:25:25:25:0.5:12:13:8:18:12:13:8:17 chr7 95213059 . G A 944.05 PASS AF=0.984848;AO=52;DP=69;FAO=65;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00529411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.968;QD=57.2151;RBI=0.0658382;REFB=-0.1212;REVB=0.065625;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00344952;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:66:1:1:52:65:0.984848:17:35:0:1:33:32:0:1 chr7 95213953 . A C 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.445;QD=60.374;RBI=0.028911;REFB=0;REVB=0.0283802;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8865e-05;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr7 95216394 . T G 919.64 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6132;QD=58.3899;RBI=0.0126692;REFB=0;REVB=0.00902643;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89676e-06;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr7 95800820 . T C 156.63 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00250209;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.634;QD=14.9168;RBI=0.00281957;REFB=-0.00495786;REVB=-0.00129982;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0105562;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:12:13:10:7:12:13 chr7 96640130 . C T 82.91 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00757238;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=205.952;QD=17.4546;RBI=0.0163964;REFB=-0.0285785;REVB=0.0145431;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276935;STB=0.516096;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00925261;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:2:7:8:2:2:7 chr7 97488569 . A T 1099.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.247;QD=60.2353;RBI=0.0236435;REFB=0;REVB=0.0209412;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37571e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr7 97653231 . TGGGA TGGA,TGGAT 216.25 PASS AF=1,0;AO=15,3;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.24098,-0.0336092;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=21.9772,6.28339;QD=45.5266;RBI=0.241171,0.0341458;REFB=0,0;REVB=0.00959577,-0.0060296;RO=1;SAF=1,3;SAR=14,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296964,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0179002,0.016778;OID=.,.;OPOS=97653232,97653234;OREF=G,GA;OALT=-,AT;OMAPALT=TGGA,TGGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,3:19:19,0:19:0:5,0:14,0:0:0:4:1:1,3:14,0:1:0 chr7 97854393 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.328;QD=58.5878;RBI=0.0414942;REFB=0;REVB=0.0399062;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353138;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr7 97863145 . G A 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0897632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6176;QD=54.4794;RBI=0.090898;REFB=-0.157984;REVB=0.0143181;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.510632;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00422715;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:23:8:0:0:23:8:0:1 chr7 97866224 . T C 511.98 PASS AF=0.509615;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00683859;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.992;QD=19.6917;RBI=0.00836971;REFB=-0.00813591;REVB=-0.00482553;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113121;STB=0.556941;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00671795;OID=.;OPOS=97866224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:52:53:0.509615:24:28:21:30:25:28:21:30 chr7 98453710 . C T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0241462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3244;QD=17.7992;RBI=0.0407912;REFB=0.0233857;REVB=0.0328767;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0255069;OID=.;OPOS=98453710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:11:13:11:9:11:13 chr7 98460824 . C A 1011.64 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2339;QD=57.8081;RBI=0.131606;REFB=-0.12809;REVB=0.0586547;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171851;STB=0.509088;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00898378;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:27:42:0:1:27:42:0:1 chr7 98650051 . G C 103.54 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00483304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5685;QD=19.7209;RBI=0.0822705;REFB=-0.0402533;REVB=0.0821284;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.599828;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0353719;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:7:4:5:4:8:4:5:4 chr7 98782750 . C T 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0171681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.812;QD=18.3353;RBI=0.0411481;REFB=-0.02796;REVB=-0.0373955;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998033;STB=0.555525;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0302115;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:12:25:20:15:12:25 chr7 98792835 . G A 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00677882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.943;QD=17.6943;RBI=0.00721722;REFB=-0.0150939;REVB=-0.00247707;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138103;STB=0.500772;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0138836;OID=.;OPOS=98792835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:20:19:17:18:20:19 chr7 98870997 . A G 347.4 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00105185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.656;QD=51.4663;RBI=0.0216273;REFB=0.0125422;REVB=0.0216017;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00471671;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr7 99032458 . C G,T 1513.26 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=8,96;DP=104;FAO=8,96;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=8,53;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258996,-0.0012474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.0246,199.037;QD=58.2021;RBI=0.0274412,0.00444295;REFB=0,0;REVB=-0.00906812,0.00426425;RO=0;SAF=8,53;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175331,-0.000342799;OID=.,.;OPOS=99032458,99032458;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:104:104:0:0:8,96:8,96:0.0769231,0.923077:0,43:8,53:0:0:0,43:8,53:0:0 chr7 99047978 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.816;QD=50.4087;RBI=0.0236966;REFB=0;REVB=0.0233381;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667577;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 99081730 . A G 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.73;QD=59.9224;RBI=0.0158013;REFB=0;REVB=0.0112317;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40709e-05;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr7 99130873 . TC T,TCA 121.96 PASS AF=0,1;AO=2,2;DP=15;FAO=0,12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398933,0.0927584;FXX=0.142755;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=14.9013,33.3046;QD=40.652;RBI=0.0398945,0.0927587;REFB=0,0;REVB=0.000312198,-0.000254997;RO=11;SAF=1,2;SAR=1,0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515617,0.451439;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0069425;OID=.,.;OPOS=99130874,99130875;OREF=C,-;OALT=-,A;OMAPALT=T,TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,2:15:0,12:12:0:0,12:0,0:0:0:3:11:1,2:1,0:10:1 chr7 99130875 . G A 135.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0285686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.5866;QD=38.7555;RBI=0.0817661;REFB=-0.152802;REVB=0.0766129;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394551;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0200437;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:2:11:1:0:2:11:1:0 chr7 99145845 . C T 1081.47 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805497;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.841;QD=60.0815;RBI=0.0427488;REFB=0;REVB=0.0419831;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94566e-05;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr7 99217424 . G A 746.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.951;QD=63.5276;RBI=0.0272986;REFB=0;REVB=0.00671526;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109691;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr7 99227172 . A G 1139.03 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00271929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0953;QD=59.1704;RBI=0.00708737;REFB=-0.0782524;REVB=-0.00654494;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011684;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00144453;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:0:1:40:36:0:1 chr7 99361626 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00934624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.725;QD=17.0892;RBI=0.0210837;REFB=-0.00655072;REVB=-0.0188989;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422594;STB=0.523791;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00735148;OID=.;OPOS=99361626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:10:18:15:10:10:18 chr7 99445132 . C T 829.28 PASS AF=0.527027;AO=74;DP=144;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0110146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.87;QD=22.4129;RBI=0.0135355;REFB=-0.00840309;REVB=0.00786682;RO=70;SAF=42;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172309;STB=0.584459;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00905651;OID=.;OPOS=99445132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:70:70:74:78:0.527027:32:42:26:44:35:43:26:44 chr7 99474427 . A G 223.68 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00942251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.995;QD=22.9415;RBI=0.0141353;REFB=-0.0301712;REVB=0.0105367;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0191924;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:20:20:0.512821:11:9:7:10:11:9:7:10 chr7 99500899 . T C 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0134576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4415;QD=15.237;RBI=0.0279367;REFB=0.00154985;REVB=-0.0244817;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291307;STB=0.656968;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00324009;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:18:10:23:12:18:10:23:13 chr7 99500911 . A G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00315456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.878;QD=15.5754;RBI=0.00808971;REFB=-0.0110094;REVB=0.00744931;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345143;STB=0.695191;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0122175;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:21:10:17:8:21:10 chr7 99564906 . G A 138.86 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0289939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3177;QD=19.8368;RBI=0.0732744;REFB=0.0275255;REVB=0.067294;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0244911;OID=.;OPOS=99564906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:6:7:8:7:6:7 chr7 99569394 . G A 392.05 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00848005;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.667;QD=12.1566;RBI=0.0175089;REFB=-0.0106772;REVB=-0.0153183;RO=80;SAF=28;SAR=19;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518258;STB=0.530613;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0201396;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:82:47:47:0.364341:19:28:44:36:19:28:45:37 chr7 99578411 . T C 117.67 PASS AF=0.173228;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00875059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.755;QD=3.70599;RBI=0.0288029;REFB=0.000206982;REVB=-0.0274414;RO=104;SAF=10;SAR=12;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334969;STB=0.517969;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00133381;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:104:105:22:22:0.173228:12:10:50:54:12:10:50:55 chr7 99580907 . C G 211.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0144336;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.543;QD=14.119;RBI=0.0148359;REFB=-0.00175984;REVB=-0.0034315;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245361;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00122193;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:14:21:9:16:14:21 chr7 99584267 . G A 49.66 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0118695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.187;QD=15.281;RBI=0.018665;REFB=-0.00464836;REVB=-0.0144047;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00278712;OID=.;OPOS=99584267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:12:13:4:5:5:6:0.461538:2:3:3:1:3:3:3:2 chr7 99662511 . GTAGTTA GT,GTA 327.48 PASS AF=0,1;AO=3,20;DP=24;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269692,0.0458691;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=223.001,244.047;QD=54.5806;RBI=0.0411506,0.0546625;REFB=0,0;REVB=0.0310811,0.0297323;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000193246;OID=.,.;OPOS=99662513,99662512;OREF=AGTTA,TAGT;OALT=-,-;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,20:24:0,24:24:0:0,7:0,17:0:0:4:0:3,3:0,17:0:0 chr7 99696797 . T C 685.98 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0246011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.694;QD=58.381;RBI=0.0264328;REFB=-0.0163839;REVB=0.00966843;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00830737;STB=0.504423;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=8.65819e-05;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:1:1:27:18:1:1 chr7 99711040 . G A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9019;QD=49.5936;RBI=0.0272358;REFB=0;REVB=0.025932;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372212;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr7 99747130 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000564203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.863;QD=56.9569;RBI=0.0119368;REFB=0;REVB=0.0119234;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51082e-05;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 99751281 . G T 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8509;QD=44.6802;RBI=0.0224922;REFB=0;REVB=0.0157362;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54626e-05;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr7 99753604 . C T 545.27 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.706;QD=57.3973;RBI=0.0214076;REFB=-0.035332;REVB=-0.020533;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000278868;OID=.;OPOS=99753604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:1:0 chr7 99757612 . G A 475.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213244;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.314;QD=55.9905;RBI=0.0640374;REFB=-0.0841973;REVB=0.0603826;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00130609;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr7 99758136 . T G 429.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.9;QD=57.2681;RBI=0.0343476;REFB=0;REVB=0.0182876;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247642;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr7 99772298 . A C 865.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.043;QD=57.6712;RBI=0.0606986;REFB=0;REVB=0.0369589;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06171e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:36:19:0:0:37:23:0:0 chr7 99796146 . A C 1405.72 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.809;QD=61.7899;RBI=0.0407708;REFB=0;REVB=-0.0108024;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457454;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:91:0:0:85:91:1:49:36:0:0:50:41:0:0 chr7 99799845 . T A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.78;QD=60.2038;RBI=0.0256884;REFB=0;REVB=0.0202737;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04262e-05;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr7 100175473 . T C 87.77 PASS AF=0.4;AO=8;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00713883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=11.7021;RBI=0.00930113;REFB=-0.0224953;REVB=0.00596222;RO=18;SAF=8;SAR=0;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717036;STB=0.603257;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0459258;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:30:18:18:8:12:0.4:0:8:13:5:2:10:13:5 chr7 100212754 . C T 296.44 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0126989;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.276;QD=25.2293;RBI=0.0138905;REFB=-0.0028753;REVB=0.00562893;RO=20;SAF=6;SAR=20;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346942;STB=0.533874;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00154076;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:26:27:0.574468:20:6:4:16:20:7:4:16 chr7 100225031 . G A 66.66 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0727594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5912;QD=12.1205;RBI=0.0924113;REFB=-0.00369804;REVB=0.056973;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313669;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0172723;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:13:13:8:9:0.409091:6:2:7:6:7:2:7:6 chr7 100278657 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.789;QD=55.656;RBI=0.0656309;REFB=0;REVB=0.0389838;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081117;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 100285476 . C T 89.59 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0338712;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.736;QD=12.357;RBI=0.0352778;REFB=-0.00948663;REVB=0.00986227;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496308;STB=0.790222;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0098258;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:4:14:3:8:4:14 chr7 100348384 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.032437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.917;QD=20.1562;RBI=0.0414031;REFB=0.0137621;REVB=-0.0257305;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208437;STB=0.616025;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0111891;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:17:11:16:9:17:11:16:9 chr7 100371358 . G A 104.83 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0144203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.469;QD=10.7516;RBI=0.0443256;REFB=-0.0180373;REVB=0.0419144;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10651;STB=0.563016;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0319007;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:20:6:4:9:20:6 chr7 100371474 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0626066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.996;QD=16.6269;RBI=0.064173;REFB=0.0115872;REVB=0.014092;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00285066;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:8:6:7:6:8:6 chr7 100371476 . T TG 92.12 PASS AF=0.52;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.015313;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=209.699;QD=14.7387;RBI=0.0153856;REFB=-0.0287734;REVB=-0.00149322;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=ins;VARB=0.0236227;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:12:27:13:25:12:6:7:6:6:80:14:6:6:8:6 chr7 100373077 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0096521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3985;QD=17.8402;RBI=0.0103551;REFB=-0.0367716;REVB=0.00375029;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351112;STB=0.703172;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0221324;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:8:6:11:3:8:6 chr7 100373367 . G C 225.05 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00965352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.708;QD=20.0047;RBI=0.0152306;REFB=-0.0216848;REVB=-0.0117805;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226186;STB=0.622645;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0249542;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:12:9:15:7:13:9:15:8 chr7 100386900 . T C 225.54 PASS AF=0.397059;AO=25;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0149645;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.289;QD=13.2672;RBI=0.0157673;REFB=-0.0168692;REVB=-0.00496704;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187746;STB=0.629534;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0226735;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:41:25:27:0.397059:10:15:16:22:10:17:17:24 chr7 100391644 . T C 1577.28 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000199703;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.242;QD=59.5202;RBI=0.000275144;REFB=0;REVB=0.000189271;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000814235;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:54:50:0:0:55:51:0:0 chr7 100395003 . G C 206.05 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0206128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.21;QD=17.9175;RBI=0.0214507;REFB=7.26122e-05;REVB=0.00593671;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347428;STB=0.519732;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00136924;OID=.;OPOS=100395003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:14:11:10:11:14:11 chr7 100411278 . T C 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9939;QD=63.8654;RBI=0.0139189;REFB=0;REVB=0.00861634;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12692e-05;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr7 100416139 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0408403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.945;QD=19.3439;RBI=0.0434338;REFB=-0.0328157;REVB=0.0147837;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352006;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:5:13:13:5:5:13 chr7 100416250 . A G 1162.8 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0327624;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.029;QD=59.6309;RBI=0.0329256;REFB=-0.146087;REVB=0.00327373;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000852788;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:77:77:0.987179:37:40:0:0:37:40:0:1 chr7 100420155 . A G 278.31 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00279906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.575;QD=23.6856;RBI=0.0180939;REFB=-0.0148524;REVB=0.0178761;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127528;STB=0.545419;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0124488;OID=.;OPOS=100420155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:21:24:26:0.553191:9:15:10:11:11:15:10:11 chr7 100424586 . CG C,CC 867.32 PASS AF=0.0655738,0.934426;AO=9,49;DP=58;FAO=4,57;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=4,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726599,0.0713548;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.22,221.152;QD=56.8737;RBI=0.0728015,0.0714626;REFB=0,0;REVB=-0.00453718,-0.00392399;RO=0;SAF=6,7;SAR=3,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00489148,0.00237483;OID=.,.;OPOS=100424587,100424587;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0655738,0.934426:9,49:58:4,57:61:0:0,14:4,43:0:0:12:0:6,7:3,42:0:0 chr7 100458795 . T C 1877.81 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.379;QD=61.5674;RBI=0.012179;REFB=0;REVB=0.0118546;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3319e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:50:72:0:0:50:72:0:0 chr7 100465761 . C CG 75.79 PASS AF=0.208955;AO=34;DP=136;FAO=28;FDP=134;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0529997;FXX=0.00740686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.1269;QD=2.26241;RBI=0.0558844;REFB=-0.0318551;REVB=-0.0177227;RO=100;SAF=26;SAR=8;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3606;STB=0.70223;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.192307;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208955:34:136:28:134:106:21:7:54:52:75:100:26:8:49:51 chr7 100466441 . G A 2513.58 PASS AF=0.97093;AO=167;DP=172;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0268678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.513;QD=58.4555;RBI=0.0365107;REFB=-0.0911619;REVB=0.0247215;RO=3;SAF=60;SAR=107;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131545;STB=0.505042;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000386602;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:172:172:3:5:167:167:0.97093:107:60:0:3:107:60:1:4 chr7 100468284 . A G 1305.42 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316234;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7146;QD=62.1628;RBI=0.0398416;REFB=0;REVB=-0.0242345;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258419;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr7 100482026 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7817;QD=55.6466;RBI=0.0522659;REFB=0;REVB=-0.0435985;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178302;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 100486656 . T G 357.45 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0335;QD=54.9926;RBI=0.0279256;REFB=0;REVB=0.0234575;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123635;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr7 100494222 . G GC 1962.45 PASS AF=1;AO=152;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1858;QD=49.3699;RBI=0.0626654;REFB=0;REVB=0.0521546;RO=3;SAF=88;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000145524;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:152:160:159:159:0:90:69:0:0:35:3:88:64:1:2 chr7 100549573 . G T 67.46 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0193456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2841;QD=4.65266;RBI=0.0239268;REFB=-0.0186567;REVB=-0.0140797;RO=47;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346315;STB=0.72686;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0352225;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:3:8:21:26:3:8:21:26 chr7 100549583 . G A 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0426654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.181;QD=4.90477;RBI=0.0426701;REFB=-0.0102851;REVB=0.000636506;RO=43;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315353;STB=0.707453;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0423383;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:3:7:19:24:3:7:19:24 chr7 100549592 . TT AA 85.09 PASS AF=0.22807;AO=12;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.013491;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.05;QD=5.97126;RBI=0.0297331;REFB=-0.00261985;REVB=0.0264962;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303368;STB=0.699427;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.00787406;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:41:44:12:13:0.22807:4:8:17:24:4:9:19:25 chr7 100549650 . A G 343.17 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0152668;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.221;QD=15.9614;RBI=0.0246898;REFB=-0.0297312;REVB=0.0194039;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116949;STB=0.560477;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0326204;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:15:22:23:25:15:22:24:25 chr7 100549697 . A G 489.04 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00449276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.683;QD=19.5615;RBI=0.00672522;REFB=-0.0271519;REVB=0.00500437;RO=52;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195067;STB=0.510838;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0510475;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:25:23:26:26:25:23:26:26 chr7 100549703 . C T 476.8 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0237665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.346;QD=19.4614;RBI=0.0237797;REFB=-0.0266774;REVB=-0.000793337;RO=51;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319384;STB=0.511532;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0499169;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:46:47:0.479592:25:21:25:26:25:22:25:26 chr7 100549787 . CA TG 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00557275;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.628;QD=12.3465;RBI=0.011623;REFB=0.00234404;REVB=-0.0101999;RO=47;SAF=7;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172323;STB=0.599924;STBP=0.209;TYPE=mnp;VARB=-0.00422036;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:21:7:18:29:21:7:18:29 chr7 100549840 . C T 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.012336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.514;QD=5.82261;RBI=0.0153051;REFB=-2.34438e-06;REVB=0.00905921;RO=45;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33485;STB=0.705155;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-1.10043e-05;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:6:7:12:33:6:7:12:33 chr7 100549873 . G A 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0549295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.69;QD=7.47194;RBI=0.0557685;REFB=-0.00910091;REVB=0.00963695;RO=32;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348076;STB=0.717549;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0129673;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:3:8:14:18:3:8:14:18 chr7 100549884 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0196612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.417;QD=6.48178;RBI=0.0289738;REFB=-0.00476047;REVB=-0.0212819;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360993;STB=0.728065;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00377943;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:13:20:3:7:13:20 chr7 100549894 . T C 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00838056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.436;QD=4.92228;RBI=0.0201513;REFB=-0.00400144;REVB=-0.018326;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573633;STB=0.879308;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.014403;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:1:7:13:20:1:7:13:20 chr7 100549896 . G C 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0183523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.361;QD=4.92095;RBI=0.0437908;REFB=-0.00422739;REVB=-0.0397596;RO=32;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565571;STB=0.879308;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0108606;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:1:7:13:19:1:7:13:20 chr7 100549902 . C T 69.69 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00326098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.524;QD=6.48237;RBI=0.0508752;REFB=-0.023469;REVB=0.0507705;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483686;STB=0.806734;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0283233;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:13:20:2:8:13:20 chr7 100549914 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0156784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.487;QD=6.48197;RBI=0.0159382;REFB=-0.00951375;REVB=-0.00286564;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498902;STB=0.806734;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0331544;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:2:8:12:20:2:8:13:20 chr7 100549935 . T G 89.72 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0178256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.441;QD=7.63572;RBI=0.0222088;REFB=-0.0163076;REVB=0.0132469;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404881;STB=0.711991;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0517302;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:34:35:11:12:0.255319:3:8:13:21:4:8:13:22 chr7 100549942 . T C 96.39 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00793474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.594;QD=8.20337;RBI=0.00820976;REFB=-0.0113652;REVB=-0.00210715;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331547;STB=0.718523;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0327916;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:46:47:34:34:12:13:0.276596:4:8:13:21:4:9:13:21 chr7 100549979 . C T 104.81 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0454989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.333;QD=10.7495;RBI=0.0554547;REFB=-0.0275126;REVB=0.0317029;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224025;STB=0.63464;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0570419;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:13:13:4:9:13:13 chr7 100550032 . C CCCT 62.14 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0364483;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=236.383;QD=7.53183;RBI=0.0389035;REFB=-0.0187574;REVB=-0.0136016;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242969;STB=0.624716;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.0604215;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:35:9:33:24:3:6:12:12:62:26:3:6:14:12 chr7 100550079 . A C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0348237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.346;QD=5.90506;RBI=0.0363946;REFB=-0.00779292;REVB=-0.010577;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289654;STB=0.715857;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0288257;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:25:27:8:8:0.228571:6:2:12:13:6:2:14:13 chr7 100550133 . A G 252.15 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0360219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.76;QD=17.095;RBI=0.0525422;REFB=-0.0310508;REVB=0.0382505;RO=31;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877652;STB=0.555514;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0546185;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:21:6:9:22:22:6:9:22 chr7 100550138 . C T 255.71 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00419847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.287;QD=17.9447;RBI=0.0076296;REFB=-0.0267579;REVB=-0.00637053;RO=29;SAF=6;SAR=22;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355944;STB=0.519985;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0213817;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:22:6:7:22:22:6:7:22 chr7 100550184 . C A 176.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00697976;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4768;QD=11.9826;RBI=0.0212408;REFB=0.0172003;REVB=-0.0200612;RO=33;SAF=1;SAR=21;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420702;STB=0.766785;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0312881;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:33:37:22:22:0.372881:21:1:6:27:21:1:7:30 chr7 100550191 . C T 157.17 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=40;FWDB=-0.00610407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.053;QD=9.67218;RBI=0.00630604;REFB=-0.010148;REVB=0.00158319;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366157;STB=0.710381;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0266806;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:14:7:4:39:14:7:4:40 chr7 100551502 . A C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0121393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.483;QD=7.79846;RBI=0.0228961;REFB=-0.0175069;REVB=-0.0194132;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381968;STB=0.511602;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0444834;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:6:3:8:14:6:3:8:15 chr7 100551516 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0254165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.154;QD=3.64934;RBI=0.0254243;REFB=-0.00431457;REVB=-0.000628618;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689729;STB=0.548853;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0260664;OID=.;OPOS=100551516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:12:19:4:2:12:19 chr7 100551565 . AT GC 116.46 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000285801;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.036;QD=10.3522;RBI=0.0329237;REFB=0.000443395;REVB=0.0329224;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638956;STB=0.538406;STBP=0.728;TYPE=mnp;VARB=-0.000626461;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:15:16:8:6:15:16 chr7 100551578 . T G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0189561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4692;QD=9.21777;RBI=0.0351028;REFB=-0.000124874;REVB=0.0295445;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119611;STB=0.571675;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00141764;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:20:17:9:7:20:17 chr7 100551626 . T C 152.86 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00961127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.78;QD=7.10981;RBI=0.0221791;REFB=-0.00132951;REVB=-0.0199884;RO=63;SAF=10;SAR=12;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161352;STB=0.602419;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0131982;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:64:22:22:0.255814:12:10:37:26:12:10:38:26 chr7 100551637 . C CCAA 85.7 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=89;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00550316;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=3;MLLD=218.552;QD=4.08072;RBI=0.00899229;REFB=-0.0085654;REVB=0.00711171;RO=74;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330906;STB=0.768657;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0290935;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571:10:89:15:84:69:4:11:42:27:85:74:3:7:43:31 chr7 100551646 . A G 123.96 PASS AF=0.215909;AO=18;DP=90;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0178502;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3804;QD=5.63473;RBI=0.0199876;REFB=0.000763927;REVB=-0.00899301;RO=63;SAF=5;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296089;STB=0.684017;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00217242;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:63:69:18:19:0.215909:13:5:32:31:13:6:38:31 chr7 100551662 . C T 153.04 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0450332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.611;QD=7.11826;RBI=0.0457992;REFB=-0.000604079;REVB=-0.00834128;RO=64;SAF=10;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131727;STB=0.57976;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00261647;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:12:10:36:28:12:10:36:28 chr7 100551666 . A T 155.49 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0183123;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.641;QD=7.49336;RBI=0.0319226;REFB=-0.0110155;REVB=-0.026148;RO=60;SAF=11;SAR=11;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404588;STB=0.530093;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.02883;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:61:22:22:0.26506:11:11:32:28:11:11:33:28 chr7 100551687 . T C 126.0 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0188194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.647;QD=6.46146;RBI=0.0188243;REFB=-0.00886202;REVB=0.000428437;RO=58;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745618;STB=0.591302;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0371207;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:58:59:19:19:0.24359:10:9:31:27:11:8:32:27 chr7 100551692 . C T 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.012033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.366;QD=6.99325;RBI=0.0320243;REFB=-0.00452486;REVB=-0.0296776;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434076;STB=0.525615;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00528179;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:58:20:20:0.25641:10:10:30:26:10:10:31:27 chr7 100551711 . T C 192.99 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0524057;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5202;QD=9.77144;RBI=0.052439;REFB=0.00162128;REVB=-0.00186784;RO=52;SAF=10;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202539;STB=0.629898;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00869529;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:52:54:25:25:0.316456:15:10:30:22:15:10:32:22 chr7 100551719 . C T 133.51 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00372133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.022;QD=6.43422;RBI=0.014335;REFB=-0.00265299;REVB=0.0138436;RO=62;SAF=9;SAR=11;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140459;STB=0.591308;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0108312;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:63:20:20:0.240964:11:9:35:27:11:9:36:27 chr7 100551729 . C T 132.98 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.000425167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.467;QD=6.33227;RBI=0.0126914;REFB=0.002602;REVB=0.0126843;RO=64;SAF=9;SAR=11;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157605;STB=0.596603;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00481285;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:64:20:20:0.238095:11:9:37:27:11:9:37:27 chr7 100551773 . C A 148.58 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0129432;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.317;QD=9.43345;RBI=0.019242;REFB=-0.0118587;REVB=-0.0142383;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214125;STB=0.619603;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0309337;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:43:20:20:0.31746:11:9:28:16:11:9:27:16 chr7 100551778 . G A 124.05 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0431799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8232;QD=7.51832;RBI=0.0436591;REFB=-0.00879958;REVB=-0.00645095;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103903;STB=0.575675;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0293621;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:46:48:18:18:0.272727:9:9:27:19:9:9:29:19 chr7 100551793 . G T 104.92 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0700045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3297;QD=6.45675;RBI=0.0708306;REFB=-0.0061888;REVB=0.010786;RO=48;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104413;STB=0.57303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0172668;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:6:10:26:22:6:10:26:23 chr7 100551842 . CT TC 176.13 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0353421;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.6881;QD=9.52055;RBI=0.050726;REFB=-0.0357809;REVB=-0.0363877;RO=50;SAF=16;SAR=7;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215552;STB=0.635114;STBP=0.155;TYPE=mnp;VARB=0.00874083;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:50:51:23:23:0.310811:7:16:26:24:7:16:26:25 chr7 100551849 . A T 215.7 PASS AF=0.307692;AO=25;DP=88;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00237685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.049;QD=9.48112;RBI=0.00557729;REFB=-0.0180566;REVB=-0.00504546;RO=63;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062826;STB=0.569782;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0317828;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:63:63:25:28:0.307692:11:14:32:31:11:17:32:31 chr7 100552018 . T G 197.09 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0207835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0468;QD=10.9496;RBI=0.0239404;REFB=-0.0184798;REVB=0.0118821;RO=46;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889518;STB=0.545418;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0513566;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:10:15:24:22:10:15:25:22 chr7 100552020 . C T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0050776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.731;QD=12.3071;RBI=0.0067848;REFB=-0.0187595;REVB=-0.00450016;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12233;STB=0.570495;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0256308;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:10:15:20:21:10:15:20:21 chr7 100552044 . T G 185.43 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0206586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0343;QD=13.7356;RBI=0.0520887;REFB=-0.0188753;REVB=0.0478169;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159446;STB=0.583256;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0270642;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:8:14:15:16:8:14:16:16 chr7 100552094 . G C 245.16 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0872212;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6322;QD=22.2875;RBI=0.0910947;REFB=0.0131097;REVB=-0.0262813;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141031;STB=0.569662;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.016566;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:21:23:23:0.522727:12:11:7:15:12:11:7:14 chr7 100552117 . G T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0310697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.906;QD=20.2743;RBI=0.0416441;REFB=-0.0505292;REVB=-0.0277292;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17163;STB=0.596182;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.038114;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:7:17:12:11:7:17 chr7 100552135 . T C 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00427548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1664;QD=17.2872;RBI=0.0530296;REFB=8.82113e-05;REVB=-0.052857;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659276;STB=0.536889;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00129324;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:11:22:18:12:11:22 chr7 100552251 . T C 250.45 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00518885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.784;QD=12.0698;RBI=0.0055069;REFB=-0.00967509;REVB=-0.00184439;RO=51;SAF=5;SAR=24;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294429;STB=0.68292;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0238396;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:53:29:30:0.361446:24:5:19:32:25:5:20:33 chr7 100552311 . C T 521.44 PASS AF=0.75;AO=45;DP=60;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0701791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.64;QD=34.7628;RBI=0.0701807;REFB=-0.00203479;REVB=0.000476213;RO=15;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168986;STB=0.590326;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000713026;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:15:15:45:45:0.75:34:11:0:15:34:11:0:15 chr7 100552338 . C T 219.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0464954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.365;QD=17.5888;RBI=0.0466194;REFB=-0.0111653;REVB=-0.00339795;RO=26;SAF=1;SAR=21;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421537;STB=0.740876;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0111886;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:21:1:5:21:21:1:5:23 chr7 100552358 . C G 192.37 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00444865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.832;QD=16.0305;RBI=0.0106069;REFB=-0.0165364;REVB=-0.00962895;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296238;STB=0.674786;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0440333;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:18:2:7:21:18:2:7:21 chr7 100552371 . C G 154.87 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00421426;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.663;QD=14.0786;RBI=0.0297122;REFB=-0.0104164;REVB=0.0294118;RO=27;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531252;STB=0.824224;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0248407;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:16:1:9:18:16:1:9:18 chr7 100552384 . A G 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0135349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8017;QD=18.0327;RBI=0.0178973;REFB=-0.0031065;REVB=0.0117097;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285743;STB=0.664855;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00395482;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:18:4:11:16:18:4:11:16 chr7 100552390 . T C 168.63 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00911846;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9766;QD=15.3301;RBI=0.0139488;REFB=-0.00771541;REVB=0.0105557;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183322;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0118354;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:26:18:18:0.409091:13:5:11:14:13:5:11:15 chr7 100552412 . T C 139.49 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0106727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.141;QD=12.3993;RBI=0.0308676;REFB=0.00202842;REVB=-0.0289638;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158041;STB=0.593102;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00377512;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:15:14:10:6:15:14 chr7 100552435 . TC AT 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00648524;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.462;QD=14.3344;RBI=0.0204562;REFB=-0.0187512;REVB=0.019401;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131742;STB=0.57609;STBP=0.424;TYPE=mnp;VARB=0.0198379;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:17:9:8:9:17:9 chr7 100552440 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00296169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.945;QD=16.0426;RBI=0.00634719;REFB=-0.0119288;REVB=0.00561385;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130074;STB=0.574392;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0134668;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:17:9:9:10:17:9 chr7 100552452 . T C 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0100188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.967;QD=6.14784;RBI=0.0446429;REFB=-0.00788605;REVB=-0.0435042;RO=35;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218553;STB=0.64336;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0275093;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:2:8:23:12:2:8:23:12 chr7 100552535 . GT AC 302.49 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0306885;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.572;QD=17.5354;RBI=0.0306972;REFB=-0.00292636;REVB=-0.000731354;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676315;STB=0.562461;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.00311748;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:36:32:33:0.478261:11:21:20:14:11:22:20:16 chr7 100552549 . CT AC 350.18 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0238948;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=2;MLLD=168.616;QD=20.3001;RBI=0.0250818;REFB=-0.0116741;REVB=-0.00762446;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102778;STB=0.561886;STBP=0.332;TYPE=mnp;VARB=0.0159807;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:35:36:0.521739:13:22:17:16:13:23:17:16 chr7 100552657 . A G 96.42 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0716513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0195;QD=12.8562;RBI=0.0739572;REFB=-0.00132446;REVB=0.0183239;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415119;STB=0.707117;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000622122;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:17:17:11:13:0.433333:10:1:0:17:12:1:0:17 chr7 100552659 . T C 98.47 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0147107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.845;QD=14.0674;RBI=0.0236283;REFB=-0.0128103;REVB=0.0184904;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381387;STB=0.710308;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0319372;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:0:16:11:1:0:16 chr7 100552675 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0635571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.385;QD=8.6911;RBI=0.0665337;REFB=-0.0211428;REVB=0.019678;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490452;STB=0.773846;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0503585;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:0:17:7:1:0:17 chr7 100552711 . T A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.030876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.31;QD=5.95754;RBI=0.0355959;REFB=-0.0222028;REVB=-0.0177127;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261347;STB=0.666173;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0411622;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:5:13:3:3:5:13 chr7 100552713 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.031337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1046;QD=5.95618;RBI=0.04404;REFB=-0.017424;REVB=-0.0309438;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261347;STB=0.666173;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0349493;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:5:13:3:3:5:13 chr7 100552727 . G C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0128548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.571;QD=5.37736;RBI=0.0232778;REFB=-0.00709774;REVB=-0.0194064;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324794;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0281363;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:11:14:2:5:11:14 chr7 100552738 . CA TG 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00628787;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.778;QD=7.25974;RBI=0.0112967;REFB=-0.0134688;REVB=-0.00938503;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18748;STB=0.618537;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=0.0396509;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:16:13:3:7:16:13 chr7 100552915 . A C 1676.25 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.085;QD=60.4055;RBI=0.00649808;REFB=0;REVB=-0.00573605;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51383e-06;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:59:51:0:0:60:51:0:0 chr7 100552978 . T C 235.78 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00496121;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.019;QD=13.8694;RBI=0.00746619;REFB=-0.0120072;REVB=-0.00557945;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169503;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:40:27:28:0.411765:14:13:19:18:14:14:20:20 chr7 100552984 . T C 315.0 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0231381;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5895;QD=17.2603;RBI=0.0513198;REFB=-0.0163334;REVB=0.0458078;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804844;STB=0.522567;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0316708;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:20:18:18:16:20:19 chr7 100553002 . A G 285.83 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00817908;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.714;QD=17.8646;RBI=0.0195348;REFB=-0.0117827;REVB=-0.0177401;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014659;STB=0.500504;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0144863;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:33:31:31:0.484375:15:16:16:16:15:16:17:16 chr7 100607851 . C G 428.35 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0105807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.442;QD=21.1531;RBI=0.010665;REFB=-0.00306094;REVB=0.00133842;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410959;STB=0.52746;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00377127;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:42:43:0.530864:23:19:19:19:24:19:19:19 chr7 100607871 . C T 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0131637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.044;QD=20.5619;RBI=0.0222366;REFB=-0.0214865;REVB=0.0179217;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0168693;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:16:15:17:18:16:15 chr7 100608370 . A C 332.1 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.000552856;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.383;QD=16.0049;RBI=0.0156969;REFB=-0.0127973;REVB=-0.0156872;RO=47;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098971;STB=0.555526;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0153155;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:22:14:14:33:22:14:14:33 chr7 100608375 . G A 332.38 PASS AF=0.433735;AO=37;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0296665;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.758;QD=16.0185;RBI=0.0296881;REFB=-0.00145712;REVB=0.00113184;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874592;STB=0.555526;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00360923;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:37:36:0.433735:23:14:14:33:22:14:14:33 chr7 100608823 . G T 296.61 PASS AF=0.44;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00353993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.507;QD=15.8192;RBI=0.010657;REFB=-0.0362445;REVB=0.0100519;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877038;STB=0.535088;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.021595;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:40:42:33:33:0.44:16:17:17:23:16:17:19:23 chr7 100608826 . C G 254.71 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0737793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.04;QD=13.7681;RBI=0.0868233;REFB=-0.064744;REVB=0.0457701;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206287;STB=0.528624;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0977534;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:41:41:31:33:0.445946:16:15:19:22:16:17:19:22 chr7 100608868 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00426393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.62;QD=15.5772;RBI=0.0235185;REFB=-0.0154619;REVB=-0.0231288;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.022607;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:15:15:11:13:15:15 chr7 100608884 . G A 205.07 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0271941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4195;QD=16.4057;RBI=0.0371741;REFB=-0.0387882;REVB=0.0253455;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554376;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0343564;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:15:14:9:12:15:14 chr7 100610069 . C T 553.07 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0147378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.644;QD=33.0193;RBI=0.0147603;REFB=-0.00555158;REVB=-0.000814549;RO=19;SAF=20;SAR=28;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236757;STB=0.501278;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00224073;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:28:20:8:11:28:20:8:11 chr7 100612898 . T C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.010775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.002;QD=10.1679;RBI=0.011036;REFB=-0.00078921;REVB=-0.00238598;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283431;STB=0.63956;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00151742;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:38:19:19:0.333333:12:7:22:13:12:7:22:16 chr7 100612945 . C T 121.06 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00507531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.181;QD=8.49571;RBI=0.00537029;REFB=-0.00689995;REVB=-0.00175533;RO=40;SAF=4;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452498;STB=0.770645;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00921916;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:13:4:25:15:13:4:25:15 chr7 100612952 . G A 107.36 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0126217;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.565;QD=8.76387;RBI=0.0202203;REFB=-0.0071268;REVB=0.0157972;RO=35;SAF=3;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411849;STB=0.763961;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0348332;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:35:13:14:0.285714:10:3:20:15:11:3:20:15 chr7 100612955 . A ACTG,G 115.91 PASS AF=0.244898,0.0612245;AO=12,3;DP=49;FAO=12,3;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=3,0;FSAR=9,3;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0155226,-0.071169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=228.826,122.655;QD=9.46169;RBI=0.0164822,0.0717773;REFB=-0.00203497,0.00242214;REVB=0.00554181,-0.00932519;RO=34;SAF=3,0;SAR=9,3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403064,-0.569328;STB=0.749583,0.996951;STBP=0.058,0.036;TYPE=ins,snp;VARB=0.00384603,0.00152595;OID=.,.;OPOS=100612956,100612955;OREF=-,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=ACTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:49:49:34:34:12,3:12,3:0.244898,0.0612245:9,3:3,0:20:14:9,3:3,0:20:14 chr7 100612961 . G C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0266931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3647;QD=11.2143;RBI=0.0307753;REFB=0.00243397;REVB=0.0153165;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490223;STB=0.792724;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0059055;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:13:3:20:13:13:3:20:13 chr7 100612969 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0153944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.202;QD=9.89855;RBI=0.0160659;REFB=-0.00751659;REVB=-0.00459622;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4337;STB=0.770305;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0157001;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:11:3:18:13:11:3:19:13 chr7 100615387 . C T 66.14 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0172033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2963;QD=5.08739;RBI=0.0175806;REFB=0.0050264;REVB=0.00362287;RO=42;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239211;STB=0.653568;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0294796;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:5:5:29:13:5:5:29:13 chr7 100624718 . G C 962.74 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0310805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1854;QD=55.811;RBI=0.116419;REFB=-0.0286753;REVB=0.112193;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644175;STB=0.50341;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00366755;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:2:2:67:67:0.971014:26:41:1:1:26:41:1:1 chr7 100634476 . C G 510.41 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0089;QD=58.332;RBI=0.129726;REFB=0;REVB=0.0735709;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359953;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:16:19:0:0 chr7 100634640 . T G 774.49 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0395654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.278;QD=48.4056;RBI=0.0455256;REFB=-0.0927547;REVB=0.0225201;RO=6;SAF=33;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784059;STB=0.541653;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00174155;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:64:64:6:6:58:58:0.90625:25:33:6:0:25:33:6:0 chr7 100634964 . C A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00801875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.348;QD=15.7844;RBI=0.0247544;REFB=0.00387573;REVB=0.0234196;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00607194;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr7 100635205 . C T 160.87 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00307201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.313;QD=7.07106;RBI=0.011069;REFB=-0.00859632;REVB=-0.0106342;RO=68;SAF=12;SAR=11;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866262;STB=0.505259;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0392222;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:11:12:35:33:11:12:35:33 chr7 100635375 . A C 323.64 PASS AF=0.72973;AO=25;DP=35;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0537758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.779;QD=34.9886;RBI=0.0539844;REFB=-0.00939347;REVB=0.00474123;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772752;STB=0.525648;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0042843;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:37:10:10:25:27:0.72973:16:9:5:5:16:11:5:5 chr7 100635591 . C A 462.92 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00190146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.849;QD=37.0333;RBI=0.0033305;REFB=-0.0315873;REVB=0.00273435;RO=14;SAF=9;SAR=27;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114726;STB=0.562464;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0139433;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:27:9:6:8:27:9:6:8 chr7 100635661 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.329;QD=63.8701;RBI=0.0351962;REFB=0;REVB=-0.00567825;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80242e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr7 100635679 . C G 615.1 PASS AF=0.819672;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0272329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.128;QD=40.3343;RBI=0.0507467;REFB=-0.0478815;REVB=0.0428206;RO=11;SAF=17;SAR=33;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422938;STB=0.522669;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0121656;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:11:11:50:50:0.819672:33:17:5:6:33:17:5:6 chr7 100635954 . A G 52.26 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0114915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7097;QD=6.74344;RBI=0.0124424;REFB=-0.00900058;REVB=-0.00477069;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993443;STB=0.521685;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0178911;OID=.;OPOS=100635954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:23:23:7:8:0.258065:4:3:8:15:5:3:8:15 chr7 100637338 . G C 145.15 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.113;QD=44.6614;RBI=0.0697167;REFB=0;REVB=-0.0395789;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277288;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr7 100637465 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6474;QD=35.5757;RBI=0.0957472;REFB=0;REVB=-0.0537767;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235276;OID=.;OPOS=100637465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr7 100638828 . C T 298.12 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0110004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3575;QD=20.9203;RBI=0.0369383;REFB=-0.019717;REVB=0.0352623;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579039;STB=0.53881;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0205326;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:26:31:31:0.54386:19:12:8:17:19:12:8:18 chr7 100638856 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6451;QD=60.0307;RBI=0.0258268;REFB=0;REVB=0.00879322;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268993;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr7 100639012 . C T 394.24 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.672;QD=56.3202;RBI=0.153111;REFB=0;REVB=0.0229134;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200659;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:17:11:0:0 chr7 100639040 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.598;QD=51.1846;RBI=0.0929272;REFB=0;REVB=0.0140641;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487833;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 100639049 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.632;QD=46.8472;RBI=0.0362447;REFB=0;REVB=0.0136397;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215795;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr7 100639054 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00691763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.859;QD=25.4671;RBI=0.010654;REFB=-0.0143656;REVB=0.00810275;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00441476;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:2:1:6:3:2:1 chr7 100639066 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.482;QD=42.1821;RBI=0.0672868;REFB=0;REVB=0.000907149;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106886;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr7 100643477 . A C 226.12 PASS AF=0.231293;AO=34;DP=148;FAO=34;FDP=147;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.00763704;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.331;QD=6.153;RBI=0.0120658;REFB=-0.00897695;REVB=-0.00934127;RO=111;SAF=15;SAR=19;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117994;STB=0.507893;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0263568;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:111:113:34:34:0.231293:19:15:50:61:19:15:51:62 chr7 100643843 . G A 73.69 PASS AF=0.2;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=40;FWDB=-0.0493961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.535;QD=4.91285;RBI=0.0578463;REFB=-0.00916325;REVB=-0.0301034;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522102;STB=0.766348;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0592294;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:57:60:45:48:12:12:0.2:6:6:5:40:6:6:8:40 chr7 100647819 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0109618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.516;QD=14.7986;RBI=0.0117759;REFB=-0.0521452;REVB=0.00430245;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716338;STB=0.542088;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0481361;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:3:10:9:2:3:10 chr7 100647875 . C A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00774707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.337;QD=17.4015;RBI=0.00811648;REFB=-0.00487998;REVB=0.00242078;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.622427;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00549078;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:4:9:11:2:4:9 chr7 100647920 . A C 105.81 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0536489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8578;QD=13.6524;RBI=0.0557872;REFB=-0.0238689;REVB=0.0152974;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179646;STB=0.536854;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0306123;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:18:12:13:0.419355:9:3:5:14:10:3:5:13 chr7 100648029 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.655;QD=54.5167;RBI=0.0144953;REFB=0;REVB=-0.012556;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216006;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 100648117 . C G 36.63 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0543858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.454;QD=7.32679;RBI=0.0582934;REFB=-0.0171943;REVB=-0.0209835;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157893;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0452365;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:9:5:3:3:9:5 chr7 100675976 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0170367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.086;QD=17.1565;RBI=0.0173098;REFB=-0.0106492;REVB=0.00306278;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0103865;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:10:10:10:7:10:10 chr7 100678086 . T C 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8717;QD=57.1738;RBI=0.00954643;REFB=0;REVB=0.00788547;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86891e-05;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 100679902 . A G 71.77 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0710325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6006;QD=10.6328;RBI=0.0946613;REFB=-0.0137024;REVB=-0.062571;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.594378;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0296544;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:15:17:7:9:0.333333:5:2:8:7:6:3:8:9 chr7 100681359 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0449794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1657;QD=15.8821;RBI=0.0542136;REFB=0.0118462;REVB=0.030265;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308745;STB=0.68252;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00589272;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:5:5:2:8:5:5 chr7 100681762 . A G 113.42 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0414013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.287;QD=15.6439;RBI=0.0478836;REFB=-0.0342391;REVB=0.0240577;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219892;STB=0.638091;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0565219;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:4:9:7:8:4:10:7:8 chr7 100682565 . T G 125.34 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00720651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.91;QD=17.9056;RBI=0.0389905;REFB=-0.0407588;REVB=0.0383187;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296863;OID=.;OPOS=100682565;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:14:12:14:0.5:4:8:10:4:4:10:10:4 chr7 100692680 . T G 362.49 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0126867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.03;QD=15.5908;RBI=0.0130883;REFB=-0.000578456;REVB=-0.00321719;RO=54;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112338;STB=0.548485;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00117796;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:53:39:40:0.430108:23:16:28:26:23:17:27:26 chr7 100701610 . T A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00489688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.584;QD=17.3782;RBI=0.00489998;REFB=-0.0120357;REVB=-0.000174193;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00805494;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:7:3:4:7:7:3 chr7 100731505 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0542723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.863;QD=21.1685;RBI=0.0681379;REFB=0.0155706;REVB=-0.0411982;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2378;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00654902;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:0:3:4:3:0:3 chr7 100731776 . C T 414.54 PASS AF=0.413793;AO=47;DP=118;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00737484;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.593;QD=14.2946;RBI=0.00755519;REFB=-0.0421582;REVB=-0.00164094;RO=67;SAF=28;SAR=19;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623184;STB=0.523451;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0524794;OID=.;OPOS=100731776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:67:68:47:48:0.413793:19:28:36:31:20:28:37:31 chr7 100731829 . T C 1011.69 PASS AF=0.564706;AO=94;DP=168;FAO=96;FDP=170;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0186038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.523;QD=23.8046;RBI=0.02255;REFB=-0.0341354;REVB=0.0127436;RO=72;SAF=35;SAR=59;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105448;STB=0.55553;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0292553;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:72:74:94:96:0.564706:59:35:36:36:61:35:36:38 chr7 100733100 . G A 83.27 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0677631;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5901;QD=18.5043;RBI=0.069417;REFB=-0.0198893;REVB=0.0150627;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382806;STB=0.744217;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.037413;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:9:8:10:10:0.555556:3:7:2:7:3:7:1:7 chr7 100804240 . T TACCTCC 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00284414;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=315.967;QD=22.1441;RBI=0.0102525;REFB=-0.0054597;REVB=-0.00985015;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736839;STB=0.541616;STBP=0.68;TYPE=ins;VARB=0.00304197;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:17:30:17:30:13:4:13:4:9:99:13:4:13:4:9 chr7 100817901 . A G 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.007168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.507;QD=14.3247;RBI=0.00762464;REFB=-0.00628425;REVB=0.00259902;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225895;STB=0.628209;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00780706;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:11:17:15:24:11:17:15:24 chr7 100845051 . C T 454.4 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0509463;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7416;QD=18.7381;RBI=0.0614131;REFB=-0.0255084;REVB=0.0342935;RO=50;SAF=29;SAR=16;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801673;STB=0.551986;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0252807;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:52:45:45:0.463918:16:29:36:14:16:29:38:14 chr7 100861213 . T C 39.94 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0318655;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.168;QD=10.6504;RBI=0.0336171;REFB=-0.000101127;REVB=0.0107097;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0011794;OID=.;OPOS=100861213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:8:9:6:6:0.4:3:3:3:5:3:3:4:5 chr7 100861452 . T C 511.9 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00197552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.581;QD=24.0893;RBI=0.0123741;REFB=-0.00274164;REVB=0.0122153;RO=37;SAF=26;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865852;STB=0.547483;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00216791;OID=.;OPOS=100861452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:48:48:0.564706:22:26:16:21:22:26:16:21 chr7 100875772 . T G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00350896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.226;QD=20.2081;RBI=0.00358701;REFB=-0.00507926;REVB=-0.000744204;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474842;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00347598;OID=.;OPOS=100875772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:6:4:6:7:6:4 chr7 101006376 . C T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0370116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.302;QD=13.911;RBI=0.0393197;REFB=-0.0213634;REVB=-0.0132731;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0325728;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:16:15:11:10:16:15 chr7 101006382 . C T 172.54 PASS AF=0.415094;AO=19;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0939625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1214;QD=13.0215;RBI=0.142837;REFB=-0.0227299;REVB=0.10758;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283973;STB=0.53605;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0388008;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:31:19:22:0.415094:10:9:16:16:12:10:16:15 chr7 101200669 . A AG 525.65 PASS AF=1;AO=47;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.394;QD=37.5467;RBI=0.112522;REFB=0;REVB=-0.0986139;RO=6;SAF=33;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.09435e-05;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:55:56:56:0:34:22:0:0:10:6:33:14:1:5 chr7 101200727 . G A 262.04 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0243306;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.987;QD=16.9056;RBI=0.0299794;REFB=-0.00870241;REVB=-0.0175153;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192832;STB=0.503368;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0139252;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:13:16:17:15:13:16:18:15 chr7 101256833 . T C 447.67 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00810555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.167;QD=21.0668;RBI=0.0137328;REFB=-0.0187889;REVB=0.0110856;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764263;STB=0.542208;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0190406;OID=.;OPOS=101256833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:21:23:25:16:21:23:25:16 chr7 101286843 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.939;QD=37.4877;RBI=0.120572;REFB=0;REVB=0.0320755;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366072;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr7 101892833 . C T 1066.09 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000591918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1195;QD=58.4156;RBI=0.00509969;REFB=-0.0906608;REVB=-0.00506522;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000824632;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:32:40:0:0:32:40:0:1 chr7 101893332 . G A 30.39 PASS AF=0.0810811;AO=8;DP=36;FAO=3;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00148658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.351;QD=3.28526;RBI=0.00734472;REFB=-0.00192511;REVB=-0.0071927;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596615;STB=0.652817;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.039567;OID=.;OPOS=101893332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:36:37:25:32:8:3:0.0810811:7:1:16:9:2:1:16:16 chr7 101916647 . A G 299.11 PASS AF=0.55102;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00518393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.608;QD=24.417;RBI=0.0223291;REFB=-0.0239263;REVB=-0.021719;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082682;STB=0.518445;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0152745;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:22:25:27:0.55102:8:17:13:9:10:17:13:9 chr7 101917521 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0149801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.089;QD=12.8677;RBI=0.0162005;REFB=-0.00415607;REVB=0.0061687;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599772;STB=0.853937;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0149969;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:10:1:9:6:10:1:9:7 chr7 101928495 . G C 320.85 PASS AF=0.55;AO=30;DP=57;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0654293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.026;QD=21.3899;RBI=0.0654538;REFB=-0.0408159;REVB=0.00179041;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101833;STB=0.571384;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0307745;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:27:27:30:33:0.55:11:19:14:13:11:22:14:13 chr7 102038153 . CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 149.71 PASS AF=0.230769,0.153846,0,0.615385;AO=3,2,4,4;DP=14;FAO=3,2,0,8;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0,6;FSAR=3,1,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691855,0.0238452,0.0436375,0.0726729;FXX=0.133244;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,6,5,4;MLLD=96.8235,86.2814,96.5582,112.032;QD=46.0647;RBI=0.122106,0.0450635,0.0471873,0.109146;REFB=0,0,0,0;REVB=0.100614,-0.0382378,-0.0179556,0.0814347;RO=0;SAF=0,1,4,2;SAR=3,1,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0195109,0.0936714,0,0.00639797;OID=.,.,.,.;OPOS=102038154,102038154,102038180,102038154;OREF=TGT,TGTGTG,TGTGT,TGTG;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.230769,0.153846,0,0.615385:3,2,4,4:14:3,2,0,8:13:0:0,1,0,6:3,1,0,2:0:0:14:0:0,1,4,2:3,1,0,2:0:0 chr7 102063527 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7322;QD=49.5983;RBI=0.0166766;REFB=0;REVB=0.0165833;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249425;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr7 102066539 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.597;QD=40.7629;RBI=0.0939886;REFB=0;REVB=0.0558288;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225269;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr7 102098010 . G A 669.98 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066882;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9559;QD=60.9073;RBI=0.0810637;REFB=0;REVB=0.0458052;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104158;OID=.;OPOS=102098010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:22:19:0:0:22:22:0:0 chr7 102106201 . G A 493.22 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.373;QD=51.9182;RBI=0.101225;REFB=0;REVB=0.00936271;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408097;OID=.;OPOS=102106201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:27:38:1:20:7:0:0:22:16:0:0 chr7 102108532 . G A 1590.56 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.892;QD=58.9096;RBI=0.0254139;REFB=0.0391639;REVB=0.0201737;RO=0;SAF=81;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.97633e-08;STB=0.503067;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-4.72721e-05;OID=.;OPOS=102108532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:26:81:0:0:26:81:1:0 chr7 102235769 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7515;QD=42.182;RBI=0.0313662;REFB=0;REVB=-0.016063;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr7 102319015 . G T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0226622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.772;QD=11.257;RBI=0.0564939;REFB=0.00856969;REVB=0.0517493;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444437;STB=0.749621;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0152168;OID=.;OPOS=102319015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:12:0:2:6:12:0 chr7 102389697 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0230758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.354;QD=13.6609;RBI=0.0237448;REFB=-0.0295921;REVB=-0.00559641;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980542;STB=0.557295;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0396458;OID=.;OPOS=102389697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:10:11:6:8:10:11 chr7 102389710 . A T 214.84 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0265266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.53;QD=21.4842;RBI=0.0759133;REFB=-0.0717168;REVB=-0.0711278;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425242;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0662192;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:19:21:21:0.525:10:11:8:9:10:11:8:11 chr7 102389833 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.503;QD=53.9109;RBI=0.0353626;REFB=0;REVB=0.0220971;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158166;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:10:10:0:0:10:14:0:0 chr7 102462636 . T C 379.44 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0268709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.84;QD=19.2122;RBI=0.0269778;REFB=-0.0144606;REVB=-0.00240018;RO=40;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18803;STB=0.604986;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00956695;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:27:12:20:20:27:12:20:20 chr7 102497902 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0114715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2864;QD=8.25475;RBI=0.0587305;REFB=-0.0187363;REVB=0.0575993;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367359;STB=0.721627;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0322459;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:10:2:3:3:10:2 chr7 102553603 . C G 461.52 PASS AF=0.412698;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0103926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7182;QD=14.6515;RBI=0.0791942;REFB=0.0230167;REVB=0.0785094;RO=75;SAF=20;SAR=31;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108848;STB=0.549421;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0325014;OID=.;OPOS=102553603;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:74:51:52:0.412698:31:20:37:38:31:21:36:38 chr7 102574920 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0160624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.565;QD=16.3859;RBI=0.0245945;REFB=-0.00793772;REVB=-0.018625;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00861525;OID=.;OPOS=102574920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr7 102668001 . A C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.573;QD=59.5371;RBI=0.0170282;REFB=-0.128056;REVB=0.00252541;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00143682;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr7 102740683 . G A 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00989351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.893;QD=61.5068;RBI=0.031993;REFB=-0.00693645;REVB=-0.0304248;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-6.5386e-06;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr7 102742144 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.192;QD=53.9112;RBI=0.0321748;REFB=0;REVB=0.0320527;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275297;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr7 102743893 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.249;QD=62.3475;RBI=0.0631028;REFB=0;REVB=0.00721811;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262725;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 102760511 . A C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00036353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.458;QD=17.3204;RBI=0.0110712;REFB=-0.0319379;REVB=0.0110653;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218222;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0305026;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:11:7:10:6:11:7 chr7 102769131 . G A 328.63 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0244659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.832;QD=18.0069;RBI=0.0274652;REFB=-0.0234991;REVB=-0.0124802;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237396;STB=0.632358;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0235508;OID=.;OPOS=102769131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:14:21:13:25:14:21:13:25 chr7 103007949 . A C 1114.19 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278971;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.756;QD=60.2264;RBI=0.0343242;REFB=0;REVB=0.0199976;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16962e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:33:41:0:0 chr7 103073964 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.011203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.297;QD=11.8145;RBI=0.0171596;REFB=-0.00032654;REVB=0.0129978;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583539;STB=0.845621;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00132325;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:16:7:11:2:16:7 chr7 103073979 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00415994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.659;QD=8.51174;RBI=0.00913449;REFB=-0.00329388;REVB=0.00813227;RO=24;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648824;STB=0.8992;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00829734;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:9:1:16:8:9:1:16:8 chr7 103073993 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00178523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.937;QD=9.13236;RBI=0.00768213;REFB=-0.0250972;REVB=-0.00747181;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668717;STB=0.909935;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0217914;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:9:1:15:6:9:1:16:6 chr7 103124785 . T C 168.54 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00401565;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.301;QD=12.9643;RBI=0.0045726;REFB=-0.0067723;REVB=0.00218706;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175547;STB=0.527317;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00857032;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:30:32:20:20:0.384615:11:9:13:17:11:9:13:19 chr7 103124788 . C T 173.48 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00572216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.364;QD=12.8504;RBI=0.017406;REFB=-0.0109978;REVB=-0.0164385;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613024;STB=0.521719;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0132753;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:11:9:13:20:12:9:13:20 chr7 103155705 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00394784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.909;QD=22.1885;RBI=0.00804778;REFB=0.00121858;REVB=-0.00701294;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.666496;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00125637;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:5:16:8:10:5:16:8:10 chr7 103244879 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00719116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.261;QD=16.4527;RBI=0.0138383;REFB=-0.0266314;REVB=-0.011823;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147654;STB=0.508301;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0266472;OID=.;OPOS=103244879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:20:20:16:17:20:20 chr7 103292112 . T G 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00577992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.058;QD=22.9115;RBI=0.0100765;REFB=-0.0167954;REVB=-0.00825398;RO=30;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1164;STB=0.564169;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00999986;OID=.;OPOS=103292112;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:25:14:15:15:25:14:15:15 chr7 103838221 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0219996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.574;QD=17.1002;RBI=0.02522;REFB=-0.0103573;REVB=-0.0123313;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917792;STB=0.552414;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00981066;OID=.;OPOS=103838221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:4:11:9:5:4:11 chr7 104263425 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.936;QD=46.8477;RBI=0.031118;REFB=0;REVB=0.0190681;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327663;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 104717517 . C T 199.41 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0156079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2438;QD=19.9405;RBI=0.0252447;REFB=-0.0355457;REVB=-0.0198416;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132146;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0347258;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:12:8:11:9:12:8 chr7 104785779 . T G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0123881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.681;QD=16.8839;RBI=0.012396;REFB=0.00366349;REVB=-0.000442957;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32801;STB=0.686515;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00220941;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:4:13:6:9:4:13 chr7 105621512 . G T 1175.63 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.674;QD=60.2886;RBI=0.0415333;REFB=0;REVB=0.0337167;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27309e-05;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:49:25:0:0:49:29:0:0 chr7 105848638 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00595766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.948;QD=16.4438;RBI=0.0210687;REFB=-0.00893032;REVB=-0.0202089;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300025;STB=0.672313;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00891157;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:11:16:6:14:11:16 chr7 105903904 . T C 930.36 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2696;QD=58.1475;RBI=0.0228417;REFB=0;REVB=0.0222087;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281444;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr7 105917482 . A G 174.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0300881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6419;QD=13.6954;RBI=0.0690159;REFB=-0.0112965;REVB=0.062112;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187376;STB=0.620128;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0241575;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:6:14:16:14:6:14:16:15 chr7 106300140 . C T 659.06 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.011575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5117;QD=29.6208;RBI=0.0141639;REFB=-0.00853373;REVB=-0.00816295;RO=32;SAF=30;SAR=27;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120577;STB=0.565348;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0042646;OID=.;OPOS=106300140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:27:30:11:21:27:30:11:21 chr7 106508978 . A G 2731.76 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3109;QD=62.4403;RBI=0.0278265;REFB=0;REVB=-0.000913023;RO=0;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90442e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:87:88:0:0:87:88:0:0 chr7 106508987 . T C 2912.67 PASS AF=1;AO=182;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592943;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9251;QD=63.3188;RBI=0.00877332;REFB=0;REVB=0.00646631;RO=0;SAF=94;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7769e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:182:184:1:88:94:0:0:89:95:0:0 chr7 106799997 . G A 95.78 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0171369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.58;QD=14.1903;RBI=0.0820681;REFB=-0.00612942;REVB=0.0802589;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264132;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0254162;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:27:14:15:11:12:0.444444:7:4:9:5:8:4:9:6 chr7 107002806 . A G 324.7 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00592152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.92;QD=14.5933;RBI=0.0335778;REFB=-0.00428693;REVB=-0.0330516;RO=53;SAF=19;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604292;STB=0.534236;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00900861;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:17:19:31:22:17:19:31:22 chr7 107188719 . G T 387.95 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0374764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9098;QD=21.2575;RBI=0.0755432;REFB=-0.0220867;REVB=-0.0655918;RO=33;SAF=26;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255841;STB=0.635443;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0160161;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:34:39:39:0.534247:13:26:12:21:13:26:13:21 chr7 107208250 . T C 231.28 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0398282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.781;QD=23.7211;RBI=0.0422326;REFB=-0.0269377;REVB=-0.0140465;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741796;STB=0.545412;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0203183;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:20:22:0.564103:7:13:9:7:7:15:10:7 chr7 107236323 . G A 344.36 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00777602;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8083;QD=18.8692;RBI=0.026441;REFB=-0.00481462;REVB=0.0252717;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104442;STB=0.552412;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00487429;OID=.;OPOS=107236323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:36:36:0.493151:13:23:19:17:13:23:20:17 chr7 107262175 . A C 414.48 PASS AF=0.546667;AO=37;DP=73;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00820924;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.122;QD=22.1058;RBI=0.0483533;REFB=-0.00193054;REVB=0.0476513;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290706;STB=0.537129;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0016689;OID=.;OPOS=107262175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:35:34:37:41:0.546667:16:21:21:14:19:22:21:13 chr7 107399383 . TG T 365.66 PASS AF=0.753846;AO=44;DP=64;FAO=49;FDP=65;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.080936;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9516;QD=22.5024;RBI=0.154529;REFB=0.0299901;REVB=-0.131639;RO=16;SAF=0;SAR=44;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.875876;STB=0.870512;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0102294;OID=.;OPOS=107399384;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.753846:44:64:49:65:16:1:48:7:9:56:16:0:44:7:9 chr7 107414419 . A G 1240.72 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00942562;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.758;QD=59.0821;RBI=0.01251;REFB=-0.0793416;REVB=-0.00822549;RO=2;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00055005;STB=0.50029;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000250707;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:84:2:2:82:82:0.97619:42:40:1:1:42:40:1:1 chr7 107559911 . G A 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8079;QD=59.139;RBI=0.0231666;REFB=0;REVB=-0.0218557;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242962;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr7 107569517 . A G 441.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0103625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.125;QD=17.4706;RBI=0.0177902;REFB=-0.0153334;REVB=-0.0144606;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101388;STB=0.556465;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0134216;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:25:22:31:23:25:22:31:23 chr7 107593989 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000375782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=49.5989;RBI=0.00398512;REFB=0;REVB=-0.00396736;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38021e-05;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 107603431 . A C 763.36 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00674465;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.283;QD=19.6997;RBI=0.00693061;REFB=-0.013659;REVB=0.00159472;RO=71;SAF=33;SAR=45;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737239;STB=0.554709;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0124368;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:71:77:78:78:0.503226:45:33:36:35:45:33:41:36 chr7 107615506 . C T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.044941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5235;QD=17.4535;RBI=0.0608426;REFB=-0.0269555;REVB=-0.0410138;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.592524;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0304053;OID=.;OPOS=107615506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:12:17:11:16:12:17 chr7 107626770 . G A 364.49 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0380033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.242;QD=18.4553;RBI=0.0398997;REFB=-0.00502952;REVB=-0.0121548;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126161;STB=0.570255;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00611614;OID=.;OPOS=107626770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:20:18:25:16:20:18:25:16 chr7 107640330 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00981204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.193;QD=15.773;RBI=0.0159437;REFB=-0.0194899;REVB=0.0125668;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115646;STB=0.56517;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0289585;OID=.;OPOS=107640330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:21:12:13:14:21:12 chr7 107642217 . G A 118.88 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000654729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.913;QD=23.7761;RBI=0.0197911;REFB=0.021938;REVB=0.0197802;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251319;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0123379;OID=.;OPOS=107642217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:8:4:5:2:8:5:5:2 chr7 107642259 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00827691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.663;QD=19.1341;RBI=0.0115282;REFB=0.0214028;REVB=0.00802447;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0010389;OID=.;OPOS=107642259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:2:3:1:0:2:3:2:0 chr7 107706895 . T C 327.42 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0283864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.494;QD=17.6982;RBI=0.030486;REFB=-0.0148962;REVB=0.0111179;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470495;STB=0.526301;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0224136;OID=.;OPOS=107706895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:18:17:17:22:18:17:17:22 chr7 107738882 . G A 567.32 PASS AF=0.369565;AO=67;DP=183;FAO=68;FDP=184;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=54;FWDB=-0.00208248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.876;QD=12.3329;RBI=0.0056611;REFB=-0.0154239;REVB=-0.00526416;RO=114;SAF=43;SAR=24;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123346;STB=0.564079;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0230382;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:114:116:67:68:0.369565:24:43:61:53:25:43:62:54 chr7 107738948 . G A 680.91 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0184593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.096;QD=16.4074;RBI=0.019346;REFB=-0.00915453;REVB=-0.0057896;RO=92;SAF=40;SAR=34;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126464;STB=0.570299;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0129107;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:34:40:38:54:34:40:38:54 chr7 107743664 . A G 92.99 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00429766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7151;QD=9.53696;RBI=0.0339186;REFB=0.0106823;REVB=-0.0336452;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314654;STB=0.699677;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0338557;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:8:4:16:10:8:4:17:10 chr7 107745029 . A G 412.67 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0145311;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.646;QD=19.8877;RBI=0.0148597;REFB=-0.0152976;REVB=-0.00310767;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662527;STB=0.529635;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0178976;OID=.;OPOS=107745029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:41:41:42:0.506024:23:18:21:20:23:19:21:20 chr7 107818851 . T C 739.27 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.077;QD=54.7605;RBI=0.0274705;REFB=-0.144352;REVB=0.0233758;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000257866;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:1:0:24:29:1:0 chr7 107823163 . C CG 45.56 PASS AF=0.108844;AO=15;DP=147;FAO=16;FDP=147;FR=.;FRO=131;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=81;FSRR=50;FWDB=0.0125917;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.136;QD=1.2397;RBI=0.013669;REFB=-0.000666044;REVB=-0.00531897;RO=131;SAF=1;SAR=14;SRF=80;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615602;STB=0.949304;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0321638;OID=.;OPOS=107823164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108844:15:147:16:147:131:1:15:81:50:45:131:1:14:80:51 chr7 107824678 . A G 1795.14 PASS AF=0.991597;AO=103;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.771;QD=60.3409;RBI=0.0860233;REFB=0;REVB=0.0458042;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00935785;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:119:0:0:103:118:0.991597:40:63:0:0:43:75:0:0 chr7 107824889 . C G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.458;QD=50.407;RBI=0.0331404;REFB=0;REVB=0.0112048;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389756;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 107834613 . G C 753.75 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0635513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.65;QD=54.8181;RBI=0.065379;REFB=0.0634296;REVB=0.0153504;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00318346;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:30:24:0:0:30:24:1:0 chr7 107834734 . C T 954.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.381;QD=58.7556;RBI=0.0433057;REFB=0;REVB=0.0209401;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134295;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr7 107838464 . G T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.656;QD=59.8549;RBI=0.0511029;REFB=0;REVB=-0.0509694;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225722;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr7 107849908 . G A,T 1352.49 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=82,4;DP=86;FAO=84,4;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319168,0.00117621;FXX=0.0537577;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.254,160.23;QD=61.4768;RBI=0.0310119,0.00127627;REFB=0,0;REVB=0.0308472,-0.000495373;RO=0;SAF=55,3;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00168504,0.0402372;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:86:88:0:0:82,4:84,4:0.954545,0.0454545:27,1:55,3:0:0:29,1:55,3:0:0 chr7 107875170 . T C 1276.42 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141215;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.686;QD=60.7818;RBI=0.0141482;REFB=0.018344;REVB=0.000868843;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-1.7785e-05;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:1:0:48:35:1:0 chr7 108212353 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00282252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.974;QD=21.0647;RBI=0.00537764;REFB=-0.0197014;REVB=0.00457737;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257136;STB=0.644211;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0150679;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:16:8:15:9:16:8 chr7 111367623 . T C 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0117732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.553;QD=22.4038;RBI=0.011833;REFB=0.000898061;REVB=0.00118832;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735216;STB=0.540519;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00055931;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:17:20:13:16:17:20:13:16 chr7 112097121 . C T 218.81 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00567241;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.981;QD=13.6755;RBI=0.0380481;REFB=-0.0149501;REVB=-0.0376229;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107744;STB=0.561547;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0251275;OID=.;OPOS=112097121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:20:18:15:11:20:18 chr7 112107999 . T C 344.75 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0400989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4026;QD=21.8891;RBI=0.0491075;REFB=-0.0135706;REVB=0.0283483;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110854;STB=0.561255;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0132625;OID=.;OPOS=112107999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:13:15:14:21:13:15 chr7 112406504 . A C 136.76 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000662217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9368;QD=9.94592;RBI=0.0426311;REFB=-0.0166251;REVB=0.0426259;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07867;STB=0.546507;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0339926;OID=.;OPOS=112406504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:19:18:10:8:19:18 chr7 112722278 . A AC,C 407.84 PASS AF=0.258065,0.741935;AO=7,23;DP=31;FAO=8,23;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=6,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228619,0.0234296;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=76.3212,80.5143;QD=52.6242;RBI=0.0312009,0.0285931;REFB=0,0;REVB=-0.0212327,-0.0163897;RO=1;SAF=2,10;SAR=5,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0796435,0.0342828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00410094,8.75459e-05;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:31:31:1:0:7,23:8,23:0.258065,0.741935:5,13:2,10:0:1:6,13:2,10:0:0 chr7 112724417 . A G 880.3 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209941;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2787;QD=55.0184;RBI=0.0262583;REFB=-0.141629;REVB=0.0157718;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506313;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00401171;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:64:0:2:62:62:0.96875:42:20:0:0:42:20:1:1 chr7 112724525 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.16;QD=61.3364;RBI=0.0138162;REFB=0;REVB=0.0136729;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83174e-05;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr7 113091231 . A G 146.58 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00648778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.565;QD=10.4699;RBI=0.0378161;REFB=-0.00609042;REVB=0.0372554;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35771;STB=0.712034;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0151347;OID=.;OPOS=113091231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:11:8:27:9:11:8:28:9 chr7 113518434 . C A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00531305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9194;QD=24.1895;RBI=0.0256772;REFB=-0.0116194;REVB=-0.0251215;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00334711;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:9:3:2:3:9:3:3:3 chr7 113518502 . A T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00549416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.889;QD=55.2221;RBI=0.00595044;REFB=-0.0376417;REVB=-0.00228518;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=4.32555e-06;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:1:0:29:27:1:0 chr7 113519719 . A T 1547.45 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.179;QD=59.5172;RBI=0.0297368;REFB=0;REVB=0.026532;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1391e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:94:104:0:0:94:104:1:45:49:0:0:48:56:0:0 chr7 113519796 . C T 753.8 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1103;QD=56.8904;RBI=0.0227853;REFB=0;REVB=-0.0117372;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020245;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr7 114296545 . A C 442.82 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00812865;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9861;QD=25.6709;RBI=0.0702301;REFB=-0.0165784;REVB=0.0697581;RO=28;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507243;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0146447;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:27:42:42:0.608696:21:21:14:14:21:21:13:14 chr7 114296590 . A C 137.07 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0177097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.195;QD=11.1892;RBI=0.0179589;REFB=-0.00328513;REVB=-0.00298149;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013797;STB=0.508187;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0117418;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:12:21:10:6:12:21 chr7 114619598 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.204;QD=44.6898;RBI=0.0131995;REFB=0;REVB=0.00141558;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85889e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 115578124 . G T 708.43 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1598;QD=62.9711;RBI=0.0386551;REFB=0;REVB=-0.0378676;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250498;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr7 115892650 . T G 487.59 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00752673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.863;QD=24.3797;RBI=0.00786034;REFB=-0.00622849;REVB=-0.00226567;RO=34;SAF=23;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114144;STB=0.562473;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00607313;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:23:23:12:22:23:23:12:22 chr7 115897392 . G C 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0145514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.286;QD=23.8984;RBI=0.0150274;REFB=-0.0230367;REVB=-0.00375235;RO=25;SAF=27;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170129;STB=0.594004;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0135456;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:9:27:14:11:9:27:14:11 chr7 116165360 . A C 826.45 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532842;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.273;QD=56.9964;RBI=0.00783113;REFB=0;REVB=0.00573886;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03447e-05;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:15:42:0:0:15:43:0:0 chr7 116165463 . T C 831.08 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0166;QD=56.3446;RBI=0.0837993;REFB=0;REVB=0.0759763;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066905;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:50:59:1:13:37:0:0:18:41:0:0 chr7 116397572 . A G 199.75 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0195865;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.779;QD=11.4144;RBI=0.0206563;REFB=-0.0018155;REVB=0.00656137;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395831;STB=0.522918;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0028322;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:20:25:13:12:20:25 chr7 116437606 . G A 567.27 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0181885;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.273;QD=19.5611;RBI=0.0183689;REFB=-0.00505745;REVB=0.00256775;RO=58;SAF=32;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314249;STB=0.517359;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0042995;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:26:32:30:28:26:32:30:28 chr7 116528240 . C T 318.75 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0187243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.569;QD=15.7405;RBI=0.0388956;REFB=0.00228435;REVB=-0.034092;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230561;STB=0.64562;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0043024;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:45:46:33:35:0.432099:13:20:17:28:13:22:17:29 chr7 116596697 . A G 1380.74 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092477;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.889;QD=62.7607;RBI=0.0135535;REFB=0;REVB=0.00990845;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03376e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr7 116598735 . A G 1438.08 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00767498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.157;QD=61.8529;RBI=0.0590287;REFB=-0.0653215;REVB=0.0585277;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00347313;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:89:92:0.989247:50:39:0:1:53:39:0:1 chr7 116608501 . A G 2094.07 PASS AF=0.527559;AO=201;DP=383;FAO=201;FDP=381;FR=.;FRO=180;FSAF=99;FSAR=102;FSRF=95;FSRR=85;FWDB=0.00338;FXX=0.0052218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.624;QD=21.985;RBI=0.00558481;REFB=-0.0135652;REVB=-0.00444587;RO=179;SAF=99;SAR=102;SRF=94;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281726;STB=0.516643;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0137043;OID=.;OPOS=116608501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:381:179:180:201:201:0.527559:102:99:94:85:102:99:95:85 chr7 117865028 . G A 159.46 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00246985;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.854;QD=18.2245;RBI=0.0291699;REFB=-0.00147228;REVB=0.0290651;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842285;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0020608;OID=.;OPOS=117865028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:18:16:17:0.485714:9:7:10:9:10:7:9:9 chr7 120428799 . C A 1423.93 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0024696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.86;QD=59.9548;RBI=0.0169422;REFB=-0.133233;REVB=0.0167613;RO=2;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132043;STB=0.509998;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000627187;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:92:93:0.978947:43:49:1:1:44:49:2:0 chr7 120704289 . C T 1075.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.502;QD=59.7369;RBI=0.0166844;REFB=0;REVB=0.0128189;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59392e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:31:41:0:0 chr7 120740103 . G T 2283.7 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186004;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.213;QD=62.9986;RBI=0.0233213;REFB=0.0256499;REVB=-0.014068;RO=1;SAF=73;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665094;STB=0.503496;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-1.17801e-05;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:145:1:1:144:144:0.993103:71:73:0:1:71:73:0:1 chr7 120764477 . G C 657.5 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0552684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9491;QD=59.773;RBI=0.0636314;REFB=-0.066033;REVB=0.0315335;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.011895;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr7 120765954 . T C 740.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254257;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.337;QD=56.9987;RBI=0.0304739;REFB=0;REVB=0.0303677;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42957e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr7 120773954 . A G 296.19 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.6773;QD=49.3648;RBI=0.0449302;REFB=-0.123696;REVB=0.00394795;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00165105;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:17:6:0:1:17:6:0:1 chr7 120776097 . C G 380.75 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235093;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.775;QD=56.4071;RBI=0.027181;REFB=0;REVB=0.0136425;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399919;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr7 121616250 . G A 424.26 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00737176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.011;QD=18.6488;RBI=0.0128153;REFB=-0.00540967;REVB=-0.0104827;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968105;STB=0.525761;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00560348;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:48:43:43:0.472527:23:20:20:24:23:20:20:28 chr7 121653374 . GTGA ATGG,G 45.52 PASS AF=0,0.333333;AO=3,5;DP=22;FAO=0,7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0337887,-0.0124225;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=233.022,221.165;QD=8.67103;RBI=0.047921,0.0363488;REFB=-0.0077195,-0.00445311;REVB=-0.0339816,-0.0341601;RO=14;SAF=1,3;SAR=2,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0611145,0.342111;STB=0.5,0.599733;STBP=1,0.598;TYPE=mnp,del;VARB=0.0109498,0.0106328;OID=.,.;OPOS=121653374,121653375;OREF=GTGA,TGA;OALT=ATGG,-;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:22:21:14:14:3,5:0,7:0,0.333333:2,2:1,3:4:10:0,4:0,3:4:10 chr7 121653398 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0255862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.51;QD=9.9164;RBI=0.0266772;REFB=-0.00472713;REVB=-0.00755104;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.666325;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00951258;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:5:12:4:5:5:12 chr7 122078414 . T G 665.42 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=141;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00682228;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.213;QD=19.0118;RBI=0.0113704;REFB=-0.000113421;REVB=0.00909631;RO=72;SAF=41;SAR=25;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143221;STB=0.58585;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=9.15439e-05;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:73:66:67:0.478571:25:41:34:38:25:42:34:39 chr7 122303321 . C T 840.7 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000522687;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.415;QD=56.0465;RBI=0.00216187;REFB=0.00569217;REVB=-0.00209773;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-5.95116e-06;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:58:59:0.983333:27:31:0:1:27:32:0:1 chr7 122635024 . C T 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.874;QD=54.8792;RBI=0.0312299;REFB=-0.0199071;REVB=-0.027103;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=2.78736e-06;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr7 123097468 . T C 1287.03 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00212038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.196;QD=60.5662;RBI=0.0281285;REFB=-0.0871123;REVB=0.0280484;RO=1;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178672;STB=0.509432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00105886;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:26:58:0:1:26:58:0:1 chr7 123119990 . T C 1381.38 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.522;QD=61.3945;RBI=0.0136443;REFB=-0.00856558;REVB=0.00658818;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000333228;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:41:48:1:0:41:48:1:0 chr7 123152019 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.958;QD=54.5155;RBI=0.0110221;REFB=0;REVB=0.00737664;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56022e-06;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 123152035 . T C 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.146;QD=56.1777;RBI=0.0280565;REFB=0;REVB=0.0066613;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225496;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 123256427 . C T 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2763;QD=59.498;RBI=0.0645692;REFB=0;REVB=-0.0349175;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086552;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr7 123264804 . C T 1552.84 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9872;QD=58.05;RBI=0.0325903;REFB=-0.0726198;REVB=0.0308027;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.506492;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00537845;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:67:39:0:0:68:38:1:0 chr7 123269118 . G C 982.35 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0231744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4173;QD=56.134;RBI=0.0276399;REFB=-0.101656;REVB=-0.0150637;RO=3;SAF=26;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235891;STB=0.503067;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00336771;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:3:2:67:68:0.971429:41:26:2:1:41:27:1:1 chr7 123301940 . A G 881.13 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.044368;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1528;QD=55.0707;RBI=0.0700531;REFB=-0.113383;REVB=0.0542117;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386671;STB=0.502048;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0129965;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:64:2:2:62:62:0.96875:35:27:1:1:35:27:1:1 chr7 123321978 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.445;QD=62.3509;RBI=0.0231252;REFB=0;REVB=0.0173167;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60277e-05;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr7 123324545 . AAAT AA,A 188.64 PASS AF=0.520833,0.0416667;AO=17,8;DP=33;FAO=25,2;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=20,1;FSAR=5,1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0377897,-0.0236537;FXX=0.058812;HRUN=5,5;LEN=2,3;MLLD=111.253,106.132;QD=15.7204;RBI=0.0414435,0.034765;REFB=-0.0225932,-0.0262272;REVB=-0.0170147,-0.0254775;RO=1;SAF=14,5;SAR=3,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0316306,-0.080241;STB=0.700853,0.564581;STBP=0.009,0.866;TYPE=del,del;VARB=0.0702346,0.0596734;OID=.,.;OPOS=123324547,123324546;OREF=AT,AAT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833,0.0416667:17,8:33:25,2:48:21:20,1:5,1:9:12:99:1:14,5:3,3:1:0 chr7 123388732 . G A 2769.0 PASS AF=0.978261;AO=180;DP=184;FAO=180;FDP=184;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0139473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.792;QD=60.1956;RBI=0.0139549;REFB=-0.0820021;REVB=0.000459132;RO=2;SAF=77;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122031;STB=0.512657;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-9.52073e-06;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:184:184:2:4:180:180:0.978261:103:77:2:0:103:77:4:0 chr7 123594206 . G A 1359.05 PASS AF=1;AO=76;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850112;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9465;QD=62.4849;RBI=0.128574;REFB=0;REVB=0.0964588;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148642;OID=.;OPOS=123594206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:76:87:1:35:41:0:0:38:49:0:0 chr7 124116470 . A G 35.78 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00812451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.429;QD=5.96274;RBI=0.0526918;REFB=-0.00956568;REVB=0.0520617;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.780226;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.100629;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:9:9:5:1:9:9 chr7 124387092 . C G 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0200036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7365;QD=15.6162;RBI=0.0530368;REFB=0.00774527;REVB=0.0491198;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602623;STB=0.53396;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00911706;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:17:26:18:15:17:26 chr7 124387374 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9266;QD=40.7544;RBI=0.0342636;REFB=0;REVB=-0.0261941;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0032263;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr7 124486980 . T C 440.32 PASS AF=0.494505;AO=36;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0037124;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.025;QD=19.3546;RBI=0.0816996;REFB=-0.0254526;REVB=0.0816152;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111829;STB=0.571397;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0278813;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:37:46:36:45:0.494505:16:20:16:21:21:24:18:28 chr7 124540841 . A C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0123913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7166;QD=15.195;RBI=0.0152958;REFB=-0.0125276;REVB=0.00896754;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109375;STB=0.562436;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0274996;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:4:14:22:4:4:14:22:4 chr7 124540872 . C T 233.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0199763;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.217;QD=14.6062;RBI=0.0352232;REFB=-0.031146;REVB=0.0290108;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212515;STB=0.619157;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0322136;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:30:7:10:17:30:7 chr7 127222157 . G A 743.25 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296339;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4922;QD=55.0558;RBI=0.0449774;REFB=-0.0766894;REVB=0.0338349;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0018647;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:0:1:33:20:0:1 chr7 127224286 . A G 571.94 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=60.2038;RBI=0.0212632;REFB=0;REVB=-0.00900295;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36598e-05;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr7 128034629 . C T 175.55 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0966702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.842;QD=21.9434;RBI=0.0966885;REFB=-0.0234379;REVB=-0.00187891;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0183891;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr7 128038555 . C G 150.99 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0518948;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.78;QD=18.8742;RBI=0.0523673;REFB=-0.0270237;REVB=0.00701875;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373233;STB=0.699737;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0150211;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:16:16:16:0.5:12:4:11:6:12:4:10:6 chr7 128098071 . G A 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.001531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4396;QD=11.7967;RBI=0.00902243;REFB=0.00778987;REVB=0.00889159;RO=52;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363459;STB=0.520979;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00745865;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:13:16:27:25:13:16:27:25 chr7 128098198 . AT A 297.63 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0101004;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.57;QD=15.4611;RBI=0.0291724;REFB=-0.0131474;REVB=0.0273681;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227797;STB=0.637422;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0175329;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:33:78:33:77:44:16:17:32:12:99:42:16:17:30:12 chr7 128098268 . GT G 712.88 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469896;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7111;QD=45.2622;RBI=0.115267;REFB=0;REVB=-0.105254;RO=0;SAF=51;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00106463;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:65:63:63:0:52:11:0:0:13:0:51:11:0:0 chr7 128117227 . G A 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0460758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8082;QD=8.96047;RBI=0.0472267;REFB=0.00649596;REVB=-0.0103624;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237136;STB=0.642682;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0134468;OID=.;OPOS=128117227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:12:5:19:20:12:5:19:20 chr7 128133984 . G A 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.776;QD=63.8576;RBI=0.0422709;REFB=0;REVB=0.00435262;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148076;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr7 128141865 . T C 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.722;QD=58.4145;RBI=0.0308966;REFB=0.0154514;REVB=-0.0256015;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00017815;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:0:1:33:39:0:1 chr7 128292036 . G C 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0688292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7199;QD=11.2574;RBI=0.0716277;REFB=-0.0166867;REVB=0.0198259;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0201198;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:7:5:5:3:7:5 chr7 128312450 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0133724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.479;QD=16.884;RBI=0.0154148;REFB=-0.00447733;REVB=0.00766775;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.561102;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00563358;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:11:6:7:8:11:6 chr7 128315791 . C G 226.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00108367;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.436;QD=13.3448;RBI=0.00608838;REFB=-0.00474451;REVB=-0.00599116;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321374;STB=0.682746;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0121499;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:13:28:10:17:13:28 chr7 128315882 . C A 53.08 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0803159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9565;QD=7.32075;RBI=0.0848198;REFB=-0.00980959;REVB=0.0272719;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460327;STB=0.786211;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0311342;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:7:14:2:6:7:14 chr7 128317658 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00553002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.514;QD=18.413;RBI=0.00746518;REFB=-0.00218925;REVB=-0.00501475;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545227;STB=0.522199;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00240798;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:17:16:14:19:17:16:15:19 chr7 128323034 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0172408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.931;QD=14.6525;RBI=0.0541135;REFB=-0.00523313;REVB=0.0512935;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00700855;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr7 128359133 . C T 483.77 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6298;QD=58.6383;RBI=0.107599;REFB=0;REVB=0.0842386;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356065;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:16:13:0:0:19:14:0:0 chr7 128364895 . A G 1075.65 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355865;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.575;QD=58.1431;RBI=0.0387642;REFB=-0.10987;REVB=0.0153711;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000308664;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:34:38:1:0:35:38:1:0 chr7 128371206 . G A 1196.85 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00217892;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.719;QD=59.8426;RBI=0.0231159;REFB=-0.0801429;REVB=0.023013;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00217573;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:0:1:39:40:0:1 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 56.34 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.000995105;FXX=0.114253;HRUN=2;LEN=13;MLLD=397.119;QD=7.2697;RBI=0.00891928;REFB=-0.0053866;REVB=0.0088636;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404796;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=ins;VARB=0.0153451;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:8:36:8:31:23:5:3:14:9:56:27:5:3:16:11 chr7 128455767 . C G 515.56 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306364;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.026;QD=58.9215;RBI=0.00326896;REFB=0;REVB=0.00114028;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145201;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr7 128455916 . G A 163.52 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0060935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.715;QD=20.4407;RBI=0.0359304;REFB=-0.00268703;REVB=0.03541;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00386528;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:4:11:11:6:4:11 chr7 128470838 . C T 632.85 PASS AF=0.529412;AO=62;DP=118;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.000724664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.485;QD=21.2723;RBI=0.0177599;REFB=-0.0242792;REVB=-0.0177451;RO=56;SAF=34;SAR=28;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103268;STB=0.552167;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0203249;OID=.;OPOS=128470838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:56:56:62:63:0.529412:28:34:24:32:29:34:24:32 chr7 128477472 . T C 280.92 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0654469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8931;QD=14.4063;RBI=0.0724557;REFB=-0.0158053;REVB=-0.0310891;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878285;STB=0.55125;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0164898;OID=.;OPOS=128477472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:31:32:0.410256:15:16:27:18:16:16:27:19 chr7 128477547 . T C 453.35 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0113972;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.48;QD=17.9544;RBI=0.0137136;REFB=-0.015875;REVB=-0.00762672;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768237;STB=0.547806;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0137781;OID=.;OPOS=128477547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:27:21:27:25:27:21:28:25 chr7 128484816 . A G 420.46 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00645663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.905;QD=16.4886;RBI=0.0159476;REFB=-0.00965055;REVB=-0.0145821;RO=56;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114415;STB=0.564074;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0115528;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:17:29:29:27:17:29:29:27 chr7 128486363 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00951974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.581;QD=18.9387;RBI=0.00988071;REFB=-0.0187315;REVB=0.0026463;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804786;STB=0.54479;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0182754;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:19:10:13:17:19:10 chr7 128487866 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.764;QD=55.0977;RBI=0.0224986;REFB=0;REVB=0.0224073;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245088;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr7 128488734 . G A 616.35 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0274082;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.983;QD=18.6774;RBI=0.0280983;REFB=-0.0156014;REVB=0.00618906;RO=69;SAF=39;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162335;STB=0.590015;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0250264;OID=.;OPOS=128488734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:24:39:31:38:24:39:31:38 chr7 128526791 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00645392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.148;QD=8.40205;RBI=0.0186959;REFB=0.00417386;REVB=0.0175467;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361444;STB=0.522338;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0109141;OID=.;OPOS=128526791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:10:11:5:4:10:11 chr7 128550680 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GGCCCC 503.47 PASS AF=1,0,0;AO=34,2,3;DP=42;FAO=43,0,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=25,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415757,-0.0471757,-0.0368121;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=16.5007,8.00151,7.42081;QD=46.8343;RBI=0.0564287,0.0916959,0.0484903;REFB=-0.0357639,-0.0577233,-0.0684224;REVB=-0.038153,-0.0786294,0.0315622;RO=1;SAF=15,0,1;SAR=19,2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.323529,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0239715,0,0.163246;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00199513,0,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550681;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:34,2,3:42:43,0,0:43:0:18,0,0:25,0,0:0:0:3:1:15,0,1:19,2,2:0:1 chr7 128595394 . G C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00905007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4146;QD=18.4384;RBI=0.0420095;REFB=-0.0148407;REVB=-0.0410231;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496;STB=0.517479;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0144797;OID=.;OPOS=128595394;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:13:16:17:11:13:16:17:12 chr7 128607384 . G A 841.05 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=178;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0406039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.386;QD=18.9;RBI=0.0406405;REFB=-0.00769071;REVB=0.00172389;RO=92;SAF=44;SAR=42;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912896;STB=0.550303;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00721632;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:92:92:86:86:0.483146:42:44:56:36:42:44:56:36 chr7 128630227 . C T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=55.4095;RBI=0.0186964;REFB=-0.0204554;REVB=-0.015104;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=8.80085e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:34:23:0:1:34:23:0:1 chr7 128641226 . G C 354.27 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00776079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3953;QD=27.7857;RBI=0.0453117;REFB=0.00839969;REVB=-0.0446421;RO=18;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106348;STB=0.558217;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00539057;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:13:20:8:10:13:20:8:10 chr7 128767410 . A G 1140.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157914;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4103;QD=60.8417;RBI=0.0178419;REFB=0;REVB=0.00830455;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419921;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr7 128767490 . T C 749.39 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000330699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4693;QD=63.7779;RBI=0.0305234;REFB=0;REVB=-0.0305216;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010155;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:44:47:1:27:17:0:0:27:20:0:0 chr7 128767506 . T G 745.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6111;QD=62.147;RBI=0.0515347;REFB=0;REVB=0.0348508;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275619;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:26:20:0:0:28:20:0:0 chr7 128804780 . C G 611.19 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7953;QD=59.6278;RBI=0.148861;REFB=0;REVB=0.0413301;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023853;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:21:20:0:0 chr7 128846328 . G C 1835.08 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00479283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.789;QD=59.6772;RBI=0.0314576;REFB=-0.0570253;REVB=0.0310904;RO=1;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826123;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000110745;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:1:1:121:122:0.99187:57:64:0:1:58:64:0:1 chr7 129043234 . A C 233.82 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00190368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.182;QD=24.6125;RBI=0.00313399;REFB=-0.00144431;REVB=0.00248955;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.50724;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00119924;OID=.;OPOS=129043234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:7:9:12:10:7:9 chr7 129067053 . T C 251.79 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000751765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2973;QD=17.0704;RBI=0.00254729;REFB=-0.0379951;REVB=0.00243383;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785169;STB=0.544104;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.024388;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:15:13:17:14:15:13:17:14 chr7 129142694 . C G 531.25 PASS AF=0.925;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0591765;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3409;QD=53.1246;RBI=0.0602109;REFB=-0.18689;REVB=0.0111127;RO=4;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468939;STB=0.505959;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00867267;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:40:4:3:37:37:0.925:27:10:1:3:27:10:1:2 chr7 129297332 . T G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0266593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3383;QD=18.3348;RBI=0.0268335;REFB=-0.0102749;REVB=0.00305211;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157259;STB=0.502889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0172188;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:14:21:21:15:14:21:22:15 chr7 129395075 . G A 120.09 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0125076;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5999;QD=13.343;RBI=0.015831;REFB=0.0101638;REVB=-0.00970473;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193581;STB=0.624826;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0169984;OID=.;OPOS=129395075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:22:14:14:0.388889:6:8:8:13:6:8:8:14 chr7 129396174 . C G 326.78 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0231182;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3269;QD=12.1031;RBI=0.0495515;REFB=-0.0196012;REVB=-0.0438281;RO=69;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396911;STB=0.526704;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0214234;OID=.;OPOS=129396174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:69:68:40:40:0.37037:24:16:30:39:24:16:30:38 chr7 129474470 . G A 508.2 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00317873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.45;QD=20.7427;RBI=0.0166408;REFB=-0.0141291;REVB=-0.0163344;RO=49;SAF=29;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565132;STB=0.531304;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0137037;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:20:29:26:23:20:29:26:23 chr7 129504866 . C G 419.4 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0188121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6932;QD=20.2118;RBI=0.0203858;REFB=-0.0137777;REVB=-0.00785423;RO=41;SAF=15;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996232;STB=0.555327;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00864051;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:27:15:19:22:27:15:19:22 chr7 129664312 . T C 229.79 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00513312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.912;QD=22.4185;RBI=0.00684574;REFB=-0.0232414;REVB=0.00452937;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.577909;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0206736;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:19:22:22:0.536585:14:8:10:7:14:8:10:9 chr7 129818350 . A C 466.87 PASS AF=0.459459;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.022881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5803;QD=16.824;RBI=0.0443876;REFB=-0.065701;REVB=-0.0380358;RO=34;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271984;STB=0.530291;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0562595;OID=.;OPOS=129818350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:34:60:50:51:0.459459:29:21:27:7:30:21:28:32 chr7 129916515 . T C 1428.27 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.028;QD=62.7813;RBI=0.0589078;REFB=0;REVB=0.057801;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120537;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:39:51:0:0:39:52:0:0 chr7 129962360 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.002;QD=57.2369;RBI=0.0436648;REFB=0;REVB=0.00324357;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156145;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr7 129962682 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.652;QD=58.9626;RBI=0.0625206;REFB=0;REVB=0.0619684;RO=0;SAF=49;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90432e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:17:49:0:0:17:49:0:0 chr7 129984274 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8746;QD=53.9107;RBI=0.0454101;REFB=0;REVB=0.018621;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177158;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr7 129986338 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.458;QD=56.7066;RBI=0.0596778;REFB=0;REVB=0.0593289;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101432;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr7 129989878 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.365;QD=59.0172;RBI=0.0481751;REFB=0;REVB=0.010761;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277758;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr7 130002317 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.207;QD=52.6128;RBI=0.0860822;REFB=0;REVB=0.0424994;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854189;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr7 130021488 . G C 2063.55 PASS AF=0.952381;AO=139;DP=147;FAO=140;FDP=147;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0133311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.0517;QD=56.1511;RBI=0.0244149;REFB=-0.0826406;REVB=-0.020454;RO=8;SAF=49;SAR=90;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116404;STB=0.50337;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00375211;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:147:147:8:7:139:140:0.952381:90:49:2:6:91:49:2:5 chr7 130080812 . T G 580.38 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0183998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.227;QD=15.686;RBI=0.0229298;REFB=-0.0101523;REVB=-0.0136829;RO=84;SAF=24;SAR=38;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568816;STB=0.533021;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0115902;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:86:62:62:0.418919:38:24:37:47:38:24:38:48 chr7 131185995 . C A 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00858456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.628;QD=15.7532;RBI=0.013564;REFB=-0.0281948;REVB=-0.0105018;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164767;STB=0.593166;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0287151;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:23:12:23:23:23:12:23:23 chr7 131195712 . G A 1454.76 PASS AF=0.989362;AO=88;DP=89;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3348;QD=61.9048;RBI=0.117994;REFB=-0.160655;REVB=0.116473;RO=1;SAF=78;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603791;STB=0.503144;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00127943;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:94:1:1:88:93:0.989362:10:78:1:0:14:79:1:0 chr7 131195959 . C T 676.45 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8709;QD=60.129;RBI=0.0282717;REFB=0.00777668;REVB=-0.00203199;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-2.53162e-05;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr7 131812922 . T C 709.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7323;QD=63.0478;RBI=0.0466367;REFB=0;REVB=-0.0111361;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480407;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr7 131814185 . A G 1243.6 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.797;QD=61.4125;RBI=0.0719361;REFB=0;REVB=0.0707051;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44509e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:31:48:0:0:32:49:0:0 chr7 131814529 . G A 78.0 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0196273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.901;QD=14.1826;RBI=0.0255461;REFB=0.00139504;REVB=-0.0163515;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00173276;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:7:4:4:6:7:5 chr7 131815310 . A G 1513.88 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147709;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3938;QD=63.7424;RBI=0.0161201;REFB=0;REVB=0.00645579;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11746e-05;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:48:47:0:0 chr7 131817850 . T C 373.72 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0145488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8289;QD=14.8006;RBI=0.0243153;REFB=-0.0131322;REVB=0.0194824;RO=59;SAF=33;SAR=9;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281043;STB=0.660293;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.021333;OID=.;OPOS=131817850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:9:33:33:26:9:33:33:26 chr7 131859678 . G T 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0494237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9391;QD=17.1549;RBI=0.0520318;REFB=0.00077255;REVB=-0.0162667;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019532;STB=0.511169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000724077;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:11:9:8:9:11:9 chr7 131864591 . T C 213.34 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0061272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.246;QD=16.1013;RBI=0.00673427;REFB=-0.00315824;REVB=0.00279424;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195392;STB=0.610501;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00436379;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:11:18:10:14:11:18 chr7 131870108 . A G 325.83 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0248292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.325;QD=12.0677;RBI=0.026275;REFB=0.000218293;REVB=-0.00859577;RO=67;SAF=22;SAR=18;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524559;STB=0.533882;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00038579;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:67:68:40:40:0.37037:18:22:40:27:18:22:41:27 chr7 131912277 . G C 1527.73 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.948;QD=63.6553;RBI=0.069959;REFB=0;REVB=0.0651111;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014907;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:56:40:0:0 chr7 132070054 . T C 391.25 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.013169;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.437;QD=19.5625;RBI=0.017514;REFB=-0.015832;REVB=0.0115462;RO=40;SAF=11;SAR=28;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367205;STB=0.530473;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0186708;OID=.;OPOS=132070054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:28:11:10:30:28:12:10:30 chr7 132720555 . T C 285.09 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=111;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00336946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.111;QD=10.2735;RBI=0.0310593;REFB=-0.0174318;REVB=-0.030876;RO=74;SAF=26;SAR=11;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154387;STB=0.589901;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0356285;OID=.;OPOS=132720555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:74:37:37:0.333333:11:26:43:31:11:26:43:31 chr7 133580447 . G A 383.64 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00196354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.301;QD=17.6387;RBI=0.00598711;REFB=-0.016507;REVB=0.00565597;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004309;STB=0.509844;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0190483;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:47:40:40:0.45977:22:18:20:24:22:18:22:25 chr7 133749164 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.663;QD=57.2377;RBI=0.0137421;REFB=0;REVB=0.00666803;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69725e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr7 133868507 . C T 1941.0 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00809158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.897;QD=60.1859;RBI=0.0155586;REFB=-0.141929;REVB=0.013289;RO=2;SAF=71;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176384;STB=0.500928;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000172456;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:56:71:1:1:56:71:1:1 chr7 133906669 . C T 280.51 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0048008;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.446;QD=19.0177;RBI=0.00507907;REFB=-0.0139528;REVB=-0.00165809;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213077;STB=0.62782;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0143129;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:20:10:16:12:20:10:17:12 chr7 134215370 . G T 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0183444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.677;QD=14.8488;RBI=0.0199217;REFB=-0.000461396;REVB=-0.00776887;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121904;STB=0.570044;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000581707;OID=.;OPOS=134215370;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:20:9:8:11:20:9 chr7 134225788 . C T 204.9 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.489;QD=48.2111;RBI=0.0172406;REFB=0;REVB=0.00092186;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658694;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:7:7:0:0:7:10:0:0 chr7 134225827 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.091;QD=51.9143;RBI=0.0549733;REFB=0;REVB=-0.0406623;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18701e-05;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 134576441 . T C 846.05 PASS AF=0.953125;AO=63;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00702304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4667;QD=52.8778;RBI=0.0575464;REFB=-0.144392;REVB=0.0571162;RO=1;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994339;STB=0.516124;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00166897;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:64:1:3:63:61:0.953125:47:16:0:1:45:16:0:3 chr7 134618710 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.158;QD=51.9161;RBI=0.0283639;REFB=0;REVB=0.0185407;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128657;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr7 134653930 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00990237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.984;QD=21.9441;RBI=0.0224395;REFB=-0.00136676;REVB=-0.0201364;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341381;STB=0.519207;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00128405;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:8:4:6:10:8:4 chr7 134701856 . G C 2351.04 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0019985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.222;QD=60.283;RBI=0.0100514;REFB=-0.0626011;REVB=-0.00985071;RO=1;SAF=80;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590977;STB=0.503105;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=2.87005e-05;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:155:155:0.99359:75:80:1:0:75:80:1:0 chr7 134719551 . C G 2483.26 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264055;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7103;QD=60.9389;RBI=0.0271545;REFB=-0.0174559;REVB=0.00633399;RO=1;SAF=90;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005258;STB=0.502762;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000518667;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:72:90:1:0:72:90:1:0 chr7 134735830 . A G 187.3 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0419433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3676;QD=14.6902;RBI=0.0495164;REFB=0.0183615;REVB=0.026318;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244127;STB=0.514005;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00753036;OID=.;OPOS=134735830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:15:15:11:10:15:15 chr7 134849213 . G A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0072952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.872;QD=20.4043;RBI=0.0423955;REFB=-0.0300332;REVB=0.0417631;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901558;STB=0.549969;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0246653;OID=.;OPOS=134849213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:17:11:16:16:17:11 chr7 134849280 . T A 1067.51 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.02;QD=58.4935;RBI=0.0344669;REFB=-0.163558;REVB=0.0309295;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000629251;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:32:40:0:0:32:40:0:1 chr7 134849577 . A C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0158448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.182;QD=22.9082;RBI=0.0281451;REFB=-0.0171393;REVB=-0.0232613;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167545;STB=0.593818;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.021653;OID=.;OPOS=134849577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:7:10:8:13:7:10 chr7 134850465 . C T 767.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.692;QD=56.8222;RBI=0.0709983;REFB=0;REVB=0.0709284;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326461;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr7 134850469 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.549;QD=57.2334;RBI=0.0152264;REFB=0;REVB=0.0075456;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54616e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr7 134871775 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.972;QD=57.1056;RBI=0.023446;REFB=0;REVB=0.0229072;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27919e-05;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr7 134879830 . G A 192.24 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0203633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1468;QD=11.8301;RBI=0.0209898;REFB=-0.0142531;REVB=-0.00508986;RO=40;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187395;STB=0.618079;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0255301;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:7:17:22:18:7:17:22:19 chr7 134880931 . C T 532.54 PASS AF=0.4;AO=61;DP=154;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0232299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.769;QD=13.743;RBI=0.0347097;REFB=-0.0194422;REVB=0.0257902;RO=91;SAF=38;SAR=23;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387639;STB=0.503449;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0181949;OID=.;OPOS=134880931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:91:93:61:62:0.4:23:38:57:34:23:39:58:35 chr7 134889141 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0232434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.456;QD=16.0338;RBI=0.0466085;REFB=0.0164743;REVB=0.0403992;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157788;STB=0.590816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0164522;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:14:14:7:13:14:14 chr7 135047703 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2505;QD=39.2066;RBI=0.0825277;REFB=0;REVB=-0.0618649;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288309;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr7 135048804 . C T 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697141;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.77;QD=58.6185;RBI=0.0209208;REFB=0;REVB=-0.0197251;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1618e-05;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr7 135095270 . A G 1714.41 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637157;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.018;QD=60.687;RBI=0.0666435;REFB=0;REVB=0.0195362;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015286;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr7 135304273 . G C 1142.4 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120896;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.01;QD=59.3455;RBI=0.0121584;REFB=-0.0525621;REVB=0.0012919;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011684;STB=0.506171;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000272094;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:0:1:40:36:0:1 chr7 135329690 . T C 645.21 PASS AF=0.528926;AO=63;DP=120;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.017701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.562;QD=21.3292;RBI=0.0186035;REFB=-0.0129244;REVB=-0.00572393;RO=56;SAF=32;SAR=31;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220914;STB=0.504131;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0131037;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:56:57:63:64:0.528926:31:32:27:29:32:32:28:29 chr7 135387656 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00837782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3116;QD=21.2643;RBI=0.0469788;REFB=0.0224929;REVB=-0.0462258;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884096;STB=0.549948;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0205377;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:15:5:6:12:15:5:6:12 chr7 135392876 . T C 1075.59 PASS AF=0.564246;AO=100;DP=180;FAO=101;FDP=179;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.0008216;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.886;QD=24.0356;RBI=0.00373299;REFB=-0.0117638;REVB=0.00364145;RO=80;SAF=48;SAR=52;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875095;STB=0.551044;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00944741;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:80:78:100:101:0.564246:52:48:47:33:52:49:47:31 chr7 135406176 . A G 148.96 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.00411692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.935;QD=7.94464;RBI=0.00784634;REFB=-0.00570716;REVB=-0.00667952;RO=54;SAF=14;SAR=7;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163869;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:7:14:36:18:7:14:36:18 chr7 135413626 . C T 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00665586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.335;QD=13.1194;RBI=0.00738071;REFB=-0.00960988;REVB=0.00318973;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263927;STB=0.515139;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0175675;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:25:13:8:17:25:13 chr7 135613262 . G A 197.82 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=-0.0148093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.211;QD=14.6536;RBI=0.0218926;REFB=-0.00277804;REVB=-0.0161236;RO=30;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383756;STB=0.712215;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00710191;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:21:2:0:30:21:2:0:31 chr7 136700662 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.018305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.238;QD=14.6525;RBI=0.0265905;REFB=-0.00165893;REVB=0.0192869;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0019797;OID=.;OPOS=136700662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr7 136701563 . G C 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302135;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.567;QD=60.6304;RBI=0.0117495;REFB=0;REVB=0.0113544;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47319e-05;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 136701935 . T A 256.4 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.010112;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.267;QD=15.7785;RBI=0.0121876;REFB=0.00182446;REVB=-0.00680334;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076125;STB=0.533454;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00298951;OID=.;OPOS=136701935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:13:22:16:13:14:22 chr7 136703376 . T C 479.24 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0275172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1107;QD=19.9684;RBI=0.0292606;REFB=-0.0277341;REVB=0.00994912;RO=47;SAF=32;SAR=15;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218784;STB=0.527724;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0287771;OID=.;OPOS=136703376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:49:47:47:0.489583:15:32:31:16:15:32:31:18 chr7 136703707 . C T 856.05 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118221;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6895;QD=57.0697;RBI=0.0162807;REFB=0;REVB=-0.0111938;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418557;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr7 137128830 . T C 3119.79 PASS AF=0.980952;AO=204;DP=209;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0262051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2979;QD=59.4245;RBI=0.0614036;REFB=0.0315185;REVB=0.0555311;RO=4;SAF=89;SAR=115;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694028;STB=0.50362;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000732458;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:209:210:4:4:204:206:0.980952:115:89:1:3:116:90:1:3 chr7 137564501 . C G 714.98 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00651501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6619;QD=60.8495;RBI=0.0123883;REFB=-0.170757;REVB=0.0105368;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00396827;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:1:0:24:22:1:0 chr7 137600690 . C T 3151.44 PASS AF=0.994975;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00219139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3486;QD=63.3455;RBI=0.0119226;REFB=-0.0261246;REVB=-0.0117195;RO=0;SAF=98;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502512;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000107579;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:199:0:1:197:198:0.994975:99:98:0:0:99:99:1:0 chr7 137612913 . CTGG C 145.86 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00637949;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.342;QD=8.57977;RBI=0.00655305;REFB=-0.000370453;REVB=-0.00149821;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440038;STB=0.523857;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.00081828;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:20:69:20:68:48:9:11:20:28:99:46:9:11:19:27 chr7 137801413 . A C 920.35 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.233;QD=58.4346;RBI=0.0659597;REFB=0;REVB=0.064604;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219064;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:25:34:0:0:29:34:0:0 chr7 138270657 . G A 416.61 PASS AF=0.5375;AO=39;DP=79;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00222159;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.023;QD=20.8304;RBI=0.0176695;REFB=-0.0167868;REVB=-0.0175292;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198196;STB=0.604191;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0251374;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:37:39:43:0.5375:23:16:22:12:27:16:22:15 chr7 138281906 . T C 294.75 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0033276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.25;QD=18.1387;RBI=0.0330127;REFB=-0.0159778;REVB=0.0328446;RO=33;SAF=26;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250265;STB=0.64146;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0173827;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:6:26:20:13:6:26:20:13 chr7 138305806 . T C 122.48 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.03123;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.781;QD=14.8455;RBI=0.0315079;REFB=-0.00472641;REVB=0.00417594;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198995;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00816648;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:7:12:6:8:7:12 chr7 138417718 . A G 1511.72 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6522;QD=59.2832;RBI=0.0594277;REFB=0;REVB=0.00867573;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259388;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:101:102:1:50:51:1:0:50:52:0:0 chr7 138418910 . G A 462.38 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.905;QD=56.0454;RBI=0.0892315;REFB=0;REVB=0.0891243;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019429;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:14:16:0:0:15:18:0:0 chr7 138455988 . A G 64.06 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0318334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.89;QD=9.49004;RBI=0.0377665;REFB=0.00515084;REVB=-0.0203212;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465499;STB=0.7992;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0158863;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:17:18:8:9:0.333333:1:7:9:8:1:8:10:8 chr7 138486096 . G C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0115424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.653;QD=10.4387;RBI=0.0137368;REFB=-0.0102293;REVB=-0.00744795;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4024;STB=0.747135;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0209576;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:2:11:15:12:2:11:15:12 chr7 138545946 . C T 221.13 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0331295;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4643;QD=14.2667;RBI=0.0331303;REFB=-0.00881108;REVB=-0.00022164;RO=35;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310219;STB=0.662067;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.015342;OID=.;OPOS=138545946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:36:25:26:0.419355:6:19:17:18:7:19:17:19 chr7 138555960 . G C 162.24 PASS AF=0.375;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0200727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1919;QD=11.5882;RBI=0.0201234;REFB=-0.021378;REVB=-0.00142726;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192455;STB=0.612039;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0373414;OID=.;OPOS=138555960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:34:35:20:21:0.375:10:10:23:11:11:10:23:12 chr7 138561175 . C G 176.08 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00160223;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3479;QD=18.0594;RBI=0.013352;REFB=0.00798908;REVB=0.0132555;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.542809;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00249551;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:20:21:17:18:0.461538:9:8:11:9:10:8:11:10 chr7 138583840 . C A 1496.04 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000280352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.31;QD=62.3352;RBI=0.0203115;REFB=-0.102936;REVB=0.0203096;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-7.91386e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:48:47:0:0:48:47:1:0 chr7 138731687 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.169;QD=33.4285;RBI=0.156273;REFB=0;REVB=0.149462;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208531;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 138732457 . G A 1646.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017487;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.778;QD=60.4258;RBI=0.025911;REFB=0;REVB=0.0258519;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330528;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:110:109:1:48:62:0:0:48:61:0:0 chr7 138732497 . G A 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.133;QD=62.0063;RBI=0.0154139;REFB=0;REVB=-0.0128368;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4128e-05;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr7 138738204 . G A 731.2 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.058;QD=54.1627;RBI=0.0115473;REFB=-0.124772;REVB=-0.000504332;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00118598;OID=.;OPOS=138738204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:50:53:0.981481:23:27:0:0:25:28:0:1 chr7 138831707 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00809761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.366;QD=21.9711;RBI=0.0299853;REFB=-0.0120673;REVB=-0.0288712;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00630423;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:7:10:11:9:7:10 chr7 139077316 . TTA T,TT,TTT 82.25 PASS AF=0.413793,0,0;AO=7,5,4;DP=34;FAO=12,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.211791,0.172144,-0.0472807;FXX=0.0644953;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=22.6475,12.4836,13.9991;QD=11.3454;RBI=0.240732,0.288823,0.158813;REFB=-0.0325859,-0.0156808,0.0159614;REVB=-0.11444,-0.231917,-0.151612;RO=12;SAF=2,3,0;SAR=5,2,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.150055,0.196884,-0.664388;STB=0.618844,0.5,0.5;STBP=0.331,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0599223,0.0488762,0;OID=.,.,.;OPOS=139077317,139077318,139077318;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793,0,0:7,5,4:34:12,0,0:29:17:4,0,0:8,0,0:9:8:78:12:2,3,0:5,2,4:5:7 chr7 139138870 . GT G,GG 116.15 PASS AF=0.119048,0.107143;AO=11,8;DP=86;FAO=10,9;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=7,7;FSAR=3,2;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.000564688,-0.00015815;FXX=0.0232531;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.507,209.497;QD=5.53086;RBI=0.0182256,0.0110261;REFB=-0.00881353,-0.00700518;REVB=-0.0182168,-0.011025;RO=64;SAF=8,6;SAR=3,2;SRF=25;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.401135,0.407074;STB=0.747625,0.812383;STBP=0.126,0.07;TYPE=del,snp;VARB=0.0120487,0.0571296;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119048,0.107143:11,8:86:10,9:84:65:7,7:3,2:26:39:40:64:8,6:3,2:25:39 chr7 139138950 . C G 140.13 PASS AF=0.327586;AO=20;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.169631;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.359;QD=9.66435;RBI=0.178869;REFB=-0.0195292;REVB=-0.0567407;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137854;STB=0.526739;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0259685;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:39:20:19:0.327586:13:7:9:28:13:6:11:28 chr7 139167674 . ACCC ACC,ACCG 123.05 PASS AF=0.454545,0.0454545;AO=15,3;DP=42;FAO=20,2;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12,2;FSAR=8,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0810036,-0.047723;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.7438,176.626;QD=11.1867;RBI=0.101902,0.090093;REFB=-0.119911,-0.00660289;REVB=-0.0618261,-0.0764151;RO=21;SAF=10,3;SAR=5,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197969,0.598305;STB=0.576846,0.995037;STBP=0.354,0.159;TYPE=del,snp;VARB=0.0945657,0.105409;OID=.,.;OPOS=139167675,139167677;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACC,ACCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.0454545:15,3:42:20,2:44:22:12,2:8,0:10:12:99:21:10,3:5,0:10:11 chr7 139252780 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.982;QD=59.1414;RBI=0.0425146;REFB=0;REVB=0.0316916;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261156;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr7 139268736 . C CG 58.11 PASS AF=0.216867;AO=20;DP=84;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0171306;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.3681;QD=2.80052;RBI=0.0411702;REFB=-0.00959043;REVB=-0.037437;RO=64;SAF=19;SAR=1;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696697;STB=0.934358;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.136179;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216867:20:84:18:83:65:17:1:28:37:58:64:19:1:28:36 chr7 139415775 . G C 375.68 PASS AF=0.375;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0064482;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3767;QD=12.5228;RBI=0.00733442;REFB=-0.0139111;REVB=0.00349491;RO=72;SAF=29;SAR=16;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146477;STB=0.59721;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0228319;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:72:75:45:45:0.375:16:29:37:35:16:29:37:38 chr7 139415943 . G A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0126736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.998;QD=20.4412;RBI=0.0143989;REFB=-0.0126837;REVB=-0.00683441;RO=35;SAF=27;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211878;STB=0.61793;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00950822;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:11:27:17:18:11:27:17:18 chr7 139653196 . A C 780.81 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00330921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5349;QD=52.0539;RBI=0.0171201;REFB=-0.00547647;REVB=0.0167972;RO=3;SAF=25;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532915;STB=0.528292;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0019883;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:32:25:3:0:32:25:3:0 chr7 139724358 . G A 512.05 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00644043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.141;QD=19.6942;RBI=0.0104213;REFB=-0.018511;REVB=-0.00819292;RO=50;SAF=31;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403468;STB=0.518003;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.024744;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:51:53:53:0.509615:22:31:27:23:22:31:28:23 chr7 139724555 . C T 448.19 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00309166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0568;QD=18.6745;RBI=0.0201489;REFB=-0.00989041;REVB=-0.0199103;RO=51;SAF=30;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813426;STB=0.545434;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0234843;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:15:30:30:21:15:30:30:21 chr7 139727135 . G A 276.75 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0119245;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.447;QD=17.5713;RBI=0.0168861;REFB=-0.00589618;REVB=0.0119561;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112509;STB=0.580098;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00573634;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:33:28:30:0.47619:16:12:19:16:19:11:17:16 chr7 139784641 . A G 1272.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00525917;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.134;QD=60.6032;RBI=0.00780517;REFB=-0.102982;REVB=0.00576731;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=5.91657e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:40:43:0:1:40:43:0:1 chr7 139784786 . C A 154.49 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00425611;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.46;QD=21.3083;RBI=0.00471849;REFB=0.000717389;REVB=0.00203706;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190679;STB=0.573365;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000631051;OID=.;OPOS=139784786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:7:6:11:5:6:7 chr7 140051091 . G A 132.96 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0468944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1882;QD=15.1959;RBI=0.0479775;REFB=-0.00955989;REVB=0.0101367;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426564;STB=0.741662;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00435999;OID=.;OPOS=140051091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:17:3:9:6:17:3 chr7 140080087 . C G 140.0 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0203759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9073;QD=10.3707;RBI=0.0464957;REFB=-0.0037843;REVB=0.0417932;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359935;STB=0.682726;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0137225;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:36:17:18:0.333333:5:12:14:22:6:12:14:22 chr7 140159721 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000734139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.35;QD=12.396;RBI=0.00930759;REFB=-0.03193;REVB=0.0092786;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.034194;OID=.;OPOS=140159721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr7 140258000 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.563;QD=62.3449;RBI=0.0227037;REFB=0;REVB=-0.022132;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102994;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 140301731 . G T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00488785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.776;QD=59.7974;RBI=0.0164168;REFB=-0.117046;REVB=0.0156723;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.521729;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=3.04188e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:11:32:0:0:11:32:0:1 chr7 140774467 . C G 99.0 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0263566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6937;QD=14.6673;RBI=0.0942403;REFB=0.019637;REVB=0.0904796;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111711;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0212297;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:7:8:5:7:7:8 chr7 141176928 . G A 454.46 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00884338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.614;QD=13.6679;RBI=0.0100026;REFB=-0.000671963;REVB=-0.00467401;RO=81;SAF=22;SAR=30;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173292;STB=0.5098;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000789901;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:81:52:52:0.390977:30:22:33:48:30:22:33:48 chr7 141439003 . C T 78.83 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00407505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.65;QD=10.8733;RBI=0.00844444;REFB=-0.0135095;REVB=0.00739611;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286912;STB=0.559337;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.030615;OID=.;OPOS=141439003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:13:5:4:7:13:5 chr7 141464765 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.764;QD=56.9379;RBI=0.0565952;REFB=0;REVB=0.00201192;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196039;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr7 141478308 . T C 593.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5446;QD=60.8613;RBI=0.0337821;REFB=0;REVB=0.0284837;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787952;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr7 141478574 . G C 850.99 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9174;QD=57.6943;RBI=0.0535999;REFB=0;REVB=0.0140967;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590676;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr7 141478800 . G A 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.518;QD=60.5354;RBI=0.0122568;REFB=0;REVB=0.0112917;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17037e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr7 141490238 . G T 1302.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.392;QD=62.0058;RBI=0.0389673;REFB=0;REVB=0.033945;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24483e-05;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:34:50:0:0 chr7 141501943 . G C 551.03 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3213;QD=59.5711;RBI=0.0682585;REFB=0;REVB=0.0178818;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133213;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr7 141537735 . T G 1141.11 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.59;QD=60.0587;RBI=0.0141088;REFB=0;REVB=0.0134003;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110086;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:42:32:0:0:44:32:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 512.57 PASS AF=1;AO=33;DP=51;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395037;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=332.252;QD=58.5792;RBI=0.0439858;REFB=0;REVB=0.0193446;RO=18;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.23415e-05;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:51:35:35:0:11:24:0:0:4:18:10:23:9:9 chr7 141537945 . T A 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00860041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.264;QD=7.08594;RBI=0.0122163;REFB=-0.00783833;REVB=-0.00867588;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383778;STB=0.742036;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0209945;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:4:7:10:23:4:7:10:24 chr7 141672604 . T C 521.05 PASS AF=1;AO=22;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5522;QD=57.8939;RBI=0.253636;REFB=0;REVB=0.0262416;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339183;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:22:36:1:20:2:0:0:20:16:0:0 chr7 141673345 . C G 453.84 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5003;QD=55.0105;RBI=0.0561889;REFB=-0.11899;REVB=-0.00556041;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00580773;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr7 141724852 . C T 297.26 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0111089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5103;QD=11.4331;RBI=0.0186324;REFB=0.00895294;REVB=-0.0149586;RO=66;SAF=9;SAR=28;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250458;STB=0.641655;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0112985;OID=.;OPOS=141724852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:67:37:37:0.355769:28:9:29:37:28:9:29:38 chr7 141727526 . G T 391.67 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0066368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.181;QD=22.0658;RBI=0.0134325;REFB=-0.0233607;REVB=-0.0116783;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920523;STB=0.550699;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00861167;OID=.;OPOS=141727526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:19:20:20:12:19:20:20:12 chr7 141747658 . A G 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.009;QD=57.2319;RBI=0.0505769;REFB=0;REVB=0.00130157;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202002;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr7 141755358 . T C 713.15 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0395287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3773;QD=22.4615;RBI=0.0415872;REFB=-0.0108145;REVB=0.0129219;RO=58;SAF=40;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067354;STB=0.536902;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.012971;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:58:69:69:0.543307:29:40:29:29:29:40:29:29 chr7 141780686 . C G 259.19 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00283683;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.456;QD=9.8739;RBI=0.00310388;REFB=-0.0107226;REVB=-0.00125955;RO=71;SAF=18;SAR=16;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423649;STB=0.524649;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0286989;OID=.;OPOS=141780686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:71:71:34:34:0.32381:16:18:35:36:16:18:35:36 chr7 141784326 . G C 3025.38 PASS AF=0.917031;AO=210;DP=231;FAO=210;FDP=229;FR=.;FRO=19;FSAF=127;FSAR=83;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00344819;FXX=0.00865763;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8342;QD=52.8451;RBI=0.0338057;REFB=-0.0234213;REVB=0.0336294;RO=15;SAF=127;SAR=83;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821716;STB=0.511516;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0156293;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:231:229:15:19:210:210:0.917031:83:127:10:5:83:127:14:5 chr7 141796131 . G A,T 638.19 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,3;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103213,0.0220976;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=170.266,27.3398;QD=60.7796;RBI=0.0173719,0.0271538;REFB=0,0;REVB=0.0139733,0.0157805;RO=0;SAF=23,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00334116,-0.0155718;OID=.,.;OPOS=141796131,141796131;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:39,3:40,2:0.952381,0.047619:16,1:23,2:0:0:16,1:24,1:0:0 chr7 141838362 . C G 470.17 PASS AF=0.398496;AO=52;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.00141742;FXX=0.0148137;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.572;QD=14.1403;RBI=0.0155406;REFB=-0.0169621;REVB=-0.0154758;RO=78;SAF=19;SAR=33;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064684;STB=0.53003;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0264476;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:80:52:53:0.398496:33:19:33:45:33:20:34:46 chr7 141857846 . A G 2223.95 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355607;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.582;QD=62.6466;RBI=0.0358817;REFB=-0.0449117;REVB=-0.0047888;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=2.14357e-06;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:142:0:1:141:141:0.992958:61:80:0:0:61:80:1:0 chr7 141896059 . A G 365.01 PASS AF=0.423913;AO=40;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0141304;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.922;QD=15.8699;RBI=0.0460627;REFB=-0.0135297;REVB=-0.0438418;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668917;STB=0.54533;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0141899;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:53:40:39:0.423913:20:20:23:30:19:20:23:30 chr7 141898522 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.499;QD=55.6561;RBI=0.0148393;REFB=0;REVB=0.0138644;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44638e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr7 141955128 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00171987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.725;QD=8.4016;RBI=0.00453817;REFB=-0.0207718;REVB=0.00419965;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864553;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0328399;OID=.;OPOS=141955128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:19:21:9:9:0.3:5:4:7:12:5:4:8:13 chr7 142001030 . A G 1513.26 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.493;QD=59.9309;RBI=0.0494303;REFB=0;REVB=0.0478928;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16973e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr7 142013384 . G A,C 1158.75 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=5,71;DP=76;FAO=4,74;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=3,43;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416684,0.0286403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.407,107.23;QD=59.4229;RBI=0.00941329,0.0328217;REFB=0,0;REVB=-0.00844083,-0.0160311;RO=0;SAF=4,40;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.18246e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0552894,-0.000176285;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:76:78:0:0:5,71:4,74:0.0512821,0.948718:1,31:4,40:0:0:1,31:3,43:0:0 chr7 142045848 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.866;QD=59.8394;RBI=0.0314507;REFB=0;REVB=0.0251975;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32592e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr7 142045924 . A G 407.5 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665309;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0797;QD=56.2066;RBI=0.0667408;REFB=0;REVB=-0.00528926;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967652;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:22:6:0:0:22:7:0:0 chr7 142099484 . G C 88.79 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.160658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.636;QD=4.38452;RBI=0.160658;REFB=-0.0238384;REVB=-0.000190265;RO=51;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230483;STB=0.556344;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0895882;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:81:81:51:65:16:16:0.197531:7:9:19:32:7:9:32:33 chr7 142099512 . T G 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0159383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.401;QD=2.53756;RBI=0.0160595;REFB=0.000569391;REVB=-0.00196968;RO=79;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140858;STB=0.599107;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00376142;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:5:7:37:42:5:7:37:42 chr7 142099537 . G T 43.67 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0230938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.851;QD=1.94082;RBI=0.0232203;REFB=-0.00411969;REVB=-0.00242133;RO=79;SAF=5;SAR=5;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114517;STB=0.577626;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00830983;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:90:79:80:10:10:0.111111:5:5:32:47:5:5:33:47 chr7 142099541 . T C 42.19 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0141973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.068;QD=1.77659;RBI=0.0224475;REFB=-0.00254765;REVB=-0.0173876;RO=85;SAF=5;SAR=5;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910273;STB=0.568287;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0143492;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:5:5:36:49:5:5:36:49 chr7 142119831 . G A 998.7 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0375944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.386;QD=53.9838;RBI=0.0426949;REFB=-0.0278912;REVB=0.0202364;RO=4;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428106;STB=0.521662;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0029131;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:74:4:4:69:70:0.945946:25:44:1:3:26:44:1:3 chr7 142124170 . C G,T 1103.78 PASS AF=0.0394737,0.947368;AO=3,72;DP=77;FAO=3,72;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=1,39;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277405,0.0063348;FXX=0.0129853;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.0947,190.526;QD=58.0934;RBI=0.0282987,0.00916668;REFB=0.0274837,-0.0741148;REVB=-0.0055932,0.00662559;RO=1;SAF=1,39;SAR=2,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0141159;STB=0.59939,0.507461;STBP=0.681,0.315;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0199103,5.45442e-05;OID=.,.;OPOS=142124170,142124170;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:76:1:1:3,72:3,72:0.0394737,0.947368:2,33:1,39:0:1:2,33:1,39:0:1 chr7 142124424 . T G 1461.45 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00157928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.865;QD=57.3116;RBI=0.0268452;REFB=-0.0043709;REVB=0.0267987;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013342;STB=0.50059;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000277615;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:46:53:1:1:47:53:1:1 chr7 142124539 . C T 40.42 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00742671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5981;QD=2.69493;RBI=0.018941;REFB=-0.00719886;REVB=-0.0174243;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210022;STB=0.59976;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0415206;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:60:60:51:52:7:8:0.133333:3:4:20:31:4:4:20:32 chr7 142139348 . C T 1471.27 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00269314;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.569;QD=61.3031;RBI=0.00569721;REFB=-0.0584884;REVB=-0.00502048;RO=2;SAF=29;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882905;STB=0.504657;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000534035;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:96:2:2:94:94:0.979167:65:29:1:1:65:29:1:1 chr7 142139773 . C T 345.74 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0113092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.213;QD=19.4781;RBI=0.0115624;REFB=-0.0197792;REVB=0.00240654;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488821;STB=0.534572;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.021645;OID=.;OPOS=142139773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:16:20:17:17:16:20:17:18 chr7 142139783 . C A,G 1016.39 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=64,6;DP=70;FAO=64,6;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33,4;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000794567,-0.00122862;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=257.682,13.8908;QD=58.0792;RBI=0.00129299,0.0183385;REFB=0,0;REVB=0.00102004,-0.0182973;RO=0;SAF=33,4;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000248065,0.0760738;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:70:70:0:0:64,6:64,6:0.914286,0.0857143:31,2:33,4:0:0:31,2:33,4:0:0 chr7 142143804 . A C 2221.57 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0325739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.304;QD=61.7104;RBI=0.0328791;REFB=0.0104698;REVB=0.00446926;RO=2;SAF=85;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110557;STB=0.505813;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000131831;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:144:2:2:141:142:0.986111:56:85:2:0:57:85:2:0 chr7 142149160 . T G 815.39 PASS AF=0.52;AO=77;DP=149;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00702824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.635;QD=21.7436;RBI=0.00708161;REFB=-0.0016782;REVB=-0.00086784;RO=72;SAF=37;SAR=40;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687506;STB=0.540614;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00192829;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:72:72:77:78:0.52:40:37:29:43:40:38:29:43 chr7 142149349 . A C 1200.13 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.459;QD=60.7661;RBI=0.0290085;REFB=0;REVB=0.0137374;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440116;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:44:32:0:0:45:34:0:0 chr7 142162001 . A C 3133.52 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.264;QD=63.9494;RBI=0.00958003;REFB=0;REVB=0.00949222;RO=0;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48087e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:91:105:0:0:91:105:0:0 chr7 142162050 . A G 1156.95 PASS AF=0.548718;AO=107;DP=195;FAO=107;FDP=195;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.00144781;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.974;QD=23.7322;RBI=0.00632409;REFB=-0.00516993;REVB=-0.00615613;RO=87;SAF=61;SAR=46;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109985;STB=0.562524;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00514901;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:87:88:107:107:0.548718:46:61:38:49:46:61:38:50 chr7 142162148 . C T 557.86 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00366786;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.694;QD=15.6045;RBI=0.0167719;REFB=-0.00827427;REVB=-0.016366;RO=82;SAF=27;SAR=33;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391532;STB=0.518643;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0138362;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:82:83:60:60:0.41958:33:27:40:42:33:27:40:43 chr7 142162306 . A G 105.2 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000603169;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.446;QD=10.0189;RBI=0.00960115;REFB=0.00101488;REVB=-0.00958218;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.56918;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0019548;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:8:5:14:14:8:5:14:15 chr7 142168414 . G C 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00999994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.107;QD=2.09279;RBI=0.0100255;REFB=-0.00354983;REVB=-0.000715296;RO=67;SAF=7;SAR=2;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289419;STB=0.708362;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0433007;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:78:67:69:9:9:0.115385:2:7:37:30:2:7:39:30 chr7 142168429 . A G 1308.18 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310274;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.821;QD=62.2944;RBI=0.0315615;REFB=0;REVB=0.00578188;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051422;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:34:50:0:0 chr7 142168452 . C A 1591.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922287;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.187;QD=64.3151;RBI=0.0192556;REFB=0;REVB=0.0169032;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22874e-05;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr7 142168466 . A C 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00988642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.027;QD=1.34425;RBI=0.0106952;REFB=-0.00171683;REVB=-0.00408004;RO=101;SAF=8;SAR=2;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347377;STB=0.778449;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0141152;OID=.;OPOS=142168466;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:2:8:51:50:2:8:51:50 chr7 142168474 . G A 36.24 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=117;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00853477;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.488;QD=1.2717;RBI=0.0362485;REFB=-0.00474161;REVB=-0.0352294;RO=106;SAF=8;SAR=2;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339456;STB=0.775983;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0452453;OID=.;OPOS=142168474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:117:114:106:104:10:10:0.0877193:2:8:54:52:2:8:53:51 chr7 142168662 . CG TC 1294.09 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=7.32758e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.433;QD=59.4982;RBI=0.037374;REFB=-0.216421;REVB=0.037374;RO=2;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201498;STB=0.510636;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.00116999;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:46:39:0:2:46:39:0:2 chr7 142168819 . G A 189.95 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0102967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.618;QD=13.3297;RBI=0.0157541;REFB=-0.0202136;REVB=-0.0119234;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389248;STB=0.505613;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0351909;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:34:23:23:0.403509:9:14:20:11:9:14:21:13 chr7 142168856 . C G 586.63 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0400123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9546;QD=52.145;RBI=0.051286;REFB=-0.0998976;REVB=-0.0320823;RO=4;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055977;STB=0.530372;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0229698;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:45:4:4:40:41:0.911111:17:23:1:3:17:24:1:3 chr7 142176378 . A G 833.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.615;QD=57.5098;RBI=0.028361;REFB=0;REVB=0.0262575;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00619e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr7 142180646 . AG CT 39.06 PASS AF=0.0744681;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=188;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=119;FSRR=55;FWDB=-0.020573;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.844;QD=0.831137;RBI=0.0240659;REFB=-0.00230673;REVB=-0.0124866;RO=167;SAF=11;SAR=3;SRF=118;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113534;STB=0.620435;STBP=0.422;TYPE=mnp;VARB=0.0282747;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:184:188:167:174:14:14:0.0744681:3:11:118:49:3:11:119:55 chr7 142180704 . G T 363.48 PASS AF=0.23431;AO=56;DP=239;FAO=56;FDP=239;FR=.;FRO=183;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=90;FSRR=93;FWDB=-0.00292604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.591;QD=6.08341;RBI=0.0125446;REFB=-0.00241816;REVB=-0.0121986;RO=182;SAF=28;SAR=28;SRF=90;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695752;STB=0.506274;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00503312;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:182:183:56:56:0.23431:28:28:90:92:28:28:90:93 chr7 142180737 . T A 427.75 PASS AF=0.28436;AO=60;DP=211;FAO=60;FDP=211;FR=.;FRO=151;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=85;FSRR=66;FWDB=-0.0110166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.297;QD=8.10908;RBI=0.0125842;REFB=-0.0123007;REVB=-0.00608262;RO=151;SAF=32;SAR=28;SRF=85;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363674;STB=0.521317;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0448282;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:151:151:60:60:0.28436:28:32:85:66:28:32:85:66 chr7 142180770 . T C 457.56 PASS AF=0.333333;AO=57;DP=174;FAO=58;FDP=174;FR=.;FRO=116;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=0.00150176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.933;QD=10.5186;RBI=0.00297505;REFB=-0.00530404;REVB=-0.0025682;RO=115;SAF=31;SAR=26;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455995;STB=0.523341;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0147164;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:115:116:57:58:0.333333:26:31:67:48:26:32:68:48 chr7 142231701 . G T 1124.66 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415294;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.56;QD=59.9816;RBI=0.00734464;REFB=0;REVB=0.00605779;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865095;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:18:55:0:0:18:57:0:0 chr7 142242469 . G T 75.73 PASS AF=0.116883;AO=18;DP=154;FAO=18;FDP=154;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=0.000724297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.462;QD=1.96712;RBI=0.00932552;REFB=-0.00637385;REVB=-0.00929735;RO=136;SAF=5;SAR=13;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229747;STB=0.666729;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0368497;OID=.;OPOS=142242469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:154:154:136:136:18:18:0.116883:13:5:62:74:13:5:62:74 chr7 142242478 . C G 76.22 PASS AF=0.117647;AO=18;DP=153;FAO=18;FDP=153;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=-0.0305911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.205;QD=1.99278;RBI=0.0309478;REFB=-0.00179652;REVB=-0.00468512;RO=134;SAF=5;SAR=13;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195257;STB=0.645221;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0216955;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:153:153:134:135:18:18:0.117647:13:5:57:77:13:5:58:77 chr7 142242511 . A G 118.55 PASS AF=0.156463;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.0763354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7529;QD=3.22582;RBI=0.0764149;REFB=-0.0017621;REVB=0.00348599;RO=123;SAF=9;SAR=14;SRF=51;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308297;STB=0.524548;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00556788;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:123:124:23:23:0.156463:14:9:51:72:14:9:52:72 chr7 142242552 . G T 88.1 PASS AF=0.14876;AO=18;DP=122;FAO=18;FDP=121;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=0.00142334;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.672;QD=2.9124;RBI=0.00154677;REFB=-0.00192617;REVB=-0.000605475;RO=102;SAF=3;SAR=15;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328285;STB=0.733494;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00914412;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:122:121:102:103:18:18:0.14876:15:3:39:63:15:3:40:63 chr7 142247134 . T C 714.99 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159718;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.582;QD=57.1994;RBI=0.0645619;REFB=0;REVB=0.0625551;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150663;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr7 142247263 . G A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00171293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.537;QD=3.33866;RBI=0.0017217;REFB=0.00308769;REVB=-0.000173526;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214952;STB=0.649546;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.018614;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:11:23:3:3:11:23 chr7 142247270 . TG CA 39.22 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0494002;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.059;QD=4.02291;RBI=0.0503313;REFB=-0.00599384;REVB=-0.00963672;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160576;STB=0.604928;STBP=0.625;TYPE=mnp;VARB=0.00581325;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:39:30:32:6:6:0.153846:3:3:11:19:3:3:12:20 chr7 142247285 . G C 78.85 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0206895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8183;QD=6.57111;RBI=0.0209845;REFB=0.00150591;REVB=-0.0035062;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164395;STB=0.602937;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00613154;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:12:25:6:5:12:25 chr7 142247288 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0105256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.915;QD=6.73534;RBI=0.026862;REFB=-0.00691079;REVB=-0.0247139;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225887;STB=0.639771;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0211545;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:6:5:10:26:6:5:10:26 chr7 142247347 . AT CC 72.08 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0197031;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=111.269;QD=6.13454;RBI=0.0424107;REFB=-0.000401875;REVB=-0.037556;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370915;STB=0.725411;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=0.00306486;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:48:47:35:37:10:10:0.212766:4:6:10:25:4:6:11:26 chr7 142247380 . T A 69.2 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0105298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1144;QD=6.15147;RBI=0.0266146;REFB=-0.00984015;REVB=-0.024443;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203569;STB=0.599808;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.014208;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:30:35:8:10:0.222222:4:4:10:20:5:5:13:22 chr7 142247396 . A T 52.95 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0247279;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.076;QD=5.7238;RBI=0.0417871;REFB=-0.00714181;REVB=-0.0336851;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.585989;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.033254;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:37:28:29:8:8:0.216216:5:3:13:15:5:3:14:15 chr7 142250938 . T G 780.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400465;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.863;QD=63.6814;RBI=0.0570805;REFB=0;REVB=0.040675;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665922;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr7 142250988 . G A 743.49 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3318;QD=63.2761;RBI=0.0164846;REFB=0;REVB=0.000711937;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186357;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr7 142251132 . G T 651.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.868;QD=62.073;RBI=0.054582;REFB=0;REVB=0.0308793;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213154;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr7 142326607 . C T 431.97 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=110;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0172601;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.414;QD=15.9989;RBI=0.0182124;REFB=-0.0230746;REVB=0.00581198;RO=60;SAF=23;SAR=24;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439803;STB=0.509255;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0267307;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:60:60:47:48:0.444444:24:23:32:28:24:24:31:29 chr7 142326909 . C G 787.91 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124762;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.686;QD=57.3024;RBI=0.0657757;REFB=0;REVB=0.0645816;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395881;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr7 142334648 . A T 669.15 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=9;FWDB=7.09347e-05;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.83;QD=23.8983;RBI=0.0373896;REFB=-0.00266988;REVB=-0.0373895;RO=44;SAF=28;SAR=36;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263296;STB=0.656817;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00307451;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:44:48:64:64:0.571429:36:28:35:9:36:28:39:9 chr7 142334744 . C A 539.99 PASS AF=0.446154;AO=48;DP=125;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0164673;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.679;QD=16.6151;RBI=0.0166116;REFB=-0.0137796;REVB=-0.00218485;RO=77;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194596;STB=0.566873;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0195785;OID=.;OPOS=142334744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:77:72:48:58:0.446154:20:28:31:46:26:32:31:41 chr7 142373010 . C T 402.54 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00197558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.077;QD=15.6327;RBI=0.0978374;REFB=-0.0267046;REVB=-0.0978174;RO=58;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736227;STB=0.541348;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0308233;OID=.;OPOS=142373010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:17:28:32:26:17:28:32:26 chr7 142374072 . C A 237.2 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0191666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8637;QD=11.4315;RBI=0.0233746;REFB=0.00202946;REVB=0.0133796;RO=54;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816946;STB=0.547231;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00374623;OID=.;OPOS=142374072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:14:15:24:30:14:15:24:30 chr7 142374083 . A G 247.91 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0265067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.627;QD=12.2422;RBI=0.0324524;REFB=-0.0129719;REVB=0.018723;RO=51;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132621;STB=0.576055;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0206021;OID=.;OPOS=142374083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:14:16:21:30:14:16:21:30 chr7 142378633 . G A 207.91 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00771424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.827;QD=13.4136;RBI=0.0503198;REFB=-0.00163618;REVB=0.049725;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911354;STB=0.552082;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00287306;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:21:16:13:12:21:16 chr7 142378831 . C G 804.2 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000119066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.613;QD=64.3357;RBI=0.0538385;REFB=0;REVB=0.0538384;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221993;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr7 142423562 . C T 1556.2 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5366;QD=59.8539;RBI=0.0246604;REFB=0;REVB=0.0240746;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167035;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr7 142458451 . A T 184.59 PASS AF=0.161572;AO=37;DP=229;FAO=37;FDP=229;FR=.;FRO=192;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=99;FSRR=93;FWDB=-0.00675087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.709;QD=3.22436;RBI=0.00927939;REFB=0.000671051;REVB=-0.00636654;RO=191;SAF=22;SAR=15;SRF=99;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990969;STB=0.566893;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00608094;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:191:192:37:37:0.161572:15:22:99:92:15:22:99:93 chr7 142458737 . C G 59.72 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00553164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.174;QD=5.6879;RBI=0.00845588;REFB=-0.00281566;REVB=-0.00639554;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304634;STB=0.723608;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0234254;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:31:33:9:9:0.214286:7:2:14:17:7:2:16:17 chr7 142458829 . A G 77.9 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00475167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.954;QD=4.79373;RBI=0.0263443;REFB=-0.00692169;REVB=-0.0259122;RO=52;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737505;STB=0.547603;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0264337;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:8:5:23:29:8:5:23:29 chr7 142458837 . A T 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0179568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.663;QD=4.56731;RBI=0.0192236;REFB=-0.00722133;REVB=0.00686302;RO=54;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296229;STB=0.519201;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0280121;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:8:5:22:32:8:5:22:32 chr7 142458841 . AT A 75.51 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00944583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.479;QD=4.44189;RBI=0.0220212;REFB=0.000619072;REVB=-0.0198924;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664757;STB=0.543258;STBP=0.76;TYPE=del;VARB=-0.00911264;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191176:13:68:13:68:55:5:8:24:31:75:55:5:8:24:31 chr7 142458929 . G C 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.02908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5381;QD=1.82116;RBI=0.0372986;REFB=0.00129929;REVB=0.0233567;RO=61;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11041;STB=0.578289;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00244779;OID=.;OPOS=142458929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:61:62:7:7:0.101449:3:4:29:32:3:4:30:32 chr7 142458967 . A T 48.0 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.045077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.619;QD=2.49367;RBI=0.0605323;REFB=-0.00819753;REVB=-0.0404007;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927401;STB=0.558326;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0367973;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:5:5:28:38:5:5:29:38 chr7 142458972 . T C 56.5 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=76;FAO=11;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0788009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.637;QD=2.93511;RBI=0.0808726;REFB=-0.0145805;REVB=-0.018188;RO=45;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328683;STB=0.513103;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0457503;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:77:45:66:10:11:0.142857:5:5:11:34:6:5:29:37 chr7 142458987 . C G 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0137972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.13;QD=3.83787;RBI=0.041402;REFB=-0.00741984;REVB=-0.0390354;RO=62;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857383;STB=0.556873;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0369173;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:8:5:28:34:8:5:28:34 chr7 142460335 . A G 402.39 PASS AF=0.295082;AO=54;DP=184;FAO=54;FDP=183;FR=.;FRO=129;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00353749;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3787;QD=8.79534;RBI=0.00822106;REFB=-0.00579619;REVB=-0.00742105;RO=129;SAF=24;SAR=30;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718579;STB=0.542006;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0173429;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:129:129:54:54:0.295082:30:24:65:64:30:24:65:64 chr7 142460369 . G A 296.58 PASS AF=0.25731;AO=44;DP=171;FAO=44;FDP=171;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=0.0230128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.589;QD=6.93746;RBI=0.0232458;REFB=-0.00420178;REVB=-0.00328265;RO=127;SAF=19;SAR=25;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10927;STB=0.56528;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0114062;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:127:127:44:44:0.25731:25:19:66:61:25:19:66:61 chr7 142460394 . T C 192.05 PASS AF=0.206452;AO=32;DP=155;FAO=32;FDP=155;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.0188349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2729;QD=4.9561;RBI=0.033764;REFB=-0.0169934;REVB=-0.0280224;RO=123;SAF=11;SAR=21;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217157;STB=0.635497;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0380704;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:123:123:32:32:0.206452:21:11:63:60:21:11:63:60 chr7 142460412 . A C 76.82 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0408647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.283;QD=2.38189;RBI=0.0423702;REFB=-0.00966218;REVB=-0.0111942;RO=111;SAF=7;SAR=10;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14887;STB=0.606759;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0392032;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:129:129:111:112:17:17:0.131783:10:7:59:52:10:7:60:52 chr7 142460415 . T C 56.9 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0196805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.848;QD=1.80641;RBI=0.0551046;REFB=-7.07214e-05;REVB=0.0514703;RO=109;SAF=7;SAR=7;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502866;STB=0.531701;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00388801;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:126:109:112:14:14:0.111111:7:7:59:50:7:7:60:52 chr7 142479915 . T C 964.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.016;QD=58.4412;RBI=0.0157224;REFB=0;REVB=-0.0156855;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60949e-05;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:26:37:0:0:27:39:0:0 chr7 142479954 . C T 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.613;QD=59.8648;RBI=0.00516714;REFB=0;REVB=-0.000722726;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93783e-06;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr7 142480002 . C A 1710.74 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.576;QD=60.5571;RBI=0.0246678;REFB=0;REVB=0.0234817;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28778e-05;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:48:63:0:0:48:65:0:0 chr7 142480019 . T G 600.76 PASS AF=0.566372;AO=44;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.000599961;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.305;QD=21.2658;RBI=0.00377785;REFB=-0.0213334;REVB=-0.00372991;RO=48;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527028;STB=0.603252;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0166333;OID=.;OPOS=142480019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:49:44:64:0.566372:16:28:33:15:35:29:34:15 chr7 142480067 . C T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00500699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.176;QD=55.8047;RBI=0.00642388;REFB=0.0896037;REVB=0.00402446;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=8.67911e-06;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr7 142498735 . A C 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0137455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.531;QD=7.52766;RBI=0.0146385;REFB=0.00050731;REVB=-0.00503457;RO=43;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295591;STB=0.679944;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00130135;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:5:11:19:24:5:11:19:24 chr7 142498738 . C G 112.33 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0129702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=7.74652;RBI=0.0129819;REFB=0.00102741;REVB=0.000551057;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308678;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00281585;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:5:11:18:24:5:11:18:24 chr7 142498833 . A T 371.12 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0578155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8883;QD=12.0689;RBI=0.0685568;REFB=0.000186261;REVB=0.0368429;RO=75;SAF=30;SAR=15;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23885;STB=0.625641;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00075289;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:78:45:45:0.365854:15:30:34:41:15:30:37:41 chr7 142498837 . C T 384.22 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0122726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.2315;QD=12.4949;RBI=0.0249854;REFB=-0.00490263;REVB=0.0217636;RO=77;SAF=31;SAR=15;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219937;STB=0.625632;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00515635;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:77:46:46:0.373984:15:31:37:40:15:31:37:40 chr7 142498897 . A G 399.45 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00423826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.025;QD=13.2049;RBI=0.011613;REFB=-0.0203142;REVB=-0.0108119;RO=72;SAF=28;SAR=19;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16191;STB=0.58371;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0318003;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:74:47:47:0.38843:19:28:32:40:19:28:34:40 chr7 142499071 . T C 390.57 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0788859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.462;QD=16.62;RBI=0.0788876;REFB=-0.0108199;REVB=-0.000509022;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772402;STB=0.543423;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0145907;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:17:24:27:26:17:24:27:26 chr7 142499836 . T C 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00472912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4457;QD=1.97727;RBI=0.00476216;REFB=0.00728372;REVB=0.00055994;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488963;STB=0.870358;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0836508;OID=.;OPOS=142499836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:6:1:34:25:6:1:34:25 chr7 142499854 . T C 34.84 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0590116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0269;QD=2.28463;RBI=0.0630445;REFB=-0.00556448;REVB=-0.0221865;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532933;STB=0.888846;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0489219;OID=.;OPOS=142499854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:61:53:54:7:7:0.114754:6:1:33:20:6:1:34:20 chr7 142499862 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0304971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.926;QD=2.28104;RBI=0.0305585;REFB=-0.000306508;REVB=-0.00193641;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500128;STB=0.869688;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00138881;OID=.;OPOS=142499862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:5:1:30:18:5:1:30:18 chr7 142499874 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0132122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.636;QD=2.64356;RBI=0.017661;REFB=-0.00271629;REVB=0.0117196;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47175;STB=0.84856;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0214767;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:25:18:5:1:25:18 chr7 143017807 . G T 1433.05 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00723514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.679;QD=59.7103;RBI=0.0190402;REFB=-0.0730236;REVB=0.017612;RO=2;SAF=72;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129878;STB=0.504779;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000202472;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:2:3:93:93:0.96875:21:72:2:0:21:72:2:1 chr7 143036337 . C T 227.78 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0178104;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.498;QD=12.4809;RBI=0.0183536;REFB=-0.0015246;REVB=-0.00443209;RO=45;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14089;STB=0.584117;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00311381;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:26:28:0.383562:10:16:22:23:10:18:23:22 chr7 143042837 . C T 513.64 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00251117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.92;QD=24.4589;RBI=0.00278517;REFB=-0.0346042;REVB=0.00120465;RO=36;SAF=15;SAR=33;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243674;STB=0.633899;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0260958;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:33:15:22:14:33:15:22:14 chr7 143043240 . C T 304.02 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0600089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3801;QD=17.3723;RBI=0.0743286;REFB=0.00073824;REVB=0.0438597;RO=36;SAF=6;SAR=27;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168579;STB=0.590673;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00124416;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:27:6:11:25:27:6:11:26 chr7 143053260 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.358;QD=60.6102;RBI=0.0264502;REFB=0;REVB=0.0215742;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131938;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr7 143088823 . T C 505.87 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115976;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.331;QD=59.5143;RBI=0.0442939;REFB=0;REVB=0.0427486;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233472;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr7 143088867 . T C 412.06 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.725;QD=56.8359;RBI=0.0340549;REFB=0;REVB=0.0294627;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367542;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:20:6:0:0:22:7:0:0 chr7 143093538 . G A 1610.3 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2714;QD=58.5562;RBI=0.0323978;REFB=-0.0540947;REVB=-0.0172473;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00136264;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:0:1:107:109:0.990909:53:54:0:0:56:53:1:0 chr7 143097100 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2172;QD=59.435;RBI=0.0457906;REFB=0;REVB=-0.0206343;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299983;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr7 143140930 . GTCT G 179.05 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.000172609;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.612;QD=12.5649;RBI=0.00848378;REFB=-0.0169461;REVB=0.00848203;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189355;STB=0.622534;STBP=0.176;TYPE=del;VARB=0.02534;OID=.;OPOS=143140931;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:21:57:22:57:35:10:12:23:12:99:31:9:12:19:12 chr7 143141475 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=13;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0239395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6188;QD=12.9747;RBI=0.0285533;REFB=-0.0150455;REVB=0.0155625;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617278;STB=0.52269;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0229331;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:13:12:0.4:10:3:4:13:9:3:4:14 chr7 143270172 . A G 1701.12 PASS AF=0.614458;AO=153;DP=243;FAO=153;FDP=249;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=118;FSRF=27;FSRR=69;FWDB=0.0188778;FXX=0.0235285;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6769;QD=27.3273;RBI=0.0840156;REFB=-0.00335818;REVB=-0.0818673;RO=90;SAF=35;SAR=118;SRF=27;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665222;STB=0.527808;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00349514;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:249:90:96:153:153:0.614458:118:35:27:63:118:35:27:69 chr7 143451825 . C T 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0217716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5677;QD=11.6195;RBI=0.0219855;REFB=-0.00400975;REVB=-0.00305968;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100862;STB=0.577236;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00637671;OID=.;OPOS=143451825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:20:20:0.363636:16:4:9:25:16:4:10:25 chr7 143453499 . T C 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.027526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.999;QD=2.85579;RBI=0.0411384;REFB=0.00110244;REVB=0.0305726;RO=59;SAF=2;SAR=8;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438055;STB=0.803866;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00950615;OID=.;OPOS=143453499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:59:61:10:10:0.140845:8:2:33:26:8:2:34:27 chr7 143632618 . C T 488.71 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0237642;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9088;QD=17.9343;RBI=0.0264737;REFB=-0.0146231;REVB=0.011667;RO=57;SAF=32;SAR=20;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697671;STB=0.538784;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0143418;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:20:32:31:26:20:32:31:26 chr7 143633297 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00709444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.733;QD=21.2647;RBI=0.0156324;REFB=-0.00297915;REVB=-0.0139298;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354885;STB=0.51998;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00318818;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:7:11:13:7:7:11 chr7 143657801 . A G 469.19 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0114148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.946;QD=17.0614;RBI=0.0173372;REFB=-0.015626;REVB=-0.0130492;RO=56;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170251;STB=0.51089;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.019321;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:56:59:51:51:0.463636:31:20:21:35:31:20:22:37 chr7 143882673 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00694814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.627;QD=11.617;RBI=0.0293027;REFB=0.00353949;REVB=0.028467;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135926;STB=0.596706;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00516452;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:4:15:23:10:4:15:23:11 chr7 143955884 . A C 65.41 PASS AF=0.0954774;AO=19;DP=199;FAO=19;FDP=199;FR=.;FRO=180;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=102;FWDB=-0.000383706;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.055;QD=1.31477;RBI=0.0108443;REFB=-0.00174516;REVB=0.0108375;RO=180;SAF=14;SAR=5;SRF=78;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353791;STB=0.764799;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0118886;OID=.;OPOS=143955884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:199:199:180:180:19:19:0.0954774:5:14:78:102:5:14:78:102 chr7 143956742 . C G 2244.1 PASS AF=0.564865;AO=208;DP=370;FAO=209;FDP=370;FR=.;FRO=161;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=-0.0230762;FXX=0.00804268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5654;QD=24.2606;RBI=0.0250218;REFB=-0.014002;REVB=-0.0096737;RO=160;SAF=96;SAR=112;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359555;STB=0.517011;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00993073;OID=.;OPOS=143956742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:160:161:208:209:0.564865:112:96:81:79:112:97:81:80 chr7 144015434 . A G 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.043;QD=56.9805;RBI=0.024802;REFB=0;REVB=-0.0070356;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88932e-05;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr7 144015437 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.274;QD=55.0445;RBI=0.0149906;REFB=-0.0481796;REVB=0.00183209;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-6.94168e-05;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:18:37:0:0:18:37:1:0 chr7 144060802 . C T 150.9 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00364027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.033;QD=12.5749;RBI=0.0344004;REFB=-0.00828794;REVB=-0.0342072;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408285;STB=0.753211;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0351685;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:14:3:15:15:14:3:16:15 chr7 144070301 . G A 91.44 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.011265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8489;QD=4.0641;RBI=0.0200465;REFB=-0.00788703;REVB=0.016582;RO=73;SAF=8;SAR=8;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183399;STB=0.610979;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0340101;OID=.;OPOS=144070301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:73:74:16:16:0.177778:8:8:47:26:8:8:47:27 chr7 144095600 . A G 203.61 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0244847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0773;QD=38.782;RBI=0.0586379;REFB=0.0171103;REVB=-0.0532814;RO=3;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582612;STB=0.531879;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0380471;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:8:10:1:2:8:10:1:2 chr7 144098992 . G A 671.63 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00587731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2007;QD=51.6639;RBI=0.0690579;REFB=-0.0624076;REVB=0.0688074;RO=2;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587068;STB=0.531237;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00301484;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:15:35:0:2:15:35:0:2 chr7 148113623 . ATAGTT A 590.83 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018101;FXX=0.212721;HRUN=1;LEN=5;MLLD=274.184;QD=63.8732;RBI=0.0226072;REFB=0;REVB=-0.0135439;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.0699e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:44:37:37:0:19:18:0:0:3:0:19:18:0:0 chr7 148131742 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.144;QD=59.435;RBI=0.0238709;REFB=0;REVB=0.0233619;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8746e-05;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr7 148143136 . A G 2357.33 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0086085;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5861;QD=63.284;RBI=0.0383009;REFB=-0.032464;REVB=-0.037321;RO=1;SAF=65;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726061;STB=0.503759;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=1.1331e-05;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:147:148:0.993289:82:65:1:0:82:66:1:0 chr7 148481488 . G A 386.33 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000277449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.201;QD=23.7742;RBI=0.00485365;REFB=-0.000403374;REVB=-0.00484572;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097012;STB=0.554026;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000328833;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:27:37:38:0.584615:16:21:18:8:16:22:19:8 chr7 148638572 . G A 562.95 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0356833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1153;QD=18.0144;RBI=0.0373951;REFB=0.0286952;REVB=0.0111846;RO=65;SAF=32;SAR=27;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040386;STB=0.525917;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0337988;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:66:59:59:0.472:27:32:38:27:27:32:39:27 chr7 148700542 . A C 67.5 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00198512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.943;QD=13.5003;RBI=0.00918174;REFB=-0.0262413;REVB=0.00896457;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259998;STB=0.650867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0154677;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:2:9:5:4:2:9 chr7 148712092 . G A 323.37 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0127964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.987;QD=34.9587;RBI=0.0128526;REFB=-0.00689947;REVB=0.00119976;RO=10;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586452;STB=0.531976;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00237747;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:13:14:4:6:13:14:4:6 chr7 148730171 . G A 146.55 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00444959;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.18;QD=10.4681;RBI=0.00520539;REFB=-0.00487238;REVB=0.00270134;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129331;STB=0.565147;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0100066;OID=.;OPOS=148730171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:37:19:19:0.339286:6:13:22:16:6:13:22:15 chr7 148730181 . A G 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0093786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8128;QD=9.40167;RBI=0.0138047;REFB=0.00365062;REVB=0.0101297;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940816;STB=0.555899;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00619164;OID=.;OPOS=148730181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:6:14:27:16:6:14:27:16 chr7 148730191 . C T 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0162594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.623;QD=11.8199;RBI=0.0567515;REFB=-0.0131109;REVB=-0.0543725;RO=43;SAF=19;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175317;STB=0.602218;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0151341;OID=.;OPOS=148730191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:6:19:27:16:6:19:27:16 chr7 148801337 . T C 241.15 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0242423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.546;QD=14.615;RBI=0.0242544;REFB=-0.0174609;REVB=0.00076611;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187759;STB=0.605988;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0221081;OID=.;OPOS=148801337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:12:26:14:14:12:26 chr7 148801658 . C T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00191372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.3;QD=7.048;RBI=0.00249298;REFB=-0.0054816;REVB=0.0015977;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.666296;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0304067;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:16:6:4:4:16:6 chr7 148822810 . C T 1664.31 PASS AF=0.982456;AO=108;DP=111;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0824898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.946;QD=58.3969;RBI=0.0852263;REFB=-0.0175683;REVB=0.0214233;RO=2;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155578;STB=0.508063;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000192608;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:114:2:2:108:112:0.982456:60:48:0:2:61:51:0:2 chr7 148848338 . G T 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0214393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.368;QD=13.754;RBI=0.0265803;REFB=-0.00481449;REVB=0.015712;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.538409;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00834888;OID=.;OPOS=148848338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:9:14:10:5:9:14 chr7 148848358 . G A 111.51 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0136893;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.349;QD=14.8682;RBI=0.0171986;REFB=-0.0208042;REVB=-0.0104113;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293955;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0365227;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:17:11:13:0.433333:3:8:5:7:5:8:5:12 chr7 148851213 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.195;QD=59.0186;RBI=0.0360365;REFB=0;REVB=0.0072128;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159612;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr7 148851273 . G C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00897674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.791;QD=17.8271;RBI=0.0320899;REFB=-0.00165318;REVB=0.0308088;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00151268;OID=.;OPOS=148851273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:5:6:6:6:5:6 chr7 148937136 . C A 359.96 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=66;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.040007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.524;QD=20.8671;RBI=0.0403783;REFB=-0.00370861;REVB=0.0054632;RO=32;SAF=7;SAR=27;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254304;STB=0.590113;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00301268;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:32:32:34:37:0.536232:27:7:14:18:27:10:14:18 chr7 148979649 . G T 505.53 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00593968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.115;QD=19.8249;RBI=0.00674008;REFB=-0.0158678;REVB=-0.00318573;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552366;STB=0.530476;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0161093;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:28:24:20:30:28:24:20:30 chr7 148991624 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00682921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.818;QD=12.8691;RBI=0.0204894;REFB=-0.0139314;REVB=-0.0193178;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206621;STB=0.611425;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0346434;OID=.;OPOS=148991624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:9:2:5:10:9:2:5:11 chr7 148991712 . A G 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.41;QD=51.166;RBI=0.0127195;REFB=0;REVB=-0.00508432;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132287;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 148991853 . G A 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00592884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.014;QD=12.7843;RBI=0.0324133;REFB=-0.00521357;REVB=-0.0318665;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175585;STB=0.510067;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00590346;OID=.;OPOS=148991853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:20:23:14:13:20:23 chr7 149112306 . A G 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00299809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.647;QD=56.9491;RBI=0.00925793;REFB=-0.0201982;REVB=-0.00875904;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000105594;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr7 149152770 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0253553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.567;QD=17.1001;RBI=0.0364455;REFB=-0.0122529;REVB=-0.0261799;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510156;STB=0.529369;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.017775;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:10:5:4:10:10:5 chr7 149152906 . G A 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00384456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.589;QD=19.999;RBI=0.0125885;REFB=0.00709105;REVB=0.011987;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122345;STB=0.567943;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00709423;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:14:19:13:17:14:19:13:17 chr7 149191460 . G A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00156776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.645;QD=57.8337;RBI=0.0085797;REFB=-0.0400571;REVB=-0.00843525;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-1.70873e-05;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr7 149292293 . G A 295.58 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.016209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.377;QD=15.3549;RBI=0.0168381;REFB=-0.0100188;REVB=0.00455932;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841367;STB=0.547497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.016196;OID=.;OPOS=149292293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:17:16:25:19:17:16:25:19 chr7 149317053 . T C 593.74 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=135;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00679224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7127;QD=17.463;RBI=0.0268878;REFB=-0.00528254;REVB=0.0260158;RO=74;SAF=32;SAR=29;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240441;STB=0.505936;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00934419;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:74:74:61:62:0.455882:29:32:39:35:30:32:39:35 chr7 149318375 . C T 39.57 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0355942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.567;QD=9.3102;RBI=0.0359325;REFB=-0.00195806;REVB=0.00491954;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.776761;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00649894;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:5:5:5:1:6:5 chr7 149318471 . C T 295.16 PASS AF=0.54;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0467978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7274;QD=23.6127;RBI=0.106199;REFB=-0.0186671;REVB=0.0953323;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425862;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0171312;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:23:25:27:0.54:14:11:9:14:15:12:9:14 chr7 149332825 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.000373278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.837;QD=16.8095;RBI=0.0029815;REFB=-0.0079592;REVB=0.00295804;RO=42;SAF=12;SAR=23;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352152;STB=0.696861;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0102903;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:23:12:30:12:23:12:30:12 chr7 149332845 . C T 375.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0196898;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.451;QD=24.2079;RBI=0.0216382;REFB=-0.0239356;REVB=0.00897351;RO=18;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695742;STB=0.510303;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.01693;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:18:20:32:32:0.516129:20:12:5:13:20:12:7:13 chr7 149335542 . C T 271.41 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0315238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3988;QD=20.8776;RBI=0.036904;REFB=0.0141358;REVB=-0.0191873;RO=24;SAF=5;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187164;STB=0.60518;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0120386;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:23:5:8:16:23:5:8:16 chr7 149344105 . A G 289.51 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00860532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.118;QD=46.3213;RBI=0.0122904;REFB=-0.0945678;REVB=0.00877516;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.559384;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000744352;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:20:3:1:0:20:3:1:1 chr7 149426305 . G GC 678.51 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115087;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2091;QD=44.4926;RBI=0.1637;REFB=0;REVB=0.116417;RO=6;SAF=23;SAR=35;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00480459;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:65:61:61:0:24:37:0:0:13:6:23:35:5:1 chr7 149427409 . T G 1208.73 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.293;QD=61.2017;RBI=0.0332735;REFB=0;REVB=-0.0314447;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109329;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr7 149474393 . A G 375.65 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.010515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.361;QD=20.8697;RBI=0.0329418;REFB=-0.0104571;REVB=-0.0312185;RO=32;SAF=12;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137751;STB=0.579574;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.017805;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:34:38:38:0.527778:26:12:15:17:26:12:16:18 chr7 149479335 . G C 481.88 PASS AF=0.5;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0288824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.005;QD=20.5055;RBI=0.029341;REFB=-0.0164349;REVB=-0.00516758;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816213;STB=0.531959;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0198775;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:47:47:47:0.5:24:23:17:26:24:23:20:27 chr7 149483237 . G A 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0123181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.322;QD=20.9311;RBI=0.0163197;REFB=-0.0246193;REVB=-0.0107051;RO=55;SAF=40;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225;STB=0.623875;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.03118;OID=.;OPOS=149483237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:21:40:22:33:21:40:22:33 chr7 149484829 . C T 57.3 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00141666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4768;QD=12.7328;RBI=0.0478365;REFB=-0.00267046;REVB=-0.0478155;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00261036;OID=.;OPOS=149484829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:6:4:3:5:6:4 chr7 149485059 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0295586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.908;QD=11.0196;RBI=0.0356205;REFB=-0.0411593;REVB=0.0198773;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.038299;OID=.;OPOS=149485059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:6:2:2:4:6:2 chr7 149486294 . A G 380.01 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0147362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.045;QD=13.2179;RBI=0.038506;REFB=-0.021711;REVB=-0.0355746;RO=67;SAF=24;SAR=21;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165712;STB=0.585358;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0313215;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:67:70:45:45:0.391304:21:24:46:21:21:24:47:23 chr7 149486382 . C G 400.24 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.000208066;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.061;QD=18.6158;RBI=0.00184893;REFB=-0.0145244;REVB=-0.00183719;RO=45;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306761;STB=0.50171;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0143243;OID=.;OPOS=149486382;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:19:22:24:21:19:22:24:21 chr7 149489491 . C T 215.05 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00806144;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.095;QD=10.6196;RBI=0.0139247;REFB=-0.0195516;REVB=-0.0113539;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212238;STB=0.512365;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0304082;OID=.;OPOS=149489491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:14:13:25:29:14:13:25:29 chr7 149499172 . C T 348.46 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00839474;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.005;QD=24.8898;RBI=0.0507173;REFB=-0.0355007;REVB=0.0500177;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567127;STB=0.531098;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0150538;OID=.;OPOS=149499172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:22:34:34:0.607143:15:19:14:8:15:19:14:8 chr7 149500816 . TGCCCCCT CTGCCCCT,TGCCCCT,TGCCCCTG 128.28 PASS AF=0,0.457143,0.0285714;AO=3,27,5;DP=71;FAO=0,32,2;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=0,17,2;FSAR=0,15,0;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0502196,-0.0107702,-0.0583459;FXX=0.0140825;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=22.82,9.59341,19.7149;QD=7.33052;RBI=0.0895267,0.103557,0.0790081;REFB=-0.0540567,-0.181871,-0.0916182;REVB=-0.0741149,-0.102996,-0.0532731;RO=29;SAF=0,15,4;SAR=3,12,1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.661131,-0.161362,0.119776;STB=0.5,0.617909,0.992464;STBP=1,0.101,0.361;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.170703,0.181873;OID=.,.,.;OPOS=149500816,149500818,149500822;OREF=TGC,C,CT;OALT=CTG,-,TG;OMAPALT=CTGCCCCT,TGCCCCT,TGCCCCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:70:29:36:3,27,5:0,32,2:0,0.457143,0.0285714:3,12,1:0,15,4:21:8:0,15,0:0,17,2:27:9 chr7 149506211 . G GC 3484.18 PASS AF=1;AO=283;DP=301;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154211;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0629;QD=47.4039;RBI=0.156689;REFB=0;REVB=-0.0277576;RO=10;SAF=152;SAR=131;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000628202;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:283:301:294:294:0:157:137:0:0:63:10:152:131:10:0 chr7 149511985 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00895008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.655;QD=17.9433;RBI=0.00943843;REFB=-0.0259658;REVB=-0.00299666;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783065;STB=0.543829;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0262576;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:12:17:14:14:12:17 chr7 149556518 . C T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00727834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.785;QD=14.119;RBI=0.00808525;REFB=-0.0129822;REVB=-0.00352093;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248995;STB=0.642402;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0255464;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:19:8:20:18:19:8:20:18 chr7 149558409 . G C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00653656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.579;QD=12.2114;RBI=0.058601;REFB=-0.0127229;REVB=0.0582353;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188323;STB=0.609603;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0243871;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:17:5:5:8:17:5 chr7 149559273 . C T 114.37 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00469429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.132;QD=5.64772;RBI=0.00580008;REFB=-0.000334572;REVB=0.00340655;RO=63;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109091;STB=0.567827;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00108044;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:63:18:18:0.222222:9:9:26:37:9:9:26:37 chr7 149559465 . C T 223.01 PASS AF=0.28972;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0176037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7994;QD=8.33676;RBI=0.0256355;REFB=-0.00344186;REVB=0.0186358;RO=76;SAF=21;SAR=10;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189997;STB=0.612869;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00942789;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:76:76:31:31:0.28972:10:21:40:36:10:21:40:36 chr7 149562627 . CCG C,CCC 90.46 PASS AF=0.240741,0;AO=13,3;DP=59;FAO=13,0;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0280251,-0.0160967;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=136.033,126.789;QD=6.70096;RBI=0.0461104,0.0498988;REFB=-0.016557,-0.0164518;REVB=-0.0366164,0.0472312;RO=43;SAF=10,3;SAR=3,0;SRF=30;SRR=13;SSEN=0.402516,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112209,0.420124;STB=0.561697,0.5;STBP=0.705,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0567011,0;OID=.,.;OPOS=149562628,149562629;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240741,0:13,3:59:13,0:54:41:10,0:3,0:29:12:90:43:10,3:3,0:30:13 chr7 149576818 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0534208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.441;QD=6.54499;RBI=0.0535268;REFB=-0.00690429;REVB=-0.00336713;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429476;STB=0.772069;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0145533;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:9:15:2:6:9:15 chr7 150093701 . A C 288.14 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00943829;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.819;QD=13.4021;RBI=0.00992776;REFB=-0.00580815;REVB=0.00307882;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597101;STB=0.529646;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.013284;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:53:33:33:0.383721:14:19:26:24:14:19:28:25 chr7 150217089 . G A 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00541127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.247;QD=18.7765;RBI=0.00694435;REFB=-0.0127492;REVB=0.00435226;RO=26;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121805;STB=0.568607;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0168466;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:7:19:16:10:7:19:16:10 chr7 150217248 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000653797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.99;QD=57.237;RBI=0.0078078;REFB=0;REVB=0.00778038;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81815e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr7 150217335 . G T 310.8 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00847702;FXX=0.0882223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.473;QD=20.0519;RBI=0.0225905;REFB=-0.00375737;REVB=-0.0209397;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120422;STB=0.579567;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00280809;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:62:27:30:32:32:0.516129:11:21:14:13:11:21:15:15 chr7 150218002 . C T 426.87 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00857986;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.858;QD=18.9721;RBI=0.0104674;REFB=-0.026752;REVB=-0.00599609;RO=46;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234604;STB=0.517233;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.021679;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:47:43:43:0.477778:28:15:15:31:28:15:15:32 chr7 150269542 . G T 178.8 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00283009;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.049;QD=13.7538;RBI=0.0173087;REFB=-0.00250461;REVB=0.0170757;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.542921;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00376496;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:17:14:11:10:17:14 chr7 150325494 . G A 504.35 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00522908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.498;QD=25.2174;RBI=0.00613768;REFB=-0.0100376;REVB=-0.00321369;RO=33;SAF=34;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785899;STB=0.543112;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00969499;OID=.;OPOS=150325494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:13:34:21:12:13:34:21:12 chr7 150326923 . C T 320.15 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0305452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.839;QD=13.6232;RBI=0.0323461;REFB=-0.0206967;REVB=-0.0106423;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130867;STB=0.574428;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0262285;OID=.;OPOS=150326923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:18:18:36:22:18:18:36:22 chr7 150327024 . C T 510.15 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0121623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5367;QD=17.0051;RBI=0.0303305;REFB=-0.0361146;REVB=-0.0277852;RO=60;SAF=33;SAR=22;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163889;STB=0.526306;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0347063;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:65:55:55:0.458333:22:33:37:23:22:33:42:23 chr7 150389677 . G C 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0282868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.438;QD=6.07074;RBI=0.0287793;REFB=-0.00610672;REVB=-0.00530122;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114094;STB=0.571327;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0228551;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:6:8:22:24:6:8:22:24 chr7 150500729 . A G 481.35 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157581;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.242;QD=58.3459;RBI=0.031841;REFB=0;REVB=0.0276682;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225372;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr7 150501455 . G T 224.16 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00109154;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.803;QD=10.5485;RBI=0.00301122;REFB=-0.00789629;REVB=0.00280642;RO=58;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240185;STB=0.63476;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0147929;OID=.;OPOS=150501455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:57:28:28:0.329412:11:17:23:35:11:17:23:34 chr7 150501516 . A G 1472.09 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076124;FXX=0.079992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.462;QD=64.0041;RBI=0.0238536;REFB=0;REVB=0.0226063;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414053;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:49:41:0:0:51:41:0:0 chr7 150554887 . G A 153.36 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00714757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.772;QD=12.0286;RBI=0.00776842;REFB=-0.00799229;REVB=0.00304314;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295695;STB=0.659409;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0227077;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:10:8:23:9:10:8:23:10 chr7 150555915 . A G 833.11 PASS AF=0.467391;AO=85;DP=183;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0223854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.451;QD=18.111;RBI=0.0230132;REFB=-0.0130465;REVB=-0.00533837;RO=98;SAF=50;SAR=35;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568385;STB=0.527528;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0203889;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:98:98:85:86:0.467391:35:50:52:46:36:50:52:46 chr7 150556002 . T C 588.75 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00510429;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.858;QD=18.2559;RBI=0.0131694;REFB=-0.00718864;REVB=-0.01214;RO=69;SAF=34;SAR=27;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358653;STB=0.516541;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0116994;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:69:68:61:61:0.472868:27:34:41:28:27:34:40:28 chr7 150556055 . CG GC 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179698;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.256;QD=61.3753;RBI=0.0205469;REFB=0;REVB=-0.00996305;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.41916e-05;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr7 150557622 . G A 445.77 PASS AF=0.45;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00130537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.486;QD=17.8307;RBI=0.0106577;REFB=-0.0115466;REVB=0.0105775;RO=54;SAF=15;SAR=29;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199031;STB=0.61106;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0178324;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:54:55:44:45:0.45:29:15:29:25:30:15:29:26 chr7 150557665 . C G 390.94 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.017694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.227;QD=19.0703;RBI=0.0180456;REFB=-0.011625;REVB=0.00354525;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179495;STB=0.604218;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.011549;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:42:39:40:0.487805:25:14:23:19:26:14:23:19 chr7 150648198 . A G 574.2 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.188;QD=60.4416;RBI=0.0598412;REFB=0;REVB=0.059757;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr7 150648789 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.435;QD=57.1775;RBI=0.0129332;REFB=0;REVB=0.00660375;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53161e-05;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr7 150649531 . G A 316.19 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00108872;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.667;QD=20.0754;RBI=0.0439436;REFB=-0.0332701;REVB=0.0439301;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526423;STB=0.520535;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0218525;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:30:33:33:0.52381:14:19:16:15:14:19:16:14 chr7 150649603 . G A 649.29 PASS AF=0.5;AO=64;DP=129;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00690048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.299;QD=19.9781;RBI=0.0368903;REFB=-0.0153273;REVB=0.0362392;RO=64;SAF=33;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141643;STB=0.50769;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0142772;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:64:65:64:65:0.5:31:33:32:32:32:33:32:33 chr7 150695726 . T C 123.65 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0309001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.937;QD=13.7389;RBI=0.0320463;REFB=-0.0123811;REVB=-0.00849426;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27918;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0175457;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:14:15:0.416667:10:4:11:9:10:5:11:10 chr7 150696111 . T G 597.36 PASS AF=0.421384;AO=65;DP=164;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.00246873;FXX=0.075577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.888;QD=15.0279;RBI=0.0175904;REFB=-0.0327503;REVB=-0.0174163;RO=64;SAF=35;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104636;STB=0.616633;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.022556;OID=.;OPOS=150696111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:159:64:92:65:67:0.421384:30:35:27:37:30:37:32:60 chr7 150713827 . G A 213.18 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0671787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6365;QD=10.3988;RBI=0.0869511;REFB=-0.00971005;REVB=0.0552043;RO=55;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22197;STB=0.629534;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0219044;OID=.;OPOS=150713827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:10:17:24:31:10:17:24:31 chr7 150715817 . A G 120.33 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162765;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.418;QD=43.755;RBI=0.0231813;REFB=0;REVB=-0.0165061;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 150730927 . G T 285.2 PASS AF=0.492754;AO=29;DP=63;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.075567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.515;QD=16.5335;RBI=0.0760847;REFB=-0.0100181;REVB=-0.00886035;RO=34;SAF=7;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3065;STB=0.634954;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00936555;OID=.;OPOS=150730927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:34:35:29:34:0.492754:22:7:18:16:24:10:19:16 chr7 150732812 . C T 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0184803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.897;QD=16.3493;RBI=0.019467;REFB=-0.00837109;REVB=0.00611898;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702027;STB=0.539451;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00898633;OID=.;OPOS=150732812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:24:18:17:17:24:18 chr7 150733115 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00828352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6133;QD=11.0195;RBI=0.0256785;REFB=-0.0401693;REVB=-0.0243057;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389464;STB=0.721754;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.028452;OID=.;OPOS=150733115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:0:8:5:1:0:8 chr7 150734364 . G T 324.82 PASS AF=0.378641;AO=40;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00727045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7187;QD=12.6143;RBI=0.0101664;REFB=0.002691;REVB=-0.00710611;RO=63;SAF=19;SAR=21;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171348;STB=0.585275;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00457332;OID=.;OPOS=150734364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:40:39:0.378641:21:19:40:23:20:19:40:24 chr7 150742408 . G T 591.35 PASS AF=0.442857;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0375827;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8243;QD=16.8957;RBI=0.0388347;REFB=-0.00380305;REVB=0.00978126;RO=78;SAF=24;SAR=37;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176168;STB=0.504062;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00145039;OID=.;OPOS=150742408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:78:78:61:62:0.442857:37:24:32:46:37:25:32:46 chr7 150747650 . G T 645.73 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000952258;FXX=0.00751823;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.531;QD=19.5677;RBI=0.0106926;REFB=-0.0107342;REVB=-0.0106501;RO=65;SAF=34;SAR=31;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279032;STB=0.52307;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0102497;OID=.;OPOS=150747650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:65:67:65:65:0.492424:31:34:32:33:31:34:32:35 chr7 150761680 . C A 981.03 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9082;QD=58.5687;RBI=0.0584657;REFB=0;REVB=0.0572245;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410823;OID=.;OPOS=150761680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:26:41:0:0 chr7 150765065 . T C 2529.47 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.101;QD=61.6944;RBI=0.0235108;REFB=0;REVB=0.0163964;RO=0;SAF=84;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03668e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:80:84:0:0:80:84:0:0 chr7 150773165 . C T 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.991;QD=59.6736;RBI=0.0632614;REFB=0;REVB=0.0403923;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149368;OID=.;OPOS=150773165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr7 150773287 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.799;QD=60.6091;RBI=0.00796999;REFB=0;REVB=-0.00689155;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18704e-05;OID=.;OPOS=150773287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr7 150773779 . TGGGGGGG GTGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC 216.65 PASS AF=0,0.945455,0;AO=3,20,3;DP=60;FAO=0,52,0;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=0,27,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0444188,-0.176534,-0.158306;FXX=0.0983445;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=58.7582,7.81647,14.1012;QD=15.7564;RBI=0.0525932,0.188409,0.158674;REFB=0.0222718,0.0524239,0.0665765;REVB=-0.0281605,0.0658312,-0.0108044;RO=14;SAF=0,5,3;SAR=3,15,0;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.650928,-0.266732,0.604068;STB=0.5,0.528291,0.5;STBP=1,0.117,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0258377,-0.0539368;OID=.,.,.;OPOS=150773779,150773780,150773786;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,C;OMAPALT=GTGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:60:55:14:3:3,20,3:0,52,0:0,0.945455,0:3,15,0:0,5,3:8:6:0,25,0:0,27,0:0:3 chr7 150773807 . A T 1007.31 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=76;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0220682;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.15;QD=54.4494;RBI=0.0395884;REFB=-0.0085873;REVB=0.032867;RO=4;SAF=31;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571796;STB=0.530294;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000722891;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:74:4:4:69:70:0.945946:38:31:4:0:39:31:4:0 chr7 150774308 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4577;QD=56.9995;RBI=0.0617683;REFB=0;REVB=0.0336218;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734686;OID=.;OPOS=150774308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr7 150864240 . G C 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2887;QD=56.6884;RBI=0.108161;REFB=0;REVB=0.0197242;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017472;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr7 150878260 . C G 604.89 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00654123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3108;QD=43.9916;RBI=0.0828583;REFB=-0.0406846;REVB=-0.0825997;RO=7;SAF=16;SAR=32;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167624;STB=0.589705;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111875;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:55:55:7:7:48:48:0.872727:32:16:7:0:32:16:7:0 chr7 150883593 . G A 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.393;QD=61.0542;RBI=0.0207289;REFB=0;REVB=0.0099168;RO=0;SAF=69;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80981e-05;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:48:69:0:0:48:69:0:0 chr7 150921950 . A G 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0299235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.704;QD=14.1928;RBI=0.0385189;REFB=-0.022753;REVB=-0.0242547;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155945;STB=0.588616;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0344509;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:15:21:24:31:15:21:24:31 chr7 150934816 . TG T 245.28 PASS AF=0.482759;AO=40;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0624591;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.139;QD=11.2774;RBI=0.0655295;REFB=-0.0503618;REVB=-0.0198236;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146799;STB=0.56899;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=0.0526498;OID=.;OPOS=150934817;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:40:88:42:87:45:26:16:22:23:99:44:26:14:22:22 chr7 150972189 . G A 617.52 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.0578886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3356;QD=15.4379;RBI=0.0647546;REFB=0.0041825;REVB=0.0290184;RO=83;SAF=22;SAR=47;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283444;STB=0.670151;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00844809;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:91:69:69:0.43125:47:22:50:33:47:22:56:35 chr7 151046195 . T G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0166898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.576;QD=16.3859;RBI=0.0889143;REFB=-0.00742834;REVB=0.0873339;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0103444;OID=.;OPOS=151046195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr7 151049231 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00807209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.909;QD=61.1858;RBI=0.0152666;REFB=-0.0578508;REVB=-0.012958;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00027266;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr7 151064064 . C T 995.28 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364785;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.742;QD=59.4199;RBI=0.0605268;REFB=0;REVB=0.0482992;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023182;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr7 151074296 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00367175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.487;QD=6.81339;RBI=0.0481585;REFB=0.00352442;REVB=-0.0480184;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713947;STB=0.545327;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0111935;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:7:12:4:3:7:12 chr7 151097314 . A G 2917.55 PASS AF=1;AO=185;DP=189;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010239;FXX=0.0211629;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.517;QD=63.0822;RBI=0.0207072;REFB=0.0111716;REVB=-0.0179986;RO=0;SAF=90;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111046;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:185:0:0:185:185:1:95:90:0:0:95:90:0:0 chr7 151097323 . A G 2602.79 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.031;QD=61.9712;RBI=0.0217072;REFB=0;REVB=-0.0154005;RO=0;SAF=81;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86754e-08;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:87:81:0:0:87:81:0:0 chr7 151106066 . C T 1424.74 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519032;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.302;QD=62.6259;RBI=0.0393458;REFB=0;REVB=0.039002;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130611;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:91:0:0:87:91:1:40:47:0:0:44:47:0:0 chr7 151133271 . G A 293.57 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00422799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.028;QD=19.903;RBI=0.0045745;REFB=-0.000594223;REVB=-0.00174647;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047336;STB=0.526299;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000464009;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:12:16:16:15:12:16 chr7 151504019 . T C 56.0 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00851758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.067;QD=11.7891;RBI=0.0319508;REFB=-0.018189;REVB=0.0307946;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138499;STB=0.555425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0363939;OID=.;OPOS=151504019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:19:11:11:7:8:0.421053:2:5:9:2:2:6:9:2 chr7 151504499 . G A 324.42 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000722307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1995;QD=19.6621;RBI=0.00294546;REFB=-0.0250919;REVB=-0.00285553;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818288;STB=0.545428;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0189357;OID=.;OPOS=151504499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:19:13:17:17:19:13 chr7 151597368 . G A 124.73 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0334847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1025;QD=9.97827;RBI=0.0654296;REFB=-0.0564375;REVB=-0.0562122;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258152;STB=0.666444;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.125237;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:12:4:15:18:12:4:16:18 chr7 151680072 . T C 2072.46 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0961;QD=62.3297;RBI=0.129375;REFB=0;REVB=0.126413;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497164;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr7 151859683 . G A 638.05 PASS AF=0.511811;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.014117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.414;QD=20.0962;RBI=0.0651892;REFB=-0.00789816;REVB=0.0636423;RO=61;SAF=37;SAR=27;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187782;STB=0.510342;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00773053;OID=.;OPOS=151859683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:64:65:0.511811:27:37:34:27:28:37:34:28 chr7 151935798 . GA TG 45.73 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0186395;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.574;QD=2.12692;RBI=0.0227212;REFB=-0.0199521;REVB=0.0129931;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465461;STB=0.531597;STBP=0.812;TYPE=mnp;VARB=0.0936848;OID=.;OPOS=151935798;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:86:73:73:13:13:0.151163:6:7:42:31:6:7:42:31 chr7 151935866 . G A 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0106114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.685;QD=4.09688;RBI=0.01677;REFB=-0.00255076;REVB=0.0129859;RO=48;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.551622;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0145781;OID=.;OPOS=151935866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:5:5:27:21:5:5:27:21 chr7 151935871 . C A 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0305318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3842;QD=2.42217;RBI=0.0381159;REFB=-0.0125835;REVB=-0.0228174;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101578;STB=0.576673;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0797627;OID=.;OPOS=151935871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:3:3:27:19:3:3:27:19 chr7 151945007 . C T 201.35 PASS AF=0.208589;AO=34;DP=163;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=33;FSAR=1;FSRF=122;FSRR=7;FWDB=-0.0156858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.337;QD=4.94108;RBI=0.0848585;REFB=-0.00458687;REVB=-0.0833962;RO=129;SAF=33;SAR=1;SRF=122;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200307;STB=0.629977;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0203204;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:129:129:34:34:0.208589:1:33:122:7:1:33:122:7 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 106.84 PASS AF=0.213018,0;AO=28,20;DP=170;FAO=36,0;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=29,0;FSAR=7,0;FSRF=133;FSRR=0;FWDB=-0.0691204,-0.117454;FXX=0.00588201;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.2691,14.0115;QD=2.52871;RBI=0.0702807,0.12596;REFB=-0.0460309,-0.0516492;REVB=0.0127178,0.0455028;RO=111;SAF=21,20;SAR=7,0;SRF=111;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.666469,0;STB=0.848097,0.5;STBP=0.193,1;TYPE=del,del;VARB=0.161845,0.0271465;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213018,0:28,20:170:36,0:169:133:29,0:7,0:133:0:99:111:21,20:7,0:111:0 chr7 151945051 . A G 123.78 PASS AF=0.0965347;AO=38;DP=403;FAO=39;FDP=404;FR=.;FRO=365;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=190;FSRR=175;FWDB=-0.00238967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.433;QD=1.22554;RBI=0.0405713;REFB=-6.98263e-06;REVB=-0.0405008;RO=346;SAF=10;SAR=28;SRF=180;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313869;STB=0.739672;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=3.11428e-05;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:404:346:365:38:39:0.0965347:28:10:180:166:29:10:190:175 chr7 151945071 . G GT 482.17 PASS AF=0.309045;AO=108;DP=408;FAO=123;FDP=398;FR=.;FRO=275;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=126;FSRR=149;FWDB=0.0968649;FXX=0.00748111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9951;QD=4.84595;RBI=0.120871;REFB=0.0181448;REVB=-0.0722986;RO=293;SAF=49;SAR=59;SRF=133;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000277125;STB=0.507692;STBP=0.844;TYPE=ins;VARB=-0.0486359;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309045:108:408:123:398:275:55:68:126:149:99:293:49:59:133:160 chr7 151945101 . G C 164.11 PASS AF=0.119658;AO=42;DP=350;FAO=42;FDP=351;FR=.;FRO=309;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=150;FSRR=159;FWDB=0.00635752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2948;QD=1.87014;RBI=0.0587894;REFB=-0.00547416;REVB=0.0584446;RO=308;SAF=11;SAR=31;SRF=149;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288255;STB=0.704743;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0469807;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:351:308:309:42:42:0.119658:31:11:149:159:31:11:150:159 chr7 151945140 . C T 198.51 PASS AF=0.176744;AO=37;DP=215;FAO=38;FDP=215;FR=.;FRO=177;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=95;FWDB=-0.0453259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2353;QD=3.69323;RBI=0.0722934;REFB=-0.00749218;REVB=-0.0563196;RO=177;SAF=15;SAR=22;SRF=82;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756842;STB=0.55758;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0405963;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:177:177:37:38:0.176744:22:15:82:95:23:15:82:95 chr7 151945167 . G T 75.3 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.0144146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.885;QD=2.26464;RBI=0.0241275;REFB=-0.00404574;REVB=-0.0193483;RO=114;SAF=6;SAR=11;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215469;STB=0.643448;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0263682;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:114:116:17:17:0.12782:11:6:60:54:11:6:60:56 chr7 151945204 . G A 43.35 PASS AF=0.173913;AO=6;DP=44;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0275184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4825;QD=3.76985;RBI=0.0451114;REFB=-0.00861457;REVB=0.035746;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388202;STB=0.830328;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0716394;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:44:46:38:38:6:8:0.173913:1:5:20:18:1:7:20:18 chr7 151962176 . T A 179.45 PASS AF=0.194118;AO=30;DP=167;FAO=33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.000443464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.167;QD=4.22237;RBI=0.0192941;REFB=-0.00709926;REVB=-0.019289;RO=136;SAF=13;SAR=17;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102104;STB=0.511266;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0279999;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:136:137:30:33:0.194118:17:13:60:76:19:14:60:77 chr7 151970856 . T A 2694.48 PASS AF=0.660819;AO=226;DP=343;FAO=226;FDP=342;FR=.;FRO=116;FSAF=105;FSAR=121;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.00714773;FXX=0.00581378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9275;QD=31.5144;RBI=0.0128492;REFB=-0.0185204;REVB=0.0106776;RO=115;SAF=105;SAR=121;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578567;STB=0.532485;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00794645;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:115:116:226:226:0.660819:121:105:64:51:121:105:65:51 chr7 151970877 . G A 41.81 PASS AF=0.0655172;AO=19;DP=290;FAO=19;FDP=290;FR=.;FRO=271;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=133;FSRR=138;FWDB=-0.00306068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7902;QD=0.576633;RBI=0.019593;REFB=0.00130246;REVB=0.0193524;RO=269;SAF=8;SAR=11;SRF=131;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071369;STB=0.56537;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0184726;OID=.;OPOS=151970877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:290:290:269:271:19:19:0.0655172:11:8:131:138:11:8:133:138 chr7 151970931 . G A 32.5 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.0665275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9805;QD=1.25001;RBI=0.0666858;REFB=-0.0212703;REVB=-0.00459217;RO=95;SAF=2;SAR=7;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411027;STB=0.820423;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0791229;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:104:104:95:95:9:9:0.0865385:7:2:57:38:7:2:57:38 chr7 152099906 . T A 1278.36 PASS AF=0.695946;AO=103;DP=148;FAO=103;FDP=148;FR=.;FRO=45;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0191495;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.042;QD=34.5502;RBI=0.0294124;REFB=-0.0173594;REVB=0.0223246;RO=45;SAF=54;SAR=49;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177856;STB=0.509541;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00745435;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:45:45:103:103:0.695946:49:54:25:20:49:54:25:20 chr7 152099917 . G A 1241.08 PASS AF=0.691781;AO=101;DP=146;FAO=101;FDP=146;FR=.;FRO=45;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00232939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.867;QD=34.0022;RBI=0.0116173;REFB=-0.0165193;REVB=0.0113814;RO=45;SAF=53;SAR=48;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177451;STB=0.509525;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00632591;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:45:45:101:101:0.691781:48:53:25:20:48:53:25:20 chr7 152099924 . T C 1215.7 PASS AF=0.697183;AO=99;DP=143;FAO=99;FDP=142;FR=.;FRO=43;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00192783;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.043;QD=34.2451;RBI=0.00242978;REFB=-0.00971694;REVB=-0.00147895;RO=43;SAF=51;SAR=48;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374619;STB=0.520099;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00346584;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:43:43:99:99:0.697183:48:51:25:18:48:51:25:18 chr7 152099948 . C A 88.36 PASS AF=0.136691;AO=19;DP=139;FAO=19;FDP=139;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.0198088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263;QD=2.54273;RBI=0.0213944;REFB=-0.00353702;REVB=-0.00808294;RO=120;SAF=9;SAR=10;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852242;STB=0.55843;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.021133;OID=.;OPOS=152099948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:139:139:120:120:19:19:0.136691:10:9:65:55:10:9:65:55 chr7 154429560 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.918;QD=62.4654;RBI=0.005613;REFB=0;REVB=0.00379967;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01176e-05;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:43:44:0:0 chr7 154461112 . A G 2017.85 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.02699;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.716;QD=60.6871;RBI=0.0350092;REFB=-0.0856928;REVB=0.0222975;RO=0;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.83631e-08;STB=0.500403;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000482192;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:133:0:2:131:131:0.984962:69:62:0:0:69:62:1:1 chr7 154667628 . A G 169.16 PASS AF=0.375;AO=22;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0331517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4996;QD=12.0827;RBI=0.0402807;REFB=0.0112034;REVB=0.0228801;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775083;STB=0.518307;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0105833;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:22:21:0.375:12:10:13:21:12:9:14:21 chr7 154672662 . C T 318.28 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00560945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.152;QD=20.871;RBI=0.00840887;REFB=-0.0231985;REVB=0.00626444;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017059;STB=0.509447;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.017464;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:15:13:16:17:15:13 chr7 154679447 . G A 1231.48 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00797243;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2527;QD=60.0721;RBI=0.0108887;REFB=0.0457246;REVB=0.00741652;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00029918;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:37:44:1:0:37:44:1:0 chr7 154681050 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0118113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.981;QD=13.3343;RBI=0.0172184;REFB=-0.0125284;REVB=-0.0125287;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147556;STB=0.584351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.018812;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:17:22:11:15:17:22 chr7 154681216 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00457777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.02;QD=18.1541;RBI=0.0191677;REFB=-0.00328671;REVB=-0.018613;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111266;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0041083;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:14:11:9:12:14:11 chr7 154685612 . G T 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0553984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3883;QD=12.0184;RBI=0.0555041;REFB=-0.00839504;REVB=0.00342381;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454556;STB=0.762392;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0240346;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:5:20:5:9:5:20 chr7 154738409 . T C 426.08 PASS AF=0.415254;AO=48;DP=117;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0141347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.162;QD=14.4433;RBI=0.0162677;REFB=-0.0189192;REVB=0.00805291;RO=68;SAF=18;SAR=30;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718439;STB=0.550142;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0235274;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:68:69:48:49:0.415254:30:18:30:38:31:18:31:38 chr7 154760369 . A G 117.33 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0386062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.425;QD=21.332;RBI=0.0819369;REFB=-0.0322547;REVB=0.0722718;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986635;STB=0.574364;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0267193;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:7:9:12:13:0.590909:3:9:6:1:3:10:8:1 chr7 154760666 . C T 56.21 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0176166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.128;QD=11.2429;RBI=0.0391959;REFB=0.00136641;REVB=-0.0350139;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00217195;OID=.;OPOS=154760666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr7 154973603 . G A 131.54 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0221278;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.658;QD=21.9226;RBI=0.0462024;REFB=0.0065574;REVB=0.0405589;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00497653;OID=.;OPOS=154973603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:11:10:14:14:0.583333:7:7:7:4:7:7:7:3 chr7 154989054 . C T 561.89 PASS AF=0.483607;AO=57;DP=120;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0123769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9303;QD=18.4225;RBI=0.0275298;REFB=0.00519946;REVB=-0.0245906;RO=63;SAF=30;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922669;STB=0.541202;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00627242;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:63:63:57:59:0.483607:27:30:27:36:29:30:27:36 chr7 154989982 . G A 211.99 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0015826;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3072;QD=19.7202;RBI=0.009361;REFB=-0.0144822;REVB=-0.00922625;RO=21;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493975;STB=0.753433;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0522293;OID=.;OPOS=154989982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:22:20:21:0.488372:17:3:13:8:17:4:14:8 chr7 154990003 . C T 184.3 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0511214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4293;QD=18.43;RBI=0.053212;REFB=-0.00589342;REVB=-0.0147687;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352017;STB=0.698537;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00527833;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:5:16:7:12:5:16 chr7 155100685 . G A 469.47 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0429691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.27;QD=15.7806;RBI=0.0447698;REFB=-0.00372511;REVB=-0.0125697;RO=67;SAF=26;SAR=26;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525557;STB=0.5294;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00827724;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:26:26:37:30:26:26:37:30 chr7 155150472 . G A 284.54 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0133354;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.285;QD=17.5103;RBI=0.0561545;REFB=-0.0191201;REVB=0.0545481;RO=34;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936228;STB=0.552299;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0292226;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:13:18:23:11:13:18:23:11 chr7 155150560 . A G 436.77 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.000805025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7058;QD=18.7859;RBI=0.00812273;REFB=0.000679585;REVB=-0.00808274;RO=47;SAF=20;SAR=24;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150017;STB=0.571952;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000544313;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:44:44:0.473118:24:20:29:18:24:20:29:20 chr7 155150602 . T C 355.61 PASS AF=0.513889;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.006944;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.22;QD=19.756;RBI=0.00745863;REFB=-0.0121851;REVB=0.00272251;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402405;STB=0.539856;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0109017;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:35:35:37:0.513889:15:20:19:17:15:22:18:17 chr7 155150765 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00879272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.752;QD=12.6376;RBI=0.0118875;REFB=-0.0178669;REVB=0.00799998;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064306;STB=0.520516;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0230191;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:6:7:12:8:6:7:12:9 chr7 155151018 . G A 330.67 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0597436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1063;QD=25.4365;RBI=0.126807;REFB=-0.0142262;REVB=0.111852;RO=20;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993409;STB=0.554422;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0274177;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:14:18:14:6:14:18:14:6 chr7 155151095 . T C 196.91 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0261055;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.381;QD=18.317;RBI=0.0609849;REFB=-0.0245953;REVB=0.055115;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853815;STB=0.504849;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0240085;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:14:9:8:12:14:9 chr7 155151194 . G A 268.83 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0296916;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1713;QD=16.0493;RBI=0.0629227;REFB=-0.0233577;REVB=0.0554768;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787545;STB=0.544275;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0258318;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:12:25:18:12:12:25 chr7 155151307 . A G 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0296142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.21;QD=12.5662;RBI=0.0376305;REFB=-0.013061;REVB=-0.0232176;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134859;STB=0.577577;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0311754;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:19:21:10:15:19:21 chr7 155151367 . G T 226.83 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0014939;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.251;QD=12.9615;RBI=0.0038048;REFB=-0.00386687;REVB=0.00349925;RO=43;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219822;STB=0.626751;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0209808;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:8:19:22:21:8:19:22:21 chr7 155151369 . C T 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000590062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.25;QD=13.4956;RBI=0.000658553;REFB=-0.0182823;REVB=0.000292436;RO=44;SAF=21;SAR=8;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232539;STB=0.633618;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0254422;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:8:21:23:21:8:21:23:21 chr7 155151433 . T C 107.86 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0215142;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.696;QD=11.3534;RBI=0.0237532;REFB=-0.0128758;REVB=-0.0100675;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331058;STB=0.539109;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0263191;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:4:8:16:9:4:9:16:9 chr7 155151437 . G A 107.12 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0536268;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0808;QD=11.5803;RBI=0.0537315;REFB=0.000316796;REVB=0.00335256;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600665;STB=0.584966;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00165778;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:24:13:13:0.351351:3:10:16:6:3:10:16:8 chr7 155503920 . A T 1029.7 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909304;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5368;QD=59.6927;RBI=0.0909337;REFB=0;REVB=0.000775683;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018842;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr7 155755826 . A G 828.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.685;QD=57.1329;RBI=0.0197848;REFB=0;REVB=0.0137066;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189822;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr7 155757502 . T C 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.06;QD=61.6544;RBI=0.092625;REFB=0;REVB=0.0240871;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066167;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr7 156432955 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.023511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.062;QD=17.3212;RBI=0.0268559;REFB=-0.00526468;REVB=0.0129798;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218222;STB=0.624844;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00736191;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:7:11:6:10:7:11 chr7 156469133 . C G 864.61 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=195;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=69;FWDB=0.00898741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.265;QD=17.6452;RBI=0.0136541;REFB=-0.0238644;REVB=0.0102792;RO=106;SAF=27;SAR=62;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620588;STB=0.532568;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.030217;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:106:107:89:89:0.454082:62:27:38:68:62:27:38:69 chr7 156469179 . C T 529.63 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0226263;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0331;QD=16.2964;RBI=0.0228195;REFB=-0.0252453;REVB=-0.0029631;RO=73;SAF=19;SAR=38;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113336;STB=0.563513;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0221446;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:73:73:57:57:0.438462:38:19:32:41:38:19:32:41 chr7 156469190 . A G 454.21 PASS AF=0.40625;AO=48;DP=123;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0011572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.321;QD=14.194;RBI=0.00277871;REFB=-0.0188308;REVB=-0.00252629;RO=75;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461285;STB=0.538306;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0256374;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:75:76:48:52:0.40625:27:21:36:39:30:22:37:39 chr7 156555875 . TA T,TT 43.23 PASS AF=0.166667,0.0416667;AO=16,3;DP=72;FAO=12,3;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=8,3;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0581891,0.0198475;FXX=0.0136968;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.78481,24.8637;QD=2.40177;RBI=0.178712,0.0898258;REFB=-0.051302,-0.034423;REVB=-0.168974,-0.0876057;RO=42;SAF=7,3;SAR=9,0;SRF=19;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0179654,0.519324;STB=0.721873,0.997234;STBP=0.1,0.024;TYPE=del,snp;VARB=-0.00762548,-0.00272343;OID=.,.;OPOS=156555876,156555876;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0416667:16,3:72:12,3:72:57:8,3:4,0:22:35:33:42:7,3:9,0:19:23 chr7 156664783 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00922873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.201;QD=22.1441;RBI=0.0199953;REFB=0.013999;REVB=-0.0177382;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144048;STB=0.581398;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.011371;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:7:6:5:12:7:6 chr7 156742501 . C G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0317914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.547;QD=27.4996;RBI=0.0419182;REFB=-0.035263;REVB=0.0273212;RO=10;SAF=17;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333437;STB=0.688945;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0143376;OID=.;OPOS=156742501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:2:17:6:4:2:17:6:4 chr7 156742965 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0150854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7444;QD=12.7387;RBI=0.104183;REFB=0.00200628;REVB=0.103085;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306568;STB=0.677062;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00241718;OID=.;OPOS=156742965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:9:1:3:5:9:1 chr7 156743264 . C A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0105726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.928;QD=12.7384;RBI=0.0578807;REFB=-0.0365663;REVB=-0.0569069;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0845056;OID=.;OPOS=156743264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr7 156761818 . G A 241.64 PASS AF=0.430769;AO=24;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.022207;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4761;QD=14.8701;RBI=0.023185;REFB=-0.00869499;REVB=-0.00666275;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.50276;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0152142;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:37:24:28:0.430769:11:13:19:15:13:15:20:17 chr7 156762224 . G C 339.96 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00740593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1383;QD=17.6603;RBI=0.00841967;REFB=-0.0173148;REVB=0.00400537;RO=40;SAF=25;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306361;STB=0.677556;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0203598;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:11:25:15:25:11:25:15:26 chr7 156762248 . G A 434.7 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00916532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.253;QD=18.3033;RBI=0.00917405;REFB=0.00287394;REVB=0.000400202;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238188;STB=0.626006;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00500501;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:51:44:44:0.463158:18:26:16:32:18:26:18:33 chr7 156975019 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0106079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.922;QD=8.30759;RBI=0.0120029;REFB=-0.00193021;REVB=-0.00561626;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39729;STB=0.755988;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00345787;OID=.;OPOS=156975019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:7:11:7:1:7:11 chr7 156981672 . A G 211.17 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0199872;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.146;QD=15.6423;RBI=0.0287122;REFB=-0.011419;REVB=-0.0206132;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854756;STB=0.548348;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0146418;OID=.;OPOS=156981672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:20:10:10:14:20:10 chr7 157000176 . T C 475.08 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00588748;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.979;QD=22.8955;RBI=0.0191879;REFB=-0.011381;REVB=0.0182624;RO=36;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134221;STB=0.571099;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0114583;OID=.;OPOS=157000176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:36:37:45:46:0.554217:25:20:22:14:26:20:22:15 chr7 157061474 . T C 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00817297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.014;QD=18.4774;RBI=0.0081823;REFB=-0.0114025;REVB=-0.000390718;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122042;STB=0.567975;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0176301;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:15:23:17:19:15:23 chr7 157162068 . T C 342.31 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00337168;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.073;QD=15.5594;RBI=0.0113463;REFB=0.00832636;REVB=-0.0108338;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117261;STB=0.547503;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00854329;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:47:51:37:37:0.420455:16:21:32:15:16:21:33:18 chr7 157162103 . A G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00524833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.696;QD=18.0811;RBI=0.0211769;REFB=-0.0112138;REVB=-0.0205163;RO=46;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661361;STB=0.541381;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0123792;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:41:41:0.465909:17:24:30:16:17:24:31:16 chr7 157318712 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.3;QD=60.9786;RBI=0.0454716;REFB=0;REVB=0.0417618;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168086;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr7 157414064 . G A 465.21 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0110851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.464;QD=17.7221;RBI=0.015469;REFB=-0.0153039;REVB=-0.0107893;RO=55;SAF=33;SAR=17;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795826;STB=0.544312;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0193777;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:17:33:32:23:17:33:32:23 chr7 157414088 . G A 546.89 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00640732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.008;QD=17.3615;RBI=0.0118629;REFB=-0.012076;REVB=-0.00998377;RO=68;SAF=39;SAR=19;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741315;STB=0.541325;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0152913;OID=.;OPOS=157414088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:19:39:41:27:19:39:41:27 chr7 157903538 . A G 168.33 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0058052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3279;QD=16.0313;RBI=0.0985863;REFB=-0.00577429;REVB=-0.0984152;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251107;STB=0.642711;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0378902;OID=.;OPOS=157903538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:6:18:9:9:6:18 chr7 157959620 . C T 769.84 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.258;QD=57.0253;RBI=0.0253677;REFB=0;REVB=0.00586499;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90409e-05;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:19:35:0:0 chr7 157959636 . G A 771.55 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00166193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.728;QD=55.1108;RBI=0.052946;REFB=-0.0379179;REVB=0.05292;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000762701;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:18:35:0:1:20:35:0:1 chr7 157959879 . C T 923.49 PASS AF=1;AO=52;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795082;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1916;QD=57.7182;RBI=0.0248566;REFB=0;REVB=0.0235507;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318248;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:52:64:1:18:34:0:1:30:34:0:0 chr7 157959895 . C G,T 830.56 PASS AF=0.0847458,0.915254;AO=4,55;DP=59;FAO=5,54;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=4,28;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010198,-0.0092543;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.297,50.1702;QD=56.309;RBI=0.0348549,0.0670145;REFB=0,0;REVB=-0.03484,0.0663725;RO=0;SAF=4,28;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151016,-0.000728154;OID=.,.;OPOS=157959895,157959895;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:59:59:0:0:4,55:5,54:0.0847458,0.915254:0,27:4,28:0:0:1,26:4,28:0:0 chr7 157959910 . GA G,GG 722.32 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=8,43;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045995,0.0167273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.4203,52.8112;QD=56.6529;RBI=0.0474357,0.0464245;REFB=0,0;REVB=0.0116018,0.0433063;RO=0;SAF=3,21;SAR=5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0153834,0.0288141;OID=.,.;OPOS=157959911,157959911;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:8,43:51:1,50:51:0:1,23:0,27:0:0:3:0:3,21:5,22:0:0 chr7 158263331 . T C 107.65 PASS AF=0.291667;AO=11;DP=45;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0390109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0404;QD=8.97117;RBI=0.0629689;REFB=-0.0310175;REVB=-0.049429;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238948;STB=0.531868;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0566978;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:33:34:11:14:0.291667:9:2:11:22:10:4:11:23 chr7 158263336 . G C 124.72 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00765605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.307;QD=10.3935;RBI=0.00792593;REFB=-0.0199617;REVB=-0.00205067;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704445;STB=0.523778;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0465131;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:9:5:10:23:10:5:10:23 chr7 158263344 . T A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.028466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.674;QD=9.8579;RBI=0.0291853;REFB=-0.0374717;REVB=0.00643961;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488446;STB=0.529367;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0362849;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:10:19:8:5:10:19 chr7 158384305 . CTGTG C 174.71 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=0.00314871;FXX=0.09802;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.169;QD=15.192;RBI=0.00864691;REFB=-0.00656598;REVB=0.00805324;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433007;STB=0.744957;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0111436;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:19:49:19:46:27:7:12:22:5:99:27:7:12:22:5 chr7 158445063 . G C 186.22 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00448029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6732;QD=12.4149;RBI=0.00527849;REFB=0.0076249;REVB=0.00279096;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201661;STB=0.511618;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00990044;OID=.;OPOS=158445063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:20:17:11:12:20:17 chr7 158447855 . T G 282.06 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0272897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2671;QD=12.3981;RBI=0.033763;REFB=-0.00710972;REVB=0.01988;RO=58;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549824;STB=0.531584;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0136667;OID=.;OPOS=158447855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:16:17:27:31:16:17:27:31 chr7 158524504 . G A,T 731.73 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250288,-0.0267217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.931,133.327;QD=62.275;RBI=0.0255329,0.0268595;REFB=0,0;REVB=0.00504864,-0.00271703;RO=0;SAF=18,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-3.18397e-05,0.0667048;OID=.,.;OPOS=158524504,158524504;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:27,0:18,2:0:0:27,0:18,2:0:0 chr7 158526495 . G A 1031.97 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7356;QD=58.9697;RBI=0.0502264;REFB=0;REVB=-0.0340543;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959272;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:38:28:0:0:38:32:0:0 chr7 158526880 . G A 773.55 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00468105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.512;QD=53.3479;RBI=0.0193741;REFB=-0.0856366;REVB=0.0188001;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00176239;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:2:0:35:21:2:0 chr7 158528233 . A G 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9242;QD=61.0464;RBI=0.0447145;REFB=0;REVB=-0.0130534;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201318;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr7 158534372 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1683;QD=57.2022;RBI=0.0255926;REFB=0;REVB=0.0219451;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62847e-05;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr7 158534381 . G C 369.43 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.496;QD=54.7309;RBI=0.0268932;REFB=0;REVB=-0.0258177;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104618;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:11:12:0:0:15:12:0:0 chr7 158536267 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.777;QD=61.684;RBI=0.00438106;REFB=0;REVB=-0.00173842;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75399e-06;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr7 158536334 . G A 319.03 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.048;QD=49.0811;RBI=0.0253728;REFB=-0.0450188;REVB=0.0159063;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000320331;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:1:0:11:14:1:0 chr7 158536344 . GAA GA,GAC,GGA 261.82 PASS AF=0.190476,0.047619,0.761905;AO=3,2,16;DP=21;FAO=4,1,16;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,12;FSAR=3,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061613,0.00795662,-0.0439732;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=26.0479,5.73435,38.6307;QD=49.8713;RBI=0.117312,0.13515,0.0445292;REFB=0,0,0;REVB=-0.11715,-0.134916,-0.00701475;RO=0;SAF=1,1,12;SAR=2,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.07465e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0120037,-0.13652,0.00542872;OID=.,.,.;OPOS=158536345,158536346,158536345;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=GA,GAC,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.190476,0.047619,0.761905:3,2,16:21:4,1,16:21:0:1,1,12:3,0,4:0:0:19:0:1,1,12:2,1,4:0:0 chr7 158536376 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.963;QD=48.7369;RBI=0.00122762;REFB=0;REVB=-0.00122228;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70156e-06;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr7 158536388 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.01994e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.011;QD=47.8222;RBI=0.0504294;REFB=0;REVB=-0.0504294;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764774;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr7 158536408 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.163;QD=43.4861;RBI=0.0310165;REFB=0;REVB=0.00124269;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327205;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 158536411 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.41;QD=43.4861;RBI=0.0517778;REFB=0;REVB=0.0304786;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115219;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 158540945 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00150319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.045;QD=15.8613;RBI=0.0222955;REFB=-0.0061022;REVB=-0.0222448;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298927;STB=0.516845;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0030869;OID=.;OPOS=158540945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:27:24:19:19:27:24 chr7 158662137 . C T 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00603943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.26;QD=16.7502;RBI=0.0343007;REFB=-0.0325251;REVB=-0.0337649;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106633;STB=0.501263;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0384268;OID=.;OPOS=158662137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:16:17:20:18:16:17:20:19 chr7 158662182 . G A 431.92 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0128111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.22;QD=23.0356;RBI=0.0186232;REFB=-0.00522408;REVB=0.0135167;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173671;STB=0.50955;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00454362;OID=.;OPOS=158662182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:20:22:18:15:20:22:18:15 chr7 158664074 . TGAA T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00157561;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.035;QD=25.711;RBI=0.0111251;REFB=-0.0308307;REVB=0.011013;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282611;STB=0.660109;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.0107029;OID=.;OPOS=158664075;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:13:20:13:19:6:3:10:4:2:36:6:3:10:4:2 chr7 158672476 . C A,G 529.64 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,33;DP=36;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093162,0.0360877;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.707,90.2872;QD=58.8488;RBI=0.00966817,0.036404;REFB=0,0;REVB=0.00258496,0.0047884;RO=0;SAF=2,17;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00849645,0.0078361;OID=.,.;OPOS=158672476,158672476;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:36:0:0:3,33:3,33:0.0833333,0.916667:1,16:2,17:0:0:1,16:2,17:0:0 chr7 158672619 . A G 384.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.997;QD=54.8961;RBI=0.0105371;REFB=0;REVB=0.00374375;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109716;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr7 158715219 . A G 439.3 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0330085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1433;QD=24.749;RBI=0.041614;REFB=0.030419;REVB=0.025341;RO=28;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434902;STB=0.516771;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0182448;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:42:42:0.591549:20:22:13:15:20:22:14:15 chr7 158719084 . C T 300.39 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00522448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.98;QD=24.5213;RBI=0.00560224;REFB=-0.00429388;REVB=0.00202234;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631737;STB=0.535185;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00317353;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:14:8:8:19:14:8 chr7 158851234 . T G 534.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.667;QD=59.3349;RBI=0.0404427;REFB=0;REVB=0.0354852;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39745e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:23:13:0:0 chr8 195679 . G A 98.39 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0234504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.343;QD=15.1367;RBI=0.0494492;REFB=-0.0239514;REVB=0.0435351;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.514262;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0181563;OID=.;OPOS=195679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:26:14:14:11:12:0.461538:4:7:9:5:4:8:9:5 chr8 381344 . C G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00976484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5534;QD=15.7908;RBI=0.0195683;REFB=-0.00752883;REVB=-0.0169578;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.599193;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0121239;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:19:12:21:16:19:12:22:17 chr8 381410 . A G 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0166196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.85;QD=13.2644;RBI=0.0167776;REFB=-0.00511028;REVB=0.00229748;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125839;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658334;OID=.;OPOS=381410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:13:15:23:19:13:15:23:20 chr8 382957 . T C 313.05 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0174639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.708;QD=16.9214;RBI=0.0200242;REFB=-0.0171331;REVB=0.009797;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595119;STB=0.533314;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0199769;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:21:13:13:27:21:13:13:27 chr8 566619 . A G 161.08 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.323;QD=46.0213;RBI=0.231316;REFB=0;REVB=0.226377;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397966;OID=.;OPOS=566619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:14:1:0:13:14:1:3:10:0:1:4:10:0:0 chr8 577101 . A G 1108.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.849;QD=59.9162;RBI=0.0341911;REFB=0;REVB=-0.0193266;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12814e-05;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:35:37:0:0:36:38:0:0 chr8 607766 . C G 752.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2211;QD=56.7674;RBI=0.0667771;REFB=0;REVB=0.0267501;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104214;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr8 608018 . C T 341.64 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0480234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.629;QD=48.8053;RBI=0.0480248;REFB=-0.096729;REVB=-0.000369204;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772126;STB=0.541634;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00113528;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:2:2:26:26:0.928571:15:11:2:0:15:11:2:0 chr8 608034 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.447;QD=55.656;RBI=0.00267482;REFB=0;REVB=-0.00244365;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11161e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 609879 . AT CC 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158698;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.5;QD=61.684;RBI=0.0190733;REFB=0;REVB=0.0190071;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.82657e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr8 618728 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.485;QD=62.6708;RBI=0.0392836;REFB=0;REVB=-0.000703266;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379398;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr8 943494 . TG CA 74.88 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217746;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.804;QD=37.4413;RBI=0.0759927;REFB=0;REVB=0.0728063;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00054725;OID=.;OPOS=943494;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr8 977316 . A G 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00319361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.696;QD=12.1816;RBI=0.00723071;REFB=-0.0112625;REVB=0.00648722;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0119848;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:10:5:4:6:10:5 chr8 1649960 . G A 630.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0451;QD=61.5503;RBI=0.0346951;REFB=0;REVB=0.0154001;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359911;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr8 1650536 . A C 247.62 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=35;FAO=22;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00885135;FXX=0.0856898;HRUN=9;LEN=1;MLLD=205.474;QD=30.9526;RBI=0.0283911;REFB=-0.0169606;REVB=0.0269761;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584143;STB=0.529385;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.012791;OID=.;OPOS=1650536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:32:5:9:10:22:0.6875:5:5:2:3:12:10:5:4 chr8 1651129 . G A 579.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136948;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.789;QD=61.0137;RBI=0.0158464;REFB=0;REVB=0.00797259;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7938e-05;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 1817367 . G A 664.44 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0125491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7668;QD=25.312;RBI=0.018416;REFB=-0.0163294;REVB=-0.0134784;RO=42;SAF=34;SAR=29;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292679;STB=0.515928;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0132274;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:29:34:21:21:29:34:21:21 chr8 1873540 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0235169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.471;QD=14.0792;RBI=0.0247066;REFB=-0.020223;REVB=-0.00757443;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955706;STB=0.555467;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0354931;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:12:4:4:8:12:4 chr8 1876631 . C T 249.19 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00520494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.879;QD=12.4596;RBI=0.00609759;REFB=-0.00875919;REVB=-0.00317636;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512904;STB=0.529442;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0104314;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:13:17:26:24:13:17:26:24 chr8 1876810 . AG A 51.53 PASS AF=0.32;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.142813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1415;QD=4.12243;RBI=0.244751;REFB=-0.0411337;REVB=-0.198765;RO=29;SAF=1;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0.637239;SSEP=0;SSSB=-0.57159;STB=0.864794;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0619424;OID=.;OPOS=1876811;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:15:50:16:50:34:1:15:14:20:51:29:1:14:12:17 chr8 1885657 . A G 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0056162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.847;QD=12.6152;RBI=0.0155161;REFB=-0.00506895;REVB=0.014464;RO=64;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214721;STB=0.622172;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00943601;OID=.;OPOS=1885657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:16:23:25:39:16:23:25:39 chr8 1900911 . C T 222.5 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0171951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7937;QD=10.3488;RBI=0.0172252;REFB=-0.00920116;REVB=-0.00101761;RO=58;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219078;STB=0.627363;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0257485;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:12:16:22:36:12:16:22:36 chr8 1905132 . G A 262.88 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.014837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.818;QD=12.6691;RBI=0.0164817;REFB=-0.0133991;REVB=-0.00717705;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10918;STB=0.56246;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0234761;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:15:16:32:20:15:16:32:20 chr8 1906630 . G T 976.42 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144422;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.295;QD=59.1772;RBI=0.0231368;REFB=0;REVB=0.0180757;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30709e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr8 1953194 . T G 447.33 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00980776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.714;QD=52.6268;RBI=0.0317456;REFB=-0.00215098;REVB=0.0301926;RO=2;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236838;STB=0.512704;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0014178;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:2:2:32:32:0.941176:10:22:1:1:10:22:1:1 chr8 1953223 . C T 689.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.001;QD=61.3012;RBI=0.0632371;REFB=0;REVB=0.0623838;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457574;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:45:0:0:39:45:1:11:28:0:0:17:28:0:0 chr8 1953567 . C A 1211.6 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368573;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.025;QD=61.3468;RBI=0.0395325;REFB=0;REVB=0.0142954;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236907;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 857.57 PASS AF=0.918033,0.0819672;AO=49,3;DP=61;FAO=56,5;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174928,0.0172728;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=281.756,264.291;QD=56.2338;RBI=0.0389741,0.0336895;REFB=0,0;REVB=0.0348279,0.0289246;RO=0;SAF=26,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00113662,0.0228364;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.918033,0.0819672:49,3:61:56,5:61:0:31,2:25,3:0:0:19:0:26,0:23,3:0:0 chr8 1953759 . A T 669.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6555;QD=62.324;RBI=0.0517716;REFB=0;REVB=-0.0353473;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5759e-05;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr8 1954237 . G C 1320.92 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.106;QD=62.1611;RBI=0.0245726;REFB=0;REVB=0.0130276;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34606e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:34:50:0:0:34:51:0:0 chr8 1954587 . G A 430.64 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.578;QD=55.567;RBI=0.0299863;REFB=0;REVB=0.0246225;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032977;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:16:15:0:0 chr8 2000428 . G T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00293296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.51;QD=18.9663;RBI=0.0301394;REFB=-0.0310166;REVB=0.0299964;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939972;STB=0.553144;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0392795;OID=.;OPOS=2000428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:10:15:11:11:10:15 chr8 2021421 . G T 377.02 PASS AF=0.42;AO=43;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0130085;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=15.0808;RBI=0.032988;REFB=-0.0081364;REVB=-0.0303148;RO=58;SAF=29;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187031;STB=0.617589;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0108142;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:58:43:42:0.42:14:29:29:29:13:29:29:29 chr8 2027633 . C G 400.24 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0532946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.248;QD=18.6159;RBI=0.0535668;REFB=-0.0158257;REVB=0.00539287;RO=45;SAF=9;SAR=32;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212129;STB=0.619291;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0177455;OID=.;OPOS=2027633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:32:9:18:27:32:9:18:27 chr8 2040337 . T C 1668.23 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.039561;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.989;QD=59.5796;RBI=0.0572677;REFB=0.0490018;REVB=-0.0414068;RO=1;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703386;STB=0.503703;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00388487;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:67:44:0:1:67:44:0:1 chr8 2046700 . C T 479.69 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0196396;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.735;QD=16.8311;RBI=0.0257383;REFB=-0.00545359;REVB=-0.0166357;RO=60;SAF=23;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558367;STB=0.540296;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00644911;OID=.;OPOS=2046700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:62:52:52:0.45614:29:23:30:30:29:23:32:30 chr8 2048811 . A C 1304.86 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125156;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.106;QD=62.136;RBI=0.0693206;REFB=0;REVB=0.0681814;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174353;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr8 2048831 . A G 890.8 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00735159;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.259;QD=56.5589;RBI=0.00854258;REFB=-0.159548;REVB=-0.00435084;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000328541;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:1:0:31:31:1:0 chr8 2054066 . A G 295.56 PASS AF=0.319672;AO=40;DP=122;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0395605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9757;QD=9.69058;RBI=0.0745748;REFB=-0.0286244;REVB=0.0632168;RO=80;SAF=25;SAR=15;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152926;STB=0.528075;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0627407;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:83:40:39:0.319672:15:25:49:31:14:25:50:33 chr8 2057298 . C T 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0011212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.752;QD=15.772;RBI=0.0127643;REFB=-0.00829721;REVB=-0.0127149;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243869;STB=0.513787;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0105426;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:17:10:13:20:17:10:13:20 chr8 2071174 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.369;QD=58.0611;RBI=0.0392036;REFB=0;REVB=0.0353285;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001094;OID=.;OPOS=2071174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr8 2092803 . A G 1048.37 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178193;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.848;QD=59.9068;RBI=0.0305127;REFB=0;REVB=-0.0247689;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176329;OID=.;OPOS=2092803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr8 2148550 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.706;QD=63.2866;RBI=0.0260186;REFB=0;REVB=0.0253843;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121051;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 306.36 PASS AF=1;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886886;FXX=0.363526;HRUN=1;LEN=18;MLLD=395.109;QD=58.354;RBI=0.0143376;REFB=0;REVB=0.0112654;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.18975e-05;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:20:34:21:21:0:5:16:0:0:3:0:5:15:0:0 chr8 2795412 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTT,TATTTTTT 335.33 PASS AF=0.0217391,0.0434783,0.913043,0.0217391;AO=7,2,25,5;DP=46;FAO=1,2,42,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,23,1;FSAR=1,0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495541,-0.0636607,-0.0974848,-0.0319384;FXX=0.0212721;HRUN=8,8,8,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=8.28586,167.713,9.2175,8.94156;QD=29.1587;RBI=0.067602,0.0658011,0.12757,0.105075;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0459829,-0.0166463,-0.0822845,-0.100103;RO=4;SAF=6,2,11,3;SAR=1,0,14,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.31972,0.623114,-0.0154613,0.0744193;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=-0.0392143,0.11743,-0.0488409,0.0783244;OID=.,.,.,.;OPOS=2795413,2795419,2795413,2795412;OREF=TT,T,T,AT;OALT=-,A,-,TA;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTT,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:46:46:4:0:7,2,25,5:1,2,42,1:0.0217391,0.0434783,0.913043,0.0217391:1,0,14,2:6,2,11,3:2:2:1,0,19,0:0,2,23,1:0:0 chr8 2795835 . T C 1498.17 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918564;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.845;QD=59.9267;RBI=0.0118944;REFB=0;REVB=0.00755656;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197446;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr8 2820745 . G C 2030.04 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00825903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.11;QD=61.5165;RBI=0.0318001;REFB=-0.0158387;REVB=0.0307089;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=3.20115e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:58:73:0:0:58:73:1:0 chr8 2832139 . C G 1567.82 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.258;QD=63.9926;RBI=0.0327049;REFB=0;REVB=-0.00479713;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16465e-05;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr8 2909992 . G A 1514.08 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115943;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.013;QD=63.7507;RBI=0.0364167;REFB=0;REVB=-0.0363983;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47413e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:37:57:0:0:38:57:0:0 chr8 2910020 . A G 1556.48 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00166651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.839;QD=58.7351;RBI=0.0119247;REFB=-0.142229;REVB=0.0118077;RO=1;SAF=65;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724579;STB=0.503816;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-4.41925e-05;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:40:65:1:0:40:65:1:0 chr8 2965244 . T C 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00601876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.912;QD=56.417;RBI=0.00603909;REFB=-0.00997691;REVB=0.000495116;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.506022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-1.03589e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:21:41:0:0:21:41:1:0 chr8 3200877 . C T 724.26 PASS AF=0.440678;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=177;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0252953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.724;QD=16.3674;RBI=0.0281273;REFB=-0.0108767;REVB=-0.0123002;RO=99;SAF=41;SAR=37;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097881;STB=0.505448;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0125317;OID=.;OPOS=3200877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:99:99:78:78:0.440678:37:41:53:46:37:41:53:46 chr8 3224561 . T C 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0076866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.381;QD=19.0777;RBI=0.0138343;REFB=-0.00991762;REVB=-0.0115024;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574289;STB=0.531895;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00753925;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:10:22:23:8:10:22:23:8 chr8 3253768 . C T 661.2 PASS AF=0.528;AO=63;DP=122;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0198886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.548;QD=21.1582;RBI=0.0533673;REFB=-0.034755;REVB=-0.0495229;RO=59;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163613;STB=0.519994;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0291425;OID=.;OPOS=3253768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:59:59:63:66:0.528:30:33:32:27:33:33:32:27 chr8 3265590 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0239193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.151;QD=17.8271;RBI=0.040097;REFB=-0.0277572;REVB=-0.0321812;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323399;STB=0.685409;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0490141;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:8:3:8:4:8:3 chr8 3558050 . G A 1406.57 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.594;QD=61.1552;RBI=0.046217;REFB=-0.135559;REVB=0.0315784;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.504761;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000445556;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:90:91:0.98913:52:38:0:0:52:39:0:1 chr8 5768667 . A T 420.89 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0285866;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.671;QD=22.4473;RBI=0.0287919;REFB=-0.0316466;REVB=0.00343209;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870429;STB=0.547922;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0201879;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:13:21:21:20:13:21 chr8 6272399 . G T 433.14 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0509392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4783;QD=18.0476;RBI=0.0521489;REFB=-0.000131199;REVB=0.0111672;RO=53;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190273;STB=0.614946;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000471473;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:52:43:44:0.458333:14:29:26:27:14:30:25:27 chr8 6296550 . G T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0278;QD=59.3217;RBI=0.0517066;REFB=0;REVB=-0.0327089;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484062;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr8 6302183 . G C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.515;QD=55.0944;RBI=0.0371452;REFB=0;REVB=0.0292873;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303093;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 6302418 . A G 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471481;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7565;QD=56.2266;RBI=0.10896;REFB=0;REVB=-0.0982313;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000694275;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr8 6389889 . C A 612.46 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0106442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.1;QD=20.0806;RBI=0.0249298;REFB=-0.0134228;REVB=0.0225433;RO=60;SAF=39;SAR=23;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118951;STB=0.56566;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0162166;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:23:39:30:30:23:39:30:30 chr8 6474473 . C G 1796.61 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.343;QD=59.3922;RBI=0.0315209;REFB=-0.0490784;REVB=0.0289047;RO=2;SAF=66;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173506;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000241648;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:121:2:1:119:120:0.991736:53:66:1:1:54:66:1:0 chr8 6478986 . C T 804.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5967;QD=64.3581;RBI=0.050055;REFB=0;REVB=-0.0103659;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409227;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr8 6479042 . C T 1152.17 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.461;QD=60.6406;RBI=0.0994689;REFB=0;REVB=0.0243997;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219673;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:38:36:0:0:40:36:0:0 chr8 6479178 . C A 785.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000398129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7451;QD=64.1259;RBI=0.0130123;REFB=0;REVB=-0.0130062;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181547;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr8 6615663 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.72;QD=62.3508;RBI=0.047008;REFB=0;REVB=0.0106066;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404134;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr8 6673376 . ACA AC,CAC 736.47 PASS AF=1,0;AO=44,2;DP=47;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076812,-0.00151145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=113.544,91.3127;QD=62.6786;RBI=0.0789359,0.0180882;REFB=0,0;REVB=0.0181877,0.0180249;RO=0;SAF=24,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000494995,0;OID=.,.;OPOS=6673378,6673376;OREF=A,ACA;OALT=-,CAC;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:44,2:47,0:1,0:20,0:24,2:0:0:21,0:26,0:0:0 chr8 6793540 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00452888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.399;QD=57.7122;RBI=0.0117927;REFB=0;REVB=-0.0108883;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22354e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr8 6793581 . A G 119.44 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00790427;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.534;QD=12.2507;RBI=0.0305358;REFB=0.00102255;REVB=-0.029495;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978275;STB=0.558287;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00311577;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:11:3:7:18:11:3:7:18 chr8 7154617 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.661;QD=37.4884;RBI=0.0743829;REFB=0;REVB=0.0187894;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015205;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr8 7154917 . A C 2069.08 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.016224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5389;QD=60.8553;RBI=0.0174203;REFB=-0.0820747;REVB=0.0063442;RO=2;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120313;STB=0.506328;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000642361;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:78:56:0:2:78:56:0:2 chr8 7215694 . A G 352.8 PASS AF=0.304054;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=148;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0646461;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8296;QD=9.53503;RBI=0.0648528;REFB=0.0162769;REVB=0.00517287;RO=103;SAF=27;SAR=18;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918791;STB=0.553695;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0361539;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:103:103:45:45:0.304054:18:27:54:49:18:27:54:49 chr8 7217172 . G A 108.06 PASS AF=0.113821;AO=28;DP=246;FAO=28;FDP=246;FR=.;FRO=218;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=106;FSRR=112;FWDB=-0.017049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.903;QD=1.75704;RBI=0.0171332;REFB=-0.00113847;REVB=-0.00169653;RO=218;SAF=13;SAR=15;SRF=106;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272873;STB=0.519485;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00956714;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:218:218:28:28:0.113821:15:13:106:112:15:13:106:112 chr8 7217837 . A C 34.21 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0302999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.396;QD=1.35503;RBI=0.0320193;REFB=0.00211785;REVB=0.0103515;RO=92;SAF=2;SAR=7;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249185;STB=0.704669;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0183421;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:92:92:9:9:0.0891089:7:2:39:53:7:2:39:53 chr8 7218632 . C T 193.09 PASS AF=0.178571;AO=35;DP=196;FAO=35;FDP=196;FR=.;FRO=161;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=79;FSRR=82;FWDB=-0.00273656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4569;QD=3.94067;RBI=0.041094;REFB=0.000187941;REVB=-0.0410027;RO=161;SAF=18;SAR=17;SRF=79;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030336;STB=0.519371;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00140877;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:161:161:35:35:0.178571:17:18:79:82:17:18:79:82 chr8 7308386 . T C 70.36 PASS AF=0.112583;AO=17;DP=151;FAO=17;FDP=151;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.00851855;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.144;QD=1.86371;RBI=0.0122584;REFB=-0.00696355;REVB=-0.00881493;RO=131;SAF=7;SAR=10;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103877;STB=0.572015;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0713598;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:151:151:131:134:17:17:0.112583:10:7:65:66:10:7:66:68 chr8 7308729 . G C 849.17 PASS AF=0.380228;AO=100;DP=264;FAO=100;FDP=263;FR=.;FRO=163;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=86;FSRR=77;FWDB=0.0370112;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.089;QD=12.9151;RBI=0.0371308;REFB=0.000904553;REVB=-0.00297847;RO=162;SAF=56;SAR=44;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390766;STB=0.520266;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00123554;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:162:163:100:100:0.380228:44:56:85:77:44:56:86:77 chr8 8098577 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.208;QD=58.2395;RBI=0.0158599;REFB=0;REVB=0.00296944;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33449e-05;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr8 8176221 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.494;QD=58.5859;RBI=0.0388115;REFB=0;REVB=0.0317252;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169587;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr8 8176554 . C T 2415.22 PASS AF=0.975758;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0275663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.165;QD=58.5508;RBI=0.0297421;REFB=-0.087409;REVB=0.0111666;RO=4;SAF=77;SAR=83;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124765;STB=0.50644;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000639345;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:164:165:4:4:160:161:0.975758:83:77:3:1:83:78:3:1 chr8 8234077 . G C 88.32 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0222338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4288;QD=14.7196;RBI=0.0658354;REFB=0.00731908;REVB=0.0619674;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00900521;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:8:5:7:4:8:5 chr8 8234192 . G C 159.61 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.018588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9237;QD=17.7342;RBI=0.0508565;REFB=-0.0172332;REVB=-0.0473378;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301802;STB=0.673853;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0128408;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:9:10:4:13:9:10 chr8 8234218 . CG TA 212.22 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0225482;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.447;QD=18.4543;RBI=0.0232026;REFB=-0.00365317;REVB=0.0054716;RO=25;SAF=17;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410655;STB=0.74353;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.00539055;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:20:21:0.456522:3:17:13:12:3:18:13:12 chr8 8234714 . C T 123.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00745948;FXX=0.0789266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.703;QD=14.1174;RBI=0.00753101;REFB=0.000788338;REVB=-0.00103552;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453021;STB=0.79952;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00125481;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:35:17:21:14:14:0.4:2:12:8:9:2:12:9:12 chr8 8439879 . A G 154.46 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0343856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2745;QD=22.8827;RBI=0.12344;REFB=-0.0713963;REVB=-0.118554;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125162;STB=0.507033;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0399547;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:6:5:7:9:6:5 chr8 8560536 . G A 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0329957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6213;QD=31.2392;RBI=0.078588;REFB=-0.0705688;REVB=0.0713257;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608722;STB=0.533849;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0119579;OID=.;OPOS=8560536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:5:9:2:2:5:9:2:2 chr8 8560602 . C T 397.44 PASS AF=0.794872;AO=29;DP=37;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.057651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5282;QD=40.7628;RBI=0.112397;REFB=-0.0461908;REVB=0.096486;RO=8;SAF=24;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520181;STB=0.507038;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.018606;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:39:8:8:29:31:0.794872:5:24:6:2:7:24:6:2 chr8 8560909 . G C 327.29 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0249009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.504;QD=17.6916;RBI=0.0504002;REFB=0.00461533;REVB=0.0438192;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713544;STB=0.539869;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00238448;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:23:16:17:18:23:16 chr8 8561391 . A AT 88.39 PASS AF=0.510638;AO=19;DP=53;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0303321;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.75512;QD=7.52229;RBI=0.106652;REFB=0.0274305;REVB=0.102248;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428847;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=ins;VARB=-0.0284175;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510638:19:53:24:47:23:12:12:11:12:83:30:10:9:17:13 chr8 8561399 . G T 257.64 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00943001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.994;QD=19.8184;RBI=0.0230554;REFB=-0.0230654;REVB=0.0210387;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127697;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233948;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:13:12:13:14:13:12 chr8 8561442 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00930141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3302;QD=15.6257;RBI=0.01221;REFB=0.0241981;REVB=0.00790995;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119036;STB=0.568647;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0448156;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:14:13:7:12:14:13 chr8 8561452 . A G 152.48 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000989833;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.972;QD=13.8618;RBI=0.0319291;REFB=-0.016488;REVB=0.0319137;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215885;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00777536;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:27:15:17:0.386364:4:11:15:12:6:11:15:12 chr8 8643582 . C G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9194;QD=60.6065;RBI=0.0487318;REFB=0;REVB=-0.0236324;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129903;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr8 8747894 . A G 1171.64 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4388;QD=60.8646;RBI=0.0155546;REFB=0;REVB=0.00947278;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012309;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr8 8819186 . T A 1225.58 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.663;QD=60.5223;RBI=0.0385572;REFB=0;REVB=0.0382364;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26959e-05;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:81:0:0:79:81:1:38:41:0:0:39:42:0:0 chr8 8860620 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.968;QD=57.7124;RBI=0.0697271;REFB=0;REVB=0.0509088;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195775;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr8 8887542 . TAAC T 909.44 PASS AF=0.901099;AO=81;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0153318;FXX=0.0421008;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.985;QD=39.9755;RBI=0.0154879;REFB=-0.0156411;REVB=0.00219313;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.517044;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.00115567;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901099:81:91:82:91:9:50:32:4:5:15:0:49:32:0:0 chr8 9414502 . C G,T 789.66 PASS AF=0.94,0.06;AO=43,7;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321556,-0.0870998;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=180.504,21.2999;QD=63.1728;RBI=0.0373334,0.10404;REFB=0,0;REVB=0.0189684,-0.0569027;RO=0;SAF=22,7;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000928754,0.17233;OID=.,.;OPOS=9414502,9414502;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:43,7:47,3:0.94,0.06:21,0:22,7:0:0:21,0:26,3:0:0 chr8 9414642 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.696;QD=57.0008;RBI=0.0391653;REFB=0;REVB=0.039144;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17697e-05;OID=.;OPOS=9414642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr8 9415168 . G A 1283.19 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.099;QD=61.8403;RBI=0.0176984;REFB=0;REVB=0.0135807;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75481e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:34:48:0:0:34:49:0:0 chr8 9577940 . T C 1227.29 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.323;QD=61.3644;RBI=0.0247766;REFB=0;REVB=-0.0215651;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52831e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr8 9734267 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.056;QD=53.9112;RBI=0.0295673;REFB=0;REVB=0.0247213;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65132e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr8 9734283 . G GA 157.21 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143825;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.068;QD=36.9894;RBI=0.154368;REFB=0;REVB=-0.0560695;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000158841;OID=.;OPOS=9734284;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:17:17:0:13:4:0:0:3:17:1:1:13:4 chr8 9734284 . G A 192.85 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00457446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.051;QD=40.6004;RBI=0.0125759;REFB=-0.0294496;REVB=-0.0117145;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677088;STB=0.537145;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00281255;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:4:13:1:1:4:13:1:1 chr8 10285825 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.469;QD=50.4128;RBI=0.0672249;REFB=0;REVB=-0.00088726;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287811;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 10333799 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00389975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.119;QD=8.69128;RBI=0.058514;REFB=-0.00574527;REVB=-0.0583839;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22957;STB=0.639677;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0137666;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:12:5:4:4:12:5 chr8 10383138 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0532777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.983;QD=52.5384;RBI=0.0580588;REFB=-0.00882248;REVB=0.023072;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.517235;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000149265;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:28:22:0:0:28:22:0:2 chr8 10396054 . A C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2742;QD=60.028;RBI=0.039553;REFB=0;REVB=0.00858227;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332543;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr8 10464885 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.301;QD=56.0118;RBI=0.045876;REFB=0.102829;REVB=0.0292504;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00335054;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:0:1:13:21:0:1 chr8 10465399 . T A 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.523;QD=33.4151;RBI=0.138851;REFB=0;REVB=0.136283;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282521;OID=.;OPOS=10465399;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr8 10465748 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.783;QD=35.5756;RBI=0.0680018;REFB=0;REVB=0.0157326;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155087;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 10465771 . G T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2508;QD=37.4863;RBI=0.110894;REFB=0;REVB=-0.0741778;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366087;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr8 10467207 . C A 1569.29 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403865;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8428;QD=63.4058;RBI=0.109564;REFB=0;REVB=0.101849;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440565;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:41:55:0:0:44:55:0:0 chr8 10467637 . T C 79.78 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0344348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5593;QD=18.7712;RBI=0.0406689;REFB=-0.0350417;REVB=-0.0216381;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.72356;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000780663;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:17:7:7:8:8:0.470588:2:6:2:5:2:6:2:5 chr8 10468172 . G A 162.91 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0139812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.53;QD=13.0326;RBI=0.026972;REFB=-0.00348517;REVB=-0.0230655;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.509379;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00726153;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:20:12:7:11:20:12 chr8 10469030 . G A 143.81 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00546513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.397;QD=15.1377;RBI=0.0324566;REFB=-0.00623504;REVB=0.0319932;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218022;STB=0.588126;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0149811;OID=.;OPOS=10469030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:15:16:0.421053:9:6:13:8:9:7:13:9 chr8 10469340 . G A 686.99 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00165271;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.189;QD=20.5073;RBI=0.0125969;REFB=-0.0214021;REVB=0.012488;RO=65;SAF=34;SAR=34;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130008;STB=0.574605;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0204994;OID=.;OPOS=10469340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:66:68:68:0.507463:34:34:23:42:34:34:23:43 chr8 10469817 . G A 710.1 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=182;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.00852992;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.728;QD=15.7799;RBI=0.0222187;REFB=-0.0197348;REVB=0.0205161;RO=101;SAF=43;SAR=34;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266241;STB=0.514014;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0277556;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:101:103:77:77:0.427778:34:43:59:42:34:43:60:43 chr8 10470815 . G C 565.72 PASS AF=0.53;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00656871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.153;QD=22.6287;RBI=0.00658768;REFB=-0.0128095;REVB=-0.00049949;RO=47;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129462;STB=0.57444;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0112729;OID=.;OPOS=10470815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:47:47:52:53:0.53:20:32:22:25:20:33:22:25 chr8 10474042 . T G 510.18 PASS AF=0.526882;AO=46;DP=90;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.010045;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.907;QD=21.9432;RBI=0.0129081;REFB=-0.0307425;REVB=0.00810655;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117876;STB=0.576128;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0285233;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:44:44:46:49:0.526882:20:26:19:25:20:29:19:25 chr8 10530218 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.926;QD=44.0931;RBI=0.0751839;REFB=-0.0891426;REVB=-0.00662023;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00373344;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:0:1 chr8 10691277 . A C 51.64 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0247264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.776;QD=14.7531;RBI=0.0317229;REFB=-0.0645427;REVB=0.0198734;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115334;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0315501;OID=.;OPOS=10691277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:14:14:3:5:4:6:0.428571:2:2:2:1:3:3:2:3 chr8 10754511 . C T 1694.36 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.866;QD=60.5127;RBI=0.0610651;REFB=0;REVB=0.0230023;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156604;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr8 10995144 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00628381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.862;QD=19.9055;RBI=0.0436973;REFB=-0.00896463;REVB=0.0432431;RO=27;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392525;STB=0.719495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00609648;OID=.;OPOS=10995144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:7:23:9:18:7:23:9:18 chr8 11162496 . A C 1065.58 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132018;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.981;QD=60.0326;RBI=0.014922;REFB=0;REVB=0.00695554;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06927e-05;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:34:37:0:0 chr8 11184937 . G A 1813.69 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150497;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0698;QD=61.4811;RBI=0.0151098;REFB=0;REVB=0.00134626;RO=0;SAF=71;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99952e-05;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:115:118:1:44:71:0:0:47:71:0:0 chr8 11188743 . C T 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.091;QD=59.498;RBI=0.0350657;REFB=0;REVB=0.0174197;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112519;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr8 11188752 . G A 1024.41 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302947;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.817;QD=59.3861;RBI=0.0622196;REFB=0;REVB=0.0543462;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171916;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr8 11189316 . G C 259.53 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427724;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7208;QD=51.9067;RBI=0.10096;REFB=0;REVB=0.0914519;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174255;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:8:11:0:1:9:11:0:0 chr8 11189488 . T C 1257.33 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.102322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.665;QD=59.1687;RBI=0.102322;REFB=-0.166287;REVB=0.000177974;RO=2;SAF=44;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210376;STB=0.511108;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000757166;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:85:2:2:82:83:0.976471:38:44:2:0:39:44:2:0 chr8 11189535 . T C 556.19 PASS AF=0.975;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0700639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4072;QD=55.6187;RBI=0.105713;REFB=0.0167916;REVB=0.0791598;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00565005;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:35:39:0.975:17:18:0:0:17:22:0:1 chr8 11204165 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5104;QD=61.6833;RBI=0.0406252;REFB=0;REVB=-0.0390751;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280578;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr8 11204184 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.935;QD=57.6807;RBI=0.0386973;REFB=0;REVB=-0.038653;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010105;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr8 11280885 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00516832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.996;QD=15.1958;RBI=0.0234525;REFB=-0.00948197;REVB=0.0228759;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787827;STB=0.545404;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0147704;OID=.;OPOS=11280885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:11:15:9:9:11:15 chr8 11301753 . A C 3846.77 PASS AF=1;AO=241;DP=243;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205671;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3924;QD=63.8468;RBI=0.00861785;REFB=0;REVB=-0.00836882;RO=0;SAF=150;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55125e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:241:0:0:241:241:1:91:150:0:0:91:150:0:0 chr8 11414237 . T C 1250.29 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0558317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7231;QD=60.2551;RBI=0.0561289;REFB=-0.0756414;REVB=0.00576901;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000152585;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:40:42:1:0:40:42:1:0 chr8 11418385 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.481;QD=58.9607;RBI=0.0339265;REFB=0;REVB=0.0331464;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34455e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr8 11418773 . C T 944.9 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.2346;QD=55.5823;RBI=0.0271142;REFB=-0.103985;REVB=-0.0241958;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248544;STB=0.513154;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00109755;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:29:37:2:0:29:37:2:0 chr8 11421793 . C T 1034.31 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00196542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.965;QD=54.4373;RBI=0.0136947;REFB=-0.0671478;REVB=-0.0135529;RO=4;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628954;STB=0.532249;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000114284;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:4:4:71:72:0.947368:28:43:0:4:29:43:0:4 chr8 11619261 . T A 1644.62 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117595;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8262;QD=60.353;RBI=0.0877801;REFB=0;REVB=0.0869888;RO=0;SAF=68;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470053;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:41:68:0:0:41:68:0:0 chr8 11619334 . C T 1792.39 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0696191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0094;QD=59.2525;RBI=0.0790932;REFB=-0.0294805;REVB=0.0375354;RO=1;SAF=67;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703708;STB=0.501058;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0012046;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:52:67:1:0:52:67:1:1 chr8 11619635 . T A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00662952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.614;QD=46.0582;RBI=0.0973188;REFB=-0.110432;REVB=0.0970927;RO=1;SAF=18;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248957;STB=0.513499;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00506769;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:1:18:1:0:1:18:1:0 chr8 11619986 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.533;QD=52.6104;RBI=0.0747644;REFB=0;REVB=0.034668;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152104;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 11620077 . G C 38.48 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.209567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.958;QD=10.9957;RBI=0.224368;REFB=-0.06663;REVB=-0.0801414;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0540265;OID=.;OPOS=11620077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:8:6:6:0.428571:5:1:3:3:5:1:5:3 chr8 11620079 . C G 45.19 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0123328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0646;QD=13.9032;RBI=0.0703257;REFB=-0.102281;REVB=0.0692358;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.19694;OID=.;OPOS=11620079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:5:6:6:7:0.538462:4:2:2:3:4:3:2:4 chr8 11620315 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.951;QD=59.3215;RBI=0.0241871;REFB=0;REVB=-0.0154648;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15778e-06;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr8 11621351 . C G 438.54 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0712194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7262;QD=54.8178;RBI=0.0725979;REFB=-0.073793;REVB=0.0140801;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00130191;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:32:0:1:30:31:0.96875:14:16:0:0:14:17:0:1 chr8 11621450 . G A,T 599.72 PASS AF=0.95,0.05;AO=37,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302366,-0.0159546;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.0383,20.1175;QD=59.9723;RBI=0.0323738,0.0181393;REFB=0,0;REVB=0.0115676,-0.00863056;RO=0;SAF=13,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00203533,0.129634;OID=.,.;OPOS=11621450,11621450;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:40:0:0:37,2:38,2:0.95,0.05:24,0:13,2:0:0:25,0:13,2:0:0 chr8 11637276 . G A 167.29 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.011779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.546;QD=11.7393;RBI=0.0138584;REFB=-0.0276944;REVB=0.00730139;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196603;STB=0.613755;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0431311;OID=.;OPOS=11637276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:22:14:12:9:22:14 chr8 11643553 . G T 205.26 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0145433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.634;QD=12.829;RBI=0.0164551;REFB=-0.015078;REVB=0.00769822;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619774;STB=0.535552;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0143654;OID=.;OPOS=11643553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:18:21:12:13:18:21 chr8 11666218 . GTCCCACTCCCACTCCCACT GTCCCACTCCCACT,GTCCCACTCCCACTC 228.62 PASS AF=0.777778,0;AO=21,3;DP=30;FAO=28,0;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=25,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0387219,-0.0131804;FXX=0.199956;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=145.279,139.65;QD=25.4017;RBI=0.0557147,0.0249656;REFB=-0.0425756,-0.028321;REVB=0.0400593,0.0212028;RO=0;SAF=0,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.735086,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,del;VARB=0.0167388,0;OID=.,.;OPOS=11666219,11666233;OREF=TCCCAC,CCACT;OALT=-,-;OMAPALT=GTCCCACTCCCACT,GTCCCACTCCCACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778,0:21,3:30:28,0:36:8:3,0:25,0:6:2:36:0:0,0:21,3:0:0 chr8 11667179 . C T 646.46 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0215871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6428;QD=16.7912;RBI=0.0234171;REFB=-0.00126963;REVB=-0.0090751;RO=84;SAF=35;SAR=35;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233665;STB=0.512983;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00135064;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:35:35:44:40:35:35:44:40 chr8 11683653 . T C 958.31 PASS AF=0.985294;AO=57;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00480251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.476;QD=56.3711;RBI=0.00550723;REFB=-0.126304;REVB=-0.00269546;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000189529;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:57:67:0.985294:39:18:0:0:42:25:0:1 chr8 11689119 . G C 1030.53 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5683;QD=58.058;RBI=0.0561073;REFB=-0.137352;REVB=0.000990571;RO=1;SAF=40;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116744;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00148037;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:30:40:1:0:30:40:1:0 chr8 11701842 . A C 1152.5 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.044447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3317;QD=57.6249;RBI=0.0527892;REFB=-0.079693;REVB=-0.0284809;RO=2;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723129;STB=0.503821;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00162268;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:28:50:1:1:28:50:1:1 chr8 11701887 . CTG C 436.45 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00103781;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.141;QD=18.1853;RBI=0.0292585;REFB=0.00419645;REVB=0.0292401;RO=52;SAF=24;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963214;STB=0.559819;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=-0.00625469;OID=.;OPOS=11701888;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:43:98:44:96:52:24:20:34:18:99:52:24:19:34:18 chr8 11702542 . T C 500.68 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0345626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.632;QD=24.4232;RBI=0.0348526;REFB=-0.00845181;REVB=0.00448627;RO=34;SAF=28;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119777;STB=0.559974;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00784915;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:35:47:47:0.573171:19:28:15:19:19:28:16:19 chr8 11705677 . C G 155.96 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00509363;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.583;QD=11.9971;RBI=0.010097;REFB=-0.00539929;REVB=-0.00871806;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10715;STB=0.554996;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0126516;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:13:6:13:19:13:6:13:20 chr8 11706581 . T G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00482418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.681;QD=14.3999;RBI=0.00482529;REFB=-0.00126789;REVB=0.00010325;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146417;STB=0.591763;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00181002;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:10:15:15:18:10:15:15:19 chr8 11710888 . G C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00454998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.567;QD=17.3254;RBI=0.00694254;REFB=-0.00666404;REVB=0.00524371;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171522;STB=0.597162;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00660812;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:18:7:9:11:18:7 chr8 11793447 . T C 1520.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9002;QD=59.6362;RBI=0.0930366;REFB=0;REVB=0.00444998;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397409;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr8 11832079 . A G 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131269;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.38;QD=53.0522;RBI=0.0131279;REFB=-0.0581928;REVB=0.000159813;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.517235;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000264673;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:26:28:1:0:26:28:2:0 chr8 11872239 . C A 521.53 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.143405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8453;QD=54.8974;RBI=0.148769;REFB=-0.15001;REVB=0.0395891;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00823132;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:26:10:0:1:27:10:1:0 chr8 11872314 . T C 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.607;QD=39.1878;RBI=0.0226524;REFB=0;REVB=0.00149003;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183425;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr8 11994957 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0163208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.462;QD=12.3961;RBI=0.0253484;REFB=0.00390834;REVB=0.0193952;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129327;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr8 11995062 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0101564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3517;QD=14.0437;RBI=0.0170719;REFB=-0.00650473;REVB=-0.0137221;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0114856;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr8 11995274 . G A 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0405449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.347;QD=50.1331;RBI=0.0410959;REFB=0.0350252;REVB=0.00670678;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00693764;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr8 12042880 . T C 96.1 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0605447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.341;QD=21.3547;RBI=0.0642525;REFB=-0.0141964;REVB=0.021511;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.68393;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00135849;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:4:7:9:11:0.611111:4:5:0:4:6:5:0:7 chr8 12285161 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.197;QD=48.737;RBI=0.0092005;REFB=0;REVB=-0.00786052;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13632e-05;OID=.;OPOS=12285161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:4:9:0:0:7:10:0:0 chr8 12516729 . T G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8135;QD=62.9793;RBI=0.0403281;REFB=0;REVB=0.00942167;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656447;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr8 12516857 . T C 923.22 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.609;QD=57.7013;RBI=0.0546225;REFB=0;REVB=0.0131359;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121331;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:60:64:1:31:29:0:0:35:29:0:0 chr8 12516967 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00918228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.08;QD=8.81135;RBI=0.0251038;REFB=-0.0015021;REVB=0.0233642;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00365505;OID=.;OPOS=12516967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:9:11:6:6:0.352941:5:1:4:5:5:1:5:6 chr8 12580049 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.062;QD=56.7066;RBI=0.0293743;REFB=0;REVB=0.00636349;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311759;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr8 12809667 . A T 1373.22 PASS AF=0.527344;AO=135;DP=256;FAO=135;FDP=256;FR=.;FRO=121;FSAF=83;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.00969328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.693;QD=21.4566;RBI=0.0131325;REFB=-0.0125188;REVB=-0.00886014;RO=118;SAF=83;SAR=52;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12969;STB=0.569424;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0107776;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:118:121:135:135:0.527344:52:83:55:63:52:83:57:64 chr8 12809700 . G A 1522.67 PASS AF=0.555556;AO=145;DP=260;FAO=145;FDP=261;FR=.;FRO=116;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=-0.00553535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.812;QD=23.3359;RBI=0.0115626;REFB=-0.0229888;REVB=0.0101515;RO=113;SAF=85;SAR=60;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17253;STB=0.599145;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129266;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:113:116:145:145:0.555556:60:85:42:71:60:85:42:74 chr8 12878637 . A G 713.87 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7346;QD=60.7552;RBI=0.0226267;REFB=-0.152245;REVB=-0.0196161;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00185168;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr8 12878677 . T C 272.02 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00377549;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.212;QD=15.5441;RBI=0.0323879;REFB=-0.00569183;REVB=0.0321671;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215545;STB=0.611576;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00924808;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:39:30:31:0.442857:21:9:20:20:21:10:20:19 chr8 12878807 . T G 420.3 PASS AF=0.443299;AO=41;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0111929;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.454;QD=17.3321;RBI=0.0130339;REFB=-0.00430447;REVB=0.00667843;RO=54;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000458882;STB=0.514156;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0037424;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:54:41:43:0.443299:22:19:25:29:22:21:25:29 chr8 12879062 . T C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0124169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.276;QD=10.6681;RBI=0.0216388;REFB=-0.0142454;REVB=-0.0177217;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0334594;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:10:8:4:6:10:8 chr8 12879099 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00323344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.86;QD=15.2297;RBI=0.0325291;REFB=-0.00504397;REVB=-0.032368;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190523;STB=0.609642;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00724445;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:11:17:8:11:11:17 chr8 12879198 . A T 152.63 PASS AF=0.4;AO=13;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0306333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.744;QD=13.567;RBI=0.0307696;REFB=-0.0182755;REVB=-0.00289263;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366582;STB=0.548332;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0328056;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:13:18:0.4:11:2:11:16:12:6:11:16 chr8 12879334 . T C 232.21 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0407171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5042;QD=23.816;RBI=0.0618341;REFB=-0.000828874;REVB=0.0465358;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358078;STB=0.697823;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00346566;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:9:13:2:15:9:13:2:15 chr8 12879539 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00925358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.034;QD=23.2183;RBI=0.0128477;REFB=-0.0666007;REVB=-0.00891257;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00485461;OID=.;OPOS=12879539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr8 12879834 . C A 97.8 PASS AF=0.268293;AO=9;DP=39;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0680316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.587;QD=9.54189;RBI=0.0975018;REFB=-0.0807558;REVB=0.0698449;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439044;STB=0.792036;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.138682;OID=.;OPOS=12879834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:39:41:23:24:9:11:0.268293:5:4:19:4:7:4:20:4 chr8 12888743 . A G 654.78 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157921;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.495;QD=62.3601;RBI=0.0261445;REFB=0;REVB=0.0208361;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39868e-05;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr8 12888908 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.689;QD=63.5819;RBI=0.0340728;REFB=0;REVB=0.00568124;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224717;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr8 12943065 . T C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0431265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.508;QD=44.6064;RBI=0.0431826;REFB=-0.110002;REVB=-0.00220112;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00771573;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:1:1:10:11:1:1 chr8 12950315 . G T 165.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.000762412;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.262;QD=20.7075;RBI=0.00543065;REFB=-0.022909;REVB=0.00537687;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0179633;OID=.;OPOS=12950315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:4:11:11:6:4:11 chr8 12952293 . C T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0029138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.26;QD=13.4154;RBI=0.0143536;REFB=-0.0132612;REVB=-0.0140548;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782858;STB=0.544712;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0212983;OID=.;OPOS=12952293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:15:22:13:12:15:22 chr8 12957475 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.569;QD=60.2044;RBI=0.02664;REFB=0;REVB=0.01577;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21537e-05;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr8 12960281 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.01088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.63;QD=19.44;RBI=0.0174953;REFB=-0.0108453;REVB=-0.0137007;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445914;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00889259;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:30:31:0.516667:14:16:14:15:14:17:14:15 chr8 12990518 . T A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0834409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0765;QD=16.1971;RBI=0.0893701;REFB=-0.0574287;REVB=0.0320099;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0470572;OID=.;OPOS=12990518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr8 13072177 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.236;QD=61.3756;RBI=0.0138471;REFB=0;REVB=0.0127285;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49935e-06;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr8 13356802 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0384683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1215;QD=17.0988;RBI=0.0394308;REFB=-0.0121071;REVB=-0.00865885;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518211;STB=0.796685;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0126088;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:3:12:3:11:3:12 chr8 13356818 . TT CG,CT 379.82 PASS AF=0.5,0.5;AO=14,14;DP=28;FAO=14,14;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=4,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116848,0.00360221;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=151.488,176.851;QD=54.2603;RBI=0.0123587,0.00420545;REFB=0,0;REVB=0.00402533,-0.00217022;RO=0;SAF=10,3;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00150096,0.00535318;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:28:28:0:0:14,14:14,14:0.5,0.5:4,11:10,3:0:0:4,11:10,3:0:0 chr8 13357340 . G C 365.86 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0153856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.175;QD=18.7621;RBI=0.0227974;REFB=0.0084001;REVB=-0.0168227;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230072;STB=0.512814;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00770539;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:19:19:19:21:19:19:19:21 chr8 13424583 . C T 1101.22 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=59.5256;RBI=0.0165122;REFB=0;REVB=0.0151581;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669205;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:43:29:0:0:44:30:0:0 chr8 13424866 . G C 125.3 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0139752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.572;QD=31.3259;RBI=0.134779;REFB=-0.0384129;REVB=0.134053;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0101554;OID=.;OPOS=13424866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:16:3:3:12:13:0.8125:6:6:2:1:7:6:2:1 chr8 13425353 . T A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.199;QD=63.2858;RBI=0.0346297;REFB=0;REVB=0.0313234;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206806;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr8 13947515 . A G 422.77 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00351567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.417;QD=18.3813;RBI=0.0160123;REFB=-0.00589604;REVB=0.0156216;RO=48;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097532;STB=0.560053;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00492177;OID=.;OPOS=13947515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:18:25:23:25:18:25:23:26 chr8 15095085 . C G 496.01 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0267437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4735;QD=16.9578;RBI=0.0760045;REFB=-0.0114467;REVB=0.0711439;RO=61;SAF=38;SAR=16;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247409;STB=0.647238;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0149021;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:63:54:54:0.461538:16:38:28:33:16:38:28:35 chr8 15590866 . T G 329.05 PASS AF=0.603774;AO=17;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0194216;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=222.022;QD=24.8339;RBI=0.0630471;REFB=-0.0425495;REVB=-0.0599811;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585141;STB=0.599938;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.028071;OID=.;OPOS=15590866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:4:20:17:32:0.603774:7:10:3:1:18:14:14:6 chr8 15978063 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.204;QD=57.2377;RBI=0.0356009;REFB=0;REVB=0.0292371;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27226e-05;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr8 16025964 . T C 198.65 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0133276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.349;QD=19.3804;RBI=0.0134837;REFB=-0.0043666;REVB=0.00204534;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256977;STB=0.646002;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00757692;OID=.;OPOS=16025964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:9:12:6:14:9:12 chr8 16043667 . C T 990.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.52;QD=59.1375;RBI=0.019255;REFB=0;REVB=-0.0191933;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40855e-05;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr8 16939284 . G A 180.95 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0599719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4898;QD=17.6534;RBI=0.0768004;REFB=-0.00279777;REVB=-0.0479757;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210182;STB=0.628892;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00507145;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:6:12:10:12:6:13:10:12 chr8 16939298 . AC ACA,CA 167.1 PASS AF=0.444444,0.0555556;AO=16,2;DP=37;FAO=16,2;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10,2;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00937248,0.00748978;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=204.063,193.63;QD=18.5669;RBI=0.0126511,0.0121467;REFB=-0.00354651,-0.00394186;REVB=-0.0084975,-0.00956274;RO=19;SAF=10,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194019,0.550427;STB=0.624844,0.995527;STBP=0.201,0.103;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00563465,-0.0313633;OID=.,.;OPOS=16939300,16939298;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:18:16,2:16,2:0.444444,0.0555556:6,0:10,2:8:11:6,0:10,2:7:11 chr8 17079358 . A G 195.22 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00252244;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.591;QD=15.3111;RBI=0.00790377;REFB=0.00118877;REVB=-0.00749045;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134353;STB=0.583869;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00112111;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:9:19:12:10:9:20 chr8 17092164 . G T 1282.13 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3668;QD=61.0539;RBI=0.0582305;REFB=0;REVB=0.0574313;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001083;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:30:52:0:0:32:52:0:0 chr8 17137944 . C G 316.24 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0428601;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2492;QD=20.0785;RBI=0.0817907;REFB=-0.0433303;REVB=-0.0696616;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473876;STB=0.535692;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0368058;OID=.;OPOS=17137944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:30:33:33:0.52381:13:20:16:13:13:20:16:14 chr8 17152857 . T G 471.94 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4236;QD=55.5226;RBI=0.0491032;REFB=-0.034443;REVB=-0.00798451;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00106585;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:18:14:1:0:19:14:1:0 chr8 17230644 . G C 1012.12 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00993357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.521;QD=57.8353;RBI=0.0101531;REFB=-0.0478127;REVB=-0.00210003;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=9.10242e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:1:0:31:38:1:0 chr8 17270759 . C T 276.58 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.00527436;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.518;QD=15.5819;RBI=0.0259469;REFB=-0.0173516;REVB=-0.0254052;RO=40;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116147;STB=0.565077;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.037406;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:22:9:8:32:22:9:8:32 chr8 17270763 . G C 385.74 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.000551991;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.286;QD=21.7319;RBI=0.000830707;REFB=-0.0438728;REVB=0.00062079;RO=29;SAF=7;SAR=30;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140963;STB=0.549504;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0221666;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:32:37:39:0.549296:30:7:9:20:31:8:9:23 chr8 17270770 . T C 274.34 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.000665647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6788;QD=15.4558;RBI=0.0299684;REFB=-0.0269762;REVB=-0.0299611;RO=40;SAF=8;SAR=23;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115935;STB=0.564904;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.067538;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:23:8:7:33:23:8:7:33 chr8 17270787 . A G 1079.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000796423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.922;QD=59.1684;RBI=0.00202223;REFB=0;REVB=0.0018588;RO=0;SAF=14;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128864;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:58:14:0:0:59:14:0:0 chr8 17270837 . G C 290.62 PASS AF=0.565217;AO=28;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0173514;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1402;QD=25.2716;RBI=0.0202851;REFB=0.0213086;REVB=0.0105078;RO=19;SAF=3;SAR=25;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386209;STB=0.70651;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0171427;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:20:28:26:0.565217:25:3:8:11:23:3:8:12 chr8 17415862 . A C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0021757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.383;QD=20.8553;RBI=0.0149941;REFB=-0.0272455;REVB=0.0148354;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104978;STB=0.553047;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0281163;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:39:39:40:42:0.518519:14:26:21:18:15:27:21:18 chr8 17424920 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.66;QD=53.9069;RBI=0.0061556;REFB=0;REVB=0.00314818;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09417e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr8 17425296 . C T 1301.18 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00102327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9327;QD=60.5201;RBI=0.0174119;REFB=-0.132276;REVB=-0.0173818;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.504761;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00116327;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:84:85:0.988372:33:51:0:0:33:52:1:0 chr8 17486175 . C T 311.11 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0241733;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.287;QD=16.1614;RBI=0.028769;REFB=-0.00418876;REVB=-0.0155982;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177972;STB=0.592543;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00467634;OID=.;OPOS=17486175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:43:33:34:0.441558:21:12:9:34:22:12:9:34 chr8 17486282 . T C 790.46 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476592;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.523;QD=64.5273;RBI=0.0523957;REFB=0;REVB=0.0217694;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367858;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr8 17500119 . C T 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00158526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.735;QD=20.3944;RBI=0.0220952;REFB=-0.00384197;REVB=-0.0220383;RO=46;SAF=31;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.592514;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00410603;OID=.;OPOS=17500119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:15:31:23:23:15:31:23:23 chr8 17503125 . C T 617.52 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0573754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6436;QD=20.9329;RBI=0.060675;REFB=-0.0017192;REVB=-0.0197364;RO=52;SAF=30;SAR=32;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134241;STB=0.524582;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00162187;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:52:56:62:62:0.525424:32:30:26:26:32:30:30:26 chr8 17503205 . G A 541.81 PASS AF=0.536842;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.000162904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.979;QD=22.813;RBI=0.0282848;REFB=0.00613621;REVB=-0.0282844;RO=42;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109106;STB=0.573755;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00596788;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:42:44:50:51:0.536842:28:22:24:18:29:22:26:18 chr8 17503270 . G C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.478;QD=56.9978;RBI=0.0590344;REFB=0;REVB=0.0585336;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252165;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr8 17503299 . G A 395.97 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00939832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.413;QD=20.3061;RBI=0.0135791;REFB=-0.0177725;REVB=0.0098012;RO=38;SAF=9;SAR=31;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237208;STB=0.632581;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.013294;OID=.;OPOS=17503299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:31:9:17:21:31:9:17:21 chr8 17503501 . G A 737.59 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=0.00184322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.422;QD=17.6668;RBI=0.00411834;REFB=-0.0102836;REVB=0.00368284;RO=88;SAF=48;SAR=30;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975201;STB=0.50146;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0125133;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:89:78:78:0.467066:30:48:55:33:30:48:55:34 chr8 17581700 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00161791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.816;QD=14.6539;RBI=0.0540634;REFB=0.0110476;REVB=-0.0540392;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0103986;OID=.;OPOS=17581700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr8 17611886 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00203699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.673;QD=17.9232;RBI=0.00400675;REFB=-0.0126531;REVB=0.00345033;RO=46;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416135;STB=0.523244;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0114565;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:20:20:21:25:20:20:21:25 chr8 17611959 . T G 483.44 PASS AF=0.472727;AO=50;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00224749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.017;QD=17.5795;RBI=0.0138308;REFB=-0.016472;REVB=0.013647;RO=58;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552436;STB=0.539662;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0186925;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:50:52:0.472727:27:23:30:28:29:23:30:28 chr8 17612456 . C T 162.68 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.02821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5987;QD=13.0141;RBI=0.0552686;REFB=-0.00835463;REVB=-0.0475271;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425704;STB=0.524859;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0267243;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:13:19:10:8:13:19 chr8 17612518 . A G 227.94 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0542534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8034;QD=16.8847;RBI=0.0937285;REFB=0.0263776;REVB=-0.0764304;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737458;STB=0.54274;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0298847;OID=.;OPOS=17612518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:28:24:26:0.481481:15:9:13:16:16:10:13:15 chr8 17612875 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0416514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.796;QD=16.1179;RBI=0.0662755;REFB=0.00698971;REVB=0.051552;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10868;STB=0.562401;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00416268;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:10:3:4:8:10:3 chr8 17739538 . T C 688.41 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.353;QD=62.5825;RBI=0.0178848;REFB=0;REVB=0.0166237;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26102e-05;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr8 17743020 . G A 1012.61 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374332;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.786;QD=59.5656;RBI=0.038091;REFB=0;REVB=0.0070485;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220754;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr8 17796381 . AAC AGT 817.87 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335333;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=2;MLLD=202.719;QD=56.4047;RBI=0.0355515;REFB=0;REVB=0.035393;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.03204e-05;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:59:58:58:0:23:35:0:0:5:0:19:30:0:0 chr8 17814915 . A G 696.87 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256759;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.712;QD=63.3516;RBI=0.0111401;REFB=0;REVB=-0.0108402;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14002e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr8 17817553 . G T 150.36 PASS AF=0.4;AO=11;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0243325;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.786;QD=15.0355;RBI=0.0248661;REFB=-0.00999164;REVB=-0.00512375;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0188091;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:11:16:0.4:6:5:10:13:7:9:10:13 chr8 17819572 . C T 377.66 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0180807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.974;QD=16.4201;RBI=0.0188233;REFB=-0.001403;REVB=0.00523504;RO=52;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206309;STB=0.606514;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00117326;OID=.;OPOS=17819572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:39:40:0.434783:16:23:20:32:17:23:20:32 chr8 17820714 . A T 253.91 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0327792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2591;QD=17.5107;RBI=0.0847074;REFB=-0.000299384;REVB=0.0781081;RO=29;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154012;STB=0.507017;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00227202;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:8:19:20:9:9:19:20:10 chr8 17868793 . G C 445.13 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0212726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7911;QD=20.4656;RBI=0.0294445;REFB=-0.0289759;REVB=0.0203582;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112835;STB=0.562472;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0268882;OID=.;OPOS=17868793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:25:18:24:20:25:18 chr8 17885406 . C G 191.55 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2408;QD=47.8865;RBI=0.0555438;REFB=0;REVB=0.0491665;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836995;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr8 17886747 . T A 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00950028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1099;QD=21.7435;RBI=0.0432209;REFB=-0.0405773;REVB=-0.0421639;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0278941;OID=.;OPOS=17886747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr8 17918934 . A G 1804.71 PASS AF=0.432671;AO=194;DP=450;FAO=196;FDP=453;FR=.;FRO=257;FSAF=92;FSAR=104;FSRF=136;FSRR=121;FWDB=0.0193927;FXX=0.00220259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1171;QD=15.9357;RBI=0.0194081;REFB=-0.0190754;REVB=-0.000772958;RO=256;SAF=92;SAR=102;SRF=136;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584319;STB=0.533906;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0264975;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:453:256:257:194:196:0.432671:102:92:136:120:104:92:136:121 chr8 17928811 . C T 668.82 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0194355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.304;QD=16.3127;RBI=0.0237207;REFB=-0.00178625;REVB=0.0135991;RO=90;SAF=40;SAR=33;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076299;STB=0.507005;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00238533;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:90:91:73:73:0.445122:33:40:50:40:33:40:51:40 chr8 17930727 . G A 170.22 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0151868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.306;QD=7.16693;RBI=0.016549;REFB=0.00155438;REVB=0.00657509;RO=70;SAF=11;SAR=13;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862058;STB=0.54685;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00551501;OID=.;OPOS=17930727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:71:24:24:0.252632:13:11:37:33:13:11:37:34 chr8 17930734 . C A 151.92 PASS AF=0.25;AO=23;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0339552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2453;QD=6.90537;RBI=0.0588823;REFB=0.0106492;REVB=-0.0481058;RO=64;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798011;STB=0.53413;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0350135;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:66:23:22:0.25:13:10:32:32:12:10:33:33 chr8 17930772 . C T 136.34 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00947774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5994;QD=6.99175;RBI=0.0223873;REFB=-0.00160378;REVB=-0.0202821;RO=57;SAF=6;SAR=14;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202478;STB=0.618661;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00306745;OID=.;OPOS=17930772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:58:20:20:0.25641:14:6:26:31:14:6:26:32 chr8 18077007 . G C 989.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0216162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.211;QD=54.9888;RBI=0.0219383;REFB=-0.0746354;REVB=0.00374568;RO=3;SAF=19;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689772;STB=0.536574;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00452847;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:50:19:3:0:50:19:3:0 chr8 18080644 . A T 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00472198;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=178.044;QD=14.4125;RBI=0.00508183;REFB=0.00235348;REVB=0.00187827;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354092;STB=0.52049;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00217234;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:10:18:11:7:10:18 chr8 18080651 . A C 199.64 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00573212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.093;QD=19.9641;RBI=0.0201973;REFB=-0.0142089;REVB=-0.0193668;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156847;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:8:12:12:8:8:12 chr8 18080747 . T G 396.97 PASS AF=0.622951;AO=29;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00487392;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.851;QD=26.0306;RBI=0.282616;REFB=0.00668945;REVB=0.282574;RO=22;SAF=26;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469996;STB=0.597636;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00589616;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:22:23:29:38:0.622951:3:26:11:11:11:27:11:12 chr8 18080923 . G A 814.42 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6774;QD=57.1522;RBI=0.0335602;REFB=0;REVB=0.0310115;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240475;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:24:33:0:0 chr8 18258316 . G A 740.51 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.455;QD=56.9626;RBI=0.0531283;REFB=0;REVB=0.0317468;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130431;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:44:52:1:23:21:0:0:22:30:0:0 chr8 18388177 . T G 1269.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293539;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5231;QD=60.4427;RBI=0.0452426;REFB=0;REVB=0.0344273;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322042;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:32:48:0:0:36:48:0:0 chr8 18457957 . A G 940.41 PASS AF=0.96;AO=57;DP=73;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0258123;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.9808;QD=50.1554;RBI=0.0845858;REFB=-0.0409688;REVB=0.0805511;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277265;STB=0.520542;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00140603;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:75:2:3:57:72:0.96:33:24:0:2:35:37:0:3 chr8 18620570 . T C 1330.81 PASS AF=0.977528;AO=88;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0539689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7719;QD=59.8116;RBI=0.0595552;REFB=-0.139073;REVB=-0.0251828;RO=1;SAF=34;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137327;STB=0.514702;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00321171;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:1:2:88:87:0.977528:54:34:1:0:54:33:2:0 chr8 18656805 . G A 324.47 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0231211;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.357;QD=21.9982;RBI=0.030067;REFB=-0.0235665;REVB=0.0192209;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493929;STB=0.527275;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0185709;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:17:16:11:15:17:16:11:15 chr8 18729817 . GT AG 874.53 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023463;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.005;QD=56.4212;RBI=0.0322774;REFB=-0.132488;REVB=0.0221657;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=mnp;VARB=0.000255618;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:0:1:29:32:0:1 chr8 19192332 . G T 132.1 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.013822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.456;QD=9.27005;RBI=0.0193608;REFB=-0.0147862;REVB=-0.013557;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858283;STB=0.551045;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0274429;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:7:11:21:18:7:11:21:18 chr8 19252272 . GAAAGT G 63.25 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0130865;FXX=0.133289;HRUN=3;LEN=5;MLLD=233.249;QD=9.73061;RBI=0.0150274;REFB=-0.00536717;REVB=-0.00738691;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.678847;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0097514;OID=.;OPOS=19252273;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:10:24:10:26:16:2:8:7:9:63:12:2:8:4:8 chr8 19316086 . G A 2793.94 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411161;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2716;QD=62.7852;RBI=0.0246523;REFB=0;REVB=0.024307;RO=0;SAF=92;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86989e-05;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:0:0:178:178:1:86:92:0:0:86:92:0:0 chr8 19362768 . C T 1079.77 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.739;QD=59.9875;RBI=0.0166687;REFB=0;REVB=0.0128447;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47843e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr8 20036713 . A G 1066.04 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.715;QD=58.4132;RBI=0.0573786;REFB=-0.0390785;REVB=0.00554017;RO=1;SAF=27;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171903;STB=0.508769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000152665;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:44:27:1:0:44:28:1:0 chr8 20038466 . T G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0471029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.947;QD=7.46494;RBI=0.0494128;REFB=0.00174442;REVB=-0.0149312;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305792;STB=0.689165;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0304758;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:5:12:3:4:5:12 chr8 20061477 . A C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0206339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4542;QD=16.5614;RBI=0.021449;REFB=0.0290482;REVB=-0.00585663;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633789;STB=0.535688;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0326096;OID=.;OPOS=20061477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:17:14:14:13:17:14 chr8 20068163 . T G 1434.5 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.42;QD=63.0548;RBI=0.0678743;REFB=0;REVB=0.0460909;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129209;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:87:91:1:47:40:0:0:50:41:0:0 chr8 20103654 . G A 307.07 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0880823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7311;QD=27.9156;RBI=0.0988504;REFB=-0.0543584;REVB=0.0448655;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631289;STB=0.541146;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0388293;OID=.;OPOS=20103654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:17:26:27:0.613636:13:13:10:7:14:13:10:7 chr8 20104905 . G T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0119667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.317;QD=17.0892;RBI=0.0152442;REFB=-0.00753312;REVB=0.00944367;RO=28;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336669;STB=0.500866;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00877871;OID=.;OPOS=20104905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:7:17:19:9:8:17:19:9 chr8 20107601 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0369321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.064;QD=12.3961;RBI=0.0385722;REFB=-0.00411186;REVB=-0.011128;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000726995;OID=.;OPOS=20107601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr8 20408696 . A C 296.25 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0611327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5346;QD=28.9024;RBI=0.0614814;REFB=-0.00807539;REVB=-0.00653856;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211397;STB=0.52271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00990814;OID=.;OPOS=20408696;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:14:12:6:8:14:12:6:9 chr8 21455978 . GT G 64.61 PASS AF=0.414634;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0550141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.3127;QD=6.30372;RBI=0.136046;REFB=0.035854;REVB=-0.124426;RO=19;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=-0.0154458;STB=0.64496;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=-0.0640041;OID=.;OPOS=21455979;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:18:41:17:41:24:15:2:18:6:64:19:14:4:15:4 chr8 21455993 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-3.1493e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.661;QD=9.18853;RBI=0.01089;REFB=-0.0147515;REVB=-0.01089;RO=25;SAF=10;SAR=1;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262624;STB=0.666296;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0318486;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:1:10:20:5:1:10:20:5 chr8 21456116 . G A 414.6 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00066582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.63;QD=24.7523;RBI=0.0147999;REFB=-0.0170513;REVB=0.0147849;RO=27;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286112;STB=0.656683;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0274034;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:26:14:20:7:26:14:20:7 chr8 21456138 . C T 441.91 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0113673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.708;QD=23.5685;RBI=0.0113888;REFB=-0.00475385;REVB=-0.000698724;RO=32;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259907;STB=0.645013;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00409809;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:42:43:0.573333:27:15:22:10:28:15:22:10 chr8 21550800 . A T 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00134717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.236;QD=18.479;RBI=0.0234869;REFB=-0.0124807;REVB=0.0234482;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103365;STB=0.558841;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.010717;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:10:11:12:7:10:11 chr8 21640374 . C A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00687301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.695;QD=25.7315;RBI=0.00712192;REFB=-0.0117186;REVB=-0.00186638;RO=18;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101873;STB=0.532414;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0077068;OID=.;OPOS=21640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:7:19:15:3:7:19:15:4 chr8 21766900 . G A 439.81 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0172283;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.045;QD=19.1223;RBI=0.0176687;REFB=-0.0159111;REVB=-0.00392007;RO=48;SAF=16;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929931;STB=0.551843;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0157358;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:28:16:22:26:28:16:22:26 chr8 21767275 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0281005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.953;QD=13.4409;RBI=0.0570107;REFB=0.00242796;REVB=-0.0496043;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443574;STB=0.526261;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00330136;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:10:3:2:8:10:3 chr8 21768303 . G A 438.77 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00371292;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.887;QD=18.872;RBI=0.00450197;REFB=-0.0163702;REVB=0.00254597;RO=44;SAF=28;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086079;STB=0.579761;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0125228;OID=.;OPOS=21768303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:49:44:44:0.473118:16:28:24:20:16:28:24:25 chr8 21833965 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0130902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.443;QD=24.5164;RBI=0.013355;REFB=-0.022914;REVB=-0.00264602;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189945;STB=0.605305;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0238058;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:7:15:12:15:7:15 chr8 21846586 . G C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00499759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.723;QD=12.9223;RBI=0.0166922;REFB=-0.00633393;REVB=0.0159265;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310048;STB=0.517841;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0111475;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:18:16:11:11:18:16 chr8 21862551 . A G 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00951698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8846;QD=30.5511;RBI=0.0382966;REFB=0.0174052;REVB=0.0370953;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499447;STB=0.502759;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00913556;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:13:5:2:5:13:5:2:5 chr8 21926975 . GC G 42.64 PASS AF=0.27451;AO=16;DP=53;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0624763;FXX=0.0377287;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3596;QD=3.34435;RBI=0.0625486;REFB=-0.0514895;REVB=0.00300536;RO=32;SAF=1;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506922;STB=0.799435;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.100274;OID=.;OPOS=21926976;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:16:53:14:51:37:1:13:11:26:42:32:1:15:10:22 chr8 21927460 . C G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.122;QD=57.3936;RBI=0.0346822;REFB=-0.00316949;REVB=-0.0188646;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=3.66862e-05;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:19:18:0:0:19:18:1:0 chr8 21939435 . C T 1393.84 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0436079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2831;QD=59.3122;RBI=0.0772525;REFB=-0.126082;REVB=0.0637675;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345055;STB=0.508148;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00887711;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:53:38:1:1:53:38:2:1 chr8 21955116 . C T 96.84 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0176565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4696;QD=12.496;RBI=0.0686903;REFB=-0.0356709;REVB=0.0663822;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857139;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0537838;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:9:9:7:5:9:10 chr8 21955784 . A C 121.16 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00756043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4782;QD=15.1452;RBI=0.0185757;REFB=-0.00101601;REVB=-0.0169675;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.522903;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00104113;OID=.;OPOS=21955784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:11:6:6:8:11:7 chr8 21956108 . A G 207.69 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00620884;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.025;QD=15.1046;RBI=0.0517598;REFB=-0.00891809;REVB=-0.0513861;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273855;STB=0.501556;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00939202;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:18:13:10:14:18:13 chr8 21961834 . G A 244.21 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.020742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2087;QD=15.2634;RBI=0.0332868;REFB=-0.00115118;REVB=0.0260342;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160505;STB=0.581982;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00223216;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:13:15:13:22:13:15:14:22 chr8 21965113 . T C 256.43 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.055873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0027;QD=22.7939;RBI=0.0604311;REFB=-0.000824169;REVB=-0.0230245;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344262;STB=0.695493;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000808071;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:15:8:16:5:16:8:16:5 chr8 21967304 . C T 418.6 PASS AF=0.348684;AO=53;DP=152;FAO=53;FDP=152;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.00351702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.5236;QD=11.0157;RBI=0.0647377;REFB=-0.0185168;REVB=-0.0646421;RO=98;SAF=24;SAR=29;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278472;STB=0.512172;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0422031;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:98:99:53:53:0.348684:29:24:42:56:29:24:43:56 chr8 21967309 . A C 456.22 PASS AF=0.363014;AO=53;DP=146;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.119502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9536;QD=12.4991;RBI=0.119833;REFB=-0.01974;REVB=-0.00890144;RO=87;SAF=24;SAR=29;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305343;STB=0.528568;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0340862;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:93:53:53:0.363014:29:24:37:50:29:24:38:55 chr8 21984650 . A G 105.83 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.141937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6565;QD=11.4408;RBI=0.188323;REFB=-0.00276074;REVB=-0.123771;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315021;STB=0.698026;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00961641;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:24:13:13:0.351351:6:7:18:4:6:7:20:4 chr8 21984945 . C T 245.6 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00340961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.028;QD=23.9605;RBI=0.00435084;REFB=-0.00320319;REVB=-0.00270266;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128583;STB=0.571369;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00440751;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:13:5:10:13:13:5 chr8 22064904 . T C 189.2 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0138348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.27;QD=21.0224;RBI=0.0240693;REFB=-0.00113801;REVB=0.0196959;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133395;STB=0.585712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00168216;OID=.;OPOS=22064904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:10:8:5:12:10:9:5:12 chr8 22079355 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.317;QD=49.5992;RBI=0.0670241;REFB=0;REVB=-0.0667877;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00076311;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 22105502 . T C 785.61 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.74;QD=57.1353;RBI=0.05109;REFB=0;REVB=0.050929;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149219;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr8 22108611 . A C 251.56 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00518823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8016;QD=14.7977;RBI=0.00593782;REFB=-0.0215618;REVB=0.0028879;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343978;STB=0.527931;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0390284;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:12:17:21:17:12:17:21:18 chr8 22262321 . T C 385.07 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0148372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4945;QD=20.537;RBI=0.0283618;REFB=0.0119101;REVB=-0.0241713;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192089;STB=0.510633;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00947205;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:23:16:14:22:23:16:14:22 chr8 22262418 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0311178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.021;QD=18.4385;RBI=0.0319447;REFB=-0.000760981;REVB=0.00722111;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665225;STB=0.537249;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000622648;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:12:17:19:10:12:17 chr8 22279010 . G GGGA 352.71 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0042946;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=3;MLLD=183.817;QD=18.5634;RBI=0.00496021;REFB=-0.0120605;REVB=0.00248195;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308901;STB=0.525151;STBP=0.689;TYPE=ins;VARB=0.0127696;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486842:36:76:37:76:39:16:21:15:24:99:39:15:21:15:24 chr8 22428658 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7492;QD=53.2673;RBI=0.0769381;REFB=0;REVB=-0.0358072;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002216;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr8 22463623 . C T 466.03 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0227137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0088;QD=15.2795;RBI=0.0230715;REFB=-0.0134108;REVB=0.00404734;RO=70;SAF=34;SAR=18;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439392;STB=0.524682;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0170914;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:18:34:43:27:18:34:43:27 chr8 22471824 . G A 260.49 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.025489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.086;QD=21.7078;RBI=0.0325321;REFB=-0.000601765;REVB=0.0202152;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208682;STB=0.54268;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00260952;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:23:24:25:0.520833:12:12:9:10:13:12:9:14 chr8 22472251 . CTTCC CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT 67.37 PASS AF=0.291667,0.0833333;AO=7,2;DP=28;FAO=7,2;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00796915,-0.000843586;FXX=0.142806;HRUN=0,1;LEN=22,5;MLLD=561.861,311.354;QD=11.228;RBI=0.00917797,0.0184022;REFB=-0.00104087,-0.00806419;REVB=-0.00455278,-0.0183829;RO=19;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.229193,0.576337;STB=0.615062,0.995322;STBP=0.509,0.096;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0054361,0.00472911;OID=.,.;OPOS=22472256,22472251;OREF=-,CTTCC;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT;OMAPALT=CTTCCTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT,TGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:24:19:15:7,2:7,2:0.291667,0.0833333:3,0:4,2:7:12:3,0:4,2:6:9 chr8 22473158 . C T 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00997661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.846;QD=11.0873;RBI=0.0159732;REFB=-0.014462;REVB=0.0124744;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172139;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0173916;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:5:8:11:13:5:8:11:14 chr8 22473465 . T C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00195146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.396;QD=20.563;RBI=0.00340211;REFB=-0.0362933;REVB=-0.00278679;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.029788;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:13:16:14:11:13:16:14:11 chr8 22473850 . T C 251.43 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0173777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2688;QD=27.1817;RBI=0.0455134;REFB=-0.0123628;REVB=0.0420653;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233944;STB=0.628468;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0067133;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:12:2:11:12:12:2 chr8 22477131 . ACAT A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0141176;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.951;QD=15.7844;RBI=0.0164828;REFB=-0.013289;REVB=0.00850736;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.580533;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.0120864;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:14:30:14:31:17:7:7:6:11:99:16:7:7:5:11 chr8 22482851 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.164;QD=63.2868;RBI=0.0374057;REFB=0;REVB=-0.0127955;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25791e-05;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 22491980 . G T 618.32 PASS AF=0.441558;AO=70;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.00339558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=16.0602;RBI=0.0419044;REFB=-0.00236233;REVB=0.0417666;RO=84;SAF=35;SAR=35;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116827;STB=0.508213;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00311602;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:86:70:68:0.441558:35:35:41:43:35:33:43:43 chr8 22492052 . G A 1605.49 PASS AF=0.918699;AO=112;DP=122;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0200212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.184;QD=52.2111;RBI=0.0216119;REFB=-0.128229;REVB=-0.00813811;RO=3;SAF=49;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.545446;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000858751;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:122:123:3:10:112:113:0.918699:63:49:3:0:63:50:10:0 chr8 22548790 . G T 209.05 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00214137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3449;QD=18.178;RBI=0.0933701;REFB=-0.0106068;REVB=0.0933456;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828906;STB=0.561234;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0254713;OID=.;OPOS=22548790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:8:12:17:8:9:12:17:8 chr8 22570901 . C T 558.93 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.01744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5719;QD=17.4667;RBI=0.0246651;REFB=-0.00806356;REVB=0.0174417;RO=69;SAF=27;SAR=32;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815974;STB=0.504537;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0140634;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:32:27:31:38:32:27:31:38 chr8 22570907 . GT G 374.15 PASS AF=0.5;AO=64;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0140569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.8644;QD=11.5122;RBI=0.0274746;REFB=0.00408921;REVB=0.0236063;RO=61;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.023283;STB=0.507745;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=-0.00355319;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:64:130:65:130:65:30:35:29:36:99:61:30:34:27:34 chr8 22570935 . T C 783.56 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00484881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9577;QD=18.8809;RBI=0.0258677;REFB=-0.0110605;REVB=0.0254092;RO=85;SAF=36;SAR=45;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134902;STB=0.507441;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0116111;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:85:85:81:81:0.487952:45:36:39:46:45:36:39:46 chr8 22571018 . A G 709.22 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0263886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.771;QD=20.1197;RBI=0.0286513;REFB=-0.00654704;REVB=0.0111598;RO=71;SAF=34;SAR=36;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449333;STB=0.52477;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00753799;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:36:34:31:40:36:34:31:40 chr8 22864622 . T C 1536.73 PASS AF=0.98;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.064373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5372;QD=61.4693;RBI=0.0650574;REFB=0.0293391;REVB=0.00941151;RO=2;SAF=57;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163491;STB=0.508619;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00379375;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:100:2:2:97:98:0.98:40:57:2:0:41:57:2:0 chr8 22875909 . A G 53.93 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0143259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.949;QD=9.37864;RBI=0.0297209;REFB=-0.0108082;REVB=0.0260404;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204846;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0230579;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:23:14:15:8:8:0.347826:5:3:8:6:5:3:9:6 chr8 22886020 . A G 754.19 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.477;QD=56.9201;RBI=0.0230432;REFB=0;REVB=0.00352944;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73362e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:25:28:0:0 chr8 22926313 . G A 602.42 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0328484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.733;QD=54.765;RBI=0.0386922;REFB=-0.0828613;REVB=0.0204468;RO=3;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137229;STB=0.507325;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00214254;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:18:23:2:1:18:23:2:1 chr8 22990102 . A C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00544384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.738;QD=15.8826;RBI=0.0276985;REFB=-0.0197817;REVB=-0.0271583;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020218;OID=.;OPOS=22990102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:6:4:4:6:6:4 chr8 22993108 . T C 345.26 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000430637;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=18.9184;RBI=0.0738954;REFB=-0.00973732;REVB=0.0738942;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249874;STB=0.520933;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00629593;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:37:36:36:0.493151:17:19:18:18:17:19:18:19 chr8 23001988 . A G 647.86 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.632;QD=58.8966;RBI=0.0796194;REFB=0.000750445;REVB=-0.0758246;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000192419;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:17:25:0:0:18:25:1:0 chr8 23021346 . G A 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0215211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.097;QD=10.8327;RBI=0.022892;REFB=-0.00475914;REVB=-0.00780309;RO=40;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716134;STB=0.551467;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00910121;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:8:14:23:17:8:14:23:18 chr8 23049292 . C T 937.77 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.025;QD=58.6107;RBI=0.0369792;REFB=0;REVB=0.0275832;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47987e-05;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:25:37:0:0:26:38:0:0 chr8 23059324 . C G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5724;QD=62.6666;RBI=0.0606419;REFB=0;REVB=0.0471587;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106657;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr8 23060256 . T C 1306.42 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3763;QD=60.7637;RBI=0.022258;REFB=-0.156954;REVB=0.0134959;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0015161;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:85:85:0.988372:50:35:0:0:50:35:0:1 chr8 23060274 . C A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00743486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.609;QD=13.9502;RBI=0.0247126;REFB=-0.00854685;REVB=-0.0235677;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111873;STB=0.563835;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0150988;OID=.;OPOS=23060274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:20:11:21:25:20:11:21:25 chr8 23118304 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.387;QD=58.7809;RBI=0.00712774;REFB=0;REVB=-0.0027712;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12867e-05;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr8 23147564 . G A 772.94 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0912306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.403;QD=61.8348;RBI=0.152069;REFB=0.0402053;REVB=0.121663;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00148704;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:25:23:0:1:25:24:0:1 chr8 23148930 . A G 1838.15 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031352;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.358;QD=61.7867;RBI=0.0325364;REFB=0;REVB=0.00869883;RO=0;SAF=73;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400857;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:46:73:0:0:46:73:0:0 chr8 23148940 . G A 2120.14 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648517;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.118;QD=62.8189;RBI=0.041685;REFB=0;REVB=0.0411775;RO=0;SAF=83;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376705;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:132:135:1:49:83:0:0:51:84:0:0 chr8 23150878 . T G 1876.78 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.17;QD=61.5336;RBI=0.0217216;REFB=0;REVB=0.0117497;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40367e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:68:53:0:0:68:54:0:0 chr8 23152334 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.706;QD=59.6787;RBI=0.0178219;REFB=0;REVB=0.00464873;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61111e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr8 23153022 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.501;QD=59.9374;RBI=0.0144282;REFB=0;REVB=0.0140792;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35896e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr8 23154982 . C T 238.12 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.559;QD=50.1298;RBI=0.0612344;REFB=0;REVB=-0.0532939;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111056;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:0:18:0:0:1:18:0:0 chr8 23154989 . T G 261.64 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798195;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.992;QD=52.3285;RBI=0.00812731;REFB=0;REVB=-0.00153026;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167143;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr8 23155130 . A C 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0690208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9192;QD=41.6794;RBI=0.0795369;REFB=-0.0188305;REVB=0.0395252;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.56243;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000504364;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:11:7:1:0:11:7:2:0 chr8 23167353 . T G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1743;QD=60.9747;RBI=0.0227617;REFB=0;REVB=0.0163769;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54432e-06;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr8 23174481 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0137461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.581;QD=13.3359;RBI=0.025603;REFB=-0.00751429;REVB=0.0216;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220471;STB=0.609619;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0153719;OID=.;OPOS=23174481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:7:8:17:6:7:8:17:7 chr8 23186007 . T C 310.87 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.118759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.284;QD=19.4294;RBI=0.118768;REFB=0.000544486;REVB=-0.00146781;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246359;STB=0.519988;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000936148;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:31:33:33:0.515625:13:20:19:11:13:20:20:11 chr8 23190941 . T C 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000390614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.12;QD=11.4182;RBI=0.0945491;REFB=-0.00232592;REVB=-0.0945482;RO=47;SAF=17;SAR=9;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693778;STB=0.540264;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00372432;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:9:17:28:19:9:17:28:19 chr8 23225745 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00558855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.523;QD=25.2767;RBI=0.0249677;REFB=-0.0320433;REVB=-0.0243342;RO=11;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207316;STB=0.640862;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0175999;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:11:12:19:19:0.612903:4:15:6:5:4:15:6:6 chr8 23294761 . T C 40.08 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0550606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6921;QD=14.573;RBI=0.0571372;REFB=-0.0425101;REVB=0.0152641;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.103928;OID=.;OPOS=23294761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr8 23392733 . C T 309.61 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0600595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9674;QD=13.7604;RBI=0.0780843;REFB=-0.0249386;REVB=0.0499001;RO=54;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371672;STB=0.51612;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.041114;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:20:15:25:29:20:15:25:30 chr8 23432326 . T A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.094;QD=62.6697;RBI=0.00242163;REFB=0;REVB=0.00130703;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44969e-06;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr8 23432332 . C T 209.44 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0103874;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.249;QD=17.8246;RBI=0.0104417;REFB=-0.0026104;REVB=0.00106397;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097583;STB=0.555503;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00289067;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:15:11:11:10:15:11 chr8 23432776 . A C 1377.44 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.4;QD=62.6111;RBI=0.0118502;REFB=0;REVB=0.00710101;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4982e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:34:53:0:0:35:53:0:0 chr8 23701630 . G A 692.71 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00567138;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.981;QD=18.4722;RBI=0.00879777;REFB=-0.00654301;REVB=0.00672579;RO=77;SAF=33;SAR=39;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865388;STB=0.508378;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00673659;OID=.;OPOS=23701630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:78:72:72:0.48:39:33:36:41:39:33:37:41 chr8 24171051 . C T 383.94 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00240921;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.589;QD=22.5849;RBI=0.0184598;REFB=-0.0371685;REVB=-0.0183019;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590889;STB=0.517875;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0174872;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:30:38:38:0.558824:20:18:13:14:20:18:13:17 chr8 24208847 . G A 287.8 PASS AF=0.349515;AO=37;DP=104;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.00880666;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.071;QD=11.1765;RBI=0.0306568;REFB=-0.015599;REVB=-0.0293647;RO=67;SAF=21;SAR=16;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103802;STB=0.567591;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0291295;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:67:37:36:0.349515:16:21:44:23:16:20:44:23 chr8 24211278 . C T 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.942;QD=60.2115;RBI=0.0181717;REFB=0;REVB=-0.00281966;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61673e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr8 24211331 . G A 676.71 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00992664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.456;QD=60.1516;RBI=0.0204532;REFB=-0.0545952;REVB=-0.0178828;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00403411;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:19:25:0:0:19:25:0:1 chr8 24211869 . G T 293.99 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00255668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.312;QD=12.6449;RBI=0.03687;REFB=-0.019873;REVB=-0.0367812;RO=59;SAF=24;SAR=10;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196115;STB=0.61319;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0324335;OID=.;OPOS=24211869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:10:24:32:27:10:24:32:27 chr8 24211884 . A ATGTC 855.54 PASS AF=0.715789;AO=68;DP=97;FAO=68;FDP=95;FR=.;FRO=27;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00300212;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.422;QD=36.0226;RBI=0.011879;REFB=-0.00540448;REVB=0.0114934;RO=27;SAF=38;SAR=30;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078515;STB=0.542157;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=0.00255459;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.715789:68:97:68:95:27:38:30:19:8:99:27:38:30:19:8 chr8 24211888 . C CTGTCT 96.05 PASS AF=0.211111;AO=11;DP=98;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00570988;FXX=0.0322546;HRUN=6;LEN=5;MLLD=253.356;QD=4.26868;RBI=0.00679882;REFB=-0.0140179;REVB=0.00369069;RO=87;SAF=6;SAR=5;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356794;STB=0.578229;STBP=0.508;TYPE=ins;VARB=0.0676779;OID=.;OPOS=24211889;OREF=-;OALT=TGTCT;OMAPALT=CTGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211111:11:98:19:90:71:12:7:38:33:96:87:6:5:50:37 chr8 24211889 . T TGTC 43.17 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0149936;FXX=0.0107515;HRUN=0;LEN=3;MLLD=280.681;QD=1.87691;RBI=0.0198009;REFB=-0.001169;REVB=0.0129331;RO=89;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182846;STB=0.651958;STBP=0.33;TYPE=ins;VARB=0.00833261;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108696:10:99:10:92:82:7:3:44:38:43:89:7:3:49:40 chr8 24774683 . C A 1078.72 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4432;QD=58.309;RBI=0.0718583;REFB=-0.0535834;REVB=0.0716178;RO=2;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270146;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:74:2:0:68:74:1:38:30:0:2:43:31:0:0 chr8 24810088 . T A 839.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379731;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3277;QD=57.867;RBI=0.0383732;REFB=0;REVB=0.00552685;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184598;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr8 24811815 . G A 356.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0262398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.932;QD=19.2717;RBI=0.0317311;REFB=-0.0156306;REVB=-0.0178419;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160978;STB=0.570092;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0175698;OID=.;OPOS=24811815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:37:37:37:0.5:21:16:9:26:21:16:11:26 chr8 25203022 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.747;QD=57.1754;RBI=0.0295156;REFB=0;REVB=0.00733051;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135204;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr8 25234858 . A G 1102.7 PASS AF=0.927711;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0722783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8372;QD=53.1424;RBI=0.072587;REFB=-0.0859951;REVB=0.00668701;RO=6;SAF=46;SAR=31;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337131;STB=0.517847;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0345856;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:83:83:6:6:77:77:0.927711:31:46:5:1:31:46:5:1 chr8 25317824 . A T 454.81 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0107277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.434;QD=19.9918;RBI=0.0257454;REFB=-0.0228063;REVB=-0.0234039;RO=46;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172875;STB=0.595996;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0229915;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:17:28:20:26:17:28:20:26 chr8 25323777 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.148;QD=61.6751;RBI=0.0273144;REFB=0;REVB=0.00584934;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75566e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr8 25364331 . G A 110.69 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00556249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1929;QD=26.0451;RBI=0.0417699;REFB=0.0240386;REVB=-0.0413978;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.555458;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0123475;OID=.;OPOS=25364331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:3:2:3:9:3:2 chr8 25708267 . T C 180.78 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00385124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8857;QD=13.9059;RBI=0.0162108;REFB=-0.00780329;REVB=-0.0157467;RO=30;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825743;STB=0.541022;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0279095;OID=.;OPOS=25708267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:16:5:9:21:16:5:9:22 chr8 26221331 . T C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00188686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.802;QD=28.8058;RBI=0.0118212;REFB=-0.0334456;REVB=0.0116697;RO=17;SAF=15;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849086;STB=0.546718;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0240608;OID=.;OPOS=26221331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:13:15:7:10:13:15:7:10 chr8 26240646 . A G 3034.19 PASS AF=0.984772;AO=193;DP=196;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0192985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.472;QD=61.6079;RBI=0.0249274;REFB=-0.0826517;REVB=-0.0157781;RO=3;SAF=108;SAR=85;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130424;STB=0.506787;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00102412;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:197:3:3:193:194:0.984772:85:108:3:0:85:109:3:0 chr8 26269191 . C T 198.72 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0254525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.11;QD=19.8721;RBI=0.0254535;REFB=-0.00660155;REVB=0.000227272;RO=20;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229999;STB=0.631433;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00948014;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:4:16:12:8:4:16:12:8 chr8 26362201 . A T 326.0 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00989052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6035;QD=17.3868;RBI=0.0118187;REFB=0.00515605;REVB=-0.00646986;RO=40;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115798;STB=0.564848;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00737445;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:15:20:18:22:15:20:18:22 chr8 26481771 . T C 1365.15 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1021;QD=62.0522;RBI=0.0367904;REFB=0;REVB=0.0280744;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65567e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:37:50:0:0:37:51:0:0 chr8 26515458 . T C 354.0 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00683466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1601;QD=13.8824;RBI=0.0275969;REFB=-0.0232208;REVB=-0.0267371;RO=60;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120804;STB=0.574431;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0329572;OID=.;OPOS=26515458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:61:41:41:0.401961:27:14:27:33:27:14:28:33 chr8 26628028 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.374;QD=57.3846;RBI=0.0134791;REFB=0;REVB=0.00571824;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82357e-05;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr8 26636906 . T A 388.25 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00188725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.193;QD=21.2738;RBI=0.0145766;REFB=-0.0178613;REVB=0.0144539;RO=32;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969779;STB=0.541463;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0371047;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:34:39:39:0.534247:24:15:16:16:24:15:16:18 chr8 26636925 . T C 756.52 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696062;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.152;QD=55.0198;RBI=0.0211792;REFB=-0.182179;REVB=-0.0200027;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00748069;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr8 26716715 . G A 1587.78 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.231;QD=59.916;RBI=0.013817;REFB=0;REVB=-0.0129715;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.16667e-06;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr8 26944733 . G A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00555737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.745;QD=12.9139;RBI=0.025147;REFB=-0.000996739;REVB=-0.0245252;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149034;STB=0.585702;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0014423;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:18:19:9:15:18:19 chr8 27101204 . T A 1558.71 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00699644;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.693;QD=58.8193;RBI=0.0112184;REFB=0.0718352;REVB=0.00876943;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=4.42695e-07;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:49:55:1:0:49:56:1:0 chr8 27101206 . A C 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.613;QD=60.163;RBI=0.0207368;REFB=0;REVB=-0.0205992;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11594e-05;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chr8 27101279 . C T 620.13 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00808438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.2;QD=24.8052;RBI=0.0364731;REFB=-0.00362842;REVB=-0.0355658;RO=43;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115394;STB=0.557672;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0030803;OID=.;OPOS=27101279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:44:56:56:0.56:29:27:27:16:29:27:27:17 chr8 27147716 . A C 291.2 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00559649;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.294;QD=26.4724;RBI=0.00560799;REFB=-0.0279243;REVB=-0.000358865;RO=16;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755784;STB=0.526295;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0161903;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:18:26:26:0.590909:20:6:5:11:20:6:5:13 chr8 27277537 . G A 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0149964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.542;QD=27.3076;RBI=0.0152238;REFB=-0.0236423;REVB=-0.00262143;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160187;STB=0.588176;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0169092;OID=.;OPOS=27277537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:14:15:6:14:14:15:6:14 chr8 27315936 . A G 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0127345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7498;QD=10.1038;RBI=0.0246566;REFB=-0.00507147;REVB=-0.0211135;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306658;STB=0.679563;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0113146;OID=.;OPOS=27315936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:25:15:13:7:25:15 chr8 27324822 . T C,G 1350.0 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=81,5;DP=86;FAO=86,2;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667195,-0.0123541;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.346,55.3364;QD=61.3637;RBI=0.0202154,0.0141876;REFB=0,0;REVB=0.0190826,0.00697588;RO=0;SAF=31,4;SAR=50,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.35858e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000222183,0.0428573;OID=.,.;OPOS=27324822,27324822;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:86:88:0:0:81,5:86,2:0.977273,0.0227273:50,1:31,4:0:0:51,1:35,1:0:0 chr8 27324844 . G A 1189.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5412;QD=60.9969;RBI=0.1378;REFB=0;REVB=0.0161503;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115282;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr8 27328511 . G A 340.41 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.69;QD=54.4653;RBI=0.0260732;REFB=0;REVB=-0.0118557;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05692e-05;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr8 27401964 . A C 81.58 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0672751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1484;QD=8.58719;RBI=0.0676833;REFB=-0.00979122;REVB=0.00742207;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296417;STB=0.683071;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0209832;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:14:13:8:3:14:13 chr8 27462481 . A G 439.96 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0175924;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4128;QD=19.1287;RBI=0.0288443;REFB=-0.0260877;REVB=-0.0228583;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232074;STB=0.512917;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0339003;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:48:44:44:0.478261:24:20:23:25:24:20:23:25 chr8 27528446 . T C 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0586731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1793;QD=13.209;RBI=0.0883333;REFB=-0.0320308;REVB=-0.0660321;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0633486;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:5:6:6:6:0.5:3:3:3:2:3:3:3:3 chr8 27591164 . C T 198.63 PASS AF=0.525;AO=18;DP=37;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.067987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5776;QD=19.8629;RBI=0.0680019;REFB=-0.0224878;REVB=-0.00142597;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.548239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0355463;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:17:19:18:21:0.525:14:4:6:11:16:5:6:13 chr8 27592828 . G A 603.58 PASS AF=0.443662;AO=62;DP=143;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00995212;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5894;QD=17.0022;RBI=0.0732909;REFB=-0.0205364;REVB=0.0726121;RO=79;SAF=34;SAR=28;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869641;STB=0.509686;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0271675;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:79:79:62:63:0.443662:28:34:44:35:29:34:44:35 chr8 27631179 . A C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0592339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.681;QD=14.6651;RBI=0.0592433;REFB=-0.0236757;REVB=-0.00105587;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102929;STB=0.559918;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0494869;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:9:12:10:5:9:12 chr8 27661318 . C A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00261581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.426;QD=16.0653;RBI=0.00272462;REFB=-0.0163712;REVB=-0.000762309;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287999;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0226816;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:10:14:11:7:10:14 chr8 27667969 . C G 283.28 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0168729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.608;QD=17.7051;RBI=0.018924;REFB=-0.00581341;REVB=0.00856865;RO=32;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468687;STB=0.523794;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0061988;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:33:30:31:0.484375:9:21:21:11:10:21:21:12 chr8 27679981 . T C 421.54 PASS AF=0.625;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0176505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5499;QD=26.3459;RBI=0.0434363;REFB=-0.0301203;REVB=-0.0396884;RO=23;SAF=26;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120981;STB=0.575371;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0148787;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:24:40:40:0.625:14:26:11:12:14:26:11:13 chr8 27690557 . A C 117.01 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0604696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.071;QD=15.6008;RBI=0.0605932;REFB=0.00778187;REVB=-0.00386848;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0120472;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:4:9:8:8:5:9:8:8 chr8 27767171 . G A 1498.64 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116989;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.626;QD=62.4432;RBI=0.0262005;REFB=-0.0895632;REVB=0.0234436;RO=0;SAF=72;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1561e-08;STB=0.510636;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000106926;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:23:72:0:0:23:72:0:1 chr8 27903069 . C T 598.0 PASS AF=0.473282;AO=61;DP=129;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00762813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.955;QD=18.2596;RBI=0.0171595;REFB=-0.0129035;REVB=-0.0153707;RO=67;SAF=37;SAR=24;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941573;STB=0.509301;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0160812;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:67:69:61:62:0.473282:24:37:40:27:25:37:40:29 chr8 27915830 . T C 3331.68 PASS AF=0.948718;AO=222;DP=234;FAO=222;FDP=234;FR=.;FRO=12;FSAF=106;FSAR=116;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0329376;FXX=0.00847422;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.7839;QD=56.9519;RBI=0.0350681;REFB=-0.121752;REVB=-0.0120368;RO=12;SAF=106;SAR=116;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594478;STB=0.503125;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00564944;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:234:234:12:12:222:222:0.948718:116:106:5:7:116:106:5:7 chr8 27918057 . T C 699.06 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00497876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.445;QD=54.8285;RBI=0.0290505;REFB=-0.0900564;REVB=0.0286207;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000134164;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr8 27925203 . CT C,CC 468.12 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,27;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801843,0.0830292;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.307,197.797;QD=58.5153;RBI=0.109673,0.10861;REFB=0,0;REVB=0.0748236,0.0700166;RO=0;SAF=4,17;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.131891,-0.000978896;OID=.,.;OPOS=27925204,27925204;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:4,27:32:1,31:32:0:1,21:0,10:0:0:7:0:4,17:0,10:0:0 chr8 27925796 . A T 253.48 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0210407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.394;QD=12.8343;RBI=0.0228714;REFB=-0.0166132;REVB=0.00896613;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835489;STB=0.54789;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0257338;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:13:17:24:25:13:17:24:25 chr8 27927849 . C G 740.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.43;QD=56.973;RBI=0.0503564;REFB=0;REVB=0.0350262;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367179;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:30:22:0:0 chr8 27970592 . G A 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0161638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.031;QD=15.1034;RBI=0.0162995;REFB=-0.00765028;REVB=-0.00209917;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131863;STB=0.581254;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00916269;OID=.;OPOS=27970592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:20:13:23:21:20:13:24:21 chr8 28206275 . G C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0218963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6091;QD=18.9383;RBI=0.0402687;REFB=-0.00905434;REVB=0.0337952;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312268;STB=0.674042;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0114188;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:20:10:20:9:20:10:20:9 chr8 28286174 . T G 747.83 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.708;QD=63.6447;RBI=0.0655484;REFB=0;REVB=0.0206285;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163208;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr8 28304769 . C T 766.37 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.254;QD=63.8644;RBI=0.0234163;REFB=0;REVB=-0.00301921;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22452e-05;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:36:12:0:0 chr8 28384712 . A G 517.77 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.011776;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.315;QD=17.7016;RBI=0.0156412;REFB=-0.0109905;REVB=-0.0102943;RO=62;SAF=28;SAR=27;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375199;STB=0.520839;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0100237;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:62:55:55:0.470085:27:28:34:28:27:28:34:28 chr8 28651298 . AAA CAC 35.51 PASS AF=0.5;AO=2;DP=12;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0173368;FXX=0.230592;HRUN=15;LEN=3;MLLD=175.125;QD=14.2044;RBI=0.020122;REFB=-0.0113936;REVB=-0.0102143;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00613983;OID=.;OPOS=28651298;OREF=AAA;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:10:0:5:2:5:0.5:2:0:0:0:2:3:3:2 chr8 29197672 . A G 568.6 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497632;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.664;QD=59.8528;RBI=0.00498291;REFB=0;REVB=0.000256228;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014517;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:9:28:0:0:10:28:0:0 chr8 29927300 . C G 790.34 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243589;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.118;QD=57.479;RBI=0.0350326;REFB=0;REVB=-0.0251779;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226055;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr8 29927321 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.796;QD=62.671;RBI=0.0445471;REFB=0;REVB=0.0188718;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202626;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr8 29961951 . C T 382.28 PASS AF=0.449438;AO=41;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0161467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3665;QD=17.1812;RBI=0.0453947;REFB=-0.0345994;REVB=-0.042426;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117645;STB=0.505615;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0309289;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:41:40:0.449438:21:20:24:24:20:20:24:25 chr8 29965519 . T C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6782;QD=53.2721;RBI=0.0691447;REFB=0;REVB=-0.0227259;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720245;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 29989564 . A G 322.68 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00127235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.726;QD=19.2647;RBI=0.00537522;REFB=-0.0172328;REVB=0.00522246;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152727;STB=0.585245;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0138879;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:11:23:17:16:11:23:17:16 chr8 29996158 . A G 285.45 PASS AF=0.530612;AO=27;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00555636;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.298;QD=23.3022;RBI=0.00645806;REFB=-0.0183464;REVB=-0.0032914;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281779;STB=0.526295;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0154868;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:27:26:0.530612:12:15:12:11:11:15:12:11 chr8 29996256 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00712136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.16;QD=18.1539;RBI=0.0145834;REFB=-0.0187002;REVB=0.0127264;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587823;STB=0.533445;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.015096;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:11:14:13:8:11:14 chr8 30423886 . C CAG 1052.7 PASS AF=0.872093;AO=73;DP=96;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0146321;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.844;QD=48.9629;RBI=0.0202904;REFB=-0.0121833;REVB=0.0140572;RO=18;SAF=30;SAR=43;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754475;STB=0.529106;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.00162331;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.872093:73:96:75:86:11:31:44:7:4:52:18:30:43:11:7 chr8 30503371 . C T 729.04 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2228;QD=62.0463;RBI=0.0421312;REFB=0;REVB=0.0290296;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164974;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:1:0:45:47:1:26:19:0:1:27:20:0:0 chr8 30608976 . C T 919.96 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.121;QD=58.4104;RBI=0.00918568;REFB=0;REVB=-0.00443657;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57102e-05;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:22:41:0:0 chr8 30620840 . G GT 552.7 PASS AF=0.983871;AO=52;DP=64;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0543236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1;QD=35.658;RBI=0.0603261;REFB=-0.0366095;REVB=0.0262333;RO=7;SAF=25;SAR=27;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435308;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.00287854;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983871:52:64:61:62:1:28:33:1:0:8:7:25:27:2:5 chr8 30643538 . C CCTAT 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00550348;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=275.931;QD=6.20621;RBI=0.043402;REFB=-0.0108213;REVB=-0.0430516;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32821;STB=0.699569;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.0416075;OID=.;OPOS=30643539;OREF=-;OALT=CTAT;OMAPALT=CCTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:9:40:9:39:30:6:3:12:18:60:31:6:3:12:19 chr8 30695226 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.049;QD=35.5759;RBI=0.0275667;REFB=0;REVB=0.0225839;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131222;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr8 30700598 . T C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00272084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.699;QD=19.2743;RBI=0.00275116;REFB=-0.00285586;REVB=0.000407301;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168273;STB=0.594989;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00304892;OID=.;OPOS=30700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:10:16:10:13:10:16 chr8 30924557 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00479487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.216;QD=11.5763;RBI=0.0267567;REFB=-0.00910984;REVB=0.0263235;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199247;STB=0.614432;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0137731;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:28:12:11:12:28:12 chr8 30973957 . G T 610.82 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0151173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=30.9276;RBI=0.0222791;REFB=-0.0122808;REVB=0.0163653;RO=26;SAF=23;SAR=30;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640269;STB=0.534669;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0056063;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:26:53:53:0.670886:30:23:14:12:30:23:14:12 chr8 30999280 . G T 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0124543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.616;QD=18.2898;RBI=0.0139335;REFB=-0.00671521;REVB=-0.00624756;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182541;STB=0.510198;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00765109;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:20:13:12:20:20:13 chr8 31024654 . T C 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.012737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4095;QD=21.5753;RBI=0.0228562;REFB=-0.0044401;REVB=0.0189783;RO=46;SAF=32;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178243;STB=0.598623;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00373566;OID=.;OPOS=31024654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:17:32:21:25:17:32:21:25 chr8 32453358 . G A 123.34 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0159921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5553;QD=16.4456;RBI=0.0262958;REFB=-0.0109385;REVB=0.0208739;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299972;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0413406;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:8:7:7:7:9:7 chr8 32621844 . G T 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0103147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9736;QD=21.2642;RBI=0.0410984;REFB=-0.0268966;REVB=-0.0397829;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813096;STB=0.504582;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0202915;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:10:4:5:12:10:4 chr8 32663420 . A G 1274.7 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.803;QD=59.986;RBI=0.0252711;REFB=-0.0451923;REVB=-0.00348125;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000281401;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:1:1:81:84:0.988235:40:41:1:0:41:43:1:0 chr8 33416189 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0123646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5536;QD=14.6686;RBI=0.0295733;REFB=-0.00641717;REVB=0.0268645;RO=31;SAF=6;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375;STB=0.722031;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0134306;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:18:6:19:12:18:6:20:12 chr8 33416222 . C T 166.98 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0253423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6863;QD=15.1799;RBI=0.0257312;REFB=-0.0109081;REVB=0.00445703;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351631;STB=0.703378;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0170907;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:16:10:13:5:16:10 chr8 33437926 . C T 145.4 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.013281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.636;QD=16.155;RBI=0.0193826;REFB=0.00490888;REVB=-0.0141174;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00706752;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:15:16:0.444444:6:9:10:10:6:10:10:10 chr8 33573577 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.203;QD=43.484;RBI=0.066288;REFB=0;REVB=0.0313098;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179181;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr8 35583692 . T C 165.23 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00902086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.561;QD=12.4701;RBI=0.0155178;REFB=-0.0147288;REVB=0.0126264;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613024;STB=0.535474;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0187447;OID=.;OPOS=35583692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:20:13:9:11:20:13 chr8 35583815 . G C 417.77 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0200023;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8424;QD=14.0427;RBI=0.0223912;REFB=-0.0137337;REVB=-0.0100636;RO=69;SAF=24;SAR=24;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986626;STB=0.562999;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0161796;OID=.;OPOS=35583815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:69:71:48:48:0.403361:24:24:41:28:24:24:43:28 chr8 36694394 . C T 394.37 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.012848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5439;QD=12.5197;RBI=0.02147;REFB=-0.00498047;REVB=0.0172014;RO=79;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511061;STB=0.529081;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0111134;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:79:47:47:0.373016:24:23:35:44:24:23:35:44 chr8 37728017 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.846;QD=62.9827;RBI=0.0265431;REFB=0;REVB=0.0215211;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199054;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr8 37728019 . T G 708.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0736719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0064;QD=62.9484;RBI=0.0745528;REFB=0;REVB=0.0114266;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000921845;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr8 37730368 . G A 214.98 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0166868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9469;QD=13.0288;RBI=0.0175483;REFB=-0.0591427;REVB=0.00543077;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17177;STB=0.598079;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.062901;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:15:25:12:14:15:25 chr8 37963239 . C T 310.26 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0149678;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.704;QD=11.933;RBI=0.0199735;REFB=-0.00825342;REVB=-0.0132252;RO=64;SAF=12;SAR=26;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126938;STB=0.585025;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0160232;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:66:38:38:0.365385:26:12:27:37:26:12:29:37 chr8 37979919 . G C 730.74 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277625;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.166;QD=63.5424;RBI=0.0041864;REFB=0;REVB=-0.00313343;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8282e-05;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 37985897 . A G 172.65 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0300873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9683;QD=16.8435;RBI=0.037373;REFB=-0.0153911;REVB=-0.0221698;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233392;STB=0.636181;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0227982;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:16:16:0.390244:4:12:12:10:4:12:12:10 chr8 37996327 . G A 472.0 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0334533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2934;QD=18.3302;RBI=0.0342819;REFB=-0.00649915;REVB=-0.0074916;RO=52;SAF=39;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301458;STB=0.665211;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00734933;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:11:39:26:26:11:39:27:26 chr8 38005835 . T C 745.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.218;QD=56.2909;RBI=0.0534615;REFB=0;REVB=0.0450477;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535751;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:19:34:0:0 chr8 38369493 . A G 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00146965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.585;QD=11.6226;RBI=0.00685219;REFB=-0.00975935;REVB=0.00669273;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163461;STB=0.59451;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0261266;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:23:15:12:10:23:15 chr8 38369926 . A C 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0127236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.848;QD=12.0586;RBI=0.0127541;REFB=-0.000740031;REVB=-0.000880958;RO=42;SAF=19;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334268;STB=0.694351;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00162075;OID=.;OPOS=38369926;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:6:19:20:22:6:19:20:22 chr8 38373924 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.362;QD=56.7063;RBI=0.0187894;REFB=0;REVB=0.0106563;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260589;OID=.;OPOS=38373924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr8 38458552 . G GTCT 1469.69 PASS AF=1;AO=98;DP=105;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125741;FXX=0.0297;HRUN=0;LEN=3;MLLD=215.858;QD=59.9873;RBI=0.0495263;REFB=0;REVB=0.0479035;RO=7;SAF=48;SAR=50;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.73742e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:98:105:98:98:0:48:50:0:0:8:7:48:50:5:2 chr8 38458659 . C T 1012.84 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.497;QD=57.8767;RBI=0.0368066;REFB=-0.0368346;REVB=-0.00539288;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000105628;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:68:69:0.985714:41:27:0:0:42:27:1:0 chr8 38710525 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 138.45 PASS AF=0.555556,0;AO=22,2;DP=55;FAO=30,0;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=23,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0731077,-0.0934213;FXX=0.0181785;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.8199,94.4598;QD=10.2557;RBI=0.133089,0.0947644;REFB=-0.102375,-3.84997e-05;REVB=0.111212,0.0158982;RO=26;SAF=18,2;SAR=4,0;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.583679,0.661281;STB=0.752977,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.143936,0.029761;OID=.,.;OPOS=38710526,38710530;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0:22,2:55:30,0:54:24:23,0:7,0:5:19:99:26:18,2:4,0:5:21 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1115.83 PASS AF=1,0;AO=68,8;DP=82;FAO=81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538103,-0.0188424;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.266,157.448;QD=55.1027;RBI=0.131284,0.0322852;REFB=0,0;REVB=0.119749,-0.0262164;RO=1;SAF=38,0;SAR=30,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154939,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00213151,0.0846604;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:68,8:82:81,0:81:0:40,0:41,0:0:0:6:1:38,0:30,8:0:1 chr8 38835666 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0314853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.978;QD=17.8275;RBI=0.0316061;REFB=-0.00387441;REVB=0.00276065;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.581247;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00332034;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:3:8:10:2:3:8 chr8 38848850 . C T 181.04 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00130582;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.703;QD=12.9312;RBI=0.00331081;REFB=-0.00710517;REVB=0.00304242;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411983;STB=0.531006;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0112523;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:34:22:22:0.392857:8:14:21:14:8:14:20:14 chr8 38962473 . A T 241.96 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0514291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5254;QD=16.1305;RBI=0.0772253;REFB=-0.0128439;REVB=0.057609;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136109;STB=0.529391;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00802143;OID=.;OPOS=38962473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:32:27:28:0.466667:11:16:20:13:12:16:20:12 chr8 38964647 . G A 496.18 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00107351;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.432;QD=24.204;RBI=0.00536948;REFB=-0.015428;REVB=-0.00526107;RO=34;SAF=24;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623865;STB=0.531901;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0146257;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:35:46:47:0.573171:22:24:15:19:22:25:16:19 chr8 38965271 . C T 1004.01 PASS AF=0.460526;AO=105;DP=228;FAO=105;FDP=228;FR=.;FRO=123;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=82;FSRR=41;FWDB=0.000394992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.595;QD=17.6141;RBI=0.0160088;REFB=-0.0308822;REVB=0.0160039;RO=116;SAF=58;SAR=47;SRF=75;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917173;STB=0.563152;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0339135;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:116:123:105:105:0.460526:47:58:75:41:47:58:82:41 chr8 39080632 . C G 1194.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.649;QD=59.7151;RBI=0.0192082;REFB=0.0163296;REVB=-0.0121665;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-6.67006e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:0:1:39:40:0:1 chr8 39091526 . T C 1162.44 PASS AF=0.483193;AO=114;DP=239;FAO=115;FDP=238;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=43;FSRR=80;FWDB=0.0128468;FXX=0.0285703;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.475;QD=19.5367;RBI=0.0307112;REFB=-0.0178595;REVB=0.0278952;RO=123;SAF=44;SAR=70;SRF=43;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365155;STB=0.518209;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0231176;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:123:123:114:115:0.483193:70:44:43:80:71:44:43:80 chr8 39128387 . C T 249.27 PASS AF=0.519231;AO=20;DP=44;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0459847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.975;QD=19.1746;RBI=0.0506685;REFB=-0.0362768;REVB=0.0212769;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234273;STB=0.554855;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.040528;OID=.;OPOS=39128387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:52:21:25:20:27:0.519231:15:5:10:11:17:10:12:13 chr8 39311600 . C T 2199.61 PASS AF=0.986111;AO=137;DP=141;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00957106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.328;QD=61.1003;RBI=0.0569774;REFB=-0.0196955;REVB=-0.0561677;RO=1;SAF=79;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812604;STB=0.500997;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000347089;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:144:1:2:137:142:0.986111:58:79:0:1:61:81:1:1 chr8 39312886 . G A 607.3 PASS AF=0.442177;AO=57;DP=140;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=22;FWDB=0.00366588;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.493;QD=16.5252;RBI=0.0165433;REFB=-0.0300895;REVB=-0.016132;RO=78;SAF=38;SAR=19;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926429;STB=0.526308;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0313974;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:147:78:82:57:65:0.442177:19:38:58:20:20:45:60:22 chr8 39312965 . CA C 351.3 PASS AF=0.455224;AO=60;DP=136;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0138983;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3738;QD=10.4866;RBI=0.0729635;REFB=0.0492133;REVB=0.0716276;RO=68;SAF=38;SAR=22;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=0.117701;STB=0.550148;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=-0.0506894;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455224:60:136:61:134:73:38:23:39:34:99:68:38:22:35:33 chr8 39331031 . T C 389.69 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00982149;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=26.8749;RBI=0.0170386;REFB=-0.00282288;REVB=-0.0139231;RO=21;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06109;STB=0.533378;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000911733;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:16:21:10:11:16:21:10:11 chr8 39331093 . T C 386.01 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.011577;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.549;QD=21.7469;RBI=0.0115914;REFB=-0.0313281;REVB=-0.000577562;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733973;STB=0.533893;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0325323;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:38:39:0.549296:18:20:14:18:19:20:14:18 chr8 39496029 . T C 365.89 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00537282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.305;QD=18.7637;RBI=0.00690255;REFB=-0.00346596;REVB=-0.00433337;RO=38;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503616;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.002806;OID=.;OPOS=39496029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:40:38:38:0.487179:14:24:24:14:14:24:25:15 chr8 39840234 . A G 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0260134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5655;QD=24.2726;RBI=0.0292697;REFB=0.030894;REVB=0.0134171;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692624;STB=0.503814;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0201567;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:12:9:13:18:12:9 chr8 39862881 . C T 369.45 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00859958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.154;QD=16.9861;RBI=0.0158384;REFB=-0.00269408;REVB=-0.0133004;RO=48;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149987;STB=0.583743;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00331827;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:18:21:33:15:18:21:33:15 chr8 39872866 . A C 727.11 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9724;QD=57.0285;RBI=0.035825;REFB=0;REVB=0.0241768;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46885e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr8 39872935 . T A 210.49 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00820533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.666;QD=19.135;RBI=0.0163837;REFB=-0.0203062;REVB=-0.0141809;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.548973;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0261379;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:12:11:12:9:12:11 chr8 39873478 . T C 111.19 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.175;QD=40.4343;RBI=0.0276278;REFB=0;REVB=0.00503924;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765228;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr8 40011079 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.128;QD=59.0185;RBI=0.00668787;REFB=0;REVB=-0.0038662;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17737e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr8 40012063 . A G 293.98 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696866;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.266;QD=53.4507;RBI=0.00914421;REFB=0;REVB=-0.00592067;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04087e-05;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 41391704 . A G 2350.76 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1699;QD=60.2759;RBI=0.051738;REFB=-0.0815667;REVB=0.011289;RO=0;SAF=62;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000857176;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:0:1:155:155:0.99359:93:62:0:0:93:62:0:1 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648794;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=457.831;QD=35.5759;RBI=0.0184822;REFB=0;REVB=0.017306;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00017994;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:7:7:7:0:5:2:0:0:4:0:5:2:0:0 chr8 41517958 . A AG 2091.03 PASS AF=1;AO=162;DP=211;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119926;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.8669;QD=41.6125;RBI=0.12195;REFB=0;REVB=0.0221257;RO=44;SAF=78;SAR=84;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000529743;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:162:211:201:201:0:101:100:0:0:41:44:78:84:32:12 chr8 41519462 . A G 432.83 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00468647;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.757;QD=52.4645;RBI=0.102391;REFB=-0.0726849;REVB=0.102284;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00173539;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:0:1:30:32:0.969697:17:13:0:0:19:13:0:1 chr8 41521663 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.711;QD=58.5999;RBI=0.0373639;REFB=0;REVB=0.0100035;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141213;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr8 41553928 . C G 872.94 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000533103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6286;QD=56.3186;RBI=0.046521;REFB=-0.0827261;REVB=0.046518;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00124277;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:0:1:59:61:0.983871:29:30:0:0:29:32:1:0 chr8 41787705 . CTCATT C 255.76 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103189;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=369.41;QD=51.1525;RBI=0.0105592;REFB=0;REVB=0.00223986;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.00371e-05;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:7:13:0:0:4:0:6:13:0:0 chr8 41791283 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.052;QD=56.9562;RBI=0.0540481;REFB=0;REVB=0.028039;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292232;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr8 41798417 . C T 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.933;QD=59.9238;RBI=0.0144652;REFB=0;REVB=0.00478833;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42031e-05;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr8 41906095 . A G 739.01 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00397026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.171;QD=54.7413;RBI=0.0073902;REFB=-0.0111403;REVB=0.00623314;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000187162;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:29:23:0:1:30:23:0:1 chr8 42013563 . T TATG 1030.23 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00834822;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.984;QD=53.5183;RBI=0.0120837;REFB=-0.0771297;REVB=0.00873634;RO=5;SAF=40;SAR=32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030445;STB=0.516125;STBP=0.315;TYPE=ins;VARB=0.00150482;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935065:72:77:72:77:5:40:32:4:1:17:5:40:32:4:1 chr8 42036577 . A G 354.31 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0100706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.614;QD=27.7886;RBI=0.0122087;REFB=-0.00196198;REVB=-0.00690193;RO=18;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409717;STB=0.522375;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00116563;OID=.;OPOS=42036577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:22:11:5:13:22:11:5:13 chr8 42044954 . G A 261.38 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0121348;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.493;QD=14.3223;RBI=0.0196351;REFB=-0.0159913;REVB=0.0154365;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772988;STB=0.532345;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0186632;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:43:30:30:0.410959:11:19:23:18:11:19:25:18 chr8 42231786 . G A 1624.1 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9072;QD=60.152;RBI=0.0465984;REFB=0;REVB=-0.0447676;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154783;OID=.;OPOS=42231786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr8 42882555 . A ATTTGT 1500.83 PASS AF=0.954955;AO=95;DP=114;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00543278;FXX=0.0512777;HRUN=3;LEN=5;MLLD=261.833;QD=54.0839;RBI=0.00753172;REFB=0.0101664;REVB=0.00521649;RO=5;SAF=62;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367165;STB=0.517982;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=-1.76984e-05;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954955:95:114:106:111:5:67:39:5:0:11:5:62:33:5:0 chr8 43054553 . T C 753.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.818;QD=56.8504;RBI=0.00675708;REFB=0;REVB=0.00176392;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1749e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr8 47979781 . G C 1263.97 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9955;QD=61.6568;RBI=0.0194054;REFB=0;REVB=-0.019144;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123537;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr8 48102786 . C T 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00143464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1389;QD=12.07;RBI=0.0098358;REFB=0.00198281;REVB=-0.00973061;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200084;STB=0.615296;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00336535;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:16:10:25:19:16:10:25:19 chr8 48102987 . A G 187.61 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0106967;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.447;QD=19.2416;RBI=0.0902483;REFB=-0.0184437;REVB=0.0896121;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116964;STB=0.566325;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.024687;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:11:9:11:8:11:9 chr8 48104722 . G T 181.23 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0146968;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7365;QD=12.945;RBI=0.0159824;REFB=0.00365859;REVB=-0.00628016;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130703;STB=0.602554;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00443455;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:33:34:22:22:0.392857:8:14:17:16:8:14:16:18 chr8 48585975 . T C 236.84 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0113703;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2125;QD=15.5304;RBI=0.0190228;REFB=0.0132416;REVB=0.0152507;RO=33;SAF=22;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235555;STB=0.629523;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0128108;OID=.;OPOS=48585975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:33:34:27:27:0.442623:5:22:21:12:5:22:22:12 chr8 48710955 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0203074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.263;QD=17.8399;RBI=0.031911;REFB=-0.015271;REVB=0.0246154;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202072;OID=.;OPOS=48710955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:6:8:8:6:6:8 chr8 48746798 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 30.26 PASS AF=0.12963,0.0555556;AO=14,3;DP=55;FAO=7,3;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2,2;FSAR=5,1;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0313898,0.0616519;FXX=0.0181785;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.13976,19.0735;QD=2.24139;RBI=0.100163,0.126502;REFB=-0.114818,-0.0651864;REVB=-0.095117,-0.110462;RO=30;SAF=4,2;SAR=10,1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291355,0.140575;STB=0.689102,0.656094;STBP=0.36,0.693;TYPE=del,snp;VARB=0.126331,0.0976999;OID=.,.;OPOS=48746799,48746805;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963,0.0555556:14,3:55:7,3:54:44:2,2:5,1:22:22:17:30:4,2:10,1:16:14 chr8 48805816 . A AG,G 300.76 PASS AF=1,0;AO=13,10;DP=27;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104218,0.0100586;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=18.7317,4.228;QD=48.1222;RBI=0.138878,0.313843;REFB=0,0;REVB=-0.0917914,-0.313682;RO=4;SAF=9,0;SAR=4,10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.164447,-0.836524;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00111741,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:25:4:0:13,10:25,0:1,0:4,10:9,0:4:0:14,0:11,0:0:0 chr8 48883929 . G A 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0601764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5033;QD=11.3686;RBI=0.0677739;REFB=0.0100977;REVB=0.0311786;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0138037;OID=.;OPOS=48883929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:8:11:5:6:8:11 chr8 48885436 . T A 929.53 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00960972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.356;QD=55.494;RBI=0.0346506;REFB=-0.116276;REVB=0.0332914;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000646435;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:32:33:1:0:32:33:1:1 chr8 49375958 . T C 1749.37 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560687;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.108;QD=59.8074;RBI=0.00587006;REFB=0.0143375;REVB=0.00173799;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.503355;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-5.10336e-06;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:117:0:1:114:116:0.991453:40:74:0:0:42:74:1:0 chr8 50242815 . C T 281.36 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00430447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4178;QD=19.4039;RBI=0.0598828;REFB=-0.0150478;REVB=-0.0597278;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572157;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.012634;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:13:15:18:12:13:15 chr8 50242991 . G T 1048.52 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650247;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.336;QD=59.9155;RBI=0.025068;REFB=0;REVB=0.0242099;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127111;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr8 51571172 . G A 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5432;QD=51.8695;RBI=0.152044;REFB=0;REVB=0.111676;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281306;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr8 52321243 . T C 2114.38 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.154;QD=62.6483;RBI=0.0327019;REFB=0;REVB=-0.00257603;RO=0;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16306e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:81:52:0:0:81:54:0:0 chr8 52366200 . G A 2064.51 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.122;QD=62.561;RBI=0.0129004;REFB=0;REVB=0.0120446;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82929e-05;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:64:67:0:0:65:67:0:0 chr8 52730521 . C T 1407.64 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6707;QD=62.5619;RBI=0.0634153;REFB=0;REVB=0.0549114;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535933;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:40:48:0:0:42:48:0:0 chr8 52730864 . T C 277.29 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0219501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.356;QD=26.4081;RBI=0.0220902;REFB=0.0118174;REVB=0.00248392;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962864;STB=0.553355;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00687259;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:15:10:9:8:15:10:9:8 chr8 52731473 . G A 38.72 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0582203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.807;QD=2.31167;RBI=0.0588738;REFB=-0.00267372;REVB=-0.00874761;RO=59;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100768;STB=0.507444;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0148997;OID=.;OPOS=52731473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:4:4:29:30:4:4:29:30 chr8 52731494 . G A 38.29 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0540227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5348;QD=2.25236;RBI=0.0540387;REFB=-0.00608943;REVB=-0.0013151;RO=60;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197851;STB=0.514669;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0396254;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:4:4:29:31:4:4:29:31 chr8 52731959 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0378352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1378;QD=2.3512;RBI=0.0428083;REFB=0.0041369;REVB=-0.0200262;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872014;STB=0.567337;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0409918;OID=.;OPOS=52731959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:28:19:2:4:28:19 chr8 52731975 . C A 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0102165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.661;QD=5.40472;RBI=0.010491;REFB=-0.00826736;REVB=-0.00238431;RO=44;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190579;STB=0.504497;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.038613;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:44:45:12:12:0.210526:5:7:25:19:5:7:26:19 chr8 52731999 . C T 49.7 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00196468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.724;QD=4.41748;RBI=0.00497844;REFB=-0.00283279;REVB=0.00457438;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492585;STB=0.53325;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0190481;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:20:17:4:4:20:17 chr8 52733050 . T A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0006388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.953;QD=18.7111;RBI=0.00744973;REFB=-0.0184993;REVB=0.00742229;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35667;STB=0.704453;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0196735;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:14:4:11:8:14:4:11:8 chr8 52746153 . C T 207.73 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0102285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.681;QD=11.3824;RBI=0.0356332;REFB=-0.0137714;REVB=-0.0341336;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473587;STB=0.527451;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.028362;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:27:20:10:16:27:20 chr8 53062395 . A G 425.15 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0142134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.191;QD=18.8956;RBI=0.0212314;REFB=-0.0155168;REVB=-0.0157719;RO=46;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010803;STB=0.500517;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0278621;OID=.;OPOS=53062395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:22:21:23:23:22:21:23:24 chr8 53071461 . G A 112.71 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0167611;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.444;QD=15.5464;RBI=0.0223303;REFB=-0.00847125;REVB=0.0147549;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00932723;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:10:6:4:9:10:6 chr8 53537316 . A G 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2541;QD=63.613;RBI=0.0354355;REFB=0;REVB=-0.0353971;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013686;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr8 53555069 . A G 1290.67 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203896;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.278;QD=60.7374;RBI=0.0211852;REFB=-0.0357355;REVB=-0.00575092;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000267725;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:0:1:84:84:0.988235:41:43:0:0:41:43:0:1 chr8 53586706 . A G 1230.77 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013996;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.29;QD=61.5385;RBI=0.0170101;REFB=0;REVB=0.00966733;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62103e-05;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr8 54745538 . C G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6896;QD=58.4165;RBI=0.0455804;REFB=0;REVB=0.00854926;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526489;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr8 55538558 . G C 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00553383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.563;QD=23.8547;RBI=0.00553996;REFB=-0.00603154;REVB=0.000260672;RO=26;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353157;STB=0.519411;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00412094;OID=.;OPOS=55538558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:14:23:15:11:14:23:15:11 chr8 55539057 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.161;QD=63.2846;RBI=0.0169729;REFB=0;REVB=0.0124637;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64656e-06;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr8 55541450 . G A 901.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.951;QD=58.1333;RBI=0.0259855;REFB=0;REVB=0.0256896;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02852e-05;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:32:26:0:0:35:27:0:0 chr8 55541513 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.82;QD=62.022;RBI=0.0216785;REFB=0;REVB=0.0207089;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30475e-05;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr8 55541617 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.578;QD=51.9167;RBI=0.0179052;REFB=0;REVB=-0.000230421;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33062e-05;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr8 55592196 . T A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00761566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.773;QD=19.3861;RBI=0.00803024;REFB=-0.00503445;REVB=-0.00254687;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196241;STB=0.5111;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00573437;OID=.;OPOS=55592196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:12:9:9:11:12:9 chr8 55682289 . CTTTTT CTTTT,CTTTTC,TCTTTT 135.64 PASS AF=0.288889,0.2,0.0444444;AO=15,9,2;DP=45;FAO=13,9,2;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8,3,2;FSAR=5,6,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0712454,0.028166,-0.0174549;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=12.6341,28.7955,25.0761;QD=12.0568;RBI=0.0738694,0.0728365,0.0701693;REFB=-0.165196,-0.120764,-0.0894466;REVB=-0.0195135,0.0671702,-0.0679637;RO=18;SAF=10,3,2;SAR=5,6,0;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.359142,0.0705676,0.631566;STB=0.642641,0.536502,0.995678;STBP=0.21,0.793,0.097;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.165758,0.10419,0.0331251;OID=.,.,.;OPOS=55682290,55682294,55682289;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTT,CTTTTC,TCTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:18:21:15,9,2:13,9,2:0.288889,0.2,0.0444444:5,6,0:10,3,2:5:13:5,6,0:8,3,2:8:13 chr8 56076791 . G A 1099.26 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185529;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.05;QD=60.2337;RBI=0.00306371;REFB=0;REVB=-0.00243808;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04161e-05;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr8 56651746 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.55;QD=45.8068;RBI=0.120998;REFB=0;REVB=0.119153;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131158;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr8 56652048 . CAT C 3957.75 PASS AF=1;AO=249;DP=262;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014646;FXX=0.0342192;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.527;QD=62.3267;RBI=0.0537864;REFB=0;REVB=0.0537664;RO=0;SAF=147;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.86304e-05;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:249:262:254:254:0:147:107:0:0:22:0:147:102:0:0 chr8 56657801 . C T 842.7 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00889215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3095;QD=54.3676;RBI=0.0560144;REFB=-0.0643555;REVB=-0.0553041;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00455334;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:60:60:0.967742:20:40:0:0:20:40:2:0 chr8 56686224 . T C 1320.36 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.47;QD=62.1344;RBI=0.0357424;REFB=0;REVB=0.035706;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141127;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr8 56821700 . T G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000217371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.244;QD=59.1432;RBI=0.0179793;REFB=0;REVB=0.017978;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98625e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr8 56821795 . T G 1119.06 PASS AF=0.986842;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.96;QD=58.8978;RBI=0.0371279;REFB=-0.0350298;REVB=0.00536315;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000305494;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:76:1:1:70:75:0.986842:35:35:1:0:37:38:1:0 chr8 56821809 . C T 1036.15 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.014708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.659;QD=56.7753;RBI=0.0163955;REFB=-0.0499132;REVB=0.00724482;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-6.00799e-05;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:36:35:1:0:36:35:1:1 chr8 56821945 . G A 624.65 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169712;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9837;QD=59.4905;RBI=0.0240855;REFB=-0.0258279;REVB=0.0170906;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000962899;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:0:1 chr8 56821962 . CT C,CC 677.89 PASS AF=0.125,0.875;AO=18,29;DP=47;FAO=6,42;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=6,21;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955458,0.166663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.7546,91.5594;QD=56.491;RBI=0.0956182,0.166718;REFB=0,0;REVB=-0.0037225,-0.00425445;RO=0;SAF=17,9;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0944424,0.0140696;OID=.,.;OPOS=56821963,56821963;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:18,29:47:6,42:48:0:6,21:0,21:0:0:12:0:17,9:1,20:0:0 chr8 56922549 . T C 286.98 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0115011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.303;QD=15.9434;RBI=0.0249449;REFB=-0.00923531;REVB=0.0221353;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185785;STB=0.510465;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0164141;OID=.;OPOS=56922549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:15:17:22:18:15:17:22:18 chr8 57078933 . G T 453.51 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00143894;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.853;QD=19.718;RBI=0.00445785;REFB=-0.00853785;REVB=-0.00421923;RO=46;SAF=13;SAR=32;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229173;STB=0.633931;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00910766;OID=.;OPOS=57078933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:32:13:24:22:32:13:25:22 chr8 57219262 . GT G 36.27 PASS AF=0.267857;AO=17;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.082543;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6208;QD=2.59081;RBI=0.147084;REFB=-0.0741647;REVB=-0.121739;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19085;STB=0.534202;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=0.100295;OID=.;OPOS=57219263;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267857:17:55:15:56:41:10:5:29:12:36:35:10:7:26:9 chr8 57285647 . T G 577.24 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00432847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6069;QD=26.8486;RBI=0.0270148;REFB=0.00266613;REVB=0.0266658;RO=34;SAF=28;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279783;STB=0.515254;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0015975;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:24:28:17:17:24:28:17:17 chr8 57294571 . C G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00632114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.349;QD=14.8497;RBI=0.014512;REFB=-0.00523902;REVB=0.013063;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456914;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00747687;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:9:10:13:14:9:10:14:15 chr8 57335918 . G C 32.11 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1641;QD=18.3507;RBI=0.0729335;REFB=-0.0252274;REVB=-0.07031;RO=1;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272709;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00269011;OID=.;OPOS=57335918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:1:2:4:5:0.714286:1:3:0:1:1:4:1:1 chr8 57358251 . C T 366.28 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0285138;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.281;QD=26.6388;RBI=0.028941;REFB=-0.0331281;REVB=0.00495435;RO=20;SAF=23;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209756;STB=0.614906;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0110308;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:20:20:35:35:0.636364:12:23:7:13:12:23:7:13 chr8 57829649 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.044;QD=46.848;RBI=0.0608563;REFB=0;REVB=-0.0498933;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111622;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr8 57872679 . T C 117.71 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0439413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9419;QD=12.3904;RBI=0.0448659;REFB=-0.0102371;REVB=0.00906175;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323337;STB=0.519057;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0073815;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:11:13:8:6:11:13 chr8 57875793 . A T 270.75 PASS AF=0.520833;AO=26;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0102307;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.092;QD=22.5621;RBI=0.0246131;REFB=-0.0246706;REVB=-0.0223861;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104731;STB=0.545264;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0178897;OID=.;OPOS=57875793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:23:26:25:0.520833:12:14:14:7:11:14:15:8 chr8 59060275 . A G 401.37 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00712563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.571;QD=16.3824;RBI=0.00818165;REFB=0.0010966;REVB=0.00402054;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080307;STB=0.554238;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00233341;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:56:42:42:0.428571:22:20:29:23:22:20:32:24 chr8 59496490 . A G 174.55 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0053771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.891;QD=19.9487;RBI=0.00616515;REFB=-0.0267328;REVB=-0.00301593;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172046;STB=0.597335;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0224919;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:7:10:7:11:7:10 chr8 59508134 . T C 337.57 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0253296;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4409;QD=12.388;RBI=0.0446108;REFB=-0.00475694;REVB=0.0367224;RO=67;SAF=14;SAR=27;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233183;STB=0.62899;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00804549;OID=.;OPOS=59508134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:68:41:41:0.376147:27:14:37:30:27:14:37:31 chr8 59512334 . G A 1398.36 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049725;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.188;QD=62.8474;RBI=0.0338931;REFB=0;REVB=0.0335263;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44982e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr8 59571856 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.988;QD=39.2068;RBI=0.0507515;REFB=0;REVB=-0.0383106;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38825e-05;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr8 61488824 . T C 443.24 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00964691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.19;QD=16.4163;RBI=0.00988439;REFB=-0.010591;REVB=0.00215368;RO=59;SAF=31;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124225;STB=0.56095;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.018308;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:59:48:49:0.453704:17:31:31:28:18:31:31:28 chr8 61488859 . A G 473.27 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0297975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5467;QD=14.7898;RBI=0.0338525;REFB=0.00102839;REVB=-0.0160655;RO=75;SAF=31;SAR=22;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265621;STB=0.514944;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00189634;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:22:31:42:33:22:31:42:33 chr8 62200769 . A T 139.63 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0380948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.361;QD=7.5474;RBI=0.0414497;REFB=-0.00668696;REVB=-0.016336;RO=52;SAF=3;SAR=17;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275124;STB=0.677085;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0197799;OID=.;OPOS=62200769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:52:54:20:20:0.27027:17:3:16:36:17:3:17:37 chr8 62490978 . T C 269.15 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0233037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8936;QD=16.5631;RBI=0.0235839;REFB=-0.0397985;REVB=0.00362493;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556409;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.02387;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:15:15:19:15:15:15:19:16 chr8 62491095 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0396329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.198;QD=19.1084;RBI=0.05016;REFB=-0.0297615;REVB=-0.0307451;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0274772;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:2:4:3:6:2:4 chr8 62491107 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00232067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.018;QD=15.2589;RBI=0.0244812;REFB=-0.0129425;REVB=-0.024371;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304739;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0062984;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:2:4:2:5:2:4 chr8 62491943 . G A 81.45 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0209141;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5088;QD=16.2901;RBI=0.0250921;REFB=-0.0301033;REVB=-0.0138641;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0271296;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr8 62544428 . G T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.684;QD=60.028;RBI=0.0364535;REFB=0;REVB=-0.00215517;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138772;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr8 62595068 . C T 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.402;QD=57.2317;RBI=0.0127791;REFB=0;REVB=-0.0126743;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10172e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr8 63161612 . C G 182.73 PASS AF=0.452381;AO=21;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00417941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4267;QD=17.4026;RBI=0.0148137;REFB=0.00435065;REVB=-0.0142119;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453469;STB=0.512182;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0108814;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:21:19:0.452381:8:13:14:7:7:12:15:8 chr8 63502337 . T C 553.64 PASS AF=0.52;AO=51;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00403513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.592;QD=22.1457;RBI=0.00971705;REFB=-0.00452963;REVB=-0.00883961;RO=48;SAF=9;SAR=42;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200573;STB=0.614237;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00463116;OID=.;OPOS=63502337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:51:52:0.52:42:9:16:32:43:9:16:32 chr8 63942717 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.445;QD=51.9163;RBI=0.0397832;REFB=0;REVB=-0.00318026;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449526;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr8 63942733 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0085575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.098;QD=13.4416;RBI=0.00926764;REFB=-0.0054159;REVB=0.00355785;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0175193;OID=.;OPOS=63942733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr8 63951237 . C T 384.32 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0253039;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.524;QD=13.7256;RBI=0.0351065;REFB=-0.0118933;REVB=0.0243346;RO=63;SAF=14;SAR=31;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166591;STB=0.606759;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.013941;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:63:67:45:45:0.401786:31:14:29:34:31:14:32:35 chr8 63951312 . A G 184.78 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0130251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.566;QD=12.1166;RBI=0.0190548;REFB=-0.0229156;REVB=-0.013908;RO=38;SAF=5;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23445;STB=0.637038;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0367001;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:18:5:15:23:18:5:15:23 chr8 63978658 . TAA TA,T 163.54 PASS AF=1,0;AO=18,4;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105777,-0.051631;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=10.0208,8.47248;QD=27.257;RBI=0.144262,0.0728526;REFB=0.0584761,0.0951058;REVB=-0.0980951,-0.0513979;RO=0;SAF=8,2;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0116016,0;OID=.,.;OPOS=63978659,63978659;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:18,4:24:24,0:24:0:11,0:13,0:0:0:3:0:8,2:10,2:0:0 chr8 64098729 . A AG 1107.48 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327628;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=209.69;QD=59.0654;RBI=0.0241258;REFB=0;REVB=0.0239023;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.53852e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:75:75:75:0:30:45:0:0:6:1:28:44:1:0 chr8 64147395 . T C 519.74 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00414981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.991;QD=22.1167;RBI=0.00805378;REFB=-0.0207133;REVB=0.00690236;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02416;STB=0.513299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0113119;OID=.;OPOS=64147395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:23:27:25:19:23:27:25:19 chr8 64147448 . C T 266.33 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0231045;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.734;QD=25.9834;RBI=0.0232193;REFB=-0.00527972;REVB=-0.00230684;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879069;STB=0.571369;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00367013;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:19:17:24:24:0.585366:10:14:9:10:10:14:7:10 chr8 65488962 . G A 644.56 PASS AF=0.59375;AO=57;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0208773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.331;QD=26.8568;RBI=0.0323054;REFB=-0.0341495;REVB=-0.0246532;RO=39;SAF=39;SAR=18;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294525;STB=0.516041;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0241359;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:39:57:57:0.59375:18:39:28:11:18:39:28:11 chr8 66515783 . G A 549.21 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0218458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.062;QD=29.2912;RBI=0.0275437;REFB=0.00030183;REVB=0.0167756;RO=26;SAF=24;SAR=25;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180556;STB=0.5098;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00014631;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:25:24:12:14:25:24:12:14 chr8 66516490 . C T 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00299179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2371;QD=14.241;RBI=0.00798895;REFB=-0.00480439;REVB=0.00740759;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00230162;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:13:18:14:8:13:18 chr8 66517486 . C T 308.55 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0172;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5572;QD=20.2325;RBI=0.126718;REFB=-0.00306045;REVB=-0.125545;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392757;STB=0.502182;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00798571;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:29:29:32:32:0.52459:12:20:18:11:12:20:18:11 chr8 66525548 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.821;QD=62.9822;RBI=0.0243247;REFB=0;REVB=0.0190929;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81138e-05;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:33:45:1:19:14:0:0:24:21:0:0 chr8 67341938 . G T 403.68 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0163612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.679;QD=19.6917;RBI=0.0464206;REFB=-0.0233206;REVB=0.0434417;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235741;STB=0.512609;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0248033;OID=.;OPOS=67341938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:41:40:41:0.5:24:16:15:25:24:17:16:25 chr8 67428218 . C T 279.22 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0314697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.511;QD=18.9299;RBI=0.0321425;REFB=-0.0152897;REVB=0.00654221;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543775;STB=0.530264;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0143686;OID=.;OPOS=67428218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:19:11:9:20:19:11:9:20 chr8 67809094 . C T 343.43 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00865456;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.095;QD=16.1614;RBI=0.00885537;REFB=-0.0103865;REVB=0.00187512;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318646;STB=0.517919;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0125179;OID=.;OPOS=67809094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:15:22:30:18:15:22:30:18 chr8 68494981 . C CATT 2080.65 PASS AF=0.958621;AO=135;DP=146;FAO=139;FDP=145;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0106688;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.463;QD=57.3972;RBI=0.0106694;REFB=-0.095713;REVB=0.000108718;RO=8;SAF=64;SAR=71;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293166;STB=0.514848;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.00165632;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958621:135:146:139:145:6:66:73:5:1:12:8:64:71:6:2 chr8 68536470 . A G 282.94 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0448295;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.741;QD=19.5133;RBI=0.0449875;REFB=-0.0231047;REVB=-0.00376786;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420259;STB=0.50234;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0165339;OID=.;OPOS=68536470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:12:16:17:13:12:16 chr8 68864728 . G A 668.9 PASS AF=0.61165;AO=57;DP=97;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0387354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.798;QD=25.9767;RBI=0.0587522;REFB=-0.0410082;REVB=0.0441746;RO=40;SAF=26;SAR=31;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897303;STB=0.544488;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0233853;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:40:40:57:63:0.61165:31:26:23:17:34:29:23:17 chr8 68968166 . C A 682.53 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00832248;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.078;QD=21.3291;RBI=0.0214755;REFB=-0.0145245;REVB=-0.0197973;RO=61;SAF=43;SAR=24;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921784;STB=0.550723;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0133955;OID=.;OPOS=68968166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:61:61:67:67:0.523438:24:43:33:28:24:43:33:28 chr8 68968171 . G A 671.14 PASS AF=0.527559;AO=61;DP=121;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00725827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.118;QD=21.1383;RBI=0.00768464;REFB=-0.0146626;REVB=0.00252413;RO=59;SAF=40;SAR=21;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122953;STB=0.553997;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0146188;OID=.;OPOS=68968171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:127:59:60:61:67:0.527559:21:40:31:28:24:43:32:28 chr8 68993013 . AT GC 400.93 PASS AF=0.434343;AO=38;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000264944;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.287;QD=16.1992;RBI=0.0184895;REFB=-0.0294252;REVB=0.0184876;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248394;STB=0.501457;STBP=0.976;TYPE=mnp;VARB=0.0500851;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:54:38:43:0.434343:20:18:22:27:24:19:24:30 chr8 69104619 . C T 281.74 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0111188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.484;QD=14.6357;RBI=0.0277445;REFB=-0.00336378;REVB=0.025419;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110309;STB=0.568839;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0100704;OID=.;OPOS=69104619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:18:14:24:20:18:14:25:20 chr8 69699756 . G A 437.26 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0599051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9005;QD=21.5933;RBI=0.0621887;REFB=0.00287849;REVB=-0.0166977;RO=38;SAF=7;SAR=35;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409091;STB=0.709185;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00300679;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:38:42:43:0.530864:35:7:21:17:35:8:21:17 chr8 70072423 . G A 425.4 PASS AF=0.46;AO=44;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00401571;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.323;QD=17.0161;RBI=0.0146082;REFB=-0.0135813;REVB=-0.0140454;RO=52;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152969;STB=0.518317;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0163731;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:54:44:46:0.46:21:23:28:24:22:24:30:24 chr8 70571313 . G A 337.91 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0192993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8974;QD=28.7587;RBI=0.0193059;REFB=-0.0100497;REVB=0.000504681;RO=18;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177103;STB=0.597919;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00234256;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:8:21:9:9:8:21:9:9 chr8 70571531 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0157705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.931;QD=24.1062;RBI=0.0194867;REFB=-0.025985;REVB=-0.0114465;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081447;STB=0.545416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0144376;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:9:15:10:9:9:15:10:9 chr8 70573004 . G A 300.92 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0116657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.736;QD=17.1956;RBI=0.013168;REFB=-0.0161113;REVB=0.00610805;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252385;STB=0.627372;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0145737;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:22:10:21:16:22:11:21:16 chr8 70584628 . T C 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0309077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8368;QD=15.5675;RBI=0.0309751;REFB=-0.0184616;REVB=0.00204267;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409293;STB=0.778576;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0220105;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:1:10:7:4:1:10:7:5 chr8 70602299 . A G 904.49 PASS AF=0.809524;AO=57;DP=84;FAO=68;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00448878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6331;QD=43.0711;RBI=0.0255085;REFB=-0.0343648;REVB=0.0251104;RO=13;SAF=31;SAR=26;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185868;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:13:14:57:68:0.809524:26:31:6:7:34:34:7:7 chr8 70602341 . A G 5033.08 PASS AF=0.961988;AO=326;DP=340;FAO=329;FDP=342;FR=.;FRO=13;FSAF=168;FSAR=161;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00315039;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.92;QD=58.8665;RBI=0.0296856;REFB=-0.0124987;REVB=0.029518;RO=13;SAF=167;SAR=159;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932957;STB=0.504791;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000368306;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:340:342:13:13:326:329:0.961988:159:167:5:8:161:168:5:8 chr8 70602526 . A G 121.31 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0562332;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1069;QD=13.8637;RBI=0.0684653;REFB=-0.00211753;REVB=0.0390554;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117166;STB=0.559232;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00351183;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:21:14:14:0.4:11:3:6:14:11:3:6:15 chr8 70602529 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00947215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.155;QD=6.01599;RBI=0.00969527;REFB=0.00704136;REVB=-0.00206799;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572052;STB=0.550878;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0134923;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:8:13:4:3:8:14 chr8 70602538 . T A 53.61 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0535897;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.049;QD=10.2119;RBI=0.0555725;REFB=-0.00574753;REVB=-0.014712;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558614;STB=0.829092;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0142399;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:2:11:2:6:2:11 chr8 70612637 . C A 128.52 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00701017;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.227;QD=11.6834;RBI=0.0103776;REFB=-0.0112053;REVB=-0.00765191;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190077;STB=0.603033;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0178221;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:5:10:14:14:5:10:15:14 chr8 70612692 . G A 89.18 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0423559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6119;QD=10.4923;RBI=0.0481897;REFB=-0.0283506;REVB=0.0229832;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0610087;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:33:34:22:22:11:12:0.352941:6:5:9:13:7:5:9:13 chr8 70744812 . G A 263.2 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0590374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9025;QD=17.2591;RBI=0.121791;REFB=-0.00702159;REVB=-0.106525;RO=26;SAF=20;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714892;STB=0.926345;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0031252;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:21:21:0.344262:1:20:10:16:1:20:10:18 chr8 70835081 . C T 573.13 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.096;QD=55.9147;RBI=0.0357068;REFB=-0.0457349;REVB=-0.0207183;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.526302;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00170009;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:21:18:1:0:21:18:2:0 chr8 70964399 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.65;QD=53.911;RBI=0.0111295;REFB=0;REVB=0.00393215;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53861e-05;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 70967607 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9108;QD=52.6043;RBI=0.0551586;REFB=0;REVB=-0.0265418;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047112;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr8 70978690 . C T 918.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.4492;QD=58.3035;RBI=0.0269677;REFB=0;REVB=0.000813989;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101738;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr8 71039118 . C G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000917397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.962;QD=24.3902;RBI=0.00969795;REFB=-0.0109611;REVB=0.00965446;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191267;STB=0.58815;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.007159;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:10:10:10:3:10:10:10:4 chr8 71486568 . G C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.988;QD=43.4791;RBI=0.0373133;REFB=0;REVB=0.00654392;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533309;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr8 71575184 . A G 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.533;QD=51.9064;RBI=0.0775166;REFB=0;REVB=-0.0764498;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000580074;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr8 72111599 . A G 330.0 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00118095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.004;QD=18.3334;RBI=0.0239912;REFB=-0.0406172;REVB=-0.0239621;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331237;STB=0.53298;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0391666;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:34:35:0.486111:21:13:15:21:22:13:16:21 chr8 72129009 . G A 195.34 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0347571;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8352;QD=11.8389;RBI=0.0395199;REFB=0.00118485;REVB=-0.0188086;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143863;STB=0.583264;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00373222;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:19:23:10:14:19:23 chr8 72211295 . T C 3611.79 PASS AF=1;AO=217;DP=221;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487661;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.206;QD=62.2722;RBI=0.0500707;REFB=-0.0554532;REVB=0.0113552;RO=0;SAF=118;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.25314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136786;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:221:232:0:0:217:232:1:99:118:0:0:100:132:0:0 chr8 72935008 . C T 713.31 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231483;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.948;QD=57.0646;RBI=0.0259204;REFB=0;REVB=0.0116628;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56948e-05;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr8 72935039 . C T 1171.47 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423013;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.934;QD=61.6562;RBI=0.0185543;REFB=0;REVB=0.0180656;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288042;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:31:45:0:0 chr8 72935045 . G C 1251.99 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797823;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1728;QD=61.8266;RBI=0.0271373;REFB=0;REVB=0.0259381;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107527;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr8 72936145 . T C 683.35 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0428527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.674;QD=52.5652;RBI=0.0787226;REFB=-0.0790075;REVB=0.066037;RO=2;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447671;STB=0.5238;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00148355;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:20:30:0:2:20:30:0:2 chr8 72942210 . G T 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00319919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6124;QD=13.4041;RBI=0.0164878;REFB=-0.0160565;REVB=-0.0161744;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442178;STB=0.745628;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0284596;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:17:6:23:10:17:6:23:11 chr8 72966002 . G A 340.4 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00727795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2323;QD=15.6506;RBI=0.0617307;REFB=0.00765984;REVB=-0.0613001;RO=50;SAF=24;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532808;STB=0.530104;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0112999;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:13:24:30:20:13:24:30:20 chr8 72975801 . T G 1021.02 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0186609;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.38;QD=55.9465;RBI=0.0186934;REFB=0.0155775;REVB=0.00110257;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025541;STB=0.513154;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-6.67994e-06;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:70:71:0.972603:34:36:2:0:34:37:2:0 chr8 72977703 . C T 480.11 PASS AF=0.490385;AO=48;DP=101;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00405832;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.353;QD=18.4657;RBI=0.00418473;REFB=-0.0373691;REVB=0.00102077;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108108;STB=0.548174;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0306722;OID=.;OPOS=72977703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:52:53:48:51:0.490385:24:24:32:20:26:25:31:22 chr8 72981318 . G A 376.75 PASS AF=0.387931;AO=43;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00880628;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.867;QD=12.9913;RBI=0.00882611;REFB=-0.0082456;REVB=0.000591351;RO=72;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012769;STB=0.52473;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0120622;OID=.;OPOS=72981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:71:43:45:0.387931:21:22:36:36:21:24:35:36 chr8 72981327 . A G 1686.6 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0074317;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.884;QD=58.6644;RBI=0.00754378;REFB=-0.0406411;REVB=-0.00129553;RO=2;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179083;STB=0.504586;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000351023;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:2:1:112:114:0.991304:52:60:0:2:54:60:0:1 chr8 72984041 . C G 206.58 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0418491;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4118;QD=12.5199;RBI=0.0418593;REFB=-0.0101482;REVB=0.000924401;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146191;STB=0.594897;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0176985;OID=.;OPOS=72984041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:39:41:25:25:0.378788:14:11:12:27:14:11:12:29 chr8 72987638 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.000699274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.259;QD=11.2835;RBI=0.0245729;REFB=-0.0121757;REVB=-0.024563;RO=49;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369483;STB=0.704928;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0206134;OID=.;OPOS=72987638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:10:17:14:35:10:17:15:35 chr8 73925128 . A G 285.66 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0176352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4024;QD=21.9739;RBI=0.0217535;REFB=-0.0366315;REVB=-0.0127364;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20112;STB=0.620606;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0286688;OID=.;OPOS=73925128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:11:18:8:14:11:18:8:15 chr8 74205815 . A G 254.21 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00992579;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.046;QD=15.1765;RBI=0.0111409;REFB=-0.00402032;REVB=0.00505947;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18806;STB=0.613558;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00446981;OID=.;OPOS=74205815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:38:29:29:0.432836:11:18:17:22:11:18:16:22 chr8 74234193 . G A 375.74 PASS AF=0.606557;AO=33;DP=57;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0804745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.737;QD=24.639;RBI=0.0934388;REFB=-0.0189894;REVB=0.0474834;RO=24;SAF=9;SAR=24;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16314;STB=0.557679;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0106365;OID=.;OPOS=74234193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:24:24:33:37:0.606557:24:9:11:13:25:12:11:13 chr8 74527996 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.707;QD=63.5808;RBI=0.0293969;REFB=0;REVB=-0.013743;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31967e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr8 74581290 . A AG 1030.69 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289723;FXX=0.0410903;HRUN=0;LEN=1;MLLD=215.541;QD=58.8966;RBI=0.040463;REFB=0;REVB=0.0282463;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.55708e-05;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:70:70:70:0:50:20:0:0:6:0:46:20:0:0 chr8 74917084 . A G 1374.98 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3219;QD=62.499;RBI=0.0301982;REFB=0;REVB=-0.0159601;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220609;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr8 75262798 . G C 1205.41 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190798;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2169;QD=59.5263;RBI=0.0321546;REFB=-0.044499;REVB=0.0258821;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116869;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00309199;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:1:1:78:80:0.987654:40:38:0:1:41:39:0:1 chr8 75274141 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000369941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.196;QD=61.3364;RBI=0.0274345;REFB=0;REVB=0.027432;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83917e-05;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr8 75460784 . T TG 1480.53 PASS AF=1;AO=102;DP=204;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0761181;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6675;QD=47.3769;RBI=0.080326;REFB=0;REVB=-0.0256573;RO=81;SAF=45;SAR=57;SRF=77;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00111546;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:204:125:125:0:60:65:0:0:27:81:45:57:77:4 chr8 75460789 . A AG 1339.27 PASS AF=1;AO=113;DP=125;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783318;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2403;QD=45.0176;RBI=0.0932852;REFB=0;REVB=-0.0506583;RO=7;SAF=56;SAR=57;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00154334;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:125:119:119:0:60:59:0:0:24:7:56:57:5:2 chr8 75614617 . A G 768.81 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000137649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9153;QD=56.9488;RBI=0.049992;REFB=0;REVB=0.0499918;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590102;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr8 75664694 . CA C 889.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.935;QD=57.3991;RBI=0.0490234;REFB=0;REVB=0.0153663;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000380449;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:62:62:0:32:30:0:0:5:0:28:30:0:0 chr8 76452313 . G A 227.76 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00445444;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1348;QD=13.5974;RBI=0.0281698;REFB=-0.037238;REVB=0.0278154;RO=41;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12233;STB=0.548137;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0473147;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:40:25:27:0.402985:10:15:20:21:12:15:19:21 chr8 76468282 . G A 1186.57 PASS AF=0.485597;AO=119;DP=244;FAO=118;FDP=243;FR=.;FRO=125;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.0567532;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.558;QD=19.532;RBI=0.0581361;REFB=-0.0167053;REVB=-0.012605;RO=122;SAF=58;SAR=61;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071955;STB=0.539516;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0153053;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:122:125:119:118:0.485597:61:58:69:53:61:57:70:55 chr8 77690563 . T C 682.36 PASS AF=0.448485;AO=73;DP=164;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00852446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.859;QD=16.542;RBI=0.0134569;REFB=-0.0159105;REVB=-0.0104126;RO=91;SAF=34;SAR=39;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287288;STB=0.511892;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0181142;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:91:91:73:74:0.448485:39:34:45:46:39:35:45:46 chr8 77745635 . G A 410.16 PASS AF=0.462366;AO=41;DP=90;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0263538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.491;QD=17.6412;RBI=0.0332523;REFB=-0.0208791;REVB=-0.020278;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932412;STB=0.563231;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0309823;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:48:50:41:43:0.462366:15:26:26:22:15:28:27:23 chr8 77764207 . G A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.051286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.044;QD=10.9413;RBI=0.0580138;REFB=-0.0143309;REVB=-0.0271173;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.529358;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.016802;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:18:20:11:11:0.354839:5:6:9:9:5:6:10:10 chr8 77765398 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0555166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.407;QD=12.0517;RBI=0.0571604;REFB=-0.0144583;REVB=0.0136097;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111869;STB=0.567408;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0166918;OID=.;OPOS=77765398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:9:4:2:7:9:4 chr8 77768390 . T G 409.0 PASS AF=0.427273;AO=45;DP=109;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00816649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.912;QD=14.8727;RBI=0.00989801;REFB=-0.00787961;REVB=-0.00559277;RO=63;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227256;STB=0.63548;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0143969;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:63:63:45:47:0.427273:20:25:21:42:20:27:21:42 chr8 77778119 . G T 344.39 PASS AF=0.336634;AO=26;DP=100;FAO=34;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0237365;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.282;QD=13.6393;RBI=0.0241243;REFB=-0.00439038;REVB=0.00430796;RO=59;SAF=9;SAR=17;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969332;STB=0.526804;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0135421;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:60:26:34:0.336634:17:9:25:34:19:15:24:36 chr8 77778999 . CAT C,CA 116.1 PASS AF=0.323529,0.0882353;AO=10,4;DP=35;FAO=11,3;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=7,3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0212761,0.0205076;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=257.01,261.063;QD=13.6587;RBI=0.0220013,0.0273904;REFB=-0.00960901,-0.00995424;REVB=-0.0056023,-0.0181568;RO=21;SAF=4,0;SAR=6,4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189567,-0.668547;STB=0.621079,0.996537;STBP=0.337,0.06;TYPE=del,del;VARB=0.0398514,0.0196113;OID=.,.;OPOS=77779000,77779001;OREF=AT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0.0882353:10,4:35:11,3:34:20:4,0:7,3:11:9:86:21:4,0:6,4:12:9 chr8 77895865 . A G 786.76 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.3;QD=64.2256;RBI=0.0249971;REFB=0;REVB=0.023735;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85859e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:18:31:0:0 chr8 77912148 . G A 556.42 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.021822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9023;QD=22.7109;RBI=0.027014;REFB=0.00796091;REVB=-0.0159235;RO=46;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393375;STB=0.521645;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00597513;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:27:25:20:26:27:25:20:26 chr8 77912230 . G T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0201963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.707;QD=16.1178;RBI=0.0215729;REFB=-0.00875682;REVB=-0.00758288;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.66637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0192848;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:6:7:3:9:6:7 chr8 79610710 . A G 822.77 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000108333;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.975;QD=57.7379;RBI=0.026681;REFB=0;REVB=0.0266807;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184596;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr8 80678427 . T C 1245.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5157;QD=61.5299;RBI=0.0400658;REFB=0;REVB=-0.0329889;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31947e-05;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr8 81116920 . G C 161.7 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0444038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8082;QD=8.98317;RBI=0.046396;REFB=-0.0029895;REVB=0.0134497;RO=50;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107482;STB=0.563717;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00782784;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:13:9:25:25:13:9:25:25 chr8 81905397 . A G 447.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.246;QD=57.7583;RBI=0.0607047;REFB=0;REVB=0.0195166;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059972;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr8 82355621 . A G 536.02 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.030488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8494;QD=54.9764;RBI=0.0374209;REFB=0.0169371;REVB=0.0216981;RO=2;SAF=16;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00331765;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:20:16:2:0:21:16:2:0 chr8 82357112 . T C 1899.59 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00670858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.387;QD=60.7869;RBI=0.0273521;REFB=-0.135162;REVB=0.0265166;RO=0;SAF=80;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=4.90517e-05;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:44:80:0:0:44:80:0:1 chr8 82606782 . A G 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00871862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.247;QD=14.4102;RBI=0.0118834;REFB=0.00157625;REVB=-0.00807467;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374803;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00161869;OID=.;OPOS=82606782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:13:15:9:9:13:15 chr8 82607752 . G C 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0353962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9856;QD=22.1881;RBI=0.0427031;REFB=0.0240467;REVB=0.0238885;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652267;STB=0.536551;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0216558;OID=.;OPOS=82607752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:8:10:10:11:8:10 chr8 82608238 . A T 510.25 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0449797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7163;QD=26.5063;RBI=0.0510087;REFB=0.00494994;REVB=-0.0240565;RO=30;SAF=21;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339427;STB=0.518511;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00246254;OID=.;OPOS=82608238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:26:21:12:18:26:21:12:18 chr8 82633452 . C G 328.91 PASS AF=0.388889;AO=33;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0224746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.556;QD=14.6182;RBI=0.0226272;REFB=-0.0141588;REVB=-0.00262303;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103951;STB=0.505152;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0168671;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:50:33:35:0.388889:15:18:25:20:15:20:29:21 chr8 86057894 . GTATT G 209.63 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0173198;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=4;MLLD=241.753;QD=11.3315;RBI=0.0214367;REFB=-0.0129411;REVB=0.0126317;RO=41;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212614;STB=0.521722;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0243803;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:26:76:26:74:48:16:10:28:20:99:41:16:10:26:15 chr8 86126827 . C CAACATT 644.22 PASS AF=0.892857;AO=48;DP=57;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0174622;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=6;MLLD=280.514;QD=46.0156;RBI=0.029091;REFB=-0.0145889;REVB=0.0232671;RO=6;SAF=17;SAR=31;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105275;STB=0.556725;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.00130383;OID=.;OPOS=86126828;OREF=-;OALT=AACATT;OMAPALT=CAACATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:48:57:50:56:6:17:33:5:1:30:6:17:31:5:1 chr8 86351997 . G A 308.59 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00122585;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.566;QD=23.2899;RBI=0.00380332;REFB=0.00460143;REVB=-0.00360035;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221057;STB=0.512187;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00297905;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:15:16:12:10:15:16:12:10 chr8 86389403 . T C 696.93 PASS AF=0.594595;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00314747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3026;QD=25.1144;RBI=0.00871866;REFB=-0.0104481;REVB=0.00813071;RO=45;SAF=34;SAR=32;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102127;STB=0.555539;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00837353;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:45:66:66:0.594595:32:34:17:28:32:34:17:28 chr8 87076520 . C A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0135925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.419;QD=25.3678;RBI=0.0218822;REFB=-0.0188728;REVB=0.0171486;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034374;STB=0.519108;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0123877;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:8:6:10:11:8:6 chr8 87229702 . A G 238.66 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00186033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.41;QD=27.2759;RBI=0.0204808;REFB=-0.0512886;REVB=0.0203961;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181208;STB=0.599913;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0161022;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:11:11:10:3:11:11:10:3 chr8 87229739 . C T 270.87 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00731363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0889;QD=16.9292;RBI=0.0274113;REFB=-0.013971;REVB=-0.0264176;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104867;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0144489;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:13:17:15:18:13:17:15:19 chr8 87241847 . G A 567.08 PASS AF=0.548077;AO=56;DP=105;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00158113;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1178;QD=21.8107;RBI=0.0424912;REFB=-0.0321127;REVB=-0.0424617;RO=46;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357435;STB=0.520088;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0263523;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:46:47:56:57:0.548077:28:28:25:21:28:29:26:21 chr8 87474085 . A G 849.52 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0202297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2366;QD=53.095;RBI=0.0265153;REFB=-0.0432098;REVB=0.0171412;RO=3;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840376;STB=0.504456;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0074352;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:35:26:1:2:35:26:1:2 chr8 87479810 . C T 1483.93 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00569766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0189;QD=61.8303;RBI=0.0116377;REFB=-0.0731202;REVB=-0.0101476;RO=1;SAF=56;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839243;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000608937;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:38:56:1:0:38:57:1:0 chr8 87480890 . C T 1283.01 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9049;QD=61.8319;RBI=0.0170033;REFB=0;REVB=-0.016713;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015198;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:29:54:0:0:29:54:0:0 chr8 87484669 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.811;QD=57.6774;RBI=0.0351458;REFB=0;REVB=0.0157693;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330465;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr8 87489562 . AACAC AAACA,AAC,AACAA 1564.28 PASS AF=0.00925926,0.935185,0.0555556;AO=4,80,6;DP=109;FAO=1,101,6;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=1,50,0;FSAR=0,51,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855041,0.00775411,-0.00849872;FXX=0.0181802;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=266.781,294.231,267.065;QD=57.9364;RBI=0.00882212,0.00832249,0.00887425;REFB=0,0,0;REVB=0.00217258,0.00302284,0.00255423;RO=0;SAF=4,34,0;SAR=0,46,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.3274e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0574114,-0.00189727,0.0232324;OID=.,.,.;OPOS=87489564,87489563,87489566;OREF=CAC,AC,C;OALT=ACA,-,A;OMAPALT=AAACA,AAC,AACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.00925926,0.935185,0.0555556:4,80,6:109:1,101,6:108:0:1,50,0:0,51,6:0:0:16:0:4,34,0:0,46,6:0:0 chr8 87497176 . G A 696.52 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000225531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.731;QD=52.5674;RBI=0.0329057;REFB=-0.0509212;REVB=-0.0329049;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037631;STB=0.519992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00383925;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:0:2:24:27:0:2 chr8 87660107 . G A 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0152134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.559;QD=12.2284;RBI=0.0198203;REFB=-0.0228162;REVB=-0.0127042;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207771;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0195259;OID=.;OPOS=87660107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:14:8:20:16:14:8:20:16 chr8 87666251 . T G 784.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.637;QD=64.0242;RBI=0.0370819;REFB=0;REVB=0.0326594;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133157;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr8 87679303 . A C 1539.25 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00487675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2549;QD=58.6382;RBI=0.0114335;REFB=-0.077332;REVB=0.0103413;RO=1;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078438;STB=0.504131;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000365253;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:60:44:0:1:60:44:0:1 chr8 88622043 . T G 732.32 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000262901;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.83;QD=56.3326;RBI=0.0380702;REFB=0;REVB=0.0380693;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389989;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr8 89081730 . T C 1157.11 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0875448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0529;QD=59.3389;RBI=0.0882505;REFB=-0.0334548;REVB=0.0111375;RO=1;SAF=22;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852873;STB=0.504503;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00409751;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:55:22:0:1:55:22:0:1 chr8 90802491 . A G 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0733381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.617;QD=18.0868;RBI=0.0734037;REFB=-0.00728582;REVB=-0.00310188;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118522;STB=0.566322;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00865139;OID=.;OPOS=90802491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:9:18:14:12:9:18 chr8 90958422 . T C 370.55 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0113625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.031;QD=17.2351;RBI=0.0298423;REFB=-0.0110107;REVB=0.0275946;RO=45;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164964;STB=0.508104;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0169453;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:47:39:39:0.453488:18:21:25:20:18:21:26:21 chr8 90967711 . A G 350.78 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0352604;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.704;QD=13.756;RBI=0.0363332;REFB=-0.00818995;REVB=-0.00876372;RO=60;SAF=16;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168699;STB=0.600335;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0102989;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:60:61:41:41:0.401961:25:16:33:27:25:16:34:27 chr8 90990479 . C G 806.31 PASS AF=0.433673;AO=84;DP=196;FAO=85;FDP=196;FR=.;FRO=111;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0091761;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5196;QD=16.4552;RBI=0.0203435;REFB=0.00798887;REVB=-0.0181564;RO=108;SAF=44;SAR=40;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401877;STB=0.503912;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0106569;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:108:111:84:85:0.433673:40:44:57:51:40:45:58:53 chr8 90995019 . C T 326.2 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0250776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.252;QD=24.6188;RBI=0.0252146;REFB=0.000533015;REVB=-0.00262533;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406445;STB=0.516004;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00029429;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:16:15:9:12:17:15:9:12 chr8 91031074 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0125883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9422;QD=8.24477;RBI=0.0169875;REFB=-0.0122232;REVB=0.0114066;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319978;STB=0.519943;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0135381;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:9:6:3:4:9:6 chr8 91940446 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0189674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.868;QD=15.7005;RBI=0.0216068;REFB=-0.00189405;REVB=0.0103484;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14909;STB=0.585548;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00177999;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:13:6:7:8:13:6 chr8 92021036 . C T 351.44 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0163734;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2156;QD=23.429;RBI=0.0187464;REFB=-0.0381398;REVB=-0.00912896;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725044;STB=0.524071;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0156588;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:24:25:34:35:0.583333:16:18:15:9:16:19:15:10 chr8 92083424 . A G 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6292;QD=57.0991;RBI=0.0423298;REFB=0;REVB=0.0215554;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506567;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr8 92136728 . C T 1388.95 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00526272;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.049;QD=61.7311;RBI=0.0163289;REFB=-0.0830735;REVB=0.0154576;RO=1;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117006;STB=0.506171;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000184162;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:1:1:89:89:0.988889:40:49:0:1:40:49:0:1 chr8 93088214 . CTTTTTTC CTTTT,CTTTTC,CTTTTCGT,CTTTTTC,CTTTTTCT 1220.13 PASS AF=0.924051,0,0.0759494,0,0;AO=8,8,6,9,3;DP=78;FAO=73,0,6,0,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0,6,0,0;FSAR=38,0,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221559,0.181996,0.0513439,0.357367,-0.0505449;FXX=0;HRUN=6,6,6,6,6;LEN=3,2,3,1,2;MLLD=39.3678,18.7324,147.959,9.84767,134.286;QD=61.7787;RBI=1.013,1.00579,0.178875,2.00073,0.188767;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.988476,0.989188,0.171348,1.96856,0.181874;RO=27;SAF=8,8,6,3,3;SAR=0,0,0,6,0;SRF=0;SRR=27;SSEN=0.571429,0.571429,0,0.571429,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.880432,0.880432,0.878436,0.62151,0.874992;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del,mnp;VARB=0.00593686,0,0.0793443,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=93088219,93088215,93088219,93088215,93088220;OREF=TTC,TT,TTC,T,TC;OALT=-,-,CGT,-,CT;OMAPALT=CTTTT,CTTTTC,CTTTTCGT,CTTTTTC,CTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.924051,0,0.0759494,0,0:8,8,6,9,3:78:73,0,6,0,0:79:0:35,0,6,0,0:38,0,0,0,0:0:0:22:27:8,8,6,3,3:0,0,0,6,0:0:27 chr8 94146656 . G T 426.49 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0266817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.708;QD=16.4036;RBI=0.0267449;REFB=-0.0170025;REVB=-0.00183742;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150647;STB=0.583808;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0243496;OID=.;OPOS=94146656;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:57:47:47:0.451923:20:27:23:32:20:27:24:33 chr8 94739345 . A G 703.78 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000298178;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.014;QD=57.4511;RBI=0.00372356;REFB=0;REVB=0.0037116;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328223;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr8 94744813 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8284;QD=56.9357;RBI=0.045517;REFB=0;REVB=-0.0339327;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690805;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr8 94745050 . T C 804.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.724;QD=57.4305;RBI=0.0198615;REFB=0;REVB=0.0100032;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90006e-05;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr8 94745386 . G A,T 384.7 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176298,-0.0136572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=15.2601,56.6513;QD=54.9569;RBI=0.0295718,0.0370587;REFB=0,0;REVB=0.023742,-0.0344504;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147052,-0.00679346;OID=.,.;OPOS=94745386,94745386;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:1,14:1,12:0:0:1,14:1,12:0:0 chr8 94752754 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.539;QD=60.0309;RBI=0.043853;REFB=0;REVB=0.00626219;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75384e-05;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr8 94794620 . C T 575.74 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.111;QD=60.6045;RBI=0.025629;REFB=0;REVB=-0.0172626;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46392e-06;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr8 94808165 . A G 897.76 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291491;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1052;QD=57.0005;RBI=0.0310576;REFB=-0.0196626;REVB=-0.0107195;RO=1;SAF=19;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241965;STB=0.512816;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000757424;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:63:1:1:62:62:0.984127:43:19:1:0:43:19:1:0 chr8 94935937 . T C 724.32 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.48;QD=62.9844;RBI=0.0471386;REFB=0;REVB=0.0467964;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163509;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:24:22:0:0 chr8 94936532 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.292;QD=57.3853;RBI=0.0249507;REFB=0;REVB=0.0199107;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65706e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr8 95143172 . T G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0224046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.774;QD=10.3903;RBI=0.033517;REFB=0.00813102;REVB=-0.0249283;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0128;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:5:6:5:2:5:6 chr8 95143186 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.327;QD=48.7359;RBI=0.0240092;REFB=0;REVB=0.0231706;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186293;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr8 95158259 . G A 356.77 PASS AF=0.411765;AO=38;DP=98;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0312195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1402;QD=13.9911;RBI=0.038768;REFB=-0.0157241;REVB=-0.0229848;RO=58;SAF=16;SAR=22;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262671;STB=0.624138;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0150242;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:58:60:38:42:0.411765:22:16:39:19:23:19:40:20 chr8 95158382 . C T 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00480125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.032;QD=15.7903;RBI=0.00606403;REFB=0.0027929;REVB=0.00370411;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271588;STB=0.652707;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00271264;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:13:26:12:19:13:26 chr8 95161102 . G A 190.48 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0534108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.833;QD=11.544;RBI=0.0535089;REFB=-0.000352077;REVB=0.00323806;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157654;STB=0.590836;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000285033;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:12:12:15:27:12:12:15:27 chr8 95188850 . T C 2646.43 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.754;QD=60.8375;RBI=0.0204741;REFB=-0.0558317;REVB=0.0041637;RO=1;SAF=105;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451186;STB=0.504716;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=2.50872e-05;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:174:1:2:172:172:0.988506:67:105:1:0:67:105:2:0 chr8 95272605 . G C 191.22 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0573702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1827;QD=15.61;RBI=0.0650989;REFB=0.019264;REVB=0.0307657;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156566;STB=0.590073;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0177597;OID=.;OPOS=95272605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:16:13:12:8:16:13 chr8 95521925 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00736716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.882;QD=14.3349;RBI=0.0403146;REFB=-0.0140041;REVB=-0.0396358;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269392;STB=0.658027;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0238615;OID=.;OPOS=95521925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:14:12:4:13:14:12 chr8 95531419 . T C 490.31 PASS AF=0.582278;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00762458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.397;QD=24.8256;RBI=0.0278132;REFB=-0.0091937;REVB=0.0267477;RO=33;SAF=29;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188281;STB=0.516372;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00807003;OID=.;OPOS=95531419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:33:33:45:46:0.582278:16:29:22:11:17:29:22:11 chr8 95538468 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00967709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.364;QD=11.8139;RBI=0.0148158;REFB=-0.00484504;REVB=-0.0112188;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00881725;OID=.;OPOS=95538468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:14:9:6:7:14:9 chr8 95541371 . T A 230.84 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.016211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.661;QD=17.7568;RBI=0.0730908;REFB=-0.0193583;REVB=0.0712704;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145199;STB=0.581091;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.02593;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:21:6:9:16:21:6 chr8 95559092 . T C 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0051903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.901;QD=26.6162;RBI=0.0520195;REFB=-0.0338304;REVB=-0.0517599;RO=21;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106145;STB=0.558782;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0179377;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:10:19:11:10:10:19:11:10 chr8 95560485 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00309677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.321;QD=11.1976;RBI=0.0125203;REFB=-0.00787796;REVB=-0.0121313;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0104092;OID=.;OPOS=95560485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:7:15:5:7:7:15 chr8 95668231 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0159868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.064;QD=19.0002;RBI=0.0197112;REFB=-0.00569398;REVB=-0.0115305;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765883;STB=0.55937;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00542625;OID=.;OPOS=95668231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:7:10:8:8:7:10:8:9 chr8 95668315 . G T 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00693946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4009;QD=19.1506;RBI=0.0146543;REFB=0.0289527;REVB=0.0129071;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208249;STB=0.5118;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0321928;OID=.;OPOS=95668315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:6:15:16:7:6:15:16:7 chr8 95680229 . C T 390.26 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0808991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2757;QD=19.0372;RBI=0.0862431;REFB=-0.00885914;REVB=-0.0298866;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14431;STB=0.585413;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00769701;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:26:15:21:19:27:15 chr8 95690579 . T C 258.01 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.015947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.062;QD=19.1122;RBI=0.015972;REFB=-0.0281484;REVB=-0.000894418;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204789;STB=0.608564;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.027105;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:27:28:0.518519:14:13:18:7:15:13:18:8 chr8 95719387 . A T 249.76 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00932277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.197;QD=16.6508;RBI=0.0293777;REFB=-0.0184514;REVB=-0.0278592;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296056;STB=0.516655;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0211769;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:15:17:14:14:15:17 chr8 95732283 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0134547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.659;QD=12.7301;RBI=0.0199689;REFB=-0.0259997;REVB=-0.0147556;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316491;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:4:8:6:3:4:8 chr8 95877787 . T C 1424.52 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173529;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.081;QD=61.9356;RBI=0.0407388;REFB=-0.142868;REVB=0.0407018;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000488005;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:42:49:0:0:42:49:0:1 chr8 95888307 . C T 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6152;QD=58.0501;RBI=0.0658042;REFB=0;REVB=-0.0657942;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030335;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr8 95888668 . C G 362.92 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0514627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3681;QD=27.9172;RBI=0.0590857;REFB=-0.0325933;REVB=0.0290294;RO=18;SAF=22;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255478;STB=0.641775;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0222453;OID=.;OPOS=95888668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:18:33:34:0.653846:11:22:5:13:11:23:5:13 chr8 95918288 . C T 735.15 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.352;QD=61.2624;RBI=0.047284;REFB=-0.0987279;REVB=0.0451511;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00044766;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:21:26:0:0:21:26:1:0 chr8 95938422 . C A 954.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.789;QD=58.7428;RBI=0.0154355;REFB=0;REVB=0.00452369;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.184e-05;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr8 95942244 . G A 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3637;QD=63.5705;RBI=0.0222077;REFB=0;REVB=0.0217549;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123027;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239874;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.214;QD=57.5453;RBI=0.0275152;REFB=0;REVB=-0.0134793;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.29356e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:58:58:58:0:33:25:0:0:5:0:33:25:0:0 chr8 96053782 . GCTC GC,GCT 911.68 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=53,7;DP=63;FAO=58,6;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=31,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267841,0.00279634;FXX=0.0447694;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=221.63,204.352;QD=56.9802;RBI=0.00358278,0.00321458;REFB=0,0;REVB=0.00237959,0.00158555;RO=0;SAF=26,3;SAR=27,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000136164,0.000992061;OID=.,.;OPOS=96053783,96053785;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90625,0.09375:53,7:63:58,6:64:0:27,2:31,4:0:0:24:0:26,3:27,4:0:0 chr8 97243720 . G A 289.85 PASS AF=0.365591;AO=33;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0323478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.665;QD=12.4667;RBI=0.0325031;REFB=-0.0120736;REVB=0.0031737;RO=58;SAF=12;SAR=21;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263819;STB=0.651865;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0311055;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:58:59:33:34:0.365591:21:12:35:23:22:12:35:24 chr8 97343326 . ATCTTGT A 196.72 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0123985;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=6;MLLD=249.551;QD=10.4917;RBI=0.0204026;REFB=-0.00274368;REVB=0.0162032;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872649;STB=0.513358;STBP=0.877;TYPE=del;VARB=0.00519768;OID=.;OPOS=97343327;OREF=TCTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:24:75:25:75:50:12:13:23:27:99:45:12:12:19:26 chr8 97384408 . C T 373.43 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00543825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.261;QD=23.3393;RBI=0.11421;REFB=-0.0250898;REVB=-0.11408;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169708;STB=0.509333;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0182827;OID=.;OPOS=97384408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:17:20:14:13:17:20:14:13 chr8 97605800 . C T 404.84 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0313663;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.584;QD=19.0514;RBI=0.0327421;REFB=-0.0205635;REVB=-0.00939143;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379094;STB=0.521116;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0253965;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:44:41:41:0.482353:24:17:20:24:24:17:20:24 chr8 97614625 . G A 39.95 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00497823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.724;QD=5.51012;RBI=0.0200485;REFB=-0.01055;REVB=-0.0194206;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391934;STB=0.779094;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0678219;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:28:29:22:22:6:7:0.241379:4:2:15:7:5:2:15:7 chr8 97614661 . T A 195.64 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0101227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.459;QD=25.2432;RBI=0.0259563;REFB=0.00623096;REVB=-0.0239011;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304703;STB=0.669922;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00582725;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:3:9:6:13:3:9 chr8 97847358 . G T 1193.76 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.048981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.6027;QD=56.177;RBI=0.0535956;REFB=-0.0248968;REVB=0.0217566;RO=3;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318883;STB=0.521734;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00286029;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:83:85:3:4:80:81:0.952941:43:37:0:3:44:37:0:4 chr8 98287261 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00208056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.505;QD=14.132;RBI=0.0138352;REFB=-0.00793757;REVB=-0.0136779;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11387;STB=0.565969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0140446;OID=.;OPOS=98287261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:18:13:10:9:18:13 chr8 98289714 . G C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00618985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9219;QD=26.4133;RBI=0.00631386;REFB=-0.00261824;REVB=-0.00124525;RO=17;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155486;STB=0.586624;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00185628;OID=.;OPOS=98289714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:19:6:7:10:19:6:7:10 chr8 98289986 . C T 879.78 PASS AF=0.505747;AO=88;DP=175;FAO=88;FDP=174;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0207455;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.926;QD=20.2248;RBI=0.020756;REFB=-0.0144458;REVB=0.000659858;RO=84;SAF=44;SAR=44;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105889;STB=0.505746;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0186705;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:84:86:88:88:0.505747:44:44:43:41:44:44:44:42 chr8 98725970 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0693677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.998;QD=12.7297;RBI=0.0704525;REFB=-0.00209943;REVB=0.012316;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347481;STB=0.713701;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00199195;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:4:8:8:1:4:8 chr8 98787952 . GC CT 168.89 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.0328855;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=58.3177;QD=8.66123;RBI=0.076866;REFB=-0.00440241;REVB=0.0694761;RO=55;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304114;STB=0.676028;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0167283;OID=.;OPOS=98787952;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:13:10:11:44:13:10:11:44 chr8 98787994 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.877;QD=48.7339;RBI=0.0266063;REFB=0;REVB=0.0158237;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339513;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr8 98827531 . G A 47.02 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0346789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.294;QD=12.5384;RBI=0.0501592;REFB=-0.00889536;REVB=0.0362398;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0140288;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:5:3:4:3:5:3 chr8 98827551 . G C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0054392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9523;QD=19.5229;RBI=0.02243;REFB=0.0151658;REVB=-0.0217605;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0137012;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:7:5:5:9:7:5 chr8 98943446 . T C 245.31 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0147643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.818;QD=14.6454;RBI=0.0238881;REFB=-0.00278003;REVB=0.0187792;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067867;STB=0.52011;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00459946;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:28:29:0.432836:14:14:16:21:15:14:17:21 chr8 98954012 . T C 728.1 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9892;QD=57.1062;RBI=0.0576411;REFB=0;REVB=0.0536721;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083767;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr8 98954108 . G T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0145234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.379;QD=12.7914;RBI=0.0146198;REFB=-0.019321;REVB=-0.00167655;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115187;STB=0.567473;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0294504;OID=.;OPOS=98954108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:14:9:7:7:14:9 chr8 98991223 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0151396;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.564;QD=16.043;RBI=0.0152864;REFB=-0.0087713;REVB=0.00211322;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363004;STB=0.689481;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00945458;OID=.;OPOS=98991223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:9:10:4:21:9:10:5:21 chr8 99006787 . C T 480.69 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0296346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.775;QD=25.6368;RBI=0.0296544;REFB=-0.0070192;REVB=0.0010835;RO=30;SAF=26;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130288;STB=0.571227;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00612077;OID=.;OPOS=99006787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:19:26:12:18:19:26:12:18 chr8 99030280 . T C 702.34 PASS AF=0.686047;AO=59;DP=86;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0127137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.524;QD=32.6669;RBI=0.0778387;REFB=-0.0163043;REVB=0.0767934;RO=27;SAF=31;SAR=28;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402421;STB=0.502172;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00624103;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:27:27:59:59:0.686047:28:31:14:13:28:31:14:13 chr8 99039774 . C T 860.68 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0104112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.142;QD=26.6879;RBI=0.0483029;REFB=-0.0195312;REVB=-0.0471676;RO=50;SAF=50;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918718;STB=0.554611;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00985975;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:50:51:78:78:0.604651:28:50:26:24:28:50:26:25 chr8 99045978 . A C 80.65 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00108216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.1321;QD=7.86789;RBI=0.00121098;REFB=0.0100149;REVB=-0.000543523;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927261;STB=0.557418;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0164888;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:16:14:6:5:16:14 chr8 99205612 . C T 1761.27 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226443;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.152;QD=60.7334;RBI=0.0234419;REFB=0;REVB=-0.00606279;RO=0;SAF=74;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.75479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96245e-05;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:116:0:0:116:116:1:42:74:0:0:42:74:0:0 chr8 99208190 . A C 169.18 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00482099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.995;QD=12.0844;RBI=0.0211794;REFB=-0.010362;REVB=0.0206234;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509164;STB=0.518307;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0107569;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:9:12:21:13:9:12:21:14 chr8 99441904 . G T 439.21 PASS AF=0.66129;AO=39;DP=61;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00252524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.451;QD=28.3365;RBI=0.0145301;REFB=-0.0103078;REVB=0.014309;RO=21;SAF=28;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142812;STB=0.582751;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00328249;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:21:21:39:41:0.66129:11:28:11:10:11:30:11:10 chr8 100133660 . C T 290.06 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.012439;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.16;QD=21.0953;RBI=0.0124429;REFB=-0.00480383;REVB=0.000313051;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038674;STB=0.521458;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00445567;OID=.;OPOS=100133660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:12:13:17:13:12:13 chr8 100133706 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.199;QD=59.4356;RBI=0.0462418;REFB=0;REVB=0.0444749;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192841;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr8 100865836 . G A 187.43 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00569526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.869;QD=14.7005;RBI=0.0222029;REFB=-0.012296;REVB=-0.02146;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191041;STB=0.609651;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0189481;OID=.;OPOS=100865836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:8:13:13:17:8:13:13:17 chr8 100899793 . G A 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0243455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.043;QD=20.4032;RBI=0.0256973;REFB=-0.0284963;REVB=-0.00822485;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18173;STB=0.609175;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0193117;OID=.;OPOS=100899793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:32:32:0.533333:20:12:16:11:20:12:17:11 chr8 100975002 . A G 356.42 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00419629;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.187;QD=49.1611;RBI=0.0418323;REFB=0.0242708;REVB=0.0416213;RO=2;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000146675;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:17:10:2:0:17:10:2:0 chr8 101718932 . C G 57.58 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00860035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5841;QD=3.19909;RBI=0.039262;REFB=-0.021355;REVB=-0.0383084;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733895;STB=0.566892;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0631915;OID=.;OPOS=101718932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:58:61:11:11:0.152778:6:5:23:35:6:5:23:38 chr8 101718965 . G A 59.73 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0126974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.747;QD=3.51343;RBI=0.0170576;REFB=-0.00434372;REVB=-0.0113902;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156701;STB=0.604218;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.030071;OID=.;OPOS=101718965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:6:5:19:38:6:5:19:38 chr8 101718968 . C T 59.16 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.028262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7043;QD=3.42984;RBI=0.0407895;REFB=-0.00115357;REVB=-0.0294115;RO=58;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164504;STB=0.60957;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00324886;OID=.;OPOS=101718968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:6:5:19:39:6:5:19:39 chr8 101718987 . G A 63.25 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.00375999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.785;QD=3.41879;RBI=0.0402067;REFB=-0.00433631;REVB=-0.0400305;RO=62;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247393;STB=0.66192;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.033057;OID=.;OPOS=101718987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:74:74:62:62:12:12:0.162162:6:6:19:43:6:6:19:43 chr8 101719004 . G A 56.41 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0431318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.996;QD=3.04897;RBI=0.0485443;REFB=-0.00337649;REVB=0.0222756;RO=63;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262486;STB=0.675969;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0208942;OID=.;OPOS=101719004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:5:6:21:42:5:6:21:42 chr8 101721407 . T C 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.000116373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.42;QD=3.33867;RBI=0.0219594;REFB=-0.000101075;REVB=-0.0219591;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143749;STB=0.5997;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000163821;OID=.;OPOS=101721407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:26:8:2:4:26:8 chr8 101721692 . G A 41.93 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0342289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.797;QD=1.74696;RBI=0.0350176;REFB=-0.00123962;REVB=-0.00739031;RO=86;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158479;STB=0.619598;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0142795;OID=.;OPOS=101721692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:86:86:10:10:0.104167:4:6:40:46:4:6:40:46 chr8 101721705 . G T 92.14 PASS AF=0.157895;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00113888;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.478;QD=3.23302;RBI=0.00595055;REFB=-0.00472065;REVB=0.00584055;RO=96;SAF=9;SAR=9;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395087;STB=0.535049;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0132235;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:115:114:96:96:18:18:0.157895:9:9:45:51:9:9:44:52 chr8 101721709 . T A 125.16 PASS AF=0.191667;AO=22;DP=119;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0242834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.743;QD=4.17203;RBI=0.0263927;REFB=-0.00659865;REVB=-0.0103388;RO=96;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850183;STB=0.515405;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0653712;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:96:97:22:23:0.191667:12:10:43:53:13:10:44:53 chr8 101721727 . G A 210.3 PASS AF=0.237037;AO=32;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.00907832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.777;QD=6.23106;RBI=0.0181437;REFB=-0.0128561;REVB=-0.0157092;RO=103;SAF=16;SAR=16;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914824;STB=0.555521;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0330266;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:103:103:32:32:0.237037:16:16:44:59:16:16:44:59 chr8 101721756 . A C 263.3 PASS AF=0.253247;AO=39;DP=154;FAO=39;FDP=154;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=75;FWDB=0.00862836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.551;QD=6.83889;RBI=0.0194159;REFB=-0.00901551;REVB=-0.0173933;RO=115;SAF=18;SAR=21;SRF=40;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145248;STB=0.586516;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0290753;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:115:115:39:39:0.253247:21:18:40:75:21:18:40:75 chr8 101721812 . G A 326.23 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=213;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=92;FWDB=-0.0128248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.821;QD=6.12631;RBI=0.0370275;REFB=-0.00508957;REVB=0.0347356;RO=162;SAF=27;SAR=24;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122384;STB=0.573598;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0127243;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:162:162:51:51:0.239437:24:27:70:92:24:27:70:92 chr8 101721817 . T C 319.55 PASS AF=0.236967;AO=50;DP=212;FAO=50;FDP=211;FR=.;FRO=161;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=68;FSRR=93;FWDB=0.0104253;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.209;QD=6.05788;RBI=0.0143666;REFB=0.00250153;REVB=-0.00988498;RO=162;SAF=27;SAR=23;SRF=68;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151233;STB=0.589019;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00865154;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:162:161:50:50:0.236967:23:27:68:94:23:27:68:93 chr8 101721839 . C A 305.06 PASS AF=0.233831;AO=46;DP=200;FAO=47;FDP=201;FR=.;FRO=154;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=88;FWDB=-0.0126562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.521;QD=6.07089;RBI=0.0126717;REFB=-0.00423129;REVB=0.000627128;RO=154;SAF=23;SAR=23;SRF=66;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906972;STB=0.562711;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00926135;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:154:154:46:47:0.233831:23:23:66:88:23:24:66:88 chr8 101721870 . G A 146.1 PASS AF=0.169697;AO=28;DP=166;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=0.00466582;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.225;QD=3.54172;RBI=0.0139906;REFB=-0.00286813;REVB=-0.0131896;RO=137;SAF=13;SAR=15;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721835;STB=0.546616;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0151263;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:137:137:28:28:0.169697:15:13:56:81:15:13:56:81 chr8 101721899 . C A 88.1 PASS AF=0.135714;AO=19;DP=140;FAO=19;FDP=140;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.0270872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3193;QD=2.51705;RBI=0.0604374;REFB=-0.00616753;REVB=-0.0540274;RO=121;SAF=13;SAR=6;SRF=48;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350244;STB=0.737023;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0357944;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:140:140:121:121:19:19:0.135714:6:13:48:73:6:13:48:73 chr8 101970394 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.645;QD=59.4353;RBI=0.0181729;REFB=0;REVB=0.0114295;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103771;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr8 101970403 . GTCTCTCTCTCT GTCTCTCTC,GTCTCTCTCT,GTCTCTCTCTTT 95.97 PASS AF=0.9,0.1,0;AO=3,4,11;DP=19;FAO=9,1,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,0;FSAR=3,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266292,-0.0264384,-0.0257174;FXX=0.166528;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=104.938,104.545,101.181;QD=38.3875;RBI=0.0982499,0.0917025,0.313428;REFB=0,0,0;REVB=-0.0945723,0.0878086,0.312371;RO=0;SAF=3,2,3;SAR=0,2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0114765,0.0155091,-0.0169977;OID=.,.,.;OPOS=101970412,101970404,101970413;OREF=TCT,TC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTCTCTCTC,GTCTCTCTCT,GTCTCTCTCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1,0:3,4,11:19:9,1,0:10:0:6,0,0:3,1,0:0:0:7:0:3,2,3:0,2,8:0:0 chr8 102209357 . A T 1030.58 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00410459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.114;QD=58.0606;RBI=0.0126904;REFB=-0.102049;REVB=-0.0120083;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0001549;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:33:37:0:0:33:37:1:0 chr8 102504974 . C G 463.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.23;QD=57.9933;RBI=0.0291149;REFB=0;REVB=0.0282964;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77317e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr8 102680499 . CA C 205.2 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.000628309;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.163;QD=14.4001;RBI=0.0148227;REFB=-0.00556297;REVB=-0.0148094;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117201;STB=0.573711;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=0.0125261;OID=.;OPOS=102680500;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:22:56:24:57:33:13:11:22:11:99:32:12:10:21:11 chr8 102681337 . C T 273.28 PASS AF=0.340206;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00472921;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4887;QD=11.2693;RBI=0.0886881;REFB=-0.0110749;REVB=0.088562;RO=60;SAF=20;SAR=12;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999681;STB=0.51315;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0288651;OID=.;OPOS=102681337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:64:32:33:0.340206:12:20:37:23:13:20:40:24 chr8 102700636 . A T 308.99 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00236328;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.053;QD=18.1757;RBI=0.0148933;REFB=0.00262026;REVB=0.0147046;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135517;STB=0.561288;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00257538;OID=.;OPOS=102700636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:20:15:19:14:19:16 chr8 102859580 . C T 302.55 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0179563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.452;QD=17.045;RBI=0.0347248;REFB=-0.0435538;REVB=-0.0297217;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229896;STB=0.599255;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0541302;OID=.;OPOS=102859580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:38:33:33:0.464789:20:13:21:11:20:13:22:16 chr8 103137693 . T C 3625.44 PASS AF=0.972332;AO=236;DP=243;FAO=246;FDP=253;FR=.;FRO=7;FSAF=126;FSAR=120;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0392117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1657;QD=57.3192;RBI=0.0392718;REFB=-0.02387;REVB=-0.00217146;RO=6;SAF=119;SAR=117;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015544;STB=0.505596;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00914895;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:243:253:6:7:236:246:0.972332:117:119:5:1:120:126:5:2 chr8 103218144 . ATTGCTATTATAAATAAGCTT A 167.73 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163658;FXX=0;HRUN=2;LEN=20;MLLD=617.31;QD=44.7288;RBI=0.0246342;REFB=0;REVB=0.0184121;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000129279;OID=.;OPOS=103218145;OREF=TTGCTATTATAAATAAGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:13:2:0:0:4:0:12:2:0:0 chr8 103250839 . C CG 545.03 PASS AF=0.6;AO=72;DP=129;FAO=75;FDP=125;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00252672;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4555;QD=17.4409;RBI=0.0430178;REFB=-0.0314189;REVB=0.0429435;RO=56;SAF=28;SAR=44;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733303;STB=0.528466;STBP=0.496;TYPE=ins;VARB=0.021529;OID=.;OPOS=103250840;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:72:129:75:125:50:29:46:16:34:99:56:28:44:17:39 chr8 103250930 . C T 720.22 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0295095;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5314;QD=25.954;RBI=0.0639015;REFB=-0.0398596;REVB=0.0566798;RO=42;SAF=36;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735824;STB=0.505808;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.021569;OID=.;OPOS=103250930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:42:44:67:67:0.603604:31:36:23:19:31:36:23:21 chr8 103284964 . T C 430.64 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.01164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=20.0299;RBI=0.0241499;REFB=-0.0267414;REVB=0.0211596;RO=43;SAF=15;SAR=28;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675068;STB=0.537504;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0274256;OID=.;OPOS=103284964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:28:15:18:25:28:15:18:25 chr8 103306033 . T C 316.76 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.00119126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.951;QD=17.8456;RBI=0.0273901;REFB=-0.00647398;REVB=0.0273642;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172686;STB=0.595732;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00835032;OID=.;OPOS=103306033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:13:21:29:8:13:21:29:8 chr8 103572992 . C G 183.39 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0284495;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.289;QD=24.4525;RBI=0.0300667;REFB=-0.0375253;REVB=0.00972779;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138634;STB=0.565142;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0128146;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:11:12:18:18:0.6:13:5:5:6:13:5:5:7 chr8 103573010 . CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC 158.06 PASS AF=0.56;AO=5;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.02835;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=28;MLLD=525.915;QD=25.2895;RBI=0.0295133;REFB=-0.0554684;REVB=-0.00820444;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.571322;STBP=0.447;TYPE=mnp;VARB=0.0272923;OID=.;OPOS=103573010;OREF=CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG;OALT=TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC;OMAPALT=TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:26:25:5:9:5:14:0.56:1:4:2:3:10:4:4:5 chr8 103663814 . G A 100.41 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.000844563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5325;QD=16.7343;RBI=0.00414778;REFB=-0.0421566;REVB=-0.00406089;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267683;STB=0.624804;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0346562;OID=.;OPOS=103663814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:9:2:6:6:9:3 chr8 104081226 . A G 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00453307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.663;QD=17.7625;RBI=0.00918617;REFB=-0.0162518;REVB=-0.00798981;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154957;STB=0.508666;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0184858;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:15:24:27:18:15:24:27:18 chr8 104082307 . C T 488.05 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000659348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.231;QD=27.8888;RBI=0.00905709;REFB=-0.0167908;REVB=0.00903305;RO=25;SAF=24;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702197;STB=0.541383;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0102332;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:44:45:0.642857:20:24:11:14:20:25:11:14 chr8 104312341 . A G 758.88 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0057041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.031;QD=53.255;RBI=0.00617377;REFB=-0.0586895;REVB=-0.00236191;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030286;STB=0.501607;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000240048;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:25:30:1:1:25:30:1:1 chr8 104337096 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.154;QD=61.6949;RBI=0.026455;REFB=0;REVB=-0.0101096;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80443e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr8 104337367 . A C 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8419;QD=57.189;RBI=0.00593466;REFB=0;REVB=-0.00386848;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26429e-06;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr8 104343686 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.779;QD=60.8827;RBI=0.0654993;REFB=0;REVB=-0.0108321;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229267;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr8 104343822 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.892;QD=63.2859;RBI=0.00258417;REFB=0;REVB=-0.00101086;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99148e-06;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr8 104394744 . T C 2721.74 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=177;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366823;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7655;QD=61.8578;RBI=0.0565962;REFB=0.00336766;REVB=0.0430992;RO=1;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503722;STB=0.502618;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000572724;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:176:1:1:174:175:0.994318:94:80:0:1:95:80:0:1 chr8 105261725 . G A 990.43 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8899;QD=59.13;RBI=0.0455228;REFB=0;REVB=-0.00743358;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517156;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr8 105263979 . C T 775.4 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218345;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.31;QD=53.476;RBI=0.0273629;REFB=-0.0408467;REVB=0.0164919;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.521731;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000403275;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:34:22:1:0:34:22:2:0 chr8 105478933 . G A 883.97 PASS AF=0.52381;AO=89;DP=168;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.0407654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9136;QD=21.0469;RBI=0.0455629;REFB=-0.0220313;REVB=0.0203509;RO=73;SAF=65;SAR=24;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599189;STB=0.530497;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0252915;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:80:89:88:0.52381:24:65:49:24:24:64:54:26 chr8 106815324 . A G 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00291174;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.668;QD=22.1878;RBI=0.0260154;REFB=0.00612917;REVB=0.0258519;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283663;STB=0.648513;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00773316;OID=.;OPOS=106815324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:10:10:15:3:10:10:14:3 chr8 107710044 . T A 391.98 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0546159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6904;QD=14.6533;RBI=0.0568377;REFB=-0.00301117;REVB=-0.0157359;RO=62;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111135;STB=0.500626;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577492;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:21:24:33:29:21:24:33:29 chr8 107754473 . G A 317.77 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0206545;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0457;QD=14.9539;RBI=0.0207514;REFB=-0.00685473;REVB=-0.00200294;RO=49;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14632;STB=0.577702;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0128798;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:22:13:25:24:22:13:25:25 chr8 107764454 . GTGT G 465.58 PASS AF=1;AO=3;DP=5;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459287;FXX=0.499936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=160.734;QD=47.7523;RBI=0.0830122;REFB=0;REVB=0.0691489;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00636084;OID=.;OPOS=107764455;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:5:39:39:0:7:32:0:0:3:0:0:3:0:0 chr8 107782065 . A G 204.84 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.000123613;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.256;QD=22.1449;RBI=0.0077322;REFB=-0.0344423;REVB=-0.00773121;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289021;STB=0.662037;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0223342;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:12:5:13:7:12:5 chr8 107782395 . G A 189.1 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0758391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0748;QD=21.6112;RBI=0.105638;REFB=0.0158927;REVB=0.0735375;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046583;STB=0.536547;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00781066;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:18:19:0.542857:10:8:8:8:11:8:8:8 chr8 108970367 . A G 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.421;QD=60.2541;RBI=0.0065177;REFB=0;REVB=-0.00435609;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62866e-07;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr8 110254895 . C A 665.65 PASS AF=0.379808;AO=79;DP=209;FAO=79;FDP=208;FR=.;FRO=129;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=78;FSRR=51;FWDB=-0.00490277;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.444;QD=12.801;RBI=0.0103133;REFB=-0.0119547;REVB=-0.00907346;RO=129;SAF=45;SAR=34;SRF=78;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394919;STB=0.522287;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0171875;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:129:129:79:79:0.379808:34:45:78:51:34:45:78:51 chr8 110255492 . CAAAAAAT ACAAAAAT,CAAAA,CAAAAA,CAAAAATT 240.39 PASS AF=0,0.147059,0.617647,0;AO=2,5,9,3;DP=46;FAO=0,5,21,0;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1,5,0;FSAR=0,4,16,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0948411,0.0433555,0.166504,-0.293482;FXX=0.260813;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,3,2,1;MLLD=39.2409,22.6883,21.5753,6.97864;QD=28.2806;RBI=0.111778,0.0499833,0.170812,0.293934;REFB=-0.109078,-0.0530539,-0.077078,-0.0309021;REVB=-0.0591571,0.0248724,0.038122,0.0162883;RO=10;SAF=0,0,1,3;SAR=2,5,8,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.542827,-0.706086,-0.394404,0.679145;STB=0.5,0.578664,0.544983,0.5;STBP=1,0.814,0.595,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0663197,0.0220795,0.0185348,0;OID=.,.,.,.;OPOS=110255492,110255497,110255498,110255498;OREF=CA,AAT,AT,A;OALT=AC,-,-,T;OMAPALT=ACAAAAAT,CAAAA,CAAAAA,CAAAAATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:52:46:34:10:8:2,5,9,3:0,5,21,0:0,0.147059,0.617647,0:2,5,8,0:0,0,1,3:4:6:0,4,16,0:0,1,5,0:1:7 chr8 110301998 . T C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0112482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.995;QD=15.7725;RBI=0.0118318;REFB=-0.0106329;REVB=-0.00367004;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766816;STB=0.543364;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0151097;OID=.;OPOS=110301998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:17:16:11:16:17:16 chr8 110302047 . T G 242.54 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00500401;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.017;QD=16.7268;RBI=0.012254;REFB=-0.00581405;REVB=0.0111857;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522405;STB=0.52122;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0104779;OID=.;OPOS=110302047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:30:31:27:27:0.465517:15:12:15:15:15:12:15:16 chr8 110412519 . G A 362.65 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0275817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0428;QD=20.7228;RBI=0.0281665;REFB=7.31826e-05;REVB=0.00570985;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340975;STB=0.526302;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.000474448;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:33:37:37:0.528571:20:17:16:16:20:17:17:16 chr8 110413762 . T C 257.25 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00501359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.678;QD=13.9053;RBI=0.00749288;REFB=-0.000453265;REVB=0.00556841;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342934;STB=0.506325;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00080409;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:44:30:30:0.405405:16:14:21:21:16:14:21:23 chr8 110416813 . C T 585.13 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00068046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.904;QD=19.5042;RBI=0.0273594;REFB=-0.00108967;REVB=-0.0273509;RO=60;SAF=37;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123445;STB=0.568236;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00144393;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:23:37:29:31:23:37:29:31 chr8 110420384 . T C 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00483427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.464;QD=20.3054;RBI=0.0109291;REFB=-0.0087618;REVB=0.00980174;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180708;STB=0.591396;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00867441;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:40:40:0.512821:19:21:27:10:19:21:27:11 chr8 110420429 . A G 303.95 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0447312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2963;QD=17.3685;RBI=0.0563222;REFB=-0.0357389;REVB=-0.0342245;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115611;STB=0.555523;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0378443;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:33:33:0.471429:15:18:24:12:15:18:24:13 chr8 110437384 . A G 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0152698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.433;QD=15.1617;RBI=0.0200393;REFB=0.00196988;REVB=-0.0129771;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045217;STB=0.52567;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00321122;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:22:8:7:16:22:8 chr8 110455321 . C A 721.78 PASS AF=0.435754;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0079517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3794;QD=16.1291;RBI=0.0173918;REFB=-0.0160723;REVB=-0.0154676;RO=101;SAF=38;SAR=40;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623856;STB=0.534741;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0138031;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:101:101:78:78:0.435754:40:38:43:58:40:38:43:58 chr8 110460488 . G T 342.99 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00360882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4539;QD=13.8582;RBI=0.0300412;REFB=-0.0111162;REVB=0.0298237;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891888;STB=0.550871;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0211461;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:15:23:32:29:15:23:32:29 chr8 110465060 . G C 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0166445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.371;QD=16.5331;RBI=0.0188342;REFB=0.00581326;REVB=-0.00881405;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120815;STB=0.572479;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00706363;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:20:15:13:29:20:15:13:30 chr8 110476993 . A G 336.07 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.000298504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6546;QD=17.2345;RBI=0.00277888;REFB=-0.029294;REVB=-0.0027628;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117359;STB=0.506575;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0458443;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:24:18:15:21:24:18 chr8 110478929 . C T 645.79 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00469673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.739;QD=16.0445;RBI=0.0048493;REFB=-0.00444873;REVB=0.00120683;RO=88;SAF=24;SAR=47;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123323;STB=0.570049;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00648402;OID=.;OPOS=110478929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:88:90:71:71:0.440994:47:24:40:48:47:24:41:49 chr8 110489620 . A T 655.54 PASS AF=0.58;AO=57;DP=99;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0438264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.693;QD=26.2214;RBI=0.0439528;REFB=-0.0166182;REVB=-0.00333087;RO=42;SAF=24;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597832;STB=0.501054;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0125038;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:42:42:57:58:0.58:33:24:18:24:33:25:18:24 chr8 110491840 . C G 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0069723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8596;QD=14.6678;RBI=0.0130876;REFB=-0.0264267;REVB=-0.0110758;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671137;STB=0.505983;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0230494;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:11:13:17:14:11:13:17:15 chr8 110505886 . C T 380.35 PASS AF=0.59375;AO=37;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.000633558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.918;QD=23.7716;RBI=0.00586904;REFB=-0.0339777;REVB=0.00583475;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129896;STB=0.563603;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0200136;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:26:37:38:0.59375:15:22:11:15:16:22:11:15 chr8 110534512 . G A 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0052673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6819;QD=16.6311;RBI=0.00883876;REFB=-0.00633609;REVB=0.00709783;RO=40;SAF=25;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203057;STB=0.609688;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0140605;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:34:34:0.453333:9:25:22:18:9:25:23:18 chr8 110539186 . G A 428.75 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0234689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.892;QD=17.1502;RBI=0.0251322;REFB=-0.0087806;REVB=-0.00899082;RO=56;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487128;STB=0.502731;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0148368;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:21:23:29:27:21:23:29:27 chr8 110542298 . C T 1075.03 PASS AF=0.365994;AO=124;DP=345;FAO=127;FDP=347;FR=.;FRO=220;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=121;FSRR=99;FWDB=-0.0093127;FXX=0.00287348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1215;QD=12.3922;RBI=0.0282094;REFB=-0.00201516;REVB=0.0266279;RO=217;SAF=50;SAR=74;SRF=119;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163508;STB=0.599383;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00643309;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:347:217:220:124:127:0.365994:74:50:119:98:77:50:121:99 chr8 110542337 . T C 1327.38 PASS AF=0.408219;AO=149;DP=367;FAO=149;FDP=365;FR=.;FRO=216;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=118;FSRR=98;FWDB=0.00143259;FXX=0.00544944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.252;QD=14.5466;RBI=0.0865101;REFB=-2.2684e-05;REVB=0.0864983;RO=214;SAF=64;SAR=85;SRF=117;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123836;STB=0.569117;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00013391;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:365:214:216:149:149:0.408219:85:64:117:97:85:64:118:98 chr8 110542343 . G GA 685.91 PASS AF=0.413889;AO=134;DP=367;FAO=149;FDP=360;FR=.;FRO=211;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=108;FSRR=103;FWDB=0.00803956;FXX=0.00826424;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2753;QD=7.62121;RBI=0.12199;REFB=-0.00910436;REVB=-0.121725;RO=227;SAF=59;SAR=75;SRF=122;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108221;STB=0.532572;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=0.00153902;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413889:134:367:149:360:211:68:81:108:103:99:227:59:75:122:105 chr8 110657514 . G A 667.74 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.049904;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.279;QD=52.372;RBI=0.0550579;REFB=-0.0446015;REVB=0.0232587;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0007528;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00179167;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:1:1:25:24:1:1 chr8 111946844 . G C 785.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6104;QD=57.0912;RBI=0.0443161;REFB=0;REVB=0.0441835;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058162;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr8 113241088 . T G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.016545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.808;QD=22.3981;RBI=0.0173407;REFB=-0.0209095;REVB=-0.00519268;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217652;STB=0.512184;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0229735;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:9:10:11:11:9:10 chr8 113516209 . G A 213.59 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=63;FAO=13;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0091946;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.452;QD=14.2394;RBI=0.015878;REFB=-0.0216232;REVB=0.0129449;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538921;STB=0.501727;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212656;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:63:60:32:34:12:13:0.216667:8:4:12:20:8:5:13:21 chr8 113655752 . T C 512.72 PASS AF=0.427481;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.000235554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8017;QD=15.6555;RBI=0.0208073;REFB=-0.0222689;REVB=-0.020806;RO=73;SAF=26;SAR=29;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347591;STB=0.50641;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0148313;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:73:75:55:56:0.427481:29:26:37:36:29:27:37:38 chr8 114186003 . T C 523.86 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.000733961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.004;QD=19.9564;RBI=0.0176907;REFB=-0.0188873;REVB=0.0176755;RO=51;SAF=36;SAR=18;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195737;STB=0.510787;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0164332;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:18:36:35:16:18:36:35:16 chr8 116422147 . C T 62.49 PASS AF=0.148148;AO=41;DP=148;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=32;FWDB=0.00803628;FXX=0.117639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.681;QD=1.85146;RBI=0.009879;REFB=-0.00183484;REVB=0.00574569;RO=75;SAF=24;SAR=17;SRF=65;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35845;STB=0.612801;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0291208;OID=.;OPOS=116422147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:148:135:75:115:41:20:0.148148:17:24:65:10:8:12:83:32 chr8 116422150 . T C 50.8 PASS AF=0.0892857;AO=15;DP=162;FAO=15;FDP=168;FR=.;FRO=153;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=108;FSRR=45;FWDB=0.00290817;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=159.357;QD=1.20948;RBI=0.00335531;REFB=0.000573967;REVB=-0.0016735;RO=146;SAF=2;SAR=13;SRF=107;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627085;STB=0.92455;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00872364;OID=.;OPOS=116422150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:162:168:146:153:15:15:0.0892857:13:2:107:39:13:2:108:45 chr8 116423424 . T C 922.35 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0105689;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.351;QD=54.2557;RBI=0.0106912;REFB=-0.0462978;REVB=-0.0016128;RO=3;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145147;STB=0.50769;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=6.40345e-05;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:68:3:3:65:65:0.955882:32:33:1:2:32:33:1:2 chr8 116423490 . A T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.687;QD=58.9626;RBI=0.0450536;REFB=0;REVB=0.0448569;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117944;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 530.59 PASS AF=0.948718,0;AO=19,15;DP=44;FAO=37,0;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18,0;FSAR=19,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0556122,-0.0646704;FXX=0.0714116;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=206.392,200.147;QD=54.4194;RBI=0.0564623,0.0654963;REFB=-0.14172,-0.0383612;REVB=0.00976119,0.0103683;RO=6;SAF=6,10;SAR=13,5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.302563,-0.20969;STB=0.526302,0.5;STBP=0.26,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000995375,0.0044779;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:44:39:6:2:19,15:37,0:0.948718,0:13,5:6,10:6:0:19,0:18,0:2:0 chr8 117791733 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.832;QD=60.6098;RBI=0.0540337;REFB=0;REVB=0.0539973;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259626;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr8 117858350 . G A 222.55 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00363815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.456;QD=10.3513;RBI=0.00518017;REFB=0.00041962;REVB=-0.00368755;RO=57;SAF=14;SAR=14;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090885;STB=0.546479;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000920013;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:57:58:28:28:0.325581:14:14:33:24:14:14:33:25 chr8 117858389 . G A 1295.59 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794992;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.939;QD=60.9689;RBI=0.00843649;REFB=0.0130573;REVB=0.00282368;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460458;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:35:50:0:0 chr8 117858445 . A T 302.84 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.037769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.735;QD=15.5301;RBI=0.0380878;REFB=-0.0272116;REVB=0.00491775;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364184;STB=0.520536;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0292061;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:15:19:23:21:15:19:23:21 chr8 118030465 . C G 151.16 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.017742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.286;QD=20.1545;RBI=0.0201383;REFB=-0.00275136;REVB=-0.0095274;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208276;STB=0.593102;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00394791;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:5:10:6:8:6:10:6:8 chr8 118184783 . C T 771.39 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161034;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.093;QD=52.2975;RBI=0.0161081;REFB=0.0125439;REVB=0.000390798;RO=3;SAF=26;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513483;STB=0.517851;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-2.31575e-05;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:59:3:2:56:57:0.966102:30:26:3:0:30:27:2:0 chr8 118819578 . C T 365.92 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0110479;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.729;QD=21.2128;RBI=0.024899;REFB=-0.0197381;REVB=0.0223137;RO=33;SAF=10;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145316;STB=0.590113;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0139266;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:32:36:37:0.536232:26:10:14:19:27:10:14:18 chr8 119964052 . G C 5049.62 PASS AF=1;AO=320;DP=323;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118225;FXX=0.015337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.733;QD=62.9237;RBI=0.0282896;REFB=0;REVB=0.0257008;RO=0;SAF=180;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500477;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:323:321:0:0:320:321:1:140:180:0:0:140:181:0:0 chr8 120594802 . A G 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.003944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.202;QD=22.9891;RBI=0.00480722;REFB=-0.0118014;REVB=0.00274851;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521813;STB=0.528675;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00792507;OID=.;OPOS=120594802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:12:20:23:18:12:20 chr8 120596023 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.248;QD=60.9786;RBI=0.0195235;REFB=0;REVB=0.00098821;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06872e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr8 120903471 . C CA 732.49 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361894;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.594;QD=56.3457;RBI=0.0579407;REFB=0;REVB=0.0452488;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000179014;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:52:52:0:24:28:0:0:4:0:22:27:0:0 chr8 121013770 . A G 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00488262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.244;QD=15.2674;RBI=0.00877627;REFB=-0.020578;REVB=0.00729267;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982234;STB=0.555514;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.015121;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:21:12:12:14:21:12 chr8 121061879 . G A 570.72 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0299881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.571;QD=20.5666;RBI=0.0329022;REFB=-0.0356064;REVB=0.0135378;RO=53;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736869;STB=0.540527;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0230595;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:29:29:31:22:29:29:31:22 chr8 121210069 . T C 201.93 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0629104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.414;QD=21.2558;RBI=0.0634387;REFB=-0.00862288;REVB=0.00817069;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14958;STB=0.583704;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.017764;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:5:13:11:9:5:13 chr8 121215991 . T C 335.46 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0109483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.293;QD=16.9851;RBI=0.0118549;REFB=-0.00415266;REVB=-0.00454693;RO=43;SAF=10;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107396;STB=0.560496;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00583035;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:26:10:16:27:26:10:16:27 chr8 121228679 . A C 645.83 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.038025;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0654;QD=16.7748;RBI=0.072481;REFB=-0.00840882;REVB=0.0617057;RO=85;SAF=36;SAR=34;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149351;STB=0.505199;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0122071;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:85:84:70:70:0.454545:34:36:45:40:34:36:44:40 chr8 121256150 . T C 138.86 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0816862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1315;QD=12.0745;RBI=0.0876333;REFB=-0.0188903;REVB=-0.0317328;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105899;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0171672;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:14:16:7:9:14:16 chr8 121259861 . CG CA,C 1039.89 PASS AF=0.621849,0.218487;AO=69,23;DP=129;FAO=74,26;FDP=119;FR=.;FRO=19;FSAF=54,9;FSAR=20,17;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00628294,-0.0867857;FXX=0.0775134;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=193.072,10.2379;QD=34.9543;RBI=0.0167814,0.120714;REFB=-0.0357962,-0.192236;REVB=-0.0155608,-0.083905;RO=17;SAF=49,9;SAR=20,14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=0.00191397,-0.237891;STB=0.501845,0.663712;STBP=0.966,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0.0187396,0.0973894;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.621849,0.218487:69,23:129:74,26:119:19:54,9:20,17:14:5:99:17:49,9:20,14:12:5 chr8 121282399 . A G 519.72 PASS AF=0.69697;AO=45;DP=65;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00421544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.841;QD=31.4979;RBI=0.00475686;REFB=-0.0223806;REVB=0.00220405;RO=20;SAF=15;SAR=30;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724739;STB=0.533413;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00982385;OID=.;OPOS=121282399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:20:20:45:46:0.69697:30:15:9:11:30:16:9:11 chr8 121383048 . T C 182.81 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=4.55676e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.283;QD=25.2156;RBI=0.00436471;REFB=-0.0183999;REVB=-0.00436447;RO=11;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.571344;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0062403;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:29:11:11:18:18:0.62069:14:4:4:7:14:4:4:7 chr8 121530190 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0203325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.827;QD=15.9138;RBI=0.021112;REFB=-0.00722472;REVB=-0.00568362;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768732;STB=0.543449;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00688993;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:22:15:10:20:22:15 chr8 123966085 . G A 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0118854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.413;QD=23.3501;RBI=0.0127212;REFB=-0.0399426;REVB=-0.00453507;RO=27;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894405;STB=0.549126;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0303388;OID=.;OPOS=123966085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:18:19:17:10:18:19:17:10 chr8 123966159 . G C 765.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5906;QD=63.7749;RBI=0.0902146;REFB=0;REVB=0.0480906;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014969;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr8 124027628 . T C 766.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8831;QD=63.8545;RBI=0.0127254;REFB=0;REVB=0.00864288;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29589e-06;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr8 124169554 . G A 1161.15 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0011852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.076;QD=55.9593;RBI=0.00514559;REFB=-0.0639305;REVB=0.00500724;RO=4;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472609;STB=0.524994;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-5.71599e-07;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:38:41:0:4:38:41:0:4 chr8 124440174 . A G 159.66 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0147833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.191;QD=26.6101;RBI=0.014978;REFB=-0.00674987;REVB=0.00240746;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443367;STB=0.524661;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00348484;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:5:11:6:2:5:11:6:2 chr8 124448736 . A G 319.04 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0322925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.423;QD=26.5864;RBI=0.034431;REFB=0.00614997;REVB=-0.0119454;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132454;STB=0.55878;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0036888;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:8:19:11:9:9:19:11:9 chr8 124448804 . T A 315.44 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0147567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7131;QD=24.2643;RBI=0.0180695;REFB=-0.0134237;REVB=0.0104281;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941234;STB=0.542686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00953209;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:21:30:31:0.596154:12:18:10:11:13:18:10:11 chr8 124449466 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00869689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.313;QD=14.6539;RBI=0.0367306;REFB=-0.0222814;REVB=-0.0356861;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.617308;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0192165;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:6:2:1:7:6:2 chr8 124453543 . T A 337.58 PASS AF=0.622642;AO=24;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0427455;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.7798;QD=25.4777;RBI=0.211155;REFB=-0.023254;REVB=0.206783;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1125;STB=0.610105;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0253866;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:24:33:0.622642:9:15:15:5:18:15:15:5 chr8 124525483 . C T 1478.18 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111539;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2816;QD=58.5419;RBI=0.0440054;REFB=-0.143151;REVB=0.0425684;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977841;STB=0.504853;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00110513;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:1:1:97:100:0.990099:48:49:0:1:51:49:0:1 chr8 124658210 . C T 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00853005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.84;QD=30.9018;RBI=0.0174107;REFB=-0.0328103;REVB=0.0151779;RO=18;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255953;STB=0.639622;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0222407;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:18:14:15:3:18:14:15:3 chr8 124664113 . T A 300.71 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.015845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2834;QD=23.1313;RBI=0.0586923;REFB=-0.00427212;REVB=0.056513;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423275;OID=.;OPOS=124664113;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:15:15:11:10:15:15:11:11 chr8 124664130 . C T 788.51 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0062167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2623;QD=50.8713;RBI=0.0295192;REFB=-0.076934;REVB=-0.0288572;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.502234;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0112222;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:62:1:4:58:58:0.935484:31:27:0:1:31:27:2:2 chr8 124664167 . T C 1320.83 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.882;QD=62.1565;RBI=0.0399166;REFB=0;REVB=0.0392771;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5103e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr8 124664792 . C T 871.57 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884341;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.713;QD=58.1045;RBI=0.00912311;REFB=0;REVB=0.0022417;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39952e-05;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr8 124664873 . AT GC 910.37 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140494;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.723;QD=58.7337;RBI=0.0170618;REFB=0;REVB=0.00968082;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.23433e-05;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr8 124696867 . C T 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0136704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.512;QD=15.3409;RBI=0.0142295;REFB=-0.0102773;REVB=0.00394958;RO=63;SAF=26;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467287;STB=0.526185;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0148584;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:22:26:37:26:22:26:37:26 chr8 124749610 . C T 1097.72 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3171;QD=60.1491;RBI=0.051827;REFB=0;REVB=0.0049373;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216538;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr8 124824826 . G A 990.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.249;QD=59.1293;RBI=0.040369;REFB=0;REVB=0.0402841;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206506;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr8 124987478 . T C 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.343;QD=61.2059;RBI=0.0443058;REFB=0;REVB=0.0274772;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271559;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr8 125061895 . G A 714.65 PASS AF=0.47651;AO=70;DP=148;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00829542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.352;QD=19.1851;RBI=0.0108449;REFB=-0.00451376;REVB=-0.00698557;RO=78;SAF=33;SAR=37;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272259;STB=0.511066;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00548317;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:78:78:70:71:0.47651:37:33:39:39:37:34:39:39 chr8 125072426 . T C 247.31 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0222599;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=14.765;RBI=0.0461062;REFB=-0.0210073;REVB=0.0403767;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278591;STB=0.648294;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0255981;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:38:28:29:0.432836:19:9:23:16:19:10:23:15 chr8 125076589 . T G 714.09 PASS AF=0.628571;AO=66;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0858351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6911;QD=27.2035;RBI=0.0880147;REFB=-0.0122946;REVB=-0.019466;RO=38;SAF=42;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132076;STB=0.567547;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00641997;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:39:66:66:0.628571:24:42:17:21:24:42:18:21 chr8 125107201 . G A 343.6 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0074475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.959;QD=9.6788;RBI=0.0234663;REFB=0.00784693;REVB=0.0222532;RO=98;SAF=26;SAR=18;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847145;STB=0.549392;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.014348;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:98:98:44:44:0.309859:18:26:51:47:18:26:51:47 chr8 125107207 . C T 355.07 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.00254059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.97;QD=10.0018;RBI=0.0185643;REFB=-0.000939444;REVB=-0.0183896;RO=96;SAF=26;SAR=19;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797635;STB=0.543019;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00324407;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:96:97:45:45:0.316901:19:26:49:47:19:26:50:47 chr8 125272972 . T A 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0462378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.693;QD=9.91501;RBI=0.0469166;REFB=0.00498508;REVB=0.00795215;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00996334;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr8 125463250 . T C 1216.11 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00868497;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.536;QD=60.055;RBI=0.0153501;REFB=-0.092929;REVB=0.0126569;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00387886;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:45:35:1:0:45:35:1:0 chr8 125465203 . T A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0146983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.186;QD=8.25422;RBI=0.0165914;REFB=-0.0147002;REVB=0.00769655;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343123;STB=0.713605;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0340904;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:8:4:4:2:8:4 chr8 125498547 . C T 431.07 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0101352;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.29;QD=52.2505;RBI=0.0160479;REFB=-0.0609995;REVB=0.0124424;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.52776;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0103017;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:17:14:0:2:17:14:0:2 chr8 125499363 . G A 319.28 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=9.95392e-07;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.275;QD=17.495;RBI=0.0314379;REFB=0.000968641;REVB=-0.0314379;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744585;STB=0.539303;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00108944;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:38:34:35:0.479452:13:21:20:17:14:21:20:18 chr8 125528135 . G A 381.73 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.013035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.022;QD=17.1562;RBI=0.0244152;REFB=-0.0267704;REVB=-0.0206444;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101218;STB=0.500567;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0336427;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:22:27:22:18:22:27 chr8 125562029 . C T 394.75 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.000393145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.929;QD=17.3514;RBI=0.018381;REFB=-0.00201076;REVB=-0.0183768;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944819;STB=0.539595;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00187557;OID=.;OPOS=125562029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:40:41:0.450549:19:21:21:28:20:21:22:28 chr8 125564642 . A T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.029;QD=20.2094;RBI=0.000103282;REFB=0.00464795;REVB=-0.000103282;RO=10;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223201;OID=.;OPOS=125564642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:13:0:0:10:13:0:0:10 chr8 125565328 . T C 700.61 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0148494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.691;QD=17.2989;RBI=0.0311045;REFB=-0.0122388;REVB=0.0273311;RO=86;SAF=46;SAR=29;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.515247;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0190083;OID=.;OPOS=125565328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:86:87:75:75:0.462963:29:46:51:35:29:46:51:36 chr8 125579973 . C T 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0219151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.463;QD=15.5677;RBI=0.0342281;REFB=-0.0248857;REVB=-0.0262925;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632489;STB=0.54357;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.021665;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:13:15:16:18:13:15:16:19 chr8 125579990 . C T 236.49 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0140935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.611;QD=13.5138;RBI=0.089866;REFB=-0.0227158;REVB=-0.088754;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186383;STB=0.605987;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0244619;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:13:15:15:27:13:15:15:27 chr8 126142476 . G C 661.09 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0379352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0092;QD=24.9466;RBI=0.0441735;REFB=-0.0322193;REVB=-0.0226323;RO=43;SAF=40;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165081;STB=0.590014;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0360301;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:23:40:18:25:23:40:18:25 chr8 126283111 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.964;QD=52.6132;RBI=0.049324;REFB=0;REVB=0.0470542;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190652;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr8 126448789 . G A 362.65 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00883129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.911;QD=20.7227;RBI=0.06238;REFB=0.00138605;REVB=-0.0617517;RO=32;SAF=24;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130513;STB=0.580601;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00165552;OID=.;OPOS=126448789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:13:24:16:16:13:24:16:17 chr8 127565273 . A G 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0146046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.011;QD=17.517;RBI=0.0158833;REFB=-0.00846779;REVB=-0.00624369;RO=56;SAF=32;SAR=19;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173177;STB=0.601065;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0106785;OID=.;OPOS=127565273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:57:51:51:0.472222:19:32:25:31:19:32:25:32 chr8 127683774 . G T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0191079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.293;QD=15.1566;RBI=0.0193788;REFB=-0.0096881;REVB=-0.00322897;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197421;STB=0.611029;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00618886;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:24:8:11:14:24:8 chr8 127683850 . T C 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.945;QD=61.0476;RBI=0.0628339;REFB=0;REVB=0.041853;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250826;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr8 128428638 . G A 1144.78 PASS AF=0.504425;AO=114;DP=226;FAO=114;FDP=226;FR=.;FRO=112;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.00713496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.927;QD=20.2616;RBI=0.0081197;REFB=-0.008898;REVB=-0.00387581;RO=111;SAF=58;SAR=56;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200444;STB=0.50877;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00947922;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:111:112:114:114:0.504425:56:58:54:57:56:58:55:57 chr8 128428795 . G A 1189.03 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0204652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3942;QD=57.3026;RBI=0.0222095;REFB=0.0297866;REVB=0.00862759;RO=3;SAF=43;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318883;STB=0.51685;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00459291;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:37:43:3:0:37:43:3:0 chr8 128428823 . G C 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.611;QD=62.1614;RBI=0.0228182;REFB=0;REVB=-0.0015393;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85888e-05;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr8 128429262 . G C 262.25 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.28043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3906;QD=49.9527;RBI=0.291801;REFB=0;REVB=0.0806651;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108988;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:16:4:1:0:16:5:0:0 chr8 128429455 . AG AGA,GA 134.3 PASS AF=0.357143,0.642857;AO=4,9;DP=16;FAO=5,9;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356367,0.000112749;FXX=0.124922;HRUN=3,16;LEN=1,2;MLLD=19.4893,30.6721;QD=38.37;RBI=0.305392,0.187167;REFB=-0.0697894,-0.0613747;REVB=-0.303306,-0.187167;RO=1;SAF=1,7;SAR=3,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272709,-0.0593592;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.141725,-0.00981588;OID=.,.;OPOS=128429457,128429455;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:16:14:1:0:4,9:5,9:0.357143,0.642857:3,2:1,7:1:0:3,2:2,7:0:0 chr8 128429510 . G A 573.18 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3716;QD=60.3351;RBI=0.0681615;REFB=0;REVB=0.0664438;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010174;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chr8 128429519 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=61.6839;RBI=0.0378843;REFB=0;REVB=0.0114195;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244629;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 128429652 . G A 353.88 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0269567;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.3;QD=18.3831;RBI=0.0313267;REFB=0.0090854;REVB=-0.0159592;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705375;STB=0.503935;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00985311;OID=.;OPOS=128429652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:17:23:21:16:17:23 chr8 128429660 . T C 1102.28 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1416;QD=58.7884;RBI=0.0201494;REFB=-0.0406331;REVB=0.0153558;RO=1;SAF=29;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160326;STB=0.508472;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00362417;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:45:29:1:0:45:29:1:0 chr8 128429721 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.687;QD=60.2305;RBI=0.0739381;REFB=0;REVB=0.0323236;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690817;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr8 128429732 . C T 428.72 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.69;QD=57.1632;RBI=0.0231047;REFB=0;REVB=-0.00662348;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15371e-05;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr8 128430478 . G T 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.737;QD=43.478;RBI=0.0883441;REFB=0;REVB=0.0880916;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855383;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr8 128430872 . A AATG 239.74 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145987;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=318.93;QD=50.4717;RBI=0.01997;REFB=0;REVB=0.0136264;RO=2;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.97334e-05;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:19:19:0:13:6:0:0:4:2:13:5:2:0 chr8 128431990 . C T 416.94 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00825576;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.921;QD=19.6208;RBI=0.0142621;REFB=0.0044128;REVB=-0.0116297;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517639;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00295884;OID=.;OPOS=128431990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:43:42:42:0.494118:21:21:20:20:21:21:20:23 chr8 129021179 . G A 634.44 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000929676;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.918;QD=48.8029;RBI=0.00138513;REFB=-0.0126099;REVB=0.00102678;RO=3;SAF=31;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372732;STB=0.532632;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000767667;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:54:52:3:4:48:48:0.923077:17:31:1:2:17:31:1:3 chr8 129022785 . T C 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.637;QD=54.6521;RBI=0.0482511;REFB=-0.105892;REVB=-0.0393092;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000685674;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr8 129022816 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.237;QD=58.6006;RBI=0.0322997;REFB=0;REVB=0.0188105;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05734e-05;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr8 129022818 . T A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.073;QD=58.6004;RBI=0.0355886;REFB=0;REVB=0.0287622;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26179e-05;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr8 129162433 . G T 33.1 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0570806;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.0293;QD=5.75714;RBI=0.0616738;REFB=0.00304476;REVB=0.0233552;RO=14;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00180899;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:23:14:17:4:6:0.26087:2:2:7:7:3:3:8:9 chr8 130760850 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.458;QD=57.0007;RBI=0.0239713;REFB=0;REVB=0.0209417;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12492e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr8 130762291 . G A 377.72 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00955304;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.014;QD=16.0733;RBI=0.0234684;REFB=-0.0155908;REVB=-0.021436;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182299;STB=0.595699;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0206954;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:54:40:40:0.425532:20:20:36:17:20:20:36:18 chr8 131353139 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.356;QD=57.1047;RBI=0.0798484;REFB=0;REVB=0.0440808;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448095;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr8 131921956 . A G 1709.16 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.695;QD=59.4489;RBI=0.0165312;REFB=-0.00493201;REVB=-0.00294862;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772076;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=2.14374e-05;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:1:1:113:114:0.991304:52:61:1:0:52:62:1:0 chr8 132947786 . C T 432.12 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.046188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.567;QD=17.8194;RBI=0.0531177;REFB=-0.00802472;REVB=-0.0262328;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106945;STB=0.562867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00914549;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:53:43:44:0.453608:25:18:16:35:25:19:17:36 chr8 132982824 . A G 198.2 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00312329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6688;QD=9.32724;RBI=0.0411457;REFB=-0.00810313;REVB=0.041027;RO=59;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146524;STB=0.508631;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0149986;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:59:26:26:0.305882:16:10:22:37:16:10:22:37 chr8 133048593 . C T 497.56 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0167622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2714;QD=48.5428;RBI=0.038475;REFB=-0.0136903;REVB=0.0346317;RO=5;SAF=28;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563232;STB=0.530286;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0299844;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:8:28:3:2:8:28:3:2 chr8 133048619 . T C 808.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00745913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.763;QD=53.9076;RBI=0.0110844;REFB=-0.0780056;REVB=0.00819906;RO=2;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553746;STB=0.529401;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00184287;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:16:42:0:2:16:42:0:2 chr8 133053309 . T C 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.662;QD=64.1386;RBI=0.0118793;REFB=0;REVB=0.0115788;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94614e-05;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr8 133053318 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.956;QD=63.8715;RBI=0.0365943;REFB=0;REVB=-0.0126501;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04816e-05;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr8 133067315 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00334175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.18;QD=18.6425;RBI=0.0171734;REFB=-0.0167937;REVB=0.0168451;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145018;STB=0.5822;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0181356;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:14:10:12:9:14:10 chr8 133089975 . A G 535.06 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0136444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.512;QD=20.9827;RBI=0.103598;REFB=-0.0282001;REVB=-0.102696;RO=47;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764281;STB=0.531903;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0281325;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:48:53:54:0.529412:25:28:29:18:25:29:29:19 chr8 133584558 . A G 514.73 PASS AF=0.532609;AO=27;DP=86;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00611373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.6479;QD=22.3797;RBI=0.0145999;REFB=-0.0230834;REVB=0.0132582;RO=41;SAF=25;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535884;STB=0.53332;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0149199;OID=.;OPOS=133584558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:41:43:27:49:0.532609:2:25:25:16:24:25:25:18 chr8 133590719 . C T 581.03 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0131885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7694;QD=17.3441;RBI=0.0131885;REFB=-0.0258895;REVB=2.16799e-05;RO=73;SAF=27;SAR=34;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116314;STB=0.564708;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0358571;OID=.;OPOS=133590719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:34:27:41:32:34:27:41:32 chr8 133637659 . G A 585.12 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0057218;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1084;QD=25.44;RBI=0.0277577;REFB=-0.0254338;REVB=0.0271616;RO=39;SAF=19;SAR=34;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429803;STB=0.523528;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0176772;OID=.;OPOS=133637659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:39:39:53:53:0.576087:34:19:16:23:34:19:16:23 chr8 133673945 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0242008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.495;QD=15.7819;RBI=0.0372024;REFB=-0.034794;REVB=-0.0282549;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210125;STB=0.511935;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.026281;OID=.;OPOS=133673945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:17:12:10:13:17:12 chr8 133723166 . A G 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.16;QD=60.2533;RBI=0.00728365;REFB=0;REVB=0.00604364;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37434e-06;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr8 133900252 . T G 184.1 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=60;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0237393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.382;QD=11.6887;RBI=0.0266204;REFB=-0.0186442;REVB=0.0120453;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336437;STB=0.714116;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0445447;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:39:39:21:24:0.380952:13:8:27:12:16:8:27:12 chr8 133900386 . T C 222.18 PASS AF=0.48;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0322092;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.269;QD=17.7744;RBI=0.0325499;REFB=-0.0109675;REVB=-0.00469705;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00555966;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:26:26:24:24:0.48:15:9:13:13:15:9:13:13 chr8 133909974 . A G 173.1 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0253711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=11.351;RBI=0.0259291;REFB=-0.0248486;REVB=0.00535046;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245374;STB=0.62984;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0494983;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:21:22:0.360656:13:8:23:15:13:9:24:15 chr8 133925389 . G A 852.29 PASS AF=0.524691;AO=85;DP=162;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0101295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.667;QD=21.0441;RBI=0.0101996;REFB=-0.00630874;REVB=0.00119355;RO=77;SAF=37;SAR=48;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552001;STB=0.503025;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00444397;OID=.;OPOS=133925389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:77:85:85:0.524691:48:37:34:43:48:37:34:43 chr8 133931735 . C T 322.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0176421;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.232;QD=15.9501;RBI=0.0215994;REFB=-0.0118698;REVB=-0.0124616;RO=46;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584271;STB=0.532976;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0064984;OID=.;OPOS=133931735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:14:21:25:21:14:21:25:21 chr8 134108453 . C T 527.22 PASS AF=0.524752;AO=54;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0165797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3696;QD=20.8801;RBI=0.0172756;REFB=-0.0106979;REVB=0.00485398;RO=47;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162939;STB=0.581261;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0196671;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:54:53:0.524752:30:24:30:17:29:24:30:18 chr8 134125682 . G A 271.13 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00129057;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.316;QD=20.8564;RBI=0.00580146;REFB=-0.00110793;REVB=-0.00565609;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886367;STB=0.549383;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00189751;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:13:11:10:18:13:11 chr8 134144113 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0102073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.683;QD=21.8982;RBI=0.0103047;REFB=-0.0117777;REVB=-0.00141343;RO=26;SAF=8;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298717;STB=0.666172;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.011049;OID=.;OPOS=134144113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:25:8:15:11:25:8:15:11 chr8 134260948 . A G 250.94 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00154768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2607;QD=20.4851;RBI=0.0217602;REFB=-0.017894;REVB=-0.0217051;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.595774;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0182041;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:14:11:15:9:14:11 chr8 134292516 . A G 128.66 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0654311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4649;QD=12.5521;RBI=0.0714285;REFB=0.000714791;REVB=0.0286495;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153548;STB=0.589362;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00274197;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:19:7:6:9:19:7 chr8 134474148 . C T 1047.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065726;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.938;QD=59.8676;RBI=0.00855539;REFB=0;REVB=0.00547683;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11126e-05;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr8 134488007 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0161396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.557;QD=20.6;RBI=0.0869576;REFB=-0.0191677;REVB=0.0854467;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242331;STB=0.63623;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0273911;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:13:6:12:8:13:6 chr8 135612111 . G T 357.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0143469;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.289;QD=21.348;RBI=0.0160832;REFB=-0.00587185;REVB=0.00726885;RO=31;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313211;STB=0.673172;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00287847;OID=.;OPOS=135612111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:36:36:0.537313:24:12:22:9:24:12:22:9 chr8 135612595 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.964;QD=45.8;RBI=0.0451729;REFB=0;REVB=0.0371993;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088265;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 135614705 . A G 1066.08 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239789;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1439;QD=60.0606;RBI=0.0313611;REFB=0;REVB=-0.0202122;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549752;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr8 136659426 . G A 489.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556404;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.908;QD=59.3742;RBI=0.0102731;REFB=0;REVB=0.00863582;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09828e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 139143942 . A G 547.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1579;QD=59.1412;RBI=0.00459202;REFB=0;REVB=-0.00386022;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530442;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:27:10:0:0 chr8 139144914 . G A 1730.61 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.187;QD=60.723;RBI=0.0447726;REFB=0;REVB=0.0428427;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138387;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr8 139164097 . T C 172.06 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0200266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9474;QD=18.1117;RBI=0.104244;REFB=-0.0140363;REVB=-0.102303;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0119643;OID=.;OPOS=139164097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:12:8:8:10:12:8 chr8 139164570 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.935;QD=48.7373;RBI=0.0378367;REFB=0;REVB=0.0343468;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287578;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr8 139165272 . T C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.346;QD=56.9941;RBI=0.0197788;REFB=0;REVB=0.017039;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4818e-05;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr8 139165289 . T C 885.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1432;QD=58.0454;RBI=0.0673631;REFB=0;REVB=0.0624735;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422223;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr8 139626176 . C G 1665.82 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107035;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2692;QD=60.5755;RBI=0.0160309;REFB=0;REVB=-0.0159951;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321852;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr8 139647262 . A G 447.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.441;QD=57.7498;RBI=0.0237191;REFB=0;REVB=0.0236913;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50837e-05;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr8 139668120 . C T 385.26 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0125956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9214;QD=23.3493;RBI=0.0492535;REFB=-0.0208563;REVB=-0.0476157;RO=26;SAF=26;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147833;STB=0.569139;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0132432;OID=.;OPOS=139668120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:26:28:38:38:0.575758:12:26:13:13:12:26:15:13 chr8 139672671 . T C 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0228324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.612;QD=20.0307;RBI=0.0389255;REFB=-0.0104149;REVB=0.0315257;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305958;STB=0.517227;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0102385;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:10:16:14:10:10:16 chr8 139691926 . G A 216.11 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0269604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2576;QD=22.165;RBI=0.0295987;REFB=-0.037352;REVB=-0.0122154;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212621;STB=0.630944;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0196423;OID=.;OPOS=139691926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:11:6:13:8:12:6 chr8 139697478 . T C 1991.25 PASS AF=0.447983;AO=210;DP=472;FAO=211;FDP=471;FR=.;FRO=260;FSAF=84;FSAR=127;FSRF=147;FSRR=113;FWDB=-0.00172589;FXX=0.00422824;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0752;QD=16.9108;RBI=0.00304296;REFB=-0.0171346;REVB=-0.00250617;RO=253;SAF=83;SAR=127;SRF=141;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161429;STB=0.592694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0244303;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:471:253:260:210:211:0.447983:127:83:141:112:127:84:147:113 chr8 139701209 . G T 277.74 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00673625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.24;QD=11.4532;RBI=0.00923019;REFB=-0.00614643;REVB=0.00631026;RO=63;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148589;STB=0.590741;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0106788;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:64:33:33:0.340206:14:19:28:35:14:19:28:36 chr8 139712323 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.674;QD=64.4134;RBI=0.017537;REFB=0;REVB=-0.00395672;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05175e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr8 139712346 . A G 885.03 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5877;QD=58.0349;RBI=0.0288536;REFB=0;REVB=0.00702806;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346431;OID=.;OPOS=139712346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr8 139736933 . C A 723.76 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0368483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.315;QD=49.9143;RBI=0.0369417;REFB=-0.153763;REVB=0.00262565;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.543462;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00117103;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:1:4:54:54:0.931034:33:21:1:0:33:21:4:0 chr8 139768085 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.073;QD=56.6954;RBI=0.0264683;REFB=0;REVB=0.010628;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233404;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 139809111 . G T 185.65 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.025006;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.982;QD=18.1118;RBI=0.027085;REFB=0.00342142;REVB=0.0104067;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210695;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00589026;OID=.;OPOS=139809111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:9:13:7:12:9:13 chr8 139824057 . G A 183.69 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0167027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.577;QD=17.9213;RBI=0.018667;REFB=-0.0145642;REVB=0.00833532;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561003;STB=0.531882;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0209062;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:14:8:8:11:14:8 chr8 139838912 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.095;QD=59.3214;RBI=0.0261687;REFB=0;REVB=0.0257022;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24226e-05;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr8 140630990 . A G 199.29 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00856219;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.92;QD=17.7145;RBI=0.0202692;REFB=-0.0125642;REVB=0.018372;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132289;STB=0.57568;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.016056;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:12:13:13:7:12:13 chr8 141310644 . G A 2123.47 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260769;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.905;QD=62.9176;RBI=0.0266956;REFB=0;REVB=-0.00571397;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52863e-05;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:74:61:0:0:74:61:0:0 chr8 141370186 . G A 505.31 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0281254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.815;QD=20.2124;RBI=0.0724895;REFB=0.0142611;REVB=0.0668108;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00930096;STB=0.500204;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0145544;OID=.;OPOS=141370186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:25:24:25:25:25:24:25:26 chr8 141461062 . G A 210.26 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00537039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4809;QD=15.5751;RBI=0.069404;REFB=-0.0188977;REVB=0.0691959;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258799;STB=0.514694;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0244842;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:12:18:15:9:12:18 chr8 141461185 . A G 460.36 PASS AF=1;AO=20;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438514;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2793;QD=52.6125;RBI=0.0939008;REFB=0;REVB=0.0937984;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570714;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:20:35:1:3:17:0:0:17:18:0:0 chr8 141461266 . A G 1111.85 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2295;QD=58.5186;RBI=0.0379642;REFB=0;REVB=-0.0105007;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457094;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:29:41:0:0:32:44:0:0 chr8 141461267 . C G 33.09 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0287222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.6421;QD=1.61433;RBI=0.0320822;REFB=-0.0244144;REVB=-0.0142935;RO=74;SAF=5;SAR=3;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837984;STB=0.56587;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0270055;OID=.;OPOS=141461267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:3:5:41:33:3:5:41:33 chr8 141468504 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00308468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.914;QD=30.7904;RBI=0.00660533;REFB=-0.0577761;REVB=0.00584081;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00620589;OID=.;OPOS=141468504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr8 141559358 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.928;QD=63.2863;RBI=0.039921;REFB=0;REVB=0.0364281;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146723;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 141566311 . C T 787.19 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0459711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.035;QD=53.3691;RBI=0.0486087;REFB=-0.0603652;REVB=0.0157943;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.513153;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00372895;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:59:0:2:55:57:0.966102:20:35:0:0:20:37:2:0 chr8 141568622 . G A 1525.91 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560159;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7707;QD=59.8396;RBI=0.0249628;REFB=0;REVB=-0.0243262;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012281;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr8 141774282 . A C 594.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6664;QD=60.9419;RBI=0.0710682;REFB=0;REVB=0.0361078;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159879;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr8 141780818 . T C 545.11 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00288361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3004;QD=57.3798;RBI=0.0252987;REFB=-0.0580334;REVB=0.0251338;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0019415;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:15:22:0:0:15:22:0:1 chr8 141840645 . G A 575.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0113;QD=60.5649;RBI=0.00805181;REFB=0;REVB=-0.00744993;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89419e-05;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 142146708 . T C 669.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.556;QD=62.2493;RBI=0.0146446;REFB=0;REVB=0.0101988;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61469e-07;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr8 142152442 . A G 417.4 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00289257;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.315;QD=17.0367;RBI=0.0313098;REFB=-0.0089501;REVB=0.0311759;RO=55;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793182;STB=0.544548;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0121994;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:26:17:26:29:26:17:26:29 chr8 142168337 . C T 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0165403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.002;QD=21.6299;RBI=0.0194343;REFB=-0.0241325;REVB=-0.0102035;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148025;STB=0.582034;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0209261;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:10:14:12:18:10:14 chr8 142170884 . C T 846.89 PASS AF=0.483146;AO=83;DP=173;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=0.0166967;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.3;QD=19.0312;RBI=0.0178788;REFB=-0.0132766;REVB=0.00639315;RO=90;SAF=43;SAR=40;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564721;STB=0.521774;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0137619;OID=.;OPOS=142170884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:178:90:92:83:86:0.483146:40:43:52:38:41:45:52:40 chr8 142178261 . C T 311.84 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0178197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.223;QD=19.1903;RBI=0.0258056;REFB=-0.0222234;REVB=-0.0186651;RO=32;SAF=8;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233692;STB=0.631089;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0167555;OID=.;OPOS=142178261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:25:8:15:17:25:8:15:17 chr8 142185580 . G A 599.3 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.422;QD=59.9302;RBI=0.0189547;REFB=0;REVB=0.000233781;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97071e-05;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:22:18:0:0 chr8 142185718 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0281;QD=59.4325;RBI=0.0607201;REFB=0;REVB=-0.0146512;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449634;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr8 142200467 . G A 265.27 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0096027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.373;QD=15.6042;RBI=0.00984186;REFB=-0.0185506;REVB=0.00215648;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927095;STB=0.544088;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0218144;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:15:15:15:22:15:15:16:22 chr8 142202847 . G A 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0273811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4284;QD=8.73636;RBI=0.0630614;REFB=-0.0268687;REVB=0.0568068;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137716;STB=0.585171;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0392543;OID=.;OPOS=142202847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:9:11:6:3:9:11 chr8 142202856 . C T 389.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.381;QD=55.575;RBI=0.174823;REFB=0;REVB=0.0264386;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775133;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:18:8:0:0:18:10:0:0 chr8 142202884 . T C 400.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.942;QD=53.3592;RBI=0.023454;REFB=0.0147287;REVB=0.020275;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000621227;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:0:1:21:8:0:1 chr8 142204326 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.936;QD=53.9112;RBI=0.0243416;REFB=0;REVB=0.000517144;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91673e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr8 142218119 . G A 375.29 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7293;QD=50.0381;RBI=0.0897448;REFB=-0.147659;REVB=0.0887653;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516604;STB=0.527758;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00817023;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:2:2:28:28:0.933333:11:17:2:0:11:17:2:0 chr8 142221361 . C G 357.11 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.776;QD=54.9405;RBI=0.0398621;REFB=0;REVB=0.0340776;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112336;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr8 142222374 . A G 1745.81 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7339;QD=59.6857;RBI=0.0215214;REFB=0;REVB=0.00202996;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138008;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:117:1:0:114:117:1:56:58:1:0:58:59:0:0 chr8 142222445 . T C 2010.91 PASS AF=0.977778;AO=130;DP=138;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0351851;FXX=0.0287749;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2832;QD=59.5826;RBI=0.0452613;REFB=-0.0239017;REVB=0.0284709;RO=4;SAF=52;SAR=78;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887525;STB=0.501577;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000513512;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:138:135:4:3:130:132:0.977778:78:52:1:3:79:53:1:2 chr8 142225990 . G A 179.05 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0248393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4366;QD=12.5649;RBI=0.076881;REFB=-0.00220717;REVB=0.0727578;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279638;STB=0.516114;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00579296;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:20:15:10:12:20:15 chr8 142228149 . G A 415.31 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0226154;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.23;QD=16.7802;RBI=0.0226219;REFB=-0.0228818;REVB=-0.00053937;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423195;STB=0.523754;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0334181;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:21:22:31:25:21:22:31:25 chr8 142228686 . G A 151.79 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0214643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.885;QD=20.9364;RBI=0.0215657;REFB=-0.0275927;REVB=0.00208861;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112427;STB=0.540489;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0283551;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:5:10:7:6:6:10:7:6 chr8 142228809 . T C 450.69 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116237;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8949;QD=58.154;RBI=0.0360607;REFB=0;REVB=-0.0341359;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863133;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr8 142228909 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00131199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.607;QD=13.0912;RBI=0.0101575;REFB=-0.0292588;REVB=-0.0100724;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354989;STB=0.710315;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0469364;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:3:10:9:11:3:10:9:11 chr8 142229834 . G A 801.86 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=199;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.00291166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.652;QD=16.1177;RBI=0.0263561;REFB=-0.02163;REVB=0.0261948;RO=114;SAF=31;SAR=54;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160776;STB=0.589856;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0262923;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:114:114:85:85:0.427136:54:31:59:55:54:31:59:55 chr8 142229891 . A G 2778.01 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446415;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.614;QD=62.4273;RBI=0.0499175;REFB=0;REVB=0.0223359;RO=0;SAF=80;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81476e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:178:0:0:176:178:1:96:80:0:0:97:81:0:0 chr8 142266691 . A C 332.48 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.018633;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.642;QD=13.4336;RBI=0.019907;REFB=-0.0149521;REVB=-0.00700708;RO=60;SAF=14;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194294;STB=0.626293;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0192519;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:60:62:36:37:0.373737:22:14:34:26:23:14:36:26 chr8 142367335 . T C 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0635511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8044;QD=16.6149;RBI=0.0710384;REFB=-0.0170571;REVB=-0.0317446;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872856;STB=0.549942;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0177687;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:13:8:8:9:13:8 chr8 142367400 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00706318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.435;QD=15.1604;RBI=0.0280632;REFB=-0.00297682;REVB=0.0271598;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00441505;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:13:9:10:6:13:9 chr8 142367559 . G A 129.15 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.016218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.29;QD=21.5245;RBI=0.0288024;REFB=-0.0046421;REVB=-0.0238024;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00350659;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr8 142458039 . C T 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.036991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3197;QD=24.2449;RBI=0.037715;REFB=0.0101661;REVB=-0.00735403;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420113;STB=0.523346;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00481717;OID=.;OPOS=142458039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:13:7:10:15:13:7 chr8 142459814 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.938;QD=62.4653;RBI=0.0161353;REFB=0;REVB=-0.00868631;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35105e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr8 142476529 . G A 265.4 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00160855;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.72;QD=23.5909;RBI=0.0383335;REFB=-0.0390919;REVB=0.0382997;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277624;STB=0.522917;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0175743;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:14:10:9:11:15:10:9:11 chr8 142476555 . A G 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0143118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.309;QD=11.3449;RBI=0.0268919;REFB=-0.015482;REVB=-0.0227673;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207359;STB=0.512037;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0478572;OID=.;OPOS=142476555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:17:22:12:10:17:22 chr8 142476611 . G A 351.95 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0146456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.955;QD=15.6424;RBI=0.0153031;REFB=-0.0106365;REVB=0.00443738;RO=51;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13836;STB=0.572915;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0193638;OID=.;OPOS=142476611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:52:38:38:0.422222:23:15:27:24:23:15:27:25 chr8 142477517 . G A 226.82 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0268149;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.337;QD=11.0642;RBI=0.0275975;REFB=-0.0150968;REVB=0.00652536;RO=53;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199603;STB=0.611131;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.020543;OID=.;OPOS=142477517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:19:9:26:27:19:9:26:28 chr8 142477553 . T C 288.32 PASS AF=0.383721;AO=31;DP=83;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0144506;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.789;QD=13.4101;RBI=0.0157094;REFB=-0.0103853;REVB=-0.00616152;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176569;STB=0.605996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0245748;OID=.;OPOS=142477553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:51:53:31:33:0.383721:19:12:28:23:20:13:30:23 chr8 142477563 . C T 312.23 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00280682;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4714;QD=14.0326;RBI=0.0387531;REFB=-0.0202745;REVB=0.0386513;RO=51;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11614;STB=0.570567;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0320318;OID=.;OPOS=142477563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:54:35:35:0.393258:19:16:29:22:19:16:31:23 chr8 142477588 . C T 296.61 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.023707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0303;QD=15.6112;RBI=0.0267928;REFB=-0.00333908;REVB=-0.0124832;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208703;STB=0.609864;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00830385;OID=.;OPOS=142477588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:28:14:18:15:28:15 chr8 142477592 . G A 266.28 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00166724;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.182;QD=14.7936;RBI=0.0289443;REFB=-0.00610108;REVB=0.0288962;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19593;STB=0.62955;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0102892;OID=.;OPOS=142477592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:29:31:0.430556:15:14:27:13:17:14:28:13 chr8 142477614 . C T 310.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0100704;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.823;QD=18.8367;RBI=0.0101182;REFB=-0.00327924;REVB=-0.000982759;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221771;STB=0.619494;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00401231;OID=.;OPOS=142477614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:32:33:0.5:19:13:21:11:19:14:22:11 chr8 142488837 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.139;QD=58.7811;RBI=0.0457862;REFB=0;REVB=0.0457748;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144296;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr8 142490079 . G A 1552.59 PASS AF=1;AO=77;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0164;QD=62.1037;RBI=0.0318898;REFB=0;REVB=0.019322;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189015;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:77:100:1:25:52:0:0:36:64:0:0 chr8 142490080 . T A 143.99 PASS AF=0.217822;AO=19;DP=98;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.00215927;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=58.234;QD=5.70264;RBI=0.0157573;REFB=-0.00459764;REVB=0.0156087;RO=79;SAF=9;SAR=10;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250028;STB=0.633551;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00246739;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:79:79:19:22:0.217822:10:9:53:26:11:11:53:26 chr8 142490120 . G T 181.23 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00753275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6169;QD=9.41471;RBI=0.0192994;REFB=-0.00192222;REVB=-0.0177687;RO=53;SAF=16;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147129;STB=0.587081;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00845254;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:8:16:29:24:8:16:29:24 chr8 142500345 . C T 244.28 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0279469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7948;QD=17.4486;RBI=0.0295715;REFB=0.0200295;REVB=0.00966674;RO=29;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14594;STB=0.582216;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.023618;OID=.;OPOS=142500345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:18:9:14:15:18:9:14:15 chr8 142505038 . T C 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00533577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.982;QD=22.0563;RBI=0.00726821;REFB=-0.0170613;REVB=-0.00493522;RO=38;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604273;STB=0.533318;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0166803;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:20:24:18:20:20:24:18:20 chr8 142517222 . A G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00605587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5734;QD=20.1592;RBI=0.0540015;REFB=0.00885089;REVB=-0.0536609;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00966948;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:7:7:7:9:7:7 chr8 142517227 . C T 122.6 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0150785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7439;QD=16.3467;RBI=0.070664;REFB=-0.0110064;REVB=-0.0690365;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0206873;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:7:7:7:7:7:7:9:7 chr8 143413136 . C T 331.53 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00338189;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.631;QD=12.6298;RBI=0.0185074;REFB=-0.000653165;REVB=0.0181958;RO=63;SAF=29;SAR=11;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132382;STB=0.578993;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00116558;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:63:65:40:40:0.380952:11:29:39:24:11:29:40:25 chr8 143425720 . T C,G 734.17 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=50,2;DP=52;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466423,0.0123718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.224,112.314;QD=56.4748;RBI=0.0477588,0.0123753;REFB=0,0;REVB=0.010266,0.000291695;RO=0;SAF=18,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000252419,0.0952048;OID=.,.;OPOS=143425720,143425720;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:52:52:0:0:50,2:51,1:0.980769,0.0192308:32,1:18,1:0:0:32,1:19,0:0:0 chr8 143427178 . C G 809.65 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.413;QD=56.8178;RBI=0.0747648;REFB=0;REVB=0.0669955;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019072;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:23:29:0:0:27:30:0:0 chr8 143436034 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=338.515;QD=58.1421;RBI=0.018282;REFB=0;REVB=0.0137003;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47383e-05;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr8 143436060 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.224;QD=59.8394;RBI=0.0110202;REFB=0;REVB=0.00300693;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32598e-05;OID=.;OPOS=143436060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 143603418 . G C 1381.02 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0646918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5427;QD=61.3788;RBI=0.0659102;REFB=0.0407045;REVB=0.0126145;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00308712;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:47:42:0:1:47:42:0:1 chr8 143623372 . C A 506.87 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0024096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.235;QD=20.4794;RBI=0.00729939;REFB=-0.017929;REVB=-0.00689021;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738529;STB=0.545999;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0183733;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:27:22:26:23:27:22:27:23 chr8 143694775 . G C 313.52 PASS AF=0.6;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0346;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.922;QD=27.868;RBI=0.0352144;REFB=-0.0361548;REVB=-0.00654916;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104731;STB=0.582031;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0305354;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:21:18:26:27:0.6:14:12:7:14:14:13:5:13 chr8 143695144 . G A 907.9 PASS AF=0.58156;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=141;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0244094;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.534;QD=25.7561;RBI=0.0352555;REFB=-0.0309777;REVB=0.0254388;RO=57;SAF=42;SAR=40;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108326;STB=0.551093;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0225248;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:57:59:82:82:0.58156:40:42:21:36:40:42:23:36 chr8 143695678 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0309667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.341;QD=7.32293;RBI=0.0341267;REFB=0.00672668;REVB=-0.0143423;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445571;STB=0.74925;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0146731;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:2:4:3:10:2:4:4:10 chr8 143695681 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0534818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.469;QD=7.76207;RBI=0.0571839;REFB=-0.00526675;REVB=-0.020241;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373394;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00887604;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:4:9:2:4:4:9 chr8 143746050 . C T 466.29 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.018969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.298;QD=25.2049;RBI=0.0215005;REFB=-0.0151679;REVB=0.0101216;RO=30;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493869;STB=0.527015;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0107575;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:22:22:17:13:22:22:17:13 chr8 143746069 . T C 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0140982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.5978;QD=22.4797;RBI=0.0216281;REFB=-0.0129585;REVB=-0.0164016;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040193;STB=0.530876;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0103234;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:15:24:17:13:15:24:17:14 chr8 143746087 . CCA C 656.5 PASS AF=0.910448;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00160403;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=275.854;QD=39.1939;RBI=0.00455008;REFB=0.0109087;REVB=-0.00425797;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.508523;STBP=0.658;TYPE=del;VARB=-0.000526708;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910448:59:63:61:67:6:35:26:4:2:10:0:34:25:0:0 chr8 143746416 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0101365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.853;QD=11.0198;RBI=0.0175986;REFB=0.00422053;REVB=-0.0143862;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00249176;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:5:3:3:3:5:3 chr8 143746701 . A G 290.02 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0171866;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.553;QD=18.4138;RBI=0.0183202;REFB=-0.00811256;REVB=-0.00634431;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242233;STB=0.635172;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00827492;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:21:11:19:12:21:11 chr8 143747271 . C G 663.19 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0168155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1762;QD=19.2229;RBI=0.0270651;REFB=0.00190635;REVB=0.0212074;RO=70;SAF=37;SAR=30;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584591;STB=0.527928;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00170958;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:71:67:67:0.485507:30:37:43:27:30:37:43:28 chr8 143808951 . C T 124.33 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0209799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.254;QD=17.1491;RBI=0.07963;REFB=-0.0266604;REVB=0.0768165;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0297483;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:7:6:8:7:7:7:8:7 chr8 143833850 . G A 1009.46 PASS AF=0.52973;AO=97;DP=184;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=68;FSRF=23;FSRR=64;FWDB=0.0177815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6486;QD=21.8262;RBI=0.0266357;REFB=-0.0337538;REVB=0.0198313;RO=85;SAF=29;SAR=68;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417169;STB=0.523528;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0291462;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:85:87:97:98:0.52973:68:29:22:63:68:30:23:64 chr8 143833856 . C T 846.15 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=0.0654784;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1367;QD=20.3892;RBI=0.065587;REFB=-0.017412;REVB=-0.00377279;RO=79;SAF=24;SAR=61;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420334;STB=0.500961;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0232043;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:79:81:85:85:0.512048:61:24:22:57:61:24:23:58 chr8 143845950 . A G 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.015559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7667;QD=12.3987;RBI=0.0312401;REFB=-0.00355981;REVB=-0.0270899;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0117435;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr8 143845953 . T C 62.99 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0364411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.074;QD=20.9976;RBI=0.0413396;REFB=-0.111098;REVB=-0.0195196;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336275;STB=0.699397;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00990563;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:2:2:1:7:2:2 chr8 143959250 . T C 717.16 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3011;QD=53.1228;RBI=0.0263812;REFB=-0.169058;REVB=-0.00813837;RO=2;SAF=35;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261577;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00645223;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:17:35:2:0:17:36:1:0 chr8 143960597 . G A 630.55 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8199;QD=61.517;RBI=0.153073;REFB=0;REVB=-0.0107466;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239691;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:15:22:0:0:15:26:0:0 chr8 143961005 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.672;QD=61.3364;RBI=0.0233688;REFB=0;REVB=0.0185145;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42119e-06;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr8 143994702 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.669;QD=51.9162;RBI=0.0447115;REFB=0;REVB=0.0343358;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395424;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr8 143995761 . C T 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.659;QD=62.7573;RBI=0.0471414;REFB=0.000115093;REVB=0.024495;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093921;STB=0.504949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=8.54451e-05;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:48:50:1:0:48:50:1:0 chr8 143996539 . T C 1116.17 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9963;QD=60.3336;RBI=0.0645951;REFB=0;REVB=-0.030859;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806474;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr8 143996553 . G A 986.51 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.134;QD=58.8964;RBI=0.0419119;REFB=0;REVB=0.00924926;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54722e-05;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:31:32:0:0:31:36:0:0 chr8 143997877 . C G 1046.86 PASS AF=0.960526;AO=67;DP=71;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0780351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.025;QD=55.0978;RBI=0.0784467;REFB=-0.0670085;REVB=-0.00802554;RO=3;SAF=40;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341302;STB=0.515785;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00276491;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:76:3:3:67:73:0.960526:27:40:3:0:27:46:3:0 chr8 144124609 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.159;QD=55.6552;RBI=0.0141458;REFB=0;REVB=-0.00920997;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148541;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr8 144239859 . A G 471.76 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00939315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6851;QD=16.1285;RBI=0.033918;REFB=-0.0136429;REVB=0.0325914;RO=65;SAF=22;SAR=29;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167814;STB=0.586973;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.024148;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:51:52:0.444444:29:22:39:26:29:23:39:26 chr8 144240257 . C G 730.48 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00434635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0496;QD=23.0073;RBI=0.0165916;REFB=0.0172919;REVB=0.0160122;RO=57;SAF=38;SAR=32;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424947;STB=0.523244;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0167454;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:57:70:70:0.551181:32:38:28:29:32:38:28:29 chr8 144295154 . C T 103.23 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0306972;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.311;QD=24.2903;RBI=0.052866;REFB=-0.026508;REVB=0.0430406;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0176613;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr8 144332012 . T C 118.08 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.101158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0492;QD=12.7658;RBI=0.101715;REFB=0.00575863;REVB=-0.010628;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20862;STB=0.621458;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.014537;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:7:16:7:7:7:16 chr8 144351631 . CA C,CG 1533.01 PASS AF=0.0660377,0.933962;AO=11,88;DP=104;FAO=7,99;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=7,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102804,0.00686471;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.776,209.757;QD=57.8493;RBI=0.0205761,0.0220232;REFB=0,0;REVB=0.0178239,0.020926;RO=0;SAF=2,29;SAR=9,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.04906e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0501196,0.000554252;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0660377,0.933962:11,88:104:7,99:106:0:0,33:7,66:0:0:10:0:2,29:9,59:0:0 chr8 144357403 . C T 249.71 PASS AF=0.52;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0561046;FXX=0.0384541;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2958;QD=19.9768;RBI=0.0815512;REFB=-0.0239232;REVB=0.0591851;RO=25;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144332;STB=0.588163;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.029506;OID=.;OPOS=144357403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:25:24:26:26:0.52:20:6:9:16:20:6:9:15 chr8 144378868 . A G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00157276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8809;QD=10.3899;RBI=0.100336;REFB=-0.0471814;REVB=0.100324;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.631147;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0424418;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:8:3:1:6:8:3 chr8 144403485 . G C 1041.3 PASS AF=0.540984;AO=99;DP=184;FAO=99;FDP=183;FR=.;FRO=84;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.00185271;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.425;QD=22.7606;RBI=0.011076;REFB=-0.0168999;REVB=0.01092;RO=84;SAF=53;SAR=46;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813549;STB=0.538814;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0139933;OID=.;OPOS=144403485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:84:84:99:99:0.540984:46:53:53:31:46:53:52:32 chr8 144406705 . C T 562.87 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0159378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9224;QD=26.4879;RBI=0.0370139;REFB=-0.0343129;REVB=-0.0334068;RO=34;SAF=31;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812242;STB=0.544358;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.015452;OID=.;OPOS=144406705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:20:31:17:17:20:31:17:17 chr8 144409934 . C A 487.01 PASS AF=0.371069;AO=59;DP=159;FAO=59;FDP=159;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.0074179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.182;QD=12.2518;RBI=0.00991628;REFB=-0.00247205;REVB=-0.00658083;RO=100;SAF=38;SAR=21;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287507;STB=0.516346;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00575722;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:100:59:59:0.371069:21:38:62:38:21:38:62:38 chr8 144409938 . A AG 341.06 PASS AF=0.401316;AO=54;DP=156;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.012436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2514;QD=8.97531;RBI=0.0196422;REFB=0.0177062;REVB=0.015204;RO=96;SAF=37;SAR=17;SRF=60;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754838;STB=0.512087;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=-0.0281566;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401316:54:156:61:152:91:40:21:58:33:99:96:37:17:60:36 chr8 144463824 . G A 314.87 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00982407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7599;QD=14.9937;RBI=0.029806;REFB=-0.0087076;REVB=0.0281405;RO=47;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544209;STB=0.521727;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0320317;OID=.;OPOS=144463824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:49:35:35:0.416667:24:11:17:30:24:11:17:32 chr8 144522387 . GA TT 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0184537;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.718;QD=14.0438;RBI=0.0502559;REFB=-0.0215882;REVB=-0.0467452;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=mnp;VARB=0.0120831;OID=.;OPOS=144522387;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr8 144620183 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=59.4354;RBI=0.066955;REFB=0;REVB=0.0669343;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478465;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr8 144620342 . T C 386.94 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00912508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.937;QD=18.4256;RBI=0.0226625;REFB=-0.0234672;REVB=0.0207442;RO=42;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20079;STB=0.613715;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0235711;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:44:39:40:0.47619:14:25:18:24:15:25:18:26 chr8 144620855 . C A 521.75 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0194169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6767;QD=19.8763;RBI=0.0309768;REFB=0.00617591;REVB=-0.024136;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109224;STB=0.560231;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0062025;OID=.;OPOS=144620855;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:24:30:22:29:24:30:22:29 chr8 144621084 . T G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.0255174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.803;QD=15.4191;RBI=0.0263564;REFB=-0.00618449;REVB=0.0065973;RO=41;SAF=24;SAR=8;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763474;STB=0.547142;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00833789;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:8:24:33:8:8:24:34:8 chr8 144623574 . T C 944.3 PASS AF=0.421488;AO=102;DP=242;FAO=102;FDP=242;FR=.;FRO=140;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=76;FWDB=-0.0235041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.875;QD=15.6082;RBI=0.0341711;REFB=-0.00160701;REVB=-0.0248036;RO=140;SAF=53;SAR=49;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647001;STB=0.536083;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00196046;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:140:140:102:102:0.421488:49:53:64:76:49:53:64:76 chr8 144624438 . C T 274.47 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.013192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.633;QD=19.9617;RBI=0.0166202;REFB=-0.00492597;REVB=-0.0101095;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549764;STB=0.546568;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.004332;OID=.;OPOS=144624438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:26:28:29:0.527273:13:15:15:10:14:15:16:10 chr8 144642178 . T C 849.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.605;QD=57.5959;RBI=0.0582714;REFB=0;REVB=0.00954195;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135532;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:44:13:0:0:46:13:0:0 chr8 144642244 . A G 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00696897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9593;QD=9.19887;RBI=0.0429755;REFB=0.00139092;REVB=-0.0424067;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.666222;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00295095;OID=.;OPOS=144642244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:4:9:3:4:4:9 chr8 144642490 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0106266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.816;QD=16.5359;RBI=0.0106326;REFB=-0.00556931;REVB=0.000356408;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106652;STB=0.561333;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00766594;OID=.;OPOS=144642490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:10:13:12:6:10:13 chr8 144642596 . T C 61.34 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0162837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3014;QD=18.8752;RBI=0.029179;REFB=-0.0721416;REVB=-0.0242126;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0398881;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr8 144642626 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.058;QD=46.8473;RBI=0.0257171;REFB=0;REVB=-0.025232;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369327;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr8 144642854 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0172806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.697;QD=16.4526;RBI=0.0249502;REFB=-0.0265137;REVB=0.017997;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965388;STB=0.554422;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0281571;OID=.;OPOS=144642854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:22:11:17:23:22:11:17:23 chr8 144643603 . G A 398.76 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00714616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.4;QD=18.334;RBI=0.0143551;REFB=-0.0165753;REVB=-0.0124499;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930382;STB=0.551156;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0219313;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:46:40:41:0.471264:19:21:28:17:20:21:28:18 chr8 144649968 . C T 1287.01 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225118;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9945;QD=62.0244;RBI=0.0845865;REFB=0;REVB=0.0815359;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053897;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr8 144654255 . A G 426.48 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0107341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.159;QD=16.4032;RBI=0.0383073;REFB=-0.0116569;REVB=-0.0367727;RO=57;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438129;STB=0.524485;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0159791;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:26:21:28:29:26:21:28:29 chr8 144657801 . G A 147.77 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0367843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8108;QD=17.9109;RBI=0.0434861;REFB=-0.00611128;REVB=0.0231938;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805619;STB=0.563686;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0112245;OID=.;OPOS=144657801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:13:3:2:13:13:3:2:15 chr8 144660046 . G A 748.75 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0185171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.02;QD=19.448;RBI=0.0205468;REFB=-0.0252174;REVB=-0.00890439;RO=77;SAF=47;SAR=30;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200432;STB=0.610361;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0235742;OID=.;OPOS=144660046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:30:47:30:47:30:47:30:47 chr8 144663268 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0166008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.977;QD=13.4417;RBI=0.0243362;REFB=-0.0192262;REVB=0.017795;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.641907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0234853;OID=.;OPOS=144663268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:6:7:3:7:6:7 chr8 144671244 . C A 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0373046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.921;QD=23.8368;RBI=0.0417338;REFB=-0.0465194;REVB=0.0187102;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056731;STB=0.53123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0377825;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:10:12:15:17:10:12 chr8 144671684 . CG C,CC 597.37 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=5,35;DP=42;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276447,0.0294459;FXX=0.0714116;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.133,160.404;QD=61.2687;RBI=0.0756911,0.0786062;REFB=0,0;REVB=0.0704622,0.0728826;RO=2;SAF=2,30;SAR=3,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212944,0.154626;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0257827,0.00109063;OID=.,.;OPOS=144671685,144671685;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:5,35:42:1,38:39:0:1,30:0,8:0:0:5:2:2,30:3,5:0:2 chr8 144681777 . G T 698.52 PASS AF=0.626263;AO=58;DP=93;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0189048;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.5165;QD=28.223;RBI=0.0565986;REFB=-0.022206;REVB=0.053348;RO=35;SAF=24;SAR=34;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508182;STB=0.521645;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0160396;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:99:35:37:58:62:0.626263:34:24:17:18:37:25:17:20 chr8 144689146 . C T 635.51 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00439661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.219;QD=18.4207;RBI=0.0453383;REFB=-0.0176011;REVB=0.0451246;RO=70;SAF=39;SAR=26;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041411;STB=0.520952;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0167467;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:70:73:65:65:0.471014:26:39:39:31:26:39:41:32 chr8 144732363 . T C 639.04 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00813557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5192;QD=59.4454;RBI=0.00831418;REFB=-0.172885;REVB=-0.00171409;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00321317;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:15:27:0:0:15:27:1:0 chr8 144732418 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.297;QD=59.016;RBI=0.0227871;REFB=0;REVB=-0.0104938;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92755e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr8 144732450 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0229377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.702;QD=11.2567;RBI=0.0317747;REFB=0.02882;REVB=-0.0219884;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0357905;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr8 144733805 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.030406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.504;QD=11.1041;RBI=0.0399629;REFB=-0.0185873;REVB=0.0259328;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310426;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0293019;OID=.;OPOS=144733805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:6:4:5:2:6:4 chr8 144734383 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.157;QD=19.134;RBI=0.0389414;REFB=0.0212211;REVB=0.0309847;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0130092;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr8 144735977 . T C 905.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463559;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.349;QD=58.4129;RBI=0.0512122;REFB=0;REVB=0.0217673;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001349;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr8 144776109 . A G 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207977;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.126;QD=60.6316;RBI=0.0219453;REFB=0;REVB=-0.00700384;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213468;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr8 144776294 . GC AT 515.76 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0307723;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.171;QD=23.4435;RBI=0.0420062;REFB=-0.0244038;REVB=0.0285935;RO=40;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814841;STB=0.538445;STBP=0.435;TYPE=mnp;VARB=0.0201337;OID=.;OPOS=144776294;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:47:48:0.545455:28:19:20:20:28:20:20:20 chr8 144802735 . AG CC,CG 716.64 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=46,2;DP=48;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06488,0.053033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=196.196,156.676;QD=56.2074;RBI=0.0840065,0.0899584;REFB=0,0;REVB=0.0533636,0.0726637;RO=0;SAF=29,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00085591,0.0393825;OID=.,.;OPOS=144802735,144802735;OREF=AG,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:48:51:0:0:46,2:49,2:0.960784,0.0392157:17,2:29,0:0:0:17,2:32,0:0:0 chr8 144804416 . G A 538.98 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0296827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9145;QD=18.2704;RBI=0.036079;REFB=-0.000728093;REVB=0.0205093;RO=60;SAF=27;SAR=29;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457029;STB=0.533639;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00190101;OID=.;OPOS=144804416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:56:57:0.483051:29:27:26:34:29:28:26:35 chr8 144808747 . G A 56.2 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00566651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1387;QD=11.2391;RBI=0.0396367;REFB=-0.015498;REVB=0.0392296;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0242609;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:7:5:6:2:7:5 chr8 144811338 . C G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.039;QD=62.3399;RBI=0.045166;REFB=0;REVB=0.0404178;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238477;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr8 144822037 . G T 707.47 PASS AF=0.463415;AO=74;DP=154;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=0.00058577;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.865;QD=17.2554;RBI=0.0116152;REFB=-0.0366883;REVB=0.0116004;RO=80;SAF=42;SAR=32;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433225;STB=0.538298;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0273299;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:164:80:88:74:76:0.463415:32:42:49:31:32:44:57:31 chr8 144885580 . A G 2818.67 PASS AF=0.994652;AO=174;DP=175;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0603842;FXX=0.0209413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6557;QD=60.2925;RBI=0.0624823;REFB=0.028153;REVB=-0.0160559;RO=1;SAF=103;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045993;STB=0.502347;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0119254;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:175:187:1:1:174:186:0.994652:71:103:1:0:80:106:1:0 chr8 144889172 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.096;QD=56.9378;RBI=0.0480922;REFB=0;REVB=0.0196745;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140209;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr8 144890873 . A T 783.29 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121271;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.711;QD=56.9668;RBI=0.122314;REFB=0;REVB=0.0159426;RO=0;SAF=0;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071689;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:54:0:0:0:54:1:0:0 chr8 144894496 . G A 696.94 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00485088;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.267;QD=54.6619;RBI=0.00630251;REFB=-0.145319;REVB=-0.00402375;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000167837;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:21:28:0:1:21:29:0:1 chr8 144895553 . G A 538.95 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0698658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6508;QD=51.3289;RBI=0.077596;REFB=-0.0807861;REVB=-0.0337625;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342458;STB=0.53179;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0332423;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:16:22:1:2:16:22:1:3 chr8 144904690 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0616;QD=51.9158;RBI=0.0334262;REFB=0;REVB=-0.029142;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241627;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr8 144940222 . A C 905.85 PASS AF=0.532934;AO=88;DP=165;FAO=89;FDP=167;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=67;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.000560465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.386;QD=21.697;RBI=0.0185243;REFB=-0.023044;REVB=-0.0185158;RO=77;SAF=21;SAR=67;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208177;STB=0.61209;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0147787;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:77:78:88:89:0.532934:67:21:34:43:67:22:35:43 chr8 144940230 . G C 1244.52 PASS AF=0.565;AO=113;DP=200;FAO=113;FDP=200;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=78;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00356022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.439;QD=24.8905;RBI=0.0295851;REFB=-0.0349482;REVB=0.0293701;RO=87;SAF=35;SAR=78;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141762;STB=0.577313;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.029737;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:87:87:113:113:0.565:78:35:41:46:78:35:41:46 chr8 144940290 . C G 114.88 PASS AF=0.104762;AO=33;DP=312;FAO=33;FDP=315;FR=.;FRO=282;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=112;FSRR=170;FWDB=-0.0186399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9733;QD=1.45874;RBI=0.0269158;REFB=-0.00365454;REVB=-0.0194168;RO=277;SAF=10;SAR=23;SRF=110;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125482;STB=0.592425;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0423692;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:315:277:282:33:33:0.104762:23:10:110:167:23:10:112:170 chr8 144940300 . G A 2889.14 PASS AF=0.725857;AO=233;DP=323;FAO=233;FDP=321;FR=.;FRO=88;FSAF=86;FSAR=147;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.00867884;FXX=0.00619176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.163;QD=36.0018;RBI=0.0102381;REFB=-0.0168126;REVB=0.00543114;RO=86;SAF=86;SAR=147;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452279;STB=0.524819;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00375783;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:321:86:88:233:233:0.725857:147:86:39:47:147:86:40:48 chr8 144940331 . C T 193.16 PASS AF=0.140523;AO=43;DP=306;FAO=43;FDP=306;FR=.;FRO=263;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=97;FSRR=166;FWDB=-0.000843995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.055;QD=2.525;RBI=0.00570777;REFB=-0.00601958;REVB=0.00564503;RO=262;SAF=13;SAR=30;SRF=97;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968286;STB=0.564264;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0341094;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:262:263:43:43:0.140523:30:13:97:165:30:13:97:166 chr8 144942903 . T C 141.35 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0665694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7294;QD=21.7456;RBI=0.067653;REFB=0.00424375;REVB=-0.0120599;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578055;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00744909;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:8:3:4:11:8:3 chr8 144994566 . G A 711.98 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.000921334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5351;QD=20.4887;RBI=0.0506135;REFB=-0.0227222;REVB=0.0506051;RO=67;SAF=27;SAR=43;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708107;STB=0.54012;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0154373;OID=.;OPOS=144994566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:69:70:70:0.503597:43:27:31:36:43:27:32:37 chr8 145024563 . G A 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00352776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6108;QD=8.69373;RBI=0.0393579;REFB=0.0266052;REVB=0.0391995;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482012;STB=0.629318;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0326696;OID=.;OPOS=145024563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:12:14:7:7:0.333333:2:5:12:0:2:5:12:2 chr8 145066886 . A G 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00551743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9596;QD=27.2503;RBI=0.00863555;REFB=-0.0102393;REVB=-0.00664309;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562431;STB=0.531012;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.010104;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:12:6:11:16:12:6 chr8 145107795 . G A 1065.87 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00760221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.856;QD=58.4039;RBI=0.0243254;REFB=-0.062641;REVB=0.0231069;RO=1;SAF=42;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000927153;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:30:42:1:0:30:42:1:0 chr8 145134867 . GC CG 36.71 PASS AF=0.138889;AO=6;DP=36;FAO=5;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.039061;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.941;QD=4.07933;RBI=0.0875941;REFB=-0.0111412;REVB=-0.0784026;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197999;STB=0.683618;STBP=0.505;TYPE=mnp;VARB=0.25574;OID=.;OPOS=145134867;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:36:36:21:29:6:5:0.138889:5:1:6:15:3:2:6:23 chr8 145150832 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.789;QD=51.182;RBI=0.0202069;REFB=0;REVB=0.00110275;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208111;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr8 145160646 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.962;QD=60.9786;RBI=0.0281312;REFB=0;REVB=0.0166293;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104081;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr8 145161823 . G A 91.79 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0358349;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.035;QD=30.5981;RBI=0.0441701;REFB=-0.00360193;REVB=0.0258235;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000862951;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:1:1:4:6:1:1 chr8 145161896 . T C 461.6 PASS AF=0.918919;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0185324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6702;QD=49.9027;RBI=0.0366132;REFB=-0.0404628;REVB=0.0315765;RO=3;SAF=22;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386216;STB=0.503815;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0291399;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:37:3:3:32:34:0.918919:10:22:2:1:10:24:2:1 chr8 145163414 . C G 1534.77 PASS AF=0.98;AO=99;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.025254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1066;QD=61.3908;RBI=0.0262363;REFB=-0.031095;REVB=0.00711178;RO=1;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120068;STB=0.512818;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00340753;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:99:98:0.98:39:60:0:1:38:60:0:2 chr8 145163647 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.072;QD=40.7618;RBI=0.0280906;REFB=0;REVB=-0.018342;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600123;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 145164847 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0011;QD=47.8193;RBI=0.0834675;REFB=0;REVB=-0.0536067;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00525873;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr8 145166134 . C G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0273019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.815;QD=14.7663;RBI=0.0290494;REFB=0.000243665;REVB=0.0099235;RO=33;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818046;STB=0.546724;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000187557;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:19:6:10:23:19:6:10:23 chr8 145168611 . A G 516.18 PASS AF=0.785714;AO=42;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0185632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.183;QD=36.8699;RBI=0.0297311;REFB=-0.0511661;REVB=0.0232238;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.619617;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0014571;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:56:56:0:12:42:44:0.785714:15:27:0:0:16:28:1:11 chr8 145170440 . A C,G 1025.75 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=66,4;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014815,-0.0592051;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=105.436,10.9223;QD=58.6142;RBI=0.0149801,0.0824079;REFB=0,0;REVB=-0.00221759,-0.057322;RO=0;SAF=33,1;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000153276,0.184892;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:70:70:0:0:66,4:67,3:0.957143,0.0428571:33,3:33,1:0:0:33,3:34,0:0:0 chr8 145170704 . A T 263.76 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122833;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8843;QD=52.7511;RBI=0.122875;REFB=0;REVB=-0.00318587;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414902;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr8 145223288 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.101;QD=54.5162;RBI=0.0394674;REFB=0;REVB=0.00968839;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486012;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr8 145578296 . A G 476.71 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.00234698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.412;QD=19.4576;RBI=0.0745402;REFB=-0.00635128;REVB=-0.0745033;RO=51;SAF=43;SAR=4;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31115;STB=0.677072;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00448716;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:4:43:39:12:4:43:39:12 chr8 145603114 . A C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0610698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.466;QD=16.728;RBI=0.0615391;REFB=-0.0162482;REVB=0.00758561;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.638126;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0192483;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:12:7:10:6:12:7 chr8 145618597 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0172356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.209;QD=14.0966;RBI=0.0172373;REFB=-0.00930125;REVB=0.000237085;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173528;STB=0.59984;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0125503;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:2:12:8:3:2:12 chr8 145623963 . G A 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0506745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.159;QD=25.4958;RBI=0.0591912;REFB=-0.0335221;REVB=0.0305892;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039191;STB=0.534491;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0242514;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:11:12:7:8:11:12:7:9 chr8 145639726 . T C 1195.34 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148954;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0685;QD=61.2994;RBI=0.0566307;REFB=0;REVB=0.0546367;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168125;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:25:53:0:0:25:53:0:0 chr8 145640411 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.862;QD=58.5876;RBI=0.0119366;REFB=0;REVB=0.00717645;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50921e-06;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr8 145641347 . G A 536.43 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00774461;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.535;QD=23.3229;RBI=0.0136202;REFB=-0.0254096;REVB=0.0112041;RO=41;SAF=20;SAR=30;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124626;STB=0.502262;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0208075;OID=.;OPOS=145641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:30:20:17:24:30:20:17:25 chr8 145661320 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.517;QD=60.5101;RBI=0.0267587;REFB=-0.0789843;REVB=0.0232657;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00197778;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:17:28:1:0:17:28:1:0 chr8 145661675 . G A 367.29 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0317317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1649;QD=47.3916;RBI=0.0640076;REFB=-0.128706;REVB=0.0555884;RO=2;SAF=22;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636829;STB=0.560464;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.016155;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:31:31:2:3:27:28:0.903226:5:22:1:1:6:22:1:2 chr8 145662263 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0323087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.05;QD=21.971;RBI=0.0323227;REFB=-0.00164907;REVB=-0.000953461;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398524;STB=0.536549;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00207727;OID=.;OPOS=145662263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:11:9:8:8:11:9:9:8 chr8 145665516 . T C 526.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00591714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.723;QD=56.9505;RBI=0.0177512;REFB=0.000921496;REVB=0.0167359;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529395;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=5.46393e-05;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:8:28:0:0:8:28:0:1 chr8 145689915 . G A 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.962;QD=59.1732;RBI=0.0581089;REFB=-0.094927;REVB=0.0417429;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000801287;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:0:1:44:32:0:1 chr8 145690308 . C T 1356.41 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0050443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.887;QD=60.9621;RBI=0.0360631;REFB=-0.0308332;REVB=0.0357086;RO=1;SAF=31;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150365;STB=0.507691;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000118803;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:86:88:0.988764:55:31:1:0:56:32:1:0 chr8 145690348 . G A 946.91 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00177879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1215;QD=54.1094;RBI=0.0510134;REFB=-0.130634;REVB=0.0509823;RO=3;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422543;STB=0.521733;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0363755;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:66:67:0.957143:32:34:0:3:33:34:0:3 chr8 145690396 . A C 1164.49 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.724;QD=58.2243;RBI=0.0634235;REFB=-0.153482;REVB=-0.029808;RO=2;SAF=37;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248962;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00392402;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:41:37:2:0:41:38:1:0 chr8 145692385 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3113;QD=53.2742;RBI=0.0279275;REFB=0;REVB=5.18112e-05;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606469;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr8 145693720 . A G 3114.43 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.856;QD=63.8857;RBI=0.0260756;REFB=0;REVB=0.0232375;RO=0;SAF=118;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53498e-05;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:76:118:0:0:76:119:0:0 chr8 145698585 . TG T 50.81 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0152182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0265;QD=5.34882;RBI=0.0565871;REFB=-0.0271735;REVB=-0.0545024;RO=24;SAF=0;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.76032;STB=0.852896;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0418722;OID=.;OPOS=145698586;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:10:38:11:38:27:1:10:13:14:50:24:0:10:11:13 chr8 145723419 . T G 1242.32 PASS AF=1;AO=65;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200805;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.216;QD=59.8711;RBI=0.0245705;REFB=0;REVB=0.0141592;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015273;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:65:83:1:44:21:0:0:57:26:0:0 chr8 145724275 . T C 766.52 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.503;QD=63.8767;RBI=0.0212321;REFB=0;REVB=-0.0105612;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200518;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chr8 145729727 . C A 1915.59 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.924;QD=61.2989;RBI=0.0767588;REFB=0;REVB=0.0672118;RO=0;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134428;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:125:0:0:116:125:1:71:45:0:0:80:45:0:0 chr8 145731510 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0239331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.683;QD=19.0582;RBI=0.029341;REFB=-0.0173764;REVB=-0.0169737;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303562;STB=0.517223;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.016495;OID=.;OPOS=145731510;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:8:12:12:7:8:12 chr8 145731535 . TG T 32.52 PASS AF=0.375;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.212723;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.8928;QD=8.13034;RBI=0.216185;REFB=-0.0258715;REVB=0.0385371;RO=10;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.694591;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=del;VARB=0.0983389;OID=.;OPOS=145731536;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:4:15:6:16:10:1:5:5:5:32:10:0:4:5:5 chr8 145737636 . A G 901.07 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0242957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.301;QD=53.7951;RBI=0.0245804;REFB=-0.0046165;REVB=0.00373064;RO=2;SAF=34;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269723;STB=0.50609;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00102745;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:30:34:2:0:30:34:2:1 chr8 145737816 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.937;QD=45.797;RBI=0.071886;REFB=0;REVB=0.0473005;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175336;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 145738767 . CG C 585.34 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1371;QD=44.1768;RBI=0.160572;REFB=0;REVB=-0.0910622;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130516;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:49:53:53:0:23:30:0:0:11:1:18:29:1:0 chr8 145741702 . C G 304.84 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.128;QD=53.0163;RBI=0.0737283;REFB=0;REVB=0.0267344;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462248;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr8 145741765 . G A 446.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.545;QD=57.6614;RBI=0.0161723;REFB=0;REVB=0.0146244;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212403;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr8 145742514 . A G 3485.21 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0435;QD=62.515;RBI=0.021568;REFB=0;REVB=0.0126256;RO=0;SAF=105;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62727e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:222:223:1:117:105:0:0:118:105:0:0 chr8 145742879 . T C 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.054149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3323;QD=49.9758;RBI=0.0551991;REFB=0.00490285;REVB=-0.0107158;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773479;STB=0.541637;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00800127;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:2:0:17:11:2:0 chr8 145745182 . T C 1594.72 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00475865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5649;QD=58.5218;RBI=0.019031;REFB=0.0427758;REVB=-0.0184265;RO=1;SAF=59;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079761;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00224831;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:109:1:1:105:108:0.990826:46:59:1:0:47:61:1:0 chr8 145747920 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.574;QD=47.8224;RBI=0.0402042;REFB=0;REVB=0.0346599;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231818;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr8 145753254 . A C 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000162478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8964;QD=19.1552;RBI=0.0264412;REFB=-0.00628867;REVB=-0.0264407;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503;STB=0.563846;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00875883;OID=.;OPOS=145753254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:15:6:7:14:15:6:9:14 chr8 145755229 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA,GGCCCCA 268.67 PASS AF=0,0.933333,0.0666667;AO=3,6,16;DP=28;FAO=0,28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,0;FSAR=0,25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553913,0.0254062,-0.0483689;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=175.504,12.3057,9.01328;QD=35.8226;RBI=0.0609679,0.0955298,0.149799;REFB=-0.0115609,-0.0221144,-0.0957557;REVB=0.0254732,0.0920895,0.141776;RO=2;SAF=0,2,1;SAR=3,4,15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.326531,0.326531,0;SSSB=0,0.173071,0.0572014;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00322174,0.05523;OID=.,.,.;OPOS=145755234,145755230,145755230;OREF=CA,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA,GGCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.933333,0.0666667:3,6,16:28:0,28,2:30:0:0,3,0:0,25,2:0:0:11:2:0,2,1:3,4,15:0:2 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 193.56 PASS AF=0.292308,0.0923077;AO=19,6;DP=65;FAO=19,6;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8,1;FSAR=11,5;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00720607,-0.0133077;FXX=0.0151492;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=146.598,171.622;QD=11.9115;RBI=0.0394698,0.0163355;REFB=0.00793258,0.000908589;REVB=0.0388064,-0.00947388;RO=39;SAF=8,1;SAR=11,5;SRF=27;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.302517,-0.566615;STB=0.682582,0.894018;STBP=0.063,0.13;TYPE=del,snp;VARB=-0.00743312,-0.0239367;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292308,0.0923077:19,6:65:19,6:65:40:8,1:11,5:28:12:99:39:8,1:11,5:27:12 chr8 146010776 . T C 236.31 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00898718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.371;QD=19.2908;RBI=0.0112277;REFB=-0.010157;REVB=0.00673;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.511535;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0139351;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:10:12:13:13:11:12:13:13 chr8 146010817 . C A 606.19 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00131318;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.839;QD=55.1083;RBI=0.019061;REFB=-0.0582492;REVB=0.0190157;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407438;STB=0.507325;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00113201;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:40:41:0.931818:22:18:0:2:23:18:1:2 chr8 146045868 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.262;QD=62.3505;RBI=0.0190047;REFB=0;REVB=0.0164513;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1551e-05;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr8 146056367 . G A 701.96 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=118;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0103742;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.739;QD=23.9985;RBI=0.0110237;REFB=-0.0107918;REVB=0.00372796;RO=50;SAF=37;SAR=30;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379944;STB=0.520719;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00634038;OID=.;OPOS=146056367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:50:50:67:67:0.57265:30:37:30:20:30:37:30:20 chr8 146067054 . G A 650.86 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.979;QD=61.9868;RBI=0.0493842;REFB=0;REVB=0.0357272;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145955;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr8 146068322 . C T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000478458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.499;QD=19.3861;RBI=0.00218178;REFB=0.00437803;REVB=0.00212867;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.53996;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00446765;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:11:10:8:12:11:10 chr8 146068594 . T C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.064;QD=53.9043;RBI=0.114445;REFB=0;REVB=0.114353;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001594;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 146076708 . C T 307.69 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00368374;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.2174;QD=13.2339;RBI=0.0322206;REFB=-0.0186621;REVB=-0.0320093;RO=55;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674322;STB=0.544866;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.019488;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:55:58:35:35:0.376344:20:15:27:28:20:15:29:29 chr8 146115367 . A G 775.46 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8245;QD=55.3897;RBI=0.0757893;REFB=0;REVB=0.0679771;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00603396;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:21:31:0:0:24:32:0:0 chr8 146115684 . A AC 81.86 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0838975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7212;QD=13.6438;RBI=0.108;REFB=-0.0154812;REVB=-0.0680096;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.623086;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.0191417;OID=.;OPOS=146115685;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:25:12:24:12:5:7:8:4:79:13:5:7:8:5 chr8 146156298 . G A 176.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00441851;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0208;QD=11.9841;RBI=0.057948;REFB=0.0112676;REVB=0.0577793;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165755;STB=0.596126;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.018705;OID=.;OPOS=146156298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:18:19:8:14:18:19 chr8 146202386 . A C 400.27 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.024;QD=53.3695;RBI=0.0184187;REFB=-0.0858162;REVB=0.0109954;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000434584;OID=.;OPOS=146202386;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chr8 146202422 . A G 278.78 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497984;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.925;QD=53.1003;RBI=0.0118978;REFB=0;REVB=0.0108055;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804398;OID=.;OPOS=146202422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr8 146202846 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.093;QD=64.1534;RBI=0.00787521;REFB=0;REVB=-0.00152631;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43405e-05;OID=.;OPOS=146202846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:16:32:0:0:16:33:0:0 chr8 146203346 . T G 739.26 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667128;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.601;QD=56.8661;RBI=0.0686165;REFB=0;REVB=0.0160505;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055282;OID=.;OPOS=146203346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:47:52:1:20:27:0:0:20:32:0:0 chr8 146203412 . A G 647.29 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171179;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.53;QD=61.6471;RBI=0.0459587;REFB=-0.0436715;REVB=0.0426519;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051632;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 146219931 . C G 1219.14 PASS AF=0.96875;AO=65;DP=94;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0240938;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.066;QD=50.7975;RBI=0.0388942;REFB=-0.0197694;REVB=0.0305327;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.503733;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00247021;OID=.;OPOS=146219931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:94:96:0:3:65:93:0.96875:38:27:0:0:51:42:1:2 chr8 146220445 . CG CA,TA 489.1 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=30,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097163,-0.0234591;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=158.395,93.4963;QD=57.5411;RBI=0.0104424,0.0247769;REFB=0,0;REVB=0.00382575,-0.00797267;RO=0;SAF=13,0;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000477427,-0.0224387;OID=.,.;OPOS=146220446,146220445;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:0:0:30,3:31,3:0.911765,0.0882353:17,3:13,0:0:0:17,3:14,0:0:0 chr8 146221893 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.985;QD=63.5821;RBI=0.0297029;REFB=0;REVB=0.0136571;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244462;OID=.;OPOS=146221893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr8 146225112 . C T 1142.2 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239749;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.342;QD=60.9171;RBI=0.00527736;REFB=0;REVB=0.00470134;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4385e-05;OID=.;OPOS=146225112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr8 146228390 . C T 1303.48 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201;QD=60.627;RBI=0.0301857;REFB=-0.0015803;REVB=0.0277351;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129756;STB=0.506848;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=4.79222e-05;OID=.;OPOS=146228390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:36:48:0:1:36:49:0:1 chr8 146228622 . C A 652.59 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0255252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.014;QD=47.4611;RBI=0.0312048;REFB=-0.119842;REVB=0.01795;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.507286;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000629639;OID=.;OPOS=146228622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:55:0:5:50:50:0.909091:24:26:0:0:24:26:3:2 chr8 146228779 . T A 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0903;QD=59.0131;RBI=0.0455325;REFB=0;REVB=0.00966808;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638424;OID=.;OPOS=146228779;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr8 146229161 . T A,G 732.18 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=53;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184,-0.00182358;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.324,172.42;QD=56.3217;RBI=0.0210481,0.0050544;REFB=0,0;REVB=0.0102207,0.00471397;RO=0;SAF=28,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000195124,0.0634535;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:53:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:22,2:28,0:0:0:22,2:28,0:0:0 chr8 146229531 . TA T,TG 4737.31 PASS AF=0.181529,0.818471;AO=51,257;DP=309;FAO=57,257;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=53,85;FSAR=4,172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331776,0.0345049;FXX=0.0031745;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.637,219.372;QD=60.3479;RBI=0.0363503,0.0381494;REFB=0,0;REVB=0.0148524,0.0162723;RO=0;SAF=48,84;SAR=3,173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.84012e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0179705,0.00305729;OID=.,.;OPOS=146229532,146229532;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181529,0.818471:51,257:309:57,257:314:0:53,85:4,172:0:0:99:0:48,84:3,173:0:0 chr8 146229534 . A G 279.13 PASS AF=0.193146;AO=57;DP=319;FAO=62;FDP=321;FR=.;FRO=259;FSAF=58;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=178;FWDB=-0.0111885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.6496;QD=3.47819;RBI=0.0132883;REFB=-0.0402573;REVB=0.00716926;RO=262;SAF=53;SAR=4;SRF=84;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722684;STB=0.949836;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.194648;OID=.;OPOS=146229534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:321:262:259:57:62:0.193146:4:53:84:178:4:58:81:178 chr8 146231140 . G C 1085.26 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000636858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3148;QD=58.6627;RBI=0.0273115;REFB=-0.133111;REVB=0.0273041;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000412629;OID=.;OPOS=146231140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:0:1 chr9 117934 . C G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00520688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.881;QD=19.3688;RBI=0.00798863;REFB=-0.00392368;REVB=-0.0060586;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317856;STB=0.685302;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00472558;OID=.;OPOS=117934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:4:3:8:2:4:3 chr9 118173 . C G 623.81 PASS AF=0.875;AO=48;DP=54;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0252808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.674;QD=44.5577;RBI=0.0619697;REFB=-0.0691219;REVB=0.0565784;RO=3;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721739;STB=0.577746;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000633936;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:54:56:3:7:48:49:0.875:18:30:0:3:19:30:0:7 chr9 154795 . T C 1280.57 PASS AF=0.966292;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0228223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6265;QD=57.5537;RBI=0.0275092;REFB=0.00500545;REVB=0.0153589;RO=2;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189174;STB=0.504846;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000836682;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:89:2:3:83:86:0.966292:45:38:1:1:45:41:1:2 chr9 162405 . C G 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1114;QD=46.9563;RBI=0.0340573;REFB=0.0320904;REVB=-0.0241735;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00183962;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:0:1:16:4:0:1 chr9 214804 . A G 428.45 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.8737;QD=57.1269;RBI=0.199411;REFB=0;REVB=0.199368;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479644;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:3:21:0:0:9:21:0:0 chr9 214864 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.429;QD=59.8547;RBI=0.033865;REFB=0;REVB=0.0242274;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210921;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr9 215494 . C T 295.66 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0125517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.499;QD=17.9187;RBI=0.0386199;REFB=-0.00954163;REVB=0.0365233;RO=34;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111718;STB=0.562461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:14:18:15:19:14:18:15:19 chr9 215511 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00686722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.44;QD=17.4229;RBI=0.0095328;REFB=0.00732969;REVB=-0.00661177;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100596;STB=0.55596;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00749485;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:14:17:14:18:14:17:15:19 chr9 215534 . C T 327.49 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00131157;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.872;QD=20.1532;RBI=0.0105164;REFB=-0.00470364;REVB=0.0104343;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922356;STB=0.551194;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00540022;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:17:14:19:15:17:14 chr9 286593 . C A 1577.78 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0161015;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1379;QD=58.9826;RBI=0.0161017;REFB=-0.0775781;REVB=-6.74687e-05;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000552687;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:1:1:106:106:0.990654:56:50:1:0:56:50:1:0 chr9 370244 . A G 239.26 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00347982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9219;QD=20.8054;RBI=0.023754;REFB=-0.00105608;REVB=-0.0234978;RO=23;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293063;STB=0.665827;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000270031;OID=.;OPOS=370244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:6:17:10:13:6:17:10:13 chr9 377111 . G C 470.36 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0142723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.338;QD=16.0807;RBI=0.0321626;REFB=-0.0296727;REVB=-0.0288225;RO=64;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331271;STB=0.508606;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.043167;OID=.;OPOS=377111;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:65:51:52:0.444444:27:24:28:36:28:24:29:36 chr9 390512 . C T 427.04 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0112456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.228;QD=14.1171;RBI=0.0183028;REFB=-0.00619276;REVB=-0.0144405;RO=71;SAF=19;SAR=30;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531969;STB=0.534951;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00928299;OID=.;OPOS=390512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:30:19:31:40:30:19:32:40 chr9 421032 . C G 293.47 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.028168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.719;QD=19.8966;RBI=0.0387559;REFB=-0.0283261;REVB=-0.0266192;RO=28;SAF=8;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138176;STB=0.577226;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.026524;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:23:8:11:17:23:8:11:17 chr9 429719 . T C 1018.05 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379661;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.811;QD=58.174;RBI=0.0529269;REFB=0;REVB=0.036876;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012169;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:2:0:67:70:1:34:33:0:2:37:33:0:0 chr9 433978 . A G 388.08 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0464619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.388;QD=26.7644;RBI=0.0464625;REFB=0.0134783;REVB=-0.000226918;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137577;STB=0.563947;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.021159;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:21:37:37:0.637931:20:17:5:15:20:17:6:15 chr9 441952 . G A 872.73 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256572;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.243;QD=58.1816;RBI=0.0258684;REFB=0;REVB=-0.00329839;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397887;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr9 449874 . G C 239.0 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00712821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.627;QD=20.3407;RBI=0.0138927;REFB=0.000942591;REVB=0.0119245;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.55339;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0009617;OID=.;OPOS=449874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:9:13:16:8:10:13:16:8 chr9 676954 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00493335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.025;QD=14.8342;RBI=0.0100167;REFB=-0.0104388;REVB=0.00871757;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19669;STB=0.611416;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0140839;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:22:8:10:12:22:8 chr9 712060 . G C 251.39 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0269039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3837;QD=20.5215;RBI=0.0485557;REFB=-0.0107129;REVB=0.0404207;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.55322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0134527;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:13:12:14:10:13:12 chr9 712137 . G C 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0115123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.942;QD=18.4984;RBI=0.0141298;REFB=-0.01248;REVB=0.00819255;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128355;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:10:17:17:10:10:17 chr9 712156 . T G 265.01 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0072428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6466;QD=21.6332;RBI=0.00885535;REFB=-0.0136983;REVB=0.00509501;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811175;STB=0.532529;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0182529;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:14:11:8:15:14:11:9:15 chr9 712599 . C T 213.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0178596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.657;QD=20.8698;RBI=0.0499053;REFB=-0.00865458;REVB=-0.0466002;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.010991;OID=.;OPOS=712599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr9 712674 . C T 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0296311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.117;QD=16.5613;RBI=0.0328292;REFB=0.00386293;REVB=-0.0141333;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682148;STB=0.538433;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00522387;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:15:16:12:15:15:16 chr9 712766 . G A 183.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0224687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=17.4281;RBI=0.0231871;REFB=-0.0113319;REVB=-0.00572683;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207579;STB=0.618918;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0126893;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:11:12:6:13:11:12 chr9 713307 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0325429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.098;QD=18.2511;RBI=0.0460234;REFB=-0.040413;REVB=-0.032544;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0565651;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr9 730054 . A G 245.21 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0132175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3459;QD=11.0208;RBI=0.0177866;REFB=-0.00366864;REVB=0.0119021;RO=59;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12505;STB=0.572678;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00723538;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:12:18:29:30:12:18:29:30 chr9 738434 . C T 601.98 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0071598;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.238;QD=21.4993;RBI=0.0146446;REFB=-0.00492168;REVB=-0.0127751;RO=52;SAF=31;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217026;STB=0.501191;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00649149;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:29:31:27:25:29:31:27:25 chr9 740901 . C T 348.21 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00336517;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.818;QD=14.6616;RBI=0.0100108;REFB=0.00246839;REVB=0.00942829;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166733;STB=0.598961;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00159866;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:17:21:22:34:17:21:22:35 chr9 742342 . A G 206.44 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9286;QD=48.573;RBI=0.131748;REFB=0;REVB=0.127043;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258893;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:7:10:0:0 chr9 841971 . T A 215.06 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00384904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.793;QD=29.664;RBI=0.0124618;REFB=-0.0399847;REVB=-0.0118525;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315393;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169064;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:4:5:11:9:4:5 chr9 969044 . A G 601.07 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0110156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.947;QD=18.4946;RBI=0.0144687;REFB=-0.00831276;REVB=-0.0093808;RO=68;SAF=30;SAR=32;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844992;STB=0.54679;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00852667;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:62:62:0.476923:32:30:39:29:32:30:39:29 chr9 990840 . C T 131.11 PASS AF=0.46875;AO=11;DP=28;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0362075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.285;QD=16.3887;RBI=0.0549591;REFB=-0.0331876;REVB=0.0413464;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0361269;OID=.;OPOS=990840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:32:17:17:11:15:0.46875:7:4:9:8:8:7:9:8 chr9 991114 . A G 871.21 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0901815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0211;QD=56.2072;RBI=0.100947;REFB=-0.126204;REVB=-0.0453611;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00114445;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:34:27:0:0:34:27:0:1 chr9 1001922 . C G 306.98 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.000795101;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3328;QD=17.7958;RBI=0.00513356;REFB=-0.0105571;REVB=-0.00507161;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145363;STB=0.581661;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0119981;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:10:23:20:16:10:23:20:16 chr9 1056728 . G C 320.66 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0207247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.747;QD=16.236;RBI=0.0225697;REFB=-0.00964718;REVB=-0.00893761;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590689;STB=0.533218;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0143853;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:17:18:20:24:17:18:20:24 chr9 1056959 . G C 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0514836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.449;QD=10.9725;RBI=0.052032;REFB=-0.0114766;REVB=-0.00753481;RO=31;SAF=1;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635528;STB=0.890757;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0116137;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:14:1:16:15:14:1:16:15 chr9 1057555 . T C 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0145796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.033;QD=18.1589;RBI=0.021411;REFB=-0.0111734;REVB=-0.0156801;RO=39;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182563;STB=0.60235;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00935592;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:11:25:20:19:11:25:20:19 chr9 2029199 . G A 298.11 PASS AF=0.507937;AO=28;DP=59;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00308662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.189;QD=18.9278;RBI=0.00323029;REFB=-0.0255499;REVB=-0.000952645;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398586;STB=0.555521;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0172271;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:31:31:28:32:0.507937:16:12:12:19:16:16:12:19 chr9 2101545 . T A 163.85 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0230777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.236;QD=9.36309;RBI=0.0399047;REFB=0.0217201;REVB=-0.0325547;RO=48;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897112;STB=0.553084;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.033013;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:8:14:27:21:8:14:27:21 chr9 2643179 . C T 223.98 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0185545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.197;QD=10.6659;RBI=0.0191756;REFB=-0.0138085;REVB=0.00484077;RO=56;SAF=17;SAR=11;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215497;STB=0.512536;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0274684;OID=.;OPOS=2643179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:11:17:35:21:11:17:35:21 chr9 2717819 . G A 627.92 PASS AF=0.512;AO=62;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0196709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3236;QD=20.0934;RBI=0.0213587;REFB=-0.028571;REVB=0.00832176;RO=60;SAF=32;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014396;STB=0.503627;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0210829;OID=.;OPOS=2717819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:60:61:62:64:0.512:30:32:30:30:31:33:31:30 chr9 2717922 . C G 410.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.452;QD=56.598;RBI=0.0711917;REFB=0;REVB=0.0512;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253436;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr9 2718534 . C G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.892;QD=58.9623;RBI=0.0101577;REFB=0;REVB=-0.00295691;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73869e-05;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr9 2804393 . A G 214.63 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0241848;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.292;QD=14.5514;RBI=0.0247899;REFB=0.00426142;REVB=-0.00544368;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255406;STB=0.522431;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00240885;OID=.;OPOS=2804393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:18:15:12:13:19:15 chr9 2811505 . G A 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0382797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.038;QD=15.6679;RBI=0.0409214;REFB=-0.0190495;REVB=-0.0144648;RO=50;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629151;STB=0.535571;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0228681;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:25:12:19:31:25:12:19:31 chr9 2828765 . C G 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0125285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.442;QD=28.1765;RBI=0.0129254;REFB=-0.0232595;REVB=-0.00317845;RO=18;SAF=14;SAR=21;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157204;STB=0.58532;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209268;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:21:14:3:15:21:14:3:15 chr9 3301600 . C T 97.18 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0436471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2207;QD=6.17007;RBI=0.0461871;REFB=-0.0132133;REVB=-0.0151056;RO=48;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123447;STB=0.57682;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.036039;OID=.;OPOS=3301600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:6:9:24:24:6:9:24:24 chr9 4118208 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.131;QD=40.7623;RBI=0.0581432;REFB=0;REVB=-0.0580564;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908095;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr9 4386423 . A G 1156.89 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154105;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.47;QD=60.8892;RBI=0.0510646;REFB=0;REVB=0.0486837;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66097e-05;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr9 4576680 . T C 1113.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.841;QD=60.1989;RBI=0.054235;REFB=0;REVB=0.0465481;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267768;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr9 4622453 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0322529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.094;QD=17.7321;RBI=0.0330238;REFB=-0.0221156;REVB=0.00709396;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148115;STB=0.584318;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0150691;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:12:7:9:8:12:7 chr9 4625429 . T C 445.99 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0377657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0317;QD=18.2038;RBI=0.0382548;REFB=0.0063382;REVB=-0.00609807;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121339;STB=0.567759;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00593933;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:19:26:24:29:19:26:24:29 chr9 4635376 . C T 276.69 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000929604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.665;QD=13.6638;RBI=0.0353139;REFB=-0.0080864;REVB=0.0353017;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594901;STB=0.543183;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0150075;OID=.;OPOS=4635376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:31:32:0.395062:15:16:28:21:16:16:28:21 chr9 4664749 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8853;QD=52.6131;RBI=0.067949;REFB=0;REVB=-0.0394472;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00265395;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr9 4685008 . C T 910.96 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0232774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.431;QD=55.2098;RBI=0.032576;REFB=-0.0388178;REVB=0.0227894;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270456;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00890147;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:1:1:29:35:1:1 chr9 4706214 . C T 987.42 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000549367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.199;QD=58.9506;RBI=0.0345566;REFB=0;REVB=0.0345522;RO=0;SAF=51;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64388e-05;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:15:51:0:0:16:51:0:0 chr9 4711357 . CA C 271.78 PASS AF=0.506173;AO=39;DP=83;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0890597;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.6011;QD=13.4213;RBI=0.10213;REFB=-0.0260747;REVB=-0.0499883;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125657;STB=0.568287;STBP=0.239;TYPE=del;VARB=0.0155953;OID=.;OPOS=4711358;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506173:39:83:41:81:40:21:20:26:14:99:40:20:19:26:14 chr9 4711440 . T A 181.36 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.066129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1808;QD=11.8925;RBI=0.0663885;REFB=-0.0213852;REVB=0.00586448;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09384;STB=0.589158;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0337653;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:35:38:22:23:0.377049:12:10:19:16:13:10:22:16 chr9 4860300 . A G 1576.44 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=113;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0313714;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2491;QD=56.3013;RBI=0.100884;REFB=-0.149398;REVB=0.095882;RO=2;SAF=71;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249619;STB=0.518984;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00461722;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:112:2:3:108:109:0.973214:37:71:0:2:38:71:0:3 chr9 5081780 . G A 191.56 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0176217;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.1862;QD=9.57821;RBI=0.0177742;REFB=-0.0193798;REVB=0.00232309;RO=55;SAF=15;SAR=10;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676081;STB=0.539652;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0163387;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:55:55:25:25:0.3125:10:15:36:19:10:15:36:19 chr9 5092466 . G A 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0082899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.867;QD=20.8116;RBI=0.00906671;REFB=0.00331473;REVB=0.00367191;RO=34;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653102;STB=0.53619;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00346211;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:24:14:15:19:24:14:15:19 chr9 5094034 . G A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00680907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.155;QD=14.196;RBI=0.0085969;REFB=-0.00828197;REVB=0.00524817;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222592;STB=0.626643;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0106985;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:21:11:13:10:21:11 chr9 5095095 . A C 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00687547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.37;QD=15.566;RBI=0.0235885;REFB=-0.00191968;REVB=0.0225643;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303281;STB=0.671484;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00416962;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:19:9:22:13:19:9:22:13 chr9 5095167 . A C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00247584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.499;QD=13.7531;RBI=0.00307928;REFB=-0.0184366;REVB=0.0018309;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914783;STB=0.55377;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0183096;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:6:17:12:3:6:17 chr9 5095191 . T A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0237551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.267;QD=12.6363;RBI=0.0237551;REFB=-0.0147801;REVB=-5.83187e-05;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.02728;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:10:3:6:15:10:3:6:15 chr9 5096433 . A G 347.34 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00421696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.25;QD=23.9542;RBI=0.00631779;REFB=-0.0115645;REVB=-0.00470443;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175925;STB=0.588185;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0124816;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:34:35:0.603448:20:14:15:8:20:15:15:8 chr9 5098223 . T C 149.0 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0112765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0138;QD=18.6254;RBI=0.0521685;REFB=0.00956832;REVB=0.0509352;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166872;STB=0.595118;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00649424;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:7:9:6:10:7:9 chr9 5109472 . G C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0210701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.932;QD=20.0308;RBI=0.0241052;REFB=-0.0123082;REVB=-0.0117093;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213828;STB=0.61997;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0108336;OID=.;OPOS=5109472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:8:18:11:13:8:18 chr9 5335470 . C T 370.38 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0139214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.729;QD=14.9646;RBI=0.0174905;REFB=-0.00451878;REVB=-0.0105883;RO=59;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405544;STB=0.53002;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00680022;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:59:39:40:0.40404:20:19:31:28:21:19:31:28 chr9 5557672 . T C 1792.36 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0333731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6297;QD=59.2516;RBI=0.051838;REFB=0.0351956;REVB=-0.0396663;RO=1;SAF=65;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725184;STB=0.507574;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00194296;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:54:65:1:0:54:65:2:0 chr9 5732483 . T C 1453.17 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987182;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.199;QD=63.1813;RBI=0.092719;REFB=0;REVB=0.092192;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08169e-05;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr9 5774225 . T G 2025.59 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000331707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.851;QD=62.3258;RBI=0.0267818;REFB=0;REVB=0.0267798;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62195e-05;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr9 5909152 . T G 239.9 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0304952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8391;QD=20.8612;RBI=0.031948;REFB=-0.0131009;REVB=0.0095246;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986588;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0140256;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:10:12:15:8:11:12:15:8 chr9 5968416 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0331409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.46;QD=19.523;RBI=0.0332261;REFB=-0.0129281;REVB=-0.00237773;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0154926;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:7:5:6:8:7:5 chr9 5969249 . A G 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.014448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.051;QD=22.4377;RBI=0.0144626;REFB=-0.0131207;REVB=-0.000649908;RO=29;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218555;STB=0.520494;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0125005;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:16:22:16:13:16:22:16:14 chr9 6253571 . C T 1099.04 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7503;QD=60.2213;RBI=0.0482133;REFB=0;REVB=0.0378766;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73176e-05;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:32:41:0:0 chr9 6328739 . C T 230.97 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00455766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.57;QD=16.4979;RBI=0.0270355;REFB=-0.0102856;REVB=0.0266486;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224448;STB=0.625924;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0104088;OID=.;OPOS=6328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:21:9:14:12:21:9 chr9 6328947 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.565;QD=50.4106;RBI=0.0386866;REFB=0;REVB=0.0302373;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430306;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 6329888 . A G 804.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955717;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8911;QD=57.4846;RBI=0.0982343;REFB=0;REVB=0.0227161;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384254;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr9 6330380 . A C 820.22 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00580067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.526;QD=55.6084;RBI=0.029155;REFB=-0.164614;REVB=-0.0285722;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000378547;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chr9 6330915 . G A 715.74 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543316;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.567;QD=57.2595;RBI=0.0194389;REFB=0;REVB=0.0186641;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50812e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr9 6984172 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.032901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.596;QD=26.3058;RBI=0.0358158;REFB=-0.0343115;REVB=0.0141528;RO=13;SAF=3;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379088;STB=0.714045;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0118981;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:18:3:7:6:18:3:7:6 chr9 7076463 . G A 954.77 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.183;QD=58.7551;RBI=0.0132929;REFB=0;REVB=-0.00843504;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03799e-06;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr9 7798435 . C T 751.04 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.218;QD=54.6214;RBI=0.00738972;REFB=-0.0214325;REVB=-0.00419138;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000812729;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:0:1:52:54:0.981818:23:29:0:0:25:29:0:1 chr9 7798518 . G C 1469.57 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0500025;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6063;QD=57.0705;RBI=0.0841395;REFB=-0.104817;REVB=0.0676699;RO=2;SAF=47;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111965;STB=0.500482;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00247453;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:53:47:1:1:53:48:1:1 chr9 7799606 . C A 177.24 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0277619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.187;QD=21.4833;RBI=0.0299375;REFB=-0.0215622;REVB=0.0112041;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811631;STB=0.536544;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0133413;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:15:16:18:0.545455:10:6:7:8:11:7:7:8 chr9 7799653 . G T 182.65 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00798325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.975;QD=19.2265;RBI=0.0098699;REFB=-0.0256979;REVB=0.00580367;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266391;STB=0.553016;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0123217;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:18:19:0.5:10:8:9:10:11:8:10:9 chr9 8389364 . C G 609.35 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0280584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.552;QD=14.5951;RBI=0.0284056;REFB=-0.0250444;REVB=0.00442777;RO=88;SAF=38;SAR=31;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15289;STB=0.553671;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.03174;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:88:98:69:69:0.413174:31:38:35:53:31:38:45:53 chr9 8454566 . T C 212.45 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00283524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9446;QD=10.2384;RBI=0.0121573;REFB=0.00861725;REVB=0.0118221;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14473;STB=0.584308;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0177666;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:13:14:22:34:13:14:22:34 chr9 8465598 . A G 1619.69 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.881;QD=59.9885;RBI=0.0609101;REFB=0;REVB=0.00528665;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38936e-05;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:44:62:0:0:44:64:0:0 chr9 8518143 . T C 756.79 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0303303;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.283;QD=24.4126;RBI=0.0349883;REFB=-0.000715921;REVB=0.0174429;RO=53;SAF=40;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575112;STB=0.53137;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000819179;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:31:40:26:27:31:40:26:27 chr9 8518395 . G A 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.717;QD=59.5555;RBI=0.0509354;REFB=-0.0616398;REVB=0.00895171;RO=1;SAF=69;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683231;STB=0.503596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00073269;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:44:69:1:0:44:69:1:0 chr9 8528506 . A G 535.62 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691476;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.3235;QD=57.9048;RBI=0.0763493;REFB=0;REVB=0.0323703;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520953;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr9 12732015 . C A 532.43 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00810658;FXX=0.046292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.778;QD=20.6768;RBI=0.00876568;REFB=-0.0124971;REVB=0.00333475;RO=47;SAF=33;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105439;STB=0.559094;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0100612;OID=.;OPOS=12732015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:103:47:49:54:54:0.524272:21:33:23:24:21:33:24:25 chr9 12764879 . C T 601.25 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00348905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.855;QD=18.4999;RBI=0.045843;REFB=-0.0214326;REVB=-0.04571;RO=68;SAF=25;SAR=36;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100842;STB=0.55036;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.035298;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:61:62:0.476923:36:25:35:33:36:26:35:33 chr9 12775889 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1904;QD=47.817;RBI=0.0456782;REFB=0;REVB=-0.00779324;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752545;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 13105959 . T G 1326.97 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212097;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9993;QD=62.4456;RBI=0.0823596;REFB=0;REVB=0.0795818;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357758;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:44:41:0:0 chr9 13112116 . A G 2053.2 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.106;QD=60.8355;RBI=0.054182;REFB=-0.0920395;REVB=-0.050386;RO=2;SAF=71;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000957008;STB=0.500503;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00167343;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:2:2:133:133:0.985185:62:71:1:1:62:71:1:1 chr9 13150531 . T C 605.0 PASS AF=0.398844;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.00484076;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.621;QD=13.9885;RBI=0.00492934;REFB=-0.00422731;REVB=-0.000930299;RO=97;SAF=35;SAR=34;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129261;STB=0.527454;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00647815;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:173:97:104:69:69:0.398844:34:35:48:49:34:35:48:56 chr9 13176312 . C T 602.17 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00935456;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.501;QD=26.1811;RBI=0.0110698;REFB=-0.0053926;REVB=0.00591883;RO=37;SAF=20;SAR=34;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110575;STB=0.555721;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00461367;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:37:38:54:54:0.586957:34:20:19:18:34:20:19:19 chr9 14082784 . G A 71.26 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=41;FAO=12;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00345438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.577;QD=6.33394;RBI=0.0258851;REFB=0.00534583;REVB=0.0256535;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565666;STB=0.716075;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00574936;OID=.;OPOS=14082784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:41:45:22:31:7:12:0.266667:1:6:8:14:4:8:11:20 chr9 14618856 . C T 684.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.102;QD=62.1863;RBI=0.0347623;REFB=0;REVB=-0.00816789;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236763;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr9 14737506 . T G 1244.8 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5974;QD=61.4717;RBI=0.0713894;REFB=0;REVB=0.0315389;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027107;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr9 14747412 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0179293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.182;QD=17.5685;RBI=0.021949;REFB=-0.0130283;REVB=-0.0126609;RO=31;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228802;STB=0.512812;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0123279;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:19:10:10:21:19:10:10:21 chr9 14775853 . A G 1249.95 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00304014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.386;QD=60.2386;RBI=0.00606902;REFB=0.103834;REVB=0.00525267;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097636;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.65988e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:48:33:0:1:48:34:0:1 chr9 14775859 . G A 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00620957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.122;QD=19.3193;RBI=0.0218135;REFB=-0.0158535;REVB=-0.020911;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269859;STB=0.649283;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140235;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:18:24:12:32:18:24:12:32 chr9 14776140 . C T 257.02 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0176935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2765;QD=13.5273;RBI=0.0346358;REFB=-0.00185053;REVB=0.0297754;RO=45;SAF=26;SAR=4;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454301;STB=0.760919;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0016638;OID=.;OPOS=14776140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:4:26:24:21:4:26:25:21 chr9 14816829 . G C 134.17 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00385538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.213;QD=16.2627;RBI=0.0105307;REFB=-0.00507734;REVB=-0.00979954;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00573859;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:10:8:7:8:10:8 chr9 14824799 . G A 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0114601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.458;QD=17.6943;RBI=0.0269901;REFB=-0.0134132;REVB=-0.0244363;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214143;STB=0.625598;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0171942;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:21:14:24:14:21:14:25:14 chr9 14859356 . T C 445.55 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00905686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6265;QD=26.2086;RBI=0.00934821;REFB=0.0181819;REVB=-0.00231566;RO=26;SAF=20;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373368;STB=0.520384;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0114767;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:22:20:11:15:22:20:11:15 chr9 15186860 . ATT ATA,AT,TAT 63.32 PASS AF=0.0652174,0.326087,0;AO=2,14,2;DP=46;FAO=3,15,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=0,6,0;FSAR=3,9,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0113436,0.115123,0.0104036;FXX=0.041658;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=203.329,9.87208,199.749;QD=5.50595;RBI=0.0442843,0.119478,0.0831491;REFB=-0.00935619,-0.105508,-0.00637654;REVB=-0.0428068,-0.0319642,-0.0824957;RO=23;SAF=0,6,0;SAR=2,8,2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.567298,-0.23312,-0.567298;STB=0.996789,0.610964,0.5;STBP=0.046,0.277,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.159482,0.139289,0;OID=.,.,.;OPOS=15186862,15186861,15186860;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:46:46:23:28:2,14,2:3,15,0:0.0652174,0.326087,0:2,8,2:0,6,0:15:8:3,9,0:0,6,0:16:12 chr9 15188106 . T C 1491.83 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00711176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.722;QD=58.5032;RBI=0.0233174;REFB=-0.00723529;REVB=0.0222064;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.504672;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=4.147e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:101:101:0.990196:53:48:0:0:53:48:0:1 chr9 15464898 . C A 608.96 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4643;QD=60.8964;RBI=0.125497;REFB=0;REVB=-0.1246;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198794;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr9 15591372 . T A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0188534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.953;QD=14.698;RBI=0.0313433;REFB=-0.00623779;REVB=0.025039;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.599877;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00993045;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:14:9:9:7:14:9 chr9 15784631 . A G 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00549417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.476;QD=24.5996;RBI=0.019724;REFB=-0.0108722;REVB=0.0189433;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331046;STB=0.68356;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00882803;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:8:14:3:13:8:14:3:13 chr9 15922137 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.112;QD=60.3763;RBI=0.0286052;REFB=0;REVB=0.0265396;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66013e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr9 16410956 . G C 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0106851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.199;QD=15.6463;RBI=0.0451045;REFB=-0.0222319;REVB=0.0438206;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0314178;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:10:11:11:5:10:11 chr9 16411463 . G T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.097695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4387;QD=14.6679;RBI=0.0985983;REFB=-0.00244068;REVB=0.0133164;RO=31;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324957;STB=0.677762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00108226;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:7:17:12:19:7:17:13:19 chr9 16417431 . G A 1994.99 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814847;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.392;QD=62.3436;RBI=0.00814852;REFB=0;REVB=-2.84645e-05;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737449;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:129:128:1:72:57:0:0:72:56:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 139.91 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00889434;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=284.652;QD=11.1927;RBI=0.0386724;REFB=-0.0121648;REVB=-0.0376357;RO=24;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252992;STB=0.675559;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.0143651;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:22:49:22:50:28:17:5:14:14:99:24:17:5:13:11 chr9 16685539 . T C 56.97 PASS AF=0.36;AO=7;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00722877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1889;QD=9.11588;RBI=0.0957901;REFB=-0.0644559;REVB=-0.0955169;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366314;STB=0.66637;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0965332;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:25:15:16:7:9:0.36:3:4:13:2:3:6:14:2 chr9 16738403 . T A 585.08 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00888874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.85;QD=19.5028;RBI=0.0144867;REFB=-0.00354456;REVB=-0.0114392;RO=60;SAF=28;SAR=32;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120287;STB=0.56635;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00282221;OID=.;OPOS=16738403;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:32:28:36:24:32:28:36:24 chr9 17001122 . C A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7722;QD=63.3352;RBI=0.0271389;REFB=0;REVB=-0.00290721;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53833e-05;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:31:62:0:0:31:62:0:0 chr9 17001200 . C A 2316.71 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.131;QD=63.4714;RBI=0.0346309;REFB=0;REVB=0.0337455;RO=0;SAF=89;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22841e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143163;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:56:89:0:0:57:89:0:0 chr9 17001216 . A C 2202.18 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016971;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.187;QD=63.3721;RBI=0.0193581;REFB=0;REVB=0.00931254;RO=0;SAF=82;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31473e-05;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:57:82:0:0:57:82:0:0 chr9 17135115 . C T 476.29 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0346395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6748;QD=17.9733;RBI=0.0401453;REFB=-0.00530792;REVB=-0.0202916;RO=55;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191785;STB=0.606353;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00482092;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:30:21:34:21:30:21:34:21 chr9 17342383 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.013;QD=57.0006;RBI=0.0369374;REFB=0;REVB=0.0368762;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157496;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr9 17394536 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.138;QD=39.2067;RBI=0.0344022;REFB=0;REVB=-0.0218233;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000966377;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr9 17394996 . T C 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.239;QD=58.4192;RBI=0.0392327;REFB=0;REVB=0.0376136;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82577e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr9 17409366 . G A 633.41 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00481124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.298;QD=48.7235;RBI=0.0249538;REFB=0.0128203;REVB=0.0244856;RO=4;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178939;STB=0.508799;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00154551;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:52:4:4:47:48:0.923077:30:17:1:3:31:17:1:3 chr9 18651156 . C T 223.16 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00261169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8094;QD=16.5301;RBI=0.0147668;REFB=-0.0130157;REVB=0.014534;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803453;STB=0.545418;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00846593;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:15:14:10:15:15:14 chr9 18651282 . A G 340.78 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0118377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.227;QD=15.6682;RBI=0.0122968;REFB=-0.0106726;REVB=-0.00332852;RO=50;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895527;STB=0.550534;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0146107;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:16:21:24:26:16:21:24:26 chr9 18775810 . C A 1012.34 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0625199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.148;QD=57.8479;RBI=0.0636973;REFB=-0.060483;REVB=0.0121907;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000131585;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:42:27:0:0:42:27:1:0 chr9 18776840 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.508;QD=58.587;RBI=0.0182409;REFB=0;REVB=-0.00238454;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173403;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr9 18777196 . A C 332.84 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0135121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.318;QD=19.0196;RBI=0.0138188;REFB=-0.0159399;REVB=-0.00289528;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210596;OID=.;OPOS=18777196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:15:20:20:15:15:20 chr9 18777368 . T C 1024.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.404;QD=59.3937;RBI=0.0455953;REFB=0;REVB=-0.0156845;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106191;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:30:37:0:0:31:38:0:0 chr9 18777422 . G A 704.57 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00545633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.727;QD=24.5066;RBI=0.00559365;REFB=-0.00274304;REVB=0.00123185;RO=48;SAF=50;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185175;STB=0.601448;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00162423;OID=.;OPOS=18777422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:48:67:67:0.582609:17:50:26:22:17:50:26:22 chr9 18910416 . A AGTT 294.36 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0135272;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.649;QD=13.6913;RBI=0.0142381;REFB=-0.0130258;REVB=-0.00444261;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779833;STB=0.552493;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0180784;OID=.;OPOS=18910417;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:33:86:34:86:52:18:16:23:29:99:52:17:16:23:29 chr9 18950787 . G A 649.74 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.00841425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7006;QD=15.47;RBI=0.00847816;REFB=0.000739967;REVB=0.001039;RO=89;SAF=29;SAR=43;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169308;STB=0.602908;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0011188;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:89:96:72:72:0.428571:43:29:51:38:43:29:56:40 chr9 18950895 . T C 825.41 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0132689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.111;QD=23.9248;RBI=0.0172454;REFB=-0.0157706;REVB=0.0110155;RO=59;SAF=31;SAR=46;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993215;STB=0.554839;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0120215;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:61:77:77:0.557971:46:31:31:28:46:31:32:29 chr9 19063108 . T C 515.46 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00340266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.529;QD=24.8414;RBI=0.0212397;REFB=-0.0130811;REVB=0.0209653;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454378;STB=0.524863;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00588031;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:26:22:14:21:26:22:14:21 chr9 19076673 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00395958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.781;QD=12.8689;RBI=0.0125663;REFB=-0.0074231;REVB=0.0119261;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231514;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00990393;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:5:11:5:6:5:11 chr9 19461193 . G T 2344.52 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00388279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.61;QD=59.3549;RBI=0.0369578;REFB=0.0263937;REVB=-0.0367532;RO=2;SAF=78;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121948;STB=0.506328;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00381127;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:158:2:2:155:156:0.987342:77:78:0:2:78:78:0:2 chr9 19492973 . A G 903.19 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.947;QD=58.2706;RBI=0.0141064;REFB=0;REVB=0.00907416;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73067e-05;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr9 19576949 . T G 1505.03 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151176;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.504;QD=61.4298;RBI=0.0288148;REFB=0.0121686;REVB=0.0245305;RO=2;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288141;STB=0.501519;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=4.63453e-05;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:96:96:0.979592:41:55:1:1:41:55:1:1 chr9 19786217 . G A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0339676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0355;QD=21.9697;RBI=0.034423;REFB=0.0185606;REVB=0.0055805;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248193;STB=0.639855;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0175398;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:6:14:7:10:6:14:7:10 chr9 20354796 . A G 355.55 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0050241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.533;QD=14.8147;RBI=0.0347087;REFB=-0.00801377;REVB=-0.0343431;RO=57;SAF=20;SAR=18;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13169;STB=0.58128;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0116545;OID=.;OPOS=20354796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:57:38:39:0.40625:18:20:37:20:19:20:37:20 chr9 20418323 . T C 142.2 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00416386;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.588;QD=9.64072;RBI=0.0232862;REFB=-0.0179439;REVB=-0.0229109;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290147;STB=0.672885;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0351336;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:14:5:20:20:14:5:20:20 chr9 20786994 . G C 1386.75 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.628;QD=62.3258;RBI=0.0440668;REFB=0;REVB=0.00738806;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78329e-05;OID=.;OPOS=20786994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:57:31:0:0:57:32:0:0 chr9 20866974 . C G 1731.16 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0272;QD=60.7426;RBI=0.0570247;REFB=0;REVB=0.0553567;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422572;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:70:44:0:0:70:44:0:0 chr9 20885204 . A G 625.34 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0332759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.619;QD=14.132;RBI=0.0334702;REFB=-0.00100316;REVB=-0.00360044;RO=102;SAF=42;SAR=29;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107658;STB=0.566728;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00161699;OID=.;OPOS=20885204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:102:106:71:71:0.40113:29:42:50:52:29:42:51:55 chr9 20953049 . A G 919.49 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=58.3804;RBI=0.059803;REFB=0;REVB=0.00255859;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133207;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr9 20988426 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.22;QD=59.6793;RBI=0.0162122;REFB=0;REVB=-0.00773274;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97953e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr9 21166077 . T C 268.75 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000674388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.269;QD=22.3961;RBI=0.0097884;REFB=-0.00676781;REVB=-0.00976514;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.540733;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00726909;OID=.;OPOS=21166077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:24:25:0.520833:12:12:13:10:13:12:13:10 chr9 21187311 . C T 782.21 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0059552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.991;QD=52.1471;RBI=0.0144593;REFB=-0.0544074;REVB=0.013176;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495627;STB=0.526307;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00338713;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:57:57:0.95:27:30:0:3:27:30:0:3 chr9 21201703 . T C 472.73 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0126942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1961;QD=17.5084;RBI=0.0397631;REFB=-8.45554e-05;REVB=0.0376824;RO=57;SAF=29;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905347;STB=0.550345;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000546611;OID=.;OPOS=21201703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:22:29:27:30:22:29:27:30 chr9 21207000 . C G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0166798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.914;QD=8.06781;RBI=0.028251;REFB=-0.00764347;REVB=-0.0228014;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104575;STB=0.564099;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0239817;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:22:11:5:7:22:11 chr9 21207005 . C G 89.33 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0297549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.677;QD=7.76788;RBI=0.0347797;REFB=-0.0183782;REVB=0.0180077;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939383;STB=0.596004;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0423131;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:46:46:34:34:11:12:0.26087:4:7:24:10:5:7:24:10 chr9 21207031 . T C 42.84 PASS AF=0.132353;AO=8;DP=67;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0178971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.319;QD=2.51986;RBI=0.0180708;REFB=-0.00382364;REVB=-0.00249918;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244827;STB=0.578956;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0137635;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:67:68:59:59:8:9:0.132353:3:5:38:21:4:5:38:21 chr9 21207037 . A T 50.64 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0174012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.638;QD=2.85296;RBI=0.0460632;REFB=-0.00279744;REVB=-0.0426499;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152506;STB=0.605432;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0330578;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:5:5:38:23:5:5:38:23 chr9 21227622 . A C 40.4 PASS AF=0.0990099;AO=9;DP=103;FAO=10;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.00257431;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.926;QD=1.59993;RBI=0.0131837;REFB=-0.00548148;REVB=0.01293;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107208;STB=0.603762;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0339201;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:103:101:60:91:9:10:0.0990099:4:5:28:32:5:5:35:56 chr9 21227942 . G T 450.38 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0126993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2346;QD=21.705;RBI=0.0140342;REFB=-0.0200286;REVB=-0.00597382;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186199;STB=0.608221;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0203375;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:18:26:14:24:18:26:14:25 chr9 21228040 . C G 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0220401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.986;QD=7.86311;RBI=0.0228231;REFB=-0.00185005;REVB=-0.00592699;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253115;STB=0.666389;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00583849;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:8:4:18:15:8:4:19:15 chr9 21304803 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0135726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.939;QD=14.5589;RBI=0.0188194;REFB=-0.00537818;REVB=0.0130367;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926565;STB=0.552691;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00687948;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:17:18:11:15:17:18 chr9 21481483 . G A 542.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779392;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.504;QD=60.2489;RBI=0.0295037;REFB=0;REVB=0.0284557;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288659;OID=.;OPOS=21481483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr9 21482181 . C G 2214.25 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=151;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248926;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4347;QD=60.2517;RBI=0.025518;REFB=-0.088317;REVB=0.00561471;RO=1;SAF=86;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549828;STB=0.50289;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000169999;OID=.;OPOS=21482181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:147:1:1:146:146:0.993197:60:86:1:0:60:86:1:0 chr9 21482238 . AAAT A 1956.8 PASS AF=1;AO=149;DP=171;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147397;FXX=0.0813906;HRUN=3;LEN=3;MLLD=236.11;QD=49.5394;RBI=0.0477212;REFB=0;REVB=0.0453879;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.58313e-05;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:149:171:158:158:0:84:74:0:0:34:0:78:71:0:0 chr9 21699406 . G A 197.71 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0169514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4905;QD=18.8294;RBI=0.0261219;REFB=-0.0223516;REVB=-0.0198747;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675636;STB=0.538422;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0226629;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:8:14:14:6:8:14 chr9 21699444 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00825626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.056;QD=20.7689;RBI=0.0187464;REFB=0.000560639;REVB=-0.0168303;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135165;STB=0.584354;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000691395;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:15:12:14:9:15:12:15:9 chr9 21816758 . G A 242.67 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00330824;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.946;QD=17.0295;RBI=0.0419534;REFB=-0.00102044;REVB=0.0418227;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180918;STB=0.522372;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0015631;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:26:27:0.473684:10:16:19:11:11:16:19:11 chr9 21968159 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=0.0108976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.965;QD=15.172;RBI=0.103076;REFB=-0.00437106;REVB=0.102498;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295431;STB=0.664528;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00795182;OID=.;OPOS=21968159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:3:14:23:1:3:14:23:1 chr9 21968199 . C G 1035.14 PASS AF=0.972603;AO=72;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0425138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8048;QD=56.7203;RBI=0.0431123;REFB=-0.117738;REVB=-0.00715837;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171927;STB=0.518513;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00181141;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:72:71:0.972603:27:45:0:1:26:45:0:2 chr9 22029445 . G A 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.889;QD=60.029;RBI=0.0171925;REFB=0;REVB=-0.0116637;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56881e-06;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr9 24545957 . G C 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000983838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.224;QD=61.512;RBI=0.0135411;REFB=-0.0470109;REVB=-0.0135053;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000249325;OID=.;OPOS=24545957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:25:23:0:0:25:23:1:0 chr9 24905556 . A G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.103;QD=61.6928;RBI=0.0223834;REFB=0;REVB=0.00560151;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13946e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr9 24905678 . C A 389.26 PASS AF=0.66;AO=31;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0139919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.865;QD=31.1405;RBI=0.0172193;REFB=-0.0214942;REVB=0.0100365;RO=18;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364633;STB=0.71046;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0090418;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:17:31:33:0.66:23:8:14:4:25:8:14:3 chr9 25677933 . T C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.050586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8125;QD=14.6535;RBI=0.057055;REFB=-0.0196061;REVB=0.026388;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574942;STB=0.84389;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00990425;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:6:2:7:1:6:2 chr9 25677953 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.018;QD=45.8066;RBI=0.0269848;REFB=0;REVB=0.0142444;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179915;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 25678640 . T A 196.48 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0312507;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.781;QD=17.4647;RBI=0.0323441;REFB=-0.0344656;REVB=0.00833868;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.528189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0265337;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:9:11:13:10:9:11:15:10 chr9 26116150 . G T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.41;QD=51.1827;RBI=0.0440708;REFB=0;REVB=0.0286022;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228576;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr9 27183463 . A C 506.75 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517826;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.849;QD=59.6181;RBI=0.00580276;REFB=0;REVB=-0.00261871;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382268;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 27296705 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.017092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.311;QD=18.2512;RBI=0.0244506;REFB=0.0057159;REVB=-0.0174841;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231787;STB=0.631413;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00535967;OID=.;OPOS=27296705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:4:11:7:8:4:11 chr9 27328886 . C A 309.88 PASS AF=0.373737;AO=34;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0196682;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.728;QD=12.5203;RBI=0.0201647;REFB=-0.00560878;REVB=0.00444726;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129708;STB=0.515343;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00906224;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:61:62:34:37:0.373737:16:18:33:28:17:20:32:30 chr9 27328964 . C T 2368.17 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.009;QD=61.1142;RBI=0.0379071;REFB=0;REVB=0.00523917;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69657e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:80:75:0:0:80:75:0:0 chr9 27524731 . A G 784.85 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000343262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3592;QD=52.3232;RBI=0.043716;REFB=-0.117433;REVB=0.0437147;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129222;STB=0.522719;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00364292;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:60:1:2:57:58:0.966667:21:36:1:0:21:37:0:2 chr9 27556780 . G A 227.88 PASS AF=0.611111;AO=19;DP=33;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0107321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.995;QD=25.3195;RBI=0.0153991;REFB=-0.00548806;REVB=-0.0110433;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204321;STB=0.563717;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00469938;OID=.;OPOS=27556780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:14:14:19:22:0.611111:13:6:8:6:13:9:8:6 chr9 32069857 . T G 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0403988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6298;QD=26.3372;RBI=0.0574264;REFB=-0.0128489;REVB=-0.0408133;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150103;STB=0.58326;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0121605;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:6:9:9:14:6:9 chr9 32069938 . G C 159.46 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0525738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6836;QD=17.7172;RBI=0.0555939;REFB=0.0397574;REVB=-0.0180741;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281066;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0461616;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:11:6:12:6:11:6:12:7 chr9 32425910 . A G 728.65 PASS AF=0.4;AO=80;DP=200;FAO=80;FDP=200;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0189946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2168;QD=14.5729;RBI=0.019906;REFB=-0.00310241;REVB=-0.00595454;RO=120;SAF=36;SAR=44;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624575;STB=0.535097;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00484009;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:120:120:80:80:0.4:44:36:61:59:44:36:61:59 chr9 32436014 . A G 174.34 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.011334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.614;QD=11.4319;RBI=0.0244818;REFB=-0.0128619;REVB=0.0217002;RO=38;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057239;STB=0.546719;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0303244;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:6:16:26:12:6:16:26:13 chr9 32450187 . T C 272.43 PASS AF=0.568182;AO=21;DP=40;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00911181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.385;QD=24.7663;RBI=0.0308176;REFB=-0.016758;REVB=0.0294398;RO=19;SAF=17;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255678;STB=0.548347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0140651;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:19:19:21:25:0.568182:4:17:11:8:8:17:11:8 chr9 32459450 . T G 259.29 PASS AF=0.369048;AO=28;DP=81;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0102823;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.339;QD=12.3471;RBI=0.0103592;REFB=-0.00869537;REVB=-0.00125967;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186433;STB=0.635172;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0135186;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:52:53:28:31:0.369048:12:16:21:31:12:19:21:32 chr9 32498291 . A G 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.714;QD=63.8634;RBI=0.0380347;REFB=0;REVB=0.0308514;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54808e-05;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr9 32526146 . G A 256.0 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00643056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.984;QD=18.963;RBI=0.0575184;REFB=-0.0219617;REVB=0.0571578;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164381;STB=0.592;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0227965;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:19:9:13:13:19:9:13:13 chr9 32630472 . T C 491.74 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0115781;FXX=0.0175423;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.618;QD=17.5623;RBI=0.0149578;REFB=-0.0104352;REVB=-0.00947016;RO=46;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167303;STB=0.571738;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0159339;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:46:59:52:53:0.473214:26:26:32:14:27:26:37:22 chr9 32631369 . C T 826.88 PASS AF=0.445;AO=89;DP=201;FAO=89;FDP=200;FR=.;FRO=111;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0177281;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8349;QD=16.5375;RBI=0.0209389;REFB=-0.0106559;REVB=-0.0111423;RO=110;SAF=49;SAR=40;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513212;STB=0.505612;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0114371;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:110:111:89:89:0.445:40:49:60:50:40:49:60:51 chr9 32785399 . C T 2617.78 PASS AF=0.994186;AO=168;DP=170;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-4.42909e-05;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.631;QD=60.8787;RBI=0.0600208;REFB=-0.0250702;REVB=-0.0600207;RO=0;SAF=90;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00839e-08;STB=0.503144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000240642;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:172:0:1:168:171:0.994186:78:90:0:0:79:92:0:1 chr9 32785888 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.763;QD=47.8223;RBI=0.0256871;REFB=0;REVB=0.018801;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115553;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr9 32786553 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.72;QD=58.1338;RBI=0.0424265;REFB=0;REVB=-0.00248813;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251299;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr9 32786586 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.582;QD=54.5177;RBI=0.00304762;REFB=0;REVB=0.00148499;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48143e-06;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr9 32786653 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.593;QD=50.4134;RBI=0.0130993;REFB=0;REVB=0.00955708;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09948e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr9 32820257 . C T 1462.7 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00261854;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.168;QD=56.2578;RBI=0.020711;REFB=-0.0286305;REVB=-0.0205448;RO=3;SAF=61;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358752;STB=0.501892;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-1.00159e-05;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:3:3:101:101:0.971154:40:61:2:1:40:61:2:1 chr9 33026572 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.132;QD=57.0004;RBI=0.0329152;REFB=0;REVB=-0.0161326;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01181e-05;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr9 33062128 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0731525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.005;QD=19.1558;RBI=0.0733399;REFB=-0.00830462;REVB=0.0052391;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00921857;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:9:14:12:9:9:14 chr9 33240225 . G A 1222.21 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457723;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.392;QD=58.9015;RBI=0.0609226;REFB=-0.0178042;REVB=0.0402052;RO=2;SAF=33;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278304;STB=0.514702;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000173802;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:2:2:81:81:0.975904:48:33:2:0:48:33:2:0 chr9 33352826 . C CAAA 285.71 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0167343;FXX=0.0877039;HRUN=0;LEN=3;MLLD=187.605;QD=21.9774;RBI=0.022648;REFB=-0.00830544;REVB=0.0152609;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127983;STB=0.604671;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.00795429;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557692:28:56:29:52:23:17:12:8:15:99:26:16:12:11:15 chr9 33386989 . C G 32.05 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00173986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.173;QD=5.12864;RBI=0.0292173;REFB=-0.014732;REVB=0.0291654;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262872;STB=0.717261;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0347212;OID=.;OPOS=33386989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:24:25:19:19:5:6:0.24:3:2:12:7:4:2:12:7 chr9 33395196 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.469;QD=55.651;RBI=0.0217001;REFB=0;REVB=-0.00275907;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25507e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr9 33442952 . G A 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.294;QD=59.0054;RBI=0.0376179;REFB=0;REVB=-0.0127598;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67298e-05;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr9 33447424 . C G 4474.5 PASS AF=1;AO=283;DP=287;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158406;FXX=0.0104526;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.896;QD=63.0211;RBI=0.018454;REFB=-0.090438;REVB=0.00946697;RO=2;SAF=129;SAR=154;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69205e-05;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:287:284:2:0:283:284:1:154:129:0:2:155:129:0:0 chr9 33461567 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.52;QD=49.599;RBI=0.0515038;REFB=0;REVB=0.0336607;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683043;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr9 33524684 . G A 761.7 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.684;QD=56.4223;RBI=0.0702311;REFB=0;REVB=0.0688556;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549814;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:44:54:1:27:17:0:0:34:20:0:0 chr9 33618358 . A G 887.18 PASS AF=0.570423;AO=81;DP=142;FAO=81;FDP=142;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0215596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.314;QD=24.991;RBI=0.0259717;REFB=-0.00922078;REVB=-0.0144816;RO=61;SAF=25;SAR=56;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324233;STB=0.51768;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00645019;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:61:61:81:81:0.570423:56:25:21:40:56:25:21:40 chr9 33618460 . A T 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0210285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.746;QD=24.9757;RBI=0.0248975;REFB=-0.0300429;REVB=0.01333;RO=21;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525474;STB=0.528908;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0174771;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:24:9:7:14:24:9:7:14 chr9 33618497 . G A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00505231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2336;QD=24.4927;RBI=0.0215827;REFB=-0.0371897;REVB=-0.020983;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426112;STB=0.523786;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0121012;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:5:10:15:6:5:10 chr9 33624429 . A C 512.58 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0253202;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.679;QD=19.5268;RBI=0.0270807;REFB=-0.0303106;REVB=-0.00960494;RO=51;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033871;STB=0.514034;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0323058;OID=.;OPOS=33624429;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:51:52:53:53:0.504762:25:28:25:26:25:28:26:26 chr9 33625185 . C T 464.6 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0249245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.759;QD=18.3998;RBI=0.0263494;REFB=-0.0187732;REVB=0.0085474;RO=52;SAF=21;SAR=27;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321469;STB=0.502889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0167868;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:48:49:0.485149:27:21:21:31:28:21:22:30 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 33.78 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0262392;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=316.399;QD=3.46417;RBI=0.0277117;REFB=0.00228841;REVB=-0.00891311;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405181;STB=0.756617;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=-0.0160282;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:6:39:6:39:33:5:1:19:14:33:29:5:1:15:14 chr9 33662389 . A G 330.71 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00609539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0756;QD=18.6314;RBI=0.0197369;REFB=-0.00903249;REVB=0.0187721;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331237;STB=0.524241;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00973594;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:21:13:15:21:22:13:15:21 chr9 33675629 . A C 781.38 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.000933892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.887;QD=19.6573;RBI=0.0020627;REFB=0.00297011;REVB=-0.00183918;RO=78;SAF=47;SAR=33;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147885;STB=0.578305;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00275155;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:79:80:80:0.503145:33:47:33:45:33:47:34:45 chr9 33676094 . C G 1192.2 PASS AF=0.493724;AO=118;DP=240;FAO=118;FDP=239;FR=.;FRO=121;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=76;FSRR=45;FWDB=-0.0144603;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.347;QD=19.9531;RBI=0.0189526;REFB=-0.00466423;REVB=0.0122516;RO=120;SAF=63;SAR=55;SRF=76;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924622;STB=0.548217;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00398679;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:120:121:118:118:0.493724:55:63:76:44:55:63:76:45 chr9 33794797 . TGA T 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0213058;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.23;QD=9.14281;RBI=0.0456627;REFB=-0.0299463;REVB=-0.0403874;RO=40;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290431;STB=0.693941;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0376036;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311475:19:61:19:61:42:15:4:23:19:99:40:15:4:23:17 chr9 33794809 . G A 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0178032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.896;QD=7.81061;RBI=0.0222477;REFB=0.0156685;REVB=-0.0133418;RO=49;SAF=15;SAR=4;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302905;STB=0.685343;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0146991;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:4:15:28:21:4:15:28:21 chr9 33794812 . G T 133.59 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0165122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.368;QD=7.97578;RBI=0.0181465;REFB=0.00127955;REVB=0.00752614;RO=48;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3119;STB=0.690388;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00510553;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:4:15:27:21:4:15:27:21 chr9 33796660 . T C 49.3 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=170;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=77;FSRR=78;FWDB=0.00454126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.356;QD=1.16004;RBI=0.0115439;REFB=-0.0021572;REVB=-0.0106132;RO=155;SAF=12;SAR=3;SRF=77;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359013;STB=0.784115;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0237828;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:170:170:155:155:15:15:0.0882353:3:12:77:78:3:12:77:78 chr9 33796672 . TG CA 48.07 PASS AF=0.0862069;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=174;FR=.;FRO=159;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=82;FSRR=77;FWDB=0.00509244;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.995;QD=1.10509;RBI=0.0137521;REFB=-0.000511;REVB=-0.0127745;RO=157;SAF=12;SAR=3;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340497;STB=0.772568;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.0138824;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:174:174:157:159:15:15:0.0862069:3:12:81:76:3:12:82:77 chr9 33796785 . C G 33.02 PASS AF=0.0748299;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=0.0136079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.118;QD=0.898559;RBI=0.0174075;REFB=-0.00232227;REVB=-0.0108556;RO=136;SAF=6;SAR=5;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258328;STB=0.5217;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0271161;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:147:147:136:136:11:11:0.0748299:5:6:71:65:5:6:71:65 chr9 33796799 . A T 94.39 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00165869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.36;QD=3.40127;RBI=0.00846704;REFB=-0.000610193;REVB=0.00830299;RO=93;SAF=10;SAR=8;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157663;STB=0.603847;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0032022;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:111:111:93:93:18:18:0.162162:8:10:40:53:8:10:40:53 chr9 33797951 . A C 34.99 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0801912;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.997;QD=1.42825;RBI=0.089778;REFB=-0.00332925;REVB=-0.0403666;RO=89;SAF=3;SAR=6;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329953;STB=0.743097;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0554802;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:98:89:89:9:9:0.0918367:6:3:56:33:6:3:55:34 chr9 33797962 . A G 36.05 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0305076;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.573;QD=1.53392;RBI=0.0377513;REFB=-0.00513918;REVB=-0.0222361;RO=85;SAF=3;SAR=6;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339153;STB=0.754462;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0458464;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:95:94:85:85:9:9:0.0957447:6:3:54:31:6:3:54:31 chr9 33797987 . G T 43.63 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0303753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.056;QD=1.96098;RBI=0.0371369;REFB=-0.0033304;REVB=-0.0213656;RO=76;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313711;STB=0.73158;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0411231;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:76:79:10:10:0.11236:7:3:43:33:7:3:45:34 chr9 33797999 . A G 61.68 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0292084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4968;QD=3.08387;RBI=0.0303649;REFB=-0.00608565;REVB=-0.00830051;RO=66;SAF=5;SAR=7;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232287;STB=0.665731;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0461771;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:66:68:12:12:0.15:7:5:40:26:7:5:42:26 chr9 33798016 . CA CG,TG 973.09 PASS AF=0.855072,0.144928;AO=55,10;DP=73;FAO=59,10;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37,4;FSAR=22,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036995,0.00458199;FXX=0.054787;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=76.3264,114.16;QD=56.4112;RBI=0.0383472,0.013994;REFB=0,0;REVB=-0.0100932,-0.0132226;RO=0;SAF=34,4;SAR=21,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00417146,0.0336597;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:73:69:0:0:55,10:59,10:0.855072,0.144928:21,6:34,4:0:0:22,6:37,4:0:0 chr9 33798037 . T C 90.13 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00113662;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.404;QD=4.87181;RBI=0.0241214;REFB=-0.00638546;REVB=-0.0240946;RO=59;SAF=7;SAR=8;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136332;STB=0.586649;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0339527;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:75:74:59:59:15:15:0.202703:8:7:34:25:8:7:34:25 chr9 33798042 . G C 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00139411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.669;QD=4.8527;RBI=0.0237894;REFB=-0.00162222;REVB=0.0237485;RO=59;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115284;STB=0.57338;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0099337;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:8:7:33:26:8:7:33:26 chr9 33798075 . T C 105.91 PASS AF=0.25;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00910697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.16;QD=6.61968;RBI=0.00925641;REFB=-0.00247519;REVB=0.00165659;RO=48;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221931;STB=0.607976;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00528566;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:15:16:0.25:9:6:28:20:9:7:28:20 chr9 33798574 . G A 39.81 PASS AF=0.0970874;AO=9;DP=106;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0311802;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.908;QD=1.54595;RBI=0.0321078;REFB=0.00051384;REVB=-0.00766215;RO=96;SAF=7;SAR=2;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269995;STB=0.76293;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00716595;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:103:96:93:9:10:0.0970874:2:7:53:43:2:8:49:44 chr9 33798596 . T C 59.02 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00847624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.345;QD=2.71355;RBI=0.0374362;REFB=-0.0023603;REVB=-0.036464;RO=74;SAF=9;SAR=3;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317186;STB=0.718186;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0258986;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:74:75:12:12:0.137931:3:9:37:37:3:9:38:37 chr9 33917484 . CTTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA,TCTTTTTTA 76.19 PASS AF=0.115385,0.192308,0.192308,0,0.0384615;AO=3,3,5,2,2;DP=28;FAO=3,5,5,0,1;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3,2,0,0;FSAR=3,2,3,0,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0627069,-0.112527,-0.0827288,0.0173098,-0.00281212;FXX=0.0714031;HRUN=7,7,7,7,1;LEN=3,2,1,1,2;MLLD=24.7828,18.9501,10.558,9.95235,18.9084;QD=11.7218;RBI=0.0809914,0.151212,0.090326,0.0684583,0.108878;REFB=-0.0329665,-0.0391956,-0.0798366,-0.0438286,-0.0322457;REVB=-0.0512588,-0.101008,-0.0362591,0.0662337,-0.108842;RO=10;SAF=0,1,3,2,0;SAR=3,2,2,0,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.649379,-0.181792,0.105052,0.57573,-0.57573;STB=0.995574,0.627403,0.512146,0.5,0.987929;STBP=0.137,0.576,0.997,1,0.502;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0.103274,0.0486322,0.0770977,0,0.0143059;OID=.,.,.,.,.;OPOS=33917490,33917491,33917485,33917491,33917484;OREF=TTA,TA,T,T,CT;OALT=-,-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA,TCTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:20:28:26:10:12:3,3,5,2,2:3,5,5,0,1:0.115385,0.192308,0.192308,0,0.0384615:3,2,2,0,2:0,1,3,2,0:5:5:3,2,3,0,1:0,3,2,0,0:5:7 chr9 33927899 . G A 1518.0 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0435036;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3259;QD=57.8285;RBI=0.0610345;REFB=-0.162767;REVB=0.0428094;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.504586;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00205797;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:105:1:1:103:104:0.990476:53:50:0:1:54:50:0:1 chr9 33935736 . A G 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0182071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.45;QD=12.1357;RBI=0.0182341;REFB=-0.0142363;REVB=-0.000990635;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114459;STB=0.565743;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0229453;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:14:14:29:19:14:14:29:19 chr9 33971740 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0124932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.629;QD=11.6673;RBI=0.0211032;REFB=-0.00135252;REVB=0.0170078;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256505;STB=0.649805;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00277612;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:19:7:7:7:19:7 chr9 33986805 . T C 170.56 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0836402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9954;QD=10.8291;RBI=0.0846734;REFB=-0.0173549;REVB=0.013187;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24776;STB=0.657978;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0364064;OID=.;OPOS=33986805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:41:22:22:0.349206:14:8:23:16:14:8:25:16 chr9 34017106 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.376;QD=59.0174;RBI=0.0310674;REFB=0;REVB=-0.0184451;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43691e-05;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 34088022 . G GAAAGA 101.81 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426065;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=307.423;QD=40.7258;RBI=0.0429397;REFB=0;REVB=-0.00533871;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000247569;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:10:10:10:0:3:7:0:0:4:0:3:6:0:0 chr9 34107505 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000294042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.79;QD=17.4278;RBI=0.00821575;REFB=0.0112255;REVB=0.00821049;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0102191;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:13:10:10:9:13:10 chr9 34251943 . G C 1102.4 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.042188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6295;QD=58.7946;RBI=0.0668542;REFB=-0.0860214;REVB=-0.0518619;RO=1;SAF=52;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901237;STB=0.504761;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000379179;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:22:52:1:0:22:52:1:0 chr9 34252466 . GCTAA G 581.79 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488706;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=4;MLLD=270.928;QD=61.2407;RBI=0.0212715;REFB=0;REVB=0.0207025;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.05572e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:38:38:38:0:18:20:0:0:4:0:14:20:0:0 chr9 34256347 . C T 330.47 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.366;QD=50.8416;RBI=0.0304727;REFB=-0.104306;REVB=0.0270943;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000474667;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr9 34310927 . T C 299.6 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00824548;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.407;QD=13.4653;RBI=0.0265608;REFB=-0.00491255;REVB=0.0252485;RO=55;SAF=12;SAR=22;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211344;STB=0.620896;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00792995;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:55:55:34:34:0.382022:22:12:30:25:22:12:30:25 chr9 34370020 . T A 177.01 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0589239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4872;QD=39.3355;RBI=0.178264;REFB=-0.131842;REVB=0.168244;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113838;STB=0.562422;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0607075;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:9:7:2:0:9:7:2:0 chr9 34371788 . A T 654.33 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0012118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.267;QD=17.6846;RBI=0.00484394;REFB=-0.0278686;REVB=-0.00468992;RO=81;SAF=35;SAR=32;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106485;STB=0.559105;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0341621;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:32:35:51:30:32:35:51:30 chr9 34372783 . G C 773.43 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.312;QD=61.8745;RBI=0.0468727;REFB=-0.12595;REVB=0.0452549;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000545942;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:20:29:0:0:20:29:1:0 chr9 34372873 . C G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.504;QD=57.2367;RBI=0.0204442;REFB=0;REVB=0.0184515;RO=0;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12255e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:13:43:0:0:13:43:0:0 chr9 34382726 . A G 2048.43 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191063;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0395;QD=62.5474;RBI=0.0215907;REFB=0;REVB=0.0100551;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110629;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:55:75:0:0:56:75:0:0 chr9 34399170 . G A 163.65 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.03986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5775;QD=14.8772;RBI=0.0603433;REFB=-0.0218327;REVB=0.0453044;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554787;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0418097;OID=.;OPOS=34399170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:10:8:12:12:10:8:13:13 chr9 34478671 . G A 358.89 PASS AF=0.435294;AO=25;DP=87;FAO=37;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0335977;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.825;QD=16.8888;RBI=0.0362293;REFB=-0.0200283;REVB=-0.0135557;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3764;STB=0.571597;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.035225;OID=.;OPOS=34478671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:43:46:25:37:0.435294:11:14:9:34:23:14:12:34 chr9 34521148 . G A 706.65 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.242;QD=62.8137;RBI=0.0373563;REFB=0;REVB=0.0144798;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201808;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:24:21:0:0 chr9 34622389 . A C 336.11 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0128996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1917;QD=27.4371;RBI=0.0162055;REFB=0.0216568;REVB=0.00980905;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073669;STB=0.527068;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.015012;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:20:29:29:0.591837:12:17:13:6:12:17:13:7 chr9 34627983 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00759864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.91;QD=16.4264;RBI=0.00856707;REFB=-0.0241472;REVB=0.00395669;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0178574;OID=.;OPOS=34627983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:6:5:6:5:6:5 chr9 34658652 . G A 189.71 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0270815;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.848;QD=13.0836;RBI=0.0288419;REFB=-0.0146451;REVB=-0.00992214;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102807;STB=0.551954;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0221715;OID=.;OPOS=34658652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:15:8:15:19:15:8:15:20 chr9 34723744 . C A 650.28 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0525495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6226;QD=59.1166;RBI=0.086378;REFB=-0.0316253;REVB=0.0685544;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539219;STB=0.510633;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0135715;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:2:1:41:43:0.977273:18:23:1:1:20:23:1:0 chr9 34723935 . C T 317.1 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.552;QD=50.7364;RBI=0.0253977;REFB=-0.0596958;REVB=-0.00425621;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927535;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr9 34724241 . C A 1321.08 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.647;QD=62.1684;RBI=0.049598;REFB=0;REVB=0.0491588;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74674e-05;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:1:0:79:85:1:34:45:0:1:39:46:0:0 chr9 34724786 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.711;QD=48.7373;RBI=0.0135291;REFB=0;REVB=0.000395491;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123086;OID=.;OPOS=34724786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr9 34724796 . T A 171.49 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.204;QD=45.7294;RBI=0.0672277;REFB=0;REVB=0.0648112;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218095;OID=.;OPOS=34724796;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:2:12:0:0:3:12:0:0 chr9 34725047 . C T 838.11 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=70;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0058407;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.858;QD=48.586;RBI=0.022336;REFB=0.0234619;REVB=0.0215588;RO=7;SAF=35;SAR=27;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291803;STB=0.515508;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00227789;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:69:7:7:62:62:0.898551:27:35:5:2:27:35:5:2 chr9 34725742 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5863;QD=33.4264;RBI=0.104179;REFB=0;REVB=0.101724;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121813;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 34834494 . C T 1034.35 PASS AF=0.5;AO=105;DP=211;FAO=105;FDP=210;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00783777;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.987;QD=19.702;RBI=0.0365593;REFB=-0.0101195;REVB=-0.0357093;RO=104;SAF=50;SAR=55;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390095;STB=0.523805;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00999661;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:104:105:105:105:0.5:55:50:54:50:55:50:55:50 chr9 34834880 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.235;QD=33.4285;RBI=0.0148087;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253526;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr9 34835273 . A C 589.33 PASS AF=0.41875;AO=66;DP=161;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.000522037;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=14.7333;RBI=0.00916405;REFB=-0.0215043;REVB=-0.00914916;RO=92;SAF=31;SAR=35;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024041;STB=0.502617;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0184092;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:92:93:66:67:0.41875:35:31:43:49:35:32:44:49 chr9 34835861 . C G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1245;QD=59.8382;RBI=0.0209087;REFB=0;REVB=0.0195947;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173217;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr9 34978431 . G A 1175.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.486;QD=59.5362;RBI=0.0158213;REFB=0.0618524;REVB=-0.00981388;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00018939;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:41:37:0:0:41:37:1:0 chr9 35089403 . G A 483.28 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8764;QD=58.5799;RBI=0.0737831;REFB=0;REVB=0.0639065;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330913;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr9 35089431 . AAG AA,A 202.94 PASS AF=1,0;AO=6,10;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676649,0.0654102;FXX=0.049975;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.791,6.34074;QD=42.7237;RBI=0.240944,0.446105;REFB=0,0;REVB=-0.240848,-0.441283;RO=0;SAF=6,0;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0325094,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,10:19:19,0:19:0:8,0:11,0:0:0:4:0:6,0:0,10:0:0 chr9 35107858 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.158;QD=53.911;RBI=0.0124193;REFB=0;REVB=-0.00548881;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60194e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr9 35546735 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.822;QD=59.0176;RBI=0.0381618;REFB=0;REVB=-0.0371848;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439159;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 35660990 . A G 496.83 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.112;QD=58.45;RBI=0.0340705;REFB=0;REVB=0.0335643;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231883;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr9 35662251 . T C 896.88 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666297;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.61;QD=57.8633;RBI=0.0724256;REFB=0;REVB=0.0283892;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264596;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:35:27:0:0 chr9 35674101 . T C 534.62 PASS AF=0.846154;AO=41;DP=49;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0278716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4213;QD=41.1246;RBI=0.0286567;REFB=-0.00467843;REVB=0.00666193;RO=6;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147185;STB=0.512362;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0137696;OID=.;OPOS=35674101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:49:52:6:8:41:44:0.846154:23:18:3:3:24:20:3:5 chr9 35674185 . C T 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0130588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7263;QD=2.928;RBI=0.0451468;REFB=-0.00169291;REVB=0.0432169;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34972;STB=0.742977;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0121246;OID=.;OPOS=35674185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:50:51:8:8:0.135593:2:6:23:27:2:6:24:27 chr9 35674190 . CGGAGAGGAGGATCTACCT CAGAGAGGAGGATCCACCC 178.47 PASS AF=0.408163;AO=10;DP=51;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0143936;FXX=0.0754575;HRUN=2;LEN=18;MLLD=334.074;QD=14.5692;RBI=0.0218424;REFB=-0.00819795;REVB=0.0164291;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756198;STB=0.740947;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0133304;OID=.;OPOS=35674191;OREF=GGAGAGGAGGATCTACCT;OALT=AGAGAGGAGGATCCACCC;OMAPALT=CAGAGAGGAGGATCCACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:10:51:20:49:29:6:14:21:8:99:17:6:4:9:8 chr9 35674347 . A T 871.39 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347656;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.978;QD=58.0926;RBI=0.0348192;REFB=0;REVB=0.0019309;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391587;OID=.;OPOS=35674347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr9 35675852 . C G 522.37 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0149707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.297;QD=50.9629;RBI=0.03135;REFB=-0.159979;REVB=0.0275446;RO=3;SAF=19;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683844;STB=0.547594;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00133515;OID=.;OPOS=35675852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:3:4:37:37:0.902439:18:19:3:0:18:19:4:0 chr9 35705759 . G A 1507.22 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.639;QD=58.5329;RBI=0.0436722;REFB=-0.0549273;REVB=0.00760326;RO=1;SAF=54;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087057;STB=0.504586;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000162121;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:48:54:1:0:48:54:1:0 chr9 35712003 . G A 207.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.924;QD=48.7595;RBI=0.017287;REFB=0;REVB=-0.0152515;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115868;OID=.;OPOS=35712003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr9 35749845 . G C 834.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.54;QD=57.5236;RBI=0.0347469;REFB=0;REVB=0.0252399;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80849e-05;OID=.;OPOS=35749845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:32:23:0:0:32:26:0:0 chr9 35792423 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9392;QD=35.5758;RBI=0.169737;REFB=0;REVB=-0.148373;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0190315;OID=.;OPOS=35792423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 35802583 . C T 1522.59 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9529;QD=59.7093;RBI=0.0393263;REFB=0;REVB=0.0300124;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79413e-05;OID=.;OPOS=35802583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:48:53:0:0:49:53:0:0 chr9 35807401 . AGCTGGGGCC A 1050.55 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122788;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=9;MLLD=284.853;QD=60.0314;RBI=0.0200591;REFB=0;REVB=-0.0158619;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.36266e-05;OID=.;OPOS=35807402;OREF=GCTGGGGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:71:70:70:0:24:46:0:0:6:0:24:45:0:0 chr9 35810245 . G A 429.13 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0340129;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.359;QD=22.0068;RBI=0.0369502;REFB=-0.0282188;REVB=0.0144375;RO=33;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061322;STB=0.543705;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.027017;OID=.;OPOS=35810245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:36:42:42:0.538462:26:16:15:18:26:16:17:19 chr9 35811485 . ACCAGGACCAGAG A 67.99 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0324464;FXX=0.11108;HRUN=2;LEN=12;MLLD=182.39;QD=8.49833;RBI=0.0613667;REFB=-0.0271947;REVB=0.0520875;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.670889;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=0.0436864;OID=.;OPOS=35811486;OREF=CCAGGACCAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:11:17:11:32:21:7:4:18:3:67:0:7:4:0:0 chr9 35870001 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2814;QD=53.2747;RBI=0.105755;REFB=0;REVB=0.00139341;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00267058;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr9 35957355 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0130389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.809;QD=19.2745;RBI=0.0163347;REFB=-0.0259598;REVB=-0.00983924;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204062;STB=0.511535;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0213473;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:13:13:11:12:13:13 chr9 35957669 . T C 110.19 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0571598;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.404;QD=13.7731;RBI=0.05717;REFB=-0.0421578;REVB=-0.00107813;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248152;STB=0.653256;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0339933;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:19:13:13:0.40625:6:7:14:4:6:7:15:4 chr9 35958047 . T C 317.26 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00420752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.759;QD=25.8983;RBI=0.0162036;REFB=-0.0209487;REVB=-0.0156478;RO=21;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305935;STB=0.669482;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141813;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:19:9:15:6:19:9:15:6 chr9 36169598 . T C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0180537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.704;QD=19.0581;RBI=0.0194565;REFB=-0.00772716;REVB=-0.00725397;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248159;STB=0.640069;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00820164;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:14:6:11:8:14:6 chr9 36211827 . C T 351.05 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0130109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.851;QD=20.6498;RBI=0.013852;REFB=-0.0180288;REVB=0.00475356;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474777;STB=0.526301;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0139003;OID=.;OPOS=36211827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:20:16:16:16:20:16:16:16 chr9 36674842 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000544046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.187;QD=59.0183;RBI=0.0325386;REFB=0;REVB=-0.032534;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236296;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 36840623 . G A 737.79 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.084;QD=61.4828;RBI=0.147216;REFB=0;REVB=0.0526728;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390601;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:2:0:42:48:1:25:17:2:0:28:20:0:0 chr9 37429814 . A G 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8627;QD=57.6581;RBI=0.0261868;REFB=0;REVB=0.0126809;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353897;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr9 37439783 . GGG AAC,GGGAAAC 283.26 PASS AF=0.0689655,0.758621;AO=2,22;DP=29;FAO=2,22;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=2,18;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0126658,0.0158275;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=144.742,158.847;QD=39.0708;RBI=0.0189767,0.0169545;REFB=-0.0132468,0.00426704;REVB=0.0141312,0.00607822;RO=5;SAF=2,18;SAR=0,4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544828,0.0102928;STB=0.99138,0.505613;STBP=0.427,0.997;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00756743,0.000295952;OID=.,.;OPOS=37439783,37439786;OREF=GGG,-;OALT=AAC,AAAC;OMAPALT=AAC,GGGAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:29:29:5:5:2,22:2,22:0.0689655,0.758621:0,4:2,18:4:1:0,4:2,18:4:1 chr9 37441808 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.89;QD=57.6805;RBI=0.0247381;REFB=0;REVB=-0.0231014;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114551;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr9 37486603 . A G 194.3 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0105851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.469;QD=24.2871;RBI=0.0145445;REFB=-0.061609;REVB=0.00997497;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0280022;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:5:8:13:6:5:8 chr9 37492721 . G A 358.2 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0300087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.609;QD=16.8562;RBI=0.0300524;REFB=-0.00982582;REVB=-0.00162051;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11983;STB=0.567166;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0106801;OID=.;OPOS=37492721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:19:28:18:20:19:28 chr9 37503124 . G A 1284.21 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.831;QD=60.4335;RBI=0.118373;REFB=-0.0218422;REVB=0.0141205;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00110832;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:85:0:1:80:84:0.988235:38:42:0:0:39:45:0:1 chr9 37515927 . G A 412.59 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00498898;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.508;QD=20.8905;RBI=0.0107586;REFB=-0.00955059;REVB=0.00953196;RO=38;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476088;STB=0.526303;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00635321;OID=.;OPOS=37515927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:38:38:41:41:0.518987:26:15:12:26:26:15:12:26 chr9 37537557 . G A 223.84 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.789;QD=49.7419;RBI=0.15226;REFB=0;REVB=0.101815;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00739675;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:7:8:0:0:8:10:0:0 chr9 37692654 . A C 355.02 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-3.50017e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.873;QD=16.3228;RBI=0.0125902;REFB=-0.00174872;REVB=0.0125901;RO=49;SAF=24;SAR=14;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421567;STB=0.523736;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00175495;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:14:24:29:20:14:24:29:20 chr9 37707441 . G A 156.43 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0160464;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.656;QD=14.5513;RBI=0.0264831;REFB=-0.025136;REVB=0.0210681;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306697;STB=0.679772;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0311449;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:13:13:4:13:13:13 chr9 37729786 . C T 599.94 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0282431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3168;QD=16.7815;RBI=0.0292765;REFB=-0.00945696;REVB=-0.00770972;RO=79;SAF=34;SAR=29;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557926;STB=0.527028;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0118543;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:80:63:63:0.440559:29:34:47:32:29:34:47:33 chr9 37740637 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00365187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.939;QD=18.1542;RBI=0.00865056;REFB=-0.00961622;REVB=-0.00784194;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117994;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0124395;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:10:15:10:11:10:15 chr9 37866739 . ATTTTTTTTA ATTTTTTTAT 177.89 PASS AF=0.72;AO=5;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.154124;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=68.322;QD=28.4631;RBI=0.15687;REFB=-0.00332368;REVB=-0.0292209;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783108;STB=0.86807;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.021722;OID=.;OPOS=37866747;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:5:26:18:25:7:17:1:1:6:36:5:5:0:1:4 chr9 37974743 . T C 1498.29 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.031;QD=63.0857;RBI=0.0260067;REFB=0;REVB=0.0258527;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56387e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:39:55:0:0:39:56:0:0 chr9 38395940 . T C 771.5 PASS AF=0.824324;AO=58;DP=74;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0401731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4416;QD=41.7029;RBI=0.040508;REFB=-0.0427764;REVB=-0.00519837;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.627408;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0288213;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:0:13:58:61:0.824324:16:42:0:0:19:42:0:13 chr9 38396502 . G A 771.14 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9627;QD=55.0814;RBI=0.04552;REFB=-0.0839048;REVB=0.0211559;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00194939;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:54:55:0.982143:23:31:0:0:24:31:0:1 chr9 38398150 . G C 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00782211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.467;QD=20.8123;RBI=0.0134577;REFB=-0.00640079;REVB=0.010951;RO=34;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161256;STB=0.588811;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00477217;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:17:21:25:9:17:21:25:9 chr9 38528531 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0055329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.077;QD=15.9155;RBI=0.00688307;REFB=-0.0158205;REVB=-0.00409434;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806339;STB=0.545423;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.012804;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:13:21:15:13:13:21 chr9 38571986 . C G 394.51 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00831998;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4656;QD=19.7255;RBI=0.0274892;REFB=-0.0290803;REVB=-0.0261998;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576793;STB=0.540194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0269322;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:40:40:40:0.5:14:26:23:16:14:26:23:17 chr9 38588602 . T C 251.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0271711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.937;QD=17.0616;RBI=0.0510179;REFB=-0.00814663;REVB=0.0431805;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357181;STB=0.700217;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.012797;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:22:9:19:9:22:9 chr9 38595886 . T C 250.99 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00494099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8176;QD=17.0165;RBI=0.0251389;REFB=-0.0149622;REVB=0.0246485;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12873;STB=0.579653;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0123803;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:15:12:18:13:16:12:18:13 chr9 38603140 . A AT 95.7 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0364101;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=253.713;QD=7.36163;RBI=0.0369504;REFB=-0.00462003;REVB=0.00629591;RO=39;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627608;STB=0.538863;STBP=0.784;TYPE=ins;VARB=0.0126186;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:52:13:52:39:7:6:23:16:95:39:7:6:23:16 chr9 38607506 . G A 309.45 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00281591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.508;QD=11.9019;RBI=0.00355387;REFB=-0.0183061;REVB=0.00216809;RO=64;SAF=14;SAR=24;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967577;STB=0.556931;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0209874;OID=.;OPOS=38607506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:64:66:38:38:0.365385:24:14:29:35:24:14:30:36 chr9 38615698 . C T 1931.5 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5582;QD=61.808;RBI=0.022646;REFB=0;REVB=-0.0226008;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112854;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:60:64:0:0:61:64:0:0 chr9 38621344 . G A 752.74 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.035295;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.534;QD=51.9132;RBI=0.0655224;REFB=-0.213329;REVB=0.0552037;RO=2;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587833;STB=0.525087;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00163087;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:58:2:3:55:55:0.948276:15:40:0:2:15:40:1:2 chr9 39118196 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6572;QD=21.1679;RBI=0.0215504;REFB=-0.0222648;REVB=-0.018223;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00985834;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:1:2:3:4:1:2 chr9 39118205 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.81;QD=40.7629;RBI=0.0341419;REFB=0;REVB=-0.034109;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457759;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr9 39118207 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3953;QD=40.7629;RBI=0.0482413;REFB=0;REVB=-0.0477304;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257647;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr9 39133031 . C A 59.24 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0148699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6547;QD=15.7983;RBI=0.0602451;REFB=-0.0611402;REVB=0.0583812;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0385875;OID=.;OPOS=39133031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:2:5:6:2:2:5 chr9 39287976 . C T 301.92 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=44;FWDB=-0.0974252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.785;QD=14.3772;RBI=0.0988427;REFB=-0.00420419;REVB=-0.0166795;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=6;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231445;STB=0.63903;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00854486;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:50:34:34:0.404762:24:10:6:41:24:10:6:44 chr9 40503085 . A G 465.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.226;QD=58.172;RBI=0.0482119;REFB=0;REVB=0.0268517;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239264;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr9 40503105 . G C 59.09 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0397784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4523;QD=5.25237;RBI=0.0769906;REFB=0.00276478;REVB=0.0659184;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435209;STB=0.799201;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00302736;OID=.;OPOS=40503105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:8:1:14:22:8:1:14:22 chr9 40784182 . TA T,TG 1653.48 PASS AF=0.0446429,0.955357;AO=15,97;DP=112;FAO=5,107;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=5,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609924,0.0614554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.469,176.346;QD=59.053;RBI=0.0612791,0.0614558;REFB=0,0;REVB=-0.00592058,-0.000215558;RO=0;SAF=8,36;SAR=7,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.76228e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0043706,-1.63634e-05;OID=.,.;OPOS=40784183,40784183;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0446429,0.955357:15,97:112:5,107:112:0:0,45:5,62:0:0:10:0:8,36:7,61:0:0 chr9 43685298 . G T 94.2 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0230537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7735;QD=10.4667;RBI=0.0280405;REFB=0.0120233;REVB=0.0159623;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.60991;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0276357;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:14:9:7:5:14:10 chr9 43818062 . T A,G 545.73 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310261,0.000766973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=288.995,58.541;QD=58.9979;RBI=0.0136507,0.0511741;REFB=0,0;REVB=0.0132934,0.0511683;RO=0;SAF=11,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00151864,-0.0918068;OID=.,.;OPOS=43818062,43818062;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:24,2:11,0:0:0:24,2:11,0:0:0 chr9 43822668 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00590827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.364;QD=9.44338;RBI=0.0190879;REFB=0.000198955;REVB=-0.0181505;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00142206;OID=.;OPOS=43822668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:3:6:2:4:4:6 chr9 43822686 . C A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0582301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=19.1083;RBI=0.0582744;REFB=0.0251503;REVB=0.00227158;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0103795;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr9 43822704 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.042422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.765;QD=15.2589;RBI=0.0442136;REFB=-0.000752227;REVB=-0.0124585;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00158355;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr9 44850318 . C T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00174076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4312;QD=4.46121;RBI=0.0119847;REFB=-0.00234918;REVB=0.0118576;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104477;STB=0.590598;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0142154;OID=.;OPOS=44850318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:2:4:14:10:2:4:14:11 chr9 66457019 . G A 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0186189;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.856;QD=8.14776;RBI=0.0202052;REFB=-0.0128001;REVB=0.00784761;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347085;STB=0.726281;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0654908;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:10:10:5:5:0.333333:4:1:5:5:4:1:5:5 chr9 66457027 . T A 49.23 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00174334;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.226;QD=10.365;RBI=0.0192486;REFB=-0.00299369;REVB=-0.0191695;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0186359;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr9 66457051 . GG CA,CG 56.44 PASS AF=0.136364,0.227273;AO=3,5;DP=25;FAO=3,5;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2,2;FSAR=1,3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00354295,-0.00494104;FXX=0.119952;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=177.236,54.1006;QD=10.2612;RBI=0.00365838,0.00938051;REFB=0.00874873,0.0129975;REVB=0.000911729,-0.00797372;RO=14;SAF=2,2;SAR=1,3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184841,-0.112308;STB=0.639054,0.574168;STBP=0.644,0.734;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00526577,-0.0435104;OID=.,.;OPOS=66457051,66457051;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:25:22:14:14:3,5:3,5:0.136364,0.227273:1,3:2,2:7:7:1,3:2,2:7:7 chr9 66457076 . T C 74.32 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0313325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5969;QD=11.0102;RBI=0.0316446;REFB=0.00504034;REVB=-0.00443305;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255027;STB=0.65188;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0136887;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:11:6:6:4:11:6 chr9 66457127 . GCA ACA,ATG 79.41 PASS AF=0.264706,0.0588235;AO=8,2;DP=33;FAO=9,2;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2,1;FSAR=7,1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0492803,-0.0256099;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=143.089,182.207;QD=9.34229;RBI=0.0510889,0.0585191;REFB=-0.0115946,-0.0112513;REVB=-0.0134729,-0.0526176;RO=23;SAF=2,1;SAR=6,1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412741,-0.104423;STB=0.777161,0.599047;STBP=0.073,0.761;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0199661,0.0920761;OID=.,.;OPOS=66457127,66457127;OREF=G,GCA;OALT=A,ATG;OMAPALT=ACA,ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:34:23:23:8,2:9,2:0.264706,0.0588235:6,1:2,1:14:9:7,1:2,1:14:9 chr9 66457151 . G C 43.67 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0194629;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.158;QD=5.29341;RBI=0.0249897;REFB=-0.0180839;REVB=-0.0156743;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495309;STB=0.832324;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0429544;OID=.;OPOS=66457151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:14:12:6:1:14:12 chr9 66457267 . C A 37.41 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00415486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.107;QD=8.80258;RBI=0.0282206;REFB=-0.00227352;REVB=0.0279131;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00957224;OID=.;OPOS=66457267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr9 66457440 . A G 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.0134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.102;QD=1.97715;RBI=0.0154084;REFB=-0.000856841;REVB=-0.00760516;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132693;STB=0.599734;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0079514;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:3:4:40:19:3:4:40:19 chr9 66457451 . T C 64.85 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00034186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.625;QD=3.55329;RBI=0.0177663;REFB=0.00470211;REVB=0.017763;RO=61;SAF=8;SAR=4;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037447;STB=0.52521;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00792705;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:61:61:12:12:0.164384:4:8:39:22:4:8:39:22 chr9 66457465 . T G 88.33 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0108716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.837;QD=4.52994;RBI=0.0600037;REFB=-0.0119564;REVB=-0.0590107;RO=61;SAF=10;SAR=5;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596366;STB=0.528264;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0325164;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:78:61:63:15:15:0.192308:5:10:38:23:5:10:40:23 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 227.94 PASS AF=0.4375,0.333333,0.0416667;AO=13,11,4;DP=59;FAO=21,16,2;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=9,8,2;FSAR=12,8,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.120216,-0.0147603,-0.0724842;FXX=0.186409;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.69521,19.6752,21.8251;QD=18.9949;RBI=0.462088,0.0656786,0.191616;REFB=0.0545994,0.0203788,-0.0174119;REVB=-0.446176,-0.0639985,0.177377;RO=8;SAF=6,5,4;SAR=7,6,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.19275,-0.214898,0.655128;STB=0.57136,0.559926,0.992777;STBP=0.283,0.447,0.314;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0325828,0.0243584,0.0279825;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4375,0.333333,0.0416667:13,11,4:59:21,16,2:48:9:9,8,2:12,8,0:6:3:83:8:6,5,4:7,6,0:6:2 chr9 66457480 . G A 62.49 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0343185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5888;QD=3.20462;RBI=0.0738228;REFB=-0.00332588;REVB=0.0653609;RO=66;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852643;STB=0.558092;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0226054;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:5:7:34:32:5:7:34:32 chr9 66457498 . G T 74.81 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0047974;FXX=0.0515411;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.14;QD=3.25253;RBI=0.0678487;REFB=-0.00630656;REVB=-0.0676789;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892096;STB=0.521708;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0267115;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:93:92:56:78:14:14:0.152174:7:7:32:24:7:7:41:37 chr9 66457549 . A T 51.99 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0158179;FXX=0.0681767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.833;QD=1.69063;RBI=0.044542;REFB=-0.0102238;REVB=-0.0416388;RO=107;SAF=10;SAR=3;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279351;STB=0.709071;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0470203;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:131:123:107:110:13:13:0.105691:3:10:59:48:3:10:61:49 chr9 66457585 . G T 62.3 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0277684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.606;QD=2.186;RBI=0.0285807;REFB=-0.00440367;REVB=0.00676562;RO=99;SAF=8;SAR=6;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323458;STB=0.519057;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0231723;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:114:99:100:14:14:0.122807:6:8:54:45:6:8:55:45 chr9 66457588 . T C 78.08 PASS AF=0.142857;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0329423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.548;QD=2.78874;RBI=0.0396771;REFB=-0.00268193;REVB=-0.0221151;RO=94;SAF=11;SAR=5;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189148;STB=0.630978;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0342126;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:112:94:96:16:16:0.142857:5:11:51:43:5:11:52:44 chr9 66457593 . CA AG,CG 671.45 PASS AF=0.0217391,0.619565;AO=7,57;DP=98;FAO=2,57;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=1,35;FSAR=1,22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00356783,-0.00268028;FXX=0.0706999;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.933,187.958;QD=29.1937;RBI=0.00385027,0.00711222;REFB=-0.0188569,-0.0242434;REVB=-0.00144748,0.00658785;RO=32;SAF=3,36;SAR=4,21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.086052,0.0911187;STB=0.514144,0.548837;STBP=0.851,0.247;TYPE=mnp,snp;VARB=0.068233,0.0105331;OID=.,.;OPOS=66457593,66457594;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:92:32:33:7,57:2,57:0.0217391,0.619565:4,21:3,36:16:16:1,22:1,35:16:17 chr9 66457605 . C T 43.6 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=88;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.034444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.247;QD=1.93789;RBI=0.0423934;REFB=-0.00601012;REVB=-0.0247147;RO=78;SAF=3;SAR=5;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255618;STB=0.577626;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0470888;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:90:78:80:8:10:0.111111:5:3:47:31:5:5:47:33 chr9 66458150 . C T 51.65 PASS AF=0.0829268;AO=17;DP=205;FAO=17;FDP=205;FR=.;FRO=188;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=106;FSRR=82;FWDB=-0.0187359;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.863;QD=1.00774;RBI=0.0187362;REFB=-0.00289707;REVB=0.000108114;RO=183;SAF=9;SAR=8;SRF=103;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390284;STB=0.531755;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.046657;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:205:205:183:188:17:17:0.0829268:8:9:103:80:8:9:106:82 chr9 66458154 . A AC 47.8 PASS AF=0.136364;AO=24;DP=204;FAO=27;FDP=198;FR=.;FRO=171;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=98;FSRR=73;FWDB=0.0215194;FXX=0.0294103;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7373;QD=0.965723;RBI=0.0354018;REFB=0.0102211;REVB=-0.0281106;RO=171;SAF=10;SAR=14;SRF=100;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207924;STB=0.67093;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=-0.0534019;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364:24:204:27:198:171:10:17:98:73:47:171:10:14:100:71 chr9 66458182 . AA AG,GG 83.31 PASS AF=0.0735294,0.0441176;AO=15,9;DP=204;FAO=15,9;FDP=204;FR=.;FRO=180;FSAF=4,4;FSAR=11,5;FSRF=102;FSRR=78;FWDB=0.0339382,-0.00687938;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=57.2378,230.655;QD=1.63351;RBI=0.034284,0.0124581;REFB=0.000392547,-0.0017667;REVB=0.00485702,-0.0103864;RO=178;SAF=4,4;SAR=11,5;SRF=100;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.325622,-0.109794;STB=0.765759,0.614602;STBP=0.037,0.506;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0136484,0.0341817;OID=.,.;OPOS=66458183,66458182;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:204:204:178:180:15,9:15,9:0.0735294,0.0441176:11,5:4,4:100:78:11,5:4,4:102:78 chr9 66458195 . TC GA,GC 242.56 PASS AF=0.0753769,0.140704;AO=15,27;DP=200;FAO=15,28;FDP=199;FR=.;FRO=156;FSAF=11,9;FSAR=4,19;FSRF=88;FSRR=68;FWDB=-0.0296146,-0.010875;FXX=0.00499975;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=170.874,77.6786;QD=4.8755;RBI=0.0397729,0.0164789;REFB=-0.00624787,-0.0055137;REVB=0.0265492,0.012381;RO=152;SAF=11,9;SAR=4,18;SRF=86;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207411,-0.292243;STB=0.666433,0.701687;STBP=0.218,0.023;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0295289,0.0255242;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:200:199:152:156:15,27:15,28:0.0753769,0.140704:4,18:11,9:86:66:4,19:11,9:88:68 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 1115.86 PASS AF=0.794872,0.017094;AO=84,5;DP=128;FAO=93,2;FDP=117;FR=.;FRO=22;FSAF=51,0;FSAR=42,2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0386888,0.05443;FXX=0.164274;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.7805,14.1901;QD=38.1491;RBI=0.0426742,0.0660536;REFB=-0.0191798,-0.0475082;REVB=-0.0180075,-0.0374225;RO=24;SAF=46,0;SAR=38,5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0150214,-0.697525;STB=0.508223,0.995447;STBP=0.72,0.094;TYPE=del,snp;VARB=0.00569082,-0.0788379;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794872,0.017094:84,5:128:93,2:117:22:51,0:42,2:13:9:99:24:46,0:38,5:14:10 chr9 66458238 . G C 42.36 PASS AF=0.101562;AO=19;DP=135;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0221956;FXX=0.051848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.579;QD=1.32383;RBI=0.0257701;REFB=-0.0108537;REVB=0.0130941;RO=115;SAF=6;SAR=13;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309295;STB=0.651484;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0953902;OID=.;OPOS=66458238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:135:128:115:115:19:13:0.101562:13:6:65:50:8:5:64:51 chr9 66458245 . G A 89.36 PASS AF=0.139706;AO=19;DP=136;FAO=19;FDP=136;FR=.;FRO=117;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.0765936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2811;QD=2.62831;RBI=0.0781398;REFB=0.000357366;REVB=0.0154676;RO=117;SAF=13;SAR=6;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239992;STB=0.664655;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0012346;OID=.;OPOS=66458245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:136:136:117:117:19:19:0.139706:6:13:58:59:6:13:58:59 chr9 66499793 . G A 49.54 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.000204431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2594;QD=4.30768;RBI=0.0704113;REFB=-0.0071645;REVB=0.070411;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334318;STB=0.721149;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0403717;OID=.;OPOS=66499793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:3:5:13:25:3:5:13:25 chr9 68415338 . A C 130.45 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0532752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1914;QD=4.34847;RBI=0.0537181;REFB=-0.0019395;REVB=-0.00688435;RO=97;SAF=13;SAR=10;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505036;STB=0.532136;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00431872;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:97:23:23:0.191667:10:13:51:46:10:13:51:46 chr9 68415352 . A G 31.04 PASS AF=0.0816327;AO=8;DP=99;FAO=8;FDP=98;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0121922;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.036;QD=1.26682;RBI=0.0146757;REFB=-0.00152979;REVB=-0.00816859;RO=90;SAF=2;SAR=6;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311963;STB=0.75694;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0251612;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:99:98:90:90:8:8:0.0816327:6:2:48:42:6:2:48:42 chr9 68415355 . C T 72.27 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0101722;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4005;QD=2.98016;RBI=0.0512594;REFB=-0.0023947;REVB=-0.0502399;RO=83;SAF=6;SAR=8;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966536;STB=0.566277;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0210947;OID=.;OPOS=68415355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:97:97:83:83:14:14:0.14433:8:6:42:41:8:6:42:41 chr9 68415366 . A T 38.59 PASS AF=0.103448;AO=7;DP=85;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0130557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.73;QD=1.77416;RBI=0.0172615;REFB=-0.000713535;REVB=-0.0112919;RO=77;SAF=3;SAR=4;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433572;STB=0.572359;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00491738;OID=.;OPOS=68415366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:87:77:78:7:9:0.103448:4:3:36:41:4:5:37:41 chr9 68415386 . G A 189.32 PASS AF=0.421875;AO=22;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0135348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5857;QD=11.8326;RBI=0.0251344;REFB=-0.0457918;REVB=-0.021179;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298675;STB=0.646156;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.100583;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:37:22:27:0.421875:9:13:13:28:12:15:11:26 chr9 68415387 . GA AT,GT 272.17 PASS AF=0.142857,0.349206;AO=9,22;DP=64;FAO=9,22;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=3,8;FSAR=6,14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.072281,-0.0668351;FXX=0.0156226;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=74.6737,131.673;QD=17.2808;RBI=0.0795335,0.0668353;REFB=-0.000191009,-0.0246499;REVB=-0.0331819,-0.000151767;RO=32;SAF=3,8;SAR=6,14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.16911,-0.112816;STB=0.609918,0.564852;STBP=0.5,0.455;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0373838,0.0389442;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:63:32:32:9,22:9,22:0.142857,0.349206:6,14:3,8:15:17:6,14:3,8:15:17 chr9 68415394 . T A 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.012476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.577;QD=3.43986;RBI=0.0136103;REFB=-0.00266781;REVB=-0.00543962;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112007;STB=0.578134;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0136857;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:6:3:21:29:6:3:21:29 chr9 68415397 . T C 67.46 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00613975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.046;QD=4.65234;RBI=0.0325411;REFB=-0.00517065;REVB=-0.0319567;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520759;STB=0.541327;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.016149;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:6:5:19:27:6:5:19:28 chr9 69002294 . C T 90.6 PASS AF=0.25;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0393984;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9252;QD=7.55033;RBI=0.0477828;REFB=-0.0281156;REVB=-0.0270363;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340562;STB=0.521241;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0333636;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:48:36:36:12:12:0.25:5:7:20:16:5:7:20:16 chr9 69002304 . C G 46.51 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00804593;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3961;QD=3.44533;RBI=0.013895;REFB=-0.0124811;REVB=0.0113285;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101086;STB=0.571247;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0151875;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:55:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:25:21:3:5:25:21 chr9 69002317 . T C 105.02 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0215179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.53;QD=6.46246;RBI=0.0347999;REFB=-0.000362771;REVB=-0.0273498;RO=49;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093276;STB=0.557696;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000554099;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:6:10:27:22:6:10:27:22 chr9 69181624 . A G 56.01 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0276443;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7638;QD=6.05494;RBI=0.033352;REFB=-0.00858139;REVB=-0.0186589;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656674;STB=0.919063;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00856956;OID=.;OPOS=69181624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:38:37:25:27:6:6:0.162162:5:1:20:5:5:1:22:5 chr9 69181945 . G C 88.0 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8589;QD=39.1119;RBI=0.0208092;REFB=0;REVB=0.0208092;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240236;OID=.;OPOS=69181945;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr9 69200592 . GC G 42.56 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0774858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.4034;QD=8.96029;RBI=0.0776138;REFB=-0.0507249;REVB=-0.00445519;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651775;STB=0.89091;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.109805;OID=.;OPOS=69200593;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:19:7:19:12:6:1:2:10:42:12:6:1:2:10 chr9 69247550 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.739;QD=42.1827;RBI=0.0535821;REFB=0;REVB=0.00843679;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321242;OID=.;OPOS=69247550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr9 69256816 . G A 427.51 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00400332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.755;QD=12.8576;RBI=0.00595848;REFB=0.000516881;REVB=0.00441326;RO=82;SAF=24;SAR=26;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449909;STB=0.528974;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000797767;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:83:50:50:0.37594:26:24:36:46:26:24:36:47 chr9 71396746 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00812304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.333;QD=11.6338;RBI=0.016936;REFB=-0.017491;REVB=-0.0148609;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294572;STB=0.678847;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0282949;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:9:7:2:8:9:7 chr9 71397734 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0115588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5921;QD=9.09974;RBI=0.0274151;REFB=-0.0125668;REVB=0.0248592;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.552731;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0237561;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:12:7:4:5:12:7 chr9 71397747 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00114572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3522;QD=9.09995;RBI=0.00940186;REFB=0.00995548;REVB=0.00933179;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0295583;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:11:8:4:5:11:8 chr9 71578112 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.040943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.241;QD=11.1312;RBI=0.0418131;REFB=-0.0346016;REVB=0.00848575;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136659;STB=0.581924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0415662;OID=.;OPOS=71578112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:9:8:6:4:9:8 chr9 71843023 . C A 818.04 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00631726;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.2365;QD=50.3408;RBI=0.00647785;REFB=-0.180593;REVB=0.00143344;RO=5;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747027;STB=0.539669;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012515;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:65:65:5:5:60:60:0.923077:29:31:0:5:29:31:0:5 chr9 71863092 . G A 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0075617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.139;QD=20.8997;RBI=0.0199354;REFB=-0.0217379;REVB=-0.0184456;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191501;STB=0.606664;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00760538;OID=.;OPOS=71863092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:10:14:10:18:10:14 chr9 71986315 . T C 261.86 PASS AF=0.458333;AO=17;DP=45;FAO=22;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00726076;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.641;QD=21.822;RBI=0.00846059;REFB=-0.0135843;REVB=-0.00434315;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.602419;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0266995;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:13:21:17:22:0.458333:7:10:7:6:10:12:7:14 chr9 72002911 . T TGTTATA 378.06 PASS AF=0.394737;AO=42;DP=116;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0098351;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=6;MLLD=303.664;QD=13.2653;RBI=0.0161644;REFB=-0.00433964;REVB=0.0128281;RO=70;SAF=17;SAR=25;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587457;STB=0.553872;STBP=0.391;TYPE=ins;VARB=0.00605608;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:42:116:45:114:69:17:28:32:37:99:70:17:25:32:38 chr9 72131577 . A C 617.06 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774533;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.013;QD=61.7062;RBI=0.0264026;REFB=0;REVB=-0.0252409;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213316;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr9 72373624 . A G 2335.59 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.829;QD=61.0613;RBI=0.0216465;REFB=0;REVB=-0.00319216;RO=0;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60136e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:79:74:0:0:79:74:0:0 chr9 72472831 . C T 706.54 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00333116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.341;QD=19.7635;RBI=0.00367431;REFB=-0.000911343;REVB=0.00155046;RO=73;SAF=34;SAR=36;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195402;STB=0.510788;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00115858;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:73:73:70:70:0.48951:36:34:37:36:36:34:37:36 chr9 72741312 . G A 788.92 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390638;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7475;QD=64.4016;RBI=0.0402562;REFB=0;REVB=0.0097254;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000970949;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr9 72841360 . A T 726.61 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821903;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6795;QD=63.1832;RBI=0.0873868;REFB=0;REVB=0.0296853;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259592;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:39:46:1:23:16:0:0:26:20:0:0 chr9 72897434 . G A 1153.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2532;QD=60.7067;RBI=0.0117709;REFB=0;REVB=0.0114258;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15078e-05;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr9 73150918 . C T 220.81 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00608847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.587;QD=16.0586;RBI=0.0295363;REFB=-0.0325364;REVB=0.028902;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105337;STB=0.542338;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0295438;OID=.;OPOS=73150918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:8:16:17:13:9:16:17:13 chr9 73150984 . C T 350.85 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00129267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.142;QD=15.422;RBI=0.0183468;REFB=-0.00747795;REVB=-0.0183012;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120555;STB=0.562757;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0127051;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:22:16:28:24:22:16:28:25 chr9 73151715 . C T 1520.9 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00590898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.255;QD=61.4505;RBI=0.00770544;REFB=-0.00141534;REVB=-0.00494549;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-5.43562e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:52:45:0:0:52:45:2:0 chr9 73151970 . C T 541.78 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.021867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.923;QD=18.2112;RBI=0.0220883;REFB=-0.0104384;REVB=0.00311855;RO=62;SAF=22;SAR=35;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112132;STB=0.500622;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.012479;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:35:22:24:38:35:22:24:38 chr9 73408518 . T G 4471.62 PASS AF=1;AO=282;DP=285;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314035;FXX=0.00699276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.654;QD=62.9806;RBI=0.032056;REFB=-0.0981431;REVB=0.00643457;RO=2;SAF=145;SAR=137;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76784e-05;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:285:284:2:0:282:284:1:137:145:2:0:137:147:0:0 chr9 73461337 . T A 769.86 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0224432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.971;QD=21.5345;RBI=0.0230628;REFB=-0.0166039;REVB=0.00530993;RO=67;SAF=45;SAR=29;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02349;STB=0.507015;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0192036;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:69:74:74:0.517483:29:45:39:28:29:45:41:28 chr9 74332970 . G A 890.22 PASS AF=0.54717;AO=87;DP=159;FAO=87;FDP=159;FR=.;FRO=72;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.002739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.716;QD=22.3954;RBI=0.00826938;REFB=-0.0040827;REVB=-0.0078026;RO=71;SAF=49;SAR=38;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813813;STB=0.541427;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00313946;OID=.;OPOS=74332970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:71:72:87:87:0.54717:38:49:33:38:38:49:34:38 chr9 74489863 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0218304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.08;QD=17.9426;RBI=0.0330595;REFB=-0.00718719;REVB=-0.0248268;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180794;STB=0.601469;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0116058;OID=.;OPOS=74489863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:10:18:13:16:10:18:13:16 chr9 74834384 . C T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00225469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.141;QD=16.8919;RBI=0.00256775;REFB=-0.00823977;REVB=-0.0012287;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220388;STB=0.642682;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00878032;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:45:37:37:0.45122:12:25:19:23:12:25:19:26 chr9 74846104 . A G 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0255154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.875;QD=15.4519;RBI=0.0259328;REFB=-0.00951115;REVB=-0.00463405;RO=59;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173961;STB=0.595896;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0139711;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:61:47:47:0.435185:22:25:21:38:22:25:22:39 chr9 74969864 . T C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0128888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0446;QD=9.49523;RBI=0.0239215;REFB=-0.0140864;REVB=0.0201524;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332306;STB=0.699657;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0184426;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:16:8:7:4:16:8 chr9 74975136 . T C 1035.79 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6147;QD=56.7558;RBI=0.0353519;REFB=-0.0646668;REVB=0.0336857;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.50058;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00286619;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:34:37:1:0:34:37:1:1 chr9 75303653 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0206664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.177;QD=17.5597;RBI=0.022198;REFB=-0.00622185;REVB=-0.00810269;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142722;STB=0.581725;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00914196;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:11:10:6:12:11:10 chr9 75315438 . G A 182.94 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=48;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0172022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.246;QD=16.2609;RBI=0.0496102;REFB=-0.020705;REVB=0.0465323;RO=27;SAF=14;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481743;STB=0.586117;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0323859;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:27:25:16:20:0.444444:2:14:14:13:6:14:14:11 chr9 75545882 . G A 513.87 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00415104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.664;QD=21.8666;RBI=0.0043034;REFB=-0.00478018;REVB=-0.00113496;RO=45;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348384;STB=0.519223;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0046603;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:27:22:22:23:27:22:22:23 chr9 75775235 . A G 335.47 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0104612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.405;QD=19.7337;RBI=0.0121291;REFB=0.00479931;REVB=-0.00613835;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415942;STB=0.515143;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00424987;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:17:18:18:14:17:18:18:15 chr9 77257346 . G A 167.21 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00563751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6829;QD=8.25726;RBI=0.0155673;REFB=0.00329968;REVB=-0.0145106;RO=58;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539759;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0103086;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:12:11:28:30:12:11:28:30 chr9 77407636 . C T 1197.64 PASS AF=0.9875;AO=80;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011239;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.069;QD=59.8822;RBI=0.0139492;REFB=-0.142085;REVB=-0.00826229;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=1.99045e-06;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:80:79:0.9875:48:32:0:0:47:32:0:1 chr9 77472604 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5325;QD=42.1811;RBI=0.0689178;REFB=0;REVB=-0.00721775;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019758;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 77563087 . C T 205.29 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0150538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.018;QD=14.6634;RBI=0.0360023;REFB=-0.0178542;REVB=-0.032704;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671137;STB=0.512002;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0232704;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:11:13:17:14:11:13:18:14 chr9 77684690 . A C 888.5 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636563;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0939;QD=58.2621;RBI=0.0636733;REFB=0;REVB=-0.00146838;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228832;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr9 78773953 . G A 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0145755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.329;QD=19.1074;RBI=0.0145761;REFB=-0.00789464;REVB=0.000139017;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288611;STB=0.5272;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0115089;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:26:27:27:0.509434:16:11:11:14:16:11:12:14 chr9 78790153 . A G 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0291233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9159;QD=32.368;RBI=0.0378283;REFB=0.0170377;REVB=0.0241416;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.666388;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00505035;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:10:3:3:0:10:3:3:0 chr9 79009106 . A C 898.95 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461868;FXX=0.061529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.149;QD=58.9479;RBI=0.0462791;REFB=0;REVB=0.00292162;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4784e-05;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr9 79118661 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.805;QD=59.1428;RBI=0.0419512;REFB=0;REVB=0.0409679;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102458;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 79119752 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0431339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.728;QD=27.3905;RBI=0.0433713;REFB=-0.0209598;REVB=0.00453171;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562032;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0114191;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:7:4:9:11:7:4 chr9 79120552 . C CAGT 40.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0683891;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.91;QD=12.6023;RBI=0.0685055;REFB=-0.0108616;REVB=-0.00399248;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.00913552;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:6:16:6:13:7:1:5:3:4:40:9:1:5:3:6 chr9 79121085 . G T 1624.35 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3253;QD=60.1611;RBI=0.0164911;REFB=0;REVB=-0.0109719;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16129e-06;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:63:44:0:0:63:45:0:0 chr9 79121783 . G A 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00643369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.465;QD=17.069;RBI=0.0135513;REFB=5.36366e-05;REVB=-0.0119266;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107816;STB=0.553734;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-6.97669e-05;OID=.;OPOS=79121783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:12:19:17:17:12:19:18:17 chr9 79121906 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.84;QD=62.3497;RBI=0.0441967;REFB=0;REVB=-0.0431844;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186521;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr9 79186729 . T C 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0126702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5071;QD=38.468;RBI=0.0219059;REFB=-0.00400269;REVB=-0.0178699;RO=3;SAF=19;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259082;STB=0.730457;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0130254;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:3:4:20:20:0.833333:1:19:2:1:1:19:2:2 chr9 79186750 . G T 441.28 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00188716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.677;QD=40.116;RBI=0.0106439;REFB=-0.0643866;REVB=0.0104753;RO=7;SAF=26;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218918;STB=0.511272;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00907349;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:44:44:7:10:34:34:0.772727:8:26:5:2:8:26:8:2 chr9 79186765 . C G 653.23 PASS AF=0.87931;AO=51;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0311514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.284;QD=45.0507;RBI=0.0316922;REFB=-0.0642137;REVB=0.00582986;RO=7;SAF=38;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127196;STB=0.568078;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0101594;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:7:7:51:51:0.87931:13:38:2:5:13:38:2:5 chr9 79186781 . T C 768.82 PASS AF=0.810811;AO=60;DP=75;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0196762;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3711;QD=41.5576;RBI=0.0260405;REFB=-0.0480518;REVB=0.0170574;RO=14;SAF=46;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180652;STB=0.597031;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00731859;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:75:74:14:14:60:60:0.810811:14:46:5:9:14:46:5:9 chr9 79186787 . C T 140.89 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.00955944;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.657;QD=6.2618;RBI=0.012622;REFB=-0.00656274;REVB=-0.00824209;RO=68;SAF=16;SAR=5;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111023;STB=0.565152;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0186581;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:68:69:21:21:0.233333:5:16:47:21:5:16:48:21 chr9 79186820 . A C 1537.91 PASS AF=0.783439;AO=122;DP=157;FAO=123;FDP=157;FR=.;FRO=34;FSAF=97;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0116853;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7137;QD=39.1825;RBI=0.0654053;REFB=-0.01991;REVB=-0.064353;RO=34;SAF=96;SAR=26;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142754;STB=0.576714;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0088305;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:34:34:122:123:0.783439:26:96:18:16:26:97:18:16 chr9 79186886 . C G 81.55 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0249534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3062;QD=6.04051;RBI=0.0306377;REFB=0.000705367;REVB=-0.0177763;RO=42;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444524;STB=0.787151;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00764023;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:2:10:21:21:2:10:21:21 chr9 79186890 . T G 43.43 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=45;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0395138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3781;QD=3.61902;RBI=0.0499209;REFB=-0.0114596;REVB=0.0305083;RO=39;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128309;STB=0.716829;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0756875;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:45:48:39:40:5:8:0.166667:2:3:19:20:2:6:20:20 chr9 79186905 . GT CC 42.98 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0183165;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.009;QD=3.90725;RBI=0.0248242;REFB=0.00228811;REVB=-0.0167555;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699842;STB=0.548879;STBP=0.79;TYPE=mnp;VARB=0.0152629;OID=.;OPOS=79186905;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:19:18:3:4:19:18 chr9 79186910 . A C 41.94 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00592224;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.502;QD=3.81288;RBI=0.0225597;REFB=-0.00146166;REVB=-0.0217685;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699842;STB=0.548879;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00588837;OID=.;OPOS=79186910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:19:18:3:4:19:18 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=67;DP=102;LEN=15;RO=35;SAF=31;SAR=35;SRF=29;SRR=7;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:102:35:67:35:31:29:7 chr9 79318471 . C T 975.16 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0211646;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.309;QD=54.9385;RBI=0.0241881;REFB=0.0343345;REVB=-0.01171;RO=3;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398918;STB=0.521121;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000509064;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:3:3:68:68:0.957746:34:34:0:3:34:34:0:3 chr9 79318677 . T C 1194.76 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00648331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9211;QD=59.7378;RBI=0.047107;REFB=-0.124563;REVB=0.0466588;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015025;STB=0.507934;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00247403;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:31:48:0:1:31:48:0:1 chr9 79318998 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.23;QD=53.2758;RBI=0.0829622;REFB=0;REVB=-0.0281552;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629814;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 79319874 . C A 138.98 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.05174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.852;QD=14.6295;RBI=0.0559552;REFB=-0.0187243;REVB=0.0213062;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.588126;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0340778;OID=.;OPOS=79319874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:9:13:7:9:9:13 chr9 79320095 . T G 1170.29 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439566;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.012;QD=60.7945;RBI=0.0439612;REFB=0;REVB=0.000631554;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33075e-05;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:41:36:0:0 chr9 79320640 . C T 1087.48 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154036;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.22;QD=57.9987;RBI=0.0555417;REFB=-0.0577148;REVB=0.053363;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00202757;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:71:74:0.986667:34:37:0:1:37:37:0:1 chr9 79320847 . G C 389.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.156;QD=55.6821;RBI=0.0205248;REFB=0;REVB=-0.0164468;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29116e-05;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr9 79321276 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4278;QD=61.6775;RBI=0.0196389;REFB=0;REVB=-0.0110143;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.863e-05;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr9 79322674 . A G 1493.6 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0868378;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2484;QD=58.0039;RBI=0.0868381;REFB=-0.0253088;REVB=0.000221627;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759125;STB=0.503936;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00121947;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:1:1:101:102:0.990291:62:39:0:1:63:39:0:1 chr9 79322720 . A G 926.79 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360065;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.341;QD=57.0329;RBI=0.0360251;REFB=-0.167778;REVB=-0.00115965;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.514281;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000261877;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:47:17:0:0:47:17:1:0 chr9 79324439 . A G 1182.38 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0362326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.216;QD=58.3892;RBI=0.0377286;REFB=-0.126027;REVB=0.0105188;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.512192;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000369584;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:40:39:0:0:40:39:0:2 chr9 79324955 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.336;QD=58.587;RBI=0.0363317;REFB=0;REVB=0.0217806;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143805;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr9 79325297 . T G 2459.82 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243612;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.018;QD=61.4956;RBI=0.0286292;REFB=0;REVB=0.0150387;RO=0;SAF=101;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35478e-05;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:160:0:0:160:160:1:59:101:0:0:59:101:0:0 chr9 79325615 . A G 581.86 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201347;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1472;QD=61.2483;RBI=0.0209582;REFB=0;REVB=0.00581696;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266349;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr9 79325759 . C T 733.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.13;QD=61.092;RBI=0.0248656;REFB=-0.0119601;REVB=-0.0138284;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00115707;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr9 79471995 . T C 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0194179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.43;QD=27.2224;RBI=0.0284083;REFB=-0.0181611;REVB=-0.0207359;RO=16;SAF=19;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218049;STB=0.621391;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0108047;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:6:19:8:8:6:19:8:8 chr9 79986057 . A G 105.44 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0334648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4899;QD=11.399;RBI=0.0667613;REFB=-0.03047;REVB=0.0577683;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323012;STB=0.694123;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0563543;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:12:12:3:10:12:12 chr9 80049298 . C T 447.35 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00625844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.815;QD=15.5598;RBI=0.0166322;REFB=-0.00848423;REVB=0.0154098;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232766;STB=0.513038;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0129738;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:25:25:34:31:25:25:34:31 chr9 80250143 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0140542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.257;QD=20.2097;RBI=0.0316445;REFB=-0.0202741;REVB=0.0283524;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3825;STB=0.719067;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.014775;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:7:3:10:3:7:3 chr9 80335288 . C T 135.14 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00299028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.325;QD=21.6226;RBI=0.00459684;REFB=6.68344e-05;REVB=-0.00349129;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465572;STB=0.542318;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00244325;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:14:15:0.6:9:5:3:7:9:6:3:7 chr9 80335438 . A C 293.51 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0261586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.4968;QD=19.8989;RBI=0.026266;REFB=-0.0197683;REVB=0.00237288;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138562;STB=0.554877;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0292974;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:28:31:31:0.525424:20:11:13:12:20:11:13:15 chr9 80780518 . G C 501.79 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.028419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2013;QD=18.5849;RBI=0.0284685;REFB=0.00230146;REVB=-0.00167928;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381929;STB=0.521165;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00384478;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:32:21:24:31:32:21:24:31 chr9 80851350 . G C 375.47 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0425212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2421;QD=15.8092;RBI=0.0690304;REFB=-0.000727127;REVB=-0.0543796;RO=54;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248716;STB=0.635426;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00104646;OID=.;OPOS=80851350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:55:40:40:0.421053:14:26:22:32:14:26:23:32 chr9 80912115 . G C 346.25 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0127984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.538;QD=16.8901;RBI=0.0232613;REFB=-0.0218234;REVB=-0.0194239;RO=45;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979391;STB=0.554752;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0371746;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:15:22:31:14:15:22:31:14 chr9 80919756 . T G 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0231425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.944;QD=12.5632;RBI=0.0319489;REFB=-0.00964235;REVB=-0.0220262;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310283;STB=0.681781;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0188243;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:28:28:0.378378:17:11:31:14:17:11:32:14 chr9 82187750 . A G 2492.14 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321523;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.671;QD=61.5343;RBI=0.00889978;REFB=0;REVB=-0.0082987;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32927e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:160:162:1:82:78:0:0:84:78:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=30;DP=56;LEN=4;RO=26;SAF=17;SAR=29;SRF=5;SRR=5;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:56:26:30:29:17:5:5 chr9 84267147 . T C 961.1 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1013;QD=58.2485;RBI=0.0300482;REFB=0;REVB=0.0298774;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227327;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr9 84268878 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00382409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.783;QD=16.4077;RBI=0.0482662;REFB=-8.52019e-05;REVB=0.0481145;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794608;STB=0.501009;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210445;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:29:20:21:0.42:7:13:18:10:8:13:18:11 chr9 84340199 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0126606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0436;QD=20.6011;RBI=0.0248448;REFB=-0.00770638;REVB=-0.0213769;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682328;STB=0.538423;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00709023;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:11:8:10:10:11:8 chr9 84607758 . T A 167.94 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0596233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.401;QD=15.6219;RBI=0.0611022;REFB=-0.023436;REVB=-0.0133621;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132136;STB=0.590061;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0296509;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:6:12:13:11:6:12:13:12 chr9 85627408 . G A 270.12 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0256172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.043;QD=12.0053;RBI=0.0257981;REFB=-0.00517977;REVB=0.00304993;RO=54;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202458;STB=0.593691;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0118179;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:58:32:32:0.355556:13:19:22:32:13:19:26:32 chr9 85863091 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0368085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.726;QD=16.7843;RBI=0.0372898;REFB=-0.00713634;REVB=-0.00597181;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110173;STB=0.562086;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00859217;OID=.;OPOS=85863091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:10:19:18:15:10:19:18:15 chr9 86278817 . C A 1264.51 PASS AF=0.988095;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.307;QD=60.2149;RBI=0.0458256;REFB=0.0187649;REVB=0.0221248;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000386839;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:84:0:1:79:83:0.988095:39:40:0:0:39:44:1:0 chr9 86284178 . C A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.123;QD=60.7161;RBI=0.0160091;REFB=0;REVB=0.0159532;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61064e-06;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr9 86327898 . C T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.967;QD=59.5018;RBI=0.0281848;REFB=0;REVB=0.0152383;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58384e-05;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr9 86468715 . A T 188.82 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00294139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.702;QD=14.2502;RBI=0.0436351;REFB=-0.00588818;REVB=-0.0435358;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444422;STB=0.52546;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0100459;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:17:14:9:13:17:14 chr9 86474115 . T C 425.69 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00394476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.281;QD=15.3401;RBI=0.0093594;REFB=-0.00533717;REVB=0.00848747;RO=63;SAF=30;SAR=18;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895981;STB=0.55033;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00686763;OID=.;OPOS=86474115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:18:30:34:29:18:30:34:29 chr9 86518796 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0119865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6271;QD=20.3164;RBI=0.0131494;REFB=-0.0184626;REVB=0.00540649;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260662;STB=0.645924;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0201622;OID=.;OPOS=86518796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:14:4:10:9:14:4 chr9 86617265 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00650313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.401;QD=19.7634;RBI=0.0145676;REFB=-0.00377532;REVB=0.0130355;RO=33;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104045;STB=0.557918;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00293123;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:12:23:18:15:12:23:18:15 chr9 86618233 . C A,T 805.23 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=50,5;DP=55;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=23,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566145,0.00758808;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.6571,24.2907;QD=54.5922;RBI=0.0666331,0.0090393;REFB=0,0;REVB=0.0351392,-0.00491222;RO=0;SAF=27,0;SAR=23,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00133233,0.0771524;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:55:59:0:0:50,5:54,5:0.915254,0.0847458:23,5:27,0:0:0:23,5:31,0:0:0 chr9 86900926 . G A 405.6 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0109236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=15.1625;RBI=0.0165129;REFB=-0.0178123;REVB=-0.0123835;RO=61;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150616;STB=0.513997;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0180573;OID=.;OPOS=86900926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:45:46:0.429907:25:20:28:33:26:20:28:33 chr9 86920236 . T C 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.000600862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.361;QD=19.6087;RBI=0.0111129;REFB=-0.00683106;REVB=-0.0110966;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147456;STB=0.508193;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00728756;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:16:27:27:15:16:27 chr9 88275838 . T A 684.78 PASS AF=0.431034;AO=76;DP=175;FAO=75;FDP=174;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.00756302;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5424;QD=15.7421;RBI=0.0105723;REFB=-0.0157644;REVB=0.00738738;RO=99;SAF=33;SAR=43;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153126;STB=0.576903;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.014687;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:99:99:76:75:0.431034:43:33:58:41:42:33:57:42 chr9 88636887 . G A 249.91 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00780087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7599;QD=19.9928;RBI=0.0381979;REFB=-0.0108972;REVB=0.0373929;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216524;STB=0.503422;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0115689;OID=.;OPOS=88636887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:10:14:14:11:10:14:15:11 chr9 88651370 . T C 752.91 PASS AF=0.541353;AO=70;DP=131;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.02084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.334;QD=22.6438;RBI=0.030206;REFB=-0.0335156;REVB=-0.0218655;RO=61;SAF=30;SAR=40;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543228;STB=0.521879;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0292694;OID=.;OPOS=88651370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:61:61:70:72:0.541353:40:30:30:31:40:32:30:31 chr9 88692336 . C T 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0159328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4699;QD=15.0401;RBI=0.0270818;REFB=0.00789393;REVB=0.0218991;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511455;STB=0.528909;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0104551;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:29:20:16:19:29:20 chr9 88694179 . G T 190.9 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0113293;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.924;QD=21.2111;RBI=0.0342788;REFB=-0.0216129;REVB=-0.0323525;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313621;STB=0.666481;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0288885;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:10:6:14:5:10:7 chr9 89772284 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.621;QD=51.1846;RBI=0.00980519;REFB=0;REVB=0.0030262;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06691e-05;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr9 90265015 . C T 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0136244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.502;QD=12.8738;RBI=0.0290291;REFB=-0.0157744;REVB=-0.0256332;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126949;STB=0.565241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0251409;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:12:7:15:16:12:7:15:17 chr9 90321583 . C T 310.86 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035409;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.693;QD=54.062;RBI=0.0476351;REFB=0;REVB=0.0318638;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533354;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr9 90322023 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.669;QD=58.2376;RBI=0.0310868;REFB=0;REVB=0.0295187;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89519e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr9 90343780 . A C 853.84 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7002;QD=55.9895;RBI=0.0178616;REFB=0.0329796;REVB=0.00555414;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00231981;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:0:1:33:27:0:1 chr9 90388539 . T A 1030.13 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.124;QD=58.0356;RBI=0.062057;REFB=-0.0568132;REVB=0.0273591;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000314833;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:71:1:1:67:70:0.985915:35:32:1:0:35:35:1:0 chr9 90500405 . A C 1375.46 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.655;QD=62.5207;RBI=0.0515084;REFB=0;REVB=0.0112332;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0479e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:42:41:0:0:43:45:0:0 chr9 90501448 . C A 1319.37 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479713;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.885;QD=59.9713;RBI=0.0631499;REFB=0;REVB=0.041069;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102561;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:41:40:0:0:42:46:0:0 chr9 90501514 . C G 795.47 PASS AF=0.431373;AO=87;DP=204;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.00768025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6505;QD=15.5975;RBI=0.0446078;REFB=-0.00461465;REVB=-0.0439417;RO=112;SAF=57;SAR=30;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224247;STB=0.625;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00461343;OID=.;OPOS=90501514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:116:87:88:0.431373:30:57:49:63:31:57:50:66 chr9 90502458 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1349;QD=62.9826;RBI=0.0279875;REFB=0;REVB=-0.0268817;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522606;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr9 90502819 . T C 2022.58 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.414;QD=62.2333;RBI=0.0212426;REFB=0;REVB=0.0208198;RO=0;SAF=61;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14595e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07512e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:67:61:0:0:68:62:0:0 chr9 90503007 . A G 127.34 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000788578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7568;QD=9.26099;RBI=0.0610533;REFB=-0.0279216;REVB=-0.0610482;RO=38;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155279;STB=0.592251;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.040984;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:9:8:23:15:9:8:23:15 chr9 90503313 . C G 444.33 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00571808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.89;QD=20.429;RBI=0.00714477;REFB=-0.00628021;REVB=-0.00428384;RO=42;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123713;STB=0.563374;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0047554;OID=.;OPOS=90503313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:17:27:20:22:17:27:21:22 chr9 90503451 . G A 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0334892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6522;QD=18.0539;RBI=0.0406136;REFB=-0.0120696;REVB=0.0229769;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984634;STB=0.563086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0171443;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:20:13:17:17:20:13:18:17 chr9 90534206 . T C 130.92 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0560305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6905;QD=10.2685;RBI=0.0632734;REFB=0.00198262;REVB=-0.0293957;RO=35;SAF=15;SAR=1;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738219;STB=0.939219;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00829195;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:1:15:10:25:1:15:10:25 chr9 90582224 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0558494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.486;QD=14.0967;RBI=0.0572914;REFB=-0.0160687;REVB=-0.012773;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0454418;OID=.;OPOS=90582224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:8:10:5:8:8:10 chr9 90749691 . TC T,TT 100.48 PASS AF=0.3,0.7;AO=3,7;DP=10;FAO=3,7;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990262,-0.0202275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.024,227.038;QD=40.1913;RBI=0.0476279,0.0484324;REFB=0,0;REVB=0.0465871,0.0440062;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.01538,0.0107973;OID=.,.;OPOS=90749692,90749692;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7:3,7:10:3,7:10:0:1,4:2,3:0:0:10:0:1,4:2,3:0:0 chr9 91652414 . A T 593.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.751;QD=60.8594;RBI=0.0795011;REFB=0;REVB=0.0190607;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271119;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:16:23:0:0 chr9 91656963 . T C 1090.65 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000632846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.956;QD=57.4025;RBI=0.00484439;REFB=0.0211349;REVB=0.00480288;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00036513;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:37:37:1:0:37:37:2:0 chr9 91978397 . C T 192.13 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.029919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8377;QD=14.7791;RBI=0.0308376;REFB=-0.0211075;REVB=0.00747067;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183309;STB=0.605476;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0512062;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:16:6:13:17:16:6:13:17 chr9 91978783 . G A 214.71 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0282101;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.521;QD=14.8073;RBI=0.0285423;REFB=-0.0188065;REVB=0.0043423;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518286;STB=0.531889;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0317997;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:33:25:25:0.431034:15:10:14:17:15:10:15:18 chr9 92221010 . C T 242.7 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.106869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8055;QD=26.2381;RBI=0.109624;REFB=-0.00978674;REVB=0.0244218;RO=14;SAF=4;SAR=18;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475753;STB=0.543442;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00769262;OID=.;OPOS=92221010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:22:23:0.621622:18:4:2:12:18:5:2:12 chr9 93629630 . T C 116.35 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00868836;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.434;QD=10.8236;RBI=0.0662364;REFB=-0.020918;REVB=-0.0656641;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129098;STB=0.564366;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0379107;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:29:14:14:0.325581:9:5:14:16:9:5:13:16 chr9 93637015 . C T 461.42 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.023704;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.9497;QD=16.1904;RBI=0.02934;REFB=-0.0136065;REVB=0.0172902;RO=64;SAF=22;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448509;STB=0.533853;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0182078;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:63:50:51:0.447368:28:22:31:33:29:22:31:32 chr9 93639973 . G C 459.87 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0302143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.261;QD=15.8576;RBI=0.038145;REFB=0.00356718;REVB=0.0232839;RO=65;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142645;STB=0.579826;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00461875;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:30:21:36:29:30:21:36:29 chr9 93640009 . G A 369.53 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00181848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.939;QD=13.0807;RBI=0.0142823;REFB=-0.00546105;REVB=0.0141661;RO=69;SAF=15;SAR=29;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215087;STB=0.622312;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00968261;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:29:15:37:32:29:15:37:32 chr9 93641175 . C T 458.18 PASS AF=0.368056;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0117787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.297;QD=12.7273;RBI=0.0170632;REFB=-0.0143754;REVB=-0.0123457;RO=91;SAF=25;SAR=28;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497005;STB=0.528291;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00927471;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:91:91:53:53:0.368056:28:25:47:44:28:25:47:44 chr9 93641199 . T C 336.24 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0185492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.65;QD=11.2081;RBI=0.0203346;REFB=-0.00811195;REVB=-0.00833203;RO=78;SAF=21;SAR=21;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725763;STB=0.541647;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0184363;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:78:42:42:0.35:21:21:44:34:21:21:44:34 chr9 94173258 . G A 48.17 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0406773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8385;QD=12.8466;RBI=0.0903471;REFB=-0.0392919;REVB=-0.0806719;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0239192;OID=.;OPOS=94173258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr9 94456643 . G C 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0265527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.829;QD=15.7728;RBI=0.0317921;REFB=-0.0152698;REVB=-0.017484;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805686;STB=0.545421;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0225137;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:12:15:21:12:12:15:21:12 chr9 94456702 . ATTT ATTA,ATT,ATTTA 48.91 PASS AF=0.113636,0.181818,0;AO=5,6,8;DP=44;FAO=5,8,0;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=2,6,0;FSAR=3,2,0;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.131995,-0.0895763,-0.172838;FXX=0;HRUN=3,3,7;LEN=1,1,1;MLLD=14.5409,10.8742,7.79143;QD=4.44675;RBI=0.14597,0.118559,0.258102;REFB=-0.0427459,-0.0359836,-0.0477683;REVB=-0.0623269,0.0776673,-0.191686;RO=19;SAF=3,6,4;SAR=2,0,4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0250969,0.698216,-0.0890944;STB=0.651587,0.651767,0.5;STBP=0.548,0.371,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=-0.00726094,0.0290904,0.0422271;OID=.,.,.;OPOS=94456705,94456703,94456706;OREF=T,T,-;OALT=A,-,A;OMAPALT=ATTA,ATT,ATTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.113636,0.181818,0:5,6,8:44:5,8,0:44:31:2,6,0:3,2,0:18:13:24:19:3,6,4:2,0,4:11:8 chr9 94456714 . C T 147.28 PASS AF=0.361702;AO=13;DP=42;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000786727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.268;QD=12.5341;RBI=0.000789946;REFB=-0.00714534;REVB=-7.12374e-05;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148746;STB=0.523901;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0138569;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:47:28:30:13:17:0.361702:4:9:16:12:8:9:17:13 chr9 94486321 . C T 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0139009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.831;QD=17.3185;RBI=0.0185592;REFB=-0.00287888;REVB=0.0122967;RO=17;SAF=15;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55016;STB=0.821378;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00957402;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:1:15:10:7:1:15:11:7 chr9 94486445 . TGGGC TGGC,TGGCG 128.79 PASS AF=0.65625,0;AO=17,2;DP=33;FAO=21,0;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10,0;FSAR=11,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.10633,-0.0267791;FXX=0.0302939;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.9936,66.0179;QD=16.0986;RBI=0.15168,0.173793;REFB=-0.0799316,-0.017723;REVB=-0.10817,-0.171717;RO=10;SAF=9,1;SAR=8,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0.641593,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.183117,-0.33927;STB=0.616413,0.5;STBP=0.087,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00306142,0.0234219;OID=.,.;OPOS=94486446,94486448;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGC,TGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65625,0:17,2:33:21,0:32:11:10,0:11,0:9:2:69:10:9,1:8,1:8:2 chr9 94495608 . T C 164.96 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0580974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2413;QD=21.285;RBI=0.0674982;REFB=-0.103682;REVB=0.0343613;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829262;STB=0.603652;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.01365;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:12:14:17:17:0.548387:9:8:7:5:10:7:9:5 chr9 94518328 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=57.1055;RBI=0.0194652;REFB=0;REVB=-0.0154853;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25035e-05;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr9 94985637 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00678387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.913;QD=11.4396;RBI=0.0158871;REFB=-0.0100661;REVB=-0.0143659;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019037;OID=.;OPOS=94985637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:13:11:6:7:13:11 chr9 95005537 . A C 448.06 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0133219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.282;QD=23.8965;RBI=0.0137662;REFB=-0.0194756;REVB=0.00346921;RO=29;SAF=21;SAR=21;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245701;STB=0.624251;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018807;OID=.;OPOS=95005537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:32:42:43:0.573333:21:21:5:24:21:22:7:25 chr9 95063947 . C T 576.14 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00615341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.299;QD=22.3744;RBI=0.00682787;REFB=-0.00916559;REVB=-0.00295893;RO=45;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339009;STB=0.523315;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00772614;OID=.;OPOS=95063947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:46:57:57:0.553398:28:29:21:24:28:29:21:25 chr9 95068046 . C T 1786.04 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.993;QD=61.0611;RBI=0.0151414;REFB=0;REVB=0.0120374;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18525e-06;OID=.;OPOS=95068046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:59:55:0:0:61:56:0:0 chr9 95072907 . G C 312.46 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0119008;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2549;QD=28.4057;RBI=0.0190132;REFB=-0.00902483;REVB=-0.0148281;RO=18;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873676;STB=0.557333;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0122504;OID=.;OPOS=95072907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:18:17:27:27:0.613636:9:18:10:8:9:18:9:8 chr9 95076665 . C G 205.22 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00583289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5714;QD=12.8262;RBI=0.0214423;REFB=-0.0171591;REVB=0.0206337;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270181;STB=0.658722;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0279697;OID=.;OPOS=95076665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:13:12:28:10:13:12:29:10 chr9 95077827 . G A 63.8 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00345681;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.522;QD=8.23184;RBI=0.00727002;REFB=-0.00797232;REVB=0.00639559;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626681;STB=0.525491;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0260124;OID=.;OPOS=95077827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:31:23:22:9:9:0.290323:4:5:14:9:4:5:13:9 chr9 95088255 . G T 194.9 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00602018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.201;QD=17.3246;RBI=0.0536646;REFB=-0.0113147;REVB=0.0533259;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171632;STB=0.596811;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0148372;OID=.;OPOS=95088255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:20:5:7:13:20:5 chr9 95147434 . C T 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0100711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.731;QD=21.2634;RBI=0.0173103;REFB=0.0104593;REVB=0.014079;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422861;STB=0.523786;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00784551;OID=.;OPOS=95147434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:9:9:9:11:9:9 chr9 95179179 . C T 165.71 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0286266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=14.4094;RBI=0.0380105;REFB=-0.00744469;REVB=-0.0250063;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134803;STB=0.565146;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00777832;OID=.;OPOS=95179179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:17:10:9:9:17:11 chr9 95218829 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.938;QD=62.6707;RBI=0.00496244;REFB=0;REVB=-0.000724897;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84445e-05;OID=.;OPOS=95218829;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr9 95219597 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.802;QD=62.0213;RBI=0.040416;REFB=0;REVB=-0.0355484;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107571;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 95228776 . C A 523.37 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00373383;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.349;QD=15.5074;RBI=0.00374542;REFB=-0.0115639;REVB=-0.000294437;RO=78;SAF=31;SAR=25;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110574;STB=0.501583;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0155027;OID=.;OPOS=95228776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:56:57:0.422222:25:31:44:34:25:32:44:34 chr9 95274338 . A G 1157.31 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300705;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.99;QD=60.911;RBI=0.0347323;REFB=0;REVB=0.017381;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60595e-05;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr9 95279985 . C A 291.49 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00494699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.705;QD=16.8979;RBI=0.00530264;REFB=-0.011795;REVB=-0.00190926;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761845;STB=0.534225;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0141814;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:15:17:22:14:15:17:22:15 chr9 95284873 . A G 479.35 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00858175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6398;QD=23.6717;RBI=0.0160007;REFB=-0.0023054;REVB=0.0135046;RO=35;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140378;STB=0.57689;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00316011;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:24:22:23:12:24:22:23:12 chr9 95284982 . T G 1771.39 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234193;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.539;QD=61.0825;RBI=0.0318942;REFB=0;REVB=0.0216513;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124052;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr9 95380726 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00373588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1913;QD=11.9535;RBI=0.00666172;REFB=0.0234322;REVB=0.00551559;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45078;STB=0.762848;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0400965;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:1:7:5:5:1:7:6:5 chr9 95381833 . G A 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0296215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5027;QD=19.4005;RBI=0.0350649;REFB=-0.00827935;REVB=0.0187646;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480967;STB=0.526746;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0105123;OID=.;OPOS=95381833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:18:20:22:16:18:20 chr9 95475056 . T A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0211189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.516;QD=17.542;RBI=0.0222855;REFB=-0.00409608;REVB=0.00711577;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201563;STB=0.615232;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00672025;OID=.;OPOS=95475056;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:10:6:9:6:10:6 chr9 95475352 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00494853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2827;QD=6.24996;RBI=0.0252183;REFB=-0.0108812;REVB=-0.0247281;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0257377;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:9:8:3:3:9:8 chr9 95738781 . C A 426.1 PASS AF=0.404959;AO=48;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0470666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.871;QD=14.0859;RBI=0.047077;REFB=-0.0212982;REVB=0.00098889;RO=68;SAF=24;SAR=24;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306065;STB=0.502193;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.031277;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:72:48:49:0.404959:24:24:36:32:24:25:37:35 chr9 95768448 . G A 249.43 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0108403;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.3;QD=13.857;RBI=0.0111404;REFB=-0.0125037;REVB=-0.00256811;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429721;STB=0.524479;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0208298;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:24:19:14:15:24:19 chr9 95780465 . A G 1515.52 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.696;QD=59.4321;RBI=0.0334127;REFB=0;REVB=0.0332626;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97248e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:48:52:0:0:50:52:0:0 chr9 95782667 . C T 249.43 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00703262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.414;QD=15.8366;RBI=0.024838;REFB=0.00627921;REVB=0.0238216;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497927;STB=0.528033;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00359307;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:17:17:16:13:17:17 chr9 95797999 . C T 122.1 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0121739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.723;QD=9.21522;RBI=0.0329559;REFB=-0.00522607;REVB=-0.0306249;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157176;STB=0.509422;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00799282;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:19:18:8:8:19:18 chr9 95872885 . C T 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0243301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.957;QD=20.7923;RBI=0.0246592;REFB=-0.0222085;REVB=-0.00401528;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912265;STB=0.505048;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0188191;OID=.;OPOS=95872885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:25:22:22:24:25:22:22:24 chr9 95875447 . C T 654.03 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00461705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.434;QD=22.5528;RBI=0.00491359;REFB=-0.00935811;REVB=-0.00168113;RO=52;SAF=30;SAR=34;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197434;STB=0.607758;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00687192;OID=.;OPOS=95875447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:52:64:64:0.551724:34:30:37:15:34:30:37:15 chr9 95887320 . G T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0164007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.251;QD=21.7447;RBI=0.053195;REFB=-0.0270987;REVB=0.0506036;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.62315;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0131687;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:8:8:14:5:8:8 chr9 95993170 . A G 402.55 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.010157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.195;QD=20.3822;RBI=0.0178224;REFB=-0.0208778;REVB=0.0146449;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103496;STB=0.507765;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0252654;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:38:38:39:41:0.518987:17:22:21:17:19:22:21:17 chr9 96015256 . C T 1062.54 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.734;QD=59.8613;RBI=0.122703;REFB=0;REVB=0.0126735;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242093;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:41:30:0:0 chr9 96021312 . G A 873.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113507;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.314;QD=56.3348;RBI=0.115383;REFB=-0.056155;REVB=0.0207206;RO=1;SAF=8;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553976;STB=0.529402;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000556956;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:53:8:1:0:53:8:1:0 chr9 96051521 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.818;QD=58.5859;RBI=0.0220958;REFB=0;REVB=0.0123079;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73548e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr9 96097747 . C G,T 467.7 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564718,0.0216833;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.3094,221.621;QD=56.6912;RBI=0.0564789,0.0377517;REFB=0,0;REVB=0.000895795,0.0309035;RO=0;SAF=0,11;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.178061,-1.14252e-05;OID=.,.;OPOS=96097747,96097747;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:2,20:0,11:0:0:2,20:0,11:0:0 chr9 96209943 . T C 629.34 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.984;QD=57.2129;RBI=0.0577592;REFB=-0.198659;REVB=0.051162;RO=1;SAF=32;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492942;STB=0.518859;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00118933;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:9:32:0:1:9:33:1:1 chr9 96214927 . AG A,AA 404.7 PASS AF=0.137931,0.862069;AO=6,22;DP=29;FAO=4,25;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=4,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705712,0.0092754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.215,193.361;QD=55.8208;RBI=0.0669203,0.070109;REFB=0,0;REVB=0.0665472,0.0694927;RO=1;SAF=0,8;SAR=6,14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.031885;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0632865,-0.00316923;OID=.,.;OPOS=96214928,96214928;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137931,0.862069:6,22:29:4,25:29:0:0,8:4,17:0:0:13:1:0,8:6,14:0:1 chr9 96238578 . C T 818.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.241;QD=57.4062;RBI=0.0211773;REFB=0;REVB=-0.0195312;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39579e-05;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr9 96328303 . T C 1891.89 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5504;QD=61.5249;RBI=0.0335404;REFB=0;REVB=0.00478921;RO=0;SAF=72;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176351;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:49:72:0:0:50:73:0:0 chr9 97055376 . G A 969.02 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.955;QD=58.7287;RBI=0.123699;REFB=0;REVB=0.120779;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477542;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:41:23:0:0:43:23:0:0 chr9 97062852 . A T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0189798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.849;QD=22.1885;RBI=0.0199741;REFB=-0.0254426;REVB=0.00622368;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593836;STB=0.533301;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0233796;OID=.;OPOS=97062852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:9:9:9:12:9:9 chr9 97062981 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4155;QD=51.9117;RBI=0.0179716;REFB=0;REVB=0.0132447;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630539;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 97080944 . GAGA G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345659;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.335;QD=53.9632;RBI=0.0279424;REFB=0;REVB=-0.0277277;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000166656;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:23:23:0:14:9:0:0:4:0:14:9:0:0 chr9 97082699 . G A,C 696.04 PASS AF=0.923077,0.0576923;AO=48,2;DP=51;FAO=48,3;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21,1;FSAR=27,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426181,0.0293318;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=185.978,134.941;QD=53.5412;RBI=0.0445209,0.0438019;REFB=0.00100496,0.0434949;REVB=-0.0128767,-0.0325308;RO=1;SAF=21,0;SAR=27,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0218744,-0.697199;STB=0.511623,0.665547;STBP=0.342,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00010499,0.0688358;OID=.,.;OPOS=97082699,97082699;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:51:52:1:1:48,2:48,3:0.923077,0.0576923:27,2:21,0:1:0:27,2:21,1:1:0 chr9 97083422 . C T 188.8 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0195741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5499;QD=20.4107;RBI=0.029271;REFB=-0.0810739;REVB=0.0217634;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0568706;OID=.;OPOS=97083422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:18:19:19:0.513514:9:10:7:6:9:10:10:8 chr9 97087857 . G A 130.62 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.823;QD=43.5409;RBI=0.105165;REFB=0;REVB=0.0953369;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030431;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr9 97223029 . GA G 30.27 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.130878;FXX=0.0644953;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.5008;QD=4.17507;RBI=0.222289;REFB=-0.0595405;REVB=-0.179676;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.620462;STBP=0.346;TYPE=del;VARB=0.0517025;OID=.;OPOS=97223030;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:31:10:29:19:5:5:6:13:30:12:3:7:5:7 chr9 97325726 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00668489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.854;QD=17.5879;RBI=0.0114328;REFB=0.00134809;REVB=-0.00927475;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197112;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00205014;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:12:16:13:9:12:16 chr9 97349666 . C G 1005.77 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.698;QD=56.6629;RBI=0.0410383;REFB=0.00459234;REVB=0.0395891;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=6.06642e-05;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:68:70:0.985915:33:35:0:1:35:35:0:1 chr9 97365720 . T C 900.63 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.467;QD=58.1051;RBI=0.0199866;REFB=0;REVB=0.0160833;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11482e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:28:31:0:0:29:33:0:0 chr9 97369105 . A T 196.87 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0163964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.041;QD=10.9373;RBI=0.0184793;REFB=0.0052809;REVB=0.00852307;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129644;STB=0.575162;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0223417;OID=.;OPOS=97369105;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:12:13:19:28:12:13:19:28 chr9 97369149 . C T 1400.17 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0593678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9;QD=61.5458;RBI=0.0593825;REFB=-0.0197508;REVB=-0.00131968;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000161075;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:0:1:46:44:0:1 chr9 97369151 . G A 556.62 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.014185;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.98;QD=25.0165;RBI=0.0211539;REFB=-0.00594888;REVB=0.0156932;RO=38;SAF=21;SAR=30;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171082;STB=0.593631;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00194067;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:38:38:51:51:0.573034:30:21:24:14:30:21:24:14 chr9 97766585 . T A 562.23 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00519546;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.72;QD=20.6323;RBI=0.00733308;REFB=-0.0032772;REVB=-0.00517506;RO=51;SAF=34;SAR=23;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109539;STB=0.556081;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0026322;OID=.;OPOS=97766585;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:52:57:57:0.522936:23:34:24:27:23:34:25:27 chr9 97768286 . T C 745.49 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00503511;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.954;QD=53.2492;RBI=0.0365424;REFB=-0.104351;REVB=0.0361939;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050898;STB=0.502702;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000444164;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:54:54:0.964286:23:31:1:1:23:31:1:1 chr9 97849090 . A G 381.31 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541545;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.625;QD=56.4902;RBI=0.00542021;REFB=0;REVB=-0.000227;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306007;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr9 98218474 . G GC 240.72 PASS AF=0.559322;AO=30;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0707183;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1782;QD=16.3201;RBI=0.0717029;REFB=0.0388098;REVB=0.0118422;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149443;STB=0.537015;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=-0.0258829;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.559322:30:60:33:59:26:18:15:12:14:99:28:18:12:12:16 chr9 98238358 . G A 445.17 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0174681;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5492;QD=20.4678;RBI=0.0179033;REFB=-0.00028059;REVB=-0.00392347;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127119;STB=0.507039;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00157727;OID=.;OPOS=98238358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:26:18:17:26:26:18:17:26 chr9 98638306 . C T 718.92 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0105627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.232;QD=18.6733;RBI=0.0134177;REFB=-0.0199353;REVB=-0.00827436;RO=78;SAF=43;SAR=32;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399925;STB=0.518053;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0187752;OID=.;OPOS=98638306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:78:79:75:75:0.487013:32:43:48:30:32:43:48:31 chr9 98691137 . T C 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0402016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.793;QD=16.4408;RBI=0.0408369;REFB=-0.00900763;REVB=0.00717525;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287478;STB=0.663051;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0211956;OID=.;OPOS=98691137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:7:20:9:11:7:20 chr9 98734670 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.56;QD=40.7629;RBI=0.022218;REFB=0;REVB=0.0169154;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024689;OID=.;OPOS=98734670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr9 98734891 . A T 155.69 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0261529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.194;QD=15.1891;RBI=0.054443;REFB=0.00982874;REVB=-0.0477501;RO=23;SAF=15;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478317;STB=0.795042;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00680252;OID=.;OPOS=98734891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:2:15:12:11:2:15:12:12 chr9 98766861 . G T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0202996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.923;QD=12.3287;RBI=0.0203045;REFB=-0.0155871;REVB=0.000446238;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0296158;OID=.;OPOS=98766861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:5:12:6:5:5:12 chr9 99694397 . C G 230.24 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00373078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9289;QD=23.0242;RBI=0.119836;REFB=0.0129458;REVB=0.119778;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201628;STB=0.612799;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0195749;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:7:11:8:14:7:11 chr9 99699485 . G C 106.84 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00280914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.67;QD=12.2105;RBI=0.0543802;REFB=-0.0127141;REVB=-0.0543076;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272451;STB=0.516104;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.017703;OID=.;OPOS=99699485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:13:9:5:8:13:9 chr9 99701130 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0241518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.207;QD=10.0335;RBI=0.0297375;REFB=-0.0151761;REVB=-0.0173496;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0320378;OID=.;OPOS=99701130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:3:3:2:3:4:3 chr9 100190780 . A G 789.72 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640932;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.833;QD=64.4668;RBI=0.0109571;REFB=0;REVB=-0.00888698;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89495e-05;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr9 100194406 . T C 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.034;QD=58.5289;RBI=0.0141326;REFB=-0.015808;REVB=0.0051272;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958391;STB=0.505049;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=2.01239e-05;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:49:52:0:1:49:52:0:1 chr9 100201551 . A G 689.79 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00984424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.946;QD=19.161;RBI=0.0146529;REFB=-0.00380139;REVB=0.0108536;RO=73;SAF=31;SAR=38;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361764;STB=0.518982;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00536417;OID=.;OPOS=100201551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:75:69:69:0.479167:38:31:30:43:38:31:31:44 chr9 100365086 . A G 192.92 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0123453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.159;QD=13.7802;RBI=0.0129268;REFB=-0.0162752;REVB=0.00383347;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519687;STB=0.529755;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0246193;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:17:16:10:13:17:16 chr9 100365431 . G T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0219193;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.705;QD=15.2939;RBI=0.0220578;REFB=-0.00758564;REVB=0.00246859;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00896083;OID=.;OPOS=100365431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:5:9:9:9:0.5:6:3:3:2:6:3:5:4 chr9 100367810 . G A 470.37 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0266568;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.21;QD=15.2965;RBI=0.0266703;REFB=-0.00573693;REVB=-0.00084977;RO=69;SAF=37;SAR=15;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166037;STB=0.595691;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0208014;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:69:71:52:52:0.422764:15:37:39:30:15:37:40:31 chr9 100367813 . A G 517.26 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0165292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.357;QD=16.1643;RBI=0.0165292;REFB=-0.00811344;REVB=9.54023e-06;RO=72;SAF=36;SAR=20;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782448;STB=0.543823;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0151162;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:20:36:41:31:20:36:41:31 chr9 100380093 . T C 288.01 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0064822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.07;QD=25.0444;RBI=0.0145047;REFB=-0.0445498;REVB=0.0129756;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609872;STB=0.533872;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0138267;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:10:10:11:15:10:10 chr9 100388197 . C T 578.02 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00862911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.258;QD=24.3376;RBI=0.00999845;REFB=-0.0135528;REVB=0.00505048;RO=42;SAF=24;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189621;STB=0.510396;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00945338;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:29:24:20:22:29:24:20:22 chr9 100420976 . G A 328.51 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0455397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1453;QD=18.0006;RBI=0.0460531;REFB=-0.00735419;REVB=0.00685788;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199156;STB=0.501677;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00736764;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:13:22:24:13:13:22:24:14 chr9 100616583 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.835;QD=47.8093;RBI=0.0264294;REFB=0;REVB=0.0159877;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22132e-05;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr9 100617375 . T C 1536.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013065;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.125;QD=59.6694;RBI=0.0166162;REFB=0;REVB=0.0165647;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38179e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:49:49:0:0:54:49:0:0 chr9 100617479 . G T 708.36 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.066;QD=62.9653;RBI=0.0612276;REFB=0;REVB=-0.028409;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158584;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr9 100617583 . T C 750.87 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169974;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.76;QD=63.9042;RBI=0.0228319;REFB=0;REVB=0.0152441;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315232;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr9 100672338 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00475552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.433;QD=10.8236;RBI=0.0152679;REFB=-0.00844069;REVB=-0.0145084;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934791;STB=0.555467;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0101734;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:6:17:8:4:6:17 chr9 100675816 . A G 326.75 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0332964;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.936;QD=31.8776;RBI=0.0386197;REFB=0.00749307;REVB=0.0195661;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238032;STB=0.50549;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00192018;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:13:14:26:27:0.658537:15:11:6:7:15:12:6:8 chr9 100684719 . A C 305.5 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00197694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.13;QD=17.7102;RBI=0.0082968;REFB=-0.0163571;REVB=-0.00805783;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713565;STB=0.53994;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00861727;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:18:18:14:19:18:18 chr9 100684757 . A G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=9.6339e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.327;QD=18.0551;RBI=0.0106169;REFB=-0.0174567;REVB=-0.0106164;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241075;STB=0.501347;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0166675;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:19:16:15:18:19:16 chr9 100684778 . C T 283.2 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00590406;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.141;QD=19.5309;RBI=0.00816167;REFB=-0.0115888;REVB=0.00563516;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420259;STB=0.50234;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0101563;OID=.;OPOS=100684778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:13:17:16:12:13:17:16:12 chr9 100819192 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0160427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9019;QD=15.6495;RBI=0.0429185;REFB=-0.0178007;REVB=-0.0398074;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938807;STB=0.54367;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0314851;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:12:8:5:11:13:8 chr9 100823084 . T C 421.04 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0028315;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.562;QD=20.2912;RBI=0.00769686;REFB=-0.00837321;REVB=-0.00715712;RO=41;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119837;STB=0.566517;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00874125;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:41:42:42:0.506024:16:26:20:21:16:26:20:21 chr9 100843417 . A G 295.78 PASS AF=0.386364;AO=31;DP=85;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00559189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.261;QD=13.4445;RBI=0.0102353;REFB=-0.0172141;REVB=0.0085728;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152039;STB=0.568143;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0224433;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:52:54:31:34:0.386364:16:15:18:34:19:15:18:36 chr9 100854765 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0192498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.183;QD=18.8286;RBI=0.0248824;REFB=-0.0120279;REVB=0.0157663;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.022928;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:11:11:13:7:11:11 chr9 101533220 . C T 589.61 PASS AF=0.953488;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0366618;FXX=0.0444346;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.354;QD=54.847;RBI=0.0369444;REFB=-0.0894557;REVB=0.00456092;RO=2;SAF=8;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391441;STB=0.513545;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00392207;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:43:2:2:37:41:0.953488:29:8:1:1:30:11:1:1 chr9 101536198 . G A 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0107825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.686;QD=18.1404;RBI=0.023147;REFB=-0.0190196;REVB=0.0204823;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225849;STB=0.626275;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0183336;OID=.;OPOS=101536198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:28:15:29:21:28:15:29:21 chr9 101767245 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00564025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.781;QD=11.5973;RBI=0.0138607;REFB=0.000940655;REVB=0.0126612;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209275;STB=0.624787;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00155701;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:11:10:8:4:11:10 chr9 101767303 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0251894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.228;QD=14.0791;RBI=0.0253463;REFB=-0.0209414;REVB=-0.00281628;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.021827;OID=.;OPOS=101767303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:7:9:7:5:7:9 chr9 101778265 . G T 234.92 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00363629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9541;QD=19.1767;RBI=0.0259904;REFB=-0.0132418;REVB=-0.0257348;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123154;STB=0.500978;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0311265;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:15:8:9:16:15:8:9:17 chr9 101796880 . A T 63.13 PASS AF=0.146067;AO=10;DP=93;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=62;FWDB=-0.0261127;FXX=0.0531858;HRUN=28;LEN=1;MLLD=152.174;QD=2.83733;RBI=0.0261306;REFB=-0.00180285;REVB=0.000967269;RO=74;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.681079;STB=0.899888;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0158421;OID=.;OPOS=101796880;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:93:89:74:76:10:13:0.146067:2:8:12:62:3:10:14:62 chr9 101822220 . C T 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00788246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.98;QD=58.3765;RBI=0.0084457;REFB=-0.063097;REVB=0.00303262;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.523799;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000307888;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:20:25:0:1:20:25:0:2 chr9 101831995 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0294161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4521;QD=26.3149;RBI=0.0341931;REFB=0.00228009;REVB=0.0174317;RO=14;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178387;STB=0.5999;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00384786;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:4:18:9:5:4:18:9:5 chr9 101832264 . T G 152.25 PASS AF=0.527778;AO=13;DP=30;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00904992;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=29.1843;QD=16.9168;RBI=0.161705;REFB=-0.106409;REVB=0.161451;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305281;STB=0.684016;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0397485;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:36:17:17:13:19:0.527778:8:5:12:5:13:6:12:5 chr9 102067887 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.377;QD=39.2068;RBI=0.0326748;REFB=0;REVB=-0.0246736;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602275;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr9 102068344 . C G 166.8 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1772;QD=44.4805;RBI=0.0441858;REFB=0;REVB=-0.0244697;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167402;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr9 102068832 . G A 2118.56 PASS AF=0.960265;AO=142;DP=148;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0788039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.694;QD=56.1207;RBI=0.106433;REFB=-0.132598;REVB=0.0715404;RO=6;SAF=81;SAR=61;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756885;STB=0.504093;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00639449;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:148:151:6:6:142:145:0.960265:61:81:4:2:63:82:4:2 chr9 102595069 . G A 340.5 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00467117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.37;QD=21.9679;RBI=0.0105246;REFB=-0.0184159;REVB=0.00943114;RO=27;SAF=7;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216691;STB=0.620614;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0129674;OID=.;OPOS=102595069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:28:7:11:16:28:7:11:16 chr9 102713580 . G A 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123153;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.014;QD=58.2607;RBI=0.00677773;REFB=0;REVB=0.0066649;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07583e-05;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr9 102732237 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.265;QD=56.1897;RBI=0.0379015;REFB=0;REVB=-0.00766739;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134195;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:18:10:0:0 chr9 103060386 . T G 1606.51 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1082;QD=64.2605;RBI=0.0221784;REFB=0;REVB=0.0213191;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001528;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr9 103064530 . G A 610.48 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.942;QD=61.0484;RBI=0.0218756;REFB=0;REVB=0.00472697;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120433;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr9 104133628 . C T 305.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.006;QD=53.1266;RBI=0.0715068;REFB=0;REVB=0.0714278;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403081;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr9 104152790 . G C 236.76 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0335451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.084;QD=13.5289;RBI=0.0360157;REFB=-0.0209642;REVB=-0.0131095;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458566;STB=0.522662;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0342799;OID=.;OPOS=104152790;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:27:28:0.4:11:16:26:15:11:17:27:15 chr9 104152846 . G A 424.26 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0119108;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.87;QD=17.8636;RBI=0.0149314;REFB=-0.0188246;REVB=-0.00900432;RO=53;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033071;STB=0.506945;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0227908;OID=.;OPOS=104152846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:51:42:44:0.463158:20:22:26:27:21:23:26:25 chr9 104302625 . A G 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0174457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0177;QD=15.2174;RBI=0.0322163;REFB=-0.0229019;REVB=-0.0270839;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150987;STB=0.585138;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0340509;OID=.;OPOS=104302625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:26:15:16:15:26:15 chr9 104324545 . G A 310.06 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0241426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.934;QD=13.7803;RBI=0.0251841;REFB=-0.0101558;REVB=-0.00716742;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173632;STB=0.603715;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0192939;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:55:35:35:0.388889:15:20:22:32:15:20:22:33 chr9 104333172 . C T 475.52 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00643763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5048;QD=19.2129;RBI=0.0215217;REFB=-0.0150224;REVB=-0.0205364;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120097;STB=0.506681;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0182491;OID=.;OPOS=104333172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:27:25:22:25:27:25 chr9 104335586 . T A 422.69 PASS AF=0.384615;AO=49;DP=129;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0107983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.184;QD=13.0059;RBI=0.0124429;REFB=-0.00962783;REVB=0.00618248;RO=80;SAF=31;SAR=18;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521063;STB=0.534367;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0146722;OID=.;OPOS=104335586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:80:80:49:50:0.384615:18:31:47:33:18:32:47:33 chr9 104335690 . C T 819.37 PASS AF=0.452128;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0099034;FXX=0.0208322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.021;QD=17.4334;RBI=0.0217795;REFB=-0.0163006;REVB=-0.0193977;RO=102;SAF=53;SAR=32;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143749;STB=0.577472;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0169441;OID=.;OPOS=104335690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:188:102:103:85:85:0.452128:32:53:49:53:32:53:50:53 chr9 104432873 . T G 319.1 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0322931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.334;QD=15.1951;RBI=0.0350942;REFB=-0.0211633;REVB=0.0137389;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180761;STB=0.519989;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.014525;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:49:35:35:0.416667:21:14:18:29:21:14:18:31 chr9 104433034 . A G 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00377992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.32;QD=13.3119;RBI=0.00378495;REFB=-0.0182871;REVB=0.000194987;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968991;STB=0.555506;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0295856;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:12:21:12:10:12:21 chr9 104433235 . C T 296.84 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00717267;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.256;QD=15.6232;RBI=0.0160782;REFB=-0.00595007;REVB=-0.0143897;RO=43;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152378;STB=0.586154;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00649945;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:12:21:21:22:12:21:21:22 chr9 104433347 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00853565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.977;QD=9.09982;RBI=0.00884188;REFB=-0.0188975;REVB=0.00230685;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204999;STB=0.624732;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0507427;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:12:7:5:4:12:7 chr9 104449063 . C T 422.04 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0312937;FXX=0.0578465;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.85;QD=14.8084;RBI=0.0360622;REFB=-0.015316;REVB=-0.0179216;RO=66;SAF=26;SAR=21;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778417;STB=0.508317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0203814;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:66:67:47:47:0.412281:21:26:37:29:21:26:38:29 chr9 104449294 . G A 508.3 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0236324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.426;QD=20.9607;RBI=0.0261402;REFB=-0.0073907;REVB=-0.0111722;RO=46;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851043;STB=0.535925;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00703813;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:48:49:49:0.505155:24:25:19:27:24:25:21:27 chr9 104499575 . T C 1936.21 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3247;QD=61.467;RBI=0.0317283;REFB=0;REVB=-0.00331327;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89053e-05;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:68:57:0:0:69:57:0:0 chr9 105018910 . A C 176.04 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0136189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.032;QD=17.1746;RBI=0.0149021;REFB=-0.00909769;REVB=0.00604969;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164933;STB=0.501482;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0109067;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:6:12:15:7:6:13:15:7 chr9 105405415 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.517;QD=56.9374;RBI=0.016336;REFB=0;REVB=0.00178883;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27857e-05;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:17:36:0:0 chr9 105405434 . T C 764.19 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.345;QD=63.6821;RBI=0.0221847;REFB=0;REVB=0.0177287;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21893e-05;OID=.;OPOS=105405434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:14:32:0:0:14:34:0:0 chr9 105780618 . G A 2030.1 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9933;QD=61.518;RBI=0.0399025;REFB=-0.0852486;REVB=0.0319331;RO=1;SAF=65;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725611;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000789245;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:66:65:1:0:66:65:1:0 chr9 107266596 . T C 534.09 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000447933;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.21;QD=28.8694;RBI=0.00194893;REFB=1.1311e-05;REVB=0.00189675;RO=26;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230066;STB=0.512495;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-4.71405e-06;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:22:26:15:11:22:26:15:11 chr9 107266774 . C G 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0236263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.665;QD=15.2711;RBI=0.0251266;REFB=-0.0163898;REVB=-0.00855249;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12098;STB=0.568253;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0222198;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:29:19:18:17:29:19 chr9 107266844 . A G 325.41 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0198072;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.374;QD=19.7217;RBI=0.0243164;REFB=-0.0135567;REVB=-0.0141054;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961193;STB=0.559468;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0177484;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:33:34:0.515152:16:17:13:19:16:18:13:19 chr9 107266943 . G A 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0236728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.808;QD=23.1228;RBI=0.0271289;REFB=0.00353302;REVB=0.0132505;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224228;STB=0.622961;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00538444;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:4:18:16:14:4:18 chr9 107267352 . T C 597.2 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0125215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9684;QD=19.5803;RBI=0.0292793;REFB=-0.00410372;REVB=0.0264667;RO=61;SAF=32;SAR=29;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044774;STB=0.524702;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00516158;OID=.;OPOS=107267352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:29:32:35:26:29:32:35:26 chr9 107298285 . C T 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0160587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1909;QD=23.008;RBI=0.0578171;REFB=-0.00849878;REVB=-0.0555422;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762143;STB=0.542062;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00822242;OID=.;OPOS=107298285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:21:12:11:13:21:12:11:13 chr9 107331504 . C A 1176.65 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196048;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.025;QD=58.8324;RBI=0.0196453;REFB=0.010026;REVB=-0.00126209;RO=2;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121612;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=9.3669e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:2:1:78:79:0.9875:41:37:1:1:41:38:0:1 chr9 107360768 . GT G 351.45 PASS AF=0.409524;AO=38;DP=102;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0202575;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.876;QD=13.3887;RBI=0.0225809;REFB=-0.018146;REVB=0.00997646;RO=62;SAF=20;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064788;STB=0.529504;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.0242475;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409524:38:102:43:105:62:25:18:33:29:99:62:20:18:33:29 chr9 107360826 . A G 281.44 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0141187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.618;QD=12.2363;RBI=0.0149081;REFB=-0.0102014;REVB=0.00478689;RO=59;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172166;STB=0.598767;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0179483;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:15:18:23:36:15:18:23:36 chr9 107360851 . T C 231.34 PASS AF=0.318681;AO=28;DP=90;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0117372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.284;QD=10.1688;RBI=0.0234753;REFB=-0.00154793;REVB=0.0203305;RO=59;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131725;STB=0.570073;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00220815;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:62:28:29:0.318681:12:16:27:32:12:17:30:32 chr9 107360922 . A G 1690.24 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9991;QD=60.3656;RBI=0.0403251;REFB=0;REVB=0.0371798;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19441e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:52:59:0:0:53:59:0:0 chr9 107361129 . C T 365.85 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0242047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4606;QD=18.7614;RBI=0.0293376;REFB=0.0161274;REVB=-0.0165779;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208719;STB=0.511622;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0173625;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:23:17:17:21:23:17 chr9 107361312 . T C 323.18 PASS AF=0.925926;AO=20;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00658055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.054;QD=47.8779;RBI=0.0224967;REFB=0.0556964;REVB=0.0215127;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152413;STB=0.55551;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0022803;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:20:25:0.925926:15:5:2:0:17:8:2:0 chr9 107361439 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.694;QD=50.4134;RBI=0.0286678;REFB=0;REVB=-0.0235044;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60316e-05;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 107361451 . GC AG 175.76 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082868;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.224;QD=43.9398;RBI=0.187375;REFB=0;REVB=0.168055;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00249319;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr9 107361460 . G A 191.1 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4346;QD=47.7746;RBI=0.101461;REFB=0;REVB=0.0739053;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623431;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr9 107361490 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.342;QD=43.4857;RBI=0.0623583;REFB=0;REVB=0.0478317;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020759;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr9 107361599 . G C 224.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00349308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.851;QD=17.6159;RBI=0.033366;REFB=-0.0240216;REVB=-0.0331827;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266285;STB=0.515038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0161803;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:15:12:10:14:15:12 chr9 107361642 . G A 489.49 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.000384138;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.231;QD=21.7552;RBI=0.01388;REFB=-0.00502131;REVB=0.0138746;RO=40;SAF=20;SAR=26;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180172;STB=0.596681;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00577807;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:43:46:47:0.522222:26:20:26:14:26:21:28:15 chr9 107361710 . G A 461.17 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=112;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0595305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.6;QD=16.3246;RBI=0.0606879;REFB=-0.013709;REVB=-0.0117955;RO=62;SAF=27;SAR=23;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071551;STB=0.544616;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0232797;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:62:50:51:0.451327:23:27:29:33:23:28:29:33 chr9 107367008 . T C 489.41 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0114985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.39;QD=18.2956;RBI=0.0199948;REFB=-0.00762222;REVB=0.0163578;RO=55;SAF=28;SAR=24;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177652;STB=0.598254;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0138451;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:24:28:19:36:24:28:19:36 chr9 107367132 . G A 395.13 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0503157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5969;QD=17.5614;RBI=0.0503422;REFB=-0.0376604;REVB=0.0016307;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186637;STB=0.59908;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0527912;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:16:25:20:28:16:25:21:28 chr9 107367392 . TGTTA T 155.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00904076;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=4;MLLD=240.462;QD=13.2384;RBI=0.0123682;REFB=-0.0192979;REVB=0.00844023;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674743;STB=0.523901;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.036783;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:17:49:17:47:30:8:9:13:17:99:28:8:9:13:15 chr9 107367431 . A T 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0290597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4344;QD=6.80775;RBI=0.0386281;REFB=-0.0326505;REVB=0.0254491;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138175;STB=0.588033;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0414363;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:12:15:6:3:12:15 chr9 107367612 . C T 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0158315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.267;QD=10.1075;RBI=0.0163323;REFB=-0.0131595;REVB=-0.00401355;RO=42;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274725;STB=0.663045;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0192136;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:16:5:19:23:16:5:19:23 chr9 107367664 . AGC A 35.96 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000374478;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.778;QD=5.13762;RBI=0.0157547;REFB=-0.0108239;REVB=0.0157503;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310274;STB=0.734406;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=0.031784;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:29:6:28:22:1:5:9:13:35:21:1:5:8:13 chr9 107367841 . A T 333.12 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00883318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.499;QD=16.4505;RBI=0.0173872;REFB=0.00198408;REVB=0.0149763;RO=45;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761925;STB=0.548779;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00219997;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:13:22:25:20:13:23:25:20 chr9 107379895 . G T 217.45 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0386994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.914;QD=16.7271;RBI=0.0398764;REFB=-0.0208297;REVB=0.00961705;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736317;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0228069;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:15:13:13:11:15:13 chr9 107380177 . A G 124.9 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00227759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.359;QD=8.92146;RBI=0.00274107;REFB=-0.0162681;REVB=0.00152514;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045242;STB=0.547114;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0467175;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:16:17:0.303571:8:8:18:21:8:9:18:21 chr9 107380215 . T A 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00890907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.942;QD=9.89743;RBI=0.0331773;REFB=-0.00819373;REVB=0.0319587;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118442;STB=0.571326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0134733;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:6:8:15:17:6:8:15:17 chr9 107380396 . T G 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00191299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.673;QD=13.3358;RBI=0.0084075;REFB=-0.0136728;REVB=0.00818697;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0272436;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:12:12:7:8:12:12 chr9 107380414 . C A 277.31 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00371083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.149;QD=26.4105;RBI=0.0210499;REFB=-0.0376936;REVB=0.0207202;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688945;STB=0.503814;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0266019;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:9:8:12:13:9:8 chr9 107456763 . T C 235.23 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00841329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.033;QD=25.4302;RBI=0.0117774;REFB=-0.00918452;REVB=0.0082416;RO=14;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238244;STB=0.65547;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00565579;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:4:18:8:6:4:18:8:7 chr9 107456933 . C T 172.23 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0341262;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2218;QD=14.0596;RBI=0.0364179;REFB=-0.00700894;REVB=0.0127149;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266677;STB=0.50103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133234;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:29:29:19:20:0.408163:9:10:16:13:9:11:16:13 chr9 107457275 . A C 530.3 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0180816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.63;QD=25.2526;RBI=0.0224879;REFB=-0.017351;REVB=0.0133701;RO=35;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201267;STB=0.610191;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111353;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:31:18:22:13:31:18:22:13 chr9 107457532 . C T 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2498;QD=57.6757;RBI=0.0382501;REFB=0;REVB=-0.0349882;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117104;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 107457725 . G A 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00260908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.009;QD=24.2741;RBI=0.00788168;REFB=-0.00156398;REVB=-0.00743731;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406445;STB=0.522374;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000890483;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:16:15:9:12:16:15:9:12 chr9 107457759 . C T 179.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0287936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0161;QD=15.6232;RBI=0.0726015;REFB=-0.0217608;REVB=-0.0666476;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.027094;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:16:11:11:8:16:11 chr9 107510143 . A AC 471.76 PASS AF=1;AO=5;DP=50;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413789;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0691;QD=44.9293;RBI=0.0955184;REFB=0;REVB=-0.0860903;RO=44;SAF=4;SAR=1;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000290252;OID=.;OPOS=107510144;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:50:42:42:0:21:21:0:0:9:44:4:1:23:21 chr9 107510145 . G C 515.36 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0794687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.8846;QD=46.8509;RBI=0.0984565;REFB=-0.13058;REVB=-0.0581241;RO=6;SAF=17;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539248;STB=0.526302;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.028552;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:43:44:6:6:37:38:0.863636:20:17:4:2:20:18:4:2 chr9 107515214 . G A 546.36 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0153057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.09;QD=18.8398;RBI=0.0167411;REFB=-0.0182897;REVB=-0.00678243;RO=59;SAF=27;SAR=30;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785899;STB=0.543463;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0219156;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:30:27:33:26:30:27:33:26 chr9 107531152 . G C 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0163573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.38;QD=22.6427;RBI=0.0208342;REFB=-0.0264917;REVB=-0.0129036;RO=33;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137723;STB=0.582454;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0174397;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:25:17:19:14:25:17:20:14 chr9 107533175 . C G 629.5 PASS AF=0.520661;AO=64;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0211838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.023;QD=20.81;RBI=0.0314447;REFB=-0.0166863;REVB=-0.0232383;RO=57;SAF=29;SAR=35;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107676;STB=0.567744;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0157638;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:58:64:63:0.520661:35:29:33:24:35:28:34:24 chr9 107562804 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00932107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=324.943;QD=61.1862;RBI=0.00956923;REFB=-0.0459241;REVB=0.00216514;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-8.63642e-06;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:1:0:19:28:1:0 chr9 107568705 . C T 265.75 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.011953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.625;QD=9.84263;RBI=0.020138;REFB=-0.0169031;REVB=-0.0162069;RO=72;SAF=18;SAR=17;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966378;STB=0.550688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0344831;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:73:35:35:0.324074:17:18:43:29:17:18:43:30 chr9 107586753 . T C 1227.24 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.105;QD=61.3618;RBI=0.0418178;REFB=0;REVB=0.0416365;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100033;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr9 107588033 . C T 242.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00354184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.15;QD=14.9215;RBI=0.0036459;REFB=-0.000427166;REVB=-0.000864856;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041179;STB=0.523358;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000626959;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:11:17:21:16:11:17:21:16 chr9 107591272 . G T 1415.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000717287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.276;QD=62.8997;RBI=0.00995175;REFB=0;REVB=-0.00992587;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81481e-05;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr9 108152199 . G A 754.83 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00238945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.908;QD=54.8968;RBI=0.015973;REFB=-0.152168;REVB=-0.0157932;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000477597;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr9 108398331 . T G 324.71 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0145164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0991;QD=14.5935;RBI=0.0189043;REFB=-0.00274962;REVB=-0.0121098;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117756;STB=0.566818;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00401656;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:15:21:25:28:15:21:25:28 chr9 108425267 . C T 181.21 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0080206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.634;QD=16.4738;RBI=0.0414919;REFB=-0.000317693;REVB=0.0407093;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524828;STB=0.529995;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000763301;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:17:8:7:12:17:8 chr9 108536426 . AT A 57.5 PASS AF=0.394737;AO=17;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0586785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6747;QD=6.0522;RBI=0.0632092;REFB=-0.0467382;REVB=-0.0234997;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313153;STB=0.675065;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.0622215;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:17:38:15:38:23:3:12:10:13:57:18:3:14:8:10 chr9 109622255 . C T 573.47 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00551762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.017;QD=23.4071;RBI=0.00834192;REFB=-0.0152329;REVB=-0.00625648;RO=44;SAF=36;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158726;STB=0.583266;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0130363;OID=.;OPOS=109622255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:45:53:53:0.540816:17:36:22:22:17:36:23:22 chr9 109688667 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0312562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.092;QD=15.1663;RBI=0.0316088;REFB=0.0275887;REVB=-0.00470875;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.021817;OID=.;OPOS=109688667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr9 109689859 . T C 310.18 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0171319;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.119;QD=17.9816;RBI=0.0220421;REFB=-0.031975;REVB=0.0138691;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658447;STB=0.53682;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0221788;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:20:16:17:16:20:16 chr9 109691676 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.016545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.124;QD=16.9415;RBI=0.0450897;REFB=-0.0134906;REVB=-0.0419445;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.599888;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.019282;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:14:10:5:14:14:10 chr9 110084328 . C T 335.78 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00247966;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.784;QD=15.9897;RBI=0.00736267;REFB=-0.00900265;REVB=-0.00693255;RO=47;SAF=24;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143584;STB=0.568682;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0149655;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:36:37:0.440476:12:24:25:22:13:24:25:22 chr9 110249503 . A AT 493.9 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7858;QD=42.9475;RBI=0.193736;REFB=0;REVB=0.168418;RO=43;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00792634;OID=.;OPOS=110249504;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:46:46:0:23:23:0:0:10:43:4:1:22:21 chr9 110249505 . C T 588.42 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0270606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2302;QD=51.1671;RBI=0.134669;REFB=-0.147023;REVB=0.131922;RO=5;SAF=19;SAR=22;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068359;STB=0.536568;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0206141;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:5:5:41:41:0.891304:22:19:4:1:22:19:4:1 chr9 110425506 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0218364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.333;QD=10.6346;RBI=0.0325523;REFB=-0.00451791;REVB=-0.0241418;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266423;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00774085;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:10:3:2:6:10:3 chr9 111617650 . G A 1196.47 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499041;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.318;QD=61.3572;RBI=0.188776;REFB=0;REVB=0.18206;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016103;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:72:78:1:27:45:0:0:33:45:0:0 chr9 111618163 . G A 537.78 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00187756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.067;QD=55.1567;RBI=0.0267253;REFB=-0.071782;REVB=0.0266593;RO=2;SAF=23;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00400023;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:39:2:2:37:37:0.948718:14:23:2:0:14:23:2:0 chr9 111618602 . A G 616.61 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328424;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.515;QD=61.6609;RBI=0.0484236;REFB=0;REVB=-0.035584;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94108e-05;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr9 111618796 . C T 1206.41 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.49;QD=58.1405;RBI=0.0274588;REFB=-0.176833;REVB=-0.00628247;RO=3;SAF=41;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333862;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000658825;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:3:1:80:82:0.987952:39:41:3:0:39:43:1:0 chr9 111625259 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.428;QD=52.1522;RBI=0.046825;REFB=-0.0258961;REVB=0.0448113;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000300092;OID=.;OPOS=111625259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr9 111625620 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.281;QD=59.0179;RBI=0.0341165;REFB=0;REVB=0.0298127;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64601e-05;OID=.;OPOS=111625620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 111625913 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.404;QD=64.4136;RBI=0.0262082;REFB=0;REVB=0.0118646;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183651;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr9 111641806 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00314529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.534;QD=16.923;RBI=0.00783128;REFB=-0.00694239;REVB=0.0071719;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754039;STB=0.504234;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0122039;OID=.;OPOS=111641806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:19:15:13:17:19:15 chr9 111641825 . G A 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00438837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.81;QD=24.7206;RBI=0.00757117;REFB=-0.00484826;REVB=-0.00616967;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748872;STB=0.541115;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00412484;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:15:19:10:12:15:19:10:12 chr9 111644396 . G A 119.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=43;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00867574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.889;QD=10.6507;RBI=0.0164337;REFB=-0.00676112;REVB=0.013957;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191067;STB=0.54432;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0144364;OID=.;OPOS=111644396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:29:30:13:15:0.333333:8:5:16:13:8:7:16:14 chr9 111651620 . A T 487.25 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00664938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4597;QD=18.0464;RBI=0.00728213;REFB=-0.00539964;REVB=0.00296904;RO=56;SAF=32;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769691;STB=0.542756;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00661839;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:20:32:30:26:20:32:30:26 chr9 111659439 . T C 403.89 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0259471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8355;QD=31.6773;RBI=0.0371001;REFB=0.0301121;REVB=-0.0265173;RO=14;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12232;STB=0.573951;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0212001;OID=.;OPOS=111659439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:15:36:36:0.705882:16:20:11:3:16:20:12:3 chr9 111659483 . T G 938.76 PASS AF=0.921053;AO=66;DP=73;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0298194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.603;QD=49.4083;RBI=0.0298198;REFB=-0.136781;REVB=-0.000152598;RO=6;SAF=46;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561627;STB=0.500834;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0061182;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:73:76:6:6:66:70:0.921053:20:46:4:2:24:46:4:2 chr9 111660851 . C T 508.02 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.05113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5985;QD=56.4467;RBI=0.0757431;REFB=0.106172;REVB=0.0558815;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00468196;OID=.;OPOS=111660851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr9 111679872 . G A 167.52 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0433856;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0968;QD=11.7555;RBI=0.0639879;REFB=-0.012795;REVB=-0.0470334;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180617;STB=0.596923;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0206926;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:36:21:21:0.368421:9:12:15:22:9:12:15:21 chr9 111718134 . AAT AAA,AA,A 49.88 PASS AF=0,0,0.2;AO=5,8,13;DP=66;FAO=0,0,12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0231946,-0.132761,-0.167733;FXX=0.0624902;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=18.8415,11.0099,19.8109;QD=3.32564;RBI=0.0279193,0.298101,0.288409;REFB=-0.00135467,-0.0688165,-0.0664554;REVB=-0.0155402,-0.266906,-0.234618;RO=35;SAF=0,2,5;SAR=5,6,8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.646064,-0.358017,-0.187757;STB=0.5,0.5,0.533841;STBP=1,1,0.825;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0476236,0.115613;OID=.,.,.;OPOS=111718136,111718136,111718135;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.2:5,8,13:66:0,0,12:60:48:0,0,5:0,0,7:22:26:44:35:0,2,5:5,6,8:19:16 chr9 111754288 . T C 1278.37 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477545;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.537;QD=60.8745;RBI=0.0213276;REFB=-0.052735;REVB=0.0207861;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104151;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:0:0:83:84:1:38:45:0:0:39:45:0:0 chr9 111782670 . G A 110.51 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0883098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.257;QD=15.2426;RBI=0.101821;REFB=-0.0478749;REVB=0.0506846;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0558349;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:6:10:7:6:6:10 chr9 111938926 . C T 237.12 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00796458;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.807;QD=11.8562;RBI=0.0326718;REFB=-0.00909763;REVB=-0.0316861;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150159;STB=0.504584;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.016528;OID=.;OPOS=111938926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:51:28:29:0.3625:11:17:31:19:11:18:32:19 chr9 111945049 . T G 510.38 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00138735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.01;QD=21.2658;RBI=0.0040045;REFB=0.00842801;REVB=0.0037565;RO=47;SAF=20;SAR=29;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147803;STB=0.581699;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00808655;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:29:20:27:20:29:20:27:20 chr9 112069477 . T A 239.09 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0196881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.929;QD=20.7904;RBI=0.024156;REFB=-0.0148595;REVB=-0.0139961;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117074;STB=0.565658;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0199685;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:15:8:11:12:15:8 chr9 112172674 . C T 434.3 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0141695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.524;QD=13.7873;RBI=0.0155221;REFB=-0.0140581;REVB=-0.00633714;RO=75;SAF=20;SAR=30;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07246;STB=0.537444;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0154261;OID=.;OPOS=112172674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:76:50:50:0.396825:30:20:35:40:30:20:35:41 chr9 112219474 . C G 347.83 PASS AF=0.57377;AO=33;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0187961;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.142;QD=22.8085;RBI=0.0243319;REFB=-0.00402277;REVB=0.0154514;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561786;STB=0.514278;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00426722;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:33:35:0.57377:15:18:14:12:15:20:14:12 chr9 112629397 . G A,T 346.8 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=21,5;DP=26;FAO=21,5;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,3;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147407,-0.0440857;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.117,24.2755;QD=53.353;RBI=0.0257529,0.109264;REFB=0,0;REVB=-0.0211169,-0.0999754;RO=0;SAF=11,3;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00184313,0.123483;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:26:26:0:0:21,5:21,5:0.807692,0.192308:10,2:11,3:0:0:10,2:11,3:0:0 chr9 112629858 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.67;QD=62.3502;RBI=0.0175913;REFB=0;REVB=0.0161296;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59179e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr9 112710511 . CAAAAT CAAAT,CAAATA 182.91 PASS AF=0.462963,0;AO=21,2;DP=54;FAO=25,0;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=7,0;FSAR=18,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.108961,-0.0600066;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=18.9646,22.5296;QD=13.5491;RBI=0.167242,0.127166;REFB=-0.023441,-0.00753684;REVB=-0.126875,-0.112118;RO=27;SAF=4,2;SAR=17,0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.344903,0.479823;STB=0.638593,0.5;STBP=0.082,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0338926,0;OID=.,.;OPOS=112710512,112710515;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=CAAAT,CAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462963,0:21,2:54:25,0:54:29:7,0:18,0:15:14:99:27:4,2:17,0:13:14 chr9 112713075 . C A,CA 296.75 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,23;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145272,-0.00643198;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=20.9568,17.1924;QD=43.9626;RBI=0.0299539,0.141293;REFB=0,0;REVB=-0.0299186,-0.141147;RO=1;SAF=2,10;SAR=0,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0440445;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00539918,-0.0059366;OID=.,.;OPOS=112713075,112713076;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:1:0:2,23:2,25:0.0740741,0.925926:0,13:2,10:1:0:0,14:2,11:0:0 chr9 112899361 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.19;QD=57.6807;RBI=0.0188396;REFB=0;REVB=0.0177309;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152814;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr9 112900340 . AG AGGAAGCT,CT 59.46 PASS AF=0.225806,0.0645161;AO=6,2;DP=28;FAO=7,2;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00724627,0.0108013;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,2;MLLD=261.033,181.225;QD=7.67257;RBI=0.0210078,0.0226772;REFB=-0.0112845,-0.0234752;REVB=0.0197185,0.0199395;RO=18;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.195321,0.521726;STB=0.554299,0.994628;STBP=0.773,0.177;TYPE=ins,mnp;VARB=0.042269,0.0616115;OID=.,.;OPOS=112900342,112900340;OREF=-,AG;OALT=GAAGCT,CT;OMAPALT=AGGAAGCT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:31:18:22:6,2:7,2:0.225806,0.0645161:2,0:4,2:9:9:3,0:4,2:11:11 chr9 112900785 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9738;QD=52.6117;RBI=0.120885;REFB=0;REVB=0.0036938;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356383;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr9 112931646 . G A 763.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3511;QD=56.546;RBI=0.0418592;REFB=0;REVB=0.0416406;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506935;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:21:33:0:0 chr9 112932329 . G A 1209.48 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.319;QD=61.2397;RBI=0.0268796;REFB=0;REVB=0.00617365;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1118e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr9 112960869 . A G 1804.15 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.576;QD=61.1577;RBI=0.023319;REFB=0;REVB=-0.00912588;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53224e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:60:58:0:0:60:58:0:0 chr9 112963504 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.937;QD=58.0574;RBI=0.0180919;REFB=0;REVB=0.0103824;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59597e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr9 113006420 . A G 1245.34 PASS AF=1;AO=50;DP=88;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015327;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2425;QD=59.3019;RBI=0.124704;REFB=0;REVB=0.123759;RO=1;SAF=45;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473422;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:84:1:0:50:84:1:5:45:1:0:10:74:0:0 chr9 113006421 . T G 297.59 PASS AF=0.382022;AO=31;DP=86;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=6;FWDB=-0.0183404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.242;QD=13.3746;RBI=0.0455103;REFB=-0.0482359;REVB=0.0416511;RO=54;SAF=29;SAR=2;SRF=49;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112163;STB=0.550043;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0062261;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:54:55:31:34:0.382022:2:29:49:5:5:29:49:6 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 383.27 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408238;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=8;MLLD=317.267;QD=56.7806;RBI=0.0410553;REFB=0;REVB=-0.00435396;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.35046e-05;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:27:27:0:10:17:0:0:4:0:10:17:0:0 chr9 113166697 . T A 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.941;QD=60.0764;RBI=0.0151329;REFB=0;REVB=0.00845178;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45512e-05;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr9 113169630 . TG CA 575.36 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246244;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.868;QD=60.5642;RBI=0.0466004;REFB=0;REVB=0.039563;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000473637;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr9 113196733 . A C 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000664486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.717;QD=16.0925;RBI=0.00564512;REFB=-0.0133108;REVB=0.00560588;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610212;STB=0.53441;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0151325;OID=.;OPOS=113196733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:19:12:17:21:19:12:17:21 chr9 113208250 . T G 824.98 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567871;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.661;QD=57.8935;RBI=0.0567957;REFB=0;REVB=0.000986813;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202787;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr9 113221247 . T C 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00588389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.516;QD=16.5946;RBI=0.0191668;REFB=-0.00949316;REVB=0.0182413;RO=55;SAF=33;SAR=9;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271095;STB=0.653973;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.01162;OID=.;OPOS=113221247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:9:33:31:24:9:33:31:24 chr9 113252047 . C A 478.05 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00167998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.002;QD=19.7133;RBI=0.00822739;REFB=-0.0109386;REVB=0.00805404;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852663;STB=0.509238;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0128241;OID=.;OPOS=113252047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:46:47:0.484536:28:18:20:30:29:18:20:30 chr9 113636353 . T G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.01604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.648;QD=17.1002;RBI=0.0185896;REFB=-0.0227212;REVB=-0.00939645;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264028;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0156868;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:10:4:8:6:10:4:9:6 chr9 113636379 . C T 176.29 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0113024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.428;QD=20.7395;RBI=0.0113783;REFB=-0.0426937;REVB=0.00131173;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00898668;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr9 114089882 . C T 397.42 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00304869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.549;QD=20.6454;RBI=0.0182589;REFB=-0.00954346;REVB=-0.0180026;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048794;STB=0.502701;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.022449;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:22:15:16:24:22:15 chr9 114090279 . A G 67.37 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0482332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3391;QD=7.69997;RBI=0.0490701;REFB=-0.015713;REVB=0.00902381;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417813;STB=0.514257;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0399823;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:34:35:25:25:9:10:0.285714:5:4:12:13:5:5:12:13 chr9 114124275 . G A 176.35 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0156365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.024;QD=10.6877;RBI=0.0166945;REFB=-0.00276788;REVB=0.00584853;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508579;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00770946;OID=.;OPOS=114124275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:40:43:22:23:0.348485:11:11:20:20:11:12:23:20 chr9 114125854 . T A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0116923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.512;QD=7.32744;RBI=0.0521881;REFB=-0.00936278;REVB=0.0508614;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.574271;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0191055;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:7:8:0.275862:2:5:13:7:2:6:14:7 chr9 114146832 . C T 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00824718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.143;QD=20.3941;RBI=0.0148264;REFB=-0.0133577;REVB=-0.012321;RO=45;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688635;STB=0.544127;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0142022;OID=.;OPOS=114146832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:27:19:22:23:27:19:23:23 chr9 114174384 . C T 650.57 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00208772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.93;QD=27.9813;RBI=0.0135426;REFB=-0.00751754;REVB=-0.0133807;RO=36;SAF=22;SAR=35;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228968;STB=0.512461;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00373148;OID=.;OPOS=114174384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:35:22:15:21:35:22:15:21 chr9 114174415 . T C 1169.15 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00532005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.111;QD=58.4574;RBI=0.035466;REFB=-0.0772729;REVB=0.0350647;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.09303e-05;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:78:79:0.9875:48:30:0:0:49:30:0:1 chr9 114182353 . C T 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00238712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.54;QD=15.408;RBI=0.00957574;REFB=-0.00772109;REVB=-0.00927343;RO=55;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305012;STB=0.517233;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00718348;OID=.;OPOS=114182353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:18:21:28:27:18:21:28:27 chr9 114184259 . G C 454.62 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0107066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3883;QD=19.9832;RBI=0.106653;REFB=-0.0186608;REVB=-0.106115;RO=45;SAF=29;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216986;STB=0.519485;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0173584;OID=.;OPOS=114184259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:46:45:45:0.494505:16:29:28:17:16:29:28:18 chr9 114184477 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00246005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6821;QD=17.9406;RBI=0.00573991;REFB=-0.01116;REVB=-0.00518601;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250898;STB=0.642708;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0133917;OID=.;OPOS=114184477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:8:14:7:12:8:14 chr9 114190337 . G A 454.03 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0143386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2108;QD=17.9812;RBI=0.0590601;REFB=0.00710775;REVB=-0.0572931;RO=52;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768237;STB=0.547806;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00868806;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:21:27:25:27:21:27:25:28 chr9 114195587 . G A 229.29 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0166344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.833;QD=14.1104;RBI=0.0192061;REFB=-0.00346574;REVB=0.0096007;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243982;STB=0.645724;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.010493;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:17:9:22:16:18:9:22:16 chr9 114326505 . T G 2013.71 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.02149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.997;QD=60.5627;RBI=0.0297512;REFB=-0.0774201;REVB=0.0205746;RO=2;SAF=51;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332355;STB=0.501749;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000422024;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:80:51:1:1:80:51:1:1 chr9 114359624 . C A 497.78 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0158946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.865;QD=21.1821;RBI=0.0164335;REFB=-0.0178146;REVB=0.00417424;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158241;STB=0.574574;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0163586;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:46:47:48:0.510638:16:31:22:23:17:31:23:23 chr9 114366094 . G C 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00490228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.575;QD=20.7685;RBI=0.0435031;REFB=-0.00951002;REVB=-0.043226;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766186;STB=0.542825;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0152512;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:9:15:19:8:9:15 chr9 114371322 . T A 345.18 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0448829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7913;QD=19.1768;RBI=0.0597087;REFB=-0.0142554;REVB=0.0393783;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16779;STB=0.598539;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0144781;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:35:36:0.5:19:16:10:26:19:17:10:26 chr9 114371493 . C T 401.67 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0585523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0756;QD=27.2316;RBI=0.0653777;REFB=-0.0101177;REVB=-0.0290839;RO=21;SAF=19;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119187;STB=0.559291;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00474046;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:21:37:38:0.644068:18:19:7:14:19:19:7:14 chr9 114454544 . T C 1115.95 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000927282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4672;QD=56.5038;RBI=0.0201387;REFB=-0.0253858;REVB=0.0201174;RO=3;SAF=42;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326047;STB=0.517237;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00124861;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:34:42:3:0:34:42:3:0 chr9 114454580 . A G 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.753;QD=61.2118;RBI=0.0414348;REFB=0;REVB=-0.0127777;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122902;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr9 114456644 . TA T 86.26 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0251279;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.7524;QD=18.16;RBI=0.103218;REFB=-0.0917586;REVB=0.100113;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167666;STB=0.535662;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.0853503;OID=.;OPOS=114456645;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:13:20:14:19:5:4:10:2:3:20:6:4:9:2:4 chr9 114462322 . A G 1539.27 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0665998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.045;QD=58.6388;RBI=0.0748614;REFB=-0.10122;REVB=0.0341862;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.506023;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000455697;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:0:1:103:104:0.990476:63:40:0:0:63:41:1:0 chr9 114464487 . T C 854.17 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.703;QD=56.0109;RBI=0.0383587;REFB=-0.0767616;REVB=0.035832;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000748807;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:0:1 chr9 114484837 . G T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0220162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.576;QD=13.9476;RBI=0.0225975;REFB=-0.010957;REVB=-0.00509254;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337261;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0185713;OID=.;OPOS=114484837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:12:5:16:10:12:5:16:11 chr9 114490308 . T C 385.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143895;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.715;QD=57.1215;RBI=0.0145354;REFB=0;REVB=0.00205442;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599446;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr9 114687061 . C T 264.41 PASS AF=0.410959;AO=20;DP=64;FAO=30;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00247216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.406;QD=14.488;RBI=0.00297137;REFB=-0.039097;REVB=-0.00164847;RO=28;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838425;STB=0.515779;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0412916;OID=.;OPOS=114687061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:73:28:42:20:30:0.410959:19:1:1:27:20:10:13:29 chr9 114803286 . C T 425.24 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.065504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5016;QD=21.5312;RBI=0.0760349;REFB=0.00354407;REVB=-0.0386075;RO=37;SAF=9;SAR=33;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344265;STB=0.691724;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00244293;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:33:9:21:16:33:9:21:16 chr9 114803333 . G C 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0114298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.777;QD=19.4078;RBI=0.0117007;REFB=-0.0158132;REVB=-0.0025036;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192367;STB=0.60649;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0112843;OID=.;OPOS=114803333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:7:21:16:14:7:21 chr9 114980967 . T C 172.34 PASS AF=0.413043;AO=6;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0674858;FXX=0.0212721;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.0662;QD=14.986;RBI=0.244388;REFB=-0.040212;REVB=-0.234885;RO=17;SAF=6;SAR=0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667194;STB=0.575759;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0779693;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:24:6:19:0.413043:0:6:13:4:8:11:17:7 chr9 114982463 . T C 163.59 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0663436;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.588;QD=15.5797;RBI=0.0663874;REFB=-0.0119248;REVB=0.00241016;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45299;STB=0.727036;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0064918;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:24:14:18:0.428571:11:3:11:5:12:6:18:6 chr9 114982549 . C T 178.77 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0207003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.701;QD=15.5449;RBI=0.0207009;REFB=-0.0196308;REVB=0.000151397;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256938;STB=0.504582;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0234067;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:27:19:19:0.413043:9:10:12:12:9:10:14:13 chr9 115034899 . A T 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0125116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.717;QD=18.6388;RBI=0.0373249;REFB=-0.0244139;REVB=-0.0351655;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422126;STB=0.738525;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0198481;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:3:13:5:11:3:13 chr9 115095743 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0189342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.014;QD=16.4204;RBI=0.0189361;REFB=-0.0121611;REVB=-0.00027472;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241618;STB=0.628047;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0136595;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:34:29:29:0.460317:11:18:12:21:11:18:13:21 chr9 115216321 . A G 205.15 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0333346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.304;QD=15.7808;RBI=0.0338209;REFB=-0.00393415;REVB=-0.0057147;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165625;STB=0.583954;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0118537;OID=.;OPOS=115216321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:10:13:11:17:10:13:12:17 chr9 115567184 . T C 1125.46 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0272496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.514;QD=53.5934;RBI=0.0361151;REFB=-0.0899314;REVB=0.0237015;RO=6;SAF=42;SAR=36;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401444;STB=0.521251;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00892628;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:78:78:0.928571:36:42:5:1:36:42:5:1 chr9 115580008 . G C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0160793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.482;QD=13.5146;RBI=0.0167158;REFB=-0.00415043;REVB=-0.00456899;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213678;STB=0.620611;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00433872;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:12:16:32:10:12:16:32:10 chr9 115600848 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.654;QD=58.7814;RBI=0.0269924;REFB=0;REVB=0.0227461;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88645e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr9 115617061 . T C 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0143094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.438;QD=10.591;RBI=0.0223959;REFB=-0.0160605;REVB=-0.0172284;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214426;STB=0.623655;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0258138;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:30:10:9:12:30:10 chr9 115632969 . A G 1884.1 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0533108;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.839;QD=59.8128;RBI=0.054991;REFB=-0.0939137;REVB=0.0134897;RO=2;SAF=67;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139693;STB=0.507245;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000772838;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:123:124:0.984127:56:67:2:0:56:68:2:0 chr9 115635641 . C G 475.55 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0109244;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.789;QD=14.9778;RBI=0.0133749;REFB=0.000911337;REVB=0.00771654;RO=74;SAF=33;SAR=20;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116289;STB=0.565458;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00182392;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:74:74:53:53:0.417323:20:33:38:36:20:33:38:36 chr9 115637018 . G A 286.43 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0672283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9076;QD=24.377;RBI=0.0698873;REFB=-0.00187569;REVB=-0.0190942;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156921;STB=0.587209;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00353706;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:15:11:13:8:15:11:13:8 chr9 115637215 . T C 361.17 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0109228;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4213;QD=25.7981;RBI=0.0258476;REFB=-0.0390511;REVB=-0.0234263;RO=21;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131184;STB=0.507183;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0154449;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:21:35:35:0.625:19:16:10:11:19:16:10:11 chr9 115652881 . G T 137.09 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0391583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2075;QD=17.1366;RBI=0.0485066;REFB=-0.00158827;REVB=-0.0286271;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000308554;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:7:8:8:7:9:8 chr9 115760210 . T G 297.81 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0148542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.563;QD=15.8834;RBI=0.0148785;REFB=-0.012192;REVB=-0.000849976;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16231;STB=0.591292;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0214379;OID=.;OPOS=115760210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:18:15:26:16:18:15:26:16 chr9 115818949 . A C,T 771.96 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,45;DP=47;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362097,-0.0134404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.8181,71.3592;QD=63.0172;RBI=0.036517,0.0250836;REFB=0,0;REVB=0.00472796,0.0211788;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0906536,0.00541017;OID=.,.;OPOS=115818949,115818949;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:49:0:0:2,45:2,47:0.0408163,0.959184:0,22:2,23:0:0:0,22:2,25:0:0 chr9 115925104 . C T 736.86 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00430315;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.209;QD=19.2643;RBI=0.0277811;REFB=0.0015568;REVB=-0.0274458;RO=72;SAF=44;SAR=32;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584254;STB=0.523803;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00124275;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:72:77:76:76:0.496732:32:44:37:35:32:44:41:36 chr9 115926197 . TG T 1016.68 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0298611;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.404;QD=45.6935;RBI=0.129359;REFB=-0.0529646;REVB=-0.125865;RO=2;SAF=54;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-0.0172216;STB=0.504424;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.00252917;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988764:85:89:88:89:1:56:32:1:0:13:2:54:31:2:0 chr9 115926263 . C G 344.65 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=15;FWDB=-0.0196485;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9843;QD=14.0671;RBI=0.0222263;REFB=-0.0050907;REVB=-0.0103897;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=45;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271966;STB=0.652988;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00950082;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:60:60:38:38:0.387755:19:19:45:15:19:19:45:15 chr9 115928275 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.315;QD=62.6707;RBI=0.0248752;REFB=0;REVB=0.0177502;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22331e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr9 115931692 . A G 483.37 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0452846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2146;QD=19.1432;RBI=0.10608;REFB=-0.00713814;REVB=-0.0959289;RO=50;SAF=13;SAR=37;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150286;STB=0.580014;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00689498;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:51:50:50:0.49505:37:13:20:30:37:13:20:31 chr9 115931703 . G A 442.97 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0110335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4604;QD=17.2028;RBI=0.0158765;REFB=-0.0209675;REVB=0.011416;RO=55;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165003;STB=0.591389;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0262704;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:27:21:15:40:27:21:15:40 chr9 115950706 . A C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000818523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.541;QD=22.7217;RBI=0.00640996;REFB=0.00294522;REVB=0.00635748;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472044;STB=0.526044;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00191729;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:9:14:17:14:9:14 chr9 115983540 . G A 712.72 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0044134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.542;QD=17.3834;RBI=0.00553444;REFB=0.000195385;REVB=0.00333946;RO=88;SAF=47;SAR=29;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106544;STB=0.559138;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000349282;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:88:76:76:0.463415:29:47:45:43:29:47:45:43 chr9 115985499 . G C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00553365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.842;QD=14.3349;RBI=0.0193747;REFB=0.00724582;REVB=-0.0185677;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.528892;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0119604;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:15:11:8:9:15:11 chr9 116044998 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0273901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.77;QD=10.6346;RBI=0.0279323;REFB=-0.00321245;REVB=0.00547662;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0054514;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:7:6:4:4:7:6 chr9 116060124 . T C 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0427137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4653;QD=14.1364;RBI=0.0616854;REFB=-0.0431437;REVB=-0.0445043;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.57884;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0516193;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:14:6:6:8:14:6 chr9 116060221 . C T 222.58 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00422733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7064;QD=18.9427;RBI=0.0570679;REFB=-0.0378851;REVB=0.0569112;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209262;STB=0.617431;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0450769;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:6:19:12:10:6:19 chr9 116060487 . T C 95.02 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.129487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.88;QD=11.1789;RBI=0.129556;REFB=-0.00736246;REVB=0.00423989;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763543;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00760245;OID=.;OPOS=116060487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:34:20:22:12:12:0.352941:8:4:8:12:8:4:10:12 chr9 116061628 . T C 222.79 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0262749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0961;QD=18.961;RBI=0.0546835;REFB=-0.0282944;REVB=0.0479574;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223033;STB=0.626343;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0389344;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:15:10:14:8:15:10 chr9 116061669 . GCC CGT,GCT 250.8 PASS AF=0,0.474576;AO=3,24;DP=58;FAO=0,28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=0,7;FSAR=0,21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0408657,-0.0256848;FXX=0.0166639;HRUN=4,3;LEN=3,1;MLLD=181.77,172.11;QD=17.0032;RBI=0.0434009,0.0290586;REFB=-0.0104374,-0.0224982;REVB=0.0146162,0.0135902;RO=26;SAF=0,7;SAR=3,17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.633638,-0.339017;STB=0.5,0.730266;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0387291,0.0223434;OID=.,.;OPOS=116061669,116061671;OREF=GCC,C;OALT=CGT,T;OMAPALT=CGT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:59:26:31:3,24:0,28:0,0.474576:3,17:0,7:17:9:0,21:0,7:21:10 chr9 116122954 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00491842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.365;QD=12.2289;RBI=0.0101068;REFB=-0.00793393;REVB=-0.00882925;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149715;STB=0.586131;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0142968;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:23:13:11:11:23:13 chr9 116136198 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00878307;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.252;QD=12.2129;RBI=0.0106001;REFB=-0.00314844;REVB=-0.00593456;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.59984;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00556906;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:12:10:4:9:12:10 chr9 116151915 . C A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0598867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.206;QD=16.4165;RBI=0.0603886;REFB=-0.00699964;REVB=-0.00776969;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157511;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0102392;OID=.;OPOS=116151915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:9:7:4:10:9:7 chr9 116153900 . A G 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0372237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.218;QD=16.1547;RBI=0.0372541;REFB=-0.0135807;REVB=-0.00150611;RO=31;SAF=7;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37724;STB=0.720554;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00989714;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:20:7:20:11:20:7:21:11 chr9 116181417 . T G 239.71 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0808475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5643;QD=11.9856;RBI=0.0870077;REFB=0.00281063;REVB=0.0321563;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455836;STB=0.539299;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00288601;OID=.;OPOS=116181417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:51:29:29:0.3625:13:16:25:24:13:16:25:26 chr9 116356373 . G C 1343.56 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416911;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.352;QD=62.491;RBI=0.0423225;REFB=0;REVB=0.0072838;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118439;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr9 116356516 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.133;QD=42.1821;RBI=0.0782693;REFB=0;REVB=-0.0174067;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202988;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 116356529 . C G 88.45 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.449;QD=39.3124;RBI=0.0559835;REFB=0;REVB=0.0551477;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594691;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:5:2:0:0:7:2:0:0 chr9 116764283 . C T 901.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.807;QD=58.1491;RBI=0.0166241;REFB=0;REVB=0.0138845;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32773e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr9 116764883 . C CCT 55.75 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.00707391;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=2;MLLD=128.242;QD=9.69581;RBI=0.0476105;REFB=-0.0674684;REVB=0.0470821;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601689;STB=0.79958;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=0.0562997;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:26:8:23:15:5:3:15:0:55:17:4:3:17:0 chr9 116770615 . C G 31.63 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=44;FSRR=0;FWDB=-0.0637403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.7909;QD=2.43339;RBI=0.0637403;REFB=-0.0424473;REVB=0;RO=36;SAF=7;SAR=0;SRF=36;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.158338;OID=.;OPOS=116770615;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:52:52:36:44:7:7:0.134615:0:7:36:0:0:7:44:0 chr9 116770776 . C T 885.59 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.021;QD=58.0717;RBI=0.0605512;REFB=0;REVB=0.0175089;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246349;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr9 116770785 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.418;QD=57.2376;RBI=0.0351379;REFB=0;REVB=0.0134903;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88949e-05;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr9 116813001 . T C 1186.89 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0316772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0142;QD=55.2041;RBI=0.0365262;REFB=-0.114823;REVB=-0.0181856;RO=5;SAF=30;SAR=51;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268404;STB=0.514204;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00500019;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:86:86:5:5:81:81:0.94186:51:30:3:2:51:30:3:2 chr9 116818032 . A AC 797.56 PASS AF=1;AO=10;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369702;FXX=0.061529;HRUN=0;LEN=1;MLLD=236.353;QD=52.2988;RBI=0.0369805;REFB=-0.107231;REVB=0.000872948;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00513038;OID=.;OPOS=116818033;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:60:61:61:0:29:32:0:0:3:48:6:4:22:26 chr9 116818033 . A C 484.06 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00133593;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=228.549;QD=28.8988;RBI=0.00675307;REFB=-0.0352462;REVB=0.00661961;RO=21;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978044;STB=0.538026;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00310014;OID=.;OPOS=116818033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:23:44:44:0.656716:24:20:13:8:24:20:13:10 chr9 117044538 . G T 322.48 PASS AF=0.404494;AO=31;DP=85;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.000578495;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.991;QD=14.4937;RBI=0.00714484;REFB=-0.0316581;REVB=-0.00712138;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571941;STB=0.517757;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0478828;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:51:53:31:36:0.404494:15:16:29:22:16:20:31:22 chr9 117044751 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.433;QD=63.5826;RBI=0.0306081;REFB=0;REVB=0.0287497;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94049e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr9 117051020 . A G 227.15 PASS AF=0.30303;AO=28;DP=100;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0152158;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.024;QD=9.17765;RBI=0.0209316;REFB=-0.00903066;REVB=0.014374;RO=72;SAF=8;SAR=20;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865381;STB=0.549619;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0201978;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:72:69:28:30:0.30303:20:8:25:47:21:9:25:44 chr9 117064345 . G A 635.13 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440731;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.375;QD=61.9642;RBI=0.0270766;REFB=0;REVB=-0.0267155;RO=0;SAF=32;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168766;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:9:32:0:0:9:32:0:0 chr9 117085526 . G A 200.43 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.020825;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.014;QD=19.5537;RBI=0.0251405;REFB=-0.0031757;REVB=-0.0140841;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00320222;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:12:9:11:9:12:9 chr9 117085635 . TTTT CTTT,TTTC 535.37 PASS AF=0.926829,0.0487805;AO=28,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.150054,-0.0853259;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=35.2822,201.873;QD=52.2309;RBI=0.152516,0.0867373;REFB=-0.151362,-0.0467847;REVB=0.0272915,-0.0155837;RO=1;SAF=3,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0182621,0.697199;STB=0.509799,0.993266;STBP=0.624,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000959924,0.110193;OID=.,.;OPOS=117085635,117085638;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CTTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:41:1:1:28,2:38,2:0.926829,0.0487805:25,0:3,2:0:1:25,0:13,2:0:1 chr9 117093939 . G C 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0258059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.061;QD=18.8895;RBI=0.0264268;REFB=-0.00857222;REVB=0.00569461;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100502;STB=0.555707;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00905521;OID=.;OPOS=117093939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:20:31:26:26:20:31:26:26 chr9 117103973 . A G 425.28 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00052021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=21.5331;RBI=0.0283936;REFB=-0.0222835;REVB=-0.0283888;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251291;STB=0.638235;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0210455;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:27:10:24:18:27:10 chr9 117122202 . C T 369.48 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00602106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.689;QD=16.9874;RBI=0.0142983;REFB=-0.0120519;REVB=0.0129688;RO=48;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902411;STB=0.550536;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0116702;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:20:19:19:29:20:19:19:29 chr9 117124731 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0150892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4463;QD=29.0924;RBI=0.109626;REFB=0.01359;REVB=0.108582;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735613;STB=0.540507;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00281956;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:12:12:5:8:12:12:5:8 chr9 117166246 . A G 299.22 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00114143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4307;QD=14.5958;RBI=0.068428;REFB=-0.0272215;REVB=-0.0684185;RO=47;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837267;STB=0.552253;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0329782;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:19:15:17:30:19:15:17:31 chr9 117166338 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.756;QD=52.6132;RBI=0.0262893;REFB=0;REVB=0.0260733;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140596;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr9 117169033 . A G 296.85 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0343945;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4241;QD=15.4205;RBI=0.0508708;REFB=-0.00369994;REVB=-0.0374814;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17508;STB=0.593163;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00543934;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:44:33:33:0.428571:21:12:23:20:21:12:23:21 chr9 117186677 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.736;QD=60.2029;RBI=0.0275503;REFB=0;REVB=0.0173811;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46001e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr9 117188566 . C T 1592.05 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463572;FXX=0.052627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.5;QD=58.9647;RBI=0.0279796;REFB=-0.017025;REVB=0.0275929;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262121;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:0:0:105:108:1:62:43:0:0:64:44:0:0 chr9 117377843 . G C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.115;QD=60.9733;RBI=0.0525802;REFB=0;REVB=0.04203;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030444;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr9 117386719 . C T 206.55 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0260101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6033;QD=17.5785;RBI=0.0261604;REFB=-0.0150068;REVB=-0.00280049;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691984;STB=0.53953;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0158394;OID=.;OPOS=117386719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:17:9:6:15:17:9 chr9 117428960 . T C 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.232;QD=60.2125;RBI=0.0292769;REFB=0;REVB=0.0288286;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212922;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr9 117430611 . A T 1676.82 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.088;QD=60.4258;RBI=0.0425624;REFB=0;REVB=-0.0416263;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49665e-05;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr9 117433685 . C T 1993.09 PASS AF=0.956522;AO=131;DP=140;FAO=132;FDP=138;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0297957;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9831;QD=57.7708;RBI=0.0937163;REFB=-0.0231845;REVB=-0.0888536;RO=5;SAF=71;SAR=60;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239875;STB=0.501656;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00357495;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:140:138:5:6:131:132:0.956522:60:71:1:4:61:71:3:3 chr9 117553249 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0427827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.545;QD=9.1101;RBI=0.042785;REFB=0.00811034;REVB=0.000439008;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0270435;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:8:8:4:4:8:8 chr9 117792583 . C G 1123.36 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177572;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0374;QD=60.7222;RBI=0.0253803;REFB=0;REVB=-0.0181339;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213188;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr9 117797597 . T C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00431805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.493;QD=11.6171;RBI=0.00614562;REFB=-0.0130968;REVB=0.004373;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932609;STB=0.554398;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0246965;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:19:15:10:9:19:15 chr9 117808785 . T A 2430.6 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883484;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.93;QD=61.5342;RBI=0.0410318;REFB=0;REVB=0.0400693;RO=0;SAF=96;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19078e-05;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:61:96:0:0:62:96:0:0 chr9 117815273 . G A 350.08 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0038949;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.36;QD=17.504;RBI=0.0389438;REFB=-0.00219279;REVB=0.0387486;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130864;STB=0.573367;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00219225;OID=.;OPOS=117815273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:23:14:22:21:23:14:22:21 chr9 117835899 . C T 493.87 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0183469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.084;QD=22.9705;RBI=0.0219114;REFB=-0.0268561;REVB=-0.0119791;RO=38;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687124;STB=0.531901;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0234565;OID=.;OPOS=117835899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:22:25:17:21:22:25:18:21 chr9 117846580 . T C 1337.09 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.386;QD=62.1901;RBI=0.0195328;REFB=0;REVB=0.0184337;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33858e-05;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr9 117848394 . T C 758.86 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.787;QD=61.9477;RBI=0.0757046;REFB=0;REVB=0.0154682;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277051;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:44:49:1:30:14:0:0:31:18:0:0 chr9 117849314 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.204;QD=55.6551;RBI=0.0270111;REFB=0;REVB=0.0235728;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13524e-05;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr9 117853022 . C T 1490.92 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188597;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.433;QD=57.343;RBI=0.0278954;REFB=-0.0912213;REVB=0.020554;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.509998;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000686641;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:1:2:102:102:0.980769:49:53:0:1:49:53:0:2 chr9 118163563 . C T 1753.65 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236355;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7396;QD=60.9964;RBI=0.0370519;REFB=0;REVB=0.0285343;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022056;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr9 119106881 . C A 569.91 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00990171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.892;QD=17.4017;RBI=0.00990366;REFB=-0.0197456;REVB=0.000196499;RO=71;SAF=32;SAR=28;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183769;STB=0.501022;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0259209;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:28:32:38:33:28:32:38:33 chr9 119106948 . C T 554.28 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0140064;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.926;QD=21.1152;RBI=0.0207029;REFB=-0.0066478;REVB=0.0152457;RO=48;SAF=26;SAR=30;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300787;STB=0.511941;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00585161;OID=.;OPOS=119106948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:48:49:56:56:0.533333:30:26:24:24:30:26:24:25 chr9 119158814 . T C 888.15 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.86;QD=58.2395;RBI=0.0657027;REFB=0;REVB=0.0655788;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537871;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:52:61:1:21:31:0:0:30:31:0:0 chr9 119159966 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.177;QD=59.3213;RBI=0.040235;REFB=0;REVB=0.00965378;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230649;OID=.;OPOS=119159966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:44:24:0:0 chr9 119162545 . C A 581.64 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561631;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.589;QD=61.2251;RBI=0.0215465;REFB=0;REVB=0.0208017;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657354;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:17:21:0:0 chr9 119199820 . C G 1567.02 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7573;QD=63.9599;RBI=0.0800552;REFB=0;REVB=-0.0162895;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466594;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr9 119462112 . C T 746.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.532;QD=63.5476;RBI=0.0390928;REFB=0;REVB=0.0235827;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001494;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 119491290 . G A 510.75 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00812486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5361;QD=17.0249;RBI=0.0118227;REFB=-0.00561423;REVB=0.0085885;RO=65;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802668;STB=0.544753;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00826433;OID=.;OPOS=119491290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:21:34:35:30:21:34:35:30 chr9 119495697 . T C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.039;QD=64.0214;RBI=0.0164451;REFB=0;REVB=0.0158501;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39851e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr9 120039299 . T C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.472;QD=60.4469;RBI=0.00990056;REFB=0;REVB=0.00750039;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79899e-07;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:45:66:0:0:45:66:0:0 chr9 120039324 . GCTGAT G 560.88 PASS AF=0.561224;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00956004;FXX=0.0576868;HRUN=1;LEN=5;MLLD=252.636;QD=22.8931;RBI=0.0175692;REFB=-0.00216073;REVB=0.0147405;RO=37;SAF=36;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162931;STB=0.576019;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.00144442;OID=.;OPOS=120039325;OREF=CTGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561224:54:104:55:98:43:37:18:22:21:99:37:36:18:17:20 chr9 120053776 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000471471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.412;QD=62.008;RBI=0.00822448;REFB=0;REVB=0.00821095;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05502e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:48:35:0:1:49:35:0:0 chr9 120470358 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.629;QD=56.9568;RBI=0.0190049;REFB=0;REVB=0.00786255;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68603e-05;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr9 122001000 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.554;QD=64.2851;RBI=0.0108873;REFB=0;REVB=-0.0104176;RO=0;SAF=35;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05037e-06;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:65:35:0:0:65:35:0:0 chr9 123117363 . G A 150.91 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0239229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.274;QD=11.1782;RBI=0.0501452;REFB=-0.00900633;REVB=-0.0440707;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192748;STB=0.501127;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176135;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:24:11:6:13:24:11 chr9 123117437 . A C 297.59 PASS AF=0.373626;AO=32;DP=93;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0358356;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7098;QD=13.0809;RBI=0.0362399;REFB=0.00153161;REVB=0.00539802;RO=57;SAF=18;SAR=14;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209895;STB=0.528385;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00165509;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:57:57:32:34:0.373626:14:18:31:26:14:20:31:26 chr9 123170733 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.03;QD=57.6794;RBI=0.0967774;REFB=0;REVB=0.0648828;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125124;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr9 123220829 . A G 516.93 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0221843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.194;QD=17.8252;RBI=0.0266064;REFB=-0.0139161;REVB=-0.0146886;RO=61;SAF=37;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195609;STB=0.608912;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0218841;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:18:37:29:32:18:37:29:32 chr9 123291036 . C G 412.89 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.000328022;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.96;QD=17.9519;RBI=0.0135204;REFB=0.00123809;REVB=0.0135164;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529526;STB=0.532593;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000143195;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:43:50:42:42:0.456522:21:21:19:24:21:21:22:28 chr9 123301346 . T G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0251039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.158;QD=12.9222;RBI=0.031698;REFB=-0.00352554;REVB=0.0193534;RO=33;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413533;STB=0.732536;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00711152;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:5:17:13:20:5:17:14:20 chr9 123342259 . C A 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914954;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.988;QD=58.4386;RBI=0.0294758;REFB=0;REVB=0.0280198;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87399e-05;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr9 123342275 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.953;QD=64.1539;RBI=0.0203358;REFB=0;REVB=-0.0180992;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120524;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr9 123583192 . A G 132.03 PASS AF=0.313725;AO=12;DP=48;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.14147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.658;QD=10.3549;RBI=0.141484;REFB=-0.0234686;REVB=-0.00193018;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373566;STB=0.678787;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0628963;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:36:35:12:16:0.313725:3:9:16:20:5:11:15:20 chr9 123586737 . T G 454.76 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0100272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.94;QD=22.7379;RBI=0.0101382;REFB=-0.00566364;REVB=0.00149622;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216509;STB=0.504585;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00472693;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:43:44:0.55:24:19:16:20:24:20:16:20 chr9 123605126 . T C 277.0 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0204767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.573;QD=12.3111;RBI=0.0205199;REFB=-0.0234382;REVB=-0.00133122;RO=56;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182096;STB=0.605996;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0350927;OID=.;OPOS=123605126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:57:32:33:0.366667:13:19:24:32:13:20:25:32 chr9 123618971 . A G 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0041825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3744;QD=19.9725;RBI=0.011205;REFB=0.00319379;REVB=-0.0103951;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477426;STB=0.527;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00805733;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:8:12:13:7:8:12 chr9 123632045 . A G 179.39 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0221251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.783;QD=12.3718;RBI=0.0224183;REFB=-0.0235622;REVB=0.00361386;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150287;STB=0.587016;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0377409;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:8:14:18:18:8:14:18:18 chr9 123671520 . G A 52.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0734396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4527;QD=7.50016;RBI=0.0737852;REFB=0.00319355;REVB=0.00713395;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.624665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0115374;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:28:18:20:8:8:0.285714:6:2:7:11:6:2:8:12 chr9 123725971 . C T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00870513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.207;QD=12.5664;RBI=0.0109223;REFB=-0.00939442;REVB=0.00659682;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101449;STB=0.558236;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0138371;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:23:17:13:12:23:17 chr9 123734287 . GAAAC G 199.65 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00613238;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=252.773;QD=16.298;RBI=0.0120204;REFB=-0.00111347;REVB=0.0103384;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908287;STB=0.548984;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.00123386;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102:27:49:27:49:22:13:14:13:9:99:20:13:14:12:8 chr9 123742484 . T C 589.29 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0286867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8865;QD=16.958;RBI=0.0597346;REFB=-0.0168295;REVB=0.0523956;RO=77;SAF=32;SAR=29;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160279;STB=0.592649;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0243342;OID=.;OPOS=123742484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:61:62:0.446043:29:32:28:49:29:33:28:49 chr9 123783934 . T C 1528.42 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.465;QD=63.6842;RBI=0.0217037;REFB=0;REVB=0.0133205;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87746e-05;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:58:35:0:0:59:37:0:0 chr9 123800218 . C T 1062.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5893;QD=59.8368;RBI=0.0425436;REFB=0;REVB=-0.0364856;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.23295e-05;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr9 124045528 . G A 58.57 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.105058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5637;QD=14.6436;RBI=0.105938;REFB=-0.0201009;REVB=0.01363;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0258251;OID=.;OPOS=124045528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:6:2:2:5:6:2:2:6 chr9 124045949 . GTTCA G 102.03 PASS AF=0.372093;AO=34;DP=53;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.167207;FXX=0.394311;HRUN=2;LEN=4;MLLD=99.7642;QD=9.49068;RBI=0.167236;REFB=-0.0518959;REVB=0.00308835;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.888727;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.10251;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:34:53:16:43:27:1:15:14:13:99:0:20:14:0:0 chr9 124046830 . CT CC,C 367.06 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,22;DP=27;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383852,-0.0732327;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.91527,26.0567;QD=52.4369;RBI=0.0390865,0.138571;REFB=0,0;REVB=-0.00737091,-0.117638;RO=0;SAF=0,12;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.038911,-0.00399235;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857:3,22:27:3,25:28:0:0,14:3,11:0:0:11:0:0,12:3,10:0:0 chr9 124083614 . C T 941.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166323;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.494;QD=58.8411;RBI=0.00240783;REFB=0;REVB=-0.00174106;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146564;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr9 124218133 . C T 1479.34 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.953;QD=62.9505;RBI=0.0264556;REFB=0;REVB=0.00630501;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228049;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:55:39:0:0 chr9 124241369 . T G 1047.95 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760356;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.982;QD=59.8827;RBI=0.012928;REFB=0;REVB=-0.0104555;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148338;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr9 124256817 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.276;QD=37.4885;RBI=0.028054;REFB=0;REVB=-0.0263933;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003701;OID=.;OPOS=124256817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr9 124256975 . G T 786.95 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.087;QD=55.2247;RBI=0.0179437;REFB=-0.0571059;REVB=-0.00587434;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000122593;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:35:21:0:1:35:21:0:1 chr9 124914613 . C T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00754012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.403;QD=18.4889;RBI=0.00777706;REFB=0.0102573;REVB=0.00190503;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058874;STB=0.533304;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0101813;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:18:8:8:14:18:8 chr9 124966449 . C T 771.85 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0558;QD=55.1324;RBI=0.0539821;REFB=-0.145463;REVB=-0.0509366;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00435052;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:0:1:30:25:0:1 chr9 124976152 . G C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000571165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.995;QD=46.8367;RBI=0.0152673;REFB=0;REVB=0.0152566;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133109;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr9 125133479 . T C 1198.02 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442602;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.397;QD=61.4369;RBI=0.0444717;REFB=0;REVB=0.00433242;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011344;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:54:24:0:0:54:24:0:0 chr9 125289083 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.109;QD=52.6128;RBI=0.0260561;REFB=0;REVB=-0.0202507;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02141e-05;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr9 125289521 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.943;QD=55.0986;RBI=0.0237528;REFB=0;REVB=-0.0054571;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257373;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 125315542 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.452;QD=58.2396;RBI=0.0208175;REFB=0;REVB=0.0189998;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7047e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr9 125315557 . T C 892.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271715;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4749;QD=58.5121;RBI=0.0798117;REFB=0;REVB=0.0797655;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160652;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:62:61:1:33:29:0:0:32:29:0:0 chr9 125315778 . G C 1301.2 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.79;QD=61.9621;RBI=0.0181147;REFB=0;REVB=0.0161781;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21076e-05;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr9 125316033 . T C 641.15 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.273;QD=56.9906;RBI=0.0283409;REFB=-0.222836;REVB=0.0260731;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.520824;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00190099;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:45:1:2:42:43:0.955556:19:23:1:0:20:23:2:0 chr9 125316042 . T C 712.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298649;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.948;QD=63.3172;RBI=0.0298659;REFB=0;REVB=0.000239477;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226652;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr9 125316179 . T G 760.68 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3771;QD=54.3341;RBI=0.0256431;REFB=-0.157606;REVB=0.00544701;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00344165;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:54:55:0.982143:29:25:1:0:29:26:1:0 chr9 125316350 . C T 2054.02 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9925;QD=60.8599;RBI=0.0301642;REFB=-0.0833675;REVB=-0.0284706;RO=1;SAF=68;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196827;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:135:1:0:131:135:1:63:68:1:0:63:72:0:0 chr9 125316455 . C T 838.89 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.852;QD=56.8742;RBI=0.04558;REFB=0;REVB=-0.00575155;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188877;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr9 125330125 . C G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0768;QD=46.8418;RBI=0.0682512;REFB=0;REVB=-0.0664107;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241131;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr9 125330184 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.067;QD=33.4285;RBI=0.0728232;REFB=0;REVB=0.0611316;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449076;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 125330325 . C G 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000135553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.973;QD=55.0746;RBI=0.0648628;REFB=0;REVB=-0.0648627;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407646;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr9 125330678 . T G 1903.48 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0139919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.006;QD=59.9521;RBI=0.01412;REFB=-0.0162868;REVB=0.00189777;RO=2;SAF=69;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013571;STB=0.507142;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=2.45339e-05;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:127:2:2:124:125:0.984252:55:69:2:0:56:69:2:0 chr9 125330739 . G A 2320.44 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5607;QD=61.0643;RBI=0.0113244;REFB=0;REVB=-0.00956083;RO=0;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49706e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:73:79:0:0:73:79:0:0 chr9 125377087 . A G 770.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134279;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1414;QD=64.2462;RBI=0.022269;REFB=0;REVB=0.0177652;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583829;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr9 125377505 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.914;QD=56.1914;RBI=0.0429093;REFB=0;REVB=0.0284283;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181767;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 125377734 . A G 71.8 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0586184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.918;QD=7.17964;RBI=0.0588244;REFB=-0.00290641;REVB=-0.00491835;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15862;STB=0.5998;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0022786;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:16:14:6:4:16:14 chr9 125378014 . T G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00694199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.661;QD=16.4266;RBI=0.00988796;REFB=-0.0250462;REVB=-0.00704135;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256839;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:5:6:6:5:5:6 chr9 125390874 . A C 1153.33 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.472;QD=60.7015;RBI=0.0338178;REFB=0;REVB=0.0108536;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85851e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:38:34:0:0:39:37:0:0 chr9 125391026 . A C 741.89 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032934;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.003;QD=57.0682;RBI=0.0632057;REFB=0;REVB=0.0539473;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237891;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr9 125391127 . C T 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.498;QD=53.263;RBI=0.0227535;REFB=0;REVB=0.0170768;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349321;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 125391241 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000170352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.751;QD=56.1857;RBI=0.0340667;REFB=0;REVB=0.0340663;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216907;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr9 125391369 . A G 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00504304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.404;QD=16.2676;RBI=0.0309825;REFB=-0.0157704;REVB=0.0305693;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.506321;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.036789;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:7:11:9:6:7:11 chr9 125391677 . T C 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00154162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.994;QD=8.22828;RBI=0.020607;REFB=-0.0111346;REVB=0.0205493;RO=36;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486678;STB=0.804368;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0375344;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:11:2:19:17:11:2:19:17 chr9 125424507 . A C 200.59 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00921894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7262;QD=10.9913;RBI=0.033728;REFB=0.0105538;REVB=0.0324437;RO=47;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582214;STB=0.545228;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0134659;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:13:12:25:22:14:12:25:22 chr9 125486968 . G A 2503.65 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410694;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.312;QD=60.3288;RBI=0.0410765;REFB=-0.145786;REVB=0.000762531;RO=2;SAF=37;SAR=127;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895337;STB=0.501961;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000474356;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:166:2:1:164:165:0.993976:127:37:1:1:127:38:0:1 chr9 125512193 . C A 1060.25 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165625;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6699;QD=59.7322;RBI=0.17544;REFB=0;REVB=0.057859;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548833;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:62:71:1:32:30:0:0:32:39:0:0 chr9 125512575 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=55.6531;RBI=0.0187642;REFB=0;REVB=0.00916681;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44988e-05;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr9 125512770 . T C 536.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2579;QD=59.5814;RBI=0.039242;REFB=0;REVB=0.0269627;RO=1;SAF=1;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742845;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:34:1:1:0:34:2:0:0 chr9 125512788 . G A 818.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5942;QD=57.4206;RBI=0.0798655;REFB=0;REVB=0.0757932;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796446;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:42:12:0:0:44:13:0:0 chr9 125512795 . G C 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0951879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.903;QD=58.7783;RBI=0.0965319;REFB=0;REVB=-0.0160517;RO=0;SAF=18;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205994;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:47:18:0:0:47:18:0:0 chr9 125512826 . G A 1356.42 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276713;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4898;QD=62.364;RBI=0.0278865;REFB=0;REVB=0.003458;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230104;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:53:32:0:0:54:33:0:0 chr9 125524836 . A G 1138.39 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207385;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.791;QD=60.7141;RBI=0.0215287;REFB=0;REVB=0.00577939;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37563e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr9 125637471 . A T 676.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00630557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.525;QD=60.1607;RBI=0.0199655;REFB=-0.116149;REVB=-0.0189437;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000165859;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:19:25:1:0:19:25:1:0 chr9 125637648 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0307;QD=57.6759;RBI=0.0436568;REFB=0;REVB=0.0427108;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112063;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 125772780 . TCTC T 255.84 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0221923;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.902;QD=15.274;RBI=0.0310843;REFB=-0.0231588;REVB=-0.0217655;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610438;STB=0.544299;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.0301913;OID=.;OPOS=125772781;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432836:27:67:29:67:38:16:13:18:20:99:35:14:13:16:19 chr9 125866070 . G C 1466.87 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00270449;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.643;QD=61.1197;RBI=0.00744989;REFB=0.00219049;REVB=0.00694166;RO=2;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256093;STB=0.513511;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-6.15952e-05;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:94:94:0.979167:36:58:0:2:36:58:0:2 chr9 125920376 . G A 638.66 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0329434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9319;QD=59.4101;RBI=0.0330234;REFB=0.0624656;REVB=-0.00229649;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00173822;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr9 126028395 . C G 1054.48 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00579118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.191;QD=56.9988;RBI=0.0209741;REFB=-0.0704268;REVB=0.0201587;RO=2;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000386371;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:35:37:0:2:35:37:0:2 chr9 126118600 . C T 744.59 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00387308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.201;QD=19.8558;RBI=0.0920617;REFB=-0.0110134;REVB=0.0919802;RO=75;SAF=49;SAR=24;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978601;STB=0.548786;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00876385;OID=.;OPOS=126118600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:75:77:73:73:0.486667:24:49:43:32:24:49:45:32 chr9 126125318 . C A 1669.89 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00771422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4539;QD=57.5826;RBI=0.0730602;REFB=-0.00456954;REVB=0.0726518;RO=3;SAF=49;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.514561;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000616009;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:112:113:0.974138:63:49:3:0:63:50:3:0 chr9 126132919 . G A 66.48 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0086089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.456;QD=14.7729;RBI=0.0638248;REFB=-0.0233463;REVB=0.0632416;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192123;STB=0.615087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0352177;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:2:7:8:1:2:7 chr9 126133497 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0178005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.913;QD=21.6128;RBI=0.0255842;REFB=-0.0244147;REVB=-0.0183765;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125417;STB=0.507036;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0245995;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:6:18:17:6:6:18:17:6 chr9 126133547 . T C 335.02 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8684;QD=51.5411;RBI=0.213323;REFB=0;REVB=0.0353954;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386295;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:15:9:0:0:16:10:0:0 chr9 126133845 . G C 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0336087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.389;QD=18.7754;RBI=0.0399527;REFB=-0.0442145;REVB=0.0216027;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071012;STB=0.539846;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0324968;OID=.;OPOS=126133845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:10:16:14:12:10:16:14:12 chr9 126136247 . A G 442.67 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0550545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4863;QD=21.5936;RBI=0.0808157;REFB=-0.0142861;REVB=-0.0591624;RO=37;SAF=31;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151478;STB=0.591705;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0189456;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:38:44:44:0.536585:13:31:20:17:13:31:20:18 chr9 126140055 . C T 642.07 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00153134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.947;QD=22.5286;RBI=0.002599;REFB=-0.0154031;REVB=0.00209995;RO=50;SAF=32;SAR=31;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259473;STB=0.518389;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00883714;OID=.;OPOS=126140055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:31:32:27:23:31:32:28:23 chr9 126144746 . T C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1418;QD=35.567;RBI=0.0639342;REFB=0;REVB=0.0629105;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654657;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 126520068 . T C 371.26 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.011801;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9785;QD=13.2593;RBI=0.0136604;REFB=-0.0124269;REVB=0.00688046;RO=68;SAF=11;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258154;STB=0.63303;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0135249;OID=.;OPOS=126520068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:43:44:0.392857:32:11:32:36:32:12:32:36 chr9 126770250 . C G 593.77 PASS AF=0.397849;AO=62;DP=176;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.012284;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.041;QD=12.7692;RBI=0.0141656;REFB=-0.0103007;REVB=0.00705447;RO=113;SAF=36;SAR=26;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469735;STB=0.55894;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0175097;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:186:113:112:62:74:0.397849:26:36:61:52:28:46:59:53 chr9 126783433 . G C 356.17 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0285079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.671;QD=21.9181;RBI=0.0297413;REFB=0.00595982;REVB=-0.00847624;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133708;STB=0.573871;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00618726;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:14:22:13:16:14:22:13:16 chr9 127101924 . C T 1336.02 PASS AF=0.92;AO=91;DP=99;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.014974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.196;QD=53.4408;RBI=0.035409;REFB=-0.0218682;REVB=-0.032087;RO=8;SAF=42;SAR=49;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133087;STB=0.506577;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00343505;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:99:100:8:8:91:92:0.92:49:42:3:5:50:42:3:5 chr9 127113732 . C T 375.6 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00323575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.77;QD=14.5864;RBI=0.00446888;REFB=-0.00233916;REVB=-0.00308234;RO=59;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155607;STB=0.505121;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00213419;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:29:14:20:39:29:14:20:40 chr9 127177161 . A G 220.36 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0125913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.973;QD=14.2166;RBI=0.0127511;REFB=-0.0295486;REVB=0.00201252;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502282;STB=0.526296;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0350483;OID=.;OPOS=127177161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:12:14:20:14:12:14:21:15 chr9 127214450 . C T 315.85 PASS AF=0.416667;AO=31;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00228399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.824;QD=15.0403;RBI=0.0285734;REFB=-0.0109322;REVB=-0.028482;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600255;STB=0.530998;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0107618;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:27:49:31:35:0.416667:15:16:12:15:16:19:24:25 chr9 127220392 . G C 71.72 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0911891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9301;QD=8.19675;RBI=0.0915225;REFB=-0.0491659;REVB=-0.0078049;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.069114;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:14:10:4:6:15:10 chr9 127220938 . G C 319.03 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00223551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7424;QD=20.9202;RBI=0.00223592;REFB=-0.0217749;REVB=-4.26069e-05;RO=28;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582197;STB=0.503224;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0205019;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:21:12:10:18:21:12:10:18 chr9 127220952 . T C 249.77 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0100137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.863;QD=16.6513;RBI=0.011428;REFB=-0.0176747;REVB=-0.00550672;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182992;STB=0.510302;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0217212;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:12:20:18:10:12:20 chr9 127228596 . A G 420.3 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.384;QD=56.0397;RBI=0.0322606;REFB=0;REVB=-0.00343155;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166724;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr9 127230891 . G A 1638.04 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0231468;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.099;QD=57.4752;RBI=0.0321959;REFB=-0.159828;REVB=-0.0223786;RO=3;SAF=41;SAR=70;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334717;STB=0.517644;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00130005;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:114:3:3:111:111:0.973684:70:41:3:0:70:41:3:0 chr9 127231774 . C G 519.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4094;QD=59.3855;RBI=0.0615643;REFB=0;REVB=-0.0174186;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787367;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr9 127369679 . C T 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0489227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.262;QD=19.0577;RBI=0.0489571;REFB=-0.0378002;REVB=0.00183437;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248159;STB=0.640069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0318699;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:6:14:8:11:6:14 chr9 127563364 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00327155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.545;QD=11.5968;RBI=0.0117468;REFB=-0.0216725;REVB=0.011282;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064554;STB=0.538397;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0481081;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:10:11:7:5:10:11 chr9 127566378 . A G 181.18 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0101751;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.298;QD=21.3157;RBI=0.116741;REFB=0.005006;REVB=-0.116297;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500673;STB=0.518497;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00489971;OID=.;OPOS=127566378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:15:16:18:18:0.529412:4:14:11:4:4:14:12:4 chr9 127616537 . A G 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0607;QD=50.13;RBI=0.0387579;REFB=-0.00344073;REVB=-0.0372789;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000613681;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:11:13:0:0:11:13:0:1 chr9 127618776 . A G 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.724;QD=59.409;RBI=0.0223255;REFB=0;REVB=-0.0205622;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016565;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr9 127618839 . C G 752.71 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00266928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0425;QD=61.446;RBI=0.0129456;REFB=-0.000333042;REVB=-0.0126674;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000135266;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr9 127643456 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0193;QD=60.9781;RBI=0.0350238;REFB=0;REVB=-0.00579674;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030602;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr9 127651789 . G A 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00688856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.261;QD=17.9911;RBI=0.00698326;REFB=-0.0223473;REVB=-0.00114617;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154234;STB=0.586673;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0179958;OID=.;OPOS=127651789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:9:20:16:14:9:20:16:14 chr9 127661645 . G A 262.1 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0213239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0964;QD=14.9771;RBI=0.0232023;REFB=-0.00943246;REVB=0.0091452;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423824;STB=0.523976;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0170585;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:17:23:16:14:17:23 chr9 127674200 . A C 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.647;QD=59.3203;RBI=0.028309;REFB=0;REVB=0.00828905;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113268;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr9 127818276 . C T 636.02 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192335;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.697;QD=62.0503;RBI=0.0193121;REFB=0;REVB=0.00174058;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63595e-05;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr9 127951863 . G A 222.53 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0218486;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8778;QD=40.4598;RBI=0.172246;REFB=-0.0153716;REVB=0.170854;RO=3;SAF=17;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132466;STB=0.5405;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0218246;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:3:3:19:19:0.863636:2:17:2:1:2:17:3:0 chr9 127962916 . G A 610.5 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00226776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.493;QD=56.7904;RBI=0.0352112;REFB=-0.129804;REVB=0.0351381;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00154764;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:41:41:0.953488:26:15:0:0:26:15:0:2 chr9 128064664 . C T 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00604168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.961;QD=18.4416;RBI=0.00650983;REFB=-0.0231508;REVB=-0.00242405;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0164293;OID=.;OPOS=128064664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:5:4:3:8:5:4 chr9 128072273 . G C 251.77 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0174779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3135;QD=14.8098;RBI=0.031512;REFB=-0.0215061;REVB=0.0262207;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858497;STB=0.575706;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0222309;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:39:29:29:0.426471:15:14:20:15:15:14:24:15 chr9 128074807 . T C 694.36 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00459886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2349;QD=60.3794;RBI=0.0502397;REFB=-0.0406758;REVB=-0.0500287;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00851986;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr9 128113096 . C T 431.17 PASS AF=0.418803;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.000518934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.956;QD=14.741;RBI=0.0130346;REFB=-0.000792793;REVB=-0.0130243;RO=67;SAF=22;SAR=26;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203589;STB=0.613591;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00163627;OID=.;OPOS=128113096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:67:68:48:49:0.418803:26:22:44:23:27:22:44:24 chr9 128728459 . A G 105.83 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0493522;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.588;QD=16.2818;RBI=0.0497996;REFB=-0.0176677;REVB=-0.00666011;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0334696;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:14:12:12:0.461538:7:5:5:7:7:5:5:9 chr9 129265715 . C G 1435.12 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3746;QD=63.0821;RBI=0.0511608;REFB=0;REVB=0.0511141;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342895;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr9 129265797 . G C 514.17 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.00765436;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.141;QD=17.4294;RBI=0.0167871;REFB=-0.00811381;REVB=-0.0149405;RO=64;SAF=23;SAR=31;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177415;STB=0.598187;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00698032;OID=.;OPOS=129265797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:63:54:55:0.466102:31:23:39:25:32:23:38:25 chr9 129453229 . A G 1208.61 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.35;QD=61.1954;RBI=0.0572597;REFB=0;REVB=0.0189672;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137815;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr9 129455587 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.47;QD=51.1846;RBI=0.00899013;REFB=0;REVB=0.00704158;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79476e-05;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr9 129460914 . A G 146.44 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00839787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.043;QD=16.7359;RBI=0.00963008;REFB=-0.0168608;REVB=-0.00471319;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.631421;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0115241;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:7:9:6:12:7:9:6:13 chr9 129595895 . T C 316.21 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.167;QD=52.701;RBI=0.0426648;REFB=0;REVB=0.0268246;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027515;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr9 129643296 . G T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0275051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7829;QD=25.4952;RBI=0.032636;REFB=0.0279189;REVB=-0.0175664;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275045;STB=0.651984;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0158908;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:0:7:8:6:0:7 chr9 129645251 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00947391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.506;QD=13.9183;RBI=0.0110033;REFB=-0.0104561;REVB=-0.00559612;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187022;STB=0.510657;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0185045;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:22:15:11:15:22:15 chr9 129646716 . GCCT GC,GCT 1245.77 PASS AF=0,1;AO=26,70;DP=123;FAO=0,149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=0,68;FSAR=0,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.295334,-0.00341999;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=6.73579,16.2252;QD=33.4435;RBI=0.338192,0.265901;REFB=0,0;REVB=0.164776,0.265879;RO=23;SAF=26,3;SAR=0,67;SRF=10;SRR=13;SSEN=0.310377,0.310377;SSEP=0,0;SSSB=0.854035,-0.515659;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00303558;OID=.,.;OPOS=129646718,129646717;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:26,70:123:0,149:149:0:0,68:0,81:0:0:16:23:26,3:0,67:10:13 chr9 129646733 . TTTTG T,TTTGT,TT 285.9 PASS AF=0.0152672,0,0.267176;AO=14,5,20;DP=106;FAO=2,0,35;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=0,0,12;FSAR=2,0,23;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0184575,-0.433215,0.0134919;FXX=0.0575498;HRUN=6,6,6;LEN=4,2,3;MLLD=191.368,18.2772,194.754;QD=8.72985;RBI=0.0186404,0.433365,0.0135454;REFB=-0.00854735,-0.0259349,-0.00554491;REVB=-0.00260453,-0.0113846,-0.00120177;RO=15;SAF=10,5,2;SAR=4,0,18;SRF=1;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.566667,0,0.566667;SSSB=0.538357,0.833325,0.0763138;STB=0.994738,0.5,0.602699;STBP=0.196,1,0.166;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0115485,0,0.0177419;OID=.,.,.;OPOS=129646734,129646736,129646735;OREF=TTTG,TG,TTG;OALT=-,GT,-;OMAPALT=T,TTTGT,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0152672,0,0.267176:14,5,20:106:2,0,35:131:94:0,0,12:2,0,23:45:49:99:15:10,5,2:4,0,18:1:14 chr9 129646775 . A G 577.99 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=103;FAO=54;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00190018;FXX=0.0495;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.692;QD=24.0829;RBI=0.0223607;REFB=-0.0335176;REVB=0.0222799;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369472;STB=0.511328;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0217571;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:103:96:20:23:17:54:0.5625:10:7:9:11:37:17:8:15 chr9 129724553 . C T 303.94 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.00200248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0078;QD=14.8263;RBI=0.00282028;REFB=-0.0192853;REVB=0.00198596;RO=47;SAF=25;SAR=9;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413761;STB=0.527395;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0392024;OID=.;OPOS=129724553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:9:25:36:11:9:25:37:11 chr9 129752239 . C T 300.12 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0214844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.505;QD=24.4993;RBI=0.0271176;REFB=-0.0293035;REVB=0.0165465;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170715;STB=0.594445;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0183679;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:16:6:13:14:16:6 chr9 129831659 . T A 1204.33 PASS AF=0.858586;AO=86;DP=100;FAO=85;FDP=99;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00365107;FXX=0.009999;HRUN=9;LEN=1;MLLD=231.768;QD=48.6598;RBI=0.0111311;REFB=-0.125006;REVB=0.0105153;RO=12;SAF=34;SAR=52;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353727;STB=0.52619;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000830917;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:100:99:12:14:86:85:0.858586:52:34:3:9:52:33:3:11 chr9 129854199 . G A 361.37 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0205495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.286;QD=17.0056;RBI=0.030738;REFB=-0.00477883;REVB=0.0228592;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141536;STB=0.579097;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00530479;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:18:21:18:28:18:21:18:28 chr9 130164993 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00536558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.078;QD=18.7957;RBI=0.00704737;REFB=-0.0364163;REVB=0.00456903;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402993;STB=0.722546;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.028073;OID=.;OPOS=130164993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:18:5:16:10:18:5:16:11 chr9 130191186 . C T 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00950934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2489;QD=16.2646;RBI=0.0448188;REFB=0.00245363;REVB=-0.0437984;RO=44;SAF=10;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251024;STB=0.641938;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00407692;OID=.;OPOS=130191186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:25:10:23:21:25:10:23:21 chr9 130197414 . A G 313.83 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0228081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.071;QD=14.5966;RBI=0.0270342;REFB=0.00924923;REVB=-0.0145133;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157266;STB=0.584022;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0178007;OID=.;OPOS=130197414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:22:13:26:24:22:13:26:25 chr9 130206669 . C T 90.64 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0236871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.783;QD=16.4792;RBI=0.0466533;REFB=-0.0587669;REVB=0.0401926;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172412;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.056075;OID=.;OPOS=130206669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:21:22:10:11:10:11:0.5:5:5:3:7:6:5:3:8 chr9 130219669 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00287061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.314;QD=11.9536;RBI=0.0147126;REFB=-0.00772017;REVB=-0.0144298;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0126339;OID=.;OPOS=130219669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr9 130242166 . A G 305.58 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0255094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8829;QD=27.1631;RBI=0.0556329;REFB=-0.00948189;REVB=-0.0494398;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576043;STB=0.537787;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00805778;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:11:15:9:9:11:16:9:9 chr9 130259618 . A C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0568897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2133;QD=20.2741;RBI=0.0576378;REFB=0.00498554;REVB=0.00925637;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456696;STB=0.75504;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00680736;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:4:20:7:16:4:20 chr9 130267777 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.013855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.508;QD=9.91657;RBI=0.0740355;REFB=-0.00686224;REVB=0.0727275;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00940062;OID=.;OPOS=130267777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:9:8:4:5:9:8 chr9 130341253 . A G 111.56 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1348;QD=24.7907;RBI=0.0220029;REFB=-0.0107352;REVB=0.0220029;RO=6;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00660217;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:6:6:12:12:0.666667:12:0:0:6:12:0:0:6 chr9 130494957 . T C 1991.51 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.327;QD=61.2773;RBI=0.0465028;REFB=-0.0491154;REVB=0.0418937;RO=1;SAF=58;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812329;STB=0.504273;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000181019;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:71:58:1:0:71:58:1:0 chr9 130536717 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.24;QD=57.6807;RBI=0.0451216;REFB=0;REVB=0.0292583;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119134;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 130630639 . A G 1540.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.441;QD=59.8357;RBI=0.0765725;REFB=0;REVB=0.0759831;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1301e-05;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:46:53:0:0:50:53:0:0 chr9 130647583 . T C 1339.53 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473556;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6409;QD=61.5877;RBI=0.0118599;REFB=0;REVB=-0.0108734;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209012;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:53:34:0:0 chr9 130648680 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000454292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.677;QD=55.6508;RBI=0.0679641;REFB=0;REVB=0.0679626;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582842;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr9 130670310 . A G 207.4 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.869;QD=48.7991;RBI=0.102354;REFB=0;REVB=0.102318;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300337;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:1:15:0:0:2:15:0:0 chr9 130690412 . G C 620.98 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0107582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.211;QD=55.1984;RBI=0.0234407;REFB=-0.00113488;REVB=0.0208261;RO=2;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031281;STB=0.501853;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=8.49186e-06;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:29:13:0:2:29:13:1:2 chr9 130698029 . G C 920.1 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.224;QD=58.4187;RBI=0.0135993;REFB=0;REVB=0.0130285;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72667e-05;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:22:40:0:0:22:41:0:0 chr9 130698043 . A G 886.2 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.68;QD=56.2668;RBI=0.0470962;REFB=-0.0661743;REVB=0.0347275;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011949;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000558407;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:21:39:1:0:22:40:1:0 chr9 130703789 . G A 678.33 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0307637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7528;QD=57.7305;RBI=0.0314034;REFB=-0.192481;REVB=0.00630587;RO=2;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551788;STB=0.529399;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00808818;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:16:29:0:2:16:29:0:2 chr9 130703852 . A AAAC 147.29 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=22;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0584313;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=199.097;QD=39.2783;RBI=0.0599515;REFB=0.0796516;REVB=0.013415;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307182;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=-0.00254361;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:11:22:14:15:1:7:7:1:0:6:11:4:7:8:3 chr9 130707081 . A G 1169.64 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.665;QD=60.7605;RBI=0.00382116;REFB=0;REVB=-0.00349856;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19593e-06;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:26:51:0:0:26:51:0:0 chr9 130829039 . A G 500.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.261;QD=58.8799;RBI=0.0307956;REFB=0;REVB=-0.0306809;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026596;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr9 130860866 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.814;QD=59.8551;RBI=0.0234525;REFB=0;REVB=0.0223677;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2789e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr9 130864676 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3728;QD=57.1988;RBI=0.0714327;REFB=0;REVB=0.00848696;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107615;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr9 130869499 . A T 823.78 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182994;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8068;QD=55.8496;RBI=0.0187664;REFB=-0.129503;REVB=-0.00416021;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.000923139;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:0:1:28:30:0:1 chr9 130869609 . CTT CT,CTG 97.85 PASS AF=0.414634,0.0487805;AO=19,2;DP=41;FAO=17,2;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16,0;FSAR=1,2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.126175,-0.0728413;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.0825,83.9124;QD=9.54659;RBI=0.126401,0.0858626;REFB=-0.173316,-0.0184091;REVB=0.00756724,-0.0454591;RO=17;SAF=18,0;SAR=1,2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.59901,0;SSSB=0.665333,-0.494586;STB=0.888312,0.994219;STBP=0.001,0.188;TYPE=del,snp;VARB=0.0992888,0.152957;OID=.,.;OPOS=130869610,130869611;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634,0.0487805:19,2:41:17,2:41:22:16,0:1,2:10:12:91:17:18,0:1,2:7:10 chr9 130869631 . GC G,GG 204.06 PASS AF=0.833333,0.0833333;AO=17,4;DP=36;FAO=30,3;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=19,2;FSAR=11,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.502034,0.198954;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.04597,11.6284;QD=22.6736;RBI=0.519391,0.233489;REFB=-0.0640078,-0.068646;REVB=0.13315,0.122206;RO=14;SAF=8,3;SAR=9,1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.250659,-0.0559248;STB=0.503266,0.5;STBP=0.961,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0862524,0.00090798;OID=.,.;OPOS=130869632,130869632;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.0833333:17,4:36:30,3:36:3:19,2:11,1:2:1:12:14:8,3:9,1:11:3 chr9 130883511 . C T 1859.29 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.68;QD=61.4642;RBI=0.0207193;REFB=0;REVB=0.013178;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79672e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr9 131079470 . C G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.695;QD=59.8557;RBI=0.0409029;REFB=0;REVB=-0.00407829;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40311e-05;OID=.;OPOS=131079470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr9 131085373 . G C 721.52 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.916;QD=54.454;RBI=0.0166808;REFB=-0.00843464;REVB=0.000946917;RO=1;SAF=9;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108311;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=5.62023e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:43:9:0:1:43:9:0:1 chr9 131196695 . C T 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0172759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4928;QD=13.0871;RBI=0.0300597;REFB=-0.0118675;REVB=0.0245993;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126225;STB=0.573821;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0129994;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:15:12:9:7:15:12 chr9 131196704 . G A 165.72 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00760797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.761;QD=14.7306;RBI=0.0116519;REFB=-0.0107945;REVB=0.00882523;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277166;STB=0.533296;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0123447;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:8:9:15:12:9:9:15:12 chr9 131235321 . A G 528.97 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.762;QD=58.774;RBI=0.02692;REFB=0;REVB=0.0186016;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113545;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:31:4:0:0:32:4:0:0 chr9 131285955 . A G 368.48 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=4.9174e-05;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.565;QD=18.8964;RBI=0.0252152;REFB=-0.00126896;REVB=-0.0252152;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597812;STB=0.539898;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00231871;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:38:38:0.487179:17:21:19:20:17:21:19:21 chr9 131303522 . G A 300.15 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.015097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.22;QD=13.9606;RBI=0.0151048;REFB=-0.00420983;REVB=-0.000485543;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254145;STB=0.501446;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00583763;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:21:13:20:32:21:13:20:32 chr9 131346218 . A C 1135.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.511;QD=60.564;RBI=0.0219093;REFB=0;REVB=0.0176596;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92579e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:41:32:0:0:43:32:0:0 chr9 131360750 . C T 156.0 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0221671;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.276;QD=14.1822;RBI=0.0223943;REFB=-0.0190628;REVB=-0.00318138;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12816;STB=0.574382;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0281335;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:11:16:8:9:11:16 chr9 131375701 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.094;QD=63.5807;RBI=0.0213492;REFB=0;REVB=0.00076418;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79675e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr9 131379967 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0231579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.867;QD=15.626;RBI=0.0240188;REFB=-0.00330849;REVB=0.00637307;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00492629;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:15:12:9:10:15:12 chr9 131379998 . C A 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00424219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.618;QD=15.623;RBI=0.0102219;REFB=-0.00953136;REVB=0.00930004;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110527;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0136596;OID=.;OPOS=131379998;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:11:12:7:10:11:12 chr9 131390472 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0109633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.72;QD=14.0437;RBI=0.0244407;REFB=0.00670803;REVB=0.0218439;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00390573;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr9 131397479 . G A 540.54 PASS AF=0.442748;AO=57;DP=130;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00747964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.054;QD=16.505;RBI=0.0175877;REFB=-0.00821341;REVB=0.015918;RO=73;SAF=27;SAR=30;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356766;STB=0.515235;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00928923;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:73:73:57:58:0.442748:30:27:32:41:31:27:32:41 chr9 131398636 . C T 318.24 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0498803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7082;QD=24.9603;RBI=0.049975;REFB=-0.0210924;REVB=0.0030739;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072616;STB=0.532974;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0181708;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:20:30:31:0.607843:15:15:8:12:16:15:8:12 chr9 131403096 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00601543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.083;QD=14.1699;RBI=0.0226071;REFB=9.80819e-05;REVB=-0.0217921;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.000363135;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr9 131465167 . A G 710.03 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0522793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4002;QD=54.6178;RBI=0.103493;REFB=-0.152956;REVB=-0.0893184;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00209865;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr9 131479023 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.993;QD=58.4197;RBI=0.0279022;REFB=0;REVB=0.0150271;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66141e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr9 131483749 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.907;QD=53.9111;RBI=0.0276447;REFB=0;REVB=0.0275536;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161359;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr9 131492850 . T C 206.11 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.672;QD=48.496;RBI=0.0725589;REFB=0;REVB=0.0235582;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749886;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:10:7:0:0 chr9 131565554 . T C 364.53 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0265129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.452;QD=21.1322;RBI=0.0269166;REFB=-0.0344222;REVB=-0.00464433;RO=31;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690847;STB=0.508966;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0316647;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:11:26:22:9:11:26:23:9 chr9 131570274 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00751039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.825;QD=10.3891;RBI=0.0313855;REFB=-0.0139469;REVB=-0.0304736;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090156;STB=0.555391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0197829;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:7:4:2:5:7:4 chr9 131585069 . A G 105.1 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00282511;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.84;QD=19.1094;RBI=0.00545106;REFB=-0.0212774;REVB=-0.00466185;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200531;STB=0.590762;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0114906;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:10:10:11:12:0.545455:6:5:7:3:6:6:7:3 chr9 131586374 . G A 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0819741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4323;QD=11.2515;RBI=0.084227;REFB=-0.0117913;REVB=-0.0193501;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00889756;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr9 131588652 . T C 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.018;QD=56.1763;RBI=0.0621868;REFB=0;REVB=-0.0177066;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495971;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr9 131588888 . G C 192.37 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00414197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2411;QD=16.0311;RBI=0.0352797;REFB=0.0211959;REVB=-0.0350357;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444244;STB=0.765383;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0144419;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:6:14:6:20:6:14:6:22 chr9 131670457 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00882325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.192;QD=21.7437;RBI=0.011955;REFB=-0.0201639;REVB=-0.00806678;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912176;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0116433;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:6:5:7:8:6:5 chr9 131689361 . G A 383.28 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0158482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.619;QD=22.8821;RBI=0.0209343;REFB=-0.0264827;REVB=0.0136776;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280321;STB=0.515431;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0224667;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:15:14:17:21:15:14 chr9 131702891 . A G 364.45 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0623323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2107;QD=18.4531;RBI=0.0884243;REFB=-0.0290978;REVB=-0.0627179;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184876;STB=0.608239;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0296706;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:38:38:0.481013:17:21:14:26:17:21:14:27 chr9 131767668 . A C 117.62 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0995627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1365;QD=12.7153;RBI=0.126268;REFB=-0.00330042;REVB=-0.0776592;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208041;STB=0.503931;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00440328;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:13:9:6:8:13:10 chr9 131771505 . C T 257.75 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00518559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.072;QD=18.4106;RBI=0.00788378;REFB=-0.0166573;REVB=0.00593831;RO=27;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869659;STB=0.562084;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0162916;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:8:20:17:10:8:20:17:11 chr9 131849036 . C T 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00726719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.887;QD=20.5438;RBI=0.00904441;REFB=-0.0113206;REVB=0.00538416;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10206;STB=0.57075;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0103555;OID=.;OPOS=131849036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:8:14:11:10:8:14:11:11 chr9 131860901 . G T 825.66 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00583088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.724;QD=54.1418;RBI=0.0109272;REFB=-0.170544;REVB=0.00924142;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217703;STB=0.501399;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000982026;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:61:2:2:58:59:0.967213:31:27:1:1:32:27:1:1 chr9 131939126 . G C 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0475365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4164;QD=9.11094;RBI=0.0593469;REFB=0.000660562;REVB=0.0355292;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00511934;OID=.;OPOS=131939126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:9:6:4:4:9:7 chr9 132377900 . C T 124.67 PASS AF=0.441176;AO=9;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000538867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3936;QD=14.6673;RBI=0.0255777;REFB=-0.0586298;REVB=0.025572;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.545396;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.1243;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:9:15:0.441176:5:4:5:14:10:5:5:14 chr9 132400480 . G A 68.68 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0286671;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.019;QD=13.0816;RBI=0.0434434;REFB=-0.0150706;REVB=-0.0326424;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403938;STB=0.760275;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0169601;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:4:7:2:7:4:8 chr9 132402908 . C G 979.03 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3491;QD=57.59;RBI=0.0187818;REFB=-0.114232;REVB=0.0180932;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279298;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:29:39:0:0 chr9 132573536 . G T 179.06 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0172493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8874;QD=10.8518;RBI=0.0345771;REFB=-0.0321261;REVB=-0.0299673;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224657;STB=0.637074;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0266648;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:43:23:23:0.348485:9:14:17:25:9:14:17:26 chr9 132580901 . C G 143.85 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0167645;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5914;QD=9.92051;RBI=0.017354;REFB=-0.0133657;REVB=0.00448478;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126436;STB=0.507455;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0260326;OID=.;OPOS=132580901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:23:16:8:11:23:16 chr9 132585058 . G A 522.48 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.015039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.275;QD=14.0263;RBI=0.0192443;REFB=-0.0221297;REVB=-0.012007;RO=91;SAF=28;SAR=30;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707522;STB=0.539949;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0291412;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:91:58:58:0.389262:30:28:38:53:30:28:38:53 chr9 132591372 . T G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00518686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.819;QD=11.2566;RBI=0.0261357;REFB=-0.0175129;REVB=0.0256158;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0162087;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr9 132591425 . C T 96.18 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.000349862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3615;QD=12.0222;RBI=0.00741655;REFB=-0.0100053;REVB=-0.00740829;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969096;STB=0.577644;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0181323;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:20:20:11:12:0.375:4:7:11:9:4:8:11:9 chr9 132591509 . A G 135.71 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0139521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8273;QD=17.5114;RBI=0.0143861;REFB=-0.0106063;REVB=0.003507;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0196548;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:6:9:9:6:6:9:10:6 chr9 132597021 . C T 1764.79 PASS AF=0.4677;AO=182;DP=387;FAO=181;FDP=387;FR=.;FRO=206;FSAF=80;FSAR=101;FSRF=73;FSRR=133;FWDB=-0.0578554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5201;QD=18.2408;RBI=0.0585223;REFB=-0.0289875;REVB=-0.00880979;RO=204;SAF=81;SAR=101;SRF=72;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906711;STB=0.547796;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0302708;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:204:206:182:181:0.4677:101:81:72:132:101:80:73:133 chr9 132618578 . T C 160.54 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.093;QD=45.8682;RBI=0.0588221;REFB=0;REVB=-0.0266229;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131544;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr9 132620364 . T C 392.02 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.415;QD=56.0031;RBI=0.0507229;REFB=0;REVB=0.0136614;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187544;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:14:8:0:0:15:13:0:0 chr9 132623293 . C T 255.76 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0977681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5902;QD=51.1516;RBI=0.109463;REFB=0;REVB=0.0492298;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122988;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr9 132623868 . T C 1313.24 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0869;QD=61.7995;RBI=0.0460352;REFB=0;REVB=0.0448343;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184241;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:52:32:0:0:52:33:0:0 chr9 132631680 . T C 636.0 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371587;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.128;QD=62.0489;RBI=0.0475817;REFB=0;REVB=0.0297194;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37324e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr9 132636031 . A G 377.65 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.192;QD=55.948;RBI=0.112346;REFB=0;REVB=-0.0135986;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854754;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:17:5:0:0:17:10:0:0 chr9 132636033 . T C 342.16 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.033;QD=54.7451;RBI=0.0369046;REFB=0;REVB=0.0255951;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271633;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:15:5:0:0:15:10:0:0 chr9 132637712 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000948867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.637;QD=14.6577;RBI=0.0189646;REFB=-0.0083657;REVB=0.0189408;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0140384;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr9 132649662 . A G,T 996.31 PASS AF=0.929577,0.056338;AO=65,4;DP=69;FAO=66,4;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31,4;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00745038,-0.00640232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.736,131.411;QD=56.1302;RBI=0.0481113,0.0496222;REFB=-0.152353,-0.167449;REVB=0.0475309,0.0492075;RO=0;SAF=31,4;SAR=34,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.90682e-08,0;STB=0.50704,0.995941;STBP=0.505,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0016956,0.0331522;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:69:71:0:1:65,4:66,4:0.929577,0.056338:34,0:31,4:0:0:35,0:31,4:0:1 chr9 132651362 . G GC 49.58 PASS AF=1;AO=3;DP=11;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238564;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=282.564;QD=33.0531;RBI=0.0238564;REFB=0;REVB=0;RO=8;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000775513;OID=.;OPOS=132651363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:11:6:6:0:6:0:0:0:4:8:3:0:7:1 chr9 132662786 . C T 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.124496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3525;QD=12.8664;RBI=0.127416;REFB=-0.00686984;REVB=0.0271191;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340578;STB=0.725348;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0198244;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:2:9:8:7:2:9:8:8 chr9 132686186 . A G 766.92 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.232;QD=56.8087;RBI=0.0125874;REFB=0;REVB=-0.0106028;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11676e-06;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr9 132871091 . TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC T 62.47 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00682829;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=24;MLLD=410.316;QD=4.62775;RBI=0.0162449;REFB=-0.00546753;REVB=-0.0147401;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397073;STB=0.744218;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0210351;OID=.;OPOS=132871092;OREF=AGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:10:59:10:54:44:3:7:27:17:62:36:3:7:23:13 chr9 132872686 . A G 770.42 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.715;QD=55.0297;RBI=0.0499663;REFB=-0.0156885;REVB=0.00948767;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00224852;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:0:1:21:34:0:1 chr9 132883161 . C CCTT 885.77 PASS AF=0.848101;AO=64;DP=81;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0068556;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=198.901;QD=44.8492;RBI=0.0307631;REFB=-0.0724354;REVB=0.0299895;RO=15;SAF=37;SAR=27;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571165;STB=0.543549;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.00625481;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848101:64:81:67:79:12:37:30:10:2:62:15:37:27:11:4 chr9 132904268 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00181433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.815;QD=10.7534;RBI=0.00783187;REFB=-0.00410829;REVB=-0.00761882;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17041;STB=0.60141;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00828221;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:16:10:7:6:16:10 chr9 132904345 . G A 324.68 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0102839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5546;QD=14.758;RBI=0.0218171;REFB=-0.0344794;REVB=0.0192413;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00225617;STB=0.501278;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0525072;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:16:20:29:23:16:20:29:23 chr9 132904442 . G A 426.75 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00662783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.976;QD=19.1798;RBI=0.0087076;REFB=-0.0261353;REVB=0.00564748;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594151;STB=0.508561;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0315289;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:46:42:43:0.483146:18:24:26:20:18:25:26:20 chr9 132995846 . AT A 80.94 PASS AF=0.424242;AO=25;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.266445;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.98695;QD=4.90551;RBI=0.26899;REFB=-0.0457084;REVB=-0.0369145;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133372;STB=0.555882;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.0565664;OID=.;OPOS=132995847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:25:66:28:66:38:15:13:24:14:80:29:12:13:18:11 chr9 133048501 . G A 851.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.716;QD=57.7041;RBI=0.0183134;REFB=0;REVB=-0.00296088;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39156e-05;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr9 133270720 . G A 463.28 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0045314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.13;QD=21.8016;RBI=0.00577995;REFB=-0.00493591;REVB=-0.00358807;RO=40;SAF=32;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154415;STB=0.585556;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00701655;OID=.;OPOS=133270720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:13:32:22:18:13:32:22:18 chr9 133284310 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.305;QD=51.1845;RBI=0.103885;REFB=0;REVB=0.0396484;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118001;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr9 133294244 . G A 178.23 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00762357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.935;QD=14.8524;RBI=0.0194952;REFB=-0.0277881;REVB=0.0179428;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810188;STB=0.528971;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0430462;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:7:12:15:12:7:12:17:12 chr9 133305012 . G A 449.73 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00354474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.798;QD=18.9359;RBI=0.0036884;REFB=-0.0139057;REVB=-0.00101938;RO=50;SAF=29;SAR=16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450988;STB=0.52514;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0167912;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:16:29:30:20:16:29:30:20 chr9 133346920 . A G 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.61;QD=60.9138;RBI=0.0589975;REFB=-0.18047;REVB=0.00321464;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0013073;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:49:37:0:0:49:37:1:0 chr9 133553993 . C T 524.02 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526818;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.742;QD=59.8885;RBI=0.00751;REFB=0;REVB=-0.00535222;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026883;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr9 133558282 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.931;QD=59.3226;RBI=0.0193564;REFB=0;REVB=-0.00880022;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29038e-06;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr9 133710804 . T C 964.6 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00335259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.498;QD=55.9188;RBI=0.00436793;REFB=-0.0526085;REVB=0.00279982;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.502443;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00033347;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:66:67:0.971014:28:38:0:1:28:39:1:1 chr9 133710819 . T C,TC 1377.21 PASS AF=0.0104167,0.989583;AO=9,82;DP=95;FAO=1,95;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264375,0.0597831;FXX=0.0103082;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=24.5448,38.9669;QD=57.3837;RBI=0.039589,0.0636777;REFB=0,0;REVB=-0.0294677,0.0219279;RO=4;SAF=3,45;SAR=6,37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.228994,-0.0179049;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0192795,0.00165798;OID=.,.;OPOS=133710819,133710820;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:95:96:4:0:9,82:1,95:0.0104167,0.989583:6,37:3,45:3:1:0,43:1,52:0:0 chr9 133761001 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.146;QD=43.4862;RBI=0.0248023;REFB=0;REVB=-0.0235003;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254212;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr9 133787225 . A G 1547.82 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304538;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.298;QD=58.9647;RBI=0.037079;REFB=-0.0607252;REVB=0.0211523;RO=1;SAF=31;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150571;STB=0.507461;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000376066;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:102:104:0.990476:71:31:1:0:71:33:1:0 chr9 133884820 . T G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0323141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0166;QD=25.4946;RBI=0.0332809;REFB=-0.0571225;REVB=-0.00796354;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251155;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:3:4:8:6:3:4 chr9 133901819 . CC AC,AG 827.11 PASS AF=0.610169,0.389831;AO=36,26;DP=62;FAO=36,23;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23,13;FSAR=13,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198963,0.0199082;FXX=0.0483793;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=165.48,107.127;QD=56.0754;RBI=0.0201043,0.0202763;REFB=0,0;REVB=0.00288483,-0.00384626;RO=0;SAF=23,16;SAR=13,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.21415e-08,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0114922,0.00198595;OID=.,.;OPOS=133901819,133901819;OREF=C,CC;OALT=A,AG;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:59:0:0:36,26:36,23:0.610169,0.389831:13,10:23,16:0:0:13,10:23,13:0:0 chr9 133911598 . A G 1028.66 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.012;QD=57.9528;RBI=0.0314691;REFB=0.000286714;REVB=0.0166151;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.507461;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=4.17326e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:35:33:1:0:37:33:1:0 chr9 133911706 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00742466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.278;QD=12.0149;RBI=0.012556;REFB=-0.0260066;REVB=-0.0101256;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344306;STB=0.698735;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0408228;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:7:13:11:23:7:13:11:23 chr9 133981629 . T C 175.84 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.603;QD=46.8909;RBI=0.0188887;REFB=0;REVB=0.014044;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69925e-05;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr9 133986980 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.3;QD=58.1421;RBI=0.012151;REFB=0;REVB=-0.00740682;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89688e-06;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr9 133987060 . G A 330.59 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.311;QD=50.8604;RBI=0.0325828;REFB=-0.109308;REVB=0.0270972;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000893436;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:0:1:17:8:0:1 chr9 133996460 . T G 332.02 PASS AF=0.903226;AO=21;DP=29;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0277428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5757;QD=42.8418;RBI=0.169662;REFB=0.00510708;REVB=0.167378;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.501318;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00187912;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:31:0:3:21:28:0.903226:4:17:0:0:9:19:2:1 chr9 133996503 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.371;QD=57.6806;RBI=0.060474;REFB=0;REVB=0.0432078;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144829;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr9 134020092 . C T 117.51 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00990765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.818;QD=12.052;RBI=0.0126849;REFB=-0.00942542;REVB=0.00792116;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827774;STB=0.555903;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0193822;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:25:13:14:0.358974:5:8:13:11:5:9:14:11 chr9 134021630 . A G 90.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0877832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.501;QD=16.4138;RBI=0.0878341;REFB=-0.00445583;REVB=0.00299058;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246576;STB=0.640795;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00483718;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:2:9:6:5:2:9 chr9 134133539 . G T 732.21 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.084;QD=56.3239;RBI=0.0517428;REFB=0;REVB=0.0382229;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023679;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:49:52:1:24:25:0:0:25:27:0:0 chr9 134136515 . A G 1175.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273958;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.535;QD=61.057;RBI=0.0367416;REFB=0;REVB=-0.024483;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21988e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr9 134136677 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000269533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.482;QD=52.6113;RBI=0.0328806;REFB=0;REVB=0.0328795;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003387;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr9 134183379 . C T 1594.05 PASS AF=0.973913;AO=109;DP=114;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0178982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.39;QD=55.4452;RBI=0.0905003;REFB=-0.056876;REVB=0.0887128;RO=4;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351194;STB=0.513759;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00135768;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:114:115:4:3:109:112:0.973913:52:57:0:4:53:59:0:3 chr9 134183503 . T C 1126.77 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.189;QD=57.7831;RBI=0.0326423;REFB=-0.10973;REVB=0.0285634;RO=2;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326006;STB=0.517237;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=9.48164e-05;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:28:48:0:2:28:48:0:2 chr9 134346315 . T C 668.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6992;QD=62.2318;RBI=0.0192529;REFB=0;REVB=-0.0187694;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354976;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 134350323 . C G 218.14 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212991;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.53;QD=45.9247;RBI=0.0410759;REFB=-0.0400084;REVB=0.0351224;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00102799;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr9 134350458 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.854;QD=64.4152;RBI=0.0426673;REFB=0;REVB=0.0420146;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62813e-05;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr9 134350647 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.457;QD=56.7037;RBI=0.025153;REFB=0;REVB=-0.000614206;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28209e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr9 134351065 . G T 263.5 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8809;QD=47.9093;RBI=0.0341867;REFB=-0.18513;REVB=0.00859166;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0113529;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:1:0 chr9 134351343 . C T 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5104;QD=53.8981;RBI=0.0928826;REFB=0;REVB=0.032529;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351314;OID=.;OPOS=134351343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr9 134373770 . G C 323.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9912;QD=53.8854;RBI=0.0472484;REFB=0;REVB=-0.0389387;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141846;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr9 134385436 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.528;QD=56.9356;RBI=0.0529505;REFB=0;REVB=-0.0212957;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365745;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr9 134386744 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.574;QD=62.022;RBI=0.033129;REFB=0;REVB=0.031433;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121986;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr9 134387488 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.273;QD=59.4338;RBI=0.0377153;REFB=0;REVB=0.0287177;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55569e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 134401335 . C T 446.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.819;QD=57.6375;RBI=0.0555489;REFB=0;REVB=0.0376211;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482412;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr9 134406071 . C G 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=52.5989;RBI=0.0475721;REFB=0;REVB=0.0104802;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380491;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 134473655 . C T 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.050951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8526;QD=9.82006;RBI=0.0518067;REFB=0.00461775;REVB=-0.00937699;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294975;STB=0.682383;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00843544;OID=.;OPOS=134473655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:2:9:14:9:2:9:14:9 chr9 134658234 . G A 200.36 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0205337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.516;QD=15.4122;RBI=0.0261817;REFB=-0.019694;REVB=0.0162433;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530006;STB=0.539533;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0294291;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:8:14:17:12:8:15:17:12 chr9 135073967 . C T 813.23 PASS AF=0.474576;AO=83;DP=176;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0184725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.081;QD=18.3782;RBI=0.0184766;REFB=-0.0251237;REVB=0.000388241;RO=92;SAF=44;SAR=39;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141717;STB=0.577599;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0298024;OID=.;OPOS=135073967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:92:93:83:84:0.474576:39:44:35:57:39:45:36:57 chr9 135102254 . C T 764.93 PASS AF=0.473373;AO=79;DP=168;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.012502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.516;QD=18.1048;RBI=0.029654;REFB=-0.0221996;REVB=-0.0268898;RO=89;SAF=41;SAR=38;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235597;STB=0.516135;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0209335;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:89:89:79:80:0.473373:38:41:44:45:38:42:44:45 chr9 135105944 . G A 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0191392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.258;QD=19.154;RBI=0.023947;REFB=-0.0156318;REVB=0.0143926;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327272;STB=0.518501;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0192924;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:8:15:13:8:8:15 chr9 135105964 . A G 791.84 PASS AF=1;AO=41;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7132;QD=63.3472;RBI=0.0537488;REFB=0;REVB=-0.0101216;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102219;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:41:50:1:28:13:0:0:28:22:0:0 chr9 135139826 . T C 86.2 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00379476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.349;QD=13.2616;RBI=0.0138619;REFB=0.000280105;REVB=-0.0133324;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54637;STB=0.840371;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000489423;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:15:15:10:11:0.423077:1:9:7:8:1:10:7:8 chr9 135139901 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5785;QD=46.8449;RBI=0.0120756;REFB=0;REVB=0.00362072;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676836;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr9 135172412 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00839416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.197;QD=16.9232;RBI=0.00971599;REFB=-0.0070628;REVB=-0.0048927;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634082;STB=0.542832;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0051095;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:33:34:0.459459:17:16:22:18:18:16:22:18 chr9 135173685 . T C 250.29 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0138737;FXX=0.031741;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.217;QD=16.4124;RBI=0.0407108;REFB=-0.0119981;REVB=-0.0382738;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178411;STB=0.590102;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00588576;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:14:14:22:10:14:14:22:11 chr9 135202829 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.00624741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1793;QD=10.7534;RBI=0.0279222;REFB=0.000434272;REVB=0.0272144;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45284e-05;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:2:11:22:4:2:11:22:4 chr9 135203231 . C T 413.79 PASS AF=0.447917;AO=44;DP=97;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0135327;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1474;QD=17.2411;RBI=0.0286482;REFB=-0.00395204;REVB=-0.0252504;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163669;STB=0.511341;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00358795;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:53:44:43:0.447917:17:27:29:17:17:26:31:22 chr9 135203409 . A C 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000235294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.888;QD=18.1748;RBI=0.020675;REFB=-0.00682767;REVB=0.0206736;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289507;STB=0.523599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00656042;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:16:15:14:17:16:15:14:18 chr9 135203838 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00538111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.003;QD=14.8166;RBI=0.0164305;REFB=-0.0111169;REVB=0.0155243;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320422;STB=0.681153;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00743092;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:10:19:13:26:10:19:13:26 chr9 135206460 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0114909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.604;QD=18.6449;RBI=0.0118872;REFB=0.00233517;REVB=0.0030439;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798372;STB=0.514265;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00232438;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:9:5:5:6:9:5:5:8 chr9 135263573 . G T 885.06 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6898;QD=58.0369;RBI=0.0292991;REFB=0;REVB=0.023877;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318316;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr9 135277301 . A G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00520299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.052;QD=8.25429;RBI=0.00926772;REFB=-0.013564;REVB=-0.0076694;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420034;STB=0.757857;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0452016;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:9:3:4:2:9:3 chr9 135277341 . C A 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.126889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.777;QD=13.9517;RBI=0.127765;REFB=-0.00788003;REVB=0.0149369;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00394707;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:4:3:4:2:4:3:4:3 chr9 135285840 . C T 454.77 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0648868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7177;QD=28.4232;RBI=0.0657577;REFB=-0.0150235;REVB=0.0106668;RO=21;SAF=22;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292178;STB=0.523798;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00488477;OID=.;OPOS=135285840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:22:42:42:0.65625:20:22:10:11:20:22:10:12 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=67;DP=70;LEN=76;RO=3;SAF=33;SAR=29;SRF=5;SRR=3;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:70:3:67:29:33:5:3 chr9 135297013 . T TTCTC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=467.831;QD=39.2068;RBI=0.00549982;REFB=0;REVB=-0.00549982;RO=39;SAF=0;SAR=9;SRF=38;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.878829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.30112e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:48:9:9:0:0:9:0:0:4:39:0:9:38:1 chr9 135297016 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.867;QD=39.2068;RBI=0.00270717;REFB=0;REVB=-0.00270717;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79502e-05;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr9 135297019 . TC T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.404;QD=33.4285;RBI=0.0124161;REFB=0;REVB=-0.0124161;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000139687;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:0:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr9 135297022 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.633;QD=33.4285;RBI=0.0247758;REFB=0;REVB=-0.0247758;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255876;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr9 135374764 . G A 337.07 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000325594;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.481;QD=14.6554;RBI=0.00754288;REFB=-0.0207485;REVB=-0.00753585;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915875;STB=0.556828;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0277658;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:18:19:23:31:18:19:23:32 chr9 135374898 . T C 2002.82 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9434;QD=62.1028;RBI=0.0216462;REFB=0;REVB=0.0113185;RO=0;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90511e-05;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:70:57:0:0:71:58:0:0 chr9 135448320 . C A 792.27 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00756106;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.16;QD=55.5975;RBI=0.0119116;REFB=-0.0685838;REVB=-0.00920411;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000164093;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:1:0:21:35:1:0 chr9 135470414 . T C 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0297044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.672;QD=19.3418;RBI=0.0351488;REFB=-0.00526526;REVB=-0.0187907;RO=65;SAF=28;SAR=35;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100527;STB=0.555538;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00456257;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:35:28:36:29:35:28:36:29 chr9 135763816 . C T 313.26 PASS AF=0.406977;AO=33;DP=84;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=7.1307e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.007;QD=14.5704;RBI=0.0141408;REFB=-0.0212355;REVB=0.0141406;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101812;STB=0.542833;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.028527;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:51:33:35:0.406977:19:14:26:24:19:16:27:24 chr9 135767174 . C T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0104067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.775;QD=15.6934;RBI=0.0104103;REFB=-0.00266847;REVB=-0.000274595;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091577;STB=0.551633;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00447092;OID=.;OPOS=135767174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:18:23:15:17:18:23 chr9 135781239 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00270619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.256;QD=24.2686;RBI=0.0189024;REFB=-0.0137343;REVB=-0.0187077;RO=22;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110251;STB=0.50606;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0115148;OID=.;OPOS=135781239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:16:17:11:11:16:17:11:11 chr9 135917679 . T A 53.06 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0422656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6733;QD=11.1705;RBI=0.0635862;REFB=-0.0852714;REVB=-0.047506;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0822151;OID=.;OPOS=135917679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:19:19:9:11:7:8:0.421053:3:4:5:4:4:4:6:5 chr9 135961809 . T C 474.16 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.909;QD=57.4743;RBI=0.021599;REFB=0;REVB=0.0135064;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522011;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr9 135968511 . C CTG 910.07 PASS AF=0.929577;AO=63;DP=74;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0228442;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.554;QD=51.2716;RBI=0.0245915;REFB=-0.00502372;REVB=0.00910404;RO=6;SAF=22;SAR=41;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560818;STB=0.516414;STBP=0.352;TYPE=ins;VARB=0.000194369;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929577:63:74:66:71:5:25:41:3:2:19:6:22:41:4:2 chr9 135974079 . G C 451.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430321;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.534;QD=58.313;RBI=0.0524908;REFB=0;REVB=0.0300586;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169651;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr9 135974100 . G A 347.74 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0080325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.674;QD=51.5169;RBI=0.0146598;REFB=-0.0801516;REVB=0.0122633;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000877089;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr9 135985796 . C T 136.03 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0114362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.383;QD=17.5521;RBI=0.012383;REFB=0.00439674;REVB=-0.00474898;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00648751;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr9 136004699 . G A 579.52 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0140214;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.253;QD=18.5446;RBI=0.0156414;REFB=-0.0104618;REVB=-0.00693211;RO=65;SAF=32;SAR=28;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124643;STB=0.568979;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0128535;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:28:32:26:39:28:32:26:39 chr9 136031346 . A G 215.63 PASS AF=0.689655;AO=18;DP=27;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0041613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.21;QD=29.742;RBI=0.0194488;REFB=-0.00734376;REVB=0.0189984;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23163;STB=0.600584;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00477812;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:29:9:9:18:20:0.689655:7:11:2:7:9:11:2:7 chr9 136037742 . G A 477.67 PASS AF=0.472727;AO=50;DP=106;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0149496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.47;QD=17.3697;RBI=0.044064;REFB=-0.0529056;REVB=0.0414505;RO=56;SAF=29;SAR=21;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980251;STB=0.571659;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.060103;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:56:58:50:52:0.472727:21:29:38:18:23:29:40:18 chr9 136083580 . T G 639.24 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.00221452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1601;QD=17.6341;RBI=0.0126595;REFB=-0.0140965;REVB=0.0124643;RO=79;SAF=34;SAR=32;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107678;STB=0.559799;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0194292;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:32:34:32:47:32:34:32:47 chr9 136131651 . G A 360.23 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0196609;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.451;QD=12.9813;RBI=0.0196615;REFB=-0.0070787;REVB=-0.000145798;RO=67;SAF=26;SAR=17;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122024;STB=0.565187;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0123701;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:43:43:0.387387:17:26:33:34:17:26:34:34 chr9 136132908 . T TC 304.08 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0304731;FXX=0.03529;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.839;QD=14.8329;RBI=0.0314932;REFB=-0.00589575;REVB=0.00795057;RO=50;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155331;STB=0.588183;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=0.0088723;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:34:85:34:82:48:20:14:21:27:99:50:20:14:22:28 chr9 136133506 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.252;QD=55.0987;RBI=0.046771;REFB=0;REVB=0.0413646;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48407e-05;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr9 136133531 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00902757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.688;QD=8.73839;RBI=0.0568304;REFB=-0.0188807;REVB=-0.0561088;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0371592;OID=.;OPOS=136133531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:10:10:4:5:10:10 chr9 136135237 . AT GC 542.45 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222942;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.803;QD=60.2724;RBI=0.00805968;REFB=0;REVB=-0.0077452;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000207837;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 136136770 . A C 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0635798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4357;QD=57.3829;RBI=0.0842504;REFB=-0.103782;REVB=-0.0552787;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00287708;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:0:1 chr9 136199466 . G A 2778.98 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204894;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.031;QD=62.8018;RBI=0.0231324;REFB=0;REVB=0.0107376;RO=0;SAF=99;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230681;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:176:177:1:77:99:0:0:78:99:0:0 chr9 136199503 . G A 2781.66 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8773;QD=62.5091;RBI=0.0512172;REFB=0;REVB=0.0133761;RO=0;SAF=94;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175013;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:82:94:0:0:84:94:0:0 chr9 136199551 . G A 533.95 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00642081;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.199;QD=18.2546;RBI=0.0122595;REFB=-0.0194474;REVB=-0.0104435;RO=61;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087351;STB=0.548429;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0282727;OID=.;OPOS=136199551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:61:61:56:56:0.478632:30:26:34:27:30:26:34:27 chr9 136229833 . C G 1380.99 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312929;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3834;QD=62.7723;RBI=0.0688312;REFB=0;REVB=0.0613065;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587525;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr9 136268084 . A G 1698.66 PASS AF=0.991453;AO=109;DP=111;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128718;FXX=0.0249979;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.0586;QD=58.0739;RBI=0.0129928;REFB=-0.146057;REVB=0.00176945;RO=2;SAF=58;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160858;STB=0.503936;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00154703;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:117:2:1:109:116:0.991453:51:58:2:0:53:63:1:0 chr9 136291063 . C T 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00794341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.793;QD=24.5599;RBI=0.017682;REFB=-0.0312447;REVB=0.0157974;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802385;STB=0.543975;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0224523;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:15:8:16:19:15:8 chr9 136295290 . A C 1090.71 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9165;QD=57.4059;RBI=0.0805796;REFB=0;REVB=0.0800392;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247945;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:76:3:0:69:76:1:36:33:1:2:40:36:0:0 chr9 136301982 . C G 278.84 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00510412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.747;QD=13.9419;RBI=0.0191693;REFB=-0.0074712;REVB=-0.0184773;RO=48;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290232;STB=0.6655;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0109345;OID=.;OPOS=136301982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:10:22:20:28:10:22:20:28 chr9 136304497 . A G 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00920155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.397;QD=18.775;RBI=0.0357941;REFB=-0.0108851;REVB=-0.0345911;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250302;STB=0.640755;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00828031;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:11:15:8:18:11:15 chr9 136308542 . C T 327.21 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00263636;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8126;QD=17.4512;RBI=0.0152751;REFB=-0.0199028;REVB=-0.0150459;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052552;STB=0.536211;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.010482;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:40:35:35:0.466667:19:16:20:19:19:16:21:19 chr9 136328657 . T C 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.621;QD=61.3303;RBI=0.0820648;REFB=0;REVB=0.030046;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185511;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr9 136340199 . GT G,GG 882.82 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=10,49;DP=62;FAO=3,59;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173376,0.0141464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.221,235.861;QD=56.9562;RBI=0.0657469,0.0620883;REFB=0,0;REVB=0.0634197,0.0604553;RO=2;SAF=5,28;SAR=5,21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00537235;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0281771,0.00115078;OID=.,.;OPOS=136340200,136340200;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0483871,0.951613:10,49:62:3,59:62:0:2,33:1,26:0:0:7:2:5,28:5,21:1:1 chr9 136379890 . A G 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0362702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.091;QD=27.2772;RBI=0.0365744;REFB=-0.00135235;REVB=0.00470686;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121234;STB=0.567115;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00114231;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:19:9:9:10:19:9:9:10 chr9 136412170 . C T 749.43 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.786;QD=59.954;RBI=0.0226719;REFB=-0.156938;REVB=0.0111142;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00140722;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:25:23:1:0:26:23:1:0 chr9 136412236 . A T 728.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549454;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.977;QD=57.0987;RBI=0.0553714;REFB=0;REVB=0.00685528;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272766;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr9 136412255 . A C,G 762.49 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=52,2;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024684,-0.0230882;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.258,102.727;QD=56.4806;RBI=0.0702821,0.0472571;REFB=0,0;REVB=0.0658048,0.0412331;RO=0;SAF=26,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000456207,0.0778191;OID=.,.;OPOS=136412255,136412255;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:54:0:0:52,2:53,1:0.981481,0.0185185:26,1:26,1:0:0:27,0:26,1:0:0 chr9 136419629 . G A 1670.78 PASS AF=0.975;AO=114;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0239462;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.224;QD=55.6925;RBI=0.0446269;REFB=-0.108764;REVB=0.0376582;RO=6;SAF=56;SAR=58;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149757;STB=0.504707;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00199645;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:120:6:3:114:117:0.975:58:56:2:4:61:56:2:1 chr9 136440514 . C T 535.39 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0310891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.282;QD=14.3728;RBI=0.0322785;REFB=-0.0156438;REVB=0.00868137;RO=89;SAF=30;SAR=29;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389782;STB=0.518529;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0321449;OID=.;OPOS=136440514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:90:59:59:0.395973:29:30:42:47:29:30:43:47 chr9 136518097 . A G 625.5 PASS AF=0.564815;AO=62;DP=109;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00960664;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.719;QD=23.1667;RBI=0.0316411;REFB=-0.00922696;REVB=-0.0301475;RO=45;SAF=30;SAR=32;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551961;STB=0.533808;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00880904;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:45:47:62:61:0.564815:32:30:25:20:32:29:26:21 chr9 136536679 . G A 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.829;QD=56.9335;RBI=0.0722591;REFB=0;REVB=0.0722291;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249119;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr9 136536793 . C G 1206.98 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00480479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.5456;QD=57.4752;RBI=0.00482023;REFB=-0.150638;REVB=-0.000385471;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.509023;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00269638;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:0:3:81:81:0.964286:34:47:0:0:34:47:1:2 chr9 136555629 . T C 1025.57 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5081;QD=59.4533;RBI=0.0323596;REFB=0;REVB=0.0312365;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95174e-05;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr9 136559460 . C T 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675468;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.502;QD=59.4591;RBI=0.0683105;REFB=0;REVB=-0.010186;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126628;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr9 136573412 . G A 535.95 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.00110309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.9;QD=15.8801;RBI=0.0335158;REFB=-0.0208484;REVB=0.0334976;RO=76;SAF=28;SAR=30;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123919;STB=0.565151;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0338842;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:77:58:58:0.42963:30:28:46:30:30:28:46:31 chr9 136628770 . T C 1197.51 PASS AF=1;AO=66;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.521;QD=60.6332;RBI=0.0458876;REFB=0;REVB=0.0431894;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03522e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:66:79:1:34:32:0:0:40:39:0:0 chr9 136628771 . G C 70.17 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00344843;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.6464;QD=3.55274;RBI=0.0461548;REFB=-0.0929363;REVB=0.0460258;RO=66;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668873;STB=0.544678;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0276156;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:6:7:32:34:6:7:32:34 chr9 136898627 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0154658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3867;QD=25.3614;RBI=0.0254656;REFB=-0.0138431;REVB=-0.0202313;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207478;STB=0.511612;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00876023;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:4:4:7:8:4:4 chr9 136907005 . G A 198.79 PASS AF=0.512821;AO=17;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.157228;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0101;QD=20.3888;RBI=0.157522;REFB=-0.0837234;REVB=0.0096225;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0712098;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:18:17:20:0.512821:8:9:6:9:10:10:9:9 chr9 136913355 . T C 181.27 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0175145;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.273;QD=12.9482;RBI=0.0213081;REFB=-0.00759629;REVB=-0.0121357;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382209;STB=0.712675;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0121609;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:16:6:21:12:16:6:21:13 chr9 136915508 . C T 31.76 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0815096;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8851;QD=9.77137;RBI=0.0844903;REFB=-0.0469034;REVB=-0.0222442;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.635829;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0283074;OID=.;OPOS=136915508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:5:5:0.384615:3:2:5:3:3:2:5:3 chr9 137005023 . C T 441.04 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0393787;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.139;QD=19.3864;RBI=0.0394365;REFB=-0.0342951;REVB=-0.00213288;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559689;STB=0.53114;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0278896;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:47:44:44:0.483516:18:26:25:22:18:26:25:22 chr9 137271318 . C A 498.8 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=100;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00427999;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.0316;QD=19.5607;RBI=0.016934;REFB=-0.0366208;REVB=0.0163842;RO=48;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394366;STB=0.51178;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0293576;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:48:49:52:53:0.519608:24:28:28:20:24:29:28:21 chr9 137330560 . C T 271.71 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0485336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.607;QD=15.5264;RBI=0.0489765;REFB=-0.0175526;REVB=-0.00657223;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842527;STB=0.517917;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0216234;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:39:29:31:0.442857:20:9:15:24:20:11:15:24 chr9 137332311 . T G 874.25 PASS AF=0.544304;AO=86;DP=158;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00324837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.602;QD=22.133;RBI=0.0362899;REFB=-0.0241255;REVB=0.0361442;RO=70;SAF=44;SAR=42;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139384;STB=0.501031;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.017834;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:72:86:86:0.544304:42:44:37:33:42:44:37:35 chr9 137619195 . C T 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000638125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.887;QD=23.1587;RBI=0.0245412;REFB=-0.0161371;REVB=0.0245329;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092774;STB=0.551059;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0107578;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:15:17:15:8:15:17:15:8 chr9 137630587 . T C 194.21 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0235897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.861;QD=12.3307;RBI=0.0374565;REFB=0.00310476;REVB=-0.029095;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.565163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00641642;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:11:13:17:22:11:13:17:22 chr9 137686906 . C T 1472.43 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.031;QD=63.3302;RBI=0.0225249;REFB=0;REVB=-0.0064632;RO=0;SAF=61;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17476e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:32:61:0:0:32:61:0:0 chr9 137690318 . A G,T 740.47 PASS AF=0.0545455,0.927273;AO=2,49;DP=52;FAO=3,51;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=2,15;FSAR=1,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00306455,0.0881043;FXX=0.0350816;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9988,71.0471;QD=53.8522;RBI=0.0231771,0.100042;REFB=-0.1454,-0.0889346;REVB=0.0229736,0.0473924;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.01675e-08;STB=0.59939,0.516123;STBP=0.681,0.188;TYPE=snp,snp;VARB=0.0715881,0.00290365;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:55:0:1:2,49:3,51:0.0545455,0.927273:0,34:2,15:0:0:1,36:2,15:1:0 chr9 137690319 . G T 30.05 PASS AF=0.107143;AO=5;DP=55;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0276102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9133;QD=2.14623;RBI=0.0288428;REFB=-0.015456;REVB=0.00834151;RO=50;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185263;STB=0.702352;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0537933;OID=.;OPOS=137690319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:56:50:50:5:6:0.107143:4:1:17:33:5:1:17:33 chr9 137702081 . TC CT,T 55.82 PASS AF=0,0.45;AO=2,8;DP=20;FAO=0,9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0157646,0.024711;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=23.5173,14.617;QD=11.163;RBI=0.134779,0.0781204;REFB=0.020076,-0.0293234;REVB=-0.133854,0.0741092;RO=9;SAF=0,7;SAR=2,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.335526;SSSB=-0.502622,0.603567;STB=0.5,0.77716;STBP=1,0.042;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0415366;OID=.,.;OPOS=137702081,137702082;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:20:20:9:11:2,8:0,9:0,0.45:2,1:0,7:2:7:0,2:0,7:3:8 chr9 137711997 . G C 122.43 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.009134;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0573;QD=9.23994;RBI=0.0365816;REFB=-0.0113778;REVB=-0.0354229;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150311;STB=0.590675;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.019237;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:5:11:21:16:5:11:21:16 chr9 137735592 . G A 1443.1 PASS AF=0.962264;AO=99;DP=105;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0568187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.647;QD=54.4565;RBI=0.0638271;REFB=-0.140783;REVB=0.0290781;RO=4;SAF=60;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815664;STB=0.504259;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0013437;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:106:4:4:99:102:0.962264:39:60:2:2:40:62:2:2 chr9 137742124 . G T 32.28 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0593379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.272;QD=2.63519;RBI=0.0702894;REFB=-0.00547094;REVB=-0.0376777;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112417;STB=0.571196;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0657341;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:3:3:17:25:3:3:18:25 chr9 137742202 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.104826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0549;QD=5.37716;RBI=0.105121;REFB=-0.00508689;REVB=-0.00786514;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326205;STB=0.717411;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0184263;OID=.;OPOS=137742202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:7:17:3:4:7:18 chr9 137775139 . A G 407.3 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0159844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2608;QD=13.9249;RBI=0.0703594;REFB=-0.0219835;REVB=-0.0685196;RO=66;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298487;STB=0.510333;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0319625;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:66:69:48:48:0.410256:27:21:27:39:27:21:29:40 chr9 137775155 . T C 388.59 PASS AF=0.412844;AO=43;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00200008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.795;QD=14.2602;RBI=0.0100435;REFB=0.00187941;REVB=-0.00984233;RO=63;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363888;STB=0.523603;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00498055;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:63:64:43:45:0.412844:24:19:30:33:25:20:31:33 chr9 137775212 . G A 551.0 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0134606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6207;QD=29.7838;RBI=0.0646227;REFB=0.00150753;REVB=0.0632053;RO=24;SAF=24;SAR=25;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444251;STB=0.530374;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000336747;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:25:49:49:0.662162:25:24:10:14:25:24:10:15 chr9 137968919 . G A,GAA 1485.55 PASS AF=0.039604,0.960396;AO=6,89;DP=102;FAO=4,97;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=2,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113456,0.0125525;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=33.1118,256.306;QD=58.8338;RBI=0.0798787,0.0304674;REFB=0,0;REVB=0.0790689,0.0277614;RO=3;SAF=4,36;SAR=2,53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236104,-0.0378632;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0152836,0.00089767;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:102:101:3:0:6,89:4,97:0.039604,0.960396:2,53:4,36:3:0:2,56:2,41:0:0 chr9 137978552 . A G 317.86 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0171565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.158;QD=15.5052;RBI=0.0200564;REFB=-0.0137114;REVB=-0.0103882;RO=47;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197806;STB=0.611587;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0297087;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:14:21:19:28:14:21:19:28 chr9 137982127 . T C 606.36 PASS AF=0.604396;AO=49;DP=86;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0162406;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.018;QD=26.6531;RBI=0.0301401;REFB=-0.023113;REVB=0.0253903;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11405;STB=0.561731;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.019312;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:37:36:49:55:0.604396:27:22:22:15:30:25:22:14 chr9 138236031 . A G 1562.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.366;QD=59.5203;RBI=0.0195756;REFB=0;REVB=0.0110501;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28751e-05;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:54:50:0:0:54:51:0:0 chr9 138236212 . T G 1700.62 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.502;QD=60.1988;RBI=0.0230572;REFB=0;REVB=0.0203383;RO=0;SAF=39;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74667e-06;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:108:113:1:69:39:0:0:72:41:0:0 chr9 138376649 . T C 1087.39 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00848102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1176;QD=57.9941;RBI=0.0447317;REFB=0.0224213;REVB=0.0439203;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000154911;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:47:26:0:1:48:26:0:1 chr9 138376972 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.549;QD=45.8068;RBI=0.119405;REFB=0;REVB=-0.116759;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000540163;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr9 138377657 . T C 1558.62 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000360688;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.061;QD=59.9471;RBI=0.0393615;REFB=0;REVB=0.0393599;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177991;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:46:57:0:0:47:57:0:0 chr9 138377853 . A G 1487.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.051;QD=62.6218;RBI=0.0327922;REFB=0;REVB=0.0289639;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4035e-05;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:95:0:0:89:95:1:49:40:0:0:55:40:0:0 chr9 138377915 . G A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0609;QD=63.8687;RBI=0.0704516;REFB=0;REVB=0.0702018;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875452;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr9 138378856 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3041;QD=59.6783;RBI=0.0358434;REFB=0;REVB=-0.0152766;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010744;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr9 138379002 . T G 598.59 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177731;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.32;QD=61.3941;RBI=0.0361252;REFB=0;REVB=0.0314507;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185441;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr9 138379059 . G T 893.18 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00357668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2333;QD=54.965;RBI=0.0496589;REFB=-0.0637736;REVB=0.0495299;RO=2;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362762;STB=0.518513;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00791597;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:25:37:0:2:26:37:0:2 chr9 138380334 . T C 651.04 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00369943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.922;QD=59.1855;RBI=0.030159;REFB=-0.0465571;REVB=0.0299312;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00175051;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:20:21:1:0:21:22:1:0 chr9 138391299 . T A 225.72 PASS AF=0.512195;AO=15;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.02112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3268;QD=22.0215;RBI=0.0436272;REFB=-0.00440822;REVB=0.0381743;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143553;STB=0.643226;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0297095;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:15:21:0.512195:6:9:14:5:12:9:14:5 chr9 138440525 . C G 1078.86 PASS AF=0.9375;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0419235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.115;QD=53.943;RBI=0.0689614;REFB=-0.017271;REVB=0.0547549;RO=4;SAF=32;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555414;STB=0.522698;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00173746;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:4:5:74:75:0.9375:42:32:4:0:42:33:4:1 chr9 138440527 . T C 1148.7 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00863206;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.852;QD=58.1618;RBI=0.0147331;REFB=-0.0164452;REVB=0.0119395;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286516;STB=0.514282;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=9.14334e-05;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:79:2:2:75:77:0.974684:43:32:2:0:43:34:2:0 chr9 138440641 . T C 867.61 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.211;QD=57.8405;RBI=0.038757;REFB=0;REVB=0.0120819;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116003;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:38:20:0:0:38:22:0:0 chr9 138456155 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0170171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.177;QD=19.0583;RBI=0.0174659;REFB=-0.0223213;REVB=-0.00393395;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308996;STB=0.677214;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0209416;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:10:10:15:4:10:10 chr9 138457209 . C G 859.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.616;QD=57.2802;RBI=0.0739172;REFB=0;REVB=0.0691955;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362445;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr9 138457475 . CT C 334.28 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.566;QD=49.5226;RBI=0.161286;REFB=0;REVB=-0.00391921;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.41456e-05;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:27:27:0:13:14:0:0:3:1:10:13:1:0 chr9 138458462 . C T 2558.6 PASS AF=0.988372;AO=164;DP=166;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0626513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.145;QD=59.5024;RBI=0.062694;REFB=-0.053893;REVB=0.00231268;RO=2;SAF=45;SAR=119;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647408;STB=0.503114;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00209176;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:172:2:2:164:170:0.988372:119:45:1:1:122:48:1:1 chr9 138458570 . C T 3371.05 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454045;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.179;QD=61.2917;RBI=0.0705904;REFB=0.0399628;REVB=0.0704442;RO=1;SAF=121;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252593;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:220:1:0:218:220:1:97:121:1:0:97:123:0:0 chr9 138515991 . A G 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0315649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5745;QD=26.7401;RBI=0.0377272;REFB=0.00177595;REVB=0.020664;RO=25;SAF=28;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163518;STB=0.58943;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00020935;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:14:28:11:14:14:28:11:14 chr9 138516190 . T C 252.61 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0500748;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7103;QD=14.8592;RBI=0.0607728;REFB=-0.00913991;REVB=-0.0344362;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251751;STB=0.65047;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0129821;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:9:20:17:21:9:20:17:22 chr9 138518010 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.777;QD=61.055;RBI=0.0205393;REFB=0;REVB=0.0129432;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6172e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr9 138523332 . C A 1374.89 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000107477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.097;QD=62.4952;RBI=0.0220374;REFB=0;REVB=0.0220371;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10533e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:43:45:0:0 chr9 138557934 . C A 444.73 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0127656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9419;QD=20.4475;RBI=0.0169191;REFB=-0.0072165;REVB=0.0111038;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11571;STB=0.563953;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0118356;OID=.;OPOS=138557934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:23:21:15:28:23:21:15:28 chr9 138586198 . G A 458.89 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00743555;FXX=0.0540395;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.616;QD=52.4441;RBI=0.00822429;REFB=-0.0768773;REVB=-0.00351448;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145609;STB=0.506325;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000375156;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:12:20:1:1:13:20:1:1 chr9 138586966 . GC AA 1494.75 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244648;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=2;MLLD=164.83;QD=63.6063;RBI=0.0311459;REFB=0;REVB=0.0192753;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.57891e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:37:56:0:0:37:57:0:0 chr9 138644203 . T C 549.57 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00215717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.956;QD=56.3663;RBI=0.0433456;REFB=-0.105431;REVB=0.0432919;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00211635;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:37:38:0.974359:13:24:0:0:14:24:0:1 chr9 138669261 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0205425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4099;QD=17.0888;RBI=0.0262659;REFB=-0.0325896;REVB=-0.0163677;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.60358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0281754;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:8:20:13:12:8:20 chr9 138702620 . C A 207.53 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00264348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.39;QD=15.0934;RBI=0.00274119;REFB=-0.0130535;REVB=-0.00072538;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120773;STB=0.568571;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0157386;OID=.;OPOS=138702620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:13:18:11:13:13:18 chr9 138712896 . C T 530.02 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00669352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.476;QD=22.554;RBI=0.0133795;REFB=-0.00599702;REVB=-0.0115848;RO=44;SAF=21;SAR=29;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182761;STB=0.600552;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00821014;OID=.;OPOS=138712896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:29:21:28:16:29:21:28:16 chr9 138838140 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.286;QD=61.3363;RBI=0.0183012;REFB=0;REVB=0.00180888;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08231e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:21:18:0:1:22:18:0:0 chr9 138898893 . C G 1592.25 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118777;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.626;QD=60.0851;RBI=0.0119052;REFB=0;REVB=0.00080855;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90515e-06;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chr9 138903671 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00619838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.696;QD=12.2126;RBI=0.0305739;REFB=-0.0180376;REVB=-0.029939;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315021;STB=0.681582;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0303465;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:4:18:7:6:4:18 chr9 138905136 . C T 583.44 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00187873;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3565;QD=17.5471;RBI=0.0201529;REFB=-0.00767743;REVB=0.0200652;RO=71;SAF=37;SAR=24;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278212;STB=0.518474;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00956152;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:71:72:61:61:0.458647:24:37:45:26:24:37:46:26 chr9 139006673 . G GA 75.11 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0611797;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1277;QD=6.98737;RBI=0.0631834;REFB=0.0472759;REVB=0.0157859;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.521445;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=-0.0841402;OID=.;OPOS=139006674;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:15:44:16:43:27:6:10:11:16:75:27:6:9:11:16 chr9 139100733 . G A 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0120083;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9494;QD=6.97342;RBI=0.0389273;REFB=0.00774564;REVB=0.0370289;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177312;STB=0.60839;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0187098;OID=.;OPOS=139100733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:17:19:7:7:0.269231:4:3:10:7:4:3:11:8 chr9 139100805 . T C 1219.21 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037257;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.114;QD=61.7321;RBI=0.0703645;REFB=0;REVB=0.0596916;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19776e-05;OID=.;OPOS=139100805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr9 139110654 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0083209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.557;QD=12.8607;RBI=0.02313;REFB=-0.0160102;REVB=0.0215815;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0154516;OID=.;OPOS=139110654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:2:6:3:4:2:6 chr9 139142808 . T C 637.77 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0428266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5204;QD=55.4586;RBI=0.0938195;REFB=-0.0529216;REVB=0.0834744;RO=3;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217931;STB=0.511622;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00742727;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:21:22:1:2:21:22:1:2 chr9 139235481 . TC GT,T 220.29 PASS AF=0.0338983,0.440678;AO=3,23;DP=57;FAO=2,26;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=2,9;FSAR=0,17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0334201,-0.100891;FXX=0.0166639;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=53.4922,23.6912;QD=14.9351;RBI=0.0381825,0.104058;REFB=0.00969864,0.0110969;REVB=-0.0184661,-0.0254774;RO=31;SAF=3,6;SAR=0,17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0.306569;SSEP=0,0;SSSB=0.645896,-0.0375331;STB=0.996681,0.534221;STBP=0.041,0.689;TYPE=mnp,del;VARB=0.00619116,-0.00654504;OID=.,.;OPOS=139235481,139235482;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:59:31:31:3,23:2,26:0.0338983,0.440678:0,17:3,6:9:22:0,17:2,9:9:22 chr9 139235526 . C A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00901741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.96;QD=21.8717;RBI=0.0266005;REFB=-0.0346219;REVB=0.0250254;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387028;STB=0.521466;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0230648;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:8:15:17:11:8:15 chr9 139243226 . C T 194.8 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.024585;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.457;QD=23.6119;RBI=0.055396;REFB=-0.0290959;REVB=0.0496416;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039106;STB=0.503265;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0236098;OID=.;OPOS=139243226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:11:14:19:19:0.575758:11:8:4:7:11:8:6:8 chr9 139252495 . G A 2450.28 PASS AF=1;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139504;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.005;QD=61.6423;RBI=0.0216925;REFB=0;REVB=0.0166117;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51252e-05;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:163:159:0:0:159:159:1:76:83:0:0:76:83:0:0 chr9 139256495 . G T 906.98 PASS AF=0.529762;AO=91;DP=170;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00689663;FXX=0.011764;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.422;QD=21.5946;RBI=0.00746786;REFB=-0.0132736;REVB=0.00286451;RO=74;SAF=47;SAR=44;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689996;STB=0.545845;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.01151;OID=.;OPOS=139256495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:74:79:91:89:0.529762:44:47:32:42:42:47:34:45 chr9 139261991 . A G 64.64 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0623068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.155;QD=10.3419;RBI=0.0897439;REFB=-0.026732;REVB=-0.0645897;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18252;STB=0.610858;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0442888;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:8:8:3:6:8:8 chr9 139265088 . C T 283.08 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00841368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.081;QD=14.8992;RBI=0.00942691;REFB=-0.00819619;REVB=0.00425165;RO=44;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123974;STB=0.570565;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0110552;OID=.;OPOS=139265088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:23:9:17:27:23:9:17:27 chr9 139265870 . G A 332.83 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0327705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=19.0186;RBI=0.0354487;REFB=-0.0032751;REVB=0.0135168;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519083;STB=0.528909;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00326036;OID=.;OPOS=139265870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:20:15:17:18:20:15:17:18 chr9 139266405 . G A 476.81 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00865933;FXX=0.0275204;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.733;QD=17.9928;RBI=0.0103103;REFB=-0.00430747;REVB=-0.00559618;RO=54;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421315;STB=0.501866;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00521473;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:54:55:50:51:0.481132:22:28:30:24:23:28:30:25 chr9 139266496 . C T 387.53 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0132114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.329;QD=18.4539;RBI=0.0268319;REFB=-0.0302856;REVB=0.023354;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884177;STB=0.535697;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0407074;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:44:39:40:0.47619:20:19:25:18:20:20:25:19 chr9 139270876 . G A 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00562173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.89;QD=21.3782;RBI=0.0306047;REFB=-0.0120478;REVB=0.0300839;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968126;STB=0.554407;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0118182;OID=.;OPOS=139270876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:11:11:9:14:11:11 chr9 139272058 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.017545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.167;QD=20.5624;RBI=0.0247292;REFB=-0.0146645;REVB=-0.0174271;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750427;STB=0.541638;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00929924;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:9:16:16:13:9:16 chr9 139272119 . C T 112.57 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.031473;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9625;QD=13.6453;RBI=0.0374514;REFB=-0.0250757;REVB=-0.0202991;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262508;STB=0.657272;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0470086;OID=.;OPOS=139272119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:19:13:14:0.424242:11:2:6:12:12:2:6:13 chr9 139273402 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.581;QD=58.6483;RBI=0.0552565;REFB=-0.0684733;REVB=0.0527351;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000277914;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr9 139275204 . A C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00516572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160;QD=14.0961;RBI=0.0737424;REFB=0.000605047;REVB=-0.0735613;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500944;STB=0.77195;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00170642;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:8:3:11:2:8:3:11:3 chr9 139275294 . G C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0132338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.404;QD=20.4849;RBI=0.0140776;REFB=-0.0100766;REVB=-0.00480073;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566781;STB=0.824499;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0206098;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:9:2:12:2:9:2 chr9 139279173 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0129111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.004;QD=9.33496;RBI=0.0217907;REFB=-0.00820614;REVB=-0.0175538;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214295;STB=0.630788;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0180047;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:16:15:4:9:16:15 chr9 139289825 . A G 167.66 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00424588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.167;QD=14.5791;RBI=0.0231697;REFB=-0.0173733;REVB=-0.0227773;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226781;STB=0.631434;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.026198;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:17:18:0.391304:10:7:17:10:11:7:17:11 chr9 139301960 . G A 421.46 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.016802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.011;QD=17.2025;RBI=0.0173661;REFB=-0.017103;REVB=0.00439054;RO=51;SAF=31;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186972;STB=0.580607;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0279251;OID=.;OPOS=139301960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:54:43:44:0.44898:12:31:28:23:13:31:31:23 chr9 139343719 . C T 558.02 PASS AF=1;AO=28;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188459;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.502;QD=60.3265;RBI=0.188502;REFB=0;REVB=-0.00401111;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448576;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:28:37:1:22:6:0:0:24:13:0:0 chr9 139391636 . G A 2507.7 PASS AF=0.976608;AO=166;DP=171;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00502659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.085;QD=58.6597;RBI=0.0146184;REFB=-0.141764;REVB=0.013727;RO=2;SAF=100;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142001;STB=0.502403;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000375793;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:171:171:2:4:166:167:0.976608:66:100:0:2:67:100:2:2 chr9 139397707 . G A 718.99 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0426525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.344;QD=52.2903;RBI=0.053251;REFB=-0.12139;REVB=0.0318816;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.516123;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0018941;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:55:1:2:51:53:0.963636:22:29:1:0:23:30:2:0 chr9 139407932 . A G 779.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6041;QD=63.5949;RBI=0.0367979;REFB=0;REVB=-0.0351972;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226679;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr9 139418260 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.689;QD=56.7063;RBI=0.0241926;REFB=0;REVB=-0.0239796;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193035;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 139510820 . G A 703.47 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0280314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.016;QD=57.4258;RBI=0.036179;REFB=-0.184252;REVB=0.0228728;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000773697;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:46:47:0.959184:24:22:1:0:25:22:1:1 chr9 139510938 . T C 220.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2412;QD=48.9627;RBI=0.0179882;REFB=0;REVB=0.00361147;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344607;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:14:4:0:0 chr9 139568300 . G A 1392.34 PASS AF=0.511111;AO=137;DP=269;FAO=138;FDP=270;FR=.;FRO=132;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=0.059268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4262;QD=20.6273;RBI=0.0843848;REFB=0.0104883;REVB=0.0600675;RO=132;SAF=68;SAR=69;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372077;STB=0.518516;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00957352;OID=.;OPOS=139568300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:132:132:137:138:0.511111:69:68:71:61:69:69:71:61 chr9 139616742 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.275;QD=60.9786;RBI=0.0288978;REFB=0;REVB=-0.0113258;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54204e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 139649580 . G A 716.54 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0494832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8284;QD=50.2832;RBI=0.0510829;REFB=-0.0448431;REVB=0.0126835;RO=3;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065576;STB=0.533321;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0218579;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:57:3:3:53:54:0.947368:20:33:0:3:21:33:0:3 chr9 139650060 . C A 853.22 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136881;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.9912;QD=54.1729;RBI=0.0136899;REFB=-0.0360151;REVB=0.000220656;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00132696;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:1:1:28:33:1:1 chr9 139652338 . C G 1538.83 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000521635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.494;QD=59.7604;RBI=0.00870541;REFB=0;REVB=-0.00868977;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31441e-05;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr9 139656670 . T C 2085.71 PASS AF=0.951389;AO=137;DP=148;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=53;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-3.77456e-05;FXX=0.0270252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.137;QD=57.9364;RBI=0.0408548;REFB=0.00239085;REVB=0.0408548;RO=5;SAF=84;SAR=53;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149664;STB=0.502135;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000340511;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:148:144:5:7:137:137:0.951389:53:84:2:3:53:84:4:3 chr9 139656706 . A C 2700.61 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384478;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.225;QD=61.7283;RBI=0.00447064;REFB=0;REVB=-0.0022813;RO=0;SAF=91;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323501;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:175:0:0:169:175:1:78:91:0:0:80:95:0:0 chr9 139657834 . G C 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0083794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.887;QD=56.1362;RBI=0.0146015;REFB=-0.0314264;REVB=0.0119578;RO=2;SAF=48;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.510201;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0013505;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:20:48:2:0:20:48:2:0 chr9 139690840 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0004931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.533;QD=18.6414;RBI=0.00732717;REFB=-0.0078213;REVB=0.00731056;RO=26;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714957;STB=0.540304;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00485528;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:7:18:17:9:7:18:17:9 chr9 139700605 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6018;QD=57.7076;RBI=0.0222918;REFB=0;REVB=0.0222257;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164056;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr9 139701108 . A C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8802;QD=56.19;RBI=0.0672835;REFB=0;REVB=-0.00130067;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118905;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 139726239 . A G 949.63 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0542;QD=56.6944;RBI=0.0150591;REFB=-0.0756325;REVB=-0.0136671;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462613;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:1:0:65:67:1:35:30:1:0:35:32:0:0 chr9 139731969 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.785;QD=33.4285;RBI=0.0242383;REFB=0;REVB=0.0242383;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293007;OID=.;OPOS=139731969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr9 139732331 . G C 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6285;QD=63.335;RBI=0.0422944;REFB=0;REVB=0.0042807;RO=0;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025115;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:30:63:0:0:30:63:0:0 chr9 139739643 . T C 424.11 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.98;QD=56.548;RBI=0.0621609;REFB=0;REVB=0.0349203;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157023;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:13:14:0:0:14:16:0:0 chr9 139749067 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0912125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.822;QD=56.9557;RBI=0.0967668;REFB=0;REVB=0.0323123;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815048;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr9 139752899 . T G 522.35 PASS AF=1;AO=15;DP=28;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4537;QD=59.6973;RBI=0.177379;REFB=0;REVB=0.0203278;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424006;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:35:0:0:15:35:1:13:2:0:0:16:19:0:0 chr9 139795049 . A G 318.15 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0556989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3002;QD=18.1802;RBI=0.0741258;REFB=-0.0414277;REVB=-0.0489109;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271198;STB=0.515143;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0445165;OID=.;OPOS=139795049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:18:16:18:18:18:16:18:18 chr9 139839904 . T G 345.53 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437248;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8084;QD=55.2853;RBI=0.0441484;REFB=0;REVB=-0.00610043;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44703e-05;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 139840543 . A C,G 283.1 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232444,0.0705924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=11.991,49.2959;QD=51.4721;RBI=0.0530079,0.0732538;REFB=0,0;REVB=-0.0476396,0.0195659;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193246,-6.42312e-05;OID=.,.;OPOS=139840543,139840543;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:22:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:2,11:0,9:0:0:2,11:0,9:0:0 chr9 139848688 . C T 2141.52 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218791;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.721;QD=62.9858;RBI=0.0294471;REFB=0;REVB=0.0197088;RO=0;SAF=76;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44147e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:59:76:0:0:61:75:0:0 chr9 139849843 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0271804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.109;QD=11.0926;RBI=0.0440453;REFB=-0.0582863;REVB=0.0346585;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0289747;OID=.;OPOS=139849843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr9 139872048 . A G 1952.19 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.168;QD=61.9743;RBI=0.0296611;REFB=0;REVB=-0.0250549;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53036e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr9 139878317 . C T 501.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.712;QD=58.9909;RBI=0.0321459;REFB=0;REVB=0.0244837;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040468;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr9 139878828 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.866;QD=53.9078;RBI=0.0412757;REFB=0;REVB=0.0180278;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80859e-05;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr9 139902214 . A G 1589.99 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205652;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4466;QD=64.242;RBI=0.0478448;REFB=0;REVB=-0.0478006;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352636;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr9 139904037 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00157144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.162;QD=48.6259;RBI=0.0201986;REFB=0.0305617;REVB=-0.0201374;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00134366;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr9 139906359 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000770939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.911;QD=64.1529;RBI=0.0373687;REFB=0;REVB=0.0373607;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116571;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr9 139912484 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.589;QD=42.1822;RBI=0.0300317;REFB=0;REVB=-0.0137598;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198163;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr9 139913239 . T G 1874.74 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.448;QD=61.4669;RBI=0.0430557;REFB=0;REVB=0.0366135;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04601e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:57:64:0:0:58:64:0:0 chr9 139923265 . A G 955.69 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.697;QD=58.8119;RBI=0.0416705;REFB=0;REVB=0.0411653;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19177e-05;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:18:46:0:0:19:46:0:0 chr9 139926402 . T C 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0004;QD=55.5156;RBI=0.0260913;REFB=-0.12156;REVB=0.0149586;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00481119;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr9 139935631 . GGC G,GG 200.03 PASS AF=0,1;AO=4,12;DP=25;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478846,0.23195;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=6.63089,12.7069;QD=33.3387;RBI=0.160965,0.234324;REFB=0,0;REVB=-0.153678,0.033267;RO=5;SAF=0,8;SAR=4,4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.766476,-0.0810328;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0180833;OID=.,.;OPOS=139935632,139935633;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,12:25:0,24:24:0:0,14:0,10:0:0:4:5:0,8:4,4:4:1 chr9 139937558 . C T 217.73 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0256304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7515;QD=16.7483;RBI=0.0265202;REFB=-0.0162245;REVB=0.00681232;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466582;STB=0.526294;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0238138;OID=.;OPOS=139937558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:6:22:18:6:6:22 chr9 139937795 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.508;QD=62.4651;RBI=0.0675645;REFB=0;REVB=0.0308393;RO=0;SAF=23;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07855e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:64:23:0:0:64:23:0:0 chr9 139937799 . G A 1281.84 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0376046;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.663;QD=59.6205;RBI=0.0414411;REFB=-0.0133251;REVB=-0.0174142;RO=1;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757999;STB=0.507935;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000389043;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:1:2:84:84:0.976744:62:22:0:1:62:22:0:2 chr9 139943112 . A G 948.54 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0013978;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.528;QD=53.439;RBI=0.00830488;REFB=-0.181147;REVB=0.00818641;RO=4;SAF=37;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483922;STB=0.525633;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00141121;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:71:4:4:67:67:0.943662:30:37:4:0:30:37:4:0 chr9 139943549 . G A 517.85 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.09;QD=54.51;RBI=0.0511586;REFB=0.0184069;REVB=0.030285;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=7.28417e-06;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:21:15:1:0:21:15:2:0 chr9 139944736 . C G 850.91 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.125;QD=57.6887;RBI=0.042367;REFB=0;REVB=-0.037836;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108707;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr9 139945363 . G A 441.04 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7511;QD=55.1305;RBI=0.117404;REFB=-0.0846459;REVB=0.116113;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0074206;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:18:14:0:0 chr9 139973820 . C T 316.4 PASS AF=0.289655;AO=42;DP=144;FAO=42;FDP=145;FR=.;FRO=103;FSAF=1;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=98;FWDB=0.0620645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1555;QD=8.72826;RBI=0.100852;REFB=-0.010479;REVB=-0.0794929;RO=101;SAF=1;SAR=41;SRF=5;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23335;STB=0.638878;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0343622;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:101:103:42:42:0.289655:41:1:5:96:41:1:5:98 chr9 139981627 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.966;QD=62.0195;RBI=0.0124693;REFB=0;REVB=0.00610642;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08784e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr9 139996641 . C A 31.72 PASS AF=0.625;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0791094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4471;QD=15.8578;RBI=0.0958709;REFB=-0.144467;REVB=0.0541566;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705357;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0557117;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:3:3:4:5:0.625:0:4:2:1:1:4:2:1 chr9 140002989 . T C 267.77 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0464462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7958;QD=16.2286;RBI=0.058547;REFB=-0.0203615;REVB=0.0356441;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11865;STB=0.566622;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.020316;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:36:30:30:0.454545:17:13:19:15:17:13:20:16 chr9 140003427 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.104;QD=63.2836;RBI=0.0198678;REFB=0;REVB=0.0139177;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34132e-07;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 140006202 . G A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0236834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.192;QD=25.2864;RBI=0.0589573;REFB=0.00900191;REVB=0.0539914;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151559;STB=0.585252;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00139036;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:4:5:12:4:4:5 chr9 140006425 . C G 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0942212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6487;QD=14.136;RBI=0.0953566;REFB=-0.00677004;REVB=-0.0146707;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00268837;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:10:9:8:6:10:10 chr9 140008750 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.069779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4814;QD=10.0333;RBI=0.130263;REFB=0.00772872;REVB=0.109997;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369772;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00623393;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:3:2:5:1:3:2:5:2 chr9 140108868 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0166287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.583;QD=22.5999;RBI=0.025609;REFB=-0.0117155;REVB=0.0194757;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02356;STB=0.513173;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0123952;OID=.;OPOS=140108868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:11:9:11:12:11:9 chr9 140109141 . C T 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0561241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.503;QD=32.9743;RBI=0.0573091;REFB=-0.00999123;REVB=0.0115936;RO=5;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210576;STB=0.511614;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0023002;OID=.;OPOS=140109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:11:6:2:3:11:6:2:3 chr9 140120396 . C T 36.12 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0126066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.122;QD=6.56759;RBI=0.0147068;REFB=-0.00816436;REVB=0.00757372;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416902;STB=0.774851;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0633623;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:8:8:5:1:8:8 chr9 140123132 . C G 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.042338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7;QD=16.8926;RBI=0.0744046;REFB=-0.0257127;REVB=-0.0611844;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0153388;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:5:4:4:6:5:4 chr9 140128085 . T C 159.35 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0257174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2849;QD=12.0262;RBI=0.0475364;REFB=-0.0126566;REVB=0.0399791;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733497;STB=0.535474;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.021965;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:33:19:20:0.377358:9:10:19:13:9:11:20:13 chr9 140130606 . A T 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5723;QD=63.0468;RBI=0.0136944;REFB=0;REVB=0.0118047;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41033e-05;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:34:57:0:0:34:57:0:0 chr9 140139184 . A G 185.49 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00444098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.665;QD=13.7402;RBI=0.00496686;REFB=-0.00530176;REVB=-0.00222427;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079195;STB=0.545413;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0146977;OID=.;OPOS=140139184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:12:10:17:15:12:10:17:15 chr9 140139757 . G A 365.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000233812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.074;QD=54.2137;RBI=0.091418;REFB=0;REVB=0.0914177;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79164e-05;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:6:21:0:0 chr9 140147152 . C G 152.81 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00474409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8996;QD=10.36;RBI=0.0350633;REFB=-0.00621315;REVB=0.0347409;RO=40;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383523;STB=0.510628;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0127957;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:39:19:20:0.338983:7:12:24:16:8:12:24:15 chr9 140167022 . G A 330.08 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0200981;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.715;QD=17.6041;RBI=0.0234299;REFB=-0.00802644;REVB=0.0120427;RO=40;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714945;STB=0.545254;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00690777;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:34:35:0.466667:25:9:13:27:26:9:13:27 chr9 140175422 . C T 208.84 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0855611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7622;QD=25.3142;RBI=0.0855873;REFB=0.00778109;REVB=-0.00211979;RO=13;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177849;STB=0.599891;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00220429;OID=.;OPOS=140175422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:16:4:5:8:16:4:5:8 chr9 140176294 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00715516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.492;QD=15.8821;RBI=0.0237642;REFB=0.00468103;REVB=-0.0226614;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00456405;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr9 140177040 . A T 1189.8 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5414;QD=61.0153;RBI=0.0792421;REFB=0;REVB=-0.0406642;RO=2;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000977596;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:2:0:76:78:1:39:37:1:1:40:38:0:0 chr9 140201604 . C T 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0139204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.404;QD=12.4665;RBI=0.0184867;REFB=-0.021942;REVB=-0.0121648;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163518;STB=0.594086;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0269136;OID=.;OPOS=140201604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:10:23:11:9:10:23 chr9 140243844 . C T 959.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042522;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.67;QD=59.0502;RBI=0.0433417;REFB=0;REVB=0.00838946;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038469;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr9 140247143 . T G 896.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175585;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0661;QD=57.8117;RBI=0.0278601;REFB=0;REVB=0.0216306;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487857;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr9 140250818 . C G,T 1094.1 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=5,69;DP=74;FAO=4,70;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484534,-0.0087707;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.2954,144.586;QD=59.1406;RBI=0.0502216,0.0154027;REFB=0,0;REVB=-0.013209,0.0126616;RO=0;SAF=3,33;SAR=2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.36169e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.121576,0.00136063;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:74:74:0:0:5,69:4,70:0.0540541,0.945946:2,36:3,33:0:0:1,37:3,33:0:0 chr9 140262426 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.206;QD=56.1906;RBI=0.0520784;REFB=0;REVB=0.0335158;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517831;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr9 140330976 . T C 739.02 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.081;QD=54.7424;RBI=0.0783324;REFB=-0.0903459;REVB=-0.0729396;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000603049;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr9 140332478 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.126;QD=64.4153;RBI=0.0246206;REFB=0;REVB=0.0171639;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101944;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr9 140356422 . G C 1091.89 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00560501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.286;QD=57.468;RBI=0.0321047;REFB=-0.132323;REVB=0.0316116;RO=1;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141198;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00224644;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:1:2:74:74:0.973684:33:41:0:1:33:41:1:1 chr9 140357972 . A G 972.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.21;QD=58.9565;RBI=0.0544432;REFB=0;REVB=-0.0110011;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259654;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr9 140374861 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.384;QD=57.7117;RBI=0.00887006;REFB=0;REVB=-0.00808159;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57603e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr9 140392616 . G A 86.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.034795;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0607;QD=10.5348;RBI=0.0404737;REFB=0.000610963;REVB=0.0206745;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202168;STB=0.621998;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0012384;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:12:10:7:4:12:10 chr9 140414410 . C T 527.07 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00890533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.566;QD=21.9614;RBI=0.0141487;REFB=-0.0331629;REVB=0.0109946;RO=45;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249237;STB=0.519223;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0254414;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:27:23:22:23:27:23:23:23 chr9 140777306 . C G 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0912681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1652;QD=10.5059;RBI=0.0912759;REFB=0.00962027;REVB=-0.00118686;RO=56;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086201;STB=0.545421;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0181194;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:28:28:0.329412:18:10:24:32:18:10:24:33 chr9 140786516 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.031713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.468;QD=12.3948;RBI=0.0324666;REFB=-0.0159206;REVB=0.00695455;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319567;STB=0.681132;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0291644;OID=.;OPOS=140786516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:11:3:11:12:11:3:11:13 chr9 140786918 . T C 775.15 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0214983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.126;QD=53.4588;RBI=0.0402463;REFB=-0.0667134;REVB=0.0340233;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129193;STB=0.505346;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0015082;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:20:36:1:0:20:36:1:1 chr9 140878616 . G A 289.43 PASS AF=0.322034;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=118;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0103206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.791;QD=9.81131;RBI=0.0261459;REFB=-0.00881091;REVB=0.0240228;RO=80;SAF=17;SAR=21;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176647;STB=0.60233;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0209212;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:80:80:38:38:0.322034:21:17:48:32:21:17:48:32 chr9 140881314 . A C 748.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.24;QD=63.6946;RBI=0.0910364;REFB=0;REVB=0.0876527;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196421;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:22:25:0:0 chr9 140911670 . C T 758.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.975;QD=56.2098;RBI=0.00496015;REFB=0;REVB=0.00351891;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97809e-05;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:20:33:0:1:21:33:0:0 chr9 140952690 . G A 558.35 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0134632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4982;QD=23.0245;RBI=0.0135266;REFB=-0.00629162;REVB=-0.00130814;RO=44;SAF=22;SAR=30;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711221;STB=0.543194;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00269247;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:45:52:52:0.536082:30:22:15:29:30:22:15:30 chr9 141008876 . C T 273.42 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0349267;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.868;QD=23.2696;RBI=0.0372702;REFB=-0.0359738;REVB=0.0130075;RO=22;SAF=6;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357743;STB=0.700936;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0161979;OID=.;OPOS=141008876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:19:6:14:8:19:6:14:8 chr9 141016262 . T G 1552.83 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493792;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6532;QD=64.034;RBI=0.00684022;REFB=0;REVB=-0.00473345;RO=0;SAF=76;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235981;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:21:76:0:0:21:76:0:0 chr9 141069521 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00869091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.32;QD=18.8206;RBI=0.0192127;REFB=-0.0392023;REVB=0.0171347;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144193;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0365822;OID=.;OPOS=141069521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:4:6:9:3:4:6 chr9 141069563 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.968;QD=47.8186;RBI=0.0262134;REFB=0;REVB=-0.00362913;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186344;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr9 141069905 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0626582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.807;QD=14.6529;RBI=0.0642531;REFB=-0.0469143;REVB=0.014227;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439457;STB=0.749529;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0252887;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:0:8:4:4:0:8 chr9 141070125 . C T 216.42 PASS AF=0.513514;AO=14;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0246022;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.057;QD=23.3963;RBI=0.0254395;REFB=-0.024105;REVB=-0.00647292;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401854;STB=0.670414;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0254347;OID=.;OPOS=141070125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:16:14:19:0.513514:4:10:3:10:7:12:4:12 chr9 141070283 . T C 613.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.101;QD=61.3674;RBI=0.0369912;REFB=0;REVB=0.0175117;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185518;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr9 141070335 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.994;QD=45.8063;RBI=0.0375861;REFB=0;REVB=-0.023915;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529642;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 141070916 . G A 322.3 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.91;QD=53.7171;RBI=0.0713227;REFB=0;REVB=0.0612348;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273754;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:8:10:0:0:13:11:0:0 chr9 141070950 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000704051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1759;QD=12.781;RBI=0.0179465;REFB=-0.0209159;REVB=0.0179327;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455361;STB=0.771361;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0279461;OID=.;OPOS=141070950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:9:5:8:2:9:5 chr9 141071019 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0465;QD=28.5375;RBI=0.0473918;REFB=-0.0839726;REVB=0.0179216;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0256801;OID=.;OPOS=141071019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:1:0:1:6:1:0 chr9 141071438 . A G 1135.31 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.078301;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.741;QD=58.2212;RBI=0.0794197;REFB=-0.0956706;REVB=0.0132833;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.506327;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000267539;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:1:74:77:0.987179:38:36:1:0:38:39:1:0 chr9 141071475 . C G 1497.23 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358957;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3545;QD=59.8893;RBI=0.0611233;REFB=0;REVB=-0.0610178;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323296;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr9 141071552 . C T 265.38 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.129955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.35;QD=27.2186;RBI=0.131457;REFB=-0.00287294;REVB=0.0198137;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109758;STB=0.560489;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00317095;OID=.;OPOS=141071552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:4:11:14:10:4:11 chr9 141107536 . G GGCA 57.78 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=33;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0275909;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=155.883;QD=12.8405;RBI=0.062099;REFB=-0.0503857;REVB=0.055633;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421986;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=ins;VARB=0.0630528;OID=.;OPOS=141107537;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:33:8:18:10:6:2:6:4:57:26:5:1:13:13 chr10 93816 . C T 327.99 PASS AF=0.292208;AO=45;DP=154;FAO=45;FDP=154;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=69;FSRR=40;FWDB=0.0177236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.254;QD=8.51912;RBI=0.0278881;REFB=-0.0108655;REVB=-0.0215318;RO=108;SAF=25;SAR=20;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916766;STB=0.556189;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0205976;OID=.;OPOS=93816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:108:109:45:45:0.292208:20:25:68:40:20:25:69:40 chr10 93945 . G A 424.5 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0124252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1822;QD=29.7893;RBI=0.0466569;REFB=-0.0229327;REVB=-0.044972;RO=18;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865334;STB=0.547073;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0182175;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:25:14:9:9:25:14:9:9 chr10 94026 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0177083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.935;QD=16.6272;RBI=0.0206124;REFB=0.00260847;REVB=0.0105493;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00363693;OID=.;OPOS=94026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr10 94545 . C T 896.21 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0705298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.502;QD=55.1511;RBI=0.0735603;REFB=-0.150788;REVB=0.0208966;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0016162;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:1:2:63:63:0.969231:33:30:0:1:33:30:1:1 chr10 294953 . A G 272.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0135;QD=51.8954;RBI=0.0255038;REFB=0;REVB=-0.0165365;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108926;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr10 328070 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00939304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.369;QD=12.0244;RBI=0.0105858;REFB=-0.00390065;REVB=0.00488165;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374107;STB=0.719653;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00676001;OID=.;OPOS=328070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:14:6:8:4:14:6 chr10 370931 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0302758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.869;QD=12.3288;RBI=0.0322813;REFB=-0.00151266;REVB=-0.0112008;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106522;STB=0.562803;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00480556;OID=.;OPOS=370931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:6:11:6:5:6:11 chr10 445061 . C T 592.27 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2067;QD=59.2274;RBI=0.0702521;REFB=0;REVB=0.0696248;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008444;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:20:19:0:1:21:19:0:0 chr10 855723 . G A 318.97 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0277782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7756;QD=20.9163;RBI=0.0417678;REFB=-0.0299636;REVB=0.0311918;RO=28;SAF=8;SAR=24;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240769;STB=0.617374;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0129062;OID=.;OPOS=855723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:28:32:33:0.540984:24:8:14:14:24:9:14:14 chr10 1018585 . T G 347.43 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00457273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.074;QD=17.1572;RBI=0.0127043;REFB=-0.0170863;REVB=-0.0118528;RO=43;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168901;STB=0.600478;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0150271;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:15:22:18:25:15:22:18:26 chr10 1068639 . C T 338.08 PASS AF=0.411111;AO=35;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00951833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0509;QD=15.0259;RBI=0.0103614;REFB=-0.0101831;REVB=0.004094;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753584;STB=0.540519;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0126658;OID=.;OPOS=1068639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:53:35:37:0.411111:19:16:28:25:20:17:28:25 chr10 1081791 . G GCCTGGCCCA 134.13 PASS AF=0.263889;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0357895;FXX=0.0999875;HRUN=2;LEN=9;MLLD=226.204;QD=7.45151;RBI=0.0396571;REFB=-0.0113903;REVB=-0.0170821;RO=57;SAF=13;SAR=5;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104817;STB=0.598181;STBP=0.371;TYPE=ins;VARB=0.0311487;OID=.;OPOS=1081792;OREF=-;OALT=CCTGGCCCA;OMAPALT=GCCTGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263889:18:77:19:72:53:14:5:33:20:99:57:13:5:37:20 chr10 1081882 . T C 476.35 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00824298;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.466;QD=17.8074;RBI=0.014825;REFB=0.00647662;REVB=-0.012322;RO=56;SAF=28;SAR=23;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433121;STB=0.507019;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0085572;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:23:28:31:25:23:28:30:26 chr10 1089616 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.679;QD=57.7085;RBI=0.0330783;REFB=0;REVB=0.00817603;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15908e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr10 1142208 . T C 1306.13 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529055;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.964;QD=62.1965;RBI=0.0530399;REFB=0;REVB=0.00377259;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110888;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr10 1175894 . A G 369.26 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0270739;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7121;QD=15.548;RBI=0.0273094;REFB=-0.0159034;REVB=0.00357873;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114367;STB=0.569812;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0420835;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:52:55:40:40:0.421053:23:17:28:24:23:17:30:25 chr10 1175939 . C T 469.79 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.000602876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.982;QD=23.1993;RBI=0.0160366;REFB=-0.00421735;REVB=0.0160253;RO=34;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902936;STB=0.559974;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00349294;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:36:45:45:0.555556:24:21:12:22:24:21:12:24 chr10 1230968 . C T 3236.98 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.332;QD=61.9517;RBI=0.122092;REFB=0;REVB=0.0192903;RO=0;SAF=111;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158614;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:98:111:0:0:98:111:0:0 chr10 1405673 . G A 78.51 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00157188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.89;QD=14.9536;RBI=0.0219314;REFB=-0.0460417;REVB=0.021875;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370366;STB=0.615131;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0342338;OID=.;OPOS=1405673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:1:8:7:4:2:8:7:4 chr10 3143643 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.93;QD=60.2303;RBI=0.0386709;REFB=0;REVB=0.0353349;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277411;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr10 3155620 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0942;QD=62.3138;RBI=0.0184218;REFB=0;REVB=0.00525844;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37826e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr10 3172121 . C T 523.91 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0197587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.372;QD=29.516;RBI=0.0222991;REFB=-0.0258029;REVB=0.0103365;RO=24;SAF=29;SAR=18;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118931;STB=0.564311;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0110395;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:18:29:19:5:18:29:19:5 chr10 3178815 . G C 444.68 PASS AF=0.529412;AO=30;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00689832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.168;QD=20.926;RBI=0.0368274;REFB=-0.0419329;REVB=-0.0361755;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198552;STB=0.627851;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0276221;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:30:45:0.529412:14:16:13:26:18:27:13:27 chr10 3178816 . T C 65.26 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0284614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.5994;QD=2.83733;RBI=0.0285318;REFB=-0.0166609;REVB=-0.00200441;RO=75;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578885;STB=0.876778;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.012744;OID=.;OPOS=3178816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:88:92:75:79:13:13:0.141304:2:11:26:49:2:11:29:50 chr10 3178881 . C T 217.17 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0215572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.184;QD=11.137;RBI=0.0215955;REFB=-0.00293395;REVB=-0.00128558;RO=48;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776544;STB=0.541801;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00640186;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:51:27:27:0.346154:17:10:21:27:17:10:22:29 chr10 3179703 . C T 639.06 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0129659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8486;QD=25.8206;RBI=0.0395263;REFB=-0.026445;REVB=0.0373392;RO=42;SAF=31;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710601;STB=0.53883;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00664548;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:26:31:19:23:26:31:19:23 chr10 3179708 . A G 587.62 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00684257;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.931;QD=22.6008;RBI=0.0094001;REFB=-0.0255211;REVB=-0.00644524;RO=44;SAF=33;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728767;STB=0.549983;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0245571;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:44:46:58:58:0.557692:25:33:21:23:25:33:21:25 chr10 3180227 . T C 1320.76 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.881;QD=62.1534;RBI=0.0180762;REFB=0;REVB=-0.00767041;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175811;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:28:57:0:0:28:57:0:0 chr10 3180316 . T C 217.31 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0142218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.818;QD=15.5224;RBI=0.014225;REFB=-0.0252588;REVB=-0.00030339;RO=31;SAF=20;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416666;STB=0.705701;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0194419;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:4:20:15:16:5:20:15:16 chr10 3181003 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.849;QD=62.9827;RBI=0.0632308;REFB=0;REVB=0.0597927;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478053;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 3189380 . C T 542.57 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110466;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.344;QD=60.2858;RBI=0.0171363;REFB=0;REVB=-0.0131006;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87031e-05;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr10 3190265 . A G 651.78 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0661096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1001;QD=49.1907;RBI=0.117914;REFB=0.102818;REVB=0.0976382;RO=4;SAF=19;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166748;STB=0.503935;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00446233;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:53:53:4:3:49:50:0.943396:30:19:2:2:30:20:1:2 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T,TAAAAAAGAAACAG 119.1 PASS AF=0.4,0.0666667;AO=11,2;DP=32;FAO=12,2;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=5,2;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0143702,-0.0828809;FXX=0.0322477;HRUN=6,2;LEN=13,1;MLLD=296.757,37.3065;QD=15.8801;RBI=0.0251302,0.0985451;REFB=-0.00376586,-0.000428247;REVB=-0.0206161,0.0533095;RO=14;SAF=7,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.304348,0;SSSB=0.326299,-0.475704;STB=0.683625,0.992298;STBP=0.115,0.32;TYPE=del,snp;VARB=0.00663027,0.0304708;OID=.,.;OPOS=3193558,3193570;OREF=AAAAAAGAAACAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TAAAAAAGAAACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.0666667:11,2:32:12,2:30:16:7,0:5,2:4:12:99:14:7,0:4,2:4:10 chr10 3197856 . C G 220.51 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.019965;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.293;QD=16.0372;RBI=0.0229265;REFB=-0.0138337;REVB=0.0112704;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331864;STB=0.518782;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0184865;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:13:17:15:10:13:17 chr10 3200292 . G A 702.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.643;QD=62.4853;RBI=0.0101548;REFB=0;REVB=0.00937631;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336267;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr10 3202065 . T C 1364.68 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201264;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.851;QD=62.7437;RBI=0.0748079;REFB=0;REVB=0.0720496;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348105;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:84:87:1:46:38:0:0:49:38:0:0 chr10 3206027 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.065;QD=60.7161;RBI=0.0382872;REFB=0;REVB=0.0382391;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59594e-05;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr10 3208557 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.673;QD=56.1913;RBI=0.0627086;REFB=0;REVB=0.045017;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341362;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr10 3214369 . A G 599.05 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730915;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.06;QD=61.4405;RBI=0.0780515;REFB=0;REVB=0.02738;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172525;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr10 3821327 . A T 509.47 PASS AF=0.52;AO=47;DP=97;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00227536;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.383;QD=20.3787;RBI=0.0267536;REFB=-0.00740589;REVB=0.0266567;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767091;STB=0.529197;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00888374;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:47:48:47:52:0.52:25:22:26:21:27:25:26:22 chr10 4872887 . C A 388.54 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00807236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.399;QD=14.2585;RBI=0.0188636;REFB=-0.0198232;REVB=-0.0170492;RO=64;SAF=26;SAR=19;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049172;STB=0.527742;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0194956;OID=.;OPOS=4872887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:19:26:34:30:19:26:34:30 chr10 4872911 . C T 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0126053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.293;QD=16.2355;RBI=0.0240549;REFB=-0.019936;REVB=-0.0204877;RO=63;SAF=29;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188845;STB=0.510544;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0260797;OID=.;OPOS=4872911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:22:29:37:26:22:29:37:26 chr10 4875591 . A G 461.49 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0210128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9544;QD=14.6506;RBI=0.0499269;REFB=0.00508367;REVB=-0.0452897;RO=74;SAF=20;SAR=32;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806331;STB=0.545437;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00774159;OID=.;OPOS=4875591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:32:20:34:40:32:20:34:40 chr10 4875664 . G A 462.36 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0216431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2696;QD=19.0662;RBI=0.0422868;REFB=-0.0127229;REVB=0.0363284;RO=50;SAF=13;SAR=33;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185382;STB=0.599652;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0127767;OID=.;OPOS=4875664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:33:13:23:27:33:13:23:28 chr10 4881935 . A G 612.84 PASS AF=0.466667;AO=61;DP=132;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0269047;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9027;QD=18.1581;RBI=0.0277734;REFB=-0.0075793;REVB=0.00689195;RO=69;SAF=30;SAR=31;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563107;STB=0.517999;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.011846;OID=.;OPOS=4881935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:69:72:61:63:0.466667:31:30:38:31:31:32:39:33 chr10 4884642 . T C 417.94 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.000959858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.786;QD=12.9593;RBI=0.0160966;REFB=-0.00998932;REVB=0.016068;RO=79;SAF=27;SAR=22;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157692;STB=0.585262;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0158182;OID=.;OPOS=4884642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:79:80:49:49:0.379845:22:27:32:47:22:27:33:47 chr10 4889662 . T G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0121644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7691;QD=11.6171;RBI=0.0618584;REFB=0.00728632;REVB=0.0606505;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337898;STB=0.698328;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0100666;OID=.;OPOS=4889662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:14:5:19:15:14:5:19:15 chr10 4889726 . C CA 115.55 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00642033;FXX=0.0576812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.384;QD=9.43261;RBI=0.00642286;REFB=-0.00193957;REVB=0.000180314;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216577;STB=0.638701;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=0.0150222;OID=.;OPOS=4889727;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:15:53:15:49:34:5:10:18:16:99:37:5:10:19:18 chr10 5019959 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0129295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.298;QD=18.2489;RBI=0.0129377;REFB=-0.0126265;REVB=0.000461929;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336491;STB=0.708774;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.016469;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:9:4:8:3:9:4:9:3 chr10 5032239 . A AG 81.81 PASS AF=0.625;AO=7;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0652337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1542;QD=20.453;RBI=0.104742;REFB=-0.0451134;REVB=0.0819483;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=ins;VARB=0.0297879;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:7:17:10:16:6:7:3:5:1:35:10:5:2:8:2 chr10 5042784 . G A 497.14 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.014107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.406;QD=12.9128;RBI=0.0189727;REFB=-0.000336235;REVB=-0.012687;RO=94;SAF=36;SAR=23;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063902;STB=0.539986;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000521858;OID=.;OPOS=5042784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:94:95:59:59:0.383117:23:36:52:42:23:36:52:43 chr10 5046956 . A AT 179.86 PASS AF=1;AO=3;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398382;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.868;QD=37.8658;RBI=0.0471616;REFB=0;REVB=-0.0252415;RO=16;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.594791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000387068;OID=.;OPOS=5046957;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:19:19:19:0:12:7:0:0:4:16:3:0:9:7 chr10 5046957 . A T 173.24 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0366737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.595;QD=36.4718;RBI=0.0376175;REFB=-0.168226;REVB=0.0083737;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.571342;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00387984;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:7:9:3:0:7:9:3:0 chr10 5120157 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.324;QD=54.5177;RBI=0.0216895;REFB=0;REVB=0.02013;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02648e-05;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 5136651 . C G 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.041;QD=60.4464;RBI=0.00825075;REFB=0;REVB=0.00730514;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25296e-05;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr10 5139685 . G A 893.16 PASS AF=1;AO=51;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.717;QD=57.6229;RBI=0.0396928;REFB=0;REVB=0.0250246;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394675;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:51:62:1:27:24:0:0:32:30:0:0 chr10 5199934 . G C 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1677;QD=59.8233;RBI=0.103307;REFB=0;REVB=0.0597387;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241062;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr10 5202060 . C T 149.38 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480484;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3207;QD=45.9621;RBI=0.0592393;REFB=0;REVB=-0.0346504;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00401943;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr10 5202104 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2496;QD=39.2057;RBI=0.0936233;REFB=0;REVB=0.0774346;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187025;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr10 5244441 . A G 828.82 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.477;QD=55.2545;RBI=0.0224093;REFB=-0.0258634;REVB=0.00548726;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.506664;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00118477;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:55:59:0.983333:21:34:1:0:22:37:1:0 chr10 5255025 . A G 864.55 PASS AF=0.821429;AO=63;DP=78;FAO=69;FDP=84;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0391237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.885;QD=41.1692;RBI=0.0526886;REFB=-0.156618;REVB=0.0352906;RO=7;SAF=33;SAR=30;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898166;STB=0.557259;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00458658;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:78:84:7:15:63:69:0.821429:30:33:4:3:36:33:12:3 chr10 5435918 . G A 300.31 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0109184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4707;QD=19.0675;RBI=0.0629601;REFB=0.000163834;REVB=0.0620062;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706329;STB=0.539394;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000851512;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:17:14:12:20:17:14 chr10 5436260 . A G 348.14 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0174169;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.668;QD=17.4071;RBI=0.017774;REFB=-0.0147302;REVB=-0.00354508;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756977;STB=0.530359;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0226737;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:42:43:35:37:0.4625:21:14:20:22:21:16:21:22 chr10 5437365 . A G 336.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0118183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.738;QD=17.2635;RBI=0.0172775;REFB=-0.00767668;REVB=-0.0126032;RO=42;SAF=25;SAR=11;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448213;STB=0.502511;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0143779;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:11:25:29:13:11:25:29:13 chr10 5446794 . C T 258.05 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0357528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4127;QD=18.4319;RBI=0.0358238;REFB=-0.00443857;REVB=-0.0022553;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146869;STB=0.571016;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00366669;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:12:15:11:17:13:15:11:17 chr10 5471200 . C T 2191.5 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1376;QD=62.6144;RBI=0.00942136;REFB=0;REVB=0.00729323;RO=1;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121066;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:140:1:0:139:140:1:80:59:0:1:81:59:0:0 chr10 5495218 . T C 937.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.644;QD=58.5804;RBI=0.0505115;REFB=0;REVB=0.0504577;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51414e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr10 5499040 . A AT 338.47 PASS AF=0.435115;AO=55;DP=133;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.10749;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.001;QD=10.335;RBI=0.108105;REFB=-0.0085161;REVB=-0.0115125;RO=75;SAF=23;SAR=32;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00512751;STB=0.536798;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.00222233;OID=.;OPOS=5499041;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435115:55:133:57:131:74:26:31:29:45:99:75:23:32:31:44 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 2026.52 PASS AF=1,0,0;AO=74,68,16;DP=179;FAO=134,0,0;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73,0,0;FSAR=61,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041221,-0.0436209,-0.0464403;FXX=0.0359686;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=153.901,148.446,136.845;QD=60.493;RBI=0.157848,0.0928035,0.106516;REFB=0,0,0;REVB=0.152371,0.0819127,0.0958595;RO=10;SAF=27,51,14;SAR=47,17,2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0653171,0.187216,0.593856;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00123183,-0.106171,0.0276699;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:134:10:0:74,68,16:134,0,0:1,0,0:47,17,2:27,51,14:1:9:61,0,0:73,0,0:0:0 chr10 5541230 . T C 418.22 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0349184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.511;QD=17.4258;RBI=0.0350553;REFB=-0.0101604;REVB=-0.0030941;RO=53;SAF=22;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164505;STB=0.50921;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0200316;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:21:22:28:25:21:22:28:25 chr10 5541294 . C T 591.74 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00845006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.694;QD=22.9802;RBI=0.00857164;REFB=-0.0247996;REVB=0.00143856;RO=45;SAF=34;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692427;STB=0.503789;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0255151;OID=.;OPOS=5541294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:24:34:26:19:24:34:26:19 chr10 5567366 . G A 394.1 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.00410068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9613;QD=13.828;RBI=0.0126246;REFB=-0.00892432;REVB=-0.01194;RO=66;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538636;STB=0.537434;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0128791;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:68:46:46:0.403509:19:27:42:24:19:27:44:24 chr10 5567695 . G A 2027.95 PASS AF=0.992424;AO=128;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558726;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.551;QD=61.453;RBI=0.0596884;REFB=-0.103809;REVB=0.0209988;RO=1;SAF=84;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562417;STB=0.502924;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000297561;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:1:1:128:131:0.992424:44:84:1:0:46:85:1:0 chr10 5567967 . G T 503.96 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0059149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.418;QD=17.5291;RBI=0.0081872;REFB=-0.0136101;REVB=0.00566076;RO=61;SAF=27;SAR=27;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782084;STB=0.504346;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0155349;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:27:27:30:31:27:27:30:31 chr10 5673528 . G A 650.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.309;QD=61.925;RBI=0.0463847;REFB=0;REVB=0.0112726;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11836e-05;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr10 5683806 . G A 699.69 PASS AF=0.47619;AO=69;DP=146;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00192576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.904;QD=19.0391;RBI=0.00302311;REFB=-0.0107959;REVB=-0.00233036;RO=76;SAF=38;SAR=31;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122382;STB=0.567171;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0128287;OID=.;OPOS=5683806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:76:77:69:70:0.47619:31:38:32:44:31:39:33:44 chr10 5765637 . C T 262.24 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0118399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1868;QD=19.7913;RBI=0.0147636;REFB=-0.0154844;REVB=-0.00881933;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17761;STB=0.569036;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00720769;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:25:25:28:0.528302:13:12:17:8:13:15:17:8 chr10 5781628 . T G 868.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1519;QD=57.8795;RBI=0.109609;REFB=0;REVB=-0.109487;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134269;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr10 5781969 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4806;QD=58.1412;RBI=0.0276071;REFB=0;REVB=0.0275699;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285101;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr10 5788608 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2804;QD=43.4861;RBI=0.0382608;REFB=0;REVB=-0.0211326;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164525;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 98.82 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000690661;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=9;MLLD=273.028;QD=11.2941;RBI=0.0045799;REFB=-0.0117748;REVB=0.00452752;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236183;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.011264;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:14:36:15:35:20:7:8:12:8:98:16:6:8:11:5 chr10 5790420 . T C 295.45 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2549;QD=49.2411;RBI=0.0224722;REFB=-0.305429;REVB=-0.000238166;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0113809;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:0:1:23:23:0.958333:5:18:0:0:5:18:1:0 chr10 5790616 . A G 368.68 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0349289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.676;QD=19.4042;RBI=0.0369697;REFB=-0.00982277;REVB=0.0121131;RO=38;SAF=25;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515348;STB=0.528686;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0115331;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:13:25:23:15:13:25:23:15 chr10 5804531 . G A 1171.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.23;QD=60.8612;RBI=0.0185923;REFB=0;REVB=0.0157223;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16876e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:48:28:0:0:49:28:0:0 chr10 5920121 . T C 450.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.218;QD=56.3655;RBI=0.0467705;REFB=0;REVB=0.0459996;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323128;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:18:11:0:0:20:12:0:0 chr10 5925971 . C A 446.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.549;QD=57.6519;RBI=0.0104136;REFB=0;REVB=-0.00399229;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06037e-05;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr10 6000259 . T C 295.59 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00144787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8771;QD=15.3553;RBI=0.0497221;REFB=-0.00912744;REVB=0.0497011;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14692;STB=0.582691;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00977736;OID=.;OPOS=6000259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:17:16:15:29:17:16:15:29 chr10 6001696 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.644;QD=57.6807;RBI=0.015642;REFB=0;REVB=0.0107405;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47051e-05;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 6002368 . T G 1410.66 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9392;QD=62.6962;RBI=0.065667;REFB=0;REVB=0.0487749;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691984;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:30:59:0:0:31:59:0:0 chr10 6005756 . G A 494.28 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0281061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.891;QD=17.6529;RBI=0.032967;REFB=-0.0202691;REVB=0.0172299;RO=56;SAF=31;SAR=22;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145077;STB=0.576179;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0271645;OID=.;OPOS=6005756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:59:53:53:0.473214:22:31:24:32:22:31:26:33 chr10 6008154 . C T 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0222932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4431;QD=11.2665;RBI=0.0738211;REFB=0.0178747;REVB=0.0703745;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618611;STB=0.503606;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.034328;OID=.;OPOS=6008154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:16:20:11:9:16:20 chr10 6061407 . T C 423.97 PASS AF=0.525;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0243506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.586;QD=21.1983;RBI=0.0244268;REFB=-0.0235347;REVB=-0.00192823;RO=37;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120207;STB=0.559948;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0101349;OID=.;OPOS=6061407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:38:42:42:0.525:19:23:15:22:19:23:16:22 chr10 6191735 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.52;QD=62.9813;RBI=0.0455735;REFB=0;REVB=0.0203487;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104931;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr10 6287695 . G A 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.119841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.561;QD=14.3336;RBI=0.120356;REFB=-0.0121591;REVB=0.0111205;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0278652;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:17:19:8:10:9:9:0.473684:6:3:1:7:6:3:3:7 chr10 6392848 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.773;QD=58.1421;RBI=0.0219665;REFB=0;REVB=0.0152026;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27593e-06;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr10 6393009 . A G 274.17 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0183423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.047;QD=45.6951;RBI=0.0488146;REFB=-0.176463;REVB=-0.0452374;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0204667;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:24:1:2:22:22:0.916667:10:12:0:1:10:12:0:2 chr10 6393260 . C G 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.096;QD=53.2625;RBI=0.0277483;REFB=0;REVB=0.0267948;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187521;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr10 6393706 . ACAGG A,GGAGA 167.37 PASS AF=0.8,0.2;AO=10,3;DP=16;FAO=12,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021958,0.00127967;FXX=0.062461;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=150.503,191.519;QD=44.6328;RBI=0.0633404,0.0526883;REFB=0,0;REVB=0.0594126,0.0526728;RO=0;SAF=5,2;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00651164,0.0332917;OID=.,.;OPOS=6393707,6393706;OREF=CAGG,ACAGG;OALT=-,GGAGA;OMAPALT=A,GGAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:16:15:0:0:10,3:12,3:0.8,0.2:5,1:5,2:0:0:6,1:6,2:0:0 chr10 6498723 . G A 645.7 PASS AF=0.528926;AO=63;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0114742;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.82;QD=21.3454;RBI=0.025711;REFB=-0.0360922;REVB=0.0230087;RO=57;SAF=42;SAR=21;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144921;STB=0.582179;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0263803;OID=.;OPOS=6498723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:63:64:0.528926:21:42:29:28:21:43:29:28 chr10 6527143 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00551252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.163;QD=17.5646;RBI=0.023554;REFB=-0.00230478;REVB=0.0228999;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173895;STB=0.596957;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00274843;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:24:11:16:16:24:11 chr10 7285632 . A G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0273093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.275;QD=19.6971;RBI=0.0283036;REFB=-0.017585;REVB=0.00743598;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0193852;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:12:10:9:12:12:10 chr10 7528721 . A C 568.11 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=143;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0177302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3432;QD=15.7808;RBI=0.0266083;REFB=-0.0123665;REVB=0.0198403;RO=82;SAF=19;SAR=41;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247337;STB=0.638736;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0160734;OID=.;OPOS=7528721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:82:83:60:61:0.423611:41:19:45:37:42:19:45:38 chr10 7528738 . G A 513.22 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0565493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.333;QD=15.7913;RBI=0.0577687;REFB=-0.00602633;REVB=-0.011807;RO=74;SAF=16;SAR=40;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29918;STB=0.668141;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00726772;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:40:16:42:32:40:16:42:32 chr10 7605067 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00731827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.366;QD=18.0814;RBI=0.0339242;REFB=-0.00504322;REVB=0.0331254;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119405;STB=0.572104;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00738084;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:23:18:26:20:23:18:27:20 chr10 7605077 . TC T 1037.69 PASS AF=1;AO=81;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7105;QD=47.168;RBI=0.0650722;REFB=0;REVB=-0.0627882;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000685004;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:87:88:88:0:44:44:0:0:19:0:39:42:0:0 chr10 7605101 . A G 1477.33 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8482;QD=57.9347;RBI=0.0867982;REFB=-0.0924923;REVB=-0.0492993;RO=1;SAF=41;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114286;STB=0.505746;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00205975;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:102:1:1:99:101:0.990196:58:41:1:0:58:43:1:0 chr10 7618501 . A G 463.15 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0014471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.856;QD=17.4774;RBI=0.0165069;REFB=-0.0182936;REVB=-0.0164433;RO=55;SAF=35;SAR=15;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160281;STB=0.595396;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.022722;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:15:35:30:25:15:35:30:26 chr10 7618686 . T G 119.91 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0081317;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.112;QD=8.56465;RBI=0.0111105;REFB=-0.0113829;REVB=-0.00757098;RO=40;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645152;STB=0.515064;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0464474;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:39:16:17:0.303571:6:10:27:13:6:11:26:13 chr10 7659233 . G A 251.53 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0154122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9817;QD=17.0531;RBI=0.0154149;REFB=-0.00661445;REVB=-0.000289825;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522372;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0301302;OID=.;OPOS=7659233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:31:28:28:0.474576:16:12:12:16:16:12:12:19 chr10 7679393 . C T 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0654606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7045;QD=17.0301;RBI=0.0750575;REFB=0.00412998;REVB=-0.0367225;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131387;STB=0.574919;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.003949;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:14:8:9:9:14:8 chr10 7763661 . A G 1158.07 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.857;QD=59.3883;RBI=0.0195822;REFB=-0.125201;REVB=0.00751517;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000408283;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:0:1:32:45:0:1 chr10 7797903 . C CAACT 371.89 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00251514;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=4;MLLD=289.457;QD=53.1275;RBI=0.0127343;REFB=0.072914;REVB=0.0124834;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=-0.00146384;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:26:29:27:28:1:13:14:0:1:6:1:12:14:0:1 chr10 7808086 . T C 109.14 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0188098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3299;QD=14.0831;RBI=0.0267977;REFB=-0.00922366;REVB=0.0190869;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061658;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0143101;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:8:10:8:5:8:10 chr10 8006798 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00116312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.626;QD=15.6262;RBI=0.016826;REFB=-0.00346866;REVB=0.0167858;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162409;STB=0.600386;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00447038;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:19:7:8:11:20:7 chr10 8007559 . GT CC 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0161337;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.807;QD=15.9167;RBI=0.0162599;REFB=-0.0127858;REVB=0.00202225;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.933;TYPE=mnp;VARB=0.0111747;OID=.;OPOS=8007559;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:6:9:8:5:6:9 chr10 11299735 . A T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00797824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.349;QD=18.4388;RBI=0.0182682;REFB=-0.0150449;REVB=0.0164339;RO=29;SAF=22;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116995;STB=0.565761;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0141111;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:7:22:19:10:7:22:19:10 chr10 11356160 . C T 651.5 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0146267;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.124;QD=21.8992;RBI=0.0178117;REFB=0.00102746;REVB=-0.0101644;RO=55;SAF=36;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076005;STB=0.541698;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.000416449;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:55:55:64:64:0.537815:28:36:26:29:28:36:26:29 chr10 11372861 . C CTGAT 274.34 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00417666;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.92;QD=15.0325;RBI=0.0102906;REFB=-0.00487488;REVB=-0.0094049;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12846;STB=0.560459;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.00727881;OID=.;OPOS=11372862;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:30:74:31:73:42:18:13:20:22:99:42:18:12:20:22 chr10 11373418 . A ATC 922.51 PASS AF=0.701754;AO=76;DP=117;FAO=80;FDP=114;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0038197;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.797;QD=32.3688;RBI=0.00514592;REFB=-0.00727959;REVB=0.00344825;RO=34;SAF=39;SAR=37;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432069;STB=0.526309;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.00179183;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.701754:76:117:80:114:34:40:40:20:14:99:34:39:37:20:14 chr10 11373420 . G C 130.41 PASS AF=0.203704;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.00513319;FXX=0.0608643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7803;QD=4.8299;RBI=0.0397368;REFB=-0.000769722;REVB=-0.0394039;RO=86;SAF=14;SAR=8;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202566;STB=0.627633;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000708557;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:108:86:86:22:22:0.203704:8:14:41:45:8:14:41:45 chr10 11376313 . G A 718.3 PASS AF=0.403061;AO=79;DP=196;FAO=79;FDP=196;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.00868972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.494;QD=14.6593;RBI=0.0087015;REFB=-0.00517871;REVB=-0.000452559;RO=117;SAF=37;SAR=42;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200605;STB=0.511264;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00923353;OID=.;OPOS=11376313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:117:117:79:79:0.403061:42:37:57:60:42:37:57:60 chr10 11502655 . A T 293.16 PASS AF=0.509434;AO=23;DP=55;FAO=27;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0165109;FXX=0.036357;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.7698;QD=22.1254;RBI=0.054195;REFB=-0.0466585;REVB=-0.0516187;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184998;STB=0.586141;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.039522;OID=.;OPOS=11502655;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:53:15:14:23:27:0.509434:15:8:9:6:18:9:8:6 chr10 11504313 . C T 820.15 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2515;QD=55.6032;RBI=0.0343836;REFB=-0.0760306;REVB=-0.0130256;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00128284;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr10 11504752 . T C 495.44 PASS AF=0.546512;AO=48;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00324707;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0459;QD=23.0437;RBI=0.0275501;REFB=-0.0148774;REVB=0.0273581;RO=39;SAF=29;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974191;STB=0.550104;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0132678;OID=.;OPOS=11504752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:39:48:47:0.546512:19:29:19:20:19:28:19:20 chr10 11505175 . A G 30.77 PASS AF=0.625;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0411789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.495;QD=15.385;RBI=0.0684561;REFB=-0.085026;REVB=0.0546858;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281139;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0220128;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:3:3:4:5:0.625:3:1:0:3:4:1:0:3 chr10 11532807 . T C 116.37 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0149456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1571;QD=16.051;RBI=0.0214931;REFB=-0.0328776;REVB=-0.0154462;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045606;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0442076;OID=.;OPOS=11532807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:4:9:11:4:4:10:11:4 chr10 11789382 . G A 595.41 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151848;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.831;QD=59.5413;RBI=0.0273439;REFB=0;REVB=0.0227401;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121484;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr10 11789405 . G A 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5591;QD=63.5669;RBI=0.0200189;REFB=0;REVB=-0.0172008;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51569e-05;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr10 11797436 . T C 850.0 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0336702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9412;QD=53.1247;RBI=0.0883087;REFB=-0.181607;REVB=-0.0816379;RO=3;SAF=27;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496026;STB=0.526307;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00759077;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:34:27:3:0:34:27:3:0 chr10 11797467 . G A 980.38 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.126;QD=58.5304;RBI=0.0991504;REFB=0;REVB=0.0967847;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640962;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr10 11805354 . A G 1026.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.697;QD=58.6598;RBI=0.032502;REFB=0;REVB=0.0155198;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042313;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:22:46:0:0:22:48:0:0 chr10 11805357 . G A 1030.5 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0966;QD=58.0562;RBI=0.0684954;REFB=-0.0118334;REVB=0.049565;RO=1;SAF=49;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955282;STB=0.505049;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00140566;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:21:49:1:0:21:49:1:0 chr10 11912431 . C T 659.82 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0176532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.985;QD=18.3283;RBI=0.0253372;REFB=-0.0201;REVB=0.0181751;RO=66;SAF=31;SAR=36;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200287;STB=0.502604;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0198471;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:77:67:67:0.465278:36:31:32:34:36:31:36:41 chr10 11913907 . A T 113.58 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0131933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.457;QD=9.87653;RBI=0.0529626;REFB=-0.02323;REVB=-0.051293;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17295;STB=0.613338;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0473623;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:8:6:18:13:8:6:19:13 chr10 12071397 . G A 438.31 PASS AF=0.530864;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00411108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.676;QD=21.6449;RBI=0.0059989;REFB=-0.0060076;REVB=0.00436873;RO=38;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196078;STB=0.598883;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00559569;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:38:42:43:0.530864:28:14:21:17:28:15:21:17 chr10 12111090 . T C 1500.89 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0448375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8568;QD=61.2609;RBI=0.0449804;REFB=0.0440925;REVB=0.00358319;RO=2;SAF=50;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103148;STB=0.500426;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00346469;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:95:96:0.979592:45:50:1:1:46:50:1:1 chr10 12131081 . T G 182.26 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.013814;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.239;QD=11.0459;RBI=0.016694;REFB=-0.00432398;REVB=-0.00937346;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408857;STB=0.523789;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00872904;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:11:12:24:19:11:12:24:19 chr10 12143105 . C G 882.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4508;QD=57.8959;RBI=0.0747573;REFB=0;REVB=-0.0738746;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537139;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 12148259 . A C 728.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.507;QD=57.1382;RBI=0.0246718;REFB=0;REVB=-0.024337;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27159e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:26:23:0:0:26:25:0:0 chr10 12148286 . T C 807.82 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00678592;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.851;QD=55.7119;RBI=0.0199823;REFB=-0.162076;REVB=0.0187948;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=5.49538e-05;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:25:32:0:0:25:32:1:0 chr10 12149939 . C T 314.7 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.263;QD=52.4495;RBI=0.0457358;REFB=0;REVB=0.0379839;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578804;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr10 12171740 . G A 60.92 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209828;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.576;QD=30.4623;RBI=0.0213954;REFB=-0.0259567;REVB=-0.00418128;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0058254;OID=.;OPOS=12171740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr10 12191933 . C T 477.98 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00634755;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.458;QD=21.9759;RBI=0.00719142;REFB=-0.00197742;REVB=-0.0033801;RO=39;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441056;STB=0.525241;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00141792;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:41:46:46:0.528736:26:20:19:20:26:20:20:21 chr10 12209752 . T C 314.26 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0665057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.695;QD=14.7887;RBI=0.067299;REFB=-0.013217;REVB=0.0103026;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146154;STB=0.52015;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0188564;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:35:35:0.411765:17:18:24:24:17:18:24:26 chr10 12212186 . T A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0188905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.908;QD=20.601;RBI=0.0215396;REFB=-0.00115902;REVB=0.0103491;RO=19;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245201;STB=0.639845;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00165477;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:4:16:11:8:4:16:11:8 chr10 12238325 . TGGGA T 38.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0101392;FXX=0.0856898;HRUN=3;LEN=4;MLLD=204.706;QD=4.85256;RBI=0.0545334;REFB=-0.0107123;REVB=-0.0535825;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=3;SSEN=0.377643;SSEP=0;SSSB=-0.239098;STB=0.543375;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=0.0259343;OID=.;OPOS=12238326;OREF=GGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:32:8:32:24:6:2:19:5:38:21:5:2:18:3 chr10 12292348 . G T 250.23 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0461239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.477;QD=20.0184;RBI=0.0462741;REFB=-0.0115857;REVB=-0.0037256;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126246;STB=0.571367;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0153474;OID=.;OPOS=12292348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:14:12:8:16:14:12 chr10 12867598 . C G 740.41 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.169;QD=56.9545;RBI=0.0636083;REFB=0;REVB=0.014619;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358376;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:32:20:0:0 chr10 12940455 . A G 748.74 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7754;QD=62.3946;RBI=0.0127984;REFB=0;REVB=0.0113588;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156819;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:41:48:1:26:15:0:0:27:21:0:0 chr10 13152400 . T A 225.6 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000102168;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.76;QD=17.0266;RBI=0.0380425;REFB=-0.00857634;REVB=0.0380424;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194598;STB=0.608936;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00757862;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:10:15:10:16:10:15:11:17 chr10 13166076 . A G 472.28 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.022;QD=57.2462;RBI=0.032313;REFB=0;REVB=-0.014014;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260261;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr10 13206233 . A T 397.28 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.012337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=20.1152;RBI=0.0171046;REFB=-0.0186385;REVB=-0.0118477;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205948;STB=0.606588;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0126183;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:21:19:27:11:21:20:27:11 chr10 13275553 . T G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.499;QD=58.5858;RBI=0.0500858;REFB=0;REVB=0.049845;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111256;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr10 13337588 . G A 676.87 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.595;QD=60.1659;RBI=0.0129077;REFB=-0.132881;REVB=-0.00363346;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00084291;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:1:0:16:28:1:0 chr10 13375906 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00335242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.36;QD=56.4874;RBI=0.00540161;REFB=-0.0479828;REVB=-0.0042354;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000571725;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:0:1 chr10 13481427 . T A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.473;QD=57.6746;RBI=0.0215634;REFB=0;REVB=-0.00136916;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191731;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr10 13494594 . T C 1487.09 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.523;QD=63.2804;RBI=0.0517525;REFB=0;REVB=0.0505414;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03109e-05;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr10 13633835 . A G 1558.3 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775459;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1827;QD=59.9344;RBI=0.079278;REFB=0;REVB=-0.0164814;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282586;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr10 13633925 . A AG 347.73 PASS AF=1;AO=8;DP=76;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.231097;FXX=0.388835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1322;QD=31.6117;RBI=0.265123;REFB=0;REVB=0.129939;RO=66;SAF=7;SAR=1;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00964954;OID=.;OPOS=13633926;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:76:44:44:0:28:16:0:0:6:66:7:1:44:22 chr10 13685766 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.27;QD=54.5162;RBI=0.0594173;REFB=0;REVB=-0.057456;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261774;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr10 13687890 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0040524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.876;QD=18.3005;RBI=0.00411692;REFB=0.0089994;REVB=0.000725959;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.565971;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00868444;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:12:11:12:8:12:11 chr10 13769842 . A G 288.29 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00792163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.597;QD=17.4719;RBI=0.00807717;REFB=-0.0154084;REVB=0.00157752;RO=34;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194319;STB=0.613962;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0191912;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:11:20:15:19:11:21:15:19 chr10 14705494 . G C 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8749;QD=55.6387;RBI=0.0852656;REFB=0;REVB=0.0471098;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578793;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr10 15058964 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0138317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.865;QD=13.3342;RBI=0.013833;REFB=-0.0260558;REVB=-0.000189419;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286043;STB=0.661427;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0388115;OID=.;OPOS=15058964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:30:9:13:13:30:9 chr10 15106441 . A G 546.5 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00319159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.542;QD=25.7175;RBI=0.0129402;REFB=-0.00490242;REVB=0.0125405;RO=33;SAF=31;SAR=19;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101558;STB=0.568779;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00278342;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:33:35:50:50:0.588235:19:31:16:17:19:31:16:19 chr10 15573050 . A G 668.09 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0276495;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.46;QD=19.365;RBI=0.0284565;REFB=-0.0259156;REVB=0.00672882;RO=69;SAF=35;SAR=32;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529388;STB=0.528457;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0266094;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:69:71:67:67:0.485507:32:35:40:29:32:35:41:30 chr10 15617559 . G A 619.1 PASS AF=0.460432;AO=62;DP=137;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.00254112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.913;QD=17.8159;RBI=0.0161986;REFB=-0.0130358;REVB=0.0159981;RO=74;SAF=32;SAR=30;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103829;STB=0.55293;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.018429;OID=.;OPOS=15617559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:74:75:62:64:0.460432:30:32:46:28:31:33:46:29 chr10 15713667 . C A,G 233.93 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339426,0.0175309;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.064,158.447;QD=49.2475;RBI=0.0203864,0.0201236;REFB=0,0;REVB=-0.0201018,0.00988061;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0360357,-0.000287421;OID=.,.;OPOS=15713667,15713667;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:19:19:0:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:1,11:1,6:0:0:1,11:1,6:0:0 chr10 16794623 . C T 423.96 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0300042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.197;QD=13.7874;RBI=0.0300366;REFB=-0.0136185;REVB=-0.00139355;RO=74;SAF=25;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108603;STB=0.506138;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0204795;OID=.;OPOS=16794623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:24:25:37:37:24:25:37:37 chr10 16796919 . C A 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0211547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.64;QD=14.1726;RBI=0.0233964;REFB=-0.00699438;REVB=0.00999358;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197027;STB=0.611871;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0103775;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:28:19:19:13:28:19 chr10 16918972 . A G 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00995596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.021;QD=15.4226;RBI=0.011606;REFB=-0.00738952;REVB=0.00596466;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541072;STB=0.536255;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00973114;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:21:17:26:26:21:17:27:26 chr10 16943371 . G C 780.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.963;QD=56.7325;RBI=0.0151782;REFB=0;REVB=0.00981549;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71352e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr10 16948390 . G C 168.91 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0126215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8181;QD=24.1294;RBI=0.0126612;REFB=-0.0466191;REVB=-0.00100172;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570112;STB=0.531981;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0276953;OID=.;OPOS=16948390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:12:5:4:7:12:5:4:7 chr10 16949550 . T C 417.86 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0096978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.304;QD=19.8981;RBI=0.0129638;REFB=-0.0144095;REVB=0.00860314;RO=40;SAF=25;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409486;STB=0.512289;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0121342;OID=.;OPOS=16949550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:42:42:42:0.5:17:25:22:18:17:25:24:18 chr10 16961959 . T C 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00654424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5157;QD=21.1707;RBI=0.0694748;REFB=-0.0160534;REVB=0.0691659;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313723;STB=0.68147;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.011385;OID=.;OPOS=16961959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:2:10:4:4:2:10:4:4 chr10 16961995 . A C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0101011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.661;QD=13.4559;RBI=0.0181518;REFB=-0.0139155;REVB=-0.0150816;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186214;STB=0.607823;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0191351;OID=.;OPOS=16961995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:12:3:4:7:12:3 chr10 16967401 . C T 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.461;QD=59.8246;RBI=0.0202042;REFB=0;REVB=-0.0112794;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173521;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr10 17024503 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.858;QD=58.5996;RBI=0.0124738;REFB=0;REVB=-0.0069184;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82464e-06;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr10 17024615 . A T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.94;QD=63.8683;RBI=0.025857;REFB=0;REVB=0.0133431;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75708e-05;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr10 17113563 . C T 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5411;QD=60.1629;RBI=0.0137253;REFB=0;REVB=0.00616883;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112654;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chr10 17147521 . G T 1469.11 PASS AF=0.962264;AO=96;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00736849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9372;QD=55.4381;RBI=0.00763731;REFB=0.0185089;REVB=0.00200847;RO=4;SAF=55;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332443;STB=0.516663;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00207424;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:96:102:0.962264:41:55:4:0:44:58:4:0 chr10 17156151 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.141;QD=56.6223;RBI=0.0210688;REFB=0.016086;REVB=0.00354635;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-2.05272e-05;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:0:1:34:29:0:1 chr10 17187634 . G C 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00777757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.386;QD=12.785;RBI=0.0114215;REFB=-0.00263705;REVB=-0.00836424;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457705;STB=0.526296;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00412873;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:9:18:27:16:9:18:27:16 chr10 17204187 . G A 159.62 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.099471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5827;QD=11.6086;RBI=0.101569;REFB=-0.0154854;REVB=-0.0205388;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468398;STB=0.527246;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0245698;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:19:16:10:10:19:16 chr10 17204247 . A T 72.65 PASS AF=0.4;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0312157;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=33.7018;QD=11.6243;RBI=0.0605826;REFB=-0.096473;REVB=0.0519213;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0357843;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:22:25:13:15:9:10:0.4:5:4:6:7:6:4:6:9 chr10 17210822 . A C 158.85 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0031347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.475;QD=19.8556;RBI=0.00480169;REFB=-0.0256305;REVB=0.00363729;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164179;STB=0.557553;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.025764;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:16:17:0.53125:6:10:6:8:7:10:7:8 chr10 17216556 . C T 206.79 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0333521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1365;QD=17.2321;RBI=0.124062;REFB=0.0202084;REVB=0.119494;RO=27;SAF=17;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487601;STB=0.527923;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0319237;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:4:17:21:6:4:17:21:6 chr10 17756596 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.645;QD=59.0178;RBI=0.0260777;REFB=0;REVB=0.0252008;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341688;OID=.;OPOS=17756596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr10 17891705 . A G 1135.76 PASS AF=0.469388;AO=115;DP=246;FAO=115;FDP=245;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=77;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=0.0174197;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.161;QD=18.543;RBI=0.020241;REFB=-0.00543089;REVB=0.0103079;RO=131;SAF=38;SAR=77;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116713;STB=0.566251;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00695734;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:131:130:115:115:0.469388:77:38:58:73:77:38:58:72 chr10 18122716 . A G 135.14 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.027063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4577;QD=8.31636;RBI=0.0292505;REFB=-0.00217871;REVB=0.0110988;RO=45;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28428;STB=0.679178;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00663402;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:5:14:23:22:5:14:23:23 chr10 18242304 . T C 746.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.502;QD=63.5209;RBI=0.00602138;REFB=0;REVB=0.00378657;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20958e-06;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr10 18254606 . C A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00234361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.306;QD=26.4135;RBI=0.00835448;REFB=-0.00430865;REVB=-0.00801903;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050068;STB=0.527703;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00293058;OID=.;OPOS=18254606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:7:10:13:12:7:10 chr10 18266989 . G A 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.01053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.641;QD=17.8389;RBI=0.014524;REFB=0.00633453;REVB=-0.0100033;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.574366;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00493063;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:4:10:8:6:4:10 chr10 18828371 . C T 237.63 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0284218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.278;QD=18.6376;RBI=0.0295932;REFB=-0.00416704;REVB=0.0082439;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122537;STB=0.568667;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00510026;OID=.;OPOS=18828371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:9:17:13:12:9:17 chr10 18829222 . A ATGT 206.82 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=72;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00950567;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.218;QD=12.1657;RBI=0.0122278;REFB=0.00049775;REVB=-0.00769157;RO=46;SAF=9;SAR=15;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415882;STB=0.708277;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=-0.000749498;OID=.;OPOS=18829223;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:24:72:26:68:42:10:16:31:11:99:46:9:15:35:11 chr10 18829981 . A ATGTT 1152.83 PASS AF=0.91954;AO=78;DP=91;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0100621;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.568;QD=53.0038;RBI=0.0101237;REFB=-0.0105123;REVB=0.00111467;RO=10;SAF=28;SAR=50;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550884;STB=0.505731;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=-4.64032e-05;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.91954:78:91:80:87:7:29:51:3:4:26:10:28:50:6:4 chr10 18964939 . A G 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0255675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.334;QD=12.6188;RBI=0.0257573;REFB=-0.00710051;REVB=0.00312067;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280329;STB=0.516116;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0100455;OID=.;OPOS=18964939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:20:18:12:12:20:18 chr10 18965960 . G T 783.43 PASS AF=0.493902;AO=80;DP=164;FAO=81;FDP=164;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=26;FWDB=-0.023386;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5709;QD=19.108;RBI=0.0614765;REFB=0.0206351;REVB=0.0568547;RO=82;SAF=50;SAR=30;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577549;STB=0.537854;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0207325;OID=.;OPOS=18965960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:82:83:80:81:0.493902:30:50:56:26:31:50:57:26 chr10 18966490 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0142905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.467;QD=21.0649;RBI=0.0166;REFB=0.00107909;REVB=-0.0084464;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864761;STB=0.548348;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000915233;OID=.;OPOS=18966490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:8:16:18:6:8:16:18:6 chr10 19492832 . A C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.76;QD=63.8692;RBI=0.0603986;REFB=0;REVB=-0.00789648;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112775;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr10 19498278 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.436;QD=58.2396;RBI=0.0229132;REFB=0;REVB=0.00634249;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37488e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr10 19676553 . A G 1529.94 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.02;QD=63.7476;RBI=0.0176763;REFB=0;REVB=0.00187326;RO=0;SAF=63;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59394e-05;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:33:63:0:0:33:63:0:0 chr10 19676561 . G A 1461.43 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.726;QD=62.8573;RBI=0.0331103;REFB=0;REVB=0.0287985;RO=0;SAF=61;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198401;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:30:61:0:0:30:63:0:0 chr10 19678286 . C T 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.099;QD=59.8313;RBI=0.0370217;REFB=0;REVB=0.0176976;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5198e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:67:35:0:0:67:35:0:0 chr10 19678497 . G A 1269.09 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00962637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.7;QD=60.4328;RBI=0.0193047;REFB=-0.0700411;REVB=0.0167334;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000203426;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:40:43:0:1:40:43:0:1 chr10 19778072 . A G 1452.01 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00245976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.834;QD=57.5054;RBI=0.00405893;REFB=-0.114951;REVB=-0.0032287;RO=2;SAF=38;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460578;STB=0.504064;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000205061;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:101:2:1:99:100:0.990099:61:38:1:1:61:39:0:1 chr10 19780543 . C T 400.52 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0380551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7384;QD=21.3611;RBI=0.0387821;REFB=-0.0390383;REVB=0.00747366;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631467;STB=0.528721;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0327044;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:35:40:40:0.533333:17:23:17:17:17:23:18:17 chr10 19787418 . T G 249.02 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00362208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.492;QD=15.3244;RBI=0.00934159;REFB=-0.00907889;REVB=0.0086108;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339205;STB=0.505614;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0108953;OID=.;OPOS=19787418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:10:18:22:14:11:18:22:14 chr10 19896830 . C A 210.31 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0117927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.324;QD=15.5784;RBI=0.020267;REFB=-0.012982;REVB=-0.0164828;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.541632;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0176195;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:13:11:16:13:13:11:16:14 chr10 20036605 . A AGT 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00580781;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=122.75;QD=7.89682;RBI=0.00685078;REFB=0.00718732;REVB=0.00363353;RO=34;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285132;STB=0.675723;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=-0.0118341;OID=.;OPOS=20036606;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:11:45:11:41:30:3:8:15:15:80:34:3:8:17:17 chr10 20036609 . C A 57.29 PASS AF=0.175;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0142452;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.387;QD=5.72933;RBI=0.0249191;REFB=0.00316867;REVB=-0.020446;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44954;STB=0.812576;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0418881;OID=.;OPOS=20036609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:42:40:31:31:7:7:0.175:6:1:15:16:6:1:15:16 chr10 21071191 . G C 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0141143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.357;QD=16.781;RBI=0.0218246;REFB=-0.00650233;REVB=-0.0166463;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.610536;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00705437;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:6:23:21:11:6:23:21:12 chr10 21074344 . A G 1342.96 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304395;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0329;QD=62.4632;RBI=0.127206;REFB=0;REVB=0.12351;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843655;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:38:48:0:0 chr10 21074455 . T C 930.05 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00253434;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.583;QD=25.1366;RBI=0.0104753;REFB=-0.0146713;REVB=0.0101641;RO=64;SAF=38;SAR=46;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750798;STB=0.540905;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0132371;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:64:64:84:84:0.567568:46:38:35:29:46:38:35:29 chr10 21112137 . A T 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00382782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.667;QD=13.965;RBI=0.00541248;REFB=0.000338457;REVB=0.00382658;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127259;STB=0.507242;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.000450738;OID=.;OPOS=21112137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:24:20:14:16:24:20 chr10 21414892 . C G 908.88 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545225;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.52;QD=58.6377;RBI=0.0365526;REFB=0;REVB=-0.0361437;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121932;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr10 21415006 . T C 836.45 PASS AF=0.494186;AO=84;DP=172;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00160525;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.459;QD=19.4524;RBI=0.00930643;REFB=-0.00700509;REVB=-0.00916694;RO=84;SAF=47;SAR=37;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867575;STB=0.553226;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00655069;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:84:87:84:85:0.494186:37:47:39:45:37:48:40:47 chr10 21435340 . ACACT A 778.69 PASS AF=1;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363776;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=4;MLLD=237.922;QD=57.6805;RBI=0.0364767;REFB=0;REVB=-0.00268767;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.2402e-05;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:58:54:54:0:30:24:0:0:4:0:29:24:0:0 chr10 21804721 . C A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0131552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7638;QD=18.4899;RBI=0.0189702;REFB=0.00958955;REVB=-0.0136679;RO=25;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276544;STB=0.670884;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0178171;OID=.;OPOS=21804721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:5:17:13:12:5:17:13:13 chr10 21827796 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0108655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.125;QD=16.5274;RBI=0.0222513;REFB=-0.00127325;REVB=0.019418;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00124446;OID=.;OPOS=21827796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:13:16:12:13:13:16 chr10 22015245 . A G 545.09 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0239622;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.282;QD=22.7122;RBI=0.0240885;REFB=-0.012111;REVB=0.00246377;RO=41;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661793;STB=0.54805;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00890946;OID=.;OPOS=22015245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:41:45:51:51:0.53125:29:22:21:20:29:22:24:21 chr10 22498749 . A T 2288.43 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2026;QD=63.5674;RBI=0.0456556;REFB=0;REVB=0.0194819;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221307;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:65:78:0:0:65:79:0:0 chr10 22825596 . C T 296.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4926;QD=51.5669;RBI=0.0284741;REFB=0;REVB=-0.00122;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459881;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:14:9:0:0 chr10 23556110 . A G 179.29 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0270455;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.537;QD=11.0331;RBI=0.0401085;REFB=-0.0101127;REVB=0.029618;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333547;STB=0.556115;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0171521;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:42:23:23:0.353846:9:14:22:16:9:14:22:20 chr10 23633566 . C A 1695.84 PASS AF=0.966387;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00866508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.387;QD=57.0031;RBI=0.0418087;REFB=-0.0511866;REVB=0.0409009;RO=4;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306059;STB=0.516126;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00104869;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:115:115:0.966387:60:55:0:4:60:55:0:4 chr10 23731021 . ATTTTTTT ATTTTTTA,ATTTTTT 37.64 PASS AF=0.0204082,0.265306;AO=2,14;DP=49;FAO=1,13;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=0,6;FSAR=1,7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0499371,-0.0893955;FXX=0.019996;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=219.622,7.67406;QD=3.0727;RBI=0.0501824,0.257933;REFB=-0.00473884,-0.0903679;REVB=0.00495559,0.241946;RO=25;SAF=0,9;SAR=2,5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.47348,0.179997;STB=0.990715,0.559015;STBP=0.275,0.646;TYPE=snp,del;VARB=0.177782,0.0335991;OID=.,.;OPOS=23731028,23731022;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0204082,0.265306:2,14:49:1,13:49:35:0,6:1,7:19:16:35:25:0,9:2,5:12:13 chr10 24564653 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00225566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.485;QD=21.3533;RBI=0.027834;REFB=0.00833564;REVB=-0.0277424;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00645575;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr10 24872960 . T A 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00703884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9005;QD=22.7176;RBI=0.0215534;REFB=0.0247923;REVB=-0.0203717;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177868;STB=0.590732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0183411;OID=.;OPOS=24872960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:10:21:10:12:10:21:11:12 chr10 24873369 . C G 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00532918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.843;QD=9.26195;RBI=0.00554051;REFB=-0.000960726;REVB=-0.00151558;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340672;STB=0.520319;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00253905;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:8:9:19:19:8:9:19:19 chr10 24879281 . A G 1237.54 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.555;QD=61.1129;RBI=0.0068896;REFB=0;REVB=0.00680779;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27467e-06;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:31:48:0:0:33:48:0:0 chr10 24884829 . A G 424.69 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0158677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.103;QD=24.2677;RBI=0.0187098;REFB=-0.0239824;REVB=0.00991329;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742338;STB=0.54069;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0205377;OID=.;OPOS=24884829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:21:20:17:12:21:20:17:12 chr10 24908686 . T C 350.24 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0479229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5018;QD=20.6024;RBI=0.0480197;REFB=-0.0440664;REVB=-0.00304856;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115403;STB=0.563724;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0339105;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:16:20:22:10:16:20:22:10 chr10 24909870 . T G 588.71 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0256872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.533;QD=18.3972;RBI=0.0257374;REFB=-0.00972051;REVB=-0.00160745;RO=67;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404013;STB=0.522381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0130672;OID=.;OPOS=24909870;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:67:61:61:0.476562:32:29:29:38:32:29:29:38 chr10 24929141 . G A 2735.89 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00374837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.167;QD=61.8281;RBI=0.0435793;REFB=-0.0430068;REVB=0.0434178;RO=1;SAF=68;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694882;STB=0.503649;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000401071;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:108:68:1:0:108:68:1:0 chr10 25284654 . G A 198.33 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0120154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.121;QD=9.22463;RBI=0.0126447;REFB=-0.00536137;REVB=-0.0039392;RO=59;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353752;STB=0.526861;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0146973;OID=.;OPOS=25284654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:60:26:26:0.302326:14:12:29:30:14:12:30:30 chr10 25312689 . A G 225.8 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0779809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2265;QD=13.2825;RBI=0.0808921;REFB=-0.0168164;REVB=0.021506;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146714;STB=0.569981;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0188449;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:26:27:0.397059:11:15:18:23:12:15:18:23 chr10 25313818 . C T 64.36 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0108587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3549;QD=10.2968;RBI=0.0139733;REFB=-0.0069079;REVB=0.00879443;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205275;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0111267;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:16:16:8:9:0.36:4:4:11:5:5:4:11:5 chr10 25314538 . A C 120.34 PASS AF=0.378378;AO=6;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0529669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9604;QD=13.0102;RBI=0.0626255;REFB=0.0475157;REVB=0.0334135;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267262;STB=0.683291;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.132577;OID=.;OPOS=25314538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:37:37:16:19:6:14:0.378378:4:2:5:11:5:9:6:13 chr10 25314637 . G C 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00438761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.98;QD=17.2323;RBI=0.00727871;REFB=-0.0162242;REVB=0.00580762;RO=55;SAF=26;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100699;STB=0.55607;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0168992;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:22:26:24:31:22:26:24:31 chr10 25701341 . C G 486.18 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0237063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0267;QD=18.881;RBI=0.0253175;REFB=-0.0230817;REVB=-0.00888748;RO=45;SAF=27;SAR=24;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184727;STB=0.572699;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0200924;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:45:52:51:51:0.495146:24:27:14:31:24:27:20:32 chr10 25888180 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.49;QD=53.9102;RBI=0.00633324;REFB=0;REVB=0.00545124;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39135e-05;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr10 26355906 . G A 603.89 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354659;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.689;QD=61.937;RBI=0.0173739;REFB=0;REVB=-0.017008;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019349;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr10 26355992 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.571;QD=55.6518;RBI=0.0412315;REFB=0;REVB=0.0208448;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266517;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr10 26357747 . CG TA 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.72;QD=61.3364;RBI=0.0367309;REFB=0;REVB=-0.0229194;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000314575;OID=.;OPOS=26357747;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr10 26446312 . G A 1544.2 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.689;QD=58.2717;RBI=0.0217386;REFB=-0.0104175;REVB=-0.0192298;RO=1;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825285;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=9.80947e-05;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:47:57:1:0:47:58:1:0 chr10 26462790 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7887;QD=53.9059;RBI=0.0772061;REFB=0;REVB=0.03159;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112833;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr10 26463043 . A T 291.54 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273563;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.899;QD=50.7026;RBI=0.0277932;REFB=0;REVB=-0.00490834;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229052;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:16:23:1:9:7:0:0:13:10:0:0 chr10 26463130 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.36;QD=56.7059;RBI=0.0358031;REFB=0;REVB=-0.00272782;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238271;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr10 26790109 . T C 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.103587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0281;QD=16.7247;RBI=0.104979;REFB=-0.0215938;REVB=0.0170341;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259379;STB=0.649255;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0244067;OID=.;OPOS=26790109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:8:11:5:11:8:11 chr10 26993597 . AT A 112.41 PASS AF=0.409836;AO=21;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0168083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1847;QD=7.37135;RBI=0.159672;REFB=0.00473605;REVB=0.158785;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559333;STB=0.585296;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.0260275;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:21:60:25:61:36:16:9:18:18:99:30:13:8:17:13 chr10 27303605 . A T 1070.97 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8031;QD=57.1186;RBI=0.0383863;REFB=-0.136174;REVB=0.0343998;RO=2;SAF=44;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210118;STB=0.505493;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00310431;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:75:2:1:72:74:0.986667:28:44:2:0:29:45:1:0 chr10 27317778 . T C 316.75 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00594217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.516;QD=20.4356;RBI=0.0309175;REFB=0.00241492;REVB=0.0303411;RO=29;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108527;STB=0.50602;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00104705;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:11:22:19:10:11:22:19:10 chr10 27317840 . C T 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5822;QD=57.2353;RBI=0.0455012;REFB=0;REVB=0.0309389;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55999e-05;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr10 27324405 . G A 136.4 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0188247;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1292;QD=11.1347;RBI=0.0188302;REFB=-0.00911926;REVB=0.00045631;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.631421;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0283478;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:33:16:16:0.326531:8:8:12:20:7:9:12:21 chr10 27353007 . T C 202.48 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00516335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.462;QD=24.5427;RBI=0.0716855;REFB=-0.0371691;REVB=0.0714993;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345825;STB=0.663502;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0254687;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:13:18:20:0.606061:6:12:3:11:7:13:3:10 chr10 27381349 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.909;QD=58.4155;RBI=0.0585817;REFB=0;REVB=0.0550943;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332948;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:31:32:0:0 chr10 27389197 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.702;QD=57.2025;RBI=0.0280878;REFB=0;REVB=0.0198481;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150527;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 27400861 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4318;QD=57.1971;RBI=0.0398646;REFB=0;REVB=0.0396662;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647232;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 27434483 . G A 1146.58 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783393;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.528;QD=60.3465;RBI=0.0105975;REFB=0;REVB=-0.00713701;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455185;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:31:42:0:0:32:44:0:0 chr10 27437964 . T C 273.32 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0124321;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.113;QD=23.7667;RBI=0.0162521;REFB=-0.013293;REVB=-0.0104677;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123433;STB=0.505296;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0135526;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:14:11:10:12:14:11:9:12 chr10 27442121 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0148039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.593;QD=7.62854;RBI=0.0282823;REFB=-0.00372629;REVB=0.0240984;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944694;STB=0.558683;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0102795;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:14:6:3:5:14:6 chr10 27443083 . A T 46.63 PASS AF=0.545455;AO=4;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0166412;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=271.096;QD=16.9553;RBI=0.0321828;REFB=-0.00543571;REVB=0.0275464;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.749247;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00173657;OID=.;OPOS=27443083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:11:11:2:4:4:6:0.545455:2:2:2:0:4:2:4:0 chr10 27458898 . C A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00409913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.605;QD=18.6371;RBI=0.0342131;REFB=-0.0219861;REVB=0.0339667;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0252496;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:6:10:6:10:6:10 chr10 27494111 . TTA T,TAA 87.44 PASS AF=0.705882,0;AO=5,3;DP=21;FAO=12,0;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.19193,0.0599858;FXX=0.0555247;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.6315,7.25606;QD=20.5746;RBI=0.247965,0.15368;REFB=-0.044602,-0.0696609;REVB=0.157001,-0.14149;RO=9;SAF=0,3;SAR=5,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.739778,0.640421;STB=0.618873,0.5;STBP=0.207,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0654077,0;OID=.,.;OPOS=27494112,27494112;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882,0:5,3:21:12,0:17:5:4,0:8,0:0:5:25:9:0,3:5,0:5:4 chr10 27499771 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0217842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.895;QD=15.6167;RBI=0.0236637;REFB=-0.0118411;REVB=0.00924229;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165385;STB=0.593367;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00843042;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:24:19:20:13:24:19 chr10 27499804 . T C 310.99 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00903585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.966;QD=13.9773;RBI=0.0186896;REFB=-0.0246746;REVB=-0.0163602;RO=54;SAF=12;SAR=23;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284986;STB=0.662096;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0207696;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:23:12:33:21:23:12:33:21 chr10 27499979 . G T 178.04 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0471036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2173;QD=14.8368;RBI=0.0525142;REFB=-0.0259254;REVB=0.0232163;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206387;STB=0.618925;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0386458;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:11:18:8:11:11:18 chr10 27506961 . G A 424.53 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0262841;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.622;QD=18.0649;RBI=0.0269776;REFB=-0.00722066;REVB=-0.00607729;RO=48;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238549;STB=0.511574;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00913484;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:48:51:43:43:0.457447:27:16:19:29:27:16:20:31 chr10 27538071 . TG CA 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00964571;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.663;QD=12.7964;RBI=0.00967663;REFB=-0.00373714;REVB=0.000772931;RO=63;SAF=25;SAR=13;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646875;STB=0.537007;STBP=0.593;TYPE=mnp;VARB=0.00724987;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:13:25:38:25:13:25:38:25 chr10 27538204 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0128022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.126;QD=11.4185;RBI=0.0143598;REFB=-0.0209627;REVB=-0.00650447;RO=47;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165093;STB=0.59567;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0314172;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:16:10:25:22:16:10:25:22 chr10 27538735 . G A 369.55 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0512439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6909;QD=22.3969;RBI=0.0597377;REFB=-0.00203213;REVB=0.0307027;RO=29;SAF=26;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244352;STB=0.635177;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00289049;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:11:26:12:17:11:26:12:17 chr10 27538942 . T C 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0191562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1041;QD=11.2657;RBI=0.0445683;REFB=0.00314558;REVB=0.0402414;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246454;STB=0.514374;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00233074;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:19:17:9:11:19:17 chr10 27539137 . T C 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00933323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.721;QD=18.2993;RBI=0.0093727;REFB=-0.0109279;REVB=-0.000859333;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386011;STB=0.697508;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00869295;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:10:10:20:2:10:10:20:3 chr10 27539166 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00783115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.05;QD=11.4398;RBI=0.0295933;REFB=-0.00759052;REVB=0.0285383;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333138;STB=0.693526;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0134975;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:12:2:4:5:12:2 chr10 27687225 . A G 352.19 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00903532;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.926;QD=15.3127;RBI=0.00954297;REFB=-0.00484266;REVB=0.00307104;RO=55;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205436;STB=0.611052;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00761566;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:55:54:38:38:0.413043:14:24:24:31:14:24:24:30 chr10 27687775 . T C 1019.72 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5732;QD=59.1142;RBI=0.0149335;REFB=0;REVB=0.00167511;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.446e-05;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr10 27687965 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0363718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.002;QD=16.9309;RBI=0.0395428;REFB=-0.0044674;REVB=-0.0155154;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236162;STB=0.634129;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00707252;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:2:10:7:5:2:10 chr10 27687994 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0622232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.832;QD=17.644;RBI=0.0622269;REFB=0.00573761;REVB=-0.000685415;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00192646;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:6:3:3:3:6:3:3:4 chr10 27692205 . G A 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00520058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.677;QD=20.8561;RBI=0.0175024;REFB=-0.00250664;REVB=-0.0167119;RO=50;SAF=25;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180652;STB=0.509996;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00261635;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:25:25:26:24:25:25:26:24 chr10 27692279 . A C,G 1429.68 PASS AF=0.441176,0.54902;AO=45,54;DP=100;FAO=45,56;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=16,30;FSAR=29,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041963,0.0293834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.122,142.982;QD=56.0657;RBI=0.0481308,0.0345917;REFB=-0.0202313,-0.0646423;REVB=0.0235729,0.0182539;RO=1;SAF=16,28;SAR=29,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0284632,-0.0165343;STB=0.515145,0.508194;STBP=0.282,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00215884,0.000526752;OID=.,.;OPOS=27692279,27692279;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:100:102:1:1:45,54:45,56:0.441176,0.54902:29,26:16,28:1:0:29,26:16,30:1:0 chr10 27794104 . T G 727.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.904;QD=63.2692;RBI=0.0507331;REFB=0;REVB=0.0456989;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7248e-05;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr10 28101455 . C A 500.43 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0139743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6452;QD=21.7579;RBI=0.0181941;REFB=0.0075982;REVB=0.0116509;RO=43;SAF=28;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188581;STB=0.514975;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00712036;OID=.;OPOS=28101455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:44:48:48:0.521739:20:28:26:17:20:28:27:17 chr10 28151547 . G T 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0106473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.113;QD=10.0156;RBI=0.0139151;REFB=-0.0113533;REVB=-0.00895905;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231631;STB=0.635467;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0306257;OID=.;OPOS=28151547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:14:9:28:19:14:9:28:19 chr10 28224075 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00161189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.928;QD=17.064;RBI=0.0142159;REFB=0.012049;REVB=0.0141242;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0190712;OID=.;OPOS=28224075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:19:12:12:16:19:12 chr10 28228865 . A G 469.07 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0175596;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.48;QD=28.4285;RBI=0.0230549;REFB=-0.0238557;REVB=-0.0149395;RO=23;SAF=34;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157397;STB=0.586164;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.016456;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:23:23:43:43:0.651515:9:34:14:9:9:34:14:9 chr10 28228926 . C T 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000881869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.745;QD=29.2755;RBI=0.0066885;REFB=-0.0241342;REVB=0.00663011;RO=20;SAF=28;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227058;STB=0.512345;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00929127;OID=.;OPOS=28228926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:13:28:13:7:13:28:13:7 chr10 28378758 . T C 1333.93 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00261135;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.152;QD=59.952;RBI=0.0042732;REFB=-0.152622;REVB=0.00338246;RO=2;SAF=42;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220262;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000288777;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:2:1:87:88:0.988764:45:42:2:0:45:43:1:0 chr10 28909299 . GT G 117.79 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0348209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2192;QD=10.7082;RBI=0.0399247;REFB=0.0403719;REVB=0.0195316;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223922;STB=0.615277;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=-0.0372314;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:19:44:21:44:23:9:12:15:8:99:21:8:11:14:7 chr10 29163413 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.644;QD=56.7055;RBI=0.00351354;REFB=0;REVB=-0.00134614;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59265e-06;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr10 29578084 . A G 711.18 PASS AF=0.962963;AO=54;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00582068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0489;QD=52.6798;RBI=0.0963234;REFB=-0.150859;REVB=-0.0961474;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.513508;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00698063;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:54:52:0.962963:16:38:0:0:16:36:2:0 chr10 29746346 . C CTGTT 152.13 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00984715;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.065;QD=13.8296;RBI=0.0113088;REFB=-0.00876509;REVB=0.00556077;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156256;STB=0.60427;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=0.0132852;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:16:44:17:44:27:6:11:14:13:99:27:6:10:14:13 chr10 29747417 . C T 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0085014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.185;QD=11.8407;RBI=0.0111702;REFB=-0.00245245;REVB=0.0072456;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101249;STB=0.56155;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00481862;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:39:23:23:0.370968:9:14:18:17:9:14:20:19 chr10 29754609 . T C 271.88 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00465901;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.596;QD=16.9925;RBI=0.0298026;REFB=0.000464671;REVB=-0.0294362;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192873;STB=0.608621;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00059554;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:16:18:10:20:16:18 chr10 29759225 . A G 309.07 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00216696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5477;QD=11.1378;RBI=0.0409278;REFB=-0.00923978;REVB=-0.0408704;RO=71;SAF=24;SAR=15;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076699;STB=0.549331;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0164597;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:71:72:39:39:0.351351:15:24:39:32:15:24:39:33 chr10 29779936 . G A 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0409482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.358;QD=19.9743;RBI=0.040957;REFB=-0.0146828;REVB=-0.000847685;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133915;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0120375;OID=.;OPOS=29779936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:9:11:8:12:9:11 chr10 29783885 . A G 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00472645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.715;QD=17.8518;RBI=0.00658038;REFB=-0.0120713;REVB=0.00457843;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644089;STB=0.535918;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00898785;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:14:22:27:13:14:22:27:13 chr10 29783908 . A G 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0147122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.86;QD=5.54627;RBI=0.0461733;REFB=-0.0101403;REVB=-0.0437667;RO=60;SAF=11;SAR=6;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837044;STB=0.552611;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0419558;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:6:11:35:25:6:11:35:25 chr10 29784072 . G C 428.38 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00590833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.377;QD=30.5987;RBI=0.030813;REFB=-0.0132497;REVB=0.0302412;RO=17;SAF=25;SAR=14;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259765;STB=0.640953;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00416545;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:14:25:3:14:14:25:3:14 chr10 29784114 . T C 517.04 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00477928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.866;QD=55.8962;RBI=0.00565003;REFB=-0.168154;REVB=0.00301352;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00415712;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:37:1:1:35:36:0.972973:15:20:1:0:16:20:1:0 chr10 29812602 . G T 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0321156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.891;QD=9.01196;RBI=0.0345983;REFB=-0.00265174;REVB=-0.0128698;RO=49;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17392;STB=0.610155;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00438285;OID=.;OPOS=29812602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:8:14:24:25:8:14:24:26 chr10 29812889 . G A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0156203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.434;QD=11.0161;RBI=0.0188682;REFB=-0.0120988;REVB=-0.0105838;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125712;STB=0.574366;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0267219;OID=.;OPOS=29812889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:19:9:6:8:19:9 chr10 29821089 . C T 523.37 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0171068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.624;QD=18.6919;RBI=0.017201;REFB=-0.00555596;REVB=0.00179813;RO=57;SAF=21;SAR=34;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403252;STB=0.502232;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00704526;OID=.;OPOS=29821089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:34:21:22:35:34:21:22:35 chr10 29821523 . T C 251.08 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0341765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0692;QD=17.9343;RBI=0.0397242;REFB=0.00631585;REVB=-0.020248;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294117;STB=0.670598;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00683307;OID=.;OPOS=29821523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:6:21:14:14:6:22:14:14 chr10 29822031 . A AT 126.36 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147593;FXX=0.149925;HRUN=0;LEN=1;MLLD=14.7946;QD=29.7315;RBI=0.198447;REFB=0.0435124;REVB=-0.132656;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00319383;OID=.;OPOS=29822032;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:17:17:0:9:8:0:0:4:18:0:2:11:7 chr10 29822032 . C T 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5668;QD=51.1694;RBI=0.0591319;REFB=0;REVB=0.0568445;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175169;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr10 29822159 . T C 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0041947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.447;QD=18.1939;RBI=0.00970457;REFB=-0.016466;REVB=-0.00875118;RO=36;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166183;STB=0.592988;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.016311;OID=.;OPOS=29822159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:22:12:19:17:22:12:19:17 chr10 29839798 . A G 1066.1 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.803;QD=58.4163;RBI=0.0358096;REFB=-0.0826076;REVB=-0.00469814;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.505493;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00128875;OID=.;OPOS=29839798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:27:45:0:0:27:45:1:0 chr10 29839864 . A C 2254.02 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011948;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8625;QD=63.4936;RBI=0.0261693;REFB=0;REVB=-0.0232826;RO=0;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77766e-05;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:139:142:1:66:73:0:0:69:73:0:0 chr10 30728101 . T C 165.64 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.027563;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.097;QD=9.60203;RBI=0.0413193;REFB=-0.00144604;REVB=0.0307826;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055644;STB=0.540902;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00284949;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:46:47:22:22:0.318841:13:9:21:25:13:9:22:25 chr10 30728250 . A G 339.29 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0161023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.243;QD=11.5997;RBI=0.0167867;REFB=-0.0194549;REVB=-0.00474423;RO=74;SAF=15;SAR=27;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277324;STB=0.662167;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0241196;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:27:15:45:29:27:15:46:29 chr10 30901756 . G A 74.65 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0181033;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.328;QD=9.63289;RBI=0.0181897;REFB=-0.0064233;REVB=0.00177021;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0177849;OID=.;OPOS=30901756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:19:21:10:10:0.322581:5:5:9:10:5:5:10:11 chr10 30918549 . G C 394.47 PASS AF=0.342857;AO=45;DP=137;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.0174173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.106;QD=11.2706;RBI=0.0210074;REFB=-0.00966746;REVB=-0.0117451;RO=92;SAF=26;SAR=19;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370832;STB=0.517234;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0187353;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:92:92:45:48:0.342857:19:26:56:36:20:28:56:36 chr10 30918597 . T C 135.91 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.00816285;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6134;QD=5.03385;RBI=0.0359572;REFB=0.00375721;REVB=-0.0350183;RO=88;SAF=11;SAR=12;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156628;STB=0.585996;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0152658;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:88:85:23:23:0.212963:12:11:53:35:12:11:50:35 chr10 30989188 . G C 1370.97 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.523;QD=62.3166;RBI=0.0611809;REFB=0;REVB=-0.00087711;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11063e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:46:39:0:0:47:41:0:0 chr10 30993404 . G A 206.68 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0766508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1507;QD=15.0311;RBI=0.0801101;REFB=-0.00401613;REVB=-0.0232872;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20676;STB=0.624893;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00688366;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:31:22:24:0.436364:8:14:13:17:8:16:14:17 chr10 30993448 . G A 426.91 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0233556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.042;QD=21.8928;RBI=0.0262564;REFB=-0.016555;REVB=-0.0119966;RO=36;SAF=26;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187048;STB=0.594516;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0117064;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:36:41:42:0.538462:15:26:15:21:16:26:15:21 chr10 30998363 . A G 260.12 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0177526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.642;QD=16.7818;RBI=0.0274946;REFB=-0.0135037;REVB=0.0209951;RO=32;SAF=4;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298492;STB=0.66594;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0147002;OID=.;OPOS=30998363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:25:4:11:21:25:4:11:22 chr10 31001494 . A C 170.68 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0137708;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=71.9051;QD=17.9665;RBI=0.014229;REFB=0.00448666;REVB=-0.00358201;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324886;STB=0.697423;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0249228;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:20:18:18:0.473684:3:15:10:8:3:15:11:9 chr10 31138817 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0103316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.264;QD=22.1441;RBI=0.0204361;REFB=-0.0157029;REVB=0.0176321;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485436;STB=0.502729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117665;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:4:13:10:3:4:13:10:3 chr10 31146643 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0269579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.068;QD=25.2765;RBI=0.0451855;REFB=-0.0251604;REVB=0.0362629;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196737;STB=0.609988;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0128471;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:5:7:6:13:5:7 chr10 32045045 . A C 483.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.062;QD=58.5491;RBI=0.0665832;REFB=0;REVB=0.0171125;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304372;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr10 32345710 . G A 2338.26 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345561;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9086;QD=64.062;RBI=0.00986061;REFB=0;REVB=-0.00923528;RO=0;SAF=48;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20158e-05;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:146:146:1:98:48:0:0:98:48:0:0 chr10 32974969 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3038;QD=59.4262;RBI=0.0471242;REFB=0;REVB=0.0293487;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691728;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr10 33018351 . G C 1850.2 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235512;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.733;QD=60.6623;RBI=0.0235519;REFB=-0.0315513;REVB=0.000179602;RO=0;SAF=40;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24235e-08;STB=0.503067;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=9.60077e-06;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:0:1:121:121:0.991803:81:40:0:0:81:40:0:1 chr10 33123824 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.326;QD=62.022;RBI=0.0319742;REFB=0;REVB=0.01931;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139486;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr10 33143396 . G A 858.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.788;QD=57.2159;RBI=0.0192447;REFB=0;REVB=-0.0161282;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236426;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr10 33190285 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.619;QD=43.4852;RBI=0.0719785;REFB=0;REVB=0.053637;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170329;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr10 33190567 . C A 375.93 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.141;QD=55.6929;RBI=0.0225297;REFB=0;REVB=0.0158156;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81623e-07;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:21:6:0:0 chr10 33200558 . G A 96.75 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0525739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.458;QD=12.4842;RBI=0.0578036;REFB=0.00545661;REVB=0.0240257;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00741882;OID=.;OPOS=33200558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr10 33209266 . G T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00236203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.609;QD=58.4204;RBI=0.0193068;REFB=-0.0886894;REVB=0.0191618;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=3.24423e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:38:34:0:0:38:34:0:1 chr10 33214802 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.618;QD=62.6682;RBI=0.0747345;REFB=0;REVB=0.0683441;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473803;OID=.;OPOS=33214802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr10 33466566 . C T 229.0 PASS AF=0.435484;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0339912;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.863;QD=14.7742;RBI=0.0339999;REFB=-0.0139004;REVB=-0.0007691;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223298;STB=0.611502;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0174698;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:37:35:25:27:0.435484:12:13:27:10:13:14:25:10 chr10 33466843 . T C 201.04 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0568222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.221;QD=28.7196;RBI=0.0738917;REFB=-0.0668324;REVB=0.0472358;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170336;STB=0.509424;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0263987;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:4:5:10:9:4:5 chr10 33468014 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00426085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.536;QD=20.7545;RBI=0.0129362;REFB=-0.0104094;REVB=0.0122144;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206687;STB=0.61781;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00710145;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:6:6:4:11:6:6 chr10 33469181 . A G 324.32 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00983179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.968;QD=19.6556;RBI=0.01455;REFB=-0.0319197;REVB=-0.0107255;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507491;STB=0.528216;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0307038;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:20:14:15:17:20:14:15:17 chr10 33495267 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0223568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.421;QD=12.4136;RBI=0.0305702;REFB=-0.00281824;REVB=-0.0208498;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216043;STB=0.624353;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00409823;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:15:22:9:14:15:22 chr10 33502240 . C T 316.73 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0309409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5126;QD=12.9278;RBI=0.0438295;REFB=0.00275593;REVB=0.0310434;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463908;STB=0.526544;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00223005;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:16:20:37:25:16:20:37:25 chr10 33510663 . G A 357.22 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0294071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.69;QD=16.8101;RBI=0.0306288;REFB=-0.00115283;REVB=0.00856404;RO=47;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145372;STB=0.581496;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00171029;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:17:21:19:28:17:21:19:28 chr10 33510768 . G A 251.03 PASS AF=0.515152;AO=23;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000588365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.314;QD=15.2137;RBI=0.0341995;REFB=-0.0324309;REVB=0.0341945;RO=30;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35198;STB=0.514277;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0427512;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:23:34:0.515152:5:18:14:16:16:18:16:16 chr10 33552695 . CA CG,TG 1480.42 PASS AF=0.47619,0.514286;AO=50,55;DP=105;FAO=50,54;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=27,29;FSAR=23,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00650856,-0.00852899;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.7711,253.241;QD=56.3968;RBI=0.0259751,0.00871193;REFB=-0.104889,-0.0845646;REVB=0.0251465,0.00177597;RO=0;SAF=27,30;SAR=23,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509087,0.508471;STBP=0.518,0.516;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0263838,0.00408295;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:105:105:0:1:50,55:50,54:0.47619,0.514286:23,25:27,30:0:0:23,25:27,29:1:0 chr10 33577361 . G A 218.12 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0459006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0227;QD=13.6323;RBI=0.0513344;REFB=0.00414045;REVB=0.0229859;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134622;STB=0.576864;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00691752;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:15:11:21:17:15:11:21:17 chr10 33623251 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00844323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.372;QD=11.2566;RBI=0.144942;REFB=-0.00881323;REVB=0.144696;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.583139;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0152503;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:3:5:8:3:3:5:9:3 chr10 34400149 . G A 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00108152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9587;QD=18.4127;RBI=0.0318586;REFB=-0.0058837;REVB=-0.0318403;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961915;STB=0.553701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00548747;OID=.;OPOS=34400149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:19:14:18:16:19:14:18:16 chr10 34591402 . C T 318.19 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0158049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6276;QD=18.1825;RBI=0.0552331;REFB=-0.0333912;REVB=-0.0529235;RO=35;SAF=24;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.55595;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0422493;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:10:24:21:14:10:24:22:14 chr10 34688287 . G A 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000254188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1587;QD=62.3092;RBI=0.0101058;REFB=0;REVB=-0.0101026;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61049e-05;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr10 35302705 . C T 729.61 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.73;QD=55.0649;RBI=0.005478;REFB=0;REVB=-0.00175542;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260471;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:30:21:0:0:30:23:0:0 chr10 35321414 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.05;QD=62.3509;RBI=0.0248628;REFB=0;REVB=-0.0247671;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15715e-05;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr10 35338699 . G A 1089.41 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000506127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.83;QD=53.1419;RBI=0.0131084;REFB=0.0765097;REVB=0.0130987;RO=6;SAF=31;SAR=45;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600768;STB=0.531837;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000665133;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:82:6:6:76:76:0.926829:45:31:5:1:45:31:5:1 chr10 35362977 . A G 580.65 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900367;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4291;QD=61.1214;RBI=0.0230246;REFB=0;REVB=-0.0211911;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70885e-06;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr10 35426755 . A G 1189.61 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.297;QD=61.0054;RBI=0.0651313;REFB=0;REVB=-0.00206776;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147197;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr10 35464778 . C T 787.55 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103894;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.026;QD=57.2762;RBI=0.0106602;REFB=0;REVB=0.0023878;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.239e-05;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr10 35772402 . G A 724.95 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00441523;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.983;QD=54.7129;RBI=0.00624578;REFB=0.0214541;REVB=-0.00441764;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000142225;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr10 37447358 . T G 398.68 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00119454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.966;QD=14.3669;RBI=0.00985881;REFB=-0.00302354;REVB=-0.00978617;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334843;STB=0.51886;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00489109;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:24:22:29:36:24:22:29:36 chr10 37488689 . G C 641.0 PASS AF=0.5;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.014518;FXX=0.0303007;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.466;QD=20.0311;RBI=0.0146958;REFB=-0.0228963;REVB=-0.00227927;RO=64;SAF=27;SAR=37;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574405;STB=0.531705;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0186279;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:64:64:64:64:0.5:37:27:31:33:37:27:31:33 chr10 37505159 . G A 141.26 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0022136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.543;QD=13.4532;RBI=0.0190679;REFB=-0.0159189;REVB=-0.018939;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0232005;OID=.;OPOS=37505159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:11:15:8:8:11:15 chr10 37505179 . T C 227.47 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00408723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.028;QD=15.6878;RBI=0.00824306;REFB=-0.0126186;REVB=0.0071584;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204739;STB=0.631479;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0162201;OID=.;OPOS=37505179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:29:32:24:26:0.448276:9:15:12:17:10:16:12:20 chr10 37508450 . A C 130.76 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0279758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.078;QD=14.9434;RBI=0.0309745;REFB=-0.00450223;REVB=-0.0132955;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963034;STB=0.590798;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00769373;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:14:15:0.428571:10:4:4:15:10:5:4:16 chr10 37890955 . G A 152.57 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00134091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.791;QD=16.4939;RBI=0.0131562;REFB=-0.020744;REVB=-0.0130877;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.593443;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0167759;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:20:15:17:0.459459:7:8:6:14:9:8:6:14 chr10 37891465 . G T 203.17 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0726929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.602;QD=21.9642;RBI=0.094342;REFB=0.0106037;REVB=0.0601345;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105049;STB=0.55926;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00937082;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:5:15:11:6:5:15:11:6 chr10 37891576 . G A 224.68 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0481219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1132;QD=17.6218;RBI=0.0533873;REFB=-0.00703097;REVB=0.023119;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159552;STB=0.589878;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00513687;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:10:17:11:13:10:17 chr10 38344700 . C G 199.32 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00102569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.501;QD=15.6327;RBI=0.00520875;REFB=-0.00671574;REVB=0.00510677;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665967;STB=0.509795;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0120352;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:10:11:15:14:11:11:15:14 chr10 38407519 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0120668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.633;QD=12.8607;RBI=0.0242178;REFB=-0.0140323;REVB=-0.0209974;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0114322;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:3:4:4:3:4:4 chr10 38645403 . T C 460.88 PASS AF=0.47619;AO=48;DP=103;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00790583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.746;QD=17.5572;RBI=0.019258;REFB=-0.0236935;REVB=-0.0175604;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508635;STB=0.509877;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0224594;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:54:55:48:50:0.47619:30:18:23:31:30:20:23:32 chr10 38672144 . A C 211.18 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00376785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0612;QD=12.0675;RBI=0.0380475;REFB=0.00248719;REVB=0.0378605;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091303;STB=0.552591;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00622869;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:14:12:24:20:14:12:24:20 chr10 38740000 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.109362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.446;QD=15.1971;RBI=0.109477;REFB=-0.013243;REVB=-0.00500649;RO=18;SAF=1;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469874;STB=0.783945;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0107647;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:13:1:6:12:13:1:6:12 chr10 38740029 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0326612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.273;QD=19.523;RBI=0.033285;REFB=-0.0204456;REVB=-0.00641372;RO=12;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34392;STB=0.70233;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00887314;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:13:1:3:9:13:1:3:9 chr10 38740353 . T C 253.95 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=119;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0871595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.956;QD=8.53608;RBI=0.0875278;REFB=-0.0073536;REVB=-0.00802187;RO=82;SAF=16;SAR=19;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209462;STB=0.612841;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0201029;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:82:84:35:35:0.294118:19:16:52:30:19:16:52:32 chr10 38740382 . T C 263.36 PASS AF=0.326923;AO=33;DP=107;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0109898;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.352;QD=10.1292;RBI=0.0133719;REFB=-0.0200286;REVB=-0.00761788;RO=70;SAF=12;SAR=21;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19446;STB=0.589969;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0378107;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:70:70:33:34:0.326923:21:12:37:33:21:13:36:34 chr10 38740419 . C T 530.78 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0103142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.595;QD=18.3027;RBI=0.0143247;REFB=-0.0154363;REVB=0.00994048;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316983;STB=0.525853;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0115613;OID=.;OPOS=38740419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:58:60:56:56:0.482759:28:28:27:31:28:28:27:33 chr10 38740546 . G T 256.46 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0408086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.027;QD=22.7963;RBI=0.0418594;REFB=-0.0162281;REVB=-0.00932029;RO=19;SAF=2;SAR=22;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598253;STB=0.832086;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0205559;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:22:2:12:7:22:2:12:9 chr10 38740590 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0240508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.496;QD=16.1721;RBI=0.0266558;REFB=-0.00147916;REVB=-0.0114931;RO=19;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.676203;STB=0.904575;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00382978;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:15:1:12:7:15:1:13:7 chr10 42907201 . G A 435.9 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0164735;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.685;QD=18.3539;RBI=0.0226408;REFB=-0.00718035;REVB=-0.0155317;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226241;STB=0.626006;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00590887;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:44:44:0.463158:26:18:33:18:26:18:33:18 chr10 42907260 . T C 245.05 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0062319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1427;QD=15.5584;RBI=0.00839091;REFB=-0.0194417;REVB=0.0056188;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19468;STB=0.609788;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0209532;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:22:13:16:12:22:13 chr10 42920832 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0183028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.913;QD=17.247;RBI=0.0204364;REFB=-0.00224174;REVB=-0.0090915;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125114;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00325909;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:12:15:9:12:12:15 chr10 42920884 . C T 141.37 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00636855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.135;QD=13.1508;RBI=0.0125844;REFB=-0.0129062;REVB=-0.0108539;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652938;STB=0.519264;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0209968;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:8:7:11:16:9:7:11:16 chr10 42949664 . A T 280.0 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0371577;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3391;QD=18.9827;RBI=0.0463282;REFB=-0.0450472;REVB=0.0276697;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445914;STB=0.52487;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0192176;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:16:14:15:14:16:14:15:14 chr10 43089965 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.389;QD=56.9372;RBI=0.0220009;REFB=0;REVB=0.0064379;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24557e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 43281089 . T C 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.029823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.74;QD=21.9589;RBI=0.0398997;REFB=-0.0296912;REVB=-0.0265061;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213774;STB=0.511792;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0231744;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:13:17:20:17:13:17 chr10 43287148 . G A 162.63 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0134222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.774;QD=19.1326;RBI=0.0364715;REFB=0.00962323;REVB=-0.0339119;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213639;STB=0.62671;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0160692;OID=.;OPOS=43287148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:17:17:17:0.5:5:12:7:8:5:12:8:9 chr10 43312807 . C T 513.0 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00190456;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.04;QD=17.2438;RBI=0.00785067;REFB=-0.00921216;REVB=0.00761614;RO=63;SAF=17;SAR=38;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157889;STB=0.59332;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00931351;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:64:55:55:0.462185:38:17:29:34:38:17:30:34 chr10 43595968 . A G 636.5 PASS AF=0.574074;AO=58;DP=104;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0352869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7516;QD=23.5741;RBI=0.0414935;REFB=-0.0385075;REVB=0.0218299;RO=46;SAF=23;SAR=35;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320007;STB=0.500304;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312986;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:46:46:58:62:0.574074:35:23:20:26:35:27:20:26 chr10 43606687 . A G 3859.68 PASS AF=1;AO=241;DP=245;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145946;FXX=0.023076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.704;QD=60.7824;RBI=0.0148361;REFB=0;REVB=-0.0026657;RO=0;SAF=100;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017811;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:254:0:0:241:254:1:141:100:0:0:142:112:0:0 chr10 43613843 . G T 715.81 PASS AF=0.482993;AO=70;DP=146;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0324712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.755;QD=19.4777;RBI=0.0348598;REFB=-0.0416322;REVB=0.0126818;RO=74;SAF=19;SAR=51;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103664;STB=0.55283;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0400756;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:74:76:70:71:0.482993:51:19:27:47:51:20:28:48 chr10 43623812 . C T 923.19 PASS AF=0.588652;AO=83;DP=141;FAO=83;FDP=141;FR=.;FRO=58;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.000625072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.992;QD=26.1897;RBI=0.0309116;REFB=-0.01756;REVB=-0.0309053;RO=58;SAF=55;SAR=28;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230584;STB=0.512521;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0142611;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:58:58:83:83:0.588652:28:55:40:18:28:55:40:18 chr10 43624833 . T C 567.5 PASS AF=0.46875;AO=56;DP=125;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0166405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.372;QD=17.7344;RBI=0.0235363;REFB=-0.0186228;REVB=0.0166449;RO=68;SAF=27;SAR=29;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320252;STB=0.516661;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0182606;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:68:68:56:60:0.46875:29:27:35:33:31:29:35:33 chr10 43678796 . C T 453.31 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0124377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3868;QD=22.3858;RBI=0.0209164;REFB=-0.0057048;REVB=0.0168166;RO=37;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232606;STB=0.512815;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0069389;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:19:25:20:17:19:25:20:17 chr10 43690189 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.41;QD=59.8557;RBI=0.0180504;REFB=0;REVB=0.0134453;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04526e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr10 43691691 . C T 178.71 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0692497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.341;QD=22.339;RBI=0.0716965;REFB=-0.00757153;REVB=-0.0185705;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299453;STB=0.668922;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0103951;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:5:9:5:13:5:9 chr10 43837352 . AT CG,CT,GT,TT 612.12 PASS AF=0.047619,0,0.904762,0.047619;AO=2,2,33,2;DP=40;FAO=2,0,38,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,2;FSAR=2,0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558279,-0.00350774,-0.00107966,-0.000754455;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=205.009,182.171,234.468,199.226;QD=58.2974;RBI=0.0316498,0.0335203,0.0349375,0.0340091;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0311535,0.0333363,0.0349209,0.0340007;RO=0;SAF=0,0,15,2;SAR=2,2,18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,snp;VARB=0.0309818,0,-0.00171501,0.0206977;OID=.,.,.,.;OPOS=43837352,43837352,43837352,43837352;OREF=AT,A,A,A;OALT=CG,C,G,T;OMAPALT=CG,CT,GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:7:40:42:0:0:2,2,33,2:2,0,38,2:0.047619,0,0.904762,0.047619:2,2,18,0:0,0,15,2:0:0:2,0,23,0:0,0,15,2:0:0 chr10 43871158 . G A 47.21 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00625993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.462;QD=11.1072;RBI=0.0937614;REFB=-0.0375088;REVB=0.0935522;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0286273;OID=.;OPOS=43871158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr10 43883342 . T A 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00341356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.239;QD=17.5406;RBI=0.0103513;REFB=-0.00460047;REVB=-0.00977231;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00302286;OID=.;OPOS=43883342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr10 43971248 . C G 446.46 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0326501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7776;QD=20.7654;RBI=0.0330988;REFB=0.0129469;REVB=-0.00543122;RO=41;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195858;STB=0.613206;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.012827;OID=.;OPOS=43971248;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:25:19:27:14:25:19:28:14 chr10 43971579 . T G 384.2 PASS AF=0.653061;AO=29;DP=46;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0187573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.456;QD=31.3635;RBI=0.0203454;REFB=-0.0155284;REVB=0.00788014;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133107;STB=0.561588;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00889205;OID=.;OPOS=43971579;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:17:17:29:32:0.653061:16:13:11:6:17:15:11:6 chr10 43977893 . A G 286.68 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0841418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9747;QD=23.4026;RBI=0.0878878;REFB=-0.000323908;REVB=-0.0253855;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000809672;OID=.;OPOS=43977893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:26:26:0.530612:13:13:11:11:13:13:12:11 chr10 43978087 . A G 107.11 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0195331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8365;QD=12.983;RBI=0.0205177;REFB=0.0258884;REVB=0.00627936;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158812;STB=0.593758;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0326683;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:9:11:9:4:9:11 chr10 44052903 . A C 1002.95 PASS AF=1;AO=55;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333388;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.755;QD=56.5041;RBI=0.0347074;REFB=0;REVB=0.0096504;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00822908;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:55:71:1:35:20:0:0:36:35:0:0 chr10 44053013 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.845;QD=57.2369;RBI=0.017833;REFB=0;REVB=0.00484078;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3538e-05;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr10 44053585 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.254;QD=58.1421;RBI=0.0312015;REFB=0;REVB=-0.0150364;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65207e-05;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr10 44788826 . C T 503.03 PASS AF=0.427481;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0267139;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7957;QD=15.3596;RBI=0.0612893;REFB=-0.00536943;REVB=0.0551611;RO=75;SAF=42;SAR=13;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231516;STB=0.604604;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0103835;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:75:55:56:0.427481:13:42:43:32:15:41:43:32 chr10 44793299 . C T 294.16 PASS AF=0.525424;AO=32;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0441193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.576;QD=19.9429;RBI=0.0459862;REFB=-0.0341058;REVB=-0.0129698;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472068;STB=0.533312;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0263661;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:28:32:31:0.525424:20:12:8:17:19:12:9:19 chr10 44793355 . G A 171.19 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0297332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0707;QD=12.4501;RBI=0.0382775;REFB=0.0080016;REVB=0.0241061;RO=34;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230671;STB=0.63537;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.007838;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:17:4:12:22:17:4:12:22 chr10 45467099 . C T 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0159547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.303;QD=20.4388;RBI=0.0285502;REFB=-0.00934211;REVB=-0.0236761;RO=34;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127149;STB=0.501547;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00910939;OID=.;OPOS=45467099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:14:24:21:13:14:24:22:13 chr10 45478092 . A G 133.21 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0111571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3745;QD=16.6515;RBI=0.013765;REFB=-0.0100516;REVB=0.00806186;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.529373;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00405744;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:8:6:7:10:8:7:7:10 chr10 45479434 . G A 513.41 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=51;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=4;FWDB=-0.0340018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2624;QD=18.8408;RBI=0.0490714;REFB=-0.0384846;REVB=0.035382;RO=53;SAF=51;SAR=3;SRF=49;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779466;STB=0.538446;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0432578;OID=.;OPOS=45479434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:53:55:54:54:0.495413:3:51:49:4:3:51:51:4 chr10 45496120 . A T 275.76 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0304245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3115;QD=15.986;RBI=0.0365504;REFB=-0.0261271;REVB=0.0202553;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495286;STB=0.546637;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0316233;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:38:31:31:0.449275:17:14:14:21:17:14:14:24 chr10 45499799 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0189;QD=46.8474;RBI=0.0586553;REFB=0;REVB=-0.0443167;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187105;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr10 45499897 . A AAAAATT 130.5 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115823;FXX=0.133244;HRUN=6;LEN=6;MLLD=330.934;QD=40.1549;RBI=0.011986;REFB=-0.00306189;REVB=0.00308456;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274166;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.00017528;OID=.;OPOS=45499898;OREF=-;OALT=AAAATT;OMAPALT=AAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:12:18:12:13:1:3:9:1:0:7:6:3:9:4:2 chr10 45499974 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.526;QD=35.5756;RBI=0.0534354;REFB=0;REVB=0.021254;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000453001;OID=.;OPOS=45499974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 45500221 . A G,T 805.4 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138196,-0.0019428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.771,132.076;QD=56.5192;RBI=0.0153939,0.00217495;REFB=0,0;REVB=0.00678154,-0.000977703;RO=0;SAF=26,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.40922e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00192399,0.0891291;OID=.,.;OPOS=45500221,45500221;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:29,1:26,1:0:0:29,1:26,1:0:0 chr10 45869748 . C T 389.24 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=134;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.0198592;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5221;QD=11.7063;RBI=0.0620699;REFB=-0.0148162;REVB=0.0588071;RO=86;SAF=30;SAR=17;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266534;STB=0.51528;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0297526;OID=.;OPOS=45869748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:86:86:47:47:0.353383:17:30:53:33:17:30:53:33 chr10 46342667 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=46;DP=236;LEN=21;RO=190;SAF=18;SAR=22;SRF=84;SRR=112;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=46342668;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:236:190:46:22:18:84:112 chr10 46965018 . C G 152.33 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0142841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.025;QD=7.00369;RBI=0.0460893;REFB=-0.0100577;REVB=-0.04382;RO=65;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197404;STB=0.620143;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0299015;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:65:22:22:0.252874:8:14:31:34:8:14:31:34 chr10 46965727 . G A 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.000452563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.925;QD=16.4055;RBI=0.00707888;REFB=-0.0150883;REVB=0.0070644;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024631;STB=0.513866;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0194119;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:23:14:11:20:23:14 chr10 46967672 . C T 117.67 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0258369;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.527;QD=12.0689;RBI=0.0281245;REFB=-0.00946972;REVB=0.0111105;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121095;STB=0.583822;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0251579;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:25:14:14:0.358974:6:8:11:13:6:8:11:14 chr10 46970792 . G C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0185042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.486;QD=5.00593;RBI=0.0237863;REFB=-0.00881489;REVB=-0.014946;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832872;STB=0.526227;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0289506;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:20:22:6:6:0.214286:2:4:12:8:2:4:14:8 chr10 46998894 . G A 170.7 PASS AF=0.375;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0104451;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8014;QD=12.193;RBI=0.0789126;REFB=-0.0145241;REVB=0.0782183;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153116;STB=0.536808;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0457295;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:29:35:21:21:0.375:9:12:17:12:9:12:22:13 chr10 46998995 . C G 348.67 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0106958;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.866;QD=14.3782;RBI=0.0135156;REFB=-0.0331796;REVB=0.00826266;RO=60;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028608;STB=0.506298;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0468964;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:60:59:38:38:0.391753:17:21:33:27:17:21:32:27 chr10 46998999 . G A 630.12 PASS AF=0.581633;AO=55;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0342282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2886;QD=25.7193;RBI=0.0667846;REFB=-0.0286037;REVB=0.0573464;RO=40;SAF=29;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036966;STB=0.524829;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0389972;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:41:55:57:0.581633:26:29:23:17:27:30:24:17 chr10 46999019 . G A 573.66 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00525629;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.011;QD=28.3291;RBI=0.0637622;REFB=-0.0246242;REVB=0.0635452;RO=29;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097285;STB=0.545834;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0112933;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:30:51:51:0.62963:25:26:19:10:25:26:19:11 chr10 46999030 . C T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.030496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.211;QD=11.2835;RBI=0.0390304;REFB=-0.0241626;REVB=0.0243591;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825983;STB=0.547909;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0472255;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:11:16:26:24:11:16:26:24 chr10 46999151 . T C 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0248142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.368;QD=21.4747;RBI=0.0570234;REFB=-0.0265809;REVB=0.0513412;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164114;STB=0.578464;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0330524;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:14:17:18:6:14:17:18:7 chr10 46999178 . A C 216.6 PASS AF=0.446429;AO=22;DP=53;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00598851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.652;QD=15.4716;RBI=0.006887;REFB=-0.00497746;REVB=-0.00340124;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236316;STB=0.655039;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00601909;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:31:31:22:25:0.446429:6:16:16:15:6:19:16:15 chr10 46999189 . CA CG,TG 859.0 PASS AF=0.442623,0.557377;AO=27,35;DP=63;FAO=27,34;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22,19;FSAR=5,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423449,0.0389857;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.3706,155.835;QD=56.3281;RBI=0.0462137,0.0407285;REFB=0,0;REVB=-0.01851,-0.0117867;RO=0;SAF=22,20;SAR=5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.012986,0.0116102;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:61:0:0:27,35:27,34:0.442623,0.557377:5,15:22,20:0:0:5,15:22,19:0:0 chr10 46999198 . G T 385.67 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0136397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.925;QD=23.3738;RBI=0.0247297;REFB=-0.0153866;REVB=0.020628;RO=28;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156902;STB=0.59062;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0129723;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:13:24:23:5:14:24:23:5 chr10 46999465 . A G 168.58 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0188433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9271;QD=24.0827;RBI=0.0197728;REFB=-0.00705658;REVB=-0.00599126;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329238;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.012941;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:8:8:5:6:8:9:5:6 chr10 46999484 . G T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0110125;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.898;QD=7.12549;RBI=0.0158906;REFB=-0.00831754;REVB=-0.0114558;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182661;STB=0.511595;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0209307;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:10:8:3:4:10:8 chr10 46999577 . G T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0445799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.135;QD=26.6016;RBI=0.109021;REFB=-0.077124;REVB=0.09949;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108557;STB=0.562335;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0181208;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:1:1:2:6:1:1 chr10 46999596 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00244906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7469;QD=22.6773;RBI=0.0344144;REFB=0.0115952;REVB=-0.0343272;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00871504;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:4:1:2:8:4:1 chr10 46999604 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.835;QD=51.1846;RBI=0.100978;REFB=0;REVB=0.100884;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231907;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr10 46999732 . G A 913.89 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0044423;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.133;QD=21.0089;RBI=0.00654979;REFB=-0.0132366;REVB=0.00481308;RO=81;SAF=48;SAR=42;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625359;STB=0.524319;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0125759;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:81:84:90:90:0.517241:42:48:49:32:42:48:49:35 chr10 46999747 . T C 1613.87 PASS AF=0.738636;AO=127;DP=171;FAO=130;FDP=176;FR=.;FRO=46;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0160593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.075;QD=36.6789;RBI=0.0161106;REFB=-0.0305434;REVB=-0.00128497;RO=44;SAF=58;SAR=69;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538701;STB=0.530765;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0140205;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:44:46:127:130:0.738636:69:58:25:19:69:61:27:19 chr10 46999922 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0145345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.568;QD=10.6346;RBI=0.0218676;REFB=-0.0168174;REVB=-0.0163383;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0276679;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr10 47000004 . T C 745.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3578;QD=63.4778;RBI=0.0156633;REFB=0;REVB=-0.0143865;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123353;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr10 47000071 . G A 222.71 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0235624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.327;QD=12.5469;RBI=0.0355466;REFB=-0.00830436;REVB=-0.0266154;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348927;STB=0.529892;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0461914;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:44:26:27:0.380282:15:11:20:24:16:11:20:24 chr10 47000079 . T C 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00675385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.123;QD=25.6765;RBI=0.0205874;REFB=-0.0228441;REVB=-0.019448;RO=27;SAF=21;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836011;STB=0.551882;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0155542;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:22:21:10:17:22:21:10:18 chr10 47000146 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.033967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.856;QD=31.2366;RBI=0.0379208;REFB=-0.0405768;REVB=-0.0168593;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226842;STB=0.624312;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0205262;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:10:14:2:9:10:14:2:9 chr10 47000188 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.059;QD=51.916;RBI=0.0603531;REFB=0;REVB=0.00592359;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597762;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr10 47000239 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00220797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.759;QD=19.4659;RBI=0.00426118;REFB=-0.028205;REVB=0.00364451;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140713;STB=0.572469;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0319161;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:5:17:15:8:5:17:16:8 chr10 47000321 . G A 550.85 PASS AF=0.471545;AO=56;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00288966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.179;QD=17.9137;RBI=0.0416694;REFB=0.000105869;REVB=0.0415691;RO=65;SAF=42;SAR=14;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173215;STB=0.576443;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-7.89328e-05;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:56:58:0.471545:14:42:39:26:16:42:39:26 chr10 47000366 . C G 755.43 PASS AF=0.5;AO=77;DP=155;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0109311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.676;QD=19.37;RBI=0.0267642;REFB=0.00107333;REVB=0.0244302;RO=76;SAF=51;SAR=26;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563256;STB=0.528295;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000693997;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:76:78:77:78:0.5:26:51:46:30:26:52:48:30 chr10 47000374 . T C 702.74 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0219857;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5107;QD=18.253;RBI=0.0281485;REFB=-0.00528698;REVB=-0.0175775;RO=80;SAF=47;SAR=27;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102402;STB=0.505661;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00435263;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:80:80:74:74:0.480519:27:47:50:30:27:47:50:30 chr10 47000381 . T C 2288.54 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.185;QD=59.831;RBI=0.0213407;REFB=-0.0968289;REVB=0.0179983;RO=1;SAF=97;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872671;STB=0.504504;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000311077;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:1:1:151:152:0.993464:54:97:0:1:55:97:0:1 chr10 47000426 . T C 2660.05 PASS AF=0.99422;AO=170;DP=171;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0072;QD=61.5041;RBI=0.0429327;REFB=-0.0758676;REVB=0.0222871;RO=0;SAF=97;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98294e-08;STB=0.502564;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000246313;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:173:0:1:170:172:0.99422:73:97:0:0:75:97:1:0 chr10 47000487 . G A 731.25 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00679162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.64;QD=19.7635;RBI=0.00991502;REFB=-0.0139371;REVB=0.00722367;RO=76;SAF=40;SAR=32;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274228;STB=0.515147;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0135252;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:32:40:40:36:32:40:40:36 chr10 47000547 . G T 356.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00273001;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.763;QD=19.2784;RBI=0.00543254;REFB=-3.3343e-05;REVB=-0.00469676;RO=40;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079421;STB=0.513706;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=8.97425e-05;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:40:37:36:37:0.5:21:15:20:20:21:16:17:20 chr10 47000728 . T C 423.65 PASS AF=0.418803;AO=46;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00654068;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.463;QD=14.4837;RBI=0.00654642;REFB=-0.0221834;REVB=-0.000273946;RO=70;SAF=14;SAR=32;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305455;STB=0.662024;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0308675;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:68:46:49:0.418803:32:14:41:29:33:16:41:27 chr10 47000863 . A G 1319.04 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.783;QD=62.0725;RBI=0.0391794;REFB=0;REVB=-0.00480462;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68475e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:81:85:1:49:32:0:0:50:35:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1159.11 PASS AF=0.493671,0.506329;AO=39,38;DP=77;FAO=39,40;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=15,19;FSAR=24,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106801,-0.00428244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.4508,165.774;QD=58.6893;RBI=0.0159191,0.0159584;REFB=0,0;REVB=0.0118048,0.0153731;RO=0;SAF=15,19;SAR=24,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0129381,0.0225601;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:77:79:0:0:39,38:39,40:0.493671,0.506329:24,19:15,19:0:0:24,21:15,19:0:0 chr10 47000898 . C T 406.16 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0315885;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.885;QD=21.9548;RBI=0.0403336;REFB=-0.0317016;REVB=-0.0250792;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180127;STB=0.529197;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0281189;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:26:34:40:40:0.540541:19:21:13:13:19:21:20:14 chr10 47001032 . G A 235.64 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00432484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.438;QD=18.4816;RBI=0.00992139;REFB=-0.0380284;REVB=-0.00892915;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126394;STB=0.588075;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0255519;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:13:12:15:9:13:12:17:9 chr10 47001098 . C T 194.57 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0102489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.471;QD=14.9671;RBI=0.0178956;REFB=-0.00169001;REVB=-0.0146702;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600311;STB=0.581152;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0101045;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:26:30:22:22:0.423077:8:14:15:11:8:14:15:15 chr10 47001293 . TG T 112.95 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0260416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.988;QD=11.5841;RBI=0.250825;REFB=0.0239291;REVB=-0.24947;RO=17;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409407;STB=0.567497;STBP=0.481;TYPE=del;VARB=-0.0358734;OID=.;OPOS=47001294;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:20:39:21:39:18:18:3:14:4:92:17:17:3:14:3 chr10 47001371 . C G 1358.11 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.004;QD=62.4418;RBI=0.0342345;REFB=0;REVB=0.0163876;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31829e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:84:87:1:47:37:0:0:48:39:0:0 chr10 47001409 . G A 491.1 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00887873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.785;QD=16.5075;RBI=0.0157019;REFB=-0.000268921;REVB=0.0129505;RO=65;SAF=29;SAR=25;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438911;STB=0.524469;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-8.33783e-05;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:25:29:32:33:25:29:32:33 chr10 47001485 . A T 401.69 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00442328;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.132;QD=15.5997;RBI=0.0167685;REFB=-0.00842067;REVB=-0.0161746;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560436;STB=0.531439;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0141189;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:25:20:29:29:25:20:29:29 chr10 47001504 . G T 404.73 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0402388;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.32;QD=16.3528;RBI=0.0425894;REFB=-0.00513027;REVB=0.0139536;RO=57;SAF=14;SAR=29;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141772;STB=0.577429;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00587184;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:55:43:44:0.444444:29:14:26:31:29:15:26:29 chr10 47001543 . C T 428.44 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0040442;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.591;QD=15.4393;RBI=0.0117732;REFB=-0.0107633;REVB=-0.0110568;RO=61;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934459;STB=0.554208;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0142963;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:61:63:48:48:0.432432:31:17:27:34:31:17:28:35 chr10 47001786 . A C 296.71 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00642651;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.134;QD=17.9822;RBI=0.00840577;REFB=-0.0109553;REVB=-0.0054182;RO=34;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958501;STB=0.553718;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0160631;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:11:21:19:15:11:21:19:15 chr10 47001946 . T C 100.07 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00632741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.857;QD=7.14768;RBI=0.00688137;REFB=-0.0153175;REVB=-0.002705;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217428;STB=0.650399;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0448809;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:41:41:14:15:0.267857:5:9:19:22:5:10:19:22 chr10 47001954 . C T 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0233501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.284;QD=13.013;RBI=0.0594675;REFB=-0.0333596;REVB=-0.0546915;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867489;STB=0.562437;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0538738;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:29:32:20:20:0.384615:8:12:15:14:8:12:16:16 chr10 47001984 . G A 728.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.453;QD=57.1442;RBI=0.0447086;REFB=0;REVB=0.0432576;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168162;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr10 47002079 . T C 488.13 PASS AF=0.477064;AO=49;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0207114;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4622;QD=17.9131;RBI=0.0354286;REFB=-0.0290929;REVB=0.0287441;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608307;STB=0.504585;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0329388;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:57:49:52:0.477064:23:26:29:25:26:26:29:28 chr10 47002118 . T A 605.24 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00858334;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.05;QD=18.7672;RBI=0.0353064;REFB=-0.0168866;REVB=0.0342472;RO=66;SAF=33;SAR=29;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408309;STB=0.518242;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0240389;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:66:67:62:62:0.48062:29:33:38:28:29:33:38:29 chr10 47002127 . T C,G 1919.48 PASS AF=0.96875,0.0234375;AO=117,6;DP=124;FAO=124,3;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=66,0;FSAR=58,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140055,0.00663652;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.939,108.771;QD=59.9837;RBI=0.0445733,0.0332812;REFB=-0.0814763,-0.113078;REVB=0.0423158,0.0326128;RO=1;SAF=65,0;SAR=52,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00725111,-0.782178;STB=0.503759,0.994936;STBP=0.495,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.00461926,0.0640869;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:124:128:1:1:117,6:124,3:0.96875,0.0234375:52,6:65,0:1:0:58,3:66,0:1:0 chr10 47002135 . A G 596.36 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0303837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.57;QD=18.0714;RBI=0.05957;REFB=-0.00198689;REVB=-0.0512388;RO=69;SAF=33;SAR=28;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600414;STB=0.532248;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00231837;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:69:70:61:62:0.469697:28:33:33:36:29:33:33:37 chr10 47002501 . T A 276.5 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0302695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.948;QD=16.7578;RBI=0.0560636;REFB=-0.018945;REVB=0.0471898;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334373;STB=0.670618;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00823242;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:8:22:14:21:9:22:14:21 chr10 47002542 . C A 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252595;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.849;QD=62.4701;RBI=0.0285145;REFB=0;REVB=-0.0132301;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111656;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr10 47002606 . G A 460.26 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.000986878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3731;QD=18.5963;RBI=0.00787527;REFB=-0.017767;REVB=-0.00781319;RO=53;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19651;STB=0.609328;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0288241;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:20:26:19:34:20:26:19:34 chr10 47002617 . T C 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0186157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2703;QD=19.9739;RBI=0.0425812;REFB=0.00424332;REVB=-0.0382964;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142687;STB=0.583848;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00613183;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:21:26:19:29:21:26:19:30 chr10 47002724 . G A 281.78 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0377581;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.223;QD=14.6381;RBI=0.0380791;REFB=-0.0389469;REVB=-0.00493376;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873469;STB=0.543203;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0409237;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:18:14:23:21:18:14:23:22 chr10 47002757 . A G 1177.69 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9955;QD=60.3941;RBI=0.050566;REFB=0;REVB=-0.00040215;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369857;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:36:39:0:0:36:42:0:0 chr10 47002792 . T C 169.76 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0285381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4541;QD=8.81879;RBI=0.029153;REFB=-0.0146788;REVB=-0.00595581;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23081;STB=0.662859;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.037748;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:51:54:22:23:0.298701:13:9:31:20:14:9:34:20 chr10 47002911 . A AC 387.34 PASS AF=1;AO=10;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111181;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.4486;QD=24.2087;RBI=0.18302;REFB=0;REVB=-0.145379;RO=52;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00277445;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:67:64:64:0:34:30:0:0:9:52:2:8:32:20 chr10 47002917 . T C 887.63 PASS AF=0.969697;AO=45;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00843813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.6567;QD=53.7958;RBI=0.0711844;REFB=-0.059995;REVB=0.0706825;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00202689;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:45:64:0.969697:23:22:1:1:29:35:1:1 chr10 47002937 . A G 364.52 PASS AF=0.578125;AO=34;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0822197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.058;QD=22.7825;RBI=0.107777;REFB=0.0295821;REVB=-0.0696837;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291561;STB=0.509333;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.020613;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:28:27:34:37:0.578125:17:17:15:13:17:20:14:13 chr10 47002942 . C G 364.09 PASS AF=0.571429;AO=37;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0458244;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1889;QD=23.1169;RBI=0.0598036;REFB=0.0182798;REVB=-0.0384266;RO=26;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018761;STB=0.523796;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0102;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:37:36:0.571429:18:19:14:12:18:18:15:12 chr10 47003115 . C T 789.94 PASS AF=0.613445;AO=59;DP=118;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0188768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.822;QD=26.5527;RBI=0.0191223;REFB=-0.0174875;REVB=-0.0030537;RO=39;SAF=23;SAR=36;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438912;STB=0.512765;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0224355;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:39:46:59:73:0.613445:36:23:13:26:47:26:15:31 chr10 47003177 . A G 578.04 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00161155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=24.3386;RBI=0.0213934;REFB=-0.0238427;REVB=0.0213326;RO=42;SAF=18;SAR=35;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136843;STB=0.575192;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00981017;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:35:18:21:21:35:18:21:21 chr10 47003215 . T C 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0115305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.473;QD=18.8954;RBI=0.0116003;REFB=-0.00865299;REVB=-0.00127085;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119883;STB=0.56673;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00872304;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:23:18:25:19:23:18:25:19 chr10 47003229 . C G 175.14 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.014877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.576;QD=10.9461;RBI=0.0163388;REFB=-0.0080729;REVB=0.00675491;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144699;STB=0.583712;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0116322;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:25:16:12:11:25:16 chr10 47003250 . C T 100.01 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0177064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.036;QD=7.40794;RBI=0.0181009;REFB=-0.00299513;REVB=-0.00375832;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195846;STB=0.590033;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00514912;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:39:40:13:14:0.259259:9:4:18:21:9:5:19:21 chr10 47003615 . C T 249.4 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00675664;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.651;QD=16.0905;RBI=0.0327142;REFB=-0.00701339;REVB=-0.0320089;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00825127;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:33:34:28:28:0.451613:17:11:15:18:17:11:15:19 chr10 47003896 . C T 204.98 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00166857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.715;QD=12.811;RBI=0.00272618;REFB=-0.00541365;REVB=-0.00215591;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096401;STB=0.564653;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0107552;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:16:9:17:21:16:9:18:21 chr10 47004036 . G C 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0490453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.5295;QD=7.086;RBI=0.0736288;REFB=-0.00230575;REVB=-0.0549159;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482563;STB=0.796906;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00579552;OID=.;OPOS=47004036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:33:34:11:11:0.244444:9:2:19:14:9:2:19:15 chr10 47004068 . T C 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0201782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.644;QD=18.2995;RBI=0.0321076;REFB=-0.0129088;REVB=-0.0249748;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108155;STB=0.561424;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0320933;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:13:10:11:9:13:10 chr10 47004182 . G A 287.75 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.7698;QD=52.3185;RBI=0.0528618;REFB=0;REVB=0.0469931;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603571;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr10 47004217 . T C 127.05 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00529473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.504;QD=11.5501;RBI=0.00605827;REFB=-0.0109783;REVB=0.00294422;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240851;STB=0.639837;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.011592;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:6:23:9:6:6:23 chr10 47004289 . C T 58.45 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0044135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1901;QD=4.87076;RBI=0.00831665;REFB=-0.0129903;REVB=-0.00704895;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0660156;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:13:26:6:3:13:26 chr10 47004355 . C CA 160.95 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000543388;FXX=0.017854;HRUN=0;LEN=1;MLLD=204.964;QD=11.7051;RBI=0.0140979;REFB=-0.0128872;REVB=-0.0140875;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853325;STB=0.558925;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=0.0181966;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:20:58:20:55:35:9:11:19:16:99:38:9:11:20:18 chr10 47004362 . C T 241.14 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00931975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.577;QD=14.6144;RBI=0.0160282;REFB=-0.0131748;REVB=-0.0130401;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463095;STB=0.526297;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0203667;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:18:20:16:12:18:20 chr10 47004463 . G A 115.29 PASS AF=0.26087;AO=16;DP=67;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00950707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.819;QD=6.68345;RBI=0.0195101;REFB=0.00415315;REVB=-0.017037;RO=49;SAF=2;SAR=14;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33149;STB=0.58813;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0109221;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:49:51:16:18:0.26087:14:2:15:34:14:4:16:35 chr10 47004633 . CA TG 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00455323;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.327;QD=15.6509;RBI=0.00473295;REFB=0.00503159;REVB=-0.00129185;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459074;STB=0.767169;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=-0.00713989;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:13:8:13:3:13:8 chr10 47004702 . A G 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0284986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9124;QD=18.9961;RBI=0.0397928;REFB=-0.0135856;REVB=-0.0277722;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0114347;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:10:7:10:7:10:7 chr10 47004816 . GCA G 129.87 PASS AF=0.21978;AO=11;DP=93;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00982697;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.201;QD=5.70837;RBI=0.0201293;REFB=-0.00249898;REVB=-0.0175676;RO=63;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37458;STB=0.533594;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=0.00882392;OID=.;OPOS=47004817;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21978:11:93:20:91:71:11:9:36:35:99:63:9:2:34:29 chr10 47004971 . A G 321.34 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0128851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.057;QD=27.9427;RBI=0.0135927;REFB=-0.0395867;REVB=-0.0043286;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194263;STB=0.607066;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0171237;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:17:11:12:6:17:11:12:6 chr10 47004994 . A G 192.06 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00746764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3697;QD=30.7299;RBI=0.0186853;REFB=0.00156467;REVB=-0.0171282;RO=7;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905855;STB=0.550207;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000392945;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:25:25:7:7:18:18:0.72:13:5:3:4:13:5:3:4 chr10 47005224 . C T 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.011927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.606;QD=30.8605;RBI=0.0259547;REFB=-0.041575;REVB=0.023052;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053435;STB=0.529384;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0212876;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:6:3:9:12:6:3 chr10 47005267 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.008291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.642;QD=10.4729;RBI=0.028136;REFB=-0.00799831;REVB=-0.0268867;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117061;STB=0.569394;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0170332;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:17:18:7:10:17:18 chr10 47005466 . C T 793.87 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=22;FWDB=0.0208293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4494;QD=18.7898;RBI=0.031788;REFB=-0.0126192;REVB=-0.0240128;RO=86;SAF=49;SAR=33;SRF=65;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158803;STB=0.582605;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0159231;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:87:82:82:0.485207:33:49:65:21:33:49:65:22 chr10 47005504 . T C 982.23 PASS AF=0.502618;AO=96;DP=191;FAO=96;FDP=191;FR=.;FRO=95;FSAF=67;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.0110294;FXX=0.0103622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.644;QD=20.5703;RBI=0.0117985;REFB=-0.0286912;REVB=0.00419018;RO=92;SAF=67;SAR=29;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797735;STB=0.549511;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0177302;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:92:95:96:96:0.502618:29:67:57:35:29:67:58:37 chr10 47005575 . C T 737.58 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00738794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.754;QD=17.6665;RBI=0.0110587;REFB=-0.00577597;REVB=0.00822878;RO=89;SAF=34;SAR=44;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997239;STB=0.555234;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00616567;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:89:78:78:0.467066:44:34:48:41:44:34:48:41 chr10 47005611 . CAGA C 105.71 PASS AF=0.17757;AO=16;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0149839;FXX=0.0613981;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.102;QD=3.95191;RBI=0.0166923;REFB=-0.00342354;REVB=-0.0073564;RO=85;SAF=5;SAR=11;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148888;STB=0.500504;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0147958;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.17757:16:107:19:107:88:8:11:37:51:99:85:5:11:36:49 chr10 47086915 . C T 268.17 PASS AF=0.181818;AO=50;DP=275;FAO=50;FDP=275;FR=.;FRO=225;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=132;FSRR=93;FWDB=-0.00468051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.297;QD=3.90065;RBI=0.0071896;REFB=-0.00582724;REVB=-0.0054574;RO=224;SAF=31;SAR=19;SRF=132;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414895;STB=0.528532;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0366667;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:224:225:50:50:0.181818:19:31:132:92:19:31:132:93 chr10 47086978 . G A 262.21 PASS AF=0.180812;AO=49;DP=272;FAO=49;FDP=271;FR=.;FRO=222;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=132;FSRR=90;FWDB=-0.0255635;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.15;QD=3.87032;RBI=0.0273256;REFB=-0.0029214;REVB=0.00965373;RO=222;SAF=27;SAR=22;SRF=132;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574628;STB=0.536324;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0120603;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:222:222:49:49:0.180812:22:27:132:90:22:27:132:90 chr10 47087474 . C T 1998.08 PASS AF=0.963504;AO=132;DP=137;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00329017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0094;QD=58.3381;RBI=0.00530048;REFB=-0.0338402;REVB=0.00415571;RO=2;SAF=65;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000214937;STB=0.503926;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00557594;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:137:137:2:5:132:132:0.963504:67:65:1:1:67:65:3:2 chr10 47087501 . C T 477.84 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0518256;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.345;QD=15.05;RBI=0.0519023;REFB=-0.00837228;REVB=-0.00282048;RO=74;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165483;STB=0.592886;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0109144;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:23:30:30:44:23:30:30:44 chr10 47087608 . T C 1534.56 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.594;QD=58.4596;RBI=0.0700601;REFB=-0.0174076;REVB=0.0696321;RO=2;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220287;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:105:2:0:102:105:1:46:56:0:2:49:56:0:0 chr10 47087680 . C T 1649.82 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254634;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9299;QD=59.453;RBI=0.0521094;REFB=-0.0521742;REVB=0.0454643;RO=1;SAF=64;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735994;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000622969;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:45:64:1:0:46:64:1:0 chr10 47087731 . C T 1485.85 PASS AF=0.922414;AO=104;DP=116;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.161997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.051;QD=51.2363;RBI=0.162731;REFB=-0.222124;REVB=-0.0154285;RO=11;SAF=38;SAR=66;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119373;STB=0.549441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0212415;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:116:116:11:9:104:107:0.922414:66:38:11:0:66:41:9:0 chr10 47087830 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.439;QD=59.8548;RBI=0.0254762;REFB=0;REVB=0.0109491;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52213e-05;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr10 47151642 . C T 123.21 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00941938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.752;QD=37.9118;RBI=0.0113604;REFB=-0.158422;REVB=0.00635093;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00417717;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:5:7:0:0:5:7:0:1 chr10 47416908 . A G 3314.76 PASS AF=0.460916;AO=342;DP=742;FAO=342;FDP=742;FR=.;FRO=400;FSAF=237;FSAR=105;FSRF=259;FSRR=141;FWDB=-0.00168396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.69;QD=17.8693;RBI=0.0779658;REFB=-0.00749201;REVB=0.0779476;RO=399;SAF=237;SAR=105;SRF=258;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520235;STB=0.528182;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00774655;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:742:742:399:400:342:342:0.460916:105:237:258:141:105:237:259:141 chr10 47747159 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.994;QD=48.7373;RBI=0.0434824;REFB=0;REVB=0.0186303;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217782;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 49659559 . C T 653.0 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.126;QD=59.3637;RBI=0.0685833;REFB=-0.108812;REVB=0.0494069;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000520174;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:44:1:1:42:43:0.977273:19:23:1:0:19:24:1:0 chr10 49659637 . T C 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0175404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4659;QD=8.80848;RBI=0.018833;REFB=0.00224917;REVB=-0.00685704;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355595;STB=0.721736;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0112405;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:11:12:8:2:11:12 chr10 49667795 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1593;QD=59.5005;RBI=0.0366647;REFB=0;REVB=0.0241851;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32838e-06;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr10 49687800 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.524;QD=46.848;RBI=0.0523094;REFB=0;REVB=0.0157826;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281815;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 49933974 . T C 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00697984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.708;QD=11.2597;RBI=0.0428309;REFB=-0.01091;REVB=-0.0422583;RO=55;SAF=11;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208165;STB=0.620606;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0227224;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:18:11:31:24:18:11:31:24 chr10 49968431 . C T 593.17 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00548242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.394;QD=20.6321;RBI=0.0183232;REFB=-0.0238627;REVB=0.0174838;RO=55;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409379;STB=0.522515;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0144466;OID=.;OPOS=49968431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:29:31:31:24:29:31:31:24 chr10 49982526 . C T 398.67 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00357458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.134;QD=14.3665;RBI=0.0167983;REFB=-0.0203372;REVB=-0.0164136;RO=64;SAF=28;SAR=18;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161354;STB=0.514699;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0301805;OID=.;OPOS=49982526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:18:28:38:26:18:28:38:27 chr10 50013402 . T C 1080.51 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.649;QD=60.0285;RBI=0.044641;REFB=0;REVB=0.00413495;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58245e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr10 50025396 . G A 783.91 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.35;QD=63.9927;RBI=0.0503291;REFB=0;REVB=0.0126456;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156917;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:38:10:0:0:38:11:0:0 chr10 50038800 . A G 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.558;QD=55.4093;RBI=0.0157228;REFB=0.097074;REVB=-0.00457476;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000572123;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:0:1:30:27:0:1 chr10 50083111 . T C 1524.27 PASS AF=0.954955;AO=105;DP=110;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00654585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.8221;QD=54.9286;RBI=0.00772015;REFB=-0.117884;REVB=0.004093;RO=2;SAF=48;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193602;STB=0.506679;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00525993;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:110:111:2:5:105:106:0.954955:57:48:2:0:58:48:3:2 chr10 50098651 . G A 700.69 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00310914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.303;QD=21.0734;RBI=0.0150408;REFB=0.00350601;REVB=0.014716;RO=63;SAF=40;SAR=29;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354437;STB=0.516124;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00307819;OID=.;OPOS=50098651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:29:40:34:29:29:40:35:29 chr10 50109902 . G A 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6925;QD=59.4236;RBI=0.0994496;REFB=-0.0745197;REVB=-0.0223743;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00183091;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr10 50121784 . T C 1490.9 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2636;QD=63.4426;RBI=0.0504161;REFB=0;REVB=0.0504086;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025036;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:35:59:0:0:35:59:0:0 chr10 50122181 . C A 923.4 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.302;QD=56.8244;RBI=0.0247123;REFB=0.0285882;REVB=-0.00614695;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-3.15978e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:35:29:0:0:35:29:1:0 chr10 50184949 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0106867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.534;QD=18.1185;RBI=0.0117259;REFB=-0.000480578;REVB=-0.004826;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000431319;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr10 50186415 . C T 289.97 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0220828;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.814;QD=16.8099;RBI=0.0227189;REFB=-0.0234042;REVB=-0.00533862;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275153;STB=0.655394;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0218311;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:37:32:32:0.463768:10:22:14:21:10:22:15:22 chr10 50227785 . T C,G 1071.59 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=70,3;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353508,0.0266577;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=148.531,12.624;QD=58.7171;RBI=0.0353624,0.0267738;REFB=0,0;REVB=-0.00090606,0.00249072;RO=0;SAF=27,3;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.15235e-05,0.170258;OID=.,.;OPOS=50227785,50227785;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:73:73:0:0:70,3:70,3:0.958904,0.0410959:43,0:27,3:0:0:43,0:27,3:0:0 chr10 50531214 . C G 170.9 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0158297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.301;QD=25.3185;RBI=0.0249587;REFB=-0.00806099;REVB=0.0192966;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00458675;OID=.;OPOS=50531214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:6:4:8:9:6:4 chr10 50531549 . G T 155.65 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0211764;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3121;QD=20.7526;RBI=0.0327546;REFB=-0.0173359;REVB=0.0249885;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0168431;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:6:8:9:7:6:8 chr10 50531604 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.891;QD=52.6126;RBI=0.0370119;REFB=0;REVB=0.0218899;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548225;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr10 50531606 . C A 91.91 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0760586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.161;QD=17.5065;RBI=0.0774177;REFB=-0.0251298;REVB=0.0144428;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916023;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0254669;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:21:10:10:10:11:0.52381:6:4:3:7:6:5:3:7 chr10 50531972 . A C 124.0 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0488785;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.586;QD=15.0302;RBI=0.0509159;REFB=-0.00680373;REVB=-0.0142591;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578865;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00926889;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:21:19:14:14:0.424242:10:4:7:14:10:4:7:12 chr10 50532683 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4587;QD=34.6641;RBI=0.0750275;REFB=0.0654328;REVB=-0.0686338;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0586873;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr10 50533613 . AGGGT AGGGC,AGGT 233.13 PASS AF=0.619048,0.380952;AO=12,7;DP=24;FAO=13,8;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218264,0.0232019;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=42.6914,18.4746;QD=44.4062;RBI=0.0324526,0.0248272;REFB=0,0;REVB=-0.0240162,0.00883525;RO=4;SAF=6,0;SAR=6,7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.549261;SSEP=0,0;SSSB=0.111553,-0.760919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0574329,0.0636298;OID=.,.;OPOS=50533617,50533614;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGC,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.619048,0.380952:12,7:24:13,8:21:0:7,1:6,7:0:0:53:4:6,0:6,7:1:3 chr10 50534395 . G A 79.12 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0251744;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0252;QD=13.1872;RBI=0.0267745;REFB=-0.0381419;REVB=-0.00911718;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.583171;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0486938;OID=.;OPOS=50534395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:12:14:8:10:0.416667:5:3:7:5:5:5:9:5 chr10 50534646 . C T 340.92 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0819665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4726;QD=42.6144;RBI=0.0980381;REFB=0.045325;REVB=0.0537863;RO=5;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114558;STB=0.562015;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00557279;OID=.;OPOS=50534646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:16:11:4:1:16:11:4:1 chr10 50534862 . T C 497.47 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0176244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.006;QD=18.0897;RBI=0.0196281;REFB=-0.00834597;REVB=0.00863959;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423609;STB=0.506192;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0102431;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:54:57:53:53:0.481818:31:22:20:34:31:22:23:34 chr10 50678317 . C G 601.92 PASS AF=0.540541;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0154666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.575;QD=21.6907;RBI=0.0172794;REFB=-0.0174179;REVB=0.00770467;RO=50;SAF=31;SAR=28;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546541;STB=0.537803;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0143814;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:50:51:59:60:0.540541:28:31:23:27:28:32:23:28 chr10 50683438 . T C 861.6 PASS AF=0.385496;AO=101;DP=262;FAO=101;FDP=262;FR=.;FRO=161;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=85;FSRR=76;FWDB=-0.0251754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9475;QD=13.1542;RBI=0.0306808;REFB=0.000640509;REVB=-0.017536;RO=156;SAF=55;SAR=46;SRF=81;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274943;STB=0.510264;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000687194;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:156:161:101:101:0.385496:46:55:81:75:46:55:85:76 chr10 50723684 . G A 910.96 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672359;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=58.7716;RBI=0.0101291;REFB=0;REVB=-0.0075758;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88881e-05;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr10 50724016 . C T 902.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.043;QD=58.1988;RBI=0.0216635;REFB=0;REVB=0.0138887;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12489e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr10 50732280 . C T 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00906524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.688;QD=14.4911;RBI=0.0307844;REFB=-0.0205641;REVB=0.0294194;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118945;STB=0.568893;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0332563;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:14:16:8:11:14:16 chr10 50740876 . G C 122.11 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0373109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1286;QD=9.2159;RBI=0.041313;REFB=0.000993068;REVB=-0.0177388;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381859;STB=0.522863;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00389754;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:9:7:15:22:9:7:15:22 chr10 50820345 . C A 773.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528877;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.978;QD=55.2582;RBI=0.0534353;REFB=-0.0606225;REVB=0.00763014;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00030225;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr10 50856652 . G A 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0251828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.188;QD=60.508;RBI=0.0483005;REFB=-0.0207503;REVB=0.0412161;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00032619;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr10 50863147 . T C 982.31 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.428;QD=58.6453;RBI=0.0124231;REFB=0;REVB=0.00648826;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39437e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:25:42:0:0 chr10 50872912 . C T 1490.42 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0387657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.336;QD=60.2188;RBI=0.0554503;REFB=-0.00449797;REVB=0.039648;RO=3;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319341;STB=0.51685;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0020349;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:99:3:3:95:96:0.969697:43:52:0:3:43:53:0:3 chr10 50916484 . A G 818.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.682;QD=57.4113;RBI=0.0232417;REFB=0;REVB=0.0104178;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89887e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr10 50942763 . C T 740.24 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0999;QD=56.9417;RBI=0.021476;REFB=0;REVB=0.0212348;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140672;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr10 50947852 . T C 236.49 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0113093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.418;QD=13.5139;RBI=0.0123532;REFB=-0.0141943;REVB=-0.0049701;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100203;STB=0.557103;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0159516;OID=.;OPOS=50947852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:25:17:14:14:25:17 chr10 50960209 . G A 375.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000606926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.874;QD=55.6914;RBI=0.0516674;REFB=0;REVB=0.0516639;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121587;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr10 51246281 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=58;DP=241;LEN=21;RO=183;SAF=20;SAR=26;SRF=99;SRR=96;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51246282;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:241:183:58:26:20:99:96 chr10 51465552 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.118;QD=37.4883;RBI=0.0154397;REFB=0;REVB=0.000511399;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131229;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=61;DP=162;LEN=21;RO=101;SAF=18;SAR=21;SRF=50;SRR=73;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:162:101:61:21:18:50:73 chr10 51549545 . G T 1136.04 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000975508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.973;QD=59.7917;RBI=0.0607821;REFB=0;REVB=0.0607743;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163574;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:70:76:1:36:34:0:0:39:37:0:0 chr10 51568378 . T G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.647;QD=62.7621;RBI=0.027201;REFB=0;REVB=0.0194833;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23705e-05;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr10 51620317 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5179;QD=33.4285;RBI=0.0610383;REFB=0;REVB=-0.0482535;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108241;OID=.;OPOS=51620317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 51623147 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.108017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6615;QD=14.6515;RBI=0.148334;REFB=0.0471425;REVB=0.101663;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327753;STB=0.699398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0304046;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:5:3:1:7:5:3 chr10 51623174 . C A 62.42 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00771703;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.357;QD=20.8064;RBI=0.0155209;REFB=-0.0321958;REVB=-0.0134665;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336275;STB=0.699397;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00948993;OID=.;OPOS=51623174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:2:2:1:7:2:2 chr10 51623866 . A G 116.19 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.811;QD=42.2512;RBI=0.112615;REFB=0;REVB=-0.0215404;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559885;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr10 51827934 . G A 1064.35 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0587981;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.587;QD=56.0186;RBI=0.0590081;REFB=-0.0337788;REVB=0.00497387;RO=2;SAF=25;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363402;STB=0.528294;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000599761;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:76:2:3:73:73:0.960526:48:25:2:0:48:25:3:0 chr10 52002980 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.995;QD=63.2868;RBI=0.0270293;REFB=0;REVB=0.0221753;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58435e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr10 52005153 . A G 1189.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.746;QD=60.9944;RBI=0.050666;REFB=0;REVB=0.04289;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115629;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:29:49:0:0 chr10 52103707 . A G 476.65 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.018606;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.742;QD=18.6923;RBI=0.0186082;REFB=-0.00890286;REVB=-0.000282401;RO=51;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106156;STB=0.501608;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00914726;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:52:50:50:0.490196:21:29:29:22:21:29:30:22 chr10 53059406 . T C 246.78 PASS AF=0.319588;AO=29;DP=95;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0202258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.965;QD=10.1766;RBI=0.0228183;REFB=-0.0082352;REVB=0.0105638;RO=66;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05609;STB=0.553454;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.017462;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:66:66:29:31:0.319588:15:14:35:31:17:14:35:31 chr10 54053817 . C T 1324.1 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.096;QD=61.5859;RBI=0.0327752;REFB=0;REVB=0.0206156;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119868;OID=.;OPOS=54053817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:32:54:0:0 chr10 54405572 . A G 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.59;QD=62.6388;RBI=0.0383444;REFB=0;REVB=-0.0354101;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49309e-05;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr10 54528266 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.531;QD=59.0176;RBI=0.0242811;REFB=0;REVB=0.0238159;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144517;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr10 54531235 . C T 437.81 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0490939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4138;QD=15.636;RBI=0.0613387;REFB=-0.00789203;REVB=0.0367726;RO=62;SAF=34;SAR=15;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141933;STB=0.576239;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0144817;OID=.;OPOS=54531235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:63:49:49:0.4375:15:34:35:27:15:34:36:27 chr10 55568972 . T G 461.5 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0124136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.127;QD=21.4649;RBI=0.0400364;REFB=-0.0409294;REVB=0.0380633;RO=41;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361879;STB=0.519991;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0295983;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:19:26:22:19:19:26:22:19 chr10 55569202 . T G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00246468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.22;QD=21.0118;RBI=0.00304593;REFB=-0.0273165;REVB=0.0017897;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042887;STB=0.524199;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0221609;OID=.;OPOS=55569202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:5:8:9:7:5:8 chr10 55582905 . G T 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00269343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.793;QD=60.749;RBI=0.00449205;REFB=-0.00970045;REVB=-0.00359498;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104115;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.3276e-05;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:45:40:0:1:45:40:0:1 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 651.28 PASS AF=1;AO=5;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155645;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=5;MLLD=67.2481;QD=51.0807;RBI=0.211453;REFB=0;REVB=0.143133;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00922541;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:51:0:0:5:51:1:3:2:0:0:29:22:0:0 chr10 55755491 . C T 266.04 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0202568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.889;QD=21.2832;RBI=0.0203588;REFB=-0.00587964;REVB=0.00203528;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197993;STB=0.611713;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0142378;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:12:13:18:7:12:13 chr10 55949151 . G A 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00590625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.59;QD=17.5356;RBI=0.0145076;REFB=-0.024787;REVB=-0.0132509;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702916;STB=0.539275;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00975067;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:14:24:19:15:14:24 chr10 55955444 . T G 387.18 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00783974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.988;QD=23.8263;RBI=0.0532225;REFB=-0.0130578;REVB=0.0526419;RO=27;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674851;STB=0.537095;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.010123;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:15:23:14:13:15:23:14:13 chr10 56287569 . T C 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00971344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.961;QD=21.8821;RBI=0.00991768;REFB=-0.0142801;REVB=-0.00200237;RO=27;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155605;STB=0.585319;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0133958;OID=.;OPOS=56287569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:12:22:22:5:12:22:22:5 chr10 56335031 . A G 1189.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9764;QD=61.0022;RBI=0.0237311;REFB=0;REVB=0.00498737;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123133;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr10 56335067 . A G 1572.35 PASS AF=0.990909;AO=98;DP=114;FAO=109;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00457304;FXX=0.0178555;HRUN=11;LEN=1;MLLD=238.438;QD=57.1765;RBI=0.00589502;REFB=-0.150537;REVB=-0.00372001;RO=2;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195494;STB=0.504064;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000736042;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:110:2:1:98:109:0.990909:44:54:1:1:48:61:1:0 chr10 56345303 . T C 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0134465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.389;QD=13.581;RBI=0.0287036;REFB=-0.018888;REVB=0.0253592;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.562427;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0265163;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:16:12:9:8:16:12 chr10 56345335 . T C 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0165212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5624;QD=15.6248;RBI=0.0250937;REFB=-0.0170842;REVB=-0.0188876;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0170623;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:16:11:11:8:16:11 chr10 56423968 . A C 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00195788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.505;QD=13.7577;RBI=0.00537948;REFB=-0.00544232;REVB=0.00501054;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108404;STB=0.500678;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00608783;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:16:18:27:25:16:18:28:25 chr10 57357632 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.044416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2654;QD=13.4548;RBI=0.0565509;REFB=-0.00905024;REVB=-0.0350033;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119577;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0160549;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:7:8:6:5:7:8 chr10 57358664 . C A 182.3 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00522135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.572;QD=11.5745;RBI=0.0276066;REFB=-0.0207406;REVB=0.0271084;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078455;STB=0.545415;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0349998;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:18:22:11:12:18:22 chr10 57358667 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.211;QD=58.4179;RBI=0.0192047;REFB=0;REVB=0.00542713;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71678e-05;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr10 57359697 . C T 466.56 PASS AF=0.7;AO=42;DP=60;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00992083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.171;QD=31.1042;RBI=0.0418333;REFB=0.0087364;REVB=-0.04064;RO=18;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923196;STB=0.549976;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00411172;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:18:42:42:0.7:21:21:12:6:21:21:12:6 chr10 57359819 . T C 340.55 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0523978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.52;QD=23.4862;RBI=0.0524039;REFB=0.000583033;REVB=-0.000793584;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216099;STB=0.625677;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-4.45831e-05;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:24:34:34:0.586207:19:15:17:6:19:15:18:6 chr10 58118375 . C T 302.15 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=0.000679972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5915;QD=19.4933;RBI=0.0172793;REFB=-0.0148426;REVB=0.0172659;RO=30;SAF=25;SAR=7;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224023;STB=0.62242;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.018658;OID=.;OPOS=58118375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:7:25:28:2:7:25:28:2 chr10 58118630 . T C 329.77 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0199937;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.313;QD=14.9894;RBI=0.0221483;REFB=-0.00916804;REVB=-0.00952886;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21706;STB=0.610811;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.012521;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:50:51:35:37:0.420455:22:13:29:21:23:14:29:22 chr10 60573753 . G T 578.82 PASS AF=0.423077;AO=61;DP=151;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00330623;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.261;QD=14.8414;RBI=0.0474176;REFB=-0.014511;REVB=0.0473022;RO=89;SAF=33;SAR=28;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728494;STB=0.512817;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0218547;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:89:90:61:66:0.423077:28:33:42:47:33:33:43:47 chr10 60577393 . T C 409.68 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0715279;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6579;QD=17.8123;RBI=0.0742099;REFB=0.00607092;REVB=0.0197703;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175602;STB=0.58776;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0101592;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:50:42:42:0.456522:26:16:28:22:26:16:27:23 chr10 60588553 . T C 484.82 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00789025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.624;QD=21.0791;RBI=0.0159127;REFB=-0.00473615;REVB=-0.0138187;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148317;STB=0.574595;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00605677;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:45:46:47:0.51087:18:28:20:25:19:28:20:25 chr10 61005244 . G C 1283.3 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0435;QD=61.8458;RBI=0.0400401;REFB=0;REVB=0.0395682;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210402;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:38:45:0:0 chr10 61122268 . T TTA 706.44 PASS AF=1;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363801;FXX=0.10202;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.468;QD=64.2219;RBI=0.0446303;REFB=0;REVB=0.0258526;RO=8;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000181804;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:52:44:44:0:23:21:0:0:3:8:23:21:1:7 chr10 61414011 . G T 1667.3 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.061;QD=59.0194;RBI=0.0354631;REFB=0;REVB=0.0353787;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92177e-05;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:113:0:0:106:113:1:50:56:0:0:53:60:0:0 chr10 61549657 . AT A 808.51 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995405;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9137;QD=46.2005;RBI=0.11144;REFB=0;REVB=0.0501048;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00346445;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:71:70:70:0:35:35:0:0:15:0:35:33:0:0 chr10 61551428 . T C 379.82 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020033;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.969;QD=56.2699;RBI=0.0392584;REFB=0;REVB=0.0337624;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210716;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr10 61552692 . G T 683.33 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.238;QD=52.5642;RBI=0.0251191;REFB=0.00105786;REVB=-0.0146731;RO=1;SAF=13;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03483;STB=0.5357;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000122379;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:37:13:1:0:37:13:2:0 chr10 61552774 . C T 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1646;QD=61.6616;RBI=0.0245279;REFB=0;REVB=0.00575643;RO=0;SAF=39;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262271;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:2:39:0:0:2:39:0:0 chr10 61665886 . C A 3337.37 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.64;QD=62.0906;RBI=0.0265828;REFB=0;REVB=0.023374;RO=0;SAF=127;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99523e-05;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:215:0:0:208:215:1:81:127:0:0:87:128:0:0 chr10 61719232 . A AT 816.7 PASS AF=1;AO=77;DP=96;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5474;QD=36.7056;RBI=0.12881;REFB=-0.00407643;REVB=-0.124711;RO=11;SAF=50;SAR=27;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00163483;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:96:89:89:0:55:34:0:0:15:11:50:27:10:1 chr10 61840347 . G A 220.14 PASS AF=0.433333;AO=23;DP=56;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0138104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.993;QD=14.6757;RBI=0.0362821;REFB=-0.00614652;REVB=0.033551;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394593;STB=0.730592;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015946;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:33:34:23:26:0.433333:16:7:23:10:19:7:23:11 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 1101.09 PASS AF=0,1,0;AO=9,69,4;DP=90;FAO=0,83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=0,55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0768431,-0.0342184,0.044732;FXX=0.0459717;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.18424,19.0035,6.90913;QD=53.0645;RBI=0.171595,0.176859,0.0561379;REFB=0,0,0;REVB=-0.153427,-0.173517,-0.0339192;RO=2;SAF=4,20,2;SAR=5,49,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0179867,-0.0134991,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00342064,0.05232;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,69,4:90:0,83,0:83:0:0,28,0:0,55,0:0:0:6:2:4,20,2:5,49,2:1:1 chr10 61965625 . A G 460.32 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0189378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.013;QD=21.1643;RBI=0.0218699;REFB=-0.0144765;REVB=-0.0109387;RO=42;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125235;STB=0.568955;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00969096;OID=.;OPOS=61965625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:26:19:12:30:26:19:12:30 chr10 63170292 . A G 461.38 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0286884;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.464;QD=17.2477;RBI=0.0302356;REFB=-0.0324228;REVB=-0.009548;RO=57;SAF=25;SAR=25;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126147;STB=0.570066;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0447128;OID=.;OPOS=63170292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:57:50:50:0.46729:25:25:21:36:25:25:21:36 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1964.12 PASS AF=0.325843,0.544944,0.0505618;AO=46,68,9;DP=180;FAO=58,97,9;FDP=178;FR=.;FRO=14;FSAF=54,34,9;FSAR=4,63,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00459412,0.0188213,-0.0224821;FXX=0.0273209;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=213.158,217.259,239.633;QD=44.1375;RBI=0.00522491,0.0189201,0.0231259;REFB=-0.00665599,-0.00395685,-0.016021;REVB=-0.00248874,-0.0019309,-0.00541865;RO=23;SAF=41,14,9;SAR=5,54,0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.488545,-0.0957295,0.791111;STB=0.780218,0.51908,0.99884;STBP=0,0.323,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0344756,0.00112528,0.0538792;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:180:178:23:14:46,68,9:58,97,9:0.325843,0.544944,0.0505618:5,54,0:41,14,9:8:15:4,63,0:54,34,9:3:11 chr10 63520698 . T C 1719.33 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00226602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.739;QD=58.7805;RBI=0.00494612;REFB=-0.132567;REVB=0.00439651;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.501291;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000272806;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:66:49:0:0:66:49:1:1 chr10 63958112 . T C 963.14 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.062455;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.894;QD=57.5008;RBI=0.0632222;REFB=-0.137497;REVB=0.00981933;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00146346;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:1:0:31:35:1:0 chr10 63995983 . C T 1572.96 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000742244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.853;QD=59.9224;RBI=0.0360428;REFB=0;REVB=-0.0360351;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93074e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:51:53:0:0:52:53:0:0 chr10 64000878 . T G 273.23 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00115059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3152;QD=45.5379;RBI=0.0771028;REFB=-0.0653891;REVB=0.0770942;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.541629;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00347377;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:11:11:0:2:11:11:0:2 chr10 64110037 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9489;QD=51.9163;RBI=0.0297948;REFB=0;REVB=-0.0297423;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643814;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr10 64159333 . G T 35.96 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0190275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.227;QD=10.2744;RBI=0.055671;REFB=-0.0140616;REVB=-0.0523184;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0181629;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:14:7:8:5:6:0.428571:1:4:5:2:2:4:6:2 chr10 64415184 . A G 415.76 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0298985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.79;QD=16.9697;RBI=0.0397509;REFB=-0.021424;REVB=0.0261956;RO=54;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763639;STB=0.548027;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0317215;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:24:19:28:26:24:19:29:26 chr10 64564892 . G T 167.37 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00391316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.735;QD=23.0848;RBI=0.0403934;REFB=-0.0305155;REVB=0.0402034;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192334;STB=0.594478;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0193433;OID=.;OPOS=64564892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:29:11:12:17:17:0.586207:5:12:5:6:5:12:6:6 chr10 64564934 . C G 315.41 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00833856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.499;QD=22.5293;RBI=0.00901524;REFB=-0.0233824;REVB=0.00342681;RO=24;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128109;STB=0.570876;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0142876;OID=.;OPOS=64564934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:11:21:12:12:11:21:12:12 chr10 64565011 . G A 515.15 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=124;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00840907;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8441;QD=16.8901;RBI=0.0140443;REFB=-0.011461;REVB=0.0112485;RO=67;SAF=24;SAR=31;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157321;STB=0.595315;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0121223;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:67:66:55:56:0.459016:31:24:40:27:32:24:40:26 chr10 64566572 . T C 199.56 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0157428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.933;QD=15.6518;RBI=0.016966;REFB=0.00898319;REVB=0.00632545;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258211;STB=0.503594;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.010399;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:10:12:16:12:10:12:16:13 chr10 64567364 . C T 612.82 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=-0.00545923;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6639;QD=18.2931;RBI=0.0306016;REFB=0.00209481;REVB=-0.0301107;RO=71;SAF=29;SAR=34;SRF=51;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243907;STB=0.634584;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00360967;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:71:71:63:63:0.470149:34:29:51:20:34:29:51:20 chr10 64567938 . C T 240.29 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0421113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.085;QD=22.8848;RBI=0.0451285;REFB=0.000853866;REVB=0.0162242;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945307;STB=0.55944;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000606104;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:16:6:7:12:17:6:7:12 chr10 64572037 . ATT A,AT 509.35 PASS AF=0,1;AO=10,60;DP=77;FAO=0,77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465037,-0.0868416;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.48216,9.21962;QD=26.4598;RBI=0.0466117,0.0870532;REFB=0.0222008,0.0174893;REVB=0.00317225,0.00606596;RO=4;SAF=5,29;SAR=5,31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00196393;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0988294,0.000413811;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,60:77:0,77:77:0:0,37:0,40:0:0:8:4:5,29:5,31:2:2 chr10 64572093 . T C 431.93 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0270814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.588;QD=23.0362;RBI=0.0303902;REFB=-0.0224053;REVB=0.0137899;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795001;STB=0.543705;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.017789;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:22:20:19:14:22:20:19:14 chr10 64573771 . C T 587.41 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568637;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.928;QD=60.2474;RBI=0.0593492;REFB=0;REVB=0.0169953;RO=0;SAF=33;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409223;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:5:33:0:0:5:34:0:0 chr10 64869942 . A G 329.14 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0111971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8196;QD=26.8686;RBI=0.0513138;REFB=-0.0358217;REVB=0.0500773;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164303;STB=0.515141;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0324358;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:20:28:29:0.591837:16:12:9:11:17:12:9:11 chr10 64945364 . G A 35.05 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0168204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8337;QD=5.00668;RBI=0.0865905;REFB=0.00447794;REVB=-0.0849411;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201969;STB=0.513469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0116548;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:15:7:2:4:15:7 chr10 64967445 . A T 1105.3 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181574;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8227;QD=60.5643;RBI=0.0202722;REFB=0;REVB=-0.00901518;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04303e-05;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 56.85 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0452746;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=6;MLLD=220.928;QD=9.47536;RBI=0.0692689;REFB=-0.0122732;REVB=-0.0524251;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.662868;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.0226184;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:23:8:24:16:5:3:6:10:56:15:5:3:6:9 chr10 64974380 . G C 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0306756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0108;QD=26.3138;RBI=0.066339;REFB=-0.0148181;REVB=0.0588207;RO=14;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119403;STB=0.566602;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0118957;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:5:17:9:5:5:17:9:5 chr10 65322381 . G T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0160995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.658;QD=15.1962;RBI=0.0221216;REFB=-0.0100101;REVB=-0.0151714;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126506;STB=0.573444;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0113847;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:10:16:13:5:10:16 chr10 68040325 . C T 250.63 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00277866;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.122;QD=20.4594;RBI=0.00364192;REFB=-0.0200224;REVB=0.00235429;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.59183;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.022884;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:23:24:0.489796:10:13:9:16:11:13:9:16 chr10 68685929 . G C 505.28 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144615;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.075;QD=59.4445;RBI=0.0207817;REFB=0;REVB=0.0149246;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97757e-05;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:7:27:0:0:7:27:0:0 chr10 69571336 . G A 224.73 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0183067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9482;QD=20.4299;RBI=0.0327525;REFB=-0.00158189;REVB=0.0271587;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807409;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00250207;OID=.;OPOS=69571336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:13:9:11:11:13:9 chr10 69666598 . T C 495.24 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.018613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3723;QD=18.5136;RBI=0.028404;REFB=0.0088058;REVB=-0.0214557;RO=53;SAF=28;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253502;STB=0.51373;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00798232;OID=.;OPOS=69666598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:54:52:53:0.495327:24:28:30:23:24:29:31:23 chr10 69676830 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000459469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.605;QD=12.1197;RBI=0.0114924;REFB=0.00975754;REVB=-0.0114832;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196892;STB=0.613934;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0142089;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:15:8:20:18:15:8:20:18 chr10 69773841 . G A 1463.94 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0497985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4758;QD=56.3054;RBI=0.0513254;REFB=-0.179135;REVB=-0.012426;RO=3;SAF=43;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319487;STB=0.516851;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0023147;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:104:3:3:101:101:0.971154:58:43:3:0:58:43:3:0 chr10 69934258 . C G 83.68 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.049165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.909;QD=12.3966;RBI=0.0541506;REFB=-0.00721097;REVB=0.0226957;RO=16;SAF=0;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751461;STB=0.694003;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0124613;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:27:16:16:10:11:0.407407:10:0:4:12:10:1:4:12 chr10 69948844 . T C 2011.11 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.165;QD=61.4078;RBI=0.0258091;REFB=-0.106048;REVB=-0.0233009;RO=1;SAF=61;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772739;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00174254;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:69:61:1:0:69:61:1:0 chr10 69991853 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.372;QD=37.4874;RBI=0.0456601;REFB=0;REVB=0.0203069;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684432;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr10 70051810 . A G 643.48 PASS AF=0.852459;AO=53;DP=63;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00595089;FXX=0.031741;HRUN=8;LEN=1;MLLD=246.259;QD=42.1956;RBI=0.00758019;REFB=0.00382375;REVB=0.00469534;RO=10;SAF=25;SAR=28;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051323;STB=0.51635;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000265333;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:63:61:10:9:53:52:0.852459:28:25:3:7:29:23:3:6 chr10 70051928 . A G 1124.32 PASS AF=1;AO=57;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.12;QD=59.9636;RBI=0.0276344;REFB=0;REVB=-0.00455974;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6451e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:57:75:1:20:37:0:0:37:38:0:0 chr10 70102936 . T A 995.73 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5906;QD=58.5721;RBI=0.118992;REFB=0;REVB=0.0407608;RO=2;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139086;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:66:68:1:44:22:0:2:46:22:0:0 chr10 70103272 . G C 237.23 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00564381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9167;QD=11.4326;RBI=0.0105831;REFB=-0.010627;REVB=0.00895264;RO=54;SAF=8;SAR=21;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145813;STB=0.584953;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0131412;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:21:8:21:33:21:8:21:33 chr10 70103958 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00544619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.993;QD=12.0146;RBI=0.00874361;REFB=0.00239501;REVB=-0.00684031;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0171475;OID=.;OPOS=70103958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr10 70105178 . C T 492.27 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.033571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4486;QD=22.6331;RBI=0.0375221;REFB=-0.0158867;REVB=0.01676;RO=40;SAF=16;SAR=31;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261105;STB=0.643855;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0168055;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:31:16:26:14:31:16:26:14 chr10 70105286 . C A 339.0 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0184918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6641;QD=20.5456;RBI=0.0196939;REFB=-0.0112256;REVB=-0.00677518;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.570111;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00900596;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:22:13:16:15:22:13:16:15 chr10 70105560 . G A 269.39 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0434053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4792;QD=19.9551;RBI=0.0476022;REFB=-0.00812566;REVB=-0.0195434;RO=24;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258316;STB=0.638147;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00905409;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:28:29:0.537037:19:9:15:9:19:10:16:9 chr10 70166913 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7007;QD=35.5759;RBI=0.041171;REFB=0;REVB=0.036575;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946531;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr10 70173876 . AC A 170.19 PASS AF=0.328571;AO=13;DP=97;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0151316;FXX=0.3069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.587;QD=9.7251;RBI=0.01817;REFB=-0.0173091;REVB=0.0100589;RO=80;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282968;STB=0.559387;STBP=0.523;TYPE=del;VARB=0.0568434;OID=.;OPOS=70173877;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328571:13:97:23:70:47:7:16:18:29:99:80:7:6:25:55 chr10 70173879 . CAT C,CAC 584.97 PASS AF=0.386139,0.19802;AO=37,21;DP=102;FAO=39,20;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=13,7;FSAR=26,13;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0158691,0.0143243;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=216.848,124.831;QD=23.167;RBI=0.0170224,0.0143452;REFB=-0.0075904,-0.0127295;REVB=-0.00615903,0.000774411;RO=40;SAF=12,7;SAR=25,14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0535994,0.0761189;STB=0.542836,0.568201;STBP=0.494,0.505;TYPE=del,snp;VARB=0.0106548,0.00778281;OID=.,.;OPOS=70173880,70173881;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386139,0.19802:37,21:102:39,20:101:42:13,7:26,13:11:31:99:40:12,7:25,14:11:29 chr10 70221194 . G A 270.73 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0257199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.512;QD=16.9207;RBI=0.0264871;REFB=-0.00728536;REVB=0.00632863;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962479;STB=0.554104;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00970091;OID=.;OPOS=70221194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:18:12:17:17:18:12:17:17 chr10 70225504 . G T 153.28 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.018339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8506;QD=8.88594;RBI=0.0695253;REFB=0.0106284;REVB=0.067063;RO=48;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372904;STB=0.72281;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0240158;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:5:16:22:26:5:16:22:26 chr10 70227964 . C T 189.83 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0105403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4559;QD=11.3332;RBI=0.0117244;REFB=-0.0203352;REVB=-0.00513464;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018387;STB=0.510656;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0334917;OID=.;OPOS=70227964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:13:11:19:24:13:11:19:24 chr10 70231701 . A G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0020467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.092;QD=21.2649;RBI=0.0113841;REFB=-0.00750141;REVB=-0.0111986;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138638;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00824715;OID=.;OPOS=70231701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:19:20:0.526316:7:12:8:9:8:12:9:9 chr10 70332580 . A G 185.18 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0186806;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.581;QD=17.6363;RBI=0.021722;REFB=-0.0187142;REVB=-0.0110852;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129043;STB=0.57349;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0190712;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:9:14:9:10:9:14 chr10 70332672 . T A 171.82 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00288584;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.953;QD=16.7629;RBI=0.0158192;REFB=-0.00892497;REVB=0.0155537;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638092;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0157186;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:13:10:9:9:13:10 chr10 70332862 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000920323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.348;QD=12.8689;RBI=0.00433811;REFB=0.002001;REVB=0.00423936;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00352084;OID=.;OPOS=70332862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:7:9:6:5:7:9 chr10 70405539 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0354019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.384;QD=7.46462;RBI=0.0687025;REFB=0.00543406;REVB=0.058879;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241432;STB=0.650753;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.023205;OID=.;OPOS=70405539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:11:6:4:3:11:6 chr10 70405855 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0143828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1622;QD=10.6339;RBI=0.0220134;REFB=-0.00949931;REVB=0.0166651;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198042;STB=0.618767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0130166;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:4:9:4:4:4:9 chr10 70481389 . G A 119.55 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0360055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.287;QD=13.6626;RBI=0.038215;REFB=-0.00711048;REVB=0.0128059;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268732;STB=0.515673;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00936813;OID=.;OPOS=70481389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:7:14:9:5:7:14 chr10 70495544 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4269;QD=57.6787;RBI=0.0897745;REFB=0;REVB=0.0192381;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179859;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 70502288 . G A 1193.68 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453001;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.181;QD=61.2145;RBI=0.0103938;REFB=0;REVB=-0.00935471;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17177e-05;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr10 70513684 . A G 175.9 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0197243;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3514;QD=13.2752;RBI=0.0202023;REFB=-0.0120074;REVB=0.00436894;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.533182;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0197642;OID=.;OPOS=70513684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:31:32:21:21:0.396226:11:10:16:15:11:10:17:15 chr10 70534744 . A C,T 128.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379838,0.0241567;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.758,169.649;QD=42.7497;RBI=0.0207303,0.0350051;REFB=0,0;REVB=-0.0203794,-0.0253341;RO=0;SAF=7,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0203665,0.0286071;OID=.,.;OPOS=70534744,70534744;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:3,1:7,1:0:0:3,1:7,1:0:0 chr10 70641860 . T C 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.00993958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6713;QD=16.2789;RBI=0.0236305;REFB=-0.00197852;REVB=0.0214384;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240669;STB=0.622674;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00302405;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:15:13:7:25:15:13:8:25 chr10 70645376 . A C 99.64 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0241428;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.159;QD=13.7431;RBI=0.0262696;REFB=-0.000829491;REVB=0.0103546;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423776;STB=0.75295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00060512;OID=.;OPOS=70645376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:8:9:2:10:8:9 chr10 70645697 . C T 81.6 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0205373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.437;QD=8.3692;RBI=0.0467769;REFB=-0.013577;REVB=-0.0420274;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717141;STB=0.548929;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0285979;OID=.;OPOS=70645697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:39:26:28:11:11:0.282051:4:7:15:11:4:7:16:12 chr10 70696713 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.191;QD=64.4153;RBI=0.0302316;REFB=0;REVB=0.0301025;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25493e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr10 70700944 . A G 196.66 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00683191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9297;QD=27.1251;RBI=0.0236176;REFB=-0.0821638;REVB=0.0226079;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170991;STB=0.588135;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0411082;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:29:9:10:18:19:0.655172:14:4:4:5:15:4:4:6 chr10 70748784 . G A 356.07 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00148179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.535;QD=30.3036;RBI=0.0417935;REFB=-0.0400579;REVB=0.0417672;RO=17;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581679;STB=0.531894;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0110675;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:15:15:7:10:15:15:7:10 chr10 70856852 . G A 312.5 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00282414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.473;QD=14.3676;RBI=0.0113072;REFB=-0.0163346;REVB=0.0109488;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175131;STB=0.599292;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0305326;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:20:15:31:21:20:15:31:21 chr10 70992635 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.000207425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.464;QD=13.314;RBI=0.00204002;REFB=-0.00606217;REVB=0.00202945;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238079;STB=0.625298;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0139648;OID=.;OPOS=70992635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:22:10:12:10:22:11 chr10 70992664 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.559;QD=62.345;RBI=0.0483124;REFB=0;REVB=-0.0180962;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199144;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 71018660 . T C 860.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.652;QD=57.3886;RBI=0.0319766;REFB=0;REVB=0.0314292;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163534;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:36:24:0:0 chr10 71026510 . C A 754.83 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1686;QD=54.8967;RBI=0.0470282;REFB=-0.166588;REVB=0.0129218;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00210767;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:0:1:33:21:0:1 chr10 71055459 . T C 213.56 PASS AF=0.947368;AO=11;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393502;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=38.6715;QD=44.9592;RBI=0.0569071;REFB=0.0401;REVB=0.0411094;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000916571;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:11:18:0.947368:5:6:0:0:10:8:1:0 chr10 71060610 . A G 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177342;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.007;QD=60.9976;RBI=0.0180598;REFB=0;REVB=0.00341366;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58778e-05;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr10 71060634 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.008609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.131;QD=50.8365;RBI=0.0151728;REFB=-0.0252995;REVB=0.012494;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00120894;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:10:15:0:0:10:15:0:1 chr10 71142420 . G A 91.17 PASS AF=0.25;AO=12;DP=57;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00619585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6092;QD=6.07831;RBI=0.0515757;REFB=-0.0315531;REVB=0.0512022;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196422;STB=0.533588;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.123469;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:57:60:45:45:12:15:0.25:7:5:26:19:7:8:26:19 chr10 71168685 . A T 451.39 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207587;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.66;QD=58.2437;RBI=0.0522531;REFB=0;REVB=0.0479527;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025818;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:32:31:1:12:20:0:0:12:19:0:0 chr10 71168727 . C T 1145.94 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0597776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8538;QD=56.5897;RBI=0.111551;REFB=-0.189656;REVB=0.0941817;RO=2;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230741;STB=0.518514;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00943454;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:81:2:3:77:78:0.962963:40:37:0:2:39:39:0:3 chr10 71332204 . A G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00102885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.022;QD=55.0448;RBI=0.0321851;REFB=-0.0374913;REVB=0.0321686;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192307;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000120041;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:24:30:0:1:25:30:0:1 chr10 71390392 . C T 715.04 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.988;QD=60.8546;RBI=0.0678225;REFB=-0.130224;REVB=0.0566626;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00334027;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:18:28:0:0:18:28:1:0 chr10 71392557 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.299;QD=61.3361;RBI=0.00978865;REFB=0;REVB=0.000801382;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80535e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr10 71392692 . T C 1438.38 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0406478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.55;QD=61.8656;RBI=0.0475207;REFB=-0.025064;REVB=0.0246165;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.505493;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=6.3792e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:47:45:0:0:47:45:1:0 chr10 71562437 . G A 581.19 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0296214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.865;QD=52.835;RBI=0.0415479;REFB=-0.0921044;REVB=0.0291342;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.510539;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00230643;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:43:44:1:3:39:41:0.931818:20:19:0:1:20:21:2:1 chr10 71640255 . G A 236.92 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00590413;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.78;QD=24.9393;RBI=0.0392394;REFB=-0.0165928;REVB=0.0387927;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430007;STB=0.538989;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.014665;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:16:22:22:0.578947:9:13:8:7:9:13:8:8 chr10 71657272 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00994809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.232;QD=58.6473;RBI=0.0121538;REFB=-0.0465691;REVB=-0.00698211;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000239411;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr10 71658512 . G A 954.74 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.572;QD=58.753;RBI=0.00303121;REFB=0;REVB=0.00140594;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10786e-06;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr10 71872404 . G A,C 1022.48 PASS AF=0.907895,0.0526316;AO=69,4;DP=75;FAO=69,4;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=38,4;FSAR=31,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017904,-0.0627828;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=44.6573,21.5401;QD=53.8145;RBI=0.0260405,0.0640287;REFB=-0.0472337,0.0676722;REVB=0.0189091,0.0125695;RO=1;SAF=39,4;SAR=30,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154963,0.749895;STB=0.504885,0.995652;STBP=0.742,0.214;TYPE=snp,snp;VARB=0.00410323,0.135124;OID=.,.;OPOS=71872404,71872404;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:75:76:1:3:69,4:69,4:0.907895,0.0526316:30,0:39,4:0:1:31,0:38,4:2:1 chr10 71872410 . C T 1102.05 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220836;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.211;QD=60.3863;RBI=0.0239951;REFB=0;REVB=0.00938516;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05452e-05;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:31:41:0:0:31:42:0:0 chr10 71874048 . G A 508.36 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.798;QD=56.4843;RBI=0.0183365;REFB=0.00295701;REVB=0.0138282;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.09714e-05;OID=.;OPOS=71874048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:20:14:0:1:20:15:0:1 chr10 71905569 . C A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0219296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.113;QD=24.1897;RBI=0.0315955;REFB=-0.0375318;REVB=0.0227457;RO=6;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629385;STB=0.535653;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0284152;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:3:9:4:2:3:9:4:2 chr10 71905695 . A G 196.25 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0151235;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.731;QD=13.0832;RBI=0.112913;REFB=-0.0126876;REVB=-0.111896;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029703;STB=0.517031;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.035254;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:20:16:10:14:20:16 chr10 71905735 . G A 317.98 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00169296;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.938;QD=15.3243;RBI=0.0101663;REFB=-0.0241884;REVB=-0.0100244;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795962;STB=0.519424;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0303013;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:47:48:34:35:0.421687:14:20:28:19:15:20:29:19 chr10 71993094 . T G 200.16 PASS AF=0.366197;AO=22;DP=66;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00448399;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6605;QD=11.2768;RBI=0.00449363;REFB=-0.0388371;REVB=0.000294317;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856915;STB=0.536813;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0675222;OID=.;OPOS=71993094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:44:45:22:26:0.366197:7:15:27:17:9:17:27:18 chr10 72014967 . G T 710.25 PASS AF=0.689655;AO=59;DP=87;FAO=60;FDP=87;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000363032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.487;QD=32.6552;RBI=0.0355967;REFB=-0.0347934;REVB=0.0355948;RO=28;SAF=33;SAR=26;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120265;STB=0.572279;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0154924;OID=.;OPOS=72014967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:28:27:59:60:0.689655:26:33:10:18:26:34:9:18 chr10 72043389 . T G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.2;QD=60.2226;RBI=0.0489643;REFB=0;REVB=0.0119736;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013472;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr10 72163076 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00715825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.499;QD=14.0438;RBI=0.0225918;REFB=-0.00908203;REVB=-0.0214278;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00607775;OID=.;OPOS=72163076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr10 72179746 . C T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.943;QD=11.9526;RBI=0.00796904;REFB=-0.0172212;REVB=-0.00796904;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284173;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:8:0:0:11:8:0:0:11 chr10 72181460 . G T 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9353;QD=60.2187;RBI=0.0134708;REFB=0;REVB=0.00971428;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358854;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr10 72195438 . GT CG,GC 560.57 PASS AF=0.0487805,0.902439;AO=2,13;DP=40;FAO=2,37;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=2,26;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000472677,-0.0106911;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=43.2316,52.8123;QD=54.6892;RBI=0.00236365,0.0237556;REFB=0.0197194,-0.13259;REVB=-0.0023159,-0.0212139;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994977,0.541644;STBP=0.131,0.072;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00530407,0.00373786;OID=.,.;OPOS=72195438,72195439;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:41:0:2:2,13:2,37:0.0487805,0.902439:0,11:2,2:0:0:0,11:2,26:0:2 chr10 72289701 . G A 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.456;QD=52.7684;RBI=0.0397578;REFB=0.0357028;REVB=0.0259525;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000127985;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr10 72307101 . C T 1013.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.186;QD=58.7249;RBI=0.0550675;REFB=0;REVB=0.0139879;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38022e-05;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr10 72324143 . A G 1540.29 PASS AF=0.93913;AO=108;DP=115;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0205385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6747;QD=53.5755;RBI=0.0626876;REFB=0.0227523;REVB=-0.0592276;RO=7;SAF=58;SAR=50;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455301;STB=0.524036;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0108096;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:115:115:7:7:108:108:0.93913:50:58:1:6:50:58:1:6 chr10 72327052 . GT G 32.13 PASS AF=0.206349;AO=12;DP=65;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0429647;FXX=0.0307645;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2936;QD=2.03983;RBI=0.148526;REFB=-0.0390934;REVB=-0.142176;RO=47;SAF=2;SAR=10;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607409;STB=0.886196;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0464211;OID=.;OPOS=72327053;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349:12:65:13:63:50:2:11:35:15:32:47:2:10:33:14 chr10 72358577 . G A 1544.93 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7727;QD=63.7085;RBI=0.0551461;REFB=0;REVB=0.0545837;RO=1;SAF=60;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300601;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:1:0:94:97:1:34:60:1:0:36:61:0:0 chr10 72500763 . T C 156.28 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0128444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.175;QD=10.0824;RBI=0.0244481;REFB=-0.00946528;REVB=-0.0208022;RO=39;SAF=1;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576361;STB=0.866015;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0164269;OID=.;OPOS=72500763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:62:39:40:14:14:0.225806:13:1:17:22:13:1:17:23 chr10 72500863 . C G 349.76 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0642089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.215;QD=17.7093;RBI=0.0661072;REFB=-0.0100512;REVB=0.015728;RO=42;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658428;STB=0.536914;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00810158;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:26:11:15:27:26:11:15:27 chr10 72503344 . G A 504.38 PASS AF=0.458333;AO=52;DP=117;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00101465;FXX=0.0243883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.945;QD=16.8128;RBI=0.00939313;REFB=-0.00402274;REVB=-0.00933817;RO=64;SAF=38;SAR=14;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157078;STB=0.564078;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00473424;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:64:65:52:55:0.458333:14:38:38:26:17:38:38:27 chr10 72513682 . C T 901.97 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=174;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0999378;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8585;QD=21.0987;RBI=0.103918;REFB=-0.0311709;REVB=0.0284845;RO=80;SAF=53;SAR=36;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379974;STB=0.513225;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0197395;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:171:80:82:89:89:0.520468:36:53:51:29:36:53:51:31 chr10 72517837 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0193173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.633;QD=9.13237;RBI=0.0330712;REFB=-0.0271231;REVB=-0.0268429;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812577;STB=0.549897;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0627273;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:3:7:14:8:3:7:14:8 chr10 72520330 . A G 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.459;QD=61.5349;RBI=0.024671;REFB=0;REVB=0.0109046;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6124e-05;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr10 72520567 . A G 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0125657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5093;QD=16.8956;RBI=0.136262;REFB=-0.0276751;REVB=-0.135681;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0147067;OID=.;OPOS=72520567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr10 72532037 . C T 539.84 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0136732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.972;QD=24.5382;RBI=0.0143542;REFB=-0.0228704;REVB=-0.00436884;RO=38;SAF=28;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058851;STB=0.503224;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0169107;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:22:28:21:17:22:28:21:17 chr10 72533986 . C T 242.21 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00204789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.536;QD=24.8421;RBI=0.0218426;REFB=-0.018478;REVB=0.0217464;RO=16;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143913;STB=0.585719;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0140154;OID=.;OPOS=72533986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:5:17:10:6:5:18:10:6 chr10 72537086 . C T 282.53 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0117853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3981;QD=29.7397;RBI=0.0406983;REFB=-0.0318001;REVB=0.0389546;RO=13;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351143;STB=0.519298;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0154552;OID=.;OPOS=72537086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:11:14:8:5:11:14:8:5 chr10 72619205 . C T 2101.07 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=62.7186;RBI=0.0367344;REFB=0;REVB=0.0304035;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86739e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:134:0:0:128:134:1:54:74:0:0:58:76:0:0 chr10 73051388 . T C 325.08 PASS AF=0.344262;AO=40;DP=120;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.00634883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.833;QD=10.6582;RBI=0.0168367;REFB=-0.0160181;REVB=-0.0155939;RO=76;SAF=28;SAR=12;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884725;STB=0.567534;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0242549;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:76:80:40:42:0.344262:12:28:48:28:12:30:50:30 chr10 73057755 . G C 799.16 PASS AF=0.520548;AO=75;DP=147;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00260738;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.34;QD=21.8948;RBI=0.0142979;REFB=-0.00804758;REVB=-0.0140581;RO=69;SAF=21;SAR=54;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993824;STB=0.561924;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00748994;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:69:70:75:76:0.520548:54:21:26:43:55:21:27:43 chr10 73082563 . A G 517.7 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0109899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.275;QD=22.7561;RBI=0.0147653;REFB=-0.0228268;REVB=0.00986087;RO=41;SAF=16;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13767;STB=0.585575;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0195036;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:41:42:48:49:0.538462:32:16:20:21:33:16:21:21 chr10 73121913 . A G 223.24 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0494925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.343;QD=15.3956;RBI=0.0495009;REFB=-0.02576;REVB=-0.000911989;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519178;STB=0.542825;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00956421;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:16:9:10:22:16:10:10:22 chr10 73121945 . T C 218.96 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0708088;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.723;QD=14.1264;RBI=0.0708407;REFB=-0.00913134;REVB=0.00212383;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794603;STB=0.545037;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0142012;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:17:9:10:26:17:9:10:26 chr10 73270906 . T C 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0136429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.714;QD=12.5916;RBI=0.0154979;REFB=-0.00393926;REVB=-0.00735221;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228022;STB=0.625141;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00883611;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:19:10:26:21:19:10:26:22 chr10 73270982 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.071979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.882;QD=10.1695;RBI=0.0735204;REFB=0.0278265;REVB=-0.0149756;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0420457;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:9:13:6:5:9:13 chr10 73434888 . G C 211.33 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0238801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9235;QD=19.6589;RBI=0.0593389;REFB=0.00252823;REVB=-0.0543217;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213027;STB=0.621822;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00457592;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:17:4:8:14:17:4:8:14 chr10 73492079 . A G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4322;QD=59.0104;RBI=0.0598145;REFB=0;REVB=-0.00479819;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072004;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr10 73501556 . G A 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3941;QD=52.7669;RBI=0.0609818;REFB=-0.136834;REVB=0.0291865;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0201126;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr10 73520632 . A C 1043.72 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3074;QD=59.641;RBI=0.0560524;REFB=0;REVB=0.0551459;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368134;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr10 73533177 . A G 352.16 PASS AF=0.513889;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0470164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.617;QD=19.5644;RBI=0.0485315;REFB=-0.0135734;REVB=0.0120318;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134555;STB=0.56749;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0105538;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:34:35:34:37:0.513889:21:13:18:16:22:15:19:16 chr10 73537614 . G A 190.06 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0198285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6917;QD=20.0067;RBI=0.0206458;REFB=-0.0151817;REVB=0.00575132;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915077;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0168809;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:17:18:19:20:0.526316:8:11:8:9:8:12:9:9 chr10 73550117 . C G 577.46 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0480434;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.359;QD=29.6135;RBI=0.0518953;REFB=-0.0231192;REVB=0.0196202;RO=27;SAF=28;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668629;STB=0.536276;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0148212;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:23:28:12:15:23:28:12:15 chr10 73550969 . G A 622.6 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0231693;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.218;QD=19.7652;RBI=0.0282105;REFB=-0.0223858;REVB=0.016094;RO=62;SAF=30;SAR=33;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504027;STB=0.531712;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0233313;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:63:63:63:0.5:33:30:33:29:33:30:34:29 chr10 73558886 . G A 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0075049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.933;QD=27.2512;RBI=0.0164282;REFB=-0.00880846;REVB=0.0146138;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673544;STB=0.537163;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00601277;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:7:11:14:13:7:11 chr10 73558952 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00703302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.16;QD=15.9153;RBI=0.0217548;REFB=-0.0115097;REVB=0.0205866;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546039;STB=0.523348;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.013128;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:12:16:17:16:12:16:18:16 chr10 73562744 . G A 277.26 PASS AF=0.5;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000142627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.712;QD=18.4837;RBI=0.0706888;REFB=-0.00620047;REVB=-0.0706886;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390347;STB=0.550986;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00263618;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:27:30:30:30:0.5:12:18:15:12:12:18:15:15 chr10 73571765 . T C 142.98 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0769235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.369;QD=10.7908;RBI=0.0781079;REFB=-0.0252662;REVB=-0.0135503;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141657;STB=0.583242;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0461149;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:20:15:10:8:20:15 chr10 73574843 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0278024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.781;QD=21.0062;RBI=0.0327249;REFB=-0.0292306;REVB=0.0172612;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282709;STB=0.65953;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.023023;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:11:6:13:6:11:6 chr10 73576307 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0201245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.057;QD=9.11034;RBI=0.0222659;REFB=-0.0111588;REVB=-0.00952753;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0160923;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr10 73585526 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0136577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.426;QD=21.9722;RBI=0.0231828;REFB=-0.00838003;REVB=0.0187326;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424814;STB=0.523789;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0049078;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:12:9:11:12:12:9 chr10 73819045 . A AC 169.53 PASS AF=0.542857;AO=5;DP=37;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0214158;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.0475;QD=19.3752;RBI=0.111212;REFB=-0.0159681;REVB=0.109131;RO=27;SAF=1;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446707;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=ins;VARB=0.0222159;OID=.;OPOS=73819046;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857:5:37:19:35:16:9:10:9:7:99:27:1:4:16:11 chr10 73819046 . T C 132.47 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00300439;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.9581;QD=14.7186;RBI=0.0619758;REFB=-0.00636806;REVB=0.0619029;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0127838;OID=.;OPOS=73819046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:9:11:6:9:10:11 chr10 73822343 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.030189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.657;QD=19.6682;RBI=0.032912;REFB=-0.0368936;REVB=0.0131083;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688096;STB=0.553016;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0415509;OID=.;OPOS=73822343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:8:11:9:9:8:11:9:10 chr10 73848075 . C T 93.93 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0182713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.784;QD=23.4816;RBI=0.0305639;REFB=-0.0255752;REVB=0.0245012;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00241264;OID=.;OPOS=73848075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:16:16:5:4:7:8:0.5:4:3:2:3:4:4:1:3 chr10 73964243 . G C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0137893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.158;QD=17.943;RBI=0.0236415;REFB=-0.0236987;REVB=0.0192036;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145697;STB=0.58169;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0251291;OID=.;OPOS=73964243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:16:13:17:11:16:13 chr10 73972957 . C T 242.81 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000744972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5246;QD=12.9497;RBI=0.00209327;REFB=0.00907255;REVB=-0.00195622;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944613;STB=0.562456;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.014995;OID=.;OPOS=73972957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:17:11:22:24:18:11:22:24 chr10 73993060 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0193431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1334;QD=20.0172;RBI=0.0201722;REFB=0.00399541;REVB=-0.00572374;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393056;STB=0.723873;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00283486;OID=.;OPOS=73993060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:11:6:14:4:11:6 chr10 73993518 . A G 172.09 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00317593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.434;QD=18.1143;RBI=0.0130853;REFB=-0.0262855;REVB=0.0126941;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.559813;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0180258;OID=.;OPOS=73993518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:17:18:0.473684:11:6:9:10:11:7:10:10 chr10 74093652 . C T 114.23 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0926175;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.138;QD=16.9232;RBI=0.0926433;REFB=-0.00968785;REVB=-0.00218573;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00940534;OID=.;OPOS=74093652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:12:13:0.481481:6:6:4:9:6:7:4:10 chr10 74237247 . C CT 158.67 PASS AF=0.354167;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0801302;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7335;QD=6.61122;RBI=0.17234;REFB=0.0136965;REVB=-0.152579;RO=61;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166077;STB=0.557587;STBP=0.435;TYPE=ins;VARB=-0.0424651;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:33:98:34:96:62:20:14:31:31:99:61:21:12:30:31 chr10 74999077 . C A 437.58 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00131175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.223;QD=24.3101;RBI=0.00697231;REFB=0.00324134;REVB=0.0068478;RO=30;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202943;STB=0.61435;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00199533;OID=.;OPOS=74999077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:30:30:41:42:0.583333:28:13:17:13:29:13:17:13 chr10 75451768 . A G 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0210396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.883;QD=2.77456;RBI=0.0236366;REFB=-0.00491662;REVB=-0.0107715;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293755;STB=0.531809;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0267176;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:3:3:19:21:3:3:19:22 chr10 75523729 . GCCCCCAG GCCCCAG,GCCCCAGT 34.66 PASS AF=0.270833,0;AO=16,2;DP=49;FAO=13,0;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.229614,-0.0655692;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=8.40656,56.6866;QD=2.88831;RBI=0.232429,0.0656655;REFB=-0.146066,-0.0224594;REVB=0.0360666,0.00355502;RO=26;SAF=12,0;SAR=4,2;SRF=5;SRR=21;SSEN=0.344828,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548893,-0.372715;STB=0.640175,0.5;STBP=0.277,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.19503,0;OID=.,.;OPOS=75523730,75523734;OREF=C,CAG;OALT=-,AGT;OMAPALT=GCCCCAG,GCCCCAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833,0:16,2:49:13,0:48:35:7,0:6,0:12:23:35:26:12,0:4,2:5:21 chr10 75673101 . T C 109.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0273263;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4607;QD=13.3275;RBI=0.033591;REFB=0.0089705;REVB=-0.0195354;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171518;STB=0.599854;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00893902;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:6:14:7:6:6:14 chr10 75676843 . G T 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.000364919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.524;QD=27.2513;RBI=0.0256951;REFB=-0.0211059;REVB=0.0256925;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290059;STB=0.516002;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0107051;OID=.;OPOS=75676843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:17:10:6:12:17:10:6:12 chr10 75865065 . G A 268.13 PASS AF=0.531915;AO=19;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0582017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2107;QD=22.8194;RBI=0.0661636;REFB=0.0209742;REVB=0.0314672;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.56891;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0148573;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:19:25:0.531915:10:9:9:12:10:15:10:12 chr10 75871735 . C G 364.34 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00587358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.622;QD=21.121;RBI=0.050762;REFB=-0.00607267;REVB=0.050421;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109223;STB=0.560407;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00481175;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:18:14:21:16:18:14 chr10 75878915 . C CTA 133.54 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0260287;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.386;QD=14.838;RBI=0.0269032;REFB=-0.0169398;REVB=0.00680359;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594022;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=0.0264043;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:37:15:36:21:7:8:8:13:99:22:7:8:9:13 chr10 75883134 . C CTT,T 296.88 PASS AF=0.641026,0.025641;AO=19,2;DP=43;FAO=25,1;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14,0;FSAR=11,1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0136059,0.004052;FXX=0.0487686;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=186.899,114.24;QD=30.4492;RBI=0.0176153,0.00405352;REFB=-0.00376023,-0.00446102;REVB=-0.0111883,0.000110876;RO=16;SAF=12,1;SAR=7,1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.257597,0.196391;STB=0.61114,0.984651;STBP=0.07,0.545;TYPE=ins,snp;VARB=0.00582613,-0.0275698;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:39:16:13:19,2:25,1:0.641026,0.025641:7,1:12,1:5:11:11,1:14,0:3:10 chr10 75936611 . C T 296.43 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00292837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.636;QD=18.8208;RBI=0.0132278;REFB=-0.0233935;REVB=0.0128996;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244753;STB=0.605387;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0232749;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:31:31:32:0.507937:15:16:23:6:15:17:23:8 chr10 76790612 . TG T 225.7 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0719265;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9427;QD=37.6158;RBI=0.0974068;REFB=-0.0916765;REVB=-0.065686;RO=2;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=-0.0144045;STB=0.507805;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.00839646;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:22:25:22:24:2:9:13:1:1:6:2:9:13:1:1 chr10 76854564 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.08;QD=59.5015;RBI=0.0361682;REFB=0;REVB=0.00472088;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117112;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr10 76855412 . G A 785.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.318;QD=57.0915;RBI=0.0193617;REFB=0;REVB=0.0124527;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19776e-05;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr10 76861680 . T C 894.48 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2099;QD=55.9053;RBI=0.0287777;REFB=-0.106816;REVB=-0.0193438;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000962429;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:1:0:31:32:1:0 chr10 76867899 . T C 752.74 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8015;QD=53.7668;RBI=0.0990043;REFB=0;REVB=0.0122497;RO=2;SAF=15;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00803141;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:2:0:51:56:1:36:15:2:0:36:20:0:0 chr10 77795862 . A G 307.39 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0104349;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.438;QD=14.9944;RBI=0.0108484;REFB=-0.00830594;REVB=0.00296644;RO=47;SAF=9;SAR=25;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094221;STB=0.563219;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0112521;OID=.;OPOS=77795862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:25:9:16:31:25:9:17:31 chr10 77818505 . G T 298.0 PASS AF=0.43038;AO=31;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.00494434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9046;QD=15.0888;RBI=0.0191628;REFB=-0.0240576;REVB=0.018514;RO=45;SAF=13;SAR=18;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319064;STB=0.647496;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0337798;OID=.;OPOS=77818505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:45:31:34:0.43038:18:13:33:12:18:16:33:12 chr10 78629795 . C G 173.57 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00320555;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.351;QD=11.9702;RBI=0.0305813;REFB=-0.00853;REVB=0.0304128;RO=36;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219603;STB=0.601911;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0163405;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:21:22:0.37931:6:15:19:17:7:15:19:17 chr10 79253623 . G GCC 260.16 PASS AF=0.529412;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0501598;FXX=0.0555478;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.9594;QD=15.3034;RBI=0.0673601;REFB=-0.0138422;REVB=0.0449597;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763689;STB=0.527762;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.0126358;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:34:77:36:68:32:17:19:17:15:99:40:16:18:22:18 chr10 79550544 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0485852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2814;QD=12.7909;RBI=0.048586;REFB=-0.0473114;REVB=-0.000280902;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188687;STB=0.610532;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0362181;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:9:14:6:8:9:14 chr10 79566632 . G A 191.38 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00462393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.602;QD=15.9479;RBI=0.00798954;REFB=0.00196231;REVB=0.00651552;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200255;STB=0.590816;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00272455;OID=.;OPOS=79566632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:13:6:14:14:13:7:14:14 chr10 79579222 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0241782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.281;QD=18.6445;RBI=0.024747;REFB=-0.00687494;REVB=0.00527525;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00594964;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:7:6:6:8:7:6 chr10 79584178 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.777;QD=55.0978;RBI=0.0583035;REFB=0;REVB=0.033161;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620863;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:5:20:0:0:6:20:0:0 chr10 79606441 . A C 338.16 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0118522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.143;QD=22.9262;RBI=0.0158886;REFB=-0.00216938;REVB=0.0105816;RO=25;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103133;STB=0.556928;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00115898;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:22:12:12:13:22:12:12:13 chr10 79616605 . T C 1482.47 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338666;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.934;QD=63.084;RBI=0.0428814;REFB=0;REVB=0.0263035;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110822;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:43:49:0:0:44:50:0:0 chr10 79628875 . A G 834.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387443;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.551;QD=57.5466;RBI=0.0513545;REFB=0;REVB=0.0337071;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269874;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr10 79750815 . C T 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00617369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.968;QD=8.40204;RBI=0.0212846;REFB=0.000197894;REVB=0.0203695;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361444;STB=0.522338;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000229165;OID=.;OPOS=79750815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:10:11:5:4:10:11 chr10 79760818 . A G 772.53 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.386;QD=61.8021;RBI=0.0453016;REFB=0.00636792;REVB=-0.0151748;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000120406;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:0:1:27:22:0:1 chr10 79762028 . G A 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00423872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.653;QD=58.2267;RBI=0.0165112;REFB=-0.0544209;REVB=-0.0159579;RO=1;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955431;STB=0.505049;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-8.67267e-05;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:49:22:0:1:49:22:0:1 chr10 81045207 . T C 327.31 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0105098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.874;QD=17.6926;RBI=0.0168147;REFB=-0.0115882;REVB=0.0131255;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517645;STB=0.519542;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0135605;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:21:14:15:22:21:14:17:22 chr10 81045280 . T C 506.99 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0193856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9699;QD=17.9467;RBI=0.0205131;REFB=0.00656651;REVB=-0.00670709;RO=59;SAF=22;SAR=32;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848181;STB=0.546944;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00892786;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:59:54:54:0.477876:32:22:19:40:32:22:19:40 chr10 81053475 . G A 132.9 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00115179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6248;QD=13.6305;RBI=0.0488578;REFB=-0.0155043;REVB=0.0488442;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322537;STB=0.624856;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0231618;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:5:10:20:2:5:10:20:4 chr10 81056383 . C A 288.06 PASS AF=0.516667;AO=23;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0545336;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.8747;QD=19.2042;RBI=0.0719921;REFB=-0.00559713;REVB=0.0469995;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128376;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0074334;OID=.;OPOS=81056383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:20:29:23:31:0.516667:13:10:9:11:15:16:15:14 chr10 81145701 . G C 628.76 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0233522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9544;QD=57.1602;RBI=0.049079;REFB=-0.0529737;REVB=0.0431674;RO=2;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132029;STB=0.507039;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0220469;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:15:27:1:1:15:27:1:1 chr10 81274334 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.342;QD=39.2066;RBI=0.0569927;REFB=0;REVB=-0.0105813;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095973;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr10 81275626 . G T 305.9 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000835139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.379;QD=53.2005;RBI=0.114637;REFB=0;REVB=0.114634;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016596;OID=.;OPOS=81275626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:16:23:1:2:14:0:0:8:15:0:0 chr10 81275976 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-3.22527e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.303;QD=48.6253;RBI=0.0264101;REFB=-0.00234252;REVB=0.02641;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000647235;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr10 81317045 . G T 610.12 PASS AF=0.441379;AO=61;DP=141;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00396371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9343;QD=16.831;RBI=0.0248195;REFB=-0.0104649;REVB=0.0245009;RO=79;SAF=36;SAR=25;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859049;STB=0.542844;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0165061;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:79:81:61:64:0.441379:25:36:40:39:26:38:42:39 chr10 81319423 . C T 601.28 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.146111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.623;QD=58.6615;RBI=0.147227;REFB=-0.136916;REVB=0.0180949;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000509907;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr10 81319458 . C T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00947113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.695;QD=3.83348;RBI=0.029093;REFB=-0.00610487;REVB=-0.0275082;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716071;STB=0.558458;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0308832;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:13:22:4:3:13:23 chr10 81319483 . A G 631.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.772;QD=61.6557;RBI=0.0129517;REFB=0;REVB=-0.00709237;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61514e-06;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr10 81371698 . C T 204.4 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0461028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2378;QD=12.5786;RBI=0.0461762;REFB=-0.0101505;REVB=0.00260346;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.582554;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0117576;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:40:24:25:0.384615:13:11:22:17:14:11:23:17 chr10 81373674 . T C 310.63 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0145589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.296;QD=16.349;RBI=0.0173148;REFB=0.00208195;REVB=0.00937236;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702027;STB=0.539451;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00332226;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:24:18:17:17:24:18 chr10 81701722 . T C 1156.77 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784615;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7644;QD=60.8824;RBI=0.0794858;REFB=0;REVB=0.0127198;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199794;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr10 81706324 . A G 759.31 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154341;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7584;QD=57.3067;RBI=0.0164469;REFB=0;REVB=0.0163743;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991069;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr10 81841692 . G T 613.26 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.608;QD=61.3262;RBI=0.0417854;REFB=0;REVB=0.0358647;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010814;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:26:14:0:0 chr10 81915136 . T C 743.58 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5243;QD=63.2836;RBI=0.0743226;REFB=0;REVB=0.050363;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668999;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr10 81917708 . A G 220.97 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0156391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.412;QD=16.3681;RBI=0.0265729;REFB=-0.010062;REVB=-0.0214834;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953341;STB=0.545418;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00626172;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:10:15:14:14:10:15:15:14 chr10 81926702 . G A 1209.79 PASS AF=0.539171;AO=117;DP=218;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=29;FWDB=0.000290666;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.468;QD=22.3002;RBI=0.0140342;REFB=-0.0067425;REVB=0.0140312;RO=100;SAF=74;SAR=43;SRF=71;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720359;STB=0.539213;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0062987;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:100:100:117:117:0.539171:43:74:71:29:43:74:71:29 chr10 82012954 . A G 295.51 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0105491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.278;QD=17.9097;RBI=0.0148211;REFB=-0.000373085;REVB=-0.0104107;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273446;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:17:17:16:16:17:17 chr10 82013134 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.371;QD=61.3756;RBI=0.0599706;REFB=0;REVB=0.052599;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82842e-05;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr10 82013146 . T C 1309.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.703;QD=61.6438;RBI=0.0324705;REFB=0;REVB=-0.0217657;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93397e-05;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:32:52:0:0:32:53:0:0 chr10 82033594 . G A 1362.67 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343619;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.081;QD=62.6515;RBI=0.034702;REFB=0;REVB=0.00484682;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124589;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr10 82034842 . A G 1377.16 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5292;QD=62.5984;RBI=0.0977831;REFB=0;REVB=0.0807104;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976863;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:39:48:0:0:40:48:0:0 chr10 82034854 . T C 1280.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.965;QD=61.7071;RBI=0.0323984;REFB=0;REVB=0.0280196;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77248e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:39:44:0:0 chr10 82040052 . A G 738.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.754;QD=56.8165;RBI=0.0532932;REFB=0;REVB=0.0283297;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648807;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr10 82095968 . T G 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181687;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.315;QD=63.8844;RBI=0.0181849;REFB=0;REVB=-0.00076768;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97651e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr10 82122793 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0268532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.688;QD=16.444;RBI=0.0287172;REFB=-0.0141157;REVB=0.0101775;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.547778;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.010951;OID=.;OPOS=82122793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:8:12:13:13:8:12:14:13 chr10 82192713 . T A 114.85 PASS AF=0.341463;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00959836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.28;QD=11.2049;RBI=0.0365276;REFB=-0.0114642;REVB=0.035244;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384554;STB=0.517217;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0300802;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:27:27:11:14:0.341463:4:7:18:9:5:9:18:9 chr10 82363340 . C A 751.82 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00783518;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.951;QD=17.9004;RBI=0.0128042;REFB=-0.021162;REVB=-0.0101271;RO=87;SAF=37;SAR=42;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246019;STB=0.519766;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0249337;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:87:89:79:79:0.470238:42:37:43:44:42:37:45:44 chr10 82363404 . A G 831.79 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0151609;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1129;QD=19.1217;RBI=0.0239636;REFB=-0.0161198;REVB=-0.018558;RO=87;SAF=38;SAR=47;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856582;STB=0.54724;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.012796;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:87:89:85:85:0.488506:47:38:47:40:47:38:48:41 chr10 82369219 . T A 413.12 PASS AF=0.538462;AO=37;DP=73;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00782569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0923;QD=21.1856;RBI=0.0870196;REFB=-0.0226105;REVB=0.086667;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097033;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0193522;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:35:36:37:42:0.538462:16:21:16:19:20:22:17:19 chr10 84602973 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0145974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.75;QD=16.4801;RBI=0.0226635;REFB=-0.0228422;REVB=-0.0173364;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0161155;OID=.;OPOS=84602973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr10 84745256 . C T 708.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1042;QD=62.9509;RBI=0.0636282;REFB=0;REVB=0.00301987;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103546;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 85763132 . T C 285.6 PASS AF=0.308943;AO=39;DP=122;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0223297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2898;QD=9.28764;RBI=0.0760818;REFB=-0.0208336;REVB=-0.0727311;RO=83;SAF=21;SAR=18;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136004;STB=0.614154;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0256333;OID=.;OPOS=85763132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:83:85:39:38:0.308943:18:21:35:48:16:22:35:50 chr10 85993836 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.228;QD=58.1415;RBI=0.0273531;REFB=0;REVB=0.014811;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19385e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr10 86274871 . C T 786.76 PASS AF=0.446237;AO=83;DP=186;FAO=83;FDP=186;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.00590887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.933;QD=16.9195;RBI=0.00597173;REFB=-0.00534931;REVB=-0.000864159;RO=102;SAF=41;SAR=42;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254327;STB=0.516768;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00707385;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:102:103:83:83:0.446237:42:41:53:49:42:41:54:49 chr10 87359826 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0291366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.541;QD=10.4721;RBI=0.029505;REFB=-0.0153519;REVB=0.00464806;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507935;STB=0.53056;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0229338;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:9:15:8:4:9:15 chr10 87361961 . G A 89.8 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0600081;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.412;QD=14.368;RBI=0.0600282;REFB=-0.0122752;REVB=-0.00155314;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570322;STB=0.8054;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00461568;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:12:14:11:11:0.44:9:2:10:2:9:2:10:4 chr10 88126072 . G A 264.04 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0170832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4968;QD=21.1234;RBI=0.063517;REFB=-0.0200447;REVB=0.0611766;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20464;STB=0.621269;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0175616;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:13:11:6:19:13:12:6:19 chr10 88203068 . T C 285.89 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0119758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.209;QD=21.9914;RBI=0.0351263;REFB=-0.0197453;REVB=0.0330217;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.51336;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0123894;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:15:13:11:12:16:13:11:12 chr10 88277457 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0121371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.533;QD=13.5049;RBI=0.0152564;REFB=-0.0273798;REVB=-0.00924378;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422461;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0253678;OID=.;OPOS=88277457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:10:6:5:7:10:7 chr10 88414570 . G A 132.37 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=-0.00429187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.807;QD=9.99031;RBI=0.0118574;REFB=-0.00498661;REVB=0.0110534;RO=36;SAF=1;SAR=16;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109706;STB=0.566284;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0107866;OID=.;OPOS=88414570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:16:1:3:33:16:1:3:33 chr10 88422116 . C T 637.23 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0287616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.958;QD=20.2294;RBI=0.036462;REFB=-0.0171639;REVB=0.0224109;RO=60;SAF=17;SAR=47;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186598;STB=0.605635;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0169282;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:60:62:64:64:0.507937:47:17:27:33:47:17:28:34 chr10 88422151 . C A 643.26 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0553004;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.81;QD=19.2018;RBI=0.0553012;REFB=-0.0108038;REVB=0.000291685;RO=68;SAF=17;SAR=47;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242824;STB=0.63075;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106724;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:69:64:65:0.485075:47:17:34:34:47:18:35:34 chr10 88439193 . G A 267.3 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0105557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.515;QD=16.2001;RBI=0.0105998;REFB=-0.0128245;REVB=0.000965245;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024735;STB=0.519767;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0161085;OID=.;OPOS=88439193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:19:11:12:23:19:11:12:24 chr10 88505700 . T G 1357.86 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.567;QD=62.4306;RBI=0.0273565;REFB=0;REVB=0.018367;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257967;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:77:87:1:34:43:0:0:41:46:0:0 chr10 88635779 . C A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3993;QD=60.6088;RBI=0.0437539;REFB=0;REVB=-0.0414934;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445403;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 88683890 . T A 418.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000330229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.07;QD=55.7349;RBI=0.00278554;REFB=0;REVB=0.00276589;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327712;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr10 88702350 . G C 386.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8066;QD=55.2307;RBI=0.0860166;REFB=0;REVB=0.0275256;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208398;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr10 88717140 . T A 1612.34 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967741;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.805;QD=60.2742;RBI=0.045522;REFB=0;REVB=0.0444815;RO=0;SAF=71;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109117;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:36:71:0:0:36:71:0:0 chr10 88717154 . C T 1617.3 PASS AF=0.965217;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0209685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.664;QD=56.2541;RBI=0.04794;REFB=-0.0432573;REVB=0.0431111;RO=3;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319679;STB=0.521735;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000233182;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:3:4:110:111:0.965217:43:67:0:3:44:67:0:4 chr10 88730106 . C T 118.89 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.1313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3893;QD=33.9672;RBI=0.132945;REFB=-0.0631612;REVB=0.0208485;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11262;STB=0.562399;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0336252;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:7:5:0:2:7:5:0:2 chr10 88730177 . A G 273.46 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.243;QD=52.0869;RBI=0.0765125;REFB=0;REVB=0.0755743;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748176;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:12:6:0:0:15:6:0:0 chr10 88730312 . T C,G 549.06 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=35,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175081,-0.00268392;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=68.0064,26.9196;QD=56.3138;RBI=0.0208712,0.00392729;REFB=0.0133434,0.0447714;REVB=0.0113611,0.00286709;RO=1;SAF=17,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0252795,0;STB=0.512813,0.5;STBP=0.508,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00433076,0.00986277;OID=.,.;OPOS=88730312,88730312;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:1:1:35,2:36,2:0.923077,0.0512821:18,2:17,0:0:1:19,2:17,0:0:1 chr10 88768253 . A G 1025.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6652;QD=59.4466;RBI=0.0194548;REFB=0;REVB=0.0148233;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913306;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr10 88768657 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9105;QD=56.9376;RBI=0.0671104;REFB=0;REVB=-0.000351508;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558141;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr10 88782084 . A G 246.45 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0429207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8877;QD=46.9435;RBI=0.0464653;REFB=0.0458237;REVB=-0.0178;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0286455;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr10 88782151 . C T 62.31 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.179;QD=35.604;RBI=0.0386975;REFB=0;REVB=0.00181875;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010469;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr10 88820789 . T C 1007.99 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.625;QD=59.2936;RBI=0.0577393;REFB=0;REVB=0.0336738;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17046e-05;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr10 88988115 . G A 239.89 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0104339;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.978;QD=20.4159;RBI=0.0142492;REFB=-0.0230153;REVB=-0.00970423;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532413;STB=0.517226;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0228729;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:21:23:0.489362:15:6:8:16:16:7:8:16 chr10 88992641 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.655;QD=56.1916;RBI=0.0263009;REFB=0;REVB=0.011917;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107819;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr10 89267957 . C T 1274.74 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267;QD=59.2902;RBI=0.0168887;REFB=-0.0325559;REVB=-0.0103937;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.509613;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000263702;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:33:51:1:0:33:51:2:0 chr10 89720907 . T G 739.5 PASS AF=0.425532;AO=79;DP=187;FAO=80;FDP=188;FR=.;FRO=108;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.0380461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7337;QD=15.7341;RBI=0.0381942;REFB=0.00628523;REVB=0.00336027;RO=108;SAF=31;SAR=48;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169453;STB=0.597216;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00878588;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:108:108:79:80:0.425532:48:31:60:48:49:31:60:48 chr10 90342837 . C G 689.97 PASS AF=0.41989;AO=75;DP=181;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0269396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5931;QD=15.248;RBI=0.0390879;REFB=-0.01679;REVB=0.0283218;RO=104;SAF=45;SAR=30;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135001;STB=0.567847;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0255128;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:104:105:75:76:0.41989:30:45:49:55:31:45:50:55 chr10 90345429 . G A 450.25 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0272194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7239;QD=27.2877;RBI=0.0274851;REFB=-0.0154934;REVB=-0.00381308;RO=24;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241013;STB=0.513132;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00682574;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:19:23:14:10:19:23:14:10 chr10 90356598 . A G 1364.58 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341115;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.349;QD=62.7394;RBI=0.0587897;REFB=0;REVB=-0.0586906;RO=0;SAF=26;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3885e-05;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:61:26:0:0:61:26:0:0 chr10 90425327 . T C 1739.95 PASS AF=1;AO=93;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.598;QD=59.4854;RBI=0.0344261;REFB=0;REVB=0.0328256;RO=0;SAF=69;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717325;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:93:117:1:24:69:0:0:48:69:0:0 chr10 90429652 . A G 596.62 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00438531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.893;QD=25.3882;RBI=0.0148886;REFB=-0.0124305;REVB=-0.0142282;RO=39;SAF=29;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775325;STB=0.547583;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0064966;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:40:54:54:0.574468:25:29:17:22:25:29:17:23 chr10 90438207 . A G 512.21 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0203545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.828;QD=24.1042;RBI=0.0205457;REFB=-0.00802424;REVB=0.00279698;RO=33;SAF=32;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274077;STB=0.628977;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00593874;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:33:37:48:48:0.564706:16:32:10:23:16:32:14:23 chr10 90490921 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.01911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.776;QD=22.7216;RBI=0.0206016;REFB=-0.00700183;REVB=-0.00769636;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206886;STB=0.511425;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00441535;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:11:12:17:14:11:12 chr10 90503075 . T C 354.16 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.024581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.263;QD=16.098;RBI=0.0250454;REFB=0.00488312;REVB=-0.00480056;RO=50;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186357;STB=0.610111;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00815889;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:50:37:38:0.431818:14:23:22:28:14:24:22:28 chr10 90512306 . G C 269.48 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0588621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.913;QD=18.9109;RBI=0.0617018;REFB=-0.0138714;REVB=0.0185031;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175591;STB=0.509797;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0170633;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:12:16:16:13:12:16 chr10 90524237 . T C 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0104385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.643;QD=16.7849;RBI=0.030695;REFB=-0.0216525;REVB=0.0288656;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655985;STB=0.536986;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0297122;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:21:8:11:22:21:8:11:22 chr10 90530660 . C A 461.85 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0825831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5939;QD=21.4812;RBI=0.0827842;REFB=0.0184188;REVB=-0.00576681;RO=41;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162761;STB=0.590123;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0380282;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:30:15:21:20:30:15:21:20 chr10 90537942 . C T 796.31 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.043653;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3427;QD=24.6917;RBI=0.0436831;REFB=0.00304347;REVB=0.00162047;RO=57;SAF=37;SAR=37;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349732;STB=0.511625;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00445141;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:57:55:74:74:0.573643:37:37:31:26:37:37:29:26 chr10 90749256 . G A,C 1211.53 PASS AF=0.975,0.025;AO=77,3;DP=80;FAO=78,2;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057599,0.00172568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.52,109.296;QD=60.5763;RBI=0.0603716,0.0122062;REFB=0,0;REVB=0.0600962,-0.0120836;RO=0;SAF=36,2;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.52206e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00192355,0.0359316;OID=.,.;OPOS=90749256,90749256;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:80:80:0:0:77,3:78,2:0.975,0.025:41,1:36,2:0:0:42,0:36,2:0:0 chr10 90771829 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6478;QD=55.0984;RBI=0.0697655;REFB=0;REVB=-0.064142;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668539;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr10 90966546 . C T 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0591191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.601;QD=21.509;RBI=0.0598823;REFB=-0.0245386;REVB=0.00952986;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301208;STB=0.648707;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0139934;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:15:6:11:6:15:6:11:8 chr10 90966996 . C G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0412019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.859;QD=17.7307;RBI=0.0488477;REFB=-0.00248976;REVB=-0.0262392;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229074;STB=0.631417;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0013222;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:10:9:12:5:10:9 chr10 91066460 . T A 673.72 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253157;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.955;QD=62.6715;RBI=0.0270161;REFB=0;REVB=0.00943332;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13339e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr10 91066769 . C A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.509;QD=63.5824;RBI=0.0235213;REFB=0;REVB=-0.0214275;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32475e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr10 91067595 . C G 2044.83 PASS AF=1;AO=111;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.169;QD=62.4375;RBI=0.0365274;REFB=0;REVB=0.0159631;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179472;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:111:131:1:48:63:0:0:54:77:0:0 chr10 91099943 . C G 1262.55 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.773;QD=61.5879;RBI=0.0594793;REFB=0;REVB=0.0594697;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133968;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr10 91100068 . C A 288.98 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.456;QD=50.2565;RBI=0.0853874;REFB=0;REVB=0.00857216;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00591255;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr10 91143529 . T A 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.829;QD=58.7795;RBI=0.0266827;REFB=0;REVB=0.0176658;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104037;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 91162497 . A G 368.35 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00655007;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.844;QD=47.5287;RBI=0.00715472;REFB=-0.0212639;REVB=0.00287866;RO=3;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466112;STB=0.502511;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.000212175;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:18:10:1:2:18:10:1:2 chr10 91162677 . C T 173.47 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.012032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.515;QD=19.2746;RBI=0.032388;REFB=-0.0209199;REVB=-0.0300702;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28794;STB=0.662476;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0218923;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:13:5:11:7:13:5 chr10 91172556 . AG A 36.69 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=19;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00598888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.444;QD=6.98939;RBI=0.0297799;REFB=-0.00499771;REVB=0.0291715;RO=15;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0135802;OID=.;OPOS=91172557;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:4:19:6:21:15:4:2:10:5:36:15:3:1:10:5 chr10 91178000 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152168;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.106;QD=57.2417;RBI=0.0168114;REFB=0;REVB=-0.00714634;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66582e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr10 91343931 . TAAAAAAAT TAAAAAAT,TAAAAAATA,TTAAAAAAT 124.91 PASS AF=0.789474,0,0;AO=5,4,7;DP=32;FAO=30,0,0;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=8,0,0;FSAR=22,0,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0324286,-0.322197,-0.0249687;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.79922,13.2682,7.24096;QD=13.1482;RBI=0.0446134,0.324687,0.0976105;REFB=0.0559567,0.0952192,0.0271877;REVB=0.0306389,0.0401333,0.094363;RO=10;SAF=0,4,0;SAR=5,0,7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.706086,0.71899,-0.75076;STB=0.528365,0.5,0.5;STBP=0.561,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0230633,0,-0.0110397;OID=.,.,.;OPOS=91343932,91343938,91343932;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAAT,TAAAAAATA,TTAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474,0,0:5,4,7:32:30,0,0:38:8:8,0,0:22,0,0:3:5:21:10:0,4,0:5,0,7:4:6 chr10 91352966 . G A 2375.02 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3381;QD=60.898;RBI=0.0305394;REFB=0;REVB=0.0291177;RO=1;SAF=84;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6441e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:1:0:155:156:1:71:84:0:1:72:84:0:0 chr10 91404448 . C G 257.76 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0256394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.101;QD=30.3241;RBI=0.0279836;REFB=-0.0379912;REVB=0.0112119;RO=11;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158572;STB=0.58815;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0162497;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:20:3:3:8:20:3:3:8 chr10 91468925 . C G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0373677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.933;QD=7.95469;RBI=0.0374112;REFB=-0.00305545;REVB=0.00180443;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141447;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00458589;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:9:9:5:3:9:10 chr10 91470834 . A C 109.18 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.093747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6142;QD=14.088;RBI=0.098324;REFB=-0.0315226;REVB=-0.0296499;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628588;STB=0.536854;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0486282;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:13:5:3:10:13:5 chr10 91484780 . G A 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00852135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.886;QD=15.8864;RBI=0.00947494;REFB=-0.0144433;REVB=0.0041426;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439658;STB=0.502478;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.01888;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:14:19:24:18:14:19:24:18 chr10 91487649 . A T 343.57 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0543975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.527;QD=16.3607;RBI=0.0549656;REFB=-0.0275832;REVB=0.00788166;RO=45;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179571;STB=0.599055;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0361295;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:47:37:37:0.440476:20:17:29:16:20:17:30:17 chr10 91488979 . A T 540.26 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0098299;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.229;QD=29.2031;RBI=0.00983029;REFB=-0.0332921;REVB=-8.73094e-05;RO=25;SAF=17;SAR=30;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105877;STB=0.554208;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0151639;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:25:26:47:48:0.648649:30:17:13:12:31:17:13:13 chr10 91497902 . C CTAAAAG 279.81 PASS AF=0.313559;AO=35;DP=124;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0100113;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=6;MLLD=266.829;QD=9.48492;RBI=0.0107632;REFB=-0.0112917;REVB=-0.00395239;RO=85;SAF=6;SAR=29;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289709;STB=0.693909;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.0219154;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313559:35:124:37:118:81:6:31:30:51:99:85:6:29:30:55 chr10 91498127 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7164;QD=62.3459;RBI=0.0331797;REFB=0;REVB=0.000652645;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254378;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr10 91498254 . A G 167.22 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0355966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.488;QD=23.0653;RBI=0.0359987;REFB=0.0182326;REVB=-0.00536574;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00979764;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr10 91503660 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=12;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0104892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.688;QD=16.728;RBI=0.0149146;REFB=0.00797107;REVB=0.0106029;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299499;STB=0.605264;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0136753;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:12:16:0.457143:7:5:3:16:11:5:3:16 chr10 91738556 . C A 1343.17 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0315487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4121;QD=61.053;RBI=0.0583136;REFB=-0.0162515;REVB=-0.0490424;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000387958;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:42:45:0:0:42:45:0:1 chr10 91923501 . G A 1582.65 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.33;QD=63.9455;RBI=0.0153821;REFB=0;REVB=-0.010544;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93297e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:51:46:0:0:51:48:0:0 chr10 93667635 . C T 946.94 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0325552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.856;QD=55.7022;RBI=0.0362447;REFB=-0.0373617;REVB=0.0159324;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.514701;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000284479;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:33:33:1:0:33:33:2:0 chr10 93841227 . A G 736.98 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.10013;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.953;QD=53.5987;RBI=0.1038;REFB=-0.0602;REVB=0.0273585;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.5098;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00558958;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:51:54:0.981818:28:23:1:0:29:25:1:0 chr10 93999850 . A G 307.2 PASS AF=1;AO=14;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.808;QD=53.4258;RBI=0.131538;REFB=0;REVB=0.131004;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108403;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:14:23:1:3:11:0:0:9:14:0:0 chr10 94449932 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0152733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.239;QD=18.8866;RBI=0.0229637;REFB=-0.0645194;REVB=-0.0171482;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276405;STB=0.659985;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0234996;OID=.;OPOS=94449932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:1:4:3:5:1:4 chr10 94695617 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.217;QD=59.4354;RBI=0.0243018;REFB=0;REVB=0.0228403;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120108;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr10 95072906 . T C 1399.33 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707064;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.028;QD=62.891;RBI=0.00775673;REFB=0;REVB=0.00318951;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651852;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr10 95168634 . A G 485.28 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0179216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7111;QD=17.8083;RBI=0.0338837;REFB=-0.0205233;REVB=-0.0287563;RO=56;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122231;STB=0.563406;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.017112;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:22:30:25:31:22:30:26:31 chr10 95237963 . A G 2966.57 PASS AF=0.989529;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00542852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.493;QD=62.1272;RBI=0.0417176;REFB=0.0574107;REVB=-0.0413629;RO=1;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455685;STB=0.500532;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00261295;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:191:1:2:189:189:0.989529:104:85:0:1:104:85:1:1 chr10 95262981 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7877;QD=56.9562;RBI=0.0770004;REFB=0;REVB=0.0501287;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141756;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr10 95276742 . G C 726.49 PASS AF=0.493506;AO=73;DP=152;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00229658;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.837;QD=18.8699;RBI=0.0293804;REFB=0.00445261;REVB=0.0292905;RO=76;SAF=30;SAR=43;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167211;STB=0.578488;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00570784;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:76:78:73:76:0.493506:43:30:45:31:43:33:46:32 chr10 95279506 . A T 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.48;QD=56.9485;RBI=0.0219354;REFB=0;REVB=0.0203214;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54718e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr10 95279653 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8537;QD=63.2854;RBI=0.0413477;REFB=0;REVB=-0.00610345;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283813;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr10 95326676 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.029457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.724;QD=24.066;RBI=0.0301181;REFB=-0.070002;REVB=0.00627586;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685942;STB=0.538414;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0417205;OID=.;OPOS=95326676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:6:4:8:8:6:4 chr10 95381773 . T A 276.07 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0022396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=15.7756;RBI=0.0264247;REFB=-0.0112396;REVB=-0.0263296;RO=38;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186293;STB=0.605433;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0134898;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:30:31:0.442857:9:21:20:18:9:22:21:18 chr10 95389041 . G A 193.1 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00502062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.336;QD=12.069;RBI=0.0132597;REFB=-0.00653324;REVB=-0.0122725;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125794;STB=0.572479;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00994675;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:13:11:23:17:13:11:23:17 chr10 95389083 . A G 208.51 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00538333;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.535;QD=17.376;RBI=0.0110852;REFB=-0.0054721;REVB=-0.0096903;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587823;STB=0.558226;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00502;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:27:21:21:0.4375:13:8:11:14:13:8:13:14 chr10 95395364 . C G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00605364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.446;QD=14.3344;RBI=0.00910042;REFB=-0.0037497;REVB=-0.00679494;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.53069;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00579794;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:26:17:17:0.395349:7:10:13:7:7:10:14:12 chr10 95433124 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0234261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.83;QD=13.4055;RBI=0.0329777;REFB=-0.00225026;REVB=0.023211;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063106;STB=0.536052;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00232386;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:10:24:15:8:10:24 chr10 95441272 . G A 233.02 PASS AF=0.358025;AO=27;DP=79;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00386118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.926;QD=11.507;RBI=0.00766121;REFB=-0.00151466;REVB=-0.00661706;RO=52;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664776;STB=0.538435;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00280689;OID=.;OPOS=95441272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:52:52:27:29:0.358025:14:13:22:30:15:14:22:30 chr10 95459817 . C T 447.72 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00132824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5837;QD=12.7919;RBI=0.0354983;REFB=-0.0093797;REVB=-0.0354734;RO=87;SAF=27;SAR=25;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358912;STB=0.523695;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.018827;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:87:88:52:52:0.371429:25:27:48:39:25:27:49:39 chr10 95552653 . T C 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.633;QD=62.3382;RBI=0.0252902;REFB=0;REVB=0.0247145;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103305;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr10 95660785 . G A 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00391196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.011;QD=19.9069;RBI=0.0144466;REFB=-0.00851227;REVB=-0.0139069;RO=42;SAF=18;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149677;STB=0.583011;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00959467;OID=.;OPOS=95660785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:24:18:25:17:24:18:25:17 chr10 95791613 . T C 600.95 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00112121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.441;QD=58.6289;RBI=0.0290269;REFB=-0.109139;REVB=0.0290053;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000103558;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr10 95791763 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.083;QD=63.8719;RBI=0.0241306;REFB=0;REVB=-0.0171032;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17884e-07;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr10 96039597 . G C 780.08 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.208;QD=56.7332;RBI=0.156466;REFB=0;REVB=0.156355;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052968;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:22:24:0:0:31:24:0:0 chr10 96058298 . C T 413.01 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0101691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.694;QD=24.2948;RBI=0.0186235;REFB=-0.0095481;REVB=-0.015602;RO=28;SAF=11;SAR=29;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190739;STB=0.60512;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00728288;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:29:11:14:14:29:11:14:14 chr10 96066341 . A G 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0125585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.276;QD=18.0093;RBI=0.0143533;REFB=-0.000581159;REVB=0.00694995;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888411;STB=0.54962;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000402221;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:21:17:19:16:21:17 chr10 96106240 . G C 125.71 PASS AF=0.307692;AO=10;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000886046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.877;QD=9.6701;RBI=0.0102301;REFB=-0.0180483;REVB=-0.0101917;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31724;STB=0.624844;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0161292;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:36:10:16:0.307692:7:3:17:13:10:6:20:16 chr10 96163039 . C G 69.29 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0249192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7693;QD=30.7952;RBI=0.115785;REFB=-0.174406;REVB=-0.113072;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0205406;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr10 96305729 . T C 871.51 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032554;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.367;QD=58.1005;RBI=0.0334865;REFB=0;REVB=0.00784727;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88359e-06;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 96313960 . A C 1268.89 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321991;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.389;QD=61.8971;RBI=0.0365111;REFB=0;REVB=0.0363688;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019915;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr10 96493058 . C T 247.78 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0257238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6887;QD=18.3537;RBI=0.0481385;REFB=-0.0273748;REVB=-0.0406891;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129152;STB=0.578887;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0388362;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:17:9:13:14:18:9:13:14 chr10 96541616 . G A 294.54 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.03038;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.396;QD=19.9684;RBI=0.0391694;REFB=-0.035131;REVB=-0.0247244;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35772;STB=0.652785;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0294319;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:21:28:31:31:0.525424:20:11:18:3:20:11:19:9 chr10 96602622 . C T 482.88 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00817039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.808;QD=18.5724;RBI=0.00864325;REFB=-0.00927338;REVB=0.00281969;RO=53;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164027;STB=0.509087;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0143563;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:24:27:29:24:24:27:29:24 chr10 96827178 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0350786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.869;QD=16.6157;RBI=0.0401026;REFB=-0.0228437;REVB=0.0194347;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285252;STB=0.662469;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0145128;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:15:6:10:7:15:6 chr10 97106165 . T C 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245571;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.824;QD=58.0832;RBI=0.0332874;REFB=0;REVB=0.0224722;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39853e-05;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 97116219 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.947;QD=57.6804;RBI=0.0304855;REFB=0;REVB=0.0304474;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040192;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 97127462 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.516;QD=61.3364;RBI=0.0347195;REFB=0;REVB=0.0109011;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013538;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr10 97141523 . G A 803.88 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075179;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.077;QD=57.4199;RBI=0.00761237;REFB=0;REVB=-0.00119551;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135247;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr10 97192324 . A G 1755.8 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00447495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9712;QD=59.0184;RBI=0.0161316;REFB=-0.0493588;REVB=-0.0154985;RO=2;SAF=65;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143876;STB=0.507574;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00287852;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:52:65:2:0:52:65:2:0 chr10 97447373 . A T 2268.98 PASS AF=0.980645;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0167873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.148;QD=58.5544;RBI=0.0753831;REFB=-0.151681;REVB=0.0734901;RO=0;SAF=88;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511626;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000711983;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:155:0:3:151:152:0.980645:63:88:0:0:63:89:0:3 chr10 97698370 . C T 903.55 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.119;QD=58.2935;RBI=0.0505084;REFB=0;REVB=0.00251155;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98071e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:32:30:0:0 chr10 97784683 . C T 446.35 PASS AF=0.357143;AO=55;DP=154;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.00132699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.477;QD=11.5934;RBI=0.00597819;REFB=-0.0115547;REVB=-0.00582905;RO=99;SAF=29;SAR=26;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665035;STB=0.537917;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0218962;OID=.;OPOS=97784683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:99:99:55:55:0.357143:26:29:58:41:26:29:58:41 chr10 97817650 . G T 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0123055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.641;QD=12.3075;RBI=0.0250737;REFB=-0.0105859;REVB=0.0218463;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747949;STB=0.535081;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0248639;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:13:12:22:18:13:12:22:19 chr10 97818692 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0270896;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.6059;QD=13.0912;RBI=0.0488297;REFB=-0.00145085;REVB=0.0406263;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63952;STB=0.853348;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00280066;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:2:11:3:15:2:11:5:15 chr10 97920062 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00495729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.416;QD=13.8996;RBI=0.0069813;REFB=-0.00657725;REVB=-0.00491568;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792099;STB=0.545152;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00705949;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:13:11:13:21:13:11:13:21 chr10 97920099 . T TC 810.41 PASS AF=1;AO=66;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9558;QD=46.9801;RBI=0.125025;REFB=0;REVB=0.12483;RO=4;SAF=30;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00232525;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:71:69:69:0:30:39:0:0:15:4:30:36:2:2 chr10 97920278 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0220237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.205;QD=28.1411;RBI=0.0223024;REFB=-0.0161132;REVB=-0.00351495;RO=7;SAF=15;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45069;STB=0.759058;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00475443;OID=.;OPOS=97920278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:1:15:4:3:1:15:4:3 chr10 97959237 . C A 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00772217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.065;QD=18.9287;RBI=0.00788996;REFB=-0.00998054;REVB=-0.00161849;RO=56;SAF=23;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755619;STB=0.541817;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0102585;OID=.;OPOS=97959237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:32:23:28:28:32:23:28:28 chr10 97990583 . A G 112.44 PASS AF=0.272727;AO=7;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00294479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.756;QD=10.2214;RBI=0.0441059;REFB=-0.0314854;REVB=0.0440075;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187049;STB=0.551636;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.085116;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:29:30:7:12:0.272727:3:4:12:17:8:4:12:18 chr10 98078127 . C T 1222.05 PASS AF=0.987952;AO=78;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0022866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3356;QD=58.8942;RBI=0.0275245;REFB=0.0204;REVB=0.0274294;RO=3;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480485;STB=0.507935;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000292563;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:3:1:78:82:0.987952:28:50:0:3:31:51:0:1 chr10 98078239 . A G 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6444;QD=58.9588;RBI=0.0225699;REFB=0;REVB=-0.0145384;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322906;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr10 98287261 . G C 428.59 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312393;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.103;QD=57.1456;RBI=0.0142033;REFB=0;REVB=0.0138555;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64352e-05;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr10 98319495 . TAAAAAAAA TAAAAAAAT,TAAAAA 204.74 PASS AF=0.695652,0.304348;AO=11,4;DP=24;FAO=16,7;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132453,-0.0666841;FXX=0.079968;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=9.83749,15.5268;QD=35.6063;RBI=0.133388,0.103106;REFB=0,0;REVB=0.0157733,-0.0786392;RO=0;SAF=0,4;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0173983,0.0210051;OID=.,.;OPOS=98319503,98319496;OREF=A,AAA;OALT=T,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.695652,0.304348:11,4:24:16,7:23:0:0,6:16,1:0:0:30:0:0,4:11,0:0:0 chr10 98380277 . C T 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1872;QD=57.236;RBI=0.0244974;REFB=0;REVB=0.00300754;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238141;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr10 98386558 . G A 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000891944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4188;QD=59.3133;RBI=0.0123184;REFB=0;REVB=-0.0122861;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110135;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr10 98742750 . A C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0130655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5346;QD=21.2262;RBI=0.025537;REFB=-0.0189985;REVB=0.0219415;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3644;STB=0.70025;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00638172;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:17:12:21:3:17:12:21:3 chr10 98808866 . C G 520.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.342;QD=59.4975;RBI=0.0277616;REFB=0;REVB=0.00167626;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19017e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:26:9:0:0 chr10 98819317 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.35;QD=63.5823;RBI=0.036454;REFB=0;REVB=0.00490194;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33332e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr10 98901432 . TCGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC T 50.0 PASS AO=44;DP=232;LEN=55;RO=188;SAF=25;SAR=16;SRF=90;SRR=101;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=98901433;OREF=CGTATTGTATCGTATCGTATCGTATCGTATTGTATTGTACTGTATTGTATTGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:232:188:44:16:25:90:101 chr10 98901433 . C T 2263.33 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.656;QD=62.8704;RBI=0.00798815;REFB=0;REVB=0.00784591;RO=1;SAF=88;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119902;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:144:144:1:0:142:144:1:54:88:0:1:56:88:0:0 chr10 98901438 . T C 232.81 PASS AF=0.223776;AO=24;DP=144;FAO=32;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=74;FSRR=37;FWDB=-0.0267351;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8536;QD=6.51204;RBI=0.0362292;REFB=-0.0191911;REVB=0.0244498;RO=87;SAF=12;SAR=12;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943915;STB=0.715351;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0418256;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:87:111:24:32:0.223776:12:12:50:37:20:12:74:37 chr10 98901463 . T C 119.27 PASS AF=0.140541;AO=26;DP=185;FAO=26;FDP=185;FR=.;FRO=159;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=97;FSRR=62;FWDB=-0.0265848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1017;QD=2.57887;RBI=0.0322082;REFB=-0.0194362;REVB=0.0181828;RO=157;SAF=9;SAR=17;SRF=96;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327706;STB=0.716915;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0383691;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:157:159:26:26:0.140541:17:9:96:61:17:9:97:62 chr10 98901465 . T C 48.9 PASS AF=0.0842105;AO=16;DP=190;FAO=16;FDP=190;FR=.;FRO=174;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=104;FSRR=70;FWDB=-0.00173505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.013;QD=1.02949;RBI=0.0328834;REFB=-0.0019865;REVB=-0.0328376;RO=173;SAF=4;SAR=12;SRF=103;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384609;STB=0.797688;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.051998;OID=.;OPOS=98901465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:190:190:173:174:16:16:0.0842105:12:4:103:70:12:4:104:70 chr10 98901468 . T C 293.13 PASS AF=0.231959;AO=45;DP=194;FAO=45;FDP=194;FR=.;FRO=149;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=73;FWDB=-0.0388956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.027;QD=6.04393;RBI=0.0389031;REFB=-0.0114139;REVB=0.00076306;RO=149;SAF=33;SAR=12;SRF=76;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297409;STB=0.6819;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0505921;OID=.;OPOS=98901468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:149:149:45:45:0.231959:12:33:76:73:12:33:76:73 chr10 98901472 . C T 173.2 PASS AF=0.169231;AO=33;DP=195;FAO=33;FDP=195;FR=.;FRO=162;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=96;FSRR=66;FWDB=-0.0454978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.912;QD=3.55282;RBI=0.0526384;REFB=-0.0113601;REVB=-0.0264717;RO=161;SAF=12;SAR=21;SRF=95;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285352;STB=0.684675;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0572516;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:161:162:33:33:0.169231:21:12:95:66:21:12:96:66 chr10 98901480 . T C 85.82 PASS AF=0.111675;AO=22;DP=197;FAO=22;FDP=197;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=76;FWDB=0.0046912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.854;QD=1.74251;RBI=0.0469585;REFB=-0.00329905;REVB=-0.0467236;RO=175;SAF=10;SAR=12;SRF=99;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136317;STB=0.597719;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0357653;OID=.;OPOS=98901480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:197:197:175:175:22:22:0.111675:12:10:99:76:12:10:99:76 chr10 98901485 . T C 79.2 PASS AF=0.107143;AO=21;DP=196;FAO=21;FDP=196;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=100;FSRR=75;FWDB=-0.00621915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.925;QD=1.61639;RBI=0.0107198;REFB=-0.00161294;REVB=-0.00873129;RO=173;SAF=9;SAR=12;SRF=99;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174421;STB=0.625422;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0332899;OID=.;OPOS=98901485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:196:196:173:175:21:21:0.107143:12:9:99:74:12:9:100:75 chr10 98901487 . C T 127.54 PASS AF=0.144385;AO=27;DP=186;FAO=27;FDP=187;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=-0.065741;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.682;QD=2.72819;RBI=0.0850975;REFB=-0.026691;REVB=-0.0540343;RO=157;SAF=14;SAR=13;SRF=88;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537965;STB=0.543144;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0614062;OID=.;OPOS=98901487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:157:160:27:27:0.144385:13:14:88:69:13:14:91:69 chr10 98901498 . C T 529.54 PASS AF=0.331633;AO=65;DP=196;FAO=65;FDP=196;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.0448374;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.884;QD=10.807;RBI=0.0506139;REFB=-0.0146754;REVB=-0.0234813;RO=128;SAF=37;SAR=28;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107316;STB=0.5642;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0345092;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:128:131:65:65:0.331633:28:37:61:67:28:37:62:69 chr10 98901503 . C T 77.75 PASS AF=0.104478;AO=21;DP=201;FAO=21;FDP=201;FR=.;FRO=180;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=82;FSRR=98;FWDB=-0.0434332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3509;QD=1.54722;RBI=0.0541765;REFB=-0.00318765;REVB=-0.0323829;RO=178;SAF=16;SAR=5;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364722;STB=0.77056;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0235139;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:201:201:178:180:21:21:0.104478:5:16:82:96:5:16:82:98 chr10 99019177 . A G 1644.68 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239376;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.186;QD=60.3553;RBI=0.0170382;REFB=0;REVB=0.0168692;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34992e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr10 99080246 . CT C 843.68 PASS AF=1;AO=70;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222014;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.3453;QD=45.6043;RBI=0.0446912;REFB=0;REVB=0.0387866;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000719371;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:75:74:74:0:43:31:0:0:15:1:42:28:0:1 chr10 99125949 . C T 356.44 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0369311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.651;QD=14.2576;RBI=0.037677;REFB=-0.0183902;REVB=0.00745994;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136805;STB=0.512814;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0193215;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:20:19:30:30:20:19:31:30 chr10 99129230 . T C 227.09 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00445088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.619;QD=28.3856;RBI=0.0162527;REFB=0.0110105;REVB=0.0156314;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223654;STB=0.622535;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.012349;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:10:1:9:12:10:1 chr10 99139140 . G A 178.15 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-3.75456e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9151;QD=14.8454;RBI=0.00701124;REFB=-0.0208396;REVB=0.00701114;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.650602;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0410724;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:11:18:7:12:11:18 chr10 99160965 . A G 944.42 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3477;QD=55.5539;RBI=0.0404569;REFB=-0.0814887;REVB=-0.0167847;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269815;STB=0.514281;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0126602;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:32:34:2:0:32:34:2:0 chr10 99179206 . C T 128.65 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0181612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.674;QD=12.5511;RBI=0.0182456;REFB=-0.0204583;REVB=0.0017526;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0122039;OID=.;OPOS=99179206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:15:11:7:8:15:11 chr10 99205686 . A G 205.36 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.015498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.582;QD=19.103;RBI=0.026738;REFB=-0.0256671;REVB=0.0217884;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295343;STB=0.649215;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0134184;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:12:8:16:6:12:9:16:6 chr10 99205731 . A G 171.15 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0370619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3364;QD=17.5541;RBI=0.0403315;REFB=-0.0273774;REVB=-0.0159073;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311932;STB=0.67777;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0390264;OID=.;OPOS=99205731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:7:14:6:12:7:14 chr10 99219885 . G A 275.65 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0121714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.791;QD=18.0757;RBI=0.0126471;REFB=-0.00466122;REVB=-0.00343591;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190649;STB=0.606417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00395488;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:20:11:17:13:20:11 chr10 99220707 . C T 121.48 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0172697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2401;QD=15.1852;RBI=0.0381627;REFB=-0.0126195;REVB=0.0340315;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137167;STB=0.580518;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0188233;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:2:12:14:4:2:12:14:4 chr10 99240048 . C T 394.09 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0288335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.419;QD=20.7414;RBI=0.029205;REFB=-0.0217466;REVB=0.00464325;RO=35;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960445;STB=0.547728;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0200922;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:14:26:19:16:14:26:20:16 chr10 99240758 . G C 1881.11 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211555;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.403;QD=61.6758;RBI=0.0262622;REFB=0;REVB=0.0155611;RO=0;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91863e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:73:48:0:0:73:49:0:0 chr10 99337572 . G A 248.3 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00258405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1088;QD=16.2819;RBI=0.0117619;REFB=-0.00982103;REVB=0.0114746;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039586;STB=0.530784;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00949325;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:12:15:17:16:12:16:17:16 chr10 99350017 . G C 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00286823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.801;QD=28.5587;RBI=0.0031019;REFB=-0.0248563;REVB=-0.00118114;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209512;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:9:10:20:20:0.666667:10:10:4:5:10:10:5:5 chr10 99350128 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0428907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.739;QD=17.1558;RBI=0.0428995;REFB=-0.000833802;REVB=-0.000866943;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121753;STB=0.569539;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00136646;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:12:8:9:8:12:8 chr10 99358901 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000966998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.407;QD=22.6785;RBI=0.00913592;REFB=0.00305216;REVB=-0.0090846;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299059;STB=0.670882;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00184078;OID=.;OPOS=99358901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:4:1:7:3:4:1 chr10 99376092 . T C 268.53 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0538811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1801;QD=13.9494;RBI=0.0574307;REFB=-0.00503754;REVB=0.0198775;RO=46;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589285;STB=0.503354;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00566733;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:15:16:24:22:15:16:24:22 chr10 99376152 . A G 246.09 PASS AF=0.394737;AO=28;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0121914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.529;QD=12.952;RBI=0.0281504;REFB=-0.0136031;REVB=-0.0253735;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697397;STB=0.508191;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0201129;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:46:28:30:0.394737:16:12:19:26:18:12:19:27 chr10 99393234 . G A 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.000424389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.76;QD=18.763;RBI=0.00293033;REFB=-0.00678601;REVB=-0.00289944;RO=46;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100259;STB=0.555714;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00570837;OID=.;OPOS=99393234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:19:23:30:16:19:23:30:16 chr10 99410790 . T C 286.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0395031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8131;QD=15.6918;RBI=0.0414716;REFB=-0.0130191;REVB=0.0126253;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177826;STB=0.600279;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0178639;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:17:24:13:19:17:24 chr10 99422648 . A G 113.25 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0375068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0332;QD=18.1204;RBI=0.0457752;REFB=-0.0148548;REVB=0.0262413;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0174226;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:7:5:7:6:7:5 chr10 99439454 . G T 489.57 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0122661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.037;QD=17.0286;RBI=0.0154982;REFB=-0.010101;REVB=-0.00947297;RO=61;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164953;STB=0.595667;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0135298;OID=.;OPOS=99439454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:23:30:24:37:23:30:24:38 chr10 99439541 . G C 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00572853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9527;QD=18.4262;RBI=0.011446;REFB=-0.0212059;REVB=0.00990936;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100635;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0169797;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:13:15:18:10:13:15 chr10 99473729 . C G 175.96 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00146876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.578;QD=21.3288;RBI=0.00794949;REFB=-0.00127616;REVB=0.00781262;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.515135;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00116747;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:9:8:7:8:9:9:7:8 chr10 99498234 . G A 322.95 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0480107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4838;QD=21.8949;RBI=0.0482474;REFB=-0.0031418;REVB=-0.00477421;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14243;STB=0.578466;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00325201;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:16:17:18:8:16:17:18:8 chr10 99504630 . G T 130.5 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0033467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7164;QD=13.7367;RBI=0.00566063;REFB=0.00590985;REVB=-0.00456535;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112654;STB=0.565947;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00910646;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:13:10:5:10:13:10 chr10 99625430 . TG T 30.43 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0117615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8327;QD=5.07173;RBI=0.129881;REFB=-0.0647948;REVB=0.129347;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0.402062;SSEP=0;SSSB=0.0748343;STB=0.533255;STBP=0.932;TYPE=del;VARB=0.129657;OID=.;OPOS=99625431;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:24:9:24:15:8:1:13:2:30:14:8:1:12:2 chr10 99664456 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.016334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.359;QD=13.224;RBI=0.0354063;REFB=-0.0176776;REVB=-0.0314135;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756676;STB=0.543441;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0259122;OID=.;OPOS=99664456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:20:16:9:15:20:16 chr10 99969568 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.000444275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.719;QD=13.3359;RBI=0.0562758;REFB=-0.00596248;REVB=-0.056274;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681192;STB=0.547884;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00921028;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:4:11:18:5:4:11:19:5 chr10 99991408 . A G 1726.06 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440466;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.646;QD=61.0995;RBI=0.044766;REFB=0;REVB=0.00799301;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021872;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:112:113:1:40:72:0:0:40:73:0:0 chr10 100017453 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.162;QD=55.656;RBI=0.0317339;REFB=0;REVB=-0.0112738;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182538;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr10 100018844 . G A 1031.3 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1811;QD=58.1016;RBI=0.0560562;REFB=-0.0676601;REVB=0.0426773;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00202129;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:0:1:38:32:0:1 chr10 100144782 . C T 222.49 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0136384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.451;QD=18.935;RBI=0.0285869;REFB=-0.00766436;REVB=-0.0251238;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103146;STB=0.538426;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0228764;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:9:13:11:12:9:13:13:12 chr10 100147060 . A G 315.61 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00466679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.397;QD=17.534;RBI=0.0300854;REFB=0.00125871;REVB=-0.0297212;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124269;STB=0.569404;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00180584;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:14:24:17:17:14:24 chr10 100148176 . A G 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0309828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.497;QD=10.5414;RBI=0.030996;REFB=-0.0296144;REVB=0.000904406;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191843;STB=0.613842;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0329445;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:15:6:5:6:15:6 chr10 100167396 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.000740566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.586;QD=13.3137;RBI=0.00444515;REFB=-0.00585058;REVB=0.00438303;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642973;STB=0.53688;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00610179;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:13:20:12:10:13:20 chr10 100184062 . CC AG 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0166761;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.334;QD=18.4948;RBI=0.0202661;REFB=-0.00124442;REVB=-0.0115161;RO=30;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278688;STB=0.656143;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.00198967;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:9:21:12:18:9:21:12:18 chr10 100190920 . G A 200.79 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0350569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.165;QD=15.154;RBI=0.057471;REFB=-0.0344976;REVB=0.0455405;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13075;STB=0.574404;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.026511;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:13:17:10:13:13:17 chr10 101090428 . T G 731.92 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0754825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4574;QD=51.3626;RBI=0.0806504;REFB=-0.026357;REVB=-0.0284056;RO=2;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409266;STB=0.514051;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00894215;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:22:32:0:2:22:32:1:2 chr10 101293035 . C A 304.78 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.000804924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5083;QD=17.6683;RBI=0.0275565;REFB=-0.0304668;REVB=-0.0275448;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1425;STB=0.579459;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0251373;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:12:24:17:16:12:24 chr10 101294936 . C T 514.92 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0613274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8929;QD=17.604;RBI=0.0674812;REFB=0.00149898;REVB=0.0281542;RO=62;SAF=26;SAR=29;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720573;STB=0.540023;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000855974;OID=.;OPOS=101294936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:29:26:34:28:29:26:34:28 chr10 101473218 . A G 533.36 PASS AF=0.948718;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00549401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.035;QD=54.7038;RBI=0.0078195;REFB=-0.110695;REVB=-0.00556421;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.535695;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00638618;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:38:37:0.948718:14:24:0:1:13:24:0:2 chr10 101544447 . A T 1515.06 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.306;QD=63.7921;RBI=0.0291792;REFB=0;REVB=0.00468886;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66409e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr10 101604207 . C T 121.16 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0422344;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.364;QD=8.21399;RBI=0.0526644;REFB=-0.00441034;REVB=-0.0314611;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664624;STB=0.547229;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0104493;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:41:42:17:17:0.288136:8:9:24:17:8:9:25:17 chr10 101639796 . G A 491.67 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.004999;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.825;QD=15.7333;RBI=0.00614626;REFB=-0.0196675;REVB=-0.00357582;RO=69;SAF=30;SAR=24;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341851;STB=0.511665;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0279403;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:71:54:54:0.432:24:30:36:33:24:30:38:33 chr10 101639877 . A C 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000679519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.709;QD=20.9711;RBI=0.00942304;REFB=-0.00342135;REVB=0.00939851;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392919;STB=0.52173;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00364132;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:24:22:23:21:24:22:23:21 chr10 101645498 . T C 179.82 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0131031;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.679;QD=12.6192;RBI=0.0132222;REFB=0.000293388;REVB=0.00177059;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121875;STB=0.569971;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.000119966;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:23:12:10:12:23:12 chr10 101646265 . C T 295.55 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0421969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.629;QD=12.9913;RBI=0.0422029;REFB=-0.00350847;REVB=-0.000709733;RO=55;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002321;STB=0.501944;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0050019;OID=.;OPOS=101646265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:57:34:34:0.373626:18:16:26:29:18:16:27:30 chr10 101657880 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00830784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.869;QD=15.5772;RBI=0.0162886;REFB=-0.0039302;REVB=-0.0140106;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115662;STB=0.565166;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00536647;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:23:7:8:16:23:7 chr10 101689378 . G C 352.95 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00301106;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.542;QD=23.1443;RBI=0.0077311;REFB=-0.0230782;REVB=0.00712064;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259542;STB=0.522459;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.017718;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:25:26:35:35:0.57377:18:17:13:12:18:17:14:12 chr10 101690050 . C T 217.66 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00452141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3674;QD=22.9111;RBI=0.00638785;REFB=-0.0133983;REVB=0.00451238;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133981;STB=0.565153;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00938054;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:6:15:9:7:6:15:10:7 chr10 101690379 . A G 267.51 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.036893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8006;QD=13.7183;RBI=0.0368931;REFB=0.0133751;REVB=0.000112538;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207422;STB=0.618639;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0243107;OID=.;OPOS=101690379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:21:10:24:23:21:10:24:23 chr10 101715899 . G A 450.65 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.000275775;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.919;QD=21.4594;RBI=0.00265282;REFB=-0.0138239;REVB=-0.00263845;RO=40;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185018;STB=0.602238;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0140513;OID=.;OPOS=101715899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:27:17:24:16:27:17:24:16 chr10 101716484 . G A 58.36 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0200937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.553;QD=14.5902;RBI=0.0205075;REFB=-0.0082127;REVB=0.00409924;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00952862;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr10 101823396 . C T 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00552756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.274;QD=58.7477;RBI=0.00633963;REFB=-0.0622894;REVB=0.00310435;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426858;STB=0.522717;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=1.27826e-05;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:2:0:25:21:2:0 chr10 101937969 . A G 177.47 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0388835;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=249.784;QD=39.4387;RBI=0.0389654;REFB=-0.0525924;REVB=-0.00252502;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338952;STB=0.535671;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000331807;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:13:3:0:1:13:3:0:2 chr10 101977883 . C T 514.11 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4004;QD=58.7558;RBI=0.0220468;REFB=0;REVB=0.0218273;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385491;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr10 102006681 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.152;QD=56.9567;RBI=0.0352115;REFB=0;REVB=-0.034358;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77455e-05;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr10 102116311 . A C 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0297925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.227;QD=19.3925;RBI=0.0304233;REFB=-0.0204198;REVB=-0.00616302;RO=50;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976201;STB=0.552574;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0184319;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:52:53:53:0.504762:26:27:31:19:26:27:32:20 chr10 102222957 . G C 368.02 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0122535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8677;QD=19.3695;RBI=0.0123215;REFB=-0.0294952;REVB=0.00129241;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048909;STB=0.527206;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0282953;OID=.;OPOS=102222957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:23:15:17:21:23:15:17:21 chr10 102247408 . C A 486.2 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00441089;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.714;QD=19.4481;RBI=0.00772078;REFB=-0.0118925;REVB=0.00633676;RO=50;SAF=24;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181101;STB=0.51002;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.012618;OID=.;OPOS=102247408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:50:50:50:0.5:26:24:23:27:26:24:23:27 chr10 102247526 . G C 699.04 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00693396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.461;QD=20.4099;RBI=0.0186193;REFB=-0.0213521;REVB=0.01728;RO=68;SAF=43;SAR=26;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331928;STB=0.518298;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0212287;OID=.;OPOS=102247526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:26:43:40:28:26:43:40:28 chr10 102265183 . G A 154.9 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0301285;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.609;QD=14.0816;RBI=0.0301767;REFB=-0.00488389;REVB=-0.0017054;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746002;STB=0.543427;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0116472;OID=.;OPOS=102265183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:14:13:7:10:14:13 chr10 102265815 . A G 173.37 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0131357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8284;QD=21.0141;RBI=0.0755036;REFB=-0.00328243;REVB=0.0743522;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199849;STB=0.629001;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0104682;OID=.;OPOS=102265815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:16:18:0.545455:8:8:11:4:10:8:11:4 chr10 102265847 . A C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0263829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1113;QD=22.5344;RBI=0.0265188;REFB=-0.0129652;REVB=-0.00268066;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581603;STB=0.538811;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00959393;OID=.;OPOS=102265847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:12:20:16:7:12:20:17:7 chr10 102269085 . C A 167.64 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00328959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.55;QD=15.2401;RBI=0.0323572;REFB=-0.0258654;REVB=0.0321895;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904212;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0322785;OID=.;OPOS=102269085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:26:17:18:0.409091:10:7:12:12:11:7:12:14 chr10 102269206 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.00446559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.963;QD=15.6258;RBI=0.00830904;REFB=-0.00527636;REVB=0.00700705;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270697;STB=0.652482;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00961835;OID=.;OPOS=102269206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:3:20:11:6:3:20 chr10 102295836 . C G 521.33 PASS AF=0.456;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0126424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3314;QD=16.6825;RBI=0.0946222;REFB=-0.0330216;REVB=-0.0937739;RO=64;SAF=27;SAR=29;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321189;STB=0.514329;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0394579;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:64:68:56:57:0.456:29:27:33:31:30:27:34:34 chr10 102309220 . G C 337.59 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0445649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.682;QD=20.1546;RBI=0.0447315;REFB=-0.000662801;REVB=0.00385642;RO=31;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119401;STB=0.564933;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000660808;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:34:35:0.522388:11:23:17:14:11:24:18:14 chr10 102313607 . A G 281.05 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.00707124;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.759;QD=16.7789;RBI=0.0183669;REFB=-0.0182531;REVB=-0.0169511;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185149;STB=0.602778;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0201335;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:30:6:10:21:30:6 chr10 102506070 . G C 4633.22 PASS AF=0.99322;AO=218;DP=296;FAO=293;FDP=295;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247534;FXX=0.00337826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8777;QD=62.8233;RBI=0.248148;REFB=0;REVB=-0.0174491;RO=0;SAF=62;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619119;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:296:295:0:0:218:293:0.99322:156:62:0:0:162:131:0:0 chr10 102734778 . C G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.895;QD=59.3229;RBI=0.0221765;REFB=0;REVB=-0.0218393;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36626e-05;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr10 102745062 . G T 1448.34 PASS AF=0.953704;AO=102;DP=108;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0162672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.4761;QD=53.6424;RBI=0.107291;REFB=-0.111814;REVB=-0.10605;RO=3;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299363;STB=0.516488;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00182691;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:108:108:3:5:102:103:0.953704:46:56:0:3:46:57:1:4 chr10 102746503 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.464;QD=56.7066;RBI=0.0192762;REFB=0;REVB=-0.019136;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65469e-05;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr10 102750623 . T C 1113.35 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.255;QD=60.1811;RBI=0.0406557;REFB=0;REVB=0.0295068;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180873;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr10 102750783 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.272;QD=59.0187;RBI=0.059372;REFB=0;REVB=0.0252147;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198169;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr10 102766574 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.631;QD=63.5828;RBI=0.0196049;REFB=0;REVB=0.0108861;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136938;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr10 102767573 . AATTTTTTTG AAATTTTTTG,AATTTTTTG,AATTTTTTGT,ATTTTTTG 124.28 PASS AF=0,0.0571429,0,0.485714;AO=3,7,2,10;DP=39;FAO=0,2,0,17;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1,0,4;FSAR=0,1,0,13;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.056653,0.0276438,-0.108181,-0.0296891;FXX=0.0789266;HRUN=7,7,7,8;LEN=1,1,2,2;MLLD=9.49224,10.2863,13.6295,16.4326;QD=14.2029;RBI=0.149236,0.0626924,0.114428,0.093849;REFB=-0.0568185,-0.114841,-0.0989549,-0.0445052;REVB=-0.138065,-0.0562686,-0.037291,0.0890292;RO=12;SAF=1,0,2,1;SAR=2,7,0,9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.410589,-0.695386,0.773311,0.0450318;STB=0.5,0.943491,0.5,0.690316;STBP=1,0.802,1,0.165;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.0692749,0,0.0767372;OID=.,.,.,.;OPOS=102767575,102767575,102767581,102767574;OREF=T,T,TG,AT;OALT=A,-,GT,-;OMAPALT=AAATTTTTTG,AATTTTTTG,AATTTTTTGT,ATTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0571429,0,0.485714:3,7,2,10:39:0,2,0,17:35:16:0,1,0,4:0,1,0,13:0:16:95:12:1,0,2,1:2,7,0,9:1:11 chr10 102770082 . T G 2981.98 PASS AF=0.974874;AO=173;DP=183;FAO=194;FDP=199;FR=.;FRO=5;FSAF=114;FSAR=80;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.02604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3006;QD=59.9394;RBI=0.0295386;REFB=-0.121486;REVB=0.0139444;RO=5;SAF=96;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132759;STB=0.505515;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00222197;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:183:199:5:5:173:194:0.974874:77:96:4:1:80:114:4:1 chr10 102770327 . A G 699.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00141602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.017;QD=54.9009;RBI=0.0224923;REFB=-0.129232;REVB=-0.0224476;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.507689;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00104252;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:18:32:1:0:18:32:1:0 chr10 102798962 . C A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.271;QD=58.6006;RBI=0.0195509;REFB=0;REVB=-0.0194602;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66587e-05;OID=.;OPOS=102798962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr10 102824349 . G C 918.18 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0188027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6242;QD=54.0104;RBI=0.0831374;REFB=-0.0287962;REVB=0.0809833;RO=3;SAF=39;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349599;STB=0.518513;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0209157;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:26:39:3:0:26:39:3:0 chr10 102897515 . GA AG,G 37.52 PASS AF=0.0909091,0.318182;AO=2,8;DP=22;FAO=2,7;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4;FSAR=2,3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00321182,0.0602163;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=99.3988,8.27057;QD=6.82242;RBI=0.0698391,0.194275;REFB=-0.015427,-0.164099;REVB=-0.0697652,-0.184707;RO=11;SAF=0,4;SAR=2,4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711767,-0.313604;STB=0.996015,0.581866;STBP=0.093,0.61;TYPE=mnp,del;VARB=0.0433698,0.104307;OID=.,.;OPOS=102897515,102897516;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:22:22:11:13:2,8:2,7:0.0909091,0.318182:2,4:0,4:9:2:2,3:0,4:9:4 chr10 102925957 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.302;QD=59.017;RBI=0.0567332;REFB=0;REVB=0.00632969;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519918;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr10 103124606 . A G 6427.65 PASS AF=0.88998;AO=452;DP=510;FAO=453;FDP=509;FR=.;FRO=56;FSAF=116;FSAR=337;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0146956;FXX=0.00391382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.216;QD=50.5119;RBI=0.0159115;REFB=0.00192101;REVB=-0.00610032;RO=57;SAF=116;SAR=336;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585971;STB=0.534048;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-5.59016e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:509:57:56:452:453:0.88998:336:116:27:30:337:116:28:28 chr10 103124633 . T C 103.1 PASS AF=0.0771993;AO=43;DP=557;FAO=43;FDP=557;FR=.;FRO=514;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=155;FSRR=359;FWDB=0.00556406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.228;QD=0.740413;RBI=0.0067833;REFB=0.00131537;REVB=-0.00388;RO=510;SAF=14;SAR=29;SRF=154;SRR=356;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317117;STB=0.525683;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0153277;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:557:510:514:43:43:0.0771993:29:14:154:356:29:14:155:359 chr10 103124647 . A G 6869.71 PASS AF=0.877917;AO=488;DP=556;FAO=489;FDP=557;FR=.;FRO=68;FSAF=140;FSAR=349;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0260486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.363;QD=49.3337;RBI=0.0267868;REFB=-0.0007469;REVB=0.00624535;RO=66;SAF=139;SAR=349;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501033;STB=0.524793;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000112774;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:557:66:68:488:489:0.877917:349:139:31:35:349:140:31:37 chr10 103124653 . T C 34.17 PASS AF=0.0491803;AO=27;DP=550;FAO=27;FDP=549;FR=.;FRO=522;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=167;FSRR=355;FWDB=-0.00125981;FXX=0.00181815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.463;QD=0.248961;RBI=0.0194535;REFB=-4.76933e-06;REVB=-0.0194127;RO=516;SAF=4;SAR=23;SRF=166;SRR=350;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212873;STB=0.722122;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0127857;OID=.;OPOS=103124653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:550:549:516:522:27:27:0.0491803:23:4:166:350:23:4:167:355 chr10 103124696 . T C 5462.9 PASS AF=0.873589;AO=378;DP=435;FAO=387;FDP=443;FR=.;FRO=56;FSAF=125;FSAR=262;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0384527;FXX=0.0022522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.053;QD=49.3264;RBI=0.0384583;REFB=-0.0274226;REVB=-0.00065804;RO=55;SAF=125;SAR=253;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429107;STB=0.52263;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00145018;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:443:55:56:378:387:0.873589:253:125:27:28:262:125:27:29 chr10 103124715 . A G 4075.23 PASS AF=0.846821;AO=279;DP=333;FAO=293;FDP=346;FR=.;FRO=53;FSAF=107;FSAR=186;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0578777;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.602;QD=47.1124;RBI=0.0581237;REFB=-0.0469484;REVB=0.00534229;RO=53;SAF=96;SAR=183;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420769;STB=0.517428;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00426525;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:346:53:53:279:293:0.846821:183:96:25:28:186:107:25:28 chr10 103124726 . A G 2993.16 PASS AF=0.810036;AO=223;DP=278;FAO=226;FDP=279;FR=.;FRO=53;FSAF=78;FSAR=148;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0316131;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=42.9127;RBI=0.03501;REFB=-0.0027183;REVB=0.0150437;RO=53;SAF=76;SAR=147;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444584;STB=0.522315;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000307657;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:53:53:223:226:0.810036:147:76:24:29:148:78:24:29 chr10 103124736 . C T 2174.29 PASS AF=0.77027;AO=168;DP=219;FAO=171;FDP=222;FR=.;FRO=51;FSAF=61;FSAR=110;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00321959;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.693;QD=39.1765;RBI=0.00434126;REFB=-0.0206023;REVB=-0.00291218;RO=49;SAF=59;SAR=109;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356221;STB=0.518483;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00550115;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:222:49:51:168:171:0.77027:109:59:21:28:110:61:22:29 chr10 103124746 . G A 1286.07 PASS AF=0.6875;AO=110;DP=161;FAO=110;FDP=160;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.000400122;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.385;QD=32.1517;RBI=0.00579107;REFB=-0.0318999;REVB=0.00577723;RO=50;SAF=42;SAR=68;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355346;STB=0.51908;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0114751;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:50:50:110:110:0.6875:68:42:22:28:68:42:22:28 chr10 103789437 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0176365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.308;QD=15.2927;RBI=0.0186023;REFB=0.00138648;REVB=-0.00591623;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239638;OID=.;OPOS=103789437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr10 103827737 . T G 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00466336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.628;QD=22.8645;RBI=0.00948613;REFB=-0.00967286;REVB=0.00826073;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647752;STB=0.535663;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00888874;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:19:17:15:12:19:17:15:12 chr10 103904763 . TCC TC,T 99.84 PASS AF=0.8,0;AO=12,4;DP=28;FAO=24,0;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=16,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0903809,-0.0511783;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.54682,10.3371;QD=13.3119;RBI=0.214445,0.121943;REFB=-0.0454638,-0.0332968;REVB=0.194469,0.110684;RO=8;SAF=8,4;SAR=4,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.211319,0.730747;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0565082,0;OID=.,.;OPOS=103904764,103904764;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8,0:12,4:28:24,0:30:6:16,0:8,0:4:2:12:8:8,4:4,0:3:5 chr10 103906807 . C T 145.7 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.017252;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0029;QD=15.3373;RBI=0.020408;REFB=0.0243288;REVB=-0.0109022;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172576;STB=0.599874;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0203352;OID=.;OPOS=103906807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:10:12:6:10:10:12 chr10 104136469 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.89;QD=60.2294;RBI=0.0397161;REFB=0;REVB=0.0383947;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108905;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr10 104159196 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5405;QD=33.4283;RBI=0.08815;REFB=0;REVB=-0.00605132;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272694;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 104160434 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.73;QD=57.6799;RBI=0.0235141;REFB=0;REVB=-0.00555232;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36586e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr10 104162770 . G A 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.88;QD=34.6701;RBI=0.0222621;REFB=0.103926;REVB=0.0119399;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00100865;OID=.;OPOS=104162770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:8:2:0:0:8:2:0:1 chr10 104184901 . G C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0184222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.42;QD=11.8818;RBI=0.0186777;REFB=-0.0225206;REVB=-0.00307876;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291989;STB=0.681549;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.03123;OID=.;OPOS=104184901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:15:15:0.348837:3:12:15:11:3:12:16:12 chr10 104184953 . C G 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0101024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.681;QD=12.0834;RBI=0.0256458;REFB=-0.0138762;REVB=-0.0235722;RO=30;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329398;STB=0.697709;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0151921;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:3:13:17:13:3:13:17:13 chr10 104214048 . A T 252.53 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0233907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.148;QD=21.4923;RBI=0.0419517;REFB=-0.0292771;REVB=-0.0348256;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115602;STB=0.573132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0362505;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:11:12:9:14:11:13:9:14 chr10 104229785 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0382489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.768;QD=17.5012;RBI=0.0382843;REFB=-0.0124897;REVB=-0.00164591;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157128;STB=0.588714;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0124286;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:18:8:13:15:18:8:13:15 chr10 104231054 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00871697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.742;QD=24.493;RBI=0.0407404;REFB=-0.0515804;REVB=-0.0397969;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150202;STB=0.508372;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0300232;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:8:13:9:6:8:13:9:6 chr10 104236457 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.807;QD=55.6558;RBI=0.0549328;REFB=0;REVB=-0.0178574;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045549;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr10 104239100 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00360281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.765;QD=12.9416;RBI=0.0089629;REFB=-0.0075274;REVB=-0.00820691;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17037;STB=0.599867;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0108718;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:11:14:6:9:11:14 chr10 104386934 . T C 253.15 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0660757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2771;QD=19.1059;RBI=0.0662755;REFB=0.0196755;REVB=-0.00514165;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214939;STB=0.619749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0195966;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:18:8:15:12:18:8 chr10 104389932 . T G 1768.52 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.329;QD=60.9835;RBI=0.0600924;REFB=0;REVB=0.0281429;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72363e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:110:116:1:57:53:0:0:58:58:0:0 chr10 104435746 . C T 823.78 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372761;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=57.8093;RBI=0.00986298;REFB=0;REVB=-0.00913145;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180891;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr10 104436641 . C T 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00769425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.878;QD=23.1626;RBI=0.00823589;REFB=-0.00767649;REVB=-0.00293743;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292282;STB=0.662902;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00723006;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:17:9:16:7:17:9:16:7 chr10 104596924 . C A 1697.29 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00453144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.54;QD=59.5542;RBI=0.0104464;REFB=-0.0436113;REVB=0.00941237;RO=1;SAF=38;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123301;STB=0.506492;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=3.84461e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:75:38:1:0:75:38:1:0 chr10 104596981 . G A 1719.5 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00364683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.534;QD=58.7864;RBI=0.0368419;REFB=-0.182458;REVB=0.0366609;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507142;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00103993;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:0:2:115:115:0.982906:69:46:0:0:69:46:0:2 chr10 104628234 . T C 345.99 PASS AF=0.395833;AO=35;DP=94;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00487187;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.921;QD=14.4163;RBI=0.0152631;REFB=-0.0048398;REVB=0.0144646;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826065;STB=0.536955;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00886693;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:59:58:35:38:0.395833:15:20:38:21:16:22:37:21 chr10 104661484 . T C 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.519;QD=56.2122;RBI=0.0134929;REFB=0.0306007;REVB=-0.00425382;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-5.20281e-05;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr10 104814162 . T C 1572.84 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8525;QD=59.9177;RBI=0.0425441;REFB=0;REVB=0.0421501;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165731;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:38:67:0:0:38:67:0:0 chr10 104835919 . C T 477.39 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0203113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.46;QD=18.0145;RBI=0.0227358;REFB=-0.0105553;REVB=0.0102162;RO=55;SAF=19;SAR=32;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114277;STB=0.563527;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00973844;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:32:19:27:28:32:19:27:28 chr10 104837816 . G A 338.11 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.000345456;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1374;QD=14.7003;RBI=0.0118688;REFB=-0.0086439;REVB=0.0118638;RO=54;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723558;STB=0.532977;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0116705;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:54:55:37:37:0.402174:23:14:17:37:23:14:18:37 chr10 104849468 . G A 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00583785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.006;QD=54.7469;RBI=0.0231527;REFB=-0.0273807;REVB=0.0224046;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000238367;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:0:1:22:31:0:1 chr10 104851301 . G T 655.39 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00670653;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.794;QD=22.4063;RBI=0.0067337;REFB=-0.00671724;REVB=0.000604259;RO=52;SAF=30;SAR=34;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135215;STB=0.577777;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00739792;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:52:53:64:64:0.547009:34:30:33:19:34:30:34:19 chr10 104851396 . G T 296.79 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00963076;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.023;QD=13.0457;RBI=0.00975648;REFB=-0.00258919;REVB=-0.00156121;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208838;STB=0.606967;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00736211;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:57:34:34:0.373626:15:19:20:35:15:19:22:35 chr10 104855670 . G A 240.23 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0110188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1047;QD=21.3542;RBI=0.0142715;REFB=-0.0211841;REVB=0.0090698;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076196;STB=0.554216;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0267273;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:10:13:10:11:10:13:10:12 chr10 105049105 . C G 600.08 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000557445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.573;QD=28.2392;RBI=0.0173602;REFB=-0.0534655;REVB=0.0173513;RO=29;SAF=29;SAR=24;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153394;STB=0.57613;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0178405;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:29:32:53:53:0.623529:24:29:9:20:24:29:11:21 chr10 105154089 . A G 523.38 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0313334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8444;QD=18.6922;RBI=0.0372048;REFB=-0.0266675;REVB=-0.0200603;RO=57;SAF=28;SAR=27;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968083;STB=0.553512;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0158754;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:27:28:35:22:27:28:35:22 chr10 105194086 . C T 44.2 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.040954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0555;QD=7.36619;RBI=0.041176;REFB=-0.0402568;REVB=-0.00426935;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.530034;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.100131;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:4:3:8:8:4:3:8:9 chr10 105205302 . A C 151.91 PASS AF=0.386364;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0029415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5672;QD=13.8099;RBI=0.0217813;REFB=-0.0198871;REVB=0.0215818;RO=27;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523876;STB=0.706711;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0679158;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:27:27:14:17:0.386364:3:11:8:19:6:11:8:19 chr10 105215016 . A G 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00448987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=55.4107;RBI=0.028032;REFB=-0.126283;REVB=-0.0276701;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00107738;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:25:32:0:0:25:32:0:1 chr10 105218252 . A G 2090.38 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231726;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.836;QD=62.8684;RBI=0.0242734;REFB=0;REVB=-0.00722684;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45003e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:74:59:0:0:73:60:0:0 chr10 105218254 . C T 848.14 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=137;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0332409;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6386;QD=24.9453;RBI=0.0336775;REFB=-0.0301692;REVB=0.00540504;RO=58;SAF=35;SAR=43;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140124;STB=0.507632;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0308847;OID=.;OPOS=105218254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:58:58:78:78:0.573529:43:35:25:33:43:35:25:33 chr10 105218359 . T C 1431.91 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000519407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.413;QD=62.9409;RBI=0.0358555;REFB=0;REVB=0.0358517;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112914;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:33:57:0:0:33:58:0:0 chr10 105233110 . C T 1492.44 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394589;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2556;QD=59.1067;RBI=0.151143;REFB=-0.0877413;REVB=0.145901;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188335;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:101:1:0:99:101:1:57:42:0:1:59:42:0:0 chr10 105238652 . G A 360.88 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0224642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=14.2924;RBI=0.0225055;REFB=-0.0133045;REVB=-0.00136326;RO=59;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778312;STB=0.538068;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0218849;OID=.;OPOS=105238652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:60:41:41:0.405941:22:19:23:36:22:19:24:36 chr10 105344756 . T C 99.13 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0321;QD=39.6529;RBI=0.043497;REFB=0;REVB=0.0344372;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029601;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:8:10:1:1:7:0:0:2:8:0:0 chr10 105362104 . G A 79.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00811981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.714;QD=9.07288;RBI=0.058542;REFB=-0.00607528;REVB=0.0579762;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723403;STB=0.545364;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0236312;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:35:23:23:8:10:0.285714:3:5:13:10:5:5:13:10 chr10 105362209 . T C 465.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.944;QD=58.1318;RBI=0.0341534;REFB=0;REVB=0.00708366;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275272;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr10 105363289 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0356206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.213;QD=19.1092;RBI=0.0456771;REFB=-0.0346565;REVB=0.0285932;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137319;STB=0.576271;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0350968;OID=.;OPOS=105363289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:10:17:20:6:10:17:20:6 chr10 105657316 . G C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.098;QD=54.6514;RBI=0.0319513;REFB=-0.0807296;REVB=0.0242668;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0020431;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:0:1:31:21:0:1 chr10 105657363 . C G 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0244684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9909;QD=16.8935;RBI=0.0294541;REFB=0.00161296;REVB=0.0163963;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185709;STB=0.60433;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00300955;OID=.;OPOS=105657363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:21:16:20:12:21:16 chr10 105659826 . T C 1348.84 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00460987;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.101;QD=61.3108;RBI=0.0377458;REFB=-0.0495638;REVB=0.0374633;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000324916;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:0:1:87:87:0.988636:54:33:0:0:54:33:0:1 chr10 105758670 . A G 533.98 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0152934;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.509;QD=20.9402;RBI=0.0153465;REFB=0.0110683;REVB=-0.00127505;RO=48;SAF=25;SAR=29;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112707;STB=0.561879;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00839777;OID=.;OPOS=105758670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:29:25:16:32:29:25:16:32 chr10 105793750 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0330129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.701;QD=21.0649;RBI=0.0330737;REFB=-0.00127488;REVB=-0.00200486;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111914;STB=0.562884;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00110097;OID=.;OPOS=105793750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:13:11:14:10:13:11 chr10 105796819 . A G 493.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5336;QD=58.0764;RBI=0.0450342;REFB=0;REVB=0.0408884;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00685119;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:17:17:0:0 chr10 105798872 . T C 1652.77 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171075;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.848;QD=59.5592;RBI=0.027072;REFB=-0.0447774;REVB=0.0209815;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724762;STB=0.503816;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000457289;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:109:110:0.990991:65:44:0:1:65:45:0:1 chr10 105799216 . G T 1363.19 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5533;QD=60.5863;RBI=0.0211131;REFB=-0.118569;REVB=0.00392268;RO=2;SAF=48;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193281;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00200299;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:90:2:1:85:89:0.988889:37:48:2:0:39:50:1:0 chr10 105801253 . G A 707.69 PASS AF=1;AO=24;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495198;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2454;QD=62.9055;RBI=0.154412;REFB=0;REVB=0.146256;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288756;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:24:45:1:15:9:0:0:16:29:0:0 chr10 105805497 . C T 477.65 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00257825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2865;QD=19.697;RBI=0.00279304;REFB=-0.00757877;REVB=-0.00107409;RO=50;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869243;STB=0.504827;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00900156;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:24:23:24:26:24:23:24:26 chr10 105810400 . T C 1393.28 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.011858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.834;QD=59.2886;RBI=0.0230257;REFB=-0.0498332;REVB=0.0197375;RO=2;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020599;STB=0.516126;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000736031;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:46:45:2:0:46:45:3:0 chr10 105815116 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0241436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.352;QD=16.9232;RBI=0.0337439;REFB=-0.0154363;REVB=0.0235741;RO=40;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569957;STB=0.531897;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0150872;OID=.;OPOS=105815116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:12:22:28:12:12:22:28:12 chr10 105816916 . C T 2287.16 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.876;QD=60.5871;RBI=0.0152394;REFB=0;REVB=0.0137893;RO=1;SAF=64;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57483e-05;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:151:1:0:150:151:1:86:64:0:1:87:64:0:0 chr10 105819956 . G A 2108.89 PASS AF=0.985507;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00268904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9405;QD=61.1273;RBI=0.00726421;REFB=-0.0395108;REVB=0.00674817;RO=2;SAF=89;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206534;STB=0.510415;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=1.02235e-05;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:138:2:2:134:136:0.985507:45:89:0:2:47:89:0:2 chr10 105824333 . G A 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839115;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.227;QD=57.0081;RBI=0.00951641;REFB=0;REVB=-0.00448893;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13858e-05;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr10 106022789 . C A 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0171249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.021;QD=13.2644;RBI=0.019102;REFB=-0.0108861;REVB=-0.00846315;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793969;STB=0.539586;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0147322;OID=.;OPOS=106022789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:10:18:24:18:10:18:25:18 chr10 106028154 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00640018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.057;QD=15.7826;RBI=0.0107668;REFB=-0.00981106;REVB=-0.00865808;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168347;STB=0.616335;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0138616;OID=.;OPOS=106028154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:15:8:14:13:15:8:16:13 chr10 106028157 . G T 201.93 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0156131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.196;QD=15.5328;RBI=0.0311388;REFB=-0.0127188;REVB=0.0269417;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250093;STB=0.597833;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.012766;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:15:6:15:14:15:8:15:14 chr10 106039185 . A G 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.034063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.525;QD=6.31933;RBI=0.0501874;REFB=-0.00415937;REVB=-0.0368576;RO=50;SAF=4;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322738;STB=0.701349;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.021911;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:12:4:25:25:12:4:25:25 chr10 106152111 . T A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0151165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.383;QD=11.7339;RBI=0.0164204;REFB=-0.02296;REVB=-0.00641274;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169977;STB=0.50276;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.040172;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:15:13:22:27:15:13:23:27 chr10 106907440 . C T 898.56 PASS AF=0.595588;AO=81;DP=131;FAO=81;FDP=136;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0312548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.648;QD=26.4283;RBI=0.0453515;REFB=-0.0545279;REVB=0.0328618;RO=50;SAF=41;SAR=40;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117031;STB=0.542888;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0323776;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:50:55:81:81:0.595588:40:41:17:33:40:41:22:33 chr10 108338917 . T C 501.79 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0149485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.152;QD=18.5848;RBI=0.0199842;REFB=-0.00289981;REVB=0.0132632;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017696;STB=0.5098;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00326975;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:25:28:28:27:25:28:28:27 chr10 108380213 . G A 595.14 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0158209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.932;QD=19.1982;RBI=0.0159033;REFB=-0.0172496;REVB=-0.00161718;RO=63;SAF=38;SAR=23;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152277;STB=0.584272;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0178636;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:63:61:61:0.491935:23:38:29:34:23:38:29:34 chr10 108389111 . A G 568.95 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=0.00502193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.421;QD=14.4956;RBI=0.009073;REFB=-0.0145251;REVB=0.00755643;RO=91;SAF=41;SAR=24;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041166;STB=0.520493;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0190397;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:91:92:65:65:0.414013:24:41:54:37:24:41:55:37 chr10 108729824 . C T 516.47 PASS AF=0.5;AO=53;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00856164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5066;QD=19.1285;RBI=0.0141223;REFB=0.00960925;REVB=-0.0112311;RO=54;SAF=29;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00761916;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:53:54:0.5:24:29:30:24:24:30:30:24 chr10 109221364 . G A 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0171875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.854;QD=13.4956;RBI=0.0258172;REFB=-0.00581638;REVB=0.0192644;RO=44;SAF=10;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146178;STB=0.583687;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00954594;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:19:10:21:23:19:10:21:23 chr10 111895322 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00271146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.399;QD=17.3205;RBI=0.00820359;REFB=-0.0169486;REVB=0.00774254;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.61942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0160273;OID=.;OPOS=111895322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:6:12:7:9:6:12 chr10 112266771 . C T 337.18 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.044932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9126;QD=14.9858;RBI=0.0664195;REFB=-0.0144311;REVB=0.0489149;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157608;STB=0.594543;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.024523;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:22:15:29:23:22:15:30:23 chr10 112266822 . GC AT 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.192;QD=59.4356;RBI=0.0343923;REFB=0;REVB=-0.00842587;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000135126;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr10 112271257 . C G 406.81 PASS AF=0.698113;AO=29;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00731858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7013;QD=30.7029;RBI=0.00855156;REFB=0.0134093;REVB=0.00442354;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.542013;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00896926;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:0:16:29:37:0.698113:17:12:0:0:23:14:4:12 chr10 112361870 . A G 991.3 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7619;QD=59.1819;RBI=0.0708008;REFB=0;REVB=0.0412683;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692057;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr10 112402492 . G C,T 929.34 PASS AF=0.575758,0.424242;AO=37,28;DP=66;FAO=38,28;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18,15;FSAR=20,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391071,-0.00946673;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.8813,129.938;QD=56.3239;RBI=0.0224341,0.0181021;REFB=0,0;REVB=-0.0220906,-0.0154294;RO=0;SAF=17,15;SAR=20,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0293049,0.0146269;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:0:0:37,28:38,28:0.575758,0.424242:20,13:17,15:0:0:20,13:18,15:0:0 chr10 112572458 . G C 657.66 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00885785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0971;QD=59.7868;RBI=0.015061;REFB=0.00873865;REVB=0.0121808;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-5.63887e-07;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr10 112595719 . G C 800.09 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.153;QD=64.0069;RBI=0.0900277;REFB=0;REVB=0.0899599;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171935;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr10 112641053 . A G 496.42 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0347681;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1951;QD=52.2545;RBI=0.0389983;REFB=-0.0906773;REVB=0.0176648;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.534864;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00272354;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:38:1:3:35:35:0.921053:15:20:1:0:15:20:3:0 chr10 112658060 . G A 382.19 PASS AF=0.43617;AO=38;DP=91;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00479273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0809;QD=16.2636;RBI=0.00519024;REFB=-0.00933516;REVB=0.00199208;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053703;STB=0.52463;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0123592;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:53:53:38:41:0.43617:21:17:21:32:23:18:21:32 chr10 112838892 . C A 175.55 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000246338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.896;QD=13.7688;RBI=0.000293909;REFB=-0.01954;REVB=0.000160312;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00171319;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0340673;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:17:14:9:11:17:14 chr10 112840171 . A G 645.29 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00364488;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4977;QD=17.9246;RBI=0.0187393;REFB=-0.00247838;REVB=-0.0183815;RO=76;SAF=38;SAR=28;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611071;STB=0.534516;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00309091;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:78:66:66:0.458333:28:38:39:37:28:38:40:38 chr10 113913222 . T C 760.11 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00113716;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.187;QD=54.2937;RBI=0.0191576;REFB=-0.143608;REVB=0.0191238;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0016425;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:53:55:0.982143:23:30:0:1:24:31:0:1 chr10 113917085 . T A 1614.2 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160435;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.425;QD=59.7852;RBI=0.0198144;REFB=0;REVB=-0.0116282;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108439;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr10 113920465 . G A 2009.33 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217406;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.628;QD=62.3048;RBI=0.0463211;REFB=0;REVB=0.0409022;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954465;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr10 113935379 . T C 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4694;QD=61.6759;RBI=0.0447857;REFB=0;REVB=-0.0447542;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000758599;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr10 113940329 . T C 1080.35 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.575;QD=60.0197;RBI=0.0604682;REFB=0;REVB=0.0510295;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269614;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:27:43:0:0:29:43:0:0 chr10 114053546 . C G 1843.54 PASS AF=0.961538;AO=124;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00260146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5867;QD=56.7243;RBI=0.0686843;REFB=-0.113118;REVB=0.068635;RO=6;SAF=77;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112167;STB=0.50065;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00622485;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:130:130:6:5:124:125:0.961538:47:77:3:3:48:77:3:2 chr10 114186624 . G A 2030.03 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.304;QD=61.516;RBI=0.00679331;REFB=-0.079347;REVB=0.00663888;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.504347;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=1.24362e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:74:57:0:0:74:57:1:0 chr10 114200355 . G A 168.14 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00156552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2386;QD=10.347;RBI=0.0315986;REFB=-0.00808651;REVB=-0.0315598;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131402;STB=0.507685;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0147765;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:11:11:21:22:11:11:21:22 chr10 114831434 . A T 733.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187869;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.648;QD=63.7435;RBI=0.0190642;REFB=0;REVB=0.00323999;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417192;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 114925369 . C A 431.67 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.07453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.406;QD=24.3193;RBI=0.0758097;REFB=-0.00815123;REVB=-0.0138705;RO=28;SAF=12;SAR=30;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136983;STB=0.578913;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00813524;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:28:29:42:42:0.591549:30:12:4:24:30:12:4:25 chr10 115334124 . C T 787.57 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0837218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5652;QD=55.2677;RBI=0.0837543;REFB=-0.143916;REVB=-0.00233167;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00305161;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:55:56:0.982456:22:33:0:0:22:34:0:1 chr10 115370254 . A G 1231.1 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0284;QD=59.3303;RBI=0.0421665;REFB=-0.0821779;REVB=-0.0189806;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133333;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000688613;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:79:82:0.987952:44:35:1:0:44:38:1:0 chr10 115370274 . T C 1264.29 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8522;QD=61.6725;RBI=0.0341392;REFB=0;REVB=0.0290593;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268707;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr10 115375528 . C A 325.18 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00950235;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.215;QD=15.3027;RBI=0.0218442;REFB=-0.0264963;REVB=0.0196692;RO=41;SAF=29;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.710526;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.027534;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:49:35:36:0.423529:6:29:26:15:6:30:27:22 chr10 115392919 . T A 468.21 PASS AF=0.495146;AO=49;DP=93;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0567541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2787;QD=18.1829;RBI=0.0612994;REFB=-0.0168791;REVB=-0.0231644;RO=44;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828608;STB=0.515134;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0179456;OID=.;OPOS=115392919;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:103:44:52:49:51:0.495146:27:22:24:20:28:23:25:27 chr10 115393929 . G A 417.95 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00267848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.606;QD=19.9022;RBI=0.0155547;REFB=-0.0108056;REVB=-0.0153224;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875324;STB=0.548476;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.010887;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:19:23:27:15:19:23:27:15 chr10 115393948 . C T 373.15 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0103096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5573;QD=18.4272;RBI=0.0210908;REFB=-0.00444142;REVB=-0.0183993;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426638;STB=0.523797;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0126759;OID=.;OPOS=115393948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:15:24:24:18:15:24:24:18 chr10 115405615 . T C 440.92 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0417879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.465;QD=19.8164;RBI=0.042693;REFB=-0.00983628;REVB=0.00874423;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919102;STB=0.550997;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0113069;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:25:20:24:20:25:20 chr10 115405664 . C T 344.06 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000688558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.234;QD=16.384;RBI=0.028949;REFB=-0.00710382;REVB=-0.0289408;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134458;STB=0.575716;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00637897;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:23:14:24:23:23:14:24:23 chr10 115409840 . C T 411.01 PASS AF=0.35;AO=48;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0029556;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.717;QD=11.7433;RBI=0.0038;REFB=-0.0188156;REVB=0.00238839;RO=89;SAF=26;SAR=22;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789945;STB=0.52348;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0330926;OID=.;OPOS=115409840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:89:91:48:49:0.35:22:26:42:47:23:26:45:46 chr10 115410234 . T C 486.63 PASS AF=0.477064;AO=53;DP=111;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000989302;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.276;QD=17.8579;RBI=0.0280586;REFB=-0.00839129;REVB=0.0280412;RO=57;SAF=31;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120947;STB=0.573841;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00657705;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:57:57:53:52:0.477064:22:31:26:31:21:31:26:31 chr10 115411598 . C A 192.36 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00384436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.394;QD=16.3708;RBI=0.0323488;REFB=-0.0187953;REVB=0.0321196;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535817;STB=0.546592;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.026156;OID=.;OPOS=115411598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:8:11:17:10:9:11:17:10 chr10 115411614 . A G 790.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272503;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.956;QD=64.5088;RBI=0.0273191;REFB=0;REVB=-0.00193762;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132385;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr10 115412793 . A G 242.55 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0295965;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.414;QD=14.9261;RBI=0.0360795;REFB=-0.00457324;REVB=-0.0206345;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715461;STB=0.548638;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00651353;OID=.;OPOS=115412793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:37:28:28:0.430769:16:12:18:18:16:12:19:18 chr10 115417289 . G A 1500.73 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323698;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.475;QD=60.0294;RBI=0.00323785;REFB=0;REVB=7.47939e-05;RO=1;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108884;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:1:0:99:100:1:61:38:0:1:62:38:0:0 chr10 115439530 . G C 491.6 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0123295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8688;QD=22.865;RBI=0.0643248;REFB=-0.0241174;REVB=-0.0631322;RO=39;SAF=21;SAR=26;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958523;STB=0.55261;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.020198;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:26:21:13:26:26:21:13:26 chr10 115439569 . C T 1471.35 PASS AF=0.929204;AO=103;DP=111;FAO=105;FDP=113;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0205348;FXX=0.0258598;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.158;QD=52.0832;RBI=0.0459102;REFB=-0.0568489;REVB=0.0410618;RO=7;SAF=42;SAR=61;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203267;STB=0.506605;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000474921;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:111:113:7:8:103:105:0.929204:61:42:4:3:62:43:4:4 chr10 115439640 . CTT C 282.17 PASS AF=0.429907;AO=43;DP=109;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0387928;FXX=0.0272702;HRUN=4;LEN=2;MLLD=36.21;QD=10.5485;RBI=0.0418726;REFB=0.0113324;REVB=-0.0157617;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734887;STB=0.539798;STBP=0.479;TYPE=del;VARB=-0.0151377;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429907:43:109:46:107:61:28:18:33:28:99:58:26:17:31:27 chr10 115489152 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0217115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.658;QD=11.6673;RBI=0.0239795;REFB=-4.83616e-05;REVB=0.0101798;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466397;STB=0.789992;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000345907;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:8:18:13:1:8:18 chr10 115489167 . G A 115.96 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.029928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.669;QD=11.0439;RBI=0.0301879;REFB=-0.00465894;REVB=-0.00395293;RO=27;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456253;STB=0.779472;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00893666;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:13:1:8:19:13:1:8:20 chr10 115525175 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0241024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.326;QD=11.5636;RBI=0.024602;REFB=-0.0126258;REVB=-0.00493272;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223614;STB=0.633709;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0298068;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:13:16:11:4:13:16 chr10 115540411 . T C 195.61 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00361127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.294;QD=12.6198;RBI=0.00489831;REFB=-0.00293353;REVB=-0.00330941;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112361;STB=0.564463;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00524436;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:15:23:12:12:15:23 chr10 115609915 . C G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.196;QD=60.204;RBI=0.0318266;REFB=0;REVB=-0.0116653;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10094e-05;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr10 115675025 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2439;QD=59.8315;RBI=0.060138;REFB=0;REVB=0.0113831;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636916;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr10 115805056 . G C 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00215533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.015;QD=18.8183;RBI=0.0111834;REFB=-0.00954645;REVB=-0.0109737;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00982969;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chr10 115947871 . G A 140.65 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0221486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6274;QD=31.2553;RBI=0.0282953;REFB=-0.0695243;REVB=0.0176086;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.555477;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0136586;OID=.;OPOS=115947871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:3:1:7:7:3:1 chr10 116032519 . A G 886.47 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0405847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3097;QD=56.2836;RBI=0.046042;REFB=0.0246398;REVB=-0.0217427;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0041927;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:61:62:0.984127:27:34:0:0:27:35:1:0 chr10 116050008 . A G 222.91 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0728452;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3439;QD=14.8607;RBI=0.0752308;REFB=0.000178595;REVB=0.0187952;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394252;STB=0.533308;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.000959798;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:13:12:15:19:13:13:15:19 chr10 116060387 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00348908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.727;QD=20.4858;RBI=0.00409637;REFB=-0.00975053;REVB=0.00214628;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00889371;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:6:5:7:7:6:5 chr10 116073696 . C T 1641.86 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.007;QD=60.2518;RBI=0.0123496;REFB=0;REVB=-0.0107076;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22858e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 733.2 PASS AF=1;AO=44;DP=54;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000730958;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=3;MLLD=180.415;QD=63.7561;RBI=0.00762896;REFB=0;REVB=-0.00759386;RO=9;SAF=20;SAR=24;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.34958e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:54:46:46:0:22:24:0:0:4:9:20:24:7:2 chr10 116183816 . C T 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00612414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.274;QD=30.4289;RBI=0.0176724;REFB=-0.019989;REVB=-0.0165773;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149253;STB=0.582673;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00583869;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:7:8:1:4:7:8:1:4 chr10 116307504 . A G 791.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321912;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.036;QD=64.575;RBI=0.0323665;REFB=0;REVB=0.00336398;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918182;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr10 116335246 . G A 506.21 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00283661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.564;QD=19.1021;RBI=0.0219985;REFB=-0.0220608;REVB=0.0218148;RO=53;SAF=30;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511234;STB=0.529423;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0182653;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:53:53:51:53:0.5:21:30:34:19:22:31:34:19 chr10 116931101 . C CTT,T 485.73 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=25,8;DP=40;FAO=30,4;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698085,-0.00816153;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.1918,203.638;QD=57.1442;RBI=0.0215642,0.020141;REFB=0,0;REVB=0.020403,-0.0184133;RO=7;SAF=11,0;SAR=14,8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0531612,-0.793549;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0118722,0.0224212;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:40:34:7:0:25,8:30,4:0.882353,0.117647:14,8:11,0:4:3:19,4:11,0:0:0 chr10 117075175 . G A 1173.53 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.674;QD=59.4195;RBI=0.0209543;REFB=-0.0312238;REVB=-0.0118753;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101785;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000529912;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:46:31:0:1:46:32:0:1 chr10 117823739 . A G 338.0 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00508082;FXX=0.038956;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.374;QD=18.2703;RBI=0.0283942;REFB=-0.0100644;REVB=0.0279359;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799249;STB=0.544721;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00738635;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:15:20:19:20:15:20:19:20 chr10 118231328 . A G 497.84 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.000672087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.633;QD=21.1846;RBI=0.00310905;REFB=-0.00799041;REVB=0.00303554;RO=46;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207828;STB=0.614925;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00929231;OID=.;OPOS=118231328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:30:18:28:18:30:18:28:18 chr10 118231360 . G A 919.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.259;QD=58.4095;RBI=0.0100036;REFB=0;REVB=-0.00602346;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25992e-06;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 839.82 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=11,47;DP=60;FAO=10,50;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=8,17;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512829,0.0028472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.813,213.417;QD=55.9883;RBI=0.0289928,0.0230894;REFB=0,0;REVB=0.0285356,0.0229131;RO=0;SAF=9,15;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.017006,0.00424055;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:11,47:60:10,50:60:0:8,17:2,33:0:0:48:0:9,15:2,32:0:0 chr10 118231366 . A G 57.72 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.102157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0591;QD=3.91354;RBI=0.104983;REFB=-0.0375021;REVB=-0.0241915;RO=48;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560943;STB=0.858969;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.188371;OID=.;OPOS=118231366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:59:48:48:11:11:0.186441:2:9:16:32:2:9:16:32 chr10 118236610 . T A 444.54 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0182362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.227;QD=46.7935;RBI=0.0215729;REFB=-0.00277564;REVB=-0.0115252;RO=4;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473726;STB=0.537577;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000141656;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:4:5:33:33:0.868421:16:17:3:1:16:17:4:1 chr10 118313265 . T C 232.36 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0188171;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.096;QD=12.3927;RBI=0.0291139;REFB=-0.0194455;REVB=0.0222157;RO=47;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158175;STB=0.590845;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0205559;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:47:28:28:0.373333:16:12:27:20:16:12:27:20 chr10 118357676 . C T 262.9 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00970491;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.689;QD=20.6193;RBI=0.032724;REFB=-0.0135955;REVB=-0.0312518;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413356;STB=0.52306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0116541;OID=.;OPOS=118357676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:14:10:10:17:14:10 chr10 118363642 . T C 2403.29 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.336;QD=61.2304;RBI=0.0308484;REFB=0;REVB=0.0293965;RO=0;SAF=84;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98733e-05;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:73:84:0:0:73:84:0:0 chr10 118368606 . T C 238.93 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00164986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.515;QD=18.7397;RBI=0.00742961;REFB=-0.00445975;REVB=0.00724411;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0040974;OID=.;OPOS=118368606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:14:11:12:13:15:11 chr10 118380511 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.627;QD=50.4135;RBI=0.0420565;REFB=0;REVB=-0.00343131;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219945;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 118383463 . A AG 1136.26 PASS AF=1;AO=93;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159946;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.6185;QD=46.378;RBI=0.17556;REFB=0;REVB=0.0723775;RO=5;SAF=49;SAR=44;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00337945;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:100:98:98:0:53:45:0:0:21:5:49:44:4:1 chr10 118387282 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.947;QD=61.6825;RBI=0.0146993;REFB=0;REVB=0.0126414;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44932e-05;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr10 118397884 . A G 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0204422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4916;QD=9.18999;RBI=0.0208319;REFB=0.0147247;REVB=-0.00401036;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281447;STB=0.670249;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0326943;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:14:21:5:9:14:21 chr10 118397894 . A G 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0079932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.142;QD=8.42973;RBI=0.00935697;REFB=-0.00669657;REVB=0.00486431;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251942;STB=0.653857;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.022964;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:5:8:14:21:5:8:14:21 chr10 118397971 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0245671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.36;QD=12.4663;RBI=0.0267384;REFB=-0.00283248;REVB=0.0105547;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280281;STB=0.516236;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00166586;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:14:19:11:9:14:19 chr10 118404620 . A G 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0153603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.054;QD=13.5124;RBI=0.0154744;REFB=-0.0042485;REVB=-0.00187548;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341882;STB=0.526137;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00587707;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:14:18:26:23:14:18:26:24 chr10 118616110 . C T 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0112288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.723;QD=17.5002;RBI=0.0119741;REFB=-0.0243184;REVB=0.00415868;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759229;STB=0.54274;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0264342;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:15:13:10:16:15:13 chr10 118890573 . T C 111.71 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0102512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5206;QD=6.47574;RBI=0.0151258;REFB=-0.0200434;REVB=-0.0111222;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065887;STB=0.53604;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0618632;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:52:17:17:0.246377:9:8:20:28:9:8:22:30 chr10 118969346 . T C 230.66 PASS AF=0.578947;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0310351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.509;QD=24.2806;RBI=0.0323972;REFB=-0.0470056;REVB=0.00929523;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122574;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0254531;OID=.;OPOS=118969346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:16:16:19:22:0.578947:10:9:10:6:13:9:10:6 chr10 119026566 . T C 321.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0078777;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.777;QD=21.4541;RBI=0.00876052;REFB=-0.0148583;REVB=0.00383255;RO=26;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363976;STB=0.512188;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0107933;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:27:33:33:0.55:18:15:13:13:18:15:13:14 chr10 119133968 . G C 562.18 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00698795;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.408;QD=13.881;RBI=0.0123632;REFB=-0.00544116;REVB=-0.0101989;RO=97;SAF=29;SAR=36;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080134;STB=0.50451;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00868617;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:97:97:65:65:0.401235:36:29:44:53:36:29:44:53 chr10 119134058 . T C 652.1 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0657997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2323;QD=17.1605;RBI=0.0733678;REFB=-0.00313335;REVB=-0.0324534;RO=82;SAF=32;SAR=38;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177697;STB=0.509861;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00372898;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:38:32:36:46:38:32:36:46 chr10 119134216 . C A 179.51 PASS AF=0.75;AO=13;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0487469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7113;QD=29.9182;RBI=0.0639368;REFB=0.00947563;REVB=0.0413721;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119706;STB=0.545403;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000388101;OID=.;OPOS=119134216;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:13:18:0.75:4:9:3:3:6:12:3:3 chr10 119768551 . C T 774.55 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.00335117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.458;QD=23.8323;RBI=0.00581536;REFB=-0.0211562;REVB=-0.00475269;RO=56;SAF=49;SAR=24;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663081;STB=0.502264;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.017223;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:56:57:73:73:0.561538:24:49:38:18:24:49:38:19 chr10 120069611 . T C 575.29 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549116;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.819;QD=60.5567;RBI=0.00601346;REFB=0;REVB=0.00245131;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66623e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr10 120353910 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.375;QD=61.3364;RBI=0.0218037;REFB=0;REVB=0.0207517;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104157;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr10 120791060 . A C 574.68 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03114;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.479;QD=60.4928;RBI=0.0339842;REFB=0;REVB=0.0136099;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651763;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:25:11:0:0:25:13:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 466.92 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641472;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=7;MLLD=278.36;QD=50.4778;RBI=0.0255049;REFB=0;REVB=0.0246851;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.71994e-05;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:37:37:0:24:13:0:0:8:0:23:12:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 835.79 PASS AF=0.864865;AO=62;DP=74;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00856709;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.423;QD=45.1776;RBI=0.0269552;REFB=-0.00442805;REVB=0.0255575;RO=10;SAF=26;SAR=36;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479242;STB=0.524477;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.000741741;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864865:62:74:64:74:10:27:37:6:4:49:10:26:36:6:4 chr10 120792684 . A G 483.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.773;QD=58.6124;RBI=0.0531773;REFB=0;REVB=0.0485816;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223664;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr10 120792703 . C A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.404;QD=60.9773;RBI=0.0253729;REFB=0;REVB=0.0110257;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60985e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr10 120820528 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7317;QD=51.9144;RBI=0.0199041;REFB=0;REVB=0.0183073;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152439;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 120828969 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.923;QD=61.336;RBI=0.0517565;REFB=0;REVB=0.0346758;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308096;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr10 120896027 . G A 680.4 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222171;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2546;QD=63.2932;RBI=0.0389967;REFB=0;REVB=-0.0389334;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919469;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr10 120909785 . C T 951.67 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00288832;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.46;QD=57.6772;RBI=0.0300584;REFB=0.00832165;REVB=0.0299193;RO=1;SAF=46;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101608;STB=0.505375;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=9.97291e-05;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:19:46:1:0:19:46:1:0 chr10 120917445 . G A 806.57 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.476;QD=55.6257;RBI=0.0535656;REFB=-0.085879;REVB=0.0529478;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584965;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr10 120919246 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.777;QD=55.0963;RBI=0.0149788;REFB=0;REVB=-0.00965109;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14264e-05;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:7:19:0:0 chr10 120920588 . T C 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.006261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6883;QD=55.9986;RBI=0.0167421;REFB=-0.1566;REVB=-0.0155273;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00555338;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:1:0:13:21:1:0 chr10 120933324 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=54.5174;RBI=0.0411717;REFB=0;REVB=-0.0280084;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660607;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr10 121196335 . G A 365.63 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0219044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.307;QD=15.2345;RBI=0.023399;REFB=-0.0190264;REVB=0.00822864;RO=55;SAF=16;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121993;STB=0.55448;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.01618;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:56:39:40:0.416667:23:16:29:26:23:17:29:27 chr10 121436068 . T G 303.47 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00567315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.569;QD=22.0705;RBI=0.00642387;REFB=-0.0175102;REVB=-0.00301356;RO=24;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091575;STB=0.550691;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0115637;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:12:19:12:12:12:19:12:12 chr10 121436286 . C T 266.09 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000374262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4258;QD=28.0093;RBI=0.109938;REFB=-0.00810576;REVB=0.109938;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122736;STB=0.578883;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0374284;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:14:24:24:0.631579:12:12:9:4:12:12:10:4 chr10 121436362 . A G 225.47 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00365318;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.656;QD=17.0163;RBI=0.0109142;REFB=0.000745441;REVB=-0.0102846;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116548;STB=0.565315;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00144005;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:9:16:21:7:9:16:21:7 chr10 121527997 . C T 435.47 PASS AF=0.621212;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0214859;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.664;QD=26.3919;RBI=0.0264259;REFB=-0.00649755;REVB=0.0153845;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815134;STB=0.548531;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00398283;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:40:41:0.621212:19:21:16:9:20:21:16:9 chr10 121551581 . A C 354.56 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.010019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.256;QD=19.1653;RBI=0.0213447;REFB=-0.00832013;REVB=0.0188471;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375807;STB=0.513506;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00801574;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:19:17:19:18:19:18:19:18 chr10 121579040 . T C 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00436766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.326;QD=15.2681;RBI=0.0160947;REFB=-0.00713417;REVB=-0.0154907;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.523143;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00874709;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:19:14:10:16:19:14 chr10 121586827 . A G 234.97 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0058507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.744;QD=29.3713;RBI=0.0329496;REFB=-0.0394351;REVB=-0.032426;RO=9;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141304;STB=0.582702;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0191316;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:9:10:21:22:0.6875:16:5:4:5:16:6:5:5 chr10 121588537 . A G 394.45 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0184474;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.484;QD=14.8847;RBI=0.0311499;REFB=-0.00460284;REVB=0.0251;RO=60;SAF=19;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287828;STB=0.521544;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00496435;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:61:45:45:0.424528:26:19:27:33:26:19:28:33 chr10 121588554 . T A 499.68 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0563966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7385;QD=18.3369;RBI=0.0564191;REFB=0.0170112;REVB=-0.00159623;RO=56;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310803;STB=0.517235;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0168026;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:32:21:24:32:32:21:24:32 chr10 121589402 . T G 483.94 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00906702;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2338;QD=23.3224;RBI=0.00906758;REFB=0.0144422;REVB=-0.000100902;RO=37;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385029;STB=0.52117;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00650042;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:27:19:17:20:27:19:17:20 chr10 121602732 . C T 345.72 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0367407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9107;QD=12.9241;RBI=0.114471;REFB=-0.010351;REVB=-0.108414;RO=64;SAF=25;SAR=16;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695546;STB=0.55062;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0132984;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:64:65:41:42:0.392523:16:25:35:29:16:26:35:30 chr10 121618382 . T A 73.04 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0148442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7038;QD=9.12966;RBI=0.0294023;REFB=0.0005022;REVB=-0.02538;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135174;STB=0.58316;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00662129;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:9:13:7:3:9:13 chr10 121671651 . T C 815.5 PASS AF=0.48;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0119467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.1;QD=18.64;RBI=0.0408438;REFB=-0.0145002;REVB=0.0390576;RO=91;SAF=46;SAR=38;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226861;STB=0.512521;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0162276;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:91:91:84:84:0.48:38:46:52:39:38:46:52:39 chr10 121679013 . A G 1739.75 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=123;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0087166;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.204;QD=57.5122;RBI=0.00874958;REFB=-0.0557624;REVB=0.000759024;RO=4;SAF=71;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943133;STB=0.504969;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-2.87734e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:121:4:4:117:117:0.966942:46:71:3:1:46:71:3:1 chr10 121685559 . G A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00160775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.62;QD=13.7477;RBI=0.0135233;REFB=-0.00734695;REVB=-0.0134274;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287184;STB=0.666502;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00945101;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:5:17:17:15:5:17:17:15 chr10 121693246 . A G 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00810519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.326;QD=28.0795;RBI=0.0152454;REFB=-0.0109931;REVB=0.0129123;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466417;STB=0.525752;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.010365;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:10:15:8:7:10:15:8:7 chr10 121718112 . C T 266.41 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0429713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1679;QD=15.9051;RBI=0.0429832;REFB=-0.013186;REVB=-0.00101371;RO=36;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109566;STB=0.573408;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0179815;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:22:8:13:23:22:8:14:23 chr10 122216862 . C T 648.42 PASS AF=0.395722;AO=72;DP=184;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=0.0200895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.116;QD=13.8699;RBI=0.020167;REFB=-0.0239648;REVB=0.00176639;RO=111;SAF=36;SAR=36;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630747;STB=0.526644;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0360199;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:111:113:72:74:0.395722:36:36:62:49:36:38:63:50 chr10 122358342 . G C 1531.78 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2448;QD=57.2629;RBI=0.0406041;REFB=-0.110219;REVB=0.0213709;RO=3;SAF=59;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016923;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:3:0:104:107:1:45:59:1:2:47:60:0:0 chr10 122358463 . G A 1456.54 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124206;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.087;QD=60.0635;RBI=0.0167119;REFB=-0.225595;REVB=0.011181;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507996;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0013262;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:97:97:0:3:94:94:0.969072:39:55:0:0:39:55:1:2 chr10 122358657 . A T 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924045;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6849;QD=38.0148;RBI=0.101345;REFB=0;REVB=0.0416188;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010787;OID=.;OPOS=122358657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr10 122359344 . C T 1234.24 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.566;QD=60.2069;RBI=0.013154;REFB=-0.10106;REVB=0.00885793;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86582e-06;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:45:37:0:0 chr10 122624679 . G A 1183.37 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158436;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6618;QD=59.9177;RBI=0.0160499;REFB=-0.0527647;REVB=0.0025653;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126212;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00103117;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:37:41:0:1:37:41:0:1 chr10 122645376 . A T 217.81 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.055;QD=43.5616;RBI=0.0316504;REFB=-0.0075585;REVB=0.0252849;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000649966;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:18:19:0.95:13:5:2:0:13:6:1:0 chr10 122663585 . G A 1176.51 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00949457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.553;QD=59.5701;RBI=0.00961217;REFB=-0.155003;REVB=-0.00149898;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000909265;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:1:0:36:42:1:0 chr10 123239112 . G A 700.66 PASS AF=0.462963;AO=74;DP=160;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.00352157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4012;QD=17.3002;RBI=0.0225948;REFB=-0.0269651;REVB=-0.0223187;RO=85;SAF=39;SAR=35;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178333;STB=0.593496;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0273146;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:85:87:74:75:0.462963:35:39:29:56:36:39:30:57 chr10 123241671 . T G 88.2 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00955209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.161;QD=17.6407;RBI=0.00973346;REFB=-0.021671;REVB=0.00187027;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0196888;OID=.;OPOS=123241671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:7:3:3:6:7:4:3:6 chr10 123298158 . T C 555.87 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=0.00532003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.109;QD=12.4216;RBI=0.0228726;REFB=-0.0107979;REVB=0.0222453;RO=112;SAF=32;SAR=34;SRF=69;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145286;STB=0.584601;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0192626;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:112:113:66:66:0.368715:34:32:69:43:34:32:70:43 chr10 123310871 . A G 585.5 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0317446;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3954;QD=21.099;RBI=0.031883;REFB=-0.00727595;REVB=0.00296756;RO=52;SAF=35;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644211;STB=0.535423;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00800983;OID=.;OPOS=123310871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:52:52:59:59:0.531532:24:35:27:25:24:35:27:25 chr10 123549691 . T G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00893956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.63;QD=11.0867;RBI=0.00957765;REFB=0.0127723;REVB=0.00343738;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399437;STB=0.729243;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0103619;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:3:10:10:14:3:10:11:14 chr10 123596254 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4223;QD=45.8051;RBI=0.124875;REFB=0;REVB=0.116304;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760143;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 123673339 . T C 839.82 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013518;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.331;QD=57.9186;RBI=0.0601607;REFB=0;REVB=0.0586223;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361297;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr10 123719928 . C T 267.19 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0149094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.05;QD=28.1255;RBI=0.0203327;REFB=-0.00698821;REVB=0.0138249;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514841;STB=0.528473;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00358315;OID=.;OPOS=123719928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:17:7:5:9:17:7:5:9 chr10 123845322 . T C 663.42 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000674869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.16;QD=61.7138;RBI=0.0853866;REFB=0;REVB=0.085384;RO=0;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758667;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:7:35:0:0:8:35:0:0 chr10 123976391 . C A 905.7 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.209;QD=56.6064;RBI=0.0100115;REFB=0.0664836;REVB=0.00309535;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=4.52215e-05;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:1:0:34:29:1:0 chr10 123996976 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00303297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7405;QD=23.2624;RBI=0.0191303;REFB=-0.0476108;REVB=0.0188884;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195499;STB=0.510908;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0274328;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:7:12:14:9:7:12 chr10 124001539 . G C 213.44 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00238974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.3491;QD=16.1088;RBI=0.0597433;REFB=0.00244289;REVB=0.0596955;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737458;STB=0.541837;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00132204;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:13:16:15:9:13:16 chr10 124013604 . C A 465.65 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.000635985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.013;QD=17.7388;RBI=0.00916379;REFB=-0.010376;REVB=0.00914169;RO=55;SAF=30;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104491;STB=0.558116;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0110876;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:20:30:27:28:20:30:27:28 chr10 124089036 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0087111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.299;QD=18.9137;RBI=0.021642;REFB=-0.0129146;REVB=0.0198114;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770368;STB=0.543001;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0167442;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:16:13:15:13:16:13:15:13 chr10 124096035 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0207022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.733;QD=19.3688;RBI=0.0244803;REFB=-0.0323372;REVB=0.0130654;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672177;STB=0.538388;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0193544;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:6:1:2:8:6:1 chr10 124096041 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0254508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.479;QD=18.0505;RBI=0.0288549;REFB=-0.0281536;REVB=0.0135965;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097017;STB=0.555452;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.010414;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:7:1:2:8:7:1 chr10 124096061 . A C 305.24 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00632498;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.75;QD=31.3069;RBI=0.0122075;REFB=0.00111054;REVB=-0.0104411;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739929;STB=0.564307;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000536793;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:15:13:26:26:0.666667:15:11:8:7:15:11:8:5 chr10 124183732 . T C 3860.47 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105873;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2277;QD=63.8094;RBI=0.0274351;REFB=0;REVB=-0.02531;RO=0;SAF=126;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18209e-05;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:242:0:0:242:242:1:116:126:0:0:116:126:0:0 chr10 124189197 . A G 860.17 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308764;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.41;QD=57.3445;RBI=0.0856374;REFB=0;REVB=0.0798774;RO=0;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123121;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:60:0:0:60:60:1:14:46:0:0:14:46:0:0 chr10 124214251 . G A 845.62 PASS AF=0.560284;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0110929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8868;QD=23.9893;RBI=0.0620384;REFB=-0.0120464;REVB=0.0610386;RO=62;SAF=53;SAR=26;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232495;STB=0.512693;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0156172;OID=.;OPOS=124214251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:62:79:79:0.560284:26:53:40:22:26:53:40:22 chr10 124214448 . G T 151.95 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00514885;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.9;QD=10.1302;RBI=0.00886146;REFB=-0.0142805;REVB=-0.00721214;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127965;STB=0.566379;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0236062;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:40:20:20:0.333333:9:11:17:22:9:11:18:22 chr10 124216397 . T C 114.43 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00471584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.297;QD=10.4029;RBI=0.0441204;REFB=-0.0343119;REVB=0.0438676;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427466;STB=0.507032;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0324561;OID=.;OPOS=124216397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:9:5:11:17:9:5:11:19 chr10 124216410 . A G 106.79 PASS AF=0.27027;AO=6;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0616314;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4755;QD=11.5445;RBI=0.0621783;REFB=-0.000914526;REVB=0.00822924;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00254428;OID=.;OPOS=124216410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:37:11:20:6:10:0.27027:3:3:3:8:7:3:7:13 chr10 124329672 . TC CT 505.06 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145331;FXX=0.131126;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.193;QD=38.1179;RBI=0.152801;REFB=0;REVB=0.0471931;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00494175;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:53:0:0:60:53:1:27:33:0:0:19:34:0:0 chr10 124329710 . C A 930.11 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0362157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.733;QD=55.5289;RBI=0.0362265;REFB=0.00526112;REVB=-0.000886762;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000351918;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:31:33:0:1:31:34:0:2 chr10 124329746 . A T 831.27 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114454;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.973;QD=54.5095;RBI=0.0186179;REFB=0.0193434;REVB=0.0146842;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.516661;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000103481;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:1:2:59:59:0.967213:30:29:1:0:30:29:2:0 chr10 124330427 . C T 1951.43 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2422;QD=60.5095;RBI=0.0261672;REFB=-0.00248482;REVB=-0.0100274;RO=2;SAF=86;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109223;STB=0.502857;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=2.72216e-06;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:2:1:127:128:0.992248:41:86:2:0:41:87:1:0 chr10 124331867 . C T 2919.39 PASS AF=0.989474;AO=187;DP=191;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00758384;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.945;QD=61.4608;RBI=0.00801611;REFB=-0.171478;REVB=-0.0025968;RO=1;SAF=106;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058422;STB=0.506023;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-7.12963e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:190:1:2:187:188:0.989474:81:106:0:1:82:106:0:2 chr10 124339332 . T C 1190.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8336;QD=61.0475;RBI=0.0430341;REFB=0;REVB=0.00748952;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188726;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:30:46:0:0:31:47:0:0 chr10 124339378 . A G 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0135373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.543;QD=12.384;RBI=0.0399214;REFB=-0.00466465;REVB=0.0375561;RO=49;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101348;STB=0.558353;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00667691;OID=.;OPOS=124339378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:11:18:26:23:11:18:26:23 chr10 124348684 . C T 471.64 PASS AF=0.309645;AO=61;DP=197;FAO=61;FDP=197;FR=.;FRO=136;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=0.0134697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.283;QD=9.57652;RBI=0.0134779;REFB=-0.0169659;REVB=0.000469757;RO=136;SAF=17;SAR=44;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270628;STB=0.657948;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0399186;OID=.;OPOS=124348684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:136:136:61:61:0.309645:44:17:67:69:44:17:67:69 chr10 124351954 . G A 1559.48 PASS AF=0.646226;AO=137;DP=212;FAO=137;FDP=212;FR=.;FRO=75;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00837849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.87;QD=29.4241;RBI=0.0335778;REFB=-0.0154738;REVB=0.0325157;RO=75;SAF=65;SAR=72;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212065;STB=0.511411;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00788479;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:75:75:137:137:0.646226:72:65:38:37:72:65:38:37 chr10 124351992 . C T 342.3 PASS AF=0.239819;AO=53;DP=221;FAO=53;FDP=221;FR=.;FRO=168;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=89;FSRR=79;FWDB=-0.00378775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.587;QD=6.19544;RBI=0.00782808;REFB=-0.00258681;REVB=0.00685068;RO=168;SAF=24;SAR=29;SRF=89;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969021;STB=0.558336;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0084716;OID=.;OPOS=124351992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:168:168:53:53:0.239819:29:24:89:79:29:24:89:79 chr10 124402677 . A G 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1469;QD=58.5962;RBI=0.073553;REFB=0;REVB=-0.0715251;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333356;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr10 124457452 . C T 2001.45 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544973;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.333;QD=61.583;RBI=0.0583893;REFB=0;REVB=0.020961;RO=0;SAF=46;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551397;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:125:130:1:79:46:0:0:79:51:0:0 chr10 124457906 . C T 2067.76 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.485;QD=61.7242;RBI=0.0177387;REFB=-0.0816452;REVB=0.00522462;RO=1;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638035;STB=0.503355;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000556195;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:74:59:0:1:74:59:0:1 chr10 124459139 . T C 583.98 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577633;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7258;QD=61.4711;RBI=0.00581617;REFB=0;REVB=-0.000679632;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395496;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 124459248 . G T 375.57 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00277839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.419;QD=19.5103;RBI=0.00731653;REFB=-0.015982;REVB=-0.00676847;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236637;STB=0.519298;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0162815;OID=.;OPOS=124459248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:38:38:39:0.506494:19:19:20:18:20:19:20:18 chr10 124816515 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.747;QD=57.2004;RBI=0.0366083;REFB=0;REVB=-0.0351609;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095242;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr10 125426412 . A G 468.09 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0131083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.763;QD=22.8338;RBI=0.0183711;REFB=-0.0126278;REVB=-0.0128713;RO=37;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141661;STB=0.507792;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.010022;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:19:26:22:15:19:26:22:15 chr10 125426565 . G C 1480.67 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00297917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.876;QD=58.6405;RBI=0.00702462;REFB=-0.145878;REVB=0.00636158;RO=1;SAF=56;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839647;STB=0.504424;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-3.02008e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:44:56:1:0:44:56:1:0 chr10 125449015 . G A 904.6 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.207;QD=56.5373;RBI=0.0143939;REFB=-0.188175;REVB=0.00876227;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000989987;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:64:0:1:62:63:0.984375:28:34:0:0:29:34:1:0 chr10 125450857 . C G 949.36 PASS AF=1;AO=56;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958964;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.441;QD=58.4218;RBI=0.106859;REFB=0;REVB=0.0471454;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933811;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:1:0:56:65:1:25:31:0:1:26:39:0:0 chr10 125506302 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.348;QD=62.9829;RBI=0.0130035;REFB=0;REVB=0.0104424;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8945e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 125521626 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0125118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.268;QD=11.597;RBI=0.0167927;REFB=-0.00788793;REVB=-0.0112005;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0220729;OID=.;OPOS=125521626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:19:21:12:12:0.363636:7:5:10:9:7:5:11:10 chr10 125528048 . G A 1140.49 PASS AF=0.465116;AO=117;DP=257;FAO=120;FDP=258;FR=.;FRO=138;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=-0.00417592;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.407;QD=17.6819;RBI=0.0116594;REFB=-0.0076975;REVB=0.010886;RO=138;SAF=47;SAR=70;SRF=63;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550796;STB=0.535827;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0124863;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:138:138:117:120:0.465116:70:47:63:75:73:47:63:75 chr10 125601975 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0160117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.803;QD=13.3139;RBI=0.0243961;REFB=0.00147912;REVB=-0.0184064;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016415;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00232059;OID=.;OPOS=125601975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:13:20:13:9:13:20 chr10 126089434 . G A 252.64 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00547423;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5766;QD=19.0668;RBI=0.0115059;REFB=-0.0477984;REVB=0.0101202;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766186;STB=0.549801;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.023404;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:26:27:27:0.509434:8:19:15:9:8:19:16:10 chr10 126172863 . A G 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.004;QD=58.6454;RBI=0.0375454;REFB=-0.041373;REVB=-0.0263669;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00254961;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr10 126517989 . G A 738.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3055;QD=56.8108;RBI=0.0379695;REFB=0;REVB=0.0292467;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034171;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr10 126674093 . T C 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.307;QD=60.5956;RBI=0.0586628;REFB=0;REVB=0.056576;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260619;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr10 126674227 . C CT 1011.95 PASS AF=1;AO=91;DP=109;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350568;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.5568;QD=38.9212;RBI=0.0449474;REFB=0;REVB=0.0281298;RO=12;SAF=52;SAR=39;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00116101;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:109:104:104:0:60:44:0:0:19:12:52:39:6:6 chr10 126677266 . A T 78.04 PASS AF=0.407407;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00351221;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.9417;QD=11.5618;RBI=0.086285;REFB=-0.0459632;REVB=-0.0862135;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527668;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0617414;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:27:14:16:8:11:0.407407:7:1:8:6:8:3:10:6 chr10 126677308 . A T 100.08 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0375111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3483;QD=9.53147;RBI=0.06087;REFB=-0.00611011;REVB=0.0479382;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416333;STB=0.768817;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0176252;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:27:29:13:13:0.309524:10:3:16:11:10:3:18:11 chr10 126677323 . A T 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00196668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.653;QD=9.335;RBI=0.030803;REFB=-0.0197391;REVB=0.0307401;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4298;STB=0.752291;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0312013;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:10:3:18:12:10:3:18:13 chr10 126677363 . T C 49.16 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0449609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.026;QD=4.09705;RBI=0.0464079;REFB=-0.00143393;REVB=-0.0114986;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551168;STB=0.864651;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0222633;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:38:40:8:8:0.166667:7:1:22:16:7:1:22:18 chr10 126677366 . CT CG,TG 55.86 PASS AF=0.204545,0;AO=8,2;DP=46;FAO=9,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0072649,-0.0123823;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=133.147,214.022;QD=5.07842;RBI=0.0707201,0.0276652;REFB=-0.00722521,-0.00195304;REVB=0.070346,0.0247395;RO=35;SAF=1,1;SAR=7,1;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.527541,-0.0364134;STB=0.86869,0.5;STBP=0.023,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0799003,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:46:44:35:35:8,2:9,0:0.204545,0:7,1:1,1:19:16:8,0:1,0:19:16 chr10 126677391 . A C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0123769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0975;QD=6.59521;RBI=0.0129573;REFB=0.0106956;REVB=0.00383463;RO=28;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500043;STB=0.82878;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0328084;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:8:1:13:15:8:1:13:15 chr10 126683071 . G C 105.49 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0113574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.689;QD=4.17798;RBI=0.0122001;REFB=-0.00158369;REVB=0.00445553;RO=78;SAF=11;SAR=7;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611619;STB=0.548077;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0100212;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:78:83:18:18:0.178218:7:11:44:34:7:11:46:37 chr10 126683075 . T A 40.64 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0152695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.305;QD=1.60962;RBI=0.0260123;REFB=-0.000229175;REVB=0.021059;RO=89;SAF=5;SAR=5;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728789;STB=0.554348;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00193328;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:89:91:10:10:0.0990099:5:5:50:39:5:5:51:40 chr10 126683087 . T C 128.87 PASS AF=0.2;AO=21;DP=109;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00275924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.999;QD=4.68607;RBI=0.0154998;REFB=-0.0180819;REVB=0.0152522;RO=88;SAF=12;SAR=9;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419467;STB=0.518378;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0619574;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:88:88:21:22:0.2:9:12:50:38:10:12:50:38 chr10 126683103 . C T 58.93 PASS AF=0.115702;AO=14;DP=121;FAO=14;FDP=121;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.0361236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.222;QD=1.9481;RBI=0.0482785;REFB=-0.00356928;REVB=-0.0320297;RO=106;SAF=5;SAR=9;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2728;STB=0.697565;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0273842;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:121:121:106:107:14:14:0.115702:9:5:62:44:9:5:63:44 chr10 126683111 . C T 44.24 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0153786;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.153;QD=1.39324;RBI=0.0396306;REFB=-0.000782065;REVB=-0.0365251;RO=116;SAF=10;SAR=2;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378279;STB=0.79719;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00360162;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:129:127:116:115:12:12:0.0944882:2:10:61:55:2:10:61:54 chr10 126683123 . A C 189.92 PASS AF=0.225564;AO=29;DP=131;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0678495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6645;QD=5.71189;RBI=0.0681958;REFB=-0.0123564;REVB=0.00686439;RO=102;SAF=14;SAR=15;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108313;STB=0.58162;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0454362;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:102:103:29:30:0.225564:15:14:58:44:16:14:59:44 chr10 126683132 . A T 43.25 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=130;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.000272458;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.448;QD=1.34118;RBI=0.00315864;REFB=-0.00450522;REVB=-0.00314687;RO=114;SAF=10;SAR=2;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394474;STB=0.807679;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0280248;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:130:129:114:117:12:12:0.0930233:2:10:58:56:2:10:60:57 chr10 126683146 . C A 52.28 PASS AF=0.107438;AO=13;DP=121;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0169046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9609;QD=1.72828;RBI=0.0312505;REFB=0.000161608;REVB=-0.0262836;RO=107;SAF=10;SAR=3;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335925;STB=0.747639;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00627156;OID=.;OPOS=126683146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:121:121:107:108:13:13:0.107438:3:10:53:54:3:10:54:54 chr10 126683150 . AC AT,GT 163.13 PASS AF=0.151261,0.0840336;AO=17,10;DP=119;FAO=18,10;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=8,5;FSAR=10,5;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0137966,0.0191543;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.5489,120.675;QD=5.48326;RBI=0.0586178,0.0484382;REFB=0.0015532,-0.00508986;REVB=-0.0569711,-0.0444901;RO=90;SAF=8,5;SAR=9,5;SRF=50;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.106949,-0.0653441;STB=0.595855,0.554348;STBP=0.407,0.699;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00578616,0.027754;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:119:119:90:91:17,10:18,10:0.151261,0.0840336:9,5:8,5:50:40:10,5:8,5:51:40 chr10 126683152 . G A 55.41 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00536319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.698;QD=1.94429;RBI=0.0211701;REFB=-0.00125289;REVB=0.0204795;RO=100;SAF=10;SAR=3;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33497;STB=0.749606;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00561606;OID=.;OPOS=126683152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:100:101:13:13:0.114035:3:10:50:50:3:10:50:51 chr10 126683162 . C T 159.47 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0114334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.527;QD=5.90642;RBI=0.0147432;REFB=-0.00920695;REVB=-0.00930807;RO=83;SAF=12;SAR=13;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926993;STB=0.556823;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0211191;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:83:25:25:0.231481:13:12:46:37:13:12:46:37 chr10 126683190 . C A 113.35 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0013377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.545;QD=5.46285;RBI=0.00435688;REFB=-0.00615375;REVB=-0.00414644;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069425;STB=0.549543;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0194767;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:65:18:18:0.216867:8:10:32:32:8:10:32:33 chr10 126683197 . T C 35.71 PASS AF=0.106667;AO=7;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0297413;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=1.90438;RBI=0.031582;REFB=-0.00100888;REVB=0.0106244;RO=66;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047165;STB=0.51995;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0218161;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:66:67:7:8:0.106667:3:4:35:31:4:4:35:32 chr10 126691605 . C A 46.03 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0029615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.26;QD=1.75361;RBI=0.0152476;REFB=-0.000273431;REVB=-0.0149572;RO=92;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308717;STB=0.738034;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0167808;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:105:92:94:11:11:0.104762:8:3:49:43:8:3:51:43 chr10 126691608 . C T 42.75 PASS AF=0.104762;AO=10;DP=106;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.00158086;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.082;QD=1.62844;RBI=0.00855268;REFB=-0.00539564;REVB=-0.00840531;RO=96;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277511;STB=0.738034;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0318961;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:106:105:96:94:10:11:0.104762:7:3:52:44:8:3:51:43 chr10 126691631 . T A 48.91 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0144755;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.922;QD=2.01692;RBI=0.0144811;REFB=-0.000128452;REVB=-0.000402091;RO=86;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127898;STB=0.509417;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000139706;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:97:86:86:11:11:0.113402:5:6:46:40:5:6:46:40 chr10 126691634 . T A 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.010397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.16;QD=2.23568;RBI=0.0153066;REFB=-0.00538837;REVB=-0.0112336;RO=86;SAF=6;SAR=6;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283821;STB=0.525211;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.032448;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:86:87:12:12:0.121212:6:6:45:41:6:6:46:41 chr10 126691660 . G A 47.24 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00589383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2177;QD=2.3918;RBI=0.0390929;REFB=-0.0048406;REVB=0.038646;RO=69;SAF=6;SAR=4;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113174;STB=0.581469;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0348532;OID=.;OPOS=126691660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:4:6:35:34:4:6:35:34 chr10 126714714 . G C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0343811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.158;QD=19.9285;RBI=0.0381277;REFB=-0.00615701;REVB=0.0164822;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00406854;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:5:4:6:6:5:4 chr10 126714966 . A G 152.1 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0428722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2936;QD=20.9788;RBI=0.168254;REFB=0.0200824;REVB=-0.1627;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0310308;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:5:11:8:4:5:11:9:4 chr10 126715075 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0208641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.899;QD=16.6271;RBI=0.0244513;REFB=-0.00367417;REVB=-0.0127498;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00339461;OID=.;OPOS=126715075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:10:4:4:9:10:4 chr10 126715153 . CA TG 78.51 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0178488;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.548;QD=6.28116;RBI=0.0501577;REFB=-0.00372646;REVB=-0.0468744;RO=37;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521782;STB=0.848298;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0147624;OID=.;OPOS=126715153;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:37:39:11:11:0.22:1:10:21:16:1:10:22:17 chr10 126715436 . C T 576.37 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0128533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.253;QD=19.8749;RBI=0.0129443;REFB=-0.0252975;REVB=-0.00153227;RO=57;SAF=26;SAR=33;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107549;STB=0.559302;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0251795;OID=.;OPOS=126715436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:33:26:32:25:33:26:32:25 chr10 126715744 . G A 610.14 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00136158;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7623;QD=19.5243;RBI=0.00833698;REFB=-0.000472926;REVB=0.00822505;RO=61;SAF=40;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.59603;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000484286;OID=.;OPOS=126715744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:63:62:62:0.496:22:40:29:32:22:40:29:34 chr10 126721374 . A G 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00711578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.581;QD=11.5697;RBI=0.0154778;REFB=-0.0124014;REVB=0.0137451;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134099;STB=0.571751;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0217113;OID=.;OPOS=126721374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:42:24:24:0.363636:14:10:12:28:14:10:13:29 chr10 126721441 . C A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0117427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.388;QD=27.235;RBI=0.0133688;REFB=-0.00796066;REVB=0.0063901;RO=14;SAF=2;SAR=21;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215382;STB=0.621177;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00449589;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:21:2:3:11:21:2:3:11 chr10 126727602 . T A 139.59 PASS AF=0.2;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=120;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.00945983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.207;QD=4.65311;RBI=0.00945988;REFB=-0.0056966;REVB=3.28058e-05;RO=95;SAF=4;SAR=20;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401737;STB=0.75634;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0171481;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:95:96:24:24:0.2:20:4:42:53:20:4:42:54 chr10 126727604 . T C 140.84 PASS AF=0.201681;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0209074;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8195;QD=4.73397;RBI=0.0224526;REFB=-0.00356538;REVB=-0.00818548;RO=95;SAF=3;SAR=21;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477138;STB=0.809472;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00756836;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:95:95:24:24:0.201681:21:3:42:53:21:3:42:53 chr10 126727630 . T G 97.38 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=113;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.000886753;FXX=0.0619414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.261;QD=3.67456;RBI=0.0151505;REFB=0.00058599;REVB=0.0151245;RO=88;SAF=2;SAR=16;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473154;STB=0.822799;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00717279;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:113:106:88:88:18:18:0.169811:16:2:37:51:16:2:37:51 chr10 127265374 . T C 572.5 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00479158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.98;QD=22.0191;RBI=0.00622621;REFB=-0.016657;REVB=0.00397573;RO=46;SAF=28;SAR=29;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077935;STB=0.547153;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0101145;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:46:47:57:57:0.548077:29:28:27:19:29:28:28:19 chr10 127441439 . G A 521.61 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0036899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.455;QD=23.443;RBI=0.0521949;REFB=-0.0129728;REVB=-0.0520643;RO=40;SAF=29;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968809;STB=0.553259;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0129908;OID=.;OPOS=127441439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:20:29:19:21:20:29:19:21 chr10 127445408 . G T 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1333;QD=51.1726;RBI=0.0894426;REFB=0;REVB=-0.0683336;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00421897;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 127462525 . A G 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0291332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3334;QD=13.2309;RBI=0.0546701;REFB=-0.03355;REVB=-0.046261;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0270783;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:12:17:8:9:12:17 chr10 127530325 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00287634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.418;QD=18.6418;RBI=0.00623706;REFB=-0.0193868;REVB=-0.00553422;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173593;STB=0.597909;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0249225;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:13:13:8:17:13:13 chr10 127579186 . C A 230.89 PASS AF=0.213483;AO=38;DP=180;FAO=38;FDP=178;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=59;FWDB=-0.0245834;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.092;QD=5.18852;RBI=0.0256027;REFB=-0.00439599;REVB=-0.00715207;RO=141;SAF=17;SAR=21;SRF=81;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161023;STB=0.602054;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0191924;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:141:140:38:38:0.213483:21:17:81:60:21:17:81:59 chr10 127579210 . T C 53.06 PASS AF=0.0854271;AO=17;DP=199;FAO=17;FDP=199;FR=.;FRO=182;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=98;FSRR=84;FWDB=0.0148278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7886;QD=1.0665;RBI=0.0324372;REFB=-0.00152452;REVB=0.0288498;RO=181;SAF=7;SAR=10;SRF=97;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1432;STB=0.614621;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0213307;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:199:199:181:182:17:17:0.0854271:10:7:97:84:10:7:98:84 chr10 127579238 . G T 357.44 PASS AF=0.257426;AO=52;DP=202;FAO=52;FDP=202;FR=.;FRO=150;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.0128682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.887;QD=7.07809;RBI=0.021236;REFB=-0.00799107;REVB=-0.0168931;RO=150;SAF=30;SAR=22;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963313;STB=0.557449;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0235605;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:150:150:52:52:0.257426:22:30:75:75:22:30:75:75 chr10 127579264 . A G 126.88 PASS AF=0.145161;AO=27;DP=187;FAO=27;FDP=186;FR=.;FRO=159;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=-0.018126;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4833;QD=2.72857;RBI=0.0235282;REFB=-0.0121549;REVB=-0.0150009;RO=158;SAF=13;SAR=14;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746735;STB=0.507766;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0699816;OID=.;OPOS=127579264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:158:159:27:27:0.145161:14:13:77:81:14:13:78:81 chr10 127585173 . T C 69.11 PASS AF=0.322581;AO=8;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0116638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6086;QD=8.91712;RBI=0.0270821;REFB=-0.0229235;REVB=0.0244416;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19361;STB=0.547852;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0616123;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:29:31:21:21:8:10:0.322581:4:4:14:7:4:6:14:7 chr10 127585179 . G C 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00568016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.427;QD=23.2377;RBI=0.00578601;REFB=-0.0230512;REVB=-0.00110166;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138634;STB=0.588374;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.01206;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:13:18:18:0.580645:5:13:6:5:5:13:7:6 chr10 127585240 . G A 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0044937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4488;QD=5.68829;RBI=0.0276612;REFB=-0.0211525;REVB=0.0272937;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167553;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0786518;OID=.;OPOS=127585240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:10:9:2:4:10:9 chr10 127585260 . G A 45.03 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0425219;FXX=0.142789;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.066;QD=10.006;RBI=0.0580759;REFB=-0.00926983;REVB=0.0395562;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471991;STB=0.796364;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00796199;OID=.;OPOS=127585260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:18:11:11:6:7:0.388889:4:2:9:2:5:2:9:2 chr10 127585263 . C T 39.84 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00986185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2171;QD=7.24328;RBI=0.0891811;REFB=-0.0180528;REVB=0.0886341;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331207;STB=0.749318;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.07393;OID=.;OPOS=127585263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:22:22:14:15:6:7:0.318182:4:2:9:5:5:2:10:5 chr10 127677374 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0838129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.29;QD=9.44475;RBI=0.0868968;REFB=-0.00339365;REVB=0.0229443;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568762;STB=0.535589;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0305583;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:2:8:5:1:2:8 chr10 127727913 . G A 369.48 PASS AF=0.493671;AO=37;DP=76;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0734593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7074;QD=18.7079;RBI=0.0738657;REFB=-0.0299424;REVB=-0.00773729;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190901;STB=0.505152;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0313617;OID=.;OPOS=127727913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:39:40:37:39:0.493671:23:14:14:25:24:15:15:25 chr10 127753478 . G A 787.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886787;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.892;QD=57.252;RBI=0.0356956;REFB=0;REVB=0.0345765;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116177;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:33:22:0:0 chr10 127806693 . G A 1311.96 PASS AF=0.601036;AO=116;DP=193;FAO=116;FDP=193;FR=.;FRO=77;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00377772;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.399;QD=27.1909;RBI=0.00559163;REFB=0.00265281;REVB=-0.00412251;RO=77;SAF=63;SAR=53;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114018;STB=0.506171;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00153585;OID=.;OPOS=127806693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:77:77:116:116:0.601036:53:63:43:34:53:63:43:34 chr10 127834139 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.332;QD=54.5177;RBI=0.0126894;REFB=0;REVB=0.00761394;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06196e-06;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr10 128019025 . C G 1078.61 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0179147;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2336;QD=56.0316;RBI=0.0610982;REFB=-0.142003;REVB=0.0584128;RO=3;SAF=30;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449769;STB=0.501945;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00915401;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:77:3:2:73:75:0.974026:43:30:3:0:43:32:1:1 chr10 128114325 . G A 276.75 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00167671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=18.4497;RBI=0.0632128;REFB=-0.00732606;REVB=0.0631906;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120796;STB=0.567522;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00957826;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:12:18:14:16:12:18:14:16 chr10 128150096 . G T 278.71 PASS AF=0.462687;AO=28;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0357108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7625;QD=16.6397;RBI=0.0357202;REFB=-0.0154115;REVB=0.000817867;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177703;STB=0.610164;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0137914;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:36:28:31:0.462687:8:20:15:13:11:20:16:20 chr10 128192985 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0103726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.837;QD=18.9665;RBI=0.0192712;REFB=-0.000509166;REVB=0.0162416;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172845;STB=0.597614;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000521779;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:16:9:12:10:16:9 chr10 128202435 . T C 1290.65 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00215224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9243;QD=57.362;RBI=0.0757898;REFB=-0.195248;REVB=0.0757593;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510603;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00473997;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:0:4:86:86:0.955556:44:42:0:0:44:42:1:3 chr10 128926013 . A G 1989.92 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.006;QD=62.1849;RBI=0.0347717;REFB=0;REVB=0.0239944;RO=0;SAF=81;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67859e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:46:81:0:0:46:82:0:0 chr10 128974621 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0876476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.297;QD=18.744;RBI=0.0890674;REFB=-0.0528972;REVB=0.0158398;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0222897;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr10 129160458 . G A 416.54 PASS AF=0.477273;AO=43;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0217071;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5268;QD=18.9338;RBI=0.0290332;REFB=-0.0270769;REVB=-0.0192803;RO=45;SAF=29;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754761;STB=0.533317;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0344165;OID=.;OPOS=129160458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:46:43:42:0.477273:14:29:27:18:14:28:28:18 chr10 129216658 . T C 1044.23 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.698;QD=59.6706;RBI=0.0245311;REFB=0;REVB=0.0236363;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85878e-05;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr10 129249662 . G A 582.38 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.353;QD=58.2376;RBI=0.0716148;REFB=-0.174881;REVB=0.0678097;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00564795;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:0:1:17:22:0:1 chr10 129249676 . C T 191.76 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0132417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.515;QD=16.32;RBI=0.0272388;REFB=-0.0284853;REVB=0.0238036;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433655;STB=0.524813;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0373522;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:16:11:9:11:16:11 chr10 129249693 . G A 187.27 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00379733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.158;QD=14.6879;RBI=0.00931941;REFB=-0.0147164;REVB=-0.00851068;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497535;STB=0.502854;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0242336;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:17:13:9:12:17:13 chr10 129249701 . C G 699.02 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0456791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8959;QD=54.8248;RBI=0.11543;REFB=-0.0920718;REVB=0.106007;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00502343;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:20:28:1:0:21:29:1:0 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 248.69 PASS AF=0.740741,0.0740741;AO=15,2;DP=25;FAO=20,2;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12,2;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00774187,0.00135148;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=203.095,43.2744;QD=36.8434;RBI=0.0078542,0.0343721;REFB=-0.0728439,0.0234266;REVB=0.00132359,0.0343455;RO=5;SAF=9,2;SAR=6,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0960507,0.544828;STB=0.542331,0.99138;STBP=0.455,0.427;TYPE=ins,snp;VARB=0.0123527,-0.0525531;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:25:27:5:5:15,2:20,2:0.740741,0.0740741:6,0:9,2:4:1:8,0:12,2:4:1 chr10 129534679 . T C 1607.99 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.074;QD=60.1119;RBI=0.0519824;REFB=0;REVB=0.0451778;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25774e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:107:0:0:100:107:1:39:61:0:0:45:62:0:0 chr10 129534739 . C G 2135.9 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0352098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7818;QD=61.4647;RBI=0.035696;REFB=-0.0666883;REVB=0.00587174;RO=1;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737013;STB=0.503448;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000540172;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:136:138:0.992806:64:72:0:1:66:72:1:0 chr10 129534864 . A C 1525.74 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.873;QD=59.8328;RBI=0.0380841;REFB=0;REVB=-0.00474969;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89205e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:41:60:0:0:41:61:0:0 chr10 129536992 . G GGCC 314.57 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.019577;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=3;MLLD=192.979;QD=22.878;RBI=0.0243172;REFB=-0.0395581;REVB=0.0144246;RO=25;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658748;STB=0.516961;STBP=0.836;TYPE=ins;VARB=0.0277365;OID=.;OPOS=129536993;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=GGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:31:58:32:55:23:22:10:15:8:99:25:22:9:16:9 chr10 129845903 . C T 741.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05217;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.274;QD=57.0739;RBI=0.055736;REFB=0;REVB=0.0196162;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521053;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr10 129859992 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000213608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.451;QD=60.2041;RBI=0.00734669;REFB=0;REVB=0.00734358;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63351e-06;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr10 129882401 . C T 447.26 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00826949;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.338;QD=19.4459;RBI=0.0493506;REFB=-0.00453986;REVB=-0.0486528;RO=45;SAF=31;SAR=13;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720731;STB=0.50477;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00884483;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:45:47:44:45:0.48913:13:31:32:13:14:31:32:15 chr10 129883370 . A G 947.84 PASS AF=0.478261;AO=97;DP=205;FAO=99;FDP=207;FR=.;FRO=108;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.0236713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2681;QD=18.3157;RBI=0.0373972;REFB=-0.0114876;REVB=-0.028952;RO=108;SAF=58;SAR=39;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103857;STB=0.561349;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0127601;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:108:108:97:99:0.478261:39:58:53:55:39:60:53:55 chr10 129883933 . C T 342.9 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00241939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.574;QD=21.4311;RBI=0.00244227;REFB=-0.0141879;REVB=-0.000333528;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591206;STB=0.532658;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00933943;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:12:17:18:17:12:17 chr10 129903802 . A G 322.04 PASS AF=0.375;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.000222586;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.588;QD=12.3861;RBI=0.0263394;REFB=-0.0032957;REVB=0.0263384;RO=59;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00417576;STB=0.509653;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0088832;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:59:65:39:39:0.375:18:21:32:27:18:21:34:31 chr10 129904560 . C T 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00241017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.523;QD=21.9703;RBI=0.00278209;REFB=-0.00917869;REVB=0.00138964;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153852;STB=0.586736;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00521004;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:6:14:9:8:6:14:9:8 chr10 129904917 . G A 716.19 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.007374;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.191;QD=22.5573;RBI=0.00997971;REFB=-0.00663642;REVB=0.00672448;RO=57;SAF=40;SAR=28;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526295;STB=0.527971;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00610314;OID=.;OPOS=129904917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:57:58:68:69:0.543307:28:40:30:27:28:41:31:27 chr10 129917560 . T C 131.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0229174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5317;QD=8.8999;RBI=0.0233826;REFB=-0.00998502;REVB=-0.0046408;RO=41;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240192;STB=0.643516;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0246863;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:6:12:19:22:6:12:19:22 chr10 131761693 . T G 781.56 PASS AF=0.458101;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0152981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6911;QD=17.4649;RBI=0.0196852;REFB=-0.0151196;REVB=0.0123886;RO=97;SAF=55;SAR=27;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219569;STB=0.622053;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0240052;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:97:97:82:82:0.458101:27:55:44:53:27:55:44:53 chr10 131934747 . G C 53.91 PASS AF=0.204545;AO=8;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00215922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7571;QD=4.90048;RBI=0.0284859;REFB=-0.0177661;REVB=0.028404;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330142;STB=0.643262;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.105711;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:43:44:32:35:8:9:0.204545:3:5:11:21:4:5:13:22 chr10 131959150 . C T 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0259817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.197;QD=17.0885;RBI=0.0275521;REFB=-0.00620931;REVB=-0.00916893;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415439;STB=0.50613;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00707556;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:15:12:11:14:16:12 chr10 131967693 . T A 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0113038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.101;QD=23.8429;RBI=0.0122933;REFB=-0.00673275;REVB=0.0048319;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306174;STB=0.516799;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00487917;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:23:18:12:18:23:18:12:18 chr10 132891254 . G A 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00705103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.42;QD=12.4663;RBI=0.00830726;REFB=-0.00848933;REVB=0.00439245;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700342;STB=0.540602;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0134543;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:16:17:9:11:16:17 chr10 133607904 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.727;QD=47.8223;RBI=0.0773271;REFB=0;REVB=0.0302372;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931055;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr10 133607937 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.722;QD=46.8475;RBI=0.0521275;REFB=0;REVB=0.0133255;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607745;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr10 133607947 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.215;QD=48.7373;RBI=0.057314;REFB=0;REVB=-0.0204422;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000968612;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr10 133608210 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.423;QD=59.5014;RBI=0.0147111;REFB=0;REVB=0.0112738;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0709e-05;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr10 133608237 . G A 962.69 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039012;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6374;QD=57.4743;RBI=0.0608091;REFB=-0.0911676;REVB=0.0466455;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00279884;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:29:37:0:0:29:37:1:0 chr10 133608291 . TT GG 648.36 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201797;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.847;QD=61.7481;RBI=0.0211888;REFB=0;REVB=0.00646122;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000100525;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr10 133608495 . A T 1135.52 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3116;QD=60.5611;RBI=0.0685971;REFB=0;REVB=0.0615402;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047518;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:31:44:0:0 chr10 133761285 . G A 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00973064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2513;QD=15.4079;RBI=0.0187132;REFB=-0.0168774;REVB=-0.0159843;RO=55;SAF=18;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680527;STB=0.538442;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0349803;OID=.;OPOS=133761285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:21:18:29:26:21:18:29:26 chr10 133918420 . G A 1148.2 PASS AF=0.54902;AO=109;DP=201;FAO=112;FDP=204;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.013537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.051;QD=22.5137;RBI=0.0180575;REFB=-0.0124176;REVB=0.0119508;RO=92;SAF=50;SAR=59;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620536;STB=0.534894;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0111689;OID=.;OPOS=133918420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:92:92:109:112:0.54902:59:50:49:43:61:51:49:43 chr10 133948634 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.774;QD=62.982;RBI=0.0326448;REFB=0;REVB=0.0326138;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149907;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr10 133954011 . C T 2274.33 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.457;QD=63.6176;RBI=0.00926693;REFB=0;REVB=0.00413176;RO=0;SAF=88;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24001e-05;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:54:88:0:0:55:88:0:0 chr10 133955427 . A G 538.25 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0232894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.615;QD=26.9124;RBI=0.0243599;REFB=-0.00732718;REVB=0.00714184;RO=30;SAF=26;SAR=23;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159868;STB=0.592368;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00406512;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:30:31:49:49:0.6125:23:26:9:21:23:26:9:22 chr10 133961494 . C T 333.66 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0269498;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.348;QD=16.2759;RBI=0.0281423;REFB=-0.00921632;REVB=0.00810535;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185166;STB=0.604367;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0160755;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:46:36:36:0.439024:13:23:21:25:13:23:21:25 chr10 133963466 . A G 2357.73 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108659;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.727;QD=61.2398;RBI=0.0196272;REFB=0;REVB=0.016345;RO=0;SAF=58;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60782e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:153:154:1:95:58:0:0:96:58:0:0 chr10 133981682 . G A 688.85 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238582;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8146;QD=58.6254;RBI=0.0248452;REFB=0.0298454;REVB=0.00693327;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000273244;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:2:0:20:25:2:0 chr10 134013974 . C A 202.87 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0635618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5293;QD=21.9319;RBI=0.0646482;REFB=-0.0638519;REVB=-0.0118021;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309123;STB=0.702533;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.059352;OID=.;OPOS=134013974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:19:20:0.540541:10:9:2:15:10:10:1:16 chr10 134013990 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.579;QD=56.1914;RBI=0.0742276;REFB=0;REVB=-0.00373181;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314033;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr10 134017295 . A G 732.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.739;QD=56.3116;RBI=0.0266385;REFB=0;REVB=-0.00744754;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114068;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:12:38:0:0:13:39:0:0 chr10 134018817 . G A 576.36 PASS AF=0.422078;AO=64;DP=153;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.00162984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.204;QD=14.9704;RBI=0.076143;REFB=-0.0177265;REVB=0.0761256;RO=89;SAF=34;SAR=30;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149764;STB=0.503602;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0241519;OID=.;OPOS=134018817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:89:89:64:65:0.422078:30:34:46:43:31:34:46:43 chr10 134036193 . A G 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7521;QD=57.3711;RBI=0.0651023;REFB=0;REVB=-0.0643631;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050546;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr10 134040367 . C T 207.7 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0143887;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.718;QD=15.1053;RBI=0.0195077;REFB=-0.00885121;REVB=-0.0131725;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237445;STB=0.635654;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0167365;OID=.;OPOS=134040367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:16:15:17:7:16:15 chr10 134062574 . G A 2532.96 PASS AF=0.971098;AO=168;DP=173;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0277531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.071;QD=58.5656;RBI=0.0341634;REFB=-0.106503;REVB=0.0199224;RO=4;SAF=77;SAR=91;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240769;STB=0.515721;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000979861;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:173:173:4:5:168:168:0.971098:91:77:4:0:91:77:5:0 chr10 134161633 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.028454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.547;QD=6.57268;RBI=0.0311797;REFB=-0.00188674;REVB=-0.0127494;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320963;STB=0.705222;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00444378;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:10:6:4:2:10:6 chr10 134218269 . C T 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00868783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.662;QD=22.4378;RBI=0.0113233;REFB=-0.0445521;REVB=-0.00726211;RO=29;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711326;STB=0.53273;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0302065;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:23:15:14:15:23:15:14:16 chr10 134218296 . C G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3667;QD=21.0133;RBI=0.00584915;REFB=0.000948122;REVB=0.00584915;RO=7;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00426536;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:11:0:0:7:11:0:0:7 chr10 134598628 . A G 458.96 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.57;QD=57.3699;RBI=0.0373746;REFB=0;REVB=0.00890207;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387156;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr10 134622408 . T C 219.79 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0376915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6427;QD=20.4455;RBI=0.0488371;REFB=-0.0273177;REVB=0.0310551;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296371;STB=0.625417;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0260346;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:20:22:0.511628:6:14:8:13:8:14:8:13 chr10 134623959 . T C 205.8 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00816607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.715;QD=12.8627;RBI=0.0190995;REFB=-0.0101923;REVB=0.0172658;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766745;STB=0.554096;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0167541;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:39:24:25:0.390625:14:10:19:20:15:10:19:20 chr10 134624225 . G A 530.11 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.017109;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.105;QD=27.5383;RBI=0.0460599;REFB=-0.00415509;REVB=0.0427644;RO=29;SAF=18;SAR=30;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172454;STB=0.59402;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0039491;OID=.;OPOS=134624225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:29:29:48:48:0.623377:30:18:18:11:30:18:18:11 chr10 134624504 . C T 723.46 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0436706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.685;QD=20.3791;RBI=0.0449223;REFB=-0.0304049;REVB=-0.0105307;RO=71;SAF=24;SAR=47;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173595;STB=0.595898;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0178277;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:47:24:37:34:47:24:37:34 chr10 134646988 . C T 204.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0109485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.022;QD=12.5644;RBI=0.0123091;REFB=-0.0159802;REVB=-0.00562527;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048122;STB=0.527653;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0266945;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:21:19:13:12:21:19 chr10 134682855 . C T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00330747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.116;QD=18.9488;RBI=0.0150164;REFB=-0.0442399;REVB=0.0146476;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11762;STB=0.565909;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0455311;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:12:15:19:9:12:15 chr10 134722022 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0246951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.106;QD=14.2414;RBI=0.0250705;REFB=-0.0199888;REVB=-0.00432247;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179489;STB=0.603193;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0198961;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:16:15:7:15:16:15 chr10 134726621 . G C 49.43 PASS AF=0.32;AO=6;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0341238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3623;QD=7.90935;RBI=0.0349658;REFB=-0.004257;REVB=-0.00762742;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.679608;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00275046;OID=.;OPOS=134726621;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:25:12:17:6:8:0.32:4:2:4:8:4:4:4:13 chr10 134735672 . A G 2042.74 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149785;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.619;QD=62.8536;RBI=0.0300017;REFB=0;REVB=0.0259952;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484954;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:127:130:1:52:75:0:0:53:77:0:0 chr10 134736026 . G A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.876;QD=59.7968;RBI=0.024007;REFB=-0.0332212;REVB=0.0238772;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164792;STB=0.508768;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00129581;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:1:0:15:28:1:0 chr10 134736052 . G T 687.88 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.588;QD=51.9156;RBI=0.0796095;REFB=-0.111884;REVB=0.0324507;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335887;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.002131;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:2:1:49:52:0.981132:22:27:2:0:23:29:1:0 chr10 134736076 . T G 837.75 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348016;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.212;QD=57.776;RBI=0.028404;REFB=0;REVB=-0.02819;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94754e-05;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr10 134738232 . A G 2183.93 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.289;QD=62.398;RBI=0.0195939;REFB=0;REVB=0.00391172;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48058e-05;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:137:140:1:71:66:0:0:73:67:0:0 chr10 134748331 . C T 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.129;QD=61.5353;RBI=0.0155587;REFB=0;REVB=-0.013812;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55947e-05;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr10 134756013 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.301;QD=53.2772;RBI=0.0822072;REFB=0;REVB=0.078024;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381453;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr10 134777790 . G A 1340.74 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000148714;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.423;QD=57.0526;RBI=0.0267406;REFB=-0.12688;REVB=0.0267402;RO=3;SAF=13;SAR=76;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183404;STB=0.51592;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000800201;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:95:94:3:5:89:89:0.946809:76:13:0:3:76:13:0:5 chr10 134884516 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.497;QD=58.5871;RBI=0.0356914;REFB=0;REVB=0.0296072;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411094;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 134884546 . A G 651.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.389;QD=62.0059;RBI=0.0621404;REFB=0;REVB=0.0467477;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424951;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr10 134884595 . G A 1036.12 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.713;QD=56.7737;RBI=0.0428174;REFB=-0.0570434;REVB=0.0323287;RO=2;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219848;STB=0.511625;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00262739;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:42:29:0:2:42:29:0:2 chr10 134884610 . C G 1274.21 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0210165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8651;QD=59.2655;RBI=0.0361821;REFB=0.0286781;REVB=0.0294525;RO=2;SAF=33;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278394;STB=0.514702;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00732738;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:51:33:2:0:51:33:2:0 chr10 134886618 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00094738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.054;QD=52.6132;RBI=0.0197373;REFB=0;REVB=0.0197146;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84928e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr10 134902396 . C G 115.01 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00615048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2598;QD=19.1684;RBI=0.0527913;REFB=0.0262551;REVB=0.0524318;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045895;STB=0.526274;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00940639;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:8:3:3:10:8:3 chr10 134902398 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.010749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.956;QD=20.4856;RBI=0.0484605;REFB=-0.0122084;REVB=-0.0472534;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641068;STB=0.536531;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0070444;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:8:3:3:11:8:3 chr10 134942166 . A G 990.74 PASS AF=0.45815;AO=104;DP=227;FAO=104;FDP=227;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0230576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4598;QD=17.4579;RBI=0.0431363;REFB=-0.0286143;REVB=-0.0364566;RO=123;SAF=44;SAR=60;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159417;STB=0.508825;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0298655;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:123:123:104:104:0.45815:60:44:54:69:60:44:54:69 chr10 134942832 . G A 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0142405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.004;QD=9.18624;RBI=0.0143258;REFB=-0.0258713;REVB=0.0015607;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110421;STB=0.566892;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.031953;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:9:16:6:5:9:16 chr10 134997480 . C T 138.87 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0392989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8764;QD=19.8382;RBI=0.0581339;REFB=0.00162253;REVB=-0.0428385;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438827;STB=0.754437;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00723082;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:13:2:7:6:13:2:7:6 chr10 134999602 . G C 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00808618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6933;QD=16.6367;RBI=0.0443223;REFB=-0.0125306;REVB=-0.0435785;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455198;STB=0.525594;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00969046;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:25:16:23:30:25:16:23:30 chr10 135012162 . T C 461.4 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.827;QD=57.6744;RBI=0.0383118;REFB=0;REVB=0.0379147;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976618;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:19:9:0:0:22:10:0:0 chr10 135012598 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0177478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.865;QD=10.0339;RBI=0.0764985;REFB=-0.0100744;REVB=-0.0744112;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00853289;OID=.;OPOS=135012598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr10 135012652 . T C 1012.55 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0794359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.294;QD=57.8602;RBI=0.0835287;REFB=-0.199024;REVB=0.0258261;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185316;STB=0.509801;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00121032;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:25:44:0:1:25:44:0:1 chr10 135015427 . C A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.245;QD=41.8665;RBI=0.0363393;REFB=-0.0372193;REVB=-0.0230542;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00214792;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:0:1:10:5:0:1 chr10 135015667 . C T 434.55 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00232507;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2264;QD=54.3193;RBI=0.00441866;REFB=-0.202407;REVB=0.00375747;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.511104;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0137743;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:29:31:0.96875:8:21:0:0:9:22:1:0 chr10 135016089 . T C 1375.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.639;QD=62.5;RBI=0.0869563;REFB=0;REVB=0.00809917;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53624e-05;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:53:33:0:0:54:34:0:0 chr10 135016175 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.663;QD=51.9163;RBI=0.0363153;REFB=0;REVB=0.0174882;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044932;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr10 135032376 . A G 284.88 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00233841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.51;QD=17.8047;RBI=0.012601;REFB=-0.0137556;REVB=-0.0123822;RO=33;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112732;STB=0.50631;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0117832;OID=.;OPOS=135032376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:10:21:22:11:10:21:22:11 chr10 135051562 . A G 619.02 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2632;QD=60.3917;RBI=0.0332289;REFB=0;REVB=-0.00104815;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352827;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:22:19:0:0 chr10 135053604 . G A 223.43 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0126009;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.165;QD=18.239;RBI=0.0126052;REFB=-0.028337;REVB=0.000328644;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291373;STB=0.666508;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.032378;OID=.;OPOS=135053604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:12:15:6:16:12:15 chr10 135053710 . C A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0925961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.804;QD=14.17;RBI=0.100213;REFB=-0.00197947;REVB=0.0383219;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00940523;OID=.;OPOS=135053710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr10 135053721 . C A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0138518;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.828;QD=17.3786;RBI=0.0148137;REFB=-0.0169918;REVB=-0.00525102;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0113127;OID=.;OPOS=135053721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr10 135061112 . C T 231.37 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0252132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0879;QD=30.8492;RBI=0.0257564;REFB=-0.013237;REVB=0.00526201;RO=9;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485559;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:7:14:6:3:7:14:6:3 chr10 135076596 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.444;QD=53.2772;RBI=0.0503633;REFB=0;REVB=0.0438017;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386654;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr10 135082346 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4724;QD=56.9358;RBI=0.0710416;REFB=0;REVB=-0.0709921;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000922515;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr10 135084232 . C CAGA 1994.18 PASS AF=0.963235;AO=130;DP=141;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=89;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00389893;FXX=0.0354585;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.543;QD=58.6522;RBI=0.0194151;REFB=-0.119272;REVB=0.0190196;RO=8;SAF=42;SAR=88;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675451;STB=0.528086;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00411211;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.963235:130:141:131:136:5:42:89:5:0:8:8:42:88:7:1 chr10 135084322 . A G 2143.4 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0774642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9268;QD=62.1275;RBI=0.0807088;REFB=0.0916285;REVB=-0.0226543;RO=1;SAF=39;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482698;STB=0.502538;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0081767;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:98:39:0:1:98:39:0:1 chr10 135085321 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.88;QD=55.0986;RBI=0.0542545;REFB=0;REVB=0.0441086;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473342;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 135085426 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.644;QD=62.3509;RBI=0.0211675;REFB=0;REVB=0.0154645;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60852e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr10 135085754 . G A 2049.1 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.699;QD=60.2677;RBI=0.0188014;REFB=-0.12251;REVB=0.0122633;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000169542;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:136:0:1:133:135:0.992647:79:54:0:0:79:56:1:0 chr10 135086380 . C T 102.0 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.521;QD=40.8007;RBI=0.0515849;REFB=0;REVB=0.0265032;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529634;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr10 135087521 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.548;QD=54.5177;RBI=0.0352014;REFB=0;REVB=0.000847018;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53724e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr10 135089035 . A G 2083.73 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4072;QD=62.6687;RBI=0.0479046;REFB=0;REVB=0.0186738;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177782;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:74:59:0:0:74:59:0:0 chr10 135097434 . A G 635.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221407;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.138;QD=62.0452;RBI=0.0345698;REFB=0;REVB=-0.0265492;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161882;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr10 135098672 . G A 722.55 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00899102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.747;QD=60.2127;RBI=0.0468846;REFB=-0.0645194;REVB=0.0460144;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000492766;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:19:26:0:1:20:27:0:1 chr10 135098830 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.528;QD=59.0186;RBI=0.0229149;REFB=0;REVB=0.0106926;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93909e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr10 135098845 . C T 509.08 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00651657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.287;QD=56.5649;RBI=0.0367286;REFB=-0.13118;REVB=0.0361459;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00082615;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:0:1:35:35:0.972222:8:27:0:0:8:27:1:0 chr10 135160950 . C T 472.41 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.240587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2478;QD=55.5779;RBI=0.251728;REFB=-0.0940566;REVB=0.0740588;RO=1;SAF=1;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148304;STB=0.507932;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0100911;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:31:1:0:1:31:2:0:1 chr10 135165790 . A G 772.2 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.581;QD=61.7758;RBI=0.0433834;REFB=-0.0121865;REVB=-0.0225391;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000149303;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:23:25:0:1:23:26:0:1 chr10 135180430 . A G 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.316;QD=62.7602;RBI=0.0371756;REFB=0;REVB=-0.0304095;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00826e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:61:28:0:0:61:28:0:0 chr10 135184126 . G A 1361.91 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.358;QD=61.2095;RBI=0.055273;REFB=0.00983895;REVB=0.0467232;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938395;STB=0.504949;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-8.59519e-05;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:38:50:1:0:38:50:1:0 chr10 135186806 . A G 500.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4586;QD=58.9363;RBI=0.0335249;REFB=0;REVB=0.0110972;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256724;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr10 135204950 . C G 727.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.556;QD=63.2381;RBI=0.0238821;REFB=0;REVB=-0.00195686;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92167e-05;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr10 135205009 . C G 1011.96 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041943;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.638;QD=59.527;RBI=0.041963;REFB=0;REVB=0.00129698;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22588e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr10 135233541 . A G 1511.68 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.197;QD=58.7061;RBI=0.0120707;REFB=0;REVB=0.00797804;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528277;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:103:0:0:99:103:1:47:52:0:0:50:53:0:0 chr10 135271789 . C T 1481.38 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.579;QD=58.6685;RBI=0.0341593;REFB=-0.0978971;REVB=0.031669;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.504064;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000321153;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:0:1:100:100:0.990099:39:61:0:0:39:61:1:0 chr10 135278193 . AT GC,GT 203.07 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126036,-0.0167765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=73.9361,65.8945;QD=47.7822;RBI=0.0201404,0.0514776;REFB=0,0;REVB=0.0157094,-0.0486672;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0497737,-0.00298943;OID=.,.;OPOS=135278193,135278193;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:2,9:0,6:0:0:2,9:0,6:0:0 chr10 135279810 . T G 795.06 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241421;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.921;QD=56.7901;RBI=0.0242965;REFB=0;REVB=-0.00273553;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12002e-05;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:31:25:0:0 chr10 135280765 . C T 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.018;QD=61.5536;RBI=0.0281405;REFB=0.1034;REVB=0.0166373;RO=1;SAF=56;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838952;STB=0.504424;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000122924;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:34:56:1:0:34:56:1:0 chr10 135347397 . T C 840.16 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000182465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7885;QD=54.2036;RBI=0.0197962;REFB=-0.0559056;REVB=0.0197954;RO=2;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714644;STB=0.503355;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0065735;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:23:36:1:1:24:36:1:1 chr10 135351362 . T C 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.407;QD=60.1537;RBI=0.0137263;REFB=-0.131068;REVB=0.00873873;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=1.8036e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:17:27:0:1:17:27:0:1 chr10 135381592 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.908;QD=53.9108;RBI=0.0529172;REFB=0;REVB=0.0472601;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267842;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr10 135381623 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.034;QD=58.5763;RBI=0.0262623;REFB=0;REVB=0.0220472;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0412e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr10 135381766 . C T 480.05 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0192012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.722;QD=48.0047;RBI=0.0198241;REFB=-0.0960828;REVB=0.00493034;RO=5;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848708;STB=0.54543;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00395666;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:25:10:0:5:25:10:0:5 chr10 135381927 . T G 414.98 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590373;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.484;QD=57.2389;RBI=0.0665875;REFB=0;REVB=-0.0663252;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166827;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr10 135438888 . C T 61.23 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0274135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2888;QD=2.11153;RBI=0.0374673;REFB=-0.00964086;REVB=-0.0255401;RO=101;SAF=9;SAR=5;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239472;STB=0.673671;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0487843;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:101:102:14:14:0.12069:5:9:45:56:5:9:45:57 chr10 135438929 . T G 87.1 PASS AF=0.132867;AO=19;DP=143;FAO=19;FDP=143;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0174444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6623;QD=2.43644;RBI=0.0255492;REFB=0.00419458;REVB=0.0186669;RO=123;SAF=10;SAR=9;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109255;STB=0.571354;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0275456;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:143:143:123:124:19:19:0.132867:9:10:54:69:9:10:55:69 chr10 135438951 . G A 95.93 PASS AF=0.142857;AO=20;DP=140;FAO=20;FDP=140;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0152301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.227;QD=2.74092;RBI=0.0208684;REFB=-0.00403936;REVB=-0.0142666;RO=120;SAF=10;SAR=10;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095024;STB=0.564223;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0297295;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:140:140:120:120:20:20:0.142857:10:10:51:69:10:10:51:69 chr10 135438955 . C T 87.37 PASS AF=0.133803;AO=19;DP=142;FAO=19;FDP=142;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=0.0011444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.973;QD=2.46107;RBI=0.0206094;REFB=-0.00463421;REVB=-0.0205776;RO=123;SAF=9;SAR=10;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644998;STB=0.54439;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0264891;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:142:142:123:123:19:19:0.133803:10:9:52:71:10:9:52:71 chr10 135438967 . C T 97.07 PASS AF=0.145985;AO=20;DP=138;FAO=20;FDP=137;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.0040237;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.427;QD=2.83416;RBI=0.00836458;REFB=0.000939856;REVB=-0.00733322;RO=117;SAF=10;SAR=10;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921404;STB=0.561983;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00556193;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:138:137:117:117:20:20:0.145985:10:10:50:67:10:10:50:67 chr10 135438977 . G A 90.72 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=134;FAO=19;FDP=133;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.0115967;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.306;QD=2.72848;RBI=0.013196;REFB=-0.0125423;REVB=0.00629681;RO=113;SAF=10;SAR=9;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116665;STB=0.582134;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0400596;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:134:133:113:114:19:19:0.142857:9:10:49:64:9:10:49:65 chr11 193722 . A G 159.94 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0210085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9282;QD=12.071;RBI=0.0290718;REFB=-0.00510743;REVB=-0.0200951;RO=30;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209929;STB=0.612122;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0115493;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:33:19:20:0.377358:4:15:19:11:4:16:22:11 chr11 193863 . T C 834.35 PASS AF=0.712766;AO=67;DP=94;FAO=67;FDP=94;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0101191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.837;QD=35.5042;RBI=0.0159112;REFB=-0.00809948;REVB=-0.0122788;RO=27;SAF=33;SAR=34;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256979;STB=0.513819;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00277096;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:27:27:67:67:0.712766:34:33:12:15:34:33:12:15 chr11 193865 . T G 349.07 PASS AF=0.408602;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00587307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.7;QD=15.0136;RBI=0.0146989;REFB=-0.0232299;REVB=-0.0134745;RO=55;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185191;STB=0.594545;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0224415;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:37:38:0.408602:15:22:23:32:16:22:23:32 chr11 197337 . G A 269.19 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00643477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.447;QD=16.5658;RBI=0.00645244;REFB=0.00138472;REVB=-0.000477258;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165707;STB=0.586897;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00189793;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:20:10:17:17:20:10:17:18 chr11 214421 . G C 236.96 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.002017;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.971;QD=16.9254;RBI=0.00923877;REFB=-0.0391507;REVB=-0.0090159;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758341;STB=0.549429;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0293475;OID=.;OPOS=214421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:26:27:0.482143:18:8:11:18:19:8:11:18 chr11 223796 . A G 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0362727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.246;QD=19.4069;RBI=0.0368656;REFB=-0.00554991;REVB=-0.00658459;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195269;STB=0.609421;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00510677;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:22:8:13:15:22:8:13:15 chr11 223823 . G A 158.12 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0382595;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.633;QD=15.8117;RBI=0.0386479;REFB=-0.002048;REVB=0.00546567;RO=22;SAF=1;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576819;STB=0.857978;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00104285;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:16:1:9:13:16:1:10:13 chr11 223832 . C A 306.3 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0479823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.552;QD=47.123;RBI=0.0521448;REFB=-0.116978;REVB=-0.0204152;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00326824;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:16:8:0:1:16:8:0:2 chr11 233067 . C T 616.05 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00364867;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.711;QD=25.6687;RBI=0.00371888;REFB=-0.00690357;REVB=-0.000719212;RO=39;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304876;STB=0.516869;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00491877;OID=.;OPOS=233067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:39:41:55:55:0.572917:29:26:20:19:29:26:21:20 chr11 233212 . C A 211.28 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000101001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.571;QD=15.9454;RBI=0.0291163;REFB=-0.029018;REVB=-0.0291161;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311821;STB=0.51767;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0310582;OID=.;OPOS=233212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:16:13:10:14:16:13 chr11 237087 . A G 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.695;QD=61.7739;RBI=0.0337597;REFB=0;REVB=-0.0294312;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43192e-05;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr11 244106 . A G 489.04 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1206;QD=57.5341;RBI=0.00785047;REFB=0;REVB=0.00692612;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182226;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr11 244108 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.144;QD=59.4354;RBI=0.0186954;REFB=0;REVB=0.0181266;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14028e-05;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 244115 . G A 520.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.787;QD=59.4974;RBI=0.0373547;REFB=0;REVB=0.0327595;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383316;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr11 244129 . C T 472.77 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.94;QD=57.3054;RBI=0.020798;REFB=0;REVB=0.0206255;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293232;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr11 244141 . G A 392.01 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00206489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.102;QD=50.5818;RBI=0.0278922;REFB=-0.0300643;REVB=-0.0278157;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773479;STB=0.541638;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00533295;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:28:29:0.935484:11:17:0:2:11:18:0:2 chr11 244167 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.522;QD=51.9164;RBI=0.0480284;REFB=0;REVB=0.0145882;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408301;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr11 244171 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.108;QD=51.9167;RBI=0.0198739;REFB=0;REVB=-0.0103867;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87283e-05;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 244197 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.552;QD=42.1826;RBI=0.0412146;REFB=0;REVB=-0.0331065;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104737;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 244414 . C T 756.11 PASS AF=0.933333;AO=58;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0119869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3949;QD=50.4074;RBI=0.0391524;REFB=-0.0654622;REVB=-0.0372723;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557745;STB=0.512191;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0143894;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:2:4:58:56:0.933333:24:34:1:1:24:32:3:1 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 363.64 PASS AF=0.962963;AO=22;DP=31;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192866;FXX=0.228506;HRUN=1;LEN=10;MLLD=261.96;QD=53.8728;RBI=0.028573;REFB=-0.0350428;REVB=0.0210819;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.00197967;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:22:31:26:27:1:16:10:0:1:7:0:16:6:0:0 chr11 280221 . A C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0149693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.364;QD=20.8931;RBI=0.0149947;REFB=-0.0142144;REVB=-0.000871357;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235067;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0046705;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:7:3:0:5:7:3:1:5 chr11 280816 . AT TC 225.32 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00963235;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.884;QD=15.276;RBI=0.0808248;REFB=-0.0174691;REVB=-0.0802488;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701368;STB=0.557596;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.0156419;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:33:24:26:0.440678:10:14:17:16:10:16:17:16 chr11 284538 . T C 155.43 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00411415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6212;QD=14.4583;RBI=0.0436447;REFB=-0.0357271;REVB=-0.0434504;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0626004;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:23:25:16:18:0.418605:8:8:14:9:8:10:15:10 chr11 308290 . T C 565.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2815;QD=58.0334;RBI=0.0622817;REFB=0;REVB=-0.00594885;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243863;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:1:0:35:39:1:23:12:0:1:25:14:0:0 chr11 308314 . T C 499.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9866;QD=58.7653;RBI=0.0488448;REFB=0;REVB=-0.0126802;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00063561;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr11 308363 . G C 470.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692355;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.76;QD=58.7608;RBI=0.0695495;REFB=0;REVB=-0.00660149;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173239;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 308426 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2269;QD=55.6549;RBI=0.0530138;REFB=0;REVB=-0.0492277;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155119;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 309127 . A G 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00645526;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.628;QD=15.9821;RBI=0.00645577;REFB=-0.0173896;REVB=8.12089e-05;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927095;STB=0.552204;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0284438;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:22:15:15:15:22:15 chr11 314207 . C G 712.53 PASS AF=0.962963;AO=45;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0314274;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5885;QD=52.7797;RBI=0.0679346;REFB=-0.084595;REVB=0.0602282;RO=4;SAF=27;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240351;STB=0.515619;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00240337;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:54:4:2:45:52:0.962963:18:27:3:1:21:31:2:0 chr11 320649 . G A 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.000835449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.356;QD=2.6436;RBI=0.014803;REFB=-0.00690377;REVB=-0.0147794;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35395;STB=0.774186;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0574974;OID=.;OPOS=320649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:19:24:5:1:19:24 chr11 320772 . A G 657.99 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00608946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=59.8171;RBI=0.0424775;REFB=-0.17048;REVB=-0.0420387;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00138893;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:23:20:0:0:23:20:1:0 chr11 372157 . C T 93.76 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0657525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4599;QD=11.3653;RBI=0.0811677;REFB=-0.0546995;REVB=-0.0475899;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34254;STB=0.709835;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0753058;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:15:5:7:5:16:5 chr11 372700 . G C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0334632;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.72;QD=18.2489;RBI=0.033486;REFB=-0.00819112;REVB=-0.00123446;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425713;STB=0.739564;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0186732;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:1:11:5:8:1:11 chr11 379598 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.311;QD=51.1824;RBI=0.0313421;REFB=0;REVB=-0.0211938;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90457e-06;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 400109 . A G 785.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.577;QD=57.0935;RBI=0.0292428;REFB=0;REVB=0.0280924;RO=0;SAF=3;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63423e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:52:3:0:0:52:3:0:0 chr11 404468 . G A 820.11 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3361;QD=55.6009;RBI=0.121383;REFB=-0.085859;REVB=0.119186;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00309857;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:1:0:26:32:1:0 chr11 406042 . AG A,AA 1504.69 PASS AF=0.0291262,0.970874;AO=16,88;DP=104;FAO=3,100;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=3,54;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264236,0.030804;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.2,188.343;QD=58.4345;RBI=0.0264281,0.0311045;REFB=0,0;REVB=-0.000489895,0.00431316;RO=0;SAF=9,49;SAR=7,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0154397,0.00327314;OID=.,.;OPOS=406043,406043;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0291262,0.970874:16,88:104:3,100:103:0:3,54:0,46:0:0:4:0:9,49:7,39:0:0 chr11 428385 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.052;QD=58.5876;RBI=0.0433737;REFB=0;REVB=-0.0268978;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653777;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 428489 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.376;QD=52.6126;RBI=0.0732131;REFB=0;REVB=0.0680505;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742686;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 431834 . A G 305.39 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.265;QD=53.1116;RBI=0.0500365;REFB=0;REVB=0.030604;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443928;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:20:2:0:0:21:2:0:0 chr11 433387 . A G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00587752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.613;QD=55.0448;RBI=0.00719887;REFB=0.0157062;REVB=0.00415674;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000394083;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:27:28:0:0:27:28:0:1 chr11 549959 . C T 746.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.024;QD=63.5272;RBI=0.0314793;REFB=0;REVB=0.0272928;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136729;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 551753 . G A 2021.38 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=135;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109178;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.335;QD=60.7933;RBI=0.0692611;REFB=-0.146908;REVB=0.0683952;RO=2;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163803;STB=0.504132;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000326437;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:133:2:1:129:132:0.992481:57:72:0:2:60:72:0:1 chr11 554166 . C G 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.588;QD=64.4084;RBI=0.0361694;REFB=0;REVB=-0.000789478;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116777;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr11 554214 . G C 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.687;QD=60.9542;RBI=0.0583483;REFB=0;REVB=-0.0124734;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364598;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 556521 . C G 770.42 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7205;QD=55.0299;RBI=0.0326293;REFB=-0.0682057;REVB=0.0137414;RO=1;SAF=35;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000958087;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:20:35:1:0:20:35:1:0 chr11 556857 . G C 1050.51 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.296;QD=58.3618;RBI=0.0693284;REFB=-0.0880142;REVB=0.0313486;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160765;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:36:36:0:0 chr11 557989 . C T 1539.47 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5904;QD=58.6465;RBI=0.0940824;REFB=-0.157122;REVB=0.0255295;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00571266;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:49:55:1:0:49:55:1:0 chr11 558884 . C T 409.46 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649554;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.131;QD=56.4778;RBI=0.0714828;REFB=0;REVB=0.0298427;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529755;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr11 559016 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.825;QD=44.6897;RBI=0.0613673;REFB=0;REVB=-0.0150212;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563574;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr11 562219 . C G 677.23 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7753;QD=60.1984;RBI=0.0503346;REFB=-0.0376192;REVB=-0.0241526;RO=1;SAF=12;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0031154;OID=.;OPOS=562219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:1:1:44:44:0.977778:32:12:1:0:32:12:1:0 chr11 610277 . T C,G 493.68 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,2;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119733,0.0127139;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.3808,146.614;QD=58.0801;RBI=0.0182098,0.0208886;REFB=0,0;REVB=-0.01372,-0.0165738;RO=0;SAF=18,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00872868,0.088833;OID=.,.;OPOS=610277,610277;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:0:0:31,2:31,3:0.911765,0.0882353:13,0:18,2:0:0:13,1:18,2:0:0 chr11 614864 . C T 536.36 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0627653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.456;QD=55.0114;RBI=0.06383;REFB=-0.177664;REVB=0.0116093;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406887;STB=0.521728;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00204774;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:15:22:2:0:15:22:2:0 chr11 615196 . C T 253.78 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0433711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6089;QD=22.5581;RBI=0.047747;REFB=-0.0147221;REVB=-0.0199681;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815005;STB=0.533306;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.01301;OID=.;OPOS=615196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:12:8:12:12:12:9 chr11 616970 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.963;QD=54.5176;RBI=0.0170182;REFB=0;REVB=0.0169119;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3759e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 617537 . C T 1124.18 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0493961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6196;QD=55.5149;RBI=0.0501292;REFB=-0.132575;REVB=0.00854182;RO=2;SAF=46;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048442;STB=0.504989;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00586568;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:81:2:4:77:77:0.950617:31:46:1:1:31:46:2:2 chr11 617967 . C G 1036.57 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.083;QD=58.3982;RBI=0.0826919;REFB=-0.0618024;REVB=0.0171318;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605099;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:70:71:1:39:31:1:0:39:32:0:0 chr11 618994 . GGGGGC CGGGGA,GGGGAC 668.62 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,32;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427855,0.0592602;FXX=0.0222173;HRUN=5,5;LEN=6,1;MLLD=30.7291,57.968;QD=60.7834;RBI=0.0210441,0.0592689;REFB=0,0;REVB=0.0206046,0.00102007;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0894074,0.000610481;OID=.,.;OPOS=618994,618998;OREF=GGGGGC,G;OALT=CGGGGA,A;OMAPALT=CGGGGA,GGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:2,32:1,43:0.0227273,0.977273:0,21:2,11:0:0:0,24:1,19:0:0 chr11 619789 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.217;QD=40.7628;RBI=0.0369594;REFB=0;REVB=0.0324256;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295077;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 624400 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0104192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.954;QD=16.0653;RBI=0.0197603;REFB=-0.0208448;REVB=0.0167901;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456741;STB=0.526286;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0236169;OID=.;OPOS=624400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:15:9:6:12:15:9 chr11 639801 . G A 554.93 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00281949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.505;QD=22.4214;RBI=0.0333505;REFB=-0.0080929;REVB=0.0332311;RO=47;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789039;STB=0.543462;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00747149;OID=.;OPOS=639801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:24:28:21:26:24:28:21:26 chr11 704583 . A G 300.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.208;QD=52.218;RBI=0.0628523;REFB=0;REVB=0.057674;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999943;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr11 704604 . GA G,GG 183.7 PASS AF=0.875,0.125;AO=14,2;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202644,-0.00565929;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9704,72.1858;QD=45.924;RBI=0.0300458,0.0209818;REFB=0,0;REVB=-0.0221834,-0.0202041;RO=0;SAF=8,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00123602,-0.0213236;OID=.,.;OPOS=704605,704605;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:14,2:16:14,2:16:0:8,2:6,0:0:0:9:0:8,2:6,0:0:0 chr11 721877 . G C 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00972991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.673;QD=19.9043;RBI=0.0164833;REFB=-0.0230464;REVB=0.0133052;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102572;STB=0.557104;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0229975;OID=.;OPOS=721877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:13:14:12:18:13:14 chr11 726178 . G C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8598;QD=40.7537;RBI=0.0474552;REFB=0;REVB=0.0234542;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460295;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 793588 . G A 401.34 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=75;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0219067;FXX=0.0365809;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.722;QD=20.321;RBI=0.026486;REFB=-0.00874298;REVB=0.0148863;RO=36;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242714;STB=0.622157;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00590645;OID=.;OPOS=793588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:36:39:38:40:0.506329:29:9:17:19:30:10:18:21 chr11 821778 . G A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00354054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.562;QD=17.4905;RBI=0.0769652;REFB=-0.0204135;REVB=0.0768837;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598804;STB=0.533558;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0168199;OID=.;OPOS=821778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:12:18:15:13:12:18 chr11 823809 . C G 215.31 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.127743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1266;QD=15.6586;RBI=0.130495;REFB=-0.0470911;REVB=-0.0266571;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352114;STB=0.727107;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0554453;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:30:22:25:0.454545:14:8:17:5:16:9:24:6 chr11 828916 . G A 605.19 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0099376;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.736;QD=59.0424;RBI=0.0352786;REFB=-0.0688451;REVB=0.03385;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00110211;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr11 829539 . A G 1804.11 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.282;QD=61.1561;RBI=0.00260347;REFB=0;REVB=0.000500569;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10384e-06;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr11 830486 . A AT 75.95 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172582;FXX=0.499688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.086;QD=37.9747;RBI=0.172667;REFB=0;REVB=-0.00543191;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.731324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00901824;OID=.;OPOS=830487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:16:8:8:0:4:4:0:0:4:14:2:0:2:12 chr11 830487 . C T 129.53 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0996337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.38;QD=32.3819;RBI=0.100264;REFB=-0.0385285;REVB=0.0112277;RO=3;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523125;STB=0.799398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00163816;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:12:1:3:0:12:1:3:0 chr11 830670 . G T 548.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568308;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.845;QD=60.9798;RBI=0.0616159;REFB=0;REVB=0.0238071;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270279;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr11 831122 . C T 1171.31 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.252;QD=60.8473;RBI=0.0589877;REFB=0;REVB=0.0498911;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96756e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:25:49:0:0:26:51:0:0 chr11 837582 . G A 1048.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00923094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.115;QD=58.2244;RBI=0.0342027;REFB=-0.114247;REVB=0.0329335;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000241302;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:34:37:0:0:34:37:1:0 chr11 840477 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.012;QD=46.8476;RBI=0.0176703;REFB=0;REVB=0.0165228;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169626;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 862652 . T C 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5837;QD=60.5957;RBI=0.0566109;REFB=0;REVB=-0.0532654;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568401;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 870446 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.489;QD=63.8718;RBI=0.0266407;REFB=0;REVB=0.0205793;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32334e-05;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr11 900929 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.946;QD=51.9167;RBI=0.0165059;REFB=0;REVB=0.0024594;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018438;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr11 903070 . G C 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.937;QD=62.3397;RBI=0.0285167;REFB=0;REVB=0.00112594;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129658;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 972118 . C A 241.68 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.022494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.294;QD=13.616;RBI=0.0313168;REFB=-0.0103134;REVB=0.021789;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814839;STB=0.54631;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0177697;OID=.;OPOS=972118;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:14:15:25:17:14:15:25:17 chr11 1010649 . C T 457.88 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0417325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0828;QD=26.1647;RBI=0.0417621;REFB=-0.0157303;REVB=0.00157188;RO=27;SAF=15;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044786;STB=0.524484;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0100566;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:28:15:11:16:28:15:11:16 chr11 1016594 . A G 95.6 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00309244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2109;QD=11.5876;RBI=0.0561992;REFB=-0.0264622;REVB=-0.056114;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035838;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0589172;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:9:11:7:5:9:12 chr11 1016604 . ACT GGC 131.29 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0182623;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=131.783;QD=12.8083;RBI=0.0312476;REFB=-0.00668568;REVB=-0.0253555;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.503264;STBP=0.978;TYPE=mnp;VARB=0.0119523;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:26:26:14:15:0.365854:8:6:12:14:8:7:12:14 chr11 1016614 . G T 375.35 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0258117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3139;QD=18.31;RBI=0.0311278;REFB=0.00427502;REVB=0.017398;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847022;STB=0.553838;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00534553;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:23:16:21:21:23:16:22:21 chr11 1016618 . G C 428.01 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0016154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.371;QD=19.455;RBI=0.00395999;REFB=-0.0164416;REVB=-0.00361552;RO=45;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108428;STB=0.560316;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0159529;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:26:17:23:22:26:17:23:22 chr11 1016655 . G A 37.95 PASS AF=0.0866142;AO=8;DP=123;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.0304727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.574;QD=1.19538;RBI=0.0308817;REFB=-0.00461484;REVB=-0.00500921;RO=115;SAF=0;SAR=8;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505964;STB=0.865782;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0367523;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:123:127:115:116:8:11:0.0866142:8:0:48:67:10:1:49:67 chr11 1016665 . C T 146.77 PASS AF=0.198413;AO=25;DP=125;FAO=25;FDP=126;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0173062;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.775;QD=4.65932;RBI=0.0334901;REFB=-0.0116925;REVB=-0.0286719;RO=99;SAF=6;SAR=19;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260935;STB=0.660731;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0411045;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:99:101:25:25:0.198413:19:6:42:57:19:6:42:59 chr11 1016704 . C A 47.36 PASS AF=0.0897436;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=156;FR=.;FRO=142;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=67;FWDB=-0.0137085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1072;QD=1.21447;RBI=0.0281631;REFB=-0.00614659;REVB=-0.0246016;RO=138;SAF=2;SAR=12;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460283;STB=0.853465;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0507145;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:152:156:138:142:14:14:0.0897436:12:2:74:64:12:2:75:67 chr11 1016713 . T C 161.71 PASS AF=0.184713;AO=25;DP=157;FAO=29;FDP=157;FR=.;FRO=128;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=-0.00309602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0478;QD=4.11998;RBI=0.0038212;REFB=-0.0138267;REVB=-0.00223969;RO=127;SAF=15;SAR=10;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133239;STB=0.520408;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.048692;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:127:128:25:29:0.184713:10:15:63:64:14:15:63:65 chr11 1016722 . T G 122.47 PASS AF=0.158228;AO=23;DP=157;FAO=25;FDP=158;FR=.;FRO=133;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=-0.00255441;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.897;QD=3.10049;RBI=0.00384953;REFB=-0.00981631;REVB=-0.00287991;RO=133;SAF=17;SAR=6;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331945;STB=0.735931;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0353374;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:133:133:23:25:0.158228:6:17:64:69:6:19:65:68 chr11 1016724 . A G 240.49 PASS AF=0.233129;AO=38;DP=163;FAO=38;FDP=163;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=-0.0227863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.873;QD=5.90168;RBI=0.0236194;REFB=-0.0168799;REVB=-0.00621797;RO=122;SAF=23;SAR=15;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929019;STB=0.566467;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0364229;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:122:125:38:38:0.233129:15:23:65:57:15:23:65:60 chr11 1016776 . C T 424.07 PASS AF=0.325581;AO=54;DP=211;FAO=56;FDP=172;FR=.;FRO=116;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=88;FSRR=28;FWDB=-0.0184329;FXX=0.18867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.565;QD=9.86212;RBI=0.0226329;REFB=-0.0219833;REVB=-0.0131329;RO=115;SAF=32;SAR=22;SRF=88;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223359;STB=0.623113;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.038381;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:172:115:116:54:56:0.325581:22:32:88:27:23:33:88:28 chr11 1016800 . G A 44.31 PASS AF=0.0758294;AO=10;DP=211;FAO=16;FDP=211;FR=.;FRO=195;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=154;FSRR=41;FWDB=-0.0117367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.781;QD=0.840005;RBI=0.0714802;REFB=-0.00392119;REVB=-0.0705101;RO=195;SAF=6;SAR=4;SRF=154;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228101;STB=0.839179;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0986663;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:211:211:195:195:10:16:0.0758294:4:6:154:41:10:6:154:41 chr11 1016809 . G T 83.62 PASS AF=0.105505;AO=23;DP=218;FAO=23;FDP=218;FR=.;FRO=195;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=162;FSRR=33;FWDB=-0.00560542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.8;QD=1.53436;RBI=0.0354643;REFB=-0.00345163;REVB=-0.0350185;RO=193;SAF=5;SAR=18;SRF=161;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.675128;STB=0.921601;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0416994;OID=.;OPOS=1016809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:218:218:193:195:23:23:0.105505:18:5:161:32:18:5:162:33 chr11 1016810 . G T 36.87 PASS AF=0.0678733;AO=15;DP=220;FAO=15;FDP=221;FR=.;FRO=206;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=160;FSRR=46;FWDB=-0.0087498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.759;QD=0.667291;RBI=0.0626873;REFB=-0.00440412;REVB=-0.0620736;RO=197;SAF=8;SAR=7;SRF=160;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365063;STB=0.734764;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0588808;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:220:221:197:206:15:15:0.0678733:7:8:160:37:7:8:160:46 chr11 1016819 . G T 138.31 PASS AF=0.127413;AO=33;DP=259;FAO=33;FDP=259;FR=.;FRO=226;FSAF=31;FSAR=2;FSRF=145;FSRR=81;FWDB=-0.002144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.098;QD=2.13598;RBI=0.0819196;REFB=-0.00501111;REVB=-0.0818915;RO=226;SAF=31;SAR=2;SRF=145;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511095;STB=0.879365;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.03443;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:226:226:33:33:0.127413:2:31:145:81:2:31:145:81 chr11 1016825 . G A 68.81 PASS AF=0.0854093;AO=24;DP=281;FAO=24;FDP=281;FR=.;FRO=257;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=172;FSRR=85;FWDB=0.00211067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.201;QD=0.979549;RBI=0.0258931;REFB=-0.00173776;REVB=-0.025807;RO=257;SAF=10;SAR=14;SRF=172;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295003;STB=0.720021;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0277611;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:281:281:257:257:24:24:0.0854093:14:10:172:85:14:10:172:85 chr11 1016834 . G A 487.0 PASS AF=0.250859;AO=72;DP=290;FAO=73;FDP=291;FR=.;FRO=218;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=135;FSRR=83;FWDB=0.0289091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.612;QD=6.69413;RBI=0.0629291;REFB=-0.0105507;REVB=0.0558958;RO=211;SAF=48;SAR=24;SRF=133;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500657;STB=0.531193;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0499889;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:211:218:72:73:0.250859:24:48:133:78:25:48:135:83 chr11 1016842 . T G 32.8 PASS AF=0.0584192;AO=17;DP=291;FAO=17;FDP=291;FR=.;FRO=274;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=171;FSRR=103;FWDB=0.00354116;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7222;QD=0.450858;RBI=0.0725518;REFB=-0.00126834;REVB=-0.0724653;RO=274;SAF=9;SAR=8;SRF=171;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100958;STB=0.590304;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0188517;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:291:291:274:274:17:17:0.0584192:8:9:171:103:8:9:171:103 chr11 1016869 . AG CA,TG 1143.1 PASS AF=0.0785124,0.42562;AO=18,103;DP=254;FAO=19,103;FDP=242;FR=.;FRO=120;FSAF=10,75;FSAR=9,28;FSRF=75;FSRR=45;FWDB=0.011465,0.0100103;FXX=0.0472422;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=143.601,112.811;QD=18.8943;RBI=0.0117302,0.0209184;REFB=-0.00256052,-0.00936962;REVB=0.00247983,-0.0183677;RO=115;SAF=9,75;SAR=9,28;SRF=72;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159971,0.115492;STB=0.58612,0.565878;STBP=0.451,0.1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0212232,0.0090928;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:254:242:115:120:18,103:19,103:0.0785124,0.42562:9,28:9,75:72:43:9,28:10,75:75:45 chr11 1016889 . GG AA,GA 570.14 PASS AF=0.0609137,0.299492;AO=11,59;DP=195;FAO=12,59;FDP=197;FR=.;FRO=126;FSAF=8,42;FSAR=4,17;FSRF=106;FSRR=20;FWDB=0.000626565,-0.0046888;FXX=0.0100497;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=162.656,183.123;QD=11.5765;RBI=0.00359805,0.0159118;REFB=-0.0116419,-0.0142535;REVB=-0.00354308,-0.0152053;RO=122;SAF=7,42;SAR=4,17;SRF=105;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359336,-0.241949;STB=0.703455,0.618147;STBP=0.264,0.093;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0150268,0.029109;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:195:197:122:126:11,59:12,59:0.0609137,0.299492:4,17:7,42:105:17:4,17:8,42:106:20 chr11 1016894 . G A 269.84 PASS AF=0.229508;AO=43;DP=187;FAO=42;FDP=183;FR=.;FRO=141;FSAF=38;FSAR=4;FSRF=110;FSRR=31;FWDB=-0.00852526;FXX=0.0213892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.321;QD=5.89804;RBI=0.0149636;REFB=-0.00939123;REVB=-0.0122976;RO=142;SAF=39;SAR=4;SRF=111;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307386;STB=0.691875;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0624712;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:142:141:43:42:0.229508:4:39:111:31:4:38:110:31 chr11 1016914 . G T 503.3 PASS AF=0.390728;AO=60;DP=151;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=7;FWDB=0.00272618;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8582;QD=13.3324;RBI=0.00331345;REFB=-0.00486877;REVB=-0.00188332;RO=91;SAF=50;SAR=10;SRF=84;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202335;STB=0.616627;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00963887;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:92:60:59:0.390728:10:50:84:7:10:49:85:7 chr11 1016928 . C G 1352.85 PASS AF=0.76259;AO=105;DP=138;FAO=106;FDP=139;FR=.;FRO=33;FSAF=91;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0076648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.531;QD=38.931;RBI=0.0141193;REFB=-0.0266894;REVB=0.0118578;RO=31;SAF=90;SAR=15;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158784;STB=0.532866;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0101121;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:31:33:105:106:0.76259:15:90:26:5:15:91:26:7 chr11 1016933 . C T 442.62 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=70;FSRR=11;FWDB=-0.00124621;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.087;QD=13.4126;RBI=0.00130194;REFB=-0.0253772;REVB=0.000376815;RO=80;SAF=38;SAR=13;SRF=69;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186496;STB=0.606182;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0421771;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:80:81:51:51:0.386364:13:38:69:11:13:38:70:11 chr11 1016957 . T G 66.63 PASS AF=0.141304;AO=12;DP=98;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=-0.014923;FXX=0.0612182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.003;QD=2.89684;RBI=0.020344;REFB=-0.00887661;REVB=-0.0138269;RO=79;SAF=4;SAR=8;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456037;STB=0.815365;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0292517;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:98:92:79:79:12:13:0.141304:8:4:57:22:9:4:57:22 chr11 1016959 . T C 37.23 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=0.0138421;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.876;QD=1.63645;RBI=0.0205353;REFB=0.00251272;REVB=0.0151688;RO=84;SAF=3;SAR=6;SRF=61;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44191;STB=0.802098;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0205968;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:93:91:84:82:9:9:0.0989011:6:3:61:23:6:3:58:24 chr11 1016960 . G T 43.16 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=27;FWDB=0.0107521;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5706;QD=1.87633;RBI=0.0325988;REFB=-0.00130405;REVB=0.0307746;RO=82;SAF=5;SAR=5;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225487;STB=0.651898;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0213965;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:82:82:10:10:0.108696:5:5:56:26:5:5:55:27 chr11 1016963 . G T 50.92 PASS AF=0.123596;AO=10;DP=90;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=22;FWDB=-0.00187822;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.603;QD=2.28831;RBI=0.010227;REFB=-0.00444965;REVB=-0.0100531;RO=76;SAF=3;SAR=7;SRF=57;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511073;STB=0.839377;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0317713;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:89:76:78:10:11:0.123596:7:3:57:19:8:3:56:22 chr11 1016978 . T G 53.81 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00491196;FXX=0.0568117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7753;QD=2.59318;RBI=0.015314;REFB=-0.0144675;REVB=0.0145049;RO=69;SAF=10;SAR=1;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450207;STB=0.8491;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0850631;OID=.;OPOS=1016978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:83:69:72:11:11:0.13253:1:10:43:26:1:10:43:29 chr11 1017023 . G A 62.03 PASS AF=0.115385;AO=15;DP=130;FAO=15;FDP=130;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.00660695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.567;QD=1.90856;RBI=0.0308554;REFB=-0.00778871;REVB=-0.0301398;RO=115;SAF=9;SAR=6;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179273;STB=0.62901;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0548179;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:130:130:115:115:15:15:0.115385:6:9:52:63:6:9:52:63 chr11 1017029 . T G 723.4 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.014541;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8991;QD=20.2349;RBI=0.0188841;REFB=-0.0274302;REVB=-0.0120485;RO=73;SAF=25;SAR=46;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209053;STB=0.618593;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0289062;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:73:72:71:71:0.496503:46:25:42:31:46:25:42:30 chr11 1017036 . G A 103.93 PASS AF=0.146667;AO=21;DP=149;FAO=22;FDP=150;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=0.0330447;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.034;QD=2.77143;RBI=0.0357647;REFB=-0.00331422;REVB=-0.0136807;RO=128;SAF=12;SAR=9;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158166;STB=0.622645;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0216334;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:128:128:21:22:0.146667:9:12:57:71:9:13:57:71 chr11 1017041 . GT TG 91.09 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=154;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.0167454;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.373;QD=2.41303;RBI=0.0566556;REFB=-0.00208327;REVB=-0.0541244;RO=128;SAF=13;SAR=7;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27239;STB=0.682259;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.0427028;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:154:151:128:131:20:20:0.13245:7:13:55:73:7:13:57:74 chr11 1017045 . G T 108.87 PASS AF=0.14375;AO=23;DP=159;FAO=23;FDP=160;FR=.;FRO=137;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.00995673;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.029;QD=2.72172;RBI=0.061825;REFB=-0.00147988;REVB=-0.061018;RO=136;SAF=14;SAR=9;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210233;STB=0.643728;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0119119;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:136:137:23:23:0.14375:9:14:60:76:9:14:60:77 chr11 1017069 . G A 193.57 PASS AF=0.2;AO=34;DP=170;FAO=34;FDP=170;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.015602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.102;QD=4.55469;RBI=0.0230616;REFB=-0.0111335;REVB=-0.0169828;RO=135;SAF=11;SAR=23;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199243;STB=0.622669;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0456742;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:135:136:34:34:0.2:23:11:64:71:23:11:64:72 chr11 1017084 . G A 314.73 PASS AF=0.277108;AO=45;DP=165;FAO=46;FDP=166;FR=.;FRO=120;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.00446014;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.2;QD=7.58379;RBI=0.0287651;REFB=-0.0137205;REVB=-0.0284172;RO=118;SAF=22;SAR=23;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383426;STB=0.520496;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0335433;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:118:120:45:46:0.277108:23:22:54:64:24:22:54:66 chr11 1017110 . C T 191.15 PASS AF=0.188571;AO=35;DP=175;FAO=33;FDP=175;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=87;FWDB=-0.0180141;FXX=0.0331473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.069;QD=4.36921;RBI=0.0200808;REFB=-0.0160991;REVB=-0.00887295;RO=138;SAF=19;SAR=16;SRF=54;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192598;STB=0.626334;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0682203;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:138:142:35:33:0.188571:16:19:54:84:15:18:55:87 chr11 1017112 . GT CC,GC 490.41 PASS AF=0.194118,0.176471;AO=33,35;DP=179;FAO=33,30;FDP=170;FR=.;FRO=107;FSAF=19,10;FSAR=14,20;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.00554056,0.0225645;FXX=0.0502765;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=114.49,89.1314;QD=11.539;RBI=0.0142872,0.0226975;REFB=-0.0114526,-0.0144119;REVB=0.0131692,-0.00245404;RO=106;SAF=19,10;SAR=14,25;SRF=43;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210915,-0.16586;STB=0.630562,0.557855;STBP=0.102,0.515;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0220269,0.0371862;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:170:106:107:33,35:33,30:0.194118,0.176471:14,25:19,10:43:63:14,20:19,10:43:64 chr11 1017135 . G A 95.98 PASS AF=0.115942;AO=24;DP=208;FAO=24;FDP=207;FR=.;FRO=183;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=111;FWDB=0.000404672;FXX=0.00480746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.512;QD=1.85463;RBI=0.0258119;REFB=-0.00312169;REVB=-0.0258087;RO=179;SAF=7;SAR=17;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149343;STB=0.599734;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0498569;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:208:207:179:183:24:24:0.115942:17:7:72:107:17:7:72:111 chr11 1017154 . T G 99.4 PASS AF=0.12;AO=24;DP=200;FAO=24;FDP=200;FR=.;FRO=176;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=109;FWDB=-0.0261388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.48;QD=1.98802;RBI=0.0386914;REFB=-0.00756178;REVB=-0.0285269;RO=175;SAF=11;SAR=13;SRF=66;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104144;STB=0.569553;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0589069;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:175:176:24:24:0.12:13:11:66:109:13:11:67:109 chr11 1017158 . G T 85.33 PASS AF=0.111111;AO=22;DP=197;FAO=22;FDP=198;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=107;FWDB=-0.0372081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1508;QD=1.72384;RBI=0.0375416;REFB=-0.0145368;REVB=0.0049928;RO=175;SAF=9;SAR=13;SRF=69;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189621;STB=0.515745;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0894667;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:197:198:175:176:22:22:0.111111:13:9:69:106:13:9:69:107 chr11 1017161 . C T 60.42 PASS AF=0.0927835;AO=18;DP=195;FAO=18;FDP=194;FR=.;FRO=176;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=107;FWDB=-0.00378555;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.518;QD=1.2458;RBI=0.048383;REFB=-0.00462141;REVB=-0.0482347;RO=169;SAF=7;SAR=11;SRF=69;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240448;STB=0.503005;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0710112;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:195:194:169:176:18:18:0.0927835:11:7:69:100:11:7:69:107 chr11 1017169 . G A 32.54 PASS AF=0.0691489;AO=13;DP=187;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=105;FWDB=0.0356796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7233;QD=0.69239;RBI=0.0372131;REFB=-0.00469536;REVB=0.0105726;RO=165;SAF=3;SAR=10;SRF=68;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21714;STB=0.678773;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0772778;OID=.;OPOS=1017169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:187:188:165:175:13:13:0.0691489:10:3:68:97:10:3:70:105 chr11 1017173 . G A 729.03 PASS AF=0.424731;AO=78;DP=185;FAO=79;FDP=186;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.0127841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.483;QD=15.678;RBI=0.0165262;REFB=-0.0340614;REVB=0.010473;RO=106;SAF=31;SAR=47;SRF=41;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011487;STB=0.505578;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.04543;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:106:107:78:79:0.424731:47:31:41:65:48:31:41:66 chr11 1017183 . G T 288.92 PASS AF=0.254335;AO=42;DP=171;FAO=44;FDP=173;FR=.;FRO=129;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=81;FWDB=0.0262549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6434;QD=6.68031;RBI=0.0262916;REFB=-0.00893462;REVB=-0.00138979;RO=129;SAF=17;SAR=25;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429688;STB=0.528817;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0289456;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:129:129:42:44:0.254335:25:17:48:81:26:18:48:81 chr11 1017186 . A G 42.87 PASS AF=0.0813953;AO=14;DP=171;FAO=14;FDP=172;FR=.;FRO=158;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=97;FWDB=-0.055516;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7682;QD=0.997068;RBI=0.104082;REFB=-0.0258464;REVB=-0.0880395;RO=153;SAF=6;SAR=8;SRF=58;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059092;STB=0.540252;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.104831;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:171:172:153:158:14:14:0.0813953:8:6:58:95:8:6:61:97 chr11 1017220 . T C 945.24 PASS AF=0.65873;AO=82;DP=126;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0145654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.871;QD=30.0075;RBI=0.0155732;REFB=-0.0733446;REVB=0.00551132;RO=43;SAF=32;SAR=50;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279316;STB=0.513296;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0593249;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:43:43:82:83:0.65873:50:32:15:28:51:32:15:28 chr11 1017231 . A G 817.48 PASS AF=0.622951;AO=65;DP=109;FAO=76;FDP=122;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0139972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.285;QD=26.8026;RBI=0.0396737;REFB=-0.0457212;REVB=0.0371225;RO=42;SAF=34;SAR=31;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852688;STB=0.526366;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0232753;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:122:42:46:65:76:0.622951:31:34:17:25:41:35:18:28 chr11 1017239 . CG TA 741.06 PASS AF=0.618182;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00416074;FXX=0.0434745;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.925;QD=26.9476;RBI=0.00472208;REFB=-0.0258089;REVB=0.002233;RO=41;SAF=34;SAR=34;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592182;STB=0.527265;STBP=0.475;TYPE=mnp;VARB=0.0142666;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:110:41:42:68:68:0.618182:34:34:17:24:34:34:18:24 chr11 1017302 . G C 153.48 PASS AF=0.215517;AO=25;DP=116;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=0.0188618;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2732;QD=5.29232;RBI=0.0774445;REFB=-0.0133455;REVB=0.0751124;RO=91;SAF=14;SAR=11;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11589;STB=0.571475;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0477033;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:91:91:25:25:0.215517:11:14:59:32:11:14:59:32 chr11 1017317 . G T 180.97 PASS AF=0.239316;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=117;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=30;FWDB=-0.00864403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.786;QD=6.18697;RBI=0.018188;REFB=-0.0178245;REVB=-0.0160026;RO=83;SAF=16;SAR=12;SRF=59;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183985;STB=0.572469;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0395938;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:89:28:28:0.239316:12:16:59:24:12:16:59:30 chr11 1017325 . A C 345.92 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0211654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.159;QD=11.4355;RBI=0.0386168;REFB=-0.030564;REVB=-0.0322999;RO=76;SAF=33;SAR=10;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303169;STB=0.684437;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0411492;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:78:43:43:0.355372:10:33:40:36:10:33:40:38 chr11 1017337 . TC CA 256.43 PASS AF=0.276923;AO=35;DP=129;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0106116;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.016;QD=7.89015;RBI=0.0297909;REFB=-0.00759996;REVB=-0.0278369;RO=91;SAF=17;SAR=18;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1444;STB=0.588662;STBP=0.219;TYPE=mnp;VARB=0.0348436;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:91:94:35:36:0.276923:18:17:55:36:19:17:56:38 chr11 1017381 . G C 61.96 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=0.00785788;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=2.27391;RBI=0.0316055;REFB=-0.00236045;REVB=0.0306131;RO=94;SAF=6;SAR=8;SRF=63;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29688;STB=0.696718;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0669545;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:111:109:94:95:14:14:0.12844:8:6:63:31:8:6:63:32 chr11 1017384 . G C 145.03 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=27;FWDB=0.0150346;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.428;QD=5.22642;RBI=0.0159042;REFB=-0.00720002;REVB=-0.00518682;RO=83;SAF=10;SAR=14;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331619;STB=0.704883;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0253873;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:83:87:24:24:0.216216:14:10:57:26:14:10:60:27 chr11 1017421 . G T 179.36 PASS AF=0.22619;AO=17;DP=86;FAO=19;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=6;FWDB=0.0500391;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5345;QD=8.54075;RBI=0.0501445;REFB=-0.0181048;REVB=-0.00325072;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=47;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453801;STB=0.75994;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.005869;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:51:56:17:19:0.22619:6:11:47:4:8:11:50:6 chr11 1017440 . C T 148.39 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=17;FWDB=-0.00556456;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.333;QD=6.18292;RBI=0.00560038;REFB=-0.0172039;REVB=-0.000632393;RO=73;SAF=10;SAR=12;SRF=57;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407283;STB=0.734744;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0471365;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:73:74:22:22:0.229167:12:10:57:16:12:10:57:17 chr11 1017443 . C G 164.22 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=16;FWDB=-0.0285162;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.618;QD=7.21865;RBI=0.0530323;REFB=-0.00422109;REVB=-0.044713;RO=67;SAF=13;SAR=10;SRF=51;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260518;STB=0.657776;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0267181;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:67:68:23:23:0.252747:10:13:51:16:10:13:52:16 chr11 1017498 . C G 30.63 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=116;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.0319589;FXX=0.0495827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.881;QD=1.06543;RBI=0.060867;REFB=-0.00122593;REVB=-0.0518018;RO=101;SAF=8;SAR=1;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50763;STB=0.908589;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0131811;OID=.;OPOS=1017498;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:116:115:101:106:9:9:0.0782609:1:8:42:59:1:8:43:63 chr11 1017514 . A G 57.71 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=135;FAO=15;FDP=135;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=75;FWDB=-0.0143449;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.895;QD=1.70978;RBI=0.0325964;REFB=-0.00150441;REVB=-0.0292703;RO=117;SAF=13;SAR=1;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622016;STB=0.895682;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0135232;OID=.;OPOS=1017514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:135:135:117:120:14:15:0.111111:1:13:44:73:2:13:45:75 chr11 1017552 . T C 128.87 PASS AF=0.160256;AO=25;DP=156;FAO=25;FDP=156;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=0.00263945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.706;QD=3.30436;RBI=0.00333421;REFB=-0.00265128;REVB=-0.00203723;RO=129;SAF=9;SAR=16;SRF=49;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271503;STB=0.519522;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0202523;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:129:131:25:25:0.160256:16:9:49:80:16:9:50:81 chr11 1017556 . G A 31.19 PASS AF=0.0714286;AO=11;DP=152;FAO=11;FDP=154;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=90;FWDB=0.00666666;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0769;QD=0.810238;RBI=0.0138362;REFB=-0.00110647;REVB=0.0121242;RO=140;SAF=6;SAR=5;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183681;STB=0.658692;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0191694;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:152:154:140:143:11:11:0.0714286:5:6:53:87:5:6:53:90 chr11 1017575 . C T 62.74 PASS AF=0.116279;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.0221663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.167;QD=1.94553;RBI=0.0252227;REFB=-0.0056908;REVB=-0.0120348;RO=111;SAF=4;SAR=11;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197021;STB=0.649789;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0213478;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:129:129:111:114:15:15:0.116279:11:4:46:65:11:4:48:66 chr11 1017596 . T G 63.6 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0219835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.79;QD=2.62271;RBI=0.0276631;REFB=-0.00584859;REVB=-0.016792;RO=82;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626736;STB=0.533282;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0320739;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:97:82:84:13:13:0.134021:6:7:40:42:6:7:42:42 chr11 1017684 . G A 30.51 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0244684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.047;QD=1.43594;RBI=0.0477544;REFB=-0.00882906;REVB=-0.0410095;RO=76;SAF=5;SAR=3;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238371;STB=0.513983;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.065324;OID=.;OPOS=1017684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:85:85:76:77:8:8:0.0941176:3:5:46:30:3:5:47:30 chr11 1017691 . C G 138.88 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0533875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.663;QD=5.97313;RBI=0.0624481;REFB=-0.00845482;REVB=-0.0323966;RO=69;SAF=11;SAR=10;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144148;STB=0.579038;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0511174;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:69:72:21:21:0.225806:10:11:44:25:10:11:45:27 chr11 1017710 . G T 82.29 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.016008;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.698;QD=2.61246;RBI=0.0188506;REFB=-0.00727939;REVB=-0.00995432;RO=108;SAF=8;SAR=9;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714102;STB=0.57886;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0300492;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:126:126:108:108:17:18:0.142857:9:8:57:51:10:8:58:50 chr11 1017744 . T C 52.2 PASS AF=0.100719;AO=14;DP=140;FAO=14;FDP=139;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.00878994;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.475;QD=1.50214;RBI=0.0101024;REFB=-0.00484565;REVB=-0.00497944;RO=125;SAF=5;SAR=9;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247572;STB=0.68443;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0391978;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:140:139:125:125:14:14:0.100719:9:5:71:54:9:5:71:54 chr11 1017746 . T G 321.22 PASS AF=0.304348;AO=42;DP=138;FAO=42;FDP=138;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=-0.00956508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6249;QD=9.31082;RBI=0.0126228;REFB=-0.0194499;REVB=-0.00823672;RO=92;SAF=19;SAR=23;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17032;STB=0.597357;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0475514;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:92:96:42:42:0.304348:23:19:55:37:23:19:57:39 chr11 1017767 . G C 164.69 PASS AF=0.184049;AO=30;DP=163;FAO=30;FDP=163;FR=.;FRO=133;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=50;FWDB=0.00227423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.746;QD=4.04153;RBI=0.00904573;REFB=-0.0123196;REVB=-0.00875518;RO=133;SAF=17;SAR=13;SRF=83;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761579;STB=0.54826;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.040702;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:133:133:30:30:0.184049:13:17:83:50:13:17:83:50 chr11 1017773 . G A 165.34 PASS AF=0.185629;AO=29;DP=167;FAO=31;FDP=167;FR=.;FRO=136;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=89;FSRR=47;FWDB=0.0195075;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2113;QD=3.96026;RBI=0.0279826;REFB=-0.00882383;REVB=0.020062;RO=135;SAF=13;SAR=16;SRF=89;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268535;STB=0.661407;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0371012;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:135:136:29:31:0.185629:16:13:89:46:17:14:89:47 chr11 1017783 . A G 823.02 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=-0.00578264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.545;QD=19.3651;RBI=0.0281105;REFB=-0.0125571;REVB=-0.0275093;RO=84;SAF=49;SAR=35;SRF=59;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113942;STB=0.560686;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0132203;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:84:86:84:84:0.494118:35:49:59:25:35:49:60:26 chr11 1017789 . A C 85.61 PASS AF=0.118644;AO=20;DP=175;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=103;FSRR=53;FWDB=-0.0156881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.258;QD=1.93477;RBI=0.0443808;REFB=-0.00179718;REVB=-0.0415155;RO=150;SAF=11;SAR=9;SRF=99;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142641;STB=0.581713;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0210734;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:175:177:150:156:20:21:0.118644:9:11:99:51:9:12:103:53 chr11 1017793 . T G 45.13 PASS AF=0.0815217;AO=15;DP=183;FAO=15;FDP=184;FR=.;FRO=169;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=114;FSRR=55;FWDB=-0.00420072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5664;QD=0.981115;RBI=0.00692423;REFB=0.00309778;REVB=0.00550444;RO=168;SAF=6;SAR=9;SRF=113;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310091;STB=0.737434;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0373436;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:183:184:168:169:15:15:0.0815217:9:6:113:55:9:6:114:55 chr11 1017797 . C G 40.15 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=182;FAO=14;FDP=182;FR=.;FRO=168;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=114;FSRR=54;FWDB=-0.0168537;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.797;QD=0.882318;RBI=0.0196393;REFB=-0.00408596;REVB=-0.0100823;RO=167;SAF=6;SAR=7;SRF=113;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24261;STB=0.72045;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.049508;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:182:182:167:168:13:14:0.0769231:7:6:113:54:8:6:114:54 chr11 1017833 . C T 90.22 PASS AF=0.119565;AO=22;DP=183;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=97;FSRR=65;FWDB=0.00169194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.272;QD=1.96132;RBI=0.0435234;REFB=-0.00624917;REVB=-0.0434905;RO=159;SAF=13;SAR=9;SRF=96;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166579;STB=0.507166;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0544212;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:183:184:159:162:22:22:0.119565:9:13:96:63:9:13:97:65 chr11 1017834 . G A 89.71 PASS AF=0.119565;AO=21;DP=183;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=99;FSRR=63;FWDB=-0.0223777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.933;QD=1.95031;RBI=0.0283674;REFB=-0.00893629;REVB=0.0174342;RO=162;SAF=10;SAR=11;SRF=99;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167249;STB=0.597741;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0485639;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:183:184:162:162:21:22:0.119565:11:10:99:63:11:11:99:63 chr11 1017844 . TC CG,TG 433.61 PASS AF=0.0523256,0.284884;AO=9,48;DP=176;FAO=9,49;FDP=172;FR=.;FRO=114;FSAF=6,20;FSAR=3,29;FSRF=79;FSRR=35;FWDB=-0.0293485,-0.0602411;FXX=0.033706;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=143.119,124.999;QD=10.084;RBI=0.0299881,0.0607065;REFB=-0.0141688,-0.0217976;REVB=0.0061602,-0.00750269;RO=108;SAF=6,20;SAR=3,28;SRF=75;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.03531,-0.322327;STB=0.52789,0.691569;STBP=0.868,0.003;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0467971,0.0283325;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:176:172:108:114:9,48:9,49:0.0523256,0.284884:3,28:6,20:75:33:3,29:6,20:79:35 chr11 1017858 . A G 428.84 PASS AF=0.312849;AO=55;DP=178;FAO=56;FDP=179;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=79;FSRR=44;FWDB=-0.0197364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8686;QD=9.58304;RBI=0.0314355;REFB=-0.0306028;REVB=-0.0244677;RO=122;SAF=29;SAR=26;SRF=78;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1352;STB=0.574356;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0302983;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:122:123:55:56:0.312849:26:29:78:44:26:30:79:44 chr11 1017883 . C A 108.88 PASS AF=0.140351;AO=22;DP=173;FAO=24;FDP=171;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=52;FWDB=-0.0223815;FXX=0.0446902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3655;QD=2.54684;RBI=0.0265591;REFB=-0.00651826;REVB=-0.0142987;RO=143;SAF=12;SAR=10;SRF=94;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146758;STB=0.625633;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0517275;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:143:147:22:24:0.140351:10:12:94:49:12:12:95:52 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 190.92 PASS AF=0.0892857,0.047619,0.0833333;AO=15,8,14;DP=177;FAO=15,8,14;FDP=168;FR=.;FRO=131;FSAF=4,5,10;FSAR=11,3,4;FSRF=77;FSRR=54;FWDB=0.00233428,-0.00070798,0.00185497;FXX=0.0508446;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=102.767,143.717,92.1058;QD=4.54582;RBI=0.0533257,0.0489225,0.0658126;REFB=-0.0054693,-0.00569952,-0.0128099;REVB=-0.0532746,-0.0489174,-0.0657864;RO=127;SAF=4,5,10;SAR=11,3,4;SRF=76;SRR=51;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.386328,0.0280235,0.149411;STB=0.773766,0.53663,0.624813;STBP=0.037,0.834,0.363;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.036363,0.0587528,0.0597459;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:177:168:127:131:15,8,14:15,8,14:0.0892857,0.047619,0.0833333:11,3,4:4,5,10:76:51:11,3,4:4,5,10:77:54 chr11 1017899 . A T 40.83 PASS AF=0.0777778;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=180;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=95;FSRR=71;FWDB=-0.0103594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.65;QD=0.90739;RBI=0.0329515;REFB=-0.0040667;REVB=-0.0312807;RO=155;SAF=10;SAR=4;SRF=89;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169543;STB=0.640815;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0383108;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:180:180:155:166:14:14:0.0777778:4:10:89:66:4:10:95:71 chr11 1017917 . A T 34.63 PASS AF=0.0736196;AO=12;DP=163;FAO=12;FDP=163;FR=.;FRO=151;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=-0.0689776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8177;QD=0.849906;RBI=0.0779313;REFB=-0.00245444;REVB=-0.0362681;RO=151;SAF=10;SAR=2;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344134;STB=0.797696;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0360832;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:163:163:151:151:12:12:0.0736196:2:10:81:70:2:10:81:70 chr11 1017932 . CA TG 49.93 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=154;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=-0.0273059;FXX=0.0259723;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.064;QD=1.33159;RBI=0.0468754;REFB=-0.0018038;REVB=-0.038101;RO=132;SAF=4;SAR=10;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334364;STB=0.750575;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.0203104;OID=.;OPOS=1017932;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:154:150:132:136:14:14:0.0933333:10:4:76:56:10:4:78:58 chr11 1017935 . A G 258.24 PASS AF=0.266667;AO=36;DP=150;FAO=36;FDP=135;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.050983;FXX=0.0999933;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.839;QD=7.6514;RBI=0.0630614;REFB=-0.01178;REVB=-0.0371142;RO=98;SAF=21;SAR=15;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530472;STB=0.528286;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0419617;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:135:98:99:36:36:0.266667:15:21:53:45:15:21:54:45 chr11 1017939 . G C 59.19 PASS AF=0.108696;AO=15;DP=138;FAO=15;FDP=138;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.00582525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9371;QD=1.71555;RBI=0.0542182;REFB=-0.00618453;REVB=0.0539044;RO=123;SAF=4;SAR=11;SRF=69;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350219;STB=0.755079;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0467931;OID=.;OPOS=1017939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:138:138:123:123:15:15:0.108696:11:4:69:54:11:4:69:54 chr11 1017941 . G T 40.68 PASS AF=0.0869565;AO=12;DP=138;FAO=12;FDP=138;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=0.000734167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7633;QD=1.17926;RBI=0.0357342;REFB=0.00457427;REVB=0.0357267;RO=126;SAF=8;SAR=4;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184024;STB=0.646811;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0508189;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:138:138:126:126:12:12:0.0869565:4:8:64:62:4:8:64:62 chr11 1017955 . C T 61.27 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0336273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.679;QD=2.11274;RBI=0.0495391;REFB=-0.00118323;REVB=-0.0363776;RO=100;SAF=12;SAR=2;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434947;STB=0.824298;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.019685;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:116:100:102:14:14:0.12069:2:12:53:47:2:12:53:49 chr11 1017963 . G A 76.61 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0202646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.066;QD=2.94652;RBI=0.0389718;REFB=-0.00924443;REVB=-0.0332888;RO=88;SAF=12;SAR=3;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37997;STB=0.766972;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0445672;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:88:89:15:15:0.144231:3:12:45:43:3:12:45:44 chr11 1017968 . T A 91.84 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0129056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3215;QD=4.12766;RBI=0.0147585;REFB=-0.00532345;REVB=-0.00715959;RO=72;SAF=12;SAR=4;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181553;STB=0.62728;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0443369;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:72:73:16:16:0.179775:4:12:45:27:4:12:45:28 chr11 1017981 . T A 103.34 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0163643;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.406;QD=7.12691;RBI=0.0493895;REFB=-0.000864684;REVB=-0.0465997;RO=43;SAF=14;SAR=1;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485589;STB=0.816106;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00541531;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:43:43:15:15:0.258621:1:14:30:13:1:14:30:13 chr11 1017988 . G T 96.32 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=3;FWDB=-0.00322255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.227;QD=6.88027;RBI=0.01637;REFB=-0.00856526;REVB=0.0160497;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563797;STB=0.821159;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0230473;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:39:3:7:7:39:3 chr11 1018024 . CC GA 118.14 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=-0.011292;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.772;QD=10.99;RBI=0.0387109;REFB=0.00399481;REVB=-0.0370274;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437907;STB=0.761544;STBP=0.256;TYPE=mnp;VARB=0.00560178;OID=.;OPOS=1018024;OREF=CC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:43:43:27:28:9:9:0.209302:3:6:25:2:3:6:26:2 chr11 1018031 . G A 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=1;FWDB=-0.00518454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.163;QD=10.7147;RBI=0.0356524;REFB=-0.00343779;REVB=0.0352734;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403458;STB=0.726503;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.022033;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:3:11:28:1:3:11:28:1 chr11 1018042 . A G 80.92 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=2;FWDB=-0.0731483;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2613;QD=7.35625;RBI=0.077434;REFB=0.000416472;REVB=0.0254035;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=31;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322774;STB=0.689416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00444353;OID=.;OPOS=1018042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:2:9:31:2:2:9:31:2 chr11 1018048 . A G 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=1;FWDB=-0.070762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1123;QD=7.2732;RBI=0.0807204;REFB=-0.0212565;REVB=0.0388398;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=32;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441342;STB=0.752033;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0337588;OID=.;OPOS=1018048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:2:9:32:1:2:9:32:1 chr11 1018059 . C T 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=1;FWDB=0.00103069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.582;QD=7.27376;RBI=0.0414034;REFB=-0.0098095;REVB=0.0413906;RO=33;SAF=10;SAR=1;SRF=32;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302749;STB=0.677198;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0208859;OID=.;OPOS=1018059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:1:10:32:1:1:10:32:1 chr11 1018116 . T G 58.19 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0884348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1712;QD=5.29044;RBI=0.0922377;REFB=-0.00921034;REVB=-0.0262122;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342539;STB=0.50723;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0405139;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:42:44:33:35:9:9:0.204545:2:7:25:8:2:7:27:8 chr11 1018295 . T C 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0083467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.344;QD=17.096;RBI=0.00841232;REFB=-0.0147282;REVB=0.00104863;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211553;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0279605;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:11:4:7:7:11:4 chr11 1018314 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0203747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0845;QD=5.19097;RBI=0.0435383;REFB=0.000234783;REVB=0.0384767;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309932;STB=0.699491;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00234645;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:18:8:4:3:18:8 chr11 1018348 . G A 34.03 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00809876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4268;QD=4.00298;RBI=0.0145381;REFB=-0.011111;REVB=-0.0120734;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167716;STB=0.587951;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0683129;OID=.;OPOS=1018348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:25:28:6:6:0.176471:3:3:16:9:3:3:17:11 chr11 1018355 . A G 44.03 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.133232;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9639;QD=5.68141;RBI=0.144441;REFB=-0.00724834;REVB=-0.0557878;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209277;STB=0.617852;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.047535;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:31:23:24:7:7:0.225806:4:3:14:9:4:3:14:10 chr11 1018366 . C T 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0352259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.264;QD=5.905;RBI=0.0357435;REFB=-0.0109043;REVB=0.00606097;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220317;STB=0.51425;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0218737;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:14:13:4:4:14:13 chr11 1018374 . T A 219.38 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00955214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1999;QD=23.7167;RBI=0.0317062;REFB=-0.000659354;REVB=0.0302331;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307373;STB=0.503933;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000619147;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:8:12:9:7:9:12:9:7 chr11 1018379 . G C 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0466967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.617;QD=4.41849;RBI=0.0500607;REFB=-0.00766964;REVB=-0.0180414;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113242;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0291445;OID=.;OPOS=1018379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:18:13:3:4:18:13 chr11 1018385 . T A 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0245594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.233;QD=8.12751;RBI=0.0319678;REFB=-0.0174425;REVB=-0.020464;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792527;STB=0.563863;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0487468;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:4:7:16:12:4:7:16:13 chr11 1018419 . G A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00467828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.524;QD=1.92299;RBI=0.00501491;REFB=-0.00462807;REVB=0.00180636;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17006;STB=0.62151;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0483184;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:59:60:7:7:0.104478:4:3:34:25:4:3:34:26 chr11 1018456 . G A 77.27 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0150984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.054;QD=6.06055;RBI=0.0151041;REFB=-0.00835977;REVB=-0.000415372;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198084;STB=0.627008;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0339438;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:4:7:19:21:4:7:19:21 chr11 1018473 . A T 54.41 PASS AF=0.2;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00233696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.565;QD=4.83616;RBI=0.0383859;REFB=-0.0171308;REVB=-0.0383147;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131311;STB=0.545355;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0601401;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:45:45:29:36:8:9:0.2:5:3:14:15:5:4:14:22 chr11 1018483 . C G 162.78 PASS AF=0.439024;AO=19;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00270765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2334;QD=15.8809;RBI=0.107751;REFB=-0.0450736;REVB=-0.107717;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484832;STB=0.524469;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0456695;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:19:18:0.439024:12:7:8:14:11:7:8:15 chr11 1018496 . G T 192.53 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0234411;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.235;QD=20.2663;RBI=0.0420451;REFB=-0.0512834;REVB=-0.0349042;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110236;STB=0.531457;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0530183;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:14:16:16:16:0.421053:9:7:8:6:9:7:8:8 chr11 1018523 . A G 91.24 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.075429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.761;QD=8.48714;RBI=0.0778469;REFB=-0.015185;REVB=-0.0192509;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464179;STB=0.783039;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0578735;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:29:31:12:12:0.27907:5:7:5:24:5:7:5:26 chr11 1019375 . C T 443.79 PASS AF=0.45;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00241167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.881;QD=17.7517;RBI=0.0212209;REFB=-0.0163913;REVB=-0.0210834;RO=54;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544958;STB=0.525716;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0215097;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:45:45:0.45:25:20:27:27:25:20:27:28 chr11 1027970 . A G 283.25 PASS AF=0.533333;AO=28;DP=56;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00402559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.192;QD=18.8833;RBI=0.021285;REFB=-0.0180428;REVB=0.0209009;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413908;STB=0.742691;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0159237;OID=.;OPOS=1027970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:28:28:28:32:0.533333:22:6:18:10:26:6:18:10 chr11 1075747 . T C 370.91 PASS AF=0.40404;AO=38;DP=98;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.000658609;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.795;QD=14.9861;RBI=0.00115128;REFB=-0.0146048;REVB=0.000944289;RO=60;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028608;STB=0.509526;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0222071;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:59:38:40:0.40404:17:21:33:27:17:23:33:26 chr11 1093710 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.6005;QD=42.1825;RBI=0.0730074;REFB=0;REVB=0.0655144;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350314;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr11 1094690 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.925;QD=50.4133;RBI=0.0487807;REFB=0;REVB=0.0163464;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504815;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 1094748 . A AC 153.94 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.270366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.531;QD=38.4841;RBI=0.276989;REFB=0;REVB=-0.0602061;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0203589;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:16:16:0:4:12:0:0:3:16:0:2:5:11 chr11 1094753 . A C 235.22 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00713897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2858;QD=42.7678;RBI=0.0115866;REFB=-0.0123152;REVB=-0.00912599;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141082;STB=0.509424;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0172096;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:19:20:0.909091:11:8:1:1:12:8:1:1 chr11 1096494 . T C 1566.89 PASS AF=0.990741;AO=96;DP=96;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4518;QD=58.0329;RBI=0.0456483;REFB=-0.0460727;REVB=0.0201546;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000442115;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:108:0:1:96:107:0.990741:36:60:0:0:39:68:0:1 chr11 1101649 . TT CC,CT 757.67 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218893,-0.0418026;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=11.5787,52.1597;QD=56.1237;RBI=0.027821,0.0535035;REFB=0,0;REVB=0.0171717,0.0333942;RO=0;SAF=1,33;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.0907e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.012507,-0.000950636;OID=.,.;OPOS=1101649,1101649;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:1,19:1,33:0:0:1,19:1,33:0:0 chr11 1158073 . T C 1989.62 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.546;QD=62.1756;RBI=0.0269949;REFB=0;REVB=0.018215;RO=0;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22155e-07;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:73:54:0:0:73:55:0:0 chr11 1161315 . T C 508.93 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.73;QD=58.1637;RBI=0.0184253;REFB=0;REVB=0.0113348;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161393;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:17:18:0:0 chr11 1212877 . A G 136.84 PASS AF=0.195122;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0192391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.602;QD=4.45001;RBI=0.0238885;REFB=-0.0077915;REVB=-0.0141603;RO=96;SAF=6;SAR=18;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308153;STB=0.68706;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0308003;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:96:99:24:24:0.195122:18:6:46:50:18:6:46:53 chr11 1212878 . C G 48.74 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0310582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.986;QD=1.48813;RBI=0.0357315;REFB=-0.0120084;REVB=-0.0176673;RO=115;SAF=3;SAR=10;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261359;STB=0.693398;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.043552;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:130:131:115:118:13:13:0.0992366:10:3:50:65:10:3:50:68 chr11 1212884 . CA GA,TG 32.6 PASS AF=0.0446429,0.0446429;AO=6,5;DP=118;FAO=5,5;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=4,1;FSAR=1,4;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.00458079,-0.0167922;FXX=0.0508431;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.2712,212.51;QD=1.16413;RBI=0.0288472,0.0319067;REFB=-0.00419552,-0.00166129;REVB=-0.0284812,-0.0271305;RO=101;SAF=4,1;SAR=2,4;SRF=41;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249205,-0.200938;STB=0.845187,0.720065;STBP=0.193,0.405;TYPE=snp,mnp;VARB=0.118955,0.0224568;OID=.,.;OPOS=1212884,1212884;OREF=C,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:118:112:101:102:6,5:5,5:0.0446429,0.0446429:2,4:4,1:41:60:1,4:4,1:41:61 chr11 1212902 . C G 55.66 PASS AF=0.137931;AO=15;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=0.0173024;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6532;QD=2.55897;RBI=0.0469944;REFB=-0.0216026;REVB=-0.0436933;RO=68;SAF=1;SAR=14;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477615;STB=0.787657;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.167778;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:87:87:68:75:15:12:0.137931:14:1:21:47:11:1:21:54 chr11 1212921 . C T 50.67 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=-0.0600284;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.224;QD=2.89529;RBI=0.0612673;REFB=-0.00171036;REVB=-0.0122587;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479873;STB=0.789038;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.01576;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:70:58:60:10:10:0.142857:4:6:12:46:4:6:14:46 chr11 1212954 . C A 81.12 PASS AF=0.225806;AO=13;DP=60;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00602834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.9;QD=5.23385;RBI=0.018697;REFB=-0.0220164;REVB=0.0176985;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307326;STB=0.710173;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0620801;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:62:47:48:13:14:0.225806:11:2:16:31:12:2:16:32 chr11 1213039 . C T 47.96 PASS AF=0.195122;AO=5;DP=38;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0173905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9593;QD=4.67855;RBI=0.0515023;REFB=-0.0241066;REVB=0.0484774;RO=33;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425613;STB=0.560826;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.105684;OID=.;OPOS=1213039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:38:41:33:33:5:8:0.195122:1:4:14:19:4:4:14:19 chr11 1213047 . T C 35.64 PASS AF=0.15;AO=7;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0695383;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8904;QD=3.56406;RBI=0.137914;REFB=-0.0261856;REVB=-0.119099;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283007;STB=0.709009;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0716386;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:40:40:27:34:7:6:0.15:2:5:13:14:2:4:14:20 chr11 1213118 . C G 35.18 PASS AF=0.117647;AO=4;DP=36;FAO=4;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0325114;FXX=0.105235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2081;QD=4.1386;RBI=0.0629402;REFB=-0.0153317;REVB=-0.0538931;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762926;STB=0.510585;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0815003;OID=.;OPOS=1213118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:36:34:23:27:4:4:0.117647:3:1:7:16:3:1:7:20 chr11 1213125 . G A 59.73 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0472991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6494;QD=5.82706;RBI=0.133685;REFB=-0.0139193;REVB=-0.125038;RO=28;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329242;STB=0.691788;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0903326;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:41:28:32:9:9:0.219512:8:1:8:20:8:1:8:24 chr11 1213135 . C T 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0742852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1164;QD=2.70693;RBI=0.0749207;REFB=0.0134786;REVB=-0.00973749;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266573;STB=0.683738;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0872853;OID=.;OPOS=1213135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:4:2:7:35:4:2:7:35 chr11 1213174 . A G 59.82 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.067441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.998;QD=5.69666;RBI=0.068373;REFB=-0.0175704;REVB=-0.0112505;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61397;STB=0.850776;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0291456;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:30:33:9:9:0.214286:7:2:0:30:7:2:0:33 chr11 1213177 . C T 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0.0376707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.251;QD=6.66156;RBI=0.0490252;REFB=-0.0101595;REVB=-0.031375;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602119;STB=0.833066;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0316194;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:0:32:8:2:0:32 chr11 1213204 . C G 134.93 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=-0.016263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.112;QD=10.7944;RBI=0.0163083;REFB=-0.00493863;REVB=0.00121386;RO=32;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20402;STB=0.628442;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00932794;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:13:3:3:29:13:3:3:31 chr11 1250488 . C T 664.01 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0160741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.079;QD=27.9583;RBI=0.0177109;REFB=-0.0191395;REVB=0.00743649;RO=37;SAF=22;SAR=36;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021377;STB=0.511624;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0135689;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:36:22:13:24:36:22:13:24 chr11 1252708 . G C 171.41 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.02495;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.148;QD=16.723;RBI=0.0253698;REFB=-0.00711345;REVB=-0.00459599;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23275;STB=0.624479;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0134748;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:5:13:11:11:5:13:12:11 chr11 1253942 . T C 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0419083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.375;QD=15.5671;RBI=0.042594;REFB=-0.0183581;REVB=0.00761204;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121479;STB=0.568422;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0334098;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:12:23:15:13:12:23 chr11 1253969 . A G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0198875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.472;QD=6.57166;RBI=0.0287577;REFB=-0.00767368;REVB=-0.0207724;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289077;STB=0.686045;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0301409;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:5:6:11:25:5:6:11:26 chr11 1253976 . A G 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0239508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.12;QD=4.78735;RBI=0.037133;REFB=-0.0193326;REVB=-0.0283764;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256382;STB=0.666296;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0424186;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:10:24:4:4:10:24 chr11 1253980 . A G 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00544864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.191;QD=4.9223;RBI=0.0354338;REFB=-0.0135321;REVB=-0.0350124;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313992;STB=0.682531;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0211181;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:4:4:8:24:4:4:9:24 chr11 1255773 . C T 345.17 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0443739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.567;QD=14.2336;RBI=0.0486779;REFB=-0.00596198;REVB=-0.0200123;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13752;STB=0.572317;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0097709;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:59:38:38:0.391753:20:18:35:23:20:18:35:24 chr11 1256409 . G A 659.14 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=163;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.012073;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.344;QD=16.2751;RBI=0.0125099;REFB=-0.0159472;REVB=-0.00327702;RO=90;SAF=39;SAR=33;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140646;STB=0.578199;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0152319;OID=.;OPOS=1256409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:90:90:72:72:0.444444:33:39:36:54:33:39:36:54 chr11 1258217 . T G 55.33 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0150264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.407;QD=2.23562;RBI=0.0324105;REFB=-0.00177248;REVB=-0.0287166;RO=87;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915075;STB=0.565549;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0263151;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:87:87:12:12:0.121212:6:6:37:50:6:6:37:50 chr11 1258226 . C T 93.64 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.000303781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.816;QD=3.34437;RBI=0.0197799;REFB=-0.0033682;REVB=-0.0197775;RO=94;SAF=10;SAR=8;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163346;STB=0.607726;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0115696;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:94:94:18:18:0.160714:8:10:40:54:8:10:40:54 chr11 1258240 . CA TG 97.59 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00455648;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.535;QD=3.3083;RBI=0.0238872;REFB=-0.00655325;REVB=-0.0234486;RO=99;SAF=12;SAR=7;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258645;STB=0.669983;STBP=0.104;TYPE=mnp;VARB=0.0563173;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:99:99:19:19:0.161017:7:12:42:57:7:12:42:57 chr11 1258283 . G A 130.17 PASS AF=0.190083;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=121;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0147024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.426;QD=4.30326;RBI=0.0240214;REFB=-0.00421639;REVB=-0.0189965;RO=97;SAF=14;SAR=9;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258119;STB=0.658575;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0184004;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:97:98:23:23:0.190083:9:14:39:58:9:14:40:58 chr11 1258286 . C T 124.25 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00615871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.641;QD=4.28444;RBI=0.0222513;REFB=-0.00667605;REVB=-0.021382;RO=94;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233674;STB=0.647876;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0259612;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:94:94:22:22:0.189655:9:13:38:56:9:13:38:56 chr11 1258295 . A G 129.19 PASS AF=0.2;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.0113114;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.559;QD=4.69779;RBI=0.0162192;REFB=-0.011117;REVB=0.0116239;RO=86;SAF=14;SAR=8;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298202;STB=0.693124;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0276536;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:86:88:22:22:0.2:8:14:34:52:8:14:34:54 chr11 1262312 . G A 225.97 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0264435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5418;QD=20.5427;RBI=0.06071;REFB=-0.064899;REVB=0.0546484;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183632;STB=0.614957;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0641118;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:8:14:9:12:8:14:9:13 chr11 1264823 . T C 128.92 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.437;QD=42.9742;RBI=0.0227602;REFB=0;REVB=0.0227602;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090463;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:10:0:0:0:12:0:0:0 chr11 1268513 . G C 68.94 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.141661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.377;QD=15.3205;RBI=0.145369;REFB=-0.0329133;REVB=-0.0326252;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348018;STB=0.695347;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0263363;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:7:1:0:9:7:2:0:9 chr11 1268608 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.124;QD=8.81111;RBI=0.0190069;REFB=0.00836051;REVB=-0.0190069;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0165354;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:6:0:0:11:6:0:0:11 chr11 1269672 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1369;QD=16.199;RBI=0.0345504;REFB=0.0204952;REVB=-0.0345504;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0186465;OID=.;OPOS=1269672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr11 1272226 . A C 97.66 PASS AF=0.521739;AO=8;DP=20;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0223834;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.724;QD=16.9841;RBI=0.0363658;REFB=-0.0119579;REVB=0.0286609;RO=11;SAF=0;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.722912;STB=0.511608;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219889;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:20:23:11:11:8:12:0.521739:8:0:1:10:11:1:1:10 chr11 1272858 . C T 59.26 PASS AF=0.470588;AO=9;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0491941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.364;QD=13.9429;RBI=0.0500693;REFB=-0.0117358;REVB=-0.00932028;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157762;STB=0.743945;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0196309;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:9:9:8:0.470588:7:2:3:5:7:1:4:5 chr11 1276327 . G A 524.14 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00812233;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.15;QD=21.1773;RBI=0.0445675;REFB=-0.0206525;REVB=-0.0438211;RO=48;SAF=34;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188491;STB=0.610211;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0171735;OID=.;OPOS=1276327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:49:50:50:0.505051:16:34:23:25:16:34:23:26 chr11 1309956 . C T 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0201124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.453;QD=9.26198;RBI=0.0316176;REFB=-0.0129122;REVB=-0.024396;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224182;STB=0.818562;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0240391;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:38:17:17:0.309091:4:13:10:8:4:13:10:28 chr11 1482851 . T C 77.24 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0345904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9093;QD=13.4326;RBI=0.0394236;REFB=-0.0748937;REVB=0.0189135;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0694313;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr11 1491096 . G A 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0483037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7643;QD=15.647;RBI=0.0570519;REFB=-0.0126707;REVB=-0.030359;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217889;STB=0.626171;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0118567;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:11:10:11:5:11:10 chr11 1501670 . G C 771.54 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00184056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1569;QD=55.1102;RBI=0.0100951;REFB=-0.153207;REVB=0.00992594;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00300662;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:56:1:1:54:55:0.982143:26:28:0:1:27:28:0:1 chr11 1502097 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.676;QD=59.5014;RBI=0.0159328;REFB=0;REVB=0.00106717;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3714e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr11 1507731 . A G 323.79 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.848;QD=53.9648;RBI=0.0488336;REFB=0;REVB=-0.0107787;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77959e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:13:11:0:0 chr11 1576079 . C T 550.64 PASS AF=0.414474;AO=62;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=2;FSRF=82;FSRR=7;FWDB=-0.0101236;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.096;QD=14.4905;RBI=0.0102566;REFB=-0.0097465;REVB=0.00164672;RO=87;SAF=61;SAR=1;SRF=80;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466455;STB=0.657421;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.014221;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:89:62:63:0.414474:1:61:80:7:2:61:82:7 chr11 1576137 . C T 494.31 PASS AF=0.446281;AO=53;DP=120;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=54;FSAR=0;FSRF=67;FSRR=0;FWDB=0.00539938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.374;QD=16.3407;RBI=0.00539938;REFB=0.00299304;REVB=0;RO=66;SAF=53;SAR=0;SRF=66;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00907143;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:67:53:54:0.446281:0:53:66:0:0:54:67:0 chr11 1642743 . C T 66.58 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.157313;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.5153;QD=16.6451;RBI=0.15796;REFB=-0.0690709;REVB=-0.0142781;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.637406;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0752453;OID=.;OPOS=1642743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:16:6:7:7:9:0.5625:5:2:3:3:5:4:1:6 chr11 1642883 . G GC 49.71 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=14;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.046672;FXX=0.076864;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.3417;QD=16.5714;RBI=0.0484471;REFB=-0.111697;REVB=-0.012994;RO=11;SAF=2;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774686;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=ins;VARB=0.0460086;OID=.;OPOS=1642884;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:14:8:12:4:6:2:2:2:22:11:2:1:8:3 chr11 1642884 . A C 51.61 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0125712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.68;QD=15.8791;RBI=0.0439853;REFB=-0.11415;REVB=-0.0421506;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.038818;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:13:5:6:7:7:0.538462:1:6:3:2:1:6:3:3 chr11 1643267 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00221261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.61;QD=14.0438;RBI=0.0203105;REFB=-0.0606173;REVB=0.0201897;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0442598;OID=.;OPOS=1643267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr11 1652021 . C A 123.08 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0300381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.901;QD=18.2337;RBI=0.0456515;REFB=-0.00982465;REVB=0.0343768;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254209;STB=0.646828;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0343511;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:6:7:11:3:6:7 chr11 1652103 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00688861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.933;QD=13.4559;RBI=0.0225521;REFB=-0.00919641;REVB=0.0214743;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124955;STB=0.574322;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0105209;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:4:11:9:2:4:11 chr11 1855854 . G C 1707.43 PASS AF=0.936508;AO=112;DP=119;FAO=118;FDP=126;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0128951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.876;QD=54.204;RBI=0.0975253;REFB=-0.166313;REVB=0.096669;RO=0;SAF=37;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78011e-08;STB=0.514049;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00252702;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:126:0:8:112:118:0.936508:75:37:0:0:81:37:1:7 chr11 1857173 . T C 611.24 PASS AF=1;AO=31;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686622;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.257;QD=61.1239;RBI=0.0690272;REFB=0;REVB=0.00708974;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84867e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:31:40:1:17:14:0:0:20:20:0:0 chr11 1857747 . T C 439.6 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0016013;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.655;QD=21.444;RBI=0.0313621;REFB=-0.00352759;REVB=-0.0313211;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415576;STB=0.510524;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00210704;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:41:39:43:43:0.52439:20:23:20:21:20:23:20:19 chr11 1857751 . C G 417.98 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0376097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2256;QD=19.9036;RBI=0.0680025;REFB=-0.0131253;REVB=-0.0566556;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214699;STB=0.511913;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0155543;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:20:22:21:21:20:22:21:21 chr11 1858262 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0173414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.75;QD=6.2509;RBI=0.0203085;REFB=0.0119847;REVB=-0.0105693;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444666;STB=0.755997;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0123937;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:4:2:12:4:4:2:12:5 chr11 1858572 . C T 96.01 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00474868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9442;QD=22.5895;RBI=0.0340699;REFB=-0.0300666;REVB=0.0337374;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184829;STB=0.604217;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00589971;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:5:1:5:6:5:1 chr11 1861760 . T C 698.96 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.781;QD=54.8206;RBI=0.0349937;REFB=0.0139628;REVB=0.025945;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000107159;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr11 1874404 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0125957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.309;QD=19.0583;RBI=0.0350547;REFB=-0.0272113;REVB=-0.0327136;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351908;STB=0.519979;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0274456;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:13:7:6:13:13:7 chr11 1887806 . T A 546.31 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094772;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.103;QD=60.7006;RBI=0.011637;REFB=0;REVB=0.00675301;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576678;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:37:36:1:29:8:0:0:28:8:0:0 chr11 1890990 . G A 330.42 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00356183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.508;QD=50.8344;RBI=0.0187006;REFB=-0.104397;REVB=0.0183583;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00195306;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:1:0:14:11:1:0 chr11 1891722 . C G,T 391.18 PASS AF=0.0666667,0.9;AO=2,27;DP=30;FAO=2,27;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=2,22;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0490864,-0.0137303;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.0314,104.233;QD=52.1568;RBI=0.0504143,0.0263461;REFB=-0.0545979,-0.010342;REVB=-0.0114949,-0.0224854;RO=1;SAF=2,22;SAR=0,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0841886;STB=0.993266,0.545419;STBP=0.227,0.106;TYPE=snp,snp;VARB=0.19112,-0.00155814;OID=.,.;OPOS=1891722,1891722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:1:1:2,27:2,27:0.0666667,0.9:0,5:2,22:0:1:0,5:2,22:0:1 chr11 1902768 . G A 2276.96 PASS AF=0.975;AO=154;DP=159;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0361958;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.593;QD=56.9239;RBI=0.0687158;REFB=-0.114767;REVB=0.0584099;RO=5;SAF=61;SAR=93;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374032;STB=0.515383;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0005916;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:159:160:5:4:154:156:0.975:93:61:5:0:93:63:4:0 chr11 1959707 . C T 286.41 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0453701;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.254;QD=13.3212;RBI=0.0466924;REFB=-0.0129243;REVB=0.0110336;RO=53;SAF=16;SAR=16;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133853;STB=0.584511;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0132481;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:53:32:33:0.383721:16:16:33:20:17:16:33:20 chr11 1974029 . G A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00262864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.109;QD=26.4135;RBI=0.00696285;REFB=-0.0252819;REVB=0.0064476;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108298;STB=0.559952;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.016327;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:7:10:11:14:7:10 chr11 1993975 . C A 739.81 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.528;QD=56.9083;RBI=0.0727342;REFB=0;REVB=0.037731;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564427;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:33:19:0:0 chr11 2016908 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00263583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.189;QD=24.4132;RBI=0.0398007;REFB=0.0140438;REVB=0.0397133;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520717;STB=0.52936;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00308217;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:4:1:3:8:4:1 chr11 2167543 . T G 251.71 PASS AF=0.638889;AO=21;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0205509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.788;QD=27.9674;RBI=0.0209616;REFB=-0.0337045;REVB=0.00412916;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697673;STB=0.526293;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0198114;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:9:13:21:23:0.638889:9:12:4:5:9:14:7:6 chr11 2167618 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00671326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9041;QD=16.8838;RBI=0.0250703;REFB=-0.0302039;REVB=-0.0241548;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.024513;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:8:9:9:6:8:9 chr11 2190951 . C T 840.58 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6875;QD=56.9886;RBI=0.051276;REFB=0;REVB=0.0387774;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645664;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:45:13:0:0:46:13:0:0 chr11 2337218 . G A 288.73 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0466724;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.11;QD=31.214;RBI=0.052154;REFB=-0.0160991;REVB=0.0232751;RO=12;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116133;STB=0.563928;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00919817;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:12:12:25:25:0.675676:8:17:6:6:8:17:6:6 chr11 2424683 . CA C,CC 787.39 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=26,23;DP=50;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534465,-0.0740486;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.732,212.15;QD=64.2763;RBI=0.0633439,0.0782333;REFB=0,0;REVB=0.033999,0.0252438;RO=0;SAF=6,19;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.14057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000474243,-0.0583459;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:26,23:50:47,2:49:0:25,0:22,2:0:0:7:0:6,19:20,4:0:0 chr11 2435946 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0319461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.805;QD=14.6546;RBI=0.0389087;REFB=-0.00334386;REVB=0.0222112;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128818;STB=0.576719;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00931034;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:5:3:2:6:5:3 chr11 2435956 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0315176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.021;QD=19.3688;RBI=0.0339504;REFB=-0.0201426;REVB=-0.0126204;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214117;STB=0.624724;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0191813;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:4:3:2:8:4:3 chr11 2439542 . A G 139.96 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0285003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.031;QD=12.7236;RBI=0.0351708;REFB=-0.00390791;REVB=-0.0206087;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293432;STB=0.51722;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0174601;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:15:13:7:9:15:13 chr11 2439767 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00312952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.305;QD=11.1312;RBI=0.0210415;REFB=-0.00319979;REVB=-0.0208075;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.629388;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00375496;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:5:12:5:5:5:12 chr11 2909699 . C T 475.35 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0151842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.058;QD=16.5338;RBI=0.0286456;REFB=-0.00409901;REVB=0.0242901;RO=63;SAF=26;SAR=26;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545553;STB=0.530423;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00475275;OID=.;OPOS=2909699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:26:26:35:28:26:26:35:28 chr11 2924610 . G A 936.5 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000491585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.592;QD=54.29;RBI=0.00278348;REFB=-0.0397895;REVB=-0.00273973;RO=3;SAF=41;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333234;STB=0.517642;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00716435;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:25:41:3:0:25:41:3:0 chr11 2929552 . A G 746.93 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.096311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.981;QD=55.3283;RBI=0.096529;REFB=0;REVB=0.00648469;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351067;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:50:54:1:34:16:0:0:36:18:0:0 chr11 2939297 . G A 607.22 PASS AF=0.459854;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.000471467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.852;QD=17.7289;RBI=0.00056862;REFB=-0.0103;REVB=-0.00031788;RO=73;SAF=45;SAR=18;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205694;STB=0.611972;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0114641;OID=.;OPOS=2939297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:73:74:63:63:0.459854:18:45:38:35:18:45:39:35 chr11 2999507 . G T 239.71 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.010882;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.809;QD=16.2514;RBI=0.0109463;REFB=-0.0175384;REVB=-0.00118451;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477918;STB=0.526956;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0200939;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:15:17:13:14:15:17 chr11 3028140 . G A 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0250764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.487;QD=25.4283;RBI=0.0275785;REFB=-0.0143699;REVB=-0.0114783;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126567;STB=0.507036;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0123579;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:5:10:15:7:5:10 chr11 3061780 . C T 375.07 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00161138;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7291;QD=22.7316;RBI=0.00299218;REFB=-0.0189239;REVB=0.00252123;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437018;STB=0.504948;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0138482;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:23:29:37:37:0.560606:17:20:11:12:17:20:16:13 chr11 3109403 . A G 73.79 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0147088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.36;QD=9.83912;RBI=0.0291156;REFB=-0.00889819;REVB=-0.025127;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288731;STB=0.697974;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0114703;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:2:8:11:8:2:8:11:9 chr11 3109408 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00457302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.607;QD=9.47538;RBI=0.00534631;REFB=0.00161893;REVB=-0.00276958;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348953;STB=0.715943;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00496801;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:11:10:2:8:11:10 chr11 3143621 . C CG 84.51 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=51;FWDB=-0.099411;FXX=0.0119033;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.3268;QD=4.07274;RBI=0.0994144;REFB=-0.00271698;REVB=0.000816571;RO=68;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.707104;STB=0.933554;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0781904;OID=.;OPOS=3143622;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216867:18:86:18:83:65:16:2:14:51:84:68:16:2:17:51 chr11 3243346 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5015;QD=42.1798;RBI=0.023876;REFB=0;REVB=-0.0138589;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341597;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 3243367 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.967;QD=33.4285;RBI=0.0185308;REFB=0;REVB=0.00610016;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225693;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 3243427 . T C 267.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132972;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.146;QD=48.5476;RBI=0.0971478;REFB=-0.15491;REVB=-0.0962335;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0022693;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:22:0:1:21:21:0.954545:12:9:0:0:12:9:0:1 chr11 3243638 . A G 765.74 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.259;QD=63.8114;RBI=0.0227794;REFB=0;REVB=0.010187;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43858e-05;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:34:13:0:0:34:14:0:0 chr11 3243665 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.53;QD=56.9993;RBI=0.0443789;REFB=0;REVB=0.0270202;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337355;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:39:15:0:0:39:15:0:0 chr11 3243673 . G C 733.02 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4578;QD=55.322;RBI=0.115915;REFB=0;REVB=0.030658;RO=1;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246497;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:38:14:0:1:39:14:0:0 chr11 3243832 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.768;QD=35.5759;RBI=0.0517689;REFB=0;REVB=0.0371951;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125244;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 3243909 . G A 119.31 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134285;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.5666;QD=39.7704;RBI=0.159497;REFB=0;REVB=0.158931;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110661;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:5:3:0:0:9:3:0:0 chr11 3244005 . TC T 812.07 PASS AF=1;AO=65;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.0234;QD=46.404;RBI=0.125613;REFB=0;REVB=-0.124867;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00199989;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:70:70:70:0:34:36:0:0:15:1:31:34:1:0 chr11 3249552 . C T 74.64 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0127733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.842;QD=10.6631;RBI=0.0156617;REFB=-0.0104951;REVB=-0.0090627;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335719;STB=0.710003;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0177029;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:13:5:1:9:13:5 chr11 3249984 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00843948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.103;QD=16.6183;RBI=0.0248592;REFB=-0.00612985;REVB=-0.0233828;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072395;STB=0.540949;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0109628;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:19:9:9:14:19:9 chr11 3361087 . T C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0080257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.172;QD=61.5105;RBI=0.00882076;REFB=4.46276e-05;REVB=0.00365978;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=3.39236e-05;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:1:0:29:19:1:0 chr11 3436490 . C T 58.45 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0551737;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8702;QD=12.3054;RBI=0.05522;REFB=-0.0195581;REVB=-0.00225985;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0505352;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:19:10:11:8:8:0.421053:2:6:5:5:2:6:5:6 chr11 3436492 . A G 247.86 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.38;QD=49.5714;RBI=0.0841149;REFB=0;REVB=0.0787812;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236804;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr11 3659993 . G T 406.91 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0351838;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7129;QD=25.4319;RBI=0.0369286;REFB=-0.00259178;REVB=0.0112171;RO=26;SAF=25;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163736;STB=0.581353;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00201592;OID=.;OPOS=3659993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:25:39:39:0.609375:14:25:11:15:14:25:11:14 chr11 3661139 . CT C,CC 608.53 PASS AF=0.025,0.975;AO=7,33;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311646,0.0268847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=257.141,273.184;QD=60.8531;RBI=0.0628842,0.0680769;REFB=0,0;REVB=0.0546186,0.0625434;RO=0;SAF=2,13;SAR=5,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,-4.82173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0191549,0.00202935;OID=.,.;OPOS=3661140,3661140;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:7,33:40:1,39:40:0:0,15:1,24:0:0:4:0:2,13:5,20:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 181.57 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00607099;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.268;QD=33.0129;RBI=0.02656;REFB=-0.0187654;REVB=0.0258569;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229195;STB=0.60427;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00250244;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:17:23:17:22:5:6:11:4:1:27:6:6:11:5:1 chr11 3714489 . C T 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00997374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3172;QD=16.5257;RBI=0.0294476;REFB=-0.0248494;REVB=-0.0277072;RO=28;SAF=21;SAR=4;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314815;STB=0.512185;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0204129;OID=.;OPOS=3714489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:4:21:23:5:4:21:24:5 chr11 3721904 . A G 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00925871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6623;QD=13.7392;RBI=0.0197428;REFB=-0.0156956;REVB=-0.0174372;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112948;STB=0.576851;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0402537;OID=.;OPOS=3721904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:7:15:18:13:7:15:18:14 chr11 4103524 . A G 287.94 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0233266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1195;QD=25.0381;RBI=0.0827128;REFB=0.0151075;REVB=0.0793554;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558334;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00933988;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:25:26:0.565217:12:13:9:11:12:14:9:11 chr11 4141132 . C A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0335923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.138;QD=12.0148;RBI=0.0397982;REFB=-0.00913184;REVB=0.0213413;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224583;STB=0.513047;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0116542;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:18:16:9:11:18:16 chr11 4159457 . A G 453.27 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0220507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4986;QD=19.7073;RBI=0.0508055;REFB=-0.00555157;REVB=0.0457708;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264835;STB=0.650999;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105369;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:47:45:45:0.48913:27:18:32:14:27:18:33:14 chr11 4159466 . G A 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00627388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.629;QD=19.5864;RBI=0.0127361;REFB=-0.0138015;REVB=-0.0110836;RO=46;SAF=17;SAR=27;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298066;STB=0.664952;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0175234;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:27:17:33:13:27:17:33:13 chr11 4389031 . TA T,TT 106.97 PASS AF=0.432432,0.027027;AO=12,2;DP=37;FAO=16,1;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=13,1;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.212456,0.142217;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.8616,18.1377;QD=11.564;RBI=0.214779,0.146084;REFB=-0.0860515,-0.0458574;REVB=-0.0314976,-0.0333918;RO=22;SAF=0,0;SAR=12,2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.814046,-0.563482;STB=0.755467,0.991549;STBP=0.018,0.242;TYPE=del,snp;VARB=0.194191,-0.0128721;OID=.,.;OPOS=4389032,4389032;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432,0.027027:12,2:37:16,1:37:20:3,0:13,1:12:8:92:22:0,0:12,2:14:8 chr11 4389404 . AG A 151.97 PASS AF=0.397059;AO=28;DP=70;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0325932;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.9874;QD=8.93964;RBI=0.10784;REFB=-0.00328555;REVB=0.102797;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202247;STB=0.601694;STBP=0.195;TYPE=del;VARB=0.0101231;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397059:28:70:27:68:41:17:10:19:22:99:40:18:10:18:22 chr11 4389587 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00511835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.234;QD=12.7298;RBI=0.017997;REFB=0.00108462;REVB=-0.0172539;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303064;STB=0.682485;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00419759;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:6:6:7:2:6:6 chr11 4510285 . A G 2004.5 PASS AF=1;AO=104;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.525;QD=62.1551;RBI=0.108665;REFB=0;REVB=0.0625702;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287582;OID=.;OPOS=4510285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:104:129:1:55:49:0:0:64:65:0:0 chr11 4510587 . C T 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.336;QD=52.4084;RBI=0.0324208;REFB=0.119122;REVB=0.0302431;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00127235;OID=.;OPOS=4510587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:1:1:17:15:1:1 chr11 4566711 . C T 1787.92 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.132;QD=60.0981;RBI=0.0206314;REFB=-0.0659893;REVB=0.0147435;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840614;STB=0.504424;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00012149;OID=.;OPOS=4566711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:56:62:0:1:56:62:0:1 chr11 4567335 . C G 130.41 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8526;QD=43.4708;RBI=0.0364894;REFB=0;REVB=0.00417771;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217696;OID=.;OPOS=4567335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr11 4592706 . T TAC 1326.05 PASS AF=0.906542;AO=96;DP=107;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0158036;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.424;QD=49.5718;RBI=0.030916;REFB=0.0123719;REVB=-0.0265716;RO=10;SAF=62;SAR=34;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010588;STB=0.506182;STBP=0.698;TYPE=ins;VARB=-0.00164543;OID=.;OPOS=4592707;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906542:96:107:97:107:10:62:35:7:3:38:10:62:34:7:3 chr11 4608542 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.02;QD=57.8848;RBI=0.0390243;REFB=0;REVB=0.0383931;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144795;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr11 4615390 . C A,T 455.02 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319479,-0.0169602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.504,69.4475;QD=56.8771;RBI=0.00519001,0.0170967;REFB=0,0;REVB=0.00409018,-0.00215618;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.124358,0.000464609;OID=.,.;OPOS=4615390,4615390;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:0,7:2,23:0:0:0,7:2,23:0:0 chr11 4615508 . C G 853.14 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00401176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.236;QD=55.9439;RBI=0.0608389;REFB=-0.0588329;REVB=-0.0607065;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00499547;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr11 4674575 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0291484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.07;QD=16.8738;RBI=0.037183;REFB=-0.00995499;REVB=-0.0230857;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213503;STB=0.628261;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0152816;OID=.;OPOS=4674575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:19:6:9:11:20:6 chr11 4675056 . G A 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0918588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.414;QD=19.6959;RBI=0.0933162;REFB=-0.0134585;REVB=-0.0164282;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155251;STB=0.508764;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0213931;OID=.;OPOS=4675056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:7:15:14:7:7:15 chr11 4675158 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.082;QD=33.4285;RBI=0.0113453;REFB=0;REVB=-0.000740037;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327511;OID=.;OPOS=4675158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 4675379 . A G 250.91 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0233561;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.408;QD=18.586;RBI=0.0243689;REFB=-0.0174947;REVB=-0.00695261;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989762;STB=0.555363;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0145137;OID=.;OPOS=4675379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:27:27:27:27:0.5:13:14:11:16:13:14:11:16 chr11 4675784 . A T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0203836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=14.6657;RBI=0.0285458;REFB=-0.00403963;REVB=-0.0199843;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055143;STB=0.531873;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00649686;OID=.;OPOS=4675784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:15:6:5:10:15:6 chr11 4675846 . C G 249.22 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0407845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0056;QD=21.2104;RBI=0.0411482;REFB=-0.0353829;REVB=-0.00545912;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115893;STB=0.572893;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0325718;OID=.;OPOS=4675846;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:10:13:10:13:10:14:10:13 chr11 4675959 . A G 299.18 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0156707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.151;QD=25.4619;RBI=0.0159772;REFB=-0.00933853;REVB=0.00311463;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207713;STB=0.619562;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0062143;OID=.;OPOS=4675959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:10:16:7:13:10:17:7:13 chr11 4676062 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0222576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.615;QD=14.6497;RBI=0.0293637;REFB=0.00600389;REVB=-0.0191526;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300736;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00562596;OID=.;OPOS=4676062;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:8:11:4:10:8:11 chr11 4676398 . C G 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0190381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.117;QD=15.0667;RBI=0.0191457;REFB=-0.011845;REVB=0.00202704;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296985;STB=0.668573;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0260358;OID=.;OPOS=4676398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:24:10:27:20:24:10:27:20 chr11 4676457 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0909401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.637;QD=11.1851;RBI=0.0919577;REFB=-0.00761219;REVB=0.0136426;RO=35;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352005;STB=0.706846;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0117055;OID=.;OPOS=4676457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:14:5:20:15:14:5:20:15 chr11 4703165 . C A 785.02 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4386;QD=57.0924;RBI=0.0403876;REFB=0;REVB=0.0402812;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487051;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr11 4712079 . A G 1343.61 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.871;QD=61.0731;RBI=0.042813;REFB=-0.106456;REVB=0.00185591;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00051275;OID=.;OPOS=4712079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:46:41:0:0:46:41:1:0 chr11 4730985 . C T 885.77 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5534;QD=58.083;RBI=0.0673285;REFB=0;REVB=-0.0202147;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003213;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr11 4731180 . G A 1323.24 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1228;QD=60.8387;RBI=0.0362763;REFB=-0.156886;REVB=-0.0232736;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00172187;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:0:1:85:86:0.988506:37:48:0:0:37:49:0:1 chr11 4731468 . G A 902.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0177;QD=58.2242;RBI=0.0260054;REFB=0;REVB=0.0218843;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315517;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr11 4731583 . C T 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.995;QD=60.5468;RBI=0.0468105;REFB=0;REVB=0.0288766;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49916e-05;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr11 4928621 . G A 499.33 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0269133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7698;QD=16.9265;RBI=0.0272782;REFB=-0.00733565;REVB=0.00444708;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132114;STB=0.566621;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00783968;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:62:64:53:54:0.457627:27:26:22:40:28:26:23:41 chr11 4929061 . C G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0204824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.044;QD=19.0178;RBI=0.0347993;REFB=0.0347597;REVB=-0.0281329;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119455;STB=0.567483;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0163725;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:5:10:11:3:5:10:11:3 chr11 4945196 . T G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0587036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0482;QD=17.8393;RBI=0.0636372;REFB=0.0133392;REVB=0.0245678;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0132194;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr11 4945229 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0161254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.902;QD=12.0517;RBI=0.0589835;REFB=-0.0354283;REVB=0.0567364;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111869;STB=0.567408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0660495;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:4:9:7:2:4:9 chr11 4964753 . A G 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.333;QD=59.9363;RBI=0.0164232;REFB=0;REVB=-0.0159773;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46904e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr11 4965301 . G T 808.07 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0572018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3225;QD=53.8716;RBI=0.0676874;REFB=-0.0726151;REVB=-0.0361875;RO=2;SAF=38;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132289;STB=0.507341;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00330716;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:56:58:0.966667:18:38:1:1:18:40:1:1 chr11 4967468 . G A 1328.18 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.371;QD=61.0655;RBI=0.0276616;REFB=-0.096135;REVB=0.0274076;RO=1;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458399;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:1:0:86:87:1:35:51:0:1:36:51:0:0 chr11 4968198 . C A 224.21 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0259854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.715;QD=42.706;RBI=0.0765279;REFB=-0.0284054;REVB=-0.0719811;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245111;STB=0.513355;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00227418;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:7:12:1:1:7:12:1:1 chr11 4976086 . C T 1236.91 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4607;QD=61.0818;RBI=0.00736338;REFB=0;REVB=0.00190174;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184813;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr11 4976554 . A G 245.6 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031776;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.677;QD=51.705;RBI=0.065109;REFB=0;REVB=0.0568285;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00702724;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr11 4976811 . C A 208.37 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0265649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0006;QD=41.674;RBI=0.0575486;REFB=0.00411271;REVB=-0.0510504;RO=2;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226414;STB=0.624843;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0044487;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:3:15:0:2:3:15:0:2 chr11 5010905 . A G 360.77 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0147796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.848;QD=17.5983;RBI=0.0175395;REFB=-0.00879024;REVB=-0.00944445;RO=44;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129003;STB=0.571948;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0116619;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:18:20:29:15:18:20:29:15 chr11 5020416 . A G 1476.58 PASS AF=0.990196;AO=89;DP=95;FAO=101;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0700209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.597;QD=57.9049;RBI=0.0701763;REFB=-0.115949;REVB=0.00466641;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00153872;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:102:1:1:89:101:0.990196:47:42:0:1:47:54:0:1 chr11 5021055 . C G 525.27 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00610604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.095;QD=18.9286;RBI=0.0147753;REFB=-0.011166;REVB=0.0134546;RO=56;SAF=28;SAR=27;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569561;STB=0.531485;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0102002;OID=.;OPOS=5021055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:56:55:55:0.495495:27:28:32:24:27:28:32:24 chr11 5079946 . C T 1008.99 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.218;QD=59.3525;RBI=0.0234562;REFB=0;REVB=0.00797185;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70654e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr11 5080359 . G A 239.12 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00864852;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.273;QD=26.569;RBI=0.0248517;REFB=-0.00118471;REVB=-0.0232983;RO=14;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279135;STB=0.655589;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00103551;OID=.;OPOS=5080359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:6:16:5:9:6:16:5:9 chr11 5141902 . T C 168.19 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00165498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.261;QD=16.4085;RBI=0.0154656;REFB=-0.0200626;REVB=0.0153768;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0290098;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:21:23:18:18:0.439024:9:9:13:8:9:9:13:10 chr11 5141980 . A G 217.91 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00451812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.644;QD=15.5652;RBI=0.0224127;REFB=-0.0262255;REVB=-0.0219526;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138703;STB=0.578882;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0782477;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:14:17:17:8:14:17 chr11 5142134 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0217197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.501;QD=14.9787;RBI=0.0287009;REFB=-0.0147658;REVB=0.0187615;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.749464;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0131456;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:6:4:8:2:7:4 chr11 5142270 . T G 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0174808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.318;QD=21.9697;RBI=0.0181963;REFB=0.00822236;REVB=0.00505235;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00594065;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:12:9:10:13:12:9 chr11 5142530 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00667547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.263;QD=17.454;RBI=0.0140291;REFB=-0.00284523;REVB=-0.0123391;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131904;STB=0.55405;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00282935;OID=.;OPOS=5142530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:13:14:10:17:13:14:12:17 chr11 5142549 . T C 267.54 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00124703;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.736;QD=18.1381;RBI=0.014386;REFB=-0.00932822;REVB=0.0143319;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110548;STB=0.525683;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0209595;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:30:29:29:0.491525:14:15:14:13:14:15:14:16 chr11 5142671 . A G 422.95 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0187126;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.034;QD=16.7506;RBI=0.0193654;REFB=-0.00821833;REVB=0.00498568;RO=53;SAF=20;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900943;STB=0.54071;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0100858;OID=.;OPOS=5142671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:55:46:46:0.455446:26:20:28:25:26:20:28:27 chr11 5172785 . GA G,GG 749.68 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=10,43;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185905,-0.00246534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.869,219.587;QD=56.5799;RBI=0.0479302,0.0460822;REFB=0,0;REVB=0.0478942,0.0460162;RO=0;SAF=2,28;SAR=8,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0191614,0.000653315;OID=.,.;OPOS=5172786,5172786;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:10,43:53:1,52:53:0:1,29:0,23:0:0:4:0:2,28:8,15:0:0 chr11 5173149 . C A 35.05 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0107258;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.927;QD=17.5246;RBI=0.0135632;REFB=0.012632;REVB=0.00830159;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0105756;OID=.;OPOS=5173149;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:4:3:5:5:0.625:2:3:3:1:2:3:2:1 chr11 5221645 . C G 400.46 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00346619;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.758;QD=53.3947;RBI=0.00556433;REFB=0.0430558;REVB=0.00435286;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.57605e-06;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:1:0:14:15:1:0 chr11 5248243 . A G 227.63 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0242802;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.233;QD=15.6983;RBI=0.0260381;REFB=-0.00866923;REVB=-0.00940481;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223781;STB=0.637506;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0103894;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:32:26:26:0.448276:14:12:8:25:14:12:7:25 chr11 5269583 . GTGA AGAG 970.09 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342922;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=4;MLLD=310.477;QD=59.6976;RBI=0.0347746;REFB=0;REVB=0.00577209;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000110703;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr11 5322520 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0172741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.73;QD=19.9278;RBI=0.0407913;REFB=-0.0144633;REVB=0.0369532;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0108603;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:5:4:5:7:5:4 chr11 5322737 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00139049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.207;QD=16.1191;RBI=0.011398;REFB=0.00541387;REVB=-0.0113128;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243637;STB=0.640296;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00278122;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:4:9:5:7:4:9 chr11 5323071 . C T 888.45 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643285;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.384;QD=58.2592;RBI=0.00689635;REFB=0;REVB=0.00248557;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69273e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr11 5344592 . A C 143.85 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0473432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5289;QD=15.1423;RBI=0.0811996;REFB=-0.00553764;REVB=0.0659697;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0121375;OID=.;OPOS=5344592;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:13:9:8:8:13:9 chr11 5344772 . T C 278.17 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0102449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.725;QD=16.1256;RBI=0.0194034;REFB=-0.027563;REVB=0.0164783;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192067;STB=0.502359;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.021972;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:16:14:17:21:17:14:17:21 chr11 5344847 . A G 173.68 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0152382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4118;QD=12.8648;RBI=0.0152515;REFB=0.00192115;REVB=-0.000636452;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.553141;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00248798;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:17:16:12:9:17:16 chr11 5344902 . C G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000834436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.275;QD=14.0971;RBI=0.0526501;REFB=-0.0277192;REVB=-0.0526434;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202649;STB=0.618857;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0449318;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:9:9:9:4:9:9 chr11 5345128 . G A 106.66 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00333383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.164;QD=13.7627;RBI=0.00619663;REFB=-0.0167047;REVB=0.00522339;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226252;STB=0.618857;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0190561;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:4:9:8:9:4:9:9:9 chr11 5345170 . A G 77.23 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0357754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.898;QD=13.4312;RBI=0.0367496;REFB=-0.00214522;REVB=-0.00840571;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533172;STB=0.812949;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00654737;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:3:10:2:8:3:10 chr11 5345486 . G A 208.05 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=55;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00607819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.007;QD=13.8702;RBI=0.00608158;REFB=-0.0086588;REVB=-0.000202918;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127809;STB=0.54688;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0131616;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:34:35:20:25:0.416667:10:10:13:21:13:12:14:21 chr11 5372863 . T A 567.78 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00559828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.396;QD=24.9576;RBI=0.0331999;REFB=-0.017952;REVB=0.0327245;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554291;STB=0.530324;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0112093;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:27:25:16:23:27:25:16:23 chr11 5373114 . G A 637.72 PASS AF=0.470588;AO=62;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00384701;FXX=0.0422505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.045;QD=18.7564;RBI=0.0180034;REFB=-0.00631741;REVB=-0.0175876;RO=69;SAF=40;SAR=22;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203559;STB=0.622257;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00662638;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:72:62:64:0.470588:22:40:30:39:22:42:31:41 chr11 5410934 . T G 268.74 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0574323;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8694;QD=21.9379;RBI=0.0590969;REFB=-0.0277611;REVB=0.0139276;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189681;STB=0.598808;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0168848;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:18:7:11:12:18:7:11:13 chr11 5411031 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0141772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1681;QD=18.6448;RBI=0.0448958;REFB=-0.0183889;REVB=-0.0425986;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121546;STB=0.595095;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0324926;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:7:5:4:10:7:6 chr11 5411239 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0217555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.561;QD=22.7238;RBI=0.0226563;REFB=-0.0203009;REVB=0.00632497;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309739;STB=0.5185;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0236703;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:13:6:5:11:13:7:5:11 chr11 5411395 . C A 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00257504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.927;QD=18.9347;RBI=0.00662836;REFB=-0.00787554;REVB=0.00610772;RO=50;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152066;STB=0.584708;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00915654;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:18:27:22:28:18:27:22:28 chr11 5411398 . T G 420.54 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00485794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3631;QD=17.8954;RBI=0.0151107;REFB=-0.00567371;REVB=0.0143086;RO=51;SAF=28;SAR=15;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198985;STB=0.611425;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00964419;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:15:28:23:28:15:28:23:28 chr11 5411579 . GT AC 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0130447;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.249;QD=15.6695;RBI=0.0295442;REFB=-0.0188908;REVB=-0.0265085;RO=60;SAF=22;SAR=25;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164478;STB=0.591911;STBP=0.108;TYPE=mnp;VARB=0.026813;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:25:22:38:22:25:22:38:22 chr11 5424050 . G A 260.14 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0231988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6497;QD=16.7833;RBI=0.0296722;REFB=-0.0146806;REVB=0.0185001;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132582;STB=0.565366;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0216899;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:15:14:20:12:15:14:20:13 chr11 5424490 . C T 1107.57 PASS AF=0.516432;AO=94;DP=214;FAO=110;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=-0.0221989;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.896;QD=20.7994;RBI=0.0225799;REFB=-0.0283132;REVB=0.0041304;RO=63;SAF=55;SAR=39;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113145;STB=0.582719;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.030163;OID=.;OPOS=5424490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:63:103:94:110:0.516432:39:55:46:17:54:56:70:33 chr11 5443442 . G C 528.01 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9304;QD=57.0822;RBI=0.0281093;REFB=-0.124711;REVB=0.0215655;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00245926;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:12:24:0:1:12:24:0:1 chr11 5443700 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.22;QD=59.4348;RBI=0.0480459;REFB=0;REVB=-0.00626443;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268291;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 5443739 . T C 559.07 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0369756;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.679;QD=52.0066;RBI=0.041263;REFB=-0.211904;REVB=0.0183152;RO=2;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170167;STB=0.542351;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00253517;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:43:43:2:4:39:39:0.906977:26:13:1:1:26:13:3:1 chr11 5443867 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1078;QD=51.9137;RBI=0.0574788;REFB=0;REVB=-0.0126027;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910392;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr11 5443887 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111;QD=48.7372;RBI=0.0459463;REFB=0;REVB=0.0459434;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715303;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr11 5443893 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.487;QD=47.8214;RBI=0.066105;REFB=0;REVB=0.0268482;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461288;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 5443963 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1564;QD=33.4285;RBI=0.0502019;REFB=0;REVB=-0.0502019;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00552184;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 5444061 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.707;QD=58.5871;RBI=0.0230785;REFB=0;REVB=0.0162533;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285994;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 5444136 . C T 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000858794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1941;QD=63.4744;RBI=0.0431982;REFB=0;REVB=0.0431897;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242232;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr11 5444353 . T C 428.36 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.864;QD=57.1146;RBI=0.0494475;REFB=0;REVB=0.0388693;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194462;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr11 5462085 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0171594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.399;QD=12.329;RBI=0.0182123;REFB=-0.0104048;REVB=0.00610263;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23631;STB=0.642565;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0136683;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:6:11:9:2:6:11 chr11 5462105 . T C 76.72 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0170436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.353;QD=12.787;RBI=0.0171658;REFB=-0.0108981;REVB=0.00204492;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.562383;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00986183;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:3:11:7:3:3:11 chr11 5462255 . C G 239.74 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0306755;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1666;QD=18.0935;RBI=0.0351162;REFB=0.00414777;REVB=-0.0170927;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1202;STB=0.54901;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0112348;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:26:26:0.490566:11:15:11:14:11:15:13:14 chr11 5462374 . C T 471.17 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00204478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5407;QD=23.5582;RBI=0.0524357;REFB=-0.00921484;REVB=0.0523958;RO=34;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668896;STB=0.530713;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00880148;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:25:20:18:16:25:20:18:17 chr11 5462702 . G A 131.65 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0155861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.439;QD=23.9355;RBI=0.0157275;REFB=-0.0343809;REVB=-0.00210444;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24425;STB=0.636183;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0177063;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:1:7:7:7:1:7 chr11 5474838 . G T 422.33 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0147675;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.569;QD=20.8556;RBI=0.0150605;REFB=-0.00710356;REVB=0.00295605;RO=39;SAF=11;SAR=31;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34681;STB=0.692642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0057906;OID=.;OPOS=5474838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:31:11:25:14:31:11:25:14 chr11 5475170 . G C 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0308524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.881;QD=13.2236;RBI=0.0347182;REFB=-0.0194824;REVB=0.0159211;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580436;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0525963;OID=.;OPOS=5475170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:13:11:18:17:13:11:19:17 chr11 5475506 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00285266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=22.1266;RBI=0.0202307;REFB=-0.026538;REVB=0.0200285;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115671;STB=0.570224;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0200464;OID=.;OPOS=5475506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:22:18:19:13:22:18:20:13 chr11 5510284 . A G 1036.06 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0464661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.104;QD=56.7702;RBI=0.0490477;REFB=0.00375108;REVB=0.0157028;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277951;STB=0.514702;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=7.30998e-05;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:0:2:33:38:0:2 chr11 5510341 . C T 750.0 PASS AF=0.627273;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=110;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00352282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.906;QD=27.2726;RBI=0.0140747;REFB=-0.00690173;REVB=0.0136267;RO=41;SAF=43;SAR=26;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274676;STB=0.514894;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00419196;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:41:41:69:69:0.627273:26:43:24:17:26:43:24:17 chr11 5510497 . T C 1419.43 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.882;QD=61.7143;RBI=0.0379623;REFB=-0.178799;REVB=0.0349296;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011421;STB=0.506023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00118746;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:41:50:0:1:41:50:0:1 chr11 5510626 . T C 1023.02 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.531;QD=59.3055;RBI=0.0204674;REFB=0;REVB=0.0185189;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04812e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:27:40:0:0:29:40:0:0 chr11 5510928 . G A 326.81 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112098;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.845;QD=54.4678;RBI=0.0239627;REFB=0;REVB=0.0211791;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727119;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 5529865 . G A 445.57 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.743;QD=52.42;RBI=0.0241192;REFB=-0.100958;REVB=0.0218629;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466437;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00106043;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:13:19:2:0:13:19:2:0 chr11 5529920 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0184148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.948;QD=16.3859;RBI=0.0237015;REFB=0.0169644;REVB=0.0149216;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0119686;OID=.;OPOS=5529920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr11 5536415 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0527926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.801;QD=18.498;RBI=0.052794;REFB=-0.0175089;REVB=0.00038612;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213482;STB=0.620085;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0173519;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:8:19:13:14:8:19:13:14 chr11 5536537 . A C 1355.73 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0939927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7726;QD=60.9317;RBI=0.0993822;REFB=0.0828175;REVB=-0.0322831;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00682953;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:40:47:0:1:41:47:0:1 chr11 5536848 . G A 362.84 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0356681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.089;QD=13.3152;RBI=0.0357523;REFB=-0.000350863;REVB=0.00245209;RO=64;SAF=22;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207611;STB=0.511315;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000484419;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:66:43:43:0.394495:21:22:34:30:21:22:35:31 chr11 5536852 . A G 606.84 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=106;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00329641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.11;QD=22.4755;RBI=0.0123935;REFB=-0.0122545;REVB=0.0119471;RO=47;SAF=32;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852007;STB=0.505574;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00998286;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:47:48:59:60:0.555556:27:32:25:22:28:32:25:23 chr11 5537045 . T G 206.07 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00119366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.105;QD=13.2946;RBI=0.0154265;REFB=-0.00461248;REVB=-0.0153802;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866966;STB=0.559952;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00495305;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:37:24:25:0.403226:11:13:17:20:11:14:17:20 chr11 5537161 . A G 220.78 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000122395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.782;QD=12.0978;RBI=0.00474411;REFB=-0.00272765;REVB=-0.00474253;RO=46;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736803;STB=0.542521;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00331672;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:10:17:26:20:10:17:26:20 chr11 5537780 . C A 114.63 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0539356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4307;QD=10.9168;RBI=0.0630822;REFB=-0.0148574;REVB=-0.0327157;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408127;STB=0.749583;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0323199;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:12:2:12:16:12:2:12:16 chr11 5565906 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.23;QD=58.5999;RBI=0.0182814;REFB=0;REVB=0.00719495;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69265e-05;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr11 5566030 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.034;QD=53.9084;RBI=0.0504998;REFB=0;REVB=0.0456261;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389559;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 5566365 . T C 1319.68 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.007;QD=62.1026;RBI=0.149086;REFB=0;REVB=0.14799;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348532;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr11 5602275 . A G 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0420874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4266;QD=14.4894;RBI=0.0428774;REFB=-0.0357125;REVB=0.00819309;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204447;STB=0.618918;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0542882;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:6:13:15:15:6:13:15:15 chr11 5602438 . T A 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.678;QD=57.6487;RBI=0.061622;REFB=0;REVB=0.0571369;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417076;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 5602605 . G A 169.91 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0277203;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.4;QD=15.103;RBI=0.032974;REFB=-0.0250823;REVB=-0.0178569;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256319;STB=0.6596;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0334795;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:26:17:19:0.422222:3:14:16:9:3:16:17:9 chr11 5602615 . A G 720.69 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2421;QD=61.3353;RBI=0.0610722;REFB=-0.0641768;REVB=-0.0143676;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131056;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:15:31:1:0:15:32:0:0 chr11 5602679 . T C 692.61 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287654;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.92;QD=62.9643;RBI=0.0387044;REFB=0;REVB=-0.0258956;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35302e-05;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr11 5602790 . A G 1610.1 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321692;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.393;QD=60.1908;RBI=0.0334583;REFB=0;REVB=-0.00919789;RO=1;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12693e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:1:0:105:107:1:52:53:0:1:52:55:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1596.01 PASS AF=0.0714286,0.919643;AO=15,96;DP=111;FAO=8,103;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=6,50;FSAR=2,53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163797,0.0224042;FXX=0.0427314;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.966,227.75;QD=57.0005;RBI=0.0340448,0.0373565;REFB=0.048981,0.0551906;REVB=0.0298456,0.0298925;RO=0;SAF=10,46;SAR=5,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.54587e-08;STB=0.538369,0.50495;STBP=0.638,0.289;TYPE=del,snp;VARB=-0.0337788,0.00248771;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.919643:15,96:111:8,103:112:1:6,50:2,53:1:0:19:0:10,46:5,50:0:0 chr11 5602968 . G A 1690.62 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00759849;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.468;QD=57.309;RBI=0.0253252;REFB=-0.123468;REVB=0.0241584;RO=3;SAF=57;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811078;STB=0.504347;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000486388;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:118:3:3:114:115:0.974576:57:57:1:2:58:57:2:1 chr11 5625784 . A G 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0406766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.185;QD=18.6755;RBI=0.0457989;REFB=-0.019838;REVB=0.0210466;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572988;STB=0.53198;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0211813;OID=.;OPOS=5625784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:15:17:19:13:15:17 chr11 5625847 . A G 739.32 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.12;QD=54.7643;RBI=0.0225422;REFB=-0.112315;REVB=-0.0201742;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000278194;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:1:0:30:23:1:0 chr11 5629607 . G A 957.46 PASS AF=0.492228;AO=93;DP=191;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00840859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.861;QD=19.8437;RBI=0.0180203;REFB=-0.00633248;REVB=0.0159382;RO=98;SAF=56;SAR=37;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587545;STB=0.53091;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0070171;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:98:98:93:95:0.492228:37:56:53:45:38:57:53:45 chr11 5632212 . G A 2629.29 PASS AF=0.927083;AO=177;DP=192;FAO=178;FDP=192;FR=.;FRO=14;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0130426;FXX=0.0204071;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.955;QD=54.7768;RBI=0.0201107;REFB=-0.0625856;REVB=0.0153079;RO=14;SAF=73;SAR=104;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063064;STB=0.532758;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00129505;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:192:192:14:14:177:178:0.927083:104:73:12:2:104:74:12:2 chr11 5664831 . C A 1532.33 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292546;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.484;QD=63.8473;RBI=0.0347345;REFB=0;REVB=0.0187258;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93694e-05;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr11 5686870 . T A 329.68 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0259993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1822;QD=23.1357;RBI=0.0319866;REFB=-0.0321438;REVB=-0.0186328;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694004;STB=0.503815;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0167027;OID=.;OPOS=5686870;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:9:14:21:13:9:14 chr11 5701281 . G A 468.93 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835974;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.011;QD=58.6162;RBI=0.00836031;REFB=0;REVB=9.70407e-05;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0514e-05;OID=.;OPOS=5701281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr11 5701409 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6603;QD=45.8063;RBI=0.0303059;REFB=0;REVB=-0.0280922;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181791;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 5717762 . T C 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00433842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.889;QD=16.0922;RBI=0.00593473;REFB=0.0107258;REVB=0.00404959;RO=38;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339032;STB=0.691303;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000972204;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:9:22:14:24:9:22:14:24 chr11 5718517 . G A 602.25 PASS AF=0.419753;AO=68;DP=162;FAO=68;FDP=162;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0154712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7984;QD=14.8704;RBI=0.0537941;REFB=0.00340295;REVB=-0.0515214;RO=94;SAF=40;SAR=28;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103469;STB=0.557986;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00530745;OID=.;OPOS=5718517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:94:68:68:0.419753:28:40:46:48:28:40:46:48 chr11 5719719 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0201927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0648;QD=22.189;RBI=0.0527329;REFB=-0.0177843;REVB=0.0487136;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420569;STB=0.523538;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0136388;OID=.;OPOS=5719719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:6:12:13:8:6:12 chr11 5758062 . T C 1146.84 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0613576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.776;QD=55.9437;RBI=0.062992;REFB=-0.181603;REVB=-0.0142561;RO=4;SAF=45;SAR=33;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040233;STB=0.521271;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00424433;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:4:4:78:78:0.95122:33:45:4:0:33:45:4:0 chr11 5758118 . A C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.039;QD=59.855;RBI=0.0319349;REFB=0;REVB=-0.002403;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04943e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr11 5776287 . C T 2625.19 PASS AF=0.994186;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00522429;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.067;QD=61.0509;RBI=0.0156832;REFB=0.0284205;REVB=0.0147875;RO=1;SAF=76;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050903;STB=0.502674;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0003311;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:172:1:1:169:171:0.994186:93:76:0:1:93:78:0:1 chr11 5776470 . T G 823.63 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6846;QD=56.8018;RBI=0.0918794;REFB=0;REVB=0.0533085;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209699;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:29:29:0:0 chr11 5776595 . T G 641.75 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0173426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3482;QD=52.3878;RBI=0.0285155;REFB=-0.197029;REVB=0.0226356;RO=5;SAF=24;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088371;STB=0.547149;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0127555;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:49:49:5:5:44:44:0.897959:20:24:5:0:20:24:5:0 chr11 5776623 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.426;QD=63.8719;RBI=0.0145019;REFB=0;REVB=0.0134164;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31942e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr11 5799468 . C T 1098.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.479;QD=60.1883;RBI=0.036498;REFB=0;REVB=0.0199343;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186354;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr11 5809230 . G A 2209.38 PASS AF=0.992958;AO=138;DP=139;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00660682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.945;QD=62.2361;RBI=0.0270645;REFB=0.0439964;REVB=0.0262457;RO=1;SAF=71;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664936;STB=0.503496;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000157724;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:142:1:1:138:141:0.992958:67:71:1:0:70:71:1:0 chr11 5809308 . A T 1478.07 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344757;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.935;QD=63.5727;RBI=0.0363476;REFB=0;REVB=-0.0115141;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161502;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr11 5809548 . G A 1232.68 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542178;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.609;QD=60.873;RBI=0.025606;REFB=0;REVB=0.0250254;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445424;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:25:55:0:0:26:55:0:0 chr11 5809811 . G T 812.26 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0499387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5669;QD=54.1503;RBI=0.0965343;REFB=-0.107908;REVB=0.0826135;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0054741;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:0:1 chr11 5809990 . G A 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6888;QD=53.2588;RBI=0.100119;REFB=0;REVB=0.0371902;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369518;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 5862532 . A C 447.13 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.177;QD=57.6937;RBI=0.0144835;REFB=0;REVB=0.0139058;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7595e-05;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr11 5862653 . T C 795.1 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380923;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.091;QD=56.7928;RBI=0.00697471;REFB=0;REVB=-0.00584264;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133316;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr11 5862731 . A G 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00725567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.162;QD=53.9066;RBI=0.0882165;REFB=-0.0384115;REVB=-0.0879176;RO=2;SAF=34;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269414;STB=0.514281;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=7.68491e-05;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:24:34:2:0:24:34:2:0 chr11 5862780 . T C 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0906291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5649;QD=64.1404;RBI=0.0907983;REFB=0;REVB=-0.00553957;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102575;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr11 5862845 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.843;QD=57.6803;RBI=0.0116513;REFB=0;REVB=-0.0036098;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62178e-05;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 5862937 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.825;QD=63.8714;RBI=0.086096;REFB=0;REVB=0.00817504;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264375;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 5862984 . G C 830.05 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019185;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.426;QD=57.2449;RBI=0.0192447;REFB=0;REVB=-0.00151501;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794698;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr11 5863013 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184238;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.696;QD=60.0423;RBI=0.0387948;REFB=0;REVB=0.0341409;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48491e-05;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr11 5863113 . G A 1325.09 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457813;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.866;QD=62.357;RBI=0.0491219;REFB=0;REVB=0.0178054;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83473e-05;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr11 5906048 . G A 507.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.096;QD=57.97;RBI=0.0832818;REFB=0;REVB=0.0657679;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233961;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:11:24:0:0 chr11 5906073 . G T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00897598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.344;QD=48.6261;RBI=0.0417074;REFB=-0.0908884;REVB=-0.0407301;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709088;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00083443;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:0:1:6:16:0:1 chr11 5906192 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.487;QD=45.8068;RBI=0.0128411;REFB=0;REVB=-0.0126944;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160198;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr11 5906205 . G A 227.95 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176324;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.23;QD=50.6543;RBI=0.0337939;REFB=0;REVB=0.0337479;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368808;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 5989293 . G A 668.59 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5981;QD=62.1941;RBI=0.0726707;REFB=0;REVB=0.0546571;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097757;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr11 5989415 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.801;QD=58.2393;RBI=0.069549;REFB=0;REVB=0.0676141;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144954;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 6007272 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.463;QD=57.1752;RBI=0.0261744;REFB=0;REVB=0.0233563;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87485e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 6007613 . T G 1300.9 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0042678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.969;QD=58.4672;RBI=0.0181627;REFB=0.0220942;REVB=-0.0176541;RO=3;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013703;STB=0.507237;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.000217415;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:39:47:1:2:39:47:1:2 chr11 6007680 . A G 1219.74 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286852;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.742;QD=60.2342;RBI=0.0345332;REFB=-0.130743;REVB=0.0192276;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000988426;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:38:42:0:0:38:42:1:0 chr11 6007743 . A G 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2539;QD=56.9448;RBI=0.0656338;REFB=-0.184033;REVB=0.0327728;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00760211;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr11 6129837 . C T 776.68 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6366;QD=63.4022;RBI=0.0741832;REFB=0;REVB=0.0583788;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145093;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr11 6173364 . T A 501.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1059;QD=58.9729;RBI=0.0498001;REFB=0;REVB=-0.0445787;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134959;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr11 6221169 . A G 1571.82 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423911;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.655;QD=64.1557;RBI=0.0438906;REFB=0;REVB=-0.0113745;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65665e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr11 6221214 . T A 440.73 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0478961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5675;QD=15.7405;RBI=0.0528644;REFB=-0.00862043;REVB=0.0223743;RO=59;SAF=19;SAR=30;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10398;STB=0.565191;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00951985;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:62:49:50:0.446429:30:19:29:30:30:20:32:30 chr11 6231731 . C T 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000449405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.268;QD=16.1136;RBI=0.0104322;REFB=-0.0261421;REVB=-0.0104225;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132977;STB=0.575692;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0318259;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:7:17:17:12:7:17:17:12 chr11 6243804 . A G 1229.29 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078484;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.168;QD=61.4645;RBI=0.0137009;REFB=0;REVB=-0.0112302;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94145e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:25:55:0:0:25:55:0:0 chr11 6291120 . G A 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00300257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.515;QD=23.5968;RBI=0.0171197;REFB=-0.0218784;REVB=0.0168544;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179302;STB=0.59992;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0218075;OID=.;OPOS=6291120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:8:13:10:15:8:13 chr11 6340525 . A T 286.81 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00515827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6103;QD=24.9399;RBI=0.0062839;REFB=-0.0130087;REVB=0.00358883;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381231;STB=0.710458;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00355328;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:9:17:3:17:9:17:3:17 chr11 6411934 . GT CG,GC 530.1 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=2,34;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192537,0.0084597;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=46.3724,87.575;QD=58.8999;RBI=0.0200605,0.0110467;REFB=0,0;REVB=-0.00563185,0.00710371;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0210797,0.0107812;OID=.,.;OPOS=6411934,6411935;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:36:0:0:2,34:1,35:0.0277778,0.972222:2,17:0,17:0:0:1,18:0,17:0:0 chr11 6519642 . G A 253.5 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0234887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.861;QD=17.4828;RBI=0.023524;REFB=0.00153391;REVB=0.0012894;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249128;STB=0.639465;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00211599;OID=.;OPOS=6519642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:10:20:11:17:10:20 chr11 6520015 . G T 425.49 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00816065;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.18;QD=23.6381;RBI=0.00879566;REFB=-0.0173564;REVB=0.00328137;RO=31;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552408;STB=0.530372;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0130111;OID=.;OPOS=6520015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:31:41:41:0.569444:17:24:16:15:17:24:16:15 chr11 6520164 . T A 322.7 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0155756;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8353;QD=18.9824;RBI=0.015577;REFB=-0.0123567;REVB=-0.000205187;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157407;STB=0.587578;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0233793;OID=.;OPOS=6520164;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:15:19:13:21:15:19:13:21 chr11 6530278 . C T 580.44 PASS AF=0.526786;AO=51;DP=107;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0077475;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.182;QD=20.7302;RBI=0.00807428;REFB=-0.00760009;REVB=-0.00227383;RO=53;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200399;STB=0.537301;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00600912;OID=.;OPOS=6530278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:53:53:51:59:0.526786:29:22:24:29:31:28:21:32 chr11 6532519 . C T 483.55 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00369377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.655;QD=19.1503;RBI=0.00681856;REFB=-0.0159293;REVB=0.00573139;RO=49;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027038;STB=0.505153;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0136947;OID=.;OPOS=6532519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:51:50:50:0.49505:26:24:25:24:26:24:25:26 chr11 6549779 . A C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00219603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=19.4402;RBI=0.00221947;REFB=-0.0015936;REVB=-0.00032172;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000966427;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111665;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:15:14:15:16:15:14 chr11 6549995 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0486845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.358;QD=8.0895;RBI=0.049879;REFB=-0.00332441;REVB=-0.0108502;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337792;STB=0.707889;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0148354;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:8:14:3:6:8:14 chr11 6550004 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0248844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.033;QD=5.68927;RBI=0.0299703;REFB=-0.00289526;REVB=-0.0167028;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442448;STB=0.7797;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0173308;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:5:14:2:4:5:14 chr11 6550309 . G A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0255961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.833;QD=11.0819;RBI=0.0264244;REFB=-0.00587542;REVB=0.0065641;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115019;STB=0.559293;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0138024;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:9:13:19:20:9:13:20:20 chr11 6555365 . A G 375.72 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.078;QD=55.6617;RBI=0.0570144;REFB=0;REVB=-0.0103106;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494032;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 365.55 PASS AF=0.037037,0.666667;AO=2,30;DP=54;FAO=2,36;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=2,26;FSAR=0,10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00781132,-0.0448282;FXX=0.0847314;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=124.737,232.063;QD=27.078;RBI=0.0139083,0.0489269;REFB=-0.0174155,-0.0270531;REVB=-0.0115075,-0.019603;RO=19;SAF=2,22;SAR=0,8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43349,-0.00316574;STB=0.992848,0.51315;STBP=0.333,0.82;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00654842,0.0152472;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:19:16:2,30:2,36:0.037037,0.666667:0,8:2,22:14:5:0,10:2,26:11:5 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=32;DP=65;LEN=12;RO=33;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=10;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:33:32:10:23:22:10 chr11 6568213 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00230259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.531;QD=10.1733;RBI=0.00253616;REFB=-0.00792642;REVB=0.00106312;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.014803;OID=.;OPOS=6568213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr11 6569896 . G A 286.24 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0289513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9116;QD=18.174;RBI=0.059454;REFB=-0.0120714;REVB=0.0519289;RO=32;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207463;STB=0.616513;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0243793;OID=.;OPOS=6569896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:9:22:16:16:9:22:16:16 chr11 6579106 . C A 36.96 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0282185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2166;QD=8.21241;RBI=0.107304;REFB=-0.0166541;REVB=0.103527;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434685;STB=0.798934;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0517225;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:5:6:1:5:5:7 chr11 6585007 . G A 244.34 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0114634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.66;QD=18.7954;RBI=0.0193873;REFB=-0.0143607;REVB=0.0156352;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877207;STB=0.557478;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0126473;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:12:13:11:15:12:14:11:15 chr11 6588228 . G A 259.4 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.01834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.038;QD=14.2137;RBI=0.0190437;REFB=-0.00302091;REVB=-0.00512912;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129056;STB=0.573333;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00409611;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:13:17:19:24:13:17:19:24 chr11 6622714 . G A 307.41 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0045139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.749;QD=18.6308;RBI=0.0110538;REFB=-0.0300063;REVB=0.0100901;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176949;STB=0.604843;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0144378;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:18:15:21:11:18:15:22:11 chr11 6626049 . G A 135.25 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0374865;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7106;QD=8.0745;RBI=0.0433059;REFB=-0.0102535;REVB=-0.0216831;RO=47;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332531;STB=0.514373;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0319223;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:47:48:19:19:0.283582:6:13:31:16:6:13:32:16 chr11 6626072 . C A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00515152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.1;QD=8.55718;RBI=0.031358;REFB=-0.00416163;REVB=-0.030932;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882557;STB=0.505258;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00837768;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:7:14:33:17:7:14:33:17 chr11 6629665 . C T 315.54 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00802737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7854;QD=15.0258;RBI=0.0565822;REFB=0.0112891;REVB=-0.0560099;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070698;STB=0.533612;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00779596;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:33:33:0.392857:16:17:21:26:16:17:22:26 chr11 6630028 . TC T 956.51 PASS AF=1;AO=85;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528567;FXX=0.0215031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.7128;QD=42.0445;RBI=0.0676167;REFB=0;REVB=-0.0421685;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=0.000769245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000445157;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:93:91:91:0:46:45:0:0:18:2:44:41:1:1 chr11 6630833 . G A 528.8 PASS AF=0.474576;AO=54;DP=116;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0284179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.007;QD=17.9254;RBI=0.0326021;REFB=-0.00850816;REVB=-0.0159788;RO=61;SAF=29;SAR=25;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182658;STB=0.602482;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00733368;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:61:62:54:56:0.474576:25:29:21:40:26:30:21:41 chr11 6634149 . C T 1525.94 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000312883;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.291;QD=59.8409;RBI=0.0149458;REFB=0;REVB=0.0149425;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84073e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr11 6634189 . G A 389.81 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0134285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.657;QD=16.4132;RBI=0.0147916;REFB=-0.000514391;REVB=-0.0062022;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123109;STB=0.514132;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000443929;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:19:21:29:25:20:21:29:25 chr11 6636106 . T A 209.29 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0155567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.791;QD=13.7243;RBI=0.0256334;REFB=0.00378193;REVB=-0.020373;RO=35;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974512;STB=0.569941;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00619678;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:19:6:11:24:19:6:12:24 chr11 6638506 . A T 202.73 PASS AF=0.4;AO=22;DP=64;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.000922187;FXX=0.0908953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.454;QD=13.5155;RBI=0.00106206;REFB=-0.0139717;REVB=-0.000526824;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460055;STB=0.583264;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0254607;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:30:36:22:24:0.4:12:10:15:15:14:10:20:16 chr11 6648424 . G A 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0204895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.554;QD=17.1544;RBI=0.0491621;REFB=-0.0215818;REVB=0.0446888;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051485;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0197487;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:8:9:9:10:8:9:9:11 chr11 6648573 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.033728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.292;QD=12.8685;RBI=0.0370533;REFB=-0.00550387;REVB=-0.0153418;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00705306;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr11 6652618 . C T 347.39 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0088995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.016;QD=24.8132;RBI=0.00931383;REFB=-0.00777165;REVB=0.00274706;RO=20;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217829;STB=0.515072;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00466845;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:22:34:34:0.607143:22:12:7:13:22:12:7:15 chr11 6655433 . G A 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00770299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.609;QD=17.7909;RBI=0.0142888;REFB=-0.0309432;REVB=-0.0120346;RO=33;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131307;STB=0.573721;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0167234;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:10:21:18:15:10:21:18:15 chr11 6662741 . GCCCCCAG GCCCCAG,GCCCCCAGCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCAGCCAG 691.07 PASS AF=0,0,0.517241,0.482759;AO=7,10,9,11;DP=61;FAO=0,0,30,28;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,14;FSAR=0,0,15,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.353725,-0.0353876,0.865336,0.0979351;FXX=0.0169463;HRUN=5,1,1,1;LEN=1,3,1,4;MLLD=11.5617,138.626,16.7837,140.372;QD=47.6598;RBI=0.406739,0.0406288,0.871365,0.0993401;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.200787,-0.0199605,0.102329,-0.0166482;RO=13;SAF=7,8,0,0;SAR=0,2,9,11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.341772,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.736829,0.227183,-0.8004,-0.816085;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,ins,ins;VARB=0,0,0.108522,0.0401113;OID=.,.,.,.;OPOS=6662742,6662746,6662749,6662745;OREF=C,-,-,-;OALT=-,CAG,C,CCAG;OMAPALT=GCCCCAG,GCCCCCAGCAG,GCCCCCAGC,GCCCCCAGCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.517241,0.482759:7,10,9,11:61:0,0,30,28:58:0:0,0,15,14:0,0,15,14:0:0:99:13:7,8,0,0:0,2,9,11:8:5 chr11 6735869 . A G 182.94 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00441625;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.741;QD=13.3044;RBI=0.026462;REFB=-0.00433028;REVB=0.0260909;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934718;STB=0.528472;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00636025;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:33:22:22:0.4:9:13:21:10:9:13:21:12 chr11 6736745 . G A 128.76 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00855978;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.081;QD=19.0754;RBI=0.00882282;REFB=0.0062056;REVB=-0.00213828;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120721;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0122139;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:5:9:6:6:5:9:6:7 chr11 6737138 . T C 102.66 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00990413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.703;QD=7.08006;RBI=0.0270267;REFB=-0.0053708;REVB=-0.0251466;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349164;STB=0.710274;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0188361;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:6:9:13:30:6:9:13:30 chr11 6737258 . C T 165.56 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0134088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4047;QD=14.3963;RBI=0.0516909;REFB=0.0151213;REVB=-0.0499215;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750195;STB=0.54343;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0248694;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:12:16:9:9:12:16 chr11 6737893 . C T 83.98 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00111595;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.543;QD=18.6623;RBI=0.113664;REFB=-0.00937438;REVB=0.113659;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337293;STB=0.633909;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0120568;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:9:8:8:10:0.555556:2:6:7:2:4:6:7:1 chr11 6737927 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00236438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.249;QD=24.292;RBI=0.0376728;REFB=-0.000616059;REVB=-0.0375986;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17789;STB=0.598418;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000133049;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:11:2:7:12:11:2 chr11 6737979 . T C 217.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0662307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.224;QD=17.4273;RBI=0.0723331;REFB=-0.0340747;REVB=0.0290786;RO=24;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198415;STB=0.58687;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0425087;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:24:28:22:22:0.44:4:18:16:8:4:18:20:8 chr11 6738291 . C T 403.72 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0102222;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.706;QD=21.8224;RBI=0.0502809;REFB=-0.0178342;REVB=-0.0492308;RO=35;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924912;STB=0.545432;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0090403;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:34:40:40:0.540541:22:18:12:23:22:18:12:22 chr11 6738728 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00482248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3948;QD=20.2737;RBI=0.022329;REFB=-0.00438221;REVB=-0.021802;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556139;STB=0.531282;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00339366;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:15:9:10:13:15:9 chr11 6738952 . G T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0273478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.49;QD=13.5516;RBI=0.0327715;REFB=-0.0122755;REVB=-0.0180573;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874669;STB=0.550029;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00892329;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:16:19:11:13:16:19 chr11 6739109 . G A 269.48 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00119938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8254;QD=18.9109;RBI=0.0209291;REFB=-0.00938115;REVB=-0.0208947;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853269;STB=0.547497;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00608066;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:9:19:17:12:9:19 chr11 6739407 . A G 171.99 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0232452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8893;QD=9.29671;RBI=0.0250278;REFB=0.00277379;REVB=0.00927639;RO=50;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891332;STB=0.547128;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.01129;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:51:23:23:0.310811:8:15:29:21:8:15:30:21 chr11 6739551 . T C 148.07 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00063552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.861;QD=17.9478;RBI=0.00105875;REFB=-0.0174423;REVB=0.000846799;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0155068;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:9:8:7:9:9:8 chr11 6739809 . C T 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.017551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5954;QD=21.5095;RBI=0.0704427;REFB=0.00480858;REVB=-0.0682212;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.565142;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00595299;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:9:6:5:13:9:6 chr11 6739814 . C T 466.14 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.948;QD=58.2673;RBI=0.0670291;REFB=0;REVB=0.0647117;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368731;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:9:21:0:0:11:21:0:0 chr11 6739822 . T C 128.88 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0928423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7253;QD=16.1101;RBI=0.0928973;REFB=-0.0066683;REVB=0.00319755;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0203636;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:7:7:12:5:7:8:12:5 chr11 6739841 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0523906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1352;QD=20.0167;RBI=0.0524911;REFB=-0.017288;REVB=0.00324609;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.571347;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0300358;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:9:8:6:12:9:8 chr11 6740136 . G A 237.6 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0210867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5037;QD=18.6352;RBI=0.0281757;REFB=-0.00273362;REVB=-0.0186875;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528002;STB=0.550274;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00220965;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:11:14:12:12:11:14:12:14 chr11 6740206 . C T 127.98 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0042001;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.872;QD=15.5126;RBI=0.0309955;REFB=-0.0262669;REVB=-0.0307096;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162458;STB=0.604806;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0300685;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:14:15:0.454545:7:7:12:6:7:8:13:5 chr11 6740285 . G A 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00632949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.651;QD=16.0633;RBI=0.0321887;REFB=0.000393308;REVB=-0.0315603;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351441;STB=0.703897;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000988546;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:14:4:13:11:14:4:13:11 chr11 6740308 . C T 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00892724;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.762;QD=22.5889;RBI=0.00898902;REFB=-0.0277878;REVB=-0.00105212;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179248;STB=0.59083;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0240191;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:12:10:5:15:12:10:5:14 chr11 6740462 . G C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0183894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.622;QD=23.5276;RBI=0.0357558;REFB=-0.0188347;REVB=-0.0306644;RO=15;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14297;STB=0.580558;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0146284;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:16:4:5:10:16:4:5:10 chr11 6790106 . T C 1822.41 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0098;QD=61.2575;RBI=0.0143562;REFB=0;REVB=0.000712623;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82209e-05;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr11 6807163 . C T 310.92 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0231906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.698;QD=19.1337;RBI=0.0249941;REFB=-0.00618094;REVB=-0.00932215;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00730766;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:32:32:33:0.507692:17:15:15:17:18:15:15:17 chr11 6816778 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00187156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.891;QD=11.8305;RBI=0.0164569;REFB=0.00186122;REVB=0.0163502;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00676111;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:10:8:4:7:10:8 chr11 6891113 . A C,G 2140.64 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=5,132;DP=138;FAO=3,135;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=3,66;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510221,0.0815214;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.04,59.4703;QD=62.0476;RBI=0.013738,0.0895843;REFB=0,0;REVB=-0.0127554,0.0371431;RO=0;SAF=5,63;SAR=0,69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.180415,0.000196732;OID=.,.;OPOS=6891113,6891113;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:138:138:0:0:5,132:3,135:0.0217391,0.978261:0,69:5,63:0:0:0,69:3,66:0:0 chr11 6891528 . C G 599.4 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000775818;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5139;QD=61.4769;RBI=0.00674185;REFB=0;REVB=-0.00669707;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158945;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 6891605 . A G 726.81 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510196;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.972;QD=57.0047;RBI=0.0681869;REFB=0;REVB=0.0452378;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131125;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 6891758 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.814;QD=56.7061;RBI=0.0214706;REFB=0;REVB=-0.00863767;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84937e-05;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr11 6898758 . A C 74.33 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0143632;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3608;QD=9.29084;RBI=0.0361151;REFB=-0.00136996;REVB=0.0331361;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395288;OID=.;OPOS=6898758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:11:11:5:5:11:11 chr11 6913127 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00198049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.026;QD=11.0197;RBI=0.0144177;REFB=-0.0079644;REVB=-0.014281;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254893;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00710584;OID=.;OPOS=6913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:8:4:6:0.428571:3:1:3:3:4:2:5:3 chr11 6913244 . A G 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.912;QD=55.0925;RBI=0.0352518;REFB=0;REVB=-0.0117251;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196869;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 6913290 . A G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00547754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.499;QD=25.4947;RBI=0.055724;REFB=-0.0247448;REVB=-0.0554541;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00541322;OID=.;OPOS=6913290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:5:2:4:10:5:2 chr11 6942476 . C A 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5332;QD=59.4202;RBI=0.0569456;REFB=0;REVB=0.00542882;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106079;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr11 6942726 . G C 1065.66 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.121686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.2089;QD=58.3924;RBI=0.12453;REFB=-0.00569448;REVB=0.0264623;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000624355;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:0:1:35:37:0:1 chr11 6953858 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7284;QD=48.7366;RBI=0.0347046;REFB=0;REVB=-0.0214993;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200663;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr11 6976988 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.48;QD=54.5176;RBI=0.0890569;REFB=0;REVB=-0.0884111;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345277;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 7022160 . A G 1242.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=61.3497;RBI=0.0496901;REFB=0;REVB=0.0477552;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93668e-05;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:81:0:0:73:81:1:31:42:0:0:39:42:0:0 chr11 7022531 . A T 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.157;QD=60.5456;RBI=0.0260696;REFB=0;REVB=0.00286053;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35485e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr11 7022717 . T C 629.36 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.762;QD=61.4006;RBI=0.0368401;REFB=0;REVB=0.0368322;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17842e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr11 7059960 . A C 758.84 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.83;QD=53.2519;RBI=0.0156476;REFB=-0.00700909;REVB=-0.00493349;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324832;STB=0.517235;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000512276;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:28:27:0:2:28:27:0:2 chr11 7063755 . C T 1472.87 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.134;QD=63.3491;RBI=0.0266266;REFB=0;REVB=0.0160393;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41145e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:50:43:0:0 chr11 7071031 . G A 883.87 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6845;QD=56.1187;RBI=0.103835;REFB=-0.103284;REVB=-0.00994724;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722833;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:63:1:0:60:63:1:31:29:1:0:31:32:0:0 chr11 7079038 . G A 2230.31 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188345;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.247;QD=63.2712;RBI=0.0207473;REFB=0;REVB=-0.00870127;RO=1;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73174e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:1:0:139:141:1:68:71:0:1:69:72:0:0 chr11 7110363 . G A 859.18 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=188;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.00746416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.723;QD=18.2804;RBI=0.0097004;REFB=-0.00851611;REVB=-0.00619549;RO=100;SAF=46;SAR=42;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506765;STB=0.528027;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0105596;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:100:88:88:0.468085:42:46:47:53:42:46:47:53 chr11 7324475 . T C 744.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.354;QD=63.3851;RBI=0.11406;REFB=0;REVB=0.00815384;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265718;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:23:22:0:0:23:24:0:0 chr11 7439264 . C T 324.83 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0226776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1392;QD=17.0961;RBI=0.0244939;REFB=-0.0153231;REVB=0.00925634;RO=39;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052552;STB=0.529749;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0113979;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:16:19:19:20:16:19:20:21 chr11 7441737 . T C 558.98 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0297664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.733;QD=17.6056;RBI=0.0320357;REFB=-0.0203671;REVB=0.0118426;RO=67;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109226;STB=0.564671;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0235202;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:25:34:31:36:25:34:31:37 chr11 7488872 . C T 1739.5 PASS AF=0.952;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0156309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9242;QD=55.6641;RBI=0.0390975;REFB=-0.0716417;REVB=0.0358369;RO=3;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247611;STB=0.517866;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00584554;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:122:125:3:6:118:119:0.952:56:62:0:3:55:64:1:5 chr11 7488927 . A C 2334.66 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9787;QD=63.5283;RBI=0.142026;REFB=0;REVB=0.066803;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825629;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:144:147:1:75:69:0:0:75:72:0:0 chr11 7489819 . A C 714.83 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.981;QD=60.8367;RBI=0.0591048;REFB=-0.0822437;REVB=0.0306067;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00144939;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:23:23:0:0:23:23:0:1 chr11 7509566 . A T 63.0 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0967654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.224;QD=8.99973;RBI=0.0984189;REFB=-0.00827111;REVB=0.0179647;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.589974;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0189466;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:28:18:19:9:9:0.321429:5:4:6:12:5:4:6:13 chr11 7619518 . T C 2351.04 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00645235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.198;QD=60.283;RBI=0.0396709;REFB=0.0245802;REVB=0.0391427;RO=1;SAF=90;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525694;STB=0.502762;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000325103;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:155:155:0.99359:65:90:1:0:65:90:1:0 chr11 7670440 . A G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.088;QD=63.4757;RBI=0.0378065;REFB=0;REVB=0.0123403;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152597;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr11 7673015 . G A 297.1 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00756404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.565;QD=12.2517;RBI=0.0075645;REFB=-0.0132552;REVB=8.34712e-05;RO=59;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936521;STB=0.509129;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0236499;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:62:34:35:0.360825:17:17:29:30:17:18:31:31 chr11 7686602 . G GTGTT,T 507.2 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=31,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543133,0.0192151;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=228.817,64.0149;QD=57.966;RBI=0.0244312,0.0380032;REFB=0,0;REVB=-0.0238198,-0.0327875;RO=0;SAF=21,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000577434,-0.0243323;OID=.,.;OPOS=7686603,7686602;OREF=-,G;OALT=TGTT,T;OMAPALT=GTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:31,2:33,2:0.942857,0.0571429:10,0:21,2:0:0:11,0:22,2:0:0 chr11 7686674 . T C,G 1159.35 PASS AF=0.974684,0.0126582;AO=75,3;DP=79;FAO=77,1;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33,1;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00593778,-0.0229136;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=70.8647,22.4795;QD=58.7015;RBI=0.00606524,0.0749864;REFB=-0.0137415,0.00494028;REVB=0.00123691,-0.0713998;RO=1;SAF=32,2;SAR=43,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0108773,0.266641;STB=0.505617,0.989913;STBP=0.521,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.000263948,0.0838236;OID=.,.;OPOS=7686674,7686674;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:79:79:1:1:75,3:77,1:0.974684,0.0126582:43,1:32,2:0:1:44,0:33,1:0:1 chr11 7687146 . G A 808.53 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00677696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.365;QD=53.9018;RBI=0.00677799;REFB=-0.101007;REVB=0.000118307;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=2.3088e-06;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:28:30:0:0:28:30:1:1 chr11 7687715 . T C 1677.27 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.675;QD=60.4422;RBI=0.0294613;REFB=0;REVB=0.02777;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87421e-05;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:59:51:0:0:60:51:0:0 chr11 7695569 . A G 191.4 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00166248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6227;QD=25.5194;RBI=0.043187;REFB=-0.0901249;REVB=-0.043155;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017589;STB=0.519979;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0488375;OID=.;OPOS=7695569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:10:11:18:19:0.633333:5:13:7:3:6:13:7:4 chr11 7710877 . C T 338.94 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0118941;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.751;QD=15.4065;RBI=0.0132101;REFB=-0.000956263;REVB=-0.00574782;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163293;STB=0.50922;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00103519;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:18:19:27:24:18:19:27:24 chr11 7712471 . C T 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00276468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.87;QD=14.1722;RBI=0.00293738;REFB=-0.00256185;REVB=-0.000992364;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186157;STB=0.605569;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0047691;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:14:18:18:29:14:18:18:29 chr11 7716855 . T A 1719.1 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.02076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2981;QD=58.7728;RBI=0.0501005;REFB=0.0137338;REVB=-0.045597;RO=2;SAF=79;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118701;STB=0.506249;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.000969937;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:36:79:2:0:36:79:2:0 chr11 7717212 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117131;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=299.2;QD=28.5377;RBI=0.0117131;REFB=-0.0176204;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354513;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr11 7717219 . A T 116.41 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00918251;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=265.7;QD=31.0413;RBI=0.0370016;REFB=-0.039477;REVB=0.0358441;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405314;STB=0.732833;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000846651;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:15:15:3:3:12:12:0.8:1:11:1:2:1:11:1:2 chr11 7721870 . G A 2529.69 PASS AF=0.960227;AO=171;DP=176;FAO=169;FDP=176;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0623544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7596;QD=57.493;RBI=0.0837643;REFB=-0.116729;REVB=0.0559319;RO=5;SAF=86;SAR=85;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055612;STB=0.508875;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00551552;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:176:176:5:7:171:169:0.960227:85:86:2:3:83:86:2:5 chr11 7721974 . C T 480.37 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00631784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.224;QD=14.3394;RBI=0.00943376;REFB=-0.0104177;REVB=0.00700576;RO=75;SAF=28;SAR=26;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153522;STB=0.518512;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0142243;OID=.;OPOS=7721974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:80:54:54:0.402985:26:28:39:36:26:28:39:41 chr11 7727872 . T C 329.83 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00772954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.512;QD=15.706;RBI=0.0162954;REFB=0.00243993;REVB=0.0143455;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775453;STB=0.543742;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00289493;OID=.;OPOS=7727872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:23:25:16:20:23:25 chr11 7749695 . C T 507.28 PASS AF=0.447154;AO=54;DP=122;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00197646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.126;QD=16.4969;RBI=0.010025;REFB=-0.0170677;REVB=-0.00982827;RO=68;SAF=28;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477762;STB=0.531312;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0151008;OID=.;OPOS=7749695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:68:68:54:55:0.447154:26:28:32:36:26:29:32:36 chr11 7750622 . T C 515.6 PASS AF=0.52;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00789084;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.188;QD=20.6241;RBI=0.0144485;REFB=-0.0047328;REVB=-0.0121035;RO=48;SAF=27;SAR=25;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148036;STB=0.581365;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00466987;OID=.;OPOS=7750622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:48:48:52:52:0.52:25:27:33:15:25:27:33:15 chr11 7817538 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.232;QD=48.7373;RBI=0.0297239;REFB=0;REVB=0.0241105;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184003;OID=.;OPOS=7817538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr11 7817665 . T C 403.09 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0582428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.296;QD=52.0118;RBI=0.0634147;REFB=-0.0591521;REVB=0.0250839;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.512187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00543205;OID=.;OPOS=7817665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:1:1:26:30:0.967742:10:16:1:0:10:20:1:0 chr11 7817852 . C G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.842;QD=57.0008;RBI=0.00664126;REFB=0;REVB=0.00233706;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01245e-05;OID=.;OPOS=7817852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr11 7817856 . C T 727.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221217;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.64;QD=57.0857;RBI=0.0231107;REFB=0;REVB=0.00668861;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383591;OID=.;OPOS=7817856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr11 7817959 . G A 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8521;QD=51.1702;RBI=0.0624649;REFB=0;REVB=0.0622447;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205591;OID=.;OPOS=7817959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr11 7818056 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6057;QD=49.5987;RBI=0.0485467;REFB=0;REVB=0.032836;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135823;OID=.;OPOS=7818056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 7818151 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.878;QD=46.848;RBI=0.048184;REFB=0;REVB=0.029596;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13116e-05;OID=.;OPOS=7818151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 7818190 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.161;QD=42.1802;RBI=0.0323763;REFB=0;REVB=0.029889;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925867;OID=.;OPOS=7818190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 7818518 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.406;QD=43.4861;RBI=0.0142;REFB=0;REVB=-0.0109844;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168174;OID=.;OPOS=7818518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 7847466 . A G 58.44 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00145926;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.708;QD=10.6262;RBI=0.00444386;REFB=-0.0181189;REVB=0.00419743;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.839993;STB=0.923712;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0165263;OID=.;OPOS=7847466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:22:13:14:7:8:0.363636:7:0:12:1:7:1:13:1 chr11 7870670 . A G 737.89 PASS AF=0.541985;AO=70;DP=129;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0036741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.737;QD=22.5311;RBI=0.0165567;REFB=-0.0062793;REVB=-0.0161439;RO=59;SAF=38;SAR=32;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138708;STB=0.508045;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0058999;OID=.;OPOS=7870670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:59:60:70:71:0.541985:32:38:33:26:32:39:34:26 chr11 7870760 . G A 562.7 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00125757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.064;QD=19.5722;RBI=0.00558651;REFB=-0.00605901;REVB=-0.00544312;RO=57;SAF=33;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860258;STB=0.547495;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00697792;OID=.;OPOS=7870760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:25:33:27:30:25:33:27:30 chr11 7871011 . A G 460.82 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=110;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0160999;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9987;QD=16.4578;RBI=0.0161245;REFB=-0.00935757;REVB=-0.000890533;RO=54;SAF=24;SAR=26;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705484;STB=0.536537;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0141584;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:54:61:50:51:0.455357:26:24:30:24:26:25:34:27 chr11 7910768 . T C 141.82 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=6.8816e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.219;QD=18.2988;RBI=0.0761055;REFB=-0.00122864;REVB=0.0761055;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00193588;OID=.;OPOS=7910768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:15:16:0.516129:5:10:10:5:5:11:10:5 chr11 7949350 . A G 1586.94 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.098;QD=64.1188;RBI=0.00463119;REFB=0;REVB=-0.00244387;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50623e-06;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:42:56:0:0:43:56:0:0 chr11 7949791 . A C 562.99 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.5772;QD=57.7421;RBI=0.0212191;REFB=-0.0943024;REVB=0.0150122;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00312709;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:1:0 chr11 7949860 . G A 363.31 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261387;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.785;QD=55.8943;RBI=0.0318645;REFB=0;REVB=0.0182241;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011608;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 8014479 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.116;QD=53.2769;RBI=0.0158923;REFB=0;REVB=0.00211545;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127102;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr11 8159892 . G T 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.372;QD=61.5317;RBI=0.0469297;REFB=0;REVB=-0.0431986;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54934e-05;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr11 8174966 . G A 650.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.301;QD=61.9902;RBI=0.0280197;REFB=0;REVB=-0.0249428;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93104e-05;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 8284860 . G T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=23;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0228602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.14;QD=13.7478;RBI=0.0435586;REFB=-0.0254136;REVB=0.0370778;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783139;STB=0.574008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0354262;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:23:22:0.407407:11:12:18:12:11:11:20:12 chr11 8486310 . C A 318.41 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00648062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.651;QD=13.2669;RBI=0.0219575;REFB=-0.0252503;REVB=-0.0209793;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14572;STB=0.583287;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0350768;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:15:21:27:33:15:21:27:33 chr11 8646670 . T G 333.44 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0118547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1693;QD=21.8649;RBI=0.0798314;REFB=-0.0361825;REVB=-0.0789463;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026534;STB=0.501465;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0263722;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:19:15:12:15:19:15:12:15 chr11 8646763 . G C 179.93 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0130455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.247;QD=20.5631;RBI=0.0296118;REFB=-0.0157453;REVB=0.0265833;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.503222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0164459;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:11:7:6:10:12:7:6:10 chr11 8693405 . G A 393.09 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0256191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.861;QD=19.6547;RBI=0.0347859;REFB=-0.0102406;REVB=-0.0235312;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11846;STB=0.565929;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0150774;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:14:26:21:19:14:26:21:19 chr11 8693574 . G GT 116.12 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0830008;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.7731;QD=13.661;RBI=0.0830292;REFB=0.00578525;REVB=-0.00217242;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632425;STB=0.620528;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=-0.00685945;OID=.;OPOS=8693575;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:5:34:16:34:18:12:4:10:8:99:28:5:0:16:12 chr11 8693575 . C T 83.49 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0134805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.934;QD=9.82246;RBI=0.0152019;REFB=-0.000140874;REVB=-0.00702663;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000351529;OID=.;OPOS=8693575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:15:8:4:7:15:8 chr11 8706406 . T G 254.48 PASS AF=0.434783;AO=27;DP=66;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00448315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.809;QD=14.7522;RBI=0.0205107;REFB=-0.0138907;REVB=0.0200148;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561771;STB=0.502911;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0191594;OID=.;OPOS=8706406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:36:39:27:30:0.434783:15:12:18:18:16:14:18:21 chr11 8751640 . G C 544.95 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5065;QD=57.3627;RBI=0.0850796;REFB=-0.0247758;REVB=0.0547047;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00296956;OID=.;OPOS=8751640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:11:26:1:0:11:26:1:0 chr11 8797709 . ACA GCG 129.3 PASS AF=1;AO=2;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100258;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=111.274;QD=43.1003;RBI=0.244868;REFB=0;REVB=0.223403;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0153441;OID=.;OPOS=8797709;OREF=ACA;OALT=GCG;OMAPALT=GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:2:12:1:0:2:0:0:7:5:0:0 chr11 8866808 . C G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7034;QD=63.5822;RBI=0.0409967;REFB=0;REVB=-0.00175612;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409883;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr11 8938934 . C T 187.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.017888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.878;QD=12.7218;RBI=0.0203242;REFB=-0.0223372;REVB=-0.00964853;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230551;STB=0.513263;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0363734;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:18:18:12:11:18:18 chr11 8942942 . C T 944.5 PASS AF=0.585526;AO=89;DP=153;FAO=89;FDP=152;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00231283;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.012;QD=24.8552;RBI=0.00463274;REFB=-0.0185245;REVB=-0.00401412;RO=63;SAF=45;SAR=44;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988556;STB=0.553652;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0116833;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:63:63:89:89:0.585526:44:45:40:23:44:45:40:23 chr11 8942999 . G A 2082.88 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.287;QD=62.6431;RBI=0.0423352;REFB=0;REVB=-0.0115765;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124033;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:66:63:0:0:66:67:0:0 chr11 8947021 . A G 290.67 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1257;QD=52.8485;RBI=0.185311;REFB=0;REVB=-0.0871529;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230304;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:18:22:1:11:7:0:0:11:11:0:0 chr11 8947179 . G A 300.43 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.011068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.177;QD=19.075;RBI=0.0199714;REFB=-0.0191686;REVB=-0.0166239;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111743;STB=0.55485;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0180382;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:13:19:14:16:13:19:15:16 chr11 8947283 . G C 389.58 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0316334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9268;QD=21.6434;RBI=0.0647122;REFB=-0.0381337;REVB=0.0564535;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985305;STB=0.554343;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0334481;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:20:19:20:13:20:19:20:13 chr11 8947586 . C G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0740018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.599;QD=7.12459;RBI=0.0740023;REFB=-0.00979061;REVB=-0.000278869;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186904;STB=0.6151;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0254111;OID=.;OPOS=8947586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:3:15:5:2:3:15 chr11 8948680 . A T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00371662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1998;QD=16.1062;RBI=0.00491043;REFB=-0.0157886;REVB=-0.00320922;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234869;STB=0.635098;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.018653;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:13:9:11:6:13:9 chr11 8959370 . G A 517.32 PASS AF=0.635135;AO=46;DP=73;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00747774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.32;QD=27.9634;RBI=0.0163009;REFB=-0.0177358;REVB=0.0144845;RO=27;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191301;STB=0.605982;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00957631;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:27:46:47:0.635135:25:21:20:7:26:21:20:7 chr11 8959511 . T G 481.48 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000977388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.465;QD=53.4973;RBI=0.00299507;REFB=-0.0989471;REVB=0.00283111;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518702;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000871681;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:0:2:17:17:0:2 chr11 8959545 . C A 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0147976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.436;QD=27.2223;RBI=0.0439416;REFB=0.000900309;REVB=-0.0413751;RO=16;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147644;STB=0.581751;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00128247;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:16:9:9:7:16:9:9:7 chr11 8969309 . T C 247.73 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0192336;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1049;QD=24.1691;RBI=0.0222028;REFB=0.0125996;REVB=-0.0110921;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173865;STB=0.59693;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0136152;OID=.;OPOS=8969309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:11:7:14:9:11:7 chr11 8977830 . A G 173.97 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0210026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.351;QD=19.33;RBI=0.0214146;REFB=-0.0166853;REVB=-0.00418085;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018414;OID=.;OPOS=8977830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:12:6:6:12:12:6 chr11 9005036 . T A 1212.8 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.83;QD=59.8915;RBI=0.0161258;REFB=-0.122735;REVB=-0.000279734;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-1.35587e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:39:41:1:0:39:41:1:0 chr11 9045960 . T A 593.57 PASS AF=0.484127;AO=60;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0215619;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.459;QD=18.8434;RBI=0.0246737;REFB=-0.0157518;REVB=-0.0119947;RO=66;SAF=38;SAR=22;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186115;STB=0.6095;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0253232;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:65:60:61:0.484127:22:38:29:37:22:39:28:37 chr11 9052423 . A C 889.49 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.130348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.521;QD=56.4755;RBI=0.133522;REFB=-0.143578;REVB=0.0289426;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00103518;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:32:30:0:0:32:30:1:0 chr11 9069046 . G A 395.36 PASS AF=0.506329;AO=38;DP=77;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0355704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.474;QD=20.0183;RBI=0.0370755;REFB=-0.00974835;REVB=0.0104564;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506326;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00961042;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:39:38:40:0.506329:19:19:19:20:20:20:19:20 chr11 9225326 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00922174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.732;QD=13.0907;RBI=0.0378299;REFB=0.00230531;REVB=0.0366887;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244114;STB=0.641996;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00257734;OID=.;OPOS=9225326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:14:6:7:6:14:6 chr11 9316937 . G A 953.9 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3703;QD=58.7016;RBI=0.0287804;REFB=0;REVB=0.0265546;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230521;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:33:32:0:0 chr11 9406349 . T C 1804.12 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.258;QD=61.1564;RBI=0.0365979;REFB=0;REVB=0.0174619;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31779e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr11 9537904 . G C 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283429;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.357;QD=59.4595;RBI=0.0336778;REFB=0;REVB=0.0181899;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41752e-05;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr11 9769483 . C T 122.14 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0399549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.523;QD=9.218;RBI=0.0430082;REFB=-0.00936472;REVB=-0.0159156;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403972;STB=0.742551;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.014818;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:4:12:15:22:4:12:15:22 chr11 9800601 . G A 771.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220698;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.11;QD=57.1694;RBI=0.0305387;REFB=0;REVB=-0.0211077;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0654e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr11 9800821 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.9;QD=56.9375;RBI=0.0516928;REFB=0;REVB=0.0507214;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291486;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr11 10328747 . T TC 209.53 PASS AF=0.538462;AO=29;DP=74;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.113865;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.8026;QD=12.894;RBI=0.115908;REFB=-0.00677103;REVB=-0.0216673;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151718;STB=0.555132;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.00570181;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:29:74:35:65:30:18:17:19:11:99:43:14:15:27:16 chr11 10529822 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0126665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.641;QD=10.379;RBI=0.0161002;REFB=-0.00558575;REVB=-0.00993853;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.7495;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00866251;OID=.;OPOS=10529822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:4:12:3:6:4:12 chr11 10530471 . T C 300.47 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0187745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.46;QD=21.4624;RBI=0.0196799;REFB=-0.00825745;REVB=0.00590061;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223003;STB=0.508891;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0078719;OID=.;OPOS=10530471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:13:18:14:9:13:18:15:10 chr11 10533952 . T C 288.23 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0132714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.607;QD=20.9624;RBI=0.0456816;REFB=-0.000326496;REVB=0.0437113;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550256;STB=0.515479;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.000662567;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:25:29:30:0.545455:13:16:16:10:13:17:15:10 chr11 10536298 . T C 86.43 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0248462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1043;QD=12.805;RBI=0.0470435;REFB=-0.0221441;REVB=0.0399469;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0276885;OID=.;OPOS=10536298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:14:16:11:11:0.407407:6:5:9:5:6:5:10:6 chr11 10655609 . C T 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.323;QD=59.1365;RBI=0.0484019;REFB=0;REVB=-0.00316514;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217566;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr11 10673739 . T C,G 3349.52 PASS AF=0.871111,0.12;AO=192,29;DP=223;FAO=196,27;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=88,27;FSAR=108,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00356606,-0.0259829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.678,92.2615;QD=59.547;RBI=0.00450673,0.0260566;REFB=0.00663788,-0.0269547;REVB=0.00275569,0.00195772;RO=1;SAF=84,29;SAR=108,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00438919,0.874977;STB=0.504587,0.999303;STBP=0.259,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00177838,0.0447667;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:223:225:1:2:192,29:196,27:0.871111,0.12:108,0:84,29:0:1:108,0:88,27:0:2 chr11 10715124 . T C 849.56 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.132;QD=57.5973;RBI=0.048816;REFB=0;REVB=0.0370498;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62486e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr11 10786142 . C T 412.93 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000164864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2798;QD=21.4508;RBI=0.0146264;REFB=-0.0141858;REVB=-0.0146255;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903716;STB=0.543017;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0174836;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:40:41:0.532468:18:22:16:20:19:22:16:20 chr11 10786175 . C T 267.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00886161;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0442;QD=15.982;RBI=0.0120986;REFB=7.53791e-05;REVB=-0.00823704;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112675;STB=0.563594;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-6.6882e-05;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:19:18:18:12:19:18 chr11 10822350 . C T 2145.56 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258645;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.673;QD=63.1048;RBI=0.0144776;REFB=0;REVB=0.0142447;RO=0;SAF=78;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50957e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:58:78:0:0:58:78:0:0 chr11 10823079 . T C 133.36 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.021372;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.42;QD=14.4176;RBI=0.0337504;REFB=-0.010274;REVB=0.0261214;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23825;STB=0.638118;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0247727;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:14:8:9:6:14:8 chr11 10828361 . C A 316.93 PASS AF=0.375;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0588574;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9186;QD=13.2054;RBI=0.0629188;REFB=0.00528861;REVB=0.0222393;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060977;STB=0.534864;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00706006;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:60:36:36:0.375:20:16:30:30:20:16:30:30 chr11 11292700 . G C 505.26 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0018479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.552;QD=22.7082;RBI=0.00692972;REFB=-0.0186093;REVB=0.0066788;RO=41;SAF=26;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451868;STB=0.524872;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.015212;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:22:26:20:21:22:26:20:21 chr11 11354346 . T C 360.73 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0404799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.306;QD=17.5968;RBI=0.0415881;REFB=-0.00793763;REVB=0.00953649;RO=44;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076523;STB=0.542834;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0119754;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:16:22:22:22:16:22:22:22 chr11 11373508 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.499;QD=57.6785;RBI=0.0631635;REFB=0;REVB=0.0623003;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145494;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr11 11373587 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.416;QD=62.4654;RBI=0.0341784;REFB=0;REVB=0.0173577;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53384e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr11 11373635 . C T 1593.45 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312952;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9995;QD=59.0166;RBI=0.0314953;REFB=0.0562732;REVB=-0.00354501;RO=1;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090403;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000283727;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:52:55:0:1:52:55:0:1 chr11 11373808 . T G 1662.43 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288879;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.78;QD=60.4519;RBI=0.0453447;REFB=0;REVB=-0.0349518;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12391e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr11 11373925 . A C 1437.61 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1877;QD=61.8327;RBI=0.0261983;REFB=0.0674714;REVB=-0.00688019;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00139828;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:45:46:0:1:45:47:0:1 chr11 11373960 . C T 423.7 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00959635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.269;QD=16.141;RBI=0.0204206;REFB=-0.0111838;REVB=-0.0180253;RO=58;SAF=30;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124189;STB=0.56959;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0134853;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:17:30:30:28:17:30:30:28 chr11 11374016 . T A 1829.46 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0380168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.973;QD=59.0148;RBI=0.0457129;REFB=-0.164363;REVB=-0.025385;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.500132;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000404125;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:0:2:122:122:0.983871:60:62:0:0:60:62:1:1 chr11 11374269 . A G 909.76 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=0.0389704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.809;QD=20.9139;RBI=0.0394373;REFB=-0.0107101;REVB=-0.00605072;RO=84;SAF=59;SAR=31;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108716;STB=0.50596;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00929784;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:84:84:90:90:0.517241:31:59:56:28:31:59:56:28 chr11 11374283 . T G 2328.69 PASS AF=0.957576;AO=158;DP=166;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=105;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0169157;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.7;QD=56.453;RBI=0.0187704;REFB=-0.0500074;REVB=0.00813555;RO=7;SAF=105;SAR=53;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450271;STB=0.502369;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00105501;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:166:165:7:7:158:158:0.957576:53:105:5:2:53:105:5:2 chr11 11913585 . G T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00161999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=330.268;QD=61.7128;RBI=0.0115142;REFB=-0.0543272;REVB=-0.0113997;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000411116;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:57:34:1:0:57:34:1:0 chr11 11976628 . G A 508.37 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0498945;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4883;QD=20.1335;RBI=0.0499466;REFB=-0.00488975;REVB=-0.00227929;RO=49;SAF=22;SAR=30;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232204;STB=0.502727;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00541748;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:30:22:22:27:30:22:21:28 chr11 11977573 . T C 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00223865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9528;QD=16.0625;RBI=0.0073224;REFB=-0.0196753;REVB=0.0069718;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155198;STB=0.508765;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0154189;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:15:16:13:13:15:16 chr11 11978815 . T TGA 546.06 PASS AF=0.453125;AO=57;DP=129;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00609846;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.795;QD=17.0644;RBI=0.00878181;REFB=-0.0177253;REVB=-0.00631894;RO=70;SAF=32;SAR=25;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172354;STB=0.590028;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0216568;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453125:57:129:58:128:70:32:26:27:43:99:70:32:25:27:43 chr11 11986061 . T C 1145.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.76;QD=60.2868;RBI=0.0492037;REFB=0;REVB=-0.00440232;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75508e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:34:38:0:0:34:42:0:0 chr11 12225946 . T G 563.23 PASS AF=0.553398;AO=52;DP=99;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0240759;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.192;QD=21.8728;RBI=0.0261867;REFB=-0.0309475;REVB=0.0103001;RO=46;SAF=30;SAR=22;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157787;STB=0.583644;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.02203;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:46:46:52:57:0.553398:22:30:18:28:24:33:18:28 chr11 12229655 . T G 557.32 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00602084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.181;QD=14.6664;RBI=0.0165009;REFB=-0.0187833;REVB=-0.0153633;RO=89;SAF=37;SAR=26;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121133;STB=0.568012;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0246227;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:89:63:63:0.414474:26:37:42:47:26:37:42:47 chr11 12246233 . G C 445.37 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0925455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8967;QD=18.1784;RBI=0.0983699;REFB=0.0119627;REVB=0.0333462;RO=52;SAF=27;SAR=18;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419113;STB=0.529399;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0138543;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:18:27:29:23:18:27:29:24 chr11 12265542 . A G 1381.24 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519785;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=62.7836;RBI=0.0521129;REFB=0;REVB=0.00374096;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114961;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr11 12285090 . C T 328.74 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00327103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.292;QD=18.2635;RBI=0.00781917;REFB=-0.0122832;REVB=0.0071021;RO=36;SAF=26;SAR=8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116063;STB=0.559651;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0162694;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:34:35:0.486111:8:26:24:12:9:26:24:13 chr11 12315407 . G C 224.62 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0447364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9031;QD=42.7841;RBI=0.0449109;REFB=-0.173787;REVB=0.00395568;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.571351;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.010666;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:6:13:0:0:6:13:0:2 chr11 12315716 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.069;QD=58.1421;RBI=0.0500835;REFB=0;REVB=0.0361035;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013932;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 12315891 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.136;QD=49.5991;RBI=0.0604631;REFB=0;REVB=0.0376448;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103205;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 12525925 . C T 222.97 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00139008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7252;QD=12.7411;RBI=0.0242867;REFB=-0.0180717;REVB=-0.0242469;RO=43;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173626;STB=0.599924;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.035455;OID=.;OPOS=12525925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:18:9:21:22:18:9:21:22 chr11 12534707 . G A 801.64 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.81;QD=57.26;RBI=0.0274407;REFB=0;REVB=0.0242829;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116373;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:28:28:0:0 chr11 12903443 . C T 725.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.07;QD=54.7466;RBI=0.0208799;REFB=-0.150179;REVB=0.0115544;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000538284;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:1:0 chr11 13398129 . T A 1696.48 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.188;QD=60.5887;RBI=0.0732465;REFB=0;REVB=0.0727451;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83013e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:50:58:0:0:53:59:0:0 chr11 13441126 . A G 535.07 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0165767;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.238;QD=18.4506;RBI=0.0177614;REFB=-0.00660556;REVB=0.0063781;RO=60;SAF=36;SAR=20;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199132;STB=0.610513;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0081042;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:20:36:26:34:20:36:26:34 chr11 13443250 . C T 455.6 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00860245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9535;QD=22.78;RBI=0.0258623;REFB=-0.0122488;REVB=-0.0243897;RO=35;SAF=18;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832985;STB=0.506957;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00880367;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:43:44:0.55:25:18:15:20:25:19:15:21 chr11 14101493 . G GC 1100.8 PASS AF=1;AO=94;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528424;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.807;QD=44.9306;RBI=0.125717;REFB=0;REVB=0.114072;RO=4;SAF=57;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00237219;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:99:98:98:0:59:39:0:0:20:4:57:37:3:1 chr11 14264916 . A G 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0595936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7784;QD=21.3966;RBI=0.0604946;REFB=0.0216993;REVB=0.010402;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226566;STB=0.624696;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0129336;OID=.;OPOS=14264916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:7:21:16:18:7:21 chr11 14284477 . G A 182.05 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00811219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.928;QD=16.9345;RBI=0.00811248;REFB=-0.0124357;REVB=6.89951e-05;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0173453;OID=.;OPOS=14284477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:10:14:11:8:10:14 chr11 14632570 . A C 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00644474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.812;QD=11.6207;RBI=0.0068389;REFB=-0.0084777;REVB=0.00228821;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145831;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:14:20:12:8:14:21 chr11 14810762 . A G 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00238694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.844;QD=14.1875;RBI=0.00838851;REFB=0.000657892;REVB=0.00804174;RO=45;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546321;STB=0.531015;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.000985235;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:17:14:18:27:17:14:18:27 chr11 14913575 . G A 1804.55 PASS AF=0.568493;AO=164;DP=291;FAO=166;FDP=292;FR=.;FRO=126;FSAF=107;FSAR=59;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=0.0157902;FXX=0.00680249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.347;QD=24.7199;RBI=0.0195976;REFB=-0.0124721;REVB=0.0116075;RO=125;SAF=106;SAR=58;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398587;STB=0.522922;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0124922;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:125:126:164:166:0.568493:58:106:75:50:59:107:75:51 chr11 14991539 . T C 2027.08 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8877;QD=62.3716;RBI=0.0227755;REFB=0;REVB=-0.0216781;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138464;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:54:76:0:0:54:76:0:0 chr11 15199957 . T C 624.66 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9943;QD=60.9422;RBI=0.0494522;REFB=0;REVB=0.0446684;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185424;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:11:30:0:0 chr11 15992319 . A C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0297914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.403;QD=18.3452;RBI=0.0525244;REFB=-0.00694868;REVB=0.0432583;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274772;STB=0.655563;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00638791;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:5:13:7:10:5:13 chr11 16133413 . A G 275.53 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00203378;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.225;QD=15.973;RBI=0.00744655;REFB=-0.0359738;REVB=-0.00716344;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149792;STB=0.597238;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0403192;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:38:30:31:0.449275:11:19:19:20:11:20:18:20 chr11 16598424 . G A 198.62 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0120845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8201;QD=19.8619;RBI=0.0230747;REFB=-0.0223145;REVB=-0.0196572;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0222121;OID=.;OPOS=16598424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:13:7:8:12:13:7 chr11 16812397 . G A 348.56 PASS AF=0.603448;AO=33;DP=56;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0136235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9728;QD=24.0386;RBI=0.0527561;REFB=-0.0241715;REVB=0.0509667;RO=23;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135684;STB=0.582878;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0125583;OID=.;OPOS=16812397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:23:33:35:0.603448:17:16:7:16:17:18:7:16 chr11 16816252 . GT G,TG 51.38 PASS AF=0.311111,0.0222222;AO=18,3;DP=45;FAO=14,1;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4,0;FSAR=10,1;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0428103,-0.0189996;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.7594,103.327;QD=4.56676;RBI=0.193212,0.124259;REFB=-0.151549,-0.0177489;REVB=-0.18841,-0.122798;RO=21;SAF=4,1;SAR=14,2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.534076,-0.510784;STB=0.749659,0.992987;STBP=0.042,0.239;TYPE=del,mnp;VARB=0.146231,0.0258673;OID=.,.;OPOS=16816253,16816252;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:21:30:18,3:14,1:0.311111,0.0222222:14,2:4,1:17:4:10,1:4,0:20:10 chr11 16863907 . C T 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00932894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.241;QD=16.0607;RBI=0.0217618;REFB=-0.0257085;REVB=0.0196608;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257126;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.028527;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:7:11:14:8:7:11:15:9 chr11 17035718 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.173;QD=40.7616;RBI=0.0872968;REFB=0;REVB=0.00206689;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141232;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 17108868 . ACT A 130.74 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00274428;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.299;QD=12.162;RBI=0.0382147;REFB=-0.00171957;REVB=-0.0381161;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180161;STB=0.567812;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.00363402;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:14:44:15:43:28:7:8:16:12:99:27:6:8:16:11 chr11 17172133 . T C 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0467343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.806;QD=16.8913;RBI=0.0468337;REFB=-0.00927986;REVB=-0.00305107;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206466;STB=0.61002;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0178284;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:14:23:18:26:14:23:19:26 chr11 17333663 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2878;QD=51.1828;RBI=0.014266;REFB=0;REVB=0.00194267;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393783;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 17339127 . T C 658.5 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0126231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.713;QD=56.0421;RBI=0.0301021;REFB=-0.0790431;REVB=0.0273276;RO=3;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350586;STB=0.518697;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.002729;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:17:27:1:2:17:27:1:2 chr11 17351683 . C G 48.81 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0240516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7858;QD=13.9464;RBI=0.0305922;REFB=-0.0708183;REVB=-0.0189052;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441607;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0761148;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:2:5:4:2:2:5:4:3 chr11 17352477 . TACA T 85.78 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0110162;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=3;MLLD=320.311;QD=8.36881;RBI=0.0177846;REFB=-0.00147164;REVB=0.0139619;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208002;STB=0.630291;STBP=0.345;TYPE=del;VARB=0.00332006;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:11:41:11:41:30:3:8:13:17:85:30:3:8:13:17 chr11 17408251 . G A 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0273626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.227;QD=13.4383;RBI=0.0435002;REFB=0.00550746;REVB=0.0338165;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0104671;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr11 17408404 . C T 145.71 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=44;FWDB=-0.003147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.717;QD=7.2856;RBI=0.00987351;REFB=-0.00662406;REVB=-0.00935856;RO=58;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274515;STB=0.666528;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0164459;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:11:10:15:43:11:10:15:44 chr11 17408630 . C T 278.46 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0168481;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=18.5637;RBI=0.0168903;REFB=-0.0101909;REVB=0.00119364;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602409;STB=0.53361;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0129282;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:30:30:30:0.5:14:16:18:12:14:16:18:12 chr11 17408796 . G A 348.08 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00247331;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3339;QD=24.8631;RBI=0.0768229;REFB=0.0326573;REVB=0.0767831;RO=24;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313198;STB=0.535693;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0232329;OID=.;OPOS=17408796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:24:22:34:34:0.607143:17:17:13:11:17:17:13:9 chr11 17409069 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0100005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.134;QD=15.5716;RBI=0.0188858;REFB=-0.00874138;REVB=-0.0160208;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316352;STB=0.677566;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00817177;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:1:10:8:3:1:10:9:3 chr11 17409572 . T C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00964017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.941;QD=26.4611;RBI=0.0114451;REFB=-0.0350589;REVB=0.00616899;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694597;STB=0.538432;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0239067;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:10:8:14:12:10:8 chr11 17418477 . C A 329.68 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0137313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3414;QD=20.9319;RBI=0.0137689;REFB=-0.0111864;REVB=-0.00101718;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131019;STB=0.564933;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0134051;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:14:20:12:16:14:20:13:16 chr11 17448704 . G A 155.55 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0360298;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.709;QD=14.4695;RBI=0.0445537;REFB=-0.0179043;REVB=0.0262084;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125103;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0297161;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:10:15:10:7:10:16 chr11 17449929 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0136814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.309;QD=10.1702;RBI=0.0422522;REFB=0.00372683;REVB=0.0399758;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00591986;OID=.;OPOS=17449929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:14:8:4:7:14:8 chr11 17452492 . G A 479.97 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00917634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.892;QD=22.5867;RBI=0.0536319;REFB=-0.018813;REVB=0.052841;RO=39;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604508;STB=0.527595;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0143992;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:39:45:46:0.541176:21:24:18:21:22:24:18:21 chr11 17522638 . G A 164.98 PASS AF=0.45;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0146855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.935;QD=16.4983;RBI=0.031893;REFB=-0.00628004;REVB=-0.0283108;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190132;STB=0.610988;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00751534;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:20:22:17:18:0.45:11:6:11:9:11:7:13:9 chr11 17542439 . T C,G 1188.7 PASS AF=0.880952,0.0952381;AO=71,10;DP=83;FAO=74,8;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=48,1;FSAR=26,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00856453,0.00619031;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.884,173.69;QD=56.6048;RBI=0.0248533,0.0296336;REFB=0.00406683,0.0442436;REVB=0.023331,0.0289799;RO=2;SAF=48,1;SAR=23,9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0393507,0.0896193;STB=0.518513,0.562356;STBP=0.078,0.667;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000170819,0.0807713;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:83:84:2:2:71,10:74,8:0.880952,0.0952381:23,9:48,1:0:2:26,7:48,1:0:2 chr11 17593709 . T C 870.88 PASS AF=0.508772;AO=88;DP=172;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00888173;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.854;QD=20.3716;RBI=0.0169198;REFB=-0.0231354;REVB=-0.0144012;RO=82;SAF=45;SAR=43;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742652;STB=0.537874;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.020162;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:82:84:88:87:0.508772:43:45:35:47:43:44:36:48 chr11 17596313 . G A 577.88 PASS AF=0.458647;AO=58;DP=131;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00868546;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.689;QD=17.3799;RBI=0.028519;REFB=-0.00473737;REVB=0.0271643;RO=71;SAF=45;SAR=13;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306175;STB=0.648749;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00740467;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:71:72:58:61:0.458647:13:45:36:35:15:46:37:35 chr11 17598187 . G A 101.26 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.001608;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.307;QD=16.2017;RBI=0.0227992;REFB=-0.0109595;REVB=-0.0227425;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271519;STB=0.660072;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00365545;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:10:2:5:8:10:2:5:8 chr11 17600033 . G A 898.34 PASS AF=0.54321;AO=87;DP=163;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=0.0243512;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1924;QD=22.1812;RBI=0.0373251;REFB=-0.0215714;REVB=0.0282876;RO=73;SAF=28;SAR=59;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305642;STB=0.665491;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0228715;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:73:74:87:88:0.54321:59:28:50:23:60:28:50:24 chr11 17615203 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00364299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.134;QD=14.2309;RBI=0.015398;REFB=-0.00701134;REVB=0.0149608;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109435;STB=0.50623;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00844837;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:17:19:14:12:17:19 chr11 17618490 . C T 429.23 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00569834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.134;QD=25.2486;RBI=0.0136711;REFB=-0.0368281;REVB=0.0124269;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131579;STB=0.507201;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.019833;OID=.;OPOS=17618490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:22:19:13:14:22:19:13:14 chr11 17627613 . G C 990.78 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.637;QD=58.2814;RBI=0.0574514;REFB=0;REVB=0.046848;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133122;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:27:38:0:0:29:39:0:0 chr11 17631751 . C T 286.17 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0266946;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.9271;QD=24.355;RBI=0.0387913;REFB=-0.0232265;REVB=0.0281453;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858791;STB=0.530364;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0531519;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:17:9:5:15:17:9:6:15 chr11 17632651 . C T 492.01 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0149932;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.693;QD=19.8793;RBI=0.0171672;REFB=-0.0188098;REVB=-0.00836168;RO=51;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622386;STB=0.534513;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0177208;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:51:48:48:0.484848:26:22:20:31:26:22:20:31 chr11 17656686 . C T 263.96 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0208964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9371;QD=15.3019;RBI=0.0244165;REFB=-0.010909;REVB=0.0126296;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259259;STB=0.530711;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.018509;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:17:13:17:20:17:13:19:20 chr11 17663444 . C T 443.79 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00730295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.011;QD=17.7517;RBI=0.0147946;REFB=-0.017308;REVB=0.0128665;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323624;STB=0.518108;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0208183;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:30:25:19:26:30:25 chr11 17663742 . G C 440.32 PASS AF=0.445455;AO=47;DP=108;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0158188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.344;QD=16.0115;RBI=0.0383212;REFB=-0.0323135;REVB=-0.0349039;RO=60;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153024;STB=0.512453;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0472301;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:60:61:47:49:0.445455:22:25:31:29:23:26:31:30 chr11 17795089 . G A 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0401589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.995;QD=23.9637;RBI=0.042119;REFB=0.00195476;REVB=-0.0126993;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017084;STB=0.509528;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00208556;OID=.;OPOS=17795089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:6:17:13:5:6:17:13:5 chr11 17948311 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.299;QD=58.2382;RBI=0.0208142;REFB=0;REVB=0.0185672;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60364e-05;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr11 18127530 . A ACCTCCT 92.89 PASS AF=0.179775;AO=14;DP=92;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0763671;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=6;MLLD=213.735;QD=4.1747;RBI=0.0776153;REFB=-0.0211512;REVB=-0.0138637;RO=73;SAF=4;SAR=10;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312342;STB=0.728031;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.0762267;OID=.;OPOS=18127531;OREF=-;OALT=CCTCCT;OMAPALT=ACCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179775:14:92:16:89:73:4:12:38:35:92:73:4:10:39:34 chr11 18159169 . A G 1662.2 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124085;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.411;QD=60.4436;RBI=0.0188554;REFB=0;REVB=-0.014197;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184725;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:44:64:0:0:46:64:0:0 chr11 18159254 . A G 1390.31 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00565055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.426;QD=53.9926;RBI=0.0391397;REFB=0.0292833;REVB=-0.0387297;RO=5;SAF=59;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190726;STB=0.510067;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00109709;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:5:5:98:98:0.951456:39:59:4:1:39:59:4:1 chr11 18194827 . C G 720.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.358;QD=56.5315;RBI=0.0439872;REFB=0;REVB=0.0306953;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240422;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr11 18194878 . T G 888.5 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311505;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7175;QD=58.2625;RBI=0.0315795;REFB=0;REVB=0.00518744;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304094;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr11 18194964 . A G 849.6 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3097;QD=57.6001;RBI=0.0512166;REFB=0;REVB=0.0127094;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335887;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr11 18195051 . T C 1179.28 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0267603;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.079;QD=59.7106;RBI=0.0443994;REFB=-0.125182;REVB=0.0354286;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000512395;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:29:49:0:0:29:49:0:1 chr11 18195448 . C T 1035.17 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030325;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.177;QD=60.0098;RBI=0.0350904;REFB=0;REVB=0.0176559;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434597;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr11 18210480 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.645;QD=39.2051;RBI=0.0849124;REFB=0;REVB=0.0779921;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837054;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 18231749 . T G 628.48 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1622;QD=61.3146;RBI=0.036734;REFB=0;REVB=0.0297423;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910812;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr11 18231915 . T C 327.39 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016055;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.475;QD=54.5656;RBI=0.0164074;REFB=0;REVB=-0.00338225;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97218e-05;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:13:11:0:0 chr11 18253176 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.563;QD=53.2717;RBI=0.0307822;REFB=0;REVB=0.0032028;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270041;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 18267027 . C T 1458.84 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0192465;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.522;QD=57.2092;RBI=0.03437;REFB=-0.0207662;REVB=0.0284758;RO=2;SAF=44;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210716;STB=0.511109;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-6.73302e-05;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:2:2:100:100:0.980392:56:44:2:0:56:44:2:0 chr11 18267463 . A G 228.0 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=-0.00190747;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9793;QD=13.8183;RBI=0.0336814;REFB=-0.041736;REVB=0.0336274;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=34;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235865;STB=0.631811;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0460793;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:34:5:8:19:34:5 chr11 18267471 . A G 342.47 PASS AF=0.5625;AO=34;DP=60;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0343665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.098;QD=21.4042;RBI=0.0418218;REFB=-0.0373488;REVB=-0.0238328;RO=26;SAF=30;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227345;STB=0.612391;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0119142;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:26:28:34:36:0.5625:4:30:19:7:5:31:20:8 chr11 18267478 . G A 90.07 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=9;FWDB=-0.0318733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.043;QD=5.90602;RBI=0.0527685;REFB=-0.00274012;REVB=0.0420548;RO=42;SAF=10;SAR=4;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155947;STB=0.596151;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0297772;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:42:47:14:14:0.229508:4:10:34:8:4:10:38:9 chr11 18291321 . T C 577.83 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0195173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.481;QD=18.4905;RBI=0.027409;REFB=-0.00995837;REVB=0.019244;RO=65;SAF=34;SAR=26;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122244;STB=0.506773;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0113515;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:26:34:36:29:26:34:36:29 chr11 18301129 . AG GA 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0268043;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.167;QD=22.1441;RBI=0.0268057;REFB=-0.00537619;REVB=0.000274385;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245494;STB=0.65117;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.00254572;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:10:7:9:3:10:7:10:3 chr11 18327684 . G T 197.09 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0181893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.047;QD=19.2285;RBI=0.0205337;REFB=-0.00866017;REVB=0.00952801;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194188;STB=0.609532;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0079295;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:14:7:11:9:14:7 chr11 18333436 . A T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0018606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.873;QD=21.065;RBI=0.0164708;REFB=-0.000640956;REVB=0.0163654;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074191;STB=0.541632;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000607751;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:14:10:12:12:14:10 chr11 18388122 . A C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0110856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.836;QD=21.6129;RBI=0.0174378;REFB=-0.0162666;REVB=-0.0134606;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141371;STB=0.50793;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0150615;OID=.;OPOS=18388122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:8:15:16:8:8:15 chr11 18424451 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.747;QD=60.7161;RBI=0.0228151;REFB=0;REVB=0.0209334;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55214e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr11 18424487 . A G 1079.75 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1577;QD=59.9859;RBI=0.00981991;REFB=0;REVB=-0.00176007;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73324e-05;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr11 18467821 . T C 1537.39 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251224;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.665;QD=62.7507;RBI=0.0328164;REFB=-0.0786335;REVB=0.0211135;RO=1;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106569;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=1.63954e-07;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:44:53:0:1:44:53:0:1 chr11 18555901 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.065;QD=62.3507;RBI=0.0191466;REFB=0;REVB=-0.00650773;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73354e-05;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr11 18555949 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.922;QD=57.1766;RBI=0.0296606;REFB=0;REVB=0.0085082;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40414e-05;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr11 18600322 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.107;QD=57.6803;RBI=0.0211525;REFB=0;REVB=0.0119862;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105442;OID=.;OPOS=18600322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 18724558 . C T 412.22 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0151122;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.273;QD=34.352;RBI=0.01555;REFB=0.000817241;REVB=0.00366378;RO=13;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475053;STB=0.50198;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.000426857;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:13:15:33:33:0.6875:13:20:9:4:13:20:9:6 chr11 18735396 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.038;QD=50.4134;RBI=0.0490999;REFB=0;REVB=0.0152834;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326635;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr11 18735947 . T C 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.345;QD=62.6575;RBI=0.0838174;REFB=0;REVB=0.0229804;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579186;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 18737095 . C T 1000.36 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.705;QD=57.992;RBI=0.046281;REFB=-0.0190993;REVB=0.0256955;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587811;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:1:0:66:69:1:35:31:0:1:36:33:0:0 chr11 18738281 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.131;QD=52.769;RBI=0.073689;REFB=-0.0254348;REVB=-0.0631179;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000433166;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr11 18764026 . G C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0159444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.638;QD=17.4276;RBI=0.0261388;REFB=-0.00680163;REVB=-0.0207126;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115324;STB=0.565285;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00905421;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:18:5:6:13:18:5 chr11 18956194 . T C 527.04 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0181652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.118;QD=21.9602;RBI=0.0183245;REFB=-0.00311896;REVB=0.00241156;RO=45;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764706;STB=0.509587;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00280256;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:46:50:50:0.520833:26:24:22:23:26:24:23:23 chr11 19167850 . A G 1400.23 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0161;QD=61.5485;RBI=0.03043;REFB=-0.0174517;REVB=-0.0214616;RO=1;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081028;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-6.53091e-05;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:58:32:0:1:58:32:0:1 chr11 19245854 . T C 964.31 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00382587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.434;QD=55.9022;RBI=0.0156123;REFB=-0.110048;REVB=0.0151363;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154888;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00246963;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:1:2:66:67:0.971014:36:30:1:0:37:30:1:1 chr11 19263361 . T A 57.03 PASS AF=0.124031;AO=6;DP=98;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=0.00317562;FXX=0.015266;HRUN=8;LEN=1;MLLD=150.636;QD=1.76846;RBI=0.0239724;REFB=-0.000530279;REVB=-0.0237611;RO=88;SAF=0;SAR=6;SRF=63;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641508;STB=0.94136;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0200006;OID=.;OPOS=19263361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:98:129:88:113:6:16:0.124031:6:0:63:25:15:1:66:47 chr11 19612775 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1332;QD=56.9365;RBI=0.0800449;REFB=0;REVB=-0.0183962;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443801;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr11 19735987 . A G 508.95 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0219723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.851;QD=21.6575;RBI=0.0222088;REFB=-0.0148207;REVB=-0.00323208;RO=45;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128596;STB=0.57102;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.012805;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:30:19:24:21:30:19:24:21 chr11 19799526 . CG C 658.41 PASS AF=0.459119;AO=67;DP=160;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.00133331;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.341;QD=16.5638;RBI=0.00385033;REFB=-0.0110876;REVB=-0.00361211;RO=90;SAF=21;SAR=46;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984997;STB=0.510874;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0128549;OID=.;OPOS=19799527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459119:67:160:73:159:86:32:41:36:50:99:90:21:46:36:54 chr11 19854078 . C T 665.98 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0099978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3322;QD=22.5755;RBI=0.0169405;REFB=-0.0201789;REVB=0.0136756;RO=53;SAF=30;SAR=35;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00719104;STB=0.503936;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.01623;OID=.;OPOS=19854078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:35:30:24:29:35:30:24:29 chr11 19901632 . G A 203.34 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.043739;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8104;QD=15.6418;RBI=0.0824728;REFB=-0.0447655;REVB=-0.0699189;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28628;STB=0.675184;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0458484;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:29:23:23:0.442308:10:13:7:20:10:13:7:22 chr11 19955500 . A G 1555.3 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00631337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.193;QD=62.8405;RBI=0.0082492;REFB=-0.138615;REVB=0.00530949;RO=0;SAF=62;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000151209;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:1:98:98:0.989899:36:62:0:0:36:62:0:1 chr11 19970558 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.578;QD=61.6783;RBI=0.00750965;REFB=0;REVB=-0.00635265;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71755e-06;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:13:28:0:0 chr11 19970579 . C G,T 1174.99 PASS AF=0.05,0.9375;AO=4,75;DP=81;FAO=4,75;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=3,45;FSAR=1,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00137365,0.00785212;FXX=0.0243873;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.4857,105.132;QD=58.7497;RBI=0.00995855,0.0231312;REFB=0.070734,-0.0314937;REVB=-0.00986336,0.0217577;RO=1;SAF=3,45;SAR=1,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119989,-0.0103994;STB=0.571096,0.505493;STBP=0.672,0.539;TYPE=snp,snp;VARB=0.163332,-0.000370507;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:81:80:1:1:4,75:4,75:0.05,0.9375:1,30:3,45:1:0:1,30:3,45:1:0 chr11 20065673 . G T 687.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.462;QD=62.4945;RBI=0.0530814;REFB=0;REVB=0.0527894;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30914e-05;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr11 20065779 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0205;QD=49.5984;RBI=0.0646676;REFB=0;REVB=-0.0230725;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131878;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 20067064 . C T 857.79 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403569;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.496;QD=56.2488;RBI=0.0417977;REFB=-0.130442;REVB=0.0108795;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000764052;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:21:39:0:0:21:39:1:0 chr11 20089725 . T C 849.97 PASS AF=0.548611;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0105395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4607;QD=23.6103;RBI=0.0109666;REFB=0.00934828;REVB=0.00303072;RO=65;SAF=42;SAR=37;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108396;STB=0.5592;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0100973;OID=.;OPOS=20089725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:65:65:79:79:0.548611:37:42:26:39:37:42:26:39 chr11 20089792 . G C 457.38 PASS AF=0.4;AO=51;DP=129;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.025059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0572;QD=14.0731;RBI=0.0301991;REFB=-0.0143276;REVB=-0.0168531;RO=77;SAF=25;SAR=26;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726118;STB=0.538447;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0189002;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:77:78:51:52:0.4:26:25:43:34:26:26:44:34 chr11 20089944 . T C 227.25 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0143455;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.713;QD=18.1803;RBI=0.0145286;REFB=-0.00553632;REVB=0.00229938;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607167;STB=0.503422;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00438883;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:15:11:10:14:15:11 chr11 20099112 . A T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.265;QD=58.4195;RBI=0.020136;REFB=0;REVB=0.0176852;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18665e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr11 20099541 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7798;QD=47.8209;RBI=0.136397;REFB=0;REVB=-0.00341067;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048512;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr11 20101704 . C T 1641.82 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.291;QD=60.2502;RBI=0.0424017;REFB=0;REVB=0.0357717;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08253e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:58:49:0:0:59:50:0:0 chr11 20101744 . C A 1029.44 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603911;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4264;QD=59.6778;RBI=0.00636616;REFB=0;REVB=0.00201425;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49129e-05;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr11 20112417 . A C 729.44 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.442;QD=57.2109;RBI=0.0425326;REFB=0;REVB=0.0423823;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99054e-05;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr11 20117232 . T C 1767.48 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.154;QD=59.9145;RBI=0.0352084;REFB=-0.0678485;REVB=0.03078;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.503999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00145498;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:118:0:1:116:117:0.991525:61:55:0:0:62:55:0:1 chr11 20124914 . A C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000133747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.481;QD=60.3749;RBI=0.00605939;REFB=0;REVB=0.00605791;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30645e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr11 20139937 . C T 242.48 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0133971;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.103;QD=18.6522;RBI=0.0134437;REFB=-0.00510602;REVB=-0.00111826;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115962;STB=0.557478;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00403696;OID=.;OPOS=20139937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:27:26:0.5:15:12:15:11:14:12:15:11 chr11 20140387 . A G 1307.18 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0354368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2376;QD=58.097;RBI=0.05595;REFB=-0.0572334;REVB=-0.0432971;RO=3;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121383;STB=0.506134;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00182141;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:90:3:3:86:87:0.966667:41:45:1:2:42:45:1:2 chr11 20140471 . A G 1396.97 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485456;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9659;QD=62.785;RBI=0.0488607;REFB=0;REVB=0.00554036;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662568;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr11 20142377 . GTCAC G 900.47 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032225;FXX=0.0757461;HRUN=1;LEN=4;MLLD=312.57;QD=59.0473;RBI=0.00998032;REFB=0;REVB=0.00944575;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.10616e-05;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:61:61:0:28:33:0:0:5:0:28:33:0:0 chr11 20142448 . T C 952.36 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0151284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7763;QD=54.4203;RBI=0.0337094;REFB=-0.109482;REVB=-0.0301241;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.511686;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00477317;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:70:1:3:67:67:0.957143:40:27:1:0:40:27:2:1 chr11 20429454 . T C 1355.06 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.7;QD=62.3016;RBI=0.0292897;REFB=0;REVB=0.0282182;RO=0;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71437e-05;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:25:60:0:0:27:60:0:0 chr11 20529886 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.24;QD=60.2039;RBI=0.0427889;REFB=0;REVB=-0.0421363;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30692e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr11 20622975 . G A 206.28 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0467743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3269;QD=17.5556;RBI=0.0710318;REFB=-0.0184747;REVB=0.0534574;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.539839;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0179224;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:13:13:9:12:13:13 chr11 20623023 . C T 249.66 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0035667;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.403;QD=18.4935;RBI=0.0235809;REFB=-0.0119434;REVB=0.0233096;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19945;STB=0.626877;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0129754;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:27:27:27:0.5:10:17:23:5:10:17:23:4 chr11 20623042 . T C 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.973;QD=56.9958;RBI=0.0263868;REFB=0;REVB=0.00421655;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48757e-05;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr11 20623155 . GC G,GG 989.27 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=8,59;DP=68;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391353,-0.0268334;FXX=0.0147037;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.1068,47.6285;QD=59.0606;RBI=0.0584781,0.165212;REFB=0,0;REVB=0.0434525,0.163019;RO=0;SAF=0,23;SAR=8,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0166418,0.00133202;OID=.,.;OPOS=20623156,20623156;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:8,59:68:1,66:67:0:0,23:1,43:0:0:3:0:0,23:8,36:0:0 chr11 20629164 . G A 422.35 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0558542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.972;QD=20.8566;RBI=0.0558743;REFB=-0.00134138;REVB=-0.00149977;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649878;STB=0.503595;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00127527;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:24:18:17:22:24:18:17:22 chr11 20639400 . A G,T 1488.63 PASS AF=0.980198,0.019802;AO=97,4;DP=102;FAO=99,2;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47,2;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463369,-0.0659182;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4742,108.171;QD=58.9558;RBI=0.00817474,0.074514;REFB=0,0;REVB=-0.00673463,-0.0347436;RO=0;SAF=46,3;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00285109,0.0865231;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:102:101:0:0:97,4:99,2:0.980198,0.019802:51,1:46,3:0:0:52,0:47,2:0:0 chr11 20673867 . G A 646.2 PASS AF=0.427711;AO=70;DP=167;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0211487;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.904;QD=15.5711;RBI=0.0258533;REFB=-0.00863791;REVB=0.0148702;RO=92;SAF=38;SAR=32;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215869;STB=0.519284;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00997338;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:92:95:70:71:0.427711:32:38:48:44:32:39:49:46 chr11 20676319 . G A 308.98 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00293659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.737;QD=13.5813;RBI=0.00492515;REFB=-0.0120488;REVB=-0.00395392;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173708;STB=0.600463;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0135759;OID=.;OPOS=20676319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:54:56:35:35:0.384615:12:23:27:27:12:23:28:28 chr11 20805286 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.675;QD=56.7065;RBI=0.0118535;REFB=0;REVB=0.0115996;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61213e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 21305927 . T C 1680.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121178;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.442;QD=60.5495;RBI=0.0207084;REFB=0;REVB=0.0167927;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3474e-05;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:112:111:1:56:56:0:0:56:55:0:0 chr11 22696451 . A G 427.95 PASS AF=0.468085;AO=37;DP=86;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00183248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.16;QD=18.2106;RBI=0.0131952;REFB=-0.0241129;REVB=0.0130674;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857506;STB=0.580546;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.044293;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:49:50:37:44:0.468085:19:18:28:21:26:18:28:22 chr11 22709973 . C A 1779.72 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216681;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5016;QD=60.3295;RBI=0.0229759;REFB=-0.0703216;REVB=0.00764117;RO=1;SAF=57;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825949;STB=0.504347;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000306067;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:60:57:1:0:60:57:1:0 chr11 22834189 . C T 312.57 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00719766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7278;QD=14.371;RBI=0.0557771;REFB=-0.0205053;REVB=-0.0553108;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176768;STB=0.599945;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0133059;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:17:18:18:34:17:18:18:34 chr11 22881002 . C T 1461.34 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153774;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.402;QD=62.1847;RBI=0.0166909;REFB=-0.0475525;REVB=-0.00649031;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101954;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000204862;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:46:47:0:1:46:47:0:1 chr11 24759855 . G A 245.14 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00861096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5014;QD=15.5643;RBI=0.0103881;REFB=-0.0210041;REVB=0.00581076;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847418;STB=0.547911;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0192185;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:17:18:12:16:17:18 chr11 24784862 . A T 2172.58 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.162;QD=62.9735;RBI=0.0510998;REFB=0;REVB=0.0185658;RO=0;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32647e-05;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:71:65:0:0:71:67:0:0 chr11 25098938 . G C 2952.74 PASS AF=1;AO=173;DP=175;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105021;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2534;QD=63.1603;RBI=0.106518;REFB=0;REVB=-0.017794;RO=0;SAF=57;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170042;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:175:187:0:0:173:187:1:116:57:0:0:117:70:0:0 chr11 26481611 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.941;QD=55.0987;RBI=0.0217097;REFB=0;REVB=0.0185477;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88092e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr11 26568966 . A G 577.29 PASS AF=0.430556;AO=60;DP=143;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0133376;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7375;QD=16.0358;RBI=0.0258444;REFB=-0.0122333;REVB=-0.0221369;RO=82;SAF=24;SAR=36;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129481;STB=0.569724;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0182009;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:82:82:60:62:0.430556:36:24:43:39:37:25:43:39 chr11 26586801 . G A 643.84 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0210724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.368;QD=17.8846;RBI=0.0260532;REFB=-0.00838634;REVB=0.0153207;RO=77;SAF=33;SAR=33;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566791;STB=0.527769;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00986313;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:77:78:66:66:0.458333:33:33:34:43:33:33:35:43 chr11 26587133 . T C 612.59 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0548652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.41;QD=21.6846;RBI=0.0551735;REFB=-0.0251244;REVB=0.0058247;RO=49;SAF=30;SAR=31;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647308;STB=0.539118;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0148992;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:52:61:61:0.539823:31:30:28:21:31:30:30:22 chr11 26587423 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0236231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6992;QD=11.0209;RBI=0.0966438;REFB=-0.0121308;REVB=0.0937122;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.66603;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0216622;OID=.;OPOS=26587423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:5:3:1:5:5:3 chr11 26621117 . A C 822.34 PASS AF=0.459893;AO=85;DP=186;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00230154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.741;QD=17.5902;RBI=0.0129585;REFB=-0.0170552;REVB=-0.0127524;RO=100;SAF=41;SAR=44;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512476;STB=0.528526;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0188045;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:100:101:85:86:0.459893:44:41:43:57:44:42:44:57 chr11 26677947 . C T 518.78 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0117338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0708;QD=16.601;RBI=0.0178689;REFB=0.0178802;REVB=0.0134766;RO=68;SAF=31;SAR=25;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199094;STB=0.514637;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0196296;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:69:56:56:0.448:25:31:39:29:25:31:40:29 chr11 26692733 . T C 466.13 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0084239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3889;QD=15.2829;RBI=0.008433;REFB=0.0273198;REVB=0.000391802;RO=70;SAF=26;SAR=26;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438324;STB=0.524581;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0376955;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:26:26:32:38:26:26:32:38 chr11 26692742 . G A 439.95 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0208138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.562;QD=14.5439;RBI=0.0279627;REFB=0.00434419;REVB=-0.0186735;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041082;STB=0.528914;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00539989;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:71:49:50:0.413223:25:24:32:39:25:25:32:39 chr11 26702664 . C T 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3748;QD=63.6114;RBI=0.0344067;REFB=0;REVB=-0.0241172;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311435;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr11 26743115 . G A 343.25 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0205665;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.328;QD=18.554;RBI=0.0222741;REFB=0.0019433;REVB=-0.00855301;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454749;STB=0.517232;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00214927;OID=.;OPOS=26743115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:38:36:36:0.486486:22:14:17:22:22:14:16:22 chr11 27017607 . C G 467.32 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.019392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.893;QD=15.4486;RBI=0.0278612;REFB=-0.0021312;REVB=0.0200049;RO=68;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115418;STB=0.559619;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00344501;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:27:25:25:43:27:25:26:43 chr11 27018019 . G A 377.93 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00144699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.764;QD=26.9947;RBI=0.0482466;REFB=-0.00500922;REVB=-0.0482249;RO=20;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024749;STB=0.513506;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00258357;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:12:24:14:6:12:24:14:6 chr11 27018626 . G A 201.0 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00330374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.777;QD=15.17;RBI=0.00662889;REFB=-0.0075663;REVB=0.00574695;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216143;STB=0.512305;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00860743;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:11:12:15:15:11:12:15:15 chr11 27076977 . C T 244.01 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00488476;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5402;QD=15.0161;RBI=0.00488544;REFB=-0.00371444;REVB=8.16466e-05;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688066;STB=0.539043;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0091562;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:11:17:20:17:11:17:20:17 chr11 27077118 . C T 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.477;QD=58.227;RBI=0.0122466;REFB=-0.0284805;REVB=0.00516519;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=8.50326e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:0:1:33:38:0:1 chr11 27114788 . C T 314.83 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00465428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.679;QD=14.8156;RBI=0.0386919;REFB=-0.0171517;REVB=-0.038411;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219497;STB=0.611233;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0222791;OID=.;OPOS=27114788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:35:35:0.411765:20:15:31:17:20:15:31:19 chr11 27388910 . T C 475.57 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000609712;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.571;QD=20.4547;RBI=0.00240157;REFB=-0.0355994;REVB=0.00232288;RO=46;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117287;STB=0.569054;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0291046;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:46:47:0.505376:25:21:27:19:26:21:27:19 chr11 27390089 . T C 1022.5 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.945;QD=58.4283;RBI=0.0750134;REFB=0;REVB=-0.073796;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276188;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:33:35:0:0:35:35:0:0 chr11 27517670 . T C 548.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.506;QD=59.2925;RBI=0.0398938;REFB=0;REVB=0.0105929;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758868;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr11 27679662 . T C 1195.05 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.012;QD=59.7523;RBI=0.0452935;REFB=-0.123618;REVB=0.0253787;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000457728;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:46:32:0:0:46:33:0:1 chr11 27679916 . C T 518.51 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0167602;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.962;QD=25.293;RBI=0.0183043;REFB=-0.019358;REVB=-0.00735804;RO=34;SAF=28;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268858;STB=0.5147;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00711903;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:20:28:21:13:20:28:21:13 chr11 28057820 . C T 765.94 PASS AF=0.503401;AO=73;DP=148;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00703085;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4262;QD=20.842;RBI=0.0255939;REFB=0.000216781;REVB=-0.0246092;RO=74;SAF=35;SAR=38;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431034;STB=0.517269;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000533988;OID=.;OPOS=28057820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:74:73:73:74:0.503401:38:35:32:42:39:35:32:41 chr11 28134974 . C A 182.15 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00533353;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.718;QD=7.66936;RBI=0.0110485;REFB=-0.00136714;REVB=0.00967586;RO=71;SAF=14;SAR=11;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184159;STB=0.616189;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00403071;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:71:70:25:25:0.263158:11:14:29:42:11:14:28:42 chr11 30255185 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.303;QD=57.5452;RBI=0.0330745;REFB=0;REVB=0.0329696;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38677e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr11 31458730 . T G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0722;QD=51.1828;RBI=0.0174538;REFB=0;REVB=0.00270767;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631594;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 31838128 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.37;QD=64.1519;RBI=0.0311473;REFB=0;REVB=0.00985858;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127855;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr11 32124579 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0185819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.523;QD=16.7848;RBI=0.0276271;REFB=0.0003267;REVB=-0.0204444;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445573;STB=0.52507;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.000573552;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:18:11:14:19:18:11:14:19 chr11 32124978 . T C 99.73 PASS AF=0.26;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0178173;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7066;QD=7.97865;RBI=0.0279473;REFB=0.00134688;REVB=0.0215313;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190693;STB=0.616848;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00155517;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:37:37:13:13:0.26:6:7:14:23:6:7:14:23 chr11 32125961 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00457446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.432;QD=12.7914;RBI=0.0373623;REFB=-0.0159495;REVB=-0.0370812;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0192477;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:10:13:7:7:10:13 chr11 32635180 . GT G,TG 44.49 PASS AF=0.296875,0;AO=16,3;DP=63;FAO=19,0;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=3,0;FSAR=16,0;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.156051,0.0196707;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=6.87224,44.1529;QD=2.78049;RBI=0.163538,0.0588613;REFB=-0.102389,-0.0225549;REVB=0.0489162,-0.0554772;RO=36;SAF=3,1;SAR=13,2;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.453842,-0.218836;STB=0.773372,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.138504,0.0267062;OID=.,.;OPOS=32635181,32635180;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:63:64:36:45:16,3:19,0:0.296875,0:13,2:3,1:20:16:16,0:3,0:22:23 chr11 32635932 . T C 340.47 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0128285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.41;QD=15.6537;RBI=0.0178299;REFB=-0.0176678;REVB=-0.0123828;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137099;STB=0.576884;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0185002;OID=.;OPOS=32635932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:15:22:36:14:15:22:36:14 chr11 32657266 . T C 273.1 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00800496;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.445;QD=14.7621;RBI=0.0105762;REFB=-0.0080379;REVB=0.00691204;RO=42;SAF=10;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323879;STB=0.677305;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0228086;OID=.;OPOS=32657266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:21:10:27:15:21:10:27:16 chr11 32722320 . A T 420.94 PASS AF=0.383117;AO=52;DP=143;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0106969;FXX=0.0064512;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.1805;QD=10.9335;RBI=0.027724;REFB=-0.0451313;REVB=0.0255772;RO=91;SAF=28;SAR=24;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746132;STB=0.529402;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0419711;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:154:91:95:52:59:0.383117:24:28:55:36:27:32:56:39 chr11 32874926 . G A 799.94 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.937;QD=56.1364;RBI=0.0270177;REFB=0;REVB=0.0261053;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884187;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:30:27:0:0 chr11 32954344 . G A 779.32 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00485467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3406;QD=54.6893;RBI=0.0259177;REFB=-0.094377;REVB=0.025459;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00146898;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:1:0:30:26:1:0 chr11 32956244 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2875;QD=49.5964;RBI=0.043298;REFB=0;REVB=-0.00141494;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130366;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr11 32956620 . A G 770.55 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00601816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.161;QD=55.0394;RBI=0.0178573;REFB=-0.078034;REVB=-0.0168127;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000204468;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:24:31:0:0:24:31:1:0 chr11 33053107 . C T 263.48 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00900325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6965;QD=17.5654;RBI=0.0377162;REFB=-0.0116705;REVB=-0.0366259;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900336;STB=0.550424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0147444;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:15:14:18:13:15:14:18:13 chr11 33054958 . A G 301.38 PASS AF=0.532258;AO=31;DP=60;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0104714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4248;QD=19.4438;RBI=0.0109483;REFB=-0.00372523;REVB=0.00319595;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144804;STB=0.561366;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0100691;OID=.;OPOS=33054958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:29:31:33:0.532258:18:13:17:12:18:15:17:12 chr11 33065394 . C T 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0208184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.14;QD=21.892;RBI=0.0235673;REFB=-0.000739675;REVB=-0.0110458;RO=28;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101902;STB=0.556418;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000580908;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:24:11:12:16:24:11:12:16 chr11 33076191 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.708;QD=59.8389;RBI=0.044072;REFB=0;REVB=0.0166765;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549893;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 33078251 . A T 508.31 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0193792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.032;QD=26.0671;RBI=0.021297;REFB=-0.00580463;REVB=0.00883241;RO=31;SAF=33;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100643;STB=0.555116;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0040286;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:14:33:18:13:14:33:18:13 chr11 33564123 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.996;QD=50.413;RBI=0.0168738;REFB=0;REVB=0.012125;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05439e-06;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 33565593 . C T 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.759;QD=62.9774;RBI=0.0239547;REFB=0;REVB=0.0198025;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261323;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 33581306 . G A 892.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3169;QD=57.5719;RBI=0.0136777;REFB=0;REVB=0.011929;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453939;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:37:25:0:0 chr11 33631376 . T C 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0190962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.783;QD=20.9183;RBI=0.0256241;REFB=-0.00862643;REVB=-0.017086;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361301;STB=0.699874;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00756522;OID=.;OPOS=33631376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:10:21:6:20:10:21:6:20 chr11 33631423 . G A 341.98 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0058739;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.189;QD=17.765;RBI=0.0183687;REFB=-0.0107425;REVB=0.0174042;RO=43;SAF=11;SAR=25;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336748;STB=0.710617;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00967465;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:43:41:36:36:0.467532:25:11:28:15:25:11:29:12 chr11 33640104 . A C 314.33 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00122043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.836;QD=17.2238;RBI=0.00428786;REFB=-0.0249698;REVB=0.00411051;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137421;STB=0.576878;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0252154;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:24:15:18:16:24:15 chr11 33667279 . GCCCCGGGGC GCCCCGGGC,GCCCCGGGCG,GCCCGGGC,GCCCGGGGC 118.56 PASS AF=0.210526,0.0263158,0.315789,0.105263;AO=6,2,13,6;DP=39;FAO=8,1,12,4;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,11,3;FSAR=8,1,1,1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00119425,-0.0698856,-0.0266326,-0.0504586;FXX=0.0256345;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,2,2,1;MLLD=10.1213,121.799,15.0519,10.5742;QD=12.4802;RBI=0.157104,0.0786787,0.0880919,0.0506521;REFB=-0.205915,-0.00384017,-0.193742,-0.167189;REVB=-0.157099,-0.0361434,-0.0839696,-0.00442322;RO=9;SAF=1,0,11,5;SAR=5,2,2,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.372093,0.372093;SSSB=-0.33738,-0.565098,0.379544,0.426681;STB=0.998333,0.990155,0.809866,0.676478;STBP=0,0.486,0.025,0.502;TYPE=del,mnp,del,del;VARB=0.182028,0.137598,0.165023,0.123745;OID=.,.,.,.;OPOS=33667284,33667287,33667283,33667280;OREF=G,GC,CG,C;OALT=-,CG,-,-;OMAPALT=GCCCCGGGC,GCCCCGGGCG,GCCCGGGC,GCCCGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.210526,0.0263158,0.315789,0.105263:6,2,13,6:39:8,1,12,4:38:13:0,0,11,3:8,1,1,1:7:6:53:9:1,0,11,5:5,2,2,1:4:5 chr11 33667333 . A G 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0110021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.263;QD=22.9816;RBI=0.0160234;REFB=-0.00443197;REVB=-0.0116492;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00241011;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:12:13:11:9:12:13:13:9 chr11 33689652 . G A 295.72 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00987502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.075;QD=21.9055;RBI=0.0462817;REFB=-0.0346545;REVB=0.0452159;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603097;STB=0.529957;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.021502;OID=.;OPOS=33689652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:30:31:0.574074:14:16:10:12:14:17:11:12 chr11 33763580 . TTCC T 59.69 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0433373;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.525;QD=12.5663;RBI=0.0466004;REFB=-0.0218823;REVB=-0.0171311;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.580431;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.0254533;OID=.;OPOS=33763581;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:17:8:19:11:2:6:4:7:59:8:2:6:1:7 chr11 33886294 . A G 399.61 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0249217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.597;QD=15.3697;RBI=0.0263375;REFB=-0.00333683;REVB=-0.00851898;RO=59;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740047;STB=0.541467;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00402279;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:25:20:22:37:25:20:22:37 chr11 34093349 . AT A 1076.55 PASS AF=1;AO=97;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151892;FXX=0.0166653;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.7066;QD=36.4931;RBI=0.256351;REFB=0.00515689;REVB=0.206505;RO=9;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.0616519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000527915;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:120:118:118:0:55:63:0:0:17:9:48:49:1:8 chr11 34122369 . G T 1553.23 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00808871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.705;QD=62.7569;RBI=0.0221915;REFB=-0.049222;REVB=-0.0206649;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-1.65726e-05;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:50:48:0:0:50:48:1:0 chr11 34152939 . T C 1196.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000763708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.354;QD=60.6037;RBI=0.0831058;REFB=0;REVB=0.0831023;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139902;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr11 34154641 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.1176;QD=53.9044;RBI=0.0561855;REFB=0;REVB=0.0341808;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021501;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 34378381 . G C 771.85 PASS AF=0.513158;AO=77;DP=151;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.02918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0097;QD=20.3119;RBI=0.0326612;REFB=-0.0192125;REVB=0.0146723;RO=73;SAF=34;SAR=43;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287614;STB=0.501715;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0156955;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:73:74:77:78:0.513158:43:34:32:41:44:34:32:42 chr11 34482908 . C T 1034.04 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578802;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.969;QD=59.9445;RBI=0.0626733;REFB=0;REVB=0.024038;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757318;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr11 34501596 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.572;QD=56.9989;RBI=0.0401479;REFB=0;REVB=0.0155913;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157658;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 34643955 . G A 494.21 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0595365;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.922;QD=17.3407;RBI=0.0635858;REFB=-0.0170263;REVB=-0.0223283;RO=56;SAF=27;SAR=26;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124267;STB=0.552071;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0252975;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:61:53:53:0.464912:26:27:36:20:26:27:37:24 chr11 34680634 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.469;QD=54.6363;RBI=0.0249877;REFB=0.130001;REVB=-0.0175033;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00104203;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:0:1:22:29:0:1 chr11 34680853 . G T 1055.63 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.765;QD=59.4718;RBI=0.0316404;REFB=0;REVB=0.0297675;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29751e-05;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:36:35:0:0 chr11 34909926 . T G 1026.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.138;QD=59.5102;RBI=0.0165235;REFB=0;REVB=0.015718;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94823e-06;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr11 34910397 . C T 1406.51 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140001;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.623;QD=63.2141;RBI=0.0375824;REFB=0;REVB=0.0348775;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134952;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr11 34918375 . A G 753.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150111;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.641;QD=64.1231;RBI=0.0172648;REFB=0;REVB=-0.00852881;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244159;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 34937813 . G A 1572.14 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.982;QD=59.8911;RBI=0.0366334;REFB=0;REVB=0.0200805;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41361e-05;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:58:45:0:0:59:46:0:0 chr11 34937931 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.513;QD=55.656;RBI=0.0231627;REFB=0;REVB=0.0162144;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86282e-06;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr11 34938265 . C T 1728.69 PASS AF=0.991736;AO=115;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.195;QD=57.1469;RBI=0.0242482;REFB=-0.175311;REVB=0.0181492;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078492;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000477565;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:121:1:1:115:120:0.991736:55:60:1:0:55:65:1:0 chr11 34963416 . T C 1543.04 PASS AF=1;AO=87;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.732;QD=62.9813;RBI=0.0234665;REFB=0;REVB=0.0232284;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29604e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:87:98:1:54:33:0:0:57:41:0:0 chr11 34991727 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1533;QD=58.1412;RBI=0.0341656;REFB=0;REVB=0.0323815;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707166;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 34999745 . C G 635.91 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202357;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.875;QD=62.0397;RBI=0.0235632;REFB=0;REVB=-0.0120724;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92682e-05;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 35017205 . G T 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.319;QD=54.8238;RBI=0.0197118;REFB=-0.0737496;REVB=0.00326143;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000780234;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:1:0:28:22:1:0 chr11 35017363 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.181;QD=55.0979;RBI=0.0327297;REFB=0;REVB=-0.00101834;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129975;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 35226155 . A G 1194.53 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.573;QD=59.7267;RBI=0.0211771;REFB=-0.10061;REVB=0.0179273;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=9.33508e-06;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:38:40:0:0:38:41:1:0 chr11 35229673 . T C 993.91 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210996;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.165;QD=59.3379;RBI=0.0524445;REFB=0;REVB=0.0480128;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196557;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr11 35274829 . A G 3088.98 PASS AF=0.995122;AO=201;DP=206;FAO=204;FDP=205;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0644753;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0464;QD=60.2728;RBI=0.101715;REFB=-0.059747;REVB=0.0786697;RO=3;SAF=96;SAR=105;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134117;STB=0.502325;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000792768;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:206:205:3:1:201:204:0.995122:105:96:0:3:107:97:0:1 chr11 35641312 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.034477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.767;QD=10.0338;RBI=0.0346891;REFB=-0.0119885;REVB=0.00383014;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0448506;OID=.;OPOS=35641312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr11 35641844 . GCC GC,G 559.86 PASS AF=1,0;AO=61,10;DP=82;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101701,0.0517542;FXX=0.0119033;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.75969,9.05202;QD=26.9814;RBI=0.216348,0.109587;REFB=-0.00618402,-0.00974966;REVB=-0.190954,-0.096596;RO=8;SAF=37,5;SAR=24,5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.091805,-0.394745;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00107692,-0.0502748;OID=.,.;OPOS=35641845,35641845;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:61,10:82:83,0:83:0:52,0:31,0:0:0:10:8:37,5:24,5:8:0 chr11 35827958 . A G 521.15 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0310607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.272;QD=19.666;RBI=0.0333975;REFB=-0.00937537;REVB=0.0122732;RO=52;SAF=33;SAR=21;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139277;STB=0.507689;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00944033;OID=.;OPOS=35827958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:21:33:31:21:21:33:31:21 chr11 36103228 . A G 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00446519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.06;QD=14.6853;RBI=0.0363467;REFB=0.0088764;REVB=0.0360714;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139396;STB=0.507903;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00548074;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:20:23:17:14:20:23 chr11 36422792 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.289;QD=55.0968;RBI=0.0198015;REFB=0;REVB=0.0163703;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96815e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr11 36484208 . T C 1324.81 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295438;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.135;QD=62.344;RBI=0.0534103;REFB=0;REVB=0.0444953;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108063;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:50:34:0:0:50:35:0:0 chr11 36595600 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5558;QD=39.2068;RBI=0.208735;REFB=0;REVB=0.0286574;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169566;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 36597313 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0523;QD=60.6099;RBI=0.0163073;REFB=0;REVB=0.00588956;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361516;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 36601170 . G A 1534.09 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.323;QD=62.6158;RBI=0.0171466;REFB=-0.113823;REVB=-0.0105289;RO=1;SAF=58;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810761;STB=0.504273;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000546992;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:39:58:1:0:39:58:1:0 chr11 40137543 . T C 1875.65 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.956;QD=61.4968;RBI=0.0201831;REFB=0;REVB=0.01583;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69399e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:64:56:0:0:66:56:0:0 chr11 41144553 . C T 1191.18 PASS AF=0.429054;AO=127;DP=296;FAO=127;FDP=296;FR=.;FRO=169;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=83;FSRR=86;FWDB=-0.0576113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7046;QD=16.097;RBI=0.0616934;REFB=-0.00564917;REVB=0.0220684;RO=169;SAF=71;SAR=56;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700445;STB=0.538965;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00661237;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:169:169:127:127:0.429054:56:71:83:86:56:71:83:86 chr11 43911365 . T C 973.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.925;QD=58.9799;RBI=0.0278405;REFB=0;REVB=0.0159428;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46846e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr11 43940644 . G T 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00876485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.534;QD=58.0312;RBI=0.0101445;REFB=-0.0334762;REVB=0.00510769;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.507461;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000159351;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:69:70:0.985915:33:36:0:0:33:37:0:1 chr11 43941471 . C T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0323931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1715;QD=13.9474;RBI=0.0336213;REFB=0.00233739;REVB=0.00900449;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376303;STB=0.711552;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00589526;OID=.;OPOS=43941471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:4:13:11:15:4:13:12:15 chr11 43946967 . A G 1509.71 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8774;QD=63.5667;RBI=0.04068;REFB=0;REVB=0.0124772;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370367;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr11 43947990 . T C 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4975;QD=52.7642;RBI=0.0494912;REFB=0.0689379;REVB=-0.0164405;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00304312;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr11 44080210 . T C 1171.77 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.995;QD=60.8713;RBI=0.0614946;REFB=0;REVB=0.0504609;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181128;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr11 44089352 . G A 497.82 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00678445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.697;QD=18.1026;RBI=0.0292722;REFB=-0.00539607;REVB=0.0284752;RO=56;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220048;STB=0.506818;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00792469;OID=.;OPOS=44089352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:57:53:53:0.481818:30:23:23:33:30:23:24:33 chr11 44096238 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.927;QD=57.6804;RBI=0.0622925;REFB=0;REVB=-0.000781134;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302377;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr11 44101118 . C T 354.74 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00968507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.809;QD=15.0953;RBI=0.0101266;REFB=-0.001749;REVB=0.00295749;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163273;STB=0.511056;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00361868;OID=.;OPOS=44101118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:55:38:39:0.414894:17:21:29:25:17:22:30:25 chr11 44104981 . C T 994.24 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000507876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.148;QD=57.6373;RBI=0.0200706;REFB=-0.0755869;REVB=0.0200642;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000229328;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:30:38:0:0:30:38:0:1 chr11 44129290 . C A 432.28 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0123697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.847;QD=13.5088;RBI=0.0123698;REFB=-0.00410615;REVB=6.02046e-05;RO=75;SAF=29;SAR=21;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050365;STB=0.533616;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00506394;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:78:50:50:0.390625:21:29:40:35:21:29:41:37 chr11 44286566 . G A 303.4 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00532275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.075;QD=17.8468;RBI=0.0121878;REFB=-0.0306282;REVB=0.0109641;RO=35;SAF=9;SAR=23;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068451;STB=0.523795;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0245549;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:23:9:12:23:23:10:12:23 chr11 44297054 . T C 2331.87 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.333;QD=63.8867;RBI=0.0214845;REFB=0;REVB=0.0199809;RO=0;SAF=79;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03079e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:67:79:0:0:67:79:0:0 chr11 44331309 . G A 105.93 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0121044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2084;QD=21.1857;RBI=0.0954949;REFB=-0.0263048;REVB=0.0947247;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0224742;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:3:5:4:8:3:5 chr11 44331509 . C G 353.23 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0202616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.623;QD=21.0882;RBI=0.0202624;REFB=-0.0149758;REVB=-0.000171463;RO=29;SAF=10;SAR=25;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455602;STB=0.507183;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0103831;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:29:31:35:36:0.537313:25:10:7:22:26:10:9:22 chr11 44636839 . C T 2677.47 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098604;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.745;QD=62.2667;RBI=0.0129552;REFB=0;REVB=0.00840296;RO=0;SAF=91;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75042e-06;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:81:91:0:0:81:91:0:0 chr11 44640640 . C G 2506.9 PASS AF=1;AO=162;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122503;FXX=0.017963;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.26;QD=61.144;RBI=0.0386562;REFB=0;REVB=0.0366637;RO=0;SAF=100;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135421;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:162:164:1:62:100:0:0:63:101:0:0 chr11 44925359 . C CT,T 1073.69 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=67,4;DP=76;FAO=72,2;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824202,-0.0121106;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=28.3928,11.4384;QD=58.0374;RBI=0.0962894,0.0655299;REFB=0,0;REVB=-0.095936,-0.0644011;RO=4;SAF=11,3;SAR=56,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104551,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0025995,0.0187663;OID=.,.;OPOS=44925360,44925359;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:76:74:4:0:67,4:72,2:0.972973,0.027027:56,1:11,3:3:1:59,0:13,2:0:0 chr11 45670395 . C T 201.39 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.037227;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1547;QD=15.199;RBI=0.0484592;REFB=-0.0221795;REVB=-0.0310233;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159552;STB=0.574404;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0241585;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:22:23:0.433962:13:9:16:12:13:10:17:13 chr11 45672261 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00278921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.847;QD=25.8142;RBI=0.0399286;REFB=0.00226633;REVB=-0.0398311;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196986;STB=0.599284;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00309035;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:17:10:12:7:17:10:12:8 chr11 45793154 . A C 332.17 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.000836303;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1514;QD=13.6976;RBI=0.0574979;REFB=-0.00734175;REVB=-0.0574918;RO=60;SAF=21;SAR=16;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556961;STB=0.521433;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0103643;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:60:60:37:37:0.381443:16:21:31:29:16:21:32:28 chr11 45793218 . G C 1340.93 PASS AF=0.92381;AO=96;DP=104;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0271583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2383;QD=51.0832;RBI=0.053644;REFB=-0.180616;REVB=0.0462613;RO=8;SAF=48;SAR=48;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545548;STB=0.528192;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0118692;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:104:105:8:8:96:97:0.92381:48:48:1:7:49:48:1:7 chr11 45827350 . A G 487.24 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0263693;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1845;QD=16.3778;RBI=0.0295956;REFB=-0.01397;REVB=-0.0134372;RO=66;SAF=29;SAR=24;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319544;STB=0.51785;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0162947;OID=.;OPOS=45827350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:66:66:53:53:0.445378:24:29:34:32:24:29:34:32 chr11 45834198 . T C 152.43 PASS AF=0.25;AO=13;DP=89;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00944953;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.296;QD=6.92871;RBI=0.0180539;REFB=-0.00936558;REVB=-0.0153834;RO=58;SAF=0;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.740979;STB=0.60176;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0172637;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:58:66:13:22:0.25:13:0:31:27:13:9:36:30 chr11 45834201 . C T 173.49 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00667139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.276;QD=7.79747;RBI=0.0122091;REFB=-0.00866288;REVB=-0.0102252;RO=65;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147741;STB=0.588711;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0204124;OID=.;OPOS=45834201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:65:24:24:0.269663:14:10:35:30:14:10:35:30 chr11 45848227 . A G 59.13 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00578217;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.013;QD=2.2103;RBI=0.00579578;REFB=-0.00440014;REVB=-0.000396855;RO=95;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023972;STB=0.513023;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0294075;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:108:107:95:94:13:13:0.121495:7:6:42:53:7:6:42:52 chr11 45848232 . T C 57.53 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.0220011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4842;QD=2.09204;RBI=0.0259101;REFB=-0.00985112;REVB=-0.0136851;RO=94;SAF=6;SAR=7;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313702;STB=0.525385;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0275414;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:110:94:97:13:13:0.118182:7:6:41:53:7:6:42:55 chr11 45848271 . A G 123.86 PASS AF=0.196262;AO=21;DP=107;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00187136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.138;QD=4.63008;RBI=0.0282748;REFB=-0.00401832;REVB=-0.0282128;RO=86;SAF=6;SAR=15;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19758;STB=0.626695;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0147904;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:86:86:21:21:0.196262:15:6:37:49:15:6:37:49 chr11 45848275 . T C 125.47 PASS AF=0.2;AO=21;DP=107;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00707246;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.954;QD=4.7797;RBI=0.0406557;REFB=-0.00492125;REVB=0.0400358;RO=82;SAF=5;SAR=16;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279669;STB=0.671955;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0210389;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:82:84:21:21:0.2:16:5:36:46:16:5:36:48 chr11 45868844 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGGCG 95.93 PASS AF=0.0625,0.5;AO=4,13;DP=32;FAO=2,16;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=2,12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.349739,0.178629;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=15.7494,16.3051;QD=11.9907;RBI=0.350088,0.183683;REFB=-0.0755276,-0.0527151;REVB=0.0156399,0.0427937;RO=11;SAF=3,2;SAR=1,11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0.365854,0;SSEP=0.364532,0;SSSB=0.639821,0.10618;STB=0.991944,0.522699;STBP=0.37,0.845;TYPE=del,ins;VARB=0.0284872,0.00257045;OID=.,.;OPOS=45868845,45868851;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.5:4,13:32:2,16:32:14:0,4:2,12:3:11:76:11:3,2:1,11:1:10 chr11 45903814 . A AGT 66.42 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0247816;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.034;QD=9.48903;RBI=0.0428924;REFB=-0.0537441;REVB=0.035009;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138175;STB=0.526256;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.0712033;OID=.;OPOS=45903815;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:37:9:28:19:6:3:12:7:66:27:6:3:15:12 chr11 45935384 . A G 806.9 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333699;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.583;QD=57.6359;RBI=0.0348647;REFB=0;REVB=-0.0100992;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121301;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr11 45937267 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.492;QD=48.7371;RBI=0.0511143;REFB=0;REVB=0.00508179;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714905;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 45949534 . C T 784.46 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.434;QD=57.0513;RBI=0.0369721;REFB=0;REVB=0.0355104;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178964;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr11 45975130 . C T 293.0 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0162485;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.682;QD=11.0565;RBI=0.016533;REFB=-0.00532417;REVB=-0.00305433;RO=67;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179428;STB=0.600256;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0102381;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:67:69:37:37:0.349057:19:18:22:45:19:18:23:46 chr11 46342081 . TG T 822.34 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.160109;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.1306;QD=46.9906;RBI=0.160399;REFB=0;REVB=0.00962942;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00241814;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:71:70:70:0:35:35:0:0:15:0:32:35:0:0 chr11 46401517 . A G 119.95 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0108427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.927;QD=5.33097;RBI=0.0131965;REFB=-0.00234444;REVB=-0.0075222;RO=71;SAF=10;SAR=9;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652311;STB=0.504099;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00920665;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:71:19:19:0.211111:9:10:37:34:9:10:37:34 chr11 46702920 . T C 1492.68 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00998581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.862;QD=58.5367;RBI=0.0119766;REFB=-0.132757;REVB=-0.00661226;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-3.26537e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:58:43:0:0:58:43:0:1 chr11 46801502 . T C 435.21 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00220546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2866;QD=52.7526;RBI=0.0773865;REFB=-0.0576342;REVB=0.077355;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444006;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00224703;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:20:11:0:2:21:11:0:1 chr11 46879973 . A G 383.13 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.821;QD=52.8449;RBI=0.0214776;REFB=0.00700676;REVB=0.019604;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=2.77674e-05;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:8:19:1:0:9:19:1:0 chr11 46879990 . T C 445.61 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00919139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.592;QD=52.4249;RBI=0.0154859;REFB=-0.161104;REVB=0.0124632;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716363;STB=0.538437;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00230538;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:2:2:32:32:0.941176:12:20:0:2:12:20:0:2 chr11 46890165 . C T 300.14 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376095;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.608;QD=50.023;RBI=0.0387106;REFB=-0.0967488;REVB=0.00916692;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000794655;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr11 46893108 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8365;QD=57.8832;RBI=0.0569589;REFB=0;REVB=0.0271578;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155582;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr11 46898771 . T C 1461.05 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00469828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.569;QD=57.2962;RBI=0.0309406;REFB=-0.075799;REVB=0.0305818;RO=2;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178941;STB=0.509432;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000111388;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:52:48:0:2:52:48:0:2 chr11 46914583 . T C 714.96 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00737114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9021;QD=60.8477;RBI=0.0227018;REFB=-0.125739;REVB=-0.0214718;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00201533;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:29:16:1:0:29:17:1:0 chr11 46914598 . A G 669.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9993;QD=62.2825;RBI=0.0219085;REFB=0;REVB=-0.0049926;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111775;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr11 46969616 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.885;QD=58.6005;RBI=0.0608907;REFB=0;REVB=0.0495171;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188846;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr11 47188314 . T C 800.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.032;QD=57.2072;RBI=0.0478801;REFB=0;REVB=0.0097509;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52975e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:36:18:0:0:37:19:0:0 chr11 47196982 . C T 212.83 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0234698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.919;QD=20.2699;RBI=0.0235131;REFB=-0.0285413;REVB=0.00142644;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.551674;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0257285;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:9:12:14:7:9:12 chr11 47202120 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00539085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.958;QD=17.1002;RBI=0.044336;REFB=-0.00226307;REVB=0.0440071;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264028;STB=0.638091;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00243465;OID=.;OPOS=47202120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:4:10:6:8:4:10:7:8 chr11 47238522 . T C 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.078;QD=58.1129;RBI=0.085288;REFB=0;REVB=0.0801529;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825198;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 47259668 . T C 338.05 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00313643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.552;QD=28.7698;RBI=0.0300395;REFB=-0.0269925;REVB=-0.0298753;RO=18;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141666;STB=0.577589;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0177362;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:12:17:14:4:12:17:14:4 chr11 47266808 . T G 152.88 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00895182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.336;QD=11.9908;RBI=0.0206063;REFB=-0.00536097;REVB=-0.0185603;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341795;STB=0.529379;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0089348;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:9:9:15:17:9:9:15:18 chr11 47269159 . T C 591.58 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0128568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0331;QD=20.3992;RBI=0.0139423;REFB=0.018722;REVB=0.00539337;RO=56;SAF=28;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209682;STB=0.501154;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0125571;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:56:60:60:0.517241:32:28:26:30:32:28:26:30 chr11 47270255 . C T 333.28 PASS AF=0.430233;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00756033;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1507;QD=15.5013;RBI=0.061163;REFB=-0.0188996;REVB=-0.0606939;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868303;STB=0.54828;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0281841;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:49:35:37:0.430233:19:16:25:21:19:18:28:21 chr11 47282024 . C T 319.46 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0180979;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1072;QD=25.0554;RBI=0.034395;REFB=-0.0253879;REVB=0.0292486;RO=18;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574732;STB=0.502073;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0132521;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:20:31:31:0.607843:11:20:13:5:11:20:13:7 chr11 47298360 . G A 294.69 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0125917;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.611;QD=19.9789;RBI=0.0125917;REFB=-0.00353567;REVB=-2.67272e-05;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191635;STB=0.606865;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00502621;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:28:31:31:0.525424:10:21:13:15:10:21:13:15 chr11 47303275 . T C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0154504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.515;QD=22.3403;RBI=0.0154508;REFB=0.00315502;REVB=-0.000115462;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25898;STB=0.64688;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00256931;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:7:7:14:4:7:7 chr11 47306585 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0109798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.116;QD=18.9137;RBI=0.0222497;REFB=-0.0250352;REVB=-0.0193518;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465551;STB=0.52598;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.030447;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:13:15:14:15:13:15 chr11 47331116 . T C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00693128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.613;QD=54.8228;RBI=0.0103196;REFB=-0.106384;REVB=0.00764533;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000749654;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chr11 47346145 . G A 320.0 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0219033;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.29;QD=20.9836;RBI=0.0233385;REFB=-0.0272764;REVB=-0.00805796;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366745;STB=0.502031;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0212708;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:12:16:19:14:12:16 chr11 47354787 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0141818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.914;QD=11.2669;RBI=0.0141989;REFB=-0.0131425;REVB=0.000697034;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299651;STB=0.676283;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0238103;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:5:15:18:18:5:15:18:18 chr11 47364762 . A G,T 597.85 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307889,0.0289427;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.607,39.3764;QD=59.7851;RBI=0.0339942,0.0340786;REFB=0,0;REVB=0.0144101,-0.0179907;RO=0;SAF=20,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000900703,0.0364349;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:18,0:20,2:0:0:18,0:20,2:0:0 chr11 47431728 . A G 462.41 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.094058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3758;QD=54.4016;RBI=0.107094;REFB=-0.0832548;REVB=0.0512067;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0027074;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:11:21:1:0:12:21:1:0 chr11 47434986 . G A 195.13 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0155383;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.015;QD=14.1916;RBI=0.0207679;REFB=-0.0335359;REVB=0.0137792;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128134;STB=0.585289;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0595033;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:16:7:13:18:16:7:14:18 chr11 47460265 . C T 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0102615;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=252.123;QD=16.5365;RBI=0.0103653;REFB=0.00742137;REVB=-0.00146279;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768877;STB=0.543813;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00534207;OID=.;OPOS=47460265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:5:18:13:5:5:18 chr11 47460306 . A G 742.63 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.113579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1951;QD=53.0446;RBI=0.113789;REFB=-0.0510987;REVB=0.00691446;RO=2;SAF=15;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184547;STB=0.5098;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00127326;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:39:15:1:1:39:15:1:1 chr11 47469439 . A G 1592.17 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.983;QD=63.6868;RBI=0.00727365;REFB=0;REVB=-0.00653413;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07877e-06;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:55:42:0:0:55:45:0:0 chr11 47579119 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.343;QD=58.1419;RBI=0.0128534;REFB=0;REVB=-0.00472567;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5569e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 47593945 . A C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00071059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.598;QD=56.9353;RBI=0.0329876;REFB=0;REVB=0.0329799;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20213e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr11 47609867 . G A 1441.3 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192035;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.085;QD=63.3539;RBI=0.03092;REFB=0;REVB=0.0308603;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37786e-06;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr11 47640429 . G C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00565349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.938;QD=21.9711;RBI=0.0170558;REFB=-0.0164039;REVB=-0.0160916;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0107617;OID=.;OPOS=47640429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:10:7:10:10:10:7 chr11 47681896 . A C 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00415745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3772;QD=13.0137;RBI=0.0615624;REFB=-0.00647628;REVB=0.0614218;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472756;STB=0.527317;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0121323;OID=.;OPOS=47681896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:19:13:9:11:19:13 chr11 47701528 . C A 347.95 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0139241;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.958;QD=19.6025;RBI=0.0165138;REFB=-0.0120634;REVB=0.00887834;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15032;STB=0.583083;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00452793;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:26:9:15:21:26:9 chr11 47748509 . T C 995.52 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0115564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.508;QD=54.5488;RBI=0.0287493;REFB=-0.102081;REVB=0.0263244;RO=3;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367953;STB=0.518982;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00210067;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:69:70:0.958904:37:32:0:3:38:32:0:3 chr11 47788695 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0313053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.132;QD=21.8421;RBI=0.0321006;REFB=-0.103996;REVB=0.00710117;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0262262;OID=.;OPOS=47788695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:1:1:4:2:1:1 chr11 47826090 . A C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00534059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.3;QD=14.6657;RBI=0.00597811;REFB=-0.0133187;REVB=-0.00268624;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247256;STB=0.642158;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0192696;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:15:6:8:7:15:6 chr11 47834592 . G A 327.55 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080692;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.945;QD=54.5912;RBI=0.0104013;REFB=0;REVB=0.00656318;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58404e-05;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr11 47857253 . T C 214.91 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0353218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0594;QD=19.9913;RBI=0.0745841;REFB=-0.0231088;REVB=0.0656899;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253371;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0147974;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:21:20:22:0.511628:11:9:8:11:13:9:9:12 chr11 47869855 . C T 1168.17 PASS AF=0.545977;AO=79;DP=175;FAO=95;FDP=174;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=45;FWDB=0.0618637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.226;QD=26.8544;RBI=0.0638191;REFB=-0.0595742;REVB=0.0156771;RO=51;SAF=30;SAR=49;SRF=7;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197017;STB=0.57973;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.034519;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:51:55:79:95:0.545977:49:30:7:44:59:36:10:45 chr11 48118347 . T TA 170.86 PASS AF=0.482759;AO=23;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.159451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9493;QD=11.7835;RBI=0.163164;REFB=0.020599;REVB=-0.0346101;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565179;STB=0.556634;STBP=0.421;TYPE=ins;VARB=-0.0348671;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:23:56:28:58:30:17:11:15:15:99:31:12:11:16:15 chr11 48145166 . G A 238.33 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00925911;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.424;QD=15.1319;RBI=0.0173047;REFB=-0.0168216;REVB=-0.0146192;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983468;STB=0.565992;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.017725;OID=.;OPOS=48145166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:27:28:0.444444:11:16:24:11:12:16:24:11 chr11 48145247 . T C 504.0 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00402256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.408;QD=18.8411;RBI=0.0360672;REFB=-0.0165153;REVB=0.0358421;RO=53;SAF=27;SAR=26;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512618;STB=0.532662;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0147718;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:26:27:30:23:26:27:31:23 chr11 48188872 . G A 268.43 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0381809;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7878;QD=14.1279;RBI=0.0415017;REFB=-0.0189969;REVB=-0.0162667;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461472;STB=0.502972;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0416121;OID=.;OPOS=48188872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:45:31:31:0.407895:16:15:21:22:16:15:22:23 chr11 48190383 . A T 1330.49 PASS AF=0.956989;AO=86;DP=88;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0103822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.015;QD=57.2254;RBI=0.0150409;REFB=0.00254125;REVB=0.010883;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510512;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-8.29197e-05;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:93:0:4:86:89:0.956989:43:43:0:0:45:44:1:3 chr11 48190527 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9991;QD=57.1718;RBI=0.0683002;REFB=0;REVB=0.0642411;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108207;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr11 48190777 . G T 396.86 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0293712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9367;QD=12.402;RBI=0.0506228;REFB=0.00232386;REVB=0.0412311;RO=78;SAF=30;SAR=18;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011136;STB=0.508295;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0054896;OID=.;OPOS=48190777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:80:48:48:0.375:18:30:48:30:18:30:49:31 chr11 48238421 . T G 1539.32 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.33;QD=58.6408;RBI=0.0351191;REFB=-0.0519348;REVB=0.0172669;RO=0;SAF=66;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0002381;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:38:66:0:0:38:66:0:1 chr11 48238880 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0203361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.382;QD=19.6975;RBI=0.0394651;REFB=-0.0193247;REVB=0.0338222;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155251;STB=0.508764;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0191219;OID=.;OPOS=48238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:15:7:7:14:15:7 chr11 48239071 . C A 409.11 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0221885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5402;QD=23.3776;RBI=0.035475;REFB=-0.0092829;REVB=0.0276794;RO=30;SAF=27;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172241;STB=0.594936;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.010404;OID=.;OPOS=48239071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:13:27:14:16:13:27:14:16 chr11 48266736 . C G 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0406955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3423;QD=18.191;RBI=0.044152;REFB=-0.0149076;REVB=0.0171252;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192784;OID=.;OPOS=48266736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:24:16:18:27:24:16:18:27 chr11 48267589 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2306;QD=35.5756;RBI=0.0453147;REFB=0;REVB=-0.0419183;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202461;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 48285842 . A G 987.08 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000662458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.341;QD=58.9304;RBI=0.0475552;REFB=0;REVB=0.0475506;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99435e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:67:0:0:60:67:1:30:30:0:0:37:30:0:0 chr11 48285856 . C T 200.17 PASS AF=0.416667;AO=23;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0474264;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1246;QD=13.3443;RBI=0.0529609;REFB=-0.00337607;REVB=-0.0235711;RO=31;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33789;STB=0.665183;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0393836;OID=.;OPOS=48285856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:35:23:25:0.416667:6:17:13:18:8:17:14:21 chr11 48285906 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0085719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.529;QD=11.6171;RBI=0.0171008;REFB=-0.00694107;REVB=-0.0147973;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271747;STB=0.659059;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0192441;OID=.;OPOS=48285906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:6:13:15:19:6:13:15:19 chr11 48285981 . CCTT C 110.1 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0293495;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.954;QD=10.0086;RBI=0.0305622;REFB=-0.0109865;REVB=0.00852389;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791737;STB=0.533296;STBP=0.753;TYPE=del;VARB=0.0142144;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:18:43:18:44:26:12:6:16:10:99:22:12:6:13:9 chr11 48286231 . T A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0178694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.814;QD=11.1041;RBI=0.0232177;REFB=-0.00815371;REVB=-0.0148239;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0159109;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:3:7:4:3:3:7 chr11 48328644 . C T 234.4 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0401501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.474;QD=18.7522;RBI=0.0401502;REFB=-0.014843;REVB=-0.000122001;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133486;STB=0.575801;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0178577;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:13:14:15:8:13:14 chr11 48346513 . T C 77.18 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00489863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6177;QD=4.67772;RBI=0.01288;REFB=-0.0105385;REVB=0.0119121;RO=52;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266348;STB=0.678967;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0411953;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:4:9:25:27:4:9:25:28 chr11 48346523 . C T 104.52 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00856489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.234;QD=5.16145;RBI=0.022795;REFB=-0.00168918;REVB=0.0211247;RO=64;SAF=10;SAR=7;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149113;STB=0.594092;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0066752;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:64:64:17:17:0.209877:7:10:30:34:7:10:30:34 chr11 48346535 . G C 128.1 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=92;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0645793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.168;QD=5.45119;RBI=0.0770483;REFB=-0.0126484;REVB=-0.0420232;RO=72;SAF=12;SAR=8;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143164;STB=0.589653;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0536301;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:72:74:20:20:0.212766:8:12:35:37:8:12:36:38 chr11 48346541 . A T 136.12 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00806286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2742;QD=5.49996;RBI=0.0194397;REFB=-0.00878977;REVB=-0.0176887;RO=75;SAF=12;SAR=9;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114614;STB=0.586125;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0255103;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:78:21:21:0.212121:9:12:36:39:9:12:36:42 chr11 48346547 . C T 122.97 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00929487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.28;QD=4.82222;RBI=0.0187797;REFB=-0.00129374;REVB=-0.0163181;RO=82;SAF=11;SAR=9;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10911;STB=0.569267;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00495548;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:82:82:20:20:0.196078:9:11:38:44:9:11:38:44 chr11 48346551 . C A 116.41 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.000322136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.423;QD=4.3929;RBI=0.0152592;REFB=-0.00846274;REVB=-0.0152558;RO=86;SAF=11;SAR=9;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107195;STB=0.568541;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0357105;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:86:86:20:20:0.188679:9:11:40:46:9:11:40:46 chr11 48346579 . C A 160.0 PASS AF=0.206107;AO=25;DP=132;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.00286639;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.017;QD=4.88559;RBI=0.00469583;REFB=-0.0147342;REVB=-0.00371949;RO=106;SAF=14;SAR=11;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147683;STB=0.603527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0577149;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:106:104:25:27:0.206107:11:14:47:59:11:16:48:56 chr11 48346588 . A C 187.15 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00464628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.398;QD=5.34714;RBI=0.00600256;REFB=-0.0134775;REVB=-0.00380037;RO=110;SAF=18;SAR=12;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172515;STB=0.606767;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0345847;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:110:110:30:30:0.214286:12:18:51:59:12:18:51:59 chr11 48346604 . T G 229.02 PASS AF=0.230769;AO=34;DP=158;FAO=36;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.00425522;FXX=0.0188667;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.24;QD=5.87241;RBI=0.0377956;REFB=-0.00677475;REVB=-0.0375553;RO=96;SAF=20;SAR=14;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584616;STB=0.583287;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0329938;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:96:120:34:36:0.230769:14:20:52:44:15:21:57:63 chr11 48346615 . G A 262.91 PASS AF=0.221053;AO=42;DP=190;FAO=42;FDP=190;FR=.;FRO=148;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=-0.0340234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2697;QD=5.5349;RBI=0.0400228;REFB=0.00813427;REVB=-0.0210769;RO=144;SAF=24;SAR=18;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125673;STB=0.58167;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0354721;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:144:148:42:42:0.221053:18:24:68:76:18:24:69:79 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 167.61 PASS AF=0.229665;AO=45;DP=216;FAO=48;FDP=209;FR=.;FRO=161;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=79;FSRR=82;FWDB=-0.00774332;FXX=0.0187785;HRUN=5;LEN=9;MLLD=299.238;QD=3.20778;RBI=0.0222447;REFB=-0.00352228;REVB=-0.0208535;RO=153;SAF=19;SAR=26;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703489;STB=0.541173;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.0140565;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.229665:45:216:48:209:161:21:27:79:82:99:153:19:26:73:80 chr11 48346681 . G A 427.07 PASS AF=0.255144;AO=62;DP=243;FAO=62;FDP=243;FR=.;FRO=181;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=88;FSRR=93;FWDB=0.00364112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.639;QD=7.03004;RBI=0.0108597;REFB=-0.00840264;REVB=-0.0102311;RO=181;SAF=27;SAR=35;SRF=88;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637995;STB=0.538017;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0206218;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:181:181:62:62:0.255144:35:27:88:93:35:27:88:93 chr11 48346729 . G C 289.06 PASS AF=0.227273;AO=44;DP=196;FAO=45;FDP=198;FR=.;FRO=153;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=83;FSRR=70;FWDB=-0.00218777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.761;QD=5.83968;RBI=0.00465283;REFB=-0.00209462;REVB=-0.00410639;RO=149;SAF=7;SAR=37;SRF=83;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524699;STB=0.776244;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00797653;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:149:153:44:45:0.227273:37:7:83:66:36:9:83:70 chr11 48346791 . C T 249.89 PASS AF=0.262774;AO=34;DP=136;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00180867;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.398;QD=7.29591;RBI=0.0039652;REFB=-0.00221959;REVB=0.00352867;RO=98;SAF=4;SAR=30;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51216;STB=0.830127;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00549539;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:98:101:34:36:0.262774:30:4:45:53:32:4:48:53 chr11 48346822 . A C 172.53 PASS AF=0.236842;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00304943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.62;QD=6.05367;RBI=0.00611419;REFB=0.000140849;REVB=-0.00529946;RO=84;SAF=6;SAR=21;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344575;STB=0.717776;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000328761;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:84:87:27:27:0.236842:21:6:40:44:21:6:42:45 chr11 48346843 . C T 142.98 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0279738;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.262;QD=6.65011;RBI=0.0280022;REFB=-0.00611146;REVB=0.00126152;RO=64;SAF=7;SAR=14;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191986;STB=0.601526;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0193966;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:64:65:21:21:0.244186:14:7:31:33:14:7:30:35 chr11 48346916 . G C 349.51 PASS AF=0.380531;AO=42;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0289995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106;QD=12.3721;RBI=0.0345867;REFB=-0.0153824;REVB=-0.0188485;RO=70;SAF=24;SAR=18;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140597;STB=0.571161;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.020898;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:42:43:0.380531:18:24:31:39:19:24:31:39 chr11 48346924 . T C 415.89 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0036246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3474;QD=14.098;RBI=0.00447038;REFB=0.00550646;REVB=0.0026166;RO=69;SAF=29;SAR=19;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177436;STB=0.583299;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00793682;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:70:48:48:0.40678:19:29:30:39:20:28:31:39 chr11 48346932 . G A 405.2 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00385974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=13.9723;RBI=0.00942888;REFB=-0.00894482;REVB=-0.00860268;RO=69;SAF=28;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124874;STB=0.570551;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0083339;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:19:28:33:36:19:28:33:36 chr11 48346961 . AA TG 538.54 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00273911;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.435;QD=16.1968;RBI=0.0140866;REFB=-0.0133873;REVB=-0.0138177;RO=75;SAF=35;SAR=23;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126141;STB=0.570578;STBP=0.171;TYPE=mnp;VARB=0.0158522;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:58:58:0.43609:23:35:36:39:23:35:36:39 chr11 48346996 . G A 170.56 PASS AF=0.210526;AO=28;DP=133;FAO=28;FDP=133;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0476125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8241;QD=5.12971;RBI=0.0704058;REFB=-0.00734003;REVB=0.0518654;RO=100;SAF=14;SAR=14;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505675;STB=0.548838;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.026214;OID=.;OPOS=48346996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:100:105:28:28:0.210526:14:14:54:46:14:14:59:46 chr11 48346999 . T G 512.12 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0446321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2359;QD=15.6374;RBI=0.0518203;REFB=-0.00469748;REVB=-0.026331;RO=75;SAF=33;SAR=23;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856095;STB=0.548004;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0045073;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:23:33:38:37:23:33:38:37 chr11 48347014 . G A 518.91 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0527198;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.707;QD=16.4732;RBI=0.0527211;REFB=-0.00470983;REVB=0.000374006;RO=68;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640504;STB=0.527799;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0338541;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:70:56:56:0.444444:26:30:32:36:26:30:34:36 chr11 48347023 . C T 564.15 PASS AF=0.461538;AO=55;DP=124;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0224556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.399;QD=17.3586;RBI=0.0225323;REFB=-0.013633;REVB=-0.00185746;RO=69;SAF=29;SAR=26;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919326;STB=0.565162;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0175745;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:130:69:70:55:60:0.461538:26:29:30:39:27:33:30:40 chr11 48347067 . C T 531.97 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0143263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.249;QD=18.187;RBI=0.0162145;REFB=-0.026027;REVB=-0.0075938;RO=61;SAF=31;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429073;STB=0.523801;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0284528;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:25:31:31:30:25:31:31:30 chr11 48347100 . C T 442.49 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0180705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.7;QD=20.113;RBI=0.021236;REFB=-0.0139975;REVB=-0.0111546;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204888;STB=0.511358;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.018924;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:22:22:23:21:22:22:23:21 chr11 48347124 . A G 359.47 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0214414;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4703;QD=19.4307;RBI=0.0913948;REFB=-0.0120569;REVB=-0.0888442;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485505;STB=0.513506;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00911825;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:20:17:19:18:19:18 chr11 48347130 . C G 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.007537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0732;QD=18.0086;RBI=0.0083937;REFB=0.00777582;REVB=0.0036943;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622685;STB=0.534773;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00857321;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:21:17:18:17:21:17 chr11 48347140 . T C 631.01 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00357171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.372;QD=35.0563;RBI=0.0131562;REFB=-0.0252982;REVB=0.0126621;RO=19;SAF=24;SAR=29;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361967;STB=0.519487;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00773087;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:29:24:10:9:29:24:10:9 chr11 48347142 . C T 301.46 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000844209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.654;QD=16.7475;RBI=0.00747587;REFB=-0.00623207;REVB=-0.00742805;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172174;STB=0.59684;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00662087;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:21:12:21:18:21:12:21:18 chr11 48347144 . T C 302.2 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00588845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.624;QD=17.0253;RBI=0.0165686;REFB=-0.0100138;REVB=0.0154869;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145615;STB=0.589418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:21:12:19:18:21:12:20:18 chr11 48347267 . T C 549.76 PASS AF=0.4;AO=57;DP=147;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0124689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.926;QD=14.6603;RBI=0.0131116;REFB=-0.00241821;REVB=0.00405462;RO=90;SAF=30;SAR=27;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439269;STB=0.539987;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00645002;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:90:90:57:60:0.4:27:30:51:39:30:30:51:39 chr11 48347306 . G T 375.3 PASS AF=0.315436;AO=43;DP=145;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.00357148;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.339;QD=10.0753;RBI=0.0119932;REFB=-0.0108407;REVB=0.0114491;RO=102;SAF=23;SAR=20;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522709;STB=0.509653;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0247353;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:102:102:43:47:0.315436:20:23:55:47:21:26:55:47 chr11 48347342 . G A 306.99 PASS AF=0.288732;AO=41;DP=142;FAO=41;FDP=142;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0512666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.432;QD=8.64758;RBI=0.0554141;REFB=-0.00920474;REVB=-0.0210347;RO=100;SAF=19;SAR=22;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801966;STB=0.543562;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0288197;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:100:101:41:41:0.288732:22:19:53:47:22:19:53:48 chr11 48347346 . A T 296.73 PASS AF=0.28777;AO=39;DP=138;FAO=40;FDP=139;FR=.;FRO=99;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.00719513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.017;QD=8.53909;RBI=0.0228433;REFB=-0.0130288;REVB=-0.0216806;RO=98;SAF=18;SAR=21;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835918;STB=0.535735;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0539445;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:98:99:39:40:0.28777:21:18:52:46:21:19:52:47 chr11 48347358 . C T 222.32 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0314575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2935;QD=7.00232;RBI=0.0363473;REFB=-0.0155676;REVB=0.0182087;RO=93;SAF=18;SAR=15;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626999;STB=0.533695;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0117314;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:93:94:33:33:0.259843:15:18:46:47:15:18:47:47 chr11 48347363 . C T 229.06 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=124;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0220091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.846;QD=7.38916;RBI=0.022011;REFB=-0.00105609;REVB=0.000282275;RO=91;SAF=18;SAR=15;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760439;STB=0.545427;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0028952;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:91:91:33:33:0.266129:15:18:44:47:15:18:44:47 chr11 48347392 . T C 95.11 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00840182;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.874;QD=4.63975;RBI=0.00867865;REFB=-0.00467334;REVB=0.0021745;RO=66;SAF=4;SAR=12;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186292;STB=0.621266;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0326937;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:82:82:66:66:16:16:0.195122:12:4:25:41:12:4:25:41 chr11 48347419 . A G 74.07 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0126938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3177;QD=5.58984;RBI=0.0220261;REFB=-0.0118171;REVB=0.0180005;RO=41;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24836;STB=0.65398;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0369311;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:8:3:19:22:8:3:19:23 chr11 48347492 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0649805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2039;QD=11.6337;RBI=0.0704568;REFB=-0.0351721;REVB=-0.027234;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0459347;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:7:9:7:3:7:9 chr11 48347498 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.018414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.559;QD=14.1699;RBI=0.0192076;REFB=-0.00353583;REVB=-0.00546405;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00325633;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:5:7:7:3:5:7 chr11 48366958 . T G 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0101578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.447;QD=8.64052;RBI=0.0172276;REFB=-0.00348708;REVB=0.0139144;RO=33;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064472;STB=0.513287;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00289763;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:9:4:10:23:9:4:11:23 chr11 48366971 . GG CA 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00219262;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=329.792;QD=10.4362;RBI=0.0155162;REFB=-0.00287552;REVB=-0.0153605;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111559;STB=0.567072;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=0.00591081;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:14:19:10:5:14:19 chr11 48367050 . T TAG 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00613239;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.178;QD=4.55553;RBI=0.00983398;REFB=-0.00966369;REVB=-0.00768772;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316367;STB=0.557973;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.0377251;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:7:40:7:37:30:3:4:15:15:42:33:3:4:15:18 chr11 48367073 . A C 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00744451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.816;QD=30.1267;RBI=0.026212;REFB=-0.0332426;REVB=0.0251326;RO=11;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168712;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:11:12:24:24:0.666667:12:12:5:6:12:12:6:6 chr11 48367097 . A G 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0246139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.768;QD=6.54377;RBI=0.0378422;REFB=-0.0185483;REVB=0.0287434;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.564352;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0372761;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:5:3:11:12:5:3:11:13 chr11 48367133 . C A 43.63 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00684563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7991;QD=6.01839;RBI=0.115307;REFB=-0.0224274;REVB=-0.115104;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210547;STB=0.637884;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0482561;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:10:12:5:2:10:12 chr11 48367136 . C T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0105912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.742;QD=6.01583;RBI=0.0542734;REFB=-0.0103311;REVB=-0.0532299;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210547;STB=0.637884;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0430716;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:10:12:5:2:10:12 chr11 48367163 . A G 35.86 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0438831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0498;QD=5.73723;RBI=0.0541408;REFB=-0.0221147;REVB=-0.0317096;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280568;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0471554;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:8:11:2:4:8:11 chr11 48367170 . G A 52.18 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0333177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7018;QD=7.4541;RBI=0.111004;REFB=-0.0399571;REVB=-0.105885;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0888215;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:28:16:20:8:8:0.285714:4:4:8:8:4:4:9:11 chr11 48367190 . A T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.023559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.19;QD=12.2129;RBI=0.0252618;REFB=-0.0236183;REVB=-0.00911768;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0260786;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:11:11:6:7:11:11 chr11 48367195 . C T 111.21 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0076257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.106;QD=12.3569;RBI=0.0212657;REFB=-0.00159631;REVB=-0.0198514;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114735;STB=0.527738;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0039275;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:13:14:0.388889:6:7:9:12:7:7:10:12 chr11 48367249 . C T 182.0 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00866843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.094;QD=13.7355;RBI=0.0107471;REFB=-0.0114498;REVB=-0.00635276;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.540034;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0125581;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:21:22:0.415094:9:12:18:12:10:12:19:12 chr11 48367252 . G A 197.6 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.028118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9208;QD=14.6368;RBI=0.0305087;REFB=-0.0035454;REVB=0.011839;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492149;STB=0.528029;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00444955;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:19:12:10:13:19:12 chr11 48367311 . T C 424.31 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00377985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1565;QD=18.8581;RBI=0.0142125;REFB=-0.0139498;REVB=0.0137007;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423705;STB=0.534868;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.010948;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:47:43:43:0.477778:23:20:23:22:23:20:25:22 chr11 48367363 . C T 367.08 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0183544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3948;QD=13.852;RBI=0.0244192;REFB=-0.0134762;REVB=0.0161064;RO=63;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171099;STB=0.501556;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0177627;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:42:43:0.40566:24:18:28:35:24:19:28:35 chr11 48367387 . C T 302.41 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0430982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.506;QD=12.2185;RBI=0.052235;REFB=-0.0144266;REVB=0.0295134;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156243;STB=0.589605;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0263787;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:17:18:24:40:17:18:24:40 chr11 48367419 . G A 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0189754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.803;QD=13.3338;RBI=0.0202666;REFB=-0.0053985;REVB=-0.00711812;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209617;STB=0.618979;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00973922;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:17:36:16:17:17:36 chr11 48367424 . C G 250.79 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.030699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.698;QD=12.2335;RBI=0.0308066;REFB=0.00174025;REVB=-0.00257286;RO=52;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191897;STB=0.609686;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0070128;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:15:15:17:35:15:15:17:35 chr11 48367455 . G A 193.15 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0091402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.977;QD=12.072;RBI=0.0116647;REFB=-0.0055856;REVB=-0.00724713;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152507;STB=0.587783;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00979524;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:11:13:16:24:11:13:16:24 chr11 48367469 . TG CA 142.82 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0356116;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.385;QD=11.9017;RBI=0.0409024;REFB=-0.0307366;REVB=-0.0201203;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223136;STB=0.618759;STBP=0.263;TYPE=mnp;VARB=0.0359758;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:15:15:0.3125:7:8:10:20:7:8:11:20 chr11 48367474 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0132909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.368;QD=11.2612;RBI=0.0144403;REFB=-0.0130247;REVB=-0.00564558;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327671;STB=0.714014;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.013935;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:14:15:0.333333:5:9:10:19:5:10:10:20 chr11 48367499 . A G 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0549361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.12;QD=6.31767;RBI=0.0594517;REFB=-0.00976046;REVB=-0.0227272;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596615;STB=0.88055;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0506177;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:1:7:9:16:1:7:9:16 chr11 48367511 . T G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0098433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.365;QD=5.78794;RBI=0.0169399;REFB=0.00137162;REVB=-0.0137865;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546871;STB=0.856123;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0131405;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:9:14:1:6:9:14 chr11 48373748 . C G 68.46 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0111464;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.065;QD=4.80399;RBI=0.0165321;REFB=-0.0014394;REVB=-0.0122094;RO=45;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968783;STB=0.5713;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00263574;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:45:46:11:11:0.192982:6:5:24:21:6:5:25:21 chr11 48373770 . T A 83.57 PASS AF=0.2;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0028354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.259;QD=4.77569;RBI=0.0141077;REFB=-0.00196587;REVB=0.0138199;RO=55;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14817;STB=0.599863;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0104396;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:70:55:56:14:14:0.2:7:7:34:21:7:7:35:21 chr11 48373797 . C T 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00236175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.869;QD=4.96424;RBI=0.018333;REFB=-0.000493497;REVB=-0.0181802;RO=62;SAF=9;SAR=7;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129242;STB=0.581298;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00652951;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:7:9:41:21:7:9:41:21 chr11 48373805 . G A 98.39 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0392475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5524;QD=5.24757;RBI=0.0392876;REFB=-0.000285183;REVB=0.00177365;RO=58;SAF=9;SAR=7;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167122;STB=0.60857;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000153768;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:58:59:16:16:0.213333:7:9:40:18:7:9:41:18 chr11 48373815 . A G 97.3 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00219041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.058;QD=5.05476;RBI=0.0436328;REFB=0.00713269;REVB=0.0435778;RO=61;SAF=9;SAR=7;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189259;STB=0.617861;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0228309;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:61:61:16:16:0.207792:7:9:43:18:7:9:43:18 chr11 48373817 . C T 106.69 PASS AF=0.220779;AO=16;DP=76;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00716847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.45;QD=5.54233;RBI=0.0435047;REFB=-0.000861995;REVB=-0.04291;RO=58;SAF=9;SAR=7;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167122;STB=0.592732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00276918;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:58:60:16:17:0.220779:7:9:40:18:7:10:42:18 chr11 48373827 . G A 144.0 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.0136242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.079;QD=6.93993;RBI=0.0138261;REFB=-0.00843339;REVB=-0.00235399;RO=61;SAF=16;SAR=5;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897771;STB=0.550847;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00846764;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:62:21:21:0.253012:5:16:43:18:5:16:44:18 chr11 48373885 . A G 311.8 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00955686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.983;QD=9.23838;RBI=0.0174728;REFB=-0.00961055;REVB=-0.0146275;RO=94;SAF=26;SAR=15;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138163;STB=0.580965;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0214532;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:94:94:41:41:0.303704:15:26:49:45:15:26:49:45 chr11 48373900 . A G 398.06 PASS AF=0.331126;AO=50;DP=151;FAO=50;FDP=151;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.00484706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9122;QD=10.5445;RBI=0.0049324;REFB=0.00341404;REVB=-0.000913517;RO=101;SAF=27;SAR=23;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292653;STB=0.516877;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00679083;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:101:101:50:50:0.331126:23:27:52:49:23:27:52:49 chr11 48373936 . A G 529.5 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0278201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2841;QD=13.4905;RBI=0.0278316;REFB=-0.00322761;REVB=0.000801041;RO=94;SAF=26;SAR=36;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.52053;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00474539;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:94:95:62:62:0.394904:36:26:42:52:36:26:43:52 chr11 48373976 . T G 604.87 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0203294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.13;QD=17.4062;RBI=0.0220488;REFB=-0.0106277;REVB=-0.00853621;RO=76;SAF=25;SAR=38;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293618;STB=0.516325;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0165819;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:38:25:28:48:38:25:28:48 chr11 48373986 . A G 464.18 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0467502;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.436;QD=16.5778;RBI=0.0473428;REFB=-0.00023904;REVB=0.00746746;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100188;STB=0.550141;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000709246;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:61:51:51:0.455357:28:23:21:39:28:23:22:39 chr11 48374000 . C CT 79.01 PASS AF=0.364706;AO=26;DP=92;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0615873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.7598;QD=3.71816;RBI=0.199038;REFB=-0.0458292;REVB=0.18927;RO=58;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182916;STB=0.576935;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=0.054415;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364706:26:92:31:85:54:14:17:18:36:79:58:12:14:18:40 chr11 48387098 . A C 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.011495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.019;QD=2.79773;RBI=0.011688;REFB=0.000955582;REVB=-0.00211522;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248131;STB=0.671781;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00390711;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:5:4:37:20:5:4:37:20 chr11 48387107 . T C 35.85 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0232868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.309;QD=2.43072;RBI=0.0256695;REFB=-0.000748434;REVB=-0.0108004;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297228;STB=0.721679;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00623846;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:57:59:50:52:7:7:0.118644:4:3:34:16:4:3:36:16 chr11 48387115 . G A 35.12 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00225084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.293;QD=2.34163;RBI=0.0264842;REFB=-0.00699991;REVB=-0.0263884;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136;STB=0.599734;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0656917;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:3:4:36:17:3:4:36:17 chr11 48387118 . G A 36.33 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0326975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.488;QD=2.50574;RBI=0.046002;REFB=-0.00214228;REVB=-0.0323583;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119679;STB=0.587392;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0256639;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:3:4:34:17:3:4:34:17 chr11 48387275 . T C 134.99 PASS AF=0.535714;AO=10;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0330375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9092;QD=19.284;RBI=0.188882;REFB=-0.0517618;REVB=0.18597;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367135;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0654173;OID=.;OPOS=48387275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:10:15:0.535714:2:8:6:7:7:8:6:7 chr11 48387335 . C A 68.96 PASS AF=0.192982;AO=10;DP=56;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0151122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.711;QD=4.83917;RBI=0.0152057;REFB=-0.00179336;REVB=0.00168377;RO=46;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599433;STB=0.822763;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00456414;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:56:57:46:46:10:11:0.192982:1:9:19:27:2:9:19:27 chr11 48387370 . A G 91.85 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0042763;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.378;QD=5.24879;RBI=0.0049716;REFB=-0.00154884;REVB=-0.00253577;RO=55;SAF=13;SAR=2;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552872;STB=0.852393;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.022716;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:70:70:55:55:15:15:0.214286:2:13:24:31:2:13:24:31 chr11 48387424 . G T 160.26 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.00351881;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.299;QD=7.4538;RBI=0.00353528;REFB=-0.00695574;REVB=-0.000340855;RO=63;SAF=18;SAR=4;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581061;STB=0.844018;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0216576;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:63:64:22:22:0.255814:4:18:20:43:4:18:21:43 chr11 48387490 . G A 158.11 PASS AF=0.230088;AO=25;DP=112;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0152198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9536;QD=5.59681;RBI=0.0353029;REFB=-0.0064391;REVB=-0.0318536;RO=87;SAF=20;SAR=5;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399031;STB=0.755977;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0313859;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:87:87:25:26:0.230088:5:20:44:43:5:21:44:43 chr11 48387506 . A G 114.55 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00842934;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7649;QD=4.53661;RBI=0.0366663;REFB=-0.0112555;REVB=-0.0356843;RO=81;SAF=15;SAR=4;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379791;STB=0.750556;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0379946;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:82:19:19:0.188119:4:15:41:40:4:15:41:41 chr11 48387526 . G T 118.6 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0246602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.007;QD=5.10095;RBI=0.0256591;REFB=-0.00685736;REVB=0.00708963;RO=72;SAF=15;SAR=4;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413436;STB=0.770735;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0266365;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:74:19:19:0.204301:4:15:34:38:4:15:34:40 chr11 48387535 . T C 110.62 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00502425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7127;QD=5.02825;RBI=0.0406083;REFB=-0.00190539;REVB=0.0402963;RO=70;SAF=15;SAR=3;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490356;STB=0.813129;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0112701;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:70:18:18:0.204545:3:15:32:38:3:15:32:38 chr11 48387540 . G T 87.1 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0250232;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.717;QD=4.35515;RBI=0.0284458;REFB=-0.000734835;REVB=0.0135277;RO=66;SAF=12;SAR=3;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426805;STB=0.783117;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00362035;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:81:80:66:65:15:15:0.1875:3:12:31:35:3:12:30:35 chr11 48387850 . G T 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0109843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.145;QD=1.87056;RBI=0.0289372;REFB=-0.0010435;REVB=-0.0267714;RO=81;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978659;STB=0.568144;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00568386;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:81:82:10:10:0.108696:4:6:42:39:4:6:43:39 chr11 48387890 . T C 57.98 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=110;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00197514;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.555;QD=2.12771;RBI=0.012547;REFB=-0.00304698;REVB=-0.0123906;RO=97;SAF=6;SAR=7;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291538;STB=0.506373;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0210654;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:110:109:97:96:13:13:0.119266:7:6:45:52:7:6:45:51 chr11 48387894 . C T 55.91 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0148231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6432;QD=1.97927;RBI=0.0256069;REFB=-0.00817112;REVB=-0.0208803;RO=100;SAF=6;SAR=7;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187962;STB=0.501368;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00797823;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:100:100:13:13:0.115044:7:6:46:54:7:6:46:54 chr11 48387900 . G A 54.44 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=116;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0194037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.803;QD=1.87718;RBI=0.0233086;REFB=-0.00735661;REVB=-0.0129147;RO=103;SAF=6;SAR=7;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544795;STB=0.503994;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0217125;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:116:116:103:103:13:13:0.112069:7:6:48:55:7:6:48:55 chr11 48387919 . G A 98.1 PASS AF=0.148148;AO=18;DP=133;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0119671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.402;QD=2.90659;RBI=0.012196;REFB=-0.0109721;REVB=0.00235203;RO=115;SAF=12;SAR=6;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286029;STB=0.679563;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0234853;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:135:115:115:18:20:0.148148:6:12:50:65:7:13:50:65 chr11 48387930 . T C 121.4 PASS AF=0.165468;AO=23;DP=139;FAO=23;FDP=139;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=0.0143711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.802;QD=3.49351;RBI=0.0145187;REFB=-0.00270953;REVB=-0.00206458;RO=115;SAF=15;SAR=8;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2937;STB=0.687075;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00431872;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:115:116:23:23:0.165468:8:15:48:67:8:15:49:67 chr11 48387946 . G T 125.07 PASS AF=0.175573;AO=23;DP=132;FAO=23;FDP=131;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.0186287;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.871;QD=3.81894;RBI=0.0186676;REFB=0.00118456;REVB=-0.00120451;RO=104;SAF=15;SAR=8;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287181;STB=0.68255;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00551923;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:104:108:23:23:0.175573:8:15:44:60:8:15:46:62 chr11 48387960 . T C 150.7 PASS AF=0.19403;AO=26;DP=134;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.0128135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7402;QD=4.49856;RBI=0.0170005;REFB=0.00251129;REVB=0.0111728;RO=108;SAF=15;SAR=11;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202005;STB=0.627024;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00980338;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:108:108:26:26:0.19403:11:15:45:63:11:15:45:63 chr11 48387978 . T A 181.42 PASS AF=0.218045;AO=31;DP=135;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=-0.0190029;FXX=0.0148137;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.227;QD=5.45626;RBI=0.0194452;REFB=-0.00269964;REVB=0.00412371;RO=103;SAF=16;SAR=15;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197749;STB=0.649979;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0135401;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:103:104:31:29:0.218045:15:16:37:66:13:16:37:67 chr11 48387983 . T C 212.62 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.00954392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.94;QD=6.54228;RBI=0.0165405;REFB=-0.00187735;REVB=0.0135093;RO=97;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174482;STB=0.59994;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0198048;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:97:98:32:32:0.246154:16:16:35:62:16:16:36:62 chr11 48510654 . A C 537.09 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00694593;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.366;QD=18.362;RBI=0.00966063;REFB=-0.0152876;REVB=-0.0067143;RO=58;SAF=33;SAR=22;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172768;STB=0.611173;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0250086;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:61:55:56:0.478632:22:33:24:34:22:34:24:37 chr11 48510777 . G A 533.32 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=105;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.000198371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=19.9371;RBI=0.0140538;REFB=-0.0170874;REVB=0.0140524;RO=52;SAF=25;SAR=28;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07876;STB=0.543135;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0137626;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:52:52:53:55:0.514019:28:25:20:32:29:26:20:32 chr11 48511315 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0677523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7944;QD=15.2925;RBI=0.0739554;REFB=0.0025585;REVB=-0.0296483;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.754021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0131036;OID=.;OPOS=48511315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:5:4:1:8:5:4 chr11 48998688 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00507402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.177;QD=11.882;RBI=0.0059653;REFB=-0.0113286;REVB=0.00313674;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316197;STB=0.702997;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0152225;OID=.;OPOS=48998688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:3:12:15:12:3:12:15:13 chr11 49000423 . C G 1138.56 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424685;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.554;QD=60.723;RBI=0.0426769;REFB=0;REVB=-0.0042129;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39416e-05;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 49000522 . C T 832.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.61;QD=57.3863;RBI=0.062878;REFB=0;REVB=0.0219843;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892499;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr11 49055751 . T C 82.05 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00888306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1681;QD=9.11637;RBI=0.00893714;REFB=-0.0184474;REVB=-0.000981739;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139175;STB=0.610053;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0411916;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:25:25:10:11:0.305556:4:6:12:13:4:7:12:13 chr11 49059362 . C A 1593.9 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5904;QD=59.0335;RBI=0.0413198;REFB=-0.0277707;REVB=-0.0209165;RO=1;SAF=43;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413738;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:108:1:0:107:108:1:64:43:1:0:64:44:0:0 chr11 49075605 . G A 1556.23 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0031516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.297;QD=58.7255;RBI=0.0213914;REFB=-0.103915;REVB=0.0211579;RO=1;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978419;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000424842;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:48:57:0:1:48:57:0:1 chr11 49076898 . T G 375.47 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0112387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3145;QD=23.8392;RBI=0.0212785;REFB=-0.0118843;REVB=0.0180684;RO=26;SAF=9;SAR=28;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132642;STB=0.573234;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00672593;OID=.;OPOS=49076898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:28:9:10:16:28:9:10:16 chr11 49079350 . A G 421.58 PASS AF=0.392;AO=48;DP=123;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0279758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5461;QD=13.4906;RBI=0.0365473;REFB=-0.00325864;REVB=-0.0235172;RO=74;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367919;STB=0.526614;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00266043;OID=.;OPOS=49079350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:74:76:48:49:0.392:23:25:36:38:23:26:37:39 chr11 49080565 . A C 338.81 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0127037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.92;QD=20.5339;RBI=0.0341738;REFB=-0.0191452;REVB=-0.0317248;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200363;STB=0.517925;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0171778;OID=.;OPOS=49080565;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:16:19:17:13:16:19:18:13 chr11 49172981 . GAC G 193.35 PASS AF=0.558824;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0145715;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.848;QD=22.7468;RBI=0.0259058;REFB=-0.0954181;REVB=-0.0214192;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667668;STB=0.503102;STBP=0.98;TYPE=del;VARB=0.072406;OID=.;OPOS=49172982;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:17:35:19:34:15:9:10:7:8:99:13:8:9:5:8 chr11 49196490 . T C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0351177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.066;QD=5.37244;RBI=0.0409131;REFB=-0.00276329;REVB=0.0209912;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107242;STB=0.507025;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0100325;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:19:11:3:5:19:11 chr11 49207315 . A G 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0230909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.647;QD=7.98279;RBI=0.0302286;REFB=-0.00608878;REVB=-0.0195084;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189906;STB=0.6139;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0115629;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:14:27:8:8:14:27 chr11 49221885 . T A 386.24 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0145849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.119;QD=12.7683;RBI=0.0147733;REFB=-0.0167463;REVB=0.00235163;RO=75;SAF=27;SAR=19;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595123;STB=0.533856;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0236289;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:19:27:40:35:19:27:40:35 chr11 49227620 . A G 573.55 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0366688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0902;QD=26.0705;RBI=0.0385649;REFB=-0.0195388;REVB=0.0119437;RO=35;SAF=18;SAR=34;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151656;STB=0.589381;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.014366;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:36:52:52:0.590909:34:18:19:16:34:18:20:16 chr11 49598209 . T C 510.87 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00884487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.097;QD=14.5962;RBI=0.00950952;REFB=-0.0145626;REVB=0.00349274;RO=83;SAF=27;SAR=30;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295245;STB=0.516611;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0240849;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:83:57:57:0.407143:30:27:37:46:30:27:37:46 chr11 49830142 . G T 1946.44 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.986;QD=61.7918;RBI=0.015613;REFB=0;REVB=0.00899711;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62525e-05;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:69:55:0:0:69:57:0:0 chr11 49974371 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.708;QD=55.0098;RBI=0.0204961;REFB=-0.062455;REVB=-0.0136238;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000694774;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:16:16:0:0:16:16:1:0 chr11 49974931 . G A 82.39 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00855254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.823;QD=8.90744;RBI=0.0155288;REFB=-0.0281538;REVB=0.0129615;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167309;STB=0.504942;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0608296;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:25:26:11:11:0.297297:5:6:14:11:5:6:14:12 chr11 51411460 . G A 405.89 PASS AF=0.323171;AO=53;DP=164;FAO=53;FDP=164;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.043728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.536;QD=9.8997;RBI=0.0459344;REFB=-0.018805;REVB=-0.0140654;RO=111;SAF=35;SAR=18;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11552;STB=0.566984;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0398172;OID=.;OPOS=51411460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:111:111:53:53:0.323171:18:35:63:48:18:35:63:48 chr11 51411740 . A T 195.21 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00903696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.298;QD=17.352;RBI=0.0092342;REFB=-0.0126331;REVB=0.00189837;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236151;STB=0.63145;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0146339;OID=.;OPOS=51411740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:19:20:0.444444:8:11:8:16:8:12:9:16 chr11 51412327 . T A 229.86 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00278384;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.572;QD=16.1302;RBI=0.0172323;REFB=-0.00697854;REVB=-0.0170059;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138051;STB=0.527754;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00264201;OID=.;OPOS=51412327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:29:23:24:0.421053:7:16:14:11:8:16:18:11 chr11 55029787 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00239291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.693;QD=20.8931;RBI=0.0102041;REFB=-0.0144878;REVB=-0.0099196;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.594418;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00871503;OID=.;OPOS=55029787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:1:5:6:4:1:5 chr11 55339829 . A G 1495.66 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.694;QD=62.319;RBI=0.0206002;REFB=0.00261317;REVB=0.0107963;RO=1;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129888;STB=0.506848;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=2.30215e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:36:59:0:1:36:59:0:1 chr11 55541098 . G A 648.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9578;QD=61.7647;RBI=0.0279459;REFB=0;REVB=-0.0255548;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376397;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr11 55541284 . G A 115.13 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0032316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0162;QD=10.7099;RBI=0.0174265;REFB=0.000202466;REVB=0.0171242;RO=28;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332382;STB=0.705341;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000753488;OID=.;OPOS=55541284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:13:14:0.325581:10:3:14:14:11:3:14:15 chr11 55563602 . G A 424.8 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0463046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.08;QD=12.403;RBI=0.0465481;REFB=-0.026374;REVB=-0.00475424;RO=81;SAF=35;SAR=15;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249933;STB=0.631361;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0574878;OID=.;OPOS=55563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:81:87:50:50:0.364964:15:35:39:42:15:35:44:43 chr11 55563738 . G A 351.83 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.000561337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.879;QD=15.637;RBI=0.00613787;REFB=-0.0259501;REVB=-0.00611214;RO=52;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932379;STB=0.552604;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0299583;OID=.;OPOS=55563738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:17:21:24:28:17:21:24:28 chr11 55563776 . T G 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.865;QD=57.4357;RBI=0.0489413;REFB=-0.117294;REVB=0.0239691;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00045301;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr11 55563900 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.018353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.973;QD=16.9303;RBI=0.018478;REFB=-0.0135437;REVB=0.00214535;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351049;STB=0.6997;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0151464;OID=.;OPOS=55563900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:2:10:5:7:2:10 chr11 55578987 . T C 238.31 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00514455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.59;QD=16.1566;RBI=0.0119373;REFB=0.00165994;REVB=0.0107718;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107655;STB=0.560656;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00118484;OID=.;OPOS=55578987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:19:13:14:13:19:13 chr11 55578991 . C T 283.09 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00130221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1658;QD=17.4209;RBI=0.0256474;REFB=-0.0392357;REVB=0.0256143;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157227;STB=0.588062;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0447746;OID=.;OPOS=55578991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:20:14:18:13:20:14 chr11 55579102 . C T 531.06 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0228329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.078;QD=15.173;RBI=0.0360022;REFB=-0.00898312;REVB=-0.0278355;RO=82;SAF=21;SAR=37;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148148;STB=0.583389;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0116294;OID=.;OPOS=55579102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:37:21:41:41:37:21:41:41 chr11 55579145 . C T 101.57 PASS AF=0.132948;AO=23;DP=175;FAO=23;FDP=173;FR=.;FRO=150;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=90;FWDB=-0.0164038;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.929;QD=2.34845;RBI=0.0211915;REFB=-0.00268551;REVB=-0.0134162;RO=152;SAF=12;SAR=11;SRF=60;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160202;STB=0.604703;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0209447;OID=.;OPOS=55579145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:152:150:23:23:0.132948:11:12:60:92:11:12:60:90 chr11 55579182 . A G 101.43 PASS AF=0.132948;AO=23;DP=173;FAO=23;FDP=173;FR=.;FRO=150;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=86;FWDB=-0.0168612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.752;QD=2.34512;RBI=0.0170211;REFB=-0.00134709;REVB=-0.00232814;RO=150;SAF=12;SAR=11;SRF=64;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119713;STB=0.58193;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0108659;OID=.;OPOS=55579182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:150:150:23:23:0.132948:11:12:64:86:11:12:64:86 chr11 55579419 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0215919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.1;QD=19.0005;RBI=0.0225723;REFB=0.00127683;REVB=0.00658032;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103195;STB=0.558552;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000869897;OID=.;OPOS=55579419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:7:10:8:9:7:10 chr11 55579801 . T C 614.1 PASS AF=0.566038;AO=57;DP=103;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.016854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.636;QD=23.1737;RBI=0.0170744;REFB=-0.00296426;REVB=-0.00273467;RO=46;SAF=31;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181271;STB=0.519739;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0025114;OID=.;OPOS=55579801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:46:46:57:60:0.566038:26:31:24:22:26:34:24:22 chr11 55587117 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.681;QD=49.599;RBI=0.0560742;REFB=0;REVB=0.0386576;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94147e-05;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 55587457 . G A 522.58 PASS AF=0.448;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0298996;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0246;QD=16.7226;RBI=0.0402677;REFB=-0.00266492;REVB=-0.0269722;RO=68;SAF=19;SAR=37;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107171;STB=0.556626;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00254416;OID=.;OPOS=55587457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:68:69:56:56:0.448:37:19:30:38:37:19:30:39 chr11 55587511 . A G 1713.52 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00899376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.631;QD=57.1173;RBI=0.0100216;REFB=-0.0754092;REVB=-0.00442084;RO=4;SAF=38;SAR=78;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299768;STB=0.515804;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000665221;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:120:4:4:116:116:0.966667:78:38:3:1:78:38:3:1 chr11 55594869 . G A 552.24 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0377255;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.859;QD=14.9253;RBI=0.0380454;REFB=-0.00198229;REVB=-0.00492293;RO=86;SAF=24;SAR=38;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464927;STB=0.526092;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00348638;OID=.;OPOS=55594869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:86:86:62:62:0.418919:38:24:37:49:38:24:37:49 chr11 55595012 . A T 91.06 PASS AF=0.233333;AO=15;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0220688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.896;QD=6.07077;RBI=0.0256691;REFB=-0.00965556;REVB=-0.01311;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553504;STB=0.504847;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0274709;OID=.;OPOS=55595012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:45:46:15:14:0.233333:6:9:25:20:6:8:26:20 chr11 55595017 . GA TG 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0415673;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=231.038;QD=5.90449;RBI=0.0500767;REFB=-0.00441889;REVB=-0.0279256;RO=47;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750776;STB=0.547102;STBP=0.729;TYPE=mnp;VARB=0.0162786;OID=.;OPOS=55595017;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:6:8:24:23:6:8:24:23 chr11 55595114 . GCG TTC 241.25 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.000839354;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.712;QD=13.5918;RBI=0.00976185;REFB=-0.00906917;REVB=-0.00972569;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650385;STB=0.507554;STBP=0.913;TYPE=mnp;VARB=0.0155107;OID=.;OPOS=55595114;OREF=GCG;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:42:27:29:0.408451:19:8:14:26:19:10:14:28 chr11 55606302 . G T 404.51 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00427435;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.974;QD=19.2622;RBI=0.00428466;REFB=-0.0168458;REVB=-0.000296996;RO=44;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125246;STB=0.575184;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0151036;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:43:41:41:0.488095:16:25:21:23:16:25:20:23 chr11 55652963 . A G 72.94 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0104095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.619;QD=20.8389;RBI=0.0104341;REFB=-0.0545373;REVB=0.000717023;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441617;STB=0.76119;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0100251;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:2:3:1:8:2:3 chr11 55652971 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.819;QD=48.737;RBI=0.0119668;REFB=0;REVB=0.0113775;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88291e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 55656483 . T A 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0608416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.203;QD=16.8766;RBI=0.0666851;REFB=-0.00360332;REVB=0.0272984;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00359822;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr11 55681130 . A T 61.41 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.005379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.491;QD=18.8941;RBI=0.0493213;REFB=-0.00853188;REVB=0.0490271;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00371105;OID=.;OPOS=55681130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:3:5:2:2:3:5:3:2 chr11 55681494 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.296;QD=52.6129;RBI=0.0187846;REFB=0;REVB=0.0186102;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209048;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 55681566 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0256643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.792;QD=12.3953;RBI=0.0377875;REFB=-0.012746;REVB=-0.0277352;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056739;OID=.;OPOS=55681566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr11 55681865 . T C 326.72 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000800483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2716;QD=20.1057;RBI=0.0125801;REFB=-0.0176947;REVB=0.0125546;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272385;STB=0.507688;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0148709;OID=.;OPOS=55681865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:31:33:34:0.523077:16:17:15:16:17:17:15:16 chr11 55702929 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0521098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3701;QD=15.8817;RBI=0.0964279;REFB=-0.0274051;REVB=0.0811351;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.68252;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0599266;OID=.;OPOS=55702929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:5:5:8:2:5:5 chr11 55703247 . G A 249.07 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0115228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.588;QD=14.2327;RBI=0.0269504;REFB=0.00174544;REVB=-0.0243629;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804427;STB=0.545691;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00647479;OID=.;OPOS=55703247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:23:18:15:14:23:18 chr11 55703728 . A G 101.89 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00202942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.05;QD=8.86012;RBI=0.00725663;REFB=-0.0158935;REVB=-0.00696708;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629486;STB=0.538402;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0460402;OID=.;OPOS=55703728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:17:16:7:6:17:16 chr11 55746891 . G A 2933.82 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142746;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0991;QD=62.7554;RBI=0.00390063;REFB=-0.0204731;REVB=-0.00363005;RO=1;SAF=71;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242059;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:187:1:0:185:187:1:114:71:1:0:115:72:0:0 chr11 55761221 . C T 666.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4297;QD=61.9973;RBI=0.0858057;REFB=0;REVB=0.0759081;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535163;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr11 55761528 . T C 238.26 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.053225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4902;QD=16.1532;RBI=0.0545954;REFB=-0.0186566;REVB=-0.0121558;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560324;STB=0.543177;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0165919;OID=.;OPOS=55761528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:18:9:12:19:18:9:13:19 chr11 55761738 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.625;QD=57.1062;RBI=0.0144465;REFB=0;REVB=-8.59758e-05;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24681e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr11 55798152 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.129;QD=60.6101;RBI=0.0161873;REFB=0;REVB=0.00787134;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59487e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 55798259 . G T 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00736056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0423;QD=20.4533;RBI=0.0143459;REFB=-0.0341558;REVB=0.0123137;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0316143;OID=.;OPOS=55798259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:8:7:9:8:8:7 chr11 55872657 . A C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.381;QD=58.2369;RBI=0.0538308;REFB=0;REVB=0.0235835;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192475;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 55872876 . C T 2318.73 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501419;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.326;QD=63.0946;RBI=0.0502248;REFB=-0.00535683;REVB=0.00288392;RO=0;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=4.59398e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:0:1:146:146:0.993197:73:73:0:0:73:73:0:1 chr11 55873024 . A G 1590.82 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.901;QD=58.9193;RBI=0.010403;REFB=-0.0602278;REVB=-0.000410573;RO=1;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939812;STB=0.50495;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=2.17563e-06;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:50:57:0:1:50:57:0:1 chr11 55873334 . A G 263.88 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0129686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2729;QD=15.2973;RBI=0.031499;REFB=0.00696252;REVB=-0.0287055;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16439;STB=0.592961;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00944631;OID=.;OPOS=55873334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:22:17:18:12:22:17 chr11 55873368 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.787;QD=56.9568;RBI=0.00960224;REFB=0;REVB=-7.66534e-05;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19917e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 55889895 . C T 580.56 PASS AF=0.56383;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00226082;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.767;QD=24.7045;RBI=0.0174677;REFB=-0.00299097;REVB=-0.0173208;RO=41;SAF=30;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149836;STB=0.584874;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00292655;OID=.;OPOS=55889895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:41:41:52:53:0.56383:22:30:16:25:22:31:16:25 chr11 55890257 . C T 1894.3 PASS AF=0.954887;AO=127;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0174689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7731;QD=56.9715;RBI=0.0176998;REFB=0.0865294;REVB=-0.00284962;RO=6;SAF=73;SAR=54;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805447;STB=0.504244;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00173066;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:133:133:6:6:127:127:0.954887:54:73:4:2:54:73:4:2 chr11 55890668 . G A 164.07 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0209788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.16;QD=11.1232;RBI=0.0484675;REFB=-0.0133142;REVB=-0.043692;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099969;STB=0.549068;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0363044;OID=.;OPOS=55890668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:11:10:21:16:11:10:21:17 chr11 55904382 . A C 427.82 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0465504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1392;QD=19.4465;RBI=0.0465624;REFB=-0.0267467;REVB=0.00105392;RO=45;SAF=28;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155315;STB=0.586508;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0366627;OID=.;OPOS=55904382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:15:28:22:23:15:28:22:23 chr11 55904828 . A G 412.82 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0109233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.618;QD=21.4449;RBI=0.0116145;REFB=-0.0195254;REVB=-0.00394682;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899681;STB=0.543017;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0207053;OID=.;OPOS=55904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:22:19:20:15:22:19:20:16 chr11 55905078 . C T 367.63 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0156671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.981;QD=16.5228;RBI=0.0172454;REFB=-0.021503;REVB=-0.00720749;RO=48;SAF=12;SAR=27;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553358;STB=0.50806;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0191139;OID=.;OPOS=55905078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:50:39:39:0.438202:27:12:15:33:27:12:16:34 chr11 55944474 . G A 245.68 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0111334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.807;QD=17.8677;RBI=0.0270171;REFB=0.00516226;REVB=0.0246165;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117507;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00436185;OID=.;OPOS=55944474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:13:15:11:16:13:15 chr11 55999678 . G T 551.33 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00711814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2381;QD=19.516;RBI=0.00781682;REFB=-0.00193473;REVB=-0.00323029;RO=56;SAF=33;SAR=24;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953302;STB=0.505261;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00247111;OID=.;OPOS=55999678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:24:33:33:23:24:33:33:23 chr11 55999950 . G C 193.83 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0146016;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3267;QD=12.1144;RBI=0.0591348;REFB=-0.0349216;REVB=0.0573038;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181335;STB=0.510462;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0602585;OID=.;OPOS=55999950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:40:40:24:24:0.375:11:13:21:19:11:13:21:19 chr11 56000403 . C G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.451;QD=58.2372;RBI=0.0237218;REFB=0;REVB=0.0193613;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71927e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr11 56000451 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0214399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.561;QD=14.8515;RBI=0.0214794;REFB=-0.00828002;REVB=0.00130207;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266677;STB=0.515402;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0114875;OID=.;OPOS=56000451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:13:16:10:9:13:16 chr11 56000471 . G A 156.39 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00711224;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.064;QD=14.8946;RBI=0.026775;REFB=-0.00538447;REVB=-0.0258131;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969463;STB=0.505611;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00675774;OID=.;OPOS=56000471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:12:13:9:8:12:13 chr11 56043702 . G C 769.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.198;QD=57.0306;RBI=0.0632068;REFB=0;REVB=0.060881;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147619;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr11 56086147 . T G 867.48 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8584;QD=57.8319;RBI=0.0503436;REFB=0;REVB=0.0333934;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495928;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr11 56113516 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000198398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.337;QD=59.1419;RBI=0.0354165;REFB=0;REVB=0.035416;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106364;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr11 56127746 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0113515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.394;QD=14.8342;RBI=0.0190847;REFB=-0.0146832;REVB=0.0153417;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160227;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:15:15:11:11:15:15 chr11 56128524 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00184951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.98;QD=27.2349;RBI=0.0212169;REFB=-0.00404157;REVB=0.0211361;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172835;STB=0.595661;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00166777;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:5:9:9:14:5:9 chr11 56128673 . A AT 184.14 PASS AF=0.639344;AO=33;DP=64;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0386957;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.4605;QD=12.0745;RBI=0.095367;REFB=-0.00485979;REVB=-0.0871637;RO=27;SAF=11;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659767;STB=0.516121;STBP=0.766;TYPE=ins;VARB=0.0100576;OID=.;OPOS=56128674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.639344:33:64:39:61:22:14:25:7:15:63:27:11:22:11:16 chr11 56143424 . A G 299.83 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0143741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.46;QD=16.4289;RBI=0.0144174;REFB=-0.0147651;REVB=-0.00111617;RO=40;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709478;STB=0.539975;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0149512;OID=.;OPOS=56143424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:22:11:16:24:22:11:16:24 chr11 56143570 . A G 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0124623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4127;QD=2.04804;RBI=0.0143393;REFB=0.00190871;REVB=-0.00709273;RO=69;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047216;STB=0.527161;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00536766;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:69:70:9:9:0.113924:4:5:41:28:4:5:41:29 chr11 56143690 . C A 210.11 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0504022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2758;QD=11.837;RBI=0.0519041;REFB=-0.00658055;REVB=0.0123958;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973984;STB=0.500555;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361374;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:11:15:25:19:11:15:26:19 chr11 56143696 . C T 125.24 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0396751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.7;QD=7.4768;RBI=0.0597157;REFB=-0.0447297;REVB=0.0446302;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380482;STB=0.523078;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.131008;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:46:20:21:0.313433:8:12:25:19:8:13:27:19 chr11 56185224 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0170533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.181;QD=14.6525;RBI=0.0572897;REFB=-0.0139341;REVB=-0.0546927;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00618828;OID=.;OPOS=56185224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr11 56294275 . T C 1067.1 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155504;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6954;QD=60.1185;RBI=0.0203752;REFB=0;REVB=-0.0131656;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74182e-05;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr11 56294338 . G A 1073.05 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.286;QD=57.2294;RBI=0.0334733;REFB=-0.0808947;REVB=0.0267597;RO=2;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295377;STB=0.515621;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000705994;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:31:42:0:2:31:42:0:2 chr11 56294431 . G T 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.010364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.715;QD=14.4202;RBI=0.0178925;REFB=0.00127096;REVB=0.0145853;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241877;STB=0.584613;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00178366;OID=.;OPOS=56294431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:37:27:27:0.421875:11:16:27:6:11:16:27:10 chr11 56310222 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.006724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.562;QD=19.0178;RBI=0.0209107;REFB=-0.00438959;REVB=-0.0198002;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204528;STB=0.616284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0045569;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:9:5:9:6:9:5 chr11 56310497 . C T 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0133139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.806;QD=16.0641;RBI=0.015114;REFB=-0.000698642;REVB=-0.00715337;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212057;STB=0.595997;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00059715;OID=.;OPOS=56310497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:31:26:26:0.45614:9:17:12:16:9:17:15:16 chr11 56344993 . C A 275.51 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.001112;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.646;QD=13.2774;RBI=0.00514708;REFB=-0.0078238;REVB=0.00502552;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330607;STB=0.674382;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0118281;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:31:32:0.385542:11:20:17:34:12:20:17:34 chr11 56431834 . A G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0246734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.139;QD=17.3999;RBI=0.0286738;REFB=-0.0355477;REVB=0.0146086;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0351;OID=.;OPOS=56431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:8:5:7:6:8:5 chr11 56467881 . T C 529.82 PASS AF=0.445312;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00241508;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3817;QD=16.557;RBI=0.022656;REFB=0.000830262;REVB=0.0225269;RO=71;SAF=29;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315401;STB=0.522495;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000709867;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:71:71:56:57:0.445312:27:29:39:32:28:29:39:32 chr11 56467926 . A G 748.16 PASS AF=0.441989;AO=80;DP=181;FAO=80;FDP=181;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0335519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3014;QD=16.534;RBI=0.0372709;REFB=0.007931;REVB=-0.0162293;RO=101;SAF=36;SAR=44;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10458;STB=0.558176;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0114183;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:101:101:80:80:0.441989:44:36:56:45:44:36:56:45 chr11 56468020 . TG CA,CG 2698.87 PASS AF=0.361111,0.638889;AO=65,113;DP=180;FAO=65,115;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=27,66;FSAR=38,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609333,0.0143679;FXX=0.00552456;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.357,119.462;QD=59.975;RBI=0.0121634,0.0144162;REFB=0,0;REVB=-0.0105271,-0.00117837;RO=0;SAF=27,64;SAR=38,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.04073e-08,-3.34554e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00354721,0.00175101;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:180:180:0:0:65,113:65,115:0.361111,0.638889:38,49:27,64:0:0:38,49:27,66:0:0 chr11 56468044 . T G 453.33 PASS AF=0.353333;AO=51;DP=150;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.0230161;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.844;QD=12.0888;RBI=0.0251834;REFB=-0.00586124;REVB=-0.0102206;RO=97;SAF=24;SAR=27;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863992;STB=0.560329;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0102422;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:97:97:51:53:0.353333:27:24:53:44:29:24:53:44 chr11 56468047 . AC AT,GT 2194.57 PASS AF=0.623288,0.376712;AO=87,55;DP=146;FAO=91,55;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=48,27;FSAR=43,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828379,0.00373449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.149,170.402;QD=60.1252;RBI=0.00991437,0.00428059;REFB=0,0;REVB=0.00544734,0.00209213;RO=0;SAF=45,27;SAR=42,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.519e-08,3.4002e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=4.99248e-05,0.00801098;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:146:146:0:0:87,55:91,55:0.623288,0.376712:42,28:45,27:0:0:43,28:48,27:0:0 chr11 56468111 . C T 304.45 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00437442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.852;QD=10.5894;RBI=0.0230855;REFB=-0.024076;REVB=-0.0226673;RO=75;SAF=17;SAR=22;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475328;STB=0.501133;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0378838;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:75:76:39:39:0.33913:22:17:33:42:22:17:33:43 chr11 56468155 . T G 475.03 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0340967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.219;QD=24.3606;RBI=0.0342782;REFB=-0.0189815;REVB=-0.00352327;RO=33;SAF=24;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607865;STB=0.533319;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0166628;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:21:24:15:18:21:24:15:18 chr11 56468198 . A G 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0228612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.451;QD=16.1641;RBI=0.0353916;REFB=-0.0476653;REVB=-0.0270173;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104485;STB=0.558788;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.044277;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:18:23:15:18:18:23 chr11 56468200 . C T 288.69 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0214868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8519;QD=15.6046;RBI=0.0290395;REFB=0.00446736;REVB=0.0195349;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104485;STB=0.558788;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0049655;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:18:23:15:18:18:23 chr11 56468202 . G A 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00488383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.004;QD=17.0588;RBI=0.0199792;REFB=-0.0426379;REVB=0.0193731;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934546;STB=0.552398;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.038924;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:15:18:17:21:15:18:17:21 chr11 56468212 . G A 300.99 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0124972;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.324;QD=16.2696;RBI=0.023878;REFB=-0.0150555;REVB=0.0203465;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987449;STB=0.555522;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0143433;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:17:24:16:17:17:24 chr11 56468259 . C T 455.39 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0179176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.907;QD=22.7693;RBI=0.0189265;REFB=-0.0508578;REVB=0.00609686;RO=30;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111742;STB=0.580371;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0359554;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:30:36:43:44:0.55:25:18:17:13:25:19:22:14 chr11 56468368 . C T 415.45 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=149;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0162084;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.028;QD=11.2283;RBI=0.0377287;REFB=-0.0136677;REVB=-0.0340696;RO=98;SAF=21;SAR=29;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811256;STB=0.546703;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0353798;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:98:98:50:50:0.337838:29:21:48:50:29:21:48:50 chr11 56468403 . G A 335.47 PASS AF=0.313869;AO=43;DP=137;FAO=43;FDP=137;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00513964;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3164;QD=9.79472;RBI=0.00592477;REFB=-0.0124772;REVB=0.00294738;RO=94;SAF=18;SAR=25;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717591;STB=0.541776;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.024231;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:94:94:43:43:0.313869:25:18:45:49:25:18:45:49 chr11 56468416 . G A 225.56 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0759772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.737;QD=7.10423;RBI=0.0903744;REFB=-0.0125037;REVB=0.0489386;RO=94;SAF=14;SAR=19;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678931;STB=0.540737;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0371489;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:94:33:33:0.259843:19:14:45:49:19:14:45:49 chr11 56468448 . AA GT 204.85 PASS AF=0.277778;AO=29;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0109324;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=147.838;QD=7.58715;RBI=0.0160682;REFB=0.000162712;REVB=-0.0117758;RO=78;SAF=15;SAR=14;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416547;STB=0.513035;STBP=0.88;TYPE=mnp;VARB=-0.000432139;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:29:30:0.277778:14:15:43:35:14:16:43:35 chr11 56468452 . A C 207.49 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0414795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.414;QD=7.61433;RBI=0.0535676;REFB=-0.00425849;REVB=-0.0338959;RO=78;SAF=16;SAR=14;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219169;STB=0.51723;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00795198;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:79:30:30:0.275229:14:16:43:35:14:16:44:35 chr11 56468493 . A G 551.2 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0576078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5528;QD=26.8876;RBI=0.0576603;REFB=-0.000839887;REVB=-0.00245906;RO=32;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520222;STB=0.52832;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000583227;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:19:31:22:10:19:31:22:10 chr11 56468554 . A C 1004.69 PASS AF=0.666667;AO=85;DP=129;FAO=86;FDP=129;FR=.;FRO=43;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00842308;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5805;QD=31.1531;RBI=0.0361912;REFB=-0.0165792;REVB=-0.0351973;RO=43;SAF=51;SAR=34;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181941;STB=0.508133;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00906793;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:43:43:85:86:0.666667:34:51:27:16:34:52:27:16 chr11 56468560 . TA CG 973.71 PASS AF=0.661417;AO=84;DP=128;FAO=84;FDP=127;FR=.;FRO=43;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0395776;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.018;QD=30.6681;RBI=0.039968;REFB=-0.0187916;REVB=0.00557266;RO=42;SAF=53;SAR=31;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235479;STB=0.509511;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=0.0100056;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:42:43:84:84:0.661417:31:53:25:17:31:53:26:17 chr11 56468637 . C T 413.91 PASS AF=0.321429;AO=54;DP=168;FAO=54;FDP=168;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=74;FSRR=40;FWDB=-0.0171999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.365;QD=9.85503;RBI=0.019727;REFB=-0.0192272;REVB=-0.00966011;RO=112;SAF=27;SAR=27;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188977;STB=0.601155;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0446098;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:112:114:54:54:0.321429:27:27:74:38:27:27:74:40 chr11 56468646 . C T 400.76 PASS AF=0.313609;AO=53;DP=169;FAO=53;FDP=169;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=42;FWDB=-0.0342376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.022;QD=9.48537;RBI=0.0345648;REFB=0.000652148;REVB=0.00474456;RO=114;SAF=27;SAR=26;SRF=73;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155596;STB=0.588493;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00120265;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:114:116:53:53:0.313609:26:27:73:41:26:27:74:42 chr11 56468694 . C T 261.89 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=-0.0448594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4422;QD=8.51657;RBI=0.0448661;REFB=-0.00947365;REVB=-0.000778009;RO=85;SAF=16;SAR=20;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280541;STB=0.661292;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0189587;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:87:36:36:0.292683:20:16:58:27:20:16:59:28 chr11 56468699 . T A 244.62 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.0157267;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8102;QD=8.36297;RBI=0.0162797;REFB=-0.00476692;REVB=-0.00420721;RO=82;SAF=14;SAR=20;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303576;STB=0.680174;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00851855;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:82:83:34:34:0.290598:20:14:55:27:20:14:56:27 chr11 56468704 . T C 216.75 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.0037165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1273;QD=7.81074;RBI=0.018542;REFB=-0.0168379;REVB=0.0181657;RO=80;SAF=14;SAR=17;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238197;STB=0.640325;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0445313;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:80:31:31:0.279279:17:14:52:28:17:14:52:28 chr11 56468720 . T C 224.99 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0210784;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.836;QD=10.714;RBI=0.0249853;REFB=-0.00869426;REVB=-0.0134151;RO=57;SAF=10;SAR=16;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33947;STB=0.662143;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0140054;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:57:56:26:28:0.333333:16:10:39:18:16:12:38:18 chr11 56508541 . C T 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0150216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8556;QD=15.1702;RBI=0.0150343;REFB=-0.0105756;REVB=0.000618371;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113823;STB=0.565638;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0146735;OID=.;OPOS=56508541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:14:10:9:8:14:10 chr11 56510672 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.786;QD=44.6898;RBI=0.0558357;REFB=0;REVB=-0.00122499;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509172;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 56511160 . A G 217.85 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00190717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.105;QD=16.7576;RBI=0.00217229;REFB=-0.000612787;REVB=0.00103997;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294527;STB=0.666528;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000678241;OID=.;OPOS=56511160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:8:16:10:18:8:16:10:18 chr11 56756399 . G T 208.12 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0200052;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.25;QD=16.009;RBI=0.0218638;REFB=-0.00105707;REVB=0.00882148;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162328;STB=0.57686;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00209033;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:26:28:23:24:0.461538:11:12:18:8:12:12:18:10 chr11 56756664 . G A,T 1111.74 PASS AF=0.946667,0.0533333;AO=70,5;DP=75;FAO=71,4;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010306,-0.0145398;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1603,158.683;QD=59.293;RBI=0.0161778,0.0187251;REFB=0,0;REVB=-0.0124702,0.0117994;RO=0;SAF=40,3;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00290806,0.107552;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:75:75:0:0:70,5:71,4:0.946667,0.0533333:30,2:40,3:0:0:30,2:41,2:0:0 chr11 56949691 . G A 210.19 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0231988;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.484;QD=18.2774;RBI=0.0358198;REFB=-0.012149;REVB=0.0272924;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111266;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0166887;OID=.;OPOS=56949691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:11:14:12:9:11:14 chr11 56954846 . C T 638.27 PASS AF=0.481481;AO=63;DP=133;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0118012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.769;QD=18.9117;RBI=0.0147576;REFB=-0.0237665;REVB=0.00886108;RO=70;SAF=36;SAR=27;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135478;STB=0.564782;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0278411;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:70:70:63:65:0.481481:27:36:30:40:29:36:30:40 chr11 56956516 . G A 158.11 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0673623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.19;QD=9.88186;RBI=0.0689174;REFB=-0.0192307;REVB=0.0145578;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543984;STB=0.523147;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0236621;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:11:10:18:24:11:10:19:24 chr11 57004344 . G T 173.77 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00592642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.859;QD=19.308;RBI=0.00765492;REFB=-0.0207508;REVB=0.00484513;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210219;STB=0.615253;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0177002;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:17:18:0.5:6:11:7:10:6:12:8:10 chr11 57004577 . C T 444.27 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00900827;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3704;QD=17.4224;RBI=0.0110862;REFB=-0.0217756;REVB=0.00646178;RO=55;SAF=17;SAR=31;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17086;STB=0.599621;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0332858;OID=.;OPOS=57004577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:54:48:48:0.470588:31:17:29:26:31:17:29:25 chr11 57077464 . T C 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0251134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4264;QD=58.2248;RBI=0.0689869;REFB=-0.0504174;REVB=-0.0642535;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00254846;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:26:45:0:0:26:45:1:0 chr11 57137371 . G A 365.84 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0198085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.447;QD=18.7608;RBI=0.0199492;REFB=-0.0272441;REVB=-0.00236454;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716168;STB=0.539898;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0259645;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:19:21:17:21:19:21 chr11 57137424 . C T 1157.61 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.141514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1009;QD=59.3647;RBI=0.143515;REFB=-0.124623;REVB=0.0238773;RO=1;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141253;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00205995;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:77:77:0.987179:44:33:1:0:44:33:1:0 chr11 57147016 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.373;QD=61.8523;RBI=0.019066;REFB=0;REVB=0.0189887;RO=0;SAF=60;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27603e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:23:60:0:0:23:60:0:0 chr11 57148175 . A G 1607.63 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.23;QD=58.9955;RBI=0.0184393;REFB=-0.165534;REVB=-0.0124401;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.504761;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-4.36086e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:56:52:0:0:56:52:1:0 chr11 57155001 . G A 2306.63 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184485;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.358;QD=59.526;RBI=0.0193783;REFB=-0.080252;REVB=0.00593058;RO=2;SAF=71;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000886812;STB=0.500466;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000949088;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:155:2:2:153:153:0.987097:82:71:1:1:82:71:1:1 chr11 57155288 . T C 2990.46 PASS AF=0.989583;AO=190;DP=193;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.023099;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.391;QD=62.3012;RBI=0.0387056;REFB=-0.149308;REVB=0.0310573;RO=0;SAF=99;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69566e-08;STB=0.505434;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000208643;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:192:0:2:190:190:0.989583:91:99:0:0:91:99:0:2 chr11 57157405 . A G 244.08 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00261636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0666;QD=30.5095;RBI=0.105628;REFB=-0.00469894;REVB=-0.105595;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567528;STB=0.531222;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00734696;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:6:4:11:11:6:4 chr11 57313469 . C G 2676.0 PASS AF=0.924242;AO=183;DP=198;FAO=183;FDP=198;FR=.;FRO=15;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.03819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6108;QD=54.0607;RBI=0.0672978;REFB=-0.165147;REVB=0.0554123;RO=13;SAF=91;SAR=92;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529724;STB=0.517068;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0131531;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:198:198:13:15:183:183:0.924242:92:91:1:12:93:90:4:11 chr11 57353983 . T G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00147508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.145;QD=51.5087;RBI=0.00188058;REFB=0.0370761;REVB=-0.00116649;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000226468;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:17:9:0:0:17:9:0:1 chr11 57463500 . T C 871.23 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0642923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5278;QD=56.2084;RBI=0.0797778;REFB=-0.0905448;REVB=0.0472334;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00161082;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:0:1:36:25:0:1 chr11 57466652 . C T 147.6 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0233782;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.341;QD=9.22517;RBI=0.0262412;REFB=-0.00479226;REVB=-0.0119188;RO=43;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302763;STB=0.68652;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00863177;OID=.;OPOS=57466652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:44:20:20:0.3125:14:6:24:19:14:6:25:19 chr11 57468129 . T C 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.006;QD=61.8498;RBI=0.0825181;REFB=0;REVB=0.0426078;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276657;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr11 57571232 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.839;QD=63.5781;RBI=0.0380931;REFB=0;REVB=-0.0379797;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220692;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 57798723 . A G 939.52 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033353;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.971;QD=58.7198;RBI=0.0356528;REFB=0;REVB=0.0125976;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220838;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:29:35:0:0 chr11 57798942 . A G 787.44 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190833;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.478;QD=57.2683;RBI=0.0216862;REFB=0;REVB=-0.0103014;RO=0;SAF=11;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55521e-06;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:44:11:0:0:44:11:0:0 chr11 57947264 . C G 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.537;QD=55.6061;RBI=0.0389201;REFB=0.0584296;REVB=0.0106533;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000129009;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:21:37:0:0:21:37:0:1 chr11 57948952 . G A,C 722.43 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305337,0.0188322;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.855,166.887;QD=56.6609;RBI=0.0592811,0.0427847;REFB=0,0;REVB=0.0508129,0.0384172;RO=0;SAF=31,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.58521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00229155,-0.0916374;OID=.,.;OPOS=57948952,57948952;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:18,1:31,1:0:0:19,0:31,1:0:0 chr11 57958775 . C T 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.514;QD=63.1934;RBI=0.0385632;REFB=0;REVB=0.0244041;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107472;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr11 57958972 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9824;QD=58.5875;RBI=0.0434588;REFB=0;REVB=-0.0406055;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114804;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr11 57971171 . C T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0403149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.857;QD=3.02367;RBI=0.0494367;REFB=-0.014146;REVB=-0.0286128;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210317;STB=0.632065;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0386605;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:48:50:8:8:0.137931:5:3:11:37:5:3:12:38 chr11 57971195 . G A 781.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0919;QD=63.8269;RBI=0.037491;REFB=0;REVB=0.0250964;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281629;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:33:15:0:0:33:16:0:0 chr11 57971201 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.08;QD=64.4147;RBI=0.0202674;REFB=0;REVB=-0.0161247;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115471;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr11 57982229 . A G 857.71 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304867;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.915;QD=57.1808;RBI=0.0366061;REFB=0;REVB=0.0202624;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178695;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:27:30:0:0:30:30:0:0 chr11 57982584 . T C 819.95 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00338223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6076;QD=55.5898;RBI=0.0250364;REFB=-0.137757;REVB=0.0248069;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254817;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00236165;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:40:18:1:0:40:18:1:0 chr11 57982620 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.64;QD=59.3221;RBI=0.0175463;REFB=0;REVB=-0.0139777;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87878e-06;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr11 57982726 . G T 740.21 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.996;QD=62.9963;RBI=0.0401269;REFB=0;REVB=-0.00370425;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111065;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:16:31:0:0 chr11 57982763 . A G 400.18 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1883;QD=53.3572;RBI=0.0274238;REFB=-0.170544;REVB=0.00498219;RO=1;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0148909;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:6:23:0:1:6:23:0:1 chr11 57982832 . T A 281.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7581;QD=51.1774;RBI=0.115219;REFB=0;REVB=0.0628958;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00540504;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr11 57982896 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.363;QD=58.4197;RBI=0.0316856;REFB=0;REVB=-0.0274437;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88911e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr11 57983194 . A G 747.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.53;QD=63.6316;RBI=0.128597;REFB=0;REVB=-0.00996881;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131644;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr11 57996223 . A G 360.71 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.00735503;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.787;QD=22.1976;RBI=0.00973388;REFB=-0.0165039;REVB=0.00637588;RO=29;SAF=10;SAR=25;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16108;STB=0.583482;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.017767;OID=.;OPOS=57996223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:29:29:35:36:0.553846:25:10:4:25:26:10:4:25 chr11 57996312 . C G 1274.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.538;QD=61.4304;RBI=0.0506393;REFB=0;REVB=-0.0318153;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4205e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:45:37:0:0:45:38:0:0 chr11 58034543 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000984733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.559;QD=57.5441;RBI=0.00376331;REFB=0;REVB=0.00363219;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73025e-05;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr11 58123152 . T C 1048.37 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00244509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.103;QD=58.2426;RBI=0.034493;REFB=-0.048429;REVB=0.0344062;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000178079;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:30:41:0:1:30:41:0:1 chr11 58125620 . T C 1193.76 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104066;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.82;QD=61.2186;RBI=0.0530017;REFB=0;REVB=-0.05197;RO=0;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60049e-05;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:26:52:0:0:26:52:0:0 chr11 58126305 . A T 559.68 PASS AF=0.851064;AO=37;DP=46;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0010892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.847;QD=47.6325;RBI=0.00121648;REFB=0.00565727;REVB=-0.000541728;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.574432;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000505635;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:47:0:7:37:40:0.851064:19:18:0:0:20:20:7:0 chr11 58207204 . A G 1070.39 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.339;QD=58.6514;RBI=0.0266997;REFB=-0.090678;REVB=0.0125372;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323644;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr11 58318619 . C G 1276.13 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000360131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.089;QD=59.3548;RBI=0.00560611;REFB=-0.145837;REVB=-0.00559453;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.513155;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000358805;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:86:1:2:84:84:0.976744:37:47:0:1:37:47:0:2 chr11 58602309 . C T 772.66 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00473811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1231;QD=61.8128;RBI=0.0204091;REFB=-0.0761294;REVB=0.0198515;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00154524;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:2:1:48:49:0.98:24:24:1:1:25:24:1:0 chr11 58940178 . GC G,GG 201.26 PASS AF=0.88,0.12;AO=14,3;DP=23;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183471,0.125807;FXX=0.0384468;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1389,11.5911;QD=32.2011;RBI=0.211505,0.173197;REFB=-0.0556913,-0.0547749;REVB=0.105227,0.119036;RO=4;SAF=12,0;SAR=2,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233203,-0.683038;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0307641,-0.0382286;OID=.,.;OPOS=58940179,58940179;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.12:14,3:23:22,3:25:0:15,0:7,3:0:0:14:4:12,0:2,3:2:2 chr11 58973982 . GTA G 429.67 PASS AF=0.655738;AO=29;DP=72;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0566362;FXX=0.164361;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.775;QD=28.1752;RBI=0.0652447;REFB=-0.0907941;REVB=0.0323916;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315414;STB=0.705076;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.020412;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655738:29:72:40:61:21:9:31:16:5:99:26:7:22:15:11 chr11 58978940 . C T 414.3 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0160348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9523;QD=18.4133;RBI=0.0282921;REFB=-0.0209559;REVB=-0.0233094;RO=47;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124891;STB=0.512695;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0357263;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:42:43:0.477778:20:22:24:23:20:23:24:23 chr11 58982071 . C T 169.35 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0447381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4993;QD=15.7538;RBI=0.090023;REFB=-0.0341225;REVB=-0.0781194;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706433;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0411435;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:8:10:15:9:8:10:15:10 chr11 59058590 . C G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.415;QD=64.2853;RBI=0.043631;REFB=0;REVB=0.0435659;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19762e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr11 59132798 . G C 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00573868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3132;QD=13.053;RBI=0.0165611;REFB=-0.0202591;REVB=0.015535;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100636;STB=0.564899;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0288794;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:21:13:11:12:22:13 chr11 59132882 . A G 100.1 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00455236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.028;QD=15.4007;RBI=0.051697;REFB=-0.00784413;REVB=0.0514962;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287531;STB=0.677187;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0110204;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:3:8:13:1:4:8:13:1 chr11 59189915 . C T 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00557848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.375;QD=21.3987;RBI=0.00914125;REFB=-0.0323604;REVB=0.00724175;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111131;STB=0.561401;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.025111;OID=.;OPOS=59189915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:17:11:18:16:17:11 chr11 59211188 . G A 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3499;QD=63.2815;RBI=0.0411756;REFB=0;REVB=0.00939951;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586168;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr11 59211265 . T C 255.59 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.686;QD=51.118;RBI=0.103959;REFB=0;REVB=0.038019;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086609;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr11 59224720 . A G 1472.58 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.108;QD=63.3367;RBI=0.0805865;REFB=0;REVB=-0.0491135;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68115e-05;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:38:54:0:0:38:55:0:0 chr11 59271382 . AT A 73.45 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0594062;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.0681;QD=15.4636;RBI=0.110823;REFB=-0.110769;REVB=0.0935559;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=del;VARB=0.0698239;OID=.;OPOS=59271383;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:10:20:12:19:7:6:6:3:4:29:7:4:6:3:4 chr11 59271637 . T C 402.5 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00223447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.165;QD=15.6309;RBI=0.00336849;REFB=-0.015003;REVB=-0.00252069;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930706;STB=0.552119;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0229405;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:22:23:35:23:22:23:35:23 chr11 59323951 . G A 2071.68 PASS AF=0.978417;AO=135;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0108008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.109;QD=59.6166;RBI=0.0117462;REFB=-0.169869;REVB=0.00461689;RO=3;SAF=71;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583155;STB=0.503128;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000332175;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:3:3:135:136:0.978417:64:71:2:1:65:71:2:1 chr11 59362601 . TCCCCA TCCC,TCCCA 57.16 PASS AF=0,0.588235;AO=3,5;DP=19;FAO=0,10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0965085,0.183451;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=191.655,13.2391;QD=13.449;RBI=0.0990255,0.189186;REFB=-0.0153352,-0.10311;REVB=0.0221848,0.046226;RO=10;SAF=2,1;SAR=1,4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.331034,0.331034;SSSB=0.37802,-0.141542;STB=0.5,0.507028;STBP=1,0.999;TYPE=del,del;VARB=0,0.0963369;OID=.,.;OPOS=59362605,59362602;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCC,TCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.588235:3,5:19:0,10:17:7:0,3:0,7:2:5:33:10:2,1:1,4:3:7 chr11 59480951 . T C 382.66 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.486;QD=52.7808;RBI=0.0163328;REFB=-0.165788;REVB=0.00392859;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00113566;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr11 59573980 . C T 336.64 PASS AF=0.604167;AO=27;DP=46;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00563223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.034;QD=28.0531;RBI=0.00678677;REFB=-0.0208142;REVB=0.00378658;RO=19;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14399;STB=0.560931;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0126553;OID=.;OPOS=59573980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:19:19:27:29:0.604167:5:22:13:6:6:23:13:6 chr11 59814173 . G A 319.44 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00674552;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.129;QD=20.6089;RBI=0.00675439;REFB=0.00387481;REVB=-0.000346181;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239195;STB=0.513266;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00397329;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:14:15:18:15:14:15 chr11 59831716 . C A 564.45 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0121087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.432;QD=24.2775;RBI=0.0134306;REFB=-0.0181908;REVB=0.00581037;RO=41;SAF=19;SAR=33;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643359;STB=0.535198;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0124394;OID=.;OPOS=59831716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:33:19:12:29:33:19:12:29 chr11 59837097 . C T 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0149398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.43;QD=17.0661;RBI=0.0207927;REFB=-0.00126751;REVB=-0.0144617;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124484;STB=0.569585;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0019075;OID=.;OPOS=59837097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:18:20:30:16:18:20:30:16 chr11 59837721 . T TTATGAAAA 59.68 PASS AF=0.214286;AO=7;DP=51;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00100222;FXX=0;HRUN=2;LEN=8;MLLD=347.349;QD=5.68384;RBI=0.00134323;REFB=-0.00197139;REVB=0.000894332;RO=42;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141807;STB=0.565077;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=0.0072687;OID=.;OPOS=59837722;OREF=-;OALT=TATGAAAA;OMAPALT=TTATGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:7:51:9:42:33:4:5:12:21:59:42:4:3:19:23 chr11 59945745 . T C 362.65 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0412382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4173;QD=45.3312;RBI=0.0435516;REFB=-0.0901973;REVB=0.0140053;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444442;STB=0.504481;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00400462;OID=.;OPOS=59945745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:2:4:28:28:0.875:15:13:1:1:15:13:2:2 chr11 59946302 . C T 611.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.537;QD=61.1297;RBI=0.00690542;REFB=0;REVB=-0.00633719;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37658e-07;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:27:9:0:0:27:13:0:0 chr11 60050125 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0259001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.701;QD=14.7663;RBI=0.0309469;REFB=0.00136411;REVB=-0.0169381;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255406;STB=0.514511;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00198889;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:12:13:18:15:12:13:18:15 chr11 60070176 . A G 365.58 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0283447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1164;QD=17.2038;RBI=0.0301819;REFB=-0.0187206;REVB=-0.0103696;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210902;STB=0.617851;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0285106;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:16:23:17:29:16:23:17:29 chr11 60073597 . C T 2339.02 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0280912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3185;QD=62.3738;RBI=0.0301473;REFB=-0.019174;REVB=0.0109425;RO=2;SAF=84;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174485;STB=0.500917;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00172361;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:64:84:1:1:64:84:1:1 chr11 60105313 . T C 421.83 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.00129483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4636;QD=13.4984;RBI=0.0175918;REFB=-0.000840765;REVB=-0.0175441;RO=76;SAF=25;SAR=24;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116824;STB=0.565974;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00129582;OID=.;OPOS=60105313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:76:49:49:0.392:24:25:47:29:24:25:47:29 chr11 60105366 . T C 554.52 PASS AF=0.593023;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00169024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.132;QD=25.7915;RBI=0.026237;REFB=-0.00801742;REVB=0.0261825;RO=35;SAF=32;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121188;STB=0.559787;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00589688;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:35:35:50:51:0.593023:18:32:17:18:19:32:17:18 chr11 60152563 . T A 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.096;QD=64.0163;RBI=0.0572111;REFB=0;REVB=0.0496153;RO=0;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111554;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:31:67:0:0:31:67:0:0 chr11 60152584 . G A 1593.89 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384525;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3451;QD=60.1469;RBI=0.0422488;REFB=0;REVB=-0.0175034;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45434e-05;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:38:68:0:0:38:68:0:0 chr11 60157107 . T G 575.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.418;QD=60.625;RBI=0.0465042;REFB=0;REVB=0.0322604;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130287;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr11 60157166 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.502;QD=55.6561;RBI=0.0185767;REFB=0;REVB=0.0166963;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41958e-05;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr11 60162389 . C T 940.02 PASS AF=0.46729;AO=100;DP=214;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.0135183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9621;QD=17.5704;RBI=0.0602242;REFB=-0.0107029;REVB=-0.0586873;RO=114;SAF=40;SAR=60;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148124;STB=0.581904;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0184511;OID=.;OPOS=60162389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:114:114:100:100:0.46729:60:40:63:51:60:40:63:51 chr11 60165352 . ATT A 1589.14 PASS AF=1;AO=124;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303749;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.093;QD=49.6607;RBI=0.0306164;REFB=0;REVB=-0.00383809;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.10781e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:130:128:128:0:67:61:0:0:28:0:64:60:0:0 chr11 60172087 . C T 489.6 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.225;QD=55.9543;RBI=0.0851122;REFB=0;REVB=0.0120211;RO=2;SAF=13;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130553;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:2:0:32:35:1:19:13:2:0:19:16:0:0 chr11 60173360 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.856;QD=47.8178;RBI=0.0216194;REFB=0;REVB=0.00660386;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241766;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:7:9:0:0 chr11 60182970 . A T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00177913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.557;QD=22.5346;RBI=0.00605078;REFB=-0.0115609;REVB=-0.00578331;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583233;STB=0.532676;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0102112;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:6:9:10:9:6:9 chr11 60184191 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.015977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.043;QD=11.1313;RBI=0.0227218;REFB=-0.0196822;REVB=-0.0161559;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349124;STB=0.703363;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0286728;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:3:14:5:5:3:14 chr11 60198328 . C T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.105655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7753;QD=13.4155;RBI=0.111347;REFB=0.0243743;REVB=0.035146;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119208;STB=0.56807;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0380385;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:22:15:13:12:22:15 chr11 60264947 . C T 271.22 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0142373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.538;QD=19.3727;RBI=0.050272;REFB=-0.0205849;REVB=0.0482138;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112359;STB=0.552789;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0197037;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:15:14:16:10:15:14:16:11 chr11 60265002 . C T 289.09 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00535445;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.022;QD=18.6511;RBI=0.0329812;REFB=-0.000851243;REVB=-0.0325436;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868824;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000590499;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:31:31:31:0.5:14:17:13:16:14:17:14:17 chr11 60285575 . A G,T 2215.54 PASS AF=0.94702,0.0463576;AO=143,6;DP=150;FAO=143,7;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=87,7;FSAR=56,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00332488,-0.00413469;FXX=0.0194793;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.057,122.745;QD=58.6897;RBI=0.00597536,0.00736134;REFB=-0.120796,0.00331576;REVB=0.00496488,0.00609046;RO=0;SAF=87,6;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.32469e-08,0;STB=0.502857,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000294607,0.0568;OID=.,.;OPOS=60285575,60285575;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:150:151:0:1:143,6:143,7:0.94702,0.0463576:56,0:87,6:0:0:56,0:87,7:1:0 chr11 60291413 . C T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000471092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.231;QD=17.4533;RBI=0.0404611;REFB=-0.0230608;REVB=-0.0404584;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075151;STB=0.542271;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0244126;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:16:13:10:17:16:13 chr11 60296879 . C T 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00481804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.612;QD=13.9503;RBI=0.072286;REFB=-0.0107098;REVB=-0.0721252;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371935;STB=0.527456;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0151214;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:50:33:33:0.39759:15:18:25:24:15:18:25:25 chr11 60504436 . T C 64.17 PASS AF=0.3;AO=10;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00652538;FXX=0.0322477;HRUN=16;LEN=1;MLLD=186.722;QD=8.55591;RBI=0.00957711;REFB=-0.0034605;REVB=0.00701002;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799994;STB=0.666222;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00521234;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:20:21:10:9:0.3:2:8:15:5:1:8:16:5 chr11 60531264 . A G 441.13 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00273928;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.277;QD=22.0566;RBI=0.00447979;REFB=-0.00897743;REVB=0.00354469;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151714;STB=0.502629;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0073716;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:37:43:43:0.5375:23:20:17:21:23:20:17:20 chr11 60531346 . T G 226.47 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=59;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00827229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.705;QD=14.3788;RBI=0.0287548;REFB=-0.0180365;REVB=0.0275392;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115032;STB=0.531891;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0169744;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:34:36:23:27:0.428571:9:14:17:17:12:15:18:18 chr11 60559805 . A G 699.52 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478843;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.859;QD=54.864;RBI=0.0535623;REFB=-0.102223;REVB=0.0240004;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280455;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr11 60610065 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0213393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.755;QD=52.6961;RBI=0.022453;REFB=-0.0359626;REVB=-0.00698372;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.519992;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000252769;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:2:0:25:24:2:0 chr11 60620585 . A G 661.9 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.384;QD=61.5719;RBI=0.0407974;REFB=0;REVB=-0.021989;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290268;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr11 60620590 . C G 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2646;QD=62.3389;RBI=0.0400344;REFB=0;REVB=0.00861264;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007294;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr11 60635091 . T C 175.61 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7718;QD=46.8305;RBI=0.0314059;REFB=0;REVB=0.00923186;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909276;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 60637164 . C T 181.5 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.21328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.412;QD=42.7046;RBI=0.215865;REFB=-0.0048321;REVB=0.0333082;RO=1;SAF=0;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844787;STB=0.516109;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00212118;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:15:0:1:0:15:1:0:1 chr11 60638461 . C T 1283.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.867;QD=61.8646;RBI=0.0171802;REFB=0;REVB=0.00868136;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79615e-05;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:35:48:0:0 chr11 60638470 . A G 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.68;QD=61.0467;RBI=0.0103394;REFB=0;REVB=0.0094752;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68127e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr11 60689445 . T C 1171.82 PASS AF=0.987654;AO=65;DP=65;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.224786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.942;QD=57.8676;RBI=0.224847;REFB=-0.200054;REVB=-0.0052455;RO=0;SAF=3;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47565e-08;STB=0.51351;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00806345;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:81:0:1:65:80:0.987654:62:3:0:0:62:18:1:0 chr11 60695301 . C A 1879.01 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=128;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0337028;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.692;QD=59.1813;RBI=0.043638;REFB=-0.0161315;REVB=0.0277199;RO=3;SAF=65;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00640866;STB=0.507575;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000197196;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:127:3:2:124:125:0.984252:59:65:2:1:60:65:2:0 chr11 60696170 . C T 266.94 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.000838611;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.957;QD=13.5159;RBI=0.0185851;REFB=-0.0272131;REVB=0.0185662;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10381;STB=0.557381;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0332027;OID=.;OPOS=60696170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:48:31:31:0.392405:12:19:21:20:12:19:25:23 chr11 60703777 . G A 1152.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.666;QD=59.8602;RBI=0.0913882;REFB=0;REVB=0.0668453;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537326;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:24:50:0:0:26:51:0:0 chr11 60705454 . A G 777.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9258;QD=56.5437;RBI=0.0285241;REFB=0;REVB=0.0226008;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102837;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr11 60776186 . C T 219.01 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0051664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.523;QD=23.6763;RBI=0.00521707;REFB=-0.0119039;REVB=0.000725285;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00694671;OID=.;OPOS=60776186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:8:8:10:11:8:8 chr11 60776306 . C T 92.2 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.072499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.95;QD=18.4398;RBI=0.072499;REFB=0.00179271;REVB=8.81797e-05;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3166;STB=0.681098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-5.36828e-05;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:2:7:4:7:2:7 chr11 60785352 . A G 240.52 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00685595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.558;QD=21.3793;RBI=0.0167458;REFB=-0.00877001;REVB=-0.015278;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303794;STB=0.653704;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00716206;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:23:23:0.511111:6:17:8:12:6:17:10:12 chr11 60785464 . G A 141.3 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0721432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.811;QD=21.7385;RBI=0.0723491;REFB=-0.0103;REVB=-0.0054551;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00802928;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr11 60892606 . A G 428.13 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.148;QD=55.2427;RBI=0.128366;REFB=0;REVB=-0.0254858;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326142;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:16:14:1:0:16:15:0:0 chr11 60893235 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.143;QD=62.6711;RBI=0.0332778;REFB=0;REVB=0.0120541;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30346e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr11 60899767 . A G 676.64 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0403932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2065;QD=60.1458;RBI=0.0516682;REFB=0.0580156;REVB=0.0322178;RO=1;SAF=38;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720278;STB=0.538443;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00274423;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:6:38:0:1:6:38:0:1 chr11 61106892 . G C 830.73 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8322;QD=57.292;RBI=0.0162363;REFB=0;REVB=-0.00852772;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218988;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:45:13:0:0:45:13:0:0 chr11 61108974 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2593;QD=57.1947;RBI=0.0647385;REFB=0;REVB=0.0297843;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877696;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr11 61112802 . C T 591.38 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00778758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3089;QD=56.3221;RBI=0.0109929;REFB=0.00781479;REVB=-0.00775866;RO=2;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585022;STB=0.531234;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000455712;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:15:25:0:2:15:25:0:2 chr11 61165280 . G A 1475.38 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975058;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.875;QD=63.4573;RBI=0.0146635;REFB=0;REVB=0.0109519;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84718e-05;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr11 61165731 . C CA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221088;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=302.113;QD=42.1827;RBI=0.0306575;REFB=0;REVB=0.0212388;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000372995;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:3:8:0:0:4:0:3:8:0:0 chr11 61165741 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.942;QD=39.2068;RBI=0.0134238;REFB=0;REVB=0.00557053;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235668;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 61166306 . G A 453.86 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3766;QD=56.7322;RBI=0.0250999;REFB=0;REVB=0.0213672;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108533;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:23:8:0:0:24:8:0:0 chr11 61179285 . G A 1274.98 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00165403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.212;QD=59.3015;RBI=0.0123225;REFB=-0.140318;REVB=-0.012211;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.512497;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00168659;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:45:39:1:0:45:39:2:0 chr11 61204361 . A C 1292.88 PASS AF=0.977273;AO=82;DP=85;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8263;QD=58.767;RBI=0.0161232;REFB=-0.00252993;REVB=0.000417661;RO=2;SAF=48;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193221;STB=0.509998;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000211587;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:88:2:2:82:86:0.977273:34:48:2:0:37:49:2:0 chr11 61249383 . C A 857.29 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.20106e-05;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2489;QD=58.1213;RBI=0.0404872;REFB=0;REVB=0.0404872;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192287;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr11 61277698 . A G 193.64 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00555616;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.21;QD=11.9162;RBI=0.0198657;REFB=-0.0197113;REVB=0.0190729;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120286;STB=0.57441;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0317106;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:41:24:24:0.369231:9:15:29:11:9:15:30:11 chr11 61277775 . A G 312.0 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0304352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.828;QD=15.7972;RBI=0.0304848;REFB=-0.0137294;REVB=-0.00173719;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117626;STB=0.550534;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0166263;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:44:44:33:35:0.443038:15:18:29:15:15:20:29:15 chr11 61277885 . G A 421.7 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.00296001;FXX=0.0120467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.8;QD=20.5708;RBI=0.00871918;REFB=-0.0288433;REVB=-0.00820137;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199168;STB=0.580709;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0227692;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:40:42:42:0.512195:17:25:30:7:17:25:30:10 chr11 61278246 . T C 165.62 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.031264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3484;QD=11.422;RBI=0.0671453;REFB=-0.00353366;REVB=-0.0594227;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114941;STB=0.531615;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.01304;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:37:21:21:0.362069:7:14:23:12:7:14:23:14 chr11 61487690 . G A 1495.63 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.076333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4948;QD=62.3178;RBI=0.0771562;REFB=-0.0284773;REVB=0.0112407;RO=1;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00190407;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:47:48:0:1:47:48:0:1 chr11 61505168 . G A 1246.59 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.02;QD=61.5599;RBI=0.0207747;REFB=0;REVB=0.00645481;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12078e-05;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr11 61534872 . A C 799.05 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1458;QD=63.9237;RBI=0.0421441;REFB=0;REVB=0.0401337;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163974;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr11 61551356 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.091;QD=58.5857;RBI=0.0202679;REFB=0;REVB=0.0194096;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255446;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr11 61564299 . G A,T 128.25 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,10;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974979,-0.000254146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.533,181.953;QD=42.7489;RBI=0.0160108,0.00175554;REFB=0,0;REVB=0.0126999,0.00173705;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0295957,-0.00752165;OID=.,.;OPOS=61564299,61564299;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:2,10:2,10:0.166667,0.833333:1,6:1,4:0:0:1,6:1,4:0:0 chr11 61582708 . T C 330.09 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00295607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5478;QD=50.7836;RBI=0.0210794;REFB=0.00161182;REVB=-0.0208711;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0011606;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr11 61593816 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.417;QD=62.0183;RBI=0.0503172;REFB=0;REVB=0.0278574;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418378;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 61658800 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.052;QD=44.6896;RBI=0.107472;REFB=0;REVB=0.00382426;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153534;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 61719387 . T C 428.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8801;QD=57.1576;RBI=0.0499961;REFB=0;REVB=-0.0387019;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156819;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr11 61722645 . C A 637.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.818;QD=59.3183;RBI=0.0596957;REFB=-0.151528;REVB=0.0503409;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00234255;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr11 61730234 . T C 233.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.136;QD=49.2228;RBI=0.0822579;REFB=0;REVB=0.0764558;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153752;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr11 61735059 . A C 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00584505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.903;QD=3.29626;RBI=0.0120843;REFB=0.0001151;REVB=0.0105766;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470955;STB=0.840449;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000244187;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:1:6:20:22:1:6:20:22 chr11 61735080 . G T 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0232658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6395;QD=3.20591;RBI=0.0606634;REFB=0.00751858;REVB=0.0560246;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470955;STB=0.846041;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0368475;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:1:6:20:22:1:6:20:23 chr11 61906374 . T C 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0221645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9115;QD=8.2476;RBI=0.0341968;REFB=-0.00100716;REVB=0.0260414;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00151149;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:10:5:4:3:10:5 chr11 61914260 . G A 81.2 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.052868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.697;QD=18.0442;RBI=0.056798;REFB=-0.0134506;REVB=0.0207602;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193381;STB=0.6109;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0119007;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:2:6:5:5:2:6 chr11 61914274 . C T 37.62 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0525824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.85;QD=9.40572;RBI=0.128298;REFB=-0.0170293;REVB=-0.117028;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.075347;OID=.;OPOS=61914274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:4:5:4:2:4:6 chr11 62010863 . C T 604.87 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00845321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.591;QD=17.4064;RBI=0.0089056;REFB=-0.0137196;REVB=-0.00280233;RO=76;SAF=37;SAR=26;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03487;STB=0.519414;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0170646;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:26:37:42:34:26:37:42:34 chr11 62105611 . C T 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00598627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.635;QD=16.7138;RBI=0.00929252;REFB=-0.010091;REVB=-0.00710742;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154871;STB=0.58703;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0146818;OID=.;OPOS=62105611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:22:14:24:20:22:14:24:20 chr11 62160723 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00734648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.796;QD=20.2743;RBI=0.018632;REFB=0.000720488;REVB=-0.0171225;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160489;STB=0.581323;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000951698;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:12:11:15:8:12:12 chr11 62160729 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0123372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.573;QD=17.6169;RBI=0.0858293;REFB=-0.0239097;REVB=0.084938;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103144;STB=0.558326;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0300694;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:13:14:15:9:13:14 chr11 62236191 . T C 66.22 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0101886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.65;QD=12.0404;RBI=0.0540224;REFB=-0.0257182;REVB=0.0530529;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464536;STB=0.77716;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0400531;OID=.;OPOS=62236191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:9:4:7:2:9:4 chr11 62236219 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.353;QD=47.8219;RBI=0.0114775;REFB=0;REVB=0.00782416;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182972;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 62292882 . G T 1376.79 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.013576;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6413;QD=59.2169;RBI=0.0195699;REFB=-0.0670323;REVB=-0.0140952;RO=3;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326529;STB=0.506101;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0042429;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:42:48:0:3:43:47:1:2 chr11 62293948 . G A 93.33 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.012845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.193;QD=9.82431;RBI=0.0141157;REFB=-0.0243625;REVB=0.00585319;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950042;STB=0.557426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0505382;OID=.;OPOS=62293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:13:13:7:5:13:13 chr11 62334908 . G C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00723902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.106;QD=18.4268;RBI=0.00787393;REFB=-0.00568373;REVB=0.00309765;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100635;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00564875;OID=.;OPOS=62334908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:13:15:18:10:13:15 chr11 62370155 . G A 212.23 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0113824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.263;QD=27.3849;RBI=0.0156205;REFB=-0.0756072;REVB=0.0106977;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253665;OID=.;OPOS=62370155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:5:6:11:9:5:6 chr11 62378660 . G A 286.44 PASS AF=0.535714;AO=16;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.015619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8929;QD=20.4603;RBI=0.0157442;REFB=-0.0143656;REVB=-0.00198115;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871019;STB=0.522712;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0158256;OID=.;OPOS=62378660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:26:16:30:0.535714:7:9:13:7:7:23:19:7 chr11 62378801 . T C 511.62 PASS AF=0.508772;AO=47;DP=118;FAO=58;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0118546;FXX=0.0578465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.896;QD=17.9516;RBI=0.0510383;REFB=-0.00266626;REVB=0.0496425;RO=42;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439782;STB=0.543188;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0023164;OID=.;OPOS=62378801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:42:56:47:58:0.508772:20:27:22:20:31:27:31:25 chr11 62381106 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2213;QD=39.2057;RBI=0.0291534;REFB=0;REVB=-0.0192825;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293446;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr11 62383715 . G C 110.66 PASS AF=0.413793;AO=5;DP=40;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0460149;FXX=0.274931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.955;QD=15.2629;RBI=0.046099;REFB=-0.00227884;REVB=0.00278328;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420007;STB=0.560881;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0190309;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:29:14:17:5:12:0.413793:2:3:3:11:9:3:3:14 chr11 62383716 . A C 66.42 PASS AF=0.35;AO=4;DP=23;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00880035;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=133.148;QD=6.64166;RBI=0.025155;REFB=-0.0307216;REVB=-0.0235654;RO=19;SAF=0;SAR=4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559404;STB=0.712064;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0331165;OID=.;OPOS=62383716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:40:19:26:4:14:0.35:4:0:3:16:6:8:6:20 chr11 62394070 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0336574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.233;QD=10.2401;RBI=0.0417877;REFB=-0.00439637;REVB=0.0247668;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495682;STB=0.79195;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0211281;OID=.;OPOS=62394070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:15:4:7:3:15:4 chr11 62430659 . T A 175.57 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0219703;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.924;QD=18.0068;RBI=0.0220581;REFB=-0.00257772;REVB=-0.00196628;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05159;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00344128;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:18:18:0.461538:8:10:10:10:8:10:10:11 chr11 62434173 . G A 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0277128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5241;QD=20.7361;RBI=0.0761581;REFB=0.0161465;REVB=0.070937;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104329;STB=0.558759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0105689;OID=.;OPOS=62434173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:6:10:9:9:6:10 chr11 62438750 . T C 432.89 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0187502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.976;QD=16.1828;RBI=0.0270392;REFB=-0.0190336;REVB=0.019482;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111655;STB=0.555532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0215257;OID=.;OPOS=62438750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:47:48:0.448598:26:21:33:26:26:22:33:26 chr11 62439569 . G A 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00642247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.32;QD=16.6863;RBI=0.00719794;REFB=-0.0175545;REVB=-0.00324996;RO=51;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106448;STB=0.559923;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0205736;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:14:26:28:23:14:26:28:23 chr11 62445523 . G A 190.19 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.025514;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1605;QD=14.6301;RBI=0.0262225;REFB=-0.0199989;REVB=0.00605418;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.514375;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0290744;OID=.;OPOS=62445523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:21:22:0.423077:9:12:16:13:9:13:17:13 chr11 62458275 . T C 129.25 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0724887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0978;QD=21.5423;RBI=0.0732863;REFB=0.0215147;REVB=0.0107824;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490824;STB=0.782147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0181464;OID=.;OPOS=62458275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:2:12:3:7:2:12:3:7 chr11 62496519 . T C 110.42 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.11688;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4939;QD=9.81548;RBI=0.124313;REFB=-0.0254818;REVB=0.0423424;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316582;STB=0.65278;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0547672;OID=.;OPOS=62496519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:13:14:0.311111:4:9:13:18:5:9:13:18 chr11 62505764 . C T 238.72 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.018875;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4477;QD=26.5244;RBI=0.0244285;REFB=-0.016134;REVB=-0.0155076;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693794;STB=0.538427;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0107683;OID=.;OPOS=62505764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:5:9:12:10:5:9 chr11 62521475 . T C 140.01 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00181735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8513;QD=10.3712;RBI=0.0369123;REFB=0.0097084;REVB=-0.0368675;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786777;STB=0.538255;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0194931;OID=.;OPOS=62521475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:11:7:16:19:11:7:16:20 chr11 62563353 . G A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0061397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.77;QD=53.9312;RBI=0.0240545;REFB=-0.00791741;REVB=0.0232577;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000387607;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr11 62564009 . T C 639.32 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8603;QD=60.8877;RBI=0.0689106;REFB=0;REVB=0.0218839;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118184;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr11 62609112 . A G 1128.56 PASS AF=0.602339;AO=103;DP=171;FAO=103;FDP=171;FR=.;FRO=68;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0275924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9877;QD=26.3991;RBI=0.0281815;REFB=0.0148867;REVB=-0.00573205;RO=67;SAF=51;SAR=52;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453882;STB=0.527321;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0106224;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:67:68:103:103:0.602339:52:51:29:38:52:51:29:39 chr11 62609122 . T C 99.72 PASS AF=0.10757;AO=27;DP=251;FAO=27;FDP=251;FR=.;FRO=224;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=116;FWDB=0.000653031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.249;QD=1.58909;RBI=0.0212495;REFB=0.00400103;REVB=-0.0212394;RO=224;SAF=13;SAR=14;SRF=108;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000813504;STB=0.500591;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0215603;OID=.;OPOS=62609122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:224:224:27:27:0.10757:14:13:108:116:14:13:108:116 chr11 62609142 . T C 37.31 PASS AF=0.062069;AO=18;DP=290;FAO=18;FDP=290;FR=.;FRO=272;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=139;FSRR=133;FWDB=-0.00708745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9776;QD=0.514672;RBI=0.0166453;REFB=-0.00124054;REVB=-0.015061;RO=270;SAF=6;SAR=12;SRF=138;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188016;STB=0.666481;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0318024;OID=.;OPOS=62609142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:290:290:270:272:18:18:0.062069:12:6:138:132:12:6:139:133 chr11 62609171 . TATT CTGC 2756.34 PASS AF=0.768116;AO=205;DP=293;FAO=212;FDP=276;FR=.;FRO=64;FSAF=117;FSAR=95;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00717479;FXX=0.0580185;HRUN=1;LEN=4;MLLD=206.709;QD=39.947;RBI=0.028396;REFB=-0.0293056;REVB=0.0274746;RO=61;SAF=113;SAR=92;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541716;STB=0.523038;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.00832909;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:276:61:64:205:212:0.768116:92:113:26:35:95:117:29:35 chr11 62652779 . C T 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9197;QD=63.8631;RBI=0.0115962;REFB=0;REVB=-0.00404833;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66863e-05;OID=.;OPOS=62652779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr11 62847453 . T C 753.72 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0092147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9293;QD=61.5281;RBI=0.0219305;REFB=-0.114983;REVB=0.0199006;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0020905;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:0:1 chr11 62848445 . A G 242.24 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0124008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1983;QD=18.9993;RBI=0.0133787;REFB=-0.0127708;REVB=-0.00502097;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249375;STB=0.644804;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0111305;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:16:9:16:9:17:9:16:9 chr11 62848487 . A C 949.19 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.442;QD=58.4116;RBI=0.0509263;REFB=0;REVB=0.0448768;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139743;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:29:34:0:0:31:34:0:0 chr11 62848568 . C G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0951731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7702;QD=14.0957;RBI=0.11962;REFB=0.00574;REVB=-0.0724643;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350135;STB=0.706183;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00642026;OID=.;OPOS=62848568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:10:8:10:3:10:8 chr11 62863518 . A G 293.68 PASS AF=0.492537;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0646943;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.5667;QD=17.5332;RBI=0.0648856;REFB=-0.0248894;REVB=-0.00497964;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797208;STB=0.543451;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0159914;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:32:34:31:33:0.492537:11:20:18:14:11:22:20:14 chr11 62886319 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8316;QD=53.2767;RBI=0.0246385;REFB=0;REVB=0.0244529;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067496;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 62902172 . A C 340.18 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.674;QD=54.4283;RBI=0.0499694;REFB=0;REVB=0.0466205;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317285;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 62910849 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.531;QD=59.6795;RBI=0.00956562;REFB=0;REVB=0.00234434;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39803e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr11 62911079 . G C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.512;QD=58.962;RBI=0.067044;REFB=0;REVB=0.0021933;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244249;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr11 62931484 . T C 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00501914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.148;QD=14.3846;RBI=0.0137385;REFB=-0.0214414;REVB=-0.0127889;RO=50;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219739;STB=0.624926;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0423357;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:12:22:22:28:12:22:22:28 chr11 62951221 . C G 337.82 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.031368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8868;QD=17.7799;RBI=0.0324551;REFB=-0.00437368;REVB=0.00832951;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611477;STB=0.540853;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00249028;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:35:36:0.473684:17:18:18:22:17:19:18:22 chr11 62984868 . T C 182.32 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0680698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1642;QD=17.3635;RBI=0.0738101;REFB=-0.0140255;REVB=0.0285383;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.609021;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0161808;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:10:13:7:12:10:13 chr11 62985544 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0138844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9267;QD=13.2126;RBI=0.0186037;REFB=-0.00878762;REVB=-0.0123822;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726024;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.01262;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:6:8:10:10:6:8:10:12 chr11 63057925 . G A 352.85 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0111224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.811;QD=23.9221;RBI=0.0115005;REFB=-0.0230201;REVB=0.00292437;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202911;STB=0.511148;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0197478;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:18:17:11:13:18:17:11:13 chr11 63064823 . T C 321.16 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0317234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2706;QD=13.8135;RBI=0.0551498;REFB=-0.0109713;REVB=0.0451124;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969266;STB=0.554467;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0203587;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:57:36:36:0.387097:19:17:31:24:19:17:32:25 chr11 63072310 . C T 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00760833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.823;QD=19.5189;RBI=0.00964746;REFB=-0.016492;REVB=-0.00593185;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952675;STB=0.553153;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0186389;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:16:12:14:12:16:12:14:12 chr11 63129876 . T G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.586;QD=59.0187;RBI=0.0279591;REFB=0;REVB=-0.024955;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69844e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 63233710 . A G 600.98 PASS AF=0.433333;AO=44;DP=151;FAO=65;FDP=150;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=85;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=0.0296571;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3086;QD=16.0262;RBI=0.185979;REFB=-0.0063946;REVB=0.183599;RO=64;SAF=34;SAR=10;SRF=55;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142259;STB=0.577617;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0109431;OID=.;OPOS=63233710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:64:85:44:65:0.433333:10:34:55:9:31:34:56:29 chr11 63258416 . T C 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.862;QD=62.1588;RBI=0.0415814;REFB=0;REVB=0.0407283;RO=0;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:25:60:0:0:25:60:0:0 chr11 63313644 . T C 919.26 PASS AF=0.955882;AO=63;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00535077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2272;QD=54.0741;RBI=0.0275109;REFB=-0.140432;REVB=0.0269856;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.521732;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00332551;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:1:3:63:65:0.955882:31:32:0:1:33:32:0:3 chr11 63413962 . AAAAT A 957.58 PASS AF=0.987342;AO=69;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022668;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=4;MLLD=281.246;QD=48.485;RBI=0.0226749;REFB=0.0597578;REVB=-0.000560323;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=-0.0011248;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987342:69:78:78:79:1:32:46:0:1:11:0:29:40:0:0 chr11 63487386 . TT CC,CT 745.0 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=2,52;DP=56;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=2,26;FSAR=0,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00110333,0.00195192;FXX=0.017854;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=175.741,220.173;QD=54.1818;RBI=0.00870655,0.00998032;REFB=-0.0230701,-0.0127312;REVB=0.00863636,0.00978758;RO=1;SAF=2,26;SAR=0,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0177719;STB=0.5,0.50943;STBP=1,0.506;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0271953,0.000274981;OID=.,.;OPOS=63487386,63487386;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:1:1:2,52:2,52:0.0363636,0.945455:0,26:2,26:1:0:0,26:2,26:1:0 chr11 63661820 . C T 801.7 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.077;QD=57.2642;RBI=0.030482;REFB=0;REVB=0.00162785;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95125e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr11 63673603 . CTG C 96.09 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886814;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.691;QD=42.705;RBI=0.0893933;REFB=0;REVB=0.0112596;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00192742;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:9:9:0:3:6:0:0:3:0:2:6:0:0 chr11 63681513 . T C 772.09 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0361362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3127;QD=61.7675;RBI=0.0769991;REFB=-0.0219163;REVB=0.0679929;RO=1;SAF=35;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132589;STB=0.507039;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00462629;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:14:35:1:0:14:35:1:0 chr11 63723885 . C T 361.48 PASS AF=0.411111;AO=35;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0275466;FXX=0.0109878;HRUN=7;LEN=1;MLLD=303.502;QD=16.0656;RBI=0.0320096;REFB=0.000149884;REVB=0.0163033;RO=29;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732443;STB=0.586162;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00551913;OID=.;OPOS=63723885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:29:51:35:37:0.411111:16:19:16:13:17:20:35:16 chr11 63764302 . G C 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00756487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.023;QD=10.7147;RBI=0.00757363;REFB=-0.012772;REVB=0.000364078;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.58322;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0221805;OID=.;OPOS=63764302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:14:14:0.325581:6:8:20:8:6:8:20:9 chr11 63767186 . A G 129.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0527648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3589;QD=21.5402;RBI=0.0583449;REFB=-0.0286242;REVB=-0.0248998;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.583217;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0187526;OID=.;OPOS=63767186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:3:7:7:7:3:7 chr11 63883985 . T C 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0747148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.414;QD=14.9186;RBI=0.0783516;REFB=-0.00858946;REVB=-0.0235938;RO=36;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874801;STB=0.544009;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0170772;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:8:20:23:13:8:20:24:13 chr11 63884027 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00689667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.079;QD=14.1947;RBI=0.0238819;REFB=-0.00947045;REVB=-0.0228644;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183498;STB=0.519973;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0160562;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:5:10:13:7:5:10:14:8 chr11 63884453 . C T 691.71 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0565389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2313;QD=21.1208;RBI=0.0594114;REFB=-0.0152298;REVB=0.0182502;RO=63;SAF=39;SAR=29;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995531;STB=0.554737;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0106025;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:29:39:29:34:29:39:29:34 chr11 63884474 . C T 606.82 PASS AF=0.492063;AO=59;DP=123;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.049349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7106;QD=19.2641;RBI=0.0592236;REFB=-0.0334659;REVB=0.0327431;RO=63;SAF=32;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105842;STB=0.539864;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0311163;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:63:64:59:62:0.492063:27:32:27:36:30:32:28:36 chr11 63885305 . C T 231.4 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0132606;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.282;QD=29.8585;RBI=0.0169487;REFB=-0.0367489;REVB=0.0105553;RO=10;SAF=14;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220868;STB=0.622103;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0256419;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:7:14:3:7:7:14:3:7 chr11 63885632 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8759;QD=57.676;RBI=0.0753203;REFB=0;REVB=0.0421518;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227558;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 63885704 . C T 56.25 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000441051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.138;QD=11.2492;RBI=0.0211082;REFB=-0.021215;REVB=0.0211036;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0631986;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr11 63886539 . C T 383.2 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0345685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.437;QD=12.3615;RBI=0.034813;REFB=-0.0126597;REVB=0.00411845;RO=75;SAF=13;SAR=33;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190321;STB=0.607709;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0186417;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:78:46:46:0.370968:33:13:33:42:33:13:34:44 chr11 63988045 . G A 373.17 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0096667;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.646;QD=22.9645;RBI=0.0171241;REFB=-0.0326161;REVB=0.0141347;RO=27;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580935;STB=0.538038;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0198924;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:28:37:37:0.569231:15:22:18:9:15:22:19:9 chr11 63988102 . C T 176.0 PASS AF=0.296296;AO=22;DP=79;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0055981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.243;QD=8.69132;RBI=0.0082795;REFB=-0.00732115;REVB=0.00610012;RO=57;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998007;STB=0.5232;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0229316;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:57:57:22:24:0.296296:9:13:29:28:11:13:29:28 chr11 63991801 . T C 144.44 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0151654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.571;QD=16.9925;RBI=0.0277992;REFB=-0.015775;REVB=-0.0232982;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0341673;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:12:6:5:11:12:6 chr11 63994692 . T C 439.83 PASS AF=0.413223;AO=48;DP=119;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=54;FWDB=0.0488651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.686;QD=14.5398;RBI=0.0508962;REFB=-0.00716656;REVB=0.0142345;RO=71;SAF=16;SAR=32;SRF=17;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117267;STB=0.5565;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0106565;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:71:71:48:50:0.413223:32:16:17:54:34:16:17:54 chr11 63994696 . T C 1365.31 PASS AF=0.886957;AO=104;DP=115;FAO=102;FDP=115;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=82;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0145699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6274;QD=47.4891;RBI=0.015414;REFB=-0.0185748;REVB=0.00503076;RO=11;SAF=21;SAR=83;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155187;STB=0.591327;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0323151;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:11:13:104:102:0.886957:83:21:9:2:82:20:10:3 chr11 63997329 . A G 1375.2 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00147584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.267;QD=59.1486;RBI=0.0190662;REFB=-0.108281;REVB=-0.019009;RO=3;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036885;STB=0.519476;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00101394;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:37:53:0:3:37:53:0:3 chr11 63997338 . T C 1530.47 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.402;QD=63.7697;RBI=0.0566233;REFB=0;REVB=0.0565465;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22974e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:42:53:0:0:43:53:0:0 chr11 64011441 . T C 822.83 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0737571;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.203;QD=55.7853;RBI=0.074963;REFB=-0.0495286;REVB=0.0133915;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000202058;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:58:58:0.983051:33:25:0:0:33:25:0:1 chr11 64012225 . G C 311.36 PASS AF=0.96;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.82;QD=49.8168;RBI=0.0537062;REFB=-0.00650126;REVB=0.0534211;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0011136;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:21:24:0.96:13:8:0:1:14:10:0:1 chr11 64022459 . A G 1357.81 PASS AF=1;AO=67;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.485;QD=62.4282;RBI=0.0340942;REFB=0;REVB=0.0202347;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100749;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:67:87:1:43:24:0:0:47:40:0:0 chr11 64026144 . G A 213.69 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.00866581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7802;QD=20.8475;RBI=0.00994315;REFB=0.00460912;REVB=0.00487545;RO=19;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118029;STB=0.571368;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00363169;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:20:21:0.512195:19:1:1:18:19:2:1:19 chr11 64034911 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0163298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.479;QD=20.4559;RBI=0.0201365;REFB=-0.00334283;REVB=-0.0117821;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15853;STB=0.590053;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00267958;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:8:7:5:12:8:7 chr11 64083252 . T C 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.022095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.104;QD=5.83231;RBI=0.0314539;REFB=-0.00308468;REVB=-0.0223867;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311681;STB=0.687809;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0142721;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:40:41:11:11:0.211538:4:7:15:25:4:7:16:25 chr11 64083269 . G A 80.65 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0141219;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9017;QD=7.16906;RBI=0.0213822;REFB=-0.0085289;REVB=0.0160553;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457519;STB=0.810902;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0279243;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:45:31:34:11:11:0.244444:2:9:14:17:2:9:14:20 chr11 64083276 . A T 84.51 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0170075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.776;QD=7.34835;RBI=0.0551745;REFB=-0.0338452;REVB=-0.0524878;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310806;STB=0.732937;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0209543;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:46:46:30:34:12:12:0.26087:3:9:15:15:3:9:15:19 chr11 64083290 . G A 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0152386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.228;QD=7.67866;RBI=0.0206737;REFB=-0.000965141;REVB=0.0139709;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332627;STB=0.707579;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00366812;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:14:17:3:8:14:17 chr11 64083293 . G T 80.13 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0222417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7917;QD=7.63173;RBI=0.025837;REFB=-0.0120592;REVB=-0.0131475;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332627;STB=0.707579;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0489913;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:14:17:3:8:14:17 chr11 64083295 . CGGG C 54.48 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00882621;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=209.572;QD=5.31555;RBI=0.0251793;REFB=-0.0236583;REVB=-0.0235817;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=0.316018;STB=0.696879;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.0423815;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:11:41:11:41:30:8:3:14:16:54:30:8:3:14:16 chr11 64083300 . G A 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00668202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.699;QD=8.12743;RBI=0.0283198;REFB=-0.0113452;REVB=-0.0275202;RO=29;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298105;STB=0.685364;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0299148;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:3:8:14:15:3:8:14:15 chr11 64083318 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0238195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.25;QD=8.36987;RBI=0.0288035;REFB=-0.00512499;REVB=-0.0161947;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121025;STB=0.574741;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0261243;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:15:13:4:7:15:13 chr11 64083320 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00156818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7046;QD=8.89978;RBI=0.0151032;REFB=-0.0309745;REVB=-0.0150216;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717141;STB=0.54396;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0284107;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:15:11:4:7:15:11 chr11 64083328 . C T 72.32 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0238691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2077;QD=8.50876;RBI=0.0254559;REFB=0.000643545;REVB=0.00884693;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197651;STB=0.512171;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00012725;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:14:10:4:6:14:10 chr11 64083331 . C T 95.07 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0380637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.898;QD=11.1843;RBI=0.0403143;REFB=-0.00374557;REVB=-0.0132816;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138903;STB=0.58319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0133791;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:12:10:4:8:12:10 chr11 64084113 . A G 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.232;QD=61.2084;RBI=0.0165706;REFB=0;REVB=0.0146903;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03103e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr11 64085785 . A G 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.523;QD=64.135;RBI=0.0568811;REFB=0;REVB=-0.000151311;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286534;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr11 64109118 . T G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00668257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.536;QD=19.8493;RBI=0.0174384;REFB=-0.0259717;REVB=-0.0161072;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0204147;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:7:8:5:7:7:8:5:8 chr11 64110668 . G A 642.96 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00809392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.524;QD=17.6153;RBI=0.0258818;REFB=-0.036626;REVB=-0.0245837;RO=70;SAF=39;SAR=27;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125434;STB=0.564131;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0361627;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:146:70:80:66:66:0.452055:27:39:32:38:27:39:38:42 chr11 64110683 . G C 717.75 PASS AF=0.522059;AO=69;DP=134;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00846273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.026;QD=21.1102;RBI=0.0318618;REFB=-0.0291724;REVB=0.0307174;RO=65;SAF=42;SAR=27;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171503;STB=0.5844;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.031979;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:65:65:69:71:0.522059:27:42:27:38:29:42:27:38 chr11 64111928 . T C 107.67 PASS AF=0.382353;AO=10;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0306945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.487;QD=12.667;RBI=0.0411309;REFB=-0.0227394;REVB=-0.0273787;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294572;STB=0.55094;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0576751;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:21:10:13:0.382353:8:2:7:9:9:4:8:13 chr11 64116843 . A C 289.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8998;QD=52.6309;RBI=0.133757;REFB=0;REVB=0.0292552;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463594;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chr11 64124515 . T C 205.33 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00532452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.022;QD=17.111;RBI=0.0101651;REFB=-0.0110217;REVB=0.008659;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699397;STB=0.530092;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0104424;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:13:13:12:9:13:14 chr11 64124823 . C T 359.21 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00596375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.308;QD=19.9561;RBI=0.0244542;REFB=-0.0266273;REVB=-0.0237159;RO=33;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675648;STB=0.553972;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0224343;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:35:37:37:0.513889:14:23:18:15:14:23:18:17 chr11 64124940 . T G 222.9 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0381351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.911;QD=19.8135;RBI=0.159431;REFB=-0.00471564;REVB=0.154803;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223524;STB=0.718167;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.011367;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:23:21:22:0.488889:5:16:7:7:6:16:7:16 chr11 64127744 . A G 93.33 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00908537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0456;QD=9.82436;RBI=0.0260603;REFB=0.00624781;REVB=-0.0244253;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265646;STB=0.657658;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0140413;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:19:7:6:6:19:7 chr11 64360934 . G A 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0149717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.891;QD=18.4905;RBI=0.0241605;REFB=-0.0160975;REVB=0.0189625;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367064;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0164541;OID=.;OPOS=64360934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:14:12:11:11:14:12 chr11 64367325 . A G 1918.64 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.64;QD=60.9092;RBI=0.0409784;REFB=0;REVB=0.0307838;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102558;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:116:126:0:0:116:126:1:62:54:0:0:66:60:0:0 chr11 64367862 . T C 299.68 PASS AF=0.415385;AO=23;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=0.0249549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9851;QD=18.4421;RBI=0.0249796;REFB=-0.00191883;REVB=0.00110947;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276679;STB=0.627654;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0559696;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:31:23:27:0.415385:10:13:24:5:10:17:26:5 chr11 64368987 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.011235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.873;QD=15.6421;RBI=0.040368;REFB=0.003259;REVB=-0.0387731;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00686909;OID=.;OPOS=64368987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:18:11:11:9:18:11 chr11 64415767 . G A 255.55 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0137483;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8362;QD=17.6239;RBI=0.0273283;REFB=-0.0258759;REVB=0.0236182;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329824;STB=0.518505;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0214942;OID=.;OPOS=64415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:15:15:15:13:15:15 chr11 64496357 . G T 271.97 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.012685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.052;QD=15.1093;RBI=0.0470346;REFB=-0.0143063;REVB=0.0452917;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733723;STB=0.557484;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0128634;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:40:41:30:31:0.430556:10:20:24:16:10:21:24:17 chr11 64496440 . T G 478.34 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0155427;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.29;QD=18.9442;RBI=0.0179803;REFB=-0.0110261;REVB=0.00903981;RO=51;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461173;STB=0.525549;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0149514;OID=.;OPOS=64496440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:51:51:50:50:0.49505:28:22:25:26:28:22:25:26 chr11 64507680 . A C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5874;QD=57.2001;RBI=0.0253977;REFB=0;REVB=-0.0216876;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170692;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr11 64511050 . G C 492.17 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0173019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.104;QD=22.6284;RBI=0.017363;REFB=-0.0493828;REVB=0.00145489;RO=40;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446717;STB=0.524596;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0370475;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:26:21:20:20:26:21:20:20 chr11 64519062 . T C 106.23 PASS AF=0.6;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0361866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0399;QD=21.246;RBI=0.0979109;REFB=-0.0610175;REVB=0.0909784;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0473924;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:8:8:11:12:0.6:5:6:4:4:6:6:4:4 chr11 64543927 . G GT 214.11 PASS AF=0.58;AO=27;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.131318;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1466;QD=17.1291;RBI=0.132012;REFB=0.0429815;REVB=0.0135204;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182955;STB=0.603548;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=-0.035953;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58:27:50:29:50:21:15:14:16:5:99:21:13:14:15:6 chr11 64559898 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.963;QD=44.6898;RBI=0.0353996;REFB=0;REVB=0.0222455;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01172e-05;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 64572018 . T C 730.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000124243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7675;QD=56.2144;RBI=0.0486394;REFB=0;REVB=0.0486392;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794096;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr11 64572557 . A G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.725;QD=62.0162;RBI=0.0125233;REFB=0;REVB=-0.00397551;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62347e-05;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 64572602 . G A 199.25 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0415971;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.194;QD=15.038;RBI=0.0431874;REFB=-0.00649659;REVB=-0.0116118;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267621;STB=0.670989;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00673311;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:30:23:23:0.433962:16:7:16:12:16:7:18:12 chr11 64573750 . G T 225.87 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0249493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.722;QD=13.2866;RBI=0.0291397;REFB=-0.0262666;REVB=-0.0150551;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32298;STB=0.682418;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0355029;OID=.;OPOS=64573750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:12:15:10:31:12:15:10:31 chr11 64597205 . G T 201.2 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7265;QD=44.7117;RBI=0.184936;REFB=0;REVB=0.0288375;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118885;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:1:0:15:18:1:8:7:1:0:9:9:0:0 chr11 64601933 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.171;QD=56.1906;RBI=0.00709623;REFB=0;REVB=0.00425563;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18489e-05;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 64621856 . A G 324.58 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.066;QD=54.0967;RBI=0.071901;REFB=0;REVB=0.0555261;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728017;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:9:12:0:0:12:12:0:0 chr11 64656757 . G A 527.06 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2909;QD=56.9797;RBI=0.0753925;REFB=-0.0400187;REVB=0.0448938;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0033139;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:12:23:0:1:12:24:0:1 chr11 64677293 . G C 270.81 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0308;QD=51.5827;RBI=0.12237;REFB=0;REVB=0.102522;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00541315;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr11 64677562 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.000207226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.376;QD=17.5876;RBI=0.0158381;REFB=-0.0343954;REVB=0.0158367;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284378;STB=0.659869;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.020443;OID=.;OPOS=64677562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:22:6:11:11:22:6 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 470.05 PASS AF=0,1;AO=7,32;DP=41;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957266,-0.0270382;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=73.0382,22.558;QD=44.7664;RBI=0.0960116,0.0744013;REFB=0,0;REVB=-0.00739282,-0.0693145;RO=0;SAF=7,12;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00321155;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,32:41:0,42:42:0:0,20:0,22:0:0:9:0:7,12:0,20:0:0 chr11 64852421 . T C 741.62 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0291848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2428;QD=45.6384;RBI=0.069281;REFB=-0.115233;REVB=0.0628339;RO=8;SAF=33;SAR=24;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710285;STB=0.537802;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0157829;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:8:8:57:57:0.876923:24:33:7:1:24:33:7:1 chr11 64856500 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.694;QD=39.2068;RBI=0.0431629;REFB=0;REVB=0.0306558;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017338;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 64863889 . ACCCCCT ACCCCT,ACCCCTC 30.19 PASS AF=0.3,0.0333333;AO=5,4;DP=29;FAO=9,1;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6,1;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.178744,-0.0138025;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.8724,39.2683;QD=4.0257;RBI=0.245408,0.0939157;REFB=-0.119343,-0.0497006;REVB=-0.168154,-0.0928959;RO=16;SAF=2,2;SAR=3,2;SRF=2;SRR=14;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0;SSSB=0.385232,0.473676;STB=0.862241,0.99808;STBP=0.071,0.033;TYPE=del,mnp;VARB=0.167945,0.109822;OID=.,.;OPOS=64863890,64863894;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=ACCCCT,ACCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.0333333:5,4:29:9,1:30:20:6,1:3,0:1:19:27:16:2,2:3,2:2:14 chr11 64878661 . T C 672.7 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3277;QD=61.1542;RBI=0.121992;REFB=0;REVB=0.00525639;RO=1;SAF=10;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257734;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:1:0:41:44:1:31:10:1:0:32:12:0:0 chr11 64880090 . G C 74.59 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3346;QD=37.2947;RBI=0.0467219;REFB=0;REVB=0.0314605;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487894;OID=.;OPOS=64880090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr11 64884052 . G A 765.23 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0336387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.332;QD=51.8801;RBI=0.0411444;REFB=-0.124083;REVB=0.0236917;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351986;STB=0.505823;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000815166;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:2:3:56:56:0.949153:25:31:1:1:25:31:2:1 chr11 64895202 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.79;QD=60.1584;RBI=0.0216905;REFB=-0.143423;REVB=0.0138909;RO=1;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551391;STB=0.529398;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000516662;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:8:36:0:1:8:36:0:1 chr11 64937683 . C T 353.92 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0312093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2426;QD=29.4937;RBI=0.0379009;REFB=-0.0184866;REVB=0.0215049;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758554;STB=0.541639;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0146893;OID=.;OPOS=64937683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:15:15:11:7:15:15:11:7 chr11 64948277 . A C 554.78 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00867762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.598;QD=24.9339;RBI=0.0255616;REFB=0.00374294;REVB=-0.0240436;RO=38;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101346;STB=0.555386;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00232676;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:24:27:25:13:24:27:25:13 chr11 64950970 . C T 256.39 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0254028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.544;QD=22.7899;RBI=0.0327603;REFB=-0.0266821;REVB=0.0206866;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226811;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:7:14:16:8:7:14 chr11 64972286 . G C 568.72 PASS AF=0.595506;AO=48;DP=86;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00246482;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.776;QD=25.5604;RBI=0.0124573;REFB=-0.04712;REVB=0.012211;RO=38;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138994;STB=0.546324;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0331797;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:38:36:48:53:0.595506:22:26:27:11:22:31:25:11 chr11 64981472 . G C 408.75 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.114102;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2782;QD=20.4374;RBI=0.116521;REFB=0.0274034;REVB=0.0236174;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562831;STB=0.537132;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0575606;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:21:20:21:17:21:20:22:17 chr11 64981522 . C A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0149662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.406;QD=14.7422;RBI=0.0321223;REFB=-0.0164629;REVB=0.0284228;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944675;STB=0.55483;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0201982;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:11:14:11:6:11:14 chr11 64981587 . G A 217.19 PASS AF=0.446429;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0103727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.508;QD=15.5138;RBI=0.0170255;REFB=-0.0329708;REVB=0.0135009;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160652;STB=0.616928;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0310949;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:22:25:0.446429:12:10:19:12:15:10:19:12 chr11 64981837 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0217551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.25;QD=13.5766;RBI=0.021951;REFB=-0.018661;REVB=-0.00292566;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385393;STB=0.522578;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0232719;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:11:8:5:8:11:8 chr11 64981853 . G T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0500206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9722;QD=23.3817;RBI=0.0801095;REFB=0.0247791;REVB=0.0625737;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501505;STB=0.528024;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.017161;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:9:5:8:11:9:5 chr11 64990041 . G C 432.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345742;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.728;QD=57.7082;RBI=0.0363016;REFB=0;REVB=0.0110648;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173625;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 65000719 . C T 535.65 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.634;QD=54.9386;RBI=0.0245451;REFB=-0.099961;REVB=-0.0030602;RO=2;SAF=12;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718399;STB=0.53844;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00109602;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:25:12:2:0:25:12:2:0 chr11 65004301 . G T 1208.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.144;QD=61.207;RBI=0.0833006;REFB=0;REVB=0.0455868;RO=0;SAF=57;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491145;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:20:57:0:0:22:57:0:0 chr11 65004309 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0426945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.064;QD=13.9454;RBI=0.0451745;REFB=-0.0172558;REVB=0.0147618;RO=48;SAF=24;SAR=8;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109091;STB=0.562459;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0277772;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:8:24:32:16:8:24:32:16 chr11 65089792 . G C 385.82 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0782697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.1579;QD=48.2279;RBI=0.0811665;REFB=-0.112915;REVB=0.0214908;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382566;STB=0.520593;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.010035;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:3:3:29:29:0.90625:16:13:2:1:16:13:2:1 chr11 65120391 . T C 733.28 PASS AF=0.850746;AO=57;DP=67;FAO=57;FDP=67;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00122293;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=211.189;QD=43.7779;RBI=0.00889798;REFB=-0.096361;REVB=0.00881354;RO=6;SAF=22;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214099;STB=0.533176;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000882461;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:6:10:57:57:0.850746:35:22:3:3:35:22:6:4 chr11 65144075 . T C 486.63 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940946;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.275;QD=58.9852;RBI=0.0120642;REFB=0;REVB=0.00755024;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235138;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 65180883 . A G,T 1074.86 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=69,4;DP=73;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521399,-0.0603013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.293,64.4171;QD=58.8966;RBI=0.0522921,0.0603064;REFB=0,0;REVB=0.00398646,0.000777453;RO=0;SAF=35,2;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000270989,0.124313;OID=.,.;OPOS=65180883,65180883;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:73:73:0:0:69,4:69,4:0.945205,0.0547945:34,2:35,2:0:0:34,2:35,2:0:0 chr11 65339027 . C T 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0242891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3618;QD=15.1936;RBI=0.0430375;REFB=-0.0164739;REVB=0.0355283;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273127;STB=0.656048;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0250268;OID=.;OPOS=65339027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:14:4:7:7:14:4 chr11 65347636 . G C 575.91 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.33216e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4872;QD=56.1859;RBI=0.153334;REFB=-0.13253;REVB=0.153334;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0126503;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:38:40:0.97561:15:23:0:0:17:23:0:1 chr11 65349849 . A T 85.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9583;QD=37.9363;RBI=0.121038;REFB=0;REVB=0.00185952;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277679;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:1:8:0:0 chr11 65351074 . G A 612.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00556112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.614;QD=56.9691;RBI=0.0189779;REFB=-0.215849;REVB=0.0181448;RO=2;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719707;STB=0.538442;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00182165;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:43:2:2:41:41:0.953488:12:29:0:2:12:29:0:2 chr11 65380916 . G A 563.96 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00503618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1853;QD=16.7098;RBI=0.00545164;REFB=-0.039936;REVB=-0.00208741;RO=73;SAF=38;SAR=22;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742295;STB=0.542843;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0379427;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:75:60:60:0.444444:22:38:41:32:22:38:42:33 chr11 65381035 . C A 130.34 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.0462406;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.334;QD=13.034;RBI=0.0478364;REFB=-0.00823811;REVB=0.0122528;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294618;STB=0.673092;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0147617;OID=.;OPOS=65381035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:11:4:2:22:11:4:2:23 chr11 65383896 . G C 1306.27 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316425;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6536;QD=62.2031;RBI=0.0320052;REFB=0;REVB=-0.00480499;RO=0;SAF=57;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8517e-05;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:27:57:0:0:27:57:0:0 chr11 65384727 . C T 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00612926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.841;QD=12.9303;RBI=0.00628193;REFB=-0.00167475;REVB=0.0013765;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326961;STB=0.523362;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0032301;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:62:36:36:0.367347:19:17:27:34:19:17:27:35 chr11 65385606 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.855;QD=59.8549;RBI=0.00980979;REFB=0;REVB=-0.00678652;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17705e-07;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr11 65387378 . T A 488.62 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0359997;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4314;QD=26.7736;RBI=0.0425791;REFB=-0.00630426;REVB=-0.0227376;RO=28;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890622;STB=0.548651;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00184088;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:28:28:45:45:0.616438:28:17:14:14:28:17:14:14 chr11 65408937 . C T 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00929732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1379;QD=12.3928;RBI=0.0407137;REFB=0.00784123;REVB=-0.0396379;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.015697;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:12:12:7:7:12:12 chr11 65412467 . G A 310.66 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00584949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.341;QD=23.4458;RBI=0.00765141;REFB=-0.0214798;REVB=0.0049323;RO=22;SAF=27;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435804;STB=0.744639;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0183462;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:4:27:10:12:4:27:10:12 chr11 65417434 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0426038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.379;QD=21.2648;RBI=0.0428874;REFB=-0.0298261;REVB=0.00492396;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1553;STB=0.58814;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0273115;OID=.;OPOS=65417434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:4:16:12:6:4:16:12:6 chr11 65423082 . G A 1261.33 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.148;QD=61.5284;RBI=0.0492634;REFB=0;REVB=-0.0460264;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532263;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:37:45:0:0 chr11 65546857 . A C 437.98 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00180261;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.923;QD=16.6851;RBI=0.0230559;REFB=-0.024847;REVB=-0.0229853;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831204;STB=0.546372;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.028736;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:57:57:48:48:0.457143:22:26:26:31:22:26:26:31 chr11 65547133 . G A 81.28 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00360846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9145;QD=18.0626;RBI=0.0494236;REFB=-0.0457158;REVB=-0.0492917;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25827;STB=0.66637;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0325388;OID=.;OPOS=65547133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:7:8:10:10:0.555556:5:5:6:1:5:5:7:1 chr11 65547333 . G A 608.72 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00230812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.022;QD=18.0362;RBI=0.00257776;REFB=-0.019444;REVB=0.0011478;RO=67;SAF=38;SAR=24;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156639;STB=0.592458;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.016467;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:67:72:62:63:0.466667:24:38:30:37:25:38:31:41 chr11 65547455 . C A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00766056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.437;QD=13.224;RBI=0.00766419;REFB=-0.00310594;REVB=-0.000235656;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581527;STB=0.533306;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00469722;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:20:16:12:12:20:16 chr11 65563501 . TTA T,TT,TTT 205.22 PASS AF=0.348837,0.139535,0;AO=9,9,3;DP=43;FAO=15,6,0;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8,5,0;FSAR=7,1,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00699629,-0.00690226,-0.0065862;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=276.962,278.013,276.867;QD=19.09;RBI=0.00789779,0.00763539,0.00701535;REFB=0.0132351,0.0131612,0.0130231;REVB=0.00366429,0.00326467,0.00241602;RO=22;SAF=3,7,3;SAR=6,2,0;SRF=14;SRR=8;SSEN=0.482828,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.337792,0.197645,0.536353;STB=0.561963,0.702351,0.5;STBP=0.53,0.314,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0326251,-0.014095,0.0253406;OID=.,.,.;OPOS=65563502,65563503,65563503;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837,0.139535,0:9,9,3:43:15,6,0:43:22:8,5,0:7,1,0:14:8:66:22:3,7,3:6,2,0:14:8 chr11 65617113 . AG A,CA 260.06 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=22;FAO=22,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209708,-0.00251465;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=19.0802,5.07438;QD=47.2843;RBI=0.225206,0.0970619;REFB=0,0;REVB=-0.224227,-0.0970293;RO=0;SAF=9,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0114691,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18,2:22,0:1,0:9,0:9,2:0:0:11,0:11,0:0:0 chr11 65617750 . C G 193.3 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0333117;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7166;QD=11.8956;RBI=0.0388368;REFB=-0.0211507;REVB=-0.0199657;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104017;STB=0.560673;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0382178;OID=.;OPOS=65617750;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:41:24:24:0.369231:14:10:20:19:14:10:21:20 chr11 65623519 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0118726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.651;QD=12.8973;RBI=0.016167;REFB=-0.0101074;REVB=-0.0109734;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433635;STB=0.743044;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0152628;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:14:3:15:13:14:3:15:15 chr11 65624934 . A C 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00273659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.558;QD=14.8963;RBI=0.00716024;REFB=-0.0155313;REVB=0.00661665;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132864;STB=0.574955;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0199288;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:17:15:15:29:17:15:15:29 chr11 65628334 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00895571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.172;QD=10.6346;RBI=0.0306533;REFB=-0.0064316;REVB=0.0293158;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0185156;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr11 65629932 . T C 142.89 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0365451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.749;QD=14.2894;RBI=0.0500357;REFB=-0.0300701;REVB=-0.0341764;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880615;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0155064;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:8:7:11:13:8:8:11:13 chr11 65629934 . G C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0499287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.342;QD=14.2619;RBI=0.0699276;REFB=0.00810046;REVB=-0.0489591;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430056;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00146265;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:11:13:8:8:11:13 chr11 65631167 . C T 270.62 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00289011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.999;QD=14.4329;RBI=0.00560632;REFB=-0.00747906;REVB=0.00480396;RO=43;SAF=24;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187282;STB=0.602549;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0107248;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:7:24:27:16:7:24:28:16 chr11 65631973 . G A 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00620122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.463;QD=16.3496;RBI=0.0253075;REFB=-0.0116473;REVB=0.0245359;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218878;STB=0.622644;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0205894;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:19:15:28:14:19:15:28:14 chr11 65632262 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00982259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.844;QD=14.3348;RBI=0.0140933;REFB=-0.00902759;REVB=0.0101064;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0168743;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:9:8:13:12:9:8:14:12 chr11 65636053 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.9;QD=55.6561;RBI=0.0224488;REFB=0;REVB=-0.000306763;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109899;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr11 65638719 . G A 139.74 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0428914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1181;QD=12.704;RBI=0.0477686;REFB=0.00259444;REVB=0.0210278;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00447013;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:5:11:14:12:5:11:15:13 chr11 65649774 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2219;QD=56.1893;RBI=0.0359019;REFB=0;REVB=0.00394733;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444104;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr11 65649984 . T C 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443161;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.814;QD=59.4574;RBI=0.0444011;REFB=0;REVB=0.00274599;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233952;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 65664346 . T C 181.99 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0118172;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.669;QD=16.1772;RBI=0.0135372;REFB=-0.0239604;REVB=-0.00660373;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427536;STB=0.745115;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0115924;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:18:8:14:5:18:8 chr11 65684929 . C T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249678;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=348.491;QD=59.7968;RBI=0.0250763;REFB=0.0158528;REVB=-0.00233022;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000341144;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:0:1:30:13:0:1 chr11 65685225 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.931;QD=53.9106;RBI=0.0229328;REFB=0;REVB=-0.0226614;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132062;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 65713207 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.566;QD=58.0582;RBI=0.0302676;REFB=0;REVB=-0.0199144;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143122;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr11 65727301 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00462013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.476;QD=18.483;RBI=0.0286431;REFB=0.0134696;REVB=-0.0282681;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304455;STB=0.674028;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00840248;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:5:14:9:12:5:14:9:12 chr11 65732651 . G A 399.08 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0247148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.245;QD=23.8258;RBI=0.0339293;REFB=-0.0531852;REVB=0.023246;RO=27;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542418;STB=0.523125;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0309332;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:16:23:14:13:16:23:15:13 chr11 65733393 . C T 238.82 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0148569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.843;QD=14.0481;RBI=0.0163331;REFB=-0.0212568;REVB=-0.0067855;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137592;STB=0.596341;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0260622;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:40:28:28:0.411765:19:9:17:21:19:9:19:21 chr11 65735174 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.01578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.968;QD=11.0211;RBI=0.0193191;REFB=-0.0217624;REVB=-0.0111454;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43608;STB=0.749459;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0168707;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:0:8:4:2:0:8 chr11 65788072 . C T 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422217;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.108;QD=49.6949;RBI=0.0442286;REFB=0;REVB=0.0131719;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485291;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr11 65790527 . G T 666.82 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.982;QD=57.9844;RBI=0.01474;REFB=-0.0884871;REVB=0.00994002;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493711;STB=0.526304;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00766043;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:26:18:2:0:26:18:2:0 chr11 65809875 . C A 1008.12 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.709;QD=59.301;RBI=0.0362364;REFB=0;REVB=0.00445931;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96143e-05;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:27:39:0:0:28:40:0:0 chr11 65810209 . C T 223.53 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.155;QD=49.6729;RBI=0.068624;REFB=0;REVB=0.0167861;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665232;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:16:1:0:0:16:2:0:0 chr11 65810749 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.673;QD=57.6807;RBI=0.0368036;REFB=0;REVB=0.0349334;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151935;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr11 65819899 . T C,TGCC 288.24 PASS AF=0.027027,0.432432;AO=3,27;DP=80;FAO=2,32;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=1,17;FSAR=1,15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.047161,-0.0568819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=125.175,99.9019;QD=15.5804;RBI=0.047193,0.0580356;REFB=-0.0191618,-0.0269859;REVB=0.00173726,-0.0115143;RO=48;SAF=1,14;SAR=2,13;SRF=31;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286077,-0.142638;STB=0.665196,0.580937;STBP=0.712,0.269;TYPE=snp,ins;VARB=0.0716634,0.0263039;OID=.,.;OPOS=65819899,65819900;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:74:48:40:3,27:2,32:0.027027,0.432432:2,13:1,14:31:17:1,15:1,17:27:13 chr11 65868310 . T A 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8546;QD=58.1187;RBI=0.0869414;REFB=0;REVB=-0.0868142;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159757;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 65985000 . A C 611.73 PASS AF=0.86;AO=44;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0129074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5419;QD=48.9381;RBI=0.038223;REFB=-0.0799705;REVB=-0.0359777;RO=6;SAF=30;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00391079;STB=0.520598;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0108334;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:50:50:6:7:44:43:0.86:14:30:4:2:13:30:4:3 chr11 66006668 . C A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0282022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.221;QD=25.4294;RBI=0.0285804;REFB=-0.0494507;REVB=0.00463413;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575662;STB=0.531991;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0284567;OID=.;OPOS=66006668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:8:7:12:10:8:7 chr11 66010633 . T C 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.747;QD=60.5936;RBI=0.0797246;REFB=0;REVB=-0.0794135;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421815;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr11 66031660 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0080487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.917;QD=6.31726;RBI=0.0286157;REFB=-0.0140606;REVB=-0.0274605;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311174;STB=0.689894;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0461258;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:4:21:5:3:4:21 chr11 66035286 . CATA CTA,CTAT 715.84 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=47;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324635,0.0224993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=67.1452,53.025;QD=60.9222;RBI=0.124523,0.0234331;REFB=0,0;REVB=-0.120217,-0.00654927;RO=0;SAF=24,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000374968,0.0108765;OID=.,.;OPOS=66035287,66035287;OREF=A,ATA;OALT=-,TAT;OMAPALT=CTA,CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,2:47:47,0:47:0:26,0:21,0:0:0:4:0:24,2:21,0:0:0 chr11 66100152 . T C 972.39 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4273;QD=58.9329;RBI=0.0985388;REFB=0;REVB=0.0956215;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607828;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:37:29:0:0 chr11 66102088 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0198582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.873;QD=20.0176;RBI=0.0210606;REFB=-0.0452034;REVB=0.00701405;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173039;STB=0.509793;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0346415;OID=.;OPOS=66102088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:5:12:13:5:5:12 chr11 66107674 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.542;QD=56.7041;RBI=0.00550053;REFB=0;REVB=-0.00361909;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63429e-06;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 66114900 . C T 441.04 PASS AF=0.420168;AO=51;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0376848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3487;QD=14.825;RBI=0.0477484;REFB=-0.0116744;REVB=0.0293218;RO=67;SAF=28;SAR=23;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206353;STB=0.601957;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0174447;OID=.;OPOS=66114900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:69:51:50:0.420168:23:28:23:44:23:27:25:44 chr11 66206169 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0106445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.114;QD=23.0934;RBI=0.0318088;REFB=-0.000612126;REVB=0.0299749;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159068;STB=0.508918;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000518017;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:4:8:11:6:4:8 chr11 66240882 . T C 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0133533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5478;QD=14.6564;RBI=0.0281214;REFB=-0.022835;REVB=0.0247488;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0351362;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:9:8:7:6:9:8 chr11 66254085 . G T 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.030343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.458;QD=25.5725;RBI=0.0808635;REFB=-0.0263593;REVB=0.0749547;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212207;STB=0.63227;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0179167;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:17:24:24:0.585366:7:17:7:9:7:17:7:10 chr11 66272142 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.636;QD=59.8394;RBI=0.026;REFB=0;REVB=-0.00791788;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150516;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr11 66272237 . G A 225.39 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0444344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.306;QD=22.5392;RBI=0.0471167;REFB=-0.0203098;REVB=-0.0156706;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118842;STB=0.566453;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0120512;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:10:8:13:9:10:8 chr11 66276849 . G A 151.99 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0116223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.151;QD=20.9647;RBI=0.0695103;REFB=-0.00278398;REVB=0.0685317;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782386;STB=0.543988;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00466745;OID=.;OPOS=66276849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:10:3:5:11:10:3 chr11 66282095 . G A 292.0 PASS AF=0.6;AO=24;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00810523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.751;QD=25.9559;RBI=0.0108326;REFB=-0.0107176;REVB=-0.00718686;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021915;STB=0.531227;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0116174;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:18:24:27:0.6:10:14:10:8:10:17:10:8 chr11 66327673 . G A 1030.05 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.921;QD=58.0309;RBI=0.053651;REFB=0.00220008;REVB=0.0387602;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000289333;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:37:33:0:1:37:33:0:1 chr11 66328055 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00557942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.208;QD=18.7954;RBI=0.0476697;REFB=-0.0101867;REVB=0.0473421;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225392;STB=0.627476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0217814;OID=.;OPOS=66328055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:17:10:14:9:17:10 chr11 66328095 . T C 741.12 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119575;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.527;QD=57.0091;RBI=0.00706166;REFB=0;REVB=0.00695968;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424886;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr11 66328719 . T C 1117.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.972;QD=60.3942;RBI=0.0575397;REFB=0;REVB=0.0436413;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190703;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:26:45:0:0:26:48:0:0 chr11 66328741 . A C 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0334539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.351;QD=21.738;RBI=0.0375861;REFB=-0.0213082;REVB=-0.0171334;RO=34;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795669;STB=0.544007;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0222403;OID=.;OPOS=66328741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:13:27:20:14:13:27:20:14 chr11 66329732 . A G 650.33 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.538;QD=61.9364;RBI=0.0647607;REFB=0;REVB=0.0354564;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726032;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr11 66331000 . A G 263.95 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0105492;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.442;QD=15.0827;RBI=0.0107313;REFB=-0.0119965;REVB=-0.00196865;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176964;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:15:15:21:19:15:15:20:20 chr11 66331458 . A G 810.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4495;QD=56.8441;RBI=0.0533617;REFB=0;REVB=-0.0510017;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365361;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr11 66333598 . C T 402.43 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9066;QD=53.6575;RBI=0.0833469;REFB=-0.129498;REVB=-0.0475603;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118762;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:30:1:0:28:30:1:17:11:1:0:17:13:0:0 chr11 66335548 . A G 571.85 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569731;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.719;QD=60.1942;RBI=0.0672473;REFB=0;REVB=0.0357249;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364763;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:30:38:1:21:9:0:0:26:12:0:0 chr11 66335549 . C G 42.16 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0184766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0035;QD=4.32377;RBI=0.0307496;REFB=-0.0466451;REVB=-0.0245795;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114394;STB=0.574293;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.21153;OID=.;OPOS=66335549;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:9:22:5:3:9:22 chr11 66408033 . C G 121.35 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00994538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4662;QD=15.1687;RBI=0.0140492;REFB=-0.011207;REVB=0.00992322;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143297;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0375061;OID=.;OPOS=66408033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:9:9:5:9:9:9 chr11 66408071 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00689497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.644;QD=14.0975;RBI=0.00975583;REFB=-0.00884516;REVB=-0.00690186;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350135;STB=0.706183;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0119732;OID=.;OPOS=66408071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:8:10:3:10:8:10 chr11 66458980 . G A 231.48 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0177706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.214;QD=12.3458;RBI=0.0662986;REFB=-0.0175977;REVB=0.0638727;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195051;STB=0.625973;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0330161;OID=.;OPOS=66458980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:27:28:0.373333:16:11:27:19:17:11:28:19 chr11 66460037 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0081229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1125;QD=15.7059;RBI=0.02407;REFB=-0.00948557;REVB=0.022658;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145139;STB=0.582033;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0119573;OID=.;OPOS=66460037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:23:13:24:24:23:13:24:24 chr11 66460512 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00167874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.969;QD=13.7844;RBI=0.0183966;REFB=-4.04916e-06;REVB=0.0183199;RO=33;SAF=20;SAR=3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387238;STB=0.727036;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000144008;OID=.;OPOS=66460512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:3:20:20:13:3:20:20:13 chr11 66460527 . C T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.010808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.311;QD=21.4059;RBI=0.0139718;REFB=-0.0173425;REVB=-0.00885431;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182773;STB=0.600197;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.012793;OID=.;OPOS=66460527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:22:4:11:21:22:4 chr11 66468469 . A G 1250.03 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8792;QD=60.2425;RBI=0.062781;REFB=-0.120433;REVB=-0.0284372;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919621;STB=0.504853;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00140121;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:51:31:0:1:51:31:0:1 chr11 66472274 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.597;QD=40.7629;RBI=0.0372872;REFB=0;REVB=0.0236078;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364891;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 66837965 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.757;QD=56.1901;RBI=0.048049;REFB=0;REVB=0.0473288;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022291;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 66995603 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.019;QD=56.937;RBI=0.0149062;REFB=0;REVB=0.0098644;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68025e-05;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr11 67050292 . G A 96.14 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0015037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.644;QD=11.6527;RBI=0.00509714;REFB=-0.0139648;REVB=-0.0048703;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378983;STB=0.738058;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0241856;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:20:21:12:12:0.363636:3:9:8:12:3:9:8:13 chr11 67068859 . T C 294.38 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0261874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.703;QD=28.0357;RBI=0.0282305;REFB=-0.0199313;REVB=-0.0105443;RO=16;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18906;STB=0.604659;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0128788;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:8:18:7:9:8:18:7:9 chr11 67071584 . C G 500.88 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0184316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1128;QD=22.0165;RBI=0.0217514;REFB=-0.0157332;REVB=-0.0115499;RO=43;SAF=17;SAR=31;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494009;STB=0.527188;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0145272;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:31:17:13:30:31:17:13:30 chr11 67176972 . G A 350.12 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0230285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.473;QD=28.0093;RBI=0.026086;REFB=-0.0317455;REVB=0.0122543;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638011;STB=0.535187;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0181869;OID=.;OPOS=67176972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:9:11:19:11:9:11 chr11 67177278 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00928667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.962;QD=61.5109;RBI=0.0193074;REFB=-0.0691206;REVB=0.0169273;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=4.23411e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr11 67192555 . G A 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00247281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.291;QD=19.078;RBI=0.0366271;REFB=-0.0179411;REVB=0.0365436;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186738;STB=0.60425;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0196589;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:21:11:17:14:21:11:17:14 chr11 67200819 . C T 136.65 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0360348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.882;QD=18.2206;RBI=0.159636;REFB=-0.0132139;REVB=0.155515;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0277264;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:7:8:9:6:7:8 chr11 67202156 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000815245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.687;QD=25.711;RBI=0.000885692;REFB=-0.0162496;REVB=0.00034616;RO=6;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166233;STB=0.594432;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00949762;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:11:2:2:4:11:2:2:4 chr11 67205890 . C A 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0365786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1205;QD=15.5733;RBI=0.0604921;REFB=-0.00690051;REVB=0.0481799;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979891;STB=0.56039;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0105855;OID=.;OPOS=67205890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:8:17:17:12:8:17:18:13 chr11 67223783 . C T 292.85 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.156909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7459;QD=23.4282;RBI=0.157048;REFB=0.00160315;REVB=0.00661971;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184613;STB=0.5877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0342323;OID=.;OPOS=67223783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:19:20:0.4:8:11:7:12:9:11:7:12 chr11 67257037 . C T 270.21 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0199841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4463;QD=14.4113;RBI=0.0219391;REFB=-0.00656979;REVB=0.00905323;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421599;STB=0.508965;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00774826;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:44:31:31:0.413333:11:20:28:13:11:20:29:15 chr11 67257823 . C A 183.38 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5055;QD=43.1471;RBI=0.0649416;REFB=-0.10494;REVB=0.0203046;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00891134;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:6:10:0:0:6:10:0:1 chr11 67258391 . A G 590.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8522;QD=59.0577;RBI=0.0384292;REFB=0;REVB=0.0339389;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146408;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:21:19:0:0 chr11 67262952 . CG CC,C 35.68 PASS AF=0.0967742,0.193548;AO=3,5;DP=30;FAO=3,6;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0,2;FSAR=3,4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0295939,0.0252441;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=30.0271,13.1004;QD=4.60438;RBI=0.0416828,0.216685;REFB=-0.0134794,-0.019622;REVB=-0.029354,-0.215209;RO=20;SAF=0,2;SAR=3,3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0.576923;SSEP=0,0;SSSB=-0.655715,-0.284472;STB=0.997077,0.726565;STBP=0.032,0.257;TYPE=snp,del;VARB=0.00548975,-0.000354432;OID=.,.;OPOS=67262953,67262953;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0967742,0.193548:3,5:30:3,6:31:22:0,2:3,4:14:8:20:20:0,2:3,3:13:7 chr11 67263767 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.888;QD=54.5177;RBI=0.0328727;REFB=0;REVB=0.0320506;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110413;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 67352689 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00945354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.961;QD=17.801;RBI=0.0138071;REFB=-0.00238444;REVB=-0.0100631;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848779;STB=0.538985;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00228262;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:13:7:10:13:13:7:10:14 chr11 67353970 . T C 258.18 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0065397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9732;QD=18.4414;RBI=0.00668434;REFB=-0.0358927;REVB=0.00138304;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196712;STB=0.609302;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0467684;OID=.;OPOS=67353970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:7:21:15:13:7:21 chr11 67372477 . G T 265.4 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0139853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.241;QD=17.9929;RBI=0.0260415;REFB=-0.0134878;REVB=-0.0219675;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512992;STB=0.528744;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0113925;OID=.;OPOS=67372477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:11:18:17:13:11:18:17:13 chr11 67395714 . C T 222.66 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0221652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6439;QD=12.5443;RBI=0.0242421;REFB=0.000503362;REVB=-0.00981741;RO=44;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163053;STB=0.593988;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000668706;OID=.;OPOS=67395714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:9:18:23:21:9:18:23:21 chr11 67402362 . T G 55.72 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.121577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.838;QD=10.6135;RBI=0.122929;REFB=-0.0316898;REVB=-0.0181824;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242422;STB=0.599771;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0432034;OID=.;OPOS=67402362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:2:10:5:3:3:10 chr11 67430698 . G A 337.09 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0165362;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.679;QD=22.4725;RBI=0.0196875;REFB=-0.006234;REVB=0.0106842;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121162;STB=0.56697;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00521507;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:13:13:22:12:13:13 chr11 67430762 . T C 224.41 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.013148;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.263;QD=14.9605;RBI=0.0289778;REFB=-0.0126156;REVB=-0.0258233;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243801;STB=0.638493;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0174236;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:14:20:9:17:14:20 chr11 67431914 . G A 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0275409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.395;QD=19.8557;RBI=0.0281537;REFB=-0.00775317;REVB=0.00584211;RO=38;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229536;STB=0.627839;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00493872;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:27:12:21:17:27:12:21:17 chr11 67432804 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.602;QD=57.1767;RBI=0.0272721;REFB=0;REVB=0.0050808;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67937e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr11 67432854 . T C 757.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403822;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.561;QD=57.1406;RBI=0.0410663;REFB=0;REVB=0.00746467;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002622;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr11 67433869 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0615055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.107;QD=10.0328;RBI=0.0634128;REFB=0.00972342;REVB=-0.0154356;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0069385;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:5:2:4:1:5:2 chr11 67434416 . C A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0138499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.108;QD=19.4668;RBI=0.0143336;REFB=-0.00339679;REVB=0.00369233;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29229;STB=0.672266;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00293236;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:9:13:6:17:9:13:6:18 chr11 67564197 . T C 498.15 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8159;QD=58.6057;RBI=0.0253763;REFB=0;REVB=0.0171541;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357368;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:10:22:0:0:11:23:0:0 chr11 67564238 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.402;QD=49.5992;RBI=0.0361012;REFB=0;REVB=0.0263153;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529799;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 67564241 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.249;QD=49.5985;RBI=0.0766476;REFB=0;REVB=0.0334717;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181613;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 67572698 . G T 173.41 PASS AF=0.842105;AO=10;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0454326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.399;QD=36.5072;RBI=0.0455595;REFB=-0.0205576;REVB=0.00339807;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578851;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000993227;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:0:3:10:16:0.842105:2:8:0:0:8:8:3:0 chr11 67663113 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.8;QD=40.7629;RBI=0.0243895;REFB=0;REVB=-0.000573398;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342975;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 67663116 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.299;QD=42.1827;RBI=0.0237476;REFB=0;REVB=0.0148025;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567422;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 543.33 PASS AF=1,0;AO=31,3;DP=37;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737037,-0.0119241;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=29.246,4.59462;QD=58.7384;RBI=0.0773641,0.0786953;REFB=0,0;REVB=0.0235153,-0.0777866;RO=3;SAF=15,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0797785,0.483116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00367422,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:3:0:31,3:37,0:1,0:16,1:15,2:0:3:20,0:17,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 1001.88 PASS AF=1,0;AO=64,4;DP=74;FAO=69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457233,-0.173181;FXX=0.028165;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.2972,4.60136;QD=58.0799;RBI=0.0476464,0.191868;REFB=0,0;REVB=0.0133998,-0.0825932;RO=6;SAF=29,2;SAR=35,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0468741,0.321971;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000579019,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:69:6:0:64,4:69,0:1,0:35,2:29,2:1:5:37,0:32,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 576.91 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0168;QD=45.2478;RBI=0.0893719;REFB=-0.032941;REVB=0.01796;RO=6;SAF=20;SAR=28;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00453628;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:54:51:51:0:21:30:0:0:9:6:20:28:3:3 chr11 67790188 . G A 283.39 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0034493;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2991;QD=14.9153;RBI=0.0553996;REFB=0.00425001;REVB=0.0552921;RO=45;SAF=8;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33679;STB=0.697053;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00429021;OID=.;OPOS=67790188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:44:32:32:0.421053:24:8:25:20:24:8:25:19 chr11 67795378 . G GC 175.31 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0969;QD=41.2484;RBI=0.031309;REFB=0;REVB=-0.0153307;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00147235;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:19:17:17:0:8:9:0:0:4:4:8:7:1:3 chr11 67810468 . CCGGGGGG CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG 553.39 PASS AF=0.514019,0.252336,0;AO=29,5,14;DP=108;FAO=55,27,0;FDP=107;FR=.;FRO=25;FSAF=30,24,0;FSAR=25,3,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.173496,0.0556497,-0.206846;FXX=0.0183469;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=10.1722,17.7853,13.1569;QD=20.6875;RBI=0.179281,0.0756672,0.20859;REFB=-0.182233,-0.137233,0.0350421;REVB=0.0451782,0.0512702,-0.0269128;RO=31;SAF=6,2,13;SAR=23,3,1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.386363,-0.207288,0.563901;STB=0.508006,0.764091,0.5;STBP=0.854,0.005,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.157291,-0.00492209,-0.0562626;OID=.,.,.;OPOS=67810470,67810475,67810469;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.514019,0.252336,0:29,5,14:108:55,27,0:107:25:30,24,0:25,3,0:13:12:99:31:6,2,13:23,3,1:18:13 chr11 67814979 . G C 1568.07 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9284;QD=64.0029;RBI=0.0310844;REFB=0;REVB=-0.0107547;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101025;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr11 67957518 . A T 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.039;QD=57.0951;RBI=0.0486642;REFB=0;REVB=0.00360674;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016306;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr11 68030015 . C T 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0328165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.343;QD=12.4011;RBI=0.0686954;REFB=-0.0689829;REVB=0.0603501;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0538543;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr11 68030173 . C A 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00261549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3371;QD=21.064;RBI=0.0285322;REFB=0.00684854;REVB=-0.0284121;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00803138;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:13:11:11:13:13:11 chr11 68171013 . T C 1589.64 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0183026;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.52;QD=56.2706;RBI=0.019767;REFB=0.0243673;REVB=0.00746656;RO=3;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025639;STB=0.50901;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.000213166;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:113:3:4:109:109:0.964602:54:55:0:3:54:55:1:3 chr11 68192690 . G A 966.49 PASS AF=0.971014;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0331114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.424;QD=56.0285;RBI=0.0379142;REFB=-0.0918074;REVB=0.0184694;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03369;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000883075;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:69:2:2:62:67:0.971014:35:27:2:0:38:29:2:0 chr11 68549340 . A G 971.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.162;QD=58.9063;RBI=0.0263019;REFB=0;REVB=0.0237834;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106247;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr11 68704270 . A G 344.41 PASS AF=0.5;AO=37;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00161235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2629;QD=19.1338;RBI=0.0514575;REFB=-0.0115984;REVB=-0.0514322;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333847;STB=0.528286;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0291454;OID=.;OPOS=68704270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:37:36:0.5:16:21:18:16:15:21:19:17 chr11 68777183 . G T 227.08 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0718818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3807;QD=21.1233;RBI=0.073316;REFB=-0.0169327;REVB=0.0144304;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159319;STB=0.533867;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0153301;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:21:22:22:0.511628:12:10:9:10:12:10:11:10 chr11 68822739 . T C 1001.76 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.48;QD=58.9272;RBI=0.0867025;REFB=0;REVB=0.0863199;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282339;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:60:68:1:20:40:0:0:25:43:0:0 chr11 68834968 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.338;QD=59.0185;RBI=0.026708;REFB=0;REVB=0.0135087;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5629e-05;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr11 68840160 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0110407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.999;QD=18.7769;RBI=0.0172221;REFB=-0.0104287;REVB=-0.0132175;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068626;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00981528;OID=.;OPOS=68840160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:15:11:13:13:15:11 chr11 68840397 . T C 36.97 PASS AF=0.3;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00601249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.66;QD=7.39314;RBI=0.0202163;REFB=-0.00268652;REVB=-0.0193015;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407581;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:13:14:6:6:0.3:3:3:7:6:3:3:7:7 chr11 68840412 . C G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0205261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.281;QD=10.8849;RBI=0.0439197;REFB=-0.0221735;REVB=-0.0388281;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145524;STB=0.588033;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0321649;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:7:8:6:3:7:8 chr11 68851414 . T C 1026.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5038;QD=59.482;RBI=0.00602775;REFB=0;REVB=0.00315022;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6838e-05;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr11 68851466 . G T 471.51 PASS AF=0.516854;AO=42;DP=86;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0154731;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.922;QD=21.1914;RBI=0.0420719;REFB=-0.0430392;REVB=0.0391233;RO=42;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158496;STB=0.570545;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0312835;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:42:43:42:46:0.516854:28:14:21:21:28:18:23:20 chr11 68855363 . G A 606.87 PASS AF=0.408284;AO=69;DP=169;FAO=69;FDP=169;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0174543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.094;QD=14.3637;RBI=0.0285332;REFB=-0.0132584;REVB=-0.0225719;RO=100;SAF=35;SAR=34;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708271;STB=0.539742;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0201313;OID=.;OPOS=68855363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:100:100:69:69:0.408284:34:35:44:56:34:35:44:56 chr11 69063136 . C T 940.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991976;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.625;QD=58.7985;RBI=0.0234183;REFB=0;REVB=0.0212136;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48835e-05;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr11 69063393 . T C 636.8 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209415;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.715;QD=62.127;RBI=0.0286082;REFB=0;REVB=0.0194906;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016596;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr11 69063572 . A G 590.3 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.886;QD=57.5901;RBI=0.0430855;REFB=-0.104229;REVB=-0.00267938;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00436218;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:22:17:1:0:22:18:1:0 chr11 69063984 . C T 1156.9 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850461;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.98;QD=60.8896;RBI=0.0173058;REFB=0;REVB=-0.0150719;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.4185e-05;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr11 69462910 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.495;QD=58.1416;RBI=0.017029;REFB=0;REVB=-0.0167635;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04087e-05;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 69588020 . C T 524.97 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.0115651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.581;QD=24.1364;RBI=0.0126725;REFB=-0.0194403;REVB=0.00518065;RO=37;SAF=38;SAR=11;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938268;STB=0.50884;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0146842;OID=.;OPOS=69588020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:38:49:49:0.563218:11:38:29:8:11:38:30:8 chr11 70007311 . A G 816.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6945;QD=57.3092;RBI=0.0659218;REFB=0;REVB=-0.0653245;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626371;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr11 70007392 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.799;QD=57.1775;RBI=0.0225684;REFB=0;REVB=0.011274;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26399e-05;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr11 70016247 . T G,TG 1112.2 PASS AF=0,1;AO=4,69;DP=93;FAO=0,85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599357,0.14171;FXX=0.0116266;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.58714,19.799;QD=52.3389;RBI=0.0604923,0.182804;REFB=0,0;REVB=-0.00818652,0.11548;RO=19;SAF=1,31;SAR=3,38;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213651,0.0115269;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00488213;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:93:85:19:0:4,69:0,85:0,1:3,38:1,31:8:11:0,47:0,38:0:0 chr11 70709559 . C T 379.43 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00632062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.899;QD=19.2115;RBI=0.0063304;REFB=-0.0132682;REVB=-0.000351649;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183782;STB=0.595806;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0107893;OID=.;OPOS=70709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:23:16:24:15:23:16:24:16 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 345.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120753;FXX=0;HRUN=4;LEN=12;MLLD=472.48;QD=46.0907;RBI=0.0200216;REFB=0;REVB=0.0159704;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000893566;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:30:30:0:14:16:0:0:6:0:14:12:0:0 chr11 71146691 . A G 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.122;QD=57.2292;RBI=0.0213074;REFB=0;REVB=0.0200198;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1258e-05;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr11 71146952 . G A 909.91 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00773407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.053;QD=52.7486;RBI=0.0157334;REFB=-0.0333555;REVB=0.0137012;RO=2;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523785;STB=0.552615;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0003453;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:2:4:65:65:0.942029:17:48:0:2:17:48:0:4 chr11 71152461 . A G 849.47 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111655;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7962;QD=57.5909;RBI=0.011185;REFB=0;REVB=-0.000661252;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139182;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:32:27:0:0 chr11 71155129 . G A 481.05 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0058736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.179;QD=12.9142;RBI=0.00750533;REFB=-0.00399692;REVB=-0.00467235;RO=94;SAF=27;SAR=28;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156257;STB=0.588507;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00758904;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:94:55:55:0.369128:28:27:33:61:28:27:33:61 chr11 71155153 . A G 2008.2 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083308;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.143;QD=61.7907;RBI=0.00867282;REFB=0;REVB=-0.00241153;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605478;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:78:50:0:0:80:50:0:0 chr11 71174553 . C T 515.91 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0100333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.7521;QD=49.1343;RBI=0.0126703;REFB=-0.114934;REVB=0.00773755;RO=4;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246183;STB=0.510304;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00243036;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:4:5:37:37:0.880952:18:19:2:2:18:19:3:2 chr11 71184678 . A C 2403.9 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.711;QD=60.4754;RBI=0.0603704;REFB=-0.154051;REVB=0.0302266;RO=0;SAF=90;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49904e-08;STB=0.502732;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00118468;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:0:1:157:158:0.993711:67:90:0:0:67:91:1:0 chr11 71185479 . T C 1396.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.372;QD=62.7544;RBI=0.0219241;REFB=0;REVB=0.0214538;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32568e-05;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr11 71185518 . T C 1733.22 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.158;QD=59.7661;RBI=0.0363552;REFB=-0.0622507;REVB=0.0299053;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074785;STB=0.503936;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000630502;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:63:52:0:1:63:52:0:1 chr11 71189436 . T C 730.71 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.33;QD=56.2082;RBI=0.0075208;REFB=0;REVB=0.00644049;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36972e-06;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:33:19:0:0 chr11 71238418 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0774085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.372;QD=20.898;RBI=0.0813122;REFB=-0.0475623;REVB=0.0248917;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.5831;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0107316;OID=.;OPOS=71238418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:7:1:0:3:7:1:1:3 chr11 71238445 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0659499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.834;QD=21.1692;RBI=0.0662222;REFB=-0.047909;REVB=-0.00599991;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.599677;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0424125;OID=.;OPOS=71238445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:1:2:6:1:1:2 chr11 71239086 . C A 993.9 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.336;QD=57.6176;RBI=0.0496015;REFB=-0.144747;REVB=0.00582206;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00086908;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:0:1:35:33:0:1 chr11 71249152 . C T 41.77 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.155967;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.603;QD=13.9235;RBI=0.15607;REFB=0.00190806;REVB=0.0056582;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43181;STB=0.749372;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00399315;OID=.;OPOS=71249152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:3:3:0:6:3:3:0:6 chr11 71249158 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0219095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.286;QD=15.259;RBI=0.0252111;REFB=0.000186889;REVB=0.012473;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434081;STB=0.749421;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-9.66521e-05;OID=.;OPOS=71249158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:0:6:3:4:0:6 chr11 71249170 . A C 35.47 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=9;FAO=3;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0772376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.516;QD=15.7647;RBI=0.083846;REFB=-0.00481104;REVB=-0.0326268;RO=3;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352427;STB=0.713247;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000470912;OID=.;OPOS=71249170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:3:3:3:3:0.333333:2:1:0:3:2:1:0:3 chr11 71249386 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5101;QD=52.6131;RBI=0.0156747;REFB=0;REVB=-0.00588554;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151249;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 71259822 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0244233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.323;QD=19.9757;RBI=0.0457423;REFB=-0.0147934;REVB=-0.0386764;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133037;STB=0.574927;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0121159;OID=.;OPOS=71259822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:7:13:10:10:7:13 chr11 71260243 . T C 405.43 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.886;QD=55.9209;RBI=0.0303273;REFB=0;REVB=0.0275322;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547822;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr11 71260296 . G A 256.35 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0344328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4367;QD=22.7862;RBI=0.0431186;REFB=0.0235754;REVB=0.0259538;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050581;STB=0.528278;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0136533;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:10:11:14:10:10:11 chr11 71260348 . T A 140.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000300181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.822;QD=14.0498;RBI=0.00427963;REFB=0.00271925;REVB=-0.00426909;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113102;STB=0.551882;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00417415;OID=.;OPOS=71260348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:24:14:16:0.4:9:5:11:13:10:6:11:13 chr11 71276632 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.473;QD=59.832;RBI=0.0485253;REFB=0;REVB=0.0391872;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171009;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 71276681 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=365.289;QD=43.4862;RBI=0.0597766;REFB=0;REVB=0.019297;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168999;OID=.;OPOS=71276681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr11 71277273 . T G 226.77 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00561664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.71;QD=17.4435;RBI=0.00746658;REFB=-0.0116029;REVB=-0.00491967;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111842;STB=0.570412;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0129139;OID=.;OPOS=71277273;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:8:16:15:12:8:17:15:12 chr11 71277598 . A C 2115.66 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.636;QD=62.6861;RBI=0.0262721;REFB=0;REVB=0.0232109;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11107e-05;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:72:62:0:0:73:62:0:0 chr11 71277647 . CCGCT C 665.48 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271377;FXX=0.065563;HRUN=2;LEN=4;MLLD=306.361;QD=46.7006;RBI=0.0289196;REFB=0;REVB=0.00999441;RO=0;SAF=8;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.0805e-05;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:58:57:57:0:15:42:0:0:12:0:8:41:0:0 chr11 71498591 . C G 63.77 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0551315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6563;QD=9.1103;RBI=0.0794168;REFB=-0.034533;REVB=-0.0571624;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589543;STB=0.84332;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0476791;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:2:7:3:14:2:7:4:15 chr11 71498601 . G T 43.68 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00197883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.885;QD=6.24031;RBI=0.0139881;REFB=-0.0189039;REVB=0.0138474;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531742;STB=0.793658;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0272315;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:19:21:7:7:0.25:2:5:4:15:2:5:6:15 chr11 71498648 . A G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00801292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.398;QD=7.52631;RBI=0.0329643;REFB=-0.00659201;REVB=-0.0319756;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415427;STB=0.754212;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0160224;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:7:17:3:6:7:17 chr11 71498671 . G C 32.9 PASS AF=0.2;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0441357;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.066;QD=4.38689;RBI=0.0441367;REFB=-0.00744287;REVB=0.000301104;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269018;STB=0.69944;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0357642;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:31:30:25:24:6:6:0.2:3:3:7:18:3:3:6:18 chr11 71507261 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00996143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.281;QD=12.4815;RBI=0.00996145;REFB=-0.0208385;REVB=-2.08085e-05;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0224463;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:7:12:7:5:7:12 chr11 71544269 . C T 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5071;QD=63.5732;RBI=0.0737085;REFB=0;REVB=0.0224698;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803347;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr11 71548465 . A G 449.21 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.103008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4423;QD=16.9512;RBI=0.10575;REFB=-0.0109612;REVB=-0.023926;RO=56;SAF=28;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136624;STB=0.580612;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0112517;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:21:28:24:32:21:28:24:33 chr11 71548520 . A T 417.38 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0100104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.201;QD=17.2116;RBI=0.0116709;REFB=-0.0111698;REVB=0.00600018;RO=52;SAF=26;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177945;STB=0.599665;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0126531;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:54:43:43:0.443299:17:26:22:30:17:26:23:31 chr11 71548544 . A G 238.91 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00891043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.845;QD=14.0532;RBI=0.0101644;REFB=-0.00227717;REVB=0.00489084;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393731;STB=0.514695;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0132206;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:14:14:18:21:14:14:19:21 chr11 71615069 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0364404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.422;QD=18.1531;RBI=0.0365348;REFB=-0.0151794;REVB=0.0026252;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448931;STB=0.533302;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0163673;OID=.;OPOS=71615069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:7:14:17:7:7:14:18:7 chr11 71627159 . C A 251.05 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0174186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8245;QD=19.6899;RBI=0.0308908;REFB=-0.0170519;REVB=0.0255115;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18081;STB=0.607764;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0155196;OID=.;OPOS=71627159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:12:13:18:7:13:13:18:7 chr11 71701763 . G A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0150147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.544;QD=14.3371;RBI=0.0189654;REFB=-0.0129936;REVB=-0.0115864;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407638;STB=0.522983;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0190745;OID=.;OPOS=71701763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:23:20:26:35:23:20:26:35 chr11 71706544 . A G 532.1 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.000917978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.572;QD=15.3123;RBI=0.019926;REFB=-0.00544792;REVB=0.0199049;RO=81;SAF=28;SAR=30;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139318;STB=0.578037;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00908312;OID=.;OPOS=71706544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:81:81:58:58:0.417266:30:28:50:31:30:28:50:31 chr11 71707489 . T C 684.65 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.301;QD=60.8579;RBI=0.0239638;REFB=0;REVB=0.0128878;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170027;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:25:17:0:0:27:18:0:0 chr11 71708013 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0164454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.292;QD=14.4907;RBI=0.0295492;REFB=-0.00603781;REVB=0.02455;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135255;STB=0.5778;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00675205;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:9:21:11:8:9:21 chr11 71714526 . G C 1016.21 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.022048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.471;QD=54.1978;RBI=0.0650836;REFB=-0.114197;REVB=0.0612353;RO=4;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484206;STB=0.525634;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000728164;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:37:34:0:4:37:34:0:4 chr11 71717106 . G A 631.15 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0257957;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7146;QD=19.2718;RBI=0.0257957;REFB=-0.0344174;REVB=-1.69021e-06;RO=66;SAF=34;SAR=30;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694096;STB=0.541634;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0259497;OID=.;OPOS=71717106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:66:67:64:64:0.48855:30:34:40:26:30:34:41:26 chr11 71726168 . G C 113.23 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0137034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6359;QD=18.1159;RBI=0.0403674;REFB=-0.0322069;REVB=0.0379703;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30165;STB=0.666485;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.113817;OID=.;OPOS=71726168;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:24:25:11:12:12:13:0.52:1:11:11:0:1:12:12:0 chr11 71821236 . A G 288.99 PASS AF=0.477612;AO=29;DP=64;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0113818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.667;QD=17.2532;RBI=0.0194515;REFB=-0.0528152;REVB=-0.0157739;RO=35;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969725;STB=0.571845;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0512115;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:35:35:29:32:0.477612:9:20:21:14:9:23:21:14 chr11 71850156 . C CTA 286.55 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00380591;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.308;QD=15.0816;RBI=0.0236724;REFB=-0.0310543;REVB=-0.0233644;RO=47;SAF=21;SAR=11;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446809;STB=0.540827;STBP=0.569;TYPE=ins;VARB=0.0398588;OID=.;OPOS=71850157;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:32:80:32:76:44:21:11:26:18:99:47:21:11:29:18 chr11 71941033 . G C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0400785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6849;QD=20.2095;RBI=0.0698133;REFB=0.020089;REVB=-0.057163;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0406366;OID=.;OPOS=71941033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:6:4:9:4:6:4 chr11 71941212 . A G 272.61 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0180772;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1629;QD=19.4718;RBI=0.0205988;REFB=-0.0728183;REVB=0.00987552;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301568;STB=0.523793;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0411203;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:18:11:9:17:18:11:9:18 chr11 71945332 . A G 228.95 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.065427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1352;QD=14.7712;RBI=0.0660575;REFB=-0.00993049;REVB=0.00910462;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.561018;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0188959;OID=.;OPOS=71945332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:35:27:27:0.435484:16:11:16:17:16:11:18:17 chr11 71948536 . C G 93.11 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0364493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1855;QD=19.6026;RBI=0.0365394;REFB=-0.00571264;REVB=0.00256433;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.004391;OID=.;OPOS=71948536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:2:6:7:4:2:6 chr11 72040784 . T C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0399696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2304;QD=16.6256;RBI=0.0479203;REFB=-0.0100938;REVB=-0.0264346;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.569509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00815774;OID=.;OPOS=72040784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:8:6:4:9:8:6 chr11 72281818 . A G 318.95 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000746237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.655;QD=15.7504;RBI=0.0177438;REFB=-0.014733;REVB=0.0177281;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670544;STB=0.516598;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0156057;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:46:34:35:0.432099:16:18:23:21:17:18:25:21 chr11 72281884 . C T 393.44 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0163659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.347;QD=15.4288;RBI=0.0163685;REFB=-0.00702552;REVB=-0.000288555;RO=57;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370345;STB=0.525927;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0134155;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:44:44:0.431373:24:20:28:29:24:20:29:29 chr11 72281941 . A G 369.29 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0592053;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.724;QD=22.0471;RBI=0.059389;REFB=-0.0140819;REVB=0.00466857;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954208;STB=0.54543;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00644943;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:21:16:16:13:21:16:16:14 chr11 72287350 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.981;QD=44.6888;RBI=0.0260306;REFB=0;REVB=0.0260306;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018372;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr11 72288599 . G A 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00142857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.338;QD=21.8936;RBI=0.0163734;REFB=-0.0115713;REVB=0.0163109;RO=36;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102565;STB=0.556648;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0106238;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:26:16:18:18:26:16:18:18 chr11 72291927 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.433;QD=57.6807;RBI=0.0283135;REFB=0;REVB=0.0235536;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94702e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr11 72293602 . A G 1035.53 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605753;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.767;QD=60.0306;RBI=0.0233372;REFB=0;REVB=0.0225374;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177464;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr11 72295502 . T C 1527.14 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.658;QD=59.3063;RBI=0.0125832;REFB=0;REVB=0.011696;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66787e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:46:55:0:0:46:57:0:0 chr11 72295906 . A C,G 515.17 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,32;DP=34;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643233,0.0775348;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.509,79.3008;QD=57.2414;RBI=0.00643551,0.0778476;REFB=0,0;REVB=-0.000202569,0.00697152;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150588,0.00576023;OID=.,.;OPOS=72295906,72295906;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:36:0:0:2,32:2,34:0.0555556,0.944444:1,18:1,14:0:0:1,18:1,16:0:0 chr11 72408055 . G C 207.65 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00595927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.544;QD=17.6722;RBI=0.0224538;REFB=-0.0209427;REVB=-0.0216485;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110682;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0288986;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:16:10:6:15:16:10 chr11 72423315 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0250061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.66;QD=15.5749;RBI=0.0385928;REFB=0.0172973;REVB=0.0293956;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066703;STB=0.537773;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0112476;OID=.;OPOS=72423315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:14:17:12:13:14:17 chr11 72532569 . G T 610.69 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00427678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9371;QD=56.8087;RBI=0.0129321;REFB=-0.105444;REVB=0.0122045;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055096;STB=0.529397;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0104188;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:25:16:2:0:25:16:2:0 chr11 72532621 . T G 627.97 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.086;QD=61.2651;RBI=0.0322474;REFB=0;REVB=0.00413034;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21014e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr11 72532708 . C T 418.03 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.837;QD=53.9388;RBI=0.029104;REFB=-0.135787;REVB=-0.0115258;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000773764;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:0:1:11:19:0:1 chr11 72945341 . C T 1651.78 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0146653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5977;QD=57.4533;RBI=0.0515099;REFB=-0.0127905;REVB=0.0493781;RO=3;SAF=55;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869393;STB=0.504581;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00318456;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:57:55:2:1:57:55:2:1 chr11 72946020 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.886;QD=53.2772;RBI=0.0282016;REFB=0;REVB=0.00979126;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170194;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 72946140 . G C 167.44 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0408678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2204;QD=41.8599;RBI=0.0700371;REFB=0.0110846;REVB=0.0568773;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00183006;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr11 73100179 . A C 221.98 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0387308;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.086;QD=15.5775;RBI=0.0596717;REFB=-0.0182437;REVB=-0.0453943;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642013;STB=0.534221;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0415866;OID=.;OPOS=73100179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:25:26:0.45614:9:16:21:9:9:17:22:9 chr11 73387057 . TTAAGTA T 258.9 PASS AF=0.680851;AO=28;DP=51;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0399125;FXX=0.078416;HRUN=3;LEN=6;MLLD=215.005;QD=22.0336;RBI=0.0399125;REFB=-0.00157951;REVB=-1.87727e-05;RO=15;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145073;STB=0.577209;STBP=0.142;TYPE=del;VARB=0.000652586;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.680851:28:51:32:47:15:10:22:8:7:81:15:9:19:8:7 chr11 73390772 . GAA G,GAG 97.43 PASS AF=0.228571,0.142857;AO=7,5;DP=34;FAO=8,5;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3,1;FSAR=5,4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00966178,-0.0222174;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=40.0941,226.363;QD=11.1351;RBI=0.0346897,0.0359972;REFB=-0.0294267,-0.00879766;REVB=-0.033317,-0.0283229;RO=21;SAF=3,1;SAR=4,4;SRF=18;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497972,-0.66994;STB=0.79489,0.903677;STBP=0.075,0.226;TYPE=del,snp;VARB=0.03579,0.0541949;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571,0.142857:7,5:34:8,5:35:22:3,1:5,4:18:4:55:21:3,1:4,4:18:3 chr11 73441772 . A C 445.49 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00497047;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.536;QD=52.4101;RBI=0.0140941;REFB=-0.0261722;REVB=0.0131885;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000503868;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:1:1:15:17:1:1 chr11 73543621 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0172542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.545;QD=14.6479;RBI=0.0172545;REFB=-0.0238458;REVB=0.000109775;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264859;STB=0.657272;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0555717;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:6:13:12:2:6:13 chr11 73620537 . C G 779.24 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00604789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9242;QD=21.797;RBI=0.115218;REFB=-0.0810877;REVB=-0.115059;RO=46;SAF=52;SAR=22;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312697;STB=0.601823;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.032676;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:46:67:74:74:0.517483:22:52:34:12:22:52:34:33 chr11 73670645 . T C 588.05 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.030739;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.756;QD=22.6173;RBI=0.0311687;REFB=-0.0206083;REVB=-0.00515787;RO=46;SAF=39;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112834;STB=0.561938;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0167357;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:46:46:58:58:0.557692:19:39:25:21:19:39:25:21 chr11 73765731 . A C 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0322567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7921;QD=13.367;RBI=0.0610637;REFB=0.0165102;REVB=0.0518487;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369357;STB=0.712529;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0278406;OID=.;OPOS=73765731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:8:23:7:11:8:23 chr11 73785326 . T C 458.93 PASS AF=0.55;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00573645;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.383;QD=22.9464;RBI=0.0128113;REFB=-0.0185456;REVB=-0.0114552;RO=36;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930567;STB=0.551289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0165314;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:36:36:44:44:0.55:16:28:19:17:16:28:19:17 chr11 73796917 . C T 210.65 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0110678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.146;QD=9.91293;RBI=0.0142867;REFB=-0.00520546;REVB=-0.00903401;RO=58;SAF=19;SAR=8;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267312;STB=0.657439;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0251418;OID=.;OPOS=73796917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:8:19:28:30:8:19:28:30 chr11 73814438 . G C 387.65 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0239903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6338;QD=15.9857;RBI=0.0243149;REFB=-0.0189716;REVB=-0.0039596;RO=56;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333084;STB=0.518776;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0343861;OID=.;OPOS=73814438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:17:24:31:25:17:24:31:25 chr11 73946931 . T C 180.23 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0607528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0622;QD=7.58845;RBI=0.0673549;REFB=4.64853e-05;REVB=0.0290824;RO=69;SAF=13;SAR=12;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554678;STB=0.538041;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00122332;OID=.;OPOS=73946931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:69:70:25:25:0.263158:12:13:39:30:12:13:40:30 chr11 74000156 . G A 65.88 PASS AF=0.185714;AO=18;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.11226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2197;QD=3.76429;RBI=0.128508;REFB=-0.0287908;REVB=-0.0625465;RO=39;SAF=17;SAR=1;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.808592;STB=0.926398;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.257923;OID=.;OPOS=74000156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:70:70:39:57:18:13:0.185714:1:17:5:34:1:12:22:35 chr11 74043708 . G A 193.32 PASS AF=0.431373;AO=18;DP=46;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0109884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.3;QD=15.162;RBI=0.025213;REFB=-0.0250417;REVB=0.0226925;RO=28;SAF=5;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383032;STB=0.751146;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0144269;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:28:29:18:22:0.431373:13:5:18:10:17:5:19:10 chr11 74046975 . C T 322.62 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0038463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.327;QD=19.2606;RBI=0.0158276;REFB=-0.00378482;REVB=-0.0153531;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145244;STB=0.580739;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00512001;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:20:13:19:15:20:13 chr11 74049569 . A G 512.17 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0217536;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.421;QD=26.6062;RBI=0.024425;REFB=-0.0143687;REVB=-0.011107;RO=29;SAF=22;SAR=25;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106476;STB=0.551246;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00567609;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:29:30:47:47:0.61039:25:22:18:11:25:22:18:12 chr11 74053547 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00916262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.139;QD=13.0608;RBI=0.0149172;REFB=-0.000629386;REVB=-0.0117715;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556411;STB=0.53189;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000822497;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:21:19:11:15:21:19 chr11 74203308 . T A 1328.52 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111211;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8019;QD=62.5184;RBI=0.0297694;REFB=0;REVB=0.0276141;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449101;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr11 74204269 . T G 995.16 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125206;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.8;QD=59.4124;RBI=0.0481985;REFB=0;REVB=0.0465439;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400987;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr11 74208029 . C T 1521.88 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.184;QD=59.6816;RBI=0.0489257;REFB=0;REVB=0.00545455;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4277e-05;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr11 74208214 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.692;QD=50.4134;RBI=0.0575537;REFB=0;REVB=0.0330641;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100199;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 74208592 . G T 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2667;QD=60.9697;RBI=0.0246737;REFB=0;REVB=-0.000562226;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249839;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 74278090 . C T 765.23 PASS AF=0.487805;AO=79;DP=164;FAO=80;FDP=164;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0117223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.503;QD=18.6642;RBI=0.0156628;REFB=-0.0150758;REVB=-0.0103879;RO=84;SAF=43;SAR=36;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312023;STB=0.501231;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0204564;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:84:79:80:0.487805:36:43:46:38:36:44:46:38 chr11 74396330 . C T 249.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0174273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3204;QD=18.4993;RBI=0.0174671;REFB=-0.000784147;REVB=-0.00117955;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693332;STB=0.538876;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000319831;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:15:12:10:17:15:12 chr11 74408740 . C T 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0118541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5599;QD=20.8692;RBI=0.0393793;REFB=-0.0337126;REVB=-0.0375527;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20371;STB=0.615269;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0290149;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:10:10:6:15:10:10 chr11 74419357 . C T 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8612;QD=60.5934;RBI=0.0378617;REFB=0;REVB=0.000315512;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536863;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 74419378 . C G,T 554.09 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,34;DP=39;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167795,0.0767547;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.375,48.9176;QD=58.3247;RBI=0.0306136,0.0767572;REFB=0,0;REVB=-0.0256055,0.000612307;RO=0;SAF=4,21;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153125,0.0091432;OID=.,.;OPOS=74419378,74419378;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:39:38:0:0:4,34:4,34:0.105263,0.894737:0,13:4,21:0:0:0,13:4,21:0:0 chr11 74553074 . C T 1380.91 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312054;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.259;QD=62.7686;RBI=0.0386644;REFB=0;REVB=-0.0228288;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100763;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:31:57:0:0:31:57:0:0 chr11 74559446 . G C 902.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6729;QD=58.2198;RBI=0.0738892;REFB=0;REVB=0.0727633;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639671;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr11 74559481 . C T 630.92 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.649;QD=61.5534;RBI=0.0977561;REFB=0;REVB=0.0809962;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372021;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:25:13:0:0:28:13:0:0 chr11 74563077 . G A 1302.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.295;QD=62.0041;RBI=0.0478982;REFB=0;REVB=0.040664;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020367;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr11 74705696 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.037;QD=53.2771;RBI=0.0241924;REFB=0;REVB=0.0101557;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240556;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 74904362 . T C 1936.09 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496978;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.148;QD=61.9547;RBI=0.0520743;REFB=0;REVB=0.0155521;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1448e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:65:59:0:0:66:59:0:0 chr11 74976729 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0153791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.002;QD=6.01599;RBI=0.0183374;REFB=-0.0104226;REVB=-0.0099872;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158836;STB=0.604083;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0330327;OID=.;OPOS=74976729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:13:9:2:5:13:9 chr11 74994352 . G A 574.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0398;QD=60.5094;RBI=0.0301248;REFB=0;REVB=0.0197929;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83977e-05;OID=.;OPOS=74994352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr11 75145952 . A G 726.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.638;QD=63.1449;RBI=0.0265589;REFB=0;REVB=-0.00605936;RO=0;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97238e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:5:40:0:0:5:41:0:0 chr11 75152243 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.389;QD=53.2756;RBI=0.0379116;REFB=0;REVB=0.0203533;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392187;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 75160575 . G A 1048.12 PASS AF=0.55618;AO=99;DP=178;FAO=99;FDP=178;FR=.;FRO=79;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0231358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.147;QD=23.5532;RBI=0.0232091;REFB=-0.00825326;REVB=0.00184234;RO=79;SAF=62;SAR=37;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485667;STB=0.526487;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00571642;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:79:79:99:99:0.55618:37:62:45:34:37:62:45:34 chr11 75277628 . A G 1178.91 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.444;QD=60.4567;RBI=0.0403934;REFB=0;REVB=0.0389949;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204582;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:47:25:0:0:51:27:0:0 chr11 75277992 . C T 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0219093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.357;QD=13.2871;RBI=0.0233055;REFB=-0.00995468;REVB=-0.00794544;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111538;STB=0.563829;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0174185;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:20:21:11:16:20:21 chr11 75905800 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0774726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.469;QD=16.4531;RBI=0.0795206;REFB=-0.0100947;REVB=-0.0179311;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00779216;OID=.;OPOS=75905800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr11 76207633 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.91;QD=63.2836;RBI=0.0149193;REFB=0;REVB=0.0127727;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4563e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr11 76207709 . G A 110.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0363328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1868;QD=16.3305;RBI=0.039315;REFB=-0.0250261;REVB=0.0150199;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0300036;OID=.;OPOS=76207709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:8:5:7:6:9:5 chr11 76257215 . T C 254.5 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0120713;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.904;QD=15.1939;RBI=0.0162162;REFB=-0.00677546;REVB=0.0108282;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226958;STB=0.628975;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00707867;OID=.;OPOS=76257215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:9:20:18:20:9:20:18:20 chr11 76368553 . A G 715.09 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0204541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9074;QD=51.078;RBI=0.0310327;REFB=-0.0135786;REVB=0.0233379;RO=3;SAF=22;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600151;STB=0.531903;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00612885;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:31:22:3:0:31:22:3:0 chr11 76368639 . A C,G 805.49 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188924,0.00892518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.739,89.1107;QD=56.5254;RBI=0.00805327,0.0122466;REFB=0,0;REVB=-0.00782854,-0.00838577;RO=0;SAF=35,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000310455,0.117973;OID=.,.;OPOS=76368639,76368639;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:20,1:35,1:0:0:20,1:35,1:0:0 chr11 76370792 . A G 783.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.813;QD=56.9591;RBI=0.0148992;REFB=0;REVB=0.0119972;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92706e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr11 76372052 . A G 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1196;QD=58.5686;RBI=0.10744;REFB=0;REVB=-0.100253;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000989709;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 76372418 . T C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.835;QD=53.2606;RBI=0.0577816;REFB=0;REVB=0.0231375;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722949;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 76400134 . C T 436.2 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00228643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2925;QD=21.2781;RBI=0.0287875;REFB=-0.00225484;REVB=-0.0286965;RO=39;SAF=37;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319915;STB=0.679692;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0030811;OID=.;OPOS=76400134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:6:37:24:15:6:37:24:15 chr11 76405613 . C T 481.27 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0162738;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.555;QD=22.1272;RBI=0.0166904;REFB=0.00444887;REVB=-0.00370561;RO=41;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950896;STB=0.500524;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00443839;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:41:41:46:46:0.528736:18:28:25:16:18:28:25:16 chr11 76415209 . G A 252.61 PASS AF=0.432836;AO=30;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0567184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1741;QD=15.0811;RBI=0.0679777;REFB=-0.0207645;REVB=0.03747;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109114;STB=0.564271;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0349159;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:38:30:29:0.432836:12:18:16:17:12:17:18:20 chr11 76418596 . C T 298.74 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0657631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7306;QD=23.8992;RBI=0.0661221;REFB=-0.0109817;REVB=-0.00688074;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139675;STB=0.594645;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00780024;OID=.;OPOS=76418596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:23:26:27:0.54:12:14:9:15:12:15:8:15 chr11 76418737 . A G 230.15 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0688395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8222;QD=46.03;RBI=0.0690034;REFB=-0.0120165;REVB=0.00475405;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00199261;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr11 76430684 . A C 984.39 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518051;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.677;QD=58.7697;RBI=0.0535975;REFB=0;REVB=0.0137446;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18356e-05;OID=.;OPOS=76430684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr11 76507692 . T A 2565.03 PASS AF=0.982759;AO=167;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0721908;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6241;QD=58.9662;RBI=0.0778223;REFB=-0.0199664;REVB=0.0290653;RO=4;SAF=68;SAR=99;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427344;STB=0.501552;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00745733;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:173:174:4:3:167:171:0.982759:99:68:2:2:99:72:1:2 chr11 76637651 . G A 1401.89 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5157;QD=62.306;RBI=0.0283575;REFB=0;REVB=0.0202524;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517699;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:44:43:0:0:45:45:0:0 chr11 76637680 . G A 1477.16 PASS AF=1;AO=80;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.008;QD=62.8579;RBI=0.0841994;REFB=0;REVB=0.00133404;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112889;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:80:94:1:46:34:0:0:49:45:0:0 chr11 76687399 . A C 1049.16 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000295235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.177;QD=58.2867;RBI=0.0176;REFB=-0.150683;REVB=0.0175976;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171903;STB=0.509088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000190852;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:27:44:0:1:27:44:0:1 chr11 76701606 . G A 919.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.329;QD=58.4065;RBI=0.0144704;REFB=0;REVB=-0.0137631;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02766e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr11 76732308 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.396;QD=59.322;RBI=0.0104751;REFB=0;REVB=-0.00104977;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54282e-05;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr11 76732949 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.182;QD=52.6124;RBI=0.0726325;REFB=0;REVB=0.0611991;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123249;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr11 76733024 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.11;QD=46.848;RBI=0.0268341;REFB=0;REVB=0.0261112;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001077;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 76751541 . CT C 491.62 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.8261;QD=46.8209;RBI=0.0600707;REFB=0;REVB=-0.0600535;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00178479;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:42:42:0:27:15:0:0:9:0:27:15:0:0 chr11 76751584 . CT C 965.78 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645029;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.08;QD=59.4325;RBI=0.0153956;REFB=0;REVB=0.0139792;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000124359;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:69:65:65:0:39:26:0:0:5:0:39:26:0:0 chr11 76751603 . CT C 1030.44 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0958;QD=47.3765;RBI=0.084481;REFB=0;REVB=-0.0493599;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00179982;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:87:87:87:0:52:35:0:0:19:0:50:35:0:0 chr11 76799004 . T C 309.6 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0123944;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.117;QD=15.8771;RBI=0.0170486;REFB=-0.00513266;REVB=0.0117062;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181118;STB=0.596357;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0125149;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:44:34:34:0.435897:19:15:28:17:19:15:27:17 chr11 76814110 . G A 385.88 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0282239;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.945;QD=17.9477;RBI=0.0282974;REFB=-0.0241119;REVB=-0.00203789;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104952;STB=0.543817;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0230241;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:44:46:40:40:0.465116:18:22:29:15:18:22:29:17 chr11 76836864 . G A 910.71 PASS AF=0.55625;AO=88;DP=159;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00150426;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.108;QD=22.7677;RBI=0.00159232;REFB=-0.0231112;REVB=-0.0005222;RO=71;SAF=43;SAR=45;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542119;STB=0.531902;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0157082;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:71:71:88:89:0.55625:45:43:30:41:45:44:30:41 chr11 76853783 . T C 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0248218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.97;QD=17.4243;RBI=0.0275582;REFB=-0.0333383;REVB=-0.0119722;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460803;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.041943;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:12:11:10:9:12:11 chr11 76868372 . T C 1011.07 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106844;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7108;QD=59.4749;RBI=0.0602414;REFB=0;REVB=0.0592863;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193475;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 136.55 PASS AF=0.375;AO=21;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00206079;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=22;MLLD=597.414;QD=8.5344;RBI=0.00218659;REFB=-0.0063872;REVB=-0.000730964;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400601;STB=0.768743;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.00886927;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:21:63:24:64:40:17:7:10:30:99:28:14:7:7:21 chr11 76910766 . C T 476.66 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=68;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00123891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.54;QD=27.2376;RBI=0.0443964;REFB=-0.0342022;REVB=0.0443791;RO=25;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751879;STB=0.528558;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0200528;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:25:26:43:44:0.628571:22:21:15:10:22:22:15:11 chr11 76912636 . A T 249.46 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.034305;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.605;QD=14.0543;RBI=0.0419262;REFB=-0.0133194;REVB=-0.0241035;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147114;STB=0.588982;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0158535;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:41:42:29:29:0.408451:15:14:14:27:15:14:14:28 chr11 76917220 . A G 263.64 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00864505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3786;QD=26.3641;RBI=0.01646;REFB=-0.00532559;REVB=-0.0140069;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212207;STB=0.618079;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00348914;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:7:17:7:9:7:17:7:9 chr11 76919478 . C A 515.13 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.454;QD=57.2364;RBI=0.0482004;REFB=-0.076622;REVB=0.0294249;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651782;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:0:0:35:36:1:10:25:0:0:11:25:0:0 chr11 76928149 . A G 654.36 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0116765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.242;QD=17.2199;RBI=0.0127222;REFB=-0.0104748;REVB=0.00505112;RO=81;SAF=35;SAR=35;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137574;STB=0.578925;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.011453;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:82:70:70:0.460526:35:35:29:52:35:35:29:53 chr11 76979550 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0340274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.171;QD=14.3349;RBI=0.0342859;REFB=-0.0175935;REVB=-0.00420214;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.563958;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0341037;OID=.;OPOS=76979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:11:15:8:9:11:15 chr11 77033699 . A G 249.89 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0122522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.687;QD=16.6596;RBI=0.0165551;REFB=0.000465538;REVB=-0.0111335;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.591062;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000817839;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:11:17:14:18:11:17:14:18 chr11 77301341 . G A 368.3 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.000729829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6517;QD=21.9878;RBI=0.0403936;REFB=-0.00513363;REVB=0.040387;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159127;STB=0.580343;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00464406;OID=.;OPOS=77301341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:17:19:10:20:18:19:10:20 chr11 77378388 . T C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.014961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.293;QD=16.4803;RBI=0.0149707;REFB=-0.0218894;REVB=0.000539838;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154895;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0156656;OID=.;OPOS=77378388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:17:8:9:10:17:8 chr11 77378505 . A G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0285664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7364;QD=7.32744;RBI=0.0322442;REFB=-0.0263556;REVB=0.0149548;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726634;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0658187;OID=.;OPOS=77378505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:13:8:3:5:13:8 chr11 77402734 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0117425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.449;QD=19.0581;RBI=0.0359901;REFB=-0.0204615;REVB=-0.0340206;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425862;STB=0.743168;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.021196;OID=.;OPOS=77402734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:4:15:7:13:4:15:7:13 chr11 77409568 . T C 404.48 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0134329;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.425;QD=19.2611;RBI=0.0134693;REFB=-0.00819805;REVB=0.000988656;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108226;STB=0.560156;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0105286;OID=.;OPOS=77409568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:18:25:19:22:18:25 chr11 77412851 . A G 502.85 PASS AF=0.495327;AO=41;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-5.45138e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.029;QD=18.7981;RBI=0.00366374;REFB=-0.0166518;REVB=0.00366334;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629504;STB=0.50588;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0180757;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:41:53:0.495327:16:25:32:21:21:32:32:22 chr11 77504709 . C T 346.18 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0136158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.287;QD=32.2032;RBI=0.0141785;REFB=0.00162746;REVB=0.00395462;RO=14;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323157;STB=0.517673;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000600007;OID=.;OPOS=77504709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:14:15:8:6:14:15:8:6 chr11 77553637 . GTA CAG,GCA 475.09 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,28;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479943,0.0265328;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=3,1;MLLD=120.016,156.977;QD=57.5863;RBI=0.0209202,0.0325991;REFB=0,0;REVB=0.0203623,0.0189396;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.106321,-0.000184988;OID=.,.;OPOS=77553637,77553638;OREF=GTA,T;OALT=CAG,C;OMAPALT=CAG,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:33:0:0:2,28:2,31:0.0606061,0.939394:0,17:2,11:0:0:0,18:2,13:0:0 chr11 77583266 . G A 325.3 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0403139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2143;QD=22.4342;RBI=0.0551423;REFB=-0.0172345;REVB=0.0376226;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217645;STB=0.62018;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0114932;OID=.;OPOS=77583266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:21:12:16:9:21:12:16:9 chr11 77597486 . C T 643.7 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0287589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.69;QD=50.4866;RBI=0.0302331;REFB=-0.0519642;REVB=-0.00932568;RO=3;SAF=22;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599159;STB=0.531902;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00165798;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:47:48:0.941176:25:22:3:0:26:22:3:0 chr11 77597567 . C T 284.12 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00968121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.856;QD=45.4596;RBI=0.0103272;REFB=-0.00700307;REVB=-0.00359526;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.571363;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000609528;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:2:2:22:23:0.92:16:6:2:0:17:6:2:0 chr11 77597794 . G C 481.22 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.998;QD=58.329;RBI=0.0392788;REFB=0;REVB=0.0377258;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101628;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:7:24:0:0:9:24:0:0 chr11 77629132 . A AT 296.38 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.2671;QD=45.5963;RBI=0.120697;REFB=0;REVB=-0.120458;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00581769;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:18:8:0:0:5:0:18:8:0:0 chr11 77635882 . A C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00466224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.999;QD=13.8304;RBI=0.0250961;REFB=-0.00965747;REVB=-0.0246592;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044551;STB=0.525405;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0136708;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:20:19:12:15:20:19 chr11 77727379 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0139462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.996;QD=10.3792;RBI=0.0141485;REFB=0.00221172;REVB=-0.00238418;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325515;STB=0.69952;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00327586;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:8:8:7:2:8:8 chr11 77790653 . T C 1804.05 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.336;QD=61.1543;RBI=0.0334399;REFB=0;REVB=-0.0205364;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126205;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:63:54:0:0:63:55:0:0 chr11 77909014 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.734;QD=57.1055;RBI=0.0541122;REFB=0;REVB=0.0539152;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262587;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr11 77920563 . G C,T 773.39 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=3,52;DP=55;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783404,0.0331848;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.903,171.505;QD=56.2466;RBI=0.0262161,0.037405;REFB=0,0;REVB=-0.0250183,0.0172598;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151804,0.000222845;OID=.,.;OPOS=77920563,77920563;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:0:0:3,52:2,53:0.0363636,0.963636:3,26:0,26:0:0:2,27:0,26:0:0 chr11 77920863 . C A,CA 474.55 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=21,4;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14142,0.200861;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=31.1119,23.1812;QD=55.8297;RBI=0.209186,0.203276;REFB=0,0;REVB=0.15414,0.0312431;RO=0;SAF=14,2;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0137612,0.0506231;OID=.,.;OPOS=77920863,77920864;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:34:34:0:0:21,4:33,1:0.970588,0.0294118:7,2:14,2:0:0:10,0:23,1:0:0 chr11 77920930 . A G 462.21 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.439;QD=54.3773;RBI=0.0763072;REFB=-0.0663863;REVB=0.0659503;RO=2;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017791;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000740606;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:2:1:31:33:0.970588:11:20:1:1:11:22:0:1 chr11 77921527 . G C 914.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.177;QD=58.0824;RBI=0.0253255;REFB=0;REVB=0.0186865;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21296e-05;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:38:23:0:0:39:24:0:0 chr11 77928185 . C CATTA 651.03 PASS AF=0.955556;AO=38;DP=49;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0512977;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.812;QD=57.8695;RBI=0.0559359;REFB=-0.0954199;REVB=0.0223019;RO=5;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607786;STB=0.519222;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.00386538;OID=.;OPOS=77928186;OREF=-;OALT=ATTA;OMAPALT=CATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.955556:38:49:43:45:2:18:25:0:2:9:5:13:25:3:2 chr11 77929844 . T C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0322868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.474;QD=27.1539;RBI=0.0435356;REFB=-0.0161346;REVB=0.0292046;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816321;STB=0.545392;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00645621;OID=.;OPOS=77929844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:5:1:4:10:5:1 chr11 77930138 . T C 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.411;QD=62.0129;RBI=0.0331056;REFB=0;REVB=0.0203257;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278274;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr11 77930345 . T C 1006.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.614;QD=59.2136;RBI=0.0095728;REFB=0;REVB=0.00937115;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98453e-05;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr11 77936166 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.653;QD=51.9161;RBI=0.00777493;REFB=0;REVB=0.00689814;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6907e-05;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 77937799 . CG C,CA 1542.56 PASS AF=0.94898,0.0510204;AO=21,74;DP=96;FAO=93,5;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=59,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137352,-0.0631125;FXX=0.0101;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.332,198.452;QD=62.9616;RBI=0.0144022,0.0666427;REFB=0,0;REVB=-0.00433229,-0.0214024;RO=0;SAF=20,10;SAR=1,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78928e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000894068,-0.00460857;OID=.,.;OPOS=77937800,77937800;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.94898,0.0510204:21,74:96:93,5:98:0:34,0:59,5:0:0:13:0:20,10:1,64:0:0 chr11 78176991 . G A 202.96 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0187349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.488;QD=14.2428;RBI=0.0404531;REFB=-0.0202302;REVB=0.0358533;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063522;STB=0.59176;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0369483;OID=.;OPOS=78176991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:33:23:24:0.421053:10:13:14:14:10:14:14:19 chr11 78277277 . A G 356.05 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00441119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.837;QD=24.555;RBI=0.00445856;REFB=-0.0260506;REVB=-0.000648245;RO=23;SAF=22;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204418;STB=0.612261;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0183117;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:13:22:8:15:13:22:8:15 chr11 78279790 . T G 250.17 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0113752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.066;QD=16.6782;RBI=0.0115417;REFB=0.0108101;REVB=0.00195361;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09285;STB=0.552219;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00969049;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:18:14:15:13:18:14 chr11 78290350 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0103179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7096;QD=15.2188;RBI=0.0306084;REFB=0.00618034;REVB=-0.0288169;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268939;STB=0.65162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00685663;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:14:27:12:19:14:27 chr11 78443586 . G A 244.08 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0555114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4737;QD=18.775;RBI=0.062471;REFB=-0.021488;REVB=-0.0286551;RO=25;SAF=5;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277857;STB=0.651033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0292542;OID=.;OPOS=78443586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:21:5:11:14:21:5:11:15 chr11 79133220 . T C 235.48 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0477155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1482;QD=17.126;RBI=0.0499482;REFB=-0.0326335;REVB=-0.0147666;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168664;STB=0.611423;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.035311;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:25:26:0.472727:9:16:13:15:9:17:13:16 chr11 81264998 . G T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.145;QD=64.4154;RBI=0.00398282;REFB=0;REVB=-0.00239639;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22159e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 82443672 . C G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9934;QD=53.9074;RBI=0.0356948;REFB=0;REVB=-0.0307144;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335769;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 82443817 . G A 691.85 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0613384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6739;QD=56.4777;RBI=0.0613574;REFB=-0.226147;REVB=0.00152686;RO=3;SAF=24;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157209;STB=0.507606;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.014453;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:48:49:3:3:45:46:0.938776:21:24:2:1:21:25:2:1 chr11 82443995 . C T 82.09 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.298;QD=32.8376;RBI=0.0540009;REFB=-0.169692;REVB=-0.00993982;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00608515;OID=.;OPOS=82443995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:0:1:7:2:0:1 chr11 82444021 . T G 50.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.016;QD=33.4016;RBI=0.0548173;REFB=0;REVB=-0.00404576;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172046;OID=.;OPOS=82444021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 82535963 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.351;QD=62.02;RBI=0.0298467;REFB=0;REVB=-0.00190426;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150538;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr11 82643760 . G T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0759717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8366;QD=9.47408;RBI=0.079007;REFB=0.0164203;REVB=0.021689;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407794;STB=0.758613;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0483346;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:19:21:10:10:0.322581:4:6:4:15:4:6:4:17 chr11 82668503 . TGGGGC TGGGC,TGGG,TGGGG 328.5 PASS AF=0,0.375,0.625;AO=6,13,9;DP=48;FAO=0,18,30;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,13;FSAR=0,12,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034513,-0.0370351,-0.10746;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.245,15.7073,10.324;QD=27.3753;RBI=0.301087,0.168351,0.637114;REFB=0.0151863,-0.0101208,-0.0261259;REVB=-0.299102,0.164226,0.627986;RO=14;SAF=0,5,9;SAR=6,8,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0.445161,0.445161,0;SSEP=0,0,0.625;SSSB=-0.666635,0.248928,0.838561;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.0881781,0.134417;OID=.,.,.;OPOS=82668504,82668507,82668508;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGG,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.375,0.625:6,13,9:48:0,18,30:48:0:0,6,13:0,12,17:0:0:67:14:0,5,9:6,8,0:2:12 chr11 82973004 . C T 94.49 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0137452;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.496;QD=9.69139;RBI=0.0143607;REFB=-0.0102881;REVB=-0.00415912;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748206;STB=0.545378;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0162047;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:14:13:5:7:14:13 chr11 82996986 . A C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00209568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.394;QD=16.2792;RBI=0.00346411;REFB=-0.0246817;REVB=0.0027583;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118644;STB=0.573719;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.02982;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:14:14:20:12:14:14:21:12 chr11 83182715 . G A 436.55 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0486554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4819;QD=21.295;RBI=0.0490504;REFB=-0.0217739;REVB=0.00621268;RO=37;SAF=29;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189602;STB=0.606643;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0247395;OID=.;OPOS=83182715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:39:43:43:0.52439:14:29:17:20:14:29:18:21 chr11 85195025 . A C 3854.39 PASS AF=0.983936;AO=244;DP=249;FAO=245;FDP=249;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=176;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0159573;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0571;QD=61.9179;RBI=0.0243957;REFB=-0.00530336;REVB=-0.0184531;RO=4;SAF=69;SAR=175;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124283;STB=0.500628;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=3.58978e-05;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:249:249:4:4:244:245:0.983936:175:69:1:3:176:69:1:3 chr11 85195075 . T C 4812.69 PASS AF=0.966361;AO=316;DP=328;FAO=316;FDP=327;FR=.;FRO=11;FSAF=90;FSAR=226;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00590061;FXX=0.00304869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.391;QD=58.8708;RBI=0.0179507;REFB=0.00140273;REVB=0.0169532;RO=10;SAF=90;SAR=226;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108924;STB=0.500499;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=3.16357e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:328:327:10:11:316:316:0.966361:226:90:3:7:226:90:3:8 chr11 85195154 . A T 4131.37 PASS AF=0.971326;AO=266;DP=276;FAO=271;FDP=279;FR=.;FRO=8;FSAF=109;FSAR=162;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0403179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.658;QD=59.2311;RBI=0.0513774;REFB=-0.0397201;REVB=0.031845;RO=8;SAF=106;SAR=160;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863076;STB=0.504546;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000703431;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:276:279:8:8:266:271:0.971326:160:106:2:6:162:109:2:6 chr11 85195185 . T C 2203.79 PASS AF=0.944099;AO=152;DP=162;FAO=152;FDP=161;FR=.;FRO=9;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0176809;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.791;QD=54.7524;RBI=0.0273568;REFB=-0.0116766;REVB=0.0208754;RO=9;SAF=72;SAR=80;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268025;STB=0.514115;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000458794;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:162:161:9:9:152:152:0.944099:80:72:2:7:80:72:2:7 chr11 85195190 . CA GG 1929.92 PASS AF=0.955882;AO=124;DP=131;FAO=130;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000944269;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.246;QD=56.7624;RBI=0.0458405;REFB=-0.0430136;REVB=0.0458308;RO=6;SAF=61;SAR=63;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138943;STB=0.506022;STBP=0.496;TYPE=mnp;VARB=0.0020201;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:131:136:6:6:124:130:0.955882:63:61:2:4:69:61:2:4 chr11 85195226 . T C 666.94 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.785;QD=57.9947;RBI=0.0356545;REFB=-0.016479;REVB=0.00629383;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=6.9872e-05;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:0:2:22:22:0:2 chr11 85195232 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.512;QD=7.62901;RBI=0.00245491;REFB=-0.011062;REVB=-0.00245491;RO=20;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392507;OID=.;OPOS=85195232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:8:0:0:20:8:0:0:20 chr11 85374993 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0132484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.677;QD=26.3387;RBI=0.0143677;REFB=-0.0318493;REVB=0.00555979;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039191;STB=0.52172;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0188177;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:11:12:7:8:11:12:7:8 chr11 85415906 . G A 565.25 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0558898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2559;QD=16.748;RBI=0.0560624;REFB=0.00316276;REVB=-0.00439583;RO=74;SAF=28;SAR=32;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126218;STB=0.56635;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00505809;OID=.;OPOS=85415906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:32:28:44:30:32:28:44:31 chr11 85435730 . C T 286.52 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0131426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.325;QD=15.4875;RBI=0.0651734;REFB=-0.0116444;REVB=-0.0638345;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442336;STB=0.540492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0143918;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:42:32:32:0.432432:19:13:18:22:19:13:20:22 chr11 85436352 . G A 511.78 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0163509;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.623;QD=18.4424;RBI=0.0177493;REFB=0.00482686;REVB=0.00690542;RO=56;SAF=31;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687955;STB=0.533929;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00188658;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:23:31:28:28:23:31:29:28 chr11 85436394 . T C 549.57 PASS AF=0.5;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00303966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.817;QD=19.283;RBI=0.0245666;REFB=0.00560169;REVB=0.0243779;RO=57;SAF=31;SAR=25;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398076;STB=0.526635;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00582778;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:56:57:0.5:25:31:34:23:26:31:34:23 chr11 85436500 . T C 156.72 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0339702;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.366;QD=13.9308;RBI=0.0488911;REFB=-0.016835;REVB=0.0351621;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143006;STB=0.63263;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0217973;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:31:28:17:17:0.377778:7:10:22:9:7:10:22:6 chr11 85436699 . A G 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.291;QD=57.8345;RBI=0.0265054;REFB=-0.0738084;REVB=-0.000284115;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000298963;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:69:69:0.985714:25:44:0:0:25:44:1:0 chr11 85436868 . G C 231.67 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.019173;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.057;QD=14.0405;RBI=0.0193679;REFB=-0.00632106;REVB=-0.0027407;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.533607;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0173056;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:14:13:19:18:14:13:21:18 chr11 85437896 . A G 232.93 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0146322;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8567;QD=12.2593;RBI=0.017212;REFB=-0.0120653;REVB=0.00906374;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170305;STB=0.609588;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0256731;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:48:28:28:0.368421:16:12:27:19:16:12:29:19 chr11 85447611 . T C 469.13 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0488789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3628;QD=18.5793;RBI=0.050638;REFB=-0.0101616;REVB=0.0132311;RO=52;SAF=23;SAR=26;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252593;STB=0.514013;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0118572;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:26:23:23:29:26:23:23:29 chr11 85456703 . T C 401.71 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0340882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9421;QD=14.7418;RBI=0.0418007;REFB=0.0194001;REVB=-0.0241929;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213092;STB=0.501199;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0188092;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:24:22:30:33:24:22:30:33 chr11 85565397 . G A 311.47 PASS AF=0.6;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0105222;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.552;QD=24.9172;RBI=0.0262169;REFB=-0.0301289;REVB=-0.0240127;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239897;OID=.;OPOS=85565397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:30:30:0.6:18:12:8:12:18:12:8:12 chr11 85692181 . A T 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00322951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.856;QD=11.9359;RBI=0.0377265;REFB=-0.00410193;REVB=-0.037588;RO=65;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074761;STB=0.542834;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0062208;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:18:19:29:36:18:19:29:36 chr11 85707912 . T C 379.66 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00603094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.598;QD=22.0091;RBI=0.0430772;REFB=-0.00595139;REVB=-0.042653;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563377;STB=0.504585;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00447039;OID=.;OPOS=85707912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:20:18:14:16:20:18:15:16 chr11 85718641 . T C 581.96 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0232989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.753;QD=19.0807;RBI=0.0277513;REFB=-0.00769896;REVB=0.0150763;RO=62;SAF=28;SAR=32;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104226;STB=0.557503;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0121591;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:32:28:22:40:32:28:22:40 chr11 85725937 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00682002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.179;QD=11.5765;RBI=0.0129629;REFB=-0.0138414;REVB=0.0110238;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091241;STB=0.552546;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.024108;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:8:15:29:11:8:15:29:11 chr11 86098680 . T C 1398.36 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0636628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3444;QD=61.4663;RBI=0.0856715;REFB=-0.113855;REVB=0.0573294;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.505493;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0158469;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:45:45:1:0:45:45:1:0 chr11 86175193 . A G 439.47 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00165466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.712;QD=15.8366;RBI=0.00813234;REFB=0.000754312;REVB=-0.00796223;RO=61;SAF=37;SAR=12;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335832;STB=0.693574;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000791971;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:62:49:49:0.441441:12:37:27:34:12:37:27:35 chr11 86267633 . C T 332.01 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0020028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.417;QD=16.1955;RBI=0.00547052;REFB=-0.0109197;REVB=0.00509072;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142928;STB=0.580599;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0143732;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:23:13:23:23:23:13:23:23 chr11 86267714 . C A 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0100356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.798;QD=20.5296;RBI=0.0203681;REFB=-0.00510255;REVB=-0.0177242;RO=40;SAF=12;SAR=30;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185217;STB=0.603061;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0036523;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:30:12:19:21:30:12:19:21 chr11 86660886 . G A 1767.36 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.84372e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.601;QD=60.9436;RBI=0.0178968;REFB=0;REVB=-0.0178967;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21848e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr11 87013438 . G A 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0225692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.432;QD=19.9926;RBI=0.0226196;REFB=-0.00554344;REVB=0.00150968;RO=46;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128849;STB=0.571397;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0047515;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:24:21:28:18:24:21:28:18 chr11 87029208 . GAAG GACG,GAG,GGAC,GTAC 650.57 PASS AF=0,0.6875,0.3125,0;AO=2,7,2,8;DP=47;FAO=0,33,15,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0,0;FSAR=0,5,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.308073,0.579294,0.119701,0.0876961;FXX=0;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,1,3,3;MLLD=12.11,18.6974,46.1218,86.5852;QD=54.2144;RBI=0.334141,0.665394,0.271807,0.0916832;REFB=-0.00785208,-0.0251024,-0.0497487,0.0385386;REVB=0.129388,0.327363,0.24403,-0.0267433;RO=24;SAF=0,6,0,0;SAR=2,1,2,8;SRF=22;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.768833,-0.172807,-0.768833,-0.851255;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0858385,0.0490477,0;OID=.,.,.,.;OPOS=87029210,87029209,87029209,87029209;OREF=A,A,AAG,AAG;OALT=C,-,GAC,TAC;OMAPALT=GACG,GAG,GGAC,GTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.6875,0.3125,0:2,7,2,8:47:0,33,15,0:48:0:0,28,0,0:0,5,15,0:0:0:99:24:0,6,0,0:2,1,2,8:22:2 chr11 87034002 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0089667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.302;QD=13.774;RBI=0.0165441;REFB=-0.00435365;REVB=-0.0139035;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792243;STB=0.538422;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00378162;OID=.;OPOS=87034002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:6:14:19:11:6:14:20:11 chr11 88045583 . A G 1529.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5405;QD=63.7479;RBI=0.0566846;REFB=0;REVB=0.0561701;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246841;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:58:38:0:0:58:38:0:0 chr11 88242024 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.916;QD=40.763;RBI=0.00539662;REFB=0;REVB=0.00507934;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9819e-05;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr11 88645129 . T A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.000854524;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.182;QD=9.26768;RBI=0.0186256;REFB=0.00127196;REVB=0.018606;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329783;STB=0.695463;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0029315;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:26:20:15:6:26:20 chr11 88645211 . G A 350.8 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.054377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.051;QD=23.3867;RBI=0.0549175;REFB=-0.0294276;REVB=-0.00768632;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201009;STB=0.609912;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0266325;OID=.;OPOS=88645211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:19:16:5:20:19:16:5:20 chr11 89133449 . C T 1604.65 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.25;QD=59.9869;RBI=0.0223951;REFB=0;REVB=0.00351159;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46672e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:52:54:0:0:53:54:0:0 chr11 89224101 . G T 415.63 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=102;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00583313;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.324;QD=16.1408;RBI=0.00642441;REFB=-0.0180049;REVB=-0.00269214;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693504;STB=0.502145;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0202998;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:57:44:46:0.446602:25:19:25:32:26:20:25:32 chr11 89224131 . T TCTC 249.09 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0314836;FXX=0.11537;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.521;QD=14.4399;RBI=0.0348601;REFB=-0.0218479;REVB=0.014967;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965505;STB=0.514009;STBP=0.879;TYPE=ins;VARB=0.0316202;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405797:28:85:28:69:41:13:15:20:21:99:55:13:15:26:29 chr11 89531619 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9887;QD=44.6895;RBI=0.0808841;REFB=0;REVB=-0.0784333;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148198;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 89531764 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7755;QD=33.4285;RBI=0.0146284;REFB=0;REVB=0.0146284;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130908;OID=.;OPOS=89531764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 89531780 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3056;QD=33.4284;RBI=0.0272034;REFB=0;REVB=0.0272034;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218673;OID=.;OPOS=89531780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 89774236 . C G 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.522;QD=63.2653;RBI=0.0472439;REFB=0;REVB=-0.0392563;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169537;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr11 89774397 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0835;QD=46.8437;RBI=0.117906;REFB=0;REVB=0.0994504;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125349;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 89774448 . G A 531.78 PASS AF=0.925;AO=32;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0243301;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.824;QD=53.1776;RBI=0.0961131;REFB=-0.112928;REVB=0.0929827;RO=3;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217288;STB=0.511496;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0124014;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:40:3:3:32:37:0.925:15:17:2:1:18:19:2:1 chr11 89774540 . C A 736.0 PASS AF=0.464286;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=168;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0341212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1592;QD=17.5237;RBI=0.0556761;REFB=0.00834615;REVB=-0.0439951;RO=90;SAF=46;SAR=32;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077271;STB=0.542846;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0100585;OID=.;OPOS=89774540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:90:90:78:78:0.464286:32:46:46:44:32:46:46:44 chr11 89868755 . G A 1592.61 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153694;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.776;QD=64.3479;RBI=0.0499914;REFB=0;REVB=-0.0475702;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109537;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr11 89880604 . G A 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0279446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.729;QD=13.9609;RBI=0.0280783;REFB=0.000980984;REVB=-0.0027369;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103161;STB=0.563995;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00146889;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:18:16:29:22:18:16:30:22 chr11 89896571 . G A 419.95 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=141;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00973629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.427;QD=11.8295;RBI=0.00997783;REFB=-0.00423757;REVB=-0.00218212;RO=91;SAF=21;SAR=29;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133736;STB=0.579968;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00899132;OID=.;OPOS=89896571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:91:92:50:50:0.352113:29:21:49:42:29:21:50:42 chr11 89916080 . G C 1575.93 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263966;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.442;QD=64.3238;RBI=0.0329157;REFB=0;REVB=0.0196638;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278106;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:35:62:0:0:36:62:0:0 chr11 89935586 . G T 1606.76 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.252;QD=64.2704;RBI=0.0251484;REFB=0;REVB=-0.0213019;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102835;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr11 89939448 . G A 561.43 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0471;QD=59.0979;RBI=0.0516332;REFB=0;REVB=0.0463808;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948795;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:20:18:0:0 chr11 89955872 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00435798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1285;QD=11.0919;RBI=0.0294757;REFB=-0.0187075;REVB=-0.0291517;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00888797;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr11 91545212 . C G,T 777.76 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=47,2;DP=49;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920151,-0.00758016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4453,14.0452;QD=63.4905;RBI=0.0570027,0.0361273;REFB=0,0;REVB=0.0562551,-0.0353231;RO=0;SAF=24,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00055695,0.134594;OID=.,.;OPOS=91545212,91545212;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:49:0:0:47,2:48,1:0.979592,0.0204082:23,2:24,0:0:0:24,1:24,0:0:0 chr11 92086345 . G A 1816.46 PASS AF=1;AO=103;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035042;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.789;QD=60.0482;RBI=0.0363556;REFB=0;REVB=-0.00968445;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06251e-05;OID=.;OPOS=92086345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:103:121:1:66:37:0:0:67:54:0:0 chr11 92531356 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.973;QD=58.1414;RBI=0.0221643;REFB=0;REVB=0.0219517;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64273e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr11 92531823 . G A 250.11 PASS AF=0.638889;AO=18;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0262224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3232;QD=27.7899;RBI=0.0334018;REFB=0.00823887;REVB=-0.0206897;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.52172;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00906271;OID=.;OPOS=92531823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:18:23:0.638889:10:8:6:7:11:12:6:7 chr11 92532677 . T C 410.9 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9186;QD=56.6755;RBI=0.0303642;REFB=0;REVB=0.0188682;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999368;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr11 92533057 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0236486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.059;QD=13.2125;RBI=0.0267822;REFB=-0.0263047;REVB=0.0125708;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.624826;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.028145;OID=.;OPOS=92533057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:8:14:6:8:8:14 chr11 92534442 . A G 482.32 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.471;QD=58.4628;RBI=0.0164938;REFB=0;REVB=0.00611918;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21167e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr11 92590448 . A G 680.42 PASS AF=0.470968;AO=72;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00985802;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.773;QD=17.5592;RBI=0.0189453;REFB=-0.0197846;REVB=-0.0161785;RO=83;SAF=38;SAR=34;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02104;STB=0.511699;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0221538;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:82:72:73:0.470968:34:38:42:41:34:39:42:40 chr11 92623877 . G A 347.11 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0224258;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.6;QD=16.7282;RBI=0.0261859;REFB=-0.00819757;REVB=-0.0135199;RO=46;SAF=29;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282872;STB=0.660549;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00852404;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:37:37:0.445783:8:29:25:21:8:29:25:21 chr11 92627848 . A G 1755.68 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208917;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.431;QD=61.0673;RBI=0.0209949;REFB=0;REVB=0.00207908;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63988e-06;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:113:115:1:53:60:0:0:53:62:0:0 chr11 92629305 . C T 490.37 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0591467;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3088;QD=17.0562;RBI=0.0600844;REFB=-0.0176125;REVB=0.0105737;RO=62;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247399;STB=0.513774;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0198556;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:27:26:32:30:27:26:32:30 chr11 92718127 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.337;QD=62.6707;RBI=0.0222318;REFB=0;REVB=0.00587727;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06443e-05;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr11 93085537 . T G 1713.24 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.75;QD=60.6457;RBI=0.0289034;REFB=0;REVB=0.0281084;RO=0;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70614e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:70:43:0:0:70:43:0:0 chr11 93129483 . GA CG 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761017;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.791;QD=52.6117;RBI=0.0488018;REFB=0;REVB=0.0482047;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000469427;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 93141580 . C A 570.34 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.246;QD=60.0359;RBI=0.0443333;REFB=0;REVB=0.0229009;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61589e-05;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:33:38:1:21:12:0:0:21:17:0:0 chr11 93211764 . A G 1320.65 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0485;QD=62.148;RBI=0.0522493;REFB=0;REVB=0.0495745;RO=0;SAF=55;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473495;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:30:55:0:0:30:55:0:0 chr11 93212254 . C T 1349.74 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.063;QD=59.9886;RBI=0.0158731;REFB=-0.043406;REVB=0.0101037;RO=2;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263055;STB=0.513886;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000493411;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:35:53:0:2:35:53:0:2 chr11 93402096 . C A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.825;QD=49.5961;RBI=0.0183325;REFB=0;REVB=0.00921311;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154623;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 93408831 . G A 610.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258195;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.041;QD=59.5293;RBI=0.0307978;REFB=-0.0495513;REVB=-0.0167886;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121097;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr11 93425159 . C A 1825.65 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123402;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3894;QD=61.3664;RBI=0.0175253;REFB=0;REVB=0.0124441;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1463e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr11 93431177 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0224329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6686;QD=14.4328;RBI=0.0363909;REFB=0.0138303;REVB=0.0286541;RO=44;SAF=21;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729434;STB=0.54152;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0122489;OID=.;OPOS=93431177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:10:21:27:17:10:21:27:17 chr11 93462607 . A T 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8336;QD=60.1956;RBI=0.0249613;REFB=0;REVB=0.0210104;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324765;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr11 93463726 . T G,TAG 253.73 PASS AF=0.05,0.433333;AO=4,24;DP=61;FAO=3,26;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=3,21;FSAR=0,5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00183932,-0.00180594;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=210.553,136.598;QD=16.9156;RBI=0.00510631,0.015918;REFB=0.0109427,0.00148387;REVB=-0.00476354,0.0158153;RO=31;SAF=4,19;SAR=0,5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540895,0.152603;STB=0.995327,0.599916;STBP=0.163,0.234;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0199397,0.000720269;OID=.,.;OPOS=93463726,93463727;OREF=T,-;OALT=G,AG;OMAPALT=G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:60:31:31:4,24:3,26:0.05,0.433333:0,5:4,19:21:10:0,5:3,21:21:10 chr11 93464175 . A C 207.9 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00711836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.083;QD=13.4127;RBI=0.0148756;REFB=-0.0103049;REVB=0.0130619;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162524;STB=0.575775;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0216571;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:25:25:0.403226:14:11:21:14:14:11:21:16 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1776.73 PASS AF=0.056338,0.84507;AO=8,113;DP=144;FAO=8,120;FDP=142;FR=.;FRO=14;FSAF=5,61;FSAR=3,59;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00328358,-0.0142913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=74.1776,185.592;QD=50.0487;RBI=0.00870282,0.0164535;REFB=-0.00165169,-0.0391437;REVB=0.0080596,0.00815327;RO=16;SAF=5,54;SAR=3,59;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330855,-0.0928188;STB=0.670704,0.536491;STBP=0.365,0.018;TYPE=snp,ins;VARB=0.0111552,0.00671767;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:144:142:16:14:8,113:8,120:0.056338,0.84507:3,59:5,54:14:2:3,59:5,61:12:2 chr11 93517874 . C G 1056.21 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.444;QD=59.5048;RBI=0.0715998;REFB=0;REVB=0.0350844;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92328e-05;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:71:0:0:64:71:1:44:20:0:0:49:22:0:0 chr11 93517886 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9201;QD=58.2386;RBI=0.124751;REFB=0;REVB=0.0131167;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469018;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr11 93797619 . A G 671.97 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7368;QD=52.7035;RBI=0.0455757;REFB=-0.105736;REVB=0.0342204;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521895;STB=0.527766;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00369378;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:32:17:2:0:32:17:2:0 chr11 93845511 . A G 964.82 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0367563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.243;QD=55.9317;RBI=0.0369807;REFB=-0.17731;REVB=-0.00406705;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.515147;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000851347;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:0:2:32:35:0:2 chr11 93862493 . A C 380.0 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.060356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5848;QD=13.2174;RBI=0.0620133;REFB=0.0174767;REVB=0.0142412;RO=69;SAF=33;SAR=12;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203266;STB=0.621493;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0320387;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:70:45:45:0.391304:12:33:39:30:12:33:39:31 chr11 94231257 . C G 644.47 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0244948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.48;QD=46.0335;RBI=0.0318629;REFB=-0.0394715;REVB=0.0203776;RO=6;SAF=26;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295459;STB=0.515753;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00305574;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:50:50:0.892857:24:26:4:2:24:26:4:2 chr11 94231847 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00568418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.953;QD=25.7315;RBI=0.00569005;REFB=0.0211212;REVB=0.000258327;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061556;STB=0.534169;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0150853;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:9:17:11:8:9:17:11:8 chr11 94232145 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00365665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.431;QD=17.9527;RBI=0.0197008;REFB=0.012183;REVB=0.0193585;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477169;STB=0.526729;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0113944;OID=.;OPOS=94232145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:12:15:17:11:12:15:17:11 chr11 94245740 . A G 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.517;QD=60.7142;RBI=0.0139617;REFB=0;REVB=0.0020543;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95214e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr11 94261255 . C G 1479.08 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.561;QD=58.5774;RBI=0.0389866;REFB=-0.0719291;REVB=0.0177305;RO=1;SAF=59;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797328;STB=0.504201;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00174907;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:41:59:1:0:41:59:1:0 chr11 94282014 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0129642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.965;QD=19.8256;RBI=0.0154108;REFB=-0.000620925;REVB=0.00833188;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132205;STB=0.573833;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00052714;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:14:11:16:11:14:11 chr11 94320237 . T C 972.39 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.871;QD=58.9326;RBI=0.0406517;REFB=0;REVB=0.0220074;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27266e-05;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 94322352 . AG AA,TA 289.42 PASS AF=0.0405405,0.405405;AO=3,30;DP=76;FAO=3,30;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=2,11;FSAR=1,19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00366656,0.0110024;FXX=0.0263123;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=165.481,222.889;QD=15.6442;RBI=0.00776213,0.0111359;REFB=-0.00654274,-0.00320377;REVB=0.00684157,-0.001719;RO=41;SAF=2,11;SAR=1,19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150395,-0.151851;STB=0.645172,0.586248;STBP=0.674,0.224;TYPE=snp,mnp;VARB=0.016638,0.00300632;OID=.,.;OPOS=94322353,94322352;OREF=G,AG;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:74:41:41:3,30:3,30:0.0405405,0.405405:1,19:2,11:21:20:1,19:2,11:21:20 chr11 94326710 . G A 159.3 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00123927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=10.6201;RBI=0.012521;REFB=0.00391508;REVB=0.0124596;RO=39;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2086;STB=0.591307;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00762119;OID=.;OPOS=94326710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:5:15:23:16:6:15:23:16 chr11 94326765 . G C 381.41 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0428354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1585;QD=22.4357;RBI=0.0433648;REFB=0.00920042;REVB=-0.00675579;RO=30;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236489;STB=0.513022;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00827447;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:15:23:19:11:15:23:19:11 chr11 94337220 . C T 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.982;QD=60.8815;RBI=0.0302015;REFB=0;REVB=-0.0047954;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61481e-05;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr11 94699507 . A AT,T 1600.84 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=101,5;DP=116;FAO=110,2;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495674,-0.00532352;FXX=0.0260847;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.12,242.112;QD=57.1728;RBI=0.0876094,0.0144922;REFB=0,0;REVB=0.0722391,-0.013479;RO=8;SAF=40,4;SAR=61,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00305569,0.430337;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00040716,-0.0608537;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:112:8:0:101,5:110,2:0.982143,0.0178571:61,1:40,4:3:5:66,0:44,2:0:0 chr11 94759059 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.61;QD=33.4285;RBI=0.0452731;REFB=0;REVB=-0.0448605;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374179;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 94800902 . G GC 1183.41 PASS AF=1;AO=104;DP=112;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0821951;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2432;QD=44.657;RBI=0.0896724;REFB=0;REVB=0.0358482;RO=5;SAF=49;SAR=55;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.08829e-05;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:112:106:106:0:50:56:0:0:22:5:49:55:2:3 chr11 94802776 . G C 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00588616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.505;QD=16.8935;RBI=0.005891;REFB=-0.0071514;REVB=0.000238755;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169803;STB=0.509531;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00919595;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:15:17:19:18:15:17:19:18 chr11 94906286 . A C 68.79 PASS AF=0.421053;AO=2;DP=17;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0256838;FXX=0.0951928;HRUN=13;LEN=1;MLLD=193.964;QD=14.4813;RBI=0.0278221;REFB=-0.0339433;REVB=-0.0106963;RO=2;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548274;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0444872;OID=.;OPOS=94906286;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:19:2:11:2:8:0.421053:2:0:0:2:7:1:1:10 chr11 95502128 . G C 134.21 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00703589;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8861;QD=9.41822;RBI=0.0163526;REFB=0.00238065;REVB=-0.0147615;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930886;STB=0.568511;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00311322;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:39:18:18:0.315789:7:11:18:16:7:11:20:19 chr11 95512060 . A G 551.44 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.034384;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7378;QD=23.718;RBI=0.0488945;REFB=0.0138236;REVB=0.0347622;RO=42;SAF=29;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037324;STB=0.520505;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00763419;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:42:42:51:51:0.548387:22:29:22:20:22:29:22:20 chr11 95521648 . A G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00272714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9929;QD=13.7741;RBI=0.00284326;REFB=-0.00375317;REVB=-0.000804248;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13806;STB=0.571977;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00929452;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:11:17:19:21:11:17:20:21 chr11 95528714 . C T 220.56 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00660307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.509;QD=14.2297;RBI=0.00727479;REFB=-0.0140429;REVB=-0.00305321;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113489;STB=0.564467;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0231615;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:14:22:13:13:14:22 chr11 95564259 . A G 103.91 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0490064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1545;QD=10.1377;RBI=0.0495352;REFB=-0.0140961;REVB=0.00721909;RO=28;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029732;STB=0.51783;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0321003;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:4:9:20:8:4:9:20:8 chr11 95580926 . G A 357.95 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00355979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.467;QD=12.7839;RBI=0.0261748;REFB=-0.00161764;REVB=-0.0259316;RO=68;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376813;STB=0.517061;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00277871;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:69:43:43:0.383929:20:23:34:34:20:23:35:34 chr11 95657111 . T G 544.76 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0799047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.902;QD=21.1559;RBI=0.0812756;REFB=-0.0340473;REVB=-0.0148648;RO=47;SAF=20;SAR=35;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550786;STB=0.536435;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0324778;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:47:48:55:55:0.533981:35:20:20:27:35:20:21:27 chr11 95825383 . C T 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0418942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.798;QD=10.3941;RBI=0.0599859;REFB=-0.0553248;REVB=0.0429324;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0926662;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:6:4:4:3:6:5 chr11 96116444 . T C 222.04 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000225666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.275;QD=21.6621;RBI=0.0205308;REFB=0.00490579;REVB=0.0205295;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130898;STB=0.581425;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00179075;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:11:10:12:7:12:10:12:7 chr11 96125435 . CTT C 209.89 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0669004;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.7298;QD=12.1676;RBI=0.0669298;REFB=0.00298117;REVB=0.00198244;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105058;STB=0.57616;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=-0.0034441;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463768:31:69:32:69:37:12:20:19:18:99:32:12:19:16:16 chr11 96126361 . A G 251.79 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0446553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7164;QD=14.8113;RBI=0.0446764;REFB=-0.0134155;REVB=-0.00137243;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943582;STB=0.563652;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0261949;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:9:20:23:15:9:20:23:16 chr11 97716872 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.203;QD=52.6132;RBI=0.0700209;REFB=0;REVB=0.0394536;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428132;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 98991112 . C T 356.36 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00715397;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.215;QD=19.0056;RBI=0.0214059;REFB=-0.00329511;REVB=-0.0201751;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133069;STB=0.574061;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00234874;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:21:16:22:16:21:16:22:16 chr11 100512794 . G A 303.09 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0104778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8364;QD=17.0757;RBI=0.0131299;REFB=0.0105657;REVB=-0.00791265;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855021;STB=0.554949;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0100637;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:38:32:33:0.464789:18:14:19:17:19:14:20:18 chr11 100792335 . G A 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00442733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.055;QD=10.3663;RBI=0.0100342;REFB=-0.00211968;REVB=0.00900461;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381851;STB=0.522367;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00327935;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:14:8:17:26:14:8:17:26 chr11 100814570 . A G 544.83 PASS AF=0.427536;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0190279;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.723;QD=15.7921;RBI=0.0191353;REFB=0.00279554;REVB=0.00202475;RO=78;SAF=22;SAR=36;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604201;STB=0.542006;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00372217;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:78:79:58:59:0.427536:36:22:34:44:37:22:35:44 chr11 100820630 . A G 561.16 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0752218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9226;QD=16.2656;RBI=0.0765215;REFB=-0.0260668;REVB=0.0140435;RO=75;SAF=29;SAR=31;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365026;STB=0.523894;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.039283;OID=.;OPOS=100820630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:75:78:60:60:0.434783:31:29:39:36:31:29:41:37 chr11 100830579 . G A 480.87 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0296942;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9585;QD=20.0361;RBI=0.0297144;REFB=-0.0112866;REVB=-0.00109355;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200163;STB=0.511106;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0118859;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:49:49:47:47:0.489583:22:25:25:24:22:25:25:24 chr11 100846936 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.865;QD=59.0147;RBI=0.0269941;REFB=0;REVB=0.000309365;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32008e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr11 100847050 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000491488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.396;QD=51.1846;RBI=0.00823202;REFB=0;REVB=0.00821733;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80482e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 100847069 . G A,T 317.72 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=22,2;DP=24;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637169,0.0623708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.289,104.997;QD=52.9531;RBI=0.00938794,0.0638158;REFB=0,0;REVB=0.00689456,0.0135032;RO=0;SAF=11,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000198249,0.0643247;OID=.,.;OPOS=100847069,100847069;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:24:24:0:0:22,2:23,1:0.958333,0.0416667:11,1:11,1:0:0:12,0:11,1:0:0 chr11 100859439 . G A 223.86 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0159122;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.748;QD=18.6548;RBI=0.0611379;REFB=-0.0185063;REVB=0.0590308;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262502;STB=0.64694;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0116044;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:21:5:10:12:21:5 chr11 100863096 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00110087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.397;QD=19.7636;RBI=0.0124163;REFB=-0.00953131;REVB=0.0123674;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257097;STB=0.514278;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00846086;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:16:17:17:18:16:17 chr11 100863196 . T C 453.61 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00375949;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.872;QD=19.7221;RBI=0.00938221;REFB=-0.015423;REVB=0.00859605;RO=46;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111216;STB=0.51219;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0125282;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:25:20:21:25:25:20:22:25 chr11 100863319 . A C 418.13 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0532133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9641;QD=17.4221;RBI=0.0604274;REFB=0.00768156;REVB=-0.0286325;RO=53;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251523;STB=0.514085;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0092759;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:23:20:26:27:23:20:26:27 chr11 100863354 . C A 519.11 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0109879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5339;QD=25.6348;RBI=0.0264915;REFB=-0.0033463;REVB=-0.0241053;RO=33;SAF=24;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112897;STB=0.50617;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.002706;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:24:24:16:17:24:24:16:17 chr11 100863611 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00762113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.879;QD=13.3431;RBI=0.00889812;REFB=-0.00780719;REVB=0.00459293;RO=63;SAF=11;SAR=30;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380412;STB=0.716225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118448;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:30:11:39:24:30:11:39:24 chr11 100863814 . T A 458.38 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00801071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2071;QD=20.8355;RBI=0.0162662;REFB=0.0135491;REVB=-0.0141569;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602292;STB=0.533319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0140199;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:24:21:23:20:24:21:23:20 chr11 100864367 . G A 779.31 PASS AF=0.605042;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00686357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.856;QD=26.1954;RBI=0.027099;REFB=-0.0222982;REVB=-0.0262154;RO=47;SAF=48;SAR=24;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228363;STB=0.624242;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126848;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:47:47:72:72:0.605042:24:48:17:30:24:48:17:30 chr11 101771248 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.48;QD=57.2376;RBI=0.018123;REFB=0;REVB=-0.00732319;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56499e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr11 101826949 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.578;QD=60.9786;RBI=0.0324173;REFB=0;REVB=0.00806235;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125258;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr11 101832478 . G T 115.68 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0936454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6577;QD=42.0645;RBI=0.0944507;REFB=0;REVB=-0.0123078;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00627581;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 101832590 . C A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0780085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.591;QD=19.8494;RBI=0.0781552;REFB=-0.0111613;REVB=0.00478651;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046223;STB=0.52628;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.007832;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:5:8:10:5:5:8 chr11 101832608 . T C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0218126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.047;QD=17.5387;RBI=0.0223717;REFB=-0.0349034;REVB=-0.00497016;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675673;STB=0.512179;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0315575;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:4:11:10:5:5:11 chr11 101832670 . G A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0689609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.245;QD=12.7835;RBI=0.0695648;REFB=0.00363801;REVB=-0.00914603;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00705812;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:4:10:8:2:4:10 chr11 101833644 . C T 347.94 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-5.28366e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.638;QD=51.5468;RBI=0.00393287;REFB=-0.147825;REVB=0.00393251;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000381818;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:0:1 chr11 101833768 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0124486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.393;QD=17.8008;RBI=0.0172828;REFB=-0.0243314;REVB=-0.0119886;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819599;STB=0.546827;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0210152;OID=.;OPOS=101833768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:15:9:6:14:15:9 chr11 101857758 . G A 441.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6486;QD=56.956;RBI=0.0385881;REFB=0;REVB=0.0105219;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036654;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr11 102398593 . C T 641.13 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00493431;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.119;QD=20.5161;RBI=0.0374211;REFB=-0.0198203;REVB=-0.0370944;RO=58;SAF=29;SAR=35;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173443;STB=0.590104;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0300635;OID=.;OPOS=102398593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:61:64:64:0.512:35:29:38:20:35:29:39:22 chr11 102477377 . G T 129.17 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00442714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0472;QD=9.56829;RBI=0.067915;REFB=-0.00856544;REVB=0.0677705;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183238;STB=0.510904;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0206922;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:18:19:9:8:18:19 chr11 102477395 . A G 108.83 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00822077;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2225;QD=8.06181;RBI=0.0133091;REFB=-0.00239516;REVB=-0.0104667;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257199;STB=0.526682;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00779516;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:38:39:15:15:0.277778:9:6:16:22:9:6:17:22 chr11 102495998 . T G 686.42 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0778831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5065;QD=62.4016;RBI=0.0910228;REFB=0;REVB=-0.0471101;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117397;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr11 102563739 . C T 1349.14 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00635824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.915;QD=52.9073;RBI=0.0157806;REFB=0.0115305;REVB=-0.014443;RO=6;SAF=47;SAR=49;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197145;STB=0.510414;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000306656;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:102:6:6:96:96:0.941176:49:47:4:2:49:47:4:2 chr11 102567207 . T A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00360812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.2;QD=54.823;RBI=0.0724628;REFB=0.0473181;REVB=0.0723729;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000104348;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:0:1:28:22:0:1 chr11 102576358 . T C 808.48 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00831095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.919;QD=53.8988;RBI=0.0185725;REFB=-0.0649786;REVB=-0.0166092;RO=2;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349076;STB=0.518512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000322534;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:26:32:0:2:26:32:0:2 chr11 102576375 . G A 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0356795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.068;QD=16.4189;RBI=0.0896746;REFB=-0.00491337;REVB=-0.0822709;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592805;STB=0.540955;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00378492;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:18:15:15:14:19:15 chr11 102576382 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0135805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.9;QD=17.4227;RBI=0.0172196;REFB=-0.00837439;REVB=-0.010587;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999007;STB=0.55596;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00934911;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:19:15:17:14:19:15 chr11 102587062 . G A 450.91 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0218468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6906;QD=24.7073;RBI=0.0759787;REFB=-0.0385769;REVB=0.0727701;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760956;STB=0.541674;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0319575;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:13:17:20:23:13:17 chr11 102593248 . T C 470.28 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0260346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6193;QD=19.0013;RBI=0.0468695;REFB=0.0277644;REVB=-0.0389737;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689438;STB=0.530851;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0308391;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:52:46:47:0.474747:28:18:24:28:28:19:24:28 chr11 102595492 . G A 191.9 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.018646;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.458;QD=16.6869;RBI=0.0194256;REFB=-0.00337767;REVB=-0.00544783;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229436;STB=0.628457;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.01037;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:24:26:19:20:0.434783:7:12:20:4:8:12:21:5 chr11 102651313 . G C 190.88 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0950079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4453;QD=11.5687;RBI=0.0966474;REFB=-0.0136268;REVB=-0.0177266;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240409;STB=0.638983;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0275317;OID=.;OPOS=102651313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:17:25:9:15:17:25 chr11 102661435 . A G 365.25 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00632947;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.287;QD=13.5279;RBI=0.0529627;REFB=-0.0196216;REVB=0.0525831;RO=65;SAF=33;SAR=9;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30958;STB=0.680955;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0231101;OID=.;OPOS=102661435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:42:43:0.398148:9:33:35:30:9:34:35:30 chr11 102663459 . G A 318.33 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0383107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0143;QD=16.9774;RBI=0.0398798;REFB=-0.0342672;REVB=0.0110766;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140476;STB=0.57139;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0389029;OID=.;OPOS=102663459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:34:35:0.466667:14:20:29:11:14:21:29:11 chr11 102666316 . T C 658.14 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.744;QD=59.8312;RBI=0.0305668;REFB=-0.0831398;REVB=0.00557394;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000668966;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chr11 102709425 . A G 1194.87 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550196;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.15;QD=61.2756;RBI=0.0602389;REFB=0;REVB=0.0245269;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153397;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:50:25:0:0:50:28:0:0 chr11 102713465 . A G 1530.82 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.742;QD=59.4494;RBI=0.0153815;REFB=0;REVB=0.00232242;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570162;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:53:50:0:0 chr11 102713619 . TTG CGT,TCG 628.95 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,38;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438861,-0.0434229;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=3,1;MLLD=56.8283,50.9892;QD=59.9002;RBI=0.0494439,0.0537467;REFB=0,0;REVB=0.0227751,0.0316726;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.163827,-0.000441582;OID=.,.;OPOS=102713619,102713620;OREF=TTG,T;OALT=CGT,C;OMAPALT=CGT,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:2,38:2,40:0.047619,0.952381:0,18:2,20:0:0:0,20:2,20:0:0 chr11 102736642 . T C 285.75 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.029892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8332;QD=13.1377;RBI=0.0331822;REFB=0.000792682;REVB=-0.0144057;RO=54;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365632;STB=0.502091;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00175443;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:17:16:26:28:17:16:26:28 chr11 102738795 . G T 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8764;QD=59.016;RBI=0.0451701;REFB=0;REVB=-0.0449115;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100605;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:26:7:1:0:26:8:0:0 chr11 103029516 . A G 1534.78 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.485;QD=62.644;RBI=0.0328705;REFB=-0.0379165;REVB=0.0206595;RO=1;SAF=32;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145875;STB=0.507691;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000139924;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:98:1:1:96:97:0.989796:64:32:1:0:65:32:1:0 chr11 103047007 . C A 2219.31 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0463877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9901;QD=62.5159;RBI=0.118345;REFB=-0.00277923;REVB=-0.108875;RO=1;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629786;STB=0.503311;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000505967;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:75:66:0:1:75:66:0:1 chr11 103057048 . A G 1877.69 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.214;QD=61.5635;RBI=0.0231116;REFB=0;REVB=-0.0174024;RO=0;SAF=77;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07517e-06;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:45:77:0:0:45:77:0:0 chr11 103058126 . C T 1105.83 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0634909;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.445;QD=58.9776;RBI=0.0671337;REFB=-0.0853578;REVB=0.0218136;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000207752;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:34:40:0:0:34:40:1:0 chr11 103082590 . G A 3189.98 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.609;QD=64.1201;RBI=0.00883075;REFB=0;REVB=-0.000490095;RO=0;SAF=100;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36353e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:199:0:0:197:199:1:97:100:0:0:98:101:0:0 chr11 103158278 . C T 406.86 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.01074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1745;QD=20.0921;RBI=0.0422359;REFB=-0.0176098;REVB=-0.0408476;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570646;STB=0.531615;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0191851;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:24:16:19:22:24:16 chr11 103229027 . T C 213.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0259429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.204;QD=12.5451;RBI=0.0272468;REFB=-0.00815907;REVB=0.00832789;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041406;STB=0.523791;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0299331;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:21:21:14:12:21:21 chr11 103274940 . A T 383.61 PASS AF=0.427184;AO=40;DP=101;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0209486;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.548;QD=14.8975;RBI=0.0329527;REFB=-0.0311428;REVB=0.0254369;RO=60;SAF=21;SAR=19;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170524;STB=0.632971;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0361008;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:60:59:40:44:0.427184:19:21:41:19:23:21:42:17 chr11 103275034 . G T 346.54 PASS AF=0.419355;AO=35;DP=90;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0301616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1787;QD=14.9048;RBI=0.0328463;REFB=-0.0289487;REVB=-0.0130059;RO=55;SAF=17;SAR=18;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102903;STB=0.520857;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0398014;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:55:54:35:39:0.419355:18:17:32:23:18:21:31:23 chr11 103277984 . G T 99.81 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0435022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4794;QD=7.39332;RBI=0.0543444;REFB=-0.00754034;REVB=0.0325709;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231506;STB=0.514265;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0248437;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:5:9:25:15:5:9:25:15 chr11 103278048 . G C 139.42 PASS AF=0.34;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0127143;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.803;QD=11.1538;RBI=0.0127479;REFB=-0.0114309;REVB=-0.000924589;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336355;STB=0.68255;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0217262;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:35:33:17:17:0.34:11:6:23:12:11:6:21:12 chr11 103278083 . C G 176.03 PASS AF=0.413043;AO=15;DP=42;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0178201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.582;QD=15.3067;RBI=0.0681405;REFB=-0.0103783;REVB=0.0657691;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450154;STB=0.701451;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0334887;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:27:27:15:19:0.413043:12:3:16:11:14:5:16:11 chr11 103278129 . C CTCTA 95.81 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00182477;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=312.667;QD=14.1945;RBI=0.00231064;REFB=0.00977081;REVB=0.00141749;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487679;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=ins;VARB=-0.0136275;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:28:12:27:15:4:8:4:11:95:16:3:8:5:11 chr11 103279098 . C T 395.95 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0269676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1605;QD=14.0159;RBI=0.0610498;REFB=-0.00089877;REVB=-0.0547707;RO=67;SAF=30;SAR=16;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173257;STB=0.598042;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00025684;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:16:30:33:34:16:30:33:34 chr11 103306680 . G A 354.87 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00530523;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.446;QD=24.0591;RBI=0.0073063;REFB=-0.0168884;REVB=0.0050236;RO=24;SAF=21;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444899;STB=0.524461;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.011178;OID=.;OPOS=103306680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:24:24:35:35:0.59322:14:21:13:11:14:21:13:11 chr11 103778154 . C T 527.14 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.000777369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.058;QD=14.6428;RBI=0.00164271;REFB=-0.00294141;REVB=0.00144713;RO=85;SAF=20;SAR=38;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139339;STB=0.582676;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00410642;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:38:20:40:45:38:20:41:45 chr11 103780455 . A G 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0264939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3507;QD=17.0661;RBI=0.0298981;REFB=-0.0116805;REVB=0.0138554;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18203;STB=0.601937;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0130165;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:22:16:28:18:22:16:28:18 chr11 103907805 . A C 288.51 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0131133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.454;QD=14.0736;RBI=0.0232188;REFB=-0.0244339;REVB=-0.0191612;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1074;STB=0.527365;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0371605;OID=.;OPOS=103907805;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:49:31:33:0.402439:13:18:21:23:14:19:26:23 chr11 103908735 . G A 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00426218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.17;QD=23.9636;RBI=0.00704417;REFB=-0.00791268;REVB=0.0056084;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267106;STB=0.514881;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00663476;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:10:8:11:12:10:8 chr11 103908968 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=1.22671e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.982;QD=11.2146;RBI=0.0033312;REFB=-0.0107465;REVB=0.00333118;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109337;STB=0.572472;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0230405;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:11:21:9:7:11:22 chr11 103909897 . A G 268.0 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00526709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.331;QD=35.7329;RBI=0.00602134;REFB=-0.00527385;REVB=0.00291791;RO=7;SAF=15;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374794;STB=0.520487;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0022037;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:8:15:4:3:8:15:4:3 chr11 104758035 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6976;QD=56.1913;RBI=0.0260624;REFB=0;REVB=0.01379;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105563;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 104761100 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.885;QD=57.6804;RBI=0.0197075;REFB=0;REVB=0.0179882;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103983;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr11 104761206 . C T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5189;QD=57.1752;RBI=0.0618667;REFB=0;REVB=-0.0611869;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000827419;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr11 104763117 . G A 1276.5 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00358442;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.31;QD=60.7858;RBI=0.00953562;REFB=-0.111706;REVB=-0.00883629;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000100551;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:0:1:83:83:0.988095:30:53:0:0:30:53:0:1 chr11 104763716 . A G 1287.64 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.204;QD=60.5948;RBI=0.0236488;REFB=-0.16494;REVB=-0.00123146;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000193621;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:43:41:0:0:43:41:1:0 chr11 104767998 . C CA 288.6 PASS AF=1;AO=8;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364193;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.96506;QD=23.0879;RBI=0.0404532;REFB=0;REVB=0.0402889;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00141487;OID=.;OPOS=104767999;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:55:50:50:0:20:30:0:0:8:45:5:3:18:27 chr11 104768000 . G A,T 775.96 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=47,8;DP=55;FAO=48,8;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20,5;FSAR=28,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210692,-0.0141467;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0654,26.9652;QD=55.4254;RBI=0.0332137,0.0249369;REFB=0,0;REVB=0.0256757,0.0205358;RO=0;SAF=20,5;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00704238,0.094793;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:55:56:0:0:47,8:48,8:0.857143,0.142857:27,3:20,5:0:0:28,3:20,5:0:0 chr11 104768098 . T C 601.54 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00704788;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2622;QD=57.2891;RBI=0.0750713;REFB=-0.115187;REVB=0.0747398;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.513507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00327707;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:43:42:1:1:39:41:0.97619:22:17:0:1:23:18:1:0 chr11 104819327 . T C 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.604;QD=60.3716;RBI=0.00441404;REFB=0;REVB=-0.00377807;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08576e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr11 104877927 . T C 1601.84 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.506;QD=64.0736;RBI=0.00577424;REFB=0;REVB=0.00512316;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74343e-05;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr11 105223502 . T C 922.5 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0529484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2129;QD=56.7692;RBI=0.0533005;REFB=0.0259279;REVB=-0.00611689;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00320209;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:0:1:33:31:0:1 chr11 105782654 . C T 2256.62 PASS AF=0.506881;AO=221;DP=436;FAO=221;FDP=436;FR=.;FRO=215;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=103;FSRR=112;FWDB=-0.000214245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.344;QD=20.703;RBI=0.00243559;REFB=-0.0075205;REVB=0.00242615;RO=213;SAF=103;SAR=118;SRF=102;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115467;STB=0.506437;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00792869;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:436:213:215:221:221:0.506881:118:103:102:111:118:103:103:112 chr11 105852683 . AC A 770.49 PASS AF=0.555556;AO=74;DP=136;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0110334;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7481;QD=22.8295;RBI=0.019523;REFB=-0.0310806;REVB=-0.0161063;RO=59;SAF=26;SAR=48;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630556;STB=0.533623;STBP=0.408;TYPE=del;VARB=0.0269354;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:74:136:75:135:60:26:49:25:35:99:59:26:48:25:34 chr11 107286943 . C T 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00482339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.77;QD=9.18958;RBI=0.0461656;REFB=-0.00108635;REVB=-0.0459129;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351473;STB=0.696378;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0049442;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:8:6:25:9:8:6:25:10 chr11 107299623 . A C 566.38 PASS AF=0.472;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0296292;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9067;QD=18.1243;RBI=0.031392;REFB=-0.0182541;REVB=-0.0103715;RO=66;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368761;STB=0.528446;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0238966;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:66:66:59:59:0.472:29:30:31:35:29:30:30:36 chr11 107328544 . G A 275.49 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0323525;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.412;QD=23.9554;RBI=0.0326053;REFB=-0.0111335;REVB=-0.00405171;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163068;STB=0.509084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0137783;OID=.;OPOS=107328544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:21:21:25:25:0.543478:15:10:8:13:15:10:8:13 chr11 107462522 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.005821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.831;QD=16.8248;RBI=0.0244946;REFB=-0.0330926;REVB=-0.0237929;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.039943;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:16:12:10:11:16:12 chr11 107463159 . A G 492.92 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0115337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.132;QD=14.605;RBI=0.0363921;REFB=-0.0097141;REVB=0.034516;RO=79;SAF=22;SAR=33;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203151;STB=0.617605;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0268854;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:33:22:47:32:33:22:48:32 chr11 107578721 . C G 304.04 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0653512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.415;QD=19.9373;RBI=0.0663591;REFB=-0.0139245;REVB=-0.0115218;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667621;STB=0.503709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0134472;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:13:19:17:12:13:19:17:12 chr11 107650473 . G A 34.58 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00827696;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.056;QD=12.5744;RBI=0.0108365;REFB=-0.00104486;REVB=-0.00699433;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00428929;OID=.;OPOS=107650473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr11 107677399 . C CA,CAA 74.07 PASS AF=0.555556,0.0555556;AO=9,2;DP=19;FAO=10,1;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6,1;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.104653,-0.0578324;FXX=0.0526039;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=17.4948,20.665;QD=16.4606;RBI=0.104663,0.0578767;REFB=-0.00293777,-0.00229625;REVB=-0.00145173,-0.0022638;RO=7;SAF=6,1;SAR=3,1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.041038,-0.224092;STB=0.549903,0.985273;STBP=0.708,0.522;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0509388,0.0772861;OID=.,.;OPOS=107677400,107677400;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0.0555556:9,2:19:10,1:18:7:6,1:4,0:5:2:44:7:6,1:3,1:5:2 chr11 107917087 . A G 734.04 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4328;QD=61.1701;RBI=0.0358594;REFB=-0.00598756;REVB=0.00376182;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00183516;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr11 108043988 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=57.2362;RBI=0.0378743;REFB=0;REVB=0.0348448;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001469;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr11 108093208 . A T 1116.71 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264835;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.546;QD=59.558;RBI=0.0294136;REFB=0;REVB=0.0127979;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33048e-05;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:1:0:72:75:1:31:41:1:0:31:44:0:0 chr11 108183167 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.271;QD=57.8241;RBI=0.0523468;REFB=-0.0493249;REVB=0.0124521;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00134701;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr11 108345514 . AG AGA,GA 1166.0 PASS AF=0.9625,0.025;AO=71,4;DP=82;FAO=77,2;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46,2;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162392,0.0142609;FXX=0.0123442;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=165.457,140.819;QD=58.2999;RBI=0.0385549,0.0343659;REFB=-0.0936022,-0.0554327;REVB=0.0349681,0.0312673;RO=2;SAF=42,3;SAR=29,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00490053,0.161039;STB=0.507934,0.993266;STBP=0.287,0.227;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00113218,-0.01401;OID=.,.;OPOS=108345516,108345514;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:80:2:1:71,4:77,2:0.9625,0.025:29,1:42,3:1:1:31,0:46,2:0:1 chr11 108380335 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.543;QD=60.5101;RBI=0.0331909;REFB=-0.0493466;REVB=-0.0131293;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00102717;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr11 108383303 . C T 312.73 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00716976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.39;QD=16.9042;RBI=0.0227335;REFB=0.00239143;REVB=0.0215733;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028365;STB=0.515914;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00157158;OID=.;OPOS=108383303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:20:20:16:18:20:20 chr11 108383676 . A G 243.05 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0352128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.187;QD=12.6262;RBI=0.0402508;REFB=-0.0184338;REVB=0.0194985;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137788;STB=0.593801;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0295418;OID=.;OPOS=108383676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:48:28:29:0.376623:15:13:16:31:15:14:16:32 chr11 108384207 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0163826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.322;QD=16.1191;RBI=0.0295224;REFB=-0.00458521;REVB=0.0245598;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00640542;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr11 109036116 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0214854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.335;QD=14.1955;RBI=0.0218529;REFB=-0.00627346;REVB=-0.00399103;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259214;STB=0.651959;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00743018;OID=.;OPOS=109036116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:11:11:11:4:11:11 chr11 111164651 . T C 333.05 PASS AF=0.389474;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00616147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.485;QD=14.0231;RBI=0.0073169;REFB=-0.0176686;REVB=0.0039463;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183891;STB=0.616594;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0297712;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:58:58:35:37:0.389474:21:14:33:25:23:14:33:25 chr11 111167557 . A C 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0216262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.306;QD=13.2133;RBI=0.0217052;REFB=-0.0147195;REVB=-0.00185057;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749621;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0164344;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:11:11:6:8:11:11 chr11 111167776 . C G 217.37 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.000875885;FXX=0.0322529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.734;QD=14.4916;RBI=0.00434136;REFB=-0.00440644;REVB=0.00425208;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356137;STB=0.697615;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00907957;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:33:34:25:26:0.433333:16:9:24:9:17:9:24:10 chr11 111167792 . T G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00234966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.922;QD=15.6452;RBI=0.0467969;REFB=-0.0224418;REVB=-0.0467379;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317703;STB=0.680397;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.043948;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:20:9:14:8:20:9 chr11 111168767 . C T 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00180125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.944;QD=15.898;RBI=0.0256227;REFB=-0.00406448;REVB=-0.0255593;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194143;STB=0.609017;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00677451;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:20:17:32:17:20:17:32:17 chr11 111179054 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.853;QD=46.848;RBI=0.070234;REFB=0;REVB=-0.00375827;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753421;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 111325007 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.714;QD=48.7322;RBI=0.0729061;REFB=0;REVB=-0.0726298;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459542;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr11 111327213 . G A 406.18 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.425;QD=56.0254;RBI=0.0776023;REFB=0;REVB=0.0215521;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562879;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:16:10:0:0:16:13:0:0 chr11 111368047 . G T 1029.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695254;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.99;QD=59.6952;RBI=0.0310827;REFB=0;REVB=-0.0302952;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72094e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr11 111420364 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.923;QD=61.049;RBI=0.0340289;REFB=0;REVB=0.032927;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96282e-05;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 637.87 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0242933;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.524;QD=39.2536;RBI=0.025604;REFB=-0.0242446;REVB=0.00808718;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.510071;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=0.00314717;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907692:59:65:59:65:6:33:26:4:2:11:0:33:26:0:0 chr11 111553893 . T C 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00245314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.047;QD=56.0079;RBI=0.0270212;REFB=0.0184986;REVB=0.0269097;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-7.28757e-05;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:13:21:0:0:13:21:0:1 chr11 111631612 . G T 167.83 PASS AF=0.375;AO=13;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.026954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.374;QD=13.9859;RBI=0.035032;REFB=-0.017325;REVB=-0.0223769;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371952;OID=.;OPOS=111631612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:13:18:0.375:6:7:19:10:6:12:20:10 chr11 111692182 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0267637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.253;QD=19.0581;RBI=0.0302942;REFB=0.0164746;REVB=0.0141932;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221313;STB=0.625925;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00642677;OID=.;OPOS=111692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:13:6:11:9:13:6:11:9 chr11 111724133 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00292564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.754;QD=8.69801;RBI=0.0801966;REFB=-0.0147151;REVB=-0.0801432;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168697;STB=0.605742;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0289209;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:8:6:2:5:8:6 chr11 111747297 . A G 401.19 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0317085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8296;QD=18.8794;RBI=0.0510994;REFB=0.0189971;REVB=-0.0400715;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159037;STB=0.588294;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0219319;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:20:21:15:29:20:21:15:29 chr11 111749349 . A T 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.192;QD=62.9047;RBI=0.0190735;REFB=0;REVB=0.0180366;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65139e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr11 111754574 . A C 64.04 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0574109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3944;QD=9.48776;RBI=0.0876282;REFB=0.016362;REVB=0.0662019;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0311026;OID=.;OPOS=111754574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:11:7:3:6:11:7 chr11 111781047 . A C 278.79 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00358316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.916;QD=21.8658;RBI=0.00451578;REFB=0.000207798;REVB=0.0027483;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111191;STB=0.561753;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-7.7107e-05;OID=.;OPOS=111781047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:13:10:16:12:13:10 chr11 111848531 . C T 258.0 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=0.0173833;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0538;QD=22.9337;RBI=0.0176766;REFB=-0.0217775;REVB=-0.0032066;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367346;STB=0.705753;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0111364;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:9:15:20:0:9:15:21:0 chr11 111853106 . G GC 455.9 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.7615;QD=44.4784;RBI=0.148908;REFB=0;REVB=0.0745385;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00620228;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:42:41:41:0:19:22:0:0:9:3:17:22:3:0 chr11 111896324 . C T 235.19 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0032383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.97;QD=25.426;RBI=0.00388508;REFB=-0.0209056;REVB=0.00214645;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224783;STB=0.611552;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0140235;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:12:9:11:4:12:10:11:4 chr11 111908162 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00757237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0154;QD=16.7544;RBI=0.0101461;REFB=0.00519397;REVB=-0.00675294;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553477;STB=0.531224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00438207;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:9:19:15:9:9:19 chr11 111916647 . G A 251.85 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0683856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2107;QD=14.8148;RBI=0.0685839;REFB=0.00839273;REVB=-0.00521268;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355432;STB=0.52694;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0151151;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:14:15:21:17:14:15:22:17 chr11 111953919 . GATTAT GATTA,GAT,GATT,GATTT 297.18 PASS AF=0.173077,0.211538,0.288462,0.0384615;AO=9,9,10,7;DP=53;FAO=9,11,15,2;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=7,4,7,2;FSAR=2,7,8,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.338381,-0.0348797,-0.0327066,-0.0305303;FXX=0.0188644;HRUN=9,2,1,1;LEN=1,3,2,1;MLLD=4.04467,180.433,183.108,183.213;QD=22.8597;RBI=0.338458,0.048409,0.0459451,0.0413747;REFB=0.0118374,0.000441491,0.000765782,0.00106057;REVB=-0.00723093,0.0335684,0.0322681,0.0279244;RO=10;SAF=7,2,4,5;SAR=2,7,6,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.43731,-0.0934302,0.0916023,0.392579;STB=0.747,0.522347,0.533588,0.995322;STBP=0.084,0.85,0.766,0.096;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.256901,-0.0165592,-0.010223,-0.010944;OID=.,.,.,.;OPOS=111953924,111953920,111953922,111953923;OREF=T,ATT,TA,A;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GATTA,GAT,GATT,GATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.173077,0.211538,0.288462,0.0384615:9,9,10,7:53:9,11,15,2:52:15:7,4,7,2:2,7,8,0:6:9:48:10:7,2,4,5:2,7,6,2:3:7 chr11 111956989 . C A 1553.9 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000128799;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.696;QD=64.0784;RBI=0.0488619;REFB=0;REVB=0.0488617;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82612e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr11 112065434 . T C 1328.65 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019221;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.701;QD=61.0873;RBI=0.0225567;REFB=-0.0163182;REVB=0.0118051;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000300193;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:43:42:0:1:43:43:0:1 chr11 112088499 . A C 1840.19 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6472;QD=61.3397;RBI=0.105424;REFB=0;REVB=0.104984;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630543;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:67:53:0:0:67:53:0:0 chr11 112123095 . A G 624.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4384;QD=60.9198;RBI=0.0405818;REFB=0;REVB=-0.0251864;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045244;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:18:23:0:0 chr11 112223299 . G A 475.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.237;QD=57.6628;RBI=0.0157138;REFB=0;REVB=0.0155817;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405486;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr11 112832339 . GC G 470.81 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745378;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.4554;QD=47.0813;RBI=0.106559;REFB=0;REVB=-0.0761508;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00490989;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:41:40:40:0:21:19:0:0:9:0:21:19:0:0 chr11 112832353 . T C 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00874404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.898;QD=57.8257;RBI=0.0125401;REFB=-0.0900097;REVB=-0.00898862;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000520589;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:0:1 chr11 112832358 . T C 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00350133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.468;QD=57.8256;RBI=0.0130342;REFB=-0.0467507;REVB=0.0125552;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.36578e-06;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:0:1 chr11 113103996 . T G 1562.7 PASS AF=0.910569;AO=112;DP=123;FAO=112;FDP=123;FR=.;FRO=11;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00871994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3103;QD=50.8196;RBI=0.0401865;REFB=-0.0763807;REVB=0.039229;RO=11;SAF=55;SAR=57;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678337;STB=0.535838;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0396564;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:123:123:11:11:112:112:0.910569:57:55:1:10:57:55:1:10 chr11 113111501 . T C 501.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2594;QD=58.9787;RBI=0.0260323;REFB=0;REVB=-0.0156317;RO=0;SAF=2;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000698414;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:32:2:0:0:32:2:0:0 chr11 113113515 . G A 787.7 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397707;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.634;QD=57.2874;RBI=0.0452011;REFB=0;REVB=0.021481;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018463;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr11 113194168 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.308;QD=53.2769;RBI=0.0216371;REFB=0;REVB=0.0164627;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22088e-06;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr11 113266821 . G A 740.35 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.177;QD=56.9503;RBI=0.0495597;REFB=0;REVB=0.0419311;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346604;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr11 113270015 . G C 693.78 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0652181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2102;QD=60.3284;RBI=0.0660955;REFB=0.0342313;REVB=-0.0107335;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00445651;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr11 113270374 . C T 2345.25 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307592;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.618;QD=60.9157;RBI=0.0845992;REFB=0;REVB=0.0788093;RO=0;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118276;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:152:154:1:80:72:0:0:82:72:0:0 chr11 113270828 . G A 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2656;QD=63.75;RBI=0.0188791;REFB=0;REVB=0.00587279;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53954e-05;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr11 113283477 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.626;QD=58.5998;RBI=0.0223909;REFB=0;REVB=-0.0170949;RO=0;SAF=55;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16071e-05;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:9:55:0:0:9:55:0:0 chr11 113561025 . G A 2263.72 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00762682;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.828;QD=62.0197;RBI=0.0207708;REFB=-0.0436975;REVB=-0.0193199;RO=2;SAF=74;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000362055;STB=0.50019;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-5.31425e-05;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:146:2:2:144:144:0.986301:70:74:1:1:70:74:1:1 chr11 113561054 . A G 2229.57 PASS AF=0.993056;AO=140;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.061;QD=61.9324;RBI=0.0180131;REFB=-0.0145046;REVB=0.00235254;RO=1;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674413;STB=0.503448;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000100539;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:142:144:1:1:140:143:0.993056:70:70:0:1:72:71:0:1 chr11 113561057 . A G 2193.6 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=4.69444e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9159;QD=60.9332;RBI=0.00863004;REFB=-0.197061;REVB=0.00862991;RO=3;SAF=69;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702318;STB=0.503694;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00309874;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:144:3:3:141:141:0.979167:72:69:2:1:72:69:2:1 chr11 113570405 . T C 447.39 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.838;QD=57.7272;RBI=0.0455282;REFB=0;REVB=0.042897;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252173;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:24:7:0:0 chr11 113576932 . A G 748.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.541;QD=63.695;RBI=0.111078;REFB=0;REVB=0.0373789;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104332;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:28:19:0:0 chr11 113670052 . T A 727.39 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-6.16731e-05;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.828;QD=59.3789;RBI=0.00835981;REFB=-0.124171;REVB=0.00835959;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52173;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000805687;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:49:0:2:47:47:0.959184:22:25:0:0:22:25:0:2 chr11 113679119 . C T 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1376;QD=53.9027;RBI=0.0478128;REFB=0;REVB=0.0374854;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134979;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 113803104 . G A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00489302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9136;QD=12.0696;RBI=0.00712351;REFB=0.00368802;REVB=0.00517714;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147568;STB=0.585474;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00630069;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:18:8:19:25:18:8:19:25 chr11 113848273 . A T 134.97 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0289698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5107;QD=16.8712;RBI=0.0321695;REFB=-0.0301713;REVB=0.0139866;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366376;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0215304;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:13:15:0.46875:6:7:8:8:7:8:10:7 chr11 114393652 . C T 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0126825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.589;QD=24.8144;RBI=0.0388191;REFB=-0.00742686;REVB=0.036689;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183886;STB=0.51007;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00397826;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:21:26:18:16:21:26:18:16 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 626.34 PASS AF=0.1625,0.8,0.0375;AO=7,17,5;DP=81;FAO=13,64,3;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=12,14,0;FSAR=1,50,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.094325,-0.259397,-0.387169;FXX=0.0123442;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=143.989,9.71229,13.9974;QD=31.3169;RBI=0.132902,0.760102,0.502854;REFB=-0.0221769,-0.0147552,-0.0245063;REVB=0.0936256,0.71447,0.320877;RO=36;SAF=7,5,2;SAR=0,12,3;SRF=0;SRR=36;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.886688,0.54702,0.765121;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0935381,-0.0163382,-0.123448;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1625,0.8,0.0375:7,17,5:81:13,64,3:80:0:12,14,0:1,50,3:0:0:67:36:7,5,2:0,12,3:0:36 chr11 114401577 . T C 430.52 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0337335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.072;QD=22.9608;RBI=0.0349877;REFB=-0.0147095;REVB=-0.00928397;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516367;STB=0.522524;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0070432;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:25:17:15:17:25:17:15:18 chr11 114421857 . T C 68.42 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00824595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.276;QD=5.70153;RBI=0.00874957;REFB=-0.00174476;REVB=0.00292563;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438839;STB=0.785739;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0120711;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:8:2:21:17:8:2:21:17 chr11 114421861 . G A 68.42 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.015648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5855;QD=5.70125;RBI=0.0301162;REFB=0.0101832;REVB=-0.0257318;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438839;STB=0.785739;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0366352;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:8:2:21:17:8:2:21:17 chr11 114421895 . G A 37.36 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00479125;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138;QD=4.6699;RBI=0.0160937;REFB=-0.00397687;REVB=-0.015364;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48555;STB=0.794399;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0266946;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:35:32:19:26:6:6:0.1875:5:1:11:8:5:1:13:13 chr11 114421909 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0512227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.364;QD=4.15591;RBI=0.05123;REFB=-0.000541747;REVB=0.000863331;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371962;STB=0.763726;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00344828;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:12:15:5:1:12:15 chr11 114421912 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.03605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.052;QD=4.30407;RBI=0.037862;REFB=-0.00206294;REVB=-0.0115728;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368667;STB=0.749064;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00790951;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:5:1:11:14:5:1:11:15 chr11 114441943 . G A 210.77 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.000239757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4;QD=14.0515;RBI=0.0788626;REFB=-0.0293501;REVB=-0.0788622;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815517;STB=0.646945;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0264305;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:35:25:25:0.416667:15:10:10:10:15:10:23:12 chr11 114442103 . A G 71.86 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0297984;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0677;QD=15.1279;RBI=0.0429841;REFB=-0.0270333;REVB=0.0309789;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.011824;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:19:19:9:10:9:9:0.473684:5:4:3:6:5:4:3:7 chr11 114569054 . A G 1359.44 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6044;QD=61.7929;RBI=0.0880118;REFB=0;REVB=-0.00127923;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058711;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:38:46:0:0:39:49:0:0 chr11 114576626 . A T 227.67 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00531645;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.9388;QD=13.7981;RBI=0.0330886;REFB=0.00144265;REVB=-0.0326587;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998573;STB=0.563712;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00540293;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:13:14:16:22:13:14:16:23 chr11 116628630 . C T 230.77 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00861457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5898;QD=17.7514;RBI=0.0129748;REFB=0.00185028;REVB=0.00970233;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171784;STB=0.5962;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00560273;OID=.;OPOS=116628630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:19:8:12:13:19:8 chr11 116633825 . C T 838.56 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0248853;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.463;QD=53.2417;RBI=0.0415128;REFB=0.00964761;REVB=0.033227;RO=3;SAF=45;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304297;STB=0.516124;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000302664;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:63:3:3:60:60:0.952381:15:45:3:0:15:45:3:0 chr11 116633947 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00389889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.529;QD=25.3611;RBI=0.0184758;REFB=0.0297799;REVB=-0.0180597;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219534;STB=0.633186;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00424409;OID=.;OPOS=116633947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:7:8:15:15:0.652174:11:4:0:7:11:4:0:8 chr11 116661826 . T C 1505.95 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.257;QD=59.6416;RBI=0.0369005;REFB=0;REVB=0.030937;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24346e-05;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:101:0:0:94:101:1:45:49:0:0:49:52:0:0 chr11 116662579 . C T 717.7 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.798;QD=61.0806;RBI=0.0221526;REFB=-0.0590559;REVB=0.0221258;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549429;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:1:0:46:47:1:24:22:0:1:25:22:0:0 chr11 116692334 . C T 203.43 PASS AF=0.42;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0223288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.238;QD=16.2742;RBI=0.0472063;REFB=-0.0177473;REVB=0.0415916;RO=29;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33145;STB=0.72236;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0524205;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:29:29:17:21:0.42:13:4:15:14:17:4:15:14 chr11 116693464 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00481196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.577;QD=14.6163;RBI=0.0065891;REFB=-0.0121183;REVB=0.00450126;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151885;STB=0.586146;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0237845;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:22:16:16:12:22:16 chr11 116701535 . T C 212.98 PASS AF=0.5;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00621974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.411;QD=20.2839;RBI=0.0171046;REFB=-0.0505031;REVB=-0.0159337;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253645;STB=0.618934;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0337884;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:21:21:21:0.5:13:8:13:6:13:8:13:8 chr11 116715310 . ATTTTA ATATTT,ATTTA 60.88 PASS AF=0.117647,0.411765;AO=2,5;DP=22;FAO=2,7;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=2,2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0323235,-0.0780848;FXX=0.149925;HRUN=4,4;LEN=4,1;MLLD=81.5621,15.5461;QD=14.3248;RBI=0.0332579,0.0942577;REFB=-0.0270735,-0.127908;REVB=0.00782827,-0.0527947;RO=10;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513477,0.304772;STB=0.992036,0.740074;STBP=0.353,0.113;TYPE=mnp,del;VARB=0.0340654,0.100403;OID=.,.;OPOS=116715312,116715311;OREF=TTTA,T;OALT=ATTT,-;OMAPALT=ATATTT,ATTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.411765:2,5:22:2,7:17:8:0,5:2,2:2:6:46:10:0,3:2,2:3:7 chr11 116728842 . G A 218.25 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000743999;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.315;QD=15.873;RBI=0.0507508;REFB=-0.0128703;REVB=0.0507454;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129789;STB=0.57347;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0152236;OID=.;OPOS=116728842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:14:16:10:15:14:16 chr11 116729013 . T C 230.29 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0181871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.529;QD=20.0256;RBI=0.0316739;REFB=-0.0621407;REVB=-0.0259319;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15081;STB=0.542131;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0527719;OID=.;OPOS=116729013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:21:24:22:22:0.478261:12:10:6:15:12:10:9:15 chr11 116729196 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0222643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.804;QD=14.3347;RBI=0.0222701;REFB=-0.0318939;REVB=0.000510605;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132375;STB=0.576832;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0517375;OID=.;OPOS=116729196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:14:12:10:7:14:12 chr11 117042377 . G A 435.3 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0137549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.991;QD=16.4265;RBI=0.0137571;REFB=-0.0167117;REVB=0.000248399;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831204;STB=0.541649;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0216304;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:58:48:48:0.45283:22:26:26:31:22:26:27:31 chr11 117077034 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000892278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=13.4581;RBI=0.00631125;REFB=-0.00446863;REVB=-0.00624786;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194534;STB=0.60228;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0146018;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:6:10:11:14:6:10:12:14 chr11 117156552 . T C 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205565;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.028;QD=60.2516;RBI=0.0376597;REFB=0;REVB=0.0315545;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93581e-05;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr11 117160347 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.831;QD=56.1916;RBI=0.0104442;REFB=0;REVB=0.00552497;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128836;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr11 117252489 . T C 856.18 PASS AF=0.420561;AO=68;DP=214;FAO=90;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=79;FSRR=39;FWDB=0.0127278;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.328;QD=16.0034;RBI=0.0175187;REFB=-0.0226614;REVB=-0.0120377;RO=114;SAF=47;SAR=21;SRF=76;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031245;STB=0.544373;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0293897;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:114:118:68:90:0.420561:21:47:76:38:24:66:79:39 chr11 117280724 . TC T 93.92 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0169765;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5769;QD=12.5229;RBI=0.0179365;REFB=-0.0290939;REVB=-0.00578917;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314877;STB=0.685403;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0357766;OID=.;OPOS=117280725;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:14:31:14:30:16:2:12:6:10:93:16:2:12:6:10 chr11 117282800 . G T 176.59 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00125146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.746;QD=14.1273;RBI=0.0426859;REFB=-0.0184402;REVB=0.0426676;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238289;STB=0.624875;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0180467;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:21:9:10:9:21:10 chr11 117309989 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.699;QD=58.1412;RBI=0.0636749;REFB=0;REVB=-0.0636071;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022469;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr11 117310022 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000668562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.417;QD=59.4356;RBI=0.010701;REFB=0;REVB=-0.0106801;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77826e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr11 117335722 . T C 1321.92 PASS AF=0.988764;AO=79;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0598617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8396;QD=59.4121;RBI=0.0637503;REFB=-0.027088;REVB=0.0219242;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00277284;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:79:88:0.988764:42:37:0:0:42:46:0:1 chr11 117693255 . T C 1208.92 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.289;QD=61.2113;RBI=0.00829161;REFB=0;REVB=0.00521826;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47913e-06;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr11 117774291 . A C 421.62 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00419057;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3899;QD=54.4021;RBI=0.0208513;REFB=0.0277695;REVB=-0.0204259;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198449;STB=0.510631;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0105791;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:23:7:0:1:23:7:0:1 chr11 117781435 . A G 496.67 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.703;QD=58.4322;RBI=0.0752747;REFB=0;REVB=0.0632792;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518857;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:30:34:1:13:17:0:0:15:19:0:0 chr11 117789342 . T C 264.47 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0169782;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8664;QD=13.2234;RBI=0.0314016;REFB=-0.0364644;REVB=-0.0264159;RO=41;SAF=27;SAR=3;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640417;STB=0.848221;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0614695;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:41:49:30:31:0.3875:3:27:14:27:3:28:22:27 chr11 117789345 . G C 247.57 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0653871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8319;QD=13.2037;RBI=0.0774099;REFB=0.0105071;REVB=0.0414345;RO=44;SAF=29;SAR=1;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733047;STB=0.93135;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0145227;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:1:29:21:23:1:29:22:23 chr11 117864047 . A G 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0190358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.833;QD=14.1376;RBI=0.0194011;REFB=-0.0382382;REVB=0.00374702;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.040865;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:9:11:6:8:9:11 chr11 117864113 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00301885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.385;QD=18.4833;RBI=0.00870036;REFB=-0.00984719;REVB=0.00815983;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00950519;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:12:9:9:10:12:9 chr11 117864846 . A G 136.67 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00910788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1507;QD=10.9338;RBI=0.0214337;REFB=-0.0110954;REVB=0.0194023;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300176;STB=0.687266;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.01935;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:11:5:19:14:11:5:20:14 chr11 117869670 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.084;QD=47.8211;RBI=0.0354352;REFB=0;REVB=-0.0296918;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314816;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 117896135 . C T 1085.77 PASS AF=0.389408;AO=123;DP=320;FAO=125;FDP=321;FR=.;FRO=196;FSAF=80;FSAR=45;FSRF=102;FSRR=94;FWDB=-0.00455659;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.22;QD=13.5299;RBI=0.004562;REFB=-0.00419189;REVB=0.000222079;RO=194;SAF=79;SAR=44;SRF=100;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143062;STB=0.575855;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00640721;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:321:194:196:123:125:0.389408:44:79:100:94:45:80:102:94 chr11 117896521 . T A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00305127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.593;QD=7.0478;RBI=0.00311997;REFB=-0.00597499;REVB=-0.000651105;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209177;STB=0.634255;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0216448;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:13:9:2:6:13:9 chr11 117965595 . C T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0033248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4;QD=8.42988;RBI=0.0135676;REFB=-0.00179815;REVB=-0.0131539;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625855;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00234908;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:17:18:6:7:17:18 chr11 117982464 . A G 103.27 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0221418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8354;QD=10.0753;RBI=0.0470051;REFB=0.00966543;REVB=-0.0414635;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251516;STB=0.648445;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0229231;OID=.;OPOS=117982464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:21:7:6:7:21:7 chr11 117982495 . T G 699.42 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.488;QD=62.171;RBI=0.0398436;REFB=0;REVB=0.0377184;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49041e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr11 117988082 . T C 1161.96 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=85;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0012271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.672;QD=54.0447;RBI=0.0130784;REFB=-0.0189392;REVB=-0.0130207;RO=6;SAF=56;SAR=23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202891;STB=0.51117;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00266258;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:86:6:6:79:80:0.930233:23:56:5:1:24:56:5:1 chr11 117988105 . C T 392.69 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0185528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0147;QD=17.649;RBI=0.0185573;REFB=-0.0216128;REVB=-0.000409107;RO=48;SAF=29;SAR=12;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462332;STB=0.525894;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0207242;OID=.;OPOS=117988105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:12:29:32:16:12:29:32:16 chr11 118033936 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0266879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.281;QD=20.4847;RBI=0.0267001;REFB=-0.00525336;REVB=-0.000805987;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228296;STB=0.629034;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00537189;OID=.;OPOS=118033936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:3:8:6:8:3:8 chr11 118074337 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0725;QD=56.1901;RBI=0.0553279;REFB=0;REVB=0.0317301;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160759;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr11 118081345 . A T 1510.48 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.929;QD=63.5992;RBI=0.00512011;REFB=0;REVB=0.00486845;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42925e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr11 118083664 . A G 1539.36 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6894;QD=59.7811;RBI=0.0218829;REFB=0;REVB=0.0217999;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107848;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:56:47:0:0:56:47:0:0 chr11 118107805 . A G 1084.83 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187278;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.832;QD=60.2686;RBI=0.0289443;REFB=0;REVB=0.022069;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553689;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:32:39:0:0:32:40:0:0 chr11 118110977 . T C 1461.24 PASS AF=0.962617;AO=101;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0285958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1913;QD=54.6257;RBI=0.0308427;REFB=0.0695639;REVB=0.0115566;RO=5;SAF=57;SAR=44;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149023;STB=0.502395;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00119164;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:5:4:101:103:0.962617:44:57:2:3:45:58:2:2 chr11 118179197 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.302;QD=60.6025;RBI=0.0547046;REFB=0;REVB=-0.0176057;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187154;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr11 118182829 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.24;QD=51.916;RBI=0.0338202;REFB=0;REVB=0.0312494;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113914;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr11 118404280 . ACT AC,ACG,GAC 269.58 PASS AF=0.390244,0.219512,0;AO=15,8,2;DP=42;FAO=16,9,0;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8,2,0;FSAR=8,7,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00557123,0.00593309,0.00285594;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=165.77,169.755,153.087;QD=26.3008;RBI=0.0291662,0.0255622,0.0251571;REFB=-0.0251192,-0.0208556,-0.0272532;REVB=0.0286291,0.0248641,0.0249944;RO=15;SAF=7,1,2;SAR=8,7,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118644,-0.333037,0.61514;STB=0.593637,0.576289,0.5;STBP=0.331,0.624,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0161443,0.00143474,0;OID=.,.,.;OPOS=118404282,118404282,118404280;OREF=T,T,ACT;OALT=-,G,GAC;OMAPALT=AC,ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:16:15,8,2:16,9,0:0.390244,0.219512,0:8,7,0:7,1,2:5:10:8,7,0:8,2,0:5:11 chr11 118404804 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0351566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9684;QD=15.262;RBI=0.037172;REFB=9.60384e-05;REVB=-0.0120735;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.598777;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00257701;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:9:7:8:5:9:7 chr11 118405068 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0230306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.227;QD=11.257;RBI=0.0252571;REFB=-0.0120269;REVB=0.0103689;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102563;STB=0.562336;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0100477;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:4:8:6:2:4:8 chr11 118405305 . G A 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0495357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.303;QD=14.0758;RBI=0.0652041;REFB=-0.00791057;REVB=0.0424004;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259872;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00782199;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:11:5:7:5:11:5 chr11 118405835 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.0131402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.812;QD=16.8247;RBI=0.0156757;REFB=0.000437234;REVB=0.00854776;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386969;STB=0.715542;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000853802;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:3:25:11:10:3:25 chr11 118430519 . C T 108.1 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0328609;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6557;QD=12.3541;RBI=0.0370457;REFB=-0.0412592;REVB=-0.017104;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890352;STB=0.552551;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0500369;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:12:10:7:6:12:10 chr11 118471423 . T C 1418.17 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4839;QD=61.6596;RBI=0.0301533;REFB=-0.112472;REVB=0.0168832;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081035;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000193511;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:58:33:0:1:58:33:0:1 chr11 118472354 . C A 1342.76 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464954;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5921;QD=62.4541;RBI=0.0658355;REFB=0;REVB=0.04661;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605194;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:35:51:0:0:35:51:0:0 chr11 118505676 . GT G 1364.79 PASS AF=1;AO=99;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283928;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7637;QD=52.4917;RBI=0.0414532;REFB=0;REVB=-0.030203;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.02562e-05;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:105:104:104:0:50:54:0:0:8:0:49:50:0:0 chr11 118509668 . A G 516.75 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0235124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.572;QD=22.4676;RBI=0.0420895;REFB=-0.00623039;REVB=-0.0349097;RO=43;SAF=31;SAR=18;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169838;STB=0.509349;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00827863;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:18:31:28:15:18:31:28:15 chr11 118514625 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00658627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.968;QD=30.5928;RBI=0.0370815;REFB=-0.0589822;REVB=0.0364919;RO=2;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896193;STB=0.549906;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00671114;OID=.;OPOS=118514625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:9:1:0:2:9:1:0:2 chr11 118529017 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.496;QD=47.8215;RBI=0.0838947;REFB=0;REVB=0.05498;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158324;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 118529044 . C CG,CGG 255.84 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582079,0.0107879;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=221.937,198.813;QD=51.1676;RBI=0.0257276,0.0174393;REFB=0,0;REVB=0.0250605,0.0137022;RO=0;SAF=7,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=7.11497e-05,0;OID=.,.;OPOS=118529045,118529045;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,2:20:20,0:20:0:7,0:13,0:0:0:4:0:7,0:11,2:0:0 chr11 118529069 . G C 246.67 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0525862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4375;QD=46.9849;RBI=0.0843862;REFB=-0.0897766;REVB=0.0659979;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00606828;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:0:1 chr11 118529078 . G C 315.94 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7663;QD=50.5509;RBI=0.20759;REFB=0;REVB=0.205188;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921813;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:2:0:23:25:1:15:8:0:2:17:8:0:0 chr11 118529127 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00294286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.773;QD=14.1699;RBI=0.0150511;REFB=-0.00917917;REVB=0.0147606;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506153;STB=0.806938;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0146913;OID=.;OPOS=118529127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:6:6:9:1:6:6 chr11 118530611 . T C 352.35 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0209706;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.181;QD=20.7264;RBI=0.0209747;REFB=-0.0227847;REVB=0.000415627;RO=32;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957605;STB=0.553161;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0261571;OID=.;OPOS=118530611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:24:12:14:18:24:12:14:18 chr11 118534082 . C T 409.18 PASS AF=0.384;AO=47;DP=123;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.00780478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.133;QD=13.0938;RBI=0.0294014;REFB=-0.00130093;REVB=0.0283466;RO=73;SAF=23;SAR=24;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10693;STB=0.543982;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00203389;OID=.;OPOS=118534082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:73:77:47:48:0.384:24:23:43:30:24:24:44:33 chr11 118619253 . C T 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6088;QD=44.6817;RBI=0.0488258;REFB=0;REVB=-0.0440363;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012377;OID=.;OPOS=118619253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 118621825 . G GT 837.79 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=82;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313473;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.587;QD=41.8897;RBI=0.126465;REFB=-0.00122772;REVB=0.122518;RO=4;SAF=40;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182063;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00561545;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.9875:77:82:79:80:1:41:38:1:0:12:4:40:37:2:2 chr11 118622744 . G A 500.85 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0192;QD=55.6504;RBI=0.0370774;REFB=0.021802;REVB=0.0352477;RO=1;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491205;STB=0.5263;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00741647;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:9:25:0:1:9:26:0:1 chr11 118769999 . GGC G,GG 109.73 PASS AF=0,0.833333;AO=6,7;DP=18;FAO=0,15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0926271,0.170944;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=11.8936,12.0903;QD=24.3851;RBI=0.23163,0.174333;REFB=0.0662647,-0.102081;REVB=-0.212303,0.0342076;RO=1;SAF=0,3;SAR=6,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.445946,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=0,0.0971198;STB=0.5,0.533287;STBP=1,0.74;TYPE=del,del;VARB=0,0.0511041;OID=.,.;OPOS=118770000,118770001;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.833333:6,7:18:0,15:18:3:0,3:0,12:1:2:10:1:0,3:6,4:0:1 chr11 118770052 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.545;QD=12.8607;RBI=0.000344601;REFB=-0.00037614;REVB=0.000344601;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277386;OID=.;OPOS=118770052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:7:0:0:8:7:0:0:8 chr11 118828942 . A G 173.57 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00757695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.303;QD=15.4283;RBI=0.0137723;REFB=-0.0133412;REVB=-0.0115007;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0198802;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:18:19:0.422222:7:11:11:14:8:11:12:14 chr11 118865465 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.028079;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.96;QD=17.6433;RBI=0.0548813;REFB=0.0369611;REVB=0.0471543;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361846;STB=0.705518;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00257953;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:7:9:0.5625:5:2:0:7:5:4:0:7 chr11 118872404 . T C 465.09 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0221392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9389;QD=19.5825;RBI=0.0224668;REFB=0.0238108;REVB=-0.00382309;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284139;STB=0.515783;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0253249;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:23:23:26:23:23:23:26:23 chr11 118898434 . CAC CA,GCA 743.51 PASS AF=1,0;AO=51,2;DP=57;FAO=56,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580198,-0.0179201;FXX=0.0175408;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=26.8116,59.6529;QD=53.1076;RBI=0.0806318,0.0189087;REFB=-0.0192298,-0.0198126;REVB=0.0804228,0.00603403;RO=2;SAF=17,0;SAR=34,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0268968,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00269704,0;OID=.,.;OPOS=118898436,118898434;OREF=C,CAC;OALT=-,GCA;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:2:0:51,2:56,0:1,0:34,2:17,0:0:2:39,0:17,0:0:0 chr11 118919206 . T C 483.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.589;QD=58.5615;RBI=0.049596;REFB=0;REVB=0.0476017;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431173;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 118922200 . G A 721.61 PASS AF=0.522388;AO=69;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00458164;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.777;QD=21.5406;RBI=0.00460051;REFB=-0.0175434;REVB=0.000416353;RO=64;SAF=38;SAR=31;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139503;STB=0.572317;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0135222;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:69:70:0.522388:31:38:25:39:32:38:25:39 chr11 118925341 . G A 293.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361612;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.943;QD=53.3326;RBI=0.00890795;REFB=0;REVB=0.00814097;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15717e-05;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 118927013 . T TC 370.74 PASS AF=1;AO=38;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.4363;QD=29.6588;RBI=0.128571;REFB=-0.0354056;REVB=0.0639673;RO=14;SAF=15;SAR=23;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.012115;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:53:50:50:0:21:29:0:0:6:14:15:23:8:6 chr11 118947634 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.745;QD=56.1821;RBI=0.0378032;REFB=0;REVB=-0.0123783;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195316;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 118967758 . T C 211.78 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0111424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.173;QD=19.7;RBI=0.0122637;REFB=-0.0126166;REVB=-0.00512317;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434181;STB=0.534214;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00653269;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:9:12:13:8:9:12:14:8 chr11 119005088 . C T 784.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.038;QD=57.0874;RBI=0.0675141;REFB=0;REVB=0.0361192;RO=0;SAF=13;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473649;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:42:13:0:0:42:13:0:0 chr11 119005132 . C T 330.77 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.029;QD=52.923;RBI=0.148767;REFB=0;REVB=0.0164689;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367718;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:1:0:23:25:1:20:3:1:0:20:5:0:0 chr11 119043656 . C T 1126.78 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.437;QD=57.7838;RBI=0.0162302;REFB=-0.0210103;REVB=-0.000476263;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242528;STB=0.512817;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=7.90498e-05;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:38:38:2:0:38:38:2:0 chr11 119052826 . C A 4458.39 PASS AF=1;AO=283;DP=288;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792032;FXX=0.0137926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1343;QD=62.355;RBI=0.104085;REFB=0.00418336;REVB=0.0675317;RO=4;SAF=139;SAR=144;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359452;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:288:286:4:0:283:286:1:144:139:1:3:147:139:0:0 chr11 119054351 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00650448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0617;QD=17.4015;RBI=0.0259693;REFB=-0.0113001;REVB=0.0251416;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884388;STB=0.551099;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0124336;OID=.;OPOS=119054351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:9:4:3:10:9:4 chr11 119054488 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.971;QD=58.2394;RBI=0.0425042;REFB=0;REVB=0.0379403;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024378;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr11 119059404 . G A 314.29 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.396;QD=50.2863;RBI=0.0365407;REFB=0;REVB=-0.0089209;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00869273;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:2:19:0:0:2:23:0:0 chr11 119060963 . T C 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00889473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.986;QD=19.645;RBI=0.075656;REFB=-0.042743;REVB=0.0751314;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787203;STB=0.545367;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.016575;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:6:2:2:9:6:2 chr11 119063908 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0679214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.47;QD=21.0154;RBI=0.0743341;REFB=-0.026682;REVB=0.0302034;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0228471;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:5:8:10:6:5:8 chr11 119065709 . G C 405.51 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4156;QD=55.9321;RBI=0.0325198;REFB=0;REVB=0.00063608;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148199;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr11 119216231 . A G 617.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.531;QD=60.2096;RBI=0.0243812;REFB=0;REVB=0.000140324;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246258;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:16:24:1:0:16:25:0:0 chr11 119216279 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0143081;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.219;QD=29.164;RBI=0.0389058;REFB=0.00552148;REVB=0.0361793;RO=2;SAF=10;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818657;STB=0.56511;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000469973;OID=.;OPOS=119216279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:2:3:11:11:0.785714:1:10:2:0:1:10:3:0 chr11 119229964 . G A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.992;QD=62.6145;RBI=0.0130474;REFB=0;REVB=0.0114224;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33845e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr11 119244095 . C G,T 690.85 PASS AF=0.0784314,0.921569;AO=4,45;DP=49;FAO=4,47;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=4,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670559,0.00623109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.7591,161.546;QD=54.1841;RBI=0.0466787,0.00678732;REFB=0,0;REVB=-0.0461945,0.00269094;RO=0;SAF=4,22;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.145405,-0.000169772;OID=.,.;OPOS=119244095,119244095;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:49:51:0:0:4,45:4,47:0.0784314,0.921569:0,23:4,22:0:0:0,24:4,23:0:0 chr11 119252199 . T G 3610.41 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.547;QD=63.0639;RBI=0.0646816;REFB=0;REVB=0.0544368;RO=0;SAF=135;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69677e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:225:229:1:90:135:0:0:91:138:0:0 chr11 119290033 . G GC 178.56 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329362;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=247.043;QD=44.6402;RBI=0.0348275;REFB=0;REVB=-0.0113208;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00119228;OID=.;OPOS=119290034;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:16:16:0:16:0:0:0:4:17:2:0:15:2 chr11 119290034 . G C 158.29 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0263249;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.25;QD=35.1762;RBI=0.0271268;REFB=-0.122204;REVB=0.00654685;RO=3;SAF=13;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094371;STB=0.55166;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00149254;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:2:13:3:0:2:13:3:0 chr11 119510644 . A C 3422.4 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018192;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7698;QD=62.2255;RBI=0.00358682;REFB=0.0398082;REVB=0.00309124;RO=1;SAF=102;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6123e-06;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:220:1:0:219:220:1:117:102:1:0:117:103:0:0 chr11 119879425 . T C 671.55 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00220481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.032;QD=52.6706;RBI=0.0480814;REFB=-0.0451907;REVB=0.0480308;RO=2;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276712;STB=0.5147;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00446665;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:33:16:0:2:33:16:0:2 chr11 119993897 . CCTCT CCT,CCTC 511.65 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=28,4;DP=33;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105308,0.0670583;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=241.712,223.401;QD=58.4744;RBI=0.105737,0.0674735;REFB=0,0;REVB=0.00951407,0.00747437;RO=0;SAF=14,3;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000198922,0.0150457;OID=.,.;OPOS=119993898,119993901;OREF=CT,T;OALT=-,-;OMAPALT=CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971429,0.0285714:28,4:33:34,1:35:0:20,0:14,1:0:0:5:0:14,3:14,1:0:0 chr11 119999191 . A G 1268.59 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.991;QD=60.4092;RBI=0.058015;REFB=0.0270501;REVB=0.0099414;RO=1;SAF=50;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937926;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=3.38269e-05;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:33:50:1:0:33:50:1:0 chr11 120008429 . G A 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0169064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.415;QD=20.6285;RBI=0.01847;REFB=-0.0260619;REVB=0.00743729;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204676;STB=0.613064;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0177701;OID=.;OPOS=120008429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:21:27:16:32:21:27:16:32 chr11 120040695 . C T 249.28 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.083111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3562;QD=19.175;RBI=0.09615;REFB=-0.0433567;REVB=-0.0483464;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.647283;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0430869;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:9:17:8:17:10:17:8:17 chr11 120041110 . T A 513.72 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0150048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.446;QD=21.8602;RBI=0.0180189;REFB=-0.00140244;REVB=-0.0099768;RO=45;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204424;STB=0.612567;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000751587;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:28:21:30:15:28:21:30:15 chr11 120041444 . C T 158.81 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00590061;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2615;QD=11.3433;RBI=0.0205313;REFB=0.000408255;REVB=0.0196651;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342672;STB=0.6998;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000526688;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:6:14:14:22:6:14:14:22 chr11 120042081 . G A 167.46 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0217939;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.753;QD=15.2235;RBI=0.0230567;REFB=0.0123139;REVB=-0.00752577;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118338;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00276168;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:16:10:9:9:16:10 chr11 120042082 . G A 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00624749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.202;QD=24.9277;RBI=0.0140663;REFB=-0.0258491;REVB=-0.0126028;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998414;STB=0.555511;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0160453;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:10:15:9:10:10:15:9:10 chr11 120042087 . T C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0436827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9579;QD=25.6503;RBI=0.0705602;REFB=-0.00611222;REVB=0.0554127;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456248;STB=0.525308;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00709336;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:9:9:11:14:9:9 chr11 120175749 . A G 1389.75 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463966;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0244;QD=62.4605;RBI=0.0550132;REFB=0;REVB=-0.0295602;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156156;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:28:50:0:0:39:50:0:0 chr11 120175750 . C G 56.41 PASS AF=0.125;AO=11;DP=95;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=0.052386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0183;QD=2.35047;RBI=0.0556297;REFB=-0.0532226;REVB=0.0187183;RO=84;SAF=0;SAR=11;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713024;STB=0.935898;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0376151;OID=.;OPOS=120175750;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:96:84:84:11:12:0.125:11:0:54:30:11:1:54:30 chr11 120198093 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0155324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.563;QD=12.8688;RBI=0.0372653;REFB=0.00371156;REVB=-0.033874;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0241329;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:10:6:8:3:10:6 chr11 120292570 . T A 748.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.442;QD=63.6779;RBI=0.0570731;REFB=0;REVB=0.0368543;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126928;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:26:17:0:0:26:21:0:0 chr11 120318571 . C T 36.67 PASS AF=0.0952381;AO=9;DP=158;FAO=16;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=-0.0104014;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.62;QD=0.873132;RBI=0.0206657;REFB=0.00742685;REVB=0.0178573;RO=113;SAF=4;SAR=5;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132078;STB=0.581292;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0346598;OID=.;OPOS=120318571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:158:168:113:149:9:16:0.0952381:5:4:64:49:6:10:80:69 chr11 120355230 . A G 341.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00581269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6612;QD=18.4764;RBI=0.00586176;REFB=0.00307633;REVB=-0.000756873;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479601;STB=0.521727;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00396893;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:25:11:13:24:25:11:13:25 chr11 120357842 . CTT C 158.31 PASS AF=0.415385;AO=19;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0621354;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=34.2637;QD=9.74186;RBI=0.0624939;REFB=-0.0222173;REVB=-0.00668415;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115884;STB=0.609993;STBP=0.189;TYPE=del;VARB=0.0271677;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:19:65:27:65:38:20:7:22:16:99:34:12:7:18:16 chr11 120743728 . A AC,C 30.94 PASS AF=0.170732,0;AO=4,2;DP=40;FAO=7,0;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0409047,-0.00566226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.0808,58.5226;QD=3.01839;RBI=0.0478856,0.096886;REFB=-0.0413336,-0.00652948;REVB=-0.0248964,-0.0967204;RO=34;SAF=4,1;SAR=0,1;SRF=12;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653727,0.131146;STB=0.893436,0.5;STBP=0.058,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.135337,0;OID=.,.;OPOS=120743729,120743728;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:40:41:34:34:4,2:7,0:0.170732,0:0,1:4,1:12:22:1,0:6,0:11:23 chr11 120745874 . C T 373.89 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0137881;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.863;QD=17.3902;RBI=0.0282855;REFB=-0.0140418;REVB=-0.0246973;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850202;STB=0.547595;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0207923;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:27:20:20:19:27:20 chr11 120776001 . G A 803.37 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.509;QD=57.3837;RBI=0.117043;REFB=0;REVB=0.111023;RO=0;SAF=36;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258484;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:46:56:1:10:36:0:0:19:37:0:0 chr11 120823608 . G A 512.31 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0242875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.563;QD=19.7042;RBI=0.02439;REFB=-0.0314891;REVB=0.00223353;RO=46;SAF=27;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103998;STB=0.529059;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0309211;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:46:51:53:53:0.509615:26:27:24:22:26:27:29:22 chr11 120827609 . A G 638.91 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6687;QD=58.0823;RBI=0.0764923;REFB=0.0348586;REVB=0.0610431;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390818;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00171751;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:2:1:42:43:0.977273:19:23:2:0:19:24:1:0 chr11 121032978 . G A 581.78 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333122;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.987;QD=61.2399;RBI=0.0363294;REFB=0;REVB=0.0144955;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36297e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 121403229 . T C 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.958;QD=60.5429;RBI=0.0266151;REFB=0;REVB=0.000418216;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61548e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:40:72:0:0:40:72:0:0 chr11 121437819 . C G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.086;QD=57.3822;RBI=0.0481993;REFB=0;REVB=0.0184121;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50871e-05;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr11 121448090 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.181;QD=57.6805;RBI=0.0240459;REFB=0;REVB=-0.0223081;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72569e-05;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr11 121475922 . T A 867.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.345;QD=57.8278;RBI=0.0257671;REFB=0;REVB=0.0189959;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121829;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr11 121491782 . G A 1483.83 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670865;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0223;QD=59.3534;RBI=0.035926;REFB=0;REVB=-0.0352941;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964993;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:50:48:0:0:50:50:0:0 chr11 122322268 . A C 1846.67 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469124;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4504;QD=61.5558;RBI=0.0510631;REFB=0;REVB=-0.0201658;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156203;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr11 122449920 . A C 128.72 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00699282;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.397;QD=18.3889;RBI=0.0167506;REFB=-0.0334793;REVB=-0.0152211;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262063;OID=.;OPOS=122449920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:14:14:14:0.5:6:8:7:4:6:8:8:6 chr11 122665437 . A G 181.38 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00473239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.419;QD=16.8725;RBI=0.00794448;REFB=-0.0136719;REVB=0.00638116;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.555498;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0144749;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:9:9:9:15:10:9:9:15 chr11 122681254 . T C 71.49 PASS AF=0.4;AO=2;DP=18;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0748495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.399;QD=11.4385;RBI=0.0754168;REFB=-0.0165915;REVB=0.00923219;RO=15;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528044;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0377659;OID=.;OPOS=122681254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:18:25:15:15:2:10:0.4:2:0:7:8:3:7:7:8 chr11 122738261 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0183043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.683;QD=16.4266;RBI=0.0459339;REFB=0.00542502;REVB=-0.0421292;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00587777;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:3:8:5:6:3:8 chr11 122742028 . C G 79.9 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00104596;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.34;QD=17.7556;RBI=0.00940369;REFB=-0.00611485;REVB=-0.00934534;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393626;STB=0.699688;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00577182;OID=.;OPOS=122742028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:19:18:8:8:9:10:0.555556:4:5:8:0:4:6:8:0 chr11 122742427 . A AG 127.79 PASS AF=0.517241;AO=4;DP=31;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0109001;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.8722;QD=17.6261;RBI=0.028274;REFB=0.00546781;REVB=-0.0260884;RO=25;SAF=1;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270379;STB=0.690557;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=-0.00695428;OID=.;OPOS=122742428;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:4:31:15:29:14:4:11:9:5:99:25:1:3:12:13 chr11 122742428 . T G 96.69 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00812916;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=97.218;QD=12.4767;RBI=0.0231608;REFB=-0.0073713;REVB=-0.0216873;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378639;STB=0.711497;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.013075;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:9:3:11:7:9:3:11:8 chr11 122928622 . A G 175.13 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.919;QD=46.7007;RBI=0.127171;REFB=0;REVB=0.00430246;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114431;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:10:15:1:5:5:0:0:5:10:0:0 chr11 122929624 . A G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00354353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.219;QD=60.4127;RBI=0.0117143;REFB=0.0605423;REVB=0.0111655;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000525223;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:82:83:0.988095:34:48:0:0:35:48:1:0 chr11 122930127 . G GCGAGT 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000225034;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=279.083;QD=13.9591;RBI=0.0604057;REFB=-0.00721485;REVB=-0.0604053;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.620296;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.00409929;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:14:7:14:7:6:1:5:2:45:7:6:1:5:2 chr11 122943802 . T C 213.66 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00189006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.613;QD=15.8265;RBI=0.0229438;REFB=-0.0149502;REVB=0.0228658;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229186;STB=0.516761;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0143584;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:29:19:19:0.351852:8:11:18:12:8:11:16:13 chr11 122955402 . C T 196.54 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0245037;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.835;QD=24.5674;RBI=0.0306788;REFB=-0.0160578;REVB=-0.0184596;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235442;STB=0.63144;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0100598;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:9:4:12:7:9:4 chr11 123596703 . A C 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0172847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.026;QD=32.9726;RBI=0.0175601;REFB=-0.0401475;REVB=0.00309801;RO=11;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155344;STB=0.584683;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0037928;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:12:14:9:2:12:14:9:2 chr11 123600475 . A G 1452.63 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8968;QD=63.1578;RBI=0.0495309;REFB=0;REVB=0.0485174;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361487;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr11 123676413 . G A 243.88 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0261779;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.929;QD=17.4199;RBI=0.0292236;REFB=-0.0150444;REVB=0.0129899;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800512;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0139223;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:26:27:0.482143:16:10:11:17:17:10:12:17 chr11 123753937 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.176;QD=60.0295;RBI=0.0340387;REFB=0;REVB=0.0339987;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129394;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:24:47:0:0:25:47:0:0 chr11 123754844 . T C 954.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.744;QD=58.7614;RBI=0.0349655;REFB=0;REVB=0.030946;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188258;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr11 123756112 . TCTATTTG T 244.54 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0186727;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=273.401;QD=17.4674;RBI=0.0207818;REFB=-0.0165843;REVB=0.00912212;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215846;STB=0.629534;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.0202291;OID=.;OPOS=123756113;OREF=CTATTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482143:27:56:27:56:29:10:17:18:11:99:24:10:17:15:9 chr11 123777497 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.615;QD=57.6806;RBI=0.0470197;REFB=0;REVB=0.0169149;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545478;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr11 123777536 . G A 749.72 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6316;QD=61.2015;RBI=0.0960516;REFB=-0.152353;REVB=0.0827797;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00820187;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:49:1:1:47:48:0.979592:24:23:1:0:24:24:1:0 chr11 123777986 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.397;QD=60.2046;RBI=0.0395336;REFB=0;REVB=0.0143973;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50934e-05;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr11 123778031 . G A 798.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.251;QD=57.0362;RBI=0.0108119;REFB=0;REVB=0.0106695;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30867e-05;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:34:20:0:0:34:22:0:0 chr11 123778173 . T G 176.1 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0277;QD=46.9587;RBI=0.191252;REFB=0;REVB=0.0379559;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101356;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:5:10:0:0 chr11 123811013 . G A 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00724413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.598;QD=23.3504;RBI=0.0157067;REFB=-0.028269;REVB=-0.0139364;RO=27;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762218;STB=0.541982;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0217731;OID=.;OPOS=123811013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:13:24:15:12:13:24:15:12 chr11 123811344 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9801;QD=51.183;RBI=0.0549562;REFB=0;REVB=0.00590583;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001497;OID=.;OPOS=123811344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr11 123813795 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0144084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.815;QD=14.3344;RBI=0.0288736;REFB=-0.0156119;REVB=-0.0250217;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0288538;OID=.;OPOS=123813795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:10:16:11:6:10:16 chr11 123814261 . G A 415.35 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.014768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.207;QD=19.3186;RBI=0.0335737;REFB=0.00253387;REVB=0.0301513;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209082;STB=0.511622;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00262009;OID=.;OPOS=123814261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:21:21:23:21:21:21:23:21 chr11 123814356 . G A 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0133448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7049;QD=21.3968;RBI=0.027089;REFB=0.0023278;REVB=-0.0235739;RO=28;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629295;STB=0.534863;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00259387;OID=.;OPOS=123814356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:23:11:11:17:23:11:11:17 chr11 123814478 . A G 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00373844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.105;QD=17.4122;RBI=0.0187016;REFB=-0.00701855;REVB=-0.0183241;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285333;STB=0.663091;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00833967;OID=.;OPOS=123814478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:14:9:13:6:14:9 chr11 123814555 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0177769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0568;QD=16.4544;RBI=0.0597452;REFB=0.00193275;REVB=-0.0570392;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00834263;OID=.;OPOS=123814555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:3:1:5:1:3:1 chr11 123847473 . A G 170.2 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0108599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7684;QD=17.0204;RBI=0.012242;REFB=-0.0116476;REVB=0.00565074;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00766326;OID=.;OPOS=123847473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:11:11:8:10:11:11 chr11 123848121 . T C 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0545402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5239;QD=7.83413;RBI=0.0609013;REFB=0.0263025;REVB=-0.0270986;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388841;STB=0.761037;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0636083;OID=.;OPOS=123848121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:14:16:7:7:0.304348:1:6:8:6:1:6:9:7 chr11 123848212 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00264139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.075;QD=15.7382;RBI=0.00673017;REFB=-0.0112103;REVB=-0.00619017;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926442;STB=0.552203;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0131717;OID=.;OPOS=123848212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:22:14:14:15:22:14 chr11 123886307 . CA CG,TG 1634.0 PASS AF=0.522124,0.477876;AO=58,54;DP=114;FAO=59,54;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=29,22;FSAR=30,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619105,0.0371378;FXX=0.00877116;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.393,64.6157;QD=57.8407;RBI=0.0663362,0.0430266;REFB=0,0;REVB=0.0238241,0.0217273;RO=0;SAF=28,22;SAR=30,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.64875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0293038,-0.022757;OID=.,.;OPOS=123886308,123886307;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:114:113:0:0:58,54:59,54:0.522124,0.477876:30,32:28,22:0:0:30,32:29,22:0:0 chr11 123886681 . A G 758.86 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.039296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3732;QD=53.2535;RBI=0.0460715;REFB=-0.105039;REVB=-0.0240501;RO=2;SAF=36;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.513509;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00294049;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:19:36:2:0:19:36:2:0 chr11 123886717 . G A 85.1 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0233269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.681;QD=6.54589;RBI=0.0233416;REFB=-0.00652412;REVB=0.000828763;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078491;STB=0.575213;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0303381;OID=.;OPOS=123886717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:40:40:11:12:0.230769:4:7:23:17:4:8:23:17 chr11 123886822 . C T 480.77 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00428254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.33;QD=20.2427;RBI=0.00487334;REFB=-0.0190236;REVB=-0.00232579;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192505;STB=0.505616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0228249;OID=.;OPOS=123886822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:47:47:0.494737:25:22:23:24:25:22:23:25 chr11 123886865 . T A 1606.6 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6761;QD=60.0597;RBI=0.0810091;REFB=0;REVB=0.0534589;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709588;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr11 123886984 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.466;QD=63.1954;RBI=0.0232014;REFB=0;REVB=-0.0216801;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85894e-05;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr11 123887164 . A C 556.78 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000309799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.965;QD=60.1924;RBI=0.03198;REFB=0;REVB=-0.0319785;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177735;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 123887184 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.533;QD=57.6805;RBI=0.0260736;REFB=0;REVB=0.0068316;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112244;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr11 123893745 . C T 589.91 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.012705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8226;QD=20.1678;RBI=0.0143365;REFB=-0.0163715;REVB=0.00664216;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826389;STB=0.545543;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0157707;OID=.;OPOS=123893745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:34:26:30:27:34:26:30:27 chr11 123893904 . C T 153.56 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0915757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.737;QD=21.9368;RBI=0.0916246;REFB=-0.0205313;REVB=-0.00299483;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159532;STB=0.590785;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0132611;OID=.;OPOS=123893904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:4:8:13:3:4:8 chr11 123894119 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00703988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.819;QD=16.8982;RBI=0.0072107;REFB=0.00371896;REVB=-0.00156021;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00690143;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:6:3:3:7:6:3 chr11 123894136 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.612;QD=57.6801;RBI=0.0215144;REFB=0;REVB=-0.00210379;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114164;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr11 123894234 . A G 466.2 PASS AF=0.480769;AO=48;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00918678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=17.9307;RBI=0.00943619;REFB=-0.0129864;REVB=-0.00215516;RO=54;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09008;STB=0.548714;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0128291;OID=.;OPOS=123894234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:54:54:48:50:0.480769:25:23:31:23:26:24:31:23 chr11 123894246 . A G 496.01 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0137921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6897;QD=17.8741;RBI=0.0146099;REFB=-0.0133508;REVB=0.00481951;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143564;STB=0.569371;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0208244;OID=.;OPOS=123894246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:58:53:53:0.477477:29:24:33:21:29:24:34:24 chr11 123894317 . G T 605.8 PASS AF=0.473684;AO=60;DP=131;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.014118;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.049;QD=18.2194;RBI=0.0152061;REFB=-0.00353342;REVB=0.00564869;RO=71;SAF=26;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722811;STB=0.536901;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00406155;OID=.;OPOS=123894317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:71:70:60:63:0.473684:34:26:36:35:35:28:36:34 chr11 123894329 . C G 482.67 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0168768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.421;QD=16.0889;RBI=0.0200757;REFB=-0.0120713;REVB=-0.0108723;RO=67;SAF=25;SAR=28;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654675;STB=0.536587;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0114822;OID=.;OPOS=123894329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:28:25:36:31:28:25:36:31 chr11 123894402 . A G 219.39 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0151223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1053;QD=12.1884;RBI=0.0611181;REFB=-0.0228168;REVB=0.0592177;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322712;STB=0.53235;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0486671;OID=.;OPOS=123894402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:45:27:27:0.375:14:13:22:21:14:13:24:21 chr11 123894556 . A G 165.95 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0115531;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.209;QD=17.9408;RBI=0.0329057;REFB=0.005091;REVB=-0.0308109;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0064681;OID=.;OPOS=123894556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:19:17:18:0.486486:9:8:6:10:9:9:8:11 chr11 123900694 . A G 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0104209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.083;QD=18.5401;RBI=0.0285382;REFB=-0.0296346;REVB=-0.0265676;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426559;STB=0.53616;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0314873;OID=.;OPOS=123900694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:35:34:34:0.492754:19:15:13:20:19:15:13:22 chr11 123900916 . C T 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0110432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.971;QD=14.8151;RBI=0.0158156;REFB=0.000435145;REVB=-0.0113217;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135327;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.000560845;OID=.;OPOS=123900916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:18:21:16:13:18:21 chr11 123909099 . G T 368.38 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00592094;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.622;QD=13.7711;RBI=0.00780401;REFB=-0.00809305;REVB=-0.0050838;RO=62;SAF=22;SAR=20;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590149;STB=0.548784;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.010421;OID=.;OPOS=123909099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:62:64:42:43:0.401869:20:22:29:33:20:23:29:35 chr11 123909627 . T C 526.63 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00331862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.286;QD=56.9325;RBI=0.0259275;REFB=-0.0901127;REVB=0.0257142;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00152035;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:0:1:11:25:0:1 chr11 123909637 . G T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00348051;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.688;QD=18.8289;RBI=0.0408356;REFB=-0.00492585;REVB=-0.040687;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259733;STB=0.648489;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00401811;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:11:11:5:15:11:11 chr11 123909695 . G C 724.1 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00532854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.109;QD=54.6488;RBI=0.103841;REFB=-0.0797029;REVB=0.103704;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000706096;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:0:1:25:27:0:1 chr11 124095414 . C G 2474.53 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.19;QD=61.479;RBI=0.0318153;REFB=0;REVB=0.0243184;RO=0;SAF=91;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24732e-05;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:70:91:0:0:70:91:0:0 chr11 124095525 . T C 1630.86 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.853;QD=58.7696;RBI=0.0384893;REFB=-0.145131;REVB=0.0106611;RO=1;SAF=79;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597135;STB=0.508195;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00065014;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:108:110:0.990991:29:79:1:0:30:80:0:1 chr11 124095647 . A C 1603.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4311;QD=64.1395;RBI=0.0668951;REFB=0;REVB=0.017106;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576733;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr11 124096122 . G A 263.02 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00413556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5376;QD=47.8211;RBI=0.0593275;REFB=-0.130285;REVB=-0.0591832;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00732178;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:15:6:0:0:15:6:0:1 chr11 124096195 . G A 156.22 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0618453;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5402;QD=41.6576;RBI=0.0620302;REFB=-0.157663;REVB=-0.00478601;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0129781;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:0:1:6:8:0:1 chr11 124096247 . G A 401.07 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00609135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.274;QD=53.4764;RBI=0.00996166;REFB=-0.196019;REVB=0.00788228;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000866391;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr11 124120821 . T C 1144.36 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.789;QD=59.4474;RBI=0.13436;REFB=0;REVB=0.13204;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066075;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:1:0:75:77:1:37:38:0:1:39:38:0:0 chr11 124252422 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.331;QD=59.0187;RBI=0.0160119;REFB=0;REVB=0.0113072;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31248e-08;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr11 124252718 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.195;QD=46.8455;RBI=0.026475;REFB=0;REVB=-0.0194041;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000592852;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 124252750 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.962;QD=39.2062;RBI=0.0139694;REFB=0;REVB=0.00426407;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116935;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 124252892 . A G 262.64 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5874;QD=47.7527;RBI=0.0427565;REFB=0.0127061;REVB=0.0310239;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00342104;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr11 124253100 . G A 70.37 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0203633;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.951;QD=2.78694;RBI=0.0242669;REFB=-0.000478032;REVB=-0.0131991;RO=88;SAF=8;SAR=6;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130596;STB=0.595371;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0171557;OID=.;OPOS=124253100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:102:101:88:87:14:14:0.138614:6:8:41:47:6:8:40:47 chr11 124253147 . A G 766.12 PASS AF=0.711111;AO=61;DP=87;FAO=64;FDP=90;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.013328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0729;QD=34.0497;RBI=0.0202767;REFB=-0.0364999;REVB=0.015281;RO=26;SAF=23;SAR=38;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1564;STB=0.587786;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0149287;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:26:26:61:64:0.711111:38:23:17:9:41:23:17:9 chr11 124253161 . G A 609.15 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0480598;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2674;QD=30.4576;RBI=0.0626074;REFB=0.00139128;REVB=-0.0401242;RO=26;SAF=22;SAR=31;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993736;STB=0.547999;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00171496;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:27:53:53:0.6625:31:22:15:11:31:22:15:12 chr11 124253170 . G A 566.82 PASS AF=0.666667;AO=49;DP=74;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0155501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.735;QD=30.2304;RBI=0.015592;REFB=-0.0135031;REVB=0.00114184;RO=25;SAF=20;SAR=29;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.560362;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00674642;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:25:25:49:50:0.666667:29:20:15:10:29:21:15:10 chr11 124253181 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.538;QD=58.4195;RBI=0.0251366;REFB=0;REVB=0.019204;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010745;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr11 124266906 . C T 468.27 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0251055;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.969;QD=48.0272;RBI=0.0254639;REFB=-0.0217136;REVB=0.00425762;RO=5;SAF=11;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206541;STB=0.511105;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00660503;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:41:39:5:5:34:34:0.871795:23:11:2:3:23:11:2:3 chr11 124266912 . A G 444.57 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0442733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.497;QD=46.7973;RBI=0.0459158;REFB=-0.0492651;REVB=0.0121713;RO=5;SAF=10;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277145;STB=0.514916;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00618284;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:38:38:5:5:33:33:0.868421:23:10:2:3:23:10:2:3 chr11 124440362 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.329;QD=53.9104;RBI=0.0495405;REFB=0;REVB=0.0347838;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776955;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 124440617 . C T 901.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.915;QD=58.1745;RBI=0.0100468;REFB=0;REVB=0.00623776;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62007e-06;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:35:24:0:0:37:25:0:0 chr11 124493199 . C A 1718.3 PASS AF=0.897059;AO=121;DP=135;FAO=122;FDP=136;FR=.;FRO=14;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0293633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.531;QD=50.5381;RBI=0.0293922;REFB=-0.0404559;REVB=0.00130322;RO=14;SAF=67;SAR=54;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606588;STB=0.531491;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000957582;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:135:136:14:14:121:122:0.897059:54:67:12:2:54:68:12:2 chr11 124742365 . G A 288.48 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.000264619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.443;QD=16.2525;RBI=0.0546019;REFB=-0.00909815;REVB=0.0546012;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162102;STB=0.59134;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0141669;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:20:12:21:18:20:12:21:18 chr11 124747837 . G A 363.74 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00754554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.805;QD=18.417;RBI=0.0321119;REFB=0.00791456;REVB=0.0312128;RO=41;SAF=13;SAR=25;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293326;STB=0.663484;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0100165;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:25:13:27:14:25:13:27:14 chr11 124750447 . CCGGAGTCGGAGT CCGGAGT,CCGGAGTCAGAGC 98.47 PASS AF=0.375,0.125;AO=10,2;DP=24;FAO=9,3;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5,2;FSAR=4,1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00474708,0.0106916;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,5;MLLD=165.5,205.17;QD=16.412;RBI=0.044,0.0109489;REFB=-0.0136461,-0.00246857;REVB=-0.0437432,-0.0023595;RO=11;SAF=6,1;SAR=4,1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.286528,0.246437;STB=0.669755,0.798401;STBP=0.221,0.444;TYPE=del,mnp;VARB=0.0201411,-0.0127325;OID=.,.;OPOS=124750448,124750455;OREF=CGGAGT,GGAGT;OALT=-,AGAGC;OMAPALT=CCGGAGT,CCGGAGTCAGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.125:10,2:24:9,3:24:12:5,2:4,1:3:9:72:11:6,1:4,1:3:8 chr11 124766128 . A G 594.55 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=140;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0160048;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.367;QD=17.1092;RBI=0.0433512;REFB=-0.0100837;REVB=-0.0402887;RO=73;SAF=24;SAR=37;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101581;STB=0.513775;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0113224;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:73:77:61:62:0.446043:37:24:28:45:38:24:28:49 chr11 124767067 . T C 166.97 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00502408;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.346;QD=30.3578;RBI=0.00688667;REFB=-0.0135919;REVB=0.00471008;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524228;STB=0.529034;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00126087;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:6:6:16:16:0.727273:7:9:4:2:7:9:4:2 chr11 124767125 . G A 85.55 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0205481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5803;QD=20.1298;RBI=0.0257433;REFB=-0.0385833;REVB=0.0155079;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00578248;OID=.;OPOS=124767125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr11 124789755 . T C 1084.9 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130992;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.093;QD=60.2723;RBI=0.0134331;REFB=0;REVB=0.00297644;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50334e-05;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr11 124793682 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0311976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.453;QD=11.2669;RBI=0.0316577;REFB=-0.0190452;REVB=-0.00537806;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141633;STB=0.582651;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0332067;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:19:17:12:8:19:17 chr11 124794712 . C T 436.38 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0258207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0287;QD=21.2868;RBI=0.0275324;REFB=0.00678404;REVB=-0.00955658;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430801;STB=0.523798;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00543045;OID=.;OPOS=124794712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:18:21:21:22:18:21 chr11 124857708 . G A 356.29 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0083932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.609;QD=30.3228;RBI=0.0256925;REFB=0.00878382;REVB=-0.0242828;RO=16;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15843;STB=0.566625;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00363175;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:10:20:14:2:10:20:14:3 chr11 124862514 . A G 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0664268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0551;QD=17.5584;RBI=0.0671726;REFB=-0.00190591;REVB=0.00998182;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207333;STB=0.61785;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00506329;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:7:14:8:10:7:14 chr11 124863136 . C A 431.59 PASS AF=0.460674;AO=37;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0429965;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.093;QD=19.3971;RBI=0.0431426;REFB=-0.0401033;REVB=-0.00354654;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566969;STB=0.518993;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.044538;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:34:42:37:41:0.460674:14:23:19:15:18:23:22:20 chr11 124908352 . T C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0182245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.06;QD=15.6493;RBI=0.0287056;REFB=-0.0048071;REVB=0.0221783;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.586098;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00614604;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:9:11:6:10:10:11 chr11 124947149 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.203;QD=56.9378;RBI=0.0451657;REFB=0;REVB=0.0235124;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125801;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr11 124947396 . A G 731.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010013;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.821;QD=63.6126;RBI=0.0149355;REFB=0;REVB=-0.011082;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231687;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 124955032 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8016;QD=59.0176;RBI=0.100383;REFB=0;REVB=0.0999292;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938449;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 124972208 . A G 676.9 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00354759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.9;QD=60.1692;RBI=0.018162;REFB=0.00622539;REVB=-0.0178121;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-9.65334e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:24:19:0:1:25:19:0:1 chr11 124972518 . A G 945.54 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5896;QD=58.1868;RBI=0.0507273;REFB=0;REVB=0.0481394;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034253;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:24:39:0:0:25:40:0:0 chr11 124972522 . T C 928.95 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122466;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.573;QD=58.0595;RBI=0.0374168;REFB=0;REVB=0.0353558;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273278;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:25:37:0:0:26:38:0:0 chr11 125003004 . A G 187.9 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0283366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.624;QD=18.332;RBI=0.0283434;REFB=-0.0270407;REVB=-0.000622334;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229316;STB=0.656992;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0242787;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:21:19:20:0.487805:8:11:6:13:8:12:6:15 chr11 125009370 . C A 375.7 PASS AF=0.42;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0170349;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.288;QD=15.028;RBI=0.018109;REFB=-0.00980845;REVB=-0.00614397;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106599;STB=0.559972;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0162581;OID=.;OPOS=125009370;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:58:42:42:0.42:21:21:35:23:21:21:35:23 chr11 125301587 . T C 1491.51 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.104;QD=63.4684;RBI=0.0351297;REFB=0;REVB=-0.0289554;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71884e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:33:61:0:0:33:61:0:0 chr11 125443429 . T C 525.01 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00420427;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.344;QD=26.5826;RBI=0.015699;REFB=0.0147629;REVB=0.0151255;RO=32;SAF=20;SAR=28;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785728;STB=0.511978;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00954564;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:32:31:48:48:0.607595:28:20:13:19:28:20:12:19 chr11 125443473 . A C 303.46 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.056307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4009;QD=22.0697;RBI=0.0568036;REFB=-0.0152581;REVB=0.00749492;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172612;STB=0.509548;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0167711;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:9:15:20:11:9:15 chr11 125452300 . A AC 584.15 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=57;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379836;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.4898;QD=42.4837;RBI=0.0450802;REFB=-0.0475491;REVB=-0.0242791;RO=7;SAF=27;SAR=23;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040499;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.00187715;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981818:50:57:54:55:1:30:24:1:0:7:7:27:23:5:2 chr11 125452313 . A G 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0156633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.109;QD=10.4736;RBI=0.0224956;REFB=-0.0084795;REVB=-0.0161467;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742884;STB=0.54368;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0202494;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:19:18:8:11:19:18 chr11 125479363 . G A 1574.66 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.986;QD=58.8659;RBI=0.0300375;REFB=-0.0712981;REVB=-0.0274975;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887078;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.52709e-05;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:53:53:1:0:53:53:1:0 chr11 125479496 . C T 1821.56 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.547;QD=61.229;RBI=0.0197723;REFB=0;REVB=-0.00235942;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3706e-05;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:56:63:0:0:56:63:0:0 chr11 125525195 . A G 1845.47 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947211;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.408;QD=61.0073;RBI=0.0119246;REFB=0;REVB=-0.00724399;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17481e-06;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:62:57:0:0:64:57:0:0 chr11 125617610 . A G 938.08 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.339;QD=58.6298;RBI=0.037899;REFB=0;REVB=-0.0119089;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76725e-05;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr11 125648503 . G A 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.217;QD=58.9605;RBI=0.0530124;REFB=0;REVB=0.0111424;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153909;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr11 125708198 . C T 478.71 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000715302;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.928;QD=58.0258;RBI=0.0228089;REFB=0;REVB=0.0227977;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005401;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:9:22:0:0:10:23:0:0 chr11 125766044 . C A 804.36 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346302;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.591;QD=57.4544;RBI=0.0398103;REFB=0;REVB=-0.0196371;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33529e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr11 125766173 . A C 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.024;QD=64.4034;RBI=0.047945;REFB=0;REVB=0.0337234;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171594;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr11 125810714 . T C 152.39 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0442356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.235;QD=21.0194;RBI=0.0596245;REFB=-0.0373474;REVB=0.0399786;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0362409;OID=.;OPOS=125810714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:8:5:8:8:8:5 chr11 125810721 . G A 138.9 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0208949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.08;QD=19.843;RBI=0.0209529;REFB=-0.0328995;REVB=0.00155838;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0202025;OID=.;OPOS=125810721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:8:5:7:8:8:5 chr11 125812875 . G A 436.65 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0381063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2563;QD=18.7807;RBI=0.0845075;REFB=0.0017391;REVB=0.0754283;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164885;STB=0.509186;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000294968;OID=.;OPOS=125812875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:22:27:25:19:22:27 chr11 125813527 . G A 415.68 PASS AF=0.512195;AO=37;DP=80;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.0144899;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.133;QD=20.277;RBI=0.0166889;REFB=-0.0132829;REVB=0.00828018;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193105;STB=0.601508;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0130387;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:42:40:37:42:0.512195:18:19:30:12:19:23:30:10 chr11 125825708 . A G 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0159978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.519;QD=18.6367;RBI=0.0164788;REFB=-0.00432625;REVB=-0.00395201;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00523766;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:6:10:11:5:6:10 chr11 125830970 . A T 817.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.299;QD=57.3443;RBI=0.0293277;REFB=0;REVB=0.0243691;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012378;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr11 125848261 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0166315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.105;QD=11.3693;RBI=0.0174583;REFB=-0.00343341;REVB=-0.00530903;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.578172;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0057012;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:11:8:6:5:11:8 chr11 125871735 . C T 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0126411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.54;QD=13.6059;RBI=0.0233152;REFB=-0.00335838;REVB=-0.0195908;RO=63;SAF=20;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134078;STB=0.575777;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00446978;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:22:20:38:25:22:20:38:25 chr11 125885001 . C A 281.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0126642;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.532;QD=16.5826;RBI=0.107823;REFB=-0.000725086;REVB=-0.107077;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14223;STB=0.580294;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=2.18416e-05;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:10:21:20:17:10:21:20:17 chr11 125889526 . C T 339.63 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=8;FWDB=0.0154086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4886;QD=14.7663;RBI=0.03983;REFB=-0.014705;REVB=0.0367288;RO=54;SAF=27;SAR=10;SRF=46;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179563;STB=0.594811;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0221304;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:10:27:46:8:10:28:46:8 chr11 125891269 . C T 438.3 PASS AF=0.473118;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0038747;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.549;QD=18.8517;RBI=0.0063702;REFB=0.00754401;REVB=0.0050563;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949466;STB=0.562869;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00743076;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:42:44:0.473118:19:23:22:27:19:25:22:27 chr11 126074192 . A G 1027.32 PASS AF=0.880952;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=84;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0229214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1634;QD=48.9198;RBI=0.0257479;REFB=-0.169425;REVB=-0.0117287;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132722;STB=0.510306;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0210622;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:84:84:3:10:74:74:0.880952:36:38:1:2:36:38:6:4 chr11 126081403 . T C 1157.62 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528943;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.274;QD=60.9276;RBI=0.00533559;REFB=0;REVB=-0.00070029;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94763e-06;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr11 126139100 . T C 710.22 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.88;QD=54.6321;RBI=0.064973;REFB=-0.145023;REVB=0.0627389;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00240585;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:0:1:23:28:0:1 chr11 126139255 . A T 302.72 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0141055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.114;QD=17.0546;RBI=0.033441;REFB=-0.0188693;REVB=-0.0303206;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289656;STB=0.516232;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0270689;OID=.;OPOS=126139255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:23:15:14:19:23:15 chr11 126139313 . T A 840.03 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00687002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1405;QD=51.694;RBI=0.00716692;REFB=-0.195518;REVB=0.00204147;RO=3;SAF=31;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043513;STB=0.530293;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0136907;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:64:65:3:4:61:61:0.938462:30:31:3:0:30:31:4:0 chr11 126174164 . C T 943.85 PASS AF=1;AO=53;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9334;QD=58.0833;RBI=0.138051;REFB=0;REVB=0.13739;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044956;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:53:65:1:24:29:0:0:33:32:0:0 chr11 126176578 . G A 1043.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.298;QD=59.6113;RBI=0.0144465;REFB=0;REVB=-0.0124544;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44351e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr11 126228403 . G C 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00118155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.257;QD=19.6088;RBI=0.00380781;REFB=-0.0123051;REVB=-0.00361985;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124675;STB=0.569386;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0128927;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:21:22:27:15:21:22 chr11 126277216 . C T 1046.28 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188178;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.622;QD=59.7873;RBI=0.0174872;REFB=0;REVB=-0.0173857;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.079e-05;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr11 126278075 . C T 758.44 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.875;QD=61.9135;RBI=0.0373624;REFB=-0.0722802;REVB=0.00651213;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811625;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:36:13:0:0 chr11 126294817 . G A 397.21 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045225;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5422;QD=56.7436;RBI=0.0851426;REFB=0;REVB=0.0721384;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101424;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 126310082 . A T 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00515173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.273;QD=14.9036;RBI=0.0242225;REFB=-0.0243708;REVB=-0.0236683;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968786;STB=0.516117;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0252399;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:16:10:13:20:16:10:14:20 chr11 126391297 . T G 258.26 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0161465;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.053;QD=16.1412;RBI=0.0164026;REFB=-0.0102332;REVB=0.0028872;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113467;STB=0.563866;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00941583;OID=.;OPOS=126391297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:21:14:15:14:21:14 chr11 126865297 . C T 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00435354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.795;QD=17.923;RBI=0.0261316;REFB=0.0114904;REVB=-0.0257664;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599171;STB=0.53352;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0139502;OID=.;OPOS=126865297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:15:25:26:20:15:25:26:20 chr11 127277853 . G A 714.56 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0248807;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9616;QD=23.6218;RBI=0.0345198;REFB=-0.020658;REVB=0.0239285;RO=50;SAF=30;SAR=38;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460532;STB=0.521818;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0222454;OID=.;OPOS=127277853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:50:53:68:68:0.561983:38:30:25:25:38:30:26:27 chr11 128328913 . G A 547.79 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.044123;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3246;QD=23.0647;RBI=0.044613;REFB=-0.0396079;REVB=-0.00659375;RO=44;SAF=24;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328246;STB=0.51805;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0234124;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:44:44:51:51:0.536842:27:24:19:25:27:24:19:25 chr11 128328959 . C T 366.27 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0191613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.637;QD=16.2785;RBI=0.0439895;REFB=-0.0287234;REVB=-0.039597;RO=51;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154018;STB=0.508666;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0390817;OID=.;OPOS=128328959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:22:17:23:28:22:17:23:28 chr11 128333503 . T C 635.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408168;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2052;QD=62.0287;RBI=0.0559636;REFB=0;REVB=0.0382873;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126818;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 128781339 . T C 1453.49 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.695;QD=63.195;RBI=0.0264584;REFB=0;REVB=0.0180004;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49623e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:47:44:0:0:48:44:0:0 chr11 128781978 . T G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000163332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3423;QD=60.6025;RBI=0.0270329;REFB=0;REVB=-0.0270324;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047572;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr11 128782002 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.929;QD=60.6084;RBI=0.0397278;REFB=0;REVB=0.0397091;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018224;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 128782012 . C G 724.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.361;QD=62.9606;RBI=0.0200093;REFB=0;REVB=-0.0194359;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53451e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr11 128787554 . C T 353.74 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6284;QD=54.4217;RBI=0.143589;REFB=0;REVB=0.0173351;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022679;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr11 128805548 . G A 384.26 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0154985;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5892;QD=22.276;RBI=0.019528;REFB=0.00514743;REVB=0.0118802;RO=29;SAF=26;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114539;STB=0.567078;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00356625;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:29:31:38:38:0.550725:12:26:16:13:12:26:17:14 chr11 128805557 . T C 423.2 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0103619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.162;QD=23.8424;RBI=0.0324916;REFB=-0.0189215;REVB=0.0307951;RO=30;SAF=29;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149973;STB=0.582647;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00880616;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:12:29:16:14:12:29:16:14 chr11 128814046 . C T 556.88 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00112135;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.551;QD=18.8772;RBI=0.00446653;REFB=-0.012823;REVB=0.00432348;RO=61;SAF=34;SAR=23;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375691;STB=0.536668;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0129367;OID=.;OPOS=128814046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:61:60:57:58:0.491525:23:34:34:27:23:35:32:28 chr11 128842873 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00935853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=378.336;QD=22.5346;RBI=0.0094538;REFB=-0.0107489;REVB=-0.00133872;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350803;STB=0.698696;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00706204;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:4:15:6:9:4:15:6:9 chr11 128868239 . T C 451.5 PASS AF=0.466667;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00233651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.692;QD=17.2001;RBI=0.00326565;REFB=-0.00964692;REVB=0.00228149;RO=56;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129035;STB=0.56509;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00857155;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:48:49:0.466667:21:27:24:32:22:27:24:32 chr11 129072915 . C G 463.39 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00506415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.782;QD=52.9586;RBI=0.0307456;REFB=0.0489713;REVB=0.0303256;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491206;STB=0.5263;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00254341;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:18:15:0:2:18:15:0:2 chr11 129312660 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5431;QD=57.1051;RBI=0.0783679;REFB=0;REVB=-0.00746891;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809387;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr11 129321066 . C T 107.15 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0126298;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.147;QD=11.5838;RBI=0.0200715;REFB=-0.0104297;REVB=-0.0155998;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290827;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209909;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:10:13:7:6:11:13 chr11 129321818 . T G 134.26 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237002;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6083;QD=44.7541;RBI=0.0800367;REFB=0;REVB=-0.0764472;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128131;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:1:11:0:0 chr11 129722553 . C T 174.21 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0107455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4812;QD=19.3562;RBI=0.0127554;REFB=-0.0026069;REVB=0.00687277;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414132;STB=0.738336;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00311848;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:15:3:10:8:15:3:10:8 chr11 129746707 . G T 350.49 PASS AF=0.4;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=14;FWDB=-0.00515495;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.85;QD=14.0195;RBI=0.00964185;REFB=-0.00824275;REVB=0.00814812;RO=59;SAF=12;SAR=28;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463323;STB=0.763037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0243949;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:59:60:40:40:0.4:28:12:45:14:28:12:46:14 chr11 129754643 . CA C,CG 416.46 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=5,25;DP=30;FAO=5,25;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700322,0.00653092;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.517,264.007;QD=55.5284;RBI=0.01611,0.00657595;REFB=0,0;REVB=0.0145082,0.000768252;RO=0;SAF=3,12;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00840976,0.000782493;OID=.,.;OPOS=129754644,129754644;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:5,25:30:5,25:30:0:3,12:2,13:0:0:23:0:3,12:2,13:0:0 chr11 129758327 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00870633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.679;QD=17.5011;RBI=0.00991242;REFB=0.0032546;REVB=-0.00473876;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131991;STB=0.574018;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00205728;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:10:18:13:13:10:18 chr11 129775599 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0383775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9825;QD=25.3678;RBI=0.0384294;REFB=0.0134922;REVB=-0.00199599;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519436;STB=0.528898;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00987798;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:7:7:12:9:7:7 chr11 129785615 . C T 441.99 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00850412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.874;QD=31.0166;RBI=0.00853349;REFB=-0.0308953;REVB=0.000707468;RO=17;SAF=21;SAR=19;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126519;STB=0.568525;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0124952;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:19:21:5:12:19:21:5:12 chr11 129794950 . T C 431.33 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.028069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6572;QD=25.7511;RBI=0.0434306;REFB=-0.00895426;REVB=0.0331413;RO=26;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028848;STB=0.515766;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00831819;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:22:19:11:15:22:19:11:15 chr11 129801043 . C T 1103.68 PASS AF=0.559783;AO=103;DP=184;FAO=103;FDP=184;FR=.;FRO=81;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00721193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5988;QD=23.993;RBI=0.0144023;REFB=-0.000757167;REVB=0.0124666;RO=80;SAF=56;SAR=47;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105131;STB=0.559812;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000624545;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:80:81:103:103:0.559783:47:56:33:47:47:56:33:48 chr11 129801124 . T C 588.05 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00455064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.25;QD=19.9338;RBI=0.00535721;REFB=-0.0136273;REVB=0.00282691;RO=58;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18137;STB=0.5998;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0142727;OID=.;OPOS=129801124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:27:33:20:38:27:33:20:38 chr11 130066334 . A AT 131.54 PASS AF=1;AO=4;DP=20;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214285;FXX=0.249875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.6148;QD=35.0771;RBI=0.0774443;REFB=0;REVB=0.0744207;RO=15;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00630618;OID=.;OPOS=130066335;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:20:15:15:0:14:1:0:0:3:15:3:1:11:4 chr11 130066335 . C G,T 248.99 PASS AF=0.2,0.8;AO=4,15;DP=19;FAO=4,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440612,0.000869212;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.9791,68.2444;QD=49.7981;RBI=0.0513322,0.0241145;REFB=0,0;REVB=-0.0263365,0.0240989;RO=0;SAF=3,11;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15788,0.00633174;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:19:20:0:0:4,15:4,16:0.2,0.8:1,4:3,11:0:0:1,4:3,12:0:0 chr11 130078470 . G A 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00211651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.555;QD=14.3325;RBI=0.0069734;REFB=-0.00901019;REVB=-0.00664445;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205213;STB=0.617521;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0124125;OID=.;OPOS=130078470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:6:20:10:7:6:20 chr11 130271678 . T G 746.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.328;QD=63.5643;RBI=0.0440375;REFB=0;REVB=0.0400377;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312688;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr11 130275458 . G A 142.62 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0553409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4785;QD=14.6281;RBI=0.058205;REFB=-0.0304172;REVB=-0.0180337;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.51722;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0367346;OID=.;OPOS=130275458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:23:15:16:0.410256:5:10:12:7:6:10:15:8 chr11 130281488 . G A 494.07 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.488;QD=58.1254;RBI=0.0793513;REFB=0;REVB=0.0386596;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103259;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr11 130340962 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.983;QD=63.6142;RBI=0.0435525;REFB=0;REVB=-0.000510421;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91909e-05;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr11 130341225 . TGG TG,TGT 854.63 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=29,6;DP=111;FAO=105,6;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=37,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.05033,0.165389;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.2528,164.609;QD=30.7974;RBI=1.05754,0.165778;REFB=-0.0139665,0.00781921;REVB=0.123346,-0.0113465;RO=67;SAF=3,0;SAR=26,6;SRF=58;SRR=9;SSEN=0.386935,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.770885,-0.779724;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0207886,0.0754617;OID=.,.;OPOS=130341226,130341227;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945946,0.0540541:29,6:111:105,6:111:0:68,0:37,6:0:0:14:67:3,0:26,6:58:9 chr11 130542882 . C T 1457.8 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171584;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.141;QD=62.0339;RBI=0.0172037;REFB=0.0135209;REVB=-0.00124744;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505262;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00011038;OID=.;OPOS=130542882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:46:46:1:0:46:47:1:0 chr11 130750642 . A C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.652;QD=57.5451;RBI=0.0135757;REFB=0;REVB=0.0128031;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79985e-05;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr11 130775688 . C T 1497.62 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.669;QD=62.4009;RBI=0.0464533;REFB=-0.0905031;REVB=0.0161022;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00190169;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:96:0:1:93:95:0.989583:52:41:0:0:52:43:1:0 chr11 130775782 . C T 992.14 PASS AF=0.910256;AO=70;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0113004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.267;QD=50.8789;RBI=0.0262253;REFB=-0.128886;REVB=0.0236658;RO=6;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364738;STB=0.510248;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00146123;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:78:78:6:7:70:71:0.910256:42:28:1:5:43:28:2:5 chr11 130776524 . T C 481.42 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0107065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.363;QD=53.4907;RBI=0.011055;REFB=-0.0610848;REVB=-0.00275414;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00507113;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:18:16:1:0:18:16:2:0 chr11 130776613 . A G 616.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333634;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.664;QD=61.6792;RBI=0.0333713;REFB=0;REVB=0.000727812;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222858;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr11 130780015 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.847;QD=59.3215;RBI=0.0273889;REFB=0;REVB=0.0155549;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34014e-05;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr11 130780225 . C A 1293.98 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0131;QD=58.1566;RBI=0.110977;REFB=-0.127653;REVB=0.0195046;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01112;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:0:85:89:1:49:36:0:0:49:40:0:0 chr11 130784754 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7334;QD=53.2771;RBI=0.0392326;REFB=0;REVB=0.00833517;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113395;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr11 130784971 . C G 610.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=61.0865;RBI=0.0400649;REFB=0;REVB=0.0357311;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409701;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 131531000 . T C 2319.63 PASS AF=0.987342;AO=148;DP=150;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00369805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.893;QD=58.7248;RBI=0.00575811;REFB=0.0193285;REVB=0.00441364;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.500325;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-9.62788e-05;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:150:158:0:2:148:156:0.987342:69:79:0:0:74:82:1:1 chr11 131531015 . T G 2626.82 PASS AF=0.988439;AO=170;DP=173;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.202;QD=60.7358;RBI=0.0233348;REFB=-0.0844022;REVB=-0.00632948;RO=1;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543944;STB=0.505617;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=5.26068e-06;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:173:1:2:170:171:0.988439:87:83:0:1:88:83:0:2 chr11 131531223 . A G 2026.98 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4688;QD=62.3686;RBI=0.0411704;REFB=0;REVB=-0.0181114;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245617;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr11 131531564 . A T 1991.24 PASS AF=0.97037;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0190432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.871;QD=58.9997;RBI=0.0453678;REFB=-0.0437079;REVB=-0.0411776;RO=2;SAF=74;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188558;STB=0.505586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000206481;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:135:135:2:4:131:131:0.97037:57:74:1:1:57:74:3:1 chr11 131531720 . C T 751.88 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00592051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.956;QD=54.6823;RBI=0.0216634;REFB=-0.072042;REVB=-0.0208386;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000490008;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:1:0:20:34:1:0 chr11 132177633 . A C,G 1678.26 PASS AF=0.964602,0.0353982;AO=104,5;DP=110;FAO=109,4;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52,3;FSAR=57,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905976,-0.00995927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=307.862,264.668;QD=59.4075;RBI=0.0114483,0.0136165;REFB=0,0;REVB=0.00699887,0.00928553;RO=0;SAF=49,4;SAR=55,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000756702,0.0275481;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:110:113:0:0:104,5:109,4:0.964602,0.0353982:55,1:49,4:0:0:57,1:52,3:0:0 chr11 132289761 . G A 490.9 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0313689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4126;QD=14.229;RBI=0.0382922;REFB=-0.0186896;REVB=0.0219609;RO=81;SAF=29;SAR=26;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380756;STB=0.501718;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0210761;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:83:55:55:0.398551:26:29:43:38:26:29:44:39 chr11 133714522 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0531989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4983;QD=17.2464;RBI=0.053984;REFB=-0.0050709;REVB=-0.00917317;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417047;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00345892;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:13:14:10:11:13:14 chr11 133788992 . T C 508.12 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0100752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.351;QD=26.0576;RBI=0.028163;REFB=-0.0289031;REVB=-0.0262991;RO=31;SAF=37;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270683;STB=0.649053;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0226096;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:10:37:15:16:10:37:15:16 chr11 133805585 . C T 577.94 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0270748;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.023;QD=24.0807;RBI=0.0284124;REFB=0.000568018;REVB=-0.00861508;RO=41;SAF=26;SAR=27;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075404;STB=0.540621;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000366676;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:43:53:53:0.552083:27:26:24:17:27:26:25:18 chr11 133814191 . A G 334.5 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00685221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.439;QD=12.8655;RBI=0.0120722;REFB=-0.0161994;REVB=0.00993904;RO=64;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111188;STB=0.563187;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0224179;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:19:21:27:37:19:21:27:37 chr11 133815981 . C G 96.34 PASS AF=0.387097;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00860357;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.77;QD=12.4312;RBI=0.0329554;REFB=-0.0191023;REVB=0.0318126;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628668;STB=0.55804;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0315578;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:31:20:19:9:12:0.387097:5:4:9:11:8:4:8:11 chr11 134018656 . T C 443.17 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0158758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.319;QD=22.7265;RBI=0.022064;REFB=-0.0204846;REVB=0.0153225;RO=35;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10559;STB=0.558113;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0194697;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:24:19:20:15:24:19:20:15 chr11 134019919 . TTTAA T,TTA,TTTA,TTTTA 102.55 PASS AF=0.117647,0.647059,0,0;AO=2,5,2,2;DP=19;FAO=2,11,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2,3,0,0;FSAR=0,8,0,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0528978,-0.101523,0.00340316,0.105367;FXX=0.0555247;HRUN=7,7,6,6;LEN=4,2,1,1;MLLD=31.9851,22.4913,11.4168,8.07187;QD=24.1286;RBI=0.0723447,0.1391,0.145725,0.132081;REFB=0.0539949,0.0984772,0.0419641,-0.0468778;REVB=0.0493516,0.0950889,0.145685,0.079644;RO=5;SAF=2,0,0,0;SAR=0,5,2,2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0.355072,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.544828,-0.783108,-0.705406,-0.705406;STB=0.991616,0.639731,0.5,0.5;STBP=0.422,0.131,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.111782,-0.0722972,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=134019920,134019921,134019922,134019922;OREF=TTAA,TA,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=T,TTA,TTTA,TTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.647059,0,0:2,5,2,2:19:2,11,0,0:17:4:2,3,0,0:0,8,0,0:3:1:24:5:2,0,0,0:0,5,2,2:4:1 chr11 134021477 . G T 237.44 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0197841;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.701;QD=15.8293;RBI=0.0199084;REFB=-0.0279153;REVB=-0.00222117;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064566;STB=0.536558;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0180087;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:9:18:20:13:9:18:20:13 chr11 134047243 . T C 614.73 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0123972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1957;QD=18.7704;RBI=0.013548;REFB=0.0156407;REVB=-0.00546428;RO=68;SAF=35;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161328;STB=0.589198;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0203079;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:28:35:26:42:28:35:26:42 chr11 134073019 . A T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0241852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.275;QD=26.5702;RBI=0.0248313;REFB=-0.031504;REVB=0.00562729;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254731;STB=0.642612;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00622941;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:4:0:6:5:4:0 chr11 134151975 . G C 582.89 PASS AF=0.451852;AO=60;DP=137;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00206532;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.355;QD=17.2709;RBI=0.0181405;REFB=-0.0121379;REVB=0.0180225;RO=74;SAF=34;SAR=26;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000908609;STB=0.528353;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0143376;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:74:74:60:61:0.451852:26:34:42:32:27:34:45:29 chr11 134182375 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.102;QD=60.2045;RBI=0.0597867;REFB=0;REVB=0.0577127;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014822;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr11 134244123 . C G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0113146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.761;QD=19.0784;RBI=0.0200609;REFB=-0.0170006;REVB=0.0165655;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127961;STB=0.571383;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0164355;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:16:15:20:12:16:15 chr12 89710 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0119411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.416;QD=15.2589;RBI=0.0629248;REFB=0.00708325;REVB=0.0617814;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51636;STB=0.79926;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00199665;OID=.;OPOS=89710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:6:0:5:2:6:0 chr12 90902 . C T 1959.24 PASS AF=0.7;AO=159;DP=228;FAO=161;FDP=230;FR=.;FRO=69;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0643319;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.979;QD=34.0738;RBI=0.0653642;REFB=-0.026545;REVB=0.0115711;RO=68;SAF=76;SAR=83;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028944;STB=0.511228;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0124097;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:68:69:159:161:0.7:83:76:29:39:85:76:30:39 chr12 92119 . T C 253.88 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0892288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.683;QD=21.6069;RBI=0.096663;REFB=-0.0230062;REVB=-0.0371747;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172364;STB=0.596932;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0171625;OID=.;OPOS=92119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:12:11:16:8:12:11 chr12 92991 . C G 462.29 PASS AF=0.72;AO=35;DP=49;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0317151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9845;QD=36.9835;RBI=0.0317409;REFB=-0.0128601;REVB=0.00127969;RO=14;SAF=14;SAR=21;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063573;STB=0.538174;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00345755;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:14:14:35:36:0.72:21:14:4:10:21:15:4:10 chr12 235022 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.264;QD=53.9323;RBI=0.0499685;REFB=0.00268552;REVB=0.0455646;RO=1;SAF=26;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176011;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=3.98189e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:4:26:1:0:4:26:1:0 chr12 248202 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.441;QD=39.2068;RBI=0.0182117;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4874e-05;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr12 274647 . T C 504.01 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00664447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.383;QD=18.8413;RBI=0.0141089;REFB=-0.0113651;REVB=-0.0124463;RO=54;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763494;STB=0.542238;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0121477;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:25:28:24:30:25:28:24:30 chr12 284058 . T C 206.54 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0185777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1661;QD=17.578;RBI=0.0370444;REFB=-0.0163349;REVB=-0.0320493;RO=26;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145572;STB=0.60363;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0152421;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:16:4:3:23:16:5:3:23 chr12 311949 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7855;QD=56.9354;RBI=0.0396983;REFB=0;REVB=-0.0275219;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0849e-05;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr12 319111 . T C 367.27 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.000771497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.662;QD=16.5066;RBI=0.0130315;REFB=-0.0334269;REVB=0.0130086;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109735;STB=0.56225;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0377863;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:50:38:39:0.438202:22:16:25:22:23:16:26:24 chr12 319125 . A G 331.97 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00575279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8425;QD=16.1939;RBI=0.0310275;REFB=-0.00664638;REVB=-0.0304895;RO=46;SAF=15;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839941;STB=0.547299;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00600728;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:21:15:23:23:21:15:23:23 chr12 393500 . TT AA,TA 269.33 PASS AF=0.046875,0.453125;AO=3,16;DP=61;FAO=3,29;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=1,12;FSAR=2,17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.027803,-0.0350016;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=35.8922,30.1536;QD=16.8333;RBI=0.028668,0.0386005;REFB=0.000988953,0.00397636;REVB=-0.00698897,-0.0162752;RO=8;SAF=1,8;SAR=2,8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413961,-0.149749;STB=0.725862,0.594073;STBP=0.486,0.171;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00913318,-0.0121967;OID=.,.;OPOS=393500,393501;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:64:8:32:3,16:3,29:0.046875,0.453125:2,8:1,8:6:2:2,17:1,12:19:13 chr12 406292 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.535;QD=60.3767;RBI=0.003949;REFB=0;REVB=-0.00168943;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09752e-05;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr12 427575 . A G 656.2 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098037;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3776;QD=62.4954;RBI=0.012946;REFB=0;REVB=0.00845491;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22078e-06;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr12 547683 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0114453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.004;QD=10.0752;RBI=0.0249583;REFB=-0.0380728;REVB=-0.0221793;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0499913;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr12 662448 . T C 493.71 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00116966;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.166;QD=14.521;RBI=0.00436926;REFB=-0.0234791;REVB=-0.00420979;RO=81;SAF=28;SAR=27;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754083;STB=0.542444;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0315218;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:81:81:55:55:0.404412:27:28:47:34:27:28:47:34 chr12 862989 . T C 1339.02 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4502;QD=62.28;RBI=0.0566817;REFB=0;REVB=-0.00726004;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516403;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr12 939302 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0345422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.135;QD=22.1888;RBI=0.0350422;REFB=-0.0181162;REVB=-0.00589854;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214635;STB=0.627797;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0312607;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:3:14:12:9:3:15 chr12 971291 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0397892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6155;QD=17.7315;RBI=0.0480317;REFB=-0.0206283;REVB=-0.0269047;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29697;STB=0.672259;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0273772;OID=.;OPOS=971291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:11:8:3:14:11:8 chr12 974326 . G C 1080.97 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.598;QD=60.0541;RBI=0.0340514;REFB=0;REVB=0.0264398;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4593e-05;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr12 974355 . T TC 639.11 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561689;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.6726;QD=44.0765;RBI=0.0843054;REFB=0;REVB=-0.0628685;RO=8;SAF=19;SAR=35;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00235715;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:64:58:58:0:23:35:0:0:12:8:19:35:7:1 chr12 987482 . G A 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00901452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.191;QD=28.0789;RBI=0.0338125;REFB=-0.0156101;REVB=-0.0325887;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108661;STB=0.559952;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00746561;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:14:11:9:6:14:11:9:6 chr12 990912 . A C 331.57 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0241608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.916;QD=20.4045;RBI=0.0339029;REFB=-0.0432702;REVB=-0.0237836;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000917176;STB=0.502241;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0170962;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:25:30:34:35:0.538462:15:19:14:11:15:20:17:13 chr12 994014 . C T 96.09 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0490321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.327;QD=12.0115;RBI=0.050072;REFB=-0.00753109;REVB=-0.0101519;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334531;STB=0.69965;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0336603;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:9:11:3:9:9:11 chr12 994487 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.378;QD=63.2868;RBI=0.02986;REFB=0;REVB=0.0297658;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15796e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr12 998365 . G T 182.04 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0375901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.233;QD=16.9344;RBI=0.0422431;REFB=-0.0285115;REVB=0.0192733;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190258;STB=0.609256;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0409337;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:12:12:6:13:12:12 chr12 1017197 . C T 260.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203428;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5168;QD=52.0373;RBI=0.0286755;REFB=0;REVB=-0.0202103;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498758;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 1590013 . C T 124.94 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0222848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.164;QD=17.8481;RBI=0.0618758;REFB=-0.036847;REVB=-0.0577235;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281696;STB=0.639808;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0396211;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:10:3:8:6:10:4 chr12 1590069 . G A 93.05 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00932433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6369;QD=20.6782;RBI=0.00992979;REFB=0.0198627;REVB=-0.00341431;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.011261;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr12 1995403 . T C 1729.81 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.811;QD=60.6951;RBI=0.110227;REFB=0;REVB=0.108812;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111993;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:45:69:0:0:45:69:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 104.55 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0276882;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=3;MLLD=146.301;QD=7.33682;RBI=0.0404536;REFB=-0.0488556;REVB=-0.0294934;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17979;STB=0.641195;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.138382;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:15:71:15:57:42:6:9:25:17:99:55:6:9:30:25 chr12 2694638 . C T 172.27 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0190607;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.274;QD=10.9379;RBI=0.0190882;REFB=-0.00640503;REVB=-0.0010241;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298675;STB=0.67258;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.007431;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:13:28:9:13:13:28 chr12 2721137 . C T 391.47 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0383355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.408;QD=24.8549;RBI=0.0400552;REFB=-0.0259321;REVB=0.0116108;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171965;STB=0.593861;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0221043;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:18:20:19:6:18:20:19:6 chr12 2788879 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0296157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.009;QD=16.4069;RBI=0.0311546;REFB=-0.0100195;REVB=0.00967059;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373906;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0331772;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:6:15:10:19:6:15:10:19 chr12 2791130 . C T 185.24 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00850427;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.114;QD=10.15;RBI=0.00853468;REFB=-0.00319145;REVB=-0.000719893;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506844;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00412452;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:49:24:24:0.328767:12:12:24:24:12:12:25:24 chr12 2791132 . A G 193.0 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.01319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.036;QD=10.0258;RBI=0.0197501;REFB=-0.00219804;REVB=-0.0147;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451804;STB=0.526459;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00440822;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:13:12:27:25:13:12:27:25 chr12 2791205 . A G 982.38 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.16;QD=56.1362;RBI=0.0252412;REFB=0.0266895;REVB=0.011913;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205397;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000587239;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:31:36:1:1:32:36:1:1 chr12 2968169 . A G 80.9 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00371938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.841;QD=17.9771;RBI=0.0282979;REFB=-0.0215509;REVB=0.0280524;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.526974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0215104;OID=.;OPOS=2968169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:8:10:0.555556:1:7:6:2:3:7:6:2 chr12 2968458 . T C 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1543;QD=59.4124;RBI=0.0489144;REFB=0;REVB=-0.0443718;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116891;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr12 2973615 . T C 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00943302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=18.496;RBI=0.0328225;REFB=-0.0129551;REVB=0.0314378;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175275;STB=0.518556;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.014526;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:13:14:14:12:13:14:15:12 chr12 2996174 . A G 745.09 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00607285;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.445;QD=53.221;RBI=0.0250616;REFB=0.0210922;REVB=0.0243147;RO=2;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294362;STB=0.515619;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=9.28003e-05;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:54:54:0.964286:31:23:0:2:31:23:0:2 chr12 2997397 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.65;QD=59.8394;RBI=0.02875;REFB=0;REVB=-0.0253572;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134392;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 3046802 . A G 380.92 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0083091;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.311;QD=16.7437;RBI=0.00866999;REFB=-0.0122984;REVB=0.0024754;RO=51;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891728;STB=0.555527;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0126871;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:39:40:0.43956:15:24:27:24:15:25:27:24 chr12 3049698 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0115602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.357;QD=16.8984;RBI=0.0303495;REFB=-0.019769;REVB=0.0280616;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0141199;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr12 3310439 . C T 337.76 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00133072;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.324;QD=15.1803;RBI=0.00379668;REFB=-0.0238206;REVB=-0.00355583;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549866;STB=0.510099;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.032918;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:52:35:37:0.41573:18:17:23:30:20:17:23:29 chr12 3393419 . C T 330.87 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00683739;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.325;QD=25.4511;RBI=0.0143526;REFB=-0.0092635;REVB=-0.0126194;RO=20;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267776;STB=0.514697;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00539167;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:18:14:8:12:18:14:8:12 chr12 3409149 . G A 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0217538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.176;QD=6.26142;RBI=0.0220559;REFB=-0.0209344;REVB=-0.00363776;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110511;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0275383;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:10:11:3:4:10:11 chr12 3409211 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0320612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134;QD=11.8815;RBI=0.0337296;REFB=-0.00905004;REVB=0.0104769;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40251;STB=0.735004;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0102139;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:8:20:5:10:8:20 chr12 3409277 . C T 586.21 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00903332;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.104;QD=58.6211;RBI=0.0371528;REFB=0.072073;REVB=0.0360379;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00127945;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:19:20:1:0:19:20:1:0 chr12 3701464 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0200137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8541;QD=9.99339;RBI=0.0201274;REFB=0.00635358;REVB=0.00213638;RO=34;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557449;STB=0.828565;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0228975;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:36:17:17:0.320755:3:14:11:23:3:14:12:24 chr12 3749874 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00763825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.4;QD=60.8521;RBI=0.0294815;REFB=-0.00241343;REVB=0.0284749;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=7.62656e-05;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:0:1:21:25:0:1 chr12 3920413 . G A 286.28 PASS AF=0.477612;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0178727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1513;QD=17.0915;RBI=0.0283177;REFB=-0.026038;REVB=-0.0219649;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211078;STB=0.600867;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0255939;OID=.;OPOS=3920413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:34:35:30:32:0.477612:11:19:14:20:13:19:14:21 chr12 4388084 . C G 91.76 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0489774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.757;QD=8.95232;RBI=0.0555821;REFB=-0.0187271;REVB=-0.026279;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21631;STB=0.633564;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0229623;OID=.;OPOS=4388084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:29:29:12:12:0.292683:9:3:12:17:9:3:12:17 chr12 4411082 . GTTTTTTTTTTTC GTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT 97.41 PASS AF=0.75,0.197917;AO=11,18;DP=98;FAO=72,19;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=47,13;FSAR=25,6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.848751,-0.230988;FXX=0.039996;HRUN=11,6;LEN=1,1;MLLD=4.15075,7.81239;QD=4.05877;RBI=0.848988,0.231086;REFB=-0.0979277,-0.193873;REVB=-0.0200739,0.00670813;RO=28;SAF=4,13;SAR=7,5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.317173,0.0979559;STB=0.517901,0.565146;STBP=0.245,0.256;TYPE=del,ins;VARB=0.0477845,0.166161;OID=.,.;OPOS=4411083,4411095;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=GTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.197917:11,18:98:72,19:96:5:47,13:25,6:2:3:32:28:4,13:7,5:18:10 chr12 4414126 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0124;QD=48.7373;RBI=0.0125969;REFB=0;REVB=0.00947071;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050675;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr12 4461485 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00344882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.726;QD=17.9407;RBI=0.00696577;REFB=-0.00190929;REVB=-0.00605208;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169672;STB=0.596755;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00309359;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:12:10:12:7:12:10 chr12 4478080 . T A 250.92 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0150376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.301;QD=20.9097;RBI=0.0166856;REFB=-0.0128577;REVB=0.00723061;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327725;STB=0.521565;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0119827;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:24:22:24:0.5:13:9:9:15:14:10:9:15 chr12 4553332 . A G 382.19 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0028814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1884;QD=19.8538;RBI=0.0273803;REFB=0.0172386;REVB=0.0272283;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103916;STB=0.557675;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.013799;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:17:22:17:21:17:22:17:21 chr12 4553383 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00139533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.354;QD=17.6895;RBI=0.00340295;REFB=-0.00690788;REVB=0.00310372;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127841;STB=0.57253;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00885097;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:9:17:11:10:9:17 chr12 4554548 . G C 1276.9 PASS AF=0.977011;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.949;QD=58.7082;RBI=0.0189967;REFB=-0.0123323;REVB=0.0154701;RO=3;SAF=40;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122056;STB=0.500135;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00300344;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:3:2:83:85:0.977011:43:40:2:1:43:42:1:1 chr12 4702173 . C T 406.98 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0137494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9624;QD=33.2229;RBI=0.0138291;REFB=-0.00674432;REVB=0.00148233;RO=16;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118997;STB=0.50649;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00197265;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:13:20:10:6:13:20:10:6 chr12 4705317 . C T 152.74 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0332381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3825;QD=13.5772;RBI=0.0369771;REFB=0.0197574;REVB=0.0162029;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161623;STB=0.594481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0347447;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:14:14:11:6:14:14 chr12 4716513 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0137527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.958;QD=22.0719;RBI=0.0382254;REFB=-0.0444888;REVB=-0.0356657;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645161;STB=0.535691;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0324209;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:12:12:18:13:12:12 chr12 4716572 . C A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.116507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9316;QD=21.9699;RBI=0.11713;REFB=0.00485332;REVB=-0.012068;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138107;STB=0.563279;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00743642;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:11:9:10:6:11:9:10:7 chr12 4735734 . T C 387.08 PASS AF=0.380165;AO=44;DP=119;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0420788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.365;QD=12.7961;RBI=0.0424282;REFB=-0.00160582;REVB=0.00543378;RO=75;SAF=26;SAR=18;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104079;STB=0.505641;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00292872;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:75:75:44:46:0.380165:18:26:45:30:18:28:45:30 chr12 4735737 . A G 858.0 PASS AF=0.621849;AO=73;DP=121;FAO=74;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00128346;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4829;QD=28.8402;RBI=0.0542782;REFB=-0.0429652;REVB=-0.054263;RO=33;SAF=44;SAR=29;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154003;STB=0.544892;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00231088;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:33:39:73:74:0.621849:29:44:28:5:30:44:28:11 chr12 4735894 . G A 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00051712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4728;QD=14.1935;RBI=0.000739025;REFB=-0.0163236;REVB=0.000527963;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.564459;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0298896;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:16:16:14:9:16:16 chr12 4736086 . A G 182.95 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0089963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5905;QD=17.4239;RBI=0.018505;REFB=0.00496836;REVB=-0.0161711;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342129;STB=0.697447;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00680839;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:11:12:4:15:11:12 chr12 4736495 . C T 553.45 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000810338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.708;QD=59.8327;RBI=0.00837382;REFB=0;REVB=0.00833452;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262122;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:34:37:1:13:21:0:0:14:23:0:0 chr12 4736631 . A G 1194.19 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4533;QD=59.7094;RBI=0.0438318;REFB=-0.0899483;REVB=-0.0359019;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000989454;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:0:1:38:41:0:1 chr12 4736677 . G C,T 1317.31 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=82,4;DP=88;FAO=82,4;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186309,-0.0129183;FXX=0.0227247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.207,136.934;QD=61.2704;RBI=0.0197947,0.0307374;REFB=0,0;REVB=0.00668727,-0.0278909;RO=0;SAF=43,0;SAR=39,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10525e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00136955,0.230439;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:88:86:0:0:82,4:82,4:0.953488,0.0465116:39,4:43,0:0:0:39,4:43,0:0:0 chr12 4736690 . A G 1227.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3992;QD=61.3649;RBI=0.00723513;REFB=0;REVB=0.00510475;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75993e-08;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr12 4737318 . A G 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0278943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.271;QD=20.7549;RBI=0.0278947;REFB=-0.0288389;REVB=-0.000149397;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.551655;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0155346;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:5:7:7:8:5:7 chr12 4737459 . C T 317.95 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00880524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.355;QD=29.5767;RBI=0.00881716;REFB=-0.0281152;REVB=-0.00045834;RO=14;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758087;STB=0.54684;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0101763;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:27:28:0.651163:20:7:5:9:20:8:6:9 chr12 4737715 . C T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0259571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.116;QD=18.0551;RBI=0.0286648;REFB=-0.00917289;REVB=0.0121615;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189723;STB=0.605996;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00989764;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:13:20:14:21:13:20:14:21 chr12 4740515 . A T 605.02 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.00935622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.743;QD=16.027;RBI=0.0146694;REFB=-0.0188409;REVB=0.0112984;RO=82;SAF=23;SAR=43;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271947;STB=0.642396;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0208242;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:85:66:66:0.437086:43:23:51:31:43:23:51:34 chr12 4794351 . A G 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.125;QD=62.1622;RBI=0.0252176;REFB=0;REVB=0.0246952;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45894e-05;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr12 4854783 . C T 194.05 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0442667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3717;QD=24.2561;RBI=0.0463171;REFB=-0.00206515;REVB=-0.0136285;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227534;STB=0.627447;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00249901;OID=.;OPOS=4854783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:8:5:13:6:8:5 chr12 4921228 . T C 228.75 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0234509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5214;QD=11.7308;RBI=0.0483633;REFB=-0.017164;REVB=0.0422974;RO=49;SAF=16;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698979;STB=0.532053;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0318062;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:12:16:31:18:12:16:31:19 chr12 4921301 . T C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0195974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.322;QD=12.2116;RBI=0.0198118;REFB=-0.00744929;REVB=-0.00290736;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242909;STB=0.628624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.012759;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:8:13:5:8:9:13 chr12 4921689 . C T 225.91 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0172886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5571;QD=20.5374;RBI=0.0579615;REFB=-0.0106974;REVB=-0.055323;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142114;STB=0.56784;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0117812;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:22:22:0.5:10:12:8:13:10:12:9:13 chr12 4921782 . C G 68.24 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00590821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0205;QD=15.1641;RBI=0.0732238;REFB=-0.0609856;REVB=-0.0729851;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0563601;OID=.;OPOS=4921782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:5:3:3:6:5:4:3:6 chr12 4922030 . C G 447.87 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0027481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.007;QD=14.2182;RBI=0.00274915;REFB=-0.0124423;REVB=-7.58068e-05;RO=74;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898149;STB=0.509407;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0163725;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:75:51:51:0.404762:28:23:34:40:28:23:35:40 chr12 4922734 . A G 164.3 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0232957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.016;QD=12.8865;RBI=0.0233604;REFB=-0.0211399;REVB=-0.00173688;RO=32;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223477;STB=0.562574;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0347263;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:32:32:17:19:0.372549:13:4:13:19:13:6:13:19 chr12 4923049 . T C 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0172808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9064;QD=16.8707;RBI=0.0422904;REFB=0.0321275;REVB=-0.0385986;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269621;STB=0.515403;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0412666;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:15:11:9:11:15:11 chr12 4923697 . G T 740.34 PASS AF=0.529851;AO=57;DP=135;FAO=71;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.00271824;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.23;QD=22.0996;RBI=0.0142282;REFB=-0.0140718;REVB=0.0139661;RO=63;SAF=34;SAR=23;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135811;STB=0.574496;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0135364;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:63:62:57:71:0.529851:23:34:46:17:29:42:46:16 chr12 5021228 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.194;QD=60.8833;RBI=0.0456183;REFB=0;REVB=0.0331691;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198767;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:31:45:0:0:32:45:0:0 chr12 5021348 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.129;QD=39.2068;RBI=0.0202499;REFB=0;REVB=0.00499403;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204779;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 5021984 . T A 670.36 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.41;QD=62.3586;RBI=0.0469231;REFB=0;REVB=0.0451364;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030945;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr12 5022041 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.892;QD=53.2765;RBI=0.0491418;REFB=0;REVB=-0.0491305;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126988;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr12 5022438 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.536;QD=62.0183;RBI=0.0188714;REFB=0;REVB=0.00116735;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34137e-05;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 5023713 . T C 1127.66 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8483;QD=60.1417;RBI=0.143781;REFB=0;REVB=0.143182;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826843;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:33:42:0:0 chr12 5023959 . A T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7885;QD=60.6047;RBI=0.0556852;REFB=0;REVB=0.0328087;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107066;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr12 5024206 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0119016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.835;QD=20.4362;RBI=0.0125858;REFB=-0.00651731;REVB=-0.00409325;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199844;STB=0.511104;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00433696;OID=.;OPOS=5024206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:15:11:12:18:15:11 chr12 5024303 . GCC GC,G 117.69 PASS AF=0,0.575758;AO=5,18;DP=34;FAO=0,19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=0,11;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0541154,-0.0278542;FXX=0.0294031;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.98196,18.2376;QD=14.2655;RBI=0.0547876,0.0285036;REFB=-0.142625,-0.0725304;REVB=0.00855558,0.00604944;RO=8;SAF=5,10;SAR=0,8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.779142,0.168417;STB=0.5,0.533945;STBP=1,0.648;TYPE=del,del;VARB=0.160069,0.0229539;OID=.,.;OPOS=5024304,5024304;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.575758:5,18:34:0,19:33:14:0,11:0,8:7:7:61:8:5,10:0,8:2:6 chr12 5025094 . T C 1391.2 PASS AF=0.970297;AO=94;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00375956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.777;QD=55.0969;RBI=0.0767024;REFB=-0.0906451;REVB=0.0766102;RO=2;SAF=81;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115642;STB=0.509089;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000430128;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:101:2:3:94:98:0.970297:13:81:2:0:17:81:3:0 chr12 5154462 . T C 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8649;QD=57.0928;RBI=0.00887506;REFB=0;REVB=0.00218486;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9726e-05;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr12 5603632 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.395;QD=53.9111;RBI=0.0223109;REFB=0;REVB=0.0211637;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76679e-05;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 6030302 . T C 142.86 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00675678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.431;QD=17.3163;RBI=0.0354141;REFB=-0.0124943;REVB=0.0347635;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.515133;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0116873;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:17:14:16:0.484848:6:8:9:3:8:8:9:8 chr12 6030405 . A G 329.98 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0110978;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.841;QD=16.9218;RBI=0.0597606;REFB=-0.0186997;REVB=-0.0587211;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103865;STB=0.555525;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0155203;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:42:35:36:0.461538:15:20:18:21:16:20:19:23 chr12 6030437 . A G 345.04 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0110279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.372;QD=16.6285;RBI=0.0224413;REFB=-0.00945635;REVB=-0.0195448;RO=46;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169079;STB=0.585178;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.011013;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:36:37:0.445783:15:21:19:27:16:21:19:27 chr12 6054395 . A G 784.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.247;QD=57.0476;RBI=0.0162345;REFB=0;REVB=0.0129167;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55056e-06;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:44:10:0:0:45:10:0:0 chr12 6091000 . A G 1571.02 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440254;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8364;QD=64.1233;RBI=0.0440545;REFB=0;REVB=-0.00160133;RO=0;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128006;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:33:65:0:0:33:65:0:0 chr12 6105387 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.433;QD=57.106;RBI=0.023323;REFB=0;REVB=0.0216156;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12198e-05;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr12 6127535 . T G 62.57 PASS AF=0.125;AO=12;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.00275986;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.105;QD=2.40649;RBI=0.0130268;REFB=-0.00504878;REVB=-0.0127311;RO=92;SAF=5;SAR=7;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243107;STB=0.693889;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0466202;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:104:104:92:91:12:13:0.125:7:5:57:35:8:5:56:35 chr12 6127943 . A G 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.004782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.734;QD=9.85686;RBI=0.00569419;REFB=-0.00488902;REVB=0.00309132;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925852;STB=0.555473;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00928367;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:20:9:5:8:20:9 chr12 6128170 . C G 53.08 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=25;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.137383;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7337;QD=9.23065;RBI=0.154818;REFB=0.0283488;REVB=0.0713747;RO=11;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545312;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0107338;OID=.;OPOS=6128170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:23:11:15:4:6:0.26087:0:4:11:0:1:5:13:2 chr12 6128443 . T C 169.08 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0145945;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5618;QD=21.8162;RBI=0.0223392;REFB=-0.00885829;REVB=-0.0169128;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235764;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0191509;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:7:7:8:9:7:7 chr12 6143984 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000961938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.407;QD=63.8719;RBI=0.0110246;REFB=0;REVB=0.0109826;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85175e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr12 6167118 . C T 367.86 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0164967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.641;QD=13.8815;RBI=0.0172282;REFB=-0.0125441;REVB=0.00496671;RO=63;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102816;STB=0.558113;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0155405;OID=.;OPOS=6167118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:19:24:29:34:19:24:29:34 chr12 6167196 . A G 286.49 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0156713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.933;QD=24.3822;RBI=0.0346295;REFB=-0.0391487;REVB=-0.0308806;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881223;STB=0.548982;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.027571;OID=.;OPOS=6167196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:9:12:12:14:9:12 chr12 6172202 . T C 560.13 PASS AF=0.472;AO=57;DP=123;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.000538821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.294;QD=17.9241;RBI=0.00941245;REFB=-0.0288664;REVB=-0.00939702;RO=66;SAF=26;SAR=31;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100597;STB=0.545316;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0287802;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:66:66:57:59:0.472:31:26:37:29:31:28:37:29 chr12 6173433 . C T 481.39 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.00447058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.321;QD=15.9136;RBI=0.00458522;REFB=-0.0136045;REVB=-0.00101888;RO=67;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154255;STB=0.589623;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0100247;OID=.;OPOS=6173433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:25:28:25:42:25:28:25:43 chr12 6174414 . T G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00446487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.727;QD=14.7348;RBI=0.0107029;REFB=-0.0239025;REVB=0.00972708;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839832;STB=0.547668;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.032822;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:17:19:12:15:17:19 chr12 6174423 . T A 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0194015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.657;QD=14.2706;RBI=0.0392167;REFB=-0.0242855;REVB=-0.0340812;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769306;STB=0.543823;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0255023;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:14:19:12:12:14:19 chr12 6204902 . CA C 563.36 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210085;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4526;QD=59.301;RBI=0.0227016;REFB=0;REVB=-0.00860254;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000236181;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:38:38:0:23:15:0:0:4:0:23:15:0:0 chr12 6219682 . G A 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0156548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.496;QD=14.2706;RBI=0.0343949;REFB=-0.00382439;REVB=0.0306257;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387134;STB=0.502207;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00499153;OID=.;OPOS=6219682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:18:15:11:13:18:15 chr12 6344600 . C A 303.27 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00954026;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.462;QD=14.4412;RBI=0.0161474;REFB=-0.0069133;REVB=-0.0130277;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828065;STB=0.547023;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0101352;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:50:34:34:0.404762:15:19:24:26:15:19:24:26 chr12 6421495 . G A 531.13 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0291885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.753;QD=16.7286;RBI=0.0292197;REFB=-0.0085034;REVB=0.00135189;RO=70;SAF=25;SAR=32;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244829;STB=0.513646;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00882779;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:70:57:57:0.448819:32:25:29:41:32:25:29:41 chr12 6427052 . C T 340.28 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0207299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1664;QD=18.1484;RBI=0.0554717;REFB=-0.0284269;REVB=0.0514527;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00727259;STB=0.501204;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0336781;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:23:13:14:24:23:13:14:25 chr12 6428116 . T G 409.78 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0101314;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.017;QD=20.4888;RBI=0.0119681;REFB=-0.0065951;REVB=-0.006371;RO=39;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652895;STB=0.536179;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0134275;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:39:41:41:0.5125:23:18:20:19:23:18:20:19 chr12 6437389 . T C 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00812254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.777;QD=18.9075;RBI=0.0123439;REFB=-0.02097;REVB=-0.00929492;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667057;STB=0.508657;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0220956;OID=.;OPOS=6437389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:19:24:26:20:19:24:27:20 chr12 6439470 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627391;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.279;QD=63.583;RBI=0.0156542;REFB=0;REVB=0.014342;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59705e-05;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 6442346 . A G 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4051;QD=52.5857;RBI=0.0524021;REFB=0;REVB=-0.0501534;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204193;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 6457062 . T C 1043.77 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.704;QD=59.6438;RBI=0.0429071;REFB=0;REVB=-0.00684741;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192932;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr12 6483851 . G A 116.8 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0154263;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.067;QD=11.124;RBI=0.0183413;REFB=-0.014477;REVB=0.00992133;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108584;STB=0.565321;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0259395;OID=.;OPOS=6483851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:3:11:20:8:3:11:20:8 chr12 6484709 . T C 876.01 PASS AF=0.984375;AO=41;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.14;QD=54.7503;RBI=0.103058;REFB=-0.1462;REVB=0.0169387;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00413534;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:41:63:0.984375:27:14:1:0:28:35:1:0 chr12 6495275 . C A 814.77 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0453836;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.231;QD=51.7315;RBI=0.0553927;REFB=-0.0431848;REVB=0.0317596;RO=4;SAF=17;SAR=42;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065226;STB=0.520439;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00239366;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:4:3:59:60:0.952381:42:17:3:1:42:18:2:1 chr12 6500105 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.75;QD=43.4862;RBI=0.0374665;REFB=0;REVB=-0.00154225;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474214;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 6560473 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.687;QD=52.6132;RBI=0.0184048;REFB=0;REVB=-0.00576435;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140063;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 6562285 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0287813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.683;QD=15.0638;RBI=0.0292522;REFB=-0.00909047;REVB=0.0052274;RO=35;SAF=20;SAR=7;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683749;STB=0.538892;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0193602;OID=.;OPOS=6562285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:7:20:24:11:7:20:24:11 chr12 6562293 . C T 199.98 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0247968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.881;QD=13.558;RBI=0.0320951;REFB=-0.0247152;REVB=-0.0203768;RO=34;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945441;STB=0.568361;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0237081;OID=.;OPOS=6562293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:6:18:23:11:6:18:23:12 chr12 6562753 . A G 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00354176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.352;QD=20.9178;RBI=0.0131374;REFB=-0.0145253;REVB=0.0126509;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237552;STB=0.513165;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00866526;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:11:15:17:14:11:15 chr12 6562810 . A G 95.6 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0154618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.667;QD=11.5877;RBI=0.0180757;REFB=-0.000994893;REVB=-0.00936274;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00358366;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr12 6562823 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.027869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.008;QD=10.24;RBI=0.0312092;REFB=-0.0156714;REVB=-0.0140477;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0487925;OID=.;OPOS=6562823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:11:8:4:6:11:8 chr12 6562836 . G A 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00972242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.321;QD=8.68972;RBI=0.0114841;REFB=-0.016834;REVB=0.00611216;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0310318;OID=.;OPOS=6562836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:16:17:8:8:0.32:3:5:10:6:3:5:10:7 chr12 6572048 . A G 200.6 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0462385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4264;QD=20.574;RBI=0.0542368;REFB=-0.00357089;REVB=-0.0283485;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.578098;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00375189;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:14:4:7:13:15:4 chr12 6573146 . T C 334.77 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0718281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1886;QD=17.1679;RBI=0.097685;REFB=0.0221581;REVB=-0.0662049;RO=39;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155768;STB=0.562556;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0399158;OID=.;OPOS=6573146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:42:36:36:0.461538:19:17:12:27:19:17:15:27 chr12 6575044 . G T 173.46 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0410541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0893;QD=11.5641;RBI=0.0483705;REFB=-0.0189573;REVB=0.0255787;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480403;STB=0.504583;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0447887;OID=.;OPOS=6575044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:36:38:21:22:0.366667:9:12:19:17:10:12:21:17 chr12 6619284 . C G 331.68 PASS AF=0.596491;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00278068;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.938;QD=23.2757;RBI=0.00352029;REFB=-0.0329085;REVB=-0.00215876;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127826;STB=0.514514;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.029942;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:23:32:34:0.596491:14:18:12:10:16:18:13:10 chr12 6631169 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7446;QD=55.6557;RBI=0.0325285;REFB=0;REVB=-0.00726339;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318379;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr12 6637845 . T C 446.06 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000525901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.956;QD=57.5566;RBI=0.00972618;REFB=0;REVB=0.00971195;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95936e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr12 6638116 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00332904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.532;QD=17.9526;RBI=0.00458382;REFB=-0.0129898;REVB=-0.00315101;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229438;STB=0.629895;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00826159;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:6:21:16:12:6:21:16:12 chr12 6639088 . A G 917.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5469;QD=58.2665;RBI=0.0548538;REFB=0;REVB=0.0403454;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314251;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:32:31:0:0 chr12 6639981 . C G 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0442239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6757;QD=18.7956;RBI=0.058765;REFB=0.00200936;REVB=-0.0386985;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801687;STB=0.545415;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00386198;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:13:14:10:13:13:14 chr12 6643991 . C G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0124152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.755;QD=9.09199;RBI=0.0495701;REFB=-0.00591808;REVB=-0.0479902;RO=32;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621015;STB=0.888198;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00600171;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:1:12:15:17:1:12:15:17 chr12 6646320 . T C 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0229528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3944;QD=18.966;RBI=0.0437566;REFB=-0.00395008;REVB=0.0372533;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204856;STB=0.626343;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0155244;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:14:8:14:10:14:8:15:10 chr12 6647109 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00751813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.911;QD=22.9081;RBI=0.00753856;REFB=-0.00836429;REVB=0.000554593;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115968;STB=0.565153;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0092127;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:10:7:6:15:10:7 chr12 6747295 . G A 522.43 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694549;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8934;QD=59.7066;RBI=0.0705054;REFB=0;REVB=-0.0701625;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376129;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 6835068 . A G 546.6 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0568636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0628;QD=53.3268;RBI=0.0574835;REFB=-0.106419;REVB=-0.00841948;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227983;STB=0.512189;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0390683;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:19:19:2:1:19:19:2:1 chr12 6835081 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.364;QD=58.5861;RBI=0.0595595;REFB=0;REVB=0.0297952;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96081e-05;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 6836852 . A G 537.17 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3622;QD=59.6857;RBI=0.0866506;REFB=0;REVB=-0.0207514;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119481;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr12 6836913 . G A,T 530.84 PASS AF=0.0526316,0.921053;AO=2,35;DP=38;FAO=2,35;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=2,14;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0034754,-0.0076879;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.8139,215.317;QD=55.8781;RBI=0.0386561,0.00803615;REFB=-0.11728,-0.0972043;REVB=0.0384996,-0.00234006;RO=1;SAF=2,14;SAR=0,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0217573;STB=0.993266,0.511621;STBP=0.227,0.532;TYPE=snp,snp;VARB=0.114695,0.0044263;OID=.,.;OPOS=6836913,6836913;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:1:1:2,35:2,35:0.0526316,0.921053:0,21:2,14:0:1:0,21:2,14:0:1 chr12 6840209 . G A 307.46 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4078;QD=53.4712;RBI=0.129708;REFB=0;REVB=-0.00226208;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370256;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:11:9:0:0:11:12:0:0 chr12 6887020 . T C 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.669;QD=58.6494;RBI=0.0362503;REFB=0.0105524;REVB=0.0270534;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000172997;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:0:1:104:104:0.990476:50:54:0:0:50:54:1:0 chr12 6926363 . T C 531.74 PASS AF=0.976744;AO=22;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.170671;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9699;QD=49.464;RBI=0.172063;REFB=0.0812709;REVB=0.0218421;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00292584;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:22:42:0.976744:22:0:0:0:22:20:0:1 chr12 6928075 . T C 490.01 PASS AF=0.971429;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0814711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.425;QD=56.0006;RBI=0.081545;REFB=-0.0217014;REVB=0.00347134;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000805068;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:35:34:0.971429:21:14:0:0:20:14:0:1 chr12 6928569 . T A 561.57 PASS AF=0.55;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00372308;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.93;QD=22.4626;RBI=0.00693619;REFB=-0.0353394;REVB=0.0058523;RO=45;SAF=36;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506051;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0287053;OID=.;OPOS=6928569;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:45:45:54:55:0.55:18:36:30:15:19:36:30:15 chr12 6928586 . CA AG 1091.25 PASS AF=0.916667;AO=76;DP=86;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0787854;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.3656;QD=51.9642;RBI=0.082554;REFB=-0.186863;REVB=-0.024658;RO=6;SAF=48;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302032;STB=0.520953;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0180263;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:84:6:7:76:77:0.916667:28:48:5:1:29:48:6:1 chr12 6932967 . G C 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.020911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.761;QD=18.4454;RBI=0.0351963;REFB=-0.0224012;REVB=0.0283109;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335498;STB=0.689958;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0169335;OID=.;OPOS=6932967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:8:1:6:5:8:1 chr12 6933223 . C T 556.81 PASS AF=0.593023;AO=49;DP=83;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.000296232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.803;QD=25.8979;RBI=0.0443883;REFB=-0.0423707;REVB=0.0443873;RO=29;SAF=26;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562291;STB=0.540968;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0261509;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:29:35:49:51:0.593023:23:26:13:16:24:27:15:20 chr12 6933787 . A G 86.97 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00354172;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.112;QD=21.7416;RBI=0.0202674;REFB=-0.0192847;REVB=-0.0199556;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144541;STB=0.583159;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00802403;OID=.;OPOS=6933787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:3:3:3:7:3:3 chr12 6939850 . A G 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0724769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.751;QD=16.5038;RBI=0.0732381;REFB=-0.0109207;REVB=0.0105313;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.559346;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00650846;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:16:14:15:11:16:14 chr12 6942823 . A G 623.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.876;QD=60.8086;RBI=0.072248;REFB=0;REVB=0.032208;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333983;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:15:24:0:0:17:24:0:0 chr12 7053040 . C T 117.71 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0433143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7835;QD=12.39;RBI=0.0682886;REFB=-0.00110166;REVB=-0.052794;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121095;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00193451;OID=.;OPOS=7053040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:11:13:6:8:11:13 chr12 7055860 . T C 142.68 PASS AF=0.322034;AO=20;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0268567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.766;QD=9.673;RBI=0.0410254;REFB=-0.00291595;REVB=-0.0310129;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156355;STB=0.623525;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00772424;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:20:19:0.322034:8:12:18:21:7:12:18:22 chr12 7065635 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.389;QD=63.8716;RBI=0.0339117;REFB=0;REVB=0.033352;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43573e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 7079215 . T G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.214;QD=61.3357;RBI=0.04391;REFB=0;REVB=0.00653454;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123623;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr12 7080211 . G GGC 109.81 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285114;FXX=0.333111;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.0538;QD=43.9243;RBI=0.261683;REFB=0;REVB=0.260125;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00830252;OID=.;OPOS=7080212;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:10:10:0:1:9:0:0:3:13:2:0:4:9 chr12 7080212 . T C,G 172.22 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=13,2;DP=15;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426331,-0.0683966;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=108.86,12.6086;QD=45.9244;RBI=0.0546541,0.117948;REFB=0,0;REVB=0.0341977,-0.096092;RO=0;SAF=4,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00480692,0.0448236;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:13,2:13,2:0.866667,0.133333:9,0:4,2:0:0:9,0:4,2:0:0 chr12 7090742 . G A 332.83 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.000405364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.724;QD=19.0186;RBI=0.045609;REFB=-0.0214107;REVB=0.0456072;RO=34;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18705;STB=0.588249;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0253944;OID=.;OPOS=7090742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:11:24:29:5:11:24:29:6 chr12 7241055 . A G 549.74 PASS AF=0.471545;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0258136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2823;QD=17.8776;RBI=0.0350993;REFB=-0.0033532;REVB=-0.0237828;RO=65;SAF=37;SAR=20;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141488;STB=0.581832;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00340994;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:65:57:58:0.471545:20:37:33:32:20:38:33:32 chr12 7242204 . C T 308.52 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0696101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6576;QD=18.4191;RBI=0.124857;REFB=0.0367596;REVB=0.103652;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136535;STB=0.582161;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.033908;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:17:15:21:13:18:15:21:13 chr12 7244956 . A T 493.22 PASS AF=0.575;AO=47;DP=82;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00393014;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.113;QD=24.6612;RBI=0.0248989;REFB=-0.0255135;REVB=-0.0245867;RO=33;SAF=20;SAR=27;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720121;STB=0.548692;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0153012;OID=.;OPOS=7244956;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:33:34:47:46:0.575:27:20:11:22:26:20:11:23 chr12 7244962 . T G 423.88 PASS AF=0.54321;AO=41;DP=79;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0462108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8096;QD=20.9323;RBI=0.0523737;REFB=-0.0452664;REVB=0.0246488;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001205;STB=0.501741;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0689769;OID=.;OPOS=7244962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:37:41:44:0.54321:25:16:14:22:26:18:15:22 chr12 7249598 . T C 268.0 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00490639;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.754;QD=13.5695;RBI=0.0166178;REFB=-0.0135121;REVB=0.015877;RO=42;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932343;STB=0.57442;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0295255;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:48:30:31:0.392405:17:13:22:20:18:13:26:22 chr12 7277236 . T A 384.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.881;QD=54.9441;RBI=0.132327;REFB=0;REVB=0.000939215;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147299;OID=.;OPOS=7277236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:25:1:0:0:27:1:0:0 chr12 7309199 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.338;QD=49.5964;RBI=0.0460268;REFB=0;REVB=0.0398146;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099725;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr12 7309471 . C A 743.16 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.274;QD=59.4527;RBI=0.0300789;REFB=-0.137066;REVB=0.00928181;RO=2;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162924;STB=0.508667;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00145351;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:15:33:1:1:15:33:1:1 chr12 7309473 . G C 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.278;QD=52.5376;RBI=0.0242796;REFB=-0.0416684;REVB=-0.00279062;RO=1;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303442;STB=0.509087;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00186156;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:15:35:0:1:15:35:1:1 chr12 7463241 . A T 541.09 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=0.0130939;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.838;QD=14.7234;RBI=0.013162;REFB=-0.0158739;REVB=-0.00133763;RO=87;SAF=25;SAR=34;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159182;STB=0.592765;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0163059;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:87:88:59:59:0.401361:34:25:50:37:34:25:51:37 chr12 7551022 . A T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.283;QD=63.2868;RBI=0.0277007;REFB=0;REVB=0.00825378;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4096e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr12 7551050 . A C 803.56 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135139;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.175;QD=57.3969;RBI=0.0285101;REFB=0;REVB=0.0251038;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4632e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr12 7585971 . A G 837.12 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298813;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.972;QD=57.7323;RBI=0.0454056;REFB=0;REVB=0.0341874;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278915;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr12 7649484 . T C 449.89 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0353616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5269;QD=48.6363;RBI=0.0359682;REFB=-0.036737;REVB=0.00657775;RO=3;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650812;STB=0.545428;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.014699;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:3:4:33:33:0.891892:20:13:0:3:20:13:0:4 chr12 7649652 . CT C,CC 682.63 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=5,39;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731669,0.0666057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=253.861,273.615;QD=62.0573;RBI=0.0732453,0.0667499;REFB=0,0;REVB=0.00338866,0.00438523;RO=0;SAF=5,24;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0117114,0.000964138;OID=.,.;OPOS=7649653,7649653;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:5,39:44:1,43:44:0:1,28:0,15:0:0:4:0:5,24:0,15:0:0 chr12 7655137 . A G 372.2 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5771;QD=53.1712;RBI=0.1571;REFB=0;REVB=0.156388;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726523;OID=.;OPOS=7655137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:7:20:0:0:8:20:0:0 chr12 7655278 . T A 1292.42 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0505;QD=61.5438;RBI=0.0264472;REFB=0;REVB=0.00606482;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152745;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr12 7779227 . A G 655.85 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149609;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9049;QD=62.4622;RBI=0.149794;REFB=0;REVB=-0.00744106;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101839;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr12 7805236 . C G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.010764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5555;QD=13.6998;RBI=0.0326507;REFB=-0.0130991;REVB=-0.0308254;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123201;STB=0.571352;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0209296;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:20:10:8:10:20:10 chr12 7867847 . G C 189.93 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00217526;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.032;QD=9.26466;RBI=0.0420366;REFB=0.00793524;REVB=0.0419803;RO=55;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941959;STB=0.52887;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0142118;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:57:25:25:0.304878:12:13:33:22:12:13:32:25 chr12 7868777 . A AT,ATT 129.74 PASS AF=0.0869565,0.73913;AO=6,10;DP=23;FAO=2,17;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=1,8;FSAR=1,9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0921597,0.049193;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.0287,14.1573;QD=22.5627;RBI=0.117987,0.0604574;REFB=-0.116795,-0.0760553;REVB=0.0736713,0.0351447;RO=5;SAF=1,7;SAR=5,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247547,0.189353;STB=0.5,0.505611;STBP=1,0.91;TYPE=ins,ins;VARB=0.102734,0.0340587;OID=.,.;OPOS=7868778,7868778;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.73913:6,10:23:2,17:23:4:1,8:1,9:2:2:12:5:1,7:5,3:2:3 chr12 7966958 . C T 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.017819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.648;QD=13.4912;RBI=0.0204697;REFB=-0.0147193;REVB=-0.0100742;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583742;STB=0.533311;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0213301;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:16:14:24:22:16:14:24:22 chr12 7967071 . G A 92.95 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0470348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6118;QD=9.06874;RBI=0.0477868;REFB=-0.0228339;REVB=-0.00844432;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271382;STB=0.663774;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0515676;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:10:19:5:7:10:19 chr12 8037075 . C A 184.73 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0211214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4615;QD=12.9631;RBI=0.0692191;REFB=-0.0100334;REVB=-0.0659179;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320102;STB=0.522186;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0118171;OID=.;OPOS=8037075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:34:22:23:0.403509:10:12:19:14:11:12:19:15 chr12 8043688 . G C 1302.13 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.262;QD=62.0062;RBI=0.0412642;REFB=0;REVB=0.00891145;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52724e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr12 8083895 . ACCCC ACCCCG,ACCC 44.17 PASS AF=0,0.5;AO=2,5;DP=20;FAO=0,8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.179537,-0.14501;FXX=0.1999;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=16.3376,13.1865;QD=11.0429;RBI=0.388293,0.172504;REFB=-0.0232013,-0.132691;REVB=-0.344294,-0.0934317;RO=6;SAF=0,4;SAR=2,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.562437,0.429493;STB=0.5,0.749374;STBP=1,0.079;TYPE=ins,del;VARB=0,0.125917;OID=.,.;OPOS=8083900,8083896;OREF=-,C;OALT=G,-;OMAPALT=ACCCCG,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,5:20:0,8:16:8:0,6:0,2:2:6:38:6:0,4:2,1:2:4 chr12 8249050 . C G 401.5 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.040599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6739;QD=16.7293;RBI=0.0405993;REFB=-0.0259386;REVB=0.000166376;RO=54;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051349;STB=0.528771;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.037765;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:26:16:18:36:26:16:18:36 chr12 8278181 . A T 213.22 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0147881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5778;QD=12.5425;RBI=0.0152972;REFB=-0.0184977;REVB=0.00391389;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668989;STB=0.538432;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0313994;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:22:20:14:12:22:20 chr12 8329652 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0228738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1027;QD=3.33867;RBI=0.0232761;REFB=0.00229914;REVB=0.00430913;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415513;STB=0.8025;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0120336;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:17:17:5:1:17:17 chr12 8329700 . A C 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000552409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.411;QD=4.92227;RBI=0.0490821;REFB=0.000728838;REVB=0.049079;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919039;STB=0.560826;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00291914;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:4:4:19:14:4:4:19:14 chr12 8329833 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0498279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4064;QD=8.30774;RBI=0.050059;REFB=-0.0106124;REVB=-0.00480482;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.576735;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0188028;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:11:7:4:4:11:7 chr12 8374770 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.412;QD=48.7369;RBI=0.0991456;REFB=0;REVB=0.0923678;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184641;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr12 8374781 . C CACG 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0185546;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=291.772;QD=14.6539;RBI=0.0276953;REFB=-0.0323766;REVB=-0.020561;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=ins;VARB=0.0297164;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:17:8:16:8:3:5:4:4:55:9:3:5:5:4 chr12 8374812 . G A 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0133805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.123;QD=14.0419;RBI=0.0392958;REFB=-0.03671;REVB=0.0369476;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0268645;OID=.;OPOS=8374812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr12 8375112 . G T 35.81 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0041872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.358;QD=1.93567;RBI=0.0199577;REFB=-0.00333099;REVB=0.0195135;RO=66;SAF=1;SAR=7;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571102;STB=0.910375;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0374546;OID=.;OPOS=8375112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:7:1:43:23:7:1:43:23 chr12 8376110 . T C 734.16 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155878;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.182;QD=63.8398;RBI=0.0192804;REFB=0;REVB=0.0113471;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73054e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr12 8543143 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.119;QD=44.6898;RBI=0.0260018;REFB=0;REVB=0.025908;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028862;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr12 8637403 . G T 677.98 PASS AF=0.459119;AO=72;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00685795;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.749;QD=17.0561;RBI=0.0165697;REFB=-0.0215752;REVB=0.0150839;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434626;STB=0.521463;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.022309;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:86:72:73:0.459119:35:37:48:38:36:37:47:39 chr12 8671724 . C G 30.74 PASS AF=0.0972222;AO=6;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0878036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.308;QD=1.70756;RBI=0.0879793;REFB=-0.0118616;REVB=-0.00555762;RO=61;SAF=3;SAR=3;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909228;STB=0.543086;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.191457;OID=.;OPOS=8671724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:72:61:63:6:7:0.0972222:3:3:30:31:4:3:30:33 chr12 8693333 . G A 114.25 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00181661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4115;QD=10.1552;RBI=0.0462068;REFB=0.00203023;REVB=0.0461711;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758904;STB=0.533286;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000838805;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:17:13:7:7:17:14 chr12 8808006 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0194426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.173;QD=15.6263;RBI=0.0284541;REFB=-0.0124421;REVB=-0.0207756;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210692;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0182862;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:11:15:7:12:11:16 chr12 8926011 . T C 1904.27 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00540123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.754;QD=59.977;RBI=0.0565516;REFB=0.00797071;REVB=0.0562931;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500828;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-2.78953e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:127:0:2:125:125:0.984252:68:57:0:0:69:56:1:1 chr12 9004512 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.881;QD=56.9367;RBI=0.0203244;REFB=0;REVB=0.0197833;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113603;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr12 9004892 . C A 800.59 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.678;QD=64.0468;RBI=0.0469065;REFB=0;REVB=0.0468913;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153522;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr12 9013755 . C T 712.86 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365344;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5486;QD=63.3653;RBI=0.0429521;REFB=0;REVB=0.0225858;RO=0;SAF=2;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107465;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:43:2:0:0:43:2:0:0 chr12 9016573 . A G 1414.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.1;QD=62.863;RBI=0.0210098;REFB=0;REVB=-0.0206904;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08918e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr12 9020489 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.349;QD=55.6561;RBI=0.0259534;REFB=0;REVB=0.012762;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133873;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr12 9020912 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.394;QD=62.0219;RBI=0.0279875;REFB=0;REVB=-0.00797884;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268954;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr12 9070366 . T A 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0108779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.683;QD=17.6903;RBI=0.011081;REFB=-0.0238275;REVB=-0.00211155;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809754;STB=0.546174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0306618;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:12:14:13:8:12:14 chr12 9074259 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0177268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.563;QD=9.4954;RBI=0.0540355;REFB=-0.00926294;REVB=0.051045;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.675404;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0225414;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:5:6:18:5:5:6:19:5 chr12 9098995 . G GAAC 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0167768;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.408;QD=10.3903;RBI=0.0179704;REFB=-0.00854099;REVB=0.00644004;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=ins;VARB=0.00784431;OID=.;OPOS=9098996;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:3:4:5:6:46:11:3:4:5:6 chr12 9248233 . T C 1731.2 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000587651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.035;QD=60.7439;RBI=0.0162508;REFB=0;REVB=0.0162402;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90546e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:50:64:0:0:50:64:0:0 chr12 9251297 . C T 852.14 PASS AF=0.541935;AO=81;DP=151;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.010469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.724;QD=21.9908;RBI=0.0174201;REFB=-0.0183616;REVB=0.0139233;RO=70;SAF=48;SAR=33;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060238;STB=0.514159;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0166072;OID=.;OPOS=9251297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:70:71:81:84:0.541935:33:48:41:29:33:51:41:30 chr12 9305473 . T C 1715.41 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00427901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.287;QD=59.6666;RBI=0.0117664;REFB=-0.0786917;REVB=0.0109607;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=5.19813e-06;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:56:58:1:0:56:58:1:0 chr12 9307373 . T G 1671.07 PASS AF=0.966942;AO=110;DP=118;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0444429;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0898;QD=55.2419;RBI=0.10495;REFB=-0.104524;REVB=0.0950752;RO=7;SAF=65;SAR=45;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145042;STB=0.505741;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0032405;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:118:121:7:4:110:117:0.966942:45:65:5:2:49:68:3:1 chr12 9312951 . G A 489.63 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00257433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.795;QD=24.7913;RBI=0.00378716;REFB=-0.015416;REVB=0.00277767;RO=33;SAF=33;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286036;STB=0.657222;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00657315;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:13:33:12:21:13:33:12:21 chr12 9315209 . A G 402.14 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00562851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.603;QD=19.3802;RBI=0.00645501;REFB=0.00368258;REVB=-0.00316024;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114105;STB=0.555792;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00387342;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:42:40:41:0.493976:24:16:21:19:24:17:22:20 chr12 9316773 . T C 475.17 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0767107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1049;QD=19.1986;RBI=0.0897597;REFB=-0.0236872;REVB=-0.0466075;RO=47;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783261;STB=0.561194;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0362986;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:47:52:47:47:0.474747:28:19:23:24:28:19:27:25 chr12 9317784 . A G 277.05 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00657958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.474;QD=14.0279;RBI=0.0352343;REFB=-0.0215154;REVB=0.0346145;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160297;STB=0.505614;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.023618;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:47:32:32:0.405063:18:14:19:26:18:14:21:26 chr12 9317885 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0134654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.05;QD=16.4438;RBI=0.0134683;REFB=-0.0207524;REVB=-0.000281984;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226813;STB=0.640116;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0271784;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:15:11:13:7:16:11 chr12 9345273 . A G 954.86 PASS AF=1;AO=35;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209398;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7216;QD=57.0068;RBI=0.049258;REFB=0;REVB=0.0445856;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102638;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:35:67:1:9:26:0:0:41:26:0:0 chr12 9346792 . G C 234.07 PASS AF=0.361702;AO=27;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=9.88633e-05;FXX=0.059994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.9816;QD=9.9603;RBI=0.0550159;REFB=-0.0806775;REVB=0.0550158;RO=54;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881513;STB=0.531896;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.176622;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:60:27:34:0.361702:10:17:30:24:17:17:33:27 chr12 9450357 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.974;QD=35.5759;RBI=0.12025;REFB=0;REVB=0.116729;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362689;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr12 9451397 . G A 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0264395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0998;QD=2.06904;RBI=0.0272136;REFB=-0.00262736;REVB=-0.00644467;RO=84;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405551;STB=0.529696;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0213397;OID=.;OPOS=9451397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:84:84:11:11:0.115789:6:5:41:43:6:5:41:43 chr12 9452062 . A C 131.5 PASS AF=1;AO=5;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9119;QD=43.8342;RBI=0.260235;REFB=0;REVB=0.248113;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016703;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:5:12:1:3:2:0:0:9:3:0:0 chr12 9571670 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.306;QD=40.7629;RBI=0.00244128;REFB=0;REVB=0.00244128;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67649e-05;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr12 9572819 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0808745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3164;QD=16.1984;RBI=0.103955;REFB=-0.0169639;REVB=-0.065314;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0376975;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr12 9573130 . C T 302.87 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00800814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.403;QD=14.2525;RBI=0.0179268;REFB=-0.0237929;REVB=0.0160387;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568719;STB=0.530018;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0283767;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:51:34:34:0.4:15:19:30:19:15:19:31:20 chr12 9573223 . C A 451.29 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.000252101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4902;QD=19.6213;RBI=0.0389908;REFB=-0.0116289;REVB=-0.03899;RO=45;SAF=30;SAR=15;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936901;STB=0.546199;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0331425;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:47:45:45:0.48913:15:30:34:11:15:30:35:12 chr12 9573224 . C T 337.99 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0171652;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.284;QD=14.8568;RBI=0.0196026;REFB=-0.0168079;REVB=-0.00946657;RO=54;SAF=30;SAR=7;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250369;STB=0.643792;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0178614;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:7:30:34:20:7:30:34:20 chr12 9574002 . C T 753.33 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361772;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.352;QD=55.8021;RBI=0.0519412;REFB=0;REVB=0.0372705;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574811;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:54:0:0:51:54:1:27:24:0:0:30:24:0:0 chr12 9574042 . C A 365.36 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00247929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.615;QD=17.3981;RBI=0.0142319;REFB=-0.0164227;REVB=-0.0140143;RO=45;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551659;STB=0.530864;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0212628;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:23:16:21:24:23:16:21:24 chr12 9578197 . A T 710.63 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00598396;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.451;QD=54.664;RBI=0.00980286;REFB=-0.0616543;REVB=-0.00776455;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000961004;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr12 9581791 . T C 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0156847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.674;QD=11.157;RBI=0.0212464;REFB=-0.0128733;REVB=-0.0143317;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998298;STB=0.557778;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0239087;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:28:18:12:13:28:18 chr12 9589681 . C G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.501;QD=28.5377;RBI=0.064681;REFB=-0.0356367;REVB=0.0525857;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0209681;OID=.;OPOS=9589681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr12 9590052 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00041211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.679;QD=9.85787;RBI=0.0017586;REFB=-0.0109601;REVB=-0.00170963;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488446;STB=0.529367;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0390496;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:10:19:8:5:10:19 chr12 9597776 . G A 1677.37 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.481;QD=60.4459;RBI=0.0212853;REFB=0;REVB=0.0152749;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07341e-07;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:63:48:0:0:63:48:0:0 chr12 9833524 . C G 1208.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.908;QD=61.2114;RBI=0.0192906;REFB=0;REVB=-0.0120504;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29538e-06;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:34:45:0:0 chr12 9833628 . C T 504.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685035;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.895;QD=59.3407;RBI=0.00777027;REFB=0;REVB=0.00366741;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36525e-05;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr12 9885707 . A ATAAGT 400.6 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00761398;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.777;QD=31.4195;RBI=0.0161381;REFB=0.014193;REVB=0.0142291;RO=15;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468376;STB=0.52541;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=-0.00293436;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:36:52:36:51:15:21:15:10:5:99:15:21:15:10:5 chr12 9905690 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.982;QD=61.5361;RBI=0.0158308;REFB=0;REVB=-0.00749063;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51166e-05;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:28:53:0:0:28:53:0:0 chr12 9906143 . GT G,TG 394.77 PASS AF=0.484375,0.421875;AO=24,22;DP=65;FAO=31,27;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=23,0;FSAR=8,27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.284316,-0.0904565;FXX=0.0302984;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.09296,22.6155;QD=24.6729;RBI=0.289691,0.124111;REFB=-0.13042,-0.0540492;REVB=-0.0555469,-0.0849776;RO=8;SAF=18,0;SAR=6,22;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.461538,0;SSSB=0.313703,-0.841502;STB=0.608886,0.999265;STBP=0.012,0.08;TYPE=del,mnp;VARB=0.0736476,-0.0263477;OID=.,.;OPOS=9906144,9906143;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:64:8:6:24,22:31,27:0.484375,0.421875:6,22:18,0:1:7:8,27:23,0:1:5 chr12 9906151 . GAAAA AGAAA,GAAA,GAAAAC,GTAAA 490.09 PASS AF=0,0.852459,0.147541,0;AO=9,27,8,6;DP=61;FAO=0,52,9,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,8,0;FSAR=0,40,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440765,0.172743,-0.00892573,-0.104796;FXX=0;HRUN=1,5,1,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=7.70819,10.2768,175.66,28.7243;QD=32.1373;RBI=0.197348,0.182016,0.0617495,0.114583;REFB=-0.0145617,-0.0227824,0.0120458,0.0133072;REVB=-0.192363,-0.0573539,-0.061101,-0.0463366;RO=6;SAF=0,1,7,6;SAR=9,26,1,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0.461538,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.81218,-0.575055,0.260084,0.740222;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,ins,snp;VARB=0,0.0455793,0.0446351,0;OID=.,.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906156,9906152;OREF=GA,A,-,A;OALT=AG,-,C,T;OMAPALT=AGAAA,GAAA,GAAAAC,GTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:48:61:61:6:0:9,27,8,6:0,52,9,0:0,0.852459,0.147541,0:9,26,1,0:0,1,7,6:4:2:0,40,1,0:0,12,8,0:0:0 chr12 9994445 . GTGT G 834.41 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038771;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.729;QD=57.5453;RBI=0.00975115;REFB=0;REVB=0.00894723;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.38071e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:57:58:58:0:25:33:0:0:5:0:25:30:0:0 chr12 10015177 . A G 279.44 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0239479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.295;QD=13.9722;RBI=0.0367441;REFB=-0.0115718;REVB=-0.0278681;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20732;STB=0.617395;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0128453;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:15:17:16:32:15:17:16:32 chr12 10041364 . G A 232.63 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.015347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.273;QD=10.455;RBI=0.0546327;REFB=-0.00765879;REVB=-0.0524328;RO=59;SAF=17;SAR=12;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490644;STB=0.533095;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0183704;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:60:29:29:0.325843:12:17:37:22:12:17:38:22 chr12 10136672 . G A 1350.57 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.049;QD=61.3894;RBI=0.0364528;REFB=0;REVB=0.0336087;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11621e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:88:0:0:83:88:1:48:35:0:0:50:38:0:0 chr12 10137557 . A C 573.65 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00810721;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=213.474;QD=54.6333;RBI=0.013827;REFB=-0.0320938;REVB=-0.0112009;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00122048;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:42:1:2:40:40:0.952381:20:20:1:0:19:21:1:1 chr12 10149406 . T C 378.7 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00064149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.453;QD=18.7012;RBI=0.00652721;REFB=-0.00399155;REVB=-0.00649561;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271903;STB=0.522376;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00373462;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:16:23:23:18:16:23:23:19 chr12 10149851 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.103;QD=62.1618;RBI=0.00403398;REFB=0;REVB=8.5168e-05;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77375e-06;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr12 10150961 . G A 346.44 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00979074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9185;QD=26.6493;RBI=0.023122;REFB=0.00760763;REVB=-0.0209468;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103733;STB=0.556823;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00515361;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:14:19:8:11:14:19:8:11 chr12 10150974 . A G 375.49 PASS AF=0.659574;AO=29;DP=45;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0340339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.324;QD=31.9562;RBI=0.0419074;REFB=-0.0449885;REVB=0.0244524;RO=16;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919717;STB=0.558866;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0180798;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:16:16:29:31:0.659574:14:15:6:10:14:17:6:10 chr12 10151642 . T C 1898.16 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00400502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4305;QD=59.7847;RBI=0.0703551;REFB=-0.0798109;REVB=0.0702411;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.507461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00052708;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:127:0:2:124:125:0.984252:65:59:0:0:66:59:0:2 chr12 10165469 . A G 2136.66 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528352;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.2;QD=62.8429;RBI=0.0304208;REFB=0;REVB=0.0299585;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88056e-05;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:135:136:1:67:68:0:0:67:69:0:0 chr12 10167277 . G C 697.4 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.506;QD=59.3535;RBI=0.0455066;REFB=-0.0800602;REVB=0.0409208;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00163633;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:20:25:0:1:20:26:0:1 chr12 10206925 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.406;QD=63.0517;RBI=0.0187987;REFB=0;REVB=-0.000311068;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04937e-05;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr12 10236797 . A G 745.58 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.952;QD=63.4534;RBI=0.0451151;REFB=0;REVB=0.0362203;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027627;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr12 10236824 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.892;QD=62.6709;RBI=0.00619955;REFB=0;REVB=0.00249706;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88055e-06;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr12 10236921 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7305;QD=53.9093;RBI=0.0374046;REFB=0;REVB=-0.00120958;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107472;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 10236942 . C G 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.411;QD=44.0971;RBI=0.0190204;REFB=-0.0515022;REVB=-0.00710442;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000497706;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:13:4:0:0:13:4:1:0 chr12 10237014 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.616;QD=40.7629;RBI=0.041706;REFB=0;REVB=-0.0101376;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0008108;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 10251445 . C G 946.18 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115102;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6264;QD=58.2267;RBI=0.0676568;REFB=0;REVB=-0.0666705;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880161;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:63:65:1:24:39:1:0:24:41:0:0 chr12 10271055 . T C 994.03 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.324;QD=58.472;RBI=0.0254752;REFB=0;REVB=0.0163395;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81904e-05;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:1:0:64:68:1:34:30:1:0:35:33:0:0 chr12 10313448 . C G 228.43 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0223025;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9477;QD=17.5716;RBI=0.0225277;REFB=-0.0111807;REVB=-0.00317757;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106526;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0151626;OID=.;OPOS=10313448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:12:15:11:14:12:15 chr12 10367240 . CT C 281.01 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0397856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1823;QD=20.4374;RBI=0.0543364;REFB=-0.0368236;REVB=-0.0370074;RO=20;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738714;STB=0.5338;STBP=0.527;TYPE=del;VARB=0.0156683;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:34:55:35:55:20:19:16:9:11:99:20:19:15:9:11 chr12 10367376 . C T 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0642321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.425;QD=14.4885;RBI=0.066719;REFB=-0.000278624;REVB=-0.0180462;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121957;STB=0.545407;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00202457;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:10:9:10:18:10:9:12:18 chr12 10462052 . T G 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.168;QD=63.4747;RBI=0.0974296;REFB=0;REVB=0.0357882;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030379;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr12 10467533 . T A 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00219967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.268;QD=15.0631;RBI=0.0126079;REFB=-0.0113303;REVB=-0.0124146;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838719;STB=0.541145;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0121711;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:18:9:14:20:18:9:14:21 chr12 10525740 . C T 1176.04 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447476;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.461;QD=61.0928;RBI=0.0363044;REFB=0;REVB=-0.0360276;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44953e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr12 10532111 . T G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0317889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.989;QD=30.5927;RBI=0.0322578;REFB=-0.0233101;REVB=-0.00547995;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148436;STB=0.583171;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00119761;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:0:2:5:5:0:2 chr12 10532326 . T C 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000836261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.644;QD=54.5838;RBI=0.0281896;REFB=-0.00581468;REVB=0.0281772;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=6.84804e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:1:1:28:33:1:1 chr12 10560957 . T C 945.38 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0482325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.192;QD=53.2608;RBI=0.0482988;REFB=-0.0305845;REVB=-0.00253009;RO=4;SAF=36;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398651;STB=0.502113;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000832867;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:31:36:2:2:31:36:2:2 chr12 10562025 . C T 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.384;QD=62.0082;RBI=0.0090201;REFB=0;REVB=0.00648999;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26263e-05;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr12 10562089 . A C 2101.07 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149079;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.899;QD=62.7184;RBI=0.0160123;REFB=0;REVB=0.00584354;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64157e-06;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:133:134:1:58:75:0:0:58:76:0:0 chr12 10570965 . C G 1758.41 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291679;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6877;QD=60.6347;RBI=0.0339582;REFB=0;REVB=0.0173895;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244098;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:60:55:0:0:61:55:0:0 chr12 10571042 . A G 2166.58 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0488472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0493;QD=61.4632;RBI=0.0568499;REFB=-0.0455233;REVB=0.0290837;RO=1;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059064;STB=0.506172;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00189912;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:1:2:139:139:0.985816:80:59:0:1:80:59:0:2 chr12 10571091 . T G 1565.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.94;QD=59.6354;RBI=0.0221772;REFB=0;REVB=-0.00382942;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31134e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:65:39:0:0:66:39:0:0 chr12 10571106 . G C 1339.55 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.073;QD=62.3048;RBI=0.0248325;REFB=0;REVB=0.00375763;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25988e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr12 10572982 . A G 1871.33 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7816;QD=61.3552;RBI=0.0998518;REFB=0;REVB=0.0352143;RO=1;SAF=73;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539147;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:1:0:121:122:1:48:73:1:0:48:74:0:0 chr12 10573094 . CA GG 1047.83 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127767;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=305.864;QD=59.8757;RBI=0.0137265;REFB=0;REVB=-0.00501734;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.22888e-05;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr12 10587111 . A G 11656.3 PASS AF=0.973042;AO=756;DP=781;FAO=758;FDP=779;FR=.;FRO=21;FSAF=406;FSAR=352;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00799087;FXX=0.00256079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.007;QD=59.8528;RBI=0.008057;REFB=-0.0580173;REVB=-0.00103017;RO=20;SAF=405;SAR=351;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423711;STB=0.502899;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000144344;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:781:779:20:21:756:758:0.973042:351:405:9:11:352:406:9:12 chr12 10587631 . C T 1542.18 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132425;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.024;QD=59.8904;RBI=0.0141338;REFB=0;REVB=0.00493986;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00971e-05;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr12 10588530 . C G 512.87 PASS AF=0.366864;AO=62;DP=169;FAO=62;FDP=169;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=38;FWDB=-0.0257003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8437;QD=12.139;RBI=0.0257065;REFB=0.00885435;REVB=-0.00056136;RO=107;SAF=32;SAR=30;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144824;STB=0.581995;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0189995;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:107:107:62:62:0.366864:30:32:69:38:30:32:69:38 chr12 10588581 . T C 210.18 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0129042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.37;QD=7.78442;RBI=0.0146307;REFB=-0.0177599;REVB=-0.00689489;RO=78;SAF=21;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308733;STB=0.684086;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0241906;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:78:30:30:0.277778:9:21:35:43:9:21:35:43 chr12 10603670 . T C 2319.85 PASS AF=0.905028;AO=162;DP=179;FAO=162;FDP=179;FR=.;FRO=17;FSAF=112;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0152663;FXX=0.00555525;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.647;QD=51.8403;RBI=0.0171037;REFB=-0.109212;REVB=0.00771199;RO=17;SAF=112;SAR=50;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692826;STB=0.536596;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0009358;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:179:179:17:17:162:162:0.905028:50:112:6:11:50:112:6:11 chr12 10658507 . G A 506.03 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00502211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.779;QD=16.3235;RBI=0.010522;REFB=-0.00723097;REVB=-0.00924614;RO=69;SAF=37;SAR=18;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20212;STB=0.613217;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0102767;OID=.;OPOS=10658507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:18:37:33:36:18:37:33:36 chr12 10659228 . A T 1306.21 PASS AF=0.498113;AO=132;DP=267;FAO=132;FDP=265;FR=.;FRO=133;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=82;FSRR=51;FWDB=0.000158544;FXX=0.00749036;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7624;QD=19.7163;RBI=0.0167313;REFB=-0.0305828;REVB=0.0167305;RO=123;SAF=59;SAR=73;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121721;STB=0.584518;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0152829;OID=.;OPOS=10659228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:265:123:133:132:132:0.498113:73:59:72:51:73:59:82:51 chr12 10659438 . T C 2550.88 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021374;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.835;QD=61.8394;RBI=0.0124158;REFB=0;REVB=0.0122304;RO=0;SAF=60;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34736e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:164:165:1:104:60:0:0:105:60:0:0 chr12 10659964 . C G 908.86 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.105;QD=57.7052;RBI=0.0266819;REFB=0;REVB=0.0241824;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536247;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:37:26:0:0 chr12 10675250 . G C 743.03 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169174;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3602;QD=57.1565;RBI=0.0418514;REFB=0;REVB=-0.0382797;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208941;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr12 10675295 . G A 156.55 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00767203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3881;QD=16.056;RBI=0.0729567;REFB=0.0133505;REVB=-0.0725522;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.05119;OID=.;OPOS=10675295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:11:10:9:8:12:10 chr12 10763205 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00288081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.151;QD=10.0335;RBI=0.00770496;REFB=0.0293557;REVB=-0.00714614;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.798799;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0128248;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:5:2:4:1:5:2 chr12 10763236 . G C 280.62 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614124;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7396;QD=53.452;RBI=0.0636122;REFB=0;REVB=-0.0165839;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00421836;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 10771779 . C T 2207.1 PASS AF=0.389302;AO=248;DP=658;FAO=262;FDP=673;FR=.;FRO=411;FSAF=121;FSAR=141;FSRF=196;FSRR=215;FWDB=0.0248859;FXX=0.0117473;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6662;QD=13.118;RBI=0.0272617;REFB=-0.0119668;REVB=0.0111306;RO=408;SAF=111;SAR=137;SRF=196;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365608;STB=0.509233;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0205168;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:658:673:408:411:248:262:0.389302:137:111:196:212:141:121:196:215 chr12 10782115 . T C 386.08 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0313231;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.056;QD=23.399;RBI=0.0465782;REFB=-0.0102009;REVB=-0.0344731;RO=29;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184482;STB=0.59062;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00637052;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:28:37:38:0.575758:14:23:24:5:14:24:23:5 chr12 10783729 . A G 385.37 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00377563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.691;QD=17.924;RBI=0.0240481;REFB=-0.00982421;REVB=0.0237499;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526896;STB=0.523244;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0111078;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:20:20:20:25:20:20:21:25 chr12 10856219 . C T 137.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0276537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9925;QD=29.0473;RBI=0.0290161;REFB=-0.0117967;REVB=-0.00878663;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638545;STB=0.535662;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00554098;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:10:4:2:3:10:4:2:3 chr12 10871667 . A G 1081.69 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1671;QD=58.4697;RBI=0.107793;REFB=-0.00281668;REVB=0.104811;RO=2;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109601;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000988753;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:2:1:71:73:0.986486:37:34:1:1:39:34:1:0 chr12 10875488 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0718655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.934;QD=7.62885;RBI=0.0765044;REFB=-0.00289294;REVB=0.0262347;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423404;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00630744;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:2:6:7:12:2:6:8:12 chr12 10958658 . T C 1160.22 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00363622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.683;QD=57.2946;RBI=0.0499708;REFB=-0.137636;REVB=0.0498384;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099094;STB=0.506665;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000642163;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:3:1:78:80:0.987654:37:41:2:1:37:43:0:1 chr12 10959031 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.262;QD=60.5472;RBI=0.0173516;REFB=0;REVB=0.0128983;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08305e-06;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr12 10962115 . A G 717.2 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3593;QD=59.767;RBI=0.110088;REFB=-0.154982;REVB=0.0151046;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.011234;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:45:46:0.958333:26:19:1:0:26:20:1:0 chr12 10978402 . G A,T 421.13 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776749,0.0347786;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.182,22.6262;QD=56.1508;RBI=0.00791214,0.036102;REFB=0,0;REVB=-0.00150599,0.00968533;RO=0;SAF=14,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00218982,0.0719149;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:14,2:14,0:0:0:14,2:14,0:0:0 chr12 10999708 . T C 1226.63 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.901;QD=61.3317;RBI=0.0848122;REFB=0;REVB=0.0847095;RO=0;SAF=63;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105119;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:16:63:0:0:17:63:0:0 chr12 10999780 . C G,T 1442.57 PASS AF=0.0531915,0.946809;AO=6,88;DP=94;FAO=5,89;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=5,72;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231147,0.00159687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.8209,75.662;QD=61.3861;RBI=0.0367483,0.0108885;REFB=0,0;REVB=0.0285683,0.0107708;RO=0;SAF=6,71;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.32223e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15585,-0.000209816;OID=.,.;OPOS=10999780,10999780;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:94:94:0:0:6,88:5,89:0.0531915,0.946809:0,17:6,71:0:0:0,17:5,72:0:0 chr12 11061122 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0102226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.975;QD=12.2164;RBI=0.0103193;REFB=-0.00566218;REVB=0.00140893;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01619;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0142556;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:14:13:7:8:14:13 chr12 11083356 . A G 775.26 PASS AF=0.448087;AO=81;DP=182;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.0658518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3288;QD=16.9455;RBI=0.0685126;REFB=-0.0167158;REVB=0.0189081;RO=101;SAF=28;SAR=53;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2317;STB=0.630946;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0192935;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:101:101:81:82:0.448087:53:28:58:43:54:28:58:43 chr12 11083677 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.226;QD=62.0217;RBI=0.0485043;REFB=0;REVB=0.00143264;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230026;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr12 11091432 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.628;QD=50.4135;RBI=0.021164;REFB=0;REVB=0.018217;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27138e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr12 11091693 . T A 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0255055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.087;QD=10.1319;RBI=0.0284728;REFB=-0.00658251;REVB=-0.0126557;RO=54;SAF=7;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358659;STB=0.710464;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0174763;OID=.;OPOS=11091693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:19:7:31:23:19:7:31:23 chr12 11138683 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00527163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.778;QD=19.4775;RBI=0.0242947;REFB=-0.00316831;REVB=0.0237158;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171798;STB=0.604031;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00240284;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:42:41:41:0.493976:19:22:29:11:19:22:31:11 chr12 11138852 . C T 417.36 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0115256;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.85;QD=19.1888;RBI=0.0313719;REFB=-0.0264567;REVB=-0.029178;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070145;STB=0.538965;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0223094;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:45:45:42:42:0.482759:24:18:16:29:24:18:16:29 chr12 11139305 . G A 230.92 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0509105;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5255;QD=14.4325;RBI=0.054792;REFB=-0.00857663;REVB=-0.0202553;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325598;STB=0.518505;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0100218;OID=.;OPOS=11139305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:19:18:14:13:19:18 chr12 11149711 . C A 224.66 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00857912;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.603;QD=12.8378;RBI=0.0133123;REFB=-0.00180351;REVB=-0.0101793;RO=43;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209304;STB=0.619808;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00265953;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:11:16:17:26:11:16:17:26 chr12 11149720 . A G 279.57 PASS AF=0.4;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00481123;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.343;QD=13.9786;RBI=0.00549346;REFB=0.000346661;REVB=-0.00265144;RO=48;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164634;STB=0.593691;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000560388;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:48:32:32:0.4:13:19:21:27:13:19:21:27 chr12 11149769 . T C 474.4 PASS AF=0.479592;AO=44;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-5.96487e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.011;QD=19.3631;RBI=0.0662232;REFB=-0.000504074;REVB=0.0662232;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471504;STB=0.531006;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000954044;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:51:51:44:47:0.479592:22:22:23:28:23:24:23:28 chr12 11150033 . G T 436.46 PASS AF=0.511628;AO=39;DP=84;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0216857;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.73;QD=20.3005;RBI=0.0293967;REFB=-0.0218131;REVB=0.0198467;RO=43;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211628;STB=0.625475;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0185289;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:43:42:39:44:0.511628:14:25:18:25:16:28:16:26 chr12 11150046 . G T 445.53 PASS AF=0.5;AO=45;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0114689;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4648;QD=20.2512;RBI=0.022863;REFB=-0.00204482;REVB=-0.0197784;RO=42;SAF=33;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325525;STB=0.704722;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0018955;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:44:45:44:0.5:12:33:16:26:11:33:16:28 chr12 11150054 . C T 394.69 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.012856;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.221;QD=17.542;RBI=0.013461;REFB=-0.016898;REVB=-0.00399009;RO=48;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255837;STB=0.638194;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0175624;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:49:41:41:0.455556:14:27:19:29:14:27:20:29 chr12 11150214 . G A 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0414886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7418;QD=21.1293;RBI=0.071532;REFB=-0.00484575;REVB=-0.0582712;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143335;STB=0.580711;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00174862;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:10:11:8:14:10:11 chr12 11150240 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00248977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.826;QD=19.0179;RBI=0.00482505;REFB=-0.0111369;REVB=0.00413306;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381971;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0124358;OID=.;OPOS=11150240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:9:5:6:9:9:5 chr12 11150319 . T C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00295589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.478;QD=16.4248;RBI=0.0125219;REFB=-0.0397142;REVB=0.012168;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0560701;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:7:4:6:4:7:4:6:5 chr12 11174276 . G A 327.12 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0315502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5688;QD=17.9243;RBI=0.0818426;REFB=-0.0170942;REVB=-0.0755169;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162236;STB=0.602781;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0195387;OID=.;OPOS=11174276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:33:35:0.479452:15:18:27:11:17:18:27:11 chr12 11174302 . A G 82.47 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=117;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00112649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.759;QD=2.81961;RBI=0.00313857;REFB=-0.00191086;REVB=0.00292944;RO=99;SAF=3;SAR=14;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47647;STB=0.825619;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0119308;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:117:117:99:100:17:17:0.145299:14:3:55:44:14:3:56:44 chr12 11174327 . C T 99.73 PASS AF=0.153846;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=130;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.00029292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.109;QD=3.06877;RBI=0.00814531;REFB=-0.002567;REVB=-0.00814004;RO=110;SAF=3;SAR=17;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509172;STB=0.841632;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0118864;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:110:110:20:20:0.153846:17:3:60:50:17:3:60:50 chr12 11174372 . C G 92.12 PASS AF=0.150376;AO=16;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.0247072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3742;QD=2.77051;RBI=0.0897537;REFB=-0.0195201;REVB=-0.086286;RO=110;SAF=2;SAR=14;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483826;STB=0.877277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0784752;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:133:133:110:113:16:20:0.150376:14:2:54:56:18:2:57:56 chr12 11174380 . C T 77.17 PASS AF=0.131783;AO=17;DP=130;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.00966941;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.267;QD=2.39272;RBI=0.00974065;REFB=-0.00685593;REVB=0.0011759;RO=110;SAF=2;SAR=15;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514345;STB=0.859231;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0375386;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:130:129:110:112:17:17:0.131783:15:2:56:54:15:2:56:56 chr12 11174390 . G A 81.69 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0169164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.899;QD=2.40262;RBI=0.0227522;REFB=-0.000489856;REVB=-0.0152151;RO=115;SAF=2;SAR=16;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535213;STB=0.869738;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0101869;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:115:118:18:18:0.132353:16:2:60:55:16:2:60:58 chr12 11174397 . T A 74.26 PASS AF=0.125;AO=17;DP=134;FAO=17;FDP=136;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.00527607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.369;QD=2.1842;RBI=0.00974242;REFB=0.000187221;REVB=-0.0081901;RO=117;SAF=2;SAR=15;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518709;STB=0.869112;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00180836;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:134:136:117:119:17:17:0.125:15:2:61:56:15:2:62:57 chr12 11174416 . A G 69.15 PASS AF=0.123077;AO=16;DP=130;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.000407763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.297;QD=2.1278;RBI=0.0336694;REFB=0.000301564;REVB=0.0336669;RO=114;SAF=2;SAR=14;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501606;STB=0.860417;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000834986;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:130:130:114:114:16:16:0.123077:14:2:59:55:14:2:59:55 chr12 11174753 . G A 666.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.969;QD=62.0308;RBI=0.0551545;REFB=0;REVB=0.0451643;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104082;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr12 11183042 . C G 33.64 PASS AF=0.0610687;AO=16;DP=262;FAO=16;FDP=262;FR=.;FRO=246;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=139;FSRR=107;FWDB=0.0354209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8975;QD=0.513651;RBI=0.0382006;REFB=0.00110137;REVB=-0.0143055;RO=245;SAF=7;SAR=9;SRF=139;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135699;STB=0.617918;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0216786;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:262:262:245:246:16:16:0.0610687:9:7:139:106:9:7:139:107 chr12 11183046 . C T 107.43 PASS AF=0.110266;AO=29;DP=263;FAO=29;FDP=263;FR=.;FRO=234;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=132;FSRR=102;FWDB=-0.0478902;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4423;QD=1.6339;RBI=0.0481365;REFB=-0.00525235;REVB=0.00486329;RO=232;SAF=14;SAR=15;SRF=130;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960336;STB=0.572051;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0412864;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:232:234:29:29:0.110266:15:14:130:102:15:14:132:102 chr12 11183052 . G A 86.27 PASS AF=0.0973783;AO=26;DP=268;FAO=26;FDP=267;FR=.;FRO=241;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=129;FSRR=112;FWDB=-0.0198055;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.569;QD=1.29244;RBI=0.0217073;REFB=-0.00206684;REVB=-0.00888538;RO=240;SAF=12;SAR=14;SRF=128;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864113;STB=0.566214;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0211623;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:268:267:240:241:26:26:0.0973783:14:12:128:112:14:12:129:112 chr12 11183066 . A T 79.45 PASS AF=0.0929368;AO=25;DP=269;FAO=25;FDP=269;FR=.;FRO=244;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=128;FSRR=116;FWDB=-0.00648506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.171;QD=1.18143;RBI=0.00950529;REFB=-0.000914865;REVB=-0.00694942;RO=244;SAF=11;SAR=14;SRF=128;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100604;STB=0.576361;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00980606;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:269:269:244:244:25:25:0.0929368:14:11:128:116:14:11:128:116 chr12 11183217 . C T 524.18 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0071804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.326;QD=14.2634;RBI=0.0132111;REFB=-0.00420682;REVB=0.0110894;RO=87;SAF=25;SAR=33;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555919;STB=0.525045;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00719453;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:87:89:58:58:0.394558:33:25:42:45:33:25:42:47 chr12 11183255 . G A 336.37 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00127005;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.207;QD=14.3136;RBI=0.00418414;REFB=0.0063235;REVB=-0.00398673;RO=59;SAF=19;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863735;STB=0.539771;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00723282;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:59:57:37:37:0.393617:18:19:35:24:18:19:33:24 chr12 11183451 . A T 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.131;QD=58.5805;RBI=0.0352247;REFB=0.114745;REVB=-0.0312022;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.505375;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000688976;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:57:46:0:0:57:46:1:0 chr12 11183512 . A G 437.65 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0134994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7986;QD=15.6304;RBI=0.0135029;REFB=-0.000715597;REVB=0.000307237;RO=63;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373846;STB=0.520949;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000757031;OID=.;OPOS=11183512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:29:20:28:35:29:20:28:35 chr12 11183524 . T C 32.03 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.0103619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.94;QD=1.17534;RBI=0.0152117;REFB=-0.000344021;REVB=-0.0111367;RO=98;SAF=5;SAR=4;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142277;STB=0.622227;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0265443;OID=.;OPOS=11183524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:109:109:98:100:9:9:0.0825688:4:5:42:56:4:5:42:58 chr12 11183576 . T C 89.23 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0027399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5228;QD=4.75887;RBI=0.0221819;REFB=0.000564923;REVB=-0.022012;RO=60;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302279;STB=0.694898;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00171074;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:4:11:30:30:4:11:30:30 chr12 11183642 . A G 153.82 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0018137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4048;QD=8.78986;RBI=0.021793;REFB=-0.00863782;REVB=0.0217174;RO=49;SAF=16;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363204;STB=0.717583;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0195362;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:5:16:23:26:5:16:23:26 chr12 11183676 . C T 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0106104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.851;QD=9.19041;RBI=0.0107316;REFB=-0.000274449;REVB=0.00160822;RO=44;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238314;STB=0.642704;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000590989;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:5:15:25:19:5:15:25:19 chr12 11183697 . C A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0244311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2118;QD=8.20276;RBI=0.0323032;REFB=0.00379941;REVB=-0.0211333;RO=41;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2151;STB=0.642172;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0127343;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:42:17:17:0.288136:4:13:25:16:4:13:25:17 chr12 11183722 . A C 115.07 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00866774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3482;QD=8.21933;RBI=0.0473537;REFB=-0.0111647;REVB=0.0465537;RO=40;SAF=12;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204239;STB=0.624833;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0201441;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:4:12:24:16:4:12:24:16 chr12 11183752 . T C 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00160539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.595;QD=5.70357;RBI=0.00614125;REFB=-0.00467006;REVB=-0.00592771;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159516;STB=0.604327;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0143015;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:22:16:3:7:22:16 chr12 11183793 . G C 32.09 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.026103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0114;QD=3.20945;RBI=0.0316642;REFB=-0.0193629;REVB=0.0179236;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699085;STB=0.549835;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0488693;OID=.;OPOS=11183793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:19:15:3:3:19:15 chr12 11183832 . G A 75.21 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0116335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.758;QD=11.142;RBI=0.0121133;REFB=-0.00238152;REVB=-0.00337554;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.683837;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00505653;OID=.;OPOS=11183832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:10:7:7:3:10:7 chr12 11214145 . C T 820.55 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0057614;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.677;QD=22.9524;RBI=0.0125805;REFB=-0.0122639;REVB=0.0111837;RO=65;SAF=32;SAR=45;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781154;STB=0.539558;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0110932;OID=.;OPOS=11214145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:65:66:77:77:0.538462:45:32:33:32:45:32:33:33 chr12 11214212 . A T 532.06 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00450418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.786;QD=18.3469;RBI=0.037367;REFB=-0.0140992;REVB=-0.0370945;RO=59;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120094;STB=0.515619;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0118622;OID=.;OPOS=11214212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:55:56:0.482759:31:24:25:34:31:25:25:35 chr12 11244166 . G C 669.07 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00921585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.946;QD=45.3603;RBI=0.0103316;REFB=-0.0151042;REVB=0.00467002;RO=7;SAF=27;SAR=25;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435308;STB=0.523209;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00268502;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:25:27:5:2:25:27:5:2 chr12 11244169 . G A 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0223683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.967;QD=2.35837;RBI=0.0236848;REFB=-0.00245913;REVB=0.00778647;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245627;STB=0.68573;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0126213;OID=.;OPOS=11244169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:2:5:27:26:2:5:27:26 chr12 11244194 . T C 592.04 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=7.58515e-05;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.728;QD=51.482;RBI=0.000886177;REFB=-0.00326937;REVB=-0.000882925;RO=5;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330372;STB=0.517676;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000322923;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:46:5:5:41:41:0.891304:23:18:3:2:23:18:3:2 chr12 11244634 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000212572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.554;QD=12.7822;RBI=0.0826126;REFB=-0.0251566;REVB=-0.0826123;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.733421;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0217892;OID=.;OPOS=11244634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:4:10:3:7:4:10 chr12 11244646 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00635396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.145;QD=9.84433;RBI=0.0117308;REFB=-0.00474288;REVB=0.00986096;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376342;STB=0.726832;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00378606;OID=.;OPOS=11244646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:7:13:3:7:7:13 chr12 11244687 . G C 71.97 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.010954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.619;QD=8.22527;RBI=0.010955;REFB=-0.0143545;REVB=0.00014312;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26155;STB=0.662387;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0333486;OID=.;OPOS=11244687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:12:13:3:7:12:13 chr12 11244721 . G C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0318425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.479;QD=7.52633;RBI=0.0338806;REFB=-0.0257881;REVB=-0.0115737;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22078;STB=0.652718;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0341378;OID=.;OPOS=11244721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:11:12:3:6:11:13 chr12 11244723 . A C 61.73 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0180944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1735;QD=7.26185;RBI=0.0426813;REFB=0.00415032;REVB=0.038656;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264784;STB=0.666296;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00927144;OID=.;OPOS=11244723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:11:14:3:6:11:14 chr12 11244725 . C G 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0186088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.882;QD=32.4312;RBI=0.0190463;REFB=-0.0229056;REVB=0.00405909;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075959;STB=0.541632;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0116876;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:13:11:6:4:13:11:6:4 chr12 11244730 . AA GG 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00695561;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.309;QD=5.37736;RBI=0.0207489;REFB=0.00315762;REVB=0.0195483;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=mnp;VARB=-0.00863524;OID=.;OPOS=11244730;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:11:14:3:4:11:14 chr12 11286088 . A C 602.92 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00595301;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.01;QD=17.6035;RBI=0.0325036;REFB=-0.00706428;REVB=0.0319538;RO=72;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178114;STB=0.514188;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0113806;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:72:74:62:63:0.459854:33:29:35:37:34:29:36:38 chr12 11338613 . CA GG 506.92 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130415;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=331.867;QD=59.638;RBI=0.0236951;REFB=0;REVB=0.0236592;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.30353e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr12 11338669 . C T 390.96 PASS AF=0.549296;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0316041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.896;QD=22.0262;RBI=0.03297;REFB=-0.00716025;REVB=-0.00939155;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401736;STB=0.514989;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00696636;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:32:38:39:0.549296:22:16:15:17:22:17:15:17 chr12 11338750 . T C 533.2 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0129079;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.786;QD=22.9333;RBI=0.0129378;REFB=-0.00157197;REVB=0.000878261;RO=43;SAF=21;SAR=29;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386149;STB=0.521254;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00179536;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:43:50:50:0.537634:29:21:20:23:29:21:20:23 chr12 11338781 . C A 1259.53 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8604;QD=61.4405;RBI=0.0536436;REFB=0;REVB=-0.00856021;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021044;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr12 11338957 . A G 46.65 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0609508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.499;QD=10.3664;RBI=0.0785688;REFB=0.0173494;REVB=0.0495787;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0275987;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:11:11:6:7:0.388889:3:3:6:5:4:3:6:5 chr12 11338983 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.716;QD=39.2056;RBI=0.0434141;REFB=0;REVB=-0.0115497;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203672;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr12 11418954 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0124849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.697;QD=14.5325;RBI=0.0169547;REFB=-0.00789387;REVB=-0.0114713;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117591;STB=0.506676;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0100438;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:23:17:12:17:23:17 chr12 11462275 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0012007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.173;QD=56.9482;RBI=0.0105342;REFB=-0.0840654;REVB=0.0104655;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000339546;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr12 12230938 . C G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0349751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.112;QD=11.3693;RBI=0.0351794;REFB=-0.0117302;REVB=-0.00378587;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0113233;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:8:11:6:5:8:11 chr12 12240159 . A C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00553811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.566;QD=17.0937;RBI=0.00571657;REFB=-0.0021023;REVB=0.00141724;RO=51;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169794;STB=0.509522;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00226503;OID=.;OPOS=12240159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:24:17:22:29:24:17:22:29 chr12 12301898 . C T 1013.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896201;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.14;QD=59.5897;RBI=0.0113961;REFB=0;REVB=0.00703943;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108364;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr12 12483134 . T A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00529878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.609;QD=18.3009;RBI=0.0210628;REFB=-0.0145642;REVB=-0.0203854;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140524;STB=0.580227;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0178337;OID=.;OPOS=12483134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:10:13:14:6:10:13 chr12 12618690 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0211172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.825;QD=24.8032;RBI=0.0262516;REFB=-0.00193879;REVB=-0.0155952;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000743607;OID=.;OPOS=12618690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:1:3:6:4:1:3 chr12 12672899 . G A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0265489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.683;QD=23.8997;RBI=0.0293614;REFB=0.00212581;REVB=0.01254;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641169;STB=0.535688;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00169879;OID=.;OPOS=12672899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:11:12:12:15:11:12 chr12 12814818 . C T 1479.13 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375204;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.823;QD=63.6184;RBI=0.0599884;REFB=0;REVB=-0.0468063;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158034;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr12 12941884 . C T 448.34 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00187638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.072;QD=18.6808;RBI=0.0326272;REFB=-0.00621216;REVB=-0.0325732;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630068;STB=0.503511;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00794722;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:20:25:28:23:20:25:28:23 chr12 12941956 . A ATCCT 301.75 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00324976;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=4;MLLD=308.999;QD=16.311;RBI=0.00335242;REFB=-0.00993149;REVB=-0.000823267;RO=52;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535156;STB=0.539605;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.0126277;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445946:33:86:33:74:41:20:13:22:19:99:52:20:13:29:23 chr12 13028653 . A G 390.41 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.85;QD=55.7732;RBI=0.0418127;REFB=0;REVB=0.0240976;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020041;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:22:4:0:0:22:6:0:0 chr12 13061293 . C CT 64.77 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561913;FXX=0.499688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.083;QD=32.3838;RBI=0.0917466;REFB=0;REVB=-0.0725257;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00702452;OID=.;OPOS=13061294;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:16:8:8:0:1:7:0:0:3:14:0:2:5:9 chr12 13061294 . C G,T 163.99 PASS AF=0.125,0.8125;AO=2,13;DP=16;FAO=2,13;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000366044,0.0201654;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.1501,199.916;QD=40.9966;RBI=0.00434206,0.0207669;REFB=-0.0922578,-0.0913807;REVB=0.0043266,-0.00496189;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.529367;STBP=1,0.536;TYPE=snp,snp;VARB=0.103982,-0.000649626;OID=.,.;OPOS=13061294,13061294;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:16:0:1:2,13:2,13:0.125,0.8125:2,8:0,5:0:0:2,8:0,5:0:1 chr12 13102605 . G A 149.14 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00707116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.694;QD=18.6422;RBI=0.00830545;REFB=-0.0235501;REVB=-0.0043565;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915042;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0146729;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:7:9:10:5:7:9:10:6 chr12 13136623 . T A,C 898.85 PASS AF=0.134328,0.835821;AO=9,56;DP=67;FAO=9,56;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=7,22;FSAR=2,34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00933237,-0.00760703;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.5844,115.438;QD=53.6624;RBI=0.0338524,0.035502;REFB=0.047124,0.0102467;REVB=-0.0325406,-0.0346775;RO=1;SAF=7,22;SAR=2,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175672,0.0136677;STB=0.567407,0.503865;STBP=0.554,0.776;TYPE=snp,snp;VARB=0.00322361,0.0008636;OID=.,.;OPOS=13136623,13136623;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:67:67:1:2:9,56:9,56:0.134328,0.835821:2,34:7,22:0:1:2,34:7,22:1:1 chr12 13208552 . C T 339.3 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0128941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7742;QD=17.858;RBI=0.0336981;REFB=-0.0221527;REVB=-0.0311336;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107582;STB=0.565754;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0229023;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:18:18:15:24:18:18:15:25 chr12 13214537 . A G 388.32 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0166959;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.972;QD=18.2738;RBI=0.0252984;REFB=-0.0100999;REVB=0.0190068;RO=45;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410206;STB=0.516235;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0126022;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:39:40:0.470588:19:20:25:20:19:21:25:20 chr12 13221606 . T C 804.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6763;QD=64.3845;RBI=0.0281417;REFB=0;REVB=-0.0212461;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347853;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:23:27:0:0 chr12 13349823 . C T 420.01 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0314837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8557;QD=18.2615;RBI=0.0347905;REFB=-0.0114533;REVB=0.0148039;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294967;STB=0.522476;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0140571;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:21:21:23:26:21:22:23:26 chr12 13364437 . GAGC GAG,G 1145.82 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=13,10;DP=92;FAO=80,12;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37,12;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.40855,0.0649483;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=17.6675,187.297;QD=49.8184;RBI=1.03602,0.0668427;REFB=0,0;REVB=0.952066,0.0158012;RO=58;SAF=13,10;SAR=0,0;SRF=17;SRR=41;SSEN=0.43026,0;SSEP=0,0;SSSB=0.792284,0.763722;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0233112,0.102427;OID=.,.;OPOS=13364440,13364438;OREF=C,AGC;OALT=-,-;OMAPALT=GAG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:13,10:92:80,12:92:0:37,12:43,0:0:0:60:58:13,10:0,0:17:41 chr12 13369196 . C T 958.3 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0362429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9969;QD=57.212;RBI=0.0485111;REFB=0.108902;REVB=-0.0322456;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0126968;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:0:1:26:40:0:1 chr12 13525603 . T G 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0441784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.414;QD=19.6946;RBI=0.0450636;REFB=-0.0144918;REVB=-0.00888776;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187548;STB=0.605286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.019721;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:6:16:11:10:6:16 chr12 13526328 . G T 137.1 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0145663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0524;QD=11.1916;RBI=0.059825;REFB=-0.00881997;REVB=-0.0580246;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236264;STB=0.637916;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0160665;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:25:8:7:9:25:8 chr12 13593879 . G A 614.1 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.482;QD=61.4098;RBI=0.0458306;REFB=0;REVB=0.0185242;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64652e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:26:13:0:0:27:13:0:0 chr12 13715975 . A G 215.79 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00132854;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.135;QD=21.0528;RBI=0.00872305;REFB=-0.00322228;REVB=0.00862129;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259959;STB=0.644323;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00382593;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:17:3:9:12:17:3 chr12 13717508 . G A 467.62 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00477698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.075;QD=23.6769;RBI=0.0189248;REFB=-0.016993;REVB=0.0183119;RO=34;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192351;STB=0.608309;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0158854;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:34:44:45:0.56962:25:19:23:11:26:19:23:11 chr12 14018777 . G C 764.72 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0318996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.854;QD=52.7391;RBI=0.0334259;REFB=-0.097603;REVB=0.00998552;RO=2;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470597;STB=0.523801;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00131445;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:55:56:0.965517:19:36:0:2:20:36:0:2 chr12 14019128 . C T 184.82 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00896019;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.205;QD=26.4026;RBI=0.00903364;REFB=-0.0309116;REVB=0.00114961;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060989;STB=0.533861;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0131907;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:3:7:11:7:3:7 chr12 14577892 . A T 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0781694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9479;QD=7.75951;RBI=0.0875892;REFB=0.0270796;REVB=0.0395146;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0479561;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr12 14587301 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.685;QD=21.971;RBI=0.0161494;REFB=0.0058537;REVB=0.00711003;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207215;STB=0.615888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00381097;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:12:5:11:9:12:5 chr12 14656768 . G C 248.21 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.00661751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7933;QD=16.2757;RBI=0.0236796;REFB=-0.00422652;REVB=0.0227361;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309434;STB=0.672023;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0052132;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:27:6:14:14:27:6 chr12 14664250 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0135849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.204;QD=18.1542;RBI=0.0285757;REFB=-0.0279979;REVB=-0.02514;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.634023;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0462737;OID=.;OPOS=14664250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:17:8:12:9:17:8 chr12 14664595 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0215481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4424;QD=21.9443;RBI=0.0219367;REFB=0.00262267;REVB=0.00411107;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161227;STB=0.50908;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00133043;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:5:7:9:7:5:7 chr12 14688644 . C T 1358.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.292;QD=62.4605;RBI=0.0187356;REFB=0;REVB=-0.00193048;RO=0;SAF=27;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50367e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:60:27:0:0:60:27:0:0 chr12 14794062 . G A 1171.23 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2715;QD=60.843;RBI=0.00454855;REFB=0;REVB=0.00434651;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66239e-05;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr12 14827463 . AATC A 341.94 PASS AF=0.44;AO=53;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00023389;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=3;MLLD=325.534;QD=10.942;RBI=0.0185311;REFB=-0.00846751;REVB=-0.0185297;RO=70;SAF=32;SAR=21;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121605;STB=0.564911;STBP=0.203;TYPE=del;VARB=0.0108983;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:53:126:55:125:70:33:22:34:36:99:70:32:21:34:36 chr12 14829893 . A C 4465.6 PASS AF=0.983051;AO=285;DP=293;FAO=290;FDP=295;FR=.;FRO=5;FSAF=147;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0419741;FXX=0.00337826;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4043;QD=60.5505;RBI=0.0492885;REFB=-0.201231;REVB=0.0258367;RO=8;SAF=145;SAR=140;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00696086;STB=0.501812;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00391711;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:293:295:8:5:285:290:0.983051:140:145:3:5:143:147:2:3 chr12 14927825 . C G 167.65 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0125524;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.105;QD=15.5954;RBI=0.0153956;REFB=-0.00283821;REVB=0.00891414;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195437;STB=0.612123;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00383629;OID=.;OPOS=14927825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:9:16:8:10:9:16 chr12 14927994 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.455;QD=58.2367;RBI=0.0427826;REFB=0;REVB=-0.00688299;RO=0;SAF=49;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294196;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:13:49:0:0:13:49:0:0 chr12 14928016 . G T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0101808;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.082;QD=24.2743;RBI=0.0101962;REFB=-0.0228505;REVB=0.000560466;RO=21;SAF=28;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165172;STB=0.592077;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0149882;OID=.;OPOS=14928016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:3:28:17:4:3:28:17:4 chr12 14929667 . C G 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0265919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9752;QD=31.2366;RBI=0.0265919;REFB=-0.0189618;REVB=3.88784e-05;RO=11;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486117;STB=0.526738;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00935313;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:7:17:7:4:7:17:7:4 chr12 14929872 . A G 1102.34 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256617;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.049;QD=60.4022;RBI=0.0314074;REFB=0;REVB=0.018108;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58326e-05;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr12 14930055 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.319;QD=56.9562;RBI=0.0139272;REFB=0;REVB=-0.0111878;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58198e-06;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 14959391 . T C 499.79 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00580309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.609;QD=18.3409;RBI=0.00583783;REFB=-0.0139838;REVB=0.000635902;RO=56;SAF=19;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168745;STB=0.593692;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0124563;OID=.;OPOS=14959391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:34:19:30:26:34:19:30:26 chr12 14976063 . A G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0143726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.291;QD=21.4069;RBI=0.0236247;REFB=-0.00202805;REVB=0.0187498;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820652;STB=0.545426;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00248867;OID=.;OPOS=14976063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:14:12:18:14:14:12 chr12 14976178 . T A 358.27 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0117405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.971;QD=17.0605;RBI=0.0132457;REFB=-0.0150409;REVB=-0.00613257;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104573;STB=0.564341;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0205669;OID=.;OPOS=14976178;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:21:17:25:20:21:17:26:20 chr12 14982352 . G C 1399.28 PASS AF=0.469453;AO=146;DP=311;FAO=146;FDP=311;FR=.;FRO=165;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=0.0324291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2809;QD=17.9972;RBI=0.0408983;REFB=-0.00367621;REVB=0.0249203;RO=164;SAF=87;SAR=59;SRF=78;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116827;STB=0.562935;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00451736;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:164:165:146:146:0.469453:59:87:78:86:59:87:79:86 chr12 14993439 . C T 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0138084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.048;QD=17.223;RBI=0.0155666;REFB=-0.000297556;REVB=-0.00718658;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331283;STB=0.518576;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000291503;OID=.;OPOS=14993439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:17:19:18:14:17:19 chr12 14993608 . G A 387.24 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00471769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.803;QD=13.5875;RBI=0.00539242;REFB=-0.0120855;REVB=0.00261181;RO=68;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430867;STB=0.531021;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0171584;OID=.;OPOS=14993608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:68:68:45:46:0.403509:24:21:29:39:24:22:29:39 chr12 14993854 . A G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0165764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.379;QD=23.7575;RBI=0.0198476;REFB=0.00383402;REVB=0.0109156;RO=22;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135242;STB=0.575696;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00489964;OID=.;OPOS=14993854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:7:19:13:9:7:19:13:9 chr12 15035081 . T C 447.64 PASS AF=0.458716;AO=46;DP=106;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0184715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4065;QD=16.4273;RBI=0.0216331;REFB=-0.00166445;REVB=0.0112603;RO=57;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316208;STB=0.527725;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00191449;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:57:59:46:50:0.458716:20:26:34:23:22:28:36:23 chr12 15081897 . AG CA,CG 872.8 PASS AF=0.435484,0.564516;AO=27,35;DP=63;FAO=27,35;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=12,20;FSAR=15,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121865,0.0200765;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=92.0938,119.904;QD=56.3098;RBI=0.0574046,0.0837574;REFB=0,0;REVB=-0.0560961,-0.0813157;RO=0;SAF=12,20;SAR=15,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00523039,-0.00109424;OID=.,.;OPOS=15081897,15081897;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:62:0:0:27,35:27,35:0.435484,0.564516:15,15:12,20:0:0:15,15:12,20:0:0 chr12 15095558 . C G 422.71 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0331579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.582;QD=18.181;RBI=0.0335971;REFB=-0.0236033;REVB=0.00541487;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432206;STB=0.522925;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0228926;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:42:43:0.462366:19:23:29:20:19:24:30:20 chr12 15103473 . C T 366.8 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00459328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.654;QD=24.453;RBI=0.0389247;REFB=-0.0117444;REVB=-0.0386527;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512355;STB=0.522334;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00998426;OID=.;OPOS=15103473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:18:17:10:14:19:17:10:14 chr12 15103605 . A G 1606.9 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1204;QD=64.2761;RBI=0.0511089;REFB=0;REVB=0.026362;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310532;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:47:52:0:0:47:53:0:0 chr12 15262179 . G A 132.92 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00839411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.899;QD=9.66723;RBI=0.0104738;REFB=-0.00690648;REVB=0.00626409;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111237;STB=0.545404;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0158031;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:17:18:0.327273:9:8:21:16:9:9:21:16 chr12 15776095 . C T 110.91 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.022348;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.615;QD=14.311;RBI=0.0347379;REFB=-0.0141711;REVB=-0.026595;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252173;STB=0.659955;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.020991;OID=.;OPOS=15776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:18:13:13:0.419355:5:8:6:11:5:8:6:12 chr12 16055926 . G GT 170.72 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.2191;QD=45.5261;RBI=0.036014;REFB=0;REVB=0.0327367;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00393036;OID=.;OPOS=16055927;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:9:6:0:0:4:0:9:6:0:0 chr12 16189694 . T A 1641.14 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0030752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.449;QD=56.591;RBI=0.00585933;REFB=0.00426587;REVB=-0.00498748;RO=3;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021733;STB=0.515149;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000170866;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:3:4:112:112:0.965517:64:48:0:3:64:48:0:4 chr12 16347308 . G A 1937.38 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013966;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7781;QD=61.996;RBI=0.0165857;REFB=0;REVB=-0.00894634;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03219e-05;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr12 16369828 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.814;QD=56.9565;RBI=0.0340366;REFB=0;REVB=0.0317744;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0949e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr12 16397677 . G A 2147.25 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000341791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.2;QD=61.3499;RBI=0.00708394;REFB=-0.0109483;REVB=0.00707569;RO=1;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785783;STB=0.500947;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-1.61585e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:60:78:0:1:60:78:1:1 chr12 16430284 . G A 727.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.829;QD=63.2682;RBI=0.0614824;REFB=0;REVB=0.010062;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001646;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 79.47 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0329401;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=54.3651;QD=12.2258;RBI=0.0348262;REFB=0.0169483;REVB=0.0113054;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.169053;STB=0.555461;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=-0.0200615;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:11:25:12:26:14:4:8:6:8:79:14:3:8:6:8 chr12 18435452 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00318166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.63;QD=21.0155;RBI=0.00455905;REFB=0.0177641;REVB=0.00326527;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0110162;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:6:7:9:7:6:7 chr12 18473928 . T C 1956.87 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403034;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.111;QD=62.1227;RBI=0.0403429;REFB=0;REVB=-0.00178458;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41602e-05;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:59:66:0:0:59:67:0:0 chr12 18499636 . C T 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0189515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.096;QD=13.5918;RBI=0.0198265;REFB=-0.00908167;REVB=0.00582522;RO=65;SAF=19;SAR=25;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144428;STB=0.585899;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0159057;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:25:19:37:28:25:19:38:28 chr12 18511315 . T C 530.04 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.013277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.914;QD=22.555;RBI=0.0132865;REFB=-0.000142476;REVB=0.000502075;RO=44;SAF=20;SAR=30;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803161;STB=0.504423;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00016984;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:30:20:18:26:30:20:18:26 chr12 18649057 . C T 298.09 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0196707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.748;QD=17.5349;RBI=0.0198522;REFB=-0.00996755;REVB=-0.00267824;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228496;STB=0.632146;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0106859;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:18:14:24:11:19:14:24:11 chr12 19329493 . T C 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0183385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.797;QD=11.9506;RBI=0.018561;REFB=-0.0285955;REVB=0.0028655;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0264627;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:7:4:4:4:7:4 chr12 19427764 . T C 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00937214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.877;QD=19.9732;RBI=0.0105581;REFB=-0.0144044;REVB=-0.00486169;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121553;STB=0.56749;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0154347;OID=.;OPOS=19427764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:15:22:16:19:15:22:16:19 chr12 19427766 . A G 344.58 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00145192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.192;QD=19.1432;RBI=0.00890123;REFB=-0.0255373;REVB=0.00878202;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138525;STB=0.570715;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0248913;OID=.;OPOS=19427766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:14:22:16:19:14:22:17:19 chr12 19877449 . A G 932.98 PASS AF=0.47343;AO=98;DP=207;FAO=98;FDP=207;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0184176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.718;QD=18.0287;RBI=0.0185196;REFB=-0.0123025;REVB=0.00194098;RO=107;SAF=42;SAR=56;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637899;STB=0.535558;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0117095;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:107:109:98:98:0.47343:56:42:53:54:56:42:54:55 chr12 20704509 . T G 1516.36 PASS AF=0.609865;AO=136;DP=224;FAO=136;FDP=223;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=126;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0473522;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.62;QD=27.1993;RBI=0.0491581;REFB=-0.017343;REVB=-0.0132017;RO=87;SAF=10;SAR=126;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565098;STB=0.8122;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.02772;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:87:87:136:136:0.609865:126:10:47:40:126:10:47:40 chr12 20766559 . C T 903.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.377;QD=58.2816;RBI=0.0766044;REFB=0;REVB=-0.00702482;RO=0;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11298e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:47:13:0:0:48:14:0:0 chr12 20903757 . T C 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0196072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.981;QD=22.584;RBI=0.0211856;REFB=-0.0388829;REVB=-0.00802432;RO=31;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805838;STB=0.531885;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0197979;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:31:33:41:41:0.554054:17:24:15:16:17:24:17:16 chr12 20905250 . C T 597.45 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=119;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00589244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.698;QD=19.9148;RBI=0.0103275;REFB=-0.00398506;REVB=-0.0084815;RO=59;SAF=38;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116416;STB=0.567129;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00342666;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:59:59:60:61:0.508333:22:38:30:29:22:39:30:29 chr12 21011480 . T G 1748.22 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.225;QD=60.8076;RBI=0.0173602;REFB=0;REVB=0.00815787;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85452e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:52:63:0:0:52:63:0:0 chr12 21011813 . C T 1474.29 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.069586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6532;QD=62.0754;RBI=0.0708703;REFB=-0.00080607;REVB=0.0134306;RO=3;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334258;STB=0.505746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000192005;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:3:1:92:94:0.989474:41:51:0:3:43:51:0:1 chr12 21013948 . C T 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4405;QD=57.1922;RBI=0.0220173;REFB=0;REVB=-0.0211689;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626572;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr12 21015760 . G A 2064.64 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.363;QD=62.5648;RBI=0.00908757;REFB=0;REVB=0.00743191;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30314e-05;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:67:64:0:0:67:65:0:0 chr12 21036411 . A G 1853.69 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7929;QD=59.7964;RBI=0.0509989;REFB=-0.0851097;REVB=0.0177669;RO=2;SAF=62;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150755;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000194665;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:2:1:121:123:0.991935:59:62:2:0:60:63:1:0 chr12 21054369 . G A 2267.62 PASS AF=0.9625;AO=154;DP=160;FAO=154;FDP=160;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0323408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.036;QD=56.6906;RBI=0.0384398;REFB=-0.16981;REVB=0.0207772;RO=4;SAF=83;SAR=71;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139768;STB=0.507748;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000677413;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:160:160:4:6:154:154:0.9625:71:83:1:3:71:83:2:4 chr12 21054918 . T C 1052.43 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165328;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.235;QD=60.1388;RBI=0.053787;REFB=0;REVB=0.0511831;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490639;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr12 21176135 . T C 2583.52 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237755;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4874;QD=61.1483;RBI=0.138083;REFB=-0.0297178;REVB=0.136021;RO=2;SAF=73;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100172;STB=0.502617;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000281123;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:169:2:1:167:168:0.994083:94:73:0:2:95:73:0:1 chr12 21201663 . G A 974.23 PASS AF=0.474178;AO=100;DP=213;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.00517131;FXX=0.0318167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.163;QD=18.2953;RBI=0.0412014;REFB=-0.0296305;REVB=0.0408755;RO=111;SAF=60;SAR=40;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755521;STB=0.54167;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0360084;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:111:112:100:101:0.474178:40:60:58:53:40:61:59:53 chr12 21329738 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9838;QD=58.5815;RBI=0.120604;REFB=0;REVB=0.0112527;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184745;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr12 21609773 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.000803932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4888;QD=11.6276;RBI=0.0142858;REFB=-0.00557632;REVB=0.0142631;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24909;STB=0.6432;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0121615;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:15:11:30:16:15:11:30:16 chr12 21622051 . A C 623.28 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00485088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.888;QD=19.9451;RBI=0.0118975;REFB=-0.0144209;REVB=0.0108636;RO=61;SAF=20;SAR=43;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152154;STB=0.589012;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0159863;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:62:63:63:0.504:43:20:29:32:43:20:30:32 chr12 21623179 . T C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0980561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4579;QD=6.10517;RBI=0.115578;REFB=-0.00258437;REVB=-0.0611829;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468487;STB=0.811605;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00102484;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:7:1:12:14:7:1:12:14 chr12 21623969 . A G 474.03 PASS AF=0.647059;AO=43;DP=67;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0525488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.674;QD=27.884;RBI=0.0526217;REFB=-0.0294818;REVB=0.00276962;RO=24;SAF=23;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104847;STB=0.551977;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00933832;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:24:43:44:0.647059:20:23:9:15:21:23:9:15 chr12 21654831 . G T 1065.15 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.161;QD=59.1748;RBI=0.0366031;REFB=0;REVB=0.0310711;RO=0;SAF=13;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44776e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:56:13:0:0:57:15:0:0 chr12 21670252 . G C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0099606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3902;QD=4.62932;RBI=0.0155575;REFB=-0.013032;REVB=0.0119509;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200237;STB=0.632921;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0746724;OID=.;OPOS=21670252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:16:8:3:3:16:8 chr12 21712574 . C T 793.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.223;QD=56.6502;RBI=0.0532016;REFB=0;REVB=-0.0516203;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295056;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr12 21713402 . T C 1457.39 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00423152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.575;QD=62.0166;RBI=0.00871778;REFB=-0.117197;REVB=-0.00762194;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00126426;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:93:93:0.989362:56:37:0:0:56:37:1:0 chr12 21797029 . A G 561.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373271;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.289;QD=60.7392;RBI=0.0470623;REFB=0;REVB=0.0286627;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609272;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr12 22017422 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.306;QD=52.6125;RBI=0.0205568;REFB=0;REVB=0.0133736;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236171;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 22063115 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.756;QD=61.3751;RBI=0.0283496;REFB=0;REVB=0.0264877;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78216e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr12 22348500 . A G 1863.8 PASS AF=0.984;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0353498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.995;QD=59.6417;RBI=0.035877;REFB=-0.0267737;REVB=-0.00612794;RO=2;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143915;STB=0.507461;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=8.02556e-05;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:122:123:0.984:65:57:0:2:66:57:0:2 chr12 22354921 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.064;QD=62.022;RBI=0.0226372;REFB=0;REVB=0.0133721;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67573e-05;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr12 22478425 . A G 1352.32 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00066997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.449;QD=60.7784;RBI=0.00100587;REFB=-0.12953;REVB=-0.000750273;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.04982e-06;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:89:0:1:85:88:0.988764:39:46:0:0:41:47:0:1 chr12 22814036 . A G 1047.62 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0350992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2336;QD=54.4216;RBI=0.0359459;REFB=-0.0648672;REVB=0.00775586;RO=4;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200505;STB=0.510612;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0311419;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:40:33:1:3:40:33:1:3 chr12 22839581 . A G 176.47 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0212387;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0619;QD=10.0841;RBI=0.0214288;REFB=-0.0211684;REVB=0.0028475;RO=47;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628929;STB=0.536889;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0398131;OID=.;OPOS=22839581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:47:47:23:23:0.328571:10:13:24:23:10:13:24:23 chr12 23687354 . G A 178.16 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000834791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.52;QD=14.8471;RBI=0.0306756;REFB=-0.00603856;REVB=0.0306642;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171584;STB=0.599025;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0137693;OID=.;OPOS=23687354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:17:12:11:8:17:12 chr12 23893912 . G T 1301.5 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4256;QD=61.9763;RBI=0.0474084;REFB=0;REVB=-0.000302995;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377671;OID=.;OPOS=23893912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr12 24859899 . G A 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0196525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.967;QD=16.9208;RBI=0.0210021;REFB=-0.0113868;REVB=0.00740704;RO=50;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152891;STB=0.586162;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0134704;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:28:12:22:28:28:12:22:28 chr12 24964383 . T C 471.78 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00531336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.14;QD=55.5041;RBI=0.0308281;REFB=0.000629871;REVB=0.0303668;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000371517;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr12 24964523 . C T 677.15 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00106624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.791;QD=56.4287;RBI=0.0181894;REFB=-0.00494425;REVB=-0.0181581;RO=3;SAF=21;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023512;STB=0.512529;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0038524;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:24:21:2:1:24:21:2:1 chr12 24968131 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.618;QD=39.2068;RBI=0.0406921;REFB=0;REVB=0.00613909;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379157;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 24968150 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.825;QD=42.1826;RBI=0.0349355;REFB=0;REVB=0.0338135;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198796;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 24970708 . G A 1106.7 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369101;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3348;QD=59.8217;RBI=0.0107561;REFB=0;REVB=-0.010103;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94441e-05;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:62:74:1:30:32:0:0:42:32:0:0 chr12 25054891 . G A 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.058;QD=61.3723;RBI=0.0309913;REFB=0;REVB=-0.00979751;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71391e-05;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr12 25148755 . C G 1320.89 PASS AF=0.956989;AO=88;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00153235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.849;QD=56.8123;RBI=0.0115936;REFB=-0.157083;REVB=0.0114918;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.506029;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00295206;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:93:93:0:4:88:89:0.956989:34:54:0:0:34:55:3:1 chr12 25242595 . C G 1179.74 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033136;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.605;QD=61.2852;RBI=0.0426897;REFB=0;REVB=-0.0269149;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246183;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr12 25243115 . G C 358.16 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.359;QD=55.1014;RBI=0.0233943;REFB=0;REVB=0.0107161;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257376;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:19:3:0:0:19:7:0:0 chr12 25261735 . G T 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.355;QD=47.8032;RBI=0.0527465;REFB=0;REVB=-0.0331506;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124692;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr12 25343516 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.176;QD=49.5986;RBI=0.0479396;REFB=0;REVB=-0.00544275;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655422;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 25357574 . CAA C 493.15 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255916;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.944;QD=46.9663;RBI=0.038228;REFB=0;REVB=0.0283981;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000162102;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:42:42:0:23:19:0:0:9:0:22:19:0:0 chr12 25357628 . TA T 235.83 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1232;QD=49.6476;RBI=0.069009;REFB=0;REVB=0.0222811;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000738866;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:13:6:0:0:4:0:13:6:0:0 chr12 25361091 . T C 2257.48 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.166;QD=62.7077;RBI=0.0185518;REFB=-0.047559;REVB=0.0139934;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665036;STB=0.503496;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00111466;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:142:143:0.993056:71:71:0:1:71:72:0:1 chr12 25362217 . A G 1555.91 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.354;QD=63.5065;RBI=0.0525091;REFB=0;REVB=0.0173407;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7424e-05;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:54:43:0:0:54:44:0:0 chr12 25362465 . G A 323.12 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.643;QD=53.8539;RBI=0.0457731;REFB=0;REVB=0.0438558;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577468;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:12:9:0:0:14:10:0:0 chr12 25362552 . A C 356.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1051;QD=52.8354;RBI=0.0663785;REFB=0;REVB=-0.0663048;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115857;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr12 25368462 . C T 1268.11 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116702;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.672;QD=61.859;RBI=0.0124594;REFB=0;REVB=-0.00436399;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93914e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr12 25671759 . T A 1138.98 PASS AF=0.9875;AO=74;DP=75;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.204;QD=56.949;RBI=0.130273;REFB=-0.121226;REVB=0.125441;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0100836;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:80:1:1:74:79:0.9875:39:35:1:0:44:35:1:0 chr12 26491838 . G A 456.78 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.001;QD=57.0972;RBI=0.0442577;REFB=0;REVB=0.0380759;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860455;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr12 26784850 . G A 287.6 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00256803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.362;QD=13.5343;RBI=0.0376047;REFB=-0.0116237;REVB=0.0375169;RO=51;SAF=19;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136369;STB=0.512813;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0223632;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:14:19:30:21:14:19:31:21 chr12 26809316 . G A 355.11 PASS AF=0.536232;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00191969;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.447;QD=20.5859;RBI=0.0104818;REFB=-0.000885166;REVB=0.0103045;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873047;STB=0.557644;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00158777;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:35:37:0.536232:13:22:17:15:13:24:17:15 chr12 26810777 . T C 1283.81 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.156;QD=61.8705;RBI=0.066473;REFB=0;REVB=0.0651465;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71617e-05;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:29:53:0:0:30:53:0:0 chr12 26810816 . T G 229.28 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00650214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9039;QD=12.2283;RBI=0.0198218;REFB=0.0085895;REVB=0.018725;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415832;STB=0.502391;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.015043;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:13:15:25:22:13:15:25:22 chr12 26834804 . T C,TACTC 1423.01 PASS AF=0.0380952,0.92381;AO=4,96;DP=106;FAO=4,97;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=4,63;FSAR=0,34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00381855,0.00497719;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,4;MLLD=121.085,256.623;QD=54.2099;RBI=0.0125071,0.0250707;REFB=-0.0236496,-0.00912697;REVB=0.0119099,0.0245717;RO=5;SAF=4,62;SAR=0,34;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672226,-0.0158759;STB=0.995562,0.504382;STBP=0.254,0.691;TYPE=snp,ins;VARB=0.00207853,0.000572953;OID=.,.;OPOS=26834804,26834805;OREF=T,-;OALT=C,ACTC;OMAPALT=C,TACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:106:105:5:4:4,96:4,97:0.0380952,0.92381:0,34:4,62:4:1:0,34:4,63:3:1 chr12 26868322 . T C 433.3 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0027984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.805;QD=18.0542;RBI=0.0115891;REFB=-0.00672039;REVB=0.0112461;RO=52;SAF=29;SAR=15;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564406;STB=0.503153;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00845805;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:15:29:34:18:15:29:34:18 chr12 26943170 . A T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00564544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.89;QD=20.5465;RBI=0.00564544;REFB=-0.00102536;REVB=-7.50657e-08;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281516;STB=0.660036;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00133872;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:5:17:11:11:5:17:11:11 chr12 27064232 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.396;QD=63.3368;RBI=0.0233259;REFB=0;REVB=0.010835;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43866e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:60:33:0:0:60:33:0:0 chr12 27175640 . A G 923.33 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8892;QD=57.7078;RBI=0.0338416;REFB=0;REVB=-0.0333007;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175105;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr12 27470866 . G A 754.11 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000539759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.778;QD=62.8426;RBI=0.032871;REFB=0;REVB=-0.0328665;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166545;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chr12 27627805 . G A 260.58 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0332479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.616;QD=18.9516;RBI=0.0361378;REFB=-0.00896394;REVB=-0.0141603;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779781;STB=0.544471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00888222;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:28:28:0.509091:16:12:13:12:16:12:14:13 chr12 27641473 . G A 132.3 PASS AF=0.394737;AO=16;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0513196;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.62;QD=13.9261;RBI=0.0518446;REFB=-0.0105105;REVB=0.00735936;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.592465;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0270011;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:16:15:0.394737:6:10:12:11:5:10:12:11 chr12 27648710 . C T 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00295331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.597;QD=13.0599;RBI=0.00833989;REFB=-0.0179238;REVB=0.00779947;RO=39;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324283;STB=0.69216;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0278764;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:18:8:24:15:18:8:25:15 chr12 27648786 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00628499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7363;QD=16.932;RBI=0.00762523;REFB=-0.0453168;REVB=0.00431776;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531122;STB=0.808282;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0241113;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:9:3:10:2:9:3 chr12 27788021 . G A 706.29 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4973;QD=62.7815;RBI=0.0202749;REFB=0;REVB=-0.00829368;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412495;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr12 27800746 . G T 1482.94 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6875;QD=62.4395;RBI=0.0261891;REFB=-0.0450563;REVB=0.0230225;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114012;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:95:1:0:94:95:1:46:48:1:0:46:49:0:0 chr12 27826778 . T G,TG 338.6 PASS AF=0,1;AO=3,5;DP=34;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0897556,0.12123;FXX=0.187441;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=14.4598,24.4089;QD=52.0915;RBI=0.0904623,0.143024;REFB=0,0;REVB=0.0112852,0.0758885;RO=25;SAF=1,3;SAR=2,2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158188,0.139999;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00999341;OID=.,.;OPOS=27826778,27826779;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:34:26:25:0:3,5:0,26:0,1:2,2:1,3:12:13:0,15:0,11:0:0 chr12 27849795 . CA TG 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123211;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.383;QD=51.9167;RBI=0.019437;REFB=0;REVB=-0.0193979;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.33675e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr12 27867706 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.633;QD=59.4347;RBI=0.0384714;REFB=0;REVB=-0.00659561;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr12 27915718 . A T 774.98 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363831;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.811;QD=63.2633;RBI=0.0363834;REFB=0;REVB=0.000152375;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019386;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr12 27952702 . A T 344.65 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0530075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.364;QD=19.147;RBI=0.0595913;REFB=-0.017642;REVB=-0.0272273;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088222;STB=0.55693;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0205181;OID=.;OPOS=27952702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:36:36:0.5:14:22:18:17:14:22:18:18 chr12 27959201 . G A 225.96 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00798083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.296;QD=15.3196;RBI=0.00807644;REFB=-0.0219201;REVB=0.00123906;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633213;STB=0.508468;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0183514;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:33:26:26:0.440678:13:13:13:17:13:13:16:17 chr12 28098719 . T C 537.98 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00429775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7561;QD=17.6388;RBI=0.0333195;REFB=-0.0210763;REVB=0.0330412;RO=63;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265466;STB=0.501729;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0232843;OID=.;OPOS=28098719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:63:65:56:57:0.467213:26:30:32:31:27:30:34:31 chr12 28457618 . A C 2016.76 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394553;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6638;QD=61.5805;RBI=0.0394579;REFB=-0.0979891;REVB=0.000450516;RO=1;SAF=74;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841113;STB=0.504424;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000519196;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:131:1:1:130:130:0.992366:56:74:0:1:56:74:0:1 chr12 28605426 . G A 435.95 PASS AF=0.463158;AO=45;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00657434;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.17;QD=18.356;RBI=0.00977596;REFB=-0.00527718;REVB=-0.00723516;RO=51;SAF=28;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165514;STB=0.588337;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00910413;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:51:51:45:44:0.463158:17:28:23:28:17:27:23:28 chr12 28658350 . C T 451.72 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0103107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.549;QD=24.752;RBI=0.0206436;REFB=-0.00171237;REVB=-0.0178843;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100911;STB=0.555248;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00159298;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:12:18:20:23:12:18 chr12 29423460 . G A 740.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4211;QD=56.9904;RBI=0.0408591;REFB=0;REVB=0.0336966;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470376;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr12 29630081 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7903;QD=57.1759;RBI=0.0025577;REFB=0;REVB=0.00172751;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28168e-05;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr12 29639186 . T C 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00760024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.502;QD=11.1764;RBI=0.0112692;REFB=-0.0155099;REVB=-0.00832047;RO=53;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721434;STB=0.54182;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0302977;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:13:15:25:28:13:15:25:28 chr12 29642573 . A C 188.16 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00644049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2714;QD=12.3383;RBI=0.0543802;REFB=-0.0481636;REVB=0.0539974;RO=37;SAF=17;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200735;STB=0.593976;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0749043;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:37:37:22:24:0.393443:5:17:23:14:6:18:23:14 chr12 29648275 . G A 638.18 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0231782;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.963;QD=21.8181;RBI=0.0239374;REFB=-0.0145925;REVB=-0.00598106;RO=54;SAF=42;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148734;STB=0.581791;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0135362;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:54:63:63:0.538462:21:42:27:27:21:42:27:27 chr12 29653884 . T TAG 1364.18 PASS AF=0.388889;AO=152;DP=400;FAO=154;FDP=396;FR=.;FRO=242;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=113;FSRR=129;FWDB=-0.00426774;FXX=0.005025;HRUN=3;LEN=2;MLLD=273.193;QD=13.7796;RBI=0.0232407;REFB=-0.0111287;REVB=-0.0228455;RO=234;SAF=71;SAR=81;SRF=109;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014052;STB=0.500362;STBP=0.995;TYPE=ins;VARB=0.016671;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:152:400:154:396:242:72:82:113:129:99:234:71:81:109:125 chr12 29655637 . C T 349.78 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00715041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0309;QD=18.1705;RBI=0.0172352;REFB=-0.0201343;REVB=-0.015682;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090281;STB=0.544184;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0211449;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:22:14:12:28:23:14:12:28 chr12 29670504 . G A 188.21 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.017346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.272;QD=11.95;RBI=0.0180039;REFB=-0.0222874;REVB=0.00482232;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114642;STB=0.578884;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0366239;OID=.;OPOS=29670504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:13:10:13:26:13:11:13:26 chr12 29736480 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0691455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.695;QD=14.0959;RBI=0.0863461;REFB=-0.0199373;REVB=0.0517161;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236675;STB=0.639731;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0319763;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:7:7:3:8:7:7 chr12 30781912 . A G 622.43 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00437886;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.483;QD=48.8183;RBI=0.0150296;REFB=-0.185259;REVB=0.0143776;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.500834;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0011986;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:51:1:4:47:47:0.921569:24:23:0:1:24:23:2:2 chr12 30782076 . T C 595.07 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.562;QD=61.0327;RBI=0.0436358;REFB=0;REVB=0.0424582;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132404;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:13:26:0:0 chr12 30783546 . G T 1139.14 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00281431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0529;QD=59.1761;RBI=0.00782513;REFB=-0.102964;REVB=-0.00730153;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00142464;OID=.;OPOS=30783546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:29:47:1:0:29:47:1:0 chr12 30816460 . G A 188.83 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0121932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.122;QD=11.1074;RBI=0.0155142;REFB=-0.0124487;REVB=-0.00959247;RO=44;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192428;STB=0.612149;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0219311;OID=.;OPOS=30816460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:8:16:22:22:8:16:22:22 chr12 30823971 . A G 2105.52 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0510385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.056;QD=61.9272;RBI=0.085778;REFB=0.0118667;REVB=-0.0689415;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00164857;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:78:57:0:0:78:57:1:0 chr12 30868002 . C T 1194.34 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0068263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.191;QD=59.7168;RBI=0.0106149;REFB=-0.0879204;REVB=0.00812876;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919194;STB=0.504761;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-5.95725e-06;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:27:51:1:0:27:52:1:0 chr12 30881809 . T C 302.96 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0121558;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.247;QD=19.2356;RBI=0.0294672;REFB=-0.012259;REVB=0.0268431;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272198;STB=0.523322;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00793075;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:31:32:32:0.507937:15:17:15:15:15:17:15:16 chr12 30948848 . G C 466.92 PASS AF=0.5;AO=41;DP=93;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0209351;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.916;QD=18.3107;RBI=0.0217728;REFB=-0.0317666;REVB=0.00598137;RO=44;SAF=7;SAR=34;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342205;STB=0.573397;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0341781;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:102:44:51:41:51:0.5:34:7:20:24:34:17:24:27 chr12 31107131 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00190234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.144;QD=21.0076;RBI=0.0100699;REFB=-0.018017;REVB=0.00988857;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.640366;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00957068;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:8:8:14:5:9:8 chr12 31107955 . G A 375.3 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.306;QD=55.5993;RBI=0.0329915;REFB=0;REVB=-0.00247648;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625004;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:12:11:0:0:12:15:0:0 chr12 31135478 . T C 2133.28 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5126;QD=62.7435;RBI=0.0710878;REFB=0;REVB=-0.0600228;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447315;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:66:69:0:0:67:69:0:0 chr12 31135579 . T C 454.2 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0662555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.316;QD=15.1399;RBI=0.0679409;REFB=-0.0144997;REVB=-0.015039;RO=68;SAF=21;SAR=30;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155136;STB=0.503545;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0194862;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:51:51:0.425:30:21:27:41:30:21:28:41 chr12 31231138 . G T 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0320021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8703;QD=13.0288;RBI=0.0632057;REFB=0.00480602;REVB=0.0545053;RO=46;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149241;STB=0.585681;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00811074;OID=.;OPOS=31231138;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:19:10:22:24:19:10:22:24 chr12 31237700 . G A 129.46 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0160896;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.572;QD=11.7695;RBI=0.0239045;REFB=-0.00577147;REVB=0.017679;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358301;STB=0.715474;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00748202;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:29:15:15:0.340909:3:12:15:14:3:12:15:14 chr12 31240862 . A T 255.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0525544;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2678;QD=15.479;RBI=0.058335;REFB=-0.0390441;REVB=0.0253182;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199146;STB=0.612824;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.060833;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:19:10:20:17:19:10:20:17 chr12 31240925 . A G 491.76 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00533652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.993;QD=18.5568;RBI=0.0221296;REFB=-0.00629048;REVB=0.0214765;RO=54;SAF=23;SAR=29;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152965;STB=0.508471;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00423267;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:29:23:23:31:29:23:23:31 chr12 31242399 . T C 467.43 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0358492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.142;QD=16.8443;RBI=0.0477717;REFB=-0.0365884;REVB=-0.0315748;RO=59;SAF=18;SAR=33;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218269;STB=0.626158;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0283778;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:33:18:34:25:33:18:35:25 chr12 31249861 . C G 138.79 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=10;FWDB=0.0394139;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.021;QD=7.40211;RBI=0.0851815;REFB=-0.00609062;REVB=0.0755144;RO=54;SAF=12;SAR=8;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298349;STB=0.678426;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0204649;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:54:55:20:20:0.266667:8:12:44:10:8:12:45:10 chr12 31253995 . C T 275.72 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0631037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.401;QD=18.0803;RBI=0.0633718;REFB=-0.0242116;REVB=-0.00582321;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629163;STB=0.545319;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.01667;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:19:11:13:17:19:11:14:17 chr12 31255263 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0257289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.893;QD=15.2557;RBI=0.0314052;REFB=-0.0385177;REVB=0.0180086;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174744;STB=0.510071;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0591519;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:16:14:9:11:16:14 chr12 31255405 . C T 536.12 PASS AF=0.534653;AO=51;DP=98;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0308171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.233;QD=21.2324;RBI=0.0369208;REFB=-0.0206482;REVB=0.0203334;RO=47;SAF=37;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151601;STB=0.591783;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0186779;OID=.;OPOS=31255405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:47:47:51:54:0.534653:14:37:27:20:14:40:27:20 chr12 31256905 . T C 182.53 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0597967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.548;QD=17.3833;RBI=0.0599232;REFB=-0.0175161;REVB=-0.00389175;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109198;STB=0.562433;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.032229;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:11:12:12:7:11:12 chr12 31267744 . A C 80.86 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=60;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0157064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.927;QD=5.30255;RBI=0.0251839;REFB=-0.00758936;REVB=-0.0196859;RO=47;SAF=10;SAR=2;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415451;STB=0.780581;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0320732;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:60:61:47:48:12:13:0.213115:2:10:25:22:2:11:26:22 chr12 31283446 . T G 246.16 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0204301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.458;QD=13.488;RBI=0.0514535;REFB=-0.021514;REVB=0.0472236;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161833;STB=0.592043;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0309754;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:28:16:15:14:28:16 chr12 31288955 . G A 448.24 PASS AF=0.623188;AO=40;DP=67;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0126174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.307;QD=25.9849;RBI=0.0267173;REFB=-0.0058405;REVB=0.0235503;RO=24;SAF=24;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210423;STB=0.625193;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00194171;OID=.;OPOS=31288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:24:26:40:43:0.623188:16:24:7:17:17:26:7:19 chr12 31297871 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.077;QD=61.6835;RBI=0.0446207;REFB=0;REVB=0.0422644;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925255;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr12 31300891 . C A 1641.97 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.454;QD=60.2557;RBI=0.00632785;REFB=0;REVB=-0.0027023;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18096e-06;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:59:49:0:0:60:49:0:0 chr12 31301888 . T C 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00249254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.679;QD=21.4756;RBI=0.00732133;REFB=-0.00550292;REVB=-0.00688398;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968425;STB=0.553541;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00389418;OID=.;OPOS=31301888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:14:16:15:21:14:16 chr12 31648825 . TC CT,TT 473.33 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835761,0.0146299;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=27.7642,259.805;QD=57.3737;RBI=0.104297,0.0436248;REFB=0,0;REVB=0.103962,0.0410985;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0388224,0.000954633;OID=.,.;OPOS=31648825,31648826;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:0,11:2,20:0:0:0,11:2,20:0:0 chr12 31944475 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0503313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.369;QD=11.2572;RBI=0.0993719;REFB=-0.0461286;REVB=-0.0856828;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0170853;OID=.;OPOS=31944475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:7:5:4:4:7:5 chr12 31944567 . T G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0107917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.123;QD=21.0138;RBI=0.0117667;REFB=-0.0181492;REVB=0.00468988;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0131181;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:4:3:5:6:4:3 chr12 32134240 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.896;QD=59.8549;RBI=0.013975;REFB=0;REVB=-0.0138679;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60186e-05;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr12 32134638 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.579;QD=47.8223;RBI=0.0265503;REFB=0;REVB=-0.00119198;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137871;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 32135441 . T C 437.3 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.419;QD=56.4259;RBI=0.0282781;REFB=0;REVB=0.0194919;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318378;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr12 32137901 . A G 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00101914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.006;QD=16.6241;RBI=0.00354498;REFB=-0.0143692;REVB=-0.00339532;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0344223;OID=.;OPOS=32137901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:6:7:4:9:7:7 chr12 32261239 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000154906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.779;QD=21.8421;RBI=0.000154906;REFB=0.0363393;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122329;OID=.;OPOS=32261239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr12 32261419 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00701845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.504;QD=18.0505;RBI=0.0428495;REFB=-0.0118385;REVB=-0.0422709;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00891431;OID=.;OPOS=32261419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr12 32261435 . A G 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0168425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.111;QD=30.5472;RBI=0.030675;REFB=0.0119007;REVB=0.0256377;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645688;STB=0.535674;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00998461;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:8:10:3:4:8:10:3:4 chr12 32552769 . C G 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00434659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.515;QD=18.4947;RBI=0.00457259;REFB=-0.00330432;REVB=-0.00141977;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326673;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:12:18:18:12:12:18:18:12 chr12 32764184 . G A 224.7 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00515818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8616;QD=17.6238;RBI=0.0279155;REFB=-0.00182801;REVB=-0.0274348;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196424;STB=0.602652;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000446881;OID=.;OPOS=32764184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:8:16:12:14:8:16:13:14 chr12 32777362 . G A 256.4 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0136944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.492;QD=11.2703;RBI=0.0152137;REFB=-0.0270782;REVB=-0.00662722;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362543;STB=0.521013;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0380739;OID=.;OPOS=32777362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:17:14:29:31:17:14:29:31 chr12 32854366 . A C 354.61 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00676752;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.85;QD=21.1707;RBI=0.0256082;REFB=-0.00575007;REVB=-0.0246978;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636252;STB=0.535192;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00536127;OID=.;OPOS=32854366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:19:17:17:14:19:17:17:14 chr12 32860302 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00933628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.773;QD=12.3289;RBI=0.0249819;REFB=0.00192296;REVB=-0.0231717;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136212;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00344535;OID=.;OPOS=32860302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:10:7:6:5:10:7 chr12 32875406 . A G 431.37 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00275298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.665;QD=25.7535;RBI=0.0146151;REFB=-0.00897845;REVB=-0.0143535;RO=26;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153839;STB=0.584228;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00882416;OID=.;OPOS=32875406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:26:15:15:11:26:15:15:11 chr12 32908237 . C A 250.24 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0229229;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.9133;QD=21.7604;RBI=0.167866;REFB=-0.037345;REVB=0.166293;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260269;STB=0.605176;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00900436;OID=.;OPOS=32908237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:20:21:24:0.521739:8:13:4:11:10:14:7:13 chr12 32908518 . G A 207.62 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00175234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.398;QD=17.6696;RBI=0.0425564;REFB=-0.0151475;REVB=-0.0425203;RO=26;SAF=17;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420841;STB=0.742276;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00769481;OID=.;OPOS=32908518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:4:17:11:15:4:17:11:15 chr12 32943927 . C T 230.38 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00458875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.654;QD=12.1252;RBI=0.00576009;REFB=-0.00539313;REVB=0.00348167;RO=46;SAF=20;SAR=7;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143322;STB=0.580584;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0142413;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:48:27:28:0.368421:7:20:29:17:7:21:31:17 chr12 38712142 . C G 2640.36 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.429;QD=62.1261;RBI=0.0199036;REFB=0;REVB=0.00863018;RO=0;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59917e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:80:90:0:0:80:90:0:0 chr12 39705271 . T C 146.18 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0415752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4097;QD=17.1982;RBI=0.100636;REFB=-0.0340112;REVB=-0.0916469;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393442;STB=0.728132;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0337153;OID=.;OPOS=39705271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:3:13:8:10:3:13:8:10 chr12 40148894 . TTAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG 314.13 PASS AF=0,0.245902,0.590164,0,0;AO=11,9,13,5,9;DP=89;FAO=0,15,36,0,0;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=0,13,28,0,0;FSAR=0,2,8,0,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0300122,0.0396614,0.137797,-0.0911052,0.0943258;FXX=0.23747;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=2,3,1,2,1;MLLD=12.5991,21.5271,7.55261,13.0635,4.47238;QD=20.5987;RBI=0.497665,0.212999,0.157523,0.0963714,0.411456;REFB=0.196876,0.0884948,0.0189506,-0.0467289,-0.181297;REVB=-0.496759,-0.209274,-0.0763246,-0.0314212,0.400498;RO=21;SAF=6,6,13,5,1;SAR=5,3,0,0,8;SRF=18;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.369535,-0.279998,0.753666,0.59117,-0.731108;STB=0.5,0.553115,0.507038,0.5,0.5;STBP=1,0.633,0.919,1,1;TYPE=del,del,del,mnp,snp;VARB=-0.00702851,0.0205263,0.0357168,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=40148895,40148895,40148896,40148902,40148896;OREF=TA,TAA,A,AG,A;OALT=-,-,-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAG,TTAAAAAAG,TTAAAAAAGA,TTTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.245902,0.590164,0,0:11,9,13,5,9:89:0,15,36,0,0:61:10:0,13,28,0,0:0,2,8,0,0:8:2:84:21:6,6,13,5,1:5,3,0,0,8:18:3 chr12 40152900 . G A 955.23 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.795;QD=57.8926;RBI=0.0636827;REFB=0;REVB=0.0633289;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154195;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:34:29:0:0:37:29:0:0 chr12 40619082 . G A 1558.64 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677257;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.058;QD=59.9477;RBI=0.0345414;REFB=0;REVB=-0.0338709;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187083;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr12 40688695 . T C 609.45 PASS AF=0.5;AO=62;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0231015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.106;QD=19.6596;RBI=0.0235833;REFB=-0.00675004;REVB=0.00474279;RO=61;SAF=31;SAR=31;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515972;STB=0.532248;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00646946;OID=.;OPOS=40688695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:61:62:62:62:0.5:31:31:34:27:31:31:35:27 chr12 40821176 . G A 176.78 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0163151;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.899;QD=10.1017;RBI=0.0171838;REFB=0.00310668;REVB=-0.00539427;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549132;STB=0.52385;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00438122;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:48:47:23:23:0.328571:9:14:27:21:9:14:27:20 chr12 40821839 . C T 545.28 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0384221;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=14.0718;RBI=0.0388087;REFB=-0.00973572;REVB=-0.00546398;RO=88;SAF=26;SAR=37;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386901;STB=0.513452;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0122389;OID=.;OPOS=40821839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:88:92:63:63:0.406452:37:26:36:52:37:26:40:52 chr12 40827579 . C T 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0108762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2424;QD=15.7907;RBI=0.0115711;REFB=0.00653902;REVB=-0.00394938;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205551;STB=0.615314;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00921518;OID=.;OPOS=40827579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:12:27:15:16:12:27 chr12 40835749 . T C 1643.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.983;QD=59.2254;RBI=0.0132244;REFB=0.0868592;REVB=-0.00853371;RO=1;SAF=66;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713918;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000331604;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:44:66:1:0:44:66:1:0 chr12 40837264 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.983;QD=61.6816;RBI=0.0797064;REFB=0;REVB=0.07141;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640226;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr12 40843504 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.141;QD=57.7118;RBI=0.0242031;REFB=0;REVB=0.0116835;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28425e-05;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr12 41337435 . C T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00417049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.506;QD=11.6206;RBI=0.0430626;REFB=0.00213789;REVB=-0.0428601;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109498;STB=0.563574;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00241386;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:14:21:10:10:14:21 chr12 41967677 . G A 256.88 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00558291;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.167;QD=16.055;RBI=0.0113044;REFB=-0.0120271;REVB=-0.00982953;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282305;STB=0.515927;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0100129;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:19:10:13:22:19:10:13:22 chr12 42475984 . T A 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00673437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.806;QD=18.996;RBI=0.0726309;REFB=0.0283992;REVB=-0.072318;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0109781;OID=.;OPOS=42475984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:8:9:6:11:8:9 chr12 42476798 . T C 167.99 PASS AF=0.409091;AO=15;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0605806;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.3841;QD=15.2716;RBI=0.0833603;REFB=-0.0190599;REVB=-0.057262;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361773;STB=0.744397;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0166996;OID=.;OPOS=42476798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:26:15:18:0.409091:11:4:12:7:14:4:16:10 chr12 42553219 . T C 183.69 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00857144;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.421;QD=17.0875;RBI=0.0226903;REFB=0.00270034;REVB=-0.021009;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105165;STB=0.509544;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00497794;OID=.;OPOS=42553219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:24:19:19:0.44186:5:14:18:4:5:14:18:6 chr12 42606229 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.007679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.062;QD=13.5805;RBI=0.0099557;REFB=-0.0109743;REVB=0.00633632;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206386;STB=0.620016;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0219279;OID=.;OPOS=42606229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:17:11:10:7:17:11 chr12 42629550 . T C 923.57 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.004;QD=56.8351;RBI=0.0313763;REFB=-0.159192;REVB=0.0132047;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000181674;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:29:35:0:1:29:35:0:1 chr12 42636124 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.469;QD=61.3364;RBI=0.0342516;REFB=0;REVB=0.0187802;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130392;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr12 42838886 . C T 113.21 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0148987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0272;QD=17.4164;RBI=0.0587368;REFB=-0.0155812;REVB=-0.0568158;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2801;STB=0.658322;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00319957;OID=.;OPOS=42838886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:2:11:7:6:2:11 chr12 42839836 . A C 972.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9051;QD=58.9397;RBI=0.0396961;REFB=0;REVB=0.0340508;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538244;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr12 42853084 . C A 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00313419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7253;QD=16.0635;RBI=0.0190051;REFB=-0.00555561;REVB=-0.0187449;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31434;STB=0.677157;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00759049;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:9:17:10:21:9:17:10:21 chr12 42853520 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0099264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.199;QD=18.8287;RBI=0.0105202;REFB=-0.00334292;REVB=0.00348452;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14424;STB=0.582006;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00440091;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:7:13:11:11:7:13:11:11 chr12 42853871 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0162434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.574;QD=16.0719;RBI=0.031862;REFB=-0.0139258;REVB=-0.0274105;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187556;STB=0.60579;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0166353;OID=.;OPOS=42853871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:15:20:11:18:15:20 chr12 42854204 . CA C,CG 1296.2 PASS AF=0.127907,0.872093;AO=12,74;DP=86;FAO=11,75;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=6,44;FSAR=5,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214575,0.0238113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.356,246.205;QD=60.2883;RBI=0.0214592,0.0239613;REFB=0,0;REVB=-0.000272632,0.00267759;RO=0;SAF=8,42;SAR=4,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0130193,-0.00168485;OID=.,.;OPOS=42854205,42854205;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.127907,0.872093:12,74:86:11,75:86:0:6,44:5,31:0:0:45:0:8,42:4,32:0:0 chr12 42854207 . A G 54.4 PASS AF=0.137931;AO=11;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0103947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.683;QD=2.50101;RBI=0.0106804;REFB=-0.00418226;REVB=-0.00245391;RO=76;SAF=6;SAR=5;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747021;STB=0.514827;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.166776;OID=.;OPOS=42854207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:87:87:76:75:11:12:0.137931:5:6:46:30:5:7:45:30 chr12 42854208 . A G 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00593845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.915;QD=19.1825;RBI=0.0152594;REFB=-0.0148596;REVB=-0.0140565;RO=43;SAF=28;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125333;STB=0.569939;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0113504;OID=.;OPOS=42854208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:13:28:24:19:13:28:24:19 chr12 42863262 . A G 287.7 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.027761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7069;QD=18.8656;RBI=0.0455745;REFB=-0.0331774;REVB=-0.0361436;RO=30;SAF=23;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32295;STB=0.68097;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.037747;OID=.;OPOS=42863262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:8:23:12:18:8:23:12:18 chr12 42863266 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.005768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.253;QD=18.1746;RBI=0.0211215;REFB=-0.00577361;REVB=0.0203187;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29391;STB=0.663247;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00918393;OID=.;OPOS=42863266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:24:8:18:13:24:8 chr12 43777630 . C A 107.3 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000553838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.192;QD=22.5888;RBI=0.0585828;REFB=-0.0534598;REVB=0.0585802;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201929;OID=.;OPOS=43777630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:4:3:5:7:4:3 chr12 43860526 . A G 378.41 PASS AF=0.444444;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00194672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.864;QD=16.8182;RBI=0.00638009;REFB=-0.00835008;REVB=-0.00607584;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222235;STB=0.530953;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0160419;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:50:38:40:0.444444:17:21:26:23:17:23:26:24 chr12 43944909 . C G 213.77 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00154913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4808;QD=20.8552;RBI=0.0216117;REFB=-0.0173143;REVB=-0.0215561;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224193;STB=0.583843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0135952;OID=.;OPOS=43944909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:7:13:8:12:8:13:9:11 chr12 45269284 . C T 672.64 PASS AF=0.602041;AO=58;DP=97;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0265207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.439;QD=27.4547;RBI=0.031863;REFB=-0.00425519;REVB=-0.0176607;RO=39;SAF=29;SAR=29;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945809;STB=0.501729;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00225765;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:39:58:59:0.602041:29:29:19:20:30:29:19:20 chr12 45410075 . A G 694.77 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00655906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.872;QD=24.8133;RBI=0.00655957;REFB=-0.0146821;REVB=-8.19974e-05;RO=45;SAF=43;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937452;STB=0.547439;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0100505;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:46:66:66:0.589286:23:43:24:21:23:43:25:21 chr12 45417666 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00617692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.134;QD=22.5338;RBI=0.019882;REFB=-0.018661;REVB=0.0188981;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00910286;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:8:7:10:9:8:7 chr12 46246206 . G T 387.54 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0460137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.674;QD=15.981;RBI=0.048132;REFB=0.00437706;REVB=0.0141218;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608499;STB=0.534258;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00572318;OID=.;OPOS=46246206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:20:21:32:24:20:21:32:24 chr12 46367944 . A G 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0146399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.099;QD=12.3389;RBI=0.0229048;REFB=-0.00841887;REVB=0.0176153;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25561;STB=0.646938;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0167041;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:15:9:24:15:15:9:24:15 chr12 46758494 . A G 430.76 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.38;QD=57.4343;RBI=0.0433958;REFB=0;REVB=0.040485;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373546;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:23:30:1:11:12:0:0:18:12:0:0 chr12 46759017 . T A 508.19 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.368;QD=56.4659;RBI=0.0137972;REFB=-0.0708722;REVB=-0.00485488;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=8.88779e-06;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr12 46761127 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.284;QD=55.6561;RBI=0.0182463;REFB=0;REVB=-0.00332632;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9371e-05;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr12 47168898 . G A 1406.64 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261391;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.28;QD=60.5005;RBI=0.0431429;REFB=-0.0928618;REVB=0.0343228;RO=2;SAF=34;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270634;STB=0.514283;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000310641;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:57:34:2:0:57:34:2:0 chr12 47170764 . G A 322.36 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000995345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.029;QD=28.0315;RBI=0.00241027;REFB=-0.0433536;REVB=0.00219515;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394226;STB=0.521724;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0109604;OID=.;OPOS=47170764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:10:8:14:14:10:8 chr12 47470223 . T A,TTACTA 999.46 PASS AF=0.0724638,0.927536;AO=5,58;DP=71;FAO=5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172569,-0.00216777;FXX=0.0142837;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=136.575,250.814;QD=57.9394;RBI=0.0191518,0.0124168;REFB=0,0;REVB=0.00830595,0.0122261;RO=4;SAF=2,22;SAR=3,36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118169,0.0167525;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0164357,-0.00143197;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:71:69:4:0:5,58:5,64:0.0724638,0.927536:3,36:2,22:1:3:3,38:2,26:0:0 chr12 47471439 . G A 151.21 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.035019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.889;QD=20.1614;RBI=0.0350451;REFB=0.0108768;REVB=0.00135221;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0112847;OID=.;OPOS=47471439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:3:11:11:5:3:11 chr12 47581629 . T C 2031.7 PASS AF=0.992593;AO=125;DP=129;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.754;QD=60.1985;RBI=0.082323;REFB=-0.0672508;REVB=0.0695061;RO=2;SAF=55;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182095;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000461173;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:135:2:1:125:134:0.992593:70:55:1:1:77:57:1:0 chr12 47629368 . G T 846.24 PASS AF=0.444444;AO=92;DP=208;FAO=92;FDP=207;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=0.00337445;FXX=0.00480746;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.68;QD=16.3524;RBI=0.00353729;REFB=-0.00586442;REVB=0.00106088;RO=115;SAF=41;SAR=51;SRF=62;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935171;STB=0.551948;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00717612;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:115:115:92:92:0.444444:51:41:62:53:51:41:62:53 chr12 47740029 . A G 615.66 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0174702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.99;QD=20.522;RBI=0.0174769;REFB=-0.0145902;REVB=-0.000481884;RO=56;SAF=33;SAR=29;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185006;STB=0.509456;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0141258;OID=.;OPOS=47740029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:58:62:62:0.516667:29:33:31:25:29:33:32:26 chr12 47740069 . C A 1663.6 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344236;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.295;QD=60.4946;RBI=0.0621228;REFB=0;REVB=0.0517133;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157769;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:52:58:0:0 chr12 48134695 . T C 140.04 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0275098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9054;QD=12.7312;RBI=0.0613524;REFB=-0.00838382;REVB=0.0548391;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.636206;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0188508;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:20:8:8:8:20:8 chr12 48144925 . T C 809.82 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.649;QD=56.8298;RBI=0.0720104;REFB=0;REVB=0.0385581;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144864;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:15:37:0:0:18:39:0:0 chr12 48151822 . C G 711.6 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0762773;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1285;QD=21.5637;RBI=0.076416;REFB=-0.00680353;REVB=0.00460232;RO=66;SAF=30;SAR=38;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121025;STB=0.510002;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00683705;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:66:63:68:69:0.522727:38:30:30:36:38:31:27:36 chr12 48176792 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0458677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2686;QD=15.6449;RBI=0.0568513;REFB=0.00852296;REVB=0.0335891;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411415;STB=0.523445;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00838742;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:12:17:12:10:12:17 chr12 48177170 . C G 186.42 PASS AF=0.452381;AO=21;DP=44;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00748713;FXX=0.0454442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.105;QD=17.7544;RBI=0.0142424;REFB=0.00465982;REVB=-0.0121156;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230589;STB=0.608574;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00315092;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:23:21:19:0.452381:16:5:10:12:14:5:10:13 chr12 48177238 . A G 468.7 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0121835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.231;QD=22.8634;RBI=0.0170175;REFB=-0.0274671;REVB=0.011881;RO=37;SAF=18;SAR=26;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199248;STB=0.515145;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0217122;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:26:18:16:21:27:18:16:21 chr12 48192639 . G A 160.68 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0473775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6821;QD=17.8535;RBI=0.0634394;REFB=-0.0919572;REVB=0.0421893;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465313;STB=0.555494;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0761876;OID=.;OPOS=48192639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:19:17:17:0.472222:12:5:4:12:12:5:4:15 chr12 48237735 . CAG C,CG 161.55 PASS AF=0,0.375;AO=5,13;DP=47;FAO=0,18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00416061,0.00355949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=163.709,163.003;QD=13.4628;RBI=0.0527349,0.0188103;REFB=0.00365902,0.000690965;REVB=-0.0525705,-0.0184704;RO=28;SAF=0,10;SAR=5,3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.632425,0.399824;STB=0.5,0.596225;STBP=1,0.33;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000830553;OID=.,.;OPOS=48237736,48237736;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.375:5,13:47:0,18:48:30:0,10:0,8:12:18:99:28:0,10:5,3:12:16 chr12 48272895 . A G 662.14 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00614812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.648;QD=27.5891;RBI=0.00819933;REFB=-0.0072867;REVB=-0.00542491;RO=37;SAF=28;SAR=30;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413388;STB=0.527629;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00493698;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:38:58:58:0.604167:30:28:20:17:30:28:21:17 chr12 48367976 . C T 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00660762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.116;QD=16.4169;RBI=0.00660926;REFB=-0.0165989;REVB=-0.000146939;RO=52;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454134;STB=0.535238;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0231799;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:54:41:41:0.431579:21:20:23:29:21:20:23:31 chr12 48375568 . A G 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00571452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.061;QD=11.7808;RBI=0.0344441;REFB=-0.00116481;REVB=-0.0339668;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520807;STB=0.530792;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00186311;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:16:15:7:9:16:15 chr12 48375965 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0188071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0666;QD=5.68907;RBI=0.0397518;REFB=0.0129906;REVB=-0.0350214;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331721;STB=0.679478;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0121788;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:3:3:4:14:3:3:5:14 chr12 48376291 . G A 60.75 PASS AF=0.25;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0273377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.758;QD=6.75025;RBI=0.0380398;REFB=-0.00993516;REVB=0.0264514;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100486;STB=0.52824;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0237688;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:24:27:8:9:0.25:3:5:13:11:4:5:16:11 chr12 48380682 . G A 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0102429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.021;QD=22.1656;RBI=0.0115677;REFB=-0.00557716;REVB=0.00537554;RO=44;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284244;STB=0.501567;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00458813;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:28:21:19:25:28:21:19:25 chr12 48389643 . A C 169.34 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00266559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3198;QD=16.5208;RBI=0.0139523;REFB=0.00870332;REVB=0.0136953;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134577;STB=0.578216;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0122335;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:16:2:4:19:16:2:4:19 chr12 48391416 . G T 603.71 PASS AF=0.620253;AO=46;DP=80;FAO=49;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0387268;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.557;QD=30.5674;RBI=0.0387327;REFB=-0.000866937;REVB=0.000674222;RO=17;SAF=31;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015177;STB=0.570632;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00150434;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:17:25:46:49:0.620253:15:31:11:6:16:33:12:13 chr12 48398080 . T A 374.27 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0304962;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7215;QD=19.9608;RBI=0.0327743;REFB=-0.0219764;REVB=0.0120058;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218604;STB=0.625286;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0517847;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:37:38:0.506667:23:14:23:14:24:14:23:14 chr12 48413944 . C T 333.1 PASS AF=0.45;AO=38;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0448203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2386;QD=16.6552;RBI=0.0452704;REFB=-0.0525846;REVB=-0.00636777;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.549972;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0424873;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:38:36:0.45:24:14:21:21:22:14:21:23 chr12 48413950 . A C 330.45 PASS AF=0.536232;AO=31;DP=65;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0825403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6044;QD=19.1566;RBI=0.101143;REFB=-0.0574159;REVB=0.0584546;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113314;STB=0.5872;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0825917;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:34:32:31:37:0.536232:20:11:16:18:25:12:16:16 chr12 48438140 . CATATATATATATATA CATATATATATATA,CATATATATATATATG,TACATATATATATATA 482.97 PASS AF=0.894737,0.0789474,0.0263158;AO=25,3,2;DP=41;FAO=34,3,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1,1;FSAR=9,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209406,0.0627913,-0.0670098;FXX=0.0952154;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,3;MLLD=62.1849,42.6015,86.2279;QD=50.8386;RBI=0.215338,0.0883385,0.11442;REFB=-0.111552,0.000251777,-0.0141751;REVB=0.0501963,0.0621364,0.092745;RO=0;SAF=17,1,2;SAR=8,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0321406,0.0857868,0.103336;OID=.,.,.;OPOS=48438141,48438155,48438140;OREF=AT,A,CAT;OALT=-,G,TAC;OMAPALT=CATATATATATATA,CATATATATATATATG,TACATATATATATATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:41:38:0:0:25,3,2:34,3,1:0.894737,0.0789474,0.0263158:8,2,0:17,1,2:0:0:9,2,0:25,1,1:0:0 chr12 48477422 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0051151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.77;QD=16.5778;RBI=0.0155817;REFB=0.00312507;REVB=-0.0147182;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352979;STB=0.519843;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00392778;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:20:18:14:18:20:18 chr12 48501161 . A T 199.28 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0149214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.112;QD=12.4552;RBI=0.0160225;REFB=-0.01792;REVB=0.00583715;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214039;STB=0.605603;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0246086;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:39:24:25:0.390625:14:10:23:14:14:11:24:15 chr12 48512285 . C A 708.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.859;QD=63.0121;RBI=0.0301439;REFB=0;REVB=0.0299584;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80782e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:19:23:0:0:21:24:0:0 chr12 48512331 . C T 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00349809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.517;QD=24.5875;RBI=0.00737232;REFB=-0.0143891;REVB=-0.00648957;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291181;STB=0.516004;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0107419;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:17:15:9:12:17:15:9:12 chr12 48525861 . A G 196.51 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=50;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.010912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.652;QD=14.2918;RBI=0.0357429;REFB=-0.0216334;REVB=0.0340364;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1201;STB=0.519069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0231765;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:29:30:20:25:0.454545:5:15:19:10:10:15:19:11 chr12 48526712 . G A 304.08 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00819546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=14.3095;RBI=0.0225908;REFB=-0.00706418;REVB=0.0210519;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652987;STB=0.536991;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00583713;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:16:19:24:26:16:19:24:26 chr12 48541757 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0305253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.974;QD=19.1805;RBI=0.0375081;REFB=-0.012045;REVB=0.021796;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796854;STB=0.545386;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0113691;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:7:4:6:7:7:4 chr12 48578325 . A C 100.93 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0520409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.76;QD=10.9108;RBI=0.0523123;REFB=-0.0315601;REVB=0.00532189;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917324;STB=0.583198;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0483434;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:37:37:24:24:11:12:0.324324:5:6:15:9:6:6:15:9 chr12 48578809 . T C 331.42 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0230646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.875;QD=18.6714;RBI=0.0230657;REFB=0.0172668;REVB=0.00023241;RO=36;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987057;STB=0.55514;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0122785;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:23:12:16:20:23:12:16:20 chr12 48596241 . A G 271.9 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00179195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.63;QD=19.4211;RBI=0.00476463;REFB=0.00248472;REVB=0.00441481;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550256;STB=0.519986;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00319756;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:13:16:16:10:13:16:16:11 chr12 48597053 . A G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0122321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.618;QD=17.3202;RBI=0.0123295;REFB=-0.00964852;REVB=0.00154648;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.503727;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0150011;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:9:7:8:9:9:7:8:10 chr12 48723595 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00977041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.406;QD=11.9922;RBI=0.0181422;REFB=-0.027565;REVB=-0.0152866;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268395;STB=0.656548;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0486198;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:7:11:12:21:7:11:12:21 chr12 48866585 . A C 1313.66 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487337;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.244;QD=62.555;RBI=0.00596413;REFB=0;REVB=0.00343819;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129208;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr12 48866792 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.137;QD=57.0002;RBI=0.0146449;REFB=0;REVB=-0.00265513;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46364e-05;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr12 48919556 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.776;QD=58.5995;RBI=0.0255559;REFB=0;REVB=0.00651622;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149052;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr12 48919659 . T C 191.45 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.472;QD=47.8614;RBI=0.0486591;REFB=0;REVB=0.0199207;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277764;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr12 48919796 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.098;QD=56.1911;RBI=0.00685555;REFB=0;REVB=0.00461165;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86939e-05;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr12 48920006 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.613;QD=59.1405;RBI=0.0561478;REFB=0;REVB=0.0337913;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757368;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr12 48954040 . A G 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0188375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.647;QD=17.5009;RBI=0.0191707;REFB=-0.00149781;REVB=-0.00355847;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133307;STB=0.574572;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00175209;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:20:8:11:15:20:8 chr12 49048738 . G T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.252;QD=59.5018;RBI=0.00760904;REFB=0;REVB=0.00323219;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37634e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr12 49075811 . T G 542.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146565;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.778;QD=60.2441;RBI=0.0159184;REFB=0;REVB=0.00621148;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93404e-05;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr12 49086963 . G A 1348.05 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298336;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.992;QD=61.2751;RBI=0.0374773;REFB=-0.140257;REVB=0.0226827;RO=1;SAF=67;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702089;STB=0.503703;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000407617;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:20:67:1:0:20:67:1:0 chr12 49221622 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00566747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233;QD=14.9204;RBI=0.00941535;REFB=-0.0219897;REVB=-0.00751856;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517788;STB=0.52939;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0318408;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:10:18:22:15:10:18:22:15 chr12 49230035 . T G 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0459661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.143;QD=16.8933;RBI=0.0482428;REFB=-0.0238934;REVB=0.0146453;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.545367;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0241618;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:2:7:7:3:2:7 chr12 49255798 . G C 1047.23 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139042;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.166;QD=59.8418;RBI=0.0143503;REFB=0;REVB=-0.00355014;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19717e-05;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr12 49308284 . A G 345.05 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.015248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0759;QD=16.6291;RBI=0.0308089;REFB=-0.0161998;REVB=-0.0267711;RO=46;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203539;STB=0.61469;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0174382;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:12:25:22:24:12:25:22:24 chr12 49312593 . A G 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0178169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0278;QD=14.5958;RBI=0.0187496;REFB=0.0239651;REVB=0.00584007;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404017;STB=0.5229;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0349714;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:19:17:23:30:19:17:23:30 chr12 49314862 . C A 201.46 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=0.0107989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0878;QD=8.3077;RBI=0.053864;REFB=-0.00615033;REVB=-0.0527704;RO=70;SAF=15;SAR=12;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12729;STB=0.575418;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.026006;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:70:27:27:0.278351:12:15:46:24:12:15:46:24 chr12 49314994 . A G 70.09 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.020064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.761;QD=6.83824;RBI=0.0276905;REFB=-0.0106206;REVB=-0.0190841;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239226;STB=0.678909;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0840529;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:9:10:0.243902:5:4:20:11:6:4:20:11 chr12 49332092 . G A 326.19 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00471244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.62;QD=17.1677;RBI=0.0131568;REFB=-0.0121087;REVB=0.0122839;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064153;STB=0.527407;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0120708;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:34:35:0.460526:16:18:19:22:17:18:19:22 chr12 49332366 . C T 57.09 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00428955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8507;QD=12.0194;RBI=0.0248749;REFB=-0.0340203;REVB=-0.0245022;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224141;STB=0.635998;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0325521;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:6:5:2:6:6:5 chr12 49332451 . T TGA 53.87 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00766967;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.615;QD=11.3401;RBI=0.018553;REFB=-0.0332056;REVB=0.0168935;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210359;STB=0.578755;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.0450513;OID=.;OPOS=49332452;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:6:20:8:19:11:4:4:7:4:53:13:3:3:9:4 chr12 49334762 . G C 801.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.968;QD=57.2219;RBI=0.0202329;REFB=0;REVB=0.0152247;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17522e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 49359587 . T G 554.81 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0239136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.561;QD=24.9354;RBI=0.0309922;REFB=-0.0307203;REVB=0.0197144;RO=38;SAF=19;SAR=32;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938946;STB=0.551238;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0245718;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:51:51:0.573034:32:19:10:28:32:19:10:28 chr12 49359989 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.025601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.774;QD=21.5102;RBI=0.0290706;REFB=-0.0376625;REVB=0.0137728;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.545404;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0229844;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:8:9:9:6:9:9:9:6 chr12 49390677 . T C 425.6 PASS AF=0.356643;AO=49;DP=141;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00184625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.067;QD=11.9049;RBI=0.00970818;REFB=-0.0113817;REVB=0.00953101;RO=91;SAF=25;SAR=24;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534146;STB=0.513293;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.018282;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:91:92:49:51:0.356643:24:25:46:45:26:25:47:45 chr12 49425978 . T C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0344557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.332;QD=8.90102;RBI=0.0379173;REFB=0.00521785;REVB=0.0158281;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406949;STB=0.744434;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00562383;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:12:6:28:12:12:6:29:12 chr12 49434074 . C A 185.84 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0464632;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.7052;QD=18.5841;RBI=0.0668331;REFB=-0.0455933;REVB=-0.0480399;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143906;STB=0.524975;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.042569;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:12:20:18:20:0.5:10:8:3:9:10:10:11:9 chr12 49436554 . G A 492.28 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0423947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.036;QD=22.6337;RBI=0.0423979;REFB=-0.00549531;REVB=-0.000523489;RO=40;SAF=15;SAR=31;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227345;STB=0.516122;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00421145;OID=.;OPOS=49436554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:31:15:14:26:32:15:14:26 chr12 49444545 . G A 156.29 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0823565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.666;QD=15.6293;RBI=0.0852631;REFB=0.00564761;REVB=0.0220728;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109992;STB=0.56368;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00374309;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:9:14:12:5:9:14 chr12 49494962 . A G 756.47 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301675;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2776;QD=55.016;RBI=0.0303591;REFB=-0.116092;REVB=-0.00340575;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0147666;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr12 49500398 . G A 1500.23 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190211;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.429;QD=60.0092;RBI=0.00956503;REFB=0;REVB=0.00937399;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57313e-05;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr12 49500509 . C T 751.09 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012303;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.183;QD=63.9228;RBI=0.0139466;REFB=0;REVB=0.00656825;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63762e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr12 49522578 . T C 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355614;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2048;QD=52.6714;RBI=0.0437392;REFB=0;REVB=0.0254657;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308494;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr12 49522605 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.65;QD=56.0099;RBI=0.0427684;REFB=-0.0611134;REVB=0.0345563;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00144952;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:0:1:12:22:0:1 chr12 49579696 . C G 723.66 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.298;QD=56.7576;RBI=0.0380345;REFB=0;REVB=0.0198717;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122613;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr12 49580180 . T C 1089.07 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0577586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2033;QD=57.3196;RBI=0.0669497;REFB=-0.158176;REVB=-0.0338558;RO=2;SAF=27;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033754;STB=0.517852;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00432851;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:47:27:2:0:47:27:2:0 chr12 49667103 . A T 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000501175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.062;QD=60.1985;RBI=0.00438963;REFB=0;REVB=-0.00436093;RO=0;SAF=16;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30764e-06;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:57:16:0:0:57:16:0:0 chr12 49992644 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0117727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.121;QD=19.999;RBI=0.0155698;REFB=-0.0158951;REVB=-0.0101894;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660449;STB=0.536564;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0167439;OID=.;OPOS=49992644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:22:11:8:22:22:11:8:22 chr12 50185334 . A G 289.58 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.406;QD=52.6501;RBI=0.040996;REFB=0;REVB=0.0332015;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137697;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:7:14:0:0:7:15:0:0 chr12 50189602 . A G 946.92 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691335;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.775;QD=58.2719;RBI=0.0693724;REFB=0;REVB=-0.00575162;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08911e-05;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:60:65:1:37:23:0:0:38:27:0:0 chr12 50189807 . C A 398.75 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.428;QD=54.9998;RBI=0.0450145;REFB=0;REVB=0.0413964;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193521;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:8:21:0:0 chr12 50189834 . T G 407.32 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.264;QD=56.1824;RBI=0.0305995;REFB=0;REVB=0.0259504;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015881;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:5:21:0:0:7:22:0:0 chr12 50190653 . C T 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.4;QD=46.0592;RBI=0.0264752;REFB=0.0431552;REVB=0.0239722;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000517458;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:12:7:0:0:12:7:0:1 chr12 50190667 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.624;QD=52.6128;RBI=0.028672;REFB=0;REVB=0.000591999;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017762;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 50232169 . A T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.231;QD=39.2067;RBI=0.0629743;REFB=0;REVB=-0.0592316;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705302;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr12 50263148 . G A 256.77 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.105625;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.942;QD=19.7518;RBI=0.106121;REFB=-0.0456053;REVB=-0.0102482;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580085;STB=0.555514;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0262875;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:15:25:27:27:0.519231:15:12:8:7:15:12:14:11 chr12 50348078 . T C 808.39 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.448;QD=56.7291;RBI=0.0519878;REFB=0;REVB=0.00416234;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41107e-05;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr12 50452708 . C G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.094;QD=63.8869;RBI=0.0294347;REFB=0;REVB=0.0282444;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3133e-05;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr12 50476158 . G T 2300.78 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0066442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.588;QD=59.375;RBI=0.006819;REFB=-0.0898726;REVB=0.00153408;RO=2;SAF=91;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103394;STB=0.505434;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-9.23589e-07;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:2:2:153:153:0.987097:62:91:2:0:62:91:2:0 chr12 50523947 . A G 698.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0974528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8835;QD=54.8065;RBI=0.0975447;REFB=0.0249962;REVB=0.00423417;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0147624;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr12 50523964 . T C 750.13 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344306;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.369;QD=63.8409;RBI=0.0124436;REFB=0;REVB=0.0119577;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28649e-05;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 50526814 . G A 350.28 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.517;QD=53.8888;RBI=0.0514917;REFB=0;REVB=0.0479106;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759981;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:14:12:0:0 chr12 50537815 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.316;QD=58.4197;RBI=0.0284414;REFB=0;REVB=0.0181615;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89147e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr12 50650041 . A C 156.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0170639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8241;QD=24.062;RBI=0.082358;REFB=-0.0100108;REVB=0.0805708;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262232;STB=0.514688;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00816543;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:6:4:7:9:6:4 chr12 50650057 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4182;QD=55.6499;RBI=0.066503;REFB=0;REVB=0.0269449;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815421;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr12 50744119 . G A 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.728;QD=58.4135;RBI=0.0149246;REFB=0;REVB=0.0140376;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15803e-05;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr12 50744171 . T C 1452.05 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.317;QD=63.1328;RBI=0.0518852;REFB=0;REVB=0.0400973;RO=0;SAF=57;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181006;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:34:57:0:0:35:57:0:0 chr12 50744753 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.905;QD=52.6132;RBI=0.0153922;REFB=0;REVB=-0.00145538;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93088e-05;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr12 50746348 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.214;QD=33.4285;RBI=0.0227787;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012318;OID=.;OPOS=50746348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 50749221 . G C 695.71 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.877;QD=60.4968;RBI=0.078145;REFB=0.0213215;REVB=-0.0519557;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00176664;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:14:31:0:1:14:31:0:1 chr12 50749227 . T G 638.65 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00835194;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.421;QD=51.0919;RBI=0.00918369;REFB=-0.181361;REVB=-0.00381905;RO=2;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669296;STB=0.551231;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00200901;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:50:50:2:6:44:44:0.88:13:31:0:2:13:31:2:4 chr12 50749554 . G T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.010456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.529;QD=16.993;RBI=0.0132197;REFB=-0.00512056;REVB=-0.00808907;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681841;STB=0.538432;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00658674;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:9:18:18:12:9:18:18:12 chr12 50754563 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.09;QD=52.6132;RBI=0.0306638;REFB=0;REVB=0.028568;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06255e-05;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr12 50824275 . C G 362.21 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00038078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9688;QD=23.3686;RBI=0.0197685;REFB=-0.014006;REVB=0.0197648;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796659;STB=0.543804;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.008989;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:19:17:15:11:19:17:15:11 chr12 50870145 . G A 2850.36 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.279;QD=61.6295;RBI=0.0174751;REFB=-0.0015895;REVB=0.00344496;RO=2;SAF=101;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115083;STB=0.500628;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=3.4187e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:185:2:2:182:183:0.989189:81:101:1:1:81:102:1:1 chr12 51112586 . T C 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0334073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.562;QD=14.4195;RBI=0.0402405;REFB=-0.00327708;REVB=0.0224333;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509316;STB=0.502895;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00623537;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:19:18:13:14:19:18 chr12 51135275 . T C 890.72 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701934;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3179;QD=58.4075;RBI=0.0154971;REFB=0;REVB=0.0138162;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152106;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr12 51141883 . A G 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00604862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.928;QD=18.491;RBI=0.0349414;REFB=-0.0162363;REVB=-0.0344138;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152576;STB=0.586389;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.010958;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:10:16:10:12:10:16 chr12 51214638 . G T 389.89 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00914459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.6;QD=29.4259;RBI=0.0252922;REFB=-0.0207944;REVB=0.0235812;RO=17;SAF=12;SAR=23;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032829;STB=0.514278;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00631186;OID=.;OPOS=51214638;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:35:36:0.679245:23:12:5:12:24:12:5:12 chr12 51235316 . T TG 386.41 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557305;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.5162;QD=34.3478;RBI=0.0577139;REFB=0;REVB=-0.0149999;RO=40;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00219452;OID=.;OPOS=51235317;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:45:45:0:18:27:0:0:3:40:0:5:18:22 chr12 51235317 . A G,T 675.43 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=41,3;DP=46;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=22,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206369,-0.00467717;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.4136,73.1858;QD=60.0383;RBI=0.020687,0.064536;REFB=0,0;REVB=-0.00143839,-0.0643663;RO=0;SAF=19,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00651994,0.223099;OID=.,.;OPOS=51235317,51235317;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:46:45:0:0:41,3:41,4:0.911111,0.0888889:22,3:19,0:0:0:22,4:19,0:0:0 chr12 51236802 . T C 58.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.026456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5192;QD=14.6512;RBI=0.060654;REFB=-0.0602754;REVB=-0.0545801;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0461395;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr12 51333796 . C CA 125.76 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0118993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3164;QD=13.2384;RBI=0.0174653;REFB=-0.00676356;REVB=-0.0127844;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.506128;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.00738948;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:18:39:18:38:20:11:7:12:8:99:21:11:7:13:8 chr12 51354803 . C T 487.19 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00555946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1994;QD=15.2246;RBI=0.0473204;REFB=-0.00504583;REVB=-0.0469927;RO=73;SAF=22;SAR=32;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182263;STB=0.506871;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00561626;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:32:22:31:42:32:22:31:43 chr12 51393116 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00700711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.074;QD=16.6241;RBI=0.0170861;REFB=-0.0094159;REVB=-0.0155832;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.624791;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0120401;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:6:8:10:3:6:8 chr12 51402905 . T G 875.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174701;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.596;QD=58.3803;RBI=0.109154;REFB=0;REVB=0.107747;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502384;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr12 51442944 . G A 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000673173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.451;QD=60.7458;RBI=0.0244389;REFB=0;REVB=0.0244296;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1966e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr12 51518787 . C G 188.37 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0121799;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.804;QD=19.8289;RBI=0.0251571;REFB=-0.017683;REVB=0.0220121;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229316;STB=0.629295;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0154668;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:11:8:13:6:11:8:13:6 chr12 51590593 . C T 197.72 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0244998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.719;QD=18.8303;RBI=0.0303592;REFB=-0.00604968;REVB=0.0179288;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16953;STB=0.595498;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00514977;OID=.;OPOS=51590593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:6:16:11:9:6:16 chr12 51636259 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.629;QD=62.9826;RBI=0.0250388;REFB=0;REVB=0.00999994;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2921e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr12 51681903 . T C 2215.56 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.275;QD=63.3017;RBI=0.0314697;REFB=0;REVB=0.0296901;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53652e-05;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr12 51685831 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00718765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.905;QD=57.8246;RBI=0.025572;REFB=-0.132297;REVB=0.024541;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00264504;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:1:0:20:18:1:0 chr12 51722311 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00398867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.685;QD=17.07;RBI=0.00427285;REFB=-0.0121209;REVB=-0.00153225;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124163;STB=0.506962;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00790921;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:11:20:23:12:11:20:23:12 chr12 51733734 . G A 478.52 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0442999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2424;QD=25.1852;RBI=0.0445739;REFB=-0.0416249;REVB=0.00493506;RO=31;SAF=29;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270621;STB=0.514794;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0265668;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:16:29:21:10:16:29:21:10 chr12 51737607 . G A 291.0 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0291214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.96;QD=26.4541;RBI=0.0360712;REFB=-0.0192285;REVB=-0.0212856;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235756;STB=0.630892;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0227888;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:18:8:11:7:18:8:11:7 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 720.96 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=8,42;DP=52;FAO=8,44;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=6,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016202,0.0329406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=171.96,110.624;QD=55.4586;RBI=0.0250956,0.0332479;REFB=0,0;REVB=-0.0191647,-0.00450949;RO=0;SAF=2,26;SAR=6,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0527737,0.00846828;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:8,42:52:8,44:52:0:2,26:6,18:0:0:47:0:2,26:6,16:0:0 chr12 51740409 . TA GG 77.37 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0192642;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.2;QD=5.42939;RBI=0.0192762;REFB=-0.00395326;REVB=0.000679297;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112209;STB=0.561303;STBP=0.662;TYPE=mnp;VARB=0.0123422;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:58:57:44:45:12:12:0.210526:6:6:26:18:6:6:26:19 chr12 51771040 . T C 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0324243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9801;QD=12.3064;RBI=0.0343538;REFB=-0.0134259;REVB=0.0113514;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113433;STB=0.556053;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0218618;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:13:12:15:25:13:12:16:25 chr12 52080965 . C T 859.69 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.393;QD=54.5835;RBI=0.0185164;REFB=-0.0844503;REVB=0.00537451;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451316;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000332751;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:26:35:1:1:26:35:1:1 chr12 52182545 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00963396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.363;QD=16.7315;RBI=0.0365097;REFB=-0.0126059;REVB=-0.0352157;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144045;STB=0.581109;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0209818;OID=.;OPOS=52182545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:18:18:20:11:18:18 chr12 52184271 . T C 66.58 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0695941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.246;QD=13.3168;RBI=0.0701799;REFB=-0.0256214;REVB=0.00904871;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131886;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0379328;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:20:11:11:8:9:0.45:4:4:7:4:5:4:7:4 chr12 52200742 . C A 105.97 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00648758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9464;QD=21.1947;RBI=0.0470257;REFB=-0.0359896;REVB=0.046576;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231045;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0274218;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:6:2:7:5:6:2 chr12 52204246 . T C 796.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.647;QD=56.8704;RBI=0.0268651;REFB=0;REVB=0.0251152;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52126e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr12 52211942 . G A,C 436.51 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=28,3;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184254,-0.0173254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.119,128.045;QD=56.3235;RBI=0.0214953,0.020061;REFB=0,0;REVB=0.0110702,0.0101131;RO=0;SAF=13,2;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000548294,0.0231673;OID=.,.;OPOS=52211942,52211942;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:31:31:0:0:28,3:29,2:0.935484,0.0645161:15,1:13,2:0:0:15,1:14,1:0:0 chr12 52215102 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.175;QD=43.486;RBI=0.0247115;REFB=0;REVB=0.00181088;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125766;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr12 52282060 . C T 513.83 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0121573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1009;QD=21.8652;RBI=0.0161604;REFB=-0.0190949;REVB=0.0106471;RO=43;SAF=26;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11604;STB=0.545597;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0168452;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:45:48:49:0.521277:22:26:29:14:22:27:29:16 chr12 52282873 . A T 217.61 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00654447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.412;QD=18.5197;RBI=0.0451454;REFB=-0.033518;REVB=-0.0446685;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915012;STB=0.575753;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0415116;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:24:21:23:0.489362:13:8:7:17:13:10:7:17 chr12 52284233 . T C 732.34 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.56;QD=56.3338;RBI=0.0186523;REFB=0;REVB=-0.0184205;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156921;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:35:16:0:0:35:17:0:0 chr12 52284500 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0176825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.827;QD=15.1958;RBI=0.0202982;REFB=-0.0192778;REVB=-0.00996721;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331196;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0217418;OID=.;OPOS=52284500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:11:7:5:9:11:7 chr12 52285086 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0140228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.103;QD=19.1081;RBI=0.0522205;REFB=-0.0241578;REVB=0.0503025;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436534;STB=0.753262;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131199;OID=.;OPOS=52285086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:5:1:7:2:5:1 chr12 52306221 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0083215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.799;QD=14.2615;RBI=0.16104;REFB=0.000626752;REVB=0.160825;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157534;STB=0.590802;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00085808;OID=.;OPOS=52306221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:17:7:7:9:17:7 chr12 52380694 . A G 344.76 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=3.59357e-05;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.891;QD=18.8907;RBI=0.0174846;REFB=-0.0136887;REVB=-0.0174846;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663094;STB=0.536822;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0120587;OID=.;OPOS=52380694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:37:37:36:36:0.493151:24:12:10:27:24:12:10:27 chr12 52565322 . G T 171.57 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.017557;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.941;QD=16.7382;RBI=0.0194938;REFB=0.00565205;REVB=0.00847112;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824789;STB=0.511932;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00637023;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:17:18:0.439024:5:12:17:5:5:13:17:6 chr12 52602013 . C T 593.36 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00493591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.102;QD=20.6385;RBI=0.00561501;REFB=-0.0211935;REVB=0.00267679;RO=55;SAF=22;SAR=38;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141113;STB=0.507766;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.023484;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:38:22:21:34:38:22:21:34 chr12 52631313 . A G 1391.57 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263359;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9255;QD=61.168;RBI=0.0896407;REFB=-0.0429263;REVB=0.0856848;RO=2;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312365;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:91:2:0:89:91:1:30:59:0:2:32:59:0:0 chr12 52639302 . G C 768.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0968855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8417;QD=56.9607;RBI=0.0983561;REFB=0;REVB=0.016945;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086868;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr12 52661302 . C A 417.74 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0469858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3194;QD=53.9017;RBI=0.0664203;REFB=-0.0404433;REVB=0.0469467;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00406805;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr12 52681925 . A C,G 1498.81 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=98,4;DP=102;FAO=98,4;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37,4;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574246,0.0268205;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0974,139.991;QD=58.7769;RBI=0.0170121,0.0282175;REFB=0,0;REVB=0.0160136,-0.00876881;RO=0;SAF=37,4;SAR=61,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.63464e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00930158,0.0594101;OID=.,.;OPOS=52681925,52681925;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:102:102:0:0:98,4:98,4:0.960784,0.0392157:61,0:37,4:0:0:61,0:37,4:0:0 chr12 52699548 . T C 2268.78 PASS AF=1;AO=126;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.306;QD=63.9092;RBI=0.064699;REFB=0;REVB=0.0629249;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145156;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:126:142:1:53:73:0:0:69:73:0:0 chr12 52708420 . G A 2102.69 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.652;QD=62.767;RBI=0.0367236;REFB=0;REVB=0.0367049;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76214e-05;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:72:62:0:0:72:62:0:0 chr12 52708565 . A G 626.75 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.52;QD=59.6907;RBI=0.0382488;REFB=0;REVB=0.0343516;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275382;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:38:42:1:15:23:0:0:16:26:0:0 chr12 52712975 . G A 1210.75 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.013;QD=59.7901;RBI=0.0417918;REFB=0;REVB=0.0320812;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608214;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:0:78:80:0.987654:40:38:0:0:40:40:0:0 chr12 52713086 . G A 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00316416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4212;QD=16.1942;RBI=0.0297185;REFB=0.000590091;REVB=0.0295496;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125798;STB=0.564067;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.000320121;OID=.;OPOS=52713086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:19:17:27:18:19:17:27:19 chr12 52753861 . C T 814.42 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8783;QD=57.152;RBI=0.0838639;REFB=0;REVB=0.0741015;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135011;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr12 52774235 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0147;QD=57.1768;RBI=0.0230642;REFB=0;REVB=0.00683964;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291577;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr12 52777502 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.85;QD=60.7161;RBI=0.0194876;REFB=0;REVB=-0.00403756;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13612e-05;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr12 52789509 . T C 631.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.841;QD=61.5645;RBI=0.0234945;REFB=0;REVB=0.00652107;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97699e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr12 52789597 . A G 519.36 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00872496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.886;QD=54.6697;RBI=0.00878316;REFB=-0.192105;REVB=0.0010094;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000546756;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:2:0:18:18:2:0 chr12 52789605 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.709;QD=59.4356;RBI=0.0339197;REFB=0;REVB=-0.00418639;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113744;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 52818377 . C T 1581.77 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00503074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.575;QD=57.0008;RBI=0.0315836;REFB=-0.182359;REVB=0.0311804;RO=1;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840107;STB=0.513041;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00125969;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:111:1:3:108:108:0.972973:56:52:0:1:56:52:0:3 chr12 52818504 . T G 970.29 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.46531e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.424;QD=57.076;RBI=0.0128226;REFB=-0.0163202;REVB=0.0128223;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000680467;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:40:25:0:1:41:26:0:1 chr12 52822258 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.609;QD=59.0187;RBI=0.0561943;REFB=0;REVB=0.0116051;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252954;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr12 52825363 . G A 1268.63 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00753368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9438;QD=60.4108;RBI=0.0174033;REFB=-0.0909455;REVB=0.0156882;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956859;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000461758;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:49:34:0:1:49:34:0:1 chr12 52827740 . G C 1453.87 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0240292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.118;QD=61.867;RBI=0.0260565;REFB=-0.0275405;REVB=0.0100766;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106524;STB=0.505493;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=1.87918e-05;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:44:48:0:1:45:48:0:1 chr12 52827818 . T C 921.54 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366967;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.371;QD=58.5104;RBI=0.0383442;REFB=0;REVB=0.0111189;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18624e-05;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr12 52841765 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000366443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.794;QD=55.0442;RBI=0.0104429;REFB=-0.0733897;REVB=0.0104365;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.05283e-05;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chr12 52842736 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4439;QD=47.8106;RBI=0.0821333;REFB=0;REVB=0.0484005;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358364;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr12 52843581 . A G 107.33 PASS AF=0.143791;AO=22;DP=153;FAO=22;FDP=153;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.0116351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.015;QD=2.8059;RBI=0.0226564;REFB=-0.00559222;REVB=-0.0194405;RO=131;SAF=7;SAR=15;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229074;STB=0.655594;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0265771;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:131:131:22:22:0.143791:15:7:65:66:15:7:65:66 chr12 52843779 . T C 305.77 PASS AF=0.267857;AO=44;DP=170;FAO=45;FDP=168;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.00244368;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.243;QD=7.28033;RBI=0.00694056;REFB=-0.0192724;REVB=-0.00649614;RO=122;SAF=24;SAR=20;SRF=69;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251395;STB=0.510063;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0436673;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:122:123:44:45:0.267857:20:24:69:53:20:25:70:53 chr12 52843783 . T C 259.5 PASS AF=0.25;AO=41;DP=162;FAO=41;FDP=164;FR=.;FRO=123;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0500116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5763;QD=6.32922;RBI=0.0514036;REFB=-0.0123962;REVB=-0.0118816;RO=121;SAF=22;SAR=19;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111176;STB=0.512277;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0559932;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:121:123:41:41:0.25:19:22:66:55:19:22:68:55 chr12 52844265 . T C 337.32 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0333396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.806;QD=13.0998;RBI=0.0335238;REFB=-0.0127274;REVB=0.00350941;RO=62;SAF=12;SAR=27;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958876;STB=0.548345;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0277047;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:62:63:39:40:0.38835:27:12:24:38:27:13:25:38 chr12 52845435 . C T 475.0 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00594416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.937;QD=24.359;RBI=0.0072854;REFB=-0.0102436;REVB=-0.00421237;RO=33;SAF=32;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215787;STB=0.618784;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00538157;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:13:32:15:18:13:32:15:18 chr12 52845801 . T C 507.28 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.000853453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.232;QD=41.4102;RBI=0.0219106;REFB=-0.0219636;REVB=0.021894;RO=10;SAF=16;SAR=22;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700324;STB=0.548781;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0054092;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:49:10:11:38:38:0.77551:22:16:6:4:22:16:7:4 chr12 52863564 . C T 235.27 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0133733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.373;QD=18.4524;RBI=0.0265468;REFB=-0.00259266;REVB=0.0229323;RO=26;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862636;STB=0.52379;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00326353;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:26:23:25:0.490196:19:4:6:20:20:5:6:20 chr12 52863621 . T G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0113361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.664;QD=20.0308;RBI=0.0132014;REFB=-0.00834722;REVB=-0.00676546;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684376;STB=0.53843;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00840641;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:16:8:7:19:16:8:7:19 chr12 52865443 . T C 806.61 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0408429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0603;QD=53.7741;RBI=0.0513909;REFB=-0.0192751;REVB=0.0311912;RO=2;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254762;STB=0.512816;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0170966;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:56:58:0.966667:36:20:0:2:38:20:0:2 chr12 52881544 . G C 315.21 PASS AF=0.364486;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0162084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3232;QD=11.7834;RBI=0.0193247;REFB=-0.0123597;REVB=0.010523;RO=68;SAF=11;SAR=28;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331848;STB=0.690576;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.02138;OID=.;OPOS=52881544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:68:39:39:0.364486:28:11:39:29:28:11:39:29 chr12 52881632 . C A 177.77 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00253151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.872;QD=8.67168;RBI=0.00493539;REFB=-0.0155154;REVB=-0.00423668;RO=58;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902666;STB=0.553752;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0364382;OID=.;OPOS=52881632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:58:24:24:0.292683:15:9:26:32:15:9:26:32 chr12 52884735 . A G 1400.84 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.002;QD=60.251;RBI=0.0310165;REFB=-0.0828956;REVB=0.0217759;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997727;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000337145;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:93:1:1:89:92:0.989247:42:47:1:0:42:50:1:0 chr12 52886478 . T C 378.5 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.000338978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.994;QD=16.4566;RBI=0.0318296;REFB=-0.0114798;REVB=-0.0318278;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116965;STB=0.506576;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0186018;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:18:22:28:24:18:22:28:24 chr12 52886490 . A G 582.8 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00676495;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.088;QD=23.5475;RBI=0.00846331;REFB=-0.0374592;REVB=0.00508558;RO=43;SAF=31;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00366827;STB=0.502007;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0403222;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:25:31:24:19:25:31:24:19 chr12 52886911 . T C 544.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.251;QD=58.843;RBI=0.04233;REFB=0;REVB=0.0302332;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774187;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr12 52938320 . C T 415.9 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=-0.00706635;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.44;QD=15.2623;RBI=0.0206671;REFB=-0.0104784;REVB=-0.0194215;RO=61;SAF=32;SAR=14;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516844;STB=0.516305;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0130413;OID=.;OPOS=52938320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:61:62:46:47:0.431193:14:32:45:16:14:33:45:17 chr12 52946498 . C T 589.56 PASS AF=0.5;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0291289;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.169;QD=19.6519;RBI=0.0329613;REFB=0.00487436;REVB=-0.0154257;RO=59;SAF=40;SAR=20;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224713;STB=0.620648;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00654918;OID=.;OPOS=52946498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:59:60:60:60:0.5:20:40:25:34:20:40:26:34 chr12 52946543 . C T 520.46 PASS AF=0.526882;AO=47;DP=91;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0360011;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.862;QD=22.3855;RBI=0.0403803;REFB=-0.0159342;REVB=-0.0182892;RO=43;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144129;STB=0.522513;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0129648;OID=.;OPOS=52946543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:43:44:47:49:0.526882:20:27:24:19:20:29:24:20 chr12 52965173 . T G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000355535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.694;QD=58.7818;RBI=0.0236641;REFB=0;REVB=-0.0236614;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50698e-05;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr12 52965722 . T C 786.59 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.515;QD=64.2113;RBI=0.0425075;REFB=0;REVB=0.00650469;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14444e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr12 52965761 . C T 785.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.851;QD=57.1208;RBI=0.0402339;REFB=0;REVB=0.0357605;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204803;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr12 52965782 . T C 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8543;QD=56.949;RBI=0.0597782;REFB=0;REVB=-0.0345031;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108003;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr12 52966390 . A T 284.42 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0464333;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.801;QD=17.5025;RBI=0.0480527;REFB=-0.0240165;REVB=0.0123696;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242591;STB=0.505513;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0186125;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:30:31:0.476923:16:14:15:19:17:14:15:19 chr12 52966437 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0011306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.51;QD=22.3963;RBI=0.0129274;REFB=-0.0286796;REVB=0.0128779;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00453611;STB=0.502536;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0234584;OID=.;OPOS=52966437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:10:13:14:11:10:13 chr12 52981442 . C A 659.2 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0404334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.601;QD=21.9732;RBI=0.0405876;REFB=-0.0150467;REVB=-0.00353385;RO=55;SAF=39;SAR=26;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777512;STB=0.542649;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0164561;OID=.;OPOS=52981442;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:65:65:0.541667:26:39:28:27:26:39:28:27 chr12 52984620 . C T 174.29 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00114721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6066;QD=11.6191;RBI=0.0364246;REFB=0.00209676;REVB=0.0364066;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053617;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00167761;OID=.;OPOS=52984620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:12:10:17:20:12:10:18:20 chr12 52985293 . A G 441.92 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00553453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3775;QD=19.8615;RBI=0.0307832;REFB=-0.0258597;REVB=-0.0302816;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030013;STB=0.516651;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0184789;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:21:23:25:20:21:23:25:20 chr12 52986187 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0016751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.3;QD=17.3203;RBI=0.0171935;REFB=-0.00725583;REVB=0.0171117;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568562;STB=0.830047;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00970917;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:2:14:6:12:2:14:6:12 chr12 52992812 . T C 150.29 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00980485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1425;QD=8.23498;RBI=0.0375327;REFB=-0.0070021;REVB=0.0362294;RO=52;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153046;STB=0.591353;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0221104;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:12:9:29:23:12:9:29:23 chr12 53003082 . C T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00783744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.336;QD=24.599;RBI=0.0147278;REFB=-0.037192;REVB=-0.0124693;RO=16;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284046;STB=0.65839;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0209285;OID=.;OPOS=53003082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:7:15:5:11:7:15:5:11 chr12 53007492 . C T 431.8 PASS AF=0.621212;AO=40;DP=65;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0139876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.256;QD=26.1694;RBI=0.017531;REFB=-0.0205637;REVB=-0.0105681;RO=22;SAF=25;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229247;STB=0.619911;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0142582;OID=.;OPOS=53007492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:22:25:40:41:0.621212:15:25:6:16:15:26:8:17 chr12 53008372 . C T 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0266851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1084;QD=14.8957;RBI=0.0314419;REFB=0.0254534;REVB=-0.0166281;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232249;STB=0.51315;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0227033;OID=.;OPOS=53008372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:21:23:16:16:21:23 chr12 53070121 . T G 354.65 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0131476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7021;QD=16.3055;RBI=0.0495138;REFB=0.0245839;REVB=-0.0477363;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068109;STB=0.550645;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0356984;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:16:22:24:23:16:22:24:25 chr12 53070145 . G A 291.09 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00933764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.396;QD=14.375;RBI=0.0311015;REFB=-0.0091579;REVB=0.0296666;RO=48;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585839;STB=0.533313;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0212596;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:12:21:28:20:12:21:28:20 chr12 53085089 . T C 446.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.295;QD=57.6542;RBI=0.0204189;REFB=0;REVB=0.00909239;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31247e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr12 53086645 . G A 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00122385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.991;QD=30.3233;RBI=0.0112871;REFB=0.0389508;REVB=0.0112206;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232126;STB=0.626841;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00814137;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:12:11:1:10:12:11:1:10 chr12 53090190 . C T 158.89 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0478857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.438;QD=13.2407;RBI=0.0555951;REFB=-0.02655;REVB=-0.0282448;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408493;STB=0.507034;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0438862;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:8:9:17:13:8:10:17:13 chr12 53091566 . C A 442.0 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0156848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.946;QD=19.8651;RBI=0.0180054;REFB=-0.0127445;REVB=0.00884195;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153522;STB=0.573653;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0167075;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:45:44:44:0.494382:25:19:26:17:25:19:26:19 chr12 53096913 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.773;QD=49.5992;RBI=0.0307202;REFB=0;REVB=0.00382687;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117305;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr12 53162773 . A G 728.11 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679074;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5001;QD=60.6759;RBI=0.0735935;REFB=-0.0878939;REVB=-0.0283654;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375734;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:0:46:48:1:17:29:0:0:17:31:0:0 chr12 53164848 . G A 261.72 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0120979;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2941;QD=12.3162;RBI=0.0307245;REFB=-0.00929837;REVB=0.0282425;RO=52;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118206;STB=0.576935;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0155116;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:54:31:31:0.364706:14:17:34:18:14:17:36:18 chr12 53165940 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.243;QD=63.5781;RBI=0.0541324;REFB=0;REVB=0.0135834;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316762;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr12 53186088 . G C 344.82 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0102155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.638;QD=21.8932;RBI=0.0367705;REFB=-0.00971418;REVB=-0.0353229;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258926;STB=0.522199;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00902461;OID=.;OPOS=53186088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:28:35:35:0.555556:17:18:13:14:17:18:13:15 chr12 53186122 . G A 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.57;QD=62.3294;RBI=0.038636;REFB=0;REVB=0.0192612;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132249;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr12 53204614 . C T 829.52 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0104359;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.482;QD=54.3945;RBI=0.0105718;REFB=0.102298;REVB=-0.00168964;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000633603;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:1:2:59:59:0.967213:26:33:1:0:26:33:2:0 chr12 53217701 . C A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0192678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.412;QD=28.029;RBI=0.0263019;REFB=0.00208944;REVB=-0.0179037;RO=17;SAF=6;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259077;STB=0.644055;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000946796;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:21:6:9:8:21:6:9:8 chr12 53227803 . A G 104.34 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0317901;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.898;QD=15.4582;RBI=0.0421044;REFB=-0.00605984;REVB=-0.0276075;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425805;STB=0.758065;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0166948;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:5:10:11:1:5:10 chr12 53242440 . A G 557.25 PASS AF=0.55914;AO=49;DP=90;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0240475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.462;QD=23.9677;RBI=0.0388569;REFB=-0.04038;REVB=-0.0305218;RO=41;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746379;STB=0.537261;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0454556;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:41:41:49:52:0.55914:21:28:27:14:22:30:27:14 chr12 53294381 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0198392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.485;QD=15.3789;RBI=0.024159;REFB=-0.0238026;REVB=-0.0137864;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0261303;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:9:5:8:4:9:5 chr12 53343493 . G A 108.22 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0663706;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7467;QD=12.3684;RBI=0.0770901;REFB=-0.00168313;REVB=0.0392151;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17443;STB=0.604222;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00255966;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:3:10:14:8:3:10:14:8 chr12 53431264 . C T 253.72 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0443604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1917;QD=28.1915;RBI=0.046681;REFB=-0.00886785;REVB=-0.014535;RO=13;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984169;STB=0.554407;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00362166;OID=.;OPOS=53431264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:14:9:7:6:14:9:7:6 chr12 53433089 . C A 1499.28 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0262891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.566;QD=55.5288;RBI=0.0375794;REFB=-0.118069;REVB=0.0268532;RO=4;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371692;STB=0.519604;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00304041;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:4:4:104:104:0.962963:49:55:0:4:49:55:0:4 chr12 53433486 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0148646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.523;QD=12.5794;RBI=0.0157627;REFB=-0.00538406;REVB=0.00524479;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396972;STB=0.739066;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00927266;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:5:12:10:20:5:12:10:21 chr12 53449573 . G A 412.3 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0350541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8935;QD=13.6299;RBI=0.0558698;REFB=-0.00562443;REVB=0.0435045;RO=73;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585376;STB=0.50331;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0116641;OID=.;OPOS=53449573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:30:18:27:46:30:18:27:46 chr12 53449597 . T C 330.24 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0375068;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.283;QD=15.3601;RBI=0.038175;REFB=-0.00584897;REVB=0.00711097;RO=52;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475091;STB=0.542913;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00954413;OID=.;OPOS=53449597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:52:50:36:36:0.418605:22:14:18:34:22:14:16:34 chr12 53451849 . G C 281.42 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0231985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.749;QD=19.4084;RBI=0.0410364;REFB=-0.0202153;REVB=0.0338499;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883627;STB=0.549263;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0206445;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:14:14:18:12:14:14 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 218.06 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0128587;FXX=0.0850883;HRUN=2;LEN=11;MLLD=300.318;QD=20.2843;RBI=0.0259833;REFB=-0.0319165;REVB=0.0225785;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.628582;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.0234549;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627907:27:37:27:43:16:20:7:7:9:92:0:20:7:0:0 chr12 53453456 . C T 1076.52 PASS AF=0.554945;AO=100;DP=182;FAO=101;FDP=182;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0147132;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.293;QD=23.6599;RBI=0.0192924;REFB=-0.0193916;REVB=0.0124787;RO=80;SAF=30;SAR=70;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218713;STB=0.61853;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0129143;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:80:81:100:101:0.554945:70:30:44:36:71:30:44:37 chr12 53456619 . C T 107.59 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0250324;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3338;QD=21.5169;RBI=0.0254369;REFB=0.0255452;REVB=0.00451852;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.570063;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0291437;OID=.;OPOS=53456619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:21:20:7:8:12:12:0.6:5:7:5:2:5:7:6:2 chr12 53457618 . C T 167.35 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=0.0928403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.359;QD=10.1426;RBI=0.0936499;REFB=-0.00662984;REVB=-0.012288;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399707;STB=0.727109;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0166342;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:11:11:7:37:11:11:7:37 chr12 53458391 . G A 401.92 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00859551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.482;QD=14.7493;RBI=0.0087112;REFB=-0.0136903;REVB=-0.001415;RO=63;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567963;STB=0.531901;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0191752;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:26:20:24:39:26:20:24:39 chr12 53458589 . C T 75.87 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00874752;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.257;QD=10.4655;RBI=0.00965526;REFB=-0.0071038;REVB=0.00408718;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.709216;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00798364;OID=.;OPOS=53458589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:29:17:19:10:10:0.344828:2:8:10:7:2:8:10:9 chr12 53459101 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0182871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.451;QD=14.1875;RBI=0.0184006;REFB=-0.00829596;REVB=0.00204032;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1438;STB=0.581521;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0119863;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:28:17:16:15:28:17 chr12 53509339 . GC TT 395.33 PASS AF=0.612903;AO=34;DP=58;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0427152;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.732;QD=25.5052;RBI=0.0478315;REFB=-0.0315243;REVB=0.0215235;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828424;STB=0.561707;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.0213556;OID=.;OPOS=53509339;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:23:24:34:38:0.612903:20:14:7:16:21:17:7:17 chr12 53509933 . C T 457.0 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00750904;FXX=0.0294089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.675;QD=18.4646;RBI=0.0130604;REFB=-0.0192089;REVB=0.0106859;RO=48;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010606;STB=0.527377;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0178364;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:48:51:47:48:0.484848:26:21:22:26:27:21:25:26 chr12 53563865 . G A 264.21 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00666537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.274;QD=15.3167;RBI=0.0258707;REFB=-0.0183161;REVB=0.0249973;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443352;STB=0.53569;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0226823;OID=.;OPOS=53563865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:36:39:30:30:0.434783:18:12:16:20:18:12:18:21 chr12 53574366 . C T 366.92 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=8;FWDB=0.0173037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.518;QD=16.4907;RBI=0.136024;REFB=-0.0281694;REVB=0.134918;RO=50;SAF=35;SAR=4;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135132;STB=0.576879;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0342656;OID=.;OPOS=53574366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:4:35:42:8:4:35:42:8 chr12 53607263 . AG A,GA 88.6 PASS AF=0.342857,0.228571;AO=15,5;DP=34;FAO=12,8;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10,0;FSAR=2,8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.117497,-0.019605;FXX=0.0277701;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.98791,62.3177;QD=10.1252;RBI=0.244095,0.109556;REFB=-0.220112,-0.0563657;REVB=-0.213955,-0.107788;RO=11;SAF=14,0;SAR=1,5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458865,-0.75152;STB=0.588073,0.998696;STBP=0.529,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.187491,0.0871662;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:35:11:15:15,5:12,8:0.342857,0.228571:1,5:14,0:7:4:2,8:10,0:11:4 chr12 53647363 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0281694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.402;QD=21.5099;RBI=0.0408919;REFB=-0.053117;REVB=0.0296417;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0190689;OID=.;OPOS=53647363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:13:6:9:12:13:6 chr12 53647373 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.757;QD=60.1583;RBI=0.00520607;REFB=-0.0103092;REVB=-0.00484469;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000634082;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:1:0:16:28:1:0 chr12 53662624 . C A,G 789.08 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124723,0.0351665;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=177.746,8.77827;QD=63.1261;RBI=0.0271664,0.0359499;REFB=0,0;REVB=-0.0241342,-0.00746416;RO=0;SAF=26,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00029428,0.119119;OID=.,.;OPOS=53662624,53662624;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:22,1:26,1:0:0:22,1:26,1:0:0 chr12 53670545 . C A 1484.53 PASS AF=0.981132;AO=99;DP=102;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00949285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.8796;QD=56.0199;RBI=0.028373;REFB=-0.0698337;REVB=0.0267378;RO=2;SAF=51;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000569493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262891;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:106:2:2:99:104:0.981132:48:51:1:1:52:52:1:1 chr12 53681883 . A T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000217946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.047;QD=56.7037;RBI=0.00238213;REFB=0;REVB=-0.00237214;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60146e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr12 53682326 . G A 1688.92 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6202;QD=58.7449;RBI=0.149258;REFB=0;REVB=0.135189;RO=3;SAF=65;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287698;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:115:3:0:112:115:1:47:65:0:3:50:65:0:0 chr12 53686703 . G A 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8572;QD=62.662;RBI=0.129255;REFB=0;REVB=0.103401;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217981;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr12 53693532 . AA GC 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351847;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.11;QD=42.1826;RBI=0.0396293;REFB=0;REVB=-0.018235;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000217049;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr12 53700848 . C T 1486.1 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00508179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2437;QD=58.2784;RBI=0.0628301;REFB=-0.0820412;REVB=0.0626242;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00108548;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:102:0:1:98:101:0.990196:47:51:0:0:49:52:0:1 chr12 53700860 . A G 1564.38 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114372;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.677;QD=58.4813;RBI=0.0630681;REFB=-0.093161;REVB=0.0620224;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921453;STB=0.504853;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000554218;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:105:106:0.990654:54:51:1:0:55:51:1:0 chr12 53703021 . G A 720.16 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0103127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0366;QD=48.8242;RBI=0.0475839;REFB=-0.117307;REVB=0.0464529;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031395;STB=0.520117;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00869283;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:2:4:54:55:0.932203:29:25:0:2:30:25:3:1 chr12 53722098 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.695;QD=60.9781;RBI=0.00859074;REFB=0;REVB=-0.00780721;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16209e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 53722128 . G A 448.46 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5836;QD=56.058;RBI=0.175604;REFB=0;REVB=0.0875231;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445265;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:17:14:1:0:17:15:0:0 chr12 53898439 . CT C 46.15 PASS AF=0.27381;AO=26;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.148141;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6441;QD=2.19784;RBI=0.160871;REFB=-0.0717913;REVB=0.062719;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=29;SSEN=0.388889;SSEP=0;SSSB=0.233067;STB=0.585699;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.0982902;OID=.;OPOS=53898440;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27381:26:84:23:84:61:14:9:30:31:46:53:17:9:24:29 chr12 54067544 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.616;QD=44.6894;RBI=0.0775735;REFB=0;REVB=-0.0775597;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113858;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr12 54105074 . T C 352.2 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.000377006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.981;QD=12.041;RBI=0.00038094;REFB=-0.0239539;REVB=-5.46045e-05;RO=73;SAF=18;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980507;STB=0.56042;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.024294;OID=.;OPOS=54105074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:74:43:43:0.367521:25:18:37:36:25:18:38:36 chr12 54107905 . G A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0118585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.628;QD=14.196;RBI=0.0118714;REFB=-0.00163182;REVB=0.000554008;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538882;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00267981;OID=.;OPOS=54107905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:15:17:11:12:15:17 chr12 54109659 . C T 378.56 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0861204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6873;QD=13.0536;RBI=0.0939857;REFB=-0.0176003;REVB=0.0376376;RO=71;SAF=24;SAR=21;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058724;STB=0.533319;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0330526;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:71:45:45:0.387931:21:24:34:37:21:24:34:37 chr12 54109733 . A G 2401.8 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568728;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5804;QD=61.1923;RBI=0.0197337;REFB=0;REVB=-0.0188964;RO=0;SAF=82;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348069;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:75:82:0:0:75:82:0:0 chr12 54115875 . C T 145.77 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00747282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.636;QD=16.1962;RBI=0.0128111;REFB=-0.0265175;REVB=0.0104058;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100239;STB=0.534921;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0740749;OID=.;OPOS=54115875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:9:6:10:10:9:7:10:10 chr12 54117972 . G A 37.74 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.052597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.216;QD=9.43543;RBI=0.0834174;REFB=-0.0293524;REVB=-0.0647458;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0502975;OID=.;OPOS=54117972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr12 54117981 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0366781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.311;QD=8.811;RBI=0.0479485;REFB=-0.0156915;REVB=-0.0308833;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0367294;OID=.;OPOS=54117981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr12 54340077 . G A 654.98 PASS AF=0.58;AO=57;DP=99;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00736098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.775;QD=26.199;RBI=0.0101366;REFB=0.00131386;REVB=-0.00696905;RO=42;SAF=40;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190739;STB=0.59698;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.000886326;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:42:42:57:58:0.58:17:40:20:22:18:40:20:22 chr12 54340204 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 63.62 PASS AF=0.175824,0,0;AO=15,13,6;DP=102;FAO=16,0,0;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=12,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0178397,-0.171278,-0.202645;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=15.8934,8.94951,14.9574;QD=2.79637;RBI=0.0395038,0.174773,0.20268;REFB=-0.0253822,-0.0229699,0.00182217;REVB=0.0352462,0.0347804,-0.00377246;RO=52;SAF=11,10,6;SAR=4,3,0;SRF=26;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.300543,0.350853,0.612661;STB=0.70149,0.5,0.5;STBP=0.074,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.114733,0,0;OID=.,.,.;OPOS=54340210,54340205,54340210;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175824,0,0:15,13,6:102:16,0,0:91:75:12,0,0:4,0,0:39:36:62:52:11,10,6:4,3,0:26:26 chr12 54367061 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.151;QD=63.5823;RBI=0.0306257;REFB=0;REVB=0.0285905;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114112;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 54379670 . C T 252.04 PASS AF=0.482759;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0363559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.921;QD=17.3819;RBI=0.0363605;REFB=-0.00726336;REVB=0.000579263;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019872;STB=0.519986;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00688043;OID=.;OPOS=54379670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:30:24:28:0.482759:12:12:10:11:12:16:16:14 chr12 54385599 . C T 317.4 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-0.00381785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.226;QD=15.4831;RBI=0.00611527;REFB=-0.0057506;REVB=-0.00477708;RO=47;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126831;STB=0.571026;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00955447;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:24:11:10:37:24:11:10:37 chr12 54496166 . G T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7114;QD=60.6064;RBI=0.061046;REFB=0;REVB=-0.00603398;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866463;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr12 54496219 . A G 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0118751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.049;QD=11.8283;RBI=0.0154513;REFB=0.0114953;REVB=-0.00988555;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361346;STB=0.712216;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0322695;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:5:13:4:7:5:13 chr12 54757250 . GGA G,GG 30.49 PASS AF=0.25,0;AO=4,5;DP=24;FAO=6,0;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000128955,-0.180302;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=26.7709,12.5641;QD=5.08111;RBI=0.0242538,0.185949;REFB=-0.0579242,-0.0562924;REVB=0.0242534,-0.045476;RO=14;SAF=0,4;SAR=4,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.718275,0.218754;STB=0.70205,0.5;STBP=0.301,1;TYPE=del,del;VARB=0.164456,0.0336038;OID=.,.;OPOS=54757251,54757252;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:4,5:24:6,0:24:18:2,0:4,0:11:7:28:14:0,4:4,1:9:5 chr12 54767812 . G A 220.32 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0227682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.688;QD=16.0232;RBI=0.0277633;REFB=-0.00789461;REVB=-0.0158875;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13312;STB=0.575694;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0105572;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:7:18:18:12:7:18:18:12 chr12 54790124 . C T 137.49 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0355169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.422;QD=11.2235;RBI=0.0393818;REFB=-0.000297367;REVB=-0.017014;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225656;STB=0.632499;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000124692;OID=.;OPOS=54790124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:10:23:8:8:10:23 chr12 54799450 . A G 523.7 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115982;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.35;QD=59.8508;RBI=0.0145091;REFB=0;REVB=0.0087175;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93983e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 54905815 . C G 952.6 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.286;QD=57.7331;RBI=0.053324;REFB=0;REVB=0.0134283;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315897;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr12 54970454 . T C 1556.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1944;QD=59.8598;RBI=0.0350938;REFB=0;REVB=0.0309006;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10889e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr12 54972992 . T C 727.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.078;QD=63.2427;RBI=0.037029;REFB=0;REVB=-0.00379006;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191988;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr12 54973623 . T C 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.383;QD=57.1578;RBI=0.0153948;REFB=0;REVB=0.00353401;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06101e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr12 54975837 . T C 2030.8 PASS AF=0.944056;AO=135;DP=143;FAO=135;FDP=143;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=90;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.088173;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0355;QD=56.8055;RBI=0.100975;REFB=-0.228095;REVB=-0.0492094;RO=7;SAF=45;SAR=90;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684096;STB=0.533328;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0139635;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:143:143:7:8:135:135:0.944056:90:45:7:0:90:45:7:1 chr12 55248357 . G T 519.69 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0383772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.88;QD=19.6108;RBI=0.0384751;REFB=-0.00319086;REVB=0.00274342;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597948;STB=0.537023;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00286925;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:52:53:54:0.509434:25:28:24:28:25:29:24:28 chr12 55250612 . A G 1203.79 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204589;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.476;QD=58.7216;RBI=0.0212508;REFB=-0.124065;REVB=0.00574708;RO=2;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394874;STB=0.50187;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00141677;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:79:80:0.97561:33:46:1:1:34:46:1:1 chr12 55344024 . G A 1553.16 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266299;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.326;QD=64.0478;RBI=0.096501;REFB=0;REVB=0.0927539;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026383;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:37:60:0:0:37:60:0:0 chr12 55344133 . C G 2353.47 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00226769;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.334;QD=60.3454;RBI=0.00563244;REFB=0.0463733;REVB=0.00515577;RO=1;SAF=76;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621862;STB=0.503268;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000349127;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:1:1:155:155:0.99359:79:76:1:0:79:76:1:0 chr12 55355033 . C T 2357.74 PASS AF=0.98125;AO=156;DP=160;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0120491;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3267;QD=58.9434;RBI=0.0343762;REFB=-0.0252323;REVB=-0.0321953;RO=3;SAF=67;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352249;STB=0.501906;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000338727;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:160:160:3:3:156:157:0.98125:89:67:1:2:89:68:1:2 chr12 55368245 . G A 2660.67 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661259;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.294;QD=61.8761;RBI=0.00860492;REFB=-0.090303;REVB=0.0055062;RO=1;SAF=98;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58938e-06;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:172:1:0:172:172:1:74:98:0:1:74:98:0:0 chr12 55422604 . CAG C 241.83 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0162694;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.358;QD=11.9424;RBI=0.0201059;REFB=-0.00891097;REVB=-0.0118132;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218241;STB=0.528984;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0169282;OID=.;OPOS=55422605;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358025:29:84:29:81:52:13:16:21:31:99:49:13:16:21:28 chr12 55688267 . G A 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616301;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.119;QD=63.2991;RBI=0.00926571;REFB=0;REVB=0.00691887;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75145e-06;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 55714772 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.037;QD=57.1993;RBI=0.0376924;REFB=0;REVB=-0.0229991;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20486e-05;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr12 55714876 . C G 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0867;QD=59.497;RBI=0.0354106;REFB=0;REVB=0.00463783;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344473;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr12 55715119 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.266;QD=58.2392;RBI=0.0402904;REFB=0;REVB=-0.0015078;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124084;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr12 55759753 . A G 338.08 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0381268;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.912;QD=25.043;RBI=0.0381278;REFB=-0.0194397;REVB=0.000272543;RO=21;SAF=26;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308705;STB=0.67389;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0257556;OID=.;OPOS=55759753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:32:33:0.611111:6:26:10:11:6:27:10:11 chr12 55794976 . A G 863.06 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00242377;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.052;QD=54.7974;RBI=0.0178798;REFB=-0.182193;REVB=0.0177148;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.512496;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00080125;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:0:2:61:61:0.968254:22:39:0:0:22:39:2:0 chr12 55806238 . A G 931.76 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.083;QD=57.3392;RBI=0.0094151;REFB=0;REVB=0.00921887;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217315;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:41:24:0:0 chr12 55807293 . A G 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0155176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3522;QD=30.5916;RBI=0.0701871;REFB=-0.0736291;REVB=0.0684502;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.666295;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0107007;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:2:0:8:2:2:0 chr12 55808469 . C G 1608.17 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167594;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.794;QD=60.1183;RBI=0.0362172;REFB=0;REVB=-0.0321062;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146882;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr12 55820121 . C T 885.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3572;QD=58.0465;RBI=0.0242426;REFB=0;REVB=-0.00168311;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302381;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr12 55863224 . C G 1378.55 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456054;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4254;QD=62.6615;RBI=0.0458468;REFB=0;REVB=-0.00469915;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128452;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr12 55863381 . A G 306.17 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7171;QD=53.2468;RBI=0.0471082;REFB=0;REVB=-0.0299273;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019595;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr12 55886294 . G A 583.87 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.70495e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.916;QD=59.8837;RBI=0.0337775;REFB=0;REVB=-0.0337774;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041589;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr12 55886489 . T A 524.63 PASS AF=0.906977;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0920754;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.5261;QD=48.8027;RBI=0.0981435;REFB=-0.175442;REVB=0.0339746;RO=5;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881072;STB=0.532261;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0192475;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:41:43:5:4:36:39:0.906977:15:21:1:4:16:23:1:3 chr12 55945119 . A G 666.57 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.587;QD=62.0062;RBI=0.0417463;REFB=0;REVB=0.0307687;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176635;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:22:16:0:0:22:21:0:0 chr12 56082724 . C T 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0404711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.801;QD=28.282;RBI=0.0630688;REFB=-0.0208906;REVB=0.0483711;RO=12;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108984;STB=0.560452;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0158954;OID=.;OPOS=56082724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:6:16:7:5:6:16:7:5 chr12 56089357 . C T 1498.18 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0552847;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.506;QD=62.4242;RBI=0.057081;REFB=-0.0802187;REVB=0.0142072;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000330568;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:0:1:51:44:0:1 chr12 56151291 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00504557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.429;QD=16.8984;RBI=0.00916305;REFB=-0.0226742;REVB=0.00764877;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0219926;OID=.;OPOS=56151291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr12 56236531 . A G 1802.41 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5035;QD=61.0986;RBI=0.0938456;REFB=0;REVB=0.0741857;RO=0;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433551;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:118:0:0:113:118:1:35:78:0:0:37:81:0:0 chr12 56295734 . A G 50.38 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.012;QD=33.5842;RBI=0.119576;REFB=0;REVB=0.107144;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399518;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:0:3:0:0:2:4:0:0 chr12 56330572 . G A 595.73 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00958291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.603;QD=19.3733;RBI=0.0282298;REFB=-0.0230101;REVB=0.0265536;RO=62;SAF=17;SAR=44;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131589;STB=0.572998;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0260977;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:62:61:61:0.495935:44:17:25:37:44:17:25:37 chr12 56335107 . A G 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0171685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.797;QD=24.5164;RBI=0.0171689;REFB=-0.00210443;REVB=0.000115181;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251588;STB=0.640341;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00143803;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:19:8:13:9:19:8:13:9 chr12 56348028 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00314088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.529;QD=14.4116;RBI=0.023314;REFB=0.002427;REVB=-0.0231014;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374803;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00170462;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:13:15:9:9:13:15 chr12 56351277 . G A 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00361548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.535;QD=9.25792;RBI=0.0109546;REFB=-0.0158927;REVB=-0.0103408;RO=54;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162212;STB=0.595665;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0359497;OID=.;OPOS=56351277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:10:14:24:30:10:14:24:30 chr12 56351346 . G A 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00327879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.732;QD=27.0653;RBI=0.00970944;REFB=0.001879;REVB=-0.00913907;RO=22;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236446;STB=0.628767;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000847622;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:23:16:17:5:23:16:17:5 chr12 56365381 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.038149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.641;QD=15.3786;RBI=0.0422564;REFB=-0.0180084;REVB=0.0181729;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193547;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0353141;OID=.;OPOS=56365381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:8:6:3:9:8:6 chr12 56398454 . G C 936.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8335;QD=58.5587;RBI=0.0252786;REFB=0;REVB=0.00450545;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022018;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr12 56420725 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 172.58 PASS AF=0.634615,0.0192308;AO=11,6;DP=52;FAO=33,1;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=10,1;FSAR=23,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0995028,-0.0319734;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.53098,76.4625;QD=13.2756;RBI=0.110279,0.0454552;REFB=-0.140861,-0.00912382;REVB=-0.0475456,-0.0323091;RO=17;SAF=5,3;SAR=6,3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0444202,0.100585;STB=0.534862,0.991691;STBP=0.54,0.25;TYPE=del,mnp;VARB=0.125125,-0.00218397;OID=.,.;OPOS=56420726,56420730;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634615,0.0192308:11,6:52:33,1:52:18:10,1:23,0:7:11:67:17:5,3:6,3:7:10 chr12 56435929 . C G 483.04 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.161;QD=58.5498;RBI=0.0650292;REFB=0;REVB=0.0213787;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713838;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 56551339 . C CAA,CAAA 52.99 PASS AF=0,0.36;AO=3,6;DP=27;FAO=0,9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00197909,0.00138444;FXX=0.0384468;HRUN=6,6;LEN=2,3;MLLD=22.1819,29.0928;QD=8.47874;RBI=0.113941,0.0767379;REFB=-0.0191694,-0.0137821;REVB=0.113924,0.0767254;RO=16;SAF=1,3;SAR=2,3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248148,-0.0703916;STB=0.5,0.504494;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.102428,0.0397529;OID=.,.;OPOS=56551340,56551340;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.36:3,6:27:0,9:25:16:0,4:0,5:7:9:43:16:1,3:2,3:9:7 chr12 56583215 . TG T 34.61 PASS AF=0.162602;AO=18;DP=125;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.135888;FXX=0.0159987;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.2016;QD=1.12554;RBI=0.139136;REFB=-0.00421978;REVB=0.0298868;RO=95;SAF=16;SAR=2;SRF=38;SRR=57;SSEN=0.383721;SSEP=0;SSSB=0.602522;STB=0.898126;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.0517449;OID=.;OPOS=56583216;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162602:18:125:20:123:103:18:2:44:59:34:95:16:2:38:57 chr12 56647911 . G C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4555;QD=60.6073;RBI=0.101217;REFB=0;REVB=0.0745496;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107865;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 56649601 . A G 2122.09 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.451;QD=62.8767;RBI=0.0559879;REFB=0;REVB=0.038484;RO=0;SAF=77;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52189e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:56:77:0:0:57:78:0:0 chr12 56722060 . T G 715.03 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.768;QD=60.8538;RBI=0.0408055;REFB=-0.182972;REVB=0.0330491;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00367305;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr12 56815922 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.983;QD=58.5989;RBI=0.0197214;REFB=0;REVB=0.0181154;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38615e-05;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr12 56822378 . T A 374.19 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1714;QD=55.4348;RBI=0.15872;REFB=0;REVB=0.157576;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284344;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:15:9:0:0:17:10:0:0 chr12 56825311 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.453;QD=55.6541;RBI=0.0127823;REFB=0;REVB=0.0040585;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68343e-05;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr12 56862886 . T C 658.43 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4566;QD=61.2492;RBI=0.00683057;REFB=0;REVB=0.00552413;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255105;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr12 56956213 . T C 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.897;QD=61.3185;RBI=0.0370415;REFB=0;REVB=0.0368022;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302928;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr12 57106660 . A T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0179192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.497;QD=19.3706;RBI=0.0497932;REFB=-0.0275002;REVB=-0.0464572;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105752;STB=0.581392;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.010168;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:5:11:8:6:5:11:8:7 chr12 57108203 . A G 243.12 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0178861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.985;QD=15.1951;RBI=0.0192973;REFB=-0.011503;REVB=0.00724372;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355488;STB=0.52012;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0132349;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:18:18:13:15:18:18 chr12 57109792 . A G 82.73 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00640272;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.09;QD=8.70811;RBI=0.00873263;REFB=-0.0104031;REVB=-0.00593835;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439396;STB=0.766665;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0222381;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:18:9:8:3:18:9 chr12 57114100 . A G 104.41 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0178913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.302;QD=18.9837;RBI=0.0418356;REFB=-0.0336231;REVB=-0.0378169;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294792;STB=0.705552;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0164998;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:22:6:10:12:12:0.545455:4:8:1:5:4:8:2:8 chr12 57114307 . A T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0518515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.182;QD=25.2542;RBI=0.0618206;REFB=-0.0013951;REVB=0.0336632;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463479;STB=0.525867;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00105674;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:11:7:5:6:11:7:5:6 chr12 57133140 . T G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00314487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1926;QD=20.7547;RBI=0.0351754;REFB=0.00871236;REVB=0.0350346;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264335;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00567309;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:8:4:10:5:8:4 chr12 57137828 . T A 269.32 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00553261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.179;QD=16.5734;RBI=0.00860038;REFB=-0.00234442;REVB=-0.00658459;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806824;STB=0.536208;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00260059;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:14:16:21:13:14:16:21:14 chr12 57489648 . C T 1174.77 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258263;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3246;QD=61.0271;RBI=0.0541374;REFB=0;REVB=-0.04758;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28947e-05;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr12 57567762 . C T 508.84 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.203;QD=58.153;RBI=0.0652751;REFB=0;REVB=0.0318538;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095066;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr12 57588433 . G A 781.35 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00811674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.898;QD=19.6565;RBI=0.00826459;REFB=-0.0165576;REVB=-0.00155627;RO=79;SAF=31;SAR=49;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143676;STB=0.579121;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0196989;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:79:80:80:0.503145:49:31:43:36:49:31:43:36 chr12 57589659 . C T 817.32 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.107382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.899;QD=51.8933;RBI=0.113025;REFB=-0.122284;REVB=0.035266;RO=4;SAF=32;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244111;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00331793;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:4:2:58:61:0.968254:26:32:3:1:26:35:1:1 chr12 57589784 . A C 470.22 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0647715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4627;QD=53.7397;RBI=0.0709551;REFB=-0.128994;REVB=0.0289703;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00750987;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:35:1:1:31:34:0.971429:19:12:1:0:20:14:1:0 chr12 57590797 . C T 2514.17 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031922;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.749;QD=60.9496;RBI=0.0478297;REFB=0.0229129;REVB=0.0356184;RO=1;SAF=101;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468857;STB=0.502463;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.28492e-05;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:63:101:1:0:63:101:1:0 chr12 57590869 . T C 3088.65 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.575;QD=63.6836;RBI=0.0125566;REFB=0;REVB=-0.00377168;RO=0;SAF=96;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37491e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:192:194:1:96:96:0:0:97:97:0:0 chr12 57593716 . TCCCCCG CTCCCCG,TCCCC,TCCCCG,TCCCCGG 94.61 PASS AF=0,0.517241,0.0344828,0;AO=2,14,5,3;DP=42;FAO=0,15,1,0;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4,0,0;FSAR=0,11,1,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0134087,-0.0612564,-0.0499002,0.00885329;FXX=0.121175;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=114.928,16.5598,9.1884,11.8368;QD=13.0496;RBI=0.0788664,0.104659,0.0643991,0.129115;REFB=-0.00720425,-0.200575,-0.211238,-0.0313913;REVB=-0.0777182,-0.0848597,0.0407089,0.128811;RO=12;SAF=2,3,4,3;SAR=0,11,1,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.532086,-0.34056,0.27779,0.613239;STB=0.5,0.673226,0.991536,0.5;STBP=1,0.049,0.277,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.163986,0.117492,0;OID=.,.,.,.;OPOS=57593716,57593721,57593717,57593721;OREF=TC,CG,C,C;OALT=CT,-,-,G;OMAPALT=CTCCCCG,TCCCC,TCCCCG,TCCCCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:42:29:12:13:2,14,5,3:0,15,1,0:0,0.517241,0.0344828,0:0,11,1,0:2,3,4,3:7:5:0,11,1,0:0,4,0,0:8:5 chr12 57619209 . C G 101.79 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3742;QD=40.7153;RBI=0.105009;REFB=0;REVB=-0.0585534;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168615;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr12 57619362 . G A 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.497;QD=59.1356;RBI=0.0367685;REFB=0;REVB=0.0140435;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53305e-05;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr12 57620254 . G A 544.06 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0269007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3751;QD=19.9655;RBI=0.0442002;REFB=-0.00386358;REVB=0.0350715;RO=53;SAF=36;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106092;STB=0.558599;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00422719;OID=.;OPOS=57620254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:20:36:28:25:20:36:28:25 chr12 57627074 . G T 238.58 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0346057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.891;QD=14.2438;RBI=0.035089;REFB=-0.0168315;REVB=0.00580395;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22997;STB=0.631133;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0157012;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:19:9:21:18:19:9:21:18 chr12 57649840 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00977898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.855;QD=11.9922;RBI=0.011685;REFB=-0.011991;REVB=0.00639616;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227421;STB=0.626358;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0228916;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:5:13:17:15:5:13:18:15 chr12 57873498 . T G 590.04 PASS AF=0.476562;AO=62;DP=125;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0296419;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7422;QD=18.4387;RBI=0.109126;REFB=-0.00700485;REVB=-0.105023;RO=63;SAF=24;SAR=38;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112767;STB=0.545248;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00771483;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:63:67:62:61:0.476562:38:24:32:31:37:24:32:35 chr12 57911160 . G A 272.18 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0020517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2613;QD=17.2811;RBI=0.0222058;REFB=-0.00184906;REVB=0.0221109;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356671;STB=0.513149;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0028989;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:18:12:14:18:18:12:14:19 chr12 57927804 . CTG CT,GCT 93.38 PASS AF=0.381443,0;AO=33,6;DP=98;FAO=37,0;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=19,0;FSAR=18,0;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.033969,-0.0085223;FXX=0.010203;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.41501,110.003;QD=3.85056;RBI=0.045872,0.105853;REFB=-0.125538,-0.00629564;REVB=-0.0308277,-0.105509;RO=43;SAF=20,0;SAR=13,6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0230679,-0.688421;STB=0.56404,0.5;STBP=0.327,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.126401,-0.0305883;OID=.,.;OPOS=57927806,57927804;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:98:97:43:60:33,6:37,0:0.381443,0:13,6:20,0:27:16:18,0:19,0:37:23 chr12 57958313 . A G 858.25 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.788;QD=57.2165;RBI=0.06487;REFB=0;REVB=0.0301122;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216719;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:28:29:0:0:31:29:0:0 chr12 57985204 . C T 1513.3 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.326;QD=59.9328;RBI=0.038382;REFB=0;REVB=0.0250135;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89107e-05;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:49:51:0:0:50:51:0:0 chr12 57994743 . T G 1574.51 PASS AF=0.972973;AO=109;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0393237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0412;QD=56.7392;RBI=0.0863991;REFB=-0.029636;REVB=-0.0769315;RO=2;SAF=46;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201884;STB=0.506638;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000138771;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:2:3:109:108:0.972973:63:46:2:0:62:46:2:1 chr12 57995089 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.527;QD=57.3858;RBI=0.0320603;REFB=0;REVB=0.0319726;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39648e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 58002599 . C T 687.5 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411308;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3326;QD=52.8843;RBI=0.0525313;REFB=-0.026612;REVB=0.0326771;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401232;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:1:0:48:52:1:18:30:0:1:22:30:0:0 chr12 58010163 . A G 1187.77 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188932;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.339;QD=60.9113;RBI=0.0194551;REFB=0;REVB=0.00464214;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17351e-05;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr12 58017701 . T G 768.53 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.105;QD=56.9284;RBI=0.0241363;REFB=0;REVB=0.0132344;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57144e-05;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr12 58019472 . T G 684.61 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519333;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1988;QD=62.2374;RBI=0.071457;REFB=0;REVB=-0.0490819;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188388;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:42:44:1:28:14:1:0:29:15:0:0 chr12 58163704 . G A 306.58 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00310181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.036;QD=13.0457;RBI=0.00638532;REFB=-0.00951392;REVB=0.00558132;RO=57;SAF=11;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28224;STB=0.657442;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0163227;OID=.;OPOS=58163704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:59:34:35:0.37234:23:11:33:24:24:11:33:26 chr12 58174306 . T C,G 867.41 PASS AF=0.918033,0.0819672;AO=56,5;DP=62;FAO=56,5;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33,5;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456112,-0.0034916;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.353,136.179;QD=56.8795;RBI=0.0182233,0.0447055;REFB=0,0;REVB=0.0176433,-0.0445689;RO=0;SAF=33,5;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0116326,0.063044;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:62:61:0:0:56,5:56,5:0.918033,0.0819672:23,0:33,5:0:0:23,0:33,5:0:0 chr12 58176614 . T C 480.92 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8928;QD=58.2934;RBI=0.0613344;REFB=0;REVB=-0.0566554;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133887;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr12 58177437 . C T 102.3 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4484;QD=37.2002;RBI=0.106157;REFB=-0.0666419;REVB=-0.0841039;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600559;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:11:1:0:10:11:1:5:5:1:0:5:6:0:0 chr12 58203377 . T A 417.15 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0139671;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.234;QD=14.1406;RBI=0.0142174;REFB=-0.000591353;REVB=-0.00265601;RO=71;SAF=29;SAR=19;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330142;STB=0.524226;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00155821;OID=.;OPOS=58203377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:71:70:48:48:0.40678:19:29:45:26:19:29:45:25 chr12 58204283 . T C 848.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.1474;QD=57.4914;RBI=0.078952;REFB=0;REVB=-0.00277091;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452257;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr12 58220809 . G C 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0465806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=3.51288;RBI=0.0518429;REFB=-0.00186533;REVB=-0.0227583;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282394;STB=0.692902;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00479258;OID=.;OPOS=58220809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:7:3:28:25:7:3:28:25 chr12 58220816 . A G 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.018625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.001;QD=4.07353;RBI=0.0201937;REFB=-0.00693596;REVB=0.00780349;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115105;STB=0.575933;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0128429;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:28:27:7:5:28:27 chr12 58220823 . C T 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00127262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.07;QD=4.07332;RBI=0.0156347;REFB=0.00041171;REVB=-0.0155828;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115105;STB=0.575933;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00170924;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:28:27:7:5:28:27 chr12 58220841 . C T 69.14 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00978808;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.714;QD=4.19009;RBI=0.0200487;REFB=-0.00554409;REVB=-0.017497;RO=56;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150125;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:68:66:56:54:12:12:0.181818:6:6:28:28:6:6:27:27 chr12 58220844 . C T 68.11 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0606974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9088;QD=4.06613;RBI=0.065239;REFB=0.00947424;REVB=0.0239154;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113005;STB=0.50745;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0315216;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:6:6:27:28:6:6:27:28 chr12 58335626 . A T 1662.47 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227224;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.725;QD=60.4535;RBI=0.0515928;REFB=0;REVB=0.0463196;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18923e-05;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr12 58350631 . C T 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6021;QD=60.5381;RBI=0.0324106;REFB=0;REVB=0.0101474;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134119;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr12 59266312 . CT C 161.04 PASS AF=0.415385;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0471246;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8385;QD=9.91024;RBI=0.0580556;REFB=0.0118669;REVB=-0.0339076;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903866;STB=0.550936;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=-0.0134735;OID=.;OPOS=59266313;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:25:65:27:65:38:14:13:23:15:99:38:13:12:23:15 chr12 62104219 . A C 217.15 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0706833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9616;QD=22.8582;RBI=0.0718946;REFB=-0.0197842;REVB=0.0131413;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.582203;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.018395;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:10:11:11:5:10:11:12:5 chr12 62114671 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0426789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4321;QD=18.6419;RBI=0.0434994;REFB=-0.00370824;REVB=0.00840858;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00530004;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:13:11:12:9:13:11 chr12 62261186 . C T 320.03 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00395488;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.904;QD=20.9856;RBI=0.00471535;REFB=-0.00163056;REVB=0.00256777;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791261;STB=0.53519;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00130361;OID=.;OPOS=62261186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:28:33:33:0.540984:19:14:15:14:19:14:14:14 chr12 62778065 . A G 264.79 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.024381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.659;QD=20.7681;RBI=0.0402309;REFB=0.0134336;REVB=0.0320015;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776579;STB=0.543346;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0101911;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:13:11:10:17:13:11 chr12 62810962 . G A 488.0 PASS AF=0.28;AO=27;DP=123;FAO=35;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00355361;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.745;QD=15.6159;RBI=0.0176711;REFB=-7.15186e-05;REVB=0.0173101;RO=72;SAF=12;SAR=15;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200695;STB=0.585041;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0132158;OID=.;OPOS=62810962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:72:70:27:35:0.28:15:12:44:28:19:16:41:29 chr12 62938560 . T TA 168.7 PASS AF=0.410959;AO=27;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0543289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.32;QD=9.24359;RBI=0.0543595;REFB=0.044192;REVB=0.00182192;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237073;STB=0.606486;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=-0.0640563;OID=.;OPOS=62938561;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410959:27:73:30:73:43:12:18:25:18:99:44:10:17:26:18 chr12 62959137 . A G 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0130764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.698;QD=13.3126;RBI=0.0276024;REFB=0.00224814;REVB=0.0243084;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.518378;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00229474;OID=.;OPOS=62959137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:14:18:12:10:14:19 chr12 63083521 . G A 619.45 PASS AF=0.584158;AO=58;DP=100;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0230823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.84;QD=24.5327;RBI=0.0252881;REFB=-0.0271315;REVB=-0.0103295;RO=42;SAF=27;SAR=31;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265871;STB=0.517689;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0179851;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:42:42:58:59:0.584158:31:27:21:21:32:27:21:21 chr12 63544209 . A G 546.06 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0359828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2404;QD=18.8297;RBI=0.0406754;REFB=-0.00419968;REVB=0.0189666;RO=59;SAF=32;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490448;STB=0.527141;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00433529;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:25:32:30:29:25:32:30:29 chr12 63954300 . C T 426.09 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0180895;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.002;QD=18.9372;RBI=0.0214588;REFB=-0.0137991;REVB=-0.0115435;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228002;STB=0.512695;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0136611;OID=.;OPOS=63954300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:23:24:23:20:23:24 chr12 63954304 . T C 391.71 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0152258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3005;QD=16.8476;RBI=0.0244858;REFB=-0.00886677;REVB=-0.0191763;RO=51;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703018;STB=0.545002;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.019635;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:52:41:41:0.44086:23:18:26:25:23:18:27:25 chr12 64062023 . A C 234.48 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0185174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.933;QD=13.5931;RBI=0.0192743;REFB=-0.0095928;REVB=-0.00534807;RO=39;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143505;STB=0.545424;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0155995;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:21:7:6:33:21:7:8:33 chr12 64062052 . G A 209.32 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.000236156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.77;QD=11.6286;RBI=0.0096656;REFB=-0.00321656;REVB=-0.00966272;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077852;STB=0.504501;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00973163;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:16:10:18:28:16:10:18:28 chr12 64062065 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0212437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.841;QD=10.1033;RBI=0.0258305;REFB=-0.000638995;REVB=-0.0146943;RO=49;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058293;STB=0.534076;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00148593;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:13:11:20:29:13:11:20:29 chr12 64173807 . G A 833.26 PASS AF=0.482955;AO=85;DP=178;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.00869443;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.034;QD=18.9378;RBI=0.0109972;REFB=-0.0156975;REVB=0.00673395;RO=89;SAF=31;SAR=54;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082597;STB=0.552475;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0202966;OID=.;OPOS=64173807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:89:91:85:85:0.482955:54:31:40:49:54:31:42:49 chr12 64472803 . A T 1208.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8668;QD=61.199;RBI=0.0234758;REFB=0;REVB=-0.00578672;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014662;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr12 64519806 . T C 1607.84 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.968;QD=64.3135;RBI=0.0252379;REFB=0;REVB=0.0233074;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51309e-05;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:39:60:0:0:40:60:0:0 chr12 64587633 . C A 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.894;QD=63.862;RBI=0.0154872;REFB=0;REVB=-0.00798829;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55293e-06;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr12 64609562 . C T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.542;QD=56.9505;RBI=0.0448113;REFB=0;REVB=0.0318314;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201092;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr12 64712511 . A G 753.85 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.537;QD=56.8942;RBI=0.0151369;REFB=0;REVB=0.00976554;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35244e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr12 64746833 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.011269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.086;QD=15.1712;RBI=0.0121183;REFB=0.0015165;REVB=-0.00445681;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141484;STB=0.581303;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00309506;OID=.;OPOS=64746833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:8:16:9:8:8:16 chr12 64749600 . A G 224.59 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0150652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.689;QD=17.615;RBI=0.0208772;REFB=0.0189135;REVB=0.0144533;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231197;STB=0.630119;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0114561;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:18:9:14:10:18:9 chr12 65108160 . G C 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.013732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.804;QD=16.279;RBI=0.0152448;REFB=-0.0122646;REVB=0.00662101;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166943;STB=0.594423;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0117025;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:17:16:9:19:17:16 chr12 65146532 . C T 603.01 PASS AF=0.535088;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0794582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4983;QD=21.1581;RBI=0.0794733;REFB=-0.00388896;REVB=0.00154842;RO=53;SAF=37;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115993;STB=0.509442;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00273936;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:53:53:60:61:0.535088:23:37:32:21:23:38:32:21 chr12 65150485 . C T 176.47 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0151587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.506;QD=10.2301;RBI=0.0152324;REFB=-0.023307;REVB=-0.00149685;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18538;STB=0.600413;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0485989;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:13:10:27:18:13:10:27:19 chr12 65154730 . C G 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0254477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0709;QD=20.2461;RBI=0.028926;REFB=0.0300851;REVB=0.0137524;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153031;STB=0.508484;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0281138;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:18:15:17:19:18:15 chr12 65448986 . G A 253.1 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0185042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3695;QD=15.1106;RBI=0.0191612;REFB=-0.0141369;REVB=0.00497468;RO=38;SAF=9;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346309;STB=0.695874;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0121224;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:20:9:25:13:20:9:25:13 chr12 65514266 . T C 1035.89 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0519475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.493;QD=54.5204;RBI=0.0595775;REFB=-0.103709;REVB=0.0291708;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039915;STB=0.514637;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00441139;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:76:76:3:4:72:72:0.947368:38:34:3:0:38:34:3:1 chr12 65641020 . G T 205.99 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00413929;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.553;QD=13.2894;RBI=0.0164828;REFB=-0.00350155;REVB=-0.0159546;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286041;STB=0.645456;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00522187;OID=.;OPOS=65641020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:35:37:25:25:0.403226:15:10:24:11:15:10:24:13 chr12 65641985 . C T 894.68 PASS AF=0.591241;AO=81;DP=137;FAO=81;FDP=137;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0181643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3383;QD=26.122;RBI=0.0303791;REFB=-0.0246029;REVB=-0.0243505;RO=56;SAF=43;SAR=38;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988281;STB=0.55362;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0147653;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:56:56:81:81:0.591241:38:43:37:19:38:43:37:19 chr12 65857555 . T A 253.37 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00491979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.582;QD=19.1221;RBI=0.0198435;REFB=-0.0380853;REVB=-0.019224;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214791;STB=0.586601;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0318912;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:22:26:27:27:0.509434:18:9:13:9:18:9:13:13 chr12 66358347 . C T 221.95 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0280011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7209;QD=14.5542;RBI=0.0319678;REFB=0.00614701;REVB=0.0154233;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893044;STB=0.559539;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0160213;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:15:10:17:18:16:10:17:18 chr12 66359752 . C A 459.11 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00677352;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.598;QD=23.2458;RBI=0.00677407;REFB=-0.00893915;REVB=-8.62707e-05;RO=36;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14298;STB=0.566732;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0076326;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:35:43:44:0.556962:20:23:13:23:21:23:13:22 chr12 66546100 . A G 114.98 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0133597;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.001;QD=17.6889;RBI=0.0212797;REFB=0.0188086;REVB=0.0165634;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0158148;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:8:5:5:8:8:5:5:8 chr12 66605228 . A G 820.31 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.88;QD=55.6142;RBI=0.0619719;REFB=-0.047403;REVB=0.0066209;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000580044;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr12 66725160 . C T 1075.94 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178578;FXX=0.0394685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.844;QD=58.9554;RBI=0.028926;REFB=0.208189;REVB=-0.0227555;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185398;STB=0.509801;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000644379;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:73:1:1:72:72:0.986301:47:25:1:0:47:25:1:0 chr12 66725202 . C T 324.2 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00470897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.533;QD=17.7645;RBI=0.0149015;REFB=-0.0185005;REVB=0.0141379;RO=38;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125642;STB=0.570568;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0206008;OID=.;OPOS=66725202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:26:9:14:24:26:9:14:24 chr12 66731864 . C A 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.341;QD=57.6725;RBI=0.0508569;REFB=0;REVB=0.00322529;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166347;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 66739539 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.687;QD=64.1528;RBI=0.0158531;REFB=0;REVB=-0.0144466;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158345;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr12 66786091 . G C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=7;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000426757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.075;QD=17.3781;RBI=0.00289438;REFB=-0.0274617;REVB=0.00286274;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0218133;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:7:11:0.52381:4:3:7:3:4:7:7:3 chr12 66814487 . C A 374.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0197659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.465;QD=18.0348;RBI=0.0201439;REFB=0.0018267;REVB=0.00388388;RO=44;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175499;STB=0.59808;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00189841;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:15:24:19:25:15:24:19:25 chr12 68052178 . G T 631.01 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.6031;QD=56.0894;RBI=0.0193795;REFB=-0.20908;REVB=0.0145267;RO=3;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653553;STB=0.522717;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00149781;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:3:2:42:43:0.955556:20:22:0:3:21:22:0:2 chr12 68595787 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00244063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.714;QD=20.0304;RBI=0.00564357;REFB=0.00198209;REVB=-0.00508854;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073882;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0024736;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:14:12:13:11:14:12 chr12 68595823 . G T 301.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0164415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.041;QD=25.1472;RBI=0.0164583;REFB=0.0070592;REVB=0.000744835;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126875;STB=0.507037;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00582509;OID=.;OPOS=68595823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:12:9:12:15:12:9 chr12 68708761 . C T 294.72 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.011546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.273;QD=15.5116;RBI=0.0142225;REFB=-0.026383;REVB=0.00830481;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434759;STB=0.532354;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0254355;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:32:33:0.434211:15:17:21:22:15:18:21:22 chr12 68709892 . C T 624.95 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00213869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.961;QD=20.49;RBI=0.0344593;REFB=-0.00780072;REVB=-0.0343929;RO=55;SAF=32;SAR=31;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109423;STB=0.541295;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0080159;OID=.;OPOS=68709892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:55:59:63:63:0.516393:31:32:35:20:31:32:35:24 chr12 68720627 . G A 536.36 PASS AF=0.39375;AO=62;DP=159;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0163626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.985;QD=13.4089;RBI=0.0166718;REFB=-0.0177787;REVB=-0.00319636;RO=96;SAF=37;SAR=25;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116692;STB=0.572841;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.032696;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:96:97:62:63:0.39375:25:37:47:49:25:38:47:50 chr12 68724951 . G T 611.07 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00707768;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.115;QD=18.1057;RBI=0.00864122;REFB=-0.0163336;REVB=0.00495753;RO=72;SAF=39;SAR=24;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634973;STB=0.535283;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0212107;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:72:72:63:63:0.466667:24:39:40:32:24:39:40:32 chr12 69187427 . T A 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429184;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.278;QD=56.2302;RBI=0.0639267;REFB=0;REVB=0.0473775;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365072;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr12 69187585 . G GA 612.63 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178982;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.6725;QD=48.0493;RBI=0.0395868;REFB=0;REVB=0.0353097;RO=1;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0002477;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:51:51:0:33:18:0:0:11:1:32:16:0:1 chr12 69265578 . A G 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0047282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.599;QD=19.4003;RBI=0.0285802;REFB=-0.0166992;REVB=-0.0281864;RO=38;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744879;STB=0.541463;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.014399;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:14:24:21:17:14:24:21:17 chr12 69645864 . A G 60.24 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0181209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.158;QD=16.0651;RBI=0.0341976;REFB=-0.0287397;REVB=0.0290019;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0115781;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:15:5:7:6:8:0.533333:2:4:2:3:2:6:4:3 chr12 69794856 . G A 620.55 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00626962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.568;QD=48.6702;RBI=0.00711221;REFB=-0.0696444;REVB=-0.00335789;RO=4;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265276;STB=0.514133;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.038705;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:27:20:1:3:27:20:1:3 chr12 69971500 . C T 43.1 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00459181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.197;QD=8.62;RBI=0.00629521;REFB=-0.00635272;REVB=0.00430639;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316032;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0478046;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:19:20:13:13:6:7:0.35:2:4:9:4:3:4:9:4 chr12 69971713 . C T 426.71 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00633125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.737;QD=19.1778;RBI=0.00684568;REFB=-0.015646;REVB=0.00260357;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744644;STB=0.541429;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0176919;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:19:24:22:24:19:24:22:24 chr12 69972381 . G A 255.58 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8114;QD=51.1155;RBI=0.0348341;REFB=0;REVB=0.0323139;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492027;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 69986788 . A G 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00364688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.618;QD=18.4127;RBI=0.0114943;REFB=-0.0190942;REVB=-0.0109005;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776922;STB=0.543451;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.01674;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:22:11:14:20:22:11:14:20 chr12 70064295 . C T 494.68 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00566489;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.885;QD=19.5913;RBI=0.0318683;REFB=-0.0145914;REVB=-0.0313608;RO=47;SAF=34;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144105;STB=0.577433;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0201117;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:50:51:51:0.50495:17:34:24:23:17:34:26:24 chr12 70091432 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.278;QD=63.87;RBI=0.0735377;REFB=0;REVB=0.0649272;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249913;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr12 70190408 . A C 287.97 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0166703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5391;QD=18.5784;RBI=0.0867869;REFB=0.0349853;REVB=0.0851709;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146394;STB=0.581784;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0266423;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:14:17:12:19:14:17 chr12 70321450 . C T 555.67 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.226;QD=58.4916;RBI=0.0237192;REFB=0;REVB=0.00409568;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265951;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:35:38:1:20:15:0:0:22:16:0:0 chr12 70330087 . A G 300.7 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0132002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.797;QD=21.4788;RBI=0.0132421;REFB=-0.00762789;REVB=-0.00105297;RO=25;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516315;STB=0.533311;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00716413;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:7:23:18:7:7:24:18:7 chr12 70912510 . C T 1292.31 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020983;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.045;QD=60.8148;RBI=0.0218204;REFB=-0.0702016;REVB=0.00598691;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=5.56754e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr12 70928724 . A G 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.396;QD=58.0486;RBI=0.019905;REFB=0;REVB=0.0186841;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50515e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr12 71002865 . T A 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00891924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.242;QD=11.7967;RBI=0.00935854;REFB=0.00328604;REVB=-0.00283363;RO=52;SAF=22;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255345;STB=0.648857;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00784042;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:7:22:29:23:7:22:29:23 chr12 71002893 . C T 337.46 PASS AF=0.39;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0254823;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5027;QD=13.4983;RBI=0.0257488;REFB=-0.0112625;REVB=0.00369505;RO=62;SAF=28;SAR=11;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201703;STB=0.609334;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.016876;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:62:61:39:39:0.39:11:28:34:28:11:28:34:27 chr12 71002917 . T C 697.11 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0050072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2264;QD=26.5565;RBI=0.0200941;REFB=-0.0197868;REVB=0.0194602;RO=40;SAF=36;SAR=29;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870048;STB=0.547156;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0123656;OID=.;OPOS=71002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:40:65:65:0.619048:29:36:27:13:29:36:27:13 chr12 71003524 . CTT C 176.68 PASS AF=0.384615;AO=27;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00739645;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.422;QD=9.06038;RBI=0.0105877;REFB=-0.0198961;REVB=0.00757581;RO=47;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102139;STB=0.531014;STBP=0.679;TYPE=del;VARB=0.0309333;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:27:77:30:78:48:16:14:28:20:99:47:13:14:27:20 chr12 71029733 . C T 362.3 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0518825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5468;QD=15.583;RBI=0.0584418;REFB=-0.0322736;REVB=0.0269007;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206233;STB=0.621341;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.045552;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:54:38:39:0.419355:21:17:35:19:22:17:35:19 chr12 71139664 . T C 1254.44 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00872136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.8;QD=59.7355;RBI=0.051554;REFB=-0.11684;REVB=0.0508109;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00177814;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:41:41:1:0:42:41:1:0 chr12 71509652 . T A 956.08 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.00117204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4574;QD=19.0264;RBI=0.0182494;REFB=-0.00643795;REVB=-0.0182117;RO=100;SAF=58;SAR=40;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487369;STB=0.530335;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00649391;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:100:103:98:98:0.487562:40:58:54:46:40:58:55:48 chr12 71519096 . G C 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00807082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.056;QD=16.2784;RBI=0.0360693;REFB=-0.030329;REVB=-0.0351548;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329824;STB=0.52753;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0413458;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:33:28:28:0.459016:15:13:15:15:15:13:17:16 chr12 71523134 . A C 302.05 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0433937;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.061;QD=24.6573;RBI=0.0437587;REFB=-0.0152582;REVB=0.00564022;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587174;STB=0.532601;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0120937;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:13:9:13:14:13:9 chr12 71532922 . A C 188.78 PASS AF=0.26087;AO=26;DP=111;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00802548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.964;QD=6.56627;RBI=0.00832139;REFB=-0.010366;REVB=0.00219938;RO=85;SAF=4;SAR=22;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418867;STB=0.638612;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0295492;OID=.;OPOS=71532922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:85:85:26:30:0.26087:22:4:37:48:22:8:37:48 chr12 71533534 . C G 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00796046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.869;QD=19.1479;RBI=0.0125914;REFB=-0.00378107;REVB=-0.00975571;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221917;STB=0.623034;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00295863;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:11:25:16:20:11:25 chr12 71533622 . C T 134.48 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0108893;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.012;QD=15.3691;RBI=0.0212245;REFB=-0.00609244;REVB=-0.0182182;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183498;STB=0.510624;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00858752;OID=.;OPOS=71533622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:7:13:10:5:7:13 chr12 71960208 . G A 1054.82 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492289;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.318;QD=59.4266;RBI=0.00493218;REFB=0;REVB=0.000302554;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012988;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:28:43:0:0 chr12 72071045 . A G 991.88 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017339;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.135;QD=59.217;RBI=0.0179344;REFB=0;REVB=0.0045824;RO=1;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11753e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:1:0:66:67:1:25:41:0:1:26:41:0:0 chr12 72307616 . A G 635.22 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0442454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7969;QD=56.4639;RBI=0.047663;REFB=0.0439486;REVB=0.0177232;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00777255;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:42:43:0.955556:23:19:2:0:24:19:2:0 chr12 72372862 . A G 266.37 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0269746;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.826;QD=15.669;RBI=0.0280349;REFB=0.000983995;REVB=0.00763731;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.634282;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00111325;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:21:9:20:18:21:9:20:18 chr12 72416235 . A T 649.66 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.00720214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.206;QD=18.6953;RBI=0.00722547;REFB=-0.0208147;REVB=0.000580189;RO=73;SAF=32;SAR=34;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986111;STB=0.554573;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0204061;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:34:32:43:30:34:32:43:30 chr12 73058186 . G A 2538.21 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546836;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.101;QD=61.9075;RBI=0.0121615;REFB=0;REVB=0.0108628;RO=0;SAF=100;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6458e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:164:164:1:64:100:0:0:64:100:0:0 chr12 74851233 . G A 126.08 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0102712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.159;QD=21.9265;RBI=0.0599691;REFB=-0.00483403;REVB=-0.059083;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385497;STB=0.564272;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00380444;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:23:8:9:13:14:0.608696:2:11:7:1:3:11:8:1 chr12 74932159 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.782;QD=56.9382;RBI=0.0181284;REFB=0;REVB=0.0145935;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46603e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr12 74932327 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00269995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.445;QD=7.76204;RBI=0.00502592;REFB=-0.00667053;REVB=-0.00423912;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0140431;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:5:8:3:3:5:8 chr12 74932565 . T C 1054.96 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0349469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7902;QD=56.2646;RBI=0.0397438;REFB=0.0206191;REVB=-0.0189284;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.503277;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00638038;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:28:44:1:0:28:45:1:1 chr12 74933166 . G A 894.34 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00819919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.689;QD=55.0364;RBI=0.0222572;REFB=0.0298656;REVB=0.0206919;RO=2;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487824;STB=0.502767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=6.94992e-06;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:36:26:1:1:37:26:1:1 chr12 74934634 . G A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.549;QD=59.8347;RBI=0.0356094;REFB=0;REVB=0.023067;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013821;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 74934637 . T C 505.71 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073896;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.859;QD=59.4952;RBI=0.0218138;REFB=0;REVB=0.020524;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260401;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 74934743 . G T 78.91 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0122514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.861;QD=8.09294;RBI=0.0604151;REFB=-0.00456217;REVB=-0.0591599;RO=27;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411649;STB=0.666325;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0115547;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:39:27:28:10:11:0.282051:1:9:18:9:2:9:18:10 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 206.37 PASS AF=0.431818,0.0454545;AO=18,2;DP=48;FAO=19,2;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11,0;FSAR=8,2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00633892,-0.0214997;FXX=0.083316;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=209.569,113.575;QD=18.7612;RBI=0.00951922,0.0652733;REFB=-0.021089,-0.0469586;REVB=-0.00710167,-0.0616309;RO=22;SAF=11,0;SAR=7,2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.151944,-0.47972;STB=0.555497,0.994448;STBP=0.505,0.173;TYPE=del,mnp;VARB=0.0139718,0.0851072;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818,0.0454545:18,2:48:19,2:44:23:11,0:8,2:11:12:99:22:11,0:7,2:10:12 chr12 75737595 . T C 399.72 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00618425;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.438;QD=18.3777;RBI=0.0481571;REFB=-0.0283469;REVB=0.0477584;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159796;STB=0.589044;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0254168;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:18:23:18:28:18:23:18:28 chr12 75760742 . G A 513.47 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0244274;FXX=0.0178555;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.839;QD=18.6718;RBI=0.0252808;REFB=-0.012287;REVB=0.00651318;RO=54;SAF=24;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076571;STB=0.536066;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.01149;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:56:53:54:0.490909:29:24:20:34:29:25:22:34 chr12 75796803 . T TA 281.06 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00179977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4002;QD=12.6317;RBI=0.0406877;REFB=-0.0284879;REVB=-0.0406479;RO=47;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507171;STB=0.528318;STBP=0.607;TYPE=ins;VARB=0.0267012;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494382:44:91:44:89:45:23:21:21:24:99:47:23:21:22:25 chr12 75824460 . T C 437.87 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0207703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.058;QD=15.6384;RBI=0.0217876;REFB=-0.00927029;REVB=0.00657968;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592634;STB=0.536934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0155175;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:63:49:49:0.4375:25:24:33:27:25:24:35:28 chr12 75893381 . CAA C 228.55 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0367911;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.5828;QD=11.5719;RBI=0.0439952;REFB=-0.0422122;REVB=-0.0241245;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703493;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=del;VARB=0.0506543;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038:35:79:35:79:44:15:20:18:26:99:39:15:20:17:22 chr12 75893388 . T A 1175.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.449;QD=59.5351;RBI=0.0264577;REFB=0.0403895;REVB=0.0230356;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000612069;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:1:0:46:32:1:0 chr12 75893399 . T G 308.85 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00622296;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.806;QD=17.9045;RBI=0.0105209;REFB=-0.00418222;REVB=0.00848317;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493599;STB=0.502761;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0043797;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:20:13:14:22:20:13:14:22 chr12 75893404 . C A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.08;QD=59.5006;RBI=0.0185522;REFB=0;REVB=0.00972867;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93497e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr12 75893478 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAG 361.66 PASS AF=0.380952,0.619048;AO=5,2;DP=42;FAO=16,26;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=13,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.10365,-0.0849921;FXX=0;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=3.85849,215.972;QD=34.4438;RBI=1.1125,0.0875936;REFB=-0.0335328,-0.0459958;REVB=-0.140084,0.0211891;RO=5;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.78221;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.180767,0.0284874;OID=.,.;OPOS=75893479,75893486;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.380952,0.619048:5,2:42:16,26:42:0:3,13:13,13:0:0:93:5:0,2:5,0:0:5 chr12 75900382 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5661;QD=13.2045;RBI=0.0412899;REFB=-2.98155e-05;REVB=-0.0412899;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014021;OID=.;OPOS=75900382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr12 75900588 . A G 452.17 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00471601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.644;QD=19.448;RBI=0.00646721;REFB=0.00692573;REVB=0.00442539;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903523;STB=0.550217;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00538848;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:20:25:22:26:20:25:22:26 chr12 76351726 . C G 208.0 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0241898;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6081;QD=17.3337;RBI=0.0460323;REFB=-0.00733706;REVB=0.0391641;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0117225;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:14:13:10:11:14:13 chr12 76422999 . T C 783.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.466;QD=57;RBI=0.017079;REFB=0;REVB=0.0117713;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70082e-05;OID=.;OPOS=76422999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:20:34:0:0:21:34:0:0 chr12 76424937 . TTGC CTGT,T 327.34 PASS AF=0.275,0.625;AO=14,17;DP=37;FAO=11,25;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=11,11;FSAR=0,14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0272062,-0.00514254;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=212.395,90.2749;QD=32.7342;RBI=0.0438763,0.0482027;REFB=-0.0642873,-0.0978952;REVB=0.0344232,0.0479276;RO=0;SAF=11,6;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.998411,0.508373;STBP=0.027,0.888;TYPE=mnp,del;VARB=0.0433133,0.0214792;OID=.,.;OPOS=76424937,76424938;OREF=TTGC,TGC;OALT=CTGT,-;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:37:40:0:4:14,17:11,25:0.275,0.625:3,11:11,6:0:0:0,14:11,11:2:2 chr12 76425793 . ACGGGGGCGCGGAGG A,ACGGGGGCGGCGGAGG 114.42 PASS AF=0.75,0.166667;AO=6,2;DP=14;FAO=9,2;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101284,-0.027442;FXX=0.142755;HRUN=1,1;LEN=14,1;MLLD=266.064,23.8078;QD=38.1382;RBI=0.0409208,0.0475347;REFB=-0.00664987,-0.110296;REVB=0.0396475,0.0388134;RO=1;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0962265,0;STB=0.538378,0.5;STBP=0.622,1;TYPE=del,ins;VARB=0.00628311,0.102122;OID=.,.;OPOS=76425794,76425801;OREF=CGGGGGCGCGGAGG,-;OALT=-,G;OMAPALT=A,ACGGGGGCGGCGGAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.166667:6,2:14:9,2:12:1:3,0:6,2:0:1:12:1:2,0:4,2:0:1 chr12 76426626 . A G 181.84 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00353068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.075;QD=17.7405;RBI=0.0121565;REFB=0.00239714;REVB=0.0116324;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140082;STB=0.590698;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00327648;OID=.;OPOS=76426626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:10:8:13:9:11:8:13:9 chr12 76427479 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0314526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.696;QD=17.9559;RBI=0.0319222;REFB=0.00577167;REVB=0.00545569;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106803;STB=0.575665;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00921484;OID=.;OPOS=76427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:8:7:6:11:8:8:6:11 chr12 76427547 . C CTTAAT 54.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.015601;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=5;MLLD=275.388;QD=7.78593;RBI=0.0208411;REFB=-0.0111614;REVB=0.0138188;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525008;STB=0.545336;STBP=0.852;TYPE=ins;VARB=0.0255892;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:29:8:28:20:6:2:14:6:54:21:6:2:15:6 chr12 76446924 . A G 130.5 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0517902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9293;QD=13.7368;RBI=0.0599587;REFB=-0.00719734;REVB=0.0302128;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333056;STB=0.519409;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0179801;OID=.;OPOS=76446924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:10:13:8:7:10:13 chr12 76449900 . T C 915.56 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0196064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.0248;QD=53.8562;RBI=0.0228632;REFB=-0.00699859;REVB=-0.0117608;RO=2;SAF=24;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377443;STB=0.529403;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00379321;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:3:65:65:0.955882:41:24:2:0:41:24:3:0 chr12 76709606 . T C 1362.77 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404191;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.664;QD=62.6559;RBI=0.00623513;REFB=0;REVB=0.00474761;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10181e-05;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr12 76709610 . T C 1354.04 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186585;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.966;QD=62.2546;RBI=0.0187933;REFB=0;REVB=-0.00224679;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95042e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:1:0:86:87:1:41:45:1:0:41:46:0:0 chr12 77417509 . G T 337.95 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0347944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3003;QD=17.5556;RBI=0.0349583;REFB=0.000577319;REVB=0.00338057;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208919;STB=0.610721;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00162624;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:36:41:36:36:0.467532:16:20:28:8:16:20:31:10 chr12 77424072 . TTGA T,TCGA 299.59 PASS AF=0.491803,0.0491803;AO=26,3;DP=58;FAO=30,3;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17,0;FSAR=13,3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00321077,-0.00693532;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=236.048,62.5493;QD=19.6451;RBI=0.0230826,0.022945;REFB=-0.0256392,-0.03282;REVB=0.0228582,0.0218718;RO=28;SAF=17,0;SAR=9,3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212057,-0.527771;STB=0.566622,0.995939;STBP=0.317,0.141;TYPE=del,snp;VARB=0.0259107,-0.0148575;OID=.,.;OPOS=77424073,77424073;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491803,0.0491803:26,3:58:30,3:61:28:17,0:13,3:12:16:99:28:17,0:9,3:12:16 chr12 77449790 . A G 2255.78 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00693935;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.572;QD=58.5917;RBI=0.00785913;REFB=-0.00561564;REVB=-0.00368936;RO=0;SAF=76;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509803;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-5.725e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:154:0:3:151:151:0.980519:75:76:0:0:75:76:0:3 chr12 78225299 . G A 267.43 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0302552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4089;QD=18.4435;RBI=0.052034;REFB=-0.0219107;REVB=-0.0423339;RO=29;SAF=24;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433977;STB=0.745573;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0195452;OID=.;OPOS=78225299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:5:24:12:17:5:24:12:17 chr12 78225374 . A G 889.28 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00914646;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5075;QD=56.4622;RBI=0.0177114;REFB=-0.160708;REVB=-0.015167;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00239906;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:29:33:1:0:29:33:1:0 chr12 78334194 . A G 610.71 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0446765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.797;QD=18.23;RBI=0.0510055;REFB=-0.0153116;REVB=0.0246084;RO=71;SAF=34;SAR=29;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913454;STB=0.550573;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0113209;OID=.;OPOS=78334194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:71:63:63:0.470149:29:34:45:26:29:34:45:26 chr12 78400884 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0174457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.12;QD=19.6971;RBI=0.0263042;REFB=0.00484285;REVB=-0.0196866;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00709845;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:10:12:12:9:10:12 chr12 78530979 . G A,T 507.85 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=32,3;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422957,0.00922112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.169,125.645;QD=58.0403;RBI=0.0157004,0.0165098;REFB=0,0;REVB=0.01512,0.0136947;RO=0;SAF=20,1;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000258346,0.0459707;OID=.,.;OPOS=78530979,78530979;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:32,3:33,2:0.942857,0.0571429:12,2:20,1:0:0:13,1:20,1:0:0 chr12 78542699 . T C 318.78 PASS AF=0.675;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0364147;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.688;QD=31.8781;RBI=0.0373122;REFB=0.00606633;REVB=0.00813447;RO=13;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175448;STB=0.579003;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00224595;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:13:13:26:27:0.675:20:6:6:7:20:7:6:7 chr12 78598891 . G A 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0252761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.952;QD=17.0588;RBI=0.0277991;REFB=-0.0104333;REVB=0.0115718;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580278;STB=0.532589;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0142883;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:21:12:16:22:21:12:16:22 chr12 79685913 . C A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.86;QD=58.1413;RBI=0.0178552;REFB=0;REVB=0.0156248;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150036;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr12 80014907 . A C,T 1158.22 PASS AF=0.544304,0.455696;AO=43,36;DP=79;FAO=43,36;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25,23;FSAR=18,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137965,-0.00575697;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=153.575,185.619;QD=58.6441;RBI=0.0174039,0.00584134;REFB=0,0;REVB=0.0106091,0.000989174;RO=0;SAF=25,23;SAR=18,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.65211e-08,4.21415e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00100124,0.00574787;OID=.,.;OPOS=80014907,80014907;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:79:0:0:43,36:43,36:0.544304,0.455696:18,13:25,23:0:0:18,13:25,23:0:0 chr12 80190650 . C G 1896.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.209;QD=61.6717;RBI=0.0293699;REFB=0;REVB=0.0277282;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105393;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:66:57:0:0:66:57:0:0 chr12 80712420 . G A 1459.01 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.458;QD=62.0857;RBI=0.0202078;REFB=-0.0900382;REVB=0.00705174;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298357;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:94:0:0:92:94:1:48:44:0:0:49:45:0:0 chr12 80735771 . T C 587.63 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.77;QD=58.7634;RBI=0.019353;REFB=-0.0515396;REVB=0.0183757;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135159;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr12 80737521 . C T 1157.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.742;QD=59.3569;RBI=0.0164468;REFB=-0.120628;REVB=-0.00986098;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-9.1126e-05;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:1:0:35:42:1:0 chr12 80747242 . A G 804.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761458;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4358;QD=57.4721;RBI=0.0761756;REFB=0;REVB=-0.00212822;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608039;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr12 80752660 . A G 1568.38 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.029;QD=64.0154;RBI=0.0754665;REFB=0;REVB=0.00201414;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145309;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr12 80761430 . G A 850.99 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.623;QD=57.6941;RBI=0.0133023;REFB=0;REVB=-0.00125011;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08192e-05;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr12 80761465 . G A 803.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192764;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9379;QD=57.404;RBI=0.0363708;REFB=0;REVB=-0.0308424;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300922;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 80765800 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.472;QD=57.5452;RBI=0.00369967;REFB=0;REVB=-0.00261981;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53447e-08;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr12 80771813 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.372;QD=58.6004;RBI=0.0126724;REFB=0;REVB=0.009851;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62569e-05;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:36:26:0:0:36:28:0:0 chr12 80816492 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6678;QD=59.4347;RBI=0.0656527;REFB=0;REVB=-0.0562726;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132178;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 80818876 . A G 2602.91 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=173;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.062789;FXX=0.00578001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8806;QD=60.5329;RBI=0.0666501;REFB=-0.0573808;REVB=-0.0223557;RO=3;SAF=82;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492424;STB=0.500205;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-6.55024e-05;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:173:172:3:2:170:170:0.988372:88:82:1:2:88:82:1:1 chr12 80889829 . T A 392.04 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00624287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.541;QD=16.8619;RBI=0.0109851;REFB=-0.0065302;REVB=-0.00903876;RO=52;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2486;STB=0.638824;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00983769;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:23:18:36:16:23:18:36:16 chr12 80899901 . C A 196.15 PASS AF=0.5;AO=16;DP=36;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0145914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.086;QD=19.615;RBI=0.0217455;REFB=-0.0294146;REVB=0.0161232;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144933;STB=0.562441;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0222891;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:40:15:20:16:20:0.5:12:4:2:13:14:6:4:16 chr12 80900397 . C G 147.06 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0060674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6033;QD=15.8982;RBI=0.0176864;REFB=-0.00106465;REVB=-0.0166131;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.612104;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00323879;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:10:6:12:8:10:6:12:9 chr12 80935345 . T C 379.97 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0134627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.048;QD=19.2389;RBI=0.0304098;REFB=-0.0136324;REVB=-0.0272674;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129296;STB=0.561574;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00933333;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:40:38:39:0.493671:13:25:21:19:14:25:21:19 chr12 80936082 . C T 301.21 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0437456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.141;QD=18.2549;RBI=0.0437482;REFB=-0.00819006;REVB=0.000476389;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.576697;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00438755;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:32:33:0.5:13:19:15:17:13:20:15:18 chr12 81329536 . A C 339.09 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.051457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4697;QD=20.5507;RBI=0.106458;REFB=-0.0272072;REVB=0.0931956;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811517;STB=0.554699;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0177161;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:12:23:17:13:12:23:17:14 chr12 82783668 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.521;QD=57.6807;RBI=0.0159717;REFB=0;REVB=-0.0155389;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21495e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr12 82792787 . C A 354.58 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.341;QD=54.5509;RBI=0.0316231;REFB=0;REVB=0.00899491;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84019e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:10:14:0:0:10:16:0:0 chr12 83290187 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00362156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.44;QD=18.2489;RBI=0.0153792;REFB=-0.00881188;REVB=-0.0149467;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182354;STB=0.603623;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00777905;OID=.;OPOS=83290187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:3:9:7:6:3:9 chr12 83415719 . G C 221.22 PASS AF=0.412698;AO=22;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0177289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.713;QD=14.0454;RBI=0.0306301;REFB=0.0197024;REVB=-0.0249778;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149956;STB=0.549468;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0268374;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:37:22:26:0.412698:8:14:23:7:12:14:23:14 chr12 85277608 . C T 512.69 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0208452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.121;QD=20.3045;RBI=0.0556588;REFB=-0.0122405;REVB=-0.0516079;RO=49;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474145;STB=0.526144;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0124939;OID=.;OPOS=85277608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:24:28:29:20:24:28:29:20 chr12 85449465 . T A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0339959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.396;QD=20.2084;RBI=0.0387587;REFB=-0.00572514;REVB=-0.0186149;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370387;STB=0.710208;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00810081;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:2:8:4:9:2:8 chr12 85556602 . T C 386.93 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00159034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.258;QD=15.3239;RBI=0.0051223;REFB=-0.0155408;REVB=0.00486916;RO=58;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134897;STB=0.575723;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0150998;OID=.;OPOS=85556602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:21:22:22:36:21:22:22:36 chr12 88440676 . G C 553.12 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00606388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.186;QD=19.7543;RBI=0.00989591;REFB=-0.0229166;REVB=-0.00782039;RO=54;SAF=42;SAR=15;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281821;STB=0.661131;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0285285;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:57:57:0.508929:15:42:24:30:15:42:24:31 chr12 88500847 . T C 474.71 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00526914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.9218;QD=21.5777;RBI=0.00697504;REFB=-0.00298813;REVB=0.00457026;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360706;STB=0.501991;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00291623;OID=.;OPOS=88500847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:21:25:23:19:21:25:23:19 chr12 88505078 . T C 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.775;QD=57.1802;RBI=0.0853608;REFB=0;REVB=0.0755139;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077823;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr12 88508258 . T C 330.19 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.021484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.782;QD=22.0126;RBI=0.0220526;REFB=-0.0212516;REVB=-0.00497552;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113221;STB=0.56697;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0265952;OID=.;OPOS=88508258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:26:33:34:0.566667:12:21:13:13:12:22:13:13 chr12 88547277 . T C 820.41 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845027;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.214;QD=57.5725;RBI=0.0203486;REFB=0;REVB=0.0185111;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97527e-05;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr12 89743223 . G A 1581.66 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229219;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.205;QD=59.1273;RBI=0.0260852;REFB=-0.0853493;REVB=0.012451;RO=1;SAF=36;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673256;STB=0.503545;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000620669;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:70:36:0:1:70:36:0:1 chr12 89745477 . C A 432.24 PASS AF=0.46;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0376654;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2759;QD=17.2895;RBI=0.0454028;REFB=0.00520593;REVB=0.0253522;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210465;STB=0.511744;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00595579;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:54:54:46:46:0.46:22:24:27:27:22:24:27:27 chr12 89853408 . G A 469.1 PASS AF=0.52;AO=38;DP=94;FAO=52;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0285973;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1213;QD=18.764;RBI=0.0287944;REFB=-0.0124799;REVB=-0.00336362;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435898;STB=0.522514;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00614143;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:44:47:38:52:0.52:19:19:20:24:23:29:24:23 chr12 89866054 . TAGAAAGAAGA T 58.05 PASS AF=0.32;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00524116;FXX=0.137883;HRUN=1;LEN=10;MLLD=298.917;QD=9.28772;RBI=0.00806582;REFB=0.00436334;REVB=-0.00613088;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228049;STB=0.585139;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=-0.0103067;OID=.;OPOS=89866055;OREF=AGAAAGAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:6:27:8:25:17:6:2:11:6:58:16:5:1:11:5 chr12 89917518 . A G 321.79 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0707429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3253;QD=23.8366;RBI=0.0721163;REFB=-0.0109942;REVB=-0.0140074;RO=22;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707565;STB=0.538983;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0134988;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:13:19:11:11:13:19:11:11 chr12 91348786 . G T 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=2;FWDB=-0.0101478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.799;QD=14.6979;RBI=0.0133647;REFB=-0.0145798;REVB=-0.00869693;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=28;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328541;STB=0.682409;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0184957;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:6:15:28:2:6:15:28:2 chr12 91449984 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0855587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7627;QD=16.9315;RBI=0.086795;REFB=0.0467858;REVB=0.0145971;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0415488;OID=.;OPOS=91449984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr12 91449990 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00268231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.799;QD=17.8275;RBI=0.0171245;REFB=-0.0226707;REVB=-0.0169132;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0152838;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr12 91502250 . A G 383.83 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00858819;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.939;QD=14.6222;RBI=0.0103367;REFB=0.00107031;REVB=-0.00575249;RO=61;SAF=18;SAR=26;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153124;STB=0.586257;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0010368;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:26:18:34:27:26:18:34:27 chr12 92818482 . C T 375.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4973;QD=55.6369;RBI=0.019792;REFB=0;REVB=-0.00498659;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624925;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr12 92818786 . A G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.491;QD=38.2057;RBI=0.0162485;REFB=-0.0422739;REVB=-0.012235;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.583219;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00426704;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:5:10:0:1:5:10:0:2 chr12 92818999 . G T 393.88 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.946;QD=56.269;RBI=0.106137;REFB=0;REVB=-0.00814393;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146226;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:20:8:0:0 chr12 92819139 . A C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9876;QD=56.1858;RBI=0.066424;REFB=0;REVB=0.0449135;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227086;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 92819699 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.3;QD=47.8221;RBI=0.0170343;REFB=0;REVB=0.00531601;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118424;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr12 92821860 . CT C,CC 1771.62 PASS AF=0.95,0.05;AO=109,8;DP=118;FAO=114,6;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49,5;FSAR=65,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176086,0.0116723;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.4982,78.7195;QD=59.054;RBI=0.0462796,0.0138954;REFB=0,0;REVB=0.0427988,0.0075391;RO=0;SAF=47,6;SAR=62,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.59784e-08,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00015401,-0.00251002;OID=.,.;OPOS=92821861,92821861;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95,0.05:109,8:118:114,6:120:0:49,5:65,1:0:0:10:0:47,6:62,2:0:0 chr12 92822903 . G C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0637;QD=55.6513;RBI=0.03783;REFB=0;REVB=0.00098537;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275227;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr12 93102295 . G A 1491.43 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9006;QD=63.4651;RBI=0.0397084;REFB=0;REVB=-0.033926;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249308;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:36:58:0:0:36:58:0:0 chr12 93147907 . A T 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.593;QD=64.284;RBI=0.0808329;REFB=0;REVB=0.0473029;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279193;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr12 93150102 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.834;QD=61.3364;RBI=0.0231936;REFB=0;REVB=0.0231369;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109603;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr12 93155535 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.157;QD=60.0305;RBI=0.0384809;REFB=0;REVB=0.0374768;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31394e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr12 93166538 . A G 1171.1 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00825032;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.157;QD=57.1267;RBI=0.0188519;REFB=-0.0924068;REVB=0.0169507;RO=2;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606876;STB=0.505412;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000274455;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:2:3:78:79:0.963415:38:40:1:1:38:41:2:1 chr12 93166927 . TTA T,TT,TTT 101.77 PASS AF=0.548387,0,0;AO=5,6,6;DP=35;FAO=17,0,0;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4,0,0;FSAR=13,0,0;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0951668,0.12787,0.219153;FXX=0.0605877;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.304,9.36212,8.44425;QD=13.1319;RBI=0.206413,0.183504,0.221372;REFB=-0.0216893,-0.0386413,-0.0289521;REVB=0.183166,0.131617,-0.0312622;RO=12;SAF=1,0,0;SAR=4,6,6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.059687,-0.682639,-0.682639;STB=0.56173,0.5,0.5;STBP=0.57,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.038229,0.0403558,0;OID=.,.,.;OPOS=93166928,93166929,93166929;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387,0,0:5,6,6:35:17,0,0:31:14:4,0,0:13,0,0:2:12:83:12:1,0,0:4,6,6:2:10 chr12 93196421 . T TG 413.0 PASS AF=1;AO=5;DP=39;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573437;FXX=0.0322477;HRUN=0;LEN=1;MLLD=232.221;QD=55.0669;RBI=0.0994852;REFB=0;REVB=-0.0812958;RO=34;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00163639;OID=.;OPOS=93196422;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:39:30:30:0:13:17:0:0:4:34:3:2:13:21 chr12 93196422 . T G 412.5 PASS AF=0.861111;AO=32;DP=37;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00303461;FXX=0.0270197;HRUN=9;LEN=1;MLLD=226.275;QD=45.8337;RBI=0.00649357;REFB=-0.0926466;REVB=0.00574087;RO=5;SAF=13;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162587;STB=0.501886;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000844271;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:36:5:5:32:31:0.861111:19:13:2:3:19:12:2:3 chr12 93202801 . C T 1739.51 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.743;QD=60.5047;RBI=0.0630521;REFB=0;REVB=0.0628077;RO=0;SAF=79;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46762e-05;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:115:0:0:105:115:1:26:79:0:0:36:79:0:0 chr12 93692934 . G A 127.6 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00885479;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.504;QD=11.0959;RBI=0.0170637;REFB=-0.010026;REVB=-0.0145864;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963259;STB=0.557445;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0198765;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:15:16:9:6:15:16 chr12 93795630 . A T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0189904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.951;QD=2.28086;RBI=0.0357716;REFB=-0.0082301;REVB=-0.0303145;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121532;STB=0.592295;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0811784;OID=.;OPOS=93795630;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:19:29:3:3:19:29 chr12 93967035 . A G 316.83 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=114;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.00504558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.034;QD=11.0202;RBI=0.0109713;REFB=-0.0103218;REVB=0.00974223;RO=75;SAF=14;SAR=25;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499177;STB=0.517233;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.018258;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:75:75:39:40:0.347826:25:14:30:45:25:15:30:45 chr12 93967755 . T C 112.9 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00431201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.301;QD=17.3691;RBI=0.0542347;REFB=-0.0037517;REVB=0.054063;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00446639;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:8:5:8:5:8:5 chr12 93968197 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0250261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.596;QD=13.58;RBI=0.0529112;REFB=-0.00966188;REVB=0.0466185;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145054;STB=0.584318;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0104404;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:17:11:9:8:17:11 chr12 93968256 . G A 165.38 PASS AF=0.403509;AO=17;DP=54;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0163055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.287;QD=11.6057;RBI=0.0226276;REFB=-0.0134742;REVB=-0.0156888;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304284;STB=0.556526;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0128447;OID=.;OPOS=93968256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:32:34:17:23:0.403509:12:5:18:14:13:10:18:16 chr12 93968288 . C A 282.82 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=3.5879e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.883;QD=18.2462;RBI=0.0017695;REFB=-0.0177781;REVB=-0.00176914;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24848;STB=0.626969;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0133346;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:12:18:10:21:13:18:10:21 chr12 93968353 . C CT,T 199.51 PASS AF=0.412698,0;AO=21,4;DP=70;FAO=26,0;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11,0;FSAR=15,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0271858,-0.0477886;FXX=0.0596926;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=88.3521,87.6989;QD=12.6672;RBI=0.030634,0.0486002;REFB=-0.0160254,-0.0080524;REVB=0.0141201,0.00884493;RO=44;SAF=10,0;SAR=11,4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00124551,-0.544188;STB=0.521722,0.5;STBP=0.794,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0218155,0;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:63:44:37:21,4:26,0:0.412698,0:11,4:10,0:21:23:15,0:11,0:17:20 chr12 94132186 . T A 358.71 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00419185;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.427;QD=19.3896;RBI=0.0175248;REFB=-0.0160004;REVB=-0.0170161;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757553;STB=0.542182;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00909174;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:37:37:37:37:0.5:14:23:20:17:14:23:20:17 chr12 94243853 . C T 278.97 PASS AF=0.478261;AO=30;DP=66;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0139319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.12;QD=16.1722;RBI=0.0179659;REFB=-0.0285592;REVB=0.0113435;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917739;STB=0.522375;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0267111;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:36:36:30:33:0.478261:13:17:17:19:16:17:17:19 chr12 94645255 . A G 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00966315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.113;QD=15.8613;RBI=0.014229;REFB=-0.00195145;REVB=-0.0104446;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498326;STB=0.528075;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00264534;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:28:23:19:19:28:23 chr12 94671743 . G C 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.187;QD=61.5345;RBI=0.0258977;REFB=0;REVB=0.025702;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4761e-05;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr12 94673509 . GC G 134.68 PASS AF=0.818182;AO=16;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00840643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6257;QD=24.4866;RBI=0.105028;REFB=0.0474466;REVB=-0.104691;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=0.13913;STB=0.566935;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=-0.0081498;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:16:22:18:22:4:11:7:1:3:14:4:10:6:1:3 chr12 94722010 . TGGGGGT TGGGG,TGGGGT 51.82 PASS AF=0,0.482759;AO=6,8;DP=30;FAO=0,14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=0,8;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00908911,0.0426436;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=195.756,10.1679;QD=7.14784;RBI=0.0154459,0.0496071;REFB=0.00974881,-0.117282;REVB=0.0124885,-0.0253454;RO=11;SAF=2,4;SAR=4,4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.308307,-0.131886;STB=0.5,0.51513;STBP=1,0.878;TYPE=del,del;VARB=0,0.158725;OID=.,.;OPOS=94722015,94722011;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.482759:6,8:30:0,14:29:15:0,8:0,6:9:6:52:11:2,4:4,4:7:4 chr12 94769758 . A G 1116.78 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.639;QD=60.3667;RBI=0.0115605;REFB=0;REVB=-0.00484061;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83885e-06;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr12 94772742 . C T 393.1 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0133001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.69;QD=33.4551;RBI=0.026312;REFB=0.0125203;REVB=-0.022703;RO=15;SAF=6;SAR=25;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172912;STB=0.577213;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00422307;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:31:32:0.680851:25:6:6:9:25:7:6:9 chr12 94909304 . A G 357.87 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.559;QD=55.0563;RBI=0.0726643;REFB=0;REVB=0.071123;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644065;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:18:8:0:0 chr12 94955644 . G T 435.63 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0203228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.337;QD=18.9406;RBI=0.0210341;REFB=-0.0177651;REVB=-0.00542361;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879057;STB=0.554323;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0268484;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:22:21:19:29:22:22:19:29 chr12 94972290 . C T 439.72 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5111;QD=56.7374;RBI=0.165264;REFB=0;REVB=0.128598;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410115;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:25:31:1:14:11:0:0:16:15:0:0 chr12 94975799 . G A 1079.42 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.303;QD=59.9676;RBI=0.00703316;REFB=0;REVB=-0.000650607;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1382e-05;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:38:33:0:0:39:33:0:0 chr12 94976084 . T C 973.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.465;QD=58.9882;RBI=0.0241229;REFB=0;REVB=0.0207343;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09433e-05;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:26:38:0:0:26:40:0:0 chr12 94976159 . T C 109.73 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0242774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.83;QD=14.6311;RBI=0.0249853;REFB=0.000788697;REVB=-0.00590528;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967959;STB=0.519097;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000589193;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:5:8:10:6:5:8:11:6 chr12 95456367 . T C 542.32 PASS AF=0.628205;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0143328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.554;QD=27.8113;RBI=0.0143479;REFB=-0.00286214;REVB=-0.000659362;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405483;STB=0.500264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016343;OID=.;OPOS=95456367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:29:48:49:0.628205:22:26:15:13:22:27:16:13 chr12 95470600 . A ATCTT,T 1230.13 PASS AF=1,0;AO=76,4;DP=98;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261001,-0.0126205;FXX=0.0697593;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=199.64,84.841;QD=61.5066;RBI=0.0290469,0.0181499;REFB=0,0;REVB=0.012748,-0.0130439;RO=17;SAF=33,3;SAR=43,1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.033055,0.26482;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000160335,0;OID=.,.;OPOS=95470601,95470600;OREF=-,A;OALT=TCTT,T;OMAPALT=ATCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:80:17:0:76,4:80,0:1,0:43,1:33,3:9:8:44,0:36,0:0:0 chr12 95500727 . C G 785.05 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0686;QD=57.0949;RBI=0.0519404;REFB=0;REVB=0.0460429;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527433;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr12 95604290 . T C 121.71 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00244766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.58;QD=10.8185;RBI=0.00281427;REFB=-0.00438492;REVB=-0.0013889;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098492;STB=0.523334;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00852619;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:14:15:0.333333:6:8:19:10:6:9:19:11 chr12 95637234 . C T 206.37 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0445401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2944;QD=17.1971;RBI=0.0476985;REFB=-0.0232292;REVB=-0.0170683;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242956;STB=0.638376;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0282626;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:10:17:8:13:10:17 chr12 95693943 . G A 802.92 PASS AF=0.429293;AO=85;DP=198;FAO=85;FDP=198;FR=.;FRO=113;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0152522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.659;QD=16.2207;RBI=0.0152522;REFB=-0.00463837;REVB=1.94294e-05;RO=108;SAF=43;SAR=42;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152269;STB=0.504219;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0045237;OID=.;OPOS=95693943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:113:85:85:0.429293:42:43:53:55:42:43:58:55 chr12 95694394 . G A 681.54 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361839;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.718;QD=61.9586;RBI=0.0174797;REFB=0;REVB=0.0171011;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44011e-05;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:14:30:0:0 chr12 95695804 . C A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0267413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.493;QD=16.7279;RBI=0.0270371;REFB=-0.0135605;REVB=-0.00398848;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1459;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0285648;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:10:9:10:6:10:9 chr12 95927762 . T C 1139.16 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8062;QD=59.1771;RBI=0.112612;REFB=0;REVB=0.0379636;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021934;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:75:77:1:42:33:1:0:42:35:0:0 chr12 96284650 . A G 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.566;QD=63.868;RBI=0.0238424;REFB=0;REVB=-0.0235197;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91391e-05;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr12 96288860 . T C 2199.56 PASS AF=0.97931;AO=140;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0420825;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.352;QD=60.6775;RBI=0.0481385;REFB=-0.0319332;REVB=0.0233747;RO=4;SAF=59;SAR=81;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424891;STB=0.501892;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000145798;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:4:3:140:142:0.97931:81:59:2:2:82:60:1:2 chr12 96337183 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6488;QD=35.5751;RBI=0.0688589;REFB=0;REVB=-0.0476726;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00991481;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 96337225 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.517;QD=33.4282;RBI=0.0816204;REFB=0;REVB=0.0627465;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237289;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 96346594 . T C 669.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3985;QD=62.2583;RBI=0.0398898;REFB=0;REVB=0.0189193;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800058;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 96374563 . T C 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00073993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.294;QD=55.2583;RBI=0.0056659;REFB=0.00933631;REVB=0.00561737;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.519225;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=4.3397e-06;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:39:25:1:0:39:25:2:0 chr12 96374614 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.774;QD=60.9782;RBI=0.0405279;REFB=0;REVB=0.00852869;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88276e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 96384249 . T C 686.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0786;QD=60.9991;RBI=0.048646;REFB=0;REVB=0.048369;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163025;OID=.;OPOS=96384249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:13:30:0:0:15:30:0:0 chr12 96387621 . A G 395.9 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0124806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6465;QD=20.3028;RBI=0.0194729;REFB=0.0185583;REVB=0.0149476;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113299;STB=0.562882;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.016934;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:25:15:19:19:25:15:19:19 chr12 96387765 . T A 247.79 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0112622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1493;QD=11.6606;RBI=0.0178233;REFB=-0.0128596;REVB=0.0138142;RO=54;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195369;STB=0.62017;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0226972;OID=.;OPOS=96387765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:54:55:30:30:0.352941:21:9:25:29:21:9:26:29 chr12 96661610 . TAAAAG T 80.09 PASS AF=0.35;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00222888;FXX=0.0908884;HRUN=4;LEN=5;MLLD=235.815;QD=8.00871;RBI=0.00664564;REFB=0.0016156;REVB=-0.00626072;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530878;STB=0.546695;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=-0.00190355;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:14:44:14:40:26:8:6:13:13:80:23:8:6:12:11 chr12 96821251 . A T 1041.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.474;QD=59.5255;RBI=0.0969376;REFB=0;REVB=0.0747981;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012996;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:23:46:0:0:23:47:0:0 chr12 96900801 . G C,T 1111.56 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,69;DP=72;FAO=3,72;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747167,0.0348017;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.2294,110.712;QD=59.2835;RBI=0.0104952,0.0411113;REFB=0,0;REVB=0.00737041,0.0218858;RO=0;SAF=0,44;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.067129,-0.00191393;OID=.,.;OPOS=96900801,96900801;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:72:75:0:0:3,69:3,72:0.04,0.96:3,25:0,44:0:0:3,25:0,47:0:0 chr12 96992494 . C T 1083.55 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.056;QD=59.3724;RBI=0.0141393;REFB=0;REVB=0.0124524;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214742;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:39:34:0:0 chr12 97098549 . T C 751.91 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150879;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6195;QD=56.7479;RBI=0.0372836;REFB=0;REVB=0.0340943;RO=0;SAF=41;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336336;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:52:53:1:11:41:0:0:11:42:0:0 chr12 97102578 . G A 340.57 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4065;QD=54.4903;RBI=0.0495476;REFB=0;REVB=-0.0207415;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423438;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:19:5:0:0:19:6:0:0 chr12 97114231 . G A 739.04 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7123;QD=54.7438;RBI=0.0485318;REFB=-0.169868;REVB=0.00213612;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00182017;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:22:31:0:0:22:31:1:0 chr12 97136218 . T C 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5597;QD=63.5762;RBI=0.0874811;REFB=0;REVB=0.0839816;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856426;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr12 97136239 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.761;QD=56.9379;RBI=0.00586908;REFB=0;REVB=0.00280875;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45718e-06;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr12 97254620 . G A 639.7 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00312566;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.394;QD=18.8148;RBI=0.00342876;REFB=-0.0162343;REVB=-0.00140947;RO=71;SAF=27;SAR=38;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126811;STB=0.570238;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0170433;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:71:71:65:65:0.477941:38:27:39:32:38:27:39:32 chr12 98115538 . A T 83.5 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0164103;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6074;QD=18.5565;RBI=0.0978098;REFB=0.044785;REVB=-0.0964234;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.545363;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0329924;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:9:10:0.555556:3:6:4:4:4:6:4:4 chr12 98332904 . TCA T 427.98 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232705;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.874;QD=55.2237;RBI=0.0337791;REFB=0;REVB=-0.024485;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000214584;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:31:31:0:17:14:0:0:4:0:16:13:0:0 chr12 98897267 . C T 674.68 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736419;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.873;QD=62.7613;RBI=0.0455613;REFB=0;REVB=0.0449623;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317358;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr12 98995408 . C A 144.93 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0178601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.45;QD=10.1706;RBI=0.0179794;REFB=-0.00509596;REVB=-0.0020676;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206226;STB=0.621005;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0102961;OID=.;OPOS=98995408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:8:11:15:23:8:11:15:23 chr12 99007623 . C T 250.54 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0196359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7052;QD=14.5242;RBI=0.0433016;REFB=-0.0193823;REVB=-0.0385935;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225454;STB=0.635164;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.024731;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:10:19:17:22:10:19:17:23 chr12 99109205 . ATTTTA ATTTA,ATTTAT 36.08 PASS AF=0.1625,0.025;AO=12,6;DP=82;FAO=13,2;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=12,2;FSAR=1,0;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0140238,-0.0350384;FXX=0.0243873;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.7344,125.763;QD=1.80376;RBI=0.220118,0.0411349;REFB=-0.0317905,-0.00295107;REVB=0.219671,0.0215496;RO=54;SAF=11,6;SAR=1,0;SRF=28;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.564067,0.599998;STB=0.892334,0.994678;STBP=0.007,0.172;TYPE=del,mnp;VARB=-0.023373,0.117293;OID=.,.;OPOS=99109206,99109209;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTA,ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1625,0.025:12,6:82:13,2:80:65:12,2:1,0:34:31:24:54:11,6:1,0:28:26 chr12 99477625 . T C 1082.82 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2248;QD=58.531;RBI=0.0261665;REFB=0.0365781;REVB=-0.0118087;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00101855;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:37:35:1:0:37:36:1:0 chr12 99640428 . T C 1572.16 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661435;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.131;QD=59.8917;RBI=0.0162362;REFB=0;REVB=0.0148278;RO=1;SAF=60;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078438;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8915e-06;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:1:0:104:105:1:44:60:1:0:44:61:0:0 chr12 99640557 . T C 1214.34 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289857;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.614;QD=61.4854;RBI=0.0343493;REFB=0;REVB=0.0184311;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7765e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr12 100453787 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0315523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=14.1689;RBI=0.034416;REFB=-0.0304378;REVB=0.0137444;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340037;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0391669;OID=.;OPOS=100453787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:4:8:3:7:4:8 chr12 100795931 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0344292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9296;QD=17.4229;RBI=0.0887712;REFB=-0.0158349;REVB=-0.0818227;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726871;STB=0.540729;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0265664;OID=.;OPOS=100795931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:14:17:16:18:14:17:16:18 chr12 100813976 . A C 435.08 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.000499874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3962;QD=20.9676;RBI=0.0136235;REFB=-0.00397749;REVB=-0.0136143;RO=39;SAF=28;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232507;STB=0.634498;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00546123;OID=.;OPOS=100813976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:15:28:15:24:15:28:15:25 chr12 101017445 . T C 1540.23 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00791781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.075;QD=58.6754;RBI=0.0329609;REFB=-0.0400582;REVB=0.0319957;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854954;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=9.33556e-05;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:55:48:0:1:56:48:0:1 chr12 101133644 . C T 422.53 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00610618;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.844;QD=22.2383;RBI=0.00968707;REFB=-0.0141751;REVB=-0.00752023;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384071;STB=0.527318;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0126315;OID=.;OPOS=101133644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:34:35:41:41:0.539474:21:20:15:19:21:20:15:20 chr12 101520689 . A G 194.32 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0145332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3646;QD=12.3378;RBI=0.0164568;REFB=-0.0117473;REVB=-0.00772101;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198356;STB=0.61495;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.03328;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:7:17:21:18:7:17:21:18 chr12 101522078 . C G 287.6 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0548547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.233;QD=13.5342;RBI=0.0548573;REFB=0.00249301;REVB=-0.000540585;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590087;STB=0.519469;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0049868;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:52:33:33:0.388235:15:18:27:22:15:18:30:22 chr12 101552075 . G A 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8516;QD=59.8494;RBI=0.0522003;REFB=0;REVB=0.0513561;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256294;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr12 101680131 . T C 387.82 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00278143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.695;QD=15.9924;RBI=0.00686338;REFB=0.00677983;REVB=0.00627452;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951768;STB=0.500505;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00753113;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:22:19:26:29:22:19:26:30 chr12 101683929 . C T 785.17 PASS AF=1;AO=46;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.342;QD=57.1034;RBI=0.0279059;REFB=0;REVB=0.00792597;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41346e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:46:55:1:25:21:0:0:29:26:0:0 chr12 101685783 . C T 338.75 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00393296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.125;QD=15.2245;RBI=0.00670561;REFB=-0.0150939;REVB=-0.00543111;RO=52;SAF=18;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933112;STB=0.552699;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0172127;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:19:18:30:22:19:18:30:22 chr12 101723197 . C T 114.32 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0100542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.04;QD=10.1617;RBI=0.0294184;REFB=-0.0164182;REVB=-0.027647;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136678;STB=0.577669;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0366469;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:31:14:14:0.311111:7:7:18:11:7:7:19:12 chr12 101732670 . C T 81.25 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0139882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0946;QD=18.055;RBI=0.0241047;REFB=-0.000241868;REVB=-0.0196308;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00172043;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr12 101734349 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0430512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.351;QD=17.0331;RBI=0.0436542;REFB=-0.00122129;REVB=0.00723104;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.524972;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00066721;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:12:10:9:9:12:10 chr12 101750814 . T A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.381;QD=58.5999;RBI=0.0132716;REFB=0;REVB=0.01008;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23093e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr12 101755809 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.302;QD=56.6223;RBI=0.0241896;REFB=0.0319684;REVB=0.0209275;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=1.35925e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:0:1:28:35:0:1 chr12 101757446 . T C 363.74 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00919382;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.501;QD=23.0943;RBI=0.0153632;REFB=0.00528159;REVB=0.0123086;RO=27;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485706;STB=0.519848;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00277501;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:35:36:0.571429:19:16:14:13:19:17:14:13 chr12 101866174 . C A 885.06 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9583;QD=58.0368;RBI=0.048492;REFB=0;REVB=-0.0131322;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202694;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr12 102036305 . C T 306.22 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00436288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.987;QD=20.4148;RBI=0.0106475;REFB=-0.0438708;REVB=0.00971258;RO=28;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330647;STB=0.518313;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0365171;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:9:23:21:7:9:23:21:7 chr12 102045163 . C G 198.94 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.015978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8164;QD=19.4091;RBI=0.0368129;REFB=-0.000886884;REVB=-0.0331647;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=1.91705e-05;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr12 102064118 . T C 714.71 PASS AF=0.978723;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3718;QD=60.8265;RBI=0.0157796;REFB=-0.0565105;REVB=0.00895832;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00469684;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:47:46:0.978723:30:17:0:0:29:17:0:1 chr12 102079418 . G A 181.92 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0336699;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.011;QD=11.3702;RBI=0.0361113;REFB=-0.00922985;REVB=-0.0130524;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383195;STB=0.531618;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.010662;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:9:14:23:17:9:14:23:18 chr12 102108345 . T C 538.13 PASS AF=0.431655;AO=43;DP=142;FAO=60;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0263874;FXX=0.0211253;HRUN=8;LEN=1;MLLD=34.3275;QD=15.4857;RBI=0.0488504;REFB=0.0162373;REVB=0.0411104;RO=48;SAF=28;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480747;STB=0.549896;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0253604;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:48:79:43:60:0.431655:15:28:29:19:23:37:42:37 chr12 102117589 . C T 1600.66 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.64;QD=59.8378;RBI=0.00992209;REFB=0;REVB=-0.00970199;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27995e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:49:56:0:0:49:58:0:0 chr12 102158763 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.11;QD=57.6795;RBI=0.0507231;REFB=0;REVB=0.0357441;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299423;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 102173654 . T C 1062.22 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0944;QD=59.8433;RBI=0.0821327;REFB=0;REVB=0.0296844;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329571;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:36:35:0:0 chr12 102279115 . C T 112.55 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00953738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6158;QD=9.18798;RBI=0.0303593;REFB=-0.00827429;REVB=-0.0288223;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167841;STB=0.51019;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0199907;OID=.;OPOS=102279115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:7:7:18:17:7:7:18:17 chr12 102279193 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0852;QD=57.2372;RBI=0.0362403;REFB=0;REVB=-0.0340463;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440745;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr12 102315358 . TG T,TT 169.74 PASS AF=0.282051,0.179487;AO=5,13;DP=40;FAO=11,7;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=3,5;FSAR=8,2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0316742,-0.0271949;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.279,192.096;QD=17.4088;RBI=0.0369807,0.0326867;REFB=-1.53542e-05,0.000381213;REVB=-0.0190872,-0.0181345;RO=21;SAF=0,8;SAR=5,5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661756,0.195695;STB=0.582623,0.741906;STBP=0.561,0.174;TYPE=del,snp;VARB=-0.0485453,0.0349743;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051,0.179487:5,13:40:11,7:39:21:3,5:8,2:8:13:46:21:0,8:5,5:9:12 chr12 102321583 . C T 476.93 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0118616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0205;QD=27.6482;RBI=0.0201739;REFB=-0.0147092;REVB=0.0163183;RO=25;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187276;STB=0.602103;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0142045;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:28:16:16:9:28:16:16:9 chr12 102517753 . T C 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0389873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.868;QD=14.4189;RBI=0.0397571;REFB=-0.0115798;REVB=0.00778585;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373917;STB=0.528434;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0115218;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:13:14:20:16:13:14:21:16 chr12 103237468 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.18;QD=58.2388;RBI=0.0241225;REFB=0;REVB=-0.024039;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99776e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr12 103246700 . C T 668.7 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.57;QD=62.2043;RBI=0.0874349;REFB=0;REVB=0.0324398;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033186;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:31:11:0:0:31:12:0:0 chr12 103558227 . G T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0172716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.582;QD=12.9138;RBI=0.021707;REFB=-0.00264443;REVB=-0.0131485;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428173;STB=0.52457;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00630974;OID=.;OPOS=103558227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:20:17:12:12:20:17 chr12 103558235 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.028558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.832;QD=13.0149;RBI=0.028707;REFB=-0.0106634;REVB=0.00292041;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172695;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0116678;OID=.;OPOS=103558235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:18:14:12:8:18:14 chr12 103761909 . C T 182.24 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0410905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.896;QD=16.9524;RBI=0.0650779;REFB=0.000752307;REVB=-0.0504649;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109198;STB=0.552373;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00638331;OID=.;OPOS=103761909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:12:7:11:12:12:7:11:13 chr12 103872172 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.713;QD=59.8392;RBI=0.0441042;REFB=0;REVB=0.0431125;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128513;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr12 104067812 . C T 282.24 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0215065;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.309;QD=19.4647;RBI=0.0264558;REFB=-0.0107898;REVB=-0.0154073;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890661;STB=0.54962;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0099051;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:15:13:17:13:15:13 chr12 104086631 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.251;QD=63.2862;RBI=0.0504053;REFB=0;REVB=0.00270634;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60072e-05;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr12 104092996 . T C 783.57 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0231478;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3532;QD=18.8813;RBI=0.0268363;REFB=-0.0130778;REVB=0.0135782;RO=83;SAF=35;SAR=46;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101399;STB=0.556023;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0122212;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:85:81:81:0.487952:46:35:45:38:46:35:46:39 chr12 104100617 . C T 1199.77 PASS AF=0.491736;AO=119;DP=242;FAO=119;FDP=242;FR=.;FRO=123;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0057948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.096;QD=19.8308;RBI=0.0263174;REFB=-0.0233957;REVB=-0.0256715;RO=123;SAF=68;SAR=51;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364097;STB=0.519997;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0252181;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:123:123:119:119:0.491736:51:68:75:48:51:68:75:48 chr12 104136316 . C T 623.86 PASS AF=0.444444;AO=67;DP=154;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0177833;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.187;QD=16.3101;RBI=0.0258283;REFB=-0.0257781;REVB=0.0187312;RO=85;SAF=25;SAR=42;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227498;STB=0.629271;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0263521;OID=.;OPOS=104136316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:85:85:67:68:0.444444:42:25:51:34:43:25:51:34 chr12 104155075 . T C 1248.15 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104072;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.737;QD=61.6373;RBI=0.0349716;REFB=0;REVB=0.0333871;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00644e-05;OID=.;OPOS=104155075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:45:34:0:0:47:34:0:0 chr12 104171742 . C T 1205.48 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1451;QD=61.0372;RBI=0.0700722;REFB=0;REVB=0.0670015;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413805;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr12 104186995 . G A 732.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667976;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4749;QD=63.7121;RBI=0.0714282;REFB=0;REVB=-0.0252996;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111148;OID=.;OPOS=104186995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:47:46:1:29:18:0:0:28:18:0:0 chr12 104187707 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.865;QD=58.1403;RBI=0.0287794;REFB=0;REVB=0.0254521;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042469;OID=.;OPOS=104187707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 104235300 . C G 1482.86 PASS AF=0.980952;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0742232;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4412;QD=56.4899;RBI=0.0743654;REFB=0.0458045;REVB=-0.0045964;RO=2;SAF=68;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766733;STB=0.503649;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0053511;OID=.;OPOS=104235300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:105:2:2:100:103:0.980952:32:68:1:1:34:69:1:1 chr12 104254932 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4787;QD=63.5817;RBI=0.018872;REFB=0;REVB=0.00344955;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010685;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr12 104254975 . C G 710.57 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0239235;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.413;QD=54.6593;RBI=0.0459104;REFB=-0.0249304;REVB=0.0391846;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00171283;OID=.;OPOS=104254975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr12 104260208 . C T 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.599;QD=64.4053;RBI=0.00463439;REFB=0;REVB=-0.00142435;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30376e-05;OID=.;OPOS=104260208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr12 104309383 . C T 732.41 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172621;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7955;QD=63.6876;RBI=0.0312546;REFB=0;REVB=0.0260551;RO=0;SAF=37;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419295;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:9:37:0:0:9:37:0:0 chr12 104327979 . C T 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00796349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.95;QD=59.2287;RBI=0.0126102;REFB=-0.00665523;REVB=-0.00977748;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825611;STB=0.504347;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-2.47601e-06;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:57:53:0:1:57:53:0:1 chr12 104341187 . TGAA T 334.18 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212253;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.739;QD=53.4688;RBI=0.0427564;REFB=0;REVB=0.037116;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000233634;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:25:25:0:12:13:0:0:4:0:12:11:0:0 chr12 104359779 . C T 71.0 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0313531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.914;QD=7.47416;RBI=0.034479;REFB=-0.0121607;REVB=-0.0143451;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.526263;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0366375;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:15:13:5:5:15:13 chr12 104366815 . GG AA,AG 367.84 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992175,0.0171198;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=36.6153,75.814;QD=54.4948;RBI=0.0131277,0.0230202;REFB=0,0;REVB=-0.00859631,-0.0153896;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0530635,-0.00589208;OID=.,.;OPOS=104366815,104366815;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:0,7:2,18:0:0:0,7:2,18:0:0 chr12 104380734 . G A 936.62 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0167579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5406;QD=54.2968;RBI=0.0219908;REFB=-0.0857052;REVB=0.0142397;RO=3;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136762;STB=0.507244;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00301093;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:33:33:1:2:33:33:1:2 chr12 104413436 . C T 1677.26 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.379;QD=60.4418;RBI=0.0353933;REFB=0;REVB=0.0352969;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95528e-05;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:59:51:0:0:60:51:0:0 chr12 104512943 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTT 55.89 PASS AF=0.0454545,0.409091;AO=5,3;DP=22;FAO=1,9;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1,4;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0659282,0.0534998;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.80177,16.0702;QD=10.1626;RBI=0.101693,0.136961;REFB=-0.160343,-0.106739;REVB=0.077427,0.12608;RO=10;SAF=3,2;SAR=2,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.105052,0.181792;STB=0.987929,0.578773;STBP=0.509,0.532;TYPE=del,del;VARB=0.138528,0.151733;OID=.,.;OPOS=104512944,104512949;OREF=T,TA;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.409091:5,3:22:1,9:22:12:1,4:0,5:7:5:43:10:3,2:2,1:5:5 chr12 104606719 . A C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0559457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6696;QD=12.2121;RBI=0.0653266;REFB=-0.0176137;REVB=0.033729;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0330117;OID=.;OPOS=104606719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:10:12:7:6:10:12 chr12 104645363 . G A 258.64 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0184597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.563;QD=16.4214;RBI=0.0363099;REFB=-0.0157727;REVB=0.0312673;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127051;STB=0.571709;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0154557;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:10:19:18:16:10:19:18:16 chr12 104645405 . T C 855.17 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892181;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.571;QD=57.9776;RBI=0.016516;REFB=0;REVB=0.0138989;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68407e-05;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr12 104684839 . G A 497.07 PASS AF=0.446281;AO=51;DP=118;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0061911;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.628;QD=16.432;RBI=0.0101584;REFB=-0.000963655;REVB=0.00805372;RO=67;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11735;STB=0.547325;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00107651;OID=.;OPOS=104684839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:67:67:51:54:0.446281:23:28:29:38:26:28:29:38 chr12 104698582 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00230082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.331;QD=12.4026;RBI=0.00642795;REFB=-0.00439133;REVB=-0.00600207;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832618;STB=0.549071;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00880802;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:16:13:6:10:16:13 chr12 104985407 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000919464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.913;QD=16.8984;RBI=0.0253334;REFB=-0.00991203;REVB=0.0253167;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0126777;OID=.;OPOS=104985407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr12 104985443 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00281843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.224;QD=11.257;RBI=0.029912;REFB=-0.00336201;REVB=0.0297789;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00376191;OID=.;OPOS=104985443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr12 105245665 . T C 1115.4 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.633;QD=60.2922;RBI=0.0619458;REFB=0;REVB=0.00251237;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217422;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr12 105380143 . G A 329.35 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0193091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.364;QD=18.297;RBI=0.0240703;REFB=-0.00247767;REVB=0.0143714;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182955;STB=0.60568;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00322479;OID=.;OPOS=105380143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:22:13:7:29:22:13:7:30 chr12 105380152 . A C 340.72 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.00419041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6835;QD=18.172;RBI=0.077285;REFB=-0.00255421;REVB=-0.0771713;RO=38;SAF=13;SAR=23;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188513;STB=0.592358;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000127636;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:23:13:7:31:23:13:8:31 chr12 105546172 . G A 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.158;QD=61.6715;RBI=0.0259046;REFB=0;REVB=-0.0204959;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83851e-06;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:67:56:0:0:67:56:0:0 chr12 105561664 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.872;QD=59.018;RBI=0.0518141;REFB=0;REVB=-0.0517993;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281521;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 105567068 . T A 1189.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1483;QD=61.025;RBI=0.030302;REFB=0;REVB=-0.00673119;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65512e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr12 105567070 . T A 1161.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.396;QD=60.3342;RBI=0.0229918;REFB=0;REVB=0.00244301;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90751e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:43:34:0:0 chr12 105567089 . T A 1009.78 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0137274;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.6963;QD=54.5828;RBI=0.0207945;REFB=-0.102837;REVB=0.0156195;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111718;STB=0.505912;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00590822;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:37:34:1:2:37:34:1:2 chr12 105567131 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.755;QD=57.1062;RBI=0.0259003;REFB=0;REVB=0.025319;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22104e-05;OID=.;OPOS=105567131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr12 105568122 . G A 3107.64 PASS AF=1;AO=193;DP=198;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540882;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9408;QD=63.4212;RBI=0.0548439;REFB=0;REVB=0.00907272;RO=0;SAF=102;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245675;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:196:0:0:193:196:1:91:102:0:0:92:104:0:0 chr12 105568176 . G A 2550.75 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337716;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.464;QD=61.8364;RBI=0.0365313;REFB=0;REVB=-0.013929;RO=0;SAF=72;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16303e-05;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:164:165:1:92:72:0:0:92:73:0:0 chr12 105583877 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.921;QD=57.2358;RBI=0.0077678;REFB=0;REVB=-0.00769206;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51875e-05;OID=.;OPOS=105583877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr12 105600935 . G A 1084.24 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.229;QD=58.6075;RBI=0.0441218;REFB=0.00677884;REVB=0.0408244;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000199207;OID=.;OPOS=105600935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:1:0:33:40:1:0 chr12 106460938 . G C 132.53 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0699019;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1201;QD=7.68284;RBI=0.0717607;REFB=-0.0158167;REVB=-0.0162269;RO=49;SAF=14;SAR=5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19617;STB=0.613907;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0378105;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:5:14:29:20:5:14:30:20 chr12 106633569 . C T 1245.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.389;QD=61.5256;RBI=0.0683698;REFB=0;REVB=0.0445134;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623049;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr12 106647842 . C T 513.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261174;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0261;QD=60.4257;RBI=0.0397624;REFB=0;REVB=0.0299822;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504744;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 106704974 . G A 398.78 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0412715;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.846;QD=23.4578;RBI=0.0416118;REFB=0.00531005;REVB=-0.00531125;RO=29;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343091;STB=0.501886;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00305321;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:19:20:15:14:19:20:15:14 chr12 106838340 . T C 1007.73 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.922;QD=59.2781;RBI=0.0125539;REFB=0;REVB=0.00992501;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17042e-05;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr12 106893863 . G T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.278;QD=61.6952;RBI=0.0450319;REFB=0;REVB=-0.000682157;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26897e-05;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:34:48:0:0:34:48:0:0 chr12 106893930 . A T 1035.64 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.304;QD=59.1791;RBI=0.00573269;REFB=0;REVB=-0.00188252;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31361e-05;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr12 106903321 . T C 487.65 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327283;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.594;QD=59.1085;RBI=0.0516992;REFB=0;REVB=0.0400209;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153322;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:16:17:0:0 chr12 107083059 . C T 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00744693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.944;QD=15.0668;RBI=0.0125815;REFB=-0.0125926;REVB=-0.0101409;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172335;STB=0.59801;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0178172;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:10:24:26:21:10:24:26:21 chr12 107395106 . A G 433.08 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528176;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174;QD=57.7435;RBI=0.0584897;REFB=0;REVB=0.0251265;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101942;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 107713696 . G A 772.02 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140662;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.573;QD=57.1865;RBI=0.0232496;REFB=0;REVB=0.0185118;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240569;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 108082253 . G A 601.79 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0364291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.378;QD=20.2282;RBI=0.0374583;REFB=-0.00447434;REVB=-0.00872028;RO=58;SAF=25;SAR=36;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193009;STB=0.510635;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00415433;OID=.;OPOS=108082253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:36:25:25:33:36:25:25:33 chr12 108618630 . C T 439.95 PASS AF=0.403226;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=124;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0230953;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.716;QD=14.1918;RBI=0.0256906;REFB=-0.0141572;REVB=-0.0112522;RO=73;SAF=22;SAR=28;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164204;STB=0.512799;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0217931;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:74:50:50:0.403226:28:22:31:42:28:22:31:43 chr12 108643553 . C T 729.14 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151028;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.506;QD=53.0283;RBI=0.0568799;REFB=-0.115431;REVB=0.0548382;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.504732;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00121877;OID=.;OPOS=108643553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:1:2:53:53:0.963636:20:33:1:0:20:33:1:1 chr12 108918146 . C T 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.31;QD=62.6711;RBI=0.0100799;REFB=0;REVB=0.0032329;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86582e-06;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr12 108923950 . A G 670.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.563;QD=62.3614;RBI=0.0265762;REFB=0;REVB=0.00801288;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241571;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:16:25:0:0:16:27:0:0 chr12 108954823 . C T 1059.73 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199498;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0745;QD=59.7033;RBI=0.0263359;REFB=0;REVB=-0.0171925;RO=1;SAF=46;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481057;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:24:46:1:0:24:47:0:0 chr12 108955106 . C CT 212.95 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1787;QD=47.3225;RBI=0.161796;REFB=0;REVB=0.108584;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0159995;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:5:13:0:0:4:1:4:13:1:0 chr12 108986112 . G C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.014917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.44;QD=11.8122;RBI=0.0192824;REFB=-0.00822368;REVB=0.0122185;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0184149;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:8:15:7:6:8:15 chr12 109182049 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.276;QD=60.6081;RBI=0.00713423;REFB=0;REVB=0.00703929;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.249e-05;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr12 109186093 . T C 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00791399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.033;QD=21.8723;RBI=0.0325021;REFB=-0.0311669;REVB=0.0315239;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151686;STB=0.584086;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0219694;OID=.;OPOS=109186093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:15:8:15:13:15:8 chr12 109277492 . C A 92.04 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0121047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.075;QD=8.76526;RBI=0.0207407;REFB=-0.00649935;REVB=-0.016842;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388855;STB=0.52377;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0195915;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:14:16:6:6:14:16 chr12 109511256 . T C 1181.1 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.67;QD=60.5693;RBI=0.0293399;REFB=0;REVB=0.0239031;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17051e-05;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:34:42:0:0:34:44:0:0 chr12 109605730 . C T 432.24 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0177416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.919;QD=14.9048;RBI=0.0252693;REFB=0.000703244;REVB=0.0179936;RO=67;SAF=30;SAR=19;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947678;STB=0.553323;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00085484;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:19:30:35:32:19:30:35:32 chr12 109617865 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.26;QD=62.9826;RBI=0.027645;REFB=0;REVB=0.00963759;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79379e-05;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr12 109623516 . G A 244.76 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0349309;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.294;QD=22.2508;RBI=0.0383192;REFB=-0.00832007;REVB=-0.015754;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337483;STB=0.685979;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0154099;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:2:19:12:11:2:19 chr12 109629457 . C T 537.49 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00138518;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0036;QD=19.0263;RBI=0.0238895;REFB=-0.0068704;REVB=-0.0238493;RO=55;SAF=37;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110516;STB=0.55391;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00911772;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:55:57:56:56:0.495575:19:37:30:25:19:37:32:25 chr12 109675029 . T C 860.05 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0098697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.189;QD=54.6064;RBI=0.026444;REFB=-0.113083;REVB=0.0245331;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.503537;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00237945;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:37:24:0:1:37:24:1:1 chr12 109693982 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00564166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.011;QD=14.6497;RBI=0.0176917;REFB=-0.00698421;REVB=-0.016768;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856349;STB=0.578826;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0107538;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:3:11:13:5:3:11:13:6 chr12 109696838 . G A 528.32 PASS AF=0.470588;AO=54;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.00184217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.763;QD=17.7586;RBI=0.0022159;REFB=-0.0131281;REVB=0.00123151;RO=62;SAF=35;SAR=19;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486705;STB=0.512989;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0143921;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:62:63:54:56:0.470588:19:35:43:19:19:37:43:20 chr12 109717697 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0278583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1278;QD=18.4265;RBI=0.0412073;REFB=-0.0174658;REVB=0.0303637;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638389;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0169639;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:12:16:14:14:12:16 chr12 109719311 . C T 250.52 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00640171;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.005;QD=25.0516;RBI=0.00998155;REFB=-0.0209199;REVB=-0.00765829;RO=16;SAF=19;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156212;STB=0.579586;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.01498;OID=.;OPOS=109719311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:17:23:23:0.575:4:19:11:5:4:19:12:5 chr12 109826634 . C A 266.4 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0149295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0958;QD=15.9045;RBI=0.0156847;REFB=-0.0104188;REVB=0.00480837;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.570251;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00916221;OID=.;OPOS=109826634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:22:15:16:14:22:15 chr12 109835590 . A G 206.98 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0347323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.224;QD=18.3979;RBI=0.0366944;REFB=-0.00332634;REVB=-0.0118383;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178323;STB=0.600747;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0132896;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:8:16:10:11:8:16 chr12 109848567 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0370707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.522;QD=7.79846;RBI=0.0371144;REFB=0.003192;REVB=-0.00180051;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387268;STB=0.732905;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00787357;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:18:5:5:4:18:5 chr12 109883374 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0225699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.753;QD=17.4013;RBI=0.0236537;REFB=-0.00507006;REVB=0.00707814;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167044;STB=0.596854;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00588662;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:10:3:5:8:10:3:5:8 chr12 109894028 . A G 349.33 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0158376;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.614;QD=17.251;RBI=0.0217736;REFB=-0.0220813;REVB=-0.0149418;RO=44;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101041;STB=0.556561;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.020351;OID=.;OPOS=109894028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:19:18:26:18:19:18:26:18 chr12 109937534 . G A 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0129223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.427;QD=14.2153;RBI=0.0188608;REFB=-0.0063232;REVB=0.0137384;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200158;STB=0.511367;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00889384;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:19:11:15:28:19:11:15:28 chr12 109973730 . G A 381.77 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00700026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.793;QD=19.8323;RBI=0.0104415;REFB=-0.00398413;REVB=0.00774734;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685646;STB=0.544823;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00360288;OID=.;OPOS=109973730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:17:22:18:19:17:22:18:20 chr12 109994870 . A T 59.2 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.016045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.723;QD=6.96504;RBI=0.0223399;REFB=-0.00363505;REVB=-0.0155445;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51654;STB=0.763123;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00974874;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:33:34:25:25:8:9:0.264706:6:2:18:7:6:3:18:7 chr12 110004804 . C T 165.76 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0124271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.698;QD=14.414;RBI=0.0186208;REFB=-0.0197641;REVB=-0.0138673;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218788;OID=.;OPOS=110004804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:13:14:9:9:14:14 chr12 110019338 . C T 264.13 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00720788;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.395;QD=19.9341;RBI=0.0136843;REFB=-0.0252461;REVB=-0.0116322;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271062;STB=0.503524;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0252839;OID=.;OPOS=110019338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:27:28:0.528302:17:10:10:15:17:11:10:15 chr12 110024541 . A G 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00652227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2503;QD=16.4181;RBI=0.01152;REFB=0.0015948;REVB=0.00949583;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523489;STB=0.519986;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00309796;OID=.;OPOS=110024541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:13:16:20:13:13:16:20:14 chr12 110226796 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0214425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6987;QD=16.1707;RBI=0.0357259;REFB=0.00340672;REVB=-0.0285755;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144044;STB=0.583225;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00626944;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:11:9:5:11:11:9 chr12 110240838 . T G 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.015;QD=58.1409;RBI=0.0330018;REFB=0;REVB=0.0329155;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175948;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:23:9:0:0 chr12 110304161 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0490547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4809;QD=13.4554;RBI=0.0502965;REFB=-0.00610817;REVB=-0.0111075;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291961;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0108741;OID=.;OPOS=110304161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:10:5:7:4:10:5 chr12 110342598 . G A 427.37 PASS AF=0.6;AO=40;DP=69;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0313708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6213;QD=24.4212;RBI=0.0739634;REFB=-0.044917;REVB=0.0669811;RO=28;SAF=9;SAR=31;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.642058;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0297357;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:28:28:40:42:0.6:31:9:14:14:33:9:14:14 chr12 110390979 . T C 395.33 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00355113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.83;QD=17.1883;RBI=0.00761348;REFB=-0.00151475;REVB=-0.00673458;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511514;STB=0.523041;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0022302;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:20:21:23:27:20:21:24:27 chr12 111099243 . C T 1217.77 PASS AF=0.536364;AO=118;DP=220;FAO=118;FDP=220;FR=.;FRO=102;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.0906077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9415;QD=22.1413;RBI=0.0930953;REFB=0.00082229;REVB=-0.0213773;RO=99;SAF=57;SAR=61;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268623;STB=0.512405;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000548818;OID=.;OPOS=111099243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:99:102:118:118:0.536364:61:57:51:48:61:57:52:50 chr12 111353556 . A G 194.37 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00713798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.871;QD=25.9153;RBI=0.0161511;REFB=-0.0312409;REVB=0.0144882;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0512293;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:12:11:17:19:0.633333:8:9:7:5:8:11:6:5 chr12 111375170 . A G 503.69 PASS AF=0.405797;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0263259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1837;QD=14.5998;RBI=0.0323188;REFB=-0.000824375;REVB=-0.0187471;RO=82;SAF=18;SAR=38;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939437;STB=0.553063;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000787312;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:82:56:56:0.405797:38:18:33:49:38:18:33:49 chr12 111375172 . C T 480.23 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0281236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.194;QD=14.2291;RBI=0.0283347;REFB=-0.00609527;REVB=-0.00345286;RO=80;SAF=18;SAR=36;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908045;STB=0.548369;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0087807;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:81:54:54:0.4:36:18:33:47:36:18:33:48 chr12 111747963 . C T 737.57 PASS AF=0.979167;AO=41;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00103722;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.451;QD=61.4639;RBI=0.00707883;REFB=-0.0255477;REVB=0.00700242;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000105366;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:41:47:0.979167:16:25:0:0:21:26:1:0 chr12 111760251 . G C 728.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1786;QD=57.1328;RBI=0.0467546;REFB=0;REVB=-0.0333888;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5187e-06;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr12 111785586 . T A,C 601.94 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=2,38;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107703,-0.0111564;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.822,216.822;QD=58.726;RBI=0.118821,0.0737397;REFB=0,0;REVB=-0.118332,0.0728908;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.236894,0.00518422;OID=.,.;OPOS=111785586,111785586;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:41:41:0:0:2,38:1,40:0.0243902,0.97561:2,18:0,20:0:0:1,20:0,20:0:0 chr12 111786082 . G C 145.18 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7062;QD=44.6691;RBI=0.0884209;REFB=0;REVB=0.0855367;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260379;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr12 111786892 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.993;QD=64.1539;RBI=0.0322888;REFB=0;REVB=0.0284063;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133984;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 111798553 . A G 1673.49 PASS AF=0.950413;AO=112;DP=118;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0278613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5475;QD=55.3219;RBI=0.0287451;REFB=-0.0792539;REVB=0.00707311;RO=4;SAF=52;SAR=60;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187571;STB=0.518062;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00883162;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:118:121:4:6:112:115:0.950413:60:52:3:1:61:54:5:1 chr12 111884608 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.373;QD=63.5829;RBI=0.00519165;REFB=0;REVB=-0.003365;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75822e-06;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr12 111886967 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000311843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.988;QD=57.0007;RBI=0.0273497;REFB=0;REVB=0.0273479;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18513e-05;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr12 111993712 . C T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.359;QD=58.5968;RBI=0.0144276;REFB=0;REVB=0.0132981;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19854e-05;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr12 112110489 . T C 217.94 PASS AF=0.461538;AO=21;DP=49;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0265343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.53;QD=16.7648;RBI=0.0317369;REFB=-0.0123884;REVB=0.0174116;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138841;STB=0.602747;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0142352;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:28:28:21:24:0.461538:7:14:15:13:7:17:15:13 chr12 112191641 . G A 355.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.427;QD=54.7397;RBI=0.0957329;REFB=0;REVB=0.0930195;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014747;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr12 112194727 . C T 245.71 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651358;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.511;QD=51.7277;RBI=0.0695784;REFB=0;REVB=0.0244639;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342533;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 112241766 . G A 83.78 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00343201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.351;QD=20.9457;RBI=0.095529;REFB=-0.0146598;REVB=0.0954674;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00896149;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:4:5:4:2:5:5:4:2 chr12 112326707 . T C 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00191254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.925;QD=28.8054;RBI=0.00824779;REFB=-0.0183227;REVB=-0.00802298;RO=17;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289159;STB=0.515902;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0130114;OID=.;OPOS=112326707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:17:11:6:11:17:11:6:11 chr12 112460147 . T G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.733;QD=55.6553;RBI=0.0182923;REFB=0;REVB=-0.0150896;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04883e-05;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr12 112460749 . A G 1916.07 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00596887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.877;QD=60.8275;RBI=0.00620836;REFB=-0.0671684;REVB=-0.00170775;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000806984;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:0:1:124:125:0.992063:62:62:0:0:63:62:1:0 chr12 112477055 . T C 605.59 PASS AF=0.931818;AO=42;DP=45;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189701;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.014;QD=55.0535;RBI=0.0226637;REFB=-0.116184;REVB=0.0124007;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203384;STB=0.512189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000569051;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:44:2:3:42:41:0.931818:22:20:1:1:21:20:2:1 chr12 112577990 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.376;QD=51.1846;RBI=0.0186675;REFB=0;REVB=0.0130856;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74619e-07;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr12 112667675 . T G 740.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.706;QD=56.9863;RBI=0.0356898;REFB=0;REVB=0.0314238;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191244;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:24:28:0:0 chr12 112703732 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.557;QD=58.0611;RBI=0.0325312;REFB=0;REVB=0.0319314;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12238e-05;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr12 112704961 . A G 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00808282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.478;QD=53.3599;RBI=0.04645;REFB=-0.0058528;REVB=0.0457414;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000334378;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr12 112705013 . C T 463.37 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8266;QD=52.9568;RBI=0.065585;REFB=-0.0321607;REVB=0.0469011;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0033767;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:17:16:2:0:17:16:2:0 chr12 113313470 . C T 920.99 PASS AF=0.411067;AO=104;DP=254;FAO=104;FDP=253;FR=.;FRO=149;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=-0.00129146;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0099;QD=14.5612;RBI=0.0440634;REFB=-0.0016081;REVB=0.0440445;RO=149;SAF=59;SAR=45;SRF=77;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537304;STB=0.526092;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0025754;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:149:149:104:104:0.411067:45:59:77:72:45:59:78:71 chr12 113319600 . C T 128.15 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000502079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.713;QD=12.2044;RBI=0.010993;REFB=-0.00475692;REVB=-0.0109816;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652938;STB=0.538411;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0211279;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:16:11:7:8:16:11 chr12 113325629 . T C 457.44 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.016106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.64;QD=20.559;RBI=0.0164727;REFB=0.000835711;REVB=-0.00345659;RO=44;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112309;STB=0.562279;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000807223;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:28:17:22:22:28:17:22:22 chr12 113338145 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG 97.98 PASS AF=0,0.533333,0.466667;AO=3,5,5;DP=15;FAO=0,8,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.280043,-0.108403,-0.0365883;FXX=0;HRUN=17,17,17;LEN=1,2,1;MLLD=3.14257,12.4711,150.343;QD=26.1274;RBI=0.417981,0.20739,0.0504687;REFB=0,0,0;REVB=0.310297,0.176804,0.0347618;RO=0;SAF=0,0,5;SAR=3,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0248761,0.0902247,0.0166029;OID=.,.,.;OPOS=113338146,113338146,113338158;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.533333,0.466667:3,5,5:15:0,8,7:15:0:0,0,7:0,8,0:0:0:38:0:0,0,5:3,5,0:0:0 chr12 113348870 . G A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00421959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2633;QD=17.662;RBI=0.00927771;REFB=0.00124576;REVB=-0.00826263;RO=47;SAF=25;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298531;STB=0.516709;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00142414;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:15:25:28:19:15:25:28:19 chr12 113357193 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.426;QD=39.2067;RBI=0.0627396;REFB=0;REVB=-0.0344081;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00653961;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 113357209 . G A 137.7 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0783643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.415;QD=39.3428;RBI=0.0783651;REFB=-0.122191;REVB=0.000351668;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00381647;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:8:5:0:0:8:5:1:0 chr12 113357237 . G C 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1248;QD=56.1786;RBI=0.0467526;REFB=0;REVB=-0.0425524;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333476;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 113357442 . G A 819.33 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0384403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1631;QD=55.5476;RBI=0.0488154;REFB=-0.0725806;REVB=0.030088;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00251392;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:59:58:0.983051:30:29:0:0:30:28:1:0 chr12 113369715 . TA T 829.85 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439026;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.631;QD=57.2313;RBI=0.00987092;REFB=0;REVB=0.00884085;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00014511;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:59:58:58:0:31:27:0:0:5:1:30:26:1:0 chr12 113369759 . G C 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3476;QD=54.6486;RBI=0.0238472;REFB=0.0651537;REVB=0.0134747;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00121406;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr12 113376388 . G A 801.25 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5123;QD=55.2589;RBI=0.138598;REFB=-0.0170685;REVB=0.130617;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00398186;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:58:1:1:54:57:0.982759:25:29:1:0:27:30:1:0 chr12 113376452 . C T 272.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.545;QD=51.8815;RBI=0.0432462;REFB=0;REVB=0.0400249;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360587;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr12 113386950 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.009;QD=57.5445;RBI=0.0174532;REFB=0;REVB=0.00403631;RO=0;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21264e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:47:11:0:0:47:11:0:0 chr12 113398919 . G A 653.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.502;QD=60.8305;RBI=0.0677233;REFB=0;REVB=0.00628516;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742036;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:24:19:0:0 chr12 113425154 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.317;QD=37.4885;RBI=0.0234642;REFB=0;REVB=0.0167117;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249337;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr12 113435450 . A T 1715.86 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177359;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.182;QD=60.7384;RBI=0.00370914;REFB=0;REVB=0.00325762;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36882e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:51:62:0:0:51:62:0:0 chr12 113448288 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.699;QD=60.5472;RBI=0.0226721;REFB=0;REVB=0.0174804;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80356e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr12 113553481 . C T 632.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.367;QD=61.6607;RBI=0.048131;REFB=0;REVB=0.0246346;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232936;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr12 113796566 . A C,G 619.54 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688504,0.00933224;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.288,115.433;QD=60.4426;RBI=0.00783282,0.0310543;REFB=0,0;REVB=-0.00373488,0.0296189;RO=0;SAF=33,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000284746,0.186727;OID=.,.;OPOS=113796566,113796566;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:6,0:33,2:0:0:6,0:34,1:0:0 chr12 114362483 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.062;QD=64.1539;RBI=0.0165959;REFB=0;REVB=0.0147744;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97735e-06;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr12 114377899 . G C 1643.61 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00734983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.949;QD=59.2292;RBI=0.0482338;REFB=-0.0683567;REVB=0.0476705;RO=1;SAF=75;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628837;STB=0.503311;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00019887;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:35:75:1:0:35:75:1:0 chr12 114793240 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0258162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.771;QD=19.7024;RBI=0.0369769;REFB=-0.0240907;REVB=-0.0264729;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0214124;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:10:6:7:10:10:6 chr12 114793297 . T C 76.41 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0543562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.284;QD=16.9793;RBI=0.0553356;REFB=-0.107995;REVB=-0.010365;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.538383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0583032;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:18:8:8:9:10:0.555556:3:6:5:3:3:7:5:3 chr12 115108136 . T C 83.83 PASS AF=0.366667;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0161149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.801;QD=11.1771;RBI=0.0226661;REFB=-0.0334562;REVB=0.0159394;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.521434;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0665801;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:30:19:19:9:11:0.366667:5:4:8:11:6:5:8:11 chr12 116155595 . G A 1973.02 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.205;QD=61.1788;RBI=0.0535368;REFB=-0.0364569;REVB=0.0525713;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000674197;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:64:64:0:0:64:64:0:1 chr12 117014131 . G GA 387.15 PASS AF=0.982456;AO=39;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.188384;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.7016;QD=27.1682;RBI=0.220172;REFB=-0.000859692;REVB=-0.113961;RO=14;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227595;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=0.0106679;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982456:39:59:56:57:1:25:31:0:1:3:14:13:26:11:3 chr12 117217141 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.711;QD=62.9822;RBI=0.0709513;REFB=0;REVB=0.0681176;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251443;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr12 117219947 . G A 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000446134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9204;QD=39.2004;RBI=0.0672665;REFB=0;REVB=0.067265;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213643;OID=.;OPOS=117219947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr12 117289613 . G C 156.29 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00231051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.497;QD=13.0237;RBI=0.0340982;REFB=-0.0125631;REVB=0.0340199;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118089;STB=0.583246;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0224089;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:7:11:20:8:7:11:22:8 chr12 117290182 . T TTTCCCC 87.01 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00655513;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=6;MLLD=275.931;QD=11.602;RBI=0.00668442;REFB=-0.016229;REVB=-0.0013083;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=ins;VARB=0.0235207;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:10:31:11:30:19:6:5:8:11:87:20:5:5:9:11 chr12 117383320 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9113;QD=57.5441;RBI=0.0232218;REFB=0;REVB=-0.0130317;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23545e-05;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr12 117465857 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.592;QD=59.6794;RBI=0.0189331;REFB=0;REVB=0.0132321;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54284e-07;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr12 117593387 . G A 2557.75 PASS AF=0.965909;AO=170;DP=176;FAO=170;FDP=176;FR=.;FRO=6;FSAF=95;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0147991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.82;QD=58.1306;RBI=0.0195141;REFB=-0.0237764;REVB=0.0127196;RO=5;SAF=95;SAR=75;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874154;STB=0.502032;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000219962;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:176:176:5:6:170:170:0.965909:75:95:2:3:75:95:3:3 chr12 117593391 . A G 2756.37 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473119;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.541;QD=62.6448;RBI=0.0484731;REFB=0;REVB=-0.0105464;RO=0;SAF=100;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57074e-05;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:76:100:0:0:76:100:0:0 chr12 117665264 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.741;QD=61.6834;RBI=0.0304613;REFB=0;REVB=0.0190208;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06966e-05;OID=.;OPOS=117665264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr12 117701714 . A G 403.53 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0140734;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.949;QD=21.2382;RBI=0.0610357;REFB=-0.0252171;REVB=-0.059391;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906425;STB=0.511852;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0245202;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:36:40:40:0.526316:21:19:17:18:21:19:18:18 chr12 117890947 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.905;QD=59.3228;RBI=0.010157;REFB=0;REVB=0.00921519;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82592e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr12 117894232 . C A 514.91 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00153724;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.728;QD=20.1925;RBI=0.00916444;REFB=-0.00564243;REVB=-0.00903459;RO=49;SAF=28;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249293;STB=0.50801;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00519616;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:49:49:52:53:0.519608:24:28:25:24:24:29:26:23 chr12 118020115 . G A 954.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.353;QD=58.7504;RBI=0.0342446;REFB=0;REVB=0.0190007;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99338e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr12 118199286 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.376;QD=48.7373;RBI=0.0545141;REFB=0;REVB=0.0416158;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633329;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr12 118467553 . A G 218.46 PASS AF=0.473684;AO=22;DP=60;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0237713;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.423;QD=15.3304;RBI=0.0249428;REFB=-0.0022759;REVB=0.00755456;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103197;STB=0.598777;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00611668;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:28:30:22:27:0.473684:8:14:15:13:8:19:16:14 chr12 118473054 . T C 143.74 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0212132;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.283;QD=13.6899;RBI=0.023965;REFB=-0.0120292;REVB=0.01115;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132467;STB=0.595123;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0223718;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:7:8:17:9:8:8:17:9 chr12 118506186 . A T 305.63 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00202494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.376;QD=17.9779;RBI=0.0288484;REFB=-0.00978675;REVB=0.0287773;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158365;STB=0.588235;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0123481;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:17:16:23:12:17:16:23:12 chr12 118509191 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0841268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.645;QD=12.9726;RBI=0.0841293;REFB=-0.00697272;REVB=0.000639745;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061901;STB=0.536523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00771592;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:11:7:4:8:11:7 chr12 118520170 . G A 220.39 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.000530023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.895;QD=24.4882;RBI=0.0141504;REFB=0.00437154;REVB=0.0141404;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384236;STB=0.714081;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00429026;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:3:12:6:15:3:12 chr12 118682751 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.9;QD=58.1409;RBI=0.0265263;REFB=0;REVB=0.0246541;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036797;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 118827781 . G A 259.38 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0720496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1574;QD=14.2125;RBI=0.0962643;REFB=-0.0137034;REVB=-0.063841;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196788;STB=0.602674;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.017977;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:15:15:29:13:15:15:29:14 chr12 118828755 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0327173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.561;QD=17.8275;RBI=0.0331892;REFB=-0.00773251;REVB=-0.00557683;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255115;STB=0.64681;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00500232;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:7:4:8:4:7:4 chr12 118855405 . A G 505.54 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.00535231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.857;QD=20.2216;RBI=0.0119371;REFB=-0.00553085;REVB=0.01067;RO=51;SAF=29;SAR=20;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151151;STB=0.583337;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00674714;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:20:29:38:13:20:29:38:13 chr12 119431750 . G T 140.74 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00825465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.852;QD=13.0917;RBI=0.0128671;REFB=-0.00637647;REVB=0.00987027;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994351;STB=0.558068;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0137848;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:11:16:8:8:11:16 chr12 119596765 . A G 318.11 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0209427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.295;QD=26.5095;RBI=0.0209759;REFB=-0.0184822;REVB=-0.00117849;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182469;STB=0.601191;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0160958;OID=.;OPOS=119596765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:19:9:11:9:19:9:11:9 chr12 119871387 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.686;QD=62.0209;RBI=0.0467583;REFB=0;REVB=0.0264605;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037574;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr12 120171995 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0163148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4787;QD=15.6257;RBI=0.0831591;REFB=0.00955463;REVB=-0.0815431;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120822;STB=0.569404;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0133188;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:11:16:9:10:11:16 chr12 120189879 . A G 102.1 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0260631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.636;QD=9.07538;RBI=0.0305663;REFB=-0.0100546;REVB=0.015969;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427926;STB=0.760839;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0456881;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:10:3:19:13:10:3:19:13 chr12 120189888 . T C 87.94 PASS AF=0.292683;AO=9;DP=38;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0460757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.098;QD=8.57928;RBI=0.0682804;REFB=-0.0134993;REVB=0.0503909;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402486;STB=0.795931;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0681597;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:38:41:29:29:9:12:0.292683:7:2:16:13:10:2:16:13 chr12 120263003 . G C 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.039777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.382;QD=14.5309;RBI=0.0430125;REFB=-0.00252656;REVB=-0.0163667;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635298;STB=0.536089;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00338686;OID=.;OPOS=120263003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:21:19:12:17:21:19 chr12 120270638 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00568865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.82;QD=13.3343;RBI=0.00569484;REFB=-0.00433653;REVB=-0.000265595;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416548;STB=0.523791;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0057281;OID=.;OPOS=120270638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:24:15:11:15:24:15 chr12 120457035 . A G 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00339589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6358;QD=19.9981;RBI=0.00915217;REFB=0.034086;REVB=0.00849883;RO=30;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.586156;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0192963;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:16:17:10:20:16:17:10:20 chr12 120575417 . G A 315.99 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0130265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4745;QD=17.802;RBI=0.0200971;REFB=-0.0199585;REVB=0.0153037;RO=37;SAF=25;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206242;STB=0.616041;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0210009;OID=.;OPOS=120575417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:9:25:20:17:9:25:20:17 chr12 120575549 . A C 919.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.043;QD=58.3822;RBI=0.0419698;REFB=0;REVB=0.0346564;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218256;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr12 120589064 . G C 273.95 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0108847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7275;QD=15.2194;RBI=0.0156436;REFB=0.00697203;REVB=-0.0112359;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206287;STB=0.511662;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0110954;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:19:22:16:15:19:22 chr12 120589160 . A G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.275;QD=59.011;RBI=0.0235881;REFB=0;REVB=-0.00614993;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28739e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 120591143 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00621319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.988;QD=11.0866;RBI=0.00638514;REFB=-0.00993967;REVB=0.00147183;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25594;STB=0.649795;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0174429;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:19:6:6:7:19:6 chr12 120608031 . A G 205.43 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00166697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.344;QD=13.9273;RBI=0.0191034;REFB=-0.0164624;REVB=-0.0190305;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683754;STB=0.546726;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0302589;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:24:25:0.423729:9:15:22:10:10:15:23:11 chr12 120636549 . C A 154.22 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0196154;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9033;QD=12.3373;RBI=0.0473552;REFB=0.00664167;REVB=-0.0431017;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108016;STB=0.552452;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0159101;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:32:18:18:0.36:7:11:17:16:7:11:17:15 chr12 120649970 . C T 149.13 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.020789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.858;QD=18.6406;RBI=0.0269334;REFB=-0.00371596;REVB=-0.0171238;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120505;STB=0.568876;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00415086;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:9:7:5:11:9:7 chr12 120661977 . T C 186.36 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.217;QD=46.5892;RBI=0.116147;REFB=0;REVB=0.11368;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280724;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr12 120882217 . G T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00884483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.981;QD=14.3349;RBI=0.00936201;REFB=-0.000865344;REVB=-0.00306858;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776002;STB=0.545135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00117724;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:11:15:11:6:11:15 chr12 120882264 . AAAG A,AAAA 124.89 PASS AF=0.326087,0;AO=15,3;DP=51;FAO=15,0;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00295989,0.000149048;FXX=0.041658;HRUN=7,1;LEN=3,1;MLLD=223.075,215.657;QD=10.8596;RBI=0.0061111,0.00238066;REFB=0.0133564,0.0113328;REVB=0.00534645,0.00237599;RO=33;SAF=6,0;SAR=9,3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0287432,-0.503221;STB=0.584499,0.5;STBP=0.454,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0244829,0;OID=.,.;OPOS=120882265,120882267;OREF=AAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087,0:15,3:51:15,0:46:31:5,0:10,0:14:17:99:33:6,0:9,3:14:19 chr12 120884328 . C T 75.52 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0316857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4871;QD=12.5863;RBI=0.0483717;REFB=-0.0124414;REVB=-0.036549;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0104413;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:7:7:4:6:7:7 chr12 120934407 . C T 229.15 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0418907;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.9431;QD=12.5562;RBI=0.0463414;REFB=-0.0294204;REVB=0.0198167;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250124;STB=0.520533;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0541947;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:42:45:28:28:0.383562:14:14:20:22:14:14:21:24 chr12 120934624 . A C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0156396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0623;QD=19.5226;RBI=0.0305166;REFB=-0.0113128;REVB=-0.0262043;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.512031;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0098751;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:4:8:9:5:4:8 chr12 120966921 . A G 203.78 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0643061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.202;QD=30.1892;RBI=0.0687186;REFB=-0.0251787;REVB=0.0242276;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170175;STB=0.598219;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0143177;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:18:19:0.703704:6:12:3:5:6:13:3:5 chr12 121017171 . A G 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.263;QD=63.8576;RBI=0.0336344;REFB=0;REVB=0.0179106;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217119;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr12 121093629 . CGTGCGT C,CGTGTGT 142.35 PASS AF=0.714286,0.214286;AO=9,4;DP=15;FAO=10,3;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8,3;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0582109,0.0283635;FXX=0.124922;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=139.14,63.6376;QD=40.6719;RBI=0.0588536,0.0935029;REFB=-0.0657567,-0.0162017;REVB=-0.00867421,-0.0890972;RO=1;SAF=7,4;SAR=2,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175672,0.749895;STB=0.599781,0.994936;STBP=0.143,0.122;TYPE=del,snp;VARB=0.0271266,0.0333319;OID=.,.;OPOS=121093630,121093633;OREF=GTGCGT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.214286:9,4:15:10,3:14:1:8,3:2,0:0:1:19:1:7,4:2,0:0:1 chr12 121175221 . G A 1022.37 PASS AF=0.614379;AO=95;DP=154;FAO=94;FDP=153;FR=.;FRO=59;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00504695;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.41;QD=26.7287;RBI=0.0346495;REFB=-0.00826629;REVB=0.03428;RO=59;SAF=51;SAR=44;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281371;STB=0.517209;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00418305;OID=.;OPOS=121175221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:59:59:95:94:0.614379:44:51:34:25:44:50:34:25 chr12 121416622 . C G 1282.98 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.077;QD=61.8302;RBI=0.0290105;REFB=0;REVB=0.0282634;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74162e-05;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr12 121416650 . A C 276.1 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.00806655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.988;QD=13.306;RBI=0.0204638;REFB=-0.0133199;REVB=0.0188069;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192498;STB=0.609131;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0201035;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:15:17:36:15:15:17:36:15 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 403.46 PASS AF=0.744186,0;AO=30,2;DP=43;FAO=32,0;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=16,0;FSAR=16,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0278797,-0.0157228;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=203.524,94.6247;QD=37.5308;RBI=0.0293468,0.0231322;REFB=-0.0230021,-0.00532167;REVB=-0.00916283,0.0169673;RO=11;SAF=15,1;SAR=15,1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112172,-0.246437;STB=0.558104,0.5;STBP=0.227,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00563877,0;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:30,2:32,0:0.744186,0:15,1:15,1:8:3:16,0:16,0:8:3 chr12 121435342 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8119;QD=33.4279;RBI=0.0781082;REFB=0;REVB=-0.000786674;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00833088;OID=.;OPOS=121435342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr12 121435427 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.834;QD=45.8068;RBI=0.0304506;REFB=0;REVB=0.0296244;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120897;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr12 121435475 . G A 264.68 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210069;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.255;QD=52.9364;RBI=0.0776274;REFB=0;REVB=0.074731;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192276;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr12 121435586 . TG T,TT 648.13 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=6,37;DP=43;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241574,0.0227478;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.28,161.518;QD=61.7264;RBI=0.116008,0.114735;REFB=0,0;REVB=0.113465,0.112457;RO=0;SAF=1,26;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.128209,0.000130846;OID=.,.;OPOS=121435587,121435587;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:6,37:43:1,41:42:0:1,26:0,15:0:0:5:0:1,26:5,11:0:0 chr12 121437221 . T C 1315.79 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0892834;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1257;QD=59.8088;RBI=0.0906416;REFB=0.00739304;REVB=0.0156326;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090249;STB=0.509432;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000734738;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:1:2:86:86:0.977273:34:52:1:0:34:52:2:0 chr12 121437382 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.087;QD=51.1846;RBI=0.112292;REFB=0;REVB=0.0354886;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642767;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr12 121454257 . T A 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.598;QD=60.0296;RBI=0.016923;REFB=0;REVB=0.000748915;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153424;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr12 121471337 . G A 1522.46 PASS AF=0.990385;AO=104;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.397;QD=58.5563;RBI=0.0470778;REFB=0.0456063;REVB=0.0298489;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00106895;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:104:103:0.990385:49:55:0:0:49:54:1:0 chr12 121600253 . T C 143.09 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0150673;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3732;QD=11.4468;RBI=0.0265266;REFB=-0.00836255;REVB=-0.021832;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377483;STB=0.721965;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0126505;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:33:17:17:0.34:12:5:21:12:12:5:21:12 chr12 121605355 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000700021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.395;QD=23.263;RBI=0.00421534;REFB=-0.0126522;REVB=-0.00415681;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153386;STB=0.585699;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00848479;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:9:14:8:11:9:14:8:11 chr12 121622304 . A C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0185945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.324;QD=18.251;RBI=0.0387715;REFB=-0.0288428;REVB=0.0340217;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174033;STB=0.59899;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0142426;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:10:5:8:7:10:5 chr12 121622520 . A T 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.5;QD=53.9035;RBI=0.0210819;REFB=0;REVB=0.0096902;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115115;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr12 121660787 . T C 410.89 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8064;QD=56.6738;RBI=0.0169153;REFB=0;REVB=0.00224161;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209312;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 121666646 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.21;QD=57.2023;RBI=0.0248222;REFB=0;REVB=-0.0243808;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30122e-05;OID=.;OPOS=121666646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr12 121691096 . G A 541.7 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0335835;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.413;QD=55.5594;RBI=0.0363413;REFB=-0.1288;REVB=0.0138866;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.529396;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00157144;OID=.;OPOS=121691096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:2:36:37:0.948718:16:20:0:2:16:21:0:2 chr12 121853164 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0124223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8193;QD=12.4812;RBI=0.0174171;REFB=-0.00246231;REVB=0.0122083;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386567;STB=0.732892;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00554238;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:10:9:2:10:10:9 chr12 121870922 . G A 208.91 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=31;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0202721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7141;QD=25.3228;RBI=0.139481;REFB=-0.0443088;REVB=0.138;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144203;STB=0.55722;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0328101;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:13:18:20:0.606061:9:9:4:9:11:9:4:9 chr12 121871006 . A C 199.17 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0269214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.311;QD=27.4717;RBI=0.0281684;REFB=-0.0130125;REVB=-0.00828833;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646685;STB=0.506323;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00669895;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:28:29:9:10:19:19:0.655172:6:13:7:2:6:13:7:3 chr12 121878659 . C T 572.52 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00145938;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.661;QD=22.0201;RBI=0.00214176;REFB=-0.0139414;REVB=0.00156759;RO=48;SAF=26;SAR=31;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183989;STB=0.505433;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00941421;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:48:47:57:57:0.548077:31:26:22:26:31:26:22:25 chr12 121880520 . G A 506.88 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0330646;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.201;QD=22.7812;RBI=0.0330658;REFB=-0.0158752;REVB=-0.000277379;RO=40;SAF=33;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285633;STB=0.652612;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0210398;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:41:48:48:0.539326:15:33:14:26:15:33:15:26 chr12 121881528 . G A 91.58 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0651231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4043;QD=8.32561;RBI=0.112557;REFB=-0.107864;REVB=0.0918046;RO=32;SAF=11;SAR=0;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.768019;STB=0.8832;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.131825;OID=.;OPOS=121881528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:11:12:0.272727:0:11:15:17:1:11:15:17 chr12 121881848 . G A 237.51 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0294456;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.91;QD=19.3887;RBI=0.0299078;REFB=-0.00721142;REVB=0.00523794;RO=26;SAF=19;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465122;STB=0.765875;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0143199;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:4:19:10:16:4:19:10:16 chr12 122042844 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.15;QD=46.8469;RBI=0.0511949;REFB=0;REVB=0.0175633;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281665;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr12 122079189 . C T 219.85 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0116174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.237;QD=20.9382;RBI=0.012141;REFB=-0.000199312;REVB=-0.00352706;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622529;STB=0.519982;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00109204;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:13:8:9:11:13:9:9:11 chr12 122079441 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0362891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.872;QD=13.486;RBI=0.0424787;REFB=-0.00900416;REVB=-0.0220803;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0163062;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:4:7:6:3:4:7 chr12 122079682 . A AT 45.31 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.116937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6807;QD=7.88024;RBI=0.144856;REFB=-0.0562624;REVB=-0.0854939;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489546;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=ins;VARB=0.0869062;OID=.;OPOS=122079683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:8:24:10:23:13:4:6:9:4:45:15:2:6:11:4 chr12 122186268 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0460962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6234;QD=9.13225;RBI=0.0488693;REFB=0.00153746;REVB=-0.016228;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511128;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00252467;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:12:10:5:5:12:10 chr12 122186317 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0300404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6075;QD=10.9407;RBI=0.0337037;REFB=0.0156971;REVB=0.0152812;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.561292;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0259901;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:8:11:5:6:9:11 chr12 122234089 . T A 711.55 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00731277;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3726;QD=54.7346;RBI=0.028234;REFB=-0.0431824;REVB=0.0272705;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00596568;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:28:22:0:0:29:22:0:1 chr12 122234191 . C A 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0117902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.855;QD=26.57;RBI=0.0140625;REFB=-0.013622;REVB=0.00766461;RO=20;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347319;STB=0.519217;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0130254;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:10:18:12:8:10:18:12:8 chr12 122243905 . C T 994.14 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.372;QD=57.631;RBI=0.0390876;REFB=-0.0655949;REVB=0.024934;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160186;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000223374;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:1:0:39:29:1:0 chr12 122248582 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.192;QD=55.0983;RBI=0.0128548;REFB=0;REVB=0.011436;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24448e-06;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:25:1:0:0:25:1:0:0 chr12 122261456 . G A 691.49 PASS AF=0.477419;AO=73;DP=141;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0258184;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.228;QD=17.8449;RBI=0.0263102;REFB=-0.0570888;REVB=0.00506366;RO=67;SAF=31;SAR=42;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599134;STB=0.512917;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0584682;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:155:67:81:73:74:0.477419:42:31:24:43:42:32:37:44 chr12 122295335 . T C 575.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6351;QD=60.5689;RBI=0.0276377;REFB=0;REVB=0.0160078;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6928e-05;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr12 122326812 . T C 340.79 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1801;QD=54.5271;RBI=0.0713564;REFB=0;REVB=0.0154542;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013254;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr12 122353796 . A G 400.17 PASS AF=0.6875;AO=30;DP=45;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0566204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2778;QD=33.3474;RBI=0.0681749;REFB=-0.107051;REVB=0.037973;RO=15;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465277;STB=0.523795;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0299035;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:15:15:30:33:0.6875:10:20:11:4:11:22:11:4 chr12 122355716 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.628;QD=58.5878;RBI=0.0558401;REFB=0;REVB=0.0514475;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002173;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 122369762 . C T 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0503759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5349;QD=13.3414;RBI=0.0517191;REFB=-0.00304006;REVB=0.0117105;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127336;STB=0.573458;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00348397;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:13:8:16:16:13:8:16:16 chr12 122392038 . C T 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.000727764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.6;QD=9.18883;RBI=0.00230333;REFB=0.00146286;REVB=0.00218534;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343684;STB=0.51019;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00348248;OID=.;OPOS=122392038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:7:7:18:16:7:7:18:17 chr12 122396395 . C T 630.1 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00760555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.875;QD=29.3068;RBI=0.00767142;REFB=-0.00262072;REVB=0.00100319;RO=31;SAF=39;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230976;STB=0.625812;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00233526;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:16:39:12:19:16:39:12:19 chr12 122405912 . G T 93.78 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0345673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9408;QD=10.1384;RBI=0.0361828;REFB=0.011771;REVB=0.0106909;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718642;STB=0.543306;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.040651;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:13:12:5:7:13:12 chr12 122413196 . T C 276.06 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0108321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.569;QD=13.304;RBI=0.0109261;REFB=-0.00649682;REVB=0.00142994;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195508;STB=0.511175;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0136594;OID=.;OPOS=122413196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:20:31:20:12:20:31 chr12 122497001 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.069;QD=60.3767;RBI=0.00781349;REFB=0;REVB=0.00631454;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31356e-06;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr12 122617989 . A G 153.95 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00936128;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.699;QD=11.8423;RBI=0.00941034;REFB=-0.0232077;REVB=0.000959589;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163815;STB=0.5675;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0399855;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:33:18:19:0.365385:11:7:9:26:12:7:9:24 chr12 122618131 . A G 58.49 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.678;QD=13.7628;RBI=0.0114473;REFB=-0.00872614;REVB=-0.0114473;RO=9;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941464;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:8:0:0:9:8:0:0:9 chr12 122623000 . T C 121.6 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00608357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.358;QD=15.2002;RBI=0.00618866;REFB=-0.00899818;REVB=-0.00113565;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0109478;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:10:8:5:9:10:8 chr12 122626842 . G A 635.6 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00158504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7483;QD=20.0189;RBI=0.00707418;REFB=-0.00602915;REVB=0.00689432;RO=63;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106339;STB=0.558589;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00639903;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:30:34:26:37:30:34:26:37 chr12 122628219 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00480545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.779;QD=18.0732;RBI=0.00530996;REFB=0.00339925;REVB=-0.00225906;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247193;STB=0.63764;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00217144;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:22:9:17:13:22:9 chr12 122628516 . A T 137.72 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0224277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7465;QD=10.0162;RBI=0.0689824;REFB=-0.00688634;REVB=-0.0652348;RO=37;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561797;STB=0.533296;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0108699;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:6:12:23:14:6:12:23:14 chr12 122674032 . C T 453.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00599211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3032;QD=54.9985;RBI=0.016192;REFB=-0.0566037;REVB=0.0150424;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00445869;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:1:0:14:18:1:0 chr12 122674758 . G A 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3461;QD=56.9303;RBI=0.0446825;REFB=0;REVB=0.0446455;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430983;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr12 122676013 . A C 847.48 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458398;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.708;QD=57.4562;RBI=0.0467331;REFB=0;REVB=-0.0090938;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77017e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr12 122689161 . C G 554.22 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00539382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5272;QD=51.5551;RBI=0.0689453;REFB=-0.0425481;REVB=0.068734;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017257;STB=0.519845;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0259129;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:3:4:39:39:0.906977:18:21:2:1:18:21:3:1 chr12 122689181 . C G 785.46 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8794;QD=64.1193;RBI=0.0638952;REFB=0;REVB=-0.0506606;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161166;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr12 122689244 . C T 296.26 PASS AF=0.458333;AO=30;DP=69;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0777261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8929;QD=16.4586;RBI=0.134153;REFB=-0.0476041;REVB=0.109342;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835088;STB=0.509213;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0732899;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:39:39:30:33:0.458333:20:10:16:23:20:13:16:23 chr12 122691738 . C A 469.02 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321341;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.447;QD=58.6272;RBI=0.0512747;REFB=0;REVB=0.0399562;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233058;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr12 122692820 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.187;QD=52.6085;RBI=0.0406778;REFB=0;REVB=0.0073578;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030009;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr12 122756342 . G A 826.23 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.908;QD=56.981;RBI=0.0286571;REFB=0;REVB=0.0284709;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363157;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:23:32:0:0:26:32:0:0 chr12 122812503 . G C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00322843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7631;QD=9.1104;RBI=0.0624901;REFB=-0.0431504;REVB=-0.0624067;RO=14;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693086;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0718651;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:5:8:0.333333:5:0:6:8:6:2:8:8 chr12 122989235 . A C 838.7 PASS AF=0.455497;AO=83;DP=188;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.00412949;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5928;QD=17.5644;RBI=0.0733091;REFB=-0.0099472;REVB=0.0731927;RO=102;SAF=53;SAR=30;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132475;STB=0.557034;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00694433;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:191:102:104:83:87:0.455497:30:53:52:50:33:54:54:50 chr12 123087442 . AT A,GT 189.09 PASS AF=0.382353,0.382353;AO=7,10;DP=34;FAO=13,13;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=13,2;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0876977,0.0266478;FXX=0.0555401;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=19.3744,128.54;QD=22.2453;RBI=0.16116,0.0267954;REFB=-0.0690063,0.0313204;REVB=0.13521,-0.00280891;RO=9;SAF=7,0;SAR=0,10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.826496,-0.765324;STB=0.999046,0.633171;STBP=0,0.318;TYPE=del,snp;VARB=0.128199,-0.0086084;OID=.,.;OPOS=123087443,123087442;OREF=T,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:77:34:34:9:8:7,10:13,13:0.382353,0.382353:0,10:7,0:1:8:0,11:13,2:0:8 chr12 123186880 . C T 217.81 PASS AF=0.287129;AO=28;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.055842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6552;QD=8.62624;RBI=0.0597419;REFB=-0.00851718;REVB=0.0212312;RO=72;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320358;STB=0.50811;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0178883;OID=.;OPOS=123186880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:72:28:29:0.287129:16:12:29:43:17:12:29:43 chr12 123199327 . A G 1461.89 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00143477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.455;QD=56.2264;RBI=0.015041;REFB=-0.088844;REVB=0.0149724;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903647;STB=0.514016;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000490238;OID=.;OPOS=123199327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:1:3:101:101:0.971154:52:49:0:1:52:49:0:3 chr12 123199395 . G A 559.17 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0041617;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.283;QD=18.9548;RBI=0.0421135;REFB=-0.00384589;REVB=0.0419074;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054335;STB=0.534139;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0077126;OID=.;OPOS=123199395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:59:60:58:58:0.491525:30:28:32:27:30:28:33:27 chr12 123200247 . G C 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.736;QD=60.2547;RBI=0.0238373;REFB=0;REVB=-0.0115668;RO=0;SAF=81;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42393e-06;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:28:81:0:0:28:81:0:0 chr12 123200334 . T C 238.23 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0164973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5785;QD=16.1512;RBI=0.0440576;REFB=-0.0244138;REVB=-0.0408523;RO=31;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299125;STB=0.681914;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0355291;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:26:27:0.457627:8:18:12:19:8:19:12:20 chr12 123200693 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3992;QD=58.5854;RBI=0.0897369;REFB=0;REVB=-0.0767751;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502417;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr12 123200768 . T G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.338;QD=58.2396;RBI=0.0149972;REFB=0;REVB=0.00531294;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10022e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr12 123200937 . T G 660.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.349;QD=61.4132;RBI=0.0408702;REFB=0;REVB=-0.00249922;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428625;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr12 123201291 . A G 1198.67 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000368372;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.597;QD=60.692;RBI=0.0537083;REFB=0;REVB=0.053707;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122215;OID=.;OPOS=123201291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:40:39:0:0 chr12 123253852 . T C 123.41 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0141656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8809;QD=7.36794;RBI=0.0393098;REFB=-0.0227818;REVB=0.0366687;RO=48;SAF=15;SAR=3;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428644;STB=0.759911;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0258793;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:3:15:25:23:3:15:26:23 chr12 123253856 . C CAT,T 1041.24 PASS AF=0.544304,0.405063;AO=43,32;DP=79;FAO=43,32;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=24,24;FSAR=19,8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00223276,0.000533134;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=140.766,60.5546;QD=52.7212;RBI=0.0284775,0.0695664;REFB=-0.195298,-0.0244584;REVB=0.0283899,-0.0695643;RO=4;SAF=24,24;SAR=19,8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0891471,0.185053;STB=0.547597,0.599933;STBP=0.049,0.009;TYPE=ins,snp;VARB=0.032303,0.0295189;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:79:4:4:43,32:43,32:0.544304,0.405063:19,8:24,24:0:4:19,8:24,24:0:4 chr12 123333065 . C T 632.04 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.494;QD=61.6624;RBI=0.0461384;REFB=0;REVB=-0.000460538;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251004;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 123340453 . G GC 203.29 PASS AF=1;AO=13;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0621;QD=45.1757;RBI=0.140336;REFB=0;REVB=0.134096;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00683107;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:20:18:18:0:14:4:0:0:4:7:9:4:6:1 chr12 123345736 . C G 313.38 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.687;QD=52.2297;RBI=0.0259946;REFB=0;REVB=0.0252524;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311897;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr12 123645803 . G A 605.47 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00854054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.463;QD=22.2192;RBI=0.0132647;REFB=0.00313208;REVB=0.0101494;RO=49;SAF=29;SAR=31;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619026;STB=0.533895;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0027121;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:60:60:0.550459:31:29:20:29:31:29:20:29 chr12 123665695 . A G 748.62 PASS AF=0.918033;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0108751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.798;QD=49.09;RBI=0.0136878;REFB=0.0212609;REVB=-0.0083118;RO=5;SAF=22;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958285;STB=0.549002;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00153041;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:60:61:5:5:55:56:0.918033:33:22:5:0:33:23:5:0 chr12 123705962 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0155391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.503;QD=26.8492;RBI=0.0155577;REFB=-0.00515644;REVB=-0.000759666;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14036;STB=0.57821;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00292005;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:8:7:5:2:8:7:5:2 chr12 123738494 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000858383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.044;QD=24.8025;RBI=0.0399687;REFB=-0.0157349;REVB=0.0399595;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.5998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00527658;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:3:1:6:4:3:1 chr12 123746357 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9769;QD=55.6556;RBI=0.075432;REFB=0;REVB=-0.0482442;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0027876;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr12 123789056 . T G 725.24 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00673393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.671;QD=29.0097;RBI=0.0224222;REFB=-0.0142453;REVB=0.0213871;RO=37;SAF=33;SAR=29;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12408;STB=0.561998;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00826098;OID=.;OPOS=123789056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:38:62:62:0.62:29:33:13:24:29:33:14:24 chr12 123794104 . G T 379.34 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0211483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6651;QD=19.207;RBI=0.0277625;REFB=-0.0339672;REVB=0.0179864;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035098;STB=0.519521;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.012267;OID=.;OPOS=123794104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:21:18:20:20:21:18:20:20 chr12 123798209 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000991547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1821;QD=19.6682;RBI=0.0447656;REFB=0.0290305;REVB=0.0447546;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138931;STB=0.578431;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0265334;OID=.;OPOS=123798209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:7:12:9:10:7:12 chr12 123799938 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0230459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2172;QD=16.7551;RBI=0.0249347;REFB=-0.00325242;REVB=-0.0095197;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980991;STB=0.555329;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00274312;OID=.;OPOS=123799938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:18:10:11:13:18:10 chr12 123799974 . A G 241.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00204242;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1429;QD=16.6312;RBI=0.044276;REFB=-0.0347085;REVB=0.0442289;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901007;STB=0.550669;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0405844;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:19:12:13:14:19:12 chr12 123875311 . C T 82.58 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00534526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.2;QD=3.67006;RBI=0.0103718;REFB=-0.00680264;REVB=-0.00888829;RO=74;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262302;STB=0.522358;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0419583;OID=.;OPOS=123875311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:74:75:15:15:0.166667:8:7:33:41:8:7:33:42 chr12 123879666 . A G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00133792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.93;QD=16.8095;RBI=0.0130258;REFB=-0.00514174;REVB=0.0129569;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046621;STB=0.502616;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00682918;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:19:23:19:16:19:23 chr12 123879668 . G C 339.1 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0303473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.185;QD=17.8475;RBI=0.0446171;REFB=-0.000882948;REVB=-0.0327067;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685532;STB=0.502957;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000165981;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:19:16:18:22:20:16:18:22 chr12 123879768 . AA CG 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.035304;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.711;QD=13.5055;RBI=0.035605;REFB=0.00323918;REVB=-0.00461954;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=mnp;VARB=-0.00481135;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:8:9:7:5:8:9 chr12 123889492 . A C 195.89 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0372454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.207;QD=8.70614;RBI=0.03725;REFB=-0.00881111;REVB=0.000587804;RO=62;SAF=7;SAR=19;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255462;STB=0.643951;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0164739;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:64:26:26:0.288889:19:7:29:33:19:7:29:35 chr12 123892095 . T C 187.35 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0125694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.799;QD=8.81657;RBI=0.0165887;REFB=-0.00151542;REVB=0.0108257;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140811;STB=0.577258;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0031334;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:59:60:25:25:0.294118:11:14:26:33:11:14:27:33 chr12 123892186 . T C 183.01 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00248353;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.376;QD=11.6197;RBI=0.00498248;REFB=-0.0119886;REVB=0.00431939;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989888;STB=0.55735;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0163282;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:19:21:10:13:19:21 chr12 123892235 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0211625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=16.1718;RBI=0.0260136;REFB=-0.000698801;REVB=-0.015128;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202938;STB=0.616297;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00223782;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:7:13:7:9:7:13 chr12 123892590 . C T 289.92 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0194762;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.317;QD=16.5666;RBI=0.0198211;REFB=-0.02432;REVB=0.00368127;RO=37;SAF=7;SAR=25;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510026;STB=0.790682;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0226485;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:25:7:28:9:25:7:29:9 chr12 123892824 . C T 197.93 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.16;QD=43.9853;RBI=0.0246255;REFB=0.0209355;REVB=0.00391488;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000131927;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:15:17:0.944444:11:4:0:0:12:5:1:0 chr12 123893073 . CT AC,C 60.27 PASS AF=0,0.25;AO=2,6;DP=40;FAO=0,10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0431543,-0.067354;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=30.8052,21.0493;QD=6.02655;RBI=0.0460634,0.0746728;REFB=-0.0163758,0.00267139;REVB=-0.0161105,0.0322407;RO=28;SAF=2,0;SAR=0,6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.46666,-0.686406;STB=0.5,0.632702;STBP=1,0.36;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.000485796;OID=.,.;OPOS=123893073,123893074;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:40:40:28:30:2,6:0,10:0,0.25:0,6:2,0:14:14:0,7:0,3:14:16 chr12 124008073 . A G 980.61 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00241038;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.05;QD=57.6828;RBI=0.0216254;REFB=-0.12512;REVB=-0.0214906;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000590613;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:1:0 chr12 124069213 . T C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0528578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0231;QD=46.9597;RBI=0.056654;REFB=-0.00614606;REVB=-0.0203893;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0058908;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr12 124090453 . A G 1606.08 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.917;QD=64.2431;RBI=0.0229385;REFB=0;REVB=-0.00885944;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78754e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:58:42:0:0 chr12 124097777 . G A 169.34 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.045939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5955;QD=16.5208;RBI=0.0465036;REFB=0.0159695;REVB=0.00722464;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438942;STB=0.750388;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0279959;OID=.;OPOS=124097777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:5:13:6:17:5:13:6:17 chr12 124209332 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.071;QD=43.4861;RBI=0.0523099;REFB=0;REVB=-0.00974737;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421974;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr12 124210782 . T C 333.13 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.112;QD=53.3008;RBI=0.14395;REFB=0;REVB=0.134834;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219126;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr12 124229429 . T C 1533.49 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186476;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.455;QD=63.8954;RBI=0.0201251;REFB=0;REVB=0.00756864;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18284e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr12 124243701 . A G 130.84 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.013364;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.148;QD=13.4197;RBI=0.0257548;REFB=-0.0182314;REVB=-0.0220162;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.546014;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0294346;OID=.;OPOS=124243701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:20:24:15:15:0.384615:7:8:11:9:7:8:11:13 chr12 124243707 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.559;QD=59.8394;RBI=0.0147004;REFB=0;REVB=-0.0030274;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8176e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 124265687 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.025;QD=59.8549;RBI=0.0688975;REFB=0;REVB=0.0457985;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02905e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr12 124267703 . T C 1355.05 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.314;QD=62.3013;RBI=0.0396957;REFB=0;REVB=0.0371761;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107224;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:51:35:0:0:52:35:0:0 chr12 124274474 . A G 1395.36 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192852;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.365;QD=62.713;RBI=0.0362299;REFB=0;REVB=0.0361786;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83998e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:88:89:1:35:53:0:0:35:54:0:0 chr12 124325977 . T G 1331.52 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00639349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.152;QD=59.8438;RBI=0.0144634;REFB=-0.0456583;REVB=-0.0129736;RO=2;SAF=37;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024918;STB=0.513155;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00216353;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:86:87:0.977528:49:37:2:0:50:37:2:0 chr12 124408320 . G A 155.99 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00233661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.14;QD=15.2186;RBI=0.0023584;REFB=-0.0257027;REVB=0.000319902;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203965;STB=0.62947;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0351818;OID=.;OPOS=124408320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:11:5:12:12:12:5:12:12 chr12 124798801 . C T 148.68 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0284129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.631;QD=10.8131;RBI=0.03337;REFB=-0.00996605;REVB=-0.0175003;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314549;STB=0.676114;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0216606;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:13:6:21:14:13:6:21:15 chr12 124824716 . ACCCCC ACCCCCGCCGCTGCT,GCTGCT 31.0 PASS AF=0.214286,0.142857;AO=5,2;DP=9;FAO=3,2;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=1,2;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00167962,-0.0348981;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=9,6;MLLD=187.624,283.006;QD=8.85633;RBI=0.0305797,0.0603039;REFB=-0.0256731,-0.0193914;REVB=-0.0305335,-0.0491801;RO=0;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665558,0.993678;STBP=0.638,0.201;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0559355,0.0402822;OID=.,.;OPOS=124824722,124824716;OREF=-,ACCCCC;OALT=GCCGCTGCT,GCTGCT;OMAPALT=ACCCCCGCCGCTGCT,GCTGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:9:14:0:9:5,2:3,2:0.214286,0.142857:2,0:3,2:0:0:2,0:1,2:5:4 chr12 124826598 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0254304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9231;QD=10.0333;RBI=0.0254304;REFB=-0.00648014;REVB=0;RO=7;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112778;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:0:5:7:0:0:5:7:0 chr12 124829234 . C T 593.71 PASS AF=0.434211;AO=64;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0147987;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.463;QD=15.624;RBI=0.0183333;REFB=-0.0110993;REVB=0.0108216;RO=86;SAF=26;SAR=38;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974147;STB=0.561185;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0211343;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:64:66:0.434211:38:26:43:43:40:26:43:43 chr12 124829255 . A G 406.05 PASS AF=0.4;AO=44;DP=116;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00852841;FXX=0.0944807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.025;QD=14.1234;RBI=0.0138121;REFB=-0.0171747;REVB=0.0108647;RO=66;SAF=8;SAR=36;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354653;STB=0.665986;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0282526;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:69:44:46:0.4:36:8:30:36:36:10:31:38 chr12 124829256 . C G 50.25 PASS AF=0.103175;AO=11;DP=123;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=73;FWDB=-0.0163366;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.547;QD=1.59516;RBI=0.0163903;REFB=-0.00839758;REVB=-0.001326;RO=112;SAF=10;SAR=1;SRF=39;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592292;STB=0.944103;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0474566;OID=.;OPOS=124829256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:123:126:112:113:11:13:0.103175:1:10:39:73:1:12:40:73 chr12 124968349 . T C 145.91 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.013984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3722;QD=16.6753;RBI=0.0166667;REFB=-0.00982562;REVB=0.0090679;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348589;STB=0.693062;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0125855;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:13:3:9:9:13:3:9:10 chr12 124968359 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0751835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2699;QD=21.0142;RBI=0.0827052;REFB=-0.0468992;REVB=0.0344615;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258924;STB=0.645397;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0388145;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:3:10:7:9:3:10 chr12 125263061 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.76;QD=33.4236;RBI=0.108868;REFB=0;REVB=0.0678862;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609866;OID=.;OPOS=125263061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 125270773 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.19;QD=57.2376;RBI=0.0673012;REFB=0;REVB=0.0633148;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169231;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr12 125284748 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.926;QD=55.656;RBI=0.0165628;REFB=0;REVB=-0.0126916;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56927e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr12 125298877 . G A 412.98 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00774557;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.211;QD=14.7494;RBI=0.0581548;REFB=-0.00463897;REVB=0.0576366;RO=63;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685211;STB=0.530214;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00668918;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:65:47:47:0.419643:27:20:31:32:27:20:31:34 chr12 125324553 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.674;QD=33.4271;RBI=0.0136615;REFB=0;REVB=-0.00763374;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70709e-05;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 125324570 . C T 127.71 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.18;QD=36.4876;RBI=0.120639;REFB=-0.0867874;REVB=0.118268;RO=2;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399473;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00854194;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:2:1:11:13:0.928571:4:7:1:1:6:7:1:0 chr12 125386076 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.823;QD=48.7371;RBI=0.0605276;REFB=0;REVB=0.0561986;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382837;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr12 125386091 . A G 56.21 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0305577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8832;QD=11.2428;RBI=0.0546759;REFB=0.0232504;REVB=0.0453396;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139534;STB=0.583139;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0332995;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:9:3:3:5:9:3 chr12 125386114 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0168352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.387;QD=11.2566;RBI=0.032028;REFB=-0.00718193;REVB=0.0272465;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139534;STB=0.583139;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0141486;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:9:3:3:5:9:3 chr12 125397750 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3082;QD=59.0123;RBI=0.044756;REFB=0;REVB=-0.0412243;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126166;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 125398500 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0542917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.02;QD=22.9154;RBI=0.0575879;REFB=-0.0327963;REVB=0.0192037;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0135919;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:3:1:3:6:3:1 chr12 125398733 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0258326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2628;QD=19.6449;RBI=0.0685778;REFB=-0.0354252;REVB=-0.0635264;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0245464;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr12 125399068 . C T 325.55 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0622333;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1539;QD=24.5696;RBI=0.084062;REFB=-0.0145835;REVB=0.0565105;RO=21;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966717;STB=0.57172;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0161468;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:21:21:32:32:0.603774:18:14:12:9:18:14:13:8 chr12 125399150 . G A 485.36 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0077863;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7631;QD=17.6494;RBI=0.017795;REFB=-0.0353704;REVB=-0.0160011;RO=58;SAF=33;SAR=19;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944902;STB=0.562721;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0303118;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:58:52:52:0.472727:19:33:42:16:19:33:43:15 chr12 125399286 . C T 302.3 PASS AF=0.37234;AO=32;DP=90;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.010307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7253;QD=12.8639;RBI=0.0381901;REFB=-0.00253108;REVB=0.0367729;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139355;STB=0.553368;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00696195;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:53:59:32:35:0.37234:14:18:23:30:16:19:27:32 chr12 125399816 . CG C 59.24 PASS AF=0.46875;AO=17;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.20736;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.09874;QD=7.40543;RBI=0.291569;REFB=-0.137404;REVB=-0.204974;RO=13;SAF=1;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.465116;SSSB=-0.640622;STB=0.717445;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.129717;OID=.;OPOS=125399817;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:17:33:15:32:17:2:13:7:10:55:13:1:16:8:5 chr12 125434580 . C T 658.37 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.215;QD=59.8516;RBI=0.0739635;REFB=-0.093924;REVB=0.0669741;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523798;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000434726;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:10:33:0:0:10:33:0:1 chr12 125434716 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.795;QD=63.872;RBI=0.0273348;REFB=0;REVB=0.0256572;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45374e-05;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr12 125437019 . T C 695.19 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2637;QD=61.7945;RBI=0.0374627;REFB=0;REVB=0.0374173;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383502;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:18:27:0:0 chr12 125438516 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.01;QD=57.7118;RBI=0.0162457;REFB=0;REVB=-0.0162023;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58656e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr12 125438523 . C T 906.99 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6032;QD=57.5866;RBI=0.104229;REFB=0;REVB=0.0830942;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490377;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:57:63:1:26:31:0:0:26:37:0:0 chr12 125448960 . C T 1400.73 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.997;QD=61.5704;RBI=0.0402229;REFB=-0.143804;REVB=0.0389446;RO=1;SAF=52;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902834;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000231886;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:38:52:1:0:38:52:1:0 chr12 125467158 . C T 338.21 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00919307;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.638;QD=14.8662;RBI=0.0462246;REFB=-0.0209819;REVB=-0.0453013;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223556;STB=0.631078;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0270557;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:54:37:37:0.406593:15:22:20:33:15:22:20:34 chr12 125562809 . G A 936.41 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.299;QD=58.5254;RBI=0.0239186;REFB=0;REVB=0.0222809;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60916e-05;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:31:33:0:0 chr12 125587278 . G A 330.39 PASS AF=0.589286;AO=31;DP=54;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0225177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0759;QD=23.5994;RBI=0.0702007;REFB=-0.0372777;REVB=0.0664912;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199696;STB=0.588823;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0280204;OID=.;OPOS=125587278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:23:31:33:0.589286:20:11:14:9:20:13:14:9 chr12 125626685 . C T 358.88 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0274745;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.337;QD=17.0894;RBI=0.0295217;REFB=-0.0175132;REVB=-0.010802;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901633;STB=0.557492;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0307083;OID=.;OPOS=125626685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:37:38:0.452381:20:17:17:29:20:18:17:29 chr12 125834395 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5532;QD=62.0183;RBI=0.0161083;REFB=0;REVB=0.00711053;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260373;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr12 125900095 . T A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.01813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.486;QD=21.7464;RBI=0.0186324;REFB=-0.0106573;REVB=0.00429791;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280213;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00658611;OID=.;OPOS=125900095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:10:12:11:8:10:12:12:8 chr12 126068417 . T C 2200.63 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.621;QD=62.4293;RBI=0.0304506;REFB=-0.0265801;REVB=-0.00150114;RO=1;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773073;STB=0.504064;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000118147;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:61:79:0:1:61:79:0:1 chr12 126137060 . C T 230.57 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0282936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.027;QD=12.1355;RBI=0.030777;REFB=0.00186358;REVB=0.012112;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183191;STB=0.605692;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00198251;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:10:18:23:25:10:18:23:25 chr12 127068865 . A G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2053;QD=51.1756;RBI=0.0538938;REFB=0;REVB=0.0369248;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089169;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 127068892 . C T 610.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.578;QD=61.0548;RBI=0.0324804;REFB=0;REVB=-0.0324337;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272134;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr12 127650467 . G C 8114.06 PASS AF=0.972171;AO=521;DP=537;FAO=524;FDP=539;FR=.;FRO=15;FSAF=218;FSAR=306;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0110245;FXX=0.00736635;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1048;QD=60.2157;RBI=0.015084;REFB=-0.0462501;REVB=-0.010295;RO=12;SAF=217;SAR=304;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736298;STB=0.50716;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00118267;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:537:539:12:15:521:524:0.972171:304:217:7:5:306:218:10:5 chr12 127650471 . AT GG 9095.16 PASS AF=1;AO=539;DP=551;FAO=589;FDP=589;FR=.;FRO=0;FSAF=282;FSAR=307;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466807;FXX=0.024834;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.859;QD=61.7668;RBI=0.0469732;REFB=-0.0245929;REVB=0.00523422;RO=9;SAF=237;SAR=302;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00440791;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:551:589:9:0:539:589:1:302:237:6:3:307:282:0:0 chr12 127650538 . A G 22552.1 PASS AF=0.98364;AO=1442;DP=1466;FAO=1443;FDP=1467;FR=.;FRO=24;FSAF=593;FSAR=850;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00347195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9319;QD=61.4916;RBI=0.0512391;REFB=0.0063935;REVB=-0.0511214;RO=20;SAF=592;SAR=850;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376333;STB=0.502207;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000259199;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:1466:1467:20:24:1442:1443:0.98364:850:592:11:9:850:593:13:11 chr12 127650583 . T G 19150.0 PASS AF=0.980143;AO=1227;DP=1254;FAO=1234;FDP=1259;FR=.;FRO=25;FSAF=505;FSAR=729;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0577876;FXX=0.00237716;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7813;QD=60.842;RBI=0.0584481;REFB=0.00790327;REVB=0.00876259;RO=24;SAF=504;SAR=723;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000223629;STB=0.50019;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.000523729;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:1254:1259:24:25:1227:1234:0.980143:723:504:10:14:729:505:10:15 chr12 127650599 . A G 14616.6 PASS AF=0.983368;AO=844;DP=862;FAO=946;FDP=962;FR=.;FRO=16;FSAF=395;FSAR=551;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0423078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.858;QD=60.7758;RBI=0.0442373;REFB=-0.0329144;REVB=0.0129224;RO=15;SAF=318;SAR=526;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000824282;STB=0.502476;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000414284;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:862:962:15:16:844:946:0.983368:526:318:6:9:551:395:9:7 chr12 127650616 . G A 2073.15 PASS AF=0.314488;AO=267;DP=846;FAO=267;FDP=849;FR=.;FRO=582;FSAF=101;FSAR=166;FSRF=218;FSRR=364;FWDB=-0.0381347;FXX=0.00117646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.534;QD=9.76748;RBI=0.0392691;REFB=-0.00317839;REVB=0.00937069;RO=579;SAF=101;SAR=166;SRF=216;SRR=363;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663528;STB=0.502704;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00699836;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:846:849:579:582:267:267:0.314488:166:101:216:363:166:101:218:364 chr12 127650639 . A G 7258.47 PASS AF=0.971067;AO=323;DP=523;FAO=537;FDP=553;FR=.;FRO=16;FSAF=169;FSAR=368;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0442277;FXX=0.00539559;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.354;QD=52.5025;RBI=0.0518885;REFB=-0.0869775;REVB=0.0271354;RO=7;SAF=162;SAR=161;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295141;STB=0.510327;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00464785;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:523:553:7:16:323:537:0.971067:161:162:3:4:368:169:10:6 chr12 127650662 . T C 2208.8 PASS AF=0.96;AO=138;DP=147;FAO=144;FDP=150;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00520063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.143;QD=58.9013;RBI=0.00773416;REFB=-0.0373827;REVB=0.00572457;RO=6;SAF=39;SAR=99;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493668;STB=0.502762;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00260421;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:147:150:6:6:138:144:0.96:99:39:2:4:104:40:2:4 chr12 127650669 . A G 543.58 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0215233;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.655;QD=51.7698;RBI=0.0215303;REFB=-0.0568243;REVB=0.00054612;RO=3;SAF=9;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018058;STB=0.501729;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00442793;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:42:3:4:38:38:0.904762:29:9:1:2:29:9:1:3 chr12 127650675 . G C 86.8 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00620399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.059;QD=24.8013;RBI=0.00628577;REFB=-0.0599168;REVB=0.00101066;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.599769;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.026889;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:9:1:1:3:9:1:1:3 chr12 127650883 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.582;QD=49.5986;RBI=0.0632551;REFB=0;REVB=0.062744;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820406;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr12 127650890 . G C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.679;QD=46.0576;RBI=0.0165282;REFB=0.150456;REVB=0.0116004;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666442;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-6.09483e-06;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:1:18:0:0:1:18:0:1 chr12 127650927 . TA T,TT 488.15 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,3;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160166,0.00977156;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.5128,7.82011;QD=54.2387;RBI=0.0865318,0.0202645;REFB=0,0;REVB=0.0850366,-0.017753;RO=0;SAF=31,2;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.05502e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00219972,-0.10134;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:33,3:36:34,2:36:0:32,1:2,1:0:0:9:0:31,2:2,1:0:0 chr12 128778703 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.989;QD=56.9558;RBI=0.0649038;REFB=0;REVB=0.063248;RO=0;SAF=44;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003811;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:8:44:0:0:8:44:0:0 chr12 128900005 . G A 453.84 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.957;QD=55.0108;RBI=0.0395738;REFB=-0.10003;REVB=0.0217067;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000837068;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:13:18:0:1:13:19:0:1 chr12 129181810 . A G 2188.71 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00763859;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.992;QD=61.6537;RBI=0.0311197;REFB=0.0462125;REVB=-0.0301677;RO=2;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015842;STB=0.508332;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000111213;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:59:81:0:2:59:81:0:2 chr12 129181834 . A G 2550.82 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116455;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4739;QD=61.8381;RBI=0.00236456;REFB=0;REVB=0.00205791;RO=0;SAF=87;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35265e-06;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:78:87:0:0:78:87:0:0 chr12 129189941 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.191;QD=51.1846;RBI=0.013008;REFB=0;REVB=0.00730072;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0756e-05;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 129190021 . A G 223.73 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1534;QD=49.7182;RBI=0.109824;REFB=0;REVB=0.10534;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264244;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:8:10:0:0 chr12 129190474 . G A 1709.28 PASS AF=1;AO=109;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621019;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.447;QD=59.9747;RBI=0.0663967;REFB=0;REVB=0.023492;RO=0;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130172;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:109:114:1:43:66:0:0:47:67:0:0 chr12 129293346 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00135539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.996;QD=19.3697;RBI=0.0244748;REFB=-0.0298758;REVB=0.0244373;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259739;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0209894;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:5:11:10:4:5:11:11:4 chr12 129298735 . C G 427.01 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0471519;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1342;QD=15.3877;RBI=0.0604357;REFB=-0.0463606;REVB=0.0378043;RO=63;SAF=34;SAR=14;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859457;STB=0.548366;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0608749;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:14:34:40:23:14:34:40:23 chr12 129298777 . G A 59.62 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00729105;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9602;QD=2.38468;RBI=0.013788;REFB=-0.0214561;REVB=0.0117025;RO=87;SAF=5;SAR=8;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944257;STB=0.566825;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.150745;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:100:100:87:87:13:13:0.13:8:5:40:47:8:5:40:47 chr12 129298779 . C T 47.05 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0861874;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1987;QD=1.86331;RBI=0.0861965;REFB=-0.0113037;REVB=0.00125436;RO=88;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137728;STB=0.509074;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.125657;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:103:101:88:90:11:11:0.108911:6:5:39:49:6:5:40:50 chr12 129298797 . G A 32.26 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.043049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1724;QD=1.26501;RBI=0.0437889;REFB=-0.0104618;REVB=-0.00801536;RO=93;SAF=2;SAR=7;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326249;STB=0.763322;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.10136;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:102:102:93:93:9:9:0.0882353:7:2:47:46:7:2:47:46 chr12 129298799 . T C 32.79 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.033123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8244;QD=1.23729;RBI=0.0911083;REFB=-0.00696486;REVB=-0.0848739;RO=96;SAF=2;SAR=7;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328505;STB=0.763855;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0793731;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:96:97:9:9:0.0849057:7:2:49:47:7:2:49:48 chr12 129298819 . C T 220.84 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=6.75642e-05;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6033;QD=12.1009;RBI=0.0167217;REFB=-0.0437193;REVB=-0.0167215;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185012;STB=0.620171;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0472328;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:46:27:27:0.369863:15:12:12:31:15:12:12:34 chr12 129348666 . C T 400.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.657;QD=55.1782;RBI=0.0468406;REFB=0;REVB=0.0402821;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842501;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:10:19:0:0 chr12 129360498 . G A 704.94 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9881;QD=62.6614;RBI=0.101805;REFB=0;REVB=0.094164;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263606;OID=.;OPOS=129360498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:13:26:0:0:17:28:0:0 chr12 129559421 . C T 1841.37 PASS AF=0.968504;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0166502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.026;QD=57.996;RBI=0.017527;REFB=-0.0884471;REVB=0.00547394;RO=2;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139685;STB=0.506524;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000982661;OID=.;OPOS=129559421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:127:2:4:122:123:0.968504:67:55:0:2:67:56:1:3 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTTTTA CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT 387.45 PASS AF=0.130435,0.869565,0,0,0;AO=6,9,5,6,4;DP=44;FAO=6,40,0,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,0,0,0;FSAR=6,14,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040455,0.469181,0.709235,1.3098,0.396574;FXX=0;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=188.998,12.8935,10.348,5.70506,13.1091;QD=33.6915;RBI=0.058019,0.470077,0.710113,1.31177,0.398998;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0415885,-0.0290191,-0.0352984,-0.0717779,0.0439136;RO=2;SAF=0,3,1,6,4;SAR=6,6,4,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.794076,-0.219794,-0.413629,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.00751818,0.0390597,0.119213,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=130649319,130649317,130649317,130649317,130649329;OREF=T,TTT,TT,T,TA;OALT=C,-,-,-,AT;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565,0,0,0:6,9,5,6,4:44:6,40,0,0,0:46:0:0,26,0,0,0:6,14,0,0,0:0:0:30:2:0,3,1,6,4:6,6,4,0,0:2:0 chr12 130649543 . C G 601.48 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000724684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.819;QD=58.6813;RBI=0.0283551;REFB=-0.142178;REVB=0.0283459;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00104396;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:1:0:26:14:1:0 chr12 130649687 . T C 255.09 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00894214;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.435;QD=17.5921;RBI=0.0175546;REFB=-0.00974291;REVB=-0.0151064;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795481;STB=0.552788;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00939224;OID=.;OPOS=130649687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:27:28:0.482759:14:13:17:13:15:13:17:13 chr12 130649770 . C T 277.45 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0168681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.186;QD=16.0841;RBI=0.0437355;REFB=-0.00339294;REVB=0.0403517;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927711;STB=0.552205;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00941009;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:16:22:15:16:16:22 chr12 130649962 . C T 146.56 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00079424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8063;QD=10.4682;RBI=0.0189355;REFB=-0.0161179;REVB=0.0189189;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818261;STB=0.547896;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.031872;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:13:24:11:8:13:24 chr12 130650016 . G C 844.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562524;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.756;QD=56.3124;RBI=0.0660362;REFB=-0.0880344;REVB=0.0345897;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973796;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:34:26:0:0 chr12 130650180 . A G 328.78 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0133191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.709;QD=18.0156;RBI=0.0226354;REFB=-0.00959392;REVB=0.018302;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272551;STB=0.656095;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00986049;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:16:19:9:28:16:19:9:29 chr12 130841638 . G A 279.62 PASS AF=0.75;AO=22;DP=30;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0157687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.098;QD=34.953;RBI=0.0160232;REFB=-0.0295738;REVB=-0.00284418;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607734;STB=0.521035;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00975366;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:32:8:8:22:24:0.75:11:11:5:3:11:13:5:3 chr12 130847389 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.909;QD=60.2036;RBI=0.0243675;REFB=0;REVB=-0.00825314;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120035;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr12 130912757 . C T 323.0 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0198438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2849;QD=29.3632;RBI=0.0857244;REFB=-0.0448267;REVB=-0.0833961;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914218;STB=0.555882;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0262508;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:12:15:11:5:13:15:11:5 chr12 130941150 . G C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.046;QD=57.3814;RBI=0.039833;REFB=0;REVB=0.0134004;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81108e-05;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr12 131275484 . G A 1029.6 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899447;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.166;QD=59.6867;RBI=0.00951821;REFB=0;REVB=0.00311382;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06148e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr12 131276448 . G T 1520.38 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.906;QD=61.4295;RBI=0.0194701;REFB=-0.0569533;REVB=-0.00862838;RO=2;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01789;STB=0.509432;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000735049;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:52:45:0:2:52:45:0:2 chr12 131299974 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9226;QD=58.0574;RBI=0.0305944;REFB=0;REVB=-0.0305772;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232184;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:21:39:0:0:22:39:0:0 chr12 131306314 . C G 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3608;QD=57.0964;RBI=0.0701387;REFB=0;REVB=0.0495045;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112755;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr12 131466562 . T C 1232.62 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000553536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.031;QD=60.1277;RBI=0.0252168;REFB=-0.12174;REVB=0.0252107;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0017837;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:80:81:0.987805:46:34:0:0:46:35:1:0 chr12 131590404 . G A 650.55 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00834183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.18;QD=27.9805;RBI=0.0135708;REFB=-0.0250534;REVB=0.0107042;RO=36;SAF=33;SAR=24;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320152;STB=0.501742;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0151764;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:24:33:21:15:24:33:21:15 chr12 131620588 . A G 1047.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8864;QD=58.1803;RBI=0.113627;REFB=0;REVB=0.109244;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281992;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:27:43:0:0:29:43:0:0 chr12 131622735 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.584;QD=59.4356;RBI=0.0137799;REFB=0;REVB=-0.013762;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75982e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 131623730 . A C 1221.77 PASS AF=0.493878;AO=119;DP=246;FAO=121;FDP=245;FR=.;FRO=124;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=-0.0141752;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.684;QD=19.9473;RBI=0.0165467;REFB=-0.00212813;REVB=0.00853564;RO=124;SAF=62;SAR=57;SRF=48;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123928;STB=0.567328;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00300892;OID=.;OPOS=131623730;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:124:124:119:121:0.493878:57:62:48:76:58:63:48:76 chr12 132237848 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.858;QD=53.2764;RBI=0.027082;REFB=0;REVB=-0.00184574;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206827;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr12 132271113 . T C 1514.59 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197421;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.974;QD=63.7721;RBI=0.0215287;REFB=0;REVB=0.00858688;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288361;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr12 132325376 . C T 402.39 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.042034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.45;QD=19.1613;RBI=0.0439946;REFB=-0.0146943;REVB=0.0129872;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657504;STB=0.536568;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0180698;OID=.;OPOS=132325376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:19:22:20:23:19:22:20:23 chr12 132326298 . G A 429.81 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0152552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.91;QD=17.3659;RBI=0.0155611;REFB=-0.018364;REVB=0.00307054;RO=55;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461334;STB=0.525858;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0301412;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:26:18:25:30:26:18:25:30 chr12 132393334 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0221852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.438;QD=17.0702;RBI=0.024817;REFB=-0.0172663;REVB=0.0111221;RO=35;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740814;STB=0.541639;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0211443;OID=.;OPOS=132393334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:20:11:15:20:20:11:15:20 chr12 132396603 . C T 2500.22 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.213;QD=61.3552;RBI=0.0679904;REFB=0;REVB=0.027455;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180637;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:160:163:1:88:72:0:0:89:74:0:0 chr12 132401566 . C T 706.31 PASS AF=0.915254;AO=53;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0587357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.069;QD=47.8851;RBI=0.061058;REFB=-0.13456;REVB=0.0166795;RO=3;SAF=39;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008925;STB=0.508271;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00223642;OID=.;OPOS=132401566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:59:59:3:5:53:54:0.915254:14:39:2:1:15:39:4:1 chr12 132403161 . A G 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.758;QD=63.8556;RBI=0.0420754;REFB=0;REVB=0.00579992;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21476e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 132446281 . T C 201.12 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0186064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.662;QD=8.2091;RBI=0.0214887;REFB=-0.00499325;REVB=-0.0107503;RO=70;SAF=12;SAR=15;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072812;STB=0.53701;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0185152;OID=.;OPOS=132446281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:70:71:27:27:0.27551:15:12:27:43:15:12:28:43 chr12 132589649 . C T 125.43 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0135438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.585;QD=8.95917;RBI=0.0236864;REFB=-0.00208433;REVB=-0.0194322;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160763;STB=0.596413;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00736403;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:6:11:20:19:6:11:20:19 chr12 132598995 . C T 160.3 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0460988;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8487;QD=17.3296;RBI=0.0461462;REFB=0.00435081;REVB=-0.00209227;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152684;STB=0.626813;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00269365;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:20:16:17:0.459459:7:9:9:13:7:10:7:13 chr12 132624252 . G A 106.09 PASS AF=0.361111;AO=10;DP=33;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0291818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.705;QD=11.788;RBI=0.0332496;REFB=-0.0255985;REVB=-0.0159361;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213753;STB=0.616252;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0513234;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:23:23:10:13:0.361111:3:7:12:11:4:9:12:11 chr12 132626425 . G A 321.23 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0170267;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8506;QD=15.6696;RBI=0.0334292;REFB=-0.00632056;REVB=0.0287681;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160034;STB=0.501778;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00726283;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:47:35:35:0.426829:15:20:27:19:15:20:27:20 chr12 132626668 . T C 156.89 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0186567;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.812;QD=18.4577;RBI=0.0438448;REFB=-0.0342482;REVB=0.0396774;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0288632;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:16:17:0.5:7:9:8:8:8:9:9:8 chr12 132627365 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.032397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.41;QD=15.6259;RBI=0.0368406;REFB=-0.00836641;REVB=0.0175404;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798967;STB=0.545941;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0110684;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:9:14:9:8:9:14 chr12 132628281 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0690666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.619;QD=12.0517;RBI=0.0690737;REFB=-0.0038413;REVB=-0.000993285;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127525;STB=0.555442;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00978031;OID=.;OPOS=132628281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:8:9:0.409091:7:1:1:12:8:1:1:12 chr12 132628285 . G A 56.16 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.00801065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1464;QD=11.2312;RBI=0.0206136;REFB=0.00102014;REVB=0.0189934;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424782;STB=0.749621;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000191451;OID=.;OPOS=132628285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:6:2:0:11:6:2:0:12 chr12 132633449 . C T 788.05 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.03807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9957;QD=50.0349;RBI=0.0407364;REFB=-0.160156;REVB=0.014496;RO=4;SAF=21;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817657;STB=0.541652;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00621283;OID=.;OPOS=132633449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:63:63:4:4:58:59:0.936508:37:21:4:0:37:22:4:0 chr12 132635521 . T C 140.27 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00381741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.504;QD=20.781;RBI=0.0405527;REFB=-0.0281953;REVB=0.0403726;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.536535;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0124319;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:27:12:12:14:15:0.555556:3:11:8:4:4:11:8:4 chr12 132635581 . C T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00482513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2011;QD=9.47332;RBI=0.00674161;REFB=-0.0031314;REVB=0.00470824;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240053;STB=0.645287;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00672204;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:13:8:6:4:13:8 chr12 132682481 . T G 458.46 PASS AF=0.351852;AO=57;DP=162;FAO=57;FDP=162;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0113417;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.683;QD=11.3201;RBI=0.0215661;REFB=-0.013161;REVB=0.0183429;RO=103;SAF=35;SAR=22;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103699;STB=0.559979;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0119738;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:103:105:57:57:0.351852:22:35:54:49:22:35:55:50 chr12 132682484 . A G 458.58 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0158476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.995;QD=11.3932;RBI=0.0205979;REFB=-0.0174558;REVB=-0.0131578;RO=104;SAF=35;SAR=22;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109646;STB=0.562729;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.028074;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:104:104:57:57:0.354037:22:35:54:50:22:35:54:50 chr12 132688137 . A G 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00170792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.291;QD=15.813;RBI=0.0253944;REFB=-0.0293137;REVB=-0.0253369;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363664;STB=0.698404;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0307043;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:11:23:13:30:11:23:14:30 chr12 132824440 . CT CTC,TC 87.51 PASS AF=0.382353,0.0588235;AO=11,6;DP=34;FAO=13,2;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=12,2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0511259,-0.0475074;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=62.7213,67.9746;QD=10.2947;RBI=0.0542734,0.0776316;REFB=-0.0107389,-0.00296477;REVB=-0.0182139,-0.061398;RO=17;SAF=1,0;SAR=10,6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.529751,-0.717468;STB=0.823786,0.993866;STBP=0.02,0.206;TYPE=ins,mnp;VARB=0.130902,0.110612;OID=.,.;OPOS=132824442,132824440;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:34:34:17:19:11,6:13,2:0.382353,0.0588235:10,6:1,0:8:9:12,2:1,0:8:11 chr12 132862976 . G A 712.57 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238499;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.741;QD=63.3397;RBI=0.042515;REFB=0;REVB=0.0351953;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244946;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr12 133102403 . C T 772.98 PASS AF=0.565891;AO=71;DP=127;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0625653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9057;QD=23.9684;RBI=0.0657876;REFB=-0.0215831;REVB=0.0203369;RO=55;SAF=38;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933658;STB=0.55347;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0147059;OID=.;OPOS=133102403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:55:56:71:73:0.565891:33:38:23:32:34:39:23:33 chr12 133127964 . G A 361.83 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00187754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.169;QD=25.8453;RBI=0.0154294;REFB=-0.0226376;REVB=0.0153147;RO=21;SAF=10;SAR=25;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391399;STB=0.52146;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0111991;OID=.;OPOS=133127964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:25:10:7:14:25:10:7:14 chr12 133128069 . G A 46.62 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0148616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.443;QD=9.81536;RBI=0.0355238;REFB=-0.0336054;REVB=0.0322656;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0228882;OID=.;OPOS=133128069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:8:3:3:4:9:3 chr12 133149168 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00723576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.715;QD=20.8719;RBI=0.00784766;REFB=-0.0129203;REVB=-0.00303801;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245266;STB=0.636673;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0121314;OID=.;OPOS=133149168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:4:16:11:10:4:16 chr12 133158014 . GCCCCCCCCA GCCCCCCCA,GCCCCCCCAG 63.46 PASS AF=0.592593,0.0740741;AO=13,2;DP=27;FAO=16,2;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7,2;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.145192,0.0203546;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.94354,20.1031;QD=9.40152;RBI=0.182749,0.10203;REFB=-0.0989731,-0.0748671;REVB=0.11098,0.0999794;RO=8;SAF=6,2;SAR=7,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.234885,0.742825;STB=0.622896,0.997267;STBP=0.136,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.116053,0.0247018;OID=.,.;OPOS=133158015,133158022;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCCCCCCCA,GCCCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593,0.0740741:13,2:27:16,2:27:9:7,2:9,0:1:8:24:8:6,2:7,0:1:7 chr12 133158097 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0151504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.198;QD=7.04802;RBI=0.0151948;REFB=0.000866695;REVB=-0.00116128;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175349;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00211298;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:6:2:8:13:6:2:8:14 chr12 133158650 . C T 174.37 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0513904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8305;QD=25.8319;RBI=0.133647;REFB=-0.0262019;REVB=0.123371;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167708;STB=0.550503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0268021;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:27:11:9:15:18:0.666667:3:12:7:4:4:14:6:3 chr12 133181399 . T C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.020991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.021;QD=13.0371;RBI=0.0256298;REFB=-0.00771983;REVB=-0.014706;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13961;STB=0.587213;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.012871;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:6:12:24:7:6:12:25:7 chr12 133182818 . G A 195.67 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.040825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.325;QD=17.7884;RBI=0.0409329;REFB=-0.0236823;REVB=-0.00296997;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0247047;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:24:20:20:0.454545:9:11:9:11:9:11:12:12 chr12 133196596 . T C 149.14 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.029302;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.384;QD=16.571;RBI=0.0924267;REFB=-0.00159502;REVB=0.087659;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202667;STB=0.610979;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00890899;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:20:15:16:0.444444:7:8:14:5:8:8:14:6 chr12 133201947 . T C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0260309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.824;QD=16.8819;RBI=0.0290368;REFB=-0.0423403;REVB=0.0128656;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0317424;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:9:8:8:7:9:8 chr12 133202004 . C T 54.6 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0117684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.019;QD=9.10025;RBI=0.0195515;REFB=-0.0143578;REVB=-0.0156131;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0337843;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:8:8:4:4:8:8 chr12 133208979 . T C 591.46 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00924003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.94;QD=25.7158;RBI=0.0184829;REFB=-0.012717;REVB=-0.0160074;RO=37;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922979;STB=0.558566;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00749393;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:37:38:53:54:0.586957:28:25:22:15:29:25:23:15 chr12 133219831 . T C 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0274488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.328;QD=13.4448;RBI=0.0341959;REFB=-0.00205072;REVB=0.0203942;RO=57;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204723;STB=0.522515;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00284087;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:57:59:36:36:0.378947:19:17:28:29:19:17:30:29 chr12 133236000 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00733199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.371;QD=15.1661;RBI=0.00745371;REFB=-0.00217542;REVB=-0.00134154;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237979;STB=0.635216;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00248286;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:19:11:14:9:19:11 chr12 133295353 . C T 265.27 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00951228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.705;QD=15.6042;RBI=0.013845;REFB=-0.0141993;REVB=-0.0100598;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568367;STB=0.532136;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.02089;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:19:11:16:22:19:11:16:22 chr12 133306589 . C T 262.57 PASS AF=0.483871;AO=20;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0119901;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.189;QD=16.94;RBI=0.0508314;REFB=-0.0029887;REVB=-0.0493971;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235699;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00652812;OID=.;OPOS=133306589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:32:20:30:0.483871:6:14:14:15:15:15:15:17 chr12 133306590 . G T 56.02 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00292743;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=153.706;QD=3.50095;RBI=0.0063564;REFB=-0.00314915;REVB=-0.00564216;RO=52;SAF=1;SAR=9;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574688;STB=0.893424;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0170821;OID=.;OPOS=133306590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:64:52:54:10:10:0.15625:9:1:29:23:9:1:30:24 chr12 133313641 . G A 147.25 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00546802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.241;QD=17.323;RBI=0.0234665;REFB=-0.0131974;REVB=0.0228205;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154267;STB=0.587682;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00984142;OID=.;OPOS=133313641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:13:5:7:9:13:5 chr12 133318406 . G T 548.99 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0553319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1622;QD=21.3201;RBI=0.0619387;REFB=0.0105924;REVB=-0.0278349;RO=47;SAF=19;SAR=37;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167551;STB=0.592182;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0104254;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:37:19:25:22:37:19:25:22 chr12 133331537 . G A 438.38 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0241946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.409;QD=21.6483;RBI=0.027616;REFB=-0.0233962;REVB=0.0133141;RO=36;SAF=23;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289156;STB=0.528722;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.017151;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:36:38:43:43:0.530864:20:23:18:18:20:23:18:20 chr12 133363376 . G T 488.1 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.574;QD=54.2336;RBI=0.0571195;REFB=-0.052904;REVB=-0.00753679;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00672722;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:36:1:1:33:35:0.972222:15:18:1:0:15:20:1:0 chr12 133378440 . C T 561.39 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0456065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.301;QD=20.7922;RBI=0.0460081;REFB=-0.00836723;REVB=0.00606568;RO=51;SAF=32;SAR=25;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407191;STB=0.52238;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00762209;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:25:32:31:20:25:32:31:20 chr12 133393323 . C T 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0106136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.586;QD=22.404;RBI=0.0147361;REFB=-0.000726033;REVB=0.0102228;RO=29;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134204;STB=0.573838;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000562456;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:19:18:19:10:19:18:19:10 chr12 133411987 . G C 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.972;QD=61.5567;RBI=0.0241137;REFB=-0.0683646;REVB=-0.00537035;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.54903e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:37:53:1:0:37:53:1:0 chr12 133423695 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.014006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.013;QD=8.25461;RBI=0.0389955;REFB=-0.0206124;REVB=-0.0363935;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0529582;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr12 133433173 . T C 519.45 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0505;QD=59.3657;RBI=0.0431641;REFB=0;REVB=0.0177054;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917491;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 133435716 . T G 348.74 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0061421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.371;QD=17.4372;RBI=0.0164184;REFB=-0.0172756;REVB=-0.0152262;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260814;STB=0.515595;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0207074;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:43:35:37:0.4625:18:17:21:22:20:17:21:22 chr12 133587980 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.898;QD=62.0219;RBI=0.0249801;REFB=0;REVB=0.0161314;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121599;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 133634450 . A C 160.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=45.7497;RBI=0.0278932;REFB=0;REVB=0.0277721;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314637;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr12 133660718 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.419;QD=39.2068;RBI=0.0280925;REFB=0;REVB=-0.0111689;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106503;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr12 133781231 . GAAAC GAAC,GAACT 777.5 PASS AF=1,0;AO=54,3;DP=59;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850523,0.0247207;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.1936,5.30702;QD=52.7122;RBI=0.126238,0.0356461;REFB=0,0;REVB=0.0932854,0.0256813;RO=0;SAF=34,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.77753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00487088,-0.0297528;OID=.,.;OPOS=133781232,133781234;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=GAAC,GAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:54,3:59:59,0:59:0:37,0:22,0:0:0:5:0:34,3:20,0:0:0 chr12 133781428 . A C 954.3 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0272887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.266;QD=54.5312;RBI=0.0287902;REFB=-0.0684053;REVB=-0.00917622;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.504962;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000923278;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:1:3:67:67:0.957143:37:30:1:0:37:30:1:2 chr12 133781605 . A G 770.07 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817627;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.701;QD=64.1727;RBI=0.0103294;REFB=0;REVB=-0.00631222;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46971e-05;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr12 133795885 . G A 2200.83 PASS AF=0.986207;AO=141;DP=146;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0512371;FXX=0.0136045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.307;QD=60.7126;RBI=0.0536801;REFB=-0.151234;REVB=0.0160099;RO=4;SAF=59;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908562;STB=0.501243;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000623317;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:145:4:2:141:143:0.986207:82:59:1:3:84:59:1:1 chr12 133795960 . A G 1231.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00146769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.317;QD=60.068;RBI=0.00397149;REFB=-0.00812716;REVB=-0.00369034;RO=1;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885157;STB=0.504672;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-2.01684e-06;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:53:28:0:1:53:28:0:1 chr13 19600126 . G A 223.05 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.838;QD=49.5676;RBI=0.0294764;REFB=0;REVB=0.00250913;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183235;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr13 19600200 . C A,T 203.02 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283252,0.0200153;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.2161,104.171;QD=47.7703;RBI=0.0283289,0.0219863;REFB=0,0;REVB=-0.000454804,-0.00909881;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14658,-0.00432038;OID=.,.;OPOS=19600200,19600200;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:1,8:1,7:0:0:1,8:1,7:0:0 chr13 19600475 . C A 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7887;QD=63.3358;RBI=0.0299488;REFB=0;REVB=0.0190298;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273386;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr13 19751544 . C T 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0416558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8497;QD=19.94;RBI=0.0419438;REFB=-0.0154363;REVB=-0.00490626;RO=28;SAF=24;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298245;STB=0.660443;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0179535;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:32:32:0.52459:8:24:12:16:8:24:13:16 chr13 20000630 . T C 471.81 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00429343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.839;QD=55.5066;RBI=0.0476472;REFB=-0.163524;REVB=-0.0474534;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000680337;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:10:23:0:1:10:23:0:1 chr13 20038584 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.01;QD=54.883;RBI=0.027609;REFB=-0.0224814;REVB=-0.00364716;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=6.98984e-05;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr13 20048214 . T G 30.25 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0706103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4672;QD=1.31535;RBI=0.0717158;REFB=-0.00552262;REVB=-0.0125436;RO=84;SAF=1;SAR=7;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390641;STB=0.830328;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.135379;OID=.;OPOS=20048214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:84:84:8:8:0.0869565:7:1:37:47:7:1:37:47 chr13 20066994 . T C 50.05 PASS AF=0.102362;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.025573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.5104;QD=1.57641;RBI=0.0259299;REFB=-0.000684097;REVB=0.00428747;RO=114;SAF=4;SAR=9;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212433;STB=0.661017;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00411993;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:127:127:114:114:13:13:0.102362:9:4:55:59:9:4:55:59 chr13 20067011 . AGG A,AG,CGG 965.3 PASS AF=0,0.852174,0.121739;AO=12,31,11;DP=114;FAO=0,98,14;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=0,45,3;FSAR=0,53,11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.168026,-0.328505,-0.0506286;FXX=0.0336106;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=17.0261,12.3032,173.236;QD=33.5757;RBI=0.434901,0.854857,0.0545497;REFB=0.023584,0.0369809,0.0211805;REVB=0.401131,0.789218,-0.020308;RO=51;SAF=12,30,1;SAR=0,1,10;SRF=2;SRR=49;SSEN=0,0,0;SSEP=0.570681,0.570681,0;SSSB=0.880427,0.858978,0.264415;STB=0.5,0.506197,0.604233;STBP=1,0.465,0.132;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.10449,0.0384995;OID=.,.,.;OPOS=20067012,20067012,20067011;OREF=GG,G,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AG,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:60:114:115:51:3:12,31,11:0,98,14:0,0.852174,0.121739:0,1,10:12,30,1:2:49:0,53,11:0,45,3:2:1 chr13 20247226 . CGGT C,CG,CGT,CGTT 168.92 PASS AF=0,0.111111,0.888889,0;AO=2,3,7,6;DP=20;FAO=0,2,16,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,12,0;FSAR=0,1,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490775,0.181292,-0.0443116,-0.240282;FXX=0.09995;HRUN=2,2,2,2;LEN=3,2,1,1;MLLD=20.0928,13.1664,14.5064,11.7668;QD=37.5379;RBI=0.0955447,0.338118,0.047787,0.358399;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0819767,-0.285407,-0.0178907,0.265922;RO=0;SAF=0,0,6,6;SAR=2,3,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.0547561,0.00574187,-0.0205263;OID=.,.,.,.;OPOS=20247227,20247228,20247227,20247228;OREF=GGT,GT,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=C,CG,CGT,CGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.111111,0.888889,0:2,3,7,6:20:0,2,16,0:18:0:0,1,12,0:0,1,4,0:0:0:9:0:0,0,6,6:2,3,1,0:0:0 chr13 20277413 . T C 208.41 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0458844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.183;QD=11.4196;RBI=0.0460601;REFB=-0.0172151;REVB=0.00401985;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616927;STB=0.529389;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0274808;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:47:26:26:0.356164:11:15:24:22:11:15:25:22 chr13 20398669 . T C 536.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7408;QD=59.6492;RBI=0.0914163;REFB=0;REVB=0.028758;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214051;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr13 20398742 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.438;QD=57.6805;RBI=0.063376;REFB=0;REVB=-0.0157716;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00080657;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr13 20409777 . T C 254.32 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0540946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5854;QD=15.4136;RBI=0.0595214;REFB=-0.0161848;REVB=0.0248307;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432063;STB=0.524399;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0201614;OID=.;OPOS=20409777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:13:16:22:15:13:16:22:15 chr13 20716411 . C T 286.4 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00859663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.146;QD=24.3747;RBI=0.0381315;REFB=-0.0210248;REVB=0.0371499;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125985;STB=0.569979;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0111911;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:12:14:8:13:12:14:8:13 chr13 20716533 . G T 689.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3904;QD=61.2453;RBI=0.159949;REFB=0;REVB=0.0953776;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197529;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:45:0:0:40:45:1:20:20:0:0:24:21:0:0 chr13 21205192 . G A 740.57 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.56;QD=56.9672;RBI=0.0305448;REFB=0;REVB=-0.00224498;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96434e-05;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:18:33:0:0:18:34:0:0 chr13 21356650 . T A 2291.57 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162638;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.16;QD=60.3046;RBI=0.0350927;REFB=0;REVB=-0.0310964;RO=0;SAF=75;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117634;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:152:0:0:150:152:1:75:75:0:0:75:77:0:0 chr13 21555687 . C T 224.76 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0444584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.92;QD=13.0298;RBI=0.0451037;REFB=-0.0230519;REVB=0.00760265;RO=42;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109452;STB=0.562655;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0193307;OID=.;OPOS=21555687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:15:12:23:19:15:12:23:19 chr13 21562832 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.227;QD=55.0097;RBI=0.0254299;REFB=0.0899776;REVB=0.0224835;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000895314;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:1:0:10:22:1:0 chr13 21562948 . G A 279.71 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.013;QD=48.6446;RBI=0.0688303;REFB=-0.100487;REVB=0.0607801;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00241857;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr13 21612791 . G A 949.14 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026282;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.546;QD=59.3211;RBI=0.028013;REFB=0;REVB=0.00969474;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534909;OID=.;OPOS=21612791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr13 21620085 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.346;QD=63.872;RBI=0.0149246;REFB=0;REVB=0.011459;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46812e-05;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr13 21714920 . G A 106.28 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0142553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.519;QD=11.8087;RBI=0.014829;REFB=-0.0125267;REVB=-0.00408459;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103286;STB=0.561697;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0236307;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:16:7:3:10:16:7 chr13 21720956 . C T 218.94 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00191569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6605;QD=23.6695;RBI=0.00615762;REFB=0.0165695;REVB=-0.00585205;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14505;STB=0.580572;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00443748;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:12:4:9:12:12:4 chr13 21729252 . T C 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0157868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.534;QD=11.1764;RBI=0.0195792;REFB=-0.013329;REVB=0.0115812;RO=53;SAF=19;SAR=9;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157944;STB=0.592;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0223971;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:9:19:29:24:9:19:29:24 chr13 21729267 . G A 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0213148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.462;QD=11.5423;RBI=0.0214347;REFB=-0.00777419;REVB=-0.00226377;RO=51;SAF=19;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176026;STB=0.60223;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0120885;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:9:19:27:24:9:19:27:24 chr13 21732094 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.656;QD=61.2132;RBI=0.012463;REFB=0;REVB=-0.00955407;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6839e-06;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr13 21735998 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00574456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.538;QD=17.7158;RBI=0.0516699;REFB=-0.00203386;REVB=0.0513496;RO=42;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658428;STB=0.536914;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00255123;OID=.;OPOS=21735998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:26:11:15:27:26:11:15:27 chr13 21742311 . C T 410.52 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0244812;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0747;QD=12.6314;RBI=0.0406056;REFB=-0.00204701;REVB=-0.0323957;RO=79;SAF=28;SAR=20;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274619;STB=0.517234;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00347316;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:82:48:48:0.369231:20:28:48:31:20:28:50:32 chr13 21746600 . TG T 107.61 PASS AF=0.277778;AO=18;DP=56;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00271897;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.573;QD=7.97125;RBI=0.0117401;REFB=-0.0137645;REVB=0.0114209;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212;STB=0.651978;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.0186369;OID=.;OPOS=21746601;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:18:56:15:54:39:9:6:15:24:99:38:10:8:14:24 chr13 21750538 . G A 360.51 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00262499;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4586;QD=13.1094;RBI=0.103091;REFB=-0.0165915;REVB=0.103057;RO=66;SAF=24;SAR=19;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137032;STB=0.512815;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0282349;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:66:67:43:43:0.390909:19:24:36:30:19:24:36:31 chr13 21751528 . A AC 391.63 PASS AF=1;AO=36;DP=60;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.243;QD=28.4819;RBI=0.186937;REFB=0.0310648;REVB=0.181295;RO=18;SAF=12;SAR=24;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00508324;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:60:55:55:0:19:36:0:0:6:18:12:24:7:11 chr13 21752154 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.479;QD=57.2372;RBI=0.0102098;REFB=0;REVB=-0.0101542;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58294e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr13 21949267 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.004187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.579;QD=12.73;RBI=0.00973492;REFB=-0.000122987;REVB=0.0087885;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000298303;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr13 22275394 . A G 1421.81 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00742953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.713;QD=56.3093;RBI=0.0380235;REFB=-0.0546868;REVB=0.0372906;RO=3;SAF=39;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157302;STB=0.508298;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000872722;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:101:3:3:98:98:0.970297:59:39:2:1:59:39:2:1 chr13 22275583 . G A 1020.76 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.878;QD=59.1747;RBI=0.0481746;REFB=0;REVB=-0.0456427;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237044;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr13 22275925 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0155877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.398;QD=7.62912;RBI=0.0230823;REFB=-0.00380994;REVB=-0.017024;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881715;STB=0.555414;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00683201;OID=.;OPOS=22275925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:11:9:3:5:11:9 chr13 23251016 . CT C 150.12 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0037;QD=37.5291;RBI=0.0755519;REFB=0;REVB=-0.0338978;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00482646;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:16:16:0:8:8:0:0:3:0:7:8:0:0 chr13 23253313 . T A,C 683.9 PASS AF=0.0392157,0.941176;AO=2,46;DP=49;FAO=2,48;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=2,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183293,0.0378592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.9084,124.794;QD=53.6395;RBI=0.0493904,0.0511887;REFB=-0.0028801,-0.00463856;REVB=-0.0458634,0.0344523;RO=1;SAF=0,25;SAR=2,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0184352;STB=0.993266,0.509087;STBP=0.232,0.511;TYPE=snp,snp;VARB=0.15564,0.000798643;OID=.,.;OPOS=23253313,23253313;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:51:1:1:2,46:2,48:0.0392157,0.941176:2,21:0,25:1:0:2,21:0,27:1:0 chr13 23824783 . T G 402.46 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.041872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6293;QD=15.6295;RBI=0.0444041;REFB=-0.0281994;REVB=-0.0147802;RO=58;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219657;STB=0.623023;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0336397;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:18:27:22:36:18:27:22:36 chr13 23898509 . T C 1787.74 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.139;QD=60.092;RBI=0.0412184;REFB=-0.00891205;REVB=0.0338898;RO=1;SAF=68;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693398;STB=0.503649;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=2.85848e-05;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:50:68:1:0:50:68:1:0 chr13 23898664 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.943;QD=63.5824;RBI=0.0496158;REFB=0;REVB=-0.0199967;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61556e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr13 23905711 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.635;QD=55.655;RBI=0.0672795;REFB=0;REVB=0.0642136;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165042;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr13 23907677 . C T 1148.56 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.672;QD=60.4506;RBI=0.0142382;REFB=0;REVB=0.0128339;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.379e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:28:46:0:0:28:48:0:0 chr13 23907909 . A G 537.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000442203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.194;QD=59.7696;RBI=0.0127937;REFB=0;REVB=0.012786;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68085e-05;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr13 23909162 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.201;QD=52.6132;RBI=0.0168224;REFB=0;REVB=-0.0022673;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65675e-05;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr13 23911820 . A G 501.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9167;QD=58.9772;RBI=0.029761;REFB=0;REVB=-0.0232405;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083412;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr13 23985391 . T C 274.08 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0238514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.42;QD=15.2266;RBI=0.0273405;REFB=-0.0112151;REVB=0.0133646;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640877;STB=0.557604;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0160963;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:41:30:31:0.430556:15:15:17:22:15:16:17:24 chr13 24167505 . T A 271.9 PASS AF=0.321739;AO=35;DP=113;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00717754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.059;QD=9.45739;RBI=0.0235442;REFB=-0.0164578;REVB=-0.0224235;RO=78;SAF=22;SAR=13;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169234;STB=0.612065;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0410926;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:78:78:35:37:0.321739:13:22:38:40:13:24:38:40 chr13 24234517 . A G 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1004;QD=58.9598;RBI=0.0148422;REFB=0;REVB=-0.0147466;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106645;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr13 24243200 . T C,G 350.7 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323115,0.00554418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.8403,49.0112;QD=53.9547;RBI=0.0433317,0.0065549;REFB=0,0;REVB=0.043211,0.00349698;RO=0;SAF=14,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00740268,0.175651;OID=.,.;OPOS=24243200,24243200;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:10,2:14,0:0:0:10,2:14,0:0:0 chr13 24411772 . T C 1568.98 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.068;QD=64.04;RBI=0.0268438;REFB=0;REVB=0.0257097;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44813e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:56:41:0:0:57:41:0:0 chr13 24465717 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0117886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0095;QD=8.62779;RBI=0.0121897;REFB=-0.00060279;REVB=-0.00310117;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405087;STB=0.747225;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00188266;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:10:17:3:8:10:17 chr13 24465743 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4412;QD=55.0985;RBI=0.0198569;REFB=0;REVB=0.00977826;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039552;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr13 24468704 . G A 432.82 PASS AF=0.321839;AO=56;DP=174;FAO=56;FDP=174;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=0.0339186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1729;QD=9.94978;RBI=0.0507651;REFB=-0.00149897;REVB=0.0377706;RO=118;SAF=30;SAR=26;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01788;STB=0.510327;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00412819;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:118:118:56:56:0.321839:26:30:65:53:26:30:65:53 chr13 24468711 . G C 215.27 PASS AF=0.211765;AO=36;DP=169;FAO=36;FDP=170;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.00253787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.008;QD=5.06521;RBI=0.0125485;REFB=-0.00539597;REVB=-0.0122892;RO=132;SAF=17;SAR=19;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131411;STB=0.580203;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0191506;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:132:134:36:36:0.211765:19:17:76:56:19:17:77:57 chr13 24468763 . T C 89.05 PASS AF=0.138686;AO=19;DP=137;FAO=19;FDP=137;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00901616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.112;QD=2.60009;RBI=0.00901701;REFB=-0.00542904;REVB=0.000124267;RO=118;SAF=12;SAR=7;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114899;STB=0.579029;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0281615;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:137:137:118:118:19:19:0.138686:7:12:64:54:7:12:64:54 chr13 24471039 . T G 323.99 PASS AF=0.311111;AO=42;DP=135;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.00504726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.85;QD=9.59973;RBI=0.0249138;REFB=-0.000849097;REVB=-0.0243972;RO=92;SAF=26;SAR=16;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26473;STB=0.656675;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00226417;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:92:93:42:42:0.311111:16:26:36:56:16:26:36:57 chr13 24471048 . C T 328.43 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0120089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.507;QD=10.1838;RBI=0.0313833;REFB=-0.0059039;REVB=-0.0289948;RO=86;SAF=28;SAR=14;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300024;STB=0.670022;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00429002;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:86:87:42:42:0.325581:14:28:35:51:14:28:36:51 chr13 24876752 . T C 207.37 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00358096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.47;QD=24.3969;RBI=0.00396017;REFB=-0.0189964;REVB=0.00169104;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158894;STB=0.589191;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0173319;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:15:5:6:8:15:5:6:8 chr13 24890157 . C T 383.15 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00638756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.836;QD=15.3259;RBI=0.00773813;REFB=-0.0120349;REVB=-0.0043678;RO=59;SAF=22;SAR=18;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120033;STB=0.560775;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.018617;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:59:40:41:0.41:18:22:39:20:18:23:39:20 chr13 24890228 . A C 400.24 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0138597;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.318;QD=21.0653;RBI=0.0302242;REFB=0.00804618;REVB=-0.0268591;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776487;STB=0.542874;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00347067;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:18:22:23:13:18:22:23:13 chr13 24895437 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.596;QD=45.8068;RBI=0.0440688;REFB=0;REVB=0.0428772;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238227;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr13 24895559 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0132552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9478;QD=2.64353;RBI=0.0268378;REFB=-0.0114574;REVB=-0.023336;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.51017;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0293557;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:21:22:3:3:21:22 chr13 24895684 . A G 1061.53 PASS AF=0.883721;AO=76;DP=86;FAO=76;FDP=86;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0326552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2986;QD=49.3736;RBI=0.0436027;REFB=-0.102868;REVB=0.0288936;RO=10;SAF=36;SAR=40;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049555;STB=0.526309;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0133925;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:86:86:10:10:76:76:0.883721:40:36:7:3:40:36:7:3 chr13 25000617 . C G 209.02 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0175599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.548;QD=13.7065;RBI=0.0194059;REFB=-0.0115471;REVB=-0.00826069;RO=36;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.57948;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0123498;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:8:16:20:16:8:17:20:16 chr13 25008588 . A G 936.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.735;QD=58.5397;RBI=0.0505385;REFB=0;REVB=0.0273202;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423228;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr13 25008630 . A G 1265.91 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373524;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.784;QD=61.7515;RBI=0.0538604;REFB=0;REVB=0.0388039;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221069;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:79:82:1:38:41:0:0:40:42:0:0 chr13 25008903 . G T 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.211;QD=63.8584;RBI=0.0600391;REFB=0;REVB=0.00982688;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020967;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr13 25009099 . A C 389.58 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2039;QD=55.6546;RBI=0.113489;REFB=0;REVB=-0.112756;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170108;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr13 25009297 . G T 227.43 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0134757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.4316;QD=21.6595;RBI=0.0253215;REFB=-0.0216299;REVB=0.0214379;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783987;STB=0.544012;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0224607;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:10:10:9:13:10:10 chr13 25009441 . C G 194.68 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00503881;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.71;QD=10.2461;RBI=0.00656849;REFB=-0.00700528;REVB=-0.00421372;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218133;STB=0.627681;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0216516;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:28:23:16:9:28:23 chr13 25009485 . C G 99.74 PASS AF=0.26;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.101478;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0582;QD=7.9792;RBI=0.107079;REFB=-0.000768217;REVB=0.0341795;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126468;STB=0.577863;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00433604;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:37:37:13:13:0.26:7:6:21:16:7:6:21:16 chr13 25016008 . C T 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00701787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.694;QD=15.0113;RBI=0.0076624;REFB=-0.00316782;REVB=-0.00307601;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999768;STB=0.556596;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00437998;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:21:16:28:25:21:16:28:25 chr13 25016092 . C T 134.62 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00965595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9702;QD=9.61596;RBI=0.0289121;REFB=-0.0200957;REVB=-0.027252;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905113;STB=0.553513;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0411074;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:22:16:9:9:22:16 chr13 25016762 . G A 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0105783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.374;QD=1.97291;RBI=0.0143692;REFB=-0.000688543;REVB=-0.00972493;RO=79;SAF=7;SAR=3;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207535;STB=0.655417;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00492593;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:79:79:10:10:0.11236:3:7:42:37:3:7:42:37 chr13 25020863 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.182;QD=63.2867;RBI=0.0175548;REFB=0;REVB=0.00368088;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08167e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr13 25021200 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.095;QD=49.5991;RBI=0.0354635;REFB=0;REVB=-0.00083702;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137889;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr13 25021211 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.605;QD=49.5971;RBI=0.0612697;REFB=0;REVB=0.020985;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681093;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr13 25021245 . A G 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.040741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9334;QD=43.6826;RBI=0.0418695;REFB=-0.0458662;REVB=-0.00965538;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766752;STB=0.541626;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00429412;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:0:2:11:9:0:2 chr13 25027744 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.79;QD=58.9617;RBI=0.0214771;REFB=0;REVB=0.0160773;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119958;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr13 25029218 . C T 275.18 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.028035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0322;QD=15.7244;RBI=0.0388595;REFB=-0.0181409;REVB=-0.0269091;RO=39;SAF=7;SAR=24;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447861;STB=0.7534;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023621;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:24:7:26:13:24:7:26:13 chr13 25029295 . C T 271.26 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00138755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.831;QD=23.588;RBI=0.0152402;REFB=0.00204119;REVB=0.0151769;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394464;STB=0.719824;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000724011;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:7:18:5:16:7:18:5:16 chr13 25049676 . G A 537.65 PASS AF=0.54;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0196105;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4757;QD=21.5061;RBI=0.0512699;REFB=-0.0182643;REVB=0.0473712;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400243;STB=0.525717;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0199385;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:46:53:54:0.54:24:29:23:23:24:30:23:23 chr13 25052261 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0105106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.009;QD=10.1856;RBI=0.0657438;REFB=-0.00661086;REVB=-0.0648982;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207397;STB=0.623498;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.018514;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:22:12:8:7:22:12 chr13 25075859 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00653994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.395;QD=15.3563;RBI=0.0102391;REFB=-0.0135315;REVB=0.0078783;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137201;STB=0.577418;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0152647;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:18:15:26:18:18:15:26:18 chr13 25272870 . C T 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0456909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6059;QD=16.6323;RBI=0.0483949;REFB=0.018674;REVB=-0.0159503;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255494;STB=0.642783;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0260958;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:21:16:32:14:21:16:32:14 chr13 25277795 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0220617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.501;QD=8.73785;RBI=0.0309754;REFB=-0.0110629;REVB=0.021743;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23176;STB=0.639722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0289063;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:15:5:4:5:15:5 chr13 25356053 . T C 168.78 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.025254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7472;QD=10.3866;RBI=0.0252706;REFB=0.00440224;REVB=0.000915023;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680723;STB=0.539737;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00563729;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:26:17:10:12:26:17 chr13 25367324 . TC AT 149.62 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00317632;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=111.958;QD=11.9692;RBI=0.0339845;REFB=0.0016698;REVB=-0.0338357;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249125;STB=0.646886;STBP=0.138;TYPE=mnp;VARB=-0.00249205;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:6:11:14:19:6:11:14:19 chr13 25419176 . A G 1047.72 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4028;QD=58.2068;RBI=0.0280024;REFB=-0.1421;REVB=0.0260694;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000776168;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:0:1:38:33:0:1 chr13 25424583 . T C 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0141377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.271;QD=17.0637;RBI=0.0143045;REFB=-0.0134382;REVB=0.00217851;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117192;STB=0.56592;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0126523;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:16:15:17:11:16:15 chr13 25428002 . C A 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00564028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1479;QD=24.0241;RBI=0.0359735;REFB=0.0135704;REVB=0.0355286;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15589;STB=0.588103;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00601815;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:4:4:10:4:4:4 chr13 25453420 . A G 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00674113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.632;QD=15.2539;RBI=0.0135018;REFB=-0.0175023;REVB=-0.0116985;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139706;STB=0.580564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0207681;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:14:16:8:12:14:16 chr13 25460428 . A G 835.33 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.972;QD=53.8922;RBI=0.021818;REFB=-0.0477928;REVB=0.00751555;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23744e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:0:0:58:62:1:30:28:0:0:34:28:0:0 chr13 25480145 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0319057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.751;QD=24.3901;RBI=0.0319617;REFB=0.00976401;REVB=-0.00189165;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00610196;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:6:8:13:7:6:8 chr13 25487096 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00895103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.496;QD=14.6164;RBI=0.00914021;REFB=-0.00570417;REVB=0.00184997;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910743;STB=0.551534;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00941558;OID=.;OPOS=25487096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:13:25:16:12:13:25 chr13 25487103 . T A 209.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.020042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.27;QD=13.7258;RBI=0.0253777;REFB=-0.000677716;REVB=-0.0155674;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124058;STB=0.570619;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000389716;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:13:23:13:12:13:23 chr13 25525544 . T C 536.34 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0056447;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.627;QD=15.7748;RBI=0.00598369;REFB=-0.00625574;REVB=0.00198542;RO=79;SAF=39;SAR=19;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254162;STB=0.639129;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00712244;OID=.;OPOS=25525544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:79:78:58:58:0.426471:19:39:34:45:19:39:34:44 chr13 25670851 . A G 56.76 PASS AF=0.0963855;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=166;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=96;FWDB=-0.000147724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.273;QD=1.36775;RBI=0.0182045;REFB=0.00167917;REVB=-0.0182039;RO=149;SAF=9;SAR=7;SRF=54;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237685;STB=0.677429;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00580556;OID=.;OPOS=25670851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:165:166:149:150:16:16:0.0963855:7:9:54:95:7:9:54:96 chr13 25670868 . G A 48.03 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=158;FAO=15;FDP=160;FR=.;FRO=145;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.0138211;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.014;QD=1.20086;RBI=0.0179899;REFB=-0.00316401;REVB=-0.0115158;RO=146;SAF=7;SAR=5;SRF=59;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197633;STB=0.61321;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0383168;OID=.;OPOS=25670868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:158:160:146:145:12:15:0.09375:5:7:59:87:7:8:59:86 chr13 25670873 . A G 59.14 PASS AF=0.1;AO=16;DP=161;FAO=16;FDP=160;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=0.0014074;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.222;QD=1.47855;RBI=0.00255551;REFB=-0.00293819;REVB=-0.00213304;RO=144;SAF=9;SAR=7;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165197;STB=0.622928;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0111326;OID=.;OPOS=25670873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:161:160:144:144:16:16:0.1:7:9:61:83:7:9:61:83 chr13 25670877 . G A 65.3 PASS AF=0.107595;AO=16;DP=156;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=80;FWDB=0.00441094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4377;QD=1.65304;RBI=0.0248118;REFB=-0.00397727;REVB=0.0244165;RO=139;SAF=8;SAR=8;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826009;STB=0.5857;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00865874;OID=.;OPOS=25670877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:156:158:139:141:16:17:0.107595:8:8:60:79:8:9:61:80 chr13 25670907 . C A 45.46 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=78;FWDB=-0.0017999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.876;QD=1.10879;RBI=0.00217625;REFB=0.000398806;REVB=-0.00122328;RO=150;SAF=7;SAR=7;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230088;STB=0.518267;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00442492;OID=.;OPOS=25670907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:164:164:150:150:14:14:0.0853659:7:7:72:78:7:7:72:78 chr13 25670919 . A G 49.3 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=170;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.000773725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.448;QD=1.15996;RBI=0.00392068;REFB=-0.00141935;REVB=-0.00384358;RO=154;SAF=7;SAR=8;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858947;STB=0.503932;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0100916;OID=.;OPOS=25670919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:170:170:154:155:15:15:0.0882353:8:7:73:81:8:7:73:82 chr13 25670953 . G A 39.49 PASS AF=0.0787879;AO=13;DP=165;FAO=13;FDP=165;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=-0.0187391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6747;QD=0.957448;RBI=0.0188731;REFB=-0.000201095;REVB=-0.00224492;RO=150;SAF=8;SAR=5;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195789;STB=0.657299;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00221291;OID=.;OPOS=25670953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:165:165:150:152:13:13:0.0787879:5:8:66:84:5:8:67:85 chr13 25670955 . C T 39.48 PASS AF=0.0787879;AO=13;DP=166;FAO=13;FDP=165;FR=.;FRO=152;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=85;FWDB=-0.0127144;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1388;QD=0.957007;RBI=0.0324222;REFB=0.000472281;REVB=-0.0298252;RO=151;SAF=8;SAR=5;SRF=66;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198656;STB=0.657299;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00873255;OID=.;OPOS=25670955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:166:165:151:152:13:13:0.0787879:5:8:66:85:5:8:67:85 chr13 25671008 . C T 39.05 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0265557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.147;QD=1.47368;RBI=0.0354649;REFB=-0.0038066;REVB=-0.0235065;RO=96;SAF=3;SAR=7;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155648;STB=0.623225;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0273663;OID=.;OPOS=25671008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:96:96:10:10:0.0943396:7:3:41:55:7:3:41:55 chr13 25671062 . A G 53.63 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00413589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7303;QD=3.90033;RBI=0.0125393;REFB=-0.00514958;REVB=-0.0118376;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416071;STB=0.528392;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0450772;OID=.;OPOS=25671062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:46:46:9:9:0.163636:5:4:22:24:5:4:22:24 chr13 25671080 . A G 57.47 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.012509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.831;QD=4.50749;RBI=0.0126711;REFB=-0.00392407;REVB=-0.00202033;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496707;STB=0.53326;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0115175;OID=.;OPOS=25671080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:5:4:17:25:5:4:17:25 chr13 25671089 . G T 58.31 PASS AF=0.18;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0315206;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.976;QD=4.66449;RBI=0.0380392;REFB=0.0044185;REVB=0.0212939;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197391;STB=0.524832;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0165754;OID=.;OPOS=25671089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:51:50:42:41:9:9:0.18:5:4:18:24:5:4:17:24 chr13 25671097 . A AT 58.83 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.019579;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.776;QD=5.11602;RBI=0.0632259;REFB=-0.00082713;REVB=-0.060118;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694068;STB=0.554337;STBP=0.788;TYPE=ins;VARB=0.00620653;OID=.;OPOS=25671098;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:9:47:9:46:37:4:5:14:23:58:36:4:5:14:22 chr13 25671122 . C T 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.013676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.043;QD=3.56275;RBI=0.0217024;REFB=-0.00897751;REVB=-0.0168512;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094744;STB=0.565876;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0085489;OID=.;OPOS=25671122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:4:4:19:26:4:4:19:26 chr13 25671172 . C A 35.49 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0204825;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.666;QD=1.86809;RBI=0.0282243;REFB=-0.00115021;REVB=-0.0194185;RO=71;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201025;STB=0.673451;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.017713;OID=.;OPOS=25671172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:80:76:71:68:8:8:0.105263:6:2:29:42:6:2:29:39 chr13 25671200 . C T 97.67 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0201087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.268;QD=3.31089;RBI=0.0259841;REFB=-0.00221462;REVB=-0.0164564;RO=99;SAF=7;SAR=12;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19859;STB=0.631441;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0088559;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:99:99:19:19:0.161017:12:7:52:47:12:7:52:47 chr13 25671206 . A G 139.78 PASS AF=0.181159;AO=25;DP=138;FAO=25;FDP=138;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00162241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.285;QD=4.05165;RBI=0.00677169;REFB=0.0022038;REVB=0.00657447;RO=113;SAF=10;SAR=15;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133866;STB=0.585937;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00560006;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:113:113:25:25:0.181159:15:10:57:56:15:10:57:56 chr13 25671210 . C T 158.51 PASS AF=0.195652;AO=27;DP=138;FAO=27;FDP=138;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.0010225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.674;QD=4.59436;RBI=0.011726;REFB=0.000151645;REVB=-0.0116814;RO=110;SAF=10;SAR=17;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155763;STB=0.602103;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000820129;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:110:111:27:27:0.195652:17:10:54:56:17:10:55:56 chr13 25671214 . T G 154.49 PASS AF=0.184932;AO=26;DP=145;FAO=27;FDP=146;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0213375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8759;QD=4.2325;RBI=0.0545981;REFB=-0.00369045;REVB=-0.050256;RO=119;SAF=10;SAR=16;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13289;STB=0.597035;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.014943;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:119:119:26:27:0.184932:16:10:58:61:17:10:58:61 chr13 25671271 . A G 455.08 PASS AF=0.268908;AO=64;DP=237;FAO=64;FDP=238;FR=.;FRO=174;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=-0.00322679;FXX=0.00833299;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.324;QD=7.64831;RBI=0.0189274;REFB=-0.00947587;REVB=-0.0186503;RO=173;SAF=29;SAR=35;SRF=84;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402385;STB=0.521761;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0296283;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:173:174:64:64:0.268908:35:29:84:89:35:29:84:90 chr13 25671274 . C T 454.43 PASS AF=0.266667;AO=63;DP=242;FAO=64;FDP=240;FR=.;FRO=176;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=84;FSRR=92;FWDB=-0.00258631;FXX=0.0163928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.368;QD=7.57381;RBI=0.0114895;REFB=-0.000108838;REVB=-0.0111947;RO=175;SAF=29;SAR=34;SRF=83;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174165;STB=0.506268;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000317302;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:175:176:63:64:0.266667:34:29:83:92:34:30:84:92 chr13 25671292 . C T 568.78 PASS AF=0.292135;AO=78;DP=268;FAO=78;FDP=267;FR=.;FRO=189;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=-0.022204;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1418;QD=8.52107;RBI=0.0558334;REFB=-0.0137445;REVB=-0.0512284;RO=187;SAF=35;SAR=43;SRF=96;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784032;STB=0.545705;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0537575;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:187:189:78:78:0.292135:43:35:96:91:43:35:97:92 chr13 25671310 . TTATGA T 294.46 PASS AF=0.269373;AO=70;DP=274;FAO=73;FDP=271;FR=.;FRO=198;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=102;FSRR=96;FWDB=0.00112554;FXX=0.0181153;HRUN=2;LEN=5;MLLD=311.269;QD=4.34619;RBI=0.00493909;REFB=-0.0123453;REVB=-0.00480914;RO=196;SAF=34;SAR=36;SRF=100;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304647;STB=0.526064;STBP=0.59;TYPE=del;VARB=0.0302012;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269373:70:274:73:271:198:35:38:102:96:99:196:34:36:100:96 chr13 25671320 . A G 551.77 PASS AF=0.271777;AO=77;DP=286;FAO=78;FDP=287;FR=.;FRO=209;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=109;FSRR=100;FWDB=0.0103404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.307;QD=7.6902;RBI=0.0493321;REFB=-0.026224;REVB=-0.0482362;RO=204;SAF=37;SAR=40;SRF=107;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542482;STB=0.534312;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0648713;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:204:209:77:78:0.271777:40:37:107:97:41:37:109:100 chr13 25671332 . CA C 230.8 PASS AF=0.245421;AO=66;DP=280;FAO=67;FDP=273;FR=.;FRO=206;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=108;FSRR=98;FWDB=0.0212994;FXX=0.0249991;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.8134;QD=3.38167;RBI=0.041157;REFB=0.0199327;REVB=0.0352169;RO=200;SAF=35;SAR=31;SRF=104;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129923;STB=0.501424;STBP=0.976;TYPE=del;VARB=-0.0485916;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245421:66:280:67:273:206:35:32:108:98:99:200:35:31:104:96 chr13 25671369 . G T 412.99 PASS AF=0.240602;AO=64;DP=266;FAO=64;FDP=266;FR=.;FRO=202;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=103;FSRR=99;FWDB=-0.0133038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8864;QD=6.21032;RBI=0.0201589;REFB=-0.000140328;REVB=-0.0151457;RO=196;SAF=33;SAR=31;SRF=100;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068299;STB=0.504349;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000245957;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:196:202:64:64:0.240602:31:33:100:96:31:33:103:99 chr13 25671398 . C T 274.1 PASS AF=0.211982;AO=46;DP=217;FAO=46;FDP=217;FR=.;FRO=171;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=93;FSRR=78;FWDB=-0.00914474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.522;QD=5.05249;RBI=0.00957111;REFB=-0.00730272;REVB=0.00282484;RO=168;SAF=20;SAR=26;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136013;STB=0.585455;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0249142;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:168:171:46:46:0.211982:26:20:91:77:26:20:93:78 chr13 25671429 . G T 75.13 PASS AF=0.116129;AO=18;DP=156;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=0.000446251;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.116;QD=1.93878;RBI=0.0139897;REFB=-0.0041321;REVB=-0.0139826;RO=133;SAF=7;SAR=11;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16024;STB=0.620138;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0219653;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:156:155:133:137:18:18:0.116129:11:7:69:64:11:7:72:65 chr13 25671679 . T C 32.2 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.000845251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.315;QD=1.51537;RBI=0.0255698;REFB=-0.00188122;REVB=0.0255558;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10705;STB=0.59677;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0141385;OID=.;OPOS=25671679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:75:77:8:8:0.0941176:3:5:40:35:3:5:40:37 chr13 25671688 . G C 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0214892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.205;QD=1.57976;RBI=0.0250302;REFB=-0.00244843;REVB=-0.0128346;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136832;STB=0.607631;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0135059;OID=.;OPOS=25671688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:3:5:38:37:3:5:38:37 chr13 25671699 . GT CC 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00642701;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.839;QD=1.45428;RBI=0.0148005;REFB=-0.00274536;REVB=-0.0133322;RO=78;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129043;STB=0.597421;STBP=0.632;TYPE=mnp;VARB=0.022499;OID=.;OPOS=25671699;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:78:79:8:8:0.091954:3:5:40:38:3:5:41:38 chr13 25802676 . A G 246.65 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0260541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.79;QD=15.9129;RBI=0.026208;REFB=-0.0171067;REVB=0.0028361;RO=33;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903669;STB=0.559957;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0201897;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:11:17:17:16:11:17:17:17 chr13 25825889 . T C 1310.4 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240572;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0185;QD=62.4;RBI=0.0291439;REFB=0;REVB=-0.0164504;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856568;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr13 25831888 . T C 1692.05 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00201605;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.983;QD=57.8478;RBI=0.0294946;REFB=-0.123677;REVB=-0.0294256;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.518069;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00115008;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:117:0:3:114:114:0.974359:40:74:0:0:40:74:0:3 chr13 25876011 . G A 454.82 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0212128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.736;QD=13.7823;RBI=0.0212307;REFB=0.000578616;REVB=0.000870557;RO=79;SAF=14;SAR=37;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174608;STB=0.600094;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000743921;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:80:51:52:0.393939:37:14:33:46:38:14:33:47 chr13 26091358 . GT AT,TG 187.39 PASS AF=0.44186,0;AO=17,2;DP=45;FAO=19,0;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=12,0;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.021977,-0.119871;FXX=0.0850883;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.812,28.8988;QD=17.4313;RBI=0.0409964,0.169004;REFB=-0.0415853,0.02997;REVB=-0.0346081,-0.119135;RO=21;SAF=6,1;SAR=11,1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.020831,0.167057;STB=0.503933,0.5;STBP=0.971,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0392503,0;OID=.,.;OPOS=26091358,26091358;OREF=G,GT;OALT=A,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:21:24:17,2:19,0:0.44186,0:11,1:6,1:7:14:12,0:7,0:9:15 chr13 26273385 . G C 1032.74 PASS AF=0.972603;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.234;QD=56.5887;RBI=0.0378296;REFB=-0.124471;REVB=-0.0245772;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027272;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00334962;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:73:2:2:69:71:0.972603:38:31:1:1:40:31:1:1 chr13 26518714 . A T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00148423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.861;QD=24.0299;RBI=0.01092;REFB=-0.00246978;REVB=0.0108187;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00228647;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:2:7:8:7:2:7 chr13 26518724 . A G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0312524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.741;QD=25.2873;RBI=0.0468348;REFB=0.00139353;REVB=-0.0348825;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179467;STB=0.59988;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00123665;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:2:7:8:8:2:7 chr13 26518853 . G T 50.51 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00446366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.972;QD=16.8375;RBI=0.0117481;REFB=-0.018467;REVB=0.0108671;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0131689;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:12:4:5:7:7:0.583333:3:4:1:3:3:4:2:3 chr13 26620777 . G A 407.3 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0370646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.85;QD=22.9465;RBI=0.0395419;REFB=-0.0271766;REVB=-0.0137762;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157104;STB=0.586066;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0211463;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:18:22:23:8:18:22:23:8 chr13 26620924 . G A 350.82 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00815212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.423;QD=15.4206;RBI=0.0216513;REFB=-0.00678046;REVB=0.020058;RO=53;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641741;STB=0.536255;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00786301;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:21:17:27:26:21:17:27:26 chr13 26620978 . G T 214.45 PASS AF=0.355263;AO=25;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0523847;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7317;QD=11.2869;RBI=0.0556049;REFB=-0.0206797;REVB=-0.018648;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561979;STB=0.500504;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422754;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:49:25:27:0.355263:11:14:31:20:11:16:29:20 chr13 27250823 . T C 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0249378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.098;QD=21.3778;RBI=0.02622;REFB=-0.00357989;REVB=0.00809901;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13598;STB=0.576403;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00350139;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:10:12:9:14:10:12 chr13 27257004 . C T 180.66 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00547243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.434;QD=11.6552;RBI=0.00554669;REFB=-0.018887;REVB=0.000904593;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14267;STB=0.593139;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0312551;OID=.;OPOS=27257004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:13:9:21:18:14:9:21:18 chr13 27976692 . C T 179.39 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0534643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.894;QD=22.4239;RBI=0.0534645;REFB=-0.0356688;REVB=0.000120633;RO=14;SAF=1;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507318;STB=0.796422;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0166197;OID=.;OPOS=27976692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:17:1:5:9:17:1:5:9 chr13 28009031 . G C 320.16 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00453607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.285;QD=13.624;RBI=0.0180133;REFB=-0.0100954;REVB=0.0174328;RO=58;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349016;STB=0.519916;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0189912;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:21:15:26:32:21:15:26:32 chr13 28009920 . G C 949.47 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153577;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.001;QD=59.3417;RBI=0.00242001;REFB=0;REVB=-0.00187026;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051391;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:23:40:0:0:23:41:0:0 chr13 28143229 . A G 235.4 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0672906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3447;QD=13.2619;RBI=0.0706637;REFB=0.00123624;REVB=-0.0215715;RO=41;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899385;STB=0.554101;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00457107;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:41:43:28:28:0.394366:18:10:18:23:18:10:19:24 chr13 28240945 . C T 169.92 PASS AF=0.396226;AO=15;DP=48;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.013809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.766;QD=12.8243;RBI=0.0250881;REFB=-0.0169478;REVB=-0.0209458;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023831;STB=0.562103;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0154975;OID=.;OPOS=28240945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:32:32:15:21:0.396226:8:7:15:17:9:12:15:17 chr13 28537242 . A C 142.84 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0203575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9464;QD=10.7803;RBI=0.127866;REFB=-0.00624777;REVB=-0.126235;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51427;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0199987;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:18:18:0.339623:6:12:22:11:6:12:24:11 chr13 28537317 . G A 123.73 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00809965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.92;QD=10.1006;RBI=0.021415;REFB=-0.0176864;REVB=-0.0198242;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454737;STB=0.502729;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0394397;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:18:16:7:8:18:16 chr13 28562605 . T G 319.71 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00503625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.909;QD=18.5339;RBI=0.0388993;REFB=-0.0194312;REVB=-0.0385719;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268987;STB=0.643833;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0146155;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:11:23:13:21:11:23:14:21 chr13 28610183 . A G 716.1 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.261;QD=55.0848;RBI=0.0198654;REFB=-0.064595;REVB=0.0117759;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279031;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr13 28624294 . G A 1276.65 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.053094;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.294;QD=60.7927;RBI=0.0536673;REFB=-0.047197;REVB=0.00782339;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=4.82418e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr13 28636084 . G A 825.77 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00744117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.48;QD=54.1486;RBI=0.00747005;REFB=-0.154574;REVB=0.000656214;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523801;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000134258;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:0:2:59:59:0.967213:20:39:0:0:20:39:0:2 chr13 28835527 . T C,TC 2576.51 PASS AF=0.035503,0.964497;AO=10,156;DP=177;FAO=6,163;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=6,95;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021704,0.00816693;FXX=0.0342838;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=221.347,242.843;QD=60.9825;RBI=0.0108045,0.0117379;REFB=0,0;REVB=-0.0105843,-0.00843085;RO=9;SAF=9,91;SAR=1,65;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.510683,0.0147555;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0163304,-0.000656715;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:177:169:9:0:10,156:6,163:0.035503,0.964497:1,65:9,91:4:5:0,68:6,95:0:0 chr13 28883061 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.42;QD=55.0977;RBI=0.0179473;REFB=0;REVB=0.00454855;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6789e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr13 28970917 . C T 198.13 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0306985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4978;QD=44.0291;RBI=0.0433294;REFB=-0.0318881;REVB=-0.0305785;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0232903;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr13 29274977 . T TA 407.48 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.170353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2643;QD=34.6787;RBI=0.178204;REFB=-0.00847386;REVB=-0.0523096;RO=3;SAF=20;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00571548;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:49:47:47:0:25:22:0:0:7:3:20:19:3:0 chr13 29275102 . T C 508.17 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261821;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.155;QD=59.7845;RBI=0.0473076;REFB=0;REVB=-0.0394019;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155822;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr13 29275129 . C T 456.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.587;QD=57.0021;RBI=0.019626;REFB=0;REVB=0.0109487;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354329;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr13 29898768 . A C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.634;QD=55.653;RBI=0.021771;REFB=0;REVB=-0.00629483;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185483;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr13 30084173 . G A,T 1150.98 PASS AF=0.961039,0.038961;AO=74,3;DP=77;FAO=74,3;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=26,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428341,0.0256618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.436,139.543;QD=59.7911;RBI=0.0448912,0.0312315;REFB=0,0;REVB=0.0134336,0.0178011;RO=0;SAF=48,0;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.16077e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00262454,0.0584333;OID=.,.;OPOS=30084173,30084173;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:77:77:0:0:74,3:74,3:0.961039,0.038961:26,3:48,0:0:0:26,3:48,0:0:0 chr13 30087768 . C T 255.93 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0507016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4927;QD=22.7495;RBI=0.0552863;REFB=-0.0413758;REVB=-0.0220435;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129319;STB=0.572568;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0393116;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:12:9:7:17:12:9 chr13 30087778 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.479;QD=62.9826;RBI=0.03852;REFB=0;REVB=0.0304166;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66972e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr13 30091714 . G A 1255.61 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158182;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.286;QD=60.5114;RBI=0.023861;REFB=0.00736622;REVB=0.0178642;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00019163;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:82:82:0.987952:38:44:0:0:38:44:1:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 1837.89 PASS AF=0.03125,0.203125,0.765625;AO=23,19,85;DP=130;FAO=4,26,98;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=4,26,25;FSAR=0,0,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455364,0.111106,0.0976098;FXX=0.00775134;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=187.97,199.904,211.79;QD=57.434;RBI=0.0457124,0.111224,0.0977108;REFB=0,0,0;REVB=0.00400722,0.00511118,0.00444124;RO=0;SAF=23,19,12;SAR=0,0,73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.9502e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0788785,-0.00119646,0.00494343;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.03125,0.203125,0.765625:23,19,85:130:4,26,98:128:0:4,26,25:0,0,73:0:0:53:0:23,19,12:0,0,73:0:0 chr13 30107067 . G C 1603.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.447;QD=59.9407;RBI=0.0272006;REFB=0;REVB=0.0254212;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58128e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:50:54:0:0:53:54:0:0 chr13 30438728 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.847;QD=43.4855;RBI=0.0360558;REFB=0;REVB=0.0044354;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00066942;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr13 31036681 . A G 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.718;QD=60.599;RBI=0.0291918;REFB=0;REVB=0.00145592;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94601e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr13 31211922 . A G 87.39 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00222393;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.104;QD=11.6515;RBI=0.00867121;REFB=-0.0104797;REVB=0.00838117;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.610583;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0214418;OID=.;OPOS=31211922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:7:12:5:6:7:12 chr13 31287979 . G GTA 222.59 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0265323;FXX=0.0806322;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.277;QD=15.62;RBI=0.0350509;REFB=-0.0570896;REVB=0.0229043;RO=50;SAF=14;SAR=10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438646;STB=0.516299;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=0.0657968;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:24:76:25:57:32:14:11:17:15:99:50:14:10:31:19 chr13 31480827 . A G 61.54 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3197;QD=35.1639;RBI=0.116149;REFB=0;REVB=0.0927021;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501567;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr13 31728703 . T C 241.5 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0111913;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.867;QD=20.9997;RBI=0.0201057;REFB=-0.0194769;REVB=0.0167031;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212546;STB=0.607385;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0196528;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:23:23:0.5:13:10:15:7:13:10:15:8 chr13 31821240 . C T 1098.68 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0865;QD=60.2017;RBI=0.0362203;REFB=0;REVB=0.00992756;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254219;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr13 31821992 . T C 1043.84 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209723;FXX=0.0394685;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.27;QD=57.1966;RBI=0.0213414;REFB=-0.0669043;REVB=-0.00395203;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000988914;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:73:1:1:69:72:0.986301:32:37:0:1:32:40:0:1 chr13 31891746 . G A 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2163;QD=61.5283;RBI=0.0231987;REFB=0;REVB=0.0213616;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34051e-05;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr13 32335880 . G A 199.73 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00353972;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9535;QD=15.0742;RBI=0.0103368;REFB=-0.00960431;REVB=0.00971182;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.628924;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0155145;OID=.;OPOS=32335880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:33:30:23:23:0.433962:13:10:20:13:13:10:20:10 chr13 32360547 . A G 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00473163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.168;QD=18.7852;RBI=0.00498617;REFB=-0.00580226;REVB=0.00157275;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027316;STB=0.515226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00616052;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:18:15:16:17:18:15:16:17 chr13 32376718 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0404567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7308;QD=20.3162;RBI=0.0614337;REFB=-0.00811757;REVB=0.0462315;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205733;STB=0.511616;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0102404;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:8:10:11:8:8:10 chr13 32660137 . T G 309.64 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0122546;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.53;QD=15.879;RBI=0.0122854;REFB=-0.00110747;REVB=0.00086944;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753192;STB=0.547917;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0013281;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:44:34:34:0.435897:16:18:26:17:16:18:27:17 chr13 32676096 . C T 729.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.027;QD=57.1806;RBI=0.0216059;REFB=0;REVB=0.0200143;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57724e-05;OID=.;OPOS=32676096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:20:27:0:0:22:29:0:0 chr13 32776153 . T C 737.03 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8334;QD=56.6947;RBI=0.0514448;REFB=0;REVB=0.0242399;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723462;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr13 32776616 . T A 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.598;QD=62.6128;RBI=0.0251957;REFB=0;REVB=0.0148541;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91033e-05;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr13 32832149 . T C 377.99 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00652891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.096;QD=18.8996;RBI=0.0644272;REFB=-0.00575626;REVB=0.0640956;RO=41;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05;STB=0.527854;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00602169;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:23:16:19:22:23:16:19:22 chr13 32885654 . T C 613.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9906;QD=61.3205;RBI=0.0619128;REFB=0;REVB=-9.16575e-05;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346893;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr13 32911888 . A G 482.74 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.48;QD=58.5143;RBI=0.0186104;REFB=0;REVB=0.0140434;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50892e-06;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr13 32913055 . A G 1733.57 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00523902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6657;QD=59.7781;RBI=0.00553729;REFB=-0.0718128;REVB=0.00179282;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-5.91901e-05;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:55:60:0:0:55:60:0:1 chr13 32915005 . G C 708.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9881;QD=62.9661;RBI=0.0176612;REFB=0;REVB=0.00998644;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53351e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr13 32929232 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5212;QD=60.6095;RBI=0.0977771;REFB=0;REVB=0.0400942;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220846;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr13 32929387 . T C 74.92 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.809;QD=37.4585;RBI=0.0284689;REFB=0;REVB=-0.027885;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000827207;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr13 32976608 . A G 2274.39 PASS AF=0.993421;AO=113;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0721581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.042;QD=59.8523;RBI=0.0725038;REFB=-0.12063;REVB=0.00707138;RO=1;SAF=69;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683231;STB=0.50303;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000252286;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:113:151:0.993421:44:69:1:0:69:82:1:0 chr13 32976645 . T A 781.58 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00625119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.689;QD=49.6242;RBI=0.00841596;REFB=-0.00400935;REVB=-0.0056348;RO=5;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567395;STB=0.53011;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000784766;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:39:19:0:5:39:19:0:5 chr13 32976648 . G C 834.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101325;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7173;QD=57.5659;RBI=0.0114287;REFB=0;REVB=0.00528669;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115506;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:36:19:0:0:39:19:0:0 chr13 32981142 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9312;QD=57.1971;RBI=0.0397315;REFB=0;REVB=0.0285486;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956463;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr13 32981279 . T A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.177;QD=63.8708;RBI=0.00396435;REFB=0;REVB=0.00141492;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10141e-05;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr13 33349538 . T C 660.62 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0649298;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.707;QD=18.6091;RBI=0.0693079;REFB=0.000688813;REVB=0.0242426;RO=75;SAF=37;SAR=30;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309417;STB=0.517149;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.000103738;OID=.;OPOS=33349538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:30:37:39:36:30:37:39:36 chr13 33590851 . T C 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047986;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.78;QD=63.884;RBI=0.0120957;REFB=0;REVB=-0.0111031;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45317e-05;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr13 33634983 . C T 727.64 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=2.13571e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.401;QD=20.9393;RBI=0.00626218;REFB=-0.00186898;REVB=-0.00626218;RO=68;SAF=37;SAR=34;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970279;STB=0.55334;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00245222;OID=.;OPOS=33634983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:34:37:28:40:34:37:28:40 chr13 33635463 . T C 1645.65 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307566;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.178;QD=60.3909;RBI=0.0182236;REFB=0;REVB=0.0179622;RO=0;SAF=34;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200962;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:75:34:0:0:75:34:0:0 chr13 33635835 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8257;QD=62.9824;RBI=0.039891;REFB=0;REVB=0.0362575;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375947;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr13 33703656 . T C 342.14 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0199845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.301;QD=12.9108;RBI=0.0210269;REFB=-0.00966793;REVB=-0.00653823;RO=64;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578177;STB=0.54451;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0143992;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:64:65:40:41:0.386792:19:21:37:27:20:21:38:27 chr13 33704290 . G A 444.56 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00224087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3761;QD=15.1987;RBI=0.00339341;REFB=-0.0240077;REVB=-0.00254828;RO=65;SAF=29;SAR=21;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531241;STB=0.518877;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0323511;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:67:50:50:0.42735:21:29:41:24:21:29:41:26 chr13 33741692 . A G 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.00487038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.116;QD=15.8995;RBI=0.0236411;REFB=-0.00377125;REVB=0.023134;RO=49;SAF=22;SAR=15;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199613;STB=0.611358;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00576608;OID=.;OPOS=33741692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:15:22:38:11:15:22:38:11 chr13 34013847 . G C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0768;QD=53.9069;RBI=0.0223069;REFB=0;REVB=-0.0203231;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239029;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr13 35745239 . G A 811.27 PASS AF=0.488235;AO=52;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0221494;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.984;QD=19.0887;RBI=0.0288242;REFB=-0.0199935;REVB=0.0184456;RO=86;SAF=9;SAR=43;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366533;STB=0.511108;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.026695;OID=.;OPOS=35745239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:52:83:0.488235:43:9:38:48:44:39:39:48 chr13 36048509 . TTAAA T 126.5 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0488677;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=4;MLLD=211.226;QD=12.3417;RBI=0.0496699;REFB=-0.0246995;REVB=0.0088908;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349719;STB=0.68638;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.0395669;OID=.;OPOS=36048510;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:17:46:19:41:22:12:7:6:16:99:24:11:6:7:17 chr13 36639769 . TA T 76.7 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0110444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9608;QD=6.01579;RBI=0.0211566;REFB=-0.05288;REVB=0.018045;RO=45;SAF=4;SAR=1;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507526;STB=0.590415;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.0692823;OID=.;OPOS=36639770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:5:50:24:51:27:7:17:12:15:76:45:4:1:14:31 chr13 36639771 . A C 152.76 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0364302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0674;QD=11.5294;RBI=0.0888515;REFB=-0.0128854;REVB=0.0810397;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442973;STB=0.76341;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0430494;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:16:3:17:17:16:3:17:17 chr13 36939688 . C T 437.56 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.016792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5767;QD=14.2295;RBI=0.0534636;REFB=0.00332547;REVB=-0.0507581;RO=72;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128611;STB=0.57611;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0040095;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:72:73:50:50:0.406504:23:27:30:42:23:27:30:43 chr13 36939758 . A G 616.63 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.000569756;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.932;QD=15.1319;RBI=0.0045786;REFB=-0.00286009;REVB=-0.00454301;RO=93;SAF=37;SAR=32;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647829;STB=0.539271;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00408549;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:93:94:69:69:0.423313:32:37:44:49:32:37:44:50 chr13 37269835 . G A 1120.19 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.493;QD=58.9572;RBI=0.0303338;REFB=-0.0850137;REVB=0.0107173;RO=1;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171998;STB=0.509088;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00216793;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:27:48:0:1:27:48:0:1 chr13 37271163 . C A 669.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.918;QD=62.3059;RBI=0.0335448;REFB=0;REVB=0.0328163;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197663;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr13 37271428 . GCA G 231.95 PASS AF=1;AO=14;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399081;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=2;MLLD=75.1993;QD=51.5444;RBI=0.052733;REFB=0;REVB=0.034469;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00148581;OID=.;OPOS=37271429;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:20:18:18:0:9:9:0:0:3:0:7:7:0:0 chr13 37372429 . T C 289.41 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.058678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1493;QD=46.3058;RBI=0.0892952;REFB=-0.00915227;REVB=0.0673092;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710841;STB=0.538428;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0173669;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:2:0:11:12:2:0 chr13 37393676 . CCG C,CGG 184.16 PASS AF=0.555556,0;AO=19,4;DP=41;FAO=20,0;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0224521,0.0142562;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.9088,14.8441;QD=20.4622;RBI=0.119508,0.0954659;REFB=-0.107324,0.0703738;REVB=0.11738,0.0943955;RO=14;SAF=13,4;SAR=6,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.320099,0;STB=0.653206,0.5;STBP=0.108,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0918297,0;OID=.,.;OPOS=37393677,37393677;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0:19,4:41:20,0:36:16:13,0:7,0:15:1:99:14:13,4:6,0:14:0 chr13 37580139 . G A 1290.89 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.56;QD=61.4707;RBI=0.0262454;REFB=0;REVB=0.0261942;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139541;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:44:40:0:0 chr13 37583831 . G A 470.18 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0619056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.29;QD=52.2427;RBI=0.0737091;REFB=-0.0376038;REVB=0.040009;RO=2;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547419;STB=0.524257;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00671319;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:27:6:1:1:27:7:1:1 chr13 37625601 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.817;QD=56.7003;RBI=0.0296643;REFB=0;REVB=0.0192217;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61272e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr13 37679268 . G T 726.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4314;QD=63.1837;RBI=0.0475925;REFB=0;REVB=0.0441842;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743377;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr13 37679535 . G C 868.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.422;QD=57.8719;RBI=0.00728055;REFB=0;REVB=0.00430258;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01429e-05;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:28:32:0:0 chr13 37679729 . C T 249.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906062;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2089;QD=52.4875;RBI=0.0908638;REFB=0;REVB=-0.00683742;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00900237;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr13 37679776 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.831;QD=48.7291;RBI=0.00995956;REFB=0;REVB=0.00354434;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62499e-05;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr13 38924083 . A T 2178.24 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.406;QD=63.1374;RBI=0.0267492;REFB=0;REVB=-0.00590607;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78359e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:68:70:0:0:68:70:0:0 chr13 38924263 . T C 1888.06 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00435824;FXX=0.0236202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4941;QD=60.905;RBI=0.0319419;REFB=-0.0843171;REVB=-0.0316432;RO=1;SAF=75;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629296;STB=0.503311;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0016525;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:48:75:1:0:48:75:1:0 chr13 38932210 . T A 31.76 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=30;FWDB=-0.00434286;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=179.714;QD=0.894697;RBI=0.0488528;REFB=0.000278688;REVB=0.0486594;RO=123;SAF=2;SAR=9;SRF=101;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656232;STB=0.921913;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0102307;OID=.;OPOS=38932210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:140:142:123:131:11:11:0.0774648:9:2:101:22:9:2:101:30 chr13 39262057 . G A 1797.97 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238237;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.78;QD=61.469;RBI=0.0238509;REFB=0;REVB=0.00113866;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr13 39263713 . GT G,GC 716.68 PASS AF=0.27451,0.72549;AO=10,36;DP=51;FAO=14,37;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8,13;FSAR=6,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000114523,0.00499753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.1345,68.9065;QD=56.2102;RBI=0.0314223,0.09718;REFB=0,0;REVB=0.0314221,-0.0970514;RO=0;SAF=9,12;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0163831,0.054602;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.27451,0.72549:10,36:51:14,37:51:0:8,13:6,24:0:0:36:0:9,12:1,24:0:0 chr13 39264690 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00042293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.272;QD=63.2868;RBI=0.00571413;REFB=0;REVB=0.00569846;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37578e-05;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr13 39430313 . A AT 697.44 PASS AF=1;AO=14;DP=84;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579856;FXX=0.14284;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.054;QD=38.7468;RBI=0.0692134;REFB=0;REVB=0.0377911;RO=68;SAF=0;SAR=14;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.783347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000181742;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:84:72:72:0:47:25:0:0:15:68:0:14:47:21 chr13 39430314 . C G,T 1306.88 PASS AF=0.16092,0.83908;AO=14,71;DP=85;FAO=14,73;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=14,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267939,0.000850354;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.1315,210.408;QD=60.0866;RBI=0.0269023,0.0205779;REFB=0,0;REVB=-0.00241307,0.0205604;RO=0;SAF=0,50;SAR=14,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.93928e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00593228,0.000407104;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:85:87:0:0:14,71:14,73:0.16092,0.83908:14,21:0,50:0:0:14,22:0,51:0:0 chr13 39455266 . G A 274.66 PASS AF=0.517241;AO=28;DP=56;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0194613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.649;QD=18.9418;RBI=0.0200379;REFB=-0.0146808;REVB=-0.00477248;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712707;STB=0.526299;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0169336;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:28:28:30:0.517241:18:10:8:20:20:10:8:20 chr13 39540589 . TC T 770.95 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156934;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.558;QD=64.2461;RBI=0.0301877;REFB=0;REVB=0.0257879;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.84425e-06;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:48:48:0:20:28:0:0:4:0:20:28:0:0 chr13 40298623 . T C 46.25 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00637489;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=64.1997;QD=12.3338;RBI=0.0165275;REFB=-0.000571374;REVB=0.0152485;RO=6;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.684163;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0447023;OID=.;OPOS=40298623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:10:15:6:8:4:7:0.466667:0:4:4:2:3:4:6:2 chr13 41331026 . C G 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0389265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7087;QD=20.4943;RBI=0.0411451;REFB=0.0220026;REVB=0.0133284;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045036;STB=0.524985;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0193422;OID=.;OPOS=41331026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:21:13:13:17:21:13:13:17 chr13 41382711 . A T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0180844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.213;QD=25.2443;RBI=0.0181171;REFB=-0.00255519;REVB=0.00108845;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261334;STB=0.644562;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00182138;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:17:11:16:6:17:11:16:6 chr13 41634954 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.598;QD=59.8534;RBI=0.041956;REFB=0;REVB=-0.0409415;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89133e-05;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr13 41705495 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.276;QD=64.1539;RBI=0.0347572;REFB=0;REVB=0.0335112;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2621e-05;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr13 41706800 . A G 632.93 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.067;QD=61.749;RBI=0.0240421;REFB=0;REVB=0.0204384;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92017e-05;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:20:21:0:0 chr13 41767338 . A G 149.53 PASS AF=0.313433;AO=19;DP=64;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0112757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.762;QD=8.9274;RBI=0.0189604;REFB=-0.0103064;REVB=-0.0152432;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442065;STB=0.516343;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0333405;OID=.;OPOS=41767338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:43:46:19:21:0.313433:10:9:22:21:10:11:23:23 chr13 41767341 . A G 134.46 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0137299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.723;QD=8.1488;RBI=0.0145109;REFB=-0.0154038;REVB=0.00469666;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106748;STB=0.564035;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0190422;OID=.;OPOS=41767341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:23:24:8:11:23:24 chr13 41834744 . C T 399.99 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0344531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0677;QD=18.604;RBI=0.0481965;REFB=-0.0166235;REVB=0.0337028;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521628;STB=0.534378;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0161614;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:20:21:25:19:20:21:26:19 chr13 41902939 . T C 768.05 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7025;QD=56.8923;RBI=0.0281152;REFB=0;REVB=0.00908375;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308521;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:42:54:1:21:21:0:0:24:30:0:0 chr13 42044968 . TTATAA T,TTATA 207.5 PASS AF=0.344444,0.0777778;AO=30,10;DP=95;FAO=31,7;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17,4;FSAR=14,3;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00121809,0.0481981;FXX=0.0322546;HRUN=2,2;LEN=5,1;MLLD=243.921,22.6198;QD=9.22205;RBI=0.026723,0.0536563;REFB=-0.0109796,-0.0286752;REVB=0.0266952,0.0235784;RO=52;SAF=17,6;SAR=13,4;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0314691,0.0770707;STB=0.518099,0.504936;STBP=0.825,1;TYPE=del,del;VARB=0.0246742,-0.0194722;OID=.,.;OPOS=42044969,42044972;OREF=TATAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344444,0.0777778:30,10:95:31,7:90:52:17,4:14,3:30:22:99:52:17,6:13,4:28:24 chr13 42264380 . C T 419.8 PASS AF=0.451923;AO=45;DP=102;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0111061;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.773;QD=16.1461;RBI=0.0116455;REFB=-0.00870032;REVB=0.00350306;RO=57;SAF=19;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155828;STB=0.595704;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00923215;OID=.;OPOS=42264380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:57:57:45:47:0.451923:26:19:33:24:28:19:33:24 chr13 42385446 . T C 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00945823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.261;QD=8.23023;RBI=0.0331746;REFB=-0.00346004;REVB=-0.0317977;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182981;STB=0.615131;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00663728;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:17:8:2:8:17:8 chr13 42772681 . C T 1629.93 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.406;QD=59.814;RBI=0.0092115;REFB=0;REVB=0.00776743;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224929;OID=.;OPOS=42772681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:42:66:0:0:42:67:0:0 chr13 42803341 . T C 2235.22 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00521608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0814;QD=59.2111;RBI=0.0130058;REFB=-0.150493;REVB=0.011914;RO=2;SAF=75;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125131;STB=0.506578;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00207789;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:74:75:2:0:74:75:2:0 chr13 43462422 . A T 275.19 PASS AF=0.774194;AO=21;DP=28;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0270491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.45;QD=35.5078;RBI=0.0349873;REFB=-0.0332189;REVB=0.0221913;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766353;STB=0.536247;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0103367;OID=.;OPOS=43462422;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:31:7:7:21:24:0.774194:6:15:4:3:7:17:4:3 chr13 43462434 . T TTCAGG 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00639456;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=240.17;QD=4.85445;RBI=0.0132799;REFB=-0.0022499;REVB=0.011639;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440454;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=ins;VARB=0.0259163;OID=.;OPOS=43462435;OREF=-;OALT=TCAGG;OMAPALT=TTCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:35:7:35:28:4:3:17:11:42:28:4:3:17:11 chr13 43463378 . C T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00191461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.606;QD=18.3088;RBI=0.0157424;REFB=-0.00232385;REVB=-0.0156256;RO=40;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053667;STB=0.529886;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00217897;OID=.;OPOS=43463378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:23:14:13:27:23:14:13:27 chr13 43788158 . G A 393.4 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0256556;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.714;QD=19.4274;RBI=0.0296926;REFB=-0.00849927;REVB=-0.014948;RO=41;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657981;STB=0.53665;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0062829;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:13:27:25:16:13:27:25:16 chr13 44411432 . A G 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0343946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.717;QD=19.4611;RBI=0.0367058;REFB=-0.00141773;REVB=0.0128191;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374718;STB=0.520824;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00104352;OID=.;OPOS=44411432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:24:23:27:24:24:23:27:24 chr13 44457925 . A G 442.14 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0436157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.638;QD=14.8617;RBI=0.0452736;REFB=-0.0195979;REVB=-0.0121396;RO=67;SAF=27;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333021;STB=0.510634;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0290031;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:69:50:50:0.420168:23:27:34:33:23:27:36:33 chr13 45492138 . G A 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0231903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.08;QD=14.7426;RBI=0.0626014;REFB=0.0117225;REVB=0.0581476;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0171175;OID=.;OPOS=45492138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:15:10:8:9:15:10 chr13 45492146 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00222301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.935;QD=14.2619;RBI=0.00458835;REFB=-0.0232878;REVB=0.00401387;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219177;STB=0.512723;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0143099;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:14:10:7:9:14:10 chr13 45563464 . G C 2752.65 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.588;QD=62.5601;RBI=0.0321263;REFB=0;REVB=0.031981;RO=0;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35782e-05;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:84:92:0:0:84:92:0:0 chr13 45768759 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.291;QD=58.5873;RBI=0.0528076;REFB=0;REVB=-0.00450123;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00369e-05;OID=.;OPOS=45768759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr13 45841502 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.299;QD=59.0151;RBI=0.0233299;REFB=0;REVB=-0.0066236;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64199e-05;OID=.;OPOS=45841502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 40.04 PASS AF=0.285714,0.0714286;AO=7,3;DP=29;FAO=8,2;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0603377,-0.0157867;FXX=0.0344709;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=14.5506,110.982;QD=5.72035;RBI=0.109871,0.0669316;REFB=-0.0848889,-0.011448;REVB=-0.0918202,-0.0650432;RO=17;SAF=6,0;SAR=1,3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.322841,-0.666655;STB=0.531173,0.996019;STBP=0.851,0.088;TYPE=del,mnp;VARB=0.136994,0.116965;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:29:28:17:18:7,3:8,2:0.285714,0.0714286:1,3:6,0:11:6:3,2:5,0:12:6 chr13 46067593 . G A 266.17 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.106537;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2574;QD=15.4301;RBI=0.110122;REFB=-0.0196873;REVB=0.0278704;RO=37;SAF=8;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692616;STB=0.528826;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0232778;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:37:39:30:30:0.434783:22:8:12:25:22:8:12:27 chr13 46077381 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.020249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.382;QD=21.3533;RBI=0.0202956;REFB=-0.00594396;REVB=0.00137448;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00443945;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:4:5:7:6:4:5 chr13 46103935 . A G 245.13 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0102026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.392;QD=15.5635;RBI=0.0723273;REFB=-0.0229355;REVB=0.0716041;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491731;STB=0.527789;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0264251;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:17:18:13:15:17:18 chr13 46108853 . TG CA,CG 1520.11 PASS AF=0.481132,0.518868;AO=49,55;DP=106;FAO=51,55;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=21,25;FSAR=30,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941906,-0.0501086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=133.747,87.6677;QD=57.3626;RBI=0.00987751,0.0520517;REFB=0,0;REVB=0.00297431,0.0140894;RO=0;SAF=19,25;SAR=30,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.010673,-0.00118879;OID=.,.;OPOS=46108853,46108853;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:106:106:0:0:49,55:51,55:0.481132,0.518868:30,30:19,25:0:0:30,30:21,25:0:0 chr13 46115731 . C A 519.62 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0386478;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2763;QD=20.9948;RBI=0.0559505;REFB=-0.0145735;REVB=0.0404575;RO=47;SAF=21;SAR=31;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575106;STB=0.531634;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.012392;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:31:21:16:31:31:21:16:31 chr13 46137837 . T C 764.17 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.000377135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.907;QD=18.0867;RBI=0.0191247;REFB=-0.00894729;REVB=0.019121;RO=89;SAF=39;SAR=41;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813501;STB=0.54496;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0136928;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:89:80:80:0.473373:41:39:51:38:41:39:51:38 chr13 46288017 . C A 86.26 PASS AF=0.44;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0136567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.047;QD=13.8014;RBI=0.0164885;REFB=-0.0272814;REVB=0.00923926;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121026;STB=0.542783;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0327644;OID=.;OPOS=46288017;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:25:13:14:9:11:0.44:7:2:3:10:8:3:3:11 chr13 46288145 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8438;QD=37.4836;RBI=0.0571192;REFB=0;REVB=0.011161;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00343856;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr13 46355296 . G T 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00801772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.922;QD=22.5554;RBI=0.0178201;REFB=-0.0118715;REVB=-0.0159145;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633896;STB=0.53487;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0114561;OID=.;OPOS=46355296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:23:27:27:17:23:27:27:17 chr13 46541673 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.828;QD=62.9829;RBI=0.0349423;REFB=0;REVB=0.0336208;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25406e-05;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr13 46559703 . T C 620.87 PASS AF=0.457143;AO=63;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=22;FWDB=0.00371962;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.939;QD=17.7391;RBI=0.00765914;REFB=-0.0339494;REVB=0.00669529;RO=78;SAF=31;SAR=32;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199036;STB=0.614252;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0429198;OID=.;OPOS=46559703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:78:76:63:64:0.457143:32:31:54:24:32:32:54:22 chr13 46562935 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.042;QD=57.1059;RBI=0.0232987;REFB=0;REVB=0.0127068;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42954e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr13 46629944 . A G 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.129;QD=53.4657;RBI=0.0174053;REFB=-0.0854496;REVB=0.00470195;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.503175;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00222916;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:33:23:0:1:33:23:1:1 chr13 46638826 . G A 214.99 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0200988;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.942;QD=12.835;RBI=0.0201405;REFB=-0.014115;REVB=-0.00129541;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229858;STB=0.513197;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0230601;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:26:15:9:17:26:15 chr13 46641481 . T C 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.916;QD=60.3487;RBI=0.0166792;REFB=0;REVB=0.00919446;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98569e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr13 46656669 . A G 1575.69 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029877;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.526;QD=64.3138;RBI=0.0305771;REFB=0;REVB=-0.00650549;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239774;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr13 46700642 . G T 304.3 PASS AF=0.43038;AO=30;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00254063;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.011;QD=15.4073;RBI=0.0329662;REFB=-0.00405521;REVB=0.0328681;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176277;STB=0.620187;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00657954;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:46:45:30:34:0.43038:14:16:32:14:17:17:32:13 chr13 46708291 . T C 1236.14 PASS AF=0.954023;AO=80;DP=84;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00965883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.941;QD=56.834;RBI=0.0145798;REFB=-0.0205787;REVB=0.0109215;RO=4;SAF=46;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297859;STB=0.516079;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000779984;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:84:87:4:4:80:83:0.954023:34:46:1:3:34:49:1:3 chr13 46801970 . A G 179.27 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0124593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.718;QD=13.7897;RBI=0.0141337;REFB=-0.0142445;REVB=-0.00667285;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255701;STB=0.514692;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0124273;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:17:14:10:11:17:14 chr13 46802177 . A G 124.9 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0356351;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.204;QD=8.92117;RBI=0.037992;REFB=-0.00855087;REVB=0.0131731;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138206;STB=0.582368;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0208077;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:23:16:9:8:23:16 chr13 46946157 . C T 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0290143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.716;QD=17.1667;RBI=0.0295027;REFB=-0.0149479;REVB=0.00534652;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237868;STB=0.639198;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0290531;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:29:29:0.47541:13:16:9:22:13:16:9:23 chr13 46948548 . G A 111.94 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00807346;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.702;QD=13.9921;RBI=0.00807378;REFB=-0.00581512;REVB=7.25633e-05;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19204;STB=0.635611;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00677068;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:19:13:13:0.40625:3:10:11:7:3:10:11:8 chr13 46948660 . A G 40.76 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0194689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.266;QD=3.54432;RBI=0.0335328;REFB=-0.0138909;REVB=-0.0273022;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131797;STB=0.594123;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0535924;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:24:15:2:5:24:15 chr13 47260054 . T C 1604.04 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0006;QD=59.409;RBI=0.0510841;REFB=0;REVB=-0.0505094;RO=1;SAF=76;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84238e-05;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:1:0:107:108:1:31:76:1:0:31:77:0:0 chr13 47273458 . G C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.51;QD=59.14;RBI=0.0170565;REFB=0;REVB=-0.0108789;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49272e-05;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr13 47279454 . A G 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.176;QD=61.2098;RBI=0.00618339;REFB=0;REVB=0.00140413;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29481e-06;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr13 47308109 . A G 3059.01 PASS AF=0.984772;AO=191;DP=197;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0287731;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.517;QD=62.1118;RBI=0.0287755;REFB=-0.158952;REVB=0.000372382;RO=0;SAF=95;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502696;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000336011;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:197:0:3:191:194:0.984772:96:95:0:0:99:95:2:1 chr13 47315984 . T C 972.82 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652962;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.342;QD=58.0785;RBI=0.0677079;REFB=0;REVB=-0.0179098;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134656;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:33:31:0:0:33:34:0:0 chr13 47469940 . G A 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.006915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.741;QD=19.6183;RBI=0.0216868;REFB=-0.00799924;REVB=0.0205548;RO=36;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113877;STB=0.506326;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00736997;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:17:20:19:17:17:20:19:17 chr13 47470824 . C T 306.02 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7578;QD=53.2213;RBI=0.10261;REFB=0;REVB=0.101547;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273718;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr13 48033224 . G A 741.29 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764432;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.042;QD=57.0221;RBI=0.0193704;REFB=0;REVB=-0.0177982;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899386;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr13 48547467 . A T 885.28 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2552;QD=58.0513;RBI=0.0533279;REFB=0;REVB=-0.0409695;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74064e-05;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr13 49107241 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.332;QD=58.1373;RBI=0.0636433;REFB=0;REVB=-0.00185345;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319564;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr13 49840024 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3685;QD=56.9976;RBI=0.00521725;REFB=0;REVB=-0.00378745;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92963e-05;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr13 50008301 . A G 1145.21 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00403843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.738;QD=57.9855;RBI=0.0130739;REFB=-0.0238591;REVB=0.0124346;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104021;STB=0.502198;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00034625;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:32:45:1:0:32:45:1:1 chr13 50050620 . A G 817.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8311;QD=57.3434;RBI=0.0927928;REFB=0;REVB=-0.0127583;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115425;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr13 50057097 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3925;QD=57.2012;RBI=0.0386932;REFB=0;REVB=-0.016053;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115408;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr13 50057633 . A G 760.74 PASS AF=0.420792;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.00365972;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.714;QD=15.0642;RBI=0.00444276;REFB=-0.0210382;REVB=0.00251884;RO=114;SAF=50;SAR=35;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282588;STB=0.524428;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0231708;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:114:117:85:85:0.420792:35:50:64:50:35:50:64:53 chr13 50080847 . A G 410.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.209;QD=56.688;RBI=0.0543372;REFB=0;REVB=0.0133228;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478292;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr13 50106550 . GA G 102.47 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0452977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0949;QD=20.4935;RBI=0.0912303;REFB=0.0537498;REVB=0.0791902;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=del;VARB=-0.0258613;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:20:12:20:8:7:5:3:5:52:8:7:5:3:5 chr13 50106584 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0225321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.632;QD=21.0138;RBI=0.0347287;REFB=-0.00858885;REVB=-0.0264271;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00465229;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr13 50123622 . G C 270.56 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0191266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6198;QD=23.5268;RBI=0.0515213;REFB=-0.0137297;REVB=0.0478395;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177337;STB=0.599176;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.012147;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:8:17:10:11:8:17:10:11 chr13 50126382 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1225;QD=49.5897;RBI=0.0467477;REFB=0;REVB=0.0125805;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124298;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr13 50141345 . G A 471.95 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0391513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.755;QD=55.5231;RBI=0.0408471;REFB=-0.1226;REVB=0.0116474;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0018412;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:1:0:22:11:1:0 chr13 50204880 . G A 153.44 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00785065;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.097;QD=14.6132;RBI=0.0137697;REFB=-0.0117724;REVB=-0.0113125;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265318;STB=0.624851;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0197203;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:11:5:14:11:11:6:14:11 chr13 50273831 . T C 241.62 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.047752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7965;QD=21.9655;RBI=0.047753;REFB=-0.00730093;REVB=-0.000296755;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.54434;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00371068;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:12:9:12:11:12:9 chr13 50273970 . C T 264.73 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00529615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9103;QD=27.1514;RBI=0.031785;REFB=0.0143752;REVB=-0.0313406;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699872;STB=0.510196;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0075861;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:15:23:24:0.615385:8:15:9:5:9:15:9:6 chr13 50275515 . C T 427.33 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00585532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.905;QD=16.9238;RBI=0.0399875;REFB=-0.0126057;REVB=-0.0395565;RO=55;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922226;STB=0.5514;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0139818;OID=.;OPOS=50275515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:25:21:20:35:25:21:20:35 chr13 50283819 . T C 610.67 PASS AF=0.566038;AO=58;DP=104;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00380122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.371;QD=23.0442;RBI=0.0093197;REFB=-0.0283819;REVB=0.00850927;RO=46;SAF=21;SAR=37;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983681;STB=0.542684;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0186623;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:46:46:58:60:0.566038:37:21:22:24:37:23:22:24 chr13 50296115 . C T 446.46 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162204;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5578;QD=57.6073;RBI=0.0170172;REFB=0;REVB=-0.0051464;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360114;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:31:0:0:26:31:1:10:16:0:0:13:18:0:0 chr13 50296116 . G T 34.04 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0182434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.8191;QD=3.89051;RBI=0.0348241;REFB=-0.0132413;REVB=0.0296631;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102922;STB=0.571196;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00810507;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:17:12:3:3:17:12 chr13 50466911 . G A 94.15 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0186182;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.335;QD=9.65613;RBI=0.0259899;REFB=-0.0036969;REVB=-0.018134;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235721;STB=0.640809;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0101121;OID=.;OPOS=50466911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:8:19:6:6:8:19 chr13 50587718 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.661;QD=35.5759;RBI=0.0451817;REFB=0;REVB=0.0387216;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179903;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr13 50588496 . T C 198.64 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0114741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9955;QD=20.9093;RBI=0.0126401;REFB=-0.0723304;REVB=-0.00530243;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0689961;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:9:9:10:10:9:9 chr13 50590292 . T TCTC 244.21 PASS AF=0.5;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00541766;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.214;QD=18.0899;RBI=0.005425;REFB=-0.0203707;REVB=0.000282245;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566037;STB=0.537162;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.0181148;OID=.;OPOS=50590293;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:56:27:54:27:12:15:14:13:99:29:11:15:14:15 chr13 50590838 . C G 396.59 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0191555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.327;QD=17.8244;RBI=0.0219894;REFB=-0.00788485;REVB=0.0107982;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954964;STB=0.546967;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00956182;OID=.;OPOS=50590838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:40:41:0.460674:22:18:17:31:23:18:17:31 chr13 50591342 . T A 174.24 PASS AF=0.423077;AO=15;DP=46;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0377596;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=42.6417;QD=13.403;RBI=0.119007;REFB=-0.0757981;REVB=0.112857;RO=30;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539642;STB=0.590826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.032858;OID=.;OPOS=50591342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:52:30:30:15:22:0.423077:2:13:13:17:9:13:13:17 chr13 50591480 . T C 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000575594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.809;QD=55.0867;RBI=0.102917;REFB=0;REVB=0.102915;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959893;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr13 50591854 . T C 195.75 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0117619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.235;QD=17.7951;RBI=0.0121086;REFB=-0.0184711;REVB=0.00287706;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.568115;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0384317;OID=.;OPOS=50591854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:9:15:10:10:9:15 chr13 50592060 . T G 269.94 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0240248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5839;QD=22.9737;RBI=0.0486221;REFB=-0.0235669;REVB=0.0422719;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113552;STB=0.551741;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0186659;OID=.;OPOS=50592060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:13:8:13:12:13:9 chr13 50592459 . T C 377.36 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0330682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.2634;QD=20.3979;RBI=0.0688107;REFB=0.00658793;REVB=0.0603441;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716943;STB=0.551841;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00536059;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:35:38:39:0.527027:20:18:20:16:21:18:20:15 chr13 50592572 . T G 179.79 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0289516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.146;QD=23.1985;RBI=0.0682442;REFB=-0.0493573;REVB=0.0617986;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485436;STB=0.505149;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0359059;OID=.;OPOS=50592572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:13:4:3:10:14:4:3:10 chr13 51387124 . A G 278.89 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0228293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1001;QD=13.9446;RBI=0.0336759;REFB=-0.0196661;REVB=0.0247566;RO=47;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174433;STB=0.606954;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0175453;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:22:10:22:25:22:10:23:25 chr13 51594741 . T G 1359.79 PASS AF=1;AO=72;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046805;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7381;QD=61.1144;RBI=0.0932308;REFB=0;REVB=0.0806305;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064325;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:72:89:1:31:41:0:0:43:46:0:0 chr13 51603768 . T C 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0259981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0043;QD=16.0283;RBI=0.0449051;REFB=-0.0360605;REVB=0.0366137;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.568885;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0296309;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:17:13:14:11:17:13 chr13 51941943 . T C 352.39 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0124086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3483;QD=15.8377;RBI=0.0470055;REFB=-0.00024544;REVB=0.0453381;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636567;STB=0.535886;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00131436;OID=.;OPOS=51941943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:17:21:25:26:17:21:25:26 chr13 51956225 . T G 206.23 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0140482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.722;QD=15.5648;RBI=0.0146774;REFB=-0.00172954;REVB=0.00425127;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199197;STB=0.628379;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00440601;OID=.;OPOS=51956225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:23:24:0.45283:13:10:18:10:14:10:19:10 chr13 51958756 . C T 165.65 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0275358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.4561;QD=9.74385;RBI=0.0914166;REFB=0.00118769;REVB=0.0871709;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175948;STB=0.603083;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000138063;OID=.;OPOS=51958756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:10:12:18:28:10:12:18:28 chr13 51958840 . G T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0933318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.346;QD=7.96567;RBI=0.0948501;REFB=-0.00391765;REVB=-0.0169031;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227014;STB=0.638633;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.015215;OID=.;OPOS=51958840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:8:18:5:5:8:18 chr13 52313195 . C T 332.98 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=0.0182595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.844;QD=16.4434;RBI=0.0321576;REFB=-0.0152674;REVB=-0.0264708;RO=45;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184204;STB=0.602462;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0233749;OID=.;OPOS=52313195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:23:13:9:36:23:13:9:36 chr13 52440130 . A G 425.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.91;QD=54.8905;RBI=0.0223588;REFB=0;REVB=0.0198608;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146905;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:8:21:0:0:10:21:0:0 chr13 52511626 . C T 230.56 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00283757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.551;QD=12.1348;RBI=0.00923056;REFB=-0.000364812;REVB=-0.00878358;RO=46;SAF=9;SAR=19;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35211;STB=0.711919;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000550005;OID=.;OPOS=52511626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:48:28:28:0.368421:19:9:30:16:19:9:32:16 chr13 52548140 . A C 314.77 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00322242;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7665;QD=11.5513;RBI=0.0142297;REFB=-0.0110435;REVB=0.01386;RO=67;SAF=20;SAR=19;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602264;STB=0.519311;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0196944;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:70:39:39:0.357798:19:20:38:29:19:20:38:32 chr13 52603194 . G T 520.71 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.026753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.143;QD=15.2033;RBI=0.0267554;REFB=0.000244886;REVB=-0.00035783;RO=78;SAF=25;SAR=32;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05043;STB=0.528779;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000560479;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:78:80:57:57:0.416058:32:25:38:40:32:25:39:41 chr13 52603775 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0380067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.722;QD=24.0668;RBI=0.0483217;REFB=-0.0116441;REVB=-0.0298409;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00265613;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:3:7:7:9:3:7 chr13 52605366 . TTA T,TAA 49.81 PASS AF=0.47619,0;AO=10,4;DP=36;FAO=10,0;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0340919,-0.005833;FXX=0.275767;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=15.8019,9.6308;QD=9.48773;RBI=0.214772,0.120991;REFB=-0.0595326,-0.0827094;REVB=-0.212049,-0.120851;RO=17;SAF=2,3;SAR=8,1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.432252,0.203746;STB=0.708714,0.5;STBP=0.104,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0271661,0;OID=.,.;OPOS=52605367,52605367;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0:10,4:36:10,0:21:11:4,0:6,0:9:2:50:17:2,3:8,1:10:7 chr13 52605675 . A G 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00323992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.603;QD=27.592;RBI=0.0765;REFB=-0.0187954;REVB=0.0764314;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217954;STB=0.512177;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00725332;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:4:1:3:10:4:1 chr13 52607169 . T C 110.24 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0074218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3437;QD=14.6981;RBI=0.0138222;REFB=-0.0287495;REVB=0.0116606;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339813;STB=0.701766;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0404619;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:17:12:13:0.433333:10:2:7:9:11:2:7:10 chr13 52660486 . T G 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000387228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.741;QD=12.0828;RBI=0.0337343;REFB=-0.0135797;REVB=0.0337321;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230812;STB=0.634016;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0180024;OID=.;OPOS=52660486;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:7:14:16:19:7:14:16:19 chr13 52709938 . A C 292.11 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00143963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.034;QD=15.1745;RBI=0.00144807;REFB=-0.00295327;REVB=0.000156072;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211875;STB=0.607107;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00355363;OID=.;OPOS=52709938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:44:32:33:0.428571:13:19:16:26:14:19:17:27 chr13 52971893 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00705593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.933;QD=20.485;RBI=0.0602698;REFB=0.00112421;REVB=0.0598553;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301834;STB=0.673197;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000109501;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:5:6:3:11:5:6 chr13 53035783 . T C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1587;QD=52.1512;RBI=0.0638938;REFB=-0.0528846;REVB=-0.0516893;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000857203;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr13 53035925 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.021;QD=57.202;RBI=0.0564556;REFB=0;REVB=0.0054903;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194782;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr13 53050479 . G A 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0412832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0164;QD=13.5941;RBI=0.0420275;REFB=-0.0082048;REVB=-0.0078745;RO=58;SAF=15;SAR=26;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339262;STB=0.50331;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00919133;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:62:41:41:0.398058:26:15:23:35:26:15:23:39 chr13 53422553 . A G 738.72 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0249638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6055;QD=54.7199;RBI=0.0378341;REFB=-0.00898536;REVB=-0.0284294;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000409456;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:32:20:1:0:32:21:1:0 chr13 53602970 . A G 390.16 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0263497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.223;QD=16.6027;RBI=0.0448011;REFB=-0.0193652;REVB=-0.036233;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261996;STB=0.518957;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.024178;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:16:25:33:19:16:25:34:19 chr13 53608632 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0770403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.378;QD=12.9419;RBI=0.0817123;REFB=-0.0133934;REVB=-0.027234;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16369;STB=0.596359;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.014552;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:12:13:10:5:12:13 chr13 55748673 . T C 1492.8 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00670376;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0178;QD=58.5413;RBI=0.0834726;REFB=0.128622;REVB=0.083203;RO=1;SAF=37;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126487;STB=0.506665;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00108966;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:64:37:1:0:64:37:1:0 chr13 60324979 . G A 545.55 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0575089;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2612;QD=23.9803;RBI=0.0620892;REFB=0.0118149;REVB=0.0234048;RO=40;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591322;STB=0.526352;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00913113;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:40:40:50:51:0.56044:19:31:22:18:20:31:22:18 chr13 61984043 . T C 249.55 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00622171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.391;QD=18.4852;RBI=0.0165285;REFB=-0.00453531;REVB=0.0153128;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449074;OID=.;OPOS=61984043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:10:16:16:11:11:16:16:11 chr13 61986918 . C A 329.54 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5372;QD=50.6979;RBI=0.0206627;REFB=-0.117217;REVB=-0.00639951;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00704312;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:24:25:0.961538:10:14:0:0:11:14:1:0 chr13 62232195 . A ATGATCCC 322.19 PASS AF=0.83871;AO=24;DP=32;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0243764;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=7;MLLD=279.421;QD=41.573;RBI=0.0280774;REFB=-0.0207153;REVB=-0.0139333;RO=5;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484821;STB=0.526442;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.0041029;OID=.;OPOS=62232196;OREF=-;OALT=TGATCCC;OMAPALT=ATGATCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.83871:24:32:26:31:5:9:17:1:4:27:5:8:16:1:4 chr13 64415020 . G A 175.78 PASS AF=0.422222;AO=16;DP=42;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0770039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6483;QD=15.6246;RBI=0.0788594;REFB=0.0224;REVB=-0.017006;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279983;STB=0.615891;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0160823;OID=.;OPOS=64415020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:26:26:16:19:0.422222:7:9:21:5:7:12:21:5 chr13 64415080 . AG AC,A,GA,TA 131.32 PASS AF=0,0.315789,0.157895,0;AO=2,13,8,3;DP=57;FAO=0,18,9,0;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=0,13,9,0;FSAR=0,5,0,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0883735,-0.12888,-0.00472433,-0.0417293;FXX=0.0338926;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=28.0414,10.9235,65.3801,21.7773;QD=9.21541;RBI=0.109374,0.136945,0.0341479,0.0813773;REFB=-5.77344e-05,-0.0583568,-0.000853247,-0.026725;REVB=-0.0644429,0.0463025,-0.0338195,0.0698636;RO=26;SAF=1,10,8,3;SAR=1,3,0,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0713032,0.399766,0.754424,0.597175;STB=0.5,0.704957,0.998804,0.5;STBP=1,0.04,0,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0512821,0.0886895,0.0414585;OID=.,.,.,.;OPOS=64415081,64415081,64415080,64415080;OREF=G,G,AG,AG;OALT=C,-,GA,TA;OMAPALT=AC,A,GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:57:57:26:30:2,13,8,3:0,18,9,0:0,0.315789,0.157895,0:1,3,0,0:1,10,8,3:11:15:0,5,0,0:0,13,9,0:12:18 chr13 67800935 . G A 333.03 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0131649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.698;QD=14.0224;RBI=0.026227;REFB=-0.00672794;REVB=-0.0226834;RO=58;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471535;STB=0.526855;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0134213;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:15:22:32:26:15:22:32:26 chr13 67802339 . A T 1749.94 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0110275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.462;QD=57.3751;RBI=0.0117799;REFB=-0.157073;REVB=-0.00414253;RO=4;SAF=69;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106075;STB=0.505588;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00042546;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:4:4:118:118:0.967213:49:69:3:1:49:69:3:1 chr13 69267981 . T C 585.86 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0118799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.458;QD=54.4988;RBI=0.0237484;REFB=-0.174124;REVB=0.0205635;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529715;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00125571;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:43:43:0:3:40:40:0.930233:12:28:0:0:12:28:1:2 chr13 70377107 . A G 237.59 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0122803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8162;QD=13.7731;RBI=0.0548153;REFB=-0.00754646;REVB=0.053422;RO=41;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231797;STB=0.632556;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0115677;OID=.;OPOS=70377107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:19:9:22:19:19:9:22:19 chr13 70377165 . C T 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0298978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.74;QD=15.2684;RBI=0.0376254;REFB=-0.00918156;REVB=-0.0228428;RO=33;SAF=4;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358496;STB=0.706958;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0146486;OID=.;OPOS=70377165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:22:4:14:19:22:4:14:19 chr13 70681598 . T C 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.874;QD=63.5743;RBI=0.0516164;REFB=0;REVB=0.0325252;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98036e-05;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr13 73280182 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.603;QD=58.1397;RBI=0.0501861;REFB=0;REVB=0.0121895;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273414;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr13 73301655 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.52;QD=57.1063;RBI=0.0162156;REFB=0;REVB=0.0131104;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51122e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr13 73301728 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7847;QD=58.5877;RBI=0.0477274;REFB=0;REVB=-0.042232;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096229;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr13 73302261 . G A 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0564496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.633;QD=12.9115;RBI=0.0565267;REFB=0.00215062;REVB=0.00295087;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100046;STB=0.55733;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00557221;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:15:22:12:12:15:22 chr13 73320892 . A C 379.69 PASS AF=0.454545;AO=36;DP=85;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00817677;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.368;QD=17.2585;RBI=0.0139139;REFB=-0.0122253;REVB=-0.0112578;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510656;STB=0.506957;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0157791;OID=.;OPOS=73320892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:48:48:36:40:0.454545:22:14:21:27:23:17:21:27 chr13 73329358 . G A 233.62 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0402157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.473;QD=24.592;RBI=0.0418644;REFB=-0.00763369;REVB=-0.0116332;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472435;STB=0.526292;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00699241;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:9:7:11:11:9:7 chr13 73343039 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0559101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.083;QD=13.6609;RBI=0.0621308;REFB=-0.00238819;REVB=-0.0270978;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146058;STB=0.585244;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0059648;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:9:12:6:8:9:12 chr13 73348157 . C A 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0535075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7907;QD=20.562;RBI=0.0535784;REFB=-0.00230685;REVB=-0.00275405;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131407;STB=0.572741;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.001232;OID=.;OPOS=73348157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:19:12:19:16:19:12 chr13 73350079 . T C 606.37 PASS AF=0.496;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0146713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.19;QD=19.4038;RBI=0.0495072;REFB=-0.0251491;REVB=-0.0472834;RO=61;SAF=34;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363232;STB=0.520492;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0182562;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:63:62:62:0.496:28:34:31:30:28:34:32:31 chr13 73369642 . A G 127.8 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0389988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2311;QD=8.24489;RBI=0.0413175;REFB=0.0195586;REVB=0.0136467;RO=44;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286388;STB=0.67055;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0500753;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:11:7:28:16:11:7:28:16 chr13 73650112 . C A 313.77 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.813;QD=52.2945;RBI=0.0372134;REFB=0;REVB=0.0261486;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215573;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:9:15:0:0 chr13 73650117 . G A 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.54;QD=57.6654;RBI=0.0413431;REFB=0;REVB=0.0176114;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64023e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr13 74863339 . C A 789.08 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415076;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.931;QD=57.3873;RBI=0.00880018;REFB=0;REVB=-0.00775979;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134056;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr13 74988714 . C T 4977.12 PASS AF=0.950725;AO=328;DP=346;FAO=328;FDP=345;FR=.;FRO=17;FSAF=195;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0346647;FXX=0.00576352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.396;QD=57.7057;RBI=0.0346737;REFB=-0.157487;REVB=-0.000789233;RO=3;SAF=195;SAR=133;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106368;STB=0.530033;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00190433;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:346:345:3:17:328:328:0.950725:133:195:0:3:133:195:0:17 chr13 75814018 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.008;QD=55.6561;RBI=0.0208776;REFB=0;REVB=0.0199333;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43405e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr13 75814384 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.099;QD=57.711;RBI=0.0101369;REFB=0;REVB=0.00251814;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58855e-05;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr13 75860497 . ATTTTTTTC ATTTTTT,ATTTTTTAC,ATTTTTTC,CATTTTTTC 88.55 PASS AF=0,0,0.462963,0;AO=7,2,12,2;DP=54;FAO=0,0,25,0;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,16,0;FSAR=0,0,9,0;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.149924,-0.217979,-0.0910032,-0.0197422;FXX=0;HRUN=7,7,7,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=88.2588,119.262,9.26244,22.5324;QD=6.55936;RBI=0.149971,0.218325,0.155628,0.0945285;REFB=0.00780846,-0.00720116,-0.0382231,-0.0398878;REVB=0.00374568,0.0122878,0.126248,0.0924439;RO=25;SAF=7,1,7,1;SAR=0,1,5,1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.757853,0.134084,0.246456,0.134084;STB=0.5,0.5,0.639888,0.5;STBP=1,1,0.063,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0,0.0661999,0.0570737,0;OID=.,.,.,.;OPOS=75860504,75860504,75860498,75860497;OREF=TC,T,T,AT;OALT=-,A,-,CA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTAC,ATTTTTTC,CATTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:91:54:54:25:29:7,2,12,2:0,0,25,0:0,0,0.462963,0:0,1,5,1:7,1,7,1:9:16:0,0,9,0:0,0,16,0:11:18 chr13 75876389 . G A 497.86 PASS AF=0.505263;AO=49;DP=96;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00833549;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.751;QD=20.9624;RBI=0.00935959;REFB=0.00365383;REVB=0.00425694;RO=47;SAF=28;SAR=21;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220691;STB=0.506326;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0039694;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:47:47:49:48:0.505263:21:28:28:19:20:28:28:19 chr13 75884216 . C T 255.49 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0309152;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.869;QD=12.3128;RBI=0.0548966;REFB=-0.0135313;REVB=-0.0453639;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157356;STB=0.584277;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0355639;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:30:30:0.361446:17:13:30:22:17:13:30:23 chr13 75884290 . G A 195.66 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0198236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.316;QD=18.2011;RBI=0.0222046;REFB=-0.0228104;REVB=0.0100034;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.515207;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0215314;OID=.;OPOS=75884290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:10:9:11:12:11:9:11:12 chr13 75915261 . A C 273.15 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00968413;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.236;QD=19.5107;RBI=0.0130056;REFB=0.00440204;REVB=0.00868121;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780305;STB=0.543362;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00465617;OID=.;OPOS=75915261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:19:8:11:18:19:8 chr13 75936519 . C G 490.2 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.113;QD=56.0231;RBI=0.0157706;REFB=-0.0307161;REVB=0.00791689;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017006;STB=0.509086;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=6.95247e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:7:27:1:0:7:27:1:0 chr13 76055602 . G A 217.88 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0284553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5205;QD=14.7713;RBI=0.0311332;REFB=-0.00387149;REVB=-0.0126322;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131686;STB=0.534387;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0071879;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:25:26:0.440678:15:10:12:19:15:11:12:21 chr13 76124151 . C T 433.66 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00436257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0467;QD=23.441;RBI=0.117713;REFB=-0.0365205;REVB=-0.117632;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030906;STB=0.510304;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0248273;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:42:42:0.567568:20:22:15:16:20:22:16:16 chr13 76143572 . T C 239.43 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00751087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9815;QD=14.7344;RBI=0.0206142;REFB=-0.00760918;REVB=0.0191971;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122098;STB=0.563831;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0102187;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:27:28:0.430769:11:16:17:19:12:16:17:20 chr13 76378459 . T C 2068.28 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205712;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.695;QD=62.6751;RBI=0.0404939;REFB=0;REVB=0.0348795;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61256e-05;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:72:60:0:0:72:60:0:0 chr13 76709108 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.55;QD=62.9829;RBI=0.0443621;REFB=0;REVB=0.0386808;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82881e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr13 76709223 . C A 1547.06 PASS AF=0.972477;AO=53;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0147024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2126;QD=56.7728;RBI=0.0402662;REFB=-0.0770045;REVB=0.0374861;RO=0;SAF=50;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27804e-08;STB=0.513041;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00449969;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:0:3:53:106:0.972477:3:50:0:0:56:50:0:3 chr13 77522725 . GACTT G 251.16 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00331171;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.949;QD=11.96;RBI=0.00331207;REFB=-0.00303085;REVB=4.86037e-05;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148772;STB=0.589846;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.00589447;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:30:85:30:84:54:13:17:31:23:99:49:13:17:28:21 chr13 77574983 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0063468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.569;QD=12.229;RBI=0.012418;REFB=-0.00514016;REVB=-0.0106736;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314494;STB=0.681653;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00652979;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:7:15:14:22:7:15:14:22 chr13 77751892 . C T 1291.24 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00556205;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.476;QD=60.7645;RBI=0.017072;REFB=-0.103229;REVB=0.0161405;RO=1;SAF=51;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919817;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000169125;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:33:51:1:0:33:51:1:0 chr13 77834627 . A C 522.61 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0203615;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.829;QD=19.7209;RBI=0.0205847;REFB=-0.0018823;REVB=0.00302322;RO=52;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963014;STB=0.557253;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00195051;OID=.;OPOS=77834627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:53:54:0.509434:28:25:19:33:28:26:19:33 chr13 78146301 . C T 1513.04 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0918862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3773;QD=62.3934;RBI=0.0926612;REFB=-0.125796;REVB=-0.0119596;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.505262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00165592;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:0:1:96:96:0.989691:49:47:0:0:49:47:1:0 chr13 78178550 . G A 727.14 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8829;QD=63.2295;RBI=0.119281;REFB=0;REVB=-0.0339414;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020863;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr13 78477674 . A G 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.198;QD=57.3776;RBI=0.0408836;REFB=0;REVB=-0.0352358;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00937e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr13 78521890 . C A 272.33 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.837;QD=51.8716;RBI=0.084401;REFB=0;REVB=0.0142614;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122983;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr13 79174091 . T A 436.42 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00621895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.078;QD=21.2888;RBI=0.0127666;REFB=0.000263953;REVB=-0.0111495;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210368;STB=0.511622;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00019847;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:19:20:21:22:19:20 chr13 79188534 . T A 1507.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.643;QD=62.8239;RBI=0.0182621;REFB=0;REVB=0.0176162;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207697;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:44:51:0:0:45:51:0:0 chr13 79194750 . TGA T 724.43 PASS AF=1;AO=45;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104912;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.094;QD=55.725;RBI=0.0346433;REFB=0;REVB=0.0330165;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000224799;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:52:52:52:0:27:25:0:0:4:0:24:21:0:0 chr13 79940811 . T C 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00423987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.964;QD=21.9417;RBI=0.0243437;REFB=-0.0242327;REVB=0.0239716;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121317;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:4:12:8:3:4:12:9:3 chr13 80910786 . C A 700.96 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0699767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.904;QD=57.2213;RBI=0.0709689;REFB=0.00915771;REVB=-0.0118258;RO=2;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375754;STB=0.519223;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00142723;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:48:49:2:2:46:47:0.959184:24:22:0:2:25:22:0:2 chr13 80910851 . A C 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.010381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.076;QD=27.2225;RBI=0.0130738;REFB=0.00331747;REVB=0.00794737;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139064;STB=0.576554;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00196464;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:11:14:12:4:11:14:12:4 chr13 80911525 . G A 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0055441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.784;QD=29.5045;RBI=0.00708727;REFB=-0.0164382;REVB=0.00441501;RO=18;SAF=9;SAR=21;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267291;STB=0.514696;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0114596;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:21:9:6:12:21:9:6:12 chr13 86367009 . C A 364.9 PASS AF=0.449438;AO=36;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00419559;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.491;QD=16.4001;RBI=0.0208905;REFB=-0.0126747;REVB=0.0204649;RO=49;SAF=11;SAR=25;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240859;STB=0.634775;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0205546;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:49:36:40:0.449438:25:11:26:23:28:12:26:23 chr13 86367973 . CT C,TC 70.18 PASS AF=0.388889,0;AO=10,2;DP=33;FAO=14,0;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9,0;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.13986,-0.0558241;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.6883,21.6852;QD=7.79734;RBI=0.206466,0.17623;REFB=-0.0254206,-0.026342;REVB=-0.151879,-0.167155;RO=19;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0236005,-0.550427;STB=0.533849,0.5;STBP=0.728,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0204786,0;OID=.,.;OPOS=86367974,86367973;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:33:36:19:22:10,2:14,0:0.388889,0:4,2:6,0:11:8:5,0:9,0:13:9 chr13 86369120 . C T 286.54 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=57;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00727777;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.275;QD=19.4262;RBI=0.0148273;REFB=-0.0226592;REVB=-0.0129183;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427534;STB=0.530593;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0180336;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:28:29:31:0.525424:18:11:9:18:18:13:10:18 chr13 88331241 . T TTGTA 146.85 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0102739;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=4;MLLD=287.276;QD=34.5525;RBI=0.0332239;REFB=-0.0294343;REVB=-0.0315955;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474116;STB=0.571332;STBP=0.312;TYPE=ins;VARB=0.00267929;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:14:18:14:17:3:9:5:3:0:15:4:9:5:3:1 chr13 92345579 . C T 666.82 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00815834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.375;QD=24.248;RBI=0.0497791;REFB=-0.0277257;REVB=-0.049106;RO=46;SAF=34;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240128;STB=0.513094;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0178772;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:46:64:64:0.581818:30:34:23:23:30:34:23:23 chr13 95034763 . G A 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.626;QD=64.148;RBI=0.0337916;REFB=0;REVB=0.0280049;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130551;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr13 95097956 . C T 341.03 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.109538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2854;QD=18.1884;RBI=0.143089;REFB=-0.0103928;REVB=0.0920653;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144768;STB=0.572994;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0141312;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:17:18:26:13:17:19:26:13 chr13 95264604 . C T 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0129955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.748;QD=18.6875;RBI=0.018503;REFB=-0.0216363;REVB=-0.0131711;RO=52;SAF=17;SAR=33;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257427;STB=0.51428;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0156216;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:33:17:19:33:33:17:19:33 chr13 95273447 . G A 467.66 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0219931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1629;QD=20.1143;RBI=0.0229734;REFB=-0.0132735;REVB=-0.0066393;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067877;STB=0.537618;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0114756;OID=.;OPOS=95273447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:20:27:23:23:20:27 chr13 95279505 . T A 184.8 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0201176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.971;QD=26.4003;RBI=0.0204471;REFB=-0.00101861;REVB=0.00365608;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615047;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:5:5:9:9:5:5 chr13 95280923 . A T 610.25 PASS AF=0.480916;AO=61;DP=127;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00916722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.667;QD=18.6337;RBI=0.0210862;REFB=-0.0356823;REVB=0.0189892;RO=66;SAF=23;SAR=38;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611362;STB=0.524745;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0373758;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:66:68:61:63:0.480916:38:23:29:37:39:24:29:39 chr13 95364046 . C G 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.356;QD=61.4666;RBI=0.035565;REFB=0;REVB=0.0354522;RO=0;SAF=76;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64304e-05;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:45:76:0:0:45:76:0:0 chr13 95364337 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.818;QD=48.7368;RBI=0.115681;REFB=0;REVB=0.115554;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803017;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr13 95672950 . A G 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0390817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.939;QD=29.4444;RBI=0.0395812;REFB=-0.0146456;REVB=-0.00626798;RO=19;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230231;STB=0.626549;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0112224;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:20:11:13:6:20:11:13:6 chr13 95673135 . C T 364.09 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0745971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3693;QD=20.2273;RBI=0.0748117;REFB=0.0568515;REVB=-0.00566278;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132038;STB=0.63009;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.051331;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:34:37:37:0.513889:20:17:16:9:20:17:25:9 chr13 95673518 . T C 876.92 PASS AF=0.527273;AO=86;DP=165;FAO=87;FDP=165;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00470791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.79;QD=21.2586;RBI=0.00478827;REFB=-0.00153306;REVB=0.000873562;RO=78;SAF=41;SAR=45;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244071;STB=0.510704;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00132294;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:78:86:87:0.527273:45:41:35:43:46:41:35:43 chr13 95673938 . TA T,TG 1296.65 PASS AF=0.348315,0.640449;AO=31,56;DP=89;FAO=31,57;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=16,24;FSAR=15,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0713594,0.0495718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.186,128.866;QD=58.2762;RBI=0.0740743,0.0543238;REFB=0.109668,0.0572282;REVB=0.0198706,0.0222198;RO=1;SAF=16,24;SAR=15,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0282674,-0.0192399;STB=0.515142,0.510201;STBP=0.531,0.298;TYPE=del,snp;VARB=0.00651105,-0.00226065;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.348315,0.640449:31,56:89:31,57:89:1:16,24:15,33:1:0:99:1:16,24:15,32:1:0 chr13 95714976 . C T 218.92 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0179783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.748;QD=15.9216;RBI=0.0181994;REFB=-0.0119866;REVB=0.00282856;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174528;STB=0.621851;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0139615;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:30:30:22:25:0.454545:14:8:16:14:17:8:16:14 chr13 95726541 . A G 198.98 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0103676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.586;QD=11.37;RBI=0.0387631;REFB=-0.00810464;REVB=0.0373509;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206698;STB=0.618957;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.010928;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:12:13:15:30:12:13:15:30 chr13 95727780 . T C 349.18 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00438395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8352;QD=20.2423;RBI=0.00761693;REFB=-0.0199954;REVB=-0.00622885;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429338;STB=0.517637;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.023379;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:14:22:18:14:14:22:19:14 chr13 95858978 . T C 131.18 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0123743;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.363;QD=12.493;RBI=0.0150289;REFB=-0.00659465;REVB=0.00852903;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056493;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0123757;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:13:14:7:8:13:14 chr13 95858996 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00335177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.48;QD=11.8143;RBI=0.00731268;REFB=0.000193295;REVB=-0.0064993;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194513;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000403538;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:10:13:5:8:10:13 chr13 95859035 . C A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0335019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.239;QD=13.9591;RBI=0.0342228;REFB=-0.0106177;REVB=0.00698718;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00730741;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr13 95861804 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.248;QD=58.7805;RBI=0.0598754;REFB=0;REVB=-0.0144552;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163904;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr13 96230279 . T G 343.87 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0321175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.513;QD=16.3748;RBI=0.0448825;REFB=-0.0137734;REVB=0.0313513;RO=47;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16628;STB=0.583019;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0113581;OID=.;OPOS=96230279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:22:14:26:21:22:15:26:21 chr13 96239805 . G A 365.58 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0604198;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9009;QD=16.2481;RBI=0.088077;REFB=0.00885315;REVB=0.0640859;RO=52;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407265;STB=0.516121;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00887886;OID=.;OPOS=96239805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:51:39:39:0.433333:15:24:30:22:15:24:30:21 chr13 96506664 . A G 296.75 PASS AF=0.441558;AO=28;DP=71;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.032237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.404;QD=15.4156;RBI=0.0322503;REFB=-0.0175755;REVB=0.000923171;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23347;STB=0.56919;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0189626;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:43:43:28:34:0.441558:19:9:23:20:20:14:23:20 chr13 96540141 . T C 5165.86 PASS AF=0.985119;AO=329;DP=334;FAO=331;FDP=336;FR=.;FRO=5;FSAF=165;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00010731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9393;QD=61.4983;RBI=0.000155467;REFB=-0.0336815;REVB=-0.000112493;RO=5;SAF=164;SAR=165;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085224;STB=0.504442;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00090945;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:334:336:5:5:329:331:0.985119:165:164:1:4:166:165:1:4 chr13 96540143 . T C 5265.03 PASS AF=1;AO=330;DP=333;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558849;FXX=0.00890181;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.23;QD=63.0542;RBI=0.0516943;REFB=-0.0885587;REVB=0.0516913;RO=2;SAF=165;SAR=165;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94981e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:333:334:2:0:330:334:1:165:165:0:2:169:165:0:0 chr13 96540204 . T G 1990.72 PASS AF=0.482185;AO=200;DP=418;FAO=203;FDP=421;FR=.;FRO=218;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=96;FSRR=122;FWDB=0.00485632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.229;QD=18.9142;RBI=0.0326498;REFB=-0.00912678;REVB=0.0322866;RO=217;SAF=93;SAR=107;SRF=96;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215535;STB=0.511832;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00898468;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:421:217:218:200:203:0.482185:107:93:96:121:109:94:96:122 chr13 96638636 . A C 612.52 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0224398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.795;QD=20.0826;RBI=0.0232651;REFB=-0.00821041;REVB=-0.00614153;RO=58;SAF=39;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132194;STB=0.56566;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00875824;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:60:62:62:0.508197:23:39:28:30:23:39:30:30 chr13 96821982 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.821;QD=60.9786;RBI=0.0132417;REFB=0;REVB=0.0121652;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7506e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr13 97489457 . G A 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00668973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.248;QD=17.0586;RBI=0.00969971;REFB=-0.00283916;REVB=0.00702366;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848842;STB=0.540959;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00239829;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:14:19:18:19:14:19:19:19 chr13 97639414 . C T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0148831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.512;QD=16.8946;RBI=0.0156444;REFB=-0.00266246;REVB=-0.00482092;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123998;STB=0.569577;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00248312;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:21:16:18:14:21:16 chr13 98829176 . T C 702.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.281;QD=62.4145;RBI=0.0243363;REFB=0;REVB=0.00570974;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21245e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr13 98896776 . C T 439.34 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00955775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.06;QD=24.7513;RBI=0.0157192;REFB=-0.0162153;REVB=-0.0124797;RO=29;SAF=23;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291224;STB=0.515946;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00767814;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:19:23:17:12:19:23:17:12 chr13 99090040 . T G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0118114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7427;QD=14.1958;RBI=0.0178091;REFB=0.00475627;REVB=0.0133288;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.564459;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00926618;OID=.;OPOS=99090040;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:16:16:14:9:16:16 chr13 99102477 . GC G 236.97 PASS AF=0.387097;AO=49;DP=125;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0451638;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.4758;QD=7.64412;RBI=0.0900386;REFB=-0.0186062;REVB=-0.0778921;RO=74;SAF=25;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.377358;SSSB=0.0108603;STB=0.512772;STBP=0.836;TYPE=del;VARB=0.0297801;OID=.;OPOS=99102478;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:49:125:48:124:76:25:23:38:38:99:74:25:24:37:37 chr13 99102607 . C T 306.56 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0821514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9731;QD=27.2495;RBI=0.0821629;REFB=0.00140275;REVB=-0.00137214;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335641;STB=0.529583;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00506843;OID=.;OPOS=99102607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:14:13:9:8:14:13:10:8 chr13 99104947 . T G 523.13 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00958026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8359;QD=21.352;RBI=0.0536441;REFB=-0.0158271;REVB=-0.0527817;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755669;STB=0.5306;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0197883;OID=.;OPOS=99104947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:46:48:50:50:0.510204:25:25:27:19:25:25:27:21 chr13 99112680 . C T 251.62 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.98;QD=50.324;RBI=0.0622769;REFB=0;REVB=0.0618044;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827354;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr13 99134584 . CA AC,C 85.53 PASS AF=0,0.689655;AO=2,13;DP=27;FAO=0,20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=0,6;FSAR=0,14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0350714,-0.0371044;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=10.6479,7.80849;QD=11.7977;RBI=0.0831636,0.0933665;REFB=-0.000266961,-0.0638636;REVB=0.0754068,0.0856771;RO=11;SAF=2,2;SAR=0,11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.711767,-0.0414958;STB=0.5,0.529383;STBP=1,0.733;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0903275;OID=.,.;OPOS=99134584,99134585;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:27:29:11:9:2,13:0,20:0,0.689655:0,11:2,2:2:9:0,14:0,6:2:7 chr13 99324248 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.21;QD=35.5759;RBI=0.037099;REFB=0;REVB=-0.00157572;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996414;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr13 99324524 . T C 64.4 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0489271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9761;QD=9.90837;RBI=0.0491365;REFB=-0.0225282;REVB=0.00453154;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0819928;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:26:15:17:9:9:0.346154:4:5:7:8:4:5:8:9 chr13 99376181 . C T 360.47 PASS AF=0.580645;AO=33;DP=59;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00840642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.288;QD=23.2559;RBI=0.0728492;REFB=0.0073964;REVB=0.0723625;RO=26;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147349;STB=0.555525;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00322028;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:26:26:33:36:0.580645:13:20:11:15:16:20:11:15 chr13 99447005 . T C 1494.87 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0129512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6721;QD=56.4101;RBI=0.0282934;REFB=0.0163183;REVB=0.0251552;RO=3;SAF=48;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287306;STB=0.515149;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00128216;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:55:48:3:0:55:48:3:0 chr13 99448441 . T A 402.43 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.488;QD=55.5081;RBI=0.012712;REFB=0;REVB=0.00630845;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70911e-06;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr13 99449717 . C T 441.87 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0224211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.353;QD=19.8595;RBI=0.0268898;REFB=-0.00384116;REVB=-0.0148444;RO=45;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193063;STB=0.607058;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00462209;OID=.;OPOS=99449717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:26:18:28:17:26:18:28:17 chr13 99457431 . T G 774.25 PASS AF=0.47093;AO=80;DP=172;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=-0.00205302;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.923;QD=18.0059;RBI=0.00909195;REFB=-0.00342772;REVB=0.00885712;RO=92;SAF=29;SAR=51;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154067;STB=0.510675;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00380461;OID=.;OPOS=99457431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:91:80:81:0.47093:51:29:32:60:51:30:32:59 chr13 99540406 . A C 46.14 PASS AF=0.411765;AO=2;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00662089;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=26.9822;QD=10.8553;RBI=0.276319;REFB=0.0111829;REVB=-0.27624;RO=6;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524163;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0534944;OID=.;OPOS=99540406;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:6:10:2:7:0.411765:0:2:5:1:3:4:6:4 chr13 99575568 . G A 287.46 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.000938077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5769;QD=15.9698;RBI=0.0292494;REFB=-0.0015488;REVB=-0.0292343;RO=40;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439019;STB=0.524676;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00114388;OID=.;OPOS=99575568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:22:10:11:29:22:10:11:29 chr13 99853443 . T G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.736;QD=51.1801;RBI=0.10049;REFB=0;REVB=-0.0442033;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111077;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr13 99857984 . T C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0165896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0009;QD=15.1959;RBI=0.0787215;REFB=-0.0161644;REVB=0.0769537;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230126;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0266152;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:13:4:11:15:13:5:11:15 chr13 99948097 . A G 518.7 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.012332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.19;QD=19.3906;RBI=0.0132957;REFB=-0.00878218;REVB=-0.00496972;RO=53;SAF=29;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586087;STB=0.532375;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00969896;OID=.;OPOS=99948097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:25:29:25:28:25:29:25:28 chr13 99948178 . C A 218.21 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0123189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.99;QD=13.6378;RBI=0.0258163;REFB=-0.00122527;REVB=-0.0226876;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763066;STB=0.553915;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00165551;OID=.;OPOS=99948178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:12:13:17:21:12:14:17:21 chr13 100188585 . A T 217.9 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00327192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.724;QD=16.7615;RBI=0.00501511;REFB=-0.0185031;REVB=-0.00380077;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385395;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0251808;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:26:28:24:24:0.461538:11:13:13:13:11:13:15:13 chr13 100436131 . CAT C 484.48 PASS AF=0.560976;AO=44;DP=80;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0233828;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.328;QD=23.6329;RBI=0.0234759;REFB=-0.00884291;REVB=-0.00208828;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825517;STB=0.548998;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.00928855;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:44:80:46:82:36:28:18:18:18:99:35:27:17:18:17 chr13 100436228 . G C 581.21 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.016517;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2061;QD=24.4722;RBI=0.0190007;REFB=-0.00250877;REVB=0.00939222;RO=41;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261395;STB=0.519162;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00281524;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:42:53:53:0.557895:25:28:23:18:25:28:24:18 chr13 100517189 . CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA 204.09 PASS AF=0,0.36,0.12;AO=11,12,6;DP=55;FAO=0,18,6;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=0,8,4;FSAR=0,10,2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.276169,-0.0720563,-0.0328066;FXX=0.0908926;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=10.4257,121.232,92.8322;QD=16.3271;RBI=0.28885,0.0755864,0.0377272;REFB=-0.110027,-0.0388723,-0.0338782;REVB=-0.0846452,-0.0228297,-0.0186297;RO=11;SAF=5,5,4;SAR=6,7,2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0321591,0.22268;STB=0.5,0.532958,0.63783;STBP=1,0.712,0.468;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.036392,0.0898838;OID=.,.,.;OPOS=100517190,100517196,100517209;OREF=T,TG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.36,0.12:11,12,6:55:0,18,6:50:26:0,8,4:0,10,2:13:13:99:11:5,5,4:6,7,2:5:6 chr13 100518580 . A G 1301.34 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9612;QD=61.9688;RBI=0.045321;REFB=0;REVB=-0.0432582;RO=0;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148063;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:26:58:0:0:26:58:0:0 chr13 100537232 . T C 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108892;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.235;QD=57.573;RBI=0.021736;REFB=0;REVB=0.0188117;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85895e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr13 100945533 . G A 1771.77 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309657;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.256;QD=61.0956;RBI=0.0370221;REFB=0;REVB=-0.0202919;RO=0;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5015e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:46:70:0:0:46:70:0:0 chr13 101184775 . G T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0271792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.668;QD=24.0273;RBI=0.0280044;REFB=-0.0173439;REVB=-0.00674832;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0101105;OID=.;OPOS=101184775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:3:5:6:8:3:5 chr13 101287365 . T C 754.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.806;QD=56.9667;RBI=0.027897;REFB=0;REVB=-0.0171635;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06872e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr13 101287404 . G A 705.05 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00436174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.987;QD=58.7539;RBI=0.0155038;REFB=-0.158064;REVB=0.0148776;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000750294;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:24:22:0:1:24:22:1:1 chr13 101289969 . C T 936.81 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.856;QD=58.5507;RBI=0.0213244;REFB=0;REVB=0.0169191;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33188e-05;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:40:24:0:0 chr13 102220193 . G T 286.66 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0156569;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.86;QD=24.3964;RBI=0.0156708;REFB=-0.0270282;REVB=0.000659682;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059713;STB=0.553151;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0217531;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:21:25:26:0.553191:13:12:9:13:13:13:8:13 chr13 102366825 . A G 402.67 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0112314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9877;QD=19.1748;RBI=0.0429302;REFB=-0.0213311;REVB=-0.0414349;RO=43;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571213;STB=0.536079;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0149046;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:11:29:29:14:11:30:29:14 chr13 102431351 . G C 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00469263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.436;QD=12.0972;RBI=0.0313657;REFB=-0.00982171;REVB=-0.0310127;RO=46;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145024;STB=0.583704;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0152642;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:10:17:23:23:10:17:23:23 chr13 103275386 . T C 223.68 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0303202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6573;QD=12.7818;RBI=0.0364965;REFB=-0.00527272;REVB=0.0203145;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178488;STB=0.602501;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00659604;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:10:17:20:23:10:17:20:23 chr13 103339365 . A G 298.56 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.011355;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.345;QD=29.1282;RBI=0.032293;REFB=-0.00606964;REVB=-0.0302308;RO=15;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056653;STB=0.531226;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00352969;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:15:26:26:0.634146:10:16:8:7:10:16:8:7 chr13 103346806 . C G 224.25 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0123881;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.088;QD=42.7143;RBI=0.0188828;REFB=-0.112821;REVB=0.0142511;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245111;STB=0.513355;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00109808;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:7:12:1:1:7:12:1:1 chr13 103383417 . T C 417.43 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00550065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.599;QD=19.6435;RBI=0.00568864;REFB=0.000914785;REVB=-0.00145035;RO=43;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313885;STB=0.517427;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.000917028;OID=.;OPOS=103383417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:22:20:19:24:22:20:19:24 chr13 103384824 . G A 368.67 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00409259;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.552;QD=32.7708;RBI=0.0175874;REFB=0.00476082;REVB=0.0171046;RO=15;SAF=22;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186752;STB=0.602667;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00139819;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:15:15:30:30:0.666667:8:22:7:8:8:22:7:8 chr13 103385014 . TA T,TG 1492.19 PASS AF=0.0105263,0.989474;AO=17,78;DP=95;FAO=1,94;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=1,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644136,0.00835006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.21,206.344;QD=62.8291;RBI=0.0377662,0.0570632;REFB=0,0;REVB=0.0372129,0.0564489;RO=0;SAF=2,34;SAR=15,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.95117e-08,-3.47622e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0779617,0.00130099;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0105263,0.989474:17,78:95:1,94:95:0:0,36:1,58:0:0:3:0:2,34:15,44:0:0 chr13 103385299 . A C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.335;QD=57.2342;RBI=0.0190966;REFB=0;REVB=0.0160193;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8613e-05;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:15:41:0:0:15:41:0:0 chr13 103385798 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9143;QD=58.0601;RBI=0.0284812;REFB=0;REVB=0.0248703;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156819;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr13 103386116 . C G 616.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446139;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.929;QD=61.699;RBI=0.0482566;REFB=0;REVB=0.0183929;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229601;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr13 103386283 . A G 2263.36 PASS AF=1;AO=148;DP=152;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268821;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.984;QD=61.1718;RBI=0.0171039;REFB=0;REVB=0.0168913;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111356;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:148:0:0:148:148:1:75:73:0:0:75:73:0:0 chr13 103388220 . A G 779.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.842;QD=56.6609;RBI=0.0238689;REFB=0;REVB=5.32017e-05;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39806e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr13 103389158 . A T 405.78 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00555518;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.449;QD=19.3228;RBI=0.00683957;REFB=-0.00361953;REVB=-0.00398995;RO=44;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175216;STB=0.591195;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00266519;OID=.;OPOS=103389158;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:44:43:41:41:0.488095:14:27:21:23:14:27:21:22 chr13 103391634 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1331;QD=51.9167;RBI=0.0341156;REFB=0;REVB=-0.0266271;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138609;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr13 103394003 . G A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.726;QD=43.4796;RBI=0.0503595;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156989;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr13 103394716 . T A,C 709.91 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,49;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013376,0.0190111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.95,102.169;QD=54.6082;RBI=0.024889,0.0403068;REFB=0,0;REVB=-0.0209891,0.0355417;RO=0;SAF=0,37;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.185751,0.00241218;OID=.,.;OPOS=103394716,103394716;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:3,49:2,50:0.0384615,0.961538:3,12:0,37:0:0:2,13:0,37:0:0 chr13 103395819 . C T 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.541;QD=59.4982;RBI=0.0303447;REFB=0;REVB=-0.00371056;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33158e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr13 103396716 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.547;QD=61.3362;RBI=0.00931393;REFB=0;REVB=0.00852114;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5824e-05;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr13 103397583 . C G 1120.16 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0861;QD=58.9559;RBI=0.0107799;REFB=0.0311303;REVB=0.001667;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114011;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000113149;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:1:0:34:41:1:0 chr13 103400083 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.01;QD=61.0479;RBI=0.0163535;REFB=0;REVB=0.0158331;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64035e-05;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr13 103400729 . G A 533.91 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0355597;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.295;QD=53.3905;RBI=0.0375333;REFB=-0.0569061;REVB=0.0120105;RO=3;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535604;STB=0.528685;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00215717;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:12:25:1:2:12:25:1:2 chr13 103402522 . C T 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.221;QD=63.4732;RBI=0.0255442;REFB=0;REVB=0.0247156;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19312e-05;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:46:48:0:0:46:48:0:0 chr13 103410782 . T C 288.92 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0168377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1632;QD=28.1871;RBI=0.074318;REFB=-0.00846835;REVB=0.0723855;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177229;STB=0.588717;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0104476;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:25:26:0.634146:14:11:10:4:15:11:10:5 chr13 103410914 . A T 287.79 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00544274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.678;QD=18.5673;RBI=0.0066316;REFB=-0.0149624;REVB=0.00378876;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115227;STB=0.564274;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00706888;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:17:14:18:13:17:14:18:13 chr13 103493825 . C G 839.76 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359274;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.892;QD=56.9331;RBI=0.0373729;REFB=-0.0667563;REVB=0.0102932;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47447e-06;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:39:20:0:0 chr13 103504517 . T C 1553.08 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834983;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.146;QD=60.3139;RBI=0.0130828;REFB=0;REVB=0.0100717;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130804;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr13 103511301 . T C 991.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.732;QD=59.1721;RBI=0.0400071;REFB=0;REVB=0.012245;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4862e-05;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:26:41:0:0 chr13 103527849 . G C 637.23 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0047337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.198;QD=47.2019;RBI=0.00494401;REFB=-0.0207088;REVB=0.00142664;RO=4;SAF=19;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166748;STB=0.501193;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00338594;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:4:5:49:49:0.907407:30:19:2:2:30:19:2:3 chr13 103527930 . G C 691.03 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00535295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.199;QD=60.0898;RBI=0.0351496;REFB=-0.0513198;REVB=0.0347396;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00408854;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:46:1:1:42:45:0.978261:29:13:1:0:32:13:1:0 chr13 103528002 . G C 282.17 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0118834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.519;QD=22.5732;RBI=0.0142603;REFB=-0.0101129;REVB=0.00788301;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195372;STB=0.616935;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00841726;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:12:14:7:16:12:14:7:17 chr13 103528337 . G A 329.57 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.037035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.39;QD=13.3158;RBI=0.0373367;REFB=0.00460118;REVB=0.00473625;RO=62;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920122;STB=0.552603;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00551912;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:21:16:32:30:21:16:32:30 chr13 103705044 . A C 407.29 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0260005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.114;QD=22.9458;RBI=0.0269393;REFB=-0.0480237;REVB=0.00704995;RO=31;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705165;STB=0.503879;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0363452;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:21:19:15:16:21:19:15:16 chr13 106119446 . G A 428.97 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0554627;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5701;QD=21.9984;RBI=0.0567091;REFB=-0.00190763;REVB=0.011824;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918182;STB=0.557593;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00190613;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:25:17:18:17:25:17:19:17 chr13 107144320 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.095;QD=58.4188;RBI=0.0126032;REFB=0;REVB=0.0115997;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09172e-05;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr13 107145463 . G C 1729.5 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.63;QD=60.684;RBI=0.0339656;REFB=0;REVB=0.00644857;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38506e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:47:66:0:0:47:67:0:0 chr13 108518715 . C T 40.12 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00712792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1415;QD=13.3742;RBI=0.0377183;REFB=-0.0507702;REVB=-0.0370387;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.780223;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0614225;OID=.;OPOS=108518715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:4:2:5:1:4:2 chr13 108518727 . T C 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000322336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.725;QD=13.9524;RBI=0.0832486;REFB=-0.0187684;REVB=-0.083248;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0315522;OID=.;OPOS=108518727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr13 108862436 . GTAA AGTA,GTA,GT 121.07 PASS AF=0,0.365854,0.121951;AO=2,13,6;DP=43;FAO=0,15,5;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=0,2,0;FSAR=0,13,5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0196937,-0.0414685,-0.0219244;FXX=0.0465008;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=101.835,14.774,23.5783;QD=11.812;RBI=0.0363429,0.125884,0.0673143;REFB=-0.0018111,-0.00784939,-0.00543935;REVB=-0.0305445,-0.118857,-0.0636438;RO=17;SAF=0,3,0;SAR=2,10,6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.594792,-0.41818,-0.760438;STB=0.5,0.822308,0.998003;STBP=1,0.005,0.008;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.068396,-0.0610636,0.0791951;OID=.,.,.;OPOS=108862436,108862438,108862438;OREF=GTA,A,AA;OALT=AGT,-,-;OMAPALT=AGTA,GTA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:43:41:17:21:2,13,6:0,15,5:0,0.365854,0.121951:2,10,6:0,3,0:11:6:0,13,5:0,2,0:13:8 chr13 109438084 . T A 1594.24 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272035;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.132;QD=59.5977;RBI=0.00429066;REFB=0;REVB=0.00331805;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140373;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:104:107:1:52:52:1:0:52:55:0:0 chr13 109472733 . G A 256.08 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.058041;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8097;QD=15.7587;RBI=0.0600116;REFB=0.0179448;REVB=0.0152523;RO=36;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274983;STB=0.655628;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0240968;OID=.;OPOS=109472733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:20:9:21:15:20:9:21:15 chr13 109717928 . A G 45.44 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00588121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.82;QD=8.26269;RBI=0.0321845;REFB=-0.0243152;REVB=0.0316425;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453553;STB=0.749318;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0255179;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:12:15:7:7:0.318182:5:2:9:3:5:2:10:5 chr13 109777503 . A G 433.45 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0351673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.75;QD=20.6404;RBI=0.0351871;REFB=-0.0306205;REVB=0.00117845;RO=41;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639393;STB=0.535382;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0236213;OID=.;OPOS=109777503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:22:21:23:18:22:21:23:18 chr13 109779906 . C T 685.19 PASS AF=0.641304;AO=57;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0925059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8944;QD=29.7907;RBI=0.163583;REFB=-0.0505015;REVB=-0.134915;RO=19;SAF=39;SAR=18;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580675;STB=0.575054;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0271558;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:19:33:57:59:0.641304:18:39:15:4:19:40:16:17 chr13 109793474 . T C 937.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2124;QD=58.5882;RBI=0.0958152;REFB=0;REVB=-0.0816815;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141874;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr13 109793593 . C A 400.63 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0119733;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.943;QD=18.4198;RBI=0.0152761;REFB=-0.0141545;REVB=0.00948672;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185173;STB=0.510323;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0133761;OID=.;OPOS=109793593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:26:15:16:30:26:15:16:30 chr13 109793720 . A C 2297.79 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508552;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.936;QD=63.8276;RBI=0.05414;REFB=0;REVB=0.0185712;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15648e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:142:144:1:82:60:0:0:83:61:0:0 chr13 110408608 . C T 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000158742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.336;QD=61.2124;RBI=0.000779922;REFB=0;REVB=-0.000763596;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38823e-06;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr13 110435953 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000860078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=58.1302;RBI=0.0564111;REFB=0;REVB=-0.0564045;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028794;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr13 110436232 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.542;QD=57.2023;RBI=0.0470551;REFB=0;REVB=0.00791348;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131943;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:24:2:0:0:28:2:0:0 chr13 110813709 . G A 306.64 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0157865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.248;QD=22.7143;RBI=0.0299662;REFB=-0.0320127;REVB=-0.0254707;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113075;STB=0.562459;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.026686;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:13:10:18:13:13:10 chr13 110819586 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.345;QD=56.9558;RBI=0.0406726;REFB=0;REVB=0.0041737;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153724;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr13 110839550 . T G 1511.03 PASS AF=0.980583;AO=98;DP=105;FAO=101;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314574;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9144;QD=58.6809;RBI=0.0316534;REFB=0;REVB=0.00351768;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162539;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:103:0:0:98:101:0.980583:50:48:0:0:51:50:0:0 chr13 110843985 . T C 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.963;QD=54.8231;RBI=0.0214719;REFB=0.0193895;REVB=0.00312477;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-3.12974e-05;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:31:19:0:0:31:19:0:1 chr13 110857823 . C T 210.1 PASS AF=0.313953;AO=26;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00329173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.625;QD=9.77224;RBI=0.00884539;REFB=-0.00275121;REVB=-0.00821008;RO=58;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468988;STB=0.520818;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00969428;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:26:27:0.313953:14:12:27:31:15:12:28:31 chr13 110857895 . A G 147.24 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00436379;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.583;QD=9.06071;RBI=0.0194948;REFB=-0.0214104;REVB=-0.0190001;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103432;STB=0.547122;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0355314;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:43:45:20:20:0.307692:12:8:21:22:12:8:21:24 chr13 110859069 . G C 451.97 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.101299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4016;QD=19.6507;RBI=0.10142;REFB=-0.00440497;REVB=0.00495122;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192065;STB=0.610341;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00343315;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:44:45:0.48913:26:18:29:18:27:18:29:18 chr13 110861785 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=57.5448;RBI=0.0240634;REFB=0;REVB=0.0187792;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103334;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr13 110864225 . A T 1151.05 PASS AF=0.59322;AO=105;DP=177;FAO=105;FDP=177;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00763307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.201;QD=26.0124;RBI=0.0143328;REFB=-0.00979953;REVB=0.0121311;RO=70;SAF=51;SAR=54;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500162;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00687303;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:70:72:105:105:0.59322:54:51:34:36:54:51:35:37 chr13 110959356 . C G 88.92 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0173676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.71;QD=27.3594;RBI=0.0288879;REFB=0.0459346;REVB=0.0230841;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680994;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00802945;OID=.;OPOS=110959356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:2:3:10:10:0.769231:7:3:1:1:7:3:2:1 chr13 111077197 . G A 1920.43 PASS AF=0.984375;AO=124;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.943;QD=60.0134;RBI=0.0291261;REFB=-0.155897;REVB=0.0231268;RO=1;SAF=60;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785291;STB=0.500248;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000546609;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:1:2:124:126:0.984375:64:60:1:0:65:61:1:1 chr13 111098226 . C T 444.8 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00796878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.471;QD=20.4505;RBI=0.0211956;REFB=-0.0287311;REVB=-0.0196405;RO=41;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352377;STB=0.529648;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0225993;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:43:44:44:0.505747:24:20:17:24:24:20:17:26 chr13 111102042 . G A 223.87 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00844211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.684;QD=14.9245;RBI=0.012538;REFB=-0.0161743;REVB=0.00927003;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147235;STB=0.583271;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0250743;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:22:12:13:13:22:12 chr13 111102126 . C T 100.76 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00221822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.446;QD=16.1221;RBI=0.00221848;REFB=0.0149371;REVB=-3.40752e-05;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191053;STB=0.610921;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0111327;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:7:6:8:4:7:6 chr13 111109157 . G A 636.87 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0183862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.933;QD=27.9944;RBI=0.0412626;REFB=-0.0296262;REVB=0.0369399;RO=35;SAF=19;SAR=37;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19133;STB=0.60429;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0327236;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:37:19:21:14:37:19:21:14 chr13 111109618 . G C 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00764305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2444;QD=14.0956;RBI=0.0162875;REFB=-0.0194203;REVB=-0.0143829;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.022206;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr13 111109859 . A G 377.88 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00949222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7134;QD=16.2529;RBI=0.0139303;REFB=-0.00736003;REVB=-0.0101957;RO=53;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192145;STB=0.607811;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0159042;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:18:22:19:34:18:22:19:34 chr13 111109882 . A G 284.19 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00163753;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4036;QD=14.9572;RBI=0.00890702;REFB=-0.00477926;REVB=-0.0087552;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106209;STB=0.552599;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0127299;OID=.;OPOS=111109882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:16:16:17:26:16:16:18:26 chr13 111111173 . G A 302.11 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0102737;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.466;QD=14.0518;RBI=0.0111212;REFB=-0.00595452;REVB=0.00425827;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661047;STB=0.537673;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00932118;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:13:21:29:23:13:21:29:23 chr13 111111235 . G A 217.33 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0177234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.186;QD=13.5834;RBI=0.0187336;REFB=-0.0141108;REVB=-0.00606854;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301621;STB=0.653728;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0208223;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:8:17:15:23:9:17:15:23 chr13 111134858 . T C 188.73 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00617272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.624;QD=13.2445;RBI=0.00767296;REFB=-0.0206591;REVB=-0.00455761;RO=33;SAF=20;SAR=2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396988;STB=0.684406;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0352951;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:22:23:0.403509:2:20:23:10:3:20:23:11 chr13 111154058 . T A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.261;QD=57.5449;RBI=0.0261753;REFB=0;REVB=-0.0090432;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53967e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr13 111154061 . T C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.306;QD=57.7097;RBI=0.0310248;REFB=0;REVB=0.0245413;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50437e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr13 111155773 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.254;QD=58.4195;RBI=0.0248176;REFB=0;REVB=0.0197709;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35946e-06;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr13 111156499 . C T 1485.28 PASS AF=0.922414;AO=100;DP=109;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.116255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4076;QD=51.2166;RBI=0.11628;REFB=-0.00761488;REVB=-0.00243959;RO=9;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934665;STB=0.548378;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113857;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:109:116:9:9:100:107:0.922414:41:59:0:9:42:65:0:9 chr13 111176393 . A G 753.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.89;QD=62.8023;RBI=0.0491781;REFB=0;REVB=-0.0340887;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17098e-05;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr13 111315405 . G A 274.76 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7682;QD=47.7834;RBI=0.034911;REFB=0.0278679;REVB=-0.012137;RO=2;SAF=16;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542215;STB=0.513501;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00331382;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:2:1:20:22:0.956522:4:16:2:0:4:18:1:0 chr13 111319754 . T C 958.37 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978335;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.451;QD=58.9766;RBI=0.01513;REFB=0;REVB=-0.0115414;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5447e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 111340342 . G A 202.45 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0379637;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.784;QD=20.7638;RBI=0.0411729;REFB=-0.00783514;REVB=0.0159363;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291133;STB=0.659846;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00324013;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:19:19:20:0.512821:8:11:5:15:8:12:5:14 chr13 111365104 . A G 1365.11 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3535;QD=62.0506;RBI=0.0343503;REFB=0;REVB=0.0283805;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165144;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:34:51:0:0:37:51:0:0 chr13 111368164 . T G 72.07 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9525;QD=36.0355;RBI=0.0197395;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192108;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr13 111531884 . AC A,AA 707.54 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=8,39;DP=47;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213554,0.0188175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.823,161.553;QD=60.216;RBI=0.00897621,0.0203904;REFB=0,0;REVB=-0.00871847,-0.00785295;RO=0;SAF=6,24;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0077552,0.00109013;OID=.,.;OPOS=111531885,111531885;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0638298,0.93617:8,39:47:3,44:47:0:1,29:2,15:0:0:11:0:6,24:2,15:0:0 chr13 111532288 . G A 603.32 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00615677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.756;QD=24.1326;RBI=0.00624052;REFB=-0.0107094;REVB=0.00101891;RO=45;SAF=30;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100129;STB=0.505493;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00858091;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:25:30:24:21:25:30:24:21 chr13 111563052 . C T 543.25 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00906782;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.715;QD=19.7545;RBI=0.0361551;REFB=-0.0251718;REVB=-0.0349995;RO=54;SAF=31;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970669;STB=0.553552;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0334743;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:54:56:56:0.509091:25:31:24:30:25:31:24:30 chr13 111806245 . A G 714.98 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.151;QD=59.582;RBI=0.0389673;REFB=-0.00443443;REVB=0.0216137;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0038401;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:0:1:45:47:0.979167:17:28:0:0:17:30:0:1 chr13 111870037 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.619;QD=60.61;RBI=0.0329373;REFB=0;REVB=0.0265198;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328534;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr13 111980537 . C T 1641.85 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.815;QD=60.2515;RBI=0.0204366;REFB=0;REVB=0.00482148;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75763e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr13 113478654 . G C 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0349295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.593;QD=12.3036;RBI=0.0352599;REFB=-0.0257775;REVB=-0.0048161;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164106;STB=0.594521;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0336605;OID=.;OPOS=113478654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:10:16:20:23:10:16:20:23 chr13 113479813 . G A 180.99 PASS AF=0.311688;AO=23;DP=76;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0126589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.875;QD=9.40218;RBI=0.0126594;REFB=-0.00495995;REVB=0.000105732;RO=50;SAF=15;SAR=8;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100604;STB=0.512185;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00859418;OID=.;OPOS=113479813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:50:53:23:24:0.311688:8:15:33:17:9:15:34:19 chr13 113479820 . A G 181.25 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.01247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5509;QD=9.41548;RBI=0.014181;REFB=0.00143919;REVB=-0.0067529;RO=53;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246787;STB=0.514529;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00292819;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:10:14:32:21:10:14:32:21 chr13 113508839 . G C 176.26 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0145889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1532;QD=20.7361;RBI=0.0161105;REFB=0.013779;REVB=0.00683458;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383959;STB=0.511099;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00814762;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:17:18:0.529412:11:6:5:11:12:6:5:11 chr13 113527967 . G A 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00300025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.99;QD=20.2728;RBI=0.010307;REFB=-0.0191562;REVB=0.00986067;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10065;STB=0.556768;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0261461;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:12:12:14:9:12:12 chr13 113534907 . T C 689.56 PASS AF=0.457317;AO=74;DP=163;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00753557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.085;QD=16.8185;RBI=0.018423;REFB=-0.016098;REVB=-0.0168113;RO=87;SAF=43;SAR=31;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216434;STB=0.621677;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0169588;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:87:89:74:75:0.457317:31:43:31:56:31:44:32:57 chr13 113534933 . G A 749.07 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0253723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.377;QD=19.843;RBI=0.0297857;REFB=-0.0205786;REVB=0.0156023;RO=75;SAF=22;SAR=54;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248392;STB=0.63728;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0175589;OID=.;OPOS=113534933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:54:22:41:34:54:22:41:34 chr13 113536132 . T C 109.71 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0174232;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.761;QD=15.6723;RBI=0.0372331;REFB=-0.012714;REVB=-0.032905;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543922;STB=0.544482;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0154652;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:10:2:3:12:11:2:3:12 chr13 113540649 . G T 191.33 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00957175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.408;QD=16.2832;RBI=0.0100746;REFB=-0.0146011;REVB=-0.00314309;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137074;STB=0.589653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0173724;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:11:8:15:12:12:8:15:12 chr13 113656216 . C T 1026.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.978;QD=59.4802;RBI=0.0230951;REFB=0;REVB=0.000581922;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71503e-05;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr13 113681243 . C A 558.97 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.002791;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.95;QD=21.2941;RBI=0.00636645;REFB=0.00437344;REVB=-0.00572206;RO=44;SAF=35;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668217;STB=0.526306;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00370409;OID=.;OPOS=113681243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:44:49:56:56:0.533333:21:35:24:20:21:35:28:21 chr13 113735608 . G A 170.91 PASS AF=0.431818;AO=12;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0385464;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.196;QD=15.5371;RBI=0.0419108;REFB=-0.0398322;REVB=-0.0164526;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486328;STB=0.638161;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0359803;OID=.;OPOS=113735608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:25:12:19:0.431818:6:6:18:1:10:9:18:7 chr13 113739226 . T C 764.44 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=57;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.013436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.735;QD=22.4835;RBI=0.0151147;REFB=-0.0269548;REVB=0.00692305;RO=63;SAF=57;SAR=16;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161132;STB=0.588848;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.022253;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:63:73:73:0.536765:16:57:40:23:16:57:40:23 chr13 113744441 . C T 440.76 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00706523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1508;QD=22.3169;RBI=0.0290232;REFB=-0.00905668;REVB=0.0281502;RO=34;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487639;STB=0.511664;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00808625;OID=.;OPOS=113744441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:36:43:43:0.544304:24:19:13:21:24:19:15:21 chr13 113747124 . A G 772.39 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00130756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.632;QD=61.7911;RBI=0.00847198;REFB=-0.0647987;REVB=0.00837046;RO=1;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303352;STB=0.516122;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00382313;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:15:34:0:1:15:34:0:1 chr13 113747135 . T C 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101042;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5811;QD=62.9965;RBI=0.0161785;REFB=0;REVB=0.0126352;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42857e-05;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr13 113792754 . T C 185.79 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00366904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.774;QD=19.0555;RBI=0.0169707;REFB=-0.00501311;REVB=-0.0165693;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399102;STB=0.726534;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00518602;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:6:14:5:14:6:14 chr13 113801737 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00307559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.738;QD=17.4971;RBI=0.0052714;REFB=-0.00186714;REVB=0.00428116;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120228;STB=0.56743;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00212596;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:25:14:22:24:25:14:22:24 chr13 113812962 . G A 130.5 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00250843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.79;QD=13.737;RBI=0.0917635;REFB=-0.0167419;REVB=0.0917292;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191266;STB=0.610968;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.023792;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:15:8:8:7:15:8 chr13 113818900 . A G 1459.99 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119333;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2149;QD=63.4779;RBI=0.0122211;REFB=0;REVB=0.0026362;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96773e-05;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr13 113839788 . CAGA C 275.35 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0195393;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.96;QD=20.0255;RBI=0.0198733;REFB=-0.000489163;REVB=0.00362833;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115009;STB=0.5785;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.000597914;OID=.;OPOS=113839789;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527273:27:56:29:55:26:16:13:10:16:99:28:15:12:12:16 chr13 113965176 . C A 130.69 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.096;QD=43.5629;RBI=0.0481448;REFB=0;REVB=0.0194918;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810977;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr13 114309226 . G A 275.48 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0140934;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.371;QD=15.5198;RBI=0.0358189;REFB=-0.0349399;REVB=-0.0329298;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589288;STB=0.533251;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0359835;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:15:16:23:17:15:16:23:17 chr13 114312354 . T G 770.81 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00156127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.459;QD=61.6649;RBI=0.0112742;REFB=-0.0783365;REVB=0.0111655;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000203376;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:0:1:48:49:0.98:30:18:0:0:30:19:1:0 chr13 114322289 . A G 150.18 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0142956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.311;QD=11.3346;RBI=0.0142965;REFB=-0.013081;REVB=0.000166361;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941475;STB=0.567612;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0351434;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:12:6:14:20:13:6:14:20 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG 60.99 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00120124;FXX=0;HRUN=1;LEN=10;MLLD=237.879;QD=7.62412;RBI=0.00122283;REFB=-0.0143939;REVB=-0.000228739;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239081;STB=0.5776;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=0.0373988;OID=.;OPOS=114453606;OREF=-;OALT=TGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:8:32:9:32:23:3:6:10:13:60:23:2:6:10:13 chr13 114453873 . G C 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00302933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7647;QD=6.80608;RBI=0.057954;REFB=-0.00831637;REVB=0.0578748;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16099;STB=0.5998;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0275569;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:21:6:3:6:21:6 chr13 114453912 . C T 117.33 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0222832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.426;QD=12.0338;RBI=0.022637;REFB=-0.0021771;REVB=-0.00398669;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280665;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336122;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:5:9:16:8:5:9:16:9 chr13 114535746 . G A 173.45 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00476869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.242;QD=11.3735;RBI=0.00650991;REFB=-0.00325667;REVB=0.00443154;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151335;STB=0.597994;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00426882;OID=.;OPOS=114535746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:15:7:17:21:15:7:18:21 chr13 114622597 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0264321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.599;QD=13.5048;RBI=0.031838;REFB=-0.0187323;REVB=-0.0177483;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111157;STB=0.565919;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0268565;OID=.;OPOS=114622597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:4:13:10:2:4:13 chr13 114623880 . G A 579.66 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441836;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.75;QD=61.0167;RBI=0.0483312;REFB=0;REVB=0.0195887;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228042;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr13 114780764 . A G 228.95 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0251789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.199;QD=16.0664;RBI=0.0279328;REFB=-0.0160257;REVB=0.0120941;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162108;STB=0.598856;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0233785;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:14:12:19:11:14:12:20:11 chr13 114781757 . G C 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0321927;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3104;QD=14.4894;RBI=0.0357378;REFB=-0.0178787;REVB=-0.0155185;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345175;STB=0.535071;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0240449;OID=.;OPOS=114781757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:6:13:19:10:6:13:19:11 chr14 19378030 . T A 167.12 PASS AF=0.8;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00973708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.629;QD=33.4245;RBI=0.164013;REFB=-0.018278;REVB=0.163724;RO=5;SAF=13;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211266;STB=0.519974;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00709205;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:5:4:15:16:0.8:2:13:3:2:3:13:3:1 chr14 19553764 . A G 55.46 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0672882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9176;QD=10.083;RBI=0.0713467;REFB=-0.0354583;REVB=0.0237201;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148467;STB=0.588045;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0264118;OID=.;OPOS=19553764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:1:13:7:1:1:13 chr14 19574244 . C G 193.56 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0120065;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.258;QD=22.7722;RBI=0.0205115;REFB=-0.0158243;REVB=0.0166303;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220225;STB=0.622522;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0172731;OID=.;OPOS=19574244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:3:12:10:9:3:12 chr14 19685269 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.031;QD=37.4885;RBI=0.10282;REFB=0;REVB=-0.0741652;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78332e-05;OID=.;OPOS=19685269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr14 19687289 . G T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0216007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.946;QD=11.4398;RBI=0.0223502;REFB=-0.000870732;REVB=-0.00573968;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377757;STB=0.728627;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00123387;OID=.;OPOS=19687289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:8:6:7:2:8:6 chr14 20002286 . A G 122.45 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0539047;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.131;QD=14.8425;RBI=0.054094;REFB=-0.0220994;REVB=0.00452216;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451563;STB=0.571317;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0320376;OID=.;OPOS=20002286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:12:2:3:15:12:2:4:15 chr14 20181502 . C T 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0251617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6738;QD=18.0325;RBI=0.117264;REFB=-0.0174226;REVB=-0.114533;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142976;STB=0.565758;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0200038;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:13:9:7:19:13:9:8:19 chr14 20216298 . T C 2120.28 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454946;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2792;QD=62.3612;RBI=0.0558864;REFB=0;REVB=0.0324581;RO=1;SAF=69;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914896;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:1:0:133:136:1:64:69:1:0:66:70:0:0 chr14 20216352 . G A 279.24 PASS AF=0.253012;AO=42;DP=166;FAO=42;FDP=166;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=-0.00680312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.947;QD=6.72863;RBI=0.00882881;REFB=-0.0111743;REVB=-0.00562721;RO=123;SAF=28;SAR=14;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236408;STB=0.644828;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0306281;OID=.;OPOS=20216352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:123:124:42:42:0.253012:14:28:59:64:14:28:59:65 chr14 20295834 . T C 225.55 PASS AF=0.203209;AO=38;DP=186;FAO=38;FDP=187;FR=.;FRO=149;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=0.0280679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.67;QD=4.82458;RBI=0.0359139;REFB=0.000262917;REVB=0.0224055;RO=148;SAF=25;SAR=13;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180828;STB=0.615701;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00106591;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:148:149:38:38:0.203209:13:25:77:71:13:25:77:72 chr14 20296278 . G A 303.59 PASS AF=0.255682;AO=45;DP=176;FAO=45;FDP=176;FR=.;FRO=131;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=84;FSRR=47;FWDB=-0.0189983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7875;QD=6.89967;RBI=0.0273083;REFB=-0.0115587;REVB=-0.0196166;RO=131;SAF=26;SAR=19;SRF=84;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824973;STB=0.549112;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0326457;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:131:131:45:45:0.255682:19:26:84:47:19:26:84:47 chr14 20345346 . A T 836.1 PASS AF=0.525;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.0424803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9299;QD=20.9024;RBI=0.0427985;REFB=-0.0284196;REVB=0.00520875;RO=71;SAF=58;SAR=26;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275857;STB=0.517853;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0290746;OID=.;OPOS=20345346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:71:76:84:84:0.525:26:58:47:24:26:58:50:26 chr14 20389606 . G A 279.24 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=80;FWDB=-0.0186267;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.852;QD=8.46167;RBI=0.0211732;REFB=-0.00324136;REVB=-0.0100673;RO=92;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341247;STB=0.698382;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0113092;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:92:94:38:38:0.287879:23:15:14:78:23:15:14:80 chr14 20389628 . C T 332.58 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=-0.0170319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.298;QD=11.878;RBI=0.0195981;REFB=-0.00707891;REVB=-0.00969537;RO=71;SAF=5;SAR=36;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315905;STB=0.685104;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0112082;OID=.;OPOS=20389628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:36:5:21:50:36:5:21:50 chr14 20389721 . G A 92.26 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0146175;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.746;QD=8.02279;RBI=0.021503;REFB=-0.00896956;REVB=-0.0157705;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100741;STB=0.540373;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0291866;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:48:46:36:34:12:12:0.26087:5:7:18:18:5:7:18:16 chr14 20403909 . T C 343.78 PASS AF=0.275281;AO=49;DP=177;FAO=49;FDP=178;FR=.;FRO=129;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=78;FWDB=-0.00965262;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.397;QD=7.72534;RBI=0.00966816;REFB=-0.0022819;REVB=-0.000548071;RO=124;SAF=25;SAR=24;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130321;STB=0.582957;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00646282;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:124:129:49:49:0.275281:24:25:50:74:24:25:51:78 chr14 20404238 . G A 390.73 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00644461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.606;QD=32.5604;RBI=0.0106104;REFB=-0.0121484;REVB=0.00842892;RO=16;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191622;STB=0.510465;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0070727;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:17:15:7:9:17:15:7:9 chr14 20404736 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.695;QD=63.8706;RBI=0.0332451;REFB=0;REVB=0.00078024;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119667;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr14 20404767 . A G 570.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.386;QD=60.1013;RBI=0.0298398;REFB=0;REVB=0.0255672;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146743;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr14 20444490 . C T 762.78 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159711;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.354;QD=57.5683;RBI=0.0294459;REFB=0;REVB=0.0247384;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482561;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr14 20470737 . G A 1491.24 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.011579;FXX=0.0260847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.294;QD=53.2586;RBI=0.0243518;REFB=-0.0497457;REVB=0.0214228;RO=7;SAF=51;SAR=54;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439364;STB=0.523198;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000414297;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:112:7:7:105:105:0.9375:54:51:6:1:54:51:6:1 chr14 20470852 . CT C 589.78 PASS AF=1;AO=66;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150143;FXX=0.059994;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.13838;QD=25.097;RBI=0.208218;REFB=0.0279635;REVB=0.144263;RO=13;SAF=26;SAR=40;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00988363;OID=.;OPOS=20470853;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:92:94:94:0:40:54:0:0:10:13:26:40:6:7 chr14 20470903 . T C 1188.96 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00305052;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.779;QD=58.7141;RBI=0.00451139;REFB=-0.149091;REVB=0.0033237;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.502429;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=4.20273e-05;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:81:0:2:79:79:0.975309:47:32:0:0:47:32:1:1 chr14 20482919 . A C 341.95 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-8.37203e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.28;QD=30.3957;RBI=0.0176526;REFB=-0.0190554;REVB=0.0176524;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121758;STB=0.566882;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.013312;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:11:18:7:9:11:18:7:9 chr14 20502331 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0295394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.045;QD=9.09993;RBI=0.0302032;REFB=-0.0108077;REVB=-0.00629769;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905072;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0242076;OID=.;OPOS=20502331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:9:10:4:5:9:10 chr14 20528207 . G A 731.1 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0422;QD=63.5741;RBI=0.144594;REFB=0;REVB=0.0250096;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276973;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:38:46:1:19:19:0:0:22:24:0:0 chr14 20528321 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.136;QD=54.5152;RBI=0.0602723;REFB=0;REVB=0.02175;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806027;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr14 20528359 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6994;QD=46.8476;RBI=0.023513;REFB=0;REVB=0.0228767;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891928;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr14 20528362 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.11;QD=46.8479;RBI=0.0188676;REFB=0;REVB=0.0159823;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131996;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274868;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=19;MLLD=612.913;QD=51.2603;RBI=0.0141136;REFB=0;REVB=0.0138433;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.98536e-05;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:14:5:0:0:4:0:14:5:0:0 chr14 20528505 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.143;QD=61.3356;RBI=0.0418354;REFB=0;REVB=0.0270473;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439795;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr14 20528528 . G A 633.29 PASS AF=0.94;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0350056;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.642;QD=50.663;RBI=0.0350088;REFB=-0.208706;REVB=0.000477368;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509366;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00134761;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:50:0:3:47:47:0.94:24:23:0:0:24:23:1:2 chr14 20529019 . C T 1491.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.084;QD=63.4736;RBI=0.0199173;REFB=0;REVB=0.0071715;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38888e-05;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr14 20529043 . C G 1020.05 PASS AF=0.934211;AO=69;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0360445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2466;QD=53.6866;RBI=0.0369704;REFB=-0.0260981;REVB=0.00822192;RO=3;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358657;STB=0.524993;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0031267;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:3:4:69:71:0.934211:38:31:0:3:38:33:0:4 chr14 20586042 . G C 1337.81 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000356037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.113;QD=62.2238;RBI=0.00964008;REFB=0;REVB=0.00963351;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27997e-06;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:45:37:0:0:47:39:0:0 chr14 20586432 . C T 1549.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.593;QD=63.8787;RBI=0.0642167;REFB=0;REVB=0.0632773;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013594;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr14 20665887 . G C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2396;QD=57.8818;RBI=0.0125442;REFB=0;REVB=0.00184553;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110359;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr14 20697600 . T G 1433.71 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9014;QD=61.009;RBI=0.0117357;REFB=0.0174136;REVB=0.0108663;RO=2;SAF=59;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618072;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000274614;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:33:59:1:1:34:59:1:0 chr14 20764585 . A C 306.91 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0397771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0321;QD=18.0536;RBI=0.0418957;REFB=-0.0386891;REVB=0.0131542;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316948;STB=0.677854;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0177917;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:24:9:21:14:24:9:21:14 chr14 20770036 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.986;QD=58.0571;RBI=0.0176833;REFB=0;REVB=0.0169101;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0332e-05;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr14 20784431 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00631295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.118;QD=17.2245;RBI=0.0116955;REFB=-0.00254165;REVB=0.00984539;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312224;STB=0.674138;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00257771;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:28:11:21:13:28:11 chr14 20784718 . G T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0179854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.385;QD=14.0958;RBI=0.021388;REFB=-0.0121155;REVB=-0.0115746;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165392;STB=0.578801;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0110257;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:4:7:6:7:4:7:7:7 chr14 20811442 . C T 856.48 PASS AF=0.53125;AO=84;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.00722309;FXX=0.00621079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.23;QD=21.412;RBI=0.0087923;REFB=-0.0247502;REVB=0.00501313;RO=72;SAF=46;SAR=38;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676217;STB=0.502972;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0190792;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:72:75:84:85:0.53125:38:46:40:32:38:47:41:34 chr14 20815013 . C T 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0116458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.958;QD=22.7174;RBI=0.0210226;REFB=-0.0190946;REVB=0.0175021;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355542;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0179722;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:8:9:14:14:0.608696:8:6:3:5:8:6:4:5 chr14 20824181 . T C 253.12 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.019512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.004;QD=19.1036;RBI=0.023427;REFB=-0.0186173;REVB=0.0129656;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499385;STB=0.527912;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0225945;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:12:14:13:14:12:14 chr14 20837701 . G C 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00142723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.519;QD=21.008;RBI=0.0100389;REFB=-0.0257746;REVB=-0.00993697;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617893;STB=0.534224;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0232501;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:9:16:17:13:9:16 chr14 20841707 . C T 301.7 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000311005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.774;QD=25.142;RBI=0.0331212;REFB=-0.0387699;REVB=-0.0331198;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110692;STB=0.572263;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0290123;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:11:16:9:11:11:16:9:12 chr14 20847202 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0709646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.172;QD=20.2736;RBI=0.0738071;REFB=-0.00101192;REVB=0.0202858;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559801;STB=0.531469;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00197522;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:8:16:14:9:8:16 chr14 20852029 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.516;QD=55.6557;RBI=0.0217225;REFB=0;REVB=0.00771504;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125269;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr14 20852770 . G T 233.38 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00548603;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.556;QD=16.6702;RBI=0.00874173;REFB=-0.0171072;REVB=-0.00680597;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070653;STB=0.515224;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0157538;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:56:32:30:26:26:0.464286:14:12:15:17:14:12:13:17 chr14 20852817 . G A 762.79 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727549;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.809;QD=62.2685;RBI=0.0139426;REFB=-0.0611799;REVB=0.0118939;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113271;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:32:17:0:0 chr14 20854734 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.994;QD=57.2376;RBI=0.0252711;REFB=0;REVB=0.000643827;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43796e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr14 20863677 . C A 509.68 PASS AF=0.585366;AO=46;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00203422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.639;QD=24.8623;RBI=0.00222299;REFB=0.00427453;REVB=0.000896448;RO=34;SAF=16;SAR=30;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535714;STB=0.5257;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00132329;OID=.;OPOS=20863677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:34:34:46:48:0.585366:30:16:14:20:31:17:14:20 chr14 20876305 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00452433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.237;QD=16.8842;RBI=0.00536447;REFB=-0.0245214;REVB=0.00288235;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21177;STB=0.622468;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0276631;OID=.;OPOS=20876305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:9:8:4:11:9:8 chr14 20897064 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.327;QD=59.8382;RBI=0.0327579;REFB=0;REVB=0.0216056;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294681;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr14 20898308 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.48;QD=46.0575;RBI=0.0246516;REFB=-0.0743297;REVB=0.0172457;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00259644;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:1:0 chr14 20925154 . T G 255.96 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.966;QD=51.1927;RBI=0.0720908;REFB=0;REVB=0.0699196;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543012;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr14 20928359 . C A 923.55 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.388;QD=56.8336;RBI=0.0134444;REFB=0.0395298;REVB=0.00877913;RO=1;SAF=45;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103783;STB=0.505375;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000511469;OID=.;OPOS=20928359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:62:64:0.984615:17:45:1:0:18:46:1:0 chr14 21024619 . A G 1587.03 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3167;QD=64.1225;RBI=0.039722;REFB=0;REVB=-0.0255872;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82412e-05;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr14 21024786 . A G 1356.13 PASS AF=0.947368;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000692822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.767;QD=57.1004;RBI=0.0138032;REFB=-0.00301788;REVB=0.0137858;RO=5;SAF=36;SAR=54;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208443;STB=0.511011;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00010779;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:95:95:5:5:90:90:0.947368:54:36:1:4:54:36:1:4 chr14 21058902 . G A 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0326895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4041;QD=13.6195;RBI=0.0408523;REFB=-0.0385464;REVB=-0.0245011;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675194;STB=0.553915;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0418308;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:12:14:17:19:12:14:17:21 chr14 21081996 . C T 2003.96 PASS AF=0.985075;AO=129;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0122778;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.643;QD=59.8197;RBI=0.0379811;REFB=-0.0361823;REVB=0.0359419;RO=2;SAF=79;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186264;STB=0.509258;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000424043;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:129:132:0.985075:50:79:0:2:53:79:0:2 chr14 21099400 . G A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000768754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.404;QD=19.9411;RBI=0.00569933;REFB=-0.0183948;REVB=0.00564724;RO=29;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31782;STB=0.678726;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0161702;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:26:6:14:15:26:6:14:15 chr14 21101155 . C T 252.02 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0138899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.23;QD=17.0862;RBI=0.0179032;REFB=-0.0060259;REVB=-0.0112958;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010536;STB=0.504947;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00574436;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:27:28:0.474576:12:15:17:13:12:16:18:13 chr14 21109141 . C T 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.498;QD=58.5843;RBI=0.047202;REFB=0;REVB=0.0458535;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311971;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr14 21109170 . T A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8206;QD=60.9757;RBI=0.0246714;REFB=0;REVB=0.0157284;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351215;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr14 21149930 . T C 302.06 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0171189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.06;QD=14.3836;RBI=0.0204676;REFB=-0.00910893;REVB=0.0112189;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726498;STB=0.541234;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0190005;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:16:18:23:27:16:18:23:27 chr14 21151483 . T G 1468.86 PASS AF=0.527675;AO=141;DP=270;FAO=143;FDP=271;FR=.;FRO=128;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=0.033956;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8569;QD=21.6806;RBI=0.0342151;REFB=-0.0255309;REVB=0.00420262;RO=128;SAF=69;SAR=72;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568658;STB=0.530754;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0255785;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:128:128:141:143:0.527675:72:69:71:57:73:70:71:57 chr14 21168055 . T C 430.47 PASS AF=0.45283;AO=45;DP=103;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00556636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.393;QD=16.244;RBI=0.0417873;REFB=-0.0112751;REVB=0.0414149;RO=57;SAF=26;SAR=19;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925395;STB=0.562019;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0106062;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:57:58:45:48:0.45283:19:26:38:19:21:27:39:19 chr14 21168084 . C T 385.47 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.047135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9342;QD=18.1398;RBI=0.0632052;REFB=-0.0257502;REVB=-0.0421092;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180189;STB=0.599953;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0274546;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:18:22:33:12:18:22:33:12 chr14 21215923 . G T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.425;QD=37.8918;RBI=0.0452549;REFB=0.00810861;REVB=0.00384662;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00154795;OID=.;OPOS=21215923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr14 21216499 . C T 579.46 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261773;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5022;QD=60.9954;RBI=0.0457304;REFB=0;REVB=-0.0374968;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86709e-05;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:32:38:1:21:11:0:0:27:11:0:0 chr14 21238318 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.100937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9063;QD=9.56876;RBI=0.101404;REFB=-0.0144375;REVB=0.00971603;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479673;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0364304;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:4:10:6:2:5:10 chr14 21238322 . C G 145.55 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00677484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1885;QD=25.3122;RBI=0.0357601;REFB=-0.00500052;REVB=0.0351125;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059651;STB=0.53329;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00246673;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:2:6:10:5:2:6 chr14 21238767 . A G 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00213169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.237;QD=17.4898;RBI=0.0374906;REFB=-0.0104332;REVB=0.03743;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.588173;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0168137;OID=.;OPOS=21238767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:18:11:16:12:18:12 chr14 21238862 . A G 380.1 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0165566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.079;QD=18.7703;RBI=0.0242308;REFB=-0.0168691;REVB=0.0176921;RO=41;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319307;STB=0.666584;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0104274;OID=.;OPOS=21238862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:39:40:0.493827:26:13:28:13:26:14:28:13 chr14 21239007 . A T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0376731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.218;QD=21.2923;RBI=0.0381362;REFB=-0.00623036;REVB=-0.00592536;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245859;STB=0.637258;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00438818;OID=.;OPOS=21239007;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:18:7:14:11:18:7 chr14 21239104 . G C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0175242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.418;QD=18.7442;RBI=0.0176812;REFB=-0.0466463;REVB=0.00235165;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.749316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0410332;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:5:2:3:0:5:2:4:0 chr14 21250144 . T G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0189326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5616;QD=11.0922;RBI=0.0346746;REFB=0.0330116;REVB=-0.0290497;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0155508;OID=.;OPOS=21250144;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr14 21250366 . T C 1199.35 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0105592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.991;QD=58.5048;RBI=0.0329743;REFB=-0.04888;REVB=0.0312379;RO=2;SAF=52;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081926;STB=0.50401;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00411158;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:27:52:1:1:28:52:1:1 chr14 21360344 . G C 636.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120704;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3489;QD=62.0533;RBI=0.0258046;REFB=0;REVB=-0.0228076;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003178;OID=.;OPOS=21360344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr14 21458320 . CCCCG C 354.05 PASS AF=0.396104;AO=54;DP=159;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.0229623;FXX=0.0314446;HRUN=5;LEN=4;MLLD=288.93;QD=9.19607;RBI=0.0238166;REFB=0.00610596;REVB=0.00632148;RO=90;SAF=23;SAR=31;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675444;STB=0.547155;STBP=0.386;TYPE=del;VARB=-0.0090908;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396104:54:159:61:154:93:29:32:37:56:99:90:23:31:33:57 chr14 21458351 . T TTG 854.85 PASS AF=0.565217;AO=76;DP=149;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0670174;FXX=0.0349626;HRUN=3;LEN=2;MLLD=213.783;QD=24.7781;RBI=0.0670926;REFB=-0.0162624;REVB=0.00317677;RO=69;SAF=29;SAR=47;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124444;STB=0.544394;STBP=0.261;TYPE=ins;VARB=0.0102196;OID=.;OPOS=21458352;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:76:149:78:138:60:30:48:29:31:99:69:29:47:36:33 chr14 21467913 . T G 288.44 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0221756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.667;QD=13.735;RBI=0.0222883;REFB=-0.0116445;REVB=0.00223878;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201569;STB=0.604591;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.009155;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:32:33:0.392857:16:16:35:16:16:17:35:16 chr14 21469151 . T C 70.01 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.02253;FXX=0.0370233;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.209;QD=10.7709;RBI=0.0273942;REFB=-0.0152288;REVB=-0.0155833;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027843;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:26:12:16:8:9:0.346154:4:4:6:6:5:4:7:9 chr14 21486137 . G C 1048.58 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9988;QD=59.0747;RBI=0.0379949;REFB=0;REVB=-0.0238655;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91852e-05;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:35:36:0:0 chr14 21500121 . G T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00625113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=25.3399;RBI=0.0154904;REFB=-0.0332675;REVB=0.0141731;RO=20;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185569;STB=0.510198;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0229324;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:10:21:14:6:10:21:14:6 chr14 21500541 . T TA 97.19 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.104236;FXX=0.119952;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1477;QD=17.6708;RBI=0.113771;REFB=0.0688217;REVB=-0.045593;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.54539;STBP=0.574;TYPE=ins;VARB=-0.0603338;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:12:27:14:22:8:7:7:3:5:48:13:7:5:5:8 chr14 21501095 . T C 85.8 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0154915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.335;QD=12.2574;RBI=0.0744982;REFB=-0.0118327;REVB=0.0728698;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0266525;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr14 21501195 . G A 120.13 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.055598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6079;QD=14.1333;RBI=0.0876552;REFB=0.0105359;REVB=0.0677665;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185781;STB=0.606659;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00942071;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:16:4:5:9:16:4 chr14 21502345 . A G 254.3 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.036452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0915;QD=15.4124;RBI=0.0418161;REFB=-0.0363551;REVB=0.0204898;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713018;STB=0.547413;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0576702;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:14:15:16:20:14:15:16:21 chr14 21511458 . G C 174.81 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128944;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.9375;QD=36.801;RBI=0.0503711;REFB=-0.150443;REVB=-0.0486927;RO=2;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070322;STB=0.55549;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0304257;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:20:19:2:3:16:16:0.842105:4:12:2:0:4:12:3:0 chr14 21511497 . C T 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.593;QD=60.5932;RBI=0.0399393;REFB=0;REVB=-0.0336035;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13756e-05;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr14 21526079 . C T 61.93 PASS AF=0.5;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00696791;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.807;QD=15.4826;RBI=0.131291;REFB=-0.0193588;REVB=-0.131106;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00988522;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:17:16:5:8:7:8:0.5:3:4:2:3:3:5:2:6 chr14 21542753 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00399272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.448;QD=54.8828;RBI=0.0354796;REFB=-0.21728;REVB=0.0352542;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269107;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0028293;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:0:1:17:37:0:1 chr14 21623290 . T C 365.3 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0139673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.154;QD=18.7334;RBI=0.0139724;REFB=-0.0410606;REVB=-0.000379383;RO=40;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12638;STB=0.57518;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0217429;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:25:12:18:22:26:12:18:22 chr14 21623489 . C T 489.97 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.825;QD=55.9963;RBI=0.0343885;REFB=0.00178388;REVB=0.0317944;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000212308;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr14 21623836 . G A 321.52 PASS AF=0.5;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00716017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5516;QD=18.9132;RBI=0.018371;REFB=-0.0316024;REVB=0.0169182;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062072;STB=0.515251;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0261757;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:34:34:34:0.5:14:20:21:11:14:20:21:13 chr14 21624197 . T C 95.94 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0284996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.234;QD=22.573;RBI=0.0368579;REFB=-0.00953929;REVB=-0.0233726;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00581169;OID=.;OPOS=21624197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:3:3:4:7:3:3 chr14 21770730 . A G 369.76 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0186238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.123;QD=22.4094;RBI=0.0329934;REFB=-0.0107255;REVB=-0.0272345;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403429;STB=0.520254;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0152063;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:27:29:37:37:0.560606:20:17:11:16:20:17:12:17 chr14 21778717 . AAAT A 30.74 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0322175;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=3;MLLD=244.181;QD=8.19625;RBI=0.0475303;REFB=0.0105309;REVB=0.0349451;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=-0.127905;STB=0.618651;STBP=0.793;TYPE=del;VARB=-0.021314;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:15:5:15:10:4:1:9:1:30:8:4:1:7:1 chr14 21778792 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0091855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.344;QD=12.329;RBI=0.0101801;REFB=-0.0114692;REVB=0.00438862;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792561;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0227101;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:12:5:4:7:12:5 chr14 21785790 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00624196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4714;QD=17.4009;RBI=0.0170856;REFB=0.0141576;REVB=0.0159046;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00706438;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:4:9:9:4:4:9 chr14 21829129 . C G 1032.08 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392922;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.563;QD=59.8306;RBI=0.00836317;REFB=0;REVB=-0.00738268;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351379;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:35:34:0:0 chr14 21831052 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.418;QD=56.9529;RBI=0.10124;REFB=0;REVB=0.100657;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025436;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr14 21871653 . C T 954.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.478;QD=58.7607;RBI=0.0226038;REFB=0;REVB=-0.0117354;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58608e-05;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr14 21945415 . A G 90.04 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00114756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2616;QD=5.90457;RBI=0.0631054;REFB=-0.00390999;REVB=-0.063095;RO=47;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14022;STB=0.588249;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00812711;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:47:47:14:14:0.229508:5:9:25:22:5:9:25:22 chr14 21960816 . T C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0188178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.553;QD=22.4372;RBI=0.0197552;REFB=-0.0091566;REVB=-0.00601341;RO=25;SAF=10;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183698;STB=0.601756;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00641892;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:23:10:13:12:23:10:13:12 chr14 21960969 . G A 59.6 PASS AF=0.209302;AO=7;DP=41;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.000682077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.242;QD=5.54407;RBI=0.00544334;REFB=-0.00519148;REVB=-0.00540044;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136363;STB=0.574309;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0153195;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:43:19:34:7:9:0.209302:3:4:13:6:4:5:22:12 chr14 21967438 . G A 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00277513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.669;QD=17.6717;RBI=0.00494022;REFB=-0.0107412;REVB=-0.0040871;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155328;STB=0.587137;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0135004;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:15:17:11:19:15:17 chr14 21967916 . A G 211.93 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0100848;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.975;QD=18.4289;RBI=0.0134333;REFB=-0.00162876;REVB=-0.00887403;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209328;STB=0.618934;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00153087;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:10:15:8:13:10:15 chr14 21993498 . G A 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5926;QD=54.5018;RBI=0.112489;REFB=0;REVB=0.112461;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315655;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr14 22102745 . C A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0281294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.21;QD=20.1596;RBI=0.0290271;REFB=-0.0268746;REVB=0.00716308;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0303017;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:5:9:6:10:5:9 chr14 22111660 . C T 712.71 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0103885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.661;QD=22.2722;RBI=0.0138225;REFB=-0.0114514;REVB=0.00911807;RO=59;SAF=38;SAR=31;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064234;STB=0.535201;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.013071;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:31:38:28:31:31:38:28:31 chr14 22133416 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00393885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.805;QD=19.4994;RBI=0.014831;REFB=-0.0189296;REVB=-0.0142984;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060113;STB=0.533313;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0135124;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:6:24:24:8:6:24 chr14 22133648 . G A 312.61 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00201126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127;QD=23.1566;RBI=0.0157792;REFB=-0.00958437;REVB=0.0156505;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145968;STB=0.562461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00578555;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:22:31:32:0.592593:13:18:9:14:14:18:9:13 chr14 22133997 . A G 167.38 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00522115;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.24;QD=9.99285;RBI=0.0053733;REFB=-0.00439804;REVB=0.00126964;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705491;STB=0.541509;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00763648;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:8:14:26:19:8:14:26:19 chr14 22236756 . G C 445.86 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0288232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4937;QD=23.4665;RBI=0.0774313;REFB=-0.0186331;REVB=0.0718668;RO=33;SAF=29;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110784;STB=0.561011;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0139777;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:14:29:18:15:14:29:18:15 chr14 22237070 . C T 429.84 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.014342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.224;QD=16.6929;RBI=0.01929;REFB=-0.0205226;REVB=-0.0129001;RO=56;SAF=28;SAR=19;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129091;STB=0.572113;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0252051;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:19:28:26:30:19:28:26:30 chr14 22237127 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.095;QD=58.9627;RBI=0.0172758;REFB=0;REVB=0.0170138;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81893e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr14 22309847 . T C 294.02 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00894375;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.728;QD=16.8014;RBI=0.0124734;REFB=-0.000802907;REVB=-0.00869451;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352979;STB=0.519843;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000541336;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:20:18:14:18:20:18 chr14 22309948 . T C 287.4 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0228991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.847;QD=24.9909;RBI=0.024693;REFB=-0.00877001;REVB=-0.00923988;RO=20;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12691;STB=0.570616;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00464498;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:17:9:10:10:17:9:10:10 chr14 22314985 . T C 1642.02 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.692;QD=60.2575;RBI=0.0411735;REFB=0;REVB=-0.00198707;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35031e-05;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:57:51:0:0:58:51:0:0 chr14 22315212 . A G 1953.22 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.147;QD=62.0071;RBI=0.0502786;REFB=0;REVB=0.0140968;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90451e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:57:67:0:0:57:69:0:0 chr14 22315296 . C T 547.59 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0157456;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.746;QD=18.8824;RBI=0.0157582;REFB=-0.00597042;REVB=0.000629502;RO=58;SAF=29;SAR=28;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102452;STB=0.551664;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00503716;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:58:59:57:57:0.491379:28:29:36:22:28:29:36:23 chr14 22315394 . T C 75.88 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00614229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.022;QD=4.46327;RBI=0.0145476;REFB=-0.0136187;REVB=-0.0131873;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102147;STB=0.596268;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0571263;OID=.;OPOS=22315394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:12:13:0.191176:6:6:32:23:7:6:32:23 chr14 22320728 . T C 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0092544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.41;QD=15.0402;RBI=0.00939763;REFB=-0.00162102;REVB=-0.00163448;RO=49;SAF=26;SAR=9;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112892;STB=0.564235;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00203857;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:9:26:32:17:9:26:32:17 chr14 22321124 . T C 183.5 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0036232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.651;QD=11.8387;RBI=0.00426464;REFB=-0.00810424;REVB=-0.00224936;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133777;STB=0.577457;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0115603;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:19:20:9:14:19:20 chr14 22322690 . G A 432.99 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00906208;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1699;QD=20.3758;RBI=0.0210718;REFB=-0.00241802;REVB=-0.0190236;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166513;STB=0.598329;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00234236;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:42:43:43:0.505882:24:19:27:16:24:19:27:15 chr14 22337393 . G A 781.7 PASS AF=0.58871;AO=72;DP=123;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0973393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1975;QD=25.2162;RBI=0.104537;REFB=0.00941755;REVB=-0.0381198;RO=51;SAF=18;SAR=54;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214063;STB=0.609824;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00579787;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:51:51:72:73:0.58871:54:18:25:26:54:19:25:26 chr14 22356491 . G T 284.15 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00820205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4814;QD=13.0641;RBI=0.0250066;REFB=-0.00816765;REVB=0.0236232;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206699;STB=0.585011;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0125599;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:54:33:33:0.37931:18:15:32:17:18:15:32:22 chr14 22356551 . T C 376.66 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0327065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9864;QD=18.6006;RBI=0.0893294;REFB=-0.00935765;REVB=0.0831265;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040128;STB=0.522376;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0101077;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:16:23:23:19:16:23:23:19 chr14 22362971 . A G 664.63 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0423764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3745;QD=19.2646;RBI=0.0458549;REFB=-0.00498992;REVB=-0.017519;RO=71;SAF=35;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117594;STB=0.50065;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00595963;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:32:35:37:34:32:35:37:34 chr14 22386449 . C T 900.88 PASS AF=0.484043;AO=90;DP=188;FAO=91;FDP=188;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.499;QD=19.1678;RBI=0.0111833;REFB=-0.00319051;REVB=0.00256407;RO=93;SAF=30;SAR=60;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758045;STB=0.546724;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00378709;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:93:97:90:91:0.484043:60:30:38:55:61:30:40:57 chr14 22392304 . G A 262.94 PASS AF=0.340426;AO=29;DP=91;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0152974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0702;QD=11.1889;RBI=0.019829;REFB=0.00651114;REVB=0.0126167;RO=62;SAF=20;SAR=9;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194374;STB=0.609304;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0172882;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:62:62:29:32:0.340426:9:20:33:29:10:22:33:29 chr14 22392366 . C T 223.51 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00271805;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.554;QD=10.3956;RBI=0.0172756;REFB=-0.00684006;REVB=-0.0170605;RO=56;SAF=20;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259585;STB=0.653596;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0132237;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:58:28:28:0.325581:8:20:28:28:8:20:29:29 chr14 22392626 . A C 409.75 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0252134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2844;QD=20.7467;RBI=0.0440882;REFB=-0.0447341;REVB=-0.0361671;RO=36;SAF=30;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243213;STB=0.625369;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0405425;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:36:38:41:41:0.518987:11:30:17:19:11:30:19:19 chr14 22392703 . G C 401.17 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00575758;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.806;QD=23.9503;RBI=0.00576939;REFB=-0.0284854;REVB=-0.00036902;RO=27;SAF=26;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118551;STB=0.559109;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0189971;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:28:39:39:0.58209:13:26:14:13:13:26:15:13 chr14 22509188 . T C 731.38 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.021613;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4217;QD=51.3251;RBI=0.028201;REFB=-0.0776316;REVB=-0.0181157;RO=3;SAF=17;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397233;STB=0.521119;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00431727;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:57:3:3:54:54:0.947368:37:17:2:1:37:17:2:1 chr14 22521051 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00870776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.744;QD=16.9415;RBI=0.00977041;REFB=0.000129197;REVB=0.00443123;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838051;STB=0.54814;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000193911;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:8:16:14:5:8:16 chr14 22555013 . T C 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0111564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6295;QD=19.0781;RBI=0.0351303;REFB=0.00957893;REVB=-0.0333118;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203585;STB=0.622562;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00960293;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:10:22:14:16:10:22:14:17 chr14 22591988 . C A 657.78 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00142612;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.945;QD=59.7979;RBI=0.0134596;REFB=-0.0375744;REVB=0.0133838;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000139228;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr14 22600863 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.299;QD=59.1432;RBI=0.0091445;REFB=0;REVB=-0.00718233;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06042e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr14 22739862 . A T 312.39 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.012494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.168;QD=21.9221;RBI=0.0578761;REFB=0.0119409;REVB=-0.0565115;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406892;STB=0.522489;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0168455;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:13:12:17:15:13:12 chr14 22740245 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0131283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.717;QD=14.0538;RBI=0.0137958;REFB=-0.0128325;REVB=-0.0042392;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103919;STB=0.559392;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0127671;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:19:16:9:16:19:16 chr14 22740270 . G A 234.98 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0377304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.94;QD=15.4084;RBI=0.0387164;REFB=0.00874523;REVB=-0.00868167;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102373;STB=0.558037;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.012831;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:18:16:10:17:18:16 chr14 22887459 . CG C 186.12 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0541246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.0975;QD=10.1984;RBI=0.0881954;REFB=0.00585131;REVB=0.0696345;RO=40;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.0997944;STB=0.574421;STBP=0.29;TYPE=del;VARB=0.00100841;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:30:72:33:73:40:10:23:17:23:99:40:10:20:17:23 chr14 22891883 . G C 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=-0.042626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.478;QD=14.0454;RBI=0.0449603;REFB=-0.0218341;REVB=-0.0142987;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472806;STB=0.76554;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0160123;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:26:3:10:8:26:3 chr14 22942890 . G T 1713.19 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.768;QD=60.6438;RBI=0.0212998;REFB=0;REVB=0.0195561;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11591e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr14 22961854 . A G 801.13 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0502;QD=55.2504;RBI=0.0261473;REFB=-0.0852871;REVB=-0.0241555;RO=1;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177618;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:18:39:0:1:19:39:0:0 chr14 22972742 . G A 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.44;QD=64.1537;RBI=0.00559872;REFB=0;REVB=0.00531327;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65822e-05;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr14 22972783 . ACC AC,ACA 1343.95 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=83,4;DP=89;FAO=88,2;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554018,0.00708776;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.0587,7.56712;QD=59.7311;RBI=0.149825,0.0923909;REFB=0,0;REVB=-0.139205,-0.0921186;RO=0;SAF=40,1;SAR=43,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00350732,0.0349174;OID=.,.;OPOS=22972784,22972785;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977778,0.0222222:83,4:89:88,2:90:0:43,1:45,1:0:0:4:0:40,1:43,3:0:0 chr14 22972815 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.567;QD=59.1432;RBI=0.00319728;REFB=0;REVB=-0.002352;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99872e-07;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr14 22975700 . T G 1541.96 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00339647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.5;QD=57.6432;RBI=0.0113338;REFB=-0.0907957;REVB=-0.0108129;RO=2;SAF=59;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222898;STB=0.501175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000312693;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:46:59:1:1:46:59:1:1 chr14 22978335 . C T 2298.92 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331878;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.96;QD=60.1024;RBI=0.042526;REFB=-0.0375397;REVB=0.02659;RO=1;SAF=86;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726167;STB=0.503816;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000263621;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:1:1:151:152:0.993464:65:86:0:1:65:87:0:1 chr14 22984586 . A C 416.64 PASS AF=0.382812;AO=45;DP=123;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0127364;FXX=0.051848;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.25;QD=13.0201;RBI=0.019249;REFB=-0.00766018;REVB=0.0144329;RO=77;SAF=36;SAR=9;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218156;STB=0.574873;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0106979;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:77:79:45:49:0.382812:9:36:50:27:13:36:50:29 chr14 22988972 . G C 439.5 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00564539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.82;QD=21.9747;RBI=0.00865723;REFB=-0.00242772;REVB=0.00656333;RO=37;SAF=29;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211538;STB=0.616965;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00244317;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:14:29:16:21:14:29:16:21 chr14 22993278 . A AG 819.6 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159479;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0495;QD=46.8343;RBI=0.0520237;REFB=0;REVB=-0.049519;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00137357;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:70:70:0:31:39:0:0:15:1:31:39:1:0 chr14 22995872 . CAAGT C 118.24 PASS AF=0.297619;AO=24;DP=89;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00358626;FXX=0.0454494;HRUN=2;LEN=4;MLLD=293.166;QD=5.63048;RBI=0.00367373;REFB=-0.00567365;REVB=0.000796859;RO=58;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615926;STB=0.527703;STBP=0.746;TYPE=del;VARB=0.0141053;OID=.;OPOS=22995873;OREF=AAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297619:24:89:25:84:59:12:13:26:33:99:58:12:12:26:32 chr14 22997524 . A G 2426.17 PASS AF=0.981707;AO=157;DP=161;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0414854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1263;QD=59.1749;RBI=0.0474593;REFB=-0.0172325;REVB=-0.0230509;RO=4;SAF=85;SAR=72;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138439;STB=0.503932;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00298264;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:164:4:3:157:161:0.981707:72:85:1:3:73:88:1:2 chr14 22998590 . AG A 841.78 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.3198;QD=48.1018;RBI=0.0334608;REFB=0;REVB=0.0309135;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000367183;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:70:70:70:0:34:36:0:0:15:0:33:36:0:0 chr14 22998619 . AC A 694.3 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2861;QD=44.0828;RBI=0.0566226;REFB=0;REVB=0.0304226;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000962349;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:63:63:63:0:29:34:0:0:13:0:28:31:0:0 chr14 23000062 . T C 845.29 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.11;QD=57.3076;RBI=0.0231573;REFB=0;REVB=0.00976605;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013146;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr14 23025932 . A T 2164.09 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0393366;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.035;QD=62.2761;RBI=0.0478802;REFB=-0.181206;REVB=0.0272974;RO=1;SAF=46;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519612;STB=0.502702;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000435197;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:137:138:0.992806:91:46:0:1:92:46:0:1 chr14 23044002 . G T 562.15 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923435;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.001;QD=60.7725;RBI=0.0108009;REFB=0;REVB=-0.00560227;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10017e-05;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:38:37:1:16:22:0:0:16:21:0:0 chr14 23067042 . A G 407.76 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0263816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.669;QD=28.6148;RBI=0.0291299;REFB=-0.0184331;REVB=0.0123515;RO=19;SAF=23;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146479;STB=0.57979;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0108481;OID=.;OPOS=23067042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:15:23:7:12:15:23:7:12 chr14 23081223 . T C 712.21 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.07214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2973;QD=53.752;RBI=0.131209;REFB=-0.0353998;REVB=0.109598;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00538413;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:53:0:1:48:52:0.981132:22:26:0:0:23:29:1:0 chr14 23102784 . A G 149.17 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.015451;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.8;QD=17.0476;RBI=0.017757;REFB=-0.00977874;REVB=-0.00875078;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167883;STB=0.658351;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0196417;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:19:16:16:0.457143:9:7:9:5:9:7:14:5 chr14 23102882 . C A 135.85 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00440713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.257;QD=27.1704;RBI=0.00456205;REFB=-0.0314984;REVB=-0.00117877;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147485;STB=0.581978;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00782834;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:5:1:6:8:5:1 chr14 23102896 . A G 119.98 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000441077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4969;QD=26.6619;RBI=0.0346139;REFB=-0.0224423;REVB=0.0346111;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810328;STB=0.555473;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.018944;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:5:5:12:13:0.722222:4:8:4:1:5:8:4:1 chr14 23102969 . G A 102.31 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0538448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6522;QD=17.7937;RBI=0.0540029;REFB=-0.0124356;REVB=0.00412958;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47493;STB=0.793123;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.018152;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:2:10:3:7:2:10:3:8 chr14 23103040 . C T 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0054919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8983;QD=19.3393;RBI=0.0348013;REFB=-0.0445424;REVB=-0.0343652;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379869;STB=0.714059;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0346434;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:4:14:6:12:4:14 chr14 23103282 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0721245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0951;QD=16.9313;RBI=0.0729328;REFB=0.0262958;REVB=-0.0108288;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0348745;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:7:5:7:5:7:5 chr14 23103347 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0549922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8555;QD=17.378;RBI=0.0585589;REFB=0.00450862;REVB=-0.0201248;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200531;STB=0.615182;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0127776;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:7:3:6:5:7:3 chr14 23103354 . AC GT 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.018902;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=169.284;QD=12.7389;RBI=0.0475224;REFB=-0.013616;REVB=0.0436015;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=0.024498;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr14 23103441 . G A 138.55 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0845217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4148;QD=15.8348;RBI=0.0988643;REFB=-0.0239257;REVB=0.0512859;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0658294;OID=.;OPOS=23103441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:8:6:10:9:9:7:10:9 chr14 23235808 . G A 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0116748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.733;QD=23.9608;RBI=0.0213948;REFB=-0.0114454;REVB=-0.0179287;RO=34;SAF=30;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115657;STB=0.563607;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00591313;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:15:30:18:16:15:30:18:16 chr14 23236524 . C T 289.99 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.00386732;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.829;QD=18.7087;RBI=0.0301245;REFB=-0.0157694;REVB=-0.0298752;RO=31;SAF=21;SAR=8;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14288;STB=0.567254;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.018194;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:29:31:0.5:8:21:26:5:8:23:26:5 chr14 23242828 . T C 651.38 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428982;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4361;QD=62.0358;RBI=0.018778;REFB=0;REVB=0.0182814;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824982;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr14 23248112 . A G 227.14 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00366606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.131;QD=22.7143;RBI=0.010039;REFB=-0.0244736;REVB=-0.00934564;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168745;STB=0.509425;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.019623;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:7:11:13:9:7:11 chr14 23282110 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.211;QD=56.1916;RBI=0.0241077;REFB=0;REVB=0.0239284;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8267e-05;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 23282449 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.099;QD=58.1418;RBI=0.0331639;REFB=0;REVB=0.0295451;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161814;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr14 23299135 . G T 443.8 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0134536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.009;QD=17.7519;RBI=0.0201549;REFB=-0.00384984;REVB=0.0150074;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226095;STB=0.506699;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00459527;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:55:44:45:0.45:21:23:30:25:21:24:30:25 chr14 23299286 . T C 601.0 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00774739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.991;QD=58.6337;RBI=0.00936958;REFB=-0.0337672;REVB=-0.00526943;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000333633;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:0:1:20:20:0:1 chr14 23303641 . A C 434.98 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0255485;FXX=0.0555401;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.071;QD=51.1742;RBI=0.0262729;REFB=0.0807718;REVB=-0.00612712;RO=3;SAF=21;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621254;STB=0.521726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000907129;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:34:3:2:31:32:0.941176:10:21:3:0:10:22:2:0 chr14 23306048 . C T 276.1 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117789;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=277.697;QD=46.0158;RBI=0.0139653;REFB=-0.145969;REVB=0.00750253;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000748361;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:24:24:2:1:22:23:0.958333:16:6:0:2:17:6:0:1 chr14 23312554 . C G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00102057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.953;QD=19.0782;RBI=0.108428;REFB=-0.00566294;REVB=-0.108423;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773048;STB=0.540515;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00351553;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:32:32:0.507937:17:15:11:18:17:15:12:19 chr14 23321900 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.46;QD=60.6103;RBI=0.0292218;REFB=0;REVB=0.0252452;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146653;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr14 23341951 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0159945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.017;QD=15.1968;RBI=0.0237164;REFB=-0.031668;REVB=-0.0175113;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0397769;OID=.;OPOS=23341951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:6:12:8:6:6:12 chr14 23346025 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0216766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.439;QD=12.7299;RBI=0.0237776;REFB=0.0197594;REVB=0.00977256;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138405;STB=0.583135;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0285819;OID=.;OPOS=23346025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:4:8:7:2:4:8 chr14 23371255 . G GGGC 78.68 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0136218;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.379;QD=14.9858;RBI=0.0183092;REFB=-0.049561;REVB=0.0122341;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208265;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=0.0325007;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:9:22:10:21:11:3:7:6:5:78:13:3:6:7:6 chr14 23374435 . G A 276.29 PASS AF=0.430556;AO=32;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0112498;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.643;QD=15.3492;RBI=0.0217389;REFB=-0.0198982;REVB=-0.0186016;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11566;STB=0.562069;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0284942;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:41:41:32:31:0.430556:15:17:17:24:14:17:18:23 chr14 23374862 . C T 76.57 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00363752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.852;QD=12.7621;RBI=0.00384106;REFB=-0.0105043;REVB=0.00123378;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0176832;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:10:4:3:7:10:4 chr14 23398900 . T C 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.068378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.97;QD=8.42978;RBI=0.0712934;REFB=-0.0157614;REVB=0.0201791;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166201;STB=0.510188;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0611148;OID=.;OPOS=23398900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:5:8:22:13:5:8:22:13 chr14 23398902 . C T 100.92 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0130783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.863;QD=8.40966;RBI=0.0169628;REFB=-0.0265124;REVB=0.0108026;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028238;STB=0.510188;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0556728;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:35:13:13:0.270833:5:8:21:13:5:8:22:13 chr14 23398990 . T G 103.07 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00614434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5308;QD=9.58818;RBI=0.0481621;REFB=-0.00849185;REVB=-0.0477686;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593855;STB=0.503592;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0436494;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:6:7:16:14:6:7:16:14 chr14 23398995 . G A 103.45 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0389533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3379;QD=9.85258;RBI=0.0618145;REFB=0.00213923;REVB=0.0479966;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243458;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00065165;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:15:14:6:7:15:14 chr14 23426182 . C A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0256076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.19;QD=13.4417;RBI=0.0279622;REFB=-0.0233768;REVB=-0.0112309;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370239;STB=0.759911;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0163404;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:9:1:4:8:9:1:5:8 chr14 23440742 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0204798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.27;QD=21.0073;RBI=0.0227298;REFB=-0.0324902;REVB=-0.00986024;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165394;STB=0.592501;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0253678;OID=.;OPOS=23440742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:13:4:8:11:13:4 chr14 23441179 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00605409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.688;QD=15.6184;RBI=0.0419067;REFB=-0.0140958;REVB=-0.0414671;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0126354;OID=.;OPOS=23441179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:15:10:6:12:15:10 chr14 23512343 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0104586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.907;QD=10.3903;RBI=0.0132625;REFB=0.00085561;REVB=0.00815544;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440886;STB=0.761457;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0015757;OID=.;OPOS=23512343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:2:5:10:0:2:5:11:0 chr14 23512922 . G A 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0326863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9213;QD=16.4105;RBI=0.0636679;REFB=-0.023227;REVB=0.0546371;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0267561;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:10:6:5:9:10:6 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 380.05 PASS AF=0.363636,0.0606061;AO=36,6;DP=99;FAO=36,6;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19,4;FSAR=17,2;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0076237,-0.045662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=233.087,87.3815;QD=15.3555;RBI=0.0238631,0.0464508;REFB=-0.0152962,-0.00646345;REVB=-0.0226126,-0.00852428;RO=57;SAF=19,4;SAR=17,2;SRF=35;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0937914,0.0636132;STB=0.553316,0.551548;STBP=0.455,0.821;TYPE=ins,snp;VARB=0.0174651,0.0572755;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:36,6:36,6:0.363636,0.0606061:17,2:19,4:35:22:17,2:19,4:35:22 chr14 23549285 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00754207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.379;QD=14.8342;RBI=0.00762962;REFB=-0.00857826;REVB=-0.00115249;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238453;STB=0.63624;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0122836;OID=.;OPOS=23549285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:8:14:12:18:8:14:12:18 chr14 23549319 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00198331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.182;QD=13.774;RBI=0.00443498;REFB=-0.00747974;REVB=-0.0039668;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849329;STB=0.548971;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0136316;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:13:18:10:10:13:18 chr14 23549379 . C G 752.36 PASS AF=0.98;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.277;QD=60.1888;RBI=0.118572;REFB=-0.162281;REVB=0.105926;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00187698;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:50:0:1:45:49:0.98:19:26:0:0:22:27:0:1 chr14 23549383 . G T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0110662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.891;QD=17.5012;RBI=0.0113535;REFB=-0.00493242;REVB=-0.00253825;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173527;STB=0.597625;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00696976;OID=.;OPOS=23549383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:12:16:10:16:12:16 chr14 23549785 . T C 264.8 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0163286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.607;QD=12.7615;RBI=0.0165007;REFB=-0.0233372;REVB=0.00237708;RO=51;SAF=11;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193146;STB=0.605508;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0386277;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:20:11:27:24:20:11:27:25 chr14 23549878 . TTCC T,TTCT 66.32 PASS AF=0.170732,0.0731707;AO=7,3;DP=35;FAO=7,3;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2,3;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0342158,-0.0765224;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=147.509,51.4713;QD=6.46979;RBI=0.0443357,0.0785038;REFB=-0.0204364,-0.000484288;REVB=-0.0281945,-0.0175263;RO=22;SAF=2,3;SAR=5,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352443,0.551392;STB=0.713674,0.996102;STBP=0.264,0.088;TYPE=del,snp;VARB=0.0732796,-0.00664514;OID=.,.;OPOS=23549879,23549881;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.0731707:7,3:35:7,3:41:31:2,3:5,0:17:14:45:22:2,3:5,0:13:9 chr14 23567369 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0860275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.314;QD=14.0438;RBI=0.0878678;REFB=0.00457711;REVB=-0.0178891;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00261238;OID=.;OPOS=23567369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr14 23568286 . A G 61.72 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0076539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.873;QD=7.26064;RBI=0.0464387;REFB=-0.0107527;REVB=0.0458036;RO=25;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328842;STB=0.709644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0206012;OID=.;OPOS=23568286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:2:7:13:12:2:7:13:12 chr14 23568376 . G A 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00749655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.173;QD=10.7148;RBI=0.0281274;REFB=-0.000453038;REVB=0.02711;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583684;STB=0.534834;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00204866;OID=.;OPOS=23568376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:13:16:7:7:13:16 chr14 23569026 . C G 244.1 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0227099;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0639;QD=29.5875;RBI=0.0233192;REFB=0.0053366;REVB=-0.00529585;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142507;STB=0.567843;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0015508;OID=.;OPOS=23569026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:12:11:22:22:0.666667:14:8:2:10:14:8:2:9 chr14 23569106 . A G 746.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.678;QD=63.515;RBI=0.0391833;REFB=0;REVB=-0.0303196;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33611e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr14 23571371 . G A 177.51 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0145052;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.806;QD=12.6795;RBI=0.0309979;REFB=-0.0224606;REVB=0.0273946;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325478;STB=0.650033;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0244568;OID=.;OPOS=23571371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:34:21:22:0.392857:5:16:17:18:6:16:17:17 chr14 23571609 . G A 192.79 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0948017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4105;QD=10.0149;RBI=0.0952541;REFB=-0.00262215;REVB=0.00927293;RO=52;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41765;STB=0.745293;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00825433;OID=.;OPOS=23571609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:6:19:21:31:6:19:21:31 chr14 23571671 . A T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.272;QD=58.061;RBI=0.0348378;REFB=0;REVB=0.0154846;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010934;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr14 23595721 . A G 180.59 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0663786;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.537;QD=15.3689;RBI=0.0667384;REFB=0.00404757;REVB=-0.00692095;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012562;STB=0.507239;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00537326;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:18:10:7:12:18:10 chr14 23596243 . T TCA 205.28 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0181069;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.496;QD=9.77523;RBI=0.0441337;REFB=-0.0215415;REVB=-0.0402483;RO=55;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058221;STB=0.565207;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.0539284;OID=.;OPOS=23596244;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:26:88:26:84:58:15:11:28:30:99:55:15:11:29:26 chr14 23598952 . A G 879.95 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00582562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.779;QD=55.8701;RBI=0.00613183;REFB=-0.116455;REVB=0.00191352;RO=1;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108509;STB=0.505616;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00318381;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:60:62:0.984127:43:17:0:1:44:18:0:1 chr14 23744820 . A T 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0496549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.914;QD=7.83859;RBI=0.0500165;REFB=-0.0139772;REVB=0.00600346;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236887;STB=0.589932;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0220669;OID=.;OPOS=23744820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:15:16:7:7:0.304348:5:2:2:13:5:2:3:13 chr14 23744823 . A C 66.12 PASS AF=0.5;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0381818;FXX=0.272603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.213;QD=16.5304;RBI=0.0411875;REFB=-0.0644725;REVB=0.0154454;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.699646;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0696042;OID=.;OPOS=23744823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:16:8:8:7:8:0.5:5:2:0:8:6:2:0:8 chr14 23744826 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.128612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7805;QD=15.8828;RBI=0.128733;REFB=-0.062035;REVB=-0.0055634;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0481581;OID=.;OPOS=23744826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:1:9:7:3:1:9 chr14 23746269 . C G 299.58 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0144736;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.411;QD=15.9778;RBI=0.0147052;REFB=-0.0266016;REVB=0.00259983;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164729;STB=0.580007;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0323378;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:42:32:33:0.44:13:19:32:11:13:20:31:11 chr14 23777099 . G A 476.79 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00334879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.673;QD=19.4608;RBI=0.0558685;REFB=-0.0204638;REVB=0.0557681;RO=51;SAF=17;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161229;STB=0.589773;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0233204;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:30:17:27:24:30:17:27:24 chr14 23777374 . A G 1970.96 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.93;QD=62.0775;RBI=0.0296521;REFB=0;REVB=-0.0119571;RO=0;SAF=41;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87391e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:86:41:0:0:86:41:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TTT 171.99 PASS AF=0.782609,0;AO=13,6;DP=35;FAO=18,0;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6,0;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.235948,0.0264321;FXX=0.0416493;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=23.7163,9.93567;QD=29.9109;RBI=0.249345,0.0939942;REFB=0.0832665,0.00478859;REVB=0.0806313,-0.0902012;RO=13;SAF=3,0;SAR=10,6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.391304,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416543,-0.778902;STB=0.562429,0.5;STBP=0.291,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0386179,0;OID=.,.;OPOS=23780570,23780571;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609,0:13,6:35:18,0:23:5:6,0:12,0:3:2:26:13:3,0:10,6:9:4 chr14 23817491 . G A 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0306632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.305;QD=20.7515;RBI=0.042937;REFB=-0.00358735;REVB=0.0300558;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799786;STB=0.583213;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00359293;OID=.;OPOS=23817491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:11:12:15:15:0.555556:12:3:3:8:12:3:4:8 chr14 23821361 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0122967;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.856;QD=13.2076;RBI=0.0147036;REFB=-0.0151694;REVB=0.00806141;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136095;OID=.;OPOS=23821361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr14 23826792 . G A 522.67 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.110656;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.24;QD=18.3394;RBI=0.138769;REFB=-0.0474542;REVB=0.0837374;RO=58;SAF=36;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14791;STB=0.579447;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0508655;OID=.;OPOS=23826792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:58:59:54:55:0.482456:18:36:30:28:19:36:30:29 chr14 23826822 . C T 1401.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458479;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.07;QD=62.9886;RBI=0.00763433;REFB=0;REVB=-0.00610432;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635697;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:35:53:0:0:35:54:0:0 chr14 23830042 . T C 135.01 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8239;QD=41.5414;RBI=0.053192;REFB=0;REVB=0.0513556;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00644132;OID=.;OPOS=23830042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr14 23844979 . C A 652.19 PASS AF=0.532787;AO=64;DP=123;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0161912;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.917;QD=21.3834;RBI=0.0162842;REFB=-0.0255953;REVB=0.0017378;RO=53;SAF=29;SAR=35;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139481;STB=0.578923;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0291414;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:53:57:64:65:0.532787:35:29:33:20:35:30:36:21 chr14 23845244 . G A 241.46 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0394236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1626;QD=19.7112;RBI=0.0485418;REFB=-0.0045097;REVB=-0.0283211;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128645;STB=0.532743;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00607794;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:23:24:0.489796:17:6:6:18:17:7:6:19 chr14 23848311 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0239432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.929;QD=13.314;RBI=0.0260156;REFB=0.00238877;REVB=0.0101751;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100007;STB=0.550412;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00347199;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:7:15:19:13:7:15:20:13 chr14 23855569 . A G 338.42 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0132269;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.765;QD=17.1351;RBI=0.0248279;REFB=-0.0103989;REVB=0.0210113;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220518;STB=0.635287;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0160641;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:43:43:36:36:0.455696:20:16:29:14:20:16:30:13 chr14 23859610 . C T 250.15 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0300699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3486;QD=26.3317;RBI=0.0561666;REFB=-0.0533166;REVB=0.0474393;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705874;STB=0.539136;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0437605;OID=.;OPOS=23859610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:13:10:8:7:13:10:8:7 chr14 23902753 . G A 303.3 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00611753;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.306;QD=25.2747;RBI=0.0156766;REFB=-0.0032768;REVB=-0.0144337;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101711;STB=0.55624;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00272562;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:21:27:27:0.5625:11:16:15:6:11:16:15:6 chr14 23944505 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.704;QD=56.999;RBI=0.0603176;REFB=0;REVB=0.0533699;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562438;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr14 23944514 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.777;QD=57.1775;RBI=0.00756886;REFB=0;REVB=-0.00162654;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21116e-05;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr14 23947374 . G A 921.14 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163508;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.22;QD=58.4852;RBI=0.0188871;REFB=0;REVB=0.00945365;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032948;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr14 24261219 . T C 474.31 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0420198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.977;QD=19.1639;RBI=0.0528221;REFB=-0.0402145;REVB=0.032008;RO=52;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142698;STB=0.579365;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0591245;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:27:20:30:22:27:20:30:22 chr14 24261273 . G C 371.65 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00771379;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.112;QD=17.2861;RBI=0.0158318;REFB=-0.00960317;REVB=0.0138255;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543786;STB=0.536015;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0122339;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:47:39:39:0.453488:20:19:25:21:20:19:26:21 chr14 24261275 . C T 401.36 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0158376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.309;QD=18.8877;RBI=0.0158692;REFB=-0.0127157;REVB=0.00100007;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979711;STB=0.505454;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0141945;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:20:21:23:21:20:21:23:21 chr14 24261340 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0713825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0526;QD=13.6602;RBI=0.0783561;REFB=0.00797891;REVB=0.0323144;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174822;STB=0.602361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0105356;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:11:10:9:5:11:10 chr14 24435157 . A G 469.67 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00167696;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6161;QD=14.1253;RBI=0.0186931;REFB=0.00272595;REVB=-0.0186177;RO=80;SAF=27;SAR=26;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968526;STB=0.554587;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00387049;OID=.;OPOS=24435157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:26:27:48:32:26:27:48:32 chr14 24458162 . G C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8844;QD=58.0578;RBI=0.0485061;REFB=0;REVB=-0.0484206;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419187;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr14 24459491 . C CA 289.7 PASS AF=1;AO=4;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319843;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5222;QD=44.5697;RBI=0.170968;REFB=0;REVB=0.16795;RO=23;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00665508;OID=.;OPOS=24459492;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:28:26:26:0:16:10:0:0:5:23:3:1:13:10 chr14 24459493 . G A 299.45 PASS AF=0.892857;AO=23;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00447713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.5746;QD=42.7791;RBI=0.10024;REFB=-0.165686;REVB=0.10014;RO=4;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516567;STB=0.511619;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.022333;OID=.;OPOS=24459493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:28:4:3:23:25:0.892857:10:13:3:1:11:14:2:1 chr14 24459520 . TG CG,CT 219.7 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=17,2;DP=19;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000614139,0.00506581;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=166.423,222.127;QD=48.8216;RBI=0.00130134,0.0241864;REFB=0,0;REVB=0.00114731,-0.02365;RO=0;SAF=10,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00732766,0.0663507;OID=.,.;OPOS=24459520,24459520;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:19:18:0:0:17,2:17,1:0.944444,0.0555556:7,0:10,2:0:0:7,0:10,1:0:0 chr14 24470138 . C T 1346.99 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.305;QD=61.9305;RBI=0.036132;REFB=0;REVB=0.0346567;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42529e-05;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:36:51:0:0 chr14 24470690 . T A,TA 96.02 PASS AF=0,1;AO=3,5;DP=15;FAO=0,10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153585,0.0435114;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=67.2848,102.288;QD=38.4097;RBI=0.0348052,0.0467154;REFB=0,0;REVB=-0.0312333,-0.0170025;RO=6;SAF=3,3;SAR=0,2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.429211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00336854;OID=.,.;OPOS=24470690,24470691;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:15:10:6:0:3,5:0,10:0,1:0,2:3,3:6:0:0,2:0,8:0:0 chr14 24505722 . C G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.988;QD=60.3767;RBI=0.00998131;REFB=0;REVB=0.00497501;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24348e-05;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr14 24507010 . C A 784.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.368;QD=64.0324;RBI=0.0114638;REFB=0;REVB=0.00988483;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127791;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr14 24526206 . T C 537.27 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.278;QD=58.0837;RBI=0.0642751;REFB=0;REVB=0.00979266;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240118;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:29:37:1:14:15:0:0:15:22:0:0 chr14 24529890 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.444;QD=51.184;RBI=0.0508212;REFB=0;REVB=0.0257369;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402644;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr14 24543808 . G C 210.59 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0292571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.944;QD=19.1446;RBI=0.0292947;REFB=-0.0288256;REVB=-0.00148499;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.557321;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.031081;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:7:13:13:10:7:14:13:10 chr14 24545375 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000273143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3197;QD=51.1795;RBI=0.0817556;REFB=0;REVB=0.0817552;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129402;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr14 24546717 . C T 269.38 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0194874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.688;QD=16.3258;RBI=0.0271899;REFB=-0.0289899;REVB=-0.0189613;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315782;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0195845;OID=.;OPOS=24546717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:36:30:30:0.454545:16:14:17:17:16:14:19:17 chr14 24567498 . A C 1861.05 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00977524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0959;QD=60.5219;RBI=0.0743942;REFB=-0.0230954;REVB=-0.0737492;RO=1;SAF=69;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683565;STB=0.503597;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00126125;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:53:69:1:0:53:69:1:0 chr14 24587639 . G A 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00128497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.303;QD=12.5621;RBI=0.00454534;REFB=-0.00410887;REVB=-0.00435993;RO=35;SAF=19;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487459;STB=0.786682;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00900451;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:3:19:17:18:3:19:17:18 chr14 24587667 . C T 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00383117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.443;QD=12.3181;RBI=0.00922379;REFB=-0.0146494;REVB=-0.0083905;RO=45;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258475;STB=0.650436;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0312059;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:6:21:26:19:6:21:26:19 chr14 24614361 . T G 1491.56 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.164;QD=63.4705;RBI=0.049907;REFB=0;REVB=0.0490782;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136126;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:52:42:0:0 chr14 24615435 . T C 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00241136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6036;QD=14.1787;RBI=0.0190002;REFB=-0.00311233;REVB=-0.0188466;RO=52;SAF=24;SAR=11;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104103;STB=0.56689;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00605356;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:11:24:31:21:11:24:31:22 chr14 24617238 . C T 367.33 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0105473;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.476;QD=21.2945;RBI=0.0109703;REFB=-0.0199761;REVB=0.00301682;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185637;STB=0.510263;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0189782;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:18:14:17:20:18:14 chr14 24646405 . AGGAAGAAG AGGAAGAAGAAG,TCCTCGAAT 388.3 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=29;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184994,-0.00806962;FXX=0.0344709;HRUN=0,1;LEN=3,9;MLLD=103.135,327.41;QD=55.4712;RBI=0.0310257,0.0127308;REFB=0,0;REVB=0.0249071,-0.00984661;RO=0;SAF=15,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=7.99535e-05,0.0223723;OID=.,.;OPOS=24646407,24646405;OREF=-,AGGAAGAAG;OALT=GAA,TCCTCGAAT;OMAPALT=AGGAAGAAGAAG,TCCTCGAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:11,0:15,2:0:0:11,0:15,2:0:0 chr14 24647814 . T C 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.177;QD=64.1386;RBI=0.0607839;REFB=0;REVB=0.0190275;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244628;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr14 24653523 . G C 145.0 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.72;QD=44.6161;RBI=0.0240595;REFB=0;REVB=0.0236414;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218454;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr14 24653954 . G A 379.67 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261052;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.8;QD=56.2478;RBI=0.0581941;REFB=0;REVB=0.0520103;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223811;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr14 24654489 . T C 804.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.132;QD=56.4256;RBI=0.0129456;REFB=0;REVB=0.00136887;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31385e-05;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr14 24656750 . G T 95.77 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0113402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.845;QD=11.6086;RBI=0.0124463;REFB=-0.0107848;REVB=-0.00512935;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0225516;OID=.;OPOS=24656750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:5:7:9:11:5:7:9:12 chr14 24657407 . T G 1003.62 PASS AF=1;AO=46;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.582;QD=59.9173;RBI=0.134585;REFB=0;REVB=0.131949;RO=0;SAF=41;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326115;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:46:67:1:5:41:0:0:26:41:0:0 chr14 24679877 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00488797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.947;QD=20.6005;RBI=0.0152941;REFB=-0.0303823;REVB=-0.014492;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283298;STB=0.661504;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0268048;OID=.;OPOS=24679877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:19:20:20:0.512821:9:11:3:13:9:11:4:15 chr14 24736027 . G A 316.87 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0201351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8667;QD=25.8668;RBI=0.0425271;REFB=-0.00482766;REVB=0.0374584;RO=21;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202793;STB=0.612818;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00240387;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:20:8:11:10:20:8:11:10 chr14 24736961 . T C 415.13 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0206876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.843;QD=24.7838;RBI=0.0361435;REFB=0.00134048;REVB=-0.0296374;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752591;STB=0.527722;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00113228;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:26:27:39:40:0.597015:22:17:14:12:22:18:14:13 chr14 24771256 . T C 2366.13 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.999;QD=61.0615;RBI=0.0760564;REFB=0;REVB=0.0734035;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85216e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:70:84:0:0:71:84:0:0 chr14 24786293 . T G 221.35 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0210492;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.572;QD=31.6216;RBI=0.0342518;REFB=-0.00215895;REVB=0.0270206;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.899485;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00302839;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:0:8:20:20:0.714286:19:1:0:0:19:1:8:0 chr14 24786976 . T C 696.79 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0034385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.523;QD=52.5879;RBI=0.0289677;REFB=0.00170454;REVB=0.0287629;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.521731;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-7.4251e-05;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:0:2:51:51:0.962264:28:23:0:0:29:22:2:0 chr14 24793600 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.678;QD=56.1915;RBI=0.0346283;REFB=0;REVB=0.0104394;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23193e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr14 24795281 . G T 249.49 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0352577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.39;QD=14.2568;RBI=0.0359131;REFB=-0.0172116;REVB=0.00683001;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178403;STB=0.599931;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0199718;OID=.;OPOS=24795281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:41:29:29:0.414286:17:12:22:15:17:12:24:17 chr14 24795495 . G A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0370165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.832;QD=13.6293;RBI=0.0382214;REFB=-0.0156744;REVB=0.00952131;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355666;STB=0.705454;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00896768;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:8:1:4:4:8:1 chr14 24801960 . G C 491.99 PASS AF=0.5;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0105151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.478;QD=20.4995;RBI=0.0142177;REFB=-0.0223255;REVB=0.0095695;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672533;STB=0.531789;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0202428;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:46:48:47:48:0.5:27:20:23:23:28:20:23:25 chr14 24836815 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00587911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.371;QD=18.8286;RBI=0.0064028;REFB=-0.00362085;REVB=-0.00253614;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00388389;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:11:11:13:7:11:11 chr14 24839165 . C T 1293.11 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5602;QD=59.4535;RBI=0.0951586;REFB=-0.0697601;REVB=-0.0898734;RO=1;SAF=51;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919915;STB=0.509613;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000696636;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:34:51:1:0:34:51:2:0 chr14 24846757 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.125;QD=59.0179;RBI=0.0290286;REFB=0;REVB=0.0230165;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026574;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr14 24846961 . G T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00523011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.466;QD=15.2931;RBI=0.014297;REFB=-0.00471193;REVB=-0.0133061;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00995309;OID=.;OPOS=24846961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:7:2:5:3:7:2:6:3 chr14 24877699 . A G 343.05 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0327267;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.013;QD=21.1105;RBI=0.0331157;REFB=-0.0283571;REVB=0.00506109;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104641;STB=0.508798;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0222211;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:33:35:0.538462:18:15:14:16:18:17:14:16 chr14 24878370 . C T 519.06 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00444732;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.942;QD=22.3252;RBI=0.0169776;REFB=-0.00545352;REVB=-0.0163848;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985654;STB=0.558452;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00814124;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:48:49:0.526882:24:24:27:17:25:24:27:17 chr14 24888335 . T C 316.12 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0127402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7072;QD=20.3946;RBI=0.0259884;REFB=0.00429416;REVB=-0.0226513;RO=28;SAF=4;SAR=29;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24799;STB=0.657827;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00588709;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:29:4:8:20:29:4:9:20 chr14 24898556 . G C 492.39 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00977562;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.611;QD=22.3815;RBI=0.0106266;REFB=-0.0204703;REVB=0.00416678;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494362;STB=0.527261;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0194014;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:41:41:47:47:0.534091:29:18:18:23:29:18:18:23 chr14 24898558 . C T 368.77 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0236443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.667;QD=16.762;RBI=0.0236719;REFB=-0.00631467;REVB=0.00114319;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153381;STB=0.510493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00636552;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:49:39:39:0.443182:23:16:20:27:23:16:21:28 chr14 24901248 . A AC 119.61 PASS AF=0.833333;AO=2;DP=20;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.041376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.809;QD=26.5809;RBI=0.0539788;REFB=-0.0819915;REVB=-0.0346661;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545442;STB=0.545393;STBP=0.459;TYPE=ins;VARB=0.0317987;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:2:20:15:18:3:6:9:2:1:15:18:2:0:8:10 chr14 24901249 . A C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0168733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.897;QD=24.0737;RBI=0.0326371;REFB=-0.0370437;REVB=0.0279369;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340907;STB=0.692011;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0138884;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:9:4:6:1:9:4:6:1 chr14 24901276 . G T 54.96 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0879866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.0454;QD=24.4252;RBI=0.0879866;REFB=-0.171359;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0466909;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr14 24909362 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000555393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.883;QD=57.1062;RBI=0.00528966;REFB=0;REVB=0.00526043;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94966e-06;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr14 24909475 . C G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.864;QD=58.1379;RBI=0.0127751;REFB=0;REVB=-0.0066131;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12418e-05;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr14 24909731 . C T 638.78 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.689;QD=59.4212;RBI=0.0562129;REFB=-0.025991;REVB=0.00206385;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000797898;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:26:15:0:0:27:15:0:1 chr14 24910210 . C A 2384.74 PASS AF=0.969697;AO=160;DP=165;FAO=160;FDP=165;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00657785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.442;QD=57.812;RBI=0.0167359;REFB=-0.103519;REVB=0.0153891;RO=4;SAF=60;SAR=100;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619493;STB=0.505672;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.000301952;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:165:165:4:5:160:160:0.969697:100:60:1:3:100:60:1:4 chr14 24910973 . TT GA 1032.23 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399626;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=2;MLLD=103.215;QD=59.8395;RBI=0.0788801;REFB=0;REVB=0.0680078;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000431599;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr14 24970942 . A G 244.78 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0403917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0289;QD=46.625;RBI=0.0409989;REFB=-0.00502576;REVB=-0.0070298;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00358726;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr14 24975435 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.061;QD=37.4885;RBI=0.0753212;REFB=0;REVB=0.0111044;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693192;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr14 25043671 . T C 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0192531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.755;QD=28.2831;RBI=0.0223217;REFB=-0.00588013;REVB=0.011295;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361368;STB=0.519982;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00450153;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:14:8:5:7:14:8:5:7 chr14 25102160 . C T 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5191;QD=59.8541;RBI=0.0637462;REFB=0;REVB=0.049637;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78267e-05;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr14 30066929 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000237461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.425;QD=8.40125;RBI=0.0194711;REFB=-0.00407814;REVB=0.0194697;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0130887;OID=.;OPOS=30066929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:11:10:5:4:11:10 chr14 30125660 . A G 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00539055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7538;QD=20.2733;RBI=0.0355506;REFB=-0.0435958;REVB=-0.0351395;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278088;STB=0.657696;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0323001;OID=.;OPOS=30125660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:17:6:13:11:17:6:13:11 chr14 31059969 . G A 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0036689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9248;QD=15.0639;RBI=0.00715861;REFB=-0.00578209;REVB=0.00614694;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816209;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0102807;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:14:21:14:13:14:21 chr14 31099738 . A G 340.46 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000464207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6461;QD=18.1578;RBI=0.0474952;REFB=-0.0163029;REVB=-0.0474929;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484571;STB=0.533315;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0165254;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:18:18:17:21:18:18:17:22 chr14 31108977 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00381734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.105;QD=14.7348;RBI=0.00471596;REFB=-0.00128399;REVB=-0.00276914;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256598;STB=0.645057;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00141691;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:12:24:11:16:12:24 chr14 31191772 . T C 471.86 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.000108683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.349;QD=20.9714;RBI=0.00393071;REFB=-0.00520972;REVB=0.00392921;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266592;STB=0.501474;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00530529;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:19:25:26:20:19:25 chr14 31355096 . C G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.595;QD=58.4188;RBI=0.0224417;REFB=0;REVB=0.000267479;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113935;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:22:41:0:0:22:41:0:0 chr14 31359847 . T A 728.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2271;QD=57.1697;RBI=0.0768366;REFB=0;REVB=0.0734416;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838907;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr14 31381351 . T C 710.71 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0035031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.113;QD=53.6385;RBI=0.0222789;REFB=-0.0794738;REVB=0.0220018;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000468722;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:31:20:1:0:32:20:1:0 chr14 31578762 . C T 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.565;QD=59.4996;RBI=0.0256878;REFB=0;REVB=0.0171284;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07612e-05;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr14 31582380 . A G 1175.22 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0028;QD=59.5047;RBI=0.0413237;REFB=-0.02755;REVB=0.0215419;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160409;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00316253;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:0:1:29:49:0:1 chr14 31582526 . T C 2696.34 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.254;QD=62.3431;RBI=0.0330699;REFB=0;REVB=0.0126544;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89214e-05;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:88:85:0:0:88:85:0:0 chr14 31583173 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.01;QD=62.4649;RBI=0.0153425;REFB=0;REVB=0.0152386;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16098e-05;OID=.;OPOS=31583173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr14 31598248 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1838;QD=63.2831;RBI=0.0353363;REFB=0;REVB=-0.035166;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429496;OID=.;OPOS=31598248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr14 31619392 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.77;QD=57.202;RBI=0.0526129;REFB=0;REVB=-0.0056161;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156497;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr14 31647241 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3414;QD=57.544;RBI=0.0325559;REFB=0;REVB=-0.0264405;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031444;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr14 31763142 . T G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.096;QD=62.3478;RBI=0.0179519;REFB=0;REVB=0.000991168;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6498e-05;OID=.;OPOS=31763142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 31819047 . C T 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.681;QD=58.7705;RBI=0.00759052;REFB=0;REVB=0.00143406;RO=0;SAF=49;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16451e-05;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:16:49:0:0:16:49:0:0 chr14 31819913 . A G 327.41 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442484;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0009;QD=54.5684;RBI=0.0473182;REFB=0;REVB=0.0167658;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185525;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr14 31864485 . G A,C 1264.75 PASS AF=0.045977,0.931034;AO=4,81;DP=88;FAO=4,81;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=4,39;FSAR=0,42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0193985,-0.0110149;FXX=0.0113623;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.972,121.126;QD=58.1496;RBI=0.0211079,0.0251884;REFB=-0.19245,-0.0739821;REVB=0.00832126,0.0226523;RO=1;SAF=4,39;SAR=0,42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0119868;STB=0.5,0.512497;STBP=1,0.179;TYPE=snp,snp;VARB=0.194572,0.0028695;OID=.,.;OPOS=31864485,31864485;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:88:87:1:2:4,81:4,81:0.045977,0.931034:0,42:4,39:1:0:0,42:4,39:2:0 chr14 32071665 . G A 2184.57 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02032;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.996;QD=62.4163;RBI=0.0211365;REFB=-0.0966682;REVB=-0.0058181;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=5.06303e-07;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:0:1:139:139:0.992857:61:78:0:0:61:78:1:0 chr14 32414145 . C A 527.46 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00603247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.337;QD=57.0223;RBI=0.0275195;REFB=-0.131127;REVB=0.0268502;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00121031;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr14 32414265 . A G 157.93 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00205109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.159;QD=16.624;RBI=0.00383941;REFB=-0.00890473;REVB=0.00324563;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368113;STB=0.724313;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0115115;OID=.;OPOS=32414265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:4:13:8:12:4:13:8:13 chr14 32419331 . C T 923.5 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0028097;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.789;QD=55.9696;RBI=0.021915;REFB=-0.00247751;REVB=0.0217341;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00148772;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:62:65:0.984848:30:32:1:0:30:35:1:0 chr14 32960254 . G A 1556.1 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9905;QD=59.8498;RBI=0.030079;REFB=0;REVB=0.0191068;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43962e-05;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr14 33014869 . C T 53.28 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0028087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.407;QD=12.5375;RBI=0.030608;REFB=-0.0162635;REVB=0.0304788;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0197153;OID=.;OPOS=33014869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:15:17:9:9:6:8:0.470588:2:4:7:2:4:4:7:2 chr14 33015082 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0087694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.855;QD=13.2052;RBI=0.00927455;REFB=-0.00229412;REVB=0.00301908;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206869;OID=.;OPOS=33015082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr14 33046388 . A G 798.57 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00406899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.713;QD=52.3653;RBI=0.0426525;REFB=-0.103707;REVB=0.042458;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314232;STB=0.524582;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000673626;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:2:3:58:58:0.95082:29:29:0:2:29:29:0:3 chr14 33292743 . A C,G 86.91 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=7,2;DP=9;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221235,-0.00122577;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=242.986,25.1392;QD=38.6272;RBI=0.0271302,0.00952405;REFB=0,0;REVB=0.0157035,-0.00944484;RO=0;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00311889,-0.166848;OID=.,.;OPOS=33292743,33292743;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:9:9:0:0:7,2:7,2:0.777778,0.222222:6,2:1,0:0:0:6,2:1,0:0:0 chr14 33293122 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0287079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.529;QD=19.7027;RBI=0.0342929;REFB=-0.00734976;REVB=-0.0187579;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183655;STB=0.60427;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0130261;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:9:7:11:6:9:7 chr14 33293531 . T A 220.75 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.010601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.777;QD=12.0961;RBI=0.0187829;REFB=-0.00987889;REVB=-0.0155054;RO=45;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167729;STB=0.602335;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0200515;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:12:15:18:27:12:15:18:28 chr14 33294042 . G A 453.81 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0493296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=22.4102;RBI=0.0493296;REFB=-0.00383148;REVB=-8.80046e-06;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909091;STB=0.54319;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00176659;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:44:44:0.54321:22:22:22:14:22:22:22:15 chr14 34047414 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0527696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4027;QD=22.6782;RBI=0.0728344;REFB=-0.0346058;REVB=0.0502018;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721239;STB=0.540904;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0187266;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:4:1:3:7:4:1 chr14 34393602 . A G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5032;QD=47.8123;RBI=0.0537393;REFB=0;REVB=0.0535112;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210508;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 34394733 . C T 301.69 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0132838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.732;QD=16.7606;RBI=0.0133718;REFB=-0.00211135;REVB=0.00153091;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269695;STB=0.515142;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00161703;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:20:19:17:16:20:19 chr14 34395148 . GA G,GG 356.72 PASS AF=0.532258,0.0483871;AO=32,4;DP=63;FAO=33,3;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15,1;FSAR=18,2;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0199595,0.0154143;FXX=0.0312451;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.664,253.904;QD=23.014;RBI=0.0207841,0.0161054;REFB=-0.0306764,-0.0248669;REVB=0.00579637,0.00466706;RO=26;SAF=15,1;SAR=17,3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132486,-0.0799992;STB=0.565999,0.526145;STBP=0.278,0.954;TYPE=del,snp;VARB=0.019659,0.0226355;OID=.,.;OPOS=34395149,34395149;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532258,0.0483871:32,4:63:33,3:62:26:15,1:18,2:8:18:99:26:15,1:17,3:8:18 chr14 34561575 . C T 457.14 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0391206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=15.4961;RBI=0.0410557;REFB=-0.0134019;REVB=-0.0124558;RO=67;SAF=15;SAR=36;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216627;STB=0.62198;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0167125;OID=.;OPOS=34561575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:36:15:33:34:36:15:33:34 chr14 35099099 . A G 575.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2797;QD=60.5854;RBI=0.0775587;REFB=0;REVB=-0.058823;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194158;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr14 35222242 . T A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0336679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.423;QD=18.2487;RBI=0.0338788;REFB=-0.00697251;REVB=0.00377453;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170674;STB=0.597414;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00452411;OID=.;OPOS=35222242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:8:4:7:6:8:4 chr14 35222732 . C T 536.82 PASS AF=0.533333;AO=50;DP=99;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00239834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4703;QD=20.4502;RBI=0.00341876;REFB=-0.00684559;REVB=-0.00243638;RO=49;SAF=35;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18481;STB=0.574548;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00555311;OID=.;OPOS=35222732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:105:49:49:50:56:0.533333:15:35:25:24:19:37:25:24 chr14 35242828 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0305126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.021;QD=12.4555;RBI=0.0342705;REFB=-0.0181025;REVB=-0.0156027;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365543;STB=0.708908;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0308046;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:25:9:13:8:25:9 chr14 35586368 . T C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00236257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.681;QD=13.4576;RBI=0.0194652;REFB=-0.00271623;REVB=0.0193213;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127951;STB=0.575066;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00710657;OID=.;OPOS=35586368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:11:15:11:5:11:15 chr14 36003547 . GGC G,GG 317.92 PASS AF=0,1;AO=5,12;DP=37;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.231233,-0.162436;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=7.03509,11.9495;QD=31.0165;RBI=0.312263,0.182119;REFB=0.0348218,-0.0550275;REVB=-0.209856,0.0823525;RO=0;SAF=0,1;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0.533333;SSSB=0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0346308,0.00583483;OID=.,.;OPOS=36003548,36003549;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,12:37:0,41:41:0:0,17:0,24:0:0:4:0:0,1:5,11:0:0 chr14 36004075 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.633;QD=33.4284;RBI=0.0443546;REFB=0;REVB=0.00204993;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886994;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 36005659 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0973146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6384;QD=11.02;RBI=0.103841;REFB=-0.0330677;REVB=0.0362319;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0603236;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:5:2:4:2:5:3 chr14 36096362 . G A 368.49 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00729168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8397;QD=22.3326;RBI=0.0458032;REFB=-0.0188987;REVB=-0.0452191;RO=28;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180793;STB=0.607202;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0140226;OID=.;OPOS=36096362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:29:37:37:0.560606:23:14:17:11:23:14:18:11 chr14 36153177 . T C 384.9 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00025993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.774;QD=15.3959;RBI=0.00390618;REFB=-0.0125456;REVB=-0.00389752;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624551;STB=0.542113;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.025196;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:59:59:40:41:0.41:20:20:33:26:21:20:33:26 chr14 36191030 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0100663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.233;QD=15.7908;RBI=0.012139;REFB=-0.010952;REVB=-0.00678404;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424034;STB=0.523928;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0117535;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:21:18:13:18:21:18 chr14 36400983 . T G 913.16 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0389765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.929;QD=55.343;RBI=0.0391952;REFB=-0.220069;REVB=0.0041349;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.513885;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00106751;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:29:35:1:0:29:35:2:0 chr14 36789729 . T G 1036.05 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.158;QD=59.2027;RBI=0.0603167;REFB=0;REVB=0.00510308;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95511e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr14 36789775 . A T 712.71 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106686;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.807;QD=63.3517;RBI=0.00841635;REFB=0;REVB=-0.00834846;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195148;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr14 36789795 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.918;QD=57.6805;RBI=0.00563619;REFB=0;REVB=-0.00160408;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82664e-05;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr14 36840650 . A T 1521.39 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0056408;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.015;QD=62.7377;RBI=0.00854372;REFB=0.0665217;REVB=0.00641689;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000117438;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:0:1:96:96:0.989691:36:60:0:0:36:60:1:0 chr14 37135752 . C T 574.69 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.00626069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2014;QD=19.6474;RBI=0.0124354;REFB=-0.0338462;REVB=0.0107444;RO=58;SAF=17;SAR=42;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422581;STB=0.523356;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.032032;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:42:17:19:39:42:17:19:39 chr14 37180685 . T C 495.08 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0372528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.235;QD=20.6284;RBI=0.0372539;REFB=-0.00807601;REVB=-0.000290223;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094129;STB=0.552062;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0102161;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:24:24:19:29:24:24:19:29 chr14 37203697 . G A 491.07 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0219514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2767;QD=17.3829;RBI=0.0327429;REFB=-0.0359793;REVB=0.0242947;RO=60;SAF=34;SAR=19;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255579;STB=0.514219;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0417477;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:19:34:37:23:19:34:37:23 chr14 37641880 . C A 520.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0348;QD=59.4452;RBI=0.198635;REFB=0;REVB=-0.029943;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226894;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr14 38061742 . C T 668.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.8;QD=62.199;RBI=0.0750454;REFB=0;REVB=0.0435075;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387439;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:18:22:0:0:20:23:0:0 chr14 38218343 . A G 243.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0158041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.196;QD=15.4401;RBI=0.0274357;REFB=-0.0156901;REVB=-0.0224265;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658498;STB=0.548271;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0217681;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:19:9:13:21:19:9:14:21 chr14 38218986 . A G 976.67 PASS AF=0.474654;AO=102;DP=216;FAO=103;FDP=217;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.00344666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.57;QD=18.0031;RBI=0.0448032;REFB=-0.0194246;REVB=0.0446704;RO=112;SAF=51;SAR=51;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254119;STB=0.511276;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0204253;OID=.;OPOS=38218986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:112:114:102:103:0.474654:51:51:53:59:52:51:54:60 chr14 38266074 . C T 284.28 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0207718;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.707;QD=14.7679;RBI=0.0399969;REFB=0.00335378;REVB=-0.0341802;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353501;STB=0.506489;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.004406;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:45:32:32:0.415584:16:16:20:23:16:16:22:23 chr14 38277999 . C T 148.31 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00352284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5418;QD=11.1929;RBI=0.00604791;REFB=-0.0154181;REVB=0.00491598;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131322;STB=0.591622;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0351295;OID=.;OPOS=38277999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:18:19:0.358491:9:9:21:13:10:9:21:13 chr14 38680648 . A G 330.55 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00908715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7155;QD=23.6106;RBI=0.00920679;REFB=0.0356603;REVB=-0.00147947;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148867;STB=0.508192;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0133253;OID=.;OPOS=38680648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:13:10:15:18:13:10 chr14 38681113 . G A 426.89 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0155706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.755;QD=21.8917;RBI=0.0155925;REFB=-0.00429587;REVB=0.000824799;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218806;STB=0.625095;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00223097;OID=.;OPOS=38681113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:22:20:26:9:22:20:27:9 chr14 38681269 . C T 298.7 PASS AF=0.5;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.125169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.952;QD=18.669;RBI=0.126256;REFB=-0.0271284;REVB=-0.0165328;RO=31;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178216;STB=0.611037;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0190312;OID=.;OPOS=38681269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:32:32:32:0.5:24:8:13:18:24:8:14:18 chr14 38725285 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0188486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.47;QD=16.1192;RBI=0.045598;REFB=-0.0347263;REVB=0.04152;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.023968;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:5:7:5:7:5:7:5:8 chr14 39556185 . G C 384.82 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0710136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0655;QD=11.2356;RBI=0.0712186;REFB=0.00306565;REVB=0.0053987;RO=89;SAF=24;SAR=23;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185194;STB=0.506987;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0047974;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:89:90:47:47:0.343066:23:24:44:45:23:24:45:45 chr14 39650234 . A T 150.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.567;QD=42.9133;RBI=0.0403718;REFB=0;REVB=0.0175589;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227618;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr14 39650824 . C T 52.46 PASS AF=0.5;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0156161;FXX=0.199867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5973;QD=17.486;RBI=0.0309942;REFB=-0.0732462;REVB=0.0267727;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254893;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0802445;OID=.;OPOS=39650824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:12:6:5:4:6:0.5:1:3:3:3:3:3:4:1 chr14 39650924 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0291963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.942;QD=20.8915;RBI=0.0524984;REFB=-0.0148405;REVB=-0.0436309;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27786;STB=0.658231;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00593254;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:1:5:4:6:1:5 chr14 39703324 . A G 2008.92 PASS AF=0.931034;AO=135;DP=146;FAO=135;FDP=145;FR=.;FRO=10;FSAF=89;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0233566;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2762;QD=55.4184;RBI=0.0282475;REFB=-0.0819811;REVB=-0.0158867;RO=10;SAF=89;SAR=46;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372337;STB=0.519647;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00281605;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:146:145:10:10:135:135:0.931034:46:89:4:6:46:89:4:6 chr14 39716201 . A G 486.05 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0234663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.718;QD=21.3649;RBI=0.0240213;REFB=0.00821622;REVB=-0.00513377;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393762;STB=0.516122;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00572484;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:44:47:47:0.516484:24:23:23:20:24:23:23:21 chr14 39722023 . G C 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00292406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5958;QD=20.0304;RBI=0.018428;REFB=-0.0466726;REVB=0.0181945;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144062;STB=0.581059;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0348169;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:16:10:13:11:16:10 chr14 39736680 . T C 859.01 PASS AF=0.953846;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0362964;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.228;QD=52.8621;RBI=0.0379462;REFB=-0.0427145;REVB=0.0110673;RO=3;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845068;STB=0.505515;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00284118;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:65:3:3:59:62:0.953846:34:25:1:2:34:28:1:2 chr14 39784014 . A G 545.64 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0341687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5498;QD=48.501;RBI=0.0837024;REFB=-0.0531781;REVB=0.0764107;RO=6;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164274;STB=0.588189;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00875546;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:14:25:0:6:14:25:0:6 chr14 39818028 . A G 1295.62 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00836883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.84;QD=59.5687;RBI=0.0242566;REFB=-0.167528;REVB=0.0227671;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104115;STB=0.510867;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00159796;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:2:85:85:0.977011:45:40:0:1:45:40:0:2 chr14 39819734 . T G 1572.7 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00454376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.836;QD=62.9082;RBI=0.0270488;REFB=0.00301855;REVB=0.0266644;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-3.61897e-05;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:43:56:1:0:43:56:1:0 chr14 39868646 . C A 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.172;QD=58.5756;RBI=0.0268748;REFB=0;REVB=0.0182634;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09552e-06;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr14 42360633 . T C 497.25 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0032463;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.438;QD=23.3998;RBI=0.0373737;REFB=-0.017832;REVB=0.0372324;RO=39;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515009;STB=0.533691;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0146122;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:38:47:47:0.552941:27:20:19:20:27:20:19:19 chr14 42997963 . A G 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108789;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9565;QD=57.0077;RBI=0.110678;REFB=0;REVB=0.0203571;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665407;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr14 42998026 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.376;QD=59.4338;RBI=0.0397069;REFB=0;REVB=0.0248603;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521852;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 44974966 . G A 1305.56 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00064957;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.919;QD=62.1697;RBI=0.0205549;REFB=0;REVB=0.0205446;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22568e-05;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:28:56:0:0:28:56:0:0 chr14 44975052 . A G 684.41 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00871709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6001;QD=48.0285;RBI=0.00910621;REFB=-0.0665952;REVB=0.00263354;RO=3;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278282;STB=0.535577;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0242879;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:57:57:3:5:52:52:0.912281:21:31:1:2:21:31:1:4 chr14 44975606 . G T 1098.18 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00287233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3539;QD=56.3172;RBI=0.0677575;REFB=-0.141589;REVB=0.0676966;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.505651;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00645965;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:78:0:3:75:75:0.961538:36:39:0:0:36:39:2:1 chr14 45393712 . A G 105.9 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0146329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.543;QD=11.4487;RBI=0.0294373;REFB=-0.0109095;REVB=-0.0255427;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.565515;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0440906;OID=.;OPOS=45393712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:16:7:5:8:17:7 chr14 45400736 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0133484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.82;QD=11.0161;RBI=0.0133948;REFB=0.00388324;REVB=-0.00111386;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158821;STB=0.594461;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0245613;OID=.;OPOS=45400736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:16:12:8:6:16:12 chr14 45432870 . G C 107.52 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00960009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9437;QD=13.4396;RBI=0.0370387;REFB=-0.00224497;REVB=0.0357729;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952412;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:12:14:0.4375:5:7:9:8:7:7:9:9 chr14 45433155 . C G 255.23 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0242171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8265;QD=13.2588;RBI=0.025483;REFB=-0.00134283;REVB=0.007932;RO=45;SAF=9;SAR=21;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400031;STB=0.736691;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00257551;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:47:30:30:0.38961:21:9:31:14:21:9:33:14 chr14 45515838 . A G 176.46 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00399431;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.17;QD=20.1673;RBI=0.0291048;REFB=-0.00699935;REVB=-0.0288294;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.597378;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0110059;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:11:6:10:8:11:6 chr14 45606287 . C T 367.52 PASS AF=0.430108;AO=38;DP=90;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0208324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6468;QD=15.8073;RBI=0.0430856;REFB=0.00451015;REVB=0.0377145;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173054;STB=0.599844;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00450267;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:52:53:38:40:0.430108:18:20:36:16:19:21:37:16 chr14 47309496 . G T 1220.9 PASS AF=1;AO=56;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000980775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.679;QD=59.5563;RBI=0.0131885;REFB=0;REVB=-0.0131519;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59009e-05;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:56:82:1:26:30:0:0:41:41:0:0 chr14 47341131 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.857;QD=51.9164;RBI=0.0458665;REFB=0;REVB=0.0402036;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184961;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 47528470 . T C 1298.26 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0165104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2492;QD=58.3488;RBI=0.0375512;REFB=-0.0140454;REVB=0.0337269;RO=3;SAF=34;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399802;STB=0.521122;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000250242;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:52:34:3:0:52:34:3:0 chr14 47528551 . T A 1467.8 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.349;QD=62.4594;RBI=0.0280631;REFB=0;REVB=0.020372;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145735;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:94:0:0:93:94:1:61:32:0:0:61:33:0:0 chr14 50159994 . TGGGGGGGC GTGGGGGGC,TGGGGGGCG 31.38 PASS AF=0,0.128205;AO=2,4;DP=41;FAO=0,5;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=0,2;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.233366,-0.143959;FXX=0.0249938;HRUN=1,7;LEN=2,2;MLLD=23.1433,49.6981;QD=3.21829;RBI=0.241091,0.148483;REFB=-0.0680415,-0.0357037;REVB=-0.0605397,-0.036376;RO=17;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394761,-0.5903;STB=0.5,0.779796;STBP=1,0.526;TYPE=mnp,mnp;VARB=0,0.179783;OID=.,.;OPOS=50159994,50160001;OREF=TG,GC;OALT=GT,CG;OMAPALT=GTGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:41:39:17:33:2,4:0,5:0,0.128205:0,2:2,2:16:1:0,2:0,3:29:4 chr14 50195679 . A G 2102.69 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4976;QD=62.767;RBI=0.0124522;REFB=0;REVB=0.00618009;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35426e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:62:72:0:0:62:72:0:0 chr14 50251369 . A G 837.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201297;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.698;QD=57.7386;RBI=0.00416882;REFB=0;REVB=0.00365061;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53913e-06;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr14 50298962 . T A 698.94 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.15;QD=54.819;RBI=0.0311918;REFB=-0.035104;REVB=0.0275399;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00107161;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:0:1:30:20:0:1 chr14 50477643 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9172;QD=62.3489;RBI=0.0475559;REFB=0;REVB=-0.0393961;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108861;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr14 50575408 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0345968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1507;QD=14.9766;RBI=0.0820006;REFB=-0.0203061;REVB=-0.0743448;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.016902;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:6:4:5:5:6:5 chr14 50575411 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0252554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.799;QD=14.9786;RBI=0.0277708;REFB=-0.00982566;REVB=-0.0115493;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0134971;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:6:4:5:5:6:5 chr14 50583083 . G T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.001306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0722;QD=20.7538;RBI=0.0233159;REFB=-0.012593;REVB=0.0232793;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643304;STB=0.536535;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0255427;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:8:4:4:11:8:4 chr14 50585248 . C T 460.56 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0321076;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.667;QD=18.0612;RBI=0.0323974;REFB=-0.0181352;REVB=0.0043236;RO=53;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141796;STB=0.57858;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0219735;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:53:49:49:0.480392:24:25:19:34:24:25:19:34 chr14 50623657 . G A 327.52 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0318627;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1069;QD=10.0776;RBI=0.101355;REFB=-0.0181059;REVB=-0.0962168;RO=85;SAF=24;SAR=18;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899123;STB=0.556265;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0312367;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:85:88:42:42:0.323077:18:24:42:43:18:24:43:45 chr14 50623669 . G A 93.11 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0876631;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2874;QD=2.93266;RBI=0.0932464;REFB=-0.00321877;REVB=-0.0317815;RO=108;SAF=7;SAR=12;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189856;STB=0.627772;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0486547;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:128:127:108:108:19:19:0.149606:12:7:56:52:12:7:56:52 chr14 50623679 . G A 221.22 PASS AF=0.290909;AO=33;DP=110;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0597823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2219;QD=8.04435;RBI=0.0773623;REFB=-0.0388803;REVB=-0.049102;RO=77;SAF=21;SAR=12;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246313;STB=0.633401;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.104357;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:77:78:33:32:0.290909:12:21:33:44:12:20:34:44 chr14 50623683 . A G 250.83 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0329629;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1846;QD=9.12115;RBI=0.0410403;REFB=-0.0315495;REVB=-0.024449;RO=76;SAF=23;SAR=11;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200901;STB=0.61807;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.022266;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:76:34:34:0.309091:11:23:39:37:11:23:39:37 chr14 50623694 . TATA T,TAAT,TAT 320.4 PASS AF=0.555556,0.0222222,0.333333;AO=16,10,30;DP=99;FAO=25,1,15;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=9,0,3;FSAR=16,1,12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00661734,-0.088376,0.175491;FXX=0.307645;HRUN=1,1,6;LEN=3,2,1;MLLD=101.705,13.5302,9.03911;QD=28.4798;RBI=0.0727596,0.0890418,0.175491;REFB=-0.0589179,-0.196045,-0.250773;REVB=0.072458,0.010868,8.35161e-05;RO=27;SAF=7,7,7;SAR=9,3,23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.242347,0.0452153,-0.392525;STB=0.590835,0.995941,0.699705;STBP=0.025,0.078,0.006;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.023394,0.0653688,0.252458;OID=.,.,.;OPOS=50623695,50623696,50623697;OREF=ATA,TA,A;OALT=-,AT,-;OMAPALT=T,TAAT,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.555556,0.0222222,0.333333:16,10,30:99:25,1,15:45:4:9,0,3:16,1,12:4:0:84:27:7,7,7:9,3,23:18:9 chr14 50704331 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000183205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.143;QD=12.1823;RBI=0.024872;REFB=-0.00351966;REVB=-0.0248714;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00435588;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:8:7:3:7:8:7 chr14 50713679 . T A,G 418.98 PASS AF=0.1,0.9;AO=5,25;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150732,0.0388966;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.299,182.963;QD=55.8639;RBI=0.0489965,0.049565;REFB=0,0;REVB=0.0466203,0.0307204;RO=0;SAF=5,12;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0537594,-0.00888257;OID=.,.;OPOS=50713679,50713679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:30:30:0:0:5,25:3,27:0.1,0.9:0,13:5,12:0:0:0,13:3,14:0:0 chr14 50769717 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0715894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7215;QD=14.0962;RBI=0.0739597;REFB=0.0223392;REVB=-0.018574;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299066;STB=0.654398;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0399505;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:7:4:9:4:7:4:9:5 chr14 50778816 . A C 364.33 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0297953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.688;QD=26.4964;RBI=0.0307535;REFB=-0.0317491;REVB=-0.00761692;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110193;STB=0.54147;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.017856;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:16:20:34:35:0.636364:17:17:11:5:18:17:12:8 chr14 50785940 . AGGGTT A 43.22 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00884093;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=235.194;QD=6.40353;RBI=0.0286181;REFB=-0.00505202;REVB=-0.0272183;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0.449568;SSEP=0;SSSB=0.251436;STB=0.735249;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=0.0215748;OID=.;OPOS=50785941;OREF=GGGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:6:27:8:27:19:6:2:8:11:43:20:4:2:9:11 chr14 50786004 . A G 107.34 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00421514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6743;QD=14.3113;RBI=0.0529342;REFB=0.0228038;REVB=-0.0527662;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276679;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0333234;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:7:10:8:5:7:10 chr14 50788213 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00708223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.637;QD=23.5979;RBI=0.0293015;REFB=-0.00117125;REVB=-0.0284327;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138878;STB=0.577554;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000656418;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:10:11:9:16:10:11 chr14 50789476 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000327762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.408;QD=13.6609;RBI=0.0232594;REFB=-0.0193016;REVB=-0.0232571;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154706;STB=0.589622;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0218211;OID=.;OPOS=50789476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:6:15:8:6:6:15 chr14 50798743 . G A 165.76 PASS AF=0.5;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0182516;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.993;QD=19.501;RBI=0.0183074;REFB=-0.0240611;REVB=-0.00142903;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.561969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.01975;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:15:17:0.5:9:6:8:9:11:6:8:9 chr14 50799126 . G C 210.09 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0154229;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6878;QD=13.7762;RBI=0.0171306;REFB=-0.00444051;REVB=0.00745588;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622994;STB=0.535591;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00906406;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:18:18:11:14:18:18 chr14 50802727 . A C 272.54 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0383775;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3014;QD=19.4669;RBI=0.0383777;REFB=-0.0107694;REVB=0.000122498;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353571;STB=0.506152;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00786482;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:10:19:18:8:10:19:18:9 chr14 50802840 . A G 144.82 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0473515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.463;QD=15.6557;RBI=0.0477421;REFB=-0.00244084;REVB=0.00609492;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.586098;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00050719;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:11:10:10:6:11:10 chr14 50824839 . G A 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0415367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.628;QD=23.8961;RBI=0.0453508;REFB=-0.0340497;REVB=-0.0182044;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997665;STB=0.555514;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0437977;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:13:10:15:12:13:10 chr14 50844367 . G A,GA 226.73 PASS AF=0.0465116,0.325581;AO=4,22;DP=88;FAO=4,28;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=4,21;FSAR=0,7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0170452,0.0856931;FXX=0.0114929;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=33.0357,24.1217;QD=10.5458;RBI=0.0491749,0.0867935;REFB=-0.0192303,-0.0256158;REVB=-0.0461263,0.0137768;RO=62;SAF=4,21;SAR=0,1;SRF=28;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.520222,0.705078;STB=0.997339,0.679863;STBP=0.032,0.026;TYPE=snp,ins;VARB=0.0258074,0.0357488;OID=.,.;OPOS=50844367,50844368;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:86:62:54:4,22:4,28:0.0465116,0.325581:0,1:4,21:28:34:0,7:4,21:27:27 chr14 50935150 . A G 976.57 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00426267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.497;QD=57.4453;RBI=0.00536451;REFB=-0.0755883;REVB=0.00325693;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-8.78937e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:38:29:0:0:38:29:1:0 chr14 51057727 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.828;QD=60.2043;RBI=0.0294117;REFB=0;REVB=0.0203199;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106529;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr14 51202311 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.154;QD=59.0184;RBI=0.0228989;REFB=0;REVB=0.00197465;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63718e-05;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr14 51223789 . C T 556.36 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00905325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.684;QD=55.6363;RBI=0.0185163;REFB=-0.110594;REVB=-0.0161521;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000524362;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:40:2:2:38:38:0.95:16:22:2:0:16:22:2:0 chr14 51224374 . T G 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.344;QD=56.9565;RBI=0.0303524;REFB=0;REVB=0.0276732;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04767e-05;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr14 51224658 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.328;QD=53.911;RBI=0.0215161;REFB=0;REVB=0.0191643;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71391e-05;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 51225132 . G T 621.65 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04854;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.813;QD=59.2049;RBI=0.0496761;REFB=-0.00441695;REVB=0.0105633;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000372874;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr14 51237701 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.929;QD=57.2359;RBI=0.111233;REFB=0;REVB=0.00568418;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081408;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr14 51239067 . C G 1138.85 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0995;QD=59.1613;RBI=0.0348402;REFB=-0.130679;REVB=0.0205548;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.504761;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00157655;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:24:52:0:0:24:52:1:0 chr14 51370852 . C G 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000675277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.22;QD=13.3141;RBI=0.00569613;REFB=0.000212606;REVB=0.00565596;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016415;STB=0.509425;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000262886;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:20:13:9:13:20:13 chr14 51371081 . A C 402.14 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0264747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.236;QD=19.1493;RBI=0.0312614;REFB=-0.0152551;REVB=0.0166242;RO=42;SAF=9;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339713;STB=0.686228;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0178363;OID=.;OPOS=51371081;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:32:9:23:19:32:9:23:20 chr14 51376678 . A G 418.21 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0336507;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.742;QD=17.0697;RBI=0.0336531;REFB=-0.00916453;REVB=0.000402105;RO=54;SAF=26;SAR=16;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103612;STB=0.558593;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0251258;OID=.;OPOS=51376678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:42:43:0.438776:16:26:28:26:16:27:29:26 chr14 51378590 . CTTT CTT,CTTG 386.76 PASS AF=0.514851,0.00990099;AO=32,4;DP=94;FAO=52,1;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=25,0;FSAR=27,1;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.058306,-0.0141362;FXX=0.0288434;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.8336,20.3688;QD=15.3173;RBI=0.0696197,0.103894;REFB=0.0151522,-0.00865921;REVB=-0.0380437,-0.102928;RO=44;SAF=24,0;SAR=8,4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.191487,-0.594357;STB=0.539155,0.991168;STBP=0.451,0.288;TYPE=del,snp;VARB=-0.0117611,0.0849675;OID=.,.;OPOS=51378591,51378593;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514851,0.00990099:32,4:94:52,1:101:48:25,0:27,1:27:21:99:44:24,0:8,4:26:18 chr14 51446216 . T G 2127.95 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0327246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.702;QD=60.7987;RBI=0.0328525;REFB=-0.162464;REVB=-0.00289572;RO=3;SAF=70;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199353;STB=0.506943;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000545425;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:3:2:137:138:0.985714:67:70:3:0:67:71:2:0 chr14 51710861 . A G 461.86 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0503415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.498;QD=21.4817;RBI=0.0560515;REFB=0.00615861;REVB=0.0246475;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202106;STB=0.611764;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0068975;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:29:16:24:17:29:16:24:17 chr14 51716188 . T G 281.34 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00679685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.325;QD=19.403;RBI=0.00931842;REFB=0.00472849;REVB=0.00637462;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00544138;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:13:15:16:14:13:15 chr14 51716467 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0743001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.282;QD=16.42;RBI=0.0747662;REFB=-0.0080064;REVB=0.00833528;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165864;STB=0.593757;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0109989;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:9:20:18:16:9:20:18:16 chr14 51722690 . T C 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0188394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0259;QD=13.3334;RBI=0.0301051;REFB=7.4049e-05;REVB=0.0234818;RO=53;SAF=20;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446566;STB=0.525532;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000582939;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:13:20:30:23:13:20:30:23 chr14 52182081 . T A 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400088;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.653;QD=59.1571;RBI=0.0498302;REFB=0;REVB=0.0297043;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020758;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr14 52186972 . A G 1043.9 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.576;QD=59.6511;RBI=0.0360915;REFB=0;REVB=0.0195012;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108405;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:42:25:0:0:43:27:0:0 chr14 52195290 . G A 409.64 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00883587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.43;QD=51.2046;RBI=0.00892163;REFB=-0.0958388;REVB=-0.00123407;RO=2;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788608;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00786159;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:13:17:1:1:13:17:1:1 chr14 52195320 . A G 556.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.209;QD=60.1656;RBI=0.0590594;REFB=0;REVB=0.0165955;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417185;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr14 52418655 . G A 164.15 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0355069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.273;QD=11.1285;RBI=0.035681;REFB=-0.0102939;REVB=-0.00352005;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211173;STB=0.512303;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0237426;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:9:12:21:17:9:12:21:17 chr14 52478315 . A G 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00396075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.629;QD=17.7166;RBI=0.00563089;REFB=-0.0060607;REVB=-0.00400242;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264395;STB=0.514793;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00632692;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:23:14:17:25:23:14:17:25 chr14 52481917 . C T 237.92 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00371689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.984;QD=16.1304;RBI=0.00714655;REFB=0.00356991;REVB=-0.00610393;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131016;STB=0.573591;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00409774;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:10:22:15:12:10:22 chr14 52496387 . C A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.357;QD=63.4766;RBI=0.0207847;REFB=0;REVB=0.0150274;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34125e-07;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr14 52496407 . C T 1171.54 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00189166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6566;QD=58.577;RBI=0.0316353;REFB=0.00790358;REVB=-0.0315787;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111386;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00154143;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:0:1:42:37:0:1 chr14 52505517 . G A 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0162965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.341;QD=7.68766;RBI=0.0162999;REFB=-0.00989434;REVB=-0.00033137;RO=45;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812531;STB=0.545405;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0244961;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:47:18:18:0.276923:8:10:28:17:8:10:29:18 chr14 52507429 . A G 3599.83 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.568;QD=62.879;RBI=0.0265316;REFB=0;REVB=0.0179782;RO=0;SAF=126;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32418e-05;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:228:229:0:0:228:229:1:102:126:0:0:102:127:0:0 chr14 52509501 . T C 582.57 PASS AF=0.526786;AO=58;DP=110;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0423996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9574;QD=20.8061;RBI=0.0525068;REFB=-0.0289815;REVB=-0.0309716;RO=51;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729955;STB=0.55205;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0268008;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:51:53:58:59:0.526786:30:28:29:22:31:28:31:22 chr14 52520368 . C T 445.61 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0336243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.381;QD=26.2125;RBI=0.050953;REFB=-0.0507828;REVB=0.0382833;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166234;STB=0.590865;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0332705;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:16:10:26:16:16:10 chr14 52520853 . A G 1511.68 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.237;QD=63.6495;RBI=0.0329775;REFB=0;REVB=0.0224637;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102477;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:52:40:0:0:52:43:0:0 chr14 52535648 . G T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.104;QD=56.9552;RBI=0.0287895;REFB=0;REVB=0.0179878;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130027;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr14 52536512 . T C 1286.3 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000580453;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3939;QD=61.9904;RBI=0.0205955;REFB=0;REVB=0.0205873;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103542;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr14 52781341 . A T 892.89 PASS AF=0.564935;AO=85;DP=154;FAO=87;FDP=154;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0272092;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.793;QD=23.1918;RBI=0.0275216;REFB=-0.0350036;REVB=0.00413475;RO=65;SAF=34;SAR=51;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647186;STB=0.5457;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0164365;OID=.;OPOS=52781341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:65:67:85:87:0.564935:51:34:21:44:51:36:21:46 chr14 52906081 . T G 191.83 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0231359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.042;QD=12.1798;RBI=0.0279854;REFB=-0.00486064;REVB=-0.0157453;RO=38;SAF=5;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37758;STB=0.714091;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00839666;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:19:5:20:18:19:5:20:19 chr14 52907353 . C T 392.93 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0115109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.277;QD=20.9561;RBI=0.01889;REFB=-0.0087802;REVB=-0.0149776;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475539;STB=0.51999;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0100492;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:20:19:19:16:20:20:19:16 chr14 52937255 . C T 431.34 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0263442;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.371;QD=22.7019;RBI=0.0276785;REFB=-0.0105198;REVB=-0.00849025;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440103;STB=0.532304;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00780285;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:34:41:42:0.552632:17:24:17:15:18:24:17:17 chr14 53098902 . G A 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.201;QD=59.8634;RBI=0.0211779;REFB=0;REVB=-0.00713915;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114578;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr14 53130507 . T C 617.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430795;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.277;QD=61.7108;RBI=0.126564;REFB=0;REVB=0.12649;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033908;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr14 53145132 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0105809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.137;QD=15.6261;RBI=0.0236686;REFB=-0.00423154;REVB=0.0211719;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282448;STB=0.661309;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00903419;OID=.;OPOS=53145132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:19:8:11:8:19:8 chr14 53244637 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00795096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.639;QD=19.0574;RBI=0.00821104;REFB=0.0006831;REVB=-0.00205022;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.000761718;OID=.;OPOS=53244637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:9:11:10:9:9:11 chr14 53331278 . C T 287.88 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0204533;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.933;QD=13.3896;RBI=0.0263989;REFB=-0.00399578;REVB=-0.0166902;RO=53;SAF=11;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196912;STB=0.612833;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00928424;OID=.;OPOS=53331278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:53:33:33:0.383721:22:11:27:26:22:11:27:26 chr14 53345378 . G A 409.94 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464967;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.304;QD=56.5431;RBI=0.0497153;REFB=0;REVB=0.0175974;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100721;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr14 53529669 . A T 867.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.43;QD=57.8655;RBI=0.0076193;REFB=0;REVB=0.00175574;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57747e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:27:33:0:0 chr14 53619463 . G A 400.32 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.51;QD=53.3755;RBI=0.0287685;REFB=-0.169079;REVB=0.0219897;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00434988;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 454.12 PASS AF=0.131579,0.763158;AO=5,28;DP=39;FAO=5,29;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=4,19;FSAR=1,10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0133147,-0.0324468;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=93.0464,188.522;QD=47.8025;RBI=0.0943626,0.0569209;REFB=0.0133374,0.00182439;REVB=0.0934185,0.0467675;RO=4;SAF=4,18;SAR=1,10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28673,-0.0928605;STB=0.666163,0.547587;STBP=0.725,0.2;TYPE=snp,ins;VARB=-0.011794,-0.0011143;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:39:38:4:4:5,28:5,29:0.131579,0.763158:1,10:4,18:4:0:1,10:4,19:4:0 chr14 53619500 . C G 353.2 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00310512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2602;QD=18.348;RBI=0.0249868;REFB=0.012645;REVB=-0.0247931;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262378;STB=0.651613;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0139733;OID=.;OPOS=53619500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:23:14:26:13:23:14:27:13 chr14 53619544 . G A 1445.56 PASS AF=0.980198;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0507746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.167;QD=57.2501;RBI=0.0616056;REFB=-0.0549392;REVB=0.0348884;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00188357;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:101:0:2:96:99:0.980198:48:48:0:0:50:49:2:0 chr14 54417522 . A G 177.42 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0650874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.217;QD=21.5053;RBI=0.0672648;REFB=-0.00225445;REVB=0.0169759;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.583245;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00197319;OID=.;OPOS=54417522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:4:11:10:8:4:11 chr14 54875276 . C A 260.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934544;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.677;QD=52.1805;RBI=0.053595;REFB=0;REVB=-0.0527739;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036469;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr14 54875514 . A G 650.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0493;QD=61.9558;RBI=0.0591126;REFB=0;REVB=0.035831;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733835;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr14 55255673 . C T 1764.06 PASS AF=0.991525;AO=113;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668586;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.915;QD=59.7987;RBI=0.0763174;REFB=-0.10426;REVB=0.0368003;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000474899;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:0:1:113:117:0.991525:60:53:0:0:63:54:0:1 chr14 55308770 . C A 1658.37 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2178;QD=60.3045;RBI=0.0707233;REFB=0;REVB=-0.00768875;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494084;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:57:52:0:0:58:52:0:0 chr14 55344901 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000331315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.027;QD=14.1956;RBI=0.00818983;REFB=-0.0203868;REVB=-0.00818313;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214544;STB=0.625838;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0353731;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:12:10:4:11:12:10 chr14 55511365 . T TTTTC 362.76 PASS AF=0.398148;AO=37;DP=123;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00226524;FXX=0.052627;HRUN=5;LEN=4;MLLD=239.42;QD=13.4356;RBI=0.00739381;REFB=-0.00759983;REVB=-0.00703826;RO=80;SAF=23;SAR=14;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116246;STB=0.55948;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.0129901;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398148:37:123:43:108:65:26:17:33:32:99:80:23:14:42:38 chr14 55512273 . C A 78.49 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0249937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2185;QD=14.951;RBI=0.041754;REFB=0.0030199;REVB=-0.0334471;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122307;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00780685;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:4:7:5:5:4:7 chr14 55513848 . G C 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.052567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.391;QD=9.09903;RBI=0.0643576;REFB=-0.014271;REVB=0.0371297;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0361205;OID=.;OPOS=55513848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:9:9:6:3:10:9 chr14 55535064 . G C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0112913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.961;QD=20.072;RBI=0.0302738;REFB=0.00360515;REVB=-0.0280893;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970846;STB=0.553815;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0036447;OID=.;OPOS=55535064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:17:17:19:12:17:17:19:12 chr14 55604935 . C A 597.4 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0149146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.372;QD=17.967;RBI=0.0189612;REFB=-0.0204364;REVB=0.0117082;RO=71;SAF=30;SAR=32;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358062;STB=0.519877;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0203894;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:32:30:37:34:32:30:37:34 chr14 55605036 . A C 504.95 PASS AF=0.5;AO=49;DP=101;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0296396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.138;QD=19.0549;RBI=0.0361576;REFB=-0.0347694;REVB=-0.0207091;RO=49;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392335;STB=0.529014;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0338545;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:49:53:49:53:0.5:30:19:17:32:30:23:20:33 chr14 55619311 . A G 37.52 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0294777;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.325;QD=5.17493;RBI=0.0301571;REFB=-0.0174067;REVB=0.00636484;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4812;STB=0.822428;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0341795;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:29:29:21:23:6:6:0.206897:5:1:12:9:5:1:13:10 chr14 55818517 . T A 292.64 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0491266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2369;QD=17.2141;RBI=0.0737689;REFB=-0.0208814;REVB=0.0550312;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205833;STB=0.621743;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0235031;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:19:13:22:13:19:13:23:13 chr14 55818706 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00533611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.43;QD=16.7848;RBI=0.00550848;REFB=-0.00464513;REVB=0.00136722;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567525;STB=0.52507;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00442646;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:11:18:18:14:11:18:19:14 chr14 55834828 . T A,TAAA 179.01 PASS AF=0.0357143,0.375;AO=3,16;DP=58;FAO=2,21;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=0,14;FSAR=2,7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00698881,-0.0214519;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=160.912,39.5429;QD=12.7865;RBI=0.00732713,0.0230506;REFB=0.00024177,-0.012372;REVB=-0.00220077,0.00843487;RO=31;SAF=1,11;SAR=2,5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156472,0.235363;STB=0.995181,0.57887;STBP=0.117,0.369;TYPE=snp,ins;VARB=0.00820847,0.0117737;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:56:31:33:3,16:2,21:0.0357143,0.375:2,5:1,11:15:16:2,7:0,14:18:15 chr14 55835762 . C T 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0111835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.539;QD=13.0537;RBI=0.0112514;REFB=-0.011556;REVB=-0.00123432;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542339;STB=0.531074;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0155694;OID=.;OPOS=55835762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:23:12:9:14:23:12 chr14 55835773 . A AAAT 175.66 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-1.36202e-05;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=3;MLLD=234.762;QD=15.6143;RBI=0.00360918;REFB=1.88859e-05;REVB=0.00360916;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229133;STB=0.568558;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=0.000354801;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:17:48:19:45:26:11:8:18:8:99:30:9:8:22:8 chr14 55907172 . C G 725.88 PASS AF=0.493421;AO=73;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=24;FWDB=-0.00640956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.384;QD=19.102;RBI=0.0276018;REFB=-0.0130633;REVB=-0.0268473;RO=78;SAF=41;SAR=32;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126591;STB=0.560568;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0158731;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:77:73:75:0.493421:32:41:54:24:32:43:53:24 chr14 56113666 . CTTTTT CTTTTG,CTTTT 120.08 PASS AF=0.0530973,0.327434;AO=5,33;DP=106;FAO=6,37;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=6,11;FSAR=0,26;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0285931,-0.069285;FXX=0.0173898;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=238.175,7.63012;QD=4.25051;RBI=0.0316057,0.0733892;REFB=-0.0102241,-0.145057;REVB=-0.0134667,0.0241984;RO=57;SAF=5,10;SAR=0,23;SRF=21;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622118,-0.08188;STB=0.99873,0.523994;STBP=0,0.744;TYPE=snp,del;VARB=0.0453304,0.117206;OID=.,.;OPOS=56113671,56113667;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CTTTTG,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0530973,0.327434:5,33:106:6,37:113:70:6,11:0,26:23:47:91:57:5,10:0,23:21:36 chr14 57052511 . G T 1901.39 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109693;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.873;QD=61.8337;RBI=0.036552;REFB=0;REVB=-0.0365355;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96383e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr14 57099859 . G A 732.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.093;QD=56.3671;RBI=0.0280166;REFB=0;REVB=0.0125489;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85629e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:23:25:0:0:26:26:0:0 chr14 57101682 . A G 1830.64 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3926;QD=61.0215;RBI=0.0411738;REFB=0;REVB=0.0269869;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909828;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:59:61:0:0 chr14 57102534 . G A 1486.97 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.934;QD=63.2752;RBI=0.0279591;REFB=0;REVB=0.0238289;RO=0;SAF=26;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78529e-05;OID=.;OPOS=57102534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:87:94:1:61:26:0:0:64:30:0:0 chr14 57115622 . C G 219.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0268636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4526;QD=17.5851;RBI=0.0275495;REFB=-0.00156676;REVB=-0.00610903;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206241;STB=0.617539;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00230181;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:16:12:14:8:16:12 chr14 57866623 . A G 403.41 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00976252;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.206;QD=21.8058;RBI=0.0220876;REFB=-0.00419117;REVB=-0.019813;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631467;STB=0.534866;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00662897;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:34:34:40:40:0.540541:17:23:17:17:17:23:17:17 chr14 57876265 . G A 335.06 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.011677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8603;QD=14.4113;RBI=0.0527925;REFB=-0.00551552;REVB=-0.0514849;RO=56;SAF=26;SAR=11;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518547;STB=0.529515;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00803692;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:11:26:37:19:11:26:37:19 chr14 57876575 . T C 378.78 PASS AF=0.581081;AO=14;DP=72;FAO=43;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0699316;FXX=0.0512755;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6037;QD=20.4746;RBI=0.289913;REFB=-0.104023;REVB=0.281353;RO=21;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832957;STB=0.640162;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0879935;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:21:30:14:43:0.581081:1:13:19:2:25:18:23:7 chr14 57938124 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7391;QD=58.0596;RBI=0.0347614;REFB=0;REVB=0.0192647;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107269;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 57938260 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.087;QD=57.235;RBI=0.0466937;REFB=0;REVB=0.0133224;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271762;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr14 57945689 . G A 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.351;QD=58.2352;RBI=0.0668697;REFB=0;REVB=0.0217871;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101455;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr14 57948380 . T C 769.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.089;QD=56.9901;RBI=0.0848267;REFB=0;REVB=0.0165504;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239229;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:34:20:0:0 chr14 57957664 . T A 1984.81 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00623928;FXX=0.0150365;HRUN=4;LEN=1;MLLD=351.326;QD=60.6048;RBI=0.0130811;REFB=0.0276183;REVB=-0.0114972;RO=1;SAF=80;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959947;STB=0.509998;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-3.20003e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:131:1:2:129:129:0.984733:49:80:0:1:49:80:0:2 chr14 58706609 . C T 876.95 PASS AF=0.502857;AO=88;DP=175;FAO=88;FDP=175;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.000835172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.491;QD=20.0447;RBI=0.00195339;REFB=-0.00707231;REVB=-0.00176585;RO=86;SAF=39;SAR=49;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304544;STB=0.514095;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00665101;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:86:87:88:88:0.502857:49:39:41:45:49:39:41:46 chr14 58766617 . A G 395.76 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0941556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3648;QD=21.6855;RBI=0.106732;REFB=0.0111927;REVB=-0.0502627;RO=32;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074578;STB=0.541156;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00623783;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:32:33:39:40:0.547945:23:16:16:16:23:17:17:16 chr14 58831142 . A G 222.34 PASS AF=0.617647;AO=17;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0194276;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.619;QD=26.1576;RBI=0.0203163;REFB=-0.0131196;REVB=-0.00594292;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904398;STB=0.582096;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00814174;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:9:13:17:21:0.617647:10:7:5:4:11:10:9:4 chr14 58838668 . A G 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0152938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.698;QD=15.229;RBI=0.016201;REFB=-0.00887546;REVB=-0.00534522;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135953;STB=0.601259;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0337166;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:7:12:13:13:7:12:13:15 chr14 58838701 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0142903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9131;QD=16.2714;RBI=0.0449923;REFB=-0.00919671;REVB=-0.0426626;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148075;STB=0.585251;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0115874;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:8:10:6:9:8:10 chr14 58839339 . A C 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00573044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.28;QD=52.5383;RBI=0.00657324;REFB=0.145774;REVB=0.00322016;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128367;STB=0.506823;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.000533215;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:33:17:1:1:33:17:1:1 chr14 58917454 . G A 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.005;QD=61.3726;RBI=0.0206265;REFB=0;REVB=0.0205992;RO=0;SAF=19;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00779e-05;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:61:19:0:0:61:19:0:0 chr14 58937416 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4389;QD=55.605;RBI=0.0272712;REFB=-0.00672628;REVB=-0.0172145;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00100251;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr14 58953746 . C G 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8021;QD=58.778;RBI=0.0285653;REFB=0;REVB=-0.0280672;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351794;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr14 58958923 . A G 322.84 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00381165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.574;QD=14.1906;RBI=0.0594735;REFB=-0.011984;REVB=0.0593512;RO=55;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383396;STB=0.52178;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0190969;OID=.;OPOS=58958923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:19:17:24:31:19:17:24:31 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 941.1 PASS AF=0.907692,0.0923077;AO=57,6;DP=66;FAO=59,6;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248282,0.0237182;FXX=0.0579626;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=242.766,46.6079;QD=57.9141;RBI=0.0299412,0.048863;REFB=0,0;REVB=0.0167344,0.0427204;RO=0;SAF=29,5;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00284432,-0.0143032;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.907692,0.0923077:57,6:66:59,6:65:0:29,5:30,1:0:0:26:0:29,5:28,1:0:0 chr14 59797235 . A G 242.46 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00941502;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.017;QD=18.6509;RBI=0.0194228;REFB=-0.0254775;REVB=-0.0169883;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102619;STB=0.557478;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.023695;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:26:26:0.5:12:14:11:15:12:14:11:15 chr14 59835972 . A C 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00209505;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.896;QD=42.7092;RBI=0.0123393;REFB=0.0110413;REVB=0.0121601;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.541624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-7.18146e-05;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:11:8:0:1:11:8:0:2 chr14 60004844 . C T 723.45 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0472608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3159;QD=60.2878;RBI=0.0553856;REFB=0.13667;REVB=0.0288787;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00455141;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:20:26:0:1:20:27:0:1 chr14 60031996 . G A 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.882;QD=59.9234;RBI=0.0101598;REFB=0;REVB=0.00920565;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2558e-06;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr14 60043422 . A G 1302.14 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.091;QD=62.0068;RBI=0.0391116;REFB=0;REVB=-0.00308015;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61014e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:49:34:0:0:49:35:0:0 chr14 60063472 . A G 1609.75 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454329;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3732;QD=60.1776;RBI=0.0550418;REFB=0;REVB=0.0310716;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500806;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr14 60574539 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.267;QD=59.5016;RBI=0.0098109;REFB=0;REVB=0.00779093;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68682e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr14 60575240 . T C 726.69 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0139656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9827;QD=52.8505;RBI=0.0226402;REFB=-0.0283544;REVB=0.0178197;RO=2;SAF=8;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104167;STB=0.555533;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0162585;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:45:8:2:0:45:8:2:0 chr14 60575512 . G A 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300356;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.831;QD=45.9661;RBI=0.0328271;REFB=0;REVB=-0.013247;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539504;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 60575869 . A G 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.768;QD=63.4719;RBI=0.0191971;REFB=0;REVB=-0.00438213;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11135e-05;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr14 60576241 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.161;QD=37.4885;RBI=0.0586972;REFB=0;REVB=0.0547028;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758492;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 60576637 . A T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00147823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.702;QD=58.4203;RBI=0.013262;REFB=-0.0118636;REVB=0.0131794;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=1.61083e-05;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:0:1:38:34:0:1 chr14 60576861 . A G 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000484826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.731;QD=18.2367;RBI=0.0269028;REFB=-0.011787;REVB=0.0268984;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165098;STB=0.597814;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0200482;OID=.;OPOS=60576861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:48:42:42:0.466667:26:16:26:21:26:16:27:21 chr14 60576951 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.799;QD=60.2307;RBI=0.0103959;REFB=0;REVB=0.0103263;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71394e-05;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr14 60581863 . G A 715.16 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00809759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.434;QD=51.0828;RBI=0.0183735;REFB=0.0259955;REVB=0.0164929;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513124;STB=0.527262;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000471991;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:26:27:0:3:26:27:0:3 chr14 60581935 . C T 1419.84 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214679;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.583;QD=63.1041;RBI=0.0215138;REFB=0;REVB=-0.00140554;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266372;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:47:43:0:0 chr14 60582053 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.585;QD=63.582;RBI=0.0160995;REFB=0;REVB=0.0141601;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87337e-05;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr14 60864583 . G T 1422.69 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0069217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.195;QD=55.7919;RBI=0.0195024;REFB=-0.0596689;REVB=0.0182328;RO=2;SAF=55;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169338;STB=0.503311;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000350007;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:2:3:98:99:0.970588:43:55:2:0:44:55:2:1 chr14 60900113 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.899;QD=63.6148;RBI=0.0242555;REFB=0;REVB=0.00436304;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29988e-05;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr14 60903757 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.542;QD=62.0207;RBI=0.0574958;REFB=0;REVB=0.00429597;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398191;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 60923783 . C T 227.18 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00988316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8655;QD=21.1333;RBI=0.0114094;REFB=-0.00710898;REVB=-0.0057007;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333191;STB=0.698504;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00198292;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:16:6:13:7:16:6:14:7 chr14 60932752 . G A 110.67 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0146708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8878;QD=12.2965;RBI=0.0461629;REFB=-0.00864837;REVB=-0.0437696;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.66642;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0201516;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:12:10:10:4:12:10 chr14 61124940 . A G 91.83 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00166092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.189;QD=8.74528;RBI=0.00699633;REFB=-0.000859412;REVB=-0.00679632;RO=29;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506704;STB=0.804547;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00203614;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:10:2:17:12:10:2:17:13 chr14 61176485 . T C 181.55 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0313098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.663;QD=17.7118;RBI=0.0332264;REFB=-0.0153219;REVB=0.0111215;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.590698;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0365791;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:9:13:8:11:9:13 chr14 61180657 . T G 558.19 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00380264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.674;QD=23.018;RBI=0.003933;REFB=-0.017236;REVB=0.00100421;RO=45;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978085;STB=0.553777;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0139285;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:28:24:26:19:28:24:26:19 chr14 61445967 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.174;QD=59.8377;RBI=0.031075;REFB=0;REVB=0.0175595;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025951;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr14 61449328 . T A 1706.7 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00681724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.854;QD=57.8544;RBI=0.00745931;REFB=-0.109875;REVB=0.00302763;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503692;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000329445;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:0:3:115:115:0.974576:55:60:0:0:55:60:2:1 chr14 61453739 . C CT,CTT 177.78 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=20;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024253,0.0123224;FXX=0.136302;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=12.841,6.74497;QD=37.4269;RBI=0.243801,0.135508;REFB=0,0;REVB=-0.242591,-0.134946;RO=2;SAF=11,1;SAR=4,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0759766,-0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0130684,0;OID=.,.;OPOS=61453740,61453740;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,2:20:19,0:19:0:14,0:5,0:0:0:4:2:11,1:4,1:2:0 chr14 61509924 . T C 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.578;QD=60.1586;RBI=0.0291097;REFB=-0.0717065;REVB=0.0116968;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00036284;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr14 61924239 . G A 237.98 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0162387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.451;QD=18.6653;RBI=0.0689237;REFB=0.00315994;REVB=-0.0669835;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221646;STB=0.63081;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00696386;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:15:9:16:10:16:9:16:10 chr14 61924241 . A C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00753178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.911;QD=15.7812;RBI=0.0141862;REFB=-0.00497068;REVB=0.0120217;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267562;STB=0.652042;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00992655;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:15:8:18:11:15:8:18:11 chr14 61997226 . C T 609.54 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0201378;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.148;QD=22.3685;RBI=0.0236521;REFB=-0.00225218;REVB=-0.0124052;RO=49;SAF=35;SAR=25;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208677;STB=0.614183;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00190245;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:49:49:60:60:0.550459:25:35:16:33:25:35:16:33 chr14 62213848 . T C 1029.68 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056876;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.843;QD=59.6914;RBI=0.00989867;REFB=0;REVB=-0.00810154;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110688;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr14 62462766 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0241289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.474;QD=12.0842;RBI=0.0292765;REFB=-0.00690657;REVB=-0.0165805;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363745;STB=0.715629;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0192135;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:17:13:12:4:17:13 chr14 62463129 . G T 349.11 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00955326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.339;QD=25.3896;RBI=0.0125818;REFB=-0.0143082;REVB=0.00818757;RO=21;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391209;STB=0.502145;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00884197;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:18:16:10:11:18:16:10:11 chr14 62463214 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0118455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.549;QD=21.0134;RBI=0.0147141;REFB=0.000310649;REVB=-0.00872859;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117729;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000510771;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:2:5:6:5:2:5 chr14 63174616 . T C 1692.39 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.4713;QD=60.4424;RBI=0.066583;REFB=0;REVB=-0.0593065;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523765;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr14 63174960 . C T 328.24 PASS AF=0.492958;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00860178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.935;QD=18.4922;RBI=0.0108546;REFB=-0.00772423;REVB=-0.00662061;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116157;STB=0.549441;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0069769;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:36:33:35:0.492958:17:16:13:23:19:16:13:23 chr14 63784407 . A AG,G 770.08 PASS AF=1,0;AO=39,20;DP=60;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143668,-0.005951;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.3842,4.27496;QD=51.3388;RBI=0.0669732,0.50686;REFB=0,0;REVB=-0.0654141,-0.506825;RO=1;SAF=35,0;SAR=4,20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0132108,-0.859557;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000934993,0;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:39,20:60,0:1,0:4,20:35,0:1:0:24,0:36,0:0:0 chr14 63841402 . ATTTTG A,AT,ATT,ATTTTT 259.67 PASS AF=0.309524,0.119048,0.119048,0.0714286;AO=12,5,6,2;DP=42;FAO=13,5,5,3;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=6,3,3,3;FSAR=7,2,2,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000286876,-0.000709006,-0.0010415,-0.00177271;FXX=0;HRUN=4,4,4,1;LEN=5,4,3,1;MLLD=263.856,267.101,266.486,257.738;QD=24.73;RBI=0.00572639,0.00542359,0.00319267,0.00242843;REFB=-0.00420789,-0.00360132,-0.00263766,-0.00113985;REVB=-0.0057192,-0.00537705,-0.00301802,-0.00165975;RO=16;SAF=4,4,4,2;SAR=8,1,2,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.284721,0.241343,0.0513116,0.488772;STB=0.589338,0.519921,0.519921,0.995462;STBP=0.425,0.97,0.97,0.121;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0127368,-0.000186474,0.0188237,0.0495514;OID=.,.,.,.;OPOS=63841403,63841404,63841405,63841407;OREF=TTTTG,TTTG,TTG,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524,0.119048,0.119048,0.0714286:12,5,6,2:42:13,5,5,3:42:16:6,3,3,3:7,2,2,0:10:6:80:16:4,4,4,2:8,1,2,0:10:6 chr14 63842235 . T C 250.3 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00133264;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.016;QD=28.6059;RBI=0.00502215;REFB=0.00812388;REVB=0.00484211;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532078;STB=0.535949;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00208183;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:35:12:12:22:23:0.657143:11:11:7:5:12:11:7:5 chr14 64421533 . C G 64.39 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0524836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.445;QD=9.90557;RBI=0.055573;REFB=-0.0223794;REVB=-0.0182712;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0506722;OID=.;OPOS=64421533;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:7:10:6:3:7:10 chr14 64423187 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.141;QD=60.6097;RBI=0.038258;REFB=0;REVB=0.0199048;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403375;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr14 64491695 . T C 1159.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846741;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.021;QD=61.0135;RBI=0.0262133;REFB=0;REVB=0.0248081;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89333e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr14 64494278 . C T 1572.36 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348184;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.127;QD=64.1779;RBI=0.0299156;REFB=0;REVB=-0.0297123;RO=0;SAF=64;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37247e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:34:64:0:0:34:64:0:0 chr14 64496749 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0722674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.388;QD=14.4115;RBI=0.0766428;REFB=0.000192137;REVB=-0.0255255;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210251;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00158956;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:16:11:11:7:16:12 chr14 64496763 . T C 306.57 PASS AF=0.6;AO=23;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0068964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.492;QD=27.2506;RBI=0.0238659;REFB=-0.013365;REVB=0.0228478;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045027;STB=0.566453;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00376104;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:18:23:27:0.6:10:13:7:7:12:15:7:11 chr14 64497930 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00925392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.95;QD=11.4398;RBI=0.0264297;REFB=2.56103e-05;REVB=-0.0247567;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611305;STB=0.859339;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000362266;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:1:8:4:9:1:8:5:9 chr14 64498037 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000485749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.139;QD=48.7373;RBI=0.00314295;REFB=0;REVB=0.00310519;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26501e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 64519035 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0598382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2996;QD=22.7196;RBI=0.0633736;REFB=0.0273083;REVB=0.0208711;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216917;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00942727;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:3:6:5:9:3:6 chr14 64522674 . G C 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0242176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8589;QD=26.6376;RBI=0.0245014;REFB=0.0134218;REVB=-0.00371851;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.599866;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00467262;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:4:12:4:4:4:12:4:4 chr14 64522843 . A G 250.33 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0520885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1943;QD=20.0266;RBI=0.0665994;REFB=-0.0406277;REVB=0.0415002;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105472;STB=0.559274;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0312514;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:9:17:13:11:9:17 chr14 64540823 . A G 413.83 PASS AF=0.47191;AO=43;DP=90;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000849901;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.353;QD=18.599;RBI=0.00191208;REFB=-0.00546602;REVB=-0.00171281;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672687;STB=0.545532;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00568783;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:47:43:42:0.47191:18:25:24:23:17:25:24:23 chr14 64551688 . C T 451.66 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0332719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.208;QD=19.853;RBI=0.0349312;REFB=-0.0176815;REVB=-0.0106381;RO=45;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075554;STB=0.541457;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0151584;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:46:44:45:0.494505:17:27:24:21:17:28:25:21 chr14 64560091 . TG CA 323.64 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00800687;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.984;QD=14.7107;RBI=0.0141268;REFB=-0.0122642;REVB=-0.0116385;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452176;STB=0.516426;STBP=0.816;TYPE=mnp;VARB=0.0177927;OID=.;OPOS=64560091;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:35:36:0.409091:16:19:26:26:17:19:26:26 chr14 64565582 . T C 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0084168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.504;QD=13.4591;RBI=0.015178;REFB=-0.0175846;REVB=0.0126305;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.571341;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0257054;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:10:16:8:8:10:16 chr14 64657684 . C A 454.3 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0143374;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.257;QD=17.4731;RBI=0.015845;REFB=0.000784447;REVB=0.00674565;RO=53;SAF=35;SAR=14;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474827;STB=0.508471;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00095677;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:55:49:49:0.471154:14:35:40:13:14:35:40:15 chr14 64691744 . G A 322.98 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00522288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.864;QD=25.3317;RBI=0.0869345;REFB=-0.0336534;REVB=0.0867775;RO=18;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640731;STB=0.519113;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0241867;OID=.;OPOS=64691744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:20:31:31:0.607843:20:11:8:10:20:11:8:12 chr14 64724051 . C T 191.73 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0379767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.066;QD=15.9772;RBI=0.0382412;REFB=-0.00652967;REVB=-0.00449044;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757044;STB=0.504344;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00996795;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:11:17:12:8:11:17 chr14 64726854 . A T 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0286008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.857;QD=22.7932;RBI=0.0318811;REFB=-0.0293402;REVB=0.0140854;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994847;STB=0.55551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0180226;OID=.;OPOS=64726854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:13:8:12:12:13:8 chr14 64805001 . A G 122.58 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00841936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.772;QD=16.3438;RBI=0.040102;REFB=-0.0205696;REVB=0.0392082;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122387;STB=0.57132;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0178442;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:3:10:10:5:3:11:11:5 chr14 64855041 . T C 1935.79 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.863;QD=61.4537;RBI=0.0213864;REFB=0;REVB=0.0196081;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36967e-06;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:116:126:0:0:116:126:1:51:65:0:0:57:69:0:0 chr14 64882380 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.949;QD=63.2868;RBI=0.019623;REFB=0;REVB=0.0142055;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39953e-05;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr14 64935720 . C T 79.32 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02029;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.274;QD=39.661;RBI=0.0355409;REFB=0;REVB=-0.02918;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317318;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr14 64990626 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.004934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.559;QD=15.1956;RBI=0.0137693;REFB=-0.00576098;REVB=0.012855;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246357;STB=0.642653;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0151071;OID=.;OPOS=64990626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:7:11:5:9:7:11 chr14 65008251 . C T 154.1 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0276487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.461;QD=22.0149;RBI=0.0358787;REFB=-0.00774253;REVB=-0.0228656;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00319311;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:5:7:10:6:5:7 chr14 65016702 . T G 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.238;QD=58.6439;RBI=0.0198718;REFB=-0.0640551;REVB=0.0127004;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00183342;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:17:23:0:0:17:23:0:1 chr14 65031534 . C T 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00367444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.195;QD=20.5396;RBI=0.00550567;REFB=-0.0115246;REVB=-0.00410011;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375342;STB=0.726281;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0110908;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:20:4:12:12:20:4:13:12 chr14 65054858 . T C 167.02 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0313886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.793;QD=8.24782;RBI=0.0388242;REFB=-0.00131028;REVB=-0.0228491;RO=58;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257078;STB=0.515338;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00337112;OID=.;OPOS=65054858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:13:10:24:34:13:10:24:34 chr14 65194446 . C T 769.25 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0592802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9407;QD=21.5175;RBI=0.0609706;REFB=-0.00264242;REVB=-0.0142575;RO=69;SAF=46;SAR=28;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908473;STB=0.549967;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00334557;OID=.;OPOS=65194446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:69:74:74:0.517483:28:46:36:33:28:46:36:33 chr14 65241228 . A G 529.08 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.012354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0034;QD=19.4157;RBI=0.0178409;REFB=-0.00896642;REVB=-0.0128715;RO=54;SAF=41;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265063;STB=0.647311;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00779422;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:14:41:26:28:14:41:26:28 chr14 65242044 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00385433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.17;QD=8.24614;RBI=0.0329089;REFB=-0.0182309;REVB=-0.0326825;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139608;STB=0.587971;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.053915;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:6:9:5:2:6:9 chr14 65260227 . T G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0160634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.433;QD=24.2926;RBI=0.0160653;REFB=-0.0133253;REVB=0.000250372;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00925939;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:7:6:11:8:7:6 chr14 65263300 . C T 333.33 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0127878;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.239;QD=16.0643;RBI=0.0132139;REFB=-0.00297217;REVB=0.00332865;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862825;STB=0.532341;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00464049;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:47:36:36:0.433735:15:21:30:15:15:21:30:17 chr14 65263347 . C T 462.71 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0126434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.806;QD=16.2353;RBI=0.0152443;REFB=-0.00769373;REVB=0.00851662;RO=63;SAF=32;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743192;STB=0.541575;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00867572;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:19:32:35:28:19:32:35:28 chr14 65268100 . A G 363.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0416728;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4828;QD=19.655;RBI=0.0443815;REFB=-0.0406584;REVB=-0.0152676;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.559075;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0302764;OID=.;OPOS=65268100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:23:14:10:27:23:14:10:27 chr14 65412748 . G C 318.59 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00498086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.199;QD=26.5488;RBI=0.00636922;REFB=-0.0152148;REVB=0.00396964;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969038;STB=0.55878;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.014145;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:18:9:9:11:19:9:9:11 chr14 65417070 . C A 272.2 PASS AF=0.392857;AO=29;DP=81;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.078146;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.997;QD=12.962;RBI=0.0818868;REFB=-0.0171319;REVB=0.0244671;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269103;STB=0.617302;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.027147;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:51:51:29:33:0.392857:19:10:30:21:20:13:30:21 chr14 65419293 . A G 233.66 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0771685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7323;QD=24.5955;RBI=0.0815518;REFB=-0.0013521;REVB=-0.0263767;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128135;STB=0.571004;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00161326;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:4:12:13:9:4:12 chr14 65520052 . T TG 37.89 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.193789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.8404;QD=9.47249;RBI=0.195162;REFB=-0.0320742;REVB=-0.0231086;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521733;STB=0.88425;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0018802;OID=.;OPOS=65520053;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:21:7:16:9:6:1:1:8:37:14:5:1:5:9 chr14 65544371 . A C 74.25 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0447681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.377;QD=22.8462;RBI=0.0835813;REFB=-0.0182743;REVB=-0.0705808;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0056249;OID=.;OPOS=65544371;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:1:3:6:3:1:3 chr14 65878909 . C T 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.000777464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.421;QD=13.7731;RBI=0.00833187;REFB=-0.0166215;REVB=-0.00829551;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210901;STB=0.512183;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0297908;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:18:13:8:12:18:13 chr14 66028446 . A G 863.25 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.269512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.999;QD=57.5503;RBI=0.269937;REFB=0;REVB=0.0151416;RO=1;SAF=5;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277969;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:1:0:49:60:1:44:5:1:0:44:16:0:0 chr14 66974474 . T C 45.24 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0522627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.368;QD=7.86833;RBI=0.0603593;REFB=-0.0119117;REVB=-0.030197;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.522323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0243683;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:15:16:7:7:0.304348:5:2:5:10:5:2:5:11 chr14 67147816 . T C 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.010083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9241;QD=7.46297;RBI=0.035863;REFB=-0.0045205;REVB=-0.0344164;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00806605;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:7:10:3:4:7:10 chr14 67671701 . C T 96.75 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0310165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7475;QD=13.3449;RBI=0.0431055;REFB=-0.0553045;REVB=0.0299342;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206621;STB=0.636124;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0891782;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:29:15:16:11:13:0.448276:9:2:5:10:11:2:5:11 chr14 67769177 . A C 627.97 PASS AF=0.429448;AO=70;DP=161;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=1.19075e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.301;QD=15.4102;RBI=0.0355731;REFB=-0.0101757;REVB=-0.0355731;RO=91;SAF=42;SAR=28;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195225;STB=0.614602;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0127769;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:91:93:70:70:0.429448:28:42:37:54:28:42:37:56 chr14 67800316 . G A 799.26 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.592;QD=63.9411;RBI=0.0295793;REFB=0;REVB=0.0174303;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68375e-05;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:25:22:0:0:26:24:0:0 chr14 67800815 . G A 556.6 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1875;QD=60.1728;RBI=0.0667071;REFB=0;REVB=0.0531654;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170683;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr14 67815761 . A G 157.58 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00633381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.518;QD=11.2558;RBI=0.0167172;REFB=-0.0127282;REVB=-0.0154708;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085668;STB=0.54995;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.023666;OID=.;OPOS=67815761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:17:19:9:11:17:19 chr14 67850106 . A G 139.01 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0228425;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1215;QD=12.0874;RBI=0.058628;REFB=-0.0222364;REVB=-0.053995;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235363;STB=0.628405;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0276715;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:30:16:16:0.347826:5:11:15:16:5:11:15:15 chr14 67938818 . G A 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0171985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.046;QD=12.9739;RBI=0.0175928;REFB=-0.00838489;REVB=0.00370372;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655735;STB=0.538399;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0125027;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:13:5:4:8:13:5 chr14 67939483 . T C 225.01 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0707633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3478;QD=19.5658;RBI=0.073999;REFB=-0.0313781;REVB=0.0216428;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196827;STB=0.521719;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0288097;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:12:11:11:11:13:11 chr14 68022571 . G A 32.37 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0824601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.714;QD=16.1841;RBI=0.123261;REFB=0.0107101;REVB=0.0916159;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0156694;OID=.;OPOS=68022571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr14 68029118 . C A 330.61 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0206646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.812;QD=18.3671;RBI=0.0255801;REFB=-0.0142952;REVB=0.015077;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113055;STB=0.552182;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0166564;OID=.;OPOS=68029118;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:35:35:0.486111:24:11:15:20:24:11:15:22 chr14 68053802 . T C 185.52 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0263051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.362;QD=19.0277;RBI=0.0263737;REFB=0.00385373;REVB=-0.00190083;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00281237;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr14 68053977 . A C 1304.63 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7849;QD=60.6804;RBI=0.0427528;REFB=-0.0249416;REVB=-0.015328;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0010239;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:85:85:0.988372:49:36:0:0:49:36:1:0 chr14 68118132 . C T 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.018623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.421;QD=17.0667;RBI=0.0312946;REFB=0.00332949;REVB=-0.0251503;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164526;STB=0.596965;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00398675;OID=.;OPOS=68118132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:18:20:16:29:18:20:16:30 chr14 68172894 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0114866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9073;QD=16.5357;RBI=0.0115114;REFB=-0.0227898;REVB=0.000755085;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191355;STB=0.610044;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0279548;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:12:11:12:6:12:11 chr14 68213744 . G A 773.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4487;QD=61.9105;RBI=0.0494885;REFB=0;REVB=0.0464109;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279672;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:17:31:0:0:19:31:0:0 chr14 68213792 . A G 215.81 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0179764;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.267;QD=21.0551;RBI=0.0250582;REFB=-0.0214318;REVB=0.0174574;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638654;STB=0.535929;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0230797;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:11:9:11:10:11:9 chr14 68214788 . T C 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00526233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.331;QD=15.2296;RBI=0.0200598;REFB=0.00287691;REVB=-0.0193573;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352361;STB=0.714025;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00250898;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:3:16:15:11:3:16:16:12 chr14 68218165 . G A 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0245702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.722;QD=22.5846;RBI=0.0274294;REFB=-0.0107807;REVB=-0.0121932;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0039085;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr14 68234539 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.788;QD=59.3224;RBI=0.0340519;REFB=0;REVB=0.0338949;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75576e-05;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr14 68264867 . A G 328.38 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669161;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.258;QD=54.7299;RBI=0.0672708;REFB=0;REVB=-0.00689933;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323693;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:11:13:0:0 chr14 68616597 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5333;QD=48.7371;RBI=0.0144694;REFB=0;REVB=-0.00845466;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123945;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr14 68935789 . T C 994.27 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6092;QD=57.639;RBI=0.00465565;REFB=-0.0169384;REVB=-0.00183025;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.509088;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000138074;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:27:41:0:0:27:41:0:1 chr14 68944343 . CTTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTC 76.85 PASS AF=0.0625,0.65625,0.15625;AO=2,6,2;DP=36;FAO=2,21,5;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=0,20,5;FSAR=2,1,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00619567,0.235331,0.17634;FXX=0.11108;HRUN=14,14,14;LEN=1,1,1;MLLD=273.82,3.26377,21.6043;QD=9.60611;RBI=0.0643187,0.485516,0.272054;REFB=-0.0129373,-0.199487,-0.112941;REVB=-0.0640196,-0.42467,-0.207165;RO=14;SAF=0,6,2;SAR=2,0,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.844806,0,0;STB=0.996649,0.545414,0.5;STBP=0.023,0.618,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.104738,0.159167,-0.0494886;OID=.,.,.;OPOS=68944346,68944344,68944357;OREF=T,T,T;OALT=C,-,C;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0625,0.65625,0.15625:2,6,2:36:2,21,5:32:4:0,20,5:2,1,0:4:0:30:14:0,6,2:2,0,0:14:0 chr14 69012355 . C G 271.81 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0437633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.228;QD=15.313;RBI=0.0451613;REFB=-0.00489568;REVB=0.0111499;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779087;STB=0.543913;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00822677;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:15:25:17:14:15:25 chr14 69117512 . T C 300.86 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.0387513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7185;QD=14.1581;RBI=0.0389752;REFB=-0.00670039;REVB=0.00417228;RO=48;SAF=23;SAR=10;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956904;STB=0.528994;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0102913;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:51:33:34:0.4:10:23:37:11:10:24:38:13 chr14 69257858 . C T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00988511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.002;QD=18.0355;RBI=0.0219083;REFB=-0.0128675;REVB=-0.0195515;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451108;STB=0.525668;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0193095;OID=.;OPOS=69257858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:16:11:8:14:16:11 chr14 69262441 . A G 1171.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.089;QD=60.8498;RBI=0.0275709;REFB=0;REVB=-0.0253335;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66965e-05;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:29:48:0:0:29:48:0:0 chr14 69263074 . G A 256.44 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7485;QD=44.5983;RBI=0.027556;REFB=-0.0102982;REVB=-0.0213517;RO=2;SAF=5;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558186;STB=0.530357;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0147101;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:16:5:1:1:16:5:1:1 chr14 69356983 . GC G,GT 38.94 PASS AF=0.25,0.03125;AO=10,2;DP=33;FAO=8,1;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0;FSAR=1,1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.043532,-0.0158101;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.593,78.5812;QD=4.86707;RBI=0.114782,0.0832776;REFB=-0.108118,-0.0149753;REVB=-0.106207,-0.081763;RO=20;SAF=10,0;SAR=0,2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804593,-0.45406;STB=0.851234,0.98857;STBP=0.046,0.468;TYPE=del,snp;VARB=0.116589,0.165335;OID=.,.;OPOS=69356984,69356984;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.03125:10,2:33:8,1:32:23:7,0:1,1:10:13:35:20:10,0:0,2:7:13 chr14 69445670 . T C 32.85 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.0241949;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.274;QD=1.08607;RBI=0.0672992;REFB=-0.00481347;REVB=-0.0627996;RO=109;SAF=9;SAR=1;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41346;STB=0.858833;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0343019;OID=.;OPOS=69445670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:119:121:109:111:10:10:0.0826446:1:9:63:46:1:9:63:48 chr14 69695792 . G A 676.59 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2941;QD=60.141;RBI=0.0696203;REFB=-0.102581;REVB=0.0655013;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00310627;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:30:14:0:0:30:14:1:0 chr14 69703158 . A G 2418.3 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000580504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.013;QD=60.0821;RBI=0.00330018;REFB=-0.114415;REVB=0.00324873;RO=2;SAF=71;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013212;STB=0.503448;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000227606;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:2:1:159:160:0.993789:88:71:2:0:88:72:1:0 chr14 69704553 . G T 1532.52 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075433;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.803;QD=63.8551;RBI=0.0395628;REFB=0;REVB=0.0388371;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4829e-05;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr14 69799892 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00764162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.538;QD=23.0939;RBI=0.024491;REFB=-0.00560724;REVB=-0.0232684;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060464;STB=0.533859;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00385289;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:4:8:10:7:4:8 chr14 69820946 . C A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00744176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.93;QD=14.6657;RBI=0.043026;REFB=-0.00371834;REVB=-0.0423775;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33866;STB=0.683919;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0174279;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:2:13:12:7:2:13:14:7 chr14 70037611 . A T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.414;QD=56.9383;RBI=0.0278345;REFB=0;REVB=0.0264182;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0537e-05;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr14 70038786 . A G 741.97 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256267;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6661;QD=63.1461;RBI=0.00257711;REFB=0;REVB=0.000272415;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261438;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr14 70180778 . C G 1309.5 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.329;QD=61.6235;RBI=0.014844;REFB=0;REVB=0.0147888;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76418e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:53:31:0:0:54:31:0:0 chr14 70238017 . A AGGAGCC,C 359.98 PASS AF=0.715686,0.00980392;AO=44,7;DP=103;FAO=73,1;FDP=102;FR=.;FRO=28;FSAF=46,0;FSAR=27,1;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0229147,-0.0471037;FXX=0.0097078;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=154.483,248.632;QD=14.1167;RBI=0.0278433,0.0490805;REFB=-0.0154233,-0.0199652;REVB=-0.0158166,-0.0137892;RO=51;SAF=23,0;SAR=21,7;SRF=32;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101619,-0.6943;STB=0.58759,0.986542;STBP=0.006,0.482;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114204,-0.0381885;OID=.,.;OPOS=70238018,70238017;OREF=-,A;OALT=GGAGCC,C;OMAPALT=AGGAGCC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:51:28:44,7:73,1:0.715686,0.00980392:21,7:23,0:32:19:27,1:46,0:9:19 chr14 70245193 . G A 185.46 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0570321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0319;QD=13.7378;RBI=0.0572689;REFB=-0.0102142;REVB=-0.00520299;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281637;STB=0.660517;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0216679;OID=.;OPOS=70245193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:10:22:9:13:10:22 chr14 70634087 . A G 1825.67 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123224;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.034;QD=61.3672;RBI=0.0455668;REFB=0;REVB=-0.0438691;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62493e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chr14 70712880 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.623;QD=50.4135;RBI=0.0368248;REFB=0;REVB=-0.010222;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179758;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr14 70713586 . T G 453.24 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0041165;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.117;QD=14.8603;RBI=0.00509217;REFB=-0.0133921;REVB=0.00299743;RO=69;SAF=31;SAR=20;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903399;STB=0.551726;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0155734;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:69:71:51:51:0.418033:20:31:36:33:20:31:37:34 chr14 70713720 . AATC A 485.91 PASS AF=0.50365;AO=67;DP=141;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00966231;FXX=0.021427;HRUN=3;LEN=3;MLLD=296.096;QD=14.1871;RBI=0.0115506;REFB=-0.0135569;REVB=-0.00632899;RO=68;SAF=41;SAR=26;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640694;STB=0.525519;STBP=0.559;TYPE=del;VARB=0.0138139;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.50365:67:141:69:137:68:41:28:37:31:99:68:41:26:37:31 chr14 70713858 . T C 343.47 PASS AF=0.364407;AO=40;DP=115;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=0.0206358;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.292;QD=11.643;RBI=0.022325;REFB=-0.00846067;REVB=0.00851884;RO=74;SAF=10;SAR=30;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864907;STB=0.51317;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0113605;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:74:75:40:43:0.364407:30:10:23:51:30:13:24:51 chr14 70827773 . T C 889.25 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6972;QD=56.4606;RBI=0.0554497;REFB=-0.0656582;REVB=0.0256909;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00228204;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:24:38:1:0:24:38:1:0 chr14 70839389 . A C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0143346;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.061;QD=23.3816;RBI=0.0223215;REFB=-0.00626771;REVB=-0.0171105;RO=10;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057364;STB=0.519979;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00460414;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:10:14:17:19:0.575758:4:13:7:3:6:13:9:5 chr14 70924249 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.414;QD=62.022;RBI=0.0179339;REFB=0;REVB=0.0166941;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24712e-05;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr14 70924501 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.165;QD=55.6556;RBI=0.0365227;REFB=0;REVB=-0.0254257;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58221e-06;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr14 70924566 . CA GT 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0543809;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.314;QD=15.5715;RBI=0.0597941;REFB=-0.0300093;REVB=-0.0248606;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115026;STB=0.566808;STBP=0.566;TYPE=mnp;VARB=0.0322606;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:7:5:6:5:7:5 chr14 70924693 . T C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00665388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.774;QD=4.99971;RBI=0.0401141;REFB=-0.00998071;REVB=0.0395584;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621851;STB=0.540973;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0216641;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:15:23:5:4:15:23 chr14 70924852 . A C 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0102706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1052;QD=3.20601;RBI=0.0210762;REFB=0.00183646;REVB=0.0184044;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248712;STB=0.679944;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00795621;OID=.;OPOS=70924852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:5:2:21:22:5:2:21:22 chr14 70924955 . A C 435.64 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000106641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1744;QD=18.5377;RBI=0.0181191;REFB=-0.0222175;REVB=0.0181188;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435068;STB=0.524261;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0235942;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:20:24:25:25:20:24:25:25 chr14 70925257 . A G 74.57 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.124;QD=37.2846;RBI=0.0981513;REFB=0;REVB=0.0255926;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250779;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr14 71109153 . C G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00944387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.535;QD=12.4668;RBI=0.0139855;REFB=-0.0117621;REVB=0.0103154;RO=33;SAF=3;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464443;STB=0.774176;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.023346;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:17:3:17:16:17:3:17:16 chr14 71201179 . C G 277.61 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0109532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.36;QD=20.5636;RBI=0.0323128;REFB=-0.0233271;REVB=-0.0303997;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223811;STB=0.512442;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0207023;OID=.;OPOS=71201179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:14:11:12:17:14:11 chr14 71201192 . T C 298.71 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0199426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9949;QD=23.8969;RBI=0.0255044;REFB=-0.00484332;REVB=0.0158986;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809004;STB=0.504501;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0110284;OID=.;OPOS=71201192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:13:10:12:15:13:10 chr14 71374702 . G A 1091.77 PASS AF=0.476395;AO=111;DP=236;FAO=111;FDP=233;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.00404453;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1159;QD=18.7428;RBI=0.0145625;REFB=-0.0192554;REVB=0.0139895;RO=117;SAF=47;SAR=64;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280872;STB=0.514621;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0383403;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:233:117:122:111:111:0.476395:64:47:53:64:64:47:55:67 chr14 71444788 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00990056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.167;QD=22.1441;RBI=0.0206469;REFB=0.00929028;REVB=0.0181183;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287338;STB=0.660059;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00640296;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:11:2:9:8:11:2 chr14 71576640 . G A 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00643334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.464;QD=16.3501;RBI=0.0133821;REFB=-0.0108114;REVB=-0.0117343;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016785;STB=0.51627;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0126078;OID=.;OPOS=71576640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:16:18:21:20:16:18:21:21 chr14 71577480 . G A 236.78 PASS AF=0.45;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0370106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.243;QD=15.7854;RBI=0.0376319;REFB=0.00109099;REVB=0.0068098;RO=32;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21731;STB=0.612816;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00250318;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:33:26:27:0.45:19:7:15:17:19:8:16:17 chr14 71581398 . C CT 190.18 PASS AF=0.843137;AO=29;DP=56;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.148907;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.63282;QD=14.9163;RBI=0.176918;REFB=0.0596116;REVB=0.0955347;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.503341;STBP=0.927;TYPE=ins;VARB=0.0458995;OID=.;OPOS=71581399;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.843137:29:56:43:51:8:17:26:3:5:17:23:9:20:11:12 chr14 72055468 . A C 613.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.814;QD=61.3198;RBI=0.0300121;REFB=0;REVB=0.0298846;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201168;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr14 72117156 . T C 742.38 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0633179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7919;QD=59.3903;RBI=0.0641794;REFB=0.00996593;REVB=-0.0104802;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.520825;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00219961;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:25:23:1:0:25:23:2:0 chr14 73032711 . C G 139.51 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0406299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9544;QD=12.4012;RBI=0.0406337;REFB=-0.0308648;REVB=-0.000556411;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935178;STB=0.529375;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0335293;OID=.;OPOS=73032711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:14:15:9:7:14:15 chr14 73220020 . A G 581.25 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0551891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.214;QD=58.1252;RBI=0.0599788;REFB=0.056835;REVB=-0.0234865;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00237671;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr14 73358945 . A C 2158.04 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0259561;FXX=0.0326776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.473;QD=58.3255;RBI=0.027575;REFB=-0.183555;REVB=-0.00930923;RO=2;SAF=70;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000446584;STB=0.500185;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000335906;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:149:148:2:2:145:146:0.986486:75:70:1:1:75:71:1:1 chr14 73360819 . T TTGTC 422.22 PASS AF=0.785714;AO=31;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0155717;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=264.015;QD=40.2113;RBI=0.0380538;REFB=-0.0228132;REVB=0.034722;RO=9;SAF=8;SAR=23;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19741;STB=0.609685;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.00395456;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:31:42:33:42:9:8:25:6:3:59:9:8:23:6:3 chr14 73404752 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0273793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.917;QD=12.3289;RBI=0.0344158;REFB=-0.00248982;REVB=-0.0208524;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452116;STB=0.770897;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00818861;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:10:7:9:2:10:7 chr14 73422259 . C G 485.52 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0182659;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6819;QD=18.8553;RBI=0.0219651;REFB=-0.0260066;REVB=-0.0121993;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455529;STB=0.525231;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0120355;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:52:51:51:0.495146:29:22:25:27:29:22:25:27 chr14 73440864 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.454;QD=63.8711;RBI=0.0301067;REFB=0;REVB=0.029971;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64915e-05;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr14 73448583 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0125682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3428;QD=15.6257;RBI=0.0388977;REFB=0.020561;REVB=-0.0368113;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180203;STB=0.603381;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0205477;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:15:8:9:8:15:8 chr14 73459917 . C T 606.56 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00440344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.299;QD=19.2557;RBI=0.00904517;REFB=-0.00960079;REVB=0.00790094;RO=64;SAF=39;SAR=23;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219896;STB=0.621554;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00674888;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:23:39:25:39:23:39:25:39 chr14 73465003 . A G 116.09 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0207551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.938;QD=11.3255;RBI=0.0224245;REFB=-0.0175888;REVB=0.00849023;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205041;STB=0.512178;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0421911;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:13:14:7:7:13:14 chr14 73716774 . G A 340.42 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00663823;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0192;QD=13.7543;RBI=0.029598;REFB=-0.0160892;REVB=0.0288439;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125387;STB=0.573324;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.026631;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:60:39:39:0.393939:19:20:36:21:19:20:38:22 chr14 73727509 . T G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00532826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.063;QD=8.81188;RBI=0.00533656;REFB=-0.0254273;REVB=0.000297435;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102445;STB=0.57561;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0335288;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:5:5:9:13:5:5:9:14 chr14 73730695 . A G 35.19 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.000538412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.126;QD=7.40838;RBI=0.0471557;REFB=-0.025135;REVB=-0.0471526;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502989;STB=0.57117;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0377883;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:19:13:13:5:6:0.315789:1:4:10:3:1:5:10:3 chr14 73731313 . C T 637.22 PASS AF=0.44;AO=64;DP=148;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00235755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.068;QD=16.9925;RBI=0.00997015;REFB=-0.0157402;REVB=0.00968741;RO=84;SAF=26;SAR=38;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724231;STB=0.547249;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0219605;OID=.;OPOS=73731313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:84:84:64:66:0.44:38:26:40:44:40:26:40:44 chr14 73739369 . G A 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00213941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.85;QD=29.5806;RBI=0.0206962;REFB=-0.0181989;REVB=0.0205853;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130822;STB=0.572257;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00680107;OID=.;OPOS=73739369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:8:13:4:6:8:13:4:6 chr14 73957772 . A G 307.85 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6323;QD=53.5388;RBI=0.11647;REFB=0;REVB=0.0722507;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495894;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:8:11:0:0:11:12:0:0 chr14 73958375 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.25;QD=64.4146;RBI=0.0115988;REFB=0;REVB=-0.0115504;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88515e-05;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr14 73958812 . T C 1211.07 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.816;QD=60.5535;RBI=0.0313836;REFB=0;REVB=0.00157552;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25642e-05;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:37:39:0:0:37:43:0:0 chr14 73963383 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.131;QD=58.7787;RBI=0.0547044;REFB=0;REVB=0.0454008;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87469e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr14 73969610 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0066247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.143;QD=20.5426;RBI=0.00956117;REFB=-0.015364;REVB=0.00689415;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053429;STB=0.530011;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0113449;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:9:16:14:10:9:16 chr14 73989859 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.626;QD=62.9829;RBI=0.017473;REFB=0;REVB=0.0166149;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39579e-05;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr14 74058832 . C T 223.84 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0201946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.395;QD=19.464;RBI=0.0257499;REFB=-0.0296733;REVB=-0.0159761;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737692;STB=0.533302;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0336373;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:7:15:14:9:7:15:15:9 chr14 74061968 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0132954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.102;QD=14.6576;RBI=0.0135298;REFB=-0.00724786;REVB=0.00250791;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156249;STB=0.509077;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00872893;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:5:12:9:4:5:12 chr14 74083846 . C T 109.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0247916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.07;QD=14.6504;RBI=0.0378582;REFB=-0.0287799;REVB=-0.0286116;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213164;STB=0.636165;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0359518;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:5:11:6:7:5:12 chr14 74168625 . G A 294.62 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.000462505;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.212;QD=17.3308;RBI=0.00722089;REFB=-0.00714642;REVB=-0.00720606;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636182;STB=0.535692;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0100661;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:17:19:19:13:17:19 chr14 74196686 . T C 517.59 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0362611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3974;QD=22.7512;RBI=0.0392541;REFB=-0.0280367;REVB=0.0150339;RO=39;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117442;STB=0.546982;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0260283;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:39:42:49:49:0.538462:23:26:15:24:23:26:18:24 chr14 74196792 . T C 180.42 PASS AF=0.418182;AO=20;DP=52;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00675015;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.234;QD=13.1217;RBI=0.0266197;REFB=-0.0132042;REVB=0.0257496;RO=31;SAF=0;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.827987;STB=0.791785;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0496341;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:31:32:20:23:0.418182:20:0:17:14:20:3:17:15 chr14 74196844 . T C 154.11 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0162966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.922;QD=14.3357;RBI=0.0163303;REFB=-0.00347784;REVB=-0.00104815;RO=26;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618402;STB=0.873379;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00473639;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:16:1:12:14:16:1:12:14 chr14 74206481 . T C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00998533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3444;QD=25.65;RBI=0.010001;REFB=-0.0174617;REVB=0.000559096;RO=18;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283088;STB=0.658682;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0168923;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:5:20:9:9:5:20:9:9 chr14 74324807 . G A 288.47 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0142595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6293;QD=16.252;RBI=0.0304632;REFB=0.0203533;REVB=0.0269198;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31814;STB=0.687224;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0229788;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:39:30:32:0.450704:19:11:27:12:21:11:27:12 chr14 74441684 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0832579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6881;QD=16.1191;RBI=0.0832871;REFB=0.0318798;REVB=0.00220358;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10868;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0430943;OID=.;OPOS=74441684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:3:10:8:4:3:10 chr14 74489735 . G A 414.37 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=101;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0165822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.142;QD=16.0922;RBI=0.0166124;REFB=-0.0245524;REVB=-0.00100157;RO=57;SAF=17;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902974;STB=0.534179;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0272937;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:57:44:46:0.446602:27:17:27:30:27:19:27:30 chr14 74514674 . A T 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.282;QD=61.3658;RBI=0.0136194;REFB=0;REVB=-0.0100574;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1653e-06;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr14 74516497 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00399294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9923;QD=38.2036;RBI=0.00939112;REFB=0.00178683;REVB=0.00849997;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714946;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000132345;OID=.;OPOS=74516497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:1:1:8:7:1:1 chr14 74826563 . A G 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00100038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.81;QD=12.58;RBI=0.00163144;REFB=0.00134778;REVB=-0.00128874;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872883;STB=0.570649;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00265953;OID=.;OPOS=74826563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:9:8:16:13:9:8:18:13 chr14 74991855 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000605841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.127;QD=9.53622;RBI=0.059511;REFB=-0.00485486;REVB=-0.0595079;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157931;STB=0.595586;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0150125;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:15:12:7:5:15:12 chr14 74992800 . A G 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0132727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.272;QD=29.4447;RBI=0.0155593;REFB=-0.0182547;REVB=0.00811945;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101961;STB=0.555949;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0114636;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:16:15:12:7:16:15:12:7 chr14 75018993 . C T 1167.92 PASS AF=0.522727;AO=114;DP=223;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0255477;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5357;QD=21.235;RBI=0.0276536;REFB=-0.0367468;REVB=-0.0105848;RO=99;SAF=53;SAR=61;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000227385;STB=0.501389;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0388404;OID=.;OPOS=75018993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:220:99:105:114:115:0.522727:61:53:46:53:61:54:49:56 chr14 75128989 . G C 375.6 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0649521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.502;QD=23.8479;RBI=0.101065;REFB=0.00367634;REVB=-0.0774296;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144092;STB=0.500863;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00284772;OID=.;OPOS=75128989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:20:17:11:14:20:17:12:14 chr14 75159007 . G A 344.63 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0241361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6025;QD=19.1461;RBI=0.0242276;REFB=-0.0111076;REVB=0.00210374;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629696;STB=0.528286;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0098407;OID=.;OPOS=75159007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:35:36:0.5:16:19:22:14:16:20:22:14 chr14 75179734 . C G 518.89 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.136409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.708;QD=23.062;RBI=0.136926;REFB=-0.0255629;REVB=0.0118902;RO=41;SAF=18;SAR=31;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908815;STB=0.549805;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0197241;OID=.;OPOS=75179734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:31:18:11:30:31:18:11:30 chr14 75245368 . C T 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0567082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9598;QD=20.4525;RBI=0.0689319;REFB=-0.0148252;REVB=0.0391892;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115311;STB=0.564981;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0166485;OID=.;OPOS=75245368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:5:10:9:8:5:10 chr14 75248669 . G T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00856634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.352;QD=16.8984;RBI=0.0216184;REFB=-0.0134279;REVB=0.0198488;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00738664;OID=.;OPOS=75248669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:6:2:4:6:6:3 chr14 75279395 . T A 338.94 PASS AF=0.596491;AO=24;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00379545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.011;QD=23.785;RBI=0.00423701;REFB=-0.0288316;REVB=0.0018833;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207296;STB=0.575298;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0171087;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:24:34:0.596491:13:11:10:13:13:21:10:13 chr14 75359670 . G A 1212.37 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446068;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.685;QD=61.386;RBI=0.0450308;REFB=0;REVB=0.00616498;RO=0;SAF=15;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.41902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181109;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:64:15:0:0:64:15:0:0 chr14 75367807 . C T 728.61 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5195;QD=19.4296;RBI=0.0376019;REFB=-0.0229406;REVB=-0.0334;RO=76;SAF=40;SAR=32;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148734;STB=0.5752;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0243532;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:78:72:72:0.48:32:40:30:46:32:40:32:46 chr14 75373245 . A G 291.18 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00912262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.344;QD=16.88;RBI=0.0133001;REFB=-0.0134889;REVB=-0.00967834;RO=37;SAF=25;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164404;STB=0.593057;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0198834;OID=.;OPOS=75373245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:7:25:24:13:7:25:24:13 chr14 75373475 . T C 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.009863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.341;QD=14.0535;RBI=0.0201451;REFB=0.000392098;REVB=-0.0175654;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231853;STB=0.624395;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000548419;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:9:16:14:20:9:16:15:20 chr14 75386576 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0353821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5421;QD=15.6166;RBI=0.0354258;REFB=-0.0336296;REVB=-0.00175989;RO=40;SAF=24;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619507;STB=0.520697;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0497092;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:40:43:33:33:0.434211:9:24:27:13:9:24:30:13 chr14 75388183 . C T 364.95 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0486925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.358;QD=33.9488;RBI=0.0486931;REFB=-0.0139407;REVB=-0.000237045;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352161;STB=0.519218;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00815741;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:18:12:6:7:18:12:6:7 chr14 75412908 . A C,G 1102.04 PASS AF=0.12987,0.857143;AO=10,66;DP=77;FAO=10,66;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=9,23;FSAR=1,43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214921,0.00369118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.768,77.0066;QD=57.2486;RBI=0.0465547,0.0375056;REFB=-0.120066,-0.00914038;REVB=-0.0412968,-0.0373236;RO=0;SAF=9,23;SAR=1,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.526264,0.510635;STBP=0.652,0.272;TYPE=snp,snp;VARB=0.147988,0.00335083;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:77:77:0:1:10,66:10,66:0.12987,0.857143:1,43:9,23:0:0:1,43:9,23:1:0 chr14 75483812 . T C 1701.33 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0125727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.819;QD=58.6667;RBI=0.0128996;REFB=0.0307665;REVB=0.00288539;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000863799;STB=0.500455;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000954693;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:54:60:1:1:54:60:1:1 chr14 75513883 . T C 974.47 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.33;QD=58.1773;RBI=0.0503316;REFB=0;REVB=0.0424862;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540323;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr14 75514444 . G T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0473173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1222;QD=17.6716;RBI=0.0612919;REFB=0.00783351;REVB=-0.0389586;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686834;STB=0.538523;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00993698;OID=.;OPOS=75514444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:11:19:18:14:11:19:18:14 chr14 75537381 . C T 306.02 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.014282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.83;QD=20.4012;RBI=0.020669;REFB=-0.011868;REVB=0.014941;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861612;STB=0.547787;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0103214;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:15:17:12:16:15:17:12:16 chr14 75538217 . G T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00193007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6329;QD=47.8137;RBI=0.0970864;REFB=-0.00537547;REVB=-0.0970672;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00272874;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr14 75544470 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.391;QD=49.5992;RBI=0.0111527;REFB=0;REVB=0.00837204;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28187e-05;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr14 75567757 . AGGGGT AGGG,AGGGT 32.7 PASS AF=0,0.333333;AO=9,18;DP=63;FAO=0,21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=0,19;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00911851,-0.0572812;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=186.466,12.7835;QD=2.076;RBI=0.0114075,0.0628237;REFB=0.000499935,-0.182013;REVB=-0.00685451,-0.0258008;RO=30;SAF=7,17;SAR=2,1;SRF=4;SRR=26;SSEN=0.435374,0.435374;SSEP=0,0;SSSB=0.673184,0.795845;STB=0.5,0.889751;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0.0523869,0.195577;OID=.,.;OPOS=75567761,75567758;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:9,18:63:0,21:63:42:0,19:0,2:15:27:33:30:7,17:2,1:4:26 chr14 75574087 . C T 713.54 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.057;QD=55.9642;RBI=0.0156589;REFB=0;REVB=0.015582;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06507e-05;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:22:28:0:1:23:28:0:0 chr14 75590822 . G A 1271.68 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614079;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.788;QD=62.0333;RBI=0.062017;REFB=0;REVB=0.00867051;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002501;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr14 75600697 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.838;QD=55.0967;RBI=0.0155128;REFB=0;REVB=0.0151219;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141611;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr14 75745753 . CCGGGGA CCGGGA,CCGGGAC,CCGGGCA,CGGGA 603.05 PASS AF=1,0,0,0;AO=24,4,3,19;DP=85;FAO=85,0,0,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0,0,0;FSAR=44,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119869,-0.190096,-0.224593,-0.0762874;FXX=0.0229859;HRUN=4,4,4,2;LEN=1,2,1,2;MLLD=9.89698,13.3469,80.622,10.9399;QD=28.3786;RBI=0.231217,0.199847,0.224886,0.0997497;REFB=-0.146515,-0.0837319,-0.0438301,-0.0767431;REVB=0.197719,0.0616631,-0.0114691,-0.0642669;RO=16;SAF=14,4,3,0;SAR=10,0,0,19;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.237189,0.74999,0.715613,-0.818609;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,snp,del;VARB=0.0698706,0,0,-0.0153944;OID=.,.,.,.;OPOS=75745755,75745758,75745758,75745754;OREF=G,GA,G,CG;OALT=-,AC,C,-;OMAPALT=CCGGGA,CCGGGAC,CCGGGCA,CGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0,0:24,4,3,19:85:85,0,0,0:85:0:41,0,0,0:44,0,0,0:0:0:3:16:14,4,3,0:10,0,0,19:4:12 chr14 75746690 . C T 182.87 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0175378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1585;QD=18.7559;RBI=0.0191712;REFB=-0.0159638;REVB=0.00774344;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195907;STB=0.511099;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0346966;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:8:12:11:8:8:12 chr14 75758885 . A G 454.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733915;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0892;QD=58.6641;RBI=0.0800381;REFB=0;REVB=-0.0319343;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359348;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 75904660 . A G 2905.45 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.048;QD=62.4829;RBI=0.0750912;REFB=0;REVB=-0.0554284;RO=1;SAF=118;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35047e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:186:186:1:0:184:186:1:66:118:1:0:67:119:0:0 chr14 75937022 . G A 168.29 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0509722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.606;QD=15.6549;RBI=0.0532952;REFB=-0.00176781;REVB=-0.0155632;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186807;STB=0.621656;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=6.52976e-05;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:7:11:18:5:7:11:20:5 chr14 76330181 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.644;QD=56.1916;RBI=0.0302019;REFB=0;REVB=0.0140639;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183931;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr14 76368544 . T C 318.73 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0161092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.575;QD=20.9001;RBI=0.0288103;REFB=-0.0120524;REVB=0.0238857;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393027;STB=0.71722;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00879607;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:23:10:22:6:23:10:22:6 chr14 76452480 . C T 789.56 PASS AF=0.445026;AO=84;DP=192;FAO=85;FDP=191;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.036906;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5181;QD=16.5352;RBI=0.0379925;REFB=-0.0129542;REVB=-0.00902107;RO=105;SAF=50;SAR=34;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342887;STB=0.512655;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0199417;OID=.;OPOS=76452480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:105:106:84:85:0.445026:34:50:59:46:35:50:60:46 chr14 76549647 . G A 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0220966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.38;QD=18.9635;RBI=0.0255495;REFB=-0.00144832;REVB=-0.0128263;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105241;STB=0.559632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0011947;OID=.;OPOS=76549647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:13:12:13:9:13:12 chr14 76619167 . A C 889.15 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.183;QD=56.4539;RBI=0.0137575;REFB=0.0818582;REVB=-0.0022519;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119514;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000409561;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:22:39:1:0:23:39:1:0 chr14 76662446 . C T 1245.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1671;QD=61.508;RBI=0.0478623;REFB=0;REVB=-0.00429931;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160082;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:38:40:0:0:40:41:0:0 chr14 76905777 . C A 408.85 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00130561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.986;QD=20.4423;RBI=0.00152702;REFB=-0.0253725;REVB=-0.000791934;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836609;STB=0.55155;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0221757;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:39:41:41:0.5125:22:19:14:24:22:19:14:25 chr14 76957887 . T C 1209.58 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597557;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8655;QD=61.2444;RBI=0.00613067;REFB=0;REVB=-0.0013703;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571956;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr14 77236380 . C T 418.95 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0154232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.786;QD=20.1905;RBI=0.0154563;REFB=-0.0167891;REVB=0.00101212;RO=41;SAF=27;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143256;STB=0.579568;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0122216;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:15:27:20:21:15:27:20:21 chr14 77245286 . C T 3122.88 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075321;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9119;QD=61.233;RBI=0.0826629;REFB=0;REVB=0.0340574;RO=1;SAF=94;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060847;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:204:204:1:0:203:204:1:109:94:1:0:109:95:0:0 chr14 77269788 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.627;QD=59.4355;RBI=0.042933;REFB=0;REVB=0.0345042;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230902;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr14 77293072 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.293;QD=43.4862;RBI=0.0844516;REFB=0;REVB=0.0820436;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725592;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 77294876 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.328;QD=61.6794;RBI=0.0605473;REFB=0;REVB=0.0501095;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259623;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr14 77332367 . C T 1212.14 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00301628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.232;QD=57.7208;RBI=0.0415433;REFB=-0.186575;REVB=0.0414336;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097636;STB=0.509998;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000998875;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:84:84:1:2:81:82:0.97619:48:33:0:1:49:33:0:2 chr14 77336521 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0559198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.894;QD=7.95451;RBI=0.0566887;REFB=-0.00903896;REVB=-0.00930532;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0316754;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chr14 77492891 . G A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0203712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.062;QD=18.0351;RBI=0.0212339;REFB=-0.010068;REVB=0.00599099;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191876;STB=0.607066;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0126346;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:23:16:27:17:23:16:27:17 chr14 77494180 . GC CT 305.6 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0405302;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.121;QD=26.5739;RBI=0.0430076;REFB=-0.0193069;REVB=0.0143858;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694597;STB=0.518505;STBP=0.793;TYPE=mnp;VARB=0.0110952;OID=.;OPOS=77494180;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:19:26:27:0.586957:14:12:10:8:14:13:10:9 chr14 77494557 . C T 258.89 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00575598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2751;QD=12.0413;RBI=0.0795341;REFB=-0.018792;REVB=0.0793255;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206742;STB=0.634658;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0591214;OID=.;OPOS=77494557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:55:31:31:0.360465:12:19:22:30:12:19:22:33 chr14 77494682 . G A 376.99 PASS AF=0.465116;AO=37;DP=83;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00916682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6611;QD=17.5343;RBI=0.0636642;REFB=-0.0172414;REVB=0.0630008;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182711;STB=0.615518;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0243243;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:46:46:37:40:0.465116:25:12:23:23:28:12:23:23 chr14 77697967 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.238;QD=56.9378;RBI=0.0356016;REFB=0;REVB=-0.0246555;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30822e-06;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr14 77703057 . A G 253.8 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0225109;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.253;QD=44.1385;RBI=0.0229936;REFB=-0.163098;REVB=0.00468647;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.535681;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00378022;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:20:21:0.913043:7:13:1:0:8:13:2:0 chr14 77723259 . G C 772.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0301773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.5856;QD=61.8086;RBI=0.0395523;REFB=-0.045781;REVB=0.0255678;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000276503;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:13:36:0:0:13:36:1:0 chr14 77745193 . A C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000430427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.264;QD=58.9618;RBI=0.0102215;REFB=0;REVB=-0.0102124;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3173e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr14 77751925 . C T 1489.15 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00781485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8086;QD=62.0479;RBI=0.0210794;REFB=-0.019626;REVB=0.0195773;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000370356;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:94:95:0.989583:52:42:0:0:53:42:1:0 chr14 77794283 . T C 1157.28 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1562;QD=59.3477;RBI=0.0173207;REFB=-0.135711;REVB=-0.00307928;RO=1;SAF=46;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101785;STB=0.505375;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00176994;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:31:46:1:0:31:46:1:0 chr14 77844999 . G A 190.5 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0342389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2652;QD=21.7718;RBI=0.0486157;REFB=-0.00770943;REVB=-0.0345135;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263017;STB=0.632899;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0218299;OID=.;OPOS=77844999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:9:9:3:13:10:9:3:13 chr14 77926011 . C T 770.44 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8323;QD=55.0317;RBI=0.0483647;REFB=0.0427089;REVB=-0.0436919;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00538423;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr14 77928525 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9185;QD=58.5855;RBI=0.0141794;REFB=0;REVB=0.00582544;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177552;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr14 77935520 . G A 1257.74 PASS AF=0.977011;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0526664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.317;QD=57.827;RBI=0.052708;REFB=-0.147985;REVB=0.00209246;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515148;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00244079;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:0:2:83:85:0.977011:53:30:0:0:53:32:2:0 chr14 77951124 . C T 983.84 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011644;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.913;QD=58.7369;RBI=0.0213668;REFB=0;REVB=0.0179153;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152565;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr14 77976325 . T C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.756;QD=59.0131;RBI=0.00725075;REFB=0;REVB=-0.00711897;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8641e-05;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr14 77987958 . C A 676.58 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.552;QD=60.1407;RBI=0.0393528;REFB=0.0170817;REVB=-0.0312451;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00018104;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr14 78014103 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0238813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.947;QD=22.7198;RBI=0.0272745;REFB=-0.0141955;REVB=-0.0131752;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199914;STB=0.611368;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00795546;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:8:1:5:9:8:1 chr14 78028803 . A G 438.88 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.688;QD=56.6294;RBI=0.0513367;REFB=0;REVB=-0.0487522;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311635;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr14 78140355 . T A 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00161698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.442;QD=25.5725;RBI=0.00235401;REFB=-0.00795043;REVB=-0.00171078;RO=17;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163614;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.004839;OID=.;OPOS=78140355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:16:8:6:11:16:8:6:11 chr14 78174473 . A C 1297.47 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031022;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2038;QD=60.3473;RBI=0.0397334;REFB=-0.09019;REVB=-0.0248269;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00286612;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:84:85:0.988372:39:45:0:1:39:46:0:1 chr14 78184566 . C A 796.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.421;QD=63.7098;RBI=0.0094332;REFB=0;REVB=0.00599724;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47879e-05;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:27:20:0:0:29:21:0:0 chr14 78184661 . T G 183.02 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0152252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9646;QD=13.3103;RBI=0.0152568;REFB=-0.00949795;REVB=0.000981098;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126892;STB=0.582015;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0112702;OID=.;OPOS=78184661;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:13:9:17:15:13:9:18:15 chr14 78197365 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0023323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.019;QD=8.28312;RBI=0.0231113;REFB=-0.0182386;REVB=-0.0229933;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532179;STB=0.836258;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0310599;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:1:11:18:13:1:11:19:13 chr14 78234796 . C T 56.12 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0155961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9029;QD=11.2243;RBI=0.0968619;REFB=-0.0150369;REVB=-0.0955981;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450024;STB=0.78504;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0249943;OID=.;OPOS=78234796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:6:2:8:3:6:2:9:3 chr14 78287414 . T C 787.46 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.953;QD=56.247;RBI=0.0655541;REFB=0;REVB=0.0393548;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450831;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr14 78366933 . G GAAC 75.08 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162593;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=371.569;QD=37.5396;RBI=0.0200538;REFB=0;REVB=-0.0117384;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.88499e-05;OID=.;OPOS=78366934;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:8:8:0:4:4:0:0:4:2:3:3:1:1 chr14 78366967 . A G 159.58 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9603;QD=45.5935;RBI=0.0377694;REFB=0;REVB=0.0182183;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455087;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr14 78390880 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0410753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0227;QD=18.3008;RBI=0.0412937;REFB=-0.00910925;REVB=0.00424136;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195504;STB=0.611001;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00866478;OID=.;OPOS=78390880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:9:14:8:12:9:14 chr14 78710044 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0152765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.371;QD=19.2749;RBI=0.0359708;REFB=-0.00870233;REVB=0.0325657;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409098;STB=0.728013;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0118424;OID=.;OPOS=78710044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:22:4:14:9:22:4 chr14 79081400 . T C 821.86 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0486919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.71;QD=21.2092;RBI=0.049658;REFB=-0.00854366;REVB=0.00974802;RO=73;SAF=41;SAR=41;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412173;STB=0.522575;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00882807;OID=.;OPOS=79081400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:41:41:40:33:41:41:40:33 chr14 80963383 . A AGC 869.97 PASS AF=0.968254;AO=50;DP=75;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00313819;FXX=0.11266;HRUN=0;LEN=2;MLLD=283.757;QD=55.236;RBI=0.00328344;REFB=-0.0431448;REVB=0.000965781;RO=13;SAF=29;SAR=21;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139989;STB=0.517851;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.000302989;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.968254:50:75:61:63:2:34:27:0:2:7:13:29:21:8:5 chr14 81574959 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.179;QD=59.5017;RBI=0.00930468;REFB=0;REVB=-0.00856135;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44428e-05;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr14 81575005 . C A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.557;QD=61.3337;RBI=0.0258709;REFB=0;REVB=-0.000442404;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65806e-05;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr14 81610583 . G C 353.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8979;QD=54.44;RBI=0.0671514;REFB=0;REVB=0.0230825;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936798;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 81737076 . A C 488.87 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00200026;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3812;QD=16.8577;RBI=0.0145646;REFB=-0.026629;REVB=0.0144266;RO=63;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142972;STB=0.579531;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0202225;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:28:25:39:24:28:25:39:24 chr14 81744736 . A G 378.19 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00935439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5047;QD=16.8086;RBI=0.0399344;REFB=-0.0406272;REVB=-0.0388233;RO=49;SAF=16;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20719;STB=0.610564;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0506585;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:50:40:40:0.444444:24:16:30:19:24:16:30:20 chr14 84642753 . G A 535.11 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.458;QD=59.4565;RBI=0.0437762;REFB=0;REVB=0.0388172;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273111;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:19:13:0:0:22:14:0:0 chr14 86088056 . T C 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.382;QD=61.2087;RBI=0.0252619;REFB=0;REVB=-0.0144873;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36007e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr14 86088125 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00239871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.302;QD=12.8974;RBI=0.00482147;REFB=-0.0108561;REVB=-0.00418244;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176455;STB=0.60286;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0234342;OID=.;OPOS=86088125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:19:11:9:8:19:11 chr14 86091415 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5627;QD=60.2268;RBI=0.044449;REFB=0;REVB=-0.0260362;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167239;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr14 86092246 . A G 540.78 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0548876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9142;QD=27.7325;RBI=0.0642575;REFB=-0.0369709;REVB=0.0334123;RO=29;SAF=25;SAR=24;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112819;STB=0.561333;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0227385;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:24:25:10:19:24:25:10:19 chr14 86093344 . C T 337.34 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0108478;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5822;QD=19.8434;RBI=0.044935;REFB=-0.0168274;REVB=-0.0436059;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104951;STB=0.558224;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0185125;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:17:18:13:20:17:18:13:20 chr14 86093378 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00906742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.756;QD=18.9349;RBI=0.0172051;REFB=-0.00737613;REVB=0.0146219;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692519;STB=0.538552;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00838528;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:23:27:21:24:23:27 chr14 86094035 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0194583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7712;QD=16.5273;RBI=0.0412331;REFB=0.0327019;REVB=0.036353;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797048;STB=0.504501;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0368433;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:16:13:11:14:16:13 chr14 88400353 . C T 150.27 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0173798;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.546;QD=18.2143;RBI=0.0411074;REFB=0.00651;REVB=-0.0372527;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021362;STB=0.51218;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00945627;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:6:11:10:6:6:11 chr14 88400449 . TG CA 193.31 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00205198;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.57;QD=14.8701;RBI=0.00639247;REFB=-0.0263967;REVB=0.00605418;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030906;STB=0.50543;STBP=0.933;TYPE=mnp;VARB=0.0306499;OID=.;OPOS=88400449;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:13:9:11:18:13:9:12:18 chr14 88401213 . T C 285.89 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0248504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3188;QD=21.9913;RBI=0.087296;REFB=-0.0266294;REVB=0.0836842;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462135;STB=0.525589;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0225728;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:14:9:13:16:14:9 chr14 88407875 . T A 454.13 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0116376;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.383;QD=17.4664;RBI=0.0158838;REFB=-0.0087328;REVB=-0.0108102;RO=54;SAF=24;SAR=25;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166297;STB=0.586254;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00945264;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:55:49:49:0.471154:25:24:17:37:25:24:18:37 chr14 88407888 . A G 476.17 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0414984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8445;QD=19.4355;RBI=0.0432532;REFB=-0.0109498;REVB=0.0121952;RO=51;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16573;STB=0.591763;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0157509;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:24:23:16:35:24:23:16:35 chr14 88411947 . T C 565.85 PASS AF=0.54902;AO=55;DP=101;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0032001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.694;QD=22.19;RBI=0.0111798;REFB=-0.00488189;REVB=0.010712;RO=46;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.558803;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00273919;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:46:46:55:56:0.54902:27:28:29:17:28:28:29:17 chr14 88412062 . CTA ACT,CAT,CT 43.15 PASS AF=0.0298507,0,0.208955;AO=5,4,9;DP=82;FAO=2,0,14;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=0,0,3;FSAR=2,0,11;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0500858,0.00272924,0.080811;FXX=0.0945818;HRUN=1,1,6;LEN=3,2,1;MLLD=26.194,141.402,10.5576;QD=2.5762;RBI=0.101089,0.150302,0.195769;REFB=-0.081239,-0.00687529,-0.141109;REVB=-0.0878092,-0.150278,-0.178312;RO=58;SAF=0,0,3;SAR=5,4,6;SRF=34;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.596951,-0.550155,-0.300293;STB=0.995693,0.5,0.790438;STBP=0.109,1,0.027;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=-0.111175,0.131656,0.0776425;OID=.,.,.;OPOS=88412062,88412063,88412064;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:34:82:67:58:51:5,4,9:2,0,14:0.0298507,0,0.208955:5,4,6:0,0,3:34:24:2,0,11:0,0,3:30:21 chr14 88414211 . G A 281.61 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0113029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.178;QD=17.0674;RBI=0.0313979;REFB=-0.00753384;REVB=-0.0292929;RO=35;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887461;STB=0.549967;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00806876;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:22:9:13:22:22:9:13:22 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 337.3 PASS AF=0,1,0;AO=4,14,11;DP=33;FAO=0,29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08884,0.125579,0.0334832;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=14.8607,16.8199,13.5634;QD=46.5243;RBI=0.141924,0.183379,0.222146;REFB=0,0,0;REVB=0.11068,-0.133633,-0.219608;RO=1;SAF=3,4,3;SAR=1,10,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119989,-0.100543,-0.127515;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000126018,-0.00407716,0.00124858;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,14,11:33:0,29,0:29:0:0,10,0:0,19,0:0:0:3:1:3,4,3:1,10,8:1:0 chr14 88459795 . C T 304.5 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00681712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.183;QD=26.4779;RBI=0.00707846;REFB=0.00146846;REVB=-0.00190565;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806243;STB=0.544654;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.000836514;OID=.;OPOS=88459795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:17:10:9:10:17:10:9:10 chr14 88477413 . C T 1453.0 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7462;QD=63.174;RBI=0.0453945;REFB=0;REVB=-0.021994;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424027;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:91:92:1:43:48:1:0:43:49:0:0 chr14 88477882 . A C 267.99 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00665159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.678;QD=13.7433;RBI=0.0247167;REFB=-0.0087912;REVB=-0.0238048;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243809;STB=0.645068;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156341;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:47:30:31:0.397436:11:19:19:28:11:20:19:28 chr14 88651822 . TAAAAAC TAAAAACAC,TAAAACA,TAAAAC 212.72 PASS AF=0.4,0,0;AO=12,4,12;DP=68;FAO=26,0,0;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0108991,-0.0668003,-0.044944;FXX=0.0441112;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=115.746,18.1332,7.70139;QD=13.0902;RBI=0.0110349,0.18705,0.128896;REFB=-0.0901694,-0.121315,-0.146002;REVB=0.00172579,-0.174716,-0.120806;RO=14;SAF=8,1,0;SAR=4,3,12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.131584,-0.549941,-0.841811;STB=0.530782,0.5,0.5;STBP=0.705,1,1;TYPE=ins,mnp,del;VARB=0.119279,0.0405912,0.01889;OID=.,.,.;OPOS=88651827,88651827,88651823;OREF=-,AC,A;OALT=AC,CA,-;OMAPALT=TAAAAACAC,TAAAACA,TAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0,0:12,4,12:68:26,0,0:65:39:14,0,0:12,0,0:19:20:99:14:8,1,0:4,3,12:11:3 chr14 88792816 . T G 1287.95 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.81;QD=60.6096;RBI=0.0178577;REFB=0;REVB=0.0173717;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183178;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:47:35:0:0:49:36:0:0 chr14 88852166 . G A 154.91 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0112013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4789;QD=22.9501;RBI=0.0261433;REFB=0.0538946;REVB=-0.0236221;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939365;STB=0.553121;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0357874;OID=.;OPOS=88852166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:8:3:3:13:8:3 chr14 88852279 . TG T,TT 968.84 PASS AF=0.873239,0.126761;AO=58,9;DP=69;FAO=62,9;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=27,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422757,-0.00186585;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.9866,8.15171;QD=54.5826;RBI=0.0777897,0.0289634;REFB=0,0;REVB=-0.0652993,0.0289033;RO=0;SAF=34,3;SAR=24,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.31293e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0108417,0.0388055;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.873239,0.126761:58,9:69:62,9:71:0:35,3:27,6:0:0:28:0:34,3:24,6:0:0 chr14 88862529 . G A 243.76 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0213466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.355;QD=15.2349;RBI=0.0230138;REFB=0.00167701;REVB=-0.0085998;RO=36;SAF=7;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194623;STB=0.611026;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00190395;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:21:7:15:21:21:7:15:21 chr14 88935925 . A G 689.74 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00667166;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.358;QD=23.9911;RBI=0.0129719;REFB=-0.00888071;REVB=-0.0111247;RO=50;SAF=41;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082909;STB=0.540202;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00744815;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:50:49:66:66:0.573913:25:41:26:24:25:41:26:23 chr14 88938652 . A G 431.71 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0219841;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.133;QD=20.0793;RBI=0.0287336;REFB=-0.0137434;REVB=0.0185018;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146467;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:43:43:43:0.5:22:21:21:22:22:21:21:22 chr14 88946622 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00591049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4488;QD=21.8421;RBI=0.0936122;REFB=0.00523828;REVB=0.0934255;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00748248;OID=.;OPOS=88946622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr14 89037482 . C CA,CAT,CATT 748.56 PASS AF=0.474576,0.254237,0.271186;AO=10,18,14;DP=71;FAO=28,15,16;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16,13,14;FSAR=12,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239398,-0.0925205,-0.0712598;FXX=0.0483793;HRUN=0,0,0;LEN=1,2,3;MLLD=30.4695,31.4811,29.524;QD=50.7498;RBI=0.0391093,0.131455,0.153838;REFB=0,0,0;REVB=-0.0309261,0.0933829,0.136338;RO=21;SAF=6,16,13;SAR=4,2,1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0861957,0.478211,0.586632;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.0044686,-0.00860553,0.0455844;OID=.,.,.;OPOS=89037483,89037483,89037483;OREF=-,-,-;OALT=A,AT,ATT;OMAPALT=CA,CAT,CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.474576,0.254237,0.271186:10,18,14:71:28,15,16:59:0:16,13,14:12,2,2:0:0:41:21:6,16,13:4,2,1:11:10 chr14 89037483 . T A 97.79 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=0.0192082;FXX=0.0149231;HRUN=10;LEN=1;MLLD=53.2796;QD=5.92648;RBI=0.0206903;REFB=0.0104839;REVB=0.0076898;RO=50;SAF=6;SAR=9;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453041;STB=0.78097;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0262914;OID=.;OPOS=89037483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:66:66:50:50:15:16:0.242424:9:6:39:11:10:6:39:11 chr14 89088266 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00278839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.87;QD=12.3289;RBI=0.0050516;REFB=-0.00793182;REVB=0.00421231;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00940943;OID=.;OPOS=89088266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:7:10:6:5:7:10 chr14 89094243 . G C 792.95 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896233;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4388;QD=64.7303;RBI=0.0184404;REFB=0;REVB=0.016116;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65082e-05;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:46:49:1:13:33:0:0:13:36:0:0 chr14 89205265 . T C 279.69 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00555453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.907;QD=14.1615;RBI=0.0176367;REFB=-0.00209048;REVB=0.0167392;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660278;STB=0.537567;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00510175;OID=.;OPOS=89205265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:22:25:19:13:22:25 chr14 89306550 . T C 600.29 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00563095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.231;QD=26.0996;RBI=0.0220442;REFB=-0.00535725;REVB=-0.0213128;RO=38;SAF=33;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663028;STB=0.536236;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00364778;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:21:33:20:18:21:33:20:18 chr14 89306572 . T G 423.19 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0486713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.488;QD=23.8417;RBI=0.0504733;REFB=0.00175242;REVB=0.0133663;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923779;STB=0.55074;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000994124;OID=.;OPOS=89306572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:17:24:14:16:17:24:14:16 chr14 89343992 . G A 362.04 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0167408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.89;QD=23.3572;RBI=0.0176753;REFB=-0.00107584;REVB=0.00567095;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952305;STB=0.558792;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000700905;OID=.;OPOS=89343992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:16:20:17:8:16:20:18:8 chr14 89445481 . C T 586.22 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0117692;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8037;QD=27.9152;RBI=0.0186687;REFB=-0.054421;REVB=-0.0144917;RO=31;SAF=27;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242852;STB=0.50733;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0306834;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:31:32:52:52:0.619048:25:27:15:16:25:27:16:16 chr14 89627942 . C T 67.67 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0616903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6005;QD=13.5333;RBI=0.0672188;REFB=-0.0982861;REVB=-0.0266961;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0797207;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr14 89750819 . A G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0133266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.75;QD=18.1593;RBI=0.0134627;REFB=-0.00737287;REVB=-0.00190945;RO=39;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098029;STB=0.554833;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00876593;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:13:23:21:18:13:23:21:18 chr14 89867978 . T C 1590.12 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856992;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2881;QD=64.2472;RBI=0.0175303;REFB=0;REVB=0.0152927;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156737;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr14 90095445 . T C 473.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220915;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.52;QD=59.1294;RBI=0.0281571;REFB=0;REVB=0.0174582;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03399e-05;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 90178913 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.982;QD=53.9104;RBI=0.0648;REFB=0;REVB=0.00334846;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308374;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr14 90178992 . G A 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00382939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.897;QD=17.3982;RBI=0.0264359;REFB=-0.00588029;REVB=-0.026157;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00433088;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:6:7:4:8:6:7:4:9 chr14 90303382 . GA G,GG 548.71 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=6,31;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132383,0.0116714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.268,266.177;QD=59.3195;RBI=0.0688168,0.0687693;REFB=0,0;REVB=0.0675315,0.0677717;RO=0;SAF=2,20;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00523857,0.00166517;OID=.,.;OPOS=90303383,90303383;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:6,31:37:1,36:37:0:1,21:0,15:0:0:4:0:2,20:4,11:0:0 chr14 90303435 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=345.366;QD=60.9786;RBI=0.0170448;REFB=0;REVB=0.00408587;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05062e-05;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 90303445 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.337;QD=60.9786;RBI=0.0383843;REFB=0;REVB=0.0351422;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129961;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr14 90341494 . G A 1040.9 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.871;QD=59.4803;RBI=0.0684141;REFB=0;REVB=-0.0426115;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76575e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr14 90730071 . C T 407.04 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=105;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00591875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6156;QD=15.3601;RBI=0.0152714;REFB=0.01118;REVB=0.0140778;RO=60;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567633;STB=0.524681;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0108458;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:60:45:46:0.433962:20:25:30:30:21:25:30:30 chr14 90745422 . T C 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00816331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.256;QD=15.4518;RBI=0.0145849;REFB=-0.0127761;REVB=0.0120864;RO=61;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000718337;STB=0.500403;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00989363;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:27:20:26:35:27:20:26:35 chr14 90767607 . C T 1370.19 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142459;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.827;QD=61.5815;RBI=0.0278333;REFB=-0.0591118;REVB=0.0239113;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093831;STB=0.504853;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000606868;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:87:88:0.988764:50:37:0:1:51:37:0:1 chr14 90865462 . C G 1102.05 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283952;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.942;QD=60.3864;RBI=0.0309268;REFB=0;REVB=0.0122547;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100706;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr14 90871478 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0134262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.574;QD=11.2615;RBI=0.0169187;REFB=-0.00814709;REVB=-0.0102946;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746519;STB=0.54432;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0163263;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:8:7:16:14:8:7:16:14 chr14 91123575 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.539;QD=59.0185;RBI=0.0397398;REFB=0;REVB=-0.0396155;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250427;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr14 91161862 . C T 9013.79 PASS AF=1;AO=569;DP=572;FAO=571;FDP=571;FR=.;FRO=0;FSAF=315;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727713;FXX=0.0069564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.42;QD=63.1439;RBI=0.0190378;REFB=-0.0457804;REVB=0.017592;RO=1;SAF=313;SAR=256;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93749e-08;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:572:571:1:0:569:571:1:256:313:0:1:256:315:0:0 chr14 91165572 . G A 1305.39 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9837;QD=60.7159;RBI=0.0275561;REFB=-0.108649;REVB=-0.0250958;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00709992;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:34:51:0:0:34:51:1:0 chr14 91700846 . G A 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0116274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.409;QD=19.3997;RBI=0.133442;REFB=-0.0285034;REVB=0.132935;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949043;STB=0.541463;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0554307;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:24:14:17:19:24:14:17:21 chr14 91717214 . C T 531.56 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00582294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.24;QD=18.3295;RBI=0.0064095;REFB=-0.00843897;REVB=0.00267863;RO=60;SAF=34;SAR=22;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163284;STB=0.590538;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00924892;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:22:34:26:34:22:34:26:34 chr14 91739081 . A G 398.49 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.0019447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.164;QD=17.1393;RBI=0.0377623;REFB=-0.0158176;REVB=0.0377121;RO=51;SAF=34;SAR=6;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11564;STB=0.521799;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0206458;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:51:51:40:42:0.451613:6:34:40:11:8:34:40:11 chr14 91760522 . C T 500.51 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.021975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=24.4149;RBI=0.0342117;REFB=-0.014931;REVB=0.026221;RO=35;SAF=26;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970199;STB=0.553169;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0103756;OID=.;OPOS=91760522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:21:26:15:20:21:26:15:20 chr14 91883499 . G A 650.37 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9864;QD=61.9403;RBI=0.0172774;REFB=0;REVB=0.0149613;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158878;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr14 91924895 . C G 133.68 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.028633;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0477;QD=14.8534;RBI=0.0488463;REFB=-0.000930959;REVB=0.0395741;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.550496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00341939;OID=.;OPOS=91924895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:13:7:7:8:13:8 chr14 91942087 . AG A,AA,AT 422.88 PASS AF=0.935484,0.0322581,0.0322581;AO=26,3,2;DP=31;FAO=29,1,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1,1;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033463,0.00900656,0.0245816;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=51.2096,39.6028,31.2619;QD=54.5651;RBI=0.0360374,0.010045,0.037592;REFB=0,0,0;REVB=0.013376,0.00444798,-0.0284412;RO=0;SAF=16,3,1;SAR=10,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-7.71087e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000218493,-0.0704579,0.0803924;OID=.,.,.;OPOS=91942088,91942088,91942088;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935484,0.0322581,0.0322581:26,3,2:31:29,1,1:31:0:18,1,1:11,0,0:0:0:6:0:16,3,1:10,0,1:0:0 chr14 92040793 . C G 2216.62 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9934;QD=63.3319;RBI=0.043079;REFB=0;REVB=0.0428203;RO=0;SAF=80;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013507;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:60:80:0:0:60:80:0:0 chr14 92084004 . C G 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3273;QD=63.8606;RBI=0.0108146;REFB=0;REVB=0.00894807;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142774;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:13:35:0:0:13:35:0:0 chr14 92088016 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.7;QD=60.7139;RBI=0.0262591;REFB=0;REVB=-0.024986;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29669e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr14 92181405 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9015;QD=57.5447;RBI=0.0380804;REFB=0;REVB=-0.0203573;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12623e-05;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr14 92249126 . G A 1545.67 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020833;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.009;QD=63.7389;RBI=0.0317438;REFB=0;REVB=0.023951;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101244;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:93:97:1:54:39:0:0:56:41:0:0 chr14 92251587 . A G 557.84 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.000844501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.35;QD=15.8252;RBI=0.0137717;REFB=-0.0147086;REVB=-0.0137458;RO=80;SAF=35;SAR=25;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575691;STB=0.527598;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0186552;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:80:81:60:60:0.425532:25:35:51:29:25:35:51:30 chr14 92268615 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.856;QD=57.3858;RBI=0.0386708;REFB=0;REVB=0.0240029;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019316;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr14 92280037 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00834115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.872;QD=10.4292;RBI=0.0319571;REFB=0.00603043;REVB=-0.0308493;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0135475;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:15:15:7:7:15:15 chr14 92347680 . A G 938.41 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00010189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.178;QD=56.8735;RBI=0.00326518;REFB=0.0213332;REVB=-0.00326359;RO=1;SAF=41;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113822;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-5.44341e-05;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:23:41:1:0:23:42:1:0 chr14 92361310 . C T 412.86 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.010002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.726;QD=21.4473;RBI=0.021151;REFB=-0.0108004;REVB=0.0186366;RO=36;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559976;STB=0.530867;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0112203;OID=.;OPOS=92361310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:15:26:25:11:15:26:25:11 chr14 92441066 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00949055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.532;QD=21.1198;RBI=0.0375936;REFB=-0.0215182;REVB=-0.0363759;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160643;STB=0.517203;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0150939;OID=.;OPOS=92441066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:13:23:21:11:14:23:21:11 chr14 92488083 . A G 285.5 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0111135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.458;QD=15.4322;RBI=0.0251908;REFB=-0.00718869;REVB=0.0226068;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285072;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00969007;OID=.;OPOS=92488083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:16:15:21:20:17:15:22:20 chr14 92530513 . C T 189.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00761493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7709;QD=14.8541;RBI=0.0239275;REFB=-0.0039241;REVB=-0.0226834;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415451;STB=0.514005;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00253538;OID=.;OPOS=92530513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:10:11:14:15:10:11:15:15 chr14 92537223 . G T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0503151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1002;QD=14.2704;RBI=0.057658;REFB=0.0122104;REVB=-0.0281574;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560269;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0224534;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:21:12:10:14:21:12 chr14 92537354 . C G 115.76 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0515271;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.61;QD=17.8087;RBI=0.054447;REFB=-0.0212521;REVB=-0.0175906;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972524;STB=0.596854;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0216661;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:9:13:13:13:0.5:3:10:6:3:3:10:8:5 chr14 92537379 . T C 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00360101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.887;QD=38.7913;RBI=0.00853125;REFB=0.00981147;REVB=-0.00773401;RO=3;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407973;STB=0.522363;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00232643;OID=.;OPOS=92537379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:4:14:2:1:4:14:2:1 chr14 92548785 . C T 330.58 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0343462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5694;QD=23.6129;RBI=0.0377956;REFB=-0.00920623;REVB=-0.0157748;RO=23;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05898;STB=0.532419;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00673353;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:19:14:8:15:19:14:8:15 chr14 92549586 . G A 863.5 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.237;QD=57.5663;RBI=0.00994261;REFB=0;REVB=-0.00959551;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98145e-05;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:32:28:0:0 chr14 92559678 . G A,C 788.38 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979042,0.0248074;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.182,110.407;QD=56.3129;RBI=0.0177961,0.029245;REFB=0,0;REVB=0.0148609,0.0154874;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110397,0.000229146;OID=.,.;OPOS=92559678,92559678;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,27:2,27:0:0:0,27:2,27:0:0 chr14 92572927 . G A 116.08 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0915775;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.334;QD=18.5726;RBI=0.0916051;REFB=-0.0348453;REVB=0.00225017;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136048;STB=0.578814;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0120467;OID=.;OPOS=92572927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:3:9:11:2:3:9 chr14 92588002 . T G 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0905;QD=51.9012;RBI=0.0446357;REFB=0;REVB=-0.0430478;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120494;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr14 92792255 . G A 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.07;QD=56.9984;RBI=0.0141398;REFB=0;REVB=0.0102272;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55175e-06;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr14 92909073 . T C,G 765.73 PASS AF=0.96,0.04;AO=46,2;DP=49;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693931,-0.00153589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.801,148.949;QD=61.2588;RBI=0.0982396,0.0110779;REFB=0,0;REVB=0.0979942,-0.0109709;RO=0;SAF=32,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000797087,0.0105417;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:49:50:0:0:46,2:48,2:0.96,0.04:14,0:32,2:0:0:16,0:32,2:0:0 chr14 92920371 . C T 437.89 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00797605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.23;QD=15.6389;RBI=0.0414122;REFB=-0.0186328;REVB=0.0406369;RO=63;SAF=29;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117177;STB=0.56567;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0199725;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:20:29:30:33:20:29:30:33 chr14 92922900 . G A 244.13 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0136495;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2528;QD=21.7008;RBI=0.0137282;REFB=-0.025754;REVB=0.00146807;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978352;STB=0.554866;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0303931;OID=.;OPOS=92922900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:9:13:11:12:9:13 chr14 92958522 . A C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00115362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.437;QD=19.9927;RBI=0.0387955;REFB=-0.0367248;REVB=-0.0387783;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18536;STB=0.605494;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0349868;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:5:17:14:9:5:17:14:9 chr14 93118038 . A G 234.93 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.020967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.785;QD=13.4246;RBI=0.0210054;REFB=-0.0149856;REVB=0.00126907;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218679;STB=0.626503;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0186923;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:42:28:28:0.4:19:9:21:19:19:9:22:20 chr14 93118668 . C T 69.84 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00628149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.557;QD=16.4328;RBI=0.0751076;REFB=-5.50196e-05;REVB=0.0748445;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955156;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000905802;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:4:3:5:4:4:4 chr14 93118669 . G A 59.66 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00167902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.147;QD=15.91;RBI=0.00824318;REFB=-0.0226813;REVB=-0.00807038;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00810123;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:5:7:7:8:0.533333:3:4:2:3:4:4:2:5 chr14 93119407 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00966883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.856;QD=19.7627;RBI=0.00973606;REFB=-0.0159949;REVB=-0.00114223;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266171;STB=0.666528;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0201078;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:9:14:7:16:9:14:7:18 chr14 93178191 . A G 1415.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.041;QD=62.9032;RBI=0.0129695;REFB=0;REVB=-0.0110272;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3923e-05;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr14 93180727 . A G 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.598;QD=60.5462;RBI=0.0312934;REFB=0;REVB=-0.00913435;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44764e-05;OID=.;OPOS=93180727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr14 93276654 . T C 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00569455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.031;QD=51.835;RBI=0.0173104;REFB=0.0178528;REVB=-0.0163469;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.535691;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000727359;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:18:13:1:0:18:13:2:0 chr14 93399169 . G A 514.91 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.04976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1074;QD=17.7555;RBI=0.0785934;REFB=-0.0147399;REVB=0.0608347;RO=61;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845127;STB=0.541994;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.017507;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:61:61:54:55:0.474138:28:26:24:37:29:26:24:37 chr14 93401178 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1157;QD=37.4843;RBI=0.0318133;REFB=0;REVB=0.0318133;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859324;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr14 93407062 . A G 743.01 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.579;QD=59.4407;RBI=0.0374913;REFB=-0.040605;REVB=0.034372;RO=2;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064371;STB=0.503423;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00311897;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:20:28:1:1:20:28:1:1 chr14 93407301 . C A 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0188342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.091;QD=19.6663;RBI=0.025101;REFB=-0.0116961;REVB=0.0165932;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105256;STB=0.558524;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00962656;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:20:14:17:15:20:14:17:15 chr14 93693831 . C T 357.2 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0198571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.224;QD=16.8094;RBI=0.0556297;REFB=-0.00900096;REVB=0.051965;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524021;STB=0.529396;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0128053;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:19:19:21:26:19:19:21:26 chr14 93703854 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4078;QD=42.1826;RBI=0.04329;REFB=0;REVB=0.0402955;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305781;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr14 93943998 . G A 518.47 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0063093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.177;QD=18.0338;RBI=0.0323657;REFB=0.00507978;REVB=-0.0317448;RO=59;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114763;STB=0.567884;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00875744;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:55:55:0.478261:24:31:26:33:24:31:26:34 chr14 93994954 . G A 705.47 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=130;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0236341;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9047;QD=22.2194;RBI=0.0240178;REFB=0.0129155;REVB=-0.00427592;RO=58;SAF=42;SAR=26;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241977;STB=0.628705;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00839329;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:58:59:68:68:0.535433:26:42:19:39:26:42:20:39 chr14 94007075 . C T 436.87 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0146938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.154;QD=18.7902;RBI=0.0175371;REFB=-0.0116936;REVB=-0.00957301;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164581;STB=0.591358;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0183578;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:22:22:33:16:22:22:33:16 chr14 94103602 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0103752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.835;QD=21.5109;RBI=0.0278298;REFB=-0.00635706;REVB=0.0258236;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00662965;OID=.;OPOS=94103602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:10:9:12:9:10:9 chr14 94184981 . A T 33.89 PASS AF=0.236842;AO=2;DP=32;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0192776;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6373;QD=3.56726;RBI=0.0480109;REFB=-0.0438243;REVB=0.0439707;RO=30;SAF=0;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543853;STB=0.681453;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.265006;OID=.;OPOS=94184981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:38:30:29:2:9:0.236842:2:0:20:10:5:4:20:9 chr14 94187832 . C T 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00333646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.024;QD=28.8522;RBI=0.0801993;REFB=-0.0257516;REVB=0.0801298;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226273;STB=0.623572;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0137788;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:14:2:12:15:14:2 chr14 94391699 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0177686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4906;QD=19.5225;RBI=0.0196458;REFB=0.00230732;REVB=0.00838055;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00266367;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:6:6:6:8:6:6 chr14 94405871 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.135;QD=37.4864;RBI=0.0143523;REFB=0;REVB=-0.0115693;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57478e-05;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr14 94410275 . CA C 547.76 PASS AF=0.633929;AO=68;DP=112;FAO=71;FDP=112;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0104644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.1277;QD=19.5627;RBI=0.0259405;REFB=-0.0124675;REVB=-0.0237362;RO=42;SAF=37;SAR=31;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311823;STB=0.508455;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.00684294;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.633929:68:112:71:112:41:38:33:21:20:99:42:37:31:21:21 chr14 94417421 . G A 2287.02 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.021;QD=60.5834;RBI=0.0353986;REFB=0;REVB=0.0339524;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90398e-05;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:151:0:0:150:151:1:59:91:0:0:60:91:0:0 chr14 94417541 . A G 628.02 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1626;QD=58.4203;RBI=0.0295424;REFB=-0.131958;REVB=-0.0255334;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00524118;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:43:1:1:41:42:0.976744:18:23:1:0:18:24:1:0 chr14 94417586 . G A 322.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0037;QD=53.7661;RBI=0.0838053;REFB=0;REVB=0.0647806;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020705;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr14 94467549 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.162;QD=61.3364;RBI=0.00638946;REFB=0;REVB=0.00584808;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6898e-05;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr14 94564035 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9963;QD=59.8306;RBI=0.0345401;REFB=0;REVB=-0.0026178;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491761;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr14 94564039 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4192;QD=59.4326;RBI=0.0783841;REFB=0;REVB=0.0336669;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204673;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr14 94564058 . G A 464.75 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830135;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1262;QD=58.0932;RBI=0.191777;REFB=0;REVB=0.172879;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00898472;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:27:32:1:13:14:0:0:18:14:0:0 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 134.38 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0317538;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=9;MLLD=383.777;QD=9.42988;RBI=0.0336723;REFB=-0.0127133;REVB=-0.0112034;RO=39;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149564;STB=0.556897;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.0248237;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:17:59:18:57:39:6:12:16:23:99:39:5:12:16:23 chr14 94582926 . C G 532.93 PASS AF=0.53;AO=54;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0123416;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.303;QD=21.3172;RBI=0.0319303;REFB=-0.0244804;REVB=0.0294487;RO=44;SAF=20;SAR=34;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336131;STB=0.543983;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0153448;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:44:47:54:53:0.53:34:20:18:26:34:19:21:26 chr14 94776221 . A C 2169.82 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.978;QD=62.4409;RBI=0.0295667;REFB=0;REVB=0.0234801;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16416e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:139:139:0:0:138:139:1:70:68:0:0:70:69:0:0 chr14 94929541 . G A 281.7 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0233275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.864;QD=14.4459;RBI=0.0514298;REFB=-0.0265009;REVB=-0.045835;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367318;STB=0.536889;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0362415;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:46:32:32:0.410256:12:20:26:18:12:20:26:20 chr14 94931105 . A G 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0171076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.944;QD=13.7851;RBI=0.022299;REFB=0.0122727;REVB=-0.014303;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670602;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0121492;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:15:18:14:9:15:18 chr14 94933473 . C A 257.21 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0114279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.261;QD=13.7176;RBI=0.0142191;REFB=-0.00165337;REVB=0.00846079;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118353;STB=0.567522;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00219591;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:12:18:22:23:12:18:22:23 chr14 94933640 . A T 268.21 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0109087;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.669;QD=18.4974;RBI=0.0244574;REFB=-0.00790381;REVB=-0.0218898;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166602;STB=0.585741;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0120436;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:29:29:29:0.5:14:15:10:20:14:15:10:19 chr14 94933695 . G A 151.47 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.03329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.869;QD=12.8907;RBI=0.0416215;REFB=-0.00771407;REVB=0.0249825;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340865;STB=0.696905;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0167739;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:8:22:7:10:8:22 chr14 94935566 . G A 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00555518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.383;QD=15.6256;RBI=0.00839634;REFB=-0.0059541;REVB=-0.00629591;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179564;STB=0.603799;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00536198;OID=.;OPOS=94935566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:14:13:6:13:14:13 chr14 94935901 . G C 901.85 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00119848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1588;QD=18.9863;RBI=0.0312776;REFB=-0.0195504;REVB=0.0312546;RO=99;SAF=41;SAR=50;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251568;STB=0.513878;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0226831;OID=.;OPOS=94935901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:99:99:91:91:0.478947:50:41:42:57:50:41:42:57 chr14 95033356 . C T 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0171795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.045;QD=11.917;RBI=0.0175644;REFB=0.00410226;REVB=-0.00365703;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137114;STB=0.579544;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00711296;OID=.;OPOS=95033356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:8:14:19:18:8:14:19:18 chr14 95053849 . T C 533.53 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0271676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5825;QD=19.9451;RBI=0.0276053;REFB=-0.015271;REVB=0.00489672;RO=52;SAF=19;SAR=36;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142856;STB=0.578956;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0235519;OID=.;OPOS=95053849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:36:19:26:26:36:19:26:26 chr14 95053863 . C T 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0256913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.707;QD=17.2321;RBI=0.0266253;REFB=-0.00766255;REVB=0.00699035;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508635;STB=0.524286;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00652341;OID=.;OPOS=95053863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:48:48:0.466019:30:18:23:31:30:18:23:32 chr14 95053890 . GC AC,AT 1415.29 PASS AF=0.505376,0.494624;AO=44,46;DP=95;FAO=47,46;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=20,14;FSAR=27,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186388,0.0414055;FXX=0.0312467;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=194.267,185.803;QD=60.8728;RBI=0.023122,0.043126;REFB=0,0;REVB=-0.0136829,-0.0120596;RO=0;SAF=17,14;SAR=27,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.54734e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00690808,-0.0067784;OID=.,.;OPOS=95053890,95053890;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:95:93:0:0:44,46:47,46:0.505376,0.494624:27,32:17,14:0:0:27,32:20,14:0:0 chr14 95054012 . A G 386.39 PASS AF=0.470588;AO=41;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0156647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8537;QD=18.1829;RBI=0.0183776;REFB=-0.011173;REVB=0.00961006;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163533;STB=0.605581;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0127457;OID=.;OPOS=95054012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:41:40:0.470588:17:24:18:26:16:24:18:27 chr14 95054176 . T C 787.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426609;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.491;QD=57.2517;RBI=0.0427154;REFB=0;REVB=0.00215586;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97916e-05;OID=.;OPOS=95054176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr14 95110017 . G T 519.24 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.677;QD=59.3414;RBI=0.0305342;REFB=0;REVB=-0.012801;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162448;OID=.;OPOS=95110017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr14 95555205 . C T 1134.93 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8674;QD=60.5298;RBI=0.0298115;REFB=0;REVB=0.0297667;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241257;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr14 95786115 . C T 1582.11 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382039;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.337;QD=59.7023;RBI=0.0406817;REFB=0;REVB=0.0139807;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114763;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:49:57:0:0 chr14 95906321 . G A 1089.52 PASS AF=0.506912;AO=107;DP=215;FAO=110;FDP=217;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=82;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=-0.00405905;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.446;QD=20.0832;RBI=0.0136711;REFB=-0.0195615;REVB=0.0130546;RO=106;SAF=26;SAR=81;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150524;STB=0.577214;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0201745;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:106:107:107:110:0.506912:81:26:40:66:82:28:41:66 chr14 95910933 . T C 78.43 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0752323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1172;QD=8.47931;RBI=0.0753297;REFB=-0.0349912;REVB=0.00383032;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302951;STB=0.693514;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0771155;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:35:37:25:26:10:11:0.297297:7:3:14:11:8:3:14:12 chr14 95912426 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0115996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.092;QD=16.8984;RBI=0.01283;REFB=-0.00558935;REVB=0.00548249;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292536;STB=0.683891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00617527;OID=.;OPOS=95912426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:5:5:1:7:5:5:1:8 chr14 95916397 . C T 711.99 PASS AF=0.503597;AO=69;DP=138;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00623144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.681;QD=20.4889;RBI=0.0178514;REFB=-0.00357864;REVB=0.0167285;RO=68;SAF=42;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100184;STB=0.554647;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00367526;OID=.;OPOS=95916397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:68:69:69:70:0.503597:27:42:34:34:27:43:35:34 chr14 95918625 . T C 288.73 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0436665;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1864;QD=18.3321;RBI=0.0456267;REFB=-0.0122175;REVB=0.01323;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866523;STB=0.556201;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0106234;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:32:31:31:0.492063:17:14:17:14:17:14:18:14 chr14 95921741 . C T 237.99 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00143721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.078;QD=20.2543;RBI=0.00156956;REFB=-0.0338143;REVB=-0.000630822;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217323;STB=0.598375;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0354082;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:24:21:23:0.489362:10:11:18:6:10:13:18:6 chr14 95923670 . A C 525.26 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338165;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.686;QD=60.0296;RBI=0.0353331;REFB=0;REVB=-0.0102405;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867055;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:25:10:0:0 chr14 95983975 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0102505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.137;QD=13.6996;RBI=0.0454775;REFB=-0.0301912;REVB=0.0443072;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193345;STB=0.613898;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0290566;OID=.;OPOS=95983975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:4:14:19:11:4:14:19:11 chr14 95999820 . T C 500.94 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0314488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.651;QD=19.454;RBI=0.0339507;REFB=-0.00200427;REVB=-0.0127914;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957293;STB=0.552886;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00262106;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:24:28:22:29:24:28:22:29 chr14 96131432 . A G 188.57 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0834268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1728;QD=14.2319;RBI=0.0888456;REFB=-0.0128128;REVB=-0.0305533;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956672;STB=0.554745;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0151094;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:14:17:10:12:14:17 chr14 96136794 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0572625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1389;QD=19.7017;RBI=0.0697549;REFB=-0.0437116;REVB=0.039834;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181454;STB=0.602717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0487795;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:10:6:10:7:10:6 chr14 96137682 . A G 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0521046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.761;QD=12.1425;RBI=0.06694;REFB=-0.0200898;REVB=-0.0420247;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199405;STB=0.61588;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0330096;OID=.;OPOS=96137682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:13:20:8:11:13:20 chr14 96556914 . T C 1092.78 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000838956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.938;QD=59.8785;RBI=0.0195402;REFB=0;REVB=0.0195222;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75939e-05;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:29:44:0:0 chr14 96557121 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=60.9732;RBI=0.0267366;REFB=0;REVB=-0.00514079;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96185e-05;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 96557873 . G T 198.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00847804;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.207;QD=15.9057;RBI=0.0352156;REFB=-0.0224286;REVB=0.0341799;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172564;STB=0.598422;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0411016;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:13:15:8:14:13:15 chr14 96558235 . T C 488.37 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0760971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0258;QD=30.5231;RBI=0.0772737;REFB=-0.0139773;REVB=-0.013433;RO=20;SAF=23;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419175;STB=0.522717;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00725122;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:21:23:9:11:21:23:9:11 chr14 96558595 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0126738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.217;QD=14.6495;RBI=0.0639168;REFB=-0.0121123;REVB=-0.0626476;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116789;STB=0.567475;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.017343;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:13:6:6:8:13:6 chr14 96558694 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0241645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.897;QD=16.417;RBI=0.0285028;REFB=0.000493482;REVB=0.0151158;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397707;STB=0.740408;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000324156;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:10:4:11:4:10:4:12:4 chr14 96558881 . C G 1197.44 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000402677;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.867;QD=59.8718;RBI=0.00573208;REFB=-0.00558167;REVB=0.00571792;RO=1;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919304;STB=0.504853;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.97508e-06;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:51:28:0:1:51:28:0:1 chr14 96559250 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0416434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.378;QD=18.3452;RBI=0.0425538;REFB=0.00766653;REVB=-0.00875516;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00780311;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:9:9:10:7:9:9 chr14 96559459 . C A 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0231584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.32;QD=17.4232;RBI=0.024805;REFB=-0.019034;REVB=-0.00888676;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101231;STB=0.500567;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0242108;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:10:21:23:11:10:21:23:11 chr14 96559723 . G A 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00158523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.44;QD=25.4134;RBI=0.00729729;REFB=-0.0218445;REVB=-0.00712302;RO=24;SAF=13;SAR=25;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205872;STB=0.612899;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.010609;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:25:13:15:9:25:13:15:9 chr14 96559732 . G C 187.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0164245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6425;QD=12.7228;RBI=0.0164366;REFB=-0.0237282;REVB=-0.000631781;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264773;STB=0.659686;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0314969;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:8:15:14:21:8:15:14:22 chr14 96559791 . C T 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=2.13596e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.553;QD=20.1585;RBI=0.00652872;REFB=0.0169282;REVB=0.00652868;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329074;STB=0.685263;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00500927;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:11:3:10:6:11:3 chr14 96560083 . A T 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00575276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.253;QD=20.2461;RBI=0.0105642;REFB=-0.00537556;REVB=-0.00886047;RO=33;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045747;STB=0.502537;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00489431;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:14:22:20:13:14:22:20:13 chr14 96560092 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0154648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4309;QD=13.0604;RBI=0.0202125;REFB=0.00546773;REVB=0.0130147;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251205;STB=0.514377;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0195475;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:24:16:11:15:24:16 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC GG,G 484.73 PASS AF=0,0.698795;AO=9,44;DP=68;FAO=0,58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=0,45;FSAR=0,13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0246868,0.0340053;FXX=0.0674082;HRUN=4,4;LEN=8,9;MLLD=232.729,239.802;QD=23.3605;RBI=0.032197,0.0413913;REFB=-0.020996,-0.0195674;REVB=0.0206692,0.0235983;RO=0;SAF=9,32;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.650168;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.00914019;OID=.,.;OPOS=96671209,96671208;OREF=GTGGGGAC,GGTGGGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.698795:9,44:68:0,58:83:25:0,45:0,13:9:16:99:0:9,32:0,12:0:0 chr14 96707457 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.501;QD=61.6741;RBI=0.0487988;REFB=0;REVB=-0.0303938;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18996e-05;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr14 96708667 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.029;QD=57.2025;RBI=0.012;REFB=0;REVB=0.00565717;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82061e-05;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr14 96708782 . A T 1499.44 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469217;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.576;QD=62.4766;RBI=0.0422304;REFB=-0.0943455;REVB=0.0419689;RO=1;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496693;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:1:0:94:96:1:45:49:0:1:47:49:0:0 chr14 96709359 . A AC 530.96 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013405;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0803;QD=47.1965;RBI=0.118171;REFB=0;REVB=0.117409;RO=4;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00383677;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:48:45:45:0:20:25:0:0:10:4:20:24:2:2 chr14 96730142 . A G 2291.01 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00960545;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.735;QD=62.3403;RBI=0.0198616;REFB=-0.142237;REVB=-0.0173845;RO=2;SAF=70;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000446584;STB=0.500235;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000187883;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:75:70:1:1:75:70:1:1 chr14 96742603 . G A 385.61 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=-0.0371512;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5776;QD=13.1834;RBI=0.0504339;REFB=-0.00577108;REVB=0.0341082;RO=72;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116337;STB=0.562474;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00938256;OID=.;OPOS=96742603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:72:71:46:46:0.393162:28:18:21:51:28:18:21:50 chr14 96751010 . T C 272.22 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0411553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.393;QD=15.7807;RBI=0.0420254;REFB=-0.00699824;REVB=-0.00850757;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286567;STB=0.523349;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00854861;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:15:16:18:19:15:16:18:20 chr14 96751968 . TAAAAAATG TAAAAATAG,TAAAAATG,TAAAAATGT 59.43 PASS AF=0.05,0.4,0;AO=2,8,2;DP=39;FAO=2,16,0;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=1,3,0;FSAR=1,13,0;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00392274,0.152027,-0.0233769;FXX=0.0243843;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,3;MLLD=103.265,8.5205,42.234;QD=5.94251;RBI=0.0601219,0.254408,0.0785271;REFB=-0.00250032,-0.126374,-0.0431853;REVB=-0.0599938,-0.203989,-0.0749668;RO=19;SAF=1,1,1;SAR=1,7,1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.252086,-0.647233,-0.252086;STB=0.748132,0.827629,0.5;STBP=0.727,0.002,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.172884,0.123148,0;OID=.,.,.;OPOS=96751974,96751969,96751974;OREF=AT,A,ATG;OALT=TA,-,TGT;OMAPALT=TAAAAATAG,TAAAAATG,TAAAAATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.4,0:2,8,2:39:2,16,0:40:22:1,3,0:1,13,0:17:5:57:19:1,1,1:1,7,1:14:5 chr14 96771959 . A G 390.23 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00189732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2194;QD=14.7257;RBI=0.00810299;REFB=0.00401262;REVB=0.00787773;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959915;STB=0.546198;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00125673;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:61:44:45:0.424528:25:19:32:29:25:20:32:29 chr14 96777468 . G C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00460735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.084;QD=17.7909;RBI=0.00480033;REFB=-0.0124373;REVB=0.0013474;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014659;STB=0.500504;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0128538;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:16:16:16:15:16:17 chr14 96781912 . T C 339.98 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00332257;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9761;QD=17.8939;RBI=0.00624107;REFB=-0.00235301;REVB=-0.00528314;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380447;STB=0.527762;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00206804;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:40:36:36:0.473684:19:17:21:20:19:17:21:19 chr14 96797724 . G A 558.41 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0175011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.718;QD=25.6739;RBI=0.0207352;REFB=-0.0122351;REVB=-0.0111203;RO=34;SAF=26;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114847;STB=0.56138;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00944413;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:34:36:51:51:0.586207:25:26:12:22:25:26:13:23 chr14 96829290 . G A 532.89 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00320714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.789;QD=24.2221;RBI=0.00331762;REFB=-0.0223231;REVB=0.00084903;RO=38;SAF=21;SAR=28;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181274;STB=0.601945;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0181137;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:49:50:0.568182:28:21:25:13:29:21:25:13 chr14 96922752 . C G 1062.0 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.319;QD=59.831;RBI=0.0592622;REFB=0;REVB=0.0569027;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155374;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr14 97104758 . A G 322.99 PASS AF=0.387755;AO=32;DP=92;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00290578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.307;QD=13.183;RBI=0.033531;REFB=-0.0138936;REVB=0.0334048;RO=60;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164977;STB=0.542496;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0227803;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:60:60:32:38:0.387755:15:17:31:29:21:17:31:29 chr14 97321689 . C T 1175.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00816326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4325;QD=59.534;RBI=0.0383741;REFB=0.0374148;REVB=-0.0374958;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000609775;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:43:35:1:0:43:35:1:0 chr14 98112541 . T G 772.88 PASS AF=0.48503;AO=80;DP=166;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0215305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.945;QD=18.5122;RBI=0.021544;REFB=-0.0100786;REVB=0.000762895;RO=86;SAF=39;SAR=41;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662079;STB=0.533089;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:86:86:80:81:0.48503:41:39:48:38:41:40:48:38 chr14 98218281 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0203517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6765;QD=19.9276;RBI=0.0238751;REFB=-0.0286191;REVB=-0.012483;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0363716;OID=.;OPOS=98218281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:3:6:7:5:3:6 chr14 98435696 . T C 3084.51 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010808;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.438;QD=61.3832;RBI=0.0612876;REFB=-0.100202;REVB=0.0603271;RO=1;SAF=94;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104969;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:201:1:0:201:201:1:107:94:0:1:107:94:0:0 chr14 98444369 . T C 1083.99 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224066;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.608;QD=60.2217;RBI=0.0248376;REFB=0;REVB=0.010717;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51484e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr14 98817896 . T C 851.65 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2979;QD=57.7389;RBI=0.0304191;REFB=0;REVB=-0.0126948;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143096;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr14 99182535 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00524475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.503;QD=11.6173;RBI=0.0214116;REFB=-0.0102141;REVB=-0.0207594;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905506;STB=0.552578;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0132897;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:24:10:7:12:24:10 chr14 99182559 . G A 383.29 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0790081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2439;QD=22.8832;RBI=0.0894097;REFB=-0.0397204;REVB=0.0418546;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133064;STB=0.566739;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0261722;OID=.;OPOS=99182559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:14:24:13:15:14:24:14:15 chr14 99864181 . C T 662.72 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0650973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3338;QD=18.8007;RBI=0.0706756;REFB=0.000242588;REVB=0.0275206;RO=74;SAF=36;SAR=31;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226309;STB=0.512533;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000552601;OID=.;OPOS=99864181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:31:36:38:36:31:36:38:36 chr14 99876505 . A G 76.97 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0150712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.27;QD=14.6611;RBI=0.0469387;REFB=-0.0252737;REVB=0.0444533;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0260762;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:6:4:4:6:6:5 chr14 100039109 . C G 320.0 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=109;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00644047;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.169;QD=11.6364;RBI=0.0147595;REFB=-0.00757931;REVB=-0.0132801;RO=69;SAF=21;SAR=18;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249865;STB=0.504585;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0137949;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:69:70:39:40:0.363636:18:21:37:32:18:22:38:32 chr14 100049433 . C G 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0216849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8829;QD=16.4113;RBI=0.0269995;REFB=-0.00122698;REVB=0.0160853;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09589;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.001382;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:6:10:10:4:6:10 chr14 100070030 . G A 210.76 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0213222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.866;QD=13.82;RBI=0.0323728;REFB=-0.0161533;REVB=0.024359;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162279;STB=0.576098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.034091;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:15:9:19:17:15:10:19:17 chr14 100141689 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9318;QD=59.0181;RBI=0.0503332;REFB=0;REVB=0.0496514;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377706;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr14 100411737 . C A 123.59 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0877085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0439;QD=14.5405;RBI=0.102914;REFB=-0.0295366;REVB=-0.0538379;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0225126;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:14:15:0.441176:7:7:9:9:7:8:9:10 chr14 100411767 . C T 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0457381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.98;QD=22.1431;RBI=0.0461517;REFB=-0.0271159;REVB=-0.00616502;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174678;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0258961;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:11:6:7:5:11:6:8:5 chr14 100411771 . T G 160.45 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.03345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.034;QD=21.3938;RBI=0.0342573;REFB=0.00261606;REVB=-0.00739302;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248947;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00145654;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:11:5:8:5:11:6:8:5 chr14 100411774 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.924;QD=56.7032;RBI=0.0217578;REFB=0;REVB=-0.00388413;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57134e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr14 100615665 . T C 1507.26 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.205;QD=58.5343;RBI=0.0298446;REFB=-0.086542;REVB=0.0256428;RO=1;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759185;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000214577;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:62:40:0:1:62:40:0:1 chr14 100615961 . C T 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0474966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9702;QD=16.3824;RBI=0.0762432;REFB=-0.0379643;REVB=0.0596415;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.044837;OID=.;OPOS=100615961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr14 100625902 . C T 178.29 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0643497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3405;QD=12.5114;RBI=0.0732392;REFB=-0.0168464;REVB=0.0349728;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273799;STB=0.673998;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0288519;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:34:35:21:22:0.385965:14:7:20:14:15:7:21:14 chr14 100758502 . G A 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.02501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2321;QD=60.7479;RBI=0.0253833;REFB=-0.0379862;REVB=-0.00433718;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=7.37123e-05;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:36:49:1:0:36:49:1:0 chr14 100758854 . CG C 36.62 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0890546;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.7631;QD=5.85926;RBI=0.113652;REFB=-0.117053;REVB=-0.0706124;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825183;STB=0.575618;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.0784094;OID=.;OPOS=100758855;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:26:10:25:15:3:7:3:12:36:13:3:7:3:10 chr14 100792482 . C A 1457.07 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497001;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.332;QD=63.3509;RBI=0.0596384;REFB=0;REVB=0.0329642;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143826;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:37:54:0:0:38:54:0:0 chr14 100808845 . G A 1453.17 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.161;QD=63.1813;RBI=0.0600817;REFB=0;REVB=0.049316;RO=0;SAF=23;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151977;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:69:23:0:0:69:23:0:0 chr14 100832391 . T C 999.57 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400838;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.397;QD=57.9463;RBI=0.0436232;REFB=-0.0557764;REVB=0.0172125;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000498407;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:36:31:0:1:37:31:0:1 chr14 100847523 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6567;QD=54.5158;RBI=0.0525081;REFB=0;REVB=0.0370699;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100568;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr14 100996312 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.916;QD=64.1516;RBI=0.0285075;REFB=0;REVB=-0.00595995;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66113e-05;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr14 101005215 . T C 537.31 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.474;QD=59.7011;RBI=0.0598372;REFB=0;REVB=0.0456804;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337872;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:15:16:0:0:19:17:0:0 chr14 101005236 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.652;QD=55.098;RBI=0.0423769;REFB=0;REVB=0.0228484;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133824;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr14 101138230 . A C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00736712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1133;QD=13.3339;RBI=0.0517212;REFB=-0.000551447;REVB=0.0511938;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403354;STB=0.523059;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00223376;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:18:21:13:13:18:21 chr14 101198417 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.32494e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.919;QD=63.5726;RBI=0.021919;REFB=0;REVB=0.0219189;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92345e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:48:46:0:0:49:47:0:0 chr14 101200645 . T C 220.56 PASS AF=0.863636;AO=16;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00510739;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.662;QD=40.1018;RBI=0.0365631;REFB=-0.16045;REVB=0.0362046;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.505149;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00577865;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:0:3:16:19:0.863636:5:11:0:0:7:12:2:1 chr14 101301038 . C G 285.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00208821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5604;QD=23.7553;RBI=0.0423739;REFB=-0.0109966;REVB=-0.0423224;RO=22;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170058;STB=0.594925;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0094641;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:9:17:10:12:9:17:10:12 chr14 101507727 . C T 984.81 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245382;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.072;QD=58.7946;RBI=0.027078;REFB=0;REVB=0.0114496;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.831e-05;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr14 101522556 . T C 1622.9 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.049;QD=60.1074;RBI=0.0244414;REFB=0;REVB=0.022145;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72993e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:56:51:0:0:57:51:0:0 chr14 102446161 . G A 1515.16 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4113;QD=63.1316;RBI=0.024243;REFB=0;REVB=-0.0219039;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69789e-05;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:50:43:0:0:50:46:0:0 chr14 102550803 . G A 158.53 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215343;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2817;QD=45.2945;RBI=0.0340687;REFB=0;REVB=-0.0263998;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160958;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:8:6:0:0 chr14 102568296 . G A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00156217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0633;QD=60.2413;RBI=0.0787914;REFB=-0.0930291;REVB=-0.0787759;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000478855;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:35:47:1:0:35:47:1:0 chr14 102568367 . T A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.974;QD=61.851;RBI=0.0166976;REFB=0;REVB=0.01041;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9122e-06;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr14 102792686 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.041194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0329;QD=18.8864;RBI=0.056429;REFB=-0.0619335;REVB=-0.0385654;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0370941;OID=.;OPOS=102792686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr14 102965367 . TCACCACACCACACCACACCA TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT 209.24 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=13,2;DP=17;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972802,0.21188;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=156.414,66.5906;QD=46.4978;RBI=0.12868,0.212535;REFB=0,0;REVB=0.084233,0.0166683;RO=0;SAF=11,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.02551,0.0252432;OID=.,.;OPOS=102965368,102965387;OREF=CACCA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:13,2:17:15,3:18:0:10,2:5,1:0:0:15:0:11,1:2,1:0:0 chr14 102965435 . A G 574.96 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9273;QD=60.5219;RBI=0.134539;REFB=0;REVB=0.13446;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140022;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 102965437 . A T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.657;QD=60.606;RBI=0.0442221;REFB=0;REVB=-0.0369253;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92873e-05;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 103161736 . A AG,G 1145.13 PASS AF=1,0;AO=70,8;DP=83;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256113,-0.00553168;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.603,5.1181;QD=57.2565;RBI=0.100223,0.160316;REFB=0,0;REVB=-0.0968956,-0.160221;RO=5;SAF=37,0;SAR=33,8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0343242,-0.814474;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000632352,0.0353141;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:80:5:0:70,8:80,0:1,0:33,8:37,0:4:1:42,0:38,0:0:0 chr14 103193028 . G A 327.38 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0520962;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3422;QD=17.4602;RBI=0.0521487;REFB=-0.0207256;REVB=0.00233974;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685532;STB=0.503838;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0232254;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:19:16:18:22:19:16:18:22 chr14 103195365 . G C 337.36 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00816933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.921;QD=13.1015;RBI=0.0240561;REFB=-0.0239298;REVB=-0.0226265;RO=62;SAF=26;SAR=14;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429142;STB=0.520538;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0331884;OID=.;OPOS=103195365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:63:40:40:0.38835:14:26:38:24:14:26:39:24 chr14 103196434 . A G 594.48 PASS AF=0.488;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.00722187;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.366;QD=19.0234;RBI=0.0103467;REFB=-0.0187688;REVB=-0.00740935;RO=63;SAF=35;SAR=26;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219915;STB=0.505887;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0212272;OID=.;OPOS=103196434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:63:64:61:61:0.488:26:35:36:27:26:35:36:28 chr14 103338324 . T A,TA 1474.39 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=91,13;DP=111;FAO=105,3;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=71,1;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118094,-0.0253537;FXX=0.0270246;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=32.2191,19.2909;QD=54.6069;RBI=0.0332804,0.0714754;REFB=0,0;REVB=0.0311147,0.0668275;RO=3;SAF=63,6;SAR=28,7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00181781,-0.0691109;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00835641,-0.0771863;OID=.,.;OPOS=103338324,103338325;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:111:108:3:0:91,13:105,3:0.972222,0.0277778:28,7:63,6:2:1:34,2:71,1:0:0 chr14 103342049 . T C 740.9 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767255;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.943;QD=56.9925;RBI=0.0113002;REFB=0;REVB=0.00829617;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7662e-05;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr14 103370119 . C T 620.61 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.878;QD=59.1055;RBI=0.051549;REFB=-0.116959;REVB=0.0341209;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000475309;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:0:1:21:20:0:1 chr14 103370163 . C T 700.39 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.835;QD=52.8594;RBI=0.0513969;REFB=-0.0270992;REVB=0.0497805;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000691139;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:1:1:51:52:0.981132:28:23:0:1:29:23:0:1 chr14 103440473 . G C 192.6 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00721676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.25;QD=13.7571;RBI=0.029586;REFB=-0.0190446;REVB=0.0286924;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496479;STB=0.517227;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.034694;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:13:9:12:21:14:9:12:21 chr14 103566785 . C T 548.22 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00888002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.459;QD=17.543;RBI=0.00960655;REFB=-0.0145337;REVB=0.00366484;RO=65;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168795;STB=0.508377;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0177546;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:67:58:58:0.464:32:26:28:37:32:26:29:38 chr14 103566835 . C G 516.02 PASS AF=0.440945;AO=53;DP=124;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0175247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.909;QD=16.2526;RBI=0.0186542;REFB=-0.0225569;REVB=-0.00639277;RO=71;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699426;STB=0.511517;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0233426;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:71:71:53:56:0.440945:31:22:29:42:32:24:29:42 chr14 103566904 . G A 466.48 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00171848;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.467;QD=19.2364;RBI=0.0226122;REFB=-0.0180273;REVB=0.0225468;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258495;STB=0.514382;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0164808;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:51:46:46:0.474227:24:22:23:28:24:22:23:28 chr14 103568614 . T A 668.1 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00316037;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.38;QD=21.0424;RBI=0.0126258;REFB=-0.0199475;REVB=0.0122239;RO=59;SAF=33;SAR=33;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124019;STB=0.559037;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.022324;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:59:61:66:66:0.519685:33:33:38:21:33:33:38:23 chr14 103568981 . A C 72.95 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0501852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.615;QD=11.2228;RBI=0.050445;REFB=-0.00746078;REVB=-0.00511252;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.576773;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0825952;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:26:16:16:9:10:0.384615:4:5:6:10:5:5:6:10 chr14 103576395 . G A 634.52 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0307407;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9939;QD=18.1291;RBI=0.0882033;REFB=-0.0334499;REVB=0.082673;RO=75;SAF=36;SAR=29;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984874;STB=0.554539;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0416959;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:75:75:65:65:0.464286:29:36:49:26:29:36:49:26 chr14 103576415 . A G 433.32 PASS AF=0.441441;AO=47;DP=109;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0416712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2564;QD=15.615;RBI=0.0425413;REFB=-0.0311115;REVB=-0.00856;RO=62;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153383;STB=0.569864;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0671298;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:62:62:47:49:0.441441:18:29:29:33:20:29:29:33 chr14 103576443 . TC CG 493.29 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00326652;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.557;QD=23.4899;RBI=0.00766772;REFB=-0.0152562;REVB=0.00693713;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175174;STB=0.596476;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0112549;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:38:46:46:0.547619:29:17:22:16:29:17:22:16 chr14 103576775 . C T 260.2 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0205388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.876;QD=16.7873;RBI=0.0205641;REFB=-0.0132471;REVB=0.00102122;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110855;STB=0.562003;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0129832;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:24:9:11:18:24:9 chr14 103593950 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0118376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.717;QD=17.9407;RBI=0.0119524;REFB=-0.0303454;REVB=0.00165265;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195137;STB=0.610575;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0212538;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:15:7:10:9:15:7 chr14 103602278 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0110929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.699;QD=13.2126;RBI=0.0187841;REFB=-0.00467147;REVB=0.0151588;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4956;STB=0.782281;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0100038;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:19:3:9:5:19:3 chr14 103808153 . A G 450.9 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0205271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.535;QD=19.1873;RBI=0.053959;REFB=-0.0284654;REVB=0.049902;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023583;STB=0.513121;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0177912;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:25:20:23:26:25:20:23:26 chr14 103808199 . T TAAAC 203.26 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00994808;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.385;QD=12.7036;RBI=0.0181026;REFB=0.0012649;REVB=-0.0151242;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249487;STB=0.518457;STBP=0.84;TYPE=ins;VARB=-0.00215178;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390625:24:67:25:64:39:11:14:16:23:99:41:10:14:18:23 chr14 103808472 . C T 139.95 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00545438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0209;QD=15.5505;RBI=0.0301315;REFB=0.00483923;REVB=-0.0296337;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.610979;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00483846;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:6:14:8:8:6:14 chr14 103852725 . C T 219.47 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0314182;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.91;QD=13.7166;RBI=0.0321524;REFB=-0.000791363;REVB=0.00683157;RO=38;SAF=7;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593395;STB=0.533997;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00102446;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:38:38:26:26:0.40625:19:7:12:26:19:7:12:26 chr14 103923475 . A G 220.93 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0661018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4831;QD=32.7306;RBI=0.0878606;REFB=-0.0922207;REVB=0.0578794;RO=7;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110283;STB=0.560722;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0318382;OID=.;OPOS=103923475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:7:7:20:20:0.740741:7:13:3:4:7:13:3:4 chr14 103934488 . T C 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00242557;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.89;QD=60.0686;RBI=0.00554835;REFB=-0.005729;REVB=-0.00499007;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-2.42566e-06;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:36:45:0:0:36:45:1:0 chr14 103979762 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0428014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5239;QD=11.1041;RBI=0.0428463;REFB=0.0045929;REVB=-0.00196267;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545736;STB=0.8119;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00351567;OID=.;OPOS=103979762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:0:10:3:4:0:10 chr14 103986255 . C T 565.31 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0220069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.537;QD=19.8354;RBI=0.0225717;REFB=-0.0372341;REVB=0.00501781;RO=56;SAF=27;SAR=29;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193321;STB=0.596459;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0347881;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:56:56:56:58:0.508772:29:27:39:17:29:29:39:17 chr14 103988180 . G T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0303;QD=23.2195;RBI=0.0195515;REFB=-0.113169;REVB=-0.0195515;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305704;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr14 103996396 . G A 1025.91 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.903;QD=59.4728;RBI=0.0510987;REFB=0;REVB=0.0301183;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195505;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr14 104001517 . G A 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=-0.00108084;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.703;QD=12.4018;RBI=0.0115592;REFB=-0.00774299;REVB=0.0115086;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366239;STB=0.711423;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0145404;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:5:11:26:2:5:11:27:2 chr14 104165753 . G A 258.95 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00666112;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.195;QD=23.0176;RBI=0.0387359;REFB=-0.0251865;REVB=-0.0381589;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010198;STB=0.505699;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0169202;OID=.;OPOS=104165753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:12:9:10:14:12:9 chr14 104167075 . C T 337.75 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0747862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6452;QD=16.0834;RBI=0.0778507;REFB=-0.00524492;REVB=-0.0216277;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213767;STB=0.610629;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0145252;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:20:16:31:16:20:17:31:16 chr14 104167545 . G A 206.0 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0115776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9525;QD=16.8162;RBI=0.0217187;REFB=-0.0015627;REVB=-0.0183756;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160798;STB=0.585279;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00321353;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:16:5:10:17:16:5:10:18 chr14 104167564 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0145917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.057;QD=9.49525;RBI=0.0166239;REFB=-0.0177235;REVB=-0.00796461;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133345;STB=0.581662;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.028579;OID=.;OPOS=104167564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:8:3:9:15:8:3:9:15 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 293.33 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.67606e-05;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=12;MLLD=462.17;QD=53.3322;RBI=0.00591939;REFB=0;REVB=0.00591876;RO=8;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.32886e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:30:22:22:0:15:7:0:0:4:8:15:7:8:0 chr14 104194196 . C G 3104.38 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.019;QD=61.7787;RBI=0.0227274;REFB=0;REVB=0.0161632;RO=0;SAF=110;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99253e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:200:201:1:90:110:0:0:90:111:0:0 chr14 104199356 . C T 301.51 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0213992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9141;QD=25.1258;RBI=0.0315631;REFB=-0.0149894;REVB=-0.0232015;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137052;STB=0.575981;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0117231;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:8:13:12:15:8:13 chr14 104199477 . C T 333.78 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00673091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.136;QD=21.8871;RBI=0.024227;REFB=-0.0185937;REVB=0.0232732;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167598;STB=0.501465;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0113834;OID=.;OPOS=104199477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:19:14:12:15:19:15:12:15 chr14 104429453 . A G 1457.96 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295201;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.875;QD=62.0409;RBI=0.0698391;REFB=-0.0433365;REVB=0.0632935;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000213124;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:1:93:93:0.989362:51:42:0:0:51:42:0:1 chr14 104465037 . T C 1054.2 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.044921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5004;QD=56.9837;RBI=0.0889393;REFB=-0.000733909;REVB=0.0767614;RO=1;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154986;STB=0.501912;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00134092;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:74:1:2:70:72:0.972973:40:30:1:0:41:31:1:1 chr14 104480071 . G A 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0178723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6713;QD=18.7765;RBI=0.0233565;REFB=-0.00479091;REVB=0.0150368;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250651;STB=0.638207;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00242195;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:3:23:17:9:3:23 chr14 104480201 . C A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5386;QD=59.4996;RBI=0.0158357;REFB=0;REVB=0.00117578;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36346e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr14 104571054 . C G 1383.14 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0153084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7746;QD=53.714;RBI=0.137311;REFB=-0.186082;REVB=-0.136455;RO=5;SAF=56;SAR=42;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404834;STB=0.521363;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0191939;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:5:5:98:98:0.951456:42:56:5:0:42:56:5:0 chr14 104641792 . C T 327.55 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00656014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.976;QD=22.9857;RBI=0.0395344;REFB=-0.0174509;REVB=0.0389863;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934601;STB=0.505152;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0106956;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:12:21:15:9:12:21:15:9 chr14 104642341 . A G 490.4 PASS AF=0.453782;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=52;FWDB=-0.0363837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.072;QD=16.484;RBI=0.0363907;REFB=-0.0132259;REVB=-0.000713421;RO=65;SAF=10;SAR=43;SRF=13;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179908;STB=0.51318;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0163331;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:65:65:53:54:0.453782:43:10:13:52:44:10:13:52 chr14 104643721 . C A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00976835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.478;QD=21.8712;RBI=0.0217172;REFB=-0.0368538;REVB=0.0193963;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241209;STB=0.51339;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0226059;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:10:13:15:13:10:13 chr14 104643859 . A G 108.09 PASS AF=0.371429;AO=10;DP=33;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00280406;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.769;QD=12.3536;RBI=0.0170763;REFB=-0.0298736;REVB=0.0168445;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434414;STB=0.628624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0522228;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:23:22:10:13:0.371429:2:8:10:13:5:8:9:13 chr14 104646326 . A C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0114812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.598;QD=15.626;RBI=0.011536;REFB=-0.018043;REVB=0.00112301;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.615243;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0284283;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:12:11:5:12:12:11 chr14 104646771 . T C 202.07 PASS AF=0.5;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.02914;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.207;QD=20.2073;RBI=0.106494;REFB=-0.0324322;REVB=-0.10243;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0343916;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:20:20:20:0.5:10:10:10:8:10:10:12:8 chr14 104647224 . C T 456.21 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0216497;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4862;QD=23.0995;RBI=0.0291237;REFB=-0.013807;REVB=-0.0194802;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287422;STB=0.521654;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0132759;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:35:44:44:0.556962:21:23:19:15:21:23:20:15 chr14 105054934 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0265354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.816;QD=10.1734;RBI=0.0284832;REFB=-0.0189397;REVB=-0.0103518;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33738;STB=0.713469;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0236872;OID=.;OPOS=105054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:5:4:1:5:5:4 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 151.36 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0126864;FXX=0.0821805;HRUN=1;LEN=9;MLLD=257.174;QD=9.03652;RBI=0.012893;REFB=-0.0086008;REVB=0.00229874;RO=21;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215254;STB=0.741461;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0178623;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298507:20:60:20:67:47:16:4:23:24:99:21:16:4:13:8 chr14 105058498 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00747315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.905;QD=17.3251;RBI=0.0141449;REFB=-0.0101539;REVB=0.0120096;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524023;STB=0.529946;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0193205;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:10:15:13:7:10:15 chr14 105167807 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.24;QD=58.2393;RBI=0.037846;REFB=0;REVB=0.0166536;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24445e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr14 105173653 . C T 623.03 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000584996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.042;QD=25.6919;RBI=0.00061757;REFB=-0.00977449;REVB=0.000197918;RO=40;SAF=26;SAR=30;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103262;STB=0.56124;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0103854;OID=.;OPOS=105173653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:41:56:56:0.57732:30:26:24:16:30:26:25:16 chr14 105177351 . CA C,CG 1510.51 PASS AF=0.941748,0.0582524;AO=95,7;DP=105;FAO=97,6;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=53,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166642,0.0196016;FXX=0.0190458;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.249,91.7868;QD=58.6608;RBI=0.0188141,0.0286134;REFB=0,0;REVB=-0.00873354,0.0208448;RO=0;SAF=43,3;SAR=52,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.67486e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000239895,0.0167637;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.941748,0.0582524:95,7:105:97,6:103:0:44,2:53,4:0:0:13:0:43,3:52,4:0:0 chr14 105179194 . T C 1437.74 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00065513;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.418;QD=63.1974;RBI=0.0172975;REFB=0;REVB=0.0172851;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12657e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr14 105180565 . T C 1314.92 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9772;QD=61.159;RBI=0.0434009;REFB=0;REVB=0.0100364;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189172;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:36:46:0:0:36:50:0:0 chr14 105180706 . A C 747.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.654;QD=56.3989;RBI=0.0165528;REFB=0;REVB=0.0132568;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296641;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:34:17:0:0:35:18:0:0 chr14 105196229 . CA C,CC 284.81 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=6,15;DP=23;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106403,0.0965384;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.7013,83.6637;QD=51.7841;RBI=0.114537,0.151961;REFB=0,0;REVB=0.0423934,0.117357;RO=0;SAF=2,8;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0177644,0.00677314;OID=.,.;OPOS=105196230,105196230;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:6,15:23:1,21:22:0:1,9:0,12:0:0:7:0:2,8:4,7:0:0 chr14 105196235 . G A 360.83 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0424397;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.432;QD=49.7693;RBI=0.0736559;REFB=0.034489;REVB=0.0602002;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.538433;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00010128;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:1:2:27:27:0.931034:15:12:1:0:15:12:2:0 chr14 105196365 . T C 1529.94 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7067;QD=63.7474;RBI=0.0375263;REFB=0;REVB=-0.00158598;RO=0;SAF=30;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129832;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:65:30:0:0:65:31:0:0 chr14 105211221 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.011;QD=63.8719;RBI=0.0150236;REFB=0;REVB=0.0132362;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84816e-05;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr14 105213343 . A G 703.42 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5957;QD=55.17;RBI=0.0911692;REFB=-0.103773;REVB=0.00454331;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00616473;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:50:51:1:28:22:1:0:28:23:0:0 chr14 105220209 . G GA 1304.17 PASS AF=1;AO=20;DP=128;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699716;FXX=0.131137;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.715;QD=49.2139;RBI=0.0870767;REFB=0;REVB=-0.0518298;RO=108;SAF=18;SAR=2;SRF=27;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.712292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00168684;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:128:106:106:0:38:68:0:0:8:108:18:2:27:81 chr14 105220210 . G A 1337.61 PASS AF=0.844262;AO=101;DP=122;FAO=103;FDP=122;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=78;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0311314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.522;QD=43.8562;RBI=0.0462133;REFB=-0.171966;REVB=0.0341541;RO=20;SAF=23;SAR=78;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252401;STB=0.612268;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00338919;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:122:122:20:19:101:103:0.844262:78:23:18:2:78:25:16:3 chr14 105222037 . C T 3308.72 PASS AF=0.986301;AO=215;DP=220;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0528635;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.607;QD=60.4333;RBI=0.0560541;REFB=-0.118148;REVB=0.0186416;RO=3;SAF=111;SAR=104;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135421;STB=0.507108;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000778974;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:219:3:3:215:216:0.986301:104:111:0:3:104:112:0:3 chr14 105233129 . C T 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0227036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.588;QD=22.3959;RBI=0.0228183;REFB=-0.0156387;REVB=-0.00228478;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00974236;OID=.;OPOS=105233129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:10:9:10:12:10:9 chr14 105239894 . C T 342.58 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.442;QD=52.7041;RBI=0.0646334;REFB=0;REVB=0.0421541;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111951;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:14:9:0:0:15:11:0:0 chr14 105393556 . G C 165.12 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0306892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.92;QD=12.4622;RBI=0.034227;REFB=-0.0117165;REVB=-0.0151546;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094944;STB=0.55486;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0273131;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:21:12:9:11:21:12 chr14 105405599 . G C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00288738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.364;QD=23.8319;RBI=0.00413928;REFB=-0.00381878;REVB=0.00296592;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618501;STB=0.533963;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00269359;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:20:18:15:12:20:18:15:12 chr14 105405942 . G A 344.46 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0786448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.482;QD=24.1728;RBI=0.0787106;REFB=-0.0493958;REVB=0.00321698;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16066;STB=0.591497;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.025703;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:14:20:8:14:14:21:8:14 chr14 105406238 . A C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0207153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.165;QD=20.8931;RBI=0.0287459;REFB=-0.024775;REVB=-0.0199299;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0286446;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:4:2:6:4:4:2 chr14 105406401 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0143461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.165;QD=14.7015;RBI=0.0146941;REFB=-0.011905;REVB=0.00317909;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234756;STB=0.636143;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0148424;OID=.;OPOS=105406401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:10:5:7:5:10:5 chr14 105407031 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0303958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.118;QD=25.4671;RBI=0.0585753;REFB=-0.0297991;REVB=0.0500716;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112573;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:1:2:6:3:1:2 chr14 105407208 . T C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.012149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.782;QD=13.7515;RBI=0.0223286;REFB=-0.00040163;REVB=0.0187341;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892121;STB=0.561719;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000628792;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:6:9:15:7:6:9:16:7 chr14 105407798 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00787343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.199;QD=12.3289;RBI=0.0176004;REFB=0.0103495;REVB=0.0157411;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.042314;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:10:7:5:6:10:7 chr14 105408030 . A G 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00763402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.553;QD=18.7099;RBI=0.017261;REFB=-0.00281496;REVB=-0.015481;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507894;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00374351;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:7:11:10:8:7:11:11:8 chr14 105408182 . T G 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00320475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.438;QD=13.0527;RBI=0.0337032;REFB=-0.0131764;REVB=0.0335505;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0215082;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:15:20:11:12:15:20 chr14 105408315 . T C 394.41 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0317077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.0305;QD=19.9702;RBI=0.0317081;REFB=0.0198828;REVB=-0.000142725;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152079;STB=0.558833;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0287895;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:39:40:40:0.506329:18:22:26:10:18:22:26:13 chr14 105408805 . A G 140.4 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0686446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.186;QD=10.4003;RBI=0.0711094;REFB=-0.0195793;REVB=-0.0185598;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470398;STB=0.540438;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0549951;OID=.;OPOS=105408805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:18:19:0.351852:6:12:22:13:6:13:22:13 chr14 105408811 . A G 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00155482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.942;QD=9.8863;RBI=0.050866;REFB=-0.0144104;REVB=-0.0508422;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338725;STB=0.532752;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0427505;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:39:19:19:0.327586:6:13:25:13:6:13:25:14 chr14 105408827 . A C 147.86 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0303586;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1091;QD=9.38789;RBI=0.0495364;REFB=-0.0178277;REVB=0.0391434;RO=44;SAF=14;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548138;STB=0.520425;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0551127;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:43:20:20:0.31746:6:14:29:15:6:14:29:14 chr14 105408955 . A G 147.65 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0103541;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.609;QD=10.5466;RBI=0.0684252;REFB=-0.0238326;REVB=-0.0676372;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497195;STB=0.529153;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0465688;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:23:14:8:11:23:14 chr14 105409959 . G T 636.68 PASS AF=0.579439;AO=57;DP=102;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0738466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0958;QD=23.801;RBI=0.0891203;REFB=-0.0167577;REVB=0.0498908;RO=45;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191061;STB=0.585162;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0146694;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:45:45:57:62:0.579439:35:22:28:17:36:26:28:17 chr14 105410183 . T C 169.39 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00357609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.205;QD=16.5261;RBI=0.00756901;REFB=-0.0055475;REVB=0.00667095;RO=22;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393467;STB=0.721368;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0119589;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:15:3:11:11:15:3:11:12 chr14 105410411 . C T 254.4 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.011254;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.33;QD=17.5448;RBI=0.0178572;REFB=-0.00182788;REVB=-0.0138646;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00175554;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:28:30:28:28:0.482759:11:17:17:11:11:17:17:13 chr14 105410775 . A G 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0246091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.447;QD=23.0011;RBI=0.0246607;REFB=0.00100372;REVB=-0.00159489;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134403;STB=0.507437;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000561263;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:11:11:15:14:11:11 chr14 105410827 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00284541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.506;QD=15.5688;RBI=0.00999321;REFB=-0.00578323;REVB=0.00957956;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167456;STB=0.594528;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0067454;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:21:14:16:12:21:14 chr14 105411700 . A G 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0286699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4411;QD=17.5872;RBI=0.0306625;REFB=-0.0313174;REVB=0.0108734;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176371;STB=0.599913;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.021107;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:19:9:11:11:19:9 chr14 105411781 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0304103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.345;QD=17.4545;RBI=0.0414154;REFB=-0.020031;REVB=0.0281149;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646628;STB=0.536301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0183875;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:13:16:13:14:13:16 chr14 105412259 . GG CC 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00606191;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=93.8055;QD=22.0085;RBI=0.00854888;REFB=-0.0233963;REVB=-0.00602798;RO=31;SAF=27;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202187;STB=0.612029;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.0216468;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:11:27:15:16:11:27:15:16 chr14 105413142 . TG CA 35.08 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00822516;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.571;QD=1.82209;RBI=0.0100605;REFB=-0.003821;REVB=-0.00579305;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967672;STB=0.571254;STBP=0.701;TYPE=mnp;VARB=0.0265578;OID=.;OPOS=105413142;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:79:77:67:69:8:8:0.103896:4:4:28:39:4:4:29:40 chr14 105413204 . G T 395.96 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00227823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.807;QD=20.3055;RBI=0.0240308;REFB=0.00492637;REVB=0.0239226;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450927;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00306531;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:21:19:20:18:21:19:20:18 chr14 105413223 . A G 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00972916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.572;QD=18.3096;RBI=0.0135375;REFB=-0.00282665;REVB=-0.0094132;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886939;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00256142;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:17:20:22:18:17:20:22:18 chr14 105414238 . C A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00991036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.283;QD=17.4276;RBI=0.034156;REFB=-0.0226058;REVB=0.0326867;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173234;STB=0.609021;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0303335;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:11:7:13:10:12:7:13:10 chr14 105414252 . C T 243.56 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.170215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9986;QD=22.142;RBI=0.172043;REFB=0.0105636;REVB=0.025015;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578724;STB=0.544012;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00985779;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:20:22:22:0.5:13:9:5:10:13:9:10:10 chr14 105414280 . T G 217.57 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0414036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5929;QD=17.4054;RBI=0.0498515;REFB=-0.0107437;REVB=-0.0277652;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138237;STB=0.578874;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0175177;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:14:14:14:8:14:14 chr14 105414629 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00585935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.434;QD=22.3968;RBI=0.0135955;REFB=-0.00897048;REVB=0.012268;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885669;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00793926;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:10:12:11:14:10:13 chr14 105414790 . A G 358.33 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0475014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2672;QD=16.1048;RBI=0.0579606;REFB=0.00122774;REVB=-0.0332122;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109942;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000832223;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:50:38:39:0.438202:17:21:26:22:18:21:28:22 chr14 105414810 . C G 336.79 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0630982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.489;QD=14.8039;RBI=0.0636232;REFB=-0.00230323;REVB=-0.00815585;RO=53;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999768;STB=0.551285;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00262849;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:16:21:25:28:16:21:26:28 chr14 105415352 . G C 513.85 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00940014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.96;QD=17.4185;RBI=0.010787;REFB=-0.0252794;REVB=-0.00529123;RO=63;SAF=31;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842824;STB=0.546872;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0169609;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:24:31:30:33:24:31:30:33 chr14 105415422 . G A 412.69 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.00921972;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.441;QD=13.3124;RBI=0.0219981;REFB=-0.00770506;REVB=0.0199728;RO=72;SAF=21;SAR=27;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182731;STB=0.601755;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0106564;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:76:48:48:0.387097:27:21:44:28:27:21:46:30 chr14 105415431 . C G 58.45 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=122;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=0.00220967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.561;QD=1.91623;RBI=0.00868681;REFB=0.000588885;REVB=-0.00840108;RO=108;SAF=7;SAR=7;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102148;STB=0.573667;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0108756;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:122:122:108:108:14:14:0.114754:7:7:63:45:7:7:63:45 chr14 105415433 . T C 58.93 PASS AF=0.115702;AO=14;DP=122;FAO=14;FDP=121;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=-0.00197222;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.865;QD=1.94808;RBI=0.0367915;REFB=-0.0046876;REVB=-0.0367386;RO=107;SAF=7;SAR=7;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120739;STB=0.586657;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0379549;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:122:121:107:107:14:14:0.115702:7:7:64:43:7:7:64:43 chr14 105415469 . T C 777.12 PASS AF=0.6;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=120;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0269401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9713;QD=25.904;RBI=0.0294566;REFB=-0.000645169;REVB=0.0119132;RO=47;SAF=36;SAR=36;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178431;STB=0.599973;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000453501;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:47:48:72:72:0.6:36:36:35:12:36:36:36:12 chr14 105415497 . T C 182.15 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.0135454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.19;QD=6.87376;RBI=0.0158613;REFB=-0.00345406;REVB=-0.00825249;RO=79;SAF=14;SAR=13;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191785;STB=0.614599;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0111854;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:79:79:27:27:0.254717:13:14:53:26:13:14:53:26 chr14 105415577 . G A 131.93 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0142361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1142;QD=7.64805;RBI=0.0146051;REFB=-0.00683638;REVB=0.00326202;RO=50;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199203;STB=0.619215;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0339761;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:10:9:32:18:10:9:32:18 chr14 105415587 . G A 93.37 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.036323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.868;QD=6.43917;RBI=0.0422699;REFB=-0.00165438;REVB=0.0216192;RO=44;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276573;STB=0.669631;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00155103;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:8:6:29:15:8:6:29:15 chr14 105415608 . G C 207.01 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00718614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.623;QD=17.2512;RBI=0.019001;REFB=-0.0214719;REVB=0.0175897;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265418;STB=0.631458;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0196847;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:22:21:0.4375:13:9:18:8:12:9:18:9 chr14 105415659 . G A 217.57 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0424587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1974;QD=22.9025;RBI=0.0822944;REFB=-0.0154235;REVB=0.0704956;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210514;STB=0.618066;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0135196;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:10:7:14:7:10:7 chr14 105416010 . T C 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00679144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.827;QD=15.4097;RBI=0.0100938;REFB=-0.00121176;REVB=-0.00746733;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471589;STB=0.526679;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00165488;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:16:18:13:14:16:18 chr14 105416087 . C T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0269092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3751;QD=14.6679;RBI=0.0344271;REFB=0.00242718;REVB=0.0214737;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310325;STB=0.661854;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00249459;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:7:17:12:18:7:17:14:18 chr14 105416220 . T A 248.41 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0189754;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.898;QD=13.8007;RBI=0.0252424;REFB=-0.00133613;REVB=0.0166468;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164912;STB=0.594109;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00176401;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:29:29:0.402778:11:18:20:23:11:18:20:23 chr14 105416230 . A G 258.38 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0723028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7456;QD=14.3542;RBI=0.075782;REFB=-0.0282025;REVB=-0.0226985;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176536;STB=0.586534;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0620478;OID=.;OPOS=105416230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:42:30:30:0.416667:12:18:17:23:12:18:19:23 chr14 105416685 . C G 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00459958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6688;QD=4.41845;RBI=0.0492303;REFB=-0.00810492;REVB=-0.0490149;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143115;STB=0.596741;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0254157;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:14:17:3:4:14:17 chr14 105417036 . G C 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0521;QD=52.582;RBI=0.0136907;REFB=0;REVB=-0.0119383;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103773;OID=.;OPOS=105417036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 105417629 . G C 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0361801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.301;QD=3.76494;RBI=0.0504755;REFB=-0.0111082;REVB=-0.0351963;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20236;STB=0.638462;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0505854;OID=.;OPOS=105417629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:20:10:3:3:20:10 chr14 105417639 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0262339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.645;QD=4.01764;RBI=0.0886386;REFB=-0.000354409;REVB=-0.0846675;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217102;STB=0.646611;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000522376;OID=.;OPOS=105417639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:19:9:3:3:19:9 chr14 105417641 . T C 42.2 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0198063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6191;QD=4.68898;RBI=0.0249948;REFB=-0.0341218;REVB=-0.0152464;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105426;STB=0.570055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0378527;OID=.;OPOS=105417641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:19:10:3:4:19:10 chr14 105417650 . G A 50.9 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.013758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.781;QD=5.50265;RBI=0.0694321;REFB=-0.0154222;REVB=0.0680553;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229554;STB=0.503588;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374518;OID=.;OPOS=105417650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:37:28:29:8:8:0.216216:3:5:18:10:3:5:18:11 chr14 105417894 . C G 177.56 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0239647;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.648;QD=20.2921;RBI=0.0320441;REFB=-0.0185812;REVB=0.0212724;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123057;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0155761;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:10:7:10:8:10:7 chr14 105418166 . T C 37.76 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0110668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.762;QD=2.18892;RBI=0.0374043;REFB=-0.000820963;REVB=-0.0357297;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139882;STB=0.617886;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0234194;OID=.;OPOS=105418166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:69:57:61:8:8:0.115942:5:3:28:29:5:3:31:30 chr14 105418170 . G C 58.16 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0344801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8368;QD=3.27655;RBI=0.0592981;REFB=0.000644264;REVB=0.048243;RO=60;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972109;STB=0.566207;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=2.58325e-05;OID=.;OPOS=105418170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:5:6:28:32:5:6:28:32 chr14 105418234 . GA AT 99.24 PASS AF=0.177083;AO=16;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0602493;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=87.9498;QD=4.13497;RBI=0.0739836;REFB=-0.00741058;REVB=-0.0429371;RO=47;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31683;STB=0.578014;STBP=0.52;TYPE=mnp;VARB=0.0230298;OID=.;OPOS=105418234;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:79:16:17:0.177083:7:9:14:33:7:10:39:40 chr14 105418260 . T A 88.5 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00986153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.842;QD=3.61241;RBI=0.0103275;REFB=-0.00239314;REVB=0.0030671;RO=82;SAF=10;SAR=6;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188094;STB=0.624844;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00601917;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:82:82:16:16:0.163265:6:10:39:43:6:10:39:43 chr14 105418264 . G A 476.47 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00630292;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.855;QD=20.2753;RBI=0.00651468;REFB=-0.01665;REVB=-0.00164748;RO=47;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600093;STB=0.543459;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0171225;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:48:45:46:0.489362:21:24:22:25:21:25:22:26 chr14 105418269 . G A 89.0 PASS AF=0.163265;AO=15;DP=99;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00277695;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4588;QD=3.63271;RBI=0.00558909;REFB=0.000128135;REVB=-0.00485041;RO=82;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268234;STB=0.61524;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00244966;OID=.;OPOS=105418269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:99:98:82:82:15:16:0.163265:5:10:37:45:6:10:40:42 chr14 105418275 . T C 85.82 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0230901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.129;QD=3.33291;RBI=0.0232743;REFB=0.00277522;REVB=0.00292212;RO=84;SAF=10;SAR=6;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201539;STB=0.629379;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0138409;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:84:87:16:16:0.15534:6:10:39:45:6:10:41:46 chr14 105418344 . T G 295.43 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0181235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4388;QD=15.3469;RBI=0.0314943;REFB=0.00434583;REVB=-0.0257571;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221904;STB=0.632944;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.012542;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:10:23:21:22:10:23:21:23 chr14 105418391 . C T 183.56 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00899384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.66;QD=11.8427;RBI=0.01707;REFB=-0.0143356;REVB=0.0145085;RO=38;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355356;STB=0.713268;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0216777;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:6:17:16:22:6:17:16:23 chr14 105418502 . G T 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000503455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.091;QD=7.71667;RBI=0.000582152;REFB=0.00268957;REVB=-0.000292291;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216774;STB=0.513487;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.020399;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:14:13:5:5:14:13 chr14 105418504 . G T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00338094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.227;QD=13.2107;RBI=0.0186354;REFB=0.00203984;REVB=-0.0183262;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749621;STB=0.543937;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00491818;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:11:11:6:8:11:11 chr14 105418521 . G C 42.52 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0347717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.045;QD=5.00198;RBI=0.0367125;REFB=-0.0230725;REVB=-0.0117786;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150496;STB=0.599718;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0510416;OID=.;OPOS=105418521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:15:12:4:3:15:12 chr14 105418638 . A G 251.92 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00197146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.643;QD=27.2348;RBI=0.0247594;REFB=-0.0130759;REVB=0.0246808;RO=14;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128079;STB=0.553144;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00907264;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:6:16:8:6:7:16:8:6 chr14 105419234 . T C 254.6 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0289403;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1065;QD=15.2002;RBI=0.0345899;REFB=-0.000721462;REVB=-0.0189451;RO=38;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218763;STB=0.624623;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000136009;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:8:21:20:18:8:21:20:18 chr14 105419557 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00267323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.083;QD=19.0179;RBI=0.00369455;REFB=-0.0112872;REVB=-0.0025502;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328705;STB=0.684466;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0101189;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:2:12:7:8:2:12 chr14 105419559 . A G 140.33 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00632331;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8228;QD=19.3556;RBI=0.130472;REFB=-0.0330821;REVB=-0.130319;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234872;STB=0.684466;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0227763;OID=.;OPOS=105419559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:10:14:15:15:0.517241:7:8:2:8:7:8:2:12 chr14 105419568 . A G 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.011749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.767;QD=21.2683;RBI=0.0435171;REFB=-0.00465732;REVB=-0.0419011;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307609;STB=0.67146;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.014417;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:2:12:8:9:2:12 chr14 105420215 . T C 451.76 PASS AF=0.729167;AO=36;DP=49;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0027383;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.534;QD=37.6467;RBI=0.0270797;REFB=-0.0206727;REVB=0.0269409;RO=13;SAF=14;SAR=22;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220176;STB=0.503815;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00623104;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:13:13:36:35:0.729167:22:14:5:8:22:13:5:8 chr14 105461067 . C T 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00799745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.065;QD=16.6309;RBI=0.010533;REFB=0.00820115;REVB=0.00685459;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272587;STB=0.653035;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00853702;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:22:12:26:15:22:12:26:15 chr14 105477180 . A G 240.52 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00581056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2435;QD=12.1781;RBI=0.0213359;REFB=-0.0196123;REVB=0.0205294;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110196;STB=0.505297;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0139943;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:48:50:29:29:0.367089:16:13:22:26:16:13:22:28 chr14 105477613 . T C 82.86 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00040716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.175;QD=10.044;RBI=0.00246752;REFB=-0.0224834;REVB=-0.00243369;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230451;STB=0.563101;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0177771;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:33:20:22:10:11:0.333333:7:3:10:10:7:4:10:12 chr14 105518336 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.818;QD=53.2772;RBI=0.049116;REFB=0;REVB=0.0277553;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325156;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr14 105609335 . A G 417.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00290911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.627;QD=53.9293;RBI=0.0788437;REFB=-0.0779551;REVB=-0.07879;RO=1;SAF=26;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176011;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000170877;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:4:26:1:0:4:26:1:0 chr14 105611282 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.741;QD=64.1538;RBI=0.0141977;REFB=0;REVB=0.0104989;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27605e-05;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr14 105617042 . C T 754.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.934;QD=56.9225;RBI=0.0362994;REFB=0;REVB=0.0241263;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230188;OID=.;OPOS=105617042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr14 105639491 . A G 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0617685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7283;QD=18.073;RBI=0.062961;REFB=-0.0135863;REVB=0.0121962;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129524;STB=0.507242;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0122079;OID=.;OPOS=105639491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:13:18:17:13:13:18 chr14 105643619 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.968;QD=46.848;RBI=0.0236003;REFB=0;REVB=0.0224882;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128602;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr14 105643652 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.594;QD=33.4257;RBI=0.076417;REFB=0;REVB=0.0652556;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452827;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr14 105916420 . C T 898.71 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000163772;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.12;QD=53.6546;RBI=0.0287451;REFB=-0.141467;REVB=0.0287447;RO=3;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343126;STB=0.518196;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.000133425;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:20:44:1:2:20:44:1:2 chr14 105930406 . G A 260.5 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00729973;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.715;QD=16.5398;RBI=0.00756992;REFB=-0.020941;REVB=-0.00200443;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644211;STB=0.536207;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0226972;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:13:21:16:13:13:21 chr14 105935824 . G A 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.695;QD=61.672;RBI=0.00343021;REFB=0;REVB=-0.00283439;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76606e-06;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr14 105953595 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.905;QD=50.4133;RBI=0.119353;REFB=0;REVB=-0.106386;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183276;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr14 105962234 . T C 817.53 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.895;QD=57.3702;RBI=0.0319506;REFB=0;REVB=-0.0310371;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52521e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr14 105962369 . A G 906.1 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.801;QD=57.5304;RBI=0.0109816;REFB=0;REVB=0.00644406;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277892;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:60:63:1:38:22:0:0:40:23:0:0 chr14 105995534 . G A 127.95 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0040616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.177;QD=20.4717;RBI=0.0487249;REFB=0.000760219;REVB=0.0485554;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127847;STB=0.540481;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000129794;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:4:10:7:3:4:10:7:4 chr14 106053491 . C T 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00273148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.487;QD=34.6087;RBI=0.0115195;REFB=-0.0286966;REVB=0.011191;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.615301;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00432491;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:8:9:25:25:0.735294:15:10:0:8:15:10:0:9 chr14 106053559 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0129726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.838;QD=5.44288;RBI=0.0248281;REFB=0.00724324;REVB=-0.0211695;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265763;STB=0.676956;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0129284;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:3:16:4:2:3:17 chr14 106053975 . G A 502.26 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0172878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7338;QD=24.8031;RBI=0.0443638;REFB=-0.0302482;REVB=0.0408568;RO=34;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00436765;STB=0.502391;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0143071;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:21:26:19:15:21:26:19:15 chr14 106054428 . C G 34.74 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00414869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.551;QD=5.14634;RBI=0.0297569;REFB=-0.00742041;REVB=-0.0294662;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502872;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.108869;OID=.;OPOS=106054428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:20:21:6:6:0.222222:5:1:12:8:5:1:12:9 chr14 106054456 . A G 148.66 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0644009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1275;QD=10.8113;RBI=0.0812965;REFB=-0.019836;REVB=-0.0496149;RO=35;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344943;STB=0.698219;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0353118;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:36:19:19:0.345455:15:4:17:18:15:4:17:19 chr14 106054568 . A G 883.69 PASS AF=0.5625;AO=80;DP=143;FAO=81;FDP=144;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0139194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.318;QD=24.547;RBI=0.0187287;REFB=-0.036912;REVB=-0.0125305;RO=62;SAF=49;SAR=31;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193911;STB=0.610673;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0331704;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:62:63:80:81:0.5625:31:49:23:39:31:50:23:40 chr14 106066454 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.749;QD=58.0603;RBI=0.019825;REFB=0;REVB=0.0186391;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07885e-05;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr14 106066690 . A C 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0304549;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.354;QD=12.3654;RBI=0.0399176;REFB=-0.0183865;REVB=0.0258052;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0200578;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:5:2:5:5:5:2:4:5 chr14 106067298 . T C 165.18 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0073239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=15.0161;RBI=0.00877506;REFB=-0.00583226;REVB=0.00483343;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171346;STB=0.610988;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00901214;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:7:10:11:15:7:11:11:15 chr14 106067958 . C T 708.21 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00081217;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.578;QD=19.6725;RBI=0.0274972;REFB=-0.0190458;REVB=-0.0274852;RO=71;SAF=44;SAR=26;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165473;STB=0.602225;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0211494;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:71:74:70:70:0.486111:26:44:32:39:26:44:32:42 chr14 106090823 . A G 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0220089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1856;QD=2.03238;RBI=0.0241538;REFB=-0.000765289;REVB=-0.0099508;RO=64;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738987;STB=0.555419;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00233809;OID=.;OPOS=106090823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:4:4:28:36:4:4:28:36 chr14 106090846 . T C 400.23 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0126852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.186;QD=15.8505;RBI=0.0130702;REFB=-1.70458e-05;REVB=-0.00314893;RO=57;SAF=25;SAR=19;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602622;STB=0.533833;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=6.09325e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:19:25:29:28:19:25:29:28 chr14 106090927 . G T 3220.14 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.893;QD=61.9258;RBI=0.0267784;REFB=0;REVB=0.00187496;RO=0;SAF=128;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34104e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:208:0:0:205:208:1:77:128:0:0:80:128:0:0 chr14 106091329 . G C 766.92 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00498574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1648;QD=21.1563;RBI=0.0106012;REFB=-0.00955974;REVB=-0.00935559;RO=71;SAF=33;SAR=41;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421218;STB=0.523169;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00628706;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:71:74:74:0.510345:41:33:35:36:41:33:35:36 chr14 106091504 . A G 274.94 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00872853;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.528;QD=21.5642;RBI=0.00873566;REFB=-0.00179392;REVB=0.000352935;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398445;STB=0.533216;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00152735;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:13:15:14:10:13:15:14:9 chr14 106091555 . C T 308.74 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0190961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.552;QD=28.7203;RBI=0.0422719;REFB=-0.0335927;REVB=0.0377128;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197508;STB=0.612164;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0152947;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:26:27:0.627907:14:12:12:4:15:12:12:4 chr14 106091697 . T C 196.52 PASS AF=0.536585;AO=19;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.015761;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5956;QD=19.173;RBI=0.0165848;REFB=-0.0246031;REVB=0.00516196;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168217;STB=0.662177;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0456444;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:13:19:19:22:0.536585:5:14:7:6:5:17:9:10 chr14 106091743 . CA C,CG,GC 221.76 PASS AF=0.617647,0,0;AO=17,2,3;DP=35;FAO=21,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=16,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00647332,-0.00585976,-0.0714555;FXX=0.0285633;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=119.383,113.909,49.5427;QD=26.0898;RBI=0.0228883,0.0220924,0.0872128;REFB=-0.0393039,-0.0313966,-0.025247;REVB=-0.0219538,-0.0213011,-0.0500018;RO=13;SAF=12,2,3;SAR=5,0,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.203883,0.569211,0.64472;STB=0.635622,0.5,0.5;STBP=0.072,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0183555,0,0.0524385;OID=.,.,.;OPOS=106091744,106091744,106091743;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GC;OMAPALT=C,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:17,2,3:21,0,0:0.617647,0,0:5,0,0:12,2,3:6:7:5,0,0:16,0,0:6:7 chr14 106092152 . G A 522.36 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00994634;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.547;QD=16.8502;RBI=0.0285759;REFB=-0.00961957;REVB=0.026789;RO=67;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744379;STB=0.537559;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0130785;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:68:56:56:0.451613:25:31:32:35:25:31:33:35 chr14 106092383 . C G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3116;QD=49.5888;RBI=0.064614;REFB=0;REVB=0.0332671;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000798224;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr14 106109573 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000269899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.383;QD=17.4276;RBI=0.0251267;REFB=-0.0059007;REVB=0.0251253;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.599886;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0090985;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:15:8:4:15:15:8 chr14 106109752 . A C 1319.44 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320962;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3154;QD=62.0915;RBI=0.0331332;REFB=0;REVB=0.00822451;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021158;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:40:45:0:0 chr14 106110057 . G A 1221.37 PASS AF=0.512821;AO=117;DP=233;FAO=120;FDP=234;FR=.;FRO=114;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=0.0468238;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5841;QD=20.8781;RBI=0.0477233;REFB=-0.0116996;REVB=0.00922188;RO=116;SAF=62;SAR=55;SRF=41;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159279;STB=0.584027;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00979517;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:116:114:117:120:0.512821:55:62:41:75:56:64:41:73 chr14 106110137 . C T 731.56 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0111657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.227;QD=23.2241;RBI=0.0116362;REFB=-0.00920849;REVB=0.00327516;RO=53;SAF=26;SAR=44;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242571;STB=0.628535;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127877;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:53:56:70:70:0.555556:44:26:36:17:44:26:37:19 chr14 106110914 . G T 846.94 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.00185441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.397;QD=24.91;RBI=0.0112795;REFB=-0.0172782;REVB=0.011126;RO=58;SAF=21;SAR=57;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332529;STB=0.68177;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170756;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:58:58:78:78:0.573529:57:21:39:19:57:21:39:19 chr14 106110966 . C T 562.99 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=134;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0409751;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.609;QD=17.0603;RBI=0.0462885;REFB=-0.00677043;REVB=-0.021533;RO=70;SAF=39;SAR=20;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332907;STB=0.693007;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100419;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:70:72:59:60:0.454545:20:39:22:48:20:40:22:50 chr14 106173790 . A G 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0692515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5544;QD=13.2224;RBI=0.0692697;REFB=-0.0333163;REVB=-0.00158609;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222777;STB=0.636248;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0409392;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:16:8:19:16:16:8:20:16 chr14 106174261 . C G 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00391861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.954;QD=16.8944;RBI=0.0133598;REFB=-0.00549028;REVB=-0.0127721;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212316;STB=0.511919;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00472766;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:20:17:14:18:20:17 chr14 106188230 . C T 152.74 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0804005;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=11.5273;RBI=0.0806888;REFB=-0.00148822;REVB=0.00681567;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932609;STB=0.554398;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00329213;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:19:15:10:9:19:15 chr14 106204113 . C T 579.22 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0127291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.133;QD=18.6843;RBI=0.0144022;REFB=-0.0108216;REVB=0.00673746;RO=63;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227779;STB=0.516661;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0104957;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:63:64:60:60:0.483871:29:31:31:32:29:31:31:33 chr14 106207843 . T C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.854;QD=54.4795;RBI=0.0258654;REFB=0.0276148;REVB=0.0134392;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000880854;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr14 106207862 . G C 231.67 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0140931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.318;QD=14.7091;RBI=0.015958;REFB=-0.0147859;REVB=-0.00748621;RO=36;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352629;STB=0.687364;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0158121;OID=.;OPOS=106207862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:36:36:25:27:0.428571:8:17:12:24:9:18:12:24 chr14 106209119 . T C 1464.7 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.383;QD=62.3277;RBI=0.0188568;REFB=0;REVB=0.0045607;RO=1;SAF=61;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44744e-05;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:94:1:0:93:94:1:32:61:1:0:32:62:0:0 chr14 106209340 . T C 1028.87 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203508;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.868;QD=57.9647;RBI=0.0377133;REFB=-0.00866699;REVB=0.0376584;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519054;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:71:1:0:69:71:1:31:38:0:1:32:39:0:0 chr14 106235611 . A T 148.99 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0131703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.595;QD=7.94613;RBI=0.0424048;REFB=-0.0254921;REVB=-0.0403077;RO=54;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271388;STB=0.661962;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0508122;OID=.;OPOS=106235611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:54:54:21:21:0.28:8:13:21:33:8:13:21:33 chr14 106236143 . G A 709.3 PASS AF=0.45509;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0101963;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.37;QD=16.9891;RBI=0.013324;REFB=-0.00650133;REVB=0.00857699;RO=91;SAF=25;SAR=51;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083352;STB=0.546385;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00813851;OID=.;OPOS=106236143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:91:91:76:76:0.45509:51:25:37:54:51:25:37:54 chr14 106237624 . C T 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.013746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.959;QD=14.258;RBI=0.0161677;REFB=-0.00509229;REVB=0.0085113;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00751381;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:15:8:8:8:15:9 chr14 106237642 . T G 556.21 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238081;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.179;QD=60.1303;RBI=0.0294287;REFB=0;REVB=0.0172981;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564836;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr14 106303846 . C T 771.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249235;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.75;QD=64.2727;RBI=0.0408521;REFB=0;REVB=0.0323684;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756349;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr14 106307418 . G A 820.1 PASS AF=0.442786;AO=89;DP=204;FAO=89;FDP=201;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=66;FSRR=46;FWDB=0.00691799;FXX=0.0147052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.827;QD=16.3204;RBI=0.0141451;REFB=-0.0156813;REVB=0.0123379;RO=111;SAF=49;SAR=40;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355033;STB=0.521892;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.017376;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:111:112:89:89:0.442786:40:49:65:46:40:49:66:46 chr14 106321330 . G A 235.73 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.01048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.825;QD=20.9535;RBI=0.0190095;REFB=-0.0174001;REVB=0.0158597;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.533951;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0127897;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:22:23:0.511111:12:10:9:13:12:11:9:13 chr14 106321590 . C A 1491.53 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.539;QD=63.4694;RBI=0.0318693;REFB=0;REVB=0.0299082;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70302e-05;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr14 106321663 . T C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0306689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.801;QD=14.3907;RBI=0.0334376;REFB=-0.0210402;REVB=-0.0133224;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14544;STB=0.587921;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0281276;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:15:18:19:28:15:18:19:29 chr14 106321913 . G A 120.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0227581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.67;QD=14.6464;RBI=0.0438002;REFB=-0.0242292;REVB=0.0374236;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249445;STB=0.646828;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0349665;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:8:11:11:3:8:11 chr14 106329435 . T G 958.59 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0789247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0802;QD=57.2291;RBI=0.0796151;REFB=-0.039961;REVB=-0.0104615;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00122831;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:0:1:34:32:0:1 chr14 106329451 . GTA ACC 828.7 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109899;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.652;QD=58.1542;RBI=0.0110981;REFB=0;REVB=0.00154531;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.26209e-05;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr14 106346915 . C A 3032.2 PASS AF=0.524064;AO=294;DP=565;FAO=294;FDP=561;FR=.;FRO=267;FSAF=177;FSAR=117;FSRF=145;FSRR=122;FWDB=-0.0183939;FXX=0.00707952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8641;QD=21.62;RBI=0.0254165;REFB=-0.00766312;REVB=0.0175404;RO=260;SAF=177;SAR=117;SRF=145;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395329;STB=0.528938;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0066228;OID=.;OPOS=106346915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:561:260:267:294:294:0.524064:117:177:145:115:117:177:145:122 chr14 106370603 . G C 1460.85 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0251706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1487;QD=57.2881;RBI=0.0440124;REFB=0.0497888;REVB=0.0361044;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.501399;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00892443;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:57:43:1:0:57:43:1:1 chr14 106385332 . G C 2060.15 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338219;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4613;QD=62.9052;RBI=0.033957;REFB=0;REVB=-0.00302578;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195484;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:129:131:1:69:60:0:0:69:62:0:0 chr14 106436780 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.5;QD=45.8054;RBI=0.0238407;REFB=0;REVB=0.0231721;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168845;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr14 106437036 . TCATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA T 41.11 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0186616;FXX=0;HRUN=1;LEN=38;MLLD=1114.39;QD=16.4445;RBI=0.0205334;REFB=-0.0148902;REVB=-0.00856541;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.0115579;OID=.;OPOS=106437037;OREF=CATGGTTTCGTTATACACAGGAGCAAGTGTTTCAAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:6:11:6:10:4:2:4:1:3:22:3:2:4:0:3 chr14 106452690 . G A 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0095557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.54;QD=24.0242;RBI=0.023943;REFB=-0.0131735;REVB=-0.0219535;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213429;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00661948;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:8:14:14:0.636364:7:7:6:1:7:7:6:2 chr14 106452766 . T A 235.07 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00740222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.105;QD=15.6714;RBI=0.00961388;REFB=-0.0289317;REVB=0.00613464;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284983;STB=0.644936;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0270824;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:9:17:12:21:10:17:12:21 chr14 106452817 . A G 373.03 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00452174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6101;QD=20.4398;RBI=0.0138611;REFB=-0.00627384;REVB=-0.0131029;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351444;STB=0.51947;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00679766;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:20:18:18:17:20:18:18:17 chr14 106471268 . A G 765.96 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6466;QD=63.8298;RBI=0.0292488;REFB=0;REVB=-0.015475;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17473e-05;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr14 106471273 . C T 709.95 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3648;QD=54.6113;RBI=0.0249621;REFB=-0.0987836;REVB=0.0195165;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0104197;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:25:26:1:0:25:26:1:0 chr14 106471353 . C T 1461.61 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00975893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3235;QD=57.318;RBI=0.0277972;REFB=0.0701838;REVB=0.0260278;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013342;STB=0.500789;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00145713;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:46:53:1:1:46:54:1:1 chr14 106471388 . C A 1480.46 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.231;QD=58.6319;RBI=0.0333422;REFB=-0.039161;REVB=0.0230136;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939351;STB=0.50495;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=2.48646e-05;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:50:50:1:0:50:50:1:0 chr14 106471528 . C A 500.15 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0341936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2432;QD=50.0147;RBI=0.0378502;REFB=-0.097968;REVB=0.0162307;RO=4;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01982;STB=0.511621;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0120469;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:35:36:0.9:21:14:2:2:22:14:2:2 chr14 106471534 . A C,G 484.35 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,30;DP=32;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177935,-0.0325829;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=181.731,57.7994;QD=56.9822;RBI=0.00888152,0.0377181;REFB=0,0;REVB=-0.00870146,0.0190002;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0118865,0.00115864;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:34:0:0:2,30:2,32:0.0588235,0.941176:0,20:2,10:0:0:0,22:2,10:0:0 chr14 106471547 . A G 376.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.544;QD=55.8019;RBI=0.0956288;REFB=0;REVB=0.0954513;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667569;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:17:10:0:0 chr14 106471685 . G A 298.74 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0192358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.117;QD=18.6712;RBI=0.0192422;REFB=-0.0229513;REVB=-0.00049681;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254262;STB=0.641922;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0266159;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:11:21:12:20:11:21:12:20 chr14 106471689 . A C 297.99 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0103001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.489;QD=18.6245;RBI=0.0148406;REFB=-0.0265349;REVB=-0.0106841;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250284;STB=0.639448;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0320961;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:21:11:20:12:21:11 chr14 106478401 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.492;QD=44.6898;RBI=0.0288435;REFB=0;REVB=0.028522;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118879;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr14 106478513 . C G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.13;QD=62.6691;RBI=0.0448389;REFB=0;REVB=0.0108187;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129437;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr14 106478556 . T C 141.21 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.036007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.041;QD=13.4483;RBI=0.0383707;REFB=-0.00491716;REVB=0.0132594;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279983;STB=0.660204;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0111657;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:5:21:9:7:5:21 chr14 106494269 . T C 1359.58 PASS AF=1;AO=68;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0844;QD=62.5094;RBI=0.221448;REFB=0;REVB=-0.0180958;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177194;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:68:87:1:41:27:0:0:42:45:0:0 chr14 106539280 . A G 367.03 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00501695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.261;QD=19.0662;RBI=0.0430119;REFB=-0.0213286;REVB=-0.0427183;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177529;STB=0.598289;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0203337;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:28:11:18:20:28:11 chr14 106552667 . A G 83.0 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0521416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.541;QD=9.48578;RBI=0.0544305;REFB=-0.0169095;REVB=-0.0156184;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174165;STB=0.584958;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.037915;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:6:5:7:16:6:5:8:16 chr14 106573251 . G A 130.39 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0183378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.278;QD=13.7256;RBI=0.0227592;REFB=-0.0149018;REVB=0.0134799;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572348;STB=0.53329;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0372674;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:15:8:6:9:15:8 chr14 106573662 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00450267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.493;QD=13.948;RBI=0.0231849;REFB=0.0102442;REVB=0.0227435;RO=27;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319844;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.020004;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:5:12:11:16:5:12:11:16 chr14 106667592 . G A 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0389806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.046;QD=12.5769;RBI=0.0475195;REFB=-0.019138;REVB=0.0271775;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217139;STB=0.62764;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0384661;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:17:14:11:6:17:14 chr14 106667786 . T C 56.45 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0197888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.571;QD=11.2909;RBI=0.0244891;REFB=0.00405188;REVB=0.0144263;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0103989;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:5:2:5:7:6:2:5:7 chr14 106733520 . C A 347.6 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0133482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2608;QD=19.8631;RBI=0.0163653;REFB=-0.00678925;REVB=0.00946833;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.583554;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0114815;OID=.;OPOS=106733520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:19:15:22:14:19:15 chr14 106733593 . G A 461.27 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00293107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.002;QD=24.2773;RBI=0.0617345;REFB=-0.00571722;REVB=0.0616649;RO=30;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757126;STB=0.529007;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00403942;OID=.;OPOS=106733593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:32:44:44:0.578947:25:19:16:14:25:19:16:16 chr14 106780634 . G A 649.77 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0127603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.673;QD=15.4706;RBI=0.0142984;REFB=-0.0120762;REVB=0.0064513;RO=94;SAF=34;SAR=38;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712818;STB=0.545532;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0153079;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:96:72:72:0.428571:38:34:51:43:38:34:53:43 chr14 106780817 . A C 519.93 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.957;QD=59.4202;RBI=0.106792;REFB=0;REVB=0.0178937;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016788;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:14:17:0:0:15:20:0:0 chr14 106780956 . AG A 170.83 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0199318;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.519;QD=9.23411;RBI=0.0539583;REFB=0.00691661;REVB=0.0501421;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348601;STB=0.519842;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=-0.00699154;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:30:75:30:74:44:14:16:22:22:99:44:14:16:22:22 chr14 106791006 . C T 300.68 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0100942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.188;QD=33.4091;RBI=0.0101028;REFB=-0.0218392;REVB=-0.000417549;RO=10;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021243;STB=0.506574;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0142951;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:10:10:25:26:0.722222:11:14:6:4:11:15:6:4 chr14 106791117 . G A 197.06 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0834162;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5418;QD=10.7977;RBI=0.0859755;REFB=-0.00684308;REVB=-0.0208215;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210489;STB=0.621647;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0108676;OID=.;OPOS=106791117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:16:32:12:13:16:32 chr14 106791119 . A G 197.04 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0107258;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.085;QD=10.7968;RBI=0.0191743;REFB=-0.00119276;REVB=-0.0158938;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210489;STB=0.621647;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00255779;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:16:32:12:13:16:32 chr14 106791200 . GC AG 199.41 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0199625;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.452;QD=19.9414;RBI=0.0236711;REFB=-0.0190451;REVB=-0.0127209;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133037;STB=0.574927;STBP=0.372;TYPE=mnp;VARB=0.0239584;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:7:13:10:10:7:13 chr14 106805440 . A G 1572.53 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.646;QD=59.9061;RBI=0.0259497;REFB=0;REVB=0.00683764;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09524e-05;OID=.;OPOS=106805440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:58:47:0:0:58:47:0:0 chr14 106805508 . G A 711.91 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446335;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.5708;QD=63.2805;RBI=0.0463723;REFB=0;REVB=0.0125794;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056604;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr14 106815723 . C T 76.57 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0108734;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.621;QD=11.3436;RBI=0.0199197;REFB=-0.00815178;REVB=-0.0166902;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.581924;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0118368;OID=.;OPOS=106815723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:18:17:10:10:0.37037:4:6:8:10:4:6:8:9 chr14 106845487 . C G 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.000230876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.211;QD=17.8246;RBI=0.0129931;REFB=-0.0080092;REVB=-0.0129911;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455274;STB=0.52543;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00938846;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:19:22:28:20:19:22:28:20 chr14 106866427 . G A 47.88 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0123049;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.169;QD=1.65098;RBI=0.0124616;REFB=0.000776221;REVB=-0.00196985;RO=103;SAF=6;SAR=6;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405381;STB=0.525819;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00891544;OID=.;OPOS=106866427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:103:104:12:12:0.103448:6:6:48:55:6:6:49:55 chr14 106866434 . C T 64.1 PASS AF=0.119048;AO=16;DP=123;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0290857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.581;QD=2.03488;RBI=0.0884941;REFB=-0.0053883;REVB=-0.0835777;RO=107;SAF=7;SAR=9;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489176;STB=0.501592;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0356464;OID=.;OPOS=106866434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:123:126:107:111:16:15:0.119048:9:7:51:56:8:7:52:59 chr14 106866449 . T C 145.19 PASS AF=0.173077;AO=27;DP=154;FAO=27;FDP=156;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.000396519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.587;QD=3.72275;RBI=0.0673536;REFB=-0.00539144;REVB=-0.0673524;RO=127;SAF=16;SAR=11;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742165;STB=0.554872;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0142687;OID=.;OPOS=106866449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:127:129:27:27:0.173077:11:16:68:59:11:16:68:61 chr14 106866465 . A G 195.21 PASS AF=0.194286;AO=33;DP=173;FAO=34;FDP=175;FR=.;FRO=141;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=-0.0120428;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.888;QD=4.46204;RBI=0.0218865;REFB=-0.0043398;REVB=-0.0182754;RO=140;SAF=20;SAR=13;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100922;STB=0.55174;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0213864;OID=.;OPOS=106866465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:140:141:33:34:0.194286:13:20:74:66:14:20:74:67 chr14 106866565 . C A 479.38 PASS AF=0.314433;AO=61;DP=187;FAO=61;FDP=194;FR=.;FRO=133;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.0502017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.306;QD=9.88407;RBI=0.0507567;REFB=-0.0224199;REVB=0.00748497;RO=126;SAF=29;SAR=32;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645003;STB=0.521894;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0476658;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:194:126:133:61:61:0.314433:32:29:53:73:32:29:59:74 chr14 106866588 . T C 389.73 PASS AF=0.317073;AO=51;DP=163;FAO=52;FDP=164;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.00608126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.767;QD=9.50562;RBI=0.00961534;REFB=-0.0208572;REVB=-0.00744803;RO=112;SAF=27;SAR=24;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664428;STB=0.5445;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0431388;OID=.;OPOS=106866588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:112:112:51:52:0.317073:24:27:53:59:24:28:53:59 chr14 106866654 . T C 151.04 PASS AF=0.308824;AO=19;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00713433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.503;QD=8.8845;RBI=0.0090374;REFB=-0.00257093;REVB=0.00554761;RO=45;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128713;STB=0.537598;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00781703;OID=.;OPOS=106866654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:45:47:19:21:0.308824:14:5:16:29:14:7:18:29 chr14 106866668 . C A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0127357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.468;QD=10.1853;RBI=0.0203065;REFB=0.000405399;REVB=-0.0158163;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454737;STB=0.502729;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00132393;OID=.;OPOS=106866668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:18:16:7:8:18:16 chr14 106866675 . C G 69.84 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0248589;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.0988;QD=6.65171;RBI=0.044088;REFB=-0.00563822;REVB=0.0364114;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578845;STB=0.547525;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0496989;OID=.;OPOS=106866675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:17:14:5:5:18:14 chr14 106866810 . C T 162.93 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.000550105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.728;QD=9.17934;RBI=0.0264908;REFB=-0.0061237;REVB=-0.0264851;RO=49;SAF=16;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153722;STB=0.591628;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0226347;OID=.;OPOS=106866810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:6:16:30:19:6:16:30:19 chr14 106866822 . C G 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0123484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.094;QD=6.39592;RBI=0.0371008;REFB=-0.00963443;REVB=-0.0349855;RO=56;SAF=15;SAR=3;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383147;STB=0.741455;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0364871;OID=.;OPOS=106866822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:3:15:32:24:3:15:32:24 chr14 106866865 . G C 71.0 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0327027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5893;QD=3.6884;RBI=0.0435927;REFB=0.00181637;REVB=0.0288247;RO=63;SAF=11;SAR=2;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382168;STB=0.768207;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0100083;OID=.;OPOS=106866865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:63:64:13:13:0.168831:2:11:37:26:2:11:37:27 chr14 106866869 . G A 55.73 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.000956108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.975;QD=2.93305;RBI=0.0331809;REFB=-0.00836181;REVB=-0.0331672;RO=65;SAF=9;SAR=2;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32883;STB=0.734736;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0484625;OID=.;OPOS=106866869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:2:9:38:27:2:9:38:27 chr14 106877390 . C G 1213.73 PASS AF=0.544186;AO=116;DP=215;FAO=117;FDP=215;FR=.;FRO=98;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=0.0072143;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.861;QD=22.5811;RBI=0.00827715;REFB=-0.00681924;REVB=0.00405772;RO=97;SAF=63;SAR=53;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727358;STB=0.543471;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00664028;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:97:98:116:117:0.544186:53:63:61:36:54:63:62:36 chr14 106877445 . C T 1459.47 PASS AF=0.575107;AO=131;DP=233;FAO=134;FDP=233;FR=.;FRO=99;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=-0.00790577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2032;QD=25.0553;RBI=0.025025;REFB=-0.0209056;REVB=-0.0237434;RO=99;SAF=63;SAR=68;SRF=65;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138818;STB=0.569555;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0180588;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:99:99:131:134:0.575107:68:63:65:34:68:66:65:34 chr14 106877447 . A ATGATCT 1325.37 PASS AF=0.574074;AO=121;DP=220;FAO=124;FDP=216;FR=.;FRO=92;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=0.0118456;FXX=0.048456;HRUN=0;LEN=6;MLLD=261.498;QD=24.5439;RBI=0.0281604;REFB=-0.0201941;REVB=0.0255478;RO=89;SAF=60;SAR=61;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953352;STB=0.571417;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0162017;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574074:121:220:124:216:92:60:64:60:32:99:89:60:61:55:34 chr14 106877519 . A G 1018.91 PASS AF=0.664122;AO=87;DP=132;FAO=87;FDP=131;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00253107;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.83;QD=31.1117;RBI=0.00814404;REFB=-0.0407653;REVB=-0.00774074;RO=44;SAF=40;SAR=47;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676073;STB=0.536427;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0151391;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:44:44:87:87:0.664122:47:40:25:19:47:40:25:19 chr14 106877535 . C G 236.91 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0138675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8796;QD=8.38617;RBI=0.0256116;REFB=-0.0214005;REVB=-0.0215325;RO=79;SAF=13;SAR=20;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757837;STB=0.549722;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0556538;OID=.;OPOS=106877535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:79:80:33:33:0.292035:20:13:36:43:20:13:37:43 chr14 106877551 . A C 343.97 PASS AF=0.554054;AO=36;DP=69;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0181108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.1701;QD=18.593;RBI=0.0947857;REFB=-0.123306;REVB=0.0930394;RO=31;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774266;STB=0.523549;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0844426;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:31:33:36:41:0.554054:25:11:12:19:28:13:12:21 chr14 106877555 . CC CG,GT 309.93 PASS AF=0.509091,0.0545455;AO=27,3;DP=66;FAO=28,3;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=8,2;FSAR=20,1;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.000227485,-0.00505779;FXX=0.214255;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=154.14,99.4526;QD=22.5402;RBI=0.0188085,0.0304687;REFB=-0.029243,-0.0130108;REVB=-0.0188072,-0.0300459;RO=20;SAF=7,2;SAR=20,1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.08617,0.33423;STB=0.503353,0.798404;STBP=0.983,0.444;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0260858,0.025627;OID=.,.;OPOS=106877556,106877555;OREF=C,CC;OALT=G,GT;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:55:20:24:27,3:28,3:0.509091,0.0545455:20,1:7,2:7:13:20,1:8,2:7:17 chr14 106877583 . T G 66.47 PASS AF=0.1875;AO=7;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0901075;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.768;QD=5.53895;RBI=0.0906328;REFB=-0.0073524;REVB=-0.00974394;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843367;STB=0.562971;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0175562;OID=.;OPOS=106877583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:48:48:23:38:7:9:0.1875:5:2:8:15:5:4:14:24 chr14 106877618 . G C 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0293151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.392;QD=5.18112;RBI=0.0300316;REFB=-0.011056;REVB=-0.00652094;RO=49;SAF=7;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146065;STB=0.59227;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0275494;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:6:7:32:17:6:7:32:17 chr14 106877637 . A G 224.84 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0103202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.093;QD=11.5303;RBI=0.0175414;REFB=-0.00523795;REVB=0.0141843;RO=50;SAF=14;SAR=14;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246742;STB=0.640933;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00694327;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:14:14:36:14:14:14:36:14 chr14 106877646 . T C 186.4 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=6.88069e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.178;QD=7.38224;RBI=0.00755933;REFB=-0.0144461;REVB=0.00755902;RO=75;SAF=13;SAR=13;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123432;STB=0.574202;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0381518;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:13:13:45:30:13:13:45:30 chr14 106877700 . G T 999.15 PASS AF=0.558824;AO=95;DP=170;FAO=95;FDP=170;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00543948;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.193;QD=23.5093;RBI=0.00846805;REFB=-0.0261318;REVB=-0.00648999;RO=74;SAF=44;SAR=51;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838284;STB=0.542678;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0213673;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:74:75:95:95:0.558824:51:44:42:32:51:44:42:33 chr14 106877753 . A G 323.04 PASS AF=0.240385;AO=50;DP=202;FAO=50;FDP=208;FR=.;FRO=158;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0307662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3563;QD=6.21228;RBI=0.0670173;REFB=-0.00758856;REVB=-0.0595378;RO=152;SAF=23;SAR=27;SRF=74;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337608;STB=0.516017;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0181787;OID=.;OPOS=106877753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:208:152:158:50:50:0.240385:27:23:74:78:27:23:76:82 chr14 106877796 . G C 294.43 PASS AF=0.27972;AO=40;DP=143;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0392403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3349;QD=8.23593;RBI=0.0533377;REFB=0.00153756;REVB=0.0361263;RO=98;SAF=16;SAR=24;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010231;STB=0.520221;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00250851;OID=.;OPOS=106877796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:98:103:40:40:0.27972:24:16:40:58:24:16:44:59 chr14 106877836 . CC TA 246.03 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00164962;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.459;QD=8.55756;RBI=0.00524562;REFB=-0.00334899;REVB=-0.00497948;RO=81;SAF=15;SAR=19;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779578;STB=0.545894;STBP=0.556;TYPE=mnp;VARB=0.0123353;OID=.;OPOS=106877836;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:81:81:34:34:0.295652:19:15:41:40:19:15:41:40 chr14 106878038 . G A 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00246433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.292;QD=2.09327;RBI=0.00849202;REFB=-0.000535622;REVB=-0.00812659;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420698;STB=0.524816;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00458015;OID=.;OPOS=106878038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:7:7:0.109375:4:3:26:30:4:3:26:31 chr14 106878056 . T G 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00199281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.552;QD=25.8113;RBI=0.00745856;REFB=-0.00208847;REVB=-0.00718741;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815134;STB=0.544517;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00111242;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:21:19:9:16:21:19:9:16 chr14 106878067 . T G 438.37 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00569812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.884;QD=27.3982;RBI=0.0208533;REFB=-0.0219738;REVB=0.0200597;RO=23;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479904;STB=0.526141;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00471645;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:22:19:9:14:22:19:9:14 chr14 106878071 . A G 437.45 PASS AF=0.640625;AO=39;DP=62;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00885002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.01;QD=27.3406;RBI=0.0265147;REFB=0.00173279;REVB=0.0249941;RO=23;SAF=19;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652898;STB=0.526141;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000479393;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:23:23:39:41:0.640625:20:19:9:14:22:19:9:14 chr14 106922272 . CATT C 164.71 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00914951;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.819;QD=9.54817;RBI=0.00914992;REFB=-0.00548293;REVB=8.64339e-05;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228985;STB=0.505314;STBP=0.948;TYPE=del;VARB=0.0108847;OID=.;OPOS=106922273;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:22:69:22:69:47:12:10:26:21:99:46:12:10:25:21 chr14 106926200 . G C 320.4 PASS AF=0.3;AO=42;DP=140;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.00244511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5731;QD=9.15423;RBI=0.0469963;REFB=-0.0045087;REVB=-0.0469327;RO=97;SAF=28;SAR=14;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19915;STB=0.613806;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127856;OID=.;OPOS=106926200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:97:98:42:42:0.3:14:28:49:48:14:28:50:48 chr14 106926223 . T C 188.12 PASS AF=0.196429;AO=33;DP=168;FAO=33;FDP=168;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=52;FWDB=-0.0065864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.52;QD=4.47899;RBI=0.0300464;REFB=-0.0100148;REVB=-0.0293156;RO=135;SAF=17;SAR=16;SRF=83;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129056;STB=0.580504;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0461669;OID=.;OPOS=106926223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:135:135:33:33:0.196429:16:17:83:52:16:17:83:52 chr14 106926287 . G A 185.34 PASS AF=0.208333;AO=30;DP=144;FAO=30;FDP=144;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.0200951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.177;QD=5.14836;RBI=0.0254742;REFB=-0.00566976;REVB=0.0156564;RO=110;SAF=14;SAR=16;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134021;STB=0.588178;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0258955;OID=.;OPOS=106926287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:110:114:30:30:0.208333:16:14:63:47:16:14:66:48 chr14 106926311 . T G 173.17 PASS AF=0.21875;AO=28;DP=128;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0310084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.885;QD=5.41156;RBI=0.0334483;REFB=-0.0155486;REVB=-0.0125405;RO=98;SAF=13;SAR=15;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12182;STB=0.581982;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0567084;OID=.;OPOS=106926311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:98:100:28:28:0.21875:15:13:55:43:15:13:57:43 chr14 106926388 . T C 118.63 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00513609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.117;QD=7.77883;RBI=0.0129628;REFB=-0.0268452;REVB=0.0119019;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621003;STB=0.537528;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0578206;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:8:9:21:23:8:9:21:23 chr14 106926649 . C A 124.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0834802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.293;QD=9.79917;RBI=0.0838981;REFB=-0.0040308;REVB=-0.00836326;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22475;STB=0.63398;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0206744;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:10:6:20:15:10:6:20:15 chr14 106926651 . TTC T 77.77 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0031313;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.213;QD=6.61898;RBI=0.00963344;REFB=-0.0254937;REVB=-0.00911033;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228651;STB=0.637494;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.0472196;OID=.;OPOS=106926652;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:15:47:15:47:32:5:10:17:15:77:30:5:10:16:14 chr14 106993845 . T G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000351748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3313;QD=3.83385;RBI=0.0280925;REFB=-0.000363097;REVB=-0.0280903;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102885;STB=0.572303;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000385139;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:2:5:23:13:2:5:23:13 chr14 106993886 . A G 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0069973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.177;QD=6.33854;RBI=0.0179416;REFB=0.00185317;REVB=-0.0165208;RO=46;SAF=10;SAR=5;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484894;STB=0.54112;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00708667;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:46:47:15:15:0.241935:5:10:29:17:5:10:29:18 chr14 107013201 . G T 89.32 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0181419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.667;QD=17.863;RBI=0.0181768;REFB=-0.0137924;REVB=-0.00112682;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00943715;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:8:9:9:9:0.45:4:5:6:2:4:5:7:2 chr14 107048702 . G A 203.56 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.00502763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.469;QD=8.39417;RBI=0.0742773;REFB=-0.0148051;REVB=-0.0741069;RO=69;SAF=16;SAR=11;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949591;STB=0.549079;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0405685;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:69:70:27:27:0.278351:11:16:46:23:11:16:46:24 chr14 107048749 . C G 275.03 PASS AF=0.305785;AO=37;DP=121;FAO=37;FDP=121;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0479929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.561;QD=9.09173;RBI=0.0520199;REFB=-0.0103279;REVB=-0.0200685;RO=84;SAF=21;SAR=16;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466842;STB=0.502731;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0238395;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:84:84:37:37:0.305785:16:21:48:36:16:21:48:36 chr14 107048767 . G T 114.18 PASS AF=0.162963;AO=22;DP=135;FAO=22;FDP=135;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.00461739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.707;QD=3.38307;RBI=0.0264156;REFB=-0.00486542;REVB=-0.0260089;RO=113;SAF=14;SAR=8;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126086;STB=0.583256;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0277863;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:113:113:22:22:0.162963:8:14:61:52:8:14:61:52 chr14 107048804 . G A 145.8 PASS AF=0.178082;AO=26;DP=146;FAO=26;FDP=146;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.024808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.924;QD=3.99463;RBI=0.0277139;REFB=-0.0114393;REVB=0.012354;RO=118;SAF=15;SAR=11;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771683;STB=0.543098;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0299426;OID=.;OPOS=107048804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:118:120:26:26:0.178082:11:15:61:57:11:15:63:57 chr14 107048885 . C T 34.2 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0239884;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.938;QD=3.60015;RBI=0.0297022;REFB=-0.00331028;REVB=-0.017515;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145837;STB=0.617779;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0151533;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:17:14:2:4:17:15 chr14 107078567 . T C 289.68 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0406705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.003;QD=18.9957;RBI=0.0417454;REFB=-0.0249326;REVB=0.00941233;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436012;STB=0.524297;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0182638;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:16:14:16:15:16:14 chr14 107078790 . C T 954.43 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0293216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.666;QD=54.539;RBI=0.0405906;REFB=-0.161633;REVB=0.0280685;RO=3;SAF=42;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000953416;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:25:42:3:0:25:42:3:0 chr14 107083283 . C T 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.000471823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.838;QD=4.7876;RBI=0.0229751;REFB=-0.0136915;REVB=0.0229702;RO=34;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21835;STB=0.648251;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0435294;OID=.;OPOS=107083283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:2:6:20:14:2:6:20:14 chr14 107083286 . A G 49.2 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0178567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.9;QD=4.09985;RBI=0.0395354;REFB=0.00244681;REVB=-0.035273;RO=39;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300662;STB=0.699476;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0257835;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:2:6:20:19:2:6:21:19 chr14 107083424 . T C 645.11 PASS AF=0.319149;AO=79;DP=273;FAO=90;FDP=282;FR=.;FRO=192;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=98;FSRR=94;FWDB=-0.00505335;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.073;QD=9.15056;RBI=0.0155307;REFB=-0.0109682;REVB=-0.0146855;RO=162;SAF=35;SAR=44;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162633;STB=0.514652;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.019383;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:282:162:192:79:90:0.319149:44:35:74:88:46:44:98:94 chr14 107083633 . T C 790.82 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0226795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1354;QD=20.4083;RBI=0.0445766;REFB=-0.0220728;REVB=-0.038376;RO=74;SAF=40;SAR=40;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082878;STB=0.548375;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0188765;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:74:75:80:80:0.516129:40:40:30:44:40:40:30:45 chr14 107095326 . C T 1492.45 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0519253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.66;QD=57.402;RBI=0.0577104;REFB=-0.117871;REVB=-0.0251844;RO=2;SAF=42;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220538;STB=0.511626;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000705569;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:60:42:2:0:60:42:2:0 chr14 107113851 . C T 442.35 PASS AF=0.459184;AO=43;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0100489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.524;QD=18.055;RBI=0.0107603;REFB=-0.0249698;REVB=0.0038477;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012181;STB=0.507521;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0275725;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:53:53:43:45:0.459184:20:23:29:24:21:24:29:24 chr14 107114009 . T C 49.47 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.137368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2477;QD=14.1352;RBI=0.137622;REFB=-0.111985;REVB=0.00835894;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0259449;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:13:14:4:7:7:7:0.5:4:3:2:2:4:3:4:3 chr14 107114193 . A G 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0359964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.164;QD=11.563;RBI=0.0480066;REFB=-0.0124691;REVB=0.0317631;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593827;STB=0.535122;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0184076;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:17:12:7:8:17:12 chr14 107131063 . A G 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00144653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.791;QD=3.67476;RBI=0.0129325;REFB=-0.000449517;REVB=-0.0128514;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.577136;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00233291;OID=.;OPOS=107131063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:34:14:2:7:34:14 chr14 107131410 . A G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0506216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8885;QD=19.8494;RBI=0.0539003;REFB=0.000326882;REVB=0.0185121;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417939;STB=0.523777;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00258959;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:9:4:4:11:9:4 chr14 107170005 . T C 182.3 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00514016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.301;QD=11.5747;RBI=0.0171257;REFB=-0.024229;REVB=-0.0163361;RO=40;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349328;STB=0.702157;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0265911;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:7:16:15:25:7:16:15:25 chr14 107170055 . G A 525.05 PASS AF=0.615385;AO=47;DP=77;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0194103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.308;QD=26.9258;RBI=0.019425;REFB=-0.0378304;REVB=0.000756162;RO=30;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179265;STB=0.592123;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0161647;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:30:47:48:0.615385:26:21:21:9:26:22:21:9 chr14 107170077 . C T 360.75 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0470621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1122;QD=20.3239;RBI=0.0524407;REFB=-0.0231988;REVB=-0.023134;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267888;STB=0.641221;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0277517;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:23:14:23:10:23:14:23:11 chr14 107170219 . C G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0220081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.994;QD=16.4805;RBI=0.0294851;REFB=-0.0047086;REVB=-0.0196217;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252402;STB=0.643882;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00689502;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:17:8:11:8:17:8 chr14 107178832 . A G 2255.43 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735155;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.579;QD=63.5332;RBI=0.0678329;REFB=0;REVB=-0.0674334;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203121;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:141:142:1:74:67:0:0:75:67:0:0 chr14 107178965 . A C 369.12 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00111561;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.247;QD=11.4454;RBI=0.00115339;REFB=-0.00923102;REVB=0.000292751;RO=84;SAF=23;SAR=22;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395857;STB=0.522717;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0181904;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:129:84:84:45:45:0.348837:22:23:40:44:22:23:40:44 chr14 107179268 . A G 472.98 PASS AF=0.485437;AO=51;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00313493;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.184;QD=18.3682;RBI=0.00540412;REFB=-0.00719881;REVB=-0.0044019;RO=53;SAF=31;SAR=20;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194554;STB=0.615368;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00799421;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:51:50:0.485437:20:31:21:32:19:31:21:32 chr14 107211211 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00529064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.89;QD=11.2572;RBI=0.00737093;REFB=-0.0173854;REVB=0.00513223;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0181487;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:8:4:4:4:8:4 chr14 107282846 . G A 46.1 PASS AF=0.0864198;AO=14;DP=162;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=-0.0121623;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.758;QD=1.13817;RBI=0.0241491;REFB=-0.00209739;REVB=-0.0208628;RO=146;SAF=5;SAR=9;SRF=83;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240975;STB=0.686707;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0346203;OID=.;OPOS=107282846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:162:162:146:148:14:14:0.0864198:9:5:83:63:9:5:84:64 chr14 107282852 . T C 49.63 PASS AF=0.0887574;AO=15;DP=169;FAO=15;FDP=169;FR=.;FRO=154;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=86;FSRR=68;FWDB=0.00496178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.355;QD=1.17473;RBI=0.0253228;REFB=-0.00209848;REVB=-0.024832;RO=154;SAF=6;SAR=9;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182767;STB=0.641676;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0291213;OID=.;OPOS=107282852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:169:169:154:154:15:15:0.0887574:9:6:86:68:9:6:86:68 chr14 107282859 . G A 60.13 PASS AF=0.0982659;AO=17;DP=173;FAO=17;FDP=173;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=71;FWDB=0.0401366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1582;QD=1.39022;RBI=0.0438416;REFB=-0.00576239;REVB=-0.017639;RO=154;SAF=7;SAR=10;SRF=83;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151401;STB=0.618558;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0595366;OID=.;OPOS=107282859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:173:173:154:156:17:17:0.0982659:10:7:83:71:10:7:85:71 chr14 107282872 . T A 72.46 PASS AF=0.108571;AO=19;DP=176;FAO=19;FDP=175;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.00185519;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.242;QD=1.6562;RBI=0.00747773;REFB=-0.00146846;REVB=-0.00724395;RO=157;SAF=9;SAR=10;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746793;STB=0.551835;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0119761;OID=.;OPOS=107282872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:176:175:157:156:19:19:0.108571:10:9:84:73:10:9:83:73 chr14 107282909 . T C 96.9 PASS AF=0.134615;AO=21;DP=156;FAO=21;FDP=156;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.0145112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.718;QD=2.48455;RBI=0.0244234;REFB=-0.00131991;REVB=0.0196451;RO=134;SAF=10;SAR=11;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487019;STB=0.536551;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0189401;OID=.;OPOS=107282909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:156:156:134:135:21:21:0.134615:11:10:69:65:11:10:70:65 chr14 107282926 . A T 117.89 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=149;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=-0.0116771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.509;QD=3.16491;RBI=0.0214545;REFB=0.000155205;REVB=-0.0179983;RO=122;SAF=11;SAR=12;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485087;STB=0.531751;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00197372;OID=.;OPOS=107282926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:122:126:23:23:0.154362:12:11:63:59:12:11:65:61 chr14 107282935 . A T 104.38 PASS AF=0.15;AO=21;DP=141;FAO=21;FDP=140;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.0246835;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5204;QD=2.98231;RBI=0.0246868;REFB=-0.0101252;REVB=0.000403574;RO=118;SAF=10;SAR=11;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301824;STB=0.523787;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0653074;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:118:119:21:21:0.15:11:10:59:59:11:10:60:59 chr14 107282973 . G C 106.85 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0602842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.596;QD=4.36126;RBI=0.0602843;REFB=-0.00534712;REVB=0.000110718;RO=80;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472232;STB=0.530554;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0139685;OID=.;OPOS=107282973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:11:7:34:46:11:7:34:46 chr14 107282988 . C G 64.89 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00326753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.542;QD=3.55546;RBI=0.00350112;REFB=-0.00501683;REVB=0.0012574;RO=60;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104036;STB=0.563113;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0184373;OID=.;OPOS=107282988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:72:73:60:61:12:12:0.164384:7:5:30:30:7:5:30:31 chr14 107283156 . A G 208.4 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00491104;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.545;QD=11.265;RBI=0.0426184;REFB=-0.00396011;REVB=-0.0423345;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729537;STB=0.550276;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0146349;OID=.;OPOS=107283156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:48:26:26:0.351351:11:15:23:22:11:15:24:24 chr14 107283160 . C T 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0016344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.202;QD=10.4709;RBI=0.0172104;REFB=-0.012652;REVB=-0.0171326;RO=50;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358494;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:52:26:26:0.333333:13:13:25:25:13:13:26:26 chr15 20362818 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0719128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8692;QD=5.95811;RBI=0.110519;REFB=-0.0130467;REVB=-0.0839227;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0175267;OID=.;OPOS=20362818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:10:8:1:5:10:8 chr15 20462585 . A G 490.93 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0131656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.298;QD=19.252;RBI=0.0157919;REFB=-0.0126757;REVB=0.00872075;RO=50;SAF=31;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444103;STB=0.520376;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0147426;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:20:31:28:22:20:31:29:22 chr15 20462613 . G C 194.36 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.0318991;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5573;QD=7.69734;RBI=0.0320201;REFB=-0.00428233;REVB=-0.00278105;RO=71;SAF=13;SAR=14;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201862;STB=0.61172;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0096057;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:71:74:27:27:0.267327:14:13:46:25:14:13:47:27 chr15 20476906 . T C 108.73 PASS AF=0.128866;AO=25;DP=193;FAO=25;FDP=194;FR=.;FRO=169;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=0.00304069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.631;QD=2.24185;RBI=0.0123424;REFB=-0.00104605;REVB=0.0119619;RO=167;SAF=20;SAR=5;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405999;STB=0.782746;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0131111;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:167:169:25:25:0.128866:5:20:81:86:5:20:82:87 chr15 20476942 . C T 217.12 PASS AF=0.188119;AO=38;DP=202;FAO=38;FDP=202;FR=.;FRO=164;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=75;FWDB=-0.0205686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.731;QD=4.29939;RBI=0.0496797;REFB=0.00107812;REVB=-0.0452218;RO=161;SAF=18;SAR=20;SRF=86;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775762;STB=0.555815;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0047781;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:161:164:38:38:0.188119:20:18:86:75:20:18:89:75 chr15 20588685 . A G 84.6 PASS AF=0.126667;AO=19;DP=142;FAO=19;FDP=150;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.00496963;FXX=0.00662208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.556;QD=2.25606;RBI=0.020469;REFB=0.000581258;REVB=-0.0198565;RO=122;SAF=13;SAR=6;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224758;STB=0.66053;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00426156;OID=.;OPOS=20588685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:142:150:122:131:19:19:0.126667:6:13:62:60:6:13:66:65 chr15 20588705 . C A 149.35 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=139;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0105085;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2623;QD=4.32907;RBI=0.0421568;REFB=-0.00361146;REVB=-0.0408261;RO=107;SAF=8;SAR=18;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309559;STB=0.698296;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0160574;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:107:112:26:26:0.188406:18:8:59:48:18:8:62:50 chr15 20613928 . G A 42.38 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0522842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8908;QD=1.48708;RBI=0.0539396;REFB=1.21029e-05;REVB=-0.0132605;RO=102;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188903;STB=0.519196;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00158112;OID=.;OPOS=20613928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:102:103:11:11:0.0964912:6:5:48:54:6:5:49:54 chr15 20645827 . A G 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0373976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.181;QD=10.7382;RBI=0.0375113;REFB=-0.0129685;REVB=-0.00291852;RO=46;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109635;STB=0.51063;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0290354;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:53:27:27:0.3375:19:8:10:36:19:8:15:38 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=67;DP=247;LEN=4;RO=180;SAF=34;SAR=40;SRF=102;SRR=71;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:247:180:67:40:34:102:71 chr15 20874846 . G A 266.09 PASS AF=0.146096;AO=58;DP=395;FAO=58;FDP=397;FR=.;FRO=339;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=166;FSRR=173;FWDB=-0.0290997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4681;QD=2.68096;RBI=0.0291707;REFB=0.000382797;REVB=-0.00203425;RO=337;SAF=36;SAR=22;SRF=166;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165844;STB=0.612313;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00173011;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:397:337:339:58:58:0.146096:22:36:166:171:22:36:166:173 chr15 20874897 . A G 1365.53 PASS AF=0.336673;AO=168;DP=499;FAO=168;FDP=499;FR=.;FRO=331;FSAF=95;FSAR=73;FSRF=163;FSRR=168;FWDB=0.0127615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.972;QD=10.9461;RBI=0.0190184;REFB=-0.0138173;REVB=-0.0141013;RO=330;SAF=95;SAR=73;SRF=163;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835513;STB=0.548653;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0223574;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:499:330:331:168:168:0.336673:73:95:163:167:73:95:163:168 chr15 20876515 . A G 762.4 PASS AF=0.363636;AO=91;DP=253;FAO=92;FDP=253;FR=.;FRO=161;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=0.0320144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.713;QD=12.0538;RBI=0.0327838;REFB=-0.00842189;REVB=-0.00706087;RO=161;SAF=56;SAR=35;SRF=81;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128819;STB=0.575741;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0192206;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:161:161:91:92:0.363636:35:56:81:80:35:57:81:80 chr15 22368862 . G A 1030.26 PASS AF=0.481818;AO=106;DP=220;FAO=106;FDP=220;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=39;FSRR=75;FWDB=0.0362756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4203;QD=18.7319;RBI=0.0375304;REFB=-0.00958093;REVB=-0.00962341;RO=113;SAF=42;SAR=64;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595744;STB=0.529662;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0100102;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:113:114:106:106:0.481818:64:42:38:75:64:42:39:75 chr15 22368905 . G A 586.57 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00930521;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.085;QD=17.9106;RBI=0.0131126;REFB=-0.0108212;REVB=0.00923875;RO=69;SAF=29;SAR=32;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273217;STB=0.505515;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0145116;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:70:61:61:0.465649:32:29:33:36:32:29:34:36 chr15 22369175 . CT GG 242.36 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00738001;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.97;QD=10.4239;RBI=0.00741063;REFB=-0.00901596;REVB=-0.000673004;RO=61;SAF=21;SAR=9;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196593;STB=0.617088;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0156018;OID=.;OPOS=22369175;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:63:30:30:0.322581:9:21:33:28:9:21:34:29 chr15 22369248 . T C 1126.89 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108753;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.629;QD=57.7894;RBI=0.0483972;REFB=-0.0518443;REVB=0.0471595;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255586;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00267391;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:75:76:0.974359:39:36:2:0:40:36:2:0 chr15 22369279 . C G 179.47 PASS AF=0.237288;AO=28;DP=118;FAO=28;FDP=118;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.00549452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.334;QD=6.08383;RBI=0.00655733;REFB=-0.00496236;REVB=-0.00357895;RO=90;SAF=13;SAR=15;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446789;STB=0.527253;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0151069;OID=.;OPOS=22369279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:90:28:28:0.237288:15:13:45:45:15:13:45:45 chr15 22369290 . A G 698.2 PASS AF=0.514925;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0140896;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2113;QD=20.8417;RBI=0.0314137;REFB=-0.0111833;REVB=0.0280768;RO=64;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284082;STB=0.50813;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0130742;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:64:65:68:69:0.514925:33:35:35:29:33:36:35:30 chr15 22369426 . G A 2436.68 PASS AF=0.766393;AO=186;DP=242;FAO=187;FDP=244;FR=.;FRO=57;FSAF=111;FSAR=76;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0087644;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.139;QD=39.9456;RBI=0.00890387;REFB=-0.0167168;REVB=0.00156982;RO=55;SAF=111;SAR=75;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387767;STB=0.516184;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00424666;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:55:57:186:187:0.766393:75:111:28:27:76:111:30:27 chr15 22382739 . A G 731.71 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0054203;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.627;QD=48.7805;RBI=0.00679492;REFB=-0.121606;REVB=0.00409771;RO=4;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854078;STB=0.555535;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00106898;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:60:60:4:5:55:55:0.916667:20:35:0:4:20:35:0:5 chr15 22383066 . A G 2334.97 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.044;QD=59.4896;RBI=0.0137989;REFB=0.0323409;REVB=0.00404024;RO=2;SAF=89;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141955;STB=0.507462;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000453623;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:2:2:155:155:0.987261:66:89:0:2:66:89:0:2 chr15 22383189 . G A 1047.35 PASS AF=0.598765;AO=97;DP=162;FAO=97;FDP=162;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.028667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.277;QD=25.8606;RBI=0.0381931;REFB=0.00199407;REVB=0.0252372;RO=64;SAF=49;SAR=48;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191483;STB=0.513366;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00132183;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:64:65:97:97:0.598765:48:49:34:30:48:49:35:30 chr15 22383482 . GA G 295.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0104927;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.187;QD=33.7724;RBI=0.0234504;REFB=-0.0188104;REVB=0.020972;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550855;STB=0.530097;STBP=0.59;TYPE=del;VARB=0.00641737;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:25:37:25:35:10:15:10:7:3:72:10:15:10:7:3 chr15 22413700 . A G 1255.38 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00931496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3208;QD=59.0767;RBI=0.0453728;REFB=0.0360244;REVB=-0.0444063;RO=2;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210399;STB=0.511108;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00364372;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:44:39:0:2:44:39:0:2 chr15 22413825 . C T 297.57 PASS AF=0.197761;AO=53;DP=268;FAO=53;FDP=268;FR=.;FRO=215;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=113;FSRR=102;FWDB=-0.00980713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.927;QD=4.44132;RBI=0.0646964;REFB=-0.00517881;REVB=-0.0639487;RO=214;SAF=27;SAR=26;SRF=112;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017961;STB=0.51296;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0249192;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:214:215:53:53:0.197761:26:27:112:102:26:27:113:102 chr15 22413844 . T G 471.97 PASS AF=0.243243;AO=71;DP=300;FAO=72;FDP=296;FR=.;FRO=224;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=119;FSRR=105;FWDB=-0.00787767;FXX=0.0231015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.059;QD=6.37796;RBI=0.0167382;REFB=-0.00918274;REVB=0.0147685;RO=225;SAF=39;SAR=32;SRF=119;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259944;STB=0.507925;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0264722;OID=.;OPOS=22413844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:296:225:224:71:72:0.243243:32:39:119:106:33:39:119:105 chr15 22413940 . T C 358.44 PASS AF=0.219331;AO=59;DP=270;FAO=59;FDP=269;FR=.;FRO=210;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=107;FSRR=103;FWDB=-0.0099059;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.25;QD=5.32992;RBI=0.0283205;REFB=-0.010922;REVB=-0.0265316;RO=210;SAF=34;SAR=25;SRF=107;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858964;STB=0.552477;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0390532;OID=.;OPOS=22413940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:210:210:59:59:0.219331:25:34:107:103:25:34:107:103 chr15 22414190 . T C 327.59 PASS AF=0.285714;AO=46;DP=161;FAO=46;FDP=161;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.00908746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5462;QD=8.13887;RBI=0.0498707;REFB=-0.0149832;REVB=0.0490357;RO=114;SAF=30;SAR=16;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10502;STB=0.565685;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.038044;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:114:115:46:46:0.285714:16:30:65:49:16:30:65:50 chr15 22414262 . C T 181.49 PASS AF=0.218045;AO=29;DP=135;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.00180268;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.568;QD=5.45837;RBI=0.00562129;REFB=-0.00234493;REVB=-0.00532441;RO=102;SAF=11;SAR=18;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236672;STB=0.651938;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0122465;OID=.;OPOS=22414262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:102:104:29:29:0.218045:18:11:58:44:18:11:60:44 chr15 22414353 . A G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.000229597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.618;QD=10.4727;RBI=0.00557047;REFB=-0.00240792;REVB=0.00556574;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263856;STB=0.664239;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00424701;OID=.;OPOS=22414353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:6:11:14:20:6:11:14:21 chr15 22440297 . A G 657.65 PASS AF=0.655172;AO=55;DP=86;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0150016;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.691;QD=30.2369;RBI=0.0271329;REFB=-0.0416303;REVB=0.0226086;RO=30;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102878;STB=0.554549;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0199198;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:30:30:55:57:0.655172:27:28:20:10:28:29:20:10 chr15 22440322 . A G 446.11 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00892576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.74;QD=18.2085;RBI=0.0318093;REFB=-0.0161862;REVB=-0.0305313;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140305;STB=0.575587;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0243688;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:53:44:45:0.459184:25:19:30:22:25:20:31:22 chr15 22440816 . A G 711.28 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00625417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.392;QD=17.243;RBI=0.0216909;REFB=-0.025653;REVB=-0.0207697;RO=89;SAF=42;SAR=34;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786295;STB=0.543613;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.028483;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:89:89:76:76:0.460606:34:42:42:47:34:42:42:47 chr15 22840279 . G T 302.17 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.542;QD=52.551;RBI=0.0480973;REFB=0;REVB=-0.0234318;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147421;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr15 22873784 . C T 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.285;QD=59.4993;RBI=0.0349661;REFB=0;REVB=0.033515;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125819;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr15 22926229 . G A 820.36 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118915;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.661;QD=57.569;RBI=0.0243457;REFB=0;REVB=-0.0243166;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123246;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr15 22960868 . G C 74.42 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.035208;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.969;QD=9.30208;RBI=0.0359313;REFB=-0.0041921;REVB=0.00717319;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436299;STB=0.778152;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0129506;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:22:22:10:10:0.3125:9:1:8:14:9:1:8:14 chr15 23006364 . GAAAAG GAAAG,GAAAGA 125.5 PASS AF=0.515152,0;AO=13,2;DP=36;FAO=17,0;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12,0;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0554501,-0.122871;FXX=0.0833102;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.4075,18.6007;QD=15.2126;RBI=0.10558,0.132014;REFB=-0.0999788,-0.0513006;REVB=-0.0898461,-0.0482749;RO=15;SAF=8,2;SAR=5,0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0.326087,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199351,0.583083;STB=0.666465,0.5;STBP=0.08,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0856892,0.0132943;OID=.,.;OPOS=23006365,23006368;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAG,GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152,0:13,2:36:17,0:33:16:12,0:5,0:6:10:99:15:8,2:5,0:6:9 chr15 23052632 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.322;QD=58.7746;RBI=0.024646;REFB=0;REVB=0.0186447;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5823e-05;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr15 23059394 . C T 446.7 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000850881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.031;QD=54.1456;RBI=0.0261219;REFB=-0.0317573;REVB=0.026108;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000773828;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:13:18:1:0:14:18:1:0 chr15 23098401 . C T 494.67 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.483;QD=53.4773;RBI=0.062376;REFB=-0.0518147;REVB=0.0607023;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389367;STB=0.520822;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00391225;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:11:23:2:0:12:23:2:0 chr15 23098449 . C T 1103.35 PASS AF=0.868132;AO=79;DP=91;FAO=79;FDP=91;FR=.;FRO=12;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0088811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.71;QD=48.4989;RBI=0.0225658;REFB=0.0425206;REVB=0.0207447;RO=11;SAF=49;SAR=30;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719569;STB=0.542322;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00423791;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:11:12:79:79:0.868132:30:49:10:1:30:49:11:1 chr15 23098518 . G A 60.71 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.0212565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2123;QD=1.83957;RBI=0.0500832;REFB=-0.00788149;REVB=0.0453485;RO=116;SAF=14;SAR=1;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553539;STB=0.915868;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0594179;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:132:132:116:117:15:15:0.113636:1:14:60:56:1:14:60:57 chr15 23158293 . A C 388.65 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0308171;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.628;QD=14.2625;RBI=0.0354378;REFB=-0.0156064;REVB=-0.017497;RO=63;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718249;STB=0.53661;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0273442;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:63:64:45:45:0.412844:17:28:35:28:17:28:36:28 chr15 23158339 . G C 620.28 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=130;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0462795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5581;QD=18.5157;RBI=0.107855;REFB=-0.0486292;REVB=-0.0974215;RO=66;SAF=31;SAR=33;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838508;STB=0.537938;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0473465;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:66:69:64:65:0.485075:33:31:38:28:34:31:38:31 chr15 23259835 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00191494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.656;QD=12.8607;RBI=0.0518725;REFB=0.0084026;REVB=0.0518371;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0112994;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr15 23261950 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1533;QD=53.909;RBI=0.0565291;REFB=0;REVB=-0.0366528;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204511;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr15 23326356 . G C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0217652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.96;QD=14.2619;RBI=0.0309987;REFB=-0.00951283;REVB=0.0220725;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144654;STB=0.583236;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0120045;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:18:6:6:10:18:6 chr15 23444020 . A T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0393441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.231;QD=5.95779;RBI=0.0397079;REFB=-0.00829331;REVB=-0.00536262;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254478;STB=0.666112;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0355218;OID=.;OPOS=23444020;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:10:8:4:2:10:8 chr15 23686598 . T C 175.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.169;QD=46.8204;RBI=0.119156;REFB=0;REVB=-0.0487;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00637984;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr15 23686633 . A G 35.58 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00917947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8934;QD=11.8588;RBI=0.0541772;REFB=-0.0748923;REVB=0.0533939;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331615;STB=0.687061;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0757307;OID=.;OPOS=23686633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:11:12:5:6:5:6:0.5:1:4:5:0:1:5:6:0 chr15 23686673 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00178529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.68;QD=47.8141;RBI=0.149562;REFB=-0.00232811;REVB=0.149552;RO=1;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301145;STB=0.666462;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00372639;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:1:20:0:1:1:20:0:1 chr15 23687214 . C G 1680.1 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335987;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5221;QD=60.5441;RBI=0.0230976;REFB=0;REVB=-0.0228519;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65562e-05;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:61:50:0:0 chr15 23688944 . A G 1302.1 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9762;QD=62.0047;RBI=0.036135;REFB=0;REVB=0.00490815;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207345;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:45:39:0:0 chr15 23690543 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.43;QD=35.5759;RBI=0.0609713;REFB=0;REVB=-0.00492428;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283264;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 23889033 . G T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00533899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.904;QD=25.711;RBI=0.0194287;REFB=0.00476435;REVB=-0.0186807;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216875;STB=0.512176;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00121057;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:3:3:6:7:3:3 chr15 23889739 . G T 938.23 PASS AF=0.45045;AO=100;DP=222;FAO=100;FDP=222;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.00485303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.371;QD=16.905;RBI=0.00616123;REFB=-0.00710607;REVB=0.0037959;RO=122;SAF=49;SAR=51;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034268;STB=0.518998;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00821799;OID=.;OPOS=23889739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:122:122:100:100:0.45045:51:49:64:58:51:49:64:58 chr15 24921771 . G C 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6839;QD=54.7451;RBI=0.0597174;REFB=-0.0678209;REVB=-0.0579089;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254518;STB=0.513508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000591771;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:35:18:1:0:35:18:1:0 chr15 25307562 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.805;QD=57.1775;RBI=0.0354323;REFB=0;REVB=0.00168277;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47856e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr15 25924539 . T C 3472.66 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8052;QD=61.7362;RBI=0.0633966;REFB=-0.0265964;REVB=0.0381809;RO=1;SAF=122;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134339;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:209:225:1:0:208:225:1:86:122:1:0:95:130:0:0 chr15 25926179 . C T 1062.28 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.563;QD=59.8468;RBI=0.0442421;REFB=0;REVB=0.0383015;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169377;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr15 25926186 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.092;QD=58.9625;RBI=0.0200862;REFB=0;REVB=0.0200374;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90038e-05;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr15 25961964 . A G 1007.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.43;QD=59.2368;RBI=0.0359046;REFB=0;REVB=0.0348739;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100226;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr15 26327370 . A G 205.26 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0565891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7011;QD=10.9474;RBI=0.0566101;REFB=-0.00726057;REVB=0.00154348;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318627;STB=0.518504;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0166327;OID=.;OPOS=26327370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:25:24:12:14:25:24 chr15 26327375 . C T 206.62 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00153009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.521;QD=11.0199;RBI=0.00468049;REFB=-0.000656539;REVB=-0.00442332;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318627;STB=0.518504;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00296929;OID=.;OPOS=26327375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:25:24:12:14:25:24 chr15 26327462 . T G 300.51 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0105687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.316;QD=19.0797;RBI=0.0135418;REFB=-0.0176588;REVB=0.00846669;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126345;STB=0.507038;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0139474;OID=.;OPOS=26327462;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:14:17:18:14:14:17 chr15 26327466 . C T 867.97 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.077;QD=57.865;RBI=0.0160367;REFB=0;REVB=-0.0119196;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95515e-06;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr15 27017536 . G A 960.12 PASS AF=0.607143;AO=85;DP=140;FAO=85;FDP=140;FR=.;FRO=55;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-4.61136e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.797;QD=27.4321;RBI=0.00288128;REFB=-0.0297429;REVB=0.00288127;RO=55;SAF=51;SAR=34;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120189;STB=0.565202;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0200883;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:55:55:85:85:0.607143:34:51:24:31:34:51:24:31 chr15 27018797 . G A 297.12 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00506909;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.216;QD=11.4278;RBI=0.00526418;REFB=-0.0166346;REVB=0.00141984;RO=66;SAF=22;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216855;STB=0.508324;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0307557;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:66:67:37:37:0.355769:15:22:38:28:15:22:39:28 chr15 27182357 . T C 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0266671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.938;QD=18.4779;RBI=0.0285443;REFB=-0.00183169;REVB=0.0101805;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020851;STB=0.511621;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00177165;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:15:21:23:15:15:21:23:15 chr15 27184435 . C T 363.01 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0632208;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5886;QD=17.4945;RBI=0.0632366;REFB=0.00839677;REVB=-0.00141293;RO=46;SAF=14;SAR=24;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254412;STB=0.637096;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00693876;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:46:45:38:38:0.457831:24:14:29:17:24:14:28:17 chr15 27184482 . C T 211.84 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.042073;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.26;QD=14.1229;RBI=0.0445748;REFB=-0.0201154;REVB=-0.0147231;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307881;STB=0.667863;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00938251;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:35:25:25:0.416667:13:12:28:8:13:12:27:8 chr15 27184517 . G A 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00782552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.123;QD=18.4824;RBI=0.0148378;REFB=-0.00856564;REVB=-0.0126064;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26503;STB=0.649205;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0117368;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:16:5:10:9:16:5 chr15 27188459 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0322844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.548;QD=14.8342;RBI=0.0456697;REFB=-0.0170713;REVB=0.0323023;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904587;STB=0.551555;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0241562;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:19:11:10:12:19:11 chr15 27216746 . C T 282.8 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0838183;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0386;QD=26.9328;RBI=0.118013;REFB=-0.0170892;REVB=0.0830761;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210947;STB=0.543693;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0179658;OID=.;OPOS=27216746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:16:24:26:0.619048:14:10:5:8:15:11:5:11 chr15 27772676 . C T 702.71 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.00364966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.77;QD=19.2523;RBI=0.0127108;REFB=0.00621137;REVB=0.0121756;RO=75;SAF=39;SAR=31;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280962;STB=0.511528;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00513371;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:75:76:70:70:0.479452:31:39:44:31:31:39:44:32 chr15 28090173 . C T 380.02 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0280296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.351;QD=13.2182;RBI=0.028212;REFB=-0.00733873;REVB=-0.003203;RO=69;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131305;STB=0.578912;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0109092;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:70:45:45:0.391304:18:27:33:36:18:27:33:37 chr15 28096538 . A G 447.87 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0107506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7787;QD=18.6611;RBI=0.0299544;REFB=-0.0435261;REVB=0.0279587;RO=50;SAF=26;SAR=18;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692373;STB=0.549112;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0494357;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:51:44:45:0.46875:18:26:33:17:19:26:34:17 chr15 28197037 . T C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00670828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.527;QD=20.4543;RBI=0.00964854;REFB=-0.027369;REVB=0.00693493;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099476;STB=0.556352;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0188406;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:8:7:6:11:8:7 chr15 28230247 . C T 356.06 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0169213;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.879;QD=14.3861;RBI=0.0190652;REFB=0.00597293;REVB=0.0087836;RO=60;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410642;STB=0.502332;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00914025;OID=.;OPOS=28230247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:60:60:39:39:0.393939:19:20:31:29:19:20:31:29 chr15 28231793 . T C 1288.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728399;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=62.0883;RBI=0.0356995;REFB=0;REVB=0.0349485;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49591e-05;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr15 28235773 . C T 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00551078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.339;QD=21.9988;RBI=0.0182345;REFB=-0.0104423;REVB=-0.0173818;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588168;STB=0.532601;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00908969;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:16:13:12:11:16:13:12:11 chr15 28362459 . G A 730.02 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368479;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.679;QD=62.1296;RBI=0.0394818;REFB=0;REVB=0.0141789;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145644;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:1:0:46:47:1:23:23:1:0:23:24:0:0 chr15 28412872 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.643;QD=58.2385;RBI=0.0109642;REFB=0;REVB=-0.0033641;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16008e-05;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr15 28414665 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1654;QD=57.2342;RBI=0.0548738;REFB=0;REVB=0.0547911;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383343;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr15 28419746 . G A 595.37 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0428145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.251;QD=19.3615;RBI=0.0428945;REFB=-0.0184822;REVB=-0.00261898;RO=61;SAF=30;SAR=31;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0207921;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:62:61:61:0.495935:31:30:30:31:31:30:31:31 chr15 28517436 . T C 376.02 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0267692;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.196;QD=12.4303;RBI=0.0268241;REFB=-0.00415411;REVB=-0.00171512;RO=72;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15002;STB=0.586568;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00835186;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:72:76:45:45:0.371901:17:28:35:37:17:28:37:39 chr15 28632820 . T C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000717109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.281;QD=4.30363;RBI=0.0247974;REFB=-0.0185859;REVB=-0.024787;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0461474;OID=.;OPOS=28632820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:13:13:3:3:13:13 chr15 29346924 . G A 123.35 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00169482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.875;QD=16.4474;RBI=0.0232231;REFB=-0.0385761;REVB=-0.0231612;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0217343;OID=.;OPOS=29346924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:8:8:6:8:8:8 chr15 29394009 . C T 181.67 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0421087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.434;QD=14.2485;RBI=0.043788;REFB=-0.00765327;REVB=-0.0120105;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598383;STB=0.516112;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0145301;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:18:19:0.372549:8:10:15:15:9:10:15:15 chr15 29415698 . A G 395.68 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0379749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.226;QD=20.0342;RBI=0.038634;REFB=-0.00271571;REVB=0.00710626;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224888;STB=0.629682;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00407593;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:23:17:26:12:23:17:27:12 chr15 29416901 . A G 288.29 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00312871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.336;QD=13.728;RBI=0.00554225;REFB=-0.0365695;REVB=0.00457467;RO=50;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148329;STB=0.579369;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0382335;OID=.;OPOS=29416901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:12:21:25:25:12:21:26:25 chr15 29421014 . G C 151.9 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0151993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.1;QD=13.2086;RBI=0.0255967;REFB=0.0158511;REVB=-0.0205955;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.563266;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0178214;OID=.;OPOS=29421014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:13:16:11:6:13:16 chr15 29421054 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0318353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.25;QD=14.7422;RBI=0.0336723;REFB=-0.00228529;REVB=0.0109701;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125103;STB=0.507238;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00345365;OID=.;OPOS=29421054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:10:15:10:7:10:15 chr15 29544656 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00205621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.454;QD=12.0146;RBI=0.0051701;REFB=-0.0188233;REVB=-0.00474363;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860063;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0321795;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:18:16:11:9:18:16 chr15 30008856 . C A 1120.33 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471758;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.292;QD=60.5585;RBI=0.0535095;REFB=0;REVB=0.0252529;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160916;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr15 30008889 . G A 1090.29 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00771485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.582;QD=57.3834;RBI=0.0103817;REFB=0.0423088;REVB=0.00694705;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225169;STB=0.511901;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-2.4033e-06;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:41:33:0:2:41:33:0:2 chr15 30516531 . A G 50.05 PASS AF=0.119565;AO=10;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00998834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.274;QD=2.17595;RBI=0.0271384;REFB=-0.00625387;REVB=-0.0252335;RO=81;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274176;STB=0.72686;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0263633;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:92:81:81:10:11:0.119565:3:7:38:43:3:8:38:43 chr15 30664453 . C T 129.16 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0136212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3945;QD=9.56711;RBI=0.0136596;REFB=-0.0153082;REVB=-0.00102389;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721934;STB=0.542738;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0411732;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:11:26:11:6:11:26 chr15 30665280 . TCA T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968297;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.709;QD=42.1827;RBI=0.0150527;REFB=0;REVB=-0.0115249;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.78501e-06;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:10:1:0:0:4:0:10:1:0:0 chr15 31197564 . G A 710.08 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00199985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1941;QD=54.6218;RBI=0.0234766;REFB=0.0708618;REVB=0.0233913;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0144893;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:1:0:29:22:1:0 chr15 31229420 . T C 1624.08 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0024;QD=60.1511;RBI=0.0330606;REFB=0;REVB=0.0255853;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019234;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr15 31231190 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.637;QD=58.5865;RBI=0.0262233;REFB=0;REVB=-0.024453;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129882;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr15 31267147 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.28;QD=58.061;RBI=0.00530712;REFB=0;REVB=-0.00210561;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31819e-06;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr15 31330280 . A G 1736.96 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373776;FXX=0.0416632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.048;QD=60.416;RBI=0.0404528;REFB=0;REVB=0.0154709;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431249;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:111:115:1:59:52:0:0:59:56:0:0 chr15 31341666 . C T 277.71 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0186609;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.725;QD=20.571;RBI=0.018796;REFB=-0.0262913;REVB=-0.00224993;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208655;STB=0.62083;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0164502;OID=.;OPOS=31341666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:10:18:10:15:10:19:10:15 chr15 31342744 . C T 1477.72 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.781;QD=60.3152;RBI=0.0248927;REFB=-0.085884;REVB=-0.0135068;RO=2;SAF=48;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193441;STB=0.510202;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000924453;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:94:96:0.979592:46:48:2:0:48:48:2:0 chr15 31358340 . G A 552.4 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0033342;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.802;QD=20.6503;RBI=0.00389414;REFB=-0.0150598;REVB=-0.00201183;RO=50;SAF=34;SAR=22;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297497;STB=0.510186;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0134222;OID=.;OPOS=31358340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:50:51:56:56:0.523364:22:34:32:18:22:34:32:19 chr15 31362352 . C T 657.32 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.429;QD=61.1457;RBI=0.0370934;REFB=0;REVB=0.00672354;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656902;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:36:43:1:18:18:0:0:20:23:0:0 chr15 31369123 . A G 1320.6 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5052;QD=62.146;RBI=0.05591;REFB=0;REVB=0.0123807;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385321;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:43:40:0:0:43:42:0:0 chr15 31669122 . G A 659.12 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.02259;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.64;QD=52.7297;RBI=0.0394085;REFB=-0.026502;REVB=0.0322913;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408476;STB=0.52173;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00112869;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:25:22:2:0:26:22:2:0 chr15 31942001 . G A 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.000334173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.095;QD=15.6526;RBI=0.0376984;REFB=-0.0207128;REVB=-0.0376969;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668104;STB=0.530363;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0265887;OID=.;OPOS=31942001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:10:16:17:14:10:16:18:14 chr15 33010412 . G A 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0112715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5719;QD=22.7919;RBI=0.0359131;REFB=-0.0240608;REVB=0.0340984;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596409;STB=0.533306;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00715915;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:9:12:12:12:9:12 chr15 33010736 . G A 272.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.178;QD=51.9589;RBI=0.0462537;REFB=0;REVB=-0.00275843;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197801;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr15 33023098 . C G 132.31 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=2;FWDB=-0.000908575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.98;QD=9.98571;RBI=0.0405236;REFB=-0.00870935;REVB=-0.0405134;RO=36;SAF=14;SAR=3;SRF=34;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304457;STB=0.67275;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0178219;OID=.;OPOS=33023098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:3:14:34:2:3:14:34:2 chr15 33023670 . C T 506.55 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0222011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7281;QD=54.7622;RBI=0.032254;REFB=-0.0935797;REVB=0.0233972;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00808933;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:36:37:1:1:35:36:0.972973:17:18:1:0:17:19:1:0 chr15 33023685 . A C 805.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2033;QD=64.4483;RBI=0.0494896;REFB=0;REVB=0.0242305;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498658;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr15 33023689 . C A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00733452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6318;QD=16.0287;RBI=0.029522;REFB=-0.0242173;REVB=-0.0285964;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128786;STB=0.507283;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0308201;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:16:14:12:13:16:14 chr15 33023951 . T C 592.33 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7495;QD=59.233;RBI=0.0755124;REFB=0;REVB=0.0646446;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201298;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr15 33023985 . A G 202.51 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0486494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9009;QD=21.893;RBI=0.0535985;REFB=-0.0282279;REVB=-0.0224952;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127839;STB=0.612791;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0450844;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:17:20:20:0.540541:8:12:6:8:8:12:6:11 chr15 33024567 . C T 142.95 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0385856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6702;QD=15.4537;RBI=0.0390098;REFB=0.0106923;REVB=0.00573727;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250838;STB=0.645958;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.014522;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:11:10:4:12:11:10 chr15 33024767 . A G 573.13 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0053739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.16;QD=23.8806;RBI=0.0059192;REFB=-0.03346;REVB=0.00248155;RO=43;SAF=31;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165768;STB=0.593727;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0286882;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:43:52:53:0.552083:21:31:17:26:21:32:17:26 chr15 33025627 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0136218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.747;QD=18.7957;RBI=0.0147809;REFB=0.000553925;REVB=-0.00573784;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243481;STB=0.627476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00050116;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:14:9:17:9:14:9:17:10 chr15 33025979 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0178723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7736;QD=12.2126;RBI=0.0376222;REFB=0.010923;REVB=-0.033106;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0207109;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:10:12:8:5:10:12 chr15 33026667 . A T 35.66 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0864846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3589;QD=6.20135;RBI=0.0865185;REFB=-0.0359221;REVB=0.00242347;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16883;STB=0.608351;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.112629;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:11:6:3:3:11:6 chr15 33261232 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.769;QD=33.4285;RBI=0.0282459;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303532;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr15 33359574 . C A 225.83 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0750226;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7688;QD=17.0438;RBI=0.0764343;REFB=-0.0174556;REVB=0.0146223;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188567;STB=0.585519;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.022056;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:28:24:25:0.471698:13:11:19:10:13:12:18:10 chr15 33840414 . A G 429.71 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0602378;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4176;QD=20.9616;RBI=0.0824359;REFB=-0.0874715;REVB=-0.0562768;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224553;STB=0.537295;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0280709;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:30:34:39:39:0.47561:21:18:13:17:21:18:13:21 chr15 33872177 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00451004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7205;QD=12.5693;RBI=0.005803;REFB=0.0161054;REVB=-0.00365163;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115578;STB=0.577458;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0823204;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:8:7:9:16:8:7:9:17 chr15 33954652 . C T 261.51 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.028087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4422;QD=14.7332;RBI=0.0304147;REFB=-0.0165814;REVB=0.0116695;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215782;STB=0.512233;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0263396;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:20:21:16:14:20:21 chr15 34014753 . T C 460.28 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0153024;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7524;QD=23.6042;RBI=0.0162375;REFB=-0.00803804;REVB=-0.00543079;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105839;STB=0.558113;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00588387;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:24:20:20:14:24:20:20:14 chr15 34014913 . C T 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00350211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.124;QD=23.1228;RBI=0.00953667;REFB=-0.00640246;REVB=-0.00887036;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140959;STB=0.577989;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00467027;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:11:19:10:12:11:19:10:12 chr15 34015013 . G A 123.19 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.084878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6664;QD=17.5986;RBI=0.0895339;REFB=-0.0786835;REVB=0.0284964;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0694217;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:3:11:11:3:3:11 chr15 34016274 . G A 739.39 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302799;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.003;QD=54.7693;RBI=0.00801903;REFB=-0.15278;REVB=0.00742537;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000424573;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:32:21:0:0:32:21:0:1 chr15 34113536 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000153218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.629;QD=57.8843;RBI=0.0265623;REFB=0;REVB=0.0265619;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104355;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr15 34158266 . A G 1626.62 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373241;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6817;QD=60.245;RBI=0.0447877;REFB=0;REVB=0.0247557;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198024;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr15 34356988 . G A 1354.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.086;QD=62.2666;RBI=0.0384142;REFB=0;REVB=0.0374386;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84627e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:44:41:0:0:46:41:0:0 chr15 34357259 . T A 602.33 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0109087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.523;QD=54.7575;RBI=0.0121602;REFB=-0.0335804;REVB=-0.00537304;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520454;STB=0.540521;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000513226;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:24:17:2:0:24:17:3:0 chr15 34517929 . T C 2165.9 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00215296;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.455;QD=62.3282;RBI=0.0298057;REFB=0.0326646;REVB=0.0297279;RO=1;SAF=55;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856508;STB=0.504504;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=5.65956e-05;OID=.;OPOS=34517929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:137:138:0.992806:82:55:1:0:83:55:1:0 chr15 34522108 . ACT A 809.26 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375581;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.818;QD=57.8044;RBI=0.0107629;REFB=0;REVB=0.0100863;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.75649e-05;OID=.;OPOS=34522109;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:59:56:56:0:15:41:0:0:4:0:13:38:0:0 chr15 34522935 . GAGAC G 844.21 PASS AF=0.910448;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.039288;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.753;QD=50.4006;RBI=0.0396168;REFB=-0.00270981;REVB=0.00509351;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500734;STBP=0.914;TYPE=del;VARB=0.000368609;OID=.;OPOS=34522936;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910448:60:63:61:67:6:30:31:3:3:25:0:30:30:0:0 chr15 34522985 . C G 1324.46 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137295;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.703;QD=62.3276;RBI=0.0354369;REFB=0;REVB=0.0326691;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319483;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr15 34524995 . G T 1502.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.974;QD=63.2486;RBI=0.0132339;REFB=0;REVB=-0.00643084;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258332;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:54:37:0:0:56:39:0:0 chr15 34542872 . C G 667.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9204;QD=62.0693;RBI=0.0504365;REFB=0;REVB=-0.0360859;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78999e-06;OID=.;OPOS=34542872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr15 34544468 . C T 824.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7708;QD=56.8646;RBI=0.00868155;REFB=0;REVB=0.00214992;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739708;OID=.;OPOS=34544468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chr15 34551082 . G A 1159.52 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199535;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.965;QD=61.0273;RBI=0.0222204;REFB=0;REVB=0.00977765;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2398e-05;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr15 34635863 . G C 1357.99 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2933;QD=62.4363;RBI=0.0212418;REFB=0;REVB=0.0126644;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6732e-05;OID=.;OPOS=34635863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:32:55:0:0:32:55:0:0 chr15 34638198 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.223;QD=64.415;RBI=0.0217677;REFB=0;REVB=0.0019055;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81925e-05;OID=.;OPOS=34638198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr15 34640218 . C T 1580.82 PASS AF=0.972973;AO=107;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0370455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.996;QD=56.9665;RBI=0.044699;REFB=-0.202631;REVB=0.0250128;RO=1;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939812;STB=0.503766;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000990651;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:111:1:3:107:108:0.972973:57:50:1:0:57:51:1:2 chr15 34640378 . T C 200.46 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243688;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.13;QD=50.1154;RBI=0.0246142;REFB=0;REVB=0.0034666;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025777;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr15 34649211 . C A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00773147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.472;QD=12.5791;RBI=0.0232669;REFB=0.00385746;REVB=-0.0219447;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220814;STB=0.631814;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00860837;OID=.;OPOS=34649211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:31:17:17:0.354167:9:8:19:9:9:8:21:10 chr15 34649247 . C G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0491154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8227;QD=8.8112;RBI=0.0571644;REFB=0.0220405;REVB=-0.0292479;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103103;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0533151;OID=.;OPOS=34649247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:14:9:4:6:14:9 chr15 34673722 . C T 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00233812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.36;QD=29.8325;RBI=0.00646455;REFB=-0.00684819;REVB=-0.00602691;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156202;STB=0.585578;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00401196;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:7:13:8:1:7:13:8:1 chr15 35045057 . G A 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.000692924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.156;QD=18.5588;RBI=0.0219642;REFB=-0.00881107;REVB=0.0219533;RO=54;SAF=15;SAR=37;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142935;STB=0.579523;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0100814;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:37:15:23:31:37:15:23:31 chr15 35045312 . T A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0113753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.638;QD=17.5413;RBI=0.0161869;REFB=-0.00358366;REVB=0.011516;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.601846;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00445746;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:7:9:11:4:7:9 chr15 35080931 . T C 434.25 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.013563;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.912;QD=25.5443;RBI=0.01605;REFB=-0.00899806;REVB=-0.00858182;RO=27;SAF=13;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07326;STB=0.540173;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00746961;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:27:27:41:41:0.602941:28:13:11:16:28:13:11:16 chr15 35082141 . A G 296.41 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0219911;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.346;QD=17.964;RBI=0.0276935;REFB=-0.0147005;REVB=-0.016832;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057967;STB=0.532422;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0106458;OID=.;OPOS=35082141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:17:17:18:14:17:17 chr15 35082225 . C T 193.26 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.029476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.215;QD=13.8045;RBI=0.0329674;REFB=-0.00231666;REVB=0.0147652;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00420829;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:17:16:11:12:17:16 chr15 35149008 . C T 1259.72 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=90;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000936147;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.79;QD=57.2599;RBI=0.00569718;REFB=0.00650853;REVB=-0.00561974;RO=4;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214971;STB=0.511361;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000320451;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:90:88:4:4:84:84:0.954545:42:42:1:3:42:42:1:3 chr15 35230934 . A ATAGT,T 39.3 PASS AF=0.142857,0.0571429;AO=5,2;DP=35;FAO=5,2;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3,2;FSAR=2,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0112351,8.36932e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=197.385,200.377;QD=4.49195;RBI=0.0207261,0.0111238;REFB=-0.00111008,-0.00579955;REVB=-0.0174168,-0.0111235;RO=28;SAF=3,2;SAR=2,0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0531571,0.411757;STB=0.538311,0.993405;STBP=0.852,0.296;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131037,0.0802163;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:35:35:28:28:5,2:5,2:0.142857,0.0571429:2,0:3,2:18:10:2,0:3,2:18:10 chr15 35256624 . C G 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0390651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.436;QD=10.9518;RBI=0.0423997;REFB=-0.00514545;REVB=-0.0164819;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1267;STB=0.573585;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00808795;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:14:11:26:21:14:11:26:21 chr15 35270904 . AG A 98.81 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.012841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.645;QD=14.1156;RBI=0.0848933;REFB=-0.00478733;REVB=-0.0839165;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597775;STB=0.851715;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0137766;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:11:28:12:28:16:2:10:13:3:98:16:2:9:13:3 chr15 35273620 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0222112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.533;QD=20.4858;RBI=0.0242548;REFB=0.0199533;REVB=0.00974465;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641068;STB=0.536531;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0131695;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:8:3:3:11:8:3 chr15 36946303 . C G 2078.17 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.3;QD=62.5015;RBI=0.0360987;REFB=0;REVB=0.0319204;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62483e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:131:133:1:64:67:0:0:66:67:0:0 chr15 36983962 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.067;QD=60.8835;RBI=0.0288136;REFB=0;REVB=0.0211379;RO=0;SAF=22;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46651e-05;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:55:22:0:0:55:22:0:0 chr15 37173267 . G A 479.7 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.026634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2151;QD=17.1322;RBI=0.0706379;REFB=-0.0128356;REVB=-0.0654244;RO=59;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661831;STB=0.532717;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0130322;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:59:60:52:52:0.464286:22:30:30:29:22:30:31:29 chr15 37183609 . CT C 220.35 PASS AF=0.563291;AO=70;DP=159;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0386628;FXX=0.0124992;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.93856;QD=5.57837;RBI=0.244463;REFB=-0.0782814;REVB=-0.241387;RO=60;SAF=38;SAR=32;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106305;STB=0.533887;STBP=0.348;TYPE=del;VARB=0.0811313;OID=.;OPOS=37183610;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563291:70:159:89:158:69:46:43:41:28:99:60:38:32:40:20 chr15 37343040 . C G 959.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116939;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.239;QD=59.0692;RBI=0.01354;REFB=0;REVB=-0.00682523;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99605e-05;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr15 38230436 . TGA ATG,TG 91.56 PASS AF=0,0.361446;AO=4,33;DP=84;FAO=0,30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=0,16;FSAR=0,14;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0777416,0.0347343;FXX=0.0119033;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=18.462,9.56463;QD=4.41239;RBI=0.125775,0.173475;REFB=-0.0167448,-0.0325238;REVB=-0.0988712,-0.169962;RO=38;SAF=4,15;SAR=0,18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.5969,0.00690828;STB=0.5,0.515288;STBP=1,0.886;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00484577;OID=.,.;OPOS=38230436,38230438;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:84:83:38:53:4,33:0,30:0,0.361446:0,18:4,15:17:21:0,14:0,16:27:26 chr15 38233869 . T C 930.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.647;QD=58.1713;RBI=0.00329279;REFB=0;REVB=0.00255072;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221997;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr15 38235521 . T A 184.96 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00637947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2334;QD=13.7004;RBI=0.0486003;REFB=-0.00694675;REVB=0.0481798;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.666502;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0119579;OID=.;OPOS=38235521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:17:5:15:17:17:5:15:17 chr15 38614525 . G A 988.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.469;QD=59.0198;RBI=0.0162546;REFB=0;REVB=0.0159113;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6185e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:41:24:0:0:43:24:0:0 chr15 38643574 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.834;QD=63.2856;RBI=0.00318;REFB=0;REVB=0.00179999;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42488e-06;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr15 39545032 . T G 1349.81 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0178874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.915;QD=59.9916;RBI=0.0278342;REFB=-0.0206043;REVB=0.0213257;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502369;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00011417;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:2:87:88:0.977778:34:53:0:0:35:53:1:1 chr15 39545268 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.718;QD=61.3358;RBI=0.0113742;REFB=0;REVB=0.00559748;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77186e-05;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr15 39546259 . C G 212.36 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0296253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2925;QD=14.3972;RBI=0.029648;REFB=-0.00119353;REVB=-0.00115895;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17827;STB=0.601263;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000740223;OID=.;OPOS=39546259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:13:21:11:14:13:21 chr15 39879717 . G A 281.3 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00305472;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.207;QD=16.547;RBI=0.00919278;REFB=0.00290792;REVB=0.0086704;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185465;STB=0.620131;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00379566;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:39:37:31:31:0.455882:14:17:14:25:14:17:12:25 chr15 39880358 . C T 399.02 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0142157;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.744;QD=20.4625;RBI=0.0172762;REFB=-0.00347504;REVB=-0.00981738;RO=37;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124453;STB=0.563653;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00325588;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:38:40:40:0.512821:26:14:18:19:26:14:18:20 chr15 39880822 . A G 521.9 PASS AF=0.448;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0235042;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.562;QD=16.7008;RBI=0.0256068;REFB=-0.00721105;REVB=0.0101617;RO=69;SAF=24;SAR=32;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641171;STB=0.535784;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00355154;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:69:69:56:56:0.448:32:24:34:35:32:24:34:35 chr15 39910052 . C G 400.22 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0532875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2908;QD=15.8504;RBI=0.0534204;REFB=0.00984862;REVB=-0.00376536;RO=57;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084428;STB=0.547352;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0121269;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:21:23:25:32:21:23:25:32 chr15 39910404 . G A 183.77 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00824497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.021;QD=11.856;RBI=0.00881277;REFB=0.000384889;REVB=0.00311215;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783801;STB=0.559271;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000695922;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:10:12:24:15:11:12:24:15 chr15 39910431 . A G 168.54 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00544311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.058;QD=12.0388;RBI=0.00786916;REFB=-0.00280986;REVB=0.00568298;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114294;STB=0.565976;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0123921;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:10:11:22:13:10:11:22:13 chr15 40215061 . A C 1137.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013167;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.625;QD=60.6691;RBI=0.0264677;REFB=0;REVB=0.026435;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26526e-05;OID=.;OPOS=40215061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr15 40226415 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG,GGCCCC 179.49 PASS AF=0.685714,0,0;AO=13,2,2;DP=32;FAO=24,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=16,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0177753,0.0917889,0.0929401;FXX=0.0277701;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=13.7533,12.5958,12.287;QD=20.5133;RBI=0.0420832,0.12214,0.345714;REFB=-0.109307,-0.081966,-0.072943;REVB=0.0381449,0.0805789,0.332987;RO=10;SAF=13,0,0;SAR=0,2,2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.797149,-0.703678,-0.703678;STB=0.555511,0.5,0.5;STBP=0.421,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0676991,0,0.0174484;OID=.,.,.;OPOS=40226416,40226420,40226416;OREF=C,C,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685714,0,0:13,2,2:32:24,0,0:35:11:16,0,0:8,0,0:9:2:50:10:13,0,0:0,2,2:8:2 chr15 40226495 . T C 1418.72 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000921123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.285;QD=55.6361;RBI=0.0123747;REFB=-0.0425062;REVB=0.0123404;RO=3;SAF=55;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130031;STB=0.506939;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000280138;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:98:99:0.970588:43:55:1:2:43:56:1:2 chr15 40327290 . A G 4513.71 PASS AF=0.976974;AO=297;DP=305;FAO=297;FDP=304;FR=.;FRO=7;FSAF=152;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0283572;FXX=0.00327858;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.309;QD=59.391;RBI=0.0296233;REFB=-0.0921391;REVB=0.00856776;RO=7;SAF=152;SAR=145;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224618;STB=0.511784;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000134632;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:305:304:7:7:297:297:0.976974:145:152:0:7:145:152:0:7 chr15 40327301 . G A 4620.15 PASS AF=1;AO=287;DP=292;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358582;FXX=0.0170062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0814;QD=63.9467;RBI=0.0442031;REFB=0;REVB=-0.0258477;RO=0;SAF=141;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155821;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:289:0:0:287:289:1:146:141:0:0:148:141:0:0 chr15 40328575 . G C 1434.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.001;QD=63.0491;RBI=0.0422638;REFB=0;REVB=0.0359017;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110673;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr15 40330564 . C T 186.78 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00846773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8578;QD=19.6615;RBI=0.0339042;REFB=-0.0225395;REVB=-0.0328297;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0192601;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:11:8:10:9:11:8 chr15 40383347 . T C 1066.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209326;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.821;QD=60.0604;RBI=0.028522;REFB=0;REVB=0.0193735;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43391e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr15 40383779 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.086;QD=55.0987;RBI=0.014451;REFB=0;REVB=-0.00449003;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98962e-05;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr15 40426913 . C A 328.74 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00846369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.19;QD=13.1495;RBI=0.0118325;REFB=-0.0123489;REVB=-0.00826891;RO=63;SAF=12;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105835;STB=0.560769;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0195065;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:25:12:26:37:25:12:26:37 chr15 40477831 . G A 320.66 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00313915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6401;QD=18.8623;RBI=0.0318268;REFB=0.000927503;REVB=0.0316716;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30309;STB=0.67162;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000145398;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:20:13:25:9:21:13:25:9 chr15 40488851 . G A 404.61 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0349097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.844;QD=27.9039;RBI=0.0357371;REFB=-0.0116907;REVB=-0.00764519;RO=20;SAF=15;SAR=23;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982062;STB=0.553371;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00714505;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:23:15:5:15:23:15:5:15 chr15 40558087 . G A 752.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149241;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.205;QD=56.7705;RBI=0.0305988;REFB=0;REVB=0.0267125;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504681;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr15 40573675 . G T 495.11 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0431342;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.855;QD=31.4352;RBI=0.0451593;REFB=-0.0522281;REVB=0.0133717;RO=19;SAF=23;SAR=21;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200235;STB=0.501084;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0196837;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:19:19:44:44:0.698413:21:23:10:9:21:23:10:9 chr15 40573716 . A G 957.64 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116154;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2558;QD=58.9317;RBI=0.0403771;REFB=0;REVB=-0.0386704;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415184;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:37:26:0:0:39:26:0:0 chr15 40581543 . T C 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00276705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.018;QD=26.0633;RBI=0.00564868;REFB=-0.0194657;REVB=-0.00492454;RO=30;SAF=18;SAR=29;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157154;STB=0.579966;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0138636;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:31:47:47:0.602564:29:18:18:12:29:18:18:13 chr15 40583876 . T G 450.84 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180248;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9848;QD=58.1732;RBI=0.0805915;REFB=0;REVB=0.0785499;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286846;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr15 40589002 . A G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00812422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.378;QD=16.0927;RBI=0.0123482;REFB=0.00408823;REVB=-0.00929919;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090506;STB=0.553872;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00458064;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:38:30:31:0.449275:11:19:19:16:11:20:21:17 chr15 40590134 . G A 842.35 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.006705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.788;QD=54.3454;RBI=0.0238969;REFB=0.0333191;REVB=0.022937;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482397;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0010103;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:25:34:1:1:26:34:1:1 chr15 40633138 . A T 1101.98 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398112;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3448;QD=60.3824;RBI=0.040687;REFB=0;REVB=0.00839598;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196463;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr15 40656141 . T C 89.88 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0418748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.593;QD=15.6308;RBI=0.0427699;REFB=-0.0341994;REVB=-0.00870453;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0330308;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:7:3:3:9:8:3:3:9 chr15 40662501 . G A 367.8 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0115622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.362;QD=21.9584;RBI=0.0218899;REFB=-0.0436165;REVB=0.0185872;RO=30;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124949;STB=0.569138;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0346761;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:25:12:14:16:25:12:14:16 chr15 40708484 . C T 164.04 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0149013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.698;QD=12.8661;RBI=0.0241236;REFB=-0.0224759;REVB=-0.018971;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392367;STB=0.522798;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0337299;OID=.;OPOS=40708484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:18:14:9:10:18:14 chr15 40710723 . G A 842.76 PASS AF=0.967742;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0839173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0232;QD=54.3714;RBI=0.0983362;REFB=-0.07547;REVB=0.0512629;RO=2;SAF=38;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024177;STB=0.511901;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00498432;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:62:2:2:57:60:0.967742:19:38:2:0:19:41:2:0 chr15 40751555 . C A 565.52 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6469;QD=59.5289;RBI=0.071027;REFB=0;REVB=0.0236019;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173847;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr15 40764549 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00835753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.529;QD=16.0718;RBI=0.0149661;REFB=-0.0110698;REVB=-0.0124152;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869012;STB=0.549098;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0118941;OID=.;OPOS=40764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:20:15:10:19:20:15 chr15 40849408 . C T 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0170398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7923;QD=13.1199;RBI=0.0530805;REFB=-0.0159479;REVB=-0.0502711;RO=38;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051244;STB=0.529388;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.026538;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:15:10:17:21:15:10:17:21 chr15 40856989 . C T 185.98 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00421909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.479;QD=19.0747;RBI=0.0111029;REFB=-0.0134182;REVB=0.0102701;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113406;STB=0.572298;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0108559;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:13:6:4:15:13:6:4:16 chr15 40886017 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00328785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.813;QD=21.293;RBI=0.0385015;REFB=-0.0295521;REVB=-0.0383609;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931162;STB=0.544447;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0292415;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:8:17:14:10:8:17:15:10 chr15 40886020 . C G 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00853912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1433;QD=19.1083;RBI=0.00864554;REFB=-0.0110638;REVB=0.00135233;RO=26;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125139;STB=0.570246;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0101406;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:8:19:15:11:8:19:15:11 chr15 40898643 . G C 419.5 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.04327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.713;QD=22.9861;RBI=0.0474398;REFB=-0.00778105;REVB=0.0194484;RO=32;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540863;STB=0.529751;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00523293;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:19:22:15:17:19:22:15:17 chr15 40903684 . A G 649.15 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00553168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.537;QD=15.7369;RBI=0.00994067;REFB=-0.00745247;REVB=-0.00825939;RO=93;SAF=38;SAR=34;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984621;STB=0.554869;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0102707;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:93:72:72:0.436364:34:38:40:53:34:38:40:53 chr15 40913840 . G T 574.13 PASS AF=0.5;AO=58;DP=119;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00214828;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.655;QD=19.462;RBI=0.00234681;REFB=-0.00224784;REVB=-0.000944665;RO=60;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181706;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:59:58:59:0.5:32:26:28:32:32:27:27:32 chr15 40914177 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0158997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.105;QD=17.4015;RBI=0.016071;REFB=-0.00983598;REVB=-0.00234035;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00920292;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:8:5:7:6:8:5 chr15 40914772 . C T 98.86 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0114173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.884;QD=14.6453;RBI=0.0114483;REFB=-0.0153296;REVB=0.000841895;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153102;STB=0.5881;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.028854;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:12:3:4:8:12:3 chr15 40915045 . T G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0481415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.188;QD=14.7017;RBI=0.0481805;REFB=-0.0112871;REVB=0.00193845;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0136566;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:9:6:6:6:9:6 chr15 40915190 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.014913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.545;QD=16.4544;RBI=0.0365036;REFB=-0.0413378;REVB=0.0333183;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0231486;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr15 40915894 . T C 312.35 PASS AF=0.459459;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0111191;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3874;QD=16.8836;RBI=0.0111319;REFB=-0.000975508;REVB=0.000533643;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135101;STB=0.572066;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000654998;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:40:32:34:0.459459:14:18:17:23:15:19:17:23 chr15 41105926 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.18;QD=54.481;RBI=0.0187916;REFB=0.0946928;REVB=0.0172493;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00111862;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chr15 41146880 . T C 136.04 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0621585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.241;QD=17.5541;RBI=0.0621607;REFB=0.00462458;REVB=-0.000519033;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.622055;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00112092;OID=.;OPOS=41146880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:9:7:10:5:9:7 chr15 41148199 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.279;QD=57.2023;RBI=0.0274111;REFB=0;REVB=0.0267012;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166387;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr15 41148516 . G A 321.06 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00552423;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.263;QD=15.2886;RBI=0.0104508;REFB=-0.0165004;REVB=0.00887146;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387854;STB=0.704344;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0391289;OID=.;OPOS=41148516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:48:48:35:36:0.428571:10:25:16:32:11:25:16:32 chr15 41149161 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.567;QD=52.6132;RBI=0.0327501;REFB=0;REVB=0.0151879;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147082;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr15 41195371 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0257333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.634;QD=19.1341;RBI=0.0407958;REFB=-0.0681322;REVB=-0.031656;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0605729;OID=.;OPOS=41195371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr15 41245676 . G A 304.38 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0259457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.94;QD=27.0557;RBI=0.0411535;REFB=-0.0334201;REVB=0.0319442;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564847;STB=0.531227;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0203336;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:17:10:8:10:17:10:8:10 chr15 41271718 . C T 2384.52 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060895;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.357;QD=61.1416;RBI=0.0202616;REFB=0;REVB=0.0193249;RO=0;SAF=81;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91808e-06;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:154:156:1:73:81:0:0:74:82:0:0 chr15 41313211 . GC G,GG 119.81 PASS AF=0.387097,0.0322581;AO=18,2;DP=56;FAO=24,2;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9,1;FSAR=15,1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.11783,-0.013138;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.7166,18.6263;QD=7.7297;RBI=0.121627,0.149451;REFB=-0.092432,-0.0929712;REVB=0.0301552,0.148872;RO=33;SAF=9,1;SAR=9,1;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.445161,0;SSSB=0.151123,0.121885;STB=0.526294,0.578184;STBP=0.77,0.851;TYPE=del,snp;VARB=0.119273,-0.0109905;OID=.,.;OPOS=41313212,41313212;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0.0322581:18,2:56:24,2:62:36:9,1:15,1:15:21:99:33:9,1:9,1:12:21 chr15 41476209 . T C 506.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.983;QD=57.8535;RBI=0.0377818;REFB=0;REVB=0.0377613;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438284;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr15 41476465 . G A 244.45 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00682795;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.197;QD=17.4603;RBI=0.00725276;REFB=-0.0107181;REVB=0.00244572;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102478;STB=0.557598;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0104427;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:11:16:14:15:11:16:14:15 chr15 41483682 . A G 203.49 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00628119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1718;QD=14.799;RBI=0.0276196;REFB=-6.29031e-05;REVB=0.0268959;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248092;STB=0.618089;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000385913;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:28:31:22:24:0.436364:11:11:21:7:12:12:22:9 chr15 41484287 . C A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0169741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=355.342;QD=17.4015;RBI=0.0180415;REFB=-0.0152264;REVB=0.00611371;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075581;STB=0.543555;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0194364;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:8:5:4:9:8:5 chr15 41508037 . A G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0333652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7376;QD=15.1655;RBI=0.0372562;REFB=-0.0191563;REVB=0.0165767;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17311;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0249717;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:11:8:9:6:12:8 chr15 41509288 . T A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00400083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.274;QD=10.3903;RBI=0.012735;REFB=0.0109989;REVB=0.0120902;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0184397;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr15 41564393 . A G 109.12 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0335037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.874;QD=24.2479;RBI=0.0351288;REFB=0.0117228;REVB=-0.010561;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147396;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00820389;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:2:4:5:7:2:4 chr15 41574051 . C T 925.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044612;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5939;QD=58.7696;RBI=0.0639166;REFB=0;REVB=0.0457723;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452693;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr15 41634587 . AC GA 682.67 PASS AF=0.98;AO=47;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00118393;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.315;QD=54.6137;RBI=0.00419661;REFB=-0.0217933;REVB=0.00402614;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=mnp;VARB=-6.37553e-05;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:47:49:0.98:20:27:0:1:22:27:0:1 chr15 41672356 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00227472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.302;QD=11.4396;RBI=0.00810156;REFB=-0.0210294;REVB=-0.00777566;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131564;STB=0.602563;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.018005;OID=.;OPOS=41672356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:24:13:13:0.351351:11:2:5:17:11:2:6:18 chr15 41679717 . C T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6295;QD=58.5971;RBI=0.0441595;REFB=0;REVB=-0.00156853;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231158;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr15 41805237 . C T 124.64 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00666026;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.727;QD=17.1915;RBI=0.0112484;REFB=-0.0112753;REVB=-0.00906463;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103377;STB=0.559499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0127875;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:8:7:5:9:8:7 chr15 41813279 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00142704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.788;QD=15.7822;RBI=0.0037003;REFB=-0.00353079;REVB=0.00341405;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00427912;OID=.;OPOS=41813279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:12:11:14:13:12:11:16:13 chr15 41815516 . G C 1008.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.776;QD=59.346;RBI=0.0351194;REFB=0;REVB=0.00937718;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99166e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr15 41820200 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0187215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.218;QD=15.3789;RBI=0.0299468;REFB=-0.0139129;REVB=-0.0233734;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162033;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0176009;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:7:7:8:4:7:7 chr15 41829230 . A G 143.97 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00244226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.638;QD=15.1551;RBI=0.0170428;REFB=-0.0188777;REVB=-0.0168669;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187268;STB=0.609229;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0396661;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:13:9:4:12:13:9 chr15 41991315 . A T 740.33 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3417;QD=56.9482;RBI=0.0153445;REFB=0;REVB=0.001395;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35076e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr15 42026764 . C T 1621.64 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0757;QD=57.9156;RBI=0.0430222;REFB=0;REVB=0.0420918;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203397;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:59:50:0:0:60:52:0:0 chr15 42041712 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.816;QD=45.8068;RBI=0.025116;REFB=0;REVB=0.00188171;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158447;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr15 42111753 . G A,GA,GT,T 391.3 PASS AF=0.714286,0.285714,0,0;AO=5,3,3,2;DP=27;FAO=20,8,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20,8,0,0;FSAR=0,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109103,0.178188,-0.0265552,-0.0246651;FXX=0;HRUN=10,0,0,10;LEN=1,1,1,1;MLLD=43.4092,41.6516,34.8265,36.2314;QD=55.8997;RBI=0.109103,0.178188,0.0265552,0.0246651;REFB=0,0,0,0;REVB=0,0,0,0;RO=0;SAF=5,3,3,2;SAR=0,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,snp;VARB=0.0103895,0.0336627,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=42111753,42111754,42111754,42111753;OREF=G,-,-,G;OALT=A,A,T,T;OMAPALT=A,GA,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:27:28:0:0:5,3,3,2:20,8,0,0:0.714286,0.285714,0,0:0,0,0,0:5,3,3,2:0:0:0,0,0,0:20,8,0,0:0:0 chr15 42134097 . C T 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.548;QD=59.7954;RBI=0.0449269;REFB=-0.0568154;REVB=0.0119474;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00292636;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:28:15:0:0:28:15:1:0 chr15 42134786 . C G 259.11 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0268432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.747;QD=24.1036;RBI=0.027663;REFB=-0.022285;REVB=0.00668447;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183917;STB=0.591639;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0195156;OID=.;OPOS=42134786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:9:15:7:11:9:15:8:11 chr15 42135988 . C T 3284.45 PASS AF=1;AO=212;DP=216;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308492;FXX=0.0185177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.263;QD=61.9707;RBI=0.0400553;REFB=-0.0993007;REVB=0.0255491;RO=0;SAF=106;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166766;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:212:0:0:212:212:1:106:106:0:0:106:106:0:0 chr15 42138321 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.773;QD=53.2766;RBI=0.014905;REFB=0;REVB=-0.0103392;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52231e-06;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr15 42139642 . C T 519.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.096;QD=59.4104;RBI=0.0517351;REFB=0;REVB=0.0412156;RO=0;SAF=2;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344009;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:33:2:0:0:33:2:0:0 chr15 42149472 . T C 1521.25 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0039328;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.277;QD=62.7318;RBI=0.024897;REFB=-0.029338;REVB=0.0245844;RO=1;SAF=51;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920842;STB=0.504853;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000209403;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:45:51:1:0:45:51:1:0 chr15 42149506 . G C 876.94 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00370116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.228;QD=54.8086;RBI=0.0129344;REFB=-0.06105;REVB=0.0123935;RO=2;SAF=20;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116429;STB=0.505604;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=1.49601e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:2:2:61:62:0.96875:41:20:1:1:41:21:1:1 chr15 42154738 . G A 730.64 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=55;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=0.0460063;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3523;QD=18.8553;RBI=0.0511718;REFB=-0.015296;REVB=0.0224047;RO=78;SAF=55;SAR=21;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494122;STB=0.524998;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0234612;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:78:79:76:76:0.490323:21:55:53:25:21:55:54:25 chr15 42166500 . C T 737.02 PASS AF=0.5;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0250943;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.001;QD=19.6538;RBI=0.025505;REFB=-0.0390592;REVB=-0.00455904;RO=75;SAF=49;SAR=26;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374474;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:75:75:75:75:0.5:26:49:49:26:26:49:49:26 chr15 42168368 . C T 213.42 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.012627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.31;QD=16.1073;RBI=0.020051;REFB=-0.0198344;REVB=-0.0155757;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13074;STB=0.574071;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0242422;OID=.;OPOS=42168368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:16:13:14:10:16:13 chr15 42171537 . A G 1072.82 PASS AF=0.554945;AO=99;DP=180;FAO=101;FDP=182;FR=.;FRO=81;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.03148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6669;QD=23.5784;RBI=0.0325164;REFB=-0.0386807;REVB=-0.00814417;RO=80;SAF=53;SAR=46;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327547;STB=0.524815;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0385266;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:80:81:99:101:0.554945:46:53:46:34:48:53:47:34 chr15 42178155 . T C 349.71 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0457514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6658;QD=13.5811;RBI=0.0458076;REFB=-0.020682;REVB=0.00226827;RO=62;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559987;STB=0.531738;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0463643;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:19:22:30:32:19:22:30:32 chr15 42287578 . G A 1163.57 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0320535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.704;QD=58.1787;RBI=0.0321016;REFB=-0.0742893;REVB=0.00175544;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205715;STB=0.510867;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000990813;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:33:45:2:0:33:45:2:0 chr15 42375978 . C T 377.13 PASS AF=0.407407;AO=43;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=0.024876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6903;QD=13.9678;RBI=0.0258817;REFB=-0.0211677;REVB=-0.00714469;RO=65;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24998;STB=0.629575;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0504304;OID=.;OPOS=42375978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:64:43:44:0.407407:21:22:18:47:22:22:18:46 chr15 42433800 . TCA ATG,TCG 755.8 PASS AF=0.04,0.94;AO=2,45;DP=50;FAO=2,47;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=2,17;FSAR=0,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360549,0.0418539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=107.23,117.064;QD=60.4642;RBI=0.0369994,0.0459951;REFB=-0.053207,0.00939563;REVB=-0.0083067,-0.0190734;RO=1;SAF=2,17;SAR=0,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0268394;STB=0.5,0.51428;STBP=1,0.282;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0425845,0.00106617;OID=.,.;OPOS=42433800,42433802;OREF=TCA,A;OALT=ATG,G;OMAPALT=ATG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:1:1:2,45:2,47:0.04,0.94:0,28:2,17:1:0:0,30:2,17:1:0 chr15 42434254 . G A 216.0 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00151281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.155;QD=15.1576;RBI=0.0304209;REFB=0.0151362;REVB=0.0303833;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607677;STB=0.534563;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0122557;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:20:12:8:17:20:12 chr15 42434837 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.497;QD=55.656;RBI=0.0231605;REFB=0;REVB=0.0219983;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160408;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 475.02 PASS AF=0,1,0;AO=15,17,4;DP=37;FAO=0,33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510494,0.0797933,0.0862399;FXX=0.0571265;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=266.521,272.465,267.094;QD=57.5779;RBI=0.0580266,0.084109,0.089952;REFB=0,0,0;REVB=0.0275871,0.0265963,0.0255743;RO=1;SAF=9,6,0;SAR=6,11,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0699995,0.0398535,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00124067,-0.0177485;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:15,17,4:37:0,33,0:33:0:0,15,0:0,18,0:0:0:3:1:9,6,0:6,11,4:0:1 chr15 42565588 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.092;QD=62.6709;RBI=0.00571936;REFB=0;REVB=-0.00381078;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61851e-06;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 42568547 . C G,T 692.49 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=46;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011325,-0.0319327;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.212,45.2741;QD=61.5546;RBI=0.0144231,0.0337744;REFB=0,0;REVB=-0.00893148,-0.0110006;RO=0;SAF=27,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00422788,0.0991096;OID=.,.;OPOS=42568547,42568547;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:16,1:27,1:0:0:16,1:27,1:0:0 chr15 42570718 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.071;QD=64.4154;RBI=0.0465366;REFB=0;REVB=0.0369732;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187914;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr15 42575963 . A G 507.78 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00964348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.848;QD=56.4202;RBI=0.0341553;REFB=-0.036622;REVB=0.0327657;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000800309;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr15 42579948 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.912;QD=57.1773;RBI=0.0291027;REFB=0;REVB=0.0127714;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87906e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr15 42834962 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.791;QD=56.191;RBI=0.00831888;REFB=0;REVB=0.00605656;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48018e-05;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr15 42977056 . A C 82.63 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0186639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.102;QD=9.1814;RBI=0.0598861;REFB=-0.0185122;REVB=-0.0569034;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349322;STB=0.717348;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0377059;OID=.;OPOS=42977056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:14:11:2:9:14:11 chr15 43170793 . A G 203.47 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00319544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.854;QD=30.144;RBI=0.0286474;REFB=0.00426713;REVB=0.0284686;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121387;STB=0.56686;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000957231;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:2:6:10:9:2:6 chr15 43170823 . C T 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00397173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4364;QD=30.1489;RBI=0.0397687;REFB=-0.0485347;REVB=0.0395699;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532503;STB=0.529381;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0228652;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:3:5:10:9:3:5 chr15 43531411 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.064;QD=56.7063;RBI=0.0258945;REFB=0;REVB=0.0258129;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63467e-05;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr15 43545728 . G A 506.2 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0261702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.559;QD=50.6199;RBI=0.0595663;REFB=-0.192666;REVB=0.0535094;RO=4;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124156;STB=0.566629;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00819847;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:40:40:4:4:36:36:0.9:13:23:0:4:13:23:0:4 chr15 43571390 . C G 1096.61 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.150116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5663;QD=57.7165;RBI=0.150128;REFB=-0.138438;REVB=0.00187846;RO=2;SAF=27;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337447;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00493069;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:76:2:1:72:75:0.986842:45:27:2:0:47:28:1:0 chr15 43579566 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.171;QD=55.0985;RBI=0.0205181;REFB=0;REVB=-0.00325067;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212016;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr15 43621947 . A G 1492.65 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.71;QD=58.5352;RBI=0.0270134;REFB=-0.0672184;REVB=0.022454;RO=1;SAF=58;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811007;STB=0.504273;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=8.63491e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:43:58:1:0:43:58:1:0 chr15 43632549 . T C 769.9 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995885;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.124;QD=57.0294;RBI=0.0128932;REFB=0;REVB=-0.00818869;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136877;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr15 43650384 . G A 357.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588927;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.53;QD=54.9345;RBI=0.0246291;REFB=0;REVB=0.0239146;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84081e-05;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr15 43661802 . T C 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.627;QD=54.6358;RBI=0.0252377;REFB=-0.0129205;REVB=-0.0136961;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000359255;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:30:21:0:0:30:21:0:1 chr15 43724646 . T G 610.26 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00818951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.197;QD=22.8136;RBI=0.0188983;REFB=-0.0164861;REVB=0.0170316;RO=47;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900726;STB=0.549253;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0122691;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:31:29:28:19:31:29:28:19 chr15 43748304 . A G 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.032423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.377;QD=21.3736;RBI=0.0326615;REFB=0.0030627;REVB=-0.00393957;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356536;STB=0.509795;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00244023;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:13:10:10:11:13:10:10:12 chr15 43762196 . C T 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00445193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.23;QD=14.6468;RBI=0.0343914;REFB=-0.00810116;REVB=-0.034102;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718551;STB=0.540611;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0116954;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:12:20:31:14:12:20:31:14 chr15 43767774 . G C 265.36 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0131318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9131;QD=27.2166;RBI=0.013139;REFB=-0.00798126;REVB=-0.000435176;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.575103;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00436889;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:11:4:11:13:11:4 chr15 43816917 . G A 62.67 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0120221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.67;QD=8.08625;RBI=0.0575028;REFB=0.00366043;REVB=0.056232;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386417;STB=0.74186;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00517505;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:10:12:2:7:10:12 chr15 43817406 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=6;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0342398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.627;QD=4.1658;RBI=0.0404945;REFB=-0.00533514;REVB=-0.0216205;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772668;STB=0.529329;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0184129;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:33:33:6:7:0.175:2:4:20:13:3:4:20:13 chr15 43818052 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00676112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4371;QD=20.8379;RBI=0.0168257;REFB=-0.00703284;REVB=-0.0154075;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143326;STB=0.583134;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0030571;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:3:2:2:7:3:2 chr15 43892847 . G C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00489326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.035;QD=14.5588;RBI=0.0259974;REFB=-0.0146715;REVB=-0.0255327;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130047;STB=0.573715;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0223625;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:13:22:13:13:13:22 chr15 43893072 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0112477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.917;QD=11.0189;RBI=0.0529852;REFB=-0.000885282;REVB=0.0517776;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00354894;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr15 43897499 . T C 109.52 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00944639;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9125;QD=13.2751;RBI=0.00972526;REFB=0.0105333;REVB=0.0023122;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442632;STB=0.736525;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0188118;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:16:3:8:5:16:4 chr15 43939642 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00835752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.394;QD=14.2415;RBI=0.00848842;REFB=0.0036773;REVB=-0.00148495;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515473;STB=0.528276;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00558181;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:11:11:16:13:11:11:17:14 chr15 43988604 . G A 328.4 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0247267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.866;QD=13.2686;RBI=0.026625;REFB=0.00725472;REVB=0.00987321;RO=62;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286954;STB=0.663376;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0204627;OID=.;OPOS=43988604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:14:23:22:40:14:23:22:40 chr15 44038899 . C T 592.19 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00921026;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.429;QD=21.9329;RBI=0.0110763;REFB=-0.0289084;REVB=-0.00615277;RO=49;SAF=33;SAR=26;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795851;STB=0.543569;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0231255;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:26:33:32:17:26:33:32:17 chr15 44043793 . C G 257.74 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00887756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.222;QD=19.8262;RBI=0.00939497;REFB=-0.00445275;REVB=0.0030748;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126414;STB=0.578136;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00395899;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:12:14:17:8:13:14:17:8 chr15 44061802 . C T 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0364172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4721;QD=16.419;RBI=0.0365253;REFB=-0.0122296;REVB=0.00280757;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18881;STB=0.605989;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0165988;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:22:12:16:13:22:12 chr15 44069069 . G C 539.8 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00953084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.229;QD=24.5364;RBI=0.0107876;REFB=-0.0118824;REVB=0.00505318;RO=37;SAF=25;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735017;STB=0.534077;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0084692;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:38:50:50:0.568182:25:25:15:22:25:25:16:22 chr15 44087216 . G T 95.45 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00510082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.818;QD=11.9314;RBI=0.0341188;REFB=-0.00962688;REVB=0.0337353;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369527;STB=0.727397;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0162868;OID=.;OPOS=44087216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:16:4:7:5:16:4 chr15 44089414 . A AAG 461.27 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=64;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0229972;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.3059;QD=29.2872;RBI=0.0453022;REFB=-0.0193952;REVB=0.039031;RO=22;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041157;STB=0.524126;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.00682973;OID=.;OPOS=44089415;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:40:64:42:63:21:23:19:13:8:99:22:23:17:14:8 chr15 44093927 . T C 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0145707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.403;QD=18.7943;RBI=0.0220492;REFB=-0.0163399;REVB=0.0165488;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19179;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0242914;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:11:16:9:14:11:16 chr15 44102010 . A C 619.74 PASS AF=0.428571;AO=68;DP=162;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.0153815;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.18;QD=15.3973;RBI=0.0163695;REFB=-0.0150479;REVB=0.00560083;RO=90;SAF=40;SAR=28;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225822;STB=0.523397;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0141692;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:90:92:68:69:0.428571:28:40:51:39:28:41:51:41 chr15 44120559 . T G 763.03 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493662;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.38;QD=62.2881;RBI=0.0564783;REFB=0;REVB=0.0274368;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333506;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:20:20:0:0:25:24:0:0 chr15 44120560 . C G 48.66 PASS AF=0.16;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0129195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7953;QD=3.89246;RBI=0.0618672;REFB=-0.0619544;REVB=-0.0605031;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0527801;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:50:41:42:8:8:0.16:4:4:20:21:4:4:21:21 chr15 44198049 . A G 278.93 PASS AF=0.347368;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0293039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.354;QD=11.7445;RBI=0.0345622;REFB=-0.00933752;REVB=-0.0183256;RO=62;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.650763;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0232014;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:62:62:32:33:0.347368:12:20:25:37:12:21:25:37 chr15 44943757 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.251;QD=64.1511;RBI=0.0084722;REFB=0;REVB=0.00639945;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8041e-07;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr15 44944085 . GT G,TG 101.49 PASS AF=0.583333,0;AO=12,2;DP=24;FAO=14,0;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0583682,-0.0403057;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=15.7357,119.473;QD=16.9148;RBI=0.0859374,0.0647542;REFB=-0.158607,0.00202789;REVB=0.0630744,-0.0506809;RO=10;SAF=0,1;SAR=12,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.823891,-0.103256;STB=0.841962,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.136665,0;OID=.,.;OPOS=44944086,44944085;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:24:10:10:12,2:14,0:0.583333,0:12,1:0,1:6:4:13,0:1,0:6:4 chr15 44966389 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9498;QD=54.5169;RBI=0.0237235;REFB=0;REVB=-0.0216666;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121909;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 45047134 . G A 225.57 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0142671;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.555;QD=19.6152;RBI=0.014551;REFB=-0.0095112;REVB=0.00286057;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519593;STB=0.519982;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00881295;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:12:10:10:15:12:10:10:14 chr15 45047573 . C T 708.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.989;QD=63.008;RBI=0.0703867;REFB=0;REVB=0.00852702;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017289;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr15 45392075 . G A 871.48 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.055445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4418;QD=55.3321;RBI=0.0715201;REFB=-0.120933;REVB=0.0451771;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00343212;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:1:61:62:0.984127:25:36:0:0:26:36:0:1 chr15 45400358 . C G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=33;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00236789;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.921;QD=58.6488;RBI=0.0154626;REFB=0.116035;REVB=0.0152802;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000376642;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:33:40:0.97561:14:19:0:0:14:26:1:0 chr15 45404066 . G A 1312.04 PASS AF=0.930693;AO=94;DP=101;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0358625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.987;QD=51.9618;RBI=0.0359001;REFB=-0.0806969;REVB=0.00164221;RO=4;SAF=43;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420827;STB=0.537626;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00174163;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:101:101:4:7:94:94:0.930693:51:43:4:0:51:43:7:0 chr15 45404774 . G T 386.51 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0209658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.154;QD=18.4054;RBI=0.0261697;REFB=-0.0130624;REVB=0.0156616;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099427;STB=0.555527;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0186963;OID=.;OPOS=45404774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:25:15:21:23:25:15:21:23 chr15 45408414 . C G 468.91 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4606;QD=58.6138;RBI=0.196526;REFB=0;REVB=0.195013;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379572;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:25:32:1:4:21:0:0:11:21:0:0 chr15 45408933 . T C 820.43 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358348;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.646;QD=57.5737;RBI=0.0396812;REFB=0;REVB=0.0170429;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44196e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr15 45444518 . A G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0323597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.806;QD=12.4026;RBI=0.0323665;REFB=-0.0043528;REVB=-0.000665866;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999205;STB=0.549071;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00526095;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:10:6:13:15:10:6:13:16 chr15 45446156 . C T 447.6 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00897246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.392;QD=21.0633;RBI=0.0111223;REFB=-0.00767856;REVB=0.00657273;RO=41;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133246;STB=0.573702;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00684951;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:26:18:23:18:26:18:23:18 chr15 45457519 . T G 450.55 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0124097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1074;QD=17.1638;RBI=0.0289935;REFB=-0.0345717;REVB=0.0262034;RO=52;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115902;STB=0.550824;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0355845;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:56:49:49:0.466667:26:23:18:34:26:23:21:35 chr15 45467540 . C G 277.77 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0647008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.82;QD=22.2218;RBI=0.067734;REFB=-0.0351673;REVB=0.0200425;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25518;STB=0.652453;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0260533;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:24:24:26:0.52:10:14:7:17:10:16:7:17 chr15 45545478 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0280242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.391;QD=16.7279;RBI=0.0285479;REFB=-0.0140709;REVB=-0.00544284;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0272719;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:7:12:9:7:7:12 chr15 45554267 . C A 595.16 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0116737;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.017;QD=21.4472;RBI=0.0122268;REFB=0.000264487;REVB=0.00363569;RO=52;SAF=28;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111487;STB=0.506125;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000567703;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:52:52:59:59:0.531532:31:28:24:28:31:28:24:28 chr15 45653707 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0156293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.438;QD=17.56;RBI=0.0176366;REFB=-0.0147351;REVB=0.0081716;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142722;STB=0.581725;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0149961;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:10:11:12:6:10:11 chr15 45654327 . A G 495.56 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.000488838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0526;QD=18.8784;RBI=0.0211366;REFB=-0.00233736;REVB=0.0211309;RO=51;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555257;STB=0.543291;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00563453;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:51:53:51:52:0.495238:21:30:33:18:23:29:34:19 chr15 45661678 . T A 598.66 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0189228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.423;QD=19.7905;RBI=0.0202322;REFB=-0.0135872;REVB=0.00716008;RO=60;SAF=22;SAR=39;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174302;STB=0.596298;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0114042;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:39:22:33:27:39:22:33:27 chr15 45695695 . G A 524.21 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.00158416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7077;QD=17.3292;RBI=0.0513753;REFB=-0.0128138;REVB=0.0513508;RO=61;SAF=28;SAR=28;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162289;STB=0.578485;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0243114;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:65:56:56:0.46281:28:28:41:20:28:28:42:23 chr15 45777344 . T C 337.81 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0102035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.193;QD=21.1131;RBI=0.0205402;REFB=0.0148875;REVB=-0.0178266;RO=27;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605768;STB=0.520329;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0108373;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:29:35:35:0.546875:13:22:15:12:13:22:17:12 chr15 45779810 . G A 695.89 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.739;QD=60.5121;RBI=0.0155753;REFB=-0.0676012;REVB=0.00899268;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000337621;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:0:1 chr15 45814306 . A G 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0178639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.063;QD=19.6949;RBI=0.02057;REFB=-0.0213945;REVB=-0.0101982;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691752;STB=0.539133;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0223339;OID=.;OPOS=45814306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:8:13:12:10:8:13:12:10 chr15 45968435 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00933274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.841;QD=12.0243;RBI=0.0413029;REFB=0.00976867;REVB=-0.0402347;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.016463;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:10:10:6:6:10:10 chr15 48053229 . C A 623.83 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00819496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4784;QD=55.4513;RBI=0.0570619;REFB=-0.0283951;REVB=-0.0564704;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624621;STB=0.521729;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.012794;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:45:45:3:2:42:43:0.955556:21:21:3:0:21:22:2:0 chr15 48058071 . G A 718.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.912;QD=56.3173;RBI=0.0392474;REFB=0;REVB=0.0315414;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213894;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr15 48063076 . T C 1734.36 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00634809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.233;QD=59.8056;RBI=0.0121813;REFB=-0.0787732;REVB=0.0103965;RO=1;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922029;STB=0.504854;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000171295;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:51:64:0:1:51:64:0:1 chr15 48426484 . A G 860.87 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.496;QD=57.3913;RBI=0.0334271;REFB=0;REVB=0.0282892;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159429;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr15 48443699 . T C 871.19 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0372496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8984;QD=56.2055;RBI=0.0663297;REFB=0.00406406;REVB=-0.0548825;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00129977;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:0:1:25:36:0:1 chr15 48460927 . C T 2130.71 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.712;QD=62.2106;RBI=0.0388349;REFB=0;REVB=-0.02794;RO=1;SAF=59;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218451;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:137:1:0:136:137:1:77:59:1:0:77:60:0:0 chr15 48495508 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.041;QD=63.8719;RBI=0.0316335;REFB=0;REVB=-0.000993442;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92923e-05;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr15 48539587 . T C 505.54 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00859793;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=22.9791;RBI=0.0146928;REFB=0.00134853;REVB=0.0119144;RO=37;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135588;STB=0.572213;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00103954;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:40:47:48:0.545455:27:20:22:15:28:20:23:17 chr15 48580627 . C T 106.1 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0190332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.141;QD=11.7893;RBI=0.0191814;REFB=-0.0153353;REVB=-0.0023799;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181833;STB=0.559713;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0262002;OID=.;OPOS=48580627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:9:3:9:14:9:4:9:14 chr15 48580713 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.22;QD=56.7061;RBI=0.0361435;REFB=0;REVB=0.00348512;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00519e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr15 48595192 . G T 216.23 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0790591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8198;QD=22.1769;RBI=0.0841072;REFB=-0.00271578;REVB=-0.0286998;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517698;STB=0.514692;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00182818;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:7:10:11:10:8:10 chr15 48623812 . G A 561.88 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=72;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0200258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.457;QD=29.9668;RBI=0.0605895;REFB=-0.04422;REVB=0.0571844;RO=25;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670745;STB=0.540177;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0234485;OID=.;OPOS=48623812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:25:25:46:50:0.666667:25:21:14:11:28:22:14:11 chr15 48701029 . C T 492.2 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00781629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.5;QD=51.8107;RBI=0.017576;REFB=-0.00296616;REVB=0.0157424;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651526;STB=0.534864;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=5.42929e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:20:15:0:3:20:15:0:3 chr15 48702457 . C A 1190.03 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209509;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.011;QD=61.0269;RBI=0.0219132;REFB=0;REVB=0.00642265;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84619e-05;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:43:33:0:0:43:35:0:0 chr15 48807637 . C T 1581.39 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3142;QD=63.8946;RBI=0.0523609;REFB=0;REVB=-0.00641191;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216081;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:44:54:0:0:45:54:0:0 chr15 49048705 . G C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0558577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.93;QD=10.6681;RBI=0.0622938;REFB=-0.0110297;REVB=-0.027576;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162053;STB=0.599771;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.026805;OID=.;OPOS=49048705;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:3:15:9:1:3:15 chr15 49054772 . C A 378.57 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0258603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.811;QD=16.4595;RBI=0.0287307;REFB=-0.0150592;REVB=0.012518;RO=51;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267245;STB=0.65555;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0222924;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:13:27:21:30:13:27:21:31 chr15 49148192 . T G 606.43 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00186591;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.709;QD=22.2544;RBI=0.022947;REFB=-0.00520568;REVB=0.022871;RO=47;SAF=29;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293834;STB=0.515471;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00372351;OID=.;OPOS=49148192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:47:49:60:60:0.550459:31:29:21:26:31:29:22:27 chr15 49168841 . G A 1731.76 PASS AF=0.497076;AO=168;DP=340;FAO=170;FDP=342;FR=.;FRO=172;FSAF=116;FSAR=54;FSRF=111;FSRR=61;FWDB=-0.00195879;FXX=0.0200567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1183;QD=20.2545;RBI=0.0109568;REFB=-0.0110538;REVB=0.0107803;RO=171;SAF=114;SAR=54;SRF=111;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306497;STB=0.521132;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0118379;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:342:171:172:168:170:0.497076:54:114:111:60:54:116:111:61 chr15 49171337 . GA AA,G 31.67 PASS AF=0.117647,0.235294;AO=2,4;DP=17;FAO=2,4;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2,1;FSAR=0,3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00397223,-0.105628;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=154.314,13.5649;QD=7.45249;RBI=0.00878618,0.113315;REFB=-0.00474061,0.0310149;REVB=-0.00783698,-0.0410246;RO=10;SAF=2,1;SAR=0,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.542827,-0.372583;STB=0.993132,0.772874;STBP=0.33,0.267;TYPE=snp,del;VARB=0.0293707,-0.107786;OID=.,.;OPOS=49171337,49171338;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:17:17:10:11:2,4:2,4:0.117647,0.235294:0,3:2,1:6:4:0,3:2,1:7:4 chr15 49491143 . G A 207.83 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0267162;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.113;QD=15.1149;RBI=0.0433057;REFB=-0.0062892;REVB=0.0340826;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127356;STB=0.50724;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00513897;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:19:12:9:15:19:12 chr15 49716845 . T C 144.13 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00730717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.21;QD=8.60472;RBI=0.0410682;REFB=-0.00996392;REVB=0.0404129;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419584;STB=0.5185;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0222445;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:12:8:20:26:12:8:20:27 chr15 50152583 . G T 1873.16 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835795;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.434;QD=61.4149;RBI=0.0108295;REFB=0;REVB=0.00688634;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39289e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:50:72:0:0:50:72:0:0 chr15 50311135 . C A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.809;QD=59.4291;RBI=0.0278584;REFB=0;REVB=-0.0261394;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154883;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr15 50311148 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.84;QD=60.2307;RBI=0.00586787;REFB=0;REVB=-0.00513101;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65551e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr15 50474766 . A C 168.01 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0192824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.116;QD=15.6287;RBI=0.0470548;REFB=-0.024596;REVB=-0.0429225;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317854;STB=0.55651;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.034867;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:25:18:18:0.418605:5:13:16:7:5:13:16:9 chr15 50535400 . G A 252.9 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0103064;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.21;QD=19.0869;RBI=0.0106865;REFB=0.000840873;REVB=0.00282466;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117169;STB=0.565412;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000476171;OID=.;OPOS=50535400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:16:10:14:13:16:10 chr15 50555544 . G A 1008.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.812;QD=59.3166;RBI=0.0434188;REFB=0;REVB=0.0208872;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194944;OID=.;OPOS=50555544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr15 50570369 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00530847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.297;QD=10.2403;RBI=0.0153183;REFB=-0.00617689;REVB=-0.0143691;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0105511;OID=.;OPOS=50570369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr15 50773755 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=58.0603;RBI=0.0258649;REFB=0;REVB=-0.00288701;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53773e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr15 50867082 . G A 472.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0853533;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7742;QD=59.0114;RBI=0.0881146;REFB=0;REVB=-0.0218861;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219887;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 50981098 . T C 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.486;QD=55.0809;RBI=0.0508773;REFB=0;REVB=-0.00921414;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423404;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr15 51217361 . T C 1470.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.164;QD=63.241;RBI=0.00790243;REFB=0;REVB=-0.00032571;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39651e-06;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:43:48:0:0:44:49:0:0 chr15 51294832 . G A 914.35 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1863;QD=57.1467;RBI=0.0700554;REFB=0;REVB=-0.069343;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49363e-06;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:61:64:1:24:37:0:0:24:40:0:0 chr15 51502844 . A C 2757.85 PASS AF=0.988889;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0193167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4666;QD=61.2855;RBI=0.121581;REFB=-0.164603;REVB=0.120037;RO=2;SAF=80;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971326;STB=0.50505;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00197613;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:179:180:2:2:177:178:0.988889:97:80:0:2:98:80:0:2 chr15 51502986 . G A 2258.77 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226558;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.363;QD=63.6273;RBI=0.0260673;REFB=0;REVB=0.0259686;RO=0;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229803;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:61:81:0:0:61:81:0:0 chr15 51503881 . T A 752.35 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916899;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.907;QD=64.03;RBI=0.0748259;REFB=0;REVB=0.074262;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045489;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:43:47:1:23:20:0:0:28:19:0:0 chr15 51503897 . G A 676.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0421391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.441;QD=60.1618;RBI=0.0429729;REFB=-0.100079;REVB=-0.00842385;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=9.29794e-05;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:1:0:27:17:1:0 chr15 51529112 . T C 1993.76 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0216451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9238;QD=61.3465;RBI=0.0244303;REFB=-0.0478141;REVB=0.0113284;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000549382;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:129:130:0:1:128:129:0.992308:64:64:0:0:64:65:0:1 chr15 51689772 . G A 3434.79 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046559;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.648;QD=62.4506;RBI=0.046619;REFB=0;REVB=0.00236484;RO=0;SAF=61;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172829;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:218:220:1:157:61:0:0:158:62:0:0 chr15 51698867 . T C 417.59 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.737;QD=53.8824;RBI=0.0695617;REFB=-0.0755881;REVB=0.0506875;RO=1;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103025;STB=0.555516;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00136317;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:4:26:0:1:4:26:0:1 chr15 51698922 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.898;QD=57.712;RBI=0.0195518;REFB=0;REVB=0.00781509;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42556e-05;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr15 51783820 . T C 1608.89 PASS AF=0.990909;AO=103;DP=105;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0791852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5822;QD=58.5052;RBI=0.0800679;REFB=-0.0595783;REVB=0.0118566;RO=0;SAF=25;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37014e-08;STB=0.503184;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00038395;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:110:0:1:103:109:0.990909:78:25:0:0:78:31:0:1 chr15 51791559 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4334;QD=59.4312;RBI=0.0709797;REFB=0;REVB=-0.0620202;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050186;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr15 51795172 . G A,T 1007.54 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=65,3;DP=68;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32,4;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141223,-0.0213138;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.597,96.8954;QD=58.4084;RBI=0.0148258,0.0214068;REFB=0,0;REVB=0.00451276,-0.00199297;RO=0;SAF=33,3;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000376727,0.0338265;OID=.,.;OPOS=51795172,51795172;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:68:69:0:0:65,3:65,4:0.942029,0.057971:32,0:33,3:0:0:33,0:32,4:0:0 chr15 51868373 . A G 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.875;QD=47.8011;RBI=0.0377907;REFB=0;REVB=-0.00736516;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442692;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr15 52539673 . C T 1343.55 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0553261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2384;QD=61.0704;RBI=0.0704414;REFB=-0.103121;REVB=0.0436006;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00158536;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:1:0:48:39:1:0 chr15 52556429 . A G 1071.93 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120759;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0775;QD=60.3907;RBI=0.0399564;REFB=0;REVB=-0.0380879;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527562;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr15 52601033 . T C 926.61 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150794;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.024;QD=57.9129;RBI=0.0208869;REFB=0;REVB=0.0144524;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193784;OID=.;OPOS=52601033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:31:27:0:0:33:31:0:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 538.03 PASS AF=1;AO=31;DP=46;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304683;FXX=0.146306;HRUN=3;LEN=9;MLLD=283.801;QD=61.4887;RBI=0.034924;REFB=0;REVB=0.0170694;RO=10;SAF=11;SAR=20;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.74842e-05;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:46:35:35:0:13:22:0:0:3:10:11:20:4:6 chr15 52643564 . G A 2238.58 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00940514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.057;QD=62.6176;RBI=0.0382568;REFB=-0.0204302;REVB=0.0370827;RO=1;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773136;STB=0.504064;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000177726;OID=.;OPOS=52643564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:61:81:0:1:61:81:0:1 chr15 52667552 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.204;QD=59.5013;RBI=0.0177135;REFB=0;REVB=-0.00283193;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87928e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr15 52689526 . T C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8938;QD=57.1721;RBI=0.0791796;REFB=0;REVB=0.0106479;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755436;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr15 52689631 . T G 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0895;QD=56.9311;RBI=0.0592782;REFB=0;REVB=-0.0514492;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278383;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr15 52901283 . TT CC 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549707;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.2492;QD=60.6103;RBI=0.03084;REFB=0;REVB=0.0303461;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00016616;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 52901914 . T C 176.54 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0564043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6306;QD=20.7696;RBI=0.0566398;REFB=-0.0356167;REVB=0.00515948;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15776;STB=0.519977;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0353499;OID=.;OPOS=52901914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:16:16:18:0.529412:13:3:5:11:13:5:5:11 chr15 53907948 . G A 299.54 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0574109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1815;QD=24.4519;RBI=0.0936401;REFB=0.00925037;REVB=-0.073976;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958142;STB=0.553153;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0133281;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:14:8:13:14:14:8 chr15 53994493 . A G 980.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.147;QD=58.5243;RBI=0.0584065;REFB=0;REVB=0.0412587;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140017;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:31:33:0:0:32:35:0:0 chr15 54008795 . T C 410.0 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.028851;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5897;QD=20.2467;RBI=0.051757;REFB=0.00427868;REVB=0.0429698;RO=40;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786946;STB=0.543705;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00452525;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:40:41:41:0.506173:15:26:22:18:15:26:22:18 chr15 54008845 . T C 1434.05 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.476;QD=63.035;RBI=0.0136606;REFB=0;REVB=-0.0083524;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88323e-06;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr15 54306925 . G A 1239.85 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0344731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5867;QD=58.346;RBI=0.0354256;REFB=-0.0737696;REVB=-0.00815944;RO=2;SAF=45;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205808;STB=0.510867;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00278113;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:85:2:2:82:83:0.976471:37:45:2:0:38:45:2:0 chr15 54624313 . T A 506.39 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00244678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.54;QD=19.1091;RBI=0.00670782;REFB=-0.00908363;REVB=0.00624565;RO=53;SAF=27;SAR=26;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102258;STB=0.556482;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00736754;OID=.;OPOS=54624313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:26:27:21:32:26:27:21:32 chr15 54841874 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0156701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.873;QD=15.1663;RBI=0.031116;REFB=-0.00832033;REVB=0.0268822;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0139318;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:10:9:9:6:11:9 chr15 54847677 . C T 520.06 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0069838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.699;QD=18.2476;RBI=0.0120689;REFB=-0.0117158;REVB=-0.00984297;RO=59;SAF=16;SAR=39;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18861;STB=0.605038;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0156919;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:39:16:28:31:39:16:28:31 chr15 54919047 . A G 253.67 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0245374;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.923;QD=12.6837;RBI=0.038006;REFB=-0.00341472;REVB=0.0290237;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148172;STB=0.508498;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00491065;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:50:30:30:0.375:17:13:21:29:17:13:21:29 chr15 55619796 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.947;QD=63.5809;RBI=0.0391315;REFB=0;REVB=0.00783096;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115244;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr15 55632859 . G T 1035.49 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00881612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9046;QD=56.7394;RBI=0.0189897;REFB=-0.0408809;REVB=-0.0168192;RO=2;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333423;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000337338;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:31:40:1:1:31:40:1:1 chr15 55759193 . T C 287.35 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0244727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9221;QD=38.3131;RBI=0.0309454;REFB=0.0149309;REVB=-0.0189395;RO=5;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717003;STB=0.517227;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00235118;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:5:6:24:24:0.8:14:10:1:4:14:10:2:4 chr15 55911872 . C T 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00597202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6358;QD=12.9113;RBI=0.0592005;REFB=0.00292824;REVB=-0.0588985;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112232;STB=0.56465;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00595545;OID=.;OPOS=55911872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:16:8:16:21:16:8:16:21 chr15 55970041 . A G 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00626478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5694;QD=16.0421;RBI=0.00654579;REFB=-0.0100192;REVB=0.00189735;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122546;STB=0.507035;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0145818;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:14:12:9:10:14:12 chr15 55972797 . T C 991.4 PASS AF=0.606667;AO=91;DP=151;FAO=91;FDP=150;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0299633;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173;QD=26.4373;RBI=0.0329245;REFB=-0.00917243;REVB=0.0136463;RO=59;SAF=42;SAR=49;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276752;STB=0.514992;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00620472;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:59:59:91:91:0.606667:49:42:25:34:49:42:25:34 chr15 56120962 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.767;QD=53.2767;RBI=0.0112666;REFB=0;REVB=0.0108443;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92023e-05;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr15 56139153 . T C 152.52 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0347902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.687;QD=13.5569;RBI=0.101198;REFB=-0.010393;REVB=0.09503;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143955;STB=0.583241;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.01563;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:20:8:7:10:20:8 chr15 56207811 . T G 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00309948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.218;QD=19.5001;RBI=0.0205764;REFB=-0.00865993;REVB=0.0203417;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369433;STB=0.52994;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0111132;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:19:13:13:16:19:13:14:16 chr15 56207983 . C T 486.03 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0032839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.837;QD=24.0015;RBI=0.0146437;REFB=0.00420431;REVB=0.0142707;RO=35;SAF=28;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404642;STB=0.522175;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00283516;OID=.;OPOS=56207983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:18:28:23:12:18:28:23:12 chr15 56208535 . G A 178.92 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0189488;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.815;QD=13.2533;RBI=0.0190774;REFB=-0.00919961;REVB=0.00221139;RO=32;SAF=3;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433432;STB=0.709329;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0253054;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:21:22:0.407407:18:3:15:17:18:4:15:17 chr15 56243792 . TAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAAG 110.61 PASS AF=0,0.294118,0.294118,0,0.411765;AO=5,3,2,2,2;DP=18;FAO=0,5,5,0,7;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,0,6;FSAR=0,5,4,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025678,0.0129774,0.00106066,0.00221712,-0.00510667;FXX=0.0555247;HRUN=17,17,17,1,17;LEN=1,2,3,1,1;MLLD=5.03511,9.98282,12.8314,158.471,158.521;QD=26.025;RBI=0.481895,0.26416,0.1791,0.0198655,0.0219345;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.48121,0.263841,0.179097,0.0197414,0.0213317;RO=0;SAF=0,0,1,1,2;SAR=5,3,1,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,ins,snp;VARB=-0.0916345,0.0308925,0.163073,-0.0550685,-0.0385348;OID=.,.,.,.,.;OPOS=56243793,56243793,56243793,56243806,56243805;OREF=A,AA,AAA,-,A;OALT=-,-,-,G,G;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0,0.294118,0.294118,0,0.411765:5,3,2,2,2:18:0,5,5,0,7:17:0:0,0,1,0,6:0,5,4,0,1:0:0:18:0:0,0,1,1,2:5,3,1,1,0:0:0 chr15 56258659 . A T 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0200534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.31;QD=20.9597;RBI=0.0374985;REFB=-0.018946;REVB=-0.031686;RO=40;SAF=31;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255214;STB=0.641831;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0121223;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:12:31:18:22:12:31:18:22 chr15 56322148 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000884814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.863;QD=53.2719;RBI=0.0119585;REFB=0;REVB=0.0119257;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199305;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 56322156 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.569;QD=50.4081;RBI=0.0555161;REFB=0;REVB=-0.0190999;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105906;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr15 56386577 . T G 1396.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.332;QD=62.7587;RBI=0.0227781;REFB=0;REVB=-0.00367661;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68763e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr15 56387142 . G A 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0160163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.961;QD=18.4656;RBI=0.0210694;REFB=-0.0240581;REVB=-0.0136893;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143054;STB=0.585064;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0347761;OID=.;OPOS=56387142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:17:26:18:22:17:27 chr15 56387606 . C G 466.92 PASS AF=0.7;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00871328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0322;QD=31.1277;RBI=0.0530726;REFB=-0.0350862;REVB=0.0523524;RO=17;SAF=20;SAR=22;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298842;STB=0.507151;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0159656;OID=.;OPOS=56387606;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:17:18:42:42:0.7:22:20:8:9:22:20:9:9 chr15 56387931 . C T 785.08 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5749;QD=57.0964;RBI=0.0321319;REFB=0;REVB=-0.0209681;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47749e-05;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr15 56721264 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1926;QD=63.5811;RBI=0.0246026;REFB=0;REVB=0.0188351;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27108e-05;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr15 56923714 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.878;QD=59.1428;RBI=0.02981;REFB=0;REVB=0.00167744;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49088e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr15 56946980 . T G 272.74 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0229694;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4702;QD=14.7429;RBI=0.0488318;REFB=0.00785713;REVB=0.0430923;RO=43;SAF=23;SAR=8;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238513;STB=0.622784;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00989659;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:8:23:23:20:8:23:24:19 chr15 56959028 . C T 386.29 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0208689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.785;QD=12.77;RBI=0.0243229;REFB=-0.00986634;REVB=-0.0124938;RO=74;SAF=16;SAR=30;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141922;STB=0.577324;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0156961;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:75:46:46:0.380165:30:16:35:39:30:16:35:40 chr15 57731335 . A C 305.43 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.209;QD=53.1174;RBI=0.0336657;REFB=0;REVB=-0.00417934;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261988;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr15 57731728 . A G 688.7 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.578;QD=62.6086;RBI=0.0222726;REFB=0;REVB=0.0189483;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137724;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr15 57918069 . A G 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0260298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.885;QD=16.0894;RBI=0.0262526;REFB=0.00379689;REVB=-0.00341311;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902775;STB=0.550707;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00510224;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:21:17:18:32:21:17:18:32 chr15 57918090 . A G 1171.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.382;QD=60.8586;RBI=0.0124404;REFB=0;REVB=0.0105993;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137195;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr15 57925836 . C T 245.16 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0162946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7709;QD=15.5655;RBI=0.0831013;REFB=-0.0447856;REVB=-0.0814881;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126614;STB=0.571379;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0669535;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:13:22:14:14:13:22 chr15 57967219 . T C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.773;QD=60.255;RBI=0.0154288;REFB=0;REVB=0.00821032;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19897e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr15 58000981 . C T 378.13 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00120546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.74;QD=21.6073;RBI=0.0285795;REFB=-0.0032338;REVB=-0.0285541;RO=30;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133653;STB=0.557113;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00280326;OID=.;OPOS=58000981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:38:38:0.542857:19:19:20:10:19:19:20:12 chr15 58001226 . C A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00862579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.514;QD=24.7085;RBI=0.0174928;REFB=-0.0176493;REVB=0.0152182;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309972;STB=0.517227;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0200224;OID=.;OPOS=58001226;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:11:6:9:14:11:6 chr15 58256127 . C T 548.3 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00216285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.76;QD=17.5457;RBI=0.0213761;REFB=-0.0161065;REVB=-0.0212664;RO=67;SAF=26;SAR=32;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297041;STB=0.516502;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0166076;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:32:26:28:39:32:26:28:39 chr15 58444720 . A T 583.14 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00595753;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.737;QD=25.0813;RBI=0.00670866;REFB=-0.0064425;REVB=0.00308447;RO=41;SAF=29;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143589;STB=0.584175;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00439129;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:40:53:53:0.569892:24:29:15:26:24:29:14:26 chr15 58471368 . C T 1299.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.001;QD=61.8896;RBI=0.0337936;REFB=0;REVB=0.033002;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02307e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:38:44:0:0:40:44:0:0 chr15 58476281 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.971;QD=57.3843;RBI=0.00348179;REFB=0;REVB=-0.00052447;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26414e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 58571401 . A T 338.07 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00844201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.98;QD=28.7722;RBI=0.0145016;REFB=-0.0111573;REVB=-0.011791;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706086;STB=0.503885;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0107406;OID=.;OPOS=58571401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:7:11:18:11:7:11 chr15 58833993 . G A 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.017321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7329;QD=17.2221;RBI=0.0176785;REFB=-0.0138396;REVB=0.00353727;RO=36;SAF=24;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99125e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588933;OID=.;OPOS=58833993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:8:24:27:9:8:24:27:9 chr15 58838010 . A G 2031.74 PASS AF=0.931507;AO=135;DP=147;FAO=136;FDP=146;FR=.;FRO=10;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0211166;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.837;QD=55.6642;RBI=0.0245564;REFB=-0.0187653;REVB=0.0125342;RO=9;SAF=52;SAR=83;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346005;STB=0.513739;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0026631;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:147:146:9:10:135:136:0.931507:83:52:1:8:83:53:2:8 chr15 58853079 . C A 723.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025544;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.659;QD=56.7536;RBI=0.0511713;REFB=0;REVB=0.0443396;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82742e-05;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:17:34:0:0 chr15 58853109 . A G 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.603;QD=63.5741;RBI=0.0364025;REFB=0;REVB=0.0225829;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121899;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr15 58860963 . C A 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00712805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.101;QD=56.0119;RBI=0.00712813;REFB=-0.031491;REVB=-3.3878e-05;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=8.81866e-05;OID=.;OPOS=58860963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr15 58892410 . T C 710.08 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2444;QD=55.6922;RBI=0.0599268;REFB=0;REVB=0.0597112;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415562;OID=.;OPOS=58892410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:27:23:0:1:28:23:0:0 chr15 58947625 . A G 88.37 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8291;QD=39.2766;RBI=0.0906783;REFB=0;REVB=0.0906783;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838707;OID=.;OPOS=58947625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:7:0:0:0:9:0:0:0 chr15 58983425 . G C 789.65 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152672;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.007;QD=57.4291;RBI=0.0155619;REFB=0;REVB=-0.00301402;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43042e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr15 58983588 . T A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.823;QD=60.7161;RBI=0.0338998;REFB=0;REVB=-0.0249952;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26545e-05;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr15 58985163 . GTT GGT,GT,GTG 959.46 PASS AF=0,0.985075,0.0149254;AO=38,26,3;DP=67;FAO=0,66,1;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35,0;FSAR=0,31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.46638,-0.0535014,-0.0629674;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=7.55002,25.2046,7.82442;QD=57.2811;RBI=0.480487,0.0556628,0.0790126;REFB=0,0,0;REVB=-0.115576,-0.0153606,-0.0477294;RO=0;SAF=31,3,1;SAR=7,23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.00120768,0.0352372;OID=.,.,.;OPOS=58985164,58985164,58985165;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.985075,0.0149254:38,26,3:67:0,66,1:67:0:0,35,0:0,31,1:0:0:3:0:31,3,1:7,23,2:0:0 chr15 59147037 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3772;QD=55.0978;RBI=0.0196972;REFB=0;REVB=0.0153;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040679;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr15 59147413 . T A 734.73 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314035;FXX=0.0545355;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.416;QD=56.5177;RBI=0.00700004;REFB=-0.0662391;REVB=-0.0062561;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887759;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr15 59147800 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00621542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.016;QD=22.6322;RBI=0.0111517;REFB=-0.039261;REVB=0.00925899;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0204214;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:2:6:8:5:2:6 chr15 59347929 . C A 204.16 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0589033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4559;QD=12.5634;RBI=0.0589048;REFB=0.0180703;REVB=0.000422572;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322085;STB=0.518504;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0288182;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:22:18:12:13:22:18 chr15 59368167 . G A 452.18 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0211044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1698;QD=19.4486;RBI=0.0314285;REFB=-0.00992256;REVB=0.0232886;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653314;STB=0.50363;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0193206;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:20:25:27:21:20:25:27:21 chr15 59499179 . G A 270.08 PASS AF=0.407895;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0344667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.516;QD=14.2145;RBI=0.0427077;REFB=-0.024711;REVB=-0.0252191;RO=45;SAF=23;SAR=6;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443197;STB=0.761592;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0384656;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:45:29:31:0.407895:6:23:18:27:6:25:18:27 chr15 59499228 . C T 327.96 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.000865564;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.34;QD=15.0784;RBI=0.00695676;REFB=-0.0164547;REVB=0.0069027;RO=51;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166951;STB=0.594542;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0291492;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:14:22:23:28:14:22:23:28 chr15 59499274 . C A 162.2 PASS AF=0.305556;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00858177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.396;QD=9.01105;RBI=0.00870484;REFB=-0.00408177;REVB=-0.00145858;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429969;STB=0.541629;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00944617;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:50:21:22:0.305556:11:10:22:28:11:11:22:28 chr15 59499472 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00700885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.122;QD=23.2627;RBI=0.0118062;REFB=-0.0218832;REVB=0.0095007;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813913;STB=0.545415;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0175936;OID=.;OPOS=59499472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:11:8:12:11:11:8 chr15 59500116 . T C 233.43 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000113797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.292;QD=16.977;RBI=0.0107198;REFB=-0.00629594;REVB=-0.0107192;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111235;STB=0.562453;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00878484;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:19:10:12:14:19:10 chr15 59500117 . T C 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0037919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.214;QD=16.9792;RBI=0.00413425;REFB=-0.00607058;REVB=0.00164728;RO=29;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254034;STB=0.643951;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00826519;OID=.;OPOS=59500117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:7:19:14:15:7:19:14:15 chr15 59500255 . C T 80.74 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00196463;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.71;QD=16.9974;RBI=0.00990375;REFB=-0.0180982;REVB=0.00970693;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322491;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0207536;OID=.;OPOS=59500255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:10:9:9:10:0.526316:3:6:3:7:4:6:3:6 chr15 59500346 . C T 277.49 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00327555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.501;QD=20.5551;RBI=0.0768169;REFB=0.00222403;REVB=-0.0767471;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185241;STB=0.603021;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00396642;OID=.;OPOS=59500346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:18:11:15:10:18:11:15:10 chr15 59500405 . T C 316.41 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00945169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.506;QD=15.0671;RBI=0.0173663;REFB=-0.000466471;REVB=-0.0145689;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207516;STB=0.611311;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000839908;OID=.;OPOS=59500405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:21:14:29:19:21:14:29:20 chr15 59500577 . T C 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00601405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.381;QD=12.6705;RBI=0.0064832;REFB=-0.0249882;REVB=-0.00242139;RO=52;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375702;STB=0.713626;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0286535;OID=.;OPOS=59500577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:11:20:15:37:11:20:15:37 chr15 59510189 . G A 581.44 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0100129;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.899;QD=24.4815;RBI=0.0209761;REFB=-0.00581186;REVB=0.018432;RO=42;SAF=19;SAR=34;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119203;STB=0.565463;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00441153;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:42:42:53:53:0.557895:34:19:21:21:34:19:21:21 chr15 59682428 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0139423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.759;QD=11.8152;RBI=0.01755;REFB=-0.0171867;REVB=0.010659;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785255;STB=0.545416;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0355416;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:21:20:10:14:21:20 chr15 59682486 . G GT 96.76 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00052048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7503;QD=7.30228;RBI=0.0255242;REFB=-0.00850587;REVB=-0.0255189;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645604;STB=0.553792;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=0.0101054;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:18:58:20:53:33:8:12:16:17:96:40:8:10:20:20 chr15 59682493 . C T 340.5 PASS AF=0.634615;AO=31;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00888169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.811;QD=26.1925;RBI=0.0115592;REFB=-0.000397832;REVB=0.00739804;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223275;STB=0.51236;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000275783;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:19:31:33:0.634615:18:13:9:11:18:15:8:11 chr15 59784493 . C T 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00854884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.233;QD=12.6706;RBI=0.0190613;REFB=-0.0126873;REVB=-0.0170367;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104651;STB=0.56012;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0187717;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:12:19:27:25:12:19:27:25 chr15 59911892 . G T 1606.96 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.352;QD=64.2785;RBI=0.0395373;REFB=0;REVB=0.0383121;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94836e-05;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:50:50:0:0:50:50:0:0 chr15 59912253 . A C 656.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6042;QD=61.0309;RBI=0.06062;REFB=0;REVB=0.0598026;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854205;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:22:20:0:1:23:20:0:0 chr15 59912625 . G A 513.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.367;QD=57.0324;RBI=0.0399732;REFB=-0.0542783;REVB=0.0324891;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134144;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr15 60298221 . C A 721.48 PASS AF=0.98;AO=46;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.202363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.5942;QD=57.7185;RBI=0.207568;REFB=-0.0796887;REVB=0.0461902;RO=2;SAF=4;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186141;STB=0.505745;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00656416;OID=.;OPOS=60298221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:50:2:1:46:49:0.98:42:4:2:0:43:6:0:1 chr15 60678298 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.234;QD=39.2068;RBI=0.00742816;REFB=0;REVB=-0.000770395;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06036e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 60690089 . A G 137.04 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7289;QD=42.1649;RBI=0.0233192;REFB=0;REVB=-0.00285334;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190642;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr15 60715800 . TTTTTTT GTTTTTT,TTTTTTA 694.29 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=38,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647473,-0.112011;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=31.3611,5.98863;QD=59.0884;RBI=0.0792984,0.151995;REFB=0,0;REVB=0.0457824,-0.102742;RO=0;SAF=21,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00189208,0.201059;OID=.,.;OPOS=60715800,60715806;OREF=T,T;OALT=G,A;OMAPALT=GTTTTTT,TTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:38,2:45,2:0.957447,0.0425532:17,1:21,1:0:0:20,1:25,1:0:0 chr15 60724118 . C G 675.3 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393752;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.135;QD=62.8189;RBI=0.021347;REFB=0;REVB=-0.0209807;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84039e-06;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr15 60734697 . A G 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.013242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.546;QD=27.3135;RBI=0.0151516;REFB=-0.00301971;REVB=-0.0073633;RO=12;SAF=18;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310279;STB=0.517224;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00314036;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:3:18:10:2:3:18:10:2 chr15 60789798 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.76;QD=57.1061;RBI=0.017229;REFB=0;REVB=-0.0171167;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61719e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr15 62144563 . A G 226.37 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0216997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7151;QD=17.0843;RBI=0.0328118;REFB=0.0026466;REVB=-0.0246118;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392589;STB=0.522166;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00180313;OID=.;OPOS=62144563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:18:10:8:17:18:10 chr15 62199580 . T A 187.28 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0421231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6486;QD=14.6883;RBI=0.0434032;REFB=-0.00759883;REVB=-0.0104633;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178278;STB=0.602639;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0157493;OID=.;OPOS=62199580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:15:15:14:7:15:15 chr15 62202482 . C T 7413.1 PASS AF=1;AO=465;DP=469;FAO=471;FDP=471;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832825;FXX=0.00842088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=62.9563;RBI=0.0151827;REFB=0.0128696;REVB=-0.0126947;RO=0;SAF=229;SAR=236;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06517e-05;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:469:471:0:0:465:471:1:236:229:0:0:239:232:0:0 chr15 62212781 . T C 643.47 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00737896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.79;QD=17.3912;RBI=0.00778649;REFB=-0.0332081;REVB=-0.00248604;RO=65;SAF=35;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973959;STB=0.511108;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0322328;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:65:81:65:65:0.439189:30:35:28:37:30:35:42:39 chr15 62232925 . G A 242.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0221632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9325;QD=22.5932;RBI=0.0250502;REFB=0.0238781;REVB=-0.0116751;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363841;STB=0.520325;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0198722;OID=.;OPOS=62232925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:13:7:9:14:13:7 chr15 62244117 . G A 262.77 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.000222296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.191;QD=15.0153;RBI=0.0237734;REFB=0.00496258;REVB=-0.0237723;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16707;STB=0.594456;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0107318;OID=.;OPOS=62244117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:24:16:17:13:24:16 chr15 62254989 . T C 682.87 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.00793702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0081;QD=17.3979;RBI=0.0445761;REFB=-0.0032042;REVB=0.0438638;RO=82;SAF=37;SAR=36;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298336;STB=0.516395;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00305683;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:84:73:73:0.464968:36:37:39:43:36:37:40:44 chr15 62259637 . C T 657.79 PASS AF=0.9375;AO=46;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0152823;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3456;QD=54.8155;RBI=0.0153106;REFB=0.00025564;REVB=0.000930775;RO=2;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153915;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550015;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:49:48:2:3:46:45:0.9375:31:15:1:1:30:15:1:2 chr15 62299603 . T G 375.56 PASS AF=0.520548;AO=26;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.205528;FXX=0.0135117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=83.7119;QD=20.5787;RBI=0.205742;REFB=0.00611049;REVB=-0.00938815;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255262;STB=0.544605;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00727145;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:24:35:26:38:0.520548:18:8:8:16:24:14:16:19 chr15 62316035 . C T 166.37 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0152366;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.817;QD=14.1594;RBI=0.015259;REFB=0.00735951;REVB=0.000826155;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256834;STB=0.647993;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0174848;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:9:20:8:10:9:20 chr15 62539781 . A G 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.803;QD=64.4075;RBI=0.0237269;REFB=0;REVB=-0.00129496;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33346e-05;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr15 63009804 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.87;QD=58.5878;RBI=0.0542005;REFB=0;REVB=0.0227292;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478979;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 63047778 . C T 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.587;QD=60.8762;RBI=0.0747387;REFB=0;REVB=0.0189867;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376275;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr15 63335907 . C G 152.63 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0240852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7806;QD=13.5673;RBI=0.0252069;REFB=-0.0232342;REVB=-0.0074355;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0298291;OID=.;OPOS=63335907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:14:14:9:8:14:14 chr15 63340443 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0203836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.294;QD=19.1341;RBI=0.0300345;REFB=-0.00912893;REVB=0.0220586;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00335208;OID=.;OPOS=63340443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr15 63341073 . C A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000138819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.818;QD=15.6454;RBI=0.00799393;REFB=-0.0179837;REVB=-0.00799273;RO=29;SAF=18;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224476;STB=0.629868;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0224817;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:4:18:19:10:4:18:19:10 chr15 63351840 . C A 124.44 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0508411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.357;QD=17.7776;RBI=0.0512468;REFB=-0.00227667;REVB=0.00643626;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000193041;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:7:7:8:6:7:7 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=69;DP=141;LEN=5;RO=72;SAF=42;SAR=34;SRF=27;SRR=38;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:141:72:69:34:42:27:38 chr15 63433766 . G A 784.8 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4688;QD=57.0761;RBI=0.0837867;REFB=0;REVB=-0.0351417;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326891;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:24:31:0:0 chr15 63446199 . CAAAATT C 96.44 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0233475;FXX=0.0681663;HRUN=4;LEN=6;MLLD=253.774;QD=9.40903;RBI=0.0355339;REFB=0.0130426;REVB=0.0267871;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142661;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=del;VARB=-0.0187161;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:14:43:16:41:25:8:8:11:14:96:22:7:7:8:14 chr15 63548787 . G A 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0160676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.874;QD=17.1017;RBI=0.0216781;REFB=-0.0286289;REVB=-0.0145525;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901033;STB=0.551651;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0190002;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:6:9:7:7:6:9 chr15 63618250 . G A 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00312351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9162;QD=19.763;RBI=0.0181381;REFB=-0.000116696;REVB=-0.0178672;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429338;STB=0.523796;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00011066;OID=.;OPOS=63618250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:11:24:24:9:11:24:24:9 chr15 63893706 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0177603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3807;QD=17.0993;RBI=0.0687108;REFB=-0.015179;REVB=0.0663758;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294556;STB=0.669851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0344475;OID=.;OPOS=63893706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:9:6:10:4:9:6 chr15 63922752 . T A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0100806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.329;QD=14.2606;RBI=0.0266013;REFB=-0.0106674;REVB=-0.0246172;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481099;STB=0.512723;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.014319;OID=.;OPOS=63922752;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:9:7:9:14:9:7:10:14 chr15 63932513 . G C 739.77 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.028584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.817;QD=18.7284;RBI=0.0312827;REFB=-0.0114005;REVB=0.0127108;RO=81;SAF=42;SAR=35;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366476;STB=0.520226;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0125633;OID=.;OPOS=63932513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:77:77:0.487342:35:42:41:40:35:42:41:40 chr15 63937209 . C G 365.82 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0132303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.868;QD=13.6754;RBI=0.0163286;REFB=-0.0101527;REVB=-0.00956984;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127485;STB=0.507211;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0157386;OID=.;OPOS=63937209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:20:23:35:29:20:23:35:29 chr15 63953153 . A G 79.74 PASS AF=0.275;AO=7;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0516227;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4307;QD=7.9743;RBI=0.114761;REFB=-0.0179915;REVB=0.102494;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520582;STB=0.72686;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.128586;OID=.;OPOS=63953153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:41:40:19:27:7:11:0.275:3:4:10:9:3:8:11:16 chr15 63954029 . C T 319.99 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0024919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.141;QD=18.55;RBI=0.0407743;REFB=-0.0159728;REVB=-0.0406981;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587727;STB=0.527204;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0183483;OID=.;OPOS=63954029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:11:23:21:13:11:23:22:13 chr15 63970456 . T C 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00473227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.928;QD=15.3051;RBI=0.00488196;REFB=-0.00654657;REVB=-0.00119965;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247669;STB=0.639946;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0130696;OID=.;OPOS=63970456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:15:24:11:19:15:24 chr15 63988357 . C G 280.19 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00751343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0897;QD=16.7277;RBI=0.0113166;REFB=-0.00270996;REVB=0.00846249;RO=36;SAF=25;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396657;STB=0.725286;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00355947;OID=.;OPOS=63988357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:6:25:16:20:6:25:16:20 chr15 64215375 . G C 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00346815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3851;QD=52.7638;RBI=0.0930467;REFB=-0.0726844;REVB=-0.092982;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0014526;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr15 64367745 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0569569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.703;QD=24.413;RBI=0.0581917;REFB=-0.00128355;REVB=0.011924;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188919;STB=0.606552;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00486615;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:1:4:5:6:1:4 chr15 64385851 . T C 717.43 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1622;QD=62.3853;RBI=0.0168868;REFB=0;REVB=-0.0165533;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178833;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:18:27:1:0:18:28:0:0 chr15 64418397 . G A 142.89 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=51;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0184237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8125;QD=10.3921;RBI=0.0193088;REFB=-0.0477455;REVB=-0.00577918;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107073;STB=0.545409;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0292959;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:29:35:15:20:0.363636:9:6:9:20:10:10:15:20 chr15 64430607 . T C 159.69 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0513422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.368;QD=26.6148;RBI=0.0519397;REFB=-0.0610294;REVB=-0.0078555;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.599866;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0550284;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:10:16:0.666667:3:7:3:4:4:12:4:4 chr15 64634884 . C A 473.49 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439235;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.395;QD=59.1857;RBI=0.0460746;REFB=0;REVB=-0.0139138;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60253e-05;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr15 64737225 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.785;QD=56.9569;RBI=0.0149749;REFB=0;REVB=0.00797299;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05957e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr15 64792896 . G A 1181.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217266;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.996;QD=59.8231;RBI=0.00233507;REFB=0;REVB=0.000855637;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108632;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:39:37:0:0:40:39:0:0 chr15 64793617 . A G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5346;QD=62.668;RBI=0.0254063;REFB=0;REVB=0.022449;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32922e-05;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr15 64794955 . A G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0100049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8501;QD=16.2718;RBI=0.021012;REFB=0.000604497;REVB=-0.0184771;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062575;STB=0.535189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00128003;OID=.;OPOS=64794955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:16:16:17:22:16:16:17:22 chr15 64915106 . C T 1174.75 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4811;QD=59.4809;RBI=0.0196817;REFB=0.0358527;REVB=0.010615;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000407869;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:34:44:0:0:34:44:1:0 chr15 64962630 . A C 358.36 PASS AF=0.42268;AO=33;DP=89;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0592682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2077;QD=14.7776;RBI=0.0607277;REFB=-0.0555755;REVB=-0.0132338;RO=56;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290203;STB=0.562215;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0898797;OID=.;OPOS=64962630;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:56:56:33:41:0.42268:22:11:20:36:22:19:20:36 chr15 65041622 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.01;QD=51.9156;RBI=0.0884956;REFB=0;REVB=0.0883297;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155628;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr15 65108479 . T C 322.1 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0365023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2507;QD=28.0084;RBI=0.042605;REFB=-0.0143306;REVB=-0.021972;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683779;STB=0.5431;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0084076;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:11:16:9:9:11:17:9:9 chr15 65108504 . A T 170.86 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0279091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.249;QD=14.2384;RBI=0.0554371;REFB=-0.0278822;REVB=-0.0478994;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277631;STB=0.515423;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0412955;OID=.;OPOS=65108504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:18:19:0.395833:6:12:18:10:7:12:19:10 chr15 65110254 . T G 258.35 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0158354;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.892;QD=8.98597;RBI=0.027035;REFB=-0.00749769;REVB=-0.0219119;RO=79;SAF=16;SAR=19;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283653;STB=0.51248;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0176762;OID=.;OPOS=65110254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:79:80:35:35:0.304348:19:16:38:41:19:16:38:42 chr15 65153685 . G A 315.49 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0552393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.492;QD=24.2687;RBI=0.0552666;REFB=-0.0240791;REVB=-0.00173736;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829417;STB=0.556651;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0196544;OID=.;OPOS=65153685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:12:19:10:10:12:19:10:11 chr15 65159420 . AAGGGGGGGGT AAGGGGGGGT,AAGGGGGGGTG,AGGGGGGT 35.03 PASS AF=0.235294,0.0294118,0.117647;AO=6,2,4;DP=34;FAO=8,1,4;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4,1,0;FSAR=4,0,4;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=-0.0264814,-0.0114267,-0.0500574;FXX=0;HRUN=8,8,3;LEN=1,2,3;MLLD=7.28143,89.5251,35.1517;QD=4.12095;RBI=0.198417,0.0255281,0.136131;REFB=-0.167607,-0.0240845,-0.0696512;REVB=-0.196642,-0.0228279,-0.126593;RO=17;SAF=5,2,0;SAR=1,0,4;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.292427,0.394761,-0.830429;STB=0.827117,0.98118,0.998997;STBP=0.214,0.6,0;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.00344223,0.175061,0.0310028;OID=.,.,.;OPOS=65159422,65159429,65159421;OREF=G,GT,AGG;OALT=-,TG,-;OMAPALT=AAGGGGGGGT,AAGGGGGGGTG,AGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0.0294118,0.117647:6,2,4:34:8,1,4:34:21:4,1,0:4,0,4:20:1:18:17:5,2,0:1,0,4:16:1 chr15 65347405 . G A 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0314228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.158;QD=28.8049;RBI=0.0389906;REFB=-0.00646098;REVB=0.023084;RO=17;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314189;STB=0.501729;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00284131;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:10:18:11:6:10:18:11:6 chr15 65369951 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0946466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9198;QD=28.5372;RBI=0.101677;REFB=0.0166742;REVB=-0.0371522;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0183504;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr15 65370353 . T C 1597.36 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8239;QD=59.7145;RBI=0.078009;REFB=0;REVB=0.0726629;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436046;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:1:0:106:107:1:48:58:0:1:49:58:0:0 chr15 65449169 . C T 737.59 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.112;QD=54.6361;RBI=0.0435274;REFB=-0.147021;REVB=0.0428805;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00141579;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:0:1:51:53:0.981481:30:21:0:0:30:23:0:1 chr15 65489128 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.323;QD=60.2307;RBI=0.0583815;REFB=0;REVB=0.0424721;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229627;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr15 65489688 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.767;QD=60.5471;RBI=0.0500796;REFB=0;REVB=-0.0478351;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16136e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr15 65490901 . T C 805.75 PASS AF=0.871429;AO=61;DP=70;FAO=61;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.019292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.243;QD=46.043;RBI=0.0205698;REFB=0.052541;REVB=-0.0071367;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.551708;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00425281;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:0:9:61:61:0.871429:22:39:0:0:22:39:9:0 chr15 65577890 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0045847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.498;QD=15.4097;RBI=0.0141796;REFB=-0.0130295;REVB=-0.0134179;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01824;STB=0.51032;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0156956;OID=.;OPOS=65577890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:17:17:13:14:17:17 chr15 65619427 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.496;QD=35.5759;RBI=0.0620118;REFB=0;REVB=0.0337651;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040479;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 65620156 . C T 591.18 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00895186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4839;QD=56.3028;RBI=0.0503237;REFB=-0.0461213;REVB=0.0495211;RO=2;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260554;STB=0.513882;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00179448;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:35:5:0:2:35:5:0:2 chr15 65621441 . C A 621.78 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.25;QD=60.6619;RBI=0.0626063;REFB=0;REVB=0.0590976;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356005;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:22:19:0:0 chr15 65621857 . T C 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0631674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8307;QD=56.0075;RBI=0.0762631;REFB=-0.0876643;REVB=0.0427309;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00162879;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr15 65667724 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.573;QD=57.1032;RBI=0.0991684;REFB=0;REVB=0.0196335;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033824;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr15 65676617 . T C 137.79 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00534135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.551;QD=29.0073;RBI=0.00537088;REFB=-0.0292388;REVB=-0.000562519;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686393;STB=0.526278;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0135216;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:7:6:3:2:7:7:3:2 chr15 65676726 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00384646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.075;QD=17.8403;RBI=0.0302489;REFB=-0.00844008;REVB=-0.0300033;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143284;STB=0.581287;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00780704;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:11:3:5:9:11:3 chr15 65916527 . A T 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.628;QD=63.8867;RBI=0.0213155;REFB=0;REVB=0.0153884;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2281e-06;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr15 66011630 . A G 1586.29 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.62;QD=64.0925;RBI=0.0397871;REFB=0;REVB=0.030157;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02714e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:47:49:0:0:50:49:0:0 chr15 66023799 . G T 247.7 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8818;QD=49.5395;RBI=0.097964;REFB=0;REVB=0.0193449;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106204;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:12:6:0:0:14:6:0:0 chr15 66257408 . T C 765.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9824;QD=63.8141;RBI=0.0738402;REFB=0;REVB=0.0485303;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75326e-05;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr15 66274690 . T C 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.219;QD=58.1276;RBI=0.0768967;REFB=0;REVB=0.0749483;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169752;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr15 66411441 . C T 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0011491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.349;QD=13.2234;RBI=0.0103597;REFB=-0.00452366;REVB=0.0102958;RO=55;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333221;STB=0.691474;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00960265;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:58:35:35:0.376344:13:22:17:38:13:22:18:40 chr15 66618342 . A G 668.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.101;QD=62.2091;RBI=0.0366236;REFB=0;REVB=0.0311959;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030134;OID=.;OPOS=66618342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr15 66640619 . C A 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.984;QD=61.6744;RBI=0.0158925;REFB=0;REVB=0.00359698;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27881e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr15 66644521 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.208;QD=49.5991;RBI=0.00495608;REFB=0;REVB=0.00319773;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96232e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr15 67234251 . A G 1434.24 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272268;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.666;QD=61.6875;RBI=0.0334826;REFB=-0.0357083;REVB=0.0194881;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83198e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:93:1:0:91:93:1:46:45:1:0:46:47:0:0 chr15 67457335 . A G 834.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.18;QD=57.5346;RBI=0.017516;REFB=0;REVB=0.0150181;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96692e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:30:28:0:0 chr15 67484297 . C T 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0115563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.955;QD=20.5296;RBI=0.012001;REFB=-0.00949035;REVB=-0.00323679;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704607;STB=0.549684;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00854882;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:40:42:42:0.512195:22:20:15:23:22:20:15:25 chr15 67486775 . T C 109.49 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00344662;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.491;QD=13.2712;RBI=0.0511222;REFB=0.00968778;REVB=0.0510059;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247318;STB=0.657299;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0124632;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:20:13:13:0.393939:5:8:7:12:5:8:7:13 chr15 67486847 . T C 97.04 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0136462;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.422;QD=11.7626;RBI=0.0292093;REFB=-0.00358088;REVB=-0.0258256;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00229041;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:9:12:6:6:9:12 chr15 67494304 . T G 396.86 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.014426;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.294;QD=23.0063;RBI=0.0190261;REFB=-0.00490237;REVB=0.012405;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358508;STB=0.504613;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00306825;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:23:16:11:19:23:16:12:18 chr15 67528374 . T G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00119477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9896;QD=9.37546;RBI=0.0147108;REFB=0.00345083;REVB=0.0146622;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07768;STB=0.54605;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00305228;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:21:20:8:11:21:20 chr15 67547301 . C A 488.55 PASS AF=0.45;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0376279;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.1683;QD=16.2849;RBI=0.040248;REFB=-0.0316889;REVB=0.0142845;RO=65;SAF=30;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320814;STB=0.507554;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.027457;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:65:66:53:54:0.45:23:30:37:28:23:31:37:29 chr15 67574440 . C G 194.75 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0472953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.208;QD=17.3114;RBI=0.0480765;REFB=-0.00605069;REVB=0.00863152;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170646;STB=0.597601;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00445331;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:13:12:13:7:13:12 chr15 67692502 . T C 2012.76 PASS AF=0.985075;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3669;QD=60.0823;RBI=0.0209809;REFB=-0.0431138;REVB=-0.00674959;RO=2;SAF=58;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161044;STB=0.508332;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000165662;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:134:2:2:131:132:0.985075:73:58:2:0:73:59:2:0 chr15 67768151 . G C 1327.78 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.74;QD=61.7571;RBI=0.0803907;REFB=0;REVB=0.0742525;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281984;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:51:33:0:0:53:33:0:0 chr15 67814542 . G A 921.67 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00270961;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9961;QD=54.2161;RBI=0.0401052;REFB=-0.0490575;REVB=-0.0400135;RO=3;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508906;STB=0.503067;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00198606;OID=.;OPOS=67814542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:64:65:0.955882:39:25:1:2:39:26:1:2 chr15 67962763 . A G 454.83 PASS AF=0.418033;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00725872;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.78;QD=14.9124;RBI=0.00750077;REFB=-0.00284766;REVB=-0.0018901;RO=69;SAF=26;SAR=24;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167816;STB=0.506591;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00410523;OID=.;OPOS=67962763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:69:71:50:51:0.418033:24:26:37:32:25:26:37:34 chr15 68112037 . C T 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.020753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.516;QD=16.8081;RBI=0.0210325;REFB=-0.00596373;REVB=-0.00341744;RO=42;SAF=30;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403615;STB=0.730809;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00774094;OID=.;OPOS=68112037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:5:30:23:19:5:30:23:19 chr15 68112096 . A G 118.75 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0293112;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4568;QD=11.8749;RBI=0.0294256;REFB=-0.0143733;REVB=0.00259144;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365265;STB=0.712064;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0383817;OID=.;OPOS=68112096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:6:8:6:20:6:8:6:20 chr15 68120014 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0083655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.689;QD=11.9191;RBI=0.0322385;REFB=-0.00189473;REVB=-0.0311342;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000866635;OID=.;OPOS=68120014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr15 68583175 . T C 946.97 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0404005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.046;QD=55.7041;RBI=0.0645028;REFB=-0.0803099;REVB=0.0502834;RO=2;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397586;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00670101;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:65:66:0.970588:37:28:1:1:37:29:1:1 chr15 68603625 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.394;QD=62.6146;RBI=0.0428587;REFB=0;REVB=0.0322226;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112176;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:30:58:0:0:30:58:0:0 chr15 68605169 . G A 696.23 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.782;QD=59.2535;RBI=0.0641865;REFB=-0.059672;REVB=0.0447353;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00134949;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:44:46:0.978723:17:27:0:1:18:28:0:1 chr15 68612556 . T C 648.72 PASS AF=0.533333;AO=63;DP=118;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00599698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.903;QD=21.6241;RBI=0.00880246;REFB=-0.0168504;REVB=-0.00644356;RO=55;SAF=36;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380246;STB=0.512654;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0142612;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:55:56:63:64:0.533333:27:36:29:26:28:36:30:26 chr15 68624290 . G A 384.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00538776;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.132;QD=22.944;RBI=0.0149585;REFB=-0.0152402;REVB=0.0139546;RO=29;SAF=10;SAR=28;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790839;STB=0.543665;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0131478;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:29:38:38:0.567164:28:10:10:19:28:10:10:19 chr15 68624396 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.185;QD=51.1846;RBI=0.0385636;REFB=0;REVB=0.0370433;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168056;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr15 68628143 . C T 1839.66 PASS AF=0.953846;AO=124;DP=130;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0315511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.275;QD=56.6048;RBI=0.0349233;REFB=-0.180843;REVB=0.0149722;RO=2;SAF=65;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143929;STB=0.522055;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00179923;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:130:130:2:6:124:124:0.953846:59:65:2:0:59:65:6:0 chr15 68649587 . G A 820.42 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356406;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.246;QD=57.5733;RBI=0.0362159;REFB=0;REVB=0.00642976;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118062;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr15 69325581 . C T 1174.08 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381026;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6021;QD=60.991;RBI=0.0606477;REFB=0;REVB=0.0471841;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886992;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr15 69327825 . C T 888.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332003;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.724;QD=58.2321;RBI=0.0343854;REFB=0;REVB=0.0342247;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183077;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr15 69542968 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5395;QD=51.9132;RBI=0.0638299;REFB=0;REVB=0.0577428;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251299;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr15 69561518 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.6;QD=54.5171;RBI=0.0249316;REFB=0;REVB=0.00353637;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107845;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr15 69564343 . C T 1079.29 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0902627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9451;QD=56.0668;RBI=0.0904885;REFB=-0.0669215;REVB=0.00638881;RO=3;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153378;STB=0.508114;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0081407;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:34:40:1:2:34:40:1:2 chr15 69652451 . G A 610.88 PASS AF=0.525862;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00060715;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.565;QD=21.0649;RBI=0.00509746;REFB=-0.00925188;REVB=-0.00506117;RO=53;SAF=30;SAR=30;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805131;STB=0.508194;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00665416;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:53:55:60:61:0.525862:30:30:26:27:31:30:28:27 chr15 69672272 . T TC 31.42 PASS AF=0.126316;AO=16;DP=98;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=24;FWDB=-0.0473046;FXX=0.0404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.2513;QD=1.32297;RBI=0.179443;REFB=-0.0155192;REVB=-0.173095;RO=81;SAF=3;SAR=13;SRF=59;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612457;STB=0.848857;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0805756;OID=.;OPOS=69672273;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126316:16:98:12:95:83:3:9:59:24:31:81:3:13:59:22 chr15 69684050 . C T 672.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706165;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8872;QD=62.5919;RBI=0.0718763;REFB=0;REVB=-0.0133985;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000787815;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr15 69697756 . G A 771.41 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021812;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.915;QD=57.1415;RBI=0.0322063;REFB=0;REVB=0.0236956;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66778e-06;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr15 69709748 . C A 1120.23 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259945;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.011;QD=60.5527;RBI=0.00500358;REFB=0;REVB=0.00427535;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467636;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr15 70341337 . A G 118.49 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0109244;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.054;QD=11.5596;RBI=0.0327214;REFB=-0.00902751;REVB=0.0308439;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416013;STB=0.700882;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0181274;OID=.;OPOS=70341337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:13:14:0.341463:2:11:14:12:3:11:14:13 chr15 70345626 . C T 868.46 PASS AF=0.652542;AO=77;DP=118;FAO=77;FDP=118;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00422677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.632;QD=29.4392;RBI=0.0121793;REFB=-0.00798263;REVB=-0.0114223;RO=40;SAF=40;SAR=37;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350146;STB=0.505953;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00418958;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:40:41:77:77:0.652542:37:40:21:19:37:40:22:19 chr15 70346923 . C T 130.25 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0693979;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0359;QD=16.8063;RBI=0.0727168;REFB=-0.069334;REVB=-0.0217177;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0614025;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:6:10:8:6:6:11 chr15 70347362 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6083;QD=47.8221;RBI=0.0690642;REFB=0;REVB=0.0470886;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161208;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr15 70347816 . A AG 469.68 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248632;FXX=0.0571265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=126.917;QD=56.9312;RBI=0.0100153;REFB=0;REVB=0.00970181;RO=5;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.4547e-05;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:35:33:33:0:15:18:0:0:4:5:15:14:0:5 chr15 70347920 . T C 323.11 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00301015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.114;QD=16.7849;RBI=0.0238608;REFB=-0.00666876;REVB=-0.0236701;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957203;STB=0.54664;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0049228;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:17:18:17:24:17:18:18:24 chr15 70350607 . C T 343.33 PASS AF=0.457831;AO=29;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0350401;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7284;QD=16.5459;RBI=0.27302;REFB=-0.0159778;REVB=-0.270762;RO=31;SAF=22;SAR=7;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626016;STB=0.530815;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0278279;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:31:45:29:38:0.457831:7:22:25:6:14:24:26:19 chr15 70351788 . T C 1355.04 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.449;QD=62.3007;RBI=0.0348075;REFB=0;REVB=0.0107304;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94547e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:40:43:0:0:40:47:0:0 chr15 70371777 . C G 175.89 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0176028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3364;QD=21.3197;RBI=0.0656085;REFB=0.0195925;REVB=-0.063203;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197662;STB=0.596502;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0176358;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:11:7:9:5:11:7:9:6 chr15 70960068 . G A 83.58 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00468106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.49;QD=20.8959;RBI=0.00674077;REFB=-0.0366023;REVB=-0.00485033;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219729;STB=0.624765;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00185549;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:5:1:5:5:5:1 chr15 70991925 . G C 518.73 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.00082377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.701;QD=16.4674;RBI=0.004966;REFB=-0.00255172;REVB=-0.0048972;RO=68;SAF=38;SAR=18;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509496;STB=0.52237;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0028211;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:70:56:56:0.444444:18:38:43:25:18:38:45:25 chr15 71125093 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0257238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7683;QD=16.0422;RBI=0.0572024;REFB=-0.00669481;REVB=0.0510921;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114392;STB=0.578229;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0112128;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:13:12:7:12:13:13 chr15 71125204 . A G 141.61 PASS AF=0.472222;AO=14;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0124592;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.6656;QD=15.7345;RBI=0.0222364;REFB=-0.00316566;REVB=-0.0184181;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124945;STB=0.640865;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0104557;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:19:14:17:0.472222:7:7:5:9:7:10:6:13 chr15 71184278 . G T 994.17 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229451;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2086;QD=59.3535;RBI=0.0350052;REFB=0;REVB=0.0264365;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024423;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr15 71184495 . A G 704.83 PASS AF=0.734177;AO=58;DP=79;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=0.0463881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.692;QD=35.6876;RBI=0.0471053;REFB=-0.0541783;REVB=-0.00818899;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.63632;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00240073;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:0:21:58:58:0.734177:30:28:0:0:30:28:21:0 chr15 71276480 . GCAA G 89.34 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=21;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0178037;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=225.645;QD=15.5366;RBI=0.0240965;REFB=-0.00895484;REVB=0.0162379;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36755;STB=0.709289;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.016434;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:9:21:11:23:12:8:3:4:8:89:9:6:3:2:7 chr15 71403406 . T C 322.04 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00106961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.056;QD=21.8331;RBI=0.0166761;REFB=-0.014315;REVB=-0.0166418;RO=25;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630993;STB=0.527852;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.012751;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:12:21:14:11:12:21:15:11 chr15 71953045 . G A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0184483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.152;QD=19.0439;RBI=0.0226333;REFB=-0.0274245;REVB=0.0131121;RO=42;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289518;STB=0.516121;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0273265;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:25:15:17:25:25:15:17:25 chr15 72070067 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0191256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0397;QD=16.0656;RBI=0.0216099;REFB=-0.00703224;REVB=-0.0100597;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706433;STB=0.540496;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0101862;OID=.;OPOS=72070067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:9:15:10:8:9:15 chr15 72070075 . G A 226.98 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00704725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8793;QD=21.1144;RBI=0.0181177;REFB=0.0102799;REVB=0.0166909;RO=21;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105327;STB=0.559385;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0151813;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:15:7:9:12:15:7:9:12 chr15 72073003 . C T 462.23 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.000445216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.243;QD=24.3278;RBI=0.000554502;REFB=-0.0132147;REVB=-0.000330538;RO=28;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134132;STB=0.601037;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0127448;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:32:44:44:0.578947:27:17:16:12:27:17:20:12 chr15 72105928 . AC A 993.72 PASS AF=1;AO=89;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210864;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.7429;QD=40.1504;RBI=0.0546963;REFB=0;REVB=-0.0504683;RO=2;SAF=44;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000404474;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:100:99:99:0:50:49:0:0:18:2:44:45:2:0 chr15 72191266 . C T 1253.65 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00452551;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7873;QD=58.3094;RBI=0.0568872;REFB=-0.181439;REVB=0.0567069;RO=3;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350394;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.010044;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:3:1:82:85:0.988372:39:43:0:3:41:44:0:1 chr15 72197347 . C A 311.92 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0253266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.898;QD=14.178;RBI=0.0282149;REFB=-0.00166316;REVB=-0.0124355;RO=53;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460332;STB=0.502616;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00213655;OID=.;OPOS=72197347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:16:19:29:24:16:19:29:24 chr15 72302777 . C T 500.56 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.000660307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.442;QD=17.8773;RBI=0.0092431;REFB=-0.0327518;REVB=-0.00921949;RO=56;SAF=27;SAR=26;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00780985;STB=0.508281;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0329581;OID=.;OPOS=72302777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:58:53:54:0.482143:26:27:29:27:26:28:31:27 chr15 72432583 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.238;QD=52.6116;RBI=0.042519;REFB=0;REVB=-0.0224961;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148959;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr15 72433182 . C T 900.44 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.772;QD=58.0928;RBI=0.0212632;REFB=0;REVB=0.00640884;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04627e-05;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:36:26:0:0 chr15 72637795 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.478;QD=63.2841;RBI=0.0259006;REFB=0;REVB=-0.00869516;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67162e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr15 72638892 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.829;QD=57.1062;RBI=0.0193095;REFB=0;REVB=0.0149024;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81933e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 390.03 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00573477;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=257.83;QD=38.0521;RBI=0.00642291;REFB=0.0224049;REVB=0.00289242;RO=10;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141697;STB=0.576754;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=-0.00358905;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.756098:31:41:31:41:10:16:15:2:8:70:10:16:15:2:8 chr15 72987588 . G T 1000.84 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0884225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8585;QD=57.1907;RBI=0.0886253;REFB=0.0898835;REVB=0.00599242;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0103998;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:0:1:37:32:0:1 chr15 73002035 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.771;QD=60.2306;RBI=0.017115;REFB=0;REVB=0.0168612;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33459e-05;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr15 73023937 . T C 1509.74 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2774;QD=63.5679;RBI=0.0588096;REFB=0;REVB=0.0514635;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416551;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr15 73067234 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.876;QD=61.6823;RBI=0.010035;REFB=0;REVB=0.00750645;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28144e-05;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 73541513 . A G 185.55 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00125802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8498;QD=13.7445;RBI=0.0123669;REFB=0.000587208;REVB=0.0123027;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129425;STB=0.574008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.000770725;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:20:12:11:11:20:12 chr15 73545732 . T C 407.5 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0147253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.592;QD=50.938;RBI=0.0183892;REFB=0.0078432;REVB=0.011015;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000687109;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:16:14:0:1:16:14:1:1 chr15 73564881 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000626603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.043;QD=16.7313;RBI=0.000697051;REFB=-0.021625;REVB=-0.000305367;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692295;STB=0.503889;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0257472;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:16:20:17:14:16:20 chr15 73614114 . T C 415.04 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660388;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.927;QD=57.2462;RBI=0.0704681;REFB=0;REVB=0.0245892;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544584;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr15 73994806 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00595203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.854;QD=14.1955;RBI=0.0306329;REFB=-0.0227072;REVB=-0.0300491;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106364;STB=0.562411;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0511141;OID=.;OPOS=73994806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:16:6:3:12:16:6 chr15 73994847 . C A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.028025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.114;QD=7.32167;RBI=0.0485387;REFB=0.000444776;REVB=0.0396309;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375164;STB=0.728298;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00249511;OID=.;OPOS=73994847;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:5:1:6:7:5:1:6:8 chr15 73995165 . A C 126.09 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0120227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7711;QD=10.9641;RBI=0.0270353;REFB=-0.00550519;REVB=0.0242149;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185943;STB=0.597574;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00870086;OID=.;OPOS=73995165;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:8:7:19:11:8:7:19:12 chr15 73995173 . C T 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0237076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.083;QD=8.74504;RBI=0.0253566;REFB=2.85087e-05;REVB=0.00899491;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250453;STB=0.61886;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000597345;OID=.;OPOS=73995173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:28:30:12:12:0.285714:6:6:20:8:6:6:20:10 chr15 73996066 . G A 37.89 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00822965;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.099;QD=7.57735;RBI=0.0592079;REFB=-0.0144103;REVB=0.0586332;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298785;STB=0.699439;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0209312;OID=.;OPOS=73996066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:13:14:6:6:0.3:3:3:10:3:3:3:11:3 chr15 73996101 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0322527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7;QD=8.69126;RBI=0.0328203;REFB=-0.0288953;REVB=0.00607741;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175566;STB=0.606499;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0611608;OID=.;OPOS=73996101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:13:4:3:5:13:4 chr15 74000729 . G C 526.34 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.441;QD=16.1951;RBI=0.0288846;REFB=-0.0156008;REVB=0.0255882;RO=73;SAF=38;SAR=19;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113336;STB=0.563513;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0243575;OID=.;OPOS=74000729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:73:57:57:0.438462:19:38:41:32:19:38:41:32 chr15 74001993 . T C 136.44 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.014759;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.303;QD=16.5383;RBI=0.0186026;REFB=-0.00126106;REVB=-0.0113237;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188278;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000815509;OID=.;OPOS=74001993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:6:12:7:8:6:12 chr15 74002006 . G A 178.68 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00436898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.465;QD=22.335;RBI=0.00548771;REFB=-0.0193963;REVB=0.0033207;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245556;STB=0.638141;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0267633;OID=.;OPOS=74002006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:5:9:6:12:5:9 chr15 74003533 . G A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00608495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.734;QD=26.5139;RBI=0.00613542;REFB=-0.0049858;REVB=-0.000785395;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124749;STB=0.568832;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00354293;OID=.;OPOS=74003533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:13:6:13:14:13:6 chr15 74032783 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7936;QD=62.3501;RBI=0.0173341;REFB=0;REVB=0.0164585;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37657e-05;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr15 74244344 . C T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00532611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.935;QD=15.3052;RBI=0.00706833;REFB=-0.0111475;REVB=0.00464691;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226049;STB=0.628394;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0113736;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:20:19:21:9:20:19 chr15 74277795 . T C 537.94 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0032864;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.529;QD=16.1786;RBI=0.0189067;REFB=-0.00545257;REVB=-0.0186189;RO=74;SAF=37;SAR=21;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182589;STB=0.598798;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00853865;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:74:75:58:58:0.43609:21:37:34:40:21:37:35:40 chr15 74328116 . A G 196.29 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0715187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9811;QD=21.8094;RBI=0.072807;REFB=0.00776939;REVB=-0.0136358;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31259;STB=0.722609;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00623668;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:12:4:14:6:13:3 chr15 74328141 . G T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0275104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5427;QD=18.2488;RBI=0.0383533;REFB=0.000716351;REVB=0.0267237;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.631406;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00157542;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:10:5:9:6:10:5 chr15 74368293 . A G 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00417623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.242;QD=3.96482;RBI=0.0301329;REFB=0.0116649;REVB=-0.0298421;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119073;STB=0.580963;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0260899;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:3:7:30:19:3:7:30:19 chr15 74368297 . C G 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0215069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.63;QD=4.3668;RBI=0.0278215;REFB=0.00513127;REVB=0.017649;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317757;STB=0.520997;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0511456;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:4:7:30:19:4:7:30:19 chr15 74467856 . G A 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000535196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.874;QD=17.319;RBI=0.013823;REFB=-0.0143336;REVB=0.0138127;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350097;STB=0.519975;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0199026;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:4:12:14:4:4:12:14:4 chr15 74473167 . A AG 59.77 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.005309;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.631;QD=4.59742;RBI=0.00858815;REFB=-0.00318607;REVB=-0.00675062;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111728;STB=0.538402;STBP=0.771;TYPE=ins;VARB=0.13498;OID=.;OPOS=74473168;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:13:52:13:52:39:6:7:20:19:59:36:6:7:20:16 chr15 74473739 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00890184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.485;QD=15.5771;RBI=0.0207083;REFB=-0.0181633;REVB=-0.0186973;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22015;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0224949;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:12:18:9:15:12:18 chr15 74510939 . A G 238.01 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0175265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.788;QD=11.6102;RBI=0.0488803;REFB=-0.0066673;REVB=-0.0456301;RO=53;SAF=21;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196936;STB=0.614647;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0175062;OID=.;OPOS=74510939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:8:21:30:23:8:21:30:23 chr15 74622533 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0144668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.082;QD=15.1603;RBI=0.017293;REFB=-0.0102315;REVB=0.00947408;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117353;STB=0.578851;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.012953;OID=.;OPOS=74622533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:13:8:8:8:14:8 chr15 74622549 . G T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0323304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.21;QD=16.1065;RBI=0.0362596;REFB=-0.00526579;REVB=-0.0164166;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260212;STB=0.648799;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00472001;OID=.;OPOS=74622549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:15:7:10:7:15:7 chr15 74622678 . G A 89.02 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000532836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.215;QD=15.4817;RBI=0.016357;REFB=-0.0194347;REVB=0.0163483;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0271093;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:5:6:7:4:6:6 chr15 74703929 . T C 535.66 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0154869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1401;QD=24.0744;RBI=0.0263766;REFB=-0.022178;REVB=0.0213513;RO=39;SAF=21;SAR=28;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101431;STB=0.559644;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0179748;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:39:49:50:0.561798:28:21:12:27:28:22:12:27 chr15 74709975 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0356828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.47;QD=11.5974;RBI=0.0357219;REFB=-0.00393085;REVB=0.00167197;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938032;STB=0.555466;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00663376;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:7:14:7:5:7:14 chr15 74710593 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0118923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.86;QD=21.1726;RBI=0.0218763;REFB=-0.0305633;REVB=0.0183615;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0247937;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr15 74749015 . A G 372.52 PASS AF=0.540984;AO=27;DP=64;FAO=33;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0182993;FXX=0.0468677;HRUN=7;LEN=1;MLLD=116.593;QD=24.4273;RBI=0.0477156;REFB=-0.051483;REVB=-0.0440672;RO=13;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205095;STB=0.597341;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.013915;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:13:18:27:33:0.540984:19:8:8:5:23:10:10:8 chr15 74783370 . C T 55.0 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0421779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1171;QD=9.56548;RBI=0.0519942;REFB=-0.0383726;REVB=-0.0304043;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0584306;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr15 74888196 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0185333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3762;QD=3.54026;RBI=0.0235263;REFB=-0.00563445;REVB=0.0144914;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189282;STB=0.631171;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0270077;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:11:21:3:3:11:21 chr15 74889163 . C T 448.12 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0690145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4117;QD=19.4836;RBI=0.0735478;REFB=-0.00867151;REVB=0.0254219;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559689;STB=0.535698;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0166557;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:44:45:0.48913:18:26:25:22:18:27:25:22 chr15 75012985 . T C 221.46 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00365278;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.141;QD=14.2877;RBI=0.0240476;REFB=-0.0064652;REVB=-0.0237686;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135039;STB=0.576864;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0105978;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:36:26:26:0.419355:15:11:20:16:15:11:20:16 chr15 75015305 . C T 162.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0503004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.7228;QD=19.6952;RBI=0.0510342;REFB=0.0034046;REVB=-0.00862303;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769282;STB=0.543674;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00518504;OID=.;OPOS=75015305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:7:9:11:6:7:9 chr15 75081078 . G A 218.99 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0285005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.699;QD=16.8457;RBI=0.0298432;REFB=-0.000516272;REVB=0.00885107;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520842;STB=0.519215;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000922924;OID=.;OPOS=75081078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:15:12:12:12:15:13 chr15 75091247 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0217046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.486;QD=16.661;RBI=0.022428;REFB=-0.00861153;REVB=0.00565;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068273;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.011974;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:16:16:12:16:16:16 chr15 75130093 . T C 85.24 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.171663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7128;QD=8.74251;RBI=0.178832;REFB=-0.0469713;REVB=-0.0501257;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474018;STB=0.739854;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.099346;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:37:39:26:27:11:12:0.307692:9:2:15:11:9:3:16:11 chr15 75131661 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.012;QD=62.0207;RBI=0.0328496;REFB=0;REVB=0.0306021;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237071;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr15 75131959 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.013147;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.446;QD=15.2375;RBI=0.0133419;REFB=0.0035853;REVB=0.00227207;RO=27;SAF=23;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271211;STB=0.642742;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00550082;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:36:28:28:0.4375:5:23:16:11:5:23:23:13 chr15 75189930 . A G 284.48 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0247071;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.208;QD=19.9638;RBI=0.0269548;REFB=-0.0317573;REVB=-0.010776;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059952;STB=0.519467;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0242523;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:25:27:30:30:0.526316:10:20:15:10:10:20:17:10 chr15 75336729 . A G 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.104;QD=61.0462;RBI=0.0292015;REFB=0;REVB=-0.00166582;RO=0;SAF=56;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26182e-05;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:22:56:0:0:22:56:0:0 chr15 75498548 . A G 1240.38 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.285;QD=61.2534;RBI=0.0358196;REFB=0;REVB=0.0187325;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70049e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:41:40:0:0 chr15 75499602 . C A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1323;QD=56.9554;RBI=0.0495927;REFB=0;REVB=0.0161612;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276285;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr15 75499619 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.699;QD=61.3308;RBI=0.0202835;REFB=0;REVB=-0.0133333;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76681e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr15 75499861 . G A 715.95 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858231;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5314;QD=57.276;RBI=0.00977896;REFB=0;REVB=0.00468743;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191271;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr15 75499995 . T G 659.53 PASS AF=0.588785;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00857085;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.007;QD=24.6554;RBI=0.0158608;REFB=-0.0318496;REVB=0.0133456;RO=44;SAF=29;SAR=33;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246085;STB=0.516374;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0212072;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:44:44:62:63:0.588785:33:29:22:22:34:29:22:22 chr15 75503147 . G A 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.785;QD=55.6038;RBI=0.0405695;REFB=-0.231009;REVB=0.012752;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00532388;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr15 75650836 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0176756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.097;QD=18.8287;RBI=0.0183808;REFB=0.00566269;REVB=0.00504269;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939744;STB=0.553344;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0051774;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:11:11:8:12:11:11 chr15 75932129 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.09;QD=15.9174;RBI=0.0160875;REFB=-0.00852012;REVB=0.000862964;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.508657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.010215;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:9:6:5:8:9:6 chr15 75950602 . T C 358.94 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0163192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.334;QD=17.0925;RBI=0.026921;REFB=-0.0152432;REVB=0.0214109;RO=46;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165057;STB=0.582235;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0161101;OID=.;OPOS=75950602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:37:38:0.452381:14:23:21:25:15:23:21:25 chr15 75982072 . G A 193.2 PASS AF=0.15444;AO=40;DP=259;FAO=40;FDP=259;FR=.;FRO=219;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=91;FSRR=128;FWDB=-0.01901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3819;QD=2.98381;RBI=0.0241582;REFB=0.00218387;REVB=0.0149077;RO=218;SAF=14;SAR=26;SRF=91;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913802;STB=0.558709;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0228239;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:218:219:40:40:0.15444:26:14:91:127:26:14:91:128 chr15 75982119 . G T 231.93 PASS AF=0.171103;AO=45;DP=263;FAO=45;FDP=263;FR=.;FRO=218;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=113;FSRR=105;FWDB=0.00165792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.224;QD=3.52747;RBI=0.00243084;REFB=-0.00232331;REVB=-0.00177772;RO=218;SAF=16;SAR=29;SRF=113;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211122;STB=0.635623;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0135634;OID=.;OPOS=75982119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:218:218:45:45:0.171103:29:16:113:105:29:16:113:105 chr15 76017452 . C T 302.26 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00538354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.755;QD=14.3932;RBI=0.00545154;REFB=-0.0131434;REVB=0.000858375;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134031;STB=0.583284;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0172043;OID=.;OPOS=76017452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:50:34:34:0.404762:13:21:23:24:13:21:24:26 chr15 76136768 . C T 606.22 PASS AF=0.453237;AO=55;DP=140;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00481119;FXX=0.00714235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.431;QD=17.4453;RBI=0.00602234;REFB=-0.00557802;REVB=-0.0036223;RO=57;SAF=6;SAR=49;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391814;STB=0.655778;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00544801;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:57:76:55:63:0.453237:49:6:21:36:49:14:35:41 chr15 76191802 . G A 1456.1 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267517;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0785;QD=63.3087;RBI=0.028492;REFB=0;REVB=0.00980518;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514792;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr15 76298132 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0228162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8305;QD=11.1302;RBI=0.0232466;REFB=0.0149849;REVB=0.00445266;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2505;STB=0.65085;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0205057;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:8:9:3:7:8:9 chr15 76496232 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.841;QD=60.9775;RBI=0.103829;REFB=0;REVB=0.0138885;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186138;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr15 76496340 . C T 45.39 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217967;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.854;QD=25.9368;RBI=0.0322231;REFB=-0.215087;REVB=0.0237326;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0073806;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr15 76496977 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.154;QD=63.0525;RBI=0.0221855;REFB=0;REVB=0.00296141;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09147e-05;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr15 76630303 . T C 2198.58 PASS AF=1;AO=138;DP=142;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356736;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.98;QD=63.2686;RBI=0.0374911;REFB=0;REVB=0.0115317;RO=0;SAF=62;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66723e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:139:0:0:138:139:1:76:62:0:0:76:63:0:0 chr15 76634680 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.138;QD=62.0218;RBI=0.0179117;REFB=0;REVB=0.0138227;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88999e-06;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr15 76673716 . T C 431.34 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00556458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.249;QD=25.7518;RBI=0.028678;REFB=-0.0184494;REVB=0.0281329;RO=25;SAF=27;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186004;STB=0.595389;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00683726;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:26:41:41:0.61194:14:27:10:15:14:27:11:15 chr15 76726465 . G T 603.39 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.00849013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4307;QD=17.2397;RBI=0.0391431;REFB=-0.0234697;REVB=-0.0382113;RO=73;SAF=42;SAR=21;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497348;STB=0.502673;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0167157;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:77:63:63:0.45:21:42:49:24:21:42:51:26 chr15 77176158 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0217028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.372;QD=14.9763;RBI=0.0225431;REFB=-0.0319173;REVB=0.00609719;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0445077;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr15 77176200 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0296561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.486;QD=15.8819;RBI=0.0301311;REFB=-0.0153685;REVB=-0.00532933;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0105111;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr15 77324880 . A G 333.36 PASS AF=0.493151;AO=32;DP=69;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00795052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.775;QD=18.2663;RBI=0.0199271;REFB=-0.0171124;REVB=0.0182723;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891216;STB=0.522132;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0189258;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:37:37:32:36:0.493151:17:15:17:20:21:15:17:20 chr15 77344793 . T A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00352617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.795;QD=17.1585;RBI=0.0163684;REFB=-0.0170071;REVB=0.0159841;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217443;STB=0.512188;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0169465;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:24:20:16:21:24:20 chr15 77404160 . G C 142.91 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0173263;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5279;QD=20.4153;RBI=0.0210203;REFB=-0.00984957;REVB=-0.0119017;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279744;STB=0.666481;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00750628;OID=.;OPOS=77404160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:13:15:15:0.535714:6:9:11:1:6:9:12:1 chr15 77450964 . C T 710.97 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0135383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6578;QD=19.0866;RBI=0.0372845;REFB=0.00438628;REVB=0.0347397;RO=78;SAF=33;SAR=38;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333803;STB=0.518471;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00520226;OID=.;OPOS=77450964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:78:78:71:71:0.47651:38:33:39:39:38:33:39:39 chr15 77907145 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.284;QD=63.8713;RBI=0.0205401;REFB=0;REVB=0.00515565;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88845e-05;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr15 77907535 . C G 1171.96 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.091;QD=60.881;RBI=0.0120857;REFB=0;REVB=0.0119868;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32979e-05;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr15 77907775 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.741;QD=58.2396;RBI=0.0198364;REFB=0;REVB=0.00883396;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87552e-05;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr15 77907784 . G A 958.66 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.699;QD=57.2334;RBI=0.0399781;REFB=0.0399295;REVB=0.0302248;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-5.33773e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:22:44:0:1:22:44:0:1 chr15 78207601 . G A 638.18 PASS AF=0.88;AO=44;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0376427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2525;QD=51.0546;RBI=0.0404429;REFB=-0.0120823;REVB=0.0147871;RO=6;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701064;STB=0.53746;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00142476;OID=.;OPOS=78207601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:6:6:44:44:0.88:23:21:1:5:23:21:1:5 chr15 78207625 . A G 32.57 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00402295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3385;QD=2.77215;RBI=0.0169495;REFB=0.000367094;REVB=0.0164651;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429459;STB=0.813726;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00270287;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:40:41:6:6:0.12766:5:1:21:19:5:1:21:20 chr15 78208880 . G A 510.56 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0345382;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5994;QD=41.6786;RBI=0.0631693;REFB=-0.0230544;REVB=0.0528912;RO=11;SAF=22;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164672;STB=0.588818;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00949224;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:49:11:11:38:38:0.77551:16:22:2:9:16:22:2:9 chr15 78208916 . C G 272.85 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.059599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.097;QD=24.2532;RBI=0.0596706;REFB=-0.0253216;REVB=-0.00292125;RO=20;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195884;STB=0.510908;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0207011;OID=.;OPOS=78208916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:18:7:6:14:18:7:6:14 chr15 78209436 . C T 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00235478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.01;QD=52.5382;RBI=0.0117182;REFB=-0.00932017;REVB=-0.0114791;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046999;STB=0.52499;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=3.35364e-05;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:19:31:0:2:19:31:0:2 chr15 78211164 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9822;QD=33.4285;RBI=0.0269622;REFB=0;REVB=-0.0224691;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00347095;OID=.;OPOS=78211164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 78211345 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.43;QD=56.1912;RBI=0.0366619;REFB=0;REVB=0.0354912;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647438;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr15 78211393 . A T 311.36 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0143322;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.426;QD=18.8702;RBI=0.0493734;REFB=-0.0116756;REVB=-0.0472474;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193131;STB=0.607777;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00955574;OID=.;OPOS=78211393;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:21:12:19:14:21:12:19:14 chr15 78276660 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.826;QD=58.1369;RBI=0.0157116;REFB=0;REVB=-0.00719796;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03205e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr15 78403004 . A G 732.35 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0446935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.606;QD=51.3927;RBI=0.0506251;REFB=-0.0430551;REVB=0.0237781;RO=1;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348675;STB=0.551704;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00236543;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:13:41:0:1:13:41:0:3 chr15 78485848 . CT CC,C 211.0 PASS AF=0.366667,0.4;AO=11,10;DP=30;FAO=11,12;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=11,10;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0341285,-0.10267;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.7104,18.7528;QD=28.1335;RBI=0.0693598,0.133606;REFB=0.00601741,0.02671;REVB=0.0603823,0.0854964;RO=9;SAF=11,10;SAR=0,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.835435,0.830303;STB=0.998684,0.74422;STBP=0.001,0.02;TYPE=snp,del;VARB=-0.0183736,0.0767567;OID=.,.;OPOS=78485849,78485849;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.366667,0.4:11,10:30:11,12:30:7:11,10:0,2:2:5:83:9:11,10:0,0:2:7 chr15 78574393 . G T 353.0 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00363879;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.146;QD=15.6888;RBI=0.0393839;REFB=-0.023749;REVB=-0.0392155;RO=52;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269648;STB=0.515214;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.032306;OID=.;OPOS=78574393;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:52:38:38:0.422222:18:20:26:26:18:20:26:26 chr15 78587910 . A G 1821.89 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.508;QD=61.2399;RBI=0.0436028;REFB=0;REVB=0.0120718;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62279e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr15 78587970 . T C 532.82 PASS AF=0.51;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0488009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8614;QD=21.3129;RBI=0.0518805;REFB=-0.00485429;REVB=-0.0176084;RO=48;SAF=16;SAR=34;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258891;STB=0.6394;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00404936;OID=.;OPOS=78587970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:49:50:51:0.51:34:16:29:19:34:17:30:19 chr15 78632830 . C G 381.96 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00455539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8494;QD=19.8419;RBI=0.0385159;REFB=-0.0297924;REVB=0.0382455;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177495;STB=0.598076;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0305252;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:27:11:19:20:27:11 chr15 78633595 . T G 299.73 PASS AF=0.435897;AO=31;DP=75;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00397533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.653;QD=15.3706;RBI=0.0244234;REFB=-0.0263711;REVB=0.0240977;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461472;STB=0.516607;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0302746;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:43:44:31:34:0.435897:16:15:21:22:18:16:22:22 chr15 78640331 . T A 279.78 PASS AF=0.4;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0403654;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.141;QD=13.9892;RBI=0.0410682;REFB=-6.33104e-05;REVB=-0.00756533;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15634;STB=0.589116;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.000136058;OID=.;OPOS=78640331;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:48:32:32:0.4:20:12:25:23:20:12:25:23 chr15 78758677 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.397;QD=58.0609;RBI=0.0334108;REFB=0;REVB=0.0181911;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58561e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr15 78780104 . T C 685.91 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020728;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.628;QD=54.873;RBI=0.0218972;REFB=-0.0376685;REVB=0.00705934;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00121845;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:24:24:1:0:25:24:1:0 chr15 78841220 . T C 562.05 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030238;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.212;QD=60.762;RBI=0.0414071;REFB=0;REVB=0.028288;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447094;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr15 78885574 . T A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.186;QD=61.2132;RBI=0.0271036;REFB=0;REVB=0.0251613;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02197e-05;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr15 78887709 . G GTCTC 1181.73 PASS AF=0.920455;AO=81;DP=99;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0332887;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=4;MLLD=253.307;QD=53.7148;RBI=0.0356608;REFB=-0.0138803;REVB=0.012789;RO=15;SAF=35;SAR=46;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961985;STB=0.522722;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.000913871;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920455:81:99:81:88:7:35:46:5:2:25:15:35:46:6:9 chr15 78911181 . T C 428.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.793;QD=57.1723;RBI=0.00462877;REFB=0;REVB=0.00285498;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70712e-05;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr15 79054900 . C G 412.69 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8687;QD=53.2502;RBI=0.139602;REFB=0.0069821;REVB=0.0661679;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00378937;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:31:1:1:27:30:0.967742:11:16:0:1:11:19:0:1 chr15 79058013 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.48;QD=35.5759;RBI=0.00876947;REFB=0;REVB=0.00876947;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122551;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr15 79058090 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.231;QD=35.5757;RBI=0.0320543;REFB=0;REVB=0.00359027;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057754;OID=.;OPOS=79058090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr15 79058923 . G A 554.08 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0226704;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.323;QD=55.4084;RBI=0.0237836;REFB=-0.164293;REVB=0.00719111;RO=2;SAF=32;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575054;STB=0.530789;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00200734;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:2:2:38:38:0.95:6:32:1:1:6:32:1:1 chr15 79066581 . G A 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.452;QD=62.1613;RBI=0.0615849;REFB=0;REVB=0.0187709;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172314;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr15 79082108 . C T 753.53 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000601173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.609;QD=61.5124;RBI=0.0612763;REFB=-0.138036;REVB=0.0612733;RO=1;SAF=33;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140412;STB=0.507243;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00136315;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:14:33:1:0:14:34:1:0 chr15 79089007 . T C 819.95 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7483;QD=55.5895;RBI=0.0939182;REFB=-0.0981178;REVB=0.0914312;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00221953;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr15 79189580 . CTTC CTTT,CTTTTC,TCTT,TTTC 635.74 PASS AF=0.297872,0.553191,0,0.148936;AO=10,18,4,13;DP=47;FAO=14,26,0,7;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=7,22,0,5;FSAR=7,4,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184392,0.0569459,0.00248422,0.00229577;FXX=0;HRUN=1,2,1,1;LEN=1,2,4,1;MLLD=225.408,33.5127,218.966,219.874;QD=54.1055;RBI=0.0258387,0.0649141,0.013149,0.0106998;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0257728,0.0311611,0.0129122,-0.0104506;RO=0;SAF=7,15,1,10;SAR=3,3,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.32e-08,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp,snp;VARB=0.0279127,-0.0977151,0,0.0130879;OID=.,.,.,.;OPOS=79189583,79189581,79189580,79189580;OREF=C,-,CTTC,C;OALT=T,TT,TCTT,T;OMAPALT=CTTT,CTTTTC,TCTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:47:0:0:10,18,4,13:14,26,0,7:0.297872,0.553191,0,0.148936:3,3,3,3:7,15,1,10:0:0:7,4,0,2:7,22,0,5:0:0 chr15 79189585 . T C 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0064168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.555;QD=4.5093;RBI=0.0111776;REFB=-0.00123094;REVB=0.00915226;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142648;STB=0.593561;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00681459;OID=.;OPOS=79189585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:3:6:32:10:3:6:32:10 chr15 79191209 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.31;QD=58.2395;RBI=0.0162901;REFB=0;REVB=0.00773286;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34605e-05;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr15 79217690 . G C 746.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5069;QD=63.5369;RBI=0.0494042;REFB=0;REVB=-0.0378397;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58263e-05;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr15 79230092 . A G 131.25 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00357433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5875;QD=14.1888;RBI=0.0367556;REFB=-0.0211478;REVB=0.0365814;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525853;STB=0.548953;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0379428;OID=.;OPOS=79230092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:5:10:13:8:5:10:13:9 chr15 79231518 . A G 154.19 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00248733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.665;QD=10.6339;RBI=0.0196559;REFB=-0.00427856;REVB=-0.0194979;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113227;STB=0.566367;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0121661;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:19:19:12:8:19:19 chr15 79231526 . A AG 161.61 PASS AF=0.375;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0137682;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=236.171;QD=13.4676;RBI=0.0205912;REFB=-0.0055588;REVB=0.0153113;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086976;STB=0.507034;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.0110501;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:17:54:18:48:30:8:10:13:17:99:37:7:10:18:19 chr15 79271212 . CG GA 144.82 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000224244;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=214.268;QD=14.8531;RBI=0.0399403;REFB=-0.00433239;REVB=-0.0399396;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.562834;STBP=0.579;TYPE=mnp;VARB=0.00527027;OID=.;OPOS=79271212;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:12:11:6:10:12:11 chr15 79277247 . A C 2174.62 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.627;QD=63.0324;RBI=0.0286661;REFB=0;REVB=0.0126859;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73613e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:71:66:0:0:72:66:0:0 chr15 79277298 . T C 457.68 PASS AF=0.505495;AO=44;DP=89;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00630663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.243;QD=20.1177;RBI=0.00630668;REFB=-0.0144325;REVB=-2.29049e-05;RO=44;SAF=12;SAR=32;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977971;STB=0.541466;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0134895;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:44:45:44:46:0.505495:32:12:16:28:32:14:17:28 chr15 79277511 . A G 75.5 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0345391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.791;QD=11.6151;RBI=0.0348823;REFB=-0.0183748;REVB=0.00488072;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0141426;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:9:7:6:4:9:7 chr15 79298523 . G A 361.08 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.012325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.973;QD=20.3427;RBI=0.0264247;REFB=-0.0180348;REVB=0.0233743;RO=33;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197555;STB=0.603807;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0122504;OID=.;OPOS=79298523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:25:12:18:15:25:12:18:16 chr15 79585989 . A G 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0146905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0625;QD=14.6206;RBI=0.0199952;REFB=0.00532533;REVB=0.0135646;RO=47;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230244;STB=0.513036;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0105431;OID=.;OPOS=79585989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:24:9:12:35:24:9:12:35 chr15 79586159 . A G 240.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.000584458;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.827;QD=12.0359;RBI=0.00160753;REFB=-0.00335948;REVB=0.00149752;RO=51;SAF=14;SAR=15;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203187;STB=0.616362;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00685291;OID=.;OPOS=79586159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:51:51:29:29:0.3625:15:14:34:17:15:14:34:17 chr15 79586361 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.037;QD=43.4862;RBI=0.010509;REFB=0;REVB=0.0102361;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77396e-05;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr15 79587982 . A G 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0391756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.452;QD=16.1132;RBI=0.0402346;REFB=-0.010358;REVB=0.00917051;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647651;STB=0.53671;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0149906;OID=.;OPOS=79587982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:14:15:14:10:14:15 chr15 79588346 . C A 43.84 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00417354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.426;QD=6.26216;RBI=0.0152976;REFB=-0.00166219;REVB=-0.0147173;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180464;STB=0.617624;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0018946;OID=.;OPOS=79588346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:12:9:2:5:12:9 chr15 79589174 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.078;QD=42.1826;RBI=0.0533663;REFB=0;REVB=0.0488986;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254069;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 79589339 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.019696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.198;QD=11.1041;RBI=0.0204809;REFB=-0.000332244;REVB=0.00561543;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425185;STB=0.765078;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00117172;OID=.;OPOS=79589339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:5:5:1:6:5:5 chr15 79590208 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0103666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.598;QD=11.3692;RBI=0.0474939;REFB=-0.00628135;REVB=0.0463487;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232226;STB=0.639731;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00821249;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:10:9:3:8:10:9 chr15 79590310 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0255556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.56;QD=26.6011;RBI=0.0426061;REFB=-0.00923915;REVB=-0.034091;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108557;STB=0.562335;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0172964;OID=.;OPOS=79590310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:1:1:6:2:1:1 chr15 79603653 . C T 414.36 PASS AF=0.525;AO=35;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0456103;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0461;QD=20.7181;RBI=0.0456105;REFB=-0.0257641;REVB=-0.000128134;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645217;STB=0.515053;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0356265;OID=.;OPOS=79603653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:31:38:35:42:0.525:15:20:20:11:19:23:22:16 chr15 79606137 . G A 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00577567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.419;QD=54.6514;RBI=0.049421;REFB=0.108402;REVB=0.0490824;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000434327;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:0:1:18:34:0:1 chr15 79614418 . A G 1624.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.732;QD=60.1619;RBI=0.0203623;REFB=0;REVB=0.0199002;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17885e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:41:67:0:0:41:67:0:0 chr15 79750127 . A G 139.78 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00461882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.681;QD=13.312;RBI=0.0312723;REFB=-0.0177387;REVB=0.0309293;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344595;STB=0.712224;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0209335;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:11:4:15:11:12:4:15:11 chr15 79750307 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8286;QD=48.7371;RBI=0.0294606;REFB=0;REVB=0.0294368;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705976;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr15 79762525 . A C 357.77 PASS AF=0.545455;AO=26;DP=69;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00794405;FXX=0.043472;HRUN=7;LEN=1;MLLD=118.292;QD=21.6829;RBI=0.0227138;REFB=-0.0338417;REVB=-0.0212793;RO=16;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381501;STB=0.581664;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0324542;OID=.;OPOS=79762525;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:16:30:26:36:0.545455:10:16:9:7:10:26:17:13 chr15 79764056 . G T 138.18 PASS AF=0.3;AO=3;DP=43;FAO=15;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0110751;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.492;QD=11.0546;RBI=0.0696071;REFB=-0.010662;REVB=0.0687203;RO=17;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599987;STB=0.881262;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0103974;OID=.;OPOS=79764056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:50:17:31:3:15:0.3:0:3:9:8:1:14:16:15 chr15 80191343 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0180142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.842;QD=13.3429;RBI=0.0233012;REFB=0.00290272;REVB=-0.0147797;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293862;STB=0.516666;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00464982;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:41:41:0.394231:20:21:34:29:20:21:34:29 chr15 80215300 . T C 310.6 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0231956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.734;QD=23.4414;RBI=0.0237045;REFB=-0.0100943;REVB=-0.0048855;RO=22;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246725;STB=0.628499;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00390976;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:22:30:31:0.584906:19:11:2:20:20:11:2:20 chr15 80216532 . A T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0171524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.32;QD=16.0289;RBI=0.017794;REFB=-0.00881468;REVB=0.00473504;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330032;STB=0.542338;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0102027;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:30:25:25:0.454545:16:9:11:17:16:9:13:17 chr15 80217100 . A G 461.25 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=0.00234882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5746;QD=16.0434;RBI=0.0183994;REFB=-0.00375421;REVB=0.0182489;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214047;STB=0.607029;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00400997;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:64:51:51:0.443478:24:27:46:16:24:27:46:18 chr15 80259964 . C T 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8658;QD=64.4046;RBI=0.060933;REFB=0;REVB=-0.0459454;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113365;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr15 80260014 . T C 715.4 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0836;QD=60.8854;RBI=0.0434198;REFB=-0.187798;REVB=-0.00240143;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00400052;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:30:16:0:1:30:16:0:1 chr15 80263217 . C T 180.8 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00363257;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.007;QD=11.1259;RBI=0.0297125;REFB=-0.020142;REVB=0.0294896;RO=42;SAF=16;SAR=7;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00676513;STB=0.503934;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0414545;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:7:16:29:13:7:16:29:13 chr15 80263345 . A C,T 768.34 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=51,3;DP=54;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362287,-0.0354405;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.032,196.839;QD=55.8794;RBI=0.0363063,0.0357239;REFB=0,0;REVB=0.00237298,-0.00449123;RO=0;SAF=26,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00262772,0.0480018;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:55:0:0:51,3:53,2:0.963636,0.0363636:25,0:26,3:0:0:26,0:27,2:0:0 chr15 80263406 . C T 505.84 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5081;QD=56.2045;RBI=0.0278316;REFB=0.0144285;REVB=0.00353906;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000125506;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:34:35:0.972222:20:14:0:0:21:14:1:0 chr15 80454707 . G A 1321.59 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8028;QD=60.7628;RBI=0.0770199;REFB=0;REVB=0.0290631;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125661;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:78:87:1:36:42:0:0:38:49:0:0 chr15 80873642 . C G 258.64 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00651054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.828;QD=16.4217;RBI=0.0105721;REFB=-0.0060748;REVB=0.00832957;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146367;STB=0.506574;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00385843;OID=.;OPOS=80873642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:34:29:29:0.460317:14:15:16:14:14:15:18:16 chr15 80889548 . G A 129.01 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00469764;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.415;QD=12.0013;RBI=0.00487803;REFB=-0.0198593;REVB=-0.00131429;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.579899;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0318555;OID=.;OPOS=80889548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:28:14:15:0.348837:8:6:8:20:9:6:8:20 chr15 80890101 . T C 534.06 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0140092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=17.2278;RBI=0.0262043;REFB=-0.00679123;REVB=0.0221451;RO=67;SAF=24;SAR=33;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084696;STB=0.547153;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.010076;OID=.;OPOS=80890101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:33:24:34:33:33:24:34:33 chr15 81212521 . T C 356.46 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0725265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9491;QD=14.2584;RBI=0.0745534;REFB=-0.00634737;REVB=-0.0172658;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278242;STB=0.506002;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00787537;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:17:22:34:26:17:22:35:26 chr15 81212608 . G A 573.77 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00843304;FXX=0.0465008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.994;QD=55.9776;RBI=0.012603;REFB=-0.0698197;REVB=-0.00936583;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000710621;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:2:2:38:39:0.95122:19:19:0:2:19:20:0:2 chr15 81578139 . C T 534.79 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0107537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.626;QD=23.507;RBI=0.0110469;REFB=-0.0119117;REVB=-0.00252819;RO=41;SAF=24;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337114;STB=0.518511;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00883023;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:26:24:18:23:26:24:18:23 chr15 81582868 . G A 464.37 PASS AF=0.485149;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00627604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.29;QD=18.3909;RBI=0.00793484;REFB=-0.0185842;REVB=-0.0048552;RO=52;SAF=20;SAR=27;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890617;STB=0.546989;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0198653;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:52:47:49:0.485149:27:20:27:25:28:21:27:25 chr15 81584925 . C T 188.26 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.014997;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.181;QD=17.9294;RBI=0.0479241;REFB=-0.0145766;REVB=0.0455171;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147987;STB=0.592501;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0140396;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:6:16:11:8:6:17 chr15 81592802 . A G 165.72 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00625699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.751;QD=15.4159;RBI=0.006593;REFB=-0.0129656;REVB=0.00207791;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333222;STB=0.634768;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0324851;OID=.;OPOS=81592802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:25:18:18:0.418605:5:13:9:14:6:12:11:14 chr15 81598269 . T G 411.79 PASS AF=0.4;AO=45;DP=117;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.0051973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.324;QD=13.7262;RBI=0.00940102;REFB=-0.00453105;REVB=-0.00783373;RO=72;SAF=25;SAR=20;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140209;STB=0.585072;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00829778;OID=.;OPOS=81598269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:72:72:45:48:0.4:20:25:49:23:22:26:49:23 chr15 81598416 . G A 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0487157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8845;QD=15.2601;RBI=0.0540428;REFB=0.000390934;REVB=0.0233967;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412888;STB=0.534832;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00240346;OID=.;OPOS=81598416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:3:10:12:3:3:10:13:3 chr15 81600995 . A G 817.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.255;QD=57.3727;RBI=0.0197976;REFB=0;REVB=-0.00935894;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42899e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr15 82443939 . G A 234.86 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00502693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4611;QD=18.7888;RBI=0.00595158;REFB=-0.0226755;REVB=-0.00318612;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616294;STB=0.525461;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0296085;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:10:13:13:13:10:13:14:13 chr15 82444437 . A G 966.09 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0674973;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.621;QD=57.6772;RBI=0.0691415;REFB=-0.0542397;REVB=0.0149886;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200972;STB=0.510635;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000387344;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:0:1:23:43:0:1 chr15 82444663 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0064651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.717;QD=17.8006;RBI=0.00778341;REFB=-0.0107241;REVB=-0.00433405;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0143777;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:13:11:9:11:13:11 chr15 82456227 . T C 504.84 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0219055;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4398;QD=16.0268;RBI=0.051105;REFB=0.00850512;REVB=0.0461722;RO=71;SAF=32;SAR=23;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054412;STB=0.530387;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00909134;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:23:32:45:26:23:32:45:26 chr15 82512429 . C G 280.19 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00167788;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.214;QD=16.4818;RBI=0.100221;REFB=-0.0106693;REVB=-0.100207;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13262;STB=0.574777;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0125318;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:19:18:11:20:19:18 chr15 82558034 . G C 243.31 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00286694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.809;QD=14.3123;RBI=0.00522513;REFB=-0.0108585;REVB=-0.00436837;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263845;STB=0.661262;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0134381;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:39:27:29:0.426471:16:11:26:13:18:11:26:13 chr15 82637060 . C CT 204.3 PASS AF=0.944444;AO=5;DP=30;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105434;FXX=0.399867;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.009;QD=45.3998;RBI=0.11163;REFB=0.0161345;REVB=-0.0366733;RO=24;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697525;STB=0.599866;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=-0.00125191;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:5:30:17:18:1:15:2:0:1:8:24:5:0:10:14 chr15 82637061 . C T 271.19 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0857055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.736;QD=36.1586;RBI=0.0936593;REFB=-0.105261;REVB=0.0377709;RO=7;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119318;STB=0.565161;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.030251;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:30:30:7:7:23:23:0.766667:13:10:5:2:13:10:5:2 chr15 82637079 . C T 317.37 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0892114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.197;QD=45.3384;RBI=0.0907;REFB=-0.0584786;REVB=0.0163648;RO=3;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452685;STB=0.524476;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00582192;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:3:3:25:25:0.892857:14:11:2:1:14:11:2:1 chr15 83215251 . T C 98.4 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0202399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.582;QD=14.0565;RBI=0.0357323;REFB=-0.0110618;REVB=-0.0294473;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00716965;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:5:6:8:8:5:7:8:8 chr15 83224696 . C T 1841.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.751;QD=61.3839;RBI=0.0117405;REFB=0;REVB=0.0102035;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01182e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:59:61:0:0 chr15 83297138 . C T 108.02 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00556662;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.976;QD=12.0019;RBI=0.0412361;REFB=-0.0140151;REVB=0.0408587;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183569;STB=0.615207;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0251402;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:24:23:12:13:0.361111:7:5:14:10:8:5:13:10 chr15 83395340 . T C 207.28 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0296761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.229;QD=24.3859;RBI=0.0367914;REFB=-0.0116582;REVB=-0.021747;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754591;STB=0.542126;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00926038;OID=.;OPOS=83395340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:7:7:8:12:7:7 chr15 83428193 . G A 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0112047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.221;QD=22.8809;RBI=0.0200308;REFB=-0.013121;REVB=-0.0166038;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105853;STB=0.564849;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0126688;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:16:19:17:8:16:19:18:8 chr15 83447631 . T G 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00771372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.187;QD=16.2756;RBI=0.00822579;REFB=-0.0036292;REVB=0.00285694;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683356;STB=0.538442;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00592877;OID=.;OPOS=83447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:21:18:27:24:21:18:27:24 chr15 83499766 . G A 560.28 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00749917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.828;QD=26.0595;RBI=0.0103697;REFB=-0.0044159;REVB=-0.00716199;RO=33;SAF=28;SAR=23;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864897;STB=0.532888;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00379077;OID=.;OPOS=83499766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:33:35:51:51:0.593023:23:28:22:11:23:28:22:13 chr15 83502065 . AC CG 259.97 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0487991;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.529;QD=19.257;RBI=0.0488641;REFB=-0.0140979;REVB=-0.00252012;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122443;STB=0.58941;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.0147326;OID=.;OPOS=83502065;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:26:26:25:28:0.518519:12:13:10:16:12:16:10:16 chr15 83680287 . A G 921.28 PASS AF=0.508287;AO=91;DP=179;FAO=92;FDP=181;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.00901853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.363;QD=20.3597;RBI=0.0228222;REFB=-0.0264251;REVB=-0.0209647;RO=87;SAF=52;SAR=39;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134633;STB=0.504123;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0235457;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:87:89:91:92:0.508287:39:52:51:36:39:53:52:37 chr15 84386216 . T C 248.68 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0177852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.523;QD=25.5055;RBI=0.0696497;REFB=-0.0105448;REVB=0.0673407;RO=16;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137378;STB=0.575774;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0106521;OID=.;OPOS=84386216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:8:15:13:3:8:15:13:3 chr15 84488636 . A G 1171.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.17;QD=60.8749;RBI=0.0307699;REFB=0;REVB=-0.0144435;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05702e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr15 84493651 . T C 1895.13 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0333934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1077;QD=59.6892;RBI=0.0528203;REFB=-0.0585811;REVB=-0.0409251;RO=2;SAF=63;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000243285;STB=0.500063;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00410987;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:124:125:0.984252:61:63:1:1:62:63:1:1 chr15 84539619 . C G 1029.6 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026547;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.317;QD=59.6868;RBI=0.027196;REFB=0;REVB=-0.00590591;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127256;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr15 84581904 . T C 742.91 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00257498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7617;QD=59.4327;RBI=0.13683;REFB=0.018169;REVB=0.136806;RO=2;SAF=32;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.515145;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00087382;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:16:32:2:0:16:32:2:0 chr15 84582124 . G T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.686;QD=58.0598;RBI=0.00410986;REFB=0;REVB=5.69274e-05;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20789e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr15 84639350 . C T 300.59 PASS AF=0.387097;AO=31;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0302112;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.859;QD=12.9287;RBI=0.0302309;REFB=-0.00901718;REVB=-0.00109076;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200149;STB=0.505373;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0179062;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:33:57:31:36:0.387097:17:14:8:25:18:18:29:28 chr15 84651185 . C A 216.02 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000515558;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.455;QD=16.617;RBI=0.00858215;REFB=-0.012932;REVB=-0.00856665;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125326;STB=0.560652;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00739734;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:16:11:13:11:16:12 chr15 84651290 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.185;QD=51.1845;RBI=0.0522365;REFB=0;REVB=0.0450491;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13974e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr15 84651796 . G A 295.98 PASS AF=0.477612;AO=28;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00684122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.317;QD=17.6704;RBI=0.0449584;REFB=-0.0147377;REVB=-0.0444348;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00853844;OID=.;OPOS=84651796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:27:32:28:32:0.477612:12:16:16:11:16:16:16:16 chr15 84909385 . G A 256.47 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.054459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7545;QD=44.6035;RBI=0.0561324;REFB=-0.0357977;REVB=-0.0136038;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00510473;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:1:1:10:11:1:1 chr15 84911245 . A G 44.23 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0117381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1332;QD=8.84506;RBI=0.0374431;REFB=-0.077803;REVB=-0.0355556;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.150082;OID=.;OPOS=84911245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:20:20:12:13:6:7:0.35:4:2:4:8:5:2:4:9 chr15 85149771 . G T 954.84 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.727;QD=58.7595;RBI=0.0191139;REFB=0;REVB=-0.00443888;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119091;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr15 85163998 . G C 530.74 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.685;QD=58.9706;RBI=0.108374;REFB=0;REVB=0.107866;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213238;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:12:20:0:0:16:20:0:0 chr15 85188994 . T C 670.46 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132924;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.472;QD=62.3682;RBI=0.0261897;REFB=0;REVB=0.0225657;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14737e-05;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:19:24:0:0 chr15 85198362 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.331;QD=49.5992;RBI=0.0346053;REFB=0;REVB=0.00587271;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184916;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 85333953 . A G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00151638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.382;QD=57.2344;RBI=0.00708768;REFB=-0.0717834;REVB=0.00692357;RO=1;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286092;STB=0.515147;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00108973;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:16:50:0:1:16:50:0:1 chr15 85341859 . G A 884.79 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.802;QD=58.0191;RBI=0.0702454;REFB=0;REVB=0.0334;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142378;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:33:25:0:0:34:27:0:0 chr15 85360101 . T C 1156.89 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114778;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9928;QD=60.8889;RBI=0.019409;REFB=0;REVB=0.0156515;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107029;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr15 85383839 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.382;QD=59.8544;RBI=0.0430217;REFB=0;REVB=0.0133478;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11838e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr15 85401259 . C T 1594.84 PASS AF=0.941176;AO=111;DP=118;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0349074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.1964;QD=53.6082;RBI=0.0436567;REFB=-0.024969;REVB=0.0262179;RO=5;SAF=51;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442962;STB=0.523147;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000632597;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:118:119:5:7:111:112:0.941176:60:51:5:0:60:52:6:1 chr15 85401419 . T C 1214.87 PASS AF=0.987654;AO=76;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.151;QD=59.9935;RBI=0.042454;REFB=0.0280303;REVB=0.0257433;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00181396;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:0:1:76:80:0.987654:32:44:0:0:36:44:1:0 chr15 85411941 . A G 1084.22 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8752;QD=58.6065;RBI=0.0431651;REFB=-0.0658375;REVB=-0.0243341;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000850622;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:30:43:1:0:30:43:1:0 chr15 85447431 . G A 389.25 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00123369;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.243;QD=15.5699;RBI=0.00614943;REFB=-0.0147363;REVB=0.00602441;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114808;STB=0.558536;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0184128;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:57:43:43:0.43:22:21:21:35:22:21:22:35 chr15 85448875 . C A 495.73 PASS AF=0.477876;AO=52;DP=111;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0202531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.887;QD=17.5479;RBI=0.0264276;REFB=-0.0221628;REVB=0.0169772;RO=58;SAF=35;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.587467;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0231833;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:58:59:52:54:0.477876:17:35:30:28:18:36:30:29 chr15 85467275 . C T 426.16 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00567809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3664;QD=19.1531;RBI=0.00655549;REFB=-0.0055405;REVB=-0.00327625;RO=46;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854523;STB=0.540451;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00443704;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:42:43:0.483146:23:19:25:21:23:20:25:21 chr15 85476441 . G A 538.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.748;QD=59.7938;RBI=0.0529797;REFB=0;REVB=0.0293725;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032769;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:30:5:0:0:31:5:0:0 chr15 85478410 . A G 758.53 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00931181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3749;QD=53.2303;RBI=0.0427462;REFB=-0.0782451;REVB=-0.0417197;RO=2;SAF=17;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522722;STB=0.527767;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00359301;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:38:17:2:0:38:17:2:0 chr15 85478696 . C T 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0707024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8526;QD=16.7811;RBI=0.0724734;REFB=-0.015152;REVB=0.0159236;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205594;STB=0.616031;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00959182;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:17:16:20:9:17:16 chr15 86087309 . T C 351.26 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00198519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.521;QD=18.0131;RBI=0.0132743;REFB=-0.0157088;REVB=-0.0131251;RO=41;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485193;STB=0.527155;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0150228;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:26:11:14:27:26:11:14:27 chr15 86122779 . T C 263.85 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0416517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.189;QD=17.5899;RBI=0.0448158;REFB=-0.0176282;REVB=-0.0165406;RO=31;SAF=20;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526098;STB=0.512187;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0196206;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:8:20:22:9:9:20:22:9 chr15 86122916 . T C 180.58 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0187255;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.017;QD=9.1434;RBI=0.0193769;REFB=-0.0088458;REVB=-0.00498204;RO=56;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161168;STB=0.601593;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0376726;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:56:55:24:24:0.303797:10:14:25:31:10:14:24:31 chr15 86123019 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00988082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.441;QD=9.84257;RBI=0.0153102;REFB=-0.0136196;REVB=-0.0116949;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0362156;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:5:15:6:4:5:15 chr15 86123833 . T C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.011072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.505;QD=7.27142;RBI=0.0137051;REFB=-0.00563587;REVB=-0.00807705;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101922;STB=0.563621;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0263773;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:9:16:5:4:9:16 chr15 86123988 . G A 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0330796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0934;QD=7.96446;RBI=0.0711316;REFB=-0.0148406;REVB=-0.0629718;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279405;STB=0.526974;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0321671;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:3:7:18:7:3:7:19:7 chr15 86124419 . C T 165.0 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0467116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.23;QD=14.0427;RBI=0.0468824;REFB=-0.00284388;REVB=-0.00399833;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.516031;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00319293;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:12:17:11:7:12:17 chr15 86124483 . C G 179.69 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0136806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0436;QD=15.6254;RBI=0.0148654;REFB=0.00475307;REVB=-0.0058158;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134803;STB=0.561138;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00727088;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:18:19:0.413043:9:9:10:17:10:9:10:17 chr15 86124555 . G A 246.36 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.015604;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.81;QD=15.6416;RBI=0.018519;REFB=-0.0175242;REVB=-0.0099734;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112509;STB=0.563591;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0210313;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:16:19:12:16:16:19 chr15 86124616 . A G 313.1 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00114962;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.176;QD=14.232;RBI=0.00281922;REFB=-0.0163091;REVB=-0.00257417;RO=54;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457933;STB=0.531537;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0225029;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:54:53:35:35:0.397727:19:16:27:27:19:16:27:26 chr15 86124946 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0155904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.961;QD=13.4417;RBI=0.0210848;REFB=-0.000115585;REVB=-0.0141953;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825183;STB=0.548295;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000131476;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:10:3:3:7:10:3 chr15 86124968 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0254559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.865;QD=14.7015;RBI=0.0317343;REFB=-0.0198144;REVB=0.0189491;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0245011;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:11:4:3:9:11:4 chr15 86125031 . G A 179.55 PASS AF=0.343284;AO=25;DP=69;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00399746;FXX=0.0289813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.81;QD=10.7191;RBI=0.020247;REFB=-0.0152229;REVB=-0.0198484;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124207;STB=0.538767;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0258388;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:44:44:25:23:0.343284:10:15:31:13:8:15:31:13 chr15 86125304 . C T 271.87 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0152169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7971;QD=19.4195;RBI=0.0190647;REFB=-0.0135251;REVB=0.0114852;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157068;STB=0.571378;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0135821;OID=.;OPOS=86125304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:20:8:12:15:20:9:12:15 chr15 86284342 . C T 344.28 PASS AF=0.507042;AO=33;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000685619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.904;QD=19.3962;RBI=0.0177103;REFB=-0.0202139;REVB=0.017697;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902758;STB=0.520372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.019171;OID=.;OPOS=86284342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:35:35:33:36:0.507042:12:21:19:16:15:21:19:16 chr15 86287910 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00893202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.624;QD=11.1978;RBI=0.0166033;REFB=-0.0107824;REVB=-0.013996;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138903;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0213157;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:10:12:8:4:10:12 chr15 86288518 . G C 161.69 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00138682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3967;QD=16.5832;RBI=0.00402414;REFB=-0.0230449;REVB=-0.00377762;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0757184;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:21:16:18:0.461538:8:8:11:9:8:10:11:10 chr15 86292324 . G C 947.3 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134635;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.505;QD=57.4123;RBI=0.025007;REFB=0;REVB=0.0210733;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921921;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:39:23:0:0:42:24:0:0 chr15 86313048 . T C 129.04 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0268087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.78;QD=12.289;RBI=0.028027;REFB=0.00170196;REVB=0.0081734;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496759;STB=0.519974;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00220372;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:27:14:15:0.357143:8:6:10:16:9:6:10:17 chr15 86368898 . G A 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00713136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.583;QD=15.6262;RBI=0.0122507;REFB=-0.00526699;REVB=-0.00996115;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271362;STB=0.654478;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00993964;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:20:7:10:9:20:7 chr15 86368959 . A T 367.65 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.040952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9974;QD=16.7114;RBI=0.0721507;REFB=-0.00263265;REVB=0.0594025;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695828;STB=0.532694;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00741749;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:39:39:0.443182:19:20:28:20:19:20:28:21 chr15 86791017 . G A 612.68 PASS AF=0.397727;AO=70;DP=176;FAO=70;FDP=176;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0010051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.854;QD=13.9245;RBI=0.00436228;REFB=-0.0108345;REVB=0.00424491;RO=106;SAF=44;SAR=26;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596877;STB=0.533642;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0179757;OID=.;OPOS=86791017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:106:106:70:70:0.397727:26:44:61:45:26:44:61:45 chr15 86800209 . C T 535.16 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00481432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.231;QD=15.7401;RBI=0.0236402;REFB=-0.0263594;REVB=-0.0231448;RO=71;SAF=35;SAR=23;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165401;STB=0.610427;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0245827;OID=.;OPOS=86800209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:71:78:58:58:0.426471:23:35:31:40:23:35:32:46 chr15 86806029 . C T 572.82 PASS AF=0.465116;AO=59;DP=128;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0143098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6159;QD=17.762;RBI=0.0232286;REFB=-0.00650714;REVB=-0.0182974;RO=69;SAF=25;SAR=34;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676631;STB=0.532071;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00732881;OID=.;OPOS=86806029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:69:59:60:0.465116:34:25:34:35:34:26:34:35 chr15 86807761 . A G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0239085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.718;QD=20.0308;RBI=0.0244592;REFB=-0.0194202;REVB=0.00516101;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167744;STB=0.593408;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0195392;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:17:7:4:22:17:7:4:22 chr15 86814866 . A G 390.26 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.000877704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5365;QD=21.6814;RBI=0.00329701;REFB=-0.0254048;REVB=0.00317803;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258715;STB=0.642387;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0199302;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:23:16:24:9:23:16:24:9 chr15 86838497 . C T 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00959578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.518;QD=17.0277;RBI=0.00959596;REFB=-0.00407908;REVB=5.86901e-05;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172123;STB=0.597461;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00996557;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:17:5:7:11:17:5 chr15 86940622 . T C 590.23 PASS AF=0.480315;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0065881;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.577;QD=18.59;RBI=0.00707262;REFB=-0.0126208;REVB=-0.0025727;RO=66;SAF=43;SAR=17;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136041;STB=0.567259;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.013741;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:60:61:0.480315:17:43:39:27:18:43:39:27 chr15 87217613 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.108;QD=61.6834;RBI=0.0422139;REFB=0;REVB=-0.0061414;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262844;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr15 87531281 . A C 1625.81 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.972;QD=59.1204;RBI=0.0348529;REFB=-0.14872;REVB=0.0286256;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078464;STB=0.504131;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000956838;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:60:49:0:1:60:49:0:1 chr15 88576185 . G C 797.55 PASS AF=0.39485;AO=88;DP=229;FAO=92;FDP=233;FR=.;FRO=141;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=0.0445827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5628;QD=13.6919;RBI=0.0660254;REFB=-0.00949328;REVB=0.0487005;RO=141;SAF=39;SAR=49;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429919;STB=0.52231;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.017828;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:233:141:141:88:92:0.39485:49:39:68:73:51:41:68:73 chr15 88679785 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.52;QD=60.7155;RBI=0.0230202;REFB=0;REVB=0.0223807;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70846e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr15 88690628 . C G 515.41 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0360692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5441;QD=24.8388;RBI=0.0373148;REFB=-0.00488334;REVB=-0.00956075;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000923042;STB=0.500505;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00349619;OID=.;OPOS=88690628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:26:22:16:19:26:22:16:19 chr15 89169858 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000767373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.845;QD=16.6272;RBI=0.0376081;REFB=-0.0149591;REVB=0.0376003;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508418;STB=0.529366;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0143124;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:9:5:4:9:9:5 chr15 89172558 . G C 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00823128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.252;QD=19.2758;RBI=0.0183166;REFB=-0.00388749;REVB=-0.0163629;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328143;STB=0.527249;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00411577;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:10:15:13:10:10:16 chr15 89173657 . A T 206.44 PASS AF=0.466667;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00269527;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.794;QD=18.3504;RBI=0.0189249;REFB=-0.00342662;REVB=0.018732;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750124;STB=0.587013;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00499679;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:24:18:21:0.466667:10:8:11:10:13:8:13:11 chr15 89173732 . T C 1305.31 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3877;QD=60.712;RBI=0.0342694;REFB=-0.0270886;REVB=-0.025324;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011146;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00481997;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:42:43:0:1:42:43:0:1 chr15 89174748 . G C 374.99 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.00488208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5028;QD=26.3153;RBI=0.0246689;REFB=-0.00646156;REVB=-0.024181;RO=20;SAF=27;SAR=9;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14189;STB=0.582237;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00249713;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:9:27:18:2:9:27:19:2 chr15 89193497 . A T 972.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.011;QD=58.951;RBI=0.0476055;REFB=0;REVB=0.0339374;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530629;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr15 89195178 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.784;QD=59.323;RBI=0.00926344;REFB=0;REVB=0.00723151;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.406e-05;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr15 89195245 . C T 765.92 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8481;QD=63.8264;RBI=0.0549992;REFB=0;REVB=-0.00636281;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065623;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr15 89195526 . A G 954.23 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.755;QD=58.722;RBI=0.0382824;REFB=0;REVB=-0.0308284;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72377e-05;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr15 89392745 . T C 3166.72 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597618;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1324;QD=61.4897;RBI=0.0138415;REFB=-0.143452;REVB=0.0124849;RO=1;SAF=96;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646962;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:1:0:206:206:1:110:96:0:1:110:96:0:0 chr15 89402596 . T G 1329.85 PASS AF=0.967033;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0358517;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.169;QD=58.4548;RBI=0.0378827;REFB=-0.0717795;REVB=0.0122374;RO=3;SAF=41;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123634;STB=0.506252;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.011937;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:87:88:0.967033:46:41:2:1:46:42:2:1 chr15 89421249 . G A 1231.75 PASS AF=0.904255;AO=85;DP=94;FAO=85;FDP=94;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00277806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.242;QD=52.415;RBI=0.010837;REFB=-0.128358;REVB=0.0104749;RO=8;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839377;STB=0.538856;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00132605;OID=.;OPOS=89421249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:8:9:85:85:0.904255:41:44:0:8:41:44:1:8 chr15 89739259 . G C 769.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0036;QD=56.9769;RBI=0.0249588;REFB=0;REVB=0.0249289;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138368;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr15 89740616 . G A 1800.79 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240378;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1434;QD=61.0436;RBI=0.0160113;REFB=0;REVB=0.0158299;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155691;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:114:118:1:61:53:0:0:62:56:0:0 chr15 89744476 . G T 2367.26 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349998;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.771;QD=61.0905;RBI=0.0350768;REFB=0;REVB=-0.00232378;RO=0;SAF=86;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85527e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:150:155:1:64:86:0:0:64:91:0:0 chr15 89838236 . G A 988.43 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7574;QD=59.0109;RBI=0.0349282;REFB=0;REVB=-0.0201718;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470167;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr15 89870237 . C T 421.08 PASS AF=0.506024;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0156883;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.567;QD=20.2928;RBI=0.020297;REFB=-0.0144337;REVB=0.0128781;RO=42;SAF=9;SAR=31;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294158;STB=0.674755;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132446;OID=.;OPOS=89870237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:41:40:42:0.506024:31:9:21:21:33:9:21:20 chr15 89878377 . A T 2032.9 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.852;QD=60.6836;RBI=0.0498598;REFB=0.096986;REVB=-0.0365932;RO=2;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117335;STB=0.506172;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000823445;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:80:52:0:2:80:52:0:2 chr15 90126121 . C T 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000636745;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.406;QD=64.1661;RBI=0.00370741;REFB=0;REVB=0.00365232;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34591e-06;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr15 90128966 . C T 670.67 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.000429083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.185;QD=19.8716;RBI=0.0296151;REFB=-0.0050424;REVB=-0.029612;RO=66;SAF=31;SAR=36;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473082;STB=0.533618;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00586799;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:68:67:67:0.496296:36:31:34:32:36:31:36:32 chr15 90138670 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.268;QD=59.3223;RBI=0.0160271;REFB=0;REVB=-0.00956272;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02609e-06;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr15 90168108 . C T 216.57 PASS AF=0.4;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0088638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.354;QD=13.3271;RBI=0.0408214;REFB=-0.025748;REVB=0.0398475;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173543;STB=0.613949;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0443881;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:39:24:26:0.4:14:10:21:15:15:11:24:15 chr15 90168693 . T A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0132992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.389;QD=24.0275;RBI=0.0214664;REFB=-0.0167363;REVB=0.0168505;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0128475;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:8:6:5:3:8:6:5:3 chr15 90176432 . T G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.784;QD=61.5363;RBI=0.0243877;REFB=0;REVB=0.00446541;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32163e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr15 90191827 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=47.8224;RBI=0.0589634;REFB=0;REVB=-0.0379843;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122969;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr15 90195967 . C G 1460.78 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0220523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3937;QD=56.184;RBI=0.0435241;REFB=-0.085761;REVB=-0.0375239;RO=1;SAF=57;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825107;STB=0.503003;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00169083;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:1:3:101:101:0.971154:44:57:1:0:44:57:2:1 chr15 90210257 . G A 665.54 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00219577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.111;QD=19.1522;RBI=0.00604652;REFB=-0.0188413;REVB=0.00563374;RO=70;SAF=29;SAR=37;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078648;STB=0.5384;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0193204;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:70:72:66:67:0.482014:37:29:25:45:37:30:27:45 chr15 90213229 . G C 206.98 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0166832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.746;QD=17.2487;RBI=0.0393186;REFB=-0.0137724;REVB=-0.0356037;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909894;STB=0.551677;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.023721;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:19:8:8:13:19:8 chr15 90226947 . C A 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0191866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0653;QD=19.1726;RBI=0.0218021;REFB=0.022588;REVB=-0.010354;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203652;STB=0.613314;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0266354;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:12:20:13:20:12:20 chr15 90245174 . T A 222.11 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00425991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7624;QD=18.5095;RBI=0.00589134;REFB=0.00384574;REVB=-0.00406952;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.524692;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00638614;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:13:13:10:12:13:13 chr15 90246336 . A G 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.010081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.363;QD=28.9133;RBI=0.0148596;REFB=-0.026591;REVB=0.010917;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617496;STB=0.533955;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0140374;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:5:10:15:11:5:10 chr15 90248819 . A T 237.28 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0255147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9634;QD=14.3805;RBI=0.0268989;REFB=-0.00745949;REVB=-0.00851769;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0086509;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:19:19:14:14:19:19 chr15 90260145 . T A 206.85 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0476501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8878;QD=17.2378;RBI=0.072144;REFB=-0.0312656;REVB=0.0541685;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259962;STB=0.646929;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0389361;OID=.;OPOS=90260145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:20:7:11:10:20:7 chr15 90344352 . T C 121.49 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0179598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8109;QD=15.1857;RBI=0.0287905;REFB=-0.011394;REVB=-0.022502;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892394;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0178925;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:10:8:5:9:10:8 chr15 90346861 . C T 334.25 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0541395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.942;QD=27.2858;RBI=0.0638368;REFB=-0.0261582;REVB=-0.0338237;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242714;STB=0.51339;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00943487;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:14:15:11:9:14:15:11:9 chr15 90349558 . C T 547.67 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0264282;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.333;QD=18.8851;RBI=0.0344041;REFB=-0.0174522;REVB=0.0220272;RO=56;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119987;STB=0.551779;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0206415;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:56:59:57:57:0.491379:28:29:21:35:28:29:24:35 chr15 90617539 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0142497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.379;QD=12.3961;RBI=0.014303;REFB=-0.020946;REVB=0.00123291;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0170575;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr15 90623052 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000616929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.534;QD=55.0985;RBI=0.00532401;REFB=0;REVB=0.00528814;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96744e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr15 90628537 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0500621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7647;QD=46.0576;RBI=0.0506572;REFB=0.0170874;REVB=0.00774169;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.571347;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00277465;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:3:16:0:1:3:16:0:1 chr15 90709545 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0352589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.372;QD=14.649;RBI=0.0523657;REFB=0.00620932;REVB=0.0387166;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120243;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00804457;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:9:10:9:5:9:10 chr15 90764219 . G A 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00570186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.443;QD=21.3618;RBI=0.00575391;REFB=-0.000504343;REVB=-0.000772202;RO=35;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957125;STB=0.553009;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000504439;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:13:27:20:15:13:27:20:15 chr15 90768320 . C T 1288.86 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195127;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.35;QD=62.1139;RBI=0.0577666;REFB=0;REVB=0.0543712;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193287;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:50:33:0:0 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 648.33 PASS AF=0.302326,0,0.697674;AO=9,13,21;DP=43;FAO=13,0,30;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,14;FSAR=6,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348007,0.0292881,0.0348446;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=113.153,95.1199,117.309;QD=60.3097;RBI=0.0377575,0.0308391,0.0394099;REFB=0,0,0;REVB=0.0146472,0.00965707,0.0184117;RO=0;SAF=0,9,12;SAR=9,4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0118036,0,0.0130211;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.302326,0,0.697674:9,13,21:43:13,0,30:43:0:7,0,14:6,0,16:0:0:70:0:0,9,12:9,4,9:0:0 chr15 90772200 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.113;QD=57.1773;RBI=0.0303739;REFB=0;REVB=0.0213969;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41769e-07;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr15 90772831 . C T 538.34 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3836;QD=59.8154;RBI=0.0128242;REFB=0;REVB=-0.00891527;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71516e-06;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 90774259 . G C 517.86 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.101;QD=54.512;RBI=0.025276;REFB=-0.154854;REVB=0.000370239;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00120981;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:19:17:0:1:19:17:1:1 chr15 90774447 . TAGAG T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134233;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.52;QD=45.8068;RBI=0.0371768;REFB=0;REVB=0.0346689;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000402932;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:7:7:0:0:4:0:7:7:0:0 chr15 90784207 . A G 1588.53 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.895;QD=59.3844;RBI=0.0575288;REFB=0;REVB=0.0473744;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63751e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:100:107:1:52:48:0:0:58:49:0:0 chr15 90784250 . T C 1407.91 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101138;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.256;QD=63.277;RBI=0.0365937;REFB=0;REVB=0.0365797;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17045e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:53:35:0:0:54:35:0:0 chr15 90794102 . G A 271.21 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.135;QD=51.6589;RBI=0.0772594;REFB=0;REVB=0.0728569;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364636;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:9:12:0:0 chr15 90794757 . T G 468.61 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343162;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.937;QD=58.5756;RBI=0.0392131;REFB=0;REVB=0.0189754;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213682;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr15 90794845 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.458;QD=59.0177;RBI=0.0385788;REFB=0;REVB=0.00725748;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037181;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr15 90796558 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1635;QD=62.0218;RBI=0.0293996;REFB=0;REVB=-0.021117;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538761;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr15 90800408 . C G 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5974;QD=59.4273;RBI=0.0237894;REFB=0;REVB=0.0235123;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399069;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr15 90800449 . C T 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7631;QD=60.9707;RBI=0.0314416;REFB=0;REVB=0.019266;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487192;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr15 90809633 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9242;QD=54.5171;RBI=0.0504361;REFB=0;REVB=0.0116311;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873859;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr15 90818400 . A T 446.68 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.454;QD=57.6367;RBI=0.0446535;REFB=0;REVB=0.0440519;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242323;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:13:18:0:0 chr15 90818469 . C T 167.78 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0209318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.482;QD=15.6073;RBI=0.0394795;REFB=-0.0474916;REVB=0.0334737;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.52081;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.067011;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:12:13:10:8:12:13 chr15 90818641 . G C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.028522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6045;QD=8.69797;RBI=0.0421755;REFB=-0.0121231;REVB=-0.0310687;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0164622;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr15 90818827 . G A 134.02 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104567;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.937;QD=44.6724;RBI=0.0338693;REFB=0;REVB=0.0322147;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462015;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr15 90819131 . TC T,TT 387.55 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=6,22;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04739,0.0427218;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.673,224.952;QD=55.3644;RBI=0.0536422,0.0464298;REFB=0,0;REVB=0.0251331,0.0181817;RO=0;SAF=4,9;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0291714,0.00351312;OID=.,.;OPOS=90819132,90819132;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:6,22:28:1,27:28:0:0,13:1,14:0:0:7:0:4,9:2,13:0:0 chr15 90819641 . A C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1123;QD=60.9763;RBI=0.0358423;REFB=0;REVB=0.00758776;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428209;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr15 90819876 . T C 113.2 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2587;QD=41.1646;RBI=0.0969738;REFB=0;REVB=0.0926519;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565228;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:5:6:0:0 chr15 90820063 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.566;QD=56.1915;RBI=0.0180326;REFB=0;REVB=-0.0172734;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28308e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 90820721 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.509;QD=61.6838;RBI=0.0126874;REFB=0;REVB=0.0124308;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78144e-05;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr15 90892293 . C T 1862.2 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0034205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.766;QD=60.5594;RBI=0.0530348;REFB=-0.109543;REVB=0.0529244;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00132238;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:0:1:122:122:0.99187:67:55:0:0:67:55:1:0 chr15 90903311 . A G 492.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00416417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.339;QD=56.2373;RBI=0.0249718;REFB=-0.148094;REVB=0.0246222;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00228935;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr15 91185994 . C T 728.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.347;QD=57.1645;RBI=0.0227361;REFB=0;REVB=-0.00682661;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10446e-05;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr15 91337479 . G A 568.95 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0181751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.293;QD=15.6953;RBI=0.018565;REFB=-0.00208449;REVB=-0.00378498;RO=84;SAF=28;SAR=33;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424553;STB=0.523802;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00286287;OID=.;OPOS=91337479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:61:61:0.42069:33:28:42:42:33:28:42:42 chr15 91346923 . C A 224.74 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00892886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.785;QD=19.977;RBI=0.0110004;REFB=-0.0185259;REVB=-0.00642528;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279322;STB=0.666518;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0210679;OID=.;OPOS=91346923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:8:14:7:15:8:14:7:16 chr15 91354505 . C T 316.27 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00316222;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.737;QD=20.0803;RBI=0.00786928;REFB=-0.0218912;REVB=0.00720597;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572276;STB=0.524575;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0242733;OID=.;OPOS=91354505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:30:33:33:0.52381:16:17:18:13:16:17:17:13 chr15 91424574 . G C 820.13 PASS AF=0.423256;AO=56;DP=217;FAO=91;FDP=215;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=0.00804688;FXX=0.00921617;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.552;QD=15.2581;RBI=0.0205169;REFB=-0.00993003;REVB=-0.018873;RO=94;SAF=2;SAR=54;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777565;STB=0.660811;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0180092;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:94:124:56:91:0.423256:54:2:60:34:64:27:70:54 chr15 91428290 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0214202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.65;QD=24.2041;RBI=0.0368988;REFB=-0.0032219;REVB=0.0300449;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215988;STB=0.620308;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00283495;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:3:9:8:10:3:9 chr15 91428521 . CT C 337.17 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0301221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.334;QD=15.8667;RBI=0.0388347;REFB=-0.0150587;REVB=-0.0245111;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291754;STB=0.511176;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=0.0272413;OID=.;OPOS=91428522;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435294:37:85:37:85:48:17:20:23:25:99:46:17:20:21:25 chr15 91428589 . T G 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000867806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.964;QD=22.9468;RBI=0.00280179;REFB=-0.015519;REVB=0.00266401;RO=30;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534506;STB=0.537553;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0101251;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:24:16:14:16:24:16:15:16 chr15 91428636 . G A 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0185119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.416;QD=27.8848;RBI=0.0393531;REFB=-0.0252717;REVB=0.0347271;RO=18;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210823;STB=0.61489;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0108851;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:19:15:14:4:19:15:14:4 chr15 91430436 . T C 954.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389819;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.879;QD=58.7137;RBI=0.0100995;REFB=0;REVB=0.00931688;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127998;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:33:32:0:0 chr15 91449654 . T C 1567.25 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927145;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.615;QD=63.9694;RBI=0.0692469;REFB=0;REVB=0.0686235;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84136e-06;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr15 91449702 . A T 1312.38 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000121466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1856;QD=59.6538;RBI=0.00300116;REFB=-0.195742;REVB=0.0029987;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997443;STB=0.510414;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00254863;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:39:47:1:0:39:47:2:0 chr15 91452595 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.55;QD=59.6793;RBI=0.0193065;REFB=0;REVB=-0.0124774;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22756e-06;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr15 91492877 . C T 510.36 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0198378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.058;QD=52.3445;RBI=0.0277714;REFB=-0.0714086;REVB=0.0194349;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.56518;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000869966;OID=.;OPOS=91492877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:1:3:36:36:0.923077:26:10:1:0:26:10:3:0 chr15 91499986 . G T 743.54 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012685;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.231;QD=55.0773;RBI=0.0143793;REFB=-0.0787205;REVB=0.00677168;RO=1;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248296;OID=.;OPOS=91499986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:13:40:0:1:14:40:0:0 chr15 91503195 . C T 254.93 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0563683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9194;QD=22.1682;RBI=0.072385;REFB=0.022964;REVB=0.0454115;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110704;STB=0.561992;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.014984;OID=.;OPOS=91503195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:10:12:10:14:10:12 chr15 91509592 . T C 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0930785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8525;QD=52.6963;RBI=0.0936503;REFB=-0.0572916;REVB=0.0103327;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000887654;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:27:22:2:0:27:22:2:0 chr15 91517479 . G A 1102.04 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571416;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2435;QD=60.3855;RBI=0.060408;REFB=0;REVB=0.0195947;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391259;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr15 91524841 . G T 917.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.987;QD=58.2498;RBI=0.0121302;REFB=0;REVB=-0.00521295;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56556e-05;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:34:29:0:0 chr15 91543761 . C T 533.97 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456332;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.244;QD=57.7261;RBI=0.0462785;REFB=-0.102693;REVB=0.00770095;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159527;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:37:1:0:36:37:1:15:21:1:0:15:22:0:0 chr15 91825009 . C T 177.85 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0218378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.037;QD=14.8209;RBI=0.0218378;REFB=-0.00627822;REVB=4.26313e-05;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175327;STB=0.59183;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0100851;OID=.;OPOS=91825009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:7:12:13:15:7:12:14:15 chr15 91836683 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.092;QD=60.8831;RBI=0.0371214;REFB=0;REVB=0.03712;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93321e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr15 92647645 . G C 514.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.4;QD=58.791;RBI=0.0318654;REFB=0;REVB=0.0129314;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201855;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:27:7:0:0:27:8:0:0 chr15 93015427 . G A 371.96 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0242444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6107;QD=25.6525;RBI=0.0256585;REFB=-0.0180367;REVB=-0.00840062;RO=22;SAF=28;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268318;STB=0.648058;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0203527;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:8:28:10:12:8:28:10:12 chr15 93161098 . GC G 197.35 PASS AF=0.837838;AO=25;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.136243;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.1074;QD=21.3353;RBI=0.273471;REFB=0.0406987;REVB=0.237117;RO=9;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0.0902308;STB=0.502616;STBP=0.928;TYPE=del;VARB=0.0201671;OID=.;OPOS=93161099;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.837838:25:37:31:37:6:15:16:3:3:16:9:13:12:3:6 chr15 93198671 . A G 1418.32 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108015;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9795;QD=63.0364;RBI=0.10836;REFB=0;REVB=0.00863868;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317021;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 1052.52 PASS AF=0.84,0.16;AO=50,10;DP=69;FAO=63,12;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30,5;FSAR=33,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552773,-0.0344031;FXX=0.0259707;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=215.289,107.396;QD=56.1342;RBI=0.00772961,0.0350392;REFB=0,0;REVB=0.00540287,-0.00664634;RO=0;SAF=17,7;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00607571,0.0170607;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.84,0.16:50,10:69:63,12:75:0:30,5:33,7:0:0:66:0:17,7:33,3:0:0 chr15 93447631 . T G 271.27 PASS AF=0.340206;AO=27;DP=92;FAO=33;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00475889;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.42;QD=11.1865;RBI=0.00713974;REFB=-0.0130725;REVB=-0.00532248;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507483;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250712;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:51:64:27:33:0.340206:16:11:21:30:17:16:31:33 chr15 93447681 . G C 250.24 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0527042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1856;QD=9.01768;RBI=0.0527061;REFB=0.0175057;REVB=-0.000446096;RO=76;SAF=17;SAR=17;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621565;STB=0.531513;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0406329;OID=.;OPOS=93447681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:77:34:34:0.306306:17:17:42:34:17:17:42:35 chr15 93510603 . A G 820.4 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.212;QD=55.6203;RBI=0.0225699;REFB=-0.118802;REVB=0.00792209;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000242323;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr15 93521604 . A G 1249.08 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0208125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.171;QD=56.7763;RBI=0.0211965;REFB=-0.0297441;REVB=-0.0040165;RO=4;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450355;STB=0.52325;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000354684;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:83:84:0.954545:40:43:0:4:41:43:0:4 chr15 93570241 . T C 2240.19 PASS AF=0.986755;AO=146;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.328;QD=59.3427;RBI=0.0164712;REFB=-0.124132;REVB=0.0107203;RO=0;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95582e-08;STB=0.500222;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00022431;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:0:2:146:149:0.986755:74:72:0:0:77:72:1:1 chr15 93586633 . G A 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.014093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.643;QD=11.0813;RBI=0.0205266;REFB=-0.00743409;REVB=0.0149241;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784181;STB=0.540654;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0122821;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:42:23:23:0.353846:9:14:21:18:9:14:23:19 chr15 93588284 . G A 102.67 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00438845;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.574;QD=16.4265;RBI=0.0193391;REFB=-0.0175686;REVB=-0.0188346;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555457;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0160271;OID=.;OPOS=93588284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:2:10:10:2:2:10:10:3 chr15 93588289 . G A 138.98 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00168711;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.792;QD=19.8543;RBI=0.0565945;REFB=-0.0471006;REVB=0.0565693;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226104;STB=0.639128;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00690778;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:2:12:9:4:2:13:9:4 chr15 93588336 . A C 1413.46 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.953;QD=62.8203;RBI=0.031194;REFB=0;REVB=-0.00979499;RO=0;SAF=64;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33442e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:26:64:0:0:26:64:0:0 chr15 93609460 . A T 369.21 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.000807935;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.167;QD=14.3382;RBI=0.0217364;REFB=-0.0134771;REVB=-0.0217214;RO=60;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767504;STB=0.535843;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0181898;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:42:43:0.417476:20:22:27:33:21:22:27:33 chr15 93616933 . C G 2303.32 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0387469;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.425;QD=60.2176;RBI=0.0513518;REFB=-0.147002;REVB=0.0336999;RO=1;SAF=83;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569688;STB=0.502994;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00140917;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:153:1:1:152:152:0.993464:69:83:1:0:69:83:1:0 chr15 93616975 . A G 1319.66 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115844;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.839;QD=62.1018;RBI=0.01289;REFB=0;REVB=0.00565272;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75025e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:81:85:1:54:27:0:0:54:31:0:0 chr15 93632123 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6682;QD=35.5727;RBI=0.0404289;REFB=0;REVB=-0.0345686;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755287;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 93750256 . G T 650.72 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.754;QD=61.9728;RBI=0.0149817;REFB=0;REVB=-0.00825596;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84831e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr15 94304132 . C T 62.48 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0274547;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7368;QD=7.14031;RBI=0.0392178;REFB=-0.0164917;REVB=-0.0280049;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887829;STB=0.555438;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0600666;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:19:7:3:6:19:7 chr15 94304167 . C T 316.18 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00433395;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.434;QD=22.5843;RBI=0.0342675;REFB=-0.00309457;REVB=-0.0339924;RO=25;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118463;STB=0.55552;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00380019;OID=.;OPOS=94304167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:24:32:32:0.571429:12:20:12:13:12:20:12:12 chr15 94304189 . T C 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0274073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.145;QD=14.5581;RBI=0.0281372;REFB=-0.0296788;REVB=-0.00636751;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283806;STB=0.526295;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0427258;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:16:10:14:20:16:10:15:20 chr15 94841691 . G A 964.58 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0396106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.242;QD=55.9175;RBI=0.0396183;REFB=0.0757717;REVB=0.000779622;RO=2;SAF=5;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150023;STB=0.507934;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000827949;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:62:5:0:2:62:5:0:2 chr15 94884108 . G C 309.39 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0152137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2109;QD=11.8995;RBI=0.0155966;REFB=-0.00228679;REVB=0.00343465;RO=65;SAF=20;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713426;STB=0.545431;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00630226;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:66:38:38:0.365385:18:20:30:35:18:20:30:36 chr15 94945719 . G T 356.61 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00963654;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.412;QD=19.0191;RBI=0.0250051;REFB=-0.0112954;REVB=-0.0230737;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356588;STB=0.519845;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0128593;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:21:17:18:19:21:17 chr15 96289064 . T A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2822;QD=59.4999;RBI=0.0320637;REFB=0;REVB=0.0319284;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191902;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr15 97970963 . T C 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00228899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.725;QD=22.9086;RBI=0.00949134;REFB=-0.0136523;REVB=-0.00921119;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393613;STB=0.721264;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0149056;OID=.;OPOS=97970963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:5:16:5:12:5:16:5:12 chr15 98015489 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.126;QD=57.5419;RBI=0.0401964;REFB=0;REVB=-0.0154478;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156549;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr15 98301844 . GC G,GG,GT,TG 519.88 PASS AF=0.0769231,0.102564,0.717949,0.0769231;AO=6,4,24,2;DP=37;FAO=3,4,28,3;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=1,4,22,0;FSAR=2,0,6,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000433298,-0.000979076,-8.41922e-05,-0.00412899;FXX=0.0249938;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=101.587,88.3348,110.738,96.291;QD=53.3213;RBI=0.0325766,0.040619,0.0736907,0.0566626;REFB=0.00109641,0.0138573,-0.0285934,0.0307895;REVB=0.0325737,0.0406072,0.0736906,0.056512;RO=1;SAF=1,4,22,0;SAR=5,0,2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0789211,0.749895,0.183228,0;STB=0.59939,0.995941,0.538433,0.5;STBP=0.681,0.099,0.127,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=0.0257067,-0.0207228,0.0109658,-0.00729077;OID=.,.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845,98301844;OREF=C,C,C,GC;OALT=-,G,T,TG;OMAPALT=G,GG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:22:37:39:1:1:6,4,24,2:3,4,28,3:0.0769231,0.102564,0.717949,0.0769231:5,0,2,2:1,4,22,0:0:1:2,0,6,3:1,4,22,0:0:1 chr15 98513845 . T C 436.42 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0131128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.502;QD=21.2887;RBI=0.0192799;REFB=-0.0120649;REVB=0.014134;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102679;STB=0.500567;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0108089;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:20:19:21:22:20:19 chr15 98995081 . A G 1476.9 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.424;QD=62.847;RBI=0.0484043;REFB=0;REVB=0.0356576;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174237;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:52:40:0:0:54:40:0:0 chr15 99023968 . T G 209.47 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00504921;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.992;QD=17.8269;RBI=0.00530779;REFB=-0.0134314;REVB=0.00163649;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148257;STB=0.575683;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00899707;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:26:21:21:0.446809:7:14:13:12:7:14:14:12 chr15 99465473 . C T 448.95 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0262826;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.329;QD=21.3787;RBI=0.0283083;REFB=-0.019147;REVB=0.010516;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626153;STB=0.534579;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0263147;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:40:44:44:0.52381:23:21:22:18:23:21:22:18 chr15 99478225 . G A 276.52 PASS AF=0.415584;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0106302;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.112;QD=14.3647;RBI=0.0116955;REFB=-0.0152681;REVB=0.00487676;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172632;STB=0.584364;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0278321;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:45:30:32:0.415584:14:16:17:29:16:16:16:29 chr15 99503199 . GGTGTGTGTGTGTGTA GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG 554.48 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=33,2;DP=38;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449572,-0.0265274;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=126.4,76.7957;QD=59.9443;RBI=0.0740781,0.0321216;REFB=0,0;REVB=0.0588762,0.0181134;RO=0;SAF=19,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00355513,0.140205;OID=.,.;OPOS=99503200,99503212;OREF=GT,GTA;OALT=-,ATG;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972973,0.027027:33,2:38:36,1:37:0:20,1:16,0:0:0:5:0:19,1:14,1:0:0 chr15 99504437 . C T 865.77 PASS AF=0.56;AO=82;DP=151;FAO=84;FDP=150;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.014336;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.834;QD=23.0873;RBI=0.0146094;REFB=0.00569849;REVB=-0.00281301;RO=64;SAF=34;SAR=48;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570848;STB=0.523804;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00762746;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:64:66:82:84:0.56:48:34:31:33:49:35:31:35 chr15 99504671 . C T 363.59 PASS AF=0.421053;AO=37;DP=92;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0105625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.955;QD=15.3092;RBI=0.0544428;REFB=-0.0155616;REVB=0.0534083;RO=53;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630594;STB=0.536824;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0171472;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:53:55:37:40:0.421053:19:18:29:24:20:20:31:24 chr15 99653800 . T C 343.5 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0437043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2763;QD=16.3569;RBI=0.0981673;REFB=-0.0151153;REVB=0.0879019;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183287;STB=0.510304;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0204905;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:22:25:19:18:22:25 chr15 99670989 . T C 270.7 PASS AF=0.56;AO=26;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00991176;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.313;QD=21.6561;RBI=0.0116715;REFB=-0.046056;REVB=0.00616295;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657384;STB=0.503103;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0420849;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:22:26:28:0.56:18:8:9:15:18:10:8:14 chr15 99671424 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00704271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.22;QD=16.4171;RBI=0.00737523;REFB=-0.0158942;REVB=-0.00218956;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307902;STB=0.679494;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0329171;OID=.;OPOS=99671424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:3:11:8:8:3:11:8:8 chr15 99671760 . T C 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0298956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.245;QD=18.5851;RBI=0.0739757;REFB=-0.00911813;REVB=-0.0676657;RO=54;SAF=29;SAR=24;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935813;STB=0.547152;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00787093;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:24:29:24:30:24:29:25:30 chr15 99672722 . A G 224.18 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0126519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.875;QD=17.5825;RBI=0.040611;REFB=-0.0198376;REVB=0.0385899;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849801;STB=0.545418;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0249765;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:7:16:20:6:8:16:20:7 chr15 99715352 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.321;QD=60.7138;RBI=0.0171477;REFB=0;REVB=-0.0162537;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67666e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr15 99826027 . C G 186.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0100031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.025;QD=19.6595;RBI=0.0137793;REFB=-0.0436382;REVB=0.00947662;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973127;STB=0.554857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.042112;OID=.;OPOS=99826027;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:6:13:11:8:6:13 chr15 100230790 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.344;QD=55.6561;RBI=0.0535021;REFB=0;REVB=0.0533936;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298515;OID=.;OPOS=100230790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr15 100246936 . T C 563.57 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00288352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.154;QD=57.8015;RBI=0.00788221;REFB=-0.0696967;REVB=0.00733583;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000589999;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr15 100246942 . G A 733.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877942;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.244;QD=62.4633;RBI=0.0217295;REFB=0;REVB=0.0198769;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209094;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:16:31:0:0 chr15 100257596 . T G 742.54 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0427422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7097;QD=53.0385;RBI=0.0529433;REFB=-0.0145801;REVB=0.0312426;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348761;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00379861;OID=.;OPOS=100257596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:2:0:28:26:2:0 chr15 100269796 . A G 727.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038994;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.47;QD=55.9375;RBI=0.00612904;REFB=0;REVB=0.00472862;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185199;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:20:30:0:0:20:32:0:0 chr15 100332743 . A G 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0151993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.151;QD=27.8582;RBI=0.0554738;REFB=-0.038946;REVB=-0.053351;RO=7;SAF=15;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310041;STB=0.505611;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204377;OID=.;OPOS=100332743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:2:15:6:1:2:15:7:1 chr15 100332799 . A C 168.52 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000124532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6907;QD=16.0494;RBI=0.00426971;REFB=-0.0377247;REVB=-0.00426789;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932071;STB=0.553894;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0569457;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:4:14:17:7:4:14:17:7 chr15 100332807 . C T 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0243172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1642;QD=13.4572;RBI=0.0301068;REFB=-0.0191078;REVB=-0.0177509;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140605;STB=0.605786;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0410052;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:3:13:18:7:3:13:18:8 chr15 100332877 . T C 113.66 PASS AF=0.590909;AO=10;DP=19;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0926419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0243;QD=20.6645;RBI=0.0943016;REFB=-0.0572819;REVB=-0.0176145;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.555466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0168692;OID=.;OPOS=100332877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:22:9:9:10:13:0.590909:3:7:6:3:3:10:6:3 chr15 100332919 . T C 66.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296835;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9262;QD=38.2746;RBI=0.0439362;REFB=0;REVB=-0.0323926;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00803077;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr15 100333075 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.337;QD=52.6132;RBI=0.00931923;REFB=0;REVB=0.00672279;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49994e-05;OID=.;OPOS=100333075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 100345096 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0130842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.142;QD=17.2298;RBI=0.0339684;REFB=-0.0333656;REVB=0.0313473;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202667;OID=.;OPOS=100345096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr15 100512047 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0163332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.373;QD=5.57536;RBI=0.0168719;REFB=-0.00258336;REVB=0.00422946;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229073;STB=0.648245;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00940813;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:9:15:3:4:9:15 chr15 100513117 . G A 556.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.37;QD=60.1517;RBI=0.0452872;REFB=0;REVB=0.0452161;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132723;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr15 100514417 . CC TG 1115.75 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133339;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.462;QD=60.3111;RBI=0.0135991;REFB=0;REVB=0.00267265;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000126525;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:71:74:1:39:32:0:0:39:35:0:0 chr15 100514614 . T C 619.85 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.032292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.776;QD=55.0982;RBI=0.0400923;REFB=-0.208148;REVB=0.0237617;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.516121;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00424583;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:1:3:42:42:0.933333:18:24:0:1:18:24:1:2 chr15 100636586 . G A 138.99 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0421248;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9347;QD=8.82497;RBI=0.0517944;REFB=-0.0256411;REVB=0.0301357;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353485;STB=0.508582;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0380218;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:41:44:18:19:0.301587:8:10:24:17:8:11:26:18 chr15 100672236 . CT C,CG 532.81 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=4,32;DP=37;FAO=4,33;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=4,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146178,0.00136936;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.445,124.538;QD=57.6005;RBI=0.00621514,0.0208668;REFB=0,0;REVB=-0.00604079,0.0208218;RO=0;SAF=0,10;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0186295,-0.0016175;OID=.,.;OPOS=100672237,100672237;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.108108,0.891892:4,32:37:4,33:37:0:0,10:4,23:0:0:18:0:0,10:4,22:0:0 chr15 100794363 . C T 638.05 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6441;QD=59.3531;RBI=0.0592459;REFB=0.0273682;REVB=-0.0369622;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00394449;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr15 100801698 . G A 361.2 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0121809;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.861;QD=20.0669;RBI=0.0153148;REFB=-0.00290507;REVB=0.00928271;RO=34;SAF=25;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161623;STB=0.584159;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000479509;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:12:25:17:17:12:25:18:17 chr15 100821467 . G A 601.79 PASS AF=0.413174;AO=67;DP=160;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.033429;FXX=0.0402276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.14;QD=14.4141;RBI=0.0426312;REFB=-0.0324999;REVB=0.026456;RO=88;SAF=34;SAR=33;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422145;STB=0.500782;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0518693;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:167:88:98:67:69:0.413174:33:34:41:47:33:36:51:47 chr15 100821576 . G A 531.8 PASS AF=0.516129;AO=46;DP=92;FAO=48;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0123398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.441;QD=22.8732;RBI=0.0531387;REFB=-0.00961463;REVB=0.0516861;RO=26;SAF=17;SAR=29;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215555;STB=0.613961;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0178561;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:26:40:46:48:0.516129:29:17:18:8:31:17:24:16 chr15 100882113 . G A 590.43 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00298518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.764;QD=29.5217;RBI=0.00300407;REFB=-0.0163061;REVB=-0.000336413;RO=28;SAF=26;SAR=26;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230326;STB=0.512495;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0090429;OID=.;OPOS=100882113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:26:26:13:15:26:26:13:15 chr15 100942962 . T C 444.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.661;QD=57.3612;RBI=0.147288;REFB=0;REVB=0.012702;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345351;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:23:8:0:0 chr15 101041896 . T C 655.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257878;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5468;QD=62.3886;RBI=0.0640145;REFB=0;REVB=0.0585905;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794304;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr15 101109677 . C A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00292642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2502;QD=18.6421;RBI=0.043893;REFB=0.0143445;REVB=-0.0437953;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114148;STB=0.565152;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0116129;OID=.;OPOS=101109677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:5:16:16:8:5:16:16:8 chr15 101109794 . C G 101.27 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0104518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.242;QD=16.2035;RBI=0.038986;REFB=-0.0188466;REVB=-0.0375588;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341381;STB=0.701369;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0307926;OID=.;OPOS=101109794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:7:6:2:10:7:6 chr15 101109818 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7276;QD=55.0939;RBI=0.0572834;REFB=0;REVB=0.0570196;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861432;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr15 101109893 . C A 298.21 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00307067;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.211;QD=20.5662;RBI=0.0263636;REFB=-0.011207;REVB=0.0261841;RO=27;SAF=26;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219171;STB=0.623198;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00830834;OID=.;OPOS=101109893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:5:26:18:9:5:26:18:9 chr15 101110096 . T C 287.44 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0283345;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6857;QD=15.7501;RBI=0.0354219;REFB=-0.000446836;REVB=0.0212571;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987165;STB=0.555522;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.001288;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:41:32:32:0.438356:18:14:14:27:18:14:14:27 chr15 101110265 . T A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00187106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.263;QD=9.46359;RBI=0.0170981;REFB=-0.00665999;REVB=0.0169955;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956554;STB=0.556468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0160791;OID=.;OPOS=101110265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:23:22:12:9:23:22 chr15 101110302 . C G 266.2 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0107537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.571;QD=13.4784;RBI=0.0107656;REFB=-0.0117578;REVB=0.000505308;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118782;STB=0.501677;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0182526;OID=.;OPOS=101110302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:48:30:31:0.392405:17:13:20:25:18:13:20:28 chr15 101113862 . C T 2349.59 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.163;QD=61.0283;RBI=0.0102499;REFB=0;REVB=0.00925741;RO=0;SAF=93;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8025e-05;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:60:93:0:0:60:94:0:0 chr15 101113950 . A G 293.34 PASS AF=0.295082;AO=17;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00533357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3996;QD=19.2352;RBI=0.0477023;REFB=-0.0402837;REVB=0.0474032;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610216;STB=0.554396;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.145834;OID=.;OPOS=101113950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:17:18:0.295082:7:10:18:10:8:10:18:10 chr15 101114418 . G A 150.63 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00429383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5884;QD=20.0843;RBI=0.0358857;REFB=0.016062;REVB=-0.0356279;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0179805;OID=.;OPOS=101114418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:5:9:9:7:5:9 chr15 101120963 . T C 336.3 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00343683;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=16.207;RBI=0.00584638;REFB=-0.0122887;REVB=-0.00472953;RO=47;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145819;STB=0.587752;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0130506;OID=.;OPOS=101120963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:35:36:0.433735:11:24:26:21:11:25:26:21 chr15 101421673 . G A 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.015453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.75;QD=14.5575;RBI=0.0155544;REFB=-0.00900103;REVB=-0.00177264;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178251;STB=0.600461;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0137299;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:9:26:15:11:9:26 chr15 101464915 . T C 724.74 PASS AF=0.466667;AO=76;DP=165;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0170139;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3765;QD=17.5696;RBI=0.026839;REFB=-0.0156815;REVB=0.0207572;RO=88;SAF=40;SAR=36;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474654;STB=0.5225;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0146037;OID=.;OPOS=101464915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:88:76:77:0.466667:36:40:42:46:37:40:42:46 chr15 101562793 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0287317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.016;QD=18.1163;RBI=0.0293403;REFB=-0.00844563;REVB=0.0059452;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035158;STB=0.519978;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00778451;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:6:14:12:6:6:14 chr15 101591923 . A G 1235.27 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127638;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.889;QD=60.257;RBI=0.0135488;REFB=-0.0314338;REVB=-0.00454485;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-9.9325e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:0:1:35:46:0:1 chr15 101606889 . GC AA 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0132707;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.871;QD=17.8975;RBI=0.0196161;REFB=-0.00805309;REVB=0.0144458;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108217;STB=0.56051;STBP=0.289;TYPE=mnp;VARB=0.0114345;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:25:18:27:24:25:18:27:24 chr15 101607450 . T C 273.89 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0125727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.967;QD=21.4817;RBI=0.0143185;REFB=-0.0022348;REVB=-0.00685176;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248149;STB=0.637268;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00300215;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:17:6:16:12:17:6 chr15 101607513 . T C 249.51 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00572135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.207;QD=18.4822;RBI=0.0230872;REFB=-0.0117652;REVB=-0.022367;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205382;STB=0.615297;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00984836;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:12:15:9:18:12:15 chr15 101717680 . G T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.253;QD=60.2046;RBI=0.0207102;REFB=0;REVB=0.00242758;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70742e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr15 101910550 . G A 298.11 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=0.0236309;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.931;QD=12.9612;RBI=0.0236938;REFB=-0.00661225;REVB=-0.00172573;RO=58;SAF=21;SAR=12;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17843;STB=0.575343;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0127209;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:58:58:33:34:0.369565:12:21:45:13:11:23:45:13 chr15 101924546 . C T 1262.15 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.092;QD=61.5685;RBI=0.021595;REFB=0;REVB=0.0206345;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35861e-05;OID=.;OPOS=101924546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:43:39:0:0 chr15 102192548 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.592;QD=52.6132;RBI=0.0834909;REFB=0;REVB=0.00957579;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614736;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr15 102223771 . G A 508.52 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0675784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8506;QD=23.3801;RBI=0.067579;REFB=-0.00195417;REVB=-0.000267412;RO=37;SAF=30;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700146;STB=0.540523;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00147051;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:39:48:48:0.551724:18:30:20:17:18:30:21:18 chr15 102224341 . G A 597.49 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0172365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.371;QD=19.7518;RBI=0.0294631;REFB=-0.0285841;REVB=-0.0238951;RO=60;SAF=40;SAR=21;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176344;STB=0.597487;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.018918;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:21:40:28:32:21:40:28:32 chr15 102284706 . G A 127.09 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0639655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0951;QD=4.53901;RBI=0.0653065;REFB=-0.00746358;REVB=-0.0131661;RO=90;SAF=5;SAR=17;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264926;STB=0.670884;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.030003;OID=.;OPOS=102284706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:22:22:0.196429:17:5:37:53:17:5:37:53 chr15 102389423 . C G 648.78 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0103609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.44;QD=18.5365;RBI=0.0132814;REFB=-0.0110748;REVB=-0.00830956;RO=74;SAF=33;SAR=33;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00926244;OID=.;OPOS=102389423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:33:33:37:37:33:33:37:37 chr15 102506321 . A G 56.66 PASS AF=0.0640177;AO=29;DP=454;FAO=29;FDP=453;FR=.;FRO=424;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=206;FSRR=218;FWDB=0.00198279;FXX=0.00220259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.375;QD=0.500265;RBI=0.0285757;REFB=-0.0015946;REVB=-0.0285068;RO=421;SAF=13;SAR=16;SRF=206;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443713;STB=0.535264;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0192351;OID=.;OPOS=102506321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:454:453:421:424:29:29:0.0640177:16:13:206:215:16:13:206:218 chr15 102506389 . C T 120.07 PASS AF=0.130233;AO=28;DP=215;FAO=28;FDP=215;FR=.;FRO=187;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=78;FSRR=109;FWDB=-0.0178891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.714;QD=2.23376;RBI=0.0227491;REFB=-0.00599078;REVB=-0.0140534;RO=187;SAF=6;SAR=22;SRF=78;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285618;STB=0.701438;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0327577;OID=.;OPOS=102506389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:187:187:28:28:0.130233:22:6:78:109:22:6:78:109 chr15 102516350 . G A 174.72 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0230318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7649;QD=12.0494;RBI=0.0513711;REFB=-0.0169615;REVB=0.0459187;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.612904;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0650937;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:36:20:22:0.37931:9:11:13:23:10:12:13:23 chr15 102516411 . C G 84.56 PASS AF=0.125828;AO=19;DP=151;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=-0.0103941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9644;QD=2.24004;RBI=0.0500745;REFB=-0.0105736;REVB=0.0489839;RO=131;SAF=13;SAR=6;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254207;STB=0.681151;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0617103;OID=.;OPOS=102516411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:151:151:131:132:19:19:0.125828:6:13:63:68:6:13:63:69 chr16 103517 . A C 907.6 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258354;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.336;QD=58.5546;RBI=0.0342011;REFB=0;REVB=-0.0224108;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160327;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr16 108585 . T C 173.31 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0388944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.608;QD=19.2564;RBI=0.0413092;REFB=-0.0268732;REVB=0.0139167;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.597581;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0159986;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:15:17:0.472222:10:5:6:8:12:5:8:9 chr16 112659 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000942571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.026;QD=13.1196;RBI=0.0148056;REFB=0.000399765;REVB=0.0147756;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146929;STB=0.583802;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000605258;OID=.;OPOS=112659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:25:13:12:13:25:13 chr16 113883 . G GCC 429.51 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286641;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=47.1287;QD=49.0865;RBI=0.145196;REFB=0;REVB=0.142338;RO=2;SAF=27;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00159403;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:35:35:0:27:8:0:0:7:2:27:6:2:0 chr16 113886 . GC G 326.11 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.5302;QD=38.3659;RBI=0.0746312;REFB=-0.00810783;REVB=0.0550677;RO=3;SAF=26;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00896941;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:34:34:34:0:28:6:0:0:4:3:26:5:2:1 chr16 138772 . A AG 829.23 PASS AF=1;AO=66;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.273429;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.3955;QD=35.6658;RBI=0.275115;REFB=0;REVB=-0.0304094;RO=27;SAF=34;SAR=32;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0024851;OID=.;OPOS=138773;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:94:93:93:0:56:37:0:0:18:27:34:32:25:2 chr16 322934 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.256;QD=55.098;RBI=0.114888;REFB=0;REVB=-0.0051326;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667122;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 324052 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.725;QD=57.2021;RBI=0.0161451;REFB=0;REVB=0.0116865;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86401e-05;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr16 336660 . G A 380.28 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123499;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.369;QD=56.3372;RBI=0.0124467;REFB=0;REVB=0.00154852;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536453;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 419092 . A G 192.45 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00399772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.026;QD=16.0378;RBI=0.00637296;REFB=0.0143378;REVB=-0.00496316;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738577;STB=0.542213;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0147194;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:20:8:7:13:20:8 chr16 419154 . G A 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0128697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7183;QD=12.4545;RBI=0.0201483;REFB=0.00894328;REVB=-0.0155024;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.624878;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0211239;OID=.;OPOS=419154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:18:16:14:7:18:16 chr16 420140 . G A 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0126526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.78;QD=14.5961;RBI=0.0194617;REFB=-0.0186006;REVB=-0.0147875;RO=53;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14036;STB=0.579787;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0246511;OID=.;OPOS=420140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:13:23:27:26:13:23:27:26 chr16 420179 . G A 325.13 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00928725;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.865;QD=19.1253;RBI=0.0150891;REFB=-0.0315607;REVB=-0.0118924;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038176;STB=0.514956;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0341382;OID=.;OPOS=420179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:34:34:34:0.5:15:19:21:14:15:19:20:14 chr16 426432 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0149045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.244;QD=17.3254;RBI=0.0215045;REFB=-0.0164539;REVB=-0.0155015;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550698;STB=0.507455;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0190778;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:5:15:19:5:5:15:19:6 chr16 427479 . T C 293.37 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0184754;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.929;QD=26.6697;RBI=0.0190984;REFB=-0.0515529;REVB=0.00483813;RO=18;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274241;STB=0.652548;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.018713;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:19:7:11:7:19:7:11:7 chr16 427516 . T C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0107879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.847;QD=24.8182;RBI=0.050648;REFB=-0.010835;REVB=-0.0494858;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220502;STB=0.622846;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0147412;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:11:7:16:8:11:7 chr16 427784 . G A 356.35 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0459238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.164;QD=30.3274;RBI=0.0459394;REFB=-0.0128915;REVB=0.00119514;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041404;STB=0.522712;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00745546;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:16:14:9:8:16:14:9:8 chr16 427820 . C T 370.15 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0227939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9096;QD=30.2161;RBI=0.0346351;REFB=-0.0129983;REVB=0.0260774;RO=18;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548566;STB=0.530101;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00970782;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:18:13:9:9:18:13:9:9 chr16 456415 . AT A,AG 685.96 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=6,39;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137055,0.0139313;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.9274,99.6293;QD=59.6485;RBI=0.0748513,0.222816;REFB=0,0;REVB=0.0735859,0.222381;RO=0;SAF=3,33;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00818613,0.00167514;OID=.,.;OPOS=456416,456416;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:6,39:46:1,45:46:0:1,35:0,10:0:0:4:0:3,33:3,6:0:0 chr16 547297 . T C 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.001611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=11.0855;RBI=0.0286554;REFB=0.00961423;REVB=-0.0286101;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195541;STB=0.615828;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.019536;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:9:16:6:7:9:16 chr16 570557 . T C 311.18 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291841;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.704;QD=54.1186;RBI=0.0393603;REFB=0;REVB=0.0264107;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147534;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr16 572178 . AT A 39.4 PASS AF=0.27907;AO=14;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.210228;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.807;QD=3.66542;RBI=0.210369;REFB=-0.0144612;REVB=0.0077134;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400927;STB=0.60222;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=-0.0199209;OID=.;OPOS=572179;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:14:43:12:43:31:2:10:8:23:39:25:3:11:6:19 chr16 593277 . T G 1504.57 PASS AF=0.5;AO=146;DP=300;FAO=154;FDP=308;FR=.;FRO=154;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=93;FSRR=61;FWDB=-0.000239614;FXX=0.00323614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.077;QD=19.5399;RBI=0.00354033;REFB=-0.0253945;REVB=-0.00353221;RO=152;SAF=82;SAR=64;SRF=91;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351175;STB=0.523164;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.026799;OID=.;OPOS=593277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:308:152:154:146:154:0.5:64:82:91:61:68:86:93:61 chr16 601632 . T C 659.0 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0234612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.736;QD=18.3055;RBI=0.0402011;REFB=-0.00520317;REVB=-0.0326451;RO=75;SAF=47;SAR=20;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23772;STB=0.626627;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00518252;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:77:67:67:0.465278:20:47:35:40:20:47:37:40 chr16 602313 . C A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0023459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4389;QD=20.2087;RBI=0.0667287;REFB=0.0623636;REVB=0.0666874;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0374806;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr16 603471 . A G 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00045849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.378;QD=14.1192;RBI=0.00459379;REFB=-0.00166751;REVB=-0.00457085;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860247;STB=0.545421;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00144232;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:27:27:0.415385:15:12:13:23:15:12:14:24 chr16 614821 . A G 186.51 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00532176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.632;QD=22.6074;RBI=0.00532812;REFB=-0.0239734;REVB=0.000260217;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153541;STB=0.571354;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0155366;OID=.;OPOS=614821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:8:10:5:9:9:10:5:9 chr16 622565 . A G 965.59 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3503;QD=55.1763;RBI=0.0201708;REFB=-0.0727966;REVB=6.18586e-05;RO=2;SAF=51;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181698;STB=0.509257;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00558719;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:2:2:66:68:0.971429:15:51:2:0:15:53:2:0 chr16 624114 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7881;QD=42.1823;RBI=0.0600159;REFB=0;REVB=-0.058525;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00455773;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr16 624713 . C T 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.212;QD=62.3092;RBI=0.0609564;REFB=0;REVB=0.0198325;RO=0;SAF=20;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0516e-05;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:66:20:0:0:66:20:0:0 chr16 630902 . C G 230.56 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0572776;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.54;QD=21.9581;RBI=0.0666075;REFB=-0.0309742;REVB=0.0339976;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254163;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0184901;OID=.;OPOS=630902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:20:22:22:0.52381:13:9:8:13:13:9:8:12 chr16 632073 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.357;QD=63.5826;RBI=0.0262173;REFB=0;REVB=0.0157733;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143112;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr16 632115 . G A 1004.56 PASS AF=0.945946;AO=56;DP=72;FAO=70;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0354155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.523;QD=54.3005;RBI=0.0564204;REFB=-0.143739;REVB=0.0439204;RO=4;SAF=36;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147027;STB=0.509175;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00102371;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:74:4:4:56:70:0.945946:20:36:3:1:29:41:3:1 chr16 632138 . C T 958.21 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0947287;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.382;QD=54.7551;RBI=0.0970617;REFB=0.111377;REVB=0.0211533;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884326;STB=0.504962;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00072666;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:70:3:3:66:67:0.957143:37:29:1:2:37:30:1:2 chr16 632180 . G C 1301.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.076;QD=61.9974;RBI=0.0167213;REFB=0;REVB=0.00207389;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00789e-05;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr16 632198 . T A 1061.2 PASS AF=0.986486;AO=66;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364753;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.939;QD=57.3619;RBI=0.0486951;REFB=-0.0992126;REVB=0.0322609;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106189;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00171229;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:74:1:1:66:73:0.986486:44:22:0:1:44:29:0:1 chr16 632225 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.564;QD=57.5441;RBI=0.0415153;REFB=0;REVB=0.029444;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207482;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr16 632230 . CG C,CC 796.36 PASS AF=1,0;AO=44,5;DP=49;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691414,0.0409909;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.714,250.557;QD=63.7088;RBI=0.0745802,0.0477774;REFB=0,0;REVB=0.0279584,0.0245444;RO=0;SAF=11,4;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000546252,0;OID=.,.;OPOS=632231,632231;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,5:49:50,0:50:0:16,0:34,0:0:0:4:0:11,4:33,1:0:0 chr16 632233 . T C 790.36 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4206;QD=63.2288;RBI=0.0463816;REFB=0;REVB=0.0377905;RO=4;SAF=12;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778169;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:4:0:46:50:1:34:12:4:0:34:16:0:0 chr16 632283 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0247545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.622;QD=26.6377;RBI=0.0367784;REFB=-0.00189802;REVB=0.0272004;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19624;STB=0.608569;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.001203;OID=.;OPOS=632283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:1:7:9:7:1:7 chr16 633125 . T C 2613.3 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.381;QD=61.8533;RBI=0.0353319;REFB=0;REVB=0.0350596;RO=1;SAF=92;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134562;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:169:1:0:164:169:1:72:92:1:0:76:93:0:0 chr16 633353 . TG CA 1892.11 PASS AF=1;AO=121;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353202;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.382;QD=61.0359;RBI=0.0359887;REFB=0;REVB=-0.00690421;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000129988;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:121:124:1:76:45:0:0:76:48:0:0 chr16 633706 . C T 539.94 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0135884;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.839;QD=17.8493;RBI=0.0137073;REFB=-0.0214238;REVB=-0.00180169;RO=64;SAF=22;SAR=35;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467546;STB=0.502596;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0263452;OID=.;OPOS=633706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:64:64:57:57:0.471074:35:22:25:39:35:22:25:39 chr16 633764 . G A 461.34 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00934856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.298;QD=18.8302;RBI=0.0132597;REFB=-0.00642475;REVB=0.00940347;RO=52;SAF=20;SAR=26;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489931;STB=0.527261;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00534795;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:26:20:20:32:26:20:20:32 chr16 678843 . C T 516.46 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0923991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.591;QD=19.1281;RBI=0.0925631;REFB=-0.0227614;REVB=-0.00550685;RO=54;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670123;STB=0.537023;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0235764;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:27:27:23:31:27:27:23:31 chr16 679814 . T C 2508.7 PASS AF=0.988024;AO=163;DP=166;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0151072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8536;QD=60.0885;RBI=0.0282131;REFB=-0.0190779;REVB=0.0238276;RO=2;SAF=62;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932905;STB=0.504901;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00459802;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:167:2:2:163:165:0.988024:101:62:0:2:101:64:0:2 chr16 681280 . G T 58.55 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00586048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.157;QD=14.6371;RBI=0.052132;REFB=-0.0276422;REVB=-0.0518015;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15636;STB=0.590707;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0318793;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:7:1:2:6:7:1 chr16 681284 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00628733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.624;QD=14.6514;RBI=0.00830574;REFB=0.011296;REVB=0.00542722;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194344;STB=0.617308;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0102217;OID=.;OPOS=681284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:6:2:1:7:6:2 chr16 688117 . C T 370.07 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0764326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1708;QD=17.2127;RBI=0.0765077;REFB=-0.0181767;REVB=-0.00338979;RO=47;SAF=26;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307266;STB=0.517232;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0237378;OID=.;OPOS=688117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:13:26:30:17:13:26:30:17 chr16 701656 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00873055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.268;QD=17.2469;RBI=0.0109054;REFB=-0.0226115;REVB=-0.0065349;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245376;STB=0.618934;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0142923;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:8:13:9:16:8:13:11:16 chr16 705360 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0010471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.494;QD=7.46505;RBI=0.00386836;REFB=-0.0078055;REVB=0.00372394;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0201864;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:7:10:4:3:7:10 chr16 705844 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0119116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7614;QD=12.1429;RBI=0.0287716;REFB=0.00339531;REVB=-0.0261901;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340029;STB=0.700703;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00704368;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:4:15:17:16:4:15:17:16 chr16 705920 . G C 183.74 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0205635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7007;QD=18.3739;RBI=0.0742366;REFB=0.00985061;REVB=0.0713318;RO=21;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417765;STB=0.74143;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0084408;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:3:16:10:11:3:16:10:11 chr16 708275 . C A 512.78 PASS AF=0.514851;AO=50;DP=99;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0955426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3084;QD=20.3083;RBI=0.106629;REFB=0.0188068;REVB=0.0473424;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171163;STB=0.600869;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0201664;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:49:50:52:0.514851:22:28:18:31:22:30:18:31 chr16 708530 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0180576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.518;QD=16.6157;RBI=0.0226878;REFB=-0.0104633;REVB=-0.0137355;RO=21;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468323;STB=0.775471;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.01182;OID=.;OPOS=708530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:2:15:11:10:2:15:11:10 chr16 709001 . C A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0338724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.354;QD=13.8496;RBI=0.0361199;REFB=-0.0463934;REVB=-0.0125422;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331185;STB=0.690052;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0483906;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:19:6:9:7:19:6 chr16 711712 . C T 569.46 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0492143;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.483;QD=15.7093;RBI=0.0708434;REFB=-0.0524103;REVB=0.0509582;RO=84;SAF=29;SAR=32;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377169;STB=0.521142;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0582037;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:84:84:61:61:0.42069:32:29:43:41:32:29:43:41 chr16 711905 . A G 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0167859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.351;QD=30.5093;RBI=0.0608869;REFB=-0.0552469;REVB=-0.0585274;RO=15;SAF=25;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430306;STB=0.741027;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0203733;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:3:25:7:8:3:25:7:8 chr16 712867 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00753616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.033;QD=16.6155;RBI=0.0231613;REFB=-0.0187166;REVB=-0.021901;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965432;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0189335;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:21:16:17:0.447368:6:10:10:9:7:10:10:11 chr16 715622 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0301222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.473;QD=15.2679;RBI=0.0324615;REFB=0.0131535;REVB=0.0120997;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122095;STB=0.559277;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0152331;OID=.;OPOS=715622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:13:13:20:12:13:13:20:13 chr16 715990 . G A 521.93 PASS AF=0.60241;AO=47;DP=85;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.061481;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9405;QD=25.1532;RBI=0.0713622;REFB=-0.041305;REVB=0.0362305;RO=31;SAF=18;SAR=29;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217899;STB=0.52316;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0340656;OID=.;OPOS=715990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:31:33:47:50:0.60241:29:18:11:20:29:21:12:21 chr16 717523 . G T 299.03 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0107891;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.747;QD=15.9483;RBI=0.0169764;REFB=-0.0286058;REVB=0.013107;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142705;STB=0.586744;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0237346;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:42:33:33:0.44:20:13:23:20:20:13:23:19 chr16 718514 . C G 227.24 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0064211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.099;QD=28.4054;RBI=0.00798992;REFB=-0.0218373;REVB=-0.00475482;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253508;STB=0.630937;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00225925;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:10:11:20:21:0.65625:6:14:3:7:6:15:4:7 chr16 720960 . C T 64.88 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0238063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.252;QD=10.3815;RBI=0.0246501;REFB=-0.018158;REVB=0.00639402;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0322038;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:8:7:4:5:9:7 chr16 720986 . G A 134.1 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0419783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.375;QD=16.2551;RBI=0.0473515;REFB=-0.00860394;REVB=0.0219085;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840217;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00841893;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:8:10:7:8:8:10 chr16 721053 . TG T 120.5 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000597923;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8112;QD=7.41528;RBI=0.129399;REFB=0.0239274;REVB=0.129398;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255591;STB=0.660416;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=-0.00349642;OID=.;OPOS=721054;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:23:65:25:65:40:18:7:19:21:99:31:16:7:14:17 chr16 722288 . A G 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0129852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6871;QD=15.1932;RBI=0.0135153;REFB=-0.0147979;REVB=0.00374811;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.588665;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00550584;OID=.;OPOS=722288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:13:5:6:8:13:5 chr16 722331 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.781;QD=53.2768;RBI=0.0514588;REFB=0;REVB=0.0124953;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233777;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr16 722548 . A G 175.47 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2518;QD=46.7918;RBI=0.0300853;REFB=0;REVB=0.017283;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115867;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 726860 . AC A 71.81 PASS AF=0.53125;AO=11;DP=29;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.226729;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.5599;QD=8.97649;RBI=0.278238;REFB=-0.100264;REVB=0.161276;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.684211;SSSB=-0.135016;STB=0.523533;STBP=0.86;TYPE=del;VARB=0.12594;OID=.;OPOS=726861;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:11:29:17:32:15:13:4:12:3:60:17:8:3:14:3 chr16 733604 . G A 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0552863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4588;QD=19.6902;RBI=0.0575108;REFB=0.0289008;REVB=0.0158404;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.558444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0286548;OID=.;OPOS=733604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:9:13:10:11:9:13 chr16 735921 . T C 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0201817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.778;QD=11.1048;RBI=0.0251084;REFB=-0.00480406;REVB=0.0149376;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00573889;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:3:4:4:5:3:4:4:6 chr16 740404 . C G 251.53 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.03692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6376;QD=20.5331;RBI=0.0723036;REFB=-0.0218607;REVB=0.0621669;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776697;STB=0.511102;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0330762;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:25:23:24:0.489796:10:13:11:12:11:13:13:12 chr16 745618 . G T 296.66 PASS AF=0.471429;AO=29;DP=65;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0205264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.605;QD=16.9522;RBI=0.0250836;REFB=-0.0337336;REVB=0.0144172;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331988;STB=0.513177;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.045017;OID=.;OPOS=745618;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:35:37:29:33:0.471429:19:10:11:24:23:10:12:25 chr16 746884 . A C 1009.67 PASS AF=0.46087;AO=103;DP=227;FAO=106;FDP=230;FR=.;FRO=124;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=90;FSRR=34;FWDB=-0.0459505;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9947;QD=17.5595;RBI=0.0534066;REFB=-0.0355413;REVB=0.0272178;RO=122;SAF=51;SAR=52;SRF=88;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222242;STB=0.626243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0487446;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:122:124:103:106:0.46087:52:51:88:34:54:52:90:34 chr16 746914 . G A 862.43 PASS AF=0.451456;AO=93;DP=206;FAO=93;FDP=206;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=81;FSRR=32;FWDB=-0.00945577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.289;QD=16.7462;RBI=0.0101183;REFB=-0.0102496;REVB=-0.00360112;RO=112;SAF=44;SAR=49;SRF=81;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244969;STB=0.632133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00833129;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:112:113:93:93:0.451456:49:44:81:31:49:44:81:32 chr16 772061 . C T 358.64 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0071883;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.431;QD=16.8771;RBI=0.0148244;REFB=-0.0110142;REVB=-0.012965;RO=44;SAF=25;SAR=12;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112704;STB=0.555132;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0120355;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:47:37:38:0.447059:12:25:34:10:13:25:35:12 chr16 772141 . G C 459.26 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0035102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.429;QD=18.5561;RBI=0.011289;REFB=-0.0189745;REVB=-0.0107294;RO=52;SAF=28;SAR=18;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456878;STB=0.518579;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0363875;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:53:46:46:0.464646:18:28:34:18:18:28:34:19 chr16 773341 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0139439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9704;QD=10.1732;RBI=0.0196336;REFB=-0.0157125;REVB=0.0138219;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129519;STB=0.578703;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0224223;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:2:7:4:2:2:7 chr16 773572 . C T 146.1 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0155557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9656;QD=16.6966;RBI=0.02457;REFB=-0.030446;REVB=0.0190186;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0369948;OID=.;OPOS=773572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:11:8:7:9:11:8 chr16 774692 . A G 322.76 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.023265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3439;QD=19.2691;RBI=0.073787;REFB=-0.0114974;REVB=-0.0700233;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788144;STB=0.536607;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0103911;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:19:15:17:15:19:15:17:16 chr16 778024 . T C 304.32 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0328256;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.651;QD=25.3596;RBI=0.0338581;REFB=-0.0305158;REVB=-0.00829746;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110692;STB=0.551685;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0174502;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:16:11:11:9:16:11:11:10 chr16 778820 . G A 282.35 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00137338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3668;QD=12.4111;RBI=0.0423515;REFB=0.0115811;REVB=0.0423292;RO=58;SAF=23;SAR=10;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953465;STB=0.555018;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0123453;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:10:23:36:22:10:23:36:22 chr16 781633 . G A 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0333157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.374;QD=22.3963;RBI=0.0362713;REFB=-0.0166965;REVB=0.0143415;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102074;STB=0.505716;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0212505;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:8:11:13:9:8:11 chr16 784765 . C T 84.93 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.157693;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0944;QD=19.9828;RBI=0.157764;REFB=-0.0234103;REVB=0.00475406;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.022568;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr16 832910 . TC T 45.9 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.153126;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.21;QD=6.12048;RBI=0.201969;REFB=-0.0962147;REVB=-0.131697;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567925;STB=0.872314;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0705446;OID=.;OPOS=832911;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:29:10:30:20:1:9:12:8:45:18:1:7:11:7 chr16 837402 . C T 343.3 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00429197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.45;QD=24.0914;RBI=0.034851;REFB=-0.0323298;REVB=0.0345857;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966164;STB=0.532206;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0173822;OID=.;OPOS=837402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:23:34:34:0.596491:16:18:14:7:16:18:14:9 chr16 839262 . A G 2640.08 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.93;QD=61.7562;RBI=0.134119;REFB=0;REVB=-0.0112762;RO=0;SAF=68;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029987;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:171:0:0:158:171:1:90:68:0:0:90:81:0:0 chr16 845730 . G T 142.5 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.005142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3956;QD=13.9025;RBI=0.0523239;REFB=-0.011235;REVB=0.0520707;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0241286;OID=.;OPOS=845730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:10:15:10:6:10:15 chr16 855743 . G A 191.39 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0295439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0477;QD=22.516;RBI=0.0320683;REFB=0.0112398;REVB=0.0124714;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200656;STB=0.592383;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00728041;OID=.;OPOS=855743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:10:9:3:11:10:9:4:11 chr16 863336 . T C 47.82 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0190941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.497;QD=11.9541;RBI=0.0326465;REFB=-0.0322707;REVB=-0.0264804;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725466;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0238927;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:6:0:3:6:6:1:3:6 chr16 863498 . G C 347.97 PASS AF=0.381818;AO=41;DP=109;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0116301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.148;QD=12.6533;RBI=0.0230035;REFB=-0.00407635;REVB=0.0198469;RO=67;SAF=24;SAR=17;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300021;STB=0.514447;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00606859;OID=.;OPOS=863498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:67:68:41:42:0.381818:17:24:41:26:17:25:42:26 chr16 943317 . C CT,T 189.99 PASS AF=0.325301,0;AO=22,3;DP=83;FAO=27,0;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=10,0;FSAR=17,0;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0764229,0.0454618;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=22.0828,31.6945;QD=9.15625;RBI=0.0805468,0.0454622;REFB=0.0172576,0.0094828;REVB=0.0254425,-0.000180143;RO=57;SAF=7,2;SAR=15,1;SRF=24;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133443,0.21212;STB=0.528725,0.5;STBP=0.72,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.034531,0;OID=.,.;OPOS=943318,943317;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:56:22,3:27,0:0.325301,0:15,1:7,2:24:33:17,0:10,0:23:33 chr16 943361 . T C 339.26 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0470752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2219;QD=11.5986;RBI=0.0497647;REFB=-0.010298;REVB=-0.0161384;RO=73;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936185;STB=0.542837;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.023249;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:73:75:42:42:0.358974:23:19:27:46:23:19:29:46 chr16 952432 . G A 280.39 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00198151;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.309;QD=16.4932;RBI=0.0212113;REFB=-0.0126448;REVB=-0.0211185;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327586;STB=0.684703;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0116158;OID=.;OPOS=952432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:14:23:9:22:14:23 chr16 952552 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00317555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.63;QD=9.49468;RBI=0.0141781;REFB=-0.00797623;REVB=0.0138179;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191552;STB=0.614779;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0172026;OID=.;OPOS=952552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:7:17:6:5:7:17 chr16 952559 . G T 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0306534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.905;QD=8.40032;RBI=0.0341794;REFB=-0.015352;REVB=-0.0151194;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302029;STB=0.683085;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0506399;OID=.;OPOS=952559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:6:15:4:5:6:15 chr16 961051 . C T 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0179751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.405;QD=11.9913;RBI=0.0235117;REFB=-0.00397477;REVB=0.0151557;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284762;STB=0.675131;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0427967;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:12:6:19:13:12:6:20:13 chr16 984113 . C A 169.41 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.000507612;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.685;QD=15.759;RBI=0.0116791;REFB=-0.0222859;REVB=-0.0116681;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508762;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0285667;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:25:18:18:0.418605:6:12:16:8:6:12:17:8 chr16 1034834 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.83;QD=58.2372;RBI=0.0234558;REFB=0;REVB=0.0201736;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81253e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr16 1035456 . A G 302.54 PASS AF=0.367347;AO=34;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=3;FWDB=-0.0122903;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.714;QD=12.3484;RBI=0.0503577;REFB=-0.0191433;REVB=0.0488348;RO=63;SAF=34;SAR=0;SRF=59;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.772546;STB=0.52246;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.027863;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:62:34:36:0.367347:0:34:59:4:2:34:59:3 chr16 1116445 . A G 411.86 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.643;QD=56.8088;RBI=0.0916622;REFB=0;REVB=0.0844668;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684516;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:12:13:0:0:15:14:0:0 chr16 1129620 . T C 634.41 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.463;QD=60.42;RBI=0.0481193;REFB=0;REVB=0.0385937;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726251;OID=.;OPOS=1129620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:20:21:1:0:20:22:0:0 chr16 1252369 . C T 678.88 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00434483;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.406;QD=51.2365;RBI=0.0769338;REFB=-0.123888;REVB=0.076811;RO=3;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761011;STB=0.526305;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00118293;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:53:3:2:50:51:0.962264:17:33:0:3:18:33:0:2 chr16 1260481 . T C 471.95 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0481846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.134;QD=53.9366;RBI=0.0587879;REFB=-0.131001;REVB=-0.0336788;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00118087;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:0:1:32:34:0.971429:15:17:0:0:16:18:0:1 chr16 1261219 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.459;QD=58.0606;RBI=0.0458977;REFB=0;REVB=-0.0148835;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103194;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:27:34:0:0 chr16 1261222 . A G 847.89 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5872;QD=57.484;RBI=0.03718;REFB=0;REVB=0.0129476;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396053;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr16 1261282 . T C 743.39 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00708822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.872;QD=59.4709;RBI=0.0111942;REFB=-0.193988;REVB=-0.00866408;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000118759;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:23:25:0:0:23:25:1:1 chr16 1268494 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.243;QD=56.7039;RBI=0.0175275;REFB=0;REVB=-0.0109529;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2687e-06;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr16 1269029 . T C 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.858;QD=59.4129;RBI=0.0151803;REFB=0;REVB=-0.0146967;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6803e-05;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr16 1270162 . G A 936.8 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6614;QD=58.5501;RBI=0.0580595;REFB=0;REVB=0.0554375;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396885;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr16 1270349 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.18;QD=45.8068;RBI=0.0221477;REFB=0;REVB=0.0213151;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383838;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1271890 . G T 471.53 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9175;QD=55.4744;RBI=0.16509;REFB=-0.101874;REVB=0.155794;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00466317;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr16 1272038 . G A 655.72 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0958426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7224;QD=59.6106;RBI=0.0962956;REFB=0;REVB=0.00932995;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263748;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:40:44:1:20:20:0:0:21:23:0:0 chr16 1272865 . G A 2494.96 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.5;QD=61.2261;RBI=0.0213578;REFB=0;REVB=0.00825262;RO=0;SAF=84;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28121e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:163:0:0:159:163:1:75:84:0:0:76:87:0:0 chr16 1291188 . C T 68.26 PASS AF=0.375;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00252326;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0381;QD=11.3766;RBI=0.0213166;REFB=-0.00225829;REVB=-0.0211667;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172341;STB=0.590145;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000247688;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:24:14:15:9:9:0.375:2:7:9:5:2:7:10:5 chr16 1291597 . C G 221.91 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0171777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.159;QD=18.4924;RBI=0.0173601;REFB=-0.0113291;REVB=0.0025097;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327725;STB=0.507805;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0164215;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:13:9:9:15:13:9:11:15 chr16 1291622 . A G 132.79 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00236831;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.444;QD=9.15761;RBI=0.0555741;REFB=-0.00462727;REVB=-0.0555237;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17492;STB=0.603338;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00461488;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:14:26:9:9:14:26 chr16 1306346 . C T 130.27 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.348;QD=40.0833;RBI=0.030439;REFB=-0.0289229;REVB=-0.0124374;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254561;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:13:1:0:12:13:1:3:9:1:0:3:10:0:0 chr16 1306355 . T C 130.39 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8553;QD=43.462;RBI=0.158502;REFB=0;REVB=0.157964;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291462;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:3:9:0:0 chr16 1306558 . CAG CA,GCA 163.03 PASS AF=0.6,0;AO=11,2;DP=31;FAO=18,0;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=16,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.074823,0.0904851;FXX=0.0322477;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=22.8679,23.0461;QD=21.7369;RBI=0.0861887,0.0932834;REFB=0.0697101,0.0785148;REVB=-0.0427787,-0.0226768;RO=10;SAF=11,1;SAR=0,1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.698489;STB=0.551662,0.5;STBP=0.655,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0478285,0;OID=.,.;OPOS=1306560,1306558;OREF=G,CAG;OALT=-,GCA;OMAPALT=CA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:31:30:10:12:11,2:18,0:0.6,0:0,1:11,1:10:0:2,0:16,0:10:2 chr16 1306671 . G A 205.04 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0179272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0503;QD=16.4031;RBI=0.0638167;REFB=0.0193147;REVB=0.061247;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430048;STB=0.746842;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0196105;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:16:5:19:10:16:5:19:10 chr16 1306680 . C T 230.58 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0201075;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.272;QD=21.9601;RBI=0.025812;REFB=-0.00633498;REVB=0.0161848;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243248;STB=0.63605;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00300095;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:6:14:9:13:6:14 chr16 1306681 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.100439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.056;QD=16.9404;RBI=0.100555;REFB=-0.00235419;REVB=0.0048238;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328627;STB=0.688911;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00342834;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:14:10:14:5:14:10 chr16 1306981 . G A 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00276604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.661;QD=12.8696;RBI=0.0128874;REFB=-0.023843;REVB=0.0125871;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.553141;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0273099;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:17:16:12:9:17:16 chr16 1311333 . A G 351.89 PASS AF=0.361345;AO=39;DP=114;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0270672;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.734;QD=11.8281;RBI=0.028853;REFB=-0.0328047;REVB=-0.00999319;RO=74;SAF=25;SAR=14;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134218;STB=0.551176;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0640972;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:74:76:39:43:0.361345:14:25:39:35:17:26:40:36 chr16 1311361 . C T 778.51 PASS AF=0.628319;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=113;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0238736;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0088;QD=27.5578;RBI=0.0370524;REFB=-0.026026;REVB=0.0283361;RO=40;SAF=36;SAR=35;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619862;STB=0.541676;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0137735;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:40:42:71:71:0.628319:35:36:24:16:35:36:26:16 chr16 1312546 . T A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0197084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.352;QD=20.8909;RBI=0.0198145;REFB=-0.00897715;REVB=-0.00204703;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956321;STB=0.505297;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00658896;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:11:21:18:9:11:21:18:9 chr16 1312826 . A G 630.35 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0389062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.662;QD=22.5123;RBI=0.0466988;REFB=-0.020925;REVB=-0.025828;RO=49;SAF=44;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243331;STB=0.638619;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0201582;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:49:50:62:62:0.553571:18:44:21:28:18:44:21:29 chr16 1370597 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.68;QD=56.1902;RBI=0.0320689;REFB=0;REVB=0.0218358;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170488;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 1370614 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=52.6123;RBI=0.0437428;REFB=0;REVB=0.0411375;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379244;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 1370630 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9709;QD=48.7364;RBI=0.0643296;REFB=0;REVB=0.00711122;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103305;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr16 1374818 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.718;QD=56.1916;RBI=0.0253593;REFB=0;REVB=0.0240066;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32738e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr16 1374951 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.474;QD=57.5449;RBI=0.0541686;REFB=0;REVB=0.0529;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208934;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr16 1389153 . C A 994.97 PASS AF=0.923077;AO=70;DP=76;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0372575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.792;QD=51.024;RBI=0.0902048;REFB=-0.124979;REVB=0.082151;RO=6;SAF=46;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257172;STB=0.514282;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0109351;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:78:6:6:70:72:0.923077:24:46:3:3:24:48:3:3 chr16 1391871 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.534;QD=64.1515;RBI=0.00793201;REFB=0;REVB=0.00773965;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13382e-05;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr16 1394507 . A C 865.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.039;QD=57.6711;RBI=0.0322282;REFB=0;REVB=0.026499;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21258e-05;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:20:36:0:0:24:36:0:0 chr16 1419947 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.39;QD=51.9166;RBI=0.0106117;REFB=0;REVB=-0.00677968;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13036e-06;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 1433766 . T C 1575.53 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958846;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.571;QD=60.0201;RBI=0.00974393;REFB=0;REVB=0.00173368;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11077e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr16 1447278 . A G 542.72 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.895;QD=57.1285;RBI=0.0346217;REFB=0;REVB=0.0172268;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087263;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:36:38:1:23:13:0:1:24:14:0:0 chr16 1479250 . C T 807.23 PASS AF=0.568182;AO=75;DP=133;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00383068;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.617;QD=24.4616;RBI=0.00538116;REFB=-0.0152909;REVB=-0.00377925;RO=57;SAF=35;SAR=40;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504371;STB=0.527488;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0128234;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:57:57:75:75:0.568182:40:35:23:34:40:35:23:34 chr16 1484392 . G C 923.33 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142831;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4439;QD=58.6239;RBI=0.0672861;REFB=0;REVB=0.0657526;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186237;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr16 1484473 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.792;QD=58.2396;RBI=0.00866632;REFB=0;REVB=-0.00850505;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3875e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr16 1503879 . T A 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.023;QD=62.3133;RBI=0.0118828;REFB=0;REVB=0.00863065;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45649e-06;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr16 1536372 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.687;QD=44.0931;RBI=0.0301324;REFB=-0.0501593;REVB=0.00947008;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00145041;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr16 1536535 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3527;QD=54.5155;RBI=0.051808;REFB=0;REVB=-0.0431515;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416468;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC 233.56 PASS AF=0.315789,0.684211;AO=6,13;DP=19;FAO=6,13;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=6,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120205,-0.0253455;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.81,133.797;QD=49.1701;RBI=0.0404739,0.0444463;REFB=0,0;REVB=0.0386477,0.0365114;RO=0;SAF=0,4;SAR=6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00818225,-0.0224727;OID=.,.;OPOS=1537455,1537455;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.315789,0.684211:6,13:19:6,13:19:0:0,4:6,9:0:0:29:0:0,4:6,9:0:0 chr16 1537839 . G A 938.13 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.606;QD=58.6328;RBI=0.0551686;REFB=0;REVB=0.0475467;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236517;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr16 1538363 . C A 1700.37 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419643;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.207;QD=59.6622;RBI=0.0576696;REFB=-0.0539408;REVB=0.0395572;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.503596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00014415;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:0:1:113:113:0.991228:44:69:0:0:44:69:1:0 chr16 1538433 . A G 1094.39 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0193113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3836;QD=56.1226;RBI=0.0193833;REFB=-0.083442;REVB=-0.00166853;RO=3;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480306;STB=0.525417;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0113053;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:28:47:0:3:28:47:0:3 chr16 1538464 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.952;QD=57.1775;RBI=0.0389805;REFB=0;REVB=0.0292761;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18018e-05;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 1544301 . GA CG,GG 441.41 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=29,2;DP=31;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230233,0.00809093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.975,174.963;QD=56.9564;RBI=0.061654,0.0154853;REFB=0,0;REVB=0.061611,-0.0132035;RO=0;SAF=17,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00280345,0.0609093;OID=.,.;OPOS=1544301,1544302;OREF=GA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:31:31:0:0:29,2:30,1:0.967742,0.0322581:12,1:17,1:0:0:13,0:17,1:0:0 chr16 1545448 . A G 1881.63 PASS AF=0.992;AO=122;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8745;QD=60.2123;RBI=0.0292982;REFB=-0.00389067;REVB=0.0243473;RO=1;SAF=79;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109191;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000344564;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:122:124:0.992:43:79:0:1:44:80:0:1 chr16 1547477 . T C 273.41 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0215704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.071;QD=21.873;RBI=0.0247587;REFB=-0.0111399;REVB=-0.0121536;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015115;STB=0.516117;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0096867;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:15:10:10:14:16:10:10:14 chr16 1552761 . C T 338.05 PASS AF=0.617021;AO=19;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00615885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.684;QD=28.77;RBI=0.00680428;REFB=-0.00651882;REVB=-0.00289253;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35247;STB=0.589065;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00494411;OID=.;OPOS=1552761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:14:18:19:29:0.617021:6:13:3:11:16:13:4:14 chr16 1555589 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.329;QD=63.5826;RBI=0.020442;REFB=0;REVB=0.00413717;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54719e-05;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr16 1559838 . T C 521.16 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00936454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.992;QD=26.0579;RBI=0.0350627;REFB=-0.0277993;REVB=0.033789;RO=32;SAF=35;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167237;STB=0.591747;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0115515;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:13:35:17:15:13:35:17:15 chr16 1573890 . G A 531.52 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0199138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3058;QD=19.686;RBI=0.0227254;REFB=-0.0250426;REVB=0.0109491;RO=53;SAF=30;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585455;STB=0.536101;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0198417;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:53:54:55:0.509259:24:30:26:27:24:31:26:27 chr16 1574863 . G A 177.68 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0201402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3739;QD=12.2537;RBI=0.0201717;REFB=-0.0173713;REVB=0.00112762;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133726;STB=0.576856;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0216416;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:12:24:12:10:12:24 chr16 1591962 . G A 478.8 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=103;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00107639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.537;QD=18.2399;RBI=0.00766092;REFB=-0.0157627;REVB=0.00758492;RO=53;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014528;STB=0.508193;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0180495;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:53:54:50:51:0.485714:20:30:31:22:20:31:32:22 chr16 1608082 . A G 364.17 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00859477;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.484;QD=20.8099;RBI=0.00986965;REFB=-0.0123966;REVB=-0.00485179;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216978;STB=0.596735;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0139527;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:33:35:37:0.528571:20:15:23:11:20:17:22:11 chr16 1614097 . A G 1785.65 PASS AF=1;AO=115;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127809;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.806;QD=60.5306;RBI=0.0128223;REFB=0;REVB=0.00102921;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72347e-05;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:115:118:1:57:58:0:0:60:58:0:0 chr16 1616201 . C T 191.06 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0101747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.298;QD=13.4075;RBI=0.0102978;REFB=-0.0179324;REVB=-0.00158786;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.573756;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0333784;OID=.;OPOS=1616201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:15:19:10:13:15:19 chr16 1682281 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.038;QD=47.8223;RBI=0.0266226;REFB=0;REVB=0.0214839;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112227;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 1812972 . G C 149.98 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.133779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7577;QD=19.3518;RBI=0.141164;REFB=-0.00397797;REVB=-0.0450626;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892964;STB=0.550954;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00367561;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:5:10:12:4:5:10 chr16 1814391 . T C 108.1 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.019527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2088;QD=12.7171;RBI=0.0516109;REFB=-0.0188467;REVB=0.0477742;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412202;STB=0.762345;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0349359;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:17:21:12:13:0.382353:8:4:13:4:9:4:16:5 chr16 1818503 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00241248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.283;QD=8.24507;RBI=0.0153051;REFB=-0.00378128;REVB=0.0151138;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.52624;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00599062;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:7:8:4:3:7:8 chr16 1820992 . T A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00546785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.436;QD=14.17;RBI=0.0209866;REFB=-0.0102724;REVB=-0.0202618;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502873;STB=0.529355;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0071397;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:10:2:2:8:10:2 chr16 1827836 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.751;QD=60.9786;RBI=0.0426686;REFB=0;REVB=0.0390776;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192926;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 1836796 . C A 145.01 PASS AF=0.410256;AO=12;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0178954;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.304;QD=14.8732;RBI=0.0225906;REFB=0.00204518;REVB=0.0137873;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404385;STB=0.710627;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00617629;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:11:20:12:16:0.410256:3:9:3:8:5:11:6:14 chr16 1838037 . C G 358.09 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000113843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.279;QD=31.1379;RBI=0.0163167;REFB=-0.0435982;REVB=0.0163163;RO=16;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476698;STB=0.526136;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0189723;OID=.;OPOS=1838037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:11:19:9:7:11:19:9:7 chr16 1838640 . T C 2051.59 PASS AF=0.992424;AO=120;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.54;QD=62.1695;RBI=0.0495733;REFB=0;REVB=0.0333794;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38074e-05;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:132:0:0:120:131:0.992424:45:75:0:0:55:76:0:0 chr16 1840853 . C T 133.76 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0394671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.452;QD=25.4783;RBI=0.0399408;REFB=-0.0271542;REVB=0.0061335;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289706;STB=0.692612;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0111593;OID=.;OPOS=1840853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:6:7:14:14:0.666667:11:3:4:2:11:3:5:2 chr16 1841618 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0178093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5139;QD=13.959;RBI=0.0536839;REFB=-0.0524536;REVB=0.0506437;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0579775;OID=.;OPOS=1841618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr16 1842130 . G A 392.43 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0241753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7917;QD=17.0624;RBI=0.0276091;REFB=-0.0153437;REVB=0.0133347;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106277;STB=0.564099;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0209677;OID=.;OPOS=1842130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:51:41:41:0.445652:21:20:19:31:21:20:19:32 chr16 1842209 . A G 656.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158838;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.024;QD=62.5413;RBI=0.0263521;REFB=0;REVB=-0.021027;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56729e-05;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr16 1843672 . T C 914.38 PASS AF=0.464115;AO=97;DP=210;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.0126399;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.149;QD=17.5002;RBI=0.0135892;REFB=-0.0291879;REVB=-0.00498991;RO=110;SAF=47;SAR=50;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072847;STB=0.534877;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.044732;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:110:112:97:97:0.464115:50:47:45:65:50:47:47:65 chr16 1859432 . G C 323.3 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7232;QD=53.8837;RBI=0.0205848;REFB=0;REVB=0.0202734;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231117;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr16 1859440 . C A 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00478485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.829;QD=18.4425;RBI=0.0152894;REFB=0.00956137;REVB=0.0145214;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00760288;OID=.;OPOS=1859440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr16 1869078 . C T 77.19 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00536491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.225;QD=12.3498;RBI=0.0279551;REFB=-0.0250414;REVB=-0.0274354;RO=14;SAF=9;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.750445;STB=0.739126;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0505893;OID=.;OPOS=1869078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:14:15:9:10:0.4:0:9:10:4:1:9:10:5 chr16 1872312 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00300329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.144;QD=16.0643;RBI=0.0179592;REFB=-0.0264487;REVB=0.0177063;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668104;STB=0.537786;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0244929;OID=.;OPOS=1872312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:17:14:10:16:17:14 chr16 1872922 . C G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0227009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.936;QD=20.8996;RBI=0.025034;REFB=-0.0184938;REVB=-0.0105532;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471938;STB=0.526297;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.014836;OID=.;OPOS=1872922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:8:16:20:8:8:16 chr16 1888037 . G A 228.5 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0467349;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2449;QD=20.3107;RBI=0.0470182;REFB=-0.0223153;REVB=0.00515422;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.580049;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0227626;OID=.;OPOS=1888037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:10:13:9:13:10:13 chr16 1894912 . C T 84.28 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0764859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8557;QD=10.5356;RBI=0.0774775;REFB=-0.0473893;REVB=0.012356;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.576134;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0241526;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:10:11:0.34375:5:5:12:9:6:5:12:9 chr16 1912021 . T G 295.67 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0439585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9312;QD=20.3909;RBI=0.0447437;REFB=-8.69319e-05;REVB=-0.00834573;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025196;STB=0.513989;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000951894;OID=.;OPOS=1912021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:14:13:14:17:14:13 chr16 1918125 . T G 1927.74 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.919;QD=61.6876;RBI=0.0584812;REFB=0;REVB=-0.000766352;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83442e-05;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:54:71:0:0:54:71:0:0 chr16 1961674 . G C 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.143;QD=63.2733;RBI=0.0231452;REFB=0;REVB=0.0173589;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109033;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 1961725 . G A 177.53 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0196539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.824;QD=21.5184;RBI=0.0327523;REFB=-0.032086;REVB=0.0262;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.565143;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0180554;OID=.;OPOS=1961725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:12:6:6:8:12:6:7:8 chr16 1962046 . CG TA 266.48 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574969;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.2253;QD=53.2958;RBI=0.114455;REFB=0;REVB=0.0989647;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00548313;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 1962132 . G A 127.75 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.014768;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=68.367;QD=31.9379;RBI=0.0190611;REFB=-0.115204;REVB=0.0120512;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029065;STB=0.510188;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00313184;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:13:13:0.8125:8:5:1:1:8:5:1:2 chr16 1990994 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0176745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.551;QD=22.7239;RBI=0.0183595;REFB=-0.0192502;REVB=0.00496826;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398524;STB=0.522324;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0101241;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:8:8:11:9:8:8 chr16 2013198 . A G 242.13 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0331984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7874;QD=15.8775;RBI=0.0433548;REFB=-0.0415623;REVB=-0.0278838;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490181;STB=0.534437;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0563299;OID=.;OPOS=2013198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:31:33:27:28:0.459016:17:10:13:18:17:11:15:18 chr16 2014283 . A G 146.39 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0109931;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.867;QD=15.8264;RBI=0.013883;REFB=-0.0113072;REVB=-0.0084788;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250838;STB=0.645958;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0118074;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:4:12:11:10:4:12:11:10 chr16 2088285 . G A 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00192122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.773;QD=23.0073;RBI=0.0702356;REFB=-0.00570235;REVB=0.0702093;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433677;STB=0.523896;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00398481;OID=.;OPOS=2088285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:11:13:16:17:11:13 chr16 2143955 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00146584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.895;QD=15.8812;RBI=0.042056;REFB=-0.0190546;REVB=0.0420304;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4878;STB=0.79339;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0508989;OID=.;OPOS=2143955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:5:5:9:1:5:5 chr16 2257105 . C G 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.274;QD=59.6733;RBI=0.0125419;REFB=0;REVB=-0.00855178;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19515e-06;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr16 2260567 . C T 1092.09 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507598;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.729;QD=59.0321;RBI=0.0572931;REFB=-0.0698522;REVB=0.0265697;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000994506;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:74:0:1:72:73:0.986486:42:30:0:0:42:31:0:1 chr16 2260612 . T C 538.71 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.573;QD=59.8561;RBI=0.00717708;REFB=0;REVB=0.0043053;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75879e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:26:8:0:0:26:10:0:0 chr16 2263516 . A G 174.2 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.092836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6441;QD=46.452;RBI=0.0935395;REFB=0;REVB=-0.0114502;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341691;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr16 2282256 . G A 502.98 PASS AF=0.972222;AO=12;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0928927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4045;QD=55.8863;RBI=0.244991;REFB=-0.142085;REVB=0.226697;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00584707;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:12:35:0.972222:6:6:0:1:12:23:0:1 chr16 2285357 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.729;QD=57.7105;RBI=0.0142328;REFB=0;REVB=0.0141488;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56963e-05;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr16 2305693 . G A 156.36 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00849938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0821;QD=24.0546;RBI=0.0176952;REFB=-0.0488204;REVB=0.0155203;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27282;STB=0.653269;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0218093;OID=.;OPOS=2305693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:7:3:11:5:7:3 chr16 2331430 . A G 603.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.504;QD=60.38;RBI=0.00979553;REFB=0;REVB=0.00433144;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122406;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chr16 2358553 . G A 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00380131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.264;QD=13.4567;RBI=0.00545972;REFB=-0.00726504;REVB=0.003919;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.515041;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0125025;OID=.;OPOS=2358553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:14:12:7:9:14:12 chr16 2512523 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.703;QD=50.4133;RBI=0.0647507;REFB=0;REVB=0.0604475;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900564;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr16 2766484 . G C 33.73 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0530732;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6935;QD=4.65283;RBI=0.0704035;REFB=-0.0192616;REVB=0.0462589;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463449;STB=0.822428;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0612817;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:27:29:20:23:6:6:0.206897:5:1:11:9:5:1:13:10 chr16 2812890 . A G 269.19 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000409318;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.304;QD=21.9743;RBI=0.0012805;REFB=-0.00822681;REVB=-0.00121332;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538525;STB=0.530155;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00802699;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:11:13:12:13:11:13 chr16 2812939 . C A 205.71 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0573498;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7011;QD=22.2394;RBI=0.0704784;REFB=-0.0409797;REVB=0.0409659;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132154;STB=0.558679;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0378176;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:13:7:9:9:13:7:8:9 chr16 2814162 . G A 63.88 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0178365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.631;QD=9.46327;RBI=0.0193841;REFB=-0.00678881;REVB=-0.00758961;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0227881;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:7:11:6:3:7:11 chr16 2815237 . A C 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00492191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.758;QD=15.6253;RBI=0.0585891;REFB=-0.00893391;REVB=0.058382;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120026;STB=0.576846;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0226226;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:18:8:8:11:19:8 chr16 2818161 . T C 494.2 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0876863;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9107;QD=18.8267;RBI=0.0888739;REFB=-0.0359514;REVB=-0.0144802;RO=52;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364054;STB=0.523983;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0448905;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:53:52:52:0.495238:21:31:33:19:21:31:34:19 chr16 2818704 . T G 220.49 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0474539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=15.2062;RBI=0.0474628;REFB=-0.026102;REVB=0.000919489;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652503;STB=0.509529;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0392746;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:32:25:26:0.448276:11:14:17:13:11:15:19:13 chr16 2821988 . TC T 52.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0262083;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.381;QD=8.06746;RBI=0.0790213;REFB=0.0181297;REVB=-0.0745486;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.228917;SSEP=0;SSSB=0.0234373;STB=0.514254;STBP=0.968;TYPE=del;VARB=-0.0437016;OID=.;OPOS=2821989;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:9:27:9:26:17:6:3:11:6:52:17:6:3:11:6 chr16 2871555 . G A 692.43 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271332;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.607;QD=62.948;RBI=0.0611395;REFB=0;REVB=0.054789;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118871;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr16 2902973 . CCAGAGGT C,CC 61.35 PASS AF=0,0.875;AO=3,4;DP=8;FAO=0,7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00910071,0.02953;FXX=0.110988;HRUN=5,1;LEN=7,6;MLLD=237.116,254.152;QD=30.6755;RBI=0.0655665,0.0686048;REFB=-0.150556,-0.15237;REVB=0.0649318,0.0619241;RO=0;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.344828,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.599698;STBP=1,0.285;TYPE=del,del;VARB=0,0.00922283;OID=.,.;OPOS=2902974,2902975;OREF=CAGAGGT,AGAGGT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.875:3,4:8:0,7:8:1:0,2:0,5:1:0:7:0:1,1:2,3:0:0 chr16 3065596 . T C 137.11 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0241981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.645;QD=18.2818;RBI=0.0248612;REFB=-0.0292706;REVB=0.00570371;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1854;STB=0.631406;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0264794;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:14:15:0.5:6:8:5:9:6:9:5:10 chr16 3075999 . C G 549.73 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0046991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.342;QD=23.9011;RBI=0.0125418;REFB=0.00827735;REVB=-0.0116282;RO=41;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025762;STB=0.514133;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00563974;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:27:24:18:23:27:24:18:23 chr16 3079685 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0593451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.048;QD=10.6345;RBI=0.0623639;REFB=-0.00132012;REVB=-0.0191679;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0011331;OID=.;OPOS=3079685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr16 3081085 . G A 143.86 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0187528;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.896;QD=17.9827;RBI=0.0188451;REFB=-0.0238705;REVB=-0.00186379;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0289413;OID=.;OPOS=3081085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:14:14:0.4375:5:9:8:8:5:9:8:8 chr16 3085335 . G C 391.97 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00577617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.528;QD=13.7535;RBI=0.0110388;REFB=-0.023046;REVB=0.00940694;RO=68;SAF=30;SAR=15;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199877;STB=0.602791;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0327951;OID=.;OPOS=3085335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:68:68:45:46:0.403509:15:30:33:35:16:30:33:35 chr16 3085375 . G A 490.93 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0132703;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.577;QD=15.7096;RBI=0.0156601;REFB=-0.0141231;REVB=-0.00831495;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152097;STB=0.511996;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0216205;OID=.;OPOS=3085375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:64:71:54:54:0.432:27:27:31:33:27:27:37:34 chr16 3086447 . C G 294.45 PASS AF=0.510204;AO=20;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0760797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.735;QD=24.0369;RBI=0.0764816;REFB=-0.0301709;REVB=0.00783065;RO=21;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372199;STB=0.664496;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.015234;OID=.;OPOS=3086447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:20:25:0.510204:18:2:7:14:22:3:7:15 chr16 3109086 . T G,TG 48.16 PASS AF=0.0337079,0.123596;AO=4,11;DP=88;FAO=3,11;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=3,10;FSAR=0,1;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0454677,-0.0295687;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=213.211,51.7377;QD=2.1645;RBI=0.0477264,0.0307343;REFB=-0.00365962,-0.00216437;REVB=-0.0145085,0.00838375;RO=72;SAF=4,10;SAR=0,1;SRF=40;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.447697,0.498083;STB=0.996179,0.866577;STBP=0.097,0.018;TYPE=snp,ins;VARB=0.0735753,-0.00469308;OID=.,.;OPOS=3109086,3109087;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:88:89:72:75:4,11:3,11:0.0337079,0.123596:0,1:4,10:40:32:0,1:3,10:42:33 chr16 3163446 . C T 211.49 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00601629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7565;QD=19.6736;RBI=0.00959472;REFB=-0.0175226;REVB=0.00747415;RO=20;SAF=17;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440799;STB=0.735123;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0127447;OID=.;OPOS=3163446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:22:21:21:0.488372:4:17:7:13:4:17:9:13 chr16 3200668 . G A 391.62 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.033613;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.866;QD=13.3886;RBI=0.034684;REFB=-0.0114806;REVB=-0.00855267;RO=69;SAF=30;SAR=16;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168329;STB=0.502861;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0225723;OID=.;OPOS=3200668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:71:46:46:0.393162:16:30:44:25:16:30:46:25 chr16 3207446 . G A 1213.14 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.923;QD=59.9082;RBI=0.0194603;REFB=-0.159174;REVB=0.0160501;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-1.54373e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:30:50:1:0:30:50:1:0 chr16 3208911 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.562;QD=54.5165;RBI=0.0291723;REFB=0;REVB=-0.0106238;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152566;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr16 3208914 . T C 340.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.428;QD=54.4841;RBI=0.0192444;REFB=0;REVB=0.00533609;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015256;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr16 3230588 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.059;QD=52.6132;RBI=0.029204;REFB=0;REVB=0.0284823;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119014;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr16 3254470 . T C 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8936;QD=60.212;RBI=0.128752;REFB=0;REVB=-0.0854101;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197577;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 3254972 . T C 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.74;QD=61.1855;RBI=0.0351765;REFB=-0.0185238;REVB=0.0349804;RO=1;SAF=11;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00112931;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:36:11:1:0:36:11:1:0 chr16 3266071 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7701;QD=51.915;RBI=0.0317077;REFB=0;REVB=-0.0232333;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86009e-05;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 3297073 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.821;QD=56.1915;RBI=0.0249614;REFB=0;REVB=-0.00436626;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94131e-05;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 3297175 . T C 958.34 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0369626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0676;QD=57.2145;RBI=0.094898;REFB=0.0288505;REVB=-0.0874036;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00167661;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:1:0:30:36:1:0 chr16 3297181 . C T 975.24 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.559;QD=57.367;RBI=0.0321226;REFB=0.0257833;REVB=0.0262419;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-5.74073e-05;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:1:0:30:37:1:0 chr16 3299749 . G A 885.72 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.689;QD=58.0801;RBI=0.0237108;REFB=0;REVB=0.0213903;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102844;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:25:36:0:0 chr16 3304654 . T C 336.48 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00316194;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.494;QD=15.4705;RBI=0.0203355;REFB=-0.0210094;REVB=-0.0200882;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476489;STB=0.527623;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0306843;OID=.;OPOS=3304654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:52:50:36:37:0.425287:21:15:24:28:21:16:24:26 chr16 3304762 . A G 553.16 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00796508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.652;QD=16.6365;RBI=0.00966565;REFB=-0.0100545;REVB=-0.00547561;RO=73;SAF=30;SAR=29;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694867;STB=0.542246;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0123003;OID=.;OPOS=3304762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:74:59:59:0.443609:29:30:32:41:29:30:32:42 chr16 3339435 . G C 283.2 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0119787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.37;QD=17.4274;RBI=0.0233557;REFB=-0.0261771;REVB=0.0200499;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734824;STB=0.55596;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0279704;OID=.;OPOS=3339435;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:34:30:31:0.476923:16:14:18:15:17:14:19:15 chr16 3340845 . C T 238.25 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.022171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4521;QD=16.1522;RBI=0.0294777;REFB=-0.00751947;REVB=-0.0194264;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122563;STB=0.506913;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00326142;OID=.;OPOS=3340845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:17:15:13:14:17:15 chr16 3367229 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0310892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8568;QD=24.4131;RBI=0.033198;REFB=-0.0325606;REVB=0.0116434;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240587;STB=0.636115;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0176555;OID=.;OPOS=3367229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:4:1:7:4:4:1 chr16 3405994 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.147;QD=60.3767;RBI=0.0201071;REFB=0;REVB=0.00482744;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73292e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr16 3406387 . C G 638.02 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383307;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8459;QD=59.3509;RBI=0.04176;REFB=0;REVB=-0.0165726;RO=0;SAF=32;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639242;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:36:43:1:4:32:0:0:11:32:0:0 chr16 3406454 . C T 185.65 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00474822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.791;QD=16.1438;RBI=0.0122749;REFB=-0.00766641;REVB=-0.0113194;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197124;STB=0.640888;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0150882;OID=.;OPOS=3406454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:19:20:0.434783:8:11:9:15:8:12:9:17 chr16 3419934 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.482;QD=57.6807;RBI=0.0397872;REFB=0;REVB=0.0397656;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91557e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 3452193 . T C,G 746.84 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150905,-0.0125684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.158,56.0106;QD=62.2368;RBI=0.0152591,0.0324776;REFB=0,0;REVB=0.00226188,-0.0299471;RO=0;SAF=1,22;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136868,-0.00120236;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:2,23:1,22:0:0:2,23:1,22:0:0 chr16 3486285 . C A 1421.47 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326376;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=63.1763;RBI=0.0336777;REFB=0;REVB=0.00830513;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73314e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr16 3490922 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2262;QD=55.0978;RBI=0.0501541;REFB=0;REVB=-0.0235934;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125093;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 3533577 . C G 220.29 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.102374;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.371;QD=13.5561;RBI=0.109263;REFB=-0.0523227;REVB=0.0381835;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.519729;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.113;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:38:17:25:0.384615:8:9:14:21:13:12:17:21 chr16 3535028 . G A 270.0 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0155553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.445;QD=22.979;RBI=0.0356609;REFB=-0.0432479;REVB=0.0320895;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596777;STB=0.52457;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0240638;OID=.;OPOS=3535028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:16:9:9:12:16:9:9:13 chr16 3535116 . T C 2222.34 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041641;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.301;QD=63.4954;RBI=0.041664;REFB=0;REVB=-0.00138375;RO=0;SAF=66;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15775e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:73:66:0:0:74:66:0:0 chr16 3536872 . G A 440.9 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.276;QD=56.8898;RBI=0.0523635;REFB=0;REVB=0.0521288;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024262;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:24:31:1:21:3:0:0:28:3:0:0 chr16 3602227 . AG A 369.86 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.262356;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.3514;QD=44.8314;RBI=0.294955;REFB=0;REVB=-0.134788;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0159512;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:33:33:0:16:17:0:0:7:0:14:15:0:0 chr16 3724465 . G C 1876.92 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0804;QD=61.5383;RBI=0.0856091;REFB=0;REVB=0.0374389;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203573;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:119:122:1:58:61:0:0:61:61:0:0 chr16 3781313 . G A 231.91 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00873057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.538;QD=12.3683;RBI=0.0174254;REFB=-0.0216508;REVB=0.0150805;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359458;STB=0.515614;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0430096;OID=.;OPOS=3781313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:27:28:0.373333:11:16:28:19:12:16:28:19 chr16 3795292 . G T 138.45 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0179342;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.789;QD=18.4605;RBI=0.0186841;REFB=0.00694421;REVB=0.00524014;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141648;STB=0.56748;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00843576;OID=.;OPOS=3795292;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:15:15:15:0.5:7:8:11:5:7:8:10:5 chr16 3795363 . G A 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0218579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.563;QD=17.4024;RBI=0.0274298;REFB=-0.0200975;REVB=-0.0165718;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207446;STB=0.618013;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0265517;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:10:3:6:7:10:3 chr16 3820667 . C T 125.38 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0621007;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2574;QD=16.717;RBI=0.0621424;REFB=-0.0301859;REVB=0.0022777;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274687;STB=0.555473;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0226911;OID=.;OPOS=3820667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:16:13:14:0.466667:4:9:10:5:4:10:10:6 chr16 4013467 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0222444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.608;QD=11.8308;RBI=0.0289731;REFB=-0.0230938;REVB=0.0185641;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162248;STB=0.596102;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0328607;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:7:11:5:6:7:11 chr16 4015313 . A G 249.0 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0147136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.404;QD=26.2109;RBI=0.0148673;REFB=-0.0116782;REVB=-0.00213231;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.543042;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00639707;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:14:15:22:23:0.605263:16:6:6:8:16:7:6:9 chr16 4015316 . A G 253.34 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0150889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7015;QD=28.1492;RBI=0.0854442;REFB=0.0450984;REVB=-0.0841014;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114844;STB=0.563628;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0258649;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:16:7:6:7:16:7:6:7 chr16 4016676 . A G 270.56 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00725917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.874;QD=14.43;RBI=0.0353839;REFB=-0.0116612;REVB=-0.0346313;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249226;STB=0.626549;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0135425;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:30:31:0.413333:10:20:19:25:11:20:19:25 chr16 4027605 . C T 121.11 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0194316;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8576;QD=13.0924;RBI=0.0371631;REFB=-0.0237632;REVB=0.0316782;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143497;STB=0.5758;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0159152;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:22:23:14:14:0.378378:3:11:15:7:3:11:16:7 chr16 4165432 . T C 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329097;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0444;QD=59.0429;RBI=0.0535778;REFB=0;REVB=0.0422792;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513312;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr16 4245693 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.101;QD=59.5018;RBI=0.053301;REFB=0;REVB=0.0525248;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119503;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr16 4253261 . C T 116.61 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0198514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.383;QD=14.1351;RBI=0.0243523;REFB=-0.0174022;REVB=-0.0141051;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0245992;OID=.;OPOS=4253261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr16 4307646 . A G 1215.03 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0061;QD=59.2699;RBI=0.0714788;REFB=-0.102936;REVB=0.0692752;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937607;STB=0.504853;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0362462;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:50:30:0:1:51:30:0:1 chr16 4310468 . C G 1482.62 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0230621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.3;QD=61.1391;RBI=0.0304872;REFB=-0.0978434;REVB=0.0199403;RO=2;SAF=49;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000617816;STB=0.500326;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000734454;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:46:49:1:1:46:49:1:1 chr16 4386814 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.272;QD=61.5362;RBI=0.0194972;REFB=0;REVB=0.0178762;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65484e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:40:39:0:0:40:41:0:0 chr16 4431202 . A G 2321.97 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120076;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.134;QD=61.1046;RBI=0.120254;REFB=0;REVB=0.00654136;RO=0;SAF=64;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218905;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:152:0:0:149:152:1:85:64:0:0:86:66:0:0 chr16 4432029 . A C 754.74 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601816;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.486;QD=56.9616;RBI=0.0609544;REFB=0;REVB=0.00967574;RO=0;SAF=4;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72334e-05;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:49:4:0:0:49:4:0:0 chr16 4445327 . C T 579.53 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000538123;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.225;QD=61.0032;RBI=0.00487109;REFB=0;REVB=0.00484127;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25329e-05;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 4476089 . T C 1013.99 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116831;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.942;QD=59.6464;RBI=0.0223137;REFB=0;REVB=0.0190106;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43635e-05;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr16 4484396 . A T 190.89 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4632;QD=47.7214;RBI=0.0393745;REFB=0;REVB=0.0190122;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606294;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr16 4496973 . T A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.294;QD=58.4197;RBI=0.0374067;REFB=0;REVB=-0.00181763;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90308e-05;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr16 4513722 . G A 292.64 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00298987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.176;QD=27.2223;RBI=0.0141447;REFB=-0.0396276;REVB=0.0138251;RO=17;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625564;STB=0.534457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0188526;OID=.;OPOS=4513722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:8:18:13:4:8:18:13:4 chr16 4721468 . T C 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00143832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.738;QD=24.3827;RBI=0.0242186;REFB=-0.00499757;REVB=0.0241759;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071188;STB=0.539651;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00396309;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:9:12:17:9:9:12 chr16 4736316 . C T 511.1 PASS AF=0.533333;AO=49;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0141935;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4508;QD=22.7157;RBI=0.0355661;REFB=-0.00918442;REVB=0.0326112;RO=42;SAF=28;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605252;STB=0.539457;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0119618;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:42:49:48:0.533333:21:28:21:21:20:28:21:21 chr16 4748825 . C T 60.22 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00946978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7785;QD=6.02183;RBI=0.0277583;REFB=-0.00520695;REVB=-0.026093;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263961;STB=0.67532;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0128002;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:4:5:10:20:4:5:10:21 chr16 4751045 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0132988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.522;QD=13.9591;RBI=0.0133541;REFB=-0.00792882;REVB=0.00121334;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.620296;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00790232;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:2:5:6:1:2:5 chr16 4752134 . A G 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00232642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.585;QD=14.6672;RBI=0.0487308;REFB=-0.0283991;REVB=-0.0486752;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254223;STB=0.645443;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0230297;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:7:17:15:17:7:17:15:17 chr16 4790273 . G A 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00493391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3557;QD=18.1153;RBI=0.100692;REFB=0.000385642;REVB=0.100571;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150387;STB=0.585703;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00332869;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:9:11:7:11:9:11 chr16 4794873 . C T 384.14 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00733781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.269;QD=17.6617;RBI=0.010826;REFB=-0.0198799;REVB=-0.00795987;RO=47;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108452;STB=0.560717;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0200739;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:16:24:23:24:16:24:23:24 chr16 4796393 . A G 333.93 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00725493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.9;QD=19.6429;RBI=0.0330518;REFB=-0.0193507;REVB=0.0322458;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618826;STB=0.557172;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0100706;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:33:34:35:0.514706:13:21:17:14:13:22:17:16 chr16 4797457 . C T 589.16 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00866904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5985;QD=21.6205;RBI=0.0331475;REFB=0.0125523;REVB=-0.0319938;RO=50;SAF=35;SAR=24;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764618;STB=0.541871;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0122587;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:24:35:34:16:24:35:34:16 chr16 4802386 . G T 360.38 PASS AF=0.390909;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0686598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1179;QD=13.1047;RBI=0.0735164;REFB=-0.00475209;REVB=0.0262772;RO=67;SAF=22;SAR=20;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063422;STB=0.528997;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00870398;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:67:67:42:43:0.390909:20:22:39:28:20:23:39:28 chr16 4815608 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3388;QD=57.1964;RBI=0.053759;REFB=0;REVB=-0.0536355;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849564;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 4833970 . C T 256.64 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00457189;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.76;QD=15.554;RBI=0.0108461;REFB=-0.0022285;REVB=0.00983545;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927119;STB=0.552536;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00439336;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:10:19:21:16:10:19:21:16 chr16 4837545 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0419579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.213;QD=14.6657;RBI=0.0460545;REFB=-0.0264909;REVB=0.0189883;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0297696;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr16 4846068 . T C 304.65 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00827645;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.807;QD=27.6953;RBI=0.0112501;REFB=0.0021689;REVB=0.00762001;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142421;STB=0.563652;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00416825;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:13:17:26:27:0.613636:10:16:5:8:10:17:8:9 chr16 4847524 . T C 174.84 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0266419;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.865;QD=18.902;RBI=0.0332124;REFB=-0.0274385;REVB=0.019831;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293214;STB=0.555096;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0464521;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:19:18:18:0.486486:13:5:4:12:13:5:7:12 chr16 4855279 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0195733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.884;QD=14.1317;RBI=0.0302765;REFB=-0.00862928;REVB=-0.0230988;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126949;STB=0.573834;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0171073;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:16:15:7:12:16:15 chr16 4861709 . G C 447.89 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822537;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.662;QD=57.7924;RBI=0.0394681;REFB=0;REVB=0.0386014;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177506;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:15:15:1:0:15:16:0:0 chr16 4923091 . G A 1462.13 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018955;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.232;QD=60.9222;RBI=0.0496308;REFB=0.0431358;REVB=0.0458686;RO=2;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016925;STB=0.500893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-6.36963e-05;OID=.;OPOS=4923091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:96:2:2:94:94:0.979167:43:51:1:1:43:51:1:1 chr16 4930100 . C G,T 1339.8 PASS AF=0.0795455,0.920455;AO=7,81;DP=88;FAO=7,81;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=7,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480296,0.00577659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.3803,88.9137;QD=60.8998;RBI=0.00869248,0.0128454;REFB=0,0;REVB=-0.00724506,-0.0114733;RO=0;SAF=0,45;SAR=7,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.42691e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0294234,0.00200018;OID=.,.;OPOS=4930100,4930100;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:88:88:0:0:7,81:7,81:0.0795455,0.920455:7,36:0,45:0:0:7,36:0,45:0:0 chr16 4935146 . C T 375.67 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0210096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.017;QD=23.8523;RBI=0.0408636;REFB=-0.0236054;REVB=0.0350489;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466464;STB=0.525593;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0194188;OID=.;OPOS=4935146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:15:22:17:9:15:22:17:9 chr16 4935636 . G A 91.21 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0074444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5597;QD=17.3736;RBI=0.0324143;REFB=-0.0341746;REVB=0.0315479;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.614278;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0310937;OID=.;OPOS=4935636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:1:9:8:3:1:9 chr16 4938160 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.926;QD=64.1539;RBI=0.025078;REFB=0;REVB=0.0191649;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47429e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr16 4940809 . A G 1711.96 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019367;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3283;QD=60.0689;RBI=0.0248003;REFB=0;REVB=-0.0154911;RO=0;SAF=41;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903399;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:110:114:1:69:41:0:0:68:46:0:0 chr16 4944518 . C G 427.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.699;QD=57.0494;RBI=0.040308;REFB=0;REVB=-0.0192064;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97974e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr16 4945687 . G T 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0183586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.517;QD=16.9886;RBI=0.0285706;REFB=-0.0186595;REVB=-0.0218916;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144684;STB=0.501778;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0224296;OID=.;OPOS=4945687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:18:21:26:21:18:21:26:22 chr16 5074952 . C T 427.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.993;QD=57.0446;RBI=0.0349103;REFB=0;REVB=0.0307506;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86482e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr16 5075542 . G A 771.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398453;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.838;QD=56.1082;RBI=0.0446495;REFB=0;REVB=-0.0201478;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86784e-05;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr16 5128817 . G A 204.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00551601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.08;QD=15.7009;RBI=0.014688;REFB=-0.0262903;REVB=-0.013613;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635979;STB=0.536103;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0363912;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:12:17:12:11:12:17 chr16 5132636 . C T 175.65 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00149702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.084;QD=18.0152;RBI=0.0019939;REFB=-0.0247963;REVB=-0.00131703;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.636211;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0186273;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:18:19:0.487179:13:5:9:9:14:5:10:10 chr16 5139186 . G C 288.85 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.914;QD=52.5182;RBI=0.0488178;REFB=0;REVB=0.0292331;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66867e-05;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr16 5139217 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.812;QD=51.1846;RBI=0.0173453;REFB=0;REVB=0.0173046;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55434e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 5140561 . C T 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00235862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.863;QD=22.5322;RBI=0.0124925;REFB=0.00697899;REVB=-0.0122678;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20463;STB=0.633996;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00894053;OID=.;OPOS=5140561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:5:14:7:7:5:14:7:8 chr16 5649140 . T A,TTAGGAAA 417.29 PASS AF=0,1;AO=4,24;DP=42;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028536,0.0484687;FXX=0.0644953;HRUN=1,1;LEN=1,7;MLLD=53.9917,282.3;QD=57.5573;RBI=0.0319531,0.0592258;REFB=0,0;REVB=0.0143769,0.0340366;RO=13;SAF=0,16;SAR=4,8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.788559,-0.135908;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000164889;OID=.,.;OPOS=5649140,5649141;OREF=T,-;OALT=A,TAGGAAA;OMAPALT=A,TTAGGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:42:29:13:0:4,24:0,29:0,1:4,8:0,16:11:2:0,12:0,17:0:0 chr16 6923966 . A G 710.5 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2335;QD=54.6536;RBI=0.0302684;REFB=-0.142285;REVB=0.019554;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00247242;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:24:27:0:0:24:27:0:1 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1107.46 PASS AF=0.0117647,0.988235,0;AO=4,68,5;DP=82;FAO=1,84,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46,0;FSAR=0,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436564,-0.00530586,0.0244363;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=7.15561,21.0055,6.68517;QD=52.1156;RBI=0.0732582,0.16152,0.0245881;REFB=0,0,0;REVB=0.073128,0.161433,-0.00272789;RO=4;SAF=2,42,1;SAR=2,26,4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.418587,0.0673412,0.28673;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0277059,0.00381417,0.000224731;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.0117647,0.988235,0:4,68,5:82:1,84,0:85:0:1,46,0:0,38,0:0:0:3:4:2,42,1:2,26,4:0:4 chr16 7629829 . TGA CTG,TG 50.97 PASS AF=0,0.297872;AO=4,9;DP=50;FAO=0,14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0606512,-0.163235;FXX=0.059988;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=29.8018,13.0202;QD=4.33805;RBI=0.0606558,0.168944;REFB=-0.0578196,-0.100084;REVB=-0.000748352,-0.0435463;RO=30;SAF=0,4;SAR=4,5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.605682,-0.0666862;STB=0.5,0.763018;STBP=1,0.033;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.130647;OID=.,.;OPOS=7629829,7629831;OREF=TGA,A;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:50:47:30:33:4,9:0,14:0,0.297872:4,5:0,4:15:15:0,11:0,3:19:14 chr16 7760884 . T G 1032.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.478;QD=58.1741;RBI=0.00644725;REFB=-0.121898;REVB=0.00106194;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321946;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:1:0:70:71:1:39:31:1:0:39:32:0:0 chr16 7761529 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.312;QD=59.0184;RBI=0.033483;REFB=0;REVB=0.0198445;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41864e-05;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr16 8728953 . C T 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.138;QD=59.8652;RBI=0.0104355;REFB=0;REVB=0.0011724;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75757e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr16 8736028 . T C 1461.29 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0418655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.927;QD=57.3054;RBI=0.0655505;REFB=-0.0183857;REVB=-0.0504395;RO=2;SAF=41;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022575;STB=0.511902;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000169697;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:59:41:2:0:59:41:2:0 chr16 8738427 . T C 769.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490382;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.564;QD=64.1331;RBI=0.0153938;REFB=0;REVB=0.0145918;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63462e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr16 8738499 . G A 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.165;QD=64.1343;RBI=0.0905233;REFB=0;REVB=0.0357617;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006636;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr16 8738579 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.546;QD=58.5875;RBI=0.0503905;REFB=0;REVB=0.01745;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273923;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr16 8739954 . G A,T 1052.62 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=66,6;DP=72;FAO=66,6;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=45,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326822,-0.0137165;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.4401,220.39;QD=58.4787;RBI=0.00899748,0.0140261;REFB=0,0;REVB=-0.00838292,-0.00293056;RO=0;SAF=21,0;SAR=45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.47552e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0121131,-0.011051;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:72:72:0:0:66,6:66,6:0.916667,0.0833333:45,6:21,0:0:0:45,6:21,0:0:0 chr16 8740015 . A C 1025.22 PASS AF=0.959459;AO=72;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0919;QD=55.417;RBI=0.0378521;REFB=-0.0483588;REVB=-0.035477;RO=2;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192984;STB=0.51546;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0016737;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:2:3:72:71:0.959459:48:24:0:2:47:24:0:3 chr16 8740418 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3393;QD=63.5817;RBI=0.030995;REFB=0;REVB=-0.0122804;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400735;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr16 8740503 . G A 555.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.495;QD=60.0763;RBI=0.0600528;REFB=0;REVB=0.049361;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167741;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr16 8839954 . A G 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00481192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.592;QD=20.5987;RBI=0.0275208;REFB=-0.0148226;REVB=-0.0270968;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111128;STB=0.562597;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0162915;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:11:8:11:9:11:8 chr16 8841960 . T C 412.12 PASS AF=0.518519;AO=39;DP=78;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0301347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.994;QD=20.3516;RBI=0.0412785;REFB=-0.0267481;REVB=0.0282102;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466234;STB=0.509021;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.025571;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:39:39:39:42:0.518519:18:21:23:16:18:24:23:16 chr16 8844389 . C T 435.98 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00990596;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5229;QD=16.452;RBI=0.00993935;REFB=-0.00226957;REVB=0.000814009;RO=56;SAF=31;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129069;STB=0.582957;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0039221;OID=.;OPOS=8844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:58:48:48:0.45283:17:31:29:27:17:31:29:29 chr16 8868776 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.045;QD=57.3856;RBI=0.019239;REFB=0;REVB=0.0179613;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87132e-05;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr16 8877832 . C T 111.11 PASS AF=0.325581;AO=11;DP=40;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00388792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.123;QD=10.3356;RBI=0.00624929;REFB=-0.00840756;REVB=0.00489262;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535672;STB=0.581282;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0218014;OID=.;OPOS=8877832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:27:29:11:14:0.325581:4:7:16:11:7:7:18:11 chr16 8877854 . C G 554.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.739;QD=59.997;RBI=0.0301828;REFB=0;REVB=-0.0137997;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58973e-05;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 8948433 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0329669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.337;QD=11.9191;RBI=0.0430756;REFB=-0.0069253;REVB=0.0277252;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0328037;OID=.;OPOS=8948433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr16 8948437 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0305028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.195;QD=11.9191;RBI=0.0308563;REFB=-0.000109032;REVB=0.0046577;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.000454977;OID=.;OPOS=8948437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr16 8952248 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.26;QD=60.6103;RBI=0.0165436;REFB=0;REVB=0.0128702;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77621e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr16 8953081 . C G 1754.89 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.375;QD=59.9964;RBI=0.0210513;REFB=-0.09955;REVB=0.0181091;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101757;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:117:0:0:116:117:1:56:60:0:0:56:61:0:0 chr16 8979046 . A G 1086.6 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247422;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5066;QD=60.3666;RBI=0.0180351;REFB=0;REVB=0.0178646;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196409;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr16 9030444 . C G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3031;QD=59.3184;RBI=0.0985332;REFB=0;REVB=0.0970347;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402411;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr16 9693953 . C G 101.46 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.002546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.859;QD=13.9944;RBI=0.0125428;REFB=-0.0250207;REVB=-0.0122817;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468243;STB=0.726451;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0259698;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:17:11:12:0.413793:4:7:1:11:5:7:3:14 chr16 9693997 . C G 85.48 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0222848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.133;QD=11.3972;RBI=0.0330899;REFB=-0.00178733;REVB=-0.0244608;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447119;STB=0.777366;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000143979;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:4:7:3:14:4:7:3:16 chr16 10524656 . GGAC G 100.59 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0226433;FXX=0.083316;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.037;QD=9.14431;RBI=0.0253818;REFB=-0.0220585;REVB=0.011468;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216683;STB=0.601645;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.0334542;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:17:43:17:44:27:5:12:12:15:99:22:5:12:11:11 chr16 10574796 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00472466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.095;QD=19.4668;RBI=0.00815679;REFB=-0.00351951;REVB=-0.00664912;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.541457;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00467915;OID=.;OPOS=10574796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:8:16:13:9:8:16 chr16 10574813 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.000756285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.321;QD=18.4897;RBI=0.0076138;REFB=-0.0024335;REVB=0.00757615;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142976;STB=0.580576;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00210651;OID=.;OPOS=10574813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:7:19:13:9:7:19 chr16 10989219 . C G 222.97 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0340289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1824;QD=19.3887;RBI=0.0409642;REFB=-0.0253443;REVB=0.0228058;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.566869;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.037674;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:24:22:22:0.478261:12:10:11:9:12:10:14:10 chr16 10995933 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.417;QD=57.6807;RBI=0.0406023;REFB=0;REVB=0.0175361;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188313;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 11002133 . C G 683.35 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0552677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2413;QD=59.4215;RBI=0.0555616;REFB=-0.135709;REVB=-0.00570742;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507459;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00243775;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:32:12:0:0:33:12:0:1 chr16 11002904 . G A 1003.99 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.386;QD=59.0584;RBI=0.0493212;REFB=0;REVB=0.0457912;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026075;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:28:40:0:0 chr16 11002927 . A G 1182.45 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.096;QD=60.6386;RBI=0.030684;REFB=0;REVB=0.0299548;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10934e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:36:42:0:0 chr16 11016045 . C T 380.67 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0115075;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.298;QD=21.7528;RBI=0.0318884;REFB=-0.0116268;REVB=-0.0297397;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823774;STB=0.545431;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.010138;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:20:12:18:20:20:12 chr16 11056378 . C T 449.88 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0142995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.623;QD=21.423;RBI=0.0147901;REFB=-0.00466955;REVB=0.00377773;RO=40;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114147;STB=0.562886;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00373051;OID=.;OPOS=11056378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:24:20:13:27:24:20:13:27 chr16 11154770 . G A 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0174431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.418;QD=15.5744;RBI=0.022431;REFB=-0.0161674;REVB=0.0141028;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980875;STB=0.555511;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0260671;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:13:18:12:13:13:18 chr16 11272388 . G C 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0143569;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.658;QD=22.1878;RBI=0.0267638;REFB=-0.0346549;REVB=0.0225871;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110482;STB=0.562433;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0303422;OID=.;OPOS=11272388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:16:4:5:12:16:4:5:12 chr16 11367143 . G A 715.21 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0400749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.503;QD=57.2172;RBI=0.0462572;REFB=0.0150749;REVB=0.0231026;RO=2;SAF=12;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243446;STB=0.506115;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-4.30199e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:47:47:0.94:35:12:1:1:35:12:1:2 chr16 11367154 . C T 740.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113311;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.113;QD=54.8881;RBI=0.0126055;REFB=-0.0844382;REVB=-0.00552312;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01291;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00381948;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:36:17:0:1:36:17:0:1 chr16 11387117 . A G 1737.24 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00768264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.99;QD=58.8895;RBI=0.00864207;REFB=-0.110649;REVB=-0.00395757;RO=2;SAF=56;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000555537;STB=0.500293;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000330774;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:60:56:1:1:60:56:1:1 chr16 11387164 . T C 1213.3 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.713;QD=59.916;RBI=0.0592277;REFB=-0.0478301;REVB=0.0585785;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000495479;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:0:1:79:80:0.987654:42:37:0:0:43:37:1:0 chr16 11540711 . CT C,CC 762.89 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=8,45;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724945,0.0871747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.099,192.459;QD=56.5104;RBI=0.0777788,0.0890737;REFB=0,0;REVB=0.0281794,0.0182945;RO=0;SAF=8,16;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0201003,-0.000640944;OID=.,.;OPOS=11540712,11540712;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:8,45:54:1,53:54:0:0,24:1,29:0:0:5:0:8,16:0,29:0:0 chr16 11541896 . G A 694.17 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0569797;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.047;QD=59.0781;RBI=0.059997;REFB=-0.151841;REVB=0.0187871;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00794806;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:47:2:1:45:46:0.978723:20:25:2:0:20:26:1:0 chr16 11542894 . C T 220.29 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.02924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.823;QD=16.0211;RBI=0.0308094;REFB=-0.0342341;REVB=0.00970781;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.568885;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0292732;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:17:13:14:11:17:13 chr16 11544509 . C G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00100885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.788;QD=17.6164;RBI=0.00436413;REFB=0.000388904;REVB=0.00424592;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125326;STB=0.570673;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.000271814;OID=.;OPOS=11544509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:11:16:11:13:11:16 chr16 11544673 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00713408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.121;QD=18.7657;RBI=0.00717299;REFB=-0.016185;REVB=-0.000746057;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0130748;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr16 11553883 . C G 406.82 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00883625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.429;QD=17.4974;RBI=0.0089096;REFB=-0.0147454;REVB=-0.00114089;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969612;STB=0.554115;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0186582;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:18:24:34:17:18:24:34:17 chr16 11556014 . G C 427.7 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.0172577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.814;QD=12.8633;RBI=0.0174981;REFB=-0.0190534;REVB=-0.00289018;RO=83;SAF=28;SAR=22;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887667;STB=0.55032;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0317954;OID=.;OPOS=11556014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:83:83:50:50:0.37594:22:28:53:30:22:28:53:30 chr16 11556121 . A G 256.47 PASS AF=0.3875;AO=29;DP=78;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00144328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.646;QD=12.8236;RBI=0.0328524;REFB=-0.0224717;REVB=-0.0328206;RO=49;SAF=23;SAR=6;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333152;STB=0.672776;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.046591;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:49:49:29:31:0.3875:6:23:26:23:7:24:26:23 chr16 11658459 . A AT 581.66 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199348;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.082;QD=59.6573;RBI=0.0430791;REFB=0;REVB=-0.0381892;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.7392e-05;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:39:39:0:19:20:0:0:4:0:19:19:0:0 chr16 11770777 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00681008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.951;QD=27.8586;RBI=0.0165025;REFB=-0.00147108;REVB=-0.0150318;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193442;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000759715;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:10:7:6:2:10:7:6:2 chr16 11771094 . C G 76.33 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0373451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.216;QD=12.7223;RBI=0.0424051;REFB=-0.0241621;REVB=-0.0200882;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0359351;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr16 11771353 . C A 97.38 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0136526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.832;QD=12.9845;RBI=0.0141726;REFB=-0.00559278;REVB=0.00380382;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0058624;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:12:6:5:7:12:6 chr16 11772086 . C CAG,G 195.44 PASS AF=0.486486,0.0540541;AO=18,2;DP=38;FAO=18,2;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11,2;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0158737,-0.0180092;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=198.876,145.097;QD=21.1286;RBI=0.02817,0.0183693;REFB=-0.00109777,0.000658567;REVB=-0.0232717,0.00361966;RO=18;SAF=11,2;SAR=7,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.148563,0.545442;STB=0.569501,0.994775;STBP=0.434,0.162;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00132835,-0.000279932;OID=.,.;OPOS=11772087,11772086;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:18,2:18,2:0.486486,0.0540541:7,0:11,2:8:10:7,0:11,2:8:9 chr16 11772213 . A G 344.49 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00922732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9828;QD=19.1382;RBI=0.0196337;REFB=-0.035088;REVB=-0.0173303;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.569192;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.041642;OID=.;OPOS=11772213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:20:16:20:15:20:16:21:15 chr16 11772230 . C A 399.04 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0147793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.56;QD=21.0023;RBI=0.0202947;REFB=-0.0227587;REVB=0.0139086;RO=36;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903716;STB=0.549975;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0206686;OID=.;OPOS=11772230;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:22:18:20:16:22:18:20:16 chr16 11772600 . T A,TTCTGA 103.04 PASS AF=0.0625,0.34375;AO=2,9;DP=32;FAO=2,11;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2,7;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00851108,-0.00502643;FXX=0.0302939;HRUN=6,6;LEN=1,5;MLLD=80.0339,270.395;QD=12.8801;RBI=0.0880108,0.04056;REFB=-0.00979949,-3.30647e-05;REVB=-0.0875983,-0.0402474;RO=20;SAF=2,6;SAR=0,3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.489708,0.137716;STB=0.993866,0.538391;STBP=0.2,0.782;TYPE=snp,ins;VARB=0.0240833,-0.00295679;OID=.,.;OPOS=11772600,11772601;OREF=T,-;OALT=A,TCTGA;OMAPALT=A,TTCTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:32:32:20:19:2,9:2,11:0.0625,0.34375:0,3:2,6:11:9:0,4:2,7:11:8 chr16 11772854 . A G 267.41 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0260404;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2526;QD=20.182;RBI=0.0260741;REFB=-0.0139885;REVB=-0.00132435;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441036;STB=0.524572;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0154519;OID=.;OPOS=11772854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:13:12:12:16:13:12 chr16 11773662 . C G 140.14 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00476637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.408;QD=20.7618;RBI=0.0053449;REFB=-0.00836717;REVB=-0.00241862;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.58812;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00200688;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:15:15:0.555556:7:8:4:7:7:8:4:8 chr16 11782223 . G A 355.11 PASS AF=0.346457;AO=43;DP=122;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0635797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0833;QD=11.1845;RBI=0.0638549;REFB=-0.0272848;REVB=-0.0059211;RO=78;SAF=22;SAR=21;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102781;STB=0.582641;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0616452;OID=.;OPOS=11782223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:78:83:43:44:0.346457:21:22:47:31:22:22:52:31 chr16 11844655 . C A 123.13 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.023562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6905;QD=17.5904;RBI=0.0383803;REFB=0.0243249;REVB=0.0302965;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246548;STB=0.651947;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0204299;OID=.;OPOS=11844655;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:4:9:6:8:4:10:6:8 chr16 11852354 . A C 114.69 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0766705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.693;QD=10.4259;RBI=0.0770582;REFB=0.0117235;REVB=-0.00772093;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341819;STB=0.702851;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0216301;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:20:10:9:5:20:10 chr16 11931686 . G T 83.75 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=0.00400413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.4367;QD=7.44474;RBI=0.0134752;REFB=0.000468044;REVB=-0.0128665;RO=32;SAF=2;SAR=10;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713285;STB=0.908595;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0352073;OID=.;OPOS=11931686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:44:45:32:33:12:12:0.266667:10:2:28:4:10:2:28:5 chr16 11940390 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00116955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.884;QD=18.154;RBI=0.0135057;REFB=-0.00298283;REVB=0.013455;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587823;STB=0.533445;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00274718;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:14:11:8:13:14:11 chr16 11969724 . G C 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0145793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.386;QD=16.384;RBI=0.0145801;REFB=-0.0120515;REVB=0.000152392;RO=56;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703325;STB=0.539309;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0124693;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:25:20:21:35:25:20:21:35 chr16 12009304 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0157791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.167;QD=19.1341;RBI=0.0442212;REFB=-0.0328751;REVB=0.0413102;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0119632;OID=.;OPOS=12009304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr16 12021332 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0815353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.351;QD=23.2188;RBI=0.104028;REFB=-0.0946788;REVB=0.0646044;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0046984;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr16 12027474 . CAT C 142.83 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551082;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.923;QD=43.9476;RBI=0.0185867;REFB=0;REVB=0.017751;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000252267;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:13:13:13:0:10:3:0:0:4:0:10:1:0:0 chr16 12060163 . A G 1048.36 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.257;QD=58.2424;RBI=0.0338463;REFB=-0.110978;REVB=0.0285239;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000343889;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:35:36:0:0:35:36:1:0 chr16 12061606 . G A 213.55 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0540048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6079;QD=16.1173;RBI=0.0540075;REFB=-0.027736;REVB=-0.000536395;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0262347;OID=.;OPOS=12061606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:16:13:13:11:16:13 chr16 12162969 . A G 288.17 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00966763;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.936;QD=13.2492;RBI=0.0118357;REFB=-0.0125163;REVB=-0.00682796;RO=54;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894046;STB=0.551117;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0158504;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:18:15:29:25:18:15:29:25 chr16 12181702 . G T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0151281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.736;QD=16.6157;RBI=0.0342431;REFB=-0.0117318;REVB=0.0307202;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142368;STB=0.581444;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0117453;OID=.;OPOS=12181702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:13:8:9:8:13:8 chr16 12621176 . C G 285.02 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0304338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.167;QD=23.7519;RBI=0.0352325;REFB=-0.00979827;REVB=-0.0177513;RO=21;SAF=3;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394552;STB=0.718545;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00935316;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:23:3:9:12:23:3:9:13 chr16 12666984 . T A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0177313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5683;QD=11.8306;RBI=0.0191423;REFB=-0.00205692;REVB=0.00721303;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515146;STB=0.807121;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00282034;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:12:6:9:2:12:6 chr16 12756048 . AT A,TA 85.2 PASS AF=0.446809,0.0638298;AO=16,6;DP=47;FAO=21,3;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8,0;FSAR=13,3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.165633,-0.148947;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=8.70044,14.2201;QD=7.25118;RBI=0.170228,0.159201;REFB=-0.069149,-0.0227558;REVB=-0.039281,-0.0562103;RO=21;SAF=5,0;SAR=11,6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.372727,0;SSSB=0.0311226,-0.658349;STB=0.568658,0.994904;STBP=0.439,0.23;TYPE=del,mnp;VARB=0.0451571,0.0952175;OID=.,.;OPOS=12756049,12756048;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:21:23:16,6:21,3:0.446809,0.0638298:11,6:5,0:6:15:13,3:8,0:6:17 chr16 12758966 . T C 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00343968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.078;QD=29.4447;RBI=0.00927152;REFB=-0.00328808;REVB=0.00860986;RO=18;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640731;STB=0.547914;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00193436;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:31:31:0.62:20:11:8:10:20:11:9:10 chr16 12897578 . G T 1563.81 PASS AF=0.568;AO=142;DP=250;FAO=142;FDP=250;FR=.;FRO=108;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00695398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.199;QD=25.021;RBI=0.0070127;REFB=-0.00235884;REVB=0.000905549;RO=103;SAF=83;SAR=59;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628221;STB=0.533084;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00093199;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:103:108:142:142:0.568:59:83:52:51:59:83:55:53 chr16 13002359 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.87;QD=57.5452;RBI=0.0234543;REFB=0;REVB=0.00383877;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32647e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr16 14742400 . T G 494.64 PASS AF=0.521739;AO=42;DP=86;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000847904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.405;QD=21.5059;RBI=0.0521984;REFB=-0.0314304;REVB=0.0521915;RO=41;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012702;STB=0.512792;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.026894;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:41:44:42:48:0.521739:18:24:24:17:22:26:25:19 chr16 14758896 . C A 205.75 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00440385;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.902;QD=14.6961;RBI=0.0182011;REFB=-0.00405587;REVB=-0.0176603;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18401;STB=0.607058;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00661355;OID=.;OPOS=14758896;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:29:32:24:24:0.428571:12:12:9:20:12:12:10:22 chr16 15082865 . C T 684.11 PASS AF=0.767123;AO=53;DP=70;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0272405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8767;QD=37.4852;RBI=0.10884;REFB=-0.0389249;REVB=0.105376;RO=17;SAF=35;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035849;STB=0.509088;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0129421;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:17:17:53:56:0.767123:18:35:10:7:21:35:10:7 chr16 15091601 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.003978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.61;QD=11.9535;RBI=0.00472162;REFB=0.00329529;REVB=0.00254346;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.71364;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00374245;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:1:7:6:4:1:7:7:4 chr16 15095675 . C A 255.65 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0503735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.894;QD=29.2167;RBI=0.0529563;REFB=-0.0498068;REVB=0.0163366;RO=12;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409757;STB=0.522593;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0149455;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:13:10:6:6:13:10:6:6 chr16 15098047 . C G 483.97 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.010706;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.791;QD=28.8938;RBI=0.0124119;REFB=-0.0245111;REVB=0.00627993;RO=23;SAF=17;SAR=27;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602136;STB=0.532754;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0128973;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:23:23:44:44:0.656716:27:17:11:12:27:17:11:12 chr16 15110077 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0314407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.297;QD=4.85444;RBI=0.0354918;REFB=0.000657104;REVB=-0.0164668;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434702;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00239071;OID=.;OPOS=15110077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:6:1:13:15:6:1:13:15 chr16 15111218 . C T 441.89 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0021158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9216;QD=31.0101;RBI=0.0805366;REFB=-0.0194727;REVB=-0.0805088;RO=17;SAF=23;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122402;STB=0.566369;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00623499;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:17:23:6:11:17:23:6:11 chr16 15116625 . G T 556.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=60.2092;RBI=0.0359093;REFB=0;REVB=0.0075715;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250099;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr16 15129970 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.192;QD=63.2834;RBI=0.0229245;REFB=0;REVB=-0.0214097;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11309e-05;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr16 15131962 . A G 846.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6486;QD=54.5828;RBI=0.0717673;REFB=0;REVB=-0.0709546;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498847;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:62:0:0:55:62:1:29:26:0:0:30:32:0:0 chr16 15131974 . G T 872.66 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227279;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7762;QD=58.1772;RBI=0.0162118;REFB=0;REVB=-0.0160517;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198781;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:61:60:1:30:31:0:0:29:31:0:0 chr16 15133889 . T G 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.587;QD=61.1572;RBI=0.0386028;REFB=0;REVB=0.0200229;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28845e-05;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr16 15178499 . G A 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0146807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.018;QD=1.92291;RBI=0.0278471;REFB=-0.00616301;REVB=-0.023663;RO=73;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899511;STB=0.567418;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0461264;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:4:5:35:38:4:5:35:38 chr16 15221957 . T C 248.9 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8691;QD=49.7801;RBI=0.0566667;REFB=0;REVB=0.0554324;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527904;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:13:5:0:0:15:5:0:0 chr16 15680642 . C T 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000667594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7389;QD=14.4085;RBI=0.0443995;REFB=0.0192767;REVB=0.0443945;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114927;STB=0.555494;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0157321;OID=.;OPOS=15680642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:8:10:12:15:8:10:13:15 chr16 15689721 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00660677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.167;QD=18.4434;RBI=0.0111335;REFB=0.00321177;REVB=0.00896135;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00207226;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr16 15781054 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.365;QD=61.336;RBI=0.028174;REFB=0;REVB=0.0274987;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73757e-05;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr16 15811023 . C T 269.16 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0129021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8339;QD=16.5637;RBI=0.0181878;REFB=-0.0139275;REVB=0.0128192;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178528;STB=0.599936;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0109518;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:24:11:15:15:24:11 chr16 15811062 . C T 281.31 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00169549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.941;QD=19.4003;RBI=0.0413097;REFB=-0.0295168;REVB=0.0412749;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308547;STB=0.504959;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0273762;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:11:19:18:9:11:19:18:10 chr16 15818141 . A C 391.95 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00952191;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.364;QD=13.4001;RBI=0.059436;REFB=-0.0153294;REVB=-0.0586684;RO=70;SAF=15;SAR=31;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118056;STB=0.563608;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0188244;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:70:71:46:46:0.393162:31:15:30:40:31:15:30:41 chr16 15841773 . G A 182.11 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0204106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6326;QD=17.3439;RBI=0.0595661;REFB=-0.0517263;REVB=0.0559601;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321382;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0647025;OID=.;OPOS=15841773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:10:12:11:8:10:13 chr16 15843899 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=349.32;QD=58.1421;RBI=0.00686884;REFB=0;REVB=-0.0063644;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73896e-06;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr16 15850204 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0156981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.257;QD=15.172;RBI=0.021207;REFB=-0.035729;REVB=-0.0142586;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0460367;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:12:12:8:9:12:12 chr16 15880574 . G A 289.07 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00608599;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8618;QD=18.65;RBI=0.0145759;REFB=-0.0243116;REVB=-0.0132446;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144134;STB=0.58026;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0186033;OID=.;OPOS=15880574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:16:15:20:11:16:15:20:11 chr16 15917197 . G A 369.17 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0368469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8642;QD=25.0285;RBI=0.0479831;REFB=-0.0289289;REVB=0.0307357;RO=23;SAF=10;SAR=26;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600944;STB=0.533011;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0189471;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:26:10:8:15:26:10:8:15 chr16 15959756 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0274932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.029;QD=19.058;RBI=0.0318068;REFB=-0.00287051;REVB=-0.0159937;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266896;STB=0.515136;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0212811;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:11:9:8:11:11:9 chr16 15959776 . G T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00382248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.77;QD=21.511;RBI=0.00771272;REFB=-0.0152536;REVB=0.00669886;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100864;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0113441;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:8:13:9:9:8:13:10:9 chr16 15961351 . T C 361.48 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00874675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.994;QD=12.0494;RBI=0.00927493;REFB=7.85974e-05;REVB=-0.00308523;RO=76;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803116;STB=0.504585;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000215312;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:20:24:42:34:20:24:42:34 chr16 15961356 . C T 281.67 PASS AF=0.324561;AO=40;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0214638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.658;QD=9.88316;RBI=0.0333694;REFB=0.0261359;REVB=-0.0255504;RO=74;SAF=20;SAR=20;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076362;STB=0.583759;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0589546;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:77:40:37:0.324561:20:20:42:32:20:17:45:32 chr16 15961369 . G A 240.91 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0117506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.153;QD=9.54091;RBI=0.0232503;REFB=-0.00896365;REVB=-0.0200624;RO=69;SAF=11;SAR=20;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231652;STB=0.640524;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0305396;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:70:31:31:0.306931:20:11:38:31:20:11:39:31 chr16 15967361 . T TCTA 104.63 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00951868;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.345;QD=9.96479;RBI=0.038168;REFB=-0.0155126;REVB=-0.036962;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180958;STB=0.608534;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.0338052;OID=.;OPOS=15967362;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:13:43:13:42:29:6:7:18:11:99:29:6:7:18:11 chr16 15971028 . C G 751.66 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417106;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4537;QD=56.7288;RBI=0.0501054;REFB=0;REVB=0.0277628;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304072;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:24:29:0:0 chr16 15973653 . TG AT,TT 354.22 PASS AF=0.37037,0.62963;AO=11,15;DP=27;FAO=10,17;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414541,0.0296536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.733,175.82;QD=52.4766;RBI=0.124189,0.0318291;REFB=0,0;REVB=0.117066,0.0115653;RO=0;SAF=4,10;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0718287,0.00564707;OID=.,.;OPOS=15973653,15973654;OREF=TG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:64:27:27:0:0:11,15:10,17:0.37037,0.62963:7,5:4,10:0:0:7,5:3,12:0:0 chr16 16162019 . T C 1035.97 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7002;QD=57.5541;RBI=0.105977;REFB=-0.0329104;REVB=0.0748761;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605992;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:72:1:0:68:72:1:38:30:1:0:39:33:0:0 chr16 16271357 . T C 1339.69 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.54;QD=62.311;RBI=0.00990635;REFB=0;REVB=-0.00913553;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03013e-06;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr16 16272669 . GT G,GC 1158.43 PASS AF=0.012987,0.987013;AO=18,60;DP=78;FAO=1,76;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419158,0.0359385;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.0389,113.351;QD=60.1782;RBI=0.0430347,0.0689964;REFB=0,0;REVB=0.00974924,0.0588977;RO=0;SAF=1,45;SAR=17,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0113682,0.00646621;OID=.,.;OPOS=16272670,16272670;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.012987,0.987013:18,60:78:1,76:77:0:0,46:1,30:0:0:4:0:1,45:17,15:0:0 chr16 16291983 . A G 602.7 PASS AF=0.432258;AO=66;DP=154;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.00752826;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.347;QD=15.5535;RBI=0.00798445;REFB=-0.00177888;REVB=-0.00266024;RO=85;SAF=24;SAR=42;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011648;STB=0.505779;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00214029;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:85:88:66:67:0.432258:42:24:31:54:42:25:32:56 chr16 16468294 . C T 327.9 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0285985;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.21;QD=15.076;RBI=0.0349336;REFB=-0.0162047;REVB=-0.020062;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474696;STB=0.526824;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0180626;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:21:15:19:32:21:15:19:32 chr16 17196433 . G C 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00238194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7465;QD=13.3338;RBI=0.0120858;REFB=-0.0262424;REVB=0.0118488;RO=24;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268261;STB=0.660765;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0403913;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:2:13:17:7:2:13:17:7 chr16 17196622 . T TTC 110.3 PASS AF=0.6;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00869862;FXX=0.0908678;HRUN=8;LEN=2;MLLD=304.363;QD=22.0591;RBI=0.0390237;REFB=-0.0246708;REVB=0.0380418;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23622;STB=0.56239;STBP=0.567;TYPE=ins;VARB=0.0122801;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:23:12:20:8:9:3:5:3:54:11:10:2:7:4 chr16 18819968 . A T 305.25 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0124422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8402;QD=17.6955;RBI=0.0209752;REFB=-0.0125419;REVB=0.0168864;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519822;STB=0.521114;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0152714;OID=.;OPOS=18819968;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:16:17:20:15:16:17:20:16 chr16 18823379 . T C 1032.61 PASS AF=0.891566;AO=74;DP=83;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00794095;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=188.666;QD=49.7643;RBI=0.00863475;REFB=-0.0454764;REVB=-0.00339119;RO=3;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423037;STB=0.525685;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00107156;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:83:3:9:74:74:0.891566:32:42:0:3:32:42:3:6 chr16 18908268 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00586086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.189;QD=7.76201;RBI=0.0825742;REFB=-0.000927952;REVB=-0.0823659;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00200688;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr16 19041595 . G A 982.4 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.215;QD=56.1371;RBI=0.0198865;REFB=-0.0887539;REVB=0.013822;RO=2;SAF=27;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337246;STB=0.517852;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000356991;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:41:27:2:0:41:27:2:0 chr16 19067933 . G A 1059.33 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021086;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9307;QD=57.2613;RBI=0.0211387;REFB=0.023194;REVB=-0.00149159;RO=2;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679972;STB=0.503596;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.000592639;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:74:2:2:72:72:0.972973:45:27:1:1:45:27:1:1 chr16 19080184 . C T 976.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.194;QD=57.4334;RBI=0.0296305;REFB=-0.101292;REVB=0.00174134;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178273;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000162642;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:41:26:1:0:41:26:1:0 chr16 19080227 . C A,CTG 627.16 PASS AF=0,0.978261;AO=2,37;DP=54;FAO=0,45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=0,17;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122432,-0.0245123;FXX=0.09802;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=72.2581,216.604;QD=54.5358;RBI=0.0122745,0.0246642;REFB=0.0265728,-0.0114615;REVB=-0.000876034,-0.00273236;RO=7;SAF=0,15;SAR=2,22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539624,0.0370244;STB=0.5,0.508768;STBP=1,0.525;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0011899;OID=.,.;OPOS=19080227,19080228;OREF=C,-;OALT=A,TG;OMAPALT=A,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:54:46:7:1:2,37:0,45:0,0.978261:2,22:0,15:2:5:0,28:0,17:0:1 chr16 19085298 . C T 1677.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.745;QD=60.4414;RBI=0.0293187;REFB=0;REVB=-0.0286434;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06977e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr16 19128048 . G A 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00160955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.783;QD=24.2431;RBI=0.0103627;REFB=-0.00103096;REVB=-0.010237;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558334;STB=0.531059;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00118456;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:11:9:13:12:11:9 chr16 19128433 . T TA 54.74 PASS AF=0.481481;AO=7;DP=60;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0119643;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.74735;QD=4.0551;RBI=0.209307;REFB=-0.0356776;REVB=0.208965;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451504;STB=0.647524;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=-0.0194141;OID=.;OPOS=19128434;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:7:60:26:54:28:11:15:20:8:54:48:2:5:33:15 chr16 19128436 . G A 126.22 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0169377;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3525;QD=9.17988;RBI=0.0267718;REFB=-0.00819349;REVB=0.0207327;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27928;STB=0.665097;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0423114;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:25:13:10:7:25:13 chr16 19128437 . G T 43.96 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.010544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4385;QD=3.13998;RBI=0.0109146;REFB=-0.00269755;REVB=0.00281989;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830098;STB=0.571254;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0488123;OID=.;OPOS=19128437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:56:44:48:8:8:0.142857:4:4:25:19:4:4:28:20 chr16 19128775 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0287771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9726;QD=16.8222;RBI=0.175231;REFB=-0.00469515;REVB=0.172852;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394184;STB=0.72672;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0181594;OID=.;OPOS=19128775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:5:0:4:3:5:0 chr16 19128995 . C A 346.07 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00451455;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.552;QD=16.6782;RBI=0.0530945;REFB=-0.0145362;REVB=-0.0529022;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194058;STB=0.516625;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0222626;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:18:19:24:21:18:19:25:21 chr16 19129513 . GT AC 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00286873;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.043;QD=17.7534;RBI=0.00788054;REFB=-0.0294439;REVB=-0.00733984;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108497;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=0.028156;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:15:10:13:12:15:10:14:13 chr16 19130011 . T G 65.69 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0196375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.123;QD=11.4246;RBI=0.0198504;REFB=-0.046378;REVB=-0.00289964;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.586031;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0288437;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:3:10:6:3:3:11 chr16 19131435 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0641919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.849;QD=14.0438;RBI=0.0652404;REFB=-0.00322656;REVB=-0.0116494;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00228727;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr16 19132447 . A C 103.42 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0194868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.014;QD=18.8042;RBI=0.0206971;REFB=-0.0164809;REVB=0.00697358;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0154241;OID=.;OPOS=19132447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:7:5:4:5:7:5:4:6 chr16 19132780 . T C 364.99 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0230844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.469;QD=16.0434;RBI=0.024786;REFB=-0.00347567;REVB=0.00902528;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585572;STB=0.532978;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00617254;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:18:21:25:27:18:21:25:27 chr16 19310092 . T C 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.147;QD=58.234;RBI=0.0317185;REFB=0;REVB=0.0103109;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50283e-05;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr16 19509938 . G GCA 1352.11 PASS AF=0.956989;AO=87;DP=95;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0284557;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.619;QD=58.1554;RBI=0.0375194;REFB=-0.09367;REVB=0.0244536;RO=4;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028666;STB=0.515329;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=0.000853967;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956989:87:95:89:93:4:53:36:1:3:10:4:51:36:1:3 chr16 19514483 . C T 727.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2722;QD=63.2717;RBI=0.0703742;REFB=0;REVB=-0.026689;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120194;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 19548740 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9869;QD=56.7012;RBI=0.0828286;REFB=0;REVB=-0.081991;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108606;OID=.;OPOS=19548740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr16 19868687 . G C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.988;QD=58.9873;RBI=0.0170807;REFB=-0.0468717;REVB=0.0076737;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000878345;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:35:39:1:0:35:40:1:0 chr16 20043330 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.711;QD=56.9573;RBI=0.0482813;REFB=0;REVB=0.0465634;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348004;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:19:31:0:0:21:31:0:0 chr16 20334679 . C T 1758.18 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107142;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.522;QD=59.0986;RBI=0.0299893;REFB=0;REVB=0.0280101;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257235;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:119:0:0:112:119:1:63:49:0:0:68:51:0:0 chr16 20410488 . G A 553.9 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0303749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0751;QD=16.7849;RBI=0.0524734;REFB=-0.00628656;REVB=0.0427881;RO=73;SAF=35;SAR=24;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059776;STB=0.533357;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00875792;OID=.;OPOS=20410488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:24:35:39:34:24:35:39:34 chr16 20410547 . C T 409.57 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.038445;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8668;QD=13.1062;RBI=0.0498737;REFB=-0.0263881;REVB=-0.0317707;RO=77;SAF=20;SAR=28;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561255;STB=0.531873;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0427211;OID=.;OPOS=20410547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:28:20:36:41:28:20:36:41 chr16 20441053 . C G 411.96 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.073801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.255;QD=14.8454;RBI=0.0749938;REFB=-0.0133208;REVB=-0.0133224;RO=64;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694027;STB=0.538977;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0179017;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:23:24:37:27:23:24:37:27 chr16 20441084 . T C 335.99 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0327737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.727;QD=13.0483;RBI=0.0340892;REFB=-0.0195791;REVB=-0.00937836;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784422;STB=0.535523;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0320115;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:63:63:39:40:0.38835:17:22:31:32:18:22:31:32 chr16 20471450 . G A 115.43 PASS AF=0.318182;AO=11;DP=41;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00371041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.129;QD=10.4939;RBI=0.0299881;REFB=-0.0105218;REVB=0.0297576;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265805;STB=0.569759;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0339096;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:29:30:11:14:0.318182:5:6:22:7:5:9:22:8 chr16 20476852 . T C 260.36 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00361603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.513;QD=14.4646;RBI=0.00815905;REFB=-0.00846223;REVB=-0.00731399;RO=42;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231962;STB=0.63814;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0114107;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:9:20:20:22:9:21:20:22 chr16 20488696 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0522634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0293;QD=24.3273;RBI=0.0541698;REFB=-0.021098;REVB=-0.0142444;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0079063;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:0:2:3:4:0:2 chr16 20552075 . G T 1464.17 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554029;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.676;QD=58.5669;RBI=0.0116704;REFB=0;REVB=0.0102714;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123952;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:100:0:0:98:100:1:49:49:0:0:51:49:0:0 chr16 20576048 . C A 35.53 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0221359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.552;QD=5.68455;RBI=0.0257138;REFB=-0.00132604;REVB=-0.0130843;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42212;STB=0.759367;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0258169;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:3:16:3:3:3:16 chr16 20638576 . A T 283.35 PASS AF=0.366667;AO=31;DP=88;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0263988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.808;QD=12.5933;RBI=0.038529;REFB=-0.046547;REVB=0.028064;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171094;STB=0.614392;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0497186;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:57:57:31:33:0.366667:16:15:19:38:16:17:19:38 chr16 20648702 . G A 301.32 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00103216;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=14.0151;RBI=0.00421748;REFB=-0.0124289;REVB=0.00408922;RO=51;SAF=27;SAR=7;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382765;STB=0.725662;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0205805;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:7:27:24:27:7:27:24:28 chr16 20748331 . C A 350.8 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.049988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5018;QD=15.4198;RBI=0.0504329;REFB=-0.0131126;REVB=0.00668418;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291735;STB=0.516475;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0266415;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:19:19:25:28:19:19:25:28 chr16 20753123 . T C 1641.94 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.559;QD=60.2546;RBI=0.0163576;REFB=0;REVB=0.000541427;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59818e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:55:53:0:0:55:54:0:0 chr16 20796387 . G C 364.58 PASS AF=0.475;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00415457;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.009;QD=18.2288;RBI=0.0299579;REFB=-0.000305281;REVB=0.0296684;RO=41;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230278;STB=0.611353;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000775564;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:37:38:0.475:12:25:18:23:13:25:19:23 chr16 20809283 . C A 320.0 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0186608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0832;QD=15.9998;RBI=0.0285778;REFB=-0.0239882;REVB=-0.0216441;RO=45;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104917;STB=0.559106;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0319712;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:15:20:21:24:15:20:21:24 chr16 20810067 . T C 340.62 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0125452;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4263;QD=15.4828;RBI=0.0326087;REFB=-0.0198726;REVB=0.0300989;RO=50;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702772;STB=0.544018;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0385225;OID=.;OPOS=20810067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:51:37:37:0.420455:22:15:17:33:22:15:17:34 chr16 20811681 . C T 802.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102772;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.37;QD=57.3184;RBI=0.0956457;REFB=0;REVB=0.0956401;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65788e-05;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:23:29:0:0:27:29:0:0 chr16 20855309 . A G 1300.26 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2787;QD=58.4388;RBI=0.0170009;REFB=-0.0677076;REVB=-0.00977364;RO=3;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319084;STB=0.51685;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0137123;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:43:43:0:3:43:43:0:3 chr16 20873767 . T G 754.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.179;QD=56.9249;RBI=0.0689199;REFB=0;REVB=0.0688469;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022853;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr16 20959918 . G A 266.27 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.000941997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.112;QD=21.3015;RBI=0.0221008;REFB=-0.00363315;REVB=0.0220807;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20464;STB=0.621269;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00467505;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:24:25:0.5:13:11:6:19:13:12:6:19 chr16 20966273 . G A 308.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00174623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.249;QD=18.4113;RBI=0.0507611;REFB=-0.0113922;REVB=0.050731;RO=34;SAF=29;SAR=4;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154775;STB=0.587418;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.012695;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:4:29:27:7:4:29:27:7 chr16 20966362 . T C 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0116029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3068;QD=15.2667;RBI=0.0182871;REFB=-0.0244654;REVB=0.0141347;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992697;STB=0.512456;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0438559;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:20:12:10:16:21:12 chr16 20975069 . G A 223.96 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.002024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.183;QD=19.4751;RBI=0.00313158;REFB=-0.0104524;REVB=-0.00238961;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183126;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0125697;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:15:9:12:10:15:9 chr16 20975303 . A G 144.7 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00068589;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.386;QD=11.1306;RBI=0.00385008;REFB=-0.0166137;REVB=-0.0037885;RO=35;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305203;STB=0.689414;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0227378;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:34:18:18:0.346154:15:3:13:22:15:3:13:21 chr16 20975522 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0100612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.741;QD=16.1192;RBI=0.0119799;REFB=-0.0133926;REVB=0.00650299;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00856013;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr16 20976360 . T G 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0268301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.776;QD=13.6612;RBI=0.0268668;REFB=-0.00367531;REVB=-0.00140416;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980542;STB=0.557295;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00798987;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:10:11:6:8:10:11 chr16 20981162 . T C 415.34 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00969301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.111;QD=19.318;RBI=0.0104379;REFB=-0.00966929;REVB=0.00387227;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762231;STB=0.548472;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0101089;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:18:24:21:22:18:24:21:23 chr16 21008690 . T C 1017.82 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0313272;FXX=0.0131562;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.514;QD=54.284;RBI=0.031355;REFB=-0.128076;REVB=-0.00131819;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000594485;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:0:4:71:71:0.946667:42:29:0:0:42:29:1:3 chr16 21045369 . A G 241.59 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0246355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4753;QD=21.9626;RBI=0.0282418;REFB=0.00879441;REVB=0.0138091;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076196;STB=0.542706;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00468892;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:10:11:10:13:10:11 chr16 21078693 . T G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0132695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.32;QD=21.9721;RBI=0.013556;REFB=-0.024713;REVB=0.00277243;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124682;STB=0.569662;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0208797;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:7:14:12:11:7:14 chr16 21190853 . A C 444.57 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000482133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.486;QD=46.7969;RBI=0.0258272;REFB=-0.0271576;REVB=-0.0258227;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.541376;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00907121;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:38:0:5:33:33:0.868421:17:16:0:0:17:16:4:1 chr16 21215672 . A G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.974;QD=60.2025;RBI=0.0307474;REFB=0;REVB=0.0208904;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82716e-05;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr16 21222672 . C A 330.87 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00872997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.192;QD=25.4511;RBI=0.0170383;REFB=-0.00765969;REVB=-0.0146319;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840456;STB=0.546088;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00425997;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:15:17:13:7:15:17:13:7 chr16 21222941 . C A 272.19 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0152894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.042;QD=17.282;RBI=0.0221841;REFB=-0.0196187;REVB=0.0160738;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523686;STB=0.529392;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0226068;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:18:15:12:18:18:15 chr16 21531220 . A T 78.48 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0107824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.168;QD=3.97388;RBI=0.0304971;REFB=-0.00502133;REVB=-0.0285274;RO=65;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289057;STB=0.51896;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0230669;OID=.;OPOS=21531220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:7:7:31:34:7:7:31:34 chr16 21531464 . C T 79.63 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00241954;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.151;QD=6.63602;RBI=0.00689075;REFB=-0.00977032;REVB=-0.006452;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527124;STB=0.533274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0195834;OID=.;OPOS=21531464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:48:37:37:11:11:0.229167:4:7:25:12:4:7:25:12 chr16 21531494 . T C 893.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.182;QD=57.6405;RBI=0.064061;REFB=0;REVB=0.0219229;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253136;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:25:34:0:0:25:37:0:0 chr16 21531609 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.027351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7336;QD=14.648;RBI=0.0527413;REFB=-0.0106287;REVB=0.0450951;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00840887;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr16 21531681 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0661337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6316;QD=23.2176;RBI=0.115426;REFB=-0.0961386;REVB=0.0946012;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0298168;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr16 21658389 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.81;QD=58.1397;RBI=0.0328191;REFB=0;REVB=-0.0295694;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322247;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr16 21690559 . G A 468.55 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.509;QD=56.7933;RBI=0.0918442;REFB=0;REVB=0.091353;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284101;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:15:15:0:0:18:15:0:0 chr16 21994411 . G A 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0178566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.535;QD=19.5284;RBI=0.0183706;REFB=-0.015214;REVB=-0.00431503;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293916;STB=0.662732;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.020469;OID=.;OPOS=21994411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:15:24:11:28:15:24:11:28 chr16 22111704 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0375579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.771;QD=24.2929;RBI=0.038769;REFB=0.00919127;REVB=-0.00961431;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274539;STB=0.503813;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00700366;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:13:5:4:9:13:6:4:9 chr16 22144318 . C T 507.32 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7459;QD=56.369;RBI=0.0564625;REFB=-0.0170537;REVB=0.0545286;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0170378;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:33:35:0.972222:20:13:0:0:21:14:1:0 chr16 22155629 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0484665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.062;QD=23.8202;RBI=0.0502095;REFB=-0.00911543;REVB=0.0131145;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00797873;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:8:9:11:11:8:9 chr16 22161136 . T C 730.77 PASS AF=1;AO=36;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4694;QD=62.1932;RBI=0.172821;REFB=0;REVB=-0.0201882;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160051;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:36:47:1:30:6:0:0:30:17:0:0 chr16 22178256 . G A 966.69 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00256263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4096;QD=55.2393;RBI=0.149782;REFB=-0.0579503;REVB=0.149761;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325534;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0017502;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:66:69:0.985714:28:38:0:2:31:38:0:1 chr16 22262514 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.434;QD=59.4352;RBI=0.067668;REFB=0;REVB=-0.0116674;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003496;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr16 22269867 . A G 959.41 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.508;QD=57.2779;RBI=0.0454418;REFB=-0.149456;REVB=-0.038044;RO=0;SAF=48;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99443e-08;STB=0.505153;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000384386;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:18:48:0:0:18:48:1:0 chr16 22357850 . C CAG,G 771.05 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=49,5;DP=62;FAO=50,5;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170214,-0.00773658;FXX=0.0350816;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=218.053,57.2345;QD=56.0764;RBI=0.0173778,0.00974468;REFB=0,0;REVB=0.00350147,-0.00592487;RO=7;SAF=20,4;SAR=29,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0392219,0.260267;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00105501,0.00285449;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:62:55:7:0:49,5:50,5:0.909091,0.0909091:29,1:20,4:4:3:29,1:21,4:0:0 chr16 23072833 . C T 579.04 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0236343;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.837;QD=26.9321;RBI=0.0239468;REFB=-0.00371172;REVB=-0.0038561;RO=33;SAF=33;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236929;STB=0.623715;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00368449;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:33:34:52:52:0.604651:19:33:10:23:19:33:11:23 chr16 23073531 . C G 212.44 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00665253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0477;QD=16.0332;RBI=0.0803339;REFB=-0.0136036;REVB=0.0800579;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350151;STB=0.544856;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0207074;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:28:23:25:0.471698:9:14:18:10:11:14:18:10 chr16 23098422 . A G 685.34 PASS AF=0.466216;AO=70;DP=149;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0362204;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5152;QD=18.5228;RBI=0.0376452;REFB=-0.0218264;REVB=-0.0102586;RO=77;SAF=38;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107872;STB=0.55632;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0203667;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:79:70:69:0.466216:32:38:33:44:32:37:34:45 chr16 23200761 . T C 291.6 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000243825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.296;QD=21.6001;RBI=0.00185621;REFB=-0.017361;REVB=0.00184012;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175247;STB=0.597336;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0142739;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:13:11:20:10:13:11 chr16 23200848 . T C 503.15 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0173542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0181;QD=22.3621;RBI=0.0246049;REFB=-0.0272018;REVB=-0.0174423;RO=42;SAF=17;SAR=31;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22703;STB=0.625182;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0220965;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:31:17:26:16:31:17:26:16 chr16 23315377 . G A 282.49 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0305215;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.074;QD=19.4823;RBI=0.0409759;REFB=-0.0239003;REVB=-0.0273398;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072985;STB=0.54962;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0234847;OID=.;OPOS=23315377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:28:30:30:0.517241:17:13:14:13:17:13:15:13 chr16 23360199 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.057;QD=47.8223;RBI=0.0830835;REFB=0;REVB=0.00554181;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311569;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 23387163 . C T 73.33 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00646506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1046;QD=10.1146;RBI=0.081994;REFB=-0.0352406;REVB=0.0817387;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227966;STB=0.684939;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0662081;OID=.;OPOS=23387163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:29:19:19:8:10:0.344828:5:3:11:8:7:3:11:8 chr16 23489711 . C G 657.84 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.229;QD=59.8032;RBI=0.0557271;REFB=-0.128424;REVB=-0.0516207;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000851707;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:0:1:15:28:0:1 chr16 23490352 . CT C,CG 250.86 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234012,0.0160258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.313,263.176;QD=50.1712;RBI=0.0278158,0.0225026;REFB=0,0;REVB=-0.0150367,-0.0157969;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00496202,-0.000632375;OID=.,.;OPOS=23490353,23490353;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,18:20:2,18:20:0:0,12:2,6:0:0:9:0:0,12:2,6:0:0 chr16 23536684 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.753;QD=47.8224;RBI=0.0507705;REFB=0;REVB=0.0412419;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528667;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr16 23546561 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8384;QD=61.6833;RBI=0.0447385;REFB=0;REVB=-0.0387613;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144815;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr16 23563501 . C T 2676.36 PASS AF=0.977654;AO=175;DP=179;FAO=175;FDP=179;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.029563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.418;QD=59.8069;RBI=0.0355844;REFB=-0.194481;REVB=0.019806;RO=2;SAF=66;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865366;STB=0.502917;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00191453;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:179:179:2:4:175:175:0.977654:109:66:0:2:109:66:2:2 chr16 23585061 . T C 714.95 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1266;QD=60.8466;RBI=0.0372408;REFB=-0.131499;REVB=0.0179779;RO=0;SAF=5;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545433;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00121002;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:41:5:0:0:41:5:1:0 chr16 23677006 . A G 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0107602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.448;QD=15.8605;RBI=0.0190389;REFB=-0.00445988;REVB=-0.0157066;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467184;STB=0.531898;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00625995;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:18:20:24:26:18:20:24:27 chr16 23701538 . A G 62.66 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00236069;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.25;QD=7.16121;RBI=0.0353502;REFB=-0.00414718;REVB=-0.0352713;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119891;STB=0.575003;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0181255;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:17:9:4:5:17:9 chr16 23711925 . C G 203.1 PASS AF=0.373134;AO=26;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00281193;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.927;QD=12.1257;RBI=0.0413841;REFB=-0.0202185;REVB=-0.0412885;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051181;STB=0.542279;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0257779;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:26:25:0.373134:13:13:19:23:12:13:19:23 chr16 24226934 . G A 343.84 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.011795;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.088;QD=28.0683;RBI=0.0126683;REFB=-0.00243652;REVB=0.00462192;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047461;STB=0.522416;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00155713;OID=.;OPOS=24226934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:19:29:30:0.612245:18:11:8:10:19:11:8:11 chr16 24564879 . GTA G 128.1 PASS AF=0.608696;AO=9;DP=25;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0723771;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.837;QD=22.2788;RBI=0.0724647;REFB=-0.0750292;REVB=0.0035622;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.633961;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.0471756;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:9:25:14:23:9:8:6:2:7:66:9:3:6:2:7 chr16 24834233 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0164513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.522;QD=21.6301;RBI=0.0291619;REFB=-0.00635715;REVB=0.0240784;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302175;STB=0.666962;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00530123;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:19:11:18:6:19:11:18:6 chr16 24902194 . T C 1856.17 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133334;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.915;QD=58.926;RBI=0.0271014;REFB=-0.0689181;REVB=0.0235947;RO=1;SAF=77;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613062;STB=0.501034;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000310831;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:126:1:3:123:123:0.97619:46:77:1:0:46:77:2:1 chr16 25137289 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.581;QD=53.9098;RBI=0.0372774;REFB=0;REVB=0.0116808;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189053;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr16 25137385 . G A 246.72 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0127115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2264;QD=11.3434;RBI=0.0133112;REFB=-0.00348685;REVB=-0.00395032;RO=57;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319782;STB=0.518506;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00576037;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:14:16:32:25:14:16:32:25 chr16 25239805 . G C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0828489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.243;QD=23.8208;RBI=0.117772;REFB=0.0293733;REVB=0.0837035;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22272;STB=0.624299;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0228807;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:6:11:8:14:6:11 chr16 25255506 . C T 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00762738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.128;QD=13.0888;RBI=0.0138239;REFB=-0.00334348;REVB=-0.0115292;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310571;STB=0.683301;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00445175;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:13:14:4:12:13:14 chr16 25258035 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00610047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.299;QD=16.8962;RBI=0.0236442;REFB=0.00340582;REVB=-0.0228437;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00304981;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr16 25263278 . G A 468.98 PASS AF=0.5;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0490985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2847;QD=20.3903;RBI=0.050719;REFB=-0.0197467;REVB=-0.0127181;RO=45;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110491;STB=0.556569;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0183633;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:46:46:0.5:29:17:22:23:29:17:22:24 chr16 25268368 . A G 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00937623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.676;QD=12.8639;RBI=0.0100865;REFB=-0.0209239;REVB=0.00371801;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.685728;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0205136;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:5:3:5:2:5:3 chr16 25704145 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000963676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.401;QD=33.4285;RBI=0.019855;REFB=0;REVB=0.0198316;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311988;OID=.;OPOS=25704145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 27226106 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.184;QD=56.9568;RBI=0.0240247;REFB=0;REVB=0.0123754;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03907e-05;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr16 27246617 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.819;QD=60.9772;RBI=0.0194335;REFB=0;REVB=0.00480859;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131343;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr16 27356203 . A G 213.41 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00142801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1821;QD=16.1066;RBI=0.00341878;REFB=-0.00672461;REVB=-0.00310626;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13074;STB=0.574071;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0182549;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:16:13:14:10:16:13 chr16 27371158 . C T 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4178;QD=60.9735;RBI=0.0863095;REFB=0;REVB=-0.0359116;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184247;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr16 27765535 . A G 213.98 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00343411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4065;QD=20.8757;RBI=0.00724917;REFB=0.00979007;REVB=-0.00638415;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018883;STB=0.510628;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00960991;OID=.;OPOS=27765535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:11:9:9:12:11:9 chr16 27772901 . G A 587.35 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0260235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.473;QD=45.1804;RBI=0.0261272;REFB=-0.0317227;REVB=-0.00232553;RO=4;SAF=28;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625686;STB=0.527519;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00158616;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:4:6:46:46:0.884615:18:28:4:0:18:28:5:1 chr16 27974487 . T C 750.77 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663105;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7907;QD=56.6617;RBI=0.0296877;REFB=0;REVB=-0.0289377;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269634;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr16 28508447 . A G 191.83 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.029782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.947;QD=16.6811;RBI=0.0328942;REFB=-0.0224662;REVB=-0.0139665;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524828;STB=0.50239;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0415031;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:19:20:0.434783:12:7:8:17:13:7:9:17 chr16 28508716 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.143;QD=49.5936;RBI=0.0961805;REFB=0;REVB=0.0491379;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548741;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr16 28513403 . A G 214.82 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.010758;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.295;QD=14.8151;RBI=0.0130442;REFB=-0.025154;REVB=0.0073768;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486882;STB=0.531889;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0307907;OID=.;OPOS=28513403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:33:23:25:0.431034:14:9:14:18:15:10:15:18 chr16 28603393 . T C 156.71 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4226;QD=44.7748;RBI=0.0687127;REFB=0;REVB=-0.033393;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102176;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:7:4:0:0:7:7:0:0 chr16 28603655 . T G 502.12 PASS AF=0.509804;AO=49;DP=99;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0570316;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5653;QD=19.6908;RBI=0.0781071;REFB=-0.0172331;REVB=0.0533678;RO=50;SAF=23;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269385;STB=0.5294;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0185973;OID=.;OPOS=28603655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:50:50:49:52:0.509804:26:23:22:28:26:26:22:28 chr16 28617485 . C T 1042.92 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.514;QD=59.5952;RBI=0.0411539;REFB=0;REVB=0.0411021;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103943;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr16 28617514 . C T 101.9 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.000590223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7721;QD=4.68508;RBI=0.0130152;REFB=-0.00258734;REVB=-0.0130018;RO=69;SAF=11;SAR=6;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280619;STB=0.68275;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00592393;OID=.;OPOS=28617514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:69:70:17:17:0.195402:6:11:29:40:6:11:29:41 chr16 28617552 . C G 136.63 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00974679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.578;QD=5.57669;RBI=0.00989062;REFB=-0.00447706;REVB=-0.00168063;RO=76;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161806;STB=0.604533;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0172852;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:76:77:21:21:0.214286:10:11:30:46:10:11:30:47 chr16 28619911 . T C 131.94 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00711559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.113;QD=6.13684;RBI=0.0254762;REFB=-0.00475543;REVB=-0.0244623;RO=66;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260109;STB=0.660349;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.013683;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:66:66:20:20:0.232558:7:13:29:37:7:13:29:37 chr16 28619920 . A G 115.38 PASS AF=0.225;AO=18;DP=81;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0102794;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.626;QD=5.76918;RBI=0.0106718;REFB=-0.00765831;REVB=0.00286734;RO=62;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273224;STB=0.668739;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0329215;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:62:62:18:18:0.225:7:11:24:38:7:11:24:38 chr16 28621311 . T C 309.04 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00568222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.473;QD=10.3012;RBI=0.0200955;REFB=-0.00846887;REVB=-0.0192754;RO=79;SAF=26;SAR=14;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127149;STB=0.578494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0213973;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:79:80:40:40:0.333333:14:26:43:36:14:26:43:37 chr16 28734477 . G T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00416822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.874;QD=4.81136;RBI=0.0367981;REFB=1.71097e-05;REVB=0.0365612;RO=23;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222785;STB=0.655147;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000900993;OID=.;OPOS=28734477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:1:5:16:7:1:5:16:7 chr16 28842311 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.573;QD=55.0987;RBI=0.0300552;REFB=0;REVB=0.0247776;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57799e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 28846866 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0114819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.623;QD=11.1041;RBI=0.0679;REFB=-0.0115915;REVB=0.0669222;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310426;STB=0.689101;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0113942;OID=.;OPOS=28846866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:4:6:2:5:4:6 chr16 28883241 . A G 114.44 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0249797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.494;QD=18.3098;RBI=0.0256633;REFB=-0.000469517;REVB=-0.00588408;RO=12;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185124;STB=0.510621;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010808;OID=.;OPOS=28883241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:25:12:12:13:13:0.52:12:1:1:11:12:1:1:11 chr16 28893137 . G A 33.04 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0536116;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.007;QD=12.0157;RBI=0.0536265;REFB=-0.00934094;REVB=0.00126794;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32623e-08;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00769355;OID=.;OPOS=28893137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:11:8:6:4:5:0.454545:3:1:2:6:4:1:2:4 chr16 28898793 . T C 170.08 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0176872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.318;QD=13.8842;RBI=0.0228272;REFB=-0.030834;REVB=0.0144307;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240491;STB=0.504306;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0481866;OID=.;OPOS=28898793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:8:10:16:14:9:10:16:14 chr16 28913651 . G C 97.63 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0230888;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.039;QD=21.6946;RBI=0.0230894;REFB=0.0033513;REVB=-0.000169036;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497773;STB=0.792976;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00162615;OID=.;OPOS=28913651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:7:7:11:11:0.611111:10:1:4:3:10:1:4:3 chr16 28915527 . G A 363.99 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00957428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.278;QD=21.101;RBI=0.00973008;REFB=-0.00365452;REVB=0.00173424;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10084;STB=0.561065;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00316979;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:22:15:9:22:22:15:9:23 chr16 28944396 . C G 304.58 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0014306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3315;QD=32.9276;RBI=0.0282167;REFB=-0.0870463;REVB=0.0281804;RO=11;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143562;STB=0.578453;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0307365;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:37:11:11:26:26:0.702703:14:12:8:3:14:12:8:3 chr16 28944700 . G T 509.86 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0236673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.907;QD=26.4862;RBI=0.0238122;REFB=-0.000740757;REVB=0.00262277;RO=30;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466104;STB=0.525432;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000597175;OID=.;OPOS=28944700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:22:25:14:16:22:25:14:16 chr16 28995757 . C A 428.66 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.715;QD=57.1549;RBI=0.0478889;REFB=0;REVB=0.0464701;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268695;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:5:22:0:0:5:25:0:0 chr16 29057392 . A G 288.85 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0545622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.74;QD=21.0072;RBI=0.0545953;REFB=-0.010278;REVB=-0.00189966;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968859;STB=0.553829;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0136054;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:11:19:13:12:11:19:13:12 chr16 29124421 . T C 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.679;QD=63.1905;RBI=0.0334894;REFB=0;REVB=0.0249131;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110306;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr16 29580611 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.513;QD=44.6898;RBI=0.0415928;REFB=0;REVB=-0.000244883;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184395;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr16 29624931 . G A 102.95 PASS AF=0.846154;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00483691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4719;QD=31.6753;RBI=0.0188523;REFB=-0.00741141;REVB=0.0182212;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599815;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00425565;OID=.;OPOS=29624931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:9:11:0.846154:5:4:2:0:7:4:2:0 chr16 29675886 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0178657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6805;QD=15.5771;RBI=0.0385097;REFB=-0.0199448;REVB=0.0341148;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167147;STB=0.509486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0277908;OID=.;OPOS=29675886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:17:13:10:14:17:13 chr16 29675928 . C T 397.58 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100754;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.485;QD=56.7971;RBI=0.0630904;REFB=0;REVB=0.0622807;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388299;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 29679989 . A G 252.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00406918;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8093;QD=48.1048;RBI=0.026065;REFB=-0.0527051;REVB=-0.0257454;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00385427;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr16 29680036 . T A,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA 333.27 PASS AF=0.145833,0.708333;AO=7,15;DP=48;FAO=7,34;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=7,23;FSAR=0,11;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.019225,-0.0265232;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,20;MLLD=248.556,246.814;QD=27.772;RBI=0.033059,0.0363358;REFB=-0.00744992,-0.0251087;REVB=0.0268942,0.0248357;RO=16;SAF=7,9;SAR=0,6;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.426303;STB=0.5,0.566001;STBP=1,0.102;TYPE=snp,ins;VARB=0.0338422,0.00290464;OID=.,.;OPOS=29680036,29680037;OREF=T,-;OALT=A,GGGATTATAGGTGTGAGCCA;OMAPALT=A,TGGGATTATAGGTGTGAGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:48:48:16:7:7,15:7,34:0.145833,0.708333:0,6:7,9:16:0:0,11:7,23:7:0 chr16 29680256 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.895;QD=33.4285;RBI=0.0160801;REFB=0;REVB=-0.0160801;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254337;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr16 29680389 . A C 1279.07 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.765;QD=58.8077;RBI=0.0391306;REFB=-2.23525e-05;REVB=0.0371558;RO=2;SAF=56;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823195;STB=0.504049;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=8.91882e-05;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:28:56:1:1:29:56:1:1 chr16 29708350 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5581;QD=57.6793;RBI=0.0857393;REFB=0;REVB=-0.0847046;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157026;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr16 29790864 . G A 1034.71 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.095;QD=59.1266;RBI=0.0676299;REFB=0;REVB=0.0672831;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691349;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr16 29791561 . T G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8032;QD=58.5983;RBI=0.0521683;REFB=0;REVB=-0.0515271;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656186;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr16 29791721 . G C 289.31 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.177;QD=52.6015;RBI=0.0232474;REFB=0;REVB=0.00753046;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799287;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr16 29811319 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6214;QD=44.6891;RBI=0.109113;REFB=0;REVB=0.102185;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281861;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 29814234 . G A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.266;QD=58.227;RBI=0.0223493;REFB=-0.0348655;REVB=0.0101178;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000196268;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:0:1:38:33:0:1 chr16 29821744 . G A 1083.03 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109068;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.846;QD=60.1682;RBI=0.0112251;REFB=0;REVB=-0.00265424;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0204e-05;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr16 29825126 . T C 740.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287416;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9525;QD=56.9967;RBI=0.00467986;REFB=0;REVB=-0.00369328;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122832;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:35:16:0:0:36:16:0:0 chr16 29826538 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.888;QD=43.4862;RBI=0.0605395;REFB=0;REVB=0.00290503;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722484;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr16 29876150 . CA C 217.33 PASS AF=1;AO=29;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632128;FXX=0.0217344;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.28406;QD=19.3186;RBI=0.235153;REFB=0.0419134;REVB=0.226497;RO=11;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0151857;OID=.;OPOS=29876151;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:46:45:45:0:21:24:0:0:3:11:12:17:6:5 chr16 29882490 . C T 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0142609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4562;QD=20.5984;RBI=0.0151902;REFB=-0.0396385;REVB=0.00523167;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0171625;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:7:12:13:7:7:12 chr16 29899123 . G T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0513425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1781;QD=13.5044;RBI=0.0632858;REFB=-0.0242896;REVB=-0.0370006;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226981;STB=0.632553;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0456005;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:11:6:7:5:11:6 chr16 29908433 . C G 780.51 PASS AF=0.95;AO=58;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0501109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8054;QD=52.0339;RBI=0.0876741;REFB=0.0145419;REVB=-0.0719419;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.525415;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00256461;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:1:3:58:57:0.95:29:29:0:1:28:29:0:3 chr16 29918034 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.00525481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.52;QD=9.56963;RBI=0.0112182;REFB=-0.00361945;REVB=0.00991137;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462021;STB=0.758272;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0100441;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:15:0:1:7:15:0 chr16 29994922 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0239813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.021;QD=16.3859;RBI=0.0244025;REFB=-0.0321054;REVB=-0.00451441;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275003;STB=0.516092;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030508;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:1:7:8:1:1:7 chr16 29998200 . A G 467.36 PASS AF=0.535714;AO=46;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00169292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.032;QD=22.2552;RBI=0.0201123;REFB=-0.0181821;REVB=-0.020041;RO=37;SAF=17;SAR=29;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888575;STB=0.561713;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0142744;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:46:45:0.535714:29:17:10:27:28:17:10:29 chr16 30012275 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC 72.82 PASS AF=0.590909,0;AO=10,2;DP=23;FAO=13,0;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000901527,-0.0383538;FXX=0.0434594;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6981,17.5871;QD=13.2403;RBI=0.00876214,0.0383599;REFB=-0.0704288,-0.0262479;REVB=-0.00871563,-0.000685564;RO=7;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.051088,0.577625;STB=0.525508,0.5;STBP=0.803,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0883413,0.12511;OID=.,.;OPOS=30012276,30012280;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909,0:10,2:23:13,0:22:9:8,0:5,0:5:4:34:7:5,2:5,0:4:3 chr16 30017372 . C T 187.02 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00798179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1023;QD=20.2182;RBI=0.00945463;REFB=0.00699542;REVB=0.00506766;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0102001;OID=.;OPOS=30017372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:18:19:19:0.513514:9:10:9:7:9:10:9:9 chr16 30018500 . C T 140.5 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0501762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1187;QD=31.2222;RBI=0.0517019;REFB=-0.00191065;REVB=-0.0124671;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738428;STB=0.540926;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00226154;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:1:3:8:6:1:3 chr16 30021402 . C T 211.77 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00258362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.035;QD=19.6994;RBI=0.0127218;REFB=-0.0112115;REVB=0.0124567;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.566601;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.012916;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:14:7:9:12:14:7:10:12 chr16 30034986 . G A 124.01 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0185294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.533;QD=17.1043;RBI=0.0208106;REFB=-0.0219509;REVB=0.00947335;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518211;STB=0.796685;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0153757;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:3:12:3:11:3:12 chr16 30037128 . A C 74.49 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0189849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.884;QD=11.9184;RBI=0.0196048;REFB=-0.0393107;REVB=0.00489097;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0425407;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:14:15:9:10:0.4:5:4:8:6:5:5:8:7 chr16 30100451 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.020623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.415;QD=21.7465;RBI=0.0238028;REFB=-0.0271313;REVB=0.0118854;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703917;STB=0.550616;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0202311;OID=.;OPOS=30100451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:12:9:7:13:12:10:7:13 chr16 30106221 . G A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0776629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.452;QD=18.6415;RBI=0.0790988;REFB=-0.00830471;REVB=-0.0150029;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0316851;OID=.;OPOS=30106221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:11:13:11:10:11:13 chr16 30119525 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.395;QD=62.6711;RBI=0.0168694;REFB=0;REVB=-0.00179343;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06593e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr16 30124727 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0415512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2797;QD=16.9933;RBI=0.0419428;REFB=-0.0140253;REVB=0.00571794;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175273;STB=0.598384;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0108279;OID=.;OPOS=30124727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:11:19:12:15:11:19 chr16 30198151 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.538;QD=49.5992;RBI=0.0179707;REFB=0;REVB=0.00566374;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84975e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 30393660 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.091;QD=57.6806;RBI=0.0134719;REFB=0;REVB=-0.00491865;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25897e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 30408765 . C T 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0729;QD=62.3465;RBI=0.0532411;REFB=0;REVB=-0.0414551;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62828e-05;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 30671670 . C G 33.56 PASS AF=0.0547945;AO=15;DP=219;FAO=12;FDP=219;FR=.,HEALED;FRO=202;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=113;FSRR=89;FWDB=0.00184744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.343;QD=0.612991;RBI=0.0945829;REFB=-0.00254092;REVB=-0.0945649;RO=180;SAF=1;SAR=14;SRF=105;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555807;STB=0.925475;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.1478;OID=.;OPOS=30671670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:219:219:180:202:15:12:0.0547945:14:1:105:75:11:1:113:89 chr16 30724070 . G T 976.01 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596155;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.383;QD=59.152;RBI=0.059732;REFB=0;REVB=-0.00372845;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523401;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr16 30734963 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.158;QD=55.0984;RBI=0.0588346;REFB=0;REVB=0.0076314;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189011;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 30762640 . C T 330.49 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.544;QD=50.844;RBI=0.030314;REFB=-0.0303663;REVB=-0.00818741;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000204159;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:1:0:8:17:1:0 chr16 30768908 . C G 396.84 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0102583;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9742;QD=23.3434;RBI=0.0291775;REFB=-0.0614791;REVB=-0.0273147;RO=25;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144764;STB=0.501886;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0407968;OID=.;OPOS=30768908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:25:29:38:39:0.573529:19:19:12:13:19:20:15:14 chr16 30779716 . A G 2298.62 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0440906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.493;QD=62.976;RBI=0.0520246;REFB=-0.138817;REVB=0.0276148;RO=0;SAF=55;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30483e-08;STB=0.502824;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000241379;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:0:1:144:145:0.993151:89:55:0:0:88:57:0:1 chr16 30780828 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.965;QD=55.0987;RBI=0.0162796;REFB=0;REVB=-0.00552073;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1542e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr16 30793621 . C T 486.52 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00225139;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.801;QD=16.4922;RBI=0.0100918;REFB=0.00880404;REVB=-0.0098375;RO=64;SAF=38;SAR=15;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216458;STB=0.618058;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.010846;OID=.;OPOS=30793621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:65:53:53:0.449153:15:38:33:31:15:38:34:31 chr16 30886643 . T C 390.66 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.033009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9381;QD=43.4065;RBI=0.0333577;REFB=-0.0783527;REVB=0.00481062;RO=6;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111059;STB=0.505996;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0363208;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:36:6:6:30:30:0.833333:19:11:2:4:19:11:2:4 chr16 30964940 . A G 691.04 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0127063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8668;QD=49.3597;RBI=0.0154662;REFB=-0.0966974;REVB=-0.00881786;RO=4;SAF=34;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143266;STB=0.507619;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0259606;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:18:34:3:1:18:34:3:1 chr16 30999142 . A G 300.2 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0127695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9706;QD=37.525;RBI=0.0280503;REFB=-0.0908618;REVB=0.0249752;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.741338;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173816;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:31:32:0:7:25:25:0.78125:3:22:0:0:3:22:1:6 chr16 30999462 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.264;QD=56.953;RBI=0.0668589;REFB=0;REVB=-0.0101226;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000669955;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr16 31075175 . G A 731.35 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216905;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.705;QD=63.5959;RBI=0.0341755;REFB=0;REVB=0.02641;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1667e-05;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr16 31075340 . CT C 50.27 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0234578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7472;QD=12.5674;RBI=0.100285;REFB=-0.068428;REVB=0.0975033;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.59901;SSSB=0.45905;STB=0.783546;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0931653;OID=.;OPOS=31075341;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:16:9:16:7:8:1:3:4:33:7:7:1:3:4 chr16 31075708 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.159;QD=51.9159;RBI=0.0761328;REFB=0;REVB=-0.0157049;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486914;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 31088347 . G A 1269.18 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0654106;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5993;QD=60.437;RBI=0.0737026;REFB=-0.0283475;REVB=0.0339637;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.506848;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00106772;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:47:34:1:0:47:36:1:0 chr16 31088625 . A G 579.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.158;QD=59.469;RBI=0.0436461;REFB=0;REVB=0.0329828;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135414;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:17:22:0:0 chr16 31093892 . A G 734.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.112;QD=62.4942;RBI=0.0521594;REFB=0;REVB=0.0474673;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461484;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:43:47:1:17:26:0:0:20:27:0:0 chr16 31099011 . T C 307.39 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0190408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.802;QD=22.7699;RBI=0.0253785;REFB=-0.0191323;REVB=0.0167784;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139615;STB=0.570212;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00733215;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:31:31:0.574074:9:22:12:10:9:22:13:10 chr16 31104713 . T C 307.23 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0292239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=15.5559;RBI=0.0430834;REFB=-0.00303393;REVB=-0.0316566;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18422;STB=0.603191;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00371129;OID=.;OPOS=31104713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:33:12:15:19:33:12 chr16 31121793 . GC AC,AT 114.11 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=9,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345992,-0.0458705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=192.121,160.011;QD=41.4947;RBI=0.0371325,0.0595243;REFB=0,0;REVB=-0.0134804,-0.0379347;RO=0;SAF=6,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0060209,0.0211597;OID=.,.;OPOS=31121793,31121793;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:11:11:0:0:9,2:9,2:0.818182,0.181818:3,0:6,2:0:0:3,0:6,2:0:0 chr16 31141826 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.878;QD=50.4123;RBI=0.107982;REFB=0;REVB=0.10138;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254862;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr16 31141880 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.966;QD=47.822;RBI=0.039621;REFB=0;REVB=0.0380922;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355384;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr16 31153105 . A G 717.23 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0321111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8952;QD=52.1621;RBI=0.0409852;REFB=-0.0642411;REVB=-0.0254689;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518512;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00200665;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:52:53:0.963636:26:26:0:0:26:27:0:2 chr16 31154146 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.008;QD=33.4284;RBI=0.16675;REFB=0;REVB=-0.0694898;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338931;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 31195279 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.023;QD=60.158;RBI=0.0355792;REFB=-0.100825;REVB=0.019817;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000485767;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:0:1:22:22:0:1 chr16 31230463 . C T 755.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.904;QD=57.0019;RBI=0.0315665;REFB=0;REVB=0.0198715;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017123;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:14:37:0:0:15:38:0:0 chr16 31336719 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0240653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.331;QD=17.5419;RBI=0.0242497;REFB=-0.00367585;REVB=0.0029844;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158066;STB=0.590784;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00415591;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:8:8:10:5:8:8 chr16 31374256 . A C 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0125461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.259;QD=23.0873;RBI=0.0224812;REFB=-0.0391815;REVB=-0.0186547;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161648;STB=0.589729;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0377608;OID=.;OPOS=31374256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:4:14:13:9:4:14 chr16 31374535 . C G 154.57 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0229152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.545;QD=22.8996;RBI=0.0361522;REFB=-0.0248871;REVB=-0.027962;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232261;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00841361;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:15:16:0.592593:4:11:5:6:5:11:5:6 chr16 31422429 . T C 868.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.412;QD=57.8738;RBI=0.0275208;REFB=0;REVB=0.0265752;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15287e-05;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:23:36:0:1:24:36:0:0 chr16 31476458 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.605;QD=61.5343;RBI=0.00717953;REFB=0;REVB=-0.00512123;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42211e-07;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr16 31580635 . CGGGGG CGGGCC,CGGGG 91.92 PASS AF=0.0444444,0.4;AO=2,13;DP=47;FAO=2,18;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=2,16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0628253,-0.0476514;FXX=0.0425441;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=37.5314,10.677;QD=8.17067;RBI=0.0635557,0.171713;REFB=-0.0365133,-0.0868863;REVB=-0.00960755,-0.164969;RO=21;SAF=0,1;SAR=2,12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0.305556;SSEP=0,0;SSSB=-0.458427,-0.506597;STB=0.993767,0.755557;STBP=0.198,0.021;TYPE=mnp,del;VARB=0.114959,0.000844095;OID=.,.;OPOS=31580639,31580636;OREF=GG,G;OALT=CC,-;OMAPALT=CGGGCC,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0444444,0.4:2,13:47:2,18:45:25:0,2:2,16:10:15:81:21:0,1:2,12:8:13 chr16 31926619 . G A 179.78 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147061;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.93;QD=47.9424;RBI=0.0200077;REFB=0;REVB=0.0135662;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59461e-05;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr16 32077537 . G T 471.23 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=172;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.00530577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.763;QD=10.9588;RBI=0.0259987;REFB=-0.00312559;REVB=0.0254516;RO=112;SAF=28;SAR=31;SRF=63;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100303;STB=0.560074;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00741608;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:112:113:59:59:0.343023:31:28:63:49:31:28:64:49 chr16 32077580 . A G 479.96 PASS AF=0.340909;AO=60;DP=176;FAO=60;FDP=176;FR=.;FRO=116;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.00251839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1117;QD=10.9081;RBI=0.00593782;REFB=-0.0122962;REVB=-0.0053773;RO=112;SAF=32;SAR=28;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437409;STB=0.517919;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0252555;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:112:116:60:60:0.340909:28:32:64:48:28:32:65:51 chr16 32077650 . G T 288.9 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00923171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9495;QD=11.5559;RBI=0.00965715;REFB=-0.00627742;REVB=-0.00283478;RO=66;SAF=20;SAR=14;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146367;STB=0.50847;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00971825;OID=.;OPOS=32077650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:14:20:38:28:14:20:38:28 chr16 32191941 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0117194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.347;QD=14.6497;RBI=0.0128033;REFB=-0.0103967;REVB=-0.00515559;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453628;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0154914;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:13:6:5:9:13:6 chr16 33629700 . G A 263.12 PASS AF=0.330189;AO=34;DP=103;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00378067;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.664;QD=9.929;RBI=0.00766037;REFB=-0.01381;REVB=-0.00666242;RO=69;SAF=14;SAR=20;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192357;STB=0.608961;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0266612;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:69:71:34:35:0.330189:20:14:40:29:21:14:40:31 chr16 33629846 . T A 296.75 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000374537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7067;QD=18.2612;RBI=0.035504;REFB=-0.0090329;REVB=0.035502;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122612;STB=0.506845;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00567254;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:14:19:18:14:14:19 chr16 33629950 . G T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0070069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.653;QD=13.8995;RBI=0.0217032;REFB=-0.000594726;REVB=0.0205409;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125812;STB=0.571372;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000929887;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:25:9:9:15:25:9 chr16 33629973 . G A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0188399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.491;QD=11.4186;RBI=0.0419924;REFB=-0.0271211;REVB=-0.0375289;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209029;STB=0.612416;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0444515;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:14:12:30:16:14:12:30:17 chr16 33630022 . A T 216.03 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.00258595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.209;QD=7.71525;RBI=0.0131667;REFB=-0.00299083;REVB=-0.0129102;RO=81;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126591;STB=0.574757;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00827855;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:81:81:31:31:0.276786:18:13:26:55:18:13:26:55 chr16 33647348 . C T 983.56 PASS AF=0.559524;AO=94;DP=168;FAO=94;FDP=168;FR=.;FRO=74;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00499673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2304;QD=23.418;RBI=0.034119;REFB=-0.0176152;REVB=-0.0337512;RO=73;SAF=53;SAR=41;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681573;STB=0.540256;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0124587;OID=.;OPOS=33647348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:74:94:94:0.559524:41:53:35:38:41:53:35:39 chr16 33961123 . T C 72.73 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0657208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6652;QD=4.76936;RBI=0.0659462;REFB=-0.011429;REVB=-0.00544822;RO=49;SAF=2;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538228;STB=0.846003;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0402062;OID=.;OPOS=33961123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:10:2:30:19:10:2:30:19 chr16 33961238 . C A 33.38 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0181609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.181;QD=1.64834;RBI=0.0258518;REFB=-0.000944594;REVB=-0.0183982;RO=72;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12973;STB=0.607206;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00299555;OID=.;OPOS=33961238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:72:73:8:8:0.0987654:5:3:35:37:5:3:36:37 chr16 33961249 . CC TG 48.69 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00643899;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.002;QD=2.56285;RBI=0.0107236;REFB=-0.0063093;REVB=0.00857525;RO=65;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204749;STB=0.653529;STBP=0.363;TYPE=mnp;VARB=0.0376718;OID=.;OPOS=33961249;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:78:76:65:66:10:10:0.131579:7:3:30:35:7:3:31:35 chr16 33961317 . G A 166.67 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0212987;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.894;QD=14.1843;RBI=0.0246232;REFB=-0.0141142;REVB=-0.0123558;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185438;STB=0.60736;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0105292;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:11:18:8:10:11:18 chr16 33961327 . G T 182.08 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00354329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.431;QD=16.9374;RBI=0.0273092;REFB=-0.0240874;REVB=-0.0270784;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341979;STB=0.713386;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0350674;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:19:19:0.44186:6:13:7:15:6:13:7:17 chr16 33961352 . G A 52.37 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00863788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.645;QD=7.22365;RBI=0.0155525;REFB=-0.00635972;REVB=0.0129331;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328417;STB=0.708546;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0516444;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:10:11:2:6:10:11 chr16 33961369 . CAG CCA,CCG 235.2 PASS AF=0.115385,0.692308;AO=2,13;DP=26;FAO=3,18;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1,12;FSAR=2,6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.158056,0.0426685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=27.6271,136.836;QD=36.1839;RBI=0.164447,0.0479188;REFB=0.0450529,-0.0188036;REVB=0.0454019,-0.0218086;RO=5;SAF=0,8;SAR=2,5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.544828,0.205918;STB=0.599397,0.605939;STBP=0.807,0.067;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0524385,0.0150983;OID=.,.;OPOS=33961370,33961370;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CCA,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.692308:2,13:26:3,18:26:5:1,12:2,6:1:4:30:5:0,8:2,5:1:4 chr16 33961386 . G A 101.83 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0316878;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.848;QD=27.1559;RBI=0.0419895;REFB=-0.102141;REVB=0.02755;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24643;STB=0.639731;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0290424;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:1:3:3:8:1:3 chr16 33961400 . G C 71.8 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044736;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.086;QD=31.912;RBI=0.0469649;REFB=0.0213201;REVB=-0.0142964;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00381146;OID=.;OPOS=33961400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr16 33961672 . T A 36.25 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0236686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.02;QD=6.90458;RBI=0.0249774;REFB=-0.0169742;REVB=0.00797919;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137104;STB=0.609348;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0306996;OID=.;OPOS=33961672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:12:15:6:6:0.285714:5:1:3:9:5:1:4:11 chr16 33961676 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0247104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.245;QD=6.57367;RBI=0.0265339;REFB=-0.00574765;REVB=-0.00966668;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143816;STB=0.594887;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0181549;OID=.;OPOS=33961676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:4:12:5:1:4:12 chr16 33961855 . T G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0266656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.872;QD=13.2052;RBI=0.0268806;REFB=-0.00779249;REVB=-0.00339257;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372539;STB=0.713771;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00623617;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:0:6:4:2:0:6 chr16 33961873 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000491906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.991;QD=16.4542;RBI=0.0142179;REFB=-0.00883975;REVB=0.0142094;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00979552;OID=.;OPOS=33961873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr16 33961880 . CA TG 51.75 PASS AF=0.4;AO=4;DP=10;FAO=4;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000191773;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.504;QD=20.6984;RBI=0.011641;REFB=-0.0161421;REVB=-0.0116394;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725463;STB=0.545217;STBP=0.984;TYPE=mnp;VARB=0.00122492;OID=.;OPOS=33961880;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:10:10:3:3:4:4:0.4:3:1:1:2:3:1:1:2 chr16 33962051 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0263;QD=19.13;RBI=0.0038666;REFB=-0.0158379;REVB=-0.0038666;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277822;OID=.;OPOS=33962051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr16 33962329 . C G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0826943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.07;QD=18.7441;RBI=0.0828323;REFB=0.00156883;REVB=-0.00478026;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00271063;OID=.;OPOS=33962329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr16 33962434 . CG C,CA 56.35 PASS AF=0.25,0.625;AO=2,7;DP=12;FAO=2,5;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1,3;FSAR=1,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144141,0.0482664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.715,54.3058;QD=28.1753;RBI=0.0164658,0.0491244;REFB=0.0244207,-0.0131598;REVB=0.00795964,-0.00914129;RO=2;SAF=1,5;SAR=1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0955799;STB=0.665164,0.571154;STBP=0.662,0.62;TYPE=del,snp;VARB=0.00208528,0.0264942;OID=.,.;OPOS=33962435,33962435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.625:2,7:12:2,5:8:1:1,3:1,2:1:0:11:2:1,5:1,2:1:1 chr16 33962542 . T A 49.92 PASS AF=0.15;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0342746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0774;QD=3.3277;RBI=0.0355494;REFB=-0.00858533;REVB=0.00943442;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140089;STB=0.538947;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0434401;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:51:51:8:9:0.15:5:3:25:26:5:4:25:26 chr16 33962561 . GG CA 534.83 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.030945;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.526;QD=36.8847;RBI=0.0321743;REFB=-0.0773139;REVB=0.00880863;RO=8;SAF=18;SAR=27;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444847;STB=0.531901;STBP=0.395;TYPE=mnp;VARB=0.0125609;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:54:58:8:13:45:45:0.775862:27:18:2:6:27:18:7:6 chr16 33962570 . G A 398.81 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00651155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.447;QD=26.5872;RBI=0.00659793;REFB=-0.000618268;REVB=-0.00106417;RO=22;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355581;STB=0.519424;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000293114;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:21:17:11:11:21:17:11:11 chr16 33962582 . C T 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0155954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.572;QD=2.43213;RBI=0.0219792;REFB=-0.000578218;REVB=-0.0154877;RO=52;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256158;STB=0.692508;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00331262;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:5:2:26:26:5:2:26:26 chr16 33962608 . T G 33.18 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00413466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.362;QD=3.16028;RBI=0.0253205;REFB=-0.0119963;REVB=0.0249806;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277567;STB=0.707029;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0500011;OID=.;OPOS=33962608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:4:2:20:15:4:2:21:15 chr16 33962617 . TGG CAT,TGA 280.1 PASS AF=0.0540541,0.621622;AO=2,23;DP=38;FAO=2,23;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=1,13;FSAR=1,10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00724866,-0.013223;FXX=0.0263089;HRUN=4,2;LEN=3,1;MLLD=136.007,155.862;QD=30.2806;RBI=0.0153327,0.0185881;REFB=-0.0197037,-0.0281378;REVB=0.013511,0.013064;RO=12;SAF=1,13;SAR=1,10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0855427,-0.0114747;STB=0.570733,0.506324;STBP=0.88,0.947;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00309345,0.0133168;OID=.,.;OPOS=33962617,33962619;OREF=TGG,G;OALT=CAT,A;OMAPALT=CAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:38:37:12:12:2,23:2,23:0.0540541,0.621622:1,10:1,13:7:5:1,10:1,13:7:5 chr16 33962641 . G T 195.35 PASS AF=0.588235;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0203996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1218;QD=22.982;RBI=0.021697;REFB=-0.00770829;REVB=-0.00739017;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088825;STB=0.565151;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.033464;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:18:20:0.588235:7:11:7:7:7:13:7:7 chr16 33962682 . T C 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0264762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.403;QD=20.2072;RBI=0.0294683;REFB=-0.00947826;REVB=-0.012938;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256042;STB=0.644528;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00915757;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:2:8:6:7:2:8 chr16 33962697 . C T 57.95 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0101147;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0811;QD=11.5905;RBI=0.0321678;REFB=0.00792081;REVB=-0.0305363;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538457;STB=0.817487;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0332312;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:2:6:2:10:2:6:2:10 chr16 33962709 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0121956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.31;QD=18.0501;RBI=0.0122009;REFB=0.00340737;REVB=-0.000361755;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353742;STB=0.701759;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0049881;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:1:7:4:6:1:7 chr16 33962833 . A G 43.95 PASS AF=0.25;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00308767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.48;QD=8.78928;RBI=0.0147525;REFB=-0.00473515;REVB=-0.0144258;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456697;STB=0.798801;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0177421;OID=.;OPOS=33962833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:20:13:13:5:5:0.25:1:4:5:8:1:4:5:8 chr16 33962867 . C T 30.58 PASS AF=0.238095;AO=5;DP=24;FAO=5;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0263773;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.708;QD=5.82523;RBI=0.0267087;REFB=-0.00830378;REVB=0.00419412;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437048;STB=0.519921;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0250405;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:24:21:16:16:5:5:0.238095:2:3:9:7:2:3:10:6 chr16 33962891 . A T 108.38 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.024674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.797;QD=13.5474;RBI=0.0246748;REFB=-0.0112157;REVB=0.000202821;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123637;STB=0.507235;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0156248;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:9:10:7:6:9:10 chr16 33962907 . AGGA CAAG,TGGG 83.04 PASS AF=0.0540541,0.216216;AO=2,8;DP=37;FAO=2,8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1,3;FSAR=1,5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0194202,-0.0119445;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=140.273,171.264;QD=8.97781;RBI=0.024007,0.013557;REFB=-0.0145605,-0.0150752;REVB=0.0141135,0.00641257;RO=23;SAF=1,3;SAR=1,5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104423,-0.0201057;STB=0.628429,0.512165;STBP=0.756,0.977;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0318128,0.048852;OID=.,.;OPOS=33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA;OALT=CAAG,TGGG;OMAPALT=CAAG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:37:37:23:25:2,8:2,8:0.0540541,0.216216:1,5:1,3:9:14:1,5:1,3:9:16 chr16 33962918 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0166183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.622;QD=3.07319;RBI=0.0325088;REFB=-0.0135887;REVB=-0.0279402;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120567;STB=0.508743;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0411535;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:12:25:4:2:12:25 chr16 33962923 . G A 59.13 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0202292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.436;QD=5.14197;RBI=0.0706515;REFB=0.00865839;REVB=0.0676935;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388303;STB=0.533261;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0204702;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:46:36:37:9:9:0.195652:6:3:11:25:6:3:11:26 chr16 33962930 . G T 92.83 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0276831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.079;QD=7.00627;RBI=0.027789;REFB=-0.00416037;REVB=-0.00242395;RO=40;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010999;STB=0.506839;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0198183;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:9:4:12:28:9:4:12:28 chr16 33962978 . AT GC 126.04 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0253126;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.714;QD=6.30176;RBI=0.0253706;REFB=-0.00645505;REVB=-0.00171427;RO=59;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221801;STB=0.630102;STBP=0.239;TYPE=mnp;VARB=0.0267954;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:59:61:19:19:0.2375:15:4:21:38:15:4:21:40 chr16 33962996 . TG CG,CT 707.62 PASS AF=0.74359,0;AO=58,3;DP=82;FAO=58,0;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=15,0;FSAR=43,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00280227,0.00331823;FXX=0.0602337;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=259.501,149.518;QD=36.2884;RBI=0.0028283,0.004272;REFB=-0.00671988,0.00663501;REVB=0.000382857,0.0026906;RO=20;SAF=15,1;SAR=43,2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253753,0.0419799;STB=0.513647,0.5;STBP=0.709,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00201342,0;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:20:20:58,3:58,0:0.74359,0:43,2:15,1:6:14:43,0:15,0:6:14 chr16 33963000 . T C 715.38 PASS AF=0.728395;AO=57;DP=80;FAO=59;FDP=81;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00764895;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.081;QD=35.3276;RBI=0.0196656;REFB=-0.0208857;REVB=0.0181171;RO=21;SAF=15;SAR=42;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441753;STB=0.522388;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00542803;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:21:22:57:59:0.728395:42:15:7:14:44:15:7:15 chr16 33963003 . A G 385.48 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=83;FAO=25;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00845633;FXX=0.385496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.085;QD=30.2337;RBI=0.0281368;REFB=-0.00594358;REVB=0.0268359;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167989;STB=0.522874;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.017056;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:51:31:17:23:25:0.490196:16:7:9:22:18:7:4:13 chr16 33963004 . G A 67.68 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=74;FWDB=-0.0290768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.135;QD=2.57847;RBI=0.0388103;REFB=-0.000472317;REVB=-0.0257056;RO=91;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268812;STB=0.676798;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0155676;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:91:91:14:14:0.133333:9:5:17:74:9:5:17:74 chr16 33963015 . T C 1435.64 PASS AF=0.732919;AO=118;DP=162;FAO=118;FDP=161;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=87;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0148829;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.247;QD=35.668;RBI=0.0149641;REFB=-0.0116983;REVB=0.00155708;RO=43;SAF=31;SAR=87;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396838;STB=0.521232;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0030902;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:43:43:118:118:0.732919:87:31:14:29:87:31:14:29 chr16 33963020 . C A 2910.51 PASS AF=0.860656;AO=191;DP=226;FAO=210;FDP=244;FR=.;FRO=34;FSAF=76;FSAR=134;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0463877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.663;QD=47.7132;RBI=0.048816;REFB=-0.0169819;REVB=0.0152047;RO=34;SAF=65;SAR=126;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147749;STB=0.510283;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00370202;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:244:34:34:191:210:0.860656:126:65:10:24:134:76:10:24 chr16 33963046 . T C 12123.1 PASS AF=0.940092;AO=779;DP=835;FAO=816;FDP=868;FR=.;FRO=52;FSAF=399;FSAR=417;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0043095;FXX=0.0045871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.301;QD=55.8669;RBI=0.0554953;REFB=-0.0146773;REVB=0.0553277;RO=51;SAF=396;SAR=383;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181964;STB=0.508563;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00127853;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:835:868:51:52:779:816:0.940092:383:396:18:33:417:399:18:34 chr16 33963086 . A G 15688.1 PASS AF=0.965291;AO=1030;DP=1066;FAO=1029;FDP=1066;FR=.;FRO=37;FSAF=488;FSAR=541;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0325849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5875;QD=58.8672;RBI=0.0332965;REFB=-0.0257175;REVB=0.00684671;RO=34;SAF=489;SAR=541;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565258;STB=0.501455;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00365229;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:1066:1066:34:37:1030:1029:0.965291:541:489:13:21:541:488:16:21 chr16 33963106 . T C 15647.7 PASS AF=0.973938;AO=1006;DP=1037;FAO=1009;FDP=1036;FR=.;FRO=27;FSAF=483;FSAR=526;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0179983;FXX=0.00384612;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.945;QD=60.4157;RBI=0.0199516;REFB=-0.0878674;REVB=0.00860973;RO=23;SAF=483;SAR=523;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193841;STB=0.500894;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.000864386;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:1037:1036:23:27:1006:1009:0.973938:523:483:10:13:526:483:12:15 chr16 33963108 . A G 15531.8 PASS AF=0.970135;AO=993;DP=1024;FAO=1007;FDP=1038;FR=.;FRO=31;FSAF=493;FSAR=514;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00154402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.242;QD=59.8527;RBI=0.00176589;REFB=-0.00761044;REVB=-0.000856963;RO=30;SAF=485;SAR=508;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142935;STB=0.507883;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000562295;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:1024:1038:30:31:993:1007:0.970135:508:485:7:23:514:493:7:24 chr16 33963175 . C G 13918.9 PASS AF=1;AO=890;DP=910;FAO=899;FDP=899;FR=.;FRO=0;FSAF=428;FSAR=471;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234232;FXX=0.0206969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.879;QD=61.9306;RBI=0.032597;REFB=0.00163079;REVB=-0.0226697;RO=20;SAF=420;SAR=470;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31296e-05;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:910:899:20:0:890:899:1:470:420:11:9:471:428:0:0 chr16 33963202 . A G 9053.37 PASS AF=0.978114;AO=577;DP=592;FAO=581;FDP=594;FR=.;FRO=13;FSAF=253;FSAR=328;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00212043;FXX=0.00834711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.127;QD=60.9654;RBI=0.0142673;REFB=-0.0121661;REVB=0.0141089;RO=11;SAF=250;SAR=327;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106724;STB=0.504;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000336748;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:592:594:11:13:577:581:0.978114:327:250:8:3:328:253:8:5 chr16 33963210 . AT GC 6411.17 PASS AF=0.976471;AO=414;DP=431;FAO=415;FDP=425;FR=.;FRO=10;FSAF=159;FSAR=256;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00452925;FXX=0.0162033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.789;QD=60.3404;RBI=0.00508864;REFB=-0.0740413;REVB=0.00231953;RO=9;SAF=158;SAR=256;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169578;STB=0.510325;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.00189401;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:431:425:9:10:414:415:0.976471:256:158:7:2:256:159:8:2 chr16 33963224 . T C 4993.48 PASS AF=0.973214;AO=324;DP=336;FAO=327;FDP=336;FR=.;FRO=9;FSAF=141;FSAR=186;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0143442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.542;QD=59.4462;RBI=0.0180374;REFB=-0.0127011;REVB=0.0109357;RO=11;SAF=138;SAR=186;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249937;STB=0.509438;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000169172;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:336:336:11:9:324:327:0.973214:186:138:9:2:186:141:7:2 chr16 33963248 . T C 3979.74 PASS AF=0.933798;AO=267;DP=287;FAO=268;FDP=287;FR=.;FRO=19;FSAF=113;FSAR=155;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00737454;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.697;QD=55.4668;RBI=0.0295056;REFB=-0.0215764;REVB=0.0285691;RO=18;SAF=113;SAR=154;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500308;STB=0.528281;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00209568;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:287:287:18:19:267:268:0.933798:154:113:15:3:155:113:16:3 chr16 33963279 . T C 4076.8 PASS AF=0.927869;AO=288;DP=302;FAO=283;FDP=305;FR=.;FRO=22;FSAF=117;FSAR=166;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0148739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8868;QD=53.4663;RBI=0.0565808;REFB=0.00839244;REVB=0.0545908;RO=12;SAF=122;SAR=166;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317878;STB=0.526471;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00225347;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:302:305:12:22:288:283:0.927869:166:122:10:2:166:117:17:5 chr16 33963283 . C CGG,G 4206.06 PASS AF=0.978799,0.00706714;AO=220,13;DP=303;FAO=277,2;FDP=283;FR=.;FRO=4;FSAF=115,1;FSAR=162,1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0995519,-0.0164618;FXX=0.0139368;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=39.9009,160.232;QD=59.4496;RBI=0.113836,0.016527;REFB=-0.0365992,0.000974809;REVB=0.0552084,-0.00146731;RO=42;SAF=81,9;SAR=139,4;SRF=30;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109189,-0.0320102;STB=0.504899,0.665181;STBP=0.179,0.723;TYPE=ins,snp;VARB=0.000851425,0.0119465;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:303:283:42:4:220,13:277,2:0.978799,0.00706714:139,4:81,9:30:12:162,1:115,1:3:1 chr16 33963289 . A G 4120.71 PASS AF=0.951557;AO=263;DP=282;FAO=275;FDP=289;FR=.;FRO=14;FSAF=118;FSAR=157;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00359892;FXX=0.00687262;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.685;QD=57.0341;RBI=0.00725825;REFB=-0.0305381;REVB=0.00630317;RO=14;SAF=106;SAR=157;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459147;STB=0.50356;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000910775;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:282:289:14:14:263:275:0.951557:157:106:5:9:157:118:5:9 chr16 33963329 . T C 3933.95 PASS AF=0.973684;AO=257;DP=264;FAO=259;FDP=266;FR=.;FRO=7;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00458902;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6641;QD=59.1572;RBI=0.0165645;REFB=-0.0269225;REVB=0.0159162;RO=6;SAF=116;SAR=141;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213382;STB=0.500514;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000980139;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:264:266:6:7:257:259:0.973684:141:116:3:3:143:116:3:4 chr16 33963332 . A G 4015.04 PASS AF=0.984906;AO=261;DP=266;FAO=261;FDP=265;FR=.;FRO=4;FSAF=121;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0164492;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8908;QD=60.6044;RBI=0.0164494;REFB=-0.0247649;REVB=-8.35826e-05;RO=4;SAF=121;SAR=140;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00105273;STB=0.500552;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000200986;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:266:265:4:4:261:261:0.984906:140:121:2:2:140:121:2:2 chr16 33963395 . AT TC 2074.7 PASS AF=0.882353;AO=131;DP=156;FAO=150;FDP=170;FR=.;FRO=20;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0195373;FXX=0.0285698;HRUN=1;LEN=2;MLLD=295.1;QD=48.8165;RBI=0.042173;REFB=-0.0265625;REVB=0.0373746;RO=20;SAF=59;SAR=72;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.64871e-05;STB=0.502803;STBP=0.872;TYPE=mnp;VARB=0.00338409;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:156:170:20:20:131:150:0.882353:72:59:9:11:86:64:9:11 chr16 33963424 . A G 1130.33 PASS AF=0.764706;AO=80;DP=110;FAO=91;FDP=119;FR=.;FRO=28;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.017624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.629;QD=37.9942;RBI=0.0181096;REFB=-0.013173;REVB=-0.00416561;RO=28;SAF=35;SAR=45;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305921;STB=0.501293;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00174373;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:119:28:28:80:91:0.764706:45:35:14:14:46:45:14:14 chr16 33963427 . T C 937.19 PASS AF=0.732143;AO=71;DP=106;FAO=82;FDP=112;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00448133;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.298;QD=33.4712;RBI=0.0476009;REFB=-0.0320224;REVB=0.0473895;RO=27;SAF=37;SAR=34;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203539;STB=0.509836;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00271253;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:112:27:30:71:82:0.732143:34:37:13:14:38:44:15:15 chr16 33963437 . T C 1648.82 PASS AF=0.817568;AO=121;DP=148;FAO=121;FDP=148;FR=.;FRO=27;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0139424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8766;QD=44.5626;RBI=0.0141685;REFB=-0.0252439;REVB=0.00252141;RO=25;SAF=57;SAR=64;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288849;STB=0.501904;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00992212;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:25:27:121:121:0.817568:64:57:12:13:64:57:13:14 chr16 33963445 . A G 1791.08 PASS AF=0.834356;AO=133;DP=161;FAO=136;FDP=163;FR=.;FRO=27;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0118438;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0296;QD=43.9528;RBI=0.0217081;REFB=0.00534838;REVB=-0.0181925;RO=27;SAF=61;SAR=72;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455148;STB=0.50313;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000837316;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:27:27:133:136:0.834356:72:61:12:15:73:63:12:15 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1633.01 PASS AF=0.741935,0.0903226;AO=112,14;DP=155;FAO=115,14;FDP=155;FR=.;FRO=26;FSAF=51,8;FSAR=64,6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00657405,0.0286017;FXX=0.012738;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=191.655,88.2032;QD=42.1422;RBI=0.0305917,0.0390864;REFB=0.0108345,0.00903549;REVB=0.029877,0.02664;RO=22;SAF=49,8;SAR=63,6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0337606,0.0274841;STB=0.51053,0.546695;STBP=0.595,0.682;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00185862,-0.00249583;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:22:26:112,14:115,14:0.741935,0.0903226:63,6:49,8:12:10:64,6:51,8:13:13 chr16 33963490 . T C 1299.94 PASS AF=0.717105;AO=109;DP=152;FAO=109;FDP=152;FR=.;FRO=43;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0488087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3287;QD=34.2089;RBI=0.0808655;REFB=0.0381451;REVB=0.0644743;RO=42;SAF=51;SAR=58;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167357;STB=0.512402;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0151083;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:42:43:109:109:0.717105:58:51:21:21:58:51:22:21 chr16 33963528 . T C 978.85 PASS AF=0.728972;AO=46;DP=104;FAO=78;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00045815;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.069;QD=36.5926;RBI=0.0242183;REFB=-0.0312073;REVB=0.024214;RO=21;SAF=32;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111514;STB=0.520792;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00777916;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:21:25:46:78:0.728972:14:32:11:10:41:37:14:11 chr16 33963563 . G C 780.24 PASS AF=0.732558;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00267432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.844;QD=36.2901;RBI=0.0104108;REFB=-0.0163429;REVB=0.0100614;RO=23;SAF=33;SAR=30;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226899;STB=0.512191;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00327462;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:23:23:63:63:0.732558:30:33:11:12:30:33:11:12 chr16 33963571 . T C 720.98 PASS AF=0.7375;AO=59;DP=79;FAO=59;FDP=80;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000621784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.849;QD=36.0489;RBI=0.000790802;REFB=-0.0104887;REVB=0.000488624;RO=20;SAF=31;SAR=28;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120024;STB=0.512936;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00439118;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:20:21:59:59:0.7375:28:31:10:10:28:31:10:11 chr16 33963591 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00353293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.157;QD=20.5427;RBI=0.0215201;REFB=-0.00813831;REVB=-0.0212281;RO=25;SAF=20;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363514;STB=0.707766;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00963537;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:4:20:13:12:4:20:13:12 chr16 33963595 . A G 73.78 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0156032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3221;QD=9.83708;RBI=0.0228504;REFB=-0.00103708;REVB=0.0166937;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505151;STB=0.81741;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00127462;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:1:9:11:9:1:9:11:9 chr16 33963597 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0166312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.482;QD=9.84389;RBI=0.0199257;REFB=-0.00106743;REVB=-0.0109743;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480245;STB=0.81741;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00154282;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:1:9:11:8:1:9:11:9 chr16 33963605 . T C 303.17 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000694547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=25.802;RBI=0.0367241;REFB=-0.0205145;REVB=-0.0367175;RO=19;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186368;STB=0.618088;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.011465;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:7:20:10:9:7:20:10:10 chr16 33963624 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00324341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.858;QD=19.173;RBI=0.0145399;REFB=-0.0119881;REVB=-0.0141735;RO=30;SAF=27;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284793;STB=0.682186;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00856612;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:32:33:33:0.507692:6:27:17:13:6:27:17:15 chr16 33963636 . AA GG 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00894871;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.347;QD=17.8595;RBI=0.0162101;REFB=-0.0082419;REVB=-0.0135163;RO=37;SAF=28;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383138;STB=0.717069;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.00873907;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:6:28:18:19:6:28:18:19 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 139.08 PASS AF=0.387097;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00336911;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=8;MLLD=323.469;QD=8.97316;RBI=0.0268238;REFB=-0.00894945;REVB=-0.0266114;RO=32;SAF=20;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543069;STB=0.771355;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0132857;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:22:61:24:62:38:20:4:17:21:99:32:20:2:17:15 chr16 33963678 . C T 618.11 PASS AF=0.692308;AO=52;DP=76;FAO=54;FDP=78;FR=.;FRO=24;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00918606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.046;QD=31.6981;RBI=0.0163373;REFB=-0.0104373;REVB=-0.0135101;RO=23;SAF=35;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264256;STB=0.624351;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00538583;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:23:24:52:54:0.692308:17:35:5:18:19:35:6:18 chr16 33963708 . GT AC 208.56 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=78;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0129655;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.302;QD=10.9768;RBI=0.0187392;REFB=-0.00392069;REVB=-0.0135298;RO=50;SAF=24;SAR=1;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.750751;STB=0.947474;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0089237;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:50:50:25:26:0.342105:1:24:19:31:1:25:19:31 chr16 33963722 . C G 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00281619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.593;QD=11.9867;RBI=0.0208343;REFB=-0.0105009;REVB=-0.0206431;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047516;STB=0.527336;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0245734;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:12:17:32:19:12:17:32:19 chr16 33963732 . AG CA,CG 203.56 PASS AF=0.0921053,0.263158;AO=7,20;DP=76;FAO=7,20;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=3,11;FSAR=4,9;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.024011,-0.00881569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.023,126.64;QD=10.7137;RBI=0.0242974,0.0315104;REFB=-0.0034426,-0.00169531;REVB=-0.00371931,-0.0302521;RO=49;SAF=3,11;SAR=4,9;SRF=33;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.289617,-0.151881;STB=0.705364,0.590078;STBP=0.31,0.345;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00127016,0.00267364;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:76:49:49:7,20:7,20:0.0921053,0.263158:4,9:3,11:33:16:4,9:3,11:33:16 chr16 33963737 . GC AT 225.53 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.0111048;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.277;QD=12.3575;RBI=0.0113861;REFB=-0.00417859;REVB=-0.00251528;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289871;STB=0.654574;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.00415789;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:73:45:46:27:27:0.369863:13:14:35:10:13:14:35:11 chr16 33963758 . T C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00843978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.708;QD=12.1359;RBI=0.00855975;REFB=-0.0117229;REVB=-0.00142809;RO=48;SAF=24;SAR=4;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566359;STB=0.829017;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0180463;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:4:24:18:30:4:24:18:30 chr16 33963769 . C A 524.77 PASS AF=0.78;AO=38;DP=49;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00464153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.54;QD=41.9816;RBI=0.00652112;REFB=-0.0125679;REVB=0.00458053;RO=11;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144783;STB=0.578685;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00381515;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:50:11:11:38:39:0.78:22:16:1:10:22:17:1:10 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 354.41 PASS AF=0.488372,0.325581;AO=18,13;DP=51;FAO=21,14;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=9,5;FSAR=12,9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0867981,-0.0411787;FXX=0.188644;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.8175,19.6681;QD=32.9679;RBI=0.0931976,0.0440312;REFB=-0.0372007,-0.0214431;REVB=-0.0339391,-0.0155906;RO=8;SAF=7,4;SAR=11,9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.161258,0.15565;STB=0.58755,0.596888;STBP=0.17,0.323;TYPE=del,snp;VARB=0.00541457,0.0350198;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.488372,0.325581:18,13:51:21,14:43:8:9,5:12,9:1:7:99:8:7,4:11,9:1:7 chr16 33963778 . G A 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=51;FWDB=0.00944657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.454;QD=2.04801;RBI=0.0131766;REFB=-0.000602381;REVB=-0.00918616;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345561;STB=0.740806;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00472117;OID=.;OPOS=33963778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:4:5:19:51:4:5:19:51 chr16 33963783 . G C,T 1015.96 PASS AF=0.470588,0.423529;AO=40,36;DP=85;FAO=40,36;FDP=85;FR=.;FRO=9;FSAF=6,15;FSAR=34,21;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00134047,0.0189343;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=103.664,108.9;QD=47.8097;RBI=0.0116351,0.0216088;REFB=-0.0362627,-0.0409358;REVB=0.0115577,-0.010413;RO=9;SAF=6,15;SAR=34,21;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111782,0.0319776;STB=0.560407,0.517232;STBP=0.174,0.663;TYPE=snp,snp;VARB=0.0166053,0.00659087;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:85:85:9:9:40,36:40,36:0.470588,0.423529:34,21:6,15:3:6:34,21:6,15:3:6 chr16 33963809 . G C 2154.07 PASS AF=0.9;AO=153;DP=171;FAO=153;FDP=170;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=133;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0144885;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.299;QD=50.6839;RBI=0.0964407;REFB=-0.0641548;REVB=0.0953462;RO=16;SAF=20;SAR=133;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677619;STB=0.534132;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00653626;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:171:170:16:17:153:153:0.9:133:20:5:11:133:20:5:12 chr16 33963816 . TG GA 1874.58 PASS AF=0.752577;AO=144;DP=191;FAO=146;FDP=194;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=131;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0264135;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.902;QD=38.651;RBI=0.0264856;REFB=-0.0218639;REVB=0.00195264;RO=46;SAF=15;SAR=129;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282056;STB=0.657793;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0142592;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:46:48:144:146:0.752577:129:15:19:27:131:15:20:28 chr16 33963822 . A G 2727.14 PASS AF=0.800766;AO=209;DP=262;FAO=209;FDP=261;FR=.;FRO=52;FSAF=51;FSAR=158;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00088662;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.172;QD=41.7953;RBI=0.0224377;REFB=-0.0187867;REVB=-0.0224202;RO=52;SAF=51;SAR=158;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112803;STB=0.55999;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00438938;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:52:52:209:209:0.800766:158:51:25:27:158:51:25:27 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 4766.9 PASS AF=0.830846,0.0447761;AO=322,18;DP=407;FAO=334,18;FDP=402;FR=.;FRO=50;FSAF=123,18;FSAR=211,0;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00382332,0.0030376;FXX=0.0122847;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=192.786,100.494;QD=47.4318;RBI=0.0111298,0.033035;REFB=-0.018608,-0.0223368;REVB=-0.0104525,-0.0328951;RO=52;SAF=113,18;SAR=209,0;SRF=25;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0370901,0.786068;STB=0.518254,0.999297;STBP=0.075,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00592869,-0.0356435;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:402:52:50:322,18:334,18:0.830846,0.0447761:209,0:113,18:25:27:211,0:123,18:25:25 chr16 33963855 . T C 10107.5 PASS AF=0.931601;AO=680;DP=733;FAO=681;FDP=731;FR=.;FRO=50;FSAF=248;FSAR=433;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00424019;FXX=0.00408714;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1908;QD=55.3081;RBI=0.0460103;REFB=-0.00583896;REVB=0.0458146;RO=48;SAF=247;SAR=433;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184646;STB=0.508514;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000293551;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:733:731:48:50:680:681:0.931601:433:247:24:24:433:248:24:26 chr16 33963875 . A G 14611.6 PASS AF=0.986316;AO=930;DP=943;FAO=937;FDP=950;FR=.;FRO=13;FSAF=366;FSAR=571;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0103745;FXX=0.00419283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8316;QD=61.5223;RBI=0.0983795;REFB=0.0137736;REVB=-0.0978309;RO=13;SAF=365;SAR=565;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023422;STB=0.501192;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000178904;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:943:950:13:13:930:937:0.986316:565:365:4:9:571:366:4:9 chr16 33963881 . C G 14621.2 PASS AF=0.953603;AO=961;DP=1015;FAO=966;FDP=1013;FR=.;FRO=47;FSAF=372;FSAR=594;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00170784;FXX=0.00783538;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3766;QD=57.7343;RBI=0.0556214;REFB=0.0206843;REVB=-0.0555952;RO=46;SAF=369;SAR=592;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666978;STB=0.503019;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000687238;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:1015:1013:46:47:961:966:0.953603:592:369:21:25:594:372:21:26 chr16 33963912 . T C 18848.6 PASS AF=1;AO=1208;DP=1238;FAO=1210;FDP=1210;FR=.;FRO=0;FSAF=495;FSAR=715;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305425;FXX=0.0257647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9442;QD=62.3095;RBI=0.0241536;REFB=-0.0466861;REVB=0.0239597;RO=26;SAF=495;SAR=713;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00215263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245389;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:1238:1210:26:0:1208:1210:1:713:495:12:14:715:495:0:0 chr16 33963961 . C G 20352.6 PASS AF=0.975556;AO=1315;DP=1355;FAO=1317;FDP=1350;FR=.;FRO=33;FSAF=515;FSAR=802;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0387552;FXX=0.00442475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.198;QD=60.304;RBI=0.0388217;REFB=-0.0370681;REVB=-0.00227185;RO=31;SAF=513;SAR=802;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058163;STB=0.503181;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000626858;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:1355:1350:31:33:1315:1317:0.975556:802:513:16:15:802:515:17:16 chr16 33963975 . A G 18881.9 PASS AF=0.961808;AO=1234;DP=1283;FAO=1234;FDP=1283;FR=.;FRO=49;FSAF=505;FSAR=729;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0121896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.794;QD=58.8681;RBI=0.0139041;REFB=-0.0218143;REVB=0.00668858;RO=48;SAF=505;SAR=729;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362528;STB=0.501569;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000481845;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:1283:1283:48:49:1234:1234:0.961808:729:505:22:26:729:505:22:27 chr16 33963991 . A G 17877.6 PASS AF=0.98537;AO=1138;DP=1158;FAO=1145;FDP=1162;FR=.;FRO=17;FSAF=478;FSAR=667;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0303771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.544;QD=61.5407;RBI=0.0304122;REFB=-0.022825;REVB=-0.00146067;RO=17;SAF=474;SAR=664;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183968;STB=0.500971;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000188658;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:1158:1162:17:17:1138:1145:0.98537:664:474:6:11:667:478:6:11 chr16 33964017 . A G 13793.9 PASS AF=0.978237;AO=873;DP=897;FAO=899;FDP=919;FR=.;FRO=20;FSAF=367;FSAR=532;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0221896;FXX=0.00108694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0421;QD=60.0387;RBI=0.0223138;REFB=-0.00690411;REVB=-0.00235064;RO=18;SAF=354;SAR=519;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288883;STB=0.501312;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000155543;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:897:919:18:20:873:899:0.978237:519:354:6:12:532:367:7:13 chr16 33964062 . C T 113.44 PASS AF=0.0834951;AO=43;DP=515;FAO=43;FDP=515;FR=.;FRO=472;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=129;FSRR=343;FWDB=-0.0606288;FXX=0.00193795;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.187;QD=0.881045;RBI=0.0606744;REFB=-0.00961782;REVB=0.00235103;RO=469;SAF=15;SAR=28;SRF=128;SRR=341;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105544;STB=0.579834;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0604068;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:515:469:472:43:43:0.0834951:28:15:128:341:28:15:129:343 chr16 33964064 . T C 5569.02 PASS AF=0.845188;AO=394;DP=480;FAO=404;FDP=478;FR=.;FRO=74;FSAF=99;FSAR=305;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0210797;FXX=0.00829858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4534;QD=46.6026;RBI=0.0246004;REFB=-0.063194;REVB=0.0126817;RO=74;SAF=96;SAR=298;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478985;STB=0.52444;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00853842;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:478:74:74:394:404:0.845188:298:96:27:47:305:99:27:47 chr16 33964070 . AG GC 5111.62 PASS AF=0.827511;AO=378;DP=466;FAO=379;FDP=458;FR=.;FRO=79;FSAF=102;FSAR=277;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0147452;FXX=0.017167;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.527;QD=44.643;RBI=0.0255936;REFB=-0.0688765;REVB=0.0209191;RO=78;SAF=102;SAR=276;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359322;STB=0.518382;STBP=0.114;TYPE=mnp;VARB=0.0118165;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:458:78:79:378:379:0.827511:276:102:28:50:277:102:28:51 chr16 33964082 . T C 4783.72 PASS AF=0.819861;AO=352;DP=431;FAO=355;FDP=433;FR=.;FRO=78;FSAF=109;FSAR=246;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.00930689;FXX=0.00230409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.599;QD=44.1914;RBI=0.0114606;REFB=-0.0112366;REVB=0.00668791;RO=76;SAF=107;SAR=245;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009865;STB=0.508225;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00314279;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:433:76:78:352:355:0.819861:245:107:25:51:246:109:27:51 chr16 33964091 . T C 5708.2 PASS AF=0.956633;AO=318;DP=392;FAO=375;FDP=392;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=131;FSAR=244;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0920907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.603;QD=58.2469;RBI=0.0921839;REFB=-0.014811;REVB=0.00414342;RO=17;SAF=75;SAR=243;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159892;STB=0.511125;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00119518;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:392:392:17:17:318:375:0.956633:243:75:2:15:244:131:2:15 chr16 33964108 . G C 2836.53 PASS AF=0.729299;AO=229;DP=312;FAO=229;FDP=314;FR=.;FRO=85;FSAF=94;FSAR=135;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0171987;FXX=0.00632891;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.095;QD=36.1341;RBI=0.0282767;REFB=-0.0239133;REVB=0.022445;RO=83;SAF=94;SAR=135;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317154;STB=0.512859;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00537283;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:314:83:85:229:229:0.729299:135:94:29:54:135:94:31:54 chr16 33964134 . G C 1777.5 PASS AF=0.688073;AO=148;DP=216;FAO=150;FDP=218;FR=.;FRO=68;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0525518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5409;QD=32.6147;RBI=0.0548091;REFB=-0.00441743;REVB=0.0155674;RO=68;SAF=74;SAR=74;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103746;STB=0.555039;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00718445;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:68:68:148:150:0.688073:74:74:22:46:75:75:22:46 chr16 33964143 . T C 1528.97 PASS AF=0.666667;AO=128;DP=192;FAO=128;FDP=192;FR=.;FRO=64;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0370736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1637;QD=31.8536;RBI=0.0741348;REFB=-0.000362746;REVB=-0.064199;RO=63;SAF=72;SAR=56;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121164;STB=0.56761;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000433562;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:63:64:128:128:0.666667:56:72:23:40:56:72:23:41 chr16 33964154 . C T 156.56 PASS AF=0.170455;AO=30;DP=176;FAO=30;FDP=176;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=67;FWDB=0.0325015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.81;QD=3.55822;RBI=0.0328914;REFB=-0.00529466;REVB=-0.00504985;RO=144;SAF=14;SAR=16;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959505;STB=0.561469;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0182962;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:144:146:30:30:0.170455:16:14:78:66:16:14:79:67 chr16 33964168 . G A 178.03 PASS AF=0.210145;AO=29;DP=138;FAO=29;FDP=138;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=-0.041821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.389;QD=5.16013;RBI=0.0418224;REFB=-0.00854774;REVB=-0.000337057;RO=108;SAF=14;SAR=15;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151128;STB=0.596357;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0157687;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:108:109:29:29:0.210145:15:14:65:43:15:14:66:43 chr16 33964170 . C A 70.91 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0196464;FXX=0.16248;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.263;QD=4.23362;RBI=0.0307369;REFB=-0.00622699;REVB=-0.0236384;RO=54;SAF=1;SAR=11;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497996;STB=0.842499;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0519164;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:80:67:54:55:12:12:0.179104:11:1:21:33:11:1:21:34 chr16 33964196 . T C 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0151695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.794;QD=6.06094;RBI=0.015716;REFB=-0.00453933;REVB=0.00410858;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317658;STB=0.713926;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0163012;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:38:40:11:11:0.215686:4:7:14:24:4:7:14:26 chr16 33964202 . C T 429.08 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00601448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.083;QD=35.7565;RBI=0.0247308;REFB=-0.0242243;REVB=-0.0239883;RO=14;SAF=17;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153587;STB=0.583286;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0136965;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:17:17:3:11:17:17:3:11 chr16 33964204 . T G 235.44 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0256928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7729;QD=20.0374;RBI=0.026574;REFB=-0.0202276;REVB=0.00678632;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216262;STB=0.512185;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0305591;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:11:13:13:10:11:13 chr16 33964233 . C T 33.65 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.000328832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.534;QD=3.54235;RBI=0.0138449;REFB=-0.0094883;REVB=0.013841;RO=31;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487961;STB=0.87192;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0285193;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:31:32:5:6:0.157895:1:4:11:20:1:5:11:21 chr16 33964237 . CT CG,TG 138.7 PASS AF=0.294118,0.176471;AO=10,6;DP=34;FAO=10,6;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7,2;FSAR=3,4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00890354,-0.0115792;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=199.434,223.679;QD=16.3171;RBI=0.0227464,0.0200178;REFB=-0.0110468,-0.00736948;REVB=-0.0209315,-0.0163289;RO=15;SAF=7,2;SAR=3,4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.420733,0.0873336;STB=0.782397,0.5997;STBP=0.05,0.655;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0345087,-0.000466291;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:34:15:18:10,6:10,6:0.294118,0.176471:3,4:7,2:4:11:3,4:7,2:4:14 chr16 33964242 . CA CG,GG 103.14 PASS AF=0.129032,0.290323;AO=4,9;DP=31;FAO=4,9;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2,4;FSAR=2,5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00303819,-0.00801756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117,189.849;QD=13.3078;RBI=0.00412967,0.0117431;REFB=-0.0128863,-0.0123568;REVB=-0.00279705,-0.00858018;RO=18;SAF=2,4;SAR=2,5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.263015,0.191462;STB=0.68103,0.615148;STBP=0.503,0.448;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0178743,0.0413934;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:31:31:18:18:4,9:4,9:0.129032,0.290323:2,5:2,4:5:13:2,5:2,4:5:13 chr16 33964252 . G A 42.76 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0182756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.365;QD=5.34523;RBI=0.026021;REFB=-0.00389614;REVB=-0.0185228;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294217;STB=0.689165;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0340147;OID=.;OPOS=33964252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:8:17:3:4:8:17 chr16 33965449 . G C 138.9 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0135894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9544;QD=6.61408;RBI=0.0290659;REFB=-0.0176904;REVB=0.0256935;RO=61;SAF=4;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356549;STB=0.733089;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0563825;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:63:21:21:0.25:17:4:27:34:17:4:29:34 chr16 33965456 . T C 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000639056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4431;QD=19.6076;RBI=0.00734739;REFB=-0.016144;REVB=0.00731954;RO=43;SAF=10;SAR=32;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263395;STB=0.647444;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00843595;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:32:10:21:22:32:10:21:22 chr16 33965459 . C T 123.26 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0137323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8597;QD=5.94046;RBI=0.0144496;REFB=0.000910569;REVB=0.00449598;RO=63;SAF=3;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446194;STB=0.778434;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00278007;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:63:64:19:19:0.228916:16:3:30:33:16:3:30:34 chr16 33965460 . G A 95.24 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0399739;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.759;QD=4.64606;RBI=0.0435226;REFB=-0.00435581;REVB=-0.0172135;RO=67;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369387;STB=0.52881;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0274313;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:83:82:67:66:16:16:0.195122:10:6:27:40:10:6:27:39 chr16 33965481 . T C 74.75 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0203284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8064;QD=3.51769;RBI=0.0210338;REFB=-0.00824377;REVB=0.00540129;RO=71;SAF=12;SAR=2;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551744;STB=0.865065;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.067639;OID=.;OPOS=33965481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:85:85:71:71:14:14:0.164706:2:12:29:42:2:12:29:42 chr16 33965482 . GA G 67.99 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0203169;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.969;QD=3.19955;RBI=0.0207237;REFB=-0.00359652;REVB=0.00408625;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110924;STB=0.563908;STBP=0.632;TYPE=del;VARB=0.0268016;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152941:13:86:13:85:72:5:8:33:39:67:72:5:8:34:38 chr16 33965487 . C T 102.68 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0119563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.128;QD=4.83188;RBI=0.0320316;REFB=-0.0123928;REVB=0.0297165;RO=68;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393532;STB=0.747734;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0308192;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:17:17:0.2:5:12:26:42:5:12:26:42 chr16 33965489 . A T 66.79 PASS AF=0.146067;AO=12;DP=88;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.029848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5715;QD=3.00183;RBI=0.0911902;REFB=0.0054677;REVB=0.086167;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03852;STB=0.555074;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0261906;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:89:76:76:12:13:0.146067:7:5:34:42:8:5:34:42 chr16 33965493 . T C 55.8 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0157265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6163;QD=2.30093;RBI=0.0435409;REFB=-0.00486949;REVB=-0.0406015;RO=85;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052184;STB=0.537459;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.033231;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:85:85:12:12:0.123711:7:5:39:46:7:5:39:46 chr16 33965496 . A T 59.38 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00540181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.528;QD=2.4236;RBI=0.0114137;REFB=0.000464721;REVB=0.0100545;RO=84;SAF=6;SAR=7;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181712;STB=0.507874;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00325251;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:98:98:84:85:13:13:0.132653:7:6:40:44:7:6:40:45 chr16 33965505 . C T 91.05 PASS AF=0.160377;AO=17;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00581247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.02;QD=3.43601;RBI=0.012549;REFB=-0.00042918;REVB=-0.0111217;RO=88;SAF=6;SAR=11;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187625;STB=0.620624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00140663;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:88:89:17:17:0.160377:11:6:44:44:11:6:44:45 chr16 33965507 . G C 454.98 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0139104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=17.4994;RBI=0.0142289;REFB=-0.0140281;REVB=-0.00299359;RO=55;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159756;STB=0.588749;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0199571;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:22:27:21:34:22:27:21:34 chr16 33965533 . A C 930.66 PASS AF=0.695652;AO=80;DP=115;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0128432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.001;QD=32.3708;RBI=0.041452;REFB=-0.0305916;REVB=-0.0394122;RO=33;SAF=39;SAR=41;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117354;STB=0.561626;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00460584;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:33:35:80:80:0.695652:41:39:9:24:41:39:10:25 chr16 33965538 . A G 943.72 PASS AF=0.714286;AO=78;DP=110;FAO=80;FDP=112;FR=.;FRO=32;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0372991;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.611;QD=33.7043;RBI=0.0420169;REFB=0.000168797;REVB=-0.019344;RO=31;SAF=38;SAR=40;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104745;STB=0.559125;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-3.42017e-05;OID=.;OPOS=33965538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:31:32:78:80:0.714286:40:38:9:22:41:39:9:23 chr16 33965539 . G GC 405.17 PASS AF=0.625;AO=55;DP=114;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0626237;FXX=0.150429;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.338;QD=16.8823;RBI=0.0692807;REFB=-0.130958;REVB=0.0296326;RO=58;SAF=29;SAR=26;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184022;STB=0.589121;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0918223;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:55:114:60:96:36:31:29:10:26:99:58:29:26:19:39 chr16 33965542 . C T 59.82 PASS AF=0.117647;AO=14;DP=119;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.0151531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.15;QD=2.0106;RBI=0.0288286;REFB=-0.00106938;REVB=-0.0245249;RO=99;SAF=6;SAR=8;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571057;STB=0.525889;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0134067;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:119:119:99:105:14:14:0.117647:8:6:38:61:8:6:42:63 chr16 33965554 . A G 758.55 PASS AF=0.449153;AO=39;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0130121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.083;QD=25.7135;RBI=0.0188802;REFB=-0.0220871;REVB=-0.0136802;RO=45;SAF=5;SAR=34;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233995;STB=0.516988;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0509013;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:45:45:39:53:0.449153:34:5:12:33:36:17:13:32 chr16 33965560 . TT AC,AT 932.22 PASS AF=0.636364,0.1;AO=70,11;DP=113;FAO=70,11;FDP=110;FR=.;FRO=29;FSAF=32,4;FSAR=38,7;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00187698,0.00848746;FXX=0.0265463;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=198.286,198.654;QD=33.8988;RBI=0.00432077,0.00891831;REFB=-0.00577533,-0.00890291;REVB=0.00389179,0.00273846;RO=28;SAF=32,4;SAR=38,7;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131891,0.205258;STB=0.564356,0.600869;STBP=0.065,0.524;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00166078,0.00556555;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:28:29:70,11:70,11:0.636364,0.1:38,7:32,4:6:22:38,7:32,4:7:22 chr16 34682251 . G T 423.38 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0190261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3252;QD=16.1286;RBI=0.0207365;REFB=0.00664758;REVB=-0.0082468;RO=58;SAF=32;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137977;STB=0.577431;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00954888;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:15:32:32:26:15:32:32:26 chr16 46565019 . T G 1400.77 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.952;QD=61.5722;RBI=0.0131747;REFB=-0.11075;REVB=0.00642062;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-4.2284e-06;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:38:52:0:0:38:52:1:0 chr16 46590024 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6429;QD=62.6689;RBI=0.0411674;REFB=0;REVB=-0.040824;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463065;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr16 46655210 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.047;QD=56.9997;RBI=0.0160829;REFB=0;REVB=0.0026131;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95233e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr16 46696284 . G A 905.83 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.613;QD=56.6142;RBI=0.0138437;REFB=-0.0231551;REVB=-0.00589445;RO=1;SAF=22;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209782;STB=0.511108;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000813085;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:41:22:1:0:41:22:1:0 chr16 47538774 . C G 208.67 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0185211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7484;QD=18.1449;RBI=0.0221188;REFB=0.00213256;REVB=0.0120917;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028018;STB=0.515908;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00284779;OID=.;OPOS=47538774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:15:10:9:12:15:10 chr16 48122582 . G A 1508.43 PASS AF=0.97;AO=94;DP=98;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.043666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7314;QD=60.3372;RBI=0.046498;REFB=-0.115602;REVB=0.0159795;RO=3;SAF=44;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312308;STB=0.515461;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00233244;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:100:3:3:94:97:0.97:50:44:3:0:50:47:3:0 chr16 48234327 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00169295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.477;QD=16.618;RBI=0.00641429;REFB=-0.0104183;REVB=0.00618685;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471314;STB=0.526779;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0102762;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:11:17:15:8:11:17 chr16 48234330 . C T 209.97 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0649626;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2146;QD=18.2578;RBI=0.0675941;REFB=0.0274676;REVB=-0.0186767;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593965;STB=0.510907;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0219943;OID=.;OPOS=48234330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:13:8:9:15:13:8:10:15 chr16 48258198 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.406;QD=52.6129;RBI=0.0136119;REFB=0;REVB=0.013164;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31374e-05;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 48765612 . TTA T,TTT 123.9 PASS AF=0.515152,0;AO=12,9;DP=52;FAO=17,0;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.138005,-0.100588;FXX=0.108079;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=15.9321,8.50609;QD=15.0184;RBI=0.150717,0.100631;REFB=-0.12554,-0.0935291;REVB=-0.0605835,-0.00293538;RO=25;SAF=8,2;SAR=4,7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0695111,-0.542697;STB=0.511614,0.5;STBP=0.918,1;TYPE=del,snp;VARB=0.131044,0;OID=.,.;OPOS=48765613,48765614;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152,0:12,9:52:17,0:33:16:11,0:6,0:10:6:86:25:8,2:4,7:18:7 chr16 49670525 . G T 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0148069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.503;QD=17.5647;RBI=0.0277299;REFB=0.000105191;REVB=-0.0234458;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217446;STB=0.613191;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000188141;OID=.;OPOS=49670525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:18:14:23:11:18:14:23:12 chr16 49672520 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00692684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8997;QD=17.8393;RBI=0.00995084;REFB=-0.0233176;REVB=-0.0071441;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218898;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:8:5:6:8:8:6:6:8 chr16 50059279 . C A 410.32 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249071;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.904;QD=51.2897;RBI=0.0268361;REFB=-0.255028;REVB=0.00999061;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.538436;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00168242;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:18:12:1:0:18:12:2:0 chr16 50069312 . C G 214.11 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00781944;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.12;QD=12.5945;RBI=0.0125407;REFB=-0.00417282;REVB=0.00980431;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229858;STB=0.507457;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00875966;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:41:42:26:26:0.382353:9:17:26:15:9:17:27:15 chr16 50069772 . A G 1283.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000910882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.119;QD=61.843;RBI=0.006984;REFB=0;REVB=-0.00692434;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10228e-06;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr16 50071010 . TC AG,TCTTTAG 259.82 PASS AF=0.0967742,0.645161;AO=2,19;DP=31;FAO=3,20;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=1,10;FSAR=2,10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0784279,0.0664854;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,5;MLLD=181.863,216.745;QD=33.5245;RBI=0.078712,0.0705676;REFB=-0.0243676,0.0068783;REVB=-0.00668204,-0.0236534;RO=8;SAF=1,9;SAR=1,10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128706,0.0532503;STB=0.533107,0.535679;STBP=0.973,0.634;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0429015,-0.00400121;OID=.,.;OPOS=50071010,50071012;OREF=TC,-;OALT=AG,TTTAG;OMAPALT=AG,TCTTTAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:31:31:8:8:2,19:3,20:0.0967742,0.645161:1,10:1,9:3:5:2,10:1,10:3:5 chr16 50106594 . T C 694.29 PASS AF=0.53125;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0452505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2559;QD=21.6966;RBI=0.0512066;REFB=0.00253541;REVB=-0.023969;RO=60;SAF=32;SAR=36;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463798;STB=0.525432;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00196523;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:60:60:68:68:0.53125:36:32:25:35:36:32:25:35 chr16 50263762 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.172;QD=56.7066;RBI=0.0259724;REFB=0;REVB=0.0152722;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142126;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr16 50265818 . C T 212.25 PASS AF=0.538462;AO=19;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00726017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4193;QD=21.7691;RBI=0.0325865;REFB=0.00663796;REVB=0.0317674;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180416;STB=0.58325;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00526546;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:18:18:19:21:0.538462:14:5:8:10:15:6:8:10 chr16 50324561 . C T 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0462626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.949;QD=19.9911;RBI=0.0480645;REFB=-0.0208052;REVB=0.0130371;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207967;STB=0.618068;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0177277;OID=.;OPOS=50324561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:11:12:16:6:11:12 chr16 50326661 . A G 1061.44 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0379325;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.957;QD=57.3752;RBI=0.0387489;REFB=-0.183133;REVB=-0.00791203;RO=2;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295336;STB=0.515621;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00174546;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:2:2:72:72:0.972973:41:31:2:0:41:31:2:0 chr16 50402671 . G T 151.92 PASS AF=0.484848;AO=11;DP=35;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0181224;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.745;QD=18.4143;RBI=0.0250324;REFB=-0.0383961;REVB=0.0172684;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173143;STB=0.599854;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.044878;OID=.;OPOS=50402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:19:17:11:16:0.484848:10:1:3:16:15:1:2:15 chr16 50641193 . C T 212.51 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0170197;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.834;QD=18.8897;RBI=0.0227819;REFB=0.0156019;REVB=-0.0151441;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481383;STB=0.527247;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.014332;OID=.;OPOS=50641193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:16:8:8:13:16:8 chr16 50642201 . G C 746.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.847;QD=63.5473;RBI=0.0209471;REFB=0;REVB=-0.00411675;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178374;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr16 51171175 . C T 1463.53 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1151;QD=61.6223;RBI=0.0668405;REFB=-0.0858811;REVB=-0.0646735;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00246774;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:52:41:0:1:53:41:0:1 chr16 51173559 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00794742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.516;QD=14.2622;RBI=0.0424319;REFB=-0.0136243;REVB=0.041681;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19448;STB=0.624844;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00405586;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:6:10:10:13:6:10:10:14 chr16 51175324 . G A 261.06 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0224667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3488;QD=22.2177;RBI=0.107329;REFB=-0.0189318;REVB=0.104951;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965742;STB=0.56891;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0242651;OID=.;OPOS=51175324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:23:25:0.531915:13:10:12:10:15:10:12:10 chr16 51175658 . T C 252.32 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0146787;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3888;QD=20.1854;RBI=0.0217279;REFB=-0.0347401;REVB=0.01602;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189334;STB=0.615296;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0346195;OID=.;OPOS=51175658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:24:26:26:0.52:10:16:10:15:10:16:9:15 chr16 51705448 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0108482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.619;QD=15.1961;RBI=0.0190666;REFB=-0.00321955;REVB=0.0156796;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173408;STB=0.610988;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00390616;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:11:7:14:11:11:7:15:11 chr16 53283966 . G A 137.55 PASS AF=0.322034;AO=17;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.000157422;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.044;QD=9.32559;RBI=0.00826349;REFB=-0.0181231;REVB=0.00826199;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571617;STB=0.513499;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.031694;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:40:17:19:0.322034:11:6:14:21:12:7:14:26 chr16 53325691 . G A 223.52 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00343566;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.691;QD=18.6271;RBI=0.0101324;REFB=-0.00923018;REVB=0.00953218;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124296;STB=0.570546;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0108671;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:14:12:13:9:14:12 chr16 53326860 . G A 237.42 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0292081;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.248;QD=15.8281;RBI=0.0292241;REFB=-0.019902;REVB=0.000967465;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327553;STB=0.518505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0184866;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:13:14:16:17:13:14:16:17 chr16 53341748 . T G 298.91 PASS AF=0.552239;AO=28;DP=63;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0530507;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0162;QD=17.8456;RBI=0.0561329;REFB=-0.0658421;REVB=0.0183448;RO=27;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249312;STB=0.52813;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0567659;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:27:30:28:37:0.552239:22:6:12:15:22:15:14:16 chr16 53358439 . A G 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0428355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.566;QD=20.9019;RBI=0.043802;REFB=-0.024613;REVB=0.0091508;RO=28;SAF=22;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857322;STB=0.547589;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0132516;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:11:22:16:12:11:22:16:12 chr16 53371463 . A G 104.09 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0383836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7;QD=14.8698;RBI=0.0545471;REFB=-0.0965057;REVB=0.0387567;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0788057;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:28:14:15:11:13:0.464286:6:5:9:5:7:6:9:6 chr16 53396356 . T C 313.77 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0482671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4937;QD=14.594;RBI=0.0554225;REFB=-0.0186878;REVB=-0.0272385;RO=51;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456465;STB=0.525882;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0253143;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:17:18:24:27:17:18:24:27 chr16 53404203 . C A 170.57 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0172453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.902;QD=10.83;RBI=0.0323945;REFB=0.0255369;REVB=-0.0274226;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136058;STB=0.507929;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0470462;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:11:11:20:21:11:11:20:21 chr16 54967096 . C A 818.95 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0832104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.363;QD=53.7015;RBI=0.0834543;REFB=-0.0841409;REVB=-0.0063758;RO=3;SAF=7;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165087;STB=0.555535;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000457934;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:3:2:58:59:0.967213:51:7:3:0:51:8:2:0 chr16 55325436 . C G 242.49 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0479552;FXX=0.0188644;HRUN=7;LEN=1;MLLD=182.87;QD=18.6528;RBI=0.0479775;REFB=0.00374307;REVB=0.0014598;RO=23;SAF=5;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232771;STB=0.651033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00254033;OID=.;OPOS=55325436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:26:27:26:0.5:22:5:9:14:21:5:11:15 chr16 55325460 . T C 704.47 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0183056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.053;QD=58.7055;RBI=0.0350712;REFB=-0.0240024;REVB=-0.0299148;RO=2;SAF=15;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153915;STB=0.508193;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00127339;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:31:15:1:1:31:15:1:1 chr16 55523705 . T C 262.36 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0124316;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.777;QD=19.4337;RBI=0.013422;REFB=-0.0356767;REVB=-0.00506023;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675077;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0305283;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:26:27:28:0.518519:13:14:11:14:13:15:12:14 chr16 55600912 . C T 288.79 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0200855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.092;QD=16.2698;RBI=0.0225976;REFB=-0.00674423;REVB=-0.010355;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137624;STB=0.577568;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00998954;OID=.;OPOS=55600912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:12:20:19:20:12:20:19:20 chr16 55601388 . A G 238.71 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0442663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.314;QD=14.0419;RBI=0.0479411;REFB=-0.0249617;REVB=-0.0184076;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150688;STB=0.585713;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0230917;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:16:12:23:17:16:12:23:17 chr16 55608587 . G A 509.9 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0162821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.05;QD=16.8561;RBI=0.0202577;REFB=-0.0145932;REVB=0.0120526;RO=65;SAF=34;SAR=21;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287883;STB=0.501751;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.020406;OID=.;OPOS=55608587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:66:55:55:0.454545:21:34:40:25:21:34:41:25 chr16 55806409 . T C,G 785.87 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=52,4;DP=56;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221196,0.0167721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.2726,179.836;QD=56.1334;RBI=0.0301101,0.0284377;REFB=0,0;REVB=0.0204289,0.0229651;RO=0;SAF=32,1;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.00761e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00389091,0.0348552;OID=.,.;OPOS=55806409,55806409;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:56:0:0:52,4:53,3:0.946429,0.0535714:20,3:32,1:0:0:21,2:32,1:0:0 chr16 55853545 . C A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0180498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.196;QD=11.4912;RBI=0.0425019;REFB=-0.0114524;REVB=-0.0384788;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105384;STB=0.562422;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0231413;OID=.;OPOS=55853545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:17:15:9:7:17:15 chr16 55855361 . G T 422.34 PASS AF=0.329341;AO=47;DP=159;FAO=55;FDP=167;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=43;FWDB=-0.0139317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.099;QD=10.116;RBI=0.0312657;REFB=-0.00567686;REVB=0.0279902;RO=109;SAF=28;SAR=19;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012157;STB=0.560102;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0113273;OID=.;OPOS=55855361;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:167:109:112:47:55:0.329341:19:28:66:43:26:29:69:43 chr16 55862691 . G A 90.03 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0170332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.882;QD=3.36567;RBI=0.0433625;REFB=0.000738568;REVB=-0.039877;RO=89;SAF=5;SAR=12;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2969;STB=0.693874;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00941539;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:107:107:89:90:17:17:0.158879:12:5:47:42:12:5:47:43 chr16 55862712 . C T 200.02 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00838293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.071;QD=6.78049;RBI=0.00852051;REFB=-0.00735657;REVB=0.00152495;RO=87;SAF=20;SAR=10;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204325;STB=0.619801;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0217784;OID=.;OPOS=55862712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:87:88:30:30:0.254237:10:20:44:43:10:20:45:43 chr16 55862717 . T C 86.33 PASS AF=0.145161;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.00525355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.454;QD=2.78498;RBI=0.00819925;REFB=0.000800772;REVB=-0.00629507;RO=103;SAF=7;SAR=11;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25215;STB=0.67055;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0167446;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:103:106:18:18:0.145161:11:7:61:42:11:7:63:43 chr16 55862720 . T C 72.09 PASS AF=0.130081;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0065207;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.675;QD=2.34452;RBI=0.00851228;REFB=-0.00308989;REVB=0.00547169;RO=107;SAF=7;SAR=9;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18668;STB=0.629215;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0156718;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:124:123:107:107:16:16:0.130081:9:7:63:44:9:7:63:44 chr16 55862762 . C G 117.92 PASS AF=0.165468;AO=20;DP=137;FAO=23;FDP=139;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=0.00147428;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.465;QD=3.39347;RBI=0.00478407;REFB=-0.0063609;REVB=-0.00455124;RO=116;SAF=10;SAR=10;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098496;STB=0.589476;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0363455;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:116:116:20:23:0.165468:10:10:67:49:12:11:68:48 chr16 55862791 . T C 115.29 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0095149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.476;QD=2.99444;RBI=0.0223126;REFB=-0.00256005;REVB=-0.0201821;RO=126;SAF=13;SAR=10;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124664;STB=0.519983;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0126686;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:126:131:23:23:0.149351:10:13:70:56:10:13:71:60 chr16 55862824 . C T 95.01 PASS AF=0.13986;AO=20;DP=143;FAO=20;FDP=143;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0284603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.508;QD=2.65771;RBI=0.0524447;REFB=0.00230684;REVB=-0.0440506;RO=123;SAF=11;SAR=9;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985971;STB=0.567181;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0148152;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:143:143:123:123:20:20:0.13986:9:11:58:65:9:11:58:65 chr16 55862836 . G A 53.5 PASS AF=0.107692;AO=9;DP=125;FAO=14;FDP=130;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.00448823;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=1.64603;RBI=0.00755596;REFB=-0.0041769;REVB=-0.00607851;RO=116;SAF=4;SAR=5;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135433;STB=0.663544;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.142719;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:125:130:116:116:9:14:0.107692:5:4:53:63:5:9:53:63 chr16 55862883 . C A 53.97 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.01253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.575;QD=2.09602;RBI=0.0274399;REFB=-0.00480178;REVB=-0.024412;RO=91;SAF=7;SAR=5;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146917;STB=0.606566;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0329936;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:91:91:12:12:0.116505:5:7:42:49:5:7:42:49 chr16 55880480 . A C 152.73 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.0552482;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.6222;QD=13.5761;RBI=0.0553535;REFB=-0.005447;REVB=-0.00341297;RO=25;SAF=16;SAR=1;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305403;STB=0.666419;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00833039;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:28:17:17:0.377778:1:16:21:4:1:16:24:4 chr16 55880534 . G C 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0319722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.039;QD=19.6972;RBI=0.0394744;REFB=-0.0152615;REVB=-0.0231517;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691752;STB=0.539133;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0158113;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:8:13:12:10:8:13:12:10 chr16 55883618 . T C 1535.03 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.304;QD=63.3;RBI=0.0450696;REFB=0;REVB=0.0431987;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517248;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:94:97:1:43:51:0:0:43:54:0:0 chr16 55897289 . C T 423.48 PASS AF=0.280992;AO=32;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0436351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5861;QD=13.9992;RBI=0.0518623;REFB=0.0124156;REVB=0.02803;RO=65;SAF=2;SAR=30;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622356;STB=0.781792;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144689;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:68:32:34:0.280992:30:2:29:36:30:4:29:39 chr16 55905636 . A G 1305.46 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635347;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7991;QD=62.1648;RBI=0.0635395;REFB=0;REVB=-0.000783749;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297888;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr16 55907811 . C T 203.01 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0303611;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7047;QD=11.9419;RBI=0.0305748;REFB=-0.00970987;REVB=0.00360804;RO=43;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315259;STB=0.682835;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0293358;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:7:18:19:24:7:18:19:24 chr16 56228066 . A G 1629.95 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486321;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.773;QD=60.3684;RBI=0.0486868;REFB=0;REVB=0.00230733;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91164e-05;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr16 56368689 . C T 265.8 PASS AF=0.441176;AO=31;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0297707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.796;QD=15.6353;RBI=0.0306271;REFB=-0.0126779;REVB=0.00719191;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762307;STB=0.525675;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.013104;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:31:30:0.441176:15:16:22:15:14:16:22:16 chr16 56395610 . G A 294.16 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0019541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.32;QD=17.562;RBI=0.0265748;REFB=-0.0115835;REVB=0.0265029;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275474;STB=0.655358;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0249478;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:24:8:18:17:24:8:18:17 chr16 56396486 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0387409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.652;QD=9.91655;RBI=0.0441173;REFB=0.00325739;REVB=-0.0211066;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340276;STB=0.702085;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00656777;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:4:13:4:5:4:13 chr16 56510299 . A C 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0449239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5377;QD=18.6423;RBI=0.0477844;REFB=0.0475169;REVB=0.0162847;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0386635;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:8:5:5:9:8:5 chr16 56545175 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0188004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.924;QD=23.3816;RBI=0.0250962;REFB=-0.000635213;REVB=0.0166243;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928182;STB=0.551672;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000738681;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:3:11:13:6:3:11 chr16 56548501 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.614;QD=56.1913;RBI=0.0296005;REFB=0;REVB=0.0253423;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176466;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 56601720 . A G 774.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.664;QD=56.318;RBI=0.0266205;REFB=0;REVB=-0.000902396;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606624;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:27:28:0:0 chr16 56601722 . T C 752.21 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0395032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5522;QD=54.7063;RBI=0.0398307;REFB=-0.0464454;REVB=0.00509705;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000361353;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:26:27:0:1:26:28:0:1 chr16 56667282 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.157;QD=57.2025;RBI=0.0243452;REFB=0;REVB=-0.00999402;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37163e-05;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr16 56672671 . C T 621.52 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0665872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.524;QD=19.7308;RBI=0.0672618;REFB=-0.0145126;REVB=0.00950254;RO=63;SAF=29;SAR=34;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861825;STB=0.547544;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0162493;OID=.;OPOS=56672671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:34:29:35:28:34:29:35:28 chr16 56686469 . TC T,TT 577.25 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=9,30;DP=78;FAO=6,33;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=6,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487804,0.00556195;FXX=0.499936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.4119,44.676;QD=59.2051;RBI=0.0494141,0.0297408;REFB=0,0;REVB=0.00788832,0.0292161;RO=39;SAF=1,21;SAR=8,9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567146,0.149897;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0136888,0.019959;OID=.,.;OPOS=56686470,56686470;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:9,30:78:6,33:39:0:0,22:6,11:0:0:15:39:1,21:8,9:22:17 chr16 56686471 . G T 380.45 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0239746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.375;QD=19.51;RBI=0.024513;REFB=-0.00403333;REVB=-0.00510933;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0573642;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:17:22:22:17:17:22:22:17 chr16 56839439 . C T 178.89 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0129741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1385;QD=15.2244;RBI=0.0636887;REFB=0.000196783;REVB=-0.0623532;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246024;STB=0.654999;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00118931;OID=.;OPOS=56839439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:5:14:14:13:5:14:14:14 chr16 56855496 . C G 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.452;QD=63.5747;RBI=0.0767385;REFB=0;REVB=0.0613946;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052945;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr16 56868700 . A G 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0221861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.875;QD=16.6608;RBI=0.0239614;REFB=-0.0137231;REVB=-0.00905131;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1846;STB=0.6037;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0142351;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:20:12:16:12:20:12 chr16 56904587 . C G 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5856;QD=64.1458;RBI=0.0485536;REFB=0;REVB=-0.00433297;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574197;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr16 56919235 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0168496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.395;QD=20.4365;RBI=0.0226223;REFB=-0.0227178;REVB=-0.015095;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528766;STB=0.529392;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0184493;OID=.;OPOS=56919235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:14:12:12:18:14:12 chr16 56920969 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0175208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.284;QD=18.3452;RBI=0.0244132;REFB=-0.0106643;REVB=0.0170008;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578869;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0136171;OID=.;OPOS=56920969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:11:6:5:12:11:6:5:13 chr16 56928519 . C T 397.2 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0079011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1262;QD=21.1841;RBI=0.0599162;REFB=-0.0823255;REVB=0.059393;RO=34;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553662;STB=0.539322;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0727349;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:26:14:14:20:26:14:15:20 chr16 56933519 . G A 276.72 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00448961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.027;QD=15.3731;RBI=0.0114868;REFB=-0.00410238;REVB=0.010573;RO=40;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304822;STB=0.664233;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00490811;OID=.;OPOS=56933519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:19:12:28:12:19:12:28:13 chr16 56938387 . C T 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00224342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4234;QD=22.9035;RBI=0.0366467;REFB=-0.0174878;REVB=-0.0365779;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685444;STB=0.538424;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0162113;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:10:7:7:14:10:7 chr16 56947275 . C T 167.38 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.111706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2559;QD=15.2163;RBI=0.121837;REFB=0.00416297;REVB=0.0486404;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717456;STB=0.559521;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000802525;OID=.;OPOS=56947275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:10:7:9:17:10:8:9:17 chr16 56966011 . G A 1085.21 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0162271;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.27;QD=56.3743;RBI=0.0509644;REFB=-0.155279;REVB=0.048312;RO=3;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935685;STB=0.504949;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00141168;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:3:3:74:74:0.961039:34:40:2:1:34:40:2:1 chr16 56966071 . T G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.282;QD=63.5736;RBI=0.0343384;REFB=0;REVB=0.0199675;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106739;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr16 57016092 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2279;QD=61.3347;RBI=0.0703261;REFB=0;REVB=0.0698032;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580227;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr16 57060340 . T C 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0459573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5547;QD=11.2541;RBI=0.046813;REFB=0.00733653;REVB=0.00891;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0130566;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:7:5:4:4:7:5 chr16 57060353 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00296725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.893;QD=9.76026;RBI=0.0147317;REFB=-0.0441808;REVB=-0.0144297;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.052323;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr16 57068106 . AC GT 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0125057;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.059;QD=12.8354;RBI=0.0136912;REFB=-0.00839265;REVB=-0.00557278;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206331;STB=0.606652;STBP=0.21;TYPE=mnp;VARB=0.0125088;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:18:7:17:20:18:7:17:22 chr16 57071113 . TA CG,TG 523.43 PASS AF=0.540541,0.459459;AO=20,16;DP=37;FAO=20,17;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16,10;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022457,-0.0236819;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=145.307,79.1416;QD=56.5867;RBI=0.0418273,0.0513529;REFB=0,0;REVB=-0.041767,-0.0455663;RO=0;SAF=16,10;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0235861,0.00646376;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:37:0:0:20,16:20,17:0.540541,0.459459:4,6:16,10:0:0:4,7:16,10:0:0 chr16 57073683 . G C 1080.4 PASS AF=1;AO=52;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.682;QD=60.0222;RBI=0.0124174;REFB=0;REVB=0.0121426;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12611e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:52:72:1:22:30:0:0:27:45:0:0 chr16 57085465 . C T 223.09 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0418364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0237;QD=14.8727;RBI=0.0463841;REFB=-0.00158835;REVB=-0.0200299;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694423;STB=0.511619;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000186976;OID=.;OPOS=57085465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:12:14:18:15:12:14:19:15 chr16 57180158 . C A 180.88 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0200957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.365;QD=13.914;RBI=0.0204609;REFB=-0.00687344;REVB=-0.00384866;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248036;STB=0.514272;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.011055;OID=.;OPOS=57180158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:14:7:11:20:14:7:11:20 chr16 57392733 . A C,G 279.29 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=17,3;DP=21;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766436,0.158308;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.5116,53.2683;QD=50.7803;RBI=0.0950953,0.159474;REFB=0,0;REVB=0.0562928,-0.0192464;RO=0;SAF=5,3;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00260141,0.0184605;OID=.,.;OPOS=57392733,57392733;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:21:22:0:0:17,3:18,4:0.818182,0.181818:12,0:5,3:0:0:13,0:5,4:0:0 chr16 57499902 . T C 808.24 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0370063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.878;QD=53.8826;RBI=0.057695;REFB=0.0101845;REVB=0.0442634;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.513509;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00217139;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:1:2:58:58:0.966667:22:36:1:0:22:36:2:0 chr16 57503213 . C T 1523.56 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00541127;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.069;QD=58.5985;RBI=0.0157502;REFB=-0.0789054;REVB=0.0147915;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978283;STB=0.505154;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000394715;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:55:48:1:0:55:48:1:0 chr16 57595999 . A G 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00497524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.455;QD=11.0815;RBI=0.0712925;REFB=-0.00426584;REVB=-0.0711187;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990643;STB=0.557591;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00846366;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:13:10:22:20:13:10:22:20 chr16 57601792 . C T 36.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0107609;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.449;QD=6.42948;RBI=0.0344955;REFB=-0.00484347;REVB=-0.0327741;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489794;STB=0.819797;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0238766;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:7:10:1:5:7:10 chr16 57609000 . C G 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0155883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.554;QD=15.7379;RBI=0.0166082;REFB=-0.0097918;REVB=-0.00573019;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582233;STB=0.524903;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00902171;OID=.;OPOS=57609000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:14:15:16:19:14:15:17:19 chr16 57624549 . G A 485.7 PASS AF=0.51087;AO=42;DP=87;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00609755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.607;QD=21.1173;RBI=0.0337628;REFB=-0.0105172;REVB=0.0332076;RO=45;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207253;STB=0.513508;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0100363;OID=.;OPOS=57624549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:45:45:42:47:0.51087:15:27:28:17:19:28:28:17 chr16 57689385 . C G 857.99 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.191;QD=57.1996;RBI=0.0251371;REFB=0;REVB=0.0156729;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116606;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:53:60:1:24:29:0:0:28:32:0:0 chr16 57689881 . A AC 400.66 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13113;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8455;QD=43.3143;RBI=0.131476;REFB=0;REVB=-0.0095394;RO=36;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00483821;OID=.;OPOS=57689882;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:37:37:0:15:22:0:0:8:36:2:2:14:22 chr16 57689883 . T C 553.53 PASS AF=0.975;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.62;QD=55.3533;RBI=0.0376156;REFB=-0.0617446;REVB=0.0359288;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00197324;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:1:1:36:39:0.975:21:15:0:1:23:16:0:1 chr16 57698931 . A G 119.71 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00038543;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.05;QD=12.9421;RBI=0.0194545;REFB=0.000345041;REVB=-0.0194506;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188687;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00125846;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:14:9:8:6:14:9 chr16 57723752 . A G 302.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0207368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3221;QD=19.4986;RBI=0.0714925;REFB=-0.000846233;REVB=-0.0684191;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174538;STB=0.596716;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.000215972;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:9:21:16:16:9:21 chr16 57735900 . G C 346.83 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00169119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.157;QD=22.3763;RBI=0.026127;REFB=-0.000820481;REVB=-0.0260722;RO=27;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174572;STB=0.596485;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00052764;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:23:12:15:12:23:12:15:12 chr16 57760824 . C T 180.87 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0265635;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.401;QD=22.609;RBI=0.0278477;REFB=-0.010866;REVB=0.00835926;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111377;STB=0.562432;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0161147;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:9:5:9:9:9:5 chr16 57762401 . T C 347.69 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00850976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.193;QD=14.7952;RBI=0.00927573;REFB=-0.00867515;REVB=0.00369097;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219937;STB=0.616963;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0132593;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:19:19:16:39:19:19:17:39 chr16 57937856 . G C 1351.9 PASS AF=0.96875;AO=90;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.057112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4871;QD=56.3294;RBI=0.0601748;REFB=-0.210332;REVB=0.0189533;RO=5;SAF=47;SAR=43;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477942;STB=0.51456;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0168439;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:95:96:5:3:90:93:0.96875:43:47:5:0:43:50:3:0 chr16 57945668 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00627655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.755;QD=24.0732;RBI=0.0773355;REFB=-0.00380643;REVB=0.0770804;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119706;STB=0.59984;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00124459;OID=.;OPOS=57945668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:4:9:3:3:4:9:3:4 chr16 57950057 . G A 403.07 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0106662;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4239;QD=17.3362;RBI=0.0290986;REFB=-0.00883427;REVB=0.0270733;RO=50;SAF=29;SAR=12;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140241;STB=0.578908;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0118112;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:51:41:42:0.451613:12:29:29:21:12:30:30:21 chr16 57996932 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0214626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.712;QD=12.0843;RBI=0.023479;REFB=-0.00455717;REVB=0.00951966;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24979;STB=0.646103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0186249;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:20:10:9:7:20:10 chr16 57996960 . C T 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.417;QD=60.2204;RBI=0.0948423;REFB=0;REVB=0.015668;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473317;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 58019396 . G A 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000232836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.953;QD=57.2255;RBI=0.00207152;REFB=0;REVB=-0.00205839;RO=0;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39559e-06;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:47:9:0:0:47:9:0:0 chr16 58030634 . C T 250.5 PASS AF=0.491228;AO=23;DP=54;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00106955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.405;QD=17.5788;RBI=0.0121266;REFB=-0.0176743;REVB=0.0120794;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191115;STB=0.618235;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0171681;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:29:29:23:28:0.491228:14:9:17:12:18:10:17:12 chr16 58072288 . C T 129.0 PASS AF=0.538462;AO=15;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.005331;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.195;QD=19.8463;RBI=0.0106311;REFB=-0.0112528;REVB=0.00919781;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913102;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0102541;OID=.;OPOS=58072288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:15:14:0.538462:8:7:7:5:7:7:7:5 chr16 58079165 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00324023;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.483;QD=18.3443;RBI=0.0175475;REFB=-0.0243029;REVB=-0.0172457;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994104;STB=0.538414;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0247353;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:16:18:17:17:0.485714:3:14:12:4:3:14:14:4 chr16 58080009 . C T 107.74 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0712265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8916;QD=13.0599;RBI=0.0943238;REFB=0.0166662;REVB=0.0618366;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767023;STB=0.504498;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0184484;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:11:2:3:17:11:2:3:17 chr16 58191966 . C T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0409183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4552;QD=24.7067;RBI=0.0409866;REFB=-0.029582;REVB=-0.00236496;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0381429;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:7:10:12:11:7:10 chr16 58288020 . G A 200.26 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0115723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5641;QD=20.0256;RBI=0.0126566;REFB=-0.00318573;REVB=-0.00512571;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254643;STB=0.649863;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00299467;OID=.;OPOS=58288020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:9:10:16:4:10:10:16:4 chr16 58327646 . A G 496.87 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00139878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7216;QD=23.6607;RBI=0.0428409;REFB=-0.0225611;REVB=-0.0428181;RO=37;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637601;STB=0.53504;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0184759;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:18:29:20:17:18:29:20:17 chr16 58540531 . A G 1234.89 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00742363;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.125;QD=60.2386;RBI=0.0120824;REFB=-0.0134205;REVB=-0.00953278;RO=1;SAF=48;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097636;STB=0.505153;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=3.96758e-05;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:33:48:1:0:33:48:1:0 chr16 58542901 . G A 1337.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.341;QD=62.2201;RBI=0.0877347;REFB=0;REVB=0.0454847;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389178;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:34:46:0:0:34:52:0:0 chr16 58545426 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.335;QD=61.5362;RBI=0.0291774;REFB=0;REVB=0.0168246;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82484e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:37:44:0:0:37:44:0:0 chr16 58549932 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.771;QD=35.5759;RBI=0.0575651;REFB=0;REVB=0.0477642;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340931;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 58552921 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.973;QD=61.375;RBI=0.0396236;REFB=0;REVB=0.0183863;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75965e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr16 58575489 . G A 867.46 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.837;QD=57.8304;RBI=0.021023;REFB=0;REVB=0.014609;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25451e-06;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:27:33:0:0 chr16 58577421 . C T 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.115;QD=64.1432;RBI=0.0101779;REFB=0;REVB=0.000315148;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02834e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr16 58582410 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00947057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4023;QD=5.68972;RBI=0.0508947;REFB=0.00892435;REVB=0.0500058;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367157;STB=0.723617;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0240402;OID=.;OPOS=58582410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:17:2:2:4:17:2 chr16 58587737 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.546;QD=61.6806;RBI=0.0398692;REFB=0;REVB=0.0360365;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289599;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr16 58743454 . A C 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00570851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.841;QD=18.9659;RBI=0.0136686;REFB=0.00830428;REVB=-0.0124195;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420867;STB=0.513606;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0103132;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:12:12:12:10:12:13 chr16 58750604 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0384612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0624;QD=28.9918;RBI=0.0411254;REFB=-0.0103412;REVB=-0.0145616;RO=14;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232871;STB=0.51281;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00576302;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:6:19:11:3:6:19:11:3 chr16 58757668 . A C 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00496955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.35;QD=10.364;RBI=0.0243254;REFB=0.00484807;REVB=0.0238124;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487713;STB=0.528543;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.010549;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:8:12:25:14:8:12:25:14 chr16 58757683 . A G 190.04 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0136566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.062;QD=11.3456;RBI=0.014297;REFB=0.00230257;REVB=-0.00423102;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574022;STB=0.527449;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00337969;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:8:16:26:16:8:16:27:16 chr16 58804449 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0692692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9035;QD=19.7016;RBI=0.0696321;REFB=0.0148115;REVB=-0.00709964;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.574537;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0178222;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:8:8:6:11:8:8 chr16 61777269 . C A 474.67 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00709486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.867;QD=18.987;RBI=0.0349041;REFB=-0.0256479;REVB=-0.0341754;RO=52;SAF=28;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109911;STB=0.56648;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0316836;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:53:47:47:0.47:19:28:25:27:19:28:25:28 chr16 61777311 . C A 267.86 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00571302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6779;QD=16.2342;RBI=0.0133495;REFB=0.0249331;REVB=0.0120653;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1924;STB=0.60793;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0190506;OID=.;OPOS=61777311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:24:12:16:14:24:12 chr16 61777330 . C A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00677612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.462;QD=17.5015;RBI=0.0105974;REFB=-0.0230999;REVB=-0.00814798;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133606;STB=0.575014;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0193103;OID=.;OPOS=61777330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:17:11:14:12:17:11 chr16 64980818 . C T 725.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.1;QD=55.8132;RBI=0.0031408;REFB=0;REVB=-0.00117881;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038356;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr16 65016087 . A C 1749.84 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.935;QD=59.8237;RBI=0.0368722;REFB=-0.0979755;REVB=0.00324436;RO=1;SAF=41;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114413;STB=0.506023;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00194824;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:75:41:1:0:75:41:1:0 chr16 65022114 . C T 460.48 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0235697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.92;QD=23.9208;RBI=0.0274405;REFB=-0.0216393;REVB=-0.0140516;RO=33;SAF=25;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547402;STB=0.530005;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0186628;OID=.;OPOS=65022114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:19:25:21:12:19:25:21:12 chr16 65025718 . G A 425.3 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0161781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.349;QD=18.9023;RBI=0.0205387;REFB=-0.0200704;REVB=-0.0126533;RO=47;SAF=17;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498273;STB=0.527765;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0220529;OID=.;OPOS=65025718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:26:17:21:26:26:17:21:26 chr16 66335718 . A G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.03893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.025;QD=7.25972;RBI=0.0390405;REFB=0.00295681;REVB=0.00293442;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173467;STB=0.610867;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00490731;OID=.;OPOS=66335718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:8:2:9:20:8:2:9:20 chr16 66420885 . C T 440.74 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0126103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6677;QD=22.3157;RBI=0.0153605;REFB=0.00224945;REVB=-0.00877067;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114117;STB=0.555791;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000760129;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:21:22:13:22:21:22:14:22 chr16 66432423 . TC CT 339.88 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0294258;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.2236;QD=28.9259;RBI=0.0348577;REFB=-0.0422249;REVB=0.0186864;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267157;STB=0.514696;STBP=0.829;TYPE=mnp;VARB=0.0405245;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:18:29:29:0.617021:14:15:10:8:14:15:10:8 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 76.95 PASS AF=0.208333,0.0166667;AO=57,17;DP=245;FAO=50,4;FDP=240;FR=.;FRO=186;FSAF=29,0;FSAR=21,4;FSRF=112;FSRR=74;FWDB=0.139451,-0.0962704;FXX=0.0123452;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.67224,76.5808;QD=1.28258;RBI=0.141968,0.0969661;REFB=-0.161742,-0.02048;REVB=-0.0266109,-0.0115946;RO=143;SAF=26,0;SAR=31,17;SRF=104;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32732,-0.750124;STB=0.518012,0.997956;STBP=0.78,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=0.18805,0.11353;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333,0.0166667:57,17:245:50,4:240:186:29,0:21,4:112:74:71:143:26,0:31,17:104:39 chr16 66584002 . T C 316.37 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0572051;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0581;QD=15.2467;RBI=0.117789;REFB=0.00369706;REVB=-0.102966;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181268;STB=0.610542;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00880563;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:48:35:35:0.421687:16:19:33:13:16:19:35:13 chr16 66600479 . G A 89.5 PASS AF=0.4;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.115469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.571;QD=11.934;RBI=0.117355;REFB=0.00487477;REVB=-0.0209524;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119577;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00675637;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:30:15:18:11:12:0.4:6:5:7:8:6:6:10:8 chr16 66613525 . G A 276.98 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00904755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.05;QD=13.5114;RBI=0.0397357;REFB=-0.012599;REVB=-0.038692;RO=50;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193655;STB=0.610778;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0155659;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:11:21:24:26:11:21:24:26 chr16 66614008 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.037386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0389;QD=15.1596;RBI=0.0423921;REFB=-0.00232754;REVB=0.0199843;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31842;STB=0.685468;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00320223;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:10:12:4:12:10:12 chr16 66656102 . C T 259.59 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.025892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.49;QD=14.2238;RBI=0.0427448;REFB=-0.0165029;REVB=-0.0340105;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.606486;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0290004;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:25:18:18:12:25:18 chr16 66764087 . TA T 41.87 PASS AF=0.27027;AO=25;DP=76;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0979095;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.2103;QD=2.26308;RBI=0.1035;REFB=-0.108679;REVB=-0.0335556;RO=44;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0.321586;SSSB=0.369603;STB=0.759744;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.149684;OID=.;OPOS=66764088;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:25:76:20:74:54:15:5:21:33:41:44:18:7:17:27 chr16 66765067 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.282;QD=62.0083;RBI=0.0424982;REFB=0;REVB=0.0409325;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54321e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:31:53:0:0:31:53:0:0 chr16 66792714 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0309;QD=53.2768;RBI=0.0653195;REFB=0;REVB=-0.01536;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127363;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 66812797 . C T 734.79 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.005;QD=62.5357;RBI=0.107644;REFB=0;REVB=0.0323635;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869818;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:17:27:0:0:17:30:0:0 chr16 66919929 . G C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00996337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.997;QD=19.3862;RBI=0.0129928;REFB=-0.0052437;REVB=-0.00833934;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215333;STB=0.512183;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00655496;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:10:11:10:10:10:11 chr16 66920510 . A G 181.94 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0270898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.958;QD=16.9249;RBI=0.0445195;REFB=-0.00528356;REVB=0.0353288;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236151;STB=0.634478;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00777814;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:16:8:11:8:16:8 chr16 66920949 . G A 209.18 PASS AF=0.4;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00732489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8218;QD=12.8729;RBI=0.0293159;REFB=-0.0131876;REVB=0.028386;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119715;STB=0.507686;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.023483;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:37:39:24:26:0.4:11:13:20:17:13:13:20:19 chr16 66946748 . G C 323.61 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=40;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00565828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.742;QD=28.7657;RBI=0.0289585;REFB=-0.0240943;REVB=0.0284003;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686416;STB=0.511339;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0101881;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:15:15:22:30:0.666667:9:13:9:6:13:17:9:6 chr16 66946751 . G C 41.2 PASS AF=0.148936;AO=8;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0270861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.7612;QD=3.50646;RBI=0.0970382;REFB=-0.031515;REVB=0.0931813;RO=39;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780872;STB=0.755124;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.177009;OID=.;OPOS=66946751;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:47:39:40:8:7:0.148936:4:4:22:17:5:2:24:16 chr16 66948130 . G A 376.73 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0072421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.053;QD=18.604;RBI=0.011382;REFB=0.000638958;REVB=0.00878074;RO=42;SAF=25;SAR=14;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760196;STB=0.542233;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000369982;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:14:25:30:12:14:25:30:12 chr16 67006838 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00291521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.007;QD=26.3418;RBI=0.0124719;REFB=-0.0275431;REVB=-0.0121264;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102358;STB=0.556719;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0193166;OID=.;OPOS=67006838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:8:3:8:11:8:3 chr16 67037054 . A C 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0156835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.868;QD=25.0386;RBI=0.0296674;REFB=-0.028044;REVB=-0.025183;RO=20;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457621;STB=0.525435;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0262226;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:9:17:12:8:9:17:12:8 chr16 67039221 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0237173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.051;QD=14.658;RBI=0.0249639;REFB=-0.0233697;REVB=0.00779013;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0260238;OID=.;OPOS=67039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr16 67070577 . GTTTT AGTTT,GTTTC,GTTT 305.98 PASS AF=0,0.315789,0.684211;AO=2,6,17;DP=40;FAO=0,12,26;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938371,0.00736036,-0.17288;FXX=0.0499875;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=10.0755,185.7,9.22761;QD=32.2088;RBI=0.176797,0.0339961,0.307529;REFB=-0.0484028,-0.0180789,-0.0580697;REVB=0.149839,0.0331898,0.254336;RO=5;SAF=0,6,0;SAR=2,0,17;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0.448276;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.819749,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0.00279627,0.0411121;OID=.,.,.;OPOS=67070577,67070581,67070578;OREF=GT,T,T;OALT=AG,C,-;OMAPALT=AGTTT,GTTTC,GTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:90:40:38:5:0:2,6,17:0,12,26:0,0.315789,0.684211:2,0,17:0,6,0:0:5:0,0,26:0,12,0:0:0 chr16 67174469 . A G 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00187974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.146;QD=18.3086;RBI=0.0022199;REFB=-0.00863006;REVB=0.0011809;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713605;STB=0.545876;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0101191;OID=.;OPOS=67174469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:19:18:22:17:19:18:23:17 chr16 67180171 . T C 658.11 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00257724;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.774;QD=19.6451;RBI=0.00691631;REFB=-0.0212529;REVB=0.00641819;RO=68;SAF=34;SAR=32;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409281;STB=0.522597;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0191824;OID=.;OPOS=67180171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:68:68:66:66:0.492537:32:34:32:36:32:34:32:36 chr16 67180988 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAG,GGCCCCCCA 30.48 PASS AF=0.170732,0.097561,0;AO=7,3,2;DP=43;FAO=7,4,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5,4,0;FSAR=2,0,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0148042,0.165006,0.0292566;FXX=0.0465008;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=7.98297,25.7887,23.9189;QD=2.97317;RBI=0.115149,0.19727,0.0505303;REFB=-0.0837373,-0.0395398,-0.0435488;REVB=0.114194,0.108113,0.0411991;RO=24;SAF=3,3,2;SAR=4,0,0;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.132954,0.558418,0.470037;STB=0.655275,0.99707,0.5;STBP=0.41,0.045,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0746158,0.0104188,0;OID=.,.,.;OPOS=67180989,67180995,67180989;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAG,GGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.097561,0:7,3,2:43:7,4,0:41:30:5,4,0:2,0,0:16:14:16:24:3,3,2:4,0,0:13:11 chr16 67181999 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00497732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.803;QD=11.8146;RBI=0.0229568;REFB=-0.00930178;REVB=0.0224107;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239631;STB=0.64263;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0124016;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:11:12:4:9:11:12 chr16 67189974 . G T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00389937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.703;QD=11.9168;RBI=0.049057;REFB=-0.0229637;REVB=-0.0489018;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145181;STB=0.583523;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.036542;OID=.;OPOS=67189974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:12:25:12:10:12:25 chr16 67207933 . C T 367.84 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0179666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4126;QD=21.9608;RBI=0.0220694;REFB=-0.0118623;REVB=0.0128163;RO=30;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158248;STB=0.587331;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00831138;OID=.;OPOS=67207933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:22:15:18:12:22:15:18:12 chr16 67214346 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0231004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1382;QD=14.7978;RBI=0.0311403;REFB=-0.055571;REVB=-0.0208828;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299066;STB=0.673766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0506617;OID=.;OPOS=67214346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:4:9:4:7:4:9 chr16 67219107 . G C 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00234894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.142;QD=20.5629;RBI=0.00731339;REFB=-0.0100911;REVB=-0.0069259;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501007;STB=0.527762;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00947843;OID=.;OPOS=67219107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:19:16:16:15:19:16:16:15 chr16 67233266 . A C 578.99 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0277136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.345;QD=22.0567;RBI=0.126424;REFB=-0.0266869;REVB=-0.123349;RO=37;SAF=25;SAR=33;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596098;STB=0.512256;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0182381;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:105:37:47:58:58:0.552381:33:25:19:18:33:25:19:28 chr16 67702375 . G C 660.15 PASS AF=0.591837;AO=59;DP=99;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0113423;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.702;QD=26.9449;RBI=0.015572;REFB=-0.0190664;REVB=-0.0106695;RO=40;SAF=29;SAR=30;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493927;STB=0.530602;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0125706;OID=.;OPOS=67702375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:40:40:59:58:0.591837:30:29:17:23:29:29:17:23 chr16 67759871 . AT A 80.12 PASS AF=0.5;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.174476;FXX=0.105235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5632;QD=9.42615;RBI=0.175553;REFB=-0.0906197;REVB=-0.0194104;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511692;STB=0.532781;STBP=0.744;TYPE=del;VARB=0.0918444;OID=.;OPOS=67759872;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:38:17:34:17:6:11:5:12:74:16:4:11:5:11 chr16 67964836 . G A 99.59 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0269919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0619;QD=26.5571;RBI=0.1338;REFB=-0.0086507;REVB=0.131049;RO=3;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117458;STB=0.583201;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0157586;OID=.;OPOS=67964836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:3:4:11:11:0.733333:1:10:3:0:1:10:4:0 chr16 68025801 . G C 393.76 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4412;QD=56.2508;RBI=0.0282809;REFB=0;REVB=0.0114979;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630182;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr16 68057096 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8368;QD=57.2359;RBI=0.0475338;REFB=0;REVB=0.0259071;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02498e-05;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr16 68088461 . C A 277.53 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0118531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.147;QD=22.2027;RBI=0.013553;REFB=0.00996742;REVB=0.00657168;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255122;STB=0.526296;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00541861;OID=.;OPOS=68088461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:9:16:16:8:10:16:16:8 chr16 68344696 . C T 813.22 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.903;QD=54.2148;RBI=0.0276251;REFB=0.0322859;REVB=0.0219369;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.50704;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000202985;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:2:1:57:59:0.983333:24:33:2:0:24:35:1:0 chr16 68389772 . C T 190.43 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645865;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.086;QD=47.6062;RBI=0.0645865;REFB=0;REVB=-1.21205e-05;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255212;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr16 68398924 . C T 485.1 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3981;QD=57.0706;RBI=0.0875218;REFB=0;REVB=0.0220669;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422495;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:12:20:0:0:12:22:0:0 chr16 68713730 . G A 300.27 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00176602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.698;QD=16.4529;RBI=0.00735075;REFB=-0.0135775;REVB=-0.00713545;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212699;STB=0.619095;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.011435;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:18:15:27:13:18:15:27:13 chr16 68713823 . C A 484.16 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0298321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0646;QD=21.0504;RBI=0.0316438;REFB=-0.0195316;REVB=0.0105535;RO=44;SAF=34;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134563;STB=0.570624;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0361551;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:13:34:26:18:13:34:27:18 chr16 68721470 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0247026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.867;QD=13.2122;RBI=0.0271843;REFB=-0.0206698;REVB=0.0113476;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0177915;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:10:12:7:7:10:12 chr16 68721533 . G C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0146661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.039;QD=18.6371;RBI=0.0441613;REFB=-0.0157057;REVB=-0.0416548;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0148845;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:7:9:8:8:7:9 chr16 68725783 . G A 226.56 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00392071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.6084;QD=19.2813;RBI=0.0422108;REFB=-0.0446207;REVB=0.0420284;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230002;STB=0.622533;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0416911;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:22:24:21:23:0.489362:8:13:8:14:8:15:10:14 chr16 68729785 . C A 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0225054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.958;QD=15.2524;RBI=0.059687;REFB=-0.0164518;REVB=-0.0552815;RO=30;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444733;STB=0.758346;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0239203;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:4:16:12:18:4:16:12:18 chr16 68776416 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0576276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.35;QD=18.8861;RBI=0.062684;REFB=-0.0269504;REVB=0.0246648;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.615111;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0113231;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:4:1:4:4:4:1 chr16 68857441 . T C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.015262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.187;QD=15.0641;RBI=0.0153648;REFB=-0.00747945;REVB=0.00177499;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2286;STB=0.629534;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00848121;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:10:17:14:21:10:17:14:21 chr16 68869449 . A G 238.59 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337699;FXX=0.142789;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.749;QD=53.0203;RBI=0.0365007;REFB=0;REVB=-0.0138526;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199158;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr16 68919559 . T C 326.03 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00398587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.77;QD=17.3881;RBI=0.0149354;REFB=-0.00420336;REVB=0.0143937;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646667;STB=0.536211;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00702826;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:16:19:19:21:16:19:19:21 chr16 69143577 . A G 300.39 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.01687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5053;QD=30.8088;RBI=0.0326634;REFB=-0.0409394;REVB=-0.0279697;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244754;STB=0.634747;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0105865;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:8:18:4:9:8:18:4:9 chr16 69153951 . GGGGCCT G 107.91 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00285237;FXX=0.0681663;HRUN=4;LEN=6;MLLD=274.89;QD=10.528;RBI=0.0151652;REFB=-0.014734;REVB=0.0148945;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.0212608;OID=.;OPOS=69153952;OREF=GGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:41:17:41:24:7:10:13:11:99:21:7:10:12:9 chr16 69458591 . C T 168.12 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0630734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0511;QD=10.3455;RBI=0.0648172;REFB=0.0227229;REVB=0.0149338;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145144;STB=0.584541;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0413397;OID=.;OPOS=69458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:11:11:27:16:11:11:27:16 chr16 69704122 . C CTG 375.75 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284007;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=281.339;QD=55.6664;RBI=0.0487682;REFB=0;REVB=0.0396451;RO=2;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000125655;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:28:27:27:0:18:9:0:0:4:2:16:8:2:0 chr16 69704204 . CT C 118.29 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162485;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.352;QD=29.5722;RBI=0.225618;REFB=0.0471018;REVB=0.156531;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000797906;OID=.;OPOS=69704205;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:16:16:16:0:8:8:0:0:3:3:8:5:0:3 chr16 69733460 . G A 274.9 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0240655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7311;QD=15.9359;RBI=0.033679;REFB=-0.0271999;REVB=0.0235611;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215762;STB=0.500959;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.031181;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:12:18:22:16:13:18:22:16 chr16 69735271 . T A 509.94 PASS AF=0.440945;AO=53;DP=124;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0147539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.492;QD=16.0612;RBI=0.0155126;REFB=-0.0235191;REVB=0.00479197;RO=70;SAF=28;SAR=25;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148441;STB=0.507637;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0279367;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:70:71:53:56:0.440945:25:28:38:32:26:30:39:32 chr16 69736851 . G A 147.42 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00547985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.848;QD=21.0599;RBI=0.021456;REFB=-0.00862184;REVB=-0.0207444;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380779;STB=0.545815;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00541219;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:13:12:14:16:0.571429:8:6:5:8:9:7:4:8 chr16 69745145 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00891067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.011;QD=20.1601;RBI=0.013556;REFB=-0.00732521;REVB=0.0102159;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.508917;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00432556;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:5:8:10:6:5:9 chr16 69782855 . C T 183.78 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0186241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4944;QD=17.9299;RBI=0.0190351;REFB=-0.0162569;REVB=0.00393405;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150483;STB=0.584931;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0134111;OID=.;OPOS=69782855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:5:17:12:7:5:17 chr16 69814950 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00106118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.459;QD=16.8995;RBI=0.0192028;REFB=-0.0300961;REVB=-0.0191735;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484494;STB=0.782026;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00716842;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:2:7:2:8:2:7 chr16 69814953 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0191593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.298;QD=15.8822;RBI=0.0359573;REFB=0.00296595;REVB=-0.0304277;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514282;STB=0.799399;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00287709;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:2:8:2:8:2:8 chr16 69963355 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.495;QD=51.1846;RBI=0.0176163;REFB=0;REVB=-0.0161265;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81304e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr16 69967897 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.449;QD=56.9566;RBI=0.0135908;REFB=0;REVB=-0.0121721;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84137e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr16 69970329 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.736;QD=55.656;RBI=0.0413284;REFB=0;REVB=0.0123675;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289242;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr16 69988373 . T C 781.99 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6845;QD=63.836;RBI=0.0519388;REFB=0;REVB=0.0319721;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011924;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr16 69988472 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.893;QD=45.8068;RBI=0.0371478;REFB=0;REVB=-0.0101054;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379356;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 70010516 . ATGT A 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00572109;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.837;QD=11.9523;RBI=0.0499051;REFB=-0.000499801;REVB=0.0495761;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409453;STB=0.736382;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.00184507;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:4:4:10:1:56:11:4:4:10:1 chr16 70010589 . T C 381.83 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0124606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.251;QD=17.161;RBI=0.0243765;REFB=-0.0308611;REVB=0.0209511;RO=49;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147925;STB=0.582584;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0274175;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:21:19:16:33:21:19:16:33 chr16 70010610 . C T 458.91 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0271014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.695;QD=18.3562;RBI=0.0271996;REFB=-0.0172991;REVB=0.00230963;RO=54;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103292;STB=0.557498;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0185692;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:25:21:19:35:25:21:19:35 chr16 70016573 . G A 1643.56 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.316;QD=59.2275;RBI=0.03526;REFB=-0.018564;REVB=0.0334081;RO=1;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771937;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000105624;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:61:49:0:1:61:49:0:1 chr16 70165914 . T C 61.0 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0463635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1339;QD=6.59441;RBI=0.0464286;REFB=-0.0109991;REVB=-0.00245632;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152973;STB=0.596072;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0457698;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:19:9:4:5:19:9 chr16 70180088 . A T 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00495149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.55;QD=20.3971;RBI=0.0213541;REFB=-0.00596179;REVB=0.0207721;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237552;STB=0.520843;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00532417;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:14:17:15:11:14:17:16:11 chr16 70182390 . T G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00193467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.407;QD=2.56885;RBI=0.00894669;REFB=3.9649e-05;REVB=0.008735;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680824;STB=0.559803;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-4.97601e-05;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:3:3:24:19:3:3:25:19 chr16 70191029 . T G 115.26 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0321215;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.501;QD=5.91059;RBI=0.0654148;REFB=-0.0144731;REVB=-0.0569852;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164616;STB=0.517222;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0422587;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:59:60:18:18:0.230769:8:10:32:27:8:10:32:28 chr16 70191161 . C T 219.67 PASS AF=0.284404;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=-0.00057898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9239;QD=8.06134;RBI=0.00287268;REFB=0.0014382;REVB=-0.00281373;RO=78;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256875;STB=0.650721;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00541977;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:78:31:31:0.284404:14:17:26:52:14:17:26:52 chr16 70191333 . T C 187.85 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00613873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.212;QD=10.89;RBI=0.0135244;REFB=-0.023992;REVB=-0.0120509;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939187;STB=0.505463;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0396583;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:21:24:13:11:21:24 chr16 70191566 . A G 392.96 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0445019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3373;QD=15.4102;RBI=0.0506137;REFB=0.00121271;REVB=0.0241106;RO=57;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15932;STB=0.584033;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00153553;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:58:44:44:0.431373:20:24:22:35:20:24:23:35 chr16 70287177 . A G 477.7 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3651;QD=57.9028;RBI=0.0407581;REFB=0;REVB=-0.00319678;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835507;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr16 70500084 . C T 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00105575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.26;QD=15.2683;RBI=0.00220993;REFB=-0.00349105;REVB=0.00194144;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452043;STB=0.517914;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00531081;OID=.;OPOS=70500084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:11:15:17:15:11:15:18:15 chr16 70506907 . T C 138.37 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0125083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.838;QD=10.4432;RBI=0.0253944;REFB=-0.00671291;REVB=-0.0221002;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201905;STB=0.601991;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0126165;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:17:18:0.339623:6:11:16:18:7:11:16:19 chr16 70546234 . G A 663.89 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326331;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.117;QD=61.7574;RBI=0.0335187;REFB=-0.0230636;REVB=0.00765393;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01562e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr16 70548296 . AG A,AA 989.88 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=19,49;DP=69;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113195,-0.000949053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.0775,58.3506;QD=57.3844;RBI=0.0113981,0.134;REFB=0,0;REVB=0.00133606,0.133997;RO=0;SAF=0,34;SAR=19,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.01675e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0096933,0.0211049;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0144928,0.985507:19,49:69:1,68:69:0:1,34:0,34:0:0:3:0:0,34:19,15:0:0 chr16 70569215 . A T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.148;QD=62.1619;RBI=0.0416721;REFB=0;REVB=-0.0340691;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89893e-05;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr16 70602221 . C T 1438.26 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8387;QD=61.8608;RBI=0.0256792;REFB=-0.0612906;REVB=-0.0197375;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000730814;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:44:48:1:0:44:48:1:0 chr16 70680850 . C G 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0250844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.68;QD=10.3763;RBI=0.0409401;REFB=0.0165923;REVB=-0.0323553;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306386;STB=0.676634;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.011385;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:15:1:2:7:15:1 chr16 70680856 . CCG C 61.8 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=16;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0485813;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.8636;QD=13.7323;RBI=0.139451;REFB=-0.0486033;REVB=0.130716;RO=10;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.706086;STB=0.719451;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.0526309;OID=.;OPOS=70680857;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:16:10:18:8:9:1:5:3:54:10:5:0:6:4 chr16 70680894 . TC GT,T 167.83 PASS AF=0,1;AO=4,7;DP=12;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0923705,-0.106233;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=7.33785,17.5412;QD=41.9581;RBI=0.168645,0.280246;REFB=0,0;REVB=0.141099,0.259331;RO=0;SAF=4,1;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0114702;OID=.,.;OPOS=70680894,70680895;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:12:16:0:0:4,7:0,16:0,1:0,6:4,1:0:0:0,8:0,8:0:0 chr16 70690989 . G C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.708;QD=60.8522;RBI=0.0467888;REFB=-0.0590033;REVB=0.0316075;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000909578;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:31:15:0:0:31:15:1:0 chr16 70796515 . G A 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00660518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.472;QD=20.1536;RBI=0.0283419;REFB=-0.0351705;REVB=-0.0275615;RO=44;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14734;STB=0.58136;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0337793;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:24:20:13:31:24:20:13:31 chr16 70884524 . C G 302.53 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0154788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.454;QD=11.3094;RBI=0.0274478;REFB=-0.0121894;REVB=-0.0226668;RO=69;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701022;STB=0.540254;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0152953;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:18:20:32:37:18:20:32:37 chr16 70884534 . T A 283.65 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00426959;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.748;QD=12.3327;RBI=0.00461542;REFB=0.000743788;REVB=-0.00175291;RO=59;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114599;STB=0.506592;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00180521;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:59:59:33:33:0.358696:17:16:28:31:17:16:28:31 chr16 70886630 . C T 347.41 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0194494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.975;QD=17.1559;RBI=0.0288294;REFB=-0.0121635;REVB=0.0212804;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351019;STB=0.519669;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0125156;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:18:19:21:23:18:19:21:23 chr16 70889147 . A G 1083.67 PASS AF=0.679104;AO=91;DP=133;FAO=91;FDP=134;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.016431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.506;QD=32.3483;RBI=0.032351;REFB=-0.00982218;REVB=0.0278677;RO=42;SAF=44;SAR=47;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604576;STB=0.52837;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00319799;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:42:43:91:91:0.679104:47:44:16:26:47:44:17:26 chr16 70891640 . T C 216.7 PASS AF=0.225;AO=34;DP=157;FAO=36;FDP=160;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.00204692;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6632;QD=5.41736;RBI=0.00892045;REFB=-0.00380889;REVB=0.00868242;RO=122;SAF=13;SAR=21;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160917;STB=0.609479;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0157072;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:122:124:34:36:0.225:21:13:62:60:23:13:62:62 chr16 70894087 . T C 813.91 PASS AF=0.438424;AO=89;DP=203;FAO=89;FDP=203;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=0.00338158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.908;QD=16.0376;RBI=0.0249764;REFB=-0.00459057;REVB=0.0247464;RO=114;SAF=48;SAR=41;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220741;STB=0.512282;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00589543;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:114:114:89:89:0.438424:41:48:59:55:41:48:59:55 chr16 70896015 . GA G 483.03 PASS AF=0.477707;AO=74;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.141741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4033;QD=12.3065;RBI=0.141782;REFB=-0.00366524;REVB=-0.00341661;RO=79;SAF=40;SAR=34;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792525;STB=0.537169;STBP=0.402;TYPE=del;VARB=0.000341664;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477707:74:157:75:157:82:41:34:39:43:99:79:40:34:36:43 chr16 70896118 . A G 479.39 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0142071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6539;QD=12.2921;RBI=0.0156088;REFB=-0.0160508;REVB=-0.00646475;RO=98;SAF=28;SAR=30;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060176;STB=0.53415;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.021565;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:98:58:58:0.371795:30:28:42:56:30:28:42:56 chr16 70896122 . A C 431.63 PASS AF=0.351724;AO=51;DP=146;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0111526;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8022;QD=11.9069;RBI=0.0118319;REFB=-0.0176472;REVB=-0.00395158;RO=94;SAF=24;SAR=27;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514086;STB=0.5294;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.027382;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:94:94:51:51:0.351724:27:24:40:54:27:24:40:54 chr16 70897039 . C G 278.55 PASS AF=0.287879;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=132;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=-0.00603848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.667;QD=8.44099;RBI=0.0100031;REFB=-0.00788468;REVB=0.0079749;RO=92;SAF=13;SAR=25;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338784;STB=0.703987;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0224537;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:92:94:38:38:0.287879:25:13:58:34:25:13:60:34 chr16 70902559 . C T 992.3 PASS AF=0.462222;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=0.00402596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.596;QD=17.6409;RBI=0.0071275;REFB=-0.0164127;REVB=-0.00588157;RO=120;SAF=41;SAR=63;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142526;STB=0.510642;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0202609;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:120:121:104:104:0.462222:63:41:49:71:63:41:50:71 chr16 70902568 . C T 796.03 PASS AF=0.430769;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=195;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.0111441;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.142;QD=16.3288;RBI=0.0121781;REFB=-0.00622287;REVB=-0.00491075;RO=110;SAF=33;SAR=51;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760102;STB=0.502109;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00799862;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:110:111:84:84:0.430769:51:33:44:66:51:33:44:67 chr16 70902683 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0656353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.808;QD=11.8305;RBI=0.066196;REFB=0.00172874;REVB=0.00859793;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199273;STB=0.619488;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00292307;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:8:10:8:3:8:10 chr16 70908736 . A G 380.29 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.00215191;FXX=0.046508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.826;QD=12.3673;RBI=0.00216255;REFB=-0.000258581;REVB=-0.000214309;RO=74;SAF=31;SAR=14;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167051;STB=0.506915;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.000833;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:74:78:45:45:0.365854:14:31:50:24:14:31:53:25 chr16 70913386 . G A 516.95 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0110246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.308;QD=17.8259;RBI=0.0134322;REFB=-0.0223348;REVB=-0.00767349;RO=61;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129863;STB=0.572073;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0268218;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:24:31:26:35:24:31:26:35 chr16 70917855 . A G 667.19 PASS AF=0.396825;AO=75;DP=189;FAO=75;FDP=189;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.00622183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1843;QD=14.1203;RBI=0.018009;REFB=-0.01809;REVB=-0.0169001;RO=111;SAF=38;SAR=37;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069262;STB=0.546288;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0273909;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:111:114:75:75:0.396825:37:38:49:62:37:38:49:65 chr16 70917931 . C G 745.58 PASS AF=0.455056;AO=74;DP=170;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.0358602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.995;QD=16.7545;RBI=0.0378395;REFB=-0.0145184;REVB=0.0120779;RO=96;SAF=39;SAR=35;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904602;STB=0.547607;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0190419;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:178:96:97:74:81:0.455056:35:39:42:54:38:43:43:54 chr16 70937586 . G A 129.97 PASS AF=0.222222;AO=20;DP=90;FAO=20;FDP=90;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=-0.0226648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.21;QD=5.7765;RBI=0.0230394;REFB=-0.00225757;REVB=0.00413753;RO=70;SAF=15;SAR=5;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117948;STB=0.507346;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00666596;OID=.;OPOS=70937586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:70:20:20:0.222222:5:15:52:18:5:15:52:18 chr16 70942688 . A C 849.52 PASS AF=0.44898;AO=88;DP=196;FAO=88;FDP=196;FR=.;FRO=108;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0153698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.077;QD=17.3371;RBI=0.0156828;REFB=-0.01077;REVB=0.00311793;RO=108;SAF=50;SAR=38;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059019;STB=0.532779;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0131713;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:108:108:88:88:0.44898:38:50:55:53:38:50:55:53 chr16 70954513 . T C 443.2 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.024233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2837;QD=17.728;RBI=0.0961008;REFB=-0.0425999;REVB=-0.0929953;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683241;STB=0.538237;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.04763;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:28:27:19:26:28:27 chr16 70954571 . CT TA 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.000790734;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.914;QD=16.7689;RBI=0.0133759;REFB=-0.0216266;REVB=0.0133525;RO=55;SAF=30;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1845;STB=0.599952;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.02337;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:56:43:43:0.434343:13:30:29:26:13:30:30:26 chr16 70954606 . C T 237.51 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0157889;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.794;QD=11.3099;RBI=0.0166192;REFB=-0.0255321;REVB=0.00518744;RO=55;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170748;STB=0.599248;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0472537;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:55:55:29:29:0.345238:10:19:28:27:10:19:28:27 chr16 70954717 . GT AG 36.98 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0363279;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.093;QD=5.28288;RBI=0.0364303;REFB=-0.0280528;REVB=-0.00272928;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.122408;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:28:20:22:5:6:0.214286:2:3:9:11:3:3:11:11 chr16 70954774 . A G 167.39 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0125667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.084;QD=23.0885;RBI=0.0173033;REFB=-0.0100459;REVB=-0.0118946;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.580552;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0080467;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:4:8:8:9:4:8 chr16 70954809 . C A 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0138496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.63;QD=27.2216;RBI=0.0161076;REFB=-0.0205441;REVB=0.00822449;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982784;STB=0.554326;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00987948;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:9:6:13:11:9:6 chr16 70954915 . G T 1128.55 PASS AF=0.95122;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0150356;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.824;QD=55.0512;RBI=0.0156992;REFB=-0.0823161;REVB=0.00451628;RO=4;SAF=28;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133038;STB=0.507441;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00169567;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:82:4:4:76:78:0.95122:48:28:2:2:50:28:2:2 chr16 70954945 . T A 317.9 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0119482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.103;QD=15.5073;RBI=0.0147967;REFB=-0.00365929;REVB=0.00872838;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673376;STB=0.538091;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00460732;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:23:12:19:28:23:12:19:28 chr16 70972595 . T C 222.58 PASS AF=0.25;AO=33;DP=132;FAO=33;FDP=132;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.0229352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6687;QD=6.74498;RBI=0.0236367;REFB=0.00148651;REVB=-0.00571568;RO=98;SAF=20;SAR=13;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182105;STB=0.613204;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00422259;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:98:99:33:33:0.25:13:20:45:53:13:20:45:54 chr16 70972620 . G C 437.92 PASS AF=0.449541;AO=46;DP=107;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00196315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.305;QD=16.0703;RBI=0.00988454;REFB=-0.0145577;REVB=-0.00968762;RO=60;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079493;STB=0.538504;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0209701;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:60:60:46:49:0.449541:24:22:24:36:26:23:24:36 chr16 70975667 . T C 515.45 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00970691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.488;QD=17.6223;RBI=0.0162195;REFB=-0.0147951;REVB=0.0129942;RO=61;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491107;STB=0.523002;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.017364;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:62:55:55:0.470085:26:29:29:32:26:29:30:32 chr16 70986480 . G A 866.51 PASS AF=0.457711;AO=92;DP=201;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0078787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9118;QD=17.2439;RBI=0.0100295;REFB=0.00987641;REVB=-0.00620619;RO=109;SAF=41;SAR=51;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102522;STB=0.556792;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00828652;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:109:109:92:92:0.457711:51:41:60:49:51:41:60:49 chr16 70989299 . C T 872.59 PASS AF=0.517857;AO=87;DP=168;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0171232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.771;QD=20.7758;RBI=0.0323851;REFB=-0.0112772;REVB=0.027488;RO=79;SAF=39;SAR=48;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175859;STB=0.516125;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0118356;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:81:87:87:0.517857:48:39:37:42:48:39:39:42 chr16 70989335 . G A 1012.96 PASS AF=0.502538;AO=100;DP=193;FAO=99;FDP=197;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0135775;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.883;QD=20.5677;RBI=0.0174133;REFB=-0.0204929;REVB=-0.0109029;RO=91;SAF=50;SAR=50;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478137;STB=0.517797;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0185345;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:197:91:98:100:99:0.502538:50:50:46:45:49:50:53:45 chr16 70993553 . A T 221.54 PASS AF=0.191919;AO=38;DP=200;FAO=38;FDP=198;FR=.;FRO=160;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=83;FSRR=77;FWDB=-0.0174646;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.649;QD=4.47552;RBI=0.045782;REFB=-0.00786014;REVB=-0.04232;RO=159;SAF=24;SAR=14;SRF=83;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143491;STB=0.593106;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.024217;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:159:160:38:38:0.191919:14:24:83:76:14:24:83:77 chr16 70993566 . A G 1677.55 PASS AF=0.650224;AO=145;DP=224;FAO=145;FDP=223;FR=.;FRO=78;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00307201;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0643;QD=30.0906;RBI=0.00553855;REFB=0.00207679;REVB=-0.0046085;RO=78;SAF=87;SAR=58;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667337;STB=0.535907;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000580559;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:78:78:145:145:0.650224:58:87:39:39:58:87:39:39 chr16 71008169 . T C 668.63 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00704005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.648;QD=17.5954;RBI=0.0126256;REFB=-0.00897612;REVB=0.0104807;RO=79;SAF=27;SAR=44;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146583;STB=0.581767;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00913922;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:81:71:71:0.467105:44:27:42:37:44:27:43:38 chr16 71012855 . T C 678.93 PASS AF=0.48227;AO=67;DP=140;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=-0.00556195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.936;QD=19.2604;RBI=0.0228104;REFB=-0.00613951;REVB=0.0221219;RO=73;SAF=38;SAR=29;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128999;STB=0.567496;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00693485;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:73:73:67:68:0.48227:29:38:51:22:29:39:51:22 chr16 71015329 . G T 538.46 PASS AF=0.274368;AO=76;DP=279;FAO=76;FDP=277;FR=.;FRO=201;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=103;FSRR=98;FWDB=0.0026942;FXX=0.0071682;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.834;QD=7.77555;RBI=0.00366811;REFB=-0.00084352;REVB=0.00248923;RO=199;SAF=47;SAR=29;SRF=102;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132733;STB=0.578427;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00212391;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:277:199:201:76:76:0.274368:29:47:102:97:29:47:103:98 chr16 71025245 . C T 427.12 PASS AF=0.488636;AO=40;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00148623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.902;QD=19.4145;RBI=0.0154526;REFB=0.00608265;REVB=-0.015381;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470745;STB=0.527037;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00583541;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:40:43:0.488636:15:25:26:19:16:27:26:19 chr16 71026076 . C G 286.69 PASS AF=0.34;AO=33;DP=99;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0255285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.218;QD=11.4674;RBI=0.0377874;REFB=-0.0132459;REVB=-0.0278601;RO=64;SAF=16;SAR=17;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106142;STB=0.549971;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0258884;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:64:66:33:34:0.34:17:16:37:27:17:17:38:28 chr16 71026098 . C T 148.3 PASS AF=0.272727;AO=23;DP=79;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0299676;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3668;QD=7.70373;RBI=0.030769;REFB=-0.0212865;REVB=0.00697653;RO=51;SAF=7;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311186;STB=0.729712;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0263402;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:51:56:23:21:0.272727:16:7:29:22:15:6:34:22 chr16 71054178 . T C 911.64 PASS AF=0.491892;AO=90;DP=185;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.000661965;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.305;QD=19.7112;RBI=0.0211045;REFB=-0.0088147;REVB=0.0210942;RO=94;SAF=51;SAR=39;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737274;STB=0.507245;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00735813;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:94:90:91:0.491892:39:51:54:40:40:51:54:40 chr16 71061495 . A G 834.9 PASS AF=0.441624;AO=87;DP=197;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=43;FWDB=0.00409772;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.065;QD=16.9523;RBI=0.0186485;REFB=-0.0210838;REVB=-0.0181927;RO=109;SAF=55;SAR=32;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187144;STB=0.513759;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0263001;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:109:110:87:87:0.441624:32:55:67:42:32:55:67:43 chr16 71098649 . T C 944.03 PASS AF=0.485;AO=97;DP=201;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0033721;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1194;QD=18.8805;RBI=0.0188495;REFB=-0.020116;REVB=0.0185454;RO=103;SAF=44;SAR=53;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116842;STB=0.506438;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0188666;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:103:103:97:97:0.485:53:44:48:55:53:44:48:55 chr16 71101200 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00326442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.047;QD=17.4899;RBI=0.0195759;REFB=-0.00717074;REVB=0.0193018;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941356;STB=0.552788;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00827855;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:13:17:13:15:13:17 chr16 71101270 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0251906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.979;QD=14.231;RBI=0.0411309;REFB=0.00554979;REVB=-0.0325143;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341666;STB=0.519465;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00615471;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:21:15:10:16:21:15 chr16 71103269 . T C 1866.45 PASS AF=0.521368;AO=183;DP=351;FAO=183;FDP=351;FR=.;FRO=168;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=92;FSRR=76;FWDB=0.00792365;FXX=0.00566556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.983;QD=21.2701;RBI=0.0079256;REFB=-0.0127769;REVB=-0.000175952;RO=165;SAF=80;SAR=103;SRF=90;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094389;STB=0.552997;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0138671;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:165:168:183:183:0.521368:103:80:90:75:103:80:92:76 chr16 71109904 . C A 388.61 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00770195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.491;QD=13.5168;RBI=0.0108438;REFB=-0.0102151;REVB=0.00763339;RO=68;SAF=15;SAR=30;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154035;STB=0.581911;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.015831;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:68:69:45:46:0.4:30:15:32:36:30:16:33:36 chr16 71113780 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0297077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.433;QD=8.88591;RBI=0.0305341;REFB=-0.0120823;REVB=-0.00705551;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14975;STB=0.590213;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0174279;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:8:7:22:15:8:7:22:15 chr16 71122408 . C T 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0066486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3865;QD=5.80906;RBI=0.0318615;REFB=0.0117262;REVB=-0.0311601;RO=43;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333333;STB=0.713915;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0461443;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:9:3:22:21:9:3:22:21 chr16 71127814 . C G 236.2 PASS AF=0.19802;AO=40;DP=201;FAO=40;FDP=202;FR=.;FRO=162;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=0.00391998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1953;QD=4.67719;RBI=0.00439815;REFB=-0.00656725;REVB=-0.00199437;RO=160;SAF=21;SAR=19;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103986;STB=0.564317;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0322342;OID=.;OPOS=71127814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:160:162:40:40:0.19802:19:21:71:89:19:21:72:90 chr16 71149660 . G A 424.87 PASS AF=0.21875;AO=70;DP=320;FAO=70;FDP=320;FR=.;FRO=250;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=116;FSRR=134;FWDB=0.00391141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.669;QD=5.31089;RBI=0.0162582;REFB=-0.000688704;REVB=0.0157807;RO=250;SAF=46;SAR=24;SRF=116;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248267;STB=0.651445;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00321467;OID=.;OPOS=71149660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:250:250:70:70:0.21875:24:46:116:134:24:46:116:134 chr16 71163579 . C T 373.61 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00974933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.301;QD=18.0054;RBI=0.0637809;REFB=-0.0129148;REVB=0.0630314;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061569;STB=0.53932;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0158624;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:17:22:27:16:17:22:28:16 chr16 71163606 . C T 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.00268944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.32;QD=8.82012;RBI=0.013428;REFB=-0.00574148;REVB=-0.0131559;RO=52;SAF=7;SAR=16;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453297;STB=0.762504;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0135066;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:54:23:23:0.298701:16:7:37:15:16:7:38:16 chr16 71163693 . A G 100.73 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0102226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.651;QD=5.67512;RBI=0.0441003;REFB=-0.010748;REVB=-0.0428991;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475933;STB=0.529693;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0337825;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:33:22:7:9:33:22 chr16 71237702 . C T 245.21 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00307252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.144;QD=22.8103;RBI=0.0114994;REFB=-0.00151014;REVB=-0.0110813;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595626;STB=0.533304;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00172171;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:11:9:12:11:11:9 chr16 71264523 . T A 111.94 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0524599;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6308;QD=9.32856;RBI=0.0557031;REFB=-0.0137325;REVB=0.0187294;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703171;STB=0.601405;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0357201;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:31:34:14:14:0.291667:11:3:8:23:11:3:11:23 chr16 71264561 . A G 171.21 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00715013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.801;QD=12.4514;RBI=0.0157667;REFB=-0.0075372;REVB=-0.0140522;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221698;STB=0.527923;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0132943;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:15:6:10:23:15:6:11:23 chr16 71318577 . T C 291.13 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0102044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.997;QD=16.8769;RBI=0.0102985;REFB=-0.0107133;REVB=-0.00138901;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109847;STB=0.561759;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0189339;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:12:20:19:18:12:20:19:18 chr16 71319539 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0031408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.539;QD=12.4824;RBI=0.0158145;REFB=-0.00131701;REVB=0.0154995;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248755;STB=0.64494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00195876;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:5:14:6:6:5:14 chr16 71319646 . G A 332.06 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0276652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1675;QD=16.1978;RBI=0.0321302;REFB=0.00784427;REVB=0.0163398;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194261;STB=0.616006;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00615526;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:46:36:36:0.439024:23:13:24:19:23:13:26:20 chr16 71660310 . G A 586.15 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0492289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1251;QD=50.9693;RBI=0.0564332;REFB=-0.114168;REVB=-0.0275902;RO=4;SAF=34;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901662;STB=0.541572;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0571996;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:46:46:4:5:41:41:0.891304:7:34:2:2:7:34:3:2 chr16 71668634 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.665;QD=47.8224;RBI=0.0543303;REFB=0;REVB=0.00597532;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117431;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 71674882 . C G 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7547;QD=57.1824;RBI=0.0537756;REFB=0;REVB=-0.0527481;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00092117;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 71678932 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.647;QD=62.6711;RBI=0.00749626;REFB=0;REVB=-0.00736318;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87244e-06;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr16 71679057 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.559;QD=56.1915;RBI=0.0210022;REFB=0;REVB=-0.0209772;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135587;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr16 71800384 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.043;QD=59.4356;RBI=0.0219479;REFB=0;REVB=0.000104522;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71513e-05;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr16 71886530 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.775;QD=49.5992;RBI=0.0113021;REFB=0;REVB=-0.00865407;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58659e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 71887103 . GTT GTC,GT 245.58 PASS AF=0.0363636,0.490909;AO=2,27;DP=55;FAO=2,27;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=0,15;FSAR=2,12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00553147,-0.0303462;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=179.206,26.3473;QD=17.8604;RBI=0.00671186,0.0974687;REFB=-0.00738516,0.0153835;REVB=0.00380156,0.0926243;RO=26;SAF=0,15;SAR=2,12;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.372715,0.312921;STB=0.991881,0.673352;STBP=0.393,0.017;TYPE=snp,del;VARB=0.0597135,-0.00420882;OID=.,.;OPOS=71887105,71887104;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GTC,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0363636,0.490909:2,27:55:2,27:55:26:0,15:2,12:5:21:99:26:0,15:2,12:5:21 chr16 71888119 . A C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00170402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4952;QD=16.6286;RBI=0.073181;REFB=0.00121015;REVB=0.0731611;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414901;STB=0.737358;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00241777;OID=.;OPOS=71888119;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:11:3:9:4:11:3 chr16 71889173 . C T 1146.02 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.063;QD=60.3167;RBI=0.0190882;REFB=0;REVB=0.0129978;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98255e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:39:34:0:0:40:36:0:0 chr16 71890489 . C G 1480.23 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.345;QD=62.9886;RBI=0.02664;REFB=0;REVB=0.0256113;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441121;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:33:60:0:0:34:60:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG,G 974.81 PASS AF=0.819277,0.060241;AO=61,5;DP=84;FAO=68,5;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=41,4;FSAR=27,1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0148342,-0.00230236;FXX=0.0119033;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=214.141,69.282;QD=46.9788;RBI=0.0193353,0.0205042;REFB=-0.039877,-0.0347828;REVB=-0.0124017,-0.0203746;RO=10;SAF=37,4;SAR=24,1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0260278,0.141542;STB=0.51306,0.59219;STBP=0.553,0.677;TYPE=ins,snp;VARB=0.00669029,-0.0231516;OID=.,.;OPOS=71981415,71981414;OREF=-,C;OALT=TTTG,G;OMAPALT=CTTTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:84:83:10:10:61,5:68,5:0.819277,0.060241:24,1:37,4:7:3:27,1:41,4:7:3 chr16 71983772 . G C 952.42 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.255;QD=58.6107;RBI=0.0177336;REFB=0;REVB=0.0134666;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78989e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:34:31:0:0 chr16 71986946 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.701;QD=57.5451;RBI=0.0131444;REFB=0;REVB=0.00722582;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013545;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr16 71986995 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.015;QD=60.6103;RBI=0.0191072;REFB=0;REVB=0.0138044;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77706e-07;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr16 71988106 . C T 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.533;QD=58.7786;RBI=0.0284619;REFB=0;REVB=0.0283148;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107484;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr16 72007232 . G A 982.99 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000574472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.7;QD=56.171;RBI=0.0218565;REFB=-0.0893997;REVB=0.021849;RO=2;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214761;STB=0.51136;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0017376;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:43:25:0:2:43:25:0:2 chr16 72032231 . T A 561.01 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684508;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.475;QD=60.6494;RBI=0.0481776;REFB=0;REVB=0.0476889;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148902;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr16 72042682 . A C 359.48 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.000329848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.015;QD=19.9713;RBI=0.0125646;REFB=-0.00730583;REVB=-0.0125602;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142008;STB=0.559409;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00819581;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:33:35:37:37:0.513889:16:21:24:9:16:21:24:11 chr16 72818965 . T TA 274.54 PASS AF=0.490196;AO=44;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.022438;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2362;QD=10.7661;RBI=0.0557307;REFB=-0.0131247;REVB=0.0510142;RO=55;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090057;STB=0.579968;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=0.0111512;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490196:44:103:50:102:52:21:29:30:22:99:55:20:24:30:25 chr16 72827758 . T C 810.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000313063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.969;QD=56.8838;RBI=0.00499767;REFB=0;REVB=0.00498786;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195644;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr16 72828403 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.015374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9342;QD=11.8306;RBI=0.0208657;REFB=0.0336358;REVB=0.0141074;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0532527;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:7:11:7:4:7:11 chr16 72829630 . A G 228.62 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00234784;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9385;QD=15.4998;RBI=0.0150442;REFB=-0.0209791;REVB=-0.0148599;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305354;STB=0.50549;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0334041;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:33:26:26:0.440678:10:16:20:11:10:16:20:13 chr16 72831652 . G A 77.44 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0128833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.657;QD=13.4678;RBI=0.0690363;REFB=-0.0317589;REVB=0.0678235;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0375917;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:13:13:8:10:0.434783:3:5:5:8:4:6:5:8 chr16 72832135 . T A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0103792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.962;QD=16.2725;RBI=0.0110561;REFB=-0.0108687;REVB=0.00380926;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11765;STB=0.566129;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0154901;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:15:17:16:23:15:17:16:23 chr16 72991660 . C G 146.7 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0287632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0478;QD=11.2843;RBI=0.0346932;REFB=-0.0171938;REVB=0.0193984;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401917;STB=0.731629;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0139344;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:26:8:11:7:26:8 chr16 74366531 . A C 96.5 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0132691;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.205;QD=9.89743;RBI=0.0179465;REFB=-0.0172481;REVB=0.0120834;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162846;STB=0.674073;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0476038;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:39:25:26:10:13:0.333333:5:5:9:16:5:8:9:17 chr16 74394671 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0323261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.493;QD=10.3664;RBI=0.032864;REFB=-0.0133294;REVB=0.00592155;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906788;STB=0.553024;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0266866;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:20:23:10:12:20:23 chr16 74425299 . C T 217.32 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00506158;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.817;QD=11.1446;RBI=0.00927383;REFB=0.0011037;REVB=-0.00777073;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645656;STB=0.537361;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0019343;OID=.;OPOS=74425299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:51:51:27:27:0.346154:11:16:33:18:11:16:33:18 chr16 74425358 . G A 42.93 PASS AF=0.0793651;AO=14;DP=188;FAO=15;FDP=189;FR=.;FRO=174;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=118;FSRR=56;FWDB=-0.00806193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.39;QD=0.908511;RBI=0.00880648;REFB=0.000228964;REVB=-0.00354392;RO=174;SAF=10;SAR=4;SRF=118;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468819;STB=0.561139;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00192538;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:188:189:174:174:14:15:0.0793651:4:10:118:56:4:11:118:56 chr16 74425447 . C T 595.96 PASS AF=0.230583;AO=94;DP=413;FAO=95;FDP=412;FR=.;FRO=317;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=192;FSRR=125;FWDB=-0.008605;FXX=0.00242125;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.052;QD=5.78597;RBI=0.0113996;REFB=-0.0113968;REVB=-0.00747701;RO=311;SAF=61;SAR=33;SRF=190;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520422;STB=0.538885;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0392412;OID=.;OPOS=74425447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:412:311:317:94:95:0.230583:33:61:190:121:33:62:192:125 chr16 74425548 . A G 814.9 PASS AF=0.522293;AO=83;DP=158;FAO=82;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0145819;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1268;QD=20.7619;RBI=0.038529;REFB=-0.0319876;REVB=0.035663;RO=74;SAF=39;SAR=44;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441466;STB=0.517691;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0240522;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:74:75:83:82:0.522293:44:39:31:43:44:38:32:43 chr16 74425701 . CGG CAA 290.94 PASS AF=0.226852;AO=18;DP=216;FAO=49;FDP=216;FR=.,HEALED;FRO=164;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=65;FSRR=99;FWDB=-0.00456328;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.465;QD=5.38777;RBI=0.0435919;REFB=-0.0114391;REVB=0.0433524;RO=162;SAF=14;SAR=4;SRF=65;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434352;STB=0.506937;STBP=0.923;TYPE=mnp;VARB=0.0415377;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226852:18:216:49:216:164:19:30:65:99:99:162:14:4:65:97 chr16 74425732 . G T 401.65 PASS AF=0.277228;AO=56;DP=203;FAO=56;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.0148421;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.402;QD=7.95346;RBI=0.0650563;REFB=-0.0267083;REVB=-0.0633406;RO=113;SAF=20;SAR=36;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194807;STB=0.556611;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0633737;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:113:146:56:56:0.277228:36:20:59:54:36:20:63:83 chr16 74425769 . C T 416.59 PASS AF=0.299465;AO=55;DP=188;FAO=56;FDP=187;FR=.;FRO=131;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.00921368;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3888;QD=8.91096;RBI=0.0535423;REFB=-0.0327225;REVB=-0.0527436;RO=129;SAF=20;SAR=35;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135308;STB=0.570813;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0814662;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:129:131:55:56:0.299465:35:20:61:68:35:21:62:69 chr16 74425787 . G T 393.27 PASS AF=0.335664;AO=48;DP=143;FAO=48;FDP=143;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0203403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.036;QD=11.0005;RBI=0.0211614;REFB=-0.0141398;REVB=0.00583753;RO=93;SAF=14;SAR=34;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1748;STB=0.595675;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0158054;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:93:95:48:48:0.335664:34:14:40:53:34:14:40:55 chr16 74425793 . T C 373.04 PASS AF=0.338235;AO=46;DP=134;FAO=46;FDP=136;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.0127777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.256;QD=10.9717;RBI=0.0147311;REFB=-0.0214883;REVB=-0.00733051;RO=88;SAF=13;SAR=33;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162471;STB=0.588388;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0261288;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:88:90:46:46:0.338235:33:13:36:52:33:13:36:54 chr16 74425795 . G A 378.76 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.022748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7287;QD=11.7444;RBI=0.0284847;REFB=-0.0270376;REVB=-0.0171437;RO=77;SAF=13;SAR=33;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134527;STB=0.576217;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0102829;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:83:46:46:0.356589:33:13:30:47:33:13:32:51 chr16 74425826 . G A 239.92 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0167017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.271;QD=14.5408;RBI=0.0167556;REFB=-0.0127492;REVB=-0.00134318;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657215;STB=0.503729;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0141754;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:12:26:19:9:12:26 chr16 74443542 . G C 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00294313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.107;QD=7.49963;RBI=0.00951257;REFB=-0.0118006;REVB=0.00904583;RO=51;SAF=12;SAR=7;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239671;STB=0.644625;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0435356;OID=.;OPOS=74443542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:7:12:22:29:7:12:22:29 chr16 74443789 . T TG 66.65 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0846121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9332;QD=13.3304;RBI=0.0857072;REFB=0.0183883;REVB=-0.0136573;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=-0.0129205;OID=.;OPOS=74443790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:20:10:20:10:2:8:4:6:64:10:2:8:4:6 chr16 74499589 . G A 349.7 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00382424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.946;QD=15.2045;RBI=0.0144654;REFB=-0.0273373;REVB=-0.0139507;RO=54;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.510864;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0516257;OID=.;OPOS=74499589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:19:19:26:28:19:19:26:28 chr16 74537591 . C T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00526157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.145;QD=27.3146;RBI=0.0114617;REFB=-0.00678617;REVB=-0.0101826;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474479;STB=0.526291;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00426722;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:6:6:12:9:6:6 chr16 74664743 . T C 257.11 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00167946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.152;QD=16.0694;RBI=0.00531999;REFB=-0.000800952;REVB=0.00504794;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160799;STB=0.590746;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000615964;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:19:16:18:11:19:16 chr16 74664810 . A T 342.03 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0665544;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1003;QD=20.7291;RBI=0.0673653;REFB=-0.0568828;REVB=-0.0104207;RO=30;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911885;STB=0.542833;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0347054;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:30:31:35:35:0.530303:19:16:17:13:19:16:17:14 chr16 74670458 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0039295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.681;QD=13.459;RBI=0.019419;REFB=0.00125119;REVB=-0.0190173;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361498;STB=0.712224;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00276421;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:15:11:12:4:15:11 chr16 74695079 . G T 542.1 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=85;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0413563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6843;QD=25.214;RBI=0.0492928;REFB=-0.0383061;REVB=-0.0268223;RO=36;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193897;STB=0.506558;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0193769;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:36:36:49:50:0.581395:26:23:16:20:27:23:16:20 chr16 74750405 . G A 490.03 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.204;QD=56.0039;RBI=0.0248174;REFB=0.0173589;REVB=0.0102291;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-1.26535e-05;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr16 75150542 . G A 154.74 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000368261;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.968;QD=14.0677;RBI=0.00166012;REFB=-0.0220663;REVB=0.00161876;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339452;STB=0.526432;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0387137;OID=.;OPOS=75150542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:15:17:0.386364:9:6:10:17:10:7:10:17 chr16 75238103 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4036;QD=59.5007;RBI=0.0402468;REFB=0;REVB=0.0325242;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505802;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr16 75258617 . C T 417.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196578;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.258;QD=57.5718;RBI=0.0468427;REFB=0;REVB=0.0425183;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122216;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr16 75269267 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.065;QD=52.6131;RBI=0.0227502;REFB=0;REVB=-0.0227184;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276885;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr16 75269534 . C T 250.64 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0346428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.123;QD=43.5893;RBI=0.0348864;REFB=-0.000350542;REVB=0.00411572;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114481;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00391942;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:23:2:2:19:19:0.826087:12:7:2:0:12:7:2:0 chr16 75271146 . CCG CC,C 135.29 PASS AF=0.047619,0.295238;AO=13,22;DP=112;FAO=5,31;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=0,25;FSAR=5,6;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0278,-0.00838665;FXX=0.00943307;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.9543,21.3589;QD=5.15387;RBI=0.184602,0.12966;REFB=-0.123175,-0.0880484;REVB=-0.182497,-0.129389;RO=66;SAF=2,20;SAR=11,2;SRF=36;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.498885,0.557028;STB=0.997738,0.758466;STBP=0.025,0.003;TYPE=del,del;VARB=0.109464,0.179153;OID=.,.;OPOS=75271148,75271147;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.295238:13,22:112:5,31:105:69:0,25:5,6:32:37:99:66:2,20:11,2:36:30 chr16 75565284 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.604;QD=49.5992;RBI=0.0855147;REFB=0;REVB=0.0824103;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462112;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 75565420 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.53;QD=60.9731;RBI=0.0222352;REFB=0;REVB=-0.00646266;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73985e-05;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr16 75574030 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.981;QD=57.1769;RBI=0.0286894;REFB=0;REVB=-0.000436094;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62656e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr16 75590092 . G C 1580.39 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506968;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1488;QD=59.6372;RBI=0.156661;REFB=0;REVB=0.156579;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963355;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:106:0:0:97:106:1:36:61:0:0:45:61:0:0 chr16 75646576 . G T 1999.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.137;QD=61.9981;RBI=0.00440926;REFB=0;REVB=-0.00338115;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53485e-06;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:62:66:0:0:62:67:0:0 chr16 75646685 . G T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7615;QD=59.8365;RBI=0.0967915;REFB=0;REVB=-0.0531729;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197536;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr16 75728368 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0090876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3072;QD=21.9519;RBI=0.00908882;REFB=-0.00806385;REVB=-0.000148527;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128632;STB=0.571072;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00888341;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:15:10:18:14:15:10 chr16 76311602 . G GT 676.66 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0769;QD=46.6664;RBI=0.115175;REFB=0;REVB=0.114203;RO=3;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00349128;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:60:58:58:0:25:33:0:0:11:3:24:32:2:1 chr16 76486581 . A G 603.31 PASS AF=0.57732;AO=50;DP=92;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0039261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.195;QD=24.8787;RBI=0.0125921;REFB=-0.00284049;REVB=-0.0119644;RO=38;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052336;STB=0.530571;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00195232;OID=.;OPOS=76486581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:38:41:50:56:0.57732:23:27:18:20:26:30:19:22 chr16 76532583 . A G 248.35 PASS AF=0.329787;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.0150518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.377;QD=10.5682;RBI=0.0373615;REFB=-0.00529885;REVB=-0.0341954;RO=60;SAF=15;SAR=15;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271108;STB=0.642529;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0207953;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:63:30:31:0.329787:15:15:44:16:16:15:44:19 chr16 76587202 . T G 500.7 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00451432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.994;QD=21.7696;RBI=0.0727239;REFB=-0.00923582;REVB=-0.0725836;RO=44;SAF=28;SAR=20;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684781;STB=0.53772;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00782272;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:20:28:29:15:20:28:29:15 chr16 76587331 . T C 533.71 PASS AF=0.51;AO=49;DP=98;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0292066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.089;QD=21.3483;RBI=0.0292497;REFB=0.00154651;REVB=-0.00158749;RO=49;SAF=16;SAR=33;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228674;STB=0.63213;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00129161;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:49:49:49:51:0.51:33:16:28:21:35:16:28:21 chr16 76902847 . T C 624.32 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180059;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.394;QD=59.4591;RBI=0.0532697;REFB=-0.0909677;REVB=0.0501343;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00125611;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:16:25:0:0:16:25:1:0 chr16 76902850 . G A 654.97 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347739;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.718;QD=62.3778;RBI=0.0348206;REFB=0;REVB=0.00180264;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276008;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr16 77228629 . A G 246.58 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2285;QD=46.967;RBI=0.0258117;REFB=-0.157063;REVB=-0.0144007;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0112927;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr16 77228866 . T C 854.47 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755973;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.554;QD=57.9304;RBI=0.0803415;REFB=0;REVB=0.0271994;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101738;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr16 77228971 . C T 462.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2114;QD=57.849;RBI=0.129516;REFB=0;REVB=0.0896547;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210548;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:12:18:0:0:14:18:0:0 chr16 77233394 . A G 3823.51 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410792;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.609;QD=63.7251;RBI=0.049712;REFB=0;REVB=0.0279961;RO=0;SAF=112;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96168e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:240:240:1:128:112:0:0:128:112:0:0 chr16 77246795 . C G 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1842;QD=58.9586;RBI=0.0320182;REFB=0;REVB=0.00124426;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245173;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr16 77323235 . C G 397.74 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.000300099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7645;QD=18.079;RBI=0.0255123;REFB=-0.00462009;REVB=-0.0255105;RO=46;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732728;STB=0.534867;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00690352;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:20:21:20:26:20:21:21:26 chr16 77353973 . G T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.896;QD=57.2373;RBI=0.0367031;REFB=0;REVB=0.0345273;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209443;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr16 77359919 . A T 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00459132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.631;QD=56.8263;RBI=0.00660166;REFB=-0.0818151;REVB=-0.00474359;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00340957;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:37:27:0:0:37:27:0:1 chr16 77389956 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.915;QD=57.7109;RBI=0.0495401;REFB=0;REVB=-0.00238092;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102912;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr16 77401545 . A G 2603.13 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.989;QD=61.9792;RBI=0.0307726;REFB=0;REVB=0.0170743;RO=0;SAF=90;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4451e-06;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:77:90:0:0:77:91:0:0 chr16 77769369 . C T 3886.59 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572376;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.922;QD=63.1966;RBI=0.0587231;REFB=-0.0919552;REVB=0.013125;RO=2;SAF=110;SAR=135;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196188;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:247:246:2:0:245:246:1:135:110:2:0:135:111:0:0 chr16 77769834 . G A 580.47 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00744957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.707;QD=24.186;RBI=0.0187889;REFB=-0.0084907;REVB=-0.0172489;RO=43;SAF=35;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128865;STB=0.577748;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00846656;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:42:53:54:0.5625:18:35:22:21:18:36:21:21 chr16 78013112 . T A 413.35 PASS AF=0.477273;AO=39;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.018073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.096;QD=18.7887;RBI=0.0257911;REFB=-0.0371719;REVB=0.0183996;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19605;STB=0.582485;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0388492;OID=.;OPOS=78013112;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:46:39:42:0.477273:15:24:19:27:18:24:19:27 chr16 78013123 . C T 1172.03 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.541;QD=60.8848;RBI=0.0235157;REFB=0;REVB=0.0112408;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20665e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:43:34:0:0 chr16 78013882 . A T 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.571;QD=62.614;RBI=0.0202348;REFB=0;REVB=-0.0180362;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08589e-05;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr16 78063000 . T C 153.79 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0340646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.948;QD=14.3056;RBI=0.051353;REFB=-0.0210911;REVB=-0.0384283;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230126;STB=0.635007;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0377126;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:15:11:4:13:15:11 chr16 78063064 . G T 97.84 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0437884;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3643;QD=11.8597;RBI=0.0449839;REFB=-0.0224937;REVB=-0.0103018;RO=20;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413331;STB=0.740287;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0369888;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:20:21:12:12:0.363636:2:10:10:10:2:10:11:10 chr16 78064351 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00434818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.18;QD=11.9536;RBI=0.0129462;REFB=0.00102724;REVB=-0.0121941;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00118833;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:5:6:3:5:5:6 chr16 78065139 . A G 962.8 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000228497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.681;QD=53.489;RBI=0.00779427;REFB=-0.0787477;REVB=0.00779092;RO=4;SAF=36;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232394;STB=0.512312;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-4.94957e-05;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:32:36:3:1:32:36:3:1 chr16 78065972 . A G 409.98 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0153261;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3972;QD=14.5127;RBI=0.0457437;REFB=0.00256724;REVB=0.0430999;RO=66;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710474;STB=0.540013;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00298777;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:66:47:47:0.415929:26:21:34:32:26:21:34:32 chr16 78066018 . A C 315.14 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.000154869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.709;QD=12.6057;RBI=0.00303235;REFB=-0.0132648;REVB=-0.00302839;RO=64;SAF=16;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131057;STB=0.57518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0188219;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:20:16:36:28:20:16:36:28 chr16 78142307 . TG TGT,T,TT 216.46 PASS AF=0.0344828,0.431034,0;AO=7,7,14;DP=55;FAO=2,25,0;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=0,18,0;FSAR=2,7,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.126156,-0.030151,-0.0289144;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.72294,196.714,196.843;QD=14.9281;RBI=0.126164,0.0314904,0.0300056;REFB=-0.175272,0.0205579,0.0189863;REVB=0.00143397,0.00908631,0.00801867;RO=22;SAF=1,5,12;SAR=6,2,2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.533416,0.158836,0.374395;STB=0.995189,0.606652,0.5;STBP=0.114,0.172,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0454187,-0.0332121,0.0135822;OID=.,.,.;OPOS=78142309,78142308,78142308;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.431034,0:7,7,14:55:2,25,0:58:31:0,18,0:2,7,0:17:14:99:22:1,5,12:6,2,2:13:9 chr16 78312497 . C A 261.28 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00596996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.569;QD=24.8839;RBI=0.0260355;REFB=-0.00541661;REVB=0.0253418;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607908;STB=0.541632;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00383997;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:12:11:10:8:13:11:10:8 chr16 78458915 . C G 900.54 PASS AF=0.497238;AO=90;DP=181;FAO=90;FDP=181;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.0135938;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.381;QD=19.9015;RBI=0.0137901;REFB=-0.0215638;REVB=-0.00231816;RO=91;SAF=39;SAR=51;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146868;STB=0.513713;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0177654;OID=.;OPOS=78458915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:91:91:90:90:0.497238:51:39:38:53:50:40:38:53 chr16 78466437 . C G 455.86 PASS AF=0.329545;AO=58;DP=175;FAO=58;FDP=176;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=0.00319727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.462;QD=10.3605;RBI=0.00949138;REFB=0.00517351;REVB=-0.00893665;RO=117;SAF=31;SAR=27;SRF=75;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126084;STB=0.574557;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0108996;OID=.;OPOS=78466437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:117:118:58:58:0.329545:27:31:75:42:27:31:76:42 chr16 78586531 . T C 1358.06 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6946;QD=62.4395;RBI=0.028684;REFB=0;REVB=0.00385624;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190153;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr16 79245786 . A G 235.67 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.015577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.098;QD=11.0903;RBI=0.0185597;REFB=-0.0237529;REVB=-0.0100906;RO=56;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153679;STB=0.508922;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0367144;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:19:10:20:36:19:10:20:36 chr16 79245930 . G C 270.1 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00557755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.706;QD=12.0044;RBI=0.00752426;REFB=-0.00962653;REVB=0.00505029;RO=58;SAF=23;SAR=9;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224156;STB=0.630051;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0153046;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:9:23:31:27:9:23:31:27 chr16 79245956 . C G 281.12 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00195029;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.679;QD=11.9626;RBI=0.00319151;REFB=-0.00093047;REVB=0.00252629;RO=61;SAF=23;SAR=10;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241799;STB=0.640102;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0028242;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:10:23:30:31:10:23:30:31 chr16 79245961 . T C 267.78 PASS AF=0.344086;AO=31;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.000797104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.337;QD=11.5173;RBI=0.013465;REFB=-0.00437316;REVB=-0.0134414;RO=60;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209953;STB=0.624033;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00880935;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:31:32:0.344086:10:21:30:30:10:22:31:30 chr16 79633805 . TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG,TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTC 388.07 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=22,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523843,0.0230295;FXX=0.0344709;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=161.235,85.022;QD=55.4382;RBI=0.0571595,0.0248233;REFB=0,0;REVB=0.0228711,0.00926483;RO=0;SAF=6,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00822488,0.0866493;OID=.,.;OPOS=79633806,79633829;OREF=GCC,CG;OALT=-,TC;OMAPALT=TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG,TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:22,2:28:26,2:28:0:10,0:16,2:0:0:9:0:6,0:16,2:0:0 chr16 79634579 . A C 153.95 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0172238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0366;QD=11.6192;RBI=0.0438329;REFB=-0.00509148;REVB=0.0403071;RO=34;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298474;STB=0.676755;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.012562;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:4:15:19:15:4:15:19:15 chr16 79634601 . T C 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0410458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2143;QD=10.4741;RBI=0.0459934;REFB=-0.00401247;REVB=0.0207519;RO=37;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264987;STB=0.658015;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0108251;OID=.;OPOS=79634601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:4:15:22:15:4:15:22:15 chr16 81010073 . C T 336.42 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0117881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.068;QD=28.0346;RBI=0.0196394;REFB=-0.0380285;REVB=-0.0157082;RO=19;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04913;STB=0.52703;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0249933;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:11:18:13:6:11:18:13:6 chr16 81030993 . G A 242.09 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0287039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1631;QD=16.9888;RBI=0.0369554;REFB=-0.0112669;REVB=-0.0232763;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.566879;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.011073;OID=.;OPOS=81030993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:14:16:11:16:14:16 chr16 81050965 . A T 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.909;QD=59.6722;RBI=0.0218881;REFB=0;REVB=-0.0213506;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93206e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:21:49:0:0:21:49:0:0 chr16 81056441 . T G 304.2 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00750068;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.347;QD=22.124;RBI=0.0106397;REFB=0.0151058;REVB=0.00754611;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119957;STB=0.566459;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00794931;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:12:12:20:11:12:12 chr16 81061827 . G A 276.05 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00832632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7989;QD=13.3038;RBI=0.0435583;REFB=0.00932692;REVB=0.0427551;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180114;STB=0.602348;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00609097;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:16:16:17:34:16:16:17:34 chr16 81062171 . C T 194.19 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0110474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.044;QD=17.6538;RBI=0.03595;REFB=-0.00102578;REVB=0.0342105;RO=22;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213027;STB=0.703584;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00512586;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:21:20:0.454545:4:17:14:8:3:17:14:10 chr16 81077915 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.831;QD=44.6898;RBI=0.0333922;REFB=0;REVB=-0.0125397;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258613;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr16 81095072 . C T 579.64 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203266;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.77;QD=61.0142;RBI=0.057271;REFB=0;REVB=0.0535425;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123109;OID=.;OPOS=81095072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr16 81095363 . C T 278.19 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110561;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.522;QD=52.988;RBI=0.0159264;REFB=0;REVB=0.0114635;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405059;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 81142257 . T C 734.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7854;QD=56.484;RBI=0.0670525;REFB=0;REVB=0.0184952;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495169;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr16 81145807 . C G 1540.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.816;QD=59.8185;RBI=0.0285962;REFB=0;REVB=-0.000209504;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170863;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:68:35:0:0:68:35:0:0 chr16 81151122 . A C 1134.31 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0693;QD=60.4963;RBI=0.0353412;REFB=0;REVB=-0.00446906;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101573;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr16 81157324 . G A 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3795;QD=60.1535;RBI=0.0536343;REFB=-0.0324944;REVB=0.0456464;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00241002;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:29:15:0:0:29:15:1:0 chr16 81173136 . T C 972.78 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0789;QD=58.9565;RBI=0.0886553;REFB=0;REVB=0.0885655;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652115;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:24:42:0:0 chr16 81173193 . C T 219.18 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.021368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.718;QD=13.9162;RBI=0.0217959;REFB=-0.0313863;REVB=0.00429733;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047588;STB=0.527092;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0301135;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:23:14:11:15:23:14 chr16 81181097 . G T 275.36 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00561403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.87;QD=18.0566;RBI=0.0169448;REFB=-0.0211688;REVB=-0.0159878;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732914;STB=0.540956;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0299524;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:13:18:15:15:13:18 chr16 81181783 . T C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00284319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.485;QD=12.9738;RBI=0.051065;REFB=-0.0164893;REVB=0.0509858;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196261;STB=0.615195;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0379344;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:11:7:7:5:11:7 chr16 81181869 . T C 321.24 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0242107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.751;QD=16.2652;RBI=0.0279279;REFB=-0.00805152;REVB=-0.0139214;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063694;STB=0.536547;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.011127;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:34:35:0.443038:16:18:20:23:16:19:21:23 chr16 81183325 . T A 272.72 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00258991;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.784;QD=12.3965;RBI=0.0108065;REFB=-0.00617152;REVB=-0.0104915;RO=56;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791159;STB=0.545426;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0107269;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:16:16:24:32:16:16:24:32 chr16 81185412 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0267496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.049;QD=7.25973;RBI=0.0381524;REFB=0.0056775;REVB=-0.0272042;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41202;STB=0.749583;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0100892;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:22:7:6:4:22:7 chr16 81185416 . A G 547.06 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6863;QD=57.585;RBI=0.0623984;REFB=-0.11242;REVB=-0.0349095;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00299323;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:0:1:37:37:0.973684:12:25:0:0:12:25:0:1 chr16 81185419 . G C 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0292249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.961;QD=7.89671;RBI=0.0417347;REFB=0.00256036;REVB=-0.0297941;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367669;STB=0.720693;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0035124;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:23:7:6:5:23:7 chr16 81190598 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-2.21413e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.667;QD=18.0871;RBI=0.0173705;REFB=-0.00265675;REVB=-0.0173704;RO=27;SAF=22;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388454;STB=0.72181;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00258476;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:4:22:14:13:4:22:14:13 chr16 81190601 . T C 771.14 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650379;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2691;QD=57.1217;RBI=0.0728505;REFB=0;REVB=0.0328218;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277901;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr16 81190613 . A G 283.68 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.00373382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5254;QD=18.3019;RBI=0.0267566;REFB=-0.0200248;REVB=0.0264948;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289978;STB=0.66802;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0227277;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:29:31:0.5:12:17:27:4:14:17:27:4 chr16 81194382 . T C 370.87 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0107111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.896;QD=13.2455;RBI=0.0111366;REFB=-0.0119778;REVB=-0.00304874;RO=68;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144569;STB=0.508193;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.018837;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:68:44:44:0.392857:24:20:30:38:24:20:30:38 chr16 81198306 . C A 222.1 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0376653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.421;QD=19.7422;RBI=0.0389007;REFB=-0.0340237;REVB=-0.00972565;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691752;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0404971;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:8:13:12:10:9:13:13:10 chr16 81199520 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0221;QD=59.8354;RBI=0.0722795;REFB=0;REVB=-0.000526526;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728778;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr16 81199538 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000250339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7445;QD=56.1852;RBI=0.0859494;REFB=0;REVB=0.085949;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147186;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 81199544 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.074;QD=54.5151;RBI=0.0401084;REFB=0;REVB=0.0254493;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333814;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 81199554 . CA TG 289.69 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102965;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.14;QD=52.6711;RBI=0.106409;REFB=0;REVB=-0.0268525;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000579133;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr16 81208175 . C T 172.99 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.030174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.754;QD=11.3438;RBI=0.0306075;REFB=-0.015304;REVB=-0.00513335;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540267;STB=0.512037;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0241094;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:39:22:22:0.360656:10:12:22:15:10:12:22:17 chr16 81208203 . G T 341.81 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0307746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.726;QD=15.8983;RBI=0.0330824;REFB=-0.0108697;REVB=-0.0121395;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099509;STB=0.556086;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0129868;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:21:16:26:23:21:16:26:23 chr16 81208515 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0493201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.368;QD=9.44487;RBI=0.0498305;REFB=-0.0340385;REVB=0.00711419;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318047;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0228782;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:6:3:4:2:7:3 chr16 81209207 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.009;QD=49.5968;RBI=0.00360613;REFB=0;REVB=0.00064335;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37508e-05;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 81209234 . C T 215.14 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00161692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.31;QD=37.4152;RBI=0.00599454;REFB=-0.0255134;REVB=0.00577236;RO=4;SAF=14;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920049;STB=0.550506;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00867102;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:5:14:2:2:5:14:2:2 chr16 81213378 . A G 481.21 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.151;QD=58.3284;RBI=0.041939;REFB=0;REVB=0.0418189;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85648e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr16 81232275 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.759;QD=48.7372;RBI=0.0382694;REFB=0;REVB=0.0364955;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313019;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 81232564 . T G 1713.04 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.2157;QD=60.6385;RBI=0.0229985;REFB=0;REVB=-0.0210637;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78441e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr16 81241098 . C T 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.344;QD=59.8511;RBI=0.00999642;REFB=0;REVB=0.00478048;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23829e-06;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr16 81241100 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.902;QD=59.8559;RBI=0.0245521;REFB=0;REVB=0.0236903;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90836e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr16 81242102 . G A 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.133;QD=54.6385;RBI=0.0913633;REFB=-0.131656;REVB=-0.0900338;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00141578;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr16 81242194 . T C 971.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.059;QD=58.8706;RBI=0.0499396;REFB=0;REVB=0.0299977;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05408e-05;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:28:33:0:0:30:36:0:0 chr16 81279120 . T C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00485678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1846;QD=7.66769;RBI=0.0163461;REFB=0.00577148;REVB=-0.0156079;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502033;STB=0.814269;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00894441;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:2:10:15:20:2:10:15:20 chr16 81295902 . T C 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0327141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.65;QD=19.8472;RBI=0.0433936;REFB=-0.0174327;REVB=0.0285094;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00590924;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:6:7:8:7:6:7 chr16 81413521 . GTT GTG,GTGT,G,GT 978.78 PASS AF=0.142012,0.366864,0.0177515,0.260355;AO=37,26,20,24;DP=170;FAO=24,62,3,44;FDP=169;FR=.;FRO=36;FSAF=13,30,1,19;FSAR=11,32,2,25;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.00595317,-0.00600202,-0.00778092,-0.0121105;FXX=0.0231201;HRUN=12,0,12,12;LEN=1,1,2,1;MLLD=232.699,233.324,6.64351,4.16526;QD=23.1663;RBI=0.0782993,0.0515144,0.568191,0.949429;REFB=-0.0052201,-0.00352587,-0.116173,-0.215112;REVB=-0.0780726,-0.0511635,-0.568138,-0.949352;RO=21;SAF=15,22,3,18;SAR=22,4,17,6;SRF=20;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.351116,-0.190663,-0.675867,-0.263176;STB=0.663674,0.617361,0.868084,0.663647;STBP=0.064,0.007,0.511,0.007;TYPE=snp,ins,del,del;VARB=-0.00823944,-0.00208964,0.0197306,0.211883;OID=.,.,.,.;OPOS=81413523,81413523,81413522,81413522;OREF=T,-,TT,T;OALT=G,G,-,-;OMAPALT=GTG,GTGT,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.142012,0.366864,0.0177515,0.260355:37,26,20,24:170:24,62,3,44:169:36:13,30,1,19:11,32,2,25:29:7:99:21:15,22,3,18:22,4,17,6:20:1 chr16 81497952 . A G 308.29 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.012232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.395;QD=28.026;RBI=0.0183291;REFB=-0.01975;REVB=0.0136505;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121677;STB=0.555514;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0145587;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:27:27:0.613636:15:12:10:6:15:12:10:7 chr16 81819768 . T C 705.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.848;QD=62.6796;RBI=0.0555284;REFB=0;REVB=0.0145798;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169541;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 81892708 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.659;QD=55.6561;RBI=0.0410563;REFB=0;REVB=0.0296807;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130313;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr16 81902079 . T C 976.66 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212448;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2459;QD=59.1917;RBI=0.0279805;REFB=0;REVB=0.0182089;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53365e-06;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr16 81902283 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00357858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.639;QD=37.893;RBI=0.0228576;REFB=-0.0335105;REVB=0.0225757;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000824254;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr16 81914583 . C T 399.66 PASS AF=0.597015;AO=36;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.026538;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.214;QD=23.86;RBI=0.0312443;REFB=-0.0295387;REVB=0.0164907;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158603;STB=0.601132;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0282386;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:27:36:40:0.597015:16:20:9:17:18:22:8:19 chr16 81929488 . C T 674.88 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00529463;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.049;QD=17.5294;RBI=0.00542363;REFB=-0.0242493;REVB=0.00117587;RO=81;SAF=41;SAR=31;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254569;STB=0.511181;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0306416;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:81:82:72:72:0.467532:31:41:44:37:31:41:45:37 chr16 81941319 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.685;QD=58.1421;RBI=0.0372262;REFB=0;REVB=0.0371437;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143581;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr16 81971403 . T C 134.13 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0674533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.31;QD=16.258;RBI=0.0705072;REFB=-0.0178247;REVB=0.0205261;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219798;STB=0.637277;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0229645;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:5:12:7:8:5:13 chr16 81995543 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.422;QD=52.6125;RBI=0.0596877;REFB=0;REVB=0.0500432;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629258;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr16 82182354 . G A 1242.17 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.894;QD=61.3418;RBI=0.0113877;REFB=0;REVB=0.00907741;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04543e-05;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:30:50:0:0:30:51:0:0 chr16 82203705 . A C 345.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193791;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.864;QD=55.3017;RBI=0.0635509;REFB=0;REVB=0.0605241;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403804;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr16 82203711 . G T 367.39 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101744;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8518;QD=54.4282;RBI=0.181151;REFB=0;REVB=0.149879;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467132;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:26:27:1:6:20:0:0:7:20:0:0 chr16 82203742 . T C 297.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.453;QD=49.559;RBI=0.0448422;REFB=-0.117054;REVB=0.0427014;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00406165;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:1:0:9:14:1:0 chr16 82203758 . C T 272.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4437;QD=51.8516;RBI=0.0560493;REFB=0;REVB=-0.0410918;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245422;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr16 82203768 . G T 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0479;QD=50.3954;RBI=0.135503;REFB=0;REVB=0.0415866;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033318;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 82673047 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.733;QD=57.1063;RBI=0.0325111;REFB=0;REVB=0.0324244;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90359e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr16 82903030 . A C 206.78 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5352;QD=48.6543;RBI=0.11773;REFB=0;REVB=0.0806822;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00693555;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 83065664 . G A 648.63 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0123791;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.532;QD=19.9579;RBI=0.0232909;REFB=-0.0165039;REVB=0.0197288;RO=64;SAF=23;SAR=42;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945168;STB=0.549004;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0177969;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:64:65:65:65:0.5:42:23:29:35:42:23:29:36 chr16 83817018 . CA C,CG 324.36 PASS AF=0.192308,0.807692;AO=6,17;DP=27;FAO=5,21;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779528,-0.00883194;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.295,138.706;QD=49.9021;RBI=0.00781434,0.0133437;REFB=0,0;REVB=0.000545404,-0.0100025;RO=0;SAF=2,9;SAR=4,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00727321,0.00793546;OID=.,.;OPOS=83817019,83817019;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.192308,0.807692:6,17:27:5,21:26:0:2,9:3,12:0:0:12:0:2,9:4,8:0:0 chr16 83940604 . G A 387.79 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0134756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.197;QD=14.2306;RBI=0.0212737;REFB=-0.0129737;REVB=-0.0164614;RO=64;SAF=18;SAR=27;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445538;STB=0.525086;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0245443;OID=.;OPOS=83940604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:27:18:23:41:27:18:23:41 chr16 83983071 . C T 753.61 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.122;QD=61.5189;RBI=0.0781471;REFB=-0.105665;REVB=0.0763142;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00094871;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:26:22:0:0:26:22:1:0 chr16 83984776 . A C 867.17 PASS AF=0.927536;AO=61;DP=67;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0138903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4922;QD=50.2706;RBI=0.0152517;REFB=-0.0131982;REVB=-0.00629871;RO=4;SAF=3;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302152;STB=0.66292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0045355;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:67:69:4:5:61:64:0.927536:58:3:3:1:60:4:4:1 chr16 83984844 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.489;QD=61.6951;RBI=0.0133303;REFB=0;REVB=0.00836957;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11955e-06;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr16 83984850 . C G 1149.0 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000402621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.69;QD=58.1775;RBI=0.0204174;REFB=-0.179442;REVB=0.0204134;RO=2;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189252;STB=0.504949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000901054;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:79:2:1:77:78:0.987342:49:28:0:2:50:28:0:1 chr16 83999033 . A G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.000519544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.915;QD=10.9409;RBI=0.0210723;REFB=-0.0182413;REVB=-0.0210659;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172518;STB=0.602234;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0312038;OID=.;OPOS=83999033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:6:14:6:5:6:14 chr16 84035446 . C G 1458.59 PASS AF=0.953271;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00211285;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.696;QD=54.5267;RBI=0.0116805;REFB=-0.10853;REVB=0.0114879;RO=4;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379059;STB=0.515415;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000515346;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:108:107:4:5:102:102:0.953271:48:54:0:4:48:54:1:4 chr16 84035919 . T C 391.74 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000622111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.604;QD=19.345;RBI=0.00424176;REFB=-0.0137298;REVB=0.00419589;RO=41;SAF=26;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217937;STB=0.621322;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0154302;OID=.;OPOS=84035919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:14:26:17:24:14:26:17:24 chr16 84070500 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.677;QD=53.9111;RBI=0.0480782;REFB=0;REVB=-0.0241369;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125024;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr16 84115483 . G A 1230.64 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115248;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.269;QD=61.5321;RBI=0.0152637;REFB=0;REVB=0.0100079;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42694e-06;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr16 84203612 . A G 152.17 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0150954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8353;QD=20.9887;RBI=0.0901676;REFB=-0.0571083;REVB=-0.088895;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172863;STB=0.612628;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0255495;OID=.;OPOS=84203612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:7:9:4:8:7:9:4:9 chr16 84203939 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0240848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.121;QD=11.0199;RBI=0.0444885;REFB=-0.0050321;REVB=0.0374052;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00556664;OID=.;OPOS=84203939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:2:5:4:2:3:5 chr16 84208335 . G T 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.016784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2294;QD=16.8919;RBI=0.0293601;REFB=0.039638;REVB=0.0240896;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264582;STB=0.649015;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0375254;OID=.;OPOS=84208335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:26:11:25:20:26:11:25:20 chr16 84209634 . C G 235.6 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0166785;FXX=0.0350816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.775;QD=17.1348;RBI=0.0167943;REFB=-0.0108834;REVB=-0.00196839;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01257;STB=0.56245;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0192314;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:25:29:26:26:0.472727:18:8:8:17:18:8:12:17 chr16 84209738 . T C 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00269093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.746;QD=13.4563;RBI=0.0290172;REFB=-0.0268683;REVB=-0.0288921;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0198329;OID=.;OPOS=84209738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr16 84212571 . C A 37.73 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.06377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.821;QD=8.87792;RBI=0.0659594;REFB=-0.00957952;REVB=0.0168533;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154572;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0232067;OID=.;OPOS=84212571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:11:11:5:6:0.352941:2:3:5:6:2:4:5:6 chr16 84213114 . C T 130.47 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0035301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.156;QD=13.734;RBI=0.00448584;REFB=-0.0243512;REVB=-0.00276788;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656827;STB=0.538409;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0332539;OID=.;OPOS=84213114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:14:9:5:10:14:9 chr16 84213434 . A T 134.1 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00146608;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.424;QD=14.1158;RBI=0.0124518;REFB=-0.0158563;REVB=-0.0123652;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.559362;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0203117;OID=.;OPOS=84213434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:13:10:8:7:13:10 chr16 84215390 . T C 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0255163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.262;QD=17.8;RBI=0.044424;REFB=-0.0132892;REVB=0.036365;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0157706;OID=.;OPOS=84215390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:10:14:11:9:10:14 chr16 84217062 . C T 563.27 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.497;QD=57.7717;RBI=0.0390009;REFB=-0.0989701;REVB=0.0154915;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00143822;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr16 84228237 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00528759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.579;QD=17.4016;RBI=0.00625614;REFB=-0.0302404;REVB=0.00334375;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146024;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0153691;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:7:6:4:9:7:6 chr16 84228748 . C T 242.97 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0406682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.331;QD=22.6016;RBI=0.0406787;REFB=-0.00371204;REVB=0.000922098;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107869;STB=0.559951;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00295016;OID=.;OPOS=84228748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:4:16:16:7:4:16 chr16 84229559 . T C 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0794502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.774;QD=7.25971;RBI=0.0801231;REFB=-0.0066356;REVB=-0.010362;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695676;STB=0.543393;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.011379;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:10:19:6:4:10:19 chr16 84229580 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00186533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.256;QD=10.8236;RBI=0.0184663;REFB=-0.00999754;REVB=-0.0183719;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119645;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0172699;OID=.;OPOS=84229580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:9:14:6:6:9:14 chr16 84270381 . G A 670.83 PASS AF=0.49635;AO=66;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0202244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.171;QD=19.5862;RBI=0.0373833;REFB=0.000425352;REVB=0.0314402;RO=70;SAF=28;SAR=38;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845155;STB=0.548331;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000423071;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:69:66:68:0.49635:38:28:36:34:39:29:36:33 chr16 84360533 . A G 169.33 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0501281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6964;QD=16.5198;RBI=0.0502615;REFB=0.000546076;REVB=0.00365955;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000462618;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:10:13:10:8:10:13 chr16 84438505 . C T 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0185452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3611;QD=18.1533;RBI=0.0924646;REFB=0.000225695;REVB=-0.0905857;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593965;STB=0.51213;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00212466;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:13:8:9:15:13:8:9:16 chr16 84438512 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5741;QD=63.5827;RBI=0.0302268;REFB=0;REVB=-0.0197742;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050653;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr16 84444349 . A C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.687;QD=57.7101;RBI=0.0100025;REFB=0;REVB=0.00987697;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82941e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr16 84476200 . A T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0103148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.391;QD=20.0176;RBI=0.0143403;REFB=-0.00182139;REVB=-0.00996231;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115528;STB=0.564786;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00193333;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:3:14:13:5:3:14 chr16 84485573 . C A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.214;QD=58.5995;RBI=0.0897984;REFB=0;REVB=0.0815147;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059036;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr16 84488444 . G A 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00283546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.935;QD=7.83395;RBI=0.0661416;REFB=-0.0122175;REVB=0.0660808;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559951;STB=0.794719;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.029904;OID=.;OPOS=84488444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:14:16:7:7:0.304348:5:2:12:2:5:2:12:4 chr16 84493144 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.825;QD=62.3509;RBI=0.0474531;REFB=0;REVB=0.0462168;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157717;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 84494020 . G T 804.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.988;QD=55.4796;RBI=0.0148843;REFB=-0.143113;REVB=-0.00570037;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000747773;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:37:20:1:0:37:20:1:0 chr16 84494275 . C T 994.37 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000711265;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.946;QD=59.3653;RBI=0.0433495;REFB=0;REVB=0.0433437;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138789;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr16 84516309 . G A 809.96 PASS AF=1;AO=44;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.267;QD=55.859;RBI=0.0555361;REFB=0;REVB=0.0279876;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266275;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:44:58:1:23:21:0:0:25:33:0:0 chr16 84516310 . T A 93.55 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0247739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4984;QD=6.45153;RBI=0.0249298;REFB=-0.101503;REVB=-0.00278417;RO=44;SAF=12;SAR=2;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504531;STB=0.819175;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0188037;OID=.;OPOS=84516310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:2:12:21:23:2:12:21:23 chr16 84520324 . GT G,GC 87.24 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,5;DP=8;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106125,-0.0964565;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.8768,43.0189;QD=38.773;RBI=0.106427,0.128006;REFB=0,0;REVB=0.00801119,-0.0841533;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0191,0.0937919;OID=.,.;OPOS=84520325,84520325;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:2,5:8:1,8:9:0:1,6:0,2:0:0:6:0:1,5:1,0:0:0 chr16 84520396 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.594;QD=60.6082;RBI=0.0161253;REFB=0;REVB=0.0160817;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48554e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 84520537 . T C 975.94 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457114;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.287;QD=59.148;RBI=0.0094427;REFB=0;REVB=-0.00826252;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81083e-06;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr16 84522897 . G C 638.69 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000968644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.353;QD=59.4128;RBI=0.0615157;REFB=-0.10795;REVB=0.0615081;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015915;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00229511;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:13:29:1:0:13:29:1:0 chr16 84600347 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0062587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.607;QD=13.0911;RBI=0.0255784;REFB=-0.00852904;REVB=-0.0248009;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213335;STB=0.622592;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0141511;OID=.;OPOS=84600347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:17:3:4:9:17:3 chr16 84778690 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0250523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.516;QD=7.83717;RBI=0.0280459;REFB=0.000294721;REVB=0.0126079;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307725;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:9:7:3:4:9:7 chr16 84778694 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00107034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.096;QD=6.5737;RBI=0.0146265;REFB=-0.00100058;REVB=-0.0145873;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00810939;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:9:7:3:3:9:7 chr16 84778697 . G C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00870115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6414;QD=6.57356;RBI=0.00905682;REFB=-0.00395718;REVB=-0.00251314;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00910603;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:9:7:3:3:9:7 chr16 84778762 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00221415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1824;QD=21.169;RBI=0.0029883;REFB=0.0366223;REVB=-0.00200685;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0137473;OID=.;OPOS=84778762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr16 84779248 . T G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000947068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.397;QD=22.7198;RBI=0.00439927;REFB=-0.011598;REVB=-0.00429612;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278298;STB=0.65766;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00891882;OID=.;OPOS=84779248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:3:6:4:10:3:6 chr16 84796603 . A G 613.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7998;QD=61.3031;RBI=0.00753526;REFB=0;REVB=-0.00616585;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30144e-05;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr16 84808824 . C G 179.27 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00684083;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.134;QD=12.5803;RBI=0.0238949;REFB=-0.0111862;REVB=-0.0228948;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142326;STB=0.516114;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0312667;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:19:15:10:12:20:15 chr16 84906098 . C G 2273.54 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00649554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.609;QD=60.2263;RBI=0.00961645;REFB=0.00647087;REVB=-0.00709112;RO=1;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647113;STB=0.503355;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000136881;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:149:150:0.993377:73:76:0:1:74:76:0:1 chr16 84922859 . C T 972.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.88;QD=58.9438;RBI=0.0426237;REFB=0;REVB=0.0273567;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193885;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr16 85100976 . G A 361.32 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0105323;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.377;QD=15.0549;RBI=0.0178451;REFB=-0.0164061;REVB=0.0144055;RO=57;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305506;STB=0.673663;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0159332;OID=.;OPOS=85100976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:11:28:25:32:11:28:25:32 chr16 85705880 . C T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00843406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3077;QD=15.2371;RBI=0.0360662;REFB=0.0101856;REVB=0.0350661;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491731;STB=0.52012;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0140823;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:15:13:18:17:15:13:18:18 chr16 85705901 . G A 421.54 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=9.75439e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.259;QD=19.8373;RBI=0.00986274;REFB=-0.00996431;REVB=0.00986226;RO=42;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214699;STB=0.517271;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00874902;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:42:43:0.505882:22:20:21:21:23:20:21:21 chr16 85706047 . A C 1210.36 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0246569;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8556;QD=55.6486;RBI=0.0264441;REFB=-0.177749;REVB=-0.00955645;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.533325;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00392861;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:88:87:1:5:82:82:0.942529:47:35:1:0:47:35:5:0 chr16 85707013 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.056938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4071;QD=19.3856;RBI=0.0731112;REFB=-0.0398852;REVB=-0.0458619;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108214;STB=0.561038;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0417234;OID=.;OPOS=85707013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:7:14:11:9:7:14 chr16 85707072 . GT G 82.89 PASS AF=0.888889;AO=12;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0741314;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.94635;QD=18.4189;RBI=0.110746;REFB=-0.0315755;REVB=0.0822747;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219728;STB=0.523779;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0505875;OID=.;OPOS=85707073;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:12:18:16:18:2:11:5:1:1:6:4:10:2:2:2 chr16 85707289 . C G 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0230001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.011;QD=28.0218;RBI=0.026672;REFB=-0.0152708;REVB=0.0135053;RO=17;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135472;STB=0.501628;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00830691;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:17:11:7:10:17:11:7:11 chr16 85711860 . C T 454.83 PASS AF=0.471698;AO=48;DP=104;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=43;FWDB=-0.0153531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.683;QD=17.1636;RBI=0.0154283;REFB=-0.0180887;REVB=0.00152078;RO=56;SAF=17;SAR=31;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135286;STB=0.566145;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0237014;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:56:48:50:0.471698:31:17:13:43:33:17:13:43 chr16 85812956 . A T 39.83 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0038867;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.2109;QD=4.68545;RBI=0.0357907;REFB=-0.00664289;REVB=0.0355791;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406071;STB=0.649599;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.169446;OID=.;OPOS=85812956;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:34:23:26:8:8:0.235294:7:1:9:14:6:2:11:15 chr16 85814899 . T TAGTC 453.76 PASS AF=0.777778;AO=34;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0043749;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=231.943;QD=40.3345;RBI=0.00930094;REFB=-0.0241232;REVB=-0.00820779;RO=10;SAF=18;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298154;STB=0.512813;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=0.0051282;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:34:45:35:45:10:19:16:6:4:69:10:18:16:6:4 chr16 85834818 . G A 356.36 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0245272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.651;QD=14.6954;RBI=0.0252058;REFB=-0.00559112;REVB=-0.00580929;RO=58;SAF=25;SAR=14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18861;STB=0.607068;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0133359;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:14:25:27:31:14:25:27:31 chr16 85838653 . T C 1506.21 PASS AF=1;AO=93;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154521;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7941;QD=62.1117;RBI=0.0400738;REFB=-0.0874131;REVB=0.0369749;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161472;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:0:0:93:97:1:42:51:0:0:45:52:0:0 chr16 85948098 . G A 444.47 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00705013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.204;QD=23.0895;RBI=0.0262654;REFB=-0.00998617;REVB=0.0253016;RO=31;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068044;STB=0.513507;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00770282;OID=.;OPOS=85948098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:34:43:43:0.558442:24:19:11:20:24:19:14:20 chr16 86069722 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2994;QD=57.6801;RBI=0.0650368;REFB=0;REVB=-0.00619681;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122886;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 86069738 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.215;QD=60.9786;RBI=0.0280521;REFB=0;REVB=0.0181686;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020818;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr16 86069788 . GT TG 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210365;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.86;QD=59.433;RBI=0.0274781;REFB=0;REVB=0.017678;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000158078;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr16 86069827 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00423924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.477;QD=55.4105;RBI=0.0259669;REFB=0.0358931;REVB=0.0256186;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=6.42248e-05;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:0:1:26:31:0:1 chr16 86547496 . C T 849.44 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2142;QD=57.5889;RBI=0.0305898;REFB=0;REVB=-0.0299071;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259563;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr16 86565826 . C G 1018.65 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0354252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.5498;QD=54.3281;RBI=0.0398717;REFB=-0.241492;REVB=-0.0182976;RO=2;SAF=51;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013874;STB=0.502091;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00391896;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:2:4:71:71:0.946667:20:51:1:1:20:51:3:1 chr16 86574818 . C G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000291892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.863;QD=48.626;RBI=0.007207;REFB=-0.0631643;REVB=0.00720109;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00235841;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr16 86614583 . C T 113.05 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0311828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.641;QD=32.3;RBI=0.0462451;REFB=-0.0883076;REVB=0.0341503;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149061;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00214585;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:14:2:2:11:12:0.857143:5:6:0:2:5:7:0:2 chr16 87350773 . C A 895.84 PASS AF=0.928571;AO=64;DP=72;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0563459;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.444;QD=51.1906;RBI=0.0682938;REFB=-0.171337;REVB=0.03859;RO=5;SAF=23;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922526;STB=0.547155;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00292213;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:72:70:5:5:64:65:0.928571:41:23:5:0:41:24:5:0 chr16 87417621 . G A 543.82 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=0.00221057;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.885;QD=18.1272;RBI=0.00669045;REFB=0.0133135;REVB=0.00631471;RO=56;SAF=40;SAR=17;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612753;STB=0.521612;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0195065;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:63:57:57:0.475:17:40:36:20:17:40:42:21 chr16 87436720 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.034;QD=53.2771;RBI=0.031992;REFB=0;REVB=0.00301395;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285691;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr16 87436764 . A G 698.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.511;QD=62.0836;RBI=0.0551312;REFB=0;REVB=-0.0118833;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81778e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:18:27:0:0 chr16 87446368 . C T 216.53 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0127384;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.867;QD=21.1251;RBI=0.0144694;REFB=-0.01342;REVB=-0.00686253;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.535075;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0131885;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:11:9:8:13:11:9 chr16 87451282 . C CA 115.73 PASS AF=0.636364;AO=3;DP=24;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0572377;FXX=0.0434594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.749;QD=21.0417;RBI=0.0597845;REFB=-0.0723416;REVB=0.0172638;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157464;STB=0.54539;STBP=0.595;TYPE=ins;VARB=0.0416635;OID=.;OPOS=87451283;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:3:24:14:22:8:7:7:5:3:56:21:2:1:11:10 chr16 87451283 . G A 105.69 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00489701;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.962;QD=19.2159;RBI=0.0275312;REFB=-0.0314183;REVB=0.0270922;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.626659;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0151657;OID=.;OPOS=87451283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:7:3:7:5:7:3 chr16 87493737 . T C 281.21 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0228317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.694;QD=19.3936;RBI=0.0454948;REFB=-0.00353481;REVB=0.0393508;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140337;STB=0.577729;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00156479;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:12:18:21:7:12:18:21:7 chr16 87678144 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0310792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3654;QD=16.4167;RBI=0.0411384;REFB=0.00648846;REVB=-0.0269528;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180419;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00479155;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:4:10:8:7:4:10:9:7 chr16 87678165 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0165683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.205;QD=14.6577;RBI=0.0269451;REFB=-0.0193291;REVB=-0.0212493;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0517652;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:9:8:5:8:9:8 chr16 87729334 . C CA 155.79 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00671484;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=239.522;QD=25.9647;RBI=0.0460029;REFB=-0.0273124;REVB=0.0455102;RO=8;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468104;STB=0.532744;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.0156056;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:15:23:16:24:8:13:3:6:2:51:8:12:3:6:2 chr16 87729434 . C A 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0375183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7794;QD=14.6482;RBI=0.0552475;REFB=0.0157194;REVB=-0.0405544;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391876;STB=0.726669;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0145977;OID=.;OPOS=87729434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:5:0:3:3:5:0 chr16 87736241 . G A 230.63 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0107808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.838;QD=12.1383;RBI=0.0128606;REFB=-0.00439203;REVB=0.00701217;RO=47;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158175;STB=0.596946;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00481356;OID=.;OPOS=87736241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:48:28:28:0.368421:12:16:20:27:12:16:20:28 chr16 87738709 . GCTTCCT G 174.75 PASS AF=0.263158;AO=23;DP=94;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0211959;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=337.17;QD=7.35804;RBI=0.023954;REFB=-0.0084894;REVB=-0.0111592;RO=68;SAF=15;SAR=8;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836638;STB=0.542338;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.0285914;OID=.;OPOS=87738710;OREF=CTTCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:23:94:25:95:70:16:9:41:29:99:68:15:8:40:28 chr16 87738725 . C T 182.14 PASS AF=0.254902;AO=25;DP=101;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0132343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.222;QD=7.14258;RBI=0.0357491;REFB=-0.00610523;REVB=-0.0332092;RO=76;SAF=15;SAR=10;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600673;STB=0.548249;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0231659;OID=.;OPOS=87738725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:76:76:25:26:0.254902:10:15:42:34:10:16:42:34 chr16 87738853 . T C 404.83 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.12163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.411;QD=32.3867;RBI=0.123486;REFB=-0.00395976;REVB=0.02133;RO=17;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455929;STB=0.524894;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00261615;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:17:16:7:10:17:16:7:10 chr16 87788864 . G A 438.76 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0103087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.349;QD=17.2062;RBI=0.0103474;REFB=-0.0273013;REVB=-0.000894789;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576777;STB=0.53657;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0265241;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:47:48:0.470588:28:19:25:29:29:19:25:29 chr16 87866138 . G C 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.110228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.853;QD=22.8286;RBI=0.11026;REFB=-0.00337071;REVB=0.00264983;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203027;STB=0.61277;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000705552;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:1:9:10:5:1:9 chr16 88017809 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0122525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.4532;QD=8.40172;RBI=0.0537577;REFB=0.0150882;REVB=0.0523428;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317645;STB=0.695229;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0289739;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:8:13:3:6:8:13 chr16 88052161 . C A 463.01 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00089213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.859;QD=17.4721;RBI=0.0133724;REFB=-0.0091534;REVB=0.0133426;RO=56;SAF=33;SAR=17;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240734;STB=0.634073;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00784697;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:17:33:23:33:17:33:23:33 chr16 88061150 . C T 285.42 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0875727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8559;QD=24.2909;RBI=0.0879414;REFB=-0.0174084;REVB=0.00804439;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0240083;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:20:21:24:26:0.553191:12:12:10:10:12:14:11:10 chr16 88105053 . T A 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0260556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.22;QD=19.9754;RBI=0.0261197;REFB=-0.0160154;REVB=-0.00182803;RO=39;SAF=27;SAR=13;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365201;STB=0.702069;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0143833;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:13:27:10:29:13:27:10:29 chr16 88123598 . C G 753.85 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4978;QD=56.8942;RBI=0.0902077;REFB=0;REVB=-0.0169987;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637918;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr16 88123697 . C A 639.32 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2505;QD=60.8878;RBI=0.0915829;REFB=0;REVB=0.0914357;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164604;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:28:12:0:0:30:12:0:0 chr16 88124525 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.125;QD=42.1824;RBI=0.0685874;REFB=0;REVB=-0.068502;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148549;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 88134285 . A G 755.92 PASS AF=0.982456;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0557723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2113;QD=53.0473;RBI=0.0598447;REFB=0.0834906;REVB=-0.0216988;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00179513;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:57:1:1:52:56:0.982456:24:28:0:1:26:30:0:1 chr16 88494947 . T C 1188.69 PASS AF=0.94186;AO=82;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00132628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6841;QD=55.2881;RBI=0.00456726;REFB=-0.0207271;REVB=0.00437045;RO=3;SAF=38;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359247;STB=0.531638;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00901029;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:86:86:3:5:82:81:0.94186:44:38:3:0:44:37:5:0 chr16 88494976 . A C 257.26 PASS AF=0.315315;AO=33;DP=108;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00137012;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=9.27044;RBI=0.00580412;REFB=-0.0241975;REVB=0.00564008;RO=73;SAF=14;SAR=19;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495105;STB=0.511381;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0526658;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:73:76:33:35:0.315315:19:14:34:39:19:16:36:40 chr16 88495349 . G A 38.33 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00352327;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.438;QD=8.06972;RBI=0.0128148;REFB=-0.00587813;REVB=0.0123209;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340216;STB=0.736228;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0242235;OID=.;OPOS=88495349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:11:13:6:6:0.315789:3:3:9:2:3:3:11:2 chr16 88495654 . A G 87.86 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00611691;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3315;QD=12.5513;RBI=0.0185856;REFB=-0.0107887;REVB=0.0175501;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0159851;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:5:11:7:4:5:12 chr16 88497446 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0154781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.059;QD=12.3961;RBI=0.0648713;REFB=-0.00357304;REVB=-0.0629977;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480896;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr16 88498221 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0210378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.626;QD=17.9548;RBI=0.0237776;REFB=-0.00262716;REVB=-0.0110809;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351234;STB=0.700127;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00495173;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:12:5:11:5:12:5 chr16 88498297 . T G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0130467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.238;QD=20.8931;RBI=0.0152646;REFB=-0.0225081;REVB=0.00792411;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422407;STB=0.749373;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0231625;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:3:3:9:1:3:3 chr16 88498312 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.032594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.106;QD=12.7389;RBI=0.0329364;REFB=-0.0107772;REVB=0.00473673;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465745;STB=0.777296;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00944228;OID=.;OPOS=88498312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:0:9:4:4:0:10 chr16 88498804 . G A 929.53 PASS AF=0.578947;AO=88;DP=152;FAO=88;FDP=152;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0169175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.053;QD=24.4613;RBI=0.0193509;REFB=-0.0101728;REVB=0.00939444;RO=63;SAF=43;SAR=45;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513266;STB=0.524501;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00570416;OID=.;OPOS=88498804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:63:64:88:88:0.578947:45:43:35:28:45:43:35:29 chr16 88499539 . C G 563.96 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00496624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.098;QD=21.0826;RBI=0.00498166;REFB=-0.0184373;REVB=-0.000391686;RO=49;SAF=37;SAR=20;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255578;STB=0.636195;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0137521;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:20:37:17:32:20:37:18:32 chr16 88502090 . G A 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0270452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.004;QD=20.8104;RBI=0.027588;REFB=-0.00986762;REVB=-0.00544548;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115602;STB=0.564916;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00923461;OID=.;OPOS=88502090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:9:14:11:12:9:14 chr16 88502482 . C T 64.13 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0231956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.051;QD=9.50015;RBI=0.024354;REFB=-0.00507963;REVB=-0.00742164;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553439;STB=0.845286;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00626995;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:8:10:1:8:8:10 chr16 88502505 . A G 306.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3938;QD=53.2435;RBI=0.0327717;REFB=0;REVB=-0.0323483;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438028;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr16 88504853 . G A 287.7 PASS AF=0.336364;AO=21;DP=103;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.013005;FXX=0.0178555;HRUN=7;LEN=1;MLLD=236.906;QD=10.4618;RBI=0.0242425;REFB=-0.0106663;REVB=-0.020459;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405363;STB=0.561005;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0166421;OID=.;OPOS=88504853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:110:16:73:21:37:0.336364:11:10:16:0:13:24:41:32 chr16 88504868 . A G 1624.18 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.299;QD=60.1549;RBI=0.0327149;REFB=0;REVB=-4.29147e-05;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70309e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:51:57:0:0:51:57:0:0 chr16 88505635 . A G 189.57 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0196013;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.006;QD=15.1655;RBI=0.030813;REFB=-0.0255281;REVB=-0.0237745;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104413;STB=0.571361;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0505477;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:20:21:0.42:9:11:13:16:9:12:13:16 chr16 88505734 . C T 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0840757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.894;QD=59.8241;RBI=0.0841872;REFB=0;REVB=0.00433273;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415865;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr16 88594567 . C T 217.08 PASS AF=0.611111;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0953212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6027;QD=24.1201;RBI=0.103997;REFB=-0.0696235;REVB=0.0415839;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219561;STB=0.610155;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0349464;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:14:20:22:0.611111:13:7:9:5:14:8:9:5 chr16 88633052 . G C 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0322703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.716;QD=17.0697;RBI=0.0356347;REFB=-0.0106012;REVB=-0.0151148;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032397;STB=0.518179;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0108187;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:17:18:17:14:17:18 chr16 88643727 . C T 538.88 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0221355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5927;QD=29.9379;RBI=0.0498102;REFB=-0.00058098;REVB=0.0446215;RO=24;SAF=26;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257182;STB=0.513948;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000751297;OID=.;OPOS=88643727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:22:26:12:12:22:26:12:12 chr16 88644005 . A G 638.3 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0512036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8624;QD=59.3765;RBI=0.052829;REFB=-0.113704;REVB=0.0130036;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00213807;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:1:0:22:20:1:0 chr16 88713236 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.921;QD=61.3364;RBI=0.0144532;REFB=0;REVB=-0.00408298;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38526e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr16 88713248 . TG T 30.98 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0445614;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2523;QD=3.26147;RBI=0.151513;REFB=-0.00673234;REVB=0.144812;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=15;SSEN=0.362069;SSEP=0;SSSB=0.653776;STB=0.831066;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0321964;OID=.;OPOS=88713249;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:10:38:10:38:28:8:2:9:19:30:22:9:1:7:15 chr16 88717386 . T C 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.525;QD=64.2844;RBI=0.0229179;REFB=0;REVB=-0.00172918;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7347e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr16 88724347 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.76;QD=57.1775;RBI=0.0553625;REFB=0;REVB=0.0259938;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162535;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr16 88778615 . G A 437.51 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00901495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.995;QD=16.6669;RBI=0.0198865;REFB=-0.0250564;REVB=-0.0177258;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866626;STB=0.548367;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.028161;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:21:27:27:30:21:27:27:30 chr16 88779739 . A G 1514.22 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331357;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.093;QD=63.7568;RBI=0.0369477;REFB=0;REVB=-0.0163449;RO=0;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77357e-05;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:34:60:0:0:34:61:0:0 chr16 88781040 . A G 1026.58 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.2;QD=58.6619;RBI=0.0289123;REFB=0;REVB=-0.00399462;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102302;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:21:47:0:0:23:47:0:0 chr16 88781125 . T C 254.6 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7982;QD=50.9206;RBI=0.204495;REFB=0;REVB=0.111001;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133112;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 88781522 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0149441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.015;QD=16.1724;RBI=0.0198261;REFB=-0.0187802;REVB=-0.0130287;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.514907;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0168172;OID=.;OPOS=88781522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:13:7:6:10:13:7 chr16 88782676 . A G 1091.37 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.31;QD=59.8011;RBI=0.0156308;REFB=0;REVB=0.0146014;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02907e-05;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:43:30:0:0 chr16 88783449 . C G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0437;QD=61.3267;RBI=0.060141;REFB=0;REVB=0.0594787;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116949;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr16 88783521 . T C,G 637.59 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377657,-0.0254012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.311,162.071;QD=60.723;RBI=0.042215,0.0254153;REFB=0,0;REVB=0.0188641,0.000846016;RO=0;SAF=16,0;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00474578,0.184043;OID=.,.;OPOS=88783521,88783521;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:24,2:16,0:0:0:24,2:16,0:0:0 chr16 88787704 . G C 1324.81 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.797;QD=60.9106;RBI=0.018345;REFB=-0.0181825;REVB=0.0120819;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114144;STB=0.505881;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000493323;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:41:44:0:1:42:44:0:1 chr16 88792047 . A G 671.82 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.035982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6167;QD=52.6918;RBI=0.0688225;REFB=-0.0878886;REVB=-0.0586671;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00290922;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:20:29:0:2:20:29:0:2 chr16 88792097 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.114;QD=60.2301;RBI=0.0341272;REFB=0;REVB=0.0340746;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22859e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr16 88803124 . T C 443.33 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00152299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.631;QD=16.4198;RBI=0.0255319;REFB=-0.00551781;REVB=-0.0254865;RO=59;SAF=20;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058064;STB=0.525459;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00813818;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:48:49:0.453704:28:20:28:31:28:21:28:31 chr16 88803982 . C G 505.33 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0751156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2636;QD=53.1927;RBI=0.0800758;REFB=-0.132637;REVB=0.0277449;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183486;STB=0.51922;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00606382;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:1:2:35:36:0.947368:10:25:1:0:11:25:2:0 chr16 88804734 . A G 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.131;QD=60.2131;RBI=0.0414579;REFB=0;REVB=-0.00829122;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210336;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr16 88804924 . TC T 206.56 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.2508;QD=45.9012;RBI=0.149899;REFB=0;REVB=0.0249864;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.012814;OID=.;OPOS=88804925;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:18:18:18:0:7:11:0:0:4:1:6:10:1:0 chr16 88808743 . A G 481.39 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.028112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.607;QD=53.488;RBI=0.0395211;REFB=0.0114177;REVB=0.0277783;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000216478;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:2:0:14:20:2:0 chr16 88809368 . G T 224.77 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0188231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.175;QD=10.8321;RBI=0.0189686;REFB=-0.00527952;REVB=-0.00234519;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133306;STB=0.577362;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.008963;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:15:13:32:23:15:13:32:23 chr16 88809434 . A G 279.29 PASS AF=0.324786;AO=36;DP=116;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0205907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.145;QD=9.54831;RBI=0.0525219;REFB=-0.0136922;REVB=-0.0483174;RO=79;SAF=10;SAR=26;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283664;STB=0.676231;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0627911;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:79:79:36:38:0.324786:26:10:40:39:28:10:40:39 chr16 88809454 . G A 252.84 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0311004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.313;QD=10.5351;RBI=0.0312652;REFB=-0.0176043;REVB=-0.00320636;RO=65;SAF=5;SAR=26;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356764;STB=0.712486;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0158008;OID=.;OPOS=88809454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:26:5:26:39:26:5:26:39 chr16 88809480 . A G 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.0526276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1946;QD=11.7966;RBI=0.0595789;REFB=-0.0168046;REVB=-0.0279281;RO=51;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146397;STB=0.522711;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0274644;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:52:29:29:0.358025:23:6:11:40:23:6:12:40 chr16 88809686 . T C 538.15 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=0.016404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6072;QD=19.2196;RBI=0.0607146;REFB=-0.0106157;REVB=-0.0584566;RO=56;SAF=32;SAR=24;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188001;STB=0.603183;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0115715;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:24:32:43:13:24:32:43:13 chr16 88809773 . G C 1632.9 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.696;QD=59.9231;RBI=0.0560203;REFB=0;REVB=0.0412659;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5268e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:53:55:0:0:53:56:0:0 chr16 88809893 . GG AC 185.58 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00404531;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=2;MLLD=285.392;QD=18.1055;RBI=0.00664825;REFB=-0.0141319;REVB=-0.00527586;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225554;STB=0.628892;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0154892;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:10:12:6:13:10:12 chr16 88872145 . T C 1143.15 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2973;QD=58.6231;RBI=0.0561869;REFB=-0.115035;REVB=0.046347;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00285363;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:29:47:0:1:29:48:0:1 chr16 88872229 . A G 272.64 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00543138;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.015;QD=12.3926;RBI=0.00942824;REFB=-0.00225898;REVB=-0.0077066;RO=55;SAF=23;SAR=9;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189562;STB=0.616642;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00788522;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:55:56:32:32:0.363636:9:23:31:24:9:23:31:25 chr16 88872511 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.477;QD=57.8847;RBI=0.0440562;REFB=0;REVB=0.0406913;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224346;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr16 88874632 . C G 559.98 PASS AF=0.350785;AO=67;DP=191;FAO=67;FDP=191;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=0.0286763;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5968;QD=11.7273;RBI=0.0292135;REFB=0.0196314;REVB=-0.00557648;RO=123;SAF=34;SAR=33;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123814;STB=0.567531;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0247763;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:123:124:67:67:0.350785:33:34:49:74:33:34:50:74 chr16 88884466 . C T 156.15 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0427602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5586;QD=15.6154;RBI=0.0446184;REFB=-0.00629942;REVB=0.0127422;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359294;STB=0.520686;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0106126;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:13:10:8:9:13:10 chr16 88902183 . G A 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00680574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.05;QD=17.2217;RBI=0.00851057;REFB=-0.0175414;REVB=0.00510996;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16271;STB=0.591574;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0272783;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:22:10:17:19:22:10:17:19 chr16 88921634 . C G 849.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027251;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.947;QD=56.6098;RBI=0.0300708;REFB=0;REVB=-0.0127137;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070711;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:30:28:0:0:30:30:0:0 chr16 88951554 . C T 234.97 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0128134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0807;QD=13.8219;RBI=0.0295426;REFB=-0.0257596;REVB=-0.0266193;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292848;STB=0.508451;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0659601;OID=.;OPOS=88951554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:22:17:13:15:22:18 chr16 88952474 . G C 292.43 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0186979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9299;QD=17.2018;RBI=0.045175;REFB=-0.015594;REVB=-0.0411239;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721442;STB=0.557586;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0203784;OID=.;OPOS=88952474;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:36:31:32:0.470588:17:14:14:23:17:15:13:23 chr16 89016663 . AG GA,GG 48.35 PASS AF=0,0.571429;AO=4,2;DP=13;FAO=0,8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0,8;FSAR=0,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.066553,0.0319382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=79.4741,111.469;QD=13.8147;RBI=0.066553,0.0319382;REFB=-0.136888,-0.0917258;REVB=0,0;RO=6;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.100304;OID=.,.;OPOS=89016663,89016663;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:13:14:6:6:4,2:0,8:0,0.571429:0,0:4,2:6:0:0,0:0,8:6:0 chr16 89167094 . T C 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0239352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.491;QD=8.74501;RBI=0.044248;REFB=-0.00377129;REVB=0.0372155;RO=30;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592204;STB=0.857653;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0342245;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:10:2:21:9:10:2:21:9 chr16 89167138 . G C 91.57 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0482658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4279;QD=8.72058;RBI=0.0702186;REFB=-0.0295937;REVB=0.0510007;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62687;STB=0.891166;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0761649;OID=.;OPOS=89167138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:11:1:17:13:11:1:17:13 chr16 89167140 . G C 116.94 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00886407;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=11.4087;RBI=0.0613554;REFB=-0.0132897;REVB=0.0607117;RO=27;SAF=1;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642544;STB=0.892046;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.074485;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:13:1:15:12:13:1:15:12 chr16 89167395 . C T 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0264742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5019;QD=10.4345;RBI=0.0269517;REFB=-0.00826372;REVB=0.00505064;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540212;STB=0.529373;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0264795;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:8:7:13:18:8:7:14:19 chr16 89167404 . T C 124.78 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0125062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.458;QD=10.1858;RBI=0.0125341;REFB=-0.00292737;REVB=0.000835996;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640785;STB=0.549933;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00644687;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:9:6:15:18:9:6:16:18 chr16 89167431 . G C 190.48 PASS AF=0.358209;AO=22;DP=65;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0330617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.836;QD=11.3716;RBI=0.0730256;REFB=0.030293;REVB=0.0651127;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383743;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0170383;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:43:43:22:24:0.358209:10:12:22:21:12:12:22:21 chr16 89167443 . T C 192.79 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00502295;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.026;QD=11.8637;RBI=0.0260676;REFB=-0.0115241;REVB=0.0255791;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322619;STB=0.518646;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0210287;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:20:21:13:11:20:21 chr16 89167458 . C A 156.13 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000635659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.908;QD=9.46255;RBI=0.0629036;REFB=-0.0178882;REVB=-0.0629003;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134878;STB=0.556468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0241076;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:42:45:21:21:0.318182:12:9:23:19:12:9:23:22 chr16 89234723 . A G 685.53 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.00538168;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.323;QD=17.5778;RBI=0.0225357;REFB=-0.00518739;REVB=-0.0218837;RO=81;SAF=41;SAR=32;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177398;STB=0.510492;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00658291;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:81:83:73:73:0.467949:32:41:44:37:32:41:45:38 chr16 89235184 . T G 218.44 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0277448;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.486;QD=13.6525;RBI=0.0282529;REFB=-0.0184909;REVB=0.00533369;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360194;STB=0.520146;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0304169;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:38:26:26:0.40625:17:9:11:24:17:9:12:26 chr16 89235258 . C A 459.92 PASS AF=0.754717;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00180542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.98;QD=34.7111;RBI=0.0283896;REFB=-0.0400028;REVB=0.0283321;RO=13;SAF=16;SAR=24;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289183;STB=0.515617;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0113082;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:13:13:40:40:0.754717:24:16:6:7:24:16:6:7 chr16 89238215 . C T 584.6 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00229362;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.594;QD=23.1524;RBI=0.0136276;REFB=-0.0205062;REVB=0.0134332;RO=44;SAF=34;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232779;STB=0.512742;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0145084;OID=.;OPOS=89238215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:44:44:57:57:0.564356:23:34:25:19:23:34:25:19 chr16 89245890 . G T 166.44 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0183455;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7873;QD=13.315;RBI=0.0222595;REFB=-0.0230749;REVB=0.0126066;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.519293;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0552988;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:31:19:19:0.38:11:8:13:16:11:8:14:17 chr16 89245955 . C T 213.96 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.031283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.205;QD=20.8738;RBI=0.0369246;REFB=-0.00786963;REVB=-0.0196164;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286653;STB=0.516114;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00298271;OID=.;OPOS=89245955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:13:8:7:13:13:8:7:13 chr16 89246670 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.596;QD=64.4147;RBI=0.0215424;REFB=0;REVB=-0.0211447;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94046e-05;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr16 89251776 . G A 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0160248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.095;QD=12.5795;RBI=0.0171119;REFB=-0.0159178;REVB=0.00600204;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500547;STB=0.529377;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0272508;OID=.;OPOS=89251776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:16:15:9:8:16:15 chr16 89251798 . C T 503.02 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8698;QD=55.8912;RBI=0.149024;REFB=-0.0684469;REVB=-0.0138526;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379816;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:2:0:34:36:1:21:13:2:0:21:15:0:0 chr16 89251832 . C T 136.59 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00703862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.039;QD=20.2357;RBI=0.0172326;REFB=-0.0175911;REVB=-0.0157296;RO=11;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279329;STB=0.694348;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00942986;OID=.;OPOS=89251832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:13:2:4:7:13:2:5:7 chr16 89251851 . A G 276.32 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328014;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4051;QD=52.6328;RBI=0.0262081;REFB=0;REVB=-0.0260021;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884366;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr16 89259993 . A G 1381.16 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00525364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5882;QD=61.3851;RBI=0.0386984;REFB=-0.00713615;REVB=-0.0383401;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160598;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-4.15431e-06;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:60:29:1:0:60:29:1:0 chr16 89261482 . C A 161.55 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00210303;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.169;QD=17.9498;RBI=0.0552184;REFB=-0.0120456;REVB=0.0551783;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428389;STB=0.747767;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0244407;OID=.;OPOS=89261482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:11:8:14:3:11:8 chr16 89265087 . A G 497.15 PASS AF=0.571429;AO=42;DP=78;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.073594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4778;QD=23.6736;RBI=0.0737823;REFB=-0.00499056;REVB=0.00526839;RO=36;SAF=28;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147861;STB=0.599076;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0100099;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:36:36:42:48:0.571429:14:28:18:18:14:34:18:18 chr16 89265095 . C T 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00801533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.418;QD=12.9078;RBI=0.00841738;REFB=-0.0036798;REVB=0.00257037;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224303;STB=0.629553;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00742764;OID=.;OPOS=89265095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:53:32:32:0.376471:17:15:34:16:17:15:36:17 chr16 89265101 . C A,T 1162.54 PASS AF=0.409639,0.578313;AO=32,48;DP=82;FAO=34,48;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=17,32;FSAR=17,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00715044,-0.0031076;FXX=0.0119033;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=117.052,127.111;QD=56.0259;RBI=0.0072022,0.00428795;REFB=-0.153858,0.0464906;REVB=0.000861946,-0.00295454;RO=1;SAF=16,32;SAR=16,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0282865,0.0284913;STB=0.514277,0.515145;STBP=0.532,0.257;TYPE=snp,snp;VARB=0.0120865,-0.00254076;OID=.,.;OPOS=89265101,89265101;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:83:1:1:32,48:34,48:0.409639,0.578313:16,16:16,32:0:1:17,16:17,32:0:1 chr16 89265466 . A C,G 516.14 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=2,33;DP=37;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11;FSAR=2,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00728756,0.0728718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.153,69.756;QD=55.7991;RBI=0.0339781,0.0739701;REFB=-0.0979134,-0.14192;REVB=-0.0331874,-0.0126998;RO=1;SAF=0,10;SAR=2,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0444293;STB=0.993266,0.521726;STBP=0.232,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=0.0912323,0.00377107;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:1:1:2,33:2,34:0.0540541,0.918919:2,23:0,10:1:0:2,23:0,11:1:0 chr16 89291210 . G GGTGA 652.11 PASS AF=0.83871;AO=50;DP=64;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0112059;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.631;QD=42.0717;RBI=0.0121806;REFB=-0.0424973;REVB=0.00477424;RO=11;SAF=27;SAR=23;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327441;STB=0.509996;STBP=0.723;TYPE=ins;VARB=0.00725891;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.83871:50:64:52:62:10:28:24:6:4:55:11:27:23:7:4 chr16 89291213 . A G 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0758925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.8;QD=3.04361;RBI=0.0759142;REFB=-0.0184383;REVB=-0.00181678;RO=54;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227399;STB=0.515979;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0239616;OID=.;OPOS=89291213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:4:5:29:25:4:5:29:25 chr16 89291951 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.862;QD=59.1432;RBI=0.0155463;REFB=0;REVB=-0.00149221;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48688e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr16 89293271 . A C 301.52 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00619856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.833;QD=16.7513;RBI=0.00625967;REFB=-0.0077809;REVB=-0.000872505;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110549;STB=0.562092;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00837889;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:19:14:21:18:19:14:21:18 chr16 89293614 . A G 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00921937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.903;QD=59.7968;RBI=0.0113443;REFB=0.0325965;REVB=-0.00661039;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000542103;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:0:1:19:24:0:1 chr16 89293730 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00914944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.468;QD=12.6374;RBI=0.0096509;REFB=0.000363337;REVB=0.00307044;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114735;STB=0.567464;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000945579;OID=.;OPOS=89293730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:12:9:7:6:12:9 chr16 89294184 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.142;QD=59.8392;RBI=0.0286948;REFB=0;REVB=0.00291974;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015834;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 89294381 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0567705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7165;QD=18.767;RBI=0.0701708;REFB=0.0290528;REVB=0.0412438;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00650991;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr16 89294511 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.506;QD=44.6898;RBI=0.0305192;REFB=0;REVB=0.0301099;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267924;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 89294595 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0268218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.099;QD=16.9314;RBI=0.0423703;REFB=-0.0261263;REVB=0.0327999;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171635;STB=0.599822;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0327875;OID=.;OPOS=89294595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:7:5:3:9:7:5 chr16 89294697 . C T 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00776366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1281;QD=28.1926;RBI=0.00946222;REFB=-0.0130936;REVB=0.00540919;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335267;STB=0.518502;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00812182;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:8:5:10:13:8:5 chr16 89294827 . A G 249.67 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00616487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8661;QD=18.4938;RBI=0.0178269;REFB=-0.0155551;REVB=-0.016727;RO=27;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25731;STB=0.645047;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0145242;OID=.;OPOS=89294827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:7:20:13:14:7:20:13:14 chr16 89299200 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00897095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.692;QD=12.73;RBI=0.0245998;REFB=-0.024173;REVB=-0.0229057;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.615148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0356652;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:9:3:4:5:9:3 chr16 89299227 . C T 163.55 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0130556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.933;QD=20.4433;RBI=0.0184454;REFB=-0.00396309;REVB=-0.0130301;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172443;STB=0.596906;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00539298;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:11:4:8:9:11:4 chr16 89299280 . T A 149.03 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00518628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1345;QD=18.6289;RBI=0.0403827;REFB=-0.0500826;REVB=0.0400483;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269789;STB=0.652492;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0471702;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:12:4:9:7:12:4 chr16 89300008 . AT GC 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.197671;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.369;QD=16.199;RBI=0.198277;REFB=-0.0342829;REVB=0.0154848;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=mnp;VARB=0.0276131;OID=.;OPOS=89300008;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr16 89300015 . A G 48.5 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0691416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.4;QD=24.2492;RBI=0.0721672;REFB=-0.0920095;REVB=0.020677;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0102858;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:2:1:6:7:0.875:4:2:2:0:4:3:1:0 chr16 89350178 . G A 859.66 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0492167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.413;QD=54.5818;RBI=0.0495726;REFB=-0.0143469;REVB=0.00592962;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294805;STB=0.51562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00105826;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:0:2:31:30:0:2 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1093.87 PASS AF=0.0681818,0.840909;AO=6,73;DP=88;FAO=6,74;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=1,36;FSAR=5,38;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000219608,0.00202397;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=72.5664,241.816;QD=49.7212;RBI=0.0125671,0.00237391;REFB=0.0112927,-0.0283745;REVB=-0.0125652,0.00124056;RO=9;SAF=1,35;SAR=5,38;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.426681,-0.0157438;STB=0.734403,0.501319;STBP=0.203,0.939;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0275691,0.00279616;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:88:88:9:8:6,73:6,74:0.0681818,0.840909:5,38:1,35:5:4:5,38:1,36:4:4 chr16 89590243 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.143;QD=60.7148;RBI=0.0142216;REFB=0;REVB=-0.0133262;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59144e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr16 89652181 . T C 35.93 PASS AF=0.109589;AO=7;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0120954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.659;QD=1.96868;RBI=0.0216567;REFB=-0.00551462;REVB=0.0179642;RO=63;SAF=4;SAR=3;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11674;STB=0.55044;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0518639;OID=.;OPOS=89652181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:73:63:65:7:8:0.109589:3:4:42:21:3:5:44:21 chr16 89652183 . A G 39.86 PASS AF=0.130435;AO=7;DP=67;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.000220315;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.579;QD=2.31082;RBI=0.0179861;REFB=-0.0134871;REVB=0.0179847;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203159;STB=0.646177;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.124561;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:69:59:60:7:9:0.130435:3:4:43:16:4:5:43:17 chr16 89652191 . C T 58.76 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0208763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.17;QD=3.35792;RBI=0.0327805;REFB=-0.00696204;REVB=-0.0252733;RO=56;SAF=6;SAR=5;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222688;STB=0.629812;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0352386;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:56:59:11:11:0.157143:5:6:40:16:5:6:41:18 chr16 89653999 . TTGAG T 171.54 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0222132;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.026;QD=12.7067;RBI=0.0227015;REFB=-0.0277714;REVB=-0.00468286;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775915;STB=0.535686;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.0275613;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462963:25:57:25:54:29:13:12:17:12:99:30:13:12:18:12 chr16 89662990 . T C 571.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555901;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1784;QD=60.1053;RBI=0.076923;REFB=0;REVB=-0.0531685;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193382;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr16 89663025 . C T 88.59 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00237154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0863;QD=14.7657;RBI=0.0822491;REFB=-0.0385547;REVB=-0.0822149;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0415314;OID=.;OPOS=89663025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:4:9:7:4:4:9 chr16 89712374 . A C 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00314797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.894;QD=21.3509;RBI=0.0441659;REFB=-0.069577;REVB=0.0440535;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.522354;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0402909;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:5:8:6:2:5:8:6:3 chr16 89712380 . G A 95.65 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00800232;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.509;QD=20.1366;RBI=0.0165004;REFB=-0.0270559;REVB=-0.01443;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0227715;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:5:3:5:6:5:3 chr16 89713563 . C G 366.0 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0523856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=21.5294;RBI=0.0590928;REFB=-0.0266644;REVB=-0.0273441;RO=31;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169421;STB=0.593971;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0351187;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:11:26:16:15:11:26:16:15 chr16 89724313 . C G 67.14 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0107763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6525;QD=9.59084;RBI=0.0303298;REFB=-0.0349279;REVB=-0.0283508;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0977395;OID=.;OPOS=89724313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:28:14:15:7:9:0.321429:3:4:5:9:5:4:5:10 chr16 89760652 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0298464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.455;QD=16.5618;RBI=0.0301083;REFB=-0.0267713;REVB=0.00396265;RO=31;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.56785;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0250846;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:9:18:17:14:9:18:17:14 chr16 89760691 . G C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.033753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.643;QD=14.6962;RBI=0.033781;REFB=-0.0151156;REVB=0.00137525;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619123;STB=0.545399;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.016539;OID=.;OPOS=89760691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:6:10:15:7:6:10:16:7 chr16 89760712 . G A 155.48 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00939313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.548;QD=16.8083;RBI=0.0118909;REFB=-0.0109943;REVB=0.00729134;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.622504;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0102726;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:8:8:14:6:9:8:14:6 chr16 89762432 . C G 336.21 PASS AF=0.393617;AO=26;DP=96;FAO=37;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0160355;FXX=0.0208312;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.072;QD=14.3066;RBI=0.076157;REFB=-0.0179336;REVB=-0.0744497;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080499;STB=0.578165;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0204799;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:32:55:26:37:0.393617:11:15:21:11:16:21:24:31 chr16 89763214 . T C 230.13 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00636155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3517;QD=14.3833;RBI=0.00666475;REFB=-0.0073354;REVB=0.00198736;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508173;STB=0.546491;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.010812;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:26:27:0.421875:15:11:17:19:16:11:18:19 chr16 89764237 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0425739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.231;QD=25.4671;RBI=0.0469637;REFB=0.0478959;REVB=0.0198257;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0219369;OID=.;OPOS=89764237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:0:3:6:3:0:3 chr16 89777761 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00563281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.739;QD=12.4668;RBI=0.00597013;REFB=-0.01541;REVB=-0.00197836;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813988;STB=0.547123;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0259559;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:19:14:10:10:19:14 chr16 89782989 . A G 143.26 PASS AF=0.404762;AO=13;DP=39;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0673943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2286;QD=13.6434;RBI=0.0721729;REFB=-0.010532;REVB=-0.0258253;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283311;STB=0.583241;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0761802;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:25:25:13:17:0.404762:6:7:7:18:10:7:7:18 chr16 89783187 . C T 1061.91 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8235;QD=59.8261;RBI=0.0412808;REFB=0;REVB=0.0271459;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84243e-05;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:36:32:0:0:38:33:0:0 chr16 89785603 . A C 220.36 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0443429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7421;QD=16.0259;RBI=0.0622779;REFB=-0.00917831;REVB=-0.0437291;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.510908;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0113017;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:15:15:12:13:15:15 chr16 89789898 . T C 382.83 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0267974;FXX=0.0480723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4921;QD=15.468;RBI=0.026836;REFB=-0.0129092;REVB=-0.00143947;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880361;STB=0.53682;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0109548;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:99:55:56:42:43:0.434343:22:20:31:24:22:21:31:25 chr16 89799804 . A C 282.04 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0211682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.857;QD=17.0932;RBI=0.0222523;REFB=-0.00841643;REVB=-0.00686086;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109195;STB=0.561456;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00749382;OID=.;OPOS=89799804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:10:21:20:15:10:21:20:15 chr16 89799950 . C T 243.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0958024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1874;QD=23.1678;RBI=0.095881;REFB=-0.0391402;REVB=0.00388231;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274939;STB=0.653015;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0317803;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:14:5:14:9:14:5 chr16 89805914 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0400695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.997;QD=15.1658;RBI=0.0873747;REFB=-0.0343639;REVB=-0.0776452;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448457;STB=0.525513;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0412785;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:13:17:12:11:13:17 chr16 89806343 . C A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0117889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.6;QD=16.1155;RBI=0.0199559;REFB=-0.000967804;REVB=-0.0161015;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13074;STB=0.574071;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0011439;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:16:13:14:10:16:13 chr16 89806347 . A T 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.522;QD=57.1;RBI=0.0460083;REFB=0;REVB=-0.0235818;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61525e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr16 89807233 . C G 302.2 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0119533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1616;QD=19.497;RBI=0.020471;REFB=-0.0234654;REVB=-0.0166187;RO=30;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127195;STB=0.507071;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0172924;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:10:22:21:9:10:22:21:9 chr16 89825064 . AG AA,AC,A 398.13 PASS AF=0.866667,0.0333333,0.1;AO=20,2,8;DP=30;FAO=26,1,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1,1;FSAR=11,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239623,-0.120912,-0.0183746;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=38.1047,7.59642,21.7488;QD=53.0843;RBI=0.202204,0.123707,0.0189486;REFB=0,0,0;REVB=0.200779,-0.0261485,0.00462893;RO=0;SAF=15,2,0;SAR=5,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.239027;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0177258,0.00696877,0.00476938;OID=.,.,.;OPOS=89825065,89825065,89825065;OREF=G,G,G;OALT=A,C,-;OMAPALT=AA,AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.866667,0.0333333,0.1:20,2,8:30:26,1,3:30:0:15,1,1:11,0,2:0:0:13:0:15,2,0:5,0,8:0:0 chr16 89828436 . AA AG,GG 704.74 PASS AF=0.96,0.04;AO=49,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410481,0.0329857;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=193.236,11.8502;QD=56.3792;RBI=0.0539572,0.0355783;REFB=0,0;REVB=0.0350205,-0.0133326;RO=0;SAF=23,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00227483,0.0283575;OID=.,.;OPOS=89828437,89828436;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:50:0:0:49,2:48,2:0.96,0.04:26,0:23,2:0:0:26,0:22,2:0:0 chr16 89836323 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.343;QD=59.0184;RBI=0.0496108;REFB=0;REVB=0.0471251;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227698;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr16 89839766 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.61;QD=40.7629;RBI=0.0130647;REFB=0;REVB=0.000800115;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112612;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr16 89845194 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.21;QD=56.1911;RBI=0.0423859;REFB=0;REVB=-0.0312301;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42721e-05;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 89849480 . C T 89.9 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00638555;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3433;QD=14.9838;RBI=0.0805704;REFB=0.013587;REVB=-0.080317;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276261;STB=0.666295;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0227321;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:10:3:1:10:10:3 chr16 89857935 . G A 156.2 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0708558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3805;QD=15.62;RBI=0.0732838;REFB=-0.00440761;REVB=-0.0187073;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122016;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00585138;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:7:16:12:5:7:16 chr16 89858417 . C A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0036247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.31;QD=24.0303;RBI=0.00365665;REFB=-0.011595;REVB=-0.000482285;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00496208;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:5:4:9:6:5:4 chr16 89866043 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3021;QD=58.1403;RBI=0.0546649;REFB=0;REVB=0.0274358;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428878;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr16 89916600 . C A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.334;QD=23.2183;RBI=0.050724;REFB=-0.0598977;REVB=0.011936;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.020833;OID=.;OPOS=89916600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr16 89920957 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0153712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9779;QD=13.5764;RBI=0.0679429;REFB=0.00852955;REVB=-0.0661813;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0168684;OID=.;OPOS=89920957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:11:8:6:7:11:8 chr16 89954138 . G C 495.71 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0928;QD=56.653;RBI=0.120082;REFB=-0.0586986;REVB=0.0162073;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434092;OID=.;OPOS=89954138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:1:0:33:35:1:11:22:1:0:12:23:0:0 chr16 89965055 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.858;QD=58.142;RBI=0.0239979;REFB=0;REVB=0.0231337;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144165;OID=.;OPOS=89965055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr16 89985940 . G A 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.941;QD=58.7784;RBI=0.0475172;REFB=0;REVB=0.0295956;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265883;OID=.;OPOS=89985940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr16 89986608 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.827;QD=58.9621;RBI=0.0191986;REFB=0;REVB=0.0125828;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81861e-05;OID=.;OPOS=89986608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr16 89986760 . A G 1221.34 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000683486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2295;QD=61.0669;RBI=0.0738503;REFB=0;REVB=-0.0738472;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591381;OID=.;OPOS=89986760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:70:80:1:38:32:0:0:48:32:0:0 chr16 89987201 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=61.3337;RBI=0.044071;REFB=0;REVB=0.0104432;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70922e-05;OID=.;OPOS=89987201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr16 90025640 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.338;QD=57.2009;RBI=0.0625814;REFB=0;REVB=0.00510358;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723885;OID=.;OPOS=90025640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr16 90030355 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0271;QD=39.2068;RBI=0.0864788;REFB=0;REVB=-0.0857341;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00592598;OID=.;OPOS=90030355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr16 90038369 . A G 728.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4159;QD=57.1562;RBI=0.0294891;REFB=0;REVB=0.0192093;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569032;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr16 90038647 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.056;QD=58.5996;RBI=0.0225196;REFB=0;REVB=0.0224932;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12882e-05;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr16 90038786 . C A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.424;QD=60.5468;RBI=0.00983397;REFB=0;REVB=0.00982257;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0585e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr16 90048327 . G A 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.736;QD=62.4619;RBI=0.051058;REFB=0;REVB=0.0188882;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39451e-05;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr16 90075226 . C T 543.1 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00568056;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.014;QD=18.1033;RBI=0.00628147;REFB=-0.0318539;REVB=-0.00268105;RO=62;SAF=22;SAR=35;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793146;STB=0.540403;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0285109;OID=.;OPOS=90075226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:35:22:29:33:35:22:29:34 chr16 90095484 . C T 508.25 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.000220205;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.822;QD=17.9912;RBI=0.00228499;REFB=-0.021608;REVB=-0.00227436;RO=58;SAF=25;SAR=29;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827744;STB=0.550194;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0213404;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:59:54:54:0.477876:29:25:32:26:29:25:33:26 chr16 90095949 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0231132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.448;QD=19.7024;RBI=0.0423966;REFB=-0.026647;REVB=-0.0355422;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236955;STB=0.636183;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0162201;OID=.;OPOS=90095949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:3:14:10:6:3:14:10:6 chr16 90096052 . CCTT C 105.17 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0273;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=3;MLLD=201.912;QD=5.53526;RBI=0.0286337;REFB=-0.0174921;REVB=-0.00863717;RO=54;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22847;STB=0.648322;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.0437735;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:22:80:22:76:54:8:14:31:23:99:54:8:14:30:24 chr16 90103087 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00643081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.085;QD=20.2743;RBI=0.0076148;REFB=-0.00971233;REVB=-0.00407799;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134234;STB=0.57558;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0106714;OID=.;OPOS=90103087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:14:10:13:10:14:10 chr16 90103117 . G A 260.85 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0147729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.119;QD=18.971;RBI=0.025143;REFB=-0.0401473;REVB=-0.0203454;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308883;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0156484;OID=.;OPOS=90103117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:13:15:13:13:13:15:14:13 chr16 90103659 . G A 175.82 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0115764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.533;QD=11.9197;RBI=0.0136045;REFB=-0.0278293;REVB=-0.00714637;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412203;STB=0.531222;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0350996;OID=.;OPOS=90103659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:12:10:15:21:12:10:15:22 chr16 90106746 . C T 216.82 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0175637;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.714;QD=13.1404;RBI=0.0184946;REFB=-0.0149633;REVB=-0.00579356;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145675;STB=0.58327;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0256793;OID=.;OPOS=90106746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:16:24:12:14:16:24 chr16 90109711 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3354;QD=54.5164;RBI=0.101655;REFB=0;REVB=-0.100423;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210474;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr16 90110027 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.102;QD=55.6552;RBI=0.0182696;REFB=0;REVB=0.0157426;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195141;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr16 90110279 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0533878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.709;QD=7.46477;RBI=0.0564061;REFB=0.00306502;REVB=0.018204;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.555401;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00957025;OID=.;OPOS=90110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:11:6:3:4:11:6 chr16 90110284 . G A 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0191078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.311;QD=31.7355;RBI=0.0191425;REFB=-0.0312097;REVB=0.00115262;RO=5;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114293;STB=0.506321;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00437935;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:6:10:3:2:6:10:3:2 chr16 90110289 . C A 238.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2492;QD=50.2081;RBI=0.0865295;REFB=0;REVB=0.0643919;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154824;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:6:11:0:0:6:13:0:0 chr16 90110681 . T C 101.92 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00679298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.185;QD=9.70641;RBI=0.0414571;REFB=-0.00229893;REVB=-0.0408968;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111157;STB=0.752978;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00552904;OID=.;OPOS=90110681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:29:12:13:0.309524:2:10:13:4:2:11:16:13 chr16 90124871 . G T 423.21 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000531916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.083;QD=19.4581;RBI=0.021803;REFB=-0.00651746;REVB=0.0217965;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000997732;STB=0.505615;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00596967;OID=.;OPOS=90124871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:42:43:0.494253:20:22:23:21:21:22:23:21 chr16 90130136 . C T 769.9 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.415;QD=57.0297;RBI=0.0157121;REFB=0;REVB=-0.0116609;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17186e-07;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:20:34:0:0 chr16 90160238 . C T 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00393743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.408;QD=34.6628;RBI=0.0193146;REFB=0.00356064;REVB=0.018909;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126911;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000415505;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:0:1:3:7:0:1 chr16 90160246 . G A 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00706349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.843;QD=37.8881;RBI=0.011352;REFB=-0.00080879;REVB=-0.00888682;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=6.36452e-05;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr16 90160793 . G C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0909601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0261;QD=30.427;RBI=0.093331;REFB=0.017091;REVB=0.020903;RO=5;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121951;STB=0.56748;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00868497;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:8:7:1:4:8:7:1:4 chr16 90160953 . T C 79.28 PASS AF=0.818182;AO=6;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.225;QD=28.8293;RBI=0.111857;REFB=-0.00899418;REVB=0.111247;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599781;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00443544;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:6:9:0.818182:2:4:2:0:5:4:2:0 chr16 90161034 . C A 105.06 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00231783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.672;QD=12.7347;RBI=0.0120723;REFB=-0.0074607;REVB=-0.0118477;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:6:6:11:9:6:7:11:9 chr16 90161065 . A T 251.09 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0136225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4738;QD=19.693;RBI=0.0202467;REFB=-0.0493271;REVB=-0.0149786;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15535;STB=0.586761;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0329503;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:16:9:14:12:16:9 chr16 90161231 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0225828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.458;QD=11.1975;RBI=0.04301;REFB=-0.0189609;REVB=-0.0366043;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234139;STB=0.642587;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0313008;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:7:15:10:2:7:15 chr16 90232872 . C T 202.27 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=16;FWDB=-0.0301666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.398;QD=8.17252;RBI=0.0318682;REFB=-0.0156608;REVB=0.0102742;RO=69;SAF=13;SAR=14;SRF=53;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349601;STB=0.712258;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0307536;OID=.;OPOS=90232872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:69:72:27:27:0.272727:14:13:53:16:14:13:56:16 chr16 90232893 . C A 192.06 PASS AF=0.305882;AO=24;DP=84;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.174172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0151;QD=9.03819;RBI=0.189578;REFB=-0.0350742;REVB=0.0748597;RO=60;SAF=16;SAR=8;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440175;STB=0.55098;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0883703;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:59:24:26:0.305882:8:16:38:22:8:18:37:22 chr17 6115 . G C 936.67 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.015451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.142;QD=54.2998;RBI=0.0303533;REFB=-0.0779657;REVB=0.0261264;RO=3;SAF=30;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449302;STB=0.523802;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0012419;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:36:30:3:0:36:30:3:0 chr17 6157 . A G 704.65 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.719;QD=62.6352;RBI=0.0280187;REFB=0;REVB=0.0172161;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120878;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr17 171098 . T G 238.87 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00522228;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.397;QD=13.8475;RBI=0.0167441;REFB=-0.0291115;REVB=-0.0159089;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323668;STB=0.507241;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0445633;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:27:28:0.405797:13:14:20:21:14:14:20:21 chr17 171137 . C A 240.57 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0135953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.399;QD=12.1809;RBI=0.0138035;REFB=-0.00432864;REVB=-0.00238861;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238662;STB=0.640317;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0183305;OID=.;OPOS=171137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:50:29:29:0.367089:12:17:17:30:12:17:18:32 chr17 181474 . T C 1556.37 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.16;QD=59.8604;RBI=0.0193302;REFB=0;REVB=0.00546733;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97652e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr17 182990 . A C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.441;QD=36.3497;RBI=0.0538534;REFB=-0.0783447;REVB=-0.049131;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00194336;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr17 465775 . G A 503.94 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00872162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2017;QD=18.8388;RBI=0.0188085;REFB=-0.0388525;REVB=0.0166642;RO=54;SAF=35;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102401;STB=0.556796;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0399008;OID=.;OPOS=465775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:18:35:30:24:18:35:30:24 chr17 600735 . A G 517.25 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.043033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7557;QD=21.3301;RBI=0.043062;REFB=0.0135546;REVB=0.0015785;RO=47;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192459;STB=0.505783;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0126321;OID=.;OPOS=600735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:49:50:0.515464:24:25:25:22:24:26:25:22 chr17 636320 . T C,TCTC 168.02 PASS AF=0.08,0.6;AO=2,14;DP=28;FAO=2,15;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=2,9;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0392666,-0.00468274;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=51.4044,206.17;QD=26.883;RBI=0.0392923,0.0455538;REFB=-0.0166085,-0.0611874;REVB=-0.00142027,0.0453125;RO=12;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481962,-0.152284;STB=0.993043,0.509079;STBP=0.333,0.928;TYPE=snp,ins;VARB=0.023222,0.0206002;OID=.,.;OPOS=636320,636321;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:28:25:12:8:2,14:2,15:0.08,0.6:0,6:2,8:9:3:0,6:2,9:5:3 chr17 644986 . A C 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0135136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.271;QD=10.8529;RBI=0.0216686;REFB=0.000866683;REVB=-0.0169385;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122489;STB=0.507147;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00125228;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:10:11:20:19:10:11:20:19 chr17 648157 . G A 203.97 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00792662;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.704;QD=29.1384;RBI=0.0805196;REFB=-0.0238896;REVB=0.0801285;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832254;STB=0.546169;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00806977;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:19:19:0.678571:6:13:5:4:6:13:5:4 chr17 648186 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00550684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.064;QD=15.1721;RBI=0.0437344;REFB=-0.00704014;REVB=0.0433863;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.599883;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00947804;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:14:10:10:7:14:10 chr17 648498 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.073;QD=51.9164;RBI=0.029593;REFB=0;REVB=-0.0294418;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257156;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 649232 . C T 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00226946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.516;QD=19.3406;RBI=0.00231207;REFB=-0.00724138;REVB=0.000441795;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00868555;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:10:8:8:10:10:8 chr17 649505 . T A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00821225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.607;QD=8.69139;RBI=0.0196207;REFB=-0.00496422;REVB=-0.0178194;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22957;STB=0.639677;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0119189;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:12:5:4:4:12:5 chr17 649547 . G C 74.42 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.141922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1239;QD=22.8983;RBI=0.23597;REFB=-0.0761129;REVB=0.188521;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0401854;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:3:1:2:7:3:1 chr17 649935 . G C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.772;QD=53.2726;RBI=0.0552938;REFB=0;REVB=0.042767;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894743;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 650206 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00148417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.78;QD=5.95778;RBI=0.020586;REFB=-9.01538e-06;REVB=0.0205324;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128081;STB=0.583063;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00109188;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:7:11:3:3:7:11 chr17 685640 . G T 76.0 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0584252;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7471;QD=10.8574;RBI=0.0730498;REFB=-0.0172599;REVB=0.0438494;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0382509;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr17 685752 . G A 275.36 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0394936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4174;QD=25.6148;RBI=0.109389;REFB=0.0111572;REVB=0.102011;RO=16;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581826;STB=0.537519;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00440717;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:18:25:25:0.581395:9:16:9:7:9:16:10:8 chr17 767315 . AG GG,GT 145.86 PASS AF=0.695652,0;AO=14,2;DP=23;FAO=16,0;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0036019,-0.0098058;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=180.534,155.606;QD=25.3668;RBI=0.0264541,0.0290592;REFB=-0.0220283,-0.0179138;REVB=0.0262078,0.0273548;RO=7;SAF=6,2;SAR=8,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.621371;STB=0.521712,0.5;STBP=0.767,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0132578,0.184758;OID=.,.;OPOS=767315,767315;OREF=A,AG;OALT=G,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:7:7:14,2:16,0:0.695652,0:8,0:6,2:3:4:8,0:8,0:3:4 chr17 800125 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0141113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.487;QD=23.0937;RBI=0.0203515;REFB=0.0023466;REVB=0.0146647;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286712;STB=0.666513;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00152786;OID=.;OPOS=800125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:12:5:0:11:12:5:0:12 chr17 908502 . A G 46.85 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.124164;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1972;QD=9.36924;RBI=0.134935;REFB=-0.00787258;REVB=-0.0528274;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133873;STB=0.581866;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0122932;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:4:9:4:3:4:9 chr17 908529 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6532;QD=45.8057;RBI=0.0381395;REFB=0;REVB=-0.0263901;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08644e-05;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr17 925764 . A G 450.86 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0106206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.467;QD=19.1857;RBI=0.0188221;REFB=-0.00179766;REVB=-0.0155395;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07892;STB=0.54389;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00134378;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:24:21:27:22:24:21:27:22 chr17 970413 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.215;QD=46.8475;RBI=0.0166826;REFB=0;REVB=0.0166223;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06965e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 1174750 . TG T 59.14 PASS AF=0.387755;AO=16;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.0921416;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6422;QD=4.82815;RBI=0.100257;REFB=-0.139137;REVB=-0.0395142;RO=29;SAF=0;SAR=16;SRF=1;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.742312;STB=0.539955;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.193048;OID=.;OPOS=1174751;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:16:48:19:49:30:1:18:2:28:59:29:0:16:1:28 chr17 1183338 . C T 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0274126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1019;QD=12.778;RBI=0.0299642;REFB=-0.00656109;REVB=-0.0120997;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209438;STB=0.624739;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0137214;OID=.;OPOS=1183338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:7:7:7:3:7:7 chr17 1183354 . T C 364.91 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7024;QD=52.13;RBI=0.102793;REFB=0.0257813;REVB=-0.0715234;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0106148;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr17 1183464 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.613;QD=58.962;RBI=0.00666626;REFB=0;REVB=0.000820243;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38326e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:22:44:0:0:22:44:0:0 chr17 1201721 . C T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00700137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.297;QD=48.6279;RBI=0.0633074;REFB=-0.0694988;REVB=0.0629191;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000654254;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:1:0:9:13:1:0 chr17 1209747 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0193262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.599;QD=15.882;RBI=0.0361834;REFB=-0.00678035;REVB=0.0305898;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114578;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr17 1359363 . T G 327.99 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0238878;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.717;QD=14.2602;RBI=0.0306179;REFB=-0.0108634;REVB=-0.0191528;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486892;STB=0.523101;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0186968;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:56:36:36:0.391304:20:16:26:27:20:16:27:29 chr17 1371123 . T C 146.91 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.013919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0498;QD=17.2838;RBI=0.0255572;REFB=-0.0150761;REVB=0.0214343;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0369183;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr17 1373518 . T C 185.39 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00961737;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.749;QD=16.4789;RBI=0.0262658;REFB=-0.0347462;REVB=0.0244417;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205213;STB=0.642721;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0223982;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:26:26:17:19:0.422222:7:10:20:6:9:10:20:6 chr17 1384066 . A G 597.09 PASS AF=1;AO=25;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430303;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.321;QD=61.2401;RBI=0.0497221;REFB=0;REVB=-0.0249135;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103688;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:25:39:1:8:17:0:0:13:26:0:0 chr17 1384067 . C G 81.3 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000118796;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=107.911;QD=8.13048;RBI=0.00259905;REFB=-0.0276201;REVB=-0.00259634;RO=29;SAF=8;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259461;STB=0.683832;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00506359;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:29:29:10:11:0.275:2:8:18:11:2:9:18:11 chr17 1423566 . A G 96.7 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0033407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.821;QD=12.4771;RBI=0.00368458;REFB=-0.0213989;REVB=-0.0015543;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0225434;OID=.;OPOS=1423566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:12:7:5:7:12:7 chr17 1424948 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0101349;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.206;QD=18.1944;RBI=0.0160842;REFB=0.00157125;REVB=-0.0124894;RO=36;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197362;STB=0.610552;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00180311;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:23:11:19:17:23:11:19:17 chr17 1489088 . C G 663.36 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.11;QD=61.7079;RBI=0.0427833;REFB=0;REVB=-0.00618339;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147325;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:24:19:0:0 chr17 1494567 . G A 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0142229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.133;QD=11.7413;RBI=0.0180583;REFB=-0.00537215;REVB=0.0111271;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431467;STB=0.74704;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0107521;OID=.;OPOS=1494567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:27:9:14:7:27:9 chr17 1516480 . T C 874.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.867;QD=56.4026;RBI=0.0548013;REFB=0;REVB=0.0154802;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041054;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:31:28:0:0:32:30:0:0 chr17 1538546 . C T 1570.67 PASS AF=0.964286;AO=105;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0120619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.66;QD=56.0952;RBI=0.0324492;REFB=-0.0445208;REVB=0.0301241;RO=2;SAF=48;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193602;STB=0.500995;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00304359;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:2:4:105:108:0.964286:57:48:2:0:57:51:2:2 chr17 1538628 . C G 1659.54 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.859;QD=60.3471;RBI=0.0267635;REFB=0;REVB=0.0101752;RO=0;SAF=71;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67147e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:39:71:0:0:39:71:0:0 chr17 1542153 . G A 392.3 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0286903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.532;QD=50.6195;RBI=0.0355698;REFB=0.00680483;REVB=0.0210256;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.538435;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000170305;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:0:2:12:17:0:2 chr17 1542190 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.075;QD=54.5163;RBI=0.0366146;REFB=0;REVB=-0.0124732;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016365;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr17 1630992 . G A 138.42 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0222248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.756;QD=19.7744;RBI=0.0585167;REFB=-0.00449167;REVB=0.0541318;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00666479;OID=.;OPOS=1630992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:13:15:15:0.535714:9:6:9:2:9:6:9:4 chr17 1631340 . TGAG T 70.87 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0366888;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.233;QD=15.748;RBI=0.0487755;REFB=-0.0213605;REVB=0.0321401;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808729;STB=0.834962;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0296337;OID=.;OPOS=1631341;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:19:9:18:9:1:8:6:3:67:7:0:8:5:2 chr17 1634104 . C T 361.87 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00495814;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.792;QD=21.9313;RBI=0.0197206;REFB=-0.0300698;REVB=0.0190872;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364024;STB=0.513506;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0254558;OID=.;OPOS=1634104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:17:19:14:15:18:19:14:15 chr17 1637302 . A G 556.82 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0524925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8189;QD=25.31;RBI=0.0582362;REFB=-0.0142399;REVB=-0.0252189;RO=37;SAF=29;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196956;STB=0.601727;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0146964;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:37:37:50:51:0.579545:21:29:12:25:22:29:12:25 chr17 1637458 . G A 279.57 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00544928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.824;QD=14.1555;RBI=0.0554656;REFB=-0.0235947;REVB=0.0551973;RO=47;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319894;STB=0.681921;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0445218;OID=.;OPOS=1637458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:10:22:18:29:10:22:18:29 chr17 1639458 . A G 336.24 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0483812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5912;QD=20.3779;RBI=0.048578;REFB=-0.00552504;REVB=0.00436865;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249026;STB=0.514278;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00971857;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:34:35:0.530303:18:16:15:15:18:17:16:15 chr17 1640793 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0299528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7099;QD=12.7912;RBI=0.029989;REFB=0.0208058;REVB=0.00147363;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566714;STB=0.835559;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0339203;OID=.;OPOS=1640793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:2:12:8:15:2:12:8:15 chr17 1641806 . G A 273.27 PASS AF=0.527273;AO=30;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0219344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5932;QD=19.8742;RBI=0.0506857;REFB=0.0161302;REVB=-0.0456938;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021978;STB=0.506325;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0135684;OID=.;OPOS=1641806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:30:29:0.527273:14:16:14:11:13:16:14:12 chr17 1648502 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0207113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.555;QD=6.25135;RBI=0.0362909;REFB=-0.00418541;REVB=-0.0298005;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276799;STB=0.685563;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0141401;OID=.;OPOS=1648502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:11:6:1:5:11:6 chr17 1657653 . G A 154.58 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.000858313;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0912;QD=10.661;RBI=0.0163259;REFB=0.0076777;REVB=-0.0163033;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487713;STB=0.540107;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0147309;OID=.;OPOS=1657653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:39:38:20:20:0.344828:12:8:14:25:12:8:13:25 chr17 1674429 . T C 728.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0216;QD=56.0411;RBI=0.0427122;REFB=0;REVB=0.0225463;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503612;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:34:18:0:0 chr17 1680002 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1631;QD=55.6546;RBI=0.0410811;REFB=0;REVB=0.0251309;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145336;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr17 1686410 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.278;QD=56.9568;RBI=0.0485574;REFB=0;REVB=0.00360493;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165524;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr17 1690752 . G A 870.85 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045719;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6943;QD=58.0566;RBI=0.0679502;REFB=0;REVB=0.0502694;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435391;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr17 1782957 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000170954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.452;QD=14.1959;RBI=0.0225672;REFB=-0.00482849;REVB=-0.0225666;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769762;STB=0.546301;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00640406;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:9:14:16:14:9:14:17:15 chr17 1795180 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.957;QD=57.8849;RBI=0.0497371;REFB=0;REVB=0.0378036;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131224;OID=.;OPOS=1795180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr17 1839674 . G C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7332;QD=60.8807;RBI=0.0507846;REFB=0;REVB=-0.0325008;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559859;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr17 1840468 . C T 1825.71 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501719;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.837;QD=61.3683;RBI=0.0355839;REFB=0;REVB=0.0352284;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95141e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr17 1943888 . T C 710.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.49;QD=63.1197;RBI=0.0655077;REFB=0;REVB=0.0604742;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53181e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:21:21:0:0:24:21:0:0 chr17 1962394 . C T 253.25 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0180073;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.743;QD=24.119;RBI=0.0369741;REFB=-0.0378369;REVB=0.0322927;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111486;STB=0.579201;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0141596;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:18:23:24:0.571429:9:14:9:10:9:15:8:10 chr17 1962576 . AG A 32.17 PASS AF=0.375;AO=3;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.131294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7564;QD=8.0415;RBI=0.154445;REFB=-0.0370329;REVB=0.0813339;RO=10;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679145;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0794332;OID=.;OPOS=1962577;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:3:16:6:16:10:4:2:4:6:32:10:3:0:4:6 chr17 2091765 . C T 588.15 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0309045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.21;QD=23.7637;RBI=0.0318674;REFB=-0.0227581;REVB=-0.00777459;RO=45;SAF=32;SAR=22;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644202;STB=0.535309;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0139125;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:22:32:30:15:22:32:30:15 chr17 2186100 . C T 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0175589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.111;QD=19.9754;RBI=0.01766;REFB=-0.0399823;REVB=-0.0018867;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080164;STB=0.544532;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0242477;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:15:25:21:18:15:25:21:18 chr17 2202943 . T C 167.48 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0138045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.534;QD=15.5797;RBI=0.0283182;REFB=-0.0428856;REVB=-0.0247256;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0438404;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:12:13:9:9:12:13 chr17 2203167 . T G 358.11 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.017161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8652;QD=22.3818;RBI=0.0280496;REFB=-0.0108354;REVB=-0.0221873;RO=27;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648062;STB=0.548481;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00892392;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:35:36:0.5625:13:22:19:8:14:22:20:8 chr17 2203348 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7395;QD=43.486;RBI=0.0329505;REFB=0;REVB=0.0311178;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080941;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 2203453 . A G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00365106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.378;QD=22.1876;RBI=0.0174735;REFB=-0.0355372;REVB=-0.0170878;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165308;STB=0.591757;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0260735;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:3:15:14:7:3:15 chr17 2236404 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0605594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6433;QD=21.7438;RBI=0.0743461;REFB=-0.0114938;REVB=-0.0431267;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00454684;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr17 2266799 . G A 1351.25 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0877494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9707;QD=60.7304;RBI=0.148733;REFB=-0.066935;REVB=0.12009;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090249;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00750201;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:89:1:1:86:88:0.988764:34:52:1:0:35:53:1:0 chr17 2266812 . T C 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.632;QD=64.1525;RBI=0.0425782;REFB=0;REVB=0.0179977;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06536e-05;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr17 2268311 . G A 1415.44 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0128673;FXX=0.0188661;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.71;QD=54.4398;RBI=0.0323656;REFB=-0.126246;REVB=0.0296979;RO=5;SAF=67;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048672;STB=0.525714;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00207075;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:104:104:5:5:99:99:0.951923:32:67:1:4:32:67:1:4 chr17 2279155 . G A 111.4 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0589901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8656;QD=15.9144;RBI=0.0614939;REFB=-0.00504392;REVB=0.0173688;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298853;STB=0.612058;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00790127;OID=.;OPOS=2279155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:2:10:9:6:3:10:9:6 chr17 2297571 . GCA G 72.61 PASS AF=0.22;AO=8;DP=54;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0895549;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.234;QD=5.80892;RBI=0.21336;REFB=-0.0698453;REVB=-0.193656;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161873;STB=0.771951;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.157049;OID=.;OPOS=2297572;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22:8:54:11:50:39:8:3:14:25:72:30:4:4:11:19 chr17 2598247 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 42.86 PASS AF=0.391304,0;AO=4,5;DP=23;FAO=9,0;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.186953,-0.355182;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.9616,10.4188;QD=7.45432;RBI=0.208523,0.362179;REFB=-0.0805701,-0.0981864;REVB=-0.0923607,0.0708465;RO=9;SAF=2,5;SAR=2,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0579645,0.718987;STB=0.516093,0.5;STBP=0.959,1;TYPE=del,del;VARB=0.113055,0.0562578;OID=.,.;OPOS=2598252,2598248;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0:4,5:23:9,0:23:14:6,0:3,0:9:5:39:9:2,5:2,0:5:4 chr17 2606715 . G A 2140.38 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.929;QD=62.9524;RBI=0.0206835;REFB=0;REVB=0.0166079;RO=0;SAF=70;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19008e-05;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:65:70:0:0:65:71:0:0 chr17 2868935 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00762665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.389;QD=18.4834;RBI=0.00801657;REFB=-0.0186591;REVB=-0.00246975;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864484;STB=0.549021;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0126501;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:13:8:9:10:13:8 chr17 2929392 . G A 82.54 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0103615;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.386;QD=7.67785;RBI=0.0548506;REFB=-0.0139211;REVB=-0.0538631;RO=31;SAF=10;SAR=1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458463;STB=0.811792;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0373146;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:44:43:31:32:11:11:0.255814:1:10:20:11:1:10:20:12 chr17 2929674 . T C 428.49 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0115732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.464;QD=22.2594;RBI=0.0146579;REFB=-0.000736969;REVB=0.00899528;RO=33;SAF=24;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330582;STB=0.524464;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00059036;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:35:41:42:0.545455:17:24:18:15:17:25:19:16 chr17 2930339 . G A 117.95 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0119795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=12.751;RBI=0.0191606;REFB=-0.0181723;REVB=-0.0149539;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234851;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0524002;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:23:12:14:0.378378:8:4:13:11:8:6:12:11 chr17 2940759 . A G 557.49 PASS AF=0.632911;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0232318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.329;QD=28.2274;RBI=0.0236088;REFB=-0.000109671;REVB=-0.00420222;RO=29;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164774;STB=0.589681;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-6.09193e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:29:50:50:0.632911:31:19:18:11:31:19:18:11 chr17 3100827 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00106281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.639;QD=13.6997;RBI=0.00870817;REFB=-0.0100628;REVB=0.00864307;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494346;STB=0.528814;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0116843;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:17:13:7:11:17:13 chr17 3101076 . G C 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00604132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.088;QD=54.1319;RBI=0.0246725;REFB=-0.120502;REVB=0.0239214;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132917;STB=0.513884;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00181074;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:35:24:0:1:35:24:0:2 chr17 3101578 . G T 334.28 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0115559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.67;QD=16.7138;RBI=0.0209209;REFB=-0.015748;REVB=-0.0174398;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366153;STB=0.512493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0171046;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:44:35:36:0.45:18:17:23:21:18:18:23:21 chr17 3101691 . G T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0156709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.345;QD=10.3792;RBI=0.0224233;REFB=-0.00956521;REVB=0.0160383;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0204034;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:9:7:3:6:9:7 chr17 3119008 . T C 820.15 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000533941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8714;QD=55.603;RBI=0.000635489;REFB=0.00583101;REVB=0.000344606;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000144126;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr17 3119767 . C T 259.04 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0167323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.541;QD=13.2838;RBI=0.0299279;REFB=0.0147665;REVB=-0.0248135;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141813;STB=0.588227;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0223739;OID=.;OPOS=3119767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:30:31:0.397436:12:18:22:25:12:19:22:25 chr17 3181384 . C T 308.01 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0042221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.547;QD=24.1576;RBI=0.00851459;REFB=-0.00330727;REVB=-0.00739406;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114349;STB=0.562882;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00230955;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:13:17:15:6:13:17:15:6 chr17 3195503 . C T 924.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183449;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.862;QD=58.7192;RBI=0.0265392;REFB=0;REVB=0.0191779;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188517;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr17 3214181 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.955;QD=57.2026;RBI=0.0438903;REFB=0;REVB=0.0434191;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019903;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr17 3301549 . G A 557.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.8;QD=60.2394;RBI=0.0591498;REFB=0;REVB=0.0516822;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270629;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr17 3324810 . A G 107.48 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.122242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.209;QD=13.8678;RBI=0.129219;REFB=-0.0143702;REVB=-0.0418849;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0228121;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:18:18:11:13:0.419355:7:4:8:10:7:6:8:10 chr17 3337057 . A G 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.005822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=22.9824;RBI=0.0244629;REFB=0.00191549;REVB=-0.02376;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168597;STB=0.593836;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00219505;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:15:7:13:12:15:7 chr17 3343519 . T C 356.14 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00133805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7815;QD=21.916;RBI=0.0310136;REFB=0.00835678;REVB=-0.0309847;RO=29;SAF=26;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157562;STB=0.587375;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00945212;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:10:26:16:13:10:26:16:13 chr17 3343534 . C T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0158233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.688;QD=15.7382;RBI=0.0158966;REFB=-0.00104241;REVB=0.00152466;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109407;STB=0.561444;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.000714074;OID=.;OPOS=3343534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:26:10:11:18:26:10 chr17 3352294 . A G 428.45 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00169328;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.169;QD=17.4876;RBI=0.0129764;REFB=-0.0126851;REVB=0.0128655;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343909;STB=0.511555;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0179584;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:43:44:0.44898:18:25:32:20:18:26:33:21 chr17 3352331 . C T 414.92 PASS AF=0.455446;AO=42;DP=97;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.042353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3086;QD=16.4324;RBI=0.0430234;REFB=0.00904364;REVB=0.0075652;RO=55;SAF=27;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844691;STB=0.538236;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0110276;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:55:55:42:46:0.455446:15:27:31:24:17:29:31:24 chr17 3352438 . C G 206.04 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0433461;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0466;QD=22.2743;RBI=0.0454346;REFB=0.0184184;REVB=0.0136168;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169743;STB=0.509527;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.018947;OID=.;OPOS=3352438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:8:9:11:9:8:9 chr17 3416555 . C A 154.51 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00366443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5002;QD=14.715;RBI=0.0136955;REFB=-0.00740782;REVB=0.0131962;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138692;STB=0.596155;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0266398;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:10:14:12:5:11:14 chr17 3422032 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.505;QD=60.7162;RBI=0.0189196;REFB=0;REVB=0.0163645;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41284e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr17 3422073 . C T 488.65 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0180087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8156;QD=27.5297;RBI=0.0236375;REFB=-0.0356431;REVB=0.0153107;RO=26;SAF=28;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136996;STB=0.574694;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.016122;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:17:28:11:15:17:28:11:15 chr17 3422077 . G A 186.94 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0287561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3885;QD=10.6824;RBI=0.0412132;REFB=-0.0196062;REVB=0.029523;RO=46;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168402;STB=0.597798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0332677;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:13:11:28:18:13:11:28:18 chr17 3446885 . T C 203.8 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0019098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.839;QD=15.984;RBI=0.00439163;REFB=-0.0118563;REVB=-0.00395462;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259828;STB=0.662422;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0174914;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:28:21:23:0.45098:16:5:13:15:18:5:13:15 chr17 3447914 . C T 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0637745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0771;QD=22.5802;RBI=0.0720226;REFB=-0.0420307;REVB=0.0334674;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138703;STB=0.57818;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0219674;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:5:1:4:7:5:1 chr17 3458072 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.978;QD=62.671;RBI=0.00125772;REFB=0;REVB=9.83814e-05;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38273e-06;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr17 3486702 . G A 61.09 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00185689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.795;QD=8.42667;RBI=0.00680895;REFB=-0.00968812;REVB=-0.00655086;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490672;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0099852;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:29:18:20:8:9:0.310345:1:7:9:9:2:7:9:11 chr17 3493200 . C G 556.57 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.023284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.829;QD=25.2988;RBI=0.0242463;REFB=0.000126489;REVB=-0.00676281;RO=37;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926204;STB=0.550588;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-3.71541e-05;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:24:27:24:13:24:27:24:13 chr17 3514028 . G C 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9249;QD=52.5924;RBI=0.056186;REFB=0;REVB=0.049766;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527752;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr17 3553526 . A G 657.46 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0726;QD=59.7695;RBI=0.0246818;REFB=-0.0125768;REVB=-0.00972894;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00158714;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:0:1:29:14:0:1 chr17 3559823 . G A 370.0 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.00926018;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3134;QD=18.7341;RBI=0.0102546;REFB=-0.0297402;REVB=-0.00440524;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289828;STB=0.608054;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0319372;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:35:41:37:38:0.481013:17:20:30:5:18:20:30:11 chr17 3561396 . C T 1034.03 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.323;QD=54.4229;RBI=0.0272658;REFB=-0.0207263;REVB=0.0229848;RO=4;SAF=39;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208902;STB=0.511059;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000555234;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:72:72:0.947368:33:39:3:1:33:39:3:1 chr17 3563963 . C G 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0525407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.35;QD=9.85709;RBI=0.0648069;REFB=-0.0188844;REVB=-0.0379395;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063689;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0572899;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:14:15:6:7:14:15 chr17 3564068 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0330236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9141;QD=21.5457;RBI=0.0563797;REFB=-0.0524777;REVB=-0.0456958;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260716;STB=0.645387;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0254359;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:1:9:8:6:1:9 chr17 3564073 . A G 104.69 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.055123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.46;QD=19.9407;RBI=0.0577992;REFB=-0.00645862;REVB=-0.0173841;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233815;STB=0.666419;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00244121;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:21:7:9:12:12:0.571429:6:6:1:6:6:6:1:8 chr17 3564084 . T C 104.61 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00669907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.082;QD=19.9263;RBI=0.0135351;REFB=-0.00278289;REVB=-0.011761;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.61886;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00249578;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:2:7:6:6:2:7 chr17 3564378 . C T 294.21 PASS AF=0.54;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0321857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.426;QD=23.5367;RBI=0.0357332;REFB=-0.0196004;REVB=-0.0155223;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14598;STB=0.592703;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0150359;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:23:23:25:27:0.54:8:17:12:11:8:19:12:11 chr17 3564400 . TT AG,TG 676.22 PASS AF=0.466667,0.533333;AO=21,24;DP=45;FAO=21,24;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10,18;FSAR=11,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477051,-0.0188828;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=68.0101,98.9336;QD=60.1083;RBI=0.0562825,0.021655;REFB=0,0;REVB=0.0298653,0.0106009;RO=0;SAF=10,18;SAR=11,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51176e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0129375,0.0153253;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:0:0:21,24:21,24:0.466667,0.533333:11,6:10,18:0:0:11,6:10,18:0:0 chr17 3568012 . A G 238.04 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.010719;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.589;QD=17.0029;RBI=0.0120326;REFB=-0.0233303;REVB=0.00546677;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472378;STB=0.542271;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0241688;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:29:25:27:0.482143:15:10:13:16:17:10:13:16 chr17 3577146 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00681174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.194;QD=17.4546;RBI=0.0154982;REFB=-0.0121422;REVB=-0.0139211;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196823;STB=0.511065;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0126687;OID=.;OPOS=3577146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:20:7:8:21:20:7:8:21 chr17 3594276 . TGG TG,T 339.0 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=30,4;DP=35;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724632,0.0405794;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.9345,11.6666;QD=38.7423;RBI=0.200149,0.103877;REFB=0,0;REVB=-0.186571,-0.0956233;RO=0;SAF=6,0;SAR=24,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00986949,0.041401;OID=.,.;OPOS=3594277,3594277;OREF=G,GG;OALT=-,-;OMAPALT=TG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971429,0.0285714:30,4:35:34,1:35:0:7,0:27,1:0:0:4:0:6,0:24,4:0:0 chr17 3627694 . GCCCA GCC,GCCA 48.32 PASS AF=0,0.6;AO=4,4;DP=15;FAO=0,9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0486152,-0.0386787;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=97.7218,16.1176;QD=12.8844;RBI=0.0507156,0.106095;REFB=0.00530843,-0.0936798;REVB=-0.014444,-0.0987929;RO=6;SAF=3,4;SAR=1,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0.314815,0.314815;SSEP=0,0;SSSB=0.508365,0.776095;STB=0.5,0.84124;STBP=1,0.008;TYPE=del,del;VARB=0,0.0576947;OID=.,.;OPOS=3627697,3627695;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6:4,4:15:0,9:15:6:0,8:0,1:1:5:36:6:3,4:1,0:1:5 chr17 3649214 . G A 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0163644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8105;QD=15.165;RBI=0.0174299;REFB=-0.00908275;REVB=-0.00600073;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.014679;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr17 3657159 . C T 277.84 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0111565;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.445;QD=18.2192;RBI=0.0139233;REFB=-0.000470125;REVB=-0.00833014;RO=31;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102678;STB=0.557339;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.000446308;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:31:31:30:30:0.491803:15:15:12:19:15:15:12:19 chr17 3657175 . T C 237.55 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.000494591;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.548;QD=15.8366;RBI=0.00387411;REFB=-0.0181033;REVB=0.00384241;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17218;STB=0.588171;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.018061;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:12:15:12:20:12:15:13:20 chr17 3749411 . T G 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0284198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5932;QD=8.1144;RBI=0.028646;REFB=-0.0161289;REVB=-0.00359236;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085065;STB=0.551655;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0561765;OID=.;OPOS=3749411;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:8:7:21:18:8:7:21:18 chr17 3775848 . T C 313.91 PASS AF=0.416667;AO=31;DP=80;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00282556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.153;QD=14.948;RBI=0.00287772;REFB=-0.0224274;REVB=-0.000545414;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645214;STB=0.519115;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0315325;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:48:49:31:35:0.416667:13:18:25:23:16:19:25:24 chr17 3775916 . T C 294.21 PASS AF=0.402439;AO=31;DP=77;FAO=33;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.000517519;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4448;QD=14.3515;RBI=0.0116612;REFB=-0.0291183;REVB=-0.0116497;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217777;STB=0.521145;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0199027;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:31:49:31:33:0.402439:13:18:25:6:15:18:25:24 chr17 3787726 . G A 114.26 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0131961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.317;QD=10.1561;RBI=0.0132768;REFB=-0.0141141;REVB=0.00146162;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371859;STB=0.722955;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0191013;OID=.;OPOS=3787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:4:10:12:19:4:10:12:19 chr17 3818788 . G A 577.64 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.732;QD=59.2447;RBI=0.0492498;REFB=0;REVB=0.0158277;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022039;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr17 3818830 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8769;QD=63.2851;RBI=0.0801505;REFB=0;REVB=-0.00123914;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509263;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 3819002 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.633;QD=60.9731;RBI=0.0452669;REFB=0;REVB=0.0441096;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143137;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:9:25:0:0:13:26:0:0 chr17 3828086 . C G 383.2 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0639804;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0277;QD=14.7383;RBI=0.0646192;REFB=-0.0267642;REVB=-0.00906378;RO=60;SAF=23;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624946;STB=0.544835;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0457679;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:21:23:35:25:21:23:36:24 chr17 3909404 . C A 377.74 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0245085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.841;QD=24.3701;RBI=0.0247428;REFB=-0.00322544;REVB=-0.00339761;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041218;STB=0.502261;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00217149;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:15:22:15:10:15:22:15:10 chr17 3916823 . G A 310.73 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0151127;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.274;QD=25.8941;RBI=0.0151586;REFB=-0.0282807;REVB=0.00117859;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10334;STB=0.562454;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0187625;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:27:28:0.583333:10:17:10:10:10:18:10:10 chr17 3921203 . G C 238.77 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000956794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.295;QD=14.0455;RBI=0.0172374;REFB=-0.0234343;REVB=-0.0172109;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758463;STB=0.550279;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0276043;OID=.;OPOS=3921203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:21:18:15:13:22:18 chr17 3926110 . C G 140.24 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0863393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8654;QD=20.7757;RBI=0.0954569;REFB=0.0056435;REVB=0.0407129;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203484;STB=0.571338;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00341802;OID=.;OPOS=3926110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:11:12:14:15:0.555556:6:8:9:2:6:9:9:3 chr17 3947644 . T C 371.47 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0783831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2724;QD=17.4808;RBI=0.0784522;REFB=-0.0150797;REVB=-0.0032899;RO=46;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131347;STB=0.573087;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0169397;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:24:15:12:34:24:15:12:34 chr17 3953083 . T C 286.72 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00704086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.494;QD=13.3357;RBI=0.0141098;REFB=-0.00398186;REVB=-0.0122275;RO=52;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755076;STB=0.501065;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658807;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:53:33:33:0.383721:15:18:28:24:15:18:29:24 chr17 3953102 . A G 296.61 PASS AF=0.4;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00291787;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.945;QD=13.9582;RBI=0.00407329;REFB=-0.0221995;REVB=-0.00284214;RO=51;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070522;STB=0.524065;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0306796;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:32:34:0.4:13:19:27:24:14:20:28:23 chr17 3966064 . A G 304.12 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0183248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.747;QD=14.8351;RBI=0.0199665;REFB=-0.0143471;REVB=0.00792867;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188182;STB=0.606322;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0163284;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:30:18:19:15:30:18 chr17 3981290 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00776682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.717;QD=11.1977;RBI=0.00823411;REFB=-0.0314436;REVB=-0.00273442;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0405142;OID=.;OPOS=3981290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:7:15:5:7:7:15 chr17 4015997 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00171816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.272;QD=14.7977;RBI=0.0429011;REFB=-0.015139;REVB=-0.0428666;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0110865;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:8:5:4:7:8:5 chr17 4067315 . G A 97.52 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0104398;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.868;QD=20.5306;RBI=0.0145786;REFB=-0.00300027;REVB=-0.0101758;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00492899;OID=.;OPOS=4067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr17 4088291 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0313116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.128;QD=25.2542;RBI=0.0343819;REFB=-0.0130518;REVB=0.0142022;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262489;STB=0.647131;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00411089;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:13:5:7:4:13:5:7:4 chr17 4337412 . C G 583.66 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0119441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.631;QD=28.1283;RBI=0.0237297;REFB=-0.0228474;REVB=0.0205046;RO=31;SAF=30;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13054;STB=0.571003;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0130687;OID=.;OPOS=4337412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:22:30:12:19:22:30:12:19 chr17 4440907 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0174539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7526;QD=14.0464;RBI=0.0681427;REFB=-0.0194598;REVB=-0.0658695;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243156;STB=0.640872;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0251697;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:7:11:11:18:7:11:11:18 chr17 4446457 . G A 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.877;QD=53.3643;RBI=0.0378073;REFB=-0.116952;REVB=-0.00557014;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000958307;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr17 4448133 . G A 980.35 PASS AF=0.490291;AO=101;DP=206;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.00576073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.162;QD=19.0359;RBI=0.0435195;REFB=-0.0130542;REVB=0.0431365;RO=105;SAF=62;SAR=39;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948265;STB=0.552246;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0113441;OID=.;OPOS=4448133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:105:105:101:101:0.490291:39:62:54:51:39:62:54:51 chr17 4455500 . T C 1102.01 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017613;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.577;QD=60.3842;RBI=0.0228872;REFB=0;REVB=0.0228194;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51135e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr17 4458598 . G C 187.7 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0702424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1126;QD=12.7252;RBI=0.0707079;REFB=-0.0204293;REVB=-0.00810004;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130914;STB=0.584129;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0276602;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:36:23:23:0.389831:14:9:18:17:14:9:19:17 chr17 4461748 . G A 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00848117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.067;QD=9.10718;RBI=0.0679073;REFB=-0.0141585;REVB=-0.0673756;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132461;STB=0.583101;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0434851;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:13:3:1:7:13:3 chr17 4463023 . G A 387.22 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.00570475;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.07;QD=12.8006;RBI=0.040778;REFB=-0.0223294;REVB=0.040377;RO=72;SAF=24;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234042;STB=0.517606;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0265245;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:72:75:46:46:0.380165:22:24:36:36:22:24:37:38 chr17 4463699 . G A 225.66 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00705826;FXX=0.0086949;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.831;QD=7.91798;RBI=0.028783;REFB=-0.000633825;REVB=0.0279041;RO=82;SAF=17;SAR=15;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833799;STB=0.504947;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00229025;OID=.;OPOS=4463699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:15:17:43:39:15:17:43:39 chr17 4495682 . G A 224.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00591715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3422;QD=20.4349;RBI=0.0341874;REFB=-0.0213689;REVB=0.0336714;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611111;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0181803;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:10:11:13:9:11:11:13:9 chr17 4495740 . G A 163.19 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00981782;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.598;QD=22.5096;RBI=0.0477836;REFB=-0.0419733;REVB=0.0467642;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0133887;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:29:8:11:15:16:0.551724:6:9:3:5:7:9:4:7 chr17 4497160 . T C 160.48 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0127961;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.181;QD=16.0481;RBI=0.0155926;REFB=-0.001979;REVB=0.00891016;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388901;STB=0.726429;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00212925;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:23:17:17:0.425:4:13:8:13:4:13:9:14 chr17 4498611 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000622147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.677;QD=19.8494;RBI=0.0396895;REFB=-0.00319031;REVB=0.0396846;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00235455;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr17 4544904 . A G 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00343408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.355;QD=16.9843;RBI=0.0132948;REFB=-0.0173107;REVB=-0.0128436;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19825;STB=0.605019;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0192164;OID=.;OPOS=4544904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:14:22:17:25:14:22:18:25 chr17 4545581 . C T 563.92 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.199795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.649;QD=53.7071;RBI=0.199798;REFB=-0.161734;REVB=-0.00100064;RO=4;SAF=17;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540796;STB=0.514698;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00383569;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:4:3:38:39:0.928571:21:17:3:1:21:18:2:1 chr17 4575283 . A G 613.66 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000243395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.232;QD=61.3663;RBI=0.019122;REFB=0;REVB=0.0191205;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54613e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr17 4586159 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00515573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.044;QD=24.0303;RBI=0.0174943;REFB=-0.0163659;REVB=0.0167173;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864865;STB=0.548325;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00738721;OID=.;OPOS=4586159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:7:2:5:10:7:2 chr17 4620497 . C T 752.5 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8335;QD=61.4286;RBI=0.0597415;REFB=0.0408119;REVB=0.0322195;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0033655;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:24:23:1:0:25:23:1:0 chr17 4622638 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.462;QD=54.5156;RBI=0.0224222;REFB=0;REVB=-0.0209932;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029226;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 4637886 . G A 262.88 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0120705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.459;QD=21.9066;RBI=0.0148905;REFB=-0.011576;REVB=-0.00871958;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301886;STB=0.647358;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0111139;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:6:18:10:13:7:18:10:13 chr17 4638484 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0066244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.21;QD=16.0426;RBI=0.00818467;REFB=-0.0195877;REVB=-0.00480688;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23882;STB=0.650994;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0187467;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:5:14:13:12:5:14:13:13 chr17 4638563 . G A 308.16 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.027328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.104;QD=18.3978;RBI=0.0274934;REFB=0.0111794;REVB=-0.00301195;RO=34;SAF=26;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177878;STB=0.604673;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0109614;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:34:32:33:0.492537:6:26:23:11:6:27:23:11 chr17 4638737 . A G 180.33 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00795459;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.194;QD=21.2149;RBI=0.0467305;REFB=0.0181286;REVB=-0.0460485;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00925942;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:8:8:9:9:8:8 chr17 4641755 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0135497;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.927;QD=13.4057;RBI=0.0136647;REFB=-0.0084694;REVB=0.00176905;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279234;STB=0.659953;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00960424;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:21:13:15:8:21:13 chr17 4686414 . A C 358.71 PASS AF=0.423913;AO=37;DP=91;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.022917;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.727;QD=15.5959;RBI=0.0230446;REFB=-0.0192314;REVB=0.00242248;RO=53;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826461;STB=0.559969;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0289505;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:53:53:37:39:0.423913:18:19:23:30:18:21:23:30 chr17 4689313 . G C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0296338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2944;QD=19.9248;RBI=0.0302736;REFB=-0.0221079;REVB=-0.00619078;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0321686;OID=.;OPOS=4689313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:3:6:7:5:3:6 chr17 4689572 . T C 677.52 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.024;QD=60.2243;RBI=0.0341608;REFB=-0.121159;REVB=-0.0136353;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000357548;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:0:1:44:44:0.977778:23:21:0:0:23:21:1:0 chr17 4692559 . G T 571.24 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.401;QD=58.5883;RBI=0.0665529;REFB=0;REVB=0.0544307;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218656;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:12:20:0:0:15:24:0:0 chr17 4693170 . T C 366.56 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374146;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.709;QD=56.3933;RBI=0.0521578;REFB=0;REVB=0.0363398;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884391;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr17 4699552 . G A 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0141863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.782;QD=17.2473;RBI=0.0231235;REFB=-0.0206953;REVB=0.0182605;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324837;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0231089;OID=.;OPOS=4699552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:14:12:9:12:14:13 chr17 4712395 . A T 95.2 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0494643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.572;QD=22.3996;RBI=0.0518234;REFB=-0.0258706;REVB=-0.0154582;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0253034;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:7:10:0.588235:3:4:1:4:3:7:2:4 chr17 4718776 . G A 130.96 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.000733475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0528;QD=10.271;RBI=0.0515414;REFB=-0.00670397;REVB=0.0515361;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217053;STB=0.62876;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.017436;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:22:13:9:7:22:13 chr17 4722133 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0461463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.103;QD=20.8979;RBI=0.0461884;REFB=-0.00259799;REVB=0.00197157;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196883;STB=0.61088;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00111293;OID=.;OPOS=4722133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:0:4:7:1:0:4 chr17 4793052 . C T 103.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0461219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6294;QD=15.9334;RBI=0.0506912;REFB=-0.0559092;REVB=0.0210326;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0595011;OID=.;OPOS=4793052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:13:12:13:0.5:9:3:6:8:9:4:5:8 chr17 4796274 . T C 1208.86 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=61.208;RBI=0.0135056;REFB=0;REVB=0.000449375;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21162e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:36:43:0:0 chr17 4796286 . C T 1081.23 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0223519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.112;QD=54.0613;RBI=0.0318407;REFB=-0.170572;REVB=0.0226764;RO=4;SAF=37;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000637827;STB=0.506665;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00108271;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:80:80:4:5:75:75:0.9375:38:37:2:2:38:37:3:2 chr17 4797305 . G A 172.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.03904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1955;QD=18.1123;RBI=0.0512222;REFB=-0.0402284;REVB=0.0331601;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499439;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0258903;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:20:18:18:0.473684:8:10:11:7:8:10:12:8 chr17 4801163 . C A 330.12 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602652;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.493;QD=50.7876;RBI=0.0604368;REFB=-0.140555;REVB=0.00455056;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.510196;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000518668;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:24:1:0:0:24:1:0:1 chr17 4801286 . C T 137.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0.0370233;HRUN=8;LEN=1;MLLD=300.176;QD=21.2039;RBI=0.000156407;REFB=-0.00472035;REVB=-0.000156407;RO=7;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024047;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:26:7:11:14:14:0.538462:14:0:0:7:14:0:0:11 chr17 4802317 . T C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0283599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.716;QD=16.4544;RBI=0.0530894;REFB=-0.0857234;REVB=0.0448798;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0387726;OID=.;OPOS=4802317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr17 4862645 . CAT C 188.97 PASS AF=0.558824;AO=20;DP=38;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00694121;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.573;QD=22.2312;RBI=0.024848;REFB=-0.0723889;REVB=-0.0238588;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251709;STB=0.60725;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0630793;OID=.;OPOS=4862646;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:20:38:19:34:15:11:8:5:10:99:15:12:8:4:11 chr17 4863410 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00477027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2603;QD=17.9553;RBI=0.012494;REFB=0.0434996;REVB=-0.0115475;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0463043;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:9:8:7:9:9:8 chr17 4883450 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00976456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.813;QD=12.0157;RBI=0.0176999;REFB=0.00197845;REVB=0.0147628;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505451;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00694716;OID=.;OPOS=4883450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:2:5:1:5:2:5 chr17 4892176 . C G 251.63 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0210475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5509;QD=17.0593;RBI=0.0213498;REFB=-0.0312587;REVB=-0.00357975;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754288;STB=0.542343;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0357485;OID=.;OPOS=4892176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:18:13:14:14:18:13 chr17 4904564 . T C 202.78 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.046213;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.294;QD=20.2781;RBI=0.0571891;REFB=-0.00246693;REVB=-0.033689;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00209367;OID=.;OPOS=4904564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:11:9:8:12:11:9:8:12 chr17 4926882 . A G 628.33 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0114746;FXX=0.0445831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.754;QD=16.7555;RBI=0.0123673;REFB=-0.0220455;REVB=0.00461324;RO=80;SAF=37;SAR=31;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309097;STB=0.524196;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0288283;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:150:80:82:68:68:0.453333:31:37:41:39:31:37:41:41 chr17 4937575 . T C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.971;QD=49.5902;RBI=0.0402513;REFB=0;REVB=-0.0322462;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111159;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 4996915 . AC A 175.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.084;QD=46.8125;RBI=0.0758349;REFB=0;REVB=-0.0129072;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000696389;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:7:8:0:0:4:0:7:8:0:0 chr17 4996970 . C G 108.79 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.041112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8062;QD=24.1749;RBI=0.0483571;REFB=0.02675;REVB=-0.0254599;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442724;STB=0.758064;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0121353;OID=.;OPOS=4996970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:11:1:3:3:11:1:3:3 chr17 4997039 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0284871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.466;QD=12.7823;RBI=0.0474996;REFB=0.0365243;REVB=0.0380093;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141152;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.049289;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:5:9:5:5:5:9 chr17 4997433 . G A 195.99 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0148833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2847;QD=18.6657;RBI=0.0255567;REFB=-0.0462973;REVB=0.0207758;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194188;STB=0.619603;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0515966;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:9:11:7:14:9:11:7:15 chr17 4997787 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.437;QD=64.1501;RBI=0.00738137;REFB=0;REVB=0.00533574;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47999e-07;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr17 4998030 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.879;QD=46.8462;RBI=0.0331315;REFB=0;REVB=0.0255707;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126786;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 4998226 . G T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0245407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.475;QD=15.4185;RBI=0.0257874;REFB=-0.00584076;REVB=-0.00792137;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083942;STB=0.547413;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00838492;OID=.;OPOS=4998226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:21:16:15:14:21:16 chr17 4998586 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.111;QD=51.184;RBI=0.024698;REFB=0;REVB=0.0230223;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234578;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 4998852 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00902546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.22;QD=19.646;RBI=0.00909179;REFB=0.0166219;REVB=0.00109624;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35797;STB=0.705499;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00738768;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:6:2:8:3:6:2 chr17 4999207 . G T 208.9 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=3.92575e-05;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.114;QD=23.2108;RBI=0.00358939;REFB=-0.00982564;REVB=0.00358917;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52775;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00684499;OID=.;OPOS=4999207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:8:8:10:10:9:7 chr17 5036224 . C G 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0313131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6174;QD=1.88948;RBI=0.041818;REFB=-0.00451124;REVB=-0.0277171;RO=67;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378142;STB=0.782769;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0606562;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:2:6:28:39:2:6:28:39 chr17 5036274 . C A 111.04 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00937504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.073;QD=7.52828;RBI=0.0280362;REFB=1.27424e-05;REVB=-0.0264223;RO=43;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353773;STB=0.716533;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000581585;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:4:12:20:23:4:12:20:23 chr17 5036281 . G C 113.92 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0262761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.312;QD=8.28519;RBI=0.0268805;REFB=-0.00154057;REVB=-0.00566831;RO=39;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449008;STB=0.728679;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00478227;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:39:15:16:0.290909:3:12:17:22:4:12:17:22 chr17 5036784 . C T 90.58 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.0295839;FXX=0.0337041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.745;QD=4.21284;RBI=0.0598035;REFB=-0.0223735;REVB=-0.0519736;RO=38;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184049;STB=0.592392;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0278893;OID=.;OPOS=5036784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:80:86:38:65:10:10:0.116279:2:8:26:12:2:8:47:18 chr17 5036823 . T C 45.87 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=141;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=80;FWDB=0.00652351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.425;QD=1.30139;RBI=0.0171089;REFB=-0.00400619;REVB=-0.0158164;RO=128;SAF=8;SAR=5;SRF=48;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276278;STB=0.708041;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0130738;OID=.;OPOS=5036823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:141:141:128:128:13:13:0.0921986:5:8:48:80:5:8:48:80 chr17 5036834 . G A 51.12 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=72;FWDB=0.0127269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.472;QD=1.64916;RBI=0.0140093;REFB=-0.000954608;REVB=-0.00585561;RO=111;SAF=8;SAR=5;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310376;STB=0.723547;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0163304;OID=.;OPOS=5036834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:111:111:13:13:0.104839:5:8:39:72:5:8:39:72 chr17 5036838 . G A 52.71 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=70;FWDB=0.0017807;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.266;QD=1.75712;RBI=0.00545478;REFB=-0.0029511;REVB=0.00515594;RO=109;SAF=8;SAR=5;SRF=37;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325222;STB=0.726963;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0339867;OID=.;OPOS=5036838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:123:120:109:107:13:13:0.108333:5:8:37:72:5:8:37:70 chr17 5036843 . C A 53.99 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=72;FWDB=-0.0352483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4893;QD=1.84578;RBI=0.0355065;REFB=0.013648;REVB=0.00427457;RO=104;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365282;STB=0.754573;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.104183;OID=.;OPOS=5036843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:117:104:104:13:13:0.111111:5:8:32:72:5:8:32:72 chr17 5039172 . G A 213.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0033232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0368;QD=20.8698;RBI=0.048858;REFB=-0.0299696;REVB=0.0487448;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0298251;OID=.;OPOS=5039172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr17 5042422 . G A 502.61 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00220385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.208;QD=55.8455;RBI=0.0102478;REFB=-0.172792;REVB=-0.0100081;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00154407;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:22:12:1:0:23:12:1:0 chr17 5042894 . T C 1983.88 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00366851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.323;QD=59.6655;RBI=0.0045327;REFB=-0.0511135;REVB=-0.00266222;RO=3;SAF=70;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199294;STB=0.510488;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-7.77893e-06;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:60:70:3:0:60:70:3:0 chr17 5078152 . A T 441.28 PASS AF=0.650794;AO=40;DP=61;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0285527;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1614;QD=28.0179;RBI=0.0286588;REFB=0.0142219;REVB=-0.00246435;RO=21;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903108;STB=0.543457;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00705845;OID=.;OPOS=5078152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:21:22:40:41:0.650794:19:21:14:7:20:21:14:8 chr17 5084763 . G A 470.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141243;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3997;QD=58.7512;RBI=0.0165675;REFB=0;REVB=-0.00865952;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010113;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:23:8:0:0:24:8:0:0 chr17 5085857 . C T 866.11 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5183;QD=55.8777;RBI=0.0324586;REFB=0.103624;REVB=0.000605411;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.512816;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000706525;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:42:18:0:0:42:19:1:0 chr17 5280440 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8996;QD=56.9995;RBI=0.0471928;REFB=0;REVB=0.0463357;RO=0;SAF=43;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627163;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:11:43:0:0:11:43:0:0 chr17 5284698 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00171808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.469;QD=41.8678;RBI=0.0188983;REFB=-0.114701;REVB=0.01882;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.010415;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr17 5284719 . T A,C 184.35 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=2,13;DP=15;FAO=3,13;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266447,0.0116376;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.753,114.779;QD=46.0887;RBI=0.0294475,0.0849293;REFB=0,0;REVB=0.0125385,0.0841282;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.034194,-0.0139498;OID=.,.;OPOS=5284719,5284719;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:15:16:0:0:2,13:3,13:0.1875,0.8125:0,7:2,6:0:0:1,7:2,6:0:0 chr17 5284770 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.109;QD=51.1846;RBI=0.0172563;REFB=0;REVB=0.00133749;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78083e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 5287297 . AG A 431.67 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.3889;QD=47.9637;RBI=0.155158;REFB=0;REVB=-0.133294;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00776412;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:22:14:0:0:8:0:21:14:0:0 chr17 5288760 . A G 419.86 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.705;QD=55.9815;RBI=0.0681971;REFB=0;REVB=0.0184533;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129089;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:7:21:0:0:8:22:0:0 chr17 5288769 . CA C 459.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.831;QD=55.6565;RBI=0.048222;REFB=0;REVB=0.0374969;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.91786e-05;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:33:33:0:24:9:0:0:4:0:23:9:0:0 chr17 5288794 . G C 464.81 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9195;QD=58.1014;RBI=0.0318859;REFB=0;REVB=-0.0312336;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054607;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr17 5289580 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.249;QD=60.9764;RBI=0.0380405;REFB=0;REVB=-0.00788292;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137232;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 5290033 . T C 995.29 PASS AF=0.985507;AO=69;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.056534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1738;QD=57.6979;RBI=0.0776076;REFB=-0.0420454;REVB=0.053168;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000905575;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:0:1:69:68:0.985507:24:45:0:0:23:45:0:1 chr17 5290703 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.482;QD=57.2374;RBI=0.00643277;REFB=0;REVB=0.00472018;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79921e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr17 5294976 . T A 729.2 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019699;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.215;QD=57.1923;RBI=0.0244531;REFB=0;REVB=-0.014488;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5172e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr17 5308377 . C T 283.04 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00915571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.418;QD=14.8968;RBI=0.00988736;REFB=-0.00024385;REVB=-0.00373266;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130938;STB=0.574277;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000278265;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:12:20:22:22:12:20:22:22 chr17 5326089 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.017;QD=63.5828;RBI=0.041118;REFB=0;REVB=0.038522;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28928e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr17 5326145 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.04;QD=60.23;RBI=0.0317963;REFB=0;REVB=0.02563;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25812e-05;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr17 5326162 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.994;QD=56.7047;RBI=0.0111465;REFB=0;REVB=0.00618545;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34411e-05;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 5328633 . G A 279.68 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00745067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.972;QD=48.6395;RBI=0.0276405;REFB=-0.0812275;REVB=0.0266173;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00159344;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:8:14:0:0:8:14:0:1 chr17 5328661 . TT CT,TC 167.06 PASS AF=0.6,0.4;AO=5,2;DP=17;FAO=12,8;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000893388,0.00653534;FXX=0;HRUN=14,14;LEN=1,1;MLLD=67.9703,103.204;QD=33.4121;RBI=0.0619952,0.0239559;REFB=-0.0542517,-0.0435614;REVB=0.0619887,0.0230473;RO=0;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00187163,0.00168499;OID=.,.;OPOS=5328661,5328662;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:17:20:0:0:5,2:12,8:0.6,0.4:3,1:2,1:0:0:6,6:6,2:0:0 chr17 5334850 . G A 771.78 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147625;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7095;QD=64.3147;RBI=0.0150144;REFB=0;REVB=-0.00273883;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696764;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr17 5334873 . GA G 707.75 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414538;FXX=0.0476115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.4637;QD=47.1834;RBI=0.0427919;REFB=0;REVB=-0.0106177;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00166154;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:60:60:0:30:30:0:0:13:0:30:30:0:0 chr17 5347576 . G A 954.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7027;QD=58.7286;RBI=0.042776;REFB=0;REVB=0.032087;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373896;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr17 5356913 . C T 179.71 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0217917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.413;QD=23.1882;RBI=0.031479;REFB=-0.0457303;REVB=0.0227167;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269162;STB=0.588374;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0251551;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:10:13:16:18:0.580645:12:4:6:4:13:5:6:7 chr17 5393461 . T C 231.87 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0494938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7748;QD=16.5623;RBI=0.0568988;REFB=0.00605064;REVB=0.0280683;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979891;STB=0.574409;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0072387;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:30:25:26:0.464286:17:8:12:17:18:8:13:17 chr17 5393603 . C T 269.56 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00790615;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.728;QD=28.3743;RBI=0.00985616;REFB=0.000108181;REVB=0.00588529;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977024;STB=0.537747;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-3.10394e-05;OID=.;OPOS=5393603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:13:14:24:24:0.631579:11:13:9:4:11:13:9:5 chr17 5393784 . T A,TTTAA 184.3 PASS AF=0,0.5625;AO=3,16;DP=38;FAO=0,18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0487747,0.0340455;FXX=0.0856898;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=51.8103,232.771;QD=23.0377;RBI=0.051429,0.0416763;REFB=0.0260323,-0.002155;REVB=-0.0163086,-0.0240379;RO=18;SAF=3,11;SAR=0,5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.724028,0.414781;STB=0.5,0.744851;STBP=1,0.007;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00207556;OID=.,.;OPOS=5393784,5393785;OREF=T,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,TTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:32:18:14:3,16:0,18:0,0.5625:0,5:3,11:4:14:0,6:0,12:1:13 chr17 5404011 . T C 256.67 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0363924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.647;QD=16.5593;RBI=0.038178;REFB=-0.00216506;REVB=0.0115393;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296056;STB=0.51504;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00139463;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:28:29:0.467742:14:14:15:17:15:14:15:18 chr17 5418107 . G A 229.08 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0116904;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.291;QD=14.097;RBI=0.0139306;REFB=-0.0239527;REVB=0.00757591;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151911;STB=0.590181;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0270695;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:38:26:27:0.415385:10:16:27:9:11:16:28:10 chr17 5418799 . G A 244.88 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0106586;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.891;QD=22.7794;RBI=0.0316648;REFB=-0.0382238;REVB=-0.029817;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180819;STB=0.510113;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0289659;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:10:10:11:12:10:10 chr17 5424886 . G A 361.24 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0446924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4386;QD=17.839;RBI=0.0612703;REFB=-0.0294682;REVB=0.0419123;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139818;STB=0.578271;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0311466;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:14:24:21:22:14:24:21:22 chr17 5425077 . T C 307.21 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00213238;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.321;QD=20.4807;RBI=0.0372653;REFB=-0.0209297;REVB=-0.0372042;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125756;STB=0.569578;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0154835;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:9:19:17:15:9:19 chr17 5440197 . T C 361.69 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00476316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.23;QD=15.229;RBI=0.0110216;REFB=-0.0172364;REVB=-0.00993921;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208124;STB=0.594995;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0236151;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:53:56:39:39:0.410526:18:21:39:14:18:21:39:17 chr17 5487164 . C G 838.31 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.043762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0649;QD=22.3549;RBI=0.0617674;REFB=-0.00282678;REVB=0.0435901;RO=70;SAF=28;SAR=51;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237143;STB=0.633237;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00218321;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:70:71:79:79:0.526667:51:28:44:26:51:28:45:26 chr17 5991344 . C T 751.29 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348515;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.713;QD=55.6514;RBI=0.0410705;REFB=0;REVB=0.0217291;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255455;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:31:21:0:0:33:21:0:0 chr17 6014176 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.166;QD=58.5991;RBI=0.0398166;REFB=0;REVB=0.0152373;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201268;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr17 6110583 . C A 156.62 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00163285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.455;QD=19.577;RBI=0.00643193;REFB=0.00516213;REVB=0.00622122;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193547;STB=0.555467;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00333288;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:12:13:0.40625:3:9:8:6:4:9:9:6 chr17 6110585 . T A 50.06 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0283363;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=22.0342;QD=8.34333;RBI=0.215695;REFB=-0.0626257;REVB=-0.213825;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361323;STB=0.649545;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.073624;OID=.;OPOS=6110585;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:8:14:6:6:0.25:3:3:7:1:3:3:10:4 chr17 6330068 . T C 804.05 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.257;QD=64.3244;RBI=0.0537639;REFB=0;REVB=0.0236581;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134134;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:35:14:0:0:35:15:0:0 chr17 6331803 . T C 635.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478862;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4019;QD=62.0164;RBI=0.0635979;REFB=0;REVB=0.0418521;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140444;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 6337247 . C G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.393;QD=64.1493;RBI=0.068531;REFB=0;REVB=0.0684366;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444991;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr17 6353679 . A C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0206352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.062;QD=19.6924;RBI=0.0259938;REFB=-0.0130595;REVB=-0.0158071;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151314;STB=0.508468;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0128482;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:14:11:11:15:14:11 chr17 6364753 . A G 615.7 PASS AF=0.526316;AO=43;DP=116;FAO=60;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0324813;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.68;QD=21.6034;RBI=0.0438431;REFB=-0.0361528;REVB=-0.029448;RO=38;SAF=16;SAR=27;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334146;STB=0.502392;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0328286;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:38:52:43:60:0.526316:27:16:14:24:28:32:28:24 chr17 6376130 . C T 420.48 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0219867;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.725;QD=19.3326;RBI=0.0222014;REFB=-0.00700477;REVB=-0.00307979;RO=44;SAF=29;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248163;STB=0.641462;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00698662;OID=.;OPOS=6376130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:42:43:0.494253:13:29:19:25:13:30:19:25 chr17 6406883 . C T 351.56 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.00498263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.696;QD=14.0626;RBI=0.0259578;REFB=0.00592241;REVB=-0.0254751;RO=60;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665161;STB=0.542035;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00918423;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:61:39:39:0.39:21:18:24:36:21:18:24:37 chr17 6483046 . T C 1193.63 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139791;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.321;QD=61.2119;RBI=0.0140844;REFB=0;REVB=-0.00171891;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88414e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 6493198 . T C 3245.63 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2111;QD=61.8215;RBI=0.00346696;REFB=0;REVB=0.00192706;RO=0;SAF=95;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54527e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:210:0:0:205:210:1:110:95:0:0:111:99:0:0 chr17 6511781 . A G 1319.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.424;QD=62.1149;RBI=0.0314571;REFB=0;REVB=0.00164766;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92879e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:40:45:0:0 chr17 6515387 . A G 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.669;QD=56.9802;RBI=0.0350222;REFB=0.123832;REVB=0.00435118;RO=2;SAF=38;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02424;STB=0.512817;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000562908;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:34:38:2:0:34:38:2:0 chr17 6515454 . C T 715.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.228;QD=55.0019;RBI=0.0436601;REFB=0;REVB=0.0427023;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152001;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:17:32:0:0:20:32:0:0 chr17 6531648 . A G 2621.67 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.678;QD=62.0514;RBI=0.0190532;REFB=0;REVB=0.00219562;RO=0;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91639e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:69:100:0:0:69:100:0:0 chr17 6546259 . T C 671.94 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170125;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.954;QD=52.7014;RBI=0.0176057;REFB=-0.108555;REVB=0.00453179;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.51785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000568673;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:22:27:1:0:22:27:2:0 chr17 6555546 . C CG 520.21 PASS AF=1;AO=49;DP=73;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213346;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.4515;QD=30.6005;RBI=0.271055;REFB=0;REVB=0.167195;RO=17;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0100107;OID=.;OPOS=6555547;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:73:68:68:0:37:31:0:0:11:17:25:24:13:4 chr17 6556022 . A G 1591.96 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.408;QD=63.6785;RBI=0.0161226;REFB=0;REVB=0.00993198;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6098e-05;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr17 6556194 . T TAGAAG 757.98 PASS AF=0.852941;AO=57;DP=72;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00639499;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=5;MLLD=295.312;QD=44.5868;RBI=0.0121151;REFB=-0.00517694;REVB=0.0102898;RO=12;SAF=20;SAR=37;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523149;STB=0.540467;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.00077138;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:57:72:58:68:10:20:38:6:4:52:12:20:37:6:6 chr17 6556326 . G A 724.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.845;QD=56.8325;RBI=0.0186175;REFB=0;REVB=0.0028154;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58765e-05;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr17 6556538 . G C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.877;QD=57.3838;RBI=0.0485634;REFB=0;REVB=0.0268828;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549482;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr17 6556541 . A T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.643;QD=57.5453;RBI=0.0187109;REFB=0;REVB=0.00829667;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81375e-05;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr17 6558768 . C T 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1992;QD=50.3898;RBI=0.0284285;REFB=0;REVB=-0.0283753;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100076;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr17 6663895 . C G 195.77 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00256294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.639;QD=17.7976;RBI=0.00529785;REFB=-0.00917685;REVB=0.00463665;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244369;STB=0.638261;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00686479;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:17:7:11:9:17:7 chr17 6683215 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.793;QD=46.8458;RBI=0.0459388;REFB=0;REVB=-0.0451103;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044389;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr17 6683848 . T A 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0207806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.001;QD=16.169;RBI=0.0409673;REFB=0.0109835;REVB=-0.0353056;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.610979;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0117456;OID=.;OPOS=6683848;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:14:6:8:8:14:6 chr17 6690161 . C T 454.75 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.027591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0067;QD=19.989;RBI=0.0314509;REFB=-0.0124166;REVB=-0.0150962;RO=46;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543474;STB=0.530181;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0158844;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:17:28:26:20:17:28:26:20 chr17 6716242 . G A 269.33 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.010059;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.426;QD=18.2594;RBI=0.0106955;REFB=-0.0256014;REVB=0.00363459;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489716;STB=0.541639;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0335934;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:29:29:30:0.508475:17:12:14:16:18:12:14:15 chr17 6733672 . T C 309.15 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00191012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.418;QD=13.5891;RBI=0.0544651;REFB=-0.000861703;REVB=0.0544316;RO=55;SAF=11;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237293;STB=0.631086;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00243041;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:24:11:29:26:24:11:29:27 chr17 6899559 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8526;QD=40.7619;RBI=0.0675616;REFB=0;REVB=-0.0617252;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00554193;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 6904934 . A G 549.85 PASS AF=0.866667;AO=38;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0296041;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.892;QD=48.8754;RBI=0.0303653;REFB=-0.00153774;REVB=0.00675606;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515925;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000211577;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:45:0:6:38:39:0.866667:10:28:0:0:10:29:5:1 chr17 6913652 . G A 770.88 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000121995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.111;QD=61.6704;RBI=0.0149905;REFB=-0.0547963;REVB=0.01499;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00694889;OID=.;OPOS=6913652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:1:0:30:19:1:0 chr17 6919093 . T C 397.37 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006527;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.283;QD=56.7668;RBI=0.022514;REFB=0;REVB=0.0215472;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66446e-05;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 69.97 PASS AF=0,0.888889;AO=2,5;DP=8;FAO=0,8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0642465,0.047952;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=206.164,154.012;QD=31.0993;RBI=0.144773,0.198519;REFB=-0.0441846,-0.0394738;REVB=0.129736,0.19264;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.571246;STBP=1,0.319;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00538332;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:8:9:0:1:2,5:0,8:0,0.888889:2,2:0,3:0:0:0,5:0,3:1:0 chr17 6929924 . T C 904.58 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=57.4335;RBI=0.0358964;REFB=0;REVB=-0.0011476;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304575;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:28:33:0:0:29:34:0:0 chr17 6931174 . GCT G 343.7 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138647;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.814;QD=54.9915;RBI=0.0495699;REFB=0;REVB=0.0475914;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000254772;OID=.;OPOS=6931175;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:25:25:0:13:12:0:0:4:0:13:10:0:0 chr17 6943266 . G A 102.25 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.23828;FXX=0.039992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.018;QD=8.5208;RBI=0.238382;REFB=-0.000372458;REVB=0.00697293;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1922;STB=0.672643;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000775495;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:27:35:13:13:0.270833:8:5:15:12:8:5:22:13 chr17 7011129 . C T 254.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6296;QD=50.9726;RBI=0.0799494;REFB=0;REVB=0.0429598;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433187;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 7011225 . T G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00108666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.364;QD=12.4824;RBI=0.0149029;REFB=-0.0129327;REVB=0.0148633;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354572;STB=0.708;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0159826;OID=.;OPOS=7011225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:6:13:4:8:6:13 chr17 7012073 . G T 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0550694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1204;QD=9.19829;RBI=0.0593501;REFB=-0.00109554;REVB=0.0221312;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431814;STB=0.756173;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00874187;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:11:2:4:3:11:2 chr17 7012074 . GCCCCC GCCTCT 46.03 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0341859;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=308.143;QD=9.20576;RBI=0.0575171;REFB=-0.00596762;REVB=0.0462552;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444295;STB=0.756173;STBP=0.128;TYPE=mnp;VARB=0.0104828;OID=.;OPOS=7012077;OREF=CCC;OALT=TCT;OMAPALT=GCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:6:20:7:20:13:3:4:11:2:46:10:2:4:8:2 chr17 7127718 . T C 194.09 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0208253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.266;QD=12.323;RBI=0.0356407;REFB=-0.0123477;REVB=-0.0289235;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940782;STB=0.553973;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0266647;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:14:10:13:26:14:10:13:26 chr17 7129839 . A AC 72.88 PASS AF=0.565217;AO=3;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00904779;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.903;QD=12.6746;RBI=0.0238532;REFB=-0.0200019;REVB=0.0220707;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580372;STB=0.602495;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0163418;OID=.;OPOS=7129840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:3:24:13:23:10:6:7:7:3:72:21:3:0:11:10 chr17 7129840 . T C 95.53 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0183721;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.612;QD=17.3682;RBI=0.0302964;REFB=-0.00528214;REVB=0.0240902;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274137;STB=0.677107;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00356775;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:22:10:11:11:11:0.5:7:4:7:3:7:4:8:3 chr17 7132556 . C T 310.43 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00369843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.995;QD=19.1034;RBI=0.00431047;REFB=-0.0119023;REVB=-0.00221399;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426537;STB=0.522713;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0123859;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:32:33:0.507692:22:10:11:20:22:11:12:20 chr17 7133162 . G A 825.9 PASS AF=0.452632;AO=86;DP=190;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=37;FWDB=-0.0238132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.475;QD=17.3873;RBI=0.0238937;REFB=-0.00438906;REVB=0.0019607;RO=104;SAF=51;SAR=35;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529628;STB=0.529345;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00696715;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:104:104:86:86:0.452632:35:51:67:37:35:51:67:37 chr17 7134129 . A G 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0540923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3605;QD=21.2634;RBI=0.0548544;REFB=0.0168079;REVB=0.00911184;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0162569;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:11:7:11:9:11:7 chr17 7147350 . T TC 185.38 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0372636;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8848;QD=10.7468;RBI=0.0453661;REFB=0.00879522;REVB=0.0258749;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976202;STB=0.509531;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=-0.0079994;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463768:31:77:32:69:37:15:17:18:19:99:45:15:16:26:19 chr17 7154534 . G A 270.96 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0120216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.997;QD=16.9348;RBI=0.0136266;REFB=-0.0194821;REVB=0.00641599;RO=34;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262572;STB=0.633244;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0172627;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:10:19:13:21:11:19:13:21 chr17 7154582 . T C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.023068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.814;QD=15.5752;RBI=0.0300731;REFB=-0.0347025;REVB=0.0192939;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266217;STB=0.650233;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0223252;OID=.;OPOS=7154582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:10:21:10:15:10:21 chr17 7163739 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00631433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.311;QD=24.2684;RBI=0.0073839;REFB=0.0073857;REVB=-0.0038277;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662171;STB=0.536402;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00503416;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:10:12:15:18:10:12 chr17 7185788 . T C 685.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.439;QD=62.3441;RBI=0.0774276;REFB=0;REVB=0.0116546;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0081e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:31:12:0:0:31:13:0:0 chr17 7187123 . T C 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.003457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.334;QD=17.0321;RBI=0.0179455;REFB=-0.00276273;REVB=0.0176093;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795846;STB=0.545405;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00405751;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:8:14:10:8:8:14 chr17 7190435 . T G 42.62 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0508432;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=38.8659;QD=11.3659;RBI=0.0627484;REFB=-0.115418;REVB=0.036774;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.785184;STB=0.849948;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00336079;OID=.;OPOS=7190435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:15:9:9:5:6:0.4:5:0:7:2:5:1:7:2 chr17 7192091 . C T 429.28 PASS AF=0.436364;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0199343;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.237;QD=15.6103;RBI=0.0199647;REFB=-0.0200131;REVB=0.00110238;RO=64;SAF=32;SAR=14;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199312;STB=0.61813;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0248009;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:62:46:48:0.436364:14:32:33:31:14:34:32:30 chr17 7213560 . C G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0456481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.804;QD=12.9419;RBI=0.0513352;REFB=-0.0177056;REVB=-0.0234851;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370967;STB=0.714031;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0167903;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:19:6:9:6:19:6 chr17 7213694 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.899;QD=62.3505;RBI=0.0184326;REFB=0;REVB=0.0184027;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75197e-05;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr17 7217463 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.742;QD=63.5805;RBI=0.023237;REFB=0;REVB=-0.00177516;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18176e-05;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr17 7219230 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8732;QD=58.5813;RBI=0.0857249;REFB=0;REVB=-0.0663048;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020614;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr17 7221385 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.223;QD=56.9566;RBI=0.0477346;REFB=0;REVB=0.0456527;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151185;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr17 7224921 . C G 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0352839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.406;QD=14.3335;RBI=0.0353694;REFB=-0.0118651;REVB=0.002458;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225517;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0338067;OID=.;OPOS=7224921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:3:7:4:5:3:7 chr17 7292107 . G A 974.52 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277521;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.968;QD=54.9028;RBI=0.0596302;REFB=-0.130557;REVB=0.0527787;RO=2;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337246;STB=0.511835;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00624901;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:2:3:68:68:0.957746:27:41:0:2:27:41:1:2 chr17 7318396 . C T 755.89 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251807;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.463;QD=57.0481;RBI=0.0379031;REFB=0;REVB=0.0283299;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05883e-05;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr17 7318935 . C T 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00511621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2014;QD=19.8659;RBI=0.0265662;REFB=-0.00865171;REVB=0.0260689;RO=45;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775126;STB=0.543083;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00856559;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:28:16:20:25:28:16:20:25 chr17 7322245 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00218523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.283;QD=15.8822;RBI=0.0286273;REFB=-0.0181384;REVB=0.0285438;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0149035;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr17 7339627 . C T 210.31 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00373093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5757;QD=14.0205;RBI=0.00385439;REFB=-0.0138799;REVB=-0.000967718;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118765;STB=0.50677;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0231961;OID=.;OPOS=7339627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:20:15:11:14:20:15 chr17 7386055 . C T 1632.39 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016114;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.558;QD=58.2997;RBI=0.0226334;REFB=-0.0634352;REVB=0.0158937;RO=1;SAF=48;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097874;STB=0.510202;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=2.2985e-05;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:110:110:0.982143:62:48:1:0:62:48:2:0 chr17 7386279 . TG CA 337.01 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00495673;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.747;QD=28.0843;RBI=0.0291544;REFB=-0.0213924;REVB=0.02873;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600617;STB=0.540513;STBP=0.519;TYPE=mnp;VARB=0.00984041;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:11:17:13:6:12:17:13:6 chr17 7400137 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7413;QD=56.7064;RBI=0.0525037;REFB=0;REVB=0.0519961;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590362;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 7400815 . T C 196.86 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0112251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0212;QD=12.9089;RBI=0.0239138;REFB=-0.004652;REVB=0.0211155;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158953;STB=0.591205;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0136603;OID=.;OPOS=7400815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:16:21:10:14:16:21 chr17 7402600 . T C 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00253947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.618;QD=12.867;RBI=0.0026973;REFB=-0.0404932;REVB=0.000909122;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.039549;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:9:7:4:7:9:7 chr17 7404107 . T C 993.87 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166078;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1524;QD=59.3352;RBI=0.0216051;REFB=0;REVB=0.0138188;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118428;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:37:30:0:0 chr17 7404991 . T C 480.58 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00612358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4669;QD=25.6312;RBI=0.0380631;REFB=-0.027273;REVB=-0.0375673;RO=29;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632812;STB=0.52687;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0201135;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:30:45:45:0.6:21:24:18:11:21:24:18:12 chr17 7416683 . A G 46.41 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.017;QD=30.9408;RBI=0.0664324;REFB=0;REVB=0.0655467;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492113;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:4:1:0:0:5:1:0:0 chr17 7460517 . G C 575.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9763;QD=60.5756;RBI=0.070282;REFB=0;REVB=-0.0397202;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190336;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 7460559 . T G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.562;QD=59.4228;RBI=0.0350705;REFB=0;REVB=0.0329745;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202531;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 7462555 . G A 302.83 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00450777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.581;QD=17.0611;RBI=0.00497032;REFB=-0.0221558;REVB=-0.00209381;RO=37;SAF=7;SAR=26;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110799;STB=0.575708;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0251564;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:26:7:11:26:26:7:12:26 chr17 7462969 . A G 195.53 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00655973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2004;QD=14.7572;RBI=0.0291357;REFB=-0.0256247;REVB=-0.0283876;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460055;STB=0.555872;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0370475;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:22:23:0.433962:10:12:15:15:10:13:14:16 chr17 7470285 . CA C 1332.3 PASS AF=1;AO=107;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.7501;QD=45.9415;RBI=0.0523515;REFB=0;REVB=-0.0310738;RO=2;SAF=56;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000354319;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:114:116:116:0:59:57:0:0:23:2:56:51:2:0 chr17 7475152 . CTTT ACTT,CTTA,CTT 315.92 PASS AF=0,0.0153846,0.615385;AO=3,3,34;DP=68;FAO=0,1,40;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,21;FSAR=0,1,19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.045449,-0.0564444,-0.0737303;FXX=0.0441112;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=18.1642,149.02,16.861;QD=19.4413;RBI=0.0465499,0.0580086,0.0859955;REFB=0.0116663,-0.00244941,-0.0156257;REVB=0.0100637,-0.01338,0.0442614;RO=23;SAF=0,3,18;SAR=3,0,16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.512266,0.666175,0.1643;STB=0.5,0.986721,0.571504;STBP=1,0.49,0.154;TYPE=mnp,snp,del;VARB=-0.0376003,0.108035,0.00362749;OID=.,.,.;OPOS=7475152,7475155,7475153;OREF=CT,T,T;OALT=AC,A,-;OMAPALT=ACTT,CTTA,CTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:68:65:23:24:3,3,34:0,1,40:0,0.0153846,0.615385:3,0,16:0,3,18:7:16:0,1,19:0,0,21:8:16 chr17 7477938 . G C 115.39 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0147149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.704;QD=8.87588;RBI=0.0147205;REFB=-0.00502271;REVB=-0.00040343;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140215;STB=0.594465;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0251962;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:37:14:15:0.288462:9:5:17:19:10:5:17:20 chr17 7484101 . C A 509.89 PASS AF=0.421053;AO=55;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0102718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.159;QD=15.3351;RBI=0.0120829;REFB=-0.00882061;REVB=0.00636292;RO=77;SAF=33;SAR=22;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852981;STB=0.541117;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0126637;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:55:56:0.421053:22:33:40:37:23:33:40:37 chr17 7490379 . G C 77.23 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00794367;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=99.2745;QD=28.0845;RBI=0.0175724;REFB=-0.166492;REVB=0.0156744;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.562371;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0080508;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:11:1:2:8:9:0.818182:2:6:1:0:2:7:2:0 chr17 7490810 . G A 54.64 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0116425;FXX=0.176367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.342;QD=15.6124;RBI=0.0161318;REFB=-0.0121625;REVB=-0.0111664;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.017462;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:15:14:7:7:7:7:0.5:4:3:5:2:4:3:5:2 chr17 7531069 . TC CG,TCG 96.02 PASS AF=0,0.744681;AO=2,20;DP=47;FAO=0,35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=0,28;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.01919,0.133584;FXX=0.020829;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=38.5661,6.67102;QD=8.17183;RBI=0.0402155,0.278819;REFB=-0.0403653,-0.118199;REVB=0.0353417,0.244735;RO=20;SAF=2,19;SAR=0,1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.423248,0.458165;STB=0.5,0.549269;STBP=1,0.402;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.188149;OID=.,.;OPOS=7531069,7531071;OREF=TC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:47:47:20:12:2,20:0,35:0,0.744681:0,1:2,19:15:5:0,7:0,28:11:1 chr17 7536527 . G A 295.67 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0120801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.343;QD=24.1366;RBI=0.0175396;REFB=-0.0199751;REVB=-0.0127164;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640485;STB=0.542341;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0176296;OID=.;OPOS=7536527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:11:15:11:11:11:16:11:11 chr17 7557419 . A G 225.76 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.023943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.468;QD=15.5699;RBI=0.0288341;REFB=-0.0161352;REVB=-0.0160667;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215724;STB=0.52126;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0194157;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:15:16:14:12:16:16 chr17 7560835 . T G 640.03 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0739959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.222;QD=59.5375;RBI=0.0965959;REFB=-0.111651;REVB=0.0620917;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0103637;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:1:1:40:42:0.976744:16:24:1:0:16:26:1:0 chr17 7577407 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.498;QD=21.1692;RBI=0.0151005;REFB=-0.0216454;REVB=-0.00705961;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0143934;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr17 7577427 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00101554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.575;QD=18.0502;RBI=0.0264274;REFB=0.00170765;REVB=0.0264079;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00488665;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr17 7578115 . T C 408.02 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000703123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.421;QD=56.2779;RBI=0.0192647;REFB=0;REVB=-0.0192519;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122272;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:12:17:0:0 chr17 7579546 . C T 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0130978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.038;QD=29.8325;RBI=0.0325155;REFB=-0.00565589;REVB=0.0297608;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197754;STB=0.60844;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0019018;OID=.;OPOS=7579546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:1:8:11:9:1:8 chr17 7579705 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0132127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.622;QD=11.0924;RBI=0.0275451;REFB=0.0155289;REVB=-0.0241693;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00318119;OID=.;OPOS=7579705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr17 7592168 . C G 32.68 PASS AF=0.625;AO=3;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00755827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.32;QD=16.338;RBI=0.0860346;REFB=0.0166452;REVB=0.0857019;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111102;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000165964;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:3:5:0.625:1:2:1:1:3:2:2:1 chr17 7592560 . C T 356.05 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0132019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.942;QD=30.302;RBI=0.0175608;REFB=-0.0158299;REVB=0.0115798;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189021;STB=0.595683;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00853202;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:14:15:4:13:15:15:4:13 chr17 7606722 . C G 221.74 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.968;QD=49.2753;RBI=0.0969112;REFB=0;REVB=0.00358125;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121672;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:7:6:0:0:8:10:0:0 chr17 7637789 . C T 219.98 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0469007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5621;QD=17.9571;RBI=0.0470976;REFB=-0.0497572;REVB=-0.00430188;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313398;STB=0.67669;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.058071;OID=.;OPOS=7637789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:7:20:9:13:7:20 chr17 7674784 . C T 262.79 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0620071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.448;QD=47.7808;RBI=0.0620793;REFB=-0.145437;REVB=-0.0029916;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00170468;OID=.;OPOS=7674784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr17 7681412 . C G 769.33 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7533;QD=56.9877;RBI=0.0251825;REFB=0;REVB=-0.00435622;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022226;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 7722365 . C T 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00460607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.771;QD=20.9985;RBI=0.00815871;REFB=-0.0136975;REVB=0.00673415;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565539;STB=0.531235;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0123657;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:23:13:17:23:23:13 chr17 7722643 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00772178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.679;QD=15.9139;RBI=0.00793333;REFB=-0.0116972;REVB=-0.00181986;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158066;STB=0.589412;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0143919;OID=.;OPOS=7722643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:19:18:10:20:19:18 chr17 7735063 . T G 424.32 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0722315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4535;QD=24.2471;RBI=0.0743112;REFB=-0.03263;REVB=-0.0174578;RO=29;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708428;STB=0.503885;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0206586;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:23:18:13:16:23:18:13:16 chr17 7750232 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00795369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.552;QD=13.6308;RBI=0.0629998;REFB=0.0141665;REVB=0.0624957;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153362;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00318619;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:2:7:5:3:2:7 chr17 7751778 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0388155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.87;QD=12.7294;RBI=0.0421917;REFB=-0.0310676;REVB=0.0165376;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397115;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:4:8:6:3:4:8 chr17 7760397 . G A 393.02 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=3;FWDB=0.0409025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5146;QD=17.0878;RBI=0.0474421;REFB=0.000391722;REVB=0.0240363;RO=50;SAF=37;SAR=4;SRF=47;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116857;STB=0.567583;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000462635;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:4:37:47:3:4:37:48:3 chr17 7760704 . A G 523.41 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0176877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.195;QD=18.6932;RBI=0.0178253;REFB=-0.00536396;REVB=0.00221087;RO=57;SAF=21;SAR=34;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209912;STB=0.511624;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00586668;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:34:21:23:34:34:21:23:34 chr17 7761512 . C A 252.08 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0138671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.571;QD=21.4533;RBI=0.161669;REFB=-0.00163961;REVB=0.161073;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998393;STB=0.556189;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00266395;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:7:17:14:9:7:17:14:9 chr17 7843053 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0248;QD=45.8061;RBI=0.0185751;REFB=0;REVB=0.017374;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640085;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 7847955 . C A 323.36 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6235;QD=47.9048;RBI=0.0253705;REFB=-0.152817;REVB=0.0253705;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154142;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:25:25:0.925926:25:0:0:0:25:0:0:2 chr17 7849087 . C G 769.66 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8531;QD=54.9758;RBI=0.0379803;REFB=-0.0387554;REVB=0.0345143;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00377102;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:1:0 chr17 7906519 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5881;QD=33.4235;RBI=0.0400036;REFB=0;REVB=0.00927751;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443469;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 7910025 . C T 246.43 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5838;QD=46.9396;RBI=0.0472102;REFB=-0.0360382;REVB=0.043264;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0026478;OID=.;OPOS=7910025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr17 7951819 . A G 360.86 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0100313;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.484;QD=17.3908;RBI=0.0166054;REFB=0.00555815;REVB=-0.013233;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621271;STB=0.540096;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00722862;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:45:38:38:0.457831:23:15:21:25:23:15:21:24 chr17 7983681 . G A 481.48 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.025507;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2706;QD=20.0618;RBI=0.0259074;REFB=-0.0389643;REVB=-0.00453706;RO=51;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109304;STB=0.574576;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0340985;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:51:49:47:47:0.489583:27:20:16:35:27:20:14:35 chr17 7983799 . A G 396.35 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0142239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.783;QD=21.1386;RBI=0.014578;REFB=-0.029791;REVB=-0.00319365;RO=35;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864099;STB=0.542352;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0225543;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:23:16:11:24:24:16:11:24 chr17 7983969 . G C 577.73 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00631614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.146;QD=24.3253;RBI=0.010555;REFB=-0.026652;REVB=-0.00845667;RO=42;SAF=27;SAR=26;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103494;STB=0.55668;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0230659;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:26:27:16:26:26:27:16:26 chr17 7999957 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7261;QD=57.6793;RBI=0.0675724;REFB=0;REVB=0.0562477;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194734;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr17 8022065 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0610273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.883;QD=24.0732;RBI=0.0625272;REFB=-0.0163812;REVB=0.0136132;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465113;STB=0.526274;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00583428;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:2:5:10:3:2:5 chr17 8023059 . A C 85.02 PASS AF=0.289474;AO=12;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0116129;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.893;QD=8.94925;RBI=0.01226;REFB=-0.00550441;REVB=0.00393045;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360835;STB=0.749605;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0187959;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:39:38:27:27:12:11:0.289474:7:5:20:7:7:4:20:7 chr17 8023061 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0297205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.597;QD=8.3708;RBI=0.0337592;REFB=-2.98986e-05;REVB=0.0160118;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32941;STB=0.681521;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000474087;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:6:5:20:7:6:5:20:8 chr17 8023143 . G A 87.52 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00383299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.017;QD=8.75192;RBI=0.00465088;REFB=0.0150862;REVB=-0.00263417;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439396;STB=0.767858;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0262311;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:40:27:28:11:12:0.3:8:3:18:9:9:3:18:10 chr17 8024237 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2419;QD=58.4152;RBI=0.0615107;REFB=0;REVB=-0.0543305;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000667412;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr17 8026364 . C T 1155.9 PASS AF=0.481328;AO=112;DP=239;FAO=116;FDP=241;FR=.;FRO=125;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=-0.000417042;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.498;QD=19.1851;RBI=0.001012;REFB=-0.0319807;REVB=0.000922068;RO=123;SAF=76;SAR=36;SRF=77;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558292;STB=0.522772;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0327586;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:123:125:112:116:0.481328:36:76:77:46:39:77:78:47 chr17 8079485 . TG T 41.92 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0308497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.258;QD=8.38341;RBI=0.125072;REFB=-0.0194863;REVB=0.121207;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.524738;SSSB=-0.792717;STB=0.878996;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0639743;OID=.;OPOS=8079486;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:6:20:7:20:13:1:6:10:3:41:12:0:6:9:3 chr17 8135061 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0728759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3108;QD=48.7326;RBI=0.0739383;REFB=0;REVB=0.0124893;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128499;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 8141707 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.808;QD=60.9766;RBI=0.0305169;REFB=0;REVB=0.00297366;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026562;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 8215534 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.299;QD=33.4285;RBI=0.0265205;REFB=0;REVB=0.0265205;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410504;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr17 8216468 . T C 270.36 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.521;QD=51.4978;RBI=0.0626562;REFB=0;REVB=0.0417443;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295232;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 8249116 . C T 691.06 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00771574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.234;QD=58.8139;RBI=0.0240542;REFB=0.000836404;REVB=0.0227831;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000888191;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=8.54542e-06;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:47:2:1:45:46:0.978723:23:22:1:1:24:22:1:0 chr17 8339283 . C T 311.72 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0130367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.48;QD=22.6705;RBI=0.0280831;REFB=-0.0643954;REVB=-0.0248738;RO=21;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122273;STB=0.576011;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.052014;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:23:31:32:0.581818:10:21:11:10:10:22:12:11 chr17 8339307 . G A 731.5 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1476;QD=55.2075;RBI=0.0801534;REFB=-0.0676123;REVB=0.0528215;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001235;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:20:32:1:0:20:33:0:0 chr17 8378932 . A G 541.31 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000708921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.828;QD=22.7919;RBI=0.0164384;REFB=-0.00512768;REVB=-0.0164231;RO=43;SAF=38;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298065;STB=0.670517;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00777763;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:13:38:18:25:13:38:18:26 chr17 8383894 . A G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0216;QD=62.3397;RBI=0.0431201;REFB=0;REVB=0.0359007;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665259;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 8416901 . C T 577.27 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0217973;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.302;QD=26.5409;RBI=0.0323734;REFB=-0.0149954;REVB=0.0239357;RO=35;SAF=26;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526624;STB=0.528725;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0065887;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:35:35:52:52:0.597701:26:26:20:15:26:26:20:15 chr17 8424270 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.294;QD=57.385;RBI=0.0276422;REFB=0;REVB=0.021087;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156754;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr17 8450357 . C A 260.06 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00471442;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.436;QD=24.1918;RBI=0.0278413;REFB=-0.0295019;REVB=-0.0274393;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243266;STB=0.636056;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0190535;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:8:11:7:17:8:11 chr17 8701116 . G A 180.49 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0158951;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.015;QD=13.8837;RBI=0.0516189;REFB=-0.0337694;REVB=0.0491107;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091965;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0352424;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:7:13:17:13:8:13:17:14 chr17 8701799 . G T 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0228323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.605;QD=14.0948;RBI=0.0278162;REFB=-0.0213917;REVB=0.0158879;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505335;STB=0.542783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0204727;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:3:8:10:3:3:8:11:3 chr17 8725214 . A AG 365.42 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8986;QD=42.9911;RBI=0.111914;REFB=0;REVB=-0.00516717;RO=6;SAF=5;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00476141;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:36:34:34:0:9:25:0:0:7:6:5:25:6:0 chr17 9066254 . T C 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0761307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2074;QD=20.7521;RBI=0.0794026;REFB=-0.0243138;REVB=-0.0225587;RO=42;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395281;STB=0.502187;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.021644;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:18:26:25:17:18:26:25:17 chr17 9395231 . G A 60.42 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0232226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.232;QD=6.19716;RBI=0.0268894;REFB=-0.00481539;REVB=0.0135555;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222781;STB=0.636033;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0251741;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:7:2:11:18:7:2:11:19 chr17 9471711 . T G 375.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.496;QD=55.5989;RBI=0.00989734;REFB=0;REVB=-0.00623896;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11164e-06;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr17 9479098 . C A 743.5 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.304;QD=59.4796;RBI=0.0534969;REFB=-0.186043;REVB=0.0492421;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.506349;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00106303;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:31:17:0:1:31:17:1:1 chr17 9515777 . G A 132.3 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00629489;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0259;QD=13.926;RBI=0.0237262;REFB=0.0105379;REVB=0.0228759;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146586;STB=0.585254;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0161045;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:14:9:8:7:14:9 chr17 9586165 . C T 128.63 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00145587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.931;QD=12.8633;RBI=0.0209606;REFB=-0.0215008;REVB=0.02091;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0347818;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:14:11:6:9:14:11 chr17 9712255 . G A 766.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.048;QD=56.7586;RBI=0.00635159;REFB=0;REVB=0.00622897;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44058e-05;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr17 9725101 . G A 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.019017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.265;QD=20.4373;RBI=0.0193199;REFB=-0.0141302;REVB=-0.00340781;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338478;STB=0.511104;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.013052;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:12:18:14:11:12:18:15:11 chr17 9725338 . G A 162.03 PASS AF=0.25;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0189803;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.327;QD=7.04461;RBI=0.0331149;REFB=-0.00743081;REVB=0.0271357;RO=70;SAF=14;SAR=9;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295189;STB=0.511343;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0159002;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:70:69:23:23:0.25:9:14:41:29:9:14:41:28 chr17 9725347 . A G 127.21 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0160333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.078;QD=6.69514;RBI=0.0427925;REFB=-0.00273085;REVB=-0.0396753;RO=55;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414939;STB=0.513423;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0224824;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:57:19:19:0.25:8:11:30:25:8:11:32:25 chr17 9764531 . A G 380.69 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00303979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.195;QD=16.9195;RBI=0.00486027;REFB=0.00413766;REVB=0.00379236;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034812;STB=0.519522;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00777539;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:19:21:28:22:19:21:28:22 chr17 9769199 . T C 335.64 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0231815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2996;QD=19.7433;RBI=0.043712;REFB=0.0121932;REVB=0.0370588;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290381;STB=0.51612;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0119128;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:16:19:19:14:16:19:19:14 chr17 10206595 . T C 334.96 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0136824;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.089;QD=16.5414;RBI=0.0249406;REFB=-0.00659526;REVB=-0.0208524;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071978;STB=0.540406;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00982236;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:18:27:19:17:18:27 chr17 10216510 . G A 634.22 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00203045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.211;QD=19.8193;RBI=0.0156814;REFB=-0.0342984;REVB=0.0155494;RO=64;SAF=36;SAR=28;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852556;STB=0.547044;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0342622;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:28:36:30:34:28:36:30:34 chr17 10222149 . A G 428.76 PASS AF=0.44;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0163609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.277;QD=17.1504;RBI=0.0218847;REFB=-0.0111605;REVB=-0.0145348;RO=55;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231845;STB=0.633216;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0182286;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:55:56:44:44:0.44:20:24:17:38:20:24:17:39 chr17 10223697 . G T 708.87 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.098;QD=61.641;RBI=0.0303969;REFB=0;REVB=0.00131371;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964666;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:20:23:0:0:20:26:0:0 chr17 10231417 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.894;QD=58.4191;RBI=0.0294035;REFB=0;REVB=-0.016125;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46434e-05;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr17 10243717 . G A 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6945;QD=57.7103;RBI=0.0596764;REFB=0;REVB=-0.0297861;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020601;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr17 10318635 . CA C,CG 1696.74 PASS AF=0.136752,0.863248;AO=15,102;DP=119;FAO=16,101;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=16,47;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660445,0.0532382;FXX=0.00847386;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.321,130.671;QD=58.0082;RBI=0.0714873,0.0583106;REFB=0,0;REVB=0.0273598,0.0237869;RO=1;SAF=15,47;SAR=0,55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00998794;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0237281,-0.00118294;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136752,0.863248:15,102:119:16,101:117:0:16,47:0,54:0:0:59:1:15,47:0,55:1:0 chr17 10319008 . T C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0162416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.725;QD=21.9721;RBI=0.0170833;REFB=-0.00544805;REVB=-0.00529633;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10094;STB=0.566872;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00234818;OID=.;OPOS=10319008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:11:12:8:12:11:12:8:13 chr17 10346781 . T C 1417.82 PASS AF=0.961165;AO=98;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0516741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.899;QD=55.0609;RBI=0.0517235;REFB=-0.0532979;REVB=0.00226089;RO=4;SAF=41;SAR=57;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252005;STB=0.512895;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00238672;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:4:4:98:99:0.961165:57:41:3:1:57:42:3:1 chr17 10348354 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.612;QD=62.9823;RBI=0.0104469;REFB=0;REVB=0.00375284;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66208e-05;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr17 10350385 . ATTTTC ATTC,ATTCTC,ATTTC,ATTTCT 856.07 PASS AF=0,0,0.903226,0.0967742;AO=17,5,16,5;DP=97;FAO=0,0,84,9;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,35,9;FSAR=0,0,49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.216458,-0.080906,-0.423101,-0.0723023;FXX=0.0412329;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,1,2;MLLD=10.0145,190.195,11.5699,197.337;QD=36.8203;RBI=0.543853,0.161957,1.04021,0.132618;REFB=0,0,0,0;REVB=0.498921,0.140301,0.950276,0.111175;RO=46;SAF=17,5,15,5;SAR=0,0,1,0;SRF=0;SRR=46;SSEN=0.452899,0,0.452899,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.895728,0.891101,0.859972,0.891101;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.020176,0,0.00773129,0.141631;OID=.,.,.,.;OPOS=10350386,10350388,10350386,10350389;OREF=TT,T,T,TC;OALT=-,C,-,CT;OMAPALT=ATTC,ATTCTC,ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.903226,0.0967742:17,5,16,5:97:0,0,84,9:93:0:0,0,35,9:0,0,49,0:0:0:37:46:17,5,15,5:0,0,1,0:0:46 chr17 10355371 . C T 847.81 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0365577;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4595;QD=54.6971;RBI=0.156082;REFB=-0.128591;REVB=0.151741;RO=2;SAF=47;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196572;STB=0.510413;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00806815;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:62:2:2:59:60:0.967742:12:47:2:0:13:47:2:0 chr17 10355763 . T C 1609.42 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.164;QD=57.4793;RBI=0.0379497;REFB=-0.170682;REVB=0.0364126;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00177449;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:112:1:1:108:111:0.991071:54:54:1:0:56:55:0:1 chr17 10357915 . G A 342.92 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00755108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.52;QD=21.4324;RBI=0.0102314;REFB=-0.0174739;REVB=-0.00690384;RO=29;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178638;STB=0.598854;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0102577;OID=.;OPOS=10357915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:13:22:12:17:13:22:12:17 chr17 10363410 . A G 3339.36 PASS AF=1;AO=213;DP=216;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185523;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.617;QD=62.418;RBI=0.019381;REFB=0;REVB=-0.00560662;RO=0;SAF=95;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204165;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:214:0:0:213:214:1:118:95:0:0:118:96:0:0 chr17 10368847 . C T 456.75 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0118905;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.327;QD=12.4287;RBI=0.033604;REFB=-0.0163858;REVB=-0.03143;RO=93;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151135;STB=0.582642;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0284069;OID=.;OPOS=10368847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:93:94:53:53:0.360544:23:30:40:53:23:30:41:53 chr17 10415840 . A G 639.46 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798046;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.31;QD=59.4847;RBI=0.00804896;REFB=-0.111421;REVB=-0.00104781;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00011512;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr17 10427924 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.445;QD=57.2343;RBI=0.0415969;REFB=0.0646907;REVB=0.013764;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000128184;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:34:32:0:1:34:32:0:1 chr17 10448769 . A T 1548.71 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.55;QD=63.8645;RBI=0.0283636;REFB=0;REVB=-0.0260861;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55691e-05;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr17 10450816 . T C 2178.26 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130475;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.171;QD=62.236;RBI=0.0308397;REFB=0.0197838;REVB=-0.0279437;RO=1;SAF=73;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646872;STB=0.503401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-1.08062e-05;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:66:73:1:0:66:73:1:0 chr17 11166782 . G A 325.31 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0296948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1664;QD=22.4353;RBI=0.0328031;REFB=0.00439897;REVB=-0.0139378;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980208;STB=0.554008;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00224466;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:9:16:17:16:9:16 chr17 11502125 . C T 369.42 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0161017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5175;QD=14.0731;RBI=0.0581923;REFB=-0.00724853;REVB=0.0559203;RO=62;SAF=12;SAR=31;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249511;STB=0.641722;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0126625;OID=.;OPOS=11502125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:31:12:31:31:31:12:31:31 chr17 11523082 . A G 1035.42 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.955;QD=59.1669;RBI=0.00446582;REFB=0;REVB=-0.00254076;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64411e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr17 11583089 . T C 979.61 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174792;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.27;QD=57.6241;RBI=0.0490628;REFB=-0.0569994;REVB=0.0458436;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171824;STB=0.509431;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000279429;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:68:67:0.985294:27:41:0:1:26:41:0:1 chr17 11642231 . A G 337.5 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0343819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3268;QD=20.1493;RBI=0.0676939;REFB=-0.0135254;REVB=-0.0583126;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905638;STB=0.550227;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0117667;OID=.;OPOS=11642231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:16:19:14:18:16:19:14:18 chr17 11648332 . C T 1127.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0977;QD=60.1171;RBI=0.0596385;REFB=0;REVB=-0.00664443;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244936;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:44:27:0:0:45:30:0:0 chr17 11671913 . G C 562.19 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0288365;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.391;QD=17.7066;RBI=0.0289994;REFB=-0.0152325;REVB=-0.00306921;RO=63;SAF=30;SAR=28;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156895;STB=0.581733;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0185094;OID=.;OPOS=11671913;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:68:58:59:0.464567:28:30:43:20:28:31:46:22 chr17 11786951 . T C 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.802;QD=61.6615;RBI=0.06618;REFB=0;REVB=-0.0661211;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316112;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr17 11787936 . A G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.567;QD=61.3321;RBI=0.0216528;REFB=0;REVB=-0.0146294;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90645e-06;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 12820632 . A C 270.69 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0444331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.158;QD=16.9179;RBI=0.0445001;REFB=-0.00482344;REVB=-0.00244105;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13015;STB=0.573226;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00610058;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:11:19:17:17:11:19:17:17 chr17 12820646 . G C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0238875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1336;QD=20.9022;RBI=0.0285786;REFB=-0.0176819;REVB=-0.0156882;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101135;STB=0.555962;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0144969;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:17:16:17:11:17:16:17:11 chr17 12894832 . A G 87.92 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0133724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7174;QD=14.653;RBI=0.0991822;REFB=0.029339;REVB=0.0982765;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452513;STB=0.526269;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0284518;OID=.;OPOS=12894832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:11:2:2:9:11:2 chr17 13399616 . A T 597.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517264;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.112;QD=61.3173;RBI=0.0545893;REFB=0;REVB=-0.0174461;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14552e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 14005439 . G A 538.17 PASS AF=0.51;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00158157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7838;QD=21.5269;RBI=0.0841324;REFB=0.00369687;REVB=0.0841175;RO=49;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118448;STB=0.558835;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00370295;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:49:50:51:0.51:20:30:23:26:21:30:23:26 chr17 14095309 . A G,T 1515.24 PASS AF=0.948454,0.0515464;AO=92,5;DP=97;FAO=92,5;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46,4;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477481,-0.00378507;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.51,134.65;QD=62.4843;RBI=0.0509164,0.0130915;REFB=0,0;REVB=-0.0176803,-0.0125324;RO=0;SAF=46,4;SAR=46,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000515217,0.0159595;OID=.,.;OPOS=14095309,14095309;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:97:0:0:92,5:92,5:0.948454,0.0515464:46,1:46,4:0:0:46,1:46,4:0:0 chr17 14111176 . C A 866.9 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0760326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.191;QD=53.3479;RBI=0.0760614;REFB=-0.13927;REVB=0.00209169;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.501084;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000617394;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:1:3:62:62:0.953846:40:22:1:0:40:22:1:2 chr17 14139891 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.075;QD=33.4285;RBI=0.0880275;REFB=0;REVB=0.00602515;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299714;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 14140103 . A G 638.86 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9604;QD=59.429;RBI=0.0274648;REFB=-0.137004;REVB=-0.0102632;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00262026;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:1:0:22:20:1:0 chr17 14248423 . T C 236.2 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6693;QD=49.7253;RBI=0.124003;REFB=0;REVB=0.0777822;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389441;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:15:4:0:0 chr17 14249167 . C T 710.28 PASS AF=0.980769;AO=52;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.002;QD=54.6368;RBI=0.0279016;REFB=0.0294985;REVB=0.0220525;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000656399;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:52:51:0.980769:24:28:0:0:24:27:1:0 chr17 15154966 . T A 408.2 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0320805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.927;QD=20.4102;RBI=0.0321632;REFB=-0.00572417;REVB=0.00230421;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884291;STB=0.548972;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00819776;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:22:19:22:17:22:19:22:17 chr17 15207364 . T G 783.99 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.269;QD=63.9988;RBI=0.0558446;REFB=0;REVB=0.0516135;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144007;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:23:23:0:0:26:23:0:0 chr17 15217437 . C G 769.06 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3371;QD=56.9675;RBI=0.0563717;REFB=0;REVB=-0.0547165;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537682;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr17 15311975 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.622;QD=42.1822;RBI=0.115553;REFB=0;REVB=-0.114067;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00709293;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 15343524 . C CCTT 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104138;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.162;QD=55.5196;RBI=0.104336;REFB=0.0780098;REVB=0.00643098;RO=1;SAF=1;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143836;STB=0.507688;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=-0.00495685;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:33:34:33:34:1:1:32:0:1:5:1:1:32:0:1 chr17 15477417 . A G 138.74 PASS AF=0.372093;AO=13;DP=40;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00375425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.365;QD=12.9057;RBI=0.0228466;REFB=-0.0215215;REVB=0.0225361;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416013;STB=0.612857;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.029137;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:26:27:13:16:0.372093:2:11:14:12:5:11:14:13 chr17 15492408 . CT C,CC 87.01 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,7;DP=9;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124997,-0.00678513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.171,157.064;QD=38.6696;RBI=0.0438922,0.0379627;REFB=0,0;REVB=-0.0420747,-0.0373514;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0510125,0.01424;OID=.,.;OPOS=15492409,15492409;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:2,7:9:2,7:9:0:1,4:1,3:0:0:8:0:1,4:1,3:0:0 chr17 15496727 . T G 1330.05 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00125458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.606;QD=59.7777;RBI=0.056928;REFB=-0.0238456;REVB=0.0569141;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00218957;OID=.;OPOS=15496727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:48:39:1:1:48:39:1:1 chr17 15496730 . A G 1329.97 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0396748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4271;QD=59.7737;RBI=0.0592631;REFB=-0.00175464;REVB=-0.0440231;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000380413;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:48:39:1:1:48:39:1:1 chr17 15498181 . A G 728.11 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.494;QD=63.3136;RBI=0.036659;REFB=0;REVB=0.0206294;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33942e-05;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr17 15510888 . G A 1822.85 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.356;QD=61.2724;RBI=0.0304908;REFB=0;REVB=0.0282407;RO=0;SAF=72;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03633e-05;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:46:72:0:0:47:72:0:0 chr17 15510988 . T C 1095.13 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8206;QD=60.0073;RBI=0.0550347;REFB=0;REVB=0.0174869;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143585;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr17 15531942 . C A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.862;QD=53.2723;RBI=0.0260395;REFB=0;REVB=0.0227714;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25491e-05;OID=.;OPOS=15531942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr17 15532208 . G A 941.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319374;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.143;QD=57.9603;RBI=0.00319851;REFB=0;REVB=0.00017455;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060397;OID=.;OPOS=15532208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:30:35:0:0 chr17 15554504 . G A 627.73 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6163;QD=61.2418;RBI=0.127959;REFB=0;REVB=0.119258;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352878;OID=.;OPOS=15554504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr17 15611495 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.955;QD=59.5017;RBI=0.0298835;REFB=0;REVB=0.0242633;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51182e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr17 15620647 . G A 505.48 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510861;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8153;QD=59.4684;RBI=0.0511084;REFB=0;REVB=-0.00150984;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836091;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 15644506 . C T 1115.13 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000254502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.854;QD=60.2775;RBI=0.0448335;REFB=0;REVB=0.0448328;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25862e-05;OID=.;OPOS=15644506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:27:44:0:0:29:45:0:0 chr17 15645289 . G A 482.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1512;QD=58.4538;RBI=0.0607753;REFB=0;REVB=0.0593747;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163236;OID=.;OPOS=15645289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:23:10:0:0 chr17 15690281 . C T 450.28 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8378;QD=54.5799;RBI=0.11124;REFB=0;REVB=0.0889993;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557558;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:33:1:0:31:33:1:15:16:0:1:16:17:0:0 chr17 15690793 . T C 1868.46 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0312134;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.761;QD=60.7629;RBI=0.0313451;REFB=0.111328;REVB=0.00286999;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-4.3541e-05;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:122:122:0.99187:61:61:0:0:61:61:0:1 chr17 15690888 . C G 337.72 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00590522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7959;QD=20.1621;RBI=0.0688602;REFB=-0.0130648;REVB=-0.0686065;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143702;STB=0.579616;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00973609;OID=.;OPOS=15690888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:19:16:20:12:19:16:20:12 chr17 15878109 . CCAA C 340.2 PASS AF=0.485714;AO=48;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0137335;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=3;MLLD=216.583;QD=12.9599;RBI=0.0153039;REFB=-0.0256844;REVB=0.00675283;RO=51;SAF=16;SAR=32;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308286;STB=0.662356;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0281256;OID=.;OPOS=15878110;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:48:104:51:105:54:17:34:35:19:99:51:16:32:34:17 chr17 16062131 . A T 250.14 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00214669;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.493;QD=23.8226;RBI=0.0217061;REFB=-0.0114666;REVB=0.0215997;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163236;STB=0.538428;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0116007;OID=.;OPOS=16062131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:17:19:23:23:0.547619:9:14:10:7:9:14:10:9 chr17 16068340 . C T 66.29 PASS AF=0.115942;AO=14;DP=137;FAO=16;FDP=138;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.00243143;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.406;QD=1.92147;RBI=0.0236859;REFB=-0.00448286;REVB=-0.0235608;RO=121;SAF=10;SAR=4;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255749;STB=0.611174;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0299932;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:137:138:121:122:14:16:0.115942:4:10:61:60:6:10:61:61 chr17 16068343 . G A 72.67 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=139;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.0301164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2555;QD=2.06169;RBI=0.0337816;REFB=-0.0107862;REVB=-0.0153034;RO=121;SAF=11;SAR=6;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188292;STB=0.630536;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.036916;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:139:141:121:124:17:17:0.120567:6:11:60:61:6:11:62:62 chr17 16068362 . C T 99.98 PASS AF=0.143836;AO=20;DP=147;FAO=21;FDP=146;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.00853272;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.573;QD=2.73912;RBI=0.0278517;REFB=-0.00133375;REVB=-0.0265125;RO=127;SAF=11;SAR=9;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776424;STB=0.578051;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0073678;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:127:125:20:21:0.143836:9:11:62:65:9:12:60:65 chr17 16068377 . C G 100.31 PASS AF=0.139073;AO=21;DP=152;FAO=21;FDP=151;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.0167871;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.595;QD=2.65711;RBI=0.0169436;REFB=-0.00194599;REVB=0.00229718;RO=128;SAF=10;SAR=11;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202051;STB=0.513876;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0127035;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:128:130:21:21:0.139073:11:10:63:65:11:10:64:66 chr17 16068383 . G A 124.01 PASS AF=0.157895;AO=22;DP=151;FAO=24;FDP=152;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.00708822;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.854;QD=3.26342;RBI=0.00918136;REFB=-0.00233767;REVB=0.00583564;RO=129;SAF=13;SAR=9;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139555;STB=0.554659;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0137081;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:129:128:22:24:0.157895:9:13:62:67:11:13:61:67 chr17 16068396 . G A 131.89 PASS AF=0.167785;AO=24;DP=149;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.0103161;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.185;QD=3.54072;RBI=0.0254213;REFB=-0.000138533;REVB=0.0232341;RO=117;SAF=12;SAR=12;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381799;STB=0.550041;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00154705;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:117:124:24:25:0.167785:12:12:55:62:12:13:57:67 chr17 16068464 . G A 32.89 PASS AF=0.08;AO=10;DP=126;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0187432;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.051;QD=1.05232;RBI=0.0212605;REFB=-0.00193906;REVB=0.010035;RO=110;SAF=4;SAR=6;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522465;STB=0.524703;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0223242;OID=.;OPOS=16068464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:125:110:115:10:10:0.08:6:4:49:61:6:4:49:66 chr17 16097825 . T G 52.02 PASS AF=0.0888889;AO=16;DP=180;FAO=16;FDP=180;FR=.;FRO=164;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=105;FWDB=-0.018181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.999;QD=1.156;RBI=0.0325443;REFB=-0.00590162;REVB=-0.0269922;RO=160;SAF=5;SAR=11;SRF=59;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726441;STB=0.548225;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0599368;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:180:180:160:164:16:16:0.0888889:11:5:59:101:11:5:59:105 chr17 16097870 . C A 48.99 PASS AF=0.0915033;AO=14;DP=154;FAO=14;FDP=153;FR=.;FRO=139;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=94;FWDB=0.0175376;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0833;QD=1.28068;RBI=0.0180395;REFB=0.00169765;REVB=-0.00422552;RO=140;SAF=3;SAR=11;SRF=46;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162755;STB=0.626137;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0111946;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:154:153:140:139:14:14:0.0915033:11:3:46:94:11:3:45:94 chr17 16285404 . C T 62.65 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.161407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.899;QD=11.3908;RBI=0.161548;REFB=-0.00496897;REVB=0.00673588;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.580461;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0245548;OID=.;OPOS=16285404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:22:13:13:8:9:0.409091:6:2:6:7:6:3:6:7 chr17 16524929 . C A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0230017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.708;QD=12.4555;RBI=0.023393;REFB=-0.010201;REVB=-0.00426103;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158558;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173882;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:13:21:13:8:13:21 chr17 16537207 . C T 351.12 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.00800788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.141;QD=13.0045;RBI=0.0200433;REFB=-0.0140285;REVB=-0.0183741;RO=66;SAF=22;SAR=20;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172912;STB=0.597636;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0250942;OID=.;OPOS=16537207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:20:22:45:21:20:22:45:21 chr17 16635980 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0362315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2235;QD=10.075;RBI=0.0366603;REFB=0.0144816;REVB=0.00559046;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343095;STB=0.706044;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0287114;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:4:10:3:5:4:10 chr17 16664991 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00137175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4729;QD=8.25465;RBI=0.0304398;REFB=0.0129578;REVB=0.0304089;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0200639;OID=.;OPOS=16664991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr17 16692262 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0289234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9246;QD=5.78792;RBI=0.0470908;REFB=0.0103795;REVB=0.0371615;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0251548;OID=.;OPOS=16692262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:12:11:4:3:12:11 chr17 16735618 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.76;QD=53.9075;RBI=0.0323464;REFB=0;REVB=0.0209021;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374464;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 16746358 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.535;QD=58.1414;RBI=0.0343678;REFB=0;REVB=0.0303945;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76253e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 16746365 . G A 87.23 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0291626;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.089;QD=12.0313;RBI=0.0310858;REFB=-0.0062261;REVB=0.0107645;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.6519;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0278112;OID=.;OPOS=16746365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:11:7:7:4:11:7 chr17 16828713 . A T 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8243;QD=62.1591;RBI=0.0317848;REFB=0;REVB=0.0315677;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169505;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr17 16828790 . TG CA 751.11 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02369;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.603;QD=63.9242;RBI=0.0777047;REFB=0;REVB=0.0740054;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000295504;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr17 16836425 . G A 1157.42 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00627978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.616;QD=59.3548;RBI=0.0282067;REFB=-0.0471365;REVB=0.0274987;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000114112;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:1:0:42:35:1:0 chr17 16842912 . A G 1196.68 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394593;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.399;QD=61.3684;RBI=0.0395964;REFB=0;REVB=-0.0032921;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134553;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr17 16842991 . G A 1166.08 PASS AF=0.910112;AO=81;DP=89;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00372828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.825;QD=52.4079;RBI=0.0124035;REFB=-0.049887;REVB=-0.0118299;RO=8;SAF=40;SAR=41;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201633;STB=0.510683;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000539756;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:89:89:8:8:81:81:0.910112:41:40:3:5:41:40:3:5 chr17 16855878 . C T 414.55 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0830673;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.418;QD=51.8192;RBI=0.0846203;REFB=0.0183776;REVB=0.0161378;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.529392;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000805829;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:14:16:1:0:14:16:2:0 chr17 17039561 . CCAG C 134.58 PASS AF=0.617647;AO=14;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0640353;FXX=0.433261;HRUN=2;LEN=3;MLLD=105.096;QD=15.8327;RBI=0.072911;REFB=-0.120851;REVB=0.034864;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.635622;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.060275;OID=.;OPOS=17039562;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:14:34:21:34:13:5:16:7:6:79:0:7:7:0:0 chr17 17046024 . C A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0512134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6386;QD=14.1954;RBI=0.0523172;REFB=-0.0286485;REVB=-0.0106904;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.612754;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0421227;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:13:9:9:6:13:9 chr17 17062241 . C G 1481.28 PASS AF=0.508772;AO=146;DP=286;FAO=145;FDP=285;FR=.;FRO=140;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=54;FSRR=86;FWDB=-0.00336999;FXX=0.00349638;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.65;QD=20.7898;RBI=0.0144136;REFB=-0.0166887;REVB=-0.0140141;RO=140;SAF=69;SAR=77;SRF=54;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783906;STB=0.541258;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0133593;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:140:140:146:145:0.508772:77:69:54:86:77:68:54:86 chr17 17069105 . G A 119.85 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0103877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.34;QD=13.6966;RBI=0.0136285;REFB=-0.00190057;REVB=0.00882214;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312758;STB=0.692665;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00129727;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:16:5:8:6:16:5 chr17 17168164 . G A 768.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.473;QD=56.9054;RBI=0.0508817;REFB=0;REVB=0.00228146;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6433e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr17 17179481 . G A 251.82 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152431;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.336;QD=47.9665;RBI=0.0159072;REFB=-0.00435328;REVB=-0.00454819;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00257943;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:1:0:15:5:1:0 chr17 17326363 . G A 223.58 PASS AF=1;AO=11;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.538;QD=47.0687;RBI=0.0667535;REFB=0;REVB=0.0374848;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201995;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:11:19:1:10:1:0:0:10:9:0:0 chr17 17326604 . CA TG 542.31 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01712;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.494;QD=60.2569;RBI=0.0343705;REFB=0;REVB=0.0298033;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123346;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 17363784 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.64;QD=56.7064;RBI=0.0603556;REFB=0;REVB=0.0179664;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311288;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 17397982 . T C 1631.02 PASS AF=0.92;AO=114;DP=126;FAO=115;FDP=125;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0548658;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.186;QD=52.1925;RBI=0.05497;REFB=-0.0350027;REVB=0.0033833;RO=8;SAF=39;SAR=75;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127655;STB=0.504586;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00110356;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:126:125:8:10:114:115:0.92:75:39:2:6:75:40:4:6 chr17 17682484 . G A 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.102;QD=56.6986;RBI=0.0247453;REFB=0;REVB=0.0113694;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76544e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 17696531 . G C 738.89 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0304454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0145;QD=54.7323;RBI=0.0784991;REFB=0.0652848;REVB=0.0723545;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00115655;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:1:0:31:22:1:0 chr17 17696755 . C A 1107.26 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0324484;FXX=0.0374953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.778;QD=57.5198;RBI=0.0417801;REFB=-0.0754699;REVB=-0.0263188;RO=2;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000327513;STB=0.500173;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000338909;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:37:38:1:1:37:38:1:1 chr17 17715101 . G A 832.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.767;QD=57.4001;RBI=0.0220403;REFB=0;REVB=0.0219842;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05108e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:37:20:0:0:37:21:0:0 chr17 17896089 . TCC TC,TCG,TTC 705.44 PASS AF=1,0,0;AO=35,2,4;DP=44;FAO=48,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104803,0.0298328,0.114553;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=22.2121,4.06683,5.42539;QD=58.7865;RBI=0.130053,0.0411735,0.391853;REFB=0,0,0;REVB=0.0770076,0.028377,-0.374735;RO=0;SAF=35,2,0;SAR=0,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000693987,0,0;OID=.,.,.;OPOS=17896090,17896091,17896090;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=TC,TCG,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:35,2,4:44:48,0,0:48:0:44,0,0:4,0,0:0:0:4:0:35,2,0:0,0,4:0:0 chr17 17896205 . C T 1419.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.613;QD=61.712;RBI=0.0575204;REFB=-0.0517278;REVB=0.0217462;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141463;STB=0.507461;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000498864;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:58:33:1:0:58:33:1:0 chr17 18003671 . T G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0114917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.885;QD=13.0143;RBI=0.0135387;REFB=-0.0205184;REVB=0.00715813;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228151;STB=0.632162;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0404648;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:14:18:7:13:14:18 chr17 18052867 . T C 642.75 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5378;QD=59.7907;RBI=0.0815653;REFB=0;REVB=0.0305251;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293421;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:41:43:1:13:28:0:1:14:29:0:0 chr17 18077175 . T C 297.78 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0317936;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.339;QD=13.2348;RBI=0.031816;REFB=-0.00464205;REVB=0.0011937;RO=55;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132241;STB=0.569711;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.006733;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:55:56:33:34:0.377778:19:14:30:25:19:15:31:25 chr17 18111802 . GTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGT GTTTTTGTTTTTTG,GTTTTTGTTTTTTGT 88.89 PASS AF=0,0.611111;AO=2,5;DP=19;FAO=0,11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00669545,-0.00631108;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=8,7;MLLD=206.633,210.842;QD=19.753;RBI=0.0208354,0.0244464;REFB=-0.061974,-0.054978;REVB=0.0197303,0.0236177;RO=2;SAF=0,4;SAR=2,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.301653,0.301653;SSSB=-0.727176,-0.171367;STB=0.5,0.545372;STBP=1,0.688;TYPE=del,del;VARB=0.0111759,0.0205797;OID=.,.;OPOS=18111816,18111803;OREF=TTTTTTGT,TTTTTGT;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTTGTTTTTTG,GTTTTTGTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.611111:2,5:19:0,11:18:7:0,5:0,6:4:3:37:2:0,4:2,1:2:0 chr17 18111868 . G A 234.43 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0025632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4276;QD=18.754;RBI=0.0935877;REFB=-0.02716;REVB=-0.0935526;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631228;STB=0.535684;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0550552;OID=.;OPOS=18111868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:17:10:10:13:17:10 chr17 18137141 . A G 2320.4 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.562;QD=61.0632;RBI=0.0275622;REFB=0;REVB=0.01287;RO=0;SAF=89;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5937e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:63:89:0:0:63:89:0:0 chr17 18141043 . C T 283.86 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0211579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.698;QD=23.1722;RBI=0.0287537;REFB=-0.014309;REVB=0.019471;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925597;STB=0.546715;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0105554;OID=.;OPOS=18141043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:23:24:26:0.530612:10:14:11:12:11:15:11:12 chr17 18167505 . T C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0753351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3169;QD=7.67913;RBI=0.0754282;REFB=-0.025892;REVB=-0.00374583;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192755;STB=0.5217;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.070643;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:31:31:10:11:0.261905:5:5:15:16:6:5:15:16 chr17 18193941 . G A 77.97 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00449278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.881;QD=14.1758;RBI=0.00456522;REFB=-0.00235112;REVB=-0.00081006;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00117548;OID=.;OPOS=18193941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:12:10:10:0.454545:6:4:5:5:6:4:6:6 chr17 18220770 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0118872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3269;QD=9.11045;RBI=0.0200293;REFB=-0.0139279;REVB=-0.0161204;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.545344;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0273385;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:8:8:0.333333:3:5:9:5:3:5:11:5 chr17 18221134 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0169894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.031;QD=15.2558;RBI=0.040243;REFB=-0.0126471;REVB=-0.0364809;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219676;STB=0.62777;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0167155;OID=.;OPOS=18221134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:5:15:17:13:5:15:17:13 chr17 18226177 . G T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00369403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.762;QD=9.44308;RBI=0.01648;REFB=-0.00453957;REVB=0.0160606;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535511;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0230936;OID=.;OPOS=18226177;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:7:3:5:1:7:3 chr17 18230380 . T C 265.88 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00389226;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.063;QD=15.4136;RBI=0.00505575;REFB=-0.0172521;REVB=0.0032266;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288321;STB=0.668541;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0191651;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:20:9:23:16:21:9:23:16 chr17 18232096 . G A 551.46 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0113884;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.338;QD=17.7892;RBI=0.0126964;REFB=-0.0124885;REVB=0.00561268;RO=65;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023738;STB=0.517235;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0140159;OID=.;OPOS=18232096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:66:58:58:0.467742:30:28:33:32:30:28:34:32 chr17 18284262 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00547704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.406;QD=13.2127;RBI=0.0055429;REFB=-0.0117888;REVB=-0.000851919;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23952;STB=0.638706;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0118536;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:16:6:7:7:16:6 chr17 18291544 . A G 282.88 PASS AF=0.342857;AO=35;DP=103;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=54;FWDB=0.00299119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.864;QD=10.7763;RBI=0.00948549;REFB=-0.00549913;REVB=-0.00900152;RO=67;SAF=10;SAR=25;SRF=14;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113925;STB=0.57205;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0146345;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:67:69:35:36:0.342857:25:10:14:53:25:11:15:54 chr17 18314964 . T G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.666;QD=9.19988;RBI=0.00953351;REFB=-0.0203397;REVB=0.00953351;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0375388;OID=.;OPOS=18314964;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:7:0:0:13:7:0:0:13 chr17 18380154 . A G 550.65 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.012037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.407;QD=14.5868;RBI=0.020074;REFB=-0.0127553;REVB=-0.0160648;RO=89;SAF=45;SAR=17;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105904;STB=0.559767;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0171277;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:17:45:57:32:17:45:57:32 chr17 18390993 . C T 86.93 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00122574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.311;QD=6.20932;RBI=0.00235121;REFB=0.0073226;REVB=0.00200643;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442683;STB=0.776275;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0218219;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:55:56:42:43:13:13:0.232143:4:9:13:29:4:9:13:30 chr17 18391003 . G A 100.76 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0105502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3665;QD=5.67642;RBI=0.0335515;REFB=-0.0070347;REVB=-0.0318496;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354585;STB=0.715504;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0137563;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:15:40:7:9:15:40 chr17 18528623 . A G 351.44 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0278936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.363;QD=13.782;RBI=0.202316;REFB=-0.0554712;REVB=-0.200384;RO=45;SAF=29;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136877;STB=0.673665;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0720317;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:61:41:41:0.401961:12:29:26:19:12:29:26:35 chr17 18542519 . T G 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0790052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6741;QD=5.04415;RBI=0.0792304;REFB=-0.00182127;REVB=-0.00596958;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344902;STB=0.724785;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00706909;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:4:9:20:29:4:9:20:30 chr17 18565350 . G C 378.26 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0145761;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.116;QD=14.8336;RBI=0.015545;REFB=-0.00664834;REVB=-0.00540231;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105664;STB=0.564003;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00794017;OID=.;OPOS=18565350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:59:43:43:0.421569:20:23:25:33:20:23:25:34 chr17 18610134 . T G 250.73 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0457432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6308;QD=12.2307;RBI=0.0466821;REFB=-0.00784661;REVB=0.0093155;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896971;STB=0.510197;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0125179;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:12:18:31:20:12:18:32:20 chr17 18630995 . G A 349.16 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0198266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0871;QD=15.181;RBI=0.0226769;REFB=-0.00976004;REVB=0.0110068;RO=54;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827093;STB=0.546796;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0131382;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:16:22:27:27:16:22:27:27 chr17 18647625 . T A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00722507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.509;QD=12.2125;RBI=0.0075187;REFB=-0.00716755;REVB=-0.00208068;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272451;STB=0.516104;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0240957;OID=.;OPOS=18647625;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:9:13:8:5:9:13 chr17 18653070 . G A 233.29 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0123675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0839;QD=10.6039;RBI=0.0252763;REFB=0.000898229;REVB=-0.0220439;RO=59;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887318;STB=0.551688;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00245411;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:16:13:31:28:16:13:31:28 chr17 18653145 . C G 273.73 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00445151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.226;QD=14.9989;RBI=0.0182775;REFB=-0.0154821;REVB=-0.0177271;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190194;STB=0.613564;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00925099;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:18:13:25:16:18:13:26:16 chr17 18671961 . C T 408.89 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0775422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.45;QD=23.7035;RBI=0.0779416;REFB=-0.0123239;REVB=-0.00788028;RO=29;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395849;STB=0.521728;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00947726;OID=.;OPOS=18671961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:20:20:13:16:20:20:13:16 chr17 18684642 . G T 139.98 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0746701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.138;QD=20.7383;RBI=0.0800418;REFB=-0.0191026;REVB=-0.0288283;RO=12;SAF=13;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551977;STB=0.81667;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.046064;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:2:13:3:9:2:13:3:9 chr17 18694277 . G A 716.5 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0208567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.73;QD=51.1786;RBI=0.0243011;REFB=-0.081823;REVB=0.0124717;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.504515;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00266057;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:22:31:1:1:22:31:2:1 chr17 18702220 . T C 1960.44 PASS AF=0.94964;AO=130;DP=137;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00825279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5241;QD=56.4155;RBI=0.0241685;REFB=-0.173698;REVB=0.0227158;RO=7;SAF=71;SAR=59;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392758;STB=0.520365;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00913267;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:137:139:7:7:130:132:0.94964:59:71:1:6:60:72:1:6 chr17 18775900 . A G 279.59 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000321581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9365;QD=14.1562;RBI=0.0122787;REFB=-0.0173538;REVB=-0.0122744;RO=47;SAF=25;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303282;STB=0.674299;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0240402;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:7:25:25:22:7:25:25:22 chr17 18834021 . T C 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0203937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.484;QD=16.5268;RBI=0.024459;REFB=-0.0116888;REVB=-0.0135035;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.59992;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0100428;OID=.;OPOS=18834021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:12:17:10:15:12:17 chr17 18874685 . C CGGT 379.28 PASS AF=0.878788;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00859285;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=299.783;QD=45.9734;RBI=0.00867281;REFB=-0.0263004;REVB=0.00117497;RO=4;SAF=18;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355912;STB=0.515408;STBP=0.674;TYPE=ins;VARB=0.000836503;OID=.;OPOS=18874686;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878788:28:34:29:33:4:18:11:2:2:20:4:18:10:2:2 chr17 18874720 . C G 837.12 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0450308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5015;QD=55.8077;RBI=0.0752998;REFB=-0.11415;REVB=0.0603514;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00225324;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:24:35:0:1:24:35:0:1 chr17 18880268 . C A 1225.47 PASS AF=0.988095;AO=79;DP=81;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.065;QD=58.3556;RBI=0.0763223;REFB=-0.0652421;REVB=0.0642045;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00431402;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:84:0:1:79:83:0.988095:39:40:0:0:42:41:0:1 chr17 18907029 . A G 163.73 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0230951;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3199;QD=13.3653;RBI=0.0305531;REFB=-0.0269447;REVB=-0.0200027;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15538;STB=0.588772;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0280866;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:30:18:19:0.387755:11:7:15:13:11:8:17:13 chr17 18918396 . G C 233.25 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0319598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2121;QD=16.9637;RBI=0.0545007;REFB=-0.00870436;REVB=0.0441464;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240421;STB=0.513542;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0101576;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:16:13:11:15:16:13 chr17 18923124 . G A 477.84 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.000859723;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.648;QD=18.0318;RBI=0.0419226;REFB=0.00965538;REVB=0.0419138;RO=55;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125909;STB=0.506986;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00832281;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:29:22:23:32:29:22:23:32 chr17 18997015 . T C 227.01 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657221;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2577;QD=50.4455;RBI=0.0657221;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661104;OID=.;OPOS=18997015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:0:17:0:0:0:18:0:0 chr17 19216917 . T C 87.41 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2829;QD=38.8479;RBI=0.118893;REFB=0;REVB=0.0196449;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00933026;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr17 19232078 . T C 1525.72 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.115;QD=59.8321;RBI=0.0612416;REFB=0;REVB=-0.0612271;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203034;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr17 19238179 . G A 517.16 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0490458;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.424;QD=22.2435;RBI=0.0493912;REFB=-0.00363428;REVB=-0.00583036;RO=42;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952804;STB=0.565151;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00237629;OID=.;OPOS=19238179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:42:44:49:49:0.526882:18:31:22:20:18:31:22:22 chr17 19240997 . C A 145.57 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0173556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.585;QD=20.7956;RBI=0.074428;REFB=-0.0290809;REVB=0.0723762;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713586;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0187482;OID=.;OPOS=19240997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:12:15:16:0.571429:5:10:7:5:6:10:7:5 chr17 19265992 . C T 318.39 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0110404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.305;QD=18.1939;RBI=0.0115137;REFB=-0.00518718;REVB=-0.00326736;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649372;STB=0.527428;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00690537;OID=.;OPOS=19265992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:19:15:13:22:19:15:14:22 chr17 19284071 . G C 894.53 PASS AF=0.55414;AO=86;DP=156;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00245513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8741;QD=22.7906;RBI=0.0113732;REFB=0.0134913;REVB=-0.011105;RO=70;SAF=44;SAR=42;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728536;STB=0.54206;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0104041;OID=.;OPOS=19284071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:70:70:86:87:0.55414:42:44:42:28:43:44:42:28 chr17 19284650 . C T 85.91 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0050384;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3233;QD=20.2146;RBI=0.0168784;REFB=0.0192289;REVB=-0.0161089;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207621;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0263324;OID=.;OPOS=19284650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:4:3:7:3:4:3 chr17 19286463 . C T 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00445483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.875;QD=15.6429;RBI=0.00549321;REFB=-0.0228183;REVB=-0.003214;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258211;STB=0.503594;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0410582;OID=.;OPOS=19286463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:12:16:12:10:13:16 chr17 19290440 . T C,TC 154.99 PASS AF=0,0.444444;AO=12,44;DP=206;FAO=0,60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=0,11;FSAR=0,49;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.144704,-0.068177;FXX=0.338219;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=21.7088,11.6607;QD=4.59218;RBI=0.163611,0.0928377;REFB=-0.0686697,-0.149532;REVB=-0.0763489,-0.0630138;RO=144;SAF=11,28;SAR=1,16;SRF=65;SRR=79;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.511318,0.233089;STB=0.5,0.71071;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0883199;OID=.,.;OPOS=19290440,19290441;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:206:135:144:75:12,44:0,60:0,0.444444:1,16:11,28:65:79:0,49:0,11:37:38 chr17 19290446 . G C 1114.72 PASS AF=0.541463;AO=102;DP=198;FAO=111;FDP=205;FR=.;FRO=94;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00510312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.678;QD=21.7507;RBI=0.0051216;REFB=-0.0262451;REVB=-0.000434661;RO=88;SAF=53;SAR=49;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358889;STB=0.505457;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0211466;OID=.;OPOS=19290446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:205:88:94:102:111:0.541463:49:53:42:46:53:58:48:46 chr17 19319374 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0237154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3044;QD=16.3859;RBI=0.0237154;REFB=0.0112511;REVB=0;RO=8;SAF=9;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0348804;OID=.;OPOS=19319374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:0:9:8:0:0:9:8:0 chr17 19411482 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0120956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.502;QD=12.4824;RBI=0.0345248;REFB=0.00106715;REVB=0.0323366;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566983;STB=0.53328;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.000545309;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:15:4:3:9:15:4 chr17 19454733 . G A 280.09 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00270565;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.375;QD=16.4758;RBI=0.00320418;REFB=-0.017922;REVB=0.00171646;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110374;STB=0.570138;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0286694;OID=.;OPOS=19454733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:37:31:31:0.455882:19:12:18:18:19:12:19:18 chr17 19458972 . C T 395.82 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00337211;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.192;QD=18.1986;RBI=0.0167758;REFB=-0.0139568;REVB=0.0164334;RO=43;SAF=24;SAR=16;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017938;STB=0.510927;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0445399;OID=.;OPOS=19458972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:46:40:41:0.471264:16:24:25:18:17:24:26:20 chr17 19460972 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.00999331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.918;QD=12.8974;RBI=0.0138439;REFB=-0.00868997;REVB=0.00958062;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338063;STB=0.699036;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0110192;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:8:9:24:5:8:9:25:5 chr17 19461020 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0270472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=13.9591;RBI=0.0285561;REFB=-0.00303705;REVB=-0.00915969;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00331623;OID=.;OPOS=19461020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr17 19578873 . A T 727.56 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.889;QD=57.0639;RBI=0.00688052;REFB=0;REVB=0.00680371;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84597e-05;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr17 19595585 . C T 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00175674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7165;QD=7.26997;RBI=0.0233342;REFB=-0.00319319;REVB=-0.023268;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.617829;STB=0.888025;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00800764;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:8:1:16:9:8:1:16:9 chr17 19608773 . G A 344.79 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0406233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.104;QD=21.8917;RBI=0.0406416;REFB=-0.0340534;REVB=-0.00122059;RO=28;SAF=24;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217776;STB=0.620618;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0319003;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:11:24:12:16:11:24:12:16 chr17 19618108 . G A 89.59 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00325477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.937;QD=15.5811;RBI=0.0111677;REFB=-0.00225511;REVB=-0.0106829;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00207524;OID=.;OPOS=19618108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:8:3:3:8:8:4 chr17 19641744 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00716332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.6;QD=10.6346;RBI=0.0141006;REFB=-0.0154716;REVB=0.0121455;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0165417;OID=.;OPOS=19641744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr17 19644472 . A T 298.15 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00384421;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.601;QD=18.9304;RBI=0.017758;REFB=0.00476821;REVB=-0.0173369;RO=30;SAF=7;SAR=24;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282838;STB=0.672397;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00781566;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:30:31:31:32:0.507937:24:7:15:15:25:7:16:15 chr17 19645938 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=63.5828;RBI=0.0392622;REFB=0;REVB=-0.0369353;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27578e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr17 19651611 . C T 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00559694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.876;QD=12.8733;RBI=0.0056661;REFB=-0.0124866;REVB=0.000882583;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129044;STB=0.574871;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0188333;OID=.;OPOS=19651611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:19:13:10:9:19:13 chr17 19678475 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.633;QD=56.7065;RBI=0.0390729;REFB=0;REVB=0.0230527;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202277;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr17 19713740 . C T 1904.84 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9841;QD=59.0649;RBI=0.0569618;REFB=-0.154995;REVB=-0.0315982;RO=2;SAF=54;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172706;STB=0.504424;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00515249;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:1:126:128:0.992248:72:54:2:0:72:56:1:0 chr17 19729495 . T C 871.08 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176114;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.554;QD=58.0716;RBI=0.062861;REFB=0;REVB=0.0628363;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019201;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr17 20107773 . T C 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0563;QD=61.2061;RBI=0.0590112;REFB=0;REVB=-0.0517401;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702681;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr17 20108239 . A T 532.46 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.548;QD=54.6109;RBI=0.0181658;REFB=0.188605;REVB=0.0142282;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.521728;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0014721;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:22:15:0:1:22:15:0:2 chr17 20109189 . C T 768.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9209;QD=56.9326;RBI=0.0314811;REFB=0;REVB=0.0152645;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110495;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr17 20163528 . CA C,CG 817.29 PASS AF=0.05,0.95;AO=14,46;DP=60;FAO=3,57;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566296,0.154622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.99,131.083;QD=54.4863;RBI=0.0589823,0.154893;REFB=0,0;REVB=0.0164922,0.00915833;RO=0;SAF=14,21;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.85991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0138364,0.00612991;OID=.,.;OPOS=20163529,20163529;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:14,46:60:3,57:60:0:3,32:0,25:0:0:6:0:14,21:0,25:0:0 chr17 20244264 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.774;QD=35.5759;RBI=0.0147205;REFB=0;REVB=0.0145937;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219519;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 20769862 . T A 128.32 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0157709;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.805;QD=9.50482;RBI=0.025493;REFB=-0.00789355;REVB=-0.0200292;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255265;STB=0.640865;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0166694;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:36:37:17:17:0.314815:7:10:13:23:7:10:14:23 chr17 20769866 . G A 111.02 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00863623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5009;QD=7.527;RBI=0.0388742;REFB=0.00231857;REVB=0.0379028;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13084;STB=0.570736;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0227586;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:7:9:19:23:7:9:20:23 chr17 20769896 . G T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00810014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.913;QD=12.7981;RBI=0.0334126;REFB=0.000770599;REVB=-0.0324159;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239992;STB=0.631856;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000858619;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:8:18:19:21:8:18:20:21 chr17 20769899 . G T 201.94 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0151951;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.785;QD=12.056;RBI=0.0154205;REFB=-0.00170916;REVB=0.00262691;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229228;STB=0.632645;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00227992;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:25:25:0.373134:8:17:20:22:8:17:20:22 chr17 20769904 . G A 204.21 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0297967;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0332;QD=12.1914;RBI=0.0302186;REFB=-0.0028704;REVB=-0.0050319;RO=42;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279888;STB=0.662301;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00354095;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:42:42:25:25:0.373134:7:18:20:22:7:18:20:22 chr17 20769954 . T G 237.16 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0209991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.926;QD=13.7486;RBI=0.0222297;REFB=-0.0237148;REVB=0.00729362;RO=40;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255953;STB=0.636077;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0222754;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:27:28:0.405797:9:18:17:23:10:18:17:24 chr17 20769964 . C A 193.1 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0573986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6987;QD=12.0685;RBI=0.0713182;REFB=0.00731566;REVB=-0.0423283;RO=40;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213516;STB=0.62355;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0116431;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:8:16:19:21:8:16:19:21 chr17 20769968 . G A 195.26 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0221488;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.338;QD=12.3972;RBI=0.0319658;REFB=-0.00442439;REVB=-0.0230486;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238156;STB=0.630324;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00808633;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:39:24:24:0.380952:8:16:17:21:8:16:18:21 chr17 20769995 . C T 207.8 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.112122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9119;QD=17.317;RBI=0.118529;REFB=-0.0214716;REVB=0.0384408;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.628446;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0337592;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:27:19:21:0.4375:6:13:12:15:7:14:12:15 chr17 20770002 . CC AG 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00720165;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.231;QD=17.0333;RBI=0.0204611;REFB=-0.011274;REVB=0.0191519;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251204;STB=0.643905;STBP=0.12;TYPE=mnp;VARB=0.0127376;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:9:13:6:12:9:13 chr17 20796694 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.278;QD=63.872;RBI=0.0220576;REFB=0;REVB=0.0173477;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55893e-05;OID=.;OPOS=20796694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 20798992 . C T 651.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.081;QD=62.075;RBI=0.0391108;REFB=0;REVB=0.00850892;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49142e-05;OID=.;OPOS=20798992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr17 20799119 . A G 804.29 PASS AF=1;AO=46;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.069;QD=57.4496;RBI=0.0942962;REFB=0;REVB=0.0702584;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671803;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:1:0:46:56:1:24:22:1:0:32:24:0:0 chr17 20903068 . C A 366.88 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=70;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00352593;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.495;QD=20.3822;RBI=0.00954724;REFB=-0.0193293;REVB=-0.0088723;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150664;STB=0.592382;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00867888;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:34:36:38:0.527778:20:16:21:13:22:16:21:13 chr17 20903080 . C A 339.48 PASS AF=0.514286;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00557993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.488;QD=19.399;RBI=0.019358;REFB=-0.0181087;REVB=0.0185364;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.569582;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0222577;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:34:34:36:0.514286:18:16:20:14:20:16:20:14 chr17 20911204 . G T 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00374162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.25;QD=18.8063;RBI=0.00855348;REFB=-0.0257447;REVB=0.00769171;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368779;STB=0.520537;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0310501;OID=.;OPOS=20911204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:20:17:18:18:20:17 chr17 20924523 . G A 629.46 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266263;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.969;QD=61.4109;RBI=0.0266338;REFB=0;REVB=0.000631884;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100532;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:24:15:0:0:25:16:0:0 chr17 21117589 . C A 186.67 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0145567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.077;QD=27.6543;RBI=0.0218727;REFB=-0.0104621;REVB=0.0163254;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108425;STB=0.559936;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00181527;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:7:2:7:11:7:2 chr17 21144074 . G A 214.12 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.001529;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.137;QD=17.1295;RBI=0.00204921;REFB=-0.000619684;REVB=-0.00136435;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133486;STB=0.575801;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00105424;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:8:15:14:13:8:15:14:13 chr17 21144352 . G A 212.05 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00516658;FXX=0.0749813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.618;QD=22.924;RBI=0.0103237;REFB=-0.0282439;REVB=-0.00893784;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495686;STB=0.5135;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.020877;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:10:10:9:7:10:10:9:8 chr17 21194769 . C T 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0205549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.702;QD=9.93134;RBI=0.0205631;REFB=-0.0093948;REVB=0.00058205;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446778;STB=0.526846;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.021956;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:15:20:8:7:15:20 chr17 21194771 . A T 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00181834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8667;QD=9.93199;RBI=0.0198211;REFB=-0.0040283;REVB=-0.0197376;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446778;STB=0.526846;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00853998;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:15:20:8:7:15:20 chr17 21194785 . T C 119.4 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0043875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.249;QD=8.84452;RBI=0.0153397;REFB=0.00481839;REVB=-0.0146989;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011701;STB=0.507033;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.017326;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:9:7:17:21:9:7:17:21 chr17 21194820 . G A 186.91 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0222375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.354;QD=10.2414;RBI=0.0222939;REFB=-0.0105714;REVB=-0.00158541;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154879;STB=0.567632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0324074;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:48:24:25:0.342466:11:13:19:28:12:13:20:28 chr17 21194843 . T C 197.89 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0387056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.343;QD=11.1488;RBI=0.0413071;REFB=-0.0107851;REVB=-0.0144276;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21613;STB=0.624487;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0435062;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:15:31:12:13:15:31 chr17 21194852 . G A 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0205229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.689;QD=11.82;RBI=0.0231707;REFB=-0.0154493;REVB=-0.0107559;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254481;STB=0.636262;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0227006;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:43:25:25:0.367647:12:13:12:30:12:13:13:30 chr17 21194859 . G A 190.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0816463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0992;QD=11.5688;RBI=0.0898253;REFB=0.00380676;REVB=0.0374495;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201155;STB=0.615867;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00342344;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:15:27:11:13:15:27 chr17 21199022 . A T 107.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0320757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4967;QD=12.257;RBI=0.0337897;REFB=-0.00987744;REVB=-0.0106251;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114735;STB=0.580663;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0143175;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:6:7:9:12:6:7:9:13 chr17 21199037 . G A 97.74 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0299353;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3786;QD=12.2174;RBI=0.0698086;REFB=-0.0236443;REVB=-0.0630644;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.613216;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0350446;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:18:20:12:12:0.375:5:7:7:11:5:7:8:12 chr17 21199083 . T A 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0500494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.39;QD=12.4791;RBI=0.0593943;REFB=-0.0170307;REVB=-0.0319804;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27225;STB=0.659433;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0328622;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:6:13:5:7:6:13 chr17 21199390 . C T 276.36 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00387673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4453;QD=15.7918;RBI=0.0282139;REFB=-0.0025941;REVB=-0.0279463;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17116;STB=0.595688;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00328915;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:30:9:12:19:30:9 chr17 21199403 . C T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0108048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.176;QD=16.3498;RBI=0.0431252;REFB=-0.0043049;REVB=-0.0417498;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10623;STB=0.559509;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00628685;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:14:20:29:13:14:20:29:13 chr17 21201719 . T C 460.09 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.084239;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1854;QD=20.9133;RBI=0.0904037;REFB=-0.0309928;REVB=-0.0328118;RO=43;SAF=31;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127046;STB=0.57052;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0316106;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:14:31:24:19:14:31:24:19 chr17 21202191 . C A 480.15 PASS AF=0.504854;AO=50;DP=94;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0177895;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=38.6502;QD=18.6466;RBI=0.0437503;REFB=-0.0632179;REVB=0.0399702;RO=44;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102981;STB=0.524532;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.053223;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:103:44:51:50:52:0.504854:27:23:15:29:27:25:22:29 chr17 21202237 . G C 480.9 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0315004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.432;QD=22.8999;RBI=0.0315796;REFB=-0.0220104;REVB=-0.00223524;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124083;STB=0.568031;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0202053;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:26:20:11:27:26:20:11:27 chr17 21203893 . T C 473.47 PASS AF=0.511111;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00414523;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.427;QD=21.043;RBI=0.0148173;REFB=-0.0126355;REVB=0.0142257;RO=45;SAF=12;SAR=32;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296158;STB=0.656587;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0112608;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:44:44:46:0.511111:32:12:26:19:32:14:27:17 chr17 21203934 . G A 501.96 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0229627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.018;QD=24.7883;RBI=0.0253675;REFB=-0.0308288;REVB=0.0107806;RO=34;SAF=13;SAR=34;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21537;STB=0.618491;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0152294;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:34:13:18:16:34:13:18:16 chr17 21203949 . C T 406.03 PASS AF=0.615385;AO=39;DP=64;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0348157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4087;QD=24.9866;RBI=0.0407106;REFB=-0.0456196;REVB=-0.0211003;RO=25;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164793;STB=0.593172;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0285366;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:25:25:39:40:0.615385:27:12:13:12:28:12:13:12 chr17 21204187 . G T 215.51 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0182468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.952;QD=13.0609;RBI=0.0185563;REFB=-0.0244526;REVB=-0.00337503;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186895;STB=0.598079;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0192744;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:14:12:25:14:14:12:25:15 chr17 21204192 . C T 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000829261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.93;QD=10.4841;RBI=0.0299472;REFB=0.00140795;REVB=-0.0299357;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182348;STB=0.590147;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00339209;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:47:24:24:0.338028:13:11:28:17:13:11:28:19 chr17 21204210 . C T 237.22 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00210771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9334;QD=11.4324;RBI=0.00876484;REFB=0.00924824;REVB=-0.00850764;RO=54;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181508;STB=0.604695;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0167896;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:16:13:33:21:16:13:33:21 chr17 21204257 . G A 271.5 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0278103;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.482;QD=10.7523;RBI=0.0300099;REFB=-0.0171445;REVB=0.0112773;RO=67;SAF=13;SAR=21;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194882;STB=0.612893;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0258871;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:21:13:37:30:21:13:37:30 chr17 21204266 . T C 300.33 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00922427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.821;QD=11.6634;RBI=0.0203734;REFB=-0.0123439;REVB=-0.0181656;RO=65;SAF=16;SAR=21;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11779;STB=0.562762;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0227299;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:65:66:37:37:0.359223:21:16:35:30:21:16:35:31 chr17 21204308 . G T 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0292123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.582;QD=12.2436;RBI=0.0310244;REFB=0.00799567;REVB=0.0104477;RO=58;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100421;STB=0.563719;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0107351;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:33:33:0.358696:20:13:28:30:20:13:29:30 chr17 21205460 . C T 258.25 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00972919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.891;QD=18.4464;RBI=0.0174491;REFB=-0.0352538;REVB=0.0144849;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130849;STB=0.55878;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0379462;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:9:19:14:12:9:19:16:12 chr17 21206556 . C T 272.73 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=-0.0160328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.779;QD=14.9443;RBI=0.0198461;REFB=-0.0291956;REVB=0.0116969;RO=41;SAF=7;SAR=24;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167178;STB=0.597148;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0375128;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:24:7:5:36:24:7:5:37 chr17 21207813 . T G 117.03 PASS AF=0.152318;AO=23;DP=151;FAO=23;FDP=151;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0481513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9349;QD=3.10024;RBI=0.0541701;REFB=0.000304555;REVB=-0.0248163;RO=128;SAF=10;SAR=13;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132008;STB=0.587789;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00383787;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:128:128:23:23:0.152318:13:10:69:59:13:10:69:59 chr17 21207835 . G A 131.8 PASS AF=0.175182;AO=24;DP=139;FAO=24;FDP=137;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0734405;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6487;QD=3.84808;RBI=0.0853445;REFB=0.0100564;REVB=-0.0434763;RO=112;SAF=10;SAR=14;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162349;STB=0.607872;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0253812;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:112:113:24:24:0.175182:14:10:61:51:14:10:62:51 chr17 21207844 . C T 394.4 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0206585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.302;QD=12.5205;RBI=0.0209145;REFB=-0.0124451;REVB=-0.00326236;RO=79;SAF=16;SAR=31;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292795;STB=0.666596;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0276807;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:79:47:47:0.373016:31:16:48:31:31:16:48:31 chr17 21208413 . C T 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0104924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.56;QD=8.72452;RBI=0.0124471;REFB=0.000727271;REVB=-0.00669614;RO=49;SAF=6;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400178;STB=0.736832;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00149754;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:15:6:31:18:15:6:31:18 chr17 21208449 . G T 120.44 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0058533;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.35;QD=10.2503;RBI=0.0352361;REFB=-0.0084686;REVB=-0.0347465;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225447;STB=0.595613;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.01016;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:33:14:14:0.297872:7:7:17:7:7:7:21:12 chr17 21215483 . C T 1267.47 PASS AF=0.708333;AO=102;DP=144;FAO=102;FDP=144;FR=.;FRO=42;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0035348;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.549;QD=35.2075;RBI=0.00961085;REFB=-0.025802;REVB=0.00893721;RO=42;SAF=56;SAR=46;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785867;STB=0.542124;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0103406;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:42:42:102:102:0.708333:46:56:17:25:46:56:17:25 chr17 21215537 . C A 600.32 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0071093;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.382;QD=16.7921;RBI=0.00735612;REFB=-0.0103045;REVB=0.00188951;RO=78;SAF=31;SAR=32;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058751;STB=0.525397;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.013845;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:80:63:63:0.440559:32:31:43:35:32:31:43:37 chr17 21215552 . C T 526.51 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.0190115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.96;QD=14.7274;RBI=0.0221513;REFB=-0.00271515;REVB=0.0113684;RO=84;SAF=25;SAR=33;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122567;STB=0.572367;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00304234;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:84:85:58:58:0.405594:33:25:46:38:33:25:47:38 chr17 21215557 . G A 554.56 PASS AF=0.441176;AO=58;DP=135;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0108673;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.325;QD=16.3105;RBI=0.0120403;REFB=-0.00717945;REVB=-0.00518358;RO=69;SAF=25;SAR=33;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116907;STB=0.552148;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0137208;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:69:76:58:60:0.441176:33:25:38:31:34:26:40:36 chr17 21216788 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0136206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.745;QD=18.3009;RBI=0.013729;REFB=-0.00613326;REVB=-0.00172178;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0052852;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:13:10:7:13:13:10 chr17 21216846 . G C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.056935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7479;QD=17.9407;RBI=0.0662712;REFB=-0.000136219;REVB=0.0339157;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642331;STB=0.536701;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00323373;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:15:7:5:14:15:7 chr17 21217513 . G A 273.84 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00296053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.631;QD=15.2135;RBI=0.0154302;REFB=0.00483599;REVB=0.0151435;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559515;STB=0.520707;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00789662;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:30:31:0.430556:13:17:21:20:14:17:21:20 chr17 21217547 . T C 287.63 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0011048;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.464;QD=15.7607;RBI=0.00699727;REFB=-0.00596769;REVB=-0.0069095;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110868;STB=0.569188;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00819998;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:41:32:32:0.438356:14:18:18:22:14:18:18:23 chr17 21217586 . G T 213.96 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.000572904;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.438;QD=12.2261;RBI=0.00608865;REFB=-0.0138343;REVB=-0.00606164;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137904;STB=0.604496;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0176622;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:44:24:26:0.371429:11:13:17:24:11:15:18:26 chr17 21217596 . CGGGGGC GGGGGCG,GGGGGGC 200.96 PASS AF=0.188406,0.188406;AO=4,15;DP=63;FAO=13,13;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=12,2;FSAR=1,11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0487596,-0.0421051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=140.714,137.405;QD=11.6498;RBI=0.0542263,0.056936;REFB=-0.00271639,-0.00289414;REVB=-0.0237276,-0.0383257;RO=30;SAF=3,4;SAR=1,11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.472922,-0.046367;STB=0.917185,0.738093;STBP=0.001,0.075;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0176903,0.069558;OID=.,.;OPOS=21217596,21217596;OREF=CGGGGGC,C;OALT=GGGGGCG,G;OMAPALT=GGGGGCG,GGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:63:69:30:43:4,15:13,13:0.188406,0.188406:1,11:3,4:9:21:1,11:12,2:17:26 chr17 21217660 . C T 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00228025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.741;QD=11.477;RBI=0.00392715;REFB=-0.00395354;REVB=0.00319733;RO=49;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411696;STB=0.523792;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00707419;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:15:12:20:29:15:12:20:29 chr17 21217690 . C T 263.95 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.084251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1242;QD=15.3014;RBI=0.084429;REFB=-0.0144449;REVB=-0.00547913;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191828;STB=0.510851;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0217272;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:19:11:15:24:19:11:15:24 chr17 21217727 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.046778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.777;QD=12.7241;RBI=0.046778;REFB=-0.0377006;REVB=-3.35444e-05;RO=35;SAF=4;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417756;STB=0.738283;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0359142;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:19:4:18:17:19:4:18:18 chr17 21217749 . G C 166.28 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0484423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.608;QD=14.7808;RBI=0.0487811;REFB=-0.0120032;REVB=0.0057392;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271418;STB=0.692823;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0143555;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:18:18:0.4:15:3:9:16:15:3:11:16 chr17 21318663 . G A 112.92 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0233932;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.176;QD=16.1308;RBI=0.0238957;REFB=-0.0017698;REVB=-0.00487458;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00480122;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr17 21318698 . C T 81.4 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00911307;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3818;QD=9.04463;RBI=0.0175913;REFB=-0.0070497;REVB=0.0150468;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458662;STB=0.755469;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0156349;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:35:36:25:25:10:11:0.305556:3:7:7:18:4:7:6:19 chr17 21318770 . G A 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0103965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8312;QD=9.93156;RBI=0.0234506;REFB=-0.0204846;REVB=-0.0210201;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105594;STB=0.564013;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.048029;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:11:4:12:23:11:4:12:23 chr17 21318773 . G A 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0121382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.1;QD=9.93133;RBI=0.0155282;REFB=-0.0208773;REVB=-0.00968439;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105594;STB=0.564013;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0305548;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:11:4:12:23:11:4:12:23 chr17 21318782 . G A 185.53 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00247779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3826;QD=13.7431;RBI=0.016548;REFB=-0.0398482;REVB=0.0163614;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951118;STB=0.55426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0436986;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:9:23:14:8:9:23 chr17 21318867 . G A 265.09 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.01334;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1158;QD=10.82;RBI=0.018016;REFB=0.00262734;REVB=-0.0121088;RO=66;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211604;STB=0.622875;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00581668;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:66:66:32:32:0.326531:13:19:27:39:13:19:27:39 chr17 21318897 . G C 294.58 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0348926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.278;QD=10.4277;RBI=0.0645363;REFB=-0.00914825;REVB=-0.0542903;RO=75;SAF=16;SAR=22;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173774;STB=0.600318;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0306569;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:22:16:43:32:22:16:43:32 chr17 21318912 . C A 206.44 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=111;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0139102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0279;QD=7.43917;RBI=0.0374389;REFB=-0.00594518;REVB=0.0347589;RO=81;SAF=20;SAR=10;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230313;STB=0.637943;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0173831;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:81:81:30:30:0.27027:10:20:39:42:10:20:39:42 chr17 21318918 . G A 207.5 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0254405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.825;QD=7.54537;RBI=0.0416379;REFB=-0.000362616;REVB=0.0329621;RO=79;SAF=20;SAR=10;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230002;STB=0.641879;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00196831;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:79:80:30:30:0.272727:10:20:38:41:10:20:38:42 chr17 21318948 . C T 151.22 PASS AF=0.227723;AO=22;DP=100;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0118206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4209;QD=5.98886;RBI=0.045298;REFB=-0.00435086;REVB=-0.0437285;RO=76;SAF=15;SAR=7;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218039;STB=0.656417;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0223358;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:76:78:22:23:0.227723:7:15:39:37:7:16:39:39 chr17 21318951 . CA CG,TG 675.64 PASS AF=0.411765,0.22549;AO=42,23;DP=102;FAO=42,23;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=20,16;FSAR=22,7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0300735,-0.0203235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.2563,166.207;QD=26.4957;RBI=0.036692,0.0276616;REFB=-0.0161083,-0.0149611;REVB=-0.0210211,-0.0187649;RO=36;SAF=20,16;SAR=22,7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0894373,0.131519;STB=0.542699,0.586843;STBP=0.442,0.34;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00126801,0.0305491;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:36:37:42,23:42,23:0.411765,0.22549:22,7:20,16:21:15:22,7:20,16:21:16 chr17 21318969 . C T 147.93 PASS AF=0.231579;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0081449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.033;QD=6.22866;RBI=0.02646;REFB=-0.00465244;REVB=-0.0251753;RO=71;SAF=15;SAR=7;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173779;STB=0.609034;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0293279;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:71:73:22:22:0.231579:7:15:39:32:7:15:40:33 chr17 21318981 . C T 129.63 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00874694;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9238;QD=5.63614;RBI=0.0535946;REFB=-0.00905138;REVB=-0.052876;RO=72;SAF=14;SAR=6;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242111;STB=0.652115;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0351752;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:72:72:20:20:0.217391:6:14:37:35:6:14:37:35 chr17 21319007 . GG AC,GC 633.67 PASS AF=0.465909,0.193182;AO=40,17;DP=88;FAO=41,17;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=20,9;FSAR=21,8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00677311,-0.00606506;FXX=0.0112347;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=215.217,194.571;QD=28.8032;RBI=0.0228034,0.0190022;REFB=-0.00370849,-0.00870301;REVB=0.0217743,0.0180083;RO=30;SAF=19,9;SAR=21,8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0972068,-0.0776908;STB=0.547302,0.545402;STBP=0.359,0.648;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0181722,-0.0340085;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:30:30:40,17:41,17:0.465909,0.193182:21,8:19,9:18:12:21,8:20,9:18:12 chr17 21319069 . G A 217.1 PASS AF=0.232394;AO=33;DP=142;FAO=33;FDP=142;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.041101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2487;QD=6.1156;RBI=0.0433769;REFB=-0.00637743;REVB=0.0138658;RO=108;SAF=16;SAR=17;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100422;STB=0.557224;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0256188;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:108:109:33:33:0.232394:17:16:61:47:17:16:61:48 chr17 21319079 . C A 229.49 PASS AF=0.244604;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0120512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3308;QD=6.60395;RBI=0.0296613;REFB=-0.00157714;REVB=0.0271028;RO=105;SAF=17;SAR=17;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774224;STB=0.546735;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00516295;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:105:105:34:34:0.244604:17:17:59:46:17:17:59:46 chr17 21319087 . G A 241.55 PASS AF=0.255474;AO=35;DP=137;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0014802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.507;QD=7.05266;RBI=0.0222871;REFB=-0.00367098;REVB=0.0222378;RO=102;SAF=17;SAR=18;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114865;STB=0.568776;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0106021;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:102:102:35:35:0.255474:18:17:59:43:18:17:59:43 chr17 21319110 . G A 232.3 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=0.0160605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6226;QD=6.93419;RBI=0.0169164;REFB=-0.00199665;REVB=0.00531259;RO=100;SAF=16;SAR=18;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11062;STB=0.566395;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00332148;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:100:100:34:34:0.253731:18:16:56:44:18:16:56:44 chr17 21319121 . C T 510.85 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0188937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4175;QD=15.4803;RBI=0.0344104;REFB=-0.00941802;REVB=-0.0287594;RO=76;SAF=31;SAR=25;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687087;STB=0.538531;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0158794;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:25:31:37:39:25:31:37:39 chr17 21319171 . G A 196.32 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=123;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0143658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5663;QD=6.38439;RBI=0.0162857;REFB=-0.00729741;REVB=0.00767118;RO=91;SAF=14;SAR=16;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754622;STB=0.537353;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0188433;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:91:93:30:30:0.243902:16:14:48:43:16:14:48:45 chr17 21319208 . C T 203.9 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00719135;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.714;QD=10.0692;RBI=0.0373175;REFB=-0.0121667;REVB=-0.036618;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217379;STB=0.621119;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0301977;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:55:26:26:0.320988:10:16:23:31:10:16:24:31 chr17 21319230 . G C 208.34 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0476393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.389;QD=11.416;RBI=0.0480135;REFB=-0.03802;REVB=0.00598276;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978695;STB=0.55669;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0416121;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:15:11:24:23:15:11:24:23 chr17 21319251 . C T 117.73 PASS AF=0.24;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00574827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.669;QD=6.27906;RBI=0.0238349;REFB=0.00245811;REVB=0.0231313;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159116;STB=0.593799;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00820636;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:56:57:18:18:0.24:5:13:34:22:5:13:35:22 chr17 21319272 . C T 184.37 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0198099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.787;QD=8.194;RBI=0.0382494;REFB=-0.00644381;REVB=-0.0327198;RO=61;SAF=15;SAR=10;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522532;STB=0.522917;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0371248;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:65:25:25:0.277778:10:15:34:27:10:15:37:28 chr17 21319285 . C T 182.56 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.047465;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9254;QD=7.85218;RBI=0.0562251;REFB=-0.00252279;REVB=0.0301386;RO=69;SAF=15;SAR=10;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297213;STB=0.524867;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0113627;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:69:68:25:25:0.268817:10:15:43:26:10:15:43:25 chr17 21319302 . T C 661.45 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0154877;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9961;QD=27.2764;RBI=0.0188422;REFB=-0.00680361;REVB=-0.0107312;RO=38;SAF=38;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176682;STB=0.602027;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00646767;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:39:58:58:0.597938:20:38:16:22:20:38:16:23 chr17 21319311 . C T 237.49 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0217801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.719;QD=9.49942;RBI=0.0218519;REFB=-0.00315229;REVB=-0.00177046;RO=69;SAF=14;SAR=16;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150369;STB=0.582727;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0102946;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:70:30:30:0.3:16:14:41:28:16:14:41:29 chr17 21319369 . G A 171.72 PASS AF=0.230769;AO=26;DP=119;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0187368;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.049;QD=5.87063;RBI=0.0218099;REFB=-0.0135539;REVB=0.0111625;RO=92;SAF=12;SAR=14;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102966;STB=0.593152;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0417474;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:92:90:26:27:0.230769:14:12:50:42:15:12:51:39 chr17 21319392 . G A 137.79 PASS AF=0.195122;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0197694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.267;QD=4.48096;RBI=0.0219426;REFB=-0.00241708;REVB=0.00952091;RO=96;SAF=11;SAR=13;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660749;STB=0.545663;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0288139;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:96:99:24:24:0.195122:13:11:49:47:13:11:51:48 chr17 21319399 . A G 379.06 PASS AF=0.377049;AO=44;DP=120;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0293409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.075;QD=12.4283;RBI=0.0297376;REFB=-0.00334981;REVB=-0.00484168;RO=76;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238717;STB=0.630378;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00640951;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:76:76:44:46:0.377049:16:28:32:44:17:29:32:44 chr17 21319407 . C T 144.74 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0437815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9311;QD=5.12335;RBI=0.068202;REFB=0.00931301;REVB=-0.0522943;RO=87;SAF=11;SAR=13;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597781;STB=0.546019;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0147572;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:89:24:24:0.212389:13:11:44:43:13:11:46:43 chr17 21319436 . G A 107.17 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0224324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.033;QD=4.41956;RBI=0.0225277;REFB=-0.0119596;REVB=0.00206987;RO=78;SAF=6;SAR=12;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198774;STB=0.623972;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0340419;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:12:6:38:40:12:6:38:41 chr17 21319439 . T G 108.47 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0176038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.657;QD=4.61581;RBI=0.0200945;REFB=-0.00895825;REVB=-0.00968979;RO=76;SAF=6;SAR=12;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198264;STB=0.627592;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0243957;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:12:6:37:39:12:6:37:39 chr17 21319452 . G A 93.08 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0276997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6942;QD=4.3293;RBI=0.0277445;REFB=0.00238702;REVB=-0.00157522;RO=66;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139932;STB=0.5916;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00807272;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:66:70:16:16:0.186047:10:6:32:34:10:6:34:36 chr17 21319465 . T C 86.71 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0480088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.583;QD=4.33529;RBI=0.0652047;REFB=-0.00707764;REVB=-0.0441227;RO=63;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966747;STB=0.563366;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.027302;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:78:80:63:65:15:15:0.1875:9:6:30:33:9:6:31:34 chr17 21319470 . T C 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.000791922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.681;QD=3.83779;RBI=0.00756093;REFB=-0.0108298;REVB=-0.00751935;RO=62;SAF=6;SAR=7;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681038;STB=0.545013;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0407807;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:7:6:32:30:7:6:32:30 chr17 21319473 . G A 249.61 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0226163;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228;QD=14.2636;RBI=0.0272268;REFB=-0.0142005;REVB=0.0151592;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250124;STB=0.531474;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.018982;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:41:28:29:0.414286:14:14:20:22:14:15:19:22 chr17 21319488 . C T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0144221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.722;QD=4.23735;RBI=0.0167662;REFB=-0.00514311;REVB=-0.00855038;RO=50;SAF=8;SAR=3;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289813;STB=0.693136;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.020406;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:3:8:25:25:3:8:25:25 chr17 21319519 . G C 98.42 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0321719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.934;QD=5.24883;RBI=0.0347009;REFB=-0.00847808;REVB=0.0130046;RO=59;SAF=12;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334832;STB=0.71301;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0318934;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:4:12:29:30:4:12:29:30 chr17 21319523 . C T 115.91 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00631478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.63;QD=5.94393;RBI=0.0206043;REFB=-0.000750734;REVB=-0.0196127;RO=59;SAF=12;SAR=6;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180817;STB=0.619333;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00298033;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:59:60:18:18:0.230769:6:12:31:28:6:12:31:29 chr17 21319527 . C T 125.96 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00358986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.058;QD=6.45933;RBI=0.00703882;REFB=-0.00217502;REVB=-0.00605458;RO=58;SAF=13;SAR=6;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172351;STB=0.601046;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00805206;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:58:59:19:19:0.24359:6:13:32:26:6:13:33:26 chr17 21319543 . G A 210.14 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00984185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.014;QD=9.77372;RBI=0.020879;REFB=-0.00905089;REVB=-0.0184139;RO=59;SAF=16;SAR=11;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000759383;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0280272;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:11:16:35:24:11:16:35:24 chr17 21319560 . G T 214.02 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0134854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2676;QD=8.64707;RBI=0.0306701;REFB=0.00727088;REVB=0.0275463;RO=71;SAF=16;SAR=12;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612142;STB=0.536417;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0184624;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:71:71:28:28:0.282828:12:16:37:34:12:16:37:34 chr17 21319650 . CGAG C 394.54 PASS AF=0.320988;AO=47;DP=158;FAO=52;FDP=162;FR=.;FRO=110;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00633028;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.297;QD=9.7416;RBI=0.00777889;REFB=-0.0100098;REVB=0.00452092;RO=107;SAF=22;SAR=25;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436247;STB=0.50617;STBP=0.895;TYPE=del;VARB=0.0192856;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320988:47:158:52:162:110:26:26:56:54:99:107:22:25:54:53 chr17 21319682 . C T 415.13 PASS AF=0.319527;AO=54;DP=168;FAO=54;FDP=169;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.000749892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5558;QD=9.82566;RBI=0.00109602;REFB=-0.00661497;REVB=0.000799324;RO=114;SAF=26;SAR=28;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833711;STB=0.550921;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0132847;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:114:115:54:54:0.319527:28:26:63:51:28:26:64:51 chr17 21319716 . G A 291.76 PASS AF=0.276596;AO=39;DP=147;FAO=39;FDP=141;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00961203;FXX=0.059996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.694;QD=8.27693;RBI=0.0206317;REFB=0.00300008;REVB=0.0182559;RO=96;SAF=22;SAR=17;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090174;STB=0.54656;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00242193;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:141:96:102:39:39:0.276596:17:22:47:49:17:22:51:51 chr17 21319728 . T C 360.64 PASS AF=0.315789;AO=48;DP=152;FAO=48;FDP=152;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0668595;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7022;QD=9.49039;RBI=0.0679694;REFB=-0.0239689;REVB=0.0122331;RO=101;SAF=27;SAR=21;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113648;STB=0.55599;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0511088;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:104:48:48:0.315789:21:27:47:54:21:27:50:54 chr17 21319743 . A G 390.41 PASS AF=0.326531;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=147;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0187587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.039;QD=10.6234;RBI=0.026168;REFB=-0.0112104;REVB=-0.0182449;RO=98;SAF=30;SAR=18;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124699;STB=0.575884;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0164079;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:98:99:48:48:0.326531:18:30:51:47:18:30:51:48 chr17 21319767 . C T 531.27 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00160073;FXX=0.313409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.755;QD=23.0987;RBI=0.0109837;REFB=-0.0281515;REVB=-0.0108664;RO=42;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197665;STB=0.510865;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0151142;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:92:42:42:50:50:0.543478:25:25:20:22:25:25:20:22 chr17 21319785 . C T 379.57 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00742359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3731;QD=11.8616;RBI=0.011193;REFB=-0.0122928;REVB=-0.00837694;RO=82;SAF=23;SAR=23;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273151;STB=0.515618;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0218501;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:82:82:46:46:0.359375:23:23:43:39:23:23:43:39 chr17 21319786 . G A 282.69 PASS AF=0.299213;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0296412;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.831;QD=8.90348;RBI=0.0296678;REFB=0.00266591;REVB=-0.00125439;RO=90;SAF=20;SAR=18;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03153;STB=0.514515;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00749535;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:90:89:38:38:0.299213:18:20:45:45:18:20:45:44 chr17 21319845 . C T 240.59 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00599386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.215;QD=12.1818;RBI=0.0126471;REFB=-0.0170083;REVB=0.0111365;RO=49;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5052e-08;STB=0.518145;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0296784;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:28:29:0.367089:12:16:28:21:13:16:29:21 chr17 21319860 . C T 207.33 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0655984;FXX=0.308778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8322;QD=17.6447;RBI=0.0666604;REFB=-0.0255677;REVB=0.011852;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142154;STB=0.580509;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0275873;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:11:14:9:13:11:14 chr17 21319868 . G T 131.35 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00303687;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.482;QD=8.47398;RBI=0.0158986;REFB=-0.0108529;REVB=-0.0156059;RO=38;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167898;STB=0.590805;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.027528;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:38:44:18:18:0.290323:6:12:20:18:6:12:24:20 chr17 21319908 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0505059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7891;QD=13.3675;RBI=0.0511419;REFB=-0.0049912;REVB=-0.00804056;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172535;STB=0.601424;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00771231;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:18:13:5:13:18:13 chr17 21319943 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0257664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.342;QD=6.10495;RBI=0.0274378;REFB=-0.00970423;REVB=-0.00942999;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184526;STB=0.617369;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0232889;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:17:9:4:4:17:9 chr17 21319955 . G A 63.15 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.022857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5556;QD=8.70979;RBI=0.0238156;REFB=-0.00664282;REVB=0.00668908;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519981;STB=0.829338;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0137554;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:10:10:1:8:10:10 chr17 21319989 . C T 48.71 PASS AF=0.5;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0697651;FXX=0.293945;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.118;QD=16.237;RBI=0.0697951;REFB=0.0280915;REVB=-0.00204712;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00216886;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:12:6:6:6:6:0.5:5:1:3:3:5:1:3:3 chr17 21319993 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0230224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.412;QD=22.5855;RBI=0.0243998;REFB=0.00544001;REVB=0.00808204;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00514577;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr17 21320008 . C T 54.19 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0202148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.136;QD=8.67001;RBI=0.0222619;REFB=-0.000271556;REVB=-0.00932502;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.605793;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00444094;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:8:9:3:5:8:9 chr17 21320012 . C T 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0226207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8653;QD=8.30655;RBI=0.026424;REFB=-0.00919659;REVB=0.0136577;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141447;STB=0.588012;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0053322;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:9:9:3:5:9:9 chr17 21320025 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0149625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.648;QD=6.52526;RBI=0.023223;REFB=-0.00879909;REVB=-0.0177604;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.58922;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0179961;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:11:8:4:3:11:9 chr17 21320041 . G A 97.34 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0015891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.173;QD=12.9785;RBI=0.0221587;REFB=-0.0145225;REVB=-0.0221016;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0244395;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:8:10:7:5:8:10 chr17 21320102 . C A 68.25 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00512386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.64;QD=5.57146;RBI=0.00565863;REFB=-0.00977832;REVB=0.0024013;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094029;STB=0.596212;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0360656;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:49:37:39:9:10:0.204082:6:3:15:22:7:3:16:23 chr17 21320114 . T G 79.69 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0258263;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7716;QD=6.50508;RBI=0.0725393;REFB=-0.00211822;REVB=-0.0677861;RO=38;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742736;STB=0.547086;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00455104;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:49:38:38:11:11:0.22449:6:5:15:23:6:5:15:23 chr17 21320197 . G C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00162688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.654;QD=13.4161;RBI=0.00779806;REFB=-0.0008928;REVB=0.00762646;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147369;STB=0.584348;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00136449;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:20:17:15:10:20:17 chr17 21320210 . C T 258.15 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0075884;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.787;QD=15.8859;RBI=0.00850889;REFB=-0.0212765;REVB=0.00384933;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133689;STB=0.583725;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.017288;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:35:36:29:29:0.446154:18:11:18:17:18:11:19:17 chr17 21320212 . A G 535.28 PASS AF=0.701493;AO=46;DP=66;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00536284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.5;QD=31.9571;RBI=0.00598574;REFB=-0.0140489;REVB=0.00265877;RO=20;SAF=22;SAR=24;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121845;STB=0.50955;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0071403;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:20:20:46:47:0.701493:24:22:10:10:25:22:10:10 chr17 21320252 . G T 350.08 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0126845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.607;QD=13.5952;RBI=0.021252;REFB=-0.00951586;REVB=0.0170514;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642665;STB=0.536406;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0144593;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:21:20:34:28:21:20:34:28 chr17 21320263 . T C 194.91 PASS AF=0.258929;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0081056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.281;QD=6.96123;RBI=0.0401437;REFB=-0.0149427;REVB=-0.0393169;RO=82;SAF=16;SAR=13;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365548;STB=0.507142;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0373489;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:83:29:29:0.258929:13:16:45:37:13:16:45:38 chr17 21320279 . C T 372.24 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0177714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7569;QD=12.2045;RBI=0.0696007;REFB=-0.00953877;REVB=-0.0672937;RO=75;SAF=25;SAR=20;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198056;STB=0.501844;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0109088;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:75:77:45:45:0.368852:20:25:43:32:20:25:43:34 chr17 21320350 . G A 204.63 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00500093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.315;QD=7.79543;RBI=0.0172313;REFB=0.000173444;REVB=-0.0164896;RO=76;SAF=16;SAR=13;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111359;STB=0.500664;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.000559958;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:76:29:29:0.27619:13:16:42:34:13:16:42:34 chr17 21320365 . T C 263.54 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0204781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6283;QD=10.4371;RBI=0.020812;REFB=-0.00155369;REVB=0.00371305;RO=68;SAF=16;SAR=17;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685154;STB=0.53982;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00324458;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:17:16:37:31:17:16:37:31 chr17 21320405 . T A 91.08 PASS AF=0.340426;AO=7;DP=38;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0824362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5618;QD=7.75151;RBI=0.0848827;REFB=-0.00999817;REVB=0.0202325;RO=31;SAF=0;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.687748;STB=0.650401;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0202933;OID=.;OPOS=21320405;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:47:31:31:7:16:0.340426:7:0:14:17:12:4:14:17 chr17 21320787 . G A 399.89 PASS AF=0.287234;AO=53;DP=188;FAO=54;FDP=188;FR=.;FRO=134;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=93;FWDB=-0.0357721;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.747;QD=8.50827;RBI=0.0407466;REFB=-0.013342;REVB=-0.0195101;RO=134;SAF=21;SAR=32;SRF=41;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119114;STB=0.576977;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.031796;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:134:134:53:54:0.287234:32:21:41:93:32:22:41:93 chr17 21320796 . C T 926.32 PASS AF=0.526012;AO=90;DP=173;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=0.00421297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.973;QD=21.4177;RBI=0.0134135;REFB=-0.0131998;REVB=-0.0127348;RO=80;SAF=29;SAR=61;SRF=21;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602817;STB=0.533659;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0119599;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:80:82:90:91:0.526012:61:29:21:59:61:30:22:60 chr17 21320798 . G C 743.8 PASS AF=0.541176;AO=87;DP=166;FAO=92;FDP=170;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=0.0686564;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.712;QD=17.5011;RBI=0.077998;REFB=-0.0552574;REVB=0.0370135;RO=74;SAF=27;SAR=60;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539095;STB=0.542491;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.121329;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:170:74:78:87:92:0.541176:60:27:19:55:61:31:20:58 chr17 21320980 . C G 737.67 PASS AF=0.6;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=115;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00676369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.744;QD=25.6579;RBI=0.0135133;REFB=-0.0276613;REVB=-0.0116987;RO=45;SAF=30;SAR=39;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590919;STB=0.526716;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0173944;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:45:46:69:69:0.6:39:30:16:29:39:30:17:29 chr17 21320991 . C T 194.2 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0176934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.73;QD=7.39811;RBI=0.0177401;REFB=-0.0136373;REVB=-0.00128563;RO=76;SAF=9;SAR=19;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462492;STB=0.52412;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0333814;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:77:28:28:0.266667:19:9:27:49:19:9:27:50 chr17 21320993 . G T 612.57 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0332428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.97;QD=24.0223;RBI=0.0332827;REFB=-0.0206893;REVB=0.00163079;RO=43;SAF=20;SAR=39;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845876;STB=0.504619;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.014936;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:39:20:15:28:39:20:15:28 chr17 21321005 . C A 206.03 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0107801;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0747;QD=8.86133;RBI=0.0450769;REFB=-0.0185373;REVB=0.0437689;RO=65;SAF=8;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787693;STB=0.542825;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.051256;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:65:66:27:27:0.290323:19:8:23:42:19:8:23:43 chr17 21321016 . T C 441.4 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0494037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.261;QD=25.2226;RBI=0.0506981;REFB=-0.0314119;REVB=0.0113831;RO=28;SAF=9;SAR=33;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397984;STB=0.521729;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0212648;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:33:9:5:23:33:9:5:23 chr17 21322972 . GT CC 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00824341;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.049;QD=14.6657;RBI=0.0249971;REFB=-0.000196732;REVB=0.0235988;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17311;STB=0.626207;STBP=0.224;TYPE=mnp;VARB=0.000490356;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:9:6:11:8:9:6:13:8 chr17 21322975 . G A 41.99 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0170209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.2;QD=4.42002;RBI=0.0184024;REFB=0.00316006;REVB=0.00699571;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315258;STB=0.713674;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0144242;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:5:2:17:14:5:2:17:14 chr17 21323001 . C T 239.69 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0177355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.687;QD=18.0899;RBI=0.0178097;REFB=-0.0217483;REVB=-0.00162462;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190037;STB=0.508765;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.012206;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:26:26:0.490566:12:14:14:11:12:14:15:12 chr17 21323049 . C T 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0303493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.159;QD=8.53594;RBI=0.0307498;REFB=-0.00775373;REVB=-0.0049464;RO=59;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418163;STB=0.524853;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0326575;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:11:13:34:25:11:13:34:25 chr17 21323056 . G T 121.3 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.016679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.776;QD=5.57718;RBI=0.036569;REFB=-0.00749051;REVB=-0.0325439;RO=68;SAF=11;SAR=8;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256429;STB=0.516032;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0217229;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:68:68:19:19:0.218391:8:11:38:30:8:11:38:30 chr17 21323074 . T C 77.08 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00839418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.363;QD=2.99326;RBI=0.0181254;REFB=-0.00594898;REVB=-0.0160645;RO=86;SAF=9;SAR=6;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097199;STB=0.557235;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0202316;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:101:103:86:88:15:15:0.145631:6:9:45:41:6:9:47:41 chr17 21323096 . G A 479.96 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0092325;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.158;QD=18.1117;RBI=0.0269702;REFB=-0.0219343;REVB=-0.0253408;RO=51;SAF=27;SAR=24;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510563;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0166239;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:55:51:51:0.481132:24:27:27:24:24:27:28:27 chr17 21323107 . A G 251.22 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00506546;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.176;QD=9.66222;RBI=0.00767681;REFB=-0.00693232;REVB=0.00576841;RO=66;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876144;STB=0.566295;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0162468;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:66:71:33:33:0.317308:14:19:33:33:14:19:34:37 chr17 21323119 . T C 75.83 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0196853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.115;QD=2.88859;RBI=0.0197502;REFB=-0.00776032;REVB=-0.00159959;RO=90;SAF=9;SAR=5;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191709;STB=0.595292;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0345599;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:90:90:14:15:0.142857:5:9:44:46:6:9:44:46 chr17 21323136 . G A 73.02 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0142317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.132;QD=3.14069;RBI=0.020502;REFB=-0.00415984;REVB=-0.0147577;RO=77;SAF=8;SAR=6;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129506;STB=0.587032;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0448759;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:93:77:79:14:14:0.150538:6:8:36:41:6:8:37:42 chr17 21825565 . G T 2482.02 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018093;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.232;QD=60.1702;RBI=0.021838;REFB=-0.0947537;REVB=0.0122288;RO=2;SAF=65;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243336;STB=0.501279;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=3.71853e-05;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:2:2:163:163:0.987879:98:65:1:1:98:65:1:1 chr17 21826256 . A G 851.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000836583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.462;QD=57.7195;RBI=0.0144615;REFB=0;REVB=0.0144373;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13169e-05;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr17 22023528 . G C 304.53 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00469548;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.581;QD=17.1563;RBI=0.00472785;REFB=-0.001326;REVB=-0.000552325;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157453;STB=0.589418;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00157389;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:32:33:0.464789:11:21:19:19:12:21:18:20 chr17 22023591 . T C 227.13 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0072282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.809;QD=11.3566;RBI=0.00881552;REFB=-0.00493933;REVB=-0.00504644;RO=51;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989798;STB=0.510302;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0123304;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:19:9:16:35:19:9:16:36 chr17 25909850 . G T 207.3 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.039674;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.517;QD=22.4108;RBI=0.0440478;REFB=-0.0243756;REVB=0.0191358;RO=16;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900037;STB=0.521717;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0281529;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:17:20:20:0.540541:18:2:1:15:18:2:2:15 chr17 25972311 . C T 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0113985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.797;QD=8.32883;RBI=0.0220977;REFB=-0.00674989;REVB=0.018931;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378916;STB=0.732606;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0124993;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:46:19:19:0.292308:12:7:31:13:12:7:33:13 chr17 26089867 . T C 495.37 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.0115851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.012;QD=16.3757;RBI=0.037496;REFB=-0.02269;REVB=-0.0356614;RO=67;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851593;STB=0.547428;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0233765;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:31:23:23:44:31:23:23:44 chr17 26092631 . A G 294.88 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00071909;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.342;QD=12.5481;RBI=0.00883773;REFB=-0.0115326;REVB=-0.00880843;RO=60;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151218;STB=0.586988;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0220071;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:13:21:29:31:13:21:29:31 chr17 26096597 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.000719101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.366;QD=14.6497;RBI=0.0198107;REFB=-0.00875745;REVB=-0.0197976;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299292;STB=0.672041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0175968;OID=.;OPOS=26096597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:14:5:8:6:14:5 chr17 26105932 . G A 351.37 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00735788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.943;QD=18.0188;RBI=0.0141434;REFB=-0.00519852;REVB=0.0120788;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166074;STB=0.503524;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00934965;OID=.;OPOS=26105932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:21:16:18:22:21:16:18:23 chr17 26676135 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9021;QD=58.238;RBI=0.0637951;REFB=0;REVB=-0.0153699;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496011;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr17 26684394 . T G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0840048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.425;QD=37.8922;RBI=0.111435;REFB=0.068706;REVB=0.0732181;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0106009;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr17 26694861 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.808;QD=63.8716;RBI=0.0475818;REFB=0;REVB=0.0470455;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308392;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr17 26699367 . G GC 204.88 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7274;QD=48.2066;RBI=0.0931497;REFB=0;REVB=-0.0488867;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00224283;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:8:9:0:0:4:0:8:9:0:0 chr17 26708300 . T C 1476.03 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0372524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.863;QD=57.3214;RBI=0.0473768;REFB=-0.0123028;REVB=0.0292714;RO=2;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178954;STB=0.509432;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000273178;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:52:49:0:2:52:49:0:2 chr17 26708302 . G T 1391.56 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0291808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.824;QD=55.1115;RBI=0.0406336;REFB=-0.025836;REVB=0.0282767;RO=4;SAF=47;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116129;STB=0.500613;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000149865;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:4:4:97:97:0.960396:50:47:2:2:50:47:2:2 chr17 26727721 . GA G 961.62 PASS AF=1;AO=70;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495255;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9888;QD=49.3138;RBI=0.0629608;REFB=0;REVB=-0.0388753;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00146982;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:76:78:78:0:47:31:0:0:17:0:43:27:0:0 chr17 26817537 . G A 402.38 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000546714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.966;QD=18.9356;RBI=0.0279723;REFB=-0.0134589;REVB=-0.027967;RO=43;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11289;STB=0.574431;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00997836;OID=.;OPOS=26817537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:43:44:40:41:0.482353:14:26:23:20:14:27:23:21 chr17 26824156 . A G 171.1 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0132255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.015;QD=27.3752;RBI=0.0141297;REFB=-0.00334586;REVB=0.00497358;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.53077;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00212766;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:16:17:0.68:8:8:5:3:8:9:5:3 chr17 26864302 . G C 74.27 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00749813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.444;QD=10.2442;RBI=0.00904247;REFB=-0.00460797;REVB=-0.00505414;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211339;STB=0.636124;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00275919;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:6:4:4:14:6:4:4:15 chr17 26864369 . TGGAG TGAG,TGAGA,TGATG 57.2 PASS AF=0.6875,0,0;AO=2,2,2;DP=15;FAO=11,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=10,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.128553,-0.21334,-0.230148;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,3,2;MLLD=14.1538,77.9596,68.4206;QD=14.2997;RBI=0.129824,0.215418,0.23132;REFB=-0.0857854,-0.0181157,-0.0209747;REVB=0.0181242,0.0298469,0.0232488;RO=6;SAF=2,2,2;SAR=0,0,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.719959,0.719959,0.719959;STB=0.81895,0.5,0.5;STBP=0.002,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0560829,0,0;OID=.,.,.;OPOS=26864370,26864371,26864371;OREF=G,GAG,GA;OALT=-,AGA,AT;OMAPALT=TGAG,TGAGA,TGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875,0,0:2,2,2:15:11,0,0:16:5:10,0,0:1,0,0:1:4:28:6:2,2,2:0,0,0:1:5 chr17 26925922 . G A 535.55 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00208386;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.425;QD=23.2847;RBI=0.00656255;REFB=-0.0171311;REVB=-0.00622291;RO=42;SAF=35;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181129;STB=0.599958;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0156575;OID=.;OPOS=26925922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:42:50:50:0.543478:15:35:21:21:15:35:21:21 chr17 26955330 . A C 239.31 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0650044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3244;QD=18.0612;RBI=0.0661603;REFB=-0.0135164;REVB=-0.0123133;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094995;STB=0.553446;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0122373;OID=.;OPOS=26955330;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:15:12:9:17:15:12 chr17 27014396 . C T 411.31 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00361842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1953;QD=21.0927;RBI=0.0205116;REFB=-0.00851279;REVB=0.0201899;RO=36;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967478;STB=0.560223;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00822449;OID=.;OPOS=27014396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:17:24:17:19:17:24:17:20 chr17 27014483 . C A 268.78 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0341376;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.439;QD=21.0809;RBI=0.0343637;REFB=-0.00721477;REVB=-0.0039362;RO=23;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243526;STB=0.617196;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00609008;OID=.;OPOS=27014483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:20:7:12:11:20:8:12:11 chr17 27018096 . A G 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0135763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.636;QD=18.641;RBI=0.0385626;REFB=0.00351137;REVB=0.0360938;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864829;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00319073;OID=.;OPOS=27018096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:11:12:9:12:12:12 chr17 27050697 . T C 648.45 PASS AF=0.515873;AO=61;DP=122;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0302113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7845;QD=20.5856;RBI=0.0520889;REFB=-0.0120234;REVB=0.0424327;RO=61;SAF=31;SAR=30;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445198;STB=0.523547;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0111267;OID=.;OPOS=27050697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:61:61:61:65:0.515873:30:31:28:33:32:33:28:33 chr17 27052358 . C T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00223884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6825;QD=21.4067;RBI=0.00392788;REFB=0.0425307;REVB=0.00322736;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253516;STB=0.51403;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0323548;OID=.;OPOS=27052358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:13:13:15:17:13:13 chr17 27065211 . T C 1293.86 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.688;QD=61.6124;RBI=0.0225736;REFB=0;REVB=-0.0215589;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94932e-05;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:38:44:0:0:39:45:0:0 chr17 27068477 . A C 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00135209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.718;QD=15.5677;RBI=0.0187475;REFB=-0.0159631;REVB=-0.0186987;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248861;OID=.;OPOS=27068477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:35:28:28:0.444444:16:12:15:18:16:12:15:20 chr17 27071129 . C T 305.18 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0296595;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1608;QD=14.8867;RBI=0.0322859;REFB=-0.0107817;REVB=0.0127551;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166291;STB=0.594284;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.020099;OID=.;OPOS=27071129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:48:48:34:34:0.414634:21:13:26:22:21:13:26:22 chr17 27075423 . C T 244.24 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0204525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.427;QD=23.2608;RBI=0.0257929;REFB=-0.0160576;REVB=0.0157153;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465365;STB=0.525965;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0121506;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:8:11:12:11:8:11 chr17 27084364 . T C 254.92 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.031617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.332;QD=24.2784;RBI=0.0328739;REFB=0.00145203;REVB=-0.00900317;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12604;STB=0.576206;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00110186;OID=.;OPOS=27084364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:18:23:24:0.571429:8:15:9:9:8:16:9:9 chr17 27085564 . A G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00181658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.615;QD=18.0497;RBI=0.112754;REFB=-0.00753687;REVB=-0.11274;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.6109;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0197383;OID=.;OPOS=27085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:6:2:5:5:6:2 chr17 27185827 . C T 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0123071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.682;QD=19.9664;RBI=0.0155256;REFB=-0.00151423;REVB=-0.00946459;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169804;STB=0.594597;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00298966;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:15:11:18:11:15:11 chr17 27207571 . C T 770.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259736;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.661;QD=64.202;RBI=0.0259783;REFB=0;REVB=-0.000494462;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78145e-05;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 27225586 . A T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.025307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.262;QD=11.0197;RBI=0.0302659;REFB=0.00235186;REVB=-0.0166006;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613938;STB=0.868462;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00817489;OID=.;OPOS=27225586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:1:7:1:5:1:7 chr17 27286750 . G A 313.5 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00380412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.096;QD=14.7531;RBI=0.00943345;REFB=-0.0120151;REVB=0.00863242;RO=48;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155213;STB=0.554023;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.020261;OID=.;OPOS=27286750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:48:50:33:35:0.411765:13:20:22:26:15:20:24:26 chr17 27286851 . T C 341.49 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0264573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8836;QD=13.3919;RBI=0.0281326;REFB=-0.0118524;REVB=0.00956325;RO=62;SAF=19;SAR=21;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147032;STB=0.583292;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0133691;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:21:19:38:24:21:19:38:24 chr17 27422053 . C T 380.54 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117727;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.588;QD=54.3634;RBI=0.118905;REFB=0;REVB=0.0166968;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144802;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:1:0:27:28:1:18:9:1:0:18:10:0:0 chr17 27424316 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00953703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.144;QD=16.2716;RBI=0.0221658;REFB=-0.0210332;REVB=0.0200091;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198855;STB=0.614306;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0326408;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:7:11:6:9:7:11 chr17 27425175 . T G 306.18 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0366007;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5366;QD=22.2678;RBI=0.0378336;REFB=-0.0164092;REVB=0.00957954;RO=23;SAF=6;SAR=25;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124363;STB=0.563215;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0173002;OID=.;OPOS=27425175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:25:6:7:16:25:6:7:17 chr17 27438469 . G A 548.86 PASS AF=0.833333;AO=39;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0498979;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.8833;QD=45.7379;RBI=0.0556942;REFB=-0.0581699;REVB=0.0247395;RO=4;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868283;STB=0.532466;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00420811;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:48:48:4:8:39:40:0.833333:12:27:1:3:13:27:4:4 chr17 27441077 . C G 692.79 PASS AF=1;AO=36;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.008;QD=61.5815;RBI=0.0622779;REFB=0;REVB=0.0102401;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533792;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:36:45:1:17:19:0:0:22:23:0:0 chr17 27580756 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0135242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.638;QD=16.8738;RBI=0.0179608;REFB=-0.0191287;REVB=0.0118189;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145138;STB=0.58251;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0228954;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:18:8:9:11:18:8 chr17 27588806 . C A 229.4 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.119828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.263;QD=22.3808;RBI=0.12358;REFB=-0.0136032;REVB=0.0302185;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140481;STB=0.602556;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00744109;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:19:22:22:0.536585:13:9:10:7:13:9:12:7 chr17 27588980 . CAG C 88.75 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0137734;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.676;QD=14.7915;RBI=0.0247681;REFB=-0.00252854;REVB=-0.0205853;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327406;STB=0.691913;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.00347658;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:24:11:24:13:9:2:7:6:88:12:8:2:6:6 chr17 27835138 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.761;QD=33.4285;RBI=0.0473212;REFB=0;REVB=0.0338938;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117781;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr17 27889578 . T C 1494.86 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192674;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.541;QD=63.6109;RBI=0.0310069;REFB=0;REVB=0.024294;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10833e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr17 27889986 . T C 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.094;QD=63.5753;RBI=0.084026;REFB=0;REVB=0.0826437;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247866;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr17 27901975 . A G 426.29 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.431;QD=56.838;RBI=0.0936248;REFB=0;REVB=-0.092253;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042455;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:5:24:0:0:6:24:0:0 chr17 27904711 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00981481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.071;QD=61.1856;RBI=0.0472898;REFB=-0.0101269;REVB=0.0462601;RO=1;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136345;STB=0.507243;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000366688;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:34:13:0:1:34:13:0:1 chr17 27958187 . TGGG TGG,TGGT 518.12 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=14,5;DP=82;FAO=75,6;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=65,0;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.01437,0.120296;FXX=0.0121936;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.24621,225.287;QD=25.5859;RBI=1.01887,0.128489;REFB=0.0221709,0.0278846;REVB=0.0956258,-0.0451469;RO=53;SAF=6,0;SAR=8,5;SRF=53;SRR=0;SSEN=0.62069,0;SSEP=0.588235,0;SSSB=-0.738359,-0.894019;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00906705,0.101025;OID=.,.;OPOS=27958188,27958190;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:14,5:82:75,6:81:0:65,0:10,6:0:0:19:53:6,0:8,5:53:0 chr17 28268800 . A C 766.44 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6404;QD=63.8696;RBI=0.0175395;REFB=0;REVB=0.00396393;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191765;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:18:29:0:1:19:29:0:0 chr17 28296327 . T G 363.06 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8821;QD=51.8661;RBI=0.0355539;REFB=-0.122994;REVB=0.00709422;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0211517;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:17:9:1:0:17:10:1:0 chr17 28320248 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.681;QD=57.0007;RBI=0.0355723;REFB=0;REVB=0.0267874;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69899e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr17 28405273 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0101774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.932;QD=19.8256;RBI=0.0112656;REFB=-0.00625207;REVB=0.00483052;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273289;STB=0.653096;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00515811;OID=.;OPOS=28405273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:19:8:15:10:19:8:15:10 chr17 28444183 . A C 609.97 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00949346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2267;QD=56.7414;RBI=0.0308083;REFB=-0.0716323;REVB=-0.0293091;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00327738;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:17:24:0:1:17:24:1:1 chr17 28511978 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.761;QD=44.6898;RBI=0.0130371;REFB=0;REVB=0.00476127;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018183;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 28794020 . A G 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7971;QD=59.5332;RBI=0.0672682;REFB=-0.120489;REVB=0.0519079;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00249809;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:37:41:0:0:37:41:1:0 chr17 28853530 . A C 591.97 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.379;QD=59.1972;RBI=0.0528456;REFB=0;REVB=0.00949991;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054233;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:12:26:0:0:12:28:0:0 chr17 28900708 . G T 230.37 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00752907;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.476;QD=46.0744;RBI=0.00988091;REFB=-0.149948;REVB=0.00639887;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00111193;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr17 29220797 . T G 175.85 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00307715;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.24;QD=19.5391;RBI=0.00552265;REFB=-0.00316516;REVB=0.00458594;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194029;STB=0.609637;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0026353;OID=.;OPOS=29220797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:18:18:18:0.5:10:8:12:6:10:8:12:6 chr17 29486152 . G A 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0126584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.416;QD=20.3411;RBI=0.0127492;REFB=-0.00725944;REVB=-0.00151901;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182858;STB=0.601312;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00441957;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:22:15:21:13:22:15:21:13 chr17 29496819 . C T 244.0 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0107659;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3815;QD=29.5751;RBI=0.0144202;REFB=-0.0398763;REVB=0.00959366;RO=12;SAF=4;SAR=18;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692563;STB=0.54778;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0200789;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:12:11:22:22:0.666667:18:4:3:9:18:4:3:8 chr17 29508775 . G A 227.62 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00865335;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.816;QD=15.6982;RBI=0.0087576;REFB=-0.000472739;REVB=-0.00134721;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375774;STB=0.52126;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000564866;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:16:16:14:12:16:16 chr17 29553485 . G A 246.28 PASS AF=0.52;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.00454833;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.343;QD=19.7021;RBI=0.0124103;REFB=-0.00104937;REVB=0.0115468;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259659;STB=0.616358;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000929563;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:27:24:25:26:0.52:15:10:4:23:16:10:4:20 chr17 29859506 . G T 35.16 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0319836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5158;QD=5.20925;RBI=0.101467;REFB=-0.0181348;REVB=0.0962943;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451434;STB=0.777137;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0943412;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:18:3:3:3:18:3 chr17 29890870 . C G 291.37 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0169649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.194;QD=16.8911;RBI=0.0173382;REFB=0.0047656;REVB=-0.00357811;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032895;STB=0.505001;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00705551;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:15:17:19:17:15:17:20:17 chr17 30183857 . T C 433.37 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127468;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.827;QD=57.7821;RBI=0.0238615;REFB=0;REVB=0.0201716;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141282;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 30222002 . T C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0159619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.909;QD=20.2682;RBI=0.0162741;REFB=-0.0416745;REVB=0.00317244;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842361;STB=0.547466;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0415535;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:12:9:11:10:12:9 chr17 30470028 . G GC 55.74 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.111572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.2014;QD=8.9178;RBI=0.114183;REFB=-0.00916066;REVB=-0.0242779;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196547;STB=0.631268;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=0.0236356;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:26:10:25:15:1:9:3:12:55:16:1:9:3:13 chr17 30533970 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0333542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.545;QD=18.7122;RBI=0.0428716;REFB=-0.00909584;REVB=-0.0269346;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414893;STB=0.727005;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0120007;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:4:14:6:12:4:14:7:12 chr17 30625205 . G A 736.89 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00305871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.598;QD=22.1621;RBI=0.0191239;REFB=-0.0222581;REVB=0.0188777;RO=62;SAF=35;SAR=36;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129374;STB=0.570805;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.018593;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:36:35:40:22:36:35:40:22 chr17 30651366 . A T 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0107371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.056;QD=17.0289;RBI=0.0327021;REFB=0.00602412;REVB=-0.0308891;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316784;STB=0.679918;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00668156;OID=.;OPOS=30651366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:6:16:7:11:6:16 chr17 30796018 . T C 61.25 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0461276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.566;QD=2.11208;RBI=0.0461951;REFB=-0.00194297;REVB=0.00249683;RO=101;SAF=5;SAR=9;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239472;STB=0.673671;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0186894;OID=.;OPOS=30796018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:116:101:102:14:14:0.12069:9:5:56:45:9:5:57:45 chr17 31091978 . C T 743.46 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0190114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.207;QD=23.0531;RBI=0.0330908;REFB=-0.0137067;REVB=-0.0270844;RO=57;SAF=38;SAR=33;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359008;STB=0.51587;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00853965;OID=.;OPOS=31091978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:58:71:71:0.550388:33:38:28:29:33:38:29:29 chr17 31268378 . C T 271.5 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0358479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.283;QD=12.3407;RBI=0.0386481;REFB=0.000928505;REVB=-0.0144432;RO=56;SAF=17;SAR=15;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648503;STB=0.537226;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0017389;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:15:17:33:23:15:17:33:23 chr17 31340682 . C T 319.18 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0238297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1824;QD=13.582;RBI=0.075026;REFB=-0.0146378;REVB=-0.071141;RO=57;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642937;STB=0.54104;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0237117;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:58:36:36:0.382979:20:16:22:35:20:16:22:36 chr17 31618732 . A G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.991;QD=45.7961;RBI=0.0392431;REFB=0;REVB=-0.0145683;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777565;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr17 32583269 . T C 199.55 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00117772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.16;QD=15.6509;RBI=0.00973025;REFB=-0.0136071;REVB=0.00965871;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554061;STB=0.522831;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0183889;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:9:13:15:13:9:13:16:13 chr17 32583911 . C T 337.14 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0688119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6625;QD=17.5139;RBI=0.0692828;REFB=-0.0104301;REVB=-0.00806406;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132703;STB=0.555526;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00754066;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:41:36:36:0.467532:21:15:11:28:21:15:13:28 chr17 32904586 . C T 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8565;QD=60.3652;RBI=0.00791242;REFB=0;REVB=-0.00618509;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47148e-06;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr17 32906008 . C G 644.74 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.048017;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.0297;QD=24.3299;RBI=0.0492841;REFB=-0.00279028;REVB=-0.0111034;RO=42;SAF=32;SAR=31;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291864;STB=0.520377;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00173869;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:43:63:63:0.59434:31:32:23:19:31:32:24:19 chr17 33286664 . A G 149.17 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.000325762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.087;QD=9.62379;RBI=0.009266;REFB=-0.00746829;REVB=0.00926028;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228607;STB=0.635043;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0127867;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:13:7:23:19:13:7:23:19 chr17 33288363 . C T 1350.8 PASS AF=0.537815;AO=127;DP=238;FAO=128;FDP=238;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=80;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0105617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.046;QD=22.7026;RBI=0.0190633;REFB=-0.0117054;REVB=-0.0158701;RO=74;SAF=48;SAR=79;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198212;STB=0.584751;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0132825;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:74:110:127:128:0.537815:79:48:30:44:80:48:61:49 chr17 33288882 . T G 1255.63 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184089;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.247;QD=60.5122;RBI=0.0185529;REFB=0;REVB=-0.0023072;RO=0;SAF=22;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00558767;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:57:22:0:0:57:26:0:0 chr17 33289046 . G C 242.95 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0102035;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7752;QD=26.2647;RBI=0.0102162;REFB=0.0175857;REVB=0.000507841;RO=13;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081333;STB=0.524474;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00258088;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:7:15:9:4:7:15:11:4 chr17 33289937 . A T 508.37 PASS AF=0.510417;AO=47;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000991007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6913;QD=21.1822;RBI=0.0126846;REFB=0.0105659;REVB=0.0126459;RO=46;SAF=33;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2338;STB=0.631012;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0108656;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:47:47:49:0.510417:14:33:21:25:14:35:22:25 chr17 33433487 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00027424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.096;QD=8.73792;RBI=0.0100302;REFB=-0.00928067;REVB=0.0100264;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0210173;OID=.;OPOS=33433487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:10:10:5:4:10:10 chr17 33445549 . G A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00831461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.985;QD=11.8203;RBI=0.01465;REFB=-0.00988384;REVB=0.0120619;RO=43;SAF=19;SAR=6;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118252;STB=0.568804;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0229472;OID=.;OPOS=33445549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:6:19:29:14:6:19:29:14 chr17 33448818 . T C 282.89 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0288724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1811;QD=23.0929;RBI=0.0320488;REFB=0.0226336;REVB=-0.0139106;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813267;STB=0.545419;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0214039;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:11:12:16:10:11:12 chr17 33457562 . T C 62.85 PASS AF=0.36;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00583107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.446;QD=10.056;RBI=0.0289927;REFB=-0.0138045;REVB=-0.0284003;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0247898;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:25:15:16:8:9:0.36:3:5:9:6:3:6:9:7 chr17 33457697 . T C 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0105479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.12;QD=9.56964;RBI=0.0130856;REFB=-0.00433504;REVB=-0.00774426;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399313;STB=0.753085;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00919965;OID=.;OPOS=33457697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:6:9:7:1:6:9 chr17 33459096 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0396498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.721;QD=17.5597;RBI=0.0396992;REFB=0.00670703;REVB=-0.00198148;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750124;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00950482;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:10:11:8:10:10:11 chr17 33459419 . G A 237.76 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0229834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8809;QD=17.2916;RBI=0.0341044;REFB=-0.0369137;REVB=0.0251967;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051818;STB=0.508191;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0329689;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:15:11:12:16:15:12:12:16 chr17 33460175 . T C 207.41 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0385455;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4227;QD=16.2676;RBI=0.0523823;REFB=-0.0162566;REVB=-0.0354704;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235793;STB=0.643099;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0120043;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:8:15:11:16:8:15:11:17 chr17 33460367 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0386396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.497;QD=13.091;RBI=0.0750573;REFB=-0.0137924;REVB=0.0643473;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.523328;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0270782;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:7:6:10:9:7:6:10:10 chr17 33460431 . C T 264.12 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=67;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0699898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1972;QD=15.0924;RBI=0.0873182;REFB=-0.000767734;REVB=0.0522101;RO=39;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186317;STB=0.564313;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00382397;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:39:40:27:30:0.428571:19:8:18:21:19:11:19:21 chr17 33460516 . A G 168.4 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0126833;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.533;QD=13.472;RBI=0.0284997;REFB=-0.0109894;REVB=-0.0255218;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.54267;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.025456;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:7:23:13:6:8:23 chr17 33464864 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0203037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5856;QD=17.5879;RBI=0.0648421;REFB=0.0170434;REVB=0.0615813;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138237;STB=0.578874;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0189899;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:14:14:14:8:14:14 chr17 33469279 . G C 224.08 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.132318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9364;QD=42.6816;RBI=0.14248;REFB=-0.0304202;REVB=-0.0528459;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.519979;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00703811;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:13:6:0:1:13:6:1:1 chr17 33592194 . C G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0584189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8146;QD=18.6436;RBI=0.0595158;REFB=0.0454498;REVB=-0.0113734;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21949;STB=0.624826;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0450114;OID=.;OPOS=33592194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:9:4:8:6:9:4 chr17 33592621 . C T 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0063265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.842;QD=9.46293;RBI=0.0110528;REFB=-0.00360766;REVB=-0.00906312;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231395;STB=0.513665;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00987955;OID=.;OPOS=33592621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:8:13:27:18:8:13:27:18 chr17 33680807 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1081;QD=33.4284;RBI=0.0841599;REFB=0;REVB=0.0244943;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00527084;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 33680840 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.167;QD=54.5154;RBI=0.0297853;REFB=0;REVB=0.0241295;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127626;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr17 33689926 . T C 2300.57 PASS AF=0.986486;AO=147;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.058589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3827;QD=62.1776;RBI=0.0610806;REFB=0.0409674;REVB=-0.0172673;RO=1;SAF=87;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786047;STB=0.508332;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00544977;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:1:2:147:146:0.986486:60:87:0:1:59:87:0:2 chr17 33768199 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.525;QD=63.1946;RBI=0.00964453;REFB=0;REVB=0.00824615;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51943e-05;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr17 33768334 . T G 187.89 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00535201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.908;QD=14.7362;RBI=0.0262488;REFB=-0.0184365;REVB=-0.0256973;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.514005;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0206529;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:24:30:21:21:0.411765:11:10:13:11:11:10:15:15 chr17 33768354 . C T 607.45 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000467544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0494;QD=59.2631;RBI=0.100708;REFB=0;REVB=0.100707;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206325;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:1:0:38:41:1:21:17:1:0:23:18:0:0 chr17 33769034 . G A 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=-0.00287741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.271;QD=8.23766;RBI=0.0374184;REFB=-0.00729158;REVB=-0.0373076;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169073;STB=0.603688;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0111024;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:54:55:22:22:0.285714:8:14:41:13:8:14:42:13 chr17 33769038 . C A 102.27 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.0153937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.758;QD=4.9288;RBI=0.0483021;REFB=-0.0106258;REVB=0.0457835;RO=65;SAF=10;SAR=7;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162346;STB=0.605348;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0635962;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:66:17:17:0.204819:7:10:46:19:7:10:47:19 chr17 33772658 . G T 520.93 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00672378;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8041;QD=18.2782;RBI=0.0221104;REFB=-0.00564005;REVB=0.0210632;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288336;STB=0.519993;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00633432;OID=.;OPOS=33772658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:59:55:55:0.482456:31:24:28:32:31:24:28:31 chr17 33802156 . T G 742.02 PASS AF=0.5;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0128123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.978;QD=19.5269;RBI=0.0242553;REFB=-0.00779211;REVB=0.0205952;RO=75;SAF=48;SAR=28;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925319;STB=0.54821;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0074558;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:76:76:76:0.5:28:48:40:35:28:48:41:35 chr17 33805150 . T C 1500.17 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205937;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.882;QD=63.8371;RBI=0.0811407;REFB=0;REVB=0.0811145;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264262;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr17 33805180 . G C 421.69 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.00274123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.301;QD=18.1372;RBI=0.00922802;REFB=-0.0011111;REVB=0.00881147;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986467;STB=0.559853;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00114883;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:21:22:20:29:21:22:20:30 chr17 33806841 . AG A 373.37 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00497184;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.772;QD=18.438;RBI=0.00498153;REFB=-0.0180476;REVB=-0.000310635;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407239;STB=0.529735;STBP=0.625;TYPE=del;VARB=0.0137431;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:38:82:39:81:42:21:18:25:17:99:42:21:17:25:17 chr17 33814758 . T C 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00978302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.095;QD=21.8386;RBI=0.00978962;REFB=-0.00995247;REVB=0.000359603;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17961;STB=0.591522;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0132981;OID=.;OPOS=33814758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:9:16:10:13:9:16:11:13 chr17 33880003 . C G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0213039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.685;QD=17.5413;RBI=0.0322558;REFB=0.00682582;REVB=-0.0242194;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00936575;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr17 33881631 . T C 477.19 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0122529;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.464;QD=16.7433;RBI=0.0124848;REFB=0.002414;REVB=0.00239509;RO=62;SAF=22;SAR=30;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757935;STB=0.542276;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00217911;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:62:62:52:52:0.45614:30:22:31:31:30:22:31:31 chr17 33881718 . G A 400.23 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0370505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4379;QD=15.8507;RBI=0.0442483;REFB=0.0216668;REVB=-0.0241903;RO=56;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227111;STB=0.517777;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0258662;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:57:44:44:0.435644:23:21:28:28:23:21:29:28 chr17 33884804 . T C 218.16 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00837015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.325;QD=15.5829;RBI=0.0200503;REFB=-0.0100599;REVB=0.0182196;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059523;STB=0.533689;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00979233;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:18:13:12:13:18:13 chr17 33885049 . C T 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0020129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.355;QD=9.56733;RBI=0.00967332;REFB=-0.0243674;REVB=-0.00946157;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0358901;OID=.;OPOS=33885049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:8:6:6:2:8:7 chr17 33901965 . C G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00215616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.338;QD=16.4805;RBI=0.0423604;REFB=-0.00533076;REVB=-0.0423055;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743284;STB=0.542668;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00397206;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:14:11:7:12:14:11 chr17 34069578 . C T 231.49 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0465106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.953;QD=25.0257;RBI=0.0479867;REFB=-0.0167116;REVB=0.0118102;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426112;STB=0.507036;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0170383;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:15:6:5:10:15:7:5:10 chr17 34072555 . G A 645.86 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.00741898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.392;QD=18.1931;RBI=0.0107766;REFB=0.0073324;REVB=-0.00781628;RO=76;SAF=35;SAR=31;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180429;STB=0.599844;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0102659;OID=.;OPOS=34072555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:31:35:26:50:31:35:26:50 chr17 34072898 . C T 385.28 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00653527;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.184;QD=12.6321;RBI=0.0300713;REFB=-0.0144339;REVB=-0.0293525;RO=74;SAF=31;SAR=15;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307758;STB=0.529375;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0252266;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:74:76:46:46:0.377049:15:31:48:26:15:31:48:28 chr17 34073301 . C T 611.36 PASS AF=0.420732;AO=67;DP=163;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.00587967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.916;QD=14.9113;RBI=0.00631778;REFB=-0.00428072;REVB=-0.00231167;RO=89;SAF=29;SAR=38;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153862;STB=0.592579;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00549538;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:89:95:67:69:0.420732:38:29:52:37:38:31:58:37 chr17 34091078 . C G 528.54 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00132403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.718;QD=17.9166;RBI=0.0653663;REFB=-0.0510644;REVB=-0.0653529;RO=62;SAF=36;SAR=20;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214392;STB=0.619122;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0505323;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:20:36:26:36:20:36:26:36 chr17 34091523 . CGA C 546.66 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0336072;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.667;QD=22.5426;RBI=0.0360295;REFB=-0.00684527;REVB=0.0129875;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688216;STB=0.537883;STBP=0.458;TYPE=del;VARB=0.00975514;OID=.;OPOS=34091524;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525773:51:100:51:97:46:24:27:18:28:99:46:24:27:18:28 chr17 34093597 . T C 210.83 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00933784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.062;QD=14.0555;RBI=0.0103984;REFB=-0.0155287;REVB=-0.00457506;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103919;STB=0.559392;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.025433;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:19:16:9:16:19:16 chr17 34093663 . G A 205.14 PASS AF=0.38806;AO=19;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0451952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.347;QD=12.2472;RBI=0.0571729;REFB=-0.0212293;REVB=0.0350161;RO=28;SAF=1;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639148;STB=0.685768;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0479149;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:41:19:26:0.38806:18:1:13:15:18:8:25:16 chr17 34093681 . G A 346.11 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0224231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.896;QD=19.4993;RBI=0.022515;REFB=-0.0286373;REVB=-0.00203193;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873765;STB=0.548562;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0296056;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:20:16:19:16:20:16:19:16 chr17 34100350 . G C,GC 508.26 PASS AF=0.138889,0.861111;AO=5,26;DP=37;FAO=5,31;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396838,0.0227626;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=165.716,184.348;QD=56.4736;RBI=0.041845,0.0308994;REFB=0,0;REVB=0.0132742,0.0208959;RO=2;SAF=4,12;SAR=1,14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190062,-0.00512114;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0417437,-0.00691849;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:37:36:2:0:5,26:5,31:0.138889,0.861111:1,14:4,12:1:1:1,18:4,13:0:0 chr17 34182341 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=19;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000883365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.331;QD=18.1185;RBI=0.00342777;REFB=-0.00974684;REVB=0.00331199;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524808;STB=0.574743;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0141187;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:19:18:0.473684:13:6:7:12:13:5:8:12 chr17 34195739 . T C 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0435589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.534;QD=19.9053;RBI=0.0456364;REFB=-0.0244113;REVB=0.0136126;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108295;STB=0.566472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.01444;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:13:18:19:8:13:18:20:8 chr17 34215825 . T C 448.44 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.010022;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.78;QD=15.8739;RBI=0.0145138;REFB=-0.00670195;REVB=-0.0104981;RO=64;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164386;STB=0.596595;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0079057;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:63:50:50:0.442478:23:27:24:40:23:27:23:40 chr17 34216624 . G C 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00723255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4586;QD=27.6503;RBI=0.0303002;REFB=-0.0461963;REVB=0.0294244;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16792;STB=0.593256;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00885494;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:3:6:7:11:3:6 chr17 34257637 . T C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0126382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.879;QD=14.5588;RBI=0.0164163;REFB=-0.0118931;REVB=0.0104771;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139025;STB=0.578887;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0226287;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:14:21:12:14:14:21 chr17 34264859 . A G 448.16 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.009482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.654;QD=17.5749;RBI=0.0133091;REFB=-0.0108164;REVB=-0.00933933;RO=53;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884714;STB=0.554433;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0126447;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:28:20:27:26:28:20:28:26 chr17 34303771 . T C 210.06 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0700613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.531;QD=11.8346;RBI=0.0703135;REFB=-0.00560238;REVB=-0.00595014;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186153;STB=0.607736;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00992243;OID=.;OPOS=34303771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:23:22:17:9:23:22 chr17 34328461 . A G 706.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.365;QD=62.8093;RBI=0.0431997;REFB=0;REVB=-0.0221957;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59882e-05;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr17 34340284 . C T 1325.02 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432384;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.86;QD=62.354;RBI=0.0110426;REFB=0;REVB=0.0101609;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135834;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:45:40:0:0:45:40:0:0 chr17 34416537 . G A 401.76 PASS AF=0.369231;AO=47;DP=127;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00926732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.588;QD=12.3618;RBI=0.0283933;REFB=-0.00100704;REVB=0.0268384;RO=80;SAF=22;SAR=25;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619981;STB=0.50452;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0018029;OID=.;OPOS=34416537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:80:82:47:48:0.369231:25:22:37:43:26:22:37:45 chr17 34431287 . G T 1970.94 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016205;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.557;QD=62.0769;RBI=0.0190379;REFB=0;REVB=0.00999207;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349348;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:127:0:0:120:127:1:70:50:0:0:74:53:0:0 chr17 34431961 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.674;QD=39.2055;RBI=0.0835297;REFB=0;REVB=0.0317725;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235846;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 34432663 . AT GA 464.99 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00613051;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.857;QD=18.4154;RBI=0.0123426;REFB=-0.0075267;REVB=0.0107125;RO=51;SAF=26;SAR=23;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198172;STB=0.603884;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.006234;OID=.;OPOS=34432663;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:51:52:49:49:0.485149:23:26:16:35:23:26:17:35 chr17 34437572 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0322373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.389;QD=11.0198;RBI=0.0449357;REFB=-0.0118351;REVB=-0.0313045;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0164617;OID=.;OPOS=34437572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr17 34437713 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00542412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.375;QD=19.7626;RBI=0.0183814;REFB=-0.0189169;REVB=-0.0175628;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170108;STB=0.583712;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0225581;OID=.;OPOS=34437713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:11:12:8:16:11:12:9:16 chr17 34803389 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0445821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8216;QD=18.7667;RBI=0.0445821;REFB=-0.0259465;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188854;OID=.;OPOS=34803389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:0:6:3:0:0:6:3:0 chr17 34854280 . G A 482.69 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0106584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8146;QD=26.0914;RBI=0.0398879;REFB=-0.00909783;REVB=0.0384376;RO=29;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382166;STB=0.520862;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00656824;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:24:21:12:17:24:21:12:17 chr17 34884029 . T C 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00958888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.016;QD=13.5017;RBI=0.0559577;REFB=-0.000142577;REVB=-0.05513;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.618844;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000186898;OID=.;OPOS=34884029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:4:8:8:8:4:8:8:9 chr17 34942595 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00400336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.415;QD=10.3903;RBI=0.011477;REFB=-0.0169114;REVB=0.0107562;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0227312;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:3:7:4:3:3:8 chr17 34956585 . CCA C 288.32 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00449488;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=2;MLLD=218.316;QD=13.7297;RBI=0.00612394;REFB=-0.00926335;REVB=-0.00415917;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=-0.052755;STB=0.535778;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=0.00937132;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:42:85:42:84:42:19:23:22:20:99:39:19:23:20:19 chr17 35478362 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.983;QD=64.4148;RBI=0.0205571;REFB=0;REVB=0.0189919;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25392e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr17 35609866 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000308603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.063;QD=18.4269;RBI=0.0211344;REFB=-0.0270276;REVB=0.0211321;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470588;STB=0.536057;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0270177;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:12:16:14:13:12:16:14:14 chr17 35696804 . G A 130.23 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0200211;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.107;QD=20.837;RBI=0.0242817;REFB=-0.0245304;REVB=-0.0137389;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104309;STB=0.507032;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0171251;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:4:10:9:2:4:10:8:3 chr17 35771468 . C T 118.98 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0125997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2689;QD=13.5972;RBI=0.0138795;REFB=-0.0240823;REVB=-0.00582116;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0362091;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:11:10:7:7:11:10 chr17 35873324 . T C 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00626078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.315;QD=12.2349;RBI=0.0095642;REFB=-0.00998901;REVB=-0.00723025;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21025;STB=0.61389;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0197725;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:17:13:32:19:17:13:32:20 chr17 35873399 . TA T 1095.83 PASS AF=1;AO=87;DP=96;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000767768;FXX=0.0515411;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9152;QD=47.645;RBI=0.0732865;REFB=0;REVB=-0.0732825;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000344395;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:96:92:92:0:48:44:0:0:20:0:46:41:0:0 chr17 35896123 . T C 1358.57 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.297;QD=62.463;RBI=0.00844912;REFB=0;REVB=0.00278209;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16386e-05;OID=.;OPOS=35896123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:41:45:0:0:41:46:0:0 chr17 35956391 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.812;QD=53.9112;RBI=0.0302902;REFB=0;REVB=0.0239911;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24086e-05;OID=.;OPOS=35956391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr17 35984410 . T C 806.94 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000757892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.889;QD=56.6274;RBI=0.0454417;REFB=0;REVB=0.0454354;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129604;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr17 35988672 . C T 1011.92 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0434668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7044;QD=57.824;RBI=0.0441734;REFB=-0.11337;REVB=-0.00786895;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00211732;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:1:0:30:39:1:0 chr17 35995638 . T A 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.998;QD=62.6146;RBI=0.0307264;REFB=0;REVB=0.0229786;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74297e-05;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr17 36003359 . A G 1194.03 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204825;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.676;QD=61.2321;RBI=0.0178322;REFB=0;REVB=0.0177142;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69339e-05;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr17 36358847 . T A 4740.15 PASS AF=0.990385;AO=306;DP=310;FAO=309;FDP=312;FR=.;FRO=3;FSAF=180;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.021026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7926;QD=60.7712;RBI=0.0544053;REFB=-0.161673;REVB=0.0501781;RO=4;SAF=179;SAR=127;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418505;STB=0.500832;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00125092;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:310:312:4:3:306:309:0.990385:127:179:3:1:129:180:2:1 chr17 36365172 . C T 105.68 PASS AF=0.141935;AO=22;DP=155;FAO=22;FDP=155;FR=.;FRO=133;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=50;FWDB=-0.0201573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.737;QD=2.72721;RBI=0.0202476;REFB=-0.00342812;REVB=-0.00191038;RO=132;SAF=10;SAR=12;SRF=82;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210156;STB=0.642735;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0210531;OID=.;OPOS=36365172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:132:133:22:22:0.141935:12:10:82:50:12:10:83:50 chr17 36474601 . A G 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0127777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.44;QD=10.9363;RBI=0.0237365;REFB=0.000402066;REVB=-0.0200039;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334155;STB=0.696885;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00126138;OID=.;OPOS=36474601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:23:11:10:6:23:11 chr17 36478388 . G T 139.06 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00427443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.334;QD=22.2488;RBI=0.0416354;REFB=-0.0464973;REVB=0.0414154;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474842;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0323881;OID=.;OPOS=36478388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:25:10:10:13:15:0.6:7:6:4:6:8:7:4:6 chr17 36485585 . CT C 43.41 PASS AF=0.375;AO=25;DP=66;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.26717;FXX=0.0302984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.99761;QD=2.71305;RBI=0.281848;REFB=-0.181746;REVB=0.0897677;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32;STB=0.624185;STBP=0.133;TYPE=del;VARB=0.118904;OID=.;OPOS=36485586;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:25:66:24:64:40:17:7:21:19:43:30:18:7:12:18 chr17 36485753 . G C 194.64 PASS AF=0.59375;AO=15;DP=29;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000359308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.362;QD=24.3295;RBI=0.0777209;REFB=-0.0252523;REVB=0.0777201;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175363;STB=0.597067;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0261832;OID=.;OPOS=36485753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:13:13:15:19:0.59375:10:5:7:6:13:6:7:6 chr17 36493598 . A G 164.9 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0126128;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5462;QD=14.0344;RBI=0.0279243;REFB=-0.037845;REVB=-0.0249135;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433086;STB=0.727062;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0543702;OID=.;OPOS=36493598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:10:7:24:5:10:8:24:5 chr17 36617210 . A G 895.98 PASS AF=0.557823;AO=82;DP=145;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.021452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=24.3803;RBI=0.0276955;REFB=-0.0261029;REVB=-0.0175171;RO=63;SAF=39;SAR=43;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888408;STB=0.554825;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0134521;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:63:65:82:82:0.557823:43:39:37:26:43:39:39:26 chr17 36635721 . C T 728.66 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000688296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7795;QD=57.1495;RBI=0.0594078;REFB=0;REVB=0.0594038;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455568;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr17 36646386 . A G 2476.45 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00976346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.244;QD=60.7717;RBI=0.0301959;REFB=-0.0719997;REVB=0.0285739;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=6.6741e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:0:1:162:162:0.993865:82:80:0:0:82:80:0:1 chr17 36666189 . GC G,GG 80.32 PASS AF=0.320755,0.0377358;AO=18,2;DP=51;FAO=17,2;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5,0;FSAR=12,2;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0545596,0.0359736;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.4405,22.2873;QD=6.06181;RBI=0.166764,0.056863;REFB=-0.0471124,-0.0358991;REVB=-0.157587,-0.0440375;RO=28;SAF=8,0;SAR=10,2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.305263,0;SSSB=-0.169465,-0.518511;STB=0.729467,0.996134;STBP=0.032,0.054;TYPE=del,snp;VARB=0.0168653,0.0583177;OID=.,.;OPOS=36666190,36666190;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755,0.0377358:18,2:51:17,2:53:34:5,0:12,2:22:12:72:28:8,0:10,2:17:11 chr17 36861983 . T C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7519;QD=58.0516;RBI=0.0439495;REFB=0;REVB=-0.0198696;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538519;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr17 36906401 . T A 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00844833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.595;QD=4.53673;RBI=0.00857768;REFB=-0.00427873;REVB=0.00148405;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527636;STB=0.535624;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0190606;OID=.;OPOS=36906401;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:3:5:21:15:3:5:21:15 chr17 36906480 . G A 377.9 PASS AF=0.711111;AO=29;DP=42;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0981625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.0275;QD=33.5907;RBI=0.160669;REFB=-0.0660137;REVB=0.127196;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758481;STB=0.511104;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0230542;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:13:13:29:32:0.711111:13:16:7:6:16:16:7:6 chr17 36909061 . A G 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.765;QD=60.59;RBI=0.00614896;REFB=0;REVB=-0.00446323;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13135e-05;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr17 36909499 . A T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00188245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.519;QD=13.7843;RBI=0.0142279;REFB=-0.00912922;REVB=-0.0141028;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874586;STB=0.549957;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0113045;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:20:13:11:12:20:13 chr17 36922839 . C G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00255911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.922;QD=20.769;RBI=0.0459315;REFB=0.00149172;REVB=-0.0458601;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198756;STB=0.620348;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00134768;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:10:17:9:14:10:17:9:15 chr17 36926731 . T G 184.84 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0214013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4394;QD=13.6916;RBI=0.0348508;REFB=-0.0108621;REVB=0.0275057;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168925;STB=0.592511;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0155388;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:11:11:20:10:11:11:21:11 chr17 36926767 . G A 169.71 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0383663;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8892;QD=15.7868;RBI=0.0399537;REFB=-0.00248673;REVB=-0.0111499;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133963;STB=0.594803;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00350291;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:6:11:19:6:7:11:19:6 chr17 36927523 . G A 115.45 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0160699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.295;QD=19.2412;RBI=0.0327549;REFB=-0.0331303;REVB=0.028542;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795217;STB=0.532662;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0281434;OID=.;OPOS=36927523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:9:3:2:9:10:3:2:9 chr17 37017969 . T G 220.53 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0133469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.302;QD=14.2277;RBI=0.0431839;REFB=0.0113867;REVB=0.0410696;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109435;STB=0.50623;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0178181;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:19:17:12:14:19:17 chr17 37023896 . G A 139.94 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0122588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.409;QD=21.5286;RBI=0.0478356;REFB=-0.00891676;REVB=0.0462381;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139543;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0082735;OID=.;OPOS=37023896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:11:11:13:15:0.576923:7:6:7:4:9:6:7:4 chr17 37070658 . A G 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0701656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.603;QD=19.1074;RBI=0.0707806;REFB=-0.0174262;REVB=-0.00931018;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214177;STB=0.619553;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0130433;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:9:17:11:16:9:17 chr17 37074932 . C T 211.92 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0209279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.86;QD=19.7136;RBI=0.0264066;REFB=-0.00540781;REVB=0.0161037;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156859;STB=0.566601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00695818;OID=.;OPOS=37074932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:6:14:12:10:7:14:12:10 chr17 37076331 . G A 266.81 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.031318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.852;QD=28.0854;RBI=0.032323;REFB=-0.0600236;REVB=-0.00799745;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150852;STB=0.583264;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0248285;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:10:14:5:9:10:14:5:9 chr17 37101380 . T C 773.65 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263028;FXX=0.0357079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.093;QD=57.3073;RBI=0.0331988;REFB=0;REVB=0.0202565;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47132e-05;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:19:28:0:0:26:28:0:0 chr17 37313176 . A G 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0272746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5307;QD=21.9424;RBI=0.0276564;REFB=0.0345087;REVB=-0.00457945;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06032;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.027601;OID=.;OPOS=37313176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:6:10:6:5:6:10:7:5 chr17 37316988 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.564;QD=56.9567;RBI=0.0351036;REFB=0;REVB=-0.00650632;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.749e-05;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr17 37319029 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.73;QD=56.7065;RBI=0.0438153;REFB=0;REVB=0.0405894;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179565;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 37319065 . C T 471.9 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2716;QD=57.2005;RBI=0.0165892;REFB=0;REVB=0.0152811;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205544;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr17 37319103 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.868;QD=57.6807;RBI=0.0195034;REFB=0;REVB=0.0131063;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45928e-06;OID=.;OPOS=37319103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 37321961 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00266464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.122;QD=17.167;RBI=0.0136806;REFB=-0.0143438;REVB=0.0134186;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270868;STB=0.643478;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0131385;OID=.;OPOS=37321961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:11:18:10:21:11:18:11:21 chr17 37334243 . G A 312.64 PASS AF=0.675;AO=25;DP=41;FAO=27;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0290892;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.8011;QD=31.2635;RBI=0.156693;REFB=-0.0778156;REVB=0.153969;RO=8;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102952;STB=0.592935;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0235187;OID=.;OPOS=37334243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:41:40:8:13:25:27:0.675:12:13:6:2:14:13:10:3 chr17 37349710 . C G 2625.13 PASS AF=0.99435;AO=163;DP=169;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0969673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.944;QD=59.325;RBI=0.109115;REFB=-0.178268;REVB=0.0500335;RO=2;SAF=59;SAR=104;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158542;STB=0.503649;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00168563;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:177:2:1:163:176:0.99435:104:59:2:0:108:68:1:0 chr17 37410892 . C G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0321074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.326;QD=17.9904;RBI=0.0332685;REFB=-0.0114034;REVB=-0.00871239;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930683;STB=0.559302;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0138735;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:15:14:11:18:15:14:11:19 chr17 37814080 . G A 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00984431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.821;QD=18.4821;RBI=0.0101761;REFB=-0.0253431;REVB=-0.00257725;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0320026;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:15:6:9:10:15:6 chr17 37822311 . A C 266.49 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00774716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.778;QD=21.3192;RBI=0.0111862;REFB=-0.0205175;REVB=0.00806924;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357519;STB=0.520048;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0184696;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:14:11:12:13:14:11 chr17 37828496 . T C 60.76 PASS AF=0.236842;AO=8;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0292391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.907;QD=6.39531;RBI=0.0300543;REFB=0.00143826;REVB=0.0069521;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486349;STB=0.523757;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00428169;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:8:9:0.236842:3:5:17:12:4:5:17:12 chr17 37829129 . A G 48.89 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0504801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3157;QD=13.9673;RBI=0.170687;REFB=-0.0208208;REVB=-0.163052;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101048;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:5:7:7:7:0.5:4:3:3:2:4:3:3:4 chr17 37830900 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0264427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.316;QD=14.1956;RBI=0.0319553;REFB=-0.00137962;REVB=0.0179424;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00211176;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:12:10:7:8:12:10 chr17 37844260 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.123151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.038;QD=23.3999;RBI=0.124118;REFB=-0.0175954;REVB=0.0154623;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00944276;OID=.;OPOS=37844260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr17 37879588 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00146907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.583;QD=19.0583;RBI=0.0102187;REFB=-0.0418794;REVB=-0.0101125;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203619;STB=0.614857;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0549678;OID=.;OPOS=37879588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:6:14:9:10:6:14 chr17 37884037 . C G 357.87 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0568572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8203;QD=22.7216;RBI=0.0682696;REFB=-0.00774145;REVB=0.0377888;RO=27;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068668;STB=0.537865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0103146;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:23:13:12:15:23:13:12:15 chr17 37898543 . T C 535.11 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.021978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.743;QD=54.8826;RBI=0.0406853;REFB=-0.0192445;REVB=0.0342383;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523797;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000803548;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:39:0:2:35:37:0.948718:20:15:0:0:20:17:0:2 chr17 37922259 . G A 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00527692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.676;QD=15.9142;RBI=0.0256829;REFB=-0.00870823;REVB=-0.025135;RO=35;SAF=23;SAR=7;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669614;STB=0.565284;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0103716;OID=.;OPOS=37922259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:7:23:25:10:7:23:25:12 chr17 38020419 . T C 156.01 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0098755;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.686;QD=13.5663;RBI=0.0275195;REFB=-0.0104145;REVB=-0.0256865;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988031;STB=0.523532;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0193711;OID=.;OPOS=38020419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:32:29:17:17:0.369565:10:7:16:16:10:7:13:16 chr17 38024626 . C T 730.83 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0423275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6031;QD=19.7521;RBI=0.0449238;REFB=-0.0251286;REVB=0.0150511;RO=76;SAF=47;SAR=25;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060837;STB=0.533648;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0278646;OID=.;OPOS=38024626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:25:47:45:31:25:47:45:31 chr17 38028634 . G T 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0441058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.164;QD=13.4565;RBI=0.0477599;REFB=-0.0137363;REVB=-0.0183217;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108251;STB=0.506321;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0175717;OID=.;OPOS=38028634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:16:10:6:10:16:10 chr17 38031674 . C T 239.05 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0626166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.063;QD=21.7319;RBI=0.0629961;REFB=-0.0126989;REVB=-0.0069041;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809674;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0169822;OID=.;OPOS=38031674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:22:23:0.522727:10:12:9:11:10:13:9:12 chr17 38033277 . A C 265.4 PASS AF=0.615385;AO=19;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00269267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.843;QD=27.2209;RBI=0.00716536;REFB=-0.0248857;REVB=0.00664018;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.519634;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0169489;OID=.;OPOS=38033277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:19:24:0.615385:9:10:7:6:14:10:7:8 chr17 38062196 . G A 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000756918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.805;QD=10.0236;RBI=0.0126648;REFB=-0.00154805;REVB=-0.0126422;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07867;STB=0.546507;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00354525;OID=.;OPOS=38062196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:18:19:8:10:18:19 chr17 38062217 . C T 132.39 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0116877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.94;QD=9.99191;RBI=0.0117313;REFB=0.000461682;REVB=0.00100958;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13296;STB=0.560466;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.000839708;OID=.;OPOS=38062217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:36:17:17:0.320755:7:10:16:18:7:10:18:18 chr17 38064405 . C T 169.25 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00573527;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.982;QD=12.0893;RBI=0.0189708;REFB=-0.00320607;REVB=-0.0180831;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717878;STB=0.541556;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00484602;OID=.;OPOS=38064405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:21:21:0.375:11:10:19:16:11:10:19:16 chr17 38064469 . T C 202.31 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00930091;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.668;QD=15.8674;RBI=0.0159332;REFB=-0.0224783;REVB=0.0129367;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154021;STB=0.58024;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0261475;OID=.;OPOS=38064469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:22:23:0.45098:14:8:14:13:14:9:15:13 chr17 38122680 . G T 183.84 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00496452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.687;QD=17.9356;RBI=0.00582965;REFB=-0.00950063;REVB=-0.00305586;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110079;STB=0.562594;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0131406;OID=.;OPOS=38122680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:9:13:9:10:9:13 chr17 38137364 . G A 252.45 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0524861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6633;QD=17.1154;RBI=0.0983758;REFB=-0.0274024;REVB=0.0832047;RO=29;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240834;STB=0.500693;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0353392;OID=.;OPOS=38137364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:31:28:28:0.474576:9:19:19:10:9:19:21:10 chr17 38173143 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0157121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.65;QD=13.5806;RBI=0.0266428;REFB=-0.00543583;REVB=0.0215168;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242768;STB=0.640865;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00734775;OID=.;OPOS=38173143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:10:18:7:10:10:18 chr17 38176256 . A T 51.51 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0588982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.537;QD=18.7296;RBI=0.0594111;REFB=-0.00997327;REVB=0.00778992;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.032946;OID=.;OPOS=38176256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr17 38179492 . A G 346.81 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00787232;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.994;QD=22.3749;RBI=0.00853456;REFB=-0.00188953;REVB=-0.00329625;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360522;STB=0.503354;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00146289;OID=.;OPOS=38179492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:14:20:16:11:14:21:16:11 chr17 38246286 . A G 708.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.955;QD=62.9392;RBI=0.0241985;REFB=0;REVB=0.0181637;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36671e-05;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:34:10:0:0:35:10:0:0 chr17 38273561 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00660596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.194;QD=12.0517;RBI=0.00688065;REFB=-0.0184232;REVB=0.00192475;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316785;STB=0.685902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0291055;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:3:10:4:5:3:10 chr17 38350583 . G A 122.06 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00341214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.235;QD=15.2576;RBI=0.0176621;REFB=-0.0250906;REVB=0.0173293;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.522903;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.037067;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:5:8:11:7:6:8:11:7 chr17 38457151 . G A 206.85 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0128946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.437;QD=13.5637;RBI=0.0156985;REFB=-0.0136682;REVB=0.00895394;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158878;STB=0.576963;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0296353;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:13:11:22:14:13:12:22:14 chr17 38513802 . GGGGCC G,GG,GGC,GGGC,TGGGCC 890.85 PASS AF=0.25641,0.115385,0.24359,0.358974,0.0128205;AO=17,10,9,14,3;DP=83;FAO=20,9,19,28,1;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=20,7,9,5,0;FSAR=0,2,10,23,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0334212,-0.0336611,-0.0581205,-0.0633515,-0.0855972;FXX=0.103436;HRUN=4,4,4,4,4;LEN=5,4,3,2,1;MLLD=35.6254,36.7789,35.5307,30.0293,5.21165;QD=45.6845;RBI=0.0366993,0.0417262,0.0611756,0.0785623,0.115261;REFB=-0.103831,-0.140001,-0.127753,-0.188197,-0.0560127;REVB=0.0151612,0.0246578,0.0190909,0.046461,0.0771901;RO=3;SAF=17,7,7,3,0;SAR=0,3,2,11,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.445946,0.445946,0.445946,0.445946,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.857131,0.29369,0.372544,0.10908,0;STB=0.999026,0.599759,0.523785,0.510631,0.5;STBP=0.025,0.175,0.512,0.643,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=0.030607,-0.0112202,-0.0269769,0.0120009,0.166829;OID=.,.,.,.,.;OPOS=38513803,38513804,38513804,38513805,38513802;OREF=GGGCC,GGCC,GGC,GC,G;OALT=-,-,-,-,T;OMAPALT=G,GG,GGC,GGGC,TGGGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:99:83:78:3:1:17,10,9,14,3:20,9,19,28,1:0.25641,0.115385,0.24359,0.358974,0.0128205:0,3,2,11,3:17,7,7,3,0:0:3:0,2,10,23,1:20,7,9,5,0:0:1 chr17 38600092 . G A 61.26 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0111762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4161;QD=18.8491;RBI=0.105121;REFB=-0.0109316;REVB=0.104525;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258785;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00245777;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:2:3:2:6:2:3 chr17 38784927 . G A 97.34 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00433984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.492;QD=12.9785;RBI=0.0237363;REFB=-0.0130727;REVB=-0.0233362;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0148026;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:11:7:5:7:11:7 chr17 38855772 . T C 1282.3 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00470753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3806;QD=58.2864;RBI=0.0726735;REFB=-0.0741662;REVB=0.0725208;RO=3;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359324;STB=0.518983;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00434515;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:3:3:84:85:0.965909:38:46:0:3:38:47:0:3 chr17 38857446 . C A 1377.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.272;QD=62.6106;RBI=0.0330633;REFB=0;REVB=0.02194;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60898e-05;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr17 38858134 . CA C 911.79 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305557;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.37;QD=56.9869;RBI=0.0306265;REFB=0;REVB=-0.00208169;RO=0;SAF=10;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000198231;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:63:64:64:0:10:54:0:0:5:0:10:51:0:0 chr17 38911211 . CG AA,CA 771.28 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,45;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013083,-0.0585451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.5898,96.4505;QD=62.9619;RBI=0.0136699,0.0594708;REFB=0,0;REVB=-0.00396225,-0.0104523;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0493228,-0.00482804;OID=.,.;OPOS=38911211,38911212;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:2,45:2,47:0.0408163,0.959184:2,23:0,22:0:0:2,23:0,24:0:0 chr17 38911327 . C G 144.14 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0947704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5295;QD=15.5824;RBI=0.0989475;REFB=0.0238481;REVB=0.0284462;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385288;STB=0.721045;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0259565;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:6:15:5:11:6:15 chr17 38911363 . G A 238.7 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0249506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8472;QD=27.2794;RBI=0.0439074;REFB=-0.0118476;REVB=0.0361293;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172544;STB=0.595656;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00521593;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:14:8:8:5:14:8:8:5 chr17 38928014 . A G 442.05 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0032885;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.316;QD=17.6818;RBI=0.00689637;REFB=-0.00740469;REVB=0.00606182;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128608;STB=0.571519;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0125064;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:22:25:21:32:22:25:21:32 chr17 38935812 . A G 1112.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3684;QD=60.1607;RBI=0.0228867;REFB=0;REVB=-0.0228625;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102323;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr17 38936659 . C T 296.82 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0355305;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.747;QD=15.4191;RBI=0.0359637;REFB=0.00477563;REVB=0.00556511;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157243;STB=0.50888;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00646572;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:18:26:19:14:18:26 chr17 38938316 . C T 72.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.120937;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.916;QD=15.1725;RBI=0.121914;REFB=-0.0305535;REVB=0.0154014;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297103;STB=0.680363;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0207069;OID=.;OPOS=38938316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:3:7:8:1:3:7 chr17 38938591 . C G 158.02 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000790195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.888;QD=25.2833;RBI=0.0454419;REFB=-0.0205533;REVB=-0.045435;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119544;STB=0.566925;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0138395;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:4:5:6:10:4:5 chr17 38950272 . T C 233.37 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0117465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.343;QD=12.7876;RBI=0.0183957;REFB=-0.0165855;REVB=-0.014157;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214746;STB=0.512306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0327234;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:15:13:20:25:15:13:20:25 chr17 38955961 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000713797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.999;QD=18.8207;RBI=0.00516106;REFB=-0.000394121;REVB=-0.00511146;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435938;STB=0.749583;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=8.86369e-05;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:8:2:9:3:8:2 chr17 38978536 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.373;QD=50.4135;RBI=0.0404551;REFB=0;REVB=0.00960425;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102257;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr17 38990834 . G C 1283.07 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.004;QD=61.8347;RBI=0.0438998;REFB=0;REVB=0.0427613;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65465e-05;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:35:48:0:0 chr17 38991003 . T C 537.84 PASS AF=0.432836;AO=56;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.00442502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.106;QD=16.055;RBI=0.00871948;REFB=-0.00245684;REVB=0.00751323;RO=73;SAF=25;SAR=31;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116252;STB=0.559075;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00362201;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:73:76:56:58:0.432836:31:25:41:32:32:26:42:34 chr17 38991032 . T A 582.44 PASS AF=0.427586;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0220963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2112;QD=16.0672;RBI=0.0253038;REFB=-0.0236253;REVB=0.0123303;RO=83;SAF=31;SAR=30;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034985;STB=0.52413;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0323812;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:83:83:61:62:0.427586:30:31:45:38:31:31:45:38 chr17 39081713 . A G 456.4 PASS AF=0.396947;AO=51;DP=130;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.028334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.867;QD=13.9359;RBI=0.0287122;REFB=-0.0121841;REVB=0.00464525;RO=79;SAF=27;SAR=24;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160665;STB=0.503545;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0187468;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:79:79:51:52:0.396947:24:27:43:36:24:28:43:36 chr17 39084504 . T C 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0126442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.695;QD=19.7362;RBI=0.0356466;REFB=-0.0145197;REVB=0.0333287;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225592;STB=0.625286;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0164841;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:14:24:14:23:14:24:14:23 chr17 39135205 . A G 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00512085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.145;QD=21.4755;RBI=0.0166009;REFB=-0.0243395;REVB=-0.0157913;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140553;STB=0.507768;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0132846;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:15:21:17:13:15:21:17:13 chr17 39137297 . C T 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00315465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.579;QD=18.3402;RBI=0.0212271;REFB=-0.0160135;REVB=0.0209914;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0146699;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr17 39139348 . A G 694.74 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0106292;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.151;QD=21.5423;RBI=0.0141197;REFB=-0.021266;REVB=-0.00929441;RO=60;SAF=32;SAR=36;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393931;STB=0.52554;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0210104;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:61:68:68:0.527132:36:32:31:29:36:32:32:29 chr17 39140272 . A G 394.5 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0169028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2124;QD=17.5335;RBI=0.0179737;REFB=0.0123197;REVB=0.00611144;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741722;STB=0.541532;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0144408;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:25:24:17:24:25:24 chr17 39150284 . A G 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0127106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.689;QD=12.7848;RBI=0.0587916;REFB=-0.00351231;REVB=-0.0574012;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171103;STB=0.603501;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00675318;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:13:14:15:27:13:14:15:28 chr17 39150357 . A G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0456104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.303;QD=15.6537;RBI=0.0461941;REFB=-0.00725519;REVB=-0.0073202;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357113;STB=0.509529;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0103232;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:12:19:15:11:13:19 chr17 39155881 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0147343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.892;QD=8.3703;RBI=0.0158581;REFB=-0.0132774;REVB=0.00586326;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135506;STB=0.583184;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0306527;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:16:12:6:5:16:12 chr17 39156067 . A G 256.19 PASS AF=0.42029;AO=27;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0203006;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.747;QD=14.8514;RBI=0.0247067;REFB=-0.0390976;REVB=-0.0140822;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034568;STB=0.53177;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0445545;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:39:27:29:0.42029:18:9:11:19:20:9:14:25 chr17 39156084 . T C 299.57 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00998483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6324;QD=16.1928;RBI=0.0113212;REFB=-0.0339491;REVB=-0.00533596;RO=40;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275628;STB=0.509138;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0415975;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:41:31:33:0.445946:21:10:13:27:23:10:13:28 chr17 39183304 . C T 156.37 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00665393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.651;QD=24.0575;RBI=0.0302605;REFB=-0.0188909;REVB=-0.0295199;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753894;STB=0.531212;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0202951;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:26:10:10:15:16:0.615385:6:9:7:3:6:10:7:3 chr17 39186052 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0115507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.98;QD=21.8936;RBI=0.0323215;REFB=-0.0154147;REVB=0.030187;RO=36;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176823;STB=0.509748;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0111221;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:26:16:13:23:26:16:13:23 chr17 39186168 . A C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0110019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.975;QD=22.1441;RBI=0.0609236;REFB=-0.0101991;REVB=-0.059922;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006993;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00613056;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:7:6:8:9:7:6 chr17 39186195 . CA TG 98.28 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0204576;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.562;QD=17.0926;RBI=0.0295491;REFB=-0.0123258;REVB=0.0213222;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=mnp;VARB=0.0256202;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:11:12:0.521739:8:3:5:6:8:4:5:6 chr17 39190830 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0234009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.512;QD=14.9786;RBI=0.026424;REFB=-0.00519327;REVB=0.012273;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00583354;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr17 39197609 . C A 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00225746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.299;QD=8.69856;RBI=0.0101449;REFB=-0.0177383;REVB=-0.00989058;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376308;STB=0.726721;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0365042;OID=.;OPOS=39197609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:11:3:4:3:11:3 chr17 39197614 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0182299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.061;QD=10.6346;RBI=0.0219579;REFB=-0.00642109;REVB=0.0122401;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386833;STB=0.729824;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.025305;OID=.;OPOS=39197614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:10:3:5:3:10:3 chr17 39197638 . A G 78.44 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0627106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5445;QD=14.9404;RBI=0.100204;REFB=-0.0448648;REVB=-0.0781553;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.719196;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0360819;OID=.;OPOS=39197638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:8:11:10:10:0.47619:7:3:5:3:7:3:8:3 chr17 39203490 . G C 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0125635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3017;QD=16.4194;RBI=0.0549271;REFB=-0.00496631;REVB=0.053471;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00613912;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 109.89 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00311658;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=13;MLLD=324.595;QD=11.8804;RBI=0.0340136;REFB=-0.0273291;REVB=-0.0338706;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123637;STB=0.578393;STBP=0.483;TYPE=del;VARB=0.0448148;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:13:40:13:37:24:7:6:10:14:99:19:7:6:10:9 chr17 39203553 . G T 205.56 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0502681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1714;QD=16.7802;RBI=0.0599459;REFB=-0.0229285;REVB=-0.0326592;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264576;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0395582;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:10:18:14:7:10:18 chr17 39240504 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0040067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.607;QD=12.7823;RBI=0.0271151;REFB=-0.00952988;REVB=-0.0268175;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275052;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00987738;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:6:8:3:7:6:8 chr17 39240511 . A T 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0392065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8095;QD=14.0884;RBI=0.0920844;REFB=-0.062233;REVB=-0.083321;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165392;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0740266;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:4:7:6:7:4:7:6:8 chr17 39253815 . G A 63.62 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0196613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.4227;QD=9.08899;RBI=0.0586626;REFB=-0.00768536;REVB=-0.0552696;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905072;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0203977;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:10:9:5:4:10:9 chr17 39253835 . C T 45.21 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0188885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3302;QD=8.22013;RBI=0.067383;REFB=-0.029794;REVB=0.0646814;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0672323;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:15:15:6:7:0.318182:2:4:8:7:3:4:8:7 chr17 39254318 . C T 843.23 PASS AF=0.483146;AO=86;DP=179;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0145247;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.712;QD=18.949;RBI=0.0219395;REFB=-0.0179853;REVB=-0.0164431;RO=91;SAF=51;SAR=35;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133722;STB=0.576632;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0238899;OID=.;OPOS=39254318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:91:92:86:86:0.483146:35:51:41:50:35:51:41:51 chr17 39254335 . A AT 527.55 PASS AF=0.459459;AO=84;DP=192;FAO=85;FDP=185;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.034873;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5625;QD=11.4065;RBI=0.0915781;REFB=0.000888022;REVB=0.0846784;RO=107;SAF=44;SAR=40;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568546;STB=0.548212;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.0015756;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:84:192:85:185:100:45:40:44:56:99:107:44:40:50:57 chr17 39262597 . C T 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0076166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.063;QD=12.2284;RBI=0.00833833;REFB=0.00520581;REVB=-0.00339341;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179256;STB=0.603738;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00784999;OID=.;OPOS=39262597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:14:8:19:17:14:8:19:17 chr17 39262632 . G A 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000314179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.491;QD=9.41463;RBI=0.0118129;REFB=-0.0164508;REVB=-0.0118087;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505922;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0235071;OID=.;OPOS=39262632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:39:18:18:0.315789:10:8:16:20:10:8:17:22 chr17 39262653 . G A 105.47 PASS AF=0.262295;AO=15;DP=60;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0302884;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.146;QD=6.91636;RBI=0.0471523;REFB=-0.0194587;REVB=-0.036138;RO=40;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149397;STB=0.60426;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0490503;OID=.;OPOS=39262653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:45:15:16:0.262295:11:4:15:25:11:5:20:25 chr17 39273998 . A G 47.12 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0462504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9585;QD=15.7069;RBI=0.0933519;REFB=-0.0668987;REVB=-0.0810894;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0136063;OID=.;OPOS=39273998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:4:5:6:6:0.5:3:3:3:1:3:3:3:2 chr17 39274006 . A C 33.14 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0090298;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.361;QD=13.2556;RBI=0.0199154;REFB=-0.00885129;REVB=0.0177507;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00865916;OID=.;OPOS=39274006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr17 39274491 . C T 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0195799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3553;QD=16.8936;RBI=0.0216285;REFB=-0.00574245;REVB=-0.00918794;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160752;STB=0.590349;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0152535;OID=.;OPOS=39274491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:20:17:20:12:20:17 chr17 39274518 . C T 453.86 PASS AF=0.443478;AO=49;DP=112;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0183959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.477;QD=15.7864;RBI=0.0215135;REFB=-0.0126688;REVB=0.0111546;RO=61;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197218;STB=0.615337;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.016227;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:61:64:49:51:0.443478:34:15:30:31:36:15:31:33 chr17 39279841 . G A 177.33 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0611922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.571;QD=12.2293;RBI=0.061252;REFB=-0.0118302;REVB=-0.00270547;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540264;STB=0.564254;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.017111;OID=.;OPOS=39279841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:5:17:25:9:5:17:25:11 chr17 39279921 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0443265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.334;QD=9.76019;RBI=0.0480577;REFB=-0.0323204;REVB=-0.0185661;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.049824;OID=.;OPOS=39279921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:8:4:3:4:8:4 chr17 39296125 . G A 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0255688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.316;QD=21.3986;RBI=0.0437096;REFB=-0.0380297;REVB=-0.0354509;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111131;STB=0.561401;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0235406;OID=.;OPOS=39296125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:17:11:18:16:17:11 chr17 39296254 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0227091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3874;QD=5.00534;RBI=0.0709165;REFB=-0.0111662;REVB=0.0671822;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344535;STB=0.726565;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0574415;OID=.;OPOS=39296254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:14:8:4:2:14:8 chr17 39305956 . G A 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0339759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.55;QD=19.6675;RBI=0.0380678;REFB=-0.0148855;REVB=0.0171697;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0350354;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr17 39334456 . G A 740.6 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0924409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6187;QD=52.9003;RBI=0.124044;REFB=-0.0247751;REVB=0.082714;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245608;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:26:27:1:1:27:27:1:1 chr17 39340707 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.819;QD=56.9383;RBI=0.0596594;REFB=0;REVB=-0.0158772;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103179;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:13:40:0:0:13:40:0:0 chr17 39341158 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.632;QD=59.0161;RBI=0.0212522;REFB=0;REVB=0.0110029;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69041e-05;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr17 39341266 . A G 145.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.494;QD=44.658;RBI=0.0286146;REFB=0;REVB=0.0254037;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214736;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 39341294 . T A 66.5 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271967;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.875;QD=38.0019;RBI=0.0274931;REFB=0;REVB=-0.00402651;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111173;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:4:3:0:0 chr17 39341473 . G C 98.54 PASS AF=0.375;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0212726;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.711;QD=12.3175;RBI=0.0276419;REFB=-0.0300529;REVB=-0.0176508;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0539839;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:34:32:20:20:12:12:0.375:7:5:11:9:7:5:11:9 chr17 39346518 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.71;QD=49.5991;RBI=0.0514632;REFB=0;REVB=0.022683;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437775;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr17 39383335 . C G 111.25 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0536856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.035;QD=15.8928;RBI=0.0583699;REFB=-0.0154797;REVB=-0.0229107;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0399588;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr17 39389422 . C G 560.05 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00805846;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9288;QD=17.3658;RBI=0.0132283;REFB=-0.0146804;REVB=0.0104904;RO=70;SAF=37;SAR=22;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113623;STB=0.563328;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.019414;OID=.;OPOS=39389422;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:70:70:59:59:0.457364:22:37:36:34:22:37:36:34 chr17 39394674 . A G 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.008632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.087;QD=19.4391;RBI=0.0255318;REFB=-0.0216418;REVB=-0.0240283;RO=29;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122134;STB=0.506794;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0169468;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:10:21:20:9:10:21:20:9 chr17 39394729 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.106976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2213;QD=11.9188;RBI=0.10793;REFB=-0.0223334;REVB=-0.0143219;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520396;STB=0.805709;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0326511;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:8:1:5:2:8:1 chr17 39406409 . C A 530.99 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00785302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1002;QD=15.1712;RBI=0.0313494;REFB=-0.0240818;REVB=0.0303499;RO=82;SAF=31;SAR=27;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613691;STB=0.534471;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0324971;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:27:31:39:43:27:31:39:43 chr17 39406447 . A G 608.04 PASS AF=0.437908;AO=64;DP=152;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0109129;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.252;QD=15.8966;RBI=0.0152273;REFB=-0.00700253;REVB=-0.0106198;RO=86;SAF=35;SAR=29;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119116;STB=0.568325;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00787671;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:86:86:64:67:0.437908:29:35:37:49:30:37:37:49 chr17 39406567 . C A 643.9 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0125566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.517;QD=17.8861;RBI=0.0165407;REFB=-0.0206496;REVB=0.0107669;RO=78;SAF=31;SAR=34;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978381;STB=0.549754;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0142361;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:65:66:0.458333:34:31:45:33:34:32:45:33 chr17 39406589 . A G 1974.72 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294684;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.886;QD=62.1958;RBI=0.0307259;REFB=0;REVB=0.00870033;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100432;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:59:68:0:0:59:68:0:0 chr17 39406673 . T G 614.61 PASS AF=0.43125;AO=68;DP=159;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0162529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.425;QD=15.3651;RBI=0.0162617;REFB=-0.0144743;REVB=-0.000534108;RO=90;SAF=30;SAR=38;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127585;STB=0.577442;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0260197;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:90:91:68:69:0.43125:38:30:51:39:39:30:52:39 chr17 39412372 . G C 221.09 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00383106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6819;QD=10.0494;RBI=0.0217045;REFB=-0.00815097;REVB=-0.0213637;RO=59;SAF=15;SAR=13;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00776345;STB=0.509797;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0154557;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:60:28:28:0.318182:13:15:32:27:13:15:33:27 chr17 39422677 . C T 1025.98 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0852861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.044;QD=59.4772;RBI=0.0862157;REFB=0;REVB=-0.0126268;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247426;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr17 39432562 . A T 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00704119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.037;QD=25.4951;RBI=0.00776543;REFB=-0.024487;REVB=-0.00327466;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17531;STB=0.578638;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00800141;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:10:13:12:3:10:13:12:4 chr17 39458476 . A T 555.95 PASS AF=0.487395;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00489127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.934;QD=18.6874;RBI=0.0308266;REFB=-0.00654042;REVB=-0.0304361;RO=61;SAF=21;SAR=36;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119141;STB=0.569206;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0112509;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:61:57:58:0.487395:36:21:30:31:37:21:30:31 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 273.95 PASS AF=0.392405;AO=29;DP=89;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0159485;FXX=0.0813859;HRUN=1;LEN=13;MLLD=317.336;QD=13.8711;RBI=0.0186429;REFB=-0.011819;REVB=-0.0096542;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24366;STB=0.611085;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0163169;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392405:29:89:31:79:48:13:18:29:19:99:46:11:18:28:18 chr17 39458765 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00883942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.973;QD=21.9446;RBI=0.0338117;REFB=-0.0477408;REVB=0.0326358;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098321;STB=0.555485;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0280928;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:6:6:10:6:6:6 chr17 39458893 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0319826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.227;QD=12.0585;RBI=0.0482674;REFB=-0.0131153;REVB=-0.0361504;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895629;STB=0.560651;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0234283;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:16:9:18:23:16:9:19:23 chr17 39464046 . G C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0115423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.873;QD=13.2053;RBI=0.0164556;REFB=-0.0235734;REVB=0.0117286;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290708;STB=0.687061;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0250415;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:1:5:5:0:1:5:6:0 chr17 39464487 . G C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0253585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.941;QD=12.873;RBI=0.045179;REFB=-0.00847345;REVB=0.037391;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177997;STB=0.603663;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0170377;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:17:15:12:7:17:15 chr17 39464736 . C G 220.39 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0479749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8423;QD=24.4875;RBI=0.0626352;REFB=-0.0633014;REVB=0.0402689;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141707;STB=0.5855;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0340329;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:20:21:0.583333:14:6:7:8:15:6:7:8 chr17 39465094 . C T 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0328677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.04;QD=16.3845;RBI=0.0437336;REFB=-0.015278;REVB=0.0288503;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324128;STB=0.681524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.014442;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:8:0:2:7:8:0 chr17 39465389 . T A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.011258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.619;QD=23.3999;RBI=0.0126557;REFB=0.00652344;REVB=0.00578128;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203264;STB=0.615125;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00120661;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:3:0:3:5:3:0 chr17 39471778 . C T 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0383038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.711;QD=18.7426;RBI=0.0753515;REFB=-0.00565582;REVB=-0.0648896;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00403423;OID=.;OPOS=39471778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chr17 39503163 . G A 168.4 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0139576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5629;QD=16.0384;RBI=0.0325096;REFB=0.00888224;REVB=0.0293609;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.642711;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00959606;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:18:6:9:9:18:6 chr17 39535859 . A G 498.13 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0100638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.562;QD=13.1956;RBI=0.0114633;REFB=-0.00574116;REVB=-0.00548883;RO=91;SAF=29;SAR=29;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653245;STB=0.543032;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00796818;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:93:58:58:0.384106:29:29:51:40:29:29:53:40 chr17 39578424 . G T 121.98 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0146462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.205;QD=9.20604;RBI=0.0152016;REFB=-0.0102209;REVB=-0.00407161;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573413;STB=0.534399;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0290475;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:19:18:7:9:19:18 chr17 39579059 . G A 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0125207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.964;QD=14.6967;RBI=0.0369549;REFB=-0.00737353;REVB=0.0347692;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.527834;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00738605;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:13:9:7:9:14:9 chr17 39579112 . G A 228.17 PASS AF=0.48;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0382983;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2329;QD=18.2536;RBI=0.100311;REFB=-0.0154736;REVB=0.0927117;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143808;STB=0.600578;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0149518;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:26:23:24:0.48:12:11:17:10:13:11:17:9 chr17 39580559 . T A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000305569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.326;QD=12.9137;RBI=0.0248478;REFB=-0.00504149;REVB=0.024846;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207623;STB=0.597617;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00754264;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:37:24:24:0.393443:16:8:18:16:16:8:18:19 chr17 39580562 . T C 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00425395;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.85;QD=9.62142;RBI=0.0251754;REFB=-0.00408657;REVB=0.0248134;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337776;STB=0.519979;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0166654;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:18:22:11:8:18:22 chr17 39580660 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0119741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.777;QD=9.09976;RBI=0.0374717;REFB=0.0026588;REVB=0.035507;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204999;STB=0.624732;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0142325;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:12:7:5:4:12:7 chr17 39593768 . A G 1163.47 PASS AF=0.975;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0321178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.165;QD=58.1734;RBI=0.0455393;REFB=0.0361331;REVB=-0.0322843;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.514702;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00613943;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:0:2:79:78:0.975:34:45:0:0:33:45:0:2 chr17 39595484 . G A 35.4 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0284079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3164;QD=1.4751;RBI=0.0351241;REFB=-0.00182958;REVB=0.0206566;RO=87;SAF=8;SAR=1;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510119;STB=0.896009;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0335765;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:87:87:9:9:0.09375:1:8:38:49:1:8:38:49 chr17 39616430 . G T 680.34 PASS AF=0.981481;AO=49;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.9258;QD=50.3955;RBI=0.115556;REFB=-0.131947;REVB=0.106649;RO=4;SAF=35;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775729;STB=0.51428;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00847599;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:4:1:49:53:0.981481:14:35:1:3:17:36:0:1 chr17 39619093 . GT AC 753.69 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260966;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.494;QD=64.1436;RBI=0.0433511;REFB=0;REVB=0.0346163;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000151195;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr17 39619115 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0155751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.172;QD=17.9529;RBI=0.0289338;REFB=-0.00812833;REVB=0.0243841;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308493;STB=0.670992;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00849358;OID=.;OPOS=39619115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:23:5:14:13:23:5 chr17 39619219 . G A 1555.49 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008718;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.161;QD=59.8267;RBI=0.0196481;REFB=0;REVB=0.0176081;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321922;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:100:104:1:43:57:0:0:43:61:0:0 chr17 39622068 . G T 1751.7 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00366649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.545;QD=59.8872;RBI=0.00366674;REFB=-0.074186;REVB=4.29401e-05;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000397683;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:65:51:0:0:65:51:0:1 chr17 39633317 . A G 287.48 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0177;QD=52.2693;RBI=0.0256818;REFB=0;REVB=0.024351;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577628;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:13:7:0:0:15:7:0:0 chr17 39633354 . C T 389.63 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.86;QD=53.7426;RBI=0.0259593;REFB=0;REVB=0.0228658;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229593;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:26:29:1:17:9:0:0:20:9:0:0 chr17 39646021 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.184;QD=60.6095;RBI=0.102187;REFB=0;REVB=0.0270898;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489428;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 39659194 . T C,G 1146.47 PASS AF=0.974026,0.025974;AO=74,3;DP=77;FAO=75,2;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341922,-0.0106979;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.3224,180.292;QD=59.5567;RBI=0.0163604,0.0109553;REFB=0,0;REVB=-0.0159991,0.00236072;RO=0;SAF=53,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.66544e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000709513,0.131263;OID=.,.;OPOS=39659194,39659194;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:77:77:0:0:74,3:75,2:0.974026,0.025974:21,0:53,3:0:0:21,0:54,2:0:0 chr17 39659913 . G A 979.05 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149016;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2999;QD=57.5911;RBI=0.0191975;REFB=-0.0101635;REVB=0.0121032;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000439238;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:65:67:0.985294:41:24:0:1:43:24:0:1 chr17 39661689 . G A 137.89 PASS AF=0.928571;AO=9;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.084;QD=39.3956;RBI=0.0372584;REFB=-0.00495335;REVB=0.0154943;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000184595;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:9:13:0.928571:8:1:0:0:11:2:1:0 chr17 39670912 . G C 713.41 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8644;QD=60.7161;RBI=0.0195625;REFB=-0.0362782;REVB=-0.0157039;RO=1;SAF=9;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493883;STB=0.526304;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0029384;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:37:9:1:0:37:9:1:0 chr17 39674641 . T C 1293.31 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00191647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.837;QD=59.4625;RBI=0.01416;REFB=-0.0394575;REVB=0.0140297;RO=2;SAF=30;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699275;STB=0.503692;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=1.26935e-05;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:55:30:1:1:55:30:1:1 chr17 39681475 . A G 765.62 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=56.7126;RBI=0.0981842;REFB=0;REVB=-0.00376238;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363137;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:50:54:1:26:24:0:0:27:27:0:0 chr17 39684321 . G C 97.47 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7654;QD=38.9867;RBI=0.166065;REFB=0;REVB=0.142972;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0207299;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7:10:1:3:4:0:0:3:7:0:0 chr17 39723989 . C CA 62.6 PASS AF=0.9;AO=2;DP=15;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.23538;FXX=0.333111;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.7271;QD=25.0392;RBI=0.235396;REFB=-0.121915;REVB=-0.00275447;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.773311;STB=0.666218;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=-0.0156642;OID=.;OPOS=39723990;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:2:15:9:10:1:1:8:1:0:8:12:2:0:1:11 chr17 39727816 . T G 340.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1103;QD=54.4865;RBI=0.0792754;REFB=0;REVB=0.0235021;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104831;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 39728050 . G A 225.67 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.944;QD=50.1495;RBI=0.0334295;REFB=0;REVB=-0.0334295;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117388;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr17 39742718 . A G 888.94 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000322178;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.019;QD=58.2909;RBI=0.00137314;REFB=0;REVB=-0.00133481;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043594;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr17 39742894 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.842;QD=42.1826;RBI=0.0199083;REFB=0;REVB=0.015231;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10968e-05;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 39742898 . GC AT 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204099;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.86;QD=42.1826;RBI=0.0506077;REFB=0;REVB=0.0463095;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00146473;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 39743081 . G A 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.271;QD=56.2111;RBI=0.0571724;REFB=-0.0805712;REVB=0.0495317;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000671197;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:0:1:30:31:0:1 chr17 39766504 . A G 272.49 PASS AF=0.958333;AO=13;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.9023;QD=45.4155;RBI=0.0439153;REFB=-0.0968849;REVB=0.0305428;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00610722;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:13:23:0.958333:4:9:0:0:7:16:1:0 chr17 39767744 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.965;QD=53.2769;RBI=0.0415444;REFB=0;REVB=-0.0412899;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410606;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 39780386 . CCG C,CCC 67.83 PASS AF=0.224138,0;AO=10,3;DP=62;FAO=13,0;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.160004,0.056362;FXX=0.0169463;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.7809,26.6602;QD=4.67777;RBI=0.183394,0.0660587;REFB=-0.0569837,0.00211167;REVB=-0.0896213,-0.034454;RO=47;SAF=2,1;SAR=8,2;SRF=23;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.378609,-0.146051;STB=0.729966,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=del,snp;VARB=0.1609,0;OID=.,.;OPOS=39780387,39780388;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224138,0:10,3:62:13,0:58:45:3,0:10,0:23:22:68:47:2,1:8,2:23:24 chr17 39786864 . CG C,CA,CC 623.3 PASS AF=0.97561,0.0243902,0;AO=26,13,2;DP=41;FAO=40,1,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177346,0.0073858,0.00485179;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=154.565,135.525,135.525;QD=60.8093;RBI=0.0598409,0.529932,0.00832681;REFB=0,0,0;REVB=-0.0571525,-0.529881,0.00676727;RO=0;SAF=26,2,2;SAR=0,11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00105945,0.0594234,0;OID=.,.,.;OPOS=39786865,39786865,39786865;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97561,0.0243902,0:26,13,2:41:40,1,0:41:0:29,1,0:11,0,0:0:0:3:0:26,2,2:0,11,0:0:0 chr17 39871700 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7282;QD=62.9821;RBI=0.0378641;REFB=0;REVB=-0.00990569;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266292;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr17 39874267 . T A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.025;QD=59.1422;RBI=0.0129767;REFB=0;REVB=0.0113083;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91958e-06;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr17 39874283 . T A 885.12 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5158;QD=58.0406;RBI=0.0336905;REFB=0;REVB=-0.0305458;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469677;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGG 353.72 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=20,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919732,-0.0784422;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=278.279,44.9647;QD=52.4036;RBI=0.0495533,0.22082;REFB=0,0;REVB=-0.0486922,-0.206418;RO=0;SAF=17,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00440494,0.11348;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:20,2:27:25,2:27:0:20,2:5,0:0:0:8:0:17,2:3,0:0:0 chr17 39880340 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.772;QD=51.9167;RBI=0.0290645;REFB=0;REVB=0.0210165;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184299;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 39880545 . C T 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.319;QD=57.4352;RBI=0.0464083;REFB=-0.0733182;REVB=-0.000961244;RO=1;SAF=18;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954843;STB=0.505049;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000280055;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:49:18:0:1:49:18:0:1 chr17 39880573 . G A 722.78 PASS AF=0.96;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0472188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.631;QD=57.822;RBI=0.0477892;REFB=0.0373;REVB=0.00736153;RO=2;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247404;STB=0.513152;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000459419;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:50:2:2:46:48:0.96:37:9:0:2:37:11:0:2 chr17 39881289 . G C 627.33 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.282;QD=59.7459;RBI=0.0805283;REFB=-0.0447478;REVB=0.0744878;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145394;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:19:22:0:1:20:22:0:0 chr17 39883559 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.615;QD=53.9093;RBI=0.0759403;REFB=0;REVB=0.0737238;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033163;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr17 39883595 . T C,G 492.29 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=31,2;DP=33;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144696,-0.0111459;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.192,189.483;QD=57.9158;RBI=0.0293176,0.0261918;REFB=0,0;REVB=0.0254981,0.0237019;RO=0;SAF=21,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00174768,0.0403569;OID=.,.;OPOS=39883595,39883595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:33:34:0:0:31,2:33,1:0.970588,0.0294118:10,1:21,1:0:0:12,0:21,1:0:0 chr17 39884065 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00668202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.234;QD=20.8931;RBI=0.0181411;REFB=-0.0152607;REVB=-0.0168656;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034987;STB=0.519961;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00480196;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:5:1:2:8:5:1 chr17 39884091 . G C 464.89 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.174;QD=58.1114;RBI=0.0190107;REFB=0;REVB=0.0171499;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79877e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:29:32:1:21:8:0:0:23:9:0:0 chr17 39884583 . G A 741.51 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.050792;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.352;QD=50.2717;RBI=0.0895523;REFB=-0.190748;REVB=0.0737549;RO=3;SAF=28;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478661;STB=0.516342;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0125974;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:59:59:3:4:55:55:0.932203:27:28:3:0:27:28:3:1 chr17 39890715 . A T 1170.88 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033052;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.177;QD=60.8251;RBI=0.0481167;REFB=0;REVB=0.0349683;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249398;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:74:77:1:34:40:0:0:35:42:0:0 chr17 39959189 . C G 475.08 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.873;QD=57.5859;RBI=0.0274326;REFB=0;REVB=0.0270966;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23285e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:10:20:0:0:11:22:0:0 chr17 39967442 . T C 133.97 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0211501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.594;QD=16.7462;RBI=0.0216245;REFB=-0.00899857;REVB=0.00450472;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453021;STB=0.705579;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0149667;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:2:12:8:9:3:12:8:9 chr17 39974642 . A G 240.24 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0142022;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2571;QD=14.3426;RBI=0.0469506;REFB=-0.00887729;REVB=-0.044751;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11345;STB=0.553106;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00837195;OID=.;OPOS=39974642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:39:28:28:0.41791:11:17:27:11:11:17:27:12 chr17 39983808 . G C 180.0 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0202012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5617;QD=9.99992;RBI=0.0352944;REFB=0.00384302;REVB=-0.0289414;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00735662;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:11:13:26:22:11:13:26:22 chr17 39983820 . G A 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.036365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.703;QD=11.1569;RBI=0.0374803;REFB=-0.000293723;REVB=-0.00907513;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395831;STB=0.515242;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=3.83393e-05;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:12:13:25:20:12:13:25:21 chr17 39983849 . G C 147.03 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00647175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8267;QD=9.18944;RBI=0.0271653;REFB=-0.0145704;REVB=-0.0263832;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532074;STB=0.503151;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.028825;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:9:11:24:20:9:11:24:20 chr17 39987130 . T C 768.71 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6148;QD=56.9419;RBI=0.0737768;REFB=0;REVB=0.0570843;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123786;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 250.38 PASS AF=0.5;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000554186;FXX=0.0847314;HRUN=0;LEN=4;MLLD=300.975;QD=18.5466;RBI=0.00637382;REFB=-0.0107707;REVB=-0.00634968;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0111102;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:59:27:54:27:14:13:14:13:99:29:13:13:14:15 chr17 39998141 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0168403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.893;QD=18.4834;RBI=0.018076;REFB=-0.0128683;REVB=0.00656854;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032624;STB=0.518499;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00951849;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:6:15:13:6:6:15 chr17 40010979 . G A 247.08 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00750215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.279;QD=17.9697;RBI=0.0205144;REFB=-0.0140029;REVB=-0.0190934;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422806;STB=0.511103;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0134938;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:10:16:16:12:11:16:16:12 chr17 40048613 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.753;QD=56.9561;RBI=0.0125049;REFB=0;REVB=0.011406;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38205e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 40052842 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.018504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.475;QD=16.8228;RBI=0.028683;REFB=-0.0240694;REVB=0.0219162;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0129413;OID=.;OPOS=40052842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr17 40094835 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0474116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.233;QD=22.7946;RBI=0.0529061;REFB=-0.0129629;REVB=-0.0234777;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142298;STB=0.578886;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00986924;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:16:8:4:17:16:8:4:17 chr17 40125864 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0689724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.037;QD=20.8975;RBI=0.0701931;REFB=0.00564854;REVB=0.0130339;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00454663;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:1:3:3:5:1:3 chr17 40126133 . G A 636.74 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0131309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.028;QD=23.3665;RBI=0.013133;REFB=-0.0243952;REVB=0.000234032;RO=46;SAF=32;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633783;STB=0.529854;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0124022;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:47:62:62:0.568807:30:32:20:26:30:32:21:26 chr17 40146970 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00677309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.122;QD=46.96;RBI=0.0164977;REFB=-0.00281602;REVB=-0.0150433;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00109533;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr17 40173851 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.744;QD=57.2025;RBI=0.0225148;REFB=0;REVB=0.0213766;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116667;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 40255812 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0165683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.175;QD=10.6343;RBI=0.0231478;REFB=-0.0124696;REVB=-0.0161651;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0221551;OID=.;OPOS=40255812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:6:6:4:4:6:7 chr17 40257163 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000653563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.612;QD=17.1002;RBI=0.00914583;REFB=-0.0118237;REVB=-0.00912245;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21079;STB=0.62245;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0111618;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:6:9:11:3:6:9 chr17 40274873 . A C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00798174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1178;QD=15.5709;RBI=0.0230695;REFB=-0.0189963;REVB=0.0216447;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657668;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0161022;OID=.;OPOS=40274873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:4:8:8:3:4:8 chr17 40277701 . C G 320.79 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0209543;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=251.631;QD=21.386;RBI=0.0211893;REFB=-0.011901;REVB=-0.00314752;RO=27;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874785;STB=0.548358;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0103053;OID=.;OPOS=40277701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:16:17:11:16:16:17:11:16 chr17 40280291 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0242559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.11;QD=15.4096;RBI=0.0355552;REFB=-0.0182416;REVB=-0.0259966;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169273;STB=0.595598;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0338717;OID=.;OPOS=40280291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:13:21:12:15:13:21 chr17 40344455 . C T 98.48 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0573874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4205;QD=14.068;RBI=0.0619948;REFB=-0.0391495;REVB=-0.0234528;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339813;STB=0.702737;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0522736;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:7:9:10:2:7:9 chr17 40459562 . A G 728.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.257;QD=63.3178;RBI=0.0474677;REFB=0;REVB=0.0463609;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178194;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:17:27:0:0:19:27:0:0 chr17 40459737 . C T 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1609;QD=58.9966;RBI=0.0350978;REFB=0;REVB=0.026767;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374061;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 40475650 . G GA 387.56 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.1812;QD=43.0617;RBI=0.0593474;REFB=-0.0272859;REVB=0.0412198;RO=9;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0030115;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:38:36:36:0:18:18:0:0:5:9:15:14:5:4 chr17 40689455 . T C,G 682.49 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=46,3;DP=49;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389417,-0.0598131;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=49.0151,13.5178;QD=53.5287;RBI=0.0504429,0.126262;REFB=0,0;REVB=0.0320629,-0.111196;RO=0;SAF=25,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0062058,0.237036;OID=.,.;OPOS=40689455,40689455;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:49:51:0:0:46,3:49,2:0.960784,0.0392157:21,2:25,1:0:0:22,1:27,1:0:0 chr17 40696233 . C G 468.76 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.206;QD=56.8198;RBI=0.228522;REFB=0;REVB=0.0428044;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570966;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:12:14:0:0:13:20:0:0 chr17 40699291 . G A 609.37 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.339;QD=56.6857;RBI=0.0260708;REFB=-0.0169839;REVB=0.0217578;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509748;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00178571;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:0:2:41:41:0.953488:13:28:0:0:13:28:1:1 chr17 40699332 . T C 744.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.465;QD=56.2173;RBI=0.0195408;REFB=0;REVB=0.0194227;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00754e-05;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:17:34:0:0:18:35:0:0 chr17 40705100 . C T 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0154191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.532;QD=21.3516;RBI=0.0385174;REFB=-0.0124906;REVB=0.0352964;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00708309;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:6:3:8:5:6:3 chr17 40714804 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0505293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4945;QD=11.9193;RBI=0.0673066;REFB=-0.00468997;REVB=0.0444631;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439266;STB=0.76201;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00570565;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:2:7:2:5:2:7 chr17 40716520 . A G 549.23 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00360222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.835;QD=29.2922;RBI=0.0148707;REFB=-0.00705209;REVB=-0.0144278;RO=26;SAF=14;SAR=35;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017041;STB=0.509255;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00475856;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:35:14:8:18:35:14:8:18 chr17 40719159 . C T 178.65 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0472319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.651;QD=22.3318;RBI=0.0473252;REFB=-0.0222595;REVB=0.00297006;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336458;STB=0.51469;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0173353;OID=.;OPOS=40719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:7:11:8:5:7:11:9:5 chr17 40722029 . A G 274.59 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00143067;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.025;QD=17.4343;RBI=0.0106121;REFB=-0.00390554;REVB=0.0105152;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110197;STB=0.554479;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00374174;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:33:30:30:0.47619:11:19:23:8:11:19:24:9 chr17 40731597 . T A 449.04 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0228418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0544;QD=21.3831;RBI=0.0369096;REFB=-0.0199196;REVB=0.0289925;RO=39;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179143;STB=0.592233;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0196161;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:20:24:13:26:20:24:14:26 chr17 40811919 . A G 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0628876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1362;QD=11.2607;RBI=0.0673604;REFB=-0.0324424;REVB=-0.0241365;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219438;STB=0.613152;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0372395;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:8:7:8:21:8:7:9:21 chr17 40818451 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00396175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.429;QD=19.0176;RBI=0.0110514;REFB=-0.0172696;REVB=0.0103169;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285692;STB=0.660189;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.015862;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:2:12:8:7:2:12 chr17 40818699 . A G 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00447532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.908;QD=13.0456;RBI=0.0124239;REFB=-0.00557717;REVB=0.0115898;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743282;STB=0.536817;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00938485;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:12:18:25:22:12:18:26:22 chr17 40822678 . C T 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00447715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.428;QD=10.1073;RBI=0.00448803;REFB=-0.00353631;REVB=0.000312306;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265827;STB=0.654728;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00860129;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:12:9:28:14:12:9:28:14 chr17 40835922 . A C 724.29 PASS AF=0.417989;AO=79;DP=189;FAO=79;FDP=189;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=-0.0573459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6991;QD=15.329;RBI=0.0722267;REFB=-0.020906;REVB=-0.0439106;RO=108;SAF=34;SAR=45;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194489;STB=0.613148;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0306356;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:110:79:79:0.417989:45:34:67:41:45:34:69:41 chr17 41116234 . G A 446.52 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8644;QD=57.6157;RBI=0.0448745;REFB=0;REVB=0.021908;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368726;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr17 41121217 . G A 121.52 PASS AF=0.590909;AO=14;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0437218;FXX=0.0434594;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.02;QD=22.0952;RBI=0.0440147;REFB=0.0053521;REVB=-0.00506978;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283077;STB=0.655477;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00168179;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:22:9:9:14:13:0.590909:11:3:5:4:10:3:5:4 chr17 41133071 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.692;QD=57.6804;RBI=0.0217899;REFB=0;REVB=-0.00426255;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74894e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 41165493 . A G 629.11 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.631;QD=57.1916;RBI=0.0255917;REFB=-0.00396495;REVB=0.012298;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.51851;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00028938;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:16:26:1:0:16:26:2:0 chr17 41165878 . C T 462.74 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055201;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4692;QD=57.8423;RBI=0.0778804;REFB=0;REVB=0.0549381;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138166;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr17 41174025 . A C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0134317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.359;QD=9.84384;RBI=0.0135126;REFB=-0.0291639;REVB=-0.0014763;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165876;STB=0.599808;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0395887;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:13:7:5:5:13:7 chr17 41196408 . G A 220.76 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00721799;FXX=0.0377287;HRUN=7;LEN=1;MLLD=114.717;QD=17.3142;RBI=0.00749328;REFB=-0.00364351;REVB=0.00201243;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907275;STB=0.529387;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00927665;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:27:24:24:0.470588:12:12:15:10:12:12:15:12 chr17 41223094 . T C 477.06 PASS AF=0.481132;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0113545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.298;QD=18.0022;RBI=0.0170478;REFB=-0.0232438;REVB=0.0127163;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118721;STB=0.559324;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0251625;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:55:50:51:0.481132:29:21:30:25:29:22:30:25 chr17 41234470 . A G 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00174143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3075;QD=20.2731;RBI=0.0106699;REFB=-0.0189498;REVB=0.0105269;RO=45;SAF=32;SAR=13;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311375;STB=0.673086;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166521;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:13:32:17:28:13:32:17:28 chr17 41244000 . T C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0170402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.024;QD=15.6431;RBI=0.0201814;REFB=-0.0129508;REVB=0.0108131;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0160012;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:16:13:8:12:16:13 chr17 41244435 . T C 238.55 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0803907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6433;QD=27.2632;RBI=0.0805482;REFB=-0.00447531;REVB=-0.00503473;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077413;STB=0.542818;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0064058;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:11:11:8:5:11:11:8:5 chr17 41244936 . G A 122.41 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0219969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.634;QD=15.7949;RBI=0.0220143;REFB=-0.00129277;REVB=-0.000874846;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00231662;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:4:12:8:6:4:13 chr17 41245237 . A G 210.68 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0132672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7675;QD=19.1529;RBI=0.0257418;REFB=0.00143988;REVB=0.0220596;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.503308;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00131334;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:10:12:12:9:10:13 chr17 41245466 . G A 314.15 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0229514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8216;QD=12.5661;RBI=0.0302939;REFB=-0.0059542;REVB=-0.0197725;RO=64;SAF=24;SAR=12;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880305;STB=0.550696;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00856579;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:12:24:38:26:12:24:38:26 chr17 41291953 . C G 303.53 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0102938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2722;QD=22.0747;RBI=0.0196606;REFB=-0.0501334;REVB=-0.0167505;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129897;STB=0.564618;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0331541;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:10:21:12:11:10:21:13:11 chr17 41330024 . T C 388.54 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0227251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2425;QD=14.2582;RBI=0.0293688;REFB=-0.00679412;REVB=-0.0186036;RO=64;SAF=18;SAR=27;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231674;STB=0.630378;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0102595;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:27:18:40:24:27:18:40:24 chr17 41331460 . G A 105.94 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00154053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.356;QD=11.771;RBI=0.0154761;REFB=-0.0159106;REVB=-0.0153992;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154159;STB=0.538402;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0237597;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:6:7:11:10:6:7:11:12 chr17 41332804 . T C 726.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1156;QD=63.1578;RBI=0.0443072;REFB=0;REVB=0.0251263;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581007;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr17 41361960 . A G 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00965414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.955;QD=20.5451;RBI=0.00968915;REFB=-0.00512845;REVB=-0.000822961;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429447;STB=0.524207;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00473448;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:9:13:14:8:9:13 chr17 41362272 . C G 207.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0205019;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.887;QD=16.9042;RBI=0.0262834;REFB=0.00422404;REVB=0.0164466;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023807;STB=0.513606;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00863507;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:14:14:10:11:14:14 chr17 41445410 . A T 49.74 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.015172;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=216.75;QD=12.4344;RBI=0.0370956;REFB=0.0077233;REVB=-0.0338511;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0114483;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:16:6:7:5:5:0.3125:3:2:2:4:3:2:3:4 chr17 41454935 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0355208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.436;QD=16.3858;RBI=0.0372666;REFB=-0.0092021;REVB=0.0112727;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0190024;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:2:6:4:5:2:6 chr17 41478004 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT,TAAAATT 101.75 PASS AF=0.114286,0.457143,0;AO=10,8,2;DP=39;FAO=4,16,0;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=2,10,0;FSAR=2,6,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00817048,0.0923457,0.100285;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.5544,10.2001,11.614;QD=11.6289;RBI=0.0958354,0.0925015,0.143278;REFB=-0.0336553,-0.144371,-0.116455;REVB=-0.0954865,0.00536661,0.10233;RO=17;SAF=4,6,2;SAR=6,2,0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.255027,0.136257,0.474595;STB=0.526185,0.54616,0.5;STBP=0.914,0.638,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0902315,0.149837,0;OID=.,.,.;OPOS=41478009,41478005,41478009;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.114286,0.457143,0:10,8,2:39:4,16,0:35:15:2,10,0:2,6,0:8:7:60:17:4,6,2:6,2,0:11:6 chr17 41478455 . C T 56.43 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000344371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.299;QD=18.8116;RBI=0.00774168;REFB=0.00938262;REVB=-0.00773402;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00634379;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:4:4:7:8:0.666667:4:3:3:1:5:3:3:1 chr17 41489846 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0153898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.256;QD=14.1699;RBI=0.0267496;REFB=-0.0212058;REVB=0.0218791;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0127035;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr17 41522213 . T A 139.03 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00793103;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4099;QD=10.2982;RBI=0.0782414;REFB=-0.00478396;REVB=0.0778384;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232554;STB=0.635058;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0124693;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:27:9:8:10:27:9 chr17 41603882 . T C 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0180624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.856;QD=11.4187;RBI=0.0180745;REFB=-0.00518896;REVB=-0.000662239;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591533;STB=0.53422;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00883684;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:26:21:13:13:26:21 chr17 41843979 . C G 239.16 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0659847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3013;QD=17.7158;RBI=0.07179;REFB=-0.0512433;REVB=-0.0282812;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.556286;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0569723;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:11:15:13:14:11:16:13:14 chr17 41846508 . A G 209.1 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.013015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.909;QD=13.7114;RBI=0.056191;REFB=-0.0113383;REVB=0.0546629;RO=34;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731165;STB=0.545152;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0155985;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:36:24:25:0.409836:7:17:22:12:8:17:22:14 chr17 41954495 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00309372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.436;QD=15.1662;RBI=0.00822414;REFB=-0.0112932;REVB=0.00762006;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546774;STB=0.53112;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0174638;OID=.;OPOS=41954495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:16:14:12:11:16:14 chr17 41959808 . T C 4526.68 PASS AF=0.982993;AO=289;DP=295;FAO=289;FDP=294;FR=.;FRO=5;FSAF=126;FSAR=163;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00209221;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.384;QD=61.5875;RBI=0.017463;REFB=-0.0671708;REVB=-0.0173373;RO=5;SAF=126;SAR=163;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185431;STB=0.509727;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=8.2751e-06;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:295:294:5:5:289:289:0.982993:163:126:5:0:163:126:5:0 chr17 41960343 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.151;QD=47.8223;RBI=0.0403514;REFB=0;REVB=0.0342318;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585286;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr17 41960633 . CG GC 2194.23 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126924;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.849;QD=62.6922;RBI=0.0154889;REFB=-0.0372395;REVB=0.00887736;RO=1;SAF=79;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598067;STB=0.503144;STBP=0.498;TYPE=mnp;VARB=0.000163835;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:140:1:1:139:139:0.992857:60:79:1:0:60:79:1:0 chr17 41961451 . T C 409.77 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.926;QD=56.5195;RBI=0.0095626;REFB=0;REVB=0.00128574;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10185e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:11:18:0:0 chr17 41994794 . C T 172.15 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0136219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.647;QD=18.1207;RBI=0.0230945;REFB=-0.0145212;REVB=0.0186494;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185717;STB=0.605151;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0179143;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:14:6:9:9:14:6 chr17 42030531 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000902005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.875;QD=55.656;RBI=0.023669;REFB=0;REVB=0.0236518;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67709e-05;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 42030743 . G C 1331.43 PASS AF=0.967033;AO=86;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0316031;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8981;QD=58.5243;RBI=0.100332;REFB=-0.193906;REVB=0.0952252;RO=4;SAF=57;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015229;STB=0.500684;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00680629;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:4:3:86:88:0.967033:29:57:2:2:31:57:2:1 chr17 42085972 . C T 296.24 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.100791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.764;QD=28.9016;RBI=0.107146;REFB=-0.0338558;REVB=0.0363506;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179169;STB=0.598439;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0222222;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:12:14:4:11:12:14:4:11 chr17 42152103 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0278446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.17;QD=14.4114;RBI=0.02946;REFB=-0.00796456;REVB=0.00962117;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.618919;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0186367;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:10:18:8:10:10:18 chr17 42154470 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0173318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.381;QD=14.7015;RBI=0.0308782;REFB=-0.011654;REVB=0.0255553;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387526;STB=0.714056;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0133065;OID=.;OPOS=42154470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:15:0:2:10:15:0 chr17 42155408 . G A 318.63 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0272493;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.311;QD=32.6795;RBI=0.0275083;REFB=-0.0167901;REVB=-0.00376604;RO=10;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328432;STB=0.686125;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00307472;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:10:12:27:27:0.692308:21:6:8:2:21:6:9:3 chr17 42164885 . G C 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6614;QD=53.2634;RBI=0.0642601;REFB=0;REVB=-0.0150548;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131072;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr17 42213347 . G A 586.13 PASS AF=0.626506;AO=51;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0011344;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.875;QD=28.2472;RBI=0.0031994;REFB=-0.0229588;REVB=-0.00299154;RO=31;SAF=24;SAR=27;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540192;STB=0.537237;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0122761;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:51:52:0.626506:27:24:17:14:27:25:18:13 chr17 42248346 . A T 593.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0505;QD=60.8298;RBI=0.0216002;REFB=0;REVB=-0.0186919;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245409;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 42254527 . T G 276.5 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000318802;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.683;QD=23.0415;RBI=0.0376388;REFB=-0.000528652;REVB=-0.0376375;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885669;STB=0.556408;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000804191;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:14:11:12:10:15:11:12:10 chr17 42255097 . T C 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00468246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.957;QD=26.559;RBI=0.008559;REFB=-0.0326428;REVB=-0.00716457;RO=20;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384142;STB=0.520996;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0202681;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:19:16:8:12:19:16:8:12 chr17 42270291 . A G 431.34 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.000816204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.39;QD=25.7517;RBI=0.0193018;REFB=-0.0181325;REVB=0.0192845;RO=26;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675711;STB=0.536895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0173065;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:18:23:17:9:18:23:17:9 chr17 42287519 . C T 251.24 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00194116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0814;QD=17.0334;RBI=0.0323202;REFB=-0.00833251;REVB=-0.0322619;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127098;STB=0.594172;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.010837;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:31:28:28:0.474576:15:13:17:11:15:13:20:11 chr17 42392622 . T C 2274.15 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.669;QD=63.6125;RBI=0.0427009;REFB=0;REVB=0.0426768;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64198e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:66:76:0:0:67:76:0:0 chr17 42398052 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.095;QD=46.96;RBI=0.029096;REFB=-0.0320255;REVB=-0.00668345;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00131959;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr17 42398755 . GCC CAG,GCA 547.44 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=2,32;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253216,0.00202353;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=3,1;MLLD=116.677,138.742;QD=57.6249;RBI=0.0422578,0.0421674;REFB=0,0;REVB=0.033831,0.0421188;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00506495,0.00024842;OID=.,.;OPOS=42398755,42398757;OREF=GCC,C;OALT=CAG,A;OMAPALT=CAG,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:38:38:0:0:2,32:1,37:0.0263158,0.973684:1,16:1,16:0:0:0,19:1,18:0:0 chr17 42427630 . T C 723.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.842;QD=62.8836;RBI=0.0374171;REFB=0;REVB=0.0292284;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781587;OID=.;OPOS=42427630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:14:31:0:0:15:31:0:0 chr17 42449789 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.629;QD=55.0983;RBI=0.0101895;REFB=0;REVB=0.00947266;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60158e-05;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr17 42453065 . A C 472.64 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233059;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.046;QD=59.0804;RBI=0.0442479;REFB=0;REVB=0.0376127;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185269;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 42454463 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3658;QD=62.98;RBI=0.0798778;REFB=0;REVB=0.0793448;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011207;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr17 42851729 . C T 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.953;QD=45.797;RBI=0.032211;REFB=0;REVB=0.028253;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378337;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 42852604 . G T 867.63 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9094;QD=57.8422;RBI=0.0200825;REFB=0;REVB=0.00983009;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254956;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr17 42852610 . T C 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.146;QD=57.5337;RBI=0.0213056;REFB=0;REVB=-0.0207806;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39641e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr17 42854610 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6298;QD=62.6708;RBI=0.0321692;REFB=0;REVB=0.0300134;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583678;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr17 42855554 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.911;QD=57.3846;RBI=0.0548941;REFB=0;REVB=0.0524199;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159097;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr17 42857430 . G A 1047.74 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.916;QD=58.2077;RBI=0.0634798;REFB=-0.0182537;REVB=0.0589204;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.506847;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000361873;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:35:35:0:1:36:35:0:1 chr17 42857517 . C T 582.03 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.001;QD=56.7835;RBI=0.0435588;REFB=-0.0681503;REVB=0.00359399;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.50847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00183733;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:11:27:1:0:11:29:1:0 chr17 42925559 . C T 601.82 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663333;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.854;QD=61.7248;RBI=0.0188556;REFB=0;REVB=0.0176503;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14253e-05;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr17 42927721 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0177524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.43;QD=12.2129;RBI=0.0549494;REFB=-0.00713581;REVB=-0.0520027;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.570619;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0142819;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:13:9:4:9:13:9 chr17 42953409 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=27;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00727726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.176;QD=19.6924;RBI=0.0104668;REFB=-0.0217911;REVB=-0.00752304;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31858;STB=0.690211;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0166048;OID=.;OPOS=42953409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:25:27:26:0.509804:19:8:15:7:19:7:16:9 chr17 42961009 . C T 598.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612916;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.482;QD=61.3897;RBI=0.0163387;REFB=0;REVB=-0.0151455;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04179e-05;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 42983095 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0295073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8814;QD=18.2482;RBI=0.0299096;REFB=-0.0321366;REVB=-0.00488881;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583577;STB=0.533283;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0450105;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:3:9:9:4:3:9 chr17 42989063 . C T 235.34 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0569429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9677;QD=15.4321;RBI=0.0605754;REFB=-0.00195462;REVB=0.0206613;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745939;STB=0.512186;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00255615;OID=.;OPOS=42989063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:9:17:22:12:9:18:22:12 chr17 42989088 . C T 292.66 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0293872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1703;QD=17.215;RBI=0.0415335;REFB=0.00246984;REVB=-0.02935;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425155;STB=0.523795;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00262836;OID=.;OPOS=42989088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:12:20:24:12:12:20:24:12 chr17 43037057 . C T 45.53 PASS AF=0.4;AO=5;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000433951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.776;QD=9.1051;RBI=0.0143565;REFB=-0.017012;REVB=0.0143499;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680712;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0445211;OID=.;OPOS=43037057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:9:12:5:8:0.4:5:0:2:7:5:3:5:7 chr17 43111688 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00227161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.705;QD=18.8287;RBI=0.0294381;REFB=-0.0266022;REVB=-0.0293503;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204334;STB=0.62789;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0256194;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:12:9:13:7:13:9 chr17 43176804 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0212699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.631;QD=20.5427;RBI=0.0259245;REFB=0.00120368;REVB=0.0148213;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239076;STB=0.634406;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00159187;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:9:16:9:15:9:16 chr17 43181287 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.767;QD=58.5878;RBI=0.0276678;REFB=0;REVB=0.0268905;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9279e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr17 43181325 . A G 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0392913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.555;QD=22.9812;RBI=0.0439968;REFB=-0.020318;REVB=-0.0197967;RO=22;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17322;STB=0.597401;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.033482;OID=.;OPOS=43181325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:6:19:13:9:6:19:13:9 chr17 43183028 . G A 390.83 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00568054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.592;QD=16.631;RBI=0.0116413;REFB=-0.0126965;REVB=-0.0101613;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650992;STB=0.536568;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0135319;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:22:19:28:25:22:19:28:25 chr17 43183108 . G A 587.47 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0203282;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.345;QD=18.0761;RBI=0.0218902;REFB=-0.0065771;REVB=0.00812078;RO=69;SAF=34;SAR=27;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500864;STB=0.527769;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00690789;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:69:61:61:0.469231:27:34:42:27:27:34:42:27 chr17 43192549 . T TC 179.06 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148491;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.21;QD=44.766;RBI=0.156452;REFB=0;REVB=0.0492712;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0189008;OID=.;OPOS=43192550;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:16:16:0:8:8:0:0:4:0:8:7:0:0 chr17 43192821 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4775;QD=46.848;RBI=0.0231879;REFB=0;REVB=0.0143786;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054125;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 43226887 . A G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0121779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.117;QD=8.96075;RBI=0.0250726;REFB=-0.00993819;REVB=-0.0219165;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176399;STB=0.605305;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0249371;OID=.;OPOS=43226887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:17:22:7:10:17:22 chr17 43227214 . T C 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0095214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.432;QD=13.9656;RBI=0.0108653;REFB=-0.0019856;REVB=-0.00523433;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453634;STB=0.525756;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00359186;OID=.;OPOS=43227214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:10:20:31:13:10:20:31:13 chr17 43227766 . T TTTGG 651.02 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145504;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=273.834;QD=62.0022;RBI=0.0220062;REFB=0;REVB=-0.0165093;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.46384e-05;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:42:42:42:0:21:21:0:0:4:2:18:16:1:1 chr17 43318778 . GC CG 234.93 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102629;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=226.714;QD=46.9865;RBI=0.0242416;REFB=-0.0422176;REVB=0.021962;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00055953;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:1:0:19:20:1:9:10:1:0:9:11:0:0 chr17 43319770 . C T 163.89 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00296646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.289;QD=11.7062;RBI=0.0270132;REFB=-0.00494491;REVB=-0.0268498;RO=35;SAF=2;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450236;STB=0.705652;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0071255;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:18:2:13:22:18:3:13:22 chr17 43333125 . C T 239.14 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0131901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.171;QD=15.6812;RBI=0.0417964;REFB=-0.0053339;REVB=-0.0396606;RO=32;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265996;STB=0.644749;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00684112;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:7:21:16:16:7:21:17:16 chr17 43333785 . AAGAC A 201.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.019735;FXX=0.0892698;HRUN=2;LEN=4;MLLD=246.153;QD=15.8253;RBI=0.0240976;REFB=0.00933788;REVB=0.0138283;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133047;STB=0.544346;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=-0.00759399;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:27:57:27:51:24:11:16:12:12:99:27:11:16:15:12 chr17 43340936 . G A 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0356986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.681;QD=27.2223;RBI=0.0649401;REFB=-0.0286907;REVB=0.0542479;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177369;STB=0.528278;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0266625;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:16:8:5:9:16:8:6:9 chr17 43342141 . G C 867.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.288;QD=57.8159;RBI=0.0168406;REFB=0;REVB=-0.0146002;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29395e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr17 43364293 . C CG 408.75 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8467;QD=46.7139;RBI=0.0446648;REFB=0;REVB=-0.0436192;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00187301;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:15:20:0:0:7:1:15:20:1:0 chr17 43923180 . G A 543.66 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273358;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.93;QD=60.407;RBI=0.0309779;REFB=0;REVB=0.0145735;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185113;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr17 43923898 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.127;QD=50.4034;RBI=0.0325011;REFB=0;REVB=0.0198036;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268028;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr17 43924412 . T C 1328.67 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209096;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.167;QD=62.5254;RBI=0.0227113;REFB=0;REVB=0.00886541;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128052;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr17 44061025 . C T 525.95 PASS AF=0.53;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00631336;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.374;QD=21.0379;RBI=0.0161537;REFB=-0.0171569;REVB=-0.0148689;RO=44;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863254;STB=0.540627;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0217326;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:44:47:53:53:0.53:26:27:27:17:26:27:28:19 chr17 44067382 . T C 334.74 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0485955;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6166;QD=51.4976;RBI=0.0550929;REFB=-0.0134143;REVB=-0.0259559;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00277755;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr17 44077044 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.047;QD=40.7619;RBI=0.0406145;REFB=0;REVB=-0.0153739;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683297;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 44109474 . G A 193.79 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00834415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.67;QD=16.4927;RBI=0.0088264;REFB=-0.0191545;REVB=0.00287757;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.510628;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0173635;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:25:27:19:20:0.425532:9:10:13:12:10:10:13:14 chr17 44116463 . TGG TG,TGT 1121.07 PASS AF=0.92,0.08;AO=16,5;DP=98;FAO=92,8;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=23,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.953427,0.0937596;FXX=0.0196059;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.6973,163.052;QD=44.8426;RBI=0.955774,0.0982877;REFB=-0.00149214,0.00107022;REVB=0.066937,-0.0294891;RO=69;SAF=1,0;SAR=15,5;SRF=67;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86161,-0.863709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.015017,0.206951;OID=.,.;OPOS=44116464,44116465;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:16,5:98:92,8:100:0:69,0:23,8:0:0:23:69:1,0:15,5:67:2 chr17 44144993 . C G 728.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.31;QD=57.1668;RBI=0.0394115;REFB=0;REVB=0.0383852;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:29:22:0:0 chr17 44626660 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.68;QD=35.5749;RBI=0.013322;REFB=0;REVB=0.00738193;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318781;OID=.;OPOS=44626660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 44950122 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0257615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.186;QD=14.6577;RBI=0.0282783;REFB=0.000375776;REVB=0.0116622;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000231438;OID=.;OPOS=44950122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr17 45000529 . G C 1509.56 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.681;QD=63.5604;RBI=0.0392096;REFB=0;REVB=0.0381692;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24275e-05;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:49:45:0:0:49:46:0:0 chr17 45000547 . G C 1400.16 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00898132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4126;QD=61.5456;RBI=0.0312982;REFB=0.0508491;REVB=-0.0299819;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119978;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000819508;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:51:39:1:0:51:39:1:0 chr17 45008570 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00521564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.351;QD=20.6011;RBI=0.0141721;REFB=0.00415897;REVB=0.0131775;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328768;STB=0.5185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00405036;OID=.;OPOS=45008570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:13:6:7:13:13:6 chr17 45214527 . T C 44.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0123172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6224;QD=6.52088;RBI=0.0386691;REFB=-0.00876078;REVB=0.036655;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405765;STB=0.756882;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0533781;OID=.;OPOS=45214527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:13:7:5:2:13:7 chr17 45214544 . T C 43.35 PASS AF=0.241379;AO=5;DP=27;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0180248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.217;QD=5.97925;RBI=0.0241034;REFB=-0.0151807;REVB=-0.0160025;RO=22;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524257;STB=0.779094;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0408815;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:29:22:22:5:7:0.241379:4:1:15:7:5:2:15:7 chr17 45216172 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0250545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0005;QD=6.52645;RBI=0.0302955;REFB=-0.00133342;REVB=-0.0170321;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323888;STB=0.715691;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00216953;OID=.;OPOS=45216172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:13:7:1:6:13:7 chr17 45216210 . A G 73.75 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00479602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3241;QD=9.83345;RBI=0.0753975;REFB=-0.0203748;REVB=0.0752448;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22764;STB=0.642516;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.026342;OID=.;OPOS=45216210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:1:9:16:4:1:9:16:4 chr17 45216216 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.023303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3438;QD=9.84386;RBI=0.0283576;REFB=0.00461239;REVB=0.0161593;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22764;STB=0.642516;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0119465;OID=.;OPOS=45216216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:1:9:16:4:1:9:16:4 chr17 45219276 . A G 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00485982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.67;QD=1.70757;RBI=0.00496903;REFB=0.00064271;REVB=0.00103608;RO=78;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438826;STB=0.852155;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00297931;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:78:79:9:9:0.102273:8:1:35:43:8:1:36:43 chr17 45219283 . T C 37.77 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0148565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.521;QD=1.77737;RBI=0.0235538;REFB=-0.00654655;REVB=-0.0182775;RO=75;SAF=1;SAR=8;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465781;STB=0.859591;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0491868;OID=.;OPOS=45219283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:85:85:75:76:9:9:0.105882:8:1:36:39:8:1:36:40 chr17 45221286 . C T 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0130663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.786;QD=1.64897;RBI=0.0137823;REFB=0.000892382;REVB=-0.00438458;RO=71;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509864;STB=0.881954;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00575701;OID=.;OPOS=45221286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:71:73:8:8:0.0987654:1:7:30:41:1:7:32:41 chr17 45221298 . A G 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00718665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.002;QD=1.98283;RBI=0.0212645;REFB=-0.00151982;REVB=-0.0200132;RO=65;SAF=7;SAR=1;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50054;STB=0.877032;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0318457;OID=.;OPOS=45221298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:1:7:29:36:1:7:29:36 chr17 45221303 . G A 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0112325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.727;QD=2.1941;RBI=0.0167397;REFB=0.00107479;REVB=-0.0124117;RO=59;SAF=7;SAR=1;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500064;STB=0.864228;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0139301;OID=.;OPOS=45221303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:59:61:8:8:0.115942:1:7:27:32:1:7:29:32 chr17 45221317 . TA CC 33.95 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.012637;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.55;QD=2.15564;RBI=0.0177834;REFB=-0.00118;REVB=0.0125122;RO=54;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436451;STB=0.844054;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.00842481;OID=.;OPOS=45221317;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:63:54:56:7:7:0.111111:1:6:27:27:1:6:27:29 chr17 45234298 . G C 191.76 PASS AF=0.72;AO=16;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.036562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7382;QD=30.6813;RBI=0.0997981;REFB=-0.0336712;REVB=0.0928595;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120742;STB=0.57638;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00713727;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:25:7:7:16:18:0.72:12:4:3:4:14:4:3:4 chr17 45234343 . T G 260.62 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00343962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.86;QD=24.8208;RBI=0.0133584;REFB=-0.000572149;REVB=0.012908;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851636;STB=0.53626;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000323941;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:14:10:9:8:14:10:9:9 chr17 45234360 . A C 310.51 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0165999;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.864;QD=28.2285;RBI=0.0208788;REFB=-0.0336951;REVB=-0.0126637;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186508;STB=0.603096;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0102886;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:18:9:10:7:18:9:10:7 chr17 45234403 . TT GG 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00980955;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.957;QD=19.4668;RBI=0.00986962;REFB=-0.00929805;REVB=-0.00108726;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.00963504;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:14:10:13:9:14:10 chr17 45234406 . CA C 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0317931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.043;QD=3.07223;RBI=0.0364725;REFB=-0.00176675;REVB=-0.017873;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183999;STB=0.634463;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0145249;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.139535:6:43:6:43:37:4:2:19:18:33:37:4:2:19:18 chr17 45234416 . A G 167.18 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0247855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6163;QD=15.1979;RBI=0.0276653;REFB=0.015848;REVB=-0.0122901;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393585;STB=0.522702;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0239384;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:14:12:9:9:14:12 chr17 45234417 . A G 32.93 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0460324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.052;QD=2.99329;RBI=0.04604;REFB=0.000288255;REVB=-0.000836869;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198605;STB=0.645661;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000322383;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:19:19:2:4:19:19 chr17 45234420 . T G 200.77 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0318542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0592;QD=20.5914;RBI=0.0613343;REFB=0.00137905;REVB=0.0524138;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000767993;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:10:9:8:12:10:9 chr17 45234430 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00449024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.306;QD=7.96581;RBI=0.0191146;REFB=0.00279161;REVB=-0.0185797;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109862;STB=0.568607;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00695986;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:16:10:3:7:16:10 chr17 45234434 . A G 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0213857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6989;QD=8.22916;RBI=0.0417331;REFB=-0.0144453;REVB=-0.0358372;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787474;STB=0.548919;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0585414;OID=.;OPOS=45234434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:16:9:3:7:16:9 chr17 45249306 . T C 62.98 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0209938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.103;QD=8.39786;RBI=0.0298323;REFB=0.0035602;REVB=0.021195;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374769;STB=0.695229;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00887245;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:19:21:9:9:0.3:6:3:13:6:6:3:13:8 chr17 45249316 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0237371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.357;QD=10.8232;RBI=0.0297928;REFB=-0.0141844;REVB=0.0180045;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342033;STB=0.703376;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0284246;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:15:8:8:4:15:8 chr17 45249330 . T G 92.65 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0010497;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.5;QD=8.23527;RBI=0.00104982;REFB=0.00590383;REVB=1.60153e-05;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252241;STB=0.676179;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0123357;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:47:45:35:33:12:12:0.266667:8:4:19:16:8:4:19:14 chr17 45258971 . A G 46.72 PASS AF=0.138462;AO=10;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0187502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6656;QD=2.8753;RBI=0.0352132;REFB=0.00368693;REVB=0.029806;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263937;STB=0.637293;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0229752;OID=.;OPOS=45258971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:10:9:0.138462:4:6:21:34:4:5:22:34 chr17 45266522 . T C 355.0 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0362692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.633;QD=24.483;RBI=0.0600305;REFB=-0.0259884;REVB=-0.0478352;RO=23;SAF=7;SAR=28;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257664;STB=0.642767;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0158936;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:28:7:11:12:28:7:11:12 chr17 45266535 . T C 487.12 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0161614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.651;QD=29.9766;RBI=0.0231124;REFB=0.00702013;REVB=-0.0165224;RO=21;SAF=13;SAR=31;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594048;STB=0.532283;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00562978;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:31:13:8:13:31:13:8:13 chr17 45266571 . T A 520.23 PASS AF=0.758621;AO=43;DP=62;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00248861;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.421;QD=35.8777;RBI=0.0457112;REFB=-0.0163189;REVB=0.0456434;RO=14;SAF=17;SAR=26;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157596;STB=0.510686;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00482521;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:62:58:14:14:43:44:0.758621:26:17:6:8:27:17:6:8 chr17 45368337 . A C 1510.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4202;QD=63.6024;RBI=0.0148491;REFB=0;REVB=0.00928614;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09446e-05;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr17 45369777 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3644;QD=63.2834;RBI=0.00319501;REFB=0;REVB=-0.00268019;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43668e-06;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr17 45369789 . G A 482.75 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.618;QD=53.6389;RBI=0.0286466;REFB=-0.110353;REVB=-0.00353295;RO=2;SAF=7;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452331;STB=0.524257;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.000362483;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:27:7:1:1:27:7:1:1 chr17 45388586 . T A 1460.18 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00213339;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7728;QD=55.1013;RBI=0.0487713;REFB=-0.0596205;REVB=0.0487246;RO=5;SAF=76;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859296;STB=0.535707;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00529028;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:5:4:101:102:0.962264:25:76:0:5:26:76:0:4 chr17 45425287 . C T 1586.67 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227702;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7512;QD=64.1077;RBI=0.0241967;REFB=0;REVB=-0.00818546;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59879e-05;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr17 45700384 . C CCTA 588.44 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0134513;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.928;QD=39.8945;RBI=0.0149695;REFB=-0.0397874;REVB=0.00656871;RO=12;SAF=28;SAR=20;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031746;STB=0.524485;STBP=0.453;TYPE=ins;VARB=0.0109379;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.813559:48:63:48:59:11:28:20:5:6:66:12:28:20:6:6 chr17 45760349 . T C 724.28 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.563;QD=54.6625;RBI=0.0225056;REFB=-0.105098;REVB=-0.00660832;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000252011;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:26:26:0:0:26:26:0:1 chr17 45760429 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.913;QD=53.9112;RBI=0.0324036;REFB=0;REVB=0.00818058;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161949;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr17 45760433 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.676;QD=53.2772;RBI=0.0263968;REFB=0;REVB=0.0167061;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142593;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 45885687 . A G 1160.66 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.695;QD=60.2941;RBI=0.0274687;REFB=0;REVB=-0.00520686;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297861;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:41:36:0:0 chr17 45885756 . C T 408.72 PASS AF=0.461538;AO=40;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0191436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.364;QD=17.9658;RBI=0.0217989;REFB=-0.00867935;REVB=-0.0104265;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126915;STB=0.563396;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0137072;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:49:40:42:0.461538:27:13:21:26:27:15:23:26 chr17 45887951 . G T 258.9 PASS AF=0.685714;AO=22;DP=33;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0256432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.278;QD=29.5881;RBI=0.0268215;REFB=-0.0547944;REVB=0.00786254;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228246;STB=0.639234;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0064612;OID=.;OPOS=45887951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:35:10:11:22:24:0.685714:11:11:1:9:11:13:1:10 chr17 45914329 . C G 831.3 PASS AF=0.464865;AO=84;DP=182;FAO=86;FDP=185;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.0965618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.889;QD=17.9741;RBI=0.0968571;REFB=-0.0108347;REVB=0.00755825;RO=98;SAF=48;SAR=36;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201749;STB=0.513217;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0135502;OID=.;OPOS=45914329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:98:99:84:86:0.464865:36:48:54:44:37:49:54:45 chr17 45915788 . T C 420.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.174;QD=56.0132;RBI=0.0485821;REFB=0;REVB=0.0322126;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078936;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:15:13:0:0:15:15:0:0 chr17 45923019 . G A 49.54 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00498469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.416;QD=15.2436;RBI=0.00641004;REFB=-0.00311932;REVB=0.00403007;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0045582;OID=.;OPOS=45923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr17 45994044 . C T 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5637;QD=56.9445;RBI=0.10568;REFB=0;REVB=0.105348;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120673;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr17 45994094 . T C 1301.91 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.656;QD=61.9955;RBI=0.0761137;REFB=0;REVB=-0.00631822;RO=0;SAF=57;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309689;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:26:57:0:0:27:57:0:0 chr17 45994116 . G T 340.01 PASS AF=0.465116;AO=27;DP=76;FAO=40;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0255787;FXX=0.0337041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4994;QD=15.8142;RBI=0.0279577;REFB=-0.0574628;REVB=0.0112857;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232079;STB=0.596446;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0356622;OID=.;OPOS=45994116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:86:25:41:27:40:0.465116:17:10:16:9:17:23:31:10 chr17 45994154 . G A 689.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.965;QD=62.6588;RBI=0.0198514;REFB=0;REVB=-0.0189079;RO=0;SAF=3;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020569;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:40:3:0:0:41:3:0:0 chr17 46002744 . G T 658.54 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.068;QD=61.2594;RBI=0.0252684;REFB=0;REVB=0.0248601;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874001;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1049.82 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0165502;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.213;QD=55.2535;RBI=0.0166163;REFB=-0.0143908;REVB=-0.00148165;RO=3;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111718;STB=0.505779;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.000227258;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.960526:71:76:73:76:3:38:35:2:1:8:3:37:34:2:1 chr17 46026156 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.588;QD=59.4337;RBI=0.00647793;REFB=0;REVB=0.0019791;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13094e-05;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr17 46136133 . G C 219.65 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0236971;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.713;QD=23.1213;RBI=0.0248663;REFB=-0.00108311;REVB=0.0075353;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17346;STB=0.596923;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000993788;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:11:6:12:9:11:6 chr17 46137055 . GCTGGAC G 169.59 PASS AF=0.4;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00238972;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=6;MLLD=317.65;QD=13.5669;RBI=0.00710007;REFB=-0.0151381;REVB=-0.00668583;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138851;STB=0.580564;STBP=0.361;TYPE=del;VARB=0.0234598;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:20:52:20:50:30:12:8:14:16:99:28:12:8:13:15 chr17 46147945 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0110145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.819;QD=24.1899;RBI=0.0110841;REFB=0.00439024;REVB=0.00124031;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.001329;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:3:3:9:3:3:3 chr17 46166073 . G A 422.89 PASS AF=0.3375;AO=54;DP=160;FAO=54;FDP=160;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=71;FWDB=-0.000990453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.013;QD=10.5723;RBI=0.002827;REFB=-0.00536245;REVB=-0.00264781;RO=106;SAF=23;SAR=31;SRF=35;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115557;STB=0.566096;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0109669;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:106:106:54:54:0.3375:31:23:35:71:31:23:35:71 chr17 46262171 . C T 427.88 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0111401;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.532;QD=19.2307;RBI=0.0130896;REFB=-0.000938377;REVB=0.00687286;RO=46;SAF=27;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122473;STB=0.568235;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00118377;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:46:46:43:43:0.483146:16:27:23:23:16:27:23:23 chr17 46507417 . G A 782.16 PASS AF=0.509554;AO=79;DP=157;FAO=80;FDP=157;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.00793013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.126;QD=19.9277;RBI=0.0115392;REFB=-0.0137983;REVB=0.00838245;RO=77;SAF=40;SAR=39;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117089;STB=0.560957;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0121744;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:77:77:79:80:0.509554:39:40:49:28:39:41:49:28 chr17 46607021 . T C 2137.1 PASS AF=0.985714;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0209783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9772;QD=61.0599;RBI=0.0214032;REFB=-0.0497478;REVB=0.00424363;RO=2;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139774;STB=0.500103;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00131485;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:140:2:2:136:138:0.985714:67:69:0:2:68:70:1:1 chr17 46626811 . G GGACA 351.14 PASS AF=0.9;AO=28;DP=33;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00773917;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=354.335;QD=46.8192;RBI=0.00910687;REFB=-0.0143568;REVB=-0.00480002;RO=5;SAF=8;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298588;STB=0.509547;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.00144889;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:28:33:27:30:3:7:20:1:2:14:5:8:20:1:4 chr17 46629593 . G T 843.29 PASS AF=0.983333;AO=53;DP=64;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.14418;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.871;QD=56.219;RBI=0.14879;REFB=-0.0870486;REVB=0.0367484;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194369;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000592203;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:60:2:1:53:59:0.983333:28:25:1:1:26:33:0:1 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 964.48 PASS AF=0.00632911,0.588608,0;AO=24,56,16;DP=169;FAO=1,93,0;FDP=158;FR=.;FRO=64;FSAF=1,37,0;FSAR=0,56,0;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0438236,0.0852995,0.100035;FXX=0.030673;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=200.705,205.575,204.227;QD=24.4172;RBI=0.0438622,0.0853235,0.100055;REFB=0.00527809,0.00334978,0.0018923;REVB=0.00183975,0.00202335,0.00201148;RO=69;SAF=15,17,4;SAR=9,39,12;SRF=36;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.129441,-0.228601,-0.349688;STB=0.990334,0.536255,0.5;STBP=0.296,0.287,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0207092,-0.00212191,0;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00632911,0.588608,0:24,56,16:169:1,93,0:158:64:1,37,0:0,56,0:31:33:99:69:15,17,4:9,39,12:36:33 chr17 46670520 . T C 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0055059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.43;QD=52.7018;RBI=0.00559713;REFB=-0.0281058;REVB=0.00100641;RO=2;SAF=39;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235457;STB=0.512495;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000916801;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:13:39:2:0:13:39:2:0 chr17 46684929 . A G 364.55 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0348415;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5769;QD=18.2274;RBI=0.0388797;REFB=-0.00467499;REVB=-0.017254;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437855;STB=0.505492;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0048168;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:42:38:38:0.475:15:23:25:16:15:23:25:17 chr17 46688135 . G A 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0353523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.699;QD=29.3735;RBI=0.0393003;REFB=-0.0334574;REVB=-0.0171678;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983499;STB=0.554392;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0123541;OID=.;OPOS=46688135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:2:5:9:8:2:5 chr17 46688256 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7214;QD=63.5821;RBI=0.0564688;REFB=0;REVB=0.048352;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645572;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr17 46689680 . C A 111.61 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0150188;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.5;QD=13.5283;RBI=0.0204853;REFB=-0.0269913;REVB=-0.0139313;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.655478;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0350502;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:20:12:13:0.393939:3:9:10:8:3:10:11:9 chr17 46842983 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.856;QD=61.6755;RBI=0.0221117;REFB=0;REVB=0.00877904;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100026;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr17 46881748 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.001;QD=62.6711;RBI=0.0258558;REFB=0;REVB=0.0231441;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76017e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 46923384 . G A 1442.28 PASS AF=1;AO=95;DP=101;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251035;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.046;QD=60.0949;RBI=0.0296023;REFB=0;REVB=-0.015688;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165443;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:96:0:0:95:96:1:44:51:0:0:44:52:0:0 chr17 46926615 . G A 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4189;QD=60.9534;RBI=0.120412;REFB=0;REVB=0.111517;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010695;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr17 46934007 . A C 415.23 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473585;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.588;QD=57.2728;RBI=0.0473605;REFB=0;REVB=0.000428125;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108799;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:29:29:1:12:17:1:0:12:17:0:0 chr17 46939603 . T G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00310838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.477;QD=27.1542;RBI=0.0369379;REFB=-0.00170502;REVB=0.0368069;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226414;STB=0.624843;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00078779;OID=.;OPOS=46939603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:5:9:6:0:5:9:6:0 chr17 46970836 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.516;QD=58.419;RBI=0.023252;REFB=0;REVB=0.0229263;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93545e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr17 46971140 . G A 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7854;QD=56.6729;RBI=0.0471445;REFB=0;REVB=-0.00576834;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563962;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 749.79 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299059;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.078;QD=63.8115;RBI=0.0313239;REFB=0;REVB=0.00931815;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.61198e-05;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:48:47:47:0:19:28:0:0:4:0:18:28:0:0 chr17 47000251 . C T 1970.95 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.478;QD=62.0771;RBI=0.0295634;REFB=0;REVB=0.0114485;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77862e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:59:68:0:0:59:68:0:0 chr17 47014675 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.418;QD=61.6814;RBI=0.0471951;REFB=0;REVB=0.0469493;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280673;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 47026836 . G C 365.24 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1251;QD=52.1767;RBI=0.0600391;REFB=0.0587637;REVB=0.0591686;RO=1;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021616;STB=0.511103;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000766743;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:21:5:0:1:22:5:0:1 chr17 47039132 . T C 479.48 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=56.4092;RBI=0.0369124;REFB=0;REVB=0.0146041;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00753996;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:22:9:0:0:23:11:0:0 chr17 47210429 . A G 377.86 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0384324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1224;QD=21.592;RBI=0.0829827;REFB=0.0130519;REVB=-0.0735465;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517323;STB=0.528556;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0187953;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:19:19:14:18:19:19:14:18 chr17 47210506 . C A 244.23 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000108331;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8374;QD=22.203;RBI=0.016481;REFB=-0.0360507;REVB=-0.0164806;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176574;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113917;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:10:11:12:11:10:11 chr17 47241604 . T C 746.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.277;QD=63.553;RBI=0.0249476;REFB=0;REVB=0.0156679;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102289;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 47293906 . G A 504.36 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0300971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.782;QD=25.2179;RBI=0.0310578;REFB=-0.00414454;REVB=-0.00766498;RO=33;SAF=14;SAR=33;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132401;STB=0.572679;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00273442;OID=.;OPOS=47293906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:33:14:15:18:33:14:15:18 chr17 47297297 . T C 1478.3 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0298272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.405;QD=56.316;RBI=0.031079;REFB=-0.0438608;REVB=-0.00873137;RO=3;SAF=62;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334503;STB=0.501764;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000177501;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:40:62:2:1:40:62:2:1 chr17 47300823 . G A 305.43 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00862963;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.304;QD=32.1503;RBI=0.0188633;REFB=-0.0210442;REVB=0.0167736;RO=12;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163337;STB=0.58877;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00707447;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:8:18:11:1:8:18:11:1 chr17 47888852 . A G 312.78 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.996;QD=50.0453;RBI=0.0671512;REFB=-0.0655611;REVB=0.0597829;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00231663;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:10:13:0:1:11:13:0:1 chr17 48067439 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000722585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.022;QD=12.8687;RBI=0.0157406;REFB=-0.0234014;REVB=-0.015724;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.571292;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0351073;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:6:10:8:3:6:10 chr17 48067953 . T C 333.06 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00498028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.496;QD=14.4808;RBI=0.0492377;REFB=-0.011424;REVB=0.0489852;RO=55;SAF=25;SAR=12;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353804;STB=0.502007;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0204522;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:12:25:37:18:12:25:37:18 chr17 48070878 . C T 459.16 PASS AF=0.368056;AO=52;DP=143;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.000103192;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.076;QD=12.7544;RBI=0.00475313;REFB=-0.00675457;REVB=-0.00475201;RO=91;SAF=25;SAR=27;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064304;STB=0.542109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0101806;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:91:91:52:53:0.368056:27:25:49:42:28:25:49:42 chr17 48072225 . G A 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0018918;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.722;QD=15.3563;RBI=0.00524134;REFB=-0.011004;REVB=-0.00488802;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543224;STB=0.530707;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0136501;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:21:23:19:14:21:23 chr17 48149386 . C T 326.74 PASS AF=0.492958;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0108742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7897;QD=18.4077;RBI=0.0132017;REFB=-0.00977131;REVB=0.00748576;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524755;STB=0.540446;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0157202;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:33:35:0.492958:12:21:21:15:12:23:21:15 chr17 48151353 . T C 343.19 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.031321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5812;QD=24.0838;RBI=0.0333619;REFB=-0.0139995;REVB=-0.0114896;RO=23;SAF=9;SAR=25;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899788;STB=0.54921;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0214604;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:25:9:4:19:25:9:4:19 chr17 48155425 . G A 229.28 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.025705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2643;QD=16.0895;RBI=0.0293581;REFB=-0.0136671;REVB=-0.0141828;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995303;STB=0.502073;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0165952;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:11:15:17:13:11:15:18:13 chr17 48156557 . G A 308.92 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00405894;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.417;QD=26.8628;RBI=0.00534353;REFB=-0.0214815;REVB=0.00347539;RO=18;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444397;STB=0.516117;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.013126;OID=.;OPOS=48156557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:19:27:27:0.586957:9:18:11:7:9:18:12:7 chr17 48166980 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000472674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.682;QD=14.0975;RBI=0.00476551;REFB=0.00018679;REVB=-0.00474201;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223717;STB=0.630343;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000334151;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:7:11:5:8:7:11 chr17 48174908 . C T 326.47 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00476354;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.775;QD=11.9807;RBI=0.0349708;REFB=-0.010955;REVB=0.0346448;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519501;STB=0.538689;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0180615;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:69:40:40:0.366972:19:21:32:35:19:21:32:37 chr17 48193184 . C A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00107802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.041;QD=13.6309;RBI=0.0264758;REFB=-0.0380076;REVB=-0.0264538;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164675;STB=0.599716;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0614315;OID=.;OPOS=48193184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:7:2:1:7:7:2 chr17 48211533 . T G 116.64 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0296756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.21;QD=23.3278;RBI=0.0296756;REFB=-0.0122595;REVB=0;RO=7;SAF=12;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00759787;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:7:7:12:13:0.65:0:12:7:0:0:13:7:0 chr17 48226811 . C T 273.89 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00776247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.219;QD=17.67;RBI=0.0120769;REFB=-0.0415899;REVB=-0.00925175;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864384;STB=0.548355;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0412823;OID=.;OPOS=48226811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:19:13:15:15:19:13 chr17 48258140 . T C 891.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.283;QD=57.5233;RBI=0.0293626;REFB=0;REVB=0.0168733;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138475;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:23:38:0:0:23:39:0:0 chr17 48258321 . C T 620.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000445532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.681;QD=59.1272;RBI=0.00682061;REFB=-0.161359;REVB=0.00680604;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.523798;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000769992;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:10:31:0:0:10:31:0:1 chr17 48265495 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.411;QD=47.8224;RBI=0.0384068;REFB=0;REVB=0.0376108;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277108;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 48267206 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00135395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.409;QD=19.1078;RBI=0.0431073;REFB=-0.0233106;REVB=0.0430861;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235001;STB=0.636055;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0266322;OID=.;OPOS=48267206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:4:2:6:3:4:2 chr17 48267291 . G C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527906;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.142;QD=45.9654;RBI=0.0566365;REFB=0;REVB=0.0205147;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207354;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 48268223 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.491;QD=61.6826;RBI=0.0394063;REFB=0;REVB=0.0277694;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116636;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 48276971 . G C 325.92 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00285918;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.789;QD=17.1537;RBI=0.0141958;REFB=-0.0117692;REVB=-0.0139049;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600825;STB=0.540517;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0130646;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:41:35:35:0.460526:17:18:19:23:17:18:18:23 chr17 48356260 . G C 194.02 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.01026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.102;QD=17.2464;RBI=0.0168867;REFB=-0.0237496;REVB=0.0134125;RO=25;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248276;STB=0.643519;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0224776;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:4:16:15:10:4:16:15:10 chr17 48456496 . C T 136.03 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00412483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7328;QD=11.1048;RBI=0.00617932;REFB=-0.00821959;REVB=-0.00460105;RO=33;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350309;STB=0.709404;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00748121;OID=.;OPOS=48456496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:4:12:15:18:4:12:15:18 chr17 48545596 . G A 213.38 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0242679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.737;QD=16.1041;RBI=0.0476869;REFB=-0.0162964;REVB=0.0410501;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188546;STB=0.598003;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0120868;OID=.;OPOS=48545596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:9:15:12:16:9:15:13:16 chr17 48549791 . C G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0075378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.688;QD=10.4723;RBI=0.0075572;REFB=-0.0173798;REVB=0.000541242;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277332;STB=0.666389;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0312279;OID=.;OPOS=48549791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:14:10:8:4:14:10 chr17 48557348 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00461717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.385;QD=14.0438;RBI=0.0222011;REFB=-0.0132657;REVB=0.0217157;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0137831;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr17 48598785 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.435;QD=57.1774;RBI=0.0998359;REFB=0;REVB=0.00282379;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308123;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr17 48599450 . A T 397.18 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382469;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.734;QD=56.7396;RBI=0.0389115;REFB=0;REVB=0.00716123;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321444;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr17 48603503 . C T 351.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.777;QD=54.1119;RBI=0.0641853;REFB=0;REVB=0.0228121;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153122;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:19:7:0:0 chr17 48606537 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3943;QD=56.705;RBI=0.0481043;REFB=0;REVB=-0.0107203;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128496;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 48607613 . G GA 227.17 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.641;QD=45.4338;RBI=0.0432912;REFB=0;REVB=-0.002653;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000532878;OID=.;OPOS=48607614;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:5:15:0:0:4:18:1:1:4:14 chr17 48607614 . G A 220.06 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.129;QD=44.011;RBI=0.0814511;REFB=-0.126808;REVB=0.0394178;RO=2;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190966;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:2:0:18:20:1:14:4:1:1:15:5:0:0 chr17 48608717 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.07;QD=63.6149;RBI=0.0128211;REFB=0;REVB=0.01237;RO=0;SAF=65;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45657e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:30:65:0:0:30:65:0:0 chr17 48610272 . G C 1237.22 PASS AF=1;AO=72;DP=86;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874984;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.671;QD=61.0975;RBI=0.0896998;REFB=0;REVB=0.089272;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232779;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:81:0:0:72:81:1:24:48:0:0:33:48:0:0 chr17 48613837 . A G 1324.4 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.521;QD=60.8919;RBI=0.0471325;REFB=-0.0990756;REVB=0.00519496;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000343687;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:42:43:1:0:43:43:1:0 chr17 48614023 . C T 33.19 PASS AF=0.106061;AO=6;DP=65;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0312616;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.383;QD=2.01122;RBI=0.0313062;REFB=-0.000608203;REVB=-0.00167063;RO=57;SAF=6;SAR=0;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656234;STB=0.883467;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0163505;OID=.;OPOS=48614023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:66:57:59:6:7:0.106061:0:6:21:36:1:6:23:36 chr17 48625469 . CA C,CC 56.88 PASS AF=0.269231,0.192308;AO=11,4;DP=25;FAO=7,5;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5,3;FSAR=2,2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.104792,-0.0597495;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.0296,19.208;QD=8.75152;RBI=0.169825,0.0691707;REFB=-0.126135,-0.071788;REVB=-0.133638,-0.0348509;RO=9;SAF=6,3;SAR=5,1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0.377953,0;SSEP=0,0;SSSB=0.335498,0.600692;STB=0.801729,0.763853;STBP=0.07,0.244;TYPE=del,snp;VARB=0.162274,-0.0251762;OID=.,.;OPOS=48625470,48625470;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.192308:11,4:25:7,5:26:14:5,3:2,2:3:11:28:9:6,3:5,1:1:8 chr17 48629458 . A G 1311.89 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0227942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0811;QD=59.6313;RBI=0.0359671;REFB=-0.0417017;REVB=-0.0278219;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.510867;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000954092;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:41:45:1:0:41:45:2:0 chr17 48653354 . C A 690.55 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0664734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0479;QD=52.1167;RBI=0.07681;REFB=-0.0349697;REVB=0.0384846;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.504259;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000720104;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:50:51:0.962264:30:20:1:0:31:20:1:1 chr17 48712705 . G A 820.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270364;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.472;QD=57.5695;RBI=0.0447183;REFB=0;REVB=0.0356196;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11217e-05;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr17 48712711 . C G 782.55 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0226467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.558;QD=52.1697;RBI=0.0343842;REFB=-0.160963;REVB=0.0258728;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.527263;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00287986;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:0:3:57:57:0.95:26:31:0:0:26:31:0:3 chr17 48741060 . C T 469.06 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00458583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.255;QD=20.6179;RBI=0.0142582;REFB=-0.0201869;REVB=0.0135006;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000456539;STB=0.516476;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0156005;OID=.;OPOS=48741060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:45:45:46:0.505495:22:23:22:21:23:23:24:21 chr17 48753423 . C T 119.93 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0155377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7582;QD=9.4062;RBI=0.0398768;REFB=-0.0125118;REVB=-0.0367251;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590853;STB=0.535573;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0278563;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:21:15:7:8:21:15 chr17 48755388 . C T 516.0 PASS AF=0.573034;AO=40;DP=81;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.138311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.8827;QD=23.191;RBI=0.164023;REFB=-0.0680195;REVB=0.0881681;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788237;STB=0.547288;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0552523;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:89:39:38:40:51:0.573034:17:23:19:20:20:31:19:19 chr17 48761105 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0880182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2347;QD=5.95843;RBI=0.0985205;REFB=-0.0094478;REVB=0.0442615;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629073;STB=0.891805;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00936704;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:14:4:5:1:14:4 chr17 48801314 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0664093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9145;QD=16.1991;RBI=0.0665771;REFB=0.0226323;REVB=0.00472378;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0230189;OID=.;OPOS=48801314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr17 48823974 . G A 50.02 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00767513;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.337;QD=13.3389;RBI=0.0437616;REFB=0.0207403;REVB=-0.0430833;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0272127;OID=.;OPOS=48823974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr17 48834023 . A G 41.36 PASS AF=0.4;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0195498;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.73;QD=11.0303;RBI=0.0385817;REFB=-0.00644052;REVB=-0.0332619;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0122752;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:17:15:10:9:6:6:0.4:2:4:5:5:2:4:5:4 chr17 48834032 . G A 36.49 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0251969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.794;QD=8.10967;RBI=0.0258165;REFB=-0.0415359;REVB=-0.00562186;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.555373;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0199808;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:6:5:3:3:7:5 chr17 48834080 . A G 136.65 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0490063;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=27.2578;QD=19.5214;RBI=0.0512364;REFB=-0.0050286;REVB=0.0149515;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664305;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0487308;OID=.;OPOS=48834080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:28:8:12:17:16:0.571429:11:6:2:6:10:6:4:8 chr17 48917333 . C T 228.49 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0092389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.522;QD=21.7604;RBI=0.0309992;REFB=-0.00722172;REVB=0.0295905;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304197;STB=0.638884;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0221092;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:21:22:0.52381:15:6:12:7:15:7:12:8 chr17 48940422 . T C 336.22 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0102819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.414;QD=28.0183;RBI=0.0133139;REFB=-0.0248806;REVB=-0.00845835;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444457;STB=0.524479;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0183322;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:8:11:15:14:8:11 chr17 49350802 . A C 1376.16 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0066127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.274;QD=59.1897;RBI=0.0210746;REFB=0.0206673;REVB=0.0200103;RO=3;SAF=48;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287012;STB=0.515148;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000491441;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:42:48:3:0:42:48:3:0 chr17 51901084 . A G 235.44 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00759148;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.16;QD=47.0883;RBI=0.0102639;REFB=-0.0857175;REVB=-0.00690778;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000789954;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:18:19:0.95:13:5:0:1:14:5:0:1 chr17 51901385 . C T 1087.17 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.475;QD=59.5709;RBI=0.0496292;REFB=0;REVB=0.0439815;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484341;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:42:31:0:0 chr17 51901643 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.398;QD=57.1059;RBI=0.0237697;REFB=0;REVB=-0.023143;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1327e-05;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr17 51901703 . C G 428.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.482;QD=57.1772;RBI=0.0654335;REFB=0;REVB=-0.0647671;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227614;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr17 51902252 . C T 1308.8 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.497;QD=60.8746;RBI=0.0111796;REFB=-0.0788258;REVB=0.00891807;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118282;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:86:1:0:85:86:1:42:43:0:1:43:43:0:0 chr17 52993174 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.003292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.128;QD=17.4231;RBI=0.0222965;REFB=-0.00756724;REVB=0.0220521;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197601;STB=0.611484;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00697953;OID=.;OPOS=52993174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:23:8:15:19:23:8:15:19 chr17 53076799 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.841;QD=56.9569;RBI=0.00492989;REFB=0;REVB=0.00477385;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9419e-06;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr17 53076986 . G A 556.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7816;QD=60.2063;RBI=0.0322923;REFB=0;REVB=0.0297476;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294415;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 53121020 . A G 454.34 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0157845;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8747;QD=17.4745;RBI=0.0228245;REFB=-0.0093796;REVB=-0.0164866;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508635;STB=0.51681;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00782388;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:54:55:48:49:0.471154:30:18:23:31:30:19:23:32 chr17 53158492 . G A 321.17 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0159416;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.981;QD=18.6183;RBI=0.016056;REFB=-0.00361998;REVB=-0.00191322;RO=35;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460628;STB=0.52572;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00305872;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:22:12:14:21:22:12:14:21 chr17 53471105 . T G 1466.51 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0130619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.19;QD=56.4043;RBI=0.0136618;REFB=0.0145101;REVB=0.00400373;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114303;STB=0.50175;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.000134154;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:104:1:2:101:102:0.980769:60:41:1:0:60:42:1:1 chr17 53485186 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6616;QD=44.6891;RBI=0.0203697;REFB=0;REVB=0.0201963;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597905;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr17 53851228 . C T 1523.36 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2756;QD=59.7396;RBI=0.0294519;REFB=0;REVB=0.000744824;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012306;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:59:41:0:0:61:41:0:0 chr17 54450038 . C A 376.85 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.68;QD=55.8301;RBI=0.107266;REFB=0;REVB=0.10726;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367224;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:4:20:0:0:7:20:0:0 chr17 54450134 . G A 601.89 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.014;QD=58.7205;RBI=0.0393251;REFB=-0.114475;REVB=0.0121291;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00076401;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr17 54534634 . G A 608.79 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00948701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.035;QD=57.9799;RBI=0.0151245;REFB=-0.117756;REVB=-0.0117791;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000799699;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:16:24:0:0:17:24:0:1 chr17 54672572 . A T 33.78 PASS AF=0.114754;AO=9;DP=50;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00659316;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=40.8813;QD=2.21501;RBI=0.0205338;REFB=0.00332337;REVB=-0.0194466;RO=41;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453923;STB=0.758178;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0894127;OID=.;OPOS=54672572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:61:41:54:9:7:0.114754:8:1:17:24:6:1:20:34 chr17 54921494 . A C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.859;QD=57.8816;RBI=0.0313036;REFB=0;REVB=-0.00561419;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11254e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr17 55027850 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.142;QD=56.1914;RBI=0.0462494;REFB=0;REVB=0.00254527;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616084;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 55182811 . CT C 311.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8731;QD=42.9944;RBI=0.0545067;REFB=0;REVB=-0.0217722;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00182406;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:16:13:0:0:6:0:16:13:0:0 chr17 55183203 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.445;QD=60.9782;RBI=0.0376304;REFB=0;REVB=0.0202644;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028832;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr17 55183716 . T C 785.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.844;QD=57.0939;RBI=0.0183795;REFB=0;REVB=0.0172065;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89163e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:19:35:0:0:20:35:0:0 chr17 55198420 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0102809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.383;QD=15.5715;RBI=0.0128694;REFB=-0.019479;REVB=0.00774121;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198913;STB=0.615787;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0220898;OID=.;OPOS=55198420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:7:5:7:4:7:5 chr17 55822171 . T C 1012.12 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00808679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.415;QD=57.8351;RBI=0.034929;REFB=-0.0944318;REVB=0.03398;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129508;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000402263;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:1:0:33:36:1:0 chr17 55822214 . T A 1090.7 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133834;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0258;QD=60.5945;RBI=0.0263488;REFB=0;REVB=0.0263148;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409447;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr17 55822467 . G A 1252.7 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095333;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9982;QD=61.8618;RBI=0.0099481;REFB=0;REVB=0.00284268;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24164e-05;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr17 56282986 . G A 273.84 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0226572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9874;QD=15.4278;RBI=0.0719589;REFB=-0.0236467;REVB=-0.0682989;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239321;STB=0.52226;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0292152;OID=.;OPOS=56282986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:12:19:23:16:12:19:23:17 chr17 56448297 . C T 955.89 PASS AF=0.985507;AO=41;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0782973;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6752;QD=55.4137;RBI=0.0879385;REFB=-0.0411922;REVB=0.0400338;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00138341;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:41:68:0.985507:13:28:0:1:31:37:0:1 chr17 56492800 . T C 1065.66 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437823;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4982;QD=60.0372;RBI=0.0305407;REFB=0;REVB=0.0302253;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190376;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr17 56544280 . T G 340.29 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00697103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.075;QD=48.6125;RBI=0.0495947;REFB=-0.0148737;REVB=0.0491023;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662357;STB=0.535687;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0055195;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:13:13:2:0:13:13:2:0 chr17 56584205 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.316;QD=57.6807;RBI=0.0178639;REFB=0;REVB=-0.00478773;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73397e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 56585872 . G C 1324.86 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00968467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.204;QD=60.9132;RBI=0.00969669;REFB=0.0087257;REVB=-0.000482534;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.507461;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000180672;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:53:33:1:0:53:33:1:0 chr17 56598439 . T C 1755.72 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0092871;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.503;QD=60.0246;RBI=0.0290054;REFB=-0.0652753;REVB=0.0274785;RO=1;SAF=54;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871341;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000380581;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:62:54:1:0:62:54:1:0 chr17 56621286 . G T 713.57 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0202476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5596;QD=57.0857;RBI=0.0203287;REFB=-0.0911999;REVB=0.00181366;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0238078;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:0:3:47:47:0.94:18:29:0:0:18:29:1:2 chr17 56621359 . T C,G 896.64 PASS AF=0.968254,0.031746;AO=54,2;DP=56;FAO=61,2;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532456,-0.00161894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.551,122.367;QD=56.9294;RBI=0.0846232,0.0827984;REFB=0,0;REVB=0.0844555,0.0827825;RO=0;SAF=33,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.70667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00148263,0.0121915;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:63:0:0:54,2:61,2:0.968254,0.031746:21,0:33,2:0:0:26,0:35,2:0:0 chr17 56636854 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.866;QD=56.9994;RBI=0.0207482;REFB=0;REVB=0.0193854;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13779e-05;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr17 56693677 . G T 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.529;QD=53.4965;RBI=0.0249033;REFB=-0.0409286;REVB=0.00649921;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00177063;OID=.;OPOS=56693677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:20:14:2:0:20:14:2:0 chr17 56755092 . TA T 441.76 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.9993;QD=47.7572;RBI=0.0923813;REFB=0;REVB=-0.0544621;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00491487;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:37:37:0:17:20:0:0:8:0:15:18:0:0 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1112.03 PASS AF=0.9875,0.0125;AO=55,21;DP=79;FAO=79,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432456,0.0109825;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.2652,12.5507;QD=55.6014;RBI=0.0480157,0.171895;REFB=0,0;REVB=0.0208644,-0.171544;RO=0;SAF=33,3;SAR=22,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000170849,0.0396937;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9875,0.0125:55,21:79:79,1:80:0:36,1:43,0:0:0:5:0:33,3:22,18:0:0 chr17 57963537 . A G 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0362312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5249;QD=13.4565;RBI=0.038353;REFB=-0.0145975;REVB=-0.01258;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326469;STB=0.692054;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0232611;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:12:14:4:12:12:14 chr17 58031412 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0110766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.135;QD=14.1699;RBI=0.0139523;REFB=-0.0119051;REVB=-0.00848374;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155332;STB=0.590733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0172384;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:4:8:5:5:4:8 chr17 58180062 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1192;QD=35.5721;RBI=0.110744;REFB=0;REVB=0.08929;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187949;OID=.;OPOS=58180062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 58256327 . A T 376.19 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0491821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8561;QD=21.1939;RBI=0.0732091;REFB=-0.0265624;REVB=-0.0542281;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178074;STB=0.598461;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0202695;OID=.;OPOS=58256327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:15:23:13:20:15:23:13:20 chr17 58734321 . A G 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0175107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4755;QD=22.4363;RBI=0.0204463;REFB=-0.0257019;REVB=0.010556;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373013;STB=0.520595;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0189301;OID=.;OPOS=58734321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:11:14:20:13:11:14 chr17 58786625 . A G 1825.08 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430756;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9349;QD=61.3472;RBI=0.0570121;REFB=0;REVB=0.0373479;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274875;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr17 58824567 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.778;QD=57.1769;RBI=0.0651567;REFB=0;REVB=0.0550498;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123508;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr17 59482166 . C G 92.01 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0300784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.47;QD=13.1449;RBI=0.108372;REFB=-0.0292327;REVB=0.104115;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927701;STB=0.568837;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0249689;OID=.;OPOS=59482166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:27:28:16:16:11:12:0.428571:1:10:14:2:1:11:14:2 chr17 59482169 . C G 97.46 PASS AF=0.4;AO=13;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=4.87076e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.41;QD=12.9941;RBI=0.0647228;REFB=0.00389597;REVB=0.0647228;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136472;STB=0.549909;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0115321;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:16:18:13:12:0.4:1:12:14:2:1:11:16:2 chr17 59482173 . G A 124.46 PASS AF=0.388889;AO=18;DP=40;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0176307;FXX=0.099975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.091;QD=13.8285;RBI=0.0177034;REFB=-0.0062961;REVB=0.00160226;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479068;STB=0.72181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00555674;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:36:21:22:18:14:0.388889:5:13:16:5:1:13:17:5 chr17 59485555 . C T 242.23 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0203546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.123;QD=29.361;RBI=0.0204394;REFB=-0.0132109;REVB=-0.00186018;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550494;STB=0.530359;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00408812;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:10:12:5:6:10:12:5:6 chr17 59490235 . C T 92.53 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0426482;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.007;QD=16.8238;RBI=0.0436708;REFB=-0.0254724;REVB=-0.00939527;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360904;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0300606;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:12:11:10:11:0.5:7:3:4:8:7:4:3:8 chr17 59760174 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.543;QD=56.7054;RBI=0.00982703;REFB=0;REVB=0.00222791;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90906e-05;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr17 59760996 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.022;QD=55.6544;RBI=0.0248703;REFB=0;REVB=0.021918;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371679;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr17 59763114 . A T 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3266;QD=59.006;RBI=0.0677048;REFB=0;REVB=0.00456615;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158326;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 59763347 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.667;QD=59.1432;RBI=0.0155229;REFB=0;REVB=-0.00171132;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58352e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr17 59763465 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.48;QD=60.6102;RBI=0.0275028;REFB=0;REVB=0.0260373;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55035e-05;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 59955426 . T G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.553;QD=63.2859;RBI=0.0189859;REFB=0;REVB=0.0188955;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08966e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 60040329 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.971;QD=60.2305;RBI=0.0278225;REFB=0;REVB=-0.00632342;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46235e-05;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr17 60043884 . G A 1044.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707651;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.773;QD=59.6943;RBI=0.0128677;REFB=0;REVB=0.0107472;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62745e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr17 60043929 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.649;QD=60.3752;RBI=0.0188525;REFB=0;REVB=0.013993;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09785e-05;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr17 60083208 . G T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.18;QD=60.5996;RBI=0.0763243;REFB=0;REVB=0.0292136;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470487;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 60345508 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.281;QD=43.4859;RBI=0.0524499;REFB=0;REVB=0.0515283;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477674;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr17 60348325 . G A 728.16 PASS AF=0.56;AO=68;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00395608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3008;QD=23.3011;RBI=0.0206199;REFB=-0.023472;REVB=0.0202369;RO=56;SAF=27;SAR=41;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130751;STB=0.558257;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0245083;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:55:68:70:0.56:41:27:31:25:41:29:30:25 chr17 60351457 . G A 931.48 PASS AF=0.469194;AO=98;DP=212;FAO=99;FDP=211;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0151993;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.562;QD=17.6584;RBI=0.0203398;REFB=-0.0197997;REVB=-0.0135162;RO=111;SAF=49;SAR=49;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216455;STB=0.506798;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0232039;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:111:112:98:99:0.469194:49:49:53:58:50:49:54:58 chr17 60503892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.827;QD=33.4285;RBI=0.0653783;REFB=0;REVB=0.0431255;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243971;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 60525047 . C T 341.49 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=17;FWDB=0.00941146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.789;QD=13.3919;RBI=0.039907;REFB=0.00870406;REVB=-0.0387813;RO=62;SAF=27;SAR=13;SRF=45;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637409;STB=0.536065;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0141221;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:13:27:45:17:13:27:45:17 chr17 60683503 . A G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000878354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.619;QD=16.6329;RBI=0.0185595;REFB=-0.00457667;REVB=0.0185387;RO=46;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511396;STB=0.528705;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00647903;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:18:19:26:20:18:19:26:20 chr17 60753904 . A C 135.09 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0547825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.447;QD=10.8075;RBI=0.0550142;REFB=-0.0114341;REVB=-0.00504353;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640785;STB=0.546816;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.061541;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:15:16:0.32:6:9:18:15:6:10:19:15 chr17 60758273 . G C 339.57 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00227347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6322;QD=18.8652;RBI=0.0623903;REFB=-0.0170041;REVB=-0.0623488;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139062;STB=0.582777;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0170058;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:35:36:0.5:17:18:13:23:17:19:13:23 chr17 60766224 . A G 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0243093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3523;QD=21.7716;RBI=0.0295692;REFB=-0.0126805;REVB=-0.0168343;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732141;STB=0.540424;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00820689;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:28:20:22:22:28:20:22:22 chr17 60767015 . G A 270.6 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00880181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.346;QD=16.9127;RBI=0.0461885;REFB=-0.0161586;REVB=0.0453421;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269421;STB=0.655642;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00977352;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:14:16:8:25:14:16:8:26 chr17 60813627 . G A 193.2 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0298778;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5172;QD=13.7998;RBI=0.0301044;REFB=-0.00352948;REVB=0.00368648;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.599914;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00429531;OID=.;OPOS=60813627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:20:13:13:10:20:13 chr17 60814273 . A G 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00975809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.417;QD=12.3073;RBI=0.0141865;REFB=-0.00840939;REVB=-0.0102973;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443738;STB=0.525527;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0132892;OID=.;OPOS=60814273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:13:12:18:23:13:12:18:23 chr17 61315272 . G A 282.34 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0107385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8773;QD=20.1674;RBI=0.0230111;REFB=-0.0308613;REVB=-0.0203518;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242784;STB=0.624922;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0291974;OID=.;OPOS=61315272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:15:14:20:6:15:15:20:6 chr17 61557142 . T A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0451407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.152;QD=16.5274;RBI=0.0451605;REFB=-0.0134558;REVB=0.00134041;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162691;STB=0.592581;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0130379;OID=.;OPOS=61557142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:19:6:11:18:19:6:11:18 chr17 61559923 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.661;QD=54.8828;RBI=0.035246;REFB=0.00542895;REVB=0.0329687;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=6.01385e-05;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr17 61562309 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.9;QD=55.0952;RBI=0.0473739;REFB=0;REVB=-0.016382;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02103e-05;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:7:19:0:0 chr17 61562774 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.061;QD=43.4854;RBI=0.0704501;REFB=0;REVB=-0.0568348;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285308;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 61564052 . A G 276.96 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350854;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.043;QD=52.7533;RBI=0.016617;REFB=0;REVB=-0.0162423;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442441;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 61566031 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.429;QD=59.8553;RBI=0.0426648;REFB=0;REVB=0.0422881;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23692e-05;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr17 61573761 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8833;QD=55.0983;RBI=0.0626009;REFB=0;REVB=-0.0475711;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189266;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr17 61611423 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0264373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.111;QD=21.5105;RBI=0.0364826;REFB=-0.0258831;REVB=-0.0251405;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265967;STB=0.647742;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0195477;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:13:2:8:10:13:2 chr17 61772549 . G T 85.86 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0628506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.14;QD=4.18828;RBI=0.0651953;REFB=-0.0261522;REVB=0.017327;RO=67;SAF=1;SAR=14;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616146;STB=0.911861;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0782747;OID=.;OPOS=61772549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:67:67:15:15:0.182927:14:1:34:33:14:1:34:33 chr17 61902934 . TTG T,TT 127.75 PASS AF=0,1;AO=5,9;DP=18;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.284679,-0.0209598;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=11.6616,10.5806;QD=28.388;RBI=0.287142,0.264763;REFB=8.33739e-05,-0.0186611;REVB=0.0375331,0.263932;RO=3;SAF=2,1;SAR=3,8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0.326531;SSEP=0,0;SSSB=0.0436878,-0.198601;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0177916,0.0245985;OID=.,.;OPOS=61902935,61902936;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:5,9:18:0,18:18:0:0,5:0,13:0:0:3:3:2,1:3,8:1:2 chr17 61910167 . G A 754.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.78;QD=55.903;RBI=0.0374292;REFB=0;REVB=0.011114;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405887;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:28:26:0:0 chr17 61986988 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0007;QD=62.6666;RBI=0.068246;REFB=0;REVB=-0.0659117;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067407;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr17 61987570 . G T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.399;QD=63.8709;RBI=0.0483506;REFB=0;REVB=-0.00846852;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229566;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr17 61987576 . G A 746.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2696;QD=63.5477;RBI=0.0575446;REFB=0;REVB=0.0268028;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117274;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr17 61988014 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3366;QD=58.141;RBI=0.0180602;REFB=0;REVB=-0.0145345;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481041;OID=.;OPOS=61988014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr17 61988103 . ACCC A 173.01 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00926976;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=272.896;QD=13.8405;RBI=0.00927339;REFB=-0.00219721;REVB=-0.000259371;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188312;STB=0.606024;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.00192846;OID=.;OPOS=61988104;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:25:50:25:50:25:17:8:12:13:99:25:17:8:12:13 chr17 62007498 . A G 837.9 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.607;QD=56.8066;RBI=0.0276121;REFB=0;REVB=0.0273663;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131095;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:20:36:0:0:23:36:0:0 chr17 62018773 . T C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.839;QD=59.8291;RBI=0.0109616;REFB=0;REVB=0.0106451;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03818e-05;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:55:48:0:0:55:48:0:0 chr17 62020348 . T C 791.84 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.391;QD=53.6841;RBI=0.0324338;REFB=0.0570979;REVB=-0.0222368;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314166;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=5.49497e-06;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:2:0:28:29:2:0 chr17 62041068 . T C 2203.54 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069869;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=63.4113;RBI=0.0639489;REFB=0;REVB=0.0635661;RO=0;SAF=77;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150639;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:137:139:1:60:77:0:0:61:78:0:0 chr17 62078449 . C A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00748432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4308;QD=21.5453;RBI=0.0131235;REFB=0.0346767;REVB=0.0107801;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175524;STB=0.59985;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0264505;OID=.;OPOS=62078449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:5:5:4:10:5:5 chr17 62079286 . G A 186.17 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000450837;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.28;QD=17.7307;RBI=0.00167734;REFB=-0.010958;REVB=0.00161562;RO=23;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459341;STB=0.766151;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0132424;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:3:16:10:13:3:16:10:13 chr17 62121480 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0217283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.253;QD=18.6449;RBI=0.0482158;REFB=-0.0224422;REVB=0.0430423;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0187038;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:10:3:4:10:10:3 chr17 62125272 . A G 1549.1 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.567;QD=63.8803;RBI=0.0185202;REFB=0;REVB=0.0157226;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03975e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr17 62141455 . A G 1145.38 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0259139;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.126;QD=58.7372;RBI=0.028217;REFB=-0.0161944;REVB=-0.0111655;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101772;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00107936;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:76:77:0.987179:46:30:0:1:46:31:0:1 chr17 62782689 . T C 1420.01 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00421254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2545;QD=58.557;RBI=0.0185183;REFB=-0.0453372;REVB=0.0180328;RO=4;SAF=48;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00126082;STB=0.500666;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00785687;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:4:4:93:93:0.958763:45:48:2:2:45:48:2:2 chr17 62788587 . G T 382.57 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0199587;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3896;QD=24.6816;RBI=0.0216827;REFB=0.0102097;REVB=0.00847288;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648629;STB=0.535601;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00705775;OID=.;OPOS=62788587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:25:25:37:37:0.596774:16:21:12:13:16:21:12:13 chr17 62854942 . C G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00402831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.759;QD=20.456;RBI=0.0040496;REFB=-0.00953209;REVB=-0.000414697;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00868456;OID=.;OPOS=62854942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:7:8:8:9:7:8 chr17 63533768 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0243016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.973;QD=18.8207;RBI=0.058669;REFB=-0.02211;REVB=-0.0533993;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177265;STB=0.599854;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0189101;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:9:1:3:9:9:1 chr17 63533789 . T C 452.59 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.058;QD=56.5731;RBI=0.0508469;REFB=0;REVB=0.0500123;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385052;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:28:32:1:6:22:0:0:9:23:0:0 chr17 63534250 . T C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.326;QD=63.868;RBI=0.0759042;REFB=0;REVB=0.0733681;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032706;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr17 63554591 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0153428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5535;QD=5.21545;RBI=0.034369;REFB=0.000146207;REVB=0.0307543;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22433;STB=0.649495;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00102718;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:11:10:4:2:11:10 chr17 64023642 . A G,T 1574.98 PASS AF=0.9375,0.0446429;AO=104,4;DP=110;FAO=105,5;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=52,3;FSAR=53,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0317513,0.0225463;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=214.517,167.851;QD=56.2494;RBI=0.0326176,0.0229316;REFB=-0.11558,-0.0521936;REVB=0.00746732,0.00418589;RO=2;SAF=52,3;SAR=52,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0178992,-0.210252;STB=0.509432,0.62455;STBP=0.247,0.425;TYPE=snp,snp;VARB=0.000459835,0.182577;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:110:112:2:2:104,4:105,5:0.9375,0.0446429:52,1:52,3:2:0:53,2:52,3:2:0 chr17 64026031 . T A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00446646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.938;QD=13.2874;RBI=0.0150017;REFB=-0.00144128;REVB=0.0143214;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810426;STB=0.535052;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00284646;OID=.;OPOS=64026031;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:10:17:28:12:10:17:28:13 chr17 64208230 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.835;QD=58.0609;RBI=0.0127533;REFB=0;REVB=-0.0100584;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78854e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr17 64210757 . C A 237.27 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0125226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1173;QD=22.5976;RBI=0.0374296;REFB=-0.014226;REVB=0.0352726;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102686;STB=0.545415;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0284926;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:10:12:8:11:11:12:8:11 chr17 64216709 . C T 292.68 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0105869;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.956;QD=16.9668;RBI=0.0150823;REFB=-0.0124205;REVB=0.010742;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10177;STB=0.550693;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0112477;OID=.;OPOS=64216709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:37:32:32:0.463768:16:16:23:15:16:16:22:15 chr17 64783081 . G A 1386.84 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202013;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1322;QD=61.6374;RBI=0.0253952;REFB=-0.0139892;REVB=-0.0153891;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160598;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000273936;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:1:1:89:89:0.988889:60:29:1:0:60:29:1:0 chr17 64801020 . CA CG,TG 317.28 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=21,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1207,-0.00245662;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=100.85,145.731;QD=52.88;RBI=0.1207,0.0143584;REFB=0,0;REVB=2.65094e-05,0.0141467;RO=1;SAF=11,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0401224,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00449322,-0.000189929;OID=.,.;OPOS=64801021,64801020;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:1:0:21,2:22,2:0.916667,0.0833333:10,2:11,0:1:0:10,2:12,0:0:0 chr17 65027740 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0243686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.866;QD=16.8229;RBI=0.0497911;REFB=-0.0231667;REVB=-0.0434203;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0199539;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr17 65066879 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000225474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.742;QD=57.1062;RBI=0.0207385;REFB=0;REVB=0.0207373;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74827e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr17 65104666 . T G 1286.24 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207027;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.327;QD=61.9877;RBI=0.0464292;REFB=0;REVB=0.041558;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106692;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr17 65104743 . G A 1289.03 PASS AF=0.988235;AO=76;DP=77;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.215;QD=60.6604;RBI=0.0493842;REFB=0.0183963;REVB=0.0425538;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000242574;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:85:1:1:76:84:0.988235:37:39:0:1:45:39:0:1 chr17 65110436 . A G 342.71 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=1.72542e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.274;QD=16.1273;RBI=0.000522671;REFB=-0.00763521;REVB=0.000522386;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028282;STB=0.515915;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0139979;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:18:19:26:22:18:19:26:22 chr17 65212042 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00806999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.387;QD=12.0156;RBI=0.0196603;REFB=0.0432252;REVB=-0.0179277;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0165005;OID=.;OPOS=65212042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:2:5:2:4:2:5 chr17 65453288 . C T 471.44 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00886471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5889;QD=23.5722;RBI=0.0109147;REFB=0.014846;REVB=0.00636772;RO=35;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105438;STB=0.557691;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0167487;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:17:28:26:9:17:28:26:9 chr17 65574283 . A G,T 1123.57 PASS AF=0.936709,0.0379747;AO=74,3;DP=79;FAO=74,3;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=47,3;FSAR=27,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0299716,-0.00907892;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=102.267,19.4874;QD=56.8895;RBI=0.0450852,0.0742475;REFB=-0.0721442,-0.0266893;REVB=0.0336805,0.0736903;RO=1;SAF=47,3;SAR=27,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00996047,0;STB=0.510414,0.5;STBP=0.306,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000872154,0.164642;OID=.,.;OPOS=65574283,65574283;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:79:1:2:74,3:74,3:0.936709,0.0379747:27,0:47,3:1:0:27,0:47,3:2:0 chr17 65717525 . T C 1012.95 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145531;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.682;QD=59.5853;RBI=0.0384862;REFB=0;REVB=0.0356286;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204339;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr17 65936587 . AGGGGGCA AGGGGCA,AGGGGCAC 31.53 PASS AF=0.275862,0.0344828;AO=10,2;DP=29;FAO=8,1;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=3,1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.171122,-0.0403855;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=10.0597,165.553;QD=4.34904;RBI=0.191213,0.0470953;REFB=-0.158551,-0.010488;REVB=0.0853218,0.0242278;RO=14;SAF=8,0;SAR=2,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.355556,0;SSSB=0.400953,-0.521257;STB=0.590679,0.98971;STBP=0.552,0.449;TYPE=del,mnp;VARB=0.155653,0.114005;OID=.,.;OPOS=65936588,65936592;OREF=G,GCA;OALT=-,CAC;OMAPALT=AGGGGCA,AGGGGCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0.0344828:10,2:29:8,1:29:20:5,0:3,1:10:10:25:14:8,0:2,2:6:8 chr17 65978851 . T G 631.6 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0640613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9352;QD=58.7533;RBI=0.0644277;REFB=-0.0816922;REVB=-0.00686157;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0017546;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:18:23:0:1:18:24:0:1 chr17 65988049 . T C 298.99 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0401656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.423;QD=16.1618;RBI=0.0401997;REFB=-0.0179541;REVB=0.001655;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969249;STB=0.505454;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0216853;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:17:24:19:14:17:24 chr17 65989048 . T C 554.47 PASS AF=0.95;AO=39;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00075448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6741;QD=55.4465;RBI=0.0469198;REFB=-0.0424847;REVB=-0.0469138;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535695;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00071778;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:39:38:0.95:15:24:0:0:13:25:0:2 chr17 66016006 . T C 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0184827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.282;QD=16.9779;RBI=0.0342065;REFB=-0.0166351;REVB=-0.0287833;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373672;STB=0.709134;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0147462;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:22:7:17:9:22:7 chr17 66016096 . C T 183.82 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0126473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1848;QD=17.9334;RBI=0.0144427;REFB=-0.0331992;REVB=0.00697401;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341979;STB=0.694453;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0366363;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:15:7:13:6:15:7 chr17 66039350 . A G 484.18 PASS AF=0.575;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0434898;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1483;QD=24.2088;RBI=0.0472788;REFB=0.0165676;REVB=0.0185451;RO=33;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499801;STB=0.537484;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00741402;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:34:45:46:0.575:22:23:19:14:23:23:20:14 chr17 66195795 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00258554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=23.001;RBI=0.0318829;REFB=-0.00626679;REVB=0.0317779;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405312;STB=0.522433;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00426296;OID=.;OPOS=66195795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:11:11:13:16:11:11 chr17 66246416 . A G 169.34 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0126272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.265;QD=13.0262;RBI=0.0143995;REFB=-0.00330059;REVB=-0.00692099;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212886;STB=0.607043;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00631556;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:9:10:23:9:9:11:23:9 chr17 66264542 . A T 479.06 PASS AF=0.338983;AO=60;DP=177;FAO=60;FDP=177;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=72;FSRR=45;FWDB=-0.0269319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7173;QD=10.8262;RBI=0.0369651;REFB=0.00403298;REVB=0.0253197;RO=117;SAF=29;SAR=31;SRF=72;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151873;STB=0.586851;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00985583;OID=.;OPOS=66264542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:117:117:60:60:0.338983:31:29:72:45:31:29:72:45 chr17 66264567 . TTA TAT,T 381.13 PASS AF=0,0.315152;AO=6,37;DP=97;FAO=0,52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=0,20;FSAR=0,32;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0138765,-0.0437759;FXX=0.0236672;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=35.4332,82.873;QD=9.23948;RBI=0.0174679,0.0443402;REFB=-0.0392664,-0.0507678;REVB=0.0106099,0.00705163;RO=30;SAF=0,19;SAR=6,18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.649995,0.0919534;STB=0.5,0.612468;STBP=1,0.051;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.141349;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.315152:6,37:97:0,52:165:113:0,20:0,32:62:51:99:30:0,19:6,18:12:18 chr17 66267691 . A T 303.86 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0511438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.015;QD=16.8812;RBI=0.056024;REFB=-0.000116098;REVB=-0.0228692;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997533;STB=0.512188;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000363363;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:32:33:0.458333:12:20:24:15:12:21:24:15 chr17 66391016 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0149518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.779;QD=17.6174;RBI=0.0161373;REFB=-0.0160367;REVB=-0.0060708;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.547225;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0159377;OID=.;OPOS=66391016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:17:10:11:13:17:10 chr17 66391276 . G A 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0186732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.896;QD=15.307;RBI=0.0220436;REFB=-0.00557557;REVB=0.0117147;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139896;STB=0.578902;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00860923;OID=.;OPOS=66391276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:28:18:18:16:28:18 chr17 66449122 . G A 272.18 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0106602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.101;QD=17.2816;RBI=0.0136189;REFB=0.0048711;REVB=-0.00847546;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161125;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00847578;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:29:30:0.47619:15:14:16:16:15:15:17:16 chr17 66537003 . G A 299.64 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00820143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.616;QD=13.9369;RBI=0.0250916;REFB=-0.0155281;REVB=0.0237134;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696007;STB=0.553985;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0158209;OID=.;OPOS=66537003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:52:33:34:0.395349:14:19:25:24:14:20:26:26 chr17 66596463 . C T 896.98 PASS AF=0.517442;AO=88;DP=171;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=64;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0116852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.96;QD=20.8601;RBI=0.02619;REFB=-0.0140654;REVB=0.0234387;RO=82;SAF=63;SAR=25;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18767;STB=0.602683;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0101111;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:82:83:88:89:0.517442:25:63:43:39:25:64:44:39 chr17 66871837 . C T 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0063129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.537;QD=19.2919;RBI=0.00793254;REFB=-0.0159191;REVB=-0.00480339;RO=61;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836807;STB=0.546245;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0139647;OID=.;OPOS=66871837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:34:26:32:29:34:26:32:29 chr17 66871864 . G A 581.63 PASS AF=0.542056;AO=45;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0159296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.822;QD=21.743;RBI=0.0169135;REFB=-0.00423244;REVB=0.00568446;RO=47;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381256;STB=0.572514;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00292321;OID=.;OPOS=66871864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:49:45:58:0.542056:21:24:27:20:34:24:28:21 chr17 66872802 . G C 1432.72 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5331;QD=62.2923;RBI=0.0127213;REFB=0;REVB=-0.0108981;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167132;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:44:48:0:0 chr17 66873743 . G A 1018.16 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.927;QD=56.5646;RBI=0.0465922;REFB=-0.12318;REVB=0.0440388;RO=2;SAF=22;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410515;STB=0.521733;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00114444;OID=.;OPOS=66873743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:48:22:2:0:48:22:2:0 chr17 66928434 . C T 179.13 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00668659;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.145;QD=13.7794;RBI=0.0212921;REFB=-0.0122665;REVB=-0.0202149;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289481;STB=0.516618;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0245696;OID=.;OPOS=66928434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:11:20:13:8:11:20 chr17 66985992 . T G 164.18 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00117448;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.126;QD=11.131;RBI=0.00319817;REFB=-0.00294409;REVB=0.00297471;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180617;STB=0.596063;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00462479;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:15:22:9:12:16:22 chr17 67028260 . T C 506.1 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00863519;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8824;QD=24.9924;RBI=0.0154629;REFB=-0.0255816;REVB=-0.0128271;RO=33;SAF=23;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118177;STB=0.557405;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0244224;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:33:34:47:47:0.580247:24:23:11:22:24:23:12:22 chr17 67031457 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.239;QD=57.5431;RBI=0.0468458;REFB=0;REVB=-0.0262507;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62245e-05;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr17 67101718 . C T 1102.03 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385546;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6067;QD=60.3853;RBI=0.0385604;REFB=0;REVB=0.000667427;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233068;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr17 67244386 . A T 527.42 PASS AF=0.25;AO=78;DP=320;FAO=80;FDP=320;FR=.,HEALED;FRO=229;FSAF=63;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=149;FWDB=-0.0268122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.9393;QD=6.5928;RBI=0.0445236;REFB=-0.0259137;REVB=0.0355451;RO=215;SAF=62;SAR=16;SRF=79;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521365;STB=0.811315;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0690884;OID=.;OPOS=67244386;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:215:229:78:80:0.25:16:62:79:136:17:63:80:149 chr17 67260926 . A G 579.19 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0305465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3808;QD=18.6836;RBI=0.10268;REFB=0.00122619;REVB=0.0980313;RO=62;SAF=40;SAR=20;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260847;STB=0.64476;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-9.27461e-05;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:64:60:60:0.483871:20:40:24:38:20:40:25:39 chr17 67267317 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.000331836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.647;QD=18.3451;RBI=0.00187021;REFB=0.00765543;REVB=0.00184054;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.576838;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00238764;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:14:4:6:11:14:4 chr17 67273882 . C A 1767.93 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175164;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.909;QD=60.963;RBI=0.028302;REFB=0;REVB=0.0222301;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012378;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:51:65:0:0:51:65:0:0 chr17 67982157 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.596;QD=58.2392;RBI=0.0155472;REFB=0;REVB=0.00138619;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25045e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr17 68173731 . A G 110.73 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00509033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.168;QD=15.2736;RBI=0.0239213;REFB=-0.0175891;REVB=0.0233734;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0199464;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr17 68175960 . T C 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0022116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.302;QD=21.291;RBI=0.00837169;REFB=-0.00683548;REVB=0.00807428;RO=45;SAF=25;SAR=24;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184899;STB=0.5102;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0065931;OID=.;OPOS=68175960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:47:49:49:0.510417:24:25:22:23:24:25:23:24 chr17 70943990 . T C 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2999;QD=58.573;RBI=0.0217781;REFB=0;REVB=0.00766533;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82263e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 71027782 . G A 74.65 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0036637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.545;QD=12.9819;RBI=0.055517;REFB=-0.0213542;REVB=0.055396;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565212;STB=0.785128;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.01013;OID=.;OPOS=71027782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:22:23:11:13:9:10:0.434783:1:8:4:7:2:8:4:9 chr17 71192663 . G A 80.18 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0243638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1217;QD=16.0355;RBI=0.0348219;REFB=-0.0227808;REVB=0.0248792;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119969;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:7:3:3:7:7:3 chr17 71192873 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0507643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0707;QD=10.6348;RBI=0.0509148;REFB=-0.012666;REVB=0.00391259;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.599733;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0349761;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:5:8:6:2:5:8 chr17 71196809 . A G 398.9 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0408017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8849;QD=18.3402;RBI=0.0453402;REFB=-0.0113131;REVB=0.0197727;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13964;STB=0.577852;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00834859;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:18:23:19:27:18:23:19:27 chr17 71197748 . G A 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.023121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3739;QD=24.0652;RBI=0.0703867;REFB=0.0366793;REVB=0.0664809;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201004;STB=0.613484;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0212686;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:5:5:12:4:5:5 chr17 71205854 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00722764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.805;QD=17.8274;RBI=0.0689723;REFB=0.000508138;REVB=-0.0685926;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144193;STB=0.567449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00172784;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:9:3:4:6:9:3:4:7 chr17 71232687 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00574182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.539;QD=22.144;RBI=0.0208893;REFB=-0.0286728;REVB=0.0200847;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144048;STB=0.581398;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0167359;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:7:6:5:12:7:6 chr17 71232804 . C A 919.06 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0332262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0725;QD=54.8694;RBI=0.0650919;REFB=-0.0923405;REVB=-0.055973;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504756;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00185507;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:67:0:2:63:65:0.970149:23:40:0:0:23:42:1:1 chr17 71232807 . T C 280.03 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0043222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.53;QD=16.7183;RBI=0.0546991;REFB=-0.0151822;REVB=-0.0545281;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975596;STB=0.539588;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0229178;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:9:21:22:14:10:21:22:14 chr17 71232881 . G C 409.07 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0155045;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7466;QD=20.2011;RBI=0.0424741;REFB=-0.000460613;REVB=0.0395432;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010359;STB=0.505744;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00220476;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:19:21:22:19:19:21 chr17 71233130 . A G 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00851768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.645;QD=18.4822;RBI=0.0149814;REFB=-0.0560389;REVB=0.0123244;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266896;STB=0.504039;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0535142;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:11:8:9:11:11:8:9:12 chr17 71238433 . G A 678.61 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0291141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9338;QD=17.7415;RBI=0.0291456;REFB=-0.0118035;REVB=-0.00135518;RO=81;SAF=44;SAR=28;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149292;STB=0.582758;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.016699;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:81:72:72:0.470588:28:44:37:44:28:44:37:44 chr17 71239215 . AA TT 241.49 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0059155;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.453;QD=19.7133;RBI=0.0125788;REFB=-0.00464251;REVB=0.0111011;RO=24;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301528;STB=0.616097;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.00923552;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:24:20:23:0.469388:4:16:13:11:6:17:13:11 chr17 71239225 . T G 34.19 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00862043;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=154.57;QD=4.02271;RBI=0.0244661;REFB=0.000733965;REVB=-0.0228971;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321534;STB=0.730831;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00246377;OID=.;OPOS=71239225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:17:11:1:5:17:11 chr17 71239234 . T G 88.15 PASS AF=0.392857;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00420914;FXX=0.0344709;HRUN=24;LEN=1;MLLD=171.046;QD=12.5935;RBI=0.0137186;REFB=-0.0207648;REVB=-0.0130569;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.530977;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0157321;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:28:16:17:12:11:0.392857:4:8:9:7:4:7:10:7 chr17 71244630 . C T 288.27 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0114244;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.946;QD=24.5334;RBI=0.0238101;REFB=-0.0474783;REVB=-0.0208903;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749087;STB=0.541565;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0260856;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:14:7:11:15:14:7 chr17 71354114 . C T 205.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0199083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.165;QD=23.5289;RBI=0.0199155;REFB=4.56255e-05;REVB=0.000535233;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225729;OID=.;OPOS=71354114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:9:6:8:12:9:6 chr17 71365314 . A G 1587.8 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.547;QD=64.1536;RBI=0.0137691;REFB=0;REVB=0.0016847;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65964e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:60:38:0:0:60:39:0:0 chr17 71375642 . G A 104.3 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00309642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3849;QD=14.8998;RBI=0.00629812;REFB=-0.094958;REVB=-0.00548439;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346521;STB=0.682926;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0821487;OID=.;OPOS=71375642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:28:13:15:12:13:0.464286:3:9:5:8:3:10:7:8 chr17 71382022 . C T 124.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00548847;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.808;QD=16.0367;RBI=0.00758478;REFB=-0.021055;REVB=0.00523503;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0189313;OID=.;OPOS=71382022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:9:8:10:4:9:8 chr17 71382049 . A G 110.56 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.023991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.298;QD=15.25;RBI=0.0249818;REFB=-0.00261888;REVB=0.00696603;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.670447;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00339183;OID=.;OPOS=71382049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:9:3:8:8:10:3:8:8 chr17 71383998 . A G 288.43 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0226381;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.688;QD=22.1872;RBI=0.0323087;REFB=-0.0161507;REVB=-0.0230515;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004934;STB=0.51336;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0153213;OID=.;OPOS=71383998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:23:29:29:0.557692:13:16:12:10:13:16:12:11 chr17 71384016 . C T 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0148766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.031;QD=14.8356;RBI=0.0176599;REFB=-0.0204036;REVB=-0.0095162;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794843;STB=0.545413;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0267565;OID=.;OPOS=71384016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:16:14:12:10:16:14 chr17 71384080 . G C 360.26 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0252666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.996;QD=32.0231;RBI=0.0288888;REFB=-0.0405238;REVB=0.0140058;RO=15;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203014;STB=0.511104;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0202413;OID=.;OPOS=71384080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:15:15:7:8:15:15:7:8 chr17 71397286 . G A 763.02 PASS AF=0.437838;AO=80;DP=186;FAO=81;FDP=185;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=40;FWDB=-0.0214801;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.981;QD=16.4978;RBI=0.09829;REFB=-0.00796536;REVB=0.0959142;RO=104;SAF=50;SAR=30;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103675;STB=0.501129;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0103679;OID=.;OPOS=71397286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:104:104:80:81:0.437838:30:50:64:40:31:50:64:40 chr17 71410891 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00702731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.593;QD=20.4858;RBI=0.0165091;REFB=0.00133597;REVB=-0.0149388;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0015355;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:6:5:6:8:6:5 chr17 71412029 . G A 203.29 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00497096;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.241;QD=15.6379;RBI=0.0349245;REFB=0.00280463;REVB=0.0345689;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223326;STB=0.626756;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00431137;OID=.;OPOS=71412029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:11:18:9:14:11:18 chr17 71746427 . G A 611.22 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.338;QD=59.6311;RBI=0.0842591;REFB=0;REVB=0.00123893;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126937;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:22:19:0:0 chr17 71746435 . C T 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606512;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.068;QD=62.3659;RBI=0.0606525;REFB=0;REVB=-0.000391314;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183069;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 71746479 . C G 1255.91 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3935;QD=61.2638;RBI=0.0340796;REFB=0;REVB=0.0321889;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258661;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr17 71746508 . T C 1508.89 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.306;QD=62.8703;RBI=0.0222004;REFB=0;REVB=0.0172561;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770264;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:96:0:0:89:96:1:45:44:0:0:50:46:0:0 chr17 71746796 . A G 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9797;QD=60.024;RBI=0.0184993;REFB=0;REVB=-0.00545196;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015144;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr17 71747278 . G C 1502.23 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.205;QD=61.3157;RBI=0.0222394;REFB=-0.150909;REVB=-0.00628378;RO=1;SAF=51;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920842;STB=0.50064;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000560135;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:45:51:1:0:45:51:1:1 chr17 71747323 . T C 689.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.599;QD=62.6405;RBI=0.0307417;REFB=0;REVB=0.0104667;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44366e-05;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:19:25:0:0 chr17 71747336 . G A 728.47 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.349;QD=57.135;RBI=0.00854954;REFB=0;REVB=0.00324011;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45879e-05;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr17 71747394 . C T 837.25 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00513804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6385;QD=55.8168;RBI=0.00886437;REFB=-0.169347;REVB=0.00722341;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000218264;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:1:0:27:32:1:0 chr17 71747397 . G A 857.62 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1625;QD=56.2375;RBI=0.0105998;REFB=-0.0939514;REVB=0.00694139;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228135;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:60:61:1:27:33:1:0:27:34:0:0 chr17 71752500 . C CT 1483.01 PASS AF=1;AO=97;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015392;FXX=0.0196059;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.411;QD=59.3204;RBI=0.0345215;REFB=0;REVB=0.0309002;RO=3;SAF=58;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000125895;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:102:100:100:0:59:41:0:0:8:3:58:39:1:2 chr17 72209858 . A G 1244.74 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.126233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.755;QD=57.8947;RBI=0.126672;REFB=-0.0435059;REVB=-0.0105406;RO=3;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238675;STB=0.512602;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000216375;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:58:25:0:3:58:25:0:3 chr17 72257755 . G A 285.16 PASS AF=0.574074;AO=29;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0471566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.742;QD=21.1232;RBI=0.0472186;REFB=-0.013354;REVB=0.00241929;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150901;STB=0.592532;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00645015;OID=.;OPOS=72257755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:29:31:0.574074:18:11:13:10:20:11:13:10 chr17 72301432 . A G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0198873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.316;QD=15.7534;RBI=0.0219708;REFB=0.00326472;REVB=-0.00933874;RO=46;SAF=25;SAR=10;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484997;STB=0.52741;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00350479;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:10:25:31:15:10:25:31:15 chr17 72303449 . G A 486.74 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.000508869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.452;QD=16.6406;RBI=0.00437582;REFB=-0.0255293;REVB=0.00434613;RO=63;SAF=26;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701603;STB=0.529059;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0286248;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:64:52:53:0.452991:26:26:27:36:27:26:28:36 chr17 72305534 . C T 471.95 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00758754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.688;QD=18.328;RBI=0.00827964;REFB=-0.0219243;REVB=0.00331386;RO=52;SAF=24;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106557;STB=0.553813;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0202526;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:26:24:31:21:26:24:31:22 chr17 72305688 . T C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.051811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.853;QD=24.2037;RBI=0.0554768;REFB=-0.021752;REVB=0.0198317;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.588138;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0102021;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:4:8:8:10:4:8 chr17 72308319 . G A 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8212;QD=60.0275;RBI=0.0770001;REFB=0;REVB=0.073344;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615973;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr17 72324649 . G GC 86.2 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0120764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0406;QD=12.3145;RBI=0.0502483;REFB=0.00663152;REVB=0.0487755;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=ins;VARB=-0.000967425;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:13:29:13:28:15:4:9:6:9:85:16:4:9:6:10 chr17 72338765 . G A 721.58 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00252504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2852;QD=53.4506;RBI=0.0405726;REFB=0.0814783;REVB=0.040494;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.000908782;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:26:26:1:1:26:27:0:1 chr17 72346855 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=44.6895;RBI=0.0170493;REFB=0;REVB=0.0108;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74437e-05;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 72346868 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0229242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.614;QD=18.8866;RBI=0.0313836;REFB=-0.0156802;REVB=0.0214339;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276405;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00896166;OID=.;OPOS=72346868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:4:1:5:3:4:1 chr17 72350362 . G A 1294.26 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2276;QD=57.5229;RBI=0.144629;REFB=-0.183729;REVB=0.0879013;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225456;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00934605;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:1:85:89:0.988889:41:44:0:2:42:47:0:1 chr17 72351406 . C T 1646.34 PASS AF=0.926829;AO=114;DP=126;FAO=114;FDP=123;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.050738;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8746;QD=53.5396;RBI=0.0610193;REFB=-0.135374;REVB=0.033897;RO=1;SAF=39;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120189;STB=0.551715;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00392895;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:126:123:1:9:114:114:0.926829:75:39:1:0:75:39:9:0 chr17 72351761 . A G 1348.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.464;QD=62.0089;RBI=0.0171014;REFB=0;REVB=0.00821994;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31389e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:87:0:0:79:87:1:45:34:0:0:49:38:0:0 chr17 72366695 . C A 853.85 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4089;QD=54.2128;RBI=0.0263799;REFB=-0.204898;REVB=-0.0198079;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00754597;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:1:1:61:62:0.984127:27:34:0:1:27:35:0:1 chr17 72368550 . T C 285.42 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0149231;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3021;QD=23.2994;RBI=0.0197709;REFB=0.00530274;REVB=0.0129688;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129123;STB=0.551686;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0022198;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:23:26:26:0.530612:18:8:4:18:18:8:5:18 chr17 72439700 . T G 144.93 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.543;QD=44.5932;RBI=0.0603487;REFB=0;REVB=0.0428733;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520647;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:4:6:0:0:7:6:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGC 1314.53 PASS AF=1,0;AO=81,7;DP=93;FAO=94,0;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.199733,-0.158699;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.5396,5.39435;QD=55.9375;RBI=0.204514,0.15879;REFB=0,0;REVB=-0.0439596,-0.00538363;RO=0;SAF=40,6;SAR=41,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00265274,0;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:81,7:93:94,0:94:0:51,0:43,0:0:0:8:0:40,6:41,1:0:0 chr17 72469958 . A G 2197.49 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5847;QD=63.2372;RBI=0.0266586;REFB=0;REVB=-0.0223097;RO=0;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27414e-05;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:63:76:0:0:63:76:0:0 chr17 72519798 . C T 785.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.072;QD=64.1397;RBI=0.0119067;REFB=0;REVB=0.0018641;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158956;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr17 72521897 . G A 880.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.74;QD=57.7447;RBI=0.0324135;REFB=0;REVB=-0.0142215;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7052e-05;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:21:39:0:0:22:39:0:0 chr17 72588326 . A C 699.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936263;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.09;QD=63.613;RBI=0.0231609;REFB=0;REVB=0.0211842;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491708;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr17 72589196 . T C 375.53 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0267765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.005;QD=50.0704;RBI=0.027015;REFB=-0.204739;REVB=0.00358171;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00185821;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:1:2:28:28:0.933333:17:11:1:0:17:11:1:1 chr17 72589264 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.03;QD=46.848;RBI=0.0108196;REFB=0;REVB=0.00467339;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27414e-05;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 72590267 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.221;QD=59.8387;RBI=0.0377343;REFB=0;REVB=0.0205788;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77678e-05;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:33:3:0:0:33:3:0:0 chr17 72613589 . T G 255.88 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.616;QD=51.1755;RBI=0.0448651;REFB=0;REVB=-0.0305154;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31422e-05;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr17 72615293 . C T 239.68 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00246622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7371;QD=43.5789;RBI=0.00473057;REFB=-0.0486481;REVB=0.00403684;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152413;STB=0.583245;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.021732;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:15:5:2:0:15:5:2:0 chr17 72691039 . G A 43.28 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0435471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.742;QD=9.11134;RBI=0.0449079;REFB=-0.0364821;REVB=-0.0109713;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614907;STB=0.89091;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0148844;OID=.;OPOS=72691039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:17:19:12:12:5:7:0.368421:4:1:10:2:6:1:10:2 chr17 72691263 . G T 262.48 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0188494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.167;QD=12.8038;RBI=0.055938;REFB=-0.00358235;REVB=0.0526665;RO=51;SAF=8;SAR=23;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487725;STB=0.777441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024456;OID=.;OPOS=72691263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:23:8:37:14:23:8:37:14 chr17 72691885 . C T 321.14 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00964506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.754;QD=16.2601;RBI=0.0146826;REFB=-0.0117852;REVB=-0.0110703;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325356;STB=0.518314;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0213174;OID=.;OPOS=72691885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:14:21:25:19:14:21:25:19 chr17 72691928 . T C 1290.17 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00903131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.1501;QD=58.6439;RBI=0.00977596;REFB=-0.18432;REVB=0.00374229;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00343934;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:0:2:85:86:0.977273:36:49:0:0:37:49:0:2 chr17 72700943 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0192049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.876;QD=24.4133;RBI=0.0194537;REFB=0.0106119;REVB=-0.00310137;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.576329;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00671508;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:2:3:4:7:2:3 chr17 72740598 . G A 215.28 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=50;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0122121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8942;QD=16.2478;RBI=0.0275319;REFB=-0.0495307;REVB=-0.0246753;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210583;STB=0.525404;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0536617;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:27:28:23:25:0.471698:14:9:10:17:14:11:11:17 chr17 72744798 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.206;QD=56.7066;RBI=0.0644414;REFB=0;REVB=0.0346196;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364812;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr17 72773794 . C A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0137302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.98;QD=9.47561;RBI=0.0137856;REFB=-0.00758184;REVB=0.00123563;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0120225;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:11:10:5:5:11:10 chr17 72784932 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0154707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.835;QD=12.7913;RBI=0.0294477;REFB=-0.00936931;REVB=0.0250564;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434355;STB=0.756702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.014948;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:14:9:11:3:14:9 chr17 72832505 . G A 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0288933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.158;QD=18.2526;RBI=0.031185;REFB=0.00438807;REVB=0.011734;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00355761;OID=.;OPOS=72832505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:10:5:10:5:10:5 chr17 72838649 . C A 1212.3 PASS AF=0.485944;AO=120;DP=249;FAO=121;FDP=249;FR=.;FRO=128;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=0.00264074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.091;QD=19.4747;RBI=0.00297009;REFB=-0.0152497;REVB=0.00135937;RO=128;SAF=70;SAR=50;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101018;STB=0.552832;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.017542;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:128:128:120:121:0.485944:50:70:61:67:51:70:61:67 chr17 72851133 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.977;QD=45.8068;RBI=0.0349501;REFB=0;REVB=-0.0166912;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377064;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 72860253 . A G 315.54 PASS AF=0.397727;AO=36;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00521307;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.973;QD=14.3429;RBI=0.00521385;REFB=-0.0113096;REVB=9.0436e-05;RO=51;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186442;STB=0.502922;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0164821;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:53:36:35:0.397727:17:19:26:25:17:18:27:26 chr17 72862593 . C T 746.99 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0168431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.21;QD=23.7141;RBI=0.0241622;REFB=-0.0103682;REVB=0.017324;RO=54;SAF=43;SAR=28;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158156;STB=0.590341;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0080828;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:54:55:71:71:0.563492:28:43:22:32:28:43:22:33 chr17 72863030 . T C 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000968796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9043;QD=11.4373;RBI=0.0159638;REFB=-0.0241837;REVB=-0.0159344;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557404;STB=0.533261;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0397932;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:10:4:3:6:10:4 chr17 72889685 . G A 470.01 PASS AF=0.364865;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=148;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.0486549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4287;QD=12.7028;RBI=0.051703;REFB=-0.0316398;REVB=-0.0174901;RO=76;SAF=38;SAR=16;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419289;STB=0.680587;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00973116;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:94:54:54:0.364865:16:38:22:54:16:38:40:54 chr17 72889696 . A G 649.21 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=54;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=51;FWDB=-0.00513221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.212;QD=22.1952;RBI=0.080737;REFB=-0.0111472;REVB=-0.0805737;RO=53;SAF=54;SAR=10;SRF=2;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649088;STB=0.854589;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116279;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:53:64:64:0.547009:10:54:2:51:10:54:2:51 chr17 72923788 . AAC AACCTGG,TGG 294.21 PASS AF=0.434783,0.0434783;AO=28,3;DP=69;FAO=30,3;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=8,3;FSAR=22,0;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.015365,-0.0237419;FXX=0.0142837;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=152.054,194.75;QD=17.0557;RBI=0.0165428,0.0256094;REFB=-0.0268981,-0.0280741;REVB=-0.00613022,-0.00960008;RO=35;SAF=7,3;SAR=21,0;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312982,0.507331;STB=0.669446,0.996093;STBP=0.021,0.072;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0201794,0.0709839;OID=.,.;OPOS=72923791,72923788;OREF=-,AAC;OALT=CTGG,TGG;OMAPALT=AACCTGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:28,3:30,3:0.434783,0.0434783:21,0:7,3:19:16:22,0:8,3:20:16 chr17 72927123 . G T 155.96 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.047046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.768;QD=10.9448;RBI=0.0471294;REFB=-0.0102786;REVB=0.00280203;RO=37;SAF=1;SAR=19;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565341;STB=0.848316;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0274809;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:19:1:12:25:19:1:12:25 chr17 72937605 . G A 821.14 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.608;QD=55.6703;RBI=0.0297807;REFB=-0.0646812;REVB=0.0125612;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200576;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000464126;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:33:23:1:0:35:23:1:0 chr17 72938100 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.429;QD=61.3364;RBI=0.0153916;REFB=0;REVB=0.00646812;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72023e-05;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr17 72948369 . A G 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00832247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4743;QD=53.9265;RBI=0.03229;REFB=-0.0253458;REVB=0.031199;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00153857;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:0:1:13:17:0:1 chr17 72949146 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0110048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.332;QD=13.9591;RBI=0.0137335;REFB=-0.012629;REVB=0.00821609;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0107477;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:3:4:5:2:3:4 chr17 72949167 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00138533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.734;QD=14.0433;RBI=0.0087372;REFB=-0.00560297;REVB=0.00862667;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00896052;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:1:2:3:2:2:2 chr17 72949649 . C T 309.19 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00901376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.041;QD=13.5909;RBI=0.0528494;REFB=-0.0138029;REVB=0.052075;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849659;STB=0.563521;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0258604;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:56:35:35:0.384615:18:17:30:23:18:17:33:23 chr17 72952017 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.245;QD=56.1892;RBI=0.0183264;REFB=0;REVB=-0.00266501;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111484;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr17 72999773 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0639398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.046;QD=17.9564;RBI=0.0671439;REFB=-0.0117112;REVB=0.0204942;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41661;STB=0.738159;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0201127;OID=.;OPOS=72999773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:5:12:4:12:5:12 chr17 73000061 . A G 274.33 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0105762;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.909;QD=12.613;RBI=0.0111438;REFB=-0.012497;REVB=0.00351122;RO=55;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150328;STB=0.586455;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0176344;OID=.;OPOS=73000061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:55:55:32:32:0.367816:20:12:28:27:20:12:28:27 chr17 73016621 . C T 193.73 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0151088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=17.2208;RBI=0.0152087;REFB=-0.0312437;REVB=0.00174076;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154895;STB=0.57396;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0401632;OID=.;OPOS=73016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:10:9:8:17:11:9:8:17 chr17 73037868 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.366;QD=47.8224;RBI=0.0331378;REFB=0;REVB=0.0329717;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272053;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 73038746 . T C 1029.91 PASS AF=0.880952;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=84;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=9.31028e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.113;QD=49.0434;RBI=0.0108205;REFB=-0.077207;REVB=0.0108201;RO=10;SAF=29;SAR=45;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116172;STB=0.561744;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00128624;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:84:84:10:10:74:74:0.880952:45:29:9:1:45:29:9:1 chr17 73059820 . C G 1150.84 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272484;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.148;QD=59.0172;RBI=0.0427276;REFB=-0.0555034;REVB=0.0329115;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000183126;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:0:1:32:45:0:1 chr17 73060073 . T C 583.71 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0450924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.978;QD=53.0648;RBI=0.058215;REFB=-0.184982;REVB=0.0368193;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.519991;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00249799;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:44:44:0:2:40:42:0.954545:22:18:0:0:24:18:0:2 chr17 73060111 . G A 445.42 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2241;QD=52.4023;RBI=0.0381685;REFB=0.0138269;REVB=0.0354279;RO=2;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00227484;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:24:8:0:2:24:8:0:2 chr17 73085975 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.141;QD=61.3363;RBI=0.0344331;REFB=0;REVB=0.0332018;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102712;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr17 73127217 . G C 237.61 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7515;QD=50.0231;RBI=0.034315;REFB=0;REVB=0.0232517;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556875;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr17 73221439 . C G,T 1042.92 PASS AF=0.0422535,0.957746;AO=3,68;DP=71;FAO=3,68;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216696,0.0220359;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.9133,144.586;QD=58.7563;RBI=0.0384838,0.0260764;REFB=0,0;REVB=-0.031803,0.0139426;RO=0;SAF=2,31;SAR=1,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.115889,-0.000494885;OID=.,.;OPOS=73221439,73221439;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:71:0:0:3,68:3,68:0.0422535,0.957746:1,37:2,31:0:0:1,37:2,31:0:0 chr17 73222847 . C T 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283526;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.714;QD=57.1649;RBI=0.0355962;REFB=0;REVB=0.0215226;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74186e-06;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr17 73222865 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.733;QD=58.2429;RBI=0.0365775;REFB=0.0946104;REVB=0.0246985;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000415148;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr17 73230856 . C T 1472.29 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.469;QD=63.3245;RBI=0.0571785;REFB=0;REVB=0.0415146;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292602;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr17 73238509 . C G 120.82 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0380372;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.681;QD=9.11849;RBI=0.0457831;REFB=-0.0103612;REVB=-0.0254806;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110338;STB=0.565957;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0243343;OID=.;OPOS=73238509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:15:22:8:8:15:22 chr17 73258479 . C T 972.11 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00875947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.806;QD=52.5467;RBI=0.0234007;REFB=-0.0575953;REVB=0.0216994;RO=5;SAF=21;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014303;STB=0.507584;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00165572;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:48:21:2:3:48:21:2:3 chr17 73268202 . C T 163.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0247853;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.749;QD=19.2348;RBI=0.0270322;REFB=-0.0512916;REVB=-0.0107902;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154764;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0357962;OID=.;OPOS=73268202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:17:17:17:0.5:6:11:7:8:6:11:9:8 chr17 73269530 . A G 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6238;QD=59.8178;RBI=0.0702162;REFB=0;REVB=-0.0666091;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152552;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr17 73269676 . C T 727.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2333;QD=63.2576;RBI=0.0519039;REFB=0;REVB=-0.006063;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320542;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr17 73279624 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.542;QD=62.6695;RBI=0.0522313;REFB=0;REVB=-0.0311618;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20806e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr17 73315368 . C T 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.696;QD=57.8222;RBI=0.0550927;REFB=-0.0349847;REVB=0.0207374;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00163164;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr17 73402246 . C A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6546;QD=47.8195;RBI=0.0626333;REFB=0;REVB=0.0306453;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195318;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 73590830 . T G 1084.17 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.331;QD=58.6038;RBI=0.0452165;REFB=0.0618369;REVB=0.0109757;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160305;STB=0.508472;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-5.44402e-05;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:29:44:0:1:29:44:0:1 chr17 73609139 . C T 449.12 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00872367;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.723;QD=52.8381;RBI=0.0329564;REFB=-0.0533315;REVB=0.0317809;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695581;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00352745;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:1:1:18:14:1:1 chr17 73612642 . A AT,T 304.6 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=16,3;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429993,-0.000361282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.3499,208.211;QD=50.7665;RBI=0.200599,0.000530858;REFB=0,0;REVB=0.195936,0.000388954;RO=5;SAF=13,3;SAR=3,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134847,0.658479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0197417,0.0319606;OID=.,.;OPOS=73612643,73612642;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:24:24:5:0:16,3:22,2:0.916667,0.0833333:3,0:13,3:3:2:5,0:17,2:0:0 chr17 73625430 . G A 575.31 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4481;QD=60.5594;RBI=0.0851733;REFB=0;REVB=0.0588256;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181787;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr17 73625478 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.339;QD=60.5468;RBI=0.0275065;REFB=0;REVB=0.00268167;RO=0;SAF=23;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49777e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:52:23:0:0:52:23:0:0 chr17 73626923 . G T 30.13 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00119644;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=199.02;QD=10.0423;RBI=0.0285113;REFB=0.0010522;REVB=-0.0284862;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00246412;OID=.;OPOS=73626923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr17 73626924 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0108429;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=215.565;QD=16.8245;RBI=0.0728941;REFB=0.00248738;REVB=0.0720832;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000207654;OID=.;OPOS=73626924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:3:2:1:6:3:2 chr17 73627565 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.478;QD=60.0298;RBI=0.0458006;REFB=0;REVB=0.000152327;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192545;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr17 73698557 . C T 879.32 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00586591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2805;QD=54.9575;RBI=0.0328629;REFB=-0.198643;REVB=0.0323352;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.520827;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0040835;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:1:2:62:62:0.96875:39:23:1:0:39:23:2:0 chr17 73750859 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5314;QD=54.5158;RBI=0.0217099;REFB=0;REVB=-0.00890966;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113323;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr17 73751278 . G A 290.85 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0214394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1183;QD=20.7752;RBI=0.0540425;REFB=-0.0363448;REVB=0.0496079;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344163;STB=0.512812;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0337189;OID=.;OPOS=73751278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:30:31:0.553571:12:18:16:9:12:19:16:9 chr17 73753503 . T C 508.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.983;QD=58.0905;RBI=0.0105584;REFB=0;REVB=0.00319634;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673867;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr17 73812909 . A G 1052.06 PASS AF=0.44898;AO=107;DP=237;FAO=110;FDP=245;FR=.;FRO=135;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0177011;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4398;QD=17.1765;RBI=0.0206016;REFB=-0.0211366;REVB=0.0105404;RO=128;SAF=52;SAR=55;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368316;STB=0.52336;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0276074;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:245:128:135:107:110:0.44898:55:52:67:61:56:54:72:63 chr17 73816026 . A G 69.69 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0236865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.789;QD=16.3973;RBI=0.0365509;REFB=-0.0199985;REVB=-0.0278373;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.618816;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0159278;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:3:6:6:1:3:6:7:1 chr17 73819525 . C T 465.81 PASS AF=0.47;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0443805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.521;QD=18.6325;RBI=0.0449398;REFB=-0.0180733;REVB=0.0070682;RO=54;SAF=26;SAR=20;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456308;STB=0.513299;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0235013;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:53:46:47:0.47:20:26:28:26:21:26:28:25 chr17 73824121 . T C 474.24 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=140;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0854169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2796;QD=13.4536;RBI=0.0857124;REFB=0.00126955;REVB=-0.00711077;RO=86;SAF=29;SAR=25;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150062;STB=0.505145;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00365316;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:86:87:54:54:0.382979:25:29:45:41:25:29:46:41 chr17 73827205 . T C 757.55 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=194;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0409602;FXX=0.0154631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.563;QD=15.8649;RBI=0.0411024;REFB=-0.0138193;REVB=-0.00341608;RO=107;SAF=37;SAR=44;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203584;STB=0.514483;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0193468;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:107:110:81:81:0.424084:44:37:51:56:44:37:53:57 chr17 73831594 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0131027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0006;QD=10.6339;RBI=0.0440859;REFB=-0.00465989;REVB=0.0420938;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0115311;OID=.;OPOS=73831594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:5:8:4:4:5:8 chr17 73843040 . G A 382.26 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.027553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.69;QD=19.8576;RBI=0.0329718;REFB=-0.0102399;REVB=0.01811;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231641;STB=0.506326;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00887353;OID=.;OPOS=73843040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:38:39:39:0.506494:20:19:18:17:20:19:19:19 chr17 73886888 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00819416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.598;QD=19.1804;RBI=0.018377;REFB=-0.0235042;REVB=0.016449;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045895;STB=0.526274;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0154813;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:8:3:3:10:8:3 chr17 73888354 . G A 32.62 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.105728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1721;QD=8.69769;RBI=0.133926;REFB=0.00656882;REVB=0.0822062;RO=9;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32832;STB=0.748928;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00525699;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:9:9:4:5:0.333333:1:3:4:5:1:4:4:5 chr17 73888423 . A G 73.75 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0134285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.736;QD=9.8334;RBI=0.0255976;REFB=-0.0150392;REVB=-0.0217925;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141912;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0173164;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:18:20:10:10:0.333333:6:4:5:13:6:4:7:13 chr17 73888427 . A C 88.49 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.166242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5559;QD=12.206;RBI=0.166367;REFB=-0.00269966;REVB=-0.00643783;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0369015;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:29:17:17:10:12:0.413793:6:4:5:12:6:6:5:12 chr17 73897344 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0425448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9163;QD=15.2587;RBI=0.0888988;REFB=0.0287046;REVB=0.0780573;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0241612;OID=.;OPOS=73897344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr17 73900688 . T C 767.65 PASS AF=0.376;AO=80;DP=237;FAO=94;FDP=250;FR=.;FRO=156;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=86;FSRR=70;FWDB=0.0230959;FXX=0.0196071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.592;QD=12.2825;RBI=0.0371469;REFB=-0.0254816;REVB=0.0290941;RO=156;SAF=37;SAR=43;SRF=85;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949651;STB=0.50549;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0375832;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:250:156:156:80:94:0.376:43:37:85:71:43:51:86:70 chr17 73917372 . A G 274.22 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00499884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.308;QD=24.9293;RBI=0.00815514;REFB=-0.00384451;REVB=-0.00644344;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626323;STB=0.542616;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00196154;OID=.;OPOS=73917372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:12:12:8:11:12:13:8:11 chr17 73922941 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.011238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.158;QD=18.9665;RBI=0.0115845;REFB=-0.0027031;REVB=0.00281198;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00359779;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:10:15:14:8:10:15 chr17 73949540 . G C 209.51 PASS AF=0.525;AO=15;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00517734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2147;QD=20.9511;RBI=0.0832063;REFB=-0.0379579;REVB=-0.083045;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.648707;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0265145;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:15:21:0.525:5:10:8:9:6:15:8:11 chr17 73997474 . G A 427.73 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00269337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.933;QD=51.8463;RBI=0.00777676;REFB=-0.0773097;REVB=0.00729546;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372894;STB=0.538436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00071534;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:19:12:1:0:19:12:2:0 chr17 74014228 . G A 272.0 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.000557484;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.335;QD=23.1485;RBI=0.00206992;REFB=-0.0320263;REVB=-0.00199343;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270765;STB=0.651444;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0167659;OID=.;OPOS=74014228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:8:17:8:14:8:17:8:14 chr17 74014628 . G A 804.88 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8867;QD=64.39;RBI=0.0443386;REFB=0;REVB=0.0218174;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052373;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr17 74014668 . T C 674.84 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3485;QD=61.3492;RBI=0.0860784;REFB=0;REVB=0.0820468;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319944;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:40:44:1:21:19:0:0:24:20:0:0 chr17 74017554 . G T 80.92 PASS AF=0.141667;AO=17;DP=120;FAO=17;FDP=120;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.00719936;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.393;QD=2.69736;RBI=0.0395146;REFB=-0.00406309;REVB=0.0388532;RO=103;SAF=12;SAR=5;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235493;STB=0.662379;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0266311;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:120:120:103:103:17:17:0.141667:5:12:54:49:5:12:54:49 chr17 74017573 . C G 74.46 PASS AF=0.135593;AO=16;DP=118;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0375961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.589;QD=2.52399;RBI=0.0383155;REFB=-0.007689;REVB=-0.00738986;RO=100;SAF=11;SAR=5;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226235;STB=0.665017;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0504833;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:118:118:100:102:16:16:0.135593:5:11:51:49:5:11:51:51 chr17 74017594 . A G 75.62 PASS AF=0.136752;AO=15;DP=115;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.031903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4854;QD=2.58536;RBI=0.057578;REFB=-0.0143014;REVB=-0.0479315;RO=98;SAF=11;SAR=4;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318009;STB=0.683585;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0585258;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:115:117:98:101:15:16:0.136752:4:11:47:51:5:11:48:53 chr17 74019680 . C T 189.17 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.049997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0791;QD=13.0458;RBI=0.0613735;REFB=-0.0319356;REVB=-0.035595;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838162;STB=0.548151;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0363891;OID=.;OPOS=74019680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:18:17:13:10:18:17 chr17 74056413 . C T 144.67 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0119864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4148;QD=15.6395;RBI=0.0166779;REFB=-0.0121517;REVB=0.0115965;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.532831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0157512;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:8:13:9:7:8:13 chr17 74066447 . T A 206.92 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00117838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.388;QD=17.9931;RBI=0.0014401;REFB=-0.00531155;REVB=0.000827824;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019185;STB=0.510907;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00567718;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:10:15:13:8:10:15 chr17 74076415 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0555301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7249;QD=18.443;RBI=0.0666446;REFB=-0.0644477;REVB=0.0368499;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0542981;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:6:3:3:8:6:3 chr17 74076642 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0545286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4731;QD=12.3944;RBI=0.0551493;REFB=-0.0254452;REVB=0.00825108;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0518316;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr17 74077797 . C T 373.53 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.017192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.663;QD=23.3453;RBI=0.0175288;REFB=-0.0190034;REVB=0.00341982;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474585;STB=0.512928;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0118693;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:27:37:37:0.578125:14:23:14:11:14:23:16:11 chr17 74080443 . C T 133.82 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0280384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.247;QD=15.7429;RBI=0.0305199;REFB=-0.0012167;REVB=-0.0120546;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323297;STB=0.612091;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00201663;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:19:15:15:0.441176:5:10:3:9:5:10:9:10 chr17 74286082 . C T 449.03 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.226;QD=57.9394;RBI=0.0714156;REFB=0;REVB=0.0179005;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259905;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:13:13:0:0:13:18:0:0 chr17 74286106 . C T 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8294;QD=58.5812;RBI=0.00344503;REFB=0;REVB=-0.00208596;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19405e-06;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr17 74287204 . C G 469.05 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9316;QD=56.8542;RBI=0.0129338;REFB=0;REVB=0.00474436;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285943;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:10:21:0:0:10:23:0:0 chr17 74287389 . T C 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428504;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.136;QD=60.9955;RBI=0.0666148;REFB=0;REVB=0.0510037;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335471;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 74287594 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5427;QD=59.4311;RBI=0.0375714;REFB=0;REVB=0.0369493;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554149;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 74289500 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.35767e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.957;QD=46.8477;RBI=0.00366531;REFB=0;REVB=-0.00366492;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94728e-05;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 74289705 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.325;QD=40.7629;RBI=0.0268729;REFB=0;REVB=-0.0263641;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268481;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr17 74289839 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.365;QD=61.511;RBI=0.0327398;REFB=-0.0555057;REVB=0.0292937;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00201119;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr17 74289875 . C T 1097.13 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.532;QD=60.1167;RBI=0.134829;REFB=0;REVB=0.0893512;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180699;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:29:40:0:0:32:41:0:0 chr17 74289908 . A G 1319.74 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00074414;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.676;QD=61.3834;RBI=0.00537498;REFB=0;REVB=-0.00532321;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123538;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:1:0:85:86:1:42:43:1:0:42:44:0:0 chr17 74290097 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.815;QD=57.6801;RBI=0.0417844;REFB=0;REVB=0.0333077;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150137;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr17 74307737 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.384;QD=53.2769;RBI=0.0160886;REFB=0;REVB=0.0157273;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44246e-05;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 74320317 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00494116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.4;QD=11.5962;RBI=0.00519831;REFB=-0.000336755;REVB=-0.00161474;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109101;STB=0.565106;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000591341;OID=.;OPOS=74320317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:9:12:8:4:9:12 chr17 74383475 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00064318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.251;QD=9.76049;RBI=0.026888;REFB=-0.0116374;REVB=-0.0268803;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500083;STB=0.812575;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0088585;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:5:7:1:6:5:7 chr17 74383705 . G T 376.46 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00211929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.289;QD=18.5906;RBI=0.00339;REFB=-0.015317;REVB=-0.00264589;RO=42;SAF=11;SAR=28;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570957;STB=0.531898;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0206365;OID=.;OPOS=74383705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:28:11:14:28:28:11:14:28 chr17 74387284 . C T 326.73 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0133753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.78;QD=15.0222;RBI=0.0169646;REFB=-0.0224093;REVB=0.0104355;RO=51;SAF=19;SAR=17;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167226;STB=0.594125;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0369526;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:17:19:35:16:17:19:35:16 chr17 74467017 . G C 729.21 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.069;QD=63.4097;RBI=0.0797452;REFB=0;REVB=0.0105292;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396796;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:41:46:1:16:25:0:0:17:29:0:0 chr17 74475024 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.128;QD=42.1825;RBI=0.0819119;REFB=0;REVB=0.0628954;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254141;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 74475975 . C A 786.07 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.603;QD=57.1684;RBI=0.114242;REFB=0;REVB=0.098982;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285235;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:30:21:0:0:33:22:0:0 chr17 74541129 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00425202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5078;QD=19.8481;RBI=0.00425202;REFB=-0.0267994;REVB=0;RO=12;SAF=15;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017443;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:0:15:12:0:0:15:13:0 chr17 74732507 . A G 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.292;QD=57.2295;RBI=0.0679979;REFB=0;REVB=-0.0677495;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416045;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr17 74733099 . G A 3976.15 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304971;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.859;QD=63.874;RBI=0.0400033;REFB=0.0272135;REVB=0.025888;RO=1;SAF=132;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96149e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:249:1:0:249:249:1:117:132:1:0:117:132:0:0 chr17 74857676 . A G 195.9 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00533226;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.512;QD=16.3248;RBI=0.00845988;REFB=0.00149675;REVB=-0.00656784;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192957;STB=0.610998;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00130644;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:13:15:7:13:13:15 chr17 74922706 . C T 659.38 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0155875;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5596;QD=27.1909;RBI=0.0485318;REFB=0.0563826;REVB=0.0459605;RO=29;SAF=19;SAR=33;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907088;STB=0.523433;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.015811;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:29:33:52:53:0.546392:33:19:7:22:34:19:10:23 chr17 74928758 . C T 207.68 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0137276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.37;QD=20.2615;RBI=0.0139958;REFB=-0.0252171;REVB=0.00272677;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.584217;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0250598;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:20:21:0.512195:10:10:7:12:10:11:7:13 chr17 74936576 . G A 277.84 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0439757;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6314;QD=23.6457;RBI=0.0454403;REFB=-0.00169033;REVB=0.0114435;RO=18;SAF=2;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461365;STB=0.779819;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00603791;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:20:21:22:0.468085:19:2:8:10:20:2:9:11 chr17 74942478 . C T 1237.26 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.602;QD=59.627;RBI=0.0682279;REFB=-0.102165;REVB=0.00653437;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011691;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000201716;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:41:40:1:0:41:41:1:0 chr17 75085434 . G A 701.95 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0162588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.771;QD=20.7985;RBI=0.0181939;REFB=-0.0197703;REVB=-0.00816515;RO=66;SAF=26;SAR=43;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139468;STB=0.576841;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.022061;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:69:69:0.511111:43:26:35:31:43:26:35:31 chr17 75158213 . T G 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00017472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.884;QD=17.6944;RBI=0.0126291;REFB=-0.0211002;REVB=-0.0126279;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138103;STB=0.500772;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0245284;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:20:19:17:18:20:19 chr17 75158261 . C G 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00364699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.862;QD=20.599;RBI=0.034874;REFB=-0.0578196;REVB=-0.0346828;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682328;STB=0.538423;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0233455;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:8:11:10:10:8:11 chr17 75190846 . A C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.345;QD=57.1041;RBI=0.0715036;REFB=0;REVB=0.0697635;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020618;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr17 75190962 . C T 194.11 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.112677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4365;QD=24.2636;RBI=0.114319;REFB=-0.0433091;REVB=-0.0193065;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0221089;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:6:7:8:11:6:7 chr17 75303298 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.22;QD=56.9383;RBI=0.0447712;REFB=0;REVB=0.0220384;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64011e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr17 75401191 . C T 263.45 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0208838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.027;QD=17.563;RBI=0.0309908;REFB=-0.0191058;REVB=0.0228976;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166835;STB=0.582727;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0147177;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:29:30:0.5:13:16:11:19:14:16:11:19 chr17 75425078 . G C 290.04 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0152165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.617;QD=17.5782;RBI=0.016196;REFB=-0.0186708;REVB=0.00554686;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283549;STB=0.666891;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0283412;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:9:23:14:19:9:23:14:20 chr17 75425206 . A G 212.12 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00495015;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2574;QD=12.121;RBI=0.0537503;REFB=0.000471506;REVB=-0.0535219;RO=44;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243326;STB=0.514008;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00338713;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:44:26:26:0.371429:16:10:16:28:16:10:16:28 chr17 75425456 . A G 77.37 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000686282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.375;QD=13.4554;RBI=0.00321465;REFB=-0.0238633;REVB=0.00314054;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0215211;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:5:7:4:6:5:8 chr17 75426849 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0533023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9663;QD=16.8229;RBI=0.0558962;REFB=-0.00500293;REVB=-0.01683;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00247623;OID=.;OPOS=75426849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr17 75494705 . A G 1589.83 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.532;QD=59.9934;RBI=0.0510551;REFB=0;REVB=0.0276334;RO=0;SAF=33;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116231;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:73:33:0:0:73:33:0:0 chr17 75495065 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.546;QD=60.2306;RBI=0.0193602;REFB=0;REVB=0.0140943;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77232e-05;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 75495219 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.11799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8471;QD=16.4543;RBI=0.128362;REFB=0.0316702;REVB=0.0505503;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0056911;OID=.;OPOS=75495219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr17 75495397 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.918;QD=54.5147;RBI=0.0277247;REFB=0;REVB=0.00147699;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298134;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 75496342 . T C 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0701;QD=46.8368;RBI=0.0488547;REFB=0;REVB=0.0105739;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126572;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr17 75496361 . A G 174.91 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2296;QD=46.6431;RBI=0.0940338;REFB=0;REVB=-0.0796159;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891234;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr17 75548687 . G A 306.55 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00427757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0263;QD=17.7709;RBI=0.0757026;REFB=-0.00266286;REVB=-0.0755816;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948991;STB=0.547339;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00135213;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:33:33:0.478261:11:22:20:15:11:22:21:15 chr17 75559019 . C T 204.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00742768;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.813;QD=14.3365;RBI=0.0178945;REFB=-0.00852901;REVB=-0.0162801;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166102;STB=0.601943;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00973444;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:33:24:24:0.421053:11:13:12:20:11:13:12:21 chr17 76060866 . C G 1540.04 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426356;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.636;QD=59.8075;RBI=0.0484156;REFB=0;REVB=-0.0229407;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251289;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:55:48:0:0:55:48:0:0 chr17 76060954 . A C 1083.25 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00899576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4212;QD=58.5542;RBI=0.0245143;REFB=-0.0453274;REVB=0.0228041;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129566;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000688653;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:36:36:0:1:37:36:0:1 chr17 76063047 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.387;QD=56.1912;RBI=0.129568;REFB=0;REVB=0.129557;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935769;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 76093866 . T C 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0468961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1699;QD=59.4231;RBI=0.0469338;REFB=-0.0325598;REVB=0.0018792;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00899574;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr17 76105731 . C T 1504.73 PASS AF=0.990385;AO=97;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532855;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.743;QD=57.8742;RBI=0.0467538;REFB=0;REVB=0.0464491;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140365;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:104:0:0:97:103:0.990385:35:62:0:0:41:62:0:0 chr17 76105754 . G A 2048.86 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930366;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.052;QD=62.5607;RBI=0.022659;REFB=0;REVB=0.0206609;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11342e-05;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:52:79:0:0:52:79:0:0 chr17 76157266 . T C 131.02 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0239808;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.257;QD=12.7824;RBI=0.0268717;REFB=-0.0134487;REVB=-0.0121247;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163677;STB=0.613222;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0230769;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:4:11:15:10:4:11:15:11 chr17 76178748 . T C 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0725776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.492;QD=23.3502;RBI=0.0728256;REFB=-0.0232217;REVB=0.00600548;RO=27;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110676;STB=0.560942;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0206975;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:23:14:14:13:23:14:14:13 chr17 76183043 . A G 132.18 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00738432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.054;QD=24.0322;RBI=0.00741433;REFB=-0.023606;REVB=0.000666372;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519972;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0225871;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:8:14:14:0.636364:6:8:4:3:6:8:5:3 chr17 76219591 . G A 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1368;QD=56.9346;RBI=0.0831167;REFB=0;REVB=0.0816102;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011291;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr17 76230729 . T C 269.67 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00275859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9903;QD=16.8545;RBI=0.00814897;REFB=-0.0190388;REVB=-0.00766785;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157586;STB=0.594979;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0267765;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:14:16:12:21:14:16:12:22 chr17 76395430 . C T 726.49 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00677553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4314;QD=52.8353;RBI=0.00807404;REFB=0.0424609;REVB=0.00439116;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313873;STB=0.51666;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00196922;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:24:29:2:0:24:29:2:0 chr17 76423097 . G A 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.542;QD=62.3121;RBI=0.0215869;REFB=0;REVB=0.0193742;RO=0;SAF=60;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15257e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:26:60:0:0:26:60:0:0 chr17 76433898 . T C 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.727;QD=62.6535;RBI=0.0363735;REFB=0;REVB=0.0288775;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277644;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr17 76449505 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.676;QD=62.6708;RBI=0.0122033;REFB=0;REVB=0.0105037;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92236e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr17 76451921 . A G 846.4 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.327;QD=55.5018;RBI=0.0411369;REFB=-0.0887137;REVB=0.00878379;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154685;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000419913;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:30:29:0:1:31:29:0:1 chr17 76455168 . G A 224.83 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0192347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.883;QD=19.9848;RBI=0.02839;REFB=-0.00540966;REVB=-0.020881;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339335;STB=0.69121;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00940521;OID=.;OPOS=76455168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:7:16:7:15:7:16 chr17 76462770 . G A 1389.84 PASS AF=0.980392;AO=96;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0399091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.844;QD=54.5034;RBI=0.0446513;REFB=-0.111043;REVB=0.020025;RO=2;SAF=63;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148164;STB=0.507351;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00183283;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:102:2:2:96:100:0.980392:33:63:2:0:33:67:2:0 chr17 76468839 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00227416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.191;QD=9.7602;RBI=0.019778;REFB=-0.018738;REVB=-0.0196468;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308108;STB=0.68046;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0439475;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:1:11:5:2:1:11 chr17 76468843 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0249534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.429;QD=9.20026;RBI=0.0275202;REFB=-0.0198417;REVB=-0.0116055;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33043;STB=0.693472;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0539695;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:1:12:5:2:1:12 chr17 76471366 . G A 264.15 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00323833;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.86;QD=25.771;RBI=0.0080307;REFB=-0.0156077;REVB=0.00734884;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197862;STB=0.610075;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0112267;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:7:10:8:16:7:10 chr17 76472768 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0145659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.73;QD=18.4945;RBI=0.0151112;REFB=-0.0102568;REVB=-0.00402288;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243553;STB=0.636271;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0126329;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:18:12:20:10:18:12 chr17 76481693 . C G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0553;QD=60.3746;RBI=0.0318315;REFB=0;REVB=0.000269486;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250799;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr17 76482432 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9913;QD=58.1371;RBI=0.0235709;REFB=0;REVB=0.0120461;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174216;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 76491127 . TG CC 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197433;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.566;QD=61.2132;RBI=0.0247181;REFB=0;REVB=-0.0148724;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.27033e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr17 76496492 . A G 2312.39 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.372;QD=62.9222;RBI=0.0540451;REFB=0;REVB=0.043311;RO=0;SAF=51;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55649e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:147:0:0:138:147:1:87:51:0:0:94:53:0:0 chr17 76497920 . C A 741.6 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1173;QD=52.9713;RBI=0.0296661;REFB=-0.115305;REVB=-0.0202242;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.502702;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00367812;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:23:31:0:1:23:31:1:1 chr17 76498406 . A G 318.85 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0216099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0728;QD=16.1444;RBI=0.045183;REFB=-0.00767918;REVB=0.0396801;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988766;STB=0.555524;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00985567;OID=.;OPOS=76498406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:18:17:17:27:18:17:17:27 chr17 76498692 . C T 801.25 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.713;QD=64.0996;RBI=0.087224;REFB=0;REVB=0.00315842;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233647;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:50:2:0:42:50:1:20:22:2:0:20:30:0:0 chr17 76503593 . T C 535.22 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00466479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6541;QD=20.9891;RBI=0.0110598;REFB=-0.0124118;REVB=-0.0100279;RO=48;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317519;STB=0.517473;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00454718;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:25:29:24:24:25:29:24:24 chr17 76503624 . C T 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0121548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.951;QD=16.769;RBI=0.0146182;REFB=-0.0159338;REVB=0.00812105;RO=56;SAF=17;SAR=26;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26299;STB=0.647236;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0244254;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:26:17:37:19:26:17:37:19 chr17 76525565 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7234;QD=59.4295;RBI=0.0403581;REFB=0;REVB=-0.0294321;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750022;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr17 76528591 . C T 244.48 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.013918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.107;QD=30.5598;RBI=0.0154956;REFB=-0.0212255;REVB=-0.00681202;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230121;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:9:10:22:22:0.6875:11:11:4:5:11:11:5:5 chr17 76528790 . A G 439.48 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0225331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.665;QD=21.9742;RBI=0.0227008;REFB=-0.0265943;REVB=-0.00275437;RO=37;SAF=26;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456755;STB=0.529398;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0209724;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:16:26:21:16:16:27:21:16 chr17 76535948 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0109303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.683;QD=15.1662;RBI=0.0265838;REFB=-0.00652376;REVB=0.0242328;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327351;STB=0.686347;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00668313;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:4:16:7:8:4:16 chr17 76557862 . T C 1407.86 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0146081;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6744;QD=60.553;RBI=0.0240034;REFB=-0.145508;REVB=-0.0190464;RO=2;SAF=48;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193392;STB=0.510202;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000990223;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:93:2:2:91:91:0.978495:43:48:2:0:43:48:2:0 chr17 76557943 . G A 524.16 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0334272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.328;QD=24.0994;RBI=0.0347338;REFB=-0.0257204;REVB=-0.00943697;RO=38;SAF=29;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116171;STB=0.563748;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0150931;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:20:29:17:21:20:29:17:21 chr17 76567707 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7095;QD=50.413;RBI=0.0416826;REFB=0;REVB=0.000241252;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682871;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 76795805 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0229751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4656;QD=18.2503;RBI=0.0447559;REFB=-0.0430444;REVB=-0.0384088;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0355109;OID=.;OPOS=76795805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:7:8:9:6:7:8 chr17 76799617 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0069921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.446;QD=16.1562;RBI=0.0285036;REFB=-0.0119245;REVB=0.0276327;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609456;STB=0.543827;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0140094;OID=.;OPOS=76799617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:26:27:0.457627:13:13:18:14:14:13:18:14 chr17 76799810 . G A 486.82 PASS AF=0.489796;AO=42;DP=92;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00565278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.79;QD=19.8701;RBI=0.0126094;REFB=-0.034691;REVB=-0.0112713;RO=50;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142682;STB=0.561415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0328425;OID=.;OPOS=76799810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:50:50:42:48:0.489796:23:19:30:20:25:23:30:20 chr17 76799835 . C A 377.9 PASS AF=0.47191;AO=37;DP=82;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0797696;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5727;QD=16.9844;RBI=0.0932093;REFB=-0.0285107;REVB=0.048216;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751988;STB=0.50429;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0151415;OID=.;OPOS=76799835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:89:37:47:37:42:0.47191:16:21:24:13:20:22:25:22 chr17 76799836 . T A 30.6 PASS AF=0.0879121;AO=6;DP=82;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0383198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.7012;QD=1.34505;RBI=0.0460146;REFB=-0.0158674;REVB=-0.0254742;RO=76;SAF=1;SAR=5;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442492;STB=0.769399;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0391755;OID=.;OPOS=76799836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:82:91:76:83:6:8:0.0879121:5:1:46:30:6:2:46:37 chr17 76799860 . T C 299.05 PASS AF=0.415584;AO=29;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00127168;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.715;QD=15.5352;RBI=0.00739499;REFB=-0.0128602;REVB=-0.00728483;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068717;STB=0.51315;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0113042;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:44:29:32:0.415584:13:16:17:10:16:16:23:21 chr17 76799898 . A G 247.39 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0133852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.558;QD=13.7437;RBI=0.0206917;REFB=-0.00485076;REVB=-0.0157791;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025575;STB=0.503353;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00831519;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:43:28:29:0.402778:15:13:21:22:15:14:21:22 chr17 76817090 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0133489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.329;QD=21.0154;RBI=0.0457382;REFB=-0.0334586;REVB=-0.0437469;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0204783;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:6:10:6:7:6:10:6:7 chr17 76867017 . C T 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0225559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.452;QD=17.1021;RBI=0.0463979;REFB=0.00303842;REVB=0.0405462;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629108;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00154988;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:7:7:8:6:7:8 chr17 76970879 . A G 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.636;QD=61.5315;RBI=0.0148992;REFB=0;REVB=0.00104842;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72196e-05;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr17 76988785 . G A 525.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671679;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.318;QD=60.0949;RBI=0.0727772;REFB=0;REVB=0.0280177;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101672;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr17 76989782 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0418701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.863;QD=18.3015;RBI=0.0418831;REFB=-0.00077499;REVB=0.00104199;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14424;STB=0.572053;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00163113;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:11:11:13:7:11:12 chr17 76993546 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.254;QD=57.6807;RBI=0.0637129;REFB=0;REVB=0.0414088;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675438;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr17 77039835 . G A 905.15 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331094;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4321;QD=58.3969;RBI=0.0890819;REFB=0;REVB=0.0890203;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270431;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr17 77039852 . G A 1136.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.747;QD=60.6088;RBI=0.0785074;REFB=0;REVB=0.0740773;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209104;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:33:40:0:0:35:40:0:0 chr17 77042718 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00513453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.904;QD=55.0444;RBI=0.0111537;REFB=-0.0165622;REVB=0.00990163;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=5.26674e-06;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:23:32:0:0:23:32:1:0 chr17 77073566 . G A 1978.41 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0145188;FXX=0.0294096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.319;QD=59.9519;RBI=0.0147535;REFB=-0.0359018;REVB=0.00262088;RO=2;SAF=77;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291912;STB=0.506208;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00112677;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:132:2:3:129:129:0.977273:52:77:1:1:52:77:1:2 chr17 77075670 . C T 1126.94 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00740553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.97;QD=57.7916;RBI=0.0191002;REFB=-0.101755;REVB=0.0176062;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230713;STB=0.512192;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000228975;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:40:36:0:2:40:36:0:2 chr17 77075673 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.267;QD=60.7162;RBI=0.0267672;REFB=0;REVB=0.0026155;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55003e-05;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr17 77076440 . G T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.885;QD=63.2867;RBI=0.0655297;REFB=0;REVB=0.00545484;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235253;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:35:11:0:0:35:11:0:0 chr17 77078109 . A G 1870.41 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.272;QD=61.325;RBI=0.0568627;REFB=0;REVB=0.0567701;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55578e-05;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:122:0:0:113:122:1:55:58:0:0:63:59:0:0 chr17 77087005 . C CA 1549.14 PASS AF=1;AO=85;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221591;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=229.311;QD=59.0147;RBI=0.0297245;REFB=0;REVB=0.0198122;RO=12;SAF=45;SAR=40;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.41006e-05;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:108:105:105:0:53:52:0:0:9:12:45:40:4:8 chr17 77087006 . G A 50.19 PASS AF=0.110092;AO=12;DP=109;FAO=12;FDP=109;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00282122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.4661;QD=1.84181;RBI=0.00686745;REFB=-0.0254664;REVB=0.0062612;RO=97;SAF=4;SAR=8;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207881;STB=0.654062;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0283023;OID=.;OPOS=77087006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:109:109:97:97:12:12:0.110092:8:4:49:48:8:4:49:48 chr17 77093768 . T C 945.24 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9649;QD=58.1686;RBI=0.138555;REFB=0;REVB=-0.103615;RO=0;SAF=9;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123048;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:55:9:0:0:56:9:0:0 chr17 77757820 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 43.62 PASS AF=0.473684,0;AO=3,4;DP=23;FAO=9,0;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0229286,0.111201;FXX=0.136302;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.4706,9.61657;QD=9.18372;RBI=0.138644,0.115038;REFB=-0.108027,-0.0930821;REVB=0.136735,0.0294617;RO=10;SAF=3,0;SAR=0,4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0.305263,0.305263;SSEP=0,0;SSSB=0.747687,-0.630393;STB=0.773671,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=del,del;VARB=0.155816,0.0439442;OID=.,.;OPOS=77757825,77757821;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0:3,4:23:9,0:19:10:6,0:3,0:1:9:41:10:3,0:0,4:2:8 chr17 77758691 . G A 442.98 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0359469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.016;QD=17.8982;RBI=0.0369321;REFB=0.00193874;REVB=0.00847352;RO=54;SAF=11;SAR=34;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209189;STB=0.617795;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00216834;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:34:11:23:31:34:11:23:31 chr17 77768654 . C A 394.87 PASS AF=0.467391;AO=27;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.000124335;FXX=0.0107515;HRUN=8;LEN=1;MLLD=307.962;QD=17.1684;RBI=0.0109357;REFB=-0.0111785;REVB=-0.010935;RO=29;SAF=22;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804248;STB=0.601954;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00977637;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:29:45:27:43:0.467391:5:22:22:7:7:36:32:13 chr17 77772068 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00530745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.136;QD=14.2416;RBI=0.0233232;REFB=-0.0153824;REVB=0.0227113;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160652;STB=0.591755;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0129243;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:19:12:12:10:19:12 chr17 77926491 . G A 390.32 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0017241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.201;QD=18.8107;RBI=0.00678818;REFB=-0.0387285;REVB=0.00656559;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109798;STB=0.506937;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0325377;OID=.;OPOS=77926491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:21:19:20:22:21:19:21:22 chr17 77984141 . C T 722.27 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0327272;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.602;QD=21.7226;RBI=0.0357353;REFB=-0.028145;REVB=-0.0143506;RO=60;SAF=36;SAR=34;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260674;STB=0.52554;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0241258;OID=.;OPOS=77984141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:60:63:70:70:0.526316:34:36:29:31:34:36:29:34 chr17 78013724 . G C 612.92 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1348;QD=61.2917;RBI=0.0581905;REFB=0;REVB=0.0572499;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573042;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr17 78023722 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0290793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0552;QD=15.6172;RBI=0.051202;REFB=0.0215999;REVB=0.042143;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0287106;OID=.;OPOS=78023722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:12:13:9:9:12:13 chr17 78055758 . T G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0440587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.48;QD=21.7443;RBI=0.0449945;REFB=-0.00999644;REVB=-0.00912865;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00972701;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr17 78064015 . G C 120.01 PASS AF=0.466667;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00290871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5865;QD=16.0018;RBI=0.0556207;REFB=-0.0772088;REVB=-0.0555446;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.686002;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0510418;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:11:16:12:14:0.466667:4:8:6:5:4:10:6:10 chr17 78071052 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.448;QD=62.6698;RBI=0.0315211;REFB=0;REVB=0.010895;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224849;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 78073355 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6485;QD=59.8536;RBI=0.0230995;REFB=0;REVB=-0.0167554;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003337;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr17 78073562 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.173;QD=53.9087;RBI=0.0415085;REFB=0;REVB=0.0379727;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351962;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 78078709 . T C 1377.35 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.197;QD=62.607;RBI=0.0142268;REFB=0;REVB=0.00864828;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07456e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr17 78079597 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6934;QD=58.2372;RBI=0.0224485;REFB=0;REVB=0.0222047;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180694;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr17 78079669 . G A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.865;QD=57.6752;RBI=0.0759688;REFB=0;REVB=0.0737178;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632017;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr17 78082504 . G A 1230.7 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00856785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.315;QD=60.0341;RBI=0.0101114;REFB=-0.0451551;REVB=0.00536967;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000171907;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:81:81:0.987805:42:39:0:0:42:39:0:1 chr17 78087041 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.646;QD=53.9105;RBI=0.062334;REFB=0;REVB=0.0425166;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427696;OID=.;OPOS=78087041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr17 78087109 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.222;QD=60.6102;RBI=0.0227154;REFB=0;REVB=0.0200789;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40398e-05;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr17 78091405 . G A 1320.55 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.91;QD=62.1434;RBI=0.0248961;REFB=0;REVB=0.0227579;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27714e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr17 78162170 . G A,C 1025.31 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=66,4;DP=70;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821912,-0.0119192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.147,124.206;QD=58.5893;RBI=0.0921759,0.0152418;REFB=0,0;REVB=0.0417255,-0.00949978;RO=0;SAF=33,3;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000460964,0.0889155;OID=.,.;OPOS=78162170,78162170;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:70:70:0:0:66,4:67,3:0.957143,0.0428571:33,1:33,3:0:0:33,1:34,2:0:0 chr17 78171942 . AGG AG,AGC 648.41 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=13,29;DP=43;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12681,0.018141;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1228,34.8367;QD=58.9466;RBI=0.131671,0.122392;REFB=0,0;REVB=-0.0354487,0.121041;RO=0;SAF=2,10;SAR=11,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.278378,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0878281,-0.00095125;OID=.,.;OPOS=78171943,78171944;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:13,29:43:2,42:44:0:1,12:1,30:0:0:7:0:2,10:11,19:0:0 chr17 78178893 . C T 141.27 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00829661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1811;QD=13.4545;RBI=0.018711;REFB=-0.0318897;REVB=0.0167711;RO=26;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615342;STB=0.535672;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0549957;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:13:3:4:22:13:3:4:22 chr17 78178916 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000577427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.254;QD=19.9669;RBI=0.00268211;REFB=-0.0186928;REVB=-0.00261922;RO=26;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23402;STB=0.631564;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0144549;OID=.;OPOS=78178916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:23:6:11:15:23:6:11:15 chr17 78179408 . G A 220.74 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.000377647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.259;QD=12.0953;RBI=0.0440433;REFB=0.00565715;REVB=0.0440417;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210167;STB=0.620258;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0127972;OID=.;OPOS=78179408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:14:13:31:15:14:13:31:15 chr17 78219065 . C A 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0027;QD=59.013;RBI=0.0497425;REFB=0;REVB=0.0396105;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561929;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 78293189 . A T 1320.93 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.033;QD=62.1613;RBI=0.0117027;REFB=0;REVB=-0.00063639;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81414e-05;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:37:47:0:0:38:47:0:0 chr17 78298938 . A G 1039.32 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0205385;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.929;QD=56.949;RBI=0.0292091;REFB=0.151629;REVB=-0.0207688;RO=2;SAF=7;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.50769;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00693131;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:64:7:0:2:64:7:0:2 chr17 78302157 . C A 213.18 PASS AF=0.4;AO=23;DP=62;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0124313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.437;QD=13.1188;RBI=0.0124765;REFB=-0.00820702;REVB=0.00106035;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174501;STB=0.584351;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0125766;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:38:39:23:26:0.4:14:9:21:17:15:11:22:17 chr17 78306102 . G C 381.05 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00576578;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4188;QD=16.7495;RBI=0.0138081;REFB=-0.00150293;REVB=0.0125466;RO=47;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042231;STB=0.503648;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00309718;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:51:40:40:0.43956:23:17:22:25:23:17:22:29 chr17 78311508 . G A 114.65 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00116086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.352;QD=10.4229;RBI=0.00146207;REFB=-0.00715175;REVB=-0.00088885;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403805;STB=0.735557;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0073437;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:3:11:13:16:3:11:14:16 chr17 78319136 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.016386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.541;QD=14.0975;RBI=0.0165307;REFB=-0.00503054;REVB=0.00218286;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.609231;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00476573;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:3:10:15:2:3:10:16:2 chr17 78319380 . G C 367.86 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0151438;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0859;QD=16.1696;RBI=0.0315382;REFB=0.00654135;REVB=0.0276645;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720768;STB=0.533316;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00675992;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:20:18:21:31:21:18:21:31 chr17 78327358 . G A 369.33 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0111204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.379;QD=20.8075;RBI=0.0114957;REFB=-0.0352439;REVB=-0.0029136;RO=33;SAF=29;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133721;STB=0.578049;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0317111;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:8:29:22:11:8:30:22:11 chr17 78341776 . G A 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0193406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=12.2753;RBI=0.0206915;REFB=-0.016468;REVB=-0.00735388;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233577;STB=0.637518;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0202686;OID=.;OPOS=78341776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:14:18:6:11:14:18 chr17 78354661 . C T 214.43 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0179036;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.734;QD=20.4217;RBI=0.046906;REFB=-0.012777;REVB=-0.0433548;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31464;STB=0.68405;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0127185;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:21:21:0.5:9:12:4:16:9:12:4:17 chr17 78395694 . C T 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00469344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.206;QD=14.8316;RBI=0.01087;REFB=-0.0174422;REVB=-0.00980456;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950606;STB=0.50543;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0216679;OID=.;OPOS=78395694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:18:12:9:13:18:12 chr17 78444658 . T G 505.3 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147394;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6554;QD=59.4468;RBI=0.0620843;REFB=0;REVB=0.0603093;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406554;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr17 78444679 . T C 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0057442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.452;QD=21.8385;RBI=0.0141119;REFB=-0.0394486;REVB=0.01289;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207536;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0273656;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:14:10:11:14:14:10 chr17 78445702 . A G 883.46 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.683;QD=57.932;RBI=0.0143302;REFB=0;REVB=-0.0140039;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24327e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr17 78820329 . C T 555.1 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00793964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.529;QD=18.5033;RBI=0.00872337;REFB=-0.00619579;REVB=0.00361376;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595412;STB=0.529349;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00571054;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:35:23:28:33:35:23:28:34 chr17 78854223 . A G 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0682724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0526;QD=18.6386;RBI=0.0694883;REFB=0.00992961;REVB=-0.0129421;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00984154;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:12:12:8:13:12:12 chr17 78896529 . C T 230.93 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0742267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.623;QD=12.1542;RBI=0.0809434;REFB=-0.0175084;REVB=-0.0322836;RO=46;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163825;STB=0.607066;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0406962;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:48:28:28:0.368421:11:17:21:25:11:17:21:27 chr17 78921117 . C T 340.52 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0269059;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5881;QD=17.9219;RBI=0.0351929;REFB=-0.0225579;REVB=-0.0226851;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117669;STB=0.559847;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.023461;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:22:14:20:19:22:14:20:20 chr17 78931492 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0128946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.588;QD=21.6129;RBI=0.0442382;REFB=-0.0177338;REVB=0.0423172;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140411;STB=0.579089;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0224041;OID=.;OPOS=78931492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:10:13:17:7:10:13 chr17 78935197 . C T 546.72 PASS AF=0.525253;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0564242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.498;QD=22.0898;RBI=0.0651786;REFB=-0.0199921;REVB=-0.0326275;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812906;STB=0.543462;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0163348;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:47:51:52:0.525253:27:24:26:20:28:24:26:21 chr17 79006850 . T C 416.59 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0168013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.827;QD=22.2181;RBI=0.0262892;REFB=-0.00118755;REVB=0.0202198;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06625;STB=0.529933;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000961276;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:40:41:0.546667:18:22:16:18:19:22:16:18 chr17 79009061 . C T 587.12 PASS AF=0.484127;AO=58;DP=123;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.017261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.865;QD=18.6388;RBI=0.0250273;REFB=-0.0156763;REVB=0.0181225;RO=64;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739166;STB=0.539888;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0149054;OID=.;OPOS=79009061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:64:65:58:61:0.484127:29:29:27:37:30:31:28:37 chr17 79059230 . C T 2480.89 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123907;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.195;QD=61.6371;RBI=0.0164101;REFB=0;REVB=0.0107592;RO=0;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82549e-05;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:161:0:0:162:161:1:71:91:0:0:70:91:0:0 chr17 79082862 . G A 674.66 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549532;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.693;QD=62.7594;RBI=0.0605277;REFB=0;REVB=0.0253722;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249284;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr17 79091103 . G T 479.96 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.027;QD=58.1769;RBI=0.0537645;REFB=0;REVB=-0.024589;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409755;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:15:13:0:0:15:18:0:0 chr17 79093822 . A G 85.25 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.037361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1634;QD=11.3669;RBI=0.0443567;REFB=-0.00648162;REVB=-0.0239096;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131313;STB=0.578172;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00724003;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:11:8:6:5:11:8 chr17 79095144 . G A 893.57 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.078;QD=55.8481;RBI=0.0859658;REFB=-0.114413;REVB=0.0795695;RO=1;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200828;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00240138;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:23:39:0:1:24:39:0:1 chr17 79095629 . C A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0158572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.381;QD=17.1002;RBI=0.0159721;REFB=-0.0294624;REVB=0.00191271;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239094;STB=0.638091;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0384004;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:8:7:10:4:8:7 chr17 79139473 . C G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0110901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.042;QD=20.0177;RBI=0.0295218;REFB=-0.0176589;REVB=0.0273596;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357816;STB=0.697809;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.012491;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:1:16:10:8:1:16 chr17 79140505 . C CG,G 782.83 PASS AF=0.129032,0.822581;AO=11,45;DP=63;FAO=8,51;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=5,31;FSAR=3,20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0241474,0.0280102;FXX=0.0158705;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=97.9193,98.4628;QD=50.5048;RBI=0.0464143,0.0828104;REFB=-0.0496311,-0.168929;REVB=-0.0396383,-0.0779294;RO=6;SAF=11,24;SAR=0,21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.814652,0.00736381;STB=0.615125,0.523068;STBP=0.301,0.192;TYPE=ins,snp;VARB=0.0107791,0.0120399;OID=.,.;OPOS=79140506,79140505;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:63:62:6:3:11,45:8,51:0.129032,0.822581:0,21:11,24:3:3:3,20:5,31:3:0 chr17 79171967 . A G 592.32 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.337;QD=59.2324;RBI=0.120386;REFB=0;REVB=-0.119303;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322406;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:22:17:1:0:22:18:0:0 chr17 79173184 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2294;QD=58.5823;RBI=0.0681589;REFB=0;REVB=0.0628811;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831329;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr17 79173224 . T C,G 603.07 PASS AF=0.880952,0.0952381;AO=38,4;DP=42;FAO=37,4;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23,1;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00508954,-0.0397884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6781,167.688;QD=57.4356;RBI=0.0244098,0.0450136;REFB=-0.135278,0.00473493;REVB=-0.0238733,-0.0210501;RO=0;SAF=23,1;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.517232,0.571096;STBP=0.269,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.000285894,0.082213;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:42:42:0:1:38,4:37,4:0.880952,0.0952381:15,3:23,1:0:0:14,3:23,1:0:1 chr17 79174221 . T C 1811.22 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00419147;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.063;QD=60.3741;RBI=0.0216586;REFB=-0.0812476;REVB=0.0212492;RO=1;SAF=35;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562171;STB=0.502958;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000405046;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:120:1:1:119:119:0.991667:84:35:0:1:84:35:0:1 chr17 79182778 . T C 724.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4248;QD=63.0146;RBI=0.0554209;REFB=0;REVB=-0.0533573;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103318;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr17 79202956 . T C,G 730.48 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=41,3;DP=45;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=35,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504545,0.0301317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.978,181.788;QD=59.6307;RBI=0.0515289,0.0316369;REFB=-0.0776667,-0.0820533;REVB=0.0104677,0.00964226;RO=0;SAF=10,0;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.09277e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00104433,-0.00842045;OID=.,.;OPOS=79202956,79202956;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:45:49:0:0:41,3:46,3:0.938776,0.0612245:31,3:10,0:0:0:35,3:11,0:0:0 chr17 79219500 . AATG A 1312.97 PASS AF=0.895522;AO=117;DP=130;FAO=120;FDP=134;FR=.;FRO=14;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00747263;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=3;MLLD=299.64;QD=39.1931;RBI=0.00908562;REFB=0.00118481;REVB=0.00516802;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552959;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.000141431;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.895522:117:130:120:134:14:51:69:13:1:21:0:48:69:0:0 chr17 79220224 . G C 516.27 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00452233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7144;QD=45.8903;RBI=0.0975958;REFB=-0.0224556;REVB=0.097491;RO=6;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438549;STB=0.514793;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0331484;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:6:7:38:38:0.844444:25:13:3:3:25:13:3:4 chr17 79279017 . C G 116.28 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.018181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0952;QD=11.6284;RBI=0.0531941;REFB=-0.0259386;REVB=-0.0499906;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249201;STB=0.648633;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0445076;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:13:13:4:10:13:13 chr17 79402514 . C T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0103371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5849;QD=26.8492;RBI=0.013503;REFB=-0.035576;REVB=0.00868773;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993172;STB=0.555481;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0132406;OID=.;OPOS=79402514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:4:3:9:6:4:3 chr17 79409309 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.824;QD=37.4885;RBI=0.0302755;REFB=0;REVB=-0.0258074;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043639;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 79410256 . G A 260.41 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0349176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2506;QD=24.801;RBI=0.0371432;REFB=-0.0371886;REVB=0.0126641;RO=18;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209991;STB=0.6153;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0293354;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:8:16:16:2:8:16:16:2 chr17 79414307 . A G 216.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0281515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.722;QD=22.1848;RBI=0.0298714;REFB=-0.0224288;REVB=0.00998955;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149696;STB=0.583862;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0221735;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:7:11:9:12:7:11 chr17 79423467 . G C 34.71 PASS AF=0.131148;AO=9;DP=52;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0652081;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.6039;QD=2.27582;RBI=0.183115;REFB=-0.00976238;REVB=-0.171111;RO=43;SAF=1;SAR=8;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681962;STB=0.908875;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0446115;OID=.;OPOS=79423467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:52:61:43:53:9:8:0.131148:8:1:32:11:7:1:35:18 chr17 79424516 . A G 37.8 PASS AF=0.375;AO=7;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0432856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4615;QD=9.45089;RBI=0.120619;REFB=-0.0290853;REVB=-0.112585;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118071;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0292469;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:7:6:0.375:3:4:4:5:2:4:4:6 chr17 79424537 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00788244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.87;QD=18.4438;RBI=0.0126804;REFB=-0.00120266;REVB=-0.00993274;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428568;STB=0.749499;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000503928;OID=.;OPOS=79424537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:3:6:2:9:3:6 chr17 79429852 . C T 236.56 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.010208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.455;QD=15.7707;RBI=0.0118483;REFB=-0.0204069;REVB=-0.0060149;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131016;STB=0.562693;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.020906;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:12:15:22:10:12:15:22:11 chr17 79478019 . G A 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0233942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.103;QD=17.9548;RBI=0.0258411;REFB=-0.00652308;REVB=0.0109761;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00690085;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:9:8:7:9:9:8 chr17 79496289 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00907784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.082;QD=18.9664;RBI=0.00910058;REFB=-0.00789461;REVB=-0.000643019;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352189;STB=0.507805;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0111433;OID=.;OPOS=79496289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:11:13:12:10:11:14 chr17 79507170 . T C 450.65 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352011;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.124;QD=58.1486;RBI=0.0332289;REFB=0;REVB=0.0330419;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102258;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr17 79507272 . G A 199.49 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00757125;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.309;QD=16.2848;RBI=0.0612493;REFB=-0.00187575;REVB=0.0607796;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638561;STB=0.540605;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00209677;OID=.;OPOS=79507272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:23:27:22:22:0.44898:9:13:12:11:9:13:14:13 chr17 79508400 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.827;QD=62.6686;RBI=0.0412126;REFB=0;REVB=0.0302972;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22698e-06;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr17 79511135 . A G 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0192779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.135;QD=13.2871;RBI=0.02442;REFB=-0.0225433;REVB=0.01499;RO=40;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250669;STB=0.638711;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.025098;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:7:20:21:19:7:20:22:19 chr17 79514028 . C G 102.45 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0134147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.214;QD=12.4184;RBI=0.0347315;REFB=-0.0180543;REVB=0.0320362;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0270471;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:6:6:12:8:7:6:12:8 chr17 79525118 . T G 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0271997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.693;QD=12.7786;RBI=0.0298039;REFB=-0.00830369;REVB=0.0121841;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00337771;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:4:10:6:4:4:10 chr17 79589242 . G A 1236.7 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232142;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.568;QD=60.3268;RBI=0.0260051;REFB=-0.0473759;REVB=0.0117202;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=2.51153e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:1:0:43:38:1:0 chr17 79596811 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.408;QD=57.1775;RBI=0.0174927;REFB=0;REVB=0.015641;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22951e-05;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr17 79609410 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.169;QD=57.6807;RBI=0.0398751;REFB=0;REVB=0.010707;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70046e-05;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 79612161 . C T 1319.07 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00437971;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.499;QD=56.7341;RBI=0.0249518;REFB=-0.0380757;REVB=0.0245644;RO=4;SAF=50;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571199;STB=0.501743;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000111504;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:93:93:4:5:88:88:0.946237:38:50:2:2:38:50:3:2 chr17 79612333 . G A 352.51 PASS AF=0.964286;AO=23;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.168;QD=50.3589;RBI=0.0304716;REFB=-0.0779668;REVB=0.00158147;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000869707;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:23:27:0.964286:17:6:0:0:17:10:1:0 chr17 79612382 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9887;QD=42.1825;RBI=0.0459084;REFB=0;REVB=0.0212039;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037357;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 79612397 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.446;QD=45.8068;RBI=0.0342605;REFB=0;REVB=-0.0103957;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142854;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 79612413 . T C 206.29 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193824;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.521;QD=48.5377;RBI=0.0220513;REFB=0;REVB=0.0105157;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841604;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 79612443 . T C 486.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.84;QD=57.2744;RBI=0.0757698;REFB=0;REVB=0.0736297;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248665;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:15:19:0:0 chr17 79612621 . G A 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0400353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.297;QD=21.1288;RBI=0.0434229;REFB=-0.0123284;REVB=0.0168145;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174248;STB=0.509795;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0125729;OID=.;OPOS=79612621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:12:9:9:13:12:9 chr17 79614481 . A G 306.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.661;QD=53.2589;RBI=0.0318643;REFB=0;REVB=0.013633;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164893;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 249.53 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00376149;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=264.767;QD=38.3894;RBI=0.0140194;REFB=-0.0711641;REVB=-0.0135054;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53843;STBP=0.214;TYPE=del;VARB=0.0084886;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:22:25:24:26:2:12:12:2:0:7:0:11:11:0:0 chr17 79637349 . T C,G 1483.77 PASS AF=0.950495,0.049505;AO=96,4;DP=101;FAO=96,5;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154692,-0.0222633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.385,199.754;QD=58.7632;RBI=0.0169355,0.022791;REFB=0,0;REVB=0.00689333,0.00487617;RO=0;SAF=49,3;SAR=47,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.53995e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000298776,0.0294785;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:101:101:0:0:96,4:96,5:0.950495,0.049505:47,1:49,3:0:0:47,1:49,4:0:0 chr17 79657194 . A G 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00524364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.496;QD=9.49109;RBI=0.00553686;REFB=-0.0214093;REVB=-0.00177793;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.743692;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0302187;OID=.;OPOS=79657194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:5:13:3:6:5:13 chr17 79769466 . T C 174.55 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2579;QD=46.5455;RBI=0.07019;REFB=0;REVB=0.0332243;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476261;OID=.;OPOS=79769466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:9:6:0:0 chr17 79770740 . C T 293.3 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.224;QD=48.8838;RBI=0.0401439;REFB=-0.0795357;REVB=0.0377707;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00486744;OID=.;OPOS=79770740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:0:1:21:23:0.958333:11:10:0:0:12:11:1:0 chr17 79784105 . A G 237.34 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7557;QD=45.208;RBI=0.116058;REFB=-0.0319193;REVB=0.112257;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368096;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00654421;OID=.;OPOS=79784105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:7:12:1:0:8:12:1:0 chr17 79803101 . A G 919.9 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6888;QD=58.4066;RBI=0.0766887;REFB=0;REVB=-0.0298099;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225584;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:26:37:0:0 chr17 79805134 . G A 885.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.176;QD=58.0536;RBI=0.0123993;REFB=0;REVB=0.0117151;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32791e-05;OID=.;OPOS=79805134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr17 79818260 . G T 654.53 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.796;QD=59.503;RBI=0.0281671;REFB=0.0256013;REVB=0.0111503;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-5.75136e-05;OID=.;OPOS=79818260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:28:15:0:0:28:15:0:1 chr17 79825897 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.249;QD=51.1846;RBI=0.0575087;REFB=0;REVB=-0.0557412;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186339;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr17 79872241 . A G 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.731;QD=54.513;RBI=0.0334283;REFB=-0.0605567;REVB=-0.000428514;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553034;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000381072;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:16:20:1:1:16:20:1:1 chr17 79891147 . T C 1073.37 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023676;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.774;QD=59.6318;RBI=0.0493764;REFB=0;REVB=0.0433299;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121814;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr17 79899271 . GAAC GAC,GACG,GGAC 311.13 PASS AF=0.517857,0,0.0714286;AO=9,2,22;DP=57;FAO=29,0,4;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19,0,4;FSAR=10,0,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0959883,-0.0386505,-0.234441;FXX=0.0175408;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=24.9335,81.2517,27.3518;QD=22.2235;RBI=0.16138,0.139989,0.286623;REFB=-0.00154807,0.00773188,0.0873179;REVB=-0.129729,-0.134548,-0.164894;RO=23;SAF=8,0,15;SAR=1,2,7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.596596,-0.450372,0.268929;STB=0.619481,0.5,0.997599;STBP=0.055,1,0.016;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00522228,0,0.0429706;OID=.,.,.;OPOS=79899272,79899273,79899272;OREF=A,AC,A;OALT=-,CG,G;OMAPALT=GAC,GACG,GGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857,0,0.0714286:9,2,22:57:29,0,4:56:23:19,0,4:10,0,0:9:14:99:23:8,0,15:1,2,7:9:14 chr17 79899495 . G A 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00104139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.732;QD=22.7106;RBI=0.00484148;REFB=-0.0273694;REVB=-0.00472815;RO=41;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102039;STB=0.505616;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0243227;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:24:24:21:20:24:24:21:20 chr17 79899698 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0174766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.658;QD=20.6014;RBI=0.0185791;REFB=-0.0209648;REVB=0.00630493;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772962;STB=0.543436;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0181245;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:6:13:12:8:6:13 chr17 79954544 . T A 323.14 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00575936;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.912;QD=14.8571;RBI=0.0304199;REFB=-0.00698199;REVB=0.0298697;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115851;STB=0.554424;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0111994;OID=.;OPOS=79954544;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:44:52:35:35:0.402299:20:15:24:20:20:15:27:25 chr17 79974731 . T C 165.6 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0778519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.764;QD=14.3999;RBI=0.0799062;REFB=-0.00865033;REVB=0.0180021;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500848;STB=0.793299;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129249;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:17:11:15:3:17:11 chr17 79980756 . C A 84.75 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0147335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2425;QD=10.9354;RBI=0.0338469;REFB=-0.030867;REVB=0.0304719;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438467;STB=0.747901;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0452465;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:1:19:7:4:1:19 chr17 79993919 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=0.0793946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4296;QD=13.6609;RBI=0.0798314;REFB=0.00811582;REVB=0.00833943;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46333;STB=0.768934;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0115081;OID=.;OPOS=79993919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:8:6:18:2:8:6:19:2 chr17 80006957 . A C 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0207861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6363;QD=14.2601;RBI=0.0208052;REFB=-0.0234977;REVB=0.000892688;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465822;STB=0.526994;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0416031;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:16:8:6:10:16:8 chr17 80007887 . A G 373.62 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0256556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7819;QD=14.7967;RBI=0.0400677;REFB=0.00350308;REVB=-0.0307768;RO=58;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563586;STB=0.527208;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00672351;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:59:42:42:0.415842:24:18:28:30:24:18:28:31 chr17 80008392 . G T 443.78 PASS AF=0.395349;AO=50;DP=128;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0161074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9515;QD=13.7605;RBI=0.0268646;REFB=0.0461154;REVB=0.0215001;RO=78;SAF=25;SAR=25;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055205;STB=0.525104;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0649441;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:78:78:50:51:0.395349:25:25:43:35:25:26:43:35 chr17 80009156 . T G 47.48 PASS AF=0.272727;AO=4;DP=20;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00685994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.821;QD=8.63264;RBI=0.00708215;REFB=-0.0121369;REVB=0.00176013;RO=13;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.728298;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0371764;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:22:13:14:4:6:0.272727:1:3:7:6:1:5:8:6 chr17 80013235 . A G 884.65 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.017;QD=58.0099;RBI=0.0152559;REFB=0;REVB=-0.00324897;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79689e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr17 80039481 . G A 740.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.781;QD=56.9508;RBI=0.059262;REFB=0;REVB=0.0016594;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780944;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr17 80051183 . A G 640.24 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00919596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.603;QD=20.6529;RBI=0.0166152;REFB=0.00663584;REVB=-0.0138383;RO=59;SAF=34;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199107;STB=0.507076;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00435342;OID=.;OPOS=80051183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:30:34:30:29:30:34:31:29 chr17 80059596 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00680567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.667;QD=16.728;RBI=0.00862093;REFB=-0.00812219;REVB=-0.00529181;RO=19;SAF=14;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232535;STB=0.636165;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0108099;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:2:14:14:5:2:14:14:5 chr17 80071244 . T C 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0379474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2243;QD=18.8274;RBI=0.0389471;REFB=0.00123589;REVB=0.00876737;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135421;STB=0.576846;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00208885;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:12:10:12:8:12:10 chr17 80071450 . G A 131.93 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0242919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.018;QD=14.6593;RBI=0.0243223;REFB=-0.00581136;REVB=-0.00121443;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243281;STB=0.651978;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0108179;OID=.;OPOS=80071450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:7:13:6:9:7:14 chr17 80085633 . A G 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00437117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.569;QD=28.7635;RBI=0.011684;REFB=-0.000412937;REVB=-0.0108356;RO=9;SAF=16;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165455;STB=0.592484;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=8.23061e-06;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:3:16:6:3:3:16:6:3 chr17 80085703 . G T 121.49 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0692924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2862;QD=15.1858;RBI=0.151628;REFB=0.0181764;REVB=-0.134869;RO=18;SAF=13;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469874;STB=0.783945;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0276387;OID=.;OPOS=80085703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:1:13:12:6:1:13:12:6 chr17 80086386 . C T 457.02 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0149531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.813;QD=23.1403;RBI=0.0160191;REFB=-0.0190002;REVB=0.00574607;RO=35;SAF=25;SAR=19;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224632;STB=0.623175;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0248489;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:19:25:10:25:19:25:10:25 chr17 80086389 . C T 441.53 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0118871;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.704;QD=22.0766;RBI=0.0129054;REFB=-0.0237054;REVB=-0.00502466;RO=34;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18667;STB=0.618858;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0120237;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:37:43:43:0.5375:19:24:11:23:19:24:11:26 chr17 80086395 . T C 491.84 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00107988;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9287;QD=22.6133;RBI=0.0132822;REFB=-0.025;REVB=-0.0132382;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144414;STB=0.594332;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0291563;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:22:24:14:26:22:25:13:27 chr17 80099639 . C A 221.99 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0418148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9975;QD=14.5565;RBI=0.0502639;REFB=0.0203722;REVB=0.0278923;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.568847;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0248913;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:16:19:11:15:16:19 chr17 80103737 . T C 351.45 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0118985;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.665;QD=15.2806;RBI=0.0120207;REFB=-0.0126437;REVB=0.00170962;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19021;STB=0.596853;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0192639;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:54:38:38:0.413043:24:14:11:42:24:14:12:42 chr17 80136418 . C T 168.91 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0373852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6242;QD=12.0651;RBI=0.0396671;REFB=-0.0169355;REVB=-0.0132598;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568249;STB=0.523787;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0335282;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:11:10:18:16:11:10:18:17 chr17 80151881 . G A 662.14 PASS AF=0.540984;AO=65;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0125269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.441;QD=21.7095;RBI=0.0293256;REFB=-0.0192616;REVB=0.0265154;RO=57;SAF=33;SAR=32;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308116;STB=0.524583;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.009983;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:57:56:65:66:0.540984:32:33:31:26:33:33:31:25 chr17 80159566 . T C 706.75 PASS AF=0.962963;AO=53;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0531705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3715;QD=52.3517;RBI=0.0668364;REFB=-0.00727776;REVB=-0.0404969;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.519992;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00362439;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:53:52:0.962963:28:25:1:0:28:24:2:0 chr17 80159665 . G A 160.42 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0143462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.711;QD=18.3334;RBI=0.0151199;REFB=-0.0238959;REVB=-0.00477473;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0394465;OID=.;OPOS=80159665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:10:8:8:9:10:8 chr17 80195582 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.756;QD=61.3351;RBI=0.0227426;REFB=0;REVB=0.0217946;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9199e-05;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr17 80218800 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.74;QD=45.8003;RBI=0.0276438;REFB=0;REVB=0.0276236;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414418;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr17 80280865 . G A 205.39 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0174663;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.996;QD=14.4133;RBI=0.0207092;REFB=-0.0109793;REVB=-0.0111265;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104602;STB=0.555675;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0145382;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:33:24:24:0.421053:11:13:20:11:11:13:21:12 chr17 80373452 . C T 671.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7772;QD=62.4208;RBI=0.0718989;REFB=0;REVB=0.0137452;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905146;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr17 80377690 . T G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7692;QD=57.6747;RBI=0.0323564;REFB=0;REVB=0.0311509;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425603;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 80391684 . A G 1283.06 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3164;QD=61.8341;RBI=0.025424;REFB=0;REVB=-0.0204322;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167605;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr17 80394530 . G T 259.02 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0690504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5783;QD=45.0462;RBI=0.110066;REFB=-0.202103;REVB=0.0857126;RO=2;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0209637;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:2:21:21:0.913043:14:7:0:2:14:7:0:2 chr17 80404547 . G A 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00726376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.927;QD=16.6313;RBI=0.0303054;REFB=-0.0167233;REVB=-0.029422;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133695;STB=0.581713;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0266352;OID=.;OPOS=80404547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:14:20:18:22:14:20:18:23 chr17 80452592 . G C 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.533;QD=49.5726;RBI=0.0870832;REFB=0;REVB=0.0260397;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793724;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr17 80481088 . T C 230.79 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0261712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5861;QD=16.4853;RBI=0.0266416;REFB=-0.0167681;REVB=0.00498382;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234422;STB=0.632052;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0182597;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:16:10:19:11:16:10:19:11 chr17 80573681 . A G 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00503435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4137;QD=24.7056;RBI=0.0612219;REFB=-0.00398259;REVB=0.0610146;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111355;STB=0.561746;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00576819;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:5:12:13:10:5:12 chr17 80614933 . T C 471.86 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0010093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8288;QD=55.5132;RBI=0.0485317;REFB=-0.0219958;REVB=0.0485212;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00167889;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chr17 80615040 . A C 949.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.533;QD=58.4283;RBI=0.0230848;REFB=0;REVB=-0.00194927;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16422e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr17 80674643 . C G 255.42 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.31;QD=51.0836;RBI=0.0362489;REFB=0;REVB=-0.00384257;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336689;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 80696410 . A C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.001;QD=62.3485;RBI=0.0653095;REFB=0;REVB=0.0604557;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128549;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 80700592 . T C 1128.99 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.55;QD=60.2129;RBI=0.0509852;REFB=0;REVB=0.0266855;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49999e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr17 80788465 . T C,G 746.13 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=44,4;DP=48;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171423,-0.000765292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.426,176.704;QD=62.1771;RBI=0.0172063,0.00078726;REFB=0,0;REVB=0.00148359,-0.000184682;RO=0;SAF=30,4;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00398682,0.0953664;OID=.,.;OPOS=80788465,80788465;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:48:48:0:0:44,4:45,3:0.9375,0.0625:14,0:30,4:0:0:14,0:31,3:0:0 chr17 80788492 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.206;QD=62.9805;RBI=0.00397316;REFB=0;REVB=0.00212422;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77642e-05;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr17 80895932 . GA G,GG 236.0 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,16;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395349,-0.00715792;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.344,226.163;QD=49.6843;RBI=0.0664099,0.0631721;REFB=0,0;REVB=0.0662921,0.0627653;RO=0;SAF=0,9;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.037844,0.00663192;OID=.,.;OPOS=80895933,80895933;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:3,16:19:1,18:19:0:0,9:1,9:0:0:5:0:0,9:3,7:0:0 chr17 80992932 . A C 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00894098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.646;QD=19.5;RBI=0.0179565;REFB=-0.0101837;REVB=-0.0155722;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850954;STB=0.549087;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0136168;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:36:36:0.507042:22:14:16:17:22:14:17:18 chr17 81006387 . G A 354.16 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.027194;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5;QD=28.9106;RBI=0.0382339;REFB=-0.0319838;REVB=-0.026876;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139324;STB=0.576611;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0234402;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:7:12:13:17:7:12 chr17 81006629 . C T 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.041852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.582;QD=14.5325;RBI=0.0423337;REFB=-0.0145262;REVB=-0.00636794;RO=40;SAF=6;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29829;STB=0.671402;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0137435;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:23:6:18:22:23:6:18:22 chr17 81009595 . C T 81.18 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0164416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5068;QD=18.0403;RBI=0.0436955;REFB=-0.0254318;REVB=0.0404842;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0236961;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:6:2:3:7:6:2 chr17 81043039 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.302;QD=47.8224;RBI=0.0106464;REFB=0;REVB=0.00489894;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62057e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr18 47492 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.342;QD=50.4127;RBI=0.0633141;REFB=0;REVB=0.0632378;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040115;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr18 47649 . C T 950.54 PASS AF=0.46729;AO=98;DP=212;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.00712419;FXX=0.00465095;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.508;QD=17.7671;RBI=0.00737591;REFB=-0.00809978;REVB=0.00191048;RO=108;SAF=59;SAR=39;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365686;STB=0.526006;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00975744;OID=.;OPOS=47649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:108:114:98:100:0.46729:39:59:61:47:40:60:63:51 chr18 48104 . T C 183.72 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0340761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7854;QD=8.07558;RBI=0.061468;REFB=-0.0126691;REVB=0.0511579;RO=65;SAF=14;SAR=11;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167681;STB=0.591544;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.036591;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:66:25:25:0.274725:11:14:45:20:11:14:45:21 chr18 49034 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000222356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.896;QD=53.9112;RBI=0.00955751;REFB=0;REVB=-0.00955493;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18112e-05;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr18 49169 . C T 368.32 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0140658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.831;QD=47.5248;RBI=0.0480404;REFB=-0.0223297;REVB=0.045935;RO=3;SAF=9;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132186;STB=0.571376;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00395867;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:19:9:3:0:19:9:3:0 chr18 252559 . G A 740.75 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449216;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.332;QD=56.9808;RBI=0.045475;REFB=0;REVB=0.00707262;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159799;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr18 319446 . C A 896.95 PASS AF=0.45;AO=94;DP=213;FAO=99;FDP=220;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.0499173;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5254;QD=16.3082;RBI=0.0535055;REFB=-0.0120356;REVB=0.019264;RO=118;SAF=46;SAR=48;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216842;STB=0.510607;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0155911;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:220:118:121:94:99:0.45:48:46:58:60:51:48:61:60 chr18 334742 . C T 552.26 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0415048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.421;QD=18.1068;RBI=0.0467892;REFB=-0.0167784;REVB=0.0216004;RO=64;SAF=24;SAR=34;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155377;STB=0.586177;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0153166;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:34:24:37:27:34:24:37:27 chr18 334758 . T C 1622.55 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889824;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.156;QD=59.5433;RBI=0.064155;REFB=0;REVB=0.063535;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274095;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:50:57:0:0:52:57:0:0 chr18 334994 . A G 432.38 PASS AF=0.423729;AO=48;DP=117;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0107668;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.822;QD=14.6569;RBI=0.0161871;REFB=-0.0232553;REVB=-0.012087;RO=64;SAF=33;SAR=15;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363833;STB=0.540074;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0303423;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:68:48:50:0.423729:15:33:42:22:16:34:42:26 chr18 346821 . C T 285.24 PASS AF=0.333333;AO=37;DP=112;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00332835;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6715;QD=10.279;RBI=0.0160712;REFB=-0.0110325;REVB=-0.0157227;RO=73;SAF=16;SAR=21;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857401;STB=0.554223;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0195618;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:73:74:37:37:0.333333:21:16:37:36:21:16:38:36 chr18 580498 . G A 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0119515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.394;QD=14.6212;RBI=0.0140284;REFB=-0.00670403;REVB=-0.00734558;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100817;STB=0.55724;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.010173;OID=.;OPOS=580498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:20:13:23:24:20:13:23:24 chr18 580623 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.052;QD=61.6755;RBI=0.0466256;REFB=0;REVB=0.0465632;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393979;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr18 581201 . T A 3094.0 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312019;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2977;QD=61.5721;RBI=0.0620524;REFB=0;REVB=0.0536371;RO=1;SAF=90;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181139;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:201:1:0:200:201:1:110:90:0:1:111:90:0:0 chr18 581203 . TT GA 3178.91 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894931;FXX=0.0099995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.556;QD=64.2205;RBI=0.0220892;REFB=0;REVB=0.0201951;RO=0;SAF=90;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35426e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.77065e-05;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:198:0:0:198:198:1:108:90:0:0:108:90:0:0 chr18 586736 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.204;QD=60.7158;RBI=0.0173381;REFB=0;REVB=-0.00380454;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47584e-05;OID=.;OPOS=586736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr18 658064 . G C 664.55 PASS AF=0.455696;AO=70;DP=157;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.00122666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.773;QD=16.824;RBI=0.0271306;REFB=-0.0171241;REVB=-0.0271029;RO=86;SAF=37;SAR=33;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16572;STB=0.590408;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0190583;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:86:86:70:72:0.455696:33:37:31:55:34:38:31:55 chr18 662247 . A G 323.56 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0178064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8156;QD=16.8083;RBI=0.0238125;REFB=-0.0104892;REVB=-0.0158103;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039158;STB=0.505544;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0149374;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:34:35:0.454545:12:22:25:16:13:22:26:16 chr18 691266 . A G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00718249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.558;QD=20.4858;RBI=0.0399958;REFB=-0.0142223;REVB=-0.0393456;RO=11;SAF=13;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448855;STB=0.764206;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0104292;OID=.;OPOS=691266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:1:13:7:4:1:13:7:4 chr18 706558 . C T 141.37 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0361965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.604;QD=13.1505;RBI=0.0419472;REFB=-0.0218238;REVB=0.0211986;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410987;STB=0.740872;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0492158;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:10:17:4:12:10:17 chr18 722009 . TAA T 780.37 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166245;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.216;QD=48.0225;RBI=0.0220839;REFB=0;REVB=0.014537;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.89744e-05;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:65:65:65:0:22:43:0:0:14:0:21:42:0:0 chr18 722402 . T C 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.392;QD=56.9283;RBI=0.0810878;REFB=0;REVB=0.0363458;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430534;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr18 724612 . A G 519.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8194;QD=59.4149;RBI=0.0719136;REFB=0;REVB=0.0602026;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403096;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr18 907675 . G A 1362.19 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7703;QD=61.2219;RBI=0.0630985;REFB=-0.031518;REVB=0.0394065;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.504201;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000564211;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:59:29:0:0:59:29:0:1 chr18 2538644 . G A 364.97 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0256927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2184;QD=52.1382;RBI=0.0265467;REFB=0.0257576;REVB=-0.00667896;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00640519;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:0:1 chr18 2539016 . C G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9465;QD=57.1719;RBI=0.0382819;REFB=0;REVB=0.0380403;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397743;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr18 2595443 . G T 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6876;QD=64.4042;RBI=0.0564635;REFB=0;REVB=0.0523567;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469781;OID=.;OPOS=2595443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr18 2705700 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00528955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.855;QD=22.3406;RBI=0.0702985;REFB=-0.00150043;REVB=0.0700992;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988308;STB=0.555494;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00324512;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:8:6:10:8:8:6 chr18 2707619 . G A 413.4 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.00191293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.363;QD=12.3403;RBI=0.00619745;REFB=-0.00244303;REVB=-0.00589484;RO=81;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268278;STB=0.508243;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00425819;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:85:49:49:0.365672:23:26:41:40:23:26:44:41 chr18 2740714 . A G 439.54 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0260036;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.156;QD=21.9768;RBI=0.0329217;REFB=-0.0246825;REVB=0.0201904;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316642;STB=0.522412;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0302025;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:20:22:18:19:20:23:18:19 chr18 2750477 . A G 244.31 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0407244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5725;QD=17.4504;RBI=0.0407625;REFB=-0.0167215;REVB=-0.00176105;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161364;STB=0.590485;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0330561;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:18:11:15:12:18:11 chr18 2778979 . G T 1084.2 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.119867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7289;QD=58.6055;RBI=0.119916;REFB=-0.124334;REVB=-0.00340917;RO=1;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995914;STB=0.505262;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000902636;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:47:26:0:1:47:26:0:1 chr18 2946291 . C T 2527.99 PASS AF=0.993976;AO=163;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00410585;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5469;QD=60.9154;RBI=0.029964;REFB=0.10995;REVB=-0.0296814;RO=1;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569884;STB=0.502958;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.04951e-05;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:1:1:163:165:0.993976:83:80:0:1:84:81:0:1 chr18 2946533 . AT A 115.37 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.281418;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.66764;QD=8.54561;RBI=0.293844;REFB=-0.0957877;REVB=-0.0845483;RO=25;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391085;STB=0.509273;STBP=0.83;TYPE=del;VARB=0.0955382;OID=.;OPOS=2946534;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:20:54:36:54:18:19:17:9:9:44:25:5:15:16:9 chr18 3025464 . A G 398.92 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.134608;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.957;QD=16.6219;RBI=0.134872;REFB=-0.00406233;REVB=-0.00843889;RO=55;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531718;STB=0.516459;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0057868;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:54:41:42:0.4375:23:18:27:28:23:19:26:28 chr18 3075503 . C CAAA 878.32 PASS AF=1;AO=57;DP=70;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753482;FXX=0.144907;HRUN=0;LEN=3;MLLD=216.441;QD=59.5471;RBI=0.00982826;REFB=0;REVB=0.0063104;RO=9;SAF=30;SAR=27;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.57104e-06;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:70:59:59:0:32:27:0:0:5:9:30:27:4:5 chr18 3075504 . G A 31.41 PASS AF=0.101449;AO=8;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00316418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.603;QD=1.82106;RBI=0.0138491;REFB=-0.00288659;REVB=-0.0134828;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213803;STB=0.742303;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0885279;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:61:62:8:7:0.101449:5:3:34:27:5:2:35:27 chr18 3089522 . G T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.781;QD=54.8229;RBI=0.0204652;REFB=0.0533955;REVB=-0.00864635;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00110556;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:0:1:29:21:0:1 chr18 3116436 . C T 247.36 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00610571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.477;QD=13.742;RBI=0.0166965;REFB=-0.00648532;REVB=0.01554;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315429;STB=0.517966;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.013154;OID=.;OPOS=3116436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:16:13:18:25:16:13:18:25 chr18 3168816 . G A 430.26 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00273961;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.948;QD=21.7853;RBI=0.00320902;REFB=-0.0173195;REVB=0.00167103;RO=37;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145692;STB=0.580298;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0175466;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:42:42:0.531646:22:20:24:13:22:20:24:13 chr18 3188976 . A G 1878.43 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.35;QD=61.0871;RBI=0.0384411;REFB=0;REVB=0.00240268;RO=0;SAF=31;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454504;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:90:31:0:0:91:32:0:0 chr18 3457539 . A G 450.75 PASS AF=0.435897;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0299257;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.753;QD=15.4103;RBI=0.0524489;REFB=-0.0133848;REVB=-0.0430737;RO=66;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836841;STB=0.541437;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0137818;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:50:51:0.435897:23:27:41:25:23:28:41:25 chr18 3457607 . C T 510.99 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00595183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.293;QD=18.414;RBI=0.00870778;REFB=-0.00836848;REVB=-0.00635619;RO=52;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670795;STB=0.532542;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00734071;OID=.;OPOS=3457607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:52:57:54:54:0.486486:25:29:24:28:25:29:27:30 chr18 3571217 . T C 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.145;QD=58.235;RBI=0.113052;REFB=0;REVB=0.108609;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941213;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr18 3597864 . A G 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0203464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.648;QD=22.8808;RBI=0.0218205;REFB=0.0117138;REVB=-0.00788417;RO=26;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153761;STB=0.585055;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00600711;OID=.;OPOS=3597864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:10:25:14:12:10:25:14:12 chr18 3598067 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0294358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.788;QD=19.8495;RBI=0.0302579;REFB=-0.0233916;REVB=-0.00700505;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381393;STB=0.521709;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0192933;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:3:10:12:3:3:10 chr18 3656058 . T C 186.02 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000104592;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.369;QD=18.1478;RBI=0.0263327;REFB=-0.00246307;REVB=-0.0263325;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113777;STB=0.565145;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00179891;OID=.;OPOS=3656058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:14:8:5:14:14:8 chr18 5145609 . G T 245.97 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00544634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.47;QD=15.8688;RBI=0.00552334;REFB=-0.00326906;REVB=0.00091904;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827304;STB=0.538435;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00444026;OID=.;OPOS=5145609;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:10:17:24:10:10:18:24:10 chr18 5292030 . A G 1305.99 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0316175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9564;QD=60.7437;RBI=0.0316693;REFB=-0.0488092;REVB=-0.0018101;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133422;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00270758;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:50:35:1:0:50:35:1:0 chr18 5410574 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.152;QD=60.8834;RBI=0.0176561;REFB=0;REVB=-0.00668344;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52817e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr18 5630531 . G A 2135.33 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=145;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0159597;FXX=0.0275843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.086;QD=60.5767;RBI=0.0384286;REFB=-0.14232;REVB=0.0349578;RO=3;SAF=75;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855524;STB=0.504501;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00109714;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:141:3:3:138:138:0.978723:63:75:1:2:63:75:1:2 chr18 5955911 . C T 137.23 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0479746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.365;QD=8.71324;RBI=0.0578441;REFB=-0.00449627;REVB=-0.0323168;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014116;STB=0.503593;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0125603;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:44:19:19:0.301587:7:12:27:15:7:12:28:16 chr18 5955932 . G A 127.73 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0460118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2553;QD=8.24041;RBI=0.0686172;REFB=0.00716749;REVB=0.0509042;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797332;STB=0.514965;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0133603;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:7:11:26:17:7:11:26:18 chr18 5956145 . T C 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.00953282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.817;QD=13.9955;RBI=0.0152754;REFB=-0.0008205;REVB=0.0119358;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106799;STB=0.56047;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00126289;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:11:18:30:12:11:18:30:12 chr18 5956238 . C T 440.39 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0134035;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.537;QD=19.358;RBI=0.026791;REFB=-0.00905581;REVB=-0.0231971;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841155;STB=0.525153;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00788239;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:45:47:43:44:0.483516:16:27:32:13:16:28:32:15 chr18 5960165 . G A 3202.45 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155623;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.218;QD=61.5856;RBI=0.0191976;REFB=-0.048563;REVB=-0.0112411;RO=0;SAF=107;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86583e-05;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:208:0:0:207:208:1:100:107:0:0:100:108:0:0 chr18 6046717 . T C 867.38 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=197;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.00257253;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6881;QD=17.7016;RBI=0.0430866;REFB=-0.00397938;REVB=0.0430098;RO=106;SAF=50;SAR=39;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702192;STB=0.53651;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00495176;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:106:107:89:89:0.454082:39:50:52:54:39:50:53:54 chr18 6455000 . C T 234.42 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00516505;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.225;QD=12.845;RBI=0.00531343;REFB=-0.0128177;REVB=0.00124691;RO=45;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235002;STB=0.635159;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0318708;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:45:28:28:0.383562:19:9:24:21:19:9:24:21 chr18 6455037 . T C 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0112924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.129;QD=14.1872;RBI=0.0126863;REFB=-0.00534629;REVB=-0.00578139;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227176;STB=0.629544;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00978264;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:21:10:24:21:21:10:24:21 chr18 6588865 . T C 99.5 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0299525;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.156;QD=13.7247;RBI=0.0317175;REFB=0.0115883;REVB=-0.0104331;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00273607;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:8:9:7:5:8:9 chr18 6912143 . A C 155.22 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0486507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3328;QD=16.3394;RBI=0.0658081;REFB=-0.0157058;REVB=0.0443149;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0197246;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:12:9:10:7:12:9 chr18 6928138 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.011462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.806;QD=7.4643;RBI=0.0116007;REFB=-0.00420063;REVB=-0.00178814;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447664;STB=0.777058;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0205531;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:5:12:2:5:5:12 chr18 6928180 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.973;QD=52.613;RBI=0.0312655;REFB=0;REVB=-0.0149852;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140706;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr18 6943264 . G A 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.129;QD=59.7768;RBI=0.0103778;REFB=-0.0251886;REVB=0.0101828;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=7.57191e-05;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:56:59:0:0:56:59:1:0 chr18 6980523 . T C 1048.4 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00554725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.909;QD=57.4464;RBI=0.00704024;REFB=-0.0708693;REVB=0.00433508;RO=2;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034987;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-1.82073e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:2:1:71:72:0.986301:26:45:0:2:27:45:0:1 chr18 6985631 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.977;QD=56.7063;RBI=0.0953053;REFB=0;REVB=0.00141258;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620519;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr18 6999628 . T C 286.03 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0301963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1622;QD=20.4309;RBI=0.0307032;REFB=-0.0341624;REVB=0.00555575;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562036;STB=0.531229;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0281805;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:13:13:17:13:13:13 chr18 7567803 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.823;QD=54.5177;RBI=0.0483122;REFB=0;REVB=0.0482365;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154909;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr18 8069868 . C T 44.43 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0298229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7249;QD=7.40498;RBI=0.0386348;REFB=-0.0379397;REVB=0.024561;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.10332;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:17:17:6:7:0.291667:3:3:9:8:3:4:9:8 chr18 8387195 . G A 385.56 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.000534411;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.817;QD=14.8291;RBI=0.0161524;REFB=-0.0207223;REVB=0.0161435;RO=63;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887333;STB=0.535886;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0202404;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:63:60:44:44:0.423077:24:20:34:29:24:20:31:29 chr18 8387219 . G C 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6391;QD=61.8489;RBI=0.0542238;REFB=0;REVB=0.0103535;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033553;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr18 8471976 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1383;QD=64.1526;RBI=0.044947;REFB=0;REVB=0.0201581;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272697;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr18 8720368 . C T 352.56 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00810425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.322;QD=21.0484;RBI=0.00903741;REFB=0.00296251;REVB=-0.00399948;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113692;STB=0.562879;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00292134;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:16:20:13:18:16:20:13:18 chr18 8783835 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0150582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.895;QD=14.6979;RBI=0.0513138;REFB=-0.000884442;REVB=-0.0490546;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000567608;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:10:13:7:9:10:13 chr18 8784370 . A G 693.56 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0060295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.548;QD=28.3086;RBI=0.0257819;REFB=-0.0169784;REVB=-0.025067;RO=38;SAF=24;SAR=36;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110535;STB=0.560146;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0103426;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:36:24:21:17:36:24:21:17 chr18 8809445 . G C 294.71 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.000716414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2279;QD=12.8134;RBI=0.00181683;REFB=-0.0117379;REVB=0.00166961;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550701;STB=0.526402;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0292588;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:15:19:29:28:15:19:30:28 chr18 8826083 . G C 747.12 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.581;QD=63.5846;RBI=0.0241818;REFB=0;REVB=0.0188113;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.422e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:22:25:0:0 chr18 9117867 . T C 1572.49 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.333;QD=62.8998;RBI=0.03198;REFB=0.0253935;REVB=0.0284307;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854702;STB=0.504504;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000293569;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:55:44:0:1:55:44:0:1 chr18 9255982 . A G 991.05 PASS AF=0.985714;AO=60;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6691;QD=56.6315;RBI=0.040056;REFB=-0.161504;REVB=0.0323491;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00262519;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:60:69:0.985714:32:28:1:0:40:29:1:0 chr18 9518126 . G A 480.45 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=-0.00971276;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8518;QD=12.3191;RBI=0.020576;REFB=-0.00765703;REVB=0.0181392;RO=98;SAF=26;SAR=32;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212916;STB=0.620439;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0150812;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:98:58:58:0.371795:32:26:63:35:32:26:63:35 chr18 9562042 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0193526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.066;QD=11.0158;RBI=0.0232818;REFB=-0.00281577;REVB=-0.0129429;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239502;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00268354;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:12:16:5:9:12:16 chr18 9618005 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0306121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1288;QD=10.1678;RBI=0.0309711;REFB=-0.00479412;REVB=0.00470212;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199266;STB=0.619356;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00774521;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:14:8:6:5:14:8 chr18 9618049 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00795506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.573;QD=8.5079;RBI=0.031226;REFB=-0.00918109;REVB=-0.0301957;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13312;STB=0.581263;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0224148;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:19:12:6:6:19:12 chr18 9887394 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0014485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.56;QD=18.8864;RBI=0.0505421;REFB=-0.0902591;REVB=0.0505214;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0375577;OID=.;OPOS=9887394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr18 9887545 . G GA 81.61 PASS AF=0.909091;AO=2;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373631;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.431;QD=29.6779;RBI=0.0408603;REFB=-0.0450731;REVB=0.0165396;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269415;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00156237;OID=.;OPOS=9887546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:2:11:10:11:1:6:4:1:0:6:8:1:1:6:2 chr18 9887546 . G A 55.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000574461;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.391;QD=22.3639;RBI=0.077891;REFB=-0.0546448;REVB=0.0778889;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00582503;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr18 9888069 . A G 964.14 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.031609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9469;QD=55.8923;RBI=0.0332351;REFB=0.0213791;REVB=-0.0102685;RO=2;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219715;STB=0.511624;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0167318;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:42:25:0:2:42:25:0:2 chr18 9923941 . C T 637.76 PASS AF=0.533333;AO=63;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0182604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.808;QD=21.2587;RBI=0.0184078;REFB=-0.0244407;REVB=-0.00232516;RO=55;SAF=39;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807517;STB=0.53553;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0296683;OID=.;OPOS=9923941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:63:64:0.533333:24:39:29:26:25:39:30:26 chr18 9936132 . T C 564.62 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00215306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.192;QD=19.8112;RBI=0.0199908;REFB=-0.00683642;REVB=0.0198745;RO=56;SAF=28;SAR=29;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103963;STB=0.560896;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0056683;OID=.;OPOS=9936132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:56:57:58:0.508772:29:28:34:22:30:28:34:22 chr18 9944956 . T C 231.21 PASS AF=0.46;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0610454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0575;QD=18.4967;RBI=0.0696158;REFB=-0.0143525;REVB=-0.0334636;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124296;STB=0.56985;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0317795;OID=.;OPOS=9944956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:27:22:23:0.46:9:13:12:14:9:14:13:14 chr18 9944960 . A G 237.53 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00523254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.007;QD=18.63;RBI=0.028339;REFB=-0.0263462;REVB=0.0278517;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170033;STB=0.612349;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0253949;OID=.;OPOS=9944960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:24:25:0.490196:9:15:11:14:9:16:11:15 chr18 9954785 . TAAAAAAAAAT TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA 272.72 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=17,3;DP=73;FAO=58,10;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=17,10;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.31006,0.127197;FXX=0.0422476;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=5.51171,21.4648;QD=16.0422;RBI=0.721629,0.214895;REFB=0,0;REVB=0.651622,0.173208;RO=29;SAF=7,3;SAR=10,0;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199898,0.682145;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00181621,0.0480692;OID=.,.;OPOS=9954786,9954793;OREF=A,AAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=TAAAAAAAAT,TAAAAAAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.852941,0.147059:17,3:73:58,10:68:0:17,10:41,0:0:0:47:29:7,3:10,0:7:22 chr18 9955737 . T C 510.07 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0104186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1991;QD=23.724;RBI=0.0702444;REFB=-0.0259849;REVB=0.0694675;RO=37;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953743;STB=0.54715;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0218287;OID=.;OPOS=9955737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:38:48:48:0.55814:29:19:19:18:29:19:19:19 chr18 9955960 . A G 837.03 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.64;QD=55.8018;RBI=0.065346;REFB=-0.0848129;REVB=-0.00545477;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000362213;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:35:24:0:0:35:24:1:0 chr18 10454960 . C G 558.18 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.65;QD=58.7559;RBI=0.0632927;REFB=0;REVB=0.0259855;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153309;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:1:0:36:38:1:19:17:0:1:20:18:0:0 chr18 10487918 . C T 576.38 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00118682;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.949;QD=23.7681;RBI=0.0200714;REFB=-0.00309288;REVB=0.0200363;RO=45;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258758;STB=0.509631;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0025818;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:44:53:53:0.546392:24:29:26:19:24:29:25:19 chr18 10681711 . C T 777.27 PASS AF=0.503106;AO=77;DP=157;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00478017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.521;QD=19.3112;RBI=0.00615465;REFB=-0.0125687;REVB=0.00387681;RO=75;SAF=33;SAR=44;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106284;STB=0.564722;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0141975;OID=.;OPOS=10681711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:75:80:77:81:0.503106:44:33:41:34:45:36:46:34 chr18 10699087 . C G 190.93 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0283716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.512;QD=11.5714;RBI=0.0337513;REFB=-0.0247438;REVB=0.0182813;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276131;STB=0.666528;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.025047;OID=.;OPOS=10699087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:16:8:24:17:16:8:25:17 chr18 10704619 . C G 123.88 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00677165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8279;QD=17.0866;RBI=0.0153044;REFB=-0.0120284;REVB=-0.0137248;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0120288;OID=.;OPOS=10704619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:8:7:8:6:8:7 chr18 10741011 . G A 1425.4 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0178393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.806;QD=60.6555;RBI=0.020853;REFB=-0.0384936;REVB=0.0107985;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197434;STB=0.510414;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000335519;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:45:47:2:0:45:47:2:0 chr18 10748603 . A T 136.76 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0131867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.901;QD=18.234;RBI=0.0131879;REFB=-0.00190828;REVB=0.000181846;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0022428;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr18 10752666 . C T 258.69 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00752447;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.098;QD=18.478;RBI=0.0272819;REFB=-0.0355885;REVB=-0.0262237;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176048;STB=0.607066;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0207305;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:11:17:11:16:11:17:11:17 chr18 10758023 . G A 1462.31 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00313963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.092;QD=56.2428;RBI=0.014367;REFB=-0.0262103;REVB=0.0140198;RO=2;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189681;STB=0.505238;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00137679;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:49:52:0:2:49:52:1:2 chr18 10762962 . G A 1597.5 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2009;QD=63.8998;RBI=0.0677759;REFB=0;REVB=0.0677587;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047896;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr18 10763007 . T C 1488.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135041;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4083;QD=63.32;RBI=0.00363401;REFB=0;REVB=0.00337379;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182189;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr18 10787047 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.595;QD=63.8702;RBI=0.0185937;REFB=0;REVB=0.0178955;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39032e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr18 11609727 . C A 164.48 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0278576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4251;QD=9.53519;RBI=0.0285387;REFB=-0.0156147;REVB=0.00619799;RO=47;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142224;STB=0.583807;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0263109;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:13:9:25:22:13:9:25:22 chr18 11609903 . CA GG 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0157675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=323.883;QD=5.45445;RBI=0.0203022;REFB=-0.00069497;REVB=-0.0127893;RO=57;SAF=7;SAR=9;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131562;STB=0.582521;STBP=0.467;TYPE=mnp;VARB=0.00249166;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:9:7:31:26:9:7:31:26 chr18 11609978 . C T 137.37 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.019484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.841;QD=11.214;RBI=0.0205744;REFB=-0.00646387;REVB=0.00660929;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36014;STB=0.712957;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0091532;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:21:12:11:5:21:12 chr18 11609981 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0205698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.249;QD=11.2146;RBI=0.0216465;REFB=-0.0134347;REVB=-0.00674193;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36014;STB=0.712957;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0292846;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:21:12:11:5:21:12 chr18 11609994 . C T 142.28 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0259606;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.946;QD=13.2357;RBI=0.026632;REFB=-0.0149492;REVB=-0.00594212;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334376;STB=0.697162;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0426565;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:27:15:16:0.372093:10:5:18:10:11:5:17:10 chr18 11610001 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0213844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=14.7421;RBI=0.0214211;REFB=-0.0235374;REVB=0.0012535;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312091;STB=0.668313;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0134339;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:16:8:11:6:16:9 chr18 11610024 . A G 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00455213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.13;QD=13.6989;RBI=0.0507434;REFB=-0.0293354;REVB=-0.0505388;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549201;STB=0.52081;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0301139;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:9:9:16:13:9:9:16:14 chr18 11610042 . G A 220.59 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0235503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.882;QD=14.2317;RBI=0.0238922;REFB=-0.012015;REVB=0.00402713;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675194;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0123385;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:19:17:14:12:19:17 chr18 11610121 . G A 273.3 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0233444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4617;QD=12.7114;RBI=0.0831559;REFB=0.00798159;REVB=0.0798119;RO=53;SAF=13;SAR=19;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19332;STB=0.615923;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0119107;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:19:13:31:22:19:13:32:22 chr18 11610149 . G A 239.52 PASS AF=0.353659;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0152857;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.038;QD=11.6838;RBI=0.0183055;REFB=-0.00556318;REVB=0.0100718;RO=52;SAF=13;SAR=15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168582;STB=0.599433;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0176228;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:52:53:28:29:0.353659:15:13:32:20:16:13:32:21 chr18 11610162 . GG AT 190.04 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00857848;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=285.575;QD=9.38491;RBI=0.0204133;REFB=-0.00764422;REVB=0.0185233;RO=56;SAF=13;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818223;STB=0.548125;STBP=0.582;TYPE=mnp;VARB=0.018762;OID=.;OPOS=11610162;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:56:25:25:0.308642:12:13:33:23:12:13:33:23 chr18 11610349 . G A 189.34 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0333208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.001;QD=13.058;RBI=0.0575583;REFB=-0.0138789;REVB=0.0469327;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230134;STB=0.640835;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00771898;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:11:11:25:10:12:11:25:10 chr18 11610362 . G C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0029562;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.908;QD=13.7476;RBI=0.0258128;REFB=-0.00760002;REVB=-0.025643;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245018;STB=0.635644;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0158545;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:32:22:22:0.407407:12:10:21:9:12:10:22:10 chr18 11610382 . C A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0514016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8254;QD=15.1962;RBI=0.0808897;REFB=0.027415;REVB=0.0624581;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158093;STB=0.590811;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0300437;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:17:9:9:9:17:9 chr18 11619521 . G A 35.6 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0789888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.042;QD=6.19127;RBI=0.0800108;REFB=-0.0116438;REVB=-0.0127473;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404914;STB=0.755997;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0859921;OID=.;OPOS=11619521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:5:12:2:4:5:12 chr18 11619523 . C A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0212461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.507;QD=6.25134;RBI=0.0302206;REFB=-0.00955202;REVB=-0.0214916;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404914;STB=0.755997;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0242474;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:5:12:2:4:5:12 chr18 11619541 . G C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0132563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.928;QD=8.7373;RBI=0.0288034;REFB=-0.00723117;REVB=0.0255716;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672256;STB=0.906972;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00433501;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:8:1:15:5:8:1:15:5 chr18 11619552 . C T 340.02 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.102;QD=54.4033;RBI=0.0867242;REFB=0;REVB=0.0329701;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116894;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:6:13:0:0:7:18:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 1456.21 PASS AF=0.980583;AO=93;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262636;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.622;QD=56.5518;RBI=0.0481697;REFB=-0.100524;REVB=0.04038;RO=2;SAF=28;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143642;STB=0.507351;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.00121939;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980583:93:103:101:103:2:34:67:0:2:3:2:28:65:0:2 chr18 11625886 . T C 1725.13 PASS AF=0.97479;AO=117;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0247121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9216;QD=57.9877;RBI=0.0375101;REFB=-0.107366;REVB=-0.0282191;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772249;STB=0.50356;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0025429;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:119:1:3:117:116:0.97479:56:61:1:0:55:61:2:1 chr18 11639356 . G C 890.54 PASS AF=0.465347;AO=93;DP=201;FAO=94;FDP=202;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.00162456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.763;QD=17.6345;RBI=0.0190756;REFB=-0.0233585;REVB=0.0190063;RO=108;SAF=41;SAR=52;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126215;STB=0.509504;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0275388;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:108:108:93:94:0.465347:52:41:49:59:53:41:49:59 chr18 11853053 . A G 804.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.997;QD=64.3626;RBI=0.0132728;REFB=0;REVB=0.0131476;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24104e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:32:18:0:0 chr18 11853731 . A G 1142.04 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193277;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.527;QD=60.1073;RBI=0.0198834;REFB=0;REVB=-0.00466776;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10298e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:40:34:0:0:42:34:0:0 chr18 12094031 . G T 71.06 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0898126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.9615;QD=8.3597;RBI=0.0898976;REFB=0.0131258;REVB=-0.0039093;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.674342;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0287268;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:34:18:24:9:10:0.294118:6:3:11:7:7:3:13:11 chr18 12274104 . G T 154.86 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0256806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.071;QD=15.4858;RBI=0.0270131;REFB=0.000312487;REVB=0.00837952;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158032;STB=0.50442;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000207128;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:10:12:9:8:11:12 chr18 12348285 . T C 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0120202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.971;QD=17.7616;RBI=0.0125037;REFB=0.00497159;REVB=0.00344343;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551659;STB=0.530864;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00469256;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:16:23:24:21:16:23:24:21 chr18 12351342 . C T 604.94 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0117461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.585;QD=24.4419;RBI=0.0118438;REFB=-0.0279197;REVB=0.00151815;RO=44;SAF=33;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266975;STB=0.514639;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0276614;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:22:33:25:19:22:33:25:19 chr18 12760740 . T A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2763;QD=57.1727;RBI=0.06649;REFB=0;REVB=-0.057825;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315981;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr18 12984144 . C A 198.58 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0226676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9655;QD=19.374;RBI=0.0371233;REFB=-0.0281284;REVB=-0.0293994;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.515136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0390457;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:9:12:12:8:9:12 chr18 13001512 . G C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0107253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.648;QD=15.1567;RBI=0.0162925;REFB=-0.00974295;REVB=-0.0122644;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217725;STB=0.62398;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0169937;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:15:17:8:17:15:17 chr18 13001523 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00799832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.954;QD=13.7269;RBI=0.0156421;REFB=-0.00199246;REVB=-0.0134425;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133172;STB=0.585296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00488928;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:9:16:18:17:9:16:18:18 chr18 13056333 . C T 386.26 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.055142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=30.9011;RBI=0.0561635;REFB=-0.0354638;REVB=0.0106628;RO=18;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097048;STB=0.505316;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.02173;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:12:20:11:7:12:20:11:7 chr18 13068132 . T C 296.03 PASS AF=0.351852;AO=35;DP=105;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0164078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.455;QD=10.964;RBI=0.0166396;REFB=-0.0181603;REVB=0.00276731;RO=69;SAF=16;SAR=19;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188809;STB=0.574036;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0287691;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:69:70:35:38:0.351852:19:16:43:26:19:19:43:27 chr18 13069782 . C T 119.76 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00310811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.075;QD=7.98402;RBI=0.00312372;REFB=-0.0058044;REVB=-0.000311913;RO=43;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416965;STB=0.752193;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0245144;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:4:13:18:25:4:13:18:25 chr18 13095609 . T C 544.4 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0342295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.621;QD=17.0126;RBI=0.034519;REFB=-0.0112117;REVB=-0.00446091;RO=68;SAF=38;SAR=20;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278888;STB=0.662143;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0245465;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:70:58:58:0.453125:20:38:25:43:20:38:25:45 chr18 13114158 . C T 317.74 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0115872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.08;QD=15.6907;RBI=0.0118627;REFB=-0.0143626;REVB=-0.00254179;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140009;STB=0.57868;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0167148;OID=.;OPOS=13114158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:17:18:30:16:17:18:30:16 chr18 13116432 . G T 802.87 PASS AF=0.451613;AO=84;DP=187;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.0124765;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.627;QD=17.266;RBI=0.0141541;REFB=0.00319;REVB=-0.00668393;RO=102;SAF=41;SAR=43;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124566;STB=0.568989;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00475014;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:102:102:84:84:0.451613:43:41:37:65:43:41:37:65 chr18 13826088 . C T 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00257796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.883;QD=16.1049;RBI=0.00420105;REFB=0.00577959;REVB=-0.00331707;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158032;STB=0.50908;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0105762;OID=.;OPOS=13826088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:12:10:8:9:12:10 chr18 13826391 . C G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0236839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.01;QD=20.8979;RBI=0.0462339;REFB=0.0268968;REVB=0.039707;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348619;STB=0.699532;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0203325;OID=.;OPOS=13826391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:4:0:5:3:4:0 chr18 13826508 . C T 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0104743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.245;QD=13.2873;RBI=0.019894;REFB=-0.00740246;REVB=0.0169132;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330237;STB=0.518854;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0119504;OID=.;OPOS=13826508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:27:14:10:17:27:14 chr18 13826837 . A C 59.65 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0061111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.518;QD=8.5219;RBI=0.00686671;REFB=-0.00471817;REVB=0.00313146;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.563956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0134102;OID=.;OPOS=13826837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:27:28:12:19:8:9:0.321429:5:3:5:7:6:3:8:11 chr18 14105016 . C A 310.61 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217419;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.67;QD=54.0198;RBI=0.0236102;REFB=0;REVB=-0.00920506;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131674;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr18 14105853 . C A 301.7 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.013993;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.453;QD=19.1553;RBI=0.0139982;REFB=-0.0063924;REVB=-0.00038101;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643939;STB=0.540515;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00666039;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:31:32:32:0.507937:15:17:17:11:15:17:19:12 chr18 14105923 . T C 778.12 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00376108;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=237.524;QD=53.6631;RBI=0.00766886;REFB=-0.112537;REVB=-0.00668324;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125721;STB=0.512816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000329797;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:58:1:1:55:57:0.982759:18:37:1:0:19:38:0:1 chr18 14183720 . C T 454.63 PASS AF=0.425;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00342533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1807;QD=15.1545;RBI=0.0260579;REFB=-0.00914591;REVB=-0.0258318;RO=69;SAF=20;SAR=30;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199402;STB=0.604248;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00965779;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:69:69:50:51:0.425:30:20:41:28:30:21:41:28 chr18 14186497 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000669191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.001;QD=56.1915;RBI=0.0142512;REFB=0;REVB=0.0142355;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01262e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr18 14187255 . A T 101.02 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0297341;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2672;QD=13.934;RBI=0.0599731;REFB=-0.0343499;REVB=-0.0520832;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0440562;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:10:7:7:5:10:7 chr18 14187273 . C G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0077684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.63;QD=16.1063;RBI=0.0220436;REFB=-0.00967527;REVB=-0.0206294;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15372;STB=0.575668;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0208717;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:12:9:10:7:12:10 chr18 14187304 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0168632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.27;QD=11.2669;RBI=0.0285204;REFB=-0.00345;REVB=-0.023001;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328244;STB=0.697043;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00486937;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:13:7:23:12:13:7:24:12 chr18 14187327 . T G 85.71 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0214839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.71;QD=6.01495;RBI=0.0267237;REFB=-0.00632901;REVB=0.0158934;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290738;STB=0.687229;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0243599;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:8:5:27:16:8:5:28:16 chr18 14513678 . T G 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.000632233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.317;QD=2.72594;RBI=0.00407558;REFB=0.000625366;REVB=0.00402624;RO=63;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147293;STB=0.602543;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0034543;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:5:5:39:24:5:5:39:24 chr18 14524966 . T C 237.96 PASS AF=0.228916;AO=38;DP=166;FAO=38;FDP=166;FR=.;FRO=128;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=0.0223016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9588;QD=5.73398;RBI=0.0250662;REFB=-0.000100618;REVB=0.0114435;RO=128;SAF=13;SAR=25;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165678;STB=0.601461;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000480023;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:128:128:38:38:0.228916:25:13:60:68:25:13:60:68 chr18 14537949 . A G 304.86 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00362882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.453;QD=11.5041;RBI=0.00406747;REFB=-0.00102503;REVB=0.0018374;RO=65;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144698;STB=0.566004;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00141844;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:68:38:38:0.358491:19:19:24:41:19:19:27:41 chr18 14542648 . C A 350.18 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0217703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.809;QD=28.0147;RBI=0.0448194;REFB=-0.00345599;REVB=0.0391769;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179584;STB=0.598127;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00232593;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:3:17:19:11:3:17 chr18 14543057 . T G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0105347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.438;QD=18.6205;RBI=0.0108254;REFB=-0.0249143;REVB=0.00249196;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744785;STB=0.541525;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0198955;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:19:20:16:21:19:20 chr18 14543098 . C T 376.2 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00542832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.992;QD=16.0084;RBI=0.0107285;REFB=-0.0114134;REVB=-0.00925388;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489969;STB=0.528832;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0152539;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:54:39:40:0.425532:18:21:26:27:18:22:27:27 chr18 14543139 . T C 323.77 PASS AF=0.409091;AO=33;DP=85;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0173387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9113;QD=14.717;RBI=0.0416996;REFB=-0.0287089;REVB=-0.037924;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162442;STB=0.516426;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0414074;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:52:52:33:36:0.409091:17:16:26:26:17:19:26:26 chr18 14752957 . G A 946.4 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8746;QD=58.2402;RBI=0.0126887;REFB=0;REVB=0.0126203;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17435e-05;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr18 14759244 . G C 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00617047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.729;QD=57.6339;RBI=0.0302807;REFB=-0.0405449;REVB=-0.0296454;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-2.78121e-05;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:1:0:32:36:1:0 chr18 14848820 . C T 1296.81 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013506;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.443;QD=59.6237;RBI=0.0138307;REFB=0.056119;REVB=-0.0029792;RO=2;SAF=43;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215219;STB=0.511361;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000221203;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:87:2:2:85:85:0.977011:42:43:2:0:42:43:2:0 chr18 19034556 . T C 1660.2 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.636;QD=60.3709;RBI=0.0559822;REFB=0;REVB=-0.00496292;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32664e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:57:52:0:0:57:53:0:0 chr18 19048751 . T G 236.12 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0138825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.466;QD=17.49;RBI=0.0329315;REFB=-0.0255371;REVB=0.0298623;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848027;STB=0.554855;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0443769;OID=.;OPOS=19048751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:18:9:11:15:19:9 chr18 19079853 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.011;QD=60.7162;RBI=0.00805488;REFB=0;REVB=0.00437686;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83943e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 188.26 PASS AF=0.475;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.030693;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=3;MLLD=201.341;QD=18.8264;RBI=0.0306946;REFB=-0.0287702;REVB=0.000317588;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562071;STB=0.807408;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0309662;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:19:45:19:40:21:5:14:19:2:99:25:5:14:22:3 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 719.2 PASS AF=0.8,0.181818;AO=33,13;DP=58;FAO=44,10;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24,5;FSAR=20,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.158315,-0.0114607;FXX=0.0677851;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.3063,50.65;QD=52.3052;RBI=0.176642,0.0155195;REFB=-0.11311,-0.113735;REVB=0.0783511,-0.0104646;RO=1;SAF=16,8;SAR=17,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283046,-0.0533084;STB=0.510199,0.545364;STBP=0.519,0.505;TYPE=del,snp;VARB=0.0339352,0.0959689;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.181818:33,13:58:44,10:55:1:24,5:20,5:1:0:58:1:16,8:17,5:1:0 chr18 19153494 . C T 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.252;QD=58.0602;RBI=0.0367473;REFB=0;REVB=-0.0283639;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018919;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr18 19154143 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.38;QD=50.4132;RBI=0.068873;REFB=0;REVB=-0.0327838;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000876285;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr18 19373962 . T TATG 699.87 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000682455;FXX=0.0638162;HRUN=0;LEN=3;MLLD=237.235;QD=63.6247;RBI=0.000746342;REFB=0;REVB=-0.000302128;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.42904e-06;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:47:44:44:0:21:23:0:0:4:1:21:23:0:1 chr18 19445976 . T C 440.38 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0342986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.616;QD=16.9378;RBI=0.0355701;REFB=-0.0142583;REVB=0.00942548;RO=54;SAF=34;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161777;STB=0.602792;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0150754;OID=.;OPOS=19445976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:56:48:48:0.461538:14:34:30:24:14:34:30:26 chr18 19450386 . T C 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.705;QD=58.242;RBI=0.0200086;REFB=-0.0989527;REVB=-0.00115447;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00138034;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr18 19508949 . G A 214.79 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.901;QD=47.7304;RBI=0.12861;REFB=0;REVB=-0.00140826;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281009;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:13:4:1:0:13:5:0:0 chr18 19840623 . A G 784.7 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.622;QD=57.0688;RBI=0.129869;REFB=0;REVB=0.0171017;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129505;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr18 20838286 . G T 165.71 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0888918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0348;QD=11.4281;RBI=0.0898726;REFB=-0.00269701;REVB=-0.0132409;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704646;STB=0.540945;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00115298;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:20:17:11:10:20:17 chr18 20953720 . G A 237.57 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0358326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5744;QD=18.6331;RBI=0.0623824;REFB=0.000316486;REVB=0.0510646;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197545;STB=0.511102;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00204043;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:12:14:14:11:12:14 chr18 20965034 . G A 122.14 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00182525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.057;QD=25.7135;RBI=0.0261449;REFB=-0.00876149;REVB=0.0260811;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187025;STB=0.605884;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00347682;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:3:3:3:10:3:3 chr18 21017836 . T C 786.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.864;QD=62.9194;RBI=0.00506809;REFB=0;REVB=0.00364983;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214125;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:29:21:0:0 chr18 21100240 . C T 1674.62 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0215317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.068;QD=57.7457;RBI=0.0217188;REFB=-0.158082;REVB=-0.00284456;RO=1;SAF=57;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825764;STB=0.508473;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00109803;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:116:1:2:113:114:0.982759:56:57:1:0:56:58:2:0 chr18 21109250 . T C 616.53 PASS AF=1;AO=15;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651953;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.331;QD=61.6534;RBI=0.0683125;REFB=0;REVB=0.0204002;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233113;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:15:40:1:10:5:0:0:15:25:0:0 chr18 21115431 . A G 146.34 PASS AF=0.432432;AO=17;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00256097;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4593;QD=15.8209;RBI=0.0484879;REFB=-0.00919356;REVB=-0.0484202;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308395;STB=0.532831;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0147854;OID=.;OPOS=21115431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:17:16:0.432432:7:10:13:8:7:9:13:8 chr18 21124945 . C G 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.117;QD=60.5099;RBI=0.0710698;REFB=-0.0804514;REVB=0.0583664;RO=1;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144632;STB=0.507689;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00252996;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:13:32:1:0:13:32:1:0 chr18 21413869 . T C 2049.08 PASS AF=0.992366;AO=116;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762634;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.216;QD=62.5672;RBI=0.0793195;REFB=0;REVB=0.078952;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17603e-05;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:0:0:116:130:0.992366:56:60:0:0:71:59:0:0 chr18 21424991 . C A 416.7 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0281879;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.133;QD=17.1835;RBI=0.0336236;REFB=-0.00458838;REVB=-0.0183299;RO=53;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583751;STB=0.538709;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00570343;OID=.;OPOS=21424991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:43:43:0.443299:17:26:29:24:17:26:29:25 chr18 21511089 . A G 1396.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.278;QD=62.7542;RBI=0.0617599;REFB=0;REVB=0.0074845;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164343;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr18 21710321 . C T 2466.9 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.209;QD=61.2894;RBI=0.0205934;REFB=0;REVB=-0.0167962;RO=0;SAF=70;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10852e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:90:70:0:0:90:71:0:0 chr18 21736933 . T G 1514.05 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.06;QD=59.9624;RBI=0.0312334;REFB=0;REVB=-0.00204504;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55785e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:51:48:0:0:51:50:0:0 chr18 21739725 . T C 199.72 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0097188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.834;QD=13.5404;RBI=0.0102915;REFB=0.00931465;REVB=0.00338533;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244828;STB=0.517817;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0123475;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:23:24:0.40678:12:11:15:18:13:11:15:20 chr18 21759055 . G C 1374.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.927;QD=62.4863;RBI=0.0300433;REFB=0;REVB=-0.00194233;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88937e-05;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:35:51:0:0:37:51:0:0 chr18 21759190 . GCT CCT,CTC 84.68 PASS AF=0.588235,0;AO=7,2;DP=18;FAO=10,0;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.049663,0.110642;FXX=0.0555247;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=45.4132,20.086;QD=19.9254;RBI=0.0824751,0.110782;REFB=-0.0130977,0.0244059;REVB=0.0658462,-0.00557344;RO=5;SAF=1,2;SAR=6,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275355,0.64233;STB=0.685302,0.5;STBP=0.124,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0139713,0;OID=.,.;OPOS=21759190,21759190;OREF=G,GCT;OALT=C,CTC;OMAPALT=CCT,CTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:17:5:7:7,2:10,0:0.588235,0:6,0:1,2:2:3:8,0:2,0:4:3 chr18 22020543 . C G 305.69 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0136213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.77;QD=17.7214;RBI=0.0155204;REFB=0.00356602;REVB=0.00743922;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133228;STB=0.507904;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00315008;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:16:16:17:18:17:16:18:18 chr18 23597811 . T C 672.25 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00736505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.533;QD=50.7358;RBI=0.0410053;REFB=-0.0130308;REVB=0.0403384;RO=2;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285163;STB=0.501639;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00108141;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:2:3:50:50:0.943396:18:32:2:0:18:32:2:1 chr18 23865851 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00445847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8747;QD=16.9794;RBI=0.00480818;REFB=-0.00894506;REVB=-0.00180019;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161346;STB=0.509084;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00577504;OID=.;OPOS=23865851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:15:14:13:13:15:14 chr18 23872235 . A G 147.56 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.013008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.214;QD=17.3601;RBI=0.0133545;REFB=-0.0119708;REVB=0.0030226;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184693;STB=0.606161;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0114614;OID=.;OPOS=23872235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:9:9:5:11:9:9 chr18 23873463 . T C 1023.47 PASS AF=0.502415;AO=104;DP=207;FAO=104;FDP=207;FR=.;FRO=103;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.000149944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.986;QD=19.7771;RBI=0.0349182;REFB=-0.00746196;REVB=0.0349179;RO=102;SAF=50;SAR=54;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053625;STB=0.526752;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0067813;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:102:103:104:104:0.502415:54:50:43:59:54:50:44:59 chr18 23879134 . T C 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.025965;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=274.67;QD=11.8155;RBI=0.026984;REFB=-0.00120898;REVB=-0.00734518;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016668;STB=0.533282;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00182294;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:23:13:13:0.361111:8:5:8:12:8:5:10:13 chr18 23879142 . T A 114.47 PASS AF=0.35;AO=15;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0211642;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.8495;QD=11.4474;RBI=0.0655188;REFB=-0.018969;REVB=0.0620064;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218022;STB=0.708624;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0307132;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:26:15:14:0.35:6:9:8:13:5:9:8:18 chr18 24035399 . A G 784.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4002;QD=57.0701;RBI=0.0302179;REFB=0;REVB=-0.00750904;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473404;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr18 24269386 . G A 1493.22 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0095806;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.299;QD=58.5576;RBI=0.00988239;REFB=-0.0920066;REVB=-0.00242359;RO=1;SAF=41;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114294;STB=0.505881;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000142618;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:59:41:1:0:59:42:1:0 chr18 24445692 . C T 618.63 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0253821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.324;QD=17.6752;RBI=0.0261867;REFB=-0.0108244;REVB=0.0064416;RO=75;SAF=36;SAR=28;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.590398;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0130272;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:76:64:64:0.457143:28:36:30:45:28:36:30:46 chr18 25543387 . G A 546.16 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0192891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.025;QD=20.2281;RBI=0.019333;REFB=-0.020752;REVB=0.0013026;RO=51;SAF=18;SAR=38;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863635;STB=0.553916;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0212359;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:52:56:56:0.518519:38:18:21:30:38:18:22:30 chr18 25565082 . A G 1840.62 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8327;QD=61.3539;RBI=0.0382939;REFB=0;REVB=0.0299605;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140194;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr18 25570228 . G C 2213.1 PASS AF=0.972973;AO=143;DP=149;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00730049;FXX=0.00671096;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.684;QD=59.8134;RBI=0.0197051;REFB=-0.137831;REVB=0.0183028;RO=5;SAF=80;SAR=63;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233292;STB=0.508345;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000432158;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:149:148:5:4:143:144:0.972973:63:80:1:4:64:80:1:3 chr18 28570025 . G T 1408.69 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.246;QD=62.6084;RBI=0.0167694;REFB=0;REVB=-0.00859073;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117162;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr18 28586964 . A G 453.39 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00478704;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.803;QD=14.8653;RBI=0.00608601;REFB=-0.00785561;REVB=0.00375815;RO=71;SAF=27;SAR=24;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206817;STB=0.519876;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00992098;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:71:71:51:51:0.418033:24:27:39:32:24:27:40:31 chr18 28610988 . C T 438.61 PASS AF=0.530864;AO=45;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0239618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2415;QD=21.6597;RBI=0.0369029;REFB=0.0158012;REVB=-0.0280651;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548015;STB=0.55324;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00656817;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:38:45:43:0.530864:22:23:15:19:20:23:16:22 chr18 28611061 . A T 562.55 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0154254;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.803;QD=19.2324;RBI=0.0220832;REFB=-0.0327096;REVB=0.0158026;RO=58;SAF=39;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19604;STB=0.613281;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0244121;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:59:58:58:0.495726:19:39:27:31:19:39:27:32 chr18 28611139 . A C 1043.17 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0102247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.024;QD=55.6357;RBI=0.0392886;REFB=-0.192338;REVB=0.0379348;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.509602;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00323823;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:1:3:72:72:0.96:41:31:1:0:41:31:2:1 chr18 28647402 . A G 210.14 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0498911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3901;QD=7.78284;RBI=0.0522977;REFB=-0.00251834;REVB=0.0156818;RO=77;SAF=13;SAR=17;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101161;STB=0.511271;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00653747;OID=.;OPOS=28647402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:78:30:30:0.277778:17:13:34:43:17:13:35:43 chr18 28649042 . T C 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00642088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.626;QD=9.36321;RBI=0.00978283;REFB=-0.0207816;REVB=-0.00738079;RO=62;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197098;STB=0.61568;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0252352;OID=.;OPOS=28649042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:12:15:24:38:12:15:24:38 chr18 28722039 . G A 461.4 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0617803;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9642;QD=21.2138;RBI=0.0684921;REFB=-0.0153086;REVB=0.0295696;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115929;STB=0.573103;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0252467;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:45:46:0.528736:23:22:25:15:24:22:26:15 chr18 28722103 . T C 443.08 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00466031;FXX=0.0823433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.388;QD=22.7221;RBI=0.0317595;REFB=-0.0143842;REVB=0.0314157;RO=33;SAF=14;SAR=28;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291992;STB=0.655098;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0147643;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:33:36:42:42:0.538462:28:14:23:10:28:14:24:12 chr18 28734749 . A G 227.09 PASS AF=0.35;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0182538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.443;QD=11.3545;RBI=0.0183149;REFB=-0.0145519;REVB=0.00149414;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576569;STB=0.546729;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0254191;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:52:28:28:0.35:16:12:24:26:16:12:26:26 chr18 28934681 . A T 387.54 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0192756;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.973;QD=20.1319;RBI=0.0225995;REFB=-0.0177682;REVB=-0.0117979;RO=38;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133031;STB=0.574035;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0130503;OID=.;OPOS=28934681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:26:13:18:20:26:13:18:20 chr18 28956904 . C T 261.9 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00469587;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0455;QD=12.3248;RBI=0.0451997;REFB=0.00670893;REVB=-0.0449552;RO=53;SAF=20;SAR=11;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487342;STB=0.535691;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0174133;OID=.;OPOS=28956904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:54:31:31:0.364706:11:20:32:21:11:20:32:22 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2355.74 PASS AF=0.0189873,0.981013;AO=29,126;DP=159;FAO=3,155;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=3,75;FSAR=0,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245031,-0.0298034;FXX=0.00628891;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.7768,40.7513;QD=59.6389;RBI=0.0422493,0.166858;REFB=0,0;REVB=0.034418,0.164174;RO=0;SAF=4,74;SAR=25,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10829e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0231831,0.0010425;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0189873,0.981013:29,126:159:3,155:158:0:3,75:0,80:0:0:3:0:4,74:25,52:0:0 chr18 28968959 . C T 1043.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.998;QD=59.6224;RBI=0.0243804;REFB=0;REVB=0.0242544;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39643e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr18 28986333 . A C 923.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437281;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.56;QD=58.636;RBI=0.0480854;REFB=0;REVB=0.0200013;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159256;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr18 28993183 . A G 310.57 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408149;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0415;QD=54.0126;RBI=0.0408903;REFB=0;REVB=-0.00248157;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756435;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr18 28993501 . C A 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032012;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1925;QD=46.8244;RBI=0.111116;REFB=0;REVB=-0.106404;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00590009;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr18 29055957 . A G 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1369;QD=60.4407;RBI=0.0655057;REFB=0;REVB=0.0603698;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163863;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:47:64:0:0:47:64:0:0 chr18 29104698 . C T 325.97 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0477281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=29.6333;RBI=0.0525278;REFB=0.0151562;REVB=0.0219362;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211788;STB=0.522711;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00713192;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:16:28:28:0.636364:14:14:8:7:14:14:9:7 chr18 29126670 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.152;QD=59.0186;RBI=0.0319698;REFB=0;REVB=0.0210943;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165797;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr18 29178513 . G C 1754.86 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.25;QD=60.5125;RBI=0.0327265;REFB=0;REVB=0.0301609;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041177;OID=.;OPOS=29178513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:68:47:0:0:68:48:0:0 chr18 29204762 . A G 201.36 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0436864;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8276;QD=11.6727;RBI=0.0516063;REFB=-0.0259938;REVB=0.027472;RO=46;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703546;STB=0.538431;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0454897;OID=.;OPOS=29204762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:46:44:24:25:0.362319:10:14:24:22:11:14:22:22 chr18 29339910 . G T 326.92 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0214932;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.298;QD=45.0924;RBI=0.0224134;REFB=0.0367803;REVB=-0.00635626;RO=4;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105831;STB=0.535789;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00354698;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:31:29:4:3:26:26:0.896552:17:9:3:1:17:9:2:1 chr18 29432624 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0106362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.383;QD=12.8687;RBI=0.0106961;REFB=-0.023875;REVB=-0.00112965;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0222815;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:6:10:5:6:6:10 chr18 29497573 . A G 1163.09 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0237252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.737;QD=58.1544;RBI=0.0247006;REFB=-0.116077;REVB=0.00687283;RO=1;SAF=49;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956196;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000874011;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:1:2:77:78:0.975:28:49:1:0:28:50:2:0 chr18 29598847 . C T 935.5 PASS AF=0.645669;AO=82;DP=127;FAO=82;FDP=127;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0056115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.695;QD=29.4647;RBI=0.0138993;REFB=-0.0175902;REVB=0.0127162;RO=45;SAF=40;SAR=42;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284848;STB=0.515381;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00959479;OID=.;OPOS=29598847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:45:45:82:82:0.645669:42:40:20:25:42:40:20:25 chr18 29652986 . C G 92.59 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00761219;FXX=0.0731529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.691;QD=9.74601;RBI=0.0186593;REFB=-0.0107162;REVB=-0.017036;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16099;STB=0.623536;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0203264;OID=.;OPOS=29652986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:41:38:26:26:10:11:0.289474:4:6:12:14:4:7:12:14 chr18 29710880 . A AAG,G 816.88 PASS AF=0.871429,0;AO=58,4;DP=78;FAO=61,0;FDP=70;FR=.;FRO=9;FSAF=36,0;FSAR=25,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0336618,0.0306693;FXX=0.0540468;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=297.456,193.65;QD=46.6788;RBI=0.0339104,0.0308438;REFB=0.00849668,0.0106848;REVB=0.00409859,-0.00327606;RO=13;SAF=34,1;SAR=24,3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122547,0.0291583;STB=0.533705,0.5;STBP=0.14,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000496661,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:78:70:13:9:58,4:61,0:0.871429,0:24,3:34,1:3:10:25,0:36,0:3:6 chr18 29784171 . G A 510.04 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0158794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.887;QD=16.8607;RBI=0.0181591;REFB=-0.0207959;REVB=-0.00880907;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994818;STB=0.559545;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0232775;OID=.;OPOS=29784171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:66:55:55:0.454545:31:24:35:30:31:24:36:30 chr18 29795076 . T C 1439.97 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125343;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.889;QD=63.2952;RBI=0.0278689;REFB=0;REVB=0.0278407;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132323;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:41:50:0:0:41:50:0:0 chr18 29795101 . T C 1472.38 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.064;QD=63.328;RBI=0.0733402;REFB=0;REVB=0.0720186;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63839e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:93:0:0:84:93:1:38:46:0:0:47:46:0:0 chr18 30253010 . TAAG CAAG,TAG,TCAA,TCAAG 282.77 PASS AF=0.0357143,0.285714,0,0.321429;AO=6,13,2,11;DP=56;FAO=2,16,0,18;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0,0,9;FSAR=1,16,0,9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00880267,0.0837958,0.0122109,0.0162232;FXX=0.0175408;HRUN=4,2,2,0;LEN=1,1,3,1;MLLD=110.928,20.094,113.608,107.443;QD=20.1976;RBI=0.0425204,0.0850066,0.0376939,0.0465206;REFB=0.00255677,-0.0663344,-0.00138939,-0.00101288;REVB=-0.0415992,0.0142961,-0.0356613,-0.0436002;RO=20;SAF=4,0,0,6;SAR=2,13,2,5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.28283,-0.854468,-0.713883,-0.354506;STB=0.816289,0.99934,0.5,0.684033;STBP=0.733,0,1,0.059;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=-0.00723632,0.0194231,0,0.00181786;OID=.,.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011,30253011;OREF=T,A,AAG,-;OALT=C,-,CAA,C;OMAPALT=CAAG,TAG,TCAA,TCAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:99:56:56:20:20:6,13,2,11:2,16,0,18:0.0357143,0.285714,0,0.321429:2,13,2,5:4,0,0,6:17:3:1,16,0,9:1,0,0,9:17:3 chr18 30349691 . C T 1304.66 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00105405;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.904;QD=58.6364;RBI=0.0193147;REFB=-0.169549;REVB=0.0192859;RO=3;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399802;STB=0.521122;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000734598;OID=.;OPOS=30349691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:89:3:3:86:86:0.966292:34:52:0:3:34:52:0:3 chr18 30350404 . GC AA 235.72 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0133829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.333;QD=30.415;RBI=0.0580956;REFB=-0.0353095;REVB=0.0565332;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432098;STB=0.529385;STBP=0.655;TYPE=mnp;VARB=0.0269913;OID=.;OPOS=30350404;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:31:9:9:21:22:0.709677:11:10:5:4:12:10:5:4 chr18 30804756 . C T 936.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3084;QD=58.5216;RBI=0.0646637;REFB=0;REVB=-0.0490943;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918355;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr18 30846895 . A T 1424.25 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.896;QD=62.6045;RBI=0.0457054;REFB=0;REVB=-0.0216137;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70585e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:91:0:0:83:91:1:45:38:0:0:46:45:0:0 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G,GT,GTT 205.27 PASS AF=1,0,0;AO=9,7,2;DP=18;FAO=18,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236816,-0.0236605,-0.0236081;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=23,22,21;MLLD=132.442,131.637,128.878;QD=45.615;RBI=0.192368,0.201335,0.211194;REFB=0,0,0;REVB=-0.190905,-0.19994,-0.20987;RO=0;SAF=4,5,2;SAR=5,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00230991,-0.00432826,0;OID=.,.,.;OPOS=30908047,30908047,30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:9,7,2:18:18,0,0:18:0:11,0,0:7,0,0:0:0:3:0:4,5,2:5,2,0:0:0 chr18 31320229 . A G 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.475;QD=63.2712;RBI=0.0363209;REFB=0;REVB=0.00431217;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178453;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr18 31324934 . A G 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3516;QD=54.648;RBI=0.0442359;REFB=-0.124294;REVB=-0.021749;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.51428;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00141568;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:35:17:0:0:35:17:1:0 chr18 32558525 . C A 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0178777;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.148;QD=16.038;RBI=0.0230031;REFB=0.00410939;REVB=-0.0144752;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306736;STB=0.665501;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00336746;OID=.;OPOS=32558525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:18:7:18:13:18:7:17:13 chr18 32721078 . C T 385.41 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0237382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7593;QD=19.2703;RBI=0.0270766;REFB=-0.0440979;REVB=-0.0130245;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24989;STB=0.634904;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0729988;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:39:40:39:40:0.5:17:22:11:28:17:23:12:28 chr18 33058319 . AA GA,GG 707.24 PASS AF=0.734177,0.253165;AO=7,3;DP=52;FAO=58,20;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=21,14;FSAR=37,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0763418,0.0206505;FXX=0;HRUN=16,16;LEN=1,2;MLLD=15.1525,38.4345;QD=35.8097;RBI=0.0921333,0.1058;REFB=-0.0252288,-0.0830503;REVB=0.0515799,0.103765;RO=2;SAF=0,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.74993;STB=0.506664,0.538422;STBP=0.518,0.284;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.135756,0.0344797;OID=.,.;OPOS=33058319,33058319;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:52:79:2:1:7,3:58,20:0.734177,0.253165:7,0:0,3:0:2:37,6:21,14:0:1 chr18 33647254 . A C 906.55 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199987;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.377;QD=58.4872;RBI=0.0285323;REFB=0;REVB=-0.0203505;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45701e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr18 33702162 . G A 282.31 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00925963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.426;QD=19.8111;RBI=0.0244239;REFB=-0.00976354;REVB=0.0226006;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120173;STB=0.574315;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0140839;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:27:29:30:0.526316:18:11:13:12:19:11:14:13 chr18 33706610 . C T 559.23 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00390424;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.904;QD=23.0611;RBI=0.0268512;REFB=-0.0135276;REVB=-0.0265658;RO=44;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510897;STB=0.53332;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00984102;OID=.;OPOS=33706610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:44:45:52:52:0.536082:24:28:21:23:24:28:21:24 chr18 33706614 . C G 1552.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130895;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.952;QD=64.0244;RBI=0.0446631;REFB=0;REVB=0.042702;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97456e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr18 33721325 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0182068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1637;QD=15.2924;RBI=0.0691865;REFB=-0.0569043;REVB=0.0667479;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0411118;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:7:2:2:7:7:2 chr18 33721376 . G C 52.9 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00999502;FXX=0.076864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.666;QD=17.6346;RBI=0.00999757;REFB=-0.0338866;REVB=-0.000225436;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0288435;OID=.;OPOS=33721376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:5:0:1:6:5:0 chr18 33754507 . A G 220.35 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0153146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2486;QD=24.4828;RBI=0.0338218;REFB=0.0326323;REVB=-0.0301559;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152712;STB=0.5855;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0237752;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:7:8:15:6:7:8 chr18 33779821 . C A 1391.2 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203222;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.296;QD=62.526;RBI=0.0257284;REFB=0;REVB=0.0157785;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123086;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:41:48:0:0 chr18 33779855 . C T 1075.48 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00333397;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.366;QD=57.3589;RBI=0.010848;REFB=-0.201008;REVB=0.010323;RO=2;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243926;STB=0.50129;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000104965;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:33:40:1:1:33:40:1:1 chr18 33779896 . A G 1135.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.29;QD=60.5693;RBI=0.0306331;REFB=0;REVB=-0.0109268;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4445e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:29:46:0:0 chr18 33780019 . CA C,CG 769.75 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=11,45;DP=58;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159271,0.0127507;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.4803,95.327;QD=54.0173;RBI=0.0161455,0.0294059;REFB=0,0;REVB=-0.00264685,0.0264977;RO=0;SAF=10,27;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0413096,-0.000406823;OID=.,.;OPOS=33780020,33780020;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0350877,0.964912:11,45:58:2,55:57:0:0,36:2,19:0:0:7:0:10,27:1,18:0:0 chr18 33780021 . C G 67.5 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0442639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7327;QD=4.65485;RBI=0.0477642;REFB=-0.0325623;REVB=-0.0179479;RO=47;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510163;STB=0.849443;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0214894;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:1:10:27:20:1:10:27:20 chr18 33785093 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.159;QD=59.5018;RBI=0.0527699;REFB=0;REVB=0.052663;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43842e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr18 33785185 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.23784e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.934;QD=56.9998;RBI=0.0164356;REFB=0;REVB=-0.0164355;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11183e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr18 34205551 . C T 1006.27 PASS AF=0.568862;AO=95;DP=169;FAO=95;FDP=167;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0283986;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.958;QD=24.1022;RBI=0.028678;REFB=-0.0255065;REVB=0.00399324;RO=70;SAF=43;SAR=52;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371412;STB=0.52651;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0182572;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:70:72:95:95:0.568862:52:43:35:35:52:43:37:35 chr18 34398883 . G A 239.39 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0214172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.399;QD=14.0817;RBI=0.0221314;REFB=0.00271007;REVB=-0.0055773;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722787;STB=0.534682;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0055776;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:11:17:21:18:11:17:22:18 chr18 34850846 . G A 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0990969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.493;QD=16.8957;RBI=0.102167;REFB=-0.0112684;REVB=0.0248562;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304629;STB=0.677057;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.023756;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:3:6:3:7:3:6 chr18 39761310 . A G 1018.49 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00658792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.469;QD=56.5826;RBI=0.00908356;REFB=-0.0450666;REVB=0.00625383;RO=2;SAF=29;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03149;STB=0.516662;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000553278;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:41:29:2:0:41:29:2:0 chr18 39761342 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00645139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.727;QD=14.3999;RBI=0.0128987;REFB=0.00604666;REVB=0.0111694;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129593;STB=0.566518;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00419352;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:16:9:16:17:16:9:16:18 chr18 40323497 . G T 429.44 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.859;QD=57.259;RBI=0.0152576;REFB=0;REVB=-0.00687793;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4486e-05;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr18 42532606 . G A 767.62 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=92;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0207354;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.545;QD=33.7413;RBI=0.0236575;REFB=-0.00780539;REVB=0.0113895;RO=27;SAF=23;SAR=40;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131203;STB=0.576968;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00522926;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:27:28:63:63:0.692308:40:23:16:11:40:23:17:11 chr18 42533130 . A G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.853;QD=58.7802;RBI=0.0104533;REFB=0;REVB=0.00445051;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09224e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr18 43206985 . A G 2178.68 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.845;QD=63.15;RBI=0.0236121;REFB=0;REVB=-0.0083135;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56706e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:64:74:0:0:64:74:0:0 chr18 43262359 . G A 290.04 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0499332;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8567;QD=16.1135;RBI=0.0500647;REFB=-0.00438511;REVB=-0.00362634;RO=39;SAF=2;SAR=30;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.664437;STB=0.888325;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117167;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:39:40:32:32:0.444444:30:2:22:17:30:2:23:17 chr18 43307246 . C T 232.1 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00874447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.162;QD=23.8047;RBI=0.112867;REFB=-0.0241885;REVB=-0.112527;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107476;STB=0.57481;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.020507;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:22:22:0.564103:8:14:8:8:8:14:8:9 chr18 43307338 . C A 305.82 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0184673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.409;QD=20.3882;RBI=0.0230276;REFB=-0.0315674;REVB=0.013756;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274654;STB=0.641019;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0181659;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:12:19:8:20:13:19:8:20 chr18 43310415 . G A 145.71 PASS AF=0.377778;AO=13;DP=41;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.030506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.665;QD=12.9522;RBI=0.0305061;REFB=-0.0408881;REVB=5.2779e-05;RO=28;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399824;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0565969;OID=.;OPOS=43310415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:28:28:13:17:0.377778:3:10:12:16:5:12:12:16 chr18 43316538 . A G 1268.3 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428552;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.647;QD=61.8682;RBI=0.0434629;REFB=0;REVB=0.0072426;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67588e-05;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:46:36:0:0 chr18 43319519 . G A 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0132784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2653;QD=17.9407;RBI=0.0249589;REFB=0.013855;REVB=0.0211337;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784135;STB=0.544137;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0161955;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:6:22:21:8:6:22:21:8 chr18 43416974 . T A 105.57 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00819444;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.141;QD=10.5574;RBI=0.0100632;REFB=-0.00202817;REVB=-0.00584115;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268377;STB=0.516104;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00410209;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:8:5:11:16:8:5:11:16 chr18 43420177 . G A 145.66 PASS AF=0.4;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00330791;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.369;QD=14.5655;RBI=0.00769708;REFB=-0.0163789;REVB=-0.00695002;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191266;STB=0.634807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0222678;OID=.;OPOS=43420177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:24:15:16:0.4:7:8:8:15:7:9:8:16 chr18 43481075 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00398852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.328;QD=15.3789;RBI=0.0180138;REFB=-0.0122818;REVB=0.0175667;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0122563;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:5:9:7:5:5:9 chr18 43490602 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0016644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.671;QD=17.167;RBI=0.00906409;REFB=-0.0070785;REVB=0.00890997;RO=32;SAF=22;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378881;STB=0.713787;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00645759;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:7:22:12:20:7:22:12:20 chr18 43508856 . C G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0164392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.718;QD=14.2618;RBI=0.0198091;REFB=-0.00784763;REVB=-0.0110523;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0282027;OID=.;OPOS=43508856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:15:9:8:8:15:9 chr18 43563677 . T C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0587437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0484;QD=16.8737;RBI=0.0620728;REFB=-0.0197015;REVB=0.0200552;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309681;STB=0.678382;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0139332;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:14:12:15:5:14:12 chr18 43565380 . A G 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0208109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.649;QD=13.2872;RBI=0.0230029;REFB=-0.00607336;REVB=0.00980006;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260147;STB=0.648082;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0170966;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:27:14:16:11:27:14 chr18 43565399 . C A 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00343571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.917;QD=15.5688;RBI=0.00377408;REFB=-0.00188257;REVB=0.0015619;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19468;STB=0.609788;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00279245;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:22:13:16:12:22:13 chr18 43568717 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00571127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.826;QD=14.0966;RBI=0.0276438;REFB=-0.0074733;REVB=0.0270474;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164026;STB=0.594883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00724506;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:3:11:7:4:3:11 chr18 43685192 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00506578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.941;QD=11.3692;RBI=0.0161152;REFB=-0.00764756;REVB=-0.0152983;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380751;STB=0.723767;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0047828;OID=.;OPOS=43685192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:14:5:7:4:14:5 chr18 43701587 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0020232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.269;QD=12.4822;RBI=0.00363552;REFB=-0.0128959;REVB=0.00302054;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0151982;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:9:10:7:5:9:10 chr18 43833701 . T TCTG 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00461887;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.315;QD=14.4062;RBI=0.014316;REFB=0.00537354;REVB=0.0135505;RO=47;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136691;STB=0.58328;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=-0.00744752;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:32:79:32:78:46:11:21:22:24:99:47:11:21:22:25 chr18 43843736 . T G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00398778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4473;QD=49.3979;RBI=0.0539459;REFB=0.00537616;REVB=0.0537983;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00111608;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr18 44040330 . C A,CA 46.58 PASS AF=0,0.217391;AO=8,15;DP=72;FAO=0,15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=0,8;FSAR=0,7;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00634842,-0.11373;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=199.454,11.6202;QD=2.70036;RBI=0.00644401,0.117336;REFB=-0.00624102,-0.0840298;REVB=0.00110586,0.028867;RO=49;SAF=6,9;SAR=2,6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34094,0.160319;STB=0.5,0.502909;STBP=1,0.985;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.132659;OID=.,.;OPOS=44040330,44040331;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:72:69:49:54:8,15:0,15:0,0.217391:2,6:6,9:23:26:0,7:0,8:29:25 chr18 44040559 . G A 44.27 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00381866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.72;QD=6.81109;RBI=0.00986052;REFB=-0.00305219;REVB=0.00909108;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.713674;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.010622;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:8:11:2:5:8:11 chr18 44057658 . C T 466.13 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00840217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.855;QD=15.2828;RBI=0.0429148;REFB=-0.0194828;REVB=-0.0420842;RO=70;SAF=32;SAR=20;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118643;STB=0.500665;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.030955;OID=.;OPOS=44057658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:20:32:43:27:20:32:43:27 chr18 44063598 . G A 3244.07 PASS AF=0.981651;AO=213;DP=219;FAO=214;FDP=218;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0247346;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4543;QD=59.5243;RBI=0.072197;REFB=-0.119554;REVB=0.0678277;RO=4;SAF=103;SAR=110;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00057748;STB=0.500343;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00246126;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:219:218:4:4:213:214:0.981651:110:103:2:2:111:103:2:2 chr18 44126909 . T C 473.79 PASS AF=0.425197;AO=47;DP=120;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00678861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.987;QD=14.9224;RBI=0.00827459;REFB=-0.0267855;REVB=0.00473113;RO=70;SAF=26;SAR=21;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565416;STB=0.51458;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.037377;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:127:70:73:47:54:0.425197:21:26:35:35:26:28:36:37 chr18 44135143 . T C 403.92 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00354606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.429;QD=13.8093;RBI=0.00397023;REFB=-0.00979228;REVB=-0.00178554;RO=70;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177654;STB=0.599959;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0113967;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:70:47:47:0.401709:23:24:24:46:23:24:24:46 chr18 44560300 . C T 222.71 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1113;QD=49.4907;RBI=0.0242041;REFB=0;REVB=-0.0161369;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48422e-05;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr18 44560429 . C A 727.4 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.494;QD=63.2522;RBI=0.0458291;REFB=0;REVB=0.0457713;RO=0;SAF=37;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119558;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:7:37:0:0:9:37:0:0 chr18 44560875 . C A 1061.57 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.351;QD=59.8069;RBI=0.0309657;REFB=0;REVB=0.0221547;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97384e-05;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:31:39:0:0:32:39:0:0 chr18 44561100 . C G 501.0 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1216;QD=54.1623;RBI=0.0675792;REFB=-0.141993;REVB=0.0640456;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.526301;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00446501;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:37:1:2:35:35:0.945946:18:17:0:1:18:17:0:2 chr18 44561795 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.622;QD=55.0986;RBI=0.0478321;REFB=0;REVB=-0.0153099;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287604;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr18 44585955 . G A 181.14 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.013644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.979;QD=16.4668;RBI=0.0173107;REFB=0.00302938;REVB=-0.0106537;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899099;STB=0.505149;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00478019;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:9:16:12:7:9:16 chr18 44593458 . T G 354.11 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0172785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8433;QD=13.8866;RBI=0.0322975;REFB=0.00865301;REVB=-0.027287;RO=60;SAF=16;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124839;STB=0.571741;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0130757;OID=.;OPOS=44593458;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:61:40:41:0.401961:24:16:31:29:25:16:31:30 chr18 44610718 . T C 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00172898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.623;QD=19.587;RBI=0.0160253;REFB=-0.014356;REVB=-0.0159317;RO=46;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379209;STB=0.521043;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0165911;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:18:26:29:17:18:26:29:17 chr18 44626630 . T G 195.64 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0270074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.61;QD=12.6217;RBI=0.0277753;REFB=-0.0156268;REVB=0.00648601;RO=38;SAF=5;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328457;STB=0.69128;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0207989;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:19:5:18:20:19:5:18:20 chr18 45555829 . T C 667.32 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0641659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3058;QD=21.0181;RBI=0.0740024;REFB=-0.0107093;REVB=-0.0368658;RO=60;SAF=29;SAR=37;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152834;STB=0.587554;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00788208;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:61:66:66:0.519685:37:29:37:23:37:29:38:23 chr18 45566276 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0145807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.76;QD=14.6492;RBI=0.0167565;REFB=-0.0125061;REVB=0.00825721;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120243;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0153283;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:9:10:9:5:9:10 chr18 45567084 . T TC 57.0 PASS AF=0.466667;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.186684;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.21912;QD=7.59972;RBI=0.201632;REFB=0.0187164;REVB=0.0761889;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202481;STB=0.564429;STBP=0.556;TYPE=ins;VARB=0.0207055;OID=.;OPOS=45567085;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:11:34:14:30:16:5:9:4:12:52:21:4:7:8:13 chr18 45696158 . G A 482.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.55;QD=58.4523;RBI=0.0644086;REFB=0;REVB=0.00317207;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143686;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:14:19:0:0 chr18 45696204 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.92;QD=59.4356;RBI=0.0163851;REFB=0;REVB=-0.0149103;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38659e-05;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr18 45696256 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.523;QD=59.0185;RBI=0.00978281;REFB=0;REVB=-0.00817972;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83016e-06;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr18 45711740 . T C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0161642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.146;QD=17.5367;RBI=0.0198151;REFB=-0.007413;REVB=0.0114611;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243326;STB=0.646972;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0071257;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:21:12:23:14:22:12:24:14 chr18 46001932 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.935;QD=58.7814;RBI=0.0147598;REFB=0;REVB=-0.012988;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51724e-06;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:18:47:0:0:18:47:0:0 chr18 46284587 . T C 1084.26 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.028095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7609;QD=58.6088;RBI=0.0324406;REFB=-0.00549092;REVB=0.0162193;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.508195;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000249656;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:30:43:0:1:30:43:0:1 chr18 46447851 . G A 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0502845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.43;QD=11.5695;RBI=0.0527594;REFB=-0.0162371;REVB=-0.0159697;RO=41;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309853;STB=0.674845;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0428159;OID=.;OPOS=46447851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:24:24:0.363636:6:18:20:21:6:18:21:21 chr18 46468946 . G A 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00221187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.667;QD=17.3259;RBI=0.00470413;REFB=-0.00741232;REVB=-0.00415168;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335529;STB=0.688816;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0113363;OID=.;OPOS=46468946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:5:20:9:11:5:20 chr18 46474746 . C T 250.7 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00586413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.264;QD=27.1028;RBI=0.0479903;REFB=-0.0186688;REVB=0.0476307;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871933;STB=0.557593;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0185058;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:7:15:11:3:8:15:11:3 chr18 46474797 . G T 199.44 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00281578;FXX=0.0232504;HRUN=8;LEN=1;MLLD=172.014;QD=18.9938;RBI=0.0532995;REFB=-0.00197586;REVB=-0.0532251;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14341;STB=0.51998;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00139134;OID=.;OPOS=46474797;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:7:22:19:20:0.47619:8:11:6:1:8:12:14:8 chr18 46545924 . A G 460.82 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0304808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.921;QD=21.1871;RBI=0.032914;REFB=-0.0122549;REVB=-0.0124198;RO=42;SAF=11;SAR=32;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070996;STB=0.502946;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0104435;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:43:45:0.517241:32:11:11:31:33:12:11:31 chr18 46576058 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00107366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.693;QD=22.7246;RBI=0.0161282;REFB=-0.0245968;REVB=0.0160924;RO=16;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18729;STB=0.605944;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0186848;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:4:16:10:6:4:16:10:6 chr18 47013723 . A T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00145456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.692;QD=15.7383;RBI=0.0139432;REFB=-0.0179171;REVB=0.0138671;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16153;STB=0.613539;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0208316;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:36:29:29:0.446154:13:16:23:9:13:16:27:9 chr18 47014953 . G GTGT 58.72 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.017828;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=100.894;QD=14.68;RBI=0.0178863;REFB=-0.0221358;REVB=-0.00144242;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0233056;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:16:8:16:8:7:1:7:1:55:8:7:1:7:1 chr18 47017820 . A G 714.85 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.036403;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0352;QD=22.5148;RBI=0.0374594;REFB=-0.0224828;REVB=-0.00883321;RO=54;SAF=51;SAR=18;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304946;STB=0.662619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161887;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:54:58:69:69:0.543307:18:51:21:33:18:51:24:34 chr18 47318626 . T C 832.37 PASS AF=0.57037;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0101603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.55;QD=24.6629;RBI=0.0108727;REFB=-0.0306154;REVB=-0.00387099;RO=57;SAF=41;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482134;STB=0.506562;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0173179;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:57:58:77:77:0.57037:36:41:30:27:36:41:30:28 chr18 47352677 . A C 32.56 PASS AF=0.108108;AO=7;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0169852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.995;QD=1.75992;RBI=0.0227547;REFB=0.000702066;REVB=-0.015142;RO=66;SAF=2;SAR=5;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322765;STB=0.778555;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0147477;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:74:66:66:7:8:0.108108:5:2:38:28:6:2:38:28 chr18 47397996 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00762326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.802;QD=15.1566;RBI=0.00762853;REFB=-0.024079;REVB=0.000283463;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596718;STB=0.533871;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0214231;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:16:16:14:11:16:16 chr18 47398549 . G A 508.08 PASS AF=0.5;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0200882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.578;QD=20.7377;RBI=0.0209029;REFB=-0.0246915;REVB=0.00577906;RO=48;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286916;STB=0.510251;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0279919;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:48:49:49:49:0.5:26:23:21:27:26:23:22:27 chr18 47405425 . T TGAG 675.18 PASS AF=0.531746;AO=58;DP=136;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.000958516;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.508;QD=21.4341;RBI=0.0122332;REFB=-0.0163563;REVB=0.0121956;RO=68;SAF=23;SAR=35;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130462;STB=0.573357;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.0161009;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531746:58:136:67:126:59:25:42:31:28:99:68:23:35:36:32 chr18 47429022 . C T 908.75 PASS AF=0.511364;AO=90;DP=177;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=-0.0133244;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.052;QD=20.6533;RBI=0.0133377;REFB=-0.0174256;REVB=0.000594994;RO=86;SAF=50;SAR=40;SRF=60;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130525;STB=0.571413;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.014615;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:86:86:90:90:0.511364:40:50:60:26:40:50:60:26 chr18 47455923 . C T 70.78 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0219459;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.065;QD=10.889;RBI=0.0313137;REFB=0.00827175;REVB=-0.0223367;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0163194;OID=.;OPOS=47455923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:26:26:16:16:9:10:0.384615:5:4:8:8:5:5:8:8 chr18 47500836 . G A 553.11 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00202937;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.665;QD=16.5106;RBI=0.0311938;REFB=-0.00578912;REVB=0.0311277;RO=75;SAF=34;SAR=25;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838268;STB=0.546831;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00580899;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:75:59:59:0.440299:25:34:37:38:25:34:37:38 chr18 47563299 . T C 774.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5784;QD=63.2412;RBI=0.10452;REFB=0;REVB=0.103886;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198006;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:24:25:0:0 chr18 47777937 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0455383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.33;QD=17.7529;RBI=0.0476477;REFB=0.00745241;REVB=0.01402;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415439;STB=0.502338;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00630601;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:12:15:14:11:12:15 chr18 47795629 . C A 1487.08 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00541863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.883;QD=58.3168;RBI=0.0270397;REFB=-0.135366;REVB=0.0264912;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939286;STB=0.505049;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00153883;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:99:101:0.990196:50:49:0:1:52:49:1:0 chr18 47800179 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00590652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.323;QD=16.504;RBI=0.00644224;REFB=-0.0104151;REVB=0.00257206;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0123162;OID=.;OPOS=47800179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:17:13:13:13:17:13 chr18 47803354 . C T 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0196542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.718;QD=17.3893;RBI=0.0219549;REFB=-0.00594996;REVB=-0.00978408;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17882;STB=0.599639;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00843943;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:28:12:17:18:28:12 chr18 47810251 . C G 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00618897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.951;QD=9.62962;RBI=0.016415;REFB=-0.00652295;REVB=-0.0152036;RO=62;SAF=15;SAR=13;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053256;STB=0.536057;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0125924;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:13:15:36:26:13:15:37:26 chr18 47810351 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00382762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.458;QD=17.064;RBI=0.0108223;REFB=-0.0195375;REVB=0.0101229;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037623;STB=0.521112;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0244884;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:11:17:20:11:11:17:20:11 chr18 47908556 . G A 947.37 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.974;QD=58.2997;RBI=0.0135203;REFB=0;REVB=-0.00457734;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42427e-07;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:41:24:0:0 chr18 48190440 . G A 773.58 PASS AF=0.490798;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.0124235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.584;QD=18.9835;RBI=0.0705415;REFB=-0.0377342;REVB=0.0694389;RO=83;SAF=45;SAR=35;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262423;STB=0.514461;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0402985;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:83:80:80:0.490798:35:45:49:34:35:45:49:34 chr18 48327815 . G A 534.9 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00483888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.181;QD=26.0926;RBI=0.00896522;REFB=-0.0144879;REVB=0.00754721;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653279;STB=0.555981;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0083026;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:30:33:49:49:0.597561:29:20:15:15:29:20:18:15 chr18 48331553 . T C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0464929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0352;QD=21.0494;RBI=0.0513036;REFB=-0.00401477;REVB=0.0216903;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717712;STB=0.539661;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00446427;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:19:12:17:19:19:12 chr18 48333203 . C G 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.546;QD=58.2359;RBI=0.0353466;REFB=0;REVB=0.0195861;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53734e-05;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr18 48346026 . A G 399.37 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0162423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.538;QD=15.3604;RBI=0.0182247;REFB=-0.019124;REVB=0.00826616;RO=59;SAF=15;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249797;STB=0.640459;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0278016;OID=.;OPOS=48346026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:30:15:34:25:30:15:34:25 chr18 48577782 . G C 288.9 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0149774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.717;QD=16.2763;RBI=0.0178868;REFB=-0.0183103;REVB=0.00977825;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130512;STB=0.573157;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0264278;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:39:31:32:0.450704:18:13:21:17:19:13:21:18 chr18 48633216 . G T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.014002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.327;QD=13.4591;RBI=0.0228446;REFB=-0.0176168;REVB=-0.0180505;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.555485;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.027059;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:14:12:6:10:14:12 chr18 48723217 . C T 724.14 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.117;QD=59.1135;RBI=0.0469497;REFB=-0.0482467;REVB=0.0369953;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128881;STB=0.514892;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000425094;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:11:36:1:0:11:36:1:1 chr18 49072801 . C T 519.17 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0472527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.789;QD=19.4082;RBI=0.0537556;REFB=0.00075842;REVB=-0.025629;RO=53;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768456;STB=0.542404;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00117511;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:28:26:21:32:28:26:21:32 chr18 49867224 . T C 3070.09 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300665;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.776;QD=61.4018;RBI=0.0301755;REFB=0.0236581;REVB=0.0025623;RO=1;SAF=94;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25463e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:1:0:199:200:1:105:94:0:1:105:95:0:0 chr18 50432602 . C G 972.08 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6014;QD=58.9137;RBI=0.0594965;REFB=0;REVB=-0.0169281;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388689;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr18 50866236 . G A 592.34 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0121571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=23.0036;RBI=0.0137599;REFB=-0.027779;REVB=0.00644518;RO=45;SAF=22;SAR=36;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174485;STB=0.509551;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0201512;OID=.;OPOS=50866236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:36:22:18:27:36:22:18:27 chr18 50923713 . A G 350.38 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00413939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.884;QD=24.5881;RBI=0.0104084;REFB=0.00817849;REVB=0.00954991;RO=22;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869759;STB=0.539546;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00191951;OID=.;OPOS=50923713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:13:21:11:11:14:21:11:11 chr18 50936994 . T C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.322;QD=59.9952;RBI=0.0145487;REFB=0;REVB=0.00880845;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94313e-05;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr18 50942653 . C T 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.038;QD=63.88;RBI=0.0408685;REFB=0;REVB=-0.0389388;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155721;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:37:60:0:0:37:60:0:0 chr18 51795957 . GCGA G,GCGG 321.25 PASS AF=0.44,0.04;AO=21,4;DP=79;FAO=33,3;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=10,0;FSAR=23,3;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00188396,0.00122053;FXX=0.0259707;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=204.384,90.8821;QD=17.1333;RBI=0.00265269,0.0141213;REFB=-0.0401831,-0.0333834;REVB=-0.00186747,-0.0140685;RO=31;SAF=10,0;SAR=11,4;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127383,-0.551014;STB=0.530594,0.99496;STBP=0.692,0.223;TYPE=del,snp;VARB=0.0421334,0.0839269;OID=.,.;OPOS=51795958,51795960;OREF=CGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0.04:21,4:79:33,3:75:39:10,0:23,3:10:29:99:31:10,0:11,4:11:20 chr18 51820805 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0150174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.606;QD=16.1191;RBI=0.0231659;REFB=-0.0275346;REVB=-0.017639;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0397842;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr18 52265308 . A C 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8166;QD=64.1248;RBI=0.0484314;REFB=0;REVB=-0.00831623;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000766767;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr18 52570281 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.974;QD=62.022;RBI=0.0335271;REFB=0;REVB=0.0283498;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1325e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr18 52570345 . C A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0171154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.706;QD=9.99291;RBI=0.0177188;REFB=-0.00138903;REVB=0.00458487;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773266;STB=0.546044;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00281635;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:15:21:11:6:15:21 chr18 52605188 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00174168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4172;QD=13.336;RBI=0.00252353;REFB=0.00386491;REVB=0.00182613;RO=24;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134635;STB=0.579596;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00169611;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:3:12:17:7:3:12:17:7 chr18 53177774 . G C 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2128;QD=60.9646;RBI=0.0371979;REFB=0;REVB=0.014599;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914676;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr18 53303101 . C G 1507.27 PASS AF=1;AO=54;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088212;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.893;QD=64.8287;RBI=0.140629;REFB=0;REVB=0.140352;RO=0;SAF=46;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90289e-05;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:54:93:1:8:46:0:0:47:46:0:0 chr18 54339818 . C G 1211.02 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9289;QD=59.8033;RBI=0.0355924;REFB=-0.0224491;REVB=-0.0120591;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160447;STB=0.508472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00245374;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:51:29:1:0:51:29:1:0 chr18 54448778 . G A 1246.77 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306445;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.199;QD=61.5689;RBI=0.100614;REFB=0;REVB=0.0958332;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254129;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr18 54815025 . G T 310.13 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0064131;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3762;QD=26.3936;RBI=0.0136873;REFB=-0.0182248;REVB=0.0120919;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969038;STB=0.553805;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0038685;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:9:11:18:9:9:11 chr18 54951861 . G A 36.31 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0435154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5998;QD=6.91524;RBI=0.0612952;REFB=-0.00753364;REVB=-0.0431684;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0100192;OID=.;OPOS=54951861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:8:7:5:1:8:7 chr18 55124087 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0221681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.617;QD=9.76021;RBI=0.0391733;REFB=-0.0023522;REVB=-0.0322975;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00167061;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr18 55143766 . C T 252.82 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0233798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.631;QD=15.094;RBI=0.0309176;REFB=-0.0214602;REVB=0.0202308;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191173;STB=0.607193;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0399303;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:29:9:12:17:29:9 chr18 55144035 . C T 271.71 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00591731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.729;QD=20.901;RBI=0.0144163;REFB=0.00408039;REVB=-0.0131459;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641804;STB=0.535689;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00255492;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:13:11:15:13:13:11 chr18 55144045 . G A 291.78 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00245227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7567;QD=21.6136;RBI=0.0464017;REFB=0.00829008;REVB=-0.0463369;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762923;STB=0.533311;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00712334;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:16:13:13:11:16:14:13:11 chr18 55144502 . C T 56.04 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00979383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1756;QD=5.74799;RBI=0.0610024;REFB=-0.00802398;REVB=-0.0602111;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.554309;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0460342;OID=.;OPOS=55144502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:39:39:0:30:7:7:0.179487:2:5:0:0:2:5:23:7 chr18 55144748 . G A 362.34 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00531066;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.856;QD=15.2563;RBI=0.0139322;REFB=-0.00518667;REVB=0.0128804;RO=56;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939561;STB=0.57047;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00662437;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:38:39:0.410526:19:19:33:23:20:19:34:22 chr18 55145377 . G A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0339516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.906;QD=20.0163;RBI=0.0428746;REFB=-0.0175081;REVB=-0.0261825;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132909;STB=0.575558;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0175802;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:10:7:5:13:10:7 chr18 55145575 . C G 944.45 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2596;QD=58.1202;RBI=0.0592951;REFB=0;REVB=0.0589774;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011207;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr18 55145765 . G C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00560356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.423;QD=52.1523;RBI=0.00690348;REFB=0.022179;REVB=0.00403213;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000186413;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:13:14:0:0:13:14:1:0 chr18 55145906 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8444;QD=60.2302;RBI=0.0491695;REFB=0;REVB=0.0406482;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011748;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr18 55146261 . G A 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0021138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.256;QD=16.4182;RBI=0.00216635;REFB=-0.0126401;REVB=-0.000474274;RO=58;SAF=33;SAR=15;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109745;STB=0.561492;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0175781;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:15:33:34:24:15:33:34:24 chr18 55146453 . T C 270.08 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0152679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.204;QD=22.9855;RBI=0.0287768;REFB=-0.00888597;REVB=0.0243925;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00746298;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:13:9:12:13:13:9 chr18 55150271 . A C 163.75 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.053723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8866;QD=13.9363;RBI=0.058523;REFB=-0.0264702;REVB=-0.0232116;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585465;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0605558;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:10:8:14:14:10:8:15:14 chr18 55150557 . G T 263.61 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0649631;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9947;QD=12.7041;RBI=0.0653027;REFB=0.0389302;REVB=-0.00665074;RO=50;SAF=8;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378799;STB=0.71803;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0355511;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:52:31:31:0.373494:23:8:30:20:23:8:31:21 chr18 55151334 . G A 103.48 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0185364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.254;QD=9.85493;RBI=0.018567;REFB=-0.00255883;REVB=0.00106648;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191067;STB=0.615207;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00806591;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:13:16:5:8:13:16 chr18 55153371 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0107491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.33;QD=25.4983;RBI=0.0161817;REFB=-0.0108441;REVB=-0.0120956;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158135;STB=0.588155;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00866367;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:8:8:16:7:8:8 chr18 55154066 . A G 496.14 PASS AF=0.514851;AO=49;DP=104;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0135694;FXX=0.0560695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.598;QD=19.6493;RBI=0.0197555;REFB=0.00284618;REVB=0.014358;RO=45;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023697;STB=0.503827;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00171837;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:45:49:49:52:0.514851:23:26:24:21:24:28:26:23 chr18 55155489 . A G 1449.66 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294172;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.119;QD=58.5719;RBI=0.0295381;REFB=-0.153856;REVB=0.00266999;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097792;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000866774;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:99:1:1:98:98:0.989899:50:48:1:0:50:48:1:0 chr18 55155711 . C G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0399171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.9;QD=17.5599;RBI=0.0400765;REFB=0.00338101;REVB=0.00357172;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.568106;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00192832;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:18:18:0.461538:10:8:10:9:10:8:12:9 chr18 55155870 . G A 634.03 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0170536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7818;QD=26.1457;RBI=0.0183182;REFB=-0.0349052;REVB=0.00668798;RO=40;SAF=22;SAR=34;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550292;STB=0.534058;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0239332;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:56:57:0.587629:34:22:13:27:34:23:13:27 chr18 55158489 . A AATTCTGC 452.58 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=50;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.013614;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=7;MLLD=275.814;QD=37.7146;RBI=0.0174265;REFB=-0.00701832;REVB=0.0108785;RO=14;SAF=10;SAR=24;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241112;STB=0.609072;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.00250721;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.729167:34:50:35:48:13:11:24:9:4:99:14:10:24:10:4 chr18 55221648 . T C 429.44 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=149;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.00325985;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.52;QD=11.6064;RBI=0.00666229;REFB=-0.00877116;REVB=-0.00581029;RO=95;SAF=33;SAR=18;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572499;STB=0.534513;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0187345;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:95:97:51:51:0.344595:18:33:57:38:18:33:58:39 chr18 55226383 . G C 245.15 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0336825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1899;QD=15.5647;RBI=0.0466874;REFB=-0.0224283;REVB=0.0323296;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233611;STB=0.50456;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0262509;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:28:28:0.444444:9:19:23:11:9:19:24:11 chr18 55313704 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA 132.95 PASS AF=0.509804,0.0392157;AO=22,2;DP=51;FAO=26,2;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=18,1;FSAR=8,1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.137977,-0.0951058;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.0374,21.4046;QD=10.4272;RBI=0.16634,0.0979889;REFB=-0.0806054,-0.0263134;REVB=0.0929054,0.0235949;RO=25;SAF=16,1;SAR=6,1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252611,0.0185236;STB=0.587559,0.519802;STBP=0.219,0.868;TYPE=del,snp;VARB=0.0779221,0.0264914;OID=.,.;OPOS=55313705,55313711;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804,0.0392157:22,2:51:26,2:51:23:18,1:8,1:12:11:99:25:16,1:6,1:12:13 chr18 55314820 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.355;QD=62.3508;RBI=0.0417217;REFB=0;REVB=0.0144592;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116674;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr18 55317676 . C T 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3128;QD=60.9688;RBI=0.0517475;REFB=0;REVB=-0.0407063;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147954;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr18 55345922 . T C 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0311257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.623;QD=4.55469;RBI=0.0339876;REFB=-0.00528198;REVB=0.0136509;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268199;STB=0.68902;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0193224;OID=.;OPOS=55345922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:9:21:6:1:9:21 chr18 55346232 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1692;QD=56.19;RBI=0.0308453;REFB=0;REVB=-0.00445103;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591648;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr18 55362532 . T G 1380.83 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.219;QD=61.3703;RBI=0.0463613;REFB=-0.121351;REVB=0.0266492;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.507461;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0014114;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:0:1:88:89:0.988889:56:32:0:0:56:33:1:0 chr18 55364852 . A G 1157.17 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379511;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.402;QD=60.9038;RBI=0.0381829;REFB=0;REVB=-0.00420058;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205776;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr18 55711878 . CGG CGC,CG 1011.16 PASS AF=0.136842,0.863158;AO=14,16;DP=95;FAO=13,82;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64;FSAR=13,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108927,0.845557;FXX=0.0104156;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=212.548,13.6975;QD=42.575;RBI=0.115768,0.846052;REFB=0.00394562,-0.00586492;REVB=-0.0392061,-0.0289438;RO=62;SAF=0,3;SAR=14,13;SRF=59;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.88014,-0.785716;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0683534,-0.00832685;OID=.,.;OPOS=55711880,55711879;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136842,0.863158:14,16:95:13,82:95:0:0,64:13,18:0:0:62:62:0,3:14,13:59:3 chr18 56148796 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.899;QD=51.1844;RBI=0.0442628;REFB=0;REVB=0.0165602;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027001;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr18 56149099 . T C 1587.4 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0347465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.958;QD=56.1911;RBI=0.038975;REFB=-0.164043;REVB=0.0176559;RO=2;SAF=51;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018249;STB=0.518864;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00169387;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:2:4:109:109:0.964602:58:51:2:0:58:51:4:0 chr18 56202418 . T C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9495;QD=45.7985;RBI=0.0329801;REFB=0;REVB=0.0324806;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849857;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr18 56204489 . C G 434.47 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00204599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9826;QD=18.2937;RBI=0.0387518;REFB=0.016557;REVB=-0.0386977;RO=51;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235435;STB=0.631418;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0249184;OID=.;OPOS=56204489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:28:16:31:20:28:16:31:20 chr18 56246442 . T C 751.71 PASS AF=1;AO=24;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.239855;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.6142;QD=55.682;RBI=0.27663;REFB=0;REVB=-0.137818;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010561;OID=.;OPOS=56246442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:24:54:1:16:8:0:0:28:26:0:0 chr18 56247180 . T C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.608;QD=53.9056;RBI=0.0410922;REFB=0;REVB=0.0305034;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418586;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr18 56247567 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000901031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.067;QD=55.0934;RBI=0.0161366;REFB=0;REVB=0.0161114;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128761;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 56247600 . C A 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00657854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.706;QD=42.7836;RBI=0.0065843;REFB=-0.0523667;REVB=0.000275353;RO=3;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00593171;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:7:15:3:0:7:15:3:0 chr18 56279025 . T G 788.47 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00445042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.603;QD=55.3313;RBI=0.0176923;REFB=-0.167163;REVB=0.0171234;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000688203;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:24:32:0:0:24:32:0:1 chr18 56415236 . A G 322.41 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0138917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.116;QD=16.5336;RBI=0.0145374;REFB=0.00462627;REVB=0.00428448;RO=43;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592586;STB=0.533314;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00518098;OID=.;OPOS=56415236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:15:20:22:21:15:20:22:21 chr18 56470255 . G C 128.03 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7402;QD=42.6764;RBI=0.145041;REFB=0;REVB=0.137359;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366494;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr18 56593521 . T G 192.61 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.041734;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4292;QD=11.6734;RBI=0.0511934;REFB=-0.0105842;REVB=0.0296486;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665609;STB=0.530278;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0216317;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:12:12:18:23:12:12:19:23 chr18 56651227 . G A 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0031705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.374;QD=19.0223;RBI=0.00806046;REFB=-0.0295639;REVB=-0.00741073;RO=35;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109206;STB=0.56094;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0289393;OID=.;OPOS=56651227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:12:23:19:16:12:23:19:16 chr18 56887507 . C A 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0290577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9646;QD=16.615;RBI=0.0313373;REFB=-0.0212751;REVB=0.0117338;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0359679;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:9:11:8:9:9:12 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 570.02 PASS AF=1,0;AO=38,6;DP=56;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217948,-0.0143196;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=27.1472,18.4297;QD=45.6019;RBI=0.0964599,0.0648847;REFB=0,0;REVB=-0.0939655,-0.0632848;RO=8;SAF=20,3;SAR=18,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0320555,-0.116777;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000175442,0;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:38,6:56:50,0:50:0:28,0:22,0:0:0:10:8:20,3:18,3:5:3 chr18 59166541 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.000300346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.693;QD=20.3164;RBI=0.0112292;REFB=-0.027232;REVB=-0.0112252;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165474;STB=0.593125;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.014836;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:6:12:9:10:6:12 chr18 59170304 . C G 924.75 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.866;QD=56.0452;RBI=0.0443323;REFB=-0.0399147;REVB=0.038043;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00188534;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:36:27:0:1:37:28:0:1 chr18 59482283 . A G 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0120186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1993;QD=17.9378;RBI=0.144626;REFB=-0.0144069;REVB=0.144126;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248159;STB=0.614095;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0210226;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:22:19:19:0.463415:11:8:14:6:11:8:14:8 chr18 59483514 . A G 202.47 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00675189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.775;QD=14.4618;RBI=0.0104701;REFB=-0.0249358;REVB=0.00800213;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0328522;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:32:22:24:0.428571:11:11:15:16:12:12:16:16 chr18 59805532 . T C 1475.66 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00728094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5498;QD=57.307;RBI=0.0514935;REFB=0.0241878;REVB=0.0509761;RO=2;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128235;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0045807;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:54:47:1:1:54:47:1:1 chr18 59807635 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00203429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1939;QD=16.93;RBI=0.0339569;REFB=0.00184982;REVB=-0.0338959;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00214843;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:4:8:9:3:4:8 chr18 59814268 . G A 313.93 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0156384;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.296;QD=12.3109;RBI=0.0302618;REFB=-0.0129333;REVB=0.0259078;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12641;STB=0.578906;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0216203;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:37:38:0.372549:21:16:35:29:22:16:35:29 chr18 59814324 . G C 290.08 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0127813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.822;QD=11.8401;RBI=0.0157782;REFB=-0.00432567;REVB=-0.00925146;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135427;STB=0.578289;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00529519;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:21:13:32:32:21:13:32:32 chr18 60027241 . C T 879.58 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.501;QD=57.6776;RBI=0.0439089;REFB=0;REVB=0.0169029;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080454;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr18 60036083 . A G 526.56 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1156;QD=56.925;RBI=0.02775;REFB=0.0131126;REVB=-0.0232582;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164281;STB=0.508767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00355641;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:28:8:0:1:28:8:0:1 chr18 60111488 . G A 199.22 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.026638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4268;QD=27.4781;RBI=0.0273879;REFB=-0.00367585;REVB=-0.00636472;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460427;STB=0.525521;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00080399;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:4:6:10:9:4:6 chr18 60191428 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1826;QD=42.1822;RBI=0.0883631;REFB=0;REVB=0.0797851;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242786;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr18 60237388 . A G 1132.06 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00671134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.282;QD=58.8082;RBI=0.00770797;REFB=-0.116622;REVB=0.00379086;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00124455;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:30:45:0:0:31:45:1:0 chr18 60241732 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.602;QD=59.8392;RBI=0.0335955;REFB=0;REVB=0.000256528;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100384;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr18 60244856 . A G 2607.41 PASS AF=1;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148239;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.838;QD=62.0812;RBI=0.0248231;REFB=0;REVB=0.0199107;RO=0;SAF=83;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95419e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:167:168:1:84:83:0:0:84:84:0:0 chr18 60793444 . G A 382.28 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0235757;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.144;QD=19.6042;RBI=0.0247789;REFB=-0.0121945;REVB=0.00762783;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095312;STB=0.552819;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.012563;OID=.;OPOS=60793444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:17:22:26:13:17:22:26:13 chr18 60985879 . T C 145.51 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0214601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.926;QD=16.1675;RBI=0.0218049;REFB=0.00191952;REVB=-0.00386237;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00273813;OID=.;OPOS=60985879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr18 60995261 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00890055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.885;QD=23.2629;RBI=0.0106631;REFB=-0.00433028;REVB=-0.00587215;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153386;STB=0.585699;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00259755;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:11:8:14:9:11:8 chr18 61022791 . C T 720.72 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157173;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.781;QD=61.3379;RBI=0.0161718;REFB=0.00238796;REVB=-0.00380713;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-5.84008e-05;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr18 61151697 . C T 447.22 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00302863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.54;QD=18.4422;RBI=0.00607841;REFB=-0.000520531;REVB=0.00527015;RO=51;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113246;STB=0.557359;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000776558;OID=.;OPOS=61151697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:23:22:31:20:23:22:31:21 chr18 61156606 . G C 854.62 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9232;QD=56.0404;RBI=0.0449719;REFB=-0.130494;REVB=0.0394981;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0020726;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:60:60:0.983607:26:34:0:0:27:33:1:0 chr18 61160287 . T C 1115.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7619;QD=60.3206;RBI=0.0794352;REFB=0;REVB=-0.0637163;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985636;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr18 61160320 . G C 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0195;QD=60.3705;RBI=0.0654375;REFB=0;REVB=0.0626263;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686117;OID=.;OPOS=61160320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr18 61170721 . T C 193.78 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.027699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.439;QD=16.8505;RBI=0.0441104;REFB=-0.0264986;REVB=0.0343291;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.509082;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0384237;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:16:10:8:12:16:10 chr18 61170925 . T C 1283.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.563;QD=61.8455;RBI=0.0143816;REFB=0;REVB=0.0130923;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20103e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr18 61233907 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2383;QD=46.8457;RBI=0.0564277;REFB=0;REVB=0.031668;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434227;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr18 61234004 . G C 771.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573335;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.255;QD=57.122;RBI=0.0542446;REFB=0;REVB=0.0539408;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694025;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:55:54:1:16:39:0:0:16:38:0:0 chr18 61254388 . G A 524.15 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0348416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1369;QD=21.394;RBI=0.0378608;REFB=-0.0256913;REVB=0.0148158;RO=48;SAF=14;SAR=36;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178046;STB=0.598849;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0123876;OID=.;OPOS=61254388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:36:14:22:26:36:14:22:26 chr18 61264298 . G A 1899.01 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.429;QD=60.7683;RBI=0.035503;REFB=-0.102938;REVB=0.0263957;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840865;STB=0.504424;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000307976;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:56:68:0:1:56:68:0:1 chr18 61264468 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.021;QD=58.5999;RBI=0.021856;REFB=0;REVB=0.00110518;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92129e-05;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr18 61322995 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.005;QD=63.8861;RBI=0.0426002;REFB=0;REVB=-0.00190875;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92882e-05;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr18 61326597 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.994;QD=64.4154;RBI=0.0458709;REFB=0;REVB=-0.00314844;RO=0;SAF=47;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160287;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:3:47:0:0:3:47:0:0 chr18 61326602 . A G 754.65 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00540047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.625;QD=54.8839;RBI=0.021231;REFB=-0.0072072;REVB=0.0205326;RO=0;SAF=52;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0874e-08;STB=0.599956;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=4.41229e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:2:52:0:0:2:52:0:1 chr18 61326609 . T G 813.91 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.996;QD=57.1161;RBI=0.0302636;REFB=0;REVB=0.0288444;RO=0;SAF=54;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263716;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:2:54:0:0:3:54:0:0 chr18 61326628 . A AT,T 877.22 PASS AF=0.905405,0.0945946;AO=57,9;DP=74;FAO=67,7;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=64,7;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842163,-0.0654881;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=18.6249,8.5991;QD=47.4175;RBI=0.594339,0.222465;REFB=0,0;REVB=0.588343,0.212607;RO=3;SAF=56,9;SAR=1,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294041,0.795291;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0191522,-0.0676345;OID=.,.;OPOS=61326629,61326628;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:74:74:3:0:57,9:67,7:0.905405,0.0945946:1,0:56,9:2:1:3,0:64,7:0:0 chr18 61377579 . A C 981.25 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346547;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.417;QD=59.4694;RBI=0.0411277;REFB=0;REVB=0.0221481;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142459;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr18 61379838 . T G 787.89 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123249;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4597;QD=57.3009;RBI=0.0236259;REFB=0;REVB=0.0201564;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523491;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr18 61387312 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.526;QD=60.7162;RBI=0.0272159;REFB=0;REVB=-0.0269477;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12907e-05;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr18 61387333 . T A 994.29 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000530524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.309;QD=57.6403;RBI=0.0279963;REFB=-0.0474882;REVB=0.0279913;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000209756;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:0:1:41:27:0:1 chr18 61387389 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0212;QD=63.5794;RBI=0.0148392;REFB=0;REVB=-0.0144807;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251904;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr18 61390316 . C A 867.17 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.812;QD=56.8634;RBI=0.0224968;REFB=0;REVB=-0.00709003;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12075e-05;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:23:38:0:0 chr18 61390332 . C T 954.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.136;QD=58.7373;RBI=0.0204813;REFB=0;REVB=-0.012885;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68637e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:20:44:0:0:20:45:0:0 chr18 61390361 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.705;QD=59.6792;RBI=0.0112347;REFB=0;REVB=0.00766189;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25544e-06;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:21:49:0:0:21:49:0:0 chr18 61390570 . T G 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00234067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.259;QD=50.6202;RBI=0.00658681;REFB=-0.00816815;REVB=0.0061569;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207078;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000138489;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:15:14:1:1:15:14:1:1 chr18 61564394 . A G 910.8 PASS AF=0.970149;AO=57;DP=61;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2373;QD=54.3761;RBI=0.233911;REFB=-0.139263;REVB=0.233686;RO=2;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495519;STB=0.518513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00848073;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:67:2:2:57:65:0.970149:18:39:0:2:26:39:0:2 chr18 61570470 . T G 490.8 PASS AF=0.464912;AO=51;DP=113;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0215302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.334;QD=17.2211;RBI=0.0239396;REFB=-0.0144685;REVB=0.0104669;RO=61;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144462;STB=0.518193;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0154974;OID=.;OPOS=61570470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:61:61:51:53:0.464912:26:25:29:32:26:27:29:32 chr18 61570503 . C G 1121.37 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5785;QD=59.0194;RBI=0.0577895;REFB=-0.0457951;REVB=-0.0308531;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000851401;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:0:1:73:75:0.986842:40:33:0:0:41:34:0:1 chr18 61570529 . C G 828.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315377;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.018;QD=56.1419;RBI=0.0331267;REFB=-0.112098;REVB=-0.0101365;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00101185;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:59:0:1:58:58:0.983051:34:24:0:0:34:24:1:0 chr18 61575232 . A G 3290.75 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123155;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.992;QD=61.798;RBI=0.0192068;REFB=-0.0254526;REVB=0.0147387;RO=1;SAF=107;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140624;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:213:1:0:213:213:1:106:107:0:1:106:107:0:0 chr18 61582751 . T G 323.57 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0283636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=16.809;RBI=0.0355815;REFB=-0.035222;REVB=0.0214838;RO=42;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019367;STB=0.510863;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0521248;OID=.;OPOS=61582751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:21:14:16:26:21:14:16:26 chr18 61582867 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0101006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.231;QD=17.2392;RBI=0.0170363;REFB=-0.00271899;REVB=0.0137191;RO=47;SAF=9;SAR=30;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1124;STB=0.563346;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00212793;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:30:9:15:32:30:9:15:32 chr18 61585260 . T C 132.69 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.125949;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.496;QD=13.6096;RBI=0.125965;REFB=-0.0143478;REVB=0.00199663;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484479;STB=0.549931;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.021907;OID=.;OPOS=61585260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:11:4:7:16:11:4:8:16 chr18 61587067 . C T 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0014497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.909;QD=18.4674;RBI=0.0217981;REFB=-0.00813634;REVB=-0.0217498;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358881;STB=0.51999;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0101191;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:16:24:28:16:16:24:28:16 chr18 61600384 . C T 278.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0184445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.774;QD=16.4062;RBI=0.0199217;REFB=0.00701597;REVB=0.0075283;RO=37;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219178;STB=0.62368;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00932078;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:10:21:17:20:10:21:17:20 chr18 61620766 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0378498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.416;QD=7.25982;RBI=0.0429612;REFB=0.00391302;REVB=-0.0203239;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259461;STB=0.666296;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00658094;OID=.;OPOS=61620766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:8:2:11:18:8:2:11:18 chr18 61650841 . G A 308.97 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0406185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1896;QD=16.0506;RBI=0.0560982;REFB=0.00784856;REVB=0.038693;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111409;STB=0.500387;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0087444;OID=.;OPOS=61650841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:19:15:19:23:19:15:19:24 chr18 61654463 . A G 537.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4446;QD=59.7709;RBI=0.175966;REFB=0;REVB=-0.00366594;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316549;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr18 62036875 . G A 1913.07 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.212;QD=61.712;RBI=0.0128089;REFB=0;REVB=0.00291129;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72526e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:66:57:0:0:66:58:0:0 chr18 63489378 . C T 1456.98 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794324;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3345;QD=63.3472;RBI=0.00815063;REFB=0;REVB=-0.00182693;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.83558e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:36:56:0:0:36:56:0:0 chr18 63530016 . A G 977.53 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.882;QD=57.5018;RBI=0.0337998;REFB=-0.160231;REVB=-0.00807189;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00096894;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chr18 65178103 . G GCA 82.73 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0578286;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.799;QD=7.19431;RBI=0.0731022;REFB=-0.0336891;REVB=0.044719;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392169;STB=0.709289;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.131369;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:11:51:11:46:35:3:8:19:16:82:40:3:8:24:16 chr18 65179829 . G A 389.5 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00588842;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.826;QD=26.862;RBI=0.0185728;REFB=-0.0241317;REVB=0.0176147;RO=21;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136647;STB=0.574566;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.010768;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:21:21:37:37:0.637931:20:17:14:7:20:17:14:7 chr18 66504093 . A C 1536.7 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.617;QD=59.6779;RBI=0.0314159;REFB=0;REVB=0.0262235;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59845e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:46:53:0:0:49:54:0:0 chr18 66504459 . A T 754.09 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.8;QD=54.843;RBI=0.0819533;REFB=0.0155239;REVB=0.0819264;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00011448;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr18 66506160 . G T 184.88 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0102189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.466;QD=12.1231;RBI=0.014116;REFB=-0.023821;REVB=0.00973828;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138502;STB=0.580369;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0177737;OID=.;OPOS=66506160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:16:7:16:22:16:7:16:22 chr18 66513615 . A G 687.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3506;QD=62.4818;RBI=0.0175358;REFB=0;REVB=-0.00613738;RO=0;SAF=37;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149238;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:7:37:0:0:7:37:0:0 chr18 66526176 . T C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.934;QD=44.0899;RBI=0.0394454;REFB=-0.00527623;REVB=0.0324052;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00132112;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr18 67345034 . T C 1479.84 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3948;QD=58.6076;RBI=0.0174498;REFB=-0.0931611;REVB=0.0117314;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-2.40455e-05;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:43:57:0:0:43:57:0:1 chr18 67365668 . A G 1190.42 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.955;QD=61.0469;RBI=0.016467;REFB=0;REVB=-0.00214537;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14454e-05;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:27:50:0:0:28:50:0:0 chr18 67531642 . T C 1512.16 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.407;QD=63.6701;RBI=0.0482239;REFB=0;REVB=0.0249036;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136782;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:54:38:0:0:55:40:0:0 chr18 67718688 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.927;QD=59.6795;RBI=0.0180048;REFB=0;REVB=0.000108978;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61009e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr18 67863850 . T TCTC 312.17 PASS AF=0.923077;AO=21;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0410954;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.594;QD=48.0257;RBI=0.0412119;REFB=-0.0417489;REVB=0.00309717;RO=5;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113615;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=ins;VARB=0.00355684;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:21:27:24:26:2:13:11:1:1:10:5:10:11:4:1 chr18 67871343 . A C 1085.52 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.61;QD=58.6765;RBI=0.042224;REFB=-0.107761;REVB=0.0296376;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00185371;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:41:32:0:0:41:32:1:0 chr18 70209177 . C T 1607.01 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633607;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.163;QD=58.9727;RBI=0.0765273;REFB=-0.119049;REVB=0.0429168;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745896;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:109:0:0:108:109:1:60:48:0:0:61:48:0:0 chr18 70417304 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00352093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.761;QD=17.4331;RBI=0.0149352;REFB=0.00608862;REVB=-0.0145143;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1846;STB=0.600486;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0100445;OID=.;OPOS=70417304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:43:37:37:0.4625:19:18:28:13:19:18:29:14 chr18 70417396 . C T 754.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.143;QD=56.9254;RBI=0.0330192;REFB=0;REVB=0.00512326;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100456;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:13:40:0:0:13:40:0:0 chr18 70532840 . T G 1510.4 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.927;QD=63.5956;RBI=0.0372208;REFB=0;REVB=-0.0371632;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06017e-05;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr18 72009309 . C T 606.16 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=-0.021791;FXX=0.00657851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.999;QD=16.0571;RBI=0.0257121;REFB=-0.0122676;REVB=0.0136479;RO=82;SAF=37;SAR=30;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133147;STB=0.565216;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0116208;OID=.;OPOS=72009309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:82:84:67:67:0.443709:30:37:56:26:30:37:56:28 chr18 72020983 . A G 432.18 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00125058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.099;QD=18.7905;RBI=0.00283842;REFB=-0.00054301;REVB=0.00254807;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330757;STB=0.523799;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000343533;OID=.;OPOS=72020983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:43:44:0.478261:23:20:24:24:24:20:24:24 chr18 72021717 . T C 313.26 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00475899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3684;QD=50.1211;RBI=0.0704718;REFB=-0.0392644;REVB=-0.0703109;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000868301;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:1:0:13:11:1:0 chr18 72114181 . C T 306.02 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.623;QD=53.2209;RBI=0.126653;REFB=0;REVB=0.0434784;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160378;OID=.;OPOS=72114181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 72114454 . TC T,TT 827.37 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=16,41;DP=58;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452839,0.0502111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.406,231.295;QD=57.06;RBI=0.1098,0.13202;REFB=0,0;REVB=0.100028,0.122099;RO=0;SAF=4,31;SAR=12,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.07465e-08,4.09277e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0454087,0.000269945;OID=.,.;OPOS=72114455,72114455;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:16,41:58:1,57:58:0:1,34:0,23:0:0:5:0:4,31:12,10:0:0 chr18 72114490 . G A 752.63 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0533521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8545;QD=61.4392;RBI=0.0605227;REFB=-0.0891123;REVB=0.0285753;RO=1;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000760822;OID=.;OPOS=72114490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:16:32:0:1:16:32:0:1 chr18 72223589 . CTG CTGTGC,TGC 614.09 PASS AF=0.88,0.04;AO=38,2;DP=51;FAO=44,2;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=31,2;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.065981,0.00338874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=154.528,179.288;QD=49.1269;RBI=0.0807707,0.0555783;REFB=-0.0813275,-0.0195399;REVB=0.0465878,0.0554749;RO=7;SAF=25,2;SAR=13,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0656121,0.50628;STB=0.504564,0.991616;STBP=0.854,0.422;TYPE=ins,mnp;VARB=0.010346,-0.00705475;OID=.,.;OPOS=72223592,72223589;OREF=-,CTG;OALT=TGC,TGC;OMAPALT=CTGTGC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:50:7:4:38,2:44,2:0.88,0.04:13,0:25,2:6:1:13,0:31,2:3:1 chr18 72228124 . A G 1671.36 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354776;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.71;QD=60.2292;RBI=0.0371113;REFB=0;REVB=-0.01089;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95727e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:45:65:0:0:45:66:0:0 chr18 72234635 . C T 343.27 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00307981;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.196;QD=18.555;RBI=0.0064727;REFB=-0.0224687;REVB=-0.00569303;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126169;STB=0.569996;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0171408;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:10:28:22:14:10:28 chr18 72343008 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000208686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.877;QD=59.0175;RBI=0.0388468;REFB=0;REVB=0.0388462;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233406;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr18 72347482 . T C 268.76 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00490949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.757;QD=15.3577;RBI=0.0203844;REFB=-0.0147998;REVB=-0.0197843;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591833;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0100046;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:40:27:30:0.428571:13:14:18:13:13:17:18:22 chr18 72776121 . G A 223.69 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0113366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.171;QD=16.5698;RBI=0.0128291;REFB=-0.00118114;REVB=0.00600573;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565471;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000761573;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:14:14:14:11:14:15 chr18 72913544 . C G 670.74 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0224562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.908;QD=19.8736;RBI=0.0224701;REFB=-0.0141066;REVB=-0.000791558;RO=67;SAF=40;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279385;STB=0.51223;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00828517;OID=.;OPOS=72913544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:68:67:67:0.496296:27:40:38:29:27:40:39:29 chr18 72920909 . C A 908.08 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=140;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00166101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.451;QD=25.945;RBI=0.00508892;REFB=-0.0211553;REVB=-0.00481022;RO=56;SAF=30;SAR=52;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215899;STB=0.521153;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.012766;OID=.;OPOS=72920909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:56:58:82:82:0.585714:52:30:22:34:52:30:24:34 chr18 73001451 . GA G 91.96 PASS AF=0.557692;AO=25;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.167001;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.42235;QD=7.07372;RBI=0.257038;REFB=-0.0536776;REVB=0.195395;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253505;STB=0.555518;STBP=0.39;TYPE=del;VARB=0.0796852;OID=.;OPOS=73001452;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557692:25:52:29:52:23:15:14:9:14:51:21:15:10:6:15 chr18 74091718 . G A 1290.1 PASS AF=0.492481;AO=131;DP=266;FAO=131;FDP=266;FR=.;FRO=135;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=-0.00828851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7352;QD=19.4;RBI=0.0172487;REFB=-0.000683668;REVB=0.0151267;RO=134;SAF=66;SAR=65;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171061;STB=0.507462;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000639675;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:134:135:131:131:0.492481:65:66:70:64:65:66:70:65 chr18 74611127 . A G 1127.15 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555562;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.058;QD=60.1148;RBI=0.0610774;REFB=0;REVB=0.0253762;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163019;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr18 74635105 . C T 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00957448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.387;QD=13.3336;RBI=0.0151406;REFB=-0.00279856;REVB=-0.0117288;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942287;STB=0.553805;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00330117;OID=.;OPOS=74635105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:13:13:16:23:13:13:16:23 chr18 74671768 . T C,G 1073.06 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=68,4;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=42,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151391,-0.0204679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.114,36.8477;QD=58.0034;RBI=0.00164828,0.0276579;REFB=0,0;REVB=0.00065184,-0.0186018;RO=0;SAF=27,0;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.6787e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00210983,0.148162;OID=.,.;OPOS=74671768,74671768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:74:74:0:0:68,4:70,4:0.945946,0.0540541:41,4:27,0:0:0:42,4:28,0:0:0 chr18 74680208 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0200689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.501;QD=28.0162;RBI=0.0256942;REFB=-0.0244636;REVB=0.0160447;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529875;STB=0.529135;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0124604;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:6:14:19:11:6:14 chr18 74680259 . C T 731.07 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173197;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.278;QD=63.5711;RBI=0.0180693;REFB=0;REVB=-0.00515049;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73893e-06;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr18 74680262 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0231539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.018;QD=23.7581;RBI=0.0232141;REFB=-0.00790262;REVB=0.00167106;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100769;STB=0.505614;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00770103;OID=.;OPOS=74680262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:18:8:7:15:18:8:7:15 chr18 74682214 . C T 647.63 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00291624;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2843;QD=18.2431;RBI=0.0564548;REFB=-0.0228879;REVB=-0.0563794;RO=76;SAF=28;SAR=38;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136481;STB=0.575735;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0142649;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:76:76:66:66:0.464789:38:28:43:33:38:28:43:33 chr18 74701984 . G A 561.87 PASS AF=0.434783;AO=59;DP=137;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0146554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.639;QD=16.2861;RBI=0.0174113;REFB=-0.00961281;REVB=0.0094007;RO=78;SAF=23;SAR=36;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619272;STB=0.538371;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0113079;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:78:78:59:60:0.434783:36:23:35:43:37:23:35:43 chr18 74702864 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.00395144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1264;QD=19.5765;RBI=0.016997;REFB=-0.0321975;REVB=-0.0165313;RO=31;SAF=25;SAR=8;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601528;STB=0.533314;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0242732;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:8:25:25:6:8:25:25:6 chr18 74980809 . G A 272.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.578;QD=51.8638;RBI=0.0113386;REFB=0;REVB=-0.00961994;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52165e-05;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr18 76753768 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.816;QD=47.8218;RBI=0.0156434;REFB=0;REVB=-0.0153124;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149097;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr18 76754466 . C T 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.258;QD=63.8646;RBI=0.0388622;REFB=0;REVB=0.0217639;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155149;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr18 76873288 . A G 104.97 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00945215;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5175;QD=18.2553;RBI=0.065179;REFB=-0.0332121;REVB=-0.06449;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0367258;OID=.;OPOS=76873288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr18 77171061 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.713;QD=39.2068;RBI=0.0419232;REFB=0;REVB=0.0328053;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502394;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 77208922 . C T 434.78 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0465074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.344;QD=37.8071;RBI=0.0514745;REFB=-0.00119616;REVB=0.0220611;RO=12;SAF=17;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112707;OID=.;OPOS=77208922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:17:17:6:6:17:17:6:6 chr18 77211764 . T C 251.54 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0107831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.66;QD=17.0532;RBI=0.0425562;REFB=-0.00196076;REVB=-0.0411674;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119173;STB=0.506694;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00197062;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:17:14:13:15:17:14 chr18 77227476 . A G 329.73 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0101198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.313;QD=15.7014;RBI=0.0203372;REFB=-0.0034071;REVB=0.0176406;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322392;STB=0.521235;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00471736;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:13:23:28:18:13:23:29:19 chr18 77246406 . T G 475.68 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00666031;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.521;QD=14.8649;RBI=0.00751095;REFB=-0.0138709;REVB=-0.00347197;RO=75;SAF=24;SAR=29;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135048;STB=0.507593;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0156231;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:29:24:33:42:29:24:33:42 chr18 77513721 . T C 1600.99 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.806;QD=64.0397;RBI=0.0204774;REFB=0;REVB=0.00952695;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41973e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:43:56:0:0:44:56:0:0 chr18 77728135 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.91;QD=58.5876;RBI=0.0146379;REFB=0;REVB=0.00570653;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31229e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr18 77736735 . TT CC,CT 333.47 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681232,0.00224687;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.2596,61.6316;QD=53.3552;RBI=0.0335024,0.0624176;REFB=0,0;REVB=-0.0328025,-0.0623771;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00907102,-0.0010069;OID=.,.;OPOS=77736735,77736735;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:0,15:2,8:0:0:0,15:2,8:0:0 chr18 77773006 . A G 115.1 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0212406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.696;QD=5.68379;RBI=0.0272774;REFB=0.00172114;REVB=-0.0171142;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799999;STB=0.544504;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0142973;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:62:63:18:18:0.222222:11:7:28:34:11:7:28:35 chr18 77773035 . G A 141.49 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00397802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.474;QD=9.59253;RBI=0.0285427;REFB=-0.00380776;REVB=0.0282642;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971217;STB=0.557559;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00736515;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:12:7:18:22:12:7:18:22 chr18 77805856 . A C 184.79 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0497945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4648;QD=18.4785;RBI=0.0523061;REFB=0.0315153;REVB=-0.0160136;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0367922;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:9:12:11:8:9:12 chr18 77896242 . C T 277.5 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0334294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6637;QD=18.4999;RBI=0.0350785;REFB=-0.0659784;REVB=-0.0106291;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629163;STB=0.535187;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0406091;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:13:17:19:11:13:17 chr18 77918221 . C T 191.96 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0231607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.176;QD=22.5831;RBI=0.0251326;REFB=-0.0106146;REVB=-0.00975847;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118771;STB=0.574999;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00867798;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:7:11:7:8:7:12:7:8 chr19 362283 . C T 418.46 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0317446;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.095;QD=17.6193;RBI=0.0319334;REFB=-0.00695518;REVB=0.00346797;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379662;STB=0.527385;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0109972;OID=.;OPOS=362283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:42:43:0.452632:21:21:28:24:22:21:28:24 chr19 367089 . G A 352.89 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0131909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.886;QD=15.8603;RBI=0.0370558;REFB=-0.00592059;REVB=0.0346285;RO=51;SAF=25;SAR=13;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126871;STB=0.571001;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0054737;OID=.;OPOS=367089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:13:25:39:12:13:25:39:12 chr19 372661 . C A 137.44 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0606148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.876;QD=18.9565;RBI=0.0697503;REFB=-0.0326925;REVB=0.0345101;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470675;STB=0.773382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0312357;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:8:6:13:2:8:6 chr19 453160 . A G 716.64 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.461;QD=62.3165;RBI=0.018052;REFB=0;REVB=-0.00396857;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12815e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:42:46:1:23:19:0:0:26:20:0:0 chr19 463528 . G A 2584.03 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2996;QD=61.893;RBI=0.0805345;REFB=0;REVB=0.0340909;RO=0;SAF=75;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040443;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:91:75:0:0:92:75:0:0 chr19 464310 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4367;QD=33.4284;RBI=0.0751861;REFB=0;REVB=-0.0751861;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00709866;OID=.;OPOS=464310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 498524 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.703;QD=60.2304;RBI=0.0319594;REFB=0;REVB=-0.0251104;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25132e-05;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 501719 . T C 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0379212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.969;QD=7.76081;RBI=0.0483964;REFB=-0.00241391;REVB=-0.0300698;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373394;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00804568;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:4:9:2:4:4:9 chr19 549678 . A G 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.375;QD=60.6017;RBI=0.0307138;REFB=0;REVB=-0.00667509;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33361e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr19 549725 . T C 66.46 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0324143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.023;QD=7.81866;RBI=0.0364128;REFB=-0.0388351;REVB=0.0165894;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143943;STB=0.589968;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.100243;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:34:34:24:24:10:10:0.294118:8:2:7:17:8:2:7:17 chr19 579010 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7309;QD=45.8067;RBI=0.0351105;REFB=0;REVB=-0.0285875;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200627;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr19 579035 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0133705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.75;QD=16.8983;RBI=0.0461166;REFB=-0.0296758;REVB=0.0441359;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349852;STB=0.695364;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0557232;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:9:0:3:7:9:0 chr19 579100 . C T 171.77 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0232511;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.513;QD=17.1771;RBI=0.0380593;REFB=0.0151166;REVB=0.0301313;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270738;STB=0.519752;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0169443;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:7:10:13:9:8:10:13:9 chr19 579157 . T C 96.45 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00875839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.577;QD=13.3029;RBI=0.00904833;REFB=-0.012752;REVB=0.00227219;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354465;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.016169;OID=.;OPOS=579157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:29:17:17:11:12:0.413793:9:2:8:9:9:3:8:9 chr19 579450 . G A 371.67 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0145139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.332;QD=22.8722;RBI=0.0350332;REFB=-0.00954812;REVB=0.0318853;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138927;STB=0.576231;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00465137;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:8:20:20:17:8:20 chr19 579627 . C T 232.86 PASS AF=0.55;AO=23;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00801407;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3945;QD=23.2857;RBI=0.0458503;REFB=-0.0179966;REVB=0.0451445;RO=18;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709101;STB=0.563192;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0224725;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:23:22:0.55:6:17:12:6:5:17:12:6 chr19 580388 . C G 335.63 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0672226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8141;QD=14.5924;RBI=0.0762667;REFB=0.0105858;REVB=0.036024;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127962;STB=0.50797;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0162299;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:55:37:37:0.402174:20:17:25:28:20:17:26:29 chr19 580665 . T C 313.21 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00198223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.375;QD=19.5754;RBI=0.00235339;REFB=-0.0319348;REVB=0.00126854;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149722;STB=0.59178;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0231674;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:31:33:33:0.515625:12:21:14:16:12:21:14:17 chr19 582505 . G A 132.67 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0182466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3422;QD=15.1618;RBI=0.0727097;REFB=-0.0112456;REVB=-0.0703829;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223132;STB=0.618879;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0116402;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:4:11:10:9:4:11:11:9 chr19 582775 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7662;QD=56.1861;RBI=0.0419445;REFB=0;REVB=0.0414972;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530459;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 582927 . T A 598.99 PASS AF=0.893617;AO=40;DP=45;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00313595;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.543;QD=50.978;RBI=0.00979847;REFB=-0.0159468;REVB=-0.0092831;RO=4;SAF=24;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176322;STB=0.503104;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000248429;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:45:47:4:5:40:42:0.893617:16:24:2:2:18:24:3:2 chr19 605171 . T C 1973.78 PASS AF=0.992366;AO=125;DP=126;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.577;QD=60.2682;RBI=0.107752;REFB=-0.0632646;REVB=0.00909623;RO=0;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00105981;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:131:0:1:125:130:0.992366:75:50:0:0:78:52:0:1 chr19 613898 . T C 558.24 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00365287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4899;QD=23.02;RBI=0.00727103;REFB=-0.0360946;REVB=0.00628685;RO=44;SAF=31;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151883;STB=0.512614;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0303612;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:45:52:52:0.536082:21:31:27:17:21:31:28:17 chr19 620392 . G A 263.41 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0460644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2245;QD=19.5119;RBI=0.099185;REFB=0.00182591;REVB=0.0878393;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786655;STB=0.543755;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00160903;OID=.;OPOS=620392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:18:8:11:17:18:8 chr19 621063 . A G 341.2 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.000876253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8375;QD=11.9719;RBI=0.0234115;REFB=-0.0112555;REVB=0.0233951;RO=71;SAF=30;SAR=12;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21461;STB=0.628351;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0168685;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:42:42:0.368421:12:30:38:33:12:30:38:34 chr19 621070 . G A 374.38 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0155956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.3;QD=12.4792;RBI=0.0234361;REFB=-0.029035;REVB=-0.0174936;RO=75;SAF=32;SAR=13;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239944;STB=0.637386;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0485987;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:13:32:38:37:13:32:38:37 chr19 687142 . G A 74.04 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101716;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.476;QD=37.0214;RBI=0.102262;REFB=0;REVB=-0.0105603;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0053992;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:8:0:0:4:8:1:1:3:0:0:4:4:0:0 chr19 691909 . T C 292.35 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0361574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.953;QD=14.6177;RBI=0.0428039;REFB=-0.0336786;REVB=0.0229089;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785489;STB=0.551114;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0551573;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:19:14:23:23:19:14:24:23 chr19 731144 . A G 1098.06 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0718;QD=60.1675;RBI=0.0167109;REFB=0;REVB=-0.0123173;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77453e-06;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr19 812090 . T G 360.88 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0093509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.49;QD=14.2922;RBI=0.0176189;REFB=4.3522e-05;REVB=0.0149327;RO=60;SAF=27;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206775;STB=0.617238;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-4.81307e-05;OID=.;OPOS=812090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:14:27:28:32:14:27:28:32 chr19 815086 . A G 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0143865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.048;QD=18.4268;RBI=0.0152305;REFB=-0.0198747;REVB=-0.00499978;RO=28;SAF=21;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313161;STB=0.676337;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0140674;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:7:21:12:16:7:21:12:16 chr19 829568 . C T 483.97 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.926;QD=53.7741;RBI=0.0195578;REFB=-0.133863;REVB=-0.00244205;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846904;STB=0.545427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000652885;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:36:2:2:34:34:0.944444:24:10:2:0:24:10:2:0 chr19 830854 . T C 1592.19 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00955565;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.949;QD=58.9701;RBI=0.0158437;REFB=-0.0617092;REVB=0.0126377;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=7.71636e-05;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:0:1:107:107:0.990741:53:54:0:0:53:54:0:1 chr19 856014 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0994013;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1042;QD=19.3696;RBI=0.105382;REFB=-0.00231241;REVB=-0.0349956;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414798;STB=0.511613;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00215765;OID=.;OPOS=856014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:15:15:16:0.516129:10:5:6:10:11:5:5:10 chr19 880066 . G A 694.4 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00436704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.627;QD=54.4631;RBI=0.00773491;REFB=-0.0974918;REVB=0.00638418;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-8.04341e-05;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:0:1:26:24:0:1 chr19 885818 . A G 745.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4391;QD=63.4148;RBI=0.0727864;REFB=0;REVB=-0.0473366;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129695;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr19 900951 . A G 463.49 PASS AF=0.529412;AO=32;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0613137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.701;QD=21.8111;RBI=0.0617855;REFB=-0.0251161;REVB=0.00762063;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029773;STB=0.534868;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0314718;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:32:45:0.529412:19:13:17:22:22:23:17:22 chr19 901507 . A G 406.03 PASS AF=0.583333;AO=36;DP=68;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.021345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.893;QD=22.557;RBI=0.0347507;REFB=-0.0182793;REVB=0.0274226;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014276;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:30:30:36:42:0.583333:17:19:14:16:21:21:15:15 chr19 965043 . T C 357.92 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.873;QD=55.0649;RBI=0.0230345;REFB=0;REVB=0.00277126;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133197;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 990281 . G A 180.41 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0087257;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.869;QD=15.034;RBI=0.0328846;REFB=-0.0216857;REVB=0.0317058;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129062;STB=0.554036;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0343674;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:6:13:22:6:6:13:22:7 chr19 991968 . T C 115.64 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00568643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8884;QD=30.8378;RBI=0.0183781;REFB=-0.161658;REVB=-0.0174762;RO=3;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221664;OID=.;OPOS=991968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:3:3:12:12:0.8:4:8:2:1:4:8:2:1 chr19 1003172 . C T 520.43 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0240259;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.129;QD=19.4554;RBI=0.0287699;REFB=-0.0208752;REVB=-0.015826;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994541;STB=0.505492;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0322875;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:53:54:54:0.504673:31:23:22:31:31:23:22:31 chr19 1004740 . T C 511.5 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00186419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.057;QD=19.3018;RBI=0.0029585;REFB=-0.0173051;REVB=-0.00229728;RO=53;SAF=32;SAR=21;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177447;STB=0.50181;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0171836;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:52:53:54:0.509434:21:32:31:22:22:32:31:21 chr19 1008683 . G A 169.35 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00506054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6461;QD=16.5224;RBI=0.0685563;REFB=-0.0251344;REVB=0.0683693;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814279;STB=0.546872;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0327162;OID=.;OPOS=1008683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:5:13:15:8:5:13:15:8 chr19 1008879 . G C 153.48 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0359562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2772;QD=21.9257;RBI=0.055557;REFB=-0.0509137;REVB=-0.0423525;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338842;STB=0.692054;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0353778;OID=.;OPOS=1008879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:8:4:12:4:8:4 chr19 1009585 . C G 431.45 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0121305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.276;QD=18.9647;RBI=0.0356151;REFB=-0.0135227;REVB=-0.0334856;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831768;STB=0.551908;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0134154;OID=.;OPOS=1009585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:19:25:22:24:19:25:22:25 chr19 1009883 . A G 85.88 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.02227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3247;QD=12.2683;RBI=0.0483101;REFB=-0.0450441;REVB=-0.0428708;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0218594;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:11:6:4:7:11:6 chr19 1014398 . A G 431.47 PASS AF=0.61194;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0296311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.486;QD=25.7591;RBI=0.0337863;REFB=-0.0321013;REVB=0.0162331;RO=26;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26149;STB=0.64463;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0144268;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:26:40:41:0.61194:24:16:20:6:25:16:20:6 chr19 1032689 . G T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0711985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.4427;QD=12.0238;RBI=0.0712577;REFB=-0.0102236;REVB=-0.00290443;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147809;STB=0.576787;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0218381;OID=.;OPOS=1032689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:19:20:12:12:0.375:9:3:7:12:9:3:7:13 chr19 1036552 . T C 628.18 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=10;FWDB=-0.0635755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.691;QD=22.2364;RBI=0.0636189;REFB=-0.0207207;REVB=0.00234956;RO=50;SAF=50;SAR=12;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837257;STB=0.501824;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0143464;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:51:62:62:0.548673:12:50:40:10:12:50:41:10 chr19 1036574 . C T 280.57 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=13;FWDB=-0.000718761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.233;QD=10.5874;RBI=0.0199019;REFB=-0.0224374;REVB=-0.0198889;RO=67;SAF=28;SAR=8;SRF=56;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101873;STB=0.536258;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.042462;OID=.;OPOS=1036574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:70:36:36:0.339623:8:28:56:11:8:28:57:13 chr19 1038995 . A C 860.96 PASS AF=0.449495;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.00645624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.909;QD=17.393;RBI=0.0064653;REFB=-0.00704064;REVB=-0.000342215;RO=106;SAF=33;SAR=56;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175753;STB=0.600461;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00748942;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:106:109:89:89:0.449495:56:33:58:48:56:33:60:49 chr19 1042809 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00468175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.281;QD=18.8207;RBI=0.00470278;REFB=-0.0025112;REVB=-0.000444271;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00198599;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr19 1045173 . G A 152.7 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0749564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2346;QD=13.5731;RBI=0.0771473;REFB=-0.0224329;REVB=0.018255;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439048;STB=0.756308;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0287667;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:18:10:13:4:18:10 chr19 1047002 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0379229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3017;QD=11.2609;RBI=0.0684128;REFB=-0.0266972;REVB=-0.05694;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345611;STB=0.706139;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0241746;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:4:11:13:17:4:11:13:17 chr19 1047161 . A G 274.85 PASS AF=0.346535;AO=33;DP=103;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00619622;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.409;QD=10.885;RBI=0.0194539;REFB=-0.0111034;REVB=-0.0184407;RO=65;SAF=16;SAR=17;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788465;STB=0.560193;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0182975;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:65:66:33:35:0.346535:17:16:36:29:17:18:40:26 chr19 1047537 . A C 310.31 PASS AF=0.447368;AO=35;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0545452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8568;QD=16.3321;RBI=0.0619652;REFB=-0.0128424;REVB=-0.0294026;RO=41;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207036;STB=0.605078;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0180764;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:35:34:0.447368:22:13:24:17:21:13:24:18 chr19 1049305 . C A 1073.57 PASS AF=0.453061;AO=111;DP=246;FAO=111;FDP=245;FR=.;FRO=134;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=0.00880636;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2256;QD=17.5277;RBI=0.0367745;REFB=-0.0208342;REVB=0.0357045;RO=127;SAF=61;SAR=50;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972279;STB=0.543472;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0281661;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:127:134:111:111:0.453061:50:61:57:70:50:61:63:71 chr19 1051214 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0120151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.105;QD=20.5623;RBI=0.0170257;REFB=-0.0165027;REVB=-0.0120629;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118646;STB=0.506592;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0171384;OID=.;OPOS=1051214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:15:10:12:17:15:10 chr19 1053524 . C G 168.7 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00153827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.162;QD=16.0662;RBI=0.00355488;REFB=-0.0136894;REVB=0.00320483;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.565147;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0095984;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:15:8:8:10:16:8 chr19 1056492 . G C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000110709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0115;QD=47.8171;RBI=0.0393278;REFB=0;REVB=-0.0393277;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114293;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 1058176 . A G 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0608732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8036;QD=16.8233;RBI=0.0609785;REFB=-0.00542883;REVB=-0.00358277;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114389;STB=0.554212;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00775422;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:11:16:10:11:12:16 chr19 1062192 . T C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0104762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1582;QD=14.7656;RBI=0.0259132;REFB=-0.0173415;REVB=0.0237011;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289034;STB=0.659169;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0366901;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:19:6:16:16:19:6:16:17 chr19 1064193 . G A 607.92 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0237511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.374;QD=15.8934;RBI=0.0376872;REFB=-0.0105536;REVB=0.0292611;RO=86;SAF=21;SAR=46;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244174;STB=0.636636;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105311;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:86:67:67:0.437908:46:21:47:39:46:21:47:39 chr19 1068734 . T C 458.86 PASS AF=0.46;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.017103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.109;QD=18.3544;RBI=0.0224484;REFB=-0.025815;REVB=-0.0145403;RO=51;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582573;STB=0.549978;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0393264;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:51:54:46:46:0.46:28:18:23:28:28:18:26:28 chr19 1068738 . G A 476.77 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0452201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.809;QD=19.4599;RBI=0.0515675;REFB=-0.00696422;REVB=0.0247862;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819625;STB=0.545596;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00569978;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:28:19:25:26:28:19:25:26 chr19 1074000 . A T 562.68 PASS AF=0.5;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0105543;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.392;QD=19.4026;RBI=0.0106792;REFB=-0.0105877;REVB=0.00162845;RO=58;SAF=32;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158044;STB=0.508727;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0170139;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:58:58:58:58:0.5:26:32:33:25:26:32:33:25 chr19 1077985 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00575133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.783;QD=24.0732;RBI=0.0113464;REFB=-0.0212906;REVB=0.00978071;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.562406;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00715507;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:5:2:6:7:5:2 chr19 1080311 . G C 45.96 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0493498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3552;QD=9.19139;RBI=0.0767442;REFB=0.0140159;REVB=0.0587731;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413297;STB=0.762764;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0066115;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:7:6:1:6:7:6 chr19 1081617 . A G 30.76 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0170759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8217;QD=12.3046;RBI=0.0214922;REFB=-0.0450572;REVB=-0.013051;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0503972;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr19 1094004 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.528;QD=61.0492;RBI=0.020078;REFB=0;REVB=0.00305697;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19381e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr19 1106615 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.657;QD=53.9108;RBI=0.0210925;REFB=0;REVB=0.0210297;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03447e-05;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr19 1109213 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00116262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.105;QD=12.7905;RBI=0.00675741;REFB=-0.00768891;REVB=0.00665664;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198983;STB=0.604591;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.017626;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:9:5:12:10:9:5:12:11 chr19 1110829 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0331492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.182;QD=24.1906;RBI=0.0426906;REFB=0.00329317;REVB=0.0269002;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116132;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00159016;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:1:5:8:4:1:5 chr19 1113701 . G A 240.41 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0137941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.229;QD=28.2829;RBI=0.0222938;REFB=0.00943353;REVB=0.0175138;RO=12;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106884;STB=0.510195;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00392603;OID=.;OPOS=1113701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:21:22:0.647059:16:5:3:9:16:6:3:9 chr19 1119019 . C T 237.08 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00351318;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.572;QD=17.8926;RBI=0.0251142;REFB=-0.027934;REVB=0.0248673;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892074;STB=0.567477;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0307269;OID=.;OPOS=1119019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:25:26:0.490566:10:15:18:8:11:15:19:8 chr19 1119963 . A G 246.76 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0251054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.793;QD=17.9459;RBI=0.0287645;REFB=-0.0129369;REVB=-0.0140397;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0127218;OID=.;OPOS=1119963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:16:12:13:14:16:12 chr19 1122147 . G A 97.79 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00615417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.668;QD=10.2936;RBI=0.0261328;REFB=-0.0218703;REVB=-0.0253978;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105942;STB=0.543409;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0225601;OID=.;OPOS=1122147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:38:22:25:12:13:0.342105:3:9:18:4:3:10:18:7 chr19 1124053 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0109553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.269;QD=9.7601;RBI=0.0274025;REFB=-9.32021e-05;REVB=-0.0251173;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-1.00323e-06;OID=.;OPOS=1124053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:5:7:3:4:5:7 chr19 1222012 . G C 323.0 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7628;QD=53.8335;RBI=0.0736839;REFB=0;REVB=0.0158896;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240609;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 1231142 . T C 450.84 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252599;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.445;QD=58.1731;RBI=0.0352768;REFB=0;REVB=0.0351862;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5288e-05;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:23:31:1:3:20:0:0:9:22:0:0 chr19 1272040 . T C 2547.75 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.833;QD=61.7637;RBI=0.0205289;REFB=0;REVB=0.0148476;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35464e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:89:76:0:0:89:76:0:0 chr19 1277275 . G C 693.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481564;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4286;QD=63.0277;RBI=0.0736967;REFB=0;REVB=0.0735392;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623465;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr19 1434842 . C T 81.27 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00195389;FXX=0.0475964;HRUN=7;LEN=1;MLLD=139.301;QD=16.253;RBI=0.00558758;REFB=-0.0193504;REVB=-0.00523482;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.048272;OID=.;OPOS=1434842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr19 1438865 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000929613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.058;QD=17.9564;RBI=0.0155523;REFB=0.00202509;REVB=0.0155245;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00164412;OID=.;OPOS=1438865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:9:8:9:7:9:8 chr19 1453308 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0196609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.315;QD=17.2299;RBI=0.0249418;REFB=-0.0105827;REVB=0.0153474;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00303634;OID=.;OPOS=1453308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr19 1495634 . G A 286.1 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0189375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.999;QD=18.1652;RBI=0.0220757;REFB=-0.0132813;REVB=0.011345;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422491;STB=0.523599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0118264;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:14:18:16:15:14:18 chr19 1497543 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.569;QD=59.8357;RBI=0.0520678;REFB=0;REVB=0.0157084;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162666;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr19 1510661 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.203;QD=47.8216;RBI=0.0379059;REFB=0;REVB=0.0251503;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18597e-05;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 1533972 . C G 1349.71 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0119778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.718;QD=52.9297;RBI=0.0534506;REFB=-0.0589732;REVB=0.0520913;RO=6;SAF=47;SAR=49;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382553;STB=0.520208;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0105951;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:102:102:6:6:96:96:0.941176:49:47:5:1:49:47:5:1 chr19 1534042 . T C 781.43 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6336;QD=56.8314;RBI=0.00629577;REFB=0;REVB=0.00610437;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307855;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr19 1535084 . G A 2165.06 PASS AF=0.978873;AO=138;DP=145;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0241577;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.568;QD=60.9875;RBI=0.032131;REFB=-0.0606278;REVB=0.0211851;RO=2;SAF=78;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120333;STB=0.509315;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000887411;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:142:2:3:138:139:0.978873:60:78:2:0:60:79:3:0 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 1138.65 PASS AF=0.883117,0.116883;AO=65,12;DP=78;FAO=68,9;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=30,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000801347,-0.0280731;FXX=0.0128189;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=41.4687,195.68;QD=59.1505;RBI=0.0257303,0.0281448;REFB=0,0;REVB=0.0257178,0.00200854;RO=0;SAF=35,6;SAR=30,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00523881,0.00429317;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.883117,0.116883:65,12:78:68,9:77:0:38,3:30,6:0:0:42:0:35,6:30,6:0:0 chr19 1535205 . G C 1138.76 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1063;QD=59.9345;RBI=0.0558225;REFB=0;REVB=0.0445621;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726545;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:2:0:73:76:1:37:36:0:2:39:37:0:0 chr19 1609267 . A G 289.59 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.015355;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.556;QD=46.3349;RBI=0.0268527;REFB=-0.0219632;REVB=0.0220293;RO=2;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153047;STB=0.583255;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=9.12581e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:5:18:0:2:5:18:0:2 chr19 1622116 . G A 76.39 PASS AF=0.75;AO=4;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00477176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2685;QD=25.4643;RBI=0.0138942;REFB=-0.0384051;REVB=0.0130491;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115334;STB=0.538372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0519279;OID=.;OPOS=1622116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:4:9:0.75:2:2:2:1:2:7:2:1 chr19 1624007 . A G 690.19 PASS AF=0.399015;AO=79;DP=201;FAO=81;FDP=203;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0165618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9103;QD=13.5999;RBI=0.0377258;REFB=0.00249896;REVB=-0.0338961;RO=121;SAF=30;SAR=49;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832975;STB=0.547433;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0044613;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:121:122:79:81:0.399015:49:30:55:66:50:31:56:66 chr19 1782798 . A G 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0320452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.979;QD=14.7955;RBI=0.0320545;REFB=0.0030316;REVB=0.000773843;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0167461;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr19 1783261 . C T 88.93 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0196398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9592;QD=14.8221;RBI=0.0937852;REFB=-0.0102698;REVB=0.0917057;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0127469;OID=.;OPOS=1783261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr19 1784890 . A G 223.21 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0201076;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.595;QD=18.6006;RBI=0.0208949;REFB=-0.00172685;REVB=-0.00568144;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879897;STB=0.549954;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00295843;OID=.;OPOS=1784890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:13:13:9:13:13:13 chr19 1784944 . A G 204.45 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0444389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.273;QD=22.7167;RBI=0.0445379;REFB=-0.0150314;REVB=0.00296762;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235061;STB=0.631022;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0212427;OID=.;OPOS=1784944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:4:12:9:11:4:12 chr19 1789556 . C T 85.3 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0345599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4988;QD=11.3734;RBI=0.0402752;REFB=-0.00183613;REVB=0.0206812;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00198188;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:10:9:6:5:10:9 chr19 1796166 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.294;QD=64.414;RBI=0.0051903;REFB=0;REVB=0.00247132;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23874e-05;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr19 1806083 . A C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0347012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2189;QD=15.2602;RBI=0.0551349;REFB=0.00173148;REVB=-0.0428448;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00994434;OID=.;OPOS=1806083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:10:6:6:7:10:6 chr19 1810605 . T C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0141981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.583;QD=12.0535;RBI=0.0299559;REFB=-0.0290761;REVB=-0.0263775;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227484;STB=0.639632;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0328143;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:10:3:1:8:10:3 chr19 1826974 . T A 273.44 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=75;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00272759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.496;QD=14.2045;RBI=0.132766;REFB=-0.021577;REVB=0.132738;RO=46;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264407;OID=.;OPOS=1826974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:44:28:33:0.428571:10:18:24:22:15:18:24:20 chr19 1854728 . G A 432.7 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0172508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.833;QD=18.0292;RBI=0.0183493;REFB=-0.0135052;REVB=-0.0062535;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214691;STB=0.646777;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0171596;OID=.;OPOS=1854728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:52:44:44:0.458333:20:24:13:30:20:24:14:38 chr19 1925970 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.316;QD=57.6807;RBI=0.0167536;REFB=0;REVB=0.000648178;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91054e-05;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr19 1969882 . G T 109.3 PASS AF=0.705882;AO=9;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00689576;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.703;QD=25.7171;RBI=0.0251347;REFB=-0.0124743;REVB=0.0241703;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666405;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00341261;OID=.;OPOS=1969882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:17:17:4:5:9:12:0.705882:5:4:4:0:7:5:5:0 chr19 1979811 . A G 111.57 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0379617;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.392;QD=24.7923;RBI=0.0380359;REFB=0.0896539;REVB=0.00237407;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116132;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00922742;OID=.;OPOS=1979811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:1:5:8:4:1:5 chr19 1979907 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.027979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5003;QD=15.5716;RBI=0.0297724;REFB=0.00765511;REVB=-0.0101771;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00627416;OID=.;OPOS=1979907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr19 2041032 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.933;QD=55.0978;RBI=0.0656735;REFB=0;REVB=-0.0656631;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143348;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chr19 2098770 . C T 151.01 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0218515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.374;QD=11.1856;RBI=0.0286512;REFB=-0.00113189;REVB=0.0185312;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192748;STB=0.501127;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232772;OID=.;OPOS=2098770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:11:24:13:6:11:24 chr19 2245542 . CCGG CCCG,CCG,CG,CGGC 173.68 PASS AF=0,0,0.433962,0.0377358;AO=2,6,14,2;DP=55;FAO=0,0,23,2;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,5,2;FSAR=0,0,18,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.100998,0.0295158,-0.0729821,-0.0579257;FXX=0.036357;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,1,2,3;MLLD=19.2668,13.3139,22.0435,130.297;QD=13.1076;RBI=0.116323,0.0423771,0.0779785,0.0854148;REFB=0.0294893,-0.139914,-0.170067,-0.0223375;REVB=-0.0577091,-0.0304078,0.0274639,-0.0627718;RO=25;SAF=0,0,4,2;SAR=2,6,10,0;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.283563,0,0;SSSB=-0.509229,-0.714139,-0.306053,0.457423;STB=0.5,0.5,0.642721,0.995367;STBP=1,1,0.107,0.104;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.0114758,0.197987,0.13539;OID=.,.,.,.;OPOS=2245544,2245544,2245543,2245543;OREF=G,G,CG,CGG;OALT=C,-,-,GGC;OMAPALT=CCCG,CCG,CG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.433962,0.0377358:2,6,14,2:55:0,0,23,2:53:28:0,0,5,2:0,0,18,0:12:16:99:25:0,0,4,2:2,6,10,0:14:11 chr19 2250469 . G A 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00842452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.504;QD=15.3775;RBI=0.0112796;REFB=-0.0474812;REVB=-0.00750049;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0366959;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr19 2251817 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.775;QD=59.8358;RBI=0.0207294;REFB=0;REVB=-0.00210012;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100537;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr19 2252990 . C G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.938;QD=57.2344;RBI=0.0412437;REFB=0.0498191;REVB=0.0345641;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000206776;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:41:25:0:0:41:25:1:0 chr19 2337468 . G A 393.12 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00834694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.248;QD=17.0922;RBI=0.0205038;REFB=-0.00795329;REVB=0.018728;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123279;STB=0.562101;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0135892;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:19:22:33:17:19:22:33:18 chr19 2339958 . T C 772.11 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.89;QD=61.7684;RBI=0.0196718;REFB=0.0581541;REVB=0.0153379;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140498;STB=0.50746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=5.59656e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:33:16:0:1:33:16:0:1 chr19 2340154 . G GC 1673.82 PASS AF=1;AO=140;DP=182;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2871;QD=38.4787;RBI=0.247579;REFB=0;REVB=0.224457;RO=41;SAF=77;SAR=63;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00671285;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:182:174:174:0:91:83:0:0:33:41:77:63:20:21 chr19 2341059 . GT AC,GC 233.04 PASS AF=0.578947,0.421053;AO=11,8;DP=19;FAO=11,8;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451003,0.039701;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=136.239,110.983;QD=49.0617;RBI=0.0483681,0.0436019;REFB=0,0;REVB=0.0174767,-0.0180265;RO=0;SAF=6,0;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000890083,-0.00877023;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:19:19:0:0:11,8:11,8:0.578947,0.421053:5,8:6,0:0:0:5,8:6,0:0:0 chr19 2341577 . G A 145.46 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00788395;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.004;QD=10.2075;RBI=0.0229451;REFB=-0.00822368;REVB=0.0215481;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379834;STB=0.731489;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0277428;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:38:19:19:0.333333:12:7:26:10:12:7:28:10 chr19 2344022 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0683765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0612;QD=14.6539;RBI=0.0708395;REFB=-0.00760016;REVB=-0.0185172;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427785;STB=0.760088;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0109977;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:4:4:1:7:4:4 chr19 2353150 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.514;QD=49.5992;RBI=0.0677936;REFB=0;REVB=0.0538638;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422338;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 2396556 . C T 190.56 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.975;QD=47.6392;RBI=0.0344784;REFB=0;REVB=0.0302659;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299507;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:11:16:1:7:4:0:0:11:5:0:0 chr19 2396611 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.924;QD=44.6893;RBI=0.0306816;REFB=0;REVB=0.0169013;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1062e-05;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 2398849 . A G 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00926949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.064;QD=14.8166;RBI=0.0171856;REFB=-0.00426307;REVB=-0.0144714;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111888;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00560566;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:16:13:17:20:16:13:18:21 chr19 2405456 . C T 267.6 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00361938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.495;QD=16.2184;RBI=0.0592082;REFB=-0.00916353;REVB=-0.0590975;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207403;STB=0.610451;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0132887;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:20:10:19:16:20:10:19:17 chr19 2410332 . T C 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0224927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4974;QD=27.2634;RBI=0.0243002;REFB=-0.0200561;REVB=0.00919653;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880355;STB=0.548768;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0114924;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:13:9:7:6:13:9:7:6 chr19 2413961 . G C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.040231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.292;QD=16.6252;RBI=0.0418531;REFB=-0.0134841;REVB=-0.0115391;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00861585;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr19 2418031 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0258662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.211;QD=14.6561;RBI=0.050753;REFB=-0.00437217;REVB=-0.043667;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786512;STB=0.545388;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00504951;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:14:3:3:10:14:3 chr19 2433890 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00342553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.981;QD=13.0884;RBI=0.0500751;REFB=-0.0129428;REVB=-0.0499578;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781197;STB=0.528267;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0211045;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:8:18:10:6:9:18 chr19 2538760 . A T 97.11 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=26;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000367128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.324;QD=17.6557;RBI=0.0326705;REFB=-0.0128133;REVB=-0.0326684;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188703;STB=0.624787;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00572257;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:22:8:10:15:12:0.545455:5:10:3:5:4:8:4:6 chr19 2714720 . A G 255.94 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.083;QD=51.1875;RBI=0.0398291;REFB=0;REVB=0.0137372;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123178;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr19 2714771 . T C 305.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9281;QD=53.1724;RBI=0.0258565;REFB=0;REVB=-0.0198313;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335248;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr19 2717256 . C G 95.8 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0187877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.536;QD=11.2708;RBI=0.0196414;REFB=-0.00886722;REVB=-0.00572779;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408266;STB=0.719307;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0301635;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:7:5:17:4:7:5:17:5 chr19 2732986 . T C 247.43 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.576;QD=49.4866;RBI=0.00957447;REFB=0;REVB=-0.00484353;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113244;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr19 2762585 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.073;QD=64.4152;RBI=0.0543443;REFB=0;REVB=0.0244244;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361652;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr19 2767192 . G T 1395.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.037;QD=61.3228;RBI=0.0286176;REFB=0;REVB=0.0233711;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072294;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:91:0:0:84:91:1:36:48:0:0:42:49:0:0 chr19 2808314 . A C 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00677211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.962;QD=15.1655;RBI=0.0195567;REFB=-0.0194186;REVB=-0.0183467;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115483;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0280927;OID=.;OPOS=2808314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:14:16:12:11:14:16 chr19 2833802 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.579;QD=58.1421;RBI=0.021038;REFB=0;REVB=0.0099539;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5615e-05;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr19 2833864 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3481;QD=64.4141;RBI=0.0440841;REFB=0;REVB=-0.0374976;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375258;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chr19 2853566 . A G 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3865;QD=53.2685;RBI=0.0603528;REFB=0;REVB=-0.0349315;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025928;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr19 2896818 . C T 1008.15 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.97;QD=59.3028;RBI=0.0232505;REFB=0;REVB=-0.0182515;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17107e-05;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr19 2896948 . T C 1515.17 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0749822;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.714;QD=57.7208;RBI=0.0758329;REFB=-0.0324676;REVB=0.0113266;RO=2;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000526678;STB=0.504672;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00132108;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:2:1:103:104:0.990476:53:50:1:1:53:51:0:1 chr19 2896953 . A G 1528.85 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470093;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.02;QD=59.955;RBI=0.00524049;REFB=0;REVB=0.00231604;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1342e-05;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr19 2915738 . T A 839.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.188;QD=56.8982;RBI=0.0688503;REFB=0;REVB=0.0478228;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788516;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:34:22:0:0:36:23:0:0 chr19 2917186 . T C 995.37 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042721;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.915;QD=59.4251;RBI=0.00570253;REFB=0;REVB=0.00377731;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175416;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr19 2917287 . C A 847.76 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7512;QD=56.5172;RBI=0.097818;REFB=0;REVB=-0.0267804;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272699;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:1:0:54:60:1:21:33:1:0:22:38:0:0 chr19 2917612 . T C,G 757.2 PASS AF=0.918367,0.0816327;AO=43,4;DP=48;FAO=45,4;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182483,-0.0147922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.737,161.509;QD=61.8126;RBI=0.0383513,0.0276567;REFB=0,0;REVB=0.0337316,0.0233685;RO=0;SAF=19,3;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00266813,0.0124156;OID=.,.;OPOS=2917612,2917612;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:48:49:0:0:43,4:45,4:0.918367,0.0816327:24,1:19,3:0:0:26,1:19,3:0:0 chr19 2934282 . T C 203.31 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0213313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.937;QD=14.2674;RBI=0.0223019;REFB=-0.00804978;REVB=-0.00650775;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.540026;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00798352;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:16:17:14:10:16:17 chr19 2936623 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0135208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.033;QD=26.3158;RBI=0.0180948;REFB=-0.0256571;REVB=-0.0120253;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0159841;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:7:7:10:12:7:7 chr19 2939289 . A C 45.3 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00216342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.354;QD=7.87774;RBI=0.0326275;REFB=0.00485448;REVB=0.0325557;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00679305;OID=.;OPOS=2939289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:16:16:6:7:0.304348:3:3:7:9:4:3:7:9 chr19 2993427 . T C 1651.15 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.741;QD=60.0418;RBI=0.0269884;REFB=0;REVB=0.0161316;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128504;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:108:110:1:45:63:0:0:46:64:0:0 chr19 3028871 . G C 137.99 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0143432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.564;QD=19.0329;RBI=0.0143502;REFB=-0.0187541;REVB=-0.00044925;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.021029;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:9:5:7:8:9:5 chr19 3062857 . T C 591.11 PASS AF=0.342593;AO=74;DP=218;FAO=74;FDP=216;FR=.;FRO=142;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.00330301;FXX=0.00917389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.491;QD=10.9465;RBI=0.00458035;REFB=-0.0141538;REVB=0.00317329;RO=142;SAF=37;SAR=37;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242888;STB=0.513885;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.038127;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:142:142:74:74:0.342593:37:37:68:74:37:37:68:74 chr19 3119239 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00628599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.993;QD=24.3901;RBI=0.00703324;REFB=-0.0188079;REVB=-0.00315481;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19318;STB=0.607453;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0155248;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:4:10:9:11:4:10 chr19 3150238 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.034;QD=51.1803;RBI=0.0198236;REFB=0;REVB=-0.00471347;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150017;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 3155902 . G A 756.35 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.511;QD=53.0772;RBI=0.0174425;REFB=-0.114788;REVB=-0.00798438;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00138031;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:57:1:1:53:56:0.982456:24:29:1:0:24:32:1:0 chr19 3186085 . G T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.914;QD=63.0515;RBI=0.0338132;REFB=0;REVB=0.0181274;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127765;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr19 3208890 . T C 1605.86 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3931;QD=64.2344;RBI=0.0249967;REFB=0;REVB=0.0235646;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9108e-05;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:58:41:0:0:58:42:0:0 chr19 3224896 . G C 579.62 PASS AF=0.448529;AO=56;DP=133;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00211064;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.538;QD=17.0476;RBI=0.00303298;REFB=-0.0168783;REVB=-0.00217811;RO=73;SAF=16;SAR=40;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200381;STB=0.600122;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0168508;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:73:75:56:61:0.448529:40:16:34:39:42:19:36:39 chr19 3534523 . C T 467.25 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0128305;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.364;QD=13.8443;RBI=0.0169567;REFB=-0.00615063;REVB=0.0110864;RO=80;SAF=25;SAR=28;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030181;STB=0.524599;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00873396;OID=.;OPOS=3534523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:80:82:53:53:0.392593:28:25:40:40:28:25:42:40 chr19 3534842 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.536;QD=57.6807;RBI=0.0134883;REFB=0;REVB=0.0102188;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54894e-05;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr19 3543397 . C T 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00374827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.269;QD=42.7096;RBI=0.00660747;REFB=-0.0977584;REVB=0.00544143;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00155687;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:7:12:0:0:7:12:0:2 chr19 3548231 . A G 409.25 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0219576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1772;QD=16.2079;RBI=0.0612757;REFB=-0.00857969;REVB=-0.0572065;RO=56;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200358;STB=0.620607;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0169499;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:56:56:43:45:0.445545:24:19:36:20:26:19:36:20 chr19 3576314 . CCTT C 618.82 PASS AF=0.919355;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00226199;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.101;QD=39.9239;RBI=0.00674696;REFB=-0.0502423;REVB=-0.00635648;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53278;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.00292078;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.919355:55:59:57:62:5:23:34:4:1:8:0:22:33:0:0 chr19 3595923 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.050122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.865;QD=12.1817;RBI=0.0511336;REFB=-0.0126934;REVB=-0.0101208;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0240228;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:5:10:6:4:5:10 chr19 3611765 . A G 55.97 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0131557;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.438;QD=9.32808;RBI=0.0135172;REFB=-0.00833585;REVB=-0.00310527;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526782;STB=0.832638;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00821596;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:17:16:8:8:0.333333:6:2:13:4:6:2:13:3 chr19 3614403 . T C 460.99 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.637;QD=55.8773;RBI=0.0479055;REFB=-0.0125065;REVB=0.0454476;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386416;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:11:21:1:0:11:22:0:0 chr19 3614538 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0222694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.336;QD=19.9758;RBI=0.0226847;REFB=-0.0314383;REVB=0.00432089;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143615;STB=0.580569;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0267704;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:15:5:8:12:15:5 chr19 3618928 . G A 135.94 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0315939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.663;QD=10.6618;RBI=0.0349035;REFB=-0.00956704;REVB=0.0148352;RO=34;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314627;STB=0.69744;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0255317;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:34:16:17:0.333333:11:5:20:14:12:5:20:14 chr19 3653525 . C T 265.33 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00848646;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.858;QD=17.9883;RBI=0.00849596;REFB=-0.0126291;REVB=0.000401584;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240224;STB=0.609626;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0192756;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:30:27:29:0.491525:12:15:6:17:13:16:10:20 chr19 3728609 . G A 146.18 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00147387;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.534;QD=11.4652;RBI=0.0444499;REFB=-0.021088;REVB=0.0444255;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369922;STB=0.521715;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.034394;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:12:21:12:6:12:21 chr19 3730041 . C T 542.28 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210638;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8876;QD=60.2528;RBI=0.0257902;REFB=0;REVB=0.0148812;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122194;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 3731985 . G A 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00907753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.99;QD=13.5723;RBI=0.0148023;REFB=-0.0115033;REVB=0.0116922;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27693;STB=0.66015;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0303407;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:14:5:7:6:14:5 chr19 3738649 . A C 505.73 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424864;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7529;QD=59.4979;RBI=0.0743339;REFB=0;REVB=-0.0609954;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72778e-05;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr19 3738971 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9955;QD=59.8384;RBI=0.0100443;REFB=0;REVB=0.00186387;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111054;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 3740658 . T G 1362.79 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.483;QD=61.2492;RBI=0.0332482;REFB=-0.0654991;REVB=0.0294138;RO=1;SAF=55;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853897;STB=0.504503;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000201157;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:33:55:1:0:33:55:1:0 chr19 3746087 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000144471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.356;QD=59.1426;RBI=0.0011968;REFB=0;REVB=0.00118805;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80927e-06;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr19 3750205 . T TGG 582.87 PASS AF=1;AO=39;DP=57;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501661;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.6458;QD=45.7156;RBI=0.00660198;REFB=0;REVB=-0.00429183;RO=7;SAF=14;SAR=25;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000212686;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:57:51:51:0:17:34:0:0:11:7:14:25:5:2 chr19 3750615 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.128;QD=52.613;RBI=0.0208899;REFB=0;REVB=0.00801629;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86985e-05;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 3750622 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9769;QD=53.2771;RBI=0.0236957;REFB=0;REVB=-0.0132321;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115083;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 3752874 . A G 149.99 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00535497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.398;QD=9.83554;RBI=0.00690529;REFB=-0.0284448;REVB=-0.00435973;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695529;STB=0.540861;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0529287;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:25:16:9:11:25:16 chr19 3753769 . C T 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00780144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.751;QD=12.1357;RBI=0.0147627;REFB=-0.0186519;REVB=0.012533;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211504;STB=0.512186;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0311336;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:18:10:18:30:18:10:18:30 chr19 3762698 . C T 1044.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.063;QD=59.7012;RBI=0.0570573;REFB=0;REVB=0.0375697;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184125;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:1:0:68:70:1:36:32:0:1:38:32:0:0 chr19 3767265 . C T 717.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=62.38;RBI=0.0305293;REFB=0;REVB=0.0176259;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279083;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:31:13:0:0:31:15:0:0 chr19 3806057 . TG T 47.25 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0538962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.9021;QD=6.75048;RBI=0.226439;REFB=-0.0832976;REVB=-0.219932;RO=15;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0.447059;SSEP=0;SSSB=-0.65205;STB=0.876082;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0897408;OID=.;OPOS=3806058;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:13:28:12:28:16:1:11:10:6:47:15:1:12:10:5 chr19 3831449 . G A 47.21 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000342177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.514;QD=11.1081;RBI=0.000622972;REFB=-0.0361856;REVB=0.000520585;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0667964;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:4:5:5:2:5:5 chr19 3831525 . C A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0445073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4514;QD=22.723;RBI=0.0920585;REFB=0.00757405;REVB=0.0805846;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398524;STB=0.522324;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00203319;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:8:8:9:11:8:8 chr19 3831737 . G A 266.33 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0240488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.051;QD=25.9838;RBI=0.0801056;REFB=-0.0239516;REVB=0.0764104;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045109;STB=0.516621;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0114722;OID=.;OPOS=3831737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:16:24:25:0.609756:12:12:7:9:13:12:7:9 chr19 3831765 . G A 108.38 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0105046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.717;QD=8.50048;RBI=0.0105157;REFB=-0.0051637;REVB=0.000482289;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352068;STB=0.502853;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0177361;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:37:37:13:14:0.27451:7:6:16:21:8:6:16:21 chr19 3977486 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.045;QD=56.7064;RBI=0.0344629;REFB=0;REVB=0.0158022;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05097e-05;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 3979408 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.827;QD=53.9101;RBI=0.0414339;REFB=0;REVB=0.0192625;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650587;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr19 4028783 . C T 715.91 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0760757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.612;QD=57.2729;RBI=0.0761655;REFB=-0.110883;REVB=-0.00369729;RO=1;SAF=7;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625285;STB=0.588194;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00183387;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:1:3:47:47:0.94:40:7:1:0:40:7:3:0 chr19 4033462 . T C 2087.29 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303818;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.159;QD=62.7756;RBI=0.0303821;REFB=0;REVB=-0.000140161;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19654e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr19 4042858 . G A 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.227;QD=63.2784;RBI=0.0304624;REFB=0;REVB=0.0284954;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181524;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr19 4042923 . A G 728.18 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.18;QD=54.9568;RBI=0.0541979;REFB=-0.10128;REVB=-0.00393788;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148344;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr19 4043024 . T C 769.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.928;QD=57.0145;RBI=0.0547532;REFB=0;REVB=-0.00229054;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158406;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTCGCTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 243.35 PASS AF=0.0277778,0.777778,0.0277778,0.166667;AO=2,8,5,5;DP=43;FAO=1,28,1,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23,1,6;FSAR=0,5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459482,0.019074,0.0284566,-0.00224387;FXX=0.162753;HRUN=17,17,17,17;LEN=3,3,2,3;MLLD=201.39,8.50635,5.69921,134.377;QD=27.0391;RBI=0.323257,0.426313,0.614297,0.0423211;REFB=-0.00744696,-0.0263591,-0.0318431,-0.00784987;REVB=-0.323224,-0.425886,-0.613638,-0.0422616;RO=3;SAF=1,8,5,5;SAR=1,0,0,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.473628,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.00630827,0.0252339,0.0669694,0.0268577;OID=.,.,.,.;OPOS=4046432,4046431,4046431,4046446;OREF=TTT,TTT,TT,TTG;OALT=CGC,-,-,GTC;OMAPALT=CTCGCTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0277778,0.777778,0.0277778,0.166667:2,8,5,5:43:1,28,1,6:36:0:1,23,1,6:0,5,0,0:0:0:43:3:1,8,5,5:1,0,0,0:3:0 chr19 4101062 . G T 976.34 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.079314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.048;QD=57.432;RBI=0.080039;REFB=-0.00604052;REVB=0.0107485;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000234694;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:37:30:0:0:37:30:0:1 chr19 4168437 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0366054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.978;QD=16.3859;RBI=0.0369842;REFB=-0.0236282;REVB=-0.00527975;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341417;STB=0.695816;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0164815;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:1:7:4:5:1:7 chr19 4180836 . C T 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.89;QD=60.851;RBI=0.0119869;REFB=-0.0502433;REVB=0.00144818;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00172126;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:1:0 chr19 4186395 . T G 222.46 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0243948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.711;QD=26.1717;RBI=0.0260436;REFB=-0.00150549;REVB=0.00911925;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823354;STB=0.505613;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000887129;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:9:11:7:6:10:11:7:6 chr19 4207940 . G A 527.26 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.012;QD=57.0014;RBI=0.0402391;REFB=-0.14297;REVB=0.0193892;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000545453;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr19 4210356 . G A 365.11 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.593;QD=52.1583;RBI=0.0441618;REFB=-0.0945472;REVB=-0.000793419;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00166269;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:11:16:0:0:11:16:0:1 chr19 4216910 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4737;QD=43.4861;RBI=0.00528862;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158064;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr19 4217207 . T G 560.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546473;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.399;QD=60.6393;RBI=0.0146564;REFB=0;REVB=0.0135995;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39223e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 4283059 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0108414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.962;QD=23.5981;RBI=0.0120193;REFB=-0.00105011;REVB=-0.00518912;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312376;STB=0.501741;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.000796544;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:10:11:13:12:10:11 chr19 4294623 . C A 135.46 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0482993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9714;QD=17.4789;RBI=0.0636494;REFB=-0.00720159;REVB=0.0414539;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336431;STB=0.693426;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.010699;OID=.;OPOS=4294623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:10:6:11:4:10:6 chr19 4306311 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0396235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0044;QD=12.7299;RBI=0.0784184;REFB=-0.00587158;REVB=0.0676715;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00763487;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:8:4:5:4:8:4 chr19 4325433 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685105;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.604;QD=53.2755;RBI=0.0229248;REFB=0;REVB=0.0218772;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08452e-05;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 4333711 . C T 1423.07 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6154;QD=61.8728;RBI=0.126324;REFB=0;REVB=0.126261;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104269;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:92:0:0:90:92:1:46:44:0:0:47:45:0:0 chr19 4357555 . A G 1238.05 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0540262;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4847;QD=59.6652;RBI=0.0544807;REFB=-0.0642546;REVB=0.00702262;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00133939;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:44:37:1:0:45:37:1:0 chr19 4362691 . G C 1757.37 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.044132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.091;QD=59.5718;RBI=0.0449064;REFB=-0.00965406;REVB=0.00830346;RO=1;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959315;STB=0.50495;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=4.14304e-06;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:49:67:0:1:50:67:0:1 chr19 4442336 . C T 1127.62 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371009;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.803;QD=60.1397;RBI=0.0252164;REFB=0;REVB=0.0249419;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836678;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:34:41:0:0 chr19 4442999 . T G 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5534;QD=64.4009;RBI=0.0156149;REFB=0;REVB=-0.00305826;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160163;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr19 4443046 . T C 1291.48 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136436;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.937;QD=62.2398;RBI=0.014178;REFB=0;REVB=-0.00385615;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377058;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr19 4457650 . C T 974.09 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0842429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.487;QD=57.2992;RBI=0.0846466;REFB=0.042448;REVB=0.00825746;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.000423071;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:0:1:65:67:0.985294:51:14:0:0:51:16:0:1 chr19 4491823 . GA G,GG 39.58 PASS AF=0.181818,0.0727273;AO=14,4;DP=58;FAO=10,4;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5,3;FSAR=5,1;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00831866,-0.0685625;FXX=0.0517152;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.99462,25.0654;QD=2.87831;RBI=0.148268,0.106358;REFB=-0.138613,-0.0764042;REVB=0.148035,0.0813093;RO=30;SAF=9,3;SAR=5,1;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.375558,0.472922;STB=0.588064,0.802751;STBP=0.526,0.292;TYPE=del,snp;VARB=0.134343,0.161805;OID=.,.;OPOS=4491824,4491824;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0727273:14,4:58:10,4:55:41:5,3:5,1:16:25:25:30:9,3:5,1:9:21 chr19 4493708 . A G 554.18 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0176203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.52;QD=16.7934;RBI=0.0239271;REFB=-0.0140198;REVB=0.0161874;RO=73;SAF=28;SAR=31;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113171;STB=0.563038;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0147226;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:31:28:43:30:31:28:43:30 chr19 4508945 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.494;QD=57.1765;RBI=0.0284433;REFB=0;REVB=0.0282462;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19974e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr19 4510560 . C T 413.05 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00484862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.685;QD=21.4574;RBI=0.00496932;REFB=-0.00396911;REVB=-0.0010886;RO=35;SAF=17;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362633;STB=0.514279;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00397555;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:36:41:41:0.532468:24:17:16:19:24:17:16:20 chr19 4511140 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0112135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.323;QD=16.4544;RBI=0.0523931;REFB=-0.0344849;REVB=-0.0511791;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0120521;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr19 4511278 . C T 132.01 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0220772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1216;QD=9.9632;RBI=0.0384439;REFB=-0.0114231;REVB=-0.0314726;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132962;STB=0.578971;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0235042;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:7:10:17:19:7:10:17:19 chr19 4511281 . G A 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0332431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.665;QD=10.7923;RBI=0.038631;REFB=-0.0158809;REVB=0.0196786;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203906;STB=0.619909;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0167707;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:11:7:20:15:11:7:20:15 chr19 4511283 . CA TG 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00459299;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.232;QD=9.88534;RBI=0.0232774;REFB=-0.00111589;REVB=-0.0228198;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16713;STB=0.598785;STBP=0.317;TYPE=mnp;VARB=0.00248315;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:7:12:19:20:7:12:19:20 chr19 4511350 . T A 392.82 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0471512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3333;QD=44.8931;RBI=0.0476212;REFB=-0.036443;REVB=-0.00667412;RO=5;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106167;STB=0.5581;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00372595;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:35:5:5:29:30:0.857143:17:12:4:1:18:12:4:1 chr19 4511453 . G A 333.22 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1281;QD=49.3663;RBI=0.223668;REFB=0;REVB=0.210635;RO=3;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00944126;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:3:0:24:27:1:9:15:1:2:11:16:0:0 chr19 4511525 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8005;QD=55.6552;RBI=0.043544;REFB=0;REVB=-0.0431555;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539182;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 4511647 . C G 755.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236978;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4695;QD=64.3308;RBI=0.023702;REFB=0;REVB=0.000445418;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250093;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chr19 4511674 . C T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=0.0337671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6339;QD=3.89731;RBI=0.0338718;REFB=-0.0062319;REVB=-0.00266099;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234782;STB=0.654847;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0576094;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:3:5:33:9:3:5:33:9 chr19 4511677 . A G 111.7 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00650186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3006;QD=9.50639;RBI=0.0111817;REFB=-0.000689653;REVB=-0.00909707;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.618225;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00206398;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:31:33:13:14:0.297872:4:9:24:7:5:9:26:7 chr19 4511679 . CA TG 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.00954368;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.653;QD=4.42039;RBI=0.0101714;REFB=-0.00335795;REVB=0.00351791;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230161;STB=0.649365;STBP=0.47;TYPE=mnp;VARB=0.0179162;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:3:5:29:8:3:5:29:8 chr19 4511725 . T C 444.2 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00313436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9285;QD=49.3552;RBI=0.0768928;REFB=0.0133967;REVB=0.0768289;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.506892;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00169638;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:36:1:2:31:34:0.944444:11:20:0:1:13:21:1:1 chr19 4511730 . T C 584.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.064;QD=59.9695;RBI=0.0167873;REFB=0;REVB=-0.00821644;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228864;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:16:23:0:0 chr19 4511737 . T C 277.41 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.005693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9839;QD=24.6589;RBI=0.031864;REFB=-0.034722;REVB=-0.0313513;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691082;STB=0.539762;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0252477;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:19:25:26:0.577778:12:13:11:7:12:14:12:7 chr19 4511746 . A T 62.99 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.011678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5332;QD=4.58111;RBI=0.011781;REFB=-0.00638376;REVB=0.00155399;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224388;STB=0.642579;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0150603;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:41:45:10:10:0.181818:6:4:24:17:6:4:26:19 chr19 4511791 . A C 81.75 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0337294;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.365;QD=4.41869;RBI=0.0363634;REFB=-0.00767986;REVB=-0.0135876;RO=59;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190755;STB=0.617477;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0322134;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:76:74:59:60:14:14:0.189189:9:5:30:29:9:5:30:30 chr19 4511830 . A G 192.6 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0186325;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.712;QD=11.6724;RBI=0.0231135;REFB=-0.00534728;REVB=-0.0136771;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865328;STB=0.549959;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.015614;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:26:16:11:13:26:16 chr19 4511908 . C T 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.038974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.409;QD=16.9232;RBI=0.0393218;REFB=-0.00950764;REVB=-0.00521893;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051048;STB=0.50888;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0105211;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:15:19:22:17:15:19:23:17 chr19 4511927 . G A 383.96 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0497997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0477;QD=20.478;RBI=0.0503324;REFB=-0.032449;REVB=0.00730388;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109822;STB=0.560711;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.01611;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:19:20:23:13:19:20:23:13 chr19 4511929 . A G 354.04 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0309239;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.193;QD=19.9457;RBI=0.0309493;REFB=-0.0129693;REVB=0.00125551;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126733;STB=0.549269;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0060938;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:19:17:21:13:18:18:21:14 chr19 4511955 . T C 1381.15 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430138;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.837;QD=62.7795;RBI=0.0518821;REFB=0;REVB=0.0290099;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188194;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr19 4512669 . T C 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0155026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2131;QD=18.412;RBI=0.0447243;REFB=-0.00647731;REVB=0.0419515;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192634;STB=0.597393;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0091451;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:17:16:9:24:17:16:10:24 chr19 4513143 . CA TG 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00651047;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.639;QD=35.1735;RBI=0.0240695;REFB=-0.191515;REVB=-0.0231723;RO=3;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108364;STB=0.559918;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.0131067;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:5:10:1:2:5:10:1:2 chr19 4513559 . A G 505.59 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173013;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.224;QD=59.481;RBI=0.0188579;REFB=0;REVB=0.00750229;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11735e-05;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr19 4525046 . A G 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0807253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.214;QD=9.91364;RBI=0.0807682;REFB=-0.0119904;REVB=0.00263043;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187728;STB=0.610901;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0152074;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:2:15:7:2:2:15 chr19 4538599 . G A 770.66 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0191798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.997;QD=19.6347;RBI=0.0197083;REFB=-0.0145434;REVB=0.00453331;RO=76;SAF=39;SAR=40;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295819;STB=0.522344;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0143025;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:76:78:79:79:0.503185:40:39:35:41:40:39:35:43 chr19 4558431 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.552;QD=49.5991;RBI=0.111701;REFB=0;REVB=-0.0100679;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127751;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 4652822 . C G 130.45 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0101371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4713;QD=12.7265;RBI=0.0318416;REFB=0.0129415;REVB=0.0301849;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137756;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00821069;OID=.;OPOS=4652822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:25:14:16:0.390244:9:5:12:13:10:6:12:13 chr19 4653351 . C G 125.44 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0150693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.477;QD=8.9598;RBI=0.0232778;REFB=-0.00213822;REVB=-0.0177418;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193469;STB=0.511565;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00581421;OID=.;OPOS=4653351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:19:20:9:8:19:20 chr19 4653370 . C G 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0104484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5314;QD=8.43587;RBI=0.0478277;REFB=0.00653648;REVB=-0.0466725;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517776;STB=0.512181;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0280989;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:9:8:19:21:9:8:20:21 chr19 4653420 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0183149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.313;QD=9.89825;RBI=0.0282158;REFB=0.0100589;REVB=0.0214639;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153747;STB=0.592461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0221407;OID=.;OPOS=4653420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:18:14:8:6:18:14 chr19 4654163 . A C 43.58 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0654917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4695;QD=6.01131;RBI=0.0906209;REFB=-0.00169012;REVB=0.0626337;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239723;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00533526;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:14:8:4:3:14:8 chr19 4655166 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0547353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.395;QD=16.3855;RBI=0.0554178;REFB=-0.0509885;REVB=0.00867079;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0235097;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:5:4:3:4:5:4:3:5 chr19 4658047 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.000488169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.827;QD=19.1802;RBI=0.0043799;REFB=-0.0142133;REVB=0.00435261;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181889;STB=0.602692;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0101694;OID=.;OPOS=4658047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:2:9:8:5:2:9 chr19 4685259 . G A 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00618245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.104;QD=11.5752;RBI=0.030191;REFB=-0.0157414;REVB=0.0295512;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125969;STB=0.572939;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0274652;OID=.;OPOS=4685259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:22:18:13:10:22:18 chr19 4685276 . A C 151.52 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0564168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7513;QD=10.1013;RBI=0.0811911;REFB=-0.0010861;REVB=-0.0583879;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567044;STB=0.5333;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0014556;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:10:10:22:18:10:10:22:18 chr19 4688830 . G T 133.63 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0193449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.5537;QD=25.4529;RBI=0.0434639;REFB=-0.0369609;REVB=-0.0389215;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853821;STB=0.547876;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0371415;OID=.;OPOS=4688830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:3:4:6:8:3:4 chr19 4724069 . G A 275.36 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.01822;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.034;QD=15.2975;RBI=0.0267925;REFB=-0.0225898;REVB=0.0196436;RO=41;SAF=16;SAR=15;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169928;STB=0.595609;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0269926;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:15:16:28:13:15:16:28:13 chr19 4724157 . G A 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00500796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.345;QD=12.9126;RBI=0.015966;REFB=-0.00580526;REVB=-0.0151603;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173543;STB=0.591205;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00901496;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:10:14:15:21:10:14:16:21 chr19 4769740 . C A 1119.26 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476408;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.206;QD=60.5006;RBI=0.052084;REFB=0;REVB=0.02105;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256053;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr19 4794257 . T G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00163313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.425;QD=18.3451;RBI=0.00189042;REFB=-0.00298466;REVB=0.000952132;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225855;STB=0.627764;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00350903;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:13:5:9:8:13:5 chr19 4816719 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0349205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.356;QD=10.3903;RBI=0.0376913;REFB=-0.010151;REVB=0.0141844;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0148508;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr19 4818378 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000389328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.91;QD=15.6259;RBI=0.0295344;REFB=-0.0238725;REVB=-0.0295318;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169309;STB=0.596906;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0311562;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:16:7:8:9:16:7 chr19 4847713 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0238305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.938;QD=10.973;RBI=0.0239703;REFB=-0.0179678;REVB=-0.00258554;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936941;STB=0.555484;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0263331;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:21:10:6:9:21:10 chr19 4847874 . A G 199.21 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0172072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2285;QD=13.5056;RBI=0.0181395;REFB=-0.0404652;REVB=-0.00574036;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213968;STB=0.510196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0604042;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:32:35:24:24:0.40678:14:10:14:18:14:10:14:21 chr19 4852106 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0300976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.155;QD=15.0173;RBI=0.0308234;REFB=0.00478568;REVB=0.00664957;RO=40;SAF=23;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230052;STB=0.631484;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0117034;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:7:23:23:17:7:23:23:17 chr19 4852137 . C T 228.18 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0227744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.843;QD=13.8293;RBI=0.0231996;REFB=-0.0218385;REVB=-0.00442167;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140861;STB=0.580584;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0323532;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:9:18:21:18:9:18:21:18 chr19 4859937 . T C 155.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00361131;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.218;QD=31.0305;RBI=0.00597176;REFB=-0.0260137;REVB=0.00475608;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00947886;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:2:3:9:6:2:3 chr19 4891323 . G A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0227652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4311;QD=15.4097;RBI=0.071779;REFB=-0.0133076;REVB=0.0680733;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200087;STB=0.61355;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0173439;OID=.;OPOS=4891323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:18:9:18:16:18:9:18:16 chr19 4945914 . A C 100.45 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00800703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.897;QD=7.58086;RBI=0.0236281;REFB=-0.0165972;REVB=-0.0222301;RO=39;SAF=11;SAR=3;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274918;STB=0.671756;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0425931;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:3:11:23:16:3:11:23:16 chr19 4945917 . C T 96.32 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0197408;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=7.55476;RBI=0.0233498;REFB=-0.00166415;REVB=0.0124705;RO=36;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254477;STB=0.664062;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0213902;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:51:51:36:38:13:13:0.254902:3:10:21:15:3:10:22:16 chr19 4945974 . T C 504.69 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218978;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6749;QD=59.3759;RBI=0.109546;REFB=0;REVB=0.107335;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824407;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 4950770 . C T 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0152225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.994;QD=20.4951;RBI=0.0209932;REFB=-0.00599185;REVB=0.0144565;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187408;STB=0.510391;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00544271;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:14:20:17:13:14:20:17:13 chr19 4954454 . C T 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0106563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.059;QD=20.4374;RBI=0.0162605;REFB=-0.0164543;REVB=0.0122819;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.504851;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00973599;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:15:11:13:17:15:11 chr19 4954679 . G C,GC 477.06 PASS AF=0.025,0.975;AO=2,17;DP=46;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332655,0.0493735;FXX=0.111086;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.30347,17.4773;QD=47.7059;RBI=0.128014,0.100881;REFB=0,0;REVB=-0.123616,-0.0879733;RO=24;SAF=1,11;SAR=1,6;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458837,0.495399;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0240271,-0.00207136;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:46:40:24:0:2,17:1,39:0.025,0.975:1,6:1,11:3:21:0,26:1,13:0:0 chr19 5110794 . A G 249.94 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0797121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.015;QD=26.3099;RBI=0.0807474;REFB=-0.0279753;REVB=-0.0128891;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187715;STB=0.582022;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0314577;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:14:9:2:12:14:9:3:12 chr19 5114116 . T G 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00674344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.507;QD=19.587;RBI=0.01066;REFB=-0.00837565;REVB=-0.00825603;RO=46;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160281;STB=0.588816;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00821444;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:21:23:16:30:21:23:16:30 chr19 5114324 . C T 270.5 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0434857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.111;QD=30.0556;RBI=0.0500532;REFB=-0.0564678;REVB=0.0247854;RO=11;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100496;STB=0.546834;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0265813;OID=.;OPOS=5114324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:36:11:12:24:24:0.666667:20:4:3:8:20:4:3:9 chr19 5135392 . A G 1128.64 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.341;QD=57.1463;RBI=0.0279987;REFB=-0.0227972;REVB=0.0251173;RO=2;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337627;STB=0.517237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000403786;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:2:2:76:77:0.974684:27:49:0:2:28:49:0:2 chr19 5206775 . A G 129.5 PASS AF=0.4;AO=9;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0493641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1203;QD=17.2666;RBI=0.0633086;REFB=-0.00327839;REVB=-0.0396378;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33795;STB=0.682626;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0429782;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:30:15:15:9:12:0.4:6:3:10:5:8:4:10:5 chr19 5214697 . A G 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.409;QD=56.9243;RBI=0.022185;REFB=0;REVB=0.00471188;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08345e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 5455611 . C T 882.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0303;QD=57.8522;RBI=0.104486;REFB=0;REVB=0.0778249;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169959;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:26:31:0:0:26:35:0:0 chr19 5455735 . G A 331.37 PASS AF=0.6;AO=31;DP=53;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0311458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.546;QD=24.0999;RBI=0.0593787;REFB=-0.0293857;REVB=0.0505545;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804192;STB=0.542329;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.017614;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:22:22:31:33:0.6:16:15:13:9:17:16:13:9 chr19 5455796 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.297;QD=60.6102;RBI=0.065839;REFB=0;REVB=-0.000799585;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189366;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr19 5455971 . G T 834.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=57.5233;RBI=0.084381;REFB=0;REVB=0.0259936;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466265;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr19 5455978 . T C 978.55 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149993;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.966;QD=59.3063;RBI=0.0202283;REFB=0;REVB=0.0135722;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142128;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:22:44:0:0:22:44:0:0 chr19 5455989 . C T 481.73 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0086435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.542;QD=26.3963;RBI=0.0362663;REFB=-0.0194169;REVB=0.0352212;RO=27;SAF=30;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289819;STB=0.505152;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0256998;OID=.;OPOS=5455989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:15:30:19:8:15:30:19:9 chr19 5455990 . G A 220.72 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.026026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7335;QD=12.0941;RBI=0.0271198;REFB=-0.0363509;REVB=0.00762435;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652468;STB=0.537707;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0335949;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:8:19:30:16:8:19:30:16 chr19 5456450 . T C 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.377;QD=60.9644;RBI=0.0279739;REFB=0;REVB=0.0199665;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1148e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr19 5456810 . G A 322.56 PASS AF=0.492754;AO=36;DP=71;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0154559;FXX=0.028165;HRUN=6;LEN=1;MLLD=340.639;QD=18.6989;RBI=0.0155078;REFB=-0.0113603;REVB=0.00126819;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661692;STB=0.521264;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0108011;OID=.;OPOS=5456810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:35:35:36:34:0.492754:20:16:13:22:20:14:13:22 chr19 5587093 . T C 301.7 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0189913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.226;QD=19.1557;RBI=0.0207416;REFB=0.00665467;REVB=-0.00833924;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126543;STB=0.570526;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0229543;OID=.;OPOS=5587093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:17:14:19:13:17:14 chr19 5590297 . AG A 260.04 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0015;QD=32.5044;RBI=0.285239;REFB=0;REVB=0.279092;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.309524;SSEP=0;SSSB=-0.320004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.013733;OID=.;OPOS=5590298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:32:32:0:14:18:0:0:5:5:1:3:3:2 chr19 5591735 . G A 236.86 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00611364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2124;QD=26.318;RBI=0.0142974;REFB=-0.000644796;REVB=0.0129243;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.000962098;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:7:7:10:12:7:7 chr19 5696146 . G A 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0315613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.714;QD=23.3774;RBI=0.0315934;REFB=-0.00459076;REVB=0.00142373;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481957;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0045362;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:8:6:7:12:8:6 chr19 5766090 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.748;QD=56.7061;RBI=0.0301732;REFB=0;REVB=0.00345862;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205712;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 5772950 . G A 612.93 PASS AF=0.923077;AO=46;DP=51;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00515874;FXX=0.0370302;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.2;QD=47.1481;RBI=0.00516098;REFB=-0.005667;REVB=0.000151986;RO=4;SAF=16;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024939;STB=0.51428;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00115182;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:52:4:4:46:48:0.923077:30:16:2:2:32:16:2:2 chr19 5831672 . G C 290.65 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1088;QD=50.5486;RBI=0.147739;REFB=0;REVB=0.0663275;RO=1;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00644644;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:5:17:1:0:5:18:0:0 chr19 5832209 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.396;QD=58.4197;RBI=0.0229338;REFB=0;REVB=-0.00150657;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90587e-05;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr19 5843784 . A T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0128856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.683;QD=12.7914;RBI=0.0172502;REFB=-0.0278474;REVB=-0.0114688;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25965;STB=0.661437;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0427316;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:7:15:6:8:7:16 chr19 5844537 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.858;QD=56.937;RBI=0.0168021;REFB=0;REVB=-0.0154628;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122298;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr19 5844649 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.179;QD=44.6877;RBI=0.0360519;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624057;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr19 5844792 . A C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0217121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.053;QD=20.2091;RBI=0.0223279;REFB=-0.00842288;REVB=-0.00520761;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309496;STB=0.675067;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0141103;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:2:8:5:8:2:8 chr19 5866654 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.641;QD=51.1845;RBI=0.0312629;REFB=0;REVB=0.0267847;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15583e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 5866724 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00530194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.439;QD=12.3961;RBI=0.0249715;REFB=-0.00513148;REVB=0.0244022;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00675467;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr19 5866736 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.281;QD=26.0298;RBI=0.0355328;REFB=-0.0650455;REVB=-0.0210628;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00426791;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr19 5867177 . G A 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.244;QD=30.5913;RBI=0.0219408;REFB=-0.0590354;REVB=-0.00117112;RO=2;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125826;STB=0.571275;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00691097;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:2:8:1:1:2:8:1:1 chr19 5867748 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0022229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.154;QD=18.767;RBI=0.0334976;REFB=-0.0124268;REVB=0.0334237;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.79893;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131702;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:3:0:5:1:3:0 chr19 5892954 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.304;QD=52.613;RBI=0.0211065;REFB=0;REVB=0.00892414;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77755e-05;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr19 6042059 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00699967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.666;QD=15.6261;RBI=0.00721233;REFB=-0.00179706;REVB=0.00173851;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559472;STB=0.503222;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00187481;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:15:8:6:11:15:8 chr19 6156483 . T C 321.54 PASS AF=0.430233;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00369064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.338;QD=14.9551;RBI=0.0401398;REFB=-0.0353655;REVB=-0.0399698;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141886;STB=0.597707;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0411946;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:45:49:35:37:0.430233:16:19:18:27:17:20:18:31 chr19 6375831 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0505325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.726;QD=15.2625;RBI=0.0533629;REFB=-0.00833052;REVB=0.0171484;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.578821;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.015327;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:7:9:9:4:7:9 chr19 6376722 . A G 235.48 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0218632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3865;QD=13.2664;RBI=0.0845812;REFB=-0.0110103;REVB=-0.0817067;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615945;STB=0.535186;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0139493;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:14:14:24:19:14:14:24:19 chr19 6411830 . C G 584.74 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00373576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.289;QD=19.4915;RBI=0.0115532;REFB=-0.0179869;REVB=0.0109326;RO=60;SAF=31;SAR=29;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302538;STB=0.516698;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0224035;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:29:31:33:27:29:31:33:27 chr19 6415443 . T C 549.29 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6786;QD=57.8196;RBI=0.0306084;REFB=-0.0836816;REVB=0.030044;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981888;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:0:0:27:38:1:8:19:0:0:17:21:0:0 chr19 6419275 . A G 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0464326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4769;QD=15.7803;RBI=0.0478536;REFB=0.0270301;REVB=-0.0115751;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558764;STB=0.531705;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0368805;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:11:18:13:10:11:18 chr19 6468591 . C T 192.71 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0254927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.845;QD=23.3586;RBI=0.0349329;REFB=-0.0423841;REVB=-0.0238837;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127709;STB=0.571354;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0159665;OID=.;OPOS=6468591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:5:9:9:10:5:9 chr19 6477256 . G T 284.97 PASS AF=0.557692;AO=24;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00606911;FXX=0.0188644;HRUN=9;LEN=1;MLLD=238.814;QD=21.9204;RBI=0.0167252;REFB=-0.0113249;REVB=-0.0155851;RO=8;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967236;STB=0.520046;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0069898;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:8:23:24:29:0.557692:7:17:7:1:10:19:16:7 chr19 6495736 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7349;QD=46.8398;RBI=0.0264928;REFB=0;REVB=-0.0214158;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253717;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 6535080 . T C 930.98 PASS AF=0.492063;AO=90;DP=188;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=0.00106879;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.071;QD=19.7033;RBI=0.0053768;REFB=-0.0169824;REVB=-0.0052695;RO=97;SAF=50;SAR=40;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405688;STB=0.534159;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0115123;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:97:96:90:93:0.492063:40:50:58:39:42:51:59:37 chr19 6586268 . G A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0123957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.393;QD=6.66156;RBI=0.0385677;REFB=-0.00663589;REVB=-0.0365215;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498902;STB=0.814204;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0247432;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:2:8:12:20:2:8:12:20 chr19 6665020 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7134;QD=58.416;RBI=0.0557926;REFB=0;REVB=-0.0283231;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710104;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr19 6677989 . G A 390.62 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.000977545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.221;QD=16.447;RBI=0.0114857;REFB=-0.0214364;REVB=-0.011444;RO=52;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226836;STB=0.513759;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0255288;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:54:41:41:0.431579:18:23:28:24:18:23:29:25 chr19 6678474 . G A 236.56 PASS AF=0.55;AO=15;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0232713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.299;QD=23.6558;RBI=0.0424945;REFB=-0.0599466;REVB=0.0355561;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180048;STB=0.537156;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0560785;OID=.;OPOS=6678474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:15:22:0.55:3:12:9:5:7:15:9:6 chr19 6679511 . C T 305.89 PASS AF=0.542373;AO=25;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0142672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8931;QD=20.7382;RBI=0.0144716;REFB=-0.0510856;REVB=-0.00242382;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355086;STB=0.567643;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0334401;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:25:32:0.542373:13:12:14:13:20:12:14:13 chr19 6696597 . G A 261.66 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621939;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.492;QD=52.3309;RBI=0.0715707;REFB=0;REVB=-0.0354159;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100441;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:9:11:0:0 chr19 6697406 . A G 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000784443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.251;QD=64.1532;RBI=0.00996734;REFB=0;REVB=-0.00993643;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74788e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr19 6702157 . C G 601.16 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00611694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.832;QD=58.6501;RBI=0.0783377;REFB=-0.113656;REVB=0.0780985;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00223195;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:22:17:0:0:22:18:0:1 chr19 6709848 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8361;QD=60.978;RBI=0.0422837;REFB=0;REVB=-0.0393099;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166303;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 6735929 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000842594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7935;QD=49.595;RBI=0.0454932;REFB=0;REVB=0.0454854;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016352;OID=.;OPOS=6735929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 6737481 . T C 457.06 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.641;QD=57.1323;RBI=0.0157663;REFB=0;REVB=0.000995138;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618676;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:17:15:0:0 chr19 6737509 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.03;QD=58.141;RBI=0.0553109;REFB=0;REVB=0.00592354;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299976;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr19 6751279 . A G 193.96 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0138953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.142;QD=12.5134;RBI=0.0174032;REFB=-0.00687379;REVB=-0.0104782;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524474;STB=0.532231;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.014435;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:38:23:24:0.387097:12:11:19:17:12:12:21:17 chr19 6751281 . C T 163.37 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.021367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4075;QD=11.0759;RBI=0.0291916;REFB=-0.0154404;REVB=-0.0198898;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211173;STB=0.512303;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0406719;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:9:12:21:17:9:12:21:17 chr19 6751293 . T G 228.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0165887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.387;QD=13.8309;RBI=0.0252139;REFB=-0.00511935;REVB=0.0189884;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599782;STB=0.548676;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00734914;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:14:13:20:17:14:13:22:17 chr19 6754188 . T C 303.47 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0227161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.09;QD=22.0707;RBI=0.0264575;REFB=-0.0125067;REVB=0.013564;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209497;STB=0.615314;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00768067;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:6:18:15:16:6:18 chr19 6755007 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0133167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.281;QD=17.8403;RBI=0.0157874;REFB=-0.0104917;REVB=0.00847977;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264028;STB=0.651947;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0092808;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:6:8:4:10:6:8 chr19 6833777 . A G 401.37 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.007023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.351;QD=18.8881;RBI=0.0207565;REFB=-0.0238118;REVB=0.0195323;RO=44;SAF=27;SAR=14;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901713;STB=0.550315;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0151464;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:14:27:25:19:14:27:25:19 chr19 6833989 . G T 120.32 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0173403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.1276;QD=19.2518;RBI=0.0530942;REFB=-0.0438438;REVB=-0.0501827;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368419;STB=0.691082;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0160758;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:25:25:7:11:13:13:0.52:8:5:7:0:8:5:9:2 chr19 6896483 . G A 164.88 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0140791;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3005;QD=13.4595;RBI=0.0655021;REFB=-0.00449901;REVB=-0.0639711;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259095;STB=0.515135;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0115997;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:20:11:6:12:20:11 chr19 6897464 . C G 252.98 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0398343;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.436;QD=19.8413;RBI=0.0428544;REFB=-0.0274964;REVB=0.0158027;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135165;STB=0.565169;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0240338;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:12:15:9:14:12:15:10:14 chr19 6901891 . G A 504.32 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.051506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2927;QD=25.2158;RBI=0.0694455;REFB=-0.00204878;REVB=-0.0465813;RO=33;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682785;STB=0.53737;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00145772;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:27:20:17:16:27:20:17:16 chr19 6903920 . A G 502.08 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.020331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7768;QD=30.4293;RBI=0.033562;REFB=-0.0561257;REVB=-0.0267031;RO=20;SAF=17;SAR=28;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723373;STB=0.532755;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0209693;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:20:21:45:45:0.681818:28:17:10:10:28:17:10:11 chr19 6904137 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.019842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.467;QD=18.7956;RBI=0.0267012;REFB=-0.00313182;REVB=0.0178675;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552861;STB=0.531223;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00275982;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:8:15:19:8:8:15:19:8 chr19 6913811 . A G 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9939;QD=60.7142;RBI=0.0347264;REFB=0;REVB=0.00767823;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106996;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr19 6919624 . A C 1278.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0353;QD=60.1574;RBI=0.0302714;REFB=0.0983451;REVB=-0.0225768;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00203166;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:34:50:0:1:34:50:0:1 chr19 6919753 . A G 340.83 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0936041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.9;QD=50.4932;RBI=0.0936886;REFB=-0.059312;REVB=-0.00397744;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00161829;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:27:1:1:24:26:0.962963:14:10:1:0:14:12:1:0 chr19 6972357 . C T 837.08 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737597;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.676;QD=57.7298;RBI=0.0751624;REFB=0;REVB=0.0144529;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234815;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr19 6974556 . C A 185.42 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00110265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.284;QD=13.7344;RBI=0.011189;REFB=-0.00554599;REVB=0.0111345;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138058;STB=0.536049;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00716516;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:32:21:22:0.407407:8:13:13:14:9:13:17:15 chr19 7005905 . T A 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373002;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.944;QD=54.5672;RBI=0.057812;REFB=0;REVB=0.0441693;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154255;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr19 7006048 . G A 217.73 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0640178;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.318;QD=21.7727;RBI=0.0645568;REFB=-0.00884837;REVB=-0.00832468;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.546718;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00793021;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:9:10:9:12:9:10 chr19 7076418 . C A 443.7 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00456583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0989;QD=17.2311;RBI=0.0599296;REFB=-0.0118718;REVB=-0.0597554;RO=53;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156021;STB=0.586213;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0137043;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:55:48:48:0.466019:21:27:21:32:21:27:22:33 chr19 7112265 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.42;QD=37.4885;RBI=0.0563833;REFB=0;REVB=-0.0329784;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051006;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 7141775 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0103379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5175;QD=18.9482;RBI=0.0194721;REFB=-0.00994927;REVB=-0.0165012;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111794;STB=0.562455;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00681368;OID=.;OPOS=7141775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:12:15:12:16:12:15 chr19 7504982 . C T 199.54 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0144179;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.172;QD=20.4658;RBI=0.0152768;REFB=-0.0336921;REVB=0.00505051;RO=19;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112613;STB=0.56362;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0311308;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:7:13:10:9:7:13:10:9 chr19 7528734 . A G 465.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2493;QD=58.128;RBI=0.0237304;REFB=0;REVB=0.023419;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204747;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr19 7533767 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.629;QD=60.6103;RBI=0.0474702;REFB=0;REVB=0.0474408;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143991;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 7533850 . A G 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00947874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9856;QD=57.4312;RBI=0.0403215;REFB=-0.067732;REVB=0.0391915;RO=1;SAF=42;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111201;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00248243;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:25:42:1:0:25:42:1:0 chr19 7538039 . A G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.723;QD=62.16;RBI=0.0314457;REFB=0;REVB=-0.00589663;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76709e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr19 7538117 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9589;QD=58.5978;RBI=0.00260599;REFB=0;REVB=-0.000800517;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43591e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr19 7542118 . G A 228.24 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00714972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.525;QD=21.737;RBI=0.00715767;REFB=-0.0416209;REVB=0.000337252;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126672;STB=0.592936;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0212015;OID=.;OPOS=7542118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:21:22:0.52381:14:7:9:10:15:7:10:10 chr19 7547074 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.478;QD=54.5177;RBI=0.0179316;REFB=0;REVB=-0.0114521;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4988e-06;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr19 7550844 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00129404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.047;QD=7.83716;RBI=0.0170338;REFB=-0.00478614;REVB=0.0169846;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00964868;OID=.;OPOS=7550844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:9:7:4:3:9:7 chr19 7565823 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00450715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.22;QD=12.8607;RBI=0.0113805;REFB=-0.017346;REVB=-0.01045;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0262152;OID=.;OPOS=7565823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr19 7685843 . G A 315.73 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0414825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.014;QD=25.2584;RBI=0.0416855;REFB=-0.0227536;REVB=0.00410886;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597796;STB=0.538433;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0138397;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:20:7:7:15:21:7:7:15 chr19 7712277 . A G 591.21 PASS AF=0.449275;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00239325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.999;QD=17.1366;RBI=0.0108832;REFB=-0.0197877;REVB=-0.0106168;RO=75;SAF=42;SAR=20;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125122;STB=0.574443;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0223844;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:76:62:62:0.449275:20:42:42:33:20:42:42:34 chr19 7743879 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0123391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1959;QD=17.9555;RBI=0.0188731;REFB=-0.0432663;REVB=-0.0142808;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205582;STB=0.618883;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0330857;OID=.;OPOS=7743879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:3:13:11:6:3:13:11:6 chr19 7747404 . G A 288.35 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00489432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.449;QD=11.1979;RBI=0.0235246;REFB=-0.0019264;REVB=0.0230098;RO=66;SAF=12;SAR=24;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274056;STB=0.662247;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00412426;OID=.;OPOS=7747404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:67:36:36:0.349515:24:12:38:28:24:12:39:28 chr19 7755056 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6054;QD=56.706;RBI=0.0420288;REFB=0;REVB=0.0364887;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179687;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr19 7763703 . A G 521.26 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=92;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0485604;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4219;QD=22.9126;RBI=0.0699781;REFB=-0.0135372;REVB=-0.0503868;RO=42;SAF=28;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190309;STB=0.607625;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0100716;OID=.;OPOS=7763703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:42:42:48:49:0.538462:20:28:15:27:20:29:15:27 chr19 7913974 . T C 912.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.185;QD=57.9617;RBI=0.0546909;REFB=0;REVB=-0.0109848;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153208;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr19 7916620 . A G 340.33 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.85;QD=54.4528;RBI=0.0411305;REFB=0;REVB=-0.00552693;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171309;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 7928462 . T C 1131.1 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.752;QD=60.3252;RBI=0.0532625;REFB=0;REVB=0.0513392;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100527;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:42:30:0:0:44:31:0:0 chr19 7928788 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.788;QD=55.098;RBI=0.024834;REFB=0;REVB=-0.0163265;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161888;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 7935716 . G A 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.302;QD=33.3962;RBI=0.0750467;REFB=0;REVB=0.073775;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179279;OID=.;OPOS=7935716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 7936208 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.883;QD=43.4858;RBI=0.0253025;REFB=0;REVB=0.0170545;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25483e-05;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 7938306 . A AG 597.3 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2511;QD=43.4402;RBI=0.125532;REFB=0;REVB=0.107877;RO=6;SAF=43;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00450107;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:56:55:55:0:47:8:0:0:11:6:43:6:5:1 chr19 7944348 . TC T 231.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.741;QD=48.702;RBI=0.0549637;REFB=0;REVB=-0.0537392;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00252102;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:8:11:0:0:4:0:8:11:0:0 chr19 7963914 . A C 410.69 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4609;QD=56.6472;RBI=0.0298468;REFB=0;REVB=0.0261903;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123985;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 7968168 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.965;QD=55.6547;RBI=0.0444368;REFB=0;REVB=0.0411566;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195257;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr19 7976127 . C G 114.48 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00295878;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=192.721;QD=18.3162;RBI=0.00546154;REFB=-0.02072;REVB=-0.00459064;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.65192;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0137407;OID=.;OPOS=7976127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:25:11:12:13:13:0.52:3:10:5:6:3:10:6:6 chr19 7986638 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.361;QD=60.2307;RBI=0.0452791;REFB=0;REVB=0.0153558;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05015e-05;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 8122737 . G A 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.035395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8172;QD=14.8349;RBI=0.042653;REFB=-0.00706769;REVB=-0.0238008;RO=28;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20984;STB=0.605476;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0220473;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:30:22:22:0.423077:6:16:15:13:6:16:17:13 chr19 8122767 . T C 787.49 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154948;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.782;QD=57.2717;RBI=0.0162694;REFB=0;REVB=-0.00496038;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17529e-06;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr19 8152725 . A G 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.076;QD=59.316;RBI=0.0167083;REFB=0;REVB=-0.00564929;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15107e-05;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr19 8154990 . C T 252.99 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00464522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7364;QD=28.1102;RBI=0.0123135;REFB=-0.0486446;REVB=0.0114037;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164734;STB=0.502536;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0453623;OID=.;OPOS=8154990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:23:23:0.638889:9:14:7:5:9:14:8:5 chr19 8159362 . G T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00813415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.188;QD=11.1308;RBI=0.0193594;REFB=-0.0109554;REVB=-0.0175676;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638345;STB=0.892321;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00965829;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:10:10:0.37037:1:9:5:11:1:9:5:12 chr19 8159408 . CG C,CT 210.05 PASS AF=0.461538,0.461538;AO=8,11;DP=25;FAO=12,12;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=0,8;FSAR=12,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0628317,0.0249096;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=12.2792,135.424;QD=32.316;RBI=0.168455,0.0387333;REFB=-0.0073121,-0.00311096;REVB=0.156299,-0.0296611;RO=4;SAF=0,8;SAR=8,3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.304348,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.791634,0.125849;STB=0.998559,0.555467;STBP=0.001,0.419;TYPE=del,snp;VARB=0.0499077,0.0252056;OID=.,.;OPOS=8159409,8159409;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.461538:8,11:25:12,12:26:2:0,8:12,4:2:0:86:4:0,8:8,3:2:2 chr19 8160897 . G C 245.69 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0132468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.032;QD=15.5995;RBI=0.014571;REFB=-0.0123204;REVB=-0.0060693;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102373;STB=0.55843;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0219658;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:10:17:18:16:10:18:19:16 chr19 8165868 . G A 508.24 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0221507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.186;QD=26.0634;RBI=0.0239398;REFB=-0.0343145;REVB=-0.00908081;RO=31;SAF=14;SAR=33;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174464;STB=0.595625;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0176031;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:33:14:16:15:33:14:16:15 chr19 8176569 . G A 137.5 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0255199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9146;QD=18.966;RBI=0.0257808;REFB=-0.0510758;REVB=-0.00365877;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119455;STB=0.567483;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0505766;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:3:11:10:5:3:11 chr19 8176640 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0249484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.755;QD=26.3411;RBI=0.0308343;REFB=-0.011594;REVB=-0.0181199;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.574392;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00691402;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:3:8:10:9:3:8 chr19 8176919 . C T 194.86 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0159579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.418;QD=17.321;RBI=0.016023;REFB=-0.00905543;REVB=0.00144327;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251497;STB=0.652027;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0153537;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:8:12:8:16:8:12:8:17 chr19 8183871 . G A 54.01 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0177743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6028;QD=8.30967;RBI=0.0245975;REFB=-0.0262293;REVB=-0.0170032;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0572488;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:8:10:4:4:8:10 chr19 8188812 . C T 255.16 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0356845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.386;QD=22.188;RBI=0.0364785;REFB=-0.00511917;REVB=0.00756958;RO=22;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403305;STB=0.727618;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00449339;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:5:19:8:14:5:19:8:14 chr19 8191238 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6809;QD=53.2764;RBI=0.0429736;REFB=0;REVB=-0.0410734;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503889;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 8191248 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.539;QD=53.9112;RBI=0.0181166;REFB=0;REVB=0.0137291;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8256e-06;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 8191401 . G A 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0100828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.974;QD=15.1955;RBI=0.117704;REFB=0.0109603;REVB=0.117272;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162458;STB=0.593621;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00672302;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:12:6:7:7:12:6 chr19 8196444 . C T 584.5 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967732;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.547;QD=61.5262;RBI=0.0834629;REFB=0;REVB=0.0829;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358687;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:29:38:1:7:22:0:0:13:25:0:0 chr19 8196499 . G A 437.68 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00898135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.703;QD=21.35;RBI=0.0153949;REFB=-0.0248831;REVB=-0.0125036;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309439;STB=0.50171;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00981202;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:21:18:20:23:21:18 chr19 8212263 . G A 336.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0263476;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3709;QD=27.4711;RBI=0.051877;REFB=-0.0593019;REVB=0.0446881;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546235;STB=0.53017;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0221707;OID=.;OPOS=8212263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:11:9:11:18:11:9 chr19 8321182 . A T 762.38 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.245;QD=56.4728;RBI=0.0419069;REFB=0;REVB=-0.0104499;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530403;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr19 8321946 . T C 490.14 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.107;QD=56.016;RBI=0.0237843;REFB=-0.0472104;REVB=0.0219805;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000791073;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr19 8326904 . G A 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.494;QD=62.6643;RBI=0.0506664;REFB=0;REVB=0.0503436;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257542;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 8367033 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.363;QD=59.8382;RBI=0.0231487;REFB=0;REVB=0.0231023;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129074;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr19 8376431 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00714425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.901;QD=16.9401;RBI=0.0258778;REFB=-0.00302565;REVB=0.024872;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15049;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00653993;OID=.;OPOS=8376431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:12:7:12:11:12:7:12:12 chr19 8387207 . G A 1426.71 PASS AF=0.979592;AO=89;DP=93;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173371;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.754;QD=58.2332;RBI=0.0603321;REFB=0.00976953;REVB=0.0577874;RO=3;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465312;STB=0.514703;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00151904;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:98:3:2:89:96:0.979592:29:60:0:3:33:63:0:2 chr19 8387809 . GGA G 60.07 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0143668;FXX=0.142789;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.455;QD=13.3482;RBI=0.0243067;REFB=-0.019432;REVB=-0.0196064;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=del;VARB=0.00676043;OID=.;OPOS=8387810;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:18:8:18:10:4:4:3:7:60:8:4:4:3:5 chr19 8389405 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0215318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.503;QD=14.4;RBI=0.0215806;REFB=-0.00647899;REVB=-0.00145114;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864452;STB=0.549316;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00699709;OID=.;OPOS=8389405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:15:19:16:9:15:19 chr19 8389892 . GTCC G 215.94 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0118546;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.115;QD=15.1539;RBI=0.0306896;REFB=-0.000729153;REVB=-0.0283075;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167147;STB=0.516299;STBP=0.841;TYPE=del;VARB=0.000789404;OID=.;OPOS=8389893;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:24:58:25:57:32:11:14:15:17:99:30:10:14:13:17 chr19 8398006 . C T 295.29 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=70;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0895601;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.305;QD=16.1802;RBI=0.0895694;REFB=-0.00190033;REVB=-0.00128922;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130481;STB=0.546639;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00111555;OID=.;OPOS=8398006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:38:40:30:33:0.452055:15:15:24:14:16:17:24:16 chr19 8398714 . A G 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0265572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.395;QD=14.7652;RBI=0.0369667;REFB=-0.0265456;REVB=0.0257148;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311947;STB=0.675475;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0450282;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:25:8:14:11:25:8 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 73.37 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-6.6412e-05;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=12;MLLD=278.444;QD=12.7604;RBI=0.00340239;REFB=-0.0123489;REVB=-0.00340174;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.0175868;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:8:22:10:23:13:7:3:7:6:73:12:6:2:6:6 chr19 8399272 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0317863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.283;QD=19.2749;RBI=0.037417;REFB=-0.0089099;REVB=0.01974;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450092;STB=0.525402;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00934079;OID=.;OPOS=8399272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:17:9:9:14:17:9 chr19 8436164 . C T 117.15 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0139995;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.832;QD=19.5246;RBI=0.0370247;REFB=-0.00236933;REVB=0.034276;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342858;OID=.;OPOS=8436164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:6:5:6:7:6:5 chr19 8468337 . C T 291.18 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0714868;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.984;QD=19.094;RBI=0.0723017;REFB=-0.017647;REVB=0.0108247;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163053;STB=0.509085;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0181267;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:17:13:14:17:17:13 chr19 8503864 . AC A 152.01 PASS AF=0.648649;AO=18;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0929968;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0598;QD=16.4337;RBI=0.0929971;REFB=-0.0259856;REVB=0.00023331;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.308176;SSSB=0.0250895;STB=0.568665;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.00951653;OID=.;OPOS=8503865;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648649:18:37:24:37:13:10:14:3:10:66:12:5:13:3:9 chr19 8553630 . C T 1029.68 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443281;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.684;QD=59.6917;RBI=0.0531453;REFB=0;REVB=0.0293163;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139469;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr19 8564586 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG 348.12 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=23,6;DP=54;FAO=48,6;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=29,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.186235,0.00520236;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.64912,11.7861;QD=25.7865;RBI=0.73943,0.259727;REFB=0,0;REVB=0.715593,0.259675;RO=20;SAF=14,4;SAR=9,2;SRF=0;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=0.479548,0.732402;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0188671,0.0426188;OID=.,.;OPOS=8564587,8564592;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:23,6:54:48,6:54:0:19,3:29,3:0:0:14:20:14,4:9,2:0:20 chr19 8578035 . T C 161.91 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00860607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.008;QD=19.0477;RBI=0.0187674;REFB=-0.02456;REVB=0.0166779;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099476;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0229192;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:6:11:8:7:6:11:8:9 chr19 8612914 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.033627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.741;QD=7.12424;RBI=0.0337065;REFB=0.00743208;REVB=0.00231433;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261794;STB=0.656809;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0116391;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:1:17:6:1:1:17 chr19 8645785 . CA C,CC,CG 975.86 PASS AF=0.661765,0.338235,0;AO=12,50,4;DP=68;FAO=45,23,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5,0;FSAR=16,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188413,-0.00445735,0.0133346;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=141.281,139.65,97.8568;QD=57.4036;RBI=0.0489471,0.0559142,0.0358696;REFB=0,0,0;REVB=-0.0451755,-0.0557363,-0.0332989;RO=0;SAF=8,20,4;SAR=4,30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00241573,0.0535085,0;OID=.,.,.;OPOS=8645786,8645786,8645786;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.661765,0.338235,0:12,50,4:68:45,23,0:68:0:29,5,0:16,18,0:0:0:92:0:8,20,4:4,30,0:0:0 chr19 8669931 . G C 1062.3 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0487104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.063;QD=53.7874;RBI=0.0516099;REFB=-0.0984973;REVB=0.0170552;RO=3;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142924;STB=0.504633;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00400453;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:79:79:3:5:74:74:0.936709:35:39:1:2:35:39:3:2 chr19 8808373 . G T 1207.83 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8317;QD=61.1561;RBI=0.120764;REFB=0;REVB=0.108223;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137091;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr19 8808900 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3233;QD=33.4273;RBI=0.00853193;REFB=0;REVB=0.00810173;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100895;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 8808942 . A G 160.09 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6846;QD=45.7409;RBI=0.0707718;REFB=0;REVB=-0.0688867;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036141;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr19 8841558 . T C 370.04 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0298825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.671;QD=19.7357;RBI=0.031325;REFB=-0.00633741;REVB=-0.00939629;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100306;STB=0.546412;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00626035;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:37:37:38:0.506667:23:14:18:19:23:15:18:19 chr19 8953801 . T C 680.67 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3006;QD=60.5043;RBI=0.0115487;REFB=-0.101897;REVB=-0.0111681;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926739;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:1:0:44:45:1:27:17:1:0:27:18:0:0 chr19 8953922 . C T 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.657;QD=55.5192;RBI=0.0289274;REFB=-0.097923;REVB=-0.00735621;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190743;STB=0.510198;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00165502;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:24:9:0:1:24:9:0:1 chr19 8961981 . C G 1822.19 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3595;QD=61.25;RBI=0.0529033;REFB=0;REVB=0.0474454;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268644;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:117:119:1:63:54:0:0:63:56:0:0 chr19 8968903 . A G 319.73 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00130474;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.776;QD=16.3966;RBI=0.0173026;REFB=-0.0145432;REVB=0.0172533;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682381;STB=0.538439;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.020445;OID=.;OPOS=8968903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:25:19:17:17:25:19 chr19 8999438 . A T 60.37 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.00855405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3059;QD=2.29971;RBI=0.0183532;REFB=-0.000870315;REVB=0.0162378;RO=92;SAF=8;SAR=5;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103118;STB=0.573876;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00342638;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:92:92:13:13:0.12381:5:8:49:43:5:8:49:43 chr19 8999449 . G T 65.59 PASS AF=0.133333;AO=13;DP=102;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0174525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2688;QD=2.49857;RBI=0.0719109;REFB=-0.0114233;REVB=-0.069761;RO=89;SAF=8;SAR=5;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108935;STB=0.602362;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0706637;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:102:105:89:91:13:14:0.133333:5:8:47:42:5:9:48:43 chr19 8999453 . C T 934.16 PASS AF=0.745283;AO=78;DP=105;FAO=79;FDP=106;FR=.;FRO=27;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0311971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.813;QD=35.2514;RBI=0.0343767;REFB=-0.0196172;REVB=0.0144393;RO=27;SAF=46;SAR=32;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710306;STB=0.535653;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0118544;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:27:27:78:79:0.745283:32:46:12:15:33:46:12:15 chr19 8999474 . T C 51.53 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.043926;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.413;QD=2.19264;RBI=0.043979;REFB=-0.000929422;REVB=0.00215825;RO=80;SAF=3;SAR=8;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345813;STB=0.759326;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00611003;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:94:94:80:83:11:11:0.117021:8:3:45:35:8:3:48:35 chr19 8999478 . T C 58.61 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0378455;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.343;QD=2.63399;RBI=0.0379406;REFB=-0.00500183;REVB=-0.00268404;RO=76;SAF=8;SAR=4;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161809;STB=0.61995;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0303899;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:89:76:77:12:12:0.134831:4:8:41:35:4:8:41:36 chr19 9001822 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.24;QD=60.978;RBI=0.0352971;REFB=0;REVB=0.0325072;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214841;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 9001833 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.352;QD=62.022;RBI=0.021398;REFB=0;REVB=0.0207874;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39178e-05;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr19 9001835 . G A 610.5 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0256183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.528;QD=56.7903;RBI=0.0261302;REFB=-0.0915127;REVB=-0.00514668;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426083;STB=0.522716;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00121441;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:21:20:0:2:21:20:0:2 chr19 9002504 . T C 74.96 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0406647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.512;QD=2.8286;RBI=0.0477512;REFB=-0.00446218;REVB=-0.0250312;RO=90;SAF=9;SAR=6;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138993;STB=0.590788;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0221116;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:106:90:91:15:15:0.141509:6:9:44:46:6:9:45:46 chr19 9002519 . G C 58.39 PASS AF=0.118182;AO=9;DP=105;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0100985;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.627;QD=2.12323;RBI=0.0631928;REFB=-0.0150853;REVB=0.0623807;RO=91;SAF=3;SAR=6;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113537;STB=0.56536;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.107689;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:105:110:91:97:9:13:0.118182:6:3:39:52:6:7:45:52 chr19 9002576 . T C 43.41 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0499094;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7611;QD=1.45918;RBI=0.0885892;REFB=-0.00495386;REVB=-0.0731922;RO=108;SAF=5;SAR=7;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112186;STB=0.512175;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0480625;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:120:119:108:107:12:12:0.10084:7:5:46:62:7:5:46:61 chr19 9002587 . C T 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0447426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2087;QD=1.15127;RBI=0.0458997;REFB=-0.00635701;REVB=-0.0102412;RO=101;SAF=3;SAR=6;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858338;STB=0.571266;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0432092;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:6:3:41:60:6:3:41:60 chr19 9003618 . C T 2717.07 PASS AF=0.994318;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0053512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.824;QD=61.7515;RBI=0.00634278;REFB=-0.0488344;REVB=-0.00340522;RO=1;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544018;STB=0.502857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000359768;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:176:1:1:175:175:0.994318:87:88:0:1:87:88:0:1 chr19 9003645 . G A 747.77 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=172;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00409925;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8056;QD=17.4917;RBI=0.00570852;REFB=-0.0116763;REVB=0.00397282;RO=91;SAF=26;SAR=53;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199939;STB=0.614249;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0102047;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:91:92:79:79:0.461988:53:26:48:43:53:26:49:43 chr19 9005674 . G A 168.65 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00352209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.379;QD=19.8411;RBI=0.00694141;REFB=-0.0209085;REVB=0.00598148;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100831;STB=0.506889;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0163671;OID=.;OPOS=9005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:17:18:0.529412:7:10:9:6:7:11:10:6 chr19 9005719 . A G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.557;QD=51.1752;RBI=0.00353251;REFB=0;REVB=0.00315484;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53761e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 9006370 . A G 144.92 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0198141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.784;QD=10.1699;RBI=0.0365168;REFB=-0.0115659;REVB=-0.0306737;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19328;STB=0.621005;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0229924;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:11:8:22:15:11:8:23:15 chr19 9006415 . TT CA 187.31 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00172839;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=206.158;QD=13.6224;RBI=0.0301273;REFB=-0.00285413;REVB=0.0300777;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696766;STB=0.54995;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=-0.00100681;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:20:20:0.363636:11:9:16:15:11:9:17:15 chr19 9006418 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00143896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.765;QD=13.7478;RBI=0.010538;REFB=-0.00581902;REVB=0.0104393;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147628;STB=0.508467;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0080635;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:17:15:10:12:17:15 chr19 9012840 . G A 60.0 PASS AF=0.0883721;AO=19;DP=215;FAO=19;FDP=215;FR=.;FRO=196;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=94;FWDB=-0.0131849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.19;QD=1.11619;RBI=0.0163666;REFB=-0.00139482;REVB=0.00969666;RO=195;SAF=6;SAR=13;SRF=102;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242393;STB=0.686022;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0241578;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:215:215:195:196:19:19:0.0883721:13:6:102:93:13:6:102:94 chr19 9014551 . T C 330.99 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0305001;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9549;QD=15.7616;RBI=0.033573;REFB=0.0099778;REVB=-0.0140317;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238338;STB=0.519936;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0152449;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:48:36:36:0.428571:17:19:27:22:17:19:27:21 chr19 9014569 . A G 305.6 PASS AF=0.416667;AO=33;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00712467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.479;QD=14.5524;RBI=0.00799516;REFB=-0.012435;REVB=-0.00362788;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307019;STB=0.528909;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.023511;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:49:33:35:0.416667:16:17:24:20:16:19:29:20 chr19 9019605 . C G 751.8 PASS AF=0.503268;AO=78;DP=154;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00441713;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.356;QD=19.6548;RBI=0.0254404;REFB=-0.0137495;REVB=-0.025054;RO=74;SAF=42;SAR=36;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139143;STB=0.503596;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0175701;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:74:76:78:77:0.503268:36:42:41:33:35:42:42:34 chr19 9025604 . A G 32.84 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0161952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.509;QD=1.23922;RBI=0.0169635;REFB=-0.00135122;REVB=-0.00504726;RO=96;SAF=4;SAR=5;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192285;STB=0.655414;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0115334;OID=.;OPOS=9025604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:96:97:9:9:0.0849057:5:4:59:37:5:4:60:37 chr19 9046876 . G T 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00958481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.416;QD=17.0934;RBI=0.0188867;REFB=0.00158196;REVB=0.0162738;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134241;STB=0.575044;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00210387;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:20:21:33:18:20:21:33:18 chr19 9048320 . C T 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0462773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.104;QD=18.4844;RBI=0.0521838;REFB=-0.00686834;REVB=-0.0241157;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0280271;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:8:13:7:12:8:13 chr19 9048421 . T C 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0143866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.581;QD=9.49524;RBI=0.0144956;REFB=-0.00554981;REVB=-0.00177465;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513794;STB=0.531193;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0113367;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:12:12:6:5:12:12 chr19 9049339 . C G 537.27 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0206593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.43;QD=16.0378;RBI=0.0259735;REFB=-0.00286375;REVB=-0.0157422;RO=75;SAF=33;SAR=25;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116727;STB=0.568942;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00425148;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:75:76:58:58:0.432836:25:33:34:41:25:33:34:42 chr19 9049910 . C T 422.87 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0162695;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.681;QD=16.1092;RBI=0.0163778;REFB=-0.0180619;REVB=-0.00188069;RO=58;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.532264;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0145726;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:24:23:25:33:24:23:25:33 chr19 9056878 . GAGA G 220.69 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00304976;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.904;QD=14.2379;RBI=0.0246419;REFB=0.00282611;REVB=-0.0244524;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234353;STB=0.516117;STBP=0.846;TYPE=del;VARB=-0.00356321;OID=.;OPOS=9056879;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:25:64:26:62:36:13:13:19:17:99:35:13:12:19:16 chr19 9056989 . C G 252.15 PASS AF=0.430556;AO=28;DP=69;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00807247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5414;QD=14.0083;RBI=0.00932633;REFB=-0.00244885;REVB=0.00467073;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764349;STB=0.507242;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00992132;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:39:41:28:31:0.430556:16:12:17:22:17:14:18:23 chr19 9057408 . A G 473.2 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0209741;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.325;QD=23.3679;RBI=0.0283119;REFB=-0.0122682;REVB=0.0190171;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158055;STB=0.588197;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00816396;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:38:36:45:45:0.555556:24:21:25:13:24:21:24:12 chr19 9057687 . A G 262.95 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00136515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.16;QD=17.5299;RBI=0.0155716;REFB=-0.00865142;REVB=-0.0155116;RO=31;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142198;STB=0.580018;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0106238;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:20:9:14:17:20:9:14:17 chr19 9057721 . C T 268.02 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00274386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4452;QD=21.8795;RBI=0.0370284;REFB=-0.0147434;REVB=-0.0369266;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197307;STB=0.590092;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.021806;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:22:24:25:25:0.510204:15:10:14:8:15:10:14:10 chr19 9058624 . G A 518.73 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.0134478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2982;QD=16.5993;RBI=0.0755952;REFB=-0.0232839;REVB=0.0743895;RO=67;SAF=26;SAR=30;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201214;STB=0.610476;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.035184;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:69:56:56:0.448:30:26:45:22:30:26:46:23 chr19 9058942 . C T 263.0 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0129907;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.17;QD=17.2458;RBI=0.0141564;REFB=-0.00829058;REVB=-0.00562542;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424109;STB=0.523793;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00969592;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:18:14:14:15:18:14 chr19 9059808 . A G 465.08 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0206213;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.797;QD=19.5821;RBI=0.0216312;REFB=-0.00530841;REVB=-0.00653218;RO=49;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566393;STB=0.525724;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00691005;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:45:46:0.484211:22:23:28:21:22:24:28:21 chr19 9060085 . C T 690.42 PASS AF=0.496403;AO=68;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0340154;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.894;QD=19.8682;RBI=0.0351007;REFB=-0.0220101;REVB=-0.00866093;RO=69;SAF=28;SAR=40;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751271;STB=0.541069;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0203743;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:70:68:69:0.496403:40:28:34:35:41:28:34:36 chr19 9060541 . C T 313.72 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0177648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.854;QD=19.0132;RBI=0.0177648;REFB=-0.0166821;REVB=3.6308e-05;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285738;STB=0.502761;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0175825;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:32:32:32:34:0.515152:18:14:13:19:20:14:13:19 chr19 9060572 . G A 325.45 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00136922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.396;QD=17.592;RBI=0.0079556;REFB=-0.0271243;REVB=0.00783689;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389691;STB=0.554669;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.040161;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:39:34:35:0.472973:17:17:16:19:17:18:16:23 chr19 9060605 . G A 444.61 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0133328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.353;QD=20.4419;RBI=0.0150609;REFB=0.000802066;REVB=0.00700481;RO=41;SAF=30;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221518;STB=0.635116;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000539433;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:43:44:44:0.505747:14:30:18:23:14:30:18:25 chr19 9060812 . T C 378.14 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00169232;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.13;QD=21.3037;RBI=0.0133905;REFB=-0.0154693;REVB=0.0132831;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499728;STB=0.527593;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0135337;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:21:12:16:22:21:12 chr19 9061559 . C G 219.57 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00684101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.648;QD=13.9409;RBI=0.0139199;REFB=-0.0205903;REVB=-0.0121229;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106899;STB=0.549468;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0238856;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:25:26:0.412698:12:13:23:14:12:14:23:14 chr19 9062415 . T G 272.25 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0403215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5813;QD=17.2857;RBI=0.0419817;REFB=-0.0114695;REVB=-0.0116891;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523686;STB=0.529392;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0190941;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:18:15:12:18:18:15 chr19 9062544 . T G 252.01 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0181861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6582;QD=25.2013;RBI=0.0592282;REFB=0.00588636;REVB=-0.056367;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902844;STB=0.549959;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00765078;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:10:6:12:12:10:6 chr19 9066874 . G T 617.08 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00484695;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.001;QD=18.987;RBI=0.0246683;REFB=-0.0166811;REVB=-0.0241875;RO=66;SAF=36;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177036;STB=0.593857;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0107753;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:66:67:63:63:0.484615:27:36:25:41:27:36:26:41 chr19 9068318 . T G 486.25 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0142401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.814;QD=21.3736;RBI=0.0145139;REFB=-0.0173438;REVB=0.00280572;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904541;STB=0.549909;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0122656;OID=.;OPOS=9068318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:24:23:17:27:24:23:17:27 chr19 9069792 . G A 246.72 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.128873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7583;QD=8.81138;RBI=0.158184;REFB=-0.00624346;REVB=0.0917271;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152281;STB=0.524299;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0447108;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:78:34:34:0.303571:16:18:17:28:16:18:44:34 chr19 9069892 . A C 559.06 PASS AF=0.428571;AO=59;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00447606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.21;QD=15.9731;RBI=0.00447665;REFB=-0.000783666;REVB=7.28338e-05;RO=80;SAF=37;SAR=22;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184037;STB=0.596168;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000896962;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:59:60:0.428571:22:37:36:44:23:37:36:44 chr19 9070194 . A G 233.61 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.000263864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.94;QD=15.0715;RBI=0.0218556;REFB=-0.0143918;REVB=-0.0218541;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140908;STB=0.587125;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0122396;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:14:20:12:15:14:21 chr19 9070225 . G C 357.24 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0192812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3945;QD=16.8113;RBI=0.0256993;REFB=-0.0120859;REVB=0.0169909;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827975;STB=0.543858;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.013191;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:37:38:0.447059:17:20:21:25:18:20:21:26 chr19 9070837 . G A 237.49 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0750901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8871;QD=13.7674;RBI=0.0765599;REFB=-0.00274755;REVB=-0.0149296;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296262;STB=0.666561;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00113307;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:32:9:14:14:32:9 chr19 9071763 . T A 399.35 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.017065;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.017;QD=18.1523;RBI=0.0206414;REFB=-0.00624074;REVB=-0.0116126;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339194;STB=0.518928;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00827774;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:47:41:41:0.465909:23:18:19:28:23:18:19:28 chr19 9071834 . G C 347.39 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0096073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.468;QD=17.1551;RBI=0.0386298;REFB=-0.0116662;REVB=0.0374161;RO=44;SAF=10;SAR=27;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082721;STB=0.546533;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0168885;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:27:10:15:29:27:10:15:29 chr19 9072148 . T C 179.67 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.021178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4993;QD=15.6234;RBI=0.0214438;REFB=-0.0139725;REVB=-0.00336604;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020485;STB=0.511799;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0191749;OID=.;OPOS=9072148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:18:9:6:13:18:9 chr19 9072221 . G A 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0125445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5372;QD=25.2841;RBI=0.0595166;REFB=-0.0222121;REVB=0.0581795;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688445;STB=0.538414;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00940791;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:7:9:6:3:7:9:6:3 chr19 9072875 . G A 287.58 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00822577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.947;QD=15.9768;RBI=0.00845731;REFB=-0.00812322;REVB=-0.00196542;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137624;STB=0.585052;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0103012;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:20:12:20:19:20:12:21:19 chr19 9072975 . G A 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0205186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.75;QD=17.0673;RBI=0.0282501;REFB=-0.006899;REVB=0.019418;RO=46;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090264;STB=0.505061;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00647898;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:21:17:21:25:21:17:21:25 chr19 9074073 . G A 247.36 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0124896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7939;QD=19.0278;RBI=0.023249;REFB=-0.00728233;REVB=0.0196093;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144759;STB=0.564908;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00974581;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:25:26:27:0.519231:15:11:7:19:16:11:7:18 chr19 9077581 . G T 491.21 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=25;FWDB=0.00770076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.121;QD=14.5544;RBI=0.0536058;REFB=-0.00250666;REVB=-0.0530498;RO=80;SAF=39;SAR=16;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271434;STB=0.515302;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00401411;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:80:55:55:0.407407:16:39:55:25:16:39:55:25 chr19 9080462 . C G 556.34 PASS AF=0.407643;AO=63;DP=156;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00327414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.133;QD=14.1742;RBI=0.0143084;REFB=-0.00434629;REVB=0.0139288;RO=93;SAF=32;SAR=31;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596401;STB=0.528654;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00665045;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:93:93:63:64:0.407643:31:32:42:51:32:32:42:51 chr19 9083427 . A G 320.31 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00451068;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.677;QD=18.3034;RBI=0.0199144;REFB=-0.00166378;REVB=-0.0193968;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925815;STB=0.558789;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.000913925;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:36:34:34:0.485714:19:15:19:16:19:15:20:16 chr19 9083457 . C T 321.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0136094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.166;QD=18.9012;RBI=0.0304806;REFB=-0.0188022;REVB=-0.0272736;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157407;STB=0.587578;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.018558;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:19:15:21:13:19:15:21:13 chr19 9083791 . G A 263.95 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0310775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6361;QD=15.3017;RBI=0.0352016;REFB=-0.00197867;REVB=0.016533;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230055;STB=0.629546;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00519297;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:17:13:26:13:17:13:26:13 chr19 9084183 . G A 536.22 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0224526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.418;QD=17.4379;RBI=0.023969;REFB=-0.0218934;REVB=-0.0083902;RO=65;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108142;STB=0.555916;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0229522;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:26:31:28:37:26:31:29:37 chr19 9084299 . T C 298.14 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0128771;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.747;QD=17.7995;RBI=0.0507085;REFB=-0.00358181;REVB=0.0490463;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133155;STB=0.574665;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.004818;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:12:20:17:18:12:20:17:18 chr19 9085004 . T C 247.08 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0236145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.15;QD=15.9404;RBI=0.0250542;REFB=-0.0146532;REVB=0.00837041;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297355;STB=0.51081;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0116132;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:32:34:27:28:0.451613:16:11:14:18:17:11:14:20 chr19 9085315 . G A 326.27 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00295072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.865;QD=14.8304;RBI=0.00816438;REFB=-0.0201335;REVB=0.00761251;RO=49;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116905;STB=0.561035;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0212437;OID=.;OPOS=9085315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:49:52:36:36:0.409091:15:21:23:26:15:21:25:27 chr19 9085643 . A G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0215753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.994;QD=11.8155;RBI=0.0215754;REFB=-0.0149834;REVB=-4.38052e-05;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468866;STB=0.533306;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0321371;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:14:10:15:25:14:10:15:26 chr19 9085958 . A G 885.89 PASS AF=0.592593;AO=78;DP=135;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00892727;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.853;QD=26.2487;RBI=0.00900184;REFB=-0.0137458;REVB=0.00115625;RO=57;SAF=33;SAR=45;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080836;STB=0.536803;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0107039;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:55:78:80:0.592593:45:33:30:27:45:35:29:26 chr19 9086145 . G C 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00674028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.317;QD=16.4436;RBI=0.0114784;REFB=-0.0158457;REVB=-0.00929094;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224056;STB=0.629491;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.015;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:12:15:15:5:12:15 chr19 9086318 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0164605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.07;QD=14.702;RBI=0.0165833;REFB=-0.0110491;REVB=-0.00201404;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131584;STB=0.542788;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0131552;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:4:8:11:3:4:8:11:4 chr19 9086819 . G A 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00851221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.473;QD=21.9703;RBI=0.0148343;REFB=-0.0109981;REVB=0.0121491;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.551674;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00732137;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:8:12:12:4:8:12:12:5 chr19 9087615 . T A 613.13 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0809026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.7407;QD=58.3934;RBI=0.0855878;REFB=-0.0928153;REVB=-0.0279292;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00321167;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr19 9087758 . G A 641.27 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=-0.000621564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.421;QD=19.1423;RBI=0.00151727;REFB=-0.0100721;REVB=0.00138411;RO=69;SAF=33;SAR=32;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189977;STB=0.604578;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0128711;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:69:65:65:0.485075:32:33:49:20:32:33:49:20 chr19 9088017 . T G 806.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152737;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4929;QD=55.6232;RBI=0.0736451;REFB=-0.0922445;REVB=0.0720439;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00248352;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:1:0:29:28:1:0 chr19 9088330 . G A 249.48 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0237025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2782;QD=14.2559;RBI=0.0268998;REFB=-0.00811703;REVB=-0.0127197;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681568;STB=0.5443;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0166792;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:17:12:14:26:17:12:14:27 chr19 9088772 . T C 496.67 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00271079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.063;QD=16.5558;RBI=0.00384322;REFB=-0.00409049;REVB=0.00272433;RO=65;SAF=24;SAR=30;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00169499;STB=0.505616;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00473722;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:66:54:54:0.45:30:24:29:36:30:24:30:36 chr19 9090182 . T C 121.14 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00859012;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.224;QD=13.4595;RBI=0.0098839;REFB=-0.00607535;REVB=0.0048889;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442215;STB=0.75159;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00769353;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:19:3:8:6:19:3 chr19 9090784 . C T 173.63 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.000436514;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.022;QD=16.939;RBI=0.00768116;REFB=-0.00849526;REVB=0.00766875;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141979;STB=0.580919;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0131157;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:16:7:8:10:16:7 chr19 9204307 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.9;QD=62.3439;RBI=0.0304423;REFB=0;REVB=-0.00641173;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170213;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr19 9213026 . T C 708.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6459;QD=62.9508;RBI=0.0791137;REFB=0;REVB=-0.0437718;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166179;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr19 9213079 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7243;QD=55.6553;RBI=0.0146055;REFB=0;REVB=-0.0120042;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520756;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 9213132 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5477;QD=52.6083;RBI=0.10019;REFB=0;REVB=0.0407189;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409133;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr19 9346427 . T C 717.78 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.425;QD=56.2962;RBI=0.0752271;REFB=0;REVB=0.0536059;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236704;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:18:30:0:0:20:31:0:0 chr19 9346599 . C G 738.78 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0082026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.298;QD=54.7247;RBI=0.0156498;REFB=-0.158716;REVB=0.0133279;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0045685;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:1:0 chr19 9362343 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0222221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.047;QD=16.8842;RBI=0.0273498;REFB=-0.0231984;REVB=0.0159434;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0196618;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr19 9362443 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0110561;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.656;QD=18.7769;RBI=0.0112744;REFB=-0.00932853;REVB=-0.00220784;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250302;STB=0.640755;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00947108;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:8:18:11:15:8:18:11:15 chr19 9362799 . T G 264.32 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0195066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.46;QD=20.7313;RBI=0.0197704;REFB=0.00997969;REVB=-0.00321918;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187562;STB=0.605014;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00766432;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:12:12:19:8:12:12 chr19 9434872 . C T 365.83 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00124164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.44;QD=16.2591;RBI=0.00582475;REFB=-0.0135315;REVB=-0.00569088;RO=50;SAF=15;SAR=24;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575102;STB=0.538987;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.017905;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:24:15:22:28:24:15:23:28 chr19 9449888 . A G 688.34 PASS AF=0.535433;AO=67;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0243014;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.865;QD=21.6799;RBI=0.0263968;REFB=-0.0220887;REVB=0.010307;RO=58;SAF=28;SAR=39;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18505;STB=0.599602;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0238905;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:59:67:68:0.535433:39:28:37:21:40:28:37:22 chr19 9452026 . ACT A 153.34 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0273067;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.111;QD=19.1668;RBI=0.02941;REFB=-0.0291796;REVB=-0.0109221;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278195;STB=0.630978;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.0262316;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:34:16:32:16:5:11:9:7:99:14:5:11:9:5 chr19 9490814 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00390797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.33;QD=16.1724;RBI=0.0101134;REFB=-0.0194781;REVB=0.00932787;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.554194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0218765;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:11:5:8:11:11:5:8:12 chr19 9492141 . C T 140.21 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00345366;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2387;QD=12.1919;RBI=0.00401364;REFB=0.00833428;REVB=-0.00204487;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123354;STB=0.58368;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0186338;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:30:16:16:0.347826:9:7:17:14:9:7:17:13 chr19 9492370 . A T 44.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00890442;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.625;QD=6.39851;RBI=0.00932306;REFB=0.00135921;REVB=-0.0027624;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187877;STB=0.639616;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00383493;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:22:21:7:7:0.25:3:4:9:13:3:4:8:13 chr19 9524185 . A G 576.1 PASS AF=0.433566;AO=61;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0645833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8638;QD=16.1145;RBI=0.0753113;REFB=-0.022113;REVB=0.0387401;RO=77;SAF=30;SAR=31;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040641;STB=0.519615;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0326917;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:81:61:62:0.433566:31:30:41:36:32:30:42:39 chr19 9721401 . A T 318.33 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0288733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.91;QD=18.1905;RBI=0.036805;REFB=-0.0115754;REVB=-0.0228241;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271198;STB=0.515143;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0136808;OID=.;OPOS=9721401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:18:18:16:18:18:18 chr19 9743003 . C T 302.81 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00895699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.969;QD=14.5932;RBI=0.00929396;REFB=-0.0140246;REVB=-0.00247991;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159804;STB=0.586158;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0183411;OID=.;OPOS=9743003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:49:33:34:0.409639:17:16:16:32:18:16:16:33 chr19 9868278 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0275291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.729;QD=16.0423;RBI=0.0312255;REFB=-0.0120302;REVB=0.0147371;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512182;STB=0.529381;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0125466;OID=.;OPOS=9868278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:11:15:10:9:11:15 chr19 9868404 . C T 155.98 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0106201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.209;QD=16.4185;RBI=0.0228079;REFB=-0.0145014;REVB=0.0201845;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308395;STB=0.517664;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00533625;OID=.;OPOS=9868404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:8:13:10:7:8:13 chr19 9968434 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0073268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.241;QD=16.7552;RBI=0.0313274;REFB=-0.0268427;REVB=0.0304586;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171507;STB=0.606706;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0284108;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:15:12:15:9:16:12 chr19 10077419 . C G 30.12 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0531956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.979;QD=10.0401;RBI=0.0573681;REFB=-0.0133458;REVB=-0.0214785;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0102388;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr19 10079093 . C T 216.18 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0129285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.851;QD=22.1725;RBI=0.0148623;REFB=-0.0274174;REVB=-0.0073308;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340697;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.021826;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:8:9:12:9:8:10 chr19 10080619 . A AG,AGG 105.24 PASS AF=1,0;AO=13,3;DP=26;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232498,0.153221;FXX=0.0475964;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.21896,8.90347;QD=21.0471;RBI=0.23399,0.153562;REFB=-0.0598319,-0.0581594;REVB=0.0263818,0.0102279;RO=10;SAF=2,0;SAR=11,3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0638491,-0.573898;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0137451,0.0437804;OID=.,.;OPOS=10080620,10080620;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:13,3:26:20,0:20:0:3,0:17,0:0:0:5:10:2,0:11,3:2:8 chr19 10081276 . C G 217.71 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0128576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.609;QD=15.5505;RBI=0.0160842;REFB=-0.0191571;REVB=-0.00966346;RO=30;SAF=21;SAR=4;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118259;STB=0.56199;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0281198;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:4:21:23:7:4:21:24:7 chr19 10084292 . C G 251.83 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0501801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.672;QD=22.8935;RBI=0.051514;REFB=-0.0119941;REVB=0.0116468;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1327;STB=0.580576;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0141647;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:8:15:10:10:8:16:10:10 chr19 10084422 . C T 37.66 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0132812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.868;QD=8.86169;RBI=0.013295;REFB=-0.00902122;REVB=-0.000605927;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173695;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00978019;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:5:5:2:4:6:5 chr19 10085054 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00304897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.842;QD=7.76172;RBI=0.0119149;REFB=-0.0185393;REVB=0.0115182;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216016;STB=0.640492;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0283157;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:4:9:5:1:4:9 chr19 10088271 . C G 174.22 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0154208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.607;QD=14.2218;RBI=0.0258782;REFB=-0.0265861;REVB=0.0207817;RO=29;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294783;STB=0.685065;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0190068;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:4:15:16:13:4:15:16:14 chr19 10089262 . G A 276.9 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00614882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5004;QD=18.1571;RBI=0.0367726;REFB=-0.00144854;REVB=-0.0362548;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142204;STB=0.507687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.000368472;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:31:30:30:0.491803:16:14:14:15:16:14:14:17 chr19 10090649 . A G 71.17 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0362878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.555;QD=7.69353;RBI=0.0398869;REFB=-0.00557408;REVB=-0.0165578;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383761;STB=0.742512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0468499;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:26:27:10:10:0.27027:9:1:8:18:9:1:8:19 chr19 10100061 . C A 180.72 PASS AF=0.4;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.024576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.761;QD=13.1433;RBI=0.0247992;REFB=-0.0111888;REVB=0.00331969;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251465;STB=0.53688;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00988946;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:33:22:22:0.4:13:9:13:17:12:10:13:20 chr19 10102676 . A G 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0278414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.644;QD=21.1706;RBI=0.029036;REFB=-0.0232066;REVB=0.00824267;RO=8;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967732;STB=0.555456;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0154964;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:2:10:6:2:2:10:6:2 chr19 10104272 . G C 162.48 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0130243;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.681;QD=23.2116;RBI=0.025519;REFB=-0.028085;REVB=0.0219451;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116304;STB=0.576838;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.025558;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:5:11:9:2:6:11:9:2 chr19 10106936 . G C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00972756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4133;QD=21.353;RBI=0.0622064;REFB=-0.0334196;REVB=0.0614411;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278387;STB=0.657299;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0111817;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:2:7:5:8:2:7 chr19 10108714 . G A 316.26 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0348956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4431;QD=16.4293;RBI=0.0361378;REFB=-0.0167848;REVB=0.00939318;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172786;STB=0.602405;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0105986;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:22:12:22:20:23:12:22:20 chr19 10112346 . T C 937.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.083;QD=58.5719;RBI=0.0119185;REFB=0;REVB=0.0069077;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18435e-06;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr19 10116375 . G T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0196974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.845;QD=13.4417;RBI=0.0403216;REFB=-0.0147516;REVB=0.035183;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0112272;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr19 10116508 . C T 38.67 PASS AF=0.4;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0192308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.3;QD=10.313;RBI=0.0257308;REFB=-0.051776;REVB=-0.0170953;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609289;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0408182;OID=.;OPOS=10116508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:9:4:6:0.4:3:1:1:4:3:3:2:7 chr19 10129422 . T C 284.27 PASS AF=0.39759;AO=30;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=-0.00652764;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.868;QD=13.6999;RBI=0.0254082;REFB=-0.0161439;REVB=0.0245553;RO=49;SAF=21;SAR=9;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16297;STB=0.62778;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0198654;OID=.;OPOS=10129422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:30:33:0.39759:9:21:40:9:12:21:41:9 chr19 10131999 . T C 818.44 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.959;QD=53.6679;RBI=0.0313855;REFB=-0.104671;REVB=0.0284089;RO=2;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325048;STB=0.516661;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00128533;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:58:59:0.967213:28:30:0:2:29:30:0:2 chr19 10132290 . C T 796.38 PASS AF=1;AO=21;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.618;QD=65.0109;RBI=0.0725654;REFB=0;REVB=0.0492462;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691435;OID=.;OPOS=10132290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:21:49:1:18:3:0:0:20:29:0:0 chr19 10218332 . A G 56.14 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0712996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8294;QD=11.2282;RBI=0.0862358;REFB=-0.0380318;REVB=-0.0485075;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444437;STB=0.749621;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0575383;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:0:12:6:2:0:12 chr19 10225777 . A G 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0154287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.182;QD=18.634;RBI=0.0154358;REFB=-0.0302653;REVB=0.000468234;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193321;STB=0.610962;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0425645;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:9:7:4:12:9:7 chr19 10226256 . A G 92.32 PASS AF=0.55;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00665714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.336;QD=18.4637;RBI=0.0813958;REFB=-0.0066146;REVB=-0.0811232;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240747;STB=0.713794;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0051281;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:18:20:8:9:10:11:0.55:1:9:6:2:1:10:6:3 chr19 10229297 . C A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00321412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.839;QD=24.4929;RBI=0.0314118;REFB=0.000137872;REVB=-0.031247;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116766;STB=0.565154;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000160933;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:8:13:7:8:8:13:7:8 chr19 10265312 . T C 310.3 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537828;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.77;QD=53.9658;RBI=0.0538643;REFB=0;REVB=-0.00296183;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050118;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 10267077 . T C 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000894034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.357;QD=21.1195;RBI=0.0206515;REFB=-0.00788755;REVB=0.0206322;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787036;STB=0.543578;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00977714;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:23:14:15:17:23:14:15:17 chr19 10370444 . A C 201.73 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.495;QD=13.9123;RBI=0.00992724;REFB=-0.00284809;REVB=0.00992724;RO=29;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293336;OID=.;OPOS=10370444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:34:23:24:0.413793:23:0:0:29:24:0:0:34 chr19 10370490 . T A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.007;QD=29.0925;RBI=0.0173367;REFB=-0.0138599;REVB=0.0173367;RO=13;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00885497;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:24:0:0:13:24:0:0:13 chr19 10385540 . A T 362.09 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0147991;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.233;QD=27.8531;RBI=0.0252118;REFB=-0.011096;REVB=-0.0204113;RO=18;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756558;STB=0.5412;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00848509;OID=.;OPOS=10385540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:18:18:34:34:0.653846:23:11:4:14:23:11:4:14 chr19 10426422 . A C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00547072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.361;QD=12.7815;RBI=0.0269669;REFB=-0.044291;REVB=0.0264062;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275052;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0380672;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:6:8:3:7:6:8 chr19 10428991 . GGC G,GCC 46.6 PASS AF=0.188235,0;AO=15,5;DP=106;FAO=16,0;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.15317,-0.0334555;FXX=0.0229859;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.6573,17.8355;QD=2.1929;RBI=0.256479,0.107612;REFB=-0.0819438,-0.00678054;REVB=-0.205719,-0.10228;RO=68;SAF=10,4;SAR=5,1;SRF=27;SRR=41;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.330173,0.395807;STB=0.55663,0.5;STBP=0.639,1;TYPE=del,snp;VARB=0.193385,0;OID=.,.;OPOS=10428992,10428992;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188235,0:15,5:106:16,0:85:69:7,0:9,0:35:34:47:68:10,4:5,1:27:41 chr19 10439501 . C T 265.39 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.000249494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.977;QD=17.9923;RBI=0.00143764;REFB=-0.0271136;REVB=0.00141583;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257527;STB=0.643014;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0278009;OID=.;OPOS=10439501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:7:23:14:15:7:23 chr19 10439540 . A G 215.66 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0386169;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.174;QD=14.8729;RBI=0.0511924;REFB=0.00780546;REVB=-0.0336065;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290699;STB=0.664304;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00782528;OID=.;OPOS=10439540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:10:23:10:15:10:23 chr19 10439711 . A G 191.65 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.027641;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5949;QD=21.2948;RBI=0.0332071;REFB=-0.0111967;REVB=-0.0184035;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354222;STB=0.519979;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0142864;OID=.;OPOS=10439711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:6:11:13:6:6:11 chr19 10445806 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00298155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.931;QD=15.643;RBI=0.0145325;REFB=-0.00485586;REVB=0.0142234;RO=29;SAF=16;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156186;STB=0.59081;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00614159;OID=.;OPOS=10445806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:4:16:20:9:4:16:20:9 chr19 10446568 . T C 90.7 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0115945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.988;QD=8.06197;RBI=0.013763;REFB=-0.00634552;REVB=-0.00741532;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457167;STB=0.528254;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.031767;OID=.;OPOS=10446568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:18:15:5:7:18:15 chr19 10449358 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00685148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.573;QD=13.486;RBI=0.0569371;REFB=-0.0198702;REVB=-0.0565233;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204722;STB=0.617961;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0233017;OID=.;OPOS=10449358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:10:1:2:7:10:1 chr19 10449392 . A G 356.91 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.693;QD=54.9084;RBI=0.0364848;REFB=0;REVB=0.0319334;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197723;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:4:21:0:0:4:22:0:0 chr19 10449514 . T C 293.34 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0198342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.675;QD=21.729;RBI=0.0251788;REFB=-0.0167403;REVB=0.0155104;RO=19;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627551;STB=0.507687;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0145045;OID=.;OPOS=10449514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:19:24:30:30:0.555556:12:18:13:6:12:18:14:10 chr19 10475652 . C A 199.88 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.104902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.937;QD=11.5874;RBI=0.105138;REFB=-0.0048064;REVB=0.00704043;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208804;STB=0.620594;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0115201;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:10:15:18:26:10:15:18:26 chr19 10477206 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0419268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.895;QD=14.0966;RBI=0.0419646;REFB=-0.0128952;REVB=-0.0017809;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00834049;OID=.;OPOS=10477206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:4:10:7:4:4:10 chr19 10531491 . C T 350.72 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00817992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.124;QD=20.6303;RBI=0.0434624;REFB=-0.0207355;REVB=0.0426857;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113692;STB=0.569994;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0126991;OID=.;OPOS=10531491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:16:20:13:18:16:20:13:19 chr19 10531609 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0355941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.847;QD=24.3281;RBI=0.0701095;REFB=0.0291045;REVB=0.060402;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000890849;OID=.;OPOS=10531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr19 10541321 . G A 616.37 PASS AF=0.635294;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0258916;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.754;QD=29.0055;RBI=0.0261498;REFB=-0.00976682;REVB=0.00366522;RO=31;SAF=32;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052561;STB=0.528561;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00542316;OID=.;OPOS=10541321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:31:31:54:54:0.635294:22:32:16:15:22:32:16:15 chr19 10577843 . C A 130.59 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0477431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.348;QD=22.7106;RBI=0.053381;REFB=-0.0329388;REVB=-0.0238773;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0262397;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:3:6:6:8:3:6 chr19 10579474 . T G 197.1 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0327113;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8921;QD=17.9183;RBI=0.0873157;REFB=-0.0472201;REVB=0.0809568;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0593447;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:14:10:8:12:14:10 chr19 10597155 . GA G,GT 232.72 PASS AF=0.472727,0;AO=23,2;DP=54;FAO=26,0;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13,0;FSAR=13,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00835863,0.00823774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.483,178.626;QD=16.9252;RBI=0.0168503,0.00990129;REFB=-0.0137376,-0.0106983;REVB=-0.014631,-0.00549319;RO=28;SAF=13,0;SAR=10,2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.063522,-0.46666;STB=0.509084,0.5;STBP=0.925,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0249087,0;OID=.,.;OPOS=10597156,10597156;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727,0:23,2:54:26,0:55:29:13,0:13,0:14:15:99:28:13,0:10,2:14:14 chr19 10600442 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.618;QD=48.7373;RBI=0.0471971;REFB=0;REVB=0.040773;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620849;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 10668452 . A G 130.83 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00721729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2123;QD=34.8875;RBI=0.0133998;REFB=0.00966529;REVB=0.01129;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00234479;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:15:2:2:12:13:0.866667:4:8:2:0:5:8:2:0 chr19 10670184 . C G 604.59 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0729916;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.943;QD=58.9843;RBI=0.0790232;REFB=-0.0801363;REVB=0.03028;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00193735;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:25:14:0:0:25:15:0:1 chr19 10683477 . A G 721.67 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.76;QD=62.7537;RBI=0.0409849;REFB=0;REVB=0.0409611;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103468;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:19:23:0:0:22:24:0:0 chr19 10692000 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000335285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.684;QD=58.7805;RBI=0.00355258;REFB=0;REVB=0.00353672;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08934e-06;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr19 10738639 . C T 675.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202047;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.253;QD=62.8237;RBI=0.0224499;REFB=0;REVB=0.00978613;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736258;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr19 10742170 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2048;QD=46.8479;RBI=0.115695;REFB=0;REVB=-0.11558;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00335317;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 10794630 . G T 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.159;QD=62.0068;RBI=0.0401593;REFB=0;REVB=0.0145083;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09698e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr19 10939792 . T C 597.31 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00165191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.769;QD=22.54;RBI=0.00486324;REFB=-0.0136836;REVB=-0.00457409;RO=47;SAF=18;SAR=41;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485877;STB=0.52655;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00938794;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:41:18:12:35:41:18:12:35 chr19 10943338 . G A 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0109403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.766;QD=14.0794;RBI=0.0110152;REFB=-0.0229718;REVB=-0.00128217;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.599828;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0208513;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:8:8:8:4:8:8 chr19 11034846 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0178843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=11.9536;RBI=0.0256636;REFB=0.0072769;REVB=0.0184057;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224141;STB=0.635998;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00501033;OID=.;OPOS=11034846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:5:6:6:2:5:6 chr19 11105604 . AC A 36.32 PASS AF=0.310345;AO=7;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0104662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.971;QD=5.01015;RBI=0.0107507;REFB=-0.0561814;REVB=0.00245713;RO=21;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.77358;STB=0.881019;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.1422;OID=.;OPOS=11105605;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:7:29:9:29:20:8:1:7:13:36:21:7:0:7:14 chr19 11105608 . T C 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0421831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.785;QD=30.8606;RBI=0.0628974;REFB=0.00558385;REVB=0.0466548;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188571;STB=0.603676;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00142476;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:12:9:7:2:12:9:7:2 chr19 11106597 . CTTC CTC,CTTT 99.09 PASS AF=0.230769,0.692308;AO=2,9;DP=13;FAO=3,9;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3,4;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.153254,-0.0854726;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.4138,48.1632;QD=30.4896;RBI=0.17955,0.115362;REFB=0.0355969,-0.0466224;REVB=-0.093549,0.0774779;RO=2;SAF=2,4;SAR=0,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,-0.0179867;STB=0.994936,0.545355;STBP=0.122,0.528;TYPE=del,snp;VARB=0.172819,0.0691899;OID=.,.;OPOS=11106598,11106600;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.692308:2,9:13:3,9:13:1:3,4:0,5:0:1:14:2:2,4:0,5:1:1 chr19 11122452 . C G 64.92 PASS AF=0.36;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0114509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9201;QD=10.3871;RBI=0.15934;REFB=-0.0792946;REVB=-0.158928;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.571265;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.119659;OID=.;OPOS=11122452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:15:16:9:9:0.36:3:6:9:6:3:6:9:7 chr19 11122531 . G T 243.91 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00517694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.35;QD=18.7625;RBI=0.0131872;REFB=-0.0159802;REVB=-0.0121285;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0127917;OID=.;OPOS=11122531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:13:13:12:14:13:13 chr19 11132315 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0144767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.329;QD=16.107;RBI=0.0183442;REFB=-0.0147312;REVB=-0.0112665;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174965;STB=0.600483;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0251674;OID=.;OPOS=11132315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:9:13:7:10:9:13 chr19 11170839 . T C 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0199339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6167;QD=10.6356;RBI=0.0228893;REFB=-0.0477905;REVB=0.0112499;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0328527;OID=.;OPOS=11170839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr19 11224265 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0158852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.148;QD=10.0754;RBI=0.0271559;REFB=-0.013254;REVB=0.0220251;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199196;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr19 11233941 . A G 233.41 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.577;QD=49.1388;RBI=0.0389938;REFB=0;REVB=-0.0378781;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293141;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr19 11242044 . G A 217.57 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0342748;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.546;QD=13.3887;RBI=0.0356372;REFB=-0.0130735;REVB=-0.00975943;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392249;STB=0.724498;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0238356;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:7:19:14:25:7:19:14:25 chr19 11242133 . G A 502.36 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0114744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.144;QD=24.8081;RBI=0.0125936;REFB=-0.00458434;REVB=-0.00519022;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822667;STB=0.545005;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00355907;OID=.;OPOS=11242133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:23:24:21:13:23:24:21:13 chr19 11242765 . A G 185.49 PASS AF=0.487179;AO=15;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00915121;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3184;QD=19.0244;RBI=0.0498025;REFB=-0.00989644;REVB=-0.0489545;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675673;STB=0.517223;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0163345;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:20:15:19:0.487179:10:5:4:11:12:7:8:12 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 228.98 PASS AF=0.7,0.3;AO=10,7;DP=20;FAO=14,6;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448036,0.163209;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=124.682,48.4171;QD=45.7953;RBI=0.0543146,0.163984;REFB=0,0;REVB=0.0307036,0.0159194;RO=0;SAF=4,3;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0149362,0.073636;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.3:10,7:20:14,6:20:0:7,2:7,4:0:0:39:0:4,3:6,4:0:0 chr19 11277232 . G A 384.12 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0111061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5823;QD=17.6606;RBI=0.0572646;REFB=-0.0287418;REVB=0.0561773;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719463;STB=0.54021;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0318689;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:20:20:20:27:20:20:20:27 chr19 11303469 . C G 211.75 PASS AF=0.791667;AO=3;DP=23;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00585821;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=184.522;QD=35.2923;RBI=0.00609061;REFB=0.0143507;REVB=0.00166643;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547896;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00453805;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:24:0:5:3:19:0.791667:3:0:0:0:11:8:1:4 chr19 11319491 . G A 292.35 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923125;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=53.1545;RBI=0.0255913;REFB=0;REVB=0.0238683;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408285;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr19 11326119 . A G 617.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093686;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.95;QD=61.7108;RBI=0.0488002;REFB=0;REVB=0.0478925;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155658;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 11326125 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.543;QD=61.336;RBI=0.0633326;REFB=0;REVB=0.0425195;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451455;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr19 11327608 . T C 433.98 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244769;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.019;QD=57.8644;RBI=0.0246634;REFB=0;REVB=-0.00302679;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106915;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 11327626 . A G 573.4 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.411;QD=57.3404;RBI=0.0378951;REFB=-0.114319;REVB=-0.0191962;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00132804;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:0:1:38:39:0.975:18:20:0:0:19:20:0:1 chr19 11332570 . T A 303.53 PASS AF=0.563636;AO=28;DP=53;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00954727;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.665;QD=22.0748;RBI=0.0424289;REFB=-0.0264366;REVB=0.0413408;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115862;STB=0.590306;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0155255;OID=.;OPOS=11332570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:24:28:31:0.563636:11:17:17:6:14:17:18:6 chr19 11347493 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0172506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.154;QD=19.9928;RBI=0.0198946;REFB=-0.00566935;REVB=0.00991018;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155471;STB=0.508764;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00665399;OID=.;OPOS=11347493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:8:15:14:8:8:15 chr19 11350340 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0109593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.077;QD=12.7908;RBI=0.0179182;REFB=-0.0356411;REVB=-0.0141759;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.523776;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0457745;OID=.;OPOS=11350340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:9:14:8:6:9:14 chr19 11350488 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0076391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.076;QD=21.9718;RBI=0.00848364;REFB=-0.0268709;REVB=-0.00369003;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0347831;OID=.;OPOS=11350488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:12:9:10:13:12:9 chr19 11352752 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00421399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.376;QD=18.4437;RBI=0.0375301;REFB=0.000275368;REVB=0.0372928;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00049683;OID=.;OPOS=11352752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:6:3:6:5:6:3 chr19 11358799 . G A 129.9 PASS AF=0.375;AO=6;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0208735;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2934;QD=12.9898;RBI=0.0218114;REFB=-0.0492491;REVB=0.0063272;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.657993;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0787595;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:25:6:15:0.375:3:3:9:10:3:12:15:10 chr19 11363146 . A T 220.34 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0413072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7165;QD=24.482;RBI=0.0527052;REFB=-0.0493463;REVB=-0.0327345;RO=15;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862829;STB=0.548338;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0451705;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:17:4:4:11:17:4:4:11 chr19 11465316 . G C 246.26 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0304329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0254;QD=13.4939;RBI=0.0537517;REFB=-0.0111964;REVB=-0.0443067;RO=43;SAF=5;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228717;STB=0.644183;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0175343;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:24:5:14:29:24:5:15:29 chr19 11526759 . G A 304.95 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0235111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4508;QD=17.6781;RBI=0.0236701;REFB=-0.0203909;REVB=-0.00273854;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792629;STB=0.544417;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0311968;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:12:21:20:16:12:21:20:16 chr19 11526765 . G T 291.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00831886;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.157;QD=16.8944;RBI=0.0168907;REFB=-0.00970095;REVB=0.0147001;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257576;STB=0.514463;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.010481;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:13:19:21:16:13:19:21:16 chr19 11664068 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.304;QD=35.5759;RBI=0.00665527;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012422;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 11833654 . TA AT,T 34.16 PASS AF=0.0454545,0.181818;AO=6,16;DP=66;FAO=3,12;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=0,3;FSAR=3,9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00563344,0.0258799;FXX=0.0149231;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=82.4739,10.9242;QD=2.07048;RBI=0.0938826,0.109905;REFB=-0.0081722,-0.100045;REVB=-0.0937134,-0.106814;RO=39;SAF=1,3;SAR=5,13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483841,-0.486924;STB=0.996563,0.718631;STBP=0.063,0.102;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0064104,0.110125;OID=.,.;OPOS=11833654,11833655;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:66:66:39:51:6,16:3,12:0.0454545,0.181818:5,13:1,3:23:16:3,9:0,3:26:25 chr19 11891003 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000929162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.434;QD=62.3503;RBI=0.00400388;REFB=0;REVB=0.00389458;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13897e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr19 11943697 . G A 310.4 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142346;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.612;QD=53.9817;RBI=0.015739;REFB=0;REVB=0.00671526;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131765;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 12128726 . T C 124.74 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00180165;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.094;QD=8.90971;RBI=0.00370384;REFB=-0.0176585;REVB=0.00323612;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197656;STB=0.617331;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0447245;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:25:14:9:8:25:14 chr19 12222381 . C G 676.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380628;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.154;QD=62.8857;RBI=0.0274659;REFB=0;REVB=0.0272008;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03812e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 12256358 . T G 592.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.79;QD=60.8029;RBI=0.0319089;REFB=0;REVB=0.0142192;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230375;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr19 12502457 . A G 242.57 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00685047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.544;QD=17.0225;RBI=0.00885325;REFB=-0.013012;REVB=0.00560814;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316469;STB=0.527253;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0176543;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:13:13:14:16:13:14:14:16 chr19 12541214 . G T 104.74 PASS AF=0.25;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0284809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3849;QD=6.54619;RBI=0.0449457;REFB=0.00437837;REVB=-0.0347701;RO=48;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471903;STB=0.548719;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0164139;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:48:48:15:16:0.25:9:6:21:27:10:6:21:27 chr19 12541532 . C A 275.99 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00889169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.847;QD=15.9992;RBI=0.00987278;REFB=-0.00105165;REVB=-0.00429066;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187997;STB=0.595289;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00129081;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:14:16:13:25:15:16:13:25 chr19 12541542 . C T 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.025533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.973;QD=14.616;RBI=0.025541;REFB=-0.00439402;REVB=-0.000637321;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168609;STB=0.595427;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00800884;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:14:24:13:15:14:24 chr19 12541544 . A C 242.2 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0167878;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.138;QD=14.6788;RBI=0.0201131;REFB=-0.0107127;REVB=-0.0110773;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168609;STB=0.595427;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0192442;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:14:24:13:15:14:24 chr19 12541795 . C A 495.51 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00481404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.361;QD=23.3181;RBI=0.00765219;REFB=-0.0128664;REVB=-0.0059482;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086538;STB=0.504755;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00766045;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:23:24:19:19:23:24:19:19 chr19 12542355 . A G 270.78 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00544262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.321;QD=16.9237;RBI=0.0237862;REFB=-1.60321e-05;REVB=0.0231552;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575933;STB=0.546844;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=5.17388e-05;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:15:15:14:18:15:15:14:20 chr19 12542653 . TT GA 161.62 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0125932;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=2;MLLD=270.633;QD=8.73641;RBI=0.0125933;REFB=-0.00591239;REVB=-4.93555e-05;RO=51;SAF=10;SAR=12;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224585;STB=0.637563;STBP=0.137;TYPE=mnp;VARB=0.0127373;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:51:52:22:22:0.297297:12:10:33:18:12:10:34:18 chr19 12551715 . A C 354.48 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0133739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.846;QD=21.1632;RBI=0.0215744;REFB=-0.0369319;REVB=0.0169291;RO=30;SAF=10;SAR=27;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287849;STB=0.659595;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0179287;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:27:10:18:12:27:10:18:12 chr19 12740103 . A T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00411098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.878;QD=10.9731;RBI=0.0179569;REFB=-0.00234763;REVB=-0.01748;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171201;STB=0.51019;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00555941;OID=.;OPOS=12740103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:14:17:8:7:14:17 chr19 12886236 . C T 285.79 PASS AF=0.37931;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=53;FWDB=-0.00463754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.417;QD=13.1398;RBI=0.00780544;REFB=-0.00578576;REVB=0.00627839;RO=54;SAF=4;SAR=28;SRF=1;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36189;STB=0.693369;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0114045;OID=.;OPOS=12886236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:54:32:33:0.37931:28:4:1:53:29:4:1:53 chr19 12958697 . T C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0206797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7751;QD=17.3189;RBI=0.0704952;REFB=-0.00780273;REVB=-0.0673938;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313419;STB=0.678357;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00624198;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:13:5:10:6:13:5 chr19 12963143 . T C 63.65 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0294571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5209;QD=9.09245;RBI=0.0326901;REFB=0.00519446;REVB=0.0141748;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427526;STB=0.526256;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0179041;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:12:7:3:6:12:7 chr19 12985576 . A G 271.13 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00555261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.06;QD=20.8557;RBI=0.00966555;REFB=-0.0228977;REVB=-0.00791147;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185879;STB=0.608619;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0191591;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:12:15:8:16:12:16:8:16 chr19 12989560 . G A 338.17 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00792048;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.47;QD=17.3421;RBI=0.0176441;REFB=-0.0191491;REVB=0.0157664;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226392;STB=0.626902;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0159096;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:23:13:25:17:23:13:25:17 chr19 12996740 . A G 77.85 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0220185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.317;QD=15.5696;RBI=0.0233679;REFB=-0.0354232;REVB=-0.00782603;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0367595;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:10:8:9:0.45:3:5:3:7:4:5:3:7 chr19 13008607 . G T 428.3 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00258138;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=250.125;QD=12.9788;RBI=0.00347792;REFB=-0.00416617;REVB=-0.00233076;RO=70;SAF=30;SAR=20;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905699;STB=0.592668;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00613288;OID=.;OPOS=13008607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:82:50:50:0.378788:20:30:36:34:20:30:37:45 chr19 13010520 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.281;QD=60.2308;RBI=0.0174083;REFB=0;REVB=0.012328;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34353e-05;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 13035006 . G A 362.69 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00722633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.804;QD=20.7249;RBI=0.00749484;REFB=-0.0189298;REVB=-0.00198817;RO=33;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170784;STB=0.594543;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.012424;OID=.;OPOS=13035006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:22:15:20:13:22:15:20:13 chr19 13319693 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0158724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9165;QD=10.0333;RBI=0.0158724;REFB=-0.0361859;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0461708;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:0:5:6:0:0:5:7:0 chr19 13395981 . TCT GTC,TC 101.7 PASS AF=0,0.534483;AO=4,27;DP=59;FAO=0,31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=0,17;FSAR=0,14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.018366,-0.100003;FXX=0.0169463;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=45.6865,7.87776;QD=7.01352;RBI=0.0637365,0.117551;REFB=-0.0280165,-0.169342;REVB=-0.061033,0.0617863;RO=21;SAF=0,20;SAR=4,7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.592954,0.340027;STB=0.5,0.53123;STBP=1,0.667;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00924669,0.144093;OID=.,.;OPOS=13395981,13395983;OREF=TCT,T;OALT=GTC,-;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:59:58:21:27:4,27:0,31:0,0.534483:4,7:0,20:7:14:0,14:0,17:13:14 chr19 13414594 . C T 166.92 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0309614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.868;QD=15.1745;RBI=0.0315597;REFB=-0.00359656;REVB=0.00611579;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897838;STB=0.551575;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00533922;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:18:8:7:11:18:8 chr19 13445208 . C T 557.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.378;QD=60.275;RBI=0.0080537;REFB=0;REVB=0.00269377;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72743e-05;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr19 13868669 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00589431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7486;QD=18.3442;RBI=0.0567512;REFB=0.00341429;REVB=0.0564443;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224182;STB=0.628868;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00232252;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:8:10:13:4:8:10 chr19 13879792 . G A 187.79 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0661647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.034;QD=20.3011;RBI=0.0703571;REFB=-0.00464114;REVB=0.0239241;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260662;STB=0.645924;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00749682;OID=.;OPOS=13879792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:14:4:10:9:14:4 chr19 13900059 . A G 236.32 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0141213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.76;QD=17.5051;RBI=0.0257496;REFB=-0.00680658;REVB=-0.0215322;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315047;STB=0.666543;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0078165;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:10:16:7:20:10:16:8:20 chr19 13936385 . C T 258.53 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00754885;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.447;QD=22.9805;RBI=0.0110746;REFB=-0.00365742;REVB=0.00810315;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223933;STB=0.614429;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00483567;OID=.;OPOS=13936385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:15:9:13:7:15:9:13:8 chr19 13941597 . C T 105.35 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00501985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.022;QD=21.0701;RBI=0.027292;REFB=-0.0216423;REVB=0.0268264;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000157947;OID=.;OPOS=13941597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:3:5:7:5:3:5 chr19 13942221 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0171563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4089;QD=15.839;RBI=0.0259922;REFB=0.00641042;REVB=-0.0195258;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32619;STB=0.683871;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00665825;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:0:7:6:2:0:7 chr19 13947292 . T C 205.1 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0204617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.528;QD=15.7768;RBI=0.0219013;REFB=0.000751358;REVB=-0.00780915;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157537;STB=0.513078;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.001692;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:9:14:17:11:9:14:17:12 chr19 13988416 . A G 291.4 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0261664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.847;QD=33.3032;RBI=0.0275647;REFB=-0.0367937;REVB=-0.00866784;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106093;STB=0.558093;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0127272;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:10:15:4:6:10:15:4:6 chr19 14000170 . T C 290.07 PASS AF=0.492308;AO=27;DP=61;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0325277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2555;QD=17.8502;RBI=0.0522504;REFB=-0.0276228;REVB=0.0408908;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178028;STB=0.539627;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.015268;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:32:33:27:32:0.492308:14:13:16:16:18:14:17:16 chr19 14000400 . A G 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0133295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.722;QD=13.6995;RBI=0.0178498;REFB=-0.00766223;REVB=-0.0118719;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111231;STB=0.565142;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0223958;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:19:11:5:13:19:11 chr19 14000870 . C T 352.41 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0288815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.746;QD=18.3068;RBI=0.0289296;REFB=-0.00877573;REVB=0.00166759;RO=40;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116522;STB=0.557744;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0108432;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:36:37:0.480519:19:17:14:26:20:17:14:26 chr19 14015711 . C A 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00748669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.83;QD=13.4567;RBI=0.00878106;REFB=-0.0111268;REVB=-0.00458874;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146985;STB=0.585692;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0175957;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:15:11:9:7:15:11 chr19 14029729 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 104.16 PASS AF=0.75,0;AO=11,2;DP=21;FAO=15,0;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=12,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0269155,0.0439485;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.6222,9.37292;QD=20.8315;RBI=0.113269,0.154479;REFB=-0.0210731,-0.0832248;REVB=0.110025,0.148096;RO=6;SAF=8,2;SAR=3,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.349206,0;SSSB=0.0461225,0.562437;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0308303,0.00915751;OID=.,.;OPOS=14029730,14029734;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:11,2:21:15,0:20:5:12,0:3,0:4:1:21:6:8,2:3,0:4:2 chr19 14030689 . T C 99.84 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0196917;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8519;QD=11.4101;RBI=0.0851227;REFB=0.00244975;REVB=0.0828138;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.640806;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00691906;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:35:19:22:11:11:0.314286:4:7:15:4:4:7:18:4 chr19 14185226 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00574933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.35;QD=14.6659;RBI=0.0161353;REFB=0.000966901;REVB=0.0150763;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203824;STB=0.608357;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00112689;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:11:4:9:11:11:4:9:12 chr19 14200109 . T C 186.39 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00295921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0702;QD=19.6201;RBI=0.0309867;REFB=0.00033481;REVB=-0.0308451;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261396;STB=0.660845;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00165039;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:13:6:11:7:13:6:12:7 chr19 14231325 . C G 327.21 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0617342;FXX=0.0337041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.8904;QD=15.2192;RBI=0.117013;REFB=-0.0791834;REVB=-0.0994032;RO=37;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211973;STB=0.612839;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0907201;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:37:50:35:36:0.418605:12:23:16:21:12:24:24:26 chr19 14231330 . A G 390.96 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0264281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1534;QD=16.6367;RBI=0.0421987;REFB=-0.00525061;REVB=-0.0328981;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130459;STB=0.578908;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00457725;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:16:25:25:27:16:25:25:28 chr19 14268799 . G A 406.71 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0160641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.871;QD=17.4929;RBI=0.0339331;REFB=-0.0148996;REVB=-0.0298898;RO=50;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516838;STB=0.533526;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0156111;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:19:23:30:20:19:23:31:20 chr19 14273641 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00070571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.706;QD=19.999;RBI=0.0135576;REFB=-0.0199611;REVB=-0.0135393;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129929;STB=0.507214;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0219098;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:15:15:17:16:15:15 chr19 14512489 . G A 305.85 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115309;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.4833;QD=47.0538;RBI=0.0240038;REFB=-0.0617712;REVB=0.0210528;RO=2;SAF=18;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461548;STB=0.524979;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00186381;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:6:18:1:1:6:18:1:1 chr19 14561722 . A G 82.04 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9552;QD=32.8149;RBI=0.040132;REFB=0.0164923;REVB=0.0324085;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000354662;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr19 14582468 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.921;QD=49.5982;RBI=0.109153;REFB=0;REVB=0.0790276;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232724;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr19 14589378 . C T 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.031318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.37;QD=19.4977;RBI=0.031342;REFB=-0.0126515;REVB=0.001228;RO=30;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912707;STB=0.550987;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0182488;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:24:8:10:20:24:8:10:20 chr19 14590236 . C T 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0137297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7975;QD=19.1718;RBI=0.0137859;REFB=-0.0130362;REVB=0.00124328;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403398;STB=0.522458;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00958564;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:16:16:18:15:16:16 chr19 14600305 . C T 240.04 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000849436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2731;QD=28.2402;RBI=0.0204292;REFB=0.0431137;REVB=-0.0204115;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582042;STB=0.519982;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0243788;OID=.;OPOS=14600305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:11:12:22:22:0.647059:14:8:5:6:14:8:5:7 chr19 14682804 . G C 227.14 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0118175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.182;QD=11.3567;RBI=0.021494;REFB=-0.0154632;REVB=-0.0179538;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591542;STB=0.534271;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0207934;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:12:16:27:25:12:16:27:25 chr19 14744032 . G A 217.37 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0523818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.649;QD=22.8813;RBI=0.0589411;REFB=-0.0331099;REVB=0.0270221;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299445;STB=0.64343;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0175355;OID=.;OPOS=14744032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:17:20:21:0.552632:12:8:12:3:13:8:12:5 chr19 14752325 . C T 829.8 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.138;QD=56.2576;RBI=0.0227754;REFB=0;REVB=0.0221254;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183151;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr19 14769339 . C G 1143.3 PASS AF=0.489362;AO=113;DP=233;FAO=115;FDP=235;FR=.;FRO=120;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=90;FSRR=30;FWDB=0.051772;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2413;QD=19.4604;RBI=0.0518108;REFB=-0.0144611;REVB=0.00200368;RO=118;SAF=67;SAR=46;SRF=88;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152356;STB=0.586465;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0123252;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:118:120:113:115:0.489362:46:67:88:30:47:68:90:30 chr19 14817548 . T A 117.1 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0269567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4843;QD=12.0099;RBI=0.0356649;REFB=-0.0351016;REVB=0.0233521;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108647;STB=0.564012;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0272094;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:15:10:7:7:15:10 chr19 14829749 . C T 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0174179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.238;QD=12.4098;RBI=0.050495;REFB=-0.0190668;REVB=-0.0473958;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197346;STB=0.612811;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0348373;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:26:11:11:12:26:11 chr19 14847013 . G C 245.43 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0217316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4441;QD=23.9442;RBI=0.0243229;REFB=-0.0453079;REVB=0.0109243;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.539412;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0361557;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:18:23:23:0.560976:12:11:7:10:12:11:7:11 chr19 14847076 . A T 136.01 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.05341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.608;QD=27.2019;RBI=0.05559;REFB=-0.0211548;REVB=-0.015415;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249415;STB=0.642653;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0097343;OID=.;OPOS=14847076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:5:8:1:5:5:9:1:5 chr19 14862278 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.0630785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2068;QD=18.4261;RBI=0.0717314;REFB=-0.00572354;REVB=-0.0341541;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265371;STB=0.632348;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00855726;OID=.;OPOS=14862278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:12:16:23:4:12:16:23:5 chr19 14862430 . C G 208.65 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00128942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8223;QD=18.1434;RBI=0.00912426;REFB=-0.0151923;REVB=0.00903269;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185871;STB=0.605957;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0288607;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:13:12:14:7:13:12 chr19 14875388 . G A 63.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0448124;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.021;QD=7.64828;RBI=0.0449487;REFB=0.00251223;REVB=-0.0034967;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00675656;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:34:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:15:8:3:6:16:8 chr19 14877043 . C T 767.22 PASS AF=0.433862;AO=81;DP=188;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.0369401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1769;QD=16.2374;RBI=0.040456;REFB=0.00612558;REVB=-0.0164958;RO=107;SAF=47;SAR=34;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895806;STB=0.509055;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00826172;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:107:107:81:82:0.433862:34:47:63:44:35:47:63:44 chr19 14910438 . C T 319.5 PASS AF=0.925926;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0557282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.074;QD=47.3326;RBI=0.0612036;REFB=-0.0560298;REVB=0.025303;RO=2;SAF=3;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228239;STB=0.624884;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000682863;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:27:2:2:23:25:0.925926:20:3:2:0:22:3:2:0 chr19 14910573 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.224;QD=54.5176;RBI=0.017913;REFB=0;REVB=0.0141278;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38179e-05;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 14938616 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.982;QD=50.4133;RBI=0.0147373;REFB=0;REVB=-0.0146091;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118968;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 14951889 . A G 147.22 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0103252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.735;QD=17.3201;RBI=0.0332216;REFB=-0.00717164;REVB=-0.0315763;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13095;STB=0.562427;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0123634;OID=.;OPOS=14951889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:3:15:12:4:3:15 chr19 14974894 . C T 298.85 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0386029;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.885;QD=20.972;RBI=0.0386432;REFB=-0.0115264;REVB=-0.00176481;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102889;STB=0.557025;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00664329;OID=.;OPOS=14974894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:15:11:17:14:15:11 chr19 14974930 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0112714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.094;QD=16.0718;RBI=0.0118009;REFB=-0.00307693;REVB=0.00349539;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125757;STB=0.570915;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00443458;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:16:19:12:17:16:19 chr19 14991963 . C A 166.95 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0050436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.193;QD=24.7336;RBI=0.0147278;REFB=-0.0306753;REVB=0.0138373;RO=10;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115794;STB=0.564285;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0192433;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:6:11:8:2:6:11:8:2 chr19 14992031 . A G 208.58 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0229533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.014;QD=33.3723;RBI=0.0463949;REFB=-0.0728298;REVB=0.0403191;RO=6;SAF=15;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168178;STB=0.593114;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0211581;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:4:15:3:3:4:15:3:3 chr19 14992042 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.217;QD=53.9107;RBI=0.0337103;REFB=0;REVB=0.0188271;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312369;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 14992045 . C T 190.42 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0044298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5778;QD=31.7366;RBI=0.125257;REFB=0.0315415;REVB=0.125179;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110583;STB=0.565142;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00737776;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:5:12:3:3:5:13:3:3 chr19 15052983 . T TATC 705.86 PASS AF=0.929825;AO=51;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00795899;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.622;QD=49.5337;RBI=0.00796217;REFB=-0.0643036;REVB=-0.000224944;RO=4;SAF=21;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472512;STB=0.525658;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.00430702;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.929825:51:57:53:57:4:21:32:3:1:16:4:21:30:3:1 chr19 15083693 . C A 451.95 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.109;QD=58.3163;RBI=0.0680338;REFB=0;REVB=0.0596011;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411229;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:21:31:1:9:12:0:0:17:14:0:0 chr19 15131330 . G A,C 671.21 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216332,-0.0148381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.0084,215.33;QD=61.0195;RBI=0.0572846,0.0148381;REFB=0,0;REVB=0.0572437,1.69215e-07;RO=0;SAF=13,0;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.36943e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0049614,0.221321;OID=.,.;OPOS=15131330,15131330;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:29,2:13,0:0:0:29,2:13,0:0:0 chr19 15133733 . C G 293.2 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0125631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7802;QD=12.4764;RBI=0.0469896;REFB=-0.0062806;REVB=0.045279;RO=60;SAF=20;SAR=14;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135275;STB=0.507767;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00976574;OID=.;OPOS=15133733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:14:20:36:24:14:20:36:24 chr19 15133762 . G C 953.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2342;QD=58.6834;RBI=0.0235117;REFB=0;REVB=-0.0230546;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12698e-05;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr19 15133787 . C A 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00809907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.596;QD=25.99;RBI=0.0145224;REFB=-0.00713826;REVB=0.0120543;RO=23;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214743;STB=0.511743;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00828158;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:21:17:11:12:21:17:11:12 chr19 15198263 . A G 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6865;QD=40.6341;RBI=0.0349634;REFB=-0.0436518;REVB=-0.00663095;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0355859;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:10:4:0:0:10:4:1:0 chr19 15198292 . C G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.392;QD=48.7344;RBI=0.037096;REFB=0;REVB=0.0313554;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346314;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 15198507 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2042;QD=53.2766;RBI=0.0850329;REFB=0;REVB=-0.0849893;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196337;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 15198631 . A C 1012.86 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108837;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.947;QD=59.5801;RBI=0.0148601;REFB=0;REVB=-0.0101178;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017833;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr19 15198764 . T C 1193.74 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110135;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1243;QD=59.6869;RBI=0.032297;REFB=-0.122482;REVB=-0.0303611;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00020002;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:78:79:0.9875:41:37:0:0:41:38:1:0 chr19 15225348 . T C 62.2 PASS AF=0.28125;AO=10;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0386779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5664;QD=7.77469;RBI=0.0446715;REFB=0.02859;REVB=-0.0223509;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392929;STB=0.860663;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0738707;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:21:23:10:9:0.28125:8:2:11:10:8:1:13:10 chr19 15225358 . T A 404.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.1;QD=55.7456;RBI=0.0110368;REFB=0;REVB=0.0056696;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001282;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr19 15226970 . G A 177.38 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0874549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3589;QD=21.5006;RBI=0.0899385;REFB=-0.0467439;REVB=0.0209896;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16938;STB=0.595635;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0211267;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:8:7:12:6:8:7 chr19 15229993 . A G 133.49 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00856389;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.352;QD=15.256;RBI=0.0447344;REFB=-0.0167601;REVB=-0.0439071;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459324;STB=0.771852;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0128847;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:2:13:10:10:2:13:10:10 chr19 15233581 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0158748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.297;QD=16.884;RBI=0.0230555;REFB=-0.0111363;REVB=-0.0167196;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279505;STB=0.657934;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0154571;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:3:14:8:7:3:14 chr19 15270805 . C A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.2325;QD=39.2059;RBI=0.0234839;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000984039;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr19 15271771 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.146;QD=42.1826;RBI=0.0424468;REFB=0;REVB=-0.0253794;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010398;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 15278057 . A G 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.563;QD=59.6757;RBI=0.0292473;REFB=0;REVB=-0.00336646;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124954;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr19 15285052 . T C 400.77 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.653;QD=55.278;RBI=0.0228487;REFB=0;REVB=0.0111308;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383449;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr19 15289635 . TG CT,T 757.21 PASS AF=0,1;AO=3,49;DP=63;FAO=0,65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114616,0.230096;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=6.01769,17.4687;QD=46.5978;RBI=0.191662,0.25812;REFB=0,0;REVB=0.153615,0.116969;RO=9;SAF=1,41;SAR=2,8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.401631;SSSB=-0.562113,-0.0282806;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00939974;OID=.,.;OPOS=15289635,15289636;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:63:65:9:0:3,49:0,65:0,1:2,8:1,41:8:1:0,13:0,52:0:0 chr19 15292437 . T C 901.06 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.323;QD=58.1328;RBI=0.0741262;REFB=0;REVB=0.0338394;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127345;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:53:62:1:29:24:0:0:29:33:0:0 chr19 15295134 . G A 986.45 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0638807;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1029;QD=56.3687;RBI=0.0640209;REFB=-0.212453;REVB=0.00423446;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.514702;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00247191;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:1:2:67:68:0.971429:32:35:0:1:33:35:0:2 chr19 15302844 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3196;QD=44.6883;RBI=0.0431401;REFB=0;REVB=0.0257531;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296074;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 15303225 . G A 373.68 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0204946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.577;QD=23.3547;RBI=0.020692;REFB=-0.00495601;REVB=0.00285089;RO=26;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173194;STB=0.599559;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00317115;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:13:24:22:4:13:24:23:4 chr19 15484018 . GCCCCCCAA CGCCCCACC,CGCCCCGCC,GCCCCACCA,GCCCCCAA 736.21 PASS AF=0.161616,0,0.171717,0.666667;AO=6,4,10,12;DP=99;FAO=16,0,17,66;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,66;FSAR=16,0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580678,0.0676377,0.054131,0.880275;FXX=0.0198;HRUN=1,1,6,6;LEN=9,9,3,1;MLLD=238.406,146.285,182.07,7.16964;QD=29.7459;RBI=0.109696,0.101494,0.118795,0.896019;REFB=0.0240632,0.048027,0.0144478,0.0387037;REVB=0.0930665,0.075671,0.105746,0.167234;RO=38;SAF=0,0,0,12;SAR=6,4,10,0;SRF=38;SRR=0;SSEN=0,0,0,0.666667;SSEP=0,0,0,0.625;SSSB=-0.887321,-0.886025,-0.889609,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp,del;VARB=0.0303386,0,-0.0106537,0.0218758;OID=.,.,.,.;OPOS=15484018,15484018,15484023,15484019;OREF=GCCCCCCAA,GCCCCCCAA,CCA,C;OALT=CGCCCCACC,CGCCCCGCC,ACC,-;OMAPALT=CGCCCCACC,CGCCCCGCC,GCCCCACCA,GCCCCCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:81:99:99:38:0:6,4,10,12:16,0,17,66:0.161616,0,0.171717,0.666667:6,4,10,0:0,0,0,12:38:0:16,0,17,0:0,0,0,66:0:0 chr19 15508362 . G C 1847.77 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00150844;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.97;QD=60.5826;RBI=0.0185026;REFB=0.0891997;REVB=0.018441;RO=1;SAF=65;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725262;STB=0.503816;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000488338;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:56:65:1:0:56:65:1:0 chr19 15533821 . A G 610.43 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.464;QD=56.7839;RBI=0.0112832;REFB=-0.0248925;REVB=-0.00236142;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.517849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00135002;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:27:14:0:2:27:14:0:2 chr19 15539261 . C G 639.31 PASS AF=0.612903;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00598588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.442;QD=27.4974;RBI=0.00854962;REFB=-0.0151894;REVB=0.00610453;RO=36;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164368;STB=0.591439;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0156408;OID=.;OPOS=15539261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:36:36:56:57:0.612903:30:26:25:11:31:26:25:11 chr19 15549939 . C T 501.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9546;QD=58.998;RBI=0.126996;REFB=0;REVB=0.0106214;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286825;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 15574858 . C T 172.39 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00474865;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.17;QD=11.1219;RBI=0.0179403;REFB=-0.0108598;REVB=-0.0173005;RO=39;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195504;STB=0.607376;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0156374;OID=.;OPOS=15574858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:40:22:22:0.354839:7:15:20:19:7:15:21:19 chr19 15586672 . A T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0275767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.133;QD=14.1687;RBI=0.037128;REFB=-0.0273452;REVB=0.0248598;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327406;STB=0.695219;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0138537;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:6:6:8:2:6:6 chr19 15587148 . C T 166.87 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00990174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.815;QD=17.1149;RBI=0.0103832;REFB=-0.011327;REVB=0.00312521;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271402;STB=0.654999;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0189144;OID=.;OPOS=15587148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:13:8:12:6:13:8 chr19 15587185 . C T 304.9 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0453601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.502;QD=26.5134;RBI=0.0453608;REFB=-0.0184015;REVB=0.000254438;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453608;STB=0.505819;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0106573;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:19:27:27:0.586957:11:16:9:8:11:16:11:8 chr19 15587345 . T C 106.84 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0105326;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.028;QD=9.93865;RBI=0.0129064;REFB=-0.0264643;REVB=0.0074592;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360643;STB=0.743107;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0440319;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:31:30:12:13:0.302326:3:9:14:17:3:10:13:17 chr19 15729056 . C G 370.29 PASS AF=0.453488;AO=36;DP=83;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.026135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.0338;QD=17.2229;RBI=0.0274678;REFB=-0.023529;REVB=-0.00845234;RO=47;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999892;STB=0.523352;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0164557;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:47:47:36:39:0.453488:24:12:20:27:24:15:20:27 chr19 15730498 . G GC 1458.13 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607177;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.3007;QD=62.0481;RBI=0.0671048;REFB=0;REVB=-0.0285731;RO=2;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000487558;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:94:94:94:0:38:56:0:0:8:2:38:54:0:2 chr19 15739597 . A C 176.43 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00347552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.086;QD=16.4118;RBI=0.018369;REFB=-0.010925;REVB=-0.0180372;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412186;STB=0.562095;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.017688;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:24:17:19:0.44186:6:11:14:9:6:13:14:10 chr19 15757927 . T C 1551.81 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961376;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.204;QD=63.9924;RBI=0.0128338;REFB=0;REVB=0.00850191;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15575e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:43:54:0:0 chr19 15763691 . G A 440.59 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00647863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.705;QD=19.5818;RBI=0.00883768;REFB=-0.00667096;REVB=-0.00601098;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277696;STB=0.501543;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00758236;OID=.;OPOS=15763691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:25:19:20:26:25:19:20:26 chr19 15769625 . A G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0428275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.613;QD=28.0161;RBI=0.0448952;REFB=-0.0055111;REVB=-0.0134679;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191786;STB=0.605472;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00517389;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:6:14:13:17:6:14 chr19 15784061 . C A 517.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.672;QD=59.0869;RBI=0.112229;REFB=0;REVB=0.019908;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140391;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:22:13:0:0 chr19 15784386 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.38;QD=63.2842;RBI=0.038829;REFB=0;REVB=0.00635015;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116063;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr19 15789098 . A G 801.35 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.093514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2169;QD=55.2654;RBI=0.0948952;REFB=-0.079823;REVB=0.0161317;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0056042;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:27:28:1:0:27:30:1:0 chr19 15789140 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.362;QD=60.3758;RBI=0.0314165;REFB=0;REVB=0.0270517;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07698e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr19 15791132 . T A 193.33 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0173097;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.699;QD=11.8971;RBI=0.0192858;REFB=-0.00825609;REVB=-0.00850379;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137653;STB=0.559274;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0128213;OID=.;OPOS=15791132;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:41:24:24:0.369231:11:13:26:13:11:13:26:15 chr19 15791180 . C T 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.672;QD=58.2257;RBI=0.0712367;REFB=0;REVB=0.0712073;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261658;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr19 15793235 . T C 512.37 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0383232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.715;QD=21.5736;RBI=0.0393206;REFB=-0.0140542;REVB=0.00880018;RO=45;SAF=29;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713649;STB=0.534665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0163062;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:20:29:23:22:20:29:24:22 chr19 15807884 . A G 212.47 PASS AF=0.512195;AO=17;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0567231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6109;QD=20.7285;RBI=0.0583581;REFB=-0.0268474;REVB=0.0137168;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182248;STB=0.636673;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0352878;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:20:17:21:0.512195:11:6:3:14:11:10:4:16 chr19 15838967 . G A 1249.8 PASS AF=0.905263;AO=86;DP=95;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0501387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.853;QD=52.6234;RBI=0.0501772;REFB=-0.0586704;REVB=0.00196494;RO=9;SAF=27;SAR=59;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267817;STB=0.514194;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00807521;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:9:9:86:86:0.905263:59:27:4:5:59:27:4:5 chr19 15839168 . C T 53.45 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.103663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.881;QD=7.63548;RBI=0.104061;REFB=-0.000610622;REVB=-0.0090998;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.519183;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00204442;OID=.;OPOS=15839168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:7:13:5:3:7:13 chr19 15839174 . C T 187.38 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0900124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.945;QD=28.8273;RBI=0.0906184;REFB=-0.0135582;REVB=0.0104629;RO=8;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310525;STB=0.52938;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00705639;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:8:8:17:18:0.692308:12:5:2:6:12:6:2:6 chr19 15839459 . G A 182.3 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.010197;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.703;QD=23.522;RBI=0.0168633;REFB=-0.0462944;REVB=0.0134309;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423907;STB=0.523783;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.029206;OID=.;OPOS=15839459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:8:5:6:12:8:5 chr19 15852223 . A C 696.91 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3346;QD=54.6592;RBI=0.0552996;REFB=-0.00278707;REVB=-0.0468247;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000119258;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:1:0:21:29:1:0 chr19 15852872 . G A 623.65 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00822469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.247;QD=18.3425;RBI=0.0285546;REFB=-0.0119738;REVB=0.0273445;RO=71;SAF=31;SAR=33;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348627;STB=0.52296;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0123521;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:72:64:64:0.470588:33:31:37:34:33:31:38:34 chr19 15853080 . G A 536.78 PASS AF=0.657534;AO=47;DP=74;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0114282;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.714;QD=29.4125;RBI=0.0114421;REFB=-0.0095301;REVB=-0.000564445;RO=24;SAF=26;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110796;STB=0.569202;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0053636;OID=.;OPOS=15853080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:24:25:47:48:0.657534:21:26:9:15:21:27:9:16 chr19 15881909 . A G 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0208064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.516;QD=21.7817;RBI=0.0219981;REFB=-0.00529535;REVB=-0.00714222;RO=47;SAF=21;SAR=35;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116232;STB=0.563887;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0045357;OID=.;OPOS=15881909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:35:21:24:23:35:21:24:23 chr19 15881953 . A G 1591.08 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198618;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.778;QD=64.2862;RBI=0.0169637;REFB=0;REVB=0.016847;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11379e-05;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr19 15882884 . C T 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.01989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.208;QD=8.09773;RBI=0.0383195;REFB=-0.0118673;REVB=-0.0327532;RO=56;SAF=13;SAR=9;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457721;STB=0.527421;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0271747;OID=.;OPOS=15882884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:9:13:31:25:9:13:31:25 chr19 15905002 . T C 232.4 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.018244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.888;QD=12.5619;RBI=0.0217068;REFB=-0.0181555;REVB=-0.0117619;RO=46;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141624;STB=0.581025;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0393735;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:14:14:17:29:14:14:17:29 chr19 15905011 . C T 295.41 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0213997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5342;QD=15.346;RBI=0.0227161;REFB=-0.00942769;REVB=-0.00762067;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701079;STB=0.539545;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0205386;OID=.;OPOS=15905011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:18:15:17:27:18:15:17:27 chr19 15905035 . G A 341.71 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0088964;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.78;QD=15.711;RBI=0.00900965;REFB=-0.0353707;REVB=-0.00142402;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151088;STB=0.569856;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0379982;OID=.;OPOS=15905035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:50:37:37:0.425287:20:17:15:33:20:17:17:33 chr19 15905206 . T C 110.85 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0226654;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.134;QD=14.3034;RBI=0.0313588;REFB=-0.0289797;REVB=0.0216715;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.617473;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0391459;OID=.;OPOS=15905206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:19:18:13:13:0.419355:7:6:13:6:7:6:12:6 chr19 15905431 . T C 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00554766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.017;QD=11.3236;RBI=0.0133098;REFB=-0.0108523;REVB=-0.0120985;RO=41;SAF=6;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2974;STB=0.673849;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0191074;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:17:6:21:20:17:6:21:20 chr19 15905639 . C T 249.5 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00619056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8689;QD=18.4817;RBI=0.0456498;REFB=-0.00309262;REVB=0.0452281;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854931;STB=0.54051;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00443014;OID=.;OPOS=15905639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:18:9:11:15:18:9:11:16 chr19 15918455 . G A 162.78 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0424555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.788;QD=10.8523;RBI=0.0427331;REFB=-0.00576148;REVB=0.00486306;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208931;STB=0.512184;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0130854;OID=.;OPOS=15918455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:16:23:12:9:16:23 chr19 15918802 . C G 519.86 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0551998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5664;QD=23.1051;RBI=0.103033;REFB=0.00964947;REVB=-0.0869991;RO=40;SAF=22;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827055;STB=0.551;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0142429;OID=.;OPOS=15918802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:41:49:49:0.544444:27:22:22:18:27:22:23:18 chr19 15996820 . G A 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00557628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.582;QD=19.6174;RBI=0.00571311;REFB=-0.00639259;REVB=-0.00124286;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493335;STB=0.534005;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00590053;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:19:18:19:16:19:18:20:16 chr19 16024662 . G C 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00128167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.226;QD=20.0948;RBI=0.0326524;REFB=-0.0186927;REVB=-0.0326272;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337111;STB=0.518688;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0184549;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:20:21:22:18:20:21:22:18 chr19 16025176 . C T 230.98 PASS AF=0.534884;AO=19;DP=39;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0790154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0025;QD=21.4862;RBI=0.0820471;REFB=-0.0672236;REVB=-0.0220972;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.551822;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0507702;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:20:20:19:23:0.534884:8:11:10:10:9:14:10:10 chr19 16034714 . A G 870.17 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526892;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5322;QD=58.0111;RBI=0.0531968;REFB=0;REVB=-0.00733109;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342209;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr19 16040292 . A G 229.72 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0912868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4609;QD=13.5131;RBI=0.0918397;REFB=0.00811895;REVB=0.0100625;RO=40;SAF=21;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140184;STB=0.555514;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0174095;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:6:21:27:13:7:21:27:13 chr19 16045141 . T C 1133.94 PASS AF=1;AO=61;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.168;QD=60.4767;RBI=0.0698593;REFB=0;REVB=0.0267484;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132154;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:61:75:1:36:25:0:0:40:35:0:0 chr19 16136528 . G GCAGCACCTGGC 203.84 PASS AF=0.186528;AO=35;DP=200;FAO=36;FDP=193;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=99;FSRR=58;FWDB=0.0431529;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=11;MLLD=276.323;QD=4.2247;RBI=0.0434403;REFB=-0.00602982;REVB=-0.00498857;RO=164;SAF=11;SAR=24;SRF=104;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395545;STB=0.730144;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.021425;OID=.;OPOS=16136529;OREF=-;OALT=CAGCACCTGGC;OMAPALT=GCAGCACCTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186528:35:200:36:193:157:12:24:99:58:99:164:11:24:104:60 chr19 16136923 . T C 184.68 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=34;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00847516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.293;QD=19.9653;RBI=0.0813753;REFB=-0.00437278;REVB=0.0809328;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00477942;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:17:18:16:19:0.513514:9:7:10:7:12:7:10:8 chr19 16146400 . A G 485.29 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00169571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.844;QD=21.0994;RBI=0.010253;REFB=-0.000326557;REVB=-0.0101118;RO=45;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309667;STB=0.51219;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000251757;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:45:46:47:0.51087:21:25:26:19:21:26:26:19 chr19 16268207 . TA T 246.21 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430204;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.8726;QD=41.0348;RBI=0.0695889;REFB=0;REVB=-0.0546978;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00481104;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:24:24:0:13:11:0:0:5:0:11:11:0:0 chr19 16275655 . C T 982.3 PASS AF=0.857143;AO=72;DP=85;FAO=72;FDP=84;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00216259;FXX=0.0117633;HRUN=8;LEN=1;MLLD=171.245;QD=46.7759;RBI=0.019904;REFB=-0.00101406;REVB=0.0197862;RO=12;SAF=24;SAR=48;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734442;STB=0.539119;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000144901;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:84:12:12:72:72:0.857143:48:24:7:5:48:24:7:5 chr19 16275656 . C T 32.2 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=0.004691;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=66.9695;QD=1.5155;RBI=0.0223783;REFB=0.0142837;REVB=0.0218811;RO=76;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583181;STB=0.919763;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0070007;OID=.;OPOS=16275656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:85:76:77:8:8:0.0941176:1:7:24:52:1:7:25:52 chr19 16301312 . A G 171.51 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0163391;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.937;QD=22.868;RBI=0.0301597;REFB=-0.0185176;REVB=-0.0253504;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174678;STB=0.615861;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0114028;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:6:11:5:7:6:11:5:8 chr19 16591464 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0474957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.383;QD=23.0081;RBI=0.0476584;REFB=-0.0199486;REVB=0.00393502;RO=24;SAF=9;SAR=24;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12897;STB=0.571383;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.011936;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:24:9:10:14:24:9:10:14 chr19 16593573 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00117557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.371;QD=17.6173;RBI=0.00372276;REFB=-0.00794988;REVB=-0.00353228;RO=27;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34261;STB=0.694566;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.015404;OID=.;OPOS=16593573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:18:6:16:11:18:6:16:11 chr19 16601194 . C T 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0147067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6542;QD=16.4044;RBI=0.016913;REFB=-0.00240126;REVB=-0.00835239;RO=36;SAF=29;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605202;STB=0.848704;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00610081;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:2:29:19:17:2:29:20:17 chr19 16611978 . T C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00492493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.579;QD=9.93223;RBI=0.0128377;REFB=0.000842513;REVB=-0.0118555;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252011;STB=0.515132;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00214313;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:24:11:5:10:24:11 chr19 16612011 . T C 152.89 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00851329;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.383;QD=14.2221;RBI=0.0183805;REFB=-0.00216989;REVB=-0.01629;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969069;STB=0.509792;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00733341;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:26:16:17:0.395349:5:11:16:7:5:12:18:8 chr19 16628850 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00575131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.672;QD=15.3782;RBI=0.0613145;REFB=-0.00284878;REVB=-0.0610442;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548383;STB=0.829498;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0125118;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:7:7:11:1:7:7 chr19 16633950 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.485;QD=37.4884;RBI=0.0378371;REFB=0;REVB=0.0325032;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632568;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 16666101 . G C 185.57 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0114426;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.711;QD=21.2076;RBI=0.0185164;REFB=0.0521372;REVB=0.0145576;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184742;STB=0.544973;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00523344;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:36:35:10:14:16:17:0.485714:11:5:1:9:12:5:3:11 chr19 16790859 . C T 395.87 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.000449728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.432;QD=16.3244;RBI=0.0548656;REFB=0.000706744;REVB=0.0548637;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786587;STB=0.535697;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000298357;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:55:41:42:0.43299:17:24:28:27:18:24:28:27 chr19 16855265 . A G 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00822506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.243;QD=18.9649;RBI=0.014949;REFB=0.00084168;REVB=-0.0124829;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00136391;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:15:10:8:14:15:10 chr19 16860105 . G A 655.01 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401931;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.859;QD=62.3824;RBI=0.0422148;REFB=0;REVB=0.0129077;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33118e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 16899838 . A T 1547.64 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336129;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.505;QD=59.5247;RBI=0.0403407;REFB=0;REVB=-0.0223057;RO=0;SAF=65;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.805e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:38:65:0:0:39:65:0:0 chr19 16926067 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0131173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.019;QD=15.2624;RBI=0.0197002;REFB=-0.00358595;REVB=0.0146981;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455556;STB=0.760828;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00637064;OID=.;OPOS=16926067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:3:13:4:9:3:13 chr19 16976286 . A G 940.72 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340542;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0083;QD=58.795;RBI=0.035173;REFB=0;REVB=-0.00880065;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142709;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 17006714 . GCACACACACACACACACACACACA ACACACACACACACACACACACGCG,GCACACACACACACACACACACGCG,GCGCACACACACACACACACACACA 498.3 PASS AF=0.2,0.26,0.36;AO=6,4,14;DP=63;FAO=10,13,18;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2,11,12;FSAR=8,2,6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0319847,0.0797146,-0.0104353;FXX=0.242388;HRUN=1,1,1;LEN=25,3,1;MLLD=100.504,86.6962,39.4737;QD=39.8639;RBI=0.0327157,0.080199,0.0219335;REFB=-0.0329216,-0.0414829,-0.104;REVB=0.0068771,0.00880111,-0.019292;RO=6;SAF=2,4,12;SAR=4,0,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.275357,0.684163,0.176469;STB=0.705427,0.594432,0.5;STBP=0.072,0.371,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0143255,0.061016,0.0656589;OID=.,.,.;OPOS=17006714,17006736,17006716;OREF=GCACACACACACACACACACACACA,ACA,A;OALT=ACACACACACACACACACACACGCG,GCG,G;OMAPALT=ACACACACACACACACACACACGCG,GCACACACACACACACACACACGCG,GCGCACACACACACACACACACACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:63:50:6:6:6,4,14:10,13,18:0.2,0.26,0.36:4,0,2:2,4,12:4:2:8,2,6:2,11,12:4:2 chr19 17006747 . T C 65.41 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.062074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.667;QD=3.84757;RBI=0.092666;REFB=-0.0138101;REVB=-0.0688027;RO=52;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403715;STB=0.774383;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0896199;OID=.;OPOS=17006747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:68:68:52:56:12:12:0.176471:4:8:17:35:4:8:17:39 chr19 17008578 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.39;QD=60.2307;RBI=0.0367846;REFB=0;REVB=-0.001379;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108993;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr19 17017878 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0516558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.44;QD=14.7986;RBI=0.0897098;REFB=-0.041649;REVB=0.0733452;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0515337;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:7:6:6:5:7:6 chr19 17025292 . G A 311.37 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127032;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.123;QD=54.1517;RBI=0.0129953;REFB=0;REVB=0.00273972;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333558;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr19 17081790 . G A 273.11 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0206395;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.15;QD=17.0693;RBI=0.0209939;REFB=-0.0143623;REVB=0.00384109;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208352;STB=0.511694;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0142262;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:14:20:17:13:14:20 chr19 17111297 . A G 137.2 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0271585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7715;QD=8.71136;RBI=0.0274968;REFB=0.00427788;REVB=0.00429956;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41538;STB=0.749722;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00981736;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:15:4:24:20:15:4:24:20 chr19 17170885 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00518028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.629;QD=10.3903;RBI=0.0138133;REFB=0.00146589;REVB=0.0128051;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.749166;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00605553;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:5:6:6:1:5:6 chr19 17273893 . G T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0115678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.787;QD=17.3782;RBI=0.0194137;REFB=-0.0456456;REVB=0.0155909;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0383061;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:6:4:4:7:6:4 chr19 17303774 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.364;QD=57.0005;RBI=0.00950577;REFB=0;REVB=-0.00780295;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77696e-06;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr19 17305440 . T C 758.59 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00820752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5356;QD=53.2347;RBI=0.0141313;REFB=-0.0604667;REVB=0.0115035;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.514281;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000883501;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:21:34:1:0:21:34:2:0 chr19 17306031 . T C 131.0 PASS AF=1;AO=7;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.714;QD=43.6675;RBI=0.0515046;REFB=0;REVB=0.041204;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125159;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:7:12:1:6:1:0:0:8:4:0:0 chr19 17312992 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.349;QD=62.3503;RBI=0.0205831;REFB=0;REVB=-0.000719824;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148022;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 17316782 . T C 465.08 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.684;QD=58.1348;RBI=0.044825;REFB=0;REVB=0.0394597;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240719;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr19 17317955 . A G 1384.94 PASS AF=1;AO=88;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955527;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4774;QD=61.5529;RBI=0.0974169;REFB=0;REVB=0.0189664;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365338;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:90:1:0:88:90:1:44:44:1:0:44:46:0:0 chr19 17330060 . T C 937.32 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3666;QD=58.5826;RBI=0.0506051;REFB=0;REVB=-0.0347924;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000684957;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:44:19:0:0:44:20:0:0 chr19 17366278 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.65;QD=62.6703;RBI=0.0337038;REFB=0;REVB=0.00522521;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87547e-05;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr19 17366313 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0519244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.025;QD=8.2545;RBI=0.0519494;REFB=-0.00203043;REVB=-0.00161241;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434685;STB=0.759899;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0188054;OID=.;OPOS=17366313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:6:5:5:1:6:6 chr19 17392572 . G C 50.83 PASS AF=0.0986842;AO=15;DP=152;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=83;FSRR=54;FWDB=0.000382551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6614;QD=1.33758;RBI=0.0375657;REFB=-1.13013e-05;REVB=-0.0375638;RO=137;SAF=14;SAR=1;SRF=83;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477532;STB=0.887492;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00839909;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:152:152:137:137:15:15:0.0986842:1:14:83:54:1:14:83:54 chr19 17393505 . TG TC,T 38.04 PASS AF=0,0.466667;AO=2,3;DP=15;FAO=0,7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0866406,0.193541;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=54.5622,13.5365;QD=10.1428;RBI=0.107975,0.243243;REFB=-0.0203608,-0.0968357;REVB=-0.0644367,0.14734;RO=8;SAF=1,0;SAR=1,3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438176,-0.773286;STB=0.5,0.72672;STBP=1,0.163;TYPE=snp,del;VARB=0.0804789,0.174846;OID=.,.;OPOS=17393506,17393506;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.466667:2,3:15:0,7:15:8:0,3:0,4:7:1:32:8:1,0:1,3:7:1 chr19 17405612 . T C 351.4 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00823868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.858;QD=18.4945;RBI=0.025583;REFB=-0.0130864;REVB=0.0242201;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378217;STB=0.513506;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0184085;OID=.;OPOS=17405612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:17:19:19:20:18:19:19:20 chr19 17412111 . G A 367.85 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00459387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.364;QD=13.8811;RBI=0.00730063;REFB=-0.0317269;REVB=-0.00567412;RO=63;SAF=27;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096269;STB=0.554515;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0448488;OID=.;OPOS=17412111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:16:27:34:29:16:27:34:29 chr19 17438992 . C T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0139717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.343;QD=17.1584;RBI=0.0449589;REFB=-0.0117694;REVB=0.0427328;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895793;STB=0.550044;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.014361;OID=.;OPOS=17438992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:15:22:30:14:15:22:30:14 chr19 17451981 . G A 1382.22 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.892;QD=61.432;RBI=0.0258454;REFB=-0.112441;REVB=0.0202451;RO=1;SAF=50;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000312479;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:39:50:1:0:39:50:1:0 chr19 17463214 . C T 134.66 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0410646;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5535;QD=24.4834;RBI=0.0905037;REFB=-0.031205;REVB=0.0806513;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011206;STB=0.519972;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0184925;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:9:8:14:14:0.636364:8:6:4:5:8:6:3:5 chr19 17544244 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.015145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.551;QD=11.5708;RBI=0.016275;REFB=-0.00587289;REVB=0.00595862;RO=42;SAF=8;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357255;STB=0.705717;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.006504;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:16:8:28:14:16:8:28:14 chr19 17547292 . A G 347.52 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0059576;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.95;QD=19.3068;RBI=0.00726616;REFB=-0.0178795;REVB=-0.00415982;RO=36;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149066;STB=0.582777;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0200132;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:17:19:13:23:17:19:13:23 chr19 17556054 . A G 55.38 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0258958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.811;QD=10.0697;RBI=0.084804;REFB=-0.00215465;REVB=-0.0807535;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.562351;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00257356;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:3:5:8:4:3:5:10:4 chr19 17611490 . T G 231.25 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0428856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.593;QD=19.6805;RBI=0.0428869;REFB=-0.00364541;REVB=-0.000338961;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519249;STB=0.537815;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0047896;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:22:23:0.489362:8:14:14:10:8:15:14:10 chr19 17616171 . G A 1308.16 PASS AF=1;AO=65;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132953;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0525;QD=62.2934;RBI=0.135336;REFB=0;REVB=0.0252802;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480344;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:65:84:1:38:27:0:0:41:43:0:0 chr19 17628587 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0301;QD=56.9371;RBI=0.00999374;REFB=0;REVB=-0.00462713;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82657e-05;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr19 17648350 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.225;QD=48.7372;RBI=0.0464832;REFB=0;REVB=0.0199469;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176462;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr19 17651370 . A G 216.36 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0338526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.707;QD=22.7749;RBI=0.0358332;REFB=-0.0500113;REVB=0.0117481;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330788;STB=0.541966;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0272236;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:20:21:0.552632:13:7:5:11:13:8:5:12 chr19 17654181 . C T 272.98 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0260606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6793;QD=31.1978;RBI=0.0296639;REFB=-0.0217451;REVB=-0.01417;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047844;STB=0.526294;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0319998;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:15:9:5:6:15:9:5:6 chr19 17660300 . G A 102.7 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00691776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1215;QD=9.33598;RBI=0.00693533;REFB=-0.0102032;REVB=-0.000493318;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257442;STB=0.651975;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0234857;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:25:6:5:8:25:6 chr19 17692324 . T G 133.86 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0251453;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.226;QD=16.226;RBI=0.0280689;REFB=0.000726794;REVB=-0.0124731;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.609626;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.000506034;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:14:15:0.454545:9:5:3:15:10:5:3:15 chr19 17712711 . C T 303.62 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0252575;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.736;QD=28.916;RBI=0.0279765;REFB=-0.00235551;REVB=0.0120309;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17314;STB=0.595167;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00199637;OID=.;OPOS=17712711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:12:4:13:13:12:4 chr19 17741047 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.019646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.547;QD=11.2572;RBI=0.0264044;REFB=-0.00895504;REVB=-0.0176417;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0129174;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:5:7:5:3:5:7 chr19 17746947 . A G 1537.62 PASS AF=0.980583;AO=65;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.628;QD=59.7136;RBI=0.0673318;REFB=0;REVB=0.0252873;RO=0;SAF=7;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129137;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:103:0:0:65:101:0.980583:58:7:0:0:64:37:0:0 chr19 17769068 . G A 373.23 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00817483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.2;QD=17.7726;RBI=0.00857559;REFB=-0.00370792;REVB=0.0025909;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112116;STB=0.500916;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00327253;OID=.;OPOS=17769068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:45:39:39:0.464286:20:19:21:22:20:19:22:23 chr19 17777508 . C G 93.66 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00239103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.844;QD=10.1259;RBI=0.0493052;REFB=-0.00955452;REVB=-0.0492472;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036388;STB=0.519966;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.010462;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:23:25:12:12:0.324324:4:8:16:7:4:8:16:9 chr19 17885270 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00746754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.994;QD=16.7282;RBI=0.0144949;REFB=-0.0492036;REVB=0.0124233;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.571341;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0499274;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:7:12:8:8:7:12 chr19 17886940 . G A 88.13 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00932902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.514;QD=14.1003;RBI=0.0252365;REFB=-0.00232793;REVB=0.0234489;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447146;STB=0.756357;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0038974;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:2:12:4:7:2:12 chr19 17887024 . T C 140.05 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0317927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.26;QD=13.663;RBI=0.0369225;REFB=-0.0293343;REVB=0.0187749;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266801;STB=0.652566;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.049106;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:5:20:9:7:5:20 chr19 17892591 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0155061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.725;QD=11.019;RBI=0.0305309;REFB=-0.0404614;REVB=0.0263002;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.646649;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0150588;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:1:7:4:2:1:7 chr19 17922795 . G A 198.64 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00302936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8823;QD=19.3793;RBI=0.00968796;REFB=-0.0172464;REVB=0.00920215;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884614;STB=0.537859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0118314;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:11:9:11:9:11:9:11:10 chr19 17932138 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0529;QD=42.1739;RBI=0.061352;REFB=0;REVB=-0.00369011;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300243;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 18123738 . T C 322.65 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0137124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.384;QD=24.351;RBI=0.0137272;REFB=-0.000563553;REVB=0.000638875;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170819;STB=0.516004;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000421358;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:17:14:9:12:17:15:9:12 chr19 18124184 . C T 118.61 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0101538;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.483;QD=12.8231;RBI=0.0121883;REFB=-0.0137131;REVB=-0.0067421;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987965;STB=0.558056;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0433408;OID=.;OPOS=18124184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:6:8:11:12:6:8:11:12 chr19 18180413 . C G 308.82 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0604229;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9088;QD=13.5745;RBI=0.0660649;REFB=0.00121262;REVB=0.0267139;RO=55;SAF=24;SAR=11;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10161;STB=0.553814;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.000564824;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:11:24:33:22:11:24:34:22 chr19 18180451 . A G 351.75 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0142341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.411;QD=15.6334;RBI=0.0224071;REFB=-0.0253483;REVB=-0.0173051;RO=51;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862966;STB=0.544479;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0291423;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:12:26:31:20:12:26:32:20 chr19 18186575 . G A 135.23 PASS AF=0.354167;AO=15;DP=53;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0102218;FXX=0.111091;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.54;QD=11.269;RBI=0.0254321;REFB=-0.0183961;REVB=0.0232875;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.567821;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0364219;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:48:25:31:15:17:0.354167:10:5:11:14:10:7:16:15 chr19 18186618 . T C 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0226256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.936;QD=21.293;RBI=0.0349776;REFB=-0.0394972;REVB=0.0266743;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106875;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0125969;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:11:14:11:14:11:14:11:14 chr19 18191664 . C G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0111839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.506;QD=10.0752;RBI=0.0111977;REFB=0.0122345;REVB=-0.000555015;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0221068;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr19 18191780 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0248059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.843;QD=22.9149;RBI=0.0248089;REFB=-0.0114124;REVB=-0.000385198;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00353635;OID=.;OPOS=18191780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:1:3:6:3:1:3 chr19 18234441 . C T 228.3 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0193625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9796;QD=21.7426;RBI=0.0375567;REFB=0.00124103;REVB=0.0321807;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164684;STB=0.592192;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-8.78577e-05;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:13:7:12:10:13:7 chr19 18245512 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00482396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.62;QD=16.119;RBI=0.0247942;REFB=-0.0172147;REVB=-0.0243203;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210938;STB=0.512175;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0117347;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:11:2:2:10:11:2 chr19 18248146 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.6;QD=55.6561;RBI=0.0459956;REFB=0;REVB=0.00840425;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045359;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 18255359 . G A 300.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00685011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.547;QD=21.4722;RBI=0.0100208;REFB=-0.0338961;REVB=0.00731384;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21625;STB=0.628554;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0340223;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:20:11:15:9:20:11:16:9 chr19 18257750 . C T 314.72 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0185922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.124;QD=13.3921;RBI=0.0191655;REFB=-0.00521195;REVB=-0.00465253;RO=59;SAF=12;SAR=23;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158012;STB=0.510948;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0109409;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:58:35:36:0.382979:23:12:21:38:23:13:20:38 chr19 18273047 . T C 190.84 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.922;QD=47.709;RBI=0.0833796;REFB=0;REVB=0.034677;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511297;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr19 18279638 . T C 1730.93 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8578;QD=60.7345;RBI=0.00760734;REFB=0;REVB=-0.00386032;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40352e-06;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr19 18368810 . G T 1527.63 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0176249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.59;QD=57.6464;RBI=0.0304151;REFB=-0.180094;REVB=0.0247879;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000528439;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:0:2:104:104:0.981132:52:52:0:0:52:52:0:2 chr19 18369120 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.895;QD=56.9553;RBI=0.0437345;REFB=0;REVB=0.0423741;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315783;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr19 18369644 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.239;QD=52.6072;RBI=0.0575413;REFB=0;REVB=0.0574537;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151857;OID=.;OPOS=18369644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr19 18370160 . A AG,AGG 156.14 PASS AF=1,0;AO=15,4;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.16208,-0.0916782;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.8397,9.06014;QD=31.2282;RBI=0.165305,0.0932483;REFB=0.0121206,0.0154341;REVB=-0.0324922,-0.0170399;RO=1;SAF=9,3;SAR=6,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0699995,0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0296738,-8.9111e-05;OID=.,.;OPOS=18370161,18370161;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:15,4:20:20,0:20:0:12,0:8,0:0:0:3:1:9,3:6,1:0:1 chr19 18371281 . AC A 37.65 PASS AF=0.310345;AO=11;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0916196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1473;QD=5.19292;RBI=0.0988184;REFB=-0.102742;REVB=0.037026;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.357143;SSSB=0.553037;STB=0.807265;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.120866;OID=.;OPOS=18371282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:11:29:9:29:20:8:1:11:9:37:18:10:1:9:9 chr19 18375608 . G A 851.25 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00515237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.463;QD=55.8196;RBI=0.0634641;REFB=-0.102288;REVB=0.0632546;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000319649;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:25:34:0:0:25:35:0:1 chr19 18375815 . G A 1044.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.609;QD=59.6631;RBI=0.0512505;REFB=0;REVB=0.0436338;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017465;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr19 18375846 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0584272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.859;QD=61.5112;RBI=0.0658456;REFB=-0.0871719;REVB=0.0303629;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00183541;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr19 18375882 . G C 668.03 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328168;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2616;QD=62.1426;RBI=0.00329737;REFB=0;REVB=0.000321209;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34209e-05;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr19 18376407 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.668;QD=53.2772;RBI=0.0331303;REFB=0;REVB=0.00533231;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231668;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 18376516 . TC T,TT 387.78 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,25;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102833,0.0128991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=317.459,335.732;QD=55.397;RBI=0.010312,0.0129298;REFB=0,0;REVB=0.000768938,-0.000891709;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.041454,0.000921859;OID=.,.;OPOS=18376517,18376517;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:3,25:28:1,27:28:0:0,14:1,13:0:0:4:0:2,12:1,13:0:0 chr19 18376521 . GT G,GG 385.09 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269628,0.0270862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=301.314,317.465;QD=55.0135;RBI=0.0280021,0.0279707;REFB=0,0;REVB=-0.00755806,-0.00697868;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00455149,0.000360966;OID=.,.;OPOS=18376522,18376522;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,25:28:2,26:28:0:1,13:1,13:0:0:7:0:2,12:1,13:0:0 chr19 18377274 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.329;QD=59.016;RBI=0.0733276;REFB=0;REVB=-0.0732372;RO=0;SAF=32;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101975;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:2:32:0:0:2:32:0:0 chr19 18377496 . C G 1008.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.235;QD=59.319;RBI=0.0248797;REFB=0;REVB=0.02408;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001632;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr19 18377647 . G C 61.93 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.039;QD=35.3868;RBI=0.158379;REFB=0;REVB=0.158336;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001931;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:4:3:0:0 chr19 18377761 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.67;QD=50.4133;RBI=0.0880638;REFB=0;REVB=0.0393656;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480508;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 18378219 . A G 728.1 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.945;QD=63.3131;RBI=0.0355828;REFB=0;REVB=0.0211693;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00509e-05;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr19 18444360 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.299;QD=35.5759;RBI=0.0632638;REFB=0;REVB=-0.0477883;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272181;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 18497024 . G C 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.359;QD=53.2529;RBI=0.0423336;REFB=0;REVB=-0.0355361;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17434e-05;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr19 18497141 . T A 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.011323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.389;QD=21.3737;RBI=0.0338624;REFB=-0.0285066;REVB=-0.0319132;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141031;STB=0.578881;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0379625;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:15:7:11:12:15:7 chr19 18499238 . G T 262.63 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0439575;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2399;QD=31.8333;RBI=0.0672644;REFB=-0.0260407;REVB=0.050914;RO=10;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275321;STB=0.515138;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0144139;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:10:10:23:23:0.69697:17:6:3:7:17:6:3:7 chr19 18502835 . G A 1312.17 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00770165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.415;QD=59.6439;RBI=0.00915446;REFB=-0.0651257;REVB=0.00494861;RO=2;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178708;STB=0.509432;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000652614;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:2:2:85:86:0.977273:52:33:0:2:52:34:0:2 chr19 18679379 . C G 289.75 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0216094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9889;QD=46.36;RBI=0.0712323;REFB=-0.146056;REVB=0.0678754;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578146;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0152882;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:0:2:15:8:0:2 chr19 18684562 . C CT 51.45 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237356;FXX=0.38432;HRUN=0;LEN=1;MLLD=146.104;QD=25.7268;RBI=0.0731639;REFB=0;REVB=-0.0692068;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.95015e-05;OID=.;OPOS=18684563;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:13:8:8:0:5:3:0:0:3:11:0:2:6:5 chr19 18684563 . C G,T 142.58 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,11;DP=13;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517634,-0.00785588;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.927,170.77;QD=43.8699;RBI=0.0567598,0.00785642;REFB=0,0;REVB=0.0232856,9.23668e-05;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0344516,-0.00341249;OID=.,.;OPOS=18684563,18684563;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:0:0:2,11:2,11:0.153846,0.846154:2,5:0,6:0:0:2,5:0,6:0:0 chr19 18700047 . A G 487.96 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00616912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.167;QD=45.3917;RBI=0.0404348;REFB=0.00252106;REVB=-0.0399614;RO=6;SAF=20;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059362;STB=0.520822;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.000227053;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:6:7:36:36:0.837209:16:20:2:4:16:20:3:4 chr19 18710535 . G A 868.86 PASS AF=0.954545;AO=61;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0302962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9701;QD=52.6583;RBI=0.0384021;REFB=-0.146037;REVB=0.023598;RO=3;SAF=22;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262002;STB=0.515718;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00601157;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:66:3:3:61:63:0.954545:39:22:1:2:41:22:2:1 chr19 18726856 . T C 1200.4 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.731;QD=58.556;RBI=0.0207273;REFB=0.00237384;REVB=0.0151834;RO=2;SAF=47;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197175;STB=0.510414;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=4.45538e-05;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:32:47:2:0:33:47:2:0 chr19 18728149 . TCCCC TCCC,TCCCG 40.42 PASS AF=0.238095,0.0952381;AO=4,2;DP=23;FAO=5,2;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=4,2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.147812,-0.0336567;FXX=0.0869187;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.8493,25.5891;QD=7.69965;RBI=0.148127,0.0943855;REFB=-0.0752797,-0.0703243;REVB=0.00966108,0.0881808;RO=13;SAF=2,0;SAR=2,2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.545455,0;SSSB=0.128996,-0.513867;STB=0.699117,0.993802;STBP=0.376,0.174;TYPE=del,snp;VARB=0.0542528,0.142755;OID=.,.;OPOS=18728150,18728153;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCC,TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0.0952381:4,2:23:5,2:21:14:1,0:4,2:6:8:29:13:2,0:2,2:5:8 chr19 18775077 . C T 610.68 PASS AF=0.435374;AO=63;DP=146;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0206462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.233;QD=16.6171;RBI=0.0207197;REFB=-0.0276162;REVB=-0.00174334;RO=83;SAF=28;SAR=35;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628768;STB=0.529954;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0252708;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:83:83:63:64:0.435374:35:28:42:41:35:29:42:41 chr19 18794623 . G A 813.87 PASS AF=0.532895;AO=80;DP=151;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0296851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2013;QD=21.4177;RBI=0.050836;REFB=-0.0223595;REVB=0.0412685;RO=71;SAF=35;SAR=45;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10809;STB=0.561417;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0207526;OID=.;OPOS=18794623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:71:71:80:81:0.532895:45:35:40:31:46:35:40:31 chr19 19040312 . G C 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.120487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6867;QD=36.3424;RBI=0.121428;REFB=-0.0122158;REVB=0.0150842;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00461615;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:5:6:0:0:5:6:1:0 chr19 19049198 . G A 358.77 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0365233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.216;QD=28.7012;RBI=0.0388832;REFB=-0.0251262;REVB=0.0133397;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163759;STB=0.593689;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0142307;OID=.;OPOS=19049198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:19:30:31:0.62:18:12:12:7:19:12:12:7 chr19 19136541 . C T 499.52 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.932;QD=54.0026;RBI=0.0284348;REFB=-0.0150409;REVB=0.0217769;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491765;STB=0.526301;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0014262;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:0:2:18:17:0:2 chr19 19230868 . A G 1652.56 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.484;QD=59.0199;RBI=0.0510847;REFB=0;REVB=0.0378614;RO=1;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414591;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:112:1:0:105:112:1:43:62:0:1:50:62:0:0 chr19 19232552 . CA AC,CAC 30.27 PASS AF=0.0238095,0.166667;AO=2,8;DP=45;FAO=1,7;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1,5;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.119816,-0.118845;FXX=0.0232504;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=41.5307,28.3737;QD=2.88309;RBI=0.131687,0.177356;REFB=-0.00447826,-0.0236875;REVB=-0.0546391,-0.131647;RO=35;SAF=1,6;SAR=1,2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0863639,0.41388;STB=0.992112,0.76089;STBP=0.239,0.171;TYPE=mnp,ins;VARB=0.150831,0.127877;OID=.,.;OPOS=19232552,19232554;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:45:42:35:34:2,8:1,7:0.0238095,0.166667:1,2:1,6:14:21:0,2:1,5:13:21 chr19 19243175 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0101733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.848;QD=17.0987;RBI=0.0289266;REFB=-0.0131805;REVB=0.0270786;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272544;STB=0.658433;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0136048;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:8:7:3:11:8:7 chr19 19267910 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0083966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.882;QD=16.6267;RBI=0.0338228;REFB=0.00927662;REVB=0.0327639;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162012;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00969717;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:9:5:7:6:9:5 chr19 19312496 . C G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00413232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9465;QD=14.3341;RBI=0.0216166;REFB=-0.00636213;REVB=-0.021218;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0124019;OID=.;OPOS=19312496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr19 19369435 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0177828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7025;QD=11.9533;RBI=0.0218155;REFB=0.0217863;REVB=-0.0126367;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109376;STB=0.565062;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0435244;OID=.;OPOS=19369435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:3:8:5:3:3:8 chr19 19380996 . G T 229.53 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0196466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.1;QD=22.3937;RBI=0.0246564;REFB=-0.0287794;REVB=-0.0148979;RO=19;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312748;STB=0.675889;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0360157;OID=.;OPOS=19380996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:6:16:7:12:6:16:7:12 chr19 19446936 . G A 623.59 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0721439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7526;QD=28.0264;RBI=0.0727224;REFB=-0.0197241;REVB=0.00915466;RO=34;SAF=34;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858434;STB=0.546745;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.011463;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:34:55:55:0.617978:21:34:17:17:21:34:17:17 chr19 19449686 . G T 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0132279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.429;QD=22.638;RBI=0.0137129;REFB=-0.0125965;REVB=-0.00361467;RO=44;SAF=17;SAR=34;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148777;STB=0.5882;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0112071;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:34:17:22:22:34:17:23:22 chr19 19466885 . C T 361.3 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0816132;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.081;QD=22.9398;RBI=0.082179;REFB=-0.00773195;REVB=0.00962679;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118803;STB=0.55693;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0064987;OID=.;OPOS=19466885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:27:36:36:0.571429:22:14:15:13:22:14:14:13 chr19 19467085 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.474;QD=51.1846;RBI=0.0201067;REFB=0;REVB=-0.010371;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03078e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 19467937 . T C 81.11 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0206973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3344;QD=18.0233;RBI=0.0653768;REFB=-0.0141836;REVB=0.0620141;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0113166;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:6:4:3:4:6:4:3:5 chr19 19468710 . C G 307.67 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0171145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.878;QD=30.7666;RBI=0.0197139;REFB=-0.0374065;REVB=0.00978434;RO=13;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233421;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0173045;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:13:26:27:0.675:13:13:6:7:14:13:6:7 chr19 19468734 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0100178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.661;QD=25.2554;RBI=0.0262427;REFB=-0.0231117;REVB=0.0242554;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195324;STB=0.510904;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0109277;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:5:5:8:9:5:5 chr19 19606634 . G A 235.99 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.000128894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6314;QD=19.2646;RBI=0.017045;REFB=-0.0353908;REVB=0.0170445;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171978;STB=0.596197;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0368431;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:21:5:8:15:21:5 chr19 19625547 . A G 253.06 PASS AF=0.405405;AO=26;DP=67;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00206063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.268;QD=13.6788;RBI=0.0135556;REFB=-0.017306;REVB=-0.0133981;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391218;STB=0.55676;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0159251;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:40:44:26:30:0.405405:10:16:26:14:13:17:29:15 chr19 19735257 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.915;QD=60.9786;RBI=0.0137817;REFB=0;REVB=0.00235306;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19768e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr19 19855654 . C T 93.35 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0192015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.584;QD=9.57413;RBI=0.0218165;REFB=-0.037867;REVB=-0.0103567;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748206;STB=0.545378;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0488819;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:14:13:5:7:14:13 chr19 19910250 . T C 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0351359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5345;QD=19.4004;RBI=0.0368651;REFB=0.00459735;REVB=-0.011158;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600355;STB=0.526302;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00510573;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:19:19:16:21:19:19:17:21 chr19 20150125 . T C 131.12 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0201031;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.778;QD=14.1754;RBI=0.0236688;REFB=-0.00433747;REVB=-0.0124931;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174822;STB=0.603631;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0106239;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:14:15:0.405405:5:9:10:11:5:10:11:11 chr19 20150175 . G C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0228795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.273;QD=12.974;RBI=0.0229358;REFB=-0.0174188;REVB=0.00160585;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0195399;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:11:7:8:4:11:7 chr19 20229486 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.998;QD=49.599;RBI=0.0118018;REFB=0;REVB=0.00768393;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91109e-05;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 20369503 . C G 2318.11 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723817;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.362;QD=61.003;RBI=0.0147769;REFB=0;REVB=-0.0128827;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157068;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:151:152:1:71:80:0:0:71:81:0:0 chr19 20808149 . A G 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.236;QD=60.5422;RBI=0.116535;REFB=0;REVB=0.115399;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382114;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr19 21299774 . T TATA 65.49 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00936948;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.414;QD=21.8284;RBI=0.011686;REFB=0.000591262;REVB=0.00698398;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144485;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=ins;VARB=-0.000454505;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:8:13:8:12:4:4:4:1:3:23:4:4:4:1:3 chr19 21300462 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00458339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.857;QD=50.134;RBI=0.00493316;REFB=-0.0102993;REVB=0.00182445;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=5.15949e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr19 21477431 . T C 911.94 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.488;QD=55.2691;RBI=0.0301261;REFB=-0.15996;REVB=0.027082;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125954;STB=0.502424;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000675078;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:37:27:0:1:37:27:1:1 chr19 21492062 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.373;QD=57.0004;RBI=0.041196;REFB=0;REVB=0.0382898;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186396;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr19 21544571 . G A 1322.62 PASS AF=0.988506;AO=80;DP=81;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476578;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.114;QD=60.8103;RBI=0.0559755;REFB=-0.0175366;REVB=0.0293598;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996796;STB=0.505153;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000232549;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:87:1:1:80:86:0.988506:47:33:0:1:48:38:0:1 chr19 21606429 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.371;QD=56.7066;RBI=0.0165116;REFB=0;REVB=0.0136481;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31917e-05;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 21609743 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.61;QD=44.6898;RBI=0.0614926;REFB=0;REVB=0.0610129;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695016;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 21688602 . C G 696.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.813;QD=61.9534;RBI=0.0233743;REFB=0;REVB=0.0198247;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82384e-05;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr19 21719401 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.251;QD=47.8222;RBI=0.0431972;REFB=0;REVB=-0.00451386;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153087;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 21909948 . G A 785.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6245;QD=64.1162;RBI=0.0510292;REFB=0;REVB=-0.00964967;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373276;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:34:15:0:0:34:15:0:0 chr19 21910388 . G A 141.42 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0243687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.961;QD=15.7135;RBI=0.0254386;REFB=-0.00697249;REVB=-0.00729996;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615892;STB=0.789135;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0061276;OID=.;OPOS=21910388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:18:20:14:16:0.444444:12:2:14:4:12:4:16:4 chr19 22115982 . A G 137.55 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3365;QD=39.3001;RBI=0.0176784;REFB=-0.108461;REVB=0.0176784;RO=1;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0549976;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:13:0:0:1:13:0:0:1 chr19 22156585 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2149;QD=39.2024;RBI=0.132585;REFB=0;REVB=0.0230432;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481855;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr19 22363493 . G A 71.03 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0323405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7386;QD=7.47679;RBI=0.050605;REFB=-0.013259;REVB=-0.0389224;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181305;STB=0.5998;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0359026;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:4:6:12:15:4:6:13:15 chr19 22363508 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0371638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.945;QD=8.81155;RBI=0.0374735;REFB=-0.0113767;REVB=-0.00480812;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0229665;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:11:12:4:6:11:12 chr19 22363614 . A AC 36.55 PASS AF=0.388889;AO=2;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0250068;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.2645;QD=8.12322;RBI=0.0435285;REFB=-0.0363755;REVB=0.0356285;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127296;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=0.0732647;OID=.;OPOS=22363615;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:2:18:7:18:11:4:3:3:8:36:16:1:1:6:10 chr19 22363826 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00321543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.145;QD=14.0438;RBI=0.0048535;REFB=0.00815596;REVB=0.00363559;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00479787;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr19 22375868 . C T 1457.53 PASS AF=0.980583;AO=92;DP=94;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00673796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0954;QD=56.6031;RBI=0.00838312;REFB=-0.00452455;REVB=0.00498763;RO=2;SAF=57;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00510695;STB=0.50279;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00241821;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:103:2:2:92:101:0.980583:35:57:1:1:37:64:1:1 chr19 22498943 . T C 79.38 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637434;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.833;QD=39.6912;RBI=0.0696669;REFB=0;REVB=0.0281115;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475989;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 22846788 . C A 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00772746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.991;QD=18.4382;RBI=0.00778834;REFB=-0.00723035;REVB=-0.000971853;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142768;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:13:16:16:13:13:16 chr19 22868896 . A T 127.93 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.098872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2922;QD=21.3209;RBI=0.110014;REFB=-0.0738432;REVB=0.0482431;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.530077;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0233349;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:10:10:13:14:0.583333:7:6:5:5:8:6:5:5 chr19 22868965 . T C 135.67 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0120102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.845;QD=27.1342;RBI=0.0286812;REFB=-0.0047979;REVB=0.0260455;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.642653;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00219096;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:5:1:9:5:5:1 chr19 22937148 . G A 186.57 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00794537;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.163;QD=18.657;RBI=0.0162443;REFB=-0.0205364;REVB=-0.0141686;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479909;STB=0.548847;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0204954;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:21:19:19:0.475:6:13:16:6:6:13:16:5 chr19 23159486 . T C 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00639245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.283;QD=17.7541;RBI=0.0148246;REFB=-0.00220007;REVB=-0.0133755;RO=27;SAF=19;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256589;STB=0.64567;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00301499;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:6:19:14:13:6:19:14:13 chr19 23316947 . C T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00347072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.151;QD=10.6984;RBI=0.0236059;REFB=-0.0100615;REVB=-0.0233494;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106184;STB=0.563136;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0207091;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:12:20:8:7:12:20 chr19 23328940 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00362538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.663;QD=11.7808;RBI=0.00934483;REFB=-0.00845451;REVB=-0.00861293;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02918;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0143729;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:12:18:10:6:13:18 chr19 23406165 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.857;QD=44.6887;RBI=0.00225968;REFB=0;REVB=-0.00165145;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08142e-06;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 23542290 . AG GC 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00811797;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.763;QD=15.0178;RBI=0.00820941;REFB=-0.0118564;REVB=-0.00122186;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141324;STB=0.585659;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0128074;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:15:15:25:14:15:15:26:14 chr19 23542697 . G C 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00677981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.009;QD=27.8588;RBI=0.0148418;REFB=-0.00975534;REVB=-0.0132028;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169637;STB=0.509423;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00683489;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:9:8:4:4:9:8:4:4 chr19 23543095 . T C 223.52 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0116076;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.786;QD=12.5926;RBI=0.0136136;REFB=-0.0062383;REVB=0.00711303;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388263;STB=0.522277;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0153486;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:26:18:12:15:26:18 chr19 23545447 . A G 210.64 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0365494;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6772;QD=17.9268;RBI=0.0374222;REFB=-0.0136091;REVB=0.00803514;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626175;STB=0.576541;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0100871;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:26:21:21:0.446809:11:10:12:10:11:10:16:10 chr19 23837195 . T C 912.2 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.95;QD=57.9177;RBI=0.0184742;REFB=0;REVB=0.0127351;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317191;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr19 23837365 . A C 137.54 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3041;QD=39.298;RBI=0.0789825;REFB=-0.0229462;REVB=-0.0778638;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363094;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0117162;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:1:0:1:12:1:0 chr19 23869823 . T G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4257;QD=59.4348;RBI=0.115617;REFB=0;REVB=0.0440267;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111254;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 23927345 . T C 97.71 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000571611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.46;QD=27.9165;RBI=0.00882986;REFB=-0.029252;REVB=0.00881134;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.526268;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00714285;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:10:11:0.785714:4:6:2:1:5:6:2:1 chr19 23927468 . A G 480.53 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.287;QD=58.2466;RBI=0.0298074;REFB=0;REVB=0.0292547;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239916;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr19 24116757 . G A 94.5 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0900924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2976;QD=21.0011;RBI=0.106884;REFB=-0.0583207;REVB=-0.0575112;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238684;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0361621;OID=.;OPOS=24116757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:5:2:7:4:5:2 chr19 24183515 . G T 1000.18 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00296065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.922;QD=54.8042;RBI=0.0103986;REFB=-0.0974685;REVB=0.00996818;RO=2;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546173;STB=0.51136;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00221178;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:28:42:1:1:28:42:1:2 chr19 24183677 . T C 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00835392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.221;QD=3.69416;RBI=0.00840134;REFB=-0.00735993;REVB=-0.000891365;RO=55;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707559;STB=0.547738;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0472308;OID=.;OPOS=24183677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:4:7:32:23:4:7:32:23 chr19 24183696 . T C 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00331149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.452;QD=5.48014;RBI=0.0108827;REFB=-0.00347241;REVB=-0.0103666;RO=47;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255453;STB=0.662902;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00961491;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:4:9:23:24:4:9:23:24 chr19 24183714 . T C 71.16 PASS AF=0.2;AO=10;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00481437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3445;QD=5.17491;RBI=0.0238664;REFB=-0.00520686;REVB=0.0233758;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123686;STB=0.610535;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00832701;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:10:11:0.2:4:6:22:22:4:7:22:22 chr19 24183723 . T G 55.94 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0543102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.665;QD=4.22211;RBI=0.0641815;REFB=0.00859222;REVB=-0.0342004;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207063;STB=0.640708;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0431894;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:3:6:22:22:3:6:22:22 chr19 24183727 . A G 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0093838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.076;QD=3.67728;RBI=0.00944595;REFB=-0.00189379;REVB=-0.00108176;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312355;STB=0.719432;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0344699;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:2:6:22:22:2:6:22:22 chr19 24183731 . T C 40.66 PASS AF=0.14;AO=6;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0191023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.424;QD=3.2529;RBI=0.0227069;REFB=0.0010143;REVB=-0.0122762;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209032;STB=0.697102;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0118476;OID=.;OPOS=24183731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:50:43:43:6:7:0.14:2:4:21:22:2:5:21:22 chr19 24183734 . T C 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00969123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=3.20572;RBI=0.0165531;REFB=0.00456922;REVB=-0.0134196;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286813;STB=0.697102;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0546696;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:2:5:20:22:2:5:21:22 chr19 24183736 . T C 39.73 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00670296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.152;QD=3.11643;RBI=0.00860899;REFB=0.000790064;REVB=-0.00540231;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284675;STB=0.705622;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.011177;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:2:5:21:23:2:5:21:23 chr19 24183758 . A G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00568884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.232;QD=3.07319;RBI=0.00592154;REFB=0.00109474;REVB=0.00164372;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09066;STB=0.566439;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00961722;OID=.;OPOS=24183758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:2:4:22:15:2:4:22:15 chr19 24184114 . A G 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00979791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.821;QD=7.30272;RBI=0.0227465;REFB=-0.000912804;REVB=0.0205282;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181562;STB=0.503645;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00175453;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:6:9:24:17:6:9:25:17 chr19 24184295 . C T 2076.5 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295852;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.8;QD=61.0736;RBI=0.0402162;REFB=-0.10913;REVB=-0.0272407;RO=1;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597952;STB=0.50136;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000211862;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:136:1:2:134:134:0.985294:79:55:0:1:79:55:1:1 chr19 24186114 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2017;QD=48.7369;RBI=0.0202198;REFB=0;REVB=0.0192911;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490813;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr19 24186163 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3467;QD=39.2067;RBI=0.126651;REFB=0;REVB=-0.0197372;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00685542;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 24310032 . A T 133.25 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000822016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9391;QD=24.228;RBI=0.0210961;REFB=-0.0153512;REVB=0.0210801;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00598049;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr19 24311782 . G A 84.63 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00333577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0903;QD=10.92;RBI=0.00499817;REFB=-0.0217246;REVB=0.00372215;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301978;STB=0.679684;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.028917;OID=.;OPOS=24311782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:13:7:7:4:13:7 chr19 29724086 . A C 177.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00339089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7753;QD=12.2258;RBI=0.0129856;REFB=-0.00137013;REVB=-0.0125351;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647526;STB=0.530008;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0019287;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:7:15:23:11:7:15:23:13 chr19 29724111 . T G 227.06 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0735623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4267;QD=13.5555;RBI=0.0960181;REFB=0.000286229;REVB=-0.0617095;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189526;STB=0.510824;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.000852519;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:23:17:11:16:23:17 chr19 29724209 . A G 287.22 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0111398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4482;QD=22.0935;RBI=0.011377;REFB=-0.016263;REVB=0.00231116;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405312;STB=0.51336;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0109039;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:13:16:11:11:13:16:12:11 chr19 30097268 . C G 86.68 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.242;QD=38.5235;RBI=0.00983931;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123843;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:0:9:0:0 chr19 30101339 . G A 388.78 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0206857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8459;QD=16.5439;RBI=0.0455339;REFB=-0.0263895;REVB=0.0405639;RO=53;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919667;STB=0.557654;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0351685;OID=.;OPOS=30101339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:53:40:41:0.43617:19:21:23:30:19:22:23:30 chr19 30102856 . A G 910.48 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.453;QD=57.8085;RBI=0.0460255;REFB=0;REVB=0.0180163;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276643;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:36:25:0:0:37:26:0:0 chr19 30156601 . G C 100.69 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0130673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.532;QD=8.39077;RBI=0.0168956;REFB=-0.00334928;REVB=0.0107102;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220493;STB=0.636147;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0141889;OID=.;OPOS=30156601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:4:9:18:17:4:9:18:17 chr19 30165639 . C T 121.59 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.0174453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.053;QD=15.1992;RBI=0.0310519;REFB=-0.018292;REVB=0.0256881;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407826;STB=0.799699;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0149603;OID=.;OPOS=30165639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:10:18:13:14:0.4375:7:6:10:0:8:6:18:0 chr19 30193721 . G A 714.39 PASS AF=0.489655;AO=70;DP=145;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0141224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.867;QD=19.7072;RBI=0.0141229;REFB=-0.0263974;REVB=-0.000110717;RO=74;SAF=44;SAR=26;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135806;STB=0.577595;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0293346;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:74:70:71:0.489655:26:44:36:38:26:45:36:38 chr19 30414572 . C G 200.41 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0195939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.187;QD=13.5868;RBI=0.0207597;REFB=-0.0165782;REVB=-0.00685872;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113347;STB=0.552324;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0266651;OID=.;OPOS=30414572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:11:12:22:13:11:13:22:13 chr19 30414587 . G T 239.3 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.031363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2308;QD=14.9565;RBI=0.03663;REFB=-0.0100049;REVB=-0.018924;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104062;STB=0.539143;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0184473;OID=.;OPOS=30414587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:27:28:0.4375:12:15:23:12:12:16:23:13 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1278.75 PASS AF=0.880952,0.119048;AO=57,11;DP=88;FAO=74,10;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44,3;FSAR=30,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171826,0.00907889;FXX=0.0666593;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=119.757,90.4246;QD=60.893;RBI=0.0429577,0.0107199;REFB=0,0;REVB=0.0393716,-0.00570004;RO=0;SAF=32,6;SAR=25,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0075243,0.060493;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.880952,0.119048:57,11:88:74,10:84:0:44,3:30,7:0:0:51:0:32,6:25,5:0:0 chr19 31766328 . A G 61.84 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00970324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5796;QD=7.2748;RBI=0.023501;REFB=-0.0123723;REVB=0.0214044;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106465;STB=0.592997;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0257059;OID=.;OPOS=31766328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:2:7:17:7:2:7:17:8 chr19 31769763 . G A 913.56 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00105352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.565;QD=54.5407;RBI=0.0338802;REFB=-0.107041;REVB=0.0338639;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106152;STB=0.5067;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000691506;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:20:44:1:0:20:45:1:1 chr19 32083696 . T C 1829.17 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511915;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.151;QD=60.9723;RBI=0.00617212;REFB=0;REVB=-0.00344809;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59706e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr19 32873698 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.62;QD=56.7066;RBI=0.0169287;REFB=0;REVB=0.0134324;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07695e-05;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 32930069 . G A 579.52 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313333;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6804;QD=61.0021;RBI=0.0572994;REFB=0;REVB=-0.0479733;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010783;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr19 33088126 . TAG T,TCT 332.14 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550849,0.00658408;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=168.054,119.296;QD=53.1419;RBI=0.0268108,0.014237;REFB=0,0;REVB=0.0262389,-0.0126231;RO=0;SAF=12,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00451392,-0.00274268;OID=.,.;OPOS=33088127,33088127;OREF=AG,AG;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:22,2:25:23,2:25:0:13,2:10,0:0:0:9:0:12,2:10,0:0:0 chr19 33106600 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0361416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8711;QD=20.3171;RBI=0.0361417;REFB=0.0309202;REVB=9.47821e-05;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.566503;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0231222;OID=.;OPOS=33106600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:11:7:10:9:11:7 chr19 33110204 . T C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00346198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7139;QD=11.812;RBI=0.0347595;REFB=-0.0203274;REVB=0.0345867;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149372;STB=0.588607;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0335691;OID=.;OPOS=33110204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:11:12:5:8:11:12 chr19 33117666 . T C 833.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.984;QD=57.4659;RBI=0.0175497;REFB=0;REVB=0.0171809;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73537e-05;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr19 33146154 . G C 122.11 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0050519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.933;QD=25.7073;RBI=0.0723452;REFB=-0.0182425;REVB=0.0721686;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207161;STB=0.615828;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0224398;OID=.;OPOS=33146154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:5:1:7:6:5:1 chr19 33167879 . G A 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.201;QD=57.8182;RBI=0.0510754;REFB=-0.0523574;REVB=0.0357581;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00294917;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr19 33168036 . G GT 545.42 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=59;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00766466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7043;QD=38.9585;RBI=0.2092;REFB=0.0285903;REVB=0.209059;RO=9;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572107;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0043779;OID=.;OPOS=33168037;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982143:49:59:55:56:1:27:28:1:0:6:9:26:23:3:6 chr19 33168059 . G A 700.41 PASS AF=0.901639;AO=53;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00428206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8747;QD=45.9282;RBI=0.0222058;REFB=-0.0585667;REVB=0.021789;RO=8;SAF=26;SAR=27;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00231881;STB=0.500894;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0517382;OID=.;OPOS=33168059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:61:61:8:6:53:55:0.901639:27:26:4:4:28:27:3:3 chr19 33168412 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.27;QD=61.684;RBI=0.0326943;REFB=0;REVB=0.0125294;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52118e-05;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 33169003 . A C 594.51 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.639;QD=60.9749;RBI=0.015232;REFB=0;REVB=0.000413001;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04274e-05;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:11:28:0:0 chr19 33239450 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.617;QD=60.6096;RBI=0.0488311;REFB=0;REVB=0.000487403;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174524;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 33281924 . A G 1577.17 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247219;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4935;QD=58.9595;RBI=0.0251123;REFB=0.0301311;REVB=-0.00441056;RO=1;SAF=64;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735857;STB=0.503875;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-5.23533e-07;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:42:64:1:0:42:64:1:0 chr19 33293948 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.199;QD=55.5181;RBI=0.0283202;REFB=0.0727785;REVB=0.00309594;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000111703;OID=.;OPOS=33293948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr19 33390796 . G A 1059.49 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709763;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6646;QD=59.6896;RBI=0.00992256;REFB=0;REVB=0.00693403;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662141;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr19 33414420 . A G 668.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989089;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.948;QD=62.2208;RBI=0.100623;REFB=0;REVB=0.0184947;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027848;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr19 33430816 . T G 1716.02 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642609;FXX=0.0504159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.798;QD=60.744;RBI=0.0728936;REFB=0;REVB=0.0344095;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291193;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:111:113:1:66:45:0:0:67:46:0:0 chr19 33444519 . A G 78.37 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0159186;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7069;QD=3.77671;RBI=0.0160847;REFB=-0.00121171;REVB=-0.00230591;RO=69;SAF=8;SAR=6;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169933;STB=0.612088;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0069459;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:83:83:69:69:14:14:0.168675:6:8:30:39:6:8:30:39 chr19 33444556 . T C 439.23 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0086069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1295;QD=17.3951;RBI=0.0439282;REFB=-0.0130018;REVB=-0.0430768;RO=53;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336512;STB=0.691983;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140312;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:54:46:47:0.465347:19:27:12:41:19:28:12:42 chr19 33444576 . C T 350.05 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0144078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.956;QD=13.594;RBI=0.0148671;REFB=-0.00884219;REVB=0.00366714;RO=60;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300753;STB=0.676834;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00819181;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:62:41:41:0.398058:16:25:19:41:16:25:19:43 chr19 33444588 . T G 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00137593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.386;QD=11.1634;RBI=0.00220065;REFB=-0.00180009;REVB=-0.00171747;RO=59;SAF=26;SAR=7;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526549;STB=0.797657;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00581062;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:66:33:33:0.333333:7:26:18:41:7:26:22:44 chr19 33444707 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.544;QD=62.9817;RBI=0.0776069;REFB=0;REVB=0.00444388;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152814;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr19 33467357 . G A 840.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.68;QD=56.9881;RBI=0.0290968;REFB=0;REVB=0.00127627;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022794;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr19 33470874 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00418161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.927;QD=18.0877;RBI=0.0297578;REFB=-0.0193935;REVB=0.0294625;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140192;STB=0.566322;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0183084;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:12:14:18:8:12:14:18:9 chr19 33486939 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00541068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.316;QD=21.9441;RBI=0.0291964;REFB=0.015317;REVB=-0.0286907;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126935;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0111523;OID=.;OPOS=33486939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:8:4:8:8:8:4 chr19 33487071 . G C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0732094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.683;QD=6.57313;RBI=0.0792375;REFB=-0.0133727;REVB=0.0303145;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467764;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.031936;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:9:7:5:1:9:7 chr19 33490500 . C T 47.06 PASS AF=0.101695;AO=12;DP=118;FAO=12;FDP=118;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=0.0434119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5449;QD=1.59529;RBI=0.048472;REFB=0.00203597;REVB=-0.0215626;RO=106;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448215;STB=0.534104;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0193044;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:118:118:106:106:12:12:0.101695:8:4:39:67:8:4:39:67 chr19 33490566 . T C 390.74 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=63;FWDB=-0.016074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.251;QD=12.0228;RBI=0.038684;REFB=-0.00810838;REVB=-0.0351864;RO=81;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206492;STB=0.61286;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00968327;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:83:47:47:0.361538:28:19:19:62:28:19:20:63 chr19 33490585 . G A 62.51 PASS AF=0.116279;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=129;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=80;FWDB=-0.000110172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.958;QD=1.93839;RBI=0.0223292;REFB=0.00265167;REVB=0.0223289;RO=114;SAF=5;SAR=10;SRF=34;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049857;STB=0.535668;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0276149;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:129:129:114:114:15:15:0.116279:10:5:34:80:10:5:34:80 chr19 33517515 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0105133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.707;QD=23.8208;RBI=0.0247875;REFB=-0.00176201;REVB=-0.0224475;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000441545;OID=.;OPOS=33517515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:8:9:11:11:8:9 chr19 33579128 . T C 271.63 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00689908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.095;QD=14.6824;RBI=0.038025;REFB=-0.00659975;REVB=0.0373938;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153087;STB=0.586881;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0132929;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:20:23:12:19:20:23 chr19 33586739 . G C 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0260838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.352;QD=25.3674;RBI=0.0342194;REFB=-0.00258754;REVB=-0.0221496;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119429;STB=0.566333;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000409752;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:9:5:11:10:9:5 chr19 33600764 . T C 306.77 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00598872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.386;QD=27.2684;RBI=0.0170592;REFB=-0.0389553;REVB=0.0159735;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962419;STB=0.559559;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0258946;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:12:14:12:6:13:14:12:6 chr19 33605300 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.493;QD=48.7373;RBI=0.0769122;REFB=0;REVB=-0.00295331;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127072;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 33605312 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.931;QD=46.8472;RBI=0.058421;REFB=0;REVB=-0.0578312;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708646;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 33617508 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0716639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8322;QD=9.76035;RBI=0.0751083;REFB=-0.00866558;REVB=-0.0224842;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0103767;OID=.;OPOS=33617508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr19 33617583 . C T 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0238864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.981;QD=16.6238;RBI=0.0343052;REFB=-0.00497471;REVB=-0.0246229;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00887255;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:6:7:4:9:7:7 chr19 33647379 . T C 193.25 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0327867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.304;QD=16.4469;RBI=0.0332284;REFB=-0.000166497;REVB=0.00540009;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251202;STB=0.642871;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000329142;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:8:19:9:11:8:19 chr19 33696315 . C T 140.36 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0346989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.2055;QD=9.35717;RBI=0.0383796;REFB=-0.00657291;REVB=-0.0164006;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533629;STB=0.523785;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0152985;OID=.;OPOS=33696315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:41:19:19:0.316667:10:9:15:17:10:9:18:23 chr19 33696708 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0131721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.409;QD=10.0752;RBI=0.0150561;REFB=-0.017512;REVB=-0.00729256;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0241574;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:7:7:5:3:7:7 chr19 33698291 . T C 118.27 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.068221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1302;QD=12.7856;RBI=0.070562;REFB=-0.00855504;REVB=-0.0180246;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413621;STB=0.72498;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0175149;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:5:17:5:9:6:17 chr19 33698448 . G A 241.62 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0472474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3165;QD=16.9557;RBI=0.091104;REFB=-0.0175731;REVB=0.077895;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605813;STB=0.522372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0247744;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:27:27:0.473684:16:11:10:19:16:11:11:19 chr19 33791942 . G A 146.58 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0295292;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.589;QD=10.4699;RBI=0.029603;REFB=-0.0144803;REVB=0.00208956;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209588;STB=0.63144;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0238531;OID=.;OPOS=33791942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:37:19:19:0.339286:7:12:16:20:7:12:16:21 chr19 33872032 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGT 326.07 PASS AF=0.925,0;AO=22,8;DP=41;FAO=37,0;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=15,0;FSAR=22,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0900751,-0.212775;FXX=0.0243843;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=12.1685,14.2563;QD=32.6069;RBI=0.292576,0.253324;REFB=-0.120761,-0.060968;REVB=0.278365,0.137477;RO=9;SAF=6,8;SAR=16,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.335294,0;SSSB=0.0342472,0.817364;STB=0.520156,0.5;STBP=0.417,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0510958,0;OID=.,.;OPOS=33872033,33872038;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925,0:22,8:41:37,0:40:3:15,0:22,0:2:1:8:9:6,8:16,0:2:7 chr19 33882222 . G A 296.6 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0290412;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5942;QD=10.5929;RBI=0.0300682;REFB=-0.0162865;REVB=-0.00779126;RO=70;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457437;STB=0.50847;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0320218;OID=.;OPOS=33882222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:70:74:38:38:0.339286:18:20:34:36:18:20:38:36 chr19 34304260 . A AT 103.84 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0023354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7035;QD=7.83722;RBI=0.00638886;REFB=-0.00824046;REVB=-0.00594671;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211161;STB=0.589664;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.00345761;OID=.;OPOS=34304261;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:21:52:23:53:30:15:8:15:15:99:30:14:7:14:16 chr19 34584137 . A G 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0202428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.82;QD=25.8982;RBI=0.0207857;REFB=-0.01597;REVB=0.00471927;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210992;STB=0.616753;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0111449;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:17:11:14:7:17:11:14:7 chr19 34842488 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.313;QD=62.3508;RBI=0.0189219;REFB=0;REVB=0.011421;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60436e-06;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr19 34843761 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.368;QD=33.4285;RBI=0.0285781;REFB=0;REVB=0.0206876;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202567;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 34959979 . A G 533.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.747;QD=57.6797;RBI=0.0438598;REFB=-0.0767574;REVB=0.0320185;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487693;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:18:18:1:0:18:19:0:0 chr19 34972146 . G C 587.98 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0844766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1304;QD=54.6954;RBI=0.0939609;REFB=-0.10478;REVB=0.0411382;RO=3;SAF=15;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401613;STB=0.505348;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00849123;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:43:3:2:40:41:0.953488:25:15:2:1:25:16:1:1 chr19 35420841 . A G 454.78 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00521489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2839;QD=19.9903;RBI=0.0189325;REFB=-0.0152775;REVB=-0.0182002;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105989;STB=0.50588;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0201155;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:21:24:24:22:21:24:24:22 chr19 35433604 . G T 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0182298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.298;QD=9.84028;RBI=0.0356423;REFB=-0.000474068;REVB=0.0306275;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494115;STB=0.7994;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000443671;OID=.;OPOS=35433604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:7:13:2:8:7:13 chr19 35434238 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00207764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.697;QD=16.504;RBI=0.00963428;REFB=-0.00605554;REVB=-0.00940759;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243373;STB=0.637393;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00980009;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:18:12:17:9:18:12 chr19 35434512 . T C 191.47 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0442259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.764;QD=22.5263;RBI=0.054141;REFB=-0.00620336;REVB=0.03123;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200656;STB=0.622522;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00320389;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:9:10:11:3:9:10:12:3 chr19 35435006 . G A 175.3 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00487498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.719;QD=20.6235;RBI=0.00620992;REFB=-0.00653157;REVB=-0.00384677;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326819;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0055855;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:10:7:6:10:11:7:6:10 chr19 35435069 . A G 179.74 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00196847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.894;QD=15.6297;RBI=0.00977618;REFB=-0.021956;REVB=0.00957595;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228457;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0305777;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:16:11:12:7:16:11 chr19 35449082 . G A 446.65 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0385608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6509;QD=14.0678;RBI=0.0386128;REFB=-0.00807381;REVB=-0.00200353;RO=73;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728172;STB=0.53728;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0115817;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:76:51:51:0.401575:23:28:35:38:23:28:37:39 chr19 35450229 . C T 393.11 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00722958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.889;QD=22.4633;RBI=0.00989711;REFB=-0.0143141;REVB=-0.00675913;RO=28;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118255;STB=0.569724;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0113024;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:31:39:39:0.557143:19:20:10:18:19:20:11:20 chr19 35501051 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00459527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.491;QD=17.4017;RBI=0.00517013;REFB=-0.00265083;REVB=-0.00236933;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00210937;OID=.;OPOS=35501051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:8:5:6:7:8:5 chr19 35513765 . C T 129.7 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0419019;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.706;QD=21.6164;RBI=0.0419601;REFB=-0.0561739;REVB=0.00221048;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185087;OID=.;OPOS=35513765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:9:10:14:14:0.583333:7:7:4:5:7:7:5:5 chr19 35551225 . G GC 98.5 PASS AF=0.402985;AO=22;DP=70;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.179477;FXX=0.0289813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.41372;QD=5.88053;RBI=0.180205;REFB=-0.00607397;REVB=-0.0161847;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574853;STB=0.555637;STBP=0.475;TYPE=ins;VARB=-0.034952;OID=.;OPOS=35551226;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:22:70:27:67:40:14:13:17:23:98:38:11:11:17:21 chr19 35577870 . G A 344.67 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0291305;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.725;QD=18.886;RBI=0.0415559;REFB=-0.0174617;REVB=-0.0296362;RO=36;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182608;STB=0.609461;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0152751;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:37:36:36:0.493151:12:24:17:19:12:24:17:20 chr19 35590180 . T A 187.86 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00029409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.936;QD=20.3094;RBI=0.00161173;REFB=-0.0301502;REVB=0.00158467;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687735;STB=0.538881;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0265011;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:10:8:7:12:10:8 chr19 35597352 . T C 490.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610098;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.289;QD=59.418;RBI=0.0865574;REFB=0;REVB=0.0863421;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343813;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr19 35597462 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00671696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.401;QD=13.4417;RBI=0.0122083;REFB=-0.0287355;REVB=0.0101944;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0314192;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr19 35597620 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0219971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.318;QD=17.7318;RBI=0.0277152;REFB=-0.0273041;REVB=0.0168601;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051485;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0180262;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:10:9:9:8:10:9 chr19 35597729 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0225179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.667;QD=21.015;RBI=0.0262795;REFB=0.0129254;REVB=0.0135483;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127109;STB=0.571344;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00958534;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:6:10:10:3:6:10:10:3 chr19 35622695 . A G 537.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6414;QD=59.7733;RBI=0.0760366;REFB=0;REVB=0.0213791;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987367;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr19 35648365 . T G 488.93 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.0169683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.62;QD=22.224;RBI=0.0354593;REFB=-0.0362998;REVB=0.0311358;RO=40;SAF=29;SAR=17;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161713;STB=0.57467;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0429476;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:46:47:0.534091:17:29:32:8:17:30:32:9 chr19 35649281 . A G 159.35 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0426693;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6616;QD=17.705;RBI=0.0523043;REFB=-0.0309463;REVB=-0.03025;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16392;STB=0.56693;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0421524;OID=.;OPOS=35649281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:11:5:9:10:11:6:9:10 chr19 35649324 . C G 334.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.746;QD=53.4517;RBI=0.0452144;REFB=0;REVB=0.0293253;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177295;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:13:12:0:0 chr19 35655151 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.734;QD=39.2068;RBI=0.0803621;REFB=0;REVB=0.0328249;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399335;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr19 35657284 . G T 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0225225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.232;QD=10.1765;RBI=0.0416493;REFB=-0.00125092;REVB=0.0350343;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00281257;OID=.;OPOS=35657284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr19 35660508 . G A 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0436;QD=57.1837;RBI=0.0292585;REFB=0;REVB=0.0108302;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673927;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 35741375 . C T 530.05 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0216428;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.702;QD=17.9679;RBI=0.0274471;REFB=-0.0108893;REVB=0.01688;RO=53;SAF=40;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16555;STB=0.63153;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0111261;OID=.;OPOS=35741375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:53:62:56:56:0.474576:16:40:29:24:16:40:30:32 chr19 35741456 . T C 2975.74 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.104973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1051;QD=62.6471;RBI=0.130692;REFB=0.0199975;REVB=-0.0778517;RO=0;SAF=92;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502564;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000736609;OID=.;OPOS=35741456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:0:1:189:189:0.994737:97:92:0:0:97:92:0:1 chr19 35770056 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.831;QD=61.684;RBI=0.0397858;REFB=0;REVB=0.016177;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261165;OID=.;OPOS=35770056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 35786868 . C T 486.4 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0454972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.773;QD=18.8892;RBI=0.045535;REFB=-0.0109182;REVB=0.00185495;RO=52;SAF=13;SAR=38;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199094;STB=0.610941;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00968234;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:38:13:23:29:38:13:23:29 chr19 35790503 . G A 285.44 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0131534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6428;QD=20.3887;RBI=0.100218;REFB=-0.0059383;REVB=0.0993511;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13887;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00789822;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:12:17:11:15:13:17:11:15 chr19 35793589 . C T 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=8.96621e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.988;QD=24.1062;RBI=0.0111113;REFB=-0.0105771;REVB=-0.0111113;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241656;STB=0.634806;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00951339;OID=.;OPOS=35793589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:12:7:16:8:12:7 chr19 35823682 . GAAAA GAAA,GAAAG 48.23 PASS AF=0.2,0.0444444;AO=9,2;DP=45;FAO=9,2;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8,2;FSAR=1,0;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.100732,0.00218068;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.3631,24.8276;QD=4.28748;RBI=0.123927,0.113916;REFB=-0.0751406,-0.0472893;REVB=0.0721878,0.113895;RO=31;SAF=8,2;SAR=1,0;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.538093,0.459502;STB=0.862761,0.995041;STBP=0.024,0.178;TYPE=del,snp;VARB=0.133814,0.148688;OID=.,.;OPOS=35823683,35823686;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAA,GAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.0444444:9,2:45:9,2:45:34:8,2:1,0:16:18:37:31:8,2:1,0:15:16 chr19 35843086 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.885;QD=57.6799;RBI=0.0739652;REFB=0;REVB=0.0675062;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067955;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 35849883 . C G 255.78 PASS AF=0.258993;AO=35;DP=140;FAO=36;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.148335;FXX=0.00714235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.813;QD=7.36048;RBI=0.148607;REFB=-0.00973635;REVB=-0.00899138;RO=76;SAF=13;SAR=22;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378258;STB=0.554515;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0237974;OID=.;OPOS=35849883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:76:102:35:36:0.258993:22:13:28:48:22:14:47:55 chr19 35849926 . G A 211.39 PASS AF=0.186275;AO=38;DP=204;FAO=38;FDP=204;FR=.;FRO=166;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=91;FWDB=0.00184328;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.408;QD=4.14485;RBI=0.0107392;REFB=-0.0102314;REVB=0.0105798;RO=162;SAF=19;SAR=19;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555772;STB=0.539195;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0398101;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:162:166:38:38:0.186275:19:19:74:88:19:19:75:91 chr19 35850672 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0249459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.858;QD=11.9533;RBI=0.0250999;REFB=-0.0130868;REVB=-0.00277646;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0199427;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chr19 35863707 . G A 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00951358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.243;QD=18.2448;RBI=0.0416826;REFB=-0.0121705;REVB=-0.0405824;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0230903;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:13:13:0.52:7:6:5:6:7:6:5:7 chr19 35863809 . T A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0249858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1684;QD=21.1727;RBI=0.0255613;REFB=-0.0395874;REVB=0.00539342;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0196893;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr19 35991373 . C T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0171649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.877;QD=17.9395;RBI=0.01873;REFB=-0.0320191;REVB=-0.00749513;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248086;STB=0.514124;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0425066;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:11:11:10:9:11:11 chr19 35991442 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=58.1387;RBI=0.0266467;REFB=0;REVB=-0.0191632;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05666e-06;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr19 35994382 . TTTTTTTTTTTTTT GTTTTTGTTTTTGA 54.96 PASS AF=0.75;AO=2;DP=12;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.058238;FXX=0.428266;HRUN=19;LEN=14;MLLD=181.204;QD=27.4793;RBI=0.0587849;REFB=-0.0375943;REVB=0.00800002;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697199;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=mnp;VARB=0.012752;OID=.;OPOS=35994382;OREF=TTTTTTTTTTTTTT;OALT=GTTTTTGTTTTTGA;OMAPALT=GTTTTTGTTTTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:8:1:2:2:6:0.75:2:0:1:0:3:3:2:0 chr19 35997457 . G T 127.33 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.014222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4967;QD=9.26059;RBI=0.112243;REFB=0.0129587;REVB=0.111338;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162581;STB=0.596901;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0242097;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:21:17:10:7:21:17 chr19 35998362 . T G 98.97 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.101031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6765;QD=15.8353;RBI=0.10357;REFB=0.00505842;REVB=0.0227926;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.639785;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000651907;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:13:13:11:12:0.48:6:5:3:10:6:6:3:10 chr19 36002393 . C T 57.21 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00119266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.831;QD=12.7133;RBI=0.0500573;REFB=-0.0233049;REVB=-0.0500431;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0313021;OID=.;OPOS=36002393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr19 36004106 . A C,G 615.68 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094448,0.0382611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.0168,72.1435;QD=60.0662;RBI=0.0199022,0.0418822;REFB=0,0;REVB=-0.0175184,-0.0170353;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.228759,-0.00223543;OID=.,.;OPOS=36004106,36004106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,18:2,21:0:0:0,18:2,21:0:0 chr19 36017928 . G C 73.74 PASS AF=0.37037;AO=7;DP=23;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0599806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.093;QD=10.925;RBI=0.0637071;REFB=-0.0178913;REVB=0.021469;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.518482;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.031047;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:23:27:16:17:7:10:0.37037:3:4:8:8:5:5:9:8 chr19 36048741 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.08;QD=34.6655;RBI=0.0346493;REFB=-0.0970582;REVB=0.0112459;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0134342;OID=.;OPOS=36048741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chr19 36050969 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.184;QD=53.2768;RBI=0.0488886;REFB=0;REVB=0.0415379;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400071;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 36066570 . A G 5575.73 PASS AF=0.894009;AO=386;DP=432;FAO=388;FDP=434;FR=.;FRO=46;FSAF=140;FSAR=248;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00337015;FXX=0.00458705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.077;QD=51.3892;RBI=0.0100093;REFB=-0.0152774;REVB=0.00942485;RO=46;SAF=140;SAR=246;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250871;STB=0.513391;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0018723;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:434:46:46:386:388:0.894009:246:140:22:24:248:140:22:24 chr19 36066577 . A G 5221.98 PASS AF=0.883055;AO=367;DP=416;FAO=370;FDP=419;FR=.;FRO=49;FSAF=137;FSAR=233;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00806782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.96;QD=49.8518;RBI=0.0298075;REFB=-0.0127991;REVB=0.0286949;RO=48;SAF=137;SAR=230;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198401;STB=0.509818;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00105857;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:419:48:49:367:370:0.883055:230:137:22:26:233:137:22:27 chr19 36066634 . A G 4120.04 PASS AF=0.897516;AO=287;DP=320;FAO=289;FDP=322;FR=.;FRO=33;FSAF=127;FSAR=162;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0153525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.694;QD=51.1806;RBI=0.0174264;REFB=0.00695708;REVB=0.00824489;RO=32;SAF=127;SAR=160;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191082;STB=0.5079;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00170991;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:322:32:33:287:289:0.897516:160:127:11:21:162:127:12:21 chr19 36066642 . A G 3727.64 PASS AF=0.911348;AO=257;DP=283;FAO=257;FDP=282;FR=.;FRO=25;FSAF=124;FSAR=133;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0134743;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.886;QD=52.8744;RBI=0.0135829;REFB=-0.00108775;REVB=0.0017141;RO=25;SAF=124;SAR=133;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000419834;STB=0.500221;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000148703;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:283:282:25:25:257:257:0.911348:133:124:12:13:133:124:12:13 chr19 36066645 . A G 3554.61 PASS AF=0.91791;AO=244;DP=267;FAO=246;FDP=268;FR=.;FRO=22;FSAF=125;FSAR=121;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00742023;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.428;QD=53.0539;RBI=0.0157192;REFB=-0.0412031;REVB=0.0138576;RO=22;SAF=125;SAR=119;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162163;STB=0.508129;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00336386;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:267:268:22:22:244:246:0.91791:119:125:9:13:121:125:9:13 chr19 36066661 . A G 2329.71 PASS AF=0.87766;AO=165;DP=188;FAO=165;FDP=188;FR=.;FRO=23;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00263641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.942;QD=49.5682;RBI=0.00478708;REFB=0.0186628;REVB=0.00399569;RO=23;SAF=92;SAR=73;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388252;STB=0.520515;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00277786;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:188:188:23:23:165:165:0.87766:73:92:9:14:73:92:9:14 chr19 36066667 . A G 1756.37 PASS AF=0.82716;AO=133;DP=163;FAO=134;FDP=162;FR=.;FRO=28;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0197664;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.389;QD=43.3673;RBI=0.0198751;REFB=-0.0370592;REVB=0.00207654;RO=29;SAF=79;SAR=54;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504107;STB=0.522187;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00588724;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:29:28:133:134:0.82716:54:79:13:16:55:79:13:15 chr19 36066744 . C T 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0132828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.331;QD=2.37178;RBI=0.0163157;REFB=-0.00206031;REVB=-0.00947456;RO=75;SAF=2;SAR=9;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385489;STB=0.776734;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0122557;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:75:76:11:11:0.126437:9:2:36:39:9:2:36:40 chr19 36159368 . T G 217.76 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0244794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7426;QD=16.7508;RBI=0.0247948;REFB=-0.0243712;REVB=-0.00394275;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169603;STB=0.595164;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.025639;OID=.;OPOS=36159368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:10:14:21:7:10:14:21:7 chr19 36168872 . G A 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0192283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.648;QD=20.8947;RBI=0.0611029;REFB=-0.00456174;REVB=0.0579986;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00790419;OID=.;OPOS=36168872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr19 36168914 . T C 120.12 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0173881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6654;QD=26.6938;RBI=0.0179703;REFB=0.023677;REVB=0.00453732;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896755;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00932664;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:12:13:0.722222:5:7:3:2:5:8:3:2 chr19 36206050 . A C 343.44 PASS AF=0.537313;AO=33;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00761664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.327;QD=20.5038;RBI=0.103726;REFB=-0.0190897;REVB=0.103446;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807322;STB=0.520321;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0156013;OID=.;OPOS=36206050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:31:33:36:0.537313:14:19:15:16:17:19:15:16 chr19 36206271 . C T 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0757672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.659;QD=11.9916;RBI=0.0767401;REFB=-0.0191081;REVB=0.0121806;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382496;STB=0.726148;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0201549;OID=.;OPOS=36206271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:14:4:18:15:14:4:18:15 chr19 36214632 . A AG 994.29 PASS AF=1;AO=81;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7419;QD=46.246;RBI=0.158649;REFB=0;REVB=-0.0461387;RO=4;SAF=65;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00158032;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:87:86:86:0:67:19:0:0:18:4:65:16:2:2 chr19 36222857 . C T 445.3 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0438993;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1363;QD=16.4927;RBI=0.0447396;REFB=0.00293969;REVB=0.00862999;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592634;STB=0.537923;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00293078;OID=.;OPOS=36222857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:60:59:49:49:0.453704:25:24:33:27:25:24:33:26 chr19 36223747 . A G 188.67 PASS AF=0.418182;AO=19;DP=50;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=0.00125733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.033;QD=13.7217;RBI=0.0404793;REFB=-0.015284;REVB=-0.0404598;RO=29;SAF=16;SAR=3;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278059;STB=0.565975;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0243691;OID=.;OPOS=36223747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:29:32:19:23:0.418182:3:16:24:5:3:20:26:6 chr19 36224161 . C A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.198;QD=15.2589;RBI=0.00616148;REFB=-0.0178354;REVB=-0.00616148;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416855;OID=.;OPOS=36224161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chr19 36224705 . A G 335.88 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000659904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.291;QD=21.3257;RBI=0.00876575;REFB=-0.034131;REVB=0.00874087;RO=26;SAF=8;SAR=27;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219889;STB=0.627828;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0261787;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:35:35:0.555556:27:8:12:14:27:8:13:15 chr19 36230767 . A G 165.18 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0207996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.846;QD=22.7828;RBI=0.0209744;REFB=-0.021417;REVB=0.00270218;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633569;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00779853;OID=.;OPOS=36230767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:8:8:5:7:8:9:5:7 chr19 36243089 . T C 1126.24 PASS AF=0.975;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0335689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0727;QD=56.3119;RBI=0.0457877;REFB=-0.140528;REVB=-0.0311391;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.511361;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00551314;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:80:0:2:77:78:0.975:34:43:0:0:35:43:2:0 chr19 36243813 . G A 1775.73 PASS AF=0.96;AO=120;DP=125;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00192838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.262;QD=56.8233;RBI=0.0084992;REFB=0.0875789;REVB=0.00827755;RO=4;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153064;STB=0.503999;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000640389;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:125:125:4:5:120:120:0.96:60:60:1:3:60:60:2:3 chr19 36258721 . C T 640.42 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.00465302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.55;QD=17.4263;RBI=0.0275013;REFB=-0.0193551;REVB=0.0271048;RO=81;SAF=38;SAR=28;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093927;STB=0.55231;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0243654;OID=.;OPOS=36258721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:66:66:0.44898:28:38:39:42:28:38:39:42 chr19 36258842 . G C 379.61 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00657013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.439;QD=16.6859;RBI=0.00675114;REFB=-0.00926509;REVB=-0.00155284;RO=51;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135102;STB=0.576131;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0131853;OID=.;OPOS=36258842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:27:13:23:28:27:13:23:28 chr19 36258937 . AG A 374.73 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.268689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5204;QD=46.8417;RBI=0.285647;REFB=0;REVB=-0.096956;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.016126;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:32:32:0:10:22:0:0:7:0:10:20:0:0 chr19 36268771 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0175917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.445;QD=15.2558;RBI=0.0176034;REFB=-0.00821102;REVB=0.000642409;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12709;STB=0.573454;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0131373;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:14:16:13:7:14:16 chr19 36270052 . A G 222.93 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.62;QD=49.54;RBI=0.0183316;REFB=0;REVB=-0.0168902;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53423e-05;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 36273308 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0196977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3428;QD=17.3999;RBI=0.0341531;REFB=0.0110692;REVB=-0.0279004;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0144965;OID=.;OPOS=36273308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chr19 36278470 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.573;QD=60.6103;RBI=0.0136946;REFB=0;REVB=0.00578292;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89639e-05;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr19 36290977 . C T 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0118277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.613;QD=16.5016;RBI=0.0138656;REFB=-0.00788081;REVB=-0.00723604;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420474;STB=0.523725;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0185406;OID=.;OPOS=36290977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:16:14:11:15:16:14 chr19 36322270 . C T 169.13 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0011076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.19;QD=12.0806;RBI=0.0189477;REFB=-0.0212173;REVB=-0.0189153;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731997;STB=0.541556;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0356168;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:11:10:18:15:11:10:19:16 chr19 36334419 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0484417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.136;QD=17.5422;RBI=0.0504184;REFB=-0.0165778;REVB=-0.0139791;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212664;STB=0.622055;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0151215;OID=.;OPOS=36334419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:7:9:5:10:7:9 chr19 36334446 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00483324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.314;QD=17.9561;RBI=0.0150211;REFB=0.00495747;REVB=0.0142223;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279432;STB=0.660802;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00636481;OID=.;OPOS=36334446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:8:9:4:12:8:9 chr19 36342212 . C T 210.37 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0774241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9069;QD=28.0488;RBI=0.0792162;REFB=0.00252751;REVB=0.0167545;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049823;STB=0.534212;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000489697;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:11:8:5:5:12:8:5:5 chr19 36342267 . G A 96.21 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0228116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6296;QD=12.4145;RBI=0.0260544;REFB=-0.0207386;REVB=0.0125882;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205969;STB=0.622014;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0336666;OID=.;OPOS=36342267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:10:9:8:4:10:9 chr19 36351839 . G A 266.44 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00753563;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.195;QD=14.4023;RBI=0.0283339;REFB=-0.0185129;REVB=0.0273134;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509219;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0195287;OID=.;OPOS=36351839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:43:30:31:0.418919:12:18:24:16:12:19:27:16 chr19 36355595 . A G 481.32 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.061483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1362;QD=53.4796;RBI=0.119401;REFB=-0.076414;REVB=-0.102355;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306052;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00214167;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:16:18:1:1:16:18:1:1 chr19 36365684 . G T 142.92 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00502652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.201;QD=14.6589;RBI=0.0519831;REFB=-0.0404493;REVB=0.0517395;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108015;STB=0.574986;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0561845;OID=.;OPOS=36365684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:9:7:12:10:9:7:13:10 chr19 36370011 . G A 304.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0494036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5553;QD=19.9393;RBI=0.0715968;REFB=0.018796;REVB=0.0518207;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100204;STB=0.555634;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0118163;OID=.;OPOS=36370011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:17:12:17:15:17:12 chr19 36387881 . A G 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.031877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.281;QD=11.8811;RBI=0.0585259;REFB=-0.00906723;REVB=-0.049083;RO=28;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223095;STB=0.633948;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0294466;OID=.;OPOS=36387881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:12:3:10:18:12:3:10:18 chr19 36393186 . T C 118.88 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0324586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7848;QD=13.2086;RBI=0.0518505;REFB=0.00487767;REVB=-0.040434;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197408;STB=0.617164;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0153808;OID=.;OPOS=36393186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:8:14:11:3:8:14 chr19 36394272 . T C 36.96 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0476743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.561;QD=9.24031;RBI=0.0537149;REFB=-0.0258518;REVB=-0.0247478;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304772;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0570966;OID=.;OPOS=36394272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:16:10:10:5:6:0.375:3:2:7:3:3:3:7:3 chr19 36394678 . T C 520.88 PASS AF=0.382716;AO=62;DP=162;FAO=62;FDP=162;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0234458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9737;QD=12.8611;RBI=0.0466193;REFB=-0.00881028;REVB=-0.0402946;RO=100;SAF=32;SAR=30;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829215;STB=0.546885;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0131161;OID=.;OPOS=36394678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:100:100:62:62:0.382716:30:32:44:56:30:32:44:56 chr19 36435632 . C T 641.48 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.00733169;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.311;QD=22.3123;RBI=0.0162681;REFB=-0.0181122;REVB=0.0145223;RO=52;SAF=40;SAR=23;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124499;STB=0.567881;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.016709;OID=.;OPOS=36435632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:52:63:63:0.547826:23:40:40:12:23:40:40:12 chr19 36486445 . G C 659.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.119;QD=61.3883;RBI=0.0781979;REFB=0;REVB=0.0530179;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267164;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:16:27:0:0 chr19 36487078 . AGGGGTC AGGGTC,AGGGTCG,AGGGTGC 50.74 PASS AF=0.254902,0,0.0196078;AO=8,3,5;DP=52;FAO=13,0,1;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8,0,1;FSAR=5,0,0;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.040425,-0.282512,-0.192506;FXX=0.0192271;HRUN=4,4,4;LEN=1,3,2;MLLD=13.3075,130.702,42.2436;QD=3.97976;RBI=0.112936,0.284884,0.201909;REFB=-0.099978,-0.0229219,-0.0147858;REVB=-0.105453,-0.0366792,-0.0608975;RO=26;SAF=1,3,5;SAR=7,0,0;SRF=4;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0.319249,0,0;SSSB=-0.0715359,0.747787,0.797256;STB=0.705592,0.5,0.993238;STBP=0.106,1,0.236;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.141457,0,0.0194132;OID=.,.,.;OPOS=36487079,36487082,36487082;OREF=G,GTC,GT;OALT=-,TCG,TG;OMAPALT=AGGGTC,AGGGTCG,AGGGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902,0,0.0196078:8,3,5:52:13,0,1:51:37:8,0,1:5,0,0:12:25:45:26:1,3,5:7,0,0:4:22 chr19 36497358 . C G 758.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.395;QD=55.1581;RBI=0.0618991;REFB=-0.0641794;REVB=0.00856322;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104056;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr19 36497373 . A G 825.62 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9925;QD=55.0414;RBI=0.0282106;REFB=-0.0208767;REVB=-0.0166985;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000613487;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:0:1:26:33:0:1 chr19 36499171 . C CT 185.49 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725953;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.48318;QD=26.4987;RBI=0.138536;REFB=0;REVB=0.117993;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00115162;OID=.;OPOS=36499172;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:28:28:0:19:9:0:0:5:26:3:0:15:11 chr19 36499173 . C G,T 408.71 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,26;DP=29;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641701,-0.0405454;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.2944,64.3442;QD=54.4943;RBI=0.0675887,0.0543735;REFB=0,0;REVB=-0.0212233,0.0362291;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.085338,0.0173863;OID=.,.;OPOS=36499173,36499173;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:29:30:0:0:3,26:3,27:0.1,0.9:0,10:3,16:0:0:0,11:3,16:0:0 chr19 36530562 . T C 397.74 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135295;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1777;QD=56.82;RBI=0.100127;REFB=0;REVB=0.099209;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294315;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr19 36530913 . C T 908.83 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618279;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.301;QD=58.634;RBI=0.0620369;REFB=0;REVB=-0.00508781;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37703e-05;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr19 36590329 . T C 340.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.04;QD=54.4782;RBI=0.0107824;REFB=0;REVB=0.0107318;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47218e-05;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 36592627 . G A 2971.34 PASS AF=0.984211;AO=180;DP=189;FAO=187;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658451;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2116;QD=62.5546;RBI=0.0819334;REFB=0;REVB=0.0487596;RO=0;SAF=65;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139162;OID=.;OPOS=36592627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:190:0:0:180:187:0.984211:115:65:0:0:116:71:0:0 chr19 36594659 . A T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0584;QD=58.5968;RBI=0.0076039;REFB=0;REVB=-0.00693034;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59194e-05;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr19 36595436 . A C 686.37 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.793;QD=61.0103;RBI=0.032365;REFB=0;REVB=-0.00613727;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20538e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:20:22:0:0:22:23:0:0 chr19 36602729 . G C 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3031;QD=62.0083;RBI=0.0402912;REFB=0;REVB=0.0349512;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245653;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr19 36603703 . T A 1014.82 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.08334e-05;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.284;QD=59.6951;RBI=0.0304103;REFB=0;REVB=0.0304103;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89287e-05;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:40:28:0:0 chr19 36604735 . CA C 872.54 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.808;QD=57.2154;RBI=0.0355506;REFB=0;REVB=0.0168248;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.06974e-05;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:61:61:0:33:28:0:0:5:0:33:27:0:0 chr19 36642884 . T C 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.588;QD=60.9621;RBI=0.012915;REFB=0;REVB=0.00748119;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15881e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr19 36727365 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.876;QD=56.9555;RBI=0.0265471;REFB=0;REVB=0.000120552;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87605e-05;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:32:20:0:0 chr19 37117302 . A G 466.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.673;QD=58.253;RBI=0.0416856;REFB=0;REVB=0.0116911;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102255;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:19:13:0:0 chr19 37210805 . C T 499.81 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5615;QD=58.8013;RBI=0.0123951;REFB=0;REVB=0.010988;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141134;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr19 37690420 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.726;QD=50.8361;RBI=0.0245887;REFB=-0.130922;REVB=-0.00664683;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00126583;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:24:25:0.961538:14:10:0:0:14:11:0:1 chr19 37758904 . T C 37.79 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.0188098;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2042;QD=1.18106;RBI=0.0624145;REFB=-0.00345266;REVB=-0.0595127;RO=115;SAF=3;SAR=8;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250119;STB=0.694775;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0564184;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:128:128:115:117:11:11:0.0859375:8:3:56:59:8:3:56:61 chr19 38030265 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.888;QD=58.6003;RBI=0.0131427;REFB=0;REVB=0.0123295;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93682e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 38033251 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4989;QD=57.6799;RBI=0.0821581;REFB=0;REVB=-0.0777791;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104829;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 38046967 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.215;QD=60.2279;RBI=0.0252023;REFB=0;REVB=0.0214155;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15713e-05;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr19 38055612 . A T 1281.73 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.026;QD=61.77;RBI=0.0439748;REFB=0;REVB=0.0434343;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183225;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr19 38056574 . T A 888.38 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6087;QD=56.4052;RBI=0.030557;REFB=-0.071139;REVB=-0.000908151;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0120976;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:24:38:1:0:24:38:1:0 chr19 38091932 . A T 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.658;QD=57.6595;RBI=0.0398115;REFB=0;REVB=0.00273014;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290446;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 38202516 . A C 289.76 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.327;QD=52.6828;RBI=0.149455;REFB=0;REVB=0.14944;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671285;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:6:16:0:0 chr19 38314767 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.907;QD=63.872;RBI=0.0132265;REFB=0;REVB=-0.0131323;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52274e-05;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr19 38376485 . T A 718.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.314;QD=62.4969;RBI=0.0148716;REFB=0;REVB=0.0147264;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80602e-05;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr19 38377409 . A T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8475;QD=33.4182;RBI=0.156997;REFB=0;REVB=-0.0245619;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727213;OID=.;OPOS=38377409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 38377564 . T C 610.25 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0341516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6933;QD=56.7677;RBI=0.0346614;REFB=-0.12989;REVB=0.00592266;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010638;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00709765;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:20:21:1:1:20:21:1:1 chr19 38377773 . G A 483.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.782;QD=58.6606;RBI=0.0634848;REFB=0;REVB=0.0154024;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780131;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:17:14:0:0:17:16:0:0 chr19 38378107 . G A 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1837;QD=57.3839;RBI=0.0116363;REFB=0;REVB=-0.00902755;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174516;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr19 38378539 . G C 803.95 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794041;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.28;QD=57.425;RBI=0.0168743;REFB=0;REVB=-0.0148893;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92241e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 38379446 . C T 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.895;QD=63.5737;RBI=0.0375335;REFB=0;REVB=0.00709123;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2703e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 38382328 . C T 1524.42 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0156063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8003;QD=58.6317;RBI=0.0321546;REFB=-0.125655;REVB=-0.0281133;RO=1;SAF=46;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102034;STB=0.505375;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000701766;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:57:46:1:0:57:46:1:0 chr19 38384421 . C G 129.82 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0418;QD=43.2726;RBI=0.101265;REFB=0;REVB=0.0708503;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00840691;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr19 38697930 . GA AC,CG 307.33 PASS AF=0.242574,0;AO=37,10;DP=200;FAO=49,0;FDP=202;FR=.;FRO=153;FSAF=46,0;FSAR=3,0;FSRF=60;FSRR=93;FWDB=0.0901988,-0.0909796;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=28.341,53.4877;QD=6.08567;RBI=0.100756,0.0917571;REFB=-0.0612096,-0.00428296;REVB=-0.0448996,-0.0119193;RO=148;SAF=35,10;SAR=2,0;SRF=58;SRR=90;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.712287,0.592238;STB=0.932642,0.5;STBP=0,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.188237,0;OID=.,.;OPOS=38697930,38697930;OREF=GA,GA;OALT=AC,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:148:153:37,10:49,0:0.242574,0:2,0:35,10:58:90:3,0:46,0:60:93 chr19 38702777 . C T 286.49 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.037001;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.215;QD=21.6216;RBI=0.0456865;REFB=-0.0302336;REVB=-0.0267988;RO=18;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179217;STB=0.50134;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0249268;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:24:29:29:0.54717:12:17:11:7:12:17:14:10 chr19 38706989 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.684;QD=51.9166;RBI=0.0494725;REFB=0;REVB=0.0362741;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61158e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 38709568 . C T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.085;QD=50.1322;RBI=0.0251881;REFB=0.0110723;REVB=0.0135773;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=6.2134e-05;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:13:11:0:0:13:11:1:0 chr19 38794895 . T C,G 2021.95 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=126,7;DP=133;FAO=126,7;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59,7;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122122,-0.00824214;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=110.379,70.8925;QD=60.8105;RBI=0.0146549,0.0112239;REFB=0,0;REVB=-0.00810111,-0.0076186;RO=0;SAF=59,7;SAR=67,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.31893e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000770706,0.224431;OID=.,.;OPOS=38794895,38794895;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:133:133:0:0:126,7:126,7:0.947368,0.0526316:67,0:59,7:0:0:67,0:59,7:0:0 chr19 38795250 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.956;QD=57.8835;RBI=0.0418013;REFB=0;REVB=0.0351282;RO=0;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385227;OID=.;OPOS=38795250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:47:13:0:0:47:13:0:0 chr19 38795546 . TGAA T 791.46 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389359;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.466;QD=64.6093;RBI=0.0581758;REFB=0;REVB=0.0432253;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00012307;OID=.;OPOS=38795547;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:47:49:49:0:33:16:0:0:4:0:32:13:0:0 chr19 38798086 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.94;QD=47.8223;RBI=0.012962;REFB=0;REVB=0.0113747;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321134;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 38800165 . C T 801.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.257;QD=57.2415;RBI=0.0711271;REFB=0;REVB=0.0654306;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176659;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:22:32:0:0:23:33:0:0 chr19 38817486 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.22;QD=56.935;RBI=0.0471481;REFB=0;REVB=0.026371;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8483e-05;OID=.;OPOS=38817486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr19 38817876 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.902;QD=57.5447;RBI=0.0345101;REFB=0;REVB=0.0311039;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122077;OID=.;OPOS=38817876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr19 38827960 . T C 136.76 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00111604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.954;QD=18.2349;RBI=0.0332256;REFB=-0.0192563;REVB=0.0332068;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0171975;OID=.;OPOS=38827960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:15:15:13:15:0.5:5:8:7:8:7:8:7:8 chr19 38847431 . T C 346.8 PASS AF=0.59322;AO=32;DP=57;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0351455;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.77;QD=23.5116;RBI=0.0406441;REFB=-0.0125;REVB=0.0204141;RO=25;SAF=9;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372628;STB=0.510753;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0119648;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:25:24:32:35:0.59322:23:9:8:17:24:11:7:17 chr19 38861333 . G A 239.79 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0611222;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.44;QD=16.2568;RBI=0.0614318;REFB=-0.0522676;REVB=0.00616054;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200064;STB=0.572484;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0710544;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:27:32:27:27:0.457627:10:17:11:16:10:17:16:16 chr19 38877255 . G T 311.76 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0141576;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.786;QD=18.6128;RBI=0.0179545;REFB=-0.0155063;REVB=0.0110421;RO=33;SAF=6;SAR=27;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412832;STB=0.740345;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.037182;OID=.;OPOS=38877255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:27:6:19:14:27:6:20:14 chr19 38901578 . C T 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=2;FWDB=-0.0112479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2647;QD=10.1855;RBI=0.0359096;REFB=0.00533511;REVB=0.0341025;RO=34;SAF=14;SAR=1;SRF=32;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380826;STB=0.522698;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0147214;OID=.;OPOS=38901578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:1:14:32:2:1:14:32:2 chr19 38912764 . A G 298.98 PASS AF=0.634146;AO=22;DP=38;FAO=26;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0189434;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7118;QD=29.1691;RBI=0.0339819;REFB=-0.0520339;REVB=-0.028212;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121691;STB=0.51624;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0200181;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:8:15:22:26:0.634146:11:11:6:2:15:11:7:8 chr19 38935280 . A G 1432.61 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9383;QD=62.972;RBI=0.0309567;REFB=0;REVB=0.00873549;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194118;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr19 38939408 . T C 765.73 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.936;QD=63.8113;RBI=0.0277245;REFB=0;REVB=0.0259761;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191728;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr19 38946182 . G A 783.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.352;QD=63.9801;RBI=0.0986052;REFB=0;REVB=0.0862082;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810937;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr19 38949904 . C T 198.1 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.941;QD=44.022;RBI=0.0520888;REFB=-0.14092;REVB=-0.0464408;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00222227;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:18:1:1:16:17:0.944444:9:7:1:0:9:8:1:0 chr19 38956803 . G A 2309.13 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026449;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.003;QD=60.7666;RBI=0.0581237;REFB=0;REVB=0.0517572;RO=0;SAF=85;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96967e-05;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:152:0:0:148:152:1:63:85:0:0:63:89:0:0 chr19 38990336 . C T 226.94 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0272847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.322;QD=21.1109;RBI=0.0300361;REFB=-0.00933767;REVB=0.0125585;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120103;STB=0.557469;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00598825;OID=.;OPOS=38990336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:8:14:10:10:8:14:11:10 chr19 38990345 . C T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0171969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.98;QD=19.3847;RBI=0.0173905;REFB=-0.0229401;REVB=0.0025877;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0189452;OID=.;OPOS=38990345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:11:10:7:13:11:10 chr19 38993547 . C T 484.93 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0232105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.547;QD=12.8457;RBI=0.0337865;REFB=-0.00637295;REVB=0.024552;RO=93;SAF=26;SAR=31;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304602;STB=0.520758;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00888914;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:93:94:57:57:0.377483:31:26:45:48:31:26:46:48 chr19 38994910 . G A 190.04 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00748525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.089;QD=20.0043;RBI=0.0394607;REFB=-0.024245;REVB=-0.0387443;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261396;STB=0.625541;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0174321;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:6:13:7:11:7:13:7:11 chr19 38995438 . T C 184.88 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0439121;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.584;QD=12.1232;RBI=0.0499067;REFB=-0.0173972;REVB=-0.0237152;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108333;STB=0.562446;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0404126;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:38:23:23:0.377049:11:12:16:22:11:12:16:22 chr19 38995510 . T C 136.03 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0154658;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.268;QD=16.488;RBI=0.0243245;REFB=-0.0313154;REVB=-0.0187747;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240166;STB=0.652855;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0337501;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:7:10:5:10:7:11 chr19 38995975 . G A 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.013662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.283;QD=11.4259;RBI=0.0182982;REFB=-0.0187812;REVB=-0.0121726;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167286;STB=0.588152;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0283957;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:21:21:0.362069:9:12:15:21:9:12:16:21 chr19 38996990 . T C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0460753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7554;QD=25.4944;RBI=0.0467313;REFB=-0.001835;REVB=0.00780257;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474638;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:3:4:8:6:3:4 chr19 39002725 . A G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0106564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.871;QD=18.9418;RBI=0.0110498;REFB=-0.00636843;REVB=0.00292209;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354485;STB=0.519711;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00615584;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:23:14:13:25:23:14:13:25 chr19 39008003 . G A 397.75 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.000641892;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.218;QD=14.3333;RBI=0.0182877;REFB=-0.0175278;REVB=-0.0182765;RO=61;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179006;STB=0.591278;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0351585;OID=.;OPOS=39008003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:61:65:46:46:0.414414:19:27:25:36:19:27:28:37 chr19 39008175 . G A 126.91 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0243234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.088;QD=19.5242;RBI=0.0292322;REFB=-0.0323848;REVB=-0.016214;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347298;STB=0.681551;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0304179;OID=.;OPOS=39008175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:4:10:3:8:4:10:4:8 chr19 39196745 . C T 153.61 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0144988;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.017;QD=13.3573;RBI=0.0236707;REFB=-0.0164822;REVB=-0.0187107;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161623;STB=0.606172;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0153805;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:28:29:17:17:0.369565:11:6:14:14:11:6:15:14 chr19 39224413 . A G 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0234079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.741;QD=11.8811;RBI=0.0374998;REFB=-0.00715367;REVB=-0.0292968;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130223;STB=0.565949;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0118423;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:28:15:15:0.348837:6:9:13:14:6:9:14:14 chr19 39227895 . C T 435.72 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00250497;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.332;QD=20.7484;RBI=0.00250714;REFB=-0.00456878;REVB=-0.000104403;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853997;STB=0.547242;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00347614;OID=.;OPOS=39227895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:17:24:21:22:17:24 chr19 39227901 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCG 76.84 PASS AF=0.245283,0.132075;AO=18,7;DP=53;FAO=13,7;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7,7;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.252396,-0.0682676;FXX=0.0185151;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.68927,218.063;QD=5.79934;RBI=0.278651,0.0689403;REFB=-0.199598,-0.0145556;REVB=0.118079,0.00960729;RO=23;SAF=11,7;SAR=7,0;SRF=4;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.409956,0.816662;STB=0.644528,0.998716;STBP=0.242,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.133211,0.0927389;OID=.,.;OPOS=39227902,39227907;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283,0.132075:18,7:53:13,7:53:33:7,7:6,0:11:22:25:23:11,7:7,0:4:19 chr19 39233146 . A G 335.25 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0231801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1898;QD=14.4193;RBI=0.0310681;REFB=-0.0179737;REVB=0.0206859;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175234;STB=0.59272;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0353862;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:36:37:0.397849:24:12:27:28:24:13:28:28 chr19 39279824 . C A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0312801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.602;QD=12.3961;RBI=0.0312801;REFB=-0.00677953;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539034;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr19 39367111 . T C 739.04 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.055201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1261;QD=54.7433;RBI=0.0611594;REFB=-0.083736;REVB=-0.026331;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122398;STB=0.506491;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00120935;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:38:15:0:1:38:15:0:1 chr19 39385531 . CT C,CC 414.45 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=11,18;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142897,-0.0057142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.071,163.98;QD=57.1657;RBI=0.108276,0.111167;REFB=0,0;REVB=-0.107329,-0.11102;RO=0;SAF=8,3;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.32e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00177148,0.0345866;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:11,18:29:28,1:29:0:10,1:18,0:0:0:4:0:8,3:3,15:0:0 chr19 39432783 . T C 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.111;QD=62.3123;RBI=0.0207836;REFB=0;REVB=0.0202013;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07329e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:27:59:0:0:27:59:0:0 chr19 39433299 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.884;QD=55.6452;RBI=0.0232328;REFB=0;REVB=-0.0221034;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155307;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr19 39515823 . GC G 35.34 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0512662;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.19711;QD=6.42547;RBI=0.0677532;REFB=-0.0862787;REVB=-0.0442976;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657708;STB=0.52627;STBP=0.894;TYPE=del;VARB=0.115442;OID=.;OPOS=39515824;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:9:21:12:22:10:10:2:8:2:31:7:7:2:5:2 chr19 39590955 . G A 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0464023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.64;QD=35.2729;RBI=0.0465463;REFB=-0.0356382;REVB=-0.00365812;RO=5;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314576;STB=0.517223;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00873894;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:5:14:4:1:5:14:4:1 chr19 39592099 . T C 218.62 PASS AF=0.461538;AO=25;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0286733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2108;QD=16.817;RBI=0.0544369;REFB=-0.00119381;REVB=-0.0462733;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253946;STB=0.529388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00318777;OID=.;OPOS=39592099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:25:24:0.461538:8:17:19:8:8:16:20:8 chr19 39592138 . C T 337.16 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0314094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.205;QD=24.9747;RBI=0.0321526;REFB=-0.00223762;REVB=-0.00687299;RO=20;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505627;STB=0.520535;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00130626;OID=.;OPOS=39592138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:11:22:12:8:11:22:13:8 chr19 39688901 . G T 45.41 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0156712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.576;QD=4.78042;RBI=0.0161835;REFB=-0.0233887;REVB=-0.00403974;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120838;STB=0.578755;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0870153;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:12:18:4:4:12:18 chr19 39882230 . T G 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0222998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.635;QD=30.3963;RBI=0.030396;REFB=-0.0107361;REVB=0.0206551;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111753;STB=0.506131;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00674765;OID=.;OPOS=39882230;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:8:8:15:14:8:8 chr19 39888449 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0183698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1664;QD=19.9928;RBI=0.056175;REFB=-0.0137612;REVB=-0.0530866;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217849;STB=0.622645;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0138456;OID=.;OPOS=39888449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:8:15:9:13:8:15 chr19 39891161 . T C 404.97 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00253756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.431;QD=13.7279;RBI=0.0251106;REFB=-0.00421347;REVB=0.0249821;RO=71;SAF=29;SAR=18;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284243;STB=0.516086;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00565324;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:18:29:42:29:18:29:42:29 chr19 39891219 . C T 361.34 PASS AF=0.390909;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.019853;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.515;QD=13.1396;RBI=0.0199777;REFB=-0.00682814;REVB=-0.00222886;RO=68;SAF=22;SAR=20;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11927;STB=0.556719;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00523211;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:68:67:42:43:0.390909:20:22:43:25:20:23:42:25 chr19 39905903 . A G 163.16 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0100989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.514;QD=13.0531;RBI=0.0364518;REFB=-0.016117;REVB=-0.035025;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128634;STB=0.575138;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0326895;OID=.;OPOS=39905903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:18:14:10:8:18:14 chr19 39913634 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.138;QD=50.4072;RBI=0.0247102;REFB=0;REVB=-0.0236953;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121439;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:11:5:0:0:11:8:0:0 chr19 39914748 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.926;QD=53.9112;RBI=0.025104;REFB=0;REVB=0.0144413;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152861;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 39915758 . C G 246.66 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.897;QD=46.9821;RBI=0.0467613;REFB=-0.142015;REVB=0.0379156;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00139467;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr19 39916110 . GGGA G 613.13 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190461;FXX=0.0565931;HRUN=3;LEN=3;MLLD=165.409;QD=49.0506;RBI=0.0196929;REFB=0;REVB=-0.00500537;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.80438e-05;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:52:50:50:0:24:26:0:0:11:0:23:26:0:0 chr19 39926509 . A C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00623928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.773;QD=14.2617;RBI=0.0262942;REFB=-0.0277104;REVB=-0.0255433;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12938;STB=0.574908;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0531325;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:9:15:8:8:9:15 chr19 39926521 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00547255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2586;QD=12.7908;RBI=0.00688819;REFB=-0.00273043;REVB=-0.00418311;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00627621;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:10:13:7:7:10:13 chr19 39932023 . T C 1866.38 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.237;QD=61.1926;RBI=0.0610123;REFB=0;REVB=0.0555125;RO=1;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01337e-05;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:1:0:119:122:1:76:43:0:1:78:44:0:0 chr19 39932066 . T C 1384.33 PASS AF=0.978261;AO=82;DP=83;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0346187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.653;QD=60.1881;RBI=0.0697835;REFB=-0.0264122;REVB=0.0605911;RO=0;SAF=25;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516663;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00143264;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:92:0:2:82:90:0.978261:57:25:0:0:61:29:2:0 chr19 39944082 . C T 805.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.181;QD=64.4301;RBI=0.0572958;REFB=0;REVB=0.0511645;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533859;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:36:12:0:0:38:12:0:0 chr19 39967318 . T C 533.08 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.121197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8673;QD=54.6745;RBI=0.126776;REFB=-0.0745355;REVB=0.0371925;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.521728;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00266078;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:22:15:0:0:22:15:0:2 chr19 39967320 . T C 540.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771307;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.978;QD=60.0143;RBI=0.0525425;REFB=0;REVB=0.0519733;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500673;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 39967322 . T C 539.75 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442871;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4053;QD=59.9718;RBI=0.103007;REFB=0;REVB=0.0930001;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017356;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 39994711 . T C,G 1198.08 PASS AF=0.987342,0.0126582;AO=76,3;DP=79;FAO=78,1;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382938,-0.0073363;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.4218,179.691;QD=60.6623;RBI=0.0819342,0.029986;REFB=0,0;REVB=0.0724347,-0.0290748;RO=0;SAF=38,0;SAR=38,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00596392,0.112871;OID=.,.;OPOS=39994711,39994711;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:79:79:0:0:76,3:78,1:0.987342,0.0126582:38,3:38,0:0:0:40,1:38,0:0:0 chr19 40009396 . A G 162.45 PASS AF=0.882353;AO=16;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0043718;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.0866;QD=38.2235;RBI=0.0267223;REFB=-0.177641;REVB=-0.0263623;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.545396;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0136249;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:0:2:16:15:0.882353:11:5:0:0:10:5:0:2 chr19 40023308 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.585;QD=50.4135;RBI=0.020262;REFB=0;REVB=0.0134583;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113278;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr19 40030654 . G C 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00652332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.206;QD=54.6539;RBI=0.0369503;REFB=0.0902584;REVB=0.0363699;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000382526;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:0:1:21:31:0:1 chr19 40149297 . T A 834.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6727;QD=57.5273;RBI=0.0804889;REFB=0;REVB=0.080305;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742092;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr19 40170053 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00445293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.022;QD=21.1692;RBI=0.0128859;REFB=-0.0202375;REVB=0.0120921;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00829878;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr19 40174236 . G A 453.06 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0231802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2991;QD=19.9147;RBI=0.0395849;REFB=-0.0280341;REVB=0.032088;RO=46;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377749;STB=0.516223;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0139022;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:44:45:0.494505:27:17:16:30:28:17:16:30 chr19 40196627 . G A 200.5 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0199055;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.492;QD=19.5604;RBI=0.0271021;REFB=-0.00337935;REVB=-0.0183927;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0047777;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr19 40197924 . T C 559.21 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0784329;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4447;QD=18.9563;RBI=0.085049;REFB=0.00489972;REVB=0.0328879;RO=60;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311635;STB=0.517235;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00347176;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:30:28:31:29:30:28:31:29 chr19 40199914 . C G 419.94 PASS AF=0.693878;AO=33;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0796805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.396;QD=34.2811;RBI=0.0823832;REFB=-0.0155305;REVB=0.0209287;RO=15;SAF=7;SAR=26;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310604;STB=0.653533;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00435477;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:33:34:0.693878:26:7:10:5:26:8:10:5 chr19 40224986 . A G 404.42 PASS AF=0.57971;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0164349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7582;QD=23.4446;RBI=0.0164503;REFB=-0.0345069;REVB=0.000710623;RO=29;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511773;STB=0.523918;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0294602;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:29:39:40:0.57971:13:26:21:8:13:27:21:8 chr19 40225646 . G A 256.38 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0193838;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.89;QD=17.9917;RBI=0.0364973;REFB=-0.00712962;REVB=0.0309244;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109717;STB=0.56136;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00772242;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:18:11:14:14:18:11 chr19 40363020 . G A 312.47 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0730046;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.507;QD=29.0672;RBI=0.107077;REFB=-0.074632;REVB=0.0783312;RO=16;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283447;STB=0.656133;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0258777;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:18:9:12:4:18:9:12:4 chr19 40363926 . C G 137.44 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0110104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5166;QD=10.7796;RBI=0.0112017;REFB=-0.0289403;REVB=-0.00206134;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0649947;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:22:12:6:11:22:12 chr19 40366362 . G C 315.98 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00969862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.986;QD=16.4145;RBI=0.0170676;REFB=-0.0201626;REVB=0.0140442;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043479;STB=0.502701;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0281396;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:21:12:17:25:21:14:17:25 chr19 40368376 . A C 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0365532;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.612;QD=1.87127;RBI=0.0385219;REFB=-0.00115851;REVB=-0.0121574;RO=61;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341543;STB=0.759304;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0201785;OID=.;OPOS=40368376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:68:61:61:7:7:0.102941:2:5:25:36:2:5:25:36 chr19 40368395 . C T 471.12 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0343005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.04;QD=26.173;RBI=0.0379889;REFB=-0.0150016;REVB=0.016329;RO=27;SAF=22;SAR=22;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220393;STB=0.611063;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0116022;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:22:22:5:22:22:22:6:22 chr19 40368498 . AA CA,CC 533.72 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,35;DP=38;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146149,0.0146393;FXX=0.0526177;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=153.769,207.302;QD=59.3025;RBI=0.0251821,0.0194947;REFB=0,0;REVB=0.0205072,0.0128737;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0982114,-0.000546761;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=A,AA;OALT=C,CC;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:38:36:0:0:2,35:2,34:0.0555556,0.944444:2,23:0,12:0:0:2,23:0,11:0:0 chr19 40368520 . G C 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0117376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4363;QD=22.8313;RBI=0.0260705;REFB=0.0256991;REVB=0.0232788;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263413;STB=0.648448;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0168188;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:7:3:10:5:7:3 chr19 40376675 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0689182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4871;QD=5.21551;RBI=0.0859065;REFB=-0.0186166;REVB=0.0512855;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37468;STB=0.743446;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0597339;OID=.;OPOS=40376675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:7:14:2:4:7:14 chr19 40376880 . T C 163.94 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0333605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6687;QD=12.8583;RBI=0.0554231;REFB=-0.023494;REVB=-0.0442583;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271852;STB=0.643517;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0509402;OID=.;OPOS=40376880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:14:5:15:15:14:5:15:17 chr19 40392482 . A G 120.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0456729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.606;QD=14.6009;RBI=0.0806226;REFB=0.00264288;REVB=-0.0664379;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13069;STB=0.575652;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0118613;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:12:7:7:7:12:7 chr19 40392631 . G A 101.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0207753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.599;QD=16.9264;RBI=0.0903504;REFB=-0.0036863;REVB=0.0879294;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352618;STB=0.702376;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00833578;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:9:3:8:4:9:3 chr19 40406019 . G A 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0109456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.255;QD=16.1949;RBI=0.010951;REFB=-0.030723;REVB=0.000345069;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091403;STB=0.551503;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0378068;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:14:22:24:22:14:22:24:22 chr19 40408821 . C G 90.23 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0495929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2144;QD=16.4053;RBI=0.065545;REFB=-0.0324047;REVB=0.0428567;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0371213;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:6:4:5:6:6:5 chr19 40719076 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00181387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.663;QD=12.8607;RBI=0.0828342;REFB=-0.0268105;REVB=-0.0828143;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172968;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0262598;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:3:5:3:4:3:5 chr19 40886993 . C T 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00481594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.132;QD=26.571;RBI=0.0293268;REFB=-0.0226341;REVB=0.0289287;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709935;STB=0.548159;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0154481;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:13:15:12:7:13:15:13:7 chr19 40900865 . C T 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0320875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.491;QD=56.5103;RBI=0.03237;REFB=-0.00975786;REVB=0.0042672;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399359;STB=0.521121;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000377062;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:42:34:3:0:42:34:3:0 chr19 40900944 . GC G 47.79 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0529274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.166;QD=3.90155;RBI=0.0676939;REFB=-0.0924992;REVB=-0.0422037;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.545455;SSSB=0.0137609;STB=0.662903;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.171124;OID=.;OPOS=40900945;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:15:49:15:49:34:8:7:10:24:47:31:5:10:10:21 chr19 41008178 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00896138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.791;QD=18.7441;RBI=0.0271351;REFB=-0.0165909;REVB=0.0256127;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00401996;OID=.;OPOS=41008178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:2:2:6:1:2:2 chr19 41123093 . A AG 331.44 PASS AF=1;AO=28;DP=53;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.6466;QD=35.8309;RBI=0.161162;REFB=0;REVB=-0.0715877;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0057321;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:53:37:37:0:16:21:0:0:7:22:15:13:16:6 chr19 41173880 . C T 127.3 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215069;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3567;QD=39.168;RBI=0.144089;REFB=-0.0555914;REVB=0.142475;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0203056;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:7:4:1:0:8:4:1:0 chr19 41173898 . T C 32.76 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.082577;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5569;QD=10.0803;RBI=0.129675;REFB=-0.0462374;REVB=-0.0999838;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.562247;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0898171;OID=.;OPOS=41173898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:13:7:8:5:5:0.384615:3:2:4:3:3:2:4:4 chr19 41173904 . T C 40.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0312048;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.607;QD=12.6032;RBI=0.117218;REFB=-0.124171;REVB=-0.112988;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0676958;OID=.;OPOS=41173904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:12:13:6:7:6:6:0.461538:2:4:1:5:2:4:2:5 chr19 41186879 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0411421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3031;QD=22.9082;RBI=0.0513549;REFB=-0.00647929;REVB=-0.0307352;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893511;STB=0.549953;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00597034;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:10:7:11:10:10:7 chr19 41209477 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0124685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.456;QD=14.2622;RBI=0.0229279;REFB=-0.00572362;REVB=-0.0192413;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.012082;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:16:8:8:8:16:8 chr19 41235120 . A G 119.79 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0118898;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.799;QD=21.7807;RBI=0.0122648;REFB=-0.00675029;REVB=-0.00300973;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162192;STB=0.608515;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00421594;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:10:9:13:13:0.590909:10:3:4:6:10:3:4:5 chr19 41255500 . C G 39.2 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0338004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.74;QD=12.0621;RBI=0.0351982;REFB=-0.00615889;REVB=-0.00982052;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478981;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0223816;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:2:5:1:5:2:5 chr19 41255603 . G A 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00134532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9631;QD=14.6476;RBI=0.0712589;REFB=-0.0431665;REVB=-0.0712462;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0450843;OID=.;OPOS=41255603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr19 41257396 . C T 113.75 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0167368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8415;QD=11.3748;RBI=0.0174349;REFB=0.00313052;REVB=0.00488429;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289337;STB=0.555478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00593357;OID=.;OPOS=41257396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:13:14:0.35:8:5:9:16:8:6:9:17 chr19 41263403 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0251126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.798;QD=13.2052;RBI=0.0252582;REFB=0.00147361;REVB=0.00270763;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00669431;OID=.;OPOS=41263403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:3:3:1:5:3:3 chr19 41281700 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0190247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.958;QD=16.7848;RBI=0.0202945;REFB=-0.0175393;REVB=0.0070661;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307414;STB=0.517229;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0130851;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:14:15:15:16:14:15:16:17 chr19 41316355 . T C 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0171846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6235;QD=7.27059;RBI=0.0172108;REFB=-0.00307428;REVB=0.000949182;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882612;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0094829;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:12:13:4:5:12:13 chr19 41316370 . T C 35.85 PASS AF=0.24;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00607108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.698;QD=5.73602;RBI=0.0378369;REFB=-0.0176047;REVB=-0.0373467;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013936;STB=0.59968;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0617644;OID=.;OPOS=41316370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:25:17:19:5:6:0.24:3:2:7:10:3:3:7:12 chr19 41350594 . G A 725.5 PASS AF=0.493333;AO=68;DP=144;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0331486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9321;QD=19.3466;RBI=0.0407101;REFB=-0.0171056;REVB=0.0236322;RO=76;SAF=36;SAR=32;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962346;STB=0.507461;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0209916;OID=.;OPOS=41350594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:76:76:68:74:0.493333:32:36:41:35:33:41:41:35 chr19 41350664 . A T 750.41 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0556799;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.452;QD=51.7526;RBI=0.0565487;REFB=-0.118044;REVB=0.00987472;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462903;STB=0.523801;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00507441;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:54:55:0.948276:25:29:3:0:25:30:3:0 chr19 41354606 . G T 92.24 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0138757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.264;QD=4.19269;RBI=0.0182157;REFB=-0.00484362;REVB=-0.0118015;RO=72;SAF=13;SAR=3;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528369;STB=0.838313;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0117385;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:72:72:16:16:0.181818:3:13:27:45:3:13:27:45 chr19 41354661 . T C 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.00998597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.574;QD=2.45972;RBI=0.0126404;REFB=-0.00414437;REVB=-0.00774984;RO=62;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5111;STB=0.850181;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0269095;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:2:7:20:42:2:7:20:42 chr19 41355849 . A G 93.93 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0347831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9892;QD=4.47305;RBI=0.0494842;REFB=0.00357888;REVB=-0.0351969;RO=68;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13009;STB=0.583232;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0272457;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:8:8:27:41:8:8:27:41 chr19 41356281 . T C 430.08 PASS AF=0.46;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0338594;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8694;QD=17.2032;RBI=0.0450283;REFB=-0.0107045;REVB=-0.0296832;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131064;STB=0.573065;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0108488;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:54:54:46:46:0.46:21:25:22:32:21:25:22:32 chr19 41383153 . A G 902.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.388;QD=58.2203;RBI=0.0582682;REFB=0;REVB=-0.0582581;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111738;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr19 41383799 . G A 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.234;QD=58.0515;RBI=0.0292286;REFB=0;REVB=0.029143;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112392;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr19 41384675 . T C 2331.79 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5149;QD=63.8845;RBI=0.0460036;REFB=0;REVB=0.0215583;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264323;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:78:68:0:0:78:68:0:0 chr19 41386136 . A C 678.29 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912316;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4806;QD=63.0971;RBI=0.0518919;REFB=0;REVB=0.0510836;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399973;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:38:43:1:19:19:0:0:23:20:0:0 chr19 41386420 . A C 1079.52 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.51;QD=59.9735;RBI=0.0184711;REFB=0;REVB=-0.0139999;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52224e-05;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:41:31:0:0 chr19 41386486 . CA AG 863.48 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275279;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.815;QD=57.5653;RBI=0.0280071;REFB=0;REVB=0.00515892;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000606316;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:57:60:1:31:26:0:0:34:26:0:0 chr19 41386494 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.421;QD=58.6005;RBI=0.0177495;REFB=0;REVB=0.0123841;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91368e-07;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr19 41386527 . G A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.179;QD=62.9757;RBI=0.0348754;REFB=0;REVB=0.0262727;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142044;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr19 41387620 . A G 428.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9771;QD=57.1902;RBI=0.0428908;REFB=0;REVB=-0.0211433;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360812;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr19 41387647 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0125;QD=56.1891;RBI=0.054002;REFB=0;REVB=-0.0202737;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641824;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 41387656 . A T 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.443;QD=57.1824;RBI=0.030291;REFB=0;REVB=0.0258236;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355796;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 41404196 . A G 1087.55 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=59.5915;RBI=0.0323967;REFB=0;REVB=-0.00224727;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101119;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:30:40:0:0:31:42:0:0 chr19 41405962 . T G 675.33 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.976;QD=62.8213;RBI=0.127355;REFB=0;REVB=0.0326446;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980069;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:35:43:1:26:9:0:0:26:17:0:0 chr19 41414481 . G A 1509.09 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00564296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.733;QD=60.3635;RBI=0.0196083;REFB=-0.0231266;REVB=0.0187788;RO=3;SAF=46;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803627;STB=0.504239;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00101231;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:51:46:1:2:51:46:1:2 chr19 41415818 . G A 179.05 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00505012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.501;QD=10.8515;RBI=0.00971331;REFB=-0.005022;REVB=-0.00829726;RO=42;SAF=16;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956424;STB=0.566312;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0110491;OID=.;OPOS=41415818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:7:16:26:16:7:16:26:17 chr19 41531597 . C G 521.71 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0137083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.164;QD=16.9663;RBI=0.0151278;REFB=0.00147464;REVB=-0.00639787;RO=66;SAF=38;SAR=18;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124447;STB=0.574642;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00171316;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:67:56:56:0.455285:18:38:37:29:18:38:37:30 chr19 41622106 . AG AGC,GC 184.71 PASS AF=0.45,0.05;AO=18,2;DP=40;FAO=18,2;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13,2;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0222065,-0.0423229;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=25.5108,29.4441;QD=18.4713;RBI=0.0261167,0.0522851;REFB=-0.0245078,-0.0177083;REVB=-0.013746,-0.0307002;RO=19;SAF=13,2;SAR=5,0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.148193,0.485011;STB=0.602529,0.994143;STBP=0.271,0.179;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0132763,0.12018;OID=.,.;OPOS=41622108,41622106;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:18,2:18,2:0.45,0.05:5,0:13,2:11:8:5,0:13,2:11:9 chr19 41622189 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0145584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.201;QD=16.5274;RBI=0.0441;REFB=-0.0162541;REVB=0.0416277;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153893;STB=0.587085;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0157987;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:14:15:9:16:14:15 chr19 41627868 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0140762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.456;QD=10.3903;RBI=0.0308891;REFB=-0.0010434;REVB=0.0274955;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00176003;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr19 41700493 . G C 345.84 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0186679;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.461;QD=37.3885;RBI=0.0327944;REFB=-0.0340786;REVB=0.0269626;RO=9;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408776;STB=0.522228;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.011129;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:9:9:28:28:0.756757:13:15:4:5:13:15:4:5 chr19 41743861 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.169;QD=51.1846;RBI=0.0187265;REFB=0;REVB=-0.0120743;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151161;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 41748153 . A G 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00202677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.734;QD=18.2515;RBI=0.0092201;REFB=-0.0208828;REVB=-0.00899457;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.558527;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0169673;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:7:5:4:9:7:5 chr19 41848139 . GC AG,G 162.41 PASS AF=0,0.952381;AO=3,11;DP=20;FAO=0,20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0530807,-0.0251683;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=8.08164,13.6432;QD=30.9354;RBI=0.0759464,0.0489554;REFB=-0.127742,-0.105581;REVB=-0.0543167,0.0419903;RO=4;SAF=3,7;SAR=0,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0.397173;SSEP=0,0;SSSB=0.642277,-0.0591994;STB=0.5,0.517224;STBP=1,0.617;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0363559;OID=.,.;OPOS=41848139,41848140;OREF=GC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:20:21:4:1:3,11:0,20:0,0.952381:0,4:3,7:3:1:0,6:0,14:1:0 chr19 41936970 . G C 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00365749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.349;QD=19.0439;RBI=0.0313602;REFB=-0.013384;REVB=-0.0311461;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111484;STB=0.562013;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0157161;OID=.;OPOS=41936970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:24:18:22:18:24:18 chr19 41937095 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.445;QD=57.6807;RBI=0.0594256;REFB=0;REVB=-0.0026487;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269458;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 41939297 . C G 746.55 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.231;QD=63.5357;RBI=0.0729519;REFB=0;REVB=0.0579894;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246835;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:42:47:1:23:19:0:0:27:20:0:0 chr19 41944237 . T C 647.81 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.213;QD=57.5833;RBI=0.0391936;REFB=-0.0218908;REVB=0.0373069;RO=2;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306583;STB=0.516351;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00174694;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:10:33:1:1:10:33:1:1 chr19 41945837 . T A 1250.46 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035418;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.127;QD=61.7509;RBI=0.036984;REFB=0;REVB=0.010648;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83618e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr19 41949870 . T C 625.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.507;QD=61.067;RBI=0.0164508;REFB=0;REVB=-0.00650754;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93117e-05;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr19 42070360 . C T 750.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445079;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=63.8343;RBI=0.0568916;REFB=0;REVB=0.0354357;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498748;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr19 42070528 . G C 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.754;QD=64.1496;RBI=0.0170825;REFB=0;REVB=0.0157389;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60951e-05;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 42070700 . TA AT,TATTATTTATTTATTTAT,TAT 122.28 PASS AF=0.533333,0.133333,0.2;AO=6,2,4;DP=15;FAO=8,2,3;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8,2,2;FSAR=0,0,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0762522,-0.0394822,0.0644668;FXX=0;HRUN=3,2,2;LEN=2,16,1;MLLD=28.4829,180.188,20.0204;QD=32.6091;RBI=0.0762732,0.0664333,0.0647156;REFB=-0.0507438,0.0555936,-0.0460151;REVB=-0.00179033,-0.0534279,-0.00566983;RO=2;SAF=6,2,3;SAR=0,0,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.210252;STB=0.5,0.5,0.665762;STBP=1,1,0.695;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0503548,0.0417947,0.0214384;OID=.,.,.;OPOS=42070700,42070702,42070702;OREF=TA,-,-;OALT=AT,TTATTTATTTATTTAT,T;OMAPALT=AT,TATTATTTATTTATTTAT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:21:15:15:2:2:6,2,4:8,2,3:0.533333,0.133333,0.2:0,0,1:6,2,3:2:0:0,0,1:8,2,2:2:0 chr19 42071289 . T C 1962.41 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000693727;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3837;QD=61.3254;RBI=0.0198329;REFB=-0.0491503;REVB=0.0198208;RO=1;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871838;STB=0.504586;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=1.16829e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:127:127:0.992188:54:73:0:1:54:73:0:1 chr19 42083849 . C A 1199.16 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2954;QD=60.7172;RBI=0.109794;REFB=0;REVB=0.00731758;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102495;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:35:38:0:0:37:42:0:0 chr19 42085873 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.946;QD=63.5826;RBI=0.0234392;REFB=0;REVB=0.0201818;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23784e-05;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr19 42132273 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0208604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.796;QD=19.3688;RBI=0.0216781;REFB=-0.0445768;REVB=-0.00589766;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219729;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0520052;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:5:1:5:5:5:2 chr19 42132314 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.402;QD=47.8223;RBI=0.026127;REFB=0;REVB=0.0166982;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184854;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 42221607 . A G 889.62 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547144;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.685;QD=58.3357;RBI=0.0570812;REFB=0;REVB=-0.0162667;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050202;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr19 42260569 . G A 371.67 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0205297;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3801;QD=15.4863;RBI=0.0270879;REFB=0.000355434;REVB=0.0176716;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401647;STB=0.529274;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00311577;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:56:56:39:40:0.416667:18:21:28:28:18:22:28:28 chr19 42265889 . G T 269.79 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0161274;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1897;QD=18.9323;RBI=0.0165312;REFB=-0.00350845;REVB=-0.00363159;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131499;STB=0.563774;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00506245;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:28:29:29:0.508772:13:16:17:7:13:16:19:9 chr19 42312933 . G A 843.87 PASS AF=0.59542;AO=77;DP=131;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00392894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.79;QD=25.767;RBI=0.074174;REFB=-0.0388176;REVB=0.0740698;RO=51;SAF=35;SAR=42;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105454;STB=0.56077;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0167348;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:51:53:77:78:0.59542:42:35:16:35:43:35:16:37 chr19 42315281 . G T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0254071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221;QD=12.6373;RBI=0.0292942;REFB=-0.0061389;REVB=-0.0145818;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652316;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00702807;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:11:10:7:6:11:10 chr19 42354629 . T C 189.87 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0386703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.278;QD=14.6054;RBI=0.0478908;REFB=-0.0254248;REVB=-0.0282513;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384108;STB=0.704524;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0361834;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:7:13:8:22:8:14:8:22 chr19 42463447 . C T 280.45 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0457106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.444;QD=14.1997;RBI=0.047111;REFB=-0.0214119;REVB=0.0114009;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130453;STB=0.556225;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0322854;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:47:31:32:0.405063:18:13:25:21:18:14:25:22 chr19 42489516 . A C 542.15 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00678084;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.424;QD=24.643;RBI=0.00918038;REFB=-0.027497;REVB=0.00618867;RO=38;SAF=33;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910431;STB=0.54998;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0233766;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:38:38:50:50:0.568182:17:33:21:17:17:33:21:17 chr19 42593716 . A G 1024.64 PASS AF=0.407143;AO=113;DP=280;FAO=114;FDP=280;FR=.;FRO=166;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=76;FSRR=90;FWDB=-0.0171163;FXX=0.00709195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.846;QD=14.6377;RBI=0.0183711;REFB=-0.00876821;REVB=-0.00667292;RO=166;SAF=38;SAR=75;SRF=76;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137013;STB=0.578666;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0121024;OID=.;OPOS=42593716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:166:166:113:114:0.407143:75:38:76:90:76:38:76:90 chr19 42595791 . G A 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0694261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0148;QD=22.6755;RBI=0.113414;REFB=-0.0700887;REVB=0.0896815;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0443871;OID=.;OPOS=42595791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr19 42736267 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.757;QD=58.7809;RBI=0.0167344;REFB=0;REVB=0.0142328;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80493e-06;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:51:14:0:0:51:14:0:0 chr19 42880120 . C T 170.49 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0498551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.759;QD=25.2582;RBI=0.050214;REFB=-0.0204716;REVB=-0.00599322;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.521714;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0152409;OID=.;OPOS=42880120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:3:7:11:6:3:7 chr19 43013363 . A G 415.28 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00961225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.025;QD=19.3154;RBI=0.019854;REFB=-0.039502;REVB=-0.017372;RO=44;SAF=26;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112466;STB=0.562612;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0256139;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:16:26:22:22:16:26:22:22 chr19 43233304 . C A 954.99 PASS AF=0.49;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.00343157;FXX=0.0291248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.381;QD=19.0999;RBI=0.00360466;REFB=-0.0128948;REVB=-0.00110356;RO=98;SAF=53;SAR=45;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465229;STB=0.525874;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0135492;OID=.;OPOS=43233304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:98:102:98:98:0.49:45:53:48:50:45:53:50:52 chr19 43234049 . A T 517.61 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=138;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.0179602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1317;QD=14.8953;RBI=0.0180524;REFB=-0.022891;REVB=0.00182254;RO=81;SAF=39;SAR=17;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214058;STB=0.500875;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0193078;OID=.;OPOS=43234049;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:81:82:56:57:0.410072:17:39:55:26:18:39:56:26 chr19 43243217 . AA GG 930.35 PASS AF=0.4689;AO=95;DP=206;FAO=98;FDP=209;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=-0.00140523;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.69;QD=17.8058;RBI=0.0197303;REFB=-0.019087;REVB=0.0196802;RO=110;SAF=43;SAR=52;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637004;STB=0.539896;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=0.0211476;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:110:111:95:98:0.4689:52:43:57:53:55:43:57:54 chr19 43243238 . A G 802.75 PASS AF=0.454054;AO=84;DP=185;FAO=84;FDP=185;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0133073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.901;QD=17.3567;RBI=0.015446;REFB=-0.00501543;REVB=-0.00784179;RO=101;SAF=38;SAR=46;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042164;STB=0.523398;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00603867;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:101:101:84:84:0.454054:46:38:50:51:46:38:50:51 chr19 43244485 . G C 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00884621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.138;QD=13.9459;RBI=0.0089139;REFB=-0.0156448;REVB=-0.00109642;RO=47;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180511;STB=0.609607;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0184314;OID=.;OPOS=43244485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:11:21:23:24:11:21:23:25 chr19 43259184 . T G 381.09 PASS AF=0.330986;AO=47;DP=142;FAO=47;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=0.0346616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2544;QD=10.7348;RBI=0.052663;REFB=0.00069435;REVB=0.039648;RO=92;SAF=27;SAR=20;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535828;STB=0.532165;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000442736;OID=.;OPOS=43259184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:92:95:47:47:0.330986:20:27:57:35:20:27:59:36 chr19 43262341 . C T 186.23 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0513517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.98;QD=12.4151;RBI=0.0533335;REFB=-0.021608;REVB=-0.0144036;RO=36;SAF=19;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476542;STB=0.783861;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0345046;OID=.;OPOS=43262341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:4:19:15:21:4:19:15:22 chr19 43268069 . A G 361.91 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0175778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.3;QD=18.5596;RBI=0.0182412;REFB=-0.00428875;REVB=0.00487464;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462519;STB=0.511105;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00334164;OID=.;OPOS=43268069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:40:37:38:0.487179:15:22:23:16:16:22:24:16 chr19 43268140 . AG A 276.08 PASS AF=0.4;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0117411;FXX=0.0399968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2374;QD=9.20278;RBI=0.113337;REFB=-0.000960715;REVB=-0.112727;RO=69;SAF=33;SAR=15;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170069;STB=0.626261;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=-0.00467452;OID=.;OPOS=43268141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:48:123:48:120:72:34:14:37:35:99:69:33:15:37:32 chr19 43268216 . T G 262.26 PASS AF=0.330189;AO=30;DP=103;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0599338;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.571;QD=9.89658;RBI=0.0609313;REFB=-0.0205765;REVB=0.01098;RO=71;SAF=15;SAR=15;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839012;STB=0.53404;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0485896;OID=.;OPOS=43268216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:71:71:30:35:0.330189:15:15:36:35:15:20:37:34 chr19 43268235 . A C 291.48 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0118387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.251;QD=12.1451;RBI=0.0134737;REFB=-0.000948722;REVB=-0.00643322;RO=62;SAF=18;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510533;STB=0.529394;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00203044;OID=.;OPOS=43268235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:34:34:0.354167:16:18:30:32:16:18:30:32 chr19 43269699 . C T 371.48 PASS AF=0.362903;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00230654;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.929;QD=11.9832;RBI=0.0105459;REFB=-0.0467107;REVB=0.0102905;RO=79;SAF=21;SAR=24;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058308;STB=0.533319;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0269416;OID=.;OPOS=43269699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:79:79:45:45:0.362903:24:21:41:38:24:21:41:38 chr19 43269704 . TG CA 358.93 PASS AF=0.352;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00666284;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.256;QD=11.4857;RBI=0.00835048;REFB=-0.0194959;REVB=0.0050336;RO=78;SAF=22;SAR=22;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503998;STBP=0.973;TYPE=mnp;VARB=0.0308221;OID=.;OPOS=43269704;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:78:81:44:44:0.352:22:22:39:39:22:22:41:40 chr19 43382321 . C A 1134.29 PASS AF=0.520737;AO=111;DP=215;FAO=113;FDP=217;FR=.;FRO=104;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.00290417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.774;QD=20.9085;RBI=0.00816256;REFB=-0.00109076;REVB=-0.00762844;RO=100;SAF=62;SAR=49;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250071;STB=0.509573;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00109926;OID=.;OPOS=43382321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:100:104:111:113:0.520737:49:62:53:47:51:62:55:49 chr19 43439793 . G A 2260.05 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188558;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.465;QD=63.6632;RBI=0.0225629;REFB=0;REVB=0.0123913;RO=0;SAF=101;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128578;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:41:101:0:0:41:101:0:0 chr19 43519362 . C T 2724.1 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000633125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.935;QD=62.2651;RBI=0.00854262;REFB=0;REVB=0.00851912;RO=0;SAF=78;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61529e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:96:78:0:0:96:79:0:0 chr19 43519442 . T C 2086.67 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.402;QD=61.8272;RBI=0.0489569;REFB=0.0132683;REVB=0.0346298;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=3.59295e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:82:52:0:0:82:52:1:0 chr19 43529026 . CA TG 1405.2 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154359;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.595;QD=63.1552;RBI=0.0168133;REFB=0;REVB=-0.00666486;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000258535;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr19 43576034 . C A 571.32 PASS AF=0.39759;AO=64;DP=165;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0112517;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.142;QD=13.7668;RBI=0.0121875;REFB=-0.0196031;REVB=0.00468343;RO=97;SAF=31;SAR=33;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662347;STB=0.533177;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0332097;OID=.;OPOS=43576034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:97:100:64:66:0.39759:33:31:53:44:34:32:54:46 chr19 43679410 . A G 2347.91 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.906;QD=63.8886;RBI=0.0631966;REFB=0;REVB=0.0627641;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17558e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:74:71:0:0:76:71:0:0 chr19 43680051 . C T 2197.34 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.482;QD=63.2328;RBI=0.025986;REFB=0;REVB=0.0208176;RO=0;SAF=86;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82007e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:53:86:0:0:53:86:0:0 chr19 43680147 . C T 546.56 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0441471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.657;QD=15.8424;RBI=0.0466869;REFB=-0.0286076;REVB=0.0151888;RO=78;SAF=37;SAR=22;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151974;STB=0.50355;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0346685;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:79:59:59:0.427536:22:37:50:28:22:37:50:29 chr19 43687589 . G A 263.68 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.022845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1674;QD=26.3682;RBI=0.0325173;REFB=-0.0347766;REVB=0.0231405;RO=15;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509426;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0193349;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:8:16:10:5:8:16:11:5 chr19 43687613 . T C 303.86 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0314368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.192;QD=25.86;RBI=0.0420038;REFB=-0.00721862;REVB=0.0278576;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105035;STB=0.513413;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00677892;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:20:26:27:0.574468:9:17:12:6:10:17:12:8 chr19 43689004 . G A 464.15 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0134383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2513;QD=16.4301;RBI=0.0235523;REFB=-0.0082177;REVB=0.0193422;RO=62;SAF=21;SAR=30;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196326;STB=0.609462;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0114937;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:30:21:38:24:30:21:38:24 chr19 43690506 . G C 1168.4 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.941;QD=60.6962;RBI=0.0521534;REFB=0;REVB=0.0491352;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32954e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:29:44:0:0:29:48:0:0 chr19 43699278 . A G 956.65 PASS AF=0.502646;AO=93;DP=190;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0174116;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.867;QD=20.2466;RBI=0.0189757;REFB=-0.00734704;REVB=-0.00754399;RO=92;SAF=37;SAR=56;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133283;STB=0.576907;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00823006;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:92:94:93:95:0.502646:56:37:50:42:57:38:52:42 chr19 43699336 . T C 2190.94 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0301457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.468;QD=60.8593;RBI=0.0385735;REFB=-0.0627971;REVB=0.0240656;RO=2;SAF=53;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106833;STB=0.508379;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00161662;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:2:3:141:141:0.979167:88:53:0:2:88:53:0:3 chr19 43699417 . A G 2206.49 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6281;QD=63.0427;RBI=0.0746266;REFB=0;REVB=0.0707971;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133786;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:140:0:0:134:140:1:78:56:0:0:84:56:0:0 chr19 43702342 . C T 1782.0 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.333;QD=60.4069;RBI=0.0286842;REFB=0;REVB=0.0146217;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44718e-07;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:62:55:0:0:62:56:0:0 chr19 43708100 . T A 1498.36 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.038027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0762;QD=56.542;RBI=0.0648692;REFB=-0.165777;REVB=0.0525543;RO=3;SAF=59;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131038;STB=0.501293;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00316814;OID=.;OPOS=43708100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:3:2:103:104:0.981132:44:59:1:2:45:59:1:1 chr19 43708926 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.14;QD=44.6898;RBI=0.0171176;REFB=0;REVB=-0.00886821;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229893;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 43708968 . T C 254.32 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.443;QD=50.8629;RBI=0.0405952;REFB=0;REVB=0.0405727;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26682e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 255.26 PASS AF=0,0.95,0.05;AO=3,10,5;DP=19;FAO=0,19,1;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,1;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297746,0.000612658,-0.00155644;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=271.878,279.574,275.23;QD=51.0529;RBI=0.111135,0.117551,0.112314;REFB=0,0,0;REVB=0.111095,0.11755,0.112303;RO=0;SAF=0,9,5;SAR=3,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0236411,-0.00179782,-0.000630078;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.95,0.05:3,10,5:19:0,19,1:20:0:0,13,1:0,6,0:0:0:5:0:0,9,5:3,1,0:0:0 chr19 43709619 . C T 564.86 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5127;QD=53.796;RBI=0.0355561;REFB=-0.1487;REVB=0.0335073;RO=3;SAF=22;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139605;STB=0.507459;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0122493;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:3:3:39:39:0.928571:17:22:2:1:17:22:2:1 chr19 43709647 . G A 734.19 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00263913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2787;QD=61.1829;RBI=0.0599692;REFB=-0.0003226;REVB=0.0599111;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000883312;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:1:0:22:25:1:0 chr19 43709654 . C A 705.3 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00334265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.689;QD=58.7746;RBI=0.0834979;REFB=-0.0516787;REVB=0.083431;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037388;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00081652;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:44:46:0.958333:20:24:1:1:21:25:1:1 chr19 43709656 . C G 718.73 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134738;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.391;QD=61.1683;RBI=0.0371507;REFB=-0.00520393;REVB=0.0346212;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000141694;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr19 43762340 . T A 631.57 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5245;QD=61.6161;RBI=0.102552;REFB=0;REVB=0.102534;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715272;OID=.;OPOS=43762340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr19 43772270 . G T 891.88 PASS AF=0.642276;AO=78;DP=123;FAO=79;FDP=123;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.0179883;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1388;QD=29.0041;RBI=0.0591434;REFB=-0.00143525;REVB=0.0563415;RO=44;SAF=42;SAR=36;SRF=38;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223454;STB=0.612633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000865063;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:44:44:78:79:0.642276:36:42:38:6:37:42:37:7 chr19 43772302 . C T 605.5 PASS AF=0.567308;AO=58;DP=103;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0202854;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.395;QD=23.2885;RBI=0.0203178;REFB=-0.00589074;REVB=0.00114679;RO=43;SAF=24;SAR=34;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408643;STB=0.516773;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00471732;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:45:58:59:0.567308:34:24:20:23:35:24:20:25 chr19 43773532 . G C 284.17 PASS AF=0.343284;AO=19;DP=70;FAO=23;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0183316;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.245;QD=16.9656;RBI=0.0257104;REFB=-0.0280876;REVB=0.0180271;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597792;STB=0.782363;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0334186;OID=.;OPOS=43773532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:32:33:19:23:0.343284:16:3:23:9:18:5:23:10 chr19 43773572 . G A 424.49 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.110144;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9806;QD=20.2136;RBI=0.146531;REFB=-0.051023;REVB=0.0966416;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130259;STB=0.593221;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0545351;OID=.;OPOS=43773572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:41:42:43:0.511905:17:25:28:10:17:26:32:9 chr19 43773599 . T C 1301.02 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00397904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2194;QD=59.817;RBI=0.0236539;REFB=-0.13969;REVB=0.0233169;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.001343;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:85:86:0.988506:34:51:0:0:35:51:1:0 chr19 43857872 . CG C,CC 1498.1 PASS AF=0.019802,0.980198;AO=13,90;DP=103;FAO=2,99;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=1,53;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677121,0.0779211;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.784,271.842;QD=59.3306;RBI=0.0686292,0.0782917;REFB=0,0;REVB=0.0111821,0.00760948;RO=0;SAF=12,44;SAR=1,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.00075e-08,5.15792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0284298,-6.98029e-06;OID=.,.;OPOS=43857873,43857873;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.019802,0.980198:13,90:103:2,99:101:0:1,53:1,46:0:0:3:0:12,44:1,46:0:0 chr19 43865692 . G A 254.2 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9952;QD=48.4181;RBI=0.230953;REFB=-0.0519725;REVB=0.215485;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113267;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr19 43910649 . G T 42.72 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00291937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.605;QD=9.49293;RBI=0.00603761;REFB=-0.00940411;REVB=-0.00528489;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471991;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0074004;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:18:11:11:6:7:0.388889:2:4:2:9:3:4:2:9 chr19 43910764 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.764;QD=56.1857;RBI=0.0468917;REFB=0;REVB=0.0326255;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377431;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 43922061 . A G 364.0 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0104609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7913;QD=13.4813;RBI=0.0135921;REFB=-0.00282286;REVB=0.00867838;RO=65;SAF=22;SAR=21;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613723;STB=0.534727;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00521528;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:21:22:37:28:21:22:37:28 chr19 43965029 . G A 251.87 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0211176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8601;QD=27.2291;RBI=0.0312332;REFB=-0.0212945;REVB=0.0230122;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147202;STB=0.581744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0147883;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:16:7:7:7:16:7:7:7 chr19 43979589 . G T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00163264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.871;QD=16.728;RBI=0.0179423;REFB=-0.0214516;REVB=-0.0178679;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0305471;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:10:9:9:7:10:9 chr19 44031324 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0108248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.61;QD=13.6279;RBI=0.0170458;REFB=-0.0115526;REVB=-0.0131675;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0194027;OID=.;OPOS=44031324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:5:4:1:7:5:4 chr19 44047550 . T C 52.73 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00436454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5476;QD=6.80335;RBI=0.0149574;REFB=-0.0098896;REVB=0.0143065;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477268;STB=0.792955;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0252366;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:31:21:23:8:8:0.258065:7:1:10:11:7:1:10:13 chr19 44047826 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.415;QD=63.8713;RBI=0.0470719;REFB=0;REVB=0.00409732;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150709;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr19 44050195 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.755;QD=16.4527;RBI=0.0574601;REFB=0.0167975;REVB=0.0574601;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00619149;OID=.;OPOS=44050195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr19 44055726 . T C 820.65 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.234;QD=57.5896;RBI=0.105305;REFB=0;REVB=0.0382412;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267359;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:47:57:1:32:15:0:0:33:24:0:0 chr19 44057227 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0476117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7407;QD=14.7016;RBI=0.0480555;REFB=-0.0214462;REVB=0.00651615;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256705;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0208577;OID=.;OPOS=44057227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:9:6:8:4:9:6 chr19 44057574 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00672219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.431;QD=13.8995;RBI=0.00931846;REFB=-0.0132924;REVB=0.00645336;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243208;STB=0.513877;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0187554;OID=.;OPOS=44057574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:12:22:15:9:12:22 chr19 44081288 . A G 139.22 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0237395;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.774;QD=16.8748;RBI=0.0413591;REFB=-0.0218002;REVB=-0.0338676;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0472886;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:33:18:18:14:15:0.454545:9:5:8:10:10:5:8:10 chr19 44082945 . T C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00748633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.162;QD=16.4257;RBI=0.0192115;REFB=0.00425084;REVB=0.0176929;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155766;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0050917;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:7:4:6:5:7:4 chr19 44096772 . C T 132.18 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00232497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2731;QD=24.0331;RBI=0.0919218;REFB=-0.0227232;REVB=0.0918924;RO=7;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150362;STB=0.571317;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.011447;OID=.;OPOS=44096772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:7:8:14:14:0.636364:2:12:5:2:2:12:6:2 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGCC,TGGGGC,TGGGGG 263.76 PASS AF=0,0.640625,0.15625;AO=4,32,8;DP=64;FAO=0,41,10;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=0,16,10;FSAR=0,25,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0353346,-0.130104,-0.0595744;FXX=0;HRUN=5,5,4;LEN=1,1,1;MLLD=14.0646,11.2398,14.1301;QD=16.4852;RBI=0.0389647,0.130864,0.0734027;REFB=-0.0188371,-0.101359,-0.0615924;REVB=-0.0164231,0.0140784,0.0428818;RO=11;SAF=1,10,8;SAR=3,22,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.347962;SSSB=-0.485919,-0.207532,0.745909;STB=0.5,0.573885,0.998344;STBP=1,0.071,0.03;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0573926,0.0969034;OID=.,.,.;OPOS=44102994,44102990,44102995;OREF=G,G,C;OALT=C,-,-;OMAPALT=TGGGGCC,TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.640625,0.15625:4,32,8:64:0,41,10:64:13:0,16,10:0,25,0:9:4:44:11:1,10,8:3,22,0:8:3 chr19 44116956 . A G 639.28 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2819;QD=59.4678;RBI=0.0842938;REFB=-0.164258;REVB=-0.0557198;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00485119;OID=.;OPOS=44116956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr19 44118191 . G A 81.98 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9819;QD=36.4358;RBI=0.0174568;REFB=0;REVB=0.0133999;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477388;OID=.;OPOS=44118191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:2:7:0:0 chr19 44126738 . G A 899.39 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.664;QD=58.0251;RBI=0.0244854;REFB=0;REVB=0.0237909;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85871e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:17:42:0:0:19:43:0:0 chr19 44303066 . C G 187.75 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0146334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.09;QD=23.4691;RBI=0.0419277;REFB=-0.0244996;REVB=0.0392912;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127109;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0184087;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:12:13:17:19:0.59375:7:10:5:7:8:11:6:7 chr19 44306482 . C T 483.93 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0108742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.515;QD=16.2666;RBI=0.0127967;REFB=-0.00214989;REVB=0.00674592;RO=66;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134792;STB=0.507527;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00389499;OID=.;OPOS=44306482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:29:24:29:37:29:24:29:37 chr19 44351694 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0262781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.839;QD=18.0503;RBI=0.0461821;REFB=-0.0247655;REVB=-0.0379769;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0239058;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:4:4:3:7:4:4 chr19 44351836 . G A 221.26 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0061528;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.097;QD=18.4379;RBI=0.0134437;REFB=-0.0165825;REVB=-0.0119531;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100855;STB=0.556912;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0200035;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:7:19:14:8:7:19 chr19 44352639 . G A 341.96 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0198442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.119;QD=30.3965;RBI=0.0206357;REFB=-0.0211432;REVB=-0.00566027;RO=16;SAF=6;SAR=23;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241659;STB=0.633757;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00991412;OID=.;OPOS=44352639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:23:6:8:8:23:6:8:8 chr19 44352665 . T C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0341054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.094;QD=28.852;RBI=0.0351698;REFB=-0.0127518;REVB=0.00858719;RO=16;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232185;STB=0.628582;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00473307;OID=.;OPOS=44352665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:20:7:9:7:20:7:9:7 chr19 44377357 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00483062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.197;QD=53.3625;RBI=0.014128;REFB=-0.115323;REVB=0.0132765;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00113898;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr19 44377669 . G A 523.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995147;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.3;QD=59.8657;RBI=0.0101242;REFB=0;REVB=0.00186241;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151917;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 44417575 . A G 748.88 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1123;QD=61.1327;RBI=0.0777184;REFB=-0.118226;REVB=-0.0549201;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177461;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760699;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:49:1:0:47:49:1:21:26:1:0:21:28:0:0 chr19 44418077 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7687;QD=58.0584;RBI=0.0684026;REFB=0;REVB=0.0241722;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100489;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr19 44418343 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.866;QD=59.6793;RBI=0.0143287;REFB=0;REVB=0.013499;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46992e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr19 44418544 . A G 850.77 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5179;QD=57.6796;RBI=0.0418653;REFB=0;REVB=-0.0185388;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182909;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr19 44418680 . G C 395.75 PASS AF=0.909091;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0257426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8598;QD=47.9698;RBI=0.0391808;REFB=0.038206;REVB=0.0295374;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382566;STB=0.518206;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000361822;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:33:3:3:29:30:0.909091:16:13:2:1:16:14:2:1 chr19 44418693 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.738;QD=60.6094;RBI=0.032272;REFB=0;REVB=-0.000189987;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117398;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 44418824 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3762;QD=61.3745;RBI=0.0406916;REFB=0;REVB=-0.0368034;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380371;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr19 44419030 . A G 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293469;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.329;QD=57.2404;RBI=0.0297948;REFB=0;REVB=0.00514645;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143087;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr19 44470189 . T A 483.38 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.522;QD=58.591;RBI=0.0325971;REFB=0;REVB=0.00896295;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137995;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr19 44470420 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1292;QD=58.5875;RBI=0.0272086;REFB=0;REVB=0.00141065;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363697;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 44470548 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8109;QD=62.6628;RBI=0.0388222;REFB=0;REVB=0.0379279;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445278;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr19 44470663 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.879;QD=62.022;RBI=0.0106256;REFB=0;REVB=0.00658387;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17678e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr19 44471209 . T A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8928;QD=62.0204;RBI=0.0257047;REFB=0;REVB=0.0254754;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221986;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr19 44471323 . G A 769.31 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.398;QD=56.9861;RBI=0.0697665;REFB=0;REVB=0.0228723;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114555;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr19 44494215 . T C 242.03 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0306597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8412;QD=16.9848;RBI=0.0374836;REFB=0.00866693;REVB=0.021564;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173283;STB=0.509746;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00771945;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:15:15:14:13:15:15 chr19 44496070 . A G 324.19 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0179188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.014;QD=14.5701;RBI=0.0269112;REFB=-0.0173521;REVB=-0.0200781;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147993;STB=0.584024;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0283277;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:22:14:28:25:22:14:28:25 chr19 44500478 . A T 820.91 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102078;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.357;QD=57.6077;RBI=0.0438681;REFB=0;REVB=0.042664;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77078e-05;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr19 44500761 . G A 785.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.7;QD=64.1625;RBI=0.0166871;REFB=0;REVB=0.0138109;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89333e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr19 44501116 . A G 481.59 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168207;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.88;QD=53.5098;RBI=0.0168814;REFB=-0.145194;REVB=-0.00143004;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128728;STB=0.506892;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000849101;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:21:13:1:1:21:13:1:1 chr19 44501227 . A G 698.75 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0232692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6655;QD=54.8041;RBI=0.0394129;REFB=-0.112383;REVB=-0.0318107;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00237427;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:0:1:28:22:0:1 chr19 44501518 . G A 576.26 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00328883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1555;QD=22.3791;RBI=0.017406;REFB=-0.0132306;REVB=-0.0170925;RO=46;SAF=29;SAR=28;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283024;STB=0.515508;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0101498;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:28:29:25:21:28:29:25:21 chr19 44501627 . T C 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000511897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.048;QD=13.9122;RBI=0.00292489;REFB=-0.000191751;REVB=-0.00287975;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441393;STB=0.514692;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000228222;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:13:17:11:10:14:17 chr19 44511223 . T G 1607.78 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3445;QD=59.0011;RBI=0.0506087;REFB=-0.0172625;REVB=0.0478006;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.504853;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00112556;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:51:57:0:0:51:57:0:1 chr19 44515352 . T G 310.09 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0120294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.157;QD=13.7819;RBI=0.0123795;REFB=-0.0014289;REVB=0.00292336;RO=53;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117365;STB=0.57843;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00267494;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:55:35:35:0.388889:21:14:27:26:21:14:29:26 chr19 44515514 . C A 403.77 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00274341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1501;QD=22.1245;RBI=0.0108912;REFB=-0.0268397;REVB=0.01054;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020595;STB=0.511358;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0205104;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:24:16:14:19:24:16:14:19 chr19 44531553 . A T 156.77 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00114019;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.659;QD=9.50131;RBI=0.0174298;REFB=-0.00658316;REVB=-0.0173924;RO=46;SAF=10;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153358;STB=0.598763;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0205881;OID=.;OPOS=44531553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:45:21:21:0.318182:11:10:28:18:11:10:28:17 chr19 44564981 . G A 467.73 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00467277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.117;QD=20.1174;RBI=0.010509;REFB=-0.0127763;REVB=-0.00941299;RO=46;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783242;STB=0.537799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0118738;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:24:22:26:20:24:22:26:21 chr19 44570551 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.041108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.641;QD=14.4905;RBI=0.0449008;REFB=-0.00929576;REVB=-0.0180615;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.568893;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0172516;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:16:14:11:8:16:14 chr19 44591360 . G A 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00217718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.478;QD=26.3717;RBI=0.00997246;REFB=-0.00955622;REVB=-0.0097319;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00522116;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:11:13:8:8:11:13:8:8 chr19 44610665 . A G 206.57 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0229665;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.89;QD=22.9526;RBI=0.0318178;REFB=-0.0103838;REVB=0.0220207;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246804;STB=0.626249;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00696291;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:16:20:20:0.555556:12:8:12:5:12:8:11:5 chr19 44610798 . A T 118.43 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00348495;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.034;QD=11.8429;RBI=0.00367294;REFB=-0.0335136;REVB=0.00116003;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0408884;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:26:14:14:0.35:6:8:14:12:6:8:14:12 chr19 44611066 . T C 63.98 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00604897;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2077;QD=8.53025;RBI=0.00967143;REFB=-0.00526275;REVB=-0.00754629;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0116627;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:30:21:21:9:9:0.3:4:5:10:11:4:5:10:11 chr19 44611420 . A G 300.29 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00501017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.265;QD=24.5136;RBI=0.0191611;REFB=-0.00283602;REVB=-0.0184945;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631737;STB=0.535185;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0023137;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:14:8:8:19:14:8 chr19 44612005 . A G 202.11 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00257124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.743;QD=14.6991;RBI=0.00340404;REFB=-0.0157586;REVB=0.00223074;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074053;STB=0.567512;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0155641;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:30:30:22:25:0.454545:8:14:17:13:8:17:17:13 chr19 44612014 . A T 230.31 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0511663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.209;QD=16.451;RBI=0.051323;REFB=-0.00150686;REVB=-0.00400659;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118934;STB=0.574409;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0020257;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:8:17:17:13:8:18:17:13 chr19 44612231 . A G 130.6 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0244818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9698;QD=13.7473;RBI=0.0247875;REFB=-0.00898823;REVB=0.00388056;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803326;STB=0.559362;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0327101;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:12:10:8:7:13:10 chr19 44635869 . G C 76.56 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.01365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0267;QD=12.7597;RBI=0.0464053;REFB=-0.0142588;REVB=-0.0443523;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33729;STB=0.6996;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0441008;OID=.;OPOS=44635869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:9:5:7:3:9:5 chr19 44652954 . G A 357.05 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00397336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.921;QD=14.4263;RBI=0.0147622;REFB=-0.0166039;REVB=0.0142174;RO=58;SAF=27;SAR=12;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160987;STB=0.603971;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0210446;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:60:39:39:0.393939:12:27:32:26:12:27:32:28 chr19 44660967 . A G 120.1 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0268595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2646;QD=24.019;RBI=0.0396871;REFB=-0.00282688;REVB=0.029217;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810804;STB=0.545388;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00550285;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:6:1:3:10:6:1 chr19 44721699 . C T 474.62 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00442112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.998;QD=21.5736;RBI=0.0493187;REFB=-0.00395707;REVB=0.0491202;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840754;STB=0.514625;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00373878;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:42:46:46:0.522727:20:26:23:17:20:26:25:17 chr19 44739399 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00513569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=15.8391;RBI=0.0256644;REFB=0.000227863;REVB=0.0251453;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.592984;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000113564;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:2:4:3:5:3:4 chr19 44764064 . A G 1548.95 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5027;QD=63.8742;RBI=0.0272633;REFB=0;REVB=-0.0228647;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220147;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:54:41:0:0:56:41:0:0 chr19 44778405 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.809;QD=54.5177;RBI=0.0517909;REFB=0;REVB=0.0423438;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240401;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 44778797 . T A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0152283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.872;QD=12.6374;RBI=0.0233454;REFB=-0.00690766;REVB=0.0176948;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.567464;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0157984;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:12:13:0.382353:7:5:12:8:7:6:12:9 chr19 44778799 . G A 109.4 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0253909;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4755;QD=13.2603;RBI=0.0270109;REFB=-0.0153084;REVB=-0.00921358;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0361635;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:12:8:7:6:12:8 chr19 44792701 . T G 180.82 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00736674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.262;QD=13.9089;RBI=0.0170164;REFB=-0.0257011;REVB=0.0153392;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114759;STB=0.565654;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0396789;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:21:10:9:12:21:10 chr19 44792969 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000972188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.757;QD=46.8479;RBI=0.0164428;REFB=0;REVB=0.016414;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350738;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr19 44832684 . T G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.682;QD=57.1032;RBI=0.0140134;REFB=0;REVB=-0.00223158;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0312e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr19 44832875 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.528;QD=58.5869;RBI=0.0199616;REFB=0;REVB=0.0124828;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59744e-05;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr19 44832992 . C G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4273;QD=57.2309;RBI=0.0164506;REFB=0;REVB=0.00212104;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148884;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr19 44833506 . C T 993.86 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4852;QD=57.6151;RBI=0.0378451;REFB=-0.0431078;REVB=0.00376993;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00423911;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:1:0:30:38:1:0 chr19 44833851 . G C 1144.96 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.708;QD=57.9725;RBI=0.0617163;REFB=0;REVB=0.0615566;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352214;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:73:79:1:26:47:0:0:32:47:0:0 chr19 44840789 . T C 1200.03 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.149;QD=58.5381;RBI=0.0285921;REFB=0.0190543;REVB=0.0190312;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516662;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000233051;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:0:2:80:80:0.97561:30:50:0:0:29:51:0:2 chr19 44890697 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5423;QD=57.2014;RBI=0.0788579;REFB=0;REVB=0.0672439;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017328;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr19 44890801 . T C 866.45 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6692;QD=57.7631;RBI=0.0326233;REFB=0;REVB=-0.018417;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537486;OID=.;OPOS=44890801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr19 44891784 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.872;QD=62.6708;RBI=0.0142198;REFB=0;REVB=0.0066871;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05281e-05;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr19 44898662 . C T 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.762;QD=47.8062;RBI=0.127069;REFB=0;REVB=0.122591;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189201;OID=.;OPOS=44898662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 44930880 . G A 3885.7 PASS AF=1;AO=251;DP=255;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081362;FXX=0.0195305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.56;QD=61.9236;RBI=0.0126346;REFB=0.0497445;REVB=0.00966625;RO=1;SAF=140;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8024e-05;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:251:1:0:251:251:1:111:140:0:1:111:140:0:0 chr19 44932972 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.094;QD=57.7105;RBI=0.0466444;REFB=0;REVB=0.000517394;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25136e-05;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr19 44933947 . G A 1286.9 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240074;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.086;QD=62.0194;RBI=0.0354576;REFB=0;REVB=-0.0260938;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248767;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr19 44934489 . G A 1171.95 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0532086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4401;QD=56.4796;RBI=0.0924031;REFB=-0.0289917;REVB=0.0755458;RO=4;SAF=39;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000576661;STB=0.506023;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00459512;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:4:3:79:80:0.963855:40:39:2:2:40:40:1:2 chr19 44981318 . G A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0121773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.327;QD=12.0519;RBI=0.0259303;REFB=-0.00579633;REVB=0.022893;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267229;STB=0.629382;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00492467;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:8:9:0.409091:3:5:11:2:3:6:11:2 chr19 44981525 . G A 212.18 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0767056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0668;QD=27.3774;RBI=0.0793907;REFB=-0.0234643;REVB=0.0204727;RO=11;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219534;STB=0.62251;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0144289;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:5:15:5:6:5:15:5:6 chr19 44981883 . C G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0171487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.832;QD=14.9479;RBI=0.0175349;REFB=-0.00956716;REVB=0.00365948;RO=42;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981495;STB=0.55542;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0122821;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:14:17:27:15:14:17:27:15 chr19 44983567 . C G 488.39 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0112139;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.239;QD=18.0886;RBI=0.0119629;REFB=-0.0127076;REVB=0.00416647;RO=56;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109248;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:26:26:28:28:26:26:28:28 chr19 45001346 . G A 327.56 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0343369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7177;QD=16.7979;RBI=0.0427556;REFB=-0.00637322;REVB=-0.0254759;RO=42;SAF=24;SAR=11;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472493;STB=0.531897;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00717077;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:11:24:27:15:11:25:27:15 chr19 45016990 . CT C 1744.73 PASS AF=1;AO=142;DP=149;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424231;FXX=0.0266649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.2016;QD=47.8008;RBI=0.105634;REFB=0;REVB=0.096741;RO=0;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000533952;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:142:149:146:146:0:66:80:0:0:32:0:63:79:0:0 chr19 45050747 . C T 506.18 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410151;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4438;QD=59.5512;RBI=0.0506188;REFB=0;REVB=0.0296651;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131561;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 45162038 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7821;QD=59.5009;RBI=0.0365596;REFB=0;REVB=0.0158344;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014443;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr19 45162189 . C A 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00489103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.394;QD=19.5285;RBI=0.00996195;REFB=-0.000385579;REVB=-0.00867861;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231547;STB=0.512865;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000419603;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:18:21:20:19:18:21:20:19 chr19 45211407 . C T 395.2 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.029887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.815;QD=22.9104;RBI=0.0395788;REFB=-0.0120681;REVB=-0.0259471;RO=29;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734094;STB=0.549425;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00974393;OID=.;OPOS=45211407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:14:25:16:13:14:25:16:14 chr19 45389224 . A G 448.54 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.017;QD=56.0674;RBI=0.0356616;REFB=0;REVB=0.000101964;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181212;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr19 45395714 . T C 140.11 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0611031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4928;QD=10.3787;RBI=0.0735577;REFB=-0.010883;REVB=-0.040953;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326769;STB=0.519292;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0158809;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:21:15:7:11:21:15 chr19 45397229 . G A 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0477048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0236;QD=13.7735;RBI=0.0550302;REFB=0.0107415;REVB=0.0274332;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088702;STB=0.559061;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0148764;OID=.;OPOS=45397229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:11:9:11:19:11:9:11:20 chr19 45409167 . C G 183.01 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=0.0231931;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.88;QD=15.5757;RBI=0.0231931;REFB=-0.0155359;REVB=0;RO=28;SAF=19;SAR=0;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196814;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:0:19:28:0:0:19:28:0 chr19 45448036 . T C 703.54 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.905;QD=62.5369;RBI=0.0674486;REFB=0;REVB=-0.0673206;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82523e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr19 45448465 . T G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.02184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.102;QD=8.2546;RBI=0.0229997;REFB=-0.00921264;REVB=-0.00721132;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0117054;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:7:5:2:4:7:5 chr19 45452694 . G GT 386.46 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00116065;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=291.364;QD=20.8895;RBI=0.00483951;REFB=-0.00732516;REVB=0.00469827;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121272;STB=0.578473;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=0.0054187;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527027:37:75:39:74:35:18:21:22:13:99:37:18:19:23:14 chr19 45476422 . T C 336.0 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0136797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=15.2727;RBI=0.0362097;REFB=-0.0218318;REVB=-0.0335262;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101511;STB=0.513506;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0242355;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:51:51:36:37:0.420455:18:18:25:26:18:19:25:26 chr19 45490570 . A G 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00358646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6276;QD=22.5818;RBI=0.0111693;REFB=-0.0382087;REVB=-0.0105778;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312573;STB=0.674863;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0427105;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:8:16:8:18:8:16 chr19 45561063 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9919;QD=56.9965;RBI=0.0203048;REFB=0;REVB=-0.0202737;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221483;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr19 45728059 . T C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0144551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1414;QD=24.8178;RBI=0.038853;REFB=0.00909902;REVB=-0.0360639;RO=18;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867009;STB=0.548345;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0086733;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:7:17:11:7:7:17:11:7 chr19 45728123 . C T 210.07 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.063214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0478;QD=21.0072;RBI=0.0890212;REFB=-0.0141044;REVB=-0.0626798;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811402;STB=0.545635;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0263948;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:10:9:8:13:10:9 chr19 45801018 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3106;QD=37.4885;RBI=0.0520408;REFB=0;REVB=0.03989;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472106;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr19 45865002 . C A 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.465;QD=34.6736;RBI=0.026476;REFB=-0.0800453;REVB=-0.00455349;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00351227;OID=.;OPOS=45865002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr19 45868309 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.84;QD=56.1914;RBI=0.0300064;REFB=0;REVB=0.0278498;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245893;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr19 45882962 . T A 487.36 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6271;QD=57.3368;RBI=0.03501;REFB=0;REVB=-0.0198205;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196229;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:18:15:1:0:18:16:0:0 chr19 45909934 . G A 427.75 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00572097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.839;QD=51.8484;RBI=0.0449146;REFB=-0.138245;REVB=0.0445488;RO=2;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929272;STB=0.549967;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00161323;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:9:22:0:2:9:22:0:2 chr19 45910003 . G T 453.94 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0702298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0872;QD=55.0231;RBI=0.0734068;REFB=0.0538068;REVB=0.0213621;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000344745;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr19 45912002 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=385.115;QD=51.1846;RBI=0.033639;REFB=0;REVB=0.0303959;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99591e-05;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 45912343 . A G 676.65 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9685;QD=60.1468;RBI=0.03717;REFB=-0.0607113;REVB=0.0286665;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00440018;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr19 45912406 . G A 602.27 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.266;QD=60.2272;RBI=0.0425008;REFB=0;REVB=0.0306501;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484062;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:19:21:0:0 chr19 45923653 . A G 1296.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427631;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.869;QD=61.7336;RBI=0.0652506;REFB=0;REVB=0.0492844;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270022;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:38:46:0:0 chr19 45998381 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7168;QD=52.6118;RBI=0.0407289;REFB=0;REVB=0.0399973;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538459;OID=.;OPOS=45998381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr19 46002456 . G T 534.97 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00804963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.884;QD=41.9581;RBI=0.0264839;REFB=-0.138676;REVB=0.0252309;RO=7;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530774;STB=0.5178;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00139654;OID=.;OPOS=46002456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:51:51:7:8:43:43:0.843137:22:21:2:5:22:21:3:5 chr19 46003066 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.253;QD=59.4355;RBI=0.0577931;REFB=0;REVB=-0.054192;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26101e-05;OID=.;OPOS=46003066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr19 46003068 . A G 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3431;QD=59.4066;RBI=0.0426984;REFB=0;REVB=-0.0341094;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732729;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr19 46024582 . GGT G,GG,GGG 598.49 PASS AF=0.761905,0.047619,0.190476;AO=22,5,7;DP=40;FAO=32,2,8;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2,4;FSAR=8,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230454,0.0217342,0.0200701;FXX=0.0232504;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=193.766,189.771,186.394;QD=56.9991;RBI=0.0863907,0.074741,0.0608051;REFB=0,0,0;REVB=0.0832602,0.0715111,0.0573973;RO=0;SAF=17,4,4;SAR=5,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.58081e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00383931,0.0144679,0.0142682;OID=.,.,.;OPOS=46024583,46024584,46024584;OREF=GT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.761905,0.047619,0.190476:22,5,7:40:32,2,8:42:0:24,2,4:8,0,4:0:0:51:0:17,4,4:5,1,3:0:0 chr19 46026970 . T A 710.17 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0468742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4544;QD=54.6281;RBI=0.0469053;REFB=-0.153553;REVB=0.00170573;RO=1;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122334;STB=0.506491;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00328568;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:38:13:0:1:38:13:0:1 chr19 46027845 . C T 169.56 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.016903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.855;QD=16.5425;RBI=0.0171797;REFB=-0.00202722;REVB=-0.00307097;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309572;STB=0.677224;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0023197;OID=.;OPOS=46027845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:8:15:6:12:8:15 chr19 46029811 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT,GAAAAAATA 907.45 PASS AF=0.113636,0.579545,0.306818,0;AO=14,26,26,4;DP=90;FAO=10,51,27,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=7,37,19,0;FSAR=3,14,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.201292,-0.100216,-0.0433417,-0.0495257;FXX=0.137241;HRUN=9,9,9,9;LEN=1,2,1,1;MLLD=7.7895,12.7851,159.973,161.688;QD=41.2477;RBI=0.268513,0.135201,0.0434471,0.0496593;REFB=-0.0771202,-0.0726245,-0.149205,-0.169927;REVB=0.17771,0.0907524,0.00302445,0.00363955;RO=1;SAF=6,21,18,4;SAR=8,5,8,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0534678,0.0841069,0.0545422,0.749895;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.153157,0.0785766,-0.00119989,0.0770311;OID=.,.,.,.;OPOS=46029812,46029812,46029819,46029818;OREF=A,AA,A,A;OALT=-,-,T,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAT,GAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.113636,0.579545,0.306818,0:14,26,26,4:90:10,51,27,0:88:0:7,37,19,0:3,14,8,0:0:0:99:1:6,21,18,4:8,5,8,0:0:1 chr19 46029981 . T C 2792.94 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144763;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6103;QD=62.7628;RBI=0.0226883;REFB=0;REVB=0.022642;RO=0;SAF=72;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23977e-05;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:106:72:0:0:106:72:0:0 chr19 46057081 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00839416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.591;QD=61.5113;RBI=0.0317068;REFB=-0.0906918;REVB=-0.0305755;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000165403;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:22:26:0:0:22:26:0:1 chr19 46133251 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00687212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.345;QD=8.69116;RBI=0.0156177;REFB=-0.0030267;REVB=-0.0140245;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0177622;OID=.;OPOS=46133251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr19 46133256 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.006127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.509;QD=8.69095;RBI=0.0341569;REFB=-0.0227458;REVB=0.0336028;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0425287;OID=.;OPOS=46133256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr19 46141845 . T C 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0137455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.189;QD=23.5966;RBI=0.0351071;REFB=-0.0185241;REVB=0.0323043;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576739;STB=0.532085;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0207785;OID=.;OPOS=46141845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:14:7:10:15:14:7 chr19 46154806 . T C 96.2 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0437701;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.412;QD=20.2532;RBI=0.0449032;REFB=-0.0580001;REVB=0.0100238;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124659;STB=0.571299;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0377037;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:3:5:5:6:3:5 chr19 46154820 . G A 114.98 PASS AF=0.5;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0437444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9806;QD=17.6884;RBI=0.0558376;REFB=-0.053743;REVB=-0.0347025;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.658287;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0377326;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:10:13:13:13:0.5:4:9:5:5:4:9:5:8 chr19 46154902 . G GC 143.83 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00664255;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.442;QD=13.3795;RBI=0.00736165;REFB=-0.0277866;REVB=-0.00317341;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230002;STB=0.629833;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.00718593;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:44:21:43:22:8:13:14:8:99:22:8:13:14:8 chr19 46154906 . C CT 146.09 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00568124;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.258;QD=13.9132;RBI=0.00585824;REFB=-0.00285234;REVB=0.00142917;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247949;STB=0.618934;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.00360393;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:44:21:42:21:8:13:13:8:99:23:8:13:15:8 chr19 46269076 . G A 327.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226979;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.451;QD=54.5441;RBI=0.0335283;REFB=0;REVB=0.024677;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77707e-05;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 46287200 . C G 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00290606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.68;QD=45.1072;RBI=0.0240561;REFB=-0.174003;REVB=0.0238799;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00272513;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr19 46289392 . G C 681.97 PASS AF=0.854839;AO=55;DP=64;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0136838;FXX=0.0312451;HRUN=8;LEN=1;MLLD=209.196;QD=43.9982;RBI=0.0137844;REFB=-0.0927907;REVB=-0.00166189;RO=9;SAF=43;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190221;STB=0.609632;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00245487;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:62:9:9:55:53:0.854839:12:43:2:7:11:42:2:7 chr19 46299162 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0387962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.761;QD=12.3969;RBI=0.0503505;REFB=-0.0424369;REVB=-0.0320939;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0400167;OID=.;OPOS=46299162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr19 46319415 . G C 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0132789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.422;QD=33.8158;RBI=0.0237215;REFB=-0.00350999;REVB=0.0196566;RO=2;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08263;STB=0.56513;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000432476;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:4:10:2:0:4:10:3:0 chr19 46327053 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00151646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.964;QD=25.1494;RBI=0.0334048;REFB=-0.0183415;REVB=0.0333704;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252462;STB=0.514008;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0137741;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:15:12:10:11:15:12:10:11 chr19 46330809 . G A 186.12 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0175423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0243;QD=12.4083;RBI=0.0331726;REFB=-0.00893663;REVB=0.0281548;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10387;STB=0.559947;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0157965;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:19:18:9:14:19:18 chr19 46375779 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0099788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.594;QD=12.9742;RBI=0.0122365;REFB=-0.00496358;REVB=0.00708205;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113436;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00455176;OID=.;OPOS=46375779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:7:11:6:6:7:11 chr19 46404579 . A G 724.95 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.886;QD=63.0393;RBI=0.0576959;REFB=0;REVB=0.0013901;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431383;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:25:15:0:0:28:18:0:0 chr19 46443739 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1431;QD=35.5743;RBI=0.0768263;REFB=0;REVB=-0.0763397;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00706006;OID=.;OPOS=46443739;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 46443886 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.342;QD=40.7629;RBI=0.0717602;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900548;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr19 46498353 . C G 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0258787;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.296;QD=16.038;RBI=0.0298026;REFB=-0.0252918;REVB=0.0147812;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146645;STB=0.508299;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0337625;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:10:20:17:8:10:20 chr19 46511548 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.688;QD=35.5759;RBI=0.0929555;REFB=0;REVB=0.0759387;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266677;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 46520025 . CA C,CG 1202.15 PASS AF=0.160494,0.839506;AO=11,68;DP=81;FAO=13,68;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=10,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116013,0.0105863;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.972,253.688;QD=59.3652;RBI=0.0133843,0.0125987;REFB=0,0;REVB=0.00667451,0.00683057;RO=0;SAF=3,37;SAR=8,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0351163,0.00288965;OID=.,.;OPOS=46520026,46520026;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.160494,0.839506:11,68:81:13,68:81:0:3,37:10,31:0:0:59:0:3,37:8,31:0:0 chr19 46520028 . C G 55.31 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0173898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9926;QD=2.73117;RBI=0.023914;REFB=-0.0398488;REVB=-0.0164156;RO=68;SAF=3;SAR=10;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393007;STB=0.764409;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.216881;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:81:81:68:68:13:13:0.160494:10:3:37:31:10:3:37:31 chr19 46811984 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0386802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.566;QD=21.1724;RBI=0.0412406;REFB=-0.000890591;REVB=-0.014305;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000463157;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr19 46815310 . G A 108.99 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0272728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1089;QD=11.1789;RBI=0.0431934;REFB=-0.0145005;REVB=0.0334942;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107536;STB=0.533285;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0329743;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:8:5:12:13:8:6:12:13 chr19 46815499 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.752;QD=50.4134;RBI=0.0278412;REFB=0;REVB=-0.00167096;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514323;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 46823702 . A G 1117.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.142;QD=60.418;RBI=0.0575177;REFB=0;REVB=0.0468484;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227125;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:69:74:1:36:33:0:0:40:34:0:0 chr19 46823751 . C T 1293.66 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.569;QD=61.6029;RBI=0.0455422;REFB=0;REVB=0.0397364;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170635;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:47:36:0:0:47:37:0:0 chr19 46842834 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC 35.81 PASS AF=0,0.352941;AO=6,12;DP=35;FAO=0,12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.389562,-0.0680353;FXX=0.0285633;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.2994,10.629;QD=4.21264;RBI=0.427472,0.151574;REFB=-0.0311385,-0.113667;REVB=-0.175993,-0.135447;RO=14;SAF=5,1;SAR=1,11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.619041,-0.277674;STB=0.5,0.676213;STBP=1,0.155;TYPE=del,del;VARB=0.0201223,0.157451;OID=.,.;OPOS=46842839,46842835;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.352941:6,12:35:0,12:34:22:0,6:0,6:5:17:34:14:5,1:1,11:3:11 chr19 46857015 . C T 1164.07 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0344181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.446;QD=58.2035;RBI=0.0400808;REFB=-0.174621;REVB=0.0205394;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.510414;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00180586;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:31:47:1:0:31:47:2:0 chr19 46893810 . G A 340.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1224;QD=54.495;RBI=0.151341;REFB=0;REVB=0.113962;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00568342;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 46914547 . C G 95.5 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0182458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0816;QD=15.2794;RBI=0.0300922;REFB=-0.0412229;REVB=-0.0239297;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0128952;OID=.;OPOS=46914547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr19 46914921 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0783764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.084;QD=14.6524;RBI=0.0784764;REFB=-0.03665;REVB=0.00396097;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0309409;OID=.;OPOS=46914921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr19 46971773 . T G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0406288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2564;QD=14.7007;RBI=0.041825;REFB=0.00879424;REVB=-0.00993133;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152525;STB=0.588097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0141348;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:11:4:5:7:11:4 chr19 46973981 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0245509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.814;QD=17.5877;RBI=0.0246584;REFB=-0.0147379;REVB=0.00230018;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176371;STB=0.599913;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0115328;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:9:19:11:11:9:19 chr19 46974233 . G A 216.48 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00722549;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.951;QD=21.648;RBI=0.0107927;REFB=-0.0288332;REVB=-0.00801716;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0440996;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:21:21:0.525:11:10:8:11:11:10:8:11 chr19 46999691 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.564;QD=45.8068;RBI=0.07291;REFB=0;REVB=-0.0131087;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590455;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr19 47124714 . T G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0267274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.134;QD=11.7419;RBI=0.0270954;REFB=-0.0149782;REVB=-0.00445078;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503323;STB=0.510194;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0196291;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:20:21:0.368421:8:12:20:16:9:12:20:16 chr19 47127324 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0321692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.949;QD=16.199;RBI=0.0380086;REFB=-0.0272061;REVB=-0.0202434;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0104988;OID=.;OPOS=47127324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr19 47177913 . A G 655.13 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706543;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2813;QD=62.3931;RBI=0.0716152;REFB=0;REVB=-0.0116923;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578727;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:41:42:1:31:10:0:0:32:10:0:0 chr19 47212593 . A G 287.9 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0634358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.736;QD=25.0349;RBI=0.0644027;REFB=-0.00337204;REVB=-0.0111177;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138476;STB=0.576864;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000719212;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:12:8:15:11:12:8 chr19 47223543 . T C 1472.51 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.74;QD=63.3338;RBI=0.0552408;REFB=0;REVB=-0.0543868;RO=0;SAF=69;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54434e-05;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:24:69:0:0:24:69:0:0 chr19 47226434 . C T 228.74 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00100019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7903;QD=16.0521;RBI=0.0224679;REFB=-0.0299398;REVB=0.0224456;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225367;STB=0.520151;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0469878;OID=.;OPOS=47226434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:15:11:12:18:15:11:12:19 chr19 47226450 . A G 295.61 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000126352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.283;QD=17.9158;RBI=0.0251883;REFB=-0.0349094;REVB=-0.025188;RO=34;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080434;STB=0.544905;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.040883;OID=.;OPOS=47226450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:17:15:13:21:17:15:13:21 chr19 47258842 . C T 482.8 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00568877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.083;QD=26.0974;RBI=0.00592316;REFB=-0.015778;REVB=0.00164975;RO=28;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328962;STB=0.511106;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0156722;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:29:45:45:0.608108:23:22:15:13:23:22:15:14 chr19 47282162 . G A 638.03 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0088492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.259;QD=59.3517;RBI=0.0309681;REFB=-0.0398298;REVB=0.0296768;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000286921;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr19 47543774 . G A 2263.88 PASS AF=0.962733;AO=152;DP=160;FAO=155;FDP=161;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=96;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0641724;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2309;QD=56.2454;RBI=0.0672592;REFB=-0.0444772;REVB=0.020142;RO=6;SAF=57;SAR=95;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223096;STB=0.511241;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00404824;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:160:161:6:6:152:155:0.962733:95:57:4:2:96:59:4:2 chr19 47761646 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.783;QD=56.7066;RBI=0.0350337;REFB=0;REVB=0.0220427;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148433;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 47768128 . G C 290.1 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0218908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9144;QD=29.0099;RBI=0.0237503;REFB=-0.0417179;REVB=-0.00921254;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152807;STB=0.58817;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0170814;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:14:25:26:0.65:11:14:11:3:12:14:11:3 chr19 47770015 . A C 196.63 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0488901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9334;QD=12.894;RBI=0.056613;REFB=-0.0372879;REVB=-0.0285446;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114959;STB=0.565932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0704735;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:16:21:11:13:16:21 chr19 47773647 . C T 273.93 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00577566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.303;QD=17.673;RBI=0.00580962;REFB=-0.0114378;REVB=-0.00062722;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104695;STB=0.566622;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0115298;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:17:14:17:13:18:14 chr19 47774447 . G A 158.74 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00213208;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.628;QD=24.421;RBI=0.00638985;REFB=-0.00120997;REVB=0.00602366;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889661;STB=0.549936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000868431;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:5:5:10:6:5:5 chr19 47774665 . TGAG T 73.1 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00916405;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=182.121;QD=9.13706;RBI=0.00973271;REFB=-0.0174806;REVB=-0.00327807;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235009;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=del;VARB=0.0518653;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:10:33:10:32:22:3:7:12:10:73:22:3:7:11:11 chr19 47774772 . T C 78.62 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0257031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.962;QD=14.9759;RBI=0.0266507;REFB=-0.0443513;REVB=0.00704364;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0493621;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr19 47823038 . G A 229.8 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3747;QD=45.959;RBI=0.0504793;REFB=-0.0331876;REVB=-0.0381656;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00867841;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:7:11:1:0:7:12:1:0 chr19 47823484 . T C,G 675.86 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256818,0.0192951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.221,86.2833;QD=61.4418;RBI=0.0263942,0.0204906;REFB=0,0;REVB=0.00609113,-0.00689666;RO=0;SAF=16,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00566478,0.0704529;OID=.,.;OPOS=47823484,47823484;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:26,0:16,2:0:0:26,0:16,2:0:0 chr19 47823871 . G T 815.01 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4184;QD=55.2552;RBI=0.0101036;REFB=-0.154979;REVB=0.00990184;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00708448;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:20:37:1:0:20:38:1:0 chr19 47858424 . G A 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0104632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.231;QD=20.641;RBI=0.0358489;REFB=-0.0207121;REVB=0.034288;RO=41;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396318;STB=0.521958;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0243415;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:27:16:17:24:27:16:17:24 chr19 47865911 . A G 266.42 PASS AF=0.5;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00634921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.596;QD=21.3135;RBI=0.0090426;REFB=-0.025472;REVB=0.00643864;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296382;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:25:23:25:0.5:15:8:8:17:17:8:8:17 chr19 47879279 . G A 897.43 PASS AF=0.56129;AO=87;DP=155;FAO=87;FDP=155;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0408803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.48;QD=23.1595;RBI=0.0416345;REFB=-0.0066016;REVB=0.00788906;RO=68;SAF=42;SAR=45;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931709;STB=0.550726;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00497923;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:68:68:87:87:0.56129:45:42:25:43:45:42:25:43 chr19 47880401 . G T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.013703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.21;QD=24.0661;RBI=0.0224908;REFB=-0.0425306;REVB=0.0178344;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184742;STB=0.602295;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0226462;OID=.;OPOS=47880401;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:5:11:9:1:5:11:9:1 chr19 47933257 . G A 189.27 PASS AF=0.62069;AO=13;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00280492;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=134.444;QD=26.1064;RBI=0.0840717;REFB=-0.0185254;REVB=-0.0840248;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203985;STB=0.662476;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0140545;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:29:7:9:13:18:0.62069:6:7:6:1:11:7:8:1 chr19 47935352 . T C 178.88 PASS AF=0.772727;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00916651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.292;QD=32.5233;RBI=0.0101475;REFB=0.0154192;REVB=-0.00435279;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.528268;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00160335;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:0:5:16:17:0.772727:5:11:0:0:5:12:3:2 chr19 47935572 . G A 271.15 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000722864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.089;QD=30.1283;RBI=0.00565909;REFB=-0.0467863;REVB=-0.00561274;RO=12;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555234;STB=0.530586;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0325945;OID=.;OPOS=47935572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:12:12:24:24:0.666667:16:8:5:7:16:8:5:7 chr19 47969394 . G A 144.94 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0131084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.69;QD=8.7845;RBI=0.0365197;REFB=-0.0176667;REVB=-0.0340861;RO=44;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267116;STB=0.660212;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0439753;OID=.;OPOS=47969394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:46:20:20:0.30303:6:14:21:23:6:14:22:24 chr19 47978671 . G A 277.7 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00233725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.833;QD=18.5136;RBI=0.00630452;REFB=-0.0198676;REVB=-0.00585528;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450249;STB=0.516767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.017782;OID=.;OPOS=47978671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:15:14:13:17:16:14:13:17 chr19 47996010 . C T 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0394616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.594;QD=11.33;RBI=0.0394801;REFB=0.00276769;REVB=-0.00120766;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120419;STB=0.583215;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00579451;OID=.;OPOS=47996010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:12:14:6:8:12:15 chr19 48000071 . CCTT C,CCTC 493.68 PASS AF=0.533333,0;AO=43,4;DP=94;FAO=48,0;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=23,0;FSAR=25,0;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0170109,-0.0336838;FXX=0.0322546;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=228.234,38.5489;QD=21.9415;RBI=0.0170843,0.0519545;REFB=-0.00201505,0.00269241;REVB=-0.00158133,-0.0395559;RO=41;SAF=19,1;SAR=24,3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192057,-0.236315;STB=0.51253,0.5;STBP=0.8,1;TYPE=del,snp;VARB=-1.87489e-05,0;OID=.,.;OPOS=48000072,48000074;OREF=CTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0:43,4:94:48,0:90:42:23,0:25,0:19:23:99:41:19,1:24,3:19:22 chr19 48042976 . C T 84.81 PASS AF=0.354839;AO=12;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0264452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4853;QD=10.9436;RBI=0.0305585;REFB=-0.0027618;REVB=0.0153126;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220102;STB=0.592857;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00689353;OID=.;OPOS=48042976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:12:11:0.354839:7:5:12:7:6:5:12:8 chr19 48047821 . C T 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.019207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.123;QD=34.9989;RBI=0.0194815;REFB=-0.0171348;REVB=-0.00325894;RO=10;SAF=16;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145581;STB=0.579418;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00717248;OID=.;OPOS=48047821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:11:16:3:7:11:16:3:7 chr19 48048515 . T C 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00725684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.621;QD=19.999;RBI=0.0113832;REFB=-0.0156642;REVB=-0.00877017;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676215;STB=0.537549;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0137391;OID=.;OPOS=48048515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:18:15:16:14:18:15:16:14 chr19 48084410 . G A 142.06 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00745566;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.548;QD=13.2147;RBI=0.0250995;REFB=-0.00634295;REVB=0.0239666;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24723;STB=0.635084;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0250178;OID=.;OPOS=48084410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:27:16:16:0.372093:11:5:14:12:11:5:14:13 chr19 48182946 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=35.5759;RBI=0.0256003;REFB=0;REVB=0.0253545;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429686;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 48244194 . A G 285.44 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00111467;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.971;QD=23.3011;RBI=0.0593418;REFB=-0.0127713;REVB=-0.0593314;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.508922;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0149469;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:23:26:26:0.530612:6:20:18:6:6:20:18:5 chr19 48244569 . G A 141.27 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0634587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.162;QD=21.733;RBI=0.067777;REFB=-0.0103231;REVB=0.0238057;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285642;STB=0.516108;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.01162;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:4:7:9:6:4:7 chr19 48255804 . A G 131.88 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0220111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7526;QD=14.6528;RBI=0.035565;REFB=-0.0172225;REVB=-0.0279353;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104935;STB=0.560805;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0277713;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:12:9:8:7:12:9 chr19 48282078 . C G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00548703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.475;QD=5.6965;RBI=0.0380595;REFB=-0.012935;REVB=-0.0376619;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266655;STB=0.669756;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0375001;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:11:22:4:5:11:22 chr19 48389425 . A G 1406.35 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.176;QD=60.488;RBI=0.0221921;REFB=-0.124929;REVB=0.015824;RO=2;SAF=56;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496059;STB=0.502617;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=4.59893e-06;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:35:56:1:1:35:56:1:1 chr19 48484150 . G A 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00318284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.043;QD=17.6887;RBI=0.0036804;REFB=-0.00209918;REVB=-0.00184794;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11837;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00643659;OID=.;OPOS=48484150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:13:13:13:8:13:13 chr19 48495304 . G A 310.59 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0491968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2379;QD=16.3469;RBI=0.0493457;REFB=0.00826738;REVB=0.00382975;RO=42;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208929;STB=0.618301;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.015036;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:9:25:23:19:9:25:23:19 chr19 48495306 . C T 308.4 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00134898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.346;QD=16.2317;RBI=0.0172311;REFB=-0.00817856;REVB=-0.0171782;RO=42;SAF=25;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241553;STB=0.618301;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0152892;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:42:33:34:0.447368:8:25:23:19:9:25:23:19 chr19 48525507 . G A 937.36 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.842;QD=58.5847;RBI=0.0302869;REFB=0;REVB=0.0274942;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30111e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr19 48543862 . G A 617.07 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607266;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.002;QD=61.7067;RBI=0.0389264;REFB=0;REVB=0.0384498;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69916e-05;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 48598823 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=51.9167;RBI=0.0385445;REFB=0;REVB=0.035316;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239564;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 48601454 . T C 1023.11 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0290994;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.087;QD=54.566;RBI=0.0336094;REFB=-0.06705;REVB=0.0168171;RO=4;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628954;STB=0.533324;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00670353;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:75:4:4:71:71:0.946667:28:43:0:4:28:43:0:4 chr19 48602948 . T C 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00719525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.604;QD=19.523;RBI=0.0441582;REFB=-0.00662506;REVB=0.043568;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00645396;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:3:9:10:4:3:9 chr19 48602977 . G C 131.85 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0596963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.218;QD=14.6504;RBI=0.0631613;REFB=-0.00362968;REVB=-0.0206326;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.66642;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00780259;OID=.;OPOS=48602977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:9:12:12:3:9:12 chr19 48613788 . T G 37.73 PASS AF=0.0666667;AO=16;DP=243;FAO=16;FDP=240;FR=.;FRO=224;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=112;FWDB=-0.01998;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.61;QD=0.628813;RBI=0.0203312;REFB=-0.00573602;REVB=-0.00376281;RO=227;SAF=1;SAR=15;SRF=115;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48794;STB=0.929732;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0798806;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:243:240:227:224:16:16:0.0666667:15:1:115:112:15:1:112:112 chr19 48622375 . C T 528.71 PASS AF=0.355556;AO=64;DP=180;FAO=64;FDP=180;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=73;FSRR=43;FWDB=-0.00128002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.022;QD=11.7492;RBI=0.0293951;REFB=-0.0174495;REVB=-0.0293673;RO=114;SAF=44;SAR=20;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814182;STB=0.54224;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0347416;OID=.;OPOS=48622375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:114:116:64:64:0.355556:20:44:71:43:20:44:73:43 chr19 48622427 . A G 632.78 PASS AF=0.371981;AO=74;DP=204;FAO=77;FDP=207;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.00911728;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.423;QD=12.2276;RBI=0.0167238;REFB=-0.0311668;REVB=-0.01402;RO=128;SAF=40;SAR=34;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366496;STB=0.523803;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0461653;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:128:130:74:77:0.371981:34:40:65:63:35:42:66:64 chr19 48654553 . G T 180.7 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0891517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2904;QD=13.9;RBI=0.0900232;REFB=0.0150836;REVB=0.0124956;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441393;STB=0.534038;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0256584;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:10:11:17:13:10:11:18:13 chr19 48668830 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.001962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.021;QD=14.8328;RBI=0.0161935;REFB=0.00761628;REVB=0.0160742;RO=48;SAF=11;SAR=23;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330432;STB=0.686946;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00817766;OID=.;OPOS=48668830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:23:11:31:17:23:11:31:17 chr19 48685877 . G A 254.02 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0184173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.649;QD=19.1715;RBI=0.0227927;REFB=-0.041871;REVB=0.0134281;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795018;STB=0.5272;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0351001;OID=.;OPOS=48685877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:24:26:27:27:0.509434:11:16:12:12:11:16:14:12 chr19 48697961 . C T 581.54 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00731952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8605;QD=21.9449;RBI=0.0442303;REFB=-0.0140695;REVB=0.0436205;RO=47;SAF=26;SAR=32;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365048;STB=0.514507;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0111316;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:48:58:58:0.54717:32:26:19:28:32:26:20:28 chr19 48715153 . T C 186.2 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0471858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2738;QD=23.2754;RBI=0.0472358;REFB=0.0121515;REVB=0.0021737;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.504945;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00971866;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:10:8:6:7:10:9:6:7 chr19 48737706 . A T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0146603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.757;QD=20.2743;RBI=0.015202;REFB=0.00111096;REVB=-0.00402206;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227283;STB=0.628567;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00116722;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:11:13:7:16:11:13 chr19 48823545 . G A 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00523058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.42;QD=19.7362;RBI=0.00574713;REFB=-0.0148918;REVB=0.0023813;RO=35;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164771;STB=0.507459;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0134522;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:17:21:20:15:17:21:21:16 chr19 48835668 . G C 596.52 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00446336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.848;QD=28.0713;RBI=0.0109608;REFB=-0.0319859;REVB=0.0100108;RO=31;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956346;STB=0.557501;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0144092;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:31:32:53:53:0.623529:28:25:19:12:28:25:20:12 chr19 48918157 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.983;QD=49.5988;RBI=0.0831333;REFB=0;REVB=0.0754003;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155142;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 48947648 . C G 267.22 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0414499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.706;QD=16.1949;RBI=0.0414501;REFB=-0.00559223;REVB=-0.000114106;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20821;STB=0.60793;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00755026;OID=.;OPOS=48947648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:14:16:11:24:14:16:12:24 chr19 48979771 . C A 334.9 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0101537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.546;QD=14.4041;RBI=0.0153766;REFB=-0.0118285;REVB=-0.0115474;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072106;STB=0.540961;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0151368;OID=.;OPOS=48979771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:16:21:28:28:16:21:28:28 chr19 49102399 . C T 821.71 PASS AF=0.461957;AO=85;DP=185;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.0285278;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.171;QD=17.8633;RBI=0.028675;REFB=-0.016948;REVB=-0.00290198;RO=99;SAF=36;SAR=49;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166727;STB=0.592293;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.024351;OID=.;OPOS=49102399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:99:99:85:85:0.461957:49:36:59:40:49:36:59:40 chr19 49116359 . T C 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0581126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2594;QD=20.2687;RBI=0.112547;REFB=-0.0315291;REVB=-0.0963839;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136107;STB=0.577543;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0290516;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:20:3:5:19:20:3:5:19 chr19 49116555 . A G 1030.52 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3858;QD=58.0577;RBI=0.111654;REFB=0;REVB=-0.00375473;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824602;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:43:25:0:0:46:25:0:0 chr19 49133761 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00431253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.607;QD=24.9293;RBI=0.0230428;REFB=-0.0291735;REVB=0.0226357;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928746;STB=0.551682;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0210685;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:9:10:16:9:9:10 chr19 49183705 . G A 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5865;QD=64.4079;RBI=0.0427089;REFB=0;REVB=0.0317442;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810494;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr19 49206603 . C T 448.44 PASS AF=0.969697;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3549;QD=54.3564;RBI=0.129478;REFB=-0.0793665;REVB=-0.00135871;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00661038;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:27:32:0.969697:9:18:0:0:12:20:0:1 chr19 49206631 . A T 535.2 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.315;QD=59.467;RBI=0.00627563;REFB=0;REVB=0.00335791;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34822e-06;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr19 49217261 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.206;QD=60.9781;RBI=0.0617904;REFB=0;REVB=-0.0617373;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402361;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr19 49217305 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.211;QD=57.1773;RBI=0.00490861;REFB=0;REVB=0.00147924;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6721e-06;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr19 49244219 . CG AA 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785438;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.094;QD=56.9839;RBI=0.0312341;REFB=0;REVB=0.0302304;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.42105e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr19 49247786 . G A 772.7 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208678;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.069;QD=57.2368;RBI=0.0650571;REFB=0;REVB=0.0616195;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203281;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr19 49259529 . A G 1273.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.609;QD=61.3569;RBI=0.0130248;REFB=0;REVB=0.00791269;RO=0;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217015;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:29:53:0:0:29:54:0:0 chr19 49261368 . T C 145.45 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.009;QD=44.7552;RBI=0.0562606;REFB=0;REVB=0.00628031;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488617;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:9:2:0:0:10:3:0:0 chr19 49364751 . G A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0251945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1883;QD=25.2552;RBI=0.0537463;REFB=0.0121475;REVB=-0.0474753;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471163;STB=0.526285;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.010372;OID=.;OPOS=49364751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:4:6:9:8:4:6 chr19 49368843 . T C 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.039706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.354;QD=23.4327;RBI=0.0415572;REFB=-0.000383827;REVB=0.0122652;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18932;STB=0.604758;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=2.5484e-05;OID=.;OPOS=49368843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:16:4:10:14:16:4 chr19 49375676 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0130036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.588;QD=15.1658;RBI=0.0347002;REFB=-0.00978227;REVB=-0.0321716;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904417;STB=0.551618;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0134537;OID=.;OPOS=49375676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:17:13:8:15:17:13 chr19 49376582 . G A 538.86 PASS AF=0.518519;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00180911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.5;QD=19.9577;RBI=0.043676;REFB=-0.014414;REVB=0.0436385;RO=53;SAF=21;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149444;STB=0.571211;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0203974;OID=.;OPOS=49376582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:52:55:56:0.518519:34:21:29:24:34:22:28:24 chr19 49377086 . T C 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.03198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.801;QD=9.75716;RBI=0.0712529;REFB=-0.0302711;REVB=-0.063673;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.69515;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.031308;OID=.;OPOS=49377086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:3:8:3:4:3:9 chr19 49377319 . A G 76.41 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.083037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6857;QD=25.4688;RBI=0.0841973;REFB=-0.0591168;REVB=0.0139295;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0269152;OID=.;OPOS=49377319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:2:1:4:5:2:1 chr19 49377436 . G C 286.39 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0238451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0548;QD=24.3738;RBI=0.0491572;REFB=0.00656323;REVB=0.0429865;RO=20;SAF=22;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365695;STB=0.720327;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00325509;OID=.;OPOS=49377436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:4:22:10:10:4:22:10:11 chr19 49378994 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0646401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5236;QD=13.9589;RBI=0.0664477;REFB=-0.00789229;REVB=-0.015393;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0121812;OID=.;OPOS=49378994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr19 49379167 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00926667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8389;QD=12.0829;RBI=0.0144599;REFB=-0.0165539;REVB=0.0111003;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724467;STB=0.542127;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0279629;OID=.;OPOS=49379167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:15:6:12:23:15:6:12:23 chr19 49379182 . G C 154.25 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0500947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7191;QD=10.6379;RBI=0.0669429;REFB=-0.0162471;REVB=-0.0444057;RO=38;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189625;STB=0.612125;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0447889;OID=.;OPOS=49379182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:15:5:15:23:15:5:15:23 chr19 49391404 . C T 211.23 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0276452;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.033;QD=18.368;RBI=0.029458;REFB=-0.017463;REVB=-0.0101743;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160802;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0176188;OID=.;OPOS=49391404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:27:25:21:21:0.456522:12:9:16:11:12:9:14:11 chr19 49400634 . C T 176.61 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00956667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2657;QD=14.129;RBI=0.0147162;REFB=-0.0443612;REVB=0.0111823;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376815;STB=0.71757;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0484963;OID=.;OPOS=49400634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:21:10:13:6:21:10 chr19 49416456 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0110013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.926;QD=21.0138;RBI=0.0178168;REFB=-0.00234536;REVB=0.0140146;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00116587;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:2:5:7:4:2:5 chr19 49421966 . T C 279.41 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00522763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.103;QD=18.9432;RBI=0.00570409;REFB=-0.0216505;REVB=0.0022822;RO=29;SAF=7;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186174;STB=0.609405;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0230214;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:22:7:12:17:23:7:12:17 chr19 49442933 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.218;QD=57.2368;RBI=0.0301787;REFB=0;REVB=0.0271268;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31573e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr19 49445817 . T C,G 786.47 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=53,3;DP=56;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103806,-0.0162685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.992,46.5644;QD=56.1766;RBI=0.0472507,0.0246899;REFB=0,0;REVB=0.0460963,-0.0185722;RO=0;SAF=22,3;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00165002,0.0699603;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:56:0:0:53,3:53,3:0.946429,0.0535714:31,0:22,3:0:0:31,0:22,3:0:0 chr19 49513273 . C T 415.9 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.455;QD=53.6642;RBI=0.0415645;REFB=-0.130146;REVB=-0.0188525;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000879979;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:31:1:1:29:30:0.967742:14:15:1:0:14:16:0:1 chr19 49513349 . C G 141.8 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.100318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.2906;QD=16.2051;RBI=0.101632;REFB=-0.0185686;REVB=-0.0162868;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118788;STB=0.555485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0392742;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:9:9:6:10:10:9 chr19 49558667 . T C 89.14 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0953566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0356;QD=5.75068;RBI=0.0961628;REFB=-0.0340908;REVB=0.0124261;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128834;STB=0.580533;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0360376;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:7:7:29:19:7:7:29:19 chr19 49559518 . C G 64.47 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00281299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9021;QD=9.91793;RBI=0.027594;REFB=0.0022795;REVB=-0.0274503;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419926;STB=0.761393;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00658054;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:12:4:6:3:13:4 chr19 49559693 . T C 80.58 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00383631;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.32;QD=10.7439;RBI=0.00497668;REFB=-0.0100342;REVB=-0.00317018;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0316873;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:30:12:19:10:11:0.366667:5:5:6:6:6:5:7:12 chr19 49560461 . G A 120.28 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0263348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8465;QD=15.5204;RBI=0.0611811;REFB=-0.0402581;REVB=0.0552232;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391998;STB=0.668244;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0448022;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:2:11:9:8:3:11:9:8 chr19 49573438 . A G 174.89 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00769629;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.931;QD=18.9066;RBI=0.0130401;REFB=-0.0406439;REVB=-0.0105267;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222193;STB=0.624873;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0271478;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:4:15:10:8:4:15 chr19 49640002 . G T 367.51 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00520394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.962;QD=19.3427;RBI=0.00621037;REFB=-0.0127059;REVB=-0.00338935;RO=38;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201024;STB=0.620186;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0149304;OID=.;OPOS=49640002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:10:26:20:18:10:28:20:18 chr19 49658209 . A C 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0014496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.682;QD=18.159;RBI=0.00794843;REFB=-0.00487051;REVB=-0.00781513;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265799;STB=0.648565;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00551295;OID=.;OPOS=49658209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:24:12:24:15:24:12:24:15 chr19 49658367 . C T 361.82 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0152188;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.604;QD=27.8326;RBI=0.0332501;REFB=-0.0253399;REVB=0.0295627;RO=18;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518449;STB=0.528285;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0132957;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:20:14:6:12:20:14:6:12 chr19 49658390 . T C 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0325925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.632;QD=32.9589;RBI=0.0364686;REFB=-0.0199333;REVB=0.0163612;RO=14;SAF=11;SAR=19;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598002;STB=0.503266;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00937979;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:19:11:5:9:19:11:5:9 chr19 49699866 . C T 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0176832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4488;QD=18.7625;RBI=0.0286064;REFB=0.00891965;REVB=0.0224862;RO=40;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174955;STB=0.597697;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00876494;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:13:25:19:21:13:25:19:21 chr19 49839015 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.145;QD=36.3475;RBI=0.0206237;REFB=-0.104205;REVB=0.00451751;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00743764;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr19 49869051 . T G 300.69 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00148782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3898;QD=21.4777;RBI=0.0437224;REFB=-0.0371018;REVB=-0.0436971;RO=23;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950169;STB=0.538436;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0267366;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:25:31:31:0.553571:10:21:13:10:10:21:15:10 chr19 49878115 . G A 177.04 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0322408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.184;QD=14.1634;RBI=0.035251;REFB=-0.0171241;REVB=0.0142535;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18238;STB=0.605321;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0225863;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:20:11:10:9:20:11 chr19 49878196 . G A 176.89 PASS AF=0.37931;AO=15;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0042724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.657;QD=12.1993;RBI=0.0618558;REFB=-0.0128425;REVB=0.061708;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259353;STB=0.517226;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0225107;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:15:22:0.37931:4:11:19:17:11:11:19:17 chr19 49894152 . C T 405.83 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000890787;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.041;QD=16.5643;RBI=0.0176098;REFB=-0.0289301;REVB=-0.0175872;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515023;STB=0.523798;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0418579;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:56:42:42:0.428571:20:22:26:29:20:22:27:29 chr19 49899076 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0221738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.803;QD=24.9292;RBI=0.0241527;REFB=0.00839331;REVB=0.00957474;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219037;STB=0.621525;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00399646;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:13:6:15:10:13:6 chr19 49901318 . T C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00996188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.844;QD=28.1264;RBI=0.0253516;REFB=-0.0448002;REVB=0.0233124;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203602;STB=0.612882;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0202066;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:17:7:8:6:17:7:8:6 chr19 49920647 . C T 68.72 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00216456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9946;QD=15.2708;RBI=0.0612486;REFB=-0.0414591;REVB=0.0612103;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243059;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0402762;OID=.;OPOS=49920647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:17:18:8:9:9:9:0.5:4:5:2:6:4:5:3:6 chr19 49930642 . CCA C 40.58 PASS AF=0.209677;AO=10;DP=69;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=-0.014485;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=2;MLLD=23.7199;QD=2.61835;RBI=0.0552762;REFB=-0.0511849;REVB=0.0533445;RO=52;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607769;STB=0.890284;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.138061;OID=.;OPOS=49930643;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677:10:69:13:62:49:10:3:8:41:40:52:8:2:13:39 chr19 49930721 . T C 334.37 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0222075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.602;QD=19.384;RBI=0.0234923;REFB=-0.0106433;REVB=0.0076626;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415942;STB=0.507458;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00904412;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:35:35:0.507246:18:17:14:18:18:17:16:18 chr19 49930786 . C A 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0142644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.026;QD=23.0011;RBI=0.0145982;REFB=-0.0343405;REVB=-0.0031037;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488142;STB=0.527008;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0245605;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:10:12:14:15:10:12 chr19 49932762 . G T 332.7 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.050884;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9943;QD=17.0615;RBI=0.0582354;REFB=-0.0134014;REVB=-0.0283226;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148687;STB=0.583287;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0193372;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:18:24:15:21:18:24 chr19 49936785 . C G 334.5 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00574614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.339;QD=27.3058;RBI=0.016595;REFB=-0.0131808;REVB=0.0155684;RO=20;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661587;STB=0.536601;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00670363;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:21:8:7:13:21:8:7:13 chr19 49950298 . C T 582.43 PASS AF=0.458647;AO=60;DP=132;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0121043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9757;QD=17.5167;RBI=0.014892;REFB=-0.00380819;REVB=-0.00867515;RO=71;SAF=33;SAR=27;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692187;STB=0.537403;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00547842;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:72:60:61:0.458647:27:33:44:27:27:34:45:27 chr19 49950356 . C G 320.07 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0212582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4812;QD=14.716;RBI=0.0366615;REFB=-0.0217079;REVB=-0.029869;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172813;STB=0.594125;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0373052;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:51:36:36:0.413793:17:19:34:15:17:19:35:16 chr19 49954803 . C T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0113324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.316;QD=12.9138;RBI=0.0192445;REFB=-0.0181079;REVB=-0.015554;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149034;STB=0.585702;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.031792;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:18:19:9:15:18:19 chr19 49954807 . T G 196.85 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00847829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.151;QD=12.9083;RBI=0.00880461;REFB=-0.0103861;REVB=0.00237482;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149034;STB=0.585702;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0222817;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:18:19:9:15:18:19 chr19 49964977 . C G 268.15 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0318567;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.311;QD=16.0092;RBI=0.0340135;REFB=-0.014907;REVB=-0.0119191;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126227;STB=0.581339;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.023526;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:9:21:21:15:9:21:21:16 chr19 49965173 . A T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0557169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.448;QD=14.0976;RBI=0.0581807;REFB=0.00564142;REVB=-0.016752;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445238;STB=0.756647;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00496682;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:14:4:9:4:14:4 chr19 49967680 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.02307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4063;QD=20.5998;RBI=0.033576;REFB=-0.0112639;REVB=-0.0243951;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682328;STB=0.538423;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0124845;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:8:11:10:10:8:11 chr19 49983673 . C T 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00234423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.591;QD=29.0497;RBI=0.0297132;REFB=-0.0616013;REVB=-0.0296206;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166281;STB=0.59308;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0108493;OID=.;OPOS=49983673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:2:3:4:10:2:3 chr19 49994470 . T A 121.51 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.011265;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2928;QD=12.7904;RBI=0.0152717;REFB=-0.00653933;REVB=-0.0103114;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068991;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0103954;OID=.;OPOS=49994470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:7:7:13:10:7:7:13:11 chr19 49994476 . T C 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0797023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.895;QD=13.3332;RBI=0.0798739;REFB=-0.0211836;REVB=0.00523192;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0252603;OID=.;OPOS=49994476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:12:12:7:8:12:12 chr19 50017724 . C T 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0618725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9803;QD=14.7942;RBI=0.06766;REFB=-0.0162941;REVB=0.02738;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140286;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0243499;OID=.;OPOS=50017724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:3:10:7:4:3:10 chr19 50028040 . T C 152.68 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000380274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.152;QD=12.9938;RBI=0.040257;REFB=-0.00739794;REVB=0.0402552;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874984;STB=0.518775;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.012503;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:16:17:0.361702:7:9:14:15:8:9:15:15 chr19 50028163 . A G 419.35 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0143843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.057;QD=22.9778;RBI=0.0996495;REFB=-0.0290712;REVB=-0.0986059;RO=32;SAF=32;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217333;STB=0.620509;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0274427;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:9:32:18:14:9:32:18:14 chr19 50038017 . C T 45.48 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00716451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.817;QD=7.91;RBI=0.0512571;REFB=-0.0148816;REVB=0.0507539;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216791;STB=0.764002;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0416176;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:8:16:5:7:0.304348:4:1:3:5:5:2:11:5 chr19 50042371 . T C 214.2 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00261999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.558;QD=28.5595;RBI=0.00431615;REFB=-0.00580992;REVB=0.00342999;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030303;STB=0.516762;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00309521;OID=.;OPOS=50042371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:9:11:5:5:9:11:5:5 chr19 50045878 . C T 171.98 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000568036;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.187;QD=17.1983;RBI=0.00462993;REFB=-0.0122419;REVB=-0.00459495;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142722;STB=0.596381;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0129481;OID=.;OPOS=50045878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:22:18:18:0.45:6:12:11:10:6:12:11:11 chr19 50045916 . T C 209.36 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0211289;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.497;QD=17.8178;RBI=0.0217448;REFB=-0.00189039;REVB=0.00513843;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12761;STB=0.62901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00122877;OID=.;OPOS=50045916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:26:21:21:0.446809:6:15:13:9:6:15:13:13 chr19 50046365 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0410845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.116;QD=5.44259;RBI=0.0413091;REFB=-0.0014348;REVB=0.00430198;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044619;STB=0.529316;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0068465;OID=.;OPOS=50046365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:14:6:2:4:14:6 chr19 50046437 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00205052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.734;QD=6.25116;RBI=0.0257735;REFB=0.0117232;REVB=-0.0256918;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161893;STB=0.605698;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0387688;OID=.;OPOS=50046437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:9:8:2:4:9:8 chr19 50140092 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.554;QD=52.6131;RBI=0.0141081;REFB=0;REVB=0.0113223;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69103e-05;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 50156896 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.051;QD=61.3348;RBI=0.0257358;REFB=0;REVB=0.0240245;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16678e-05;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr19 50310466 . G A 256.25 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0141896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.974;QD=17.9826;RBI=0.016443;REFB=-0.00756363;REVB=0.00830826;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281687;STB=0.664112;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0121198;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:11:17:8:20:11:17:8:21 chr19 50322482 . C G 303.96 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0223815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8321;QD=14.8271;RBI=0.0346604;REFB=-0.000920943;REVB=0.0264653;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179235;STB=0.510154;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00225277;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:22:26:19:15:22:26 chr19 50354211 . C T 243.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0969829;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.481;QD=14.9816;RBI=0.0970954;REFB=-0.014313;REVB=0.00467171;RO=37;SAF=5;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350433;STB=0.686904;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0269683;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:23:5:17:20:23:5:16:21 chr19 50364721 . A C 236.7 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0720847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.994;QD=12.4577;RBI=0.0727618;REFB=-0.00378721;REVB=0.0099027;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103076;STB=0.574421;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00662173;OID=.;OPOS=50364721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:47:28:29:0.381579:20:8:10:37:20:9:10:37 chr19 50383591 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.517;QD=58.0598;RBI=0.0161991;REFB=0;REVB=-0.00743143;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49358e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr19 50383636 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0028697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.948;QD=23.0011;RBI=0.0134026;REFB=-0.0317617;REVB=-0.0130918;RO=22;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19557;STB=0.608618;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0208318;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:9:20:10:12:9:20:10:12 chr19 50387750 . G C 253.49 PASS AF=0.453125;AO=26;DP=60;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0187487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.31;QD=15.8433;RBI=0.0240117;REFB=-0.0278298;REVB=0.0150015;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183812;STB=0.520432;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.038132;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:34:35:26:29:0.453125:8:18:23:11:9:20:23:12 chr19 50393269 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.01281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.085;QD=7.3277;RBI=0.0324504;REFB=-0.00906081;REVB=-0.029815;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251243;STB=0.67877;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0200211;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:2:6:11:9:2:6:11:10 chr19 50399384 . G GC 802.7 PASS AF=1;AO=66;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296749;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4741;QD=30.5792;RBI=0.182486;REFB=-0.0813693;REVB=0.180057;RO=39;SAF=36;SAR=30;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0285407;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:108:105:105:0:61:44:0:0:10:39:36:30:26:13 chr19 50411742 . A G 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108384;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.449;QD=64.4261;RBI=0.0169218;REFB=0;REVB=0.0129952;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.232e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr19 50412417 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5063;QD=51.1814;RBI=0.0212918;REFB=0;REVB=-0.0161958;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19028e-05;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 50435747 . T C 44.8 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.030336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0595;QD=10.5404;RBI=0.0447082;REFB=0.0280921;REVB=-0.0328413;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0311172;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:17:17:11:10:6:7:0.411765:5:1:4:7:5:2:3:7 chr19 50463670 . T G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.018027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.064;QD=10.3661;RBI=0.0233227;REFB=-0.00706187;REVB=-0.0147979;RO=43;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142185;STB=0.584005;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0110613;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:17:5:14:29:17:5:14:29 chr19 50463982 . T G 98.97 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0108735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.454;QD=7.19807;RBI=0.0119161;REFB=-0.0120761;REVB=-0.00487442;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538741;STB=0.533095;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0350463;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:55:55:41:41:14:14:0.254545:5:9:28:13:5:9:28:13 chr19 50475114 . G C 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4674;QD=62.962;RBI=0.0537714;REFB=0;REVB=0.0516122;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535688;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr19 50475174 . A C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.128;QD=59.837;RBI=0.0271086;REFB=0;REVB=0.0242638;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110727;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 50475208 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.178;QD=57.6789;RBI=0.0179797;REFB=0;REVB=0.0176452;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89049e-05;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 50475211 . T G 347.3 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.075376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.582;QD=47.9029;RBI=0.135673;REFB=-0.0588446;REVB=0.112808;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.541636;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0112646;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:29:0:2:27:27:0.931034:16:11:0:0:16:11:2:0 chr19 50475259 . G C 635.01 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.714;QD=60.4775;RBI=0.0452934;REFB=0;REVB=0.0363713;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001802;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:19:22:0:1:20:22:0:0 chr19 50479999 . A G 729.63 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.651;QD=56.1251;RBI=0.0619068;REFB=0;REVB=0.0093432;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421273;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr19 50562372 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.323;QD=61.6826;RBI=0.0293857;REFB=0;REVB=0.0185983;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07126e-05;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr19 50562459 . T G 993.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017798;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2292;QD=59.3326;RBI=0.019154;REFB=0;REVB=0.00707851;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114364;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr19 50666392 . GC G 127.25 PASS AF=0.791667;AO=15;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.113388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1382;QD=21.2083;RBI=0.114402;REFB=-0.0821991;REVB=-0.0152021;RO=6;SAF=15;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.836096;STB=0.629469;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.045215;OID=.;OPOS=50666393;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:15:24:19:24:5:17:2:3:2:19:6:15:0:3:3 chr19 50726319 . C G 325.18 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0034136;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.172;QD=20.3238;RBI=0.0169983;REFB=-0.0141838;REVB=0.016652;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210611;STB=0.614495;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0166893;OID=.;OPOS=50726319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:28:29:31:32:0.5:14:17:22:6:14:18:23:6 chr19 50726570 . G A 286.54 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0309604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.285;QD=24.3866;RBI=0.0315636;REFB=0.000710704;REVB=-0.00614117;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118234;STB=0.506574;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00046792;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:10:11:14:12:10:11 chr19 50762418 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6191;QD=55.0947;RBI=0.168649;REFB=0;REVB=-0.167314;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212645;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 50763889 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00187363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.158;QD=13.2126;RBI=0.00190214;REFB=-0.0131988;REVB=0.000328115;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205016;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:11:11:7:7:11:11 chr19 50771609 . G A 351.92 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520547;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.736;QD=52.136;RBI=0.064033;REFB=-0.0269358;REVB=0.0372898;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0041047;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:0:1:8:18:0:1 chr19 50796905 . G A 614.07 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.768;QD=61.4067;RBI=0.0296327;REFB=0;REVB=0.00397172;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194307;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr19 50818228 . G A 31.57 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0239607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.381;QD=14.0322;RBI=0.0239607;REFB=-0.200102;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.1405;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr19 50881820 . A AAAC 77.32 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287838;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=288.336;QD=30.9293;RBI=0.0356776;REFB=-0.0830712;REVB=0.0210803;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.00632252;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:9:11:9:10:1:5:4:0:1:6:1:5:4:0:1 chr19 50926264 . TG CC 212.32 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00257036;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.854;QD=13.9229;RBI=0.0256497;REFB=-0.034522;REVB=0.0255206;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149005;STB=0.56737;STBP=0.389;TYPE=mnp;VARB=0.0509187;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:35:25:26:0.42623:9:16:18:18:9:17:19:16 chr19 50954584 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.663;QD=61.3354;RBI=0.0489138;REFB=0;REVB=0.00949858;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292658;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 50957397 . G A 1456.77 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158666;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.249;QD=63.3378;RBI=0.0228308;REFB=0;REVB=-0.0164163;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18703e-06;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr19 50965272 . T C 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0745;QD=61.6686;RBI=0.0258424;REFB=0;REVB=0.021466;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010605;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 50967640 . G A 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0319194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.348;QD=13.334;RBI=0.0319657;REFB=-0.000576368;REVB=0.0017213;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880615;STB=0.505148;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000639528;OID=.;OPOS=50967640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:13:11:7:8:13:11 chr19 50983930 . C T 371.79 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0213096;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.255;QD=47.9727;RBI=0.0363618;REFB=-0.121478;REVB=0.0294633;RO=3;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299205;STB=0.516118;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00198108;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:31:3:3:28:28:0.903226:14:14:1:2:14:14:1:2 chr19 51009429 . G A 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0237784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.767;QD=17.5408;RBI=0.024025;REFB=-0.0169454;REVB=0.00343283;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0221505;OID=.;OPOS=51009429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr19 51015404 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.541;QD=52.613;RBI=0.0209927;REFB=0;REVB=-0.0205818;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71221e-05;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr19 51159571 . T G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.002104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.362;QD=24.0668;RBI=0.0126168;REFB=-0.0328511;REVB=0.0124402;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133557;STB=0.57438;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0295953;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:8:2:6:10:8:2 chr19 51170706 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0115784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.584;QD=18.767;RBI=0.0128067;REFB=-0.0278234;REVB=-0.00547282;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200664;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0197414;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:3:0:1:5:3:0 chr19 51297825 . GC AA 294.47 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00866038;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.951;QD=17.5801;RBI=0.0148065;REFB=-0.0041266;REVB=-0.0120096;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612004;STB=0.525408;STBP=0.69;TYPE=mnp;VARB=0.00738936;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:31:32:0.477612:13:18:17:16:14:18:18:17 chr19 51301395 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00226463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.644;QD=19.4776;RBI=0.00882221;REFB=-0.0119768;REVB=0.0085266;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323018;STB=0.517943;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0115759;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:23:19:20:21:23:19 chr19 51301456 . G A 197.48 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.011276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.133;QD=14.6281;RBI=0.0113465;REFB=-0.0104365;REVB=0.00126319;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629699;STB=0.52172;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.019647;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:10:12:15:16:11:12:15:16 chr19 51302066 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0566208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.082;QD=20.8931;RBI=0.0608701;REFB=-0.0475747;REVB=-0.0223439;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0345291;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:0:6:6:4:0:6 chr19 51321813 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.228;QD=57.2363;RBI=0.0263279;REFB=0;REVB=-0.0141901;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10394e-05;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr19 51323232 . T C 243.94 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0906222;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=132.898;QD=23.2327;RBI=0.0907375;REFB=-0.0093792;REVB=0.00457172;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472495;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00599601;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:19:22:23:0.547619:12:10:6:7:12:11:10:9 chr19 51323473 . C G 418.13 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.695;QD=53.9526;RBI=0.0305612;REFB=-0.115654;REVB=0.020749;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00103887;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr19 51323501 . A G 669.5 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.973;QD=62.2787;RBI=0.04093;REFB=0;REVB=0.0230202;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362922;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr19 51330932 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.438;QD=54.5177;RBI=0.0357005;REFB=0;REVB=1.80951e-05;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139804;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 51359497 . T C 855.08 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.608;QD=56.0709;RBI=0.0482632;REFB=-0.126727;REVB=-0.039605;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411044;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:60:61:1:31:29:1:0:31:30:0:0 chr19 51359503 . A G 919.57 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.889;QD=58.3851;RBI=0.0650115;REFB=0;REVB=0.0488476;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562036;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr19 51379893 . C T 345.93 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0176656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8144;QD=17.2962;RBI=0.0769312;REFB=-0.00504118;REVB=0.0748755;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790272;STB=0.536566;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00873373;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:36:37:0.4625:18:18:18:25:19:18:18:25 chr19 51381777 . C T 482.98 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0122842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.278;QD=14.6359;RBI=0.0137137;REFB=-0.00510446;REVB=-0.00609633;RO=77;SAF=15;SAR=39;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149434;STB=0.589733;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00873236;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:78:54:54:0.409091:39:15:31:46:39:15:32:46 chr19 51411636 . G T 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181657;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.979;QD=56.9417;RBI=0.00223939;REFB=0;REVB=0.00130956;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44382e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 51452250 . T C 923.77 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0070874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.782;QD=56.8474;RBI=0.0424761;REFB=-0.141941;REVB=0.0418807;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000525981;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:22:42:0:0:22:42:1:0 chr19 51455856 . G C 101.65 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000625883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.301;QD=16.9419;RBI=0.0460129;REFB=-0.0122899;REVB=-0.0460087;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147269;OID=.;OPOS=51455856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:11:12:0.5:7:4:5:6:7:5:5:7 chr19 51480840 . C G 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0100899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.084;QD=15.6164;RBI=0.0102771;REFB=-0.0227573;REVB=-0.0019529;RO=53;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444953;STB=0.531251;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.027298;OID=.;OPOS=51480840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:23:16:24:29:23:16:25:29 chr19 51485622 . A G 1026.62 PASS AF=0.457265;AO=107;DP=234;FAO=107;FDP=234;FR=.;FRO=127;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.035636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0553;QD=17.5491;RBI=0.0367441;REFB=-0.000109295;REVB=-0.00895561;RO=127;SAF=48;SAR=59;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031311;STB=0.517332;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000170781;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:127:127:107:107:0.457265:59:48:61:66:59:48:61:66 chr19 51487175 . T G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.050485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.328;QD=19.9271;RBI=0.0533684;REFB=-0.0258557;REVB=0.0173044;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10909;STB=0.599822;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0364338;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:9:3:3:5:9:3:4:5 chr19 51517731 . A G 423.48 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0112871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.792;QD=20.1656;RBI=0.0234117;REFB=-0.0131403;REVB=-0.0205112;RO=39;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095765;STB=0.512189;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0126825;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:41:42:43:0.511905:20:22:20:19:21:22:22:19 chr19 51519227 . CGGGGCCCCA CGGGCCCCA,CGGGGCCCCG 113.95 PASS AF=0.454545,0.409091;AO=5,5;DP=22;FAO=10,9;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=4,4;FSAR=6,5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0725434,-0.0330842;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=5.26939,216.001;QD=20.7179;RBI=0.130579,0.0331245;REFB=-0.156195,-0.0375382;REVB=0.108574,-0.00163316;RO=3;SAF=0,1;SAR=5,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.509542,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.23409;STB=0.516097,0.528239;STBP=0.915,0.804;TYPE=del,snp;VARB=0.318941,0.0602725;OID=.,.;OPOS=51519228,51519236;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=CGGGCCCCA,CGGGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.454545,0.409091:5,5:22:10,9:22:3:4,4:6,5:1:2:55:3:0,1:5,4:0:3 chr19 51519259 . C T 119.34 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0147338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.802;QD=13.6386;RBI=0.0175851;REFB=-0.0160818;REVB=-0.00959964;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652316;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0262853;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:11:10:7:7:11:10 chr19 51519364 . T G 135.12 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=31;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0771363;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8138;QD=16.3778;RBI=0.0791253;REFB=-0.0683666;REVB=0.0176298;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220966;STB=0.64687;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0627691;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:17:14:16:0.484848:9:5:10:7:11:5:10:7 chr19 51520487 . A C 270.54 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0736997;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7835;QD=14.2391;RBI=0.0739915;REFB=-0.0250066;REVB=0.00656484;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134845;STB=0.576382;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0279676;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:45:45:31:31:0.407895:15:16:29:16:15:16:29:16 chr19 51530693 . G A 1190.37 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.782;QD=61.0446;RBI=0.0536871;REFB=0;REVB=0.0240177;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138031;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:78:0:0:73:78:1:32:41:0:0:35:43:0:0 chr19 51535130 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.483;QD=52.6131;RBI=0.070137;REFB=0;REVB=-0.0207356;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000796756;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 51566943 . G A 1381.01 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328485;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9957;QD=62.7732;RBI=0.0416656;REFB=0;REVB=-0.0256321;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55063e-05;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr19 51628529 . A G 160.31 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00996509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.867;QD=10.3424;RBI=0.0115329;REFB=0.000279622;REVB=0.00580567;RO=41;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199553;STB=0.628013;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000470119;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:20:21:0.33871:14:6:19:22:15:6:19:22 chr19 51630482 . C A 328.45 PASS AF=0.576271;AO=32;DP=57;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0207663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.541;QD=22.268;RBI=0.0302685;REFB=-0.0264628;REVB=0.0220214;RO=25;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154131;STB=0.579953;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0194709;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:25:25:32:34:0.576271:19:13:15:10:20:14:15:10 chr19 51670667 . G A 218.56 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0389341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.242;QD=31.2233;RBI=0.0938096;REFB=-0.0514929;REVB=0.0853486;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026098;STB=0.514374;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0255794;OID=.;OPOS=51670667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:4:4:11:9:4:4 chr19 51835892 . T TG 232.48 PASS AF=1;AO=17;DP=27;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.7183;QD=38.7466;RBI=0.0797167;REFB=0;REVB=-0.0761196;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00418999;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:27:24:24:0:10:14:0:0:5:9:9:8:1:8 chr19 51850290 . G A 161.78 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0170935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3623;QD=15.7834;RBI=0.031059;REFB=-0.0041222;REVB=0.0259321;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432058;STB=0.759174;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00246105;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:16:16:0.390244:12:4:15:7:12:4:16:7 chr19 51871195 . G A 318.69 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0124299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.229;QD=26.5576;RBI=0.0125233;REFB=-0.0461081;REVB=-0.00152716;RO=20;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140803;STB=0.578173;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0320053;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:20:8:9:11:20:8:9:11 chr19 51892683 . T C 351.08 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0262413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2187;QD=34.252;RBI=0.0286239;REFB=0.00504137;REVB=-0.0114334;RO=12;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116852;STB=0.563715;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00355747;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:16:13:8:4:16:13:8:4 chr19 51917735 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0294418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.991;QD=8.73784;RBI=0.0325291;REFB=-0.0088693;REVB=0.0138319;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628668;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275699;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:11:9:4:5:11:9 chr19 51918112 . A G 161.64 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0571646;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1551;QD=11.9734;RBI=0.0577827;REFB=-0.000758341;REVB=0.00842908;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095728;STB=0.555501;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0013663;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:14:20:10:10:14:20 chr19 51918135 . G T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00363554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.402;QD=12.0841;RBI=0.011963;REFB=-0.0108095;REVB=-0.0113972;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14212;STB=0.58368;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0226304;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:13:17:7:9:13:17 chr19 51919240 . C T 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00283945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.955;QD=5.2032;RBI=0.00733615;REFB=-0.00807408;REVB=-0.00676436;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031502;STB=0.519972;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0306133;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:8:6:21:31:8:6:21:31 chr19 51919267 . A G 40.8 PASS AF=0.126984;AO=10;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00613264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.264;QD=2.59059;RBI=0.00899029;REFB=-0.0045309;REVB=0.00657389;RO=52;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114949;STB=0.506313;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0357378;OID=.;OPOS=51919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:52:55:10:8:0.126984:7:3:20:32:5:3:21:34 chr19 51919321 . T C 244.99 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0205454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.117;QD=15.8057;RBI=0.041137;REFB=-0.0234882;REVB=-0.035639;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501146;STB=0.510925;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0269707;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:27:29:0.467742:15:12:13:20:17:12:13:20 chr19 51920613 . C T 270.97 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7251;QD=49.2675;RBI=0.186139;REFB=-0.0499412;REVB=0.094028;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127734;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:1:0:21:22:1:11:10:1:0:11:11:0:0 chr19 51920619 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00980961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.152;QD=10.6346;RBI=0.0285727;REFB=-0.0108138;REVB=0.026836;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0130466;OID=.;OPOS=51920619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:5:8:4:4:5:8 chr19 51920850 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00261484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1552;QD=14.7979;RBI=0.0203027;REFB=-0.00353295;REVB=0.0201336;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218381;STB=0.626645;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00953632;OID=.;OPOS=51920850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:9:4:6:5:9:4 chr19 51955632 . A T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0031887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2462;QD=12.3288;RBI=0.00681518;REFB=0.00279245;REVB=-0.00602319;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00583014;OID=.;OPOS=51955632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:8:9:6:5:8:9 chr19 51957556 . T C 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00627457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.684;QD=16.7837;RBI=0.00643854;REFB=-0.0060331;REVB=0.00144383;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273498;STB=0.654564;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00670051;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:21:8:18:15:21:8:18:15 chr19 51960940 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0148241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.857;QD=20.6011;RBI=0.0148429;REFB=0.00657892;REVB=-0.000747988;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327776;STB=0.675869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00534371;OID=.;OPOS=51960940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:5:15:7:11:5:15:8:11 chr19 51983673 . G A 340.66 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0137193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.532;QD=15.6624;RBI=0.0479736;REFB=-0.0131799;REVB=0.0459701;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102142;STB=0.55759;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0165745;OID=.;OPOS=51983673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:20:17:28:22:20:17:28:22 chr19 51984656 . G A 520.22 PASS AF=0.6;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0317427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.912;QD=26.0109;RBI=0.0382581;REFB=-0.0328841;REVB=0.0213562;RO=32;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192962;STB=0.607506;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.012805;OID=.;OPOS=51984656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:32:47:48:0.6:24:23:24:8:25:23:24:8 chr19 51984725 . T A 2102.74 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.855;QD=62.7683;RBI=0.0496127;REFB=0;REVB=0.048494;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18662e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:58:75:0:0:58:76:0:0 chr19 51984727 . A G 565.52 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0128024;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.883;QD=16.7562;RBI=0.0128025;REFB=-0.0147663;REVB=3.96426e-05;RO=75;SAF=37;SAR=22;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137493;STB=0.580126;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0100837;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:59:60:0.444444:22:37:37:38:22:38:37:38 chr19 51986547 . A G 97.62 PASS AF=0.647059;AO=8;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.066416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.392;QD=22.9699;RBI=0.0667807;REFB=-0.000952789;REVB=0.00696972;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.702918;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00742066;OID=.;OPOS=51986547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:17:17:3:6:8:11:0.647059:3:5:0:3:3:8:1:5 chr19 51988280 . G A 379.93 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0302247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9443;QD=19.4835;RBI=0.0303516;REFB=-0.0121492;REVB=-0.00277258;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142008;OID=.;OPOS=51988280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:39:39:39:0.5:20:19:19:16:20:19:19:20 chr19 51988326 . T C 371.74 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00616347;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.087;QD=20.652;RBI=0.00913726;REFB=-0.0149587;REVB=0.00674546;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725247;STB=0.540125;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0118604;OID=.;OPOS=51988326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:34:38:38:0.527778:20:18:19:15:20:18:19:15 chr19 52000624 . T G 424.98 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0037415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.052;QD=24.2847;RBI=0.0252228;REFB=-0.0185002;REVB=-0.0249438;RO=29;SAF=23;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019396;STB=0.510633;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.017027;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:18:23:17:12:18:23:17:12 chr19 52076960 . T C 289.38 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.078;QD=52.6139;RBI=0.059201;REFB=0;REVB=0.0459897;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029727;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr19 52076974 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.863;QD=54.5175;RBI=0.0174331;REFB=0;REVB=0.0172472;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57516e-05;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 250.21 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155012;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=8;MLLD=273.628;QD=45.4924;RBI=0.0260363;REFB=0;REVB=-0.0209189;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.32292e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:22:22:0:9:13:0:0:5:0:9:13:0:0 chr19 52077069 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.353;QD=59.4356;RBI=0.00758367;REFB=0;REVB=-0.00656485;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75488e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr19 52095980 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.1145;QD=39.2047;RBI=0.0110178;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401088;OID=.;OPOS=52095980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr19 52096033 . GATAAA G 514.65 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653573;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=5;MLLD=300.307;QD=60.547;RBI=0.00764732;REFB=0;REVB=-0.0039706;RO=0;SAF=30;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.18425e-06;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:34:34:0:31:3:0:0:3:0:30:3:0:0 chr19 52097461 . A C 1226.59 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.019296;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.262;QD=56.3949;RBI=0.0195581;REFB=-0.000479915;REVB=0.00319082;RO=4;SAF=43;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420356;STB=0.522217;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=7.82974e-05;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:87:4:4:82:83:0.954023:39:43:4:0:40:43:4:0 chr19 52115645 . G C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.873;QD=17.791;RBI=0.0273139;REFB=-0.0322631;REVB=-0.00661842;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102425;STB=0.557484;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0230784;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:14:19:21:10:14:19 chr19 52130488 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0600113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5023;QD=10.3786;RBI=0.0701486;REFB=0.00318782;REVB=0.0363245;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293136;STB=0.672571;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00677637;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:13:3:4:5:13:3 chr19 52132325 . A T 317.9 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0223805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.64;QD=15.5075;RBI=0.0255156;REFB=-0.0309023;REVB=-0.0122538;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227329;STB=0.50597;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0353219;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:19:16:20:26:19:16:21:26 chr19 52220351 . G A 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0143047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.602;QD=27.0655;RBI=0.0451764;REFB=-0.0331533;REVB=0.0428519;RO=21;SAF=22;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207005;STB=0.603941;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0104622;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:17:22:5:16:17:22:6:16 chr19 52223121 . A G 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.034;QD=56.4162;RBI=0.0331263;REFB=-0.0401995;REVB=-0.0314865;RO=1;SAF=50;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377169;STB=0.519993;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000106256;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:12:50:0:1:12:50:0:1 chr19 52223180 . A G 1101.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147866;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.153;QD=60.3676;RBI=0.0179433;REFB=0;REVB=0.0101646;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14843e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr19 52249211 . T G 772.01 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658611;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.079;QD=64.3345;RBI=0.00659434;REFB=0;REVB=0.00032938;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630623;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 52249880 . C T 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00200096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.771;QD=18.7947;RBI=0.00201898;REFB=-0.00232172;REVB=-0.000269088;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178956;STB=0.600951;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00242201;OID=.;OPOS=52249880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:9:18:11:12:9:18 chr19 52250216 . A G 1533.53 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5815;QD=62.593;RBI=0.0364428;REFB=-0.0378524;REVB=-0.011274;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000183342;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:0:1:47:50:0:1 chr19 52506985 . T C 207.32 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0497217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.885;QD=15.0777;RBI=0.0508266;REFB=0.000981694;REVB=-0.0105399;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234835;STB=0.633373;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00189888;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:12:19:9:15:12:19 chr19 52520607 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0640343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.551;QD=10.0752;RBI=0.0665987;REFB=-0.0164949;REVB=-0.018303;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.512165;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0273118;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:5:9:5:3:5:9 chr19 52521296 . G A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00610304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.085;QD=14.0443;RBI=0.0149913;REFB=-0.0136263;REVB=0.0136927;RO=39;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250634;STB=0.63476;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0215159;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:11:17:14:25:11:17:15:25 chr19 52537576 . T G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0134249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.302;QD=21.971;RBI=0.0158372;REFB=-0.00388621;REVB=-0.00840169;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152556;STB=0.585828;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00238296;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:9:8:13:7:9:8 chr19 52569057 . C T 381.56 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00786357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.759;QD=17.9556;RBI=0.00808795;REFB=-0.0149917;REVB=-0.0018919;RO=43;SAF=25;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148217;STB=0.585542;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0174359;OID=.;OPOS=52569057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:45:39:40:0.470588:14:25:21:22:15:25:21:24 chr19 52619065 . T C 324.47 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00453925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.508;QD=19.665;RBI=0.0330983;REFB=-0.0245683;REVB=0.0327856;RO=32;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391601;STB=0.521726;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0174348;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:12:22:22:10:12:22:22:10 chr19 52658510 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0386386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.153;QD=18.6448;RBI=0.0386804;REFB=-0.00532142;REVB=0.00179622;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00699786;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:6:7:5:9:6:7 chr19 52659991 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.929;QD=55.646;RBI=0.0461655;REFB=0;REVB=0.0183738;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047691;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 52660279 . C T 675.84 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4431;QD=60.075;RBI=0.0152512;REFB=-0.0648163;REVB=0.00628615;RO=1;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375364;STB=0.519991;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00108147;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:12:32:0:1:12:32:0:1 chr19 52660783 . A G 221.81 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00941977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.803;QD=18.4838;RBI=0.0213231;REFB=-0.00506811;REVB=0.0191297;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1344;STB=0.5764;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00593743;OID=.;OPOS=52660783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:13:13:14:8:13:13 chr19 52803669 . CTG C 976.06 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438062;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.994;QD=59.155;RBI=0.0553695;REFB=0;REVB=0.055196;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.55442e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:67:66:66:0:43:23:0:0:5:0:43:23:0:0 chr19 52825032 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.013622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.144;QD=15.1664;RBI=0.014634;REFB=-0.00121631;REVB=-0.00534744;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00159442;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr19 52825235 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9501;QD=47.8216;RBI=0.022499;REFB=0;REVB=0.0130566;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160828;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr19 52856955 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.817;QD=61.3358;RBI=0.0435078;REFB=0;REVB=-0.0417818;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258395;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 52869022 . G T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.04772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7448;QD=9.67047;RBI=0.0482803;REFB=-0.0145922;REVB=-0.00733408;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261295;STB=0.654747;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0171369;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:9:7:24:12:9:7:24:12 chr19 52869278 . G C 94.62 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0886692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.914;QD=21.0269;RBI=0.0888588;REFB=-0.0312951;REVB=0.00580116;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00816223;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr19 52869312 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0281918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.675;QD=18.8207;RBI=0.0303855;REFB=-0.00243844;REVB=0.0113359;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00301154;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:4:6:6:6:4:6 chr19 52887145 . TA T 42.86 PASS AF=0.321429;AO=11;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0944654;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.1884;QD=6.12281;RBI=0.171977;REFB=-0.0114944;REVB=-0.14371;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.140607;STB=0.519955;STBP=0.949;TYPE=del;VARB=0.00397062;OID=.;OPOS=52887146;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:11:29:9:28:19:4:5:9:10:42:16:4:7:8:8 chr19 52887246 . T TCAA 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0161449;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.075;QD=7.71669;RBI=0.0169933;REFB=-0.00373057;REVB=0.00530213;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928416;STB=0.558162;STBP=0.697;TYPE=ins;VARB=0.00920409;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:10:37:10:37:27:7:3:17:10:71:27:7:3:17:10 chr19 52887427 . A C 154.13 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0188252;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.838;QD=13.7008;RBI=0.024186;REFB=-0.00948379;REVB=0.0151848;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114474;STB=0.55549;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0124436;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:28:17:17:0.377778:7:10:14:15:7:10:14:14 chr19 52887437 . A C 151.44 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0385912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0674;QD=12.8887;RBI=0.119757;REFB=-0.000674023;REVB=0.113369;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970616;STB=0.556894;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00429754;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:15:15:7:10:15:15 chr19 52887904 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0380624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4395;QD=12.0511;RBI=0.0413865;REFB=-0.0294132;REVB=-0.0162509;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0420666;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:5:8:3:6:5:8 chr19 52917588 . ACG ACA,CAA 726.74 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=35,4;DP=55;FAO=48,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=26,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060563,0.0161242;FXX=0.0545355;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=48.5089,21.1973;QD=55.9029;RBI=0.0612398,0.0212589;REFB=0,0;REVB=0.00907941,-0.0138547;RO=0;SAF=21,0;SAR=14,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.27896e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00648163,-0.0627189;OID=.,.;OPOS=52917590,52917588;OREF=G,ACG;OALT=A,CAA;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:55:52:0:0:35,4:48,4:0.923077,0.0769231:14,4:21,0:0:0:26,4:22,0:0:0 chr19 52937339 . G A 188.67 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0241008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1207;QD=29.0261;RBI=0.0661613;REFB=-0.0223263;REVB=0.0616155;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0121677;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:11:7:4:4:11:7:4:4 chr19 52938361 . C A 395.58 PASS AF=0.373016;AO=48;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00723668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1766;QD=12.5579;RBI=0.0325767;REFB=0.00874787;REVB=-0.0317627;RO=78;SAF=32;SAR=16;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255077;STB=0.659725;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0293745;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:79:48:47:0.373016:16:32:34:44:15:32:34:45 chr19 52938417 . A G 456.22 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.021131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7324;QD=15.4651;RBI=0.0211822;REFB=-0.00908117;REVB=0.00147134;RO=67;SAF=35;SAR=16;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25033;STB=0.640703;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0266145;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:16:35:30:37:16:35:30:37 chr19 52938459 . A G 366.99 PASS AF=0.433333;AO=40;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00363341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2323;QD=16.3104;RBI=0.0891049;REFB=-0.0447096;REVB=-0.0890308;RO=49;SAF=27;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28509;STB=0.656635;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0449727;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:51:40:39:0.433333:13:27:19:30:13:26:20:31 chr19 52941171 . T C 263.66 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00504737;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.6272;QD=19.5306;RBI=0.0130131;REFB=-0.0106557;REVB=-0.0119944;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175853;STB=0.607066;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00740753;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:26:28:28:0.518519:17:11:14:9:17:11:16:10 chr19 52941540 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0129808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.149;QD=11.0198;RBI=0.0249548;REFB=0.00328258;REVB=-0.0213129;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0026192;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr19 52941618 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0875794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.575;QD=12.0157;RBI=0.088298;REFB=-0.00231927;REVB=-0.0112422;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.732802;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00673498;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:0:7:4:2:0:7 chr19 52941847 . A T 121.44 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00109818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0071;QD=15.1797;RBI=0.0554293;REFB=-0.0155669;REVB=-0.0554184;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246357;STB=0.642653;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.042601;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:7:11:5:9:7:11 chr19 52942445 . C T 42.3 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00817339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.257;QD=18.7997;RBI=0.0125133;REFB=-0.00635426;REVB=0.00947509;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115334;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0035929;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:4:6:0.666667:2:2:2:1:3:3:2:1 chr19 52942495 . G A 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0138666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.358;QD=11.4411;RBI=0.0270411;REFB=-0.0153893;REVB=-0.023215;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.728627;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0260814;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:6:8:2:7:6:8 chr19 52954507 . T C 985.47 PASS AF=0.489899;AO=97;DP=198;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0234822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.074;QD=19.9084;RBI=0.0304732;REFB=-0.0194965;REVB=-0.0194217;RO=98;SAF=44;SAR=53;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332398;STB=0.516176;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0189212;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:98:101:97:97:0.489899:53:44:48:50:53:44:49:52 chr19 53014346 . G A 122.46 PASS AF=0.424242;AO=15;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00170442;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.239;QD=14.843;RBI=0.0140032;REFB=-0.00760625;REVB=-0.013899;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.596888;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0103193;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:15:14:0.424242:5:10:14:5:5:9:15:4 chr19 53015384 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0118465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.195;QD=16.1183;RBI=0.0128303;REFB=-0.0181926;REVB=0.00492716;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0170592;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:5:8:6:6:5:8 chr19 53015864 . T G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0817908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2574;QD=13.2058;RBI=0.0846111;REFB=-0.00804451;REVB=-0.0216632;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00235171;OID=.;OPOS=53015864;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr19 53015987 . C G 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.101806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0033;QD=15.2528;RBI=0.141609;REFB=-0.0120766;REVB=0.0984304;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0107661;OID=.;OPOS=53015987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr19 53059235 . T G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0442056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.081;QD=9.44468;RBI=0.0454964;REFB=0.0103502;REVB=0.0107604;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137251;STB=0.583088;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0179718;OID=.;OPOS=53059235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:1:9:5:1:1:9 chr19 53075519 . G T 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000206774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.162;QD=30.5522;RBI=0.0383319;REFB=0.0330455;REVB=0.0383314;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.562434;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0150429;OID=.;OPOS=53075519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:6:12:6:1:6:12:6:1 chr19 53077411 . T C 647.41 PASS AF=0.590476;AO=60;DP=103;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0179746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6329;QD=24.6633;RBI=0.0182206;REFB=-0.00643409;REVB=0.00298397;RO=43;SAF=38;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790954;STB=0.540431;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00419566;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:43:43:60:62:0.590476:22:38:23:20:23:39:23:20 chr19 53085659 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00352661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.775;QD=13.486;RBI=0.00359657;REFB=0.0119826;REVB=0.000705931;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0124456;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chr19 53085813 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0200454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.877;QD=19.1081;RBI=0.030218;REFB=-0.0236094;REVB=-0.0226122;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235001;STB=0.636055;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0135593;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:4:2:6:3:4:2 chr19 53086124 . C A 117.14 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0142658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5089;QD=12.0146;RBI=0.042758;REFB=-0.0031732;REVB=-0.040308;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170819;STB=0.599867;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00559915;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:7:18:8:6:7:18 chr19 53116643 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.838;QD=51.1844;RBI=0.0111464;REFB=0;REVB=0.00800976;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55061e-06;OID=.;OPOS=53116643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 53117531 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.701;QD=53.9105;RBI=0.0441946;REFB=0;REVB=-0.00997681;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466811;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 53117809 . C A 811.15 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0295395;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7378;QD=54.0765;RBI=0.0393524;REFB=0.0850986;REVB=0.0260006;RO=2;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409638;STB=0.521732;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000420088;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:22:36:0:2:22:36:0:2 chr19 53269614 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0212775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.481;QD=20.156;RBI=0.026512;REFB=-0.00133651;REVB=0.0158162;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208437;STB=0.616025;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0027608;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:9:16:11:17:9:16 chr19 53270384 . A G 223.88 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0929605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.637;QD=19.4679;RBI=0.106569;REFB=0.00860254;REVB=-0.052109;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519249;STB=0.529385;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0356783;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:10:14:14:8:10:14 chr19 53303527 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7035;QD=49.5964;RBI=0.0208606;REFB=0;REVB=0.01055;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628986;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 53303890 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.979;QD=45.8068;RBI=0.0371156;REFB=0;REVB=-0.00313908;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582922;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 53304563 . T C 1133.55 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00583281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1895;QD=54.6289;RBI=0.0683124;REFB=0.0344934;REVB=0.0680629;RO=5;SAF=40;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993026;STB=0.505255;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00513776;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:5:5:78:78:0.939759:38:40:3:2:38:40:3:2 chr19 53384185 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00702718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.969;QD=14.8342;RBI=0.0137095;REFB=-0.00388686;REVB=-0.0117716;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00488738;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:16:14:10:12:16:14 chr19 53391453 . T C 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0431558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.328;QD=21.1738;RBI=0.0431558;REFB=-0.000314869;REVB=0;RO=8;SAF=12;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268468;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:0:12:8:0:0:12:8:0 chr19 53572059 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0187934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.551;QD=9.11039;RBI=0.0300375;REFB=-0.0132961;REVB=-0.0234319;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390509;STB=0.734775;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.024763;OID=.;OPOS=53572059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:4:12:3:5:4:12 chr19 53572494 . G T 281.48 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0483789;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.736;QD=27.4613;RBI=0.0522415;REFB=-0.0284275;REVB=0.0197144;RO=16;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130191;STB=0.571927;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.017608;OID=.;OPOS=53572494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:16:25:25:0.609756:14:11:10:6:14:11:10:6 chr19 53572917 . G A 446.97 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0106619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.729;QD=18.4316;RBI=0.0257349;REFB=-0.00863783;REVB=0.0234224;RO=52;SAF=26;SAR=19;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135407;STB=0.575172;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0118761;OID=.;OPOS=53572917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:19:26:37:15:19:26:37:15 chr19 53577419 . G C 305.18 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0797926;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4894;QD=17.1934;RBI=0.0825244;REFB=0.0139399;REVB=-0.0210575;RO=40;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205408;STB=0.627192;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0186549;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:40:38:33:33:0.464789:10:23:20:20:10:23:18:20 chr19 53612311 . T C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000851322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.588;QD=25.2873;RBI=0.0409924;REFB=-0.0133242;REVB=0.0409836;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469743;STB=0.526282;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00451958;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:4:5:10:6:4:5 chr19 53612720 . T C 187.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0283724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.41;QD=20.3128;RBI=0.133482;REFB=0.000330117;REVB=0.130432;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787433;STB=0.544333;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00159242;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:12:6:8:11:12:6 chr19 53612745 . T C 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00372616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.489;QD=23.2343;RBI=0.00735585;REFB=-0.023029;REVB=-0.00634226;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863657;STB=0.548334;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0184396;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:8:5:9:9:8:5 chr19 53612757 . T G 160.38 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0138867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.428;QD=18.3295;RBI=0.0142052;REFB=-0.0049506;REVB=0.00299125;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0198142;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:9:9:7:10:9:9 chr19 53612989 . A G 174.13 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0240702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.354;QD=19.3474;RBI=0.0354327;REFB=-0.0235114;REVB=-0.026002;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499439;STB=0.528271;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.017997;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:11:7:8:10:11:7 chr19 53645291 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0242066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.158;QD=15.1002;RBI=0.033537;REFB=-0.0220457;REVB=0.0232114;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254187;STB=0.514448;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0286776;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:16:15:11:13:16:15 chr19 53667804 . C T 322.46 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0282683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0459;QD=14.174;RBI=0.0443984;REFB=-0.00109383;REVB=-0.0342362;RO=53;SAF=16;SAR=20;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37774;STB=0.707447;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00131979;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:55:36:36:0.395604:20:16:43:10:20:16:44:11 chr19 53667913 . A G 216.42 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00949661;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.523;QD=13.1161;RBI=0.00954244;REFB=-0.00148983;REVB=0.00093411;RO=40;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.509796;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00330021;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:10:16:24:16:10:16:24:16 chr19 53667940 . A G 241.02 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0308273;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.748;QD=20.9584;RBI=0.038739;REFB=-0.0163775;REVB=0.0234604;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115213;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:13:10:10:13:13:10 chr19 53669273 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.054;QD=60.9762;RBI=0.0270504;REFB=0;REVB=-0.000952574;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51966e-05;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr19 53669492 . A G 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0268537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.758;QD=21.9981;RBI=0.0279641;REFB=-0.0247196;REVB=0.00780165;RO=23;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383817;STB=0.521262;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0219938;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:14:15:13:10:14:15:13:10 chr19 53727097 . G A 62.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00966022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.999;QD=7.79609;RBI=0.00987879;REFB=-0.00647014;REVB=0.00206654;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35632;STB=0.719538;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00526884;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:8:15:3:6:8:15 chr19 53740822 . T C 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00561166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.673;QD=22.6802;RBI=0.00624269;REFB=-0.00633119;REVB=-0.00273505;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189353;STB=0.608468;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00138372;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:3:2:7:3:3:2 chr19 53741068 . C T 200.2 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0171751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2578;QD=13.5728;RBI=0.0186795;REFB=-0.00686021;REVB=0.00734439;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264773;STB=0.658958;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00717652;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:15:8:21:14:16:8:21:14 chr19 53741188 . C T 354.91 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00798428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.536;QD=14.6356;RBI=0.0088123;REFB=-0.0266213;REVB=-0.00372932;RO=58;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135251;STB=0.507664;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0257154;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:19:20:29:29:19:20:29:29 chr19 53761740 . T C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0658278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9267;QD=9.70487;RBI=0.0778904;REFB=-0.0200398;REVB=-0.0416368;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439098;STB=0.753468;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0507877;OID=.;OPOS=53761740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:7:11:8:30:7:11:8:30 chr19 53770261 . T C 51.98 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00837614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.697;QD=5.33101;RBI=0.00840011;REFB=-0.00793178;REVB=-0.000634188;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974917;STB=0.563945;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0131215;OID=.;OPOS=53770261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:13:18:4:4:13:18 chr19 53784899 . C T 346.27 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0268599;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.89;QD=14.1334;RBI=0.0321267;REFB=-0.0126404;REVB=-0.0176259;RO=59;SAF=16;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154379;STB=0.598668;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0328871;OID=.;OPOS=53784899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:37:38:0.387755:21:16:34:25:22:16:35:25 chr19 53787375 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00694141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.666;QD=9.11024;RBI=0.0158053;REFB=0.0121112;REVB=-0.0141995;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.642474;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0129611;OID=.;OPOS=53787375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:6:9:6:2:7:9 chr19 53793042 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0238988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.321;QD=15.9168;RBI=0.0445502;REFB=0.0154353;REVB=0.0375974;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0186468;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr19 53793574 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00733166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.036;QD=18.4386;RBI=0.00741678;REFB=-0.0100997;REVB=-0.00112047;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122937;STB=0.568673;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00806293;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:17:12:16:13:17:12 chr19 53793911 . T A 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0563726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7159;QD=18.2492;RBI=0.0626863;REFB=0.00970584;REVB=-0.0274171;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675673;STB=0.538412;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00818696;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:11:4:5:10:11:4 chr19 53854397 . G C 410.95 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7825;QD=56.6833;RBI=0.0441251;REFB=0;REVB=0.0408803;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712403;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:24:4:0:0:25:4:0:0 chr19 53875494 . A T 474.89 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0376568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2596;QD=27.1367;RBI=0.0487376;REFB=-0.00742071;REVB=0.0309406;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692301;STB=0.539492;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00498538;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:26:43:44:0.628571:25:18:8:17:26:18:8:18 chr19 53875523 . G A 506.26 PASS AF=0.594937;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00419769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.31;QD=25.6336;RBI=0.0042112;REFB=-0.0148694;REVB=0.000337061;RO=33;SAF=21;SAR=25;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956772;STB=0.542588;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0108314;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:32:46:47:0.594937:25:21:11:22:26:21:11:21 chr19 53875569 . G A 393.1 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00981336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.851;QD=22.4629;RBI=0.0100865;REFB=-0.00830488;REVB=0.0023312;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710468;STB=0.54443;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00761976;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:38:39:0.557143:20:18:12:19:20:19:12:19 chr19 53879561 . GACA G 470.81 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00558261;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=289.433;QD=22.6898;RBI=0.0199049;REFB=-0.0161095;REVB=-0.019106;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641435;STB=0.545435;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=0.0135535;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542169:44:85:45:83:38:24:21:24:14:99:37:24:20:23:14 chr19 53884412 . G A 166.05 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000219322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3961;QD=22.1394;RBI=0.0509164;REFB=0.00538578;REVB=-0.0509159;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886073;STB=0.54994;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0061595;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:6:7:11:6:6:7 chr19 53912242 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.046893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9643;QD=13.486;RBI=0.0530155;REFB=-0.00386371;REVB=-0.0247324;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.69952;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000761352;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:8:9:0.45:2:6:5:5:2:7:5:6 chr19 53926318 . T A 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0174989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.226;QD=9.10847;RBI=0.0224794;REFB=-0.00782949;REVB=-0.0141107;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390509;STB=0.734775;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0277174;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:12:4:5:3:12:4 chr19 53926320 . T G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0129707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.817;QD=9.56951;RBI=0.0247779;REFB=-0.049276;REVB=0.0211118;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368003;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0269139;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:11:4:5:3:11:4 chr19 53952885 . TC T 384.39 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.9637;QD=41.5561;RBI=0.138641;REFB=-0.020015;REVB=-0.0742197;RO=4;SAF=18;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.0931064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0036172;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:37:37:37:0:22:15:0:0:6:4:18:14:4:0 chr19 53958126 . T G 102.97 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0066002;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4115;QD=16.4753;RBI=0.0722327;REFB=-0.029245;REVB=0.0719306;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0507807;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:11:12:0.48:5:6:8:5:5:7:8:5 chr19 53958263 . G A 221.69 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0897544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.918;QD=12.316;RBI=0.0919459;REFB=-0.00584483;REVB=-0.0199547;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341042;STB=0.519636;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00732264;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:17:10:18:27:17:10:18:27 chr19 53959615 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0322414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.638;QD=8.402;RBI=0.0329301;REFB=0.000378851;REVB=0.00669974;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195762;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00145542;OID=.;OPOS=53959615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:8:13:4:5:8:13 chr19 53989945 . G A 459.95 PASS AF=0.265306;AO=65;DP=245;FAO=65;FDP=245;FR=.;FRO=180;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=110;FWDB=0.00379327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.563;QD=7.50938;RBI=0.00505181;REFB=-0.00230512;REVB=0.00333645;RO=180;SAF=29;SAR=36;SRF=70;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727565;STB=0.542947;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00595346;OID=.;OPOS=53989945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:180:180:65:65:0.265306:36:29:70:110:36:29:70:110 chr19 53990002 . G A 521.69 PASS AF=0.249211;AO=79;DP=317;FAO=79;FDP=317;FR=.;FRO=238;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=92;FSRR=146;FWDB=0.00635585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.741;QD=6.58284;RBI=0.00874065;REFB=0.000687629;REVB=0.00600018;RO=238;SAF=33;SAR=46;SRF=92;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407164;STB=0.524237;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00213076;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:238:238:79:79:0.249211:46:33:92:146:46:33:92:146 chr19 53993923 . C T 260.8 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0114613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.726;QD=10.4319;RBI=0.026863;REFB=-0.0204221;REVB=-0.0242952;RO=67;SAF=10;SAR=22;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251291;STB=0.642765;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0318462;OID=.;OPOS=53993923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:68:32:32:0.32:22:10:35:32:22:10:35:33 chr19 54080144 . A G 175.59 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0146764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.279;QD=20.0679;RBI=0.0249928;REFB=-0.0120088;REVB=-0.0202298;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578869;STB=0.521715;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0119404;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:6:11:12:5:6:12:12:5 chr19 54132976 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00023328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.544;QD=46.848;RBI=0.0193303;REFB=0;REVB=0.0193289;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151511;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 54263422 . G A 3029.47 PASS AF=0.476636;AO=306;DP=643;FAO=306;FDP=642;FR=.;FRO=336;FSAF=167;FSAR=139;FSRF=195;FSRR=141;FWDB=-0.00574851;FXX=0.00155519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.601;QD=18.8752;RBI=0.00873515;REFB=-0.0184217;REVB=-0.00657705;RO=333;SAF=167;SAR=139;SRF=195;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03831;STB=0.518324;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0194354;OID=.;OPOS=54263422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:642:333:336:306:306:0.476636:139:167:195:138:139:167:195:141 chr19 54307322 . G A 233.14 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00490697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.987;QD=16.9559;RBI=0.0141291;REFB=-0.0222769;REVB=-0.0132496;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129828;STB=0.562453;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0265954;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:25:26:0.472727:13:12:10:19:14:12:10:19 chr19 54308554 . C T 94.51 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00582001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.678;QD=21.0031;RBI=0.039747;REFB=-0.0140345;REVB=0.0393186;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624849;STB=0.863427;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0272253;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:10:1:6:1:10:1:6:1 chr19 54327313 . C A 1207.77 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173685;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.289;QD=60.3886;RBI=0.0402714;REFB=0;REVB=0.0363335;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134864;OID=.;OPOS=54327313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:43:35:0:0:44:36:0:0 chr19 54378099 . GA AG 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000613512;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.338;QD=24.3281;RBI=0.0252613;REFB=0.00135575;REVB=0.0252538;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=mnp;VARB=0.000817113;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr19 54378627 . T A 2458.63 PASS AF=0.987879;AO=161;DP=168;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000752086;FXX=0.0178561;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.568;QD=59.6031;RBI=0.000756037;REFB=-0.0884201;REVB=7.71912e-05;RO=2;SAF=119;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792981;STB=0.504166;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=8.73652e-06;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:168:165:2:2:161:163:0.987879:42:119:2:0:44:119:2:0 chr19 54378789 . C G 3433.27 PASS AF=1;AO=204;DP=215;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156176;FXX=0.0593195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9238;QD=61.8607;RBI=0.0048076;REFB=0;REVB=-0.00454686;RO=0;SAF=95;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826242;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:215:222:0:0:204:222:1:109:95:0:0:114:108:0:0 chr19 54378808 . A G 34.39 PASS AF=0.0780142;AO=11;DP=139;FAO=11;FDP=141;FR=.;FRO=130;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=103;FWDB=-0.0607974;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=204.211;QD=0.975643;RBI=0.0610078;REFB=0.000853162;REVB=-0.00506191;RO=125;SAF=3;SAR=8;SRF=26;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102028;STB=0.581018;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00849535;OID=.;OPOS=54378808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:139:141:125:130:11:11:0.0780142:8:3:26:99:8:3:27:103 chr19 54379573 . C T 594.23 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0358;QD=60.9461;RBI=0.0633007;REFB=0;REVB=0.0327662;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000348701;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:25:14:0:0 chr19 54385820 . C T 2348.77 PASS AF=0.969325;AO=158;DP=164;FAO=158;FDP=163;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0291395;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.38;QD=57.6386;RBI=0.0316591;REFB=-0.0359888;REVB=0.0123769;RO=5;SAF=82;SAR=76;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473187;STB=0.502489;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=9.65225e-05;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:164:163:5:5:158:158:0.969325:76:82:3:2:76:82:3:2 chr19 54394965 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00401742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.683;QD=19.0372;RBI=0.00664415;REFB=0.00210763;REVB=-0.00529198;RO=45;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930109;STB=0.5517;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00317473;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:21:21:18:27:21:21:18:27 chr19 54561792 . G A 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.000735618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.663;QD=14.7654;RBI=0.00810506;REFB=-0.0302957;REVB=0.00807161;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180428;STB=0.603683;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0421704;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:5:20:22:11:5:20:22:11 chr19 54600232 . A C 1338.19 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0354342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7243;QD=58.8216;RBI=0.070684;REFB=-0.121091;REVB=-0.0611608;RO=2;SAF=44;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00232215;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:2:3:88:88:0.967033:44:44:1:1:44:44:2:1 chr19 54606209 . T G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00480318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.688;QD=6.92899;RBI=0.0918017;REFB=-0.0207572;REVB=-0.091676;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166455;STB=0.609348;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0481883;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:11:4:1:5:11:4 chr19 54649670 . CT C,CC 236.19 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,16;DP=18;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110078,0.102529;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.39,257.86;QD=49.7241;RBI=0.110387,0.102867;REFB=0,0;REVB=0.00825182,0.00833411;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0586705,-0.00167503;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,16:18:1,18:19:0:0,2:1,16:0:0:6:0:1,1:1,15:0:0 chr19 54657048 . G A 169.15 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.0906746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8712;QD=13.0118;RBI=0.0930579;REFB=0.0386828;REVB=0.0209261;RO=32;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771204;STB=0.544262;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0712209;OID=.;OPOS=54657048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:16:4:5:27:16:4:5:27 chr19 54657056 . C A 164.14 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00092652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.87;QD=12.8734;RBI=0.00708715;REFB=-0.00661226;REVB=0.00702633;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569271;STB=0.533297;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.013237;OID=.;OPOS=54657056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:16:3:6:26:16:3:6:26 chr19 54677759 . T C 712.29 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.78694e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.794;QD=54.7911;RBI=0.0651208;REFB=-0.0459603;REVB=0.0651207;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351582;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:52:1:0:49:52:1:18:31:0:1:21:31:0:0 chr19 54722582 . G A 545.01 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.00196817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5728;QD=25.6473;RBI=0.0162691;REFB=-0.028251;REVB=0.0161496;RO=35;SAF=38;SAR=12;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106979;STB=0.558118;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0253411;OID=.;OPOS=54722582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:12:38:30:5:12:38:30:5 chr19 54723355 . A G 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.037033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8437;QD=10.6981;RBI=0.0463462;REFB=0.00343809;REVB=-0.0278663;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49974;STB=0.778906;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0168016;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:10:5:25:6:10:5:25:7 chr19 54723738 . G C 211.73 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0212903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.308;QD=16.6062;RBI=0.0250895;REFB=-0.0270682;REVB=0.0132743;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186815;STB=0.606232;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0212991;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:15:13:15:8:15:13 chr19 54725019 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000600671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.715;QD=33.4285;RBI=0.0324358;REFB=0;REVB=-0.0324303;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122337;OID=.;OPOS=54725019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 54725798 . G T 313.29 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.3477;QD=50.1263;RBI=0.14428;REFB=-0.120343;REVB=0.130977;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0119342;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:7:17:0:0:7:17:1:0 chr19 54725930 . C T 151.4 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00178584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4228;QD=12.8854;RBI=0.0375135;REFB=-0.00204474;REVB=-0.037471;RO=29;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28718;STB=0.686026;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00157708;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:3:14:18:11:3:14:18:12 chr19 54725995 . G A 164.08 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0824899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0475;QD=12.869;RBI=0.0828907;REFB=-0.0181124;REVB=-0.0081414;RO=32;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208191;STB=0.621607;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0264465;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:6:13:16:16:6:13:16:16 chr19 54726226 . T C 124.59 PASS AF=0.185484;AO=21;DP=122;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0159681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.224;QD=4.01916;RBI=0.0162304;REFB=-0.00402411;REVB=0.00290604;RO=101;SAF=15;SAR=6;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382157;STB=0.728564;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0250036;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:101:101:21:23:0.185484:6:15:41:60:7:16:41:60 chr19 54726241 . C T 30.38 PASS AF=0.0735294;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=136;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.00792776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5985;QD=0.893446;RBI=0.0543643;REFB=-0.000506309;REVB=0.0537831;RO=117;SAF=8;SAR=2;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3951;STB=0.821922;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0058364;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:136:117:126:10:10:0.0735294:2:8:51:66:2:8:55:71 chr19 54726816 . A T 111.99 PASS AF=0.28;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0135581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.987;QD=8.95938;RBI=0.0289807;REFB=-0.0064951;REVB=-0.0256136;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251518;STB=0.666444;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0175865;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:36:14:14:0.28:6:8:12:22:6:8:12:24 chr19 54726833 . T C 114.23 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.101413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5675;QD=10.1541;RBI=0.106153;REFB=-0.0268141;REVB=-0.0313673;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244568;STB=0.645764;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0512812;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:11:20:6:8:11:20 chr19 54726839 . C T 110.49 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0120855;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6863;QD=9.60793;RBI=0.023756;REFB=-0.0199251;REVB=-0.0204521;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191107;STB=0.608548;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0210425;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:32:14:14:0.304348:7:7:10:20:7:7:11:21 chr19 54726843 . C G 125.57 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0123866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.746;QD=10.4643;RBI=0.0243921;REFB=-0.0137042;REVB=-0.021013;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159342;STB=0.615237;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0276987;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:7:7:12:21:7:8:12:21 chr19 54726861 . C T 90.08 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00756832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.407;QD=7.83269;RBI=0.00759328;REFB=-0.00674154;REVB=-0.000615228;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24983;STB=0.651944;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0569731;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:10:24:6:6:10:24 chr19 54726872 . C G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0500937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.75;QD=5.5398;RBI=0.0542669;REFB=-0.00357044;REVB=-0.0208691;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.586265;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.021379;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:8:21:5:3:8:21 chr19 54735619 . G A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00348064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.592;QD=35.4875;RBI=0.00707551;REFB=0.0010169;REVB=0.00616019;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929408;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-3.0477e-05;OID=.;OPOS=54735619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:1:1:7:6:1:1 chr19 54743758 . C A 83.53 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.21732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.97;QD=20.8817;RBI=0.217345;REFB=-0.00711126;REVB=-0.00332861;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166463;STB=0.594418;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0164467;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:6:4:1:5:6:4:1:5 chr19 54744799 . G C 611.78 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00543458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.115;QD=33.9877;RBI=0.00917995;REFB=-0.0223607;REVB=0.00739843;RO=18;SAF=28;SAR=24;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821973;STB=0.517235;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00942427;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:18:20:52:52:0.722222:24:28:10:8:24:28:12:8 chr19 54746081 . T C 182.01 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0308005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.161;QD=7.13748;RBI=0.0309938;REFB=-0.00492736;REVB=-0.00345601;RO=75;SAF=9;SAR=17;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18544;STB=0.608002;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0131221;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:75:76:26:26:0.254902:17:9:37:38:17:9:37:39 chr19 54754752 . T C 176.88 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0354434;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.927;QD=11.9921;RBI=0.0355257;REFB=-0.0139344;REVB=0.00241642;RO=37;SAF=17;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315501;STB=0.684582;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0461564;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:37:22:22:0.372881:5:17:19:18:5:17:19:18 chr19 54754946 . G A 31.54 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0303833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2925;QD=2.42631;RBI=0.07891;REFB=-0.00585557;REVB=0.0728261;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278834;STB=0.715366;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0468997;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:26:19:4:2:27:19 chr19 54767879 . T C 505.14 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.000994072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.856;QD=16.1646;RBI=0.015903;REFB=0.00171173;REVB=0.0158719;RO=70;SAF=23;SAR=31;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609929;STB=0.538357;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00287417;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:70:54:55:0.44:31:23:34:36:32:23:34:36 chr19 54781466 . C G 52.58 PASS AF=0.243243;AO=7;DP=35;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00190838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8794;QD=5.68428;RBI=0.0177197;REFB=-0.0235881;REVB=-0.0176166;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168956;STB=0.515118;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.100256;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:37:24:28:7:9:0.243243:5:2:10:14:5:4:13:15 chr19 54782407 . C T 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0217796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.981;QD=16.0704;RBI=0.0218892;REFB=-0.0291099;REVB=0.00218812;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086808;STB=0.504893;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0288048;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:16:19:16:13:16:19 chr19 54782704 . G C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0166388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.989;QD=5.9051;RBI=0.0167166;REFB=0.00190429;REVB=0.00161185;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220317;STB=0.51425;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00160845;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:13:14:4:4:13:14 chr19 54782710 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0239301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.911;QD=5.5398;RBI=0.0453035;REFB=-0.0147095;REVB=-0.0384677;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206554;STB=0.51348;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0311807;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:15:14:4:4:15:14 chr19 54782724 . G A 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0300888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.719;QD=5.37207;RBI=0.0501259;REFB=-0.000518388;REVB=-0.0400908;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400657;STB=0.52625;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000782131;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:16:14:4:4:16:14 chr19 54782919 . C T 313.5 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0286245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0959;QD=14.5815;RBI=0.0388336;REFB=-0.0178045;REVB=0.0262429;RO=51;SAF=24;SAR=11;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493625;STB=0.527915;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0457047;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:11:24:37:14:11:24:37:14 chr19 54783375 . T A 1943.66 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.161;QD=60.7394;RBI=0.0337808;REFB=-0.0543211;REVB=0.011625;RO=1;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135702;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:128:128:1:0:126:128:1:53:73:0:1:55:73:0:0 chr19 54783923 . A G 671.45 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9151;QD=59.6846;RBI=0.0452434;REFB=-0.117914;REVB=-0.0353402;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00320144;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:1:0:22:22:1:0 chr19 54784130 . T C 216.55 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.100196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5367;QD=18.0461;RBI=0.101735;REFB=-0.0150841;REVB=0.0176279;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453469;STB=0.507805;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0167045;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:26:21:22:0.458333:8:13:14:7:9:13:15:11 chr19 54786022 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0110781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.181;QD=16.4167;RBI=0.0246779;REFB=-0.00893468;REVB=-0.0220516;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00884251;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr19 54848741 . T C 205.37 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0271035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.13;QD=23.4711;RBI=0.0281223;REFB=0.0212379;REVB=0.00750075;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275822;STB=0.640823;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00984185;OID=.;OPOS=54848741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:9:10:13:2:9:11:13:2 chr19 54849463 . C T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.03364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.519;QD=11.6204;RBI=0.0498365;REFB=-0.0106407;REVB=0.03677;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156563;STB=0.591149;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.019243;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:8:12:16:19:8:12:16:19 chr19 54849481 . T G 138.44 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0283852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.128;QD=11.782;RBI=0.0315124;REFB=-0.0147997;REVB=-0.0136861;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110791;STB=0.574377;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0263629;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:8:8:12:18:8:8:12:19 chr19 54871664 . G C 310.62 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0291665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9637;QD=13.9606;RBI=0.0327237;REFB=0.00806836;REVB=-0.0148377;RO=53;SAF=25;SAR=10;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674016;STB=0.547142;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0151986;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:35:35:0.393258:10:25:35:18:10:25:35:19 chr19 54881850 . G T 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0180179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.748;QD=5.9932;RBI=0.0188466;REFB=-0.00202183;REVB=-0.00552742;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592904;STB=0.855064;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00549159;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:7:3:30:6:7:3:30:6 chr19 54926417 . A G 643.46 PASS AF=0.341463;AO=69;DP=231;FAO=84;FDP=246;FR=.;FRO=162;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=96;FSRR=66;FWDB=0.030027;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.177;QD=10.4627;RBI=0.0307356;REFB=-0.00266488;REVB=-0.00656176;RO=162;SAF=35;SAR=34;SRF=96;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10327;STB=0.501806;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00623913;OID=.;OPOS=54926417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:246:162:162:69:84:0.341463:34:35:96:66:34:50:96:66 chr19 54927976 . C T 191.45 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0440694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.013;QD=22.5237;RBI=0.0449662;REFB=-0.0341826;REVB=-0.00893565;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.520483;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0472307;OID=.;OPOS=54927976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:11:8:7:7:11:8:7:8 chr19 54933539 . GC CG,G 72.69 PASS AF=0.025,0.55;AO=3,24;DP=42;FAO=1,22;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=0,15;FSAR=1,7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0396135,-0.104583;FXX=0.0476077;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=83.197,8.12855;QD=7.26885;RBI=0.0508078,0.108164;REFB=-0.0203988,-0.197102;REVB=-0.0318152,0.0276012;RO=11;SAF=0,18;SAR=3,6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0.440476;SSEP=0,0;SSSB=-0.582558,0.301488;STB=0.989094,0.598411;STBP=0.436,0.179;TYPE=mnp,del;VARB=0.0801618,0.170557;OID=.,.;OPOS=54933539,54933540;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:42:40:11:17:3,24:1,22:0.025,0.55:3,6:0,18:3:8:1,7:0,15:8:9 chr19 54937862 . C T 146.42 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00395428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.1;QD=16.7342;RBI=0.0422852;REFB=-0.0435681;REVB=0.0420999;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324278;STB=0.52724;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0444481;OID=.;OPOS=54937862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:13:3:3:15:13:3:3:16 chr19 54940471 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0613167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4563;QD=7.83692;RBI=0.104741;REFB=0.0114525;REVB=-0.0849173;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365691;STB=0.723385;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0278862;OID=.;OPOS=54940471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:1:6:9:6:1:6:10:6 chr19 54942419 . C G 166.49 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00611363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.391;QD=14.7989;RBI=0.00646719;REFB=-0.0132289;REVB=0.00210903;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128875;STB=0.573695;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119549;OID=.;OPOS=54942419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:13:5:5:22:13:5:5:22 chr19 54946784 . A G 201.01 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0626494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.721;QD=20.6163;RBI=0.0626848;REFB=-0.00920403;REVB=0.00210622;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187932;STB=0.615275;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00411748;OID=.;OPOS=54946784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:13:5:10:10:14:5 chr19 54965860 . G A 137.28 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00349658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.615;QD=18.3046;RBI=0.00496434;REFB=-0.0023628;REVB=-0.003524;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336217;STB=0.695425;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00284257;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:7:7:2:13:7:8:2:13 chr19 54966579 . C G 210.11 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0590025;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4451;QD=13.7779;RBI=0.0940161;REFB=-0.00355996;REVB=-0.0731965;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296407;STB=0.662227;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00340564;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:36:25:25:0.409836:9:16:13:24:9:16:13:23 chr19 54973280 . C G 858.49 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.727;QD=57.2328;RBI=0.029032;REFB=0;REVB=0.00412836;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15143e-05;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:1:0:58:60:1:30:28:1:0:30:30:0:0 chr19 55009497 . A C 97.7 PASS AF=0.259259;AO=12;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00197988;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.243;QD=7.23711;RBI=0.00677773;REFB=-0.0110063;REVB=0.00648211;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146045;STB=0.642653;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.030978;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:53:54:41:40:12:14:0.259259:5:7:19:22:5:9:18:22 chr19 55014124 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0102645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.045;QD=14.7015;RBI=0.0337021;REFB=-0.0114234;REVB=0.032101;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0137058;OID=.;OPOS=55014124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:9:6:3:9:9:6 chr19 55019402 . A G 463.43 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.03145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.252;QD=52.9631;RBI=0.0375512;REFB=-0.0423973;REVB=0.0205181;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775742;STB=0.538438;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000659782;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:32:33:0.942857:11:21:0:2:12:21:0:2 chr19 55045042 . G A 1154.28 PASS AF=0.91954;AO=78;DP=86;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0501153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.541;QD=53.0706;RBI=0.0501193;REFB=-0.0249737;REVB=-0.000630427;RO=7;SAF=39;SAR=39;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333016;STB=0.516255;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000428516;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:86:87:7:7:78:80:0.91954:39:39:5:2:39:41:5:2 chr19 55048270 . C T 382.28 PASS AF=0.653061;AO=30;DP=46;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0182065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.297;QD=31.2066;RBI=0.0443608;REFB=0.0131459;REVB=0.0404524;RO=15;SAF=19;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224531;STB=0.615312;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00271839;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:15:17:30:32:0.653061:11:19:4:11:12:20:5:12 chr19 55085399 . G A 529.61 PASS AF=0.357542;AO=64;DP=179;FAO=64;FDP=179;FR=.;FRO=115;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-0.015125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.442;QD=11.8348;RBI=0.0153578;REFB=-0.0166823;REVB=-0.00266391;RO=115;SAF=37;SAR=27;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045799;STB=0.526061;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.026277;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:115:115:64:64:0.357542:27:37:71:44:27:37:71:44 chr19 55086775 . C T 1430.59 PASS AF=0.961905;AO=100;DP=106;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0228814;FXX=0.0186898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.911;QD=54.4987;RBI=0.0233232;REFB=-0.0783923;REVB=0.00451776;RO=4;SAF=30;SAR=70;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383828;STB=0.519533;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000218091;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:106:105:4:4:100:101:0.961905:70:30:3:1:70:31:3:1 chr19 55098667 . G A 880.1 PASS AF=0.533742;AO=87;DP=164;FAO=87;FDP=163;FR=.;FRO=76;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00699788;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.744;QD=21.5977;RBI=0.00923961;REFB=-0.00256581;REVB=-0.00603324;RO=77;SAF=55;SAR=32;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385808;STB=0.500303;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192954;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:77:76:87:87:0.533742:32:55:49:28:32:55:48:28 chr19 55105722 . G C 413.85 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00448814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.441;QD=15.6171;RBI=0.00858719;REFB=-0.00578863;REVB=-0.00732095;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147112;STB=0.508233;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0115179;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:24:23:28:31:24:23:28:31 chr19 55105727 . A G 493.11 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0167248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.35;QD=17.4551;RBI=0.0173122;REFB=-0.0232774;REVB=-0.00447136;RO=60;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531105;STB=0.533968;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0280708;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:60:52:53:0.469027:24:28:29:31:24:29:29:31 chr19 55105743 . A G 436.36 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.000173624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.618;QD=15.4463;RBI=0.00363737;REFB=-0.0172188;REVB=0.00363323;RO=64;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160959;STB=0.590075;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0189152;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:22:27:25:39:22:27:25:39 chr19 55106317 . A G 313.99 PASS AF=0.310606;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0209135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.295;QD=9.51481;RBI=0.021933;REFB=5.02106e-05;REVB=-0.00660904;RO=91;SAF=22;SAR=19;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627415;STB=0.536568;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000301111;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:91:91:41:41:0.310606:19:22:44:47:19:22:44:47 chr19 55106338 . A C 262.68 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.0036447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.29;QD=8.61257;RBI=0.017098;REFB=-0.00625687;REVB=-0.016705;RO=84;SAF=18;SAR=18;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852959;STB=0.557346;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0158206;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:84:86:36:36:0.295082:18:18:36:48:18:18:36:50 chr19 55106590 . A G 356.79 PASS AF=0.433333;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0182155;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.838;QD=15.8575;RBI=0.0236178;REFB=-0.0242951;REVB=-0.0150331;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617008;STB=0.538442;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0285212;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:50:51:37:39:0.433333:20:17:26:24:21:18:27:24 chr19 55106865 . T C 414.4 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00428501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.001;QD=21.8103;RBI=0.0169839;REFB=-0.013183;REVB=-0.0164345;RO=35;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165658;STB=0.509136;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0210628;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:25:16:13:22:25:16:13:22 chr19 55107308 . G C 140.41 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=67;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00644129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.176;QD=8.25964;RBI=0.0186194;REFB=-0.0240402;REVB=-0.0174697;RO=48;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784193;STB=0.559938;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0379401;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:48:48:19:20:0.294118:6:13:30:18:6:14:30:18 chr19 55107313 . T C 148.9 PASS AF=0.304348;AO=17;DP=65;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00305952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.898;QD=8.63208;RBI=0.00436629;REFB=-0.033362;REVB=0.0031151;RO=46;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130338;STB=0.531884;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0262659;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:46:48:17:21:0.304348:5:12:28:18:7:14:30:18 chr19 55107336 . C T 147.11 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0273601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0936;QD=9.19423;RBI=0.0295745;REFB=-0.0177224;REVB=0.0112283;RO=42;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953689;STB=0.543434;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0170416;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:44:20:20:0.3125:7:13:24:18:7:13:26:18 chr19 55107343 . T C 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00479302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.148;QD=9.14312;RBI=0.0219299;REFB=-0.0202488;REVB=-0.0213998;RO=41;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152466;STB=0.584178;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0410066;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:6:13:23:18:6:13:24:18 chr19 55142101 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0200067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4303;QD=22.398;RBI=0.0406432;REFB=0.00513548;REVB=0.0353779;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222932;STB=0.624886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00380722;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:12:7:14:8:12:7 chr19 55142739 . A C 171.22 PASS AF=0.372881;AO=20;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0158269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.83;QD=11.6078;RBI=0.0223463;REFB=-0.0173383;REVB=0.0157755;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150006;STB=0.508467;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0211994;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:37:20:22:0.372881:10:10:18:19:11:11:18:19 chr19 55143083 . T C 948.72 PASS AF=0.525424;AO=92;DP=176;FAO=93;FDP=177;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00412928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.777;QD=21.44;RBI=0.00538986;REFB=-0.00861146;REVB=0.00346406;RO=82;SAF=46;SAR=46;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104986;STB=0.502551;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00787672;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:82:84:92:93:0.525424:46:46:40:42:46:47:42:42 chr19 55143156 . TG CA 736.57 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0238457;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=2;MLLD=260.217;QD=19.2567;RBI=0.0244111;REFB=-0.0141977;REVB=0.00522346;RO=75;SAF=35;SAR=41;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297032;STB=0.523188;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.0131351;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:75:77:76:76:0.496732:41:35:37:38:41:35:39:38 chr19 55143452 . T C 430.64 PASS AF=0.5;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000348197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.242;QD=20.0296;RBI=0.00131632;REFB=-0.0190133;REVB=0.00126943;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989887;STB=0.534867;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0192907;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:42:43:41:43:0.5:23:18:23:19:23:20:23:20 chr19 55143491 . G T 657.46 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00155062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.031;QD=21.3808;RBI=0.0114521;REFB=-0.00688175;REVB=0.0113466;RO=57;SAF=26;SAR=39;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185832;STB=0.515147;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00533809;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:58:65:65:0.528455:39:26:24:33:39:26:25:33 chr19 55144186 . C T 117.97 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0252213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9181;QD=12.4179;RBI=0.0291223;REFB=-0.0118947;REVB=0.0145601;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164728;STB=0.596878;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0204346;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:10:14:6:8:10:14 chr19 55147984 . GCCGA GCCCC 118.21 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00756865;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.208;QD=8.29543;RBI=0.00810262;REFB=-0.0261376;REVB=-0.00289274;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33255;STB=0.578846;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.0562446;OID=.;OPOS=55147987;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:13:57:15:57:39:8:7:25:14:99:31:7:6:25:6 chr19 55148004 . A T 87.02 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=64;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.012739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.169;QD=5.27385;RBI=0.0128482;REFB=-0.0215737;REVB=-0.00167089;RO=51;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599721;STB=0.580534;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0607128;OID=.;OPOS=55148004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:66:51:51:13:15:0.227273:5:8:29:22:5:10:29:22 chr19 55148197 . AG AGC,GC 32.02 PASS AF=0.2,0.0181818;AO=16,2;DP=55;FAO=11,1;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6,1;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.136105,-0.0159267;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,2;MLLD=7.43196,44.4909;QD=2.32848;RBI=0.155567,0.0421033;REFB=-0.159367,-0.0167767;REVB=0.075343,-0.0389747;RO=36;SAF=9,1;SAR=7,1;SRF=10;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323946,0.206906;STB=0.68822,0.993706;STBP=0.204,0.17;TYPE=ins,mnp;VARB=0.187944,0.0450529;OID=.,.;OPOS=55148199,55148197;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:55:55:36:43:16,2:11,1:0.2,0.0181818:7,1:9,1:10:26:5,0:6,1:13:30 chr19 55175740 . C T 251.53 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.04745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7225;QD=14.5814;RBI=0.0556043;REFB=-0.021636;REVB=0.0289885;RO=40;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213099;STB=0.602725;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0391102;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:40:28:29:0.42029:20:8:19:21:20:9:19:21 chr19 55176262 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.852;QD=60.6038;RBI=0.0299055;REFB=0;REVB=0.0297978;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38297e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr19 55176535 . C T 217.15 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00191433;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.566;QD=17.7264;RBI=0.00410392;REFB=-0.0104275;REVB=0.00363009;RO=21;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469478;STB=0.540509;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0184395;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:24:22:25:0.510204:5:17:17:4:8:17:18:6 chr19 55177731 . C T 229.44 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0261719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.737;QD=14.1191;RBI=0.026602;REFB=-0.0119995;REVB=0.00476442;RO=38;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351254;STB=0.519985;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.024826;OID=.;OPOS=55177731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:14:13:17:21:14:13:17:21 chr19 55179364 . A G 129.57 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00392083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.246;QD=9.59752;RBI=0.0203934;REFB=-0.0089769;REVB=0.020013;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243933;STB=0.514524;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0209877;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:16:21:10:7:16:21 chr19 55237616 . C T 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.563;QD=59.5369;RBI=0.0139142;REFB=-0.00273874;REVB=-0.00399597;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172063;STB=0.509089;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=1.18101e-05;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:51:27:1:0:51:27:1:0 chr19 55237677 . C T 958.73 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.917;QD=57.2377;RBI=0.024255;REFB=-0.0529782;REVB=0.0206211;RO=1;SAF=20;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101625;STB=0.505375;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000194822;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:46:20:0:1:46:20:0:1 chr19 55239223 . G A 1362.09 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100787;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.64;QD=62.6246;RBI=0.0390508;REFB=0;REVB=0.0377278;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34185e-05;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:32:55:0:0:32:55:0:0 chr19 55246731 . C T 323.11 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00359855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.779;QD=12.7964;RBI=0.039329;REFB=-0.00971766;REVB=-0.039164;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835688;STB=0.547706;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0150362;OID=.;OPOS=55246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:21:17:33:30:21:17:33:30 chr19 55246741 . T C 310.9 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00015393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.943;QD=12.3129;RBI=0.00660765;REFB=-0.00813011;REVB=0.00660586;RO=64;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149476;STB=0.508561;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0132862;OID=.;OPOS=55246741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:19:18:32:32:19:18:32:32 chr19 55247353 . C A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00988034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.729;QD=17.5646;RBI=0.0263195;REFB=-0.010855;REVB=0.0243946;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797572;STB=0.544719;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0123761;OID=.;OPOS=55247353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:20:12:16:19:20:12:16:19 chr19 55250036 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00459839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6278;QD=25.2554;RBI=0.00531296;REFB=-0.0107114;REVB=0.00266126;RO=10;SAF=14;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.571338;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00660217;OID=.;OPOS=55250036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:3:14:7:3:3:14:7:3 chr19 55250061 . C A 163.46 PASS AF=0.695652;AO=14;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0151582;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0918;QD=28.428;RBI=0.017502;REFB=-0.0759999;REVB=0.00874926;RO=6;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254775;STB=0.512179;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.02548;OID=.;OPOS=55250061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:6:7:14:16:0.695652:2:12:5:1:2:14:6:1 chr19 55250928 . G C 128.35 PASS AF=0.100775;AO=39;DP=388;FAO=39;FDP=387;FR=.;FRO=348;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=174;FSRR=174;FWDB=-0.0151081;FXX=0.00257725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.64;QD=1.32657;RBI=0.0190493;REFB=-0.00267944;REVB=0.0116027;RO=348;SAF=29;SAR=10;SRF=174;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302736;STB=0.724292;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0365252;OID=.;OPOS=55250928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:387:348:348:39:39:0.100775:10:29:174:174:10:29:174:174 chr19 55250953 . G C 60.9 PASS AF=0.0674419;AO=29;DP=430;FAO=29;FDP=430;FR=.;FRO=401;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=201;FSRR=200;FWDB=-0.00952543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.638;QD=0.566515;RBI=0.0210846;REFB=-0.00175427;REVB=-0.0188103;RO=401;SAF=17;SAR=12;SRF=201;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093222;STB=0.579366;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.024855;OID=.;OPOS=55250953;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:430:430:401:401:29:29:0.0674419:12:17:201:200:12:17:201:200 chr19 55250979 . C A 552.47 PASS AF=0.213953;AO=89;DP=425;FAO=92;FDP=430;FR=.;FRO=338;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=167;FSRR=171;FWDB=0.0317531;FXX=0.00232013;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4053;QD=5.13925;RBI=0.0372875;REFB=-0.0117279;REVB=-0.0195473;RO=335;SAF=40;SAR=49;SRF=167;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633857;STB=0.54683;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0468031;OID=.;OPOS=55250979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:430:335:338:89:92:0.213953:49:40:167:168:52:40:167:171 chr19 55250991 . G A 40.55 PASS AF=0.056872;AO=24;DP=422;FAO=24;FDP=422;FR=.;FRO=398;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=184;FSRR=214;FWDB=0.0608829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4335;QD=0.384315;RBI=0.0626635;REFB=-0.000412209;REVB=-0.0148319;RO=396;SAF=14;SAR=10;SRF=184;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121864;STB=0.612886;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00941119;OID=.;OPOS=55250991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:422:422:396:398:24:24:0.056872:10:14:184:212:10:14:184:214 chr19 55251007 . CTTCG CTTAA,CTTAG 534.61 PASS AF=0.0418006,0.186495;AO=14,60;DP=385;FAO=13,58;FDP=311;FR=.,HEALED;FRO=220;FSAF=9,31;FSAR=4,27;FSRF=90;FSRR=130;FWDB=-0.0251097,-0.0318413;FXX=0.181574;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=163.57,155.153;QD=6.87599;RBI=0.0252892,0.031863;REFB=-0.00271564,-0.00468231;REVB=0.00300788,-0.00117434;RO=227;SAF=9,31;SAR=5,29;SRF=62;SRR=165;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.383431,0.317282;STB=0.75245,0.59832;STBP=0.085,0.098;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0124846,0.0214969;OID=.,.;OPOS=55251010,55251010;OREF=CG,C;OALT=AA,A;OMAPALT=CTTAA,CTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0418006,0.186495:14,60:385:13,58:311:220:9,31:4,27:90:130:99:227:9,31:5,29:62:165 chr19 55251013 . G T 326.94 PASS AF=0.171053;AO=65;DP=380;FAO=65;FDP=380;FR=.;FRO=315;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=153;FSRR=162;FWDB=-0.01093;FXX=0.0026246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.375;QD=3.44142;RBI=0.0142753;REFB=-0.00189173;REVB=0.00918254;RO=312;SAF=23;SAR=42;SRF=150;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168012;STB=0.611683;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00924165;OID=.;OPOS=55251013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:312:315:65:65:0.171053:42:23:150:162:42:23:153:162 chr19 55253465 . C G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0233402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.048;QD=11.8143;RBI=0.0266369;REFB=-0.00449269;REVB=0.0128359;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404072;STB=0.737358;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0072145;OID=.;OPOS=55253465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:16:7:9:4:16:7 chr19 55253521 . C G 771.32 PASS AF=0.666667;AO=64;DP=96;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00630977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.261;QD=32.1383;RBI=0.0432278;REFB=-0.00682808;REVB=0.0427648;RO=32;SAF=38;SAR=26;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607429;STB=0.532777;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00231488;OID=.;OPOS=55253521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:32:32:64:64:0.666667:26:38:22:10:26:38:22:10 chr19 55253544 . A G 300.17 PASS AF=0.325;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00468753;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0452;QD=10.0056;RBI=0.0321579;REFB=-0.014826;REVB=-0.0318144;RO=79;SAF=26;SAR=13;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10489;STB=0.571391;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0189177;OID=.;OPOS=55253544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:79:81:39:39:0.325:13:26:46:33:13:26:46:35 chr19 55253552 . T A 318.6 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00811628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.43;QD=10.1142;RBI=0.00882937;REFB=0.00317958;REVB=0.00347619;RO=85;SAF=27;SAR=14;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10183;STB=0.559208;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0057853;OID=.;OPOS=55253552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:14:27:49:36:14:27:49:36 chr19 55253601 . G A 378.95 PASS AF=0.340426;AO=44;DP=137;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=0.00246355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5534;QD=10.7503;RBI=0.0398233;REFB=-0.0241769;REVB=0.0397471;RO=93;SAF=21;SAR=23;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208577;STB=0.615609;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0299029;OID=.;OPOS=55253601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:93:93:44:48:0.340426:23:21:61:32:25:23:61:32 chr19 55255377 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00224363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.078;QD=11.4917;RBI=0.00397276;REFB=-0.00255434;REVB=0.00327856;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354784;STB=0.521026;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00485325;OID=.;OPOS=55255377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:17:15:7:9:17:15 chr19 55255490 . A C 240.07 PASS AF=0.219101;AO=41;DP=178;FAO=39;FDP=178;FR=.;FRO=139;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=62;FWDB=0.00145901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.366;QD=5.39476;RBI=0.0148044;REFB=-0.00117155;REVB=-0.0147323;RO=137;SAF=17;SAR=24;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16719;STB=0.631151;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00339207;OID=.;OPOS=55255490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:137:139:41:39:0.219101:24:17:75:62:24:15:77:62 chr19 55255493 . C T 259.88 PASS AF=0.22905;AO=41;DP=178;FAO=41;FDP=179;FR=.;FRO=138;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=0.00604561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.154;QD=5.80738;RBI=0.00768744;REFB=-0.00689991;REVB=-0.00474841;RO=137;SAF=17;SAR=24;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158231;STB=0.598813;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0153629;OID=.;OPOS=55255493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:137:138:41:41:0.22905:24:17:74:63:24:17:75:63 chr19 55258778 . G A 247.09 PASS AF=0.243243;AO=36;DP=148;FAO=36;FDP=148;FR=.;FRO=112;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0173624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.961;QD=6.67797;RBI=0.0468168;REFB=-0.00909746;REVB=-0.0434782;RO=112;SAF=18;SAR=18;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237449;OID=.;OPOS=55258778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:112:112:36:36:0.243243:18:18:56:56:18:18:56:56 chr19 55258792 . C T 68.61 PASS AF=0.11039;AO=17;DP=154;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.0103384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.143;QD=1.78202;RBI=0.0105641;REFB=-0.0045857;REVB=0.00217232;RO=137;SAF=13;SAR=4;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391205;STB=0.782577;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0312428;OID=.;OPOS=55258792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:154:154:137:137:17:17:0.11039:4:13:60:77:4:13:60:77 chr19 55258830 . CG TA 362.28 PASS AF=0.287356;AO=50;DP=175;FAO=50;FDP=174;FR=.;FRO=124;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.00791629;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.665;QD=8.32822;RBI=0.0129081;REFB=0.00636587;REVB=-0.0101957;RO=123;SAF=23;SAR=27;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575364;STB=0.506019;STBP=0.929;TYPE=mnp;VARB=-0.0142932;OID=.;OPOS=55258830;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:123:124:50:50:0.287356:27:23:56:67:27:23:56:68 chr19 55275334 . A G 51.32 PASS AF=0.0914634;AO=15;DP=163;FAO=15;FDP=164;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=-0.0115407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.535;QD=1.25168;RBI=0.0419224;REFB=-0.00309732;REVB=0.0403026;RO=146;SAF=9;SAR=6;SRF=78;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783191;STB=0.558234;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.055422;OID=.;OPOS=55275334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:163:164:146:149:15:15:0.0914634:6:9:78:68:6:9:80:69 chr19 55275348 . C T 77.3 PASS AF=0.111111;AO=20;DP=180;FAO=20;FDP=180;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=90;FSRR=70;FWDB=-0.0119779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.8;QD=1.71774;RBI=0.0125651;REFB=-0.00170705;REVB=-0.00379617;RO=160;SAF=14;SAR=6;SRF=90;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177534;STB=0.630196;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0139428;OID=.;OPOS=55275348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:180:180:160:160:20:20:0.111111:6:14:90:70:6:14:90:70 chr19 55275387 . A G 186.81 PASS AF=0.172414;AO=35;DP=200;FAO=35;FDP=203;FR=.;FRO=168;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=66;FWDB=-0.00105143;FXX=0.00975562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.3219;QD=3.6809;RBI=0.0210527;REFB=-0.00420955;REVB=-0.0210264;RO=164;SAF=25;SAR=10;SRF=100;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149364;STB=0.59931;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0192005;OID=.;OPOS=55275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:203:164:168:35:35:0.172414:10:25:100:64:10:25:102:66 chr19 55282351 . C A 1021.57 PASS AF=0.473214;AO=106;DP=224;FAO=106;FDP=224;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.0649294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1012;QD=18.2424;RBI=0.080072;REFB=-0.0430304;REVB=0.0468583;RO=118;SAF=43;SAR=63;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753305;STB=0.541601;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0435496;OID=.;OPOS=55282351;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:118:118:106:106:0.473214:63:43:57:61:63:43:57:61 chr19 55284858 . G A 316.64 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00247853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.886;QD=20.4284;RBI=0.00257106;REFB=-0.0130013;REVB=0.000683553;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978747;STB=0.545427;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.016254;OID=.;OPOS=55284858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:29:32:33:0.532258:14:18:13:16:15:18:13:16 chr19 55284908 . T C 37.83 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00487802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.952;QD=1.73931;RBI=0.016753;REFB=0.00146677;REVB=-0.0160271;RO=78;SAF=6;SAR=3;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168684;STB=0.629627;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0156482;OID=.;OPOS=55284908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:3:6:41:37:3:6:41:37 chr19 55284916 . G C 37.55 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00184912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187;QD=1.70692;RBI=0.00420858;REFB=0.000674168;REVB=0.00378059;RO=78;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182879;STB=0.635352;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.010287;OID=.;OPOS=55284916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:78:79:9:9:0.102273:3:6:40:38:3:6:41:38 chr19 55284939 . A G 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.000122202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.406;QD=1.91109;RBI=0.0107451;REFB=-0.00515304;REVB=-0.0107444;RO=89;SAF=8;SAR=3;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258747;STB=0.693976;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0405389;OID=.;OPOS=55284939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:89:89:11:11:0.11:3:8:46:43:3:8:46:43 chr19 55284943 . CA AT 49.21 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.020832;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=2;MLLD=55.9934;QD=2.07199;RBI=0.0574511;REFB=0.00297126;REVB=-0.0535411;RO=82;SAF=9;SAR=2;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387603;STB=0.780448;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=-0.0195519;OID=.;OPOS=55284943;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:96:95:82:84:11:11:0.115789:2:9:42:40:2:9:44:40 chr19 55284962 . C G 92.16 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=101;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0446935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8771;QD=3.61404;RBI=0.0480321;REFB=0.00472349;REVB=-0.0175948;RO=85;SAF=11;SAR=5;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21965;STB=0.663263;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0201545;OID=.;OPOS=55284962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:101:102:85:85:16:17:0.166667:5:11:44:41:5:12:44:41 chr19 55284976 . A G 126.73 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0184105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.094;QD=4.82792;RBI=0.0186662;REFB=-0.00799708;REVB=0.00307896;RO=82;SAF=15;SAR=6;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237037;STB=0.66076;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0365899;OID=.;OPOS=55284976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:84:21:21:0.2:6:15:44:38:6:15:44:40 chr19 55284986 . C A 415.36 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00771816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.843;QD=16.7821;RBI=0.0227822;REFB=-0.0128135;REVB=0.021435;RO=56;SAF=17;SAR=25;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255806;STB=0.634457;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.031079;OID=.;OPOS=55284986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:56:42:43:0.434343:25:17:37:19:25:18:37:19 chr19 55284987 . G A 136.2 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0119589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.824;QD=5.50288;RBI=0.0131885;REFB=-0.0128418;REVB=-0.00556065;RO=78;SAF=15;SAR=6;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264068;STB=0.666502;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0474589;OID=.;OPOS=55284987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:78:21:21:0.212121:6:15:40:38:6:15:40:38 chr19 55285045 . G T 503.39 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0140371;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2204;QD=27.5828;RBI=0.0228612;REFB=-0.0619509;REVB=0.0180443;RO=27;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113284;STB=0.561617;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0445965;OID=.;OPOS=55285045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:46:46:0.630137:23:23:18:9:23:23:18:9 chr19 55285053 . T G 101.53 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0100415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.76;QD=5.80187;RBI=0.0310716;REFB=-0.004539;REVB=-0.0294043;RO=46;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184241;STB=0.649255;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0121561;OID=.;OPOS=55285053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:54:16:16:0.228571:5:11:25:21:5:11:27:27 chr19 55285082 . T C 88.8 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0355082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9619;QD=6.45793;RBI=0.0384241;REFB=-0.0126032;REVB=-0.0146826;RO=42;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297941;STB=0.689341;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0389619;OID=.;OPOS=55285082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:3:10:23:19:3:10:23:19 chr19 55286650 . T C 262.54 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00610115;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.163;QD=21.4319;RBI=0.00665786;REFB=-0.0303236;REVB=-0.00266515;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945677;STB=0.510629;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.032328;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:16:22:22:23:0.469388:11:11:10:6:11:12:11:11 chr19 55286769 . C A 281.92 PASS AF=0.327434;AO=30;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00281196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.222;QD=9.97933;RBI=0.027354;REFB=-0.0199594;REVB=-0.027209;RO=63;SAF=20;SAR=10;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190963;STB=0.50961;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0465331;OID=.;OPOS=55286769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:76:30:37:0.327434:10:20:32:31:17:20:40:36 chr19 55286781 . G A 181.59 PASS AF=0.221374;AO=29;DP=131;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.019571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.083;QD=5.54467;RBI=0.019839;REFB=-0.00664813;REVB=-0.0032499;RO=102;SAF=17;SAR=12;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133738;STB=0.582442;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0259395;OID=.;OPOS=55286781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:102:102:29:29:0.221374:12:17:49:53:12:17:49:53 chr19 55286795 . TG CA,CG 742.25 PASS AF=0.328125,0.25;AO=41,32;DP=127;FAO=42,32;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=25,17;FSAR=17,15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000256064,-0.00612236;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=209.046,112.653;QD=23.1952;RBI=0.00463595,0.00984958;REFB=-0.00409119,-0.0103648;REVB=0.00462887,0.00771563;RO=51;SAF=25,17;SAR=16,15;SRF=23;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158306,0.0861342;STB=0.574964,0.542789;STBP=0.223,0.585;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00153462,0.00931518;OID=.,.;OPOS=55286795,55286795;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:51:54:41,32:42,32:0.328125,0.25:16,15:25,17:23:28:17,15:25,17:25:29 chr19 55286809 . G A 229.6 PASS AF=0.246377;AO=34;DP=138;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0367769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.273;QD=6.65509;RBI=0.0409215;REFB=-0.00468048;REVB=-0.0179451;RO=101;SAF=16;SAR=18;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427038;STB=0.529394;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0407165;OID=.;OPOS=55286809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:101:104:34:34:0.246377:18:16:51:50:18:16:53:51 chr19 55286822 . C T 366.4 PASS AF=0.317241;AO=46;DP=145;FAO=46;FDP=145;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.00798395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.617;QD=10.1076;RBI=0.0150922;REFB=-0.00561776;REVB=-0.0128075;RO=99;SAF=26;SAR=20;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153144;STB=0.588758;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0183785;OID=.;OPOS=55286822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:99:99:46:46:0.317241:20:26:43:56:20:26:43:56 chr19 55286854 . A G 1109.36 PASS AF=0.632911;AO=98;DP=157;FAO=100;FDP=158;FR=.;FRO=58;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0105497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.764;QD=28.085;RBI=0.0154191;REFB=-0.00726009;REVB=0.0112451;RO=58;SAF=51;SAR=47;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259183;STB=0.517365;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00459142;OID=.;OPOS=55286854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:58:58:98:100:0.632911:47:51:28:30:47:53:28:30 chr19 55294927 . A G 627.3 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=95;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000705328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.07;QD=26.1376;RBI=0.00331757;REFB=-0.0114221;REVB=-0.00324172;RO=40;SAF=31;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106596;STB=0.509088;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00698656;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:40:40:55:56:0.583333:24:31:22:18:24:32:22:18 chr19 55294931 . T C 656.06 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0173046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3514;QD=26.5076;RBI=0.0420125;REFB=-0.00784924;REVB=0.0382832;RO=39;SAF=34;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360404;STB=0.510726;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00705201;OID=.;OPOS=55294931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:41:58:58:0.585859:24:34:21:18:24:34:23:18 chr19 55294969 . A G 653.85 PASS AF=0.581818;AO=62;DP=108;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0236277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3635;QD=23.7763;RBI=0.0253435;REFB=-0.0132272;REVB=-0.00916665;RO=46;SAF=34;SAR=28;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209292;STB=0.517236;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00984944;OID=.;OPOS=55294969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:46:46:62:64:0.581818:28:34:24:22:28:36:24:22 chr19 55297784 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00476501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.24;QD=10.8848;RBI=0.0310955;REFB=-0.00227713;REVB=0.0307283;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00739255;OID=.;OPOS=55297784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:8:7:5:4:8:7 chr19 55299652 . G T 33.37 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00325017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2482;QD=3.33654;RBI=0.0766607;REFB=-0.00852711;REVB=-0.0765918;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129355;STB=0.571184;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0824468;OID=.;OPOS=55299652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:32:34:6:6:0.15:2:4:18:14:2:4:20:14 chr19 55299656 . A G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0305239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5123;QD=3.15741;RBI=0.0416195;REFB=0.00130419;REVB=0.0282927;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104246;STB=0.57601;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0141812;OID=.;OPOS=55299656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:2:4:21:15:2:4:21:15 chr19 55299773 . A C 38.28 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.0194623;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3424;QD=1.21526;RBI=0.0328363;REFB=-0.001129;REVB=-0.0264469;RO=114;SAF=8;SAR=3;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21901;STB=0.680509;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0160234;OID=.;OPOS=55299773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:128:126:114:115:11:11:0.0873016:3:8:62:52:3:8:62:53 chr19 55299780 . TG CC 35.55 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.0127557;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.044;QD=1.04566;RBI=0.0164537;REFB=0.00206222;REVB=0.010393;RO=123;SAF=8;SAR=3;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230701;STB=0.684085;STBP=0.212;TYPE=mnp;VARB=-0.0187525;OID=.;OPOS=55299780;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:135:136:123:125:11:11:0.0808824:3:8:65:58:3:8:67:58 chr19 55315326 . A C 398.69 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00261163;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.495;QD=23.4523;RBI=0.0207568;REFB=-0.0223625;REVB=0.0205918;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116561;STB=0.56407;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0168169;OID=.;OPOS=55315326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:17:22:12:17:17:22:12:17 chr19 55316329 . A G,T 2123.62 PASS AF=0.963504,0.0364964;AO=131,6;DP=137;FAO=132,5;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=80,0;FSAR=52,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129176,0.00335815;FXX=0.021427;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.771,137.243;QD=62.0036;RBI=0.0158244,0.0310607;REFB=0,0;REVB=-0.00914027,-0.0308786;RO=0;SAF=80,0;SAR=51,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15683e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000978239,-0.0867335;OID=.,.;OPOS=55316329,55316329;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:137:137:0:0:131,6:132,5:0.963504,0.0364964:51,6:80,0:0:0:52,5:80,0:0:0 chr19 55317439 . CGGGC CGGC,CGGG 32.91 PASS AF=0.352941,0.0588235;AO=6,2;DP=17;FAO=6,1;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1,1;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0551677,-0.0928769;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=14.6136,18.1198;QD=7.74291;RBI=0.104944,0.131522;REFB=-0.0320837,-0.0401588;REVB=-0.0892738,-0.0931237;RO=8;SAF=1,1;SAR=5,1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542893,-0.269415;STB=0.794397,0.987514;STBP=0.1,0.503;TYPE=del,del;VARB=0.0923574,0.0875271;OID=.,.;OPOS=55317440,55317443;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=CGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0.0588235:6,2:17:6,1:17:10:1,1:5,0:6:4:29:8:1,1:5,1:6:2 chr19 55320279 . G A 2039.79 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0314175;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6076;QD=60.8892;RBI=0.0326051;REFB=0.0152715;REVB=-0.00871953;RO=2;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.507041;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-7.76748e-05;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:134:2:2:132:132:0.985075:70:62:0:2:70:62:0:2 chr19 55324635 . T C 314.2 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0117456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.401;QD=17.2166;RBI=0.0155482;REFB=-0.014361;REVB=-0.0101875;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799732;STB=0.552027;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00656816;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:39:34:34:0.465753:15:19:17:19:15:19:18:21 chr19 55325123 . T C 327.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0400006;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6913;QD=17.0344;RBI=0.0409708;REFB=-0.0153107;REVB=0.0088635;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210789;STB=0.612548;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0290946;OID=.;OPOS=55325123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:40:41:36:36:0.467532:24:12:22:18:24:12:22:19 chr19 55327960 . C T 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0344622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.703;QD=25.3663;RBI=0.0344893;REFB=-0.0351653;REVB=-0.00136768;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0234777;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:6:15:10:4:6:15:10:4 chr19 55328959 . G T 1463.68 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00500973;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.779;QD=56.2953;RBI=0.00698437;REFB=0.0156015;REVB=0.00486663;RO=3;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239047;STB=0.512603;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=8.56053e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:3:3:101:101:0.971154:58:43:0:3:58:43:0:3 chr19 55329783 . A G 198.9 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0225834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4817;QD=19.405;RBI=0.0672942;REFB=-0.0357978;REVB=-0.0633916;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420912;STB=0.703336;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.015804;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:19:20:0.487805:6:13:4:16:7:13:5:16 chr19 55329822 . A C 159.68 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0280428;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3104;QD=12.5237;RBI=0.0282856;REFB=-0.00601061;REVB=0.00369827;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263577;STB=0.651584;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0153735;OID=.;OPOS=55329822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:9:23:9:10:9:23 chr19 55329901 . A G 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.01794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.757;QD=13.9477;RBI=0.0235839;REFB=0.00709771;REVB=0.0153087;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150139;STB=0.596706;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00933875;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:16:10:9:8:17:10 chr19 55329934 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0136954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.306;QD=11.4396;RBI=0.0137636;REFB=-0.0100209;REVB=-0.00136757;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267375;STB=0.656919;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0171148;OID=.;OPOS=55329934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:17:7:7:6:17:7 chr19 55331287 . G T 405.53 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00801683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.046;QD=19.7818;RBI=0.00817782;REFB=-0.019124;REVB=-0.00161469;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770139;STB=0.54867;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0197681;OID=.;OPOS=55331287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:19:22:18:22:19:22:18:23 chr19 55331362 . C T 410.84 PASS AF=0.506024;AO=33;DP=75;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0215277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4458;QD=19.7997;RBI=0.149942;REFB=-0.0447896;REVB=0.148388;RO=42;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208979;STB=0.517591;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0489724;OID=.;OPOS=55331362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:42:41:33:42:0.506024:10:23:21:21:19:23:21:20 chr19 55331372 . T G 383.6 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0271109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5975;QD=20.1897;RBI=0.0491441;REFB=-0.0149692;REVB=-0.0409896;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457085;STB=0.525342;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00976954;OID=.;OPOS=55331372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:18:21:18:19:18:21:18:19 chr19 55331419 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00456346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.648;QD=16.1562;RBI=0.00459296;REFB=-0.00238299;REVB=0.000519697;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477918;STB=0.526956;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00270626;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:15:17:13:14:15:17 chr19 55333246 . C T 91.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00459365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.856;QD=8.28129;RBI=0.0104952;REFB=0.00206102;REVB=0.00943656;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623144;STB=0.538397;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00573423;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:7:5:15:17:7:5:15:17 chr19 55333275 . G T 93.3 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0513701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3664;QD=9.82112;RBI=0.0964564;REFB=0.0037384;REVB=0.0816392;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838114;STB=0.550377;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00639016;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:9:17:7:5:9:17 chr19 55344191 . C T 159.62 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0471869;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.921;QD=15.9615;RBI=0.0498518;REFB=0.014407;REVB=0.016081;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261363;STB=0.648492;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00890205;OID=.;OPOS=55344191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:18:5:8:9:18:5 chr19 55344239 . T G 285.4 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0311986;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.558;QD=23.2982;RBI=0.03121;REFB=-0.00210856;REVB=-0.000842229;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113641;STB=0.563093;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00164187;OID=.;OPOS=55344239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:10:16:17:6:10:16:17:6 chr19 55344267 . G A 48.22 PASS AF=0.186047;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0693499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6424;QD=4.48603;RBI=0.0776657;REFB=-0.0256968;REVB=0.034965;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315123;STB=0.591306;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.122415;OID=.;OPOS=55344267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:43:35:35:7:8:0.186047:1:6:23:12:2:6:23:12 chr19 55346534 . G C 73.46 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00252409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.271;QD=2.72058;RBI=0.011671;REFB=-0.00287894;REVB=-0.0113948;RO=93;SAF=3;SAR=12;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414336;STB=0.787487;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0375272;OID=.;OPOS=55346534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:93:93:15:15:0.138889:12:3:49:44:12:3:49:44 chr19 55346565 . G T 138.71 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0103898;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.566;QD=4.90995;RBI=0.0284396;REFB=-0.00704849;REVB=-0.0264738;RO=65;SAF=4;SAR=12;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531342;STB=0.774789;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0253445;OID=.;OPOS=55346565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:115:113:65:85:16:16:0.141593:12:4:46:19:12:4:50:35 chr19 55346592 . G A 95.46 PASS AF=0.165138;AO=17;DP=106;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.028454;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6737;QD=3.50313;RBI=0.0284579;REFB=-0.006291;REVB=0.000475363;RO=89;SAF=4;SAR=13;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363645;STB=0.761209;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0208148;OID=.;OPOS=55346592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:106:109:89:91:17:18:0.165138:13:4:46:43:14:4:48:43 chr19 55349031 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9549;QD=52.6129;RBI=0.0382283;REFB=0;REVB=-0.028995;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148757;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 55349273 . C A 695.88 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00266885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.766;QD=60.5111;RBI=0.0187949;REFB=-0.108488;REVB=0.0186045;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000749911;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:1:0:29:16:1:0 chr19 55358645 . C T 125.67 PASS AF=0.152047;AO=26;DP=171;FAO=26;FDP=171;FR=.;FRO=145;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=-0.0189388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.014;QD=2.9397;RBI=0.0211471;REFB=-0.000996898;REVB=-0.00940843;RO=145;SAF=8;SAR=18;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229419;STB=0.65351;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00703086;OID=.;OPOS=55358645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:145:145:26:26:0.152047:18:8:70:75:18:8:70:75 chr19 55358655 . A G 981.25 PASS AF=0.549708;AO=93;DP=172;FAO=94;FDP=171;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00251695;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.745;QD=22.9533;RBI=0.00452951;REFB=-0.0159889;REVB=0.00376582;RO=75;SAF=44;SAR=49;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602689;STB=0.535635;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0172423;OID=.;OPOS=55358655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:75:77:93:94:0.549708:49:44:30:45:50:44:30:47 chr19 55358658 . TG CA,CG 408.74 PASS AF=0.166667,0.16092;AO=29,25;DP=174;FAO=29,28;FDP=174;FR=.;FRO=117;FSAF=9,18;FSAR=20,10;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0276149,0.00168337;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=207.718,112.327;QD=9.39625;RBI=0.0276169,0.00663477;REFB=0.000778803,-0.00943927;REVB=-0.000338188,-0.00641767;RO=117;SAF=9,16;SAR=20,9;SRF=49;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148803,0.277739;STB=0.594195,0.67683;STBP=0.272,0.041;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0123667,0.0158865;OID=.,.;OPOS=55358658,55358658;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:117:117:29,25:29,28:0.166667,0.16092:20,9:9,16:49:68:20,10:9,18:49:68 chr19 55358686 . A C 174.3 PASS AF=0.181818;AO=32;DP=176;FAO=32;FDP=176;FR=.;FRO=144;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=89;FWDB=-0.0259663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.584;QD=3.96142;RBI=0.0279833;REFB=-0.0009173;REVB=-0.0104317;RO=144;SAF=20;SAR=12;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304426;STB=0.691668;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00663337;OID=.;OPOS=55358686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:144:144:32:32:0.181818:12:20:55:89:12:20:55:89 chr19 55358734 . G A 1267.49 PASS AF=0.723404;AO=96;DP=137;FAO=102;FDP=141;FR=.;FRO=39;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=38;FWDB=0.0122324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0107;QD=35.9571;RBI=0.0124072;REFB=-0.0218308;REVB=-0.00207557;RO=34;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20602;STB=0.619813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00338545;OID=.;OPOS=55358734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:34:39:96:102:0.723404:55:41:1:33:57:45:1:38 chr19 55359243 . AAC A 91.13 PASS AF=0.168182;AO=35;DP=219;FAO=37;FDP=220;FR=.;FRO=183;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=95;FWDB=-0.00234149;FXX=0.0178563;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.741;QD=1.65687;RBI=0.0066107;REFB=-0.00158087;REVB=-0.00618214;RO=182;SAF=17;SAR=18;SRF=89;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042394;STB=0.517869;STBP=0.822;TYPE=del;VARB=0.00906399;OID=.;OPOS=55359244;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168182:35:219:37:220:183:17:20:88:95:91:182:17:18:89:93 chr19 55359272 . C G 3168.12 PASS AF=0.959459;AO=212;DP=221;FAO=213;FDP=222;FR=.;FRO=9;FSAF=104;FSAR=109;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0575779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2419;QD=57.0832;RBI=0.0578257;REFB=-0.136892;REVB=-0.00534733;RO=4;SAF=103;SAR=109;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171578;STB=0.506286;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00514142;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:221:222:4:9:212:213:0.959459:109:103:0:4:109:104:3:6 chr19 55359371 . A G 54.64 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00576544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8803;QD=2.1639;RBI=0.0229601;REFB=0.0011942;REVB=0.0222244;RO=89;SAF=7;SAR=5;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404811;STB=0.529362;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00863634;OID=.;OPOS=55359371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:89:89:12:12:0.118812:5:7:49:40:5:7:49:40 chr19 55359404 . T A 83.75 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00801417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.581;QD=3.85052;RBI=0.017175;REFB=-0.0045613;REVB=-0.0151906;RO=72;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111382;STB=0.573074;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0230876;OID=.;OPOS=55359404;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:8:7:40:32:8:7:40:32 chr19 55359426 . A G 100.76 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.000871502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.048;QD=5.67645;RBI=0.00472088;REFB=-0.0123604;REVB=0.00463974;RO=55;SAF=6;SAR=10;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273562;STB=0.669898;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0370094;OID=.;OPOS=55359426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:10:6:33:22:10:6:33:22 chr19 55361942 . G T 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.151;QD=57.3835;RBI=0.0949885;REFB=-0.0872664;REVB=0.0933769;RO=1;SAF=28;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00157798;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:9:28:1:0:9:28:1:0 chr19 55362719 . G T 2334.96 PASS AF=0.987261;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0254305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.375;QD=59.4894;RBI=0.0338255;REFB=-0.0743023;REVB=0.0223037;RO=1;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605988;STB=0.506249;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000304411;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:157:1:2:153:155:0.987261:78:75:0:1:79:76:0:2 chr19 55365320 . G T 292.44 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00251919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.704;QD=14.6222;RBI=0.011155;REFB=-0.00231578;REVB=-0.0108668;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123725;STB=0.570094;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00252887;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:20:27:15:18:20:27 chr19 55378008 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.019042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.685;QD=17.7319;RBI=0.0190986;REFB=-0.0192462;REVB=-0.00147002;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883899;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0238696;OID=.;OPOS=55378008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:8:11:10:7:8:11 chr19 55418054 . A C 463.8 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0170975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0349;QD=21.8259;RBI=0.0171123;REFB=-0.0236954;REVB=-0.000712542;RO=38;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923629;STB=0.505228;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.01927;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:38:40:45:45:0.529412:23:22:19:19:23:22:20:20 chr19 55420801 . C A 81.67 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00495128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.651;QD=8.37614;RBI=0.00664722;REFB=-0.00816975;REVB=-0.00443513;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116427;STB=0.558034;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0218438;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:27:28:11:11:0.282051:6:5:15:12:6:5:15:13 chr19 55423530 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00708703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.702;QD=18.4263;RBI=0.0269821;REFB=-0.00279207;REVB=0.0260347;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137696;STB=0.577291;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00326501;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:9:19:15:13:9:19:15:13 chr19 55441902 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.22;QD=54.5174;RBI=0.0349763;REFB=0;REVB=0.0333743;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214488;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 55441995 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2802;QD=57.1995;RBI=0.0375922;REFB=0;REVB=0.00516066;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049643;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr19 55481398 . G A 106.65 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0083833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.509;QD=22.4526;RBI=0.0744121;REFB=-0.0250204;REVB=0.0739384;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674435;OID=.;OPOS=55481398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:4:3:5:7:4:3 chr19 55494881 . C G 224.88 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00973001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1092;QD=19.9894;RBI=0.0492331;REFB=-0.0255886;REVB=0.048262;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145295;STB=0.508189;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0215527;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:7:16:15:7:7:16 chr19 55501579 . A C 300.57 PASS AF=0.507937;AO=33;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0410008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.643;QD=19.0837;RBI=0.0410008;REFB=-0.0318854;REVB=-1.14208e-05;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129929;STB=0.523322;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0208481;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:33:32:0.507937:17:16:15:15:17:15:16:15 chr19 55512137 . C A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00900453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.533;QD=24.5158;RBI=0.0122144;REFB=-0.0109658;REVB=0.00825294;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252462;STB=0.504584;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00755556;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:15:12:10:11:15:12:10:12 chr19 55512232 . C A 135.34 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00888753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.533;QD=16.4051;RBI=0.012048;REFB=-0.0280684;REVB=-0.00813423;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159493;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0396424;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:12:12:0.363636:6:6:5:10:6:6:6:10 chr19 55525894 . G A 188.5 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0240382;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2314;QD=19.3333;RBI=0.0773352;REFB=-0.0173646;REVB=0.0735044;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179952;STB=0.510193;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0231676;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:13:7:7:12:13:7 chr19 55526345 . T G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0038936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.48;QD=11.257;RBI=0.0154663;REFB=-0.00426434;REVB=-0.0149682;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57458;STB=0.850411;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00496484;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:8:4:7:1:8:4 chr19 55526359 . A T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0231292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0633;QD=10.0339;RBI=0.0233021;REFB=-0.0164333;REVB=0.00283403;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65516;STB=0.887733;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00611528;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:7:0:4:1:7:0 chr19 55527081 . C T 367.35 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0391936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.613;QD=21.9314;RBI=0.0394085;REFB=-6.66028e-05;REVB=-0.00410988;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919534;STB=0.550697;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000140673;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:12:18:18:19:12:18 chr19 55530035 . C T 211.59 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0450517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.169;QD=12.2658;RBI=0.0487425;REFB=-0.0076238;REVB=-0.0186057;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136307;STB=0.545419;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0105259;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:41:43:25:26:0.376812:18:7:16:25:18:8:16:27 chr19 55536595 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.000421823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.997;QD=18.9665;RBI=0.0186055;REFB=-0.00765824;REVB=-0.0186007;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320064;STB=0.679098;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00744328;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:5:20:10:12:5:20 chr19 55538980 . T C 210.25 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0173349;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.784;QD=11.3646;RBI=0.0174396;REFB=-0.0108809;REVB=0.00190822;RO=48;SAF=20;SAR=6;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267349;STB=0.656803;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0245195;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:6:20:27:21:6:20:27:21 chr19 55539061 . A G 348.86 PASS AF=0.486486;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.105267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9501;QD=18.8574;RBI=0.106756;REFB=-0.0780745;REVB=0.0177686;RO=30;SAF=28;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228047;STB=0.649256;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0523241;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:38:34:36:0.486486:6:28:19:11:6:30:24:14 chr19 55539072 . T G 364.54 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0161959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.793;QD=18.4577;RBI=0.0162553;REFB=-0.00578323;REVB=0.00138829;RO=40;SAF=32;SAR=6;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287555;STB=0.658727;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00895002;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:6:32:25:15:6:32:26:15 chr19 55570574 . A G 443.37 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00300753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.126;QD=20.153;RBI=0.00625525;REFB=-0.0240022;REVB=-0.00548479;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113701;STB=0.562471;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0220851;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:44:43:44:0.5:29:14:19:24:30:14:19:25 chr19 55574403 . C G 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0349964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4565;QD=13.4846;RBI=0.0374132;REFB=-0.0136554;REVB=0.0132288;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499266;STB=0.787349;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0208516;OID=.;OPOS=55574403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:1:10:3:6:1:10 chr19 55574412 . G T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0453803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.957;QD=14.6535;RBI=0.058306;REFB=0.00121577;REVB=-0.036609;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404954;STB=0.734774;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00972427;OID=.;OPOS=55574412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:1:7:3:5:1:7 chr19 55598724 . A G 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0143028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2704;QD=14.6992;RBI=0.051446;REFB=-0.053611;REVB=0.0494178;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.629428;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0514709;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:11:4:6:6:11:4 chr19 55602442 . G A 47.6 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0859561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.75;QD=3.66164;RBI=0.0926787;REFB=-0.030927;REVB=-0.034654;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166411;STB=0.606527;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.137454;OID=.;OPOS=55602442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:3:5:21:22:3:5:22:22 chr19 55614923 . T C 159.53 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8571;QD=45.5804;RBI=0.0477829;REFB=0;REVB=-0.017937;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324093;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr19 55644325 . A C 410.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1507;QD=56.6843;RBI=0.0650478;REFB=0;REVB=0.00889675;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133715;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 55671337 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.705;QD=51.1832;RBI=0.0265851;REFB=0;REVB=0.00933557;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700433;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 55699454 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5055;QD=63.5789;RBI=0.0209502;REFB=0;REVB=-0.0186516;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219526;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr19 55699525 . TCCCC TCCCG,TCCC 163.4 PASS AF=0.0185185,0.648148;AO=3,23;DP=53;FAO=1,35;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=0,25;FSAR=1,10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.146218,-0.103045;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.6521,8.60764;QD=12.1039;RBI=0.146324,0.1124;REFB=-0.0387878,-0.201995;REVB=-0.00555699,0.0448942;RO=18;SAF=1,20;SAR=2,3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0719389,0.548337;STB=0.987637,0.621229;STBP=0.476,0.018;TYPE=snp,del;VARB=-0.0712793,0.184656;OID=.,.;OPOS=55699529,55699526;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=TCCCG,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0185185,0.648148:3,23:53:1,35:54:18:0,25:1,10:7:11:53:18:1,20:2,3:5:13 chr19 55702910 . C A 303.05 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0297864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2641;QD=14.6047;RBI=0.0300917;REFB=-0.0137618;REVB=0.00427588;RO=49;SAF=28;SAR=6;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291372;STB=0.667827;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0202271;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:6:28:30:19:6:28:30:19 chr19 55703237 . C CG 151.69 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=39;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0613992;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5673;QD=16.3993;RBI=0.0811554;REFB=-0.0160426;REVB=-0.0530692;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169787;STB=0.629503;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=-0.00360942;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:19:39:21:37:16:14:7:6:10:99:18:13:6:9:9 chr19 55716800 . A G 351.87 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0113294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.979;QD=15.6384;RBI=0.0256071;REFB=-0.0082759;REVB=-0.0229645;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105659;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:19:19:26:26:19:19:26:26 chr19 55738634 . T C,G 770.17 PASS AF=0.86,0.14;AO=43,6;DP=50;FAO=43,7;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=15,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136242,-0.00866845;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3593,112.793;QD=61.6134;RBI=0.135698,0.0286422;REFB=0,0;REVB=0.135012,0.027299;RO=0;SAF=28,1;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02792e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00572688,0.177482;OID=.,.;OPOS=55738634,55738634;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:50:50:0:0:43,6:43,7:0.86,0.14:15,5:28,1:0:0:15,6:28,1:0:0 chr19 55739689 . G A 1701.36 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00480068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.357;QD=58.6675;RBI=0.00937485;REFB=0.0236083;REVB=0.0080524;RO=2;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017579;STB=0.509258;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00012359;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:53:61:0:2:53:61:0:2 chr19 55791091 . C T 731.76 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.909;QD=56.2894;RBI=0.0619893;REFB=0;REVB=0.061948;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184091;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:27:25:0:0 chr19 55856083 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.721;QD=57.6765;RBI=0.0210824;REFB=0;REVB=-0.00250066;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187205;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr19 55856211 . C T 884.29 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000610285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.909;QD=51.2633;RBI=0.00865155;REFB=-0.0613953;REVB=0.00863;RO=5;SAF=26;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000884509;STB=0.500469;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00286685;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:38:26:2:3:38:26:2:3 chr19 55859439 . C A 1212.1 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217184;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.973;QD=61.3719;RBI=0.0220002;REFB=0;REVB=0.00351029;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05542e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr19 55870104 . G C 1054.23 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00228421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.204;QD=56.9857;RBI=0.00901953;REFB=-0.140935;REVB=0.0087255;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.515621;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00043184;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:41:31:1:0:41:31:2:0 chr19 55870289 . C T 612.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0899;QD=61.2641;RBI=0.109174;REFB=0;REVB=0.0972502;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167399;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:27:13:0:0 chr19 55870351 . T C 288.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.273;QD=52.4642;RBI=0.0318813;REFB=0;REVB=0.000570288;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107071;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 503.09 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=7,26;DP=34;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107426,-0.0408785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.901,168.515;QD=57.4962;RBI=0.031972,0.0598884;REFB=0,0;REVB=0.0301132,0.0437671;RO=0;SAF=0,14;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00109698,0.00456013;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0571429,0.942857:7,26:34:2,33:35:0:0,14:2,19:0:0:7:0:0,14:7,12:0:0 chr19 55871019 . A G 364.62 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9745;QD=52.0888;RBI=0.0221298;REFB=-0.0885989;REVB=-0.014112;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0203614;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr19 55872397 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.865;QD=40.7629;RBI=0.0502451;REFB=0;REVB=0.0166946;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132119;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr19 55872531 . C G 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4408;QD=42.1719;RBI=0.114314;REFB=0;REVB=0.0213866;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00519496;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 55872566 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.948;QD=35.5759;RBI=0.0698341;REFB=0;REVB=0.024035;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212553;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 55873642 . C G,T 1052.75 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,64;DP=67;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.73182e-05,0.0357487;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.2107,93.4499;QD=58.4863;RBI=0.0853109,0.039213;REFB=0,0;REVB=-0.0853109,-0.0161147;RO=0;SAF=0,30;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.200958,0.00167997;OID=.,.;OPOS=55873642,55873642;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:67:72:0:0:3,64:2,70:0.0277778,0.972222:3,34:0,30:0:0:2,35:0,35:0:0 chr19 55877231 . C T 55.28 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0568254;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.9792;QD=14.7421;RBI=0.0625275;REFB=0.00199913;REVB=-0.0260876;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0155377;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:4:3:4:3:4:4:4:3 chr19 55879872 . C T 902.8 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276615;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.517;QD=55.5568;RBI=0.039713;REFB=-0.0923399;REVB=0.028495;RO=2;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023186;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000459847;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:2:1:63:64:0.984615:34:29:1:1:34:30:0:1 chr19 55913038 . C T 278.0 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0322412;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.025;QD=25.8608;RBI=0.0335422;REFB=-0.0152544;REVB=0.00925094;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169778;STB=0.594022;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00800731;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:6:12:11:14:6:12 chr19 55949123 . T G,TG 39.53 PASS AF=0,0.411765;AO=3,3;DP=16;FAO=0,7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0,6;FSAR=0,1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0112483,0.253418;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=152.056,14.9801;QD=9.30018;RBI=0.0149406,0.267455;REFB=-0.0271476,-0.049074;REVB=-0.00983342,0.0855058;RO=10;SAF=3,2;SAR=0,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.747687,0.477992;STB=0.5,0.869953;STBP=1,0.021;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.138403;OID=.,.;OPOS=55949123,55949124;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:16:17:10:10:3,3:0,7:0,0.411765:0,1:3,2:2:8:0,1:0,6:2:8 chr19 55995413 . A G 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0181142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.263;QD=19.3394;RBI=0.0296873;REFB=-0.0460226;REVB=-0.0235204;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194029;STB=0.609637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0382431;OID=.;OPOS=55995413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:6:12:8:10:6:12 chr19 55995598 . CG C 76.31 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0049251;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.8879;QD=17.955;RBI=0.221271;REFB=-0.0258954;REVB=-0.221216;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0.395939;SSEP=0;SSSB=-0.334793;STB=0.734106;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=-0.00313858;OID=.;OPOS=55995599;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:7:18:10:17:7:1:9:3:4:45:7:1:6:3:4 chr19 56005133 . GC CG 46.41 PASS AF=0.132075;AO=15;DP=107;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00627547;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=2;MLLD=34.1383;QD=1.7515;RBI=0.0114836;REFB=-0.0525756;REVB=0.00961729;RO=89;SAF=14;SAR=1;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613755;STB=0.920051;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.103337;OID=.;OPOS=56005133;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:107:106:89:92:15:14:0.132075:1:14:41:48:1:13:43:49 chr19 56011915 . G A 302.11 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0435687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.686;QD=17.0201;RBI=0.0444522;REFB=-0.0170607;REVB=0.00881852;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192326;STB=0.607531;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0290104;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:15:18:13:25:15:18:13:25 chr19 56024519 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.343;QD=49.5985;RBI=0.0601329;REFB=0;REVB=0.0170694;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411573;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr19 56041254 . GC G,GG 133.74 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=5,10;DP=15;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222641,0.0212052;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.835,202.915;QD=44.5794;RBI=0.0870956,0.0736274;REFB=0,0;REVB=0.0842019,0.0705076;RO=0;SAF=1,5;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0167239,0.0131047;OID=.,.;OPOS=56041255,56041255;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:5,10:15:2,10:12:0:1,3:1,7:0:0:11:0:1,5:4,5:0:0 chr19 56047448 . A G 439.36 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00627202;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.001;QD=19.1026;RBI=0.0420656;REFB=-0.0131151;REVB=-0.0415954;RO=48;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14974;STB=0.577637;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00807516;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:43:44:0.478261:26:17:12:36:27:17:12:36 chr19 56047544 . G T 622.6 PASS AF=0.492188;AO=61;DP=122;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.000731446;FXX=0.0303007;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.551;QD=19.4561;RBI=0.0166569;REFB=-0.0316219;REVB=-0.0166409;RO=61;SAF=39;SAR=22;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630438;STB=0.527139;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0363755;OID=.;OPOS=56047544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:61:65:61:63:0.492188:22:39:35:26:23:40:38:27 chr19 56114045 . C T 317.16 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331237;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.57;QD=50.7457;RBI=0.0742978;REFB=-0.0909232;REVB=0.0665055;RO=1;SAF=18;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00188422;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:6:18:1:0:6:18:1:0 chr19 56114237 . G A 1093.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7084;QD=59.9043;RBI=0.185311;REFB=0;REVB=0.177382;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220786;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:33:37:0:0:36:37:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 69.73 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0195768;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=107.156;QD=8.45266;RBI=0.0321273;REFB=-0.0066454;REVB=-0.0254737;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492096;STB=0.529361;STBP=0.833;TYPE=del;VARB=0.00930251;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:12:33:12:33:21:3:9:6:15:69:21:3:9:6:15 chr19 56160399 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2626;QD=62.6686;RBI=0.0253528;REFB=0;REVB=0.0152061;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61112e-05;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 56162776 . C T 233.81 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.113125;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9543;QD=19.8986;RBI=0.117688;REFB=-0.0266497;REVB=-0.0324516;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456696;STB=0.75504;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0470204;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:4:20:7:16:4:20 chr19 56180968 . C T 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00251401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.553;QD=12.8075;RBI=0.00618674;REFB=-0.019431;REVB=0.00565292;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556072;STB=0.52553;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0303646;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:13:16:23:23:13:16:24:23 chr19 56241265 . A G 741.05 PASS AF=1;AO=37;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579644;FXX=0.061212;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.635;QD=64.4391;RBI=0.0111581;REFB=0;REVB=-0.00953434;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417642;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:46:0:0:37:46:1:29:8:0:0:29:17:0:0 chr19 56274086 . G A 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.000384015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.221;QD=2.22002;RBI=0.0106232;REFB=-0.00370767;REVB=0.0106163;RO=53;SAF=5;SAR=2;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119569;STB=0.611909;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0239605;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:53:55:7:7:0.112903:2:5:33:20:2:5:33:22 chr19 56283289 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9261;QD=43.4861;RBI=0.0754311;REFB=0;REVB=0.072054;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293776;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 56283297 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.715;QD=43.4862;RBI=0.0116998;REFB=0;REVB=-0.00852685;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84501e-06;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 56284090 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.715;QD=60.2234;RBI=0.0772262;REFB=0;REVB=0.0760042;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303729;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr19 56284230 . A G 460.53 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00532197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.23;QD=14.505;RBI=0.0215917;REFB=-0.0131165;REVB=-0.0209255;RO=75;SAF=26;SAR=26;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209673;STB=0.511806;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0178101;OID=.;OPOS=56284230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:26:26:39:36:26:26:39:36 chr19 56307583 . A G 946.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.076;QD=58.2269;RBI=0.113077;REFB=0;REVB=0.021249;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318374;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:38:27:0:0 chr19 56320200 . C T 693.73 PASS AF=0.527132;AO=67;DP=128;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0365917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1085;QD=21.5109;RBI=0.0672336;REFB=0.00926407;REVB=-0.0564039;RO=61;SAF=26;SAR=41;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637061;STB=0.530205;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00772515;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:61:67:68:0.527132:41:26:28:33:41:27:28:33 chr19 56321295 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6907;QD=51.9155;RBI=0.0720993;REFB=0;REVB=-0.0159582;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243969;OID=.;OPOS=56321295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 56321414 . C A 804.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000542075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.048;QD=56.4635;RBI=0.127843;REFB=0;REVB=0.127842;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337392;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:19:34:0:0:23:34:0:0 chr19 56369189 . G A 102.16 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0120048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.39;QD=9.08137;RBI=0.0136013;REFB=-0.000152237;REVB=-0.00639386;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495167;STB=0.517215;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000670242;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:7:6:13:18:7:6:14:18 chr19 56369215 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.018;QD=6.39524;RBI=0.0294393;REFB=-0.00853745;REVB=-0.0256805;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318873;STB=0.689242;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0356076;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:3:6:11:17:3:6:12:17 chr19 56369314 . G A 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00783792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.153;QD=29.7787;RBI=0.00946838;REFB=0.0183203;REVB=0.00531198;RO=3;SAF=11;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105798;STB=0.628346;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00655158;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:3:4:13:13:0.764706:2:11:2:1:2:11:2:2 chr19 56369593 . T C 161.82 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0296853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.517;QD=19.0379;RBI=0.0302673;REFB=-0.0176983;REVB=-0.00590689;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185145;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:16:17:0.5:9:7:8:9:9:8:8:9 chr19 56373462 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.54;QD=58.7816;RBI=0.0451882;REFB=0;REVB=0.0361711;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171444;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 56392920 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.825;QD=58.061;RBI=0.0168616;REFB=0;REVB=0.000866804;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16632e-05;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr19 56423074 . C G 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=5.17872e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.89;QD=12.2119;RBI=0.0404654;REFB=-0.00395608;REVB=-0.0404653;RO=22;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452951;STB=0.779924;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00522765;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:1:12:15:7:1:12:15:7 chr19 56423254 . G A 185.68 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0138755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5305;QD=19.0438;RBI=0.0297;REFB=0.0225394;REVB=0.0262594;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145897;STB=0.583241;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0217688;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:12:8:5:14:12:8 chr19 56423668 . G A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0205949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.501;QD=16.897;RBI=0.0227893;REFB=-0.0189806;REVB=0.00975732;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.648318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.02736;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:1:8:5:4:2:8:5:4 chr19 56423692 . C T 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0168991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.284;QD=18.0484;RBI=0.0169091;REFB=-0.00833863;REVB=-0.000580456;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18104;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0101954;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:5:3:2:8:5:3 chr19 56423728 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0495728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.063;QD=12.73;RBI=0.051229;REFB=0.00302351;REVB=0.0129208;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453824;STB=0.764191;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00177109;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:10:2:6:3:10:2 chr19 56423893 . G A 216.0 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.021598;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.036;QD=15.1579;RBI=0.0277419;REFB=-0.0024222;REVB=-0.0174108;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197864;STB=0.511227;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00382241;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:16:16:12:13:16:16 chr19 56424443 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0057473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.588;QD=11.9197;RBI=0.00939002;REFB=-0.0310064;REVB=-0.0074257;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0337531;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr19 56443519 . C T 187.63 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0157921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2699;QD=14.1607;RBI=0.0176853;REFB=-0.0652841;REVB=0.00796108;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121671;STB=0.572886;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0420788;OID=.;OPOS=56443519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:31:21:22:0.415094:13:8:14:14:14:8:15:16 chr19 56459342 . C T 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00182126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.112;QD=23.0864;RBI=0.0109037;REFB=-0.0180461;REVB=0.0107506;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11138;STB=0.562441;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0218648;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:8:10:15:7:8:10 chr19 56459410 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00618846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.997;QD=15.5769;RBI=0.00720132;REFB=-0.00214397;REVB=0.00368266;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280982;STB=0.658961;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00358975;OID=.;OPOS=56459410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:9:15:10:20:9:15:10:20 chr19 56467375 . C T 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0270391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.127;QD=22.9061;RBI=0.027541;REFB=0.0277024;REVB=-0.00523354;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994097;STB=0.555504;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0139257;OID=.;OPOS=56467375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:6:11:11:10:6:11 chr19 56477687 . A G 666.52 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9155;QD=57.9584;RBI=0.0268052;REFB=-0.0195692;REVB=0.0028735;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.505195;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000892583;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:17:27:0:1:17:27:1:1 chr19 56477710 . T C 716.12 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136557;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.212;QD=62.2717;RBI=0.0622733;REFB=0;REVB=0.0622583;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618797;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:16:28:0:0:18:28:0:0 chr19 56487603 . A G 1301.92 PASS AF=0.86087;AO=99;DP=115;FAO=99;FDP=115;FR=.;FRO=16;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0335559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6023;QD=45.2843;RBI=0.0411321;REFB=-0.0230391;REVB=-0.0237875;RO=16;SAF=61;SAR=38;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131637;STB=0.569874;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151557;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:115:115:16:16:99:99:0.86087:38:61:2:14:38:61:2:14 chr19 56490778 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00762717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.585;QD=12.7369;RBI=0.00901224;REFB=0.00493191;REVB=0.00480071;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152617;STB=0.580641;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00678265;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:15:12:5:11:16:12 chr19 56499279 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.037;QD=56.1907;RBI=0.0361405;REFB=0;REVB=0.00183637;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110602;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr19 56511082 . C G 608.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.27;QD=60.8199;RBI=0.0469335;REFB=0;REVB=0.000320629;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32367e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr19 56511090 . T C 198.21 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00447335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.714;QD=18.8773;RBI=0.0100348;REFB=-0.0368336;REVB=0.00898258;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484832;STB=0.51998;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.01446;OID=.;OPOS=56511090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:7:12:14:8:8:12:14:8 chr19 56515334 . C T 454.31 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00312337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.771;QD=25.2393;RBI=0.0080379;REFB=-0.0126569;REVB=-0.00740624;RO=28;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349759;STB=0.516626;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00535755;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:42:43:0.597222:23:19:14:14:24:19:14:15 chr19 56539240 . C T 263.28 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0322064;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.084;QD=19.5023;RBI=0.0324375;REFB=-0.00427712;REVB=0.00386536;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.534734;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00378744;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:26:28:28:0.518519:16:12:12:12:16:12:13:13 chr19 56549510 . T C 164.41 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00743036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.794;QD=13.7007;RBI=0.0108508;REFB=-0.0166351;REVB=0.00790752;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409627;STB=0.523784;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0239847;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:21:9:6:12:21:9 chr19 56549532 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000925166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.746;QD=13.0887;RBI=0.0175317;REFB=-0.00284145;REVB=0.0175073;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256496;STB=0.515031;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00402124;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:18:9:5:11:18:9 chr19 56565164 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0361961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.905;QD=15.6503;RBI=0.0361976;REFB=-0.0330949;REVB=0.000324569;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238612;STB=0.637413;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0426549;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:13:8:10:6:13:8 chr19 56693620 . C G 225.62 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0211109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9651;QD=13.2719;RBI=0.0214623;REFB=-0.0297707;REVB=-0.00386771;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968737;STB=0.555272;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0352289;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:25:16:13:14:25:16 chr19 56702323 . C T 655.8 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00557862;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.284;QD=24.0659;RBI=0.0130316;REFB=-0.0290865;REVB=0.0117771;RO=46;SAF=19;SAR=44;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115746;STB=0.563341;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0163046;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:46:46:63:63:0.577982:44:19:20:26:44:19:20:26 chr19 56717353 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0198494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.028;QD=15.4096;RBI=0.0437492;REFB=-0.0204251;REVB=0.0389871;RO=34;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143263;STB=0.581333;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0253619;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:9:18:18:16:9:18:18:16 chr19 56718585 . A G 1539.57 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6662;QD=58.6504;RBI=0.0104603;REFB=-0.0923953;REVB=0.00216438;RO=1;SAF=44;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106624;STB=0.505617;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-1.81128e-05;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:60:44:1:0:60:44:1:0 chr19 56719405 . A C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00052724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.649;QD=21.267;RBI=0.0749019;REFB=-0.0259486;REVB=-0.0749001;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134204;STB=0.576373;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0136434;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:3:14:10:4:3:14:10:4 chr19 56719822 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.346;QD=53.9112;RBI=0.0291053;REFB=0;REVB=0.0274904;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012502;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 56719853 . C A 416.77 PASS AF=1;AO=18;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.8618;QD=55.5691;RBI=0.161043;REFB=0;REVB=-0.14762;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330826;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:18:30:1:9:9:0:0:15:15:0:0 chr19 56827938 . C A 310.22 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0622398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0853;QD=21.3944;RBI=0.0639867;REFB=-0.0128523;REVB=-0.0148493;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793711;STB=0.551692;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00882978;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:32:32:0.551724:16:16:15:10:16:16:16:10 chr19 56888454 . A C 165.04 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0588432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4476;QD=14.046;RBI=0.0605332;REFB=-0.00289236;REVB=0.0142037;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225545;STB=0.516031;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00625434;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:7:10:17:12:7:11:17:12 chr19 56888526 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0211017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.6;QD=10.6349;RBI=0.0211037;REFB=-0.0103189;REVB=-0.000288908;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00700256;OID=.;OPOS=56888526;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr19 56895496 . C T 289.04 PASS AF=0.625;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.010492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2008;QD=28.904;RBI=0.0162242;REFB=-0.0671388;REVB=-0.0123751;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101036;STB=0.546182;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.039287;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:13:24:25:0.625:12:12:8:4:13:12:8:5 chr19 56935527 . A G 477.45 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177894;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.426;QD=56.1704;RBI=0.0224672;REFB=0.133081;REVB=0.0137227;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000681027;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:10:23:1:0:10:23:1:0 chr19 56953585 . T C 330.5 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.95;QD=50.8457;RBI=0.0112684;REFB=-0.0920317;REVB=-0.000468914;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000568262;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:13:12:0:0:13:12:0:1 chr19 56953863 . T C 1301.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3865;QD=61.9973;RBI=0.0336507;REFB=0;REVB=0.0205803;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81534e-05;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr19 57036412 . GCCT GCC,GCT 221.74 PASS AF=0.517241,0.413793;AO=12,9;DP=27;FAO=15,12;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14,0;FSAR=1,12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0797193,0.10793;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.8269,18.977;QD=30.5849;RBI=0.139829,0.307958;REFB=-0.110925,0.184158;REVB=0.114878,-0.288425;RO=3;SAF=12,0;SAR=0,9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0.289883;SSEP=0,0;SSSB=0.829882,-0.795291;STB=0.650912,0.99842;STBP=0.103,0.055;TYPE=del,del;VARB=0.0655127,-0.0645388;OID=.,.;OPOS=57036415,57036413;OREF=T,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.517241,0.413793:12,9:27:15,12:29:2:14,0:1,12:1:1:77:3:12,0:0,9:1:2 chr19 57036653 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0377518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.266;QD=17.3774;RBI=0.0611405;REFB=-0.00567513;REVB=0.0480932;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208353;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0190762;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:5:5:3:8:5:5 chr19 57036678 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0042934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.217;QD=16.8981;RBI=0.0201181;REFB=0.00237403;REVB=-0.0196546;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00200821;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr19 57058998 . C G 231.81 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.034997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.389;QD=12.3631;RBI=0.0383421;REFB=-0.00442714;REVB=-0.0156629;RO=46;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787981;STB=0.540511;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00477245;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:20:8:16:30:20:8:16:31 chr19 57062047 . C T 367.53 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0300503;FXX=0.0470533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8141;QD=18.1497;RBI=0.0430016;REFB=0.0311741;REVB=-0.0307591;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207982;STB=0.634311;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0372778;OID=.;OPOS=57062047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:81:46:43:38:38:0.469136:15:23:18:28:15:23:15:28 chr19 57062073 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.551;QD=59.1407;RBI=0.0102543;REFB=0;REVB=-0.000908095;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55091e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr19 57065189 . T C 382.39 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0100023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5219;QD=20.1256;RBI=0.0105389;REFB=-0.00997995;REVB=0.00331983;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813774;STB=0.538442;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0156817;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:18:21:16:20:18:21:17:20 chr19 57088850 . T C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0125446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.369;QD=19.4209;RBI=0.0125831;REFB=-0.00574583;REVB=0.000983517;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218394;STB=0.621278;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00492319;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:8:19:13:16:8:19 chr19 57089050 . C T 192.88 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0317724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4985;QD=13.7773;RBI=0.0389256;REFB=-0.0127229;REVB=0.0224882;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416666;STB=0.514006;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0226661;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:12:11:14:18:12:11:15:18 chr19 57134257 . G T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0480792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.416;QD=18.767;RBI=0.0600077;REFB=-0.0250597;REVB=-0.0359071;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365022;STB=0.713603;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0122119;OID=.;OPOS=57134257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:0:3:2:4:0:3 chr19 57135195 . G A 1816.94 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.004251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.261;QD=58.611;RBI=0.00732478;REFB=-0.00874218;REVB=0.00596502;RO=3;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784614;STB=0.504132;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000164551;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:3:3:121:121:0.975806:60:61:1:2:60:61:1:2 chr19 57175484 . A G 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6772;QD=44.6755;RBI=0.0387594;REFB=0;REVB=-0.0385979;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00210666;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 57176096 . C G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0375487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.826;QD=24.4133;RBI=0.0378922;REFB=-0.0416469;REVB=-0.00509078;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101007;STB=0.556863;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0201001;OID=.;OPOS=57176096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:1:4:7:4:1:4 chr19 57176198 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.727;QD=57.1061;RBI=0.0262627;REFB=0;REVB=0.0185743;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128563;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr19 57176304 . T G 469.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435422;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.934;QD=58.7374;RBI=0.0588054;REFB=0;REVB=0.039524;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534826;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 57176482 . C T 1848.34 PASS AF=1;AO=108;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812727;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3747;QD=61.1021;RBI=0.13711;REFB=0;REVB=0.110426;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160296;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:108:121:1:48:60:0:0:54:67:0:0 chr19 57176820 . C A 994.29 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733327;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.909;QD=59.3608;RBI=0.0733749;REFB=0;REVB=0.00248919;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343134;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr19 57176838 . C G 745.04 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026325;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.288;QD=53.2171;RBI=0.0266298;REFB=-0.108549;REVB=-0.00401744;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541651;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000272427;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:0:2:54:54:0.964286:43:11:0:0:43:11:2:0 chr19 57293394 . A G 470.17 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0263186;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6904;QD=20.0071;RBI=0.027497;REFB=-0.00151036;REVB=0.00796351;RO=48;SAF=32;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193708;STB=0.607951;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00341621;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:48:48:46:46:0.489362:14:32:24:24:14:32:24:24 chr19 57293831 . G A 290.96 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0260682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5705;QD=26.4508;RBI=0.094938;REFB=0.0139455;REVB=-0.091289;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208379;STB=0.615296;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0115797;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:6:12:10:16:6:12 chr19 57325083 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.815;QD=53.2766;RBI=0.0271451;REFB=0;REVB=0.0247323;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346671;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 57433619 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.835;QD=57.3851;RBI=0.0137857;REFB=0;REVB=-0.0130545;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02491e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr19 57641146 . A G 107.68 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00633407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.14;QD=18.7272;RBI=0.018747;REFB=-0.0255011;REVB=0.0176445;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322509;STB=0.68602;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0214922;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:23:10:10:12:13:0.565217:6:6:9:1:7:6:9:1 chr19 57641799 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0248906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.792;QD=12.0157;RBI=0.0290779;REFB=0.00787359;REVB=0.0150327;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.010327;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr19 57642782 . C A 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4439;QD=61.3247;RBI=0.0183107;REFB=0;REVB=-0.0111549;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230955;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 57643051 . G A 357.24 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0794494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1436;QD=16.8112;RBI=0.079907;REFB=-0.0112498;REVB=0.00853909;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116015;STB=0.565183;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0213556;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:15:23:23:24:15:23:23:24 chr19 57643099 . G A 253.62 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0676472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.084;QD=17.4909;RBI=0.0692424;REFB=0.00210094;REVB=-0.0147771;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049778;STB=0.519986;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00480858;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:12:16:15:14:12:16:16:14 chr19 57647015 . A G 210.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0159569;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9138;QD=17.9455;RBI=0.0179928;REFB=-0.0231463;REVB=-0.00831372;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283269;STB=0.507929;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0211723;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:25:26:21:21:0.446809:7:14:16:9:7:14:17:9 chr19 57647236 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0229318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.776;QD=11.1851;RBI=0.0240891;REFB=-0.0074893;REVB=-0.00737683;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241995;STB=0.634001;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0185302;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:6:13:16:18:6:13:17:18 chr19 57649901 . G A 205.37 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0301063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.247;QD=12.8357;RBI=0.0328728;REFB=-0.0163149;REVB=0.0131997;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335915;STB=0.502536;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0265648;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:36:39:25:25:0.390625:11:14:19:17:11:14:22:17 chr19 57649940 . A T 151.04 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0257433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.851;QD=11.1883;RBI=0.0293559;REFB=9.00182e-05;REVB=0.0141085;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107906;STB=0.563041;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000146164;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:20:15:10:9:20:15 chr19 57742472 . G C 647.84 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7831;QD=61.6988;RBI=0.131715;REFB=0;REVB=0.109919;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196377;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr19 57742489 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.11;QD=59.4348;RBI=0.0642151;REFB=0;REVB=0.0641572;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396025;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 248.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279531;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=14;MLLD=413.121;QD=45.183;RBI=0.0244122;REFB=0;REVB=0.0242516;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.93033e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:22:22:0:8:14:0:0:5:0:8:13:0:0 chr19 57772744 . GGTGT G 101.31 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.032021;FXX=0.0999667;HRUN=2;LEN=4;MLLD=290.424;QD=15.0087;RBI=0.0350126;REFB=-0.0197252;REVB=0.0141611;RO=12;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598686;STB=0.844895;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0140345;OID=.;OPOS=57772745;OREF=GTGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:14:30:14:27:13:1:13:7:6:89:12:1:13:7:5 chr19 57773447 . T G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0062514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.502;QD=21.5459;RBI=0.00846595;REFB=-0.01371;REVB=-0.00570897;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175524;STB=0.59985;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0105239;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:5:5:4:10:5:5 chr19 57868336 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.148;QD=53.2705;RBI=0.00960472;REFB=0;REVB=0.00762905;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37776e-05;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 57876533 . T G 440.42 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0189889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0608;QD=19.5742;RBI=0.027839;REFB=-0.00932215;REVB=-0.0203577;RO=45;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510336;STB=0.533789;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0188503;OID=.;OPOS=57876533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:46:44:44:0.488889:21:23:21:24:21:23:21:25 chr19 57909872 . G A 1027.41 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397309;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.369;QD=59.5599;RBI=0.00548889;REFB=0;REVB=0.00378714;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216595;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr19 57955719 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00423149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.181;QD=19.2766;RBI=0.00434885;REFB=-0.00555967;REVB=-0.00100348;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146722;STB=0.581721;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00496111;OID=.;OPOS=57955719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:15:18:13:21:15:18 chr19 57955729 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00107967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.574;QD=18.9018;RBI=0.00963701;REFB=-0.0133325;REVB=-0.00957634;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106583;STB=0.559405;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0180009;OID=.;OPOS=57955729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:14:20:16:18:14:20:16:18 chr19 57955971 . C T 216.61 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.00280783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.86;QD=13.3298;RBI=0.00481829;REFB=-0.0175701;REVB=-0.00391561;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212657;STB=0.61997;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0264214;OID=.;OPOS=57955971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:31:8:10:16:31:8 chr19 57956186 . T C 369.59 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0270216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.746;QD=22.3994;RBI=0.0271514;REFB=-0.018;REVB=-0.00265122;RO=28;SAF=24;SAR=13;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357632;STB=0.688897;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0292795;OID=.;OPOS=57956186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:13:24:5:23:13:24:6:23 chr19 57956706 . G A 222.66 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0135291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5057;QD=14.844;RBI=0.0258824;REFB=-0.00720457;REVB=-0.0220649;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924233;STB=0.55878;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0142032;OID=.;OPOS=57956706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:15:11:11:22:15:11:11:23 chr19 57956828 . T G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9237;QD=57.1044;RBI=0.0604898;REFB=0;REVB=0.0589097;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612445;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 57967049 . G T 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0113048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.795;QD=19.9667;RBI=0.0125032;REFB=-0.00618014;REVB=-0.00534148;RO=26;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144898;STB=0.58047;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00953139;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:15:14:17:9:15:14:17:9 chr19 57967133 . G A 142.59 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0137615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4463;QD=14.2592;RBI=0.0159913;REFB=-0.008499;REVB=-0.00814512;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0125008;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:15:9:8:8:15:9 chr19 57984426 . C A 297.26 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0196585;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.677;QD=20.1532;RBI=0.0226635;REFB=-0.00598557;REVB=0.0112772;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442158;STB=0.524574;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00641134;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:13:15:15:16:13:15 chr19 57984918 . A G 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00580427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.551;QD=13.4052;RBI=0.0233203;REFB=-0.0112617;REVB=0.0225864;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712617;STB=0.540947;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0209468;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:14:20:15:8:14:20 chr19 57985460 . T A 813.08 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0546265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.578;QD=55.1237;RBI=0.0933314;REFB=-0.151283;REVB=-0.0756749;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00179982;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:56:58:0.983051:35:21:0:1:35:23:0:1 chr19 57985566 . G C 1434.57 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.222;QD=63.0582;RBI=0.0207862;REFB=0;REVB=0.0199869;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12973e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:39:50:0:0:40:51:0:0 chr19 57987905 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0160498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.568;QD=12.0972;RBI=0.0180098;REFB=-0.0177124;REVB=0.00817061;RO=46;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224518;STB=0.628651;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0270462;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:15:12:30:16:15:12:30:16 chr19 57988666 . A AGCC 111.81 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0214785;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.392;QD=12.4237;RBI=0.0275857;REFB=-0.0290004;REVB=-0.0173103;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296676;STB=0.667733;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.0678278;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:12:37:14:36:22:9:5:8:14:99:25:8:4:10:15 chr19 58001512 . T A 239.7 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00389118;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.69;QD=15.4646;RBI=0.0134047;REFB=0.000319609;REVB=0.0128275;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421879;STB=0.523448;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000593395;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:18:17:12:15:18:17 chr19 58002964 . G C 509.55 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0572429;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8064;QD=16.7065;RBI=0.0576212;REFB=-0.0132096;REVB=0.00659193;RO=67;SAF=22;SAR=33;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193402;STB=0.607804;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00758836;OID=.;OPOS=58002964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:67:67:55:55:0.45082:33:22:40:27:33:22:40:27 chr19 58003140 . C CG 200.99 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115939;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.4471;QD=44.6632;RBI=0.0182875;REFB=0;REVB=0.0182507;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000416366;OID=.;OPOS=58003141;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:18:18:0:3:15:0:0:4:17:1:1:3:14 chr19 58003141 . A G 177.47 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.085336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9525;QD=39.4373;RBI=0.0856977;REFB=-0.0530532;REVB=-0.0078652;RO=2;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150291;STB=0.583217;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00519067;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:14:2:1:1:14:2:1:1 chr19 58003488 . A G 291.99 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0214756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9135;QD=21.6285;RBI=0.0592696;REFB=-0.0212067;REVB=0.0552421;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107976;STB=0.559959;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0309576;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:11:13:20:10:11:13 chr19 58003580 . A G 1863.55 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659966;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.77;QD=61.6051;RBI=0.00920166;REFB=0;REVB=0.00641211;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76394e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:60:61:0:0:60:61:0:0 chr19 58003613 . C T 1689.97 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.582;QD=60.3561;RBI=0.0430486;REFB=0;REVB=0.0263321;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146897;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:65:45:0:0:65:47:0:0 chr19 58004346 . G C 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0324;QD=63.8504;RBI=0.0335316;REFB=0;REVB=-0.0100086;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150512;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr19 58004931 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.716;QD=33.4285;RBI=0.0377236;REFB=0;REVB=-0.0317134;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00605583;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 58011447 . C T 37.95 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0218121;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.637;QD=7.58993;RBI=0.0240258;REFB=0.00154147;REVB=0.0100733;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.649545;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00188644;OID=.;OPOS=58011447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:3:3:4:10:3:3:4:10 chr19 58038964 . T A 1834.75 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.051;QD=60.6528;RBI=0.114058;REFB=0;REVB=0.110424;RO=1;SAF=72;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100966;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:121:1:0:114:121:1:42:72:1:0:45:76:0:0 chr19 58048951 . C T 197.35 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0054822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.454;QD=26.3129;RBI=0.014397;REFB=-0.0265634;REVB=0.0133124;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102358;STB=0.556719;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00896269;OID=.;OPOS=58048951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:3:8:11:8:3:8 chr19 58049243 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0130804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.862;QD=11.5762;RBI=0.0242681;REFB=-0.00301666;REVB=-0.0204412;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294405;STB=0.525779;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00832652;OID=.;OPOS=58049243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:10:13:21:18:10:13:21:19 chr19 58058536 . A G 251.77 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0488772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.925;QD=14.81;RBI=0.0602793;REFB=-0.00870038;REVB=-0.035279;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562629;STB=0.544525;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00825979;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:28:29:0.426471:10:18:27:12:11:18:27:12 chr19 58117083 . A G 279.68 PASS AF=0.470588;AO=28;DP=63;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.020797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.507;QD=16.4515;RBI=0.0360323;REFB=-0.0160746;REVB=0.0294247;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.512931;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0156353;OID=.;OPOS=58117083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:34:36:28:32:0.470588:12:16:18:16:15:17:20:16 chr19 58117223 . T A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.032;QD=53.9101;RBI=0.0505725;REFB=0;REVB=0.0101245;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505921;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 58144715 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00356783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.268;QD=17.4276;RBI=0.0413672;REFB=-0.0112293;REVB=-0.0412131;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0116789;OID=.;OPOS=58144715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:13:10:10:9:13:10 chr19 58145230 . C T 288.56 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.010544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.517;QD=20.9859;RBI=0.0230316;REFB=-0.00674121;REVB=-0.0204764;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551097;STB=0.530542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0162073;OID=.;OPOS=58145230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:10:15:16:14:10:15 chr19 58151286 . T C 621.69 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0109358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.827;QD=25.1188;RBI=0.015794;REFB=-0.0199388;REVB=-0.0113955;RO=43;SAF=34;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212968;STB=0.511659;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0285544;OID=.;OPOS=58151286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:22:34:25:18:22:34:25:18 chr19 58151338 . TG T 218.36 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0245215;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.06;QD=13.0366;RBI=0.0245407;REFB=-0.0129057;REVB=0.000969947;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121228;STB=0.584128;STBP=0.27;TYPE=del;VARB=0.0177246;OID=.;OPOS=58151339;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:26:69:26:67:41:11:15:23:18:99:39:11:15:21:18 chr19 58152361 . T A 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00935353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.238;QD=24.3885;RBI=0.0306442;REFB=-0.0235694;REVB=0.0291818;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179131;STB=0.5999;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.024284;OID=.;OPOS=58152361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:5:9:8:12:5:9 chr19 58152795 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0243053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.971;QD=17.7317;RBI=0.0352476;REFB=-0.00812513;REVB=-0.0255274;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211913;STB=0.621118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0085864;OID=.;OPOS=58152795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:8:11:6:11:8:11 chr19 58152817 . G C 139.17 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0302799;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0143;QD=15.4638;RBI=0.0382888;REFB=-0.0485297;REVB=0.0234342;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0278202;OID=.;OPOS=58152817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:21:15:15:0.416667:6:9:9:9:5:10:10:11 chr19 58153000 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00936863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.413;QD=16.3858;RBI=0.0485731;REFB=-0.0106414;REVB=-0.0476611;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.592997;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00380772;OID=.;OPOS=58153000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:5:3:2:7:5:3 chr19 58153009 . C T 83.29 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0167577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.106;QD=20.8227;RBI=0.0782436;REFB=-0.0582854;REVB=0.076428;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.514676;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0409916;OID=.;OPOS=58153009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:2:7:4:2:3:7:4:2 chr19 58153081 . C T 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00405731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.386;QD=25.2869;RBI=0.0136305;REFB=-0.0336379;REVB=0.0130127;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107386;STB=0.559926;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0125576;OID=.;OPOS=58153081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:3:6:8:8:3:6 chr19 58213952 . C A 380.87 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0281528;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6133;QD=13.364;RBI=0.028922;REFB=0.0147631;REVB=-0.00662591;RO=70;SAF=25;SAR=20;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161133;STB=0.587488;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0215478;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:70:69:45:45:0.394737:20:25:49:21:20:25:48:21 chr19 58258466 . G T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0186851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.432;QD=21.227;RBI=0.0222894;REFB=-0.00152464;REVB=-0.0121525;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167225;STB=0.593154;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000934361;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:20:9:12:12:20:9:12:12 chr19 58301766 . TG T 452.22 PASS AF=0.51875;AO=76;DP=159;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.154594;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4862;QD=11.3056;RBI=0.163282;REFB=-0.0235668;REVB=-0.0525523;RO=75;SAF=37;SAR=39;SRF=42;SRR=33;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.0659433;STB=0.525239;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.0129134;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.51875:76:159:83:160:77:42:41:43:34:99:75:37:39:42:33 chr19 58352522 . G A 331.35 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0113478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.463;QD=16.1636;RBI=0.0121021;REFB=-0.00642221;REVB=-0.00420577;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814102;STB=0.54574;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00618708;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:19:17:18:28:19:17:18:28 chr19 58374130 . C T 131.44 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00519748;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.504;QD=13.4809;RBI=0.050959;REFB=-0.00299023;REVB=-0.0506932;RO=25;SAF=14;SAR=1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49123;STB=0.807146;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00320549;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:24:15:15:0.384615:1:14:17:8:1:14:16:8 chr19 58385748 . G A 126.22 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00538575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.941;QD=20.1956;RBI=0.0389687;REFB=-0.0947442;REVB=-0.0385948;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110077;STB=0.585674;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0654692;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:10:11:14:14:0.56:5:9:5:5:5:9:5:6 chr19 58385954 . T C 63.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00289641;FXX=0.09995;HRUN=8;LEN=1;MLLD=77.4538;QD=14.026;RBI=0.0267953;REFB=-0.0138017;REVB=-0.0266383;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00659137;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:18:7:10:8:8:0.444444:4:4:4:3:4:4:6:4 chr19 58439306 . G A 127.89 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00609964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.655;QD=11.8969;RBI=0.00626422;REFB=0.000630913;REVB=-0.00142649;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423436;STB=0.735004;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00156574;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:28:15:15:0.348837:5:10:7:20:5:10:8:20 chr19 58455381 . C T 1132.56 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.886;QD=60.4033;RBI=0.0783617;REFB=0;REVB=0.00801662;RO=0;SAF=12;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150854;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:63:75:1:51:12:0:0:51:24:0:0 chr19 58578429 . C T 138.54 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0415188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0291;QD=11.7907;RBI=0.0439964;REFB=-0.0100378;REVB=0.0145559;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360574;STB=0.710418;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0311333;OID=.;OPOS=58578429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:9:22:6:10:9:22 chr19 58600048 . C T 149.88 PASS AF=0.517241;AO=8;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0162709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.645;QD=20.673;RBI=0.0493049;REFB=-0.0805843;REVB=0.0465428;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.668272;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0554527;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:9:11:8:15:0.517241:4:4:6:3:11:4:7:4 chr19 58718360 . A AG 135.89 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.8174;QD=31.9749;RBI=0.145306;REFB=0;REVB=-0.105418;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00288586;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:19:17:17:0:10:7:0:0:3:4:8:6:3:1 chr19 58864479 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.838;QD=60.6088;RBI=0.0181631;REFB=0;REVB=0.0173585;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122977;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr19 58870087 . TG T 886.99 PASS AF=1;AO=70;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157295;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9412;QD=46.0776;RBI=0.0408643;REFB=0;REVB=-0.040834;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=-0.0133173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00185525;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:79:77:77:0:38:39:0:0:15:1:35:35:1:0 chr19 58870765 . TAAAAA TAAAAG,TAAAA 49.18 PASS AF=0.05,0.25;AO=2,13;DP=41;FAO=2,10;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=2,4;FSAR=0,6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0245022,-0.00530933;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=69.3493,10.4827;QD=4.91787;RBI=0.0349723,0.0361331;REFB=-0.0278389,-0.131147;REVB=-0.0249541,-0.0357409;RO=21;SAF=2,3;SAR=0,10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.535809,-0.243042;STB=0.995695,0.505484;STBP=0.094,0.993;TYPE=snp,del;VARB=0.139278,0.176887;OID=.,.;OPOS=58870770,58870766;OREF=A,A;OALT=G,-;OMAPALT=TAAAAG,TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.25:2,13:41:2,10:40:28:2,4:0,6:11:17:40:21:2,3:0,10:9:12 chr19 58879965 . A G 173.14 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.098;QD=46.1705;RBI=0.224767;REFB=0;REVB=0.223019;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193151;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:9:15:1:0:9:0:0:3:12:0:0 chr19 58879976 . CC AT,TC 237.32 PASS AF=0.136364,0.772727;AO=3,18;DP=23;FAO=3,17;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=3,14;FSAR=0,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0374774,0.0633924;FXX=0.0434594;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=61.9162,141.986;QD=43.1484;RBI=0.0706235,0.0716069;REFB=-0.0713433,-0.0548101;REVB=-0.0598593,0.0333008;RO=1;SAF=3,15;SAR=0,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0296514;STB=0.5,0.533296;STBP=1,0.642;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0511897,0.0149888;OID=.,.;OPOS=58879976,58879976;OREF=CC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:23:22:1:2:3,18:3,17:0.136364,0.772727:0,3:3,15:1:0:0,3:3,14:2:0 chr19 58880016 . G C 172.56 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0110001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.227;QD=26.5478;RBI=0.0114226;REFB=-0.0723491;REVB=0.00307801;RO=8;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186774;STB=0.632264;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0342458;OID=.;OPOS=58880016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:8:9:17:17:0.653846:4:13:4:4:4:13:4:5 chr19 58880184 . T C 447.74 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0225383;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.352;QD=18.0904;RBI=0.0384108;REFB=-0.0196375;REVB=-0.0311032;RO=49;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135776;STB=0.548366;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0268112;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:54:45:45:0.454545:24:21:30:19:24:21:30:24 chr19 58880242 . T C 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00725725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.453;QD=19.7145;RBI=0.0124575;REFB=-0.0155421;REVB=0.0101252;RO=49;SAF=21;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958318;STB=0.558257;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0105525;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:26:21:27:22:26:21:28:22 chr19 58898193 . C T 62.4 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0178138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.566;QD=7.79956;RBI=0.0323618;REFB=-0.00368294;REVB=0.0270177;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348312;STB=0.726653;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0110151;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:1:8:16:7:1:8:16:7 chr19 58928786 . A G 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0106208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.831;QD=10.6451;RBI=0.0110169;REFB=-0.012362;REVB=-0.00292748;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172357;STB=0.600584;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0152157;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:23:15:11:9:23:15 chr19 58929052 . G A 96.56 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0221269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7905;QD=12.4594;RBI=0.0315105;REFB=-0.0449513;REVB=-0.0224346;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0643728;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr19 58929136 . G A 39.6 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0931373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.308;QD=13.1997;RBI=0.0950291;REFB=-0.0241441;REVB=0.0188673;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510241;STB=0.799197;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0380609;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:2:3:0:6:2:4:0:6 chr19 58945962 . C T 747.93 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784403;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.982;QD=56.4472;RBI=0.0625531;REFB=0;REVB=0.0620593;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043242;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:40:53:1:17:23:0:0:25:28:0:0 chr19 58951123 . T C 541.92 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00950322;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.46;QD=22.1193;RBI=0.0105182;REFB=-0.00781308;REVB=0.0045078;RO=47;SAF=33;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105613;STB=0.558352;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00785314;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:47:51:51:0.520408:18:33:25:22:18:33:25:22 chr19 58966644 . A T 436.37 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0269123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.88;QD=21.2862;RBI=0.0273527;REFB=-0.0239076;REVB=-0.00488853;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674146;STB=0.53722;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0174598;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:22:21:16:23:22:21:16:23 chr19 58968875 . A C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00460379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.763;QD=7.32293;RBI=0.0454942;REFB=-0.0337574;REVB=-0.0452607;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.74925;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00883932;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:4:10:2:4:4:10 chr19 58969179 . C A 159.43 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0145193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.655;QD=26.5721;RBI=0.0328086;REFB=-0.00396091;REVB=0.029421;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446335;STB=0.749687;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00144923;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:24:8:8:14:16:0.666667:10:4:8:0:12:4:8:0 chr19 58982384 . A G 1522.51 PASS AF=1;AO=83;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.478;QD=62.784;RBI=0.0682153;REFB=0;REVB=0.0289126;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123616;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:83:97:1:50:33:0:0:51:46:0:0 chr19 58982386 . A G 59.27 PASS AF=0.141414;AO=13;DP=99;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0640536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.6042;QD=2.39476;RBI=0.0643419;REFB=-0.0226306;REVB=0.00608402;RO=86;SAF=12;SAR=1;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62526;STB=0.936829;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.196285;OID=.;OPOS=58982386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:99:99:86:85:13:14:0.141414:1:12:34:52:1:13:33:52 chr19 58989495 . A C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0614812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.387;QD=20.738;RBI=0.0638787;REFB=-0.0072405;REVB=0.0173364;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939211;STB=0.553131;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00502363;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:7:9:12:6:7:9 chr19 58991900 . G A 564.61 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00543463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7098;QD=15.7932;RBI=0.00970025;REFB=-0.0190396;REVB=-0.00803489;RO=82;SAF=26;SAR=35;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260378;STB=0.514581;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0237077;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:35:26:37:45:35:26:37:45 chr19 59059729 . G A 533.39 PASS AF=0.483333;AO=55;DP=118;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0131368;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4681;QD=17.7798;RBI=0.0501621;REFB=-0.0189385;REVB=0.0484114;RO=62;SAF=35;SAR=20;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238182;STB=0.611359;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0387864;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:62:62:55:58:0.483333:20:35:24:38:23:35:24:38 chr19 59082605 . C T 244.26 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0105881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.338;QD=17.4468;RBI=0.0107524;REFB=-0.00736391;REVB=-0.00187245;RO=28;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306748;STB=0.511065;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0152443;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:7:20:20:8:7:20:21:8 chr20 76962 . T C 836.85 PASS AF=0.983607;AO=51;DP=55;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.154116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.434;QD=54.8757;RBI=0.158044;REFB=-0.127667;REVB=0.0350154;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00114406;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:61:0:1:51:60:0.983607:17:34:0:0:20:40:1:0 chr20 126310 . ACC A 388.87 PASS AF=0.46875;AO=58;DP=129;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0264417;FXX=0.00775134;HRUN=5;LEN=2;MLLD=36.905;QD=12.152;RBI=0.0912652;REFB=-0.000769191;REVB=0.0873509;RO=55;SAF=44;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205816;STB=0.642806;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.00235098;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:58:129:60:128:68:45:15:35:33:99:55:44:14:31:24 chr20 138178 . GCCT GCT,GCTG 939.18 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=58,3;DP=61;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457928,-0.0203617;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=29.3974,6.98838;QD=56.9202;RBI=0.0458196,0.0261072;REFB=0,0;REVB=-0.00156654,0.0163398;RO=0;SAF=28,3;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00681971,-0.0624845;OID=.,.;OPOS=138179,138180;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:58,3:61:63,3:66:0:31,3:32,0:0:0:9:0:28,3:30,0:0:0 chr20 168728 . T A 1171.81 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00153864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.89;QD=55.1441;RBI=0.00478247;REFB=-0.130889;REVB=0.0045282;RO=5;SAF=40;SAR=40;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333487;STB=0.517643;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00221716;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:85:85:5:5:80:80:0.941176:40:40:4:1:40:40:4:1 chr20 210306 . C G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0290695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.875;QD=11.4381;RBI=0.032524;REFB=-0.00701751;REVB=-0.0145868;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494956;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0220972;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:10:14:7:6:10:14 chr20 238435 . CTGGTCT C 670.68 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021121;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=6;MLLD=282.146;QD=62.3884;RBI=0.0306616;REFB=0;REVB=0.022227;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.64798e-05;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:43:43:0:12:31:0:0:4:0:12:30:0:0 chr20 256727 . T A 256.89 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0314065;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.753;QD=21.4076;RBI=0.0480218;REFB=0.00344045;REVB=0.036328;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307934;STB=0.543441;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00114092;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:24:25:24:0.5:10:15:13:10:9:15:13:11 chr20 257733 . A G 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0285813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.508;QD=28.9118;RBI=0.0347914;REFB=-0.0273954;REVB=-0.0198382;RO=15;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525132;STB=0.528979;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0140744;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:7:19:10:5:7:19:10:5 chr20 259818 . G A 1045.56 PASS AF=0.450413;AO=106;DP=240;FAO=109;FDP=242;FR=.;FRO=133;FSAF=74;FSAR=35;FSRF=84;FSRR=49;FWDB=0.0322128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2485;QD=17.282;RBI=0.07408;REFB=-0.0173797;REVB=0.0667097;RO=134;SAF=74;SAR=32;SRF=84;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816763;STB=0.529196;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0245022;OID=.;OPOS=259818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:242:134:133:106:109:0.450413:32:74:84:50:35:74:84:49 chr20 259969 . G C 868.69 PASS AF=0.457711;AO=91;DP=200;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=0.0156712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.591;QD=17.2873;RBI=0.0159236;REFB=-0.0252914;REVB=-0.00282399;RO=109;SAF=46;SAR=45;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118152;STB=0.562176;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0202946;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:109:109:91:92:0.457711:45:46:42:67:46:46:42:67 chr20 271225 . T A 37.41 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0793455;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=47.1359;QD=11.5094;RBI=0.0938254;REFB=0.0105905;REVB=-0.0500749;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0523765;OID=.;OPOS=271225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:2:4:3:3:3:4 chr20 278806 . C T 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00192916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.377;QD=10.3803;RBI=0.023549;REFB=-0.00759795;REVB=-0.0234699;RO=36;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164254;STB=0.597291;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0128795;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:6:12:19:17:6:12:19:17 chr20 279483 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00426125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.501;QD=23.5283;RBI=0.00485634;REFB=-0.00304131;REVB=0.00232933;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00280042;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:8:7:10:10:8:7 chr20 371972 . T C 1486.5 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0338;QD=58.2943;RBI=0.0134714;REFB=0.0698477;REVB=-0.0134187;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00347094;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:100:101:0.990196:43:57:0:0:43:58:0:1 chr20 377226 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0182106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.101;QD=17.2298;RBI=0.0519802;REFB=-0.0213068;REVB=0.0486859;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260084;STB=0.655787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00931595;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:4:2:1:7:4:2 chr20 397928 . C T 320.8 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0143614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0812;QD=21.3868;RBI=0.0162058;REFB=0.0012868;REVB=0.00750855;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136876;STB=0.575712;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00191769;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:14:19:11:16:14:19:11:16 chr20 397940 . C T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00260636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.893;QD=13.9112;RBI=0.0262378;REFB=-0.00649238;REVB=-0.026108;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15687;STB=0.590079;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0104329;OID=.;OPOS=397940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:18:13:12:9:18:13 chr20 590542 . CG GC 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051747;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.742;QD=39.2068;RBI=0.0558953;REFB=0;REVB=-0.0211313;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00139787;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr20 741847 . A G 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000694943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.75;QD=25.0383;RBI=0.0343397;REFB=-0.0186129;REVB=-0.0343327;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302;STB=0.516766;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.014138;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:10:10:12:14:10:10 chr20 744570 . G A 998.2 PASS AF=0.623188;AO=86;DP=142;FAO=86;FDP=138;FR=.;FRO=52;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=10;FWDB=-0.0123527;FXX=0.0416638;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.095;QD=28.9333;RBI=0.0133537;REFB=-0.0353565;REVB=0.00507271;RO=48;SAF=55;SAR=31;SRF=41;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162807;STB=0.57144;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0204511;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:138:48:52:86:86:0.623188:31:55:41:7:31:55:42:10 chr20 745963 . G A 203.18 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00456385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.117;QD=21.9653;RBI=0.0147008;REFB=-0.0177348;REVB=0.0139745;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124868;STB=0.585828;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0112357;OID=.;OPOS=745963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:7:13:8:8:7:13:8:9 chr20 825678 . T C 733.72 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0182969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2444;QD=51.4893;RBI=0.018429;REFB=-0.111823;REVB=-0.00220258;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784626;STB=0.515269;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00334643;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:57:2:3:54:54:0.947368:21:33:1:1:21:33:1:2 chr20 826492 . G C 1084.27 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00112396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.602;QD=58.6094;RBI=0.00828828;REFB=-0.110349;REVB=0.00821172;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.509431;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000485279;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:47:26:0:0:47:26:1:0 chr20 826710 . C T 218.43 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0461912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4985;QD=39.7137;RBI=0.0468213;REFB=-0.0221744;REVB=0.00765579;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130661;STB=0.553134;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0239805;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:13:6:2:0:13:6:2:1 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 576.5 PASS AF=0,1,0;AO=6,9,23;DP=43;FAO=0,40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.386884,-0.119214,-0.515186;FXX=0.0243843;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=15.3898,22.9257,18.4436;QD=57.6495;RBI=0.476468,0.120642,0.57148;REFB=0,0,0;REVB=-0.278104,-0.0185122,0.24733;RO=0;SAF=0,4,21;SAR=6,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.63689e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00471943,0.016821;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,9,23:43:0,40,0:40:0:0,29,0:0,11,0:0:0:4:0:0,4,21:6,5,2:0:0 chr20 854940 . T C 713.16 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3956;QD=60.6947;RBI=0.0521984;REFB=-0.010937;REVB=0.0444182;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000577909;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:16:29:0:1:17:29:0:1 chr20 939130 . T A 271.56 PASS AF=0.490196;AO=28;DP=57;FAO=25;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0167556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5565;QD=21.2985;RBI=0.0614384;REFB=-0.0960295;REVB=0.0591094;RO=18;SAF=22;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163621;STB=0.56259;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0020704;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:51:18:20:28:25:0.490196:6:22:11:7:6:19:13:7 chr20 939161 . A G 288.03 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0731052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9826;QD=25.0463;RBI=0.0932393;REFB=0.0313885;REVB=0.0578723;RO=20;SAF=19;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163698;STB=0.591365;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0175663;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:7:19:11:9:7:19:11:9 chr20 1099523 . T G 290.37 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00712404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.377;QD=14.1644;RBI=0.00935897;REFB=-0.00941926;REVB=-0.00606946;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165181;STB=0.587576;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.01698;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:19:14:28:20:19:14:28:21 chr20 1115919 . A G 157.97 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.017975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2189;QD=25.2746;RBI=0.0183697;REFB=-0.0465389;REVB=-0.00378785;RO=9;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226843;STB=0.627735;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0333263;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:12:4:5:4:12:4:5:4 chr20 1210647 . T C 133.42 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00152343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.644;QD=16.6775;RBI=0.0108246;REFB=-0.0170035;REVB=-0.0107169;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338505;STB=0.693625;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0361081;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:12:5:10:5:12:5 chr20 1214814 . A C 206.96 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0687844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2443;QD=18.3961;RBI=0.0691708;REFB=-0.0452142;REVB=-0.00730141;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178323;STB=0.600747;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.04927;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:16:8:11:10:16:8 chr20 1221038 . T C 244.09 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00136628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.844;QD=18.7761;RBI=0.0218504;REFB=-0.00915752;REVB=0.0218077;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00893488;OID=.;OPOS=1221038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:13:13:14:12:13:13 chr20 1285933 . G A 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.069;QD=61.8671;RBI=0.0380994;REFB=0.0709589;REVB=0.0169446;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977435;STB=0.505153;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-6.32431e-05;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:48:44:0:1:48:44:0:1 chr20 1291076 . G C 819.65 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.026;QD=57.5194;RBI=0.086088;REFB=0;REVB=0.0178063;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111878;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:1:0:52:57:1:32:20:1:0:32:25:0:0 chr20 1293008 . C T 1302.7 PASS AF=0.913462;AO=95;DP=104;FAO=95;FDP=104;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00176832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.266;QD=50.1039;RBI=0.0140288;REFB=-0.0718079;REVB=0.0139169;RO=2;SAF=29;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141523;STB=0.52503;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00110846;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:2:9:95:95:0.913462:66:29:0:2:66:29:5:4 chr20 1293259 . C T 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00868239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.653;QD=15.6444;RBI=0.0173056;REFB=-0.000960481;REVB=-0.0149699;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400021;STB=0.522831;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00115754;OID=.;OPOS=1293259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:13:16:13:9:13:16 chr20 1298794 . G A 708.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4148;QD=62.9453;RBI=0.0178202;REFB=0;REVB=9.03082e-05;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194755;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr20 1424303 . G A 593.84 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000656776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8473;QD=57.9354;RBI=0.005795;REFB=0;REVB=0.00575767;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892339;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:1:0:39:41:1:13:26:0:1:14:27:0:0 chr20 1426393 . C T 2083.74 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.594;QD=62.6688;RBI=0.0573434;REFB=0;REVB=-0.00372337;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123909;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr20 1457910 . C A 1669.24 PASS AF=0.991228;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331095;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.727;QD=58.5698;RBI=0.0338506;REFB=-0.106315;REVB=0.00704434;RO=1;SAF=40;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117188;STB=0.505746;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000883036;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:114:1:1:109:113:0.991228:69:40:1:0:70:43:1:0 chr20 1459060 . T G 891.86 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1753;QD=57.5396;RBI=0.0365343;REFB=0;REVB=0.0350676;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859432;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr20 1532595 . T C 1703.35 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.925;QD=60.2957;RBI=0.0372122;REFB=0;REVB=0.0127006;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011146;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:56:56:0:0:57:56:0:0 chr20 1546911 . C G 769.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.621;QD=56.982;RBI=0.0537204;REFB=0;REVB=0.0537005;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132891;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr20 1551485 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5695;QD=60.6086;RBI=0.0656757;REFB=0;REVB=0.0628864;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133065;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr20 1552430 . T C 3964.86 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122594;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.637;QD=62.1938;RBI=0.0213061;REFB=0;REVB=0.0174258;RO=0;SAF=113;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183197;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:255:0:0:252:255:1:139:113:0:0:139:116:0:0 chr20 1559101 . T G 5010.58 PASS AF=1;AO=318;DP=318;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141563;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.486;QD=63.0262;RBI=0.0230972;REFB=0;REVB=0.0182504;RO=0;SAF=161;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59335e-05;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:318:318:0:0:318:318:1:157:161:0:0:157:161:0:0 chr20 1610894 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.651;QD=59.4347;RBI=0.0227973;REFB=0;REVB=-0.0154134;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00499e-06;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr20 1610939 . G A 485.01 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0012166;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.025;QD=53.8898;RBI=0.0102443;REFB=-0.0820197;REVB=0.0101718;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00542194;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:1:2:34:34:0.944444:15:19:1:0:15:19:1:1 chr20 1615959 . T C 1358.4 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9655;QD=62.4554;RBI=0.0531042;REFB=0;REVB=0.052938;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185743;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr20 1616137 . G A 3181.74 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8729;QD=61.7813;RBI=0.0550898;REFB=0;REVB=-0.0421956;RO=0;SAF=112;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82567e-05;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:94:112:0:0:94:112:0:0 chr20 1616206 . A G 2095.74 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105148;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.975;QD=62.5594;RBI=0.017381;REFB=0;REVB=-0.0138397;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38904e-05;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:132:134:1:66:66:0:0:68:66:0:0 chr20 1616892 . A G 2496.48 PASS AF=1;AO=158;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248318;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.783;QD=61.6415;RBI=0.0288176;REFB=0;REVB=-0.0146232;RO=0;SAF=85;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49866e-05;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:158:162:1:73:85:0:0:77:85:0:0 chr20 1959939 . G A 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.23;QD=63.7501;RBI=0.0030912;REFB=0;REVB=-0.00265699;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58591e-06;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr20 2082767 . G A 91.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0228606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9513;QD=17.3953;RBI=0.0229956;REFB=0.001183;REVB=-0.00248795;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281505;STB=0.660746;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0058706;OID=.;OPOS=2082767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:2:8:5:6:2:8 chr20 2097688 . T C 245.78 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00149159;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.909;QD=16.3852;RBI=0.012824;REFB=-0.0156372;REVB=0.012737;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157544;STB=0.545421;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0177073;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:32:26:28:0.466667:8:18:18:15:10:18:18:14 chr20 2127684 . C T 874.2 PASS AF=0.473404;AO=88;DP=187;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.00734656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1157;QD=18.6001;RBI=0.0135958;REFB=-0.0153978;REVB=0.01144;RO=99;SAF=45;SAR=43;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102645;STB=0.553421;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0186703;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:99:99:88:89:0.473404:43:45:40:59:44:45:40:59 chr20 2127930 . C T 205.61 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0318295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3453;QD=13.0548;RBI=0.0377689;REFB=-0.023054;REVB=0.0203316;RO=38;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152087;STB=0.562448;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.038224;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:24:25:0.396825:18:6:14:24:18:7:14:24 chr20 2290333 . C A 470.24 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260481;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.026;QD=58.7805;RBI=0.0291505;REFB=0;REVB=0.0130863;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154444;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr20 2321105 . G C 1274.41 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0121195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.436;QD=59.2751;RBI=0.0227438;REFB=0.0852938;REVB=-0.0192457;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145713;STB=0.50293;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000222874;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:52:32:1:0:52:32:1:1 chr20 2375262 . A G 1586.63 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.415;QD=63.4653;RBI=0.0333065;REFB=0;REVB=-0.0296899;RO=0;SAF=29;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87026e-05;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:97:100:1:68:29:0:0:70:30:0:0 chr20 2380323 . G A 332.48 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0229912;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1571;QD=19.2742;RBI=0.137747;REFB=-0.0672101;REVB=-0.135815;RO=22;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100964;STB=0.65329;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0591532;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:22:33:35:36:0.521739:10:25:13:9:10:26:14:19 chr20 2539387 . G A 811.48 PASS AF=0.982759;AO=42;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4006;QD=55.9638;RBI=0.215541;REFB=-0.0799482;REVB=0.214978;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00511927;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:42:57:0.982759:19:23:0:1:34:23:0:1 chr20 2559795 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000494922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.264;QD=9.10008;RBI=0.0644673;REFB=0.00163815;REVB=0.0644654;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.552731;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00506924;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:12:7:4:5:12:7 chr20 2591232 . C T 310.06 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0284272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.938;QD=16.1071;RBI=0.0297604;REFB=-0.0117389;REVB=0.00880786;RO=41;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751388;STB=0.530403;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0167404;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:43:34:34:0.441558:14:20:21:20:14:20:23:20 chr20 2593863 . T C 679.45 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.000814613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.787;QD=19.4127;RBI=0.00963378;REFB=-0.004746;REVB=-0.00959928;RO=71;SAF=45;SAR=23;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142512;STB=0.505143;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00469471;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:72:68:68:0.485714:23:45:46:25:23:45:47:25 chr20 2618140 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.879;QD=62.0219;RBI=0.0207957;REFB=0;REVB=-0.014615;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43092e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr20 2621998 . T C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00343148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.786;QD=24.0303;RBI=0.00460374;REFB=0.00712489;REVB=0.0030691;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127774;STB=0.571338;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0041355;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:2:7:9:6:2:7 chr20 2633936 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.999;QD=57.8821;RBI=0.0233106;REFB=0;REVB=-0.0150157;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16199e-06;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr20 2635212 . A G 197.76 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00102845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.431;QD=14.6486;RBI=0.0427538;REFB=0.00786807;REVB=0.0427414;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498307;STB=0.52843;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0102087;OID=.;OPOS=2635212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:16:15:10:13:16:15 chr20 2637071 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.379;QD=55.0987;RBI=0.0212333;REFB=0;REVB=-0.0198151;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52957e-05;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr20 2638579 . T C 805.63 PASS AF=0.432039;AO=89;DP=207;FAO=89;FDP=206;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.0577852;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.281;QD=15.6433;RBI=0.057805;REFB=-0.00924422;REVB=-0.0015106;RO=115;SAF=49;SAR=40;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470183;STB=0.521558;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0116573;OID=.;OPOS=2638579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:115:117:89:89:0.432039:40:49:58:57:40:49:60:57 chr20 2638882 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.020421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.671;QD=12.791;RBI=0.0215697;REFB=-0.00723142;REVB=-0.00694513;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181298;STB=0.607872;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0133065;OID=.;OPOS=2638882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:11:3:8:15:11:3:8:15 chr20 2644407 . C G 123.4 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00607146;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7812;QD=14.9579;RBI=0.0214834;REFB=-0.031893;REVB=0.0206076;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246357;STB=0.628635;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0319809;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:9:5:11:7:9:5:11:8 chr20 2739583 . T C 666.94 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.047558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6244;QD=47.6382;RBI=0.0600231;REFB=-0.122038;REVB=0.0366197;RO=3;SAF=18;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722352;STB=0.560951;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0123932;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:56:3:5:51:51:0.910714:33:18:3:0:33:18:5:0 chr20 2797015 . G A 255.07 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0161948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.272;QD=22.1802;RBI=0.0246582;REFB=-0.0255571;REVB=0.0185945;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547387;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:11:13:10:11:11:13:10:12 chr20 2816785 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.705;QD=33.4285;RBI=0.00120141;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29361e-06;OID=.;OPOS=2816785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr20 2821400 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00962709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.679;QD=13.4559;RBI=0.0121998;REFB=-0.0143754;REVB=0.0074936;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397116;STB=0.737225;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0274305;OID=.;OPOS=2821400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:7:8:2:9:7:8 chr20 2996497 . C T 843.18 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.03;QD=55.2905;RBI=0.0205758;REFB=-0.0611283;REVB=0.0104658;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00103684;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:61:1:1:58:60:0.983607:29:29:0:1:31:29:0:1 chr20 3172246 . A C 715.2 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00988451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.627;QD=57.2163;RBI=0.0313489;REFB=-0.0723355;REVB=0.0297498;RO=3;SAF=30;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447271;STB=0.523067;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00038987;OID=.;OPOS=3172246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:3:3:46:47:0.94:16:30:3:0:16:31:3:0 chr20 3193842 . C A 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0199884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.343;QD=13.0526;RBI=0.0254749;REFB=0.00143381;REVB=0.0157935;RO=35;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265587;STB=0.654398;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0020079;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:5:18:20:15:5:18:20:15 chr20 3193978 . G A 1041.18 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000333112;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.2193;QD=54.7991;RBI=0.0534835;REFB=-0.110174;REVB=0.0534824;RO=3;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422864;STB=0.522382;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00671423;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:76:3:3:71:73:0.960526:32:39:0:3:32:41:0:3 chr20 3204084 . G A 1862.85 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479698;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4382;QD=60.5805;RBI=0.0669807;REFB=-0.0674934;REVB=0.0467473;RO=1;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929694;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:121:123:1:0:120:123:1:55:65:0:1:56:67:0:0 chr20 3214819 . T G 156.33 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00376889;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.797;QD=10.9706;RBI=0.00742706;REFB=-0.0182083;REVB=-0.00639975;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320588;STB=0.673305;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0251955;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:39:37:20:20:0.350877:8:12:12:27:8:12:12:25 chr20 3218634 . G C 285.35 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0857619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5064;QD=18.7117;RBI=0.0910334;REFB=-0.0395444;REVB=-0.0305283;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133595;STB=0.596633;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0380318;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:28:30:31:31:0.508197:22:9:12:16:22:9:14:16 chr20 3231134 . C T 271.83 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00128533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.693;QD=14.895;RBI=0.00748682;REFB=-0.00352929;REVB=-0.00737566;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342014;STB=0.519374;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.007353;OID=.;OPOS=3231134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:18:13:19:23:18:13:19:23 chr20 3285126 . A T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00985083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.465;QD=22.7947;RBI=0.0227449;REFB=-0.0117213;REVB=-0.020501;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127357;STB=0.571367;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0124657;OID=.;OPOS=3285126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:11:10:8:16:11:10 chr20 3285140 . T A,C 635.06 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,39;DP=42;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039622,0.0212479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.0036,72.5469;QD=60.4818;RBI=0.0541459,0.0387573;REFB=0,0;REVB=0.0369036,0.0324139;RO=0;SAF=3,21;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34792e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129803,0.00379707;OID=.,.;OPOS=3285140,3285140;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:42:42:0:0:3,39:3,39:0.0714286,0.928571:0,18:3,21:0:0:0,18:3,21:0:0 chr20 3564672 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.109;QD=59.5016;RBI=0.0198055;REFB=0;REVB=0.00236216;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82004e-05;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr20 3624830 . G A 477.38 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0101634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.092;QD=18.0143;RBI=0.0130299;REFB=0.00600707;REVB=-0.00815367;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032174;STB=0.51785;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.011869;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:24:27:31:24:24:27:31:24 chr20 3627840 . C CA 88.1 PASS AF=0.634146;AO=15;DP=44;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.252782;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.97535;QD=8.59542;RBI=0.264145;REFB=-0.0160964;REVB=0.0766416;RO=25;SAF=2;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493342;STB=0.538431;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=0.0467183;OID=.;OPOS=3627841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634146:15:44:26:41:15:8:18:6:9:39:25:2:13:13:12 chr20 3628918 . T C 1083.95 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572428;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.487;QD=60.2193;RBI=0.0159645;REFB=0;REVB=0.0149029;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56796e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr20 3630107 . G A 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00843353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.342;QD=13.1195;RBI=0.0147613;REFB=-0.00488784;REVB=-0.012115;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215069;STB=0.613946;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00676963;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:11:14:13:24:11:14:14:24 chr20 3640823 . C T 155.83 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0135031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.792;QD=20.7773;RBI=0.0291296;REFB=-0.0102753;REVB=0.0258109;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381971;STB=0.514876;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00763818;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:13:15:17:0.566667:6:9:9:5:6:11:8:5 chr20 3672836 . G A 396.49 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0747;QD=51.1603;RBI=0.0286108;REFB=-0.193472;REVB=0.0126292;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774095;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00735762;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:31:31:2:1:29:30:0.967742:18:11:2:0:18:12:1:0 chr20 3675333 . G A 727.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8273;QD=63.257;RBI=0.0535208;REFB=0;REVB=0.0520921;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451559;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr20 3675498 . T G 347.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.608;QD=53.5001;RBI=0.00666674;REFB=0;REVB=0.0052358;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292487;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:2:24:0:0:2:24:0:0 chr20 3677357 . T C 716.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389423;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7873;QD=57.3362;RBI=0.0451082;REFB=0;REVB=-0.022765;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352422;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr20 3677736 . T G 547.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203503;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.317;QD=60.8394;RBI=0.0272162;REFB=0;REVB=0.0180717;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177997;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr20 3682011 . G A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.773;QD=62.7614;RBI=0.0284755;REFB=0;REVB=0.0281486;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85949e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:35:54:0:0:35:54:0:0 chr20 3682149 . G A 510.26 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0290815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.459;QD=26.5072;RBI=0.0297163;REFB=-0.00779867;REVB=-0.00610965;RO=30;SAF=21;SAR=26;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143115;STB=0.507809;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0045673;OID=.;OPOS=3682149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:26:21:14:16:26:21:14:16 chr20 3682275 . A G 306.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.669;QD=53.2815;RBI=0.00564682;REFB=0;REVB=-0.000346507;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44303e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr20 3684022 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0211172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.455;QD=13.4559;RBI=0.0341198;REFB=0.00360813;REVB=-0.0267997;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00622628;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr20 3684729 . T C 160.04 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0525442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6671;QD=18.2904;RBI=0.0622921;REFB=0.0282731;REVB=0.0334576;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214115;STB=0.512181;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0171194;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:7:11:10:7:7:11 chr20 3686436 . C T 2175.54 PASS AF=1;AO=137;DP=141;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022246;FXX=0.0283668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.816;QD=63.5193;RBI=0.00965458;REFB=0;REVB=0.00939479;RO=0;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71029e-05;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:137:0:0:137:137:1:76:61:0:0:76:61:0:0 chr20 3782939 . C T 345.32 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0238704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.267;QD=16.8451;RBI=0.0609981;REFB=-0.00101933;REVB=0.0561336;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194058;STB=0.510885;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00291895;OID=.;OPOS=3782939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:19:18:21:24:19:18:21:24 chr20 3784110 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00285534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.206;QD=25.6513;RBI=0.00927238;REFB=-0.0311332;REVB=-0.00882179;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456248;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0172024;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:9:9:14:11:9:9 chr20 3842984 . C T 146.12 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0160748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.863;QD=17.1902;RBI=0.020941;REFB=-0.0218374;REVB=0.0134212;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431532;STB=0.769598;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0288956;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:2:14:9:8:2:14:9:9 chr20 4053254 . A G 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.603;QD=61.867;RBI=0.0142303;REFB=-0.0404308;REVB=0.00871503;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000539509;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:49:43:0:1:49:43:0:1 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T 402.35 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109469;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=16;MLLD=481.326;QD=57.4778;RBI=0.0201601;REFB=0;REVB=0.0201303;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.8942e-05;OID=.;OPOS=4124038;OREF=ACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:28:28:0:14:14:0:0:4:0:14:13:0:0 chr20 4163302 . A G 63.65 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0139034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.617;QD=9.09319;RBI=0.0707447;REFB=-0.0277073;REVB=-0.0693651;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256909;STB=0.659988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0515448;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:11:8:2:7:11:8 chr20 4164283 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0424481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.327;QD=13.3679;RBI=0.0444638;REFB=-0.0125898;REVB=-0.0132359;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47823;STB=0.775837;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0217086;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:23:8:13:5:23:8 chr20 4705756 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0266803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7232;QD=13.2052;RBI=0.0268459;REFB=-0.0211842;REVB=-0.0029774;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0356318;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr20 4705865 . T C 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0142214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.676;QD=21.0493;RBI=0.0149679;REFB=-0.020551;REVB=0.00466808;RO=31;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313211;STB=0.673172;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166168;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:24:12:22:9:24:12:22:9 chr20 4706310 . T C 433.65 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0279755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1016;QD=23.4405;RBI=0.0305656;REFB=-0.0101452;REVB=0.0123138;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568287;STB=0.531235;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00738334;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:18:24:16:16:18:24:16:16 chr20 4707861 . G A 226.01 PASS AF=0.490196;AO=22;DP=48;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00446272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7231;QD=17.7264;RBI=0.0145677;REFB=-0.023826;REVB=0.0138673;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369256;STB=0.549076;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0155403;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:25:26:22:25:0.490196:14:8:9:16:14:11:9:17 chr20 4708778 . T C 44.32 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0310555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.415;QD=8.86407;RBI=0.0310823;REFB=-0.0179045;REVB=-0.00128985;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.687665;STB=0.599679;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0256687;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:20:13:13:6:7:0.35:6:0:3:10:6:1:3:10 chr20 4713176 . A G 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0142037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.699;QD=15.1115;RBI=0.0218158;REFB=-0.00948484;REVB=-0.0165585;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648492;STB=0.529452;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0235247;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:16:13:19:18:16:13:19:19 chr20 4762869 . G A 692.91 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00844922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.497;QD=18.1152;RBI=0.00936402;REFB=-0.00916523;REVB=0.00403678;RO=80;SAF=37;SAR=36;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763893;STB=0.542216;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00748586;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:80:73:73:0.477124:36:37:47:33:36:37:47:33 chr20 4764629 . G A 239.91 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0154772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4309;QD=14.3227;RBI=0.040186;REFB=-0.0147666;REVB=-0.037086;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129589;STB=0.573283;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0240952;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:12:16:27:12:12:16:27:12 chr20 4768846 . GT G 143.17 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00470558;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.278;QD=13.9675;RBI=0.0340267;REFB=-0.00637555;REVB=0.0336997;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234134;STB=0.636194;STBP=0.211;TYPE=del;VARB=0.00935634;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:16:41:16:41:25:10:6:10:15:99:25:10:6:10:15 chr20 4834338 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0443484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.621;QD=16.1063;RBI=0.0443511;REFB=0.000993957;REVB=-0.000490192;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158032;STB=0.50908;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00193372;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:10:12:9:8:10:12 chr20 4836440 . C T 241.61 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0169665;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.97;QD=12.2332;RBI=0.0176603;REFB=-0.00211884;REVB=-0.00490124;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154151;STB=0.598892;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00275708;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:50:29:29:0.367089:15:14:30:18:15:14:32:18 chr20 4854682 . A G 1062.49 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.376;QD=56.6661;RBI=0.0132766;REFB=-0.0332148;REVB=-0.00821437;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00123366;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:72:73:0.973333:38:34:0:1:38:35:1:1 chr20 5283256 . C G 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0872681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7252;QD=18.6309;RBI=0.108446;REFB=0.0325312;REVB=-0.064381;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112984;STB=0.564434;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0332976;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:8:8:10:6:8:8 chr20 5283376 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0344101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.445;QD=19.0178;RBI=0.0363083;REFB=0.00353499;REVB=-0.0115862;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374094;STB=0.710274;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00242583;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:12:2:9:6:12:2 chr20 5296798 . T C 1263.46 PASS AF=0.496;AO=123;DP=249;FAO=124;FDP=250;FR=.;FRO=126;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=-0.0172804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3377;QD=20.2154;RBI=0.0176614;REFB=0.0116905;REVB=-0.00364848;RO=126;SAF=58;SAR=65;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772789;STB=0.540125;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0154081;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:126:126:123:124:0.496:65:58:70:56:65:59:70:56 chr20 5527176 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.634;QD=44.6898;RBI=0.0218768;REFB=0;REVB=0.0185887;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112842;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr20 5527291 . A G 230.4 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.632;QD=46.0791;RBI=0.0273715;REFB=-0.175191;REVB=0.0236674;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00182701;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:1:0:11:8:1:0 chr20 5903223 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0171323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.137;QD=22.72;RBI=0.0240779;REFB=-0.0236552;REVB=0.0169183;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.50632;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0130464;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:5:4:6:8:5:4 chr20 5903485 . G A 320.65 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0130487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8225;QD=21.3769;RBI=0.0471273;REFB=-0.029897;REVB=0.0452849;RO=27;SAF=3;SAR=30;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294797;STB=0.666543;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0299314;OID=.;OPOS=5903485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:30:3:7:20:30:3:7:20 chr20 5903517 . A G 756.85 PASS AF=0.981818;AO=56;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156212;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.037;QD=55.0433;RBI=0.0283609;REFB=-0.0200139;REVB=0.0236711;RO=0;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04056e-08;STB=0.505493;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000202921;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:56:54:0.981818:47:9:0:0:45:9:0:1 chr20 5903848 . C G 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00954158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2118;QD=11.8263;RBI=0.081748;REFB=0.0207771;REVB=-0.0811893;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281499;STB=0.516748;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0410699;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:11:7:4:7:11:7 chr20 5903894 . A G 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.095509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1545;QD=11.1305;RBI=0.104848;REFB=-0.00226502;REVB=-0.0432571;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00478436;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:9:8:3:7:9:8 chr20 5904028 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00805079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.444;QD=15.1965;RBI=0.00805165;REFB=-0.0462321;REVB=0.000117507;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0426703;OID=.;OPOS=5904028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:8:10:6:8:8:10 chr20 5904289 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0822704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4219;QD=18.7439;RBI=0.0902304;REFB=0.0386375;REVB=-0.0370555;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0169145;OID=.;OPOS=5904289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr20 5923203 . TT CC 408.29 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00152219;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=159.426;QD=14.2015;RBI=0.00389956;REFB=-0.012036;REVB=0.00359019;RO=69;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168505;STB=0.504599;STBP=0.945;TYPE=mnp;VARB=0.015804;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:69:68:47:47:0.408696:28:19:28:41:28:19:28:40 chr20 5923223 . C T 648.92 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00787804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.524;QD=21.9971;RBI=0.0155428;REFB=0.0104548;REVB=0.0133984;RO=54;SAF=23;SAR=41;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910987;STB=0.550012;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00855024;OID=.;OPOS=5923223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:41:23:25:29:41:23:25:29 chr20 5933108 . C A 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.000679014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.006;QD=17.7376;RBI=0.00218971;REFB=0.00065963;REVB=-0.00208177;RO=50;SAF=27;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143834;STB=0.580606;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000991078;OID=.;OPOS=5933108;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:15:27:25:25:15:27:25:25 chr20 5982604 . T C 211.16 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00483788;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.716;QD=13.8464;RBI=0.0145991;REFB=-0.00200213;REVB=-0.0137742;RO=33;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185988;STB=0.640983;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00225075;OID=.;OPOS=5982604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:36:25:25:0.409836:19:6:13:20:19:6:16:20 chr20 5988095 . A G 1249.47 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348047;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.235;QD=61.7023;RBI=0.0411378;REFB=0;REVB=-0.0219307;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3179e-06;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr20 6064710 . A G 346.57 PASS AF=0.368421;AO=41;DP=113;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00921835;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.504;QD=12.1603;RBI=0.0245666;REFB=-0.00659449;REVB=0.0227715;RO=72;SAF=27;SAR=14;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136923;STB=0.566897;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0113752;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:72:72:41:42:0.368421:14:27:39:33:15:27:39:33 chr20 6065729 . C T 70.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00912946;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.294;QD=6.43028;RBI=0.0177625;REFB=-0.0183413;REVB=0.0152368;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119092;STB=0.642653;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.117401;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:45:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:14:16:5:9:13:17 chr20 6065731 . T C 113.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00853168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.509;QD=9.41719;RBI=0.00963858;REFB=-0.0124385;REVB=0.00448471;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117799;STB=0.571327;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0224104;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:6:8:16:18:6:8:16:18 chr20 6751034 . A G 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0132708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.209;QD=23.9612;RBI=0.0157776;REFB=-0.029226;REVB=0.00853339;RO=33;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878769;STB=0.553291;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.026371;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:34:45:45:0.56962:20:25:22:11:20:25:23:11 chr20 6759115 . A T 409.41 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00878462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6047;QD=17.9962;RBI=0.0113374;REFB=0.014443;REVB=0.00716711;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179341;STB=0.503671;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0165361;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:49:41:42:0.461538:20:21:26:23:20:22:26:23 chr20 7614374 . G A 334.23 PASS AF=0.564516;AO=31;DP=58;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0286064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1208;QD=21.563;RBI=0.084044;REFB=-0.0384317;REVB=0.0790258;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623805;STB=0.565481;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0218816;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:27:27:31:35:0.564516:10:21:20:7:14:21:20:7 chr20 7863999 . C A 463.57 PASS AF=0.49;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0150278;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.446;QD=18.5427;RBI=0.0165833;REFB=-0.0176003;REVB=-0.00701215;RO=46;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588183;STB=0.549898;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0164893;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:51:48:49:0.49:25:23:19:27:25:24:20:31 chr20 7980390 . C T 322.44 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00187841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.8;QD=16.5354;RBI=0.0367407;REFB=-0.0129388;REVB=0.0366926;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744295;STB=0.544997;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0140371;OID=.;OPOS=7980390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:12:23:24:17:12:23:25:18 chr20 7999642 . G A 1858.68 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1893;QD=61.444;RBI=0.0108033;REFB=0;REVB=-0.00702026;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45642e-06;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr20 8130943 . C T 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00457481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.112;QD=21.1196;RBI=0.0130566;REFB=-0.0167969;REVB=-0.0122289;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602428;STB=0.533315;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0114775;OID=.;OPOS=8130943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:15:17:17:20:15:17 chr20 8696907 . T G 2678.44 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501938;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.667;QD=61.9292;RBI=0.0131691;REFB=0.0674765;REVB=0.012175;RO=1;SAF=95;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10504e-05;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:0:173:173:1:78:95:1:0:78:95:0:0 chr20 8737734 . G A 330.63 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.011716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.602;QD=23.6165;RBI=0.0243483;REFB=-0.023446;REVB=-0.0213442;RO=23;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10279;STB=0.556488;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0107445;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:17:16:8:15:17:16:8:15 chr20 8755243 . T C 351.06 PASS AF=0.486842;AO=34;DP=73;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00953801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.684;QD=18.4767;RBI=0.0593166;REFB=-0.0284151;REVB=0.0585448;RO=39;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140987;STB=0.594543;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0288035;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:39:39:34:37:0.486842:19:15:23:16:22:15:23:16 chr20 8769180 . C T 466.67 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172705;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4515;QD=58.3334;RBI=0.172883;REFB=0;REVB=-0.00784229;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420221;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:28:32:1:20:8:0:0:20:12:0:0 chr20 8770822 . C T 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0134535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.821;QD=16.2363;RBI=0.0136758;REFB=-0.0171357;REVB=0.00245577;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112592;STB=0.563338;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0162076;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:21:15:16:14:21:15 chr20 9496716 . C G 477.17 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00794632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0716;QD=18.0064;RBI=0.00797167;REFB=-0.0279293;REVB=0.000635225;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665497;STB=0.536898;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0295226;OID=.;OPOS=9496716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:24:27:33:22:24:27:33:22 chr20 10006682 . T A 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8278;QD=60.0279;RBI=0.0423216;REFB=0;REVB=-0.0236017;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115155;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr20 10386013 . C A 254.27 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0111591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.199;QD=12.8745;RBI=0.0162124;REFB=-0.0154758;REVB=0.0117607;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172163;STB=0.609603;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0342594;OID=.;OPOS=10386013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:49:30:30:0.379747:17:13:28:19:17:13:30:19 chr20 10386059 . G A 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0244103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3321;QD=13.0458;RBI=0.0244118;REFB=-0.00237511;REVB=-0.000273949;RO=48;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208015;STB=0.619387;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00177184;OID=.;OPOS=10386059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:20:10:25:23:20:10:25:23 chr20 10393629 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0621154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7503;QD=23.3812;RBI=0.0643815;REFB=0.0456681;REVB=-0.0169309;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103608;STB=0.558077;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0360837;OID=.;OPOS=10393629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:7:7:7:12:7:7 chr20 10619014 . A C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0066241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.955;QD=17.3249;RBI=0.0222299;REFB=-0.0013325;REVB=-0.0212201;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18336;STB=0.604294;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00208455;OID=.;OPOS=10619014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:16:9:11:9:16:9 chr20 10620275 . G A 719.23 PASS AF=0.405128;AO=79;DP=195;FAO=79;FDP=195;FR=.;FRO=116;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=0.0092338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1599;QD=14.7535;RBI=0.0621167;REFB=-0.0174941;REVB=0.0614265;RO=116;SAF=52;SAR=27;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23548;STB=0.632352;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0273173;OID=.;OPOS=10620275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:116:116:79:79:0.405128:27:52:51:65:27:52:51:65 chr20 10620386 . A G 871.08 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200322;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.313;QD=58.072;RBI=0.0217147;REFB=0;REVB=-0.00838088;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70419e-05;OID=.;OPOS=10620386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr20 10633237 . G A 180.81 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00497893;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.606;QD=21.9164;RBI=0.0250963;REFB=-0.0197556;REVB=0.0245974;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118771;STB=0.566935;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0168328;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:8:7:11:7:8:7 chr20 10639222 . G A 535.03 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0156453;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.982;QD=23.262;RBI=0.0159127;REFB=-0.0143394;REVB=-0.00290512;RO=42;SAF=20;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05829;STB=0.526096;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0115668;OID=.;OPOS=10639222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:49:50:0.543478:29:20:20:22:29:21:20:22 chr20 11790885 . C CTT 338.32 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011299;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.4978;QD=46.6643;RBI=0.0786607;REFB=0;REVB=0.077845;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000918447;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:18:11:0:0:6:0:18:10:0:0 chr20 11791008 . C T 817.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3991;QD=57.3462;RBI=0.0387519;REFB=0;REVB=0.0235609;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377085;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr20 11907058 . C T 692.71 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00819297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.771;QD=60.2354;RBI=0.00906773;REFB=-0.0910598;REVB=-0.00388574;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000658956;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr20 13029764 . A C 1170.76 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0129469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.152;QD=57.1105;RBI=0.0211666;REFB=-0.145392;REVB=-0.0167452;RO=0;SAF=17;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50635;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00068362;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:0:3:79:79:0.963415:62:17:0:0:62:17:1:2 chr20 13029790 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0237035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.989;QD=20.4401;RBI=0.0306238;REFB=-0.00937896;REVB=-0.0193897;RO=29;SAF=6;SAR=27;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120887;STB=0.567524;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0120358;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:27:6:8:21:27:6:8:21 chr20 13029862 . C T 754.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8759;QD=56.9089;RBI=0.0197594;REFB=0;REVB=-0.0104092;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368972;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 13029920 . C G 1216.12 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00565063;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.703;QD=60.0552;RBI=0.0318909;REFB=-0.0194333;REVB=0.0313863;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000549185;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:33:47:1:0:33:47:1:0 chr20 13053018 . T G 267.88 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0158788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.208;QD=16.235;RBI=0.032459;REFB=-0.0149259;REVB=-0.0283099;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112592;STB=0.563338;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.017562;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:15:21:14:16:15:21 chr20 13053035 . A G 313.66 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000130484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.918;QD=18.1834;RBI=0.0190361;REFB=-0.0195804;REVB=0.0190356;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647249;STB=0.536061;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0211487;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:35:35:32:34:0.492754:17:15:14:21:18:16:14:21 chr20 13134768 . T C 459.53 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0470779;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1202;QD=14.249;RBI=0.0573487;REFB=-0.0129871;REVB=0.0327497;RO=77;SAF=23;SAR=29;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818427;STB=0.546171;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0151666;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:77:77:52:52:0.403101:29:23:40:37:29:23:40:37 chr20 13269248 . C T 398.21 PASS AF=0.408696;AO=46;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0177257;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.444;QD=13.8509;RBI=0.0269066;REFB=-0.0270879;REVB=0.0202426;RO=64;SAF=27;SAR=19;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122825;STB=0.561638;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0204453;OID=.;OPOS=13269248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:68:46:47:0.408696:19:27:30:34:20:27:32:36 chr20 13743521 . T G 33.99 PASS AF=0.142857;AO=4;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0485267;FXX=0.0232504;HRUN=24;LEN=1;MLLD=169.802;QD=3.23729;RBI=0.0553037;REFB=-0.000858;REVB=-0.0265265;RO=36;SAF=4;SAR=0;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643353;STB=0.868465;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00590946;OID=.;OPOS=13743521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:36:36:4:6:0.142857:0:4:13:23:1:5:13:23 chr20 13747441 . A G 1291.8 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.699;QD=61.5144;RBI=0.0542697;REFB=0;REVB=0.0428203;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394954;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:37:47:0:0 chr20 13779113 . T C 159.15 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00201087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7755;QD=10.1049;RBI=0.0302747;REFB=0.0020751;REVB=0.0302078;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270452;STB=0.51587;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0111611;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:10:11:21:21:10:11:21:21 chr20 13847420 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.808;QD=57.7109;RBI=0.00740706;REFB=0;REVB=-0.0041267;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62147e-06;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr20 13954028 . A G 196.24 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00577692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0103;QD=10.7529;RBI=0.041389;REFB=0.00403688;REVB=0.0409839;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116414;STB=0.567632;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00660403;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:20:28:12:13:20:28 chr20 14203735 . T C 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0807;QD=59.4977;RBI=0.0875372;REFB=0;REVB=0.0867142;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590945;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr20 14306896 . G A 627.11 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=131;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0326471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4837;QD=19.0032;RBI=0.0372297;REFB=-0.00754714;REVB=-0.0178948;RO=68;SAF=37;SAR=26;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273783;STB=0.518513;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00828369;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:68:63:64:0.484848:26:37:38:30:26:38:38:30 chr20 14306953 . G T 894.55 PASS AF=0.55414;AO=87;DP=157;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0815554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4431;QD=22.791;RBI=0.0818364;REFB=0.0270657;REVB=0.00677559;RO=70;SAF=50;SAR=37;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920897;STB=0.505024;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0212344;OID=.;OPOS=14306953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:70:70:87:87:0.55414:37:50:41:29:37:50:41:29 chr20 15874325 . A G 339.65 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00681671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.47;QD=15.4385;RBI=0.0379019;REFB=-0.00777532;REVB=0.0372839;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196913;STB=0.621556;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0100297;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:51:36:37:0.420455:14:22:20:28:14:23:21:30 chr20 15874488 . G A 211.51 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0122859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.867;QD=15.1081;RBI=0.0125301;REFB=-0.0251365;REVB=-0.00246168;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157233;STB=0.57137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.021423;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:16:8:15:16:16:9:15:16 chr20 16033818 . ATTTG A 135.7 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000402176;FXX=0.083316;HRUN=3;LEN=4;MLLD=183.591;QD=12.3363;RBI=0.00849895;REFB=-0.00665786;REVB=-0.00848943;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998626;STB=0.571361;STBP=0.402;TYPE=del;VARB=0.00281382;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:17:46:21:44:23:12:9:10:13:99:19:9:8:8:11 chr20 16252981 . C A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000217247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.77;QD=13.9955;RBI=0.0144487;REFB=0.00390457;REVB=-0.0144471;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103054;STB=0.55864;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.005218;OID=.;OPOS=16252981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:13:16:19:23:13:16:19:23 chr20 16359567 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.691;QD=60.2287;RBI=0.0359944;REFB=0;REVB=0.00738493;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212642;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr20 16360515 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0165088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.629;QD=16.7273;RBI=0.0175694;REFB=-0.0154951;REVB=-0.00601206;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17504;STB=0.59988;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0110071;OID=.;OPOS=16360515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:13:6:8:8:13:6 chr20 16486698 . G A 532.84 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00923876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=18.5336;RBI=0.0228392;REFB=-0.0129106;REVB=-0.0208872;RO=59;SAF=20;SAR=36;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191227;STB=0.606061;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00973409;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:59:56:56:0.486957:36:20:33:26:36:20:33:26 chr20 16493533 . T C 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00714153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.945;QD=12.5624;RBI=0.0545252;REFB=-0.0267997;REVB=0.0540554;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13726;STB=0.578877;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.041922;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:22:13:11:11:22:13 chr20 16553944 . CGGGGT CGGGT,CGGGTC 67.26 PASS AF=0.314286,0.0857143;AO=11,3;DP=35;FAO=11,3;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5,3;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0569649,0.0224586;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.4311,21.447;QD=7.68655;RBI=0.125366,0.0824739;REFB=-0.163889,-0.086221;REVB=-0.111676,-0.0793572;RO=17;SAF=3,3;SAR=8,0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0.404762,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.27891,0.599987;STB=0.545372,0.996131;STBP=0.762,0.068;TYPE=del,mnp;VARB=0.174894,0.0121487;OID=.,.;OPOS=16553945,16553948;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=CGGGT,CGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286,0.0857143:11,3:35:11,3:35:21:5,3:6,0:11:10:47:17:3,3:8,0:9:8 chr20 16963522 . G C 911.9 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264957;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5529;QD=57.8982;RBI=0.0273812;REFB=0;REVB=-0.00690701;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157828;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr20 16963542 . A G 376.78 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00165675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.052;QD=18.6063;RBI=0.00418045;REFB=-0.0202145;REVB=0.00383815;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119262;STB=0.506646;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0178642;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:20:19:21:21:20:19:21:21 chr20 17594729 . G A 1489.9 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00684684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.601;QD=60.1982;RBI=0.00733434;REFB=-0.0118089;REVB=0.00262931;RO=3;SAF=19;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121475;STB=0.506411;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000152861;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:77:19:1:2:77:19:1:2 chr20 17596155 . C A 1138.66 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144395;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.557;QD=60.7284;RBI=0.0251711;REFB=0;REVB=0.0206176;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57492e-06;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:51:23:0:0:52:23:0:0 chr20 17605240 . A T 854.67 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400427;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.388;QD=57.9437;RBI=0.0108275;REFB=0;REVB=0.0100599;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.622e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr20 17640009 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5932;QD=23.2199;RBI=0.0481574;REFB=-0.129533;REVB=-0.0460472;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0143788;OID=.;OPOS=17640009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr20 17705677 . A G 1201.91 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0096218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.484;QD=57.9236;RBI=0.0120057;REFB=0.163234;REVB=0.00718035;RO=2;SAF=54;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852539;STB=0.504503;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00332702;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:27:54:1:1:27:54:1:1 chr20 17716416 . C G 445.95 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000846836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7799;QD=20.7419;RBI=0.00763837;REFB=0.00702623;REVB=0.00759128;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919942;STB=0.500529;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00737347;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:21:23:21:20:21:23:22:20 chr20 17932210 . C T 396.86 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.010049;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.38;QD=23.0063;RBI=0.0100779;REFB=-0.0139033;REVB=0.000763016;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389646;STB=0.513547;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0124233;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:30:39:39:0.565217:22:17:15:16:22:17:14:16 chr20 17968923 . T C 126.16 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00599832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4151;QD=10.9706;RBI=0.0482443;REFB=-0.0074417;REVB=-0.04787;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.605915;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0177099;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:5:10:16:14:5:10:16:15 chr20 18143112 . T TG 286.88 PASS AF=1;AO=5;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0973242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2296;QD=34.7728;RBI=0.100115;REFB=0;REVB=-0.0234737;RO=30;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00807274;OID=.;OPOS=18143113;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:35:33:33:0:14:19:0:0:6:30:4:1:12:18 chr20 18143117 . T G 500.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6086;QD=58.9207;RBI=0.0885713;REFB=0;REVB=-0.00438169;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143718;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr20 18143355 . C T 451.7 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0107597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.531;QD=16.132;RBI=0.0107684;REFB=-0.00548038;REVB=-0.000434716;RO=61;SAF=29;SAR=21;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553561;STB=0.526879;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00608321;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:62:50:50:0.446429:21:29:32:29:21:29:33:29 chr20 18167977 . T C 1127.25 PASS AF=0.975;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0717411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.37;QD=56.3626;RBI=0.0724393;REFB=-0.148925;REVB=-0.0100335;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.512497;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00103785;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:80:1:2:76:78:0.975:39:37:1:0:39:39:2:0 chr20 18275929 . C T 350.82 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00124374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.846;QD=20.6364;RBI=0.00207314;REFB=-0.00770905;REVB=-0.00165862;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265419;STB=0.514698;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00725709;OID=.;OPOS=18275929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:15:17:18:18:15:17 chr20 18296072 . T A 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.748;QD=60.5906;RBI=0.0384665;REFB=0;REVB=0.0377639;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294888;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr20 18309650 . GT G 751.48 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7498;QD=44.8646;RBI=0.0801329;REFB=0;REVB=0.0528645;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00336655;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:67:67:67:0:36:31:0:0:14:0:35:29:0:0 chr20 18327570 . G A 207.92 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0121547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.875;QD=13.4143;RBI=0.0129706;REFB=0.00647195;REVB=-0.0045277;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255214;STB=0.645456;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0060358;OID=.;OPOS=18327570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:24:13:15:10:24:13 chr20 18393312 . C G 451.61 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0140182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8839;QD=16.1289;RBI=0.0482058;REFB=-0.0181388;REVB=-0.0461226;RO=61;SAF=33;SAR=17;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912036;STB=0.547434;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0202834;OID=.;OPOS=18393312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:62:50:50:0.446429:17:33:35:26:17:33:36:26 chr20 18393499 . C T 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.021004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.854;QD=21.8824;RBI=0.0218289;REFB=-0.0151437;REVB=0.00594418;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141294;STB=0.578125;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0128635;OID=.;OPOS=18393499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:13:21:12:15:13:21:12:15 chr20 18414356 . A G 574.31 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8067;QD=54.6964;RBI=0.150493;REFB=0;REVB=-0.0167998;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511402;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:39:42:1:18:21:1:0:18:24:0:0 chr20 18445963 . A G 190.42 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0283515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0997;QD=13.3629;RBI=0.0294834;REFB=-0.00818399;REVB=-0.0080909;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306926;STB=0.675526;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0158422;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:12:22:8:15:12:22 chr20 18462421 . A G 497.25 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296787;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.884;QD=58.4998;RBI=0.0374555;REFB=0;REVB=0.0228492;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831276;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:22:10:0:0:23:11:0:0 chr20 18467826 . T A 334.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0106405;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.668;QD=19.1419;RBI=0.0137931;REFB=-0.00263275;REVB=-0.0087766;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253628;STB=0.640374;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00167975;OID=.;OPOS=18467826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:16:19:9:26:16:19:9:26 chr20 18541699 . T TA 136.92 PASS AF=0.4;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.038976;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.9721;QD=9.12764;RBI=0.0434599;REFB=0.000817086;REVB=0.0192257;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687746;STB=0.542219;STBP=0.641;TYPE=ins;VARB=-0.000181993;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:24:62:24:60:36:13:11:22:14:99:38:13:11:23:15 chr20 18810705 . C T 397.75 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0105284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.292;QD=18.0795;RBI=0.0209632;REFB=-0.00880384;REVB=-0.0181276;RO=47;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12601;STB=0.570291;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0100287;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:22:19:28:19:22:19:28:19 chr20 19261623 . G A 812.18 PASS AF=0.532468;AO=81;DP=155;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00976955;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1189;QD=21.0955;RBI=0.0428312;REFB=-0.00607011;REVB=0.0417021;RO=71;SAF=37;SAR=44;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309822;STB=0.516413;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00618543;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:71:72:81:82:0.532468:44:37:35:36:45:37:35:37 chr20 19560664 . G A 475.82 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0192469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.911;QD=16.5503;RBI=0.0287415;REFB=-0.0093094;REVB=0.0213455;RO=60;SAF=21;SAR=31;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045629;STB=0.522883;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0126612;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:63:52:52:0.452174:31:21:27:33:31:21:28:35 chr20 19634732 . G A 2026.96 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.817;QD=62.3681;RBI=0.0369576;REFB=0;REVB=0.036792;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12057e-05;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:63:66:0:0:63:67:0:0 chr20 19634747 . T C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00090641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.225;QD=62.2776;RBI=0.0153667;REFB=0;REVB=0.01534;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51773e-05;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:63:66:0:0:63:66:0:0 chr20 19702049 . G A 1623.73 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.834;QD=60.1381;RBI=0.0243662;REFB=0;REVB=0.00438996;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95352e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:54:53:0:0:55:53:0:0 chr20 19970705 . C T 587.96 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0243001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3551;QD=22.6138;RBI=0.026033;REFB=-0.00128725;REVB=-0.00933943;RO=46;SAF=31;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249894;STB=0.51368;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00497165;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:27:31:26:20:27:31:26:20 chr20 20032998 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7247;QD=53.9097;RBI=0.0702856;REFB=0;REVB=-0.0179734;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190801;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr20 20033137 . T A 1733.5 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.806;QD=59.7759;RBI=0.014175;REFB=0.0382064;REVB=0.00827399;RO=1;SAF=72;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655046;STB=0.503448;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.93138e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:43:72:1:0:43:72:1:0 chr20 20033242 . A T 952.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4392;QD=58.5875;RBI=0.0119033;REFB=0;REVB=0.00322953;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58107e-05;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:27:38:0:0 chr20 20033319 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.013;QD=51.908;RBI=0.0204006;REFB=0;REVB=0.00949442;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192132;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr20 20033380 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.195;QD=47.8193;RBI=0.0662018;REFB=0;REVB=0.0452582;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120746;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr20 20050397 . G A 1143.24 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157748;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.919;QD=60.9726;RBI=0.0229332;REFB=0;REVB=0.0166459;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348535;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr20 20152462 . A C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0333409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3738;QD=18.0868;RBI=0.0462919;REFB=0.012331;REVB=-0.0321142;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851628;STB=0.547789;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0134527;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:12:15:12:14:12:15 chr20 20341333 . G C 2235.83 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.285;QD=63.4278;RBI=0.0117562;REFB=0;REVB=-0.009148;RO=0;SAF=79;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40878e-07;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:62:79:0:0:62:79:0:0 chr20 20350516 . T G 681.95 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124865;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.606;QD=61.9957;RBI=0.0719127;REFB=0;REVB=0.0719019;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173035;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr20 20373813 . C T 537.97 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0244512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.7;QD=18.0831;RBI=0.0244741;REFB=-0.0405844;REVB=0.00105846;RO=60;SAF=37;SAR=19;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616798;STB=0.539863;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.046324;OID=.;OPOS=20373813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:62:56:57:0.478992:19:37:36:24:19:38:37:25 chr20 20377421 . A AC 71.74 PASS AF=0.514286;AO=15;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0496654;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4785;QD=8.19942;RBI=0.0897788;REFB=-0.0761043;REVB=-0.0747902;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171974;STB=0.545405;STBP=0.605;TYPE=ins;VARB=0.0553815;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:15:36:18:35:17:8:10:6:11:68:20:5:10:10:10 chr20 21142523 . C G 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0193655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.729;QD=18.0337;RBI=0.0197136;REFB=-0.00183289;REVB=0.00368827;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102583;STB=0.565758;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00183492;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:9:13:18:8:9:13:19:8 chr20 21142813 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000153457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.52;QD=17.3201;RBI=0.0124468;REFB=-0.00474961;REVB=0.0124459;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00392558;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:10:8:6:10:10:8 chr20 21362703 . TA T 1475.31 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.0142;QD=46.8352;RBI=0.0770717;REFB=0;REVB=-0.0547359;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.00812055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000149916;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:126:126:126:0:60:66:0:0:26:1:58:64:1:0 chr20 22562674 . T C 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.08;QD=57.6358;RBI=0.0237268;REFB=-0.0760629;REVB=0.0204718;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000204141;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:21:47:0:0:21:47:1:0 chr20 23016970 . T G 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.845;QD=64.2832;RBI=0.0193494;REFB=0;REVB=-0.00232644;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59574e-05;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:36:64:0:0:36:64:0:0 chr20 23017017 . T C 1511.07 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318257;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.256;QD=59.8443;RBI=0.0333563;REFB=0;REVB=0.00998854;RO=0;SAF=70;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1307e-05;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:31:70:0:0:31:70:0:0 chr20 23017044 . C T 1825.48 PASS AF=0.968254;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00545341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.69;QD=57.9519;RBI=0.00625733;REFB=-0.034355;REVB=-0.00306831;RO=3;SAF=75;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249892;STB=0.503838;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000124291;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:126:126:3:4:122:122:0.968254:47:75:2:1:47:75:2:2 chr20 23017082 . T C 1775.72 PASS AF=0.96;AO=119;DP=125;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0249564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5166;QD=56.8231;RBI=0.0249607;REFB=0.0533151;REVB=-0.00046335;RO=6;SAF=68;SAR=51;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400824;STB=0.51748;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0165383;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:125:125:6:5:119:120:0.96:51:68:6:0:51:69:5:0 chr20 23065209 . G A 1015.43 PASS AF=0.477273;AO=105;DP=220;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.013771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.055;QD=18.4624;RBI=0.0220799;REFB=-0.0155039;REVB=0.0172592;RO=115;SAF=53;SAR=52;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333535;STB=0.51839;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.016351;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:115:115:105:105:0.477273:52:53:54:61:52:53:54:61 chr20 23065342 . A G 958.8 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2831;QD=57.242;RBI=0.0736979;REFB=-0.149005;REVB=-0.0675652;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000960232;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:36:30:0:0:36:30:0:1 chr20 23345844 . A C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.898;QD=63.5786;RBI=0.0208547;REFB=0;REVB=0.0108886;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172684;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr20 23352480 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0439;QD=56.9557;RBI=0.0678709;REFB=0;REVB=-0.0281837;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011221;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr20 23352685 . C A 1098.57 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5955;QD=60.1955;RBI=0.0203655;REFB=0;REVB=-0.00932466;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20253e-05;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:27:46:0:0 chr20 23355436 . G T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00675585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.612;QD=13.486;RBI=0.00712788;REFB=-0.00238002;REVB=-0.00227273;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.709231;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00355321;OID=.;OPOS=23355436;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:8:3:6:3:8:3 chr20 23355454 . ATAC A 173.97 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314589;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=301.036;QD=46.3915;RBI=0.0375289;REFB=0;REVB=-0.0204635;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000185735;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:15:15:15:0:7:8:0:0:4:0:3:5:0:0 chr20 23361613 . C T 751.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.537;QD=56.69;RBI=0.0144817;REFB=0;REVB=0.00554101;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39471e-05;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr20 23424613 . T C 1011.9 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904256;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.838;QD=59.5233;RBI=0.03232;REFB=0;REVB=0.0310293;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80763e-05;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr20 23432528 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0115737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.106;QD=15.9154;RBI=0.0142724;REFB=0.0100554;REVB=0.0083517;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387593;STB=0.512752;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0148746;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:15:13:14:19:15:13:15:19 chr20 23472391 . A G 2309.43 PASS AF=0.987342;AO=150;DP=152;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.667;QD=58.4666;RBI=0.0152024;REFB=-0.0621448;REVB=0.00223594;RO=1;SAF=66;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715232;STB=0.507041;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=6.63152e-05;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:158:1:2:150:156:0.987342:84:66:1:0:86:70:2:0 chr20 23531276 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00339762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.013;QD=17.6438;RBI=0.0206309;REFB=-0.0195699;REVB=-0.0203492;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0236992;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr20 23546639 . T G 543.26 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0185244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.832;QD=18.4157;RBI=0.0189433;REFB=-0.0151635;REVB=0.00396136;RO=61;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274573;STB=0.519224;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0155338;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:61:61:56:57:0.483051:25:31:32:29:25:32:32:29 chr20 23586360 . G A 476.12 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0434949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5719;QD=28.4251;RBI=0.0440733;REFB=-0.0313466;REVB=0.00711709;RO=23;SAF=22;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137247;STB=0.507459;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0222249;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:22:22:12:11:22:22:12:11 chr20 23618395 . T C 2870.55 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000302891;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.898;QD=63.0891;RBI=0.00611314;REFB=0;REVB=0.00610563;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59994e-06;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:181:182:1:99:82:0:0:100:82:0:0 chr20 23618427 . C T 570.66 PASS AF=0.554455;AO=54;DP=100;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0665572;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1335;QD=22.6003;RBI=0.0667381;REFB=-0.0555223;REVB=0.00491029;RO=45;SAF=24;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554746;STB=0.5209;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0306444;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:45:45:54:56:0.554455:30:24:23:22:30:26:23:22 chr20 23729722 . G T 3841.12 PASS AF=0.988235;AO=249;DP=256;FAO=252;FDP=255;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=113;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0320708;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.817;QD=60.2529;RBI=0.0338118;REFB=-0.142549;REVB=-0.0107099;RO=3;SAF=139;SAR=110;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101752;STB=0.505338;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000343571;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:256:255:3:3:249:252:0.988235:110:139:3:0:113:139:3:0 chr20 23731412 . G A 708.88 PASS AF=0.5;AO=68;DP=138;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.021394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.933;QD=20.2536;RBI=0.0217151;REFB=-0.00753512;REVB=0.00372035;RO=70;SAF=28;SAR=40;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158835;STB=0.507339;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00688475;OID=.;OPOS=23731412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:70:70:68:70:0.5:40:28:30:40:41:29:30:40 chr20 23731426 . C T 566.61 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0440085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7709;QD=17.041;RBI=0.0602828;REFB=-0.0163143;REVB=0.0411979;RO=66;SAF=26;SAR=34;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582313;STB=0.518023;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0276504;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:73:60:60:0.451128:34:26:29:37:34:26:34:39 chr20 23731494 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3671;QD=58.2357;RBI=0.0735908;REFB=0;REVB=0.000371495;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434387;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr20 23804663 . T A 413.68 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00346972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.262;QD=16.3834;RBI=0.0235676;REFB=-0.0135965;REVB=-0.0233107;RO=55;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417163;STB=0.529507;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0195653;OID=.;OPOS=23804663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:56:45:45:0.445545:17:28:32:23:17:28:32:24 chr20 23805953 . C T 801.84 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0212326;FXX=0.0777735;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7123;QD=19.3215;RBI=0.0485496;REFB=-0.0398956;REVB=-0.0436605;RO=80;SAF=40;SAR=41;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141808;STB=0.560176;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.037529;OID=.;OPOS=23805953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:166:80:85:81:81:0.487952:41:40:27:53:41:40:32:53 chr20 23860178 . A G 260.49 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0147841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.053;QD=18.9448;RBI=0.0441613;REFB=-0.0413509;REVB=-0.0416131;RO=27;SAF=21;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26547;STB=0.64937;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.025631;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:7:21:13:14:7:21:13:14 chr20 24939590 . G C 1102.03 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.729;QD=58.7747;RBI=0.030046;REFB=0.072938;REVB=0.00555708;RO=1;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141198;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-5.7021e-05;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:33:41:0:1:33:41:0:1 chr20 24954887 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.278;QD=57.2021;RBI=0.0693363;REFB=0;REVB=0.0681267;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277017;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr20 25027526 . G A 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113767;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9299;QD=57.0386;RBI=0.0275292;REFB=0;REVB=0.0250684;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100734;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr20 25059442 . C T 3066.48 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189265;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.834;QD=63.554;RBI=0.00534581;REFB=-0.10584;REVB=-0.00499955;RO=1;SAF=93;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172213;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:193:1:0:193:193:1:100:93:0:1:100:93:0:0 chr20 25187213 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.737;QD=58.2396;RBI=0.0151235;REFB=0;REVB=-0.00191156;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22691e-05;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr20 25193949 . G A 1412.23 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098844;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2168;QD=62.766;RBI=0.0119639;REFB=0;REVB=0.00674045;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114044;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr20 25195387 . A AT 418.88 PASS AF=1;AO=8;DP=71;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112856;FXX=0.0735186;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.9317;QD=26.5958;RBI=0.115492;REFB=0;REVB=0.0245351;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0100987;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:71:63:63:0:42:21:0:0:8:62:5:3:37:25 chr20 25195394 . C T 1062.96 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7064;QD=59.0534;RBI=0.059706;REFB=0;REVB=0.0587042;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276389;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:66:72:1:27:39:0:0:30:42:0:0 chr20 25195509 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905026;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.792;QD=60.0303;RBI=0.00906083;REFB=0;REVB=-0.000437614;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21235e-06;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr20 25207074 . T C 1540.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.32;QD=59.8185;RBI=0.0170404;REFB=0;REVB=0.0148149;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7962e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:67:36:0:0:67:36:0:0 chr20 25259006 . G T 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00564146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.53;QD=19.4524;RBI=0.0071299;REFB=-0.0138091;REVB=0.00435997;RO=42;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200563;STB=0.595436;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0141089;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:45:43:43:0.488636:16:27:17:25:16:27:20:25 chr20 25260931 . A G 749.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187405;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.955;QD=63.8235;RBI=0.0217472;REFB=0;REVB=-0.0110333;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012012;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr20 25262769 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0082812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.882;QD=20.0183;RBI=0.016897;REFB=0.00934983;REVB=0.0147285;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00797553;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:9:8:12:6:9:8 chr20 25264814 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0925;QD=61.6791;RBI=0.0620849;REFB=0;REVB=0.0574499;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467762;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr20 25268920 . T C 631.54 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.278;QD=61.6137;RBI=0.0758889;REFB=0;REVB=0.0756514;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121174;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:8:32:0:0:9:32:0:0 chr20 25268998 . GCCCC GCCC,GCCCG 46.23 PASS AF=0.238095,0.047619;AO=14,3;DP=59;FAO=15,3;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10,3;FSAR=5,0;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.139309,-0.02471;FXX=0.0156226;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.0725,84.7809;QD=2.93496;RBI=0.209614,0.102171;REFB=-0.115872,-0.0105463;REVB=-0.156624,-0.0991382;RO=40;SAF=7,3;SAR=7,0;SRF=12;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0.49697,0;SSSB=0.244463,0.610145;STB=0.7497,0.997646;STBP=0.042,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.164561,0.0259895;OID=.,.;OPOS=25268999,25269002;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0.047619:14,3:59:15,3:63:45:10,3:5,0:14:31:34:40:7,3:7,0:12:28 chr20 25276297 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.703;QD=57.2373;RBI=0.0196964;REFB=0;REVB=-0.00131711;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70124e-05;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr20 25282944 . A G 791.9 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.775;QD=53.6883;RBI=0.0212689;REFB=-0.0521542;REVB=0.00945045;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000246257;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:56:57:0.966102:30:26:1:0:31:26:1:1 chr20 25456888 . A G 1900.08 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469931;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8234;QD=61.7912;RBI=0.0703734;REFB=0;REVB=-0.0523838;RO=0;SAF=49;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27411e-05;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:74:49:0:0:74:49:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 651.5 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127669;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=6;MLLD=222.924;QD=62.0475;RBI=0.0144552;REFB=0;REVB=0.00677927;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.54753e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:44:42:42:0:23:19:0:0:4:0:21:18:0:0 chr20 25591862 . A T 173.55 PASS AF=0.809524;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0864324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.319;QD=33.0574;RBI=0.0900567;REFB=-0.107348;REVB=0.0252913;RO=3;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118465;STB=0.571351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0261075;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:21:3:4:14:17:0.809524:10:4:0:3:12:5:0:4 chr20 25595829 . C T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00044277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.663;QD=18.0551;RBI=0.0216148;REFB=0.00762885;REVB=-0.0216102;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212074;STB=0.618224;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00775197;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:14:19:12:23:14:19:12:23 chr20 25595868 . G A 436.14 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0234963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0372;QD=21.2749;RBI=0.0338294;REFB=0.00856303;REVB=-0.0243383;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191643;STB=0.605672;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00774491;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:19:24:13:26:19:24:13:26 chr20 25755672 . G T 218.21 PASS AF=0.291667;AO=29;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00361894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.119;QD=9.09195;RBI=0.0114206;REFB=-0.0135954;REVB=-0.0108321;RO=67;SAF=17;SAR=12;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941876;STB=0.576868;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0329857;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:67:68:29:28:0.291667:12:17:34:33:11:17:34:34 chr20 26063560 . G A 458.47 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209401;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.335;QD=59.1573;RBI=0.0210725;REFB=0;REVB=0.00235826;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954298;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr20 26084111 . A G 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0411676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.633;QD=2.0928;RBI=0.0411687;REFB=0.00442849;REVB=-0.000303232;RO=68;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489636;STB=0.542762;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0128148;OID=.;OPOS=26084111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:68:69:9:9:0.115385:4:5:35:33:4:5:35:34 chr20 26084113 . G A 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0038958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.512;QD=2.09284;RBI=0.0125575;REFB=-0.00525814;REVB=0.0119379;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206916;STB=0.542762;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0185048;OID=.;OPOS=26084113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:65:69:9:9:0.115385:4:5:35:30:4:5:35:34 chr20 26094525 . T C 52.95 PASS AF=0.0623608;AO=28;DP=450;FAO=28;FDP=449;FR=.;FRO=421;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=225;FSRR=196;FWDB=0.00343209;FXX=0.00443449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6621;QD=0.471687;RBI=0.014781;REFB=-0.00111308;REVB=0.0143771;RO=401;SAF=14;SAR=14;SRF=215;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392446;STB=0.532271;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0227552;OID=.;OPOS=26094525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:450:449:401:421:28:28:0.0623608:14:14:215:186:14:14:225:196 chr20 26094564 . T G 2099.9 PASS AF=0.469697;AO=216;DP=466;FAO=217;FDP=462;FR=.;FRO=245;FSAF=113;FSAR=104;FSRF=123;FSRR=122;FWDB=-0.00620774;FXX=0.00858351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.055;QD=18.181;RBI=0.0123482;REFB=-0.00844249;REVB=-0.0106744;RO=240;SAF=112;SAR=104;SRF=120;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177357;STB=0.509923;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0144676;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:462:240:245:216:217:0.469697:104:112:120:120:104:113:123:122 chr20 26094567 . T C 2728.73 PASS AF=0.553879;AO=256;DP=464;FAO=257;FDP=464;FR=.;FRO=207;FSAF=135;FSAR=122;FSRF=102;FSRR=105;FWDB=0.00970652;FXX=0.00215049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.082;QD=23.5235;RBI=0.0211813;REFB=-0.00935905;REVB=0.0188263;RO=205;SAF=135;SAR=121;SRF=100;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324407;STB=0.514531;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0082273;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:205:207:256:257:0.553879:121:135:100:105:122:135:102:105 chr20 26094605 . G A 1628.72 PASS AF=0.453581;AO=171;DP=376;FAO=171;FDP=377;FR=.;FRO=206;FSAF=91;FSAR=80;FSRF=96;FSRR=110;FWDB=-0.00381229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.791;QD=17.2808;RBI=0.0195717;REFB=-0.0222348;REVB=-0.0191968;RO=201;SAF=91;SAR=80;SRF=92;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728309;STB=0.53612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0228922;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:201:206:171:171:0.453581:80:91:92:109:80:91:96:110 chr20 26094609 . C A 1489.72 PASS AF=0.444444;AO=161;DP=359;FAO=160;FDP=360;FR=.;FRO=200;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=97;FSRR=103;FWDB=0.00388079;FXX=0.00277001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8666;QD=16.5524;RBI=0.0332262;REFB=0.0121296;REVB=-0.0329987;RO=198;SAF=85;SAR=76;SRF=95;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480112;STB=0.522226;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0142241;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:198:200:161:160:0.444444:76:85:95:103:76:84:97:103 chr20 26188824 . T C 253.33 PASS AF=0.875;AO=19;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.040742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0662;QD=42.2216;RBI=0.0414266;REFB=-0.0363975;REVB=-0.00749973;RO=3;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446923;STB=0.527923;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00602839;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:24:24:3:3:19:21:0.875:15:4:1:2:17:4:1:2 chr20 26188912 . A C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00346084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.342;QD=17.2299;RBI=0.0821219;REFB=-0.0115805;REVB=-0.082049;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.749463;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00119731;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:0:6:3:5:0:6 chr20 29623210 . C T 76.95 PASS AF=0.110497;AO=20;DP=181;FAO=20;FDP=181;FR=.;FRO=161;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=93;FWDB=-0.0249221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.503;QD=1.70064;RBI=0.0299221;REFB=-0.00296005;REVB=-0.0165596;RO=161;SAF=13;SAR=7;SRF=68;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273855;STB=0.696116;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0267192;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:181:181:161:161:20:20:0.110497:7:13:68:93:7:13:68:93 chr20 29623223 . T C 688.09 PASS AF=0.426136;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.000805346;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.172;QD=15.6384;RBI=0.00730156;REFB=-0.00397097;REVB=0.00725701;RO=99;SAF=27;SAR=48;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182549;STB=0.596989;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00365185;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:99:101:75:75:0.426136:48:27:53:46:48:27:53:48 chr20 29623224 . C A 65.4 PASS AF=0.101695;AO=18;DP=177;FAO=18;FDP=177;FR=.;FRO=159;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=-0.0433244;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.146;QD=1.47788;RBI=0.046728;REFB=-0.0014125;REVB=-0.0175073;RO=151;SAF=13;SAR=5;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346749;STB=0.758908;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0233743;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:177:177:151:159:18:18:0.101695:5:13:65:86:5:13:67:92 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 1022.68 PASS AF=0.16129,0.470968;AO=24,70;DP=167;FAO=25,73;FDP=155;FR=.;FRO=57;FSAF=16,25;FSAR=9,48;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0290937,0.00570602;FXX=0.0773764;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=29.7583,227.703;QD=26.3917;RBI=0.0519625,0.0332617;REFB=0.0764426,0.00468814;REVB=0.0430542,0.0327686;RO=49;SAF=16,23;SAR=8,47;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140239,-0.177531;STB=0.605492,0.569235;STBP=0.222,0.089;TYPE=snp,del;VARB=-0.0266927,0.00882053;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.16129,0.470968:24,70:167:25,73:155:57:16,25:9,48:28:29:99:49:16,23:8,47:27:22 chr20 29623263 . C T 103.39 PASS AF=0.136095;AO=23;DP=169;FAO=23;FDP=169;FR=.;FRO=146;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=88;FWDB=-0.0122195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.547;QD=2.44717;RBI=0.0153349;REFB=-0.00182352;REVB=-0.00926512;RO=146;SAF=16;SAR=7;SRF=58;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365012;STB=0.745629;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0289921;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:146:146:23:23:0.136095:7:16:58:88:7:16:58:88 chr20 29624068 . T C 42.19 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=93;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00532261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.867;QD=1.7765;RBI=0.0127499;REFB=-0.00238113;REVB=-0.0115858;RO=84;SAF=3;SAR=5;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141049;STB=0.677058;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0231115;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:95:84:85:8:10:0.105263:5:3:42:42:7:3:42:43 chr20 29624070 . G A 107.28 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00910414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.67;QD=4.42396;RBI=0.0194345;REFB=-4.32962e-05;REVB=-0.0171702;RO=78;SAF=10;SAR=8;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134238;STB=0.580777;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-4.52413e-05;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:8:10:35:43:8:10:36:43 chr20 29625876 . C T 59.77 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0231101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.397;QD=2.25563;RBI=0.034016;REFB=-0.0036705;REVB=-0.0249602;RO=93;SAF=5;SAR=8;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148326;STB=0.60625;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0230742;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:93:93:13:13:0.122642:8:5:47:46:8:5:47:46 chr20 29625877 . G A 106.76 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00787723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.968;QD=3.9911;RBI=0.0531312;REFB=-0.0017875;REVB=-0.052544;RO=85;SAF=13;SAR=6;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298531;STB=0.695998;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00867122;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:85:88:19:19:0.17757:6:13:38:47:6:13:39:49 chr20 29625935 . A G 47.74 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.00104422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.003;QD=1.90955;RBI=0.021901;REFB=-0.00367035;REVB=-0.0218761;RO=87;SAF=2;SAR=9;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302484;STB=0.741585;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.03136;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:87:89:11:11:0.11:9:2:35:52:9:2:37:52 chr20 29625965 . G A 44.85 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=-0.00666101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.35;QD=1.44692;RBI=0.0462936;REFB=-0.000417224;REVB=-0.0458119;RO=112;SAF=8;SAR=4;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303877;STB=0.72785;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00240967;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:112:112:12:12:0.0967742:4:8:45:67:4:8:45:67 chr20 29625979 . C A 43.09 PASS AF=0.0923077;AO=13;DP=131;FAO=12;FDP=130;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.000333111;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.301;QD=1.32575;RBI=0.0251486;REFB=-0.00128881;REVB=-0.0251464;RO=116;SAF=3;SAR=10;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274839;STB=0.693874;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0219597;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:131:130:116:118:13:12:0.0923077:10:3:52:64:9:3:53:65 chr20 29625985 . G A 55.79 PASS AF=0.107692;AO=14;DP=130;FAO=14;FDP=130;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=72;FWDB=-0.0389685;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6106;QD=1.71662;RBI=0.047375;REFB=-0.00221838;REVB=-0.0269415;RO=113;SAF=10;SAR=4;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388558;STB=0.778328;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0174414;OID=.;OPOS=29625985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:130:130:113:116:14:14:0.107692:4:10:43:70:4:10:44:72 chr20 29628226 . G A 30.81 PASS AF=0.0592885;AO=15;DP=249;FAO=15;FDP=253;FR=.;FRO=238;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=116;FSRR=122;FWDB=-0.0103125;FXX=0.00393685;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2849;QD=0.487051;RBI=0.0550935;REFB=-0.000631586;REVB=0.0541198;RO=234;SAF=11;SAR=4;SRF=114;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255982;STB=0.731476;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.019955;OID=.;OPOS=29628226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:249:253:234:238:15:15:0.0592885:4:11:114:120:4:11:116:122 chr20 29628236 . G C 44.12 PASS AF=0.0700389;AO=18;DP=257;FAO=18;FDP=257;FR=.;FRO=239;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=120;FSRR=119;FWDB=0.00365558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5685;QD=0.686626;RBI=0.00731254;REFB=0.00309677;REVB=0.00633324;RO=237;SAF=7;SAR=11;SRF=119;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124766;STB=0.605431;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0528484;OID=.;OPOS=29628236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:257:257:237:239:18:18:0.0700389:11:7:119:118:11:7:120:119 chr20 29628237 . C A 140.22 PASS AF=0.128906;AO=33;DP=257;FAO=33;FDP=256;FR=.;FRO=223;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=109;FSRR=114;FWDB=-0.0333505;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.82;QD=2.19096;RBI=0.0361827;REFB=-0.00500381;REVB=-0.0140332;RO=218;SAF=18;SAR=15;SRF=108;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634385;STB=0.549296;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.027232;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:218:223:33:33:0.128906:15:18:108:110:15:18:109:114 chr20 29628271 . C T 1430.51 PASS AF=0.546939;AO=132;DP=243;FAO=134;FDP=245;FR=.;FRO=111;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0204537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.666;QD=23.3553;RBI=0.0226965;REFB=-0.0334875;REVB=-0.00983768;RO=109;SAF=62;SAR=70;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613829;STB=0.50333;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0237364;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:109:111:132:134:0.546939:70:62:52:57:71:63:53:58 chr20 29628328 . C G 95.85 PASS AF=0.186813;AO=15;DP=90;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0440942;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1552;QD=4.21338;RBI=0.0554894;REFB=-0.0168665;REVB=-0.0336863;RO=73;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155886;STB=0.61153;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0426261;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:90:91:73:74:15:17:0.186813:9:6:21:52:10:7:21:53 chr20 29628361 . A C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0232469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.521;QD=7.04801;RBI=0.0302036;REFB=-0.00519327;REVB=-0.0192832;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540392;STB=0.820333;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0196102;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:3:19:3:5:3:19 chr20 29628431 . C T 256.16 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0778441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6721;QD=37.9498;RBI=0.078018;REFB=-0.0192753;REVB=0.00520613;RO=5;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980376;STB=0.555506;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00647728;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:27:5:5:21:22:0.814815:11:10:1:4:11:11:1:4 chr20 29630695 . C A 768.53 PASS AF=0.460227;AO=79;DP=176;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.00136574;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.414;QD=17.4665;RBI=0.00494196;REFB=-0.0173685;REVB=0.00474949;RO=96;SAF=47;SAR=32;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947626;STB=0.515998;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0227394;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:96:95:79:81:0.460227:32:47:58:38:33:48:59:36 chr20 29630725 . T C 48.7 PASS AF=0.0829016;AO=16;DP=193;FAO=16;FDP=193;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=104;FSRR=73;FWDB=-0.0269223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.633;QD=1.00924;RBI=0.0360283;REFB=-0.000935305;REVB=-0.0239422;RO=177;SAF=8;SAR=8;SRF=104;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101403;STB=0.580213;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.010912;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:193:193:177:177:16:16:0.0829016:8:8:104:73:8:8:104:73 chr20 29631613 . TG CA 57.95 PASS AF=0.131868;AO=11;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00557634;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.963;QD=2.54734;RBI=0.0193073;REFB=-0.000853628;REVB=0.0184845;RO=79;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04759;STB=0.567107;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.00619008;OID=.;OPOS=29631613;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:11:12:0.131868:6:5:39:40:7:5:39:40 chr20 29632638 . C A 114.68 PASS AF=0.188119;AO=18;DP=100;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00718191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.137;QD=4.54164;RBI=0.0147666;REFB=-0.00238069;REVB=-0.0129024;RO=80;SAF=12;SAR=6;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286557;STB=0.696702;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00779894;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:80:82:18:19:0.188119:6:12:35:45:6:13:36:46 chr20 29632643 . T C 39.06 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00364018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0387;QD=1.47393;RBI=0.0176469;REFB=0.00235489;REVB=0.0172674;RO=93;SAF=8;SAR=2;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382432;STB=0.799401;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0334721;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:106:93:96:10:10:0.0943396:2:8:44:49:2:8:45:51 chr20 29632660 . G T 31.83 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0289693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0978;QD=0.987064;RBI=0.0479433;REFB=-0.0012667;REVB=-0.0382013;RO=115;SAF=7;SAR=3;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264327;STB=0.709263;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00558232;OID=.;OPOS=29632660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:115:119:10:10:0.0775194:3:7:53:62:3:7:56:63 chr20 29632662 . G C 262.91 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=134;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0209388;FXX=0.111932;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.065;QD=8.83744;RBI=0.0260137;REFB=-0.0138695;REVB=-0.0154363;RO=83;SAF=18;SAR=17;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530634;STB=0.535232;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0275329;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:119:83:84:35:35:0.294118:17:18:39:44:17:18:39:45 chr20 29632674 . T TA 39.04 PASS AF=0.193103;AO=26;DP=147;FAO=28;FDP=145;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.183032;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.1242;QD=1.07693;RBI=0.191879;REFB=-0.0378895;REVB=0.0575899;RO=116;SAF=17;SAR=9;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270827;STB=0.559604;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.0315558;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193103:26:147:28:145:117:15:13:54:63:39:116:17:9:51:65 chr20 29632707 . G A 163.13 PASS AF=0.186667;AO=28;DP=151;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=-0.00423516;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.644;QD=4.35001;RBI=0.0181798;REFB=-0.00111987;REVB=-0.0176796;RO=122;SAF=14;SAR=14;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314408;STB=0.526648;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00592803;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:122:122:28:28:0.186667:14:14:58:64:14:14:57:65 chr20 29632709 . C T 204.01 PASS AF=0.216216;AO=32;DP=147;FAO=32;FDP=148;FR=.;FRO=116;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0347419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.317;QD=5.51367;RBI=0.0347941;REFB=-0.00846798;REVB=0.00190402;RO=115;SAF=11;SAR=21;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21731;STB=0.63136;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0173606;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:115:116:32:32:0.216216:21:11:59:56:21:11:59:57 chr20 29632714 . CT AG 170.8 PASS AF=0.2;AO=28;DP=144;FAO=29;FDP=145;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.00822704;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.875;QD=4.71182;RBI=0.00876552;REFB=-0.00421008;REVB=-0.00302493;RO=116;SAF=10;SAR=18;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195152;STB=0.632935;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=0.0272897;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:116:116:28:29:0.2:18:10:59:57:19:10:59:57 chr20 29632719 . C T 33.66 PASS AF=0.0763889;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.0104916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.394;QD=0.934984;RBI=0.0334128;REFB=-0.000523509;REVB=-0.0317229;RO=132;SAF=8;SAR=3;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298677;STB=0.74833;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.022769;OID=.;OPOS=29632719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:144:132:133:11:11:0.0763889:3:8:60:72:3:8:60:73 chr20 29633854 . G A 89.0 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.0247002;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.229;QD=3.29627;RBI=0.0880323;REFB=-0.00306852;REVB=-0.084496;RO=73;SAF=16;SAR=1;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649907;STB=0.938567;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0279357;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:108:73:91:17:17:0.157407:1:16:34:39:1:16:39:52 chr20 29633887 . G A 97.33 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=136;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0481346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.652;QD=2.86252;RBI=0.0597496;REFB=-0.00301431;REVB=-0.0353988;RO=112;SAF=6;SAR=14;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258042;STB=0.66801;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.018209;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:136:136:112:116:20:20:0.147059:14:6:56:56:14:6:57:59 chr20 29633894 . C A 46.44 PASS AF=0.0928571;AO=12;DP=143;FAO=13;FDP=140;FR=.;FRO=127;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=68;FWDB=-0.0192479;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.251;QD=1.3268;RBI=0.0215642;REFB=-0.00432727;REVB=0.00972299;RO=129;SAF=2;SAR=10;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354298;STB=0.808896;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0379147;OID=.;OPOS=29633894;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:143:140:129:127:12:13:0.0928571:10:2:59:70:11:2:59:68 chr20 29633900 . A G 31.47 PASS AF=0.0728477;AO=9;DP=151;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.0194092;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.292;QD=0.833656;RBI=0.0667063;REFB=5.84474e-05;REVB=0.0638201;RO=140;SAF=3;SAR=6;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108116;STB=0.662045;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00333125;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:151:151:140:140:9:11:0.0728477:6:3:61:79:8:3:61:79 chr20 29633915 . C T 37.39 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=-0.036952;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.331;QD=0.977441;RBI=0.0565116;REFB=-0.00251664;REVB=-0.0427564;RO=134;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518148;STB=0.518571;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0411713;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:154:153:134:141:12:12:0.0784314:7:5:50:84:7:5:56:85 chr20 29633916 . G T 565.55 PASS AF=0.513514;AO=56;DP=151;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00265902;FXX=0.269719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.883;QD=20.3803;RBI=0.0154535;REFB=-0.00934976;REVB=-0.015223;RO=53;SAF=19;SAR=37;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107143;STB=0.557768;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0102549;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:111:53:54:56:57:0.513514:37:19:24:29:37:20:25:29 chr20 29633929 . A G 537.47 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.00877112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.076;QD=14.5262;RBI=0.00921332;REFB=-0.0023671;REVB=0.00282007;RO=88;SAF=24;SAR=35;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225887;STB=0.515508;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00219642;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:89:59:59:0.398649:35:24:34:54:35:24:34:55 chr20 29633938 . A G 120.66 PASS AF=0.163121;AO=23;DP=141;FAO=23;FDP=141;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0419738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3111;QD=3.42307;RBI=0.0421152;REFB=0.00399488;REVB=-0.00344822;RO=118;SAF=8;SAR=15;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906979;STB=0.559868;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0305472;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:118:118:23:23:0.163121:15:8:49:69:15:8:49:69 chr20 29633952 . C T 280.81 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=129;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0114168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.472;QD=8.70728;RBI=0.018006;REFB=-0.0123451;REVB=-0.0139238;RO=90;SAF=18;SAR=20;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116411;STB=0.563394;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.020064;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:91:38:38:0.294574:20:18:34:56:20:18:35:56 chr20 29652157 . G A 42.74 PASS AF=0.0737327;AO=16;DP=219;FAO=16;FDP=217;FR=.;FRO=201;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=122;FWDB=-0.0286523;FXX=0.0136357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.898;QD=0.787902;RBI=0.0296857;REFB=-0.000834703;REVB=-0.00776438;RO=201;SAF=10;SAR=6;SRF=79;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254114;STB=0.705385;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0115769;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:219:217:201:201:16:16:0.0737327:6:10:79:122:6:10:79:122 chr20 29652164 . GC AC,TT 115.34 PASS AF=0.102564,0.0410256;AO=20,8;DP=210;FAO=20,8;FDP=195;FR=.;FRO=167;FSAF=13,3;FSAR=7,5;FSRF=54;FSRR=113;FWDB=-0.0172456,0.0122864;FXX=0.0714252;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=150.335,88.1928;QD=2.36586;RBI=0.0183091,0.0415188;REFB=6.58693e-05,-0.00102531;REVB=0.00614916,-0.0396592;RO=164;SAF=13,3;SAR=7,5;SRF=52;SRR=112;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393657,0.0597394;STB=0.768624,0.553861;STBP=0.03,0.791;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00484994,0.00665707;OID=.,.;OPOS=29652164,29652164;OREF=G,GC;OALT=A,TT;OMAPALT=AC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:210:195:164:167:20,8:20,8:0.102564,0.0410256:7,5:13,3:52:112:7,5:13,3:54:113 chr20 29652166 . G A 86.84 PASS AF=0.109005;AO=23;DP=211;FAO=23;FDP=211;FR=.;FRO=188;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=121;FWDB=-0.0227411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2571;QD=1.6462;RBI=0.030233;REFB=-0.00207915;REVB=0.0199218;RO=188;SAF=11;SAR=12;SRF=67;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153974;STB=0.609747;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0235306;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:211:211:188:188:23:23:0.109005:12:11:67:121:12:11:67:121 chr20 29652172 . TG CA,CG 2095.29 PASS AF=0.368687,0.469697;AO=72,93;DP=203;FAO=73,93;FDP=198;FR=.;FRO=32;FSAF=28,24;FSAR=45,69;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0234397,-0.0158395;FXX=0.0246293;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.879,94.4861;QD=42.3291;RBI=0.0327186,0.0224267;REFB=-0.00199081,-0.000822509;REVB=0.0228274,-0.0158767;RO=32;SAF=28,24;SAR=44,69;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00836663,-0.07026;STB=0.502762,0.537654;STBP=0.942,0.222;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00412583,-0.00260266;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:203:198:32:32:72,93:73,93:0.368687,0.469697:44,69:28,24:12:20:45,69:28,24:12:20 chr20 29652183 . G A 172.84 PASS AF=0.164179;AO=33;DP=196;FAO=33;FDP=201;FR=.;FRO=168;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=111;FWDB=-0.0483477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.106;QD=3.43955;RBI=0.0547173;REFB=-0.00830976;REVB=0.0256219;RO=163;SAF=8;SAR=25;SRF=52;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121248;STB=0.598904;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.033889;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:201:163:168:33:33:0.164179:25:8:52:111:25:8:57:111 chr20 29652191 . C T 1986.46 PASS AF=0.777228;AO=157;DP=203;FAO=157;FDP=202;FR=.;FRO=45;FSAF=51;FSAR=106;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0382411;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1675;QD=39.3358;RBI=0.0391213;REFB=-0.0146287;REVB=-0.00825186;RO=44;SAF=51;SAR=106;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138665;STB=0.503495;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00375761;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:44:45:157:157:0.777228:106:51:13:31:106:51:14:31 chr20 29652194 . C T 255.47 PASS AF=0.21;AO=39;DP=198;FAO=42;FDP=200;FR=.;FRO=158;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=107;FWDB=0.00704012;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.357;QD=5.10949;RBI=0.00985656;REFB=-0.00267753;REVB=0.00689844;RO=157;SAF=13;SAR=26;SRF=50;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216732;STB=0.512135;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0206073;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:157:158:39:42:0.21:26:13:50:107:29:13:51:107 chr20 29652196 . T C 121.36 PASS AF=0.133663;AO=27;DP=201;FAO=27;FDP=202;FR=.;FRO=175;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=117;FWDB=-0.0408958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.271;QD=2.40323;RBI=0.0443373;REFB=-0.00720461;REVB=0.0171269;RO=173;SAF=6;SAR=21;SRF=57;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166982;STB=0.618689;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0420758;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:173:175:27:27:0.133663:21:6:57:116:21:6:58:117 chr20 29652235 . CG CC,GC 1216.66 PASS AF=0.686567,0.0895522;AO=87,12;DP=150;FAO=92,12;FDP=134;FR=.;FRO=30;FSAF=33,5;FSAR=59,7;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0161393,-0.0251434;FXX=0.129862;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.1107,182.993;QD=36.3181;RBI=0.0161398,0.026403;REFB=0.00127316,0.000607046;REVB=-0.000132721,0.00805806;RO=29;SAF=28,5;SAR=59,7;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0438398,0.22257;STB=0.524936,0.614233;STBP=0.367,0.422;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00357767,0.0175887;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:134:29:30:87,12:92,12:0.686567,0.0895522:59,7:28,5:7:22:59,7:33,5:8:22 chr20 29652254 . G A 259.01 PASS AF=0.274809;AO=36;DP=132;FAO=36;FDP=131;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=67;FWDB=-0.0329113;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.691;QD=7.90854;RBI=0.0422293;REFB=0.00289933;REVB=0.0264605;RO=95;SAF=15;SAR=21;SRF=28;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15952;STB=0.593743;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00794492;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:95:95:36:36:0.274809:21:15:28:67:21:15:28:67 chr20 29652267 . C G 83.1 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0387599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3952;QD=2.86548;RBI=0.0388722;REFB=0.00157232;REVB=0.00295308;RO=99;SAF=2;SAR=15;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399214;STB=0.784723;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0112554;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:116:116:99:99:17:17:0.146552:15:2:36:63:15:2:36:63 chr20 29965014 . T C 1377.37 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.348;QD=62.6079;RBI=0.0444687;REFB=0;REVB=0.0417187;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136807;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr20 29978216 . T C 850.31 PASS AF=0.925373;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0150516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.574;QD=50.7648;RBI=0.021772;REFB=-0.0457422;REVB=0.0157312;RO=5;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043937;STB=0.522381;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00141352;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:67:5:5:61:62:0.925373:30:31:1:4:31:31:1:4 chr20 30193549 . G T 270.27 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00293782;FXX=0.039992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.1663;QD=22.5228;RBI=0.0275367;REFB=-0.00302331;REVB=0.0273796;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254979;STB=0.514274;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00107764;OID=.;OPOS=30193549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:23:25:25:0.520833:18:7:7:16:18:7:7:16 chr20 30408049 . C A 604.51 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=11;FSRR=55;FWDB=0.0117938;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.948;QD=18.8909;RBI=0.0118002;REFB=-0.0110105;REVB=0.00038901;RO=66;SAF=10;SAR=52;SRF=11;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918626;STB=0.505086;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0107741;OID=.;OPOS=30408049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:66:66:62:62:0.484375:52:10:11:55:52:10:11:55 chr20 30433315 . C T 194.56 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0735464;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.87;QD=23.5834;RBI=0.0735574;REFB=-0.0410927;REVB=0.00127096;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.533945;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0123395;OID=.;OPOS=30433315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:7:7:11:8:7:7 chr20 30452782 . C T 186.67 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00267534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.653;QD=12.874;RBI=0.00389421;REFB=-0.0076238;REVB=0.00282974;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642973;STB=0.539258;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0107169;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:22:23:0.396552:12:10:13:20:13:10:13:22 chr20 30489131 . G A 433.38 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0139112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1242;QD=20.6372;RBI=0.0361914;REFB=0.0184436;REVB=0.033411;RO=41;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174079;STB=0.596661;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0166268;OID=.;OPOS=30489131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:14:29:20:21:14:29:20:21 chr20 30513735 . C T 224.65 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00716295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.96;QD=20.4225;RBI=0.0286173;REFB=-0.0374722;REVB=0.0277063;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230002;STB=0.63624;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0295699;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:8:13:8:14:8:14:8:14 chr20 30676401 . AG A 226.34 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.3705;QD=37.724;RBI=0.286259;REFB=-0.0594885;REVB=0.286129;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.0553188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0254673;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:24:24:0:13:11:0:0:3:3:12:9:1:2 chr20 30746248 . T C 2045.86 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.257;QD=62.4689;RBI=0.0574647;REFB=0;REVB=0.04828;RO=0;SAF=83;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390217;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:48:83:0:0:48:83:0:0 chr20 30777336 . G T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0058445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.235;QD=23.0878;RBI=0.0072046;REFB=-0.0156415;REVB=0.00421285;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367314;STB=0.520529;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.013527;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:9:9:12:10:9:9 chr20 30777800 . T C 661.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.882;QD=61.4939;RBI=0.0559692;REFB=0;REVB=0.0551667;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034087;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr20 30777860 . A G 459.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000228956;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7772;QD=57.399;RBI=0.0080092;REFB=0;REVB=-0.00800593;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135451;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:14:18:0:0 chr20 30795819 . T C 1563.69 PASS AF=1;AO=72;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.508;QD=59.5692;RBI=0.0901004;REFB=0;REVB=0.0435878;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240942;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:72:105:1:19:53:0:0:21:84:0:0 chr20 30915461 . T C 444.89 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00227051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.101;QD=17.9755;RBI=0.00532222;REFB=-0.0118583;REVB=0.0048136;RO=53;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186383;STB=0.607954;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0221756;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:21:24:18:35:21:24:18:36 chr20 30922398 . C T 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.010808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.244;QD=14.1961;RBI=0.0128453;REFB=-0.00700791;REVB=-0.00694185;RO=32;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434782;STB=0.749773;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00733429;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:5:18:12:20:5:18:12:20 chr20 30922435 . T TA 67.34 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.17541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.14963;QD=11.2232;RBI=0.200236;REFB=-0.0850972;REVB=0.0965693;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185092;STB=0.568876;STBP=0.377;TYPE=ins;VARB=0.0506082;OID=.;OPOS=30922436;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:13:29:16:24:8:11:5:4:4:27:14:9:4:7:7 chr20 31022959 . T C 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.85404e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.152;QD=64.1439;RBI=0.0402795;REFB=0;REVB=0.0402795;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123461;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr20 31024274 . T C 145.78 PASS AF=0.5;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0245186;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.55;QD=18.2219;RBI=0.0366334;REFB=-0.00511375;REVB=0.0272184;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00320917;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:15:16:0.5:7:8:7:9:7:9:7:9 chr20 31025163 . A G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00678022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.992;QD=9.49487;RBI=0.0172123;REFB=-0.00105368;REVB=-0.0158206;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130723;STB=0.554817;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00363189;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:4:7:17:6:4:7:17:7 chr20 31025535 . A G 393.48 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.00293329;FXX=0.0560695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.381;QD=15.5832;RBI=0.0181142;REFB=-0.00100173;REVB=-0.0178752;RO=53;SAF=27;SAR=17;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689327;STB=0.532003;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00141015;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:53:57:44:44:0.435644:17:27:36:17:17:27:38:19 chr20 31035129 . A G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00819497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.323;QD=28.2832;RBI=0.0194477;REFB=-0.00444182;REVB=0.0176368;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133856;STB=0.573706;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00282717;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:9:3:10:12:9:3 chr20 31386347 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.252;QD=55.6555;RBI=0.0402085;REFB=0;REVB=0.0116629;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238263;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr20 31388636 . T C 639.7 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0408272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.721;QD=56.8623;RBI=0.051702;REFB=0.0824256;REVB=0.0317212;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390966;STB=0.520824;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0011533;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:23:20:0:2:23:20:0:2 chr20 31436747 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.365;QD=47.8223;RBI=0.0418896;REFB=0;REVB=-0.0415718;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279585;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr20 31494382 . G A 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00319328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.303;QD=10.9433;RBI=0.00772762;REFB=0.0040843;REVB=0.00703697;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18479;STB=0.613927;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0112123;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:10:10:24:12:10:10:25:12 chr20 31584178 . G A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.699;QD=55.8051;RBI=0.0435372;REFB=0.00606105;REVB=0.019849;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000137655;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:34:26:0:0:34:25:1:0 chr20 31587752 . G C 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.758;QD=52.7724;RBI=0.0202128;REFB=-0.135004;REVB=0.0175318;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00301631;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:10:18:0:0:10:18:1:0 chr20 31587793 . A G 501.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8271;QD=58.9672;RBI=0.0700181;REFB=0;REVB=0.0530048;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100468;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr20 31621113 . C T 439.7 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.000227187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.055;QD=21.7137;RBI=0.00548696;REFB=-0.0167741;REVB=-0.00548226;RO=38;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233508;STB=0.628156;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0087171;OID=.;OPOS=31621113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:21:22:9:29:21:22:9:29 chr20 31622083 . G A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1965;QD=57.7115;RBI=0.0360463;REFB=0;REVB=0.0295096;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325774;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr20 31627291 . A G 817.81 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.041;QD=57.3905;RBI=0.0397981;REFB=0;REVB=0.00767936;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50738e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:31:26:0:0 chr20 31652292 . G A 1282.17 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9273;QD=61.7912;RBI=0.0776233;REFB=0;REVB=0.0600613;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713262;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:48:34:0:0:48:35:0:0 chr20 31656632 . C G 2306.37 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267301;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.258;QD=63.1881;RBI=0.0358763;REFB=-0.0791648;REVB=0.0239293;RO=1;SAF=79;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141263;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:145:146:1:0:143:146:1:64:79:1:0:66:80:0:0 chr20 31673846 . A G 820.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116892;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.069;QD=57.6034;RBI=0.0308499;REFB=0;REVB=-0.0285495;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2018e-05;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr20 31676804 . A C 819.92 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5291;QD=55.5876;RBI=0.0716531;REFB=-0.0417971;REVB=-0.0667133;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00036497;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr20 31812923 . G A 976.71 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236542;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.841;QD=59.1945;RBI=0.0236668;REFB=0;REVB=-0.000772103;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133333;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr20 31830955 . T C 297.72 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0183824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2342;QD=20.8928;RBI=0.0249175;REFB=-0.0333531;REVB=-0.0168217;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448687;STB=0.524871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.016736;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:16:15:14:12:16:15:14:12 chr20 31885345 . C T 474.56 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00520953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.784;QD=21.571;RBI=0.00701715;REFB=0.00673637;REVB=0.00470119;RO=41;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028197;STB=0.512383;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00759465;OID=.;OPOS=31885345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:45:46:0.522727:24:21:19:22:24:22:19:23 chr20 31897554 . G C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.027088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.531;QD=11.1977;RBI=0.0272748;REFB=-0.00288387;REVB=-0.0031867;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846107;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00598103;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:13:9:5:7:13:9 chr20 31981849 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.81;QD=54.5173;RBI=0.0689608;REFB=0;REVB=0.0651148;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124031;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr20 32212675 . GC CG,G 32.78 PASS AF=0,0.24359;AO=13,15;DP=78;FAO=0,19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=0,17;FSAR=0,2;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0974009,-0.111159;FXX=0.0126566;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=83.3564,12.1407;QD=1.68103;RBI=0.102511,0.150085;REFB=-0.0369329,-0.160854;REVB=-0.0319607,-0.100842;RO=46;SAF=13,13;SAR=0,2;SRF=17;SRR=29;SSEN=0,0.787709;SSEP=0,0;SSSB=0.785848,0.599633;STB=0.5,0.854924;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.192714;OID=.,.;OPOS=32212675,32212676;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:78:78:46:59:13,15:0,19:0,0.24359:0,2:13,13:17:29:0,2:0,17:29:30 chr20 32212690 . C T 369.89 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00161351;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.579;QD=18.9685;RBI=0.00200754;REFB=-0.0139491;REVB=0.00119449;RO=38;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048909;STB=0.54228;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0127159;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:38:40:38:38:0.487179:15:23:21:17:15:23:21:19 chr20 32256195 . AC A,AT 467.19 PASS AF=0.962963,0;AO=34,3;DP=54;FAO=52,0;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29,0;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.141422,0.016291;FXX=0.0357079;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.1744,55.8479;QD=34.6066;RBI=0.206542,0.0328017;REFB=-0.180539,-0.00222123;REVB=0.15053,-0.0284703;RO=13;SAF=25,0;SAR=9,3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.204315,-0.597541;STB=0.502164,0.5;STBP=0.884,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0907225,0;OID=.,.;OPOS=32256196,32256196;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963,0:34,3:54:52,0:54:2:29,0:23,0:1:1:10:13:25,0:9,3:5:8 chr20 32378813 . C T 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0161221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.382;QD=13.5039;RBI=0.0291481;REFB=-0.00935509;REVB=0.0242836;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443493;STB=0.75295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00298691;OID=.;OPOS=32378813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:2:10:7:9:2:10:8:9 chr20 32379263 . T C 667.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.146;QD=62.0654;RBI=0.0738766;REFB=0;REVB=0.0732555;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04449e-05;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr20 32664866 . G A 197.6 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0163388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.756;QD=26.3467;RBI=0.0165966;REFB=-0.00259531;REVB=0.00291374;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460427;STB=0.540594;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000817965;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:10:11:19:19:0.633333:9:10:6:4:9:10:7:4 chr20 32664880 . T C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0297457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3735;QD=13.4402;RBI=0.0357648;REFB=-0.0480274;REVB=-0.0198573;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0748357;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr20 32972053 . TGCA T 326.81 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00406728;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=284.871;QD=48.4166;RBI=0.00560174;REFB=-0.0350129;REVB=0.00385184;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.00112955;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925926:25:26:25:27:2:14:11:2:0:10:0:14:11:0:0 chr20 33000354 . T C 385.15 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.056765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1689;QD=20.5414;RBI=0.0582988;REFB=-0.0112928;REVB=0.013285;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351619;STB=0.519471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00820262;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:19:17:20:19:19:17 chr20 33104592 . G C 246.29 PASS AF=0.39726;AO=30;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0133869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5865;QD=13.4951;RBI=0.0947501;REFB=0.00918547;REVB=0.0937997;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342934;STB=0.531288;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0126101;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:30:29:0.39726:14:16:21:21:13:16:22:22 chr20 33337751 . T C 315.21 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0134633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7202;QD=22.5147;RBI=0.0162634;REFB=0.00532729;REVB=-0.00912345;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734863;STB=0.540515;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00436293;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:15:9:15:17:15:9 chr20 33451148 . G A 469.56 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.00290161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2959;QD=12.1964;RBI=0.05115;REFB=-0.00773215;REVB=0.0510676;RO=97;SAF=34;SAR=23;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049734;STB=0.52822;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0146122;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:97:97:57:57:0.37013:23:34:62:35:23:34:62:35 chr20 33462951 . G T 121.58 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.103064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3247;QD=12.798;RBI=0.109418;REFB=0.0262035;REVB=-0.0367443;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425639;STB=0.675065;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0432239;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:23:14:15:0.394737:12:2:11:13:12:3:10:13 chr20 33470694 . C T 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0167404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.397;QD=13.8908;RBI=0.0167431;REFB=-0.00363754;REVB=0.000296032;RO=61;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851826;STB=0.548111;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00450877;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:18:23:39:22:18:23:39:22 chr20 33565480 . C T 70.03 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00125946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.63;QD=18.6734;RBI=0.0131855;REFB=-0.0626502;REVB=-0.0131253;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251651;STB=0.666369;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0539069;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:15:4:6:8:9:0.6:5:3:0:4:6:3:0:6 chr20 33572941 . A G 53.23 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0289516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.828;QD=7.60377;RBI=0.0842853;REFB=-0.00893114;REVB=-0.079157;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252565;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00762779;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:8:12:3:5:8:12 chr20 33578899 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0297624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.602;QD=15.9151;RBI=0.0297816;REFB=-0.0152224;REVB=-0.00106963;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182225;STB=0.602667;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0149252;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:21:13:16:12:21:13 chr20 33581955 . G A 285.83 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0049032;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.435;QD=17.864;RBI=0.0469835;REFB=0.0123661;REVB=0.0467269;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116669;STB=0.565307;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00820188;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:15:18:13:18:15:18 chr20 33583331 . A G 232.72 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9021;QD=46.543;RBI=0.038856;REFB=-0.16287;REVB=0.0330565;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.516112;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0206645;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:20:0:1:19:19:0.95:4:15:0:0:4:15:1:0 chr20 33584289 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00792384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.877;QD=9.91658;RBI=0.02501;REFB=-0.00320538;REVB=0.0237216;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00630297;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr20 33657126 . G A 378.3 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0208695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4764;QD=17.5955;RBI=0.0211191;REFB=-0.0335555;REVB=-0.00323704;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386799;STB=0.521601;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0552794;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:19:21:26:20:19:21:26:20 chr20 33867924 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00125106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.603;QD=12.7371;RBI=0.00540532;REFB=-0.0027019;REVB=0.00525855;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547586;STB=0.532217;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00388714;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:10:18:11:5:10:18 chr20 33874720 . C T 191.4 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0715321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.382;QD=14.1777;RBI=0.071546;REFB=-0.0139378;REVB=0.00140989;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164674;STB=0.52172;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0209927;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:22:23:0.425926:11:11:15:16:11:12:15:16 chr20 33969530 . C T 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00874139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.96;QD=17.7294;RBI=0.00966396;REFB=0.000490982;REVB=-0.00412072;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000720433;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:9:10:7:10:9:10 chr20 33971914 . C T 271.45 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00628331;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4968;QD=14.2866;RBI=0.00765618;REFB=0.0129479;REVB=-0.0043746;RO=44;SAF=8;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205961;STB=0.612953;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.024716;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:45:31:31:0.407895:23:8:19:25:23:8:19:26 chr20 34022196 . C T 294.87 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0399685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0948;QD=15.3179;RBI=0.0570345;REFB=-0.0101229;REVB=0.0406872;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799238;STB=0.556488;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0169953;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:44:33:33:0.428571:16:17:25:17:16:17:27:17 chr20 34022672 . C A 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00202015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.043;QD=18.055;RBI=0.00310219;REFB=-0.014141;REVB=-0.00235427;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815122;STB=0.545427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0159592;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:18:15:18:15:18:15:19:16 chr20 34062642 . C T 299.26 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0108468;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.891;QD=19.9505;RBI=0.038425;REFB=-0.00306284;REVB=-0.0368623;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634077;STB=0.526299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00587995;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:28:31:32:0.533333:19:12:12:14:20:12:12:16 chr20 34089718 . G T 147.2 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=1.48856e-05;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.669;QD=12.2666;RBI=0.0241615;REFB=-0.00727753;REVB=0.0241615;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859308;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0139272;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:13:18:10:7:13:18 chr20 34116307 . C T 183.35 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00242169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0798;QD=17.8877;RBI=0.0109612;REFB=-0.00776817;REVB=0.0106904;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642331;STB=0.536701;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00599042;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:15:7:5:14:15:7 chr20 34144107 . T C 697.77 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0381815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.347;QD=48.1222;RBI=0.038316;REFB=-0.135577;REVB=-0.00320804;RO=2;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303767;STB=0.538447;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00167517;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:2:5:53:53:0.913793:30:23:0:2:30:23:0:5 chr20 34144746 . A G 357.19 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0322945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6436;QD=16.8092;RBI=0.0453215;REFB=-0.0198148;REVB=-0.0317979;RO=47;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662895;STB=0.543858;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0167881;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:37:38:0.447059:18:19:21:26:18:20:21:26 chr20 34146779 . T C 167.03 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00791289;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.665;QD=11.5194;RBI=0.0132671;REFB=0.000174315;REVB=0.010649;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558946;STB=0.538971;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-3.13378e-05;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:12:24:13:8:12:25 chr20 34147998 . A G 499.91 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00943685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.77;QD=15.5012;RBI=0.0228529;REFB=-0.0167529;REVB=-0.0208135;RO=74;SAF=35;SAR=19;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102352;STB=0.549611;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0231518;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:54:55:0.426357:19:35:41:33:20:35:41:33 chr20 34148001 . C T 512.87 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0330686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.101;QD=15.7807;RBI=0.0332281;REFB=-0.0147611;REVB=-0.00325189;RO=74;SAF=36;SAR=20;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950862;STB=0.553345;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0222407;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:20:36:41:33:20:36:41:33 chr20 34148322 . T G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0105131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2129;QD=15.3771;RBI=0.0160809;REFB=-0.0215498;REVB=0.0121684;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0240825;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:8:6:7:5:8:6 chr20 34150714 . C G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0343042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.067;QD=13.5766;RBI=0.0355945;REFB=-0.00585906;REVB=0.00949692;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151548;STB=0.588105;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.011634;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:6:13:7:6:6:13 chr20 34152684 . C T 265.39 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0145259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.809;QD=27.2198;RBI=0.0145745;REFB=0.00526261;REVB=0.00118877;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354928;STB=0.519634;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0036959;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:8:7:10:14:8:7 chr20 34164422 . T C 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1858;QD=57.2255;RBI=0.0239258;REFB=0;REVB=0.0178236;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18185e-05;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr20 34169971 . T C 149.71 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0199219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.263;QD=28.5159;RBI=0.0435438;REFB=-0.0174776;REVB=0.0387193;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332961;STB=0.551653;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0108016;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:5:6:15:15:0.714286:10:5:2:3:10:5:3:3 chr20 34170035 . C G 224.26 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000740473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.766;QD=42.7153;RBI=0.0461474;REFB=-0.163079;REVB=0.0461414;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.555497;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0032897;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:11:8:0:0:11:8:2:0 chr20 34170316 . C A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00237844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.497;QD=57.3927;RBI=0.0297064;REFB=-0.04463;REVB=0.029611;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000249033;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr20 34173046 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.019175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.105;QD=13.0149;RBI=0.0206577;REFB=-0.024152;REVB=-0.00768507;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320977;STB=0.525726;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0469671;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:21:10:7:13:22:10 chr20 34173178 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.802;QD=59.4354;RBI=0.0118926;REFB=0;REVB=0.00824049;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62171e-07;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr20 34179907 . C T 940.84 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00891135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7914;QD=57.0205;RBI=0.0340915;REFB=0.0337263;REVB=-0.0329062;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00288659;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr20 34183479 . C T 212.72 PASS AF=0.5;AO=13;DP=38;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0216847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6657;QD=20.2591;RBI=0.025337;REFB=-0.0291146;REVB=-0.0131048;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27196;STB=0.673588;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0280062;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:16:21:13:21:0.5:7:6:12:4:15:6:13:8 chr20 34186953 . T C 184.41 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.067769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.621;QD=17.9908;RBI=0.0723304;REFB=-0.0116325;REVB=-0.0252794;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133747;STB=0.562594;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0127132;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:10:9:13:8:10:9:13:9 chr20 34187697 . A G 120.08 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000700872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.72;QD=14.1273;RBI=0.0366993;REFB=-0.009602;REVB=-0.0366926;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0179095;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:10:9:8:6:11:9 chr20 34187728 . T G 123.21 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00789053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.9;QD=16.4285;RBI=0.0629271;REFB=-0.0245525;REVB=0.0624304;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249743;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0175546;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:16:14:14:0.466667:9:5:5:8:9:5:6:10 chr20 34194243 . A G 235.46 PASS AF=0.547619;AO=15;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0546288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.779;QD=22.4244;RBI=0.0692068;REFB=-0.0638168;REVB=0.0424886;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066765;STB=0.516115;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0601769;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:19:15:23:0.547619:12:3:4:12:15:8:6:13 chr20 34215234 . C CA 42.65 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.157762;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7997;QD=5.88342;RBI=0.217358;REFB=0.0222642;REVB=0.149518;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897431;STB=0.572359;STBP=0.637;TYPE=ins;VARB=-0.00723521;OID=.;OPOS=34215235;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:9:31:9:29:20:5:4:9:11:42:21:5:4:10:11 chr20 34218673 . G C 129.1 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00678413;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.567;QD=12.0089;RBI=0.0401194;REFB=0.0123529;REVB=-0.0395417;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192957;STB=0.613351;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0175061;OID=.;OPOS=34218673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:18:10:8:7:18:10 chr20 34219496 . T C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0222256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.413;QD=9.65116;RBI=0.0223102;REFB=0.00154588;REVB=0.00194057;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881337;STB=0.553116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0027518;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:19:14:7:7:19:14 chr20 34243017 . C T 383.36 PASS AF=0.427083;AO=37;DP=93;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00656739;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.747;QD=15.9735;RBI=0.0104021;REFB=-0.0126651;REVB=0.00806673;RO=52;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07852;STB=0.522811;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0175246;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:52:55:37:41:0.427083:17:20:32:20:18:23:33:22 chr20 34260692 . C T 182.13 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0278203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.313;QD=16.9424;RBI=0.0286037;REFB=-0.0167798;REVB=-0.00664846;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256938;STB=0.51469;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0271767;OID=.;OPOS=34260692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:12:12:9:10:12:12 chr20 34324456 . A T 250.75 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00631464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4465;QD=12.2316;RBI=0.011426;REFB=-0.0206887;REVB=-0.00952255;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132621;STB=0.569533;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.039479;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:16:14:30:21:16:14:30:22 chr20 34324484 . A C 271.8 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00128219;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.705;QD=13.2584;RBI=0.0128333;REFB=-0.00609449;REVB=0.0127691;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374882;STB=0.536563;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00776387;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:50:31:32:0.390244:15:16:27:22:16:16:28:22 chr20 34357783 . AATTTT A 51.94 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00933694;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=5;MLLD=227.632;QD=13.8512;RBI=0.0250634;REFB=-0.0164709;REVB=0.0232593;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.0142662;OID=.;OPOS=34357784;OREF=ATTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:13:7:15:8:4:3:5:3:51:2:4:3:1:1 chr20 34502107 . G A 154.93 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.000761478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6186;QD=22.9521;RBI=0.0535963;REFB=0.00527936;REVB=-0.0535909;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176453;STB=0.599867;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00548197;OID=.;OPOS=34502107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:5:6:12:4:5:6 chr20 34542365 . C G 452.03 PASS AF=0.441441;AO=44;DP=107;FAO=49;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0101237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.671;QD=16.2895;RBI=0.0199675;REFB=-0.00940475;REVB=-0.0172108;RO=44;SAF=16;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127432;STB=0.540967;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0117199;OID=.;OPOS=34542365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:44:61:44:49:0.441441:28:16:22:22:33:16:24:37 chr20 34542404 . G C 289.43 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0261101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.098;QD=18.9792;RBI=0.0264716;REFB=-0.023664;REVB=-0.00436012;RO=26;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358317;STB=0.506662;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0229472;OID=.;OPOS=34542404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:30:31:31:0.508197:19:12:9:17:19:12:12:18 chr20 34782171 . T C 116.54 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00511694;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0157;QD=16.6492;RBI=0.102225;REFB=-0.0149198;REVB=-0.102097;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412888;STB=0.523774;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0247199;OID=.;OPOS=34782171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:12:3:3:10:12:3 chr20 34820647 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00959643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.704;QD=15.5772;RBI=0.0100007;REFB=-0.0332061;REVB=0.00281478;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166599;STB=0.57888;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0361317;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:30:24:24:0.444444:8:16:14:14:8:16:16:14 chr20 35710453 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5222;QD=59.4332;RBI=0.0777702;REFB=0;REVB=-0.00493123;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125773;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr20 35807790 . G GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 142.13 PASS AF=0.421053;AO=11;DP=44;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00892516;FXX=0.173875;HRUN=1;LEN=29;MLLD=522.079;QD=14.9609;RBI=0.0203109;REFB=-0.0235506;REVB=0.0182448;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130723;STB=0.687686;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.0165429;OID=.;OPOS=35807791;OREF=-;OALT=CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:11:44:16:38:22:7:9:17:5:99:23:7:4:17:6 chr20 36030939 . G C 1396.88 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0722;QD=62.781;RBI=0.0639655;REFB=0;REVB=0.0514311;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107758;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:38:50:0:0:39:50:0:0 chr20 36146148 . T C 1512.24 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460487;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.442;QD=59.8906;RBI=0.0268591;REFB=0;REVB=0.0264614;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107074;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr20 36603807 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.983;QD=48.7373;RBI=0.0559495;REFB=0;REVB=0.0282022;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475815;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr20 36615585 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.012324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.396;QD=14.686;RBI=0.0182367;REFB=0.00655501;REVB=-0.0134422;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161199;STB=0.596644;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00874656;OID=.;OPOS=36615585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:16:15:27:15:16:15:28:15 chr20 36668874 . G A 368.99 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=98;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.000258905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=14.9088;RBI=0.0125897;REFB=-0.0139757;REVB=0.0125871;RO=59;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585091;STB=0.540071;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0214801;OID=.;OPOS=36668874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:59:39:40:0.40404:19:20:27:32:19:21:27:32 chr20 36841756 . T C 82.24 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0318938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1636;QD=19.3503;RBI=0.0321163;REFB=-0.0306603;REVB=-0.00377368;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.02489;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:2:5:3:7:2:5 chr20 36842096 . AGC AG,CAG 112.77 PASS AF=0.377358,0;AO=17,2;DP=52;FAO=20,0;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=19,0;FSAR=1,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0406436,0.0147618;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=17.8343,28.3184;QD=8.51085;RBI=0.0418613,0.0545989;REFB=-0.0619841,-0.029934;REVB=0.010023,0.0525655;RO=32;SAF=17,2;SAR=0,0;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.788235,0.39878;STB=0.860134,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.107792,0;OID=.,.;OPOS=36842098,36842096;OREF=C,AGC;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:17,2:20,0:0.377358,0:0,0:17,2:20:12:1,0:19,0:21:12 chr20 36845738 . C T 328.57 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00884719;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.288;QD=20.2197;RBI=0.0224368;REFB=-0.0316326;REVB=0.0206189;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103823;STB=0.550429;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0277698;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:14:20:14:16:14:20:15:16 chr20 36850940 . G C 456.99 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00622391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7589;QD=19.6555;RBI=0.103612;REFB=-0.00791991;REVB=-0.103425;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695627;STB=0.53859;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00792886;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:20:26:23:24:20:26:23:24 chr20 36870122 . T A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0151508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.324;QD=16.6155;RBI=0.0187734;REFB=0.00328197;REVB=0.0110858;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369472;STB=0.509543;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00679955;OID=.;OPOS=36870122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:11:9:7:10:12:9 chr20 36946848 . G A 309.71 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0156336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.402;QD=18.7705;RBI=0.0375547;REFB=-0.035468;REVB=0.0341459;RO=33;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14076;STB=0.565177;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0346224;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:22:10:15:18:22:11:15:18 chr20 36952342 . C T 401.02 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0306397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7211;QD=24.3039;RBI=0.0649205;REFB=-0.0262906;REVB=0.0572353;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125551;STB=0.568686;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.015252;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:18:21:19:8:18:21:19:8 chr20 36956026 . A G 316.72 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00788482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.77;QD=18.6305;RBI=0.0815787;REFB=-0.0232878;REVB=-0.0811967;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101566;STB=0.545672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.013503;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:12:21:18:16:13:21:18:16 chr20 36959436 . T G 308.94 PASS AF=0.472222;AO=31;DP=74;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00957853;FXX=0.111097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.132;QD=17.1635;RBI=0.0286799;REFB=-0.0337089;REVB=0.0270331;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999007;STB=0.527761;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0315363;OID=.;OPOS=36959436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:34:38:31:34:0.472222:17:14:19:15:17:17:21:17 chr20 36974945 . C T 484.83 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0408604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.21;QD=26.5659;RBI=0.0456639;REFB=-0.0263184;REVB=0.0203867;RO=27;SAF=31;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747065;STB=0.550523;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0103526;OID=.;OPOS=36974945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:28:45:45:0.616438:14:31:16:11:14:31:16:12 chr20 36979265 . T C 194.19 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.021305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=18.4941;RBI=0.0214663;REFB=-0.0358577;REVB=0.00262611;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0370537;OID=.;OPOS=36979265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:21:19:21:0.5:13:6:5:14:15:6:6:15 chr20 36989381 . G A 1012.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109667;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.971;QD=59.5314;RBI=0.0711622;REFB=0;REVB=-0.0703121;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06575e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr20 37005536 . T C 1511.05 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512328;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.702;QD=59.2568;RBI=0.0513181;REFB=0;REVB=-0.0029574;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2088e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:97:102:1:49:48:0:0:49:53:0:0 chr20 37062583 . T C 1302.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000192833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.369;QD=62.0007;RBI=0.009287;REFB=0;REVB=0.00928499;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91075e-06;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr20 37070737 . C T 422.94 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0125732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.461;QD=18.3888;RBI=0.0184039;REFB=-0.0101363;REVB=0.0134394;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100565;STB=0.55497;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0124741;OID=.;OPOS=37070737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:49:43:43:0.467391:21:22:19:28:21:22:20:29 chr20 37203813 . C T 919.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000659474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.769;QD=58.406;RBI=0.0176804;REFB=0;REVB=0.0176681;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110564;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr20 37257590 . C G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0109308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.225;QD=13.5148;RBI=0.0120042;REFB=0.0127126;REVB=0.00496161;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0177015;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:21:21:14:14:21:21 chr20 37277271 . C T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00928159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.259;QD=26.4935;RBI=0.0226089;REFB=-0.00329924;REVB=-0.0206159;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121332;STB=0.567489;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00150899;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:6:3:9:8:6:3 chr20 37279376 . TGACGA T 441.95 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00871956;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=5;MLLD=248.186;QD=19.2153;RBI=0.0088026;REFB=-0.00686535;REVB=0.00120624;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519648;STB=0.530443;STBP=0.596;TYPE=del;VARB=0.00717709;OID=.;OPOS=37279377;OREF=GACGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:43:94:44:92:48:25:19:30:18:99:44:25:18:28:16 chr20 37377139 . C T 383.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4632;QD=54.7872;RBI=0.0760215;REFB=0;REVB=0.0728714;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259579;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:9:17:0:0:11:17:0:0 chr20 37383640 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.352;QD=51.9155;RBI=0.065049;REFB=0;REVB=0.0647497;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610207;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr20 37390255 . G GTC 949.54 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0252122;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.894;QD=51.3263;RBI=0.0279243;REFB=-0.00714979;REVB=0.0120047;RO=6;SAF=40;SAR=28;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123994;STB=0.506577;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=0.000280395;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918919:68:75:68:74:6:40:28:4:2:23:6:40:28:4:2 chr20 37396120 . A G,T 717.91 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023405,0.0582069;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.6217,68.4777;QD=56.3069;RBI=0.0234101,0.058418;REFB=0,0;REVB=0.00048848,0.0049619;RO=0;SAF=33,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00119006,-0.025444;OID=.,.;OPOS=37396120,37396120;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:16,0:33,2:0:0:16,0:33,2:0:0 chr20 37501507 . T C 393.09 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00664626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.218;QD=19.6546;RBI=0.00769378;REFB=-0.0462029;REVB=-0.00387576;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243184;STB=0.623704;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0247576;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:40:40:40:0.5:19:21:9:28:19:21:11:29 chr20 37977945 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.271;QD=59.4356;RBI=0.0440595;REFB=0;REVB=0.0381989;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433732;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr20 37981504 . C T 443.39 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0177631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.823;QD=15.03;RBI=0.0240604;REFB=-0.00109822;REVB=0.0162288;RO=68;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194724;STB=0.510932;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00128656;OID=.;OPOS=37981504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:27:23:30:38:27:23:30:38 chr20 39609426 . C T 1590.96 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3299;QD=58.9243;RBI=0.0429475;REFB=-0.10656;REVB=0.00543379;RO=1;SAF=63;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747485;STB=0.503936;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000654258;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:44:63:1:0:44:63:1:0 chr20 39634616 . C T 336.62 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0148596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7938;QD=17.2625;RBI=0.0192043;REFB=-0.0320215;REVB=-0.0121654;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190605;STB=0.607082;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0298013;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:24:12:22:20:24:12:22:20 chr20 39797465 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.906;QD=60.2307;RBI=0.0165945;REFB=0;REVB=-0.000614922;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91186e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr20 39803078 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00367159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.003;QD=19.9759;RBI=0.0220387;REFB=-0.0100051;REVB=-0.0217307;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885636;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0129528;OID=.;OPOS=39803078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:12:8:10:10:12:8 chr20 39807769 . G A 558.24 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0128325;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2871;QD=20.2997;RBI=0.0518729;REFB=0.00933874;REVB=-0.0502606;RO=53;SAF=29;SAR=28;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116571;STB=0.564097;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00932961;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:53:53:57:57:0.518182:28:29:34:19:28:29:34:19 chr20 39810172 . G T 228.89 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0703083;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6795;QD=17.6073;RBI=0.0703147;REFB=0.014127;REVB=-0.000952618;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137579;STB=0.577275;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0169953;OID=.;OPOS=39810172;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:12:13:10:17:12:13:10:17 chr20 39986085 . A C 382.52 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6322;QD=52.7612;RBI=0.0510362;REFB=-0.0528722;REVB=0.0113105;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0105359;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:1:0:11:17:1:0 chr20 39986540 . G A 661.33 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0121218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1009;QD=18.6289;RBI=0.0208032;REFB=-0.0236251;REVB=0.0169067;RO=75;SAF=38;SAR=29;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599267;STB=0.50332;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0280392;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:29:38:43:32:29:38:43:32 chr20 39989181 . C T 222.66 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00485537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5599;QD=12.5441;RBI=0.0226081;REFB=-0.00858102;REVB=-0.0220806;RO=42;SAF=21;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152549;STB=0.611022;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0228853;OID=.;OPOS=39989181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:44:27:27:0.380282:6:21:28:14:6:21:28:16 chr20 39990614 . C T 265.22 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0183384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.551;QD=17.9808;RBI=0.0203069;REFB=-0.0140922;REVB=-0.00872207;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122847;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0132415;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:15:13:10:20:16:13:10:20 chr20 39992391 . G A 366.18 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00242616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.884;QD=16.2747;RBI=0.0025364;REFB=-0.0132399;REVB=-0.000739657;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915764;STB=0.505152;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0217392;OID=.;OPOS=39992391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:18:21:27:24:18:21:27:24 chr20 40043913 . C T 264.43 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0138393;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8486;QD=17.9274;RBI=0.0138605;REFB=-0.0333247;REVB=0.000765673;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760813;STB=0.542561;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0393559;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:17:13:15:14:17:13 chr20 40179920 . C T 66.99 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0011019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.426;QD=14.8868;RBI=0.00197425;REFB=-0.0171094;REVB=0.00163814;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0196891;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:18:18:8:9:9:9:0.5:3:6:3:5:3:6:3:6 chr20 40701456 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.455;QD=58.061;RBI=0.0126927;REFB=0;REVB=0.0119593;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10046e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr20 40702071 . G A 174.66 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0154164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.913;QD=13.4356;RBI=0.0155533;REFB=-0.0154746;REVB=-0.00205965;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523969;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0261895;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:12:8:12:18:13:8:13:18 chr20 41306600 . A G 1549.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.115;QD=63.8829;RBI=0.0161538;REFB=0;REVB=-0.0159725;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20471e-05;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr20 42089511 . T C 176.22 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0247349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.39;QD=20.7315;RBI=0.0247377;REFB=-0.00889594;REVB=-0.000376452;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956689;STB=0.554201;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00760722;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:6:10:13:5:6:10 chr20 42168879 . G A 378.88 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0159669;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.925;QD=32.9458;RBI=0.0164045;REFB=-0.0295701;REVB=0.00376356;RO=15;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154586;STB=0.561566;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00878152;OID=.;OPOS=42168879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:15:31:31:0.673913:14:17:12:3:14:17:11:4 chr20 42170019 . G A 152.8 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00441257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.986;QD=13.5822;RBI=0.00798241;REFB=-0.00920983;REVB=-0.00665192;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12402;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0130032;OID=.;OPOS=42170019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:13:15:11:6:13:15 chr20 42211959 . G A 134.29 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0186753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.953;QD=16.2771;RBI=0.0190375;REFB=0.0026592;REVB=-0.0036958;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354044;STB=0.708759;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00410258;OID=.;OPOS=42211959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:7:11:13:2:7:11 chr20 42225114 . G A 768.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.768;QD=62.7624;RBI=0.0220884;REFB=0;REVB=0.0196796;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34917e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:26:23:0:0 chr20 42310509 . T C 306.64 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.881;QD=53.3283;RBI=0.0581506;REFB=0;REVB=0.0398851;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004432;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr20 42328639 . T C 1186.82 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.399;QD=60.8626;RBI=0.0374448;REFB=0;REVB=0.0361716;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193468;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:30:45:0:0:33:45:0:0 chr20 42425127 . G A 231.48 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0166085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8489;QD=12.3455;RBI=0.0169268;REFB=-0.00185492;REVB=0.00326709;RO=46;SAF=7;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3585;STB=0.701976;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00570991;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:21:7:26:20:21:7:26:21 chr20 42425178 . A G 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00771577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.161;QD=11.7418;RBI=0.0328209;REFB=-0.00558928;REVB=0.0319011;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303606;STB=0.676909;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0132727;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:15:6:20:16:15:6:20:16 chr20 42747247 . C T 356.09 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00470416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.541;QD=16.5625;RBI=0.0049647;REFB=-0.0179147;REVB=0.00158719;RO=47;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588792;STB=0.51856;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0144949;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:37:38:0.44186:25:12:15:32:25:13:15:33 chr20 42815190 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0280413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.564;QD=22.1439;RBI=0.0411331;REFB=-0.0311917;REVB=0.0300935;RO=13;SAF=2;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264863;STB=0.651962;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0116678;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:15:2:4:9:15:2:4:9 chr20 42939750 . T C 289.07 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0893;QD=52.5586;RBI=0.0874797;REFB=0;REVB=-0.0122565;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361674;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:15:3:0:0:17:5:0:0 chr20 43089819 . G A 393.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8233;QD=56.1627;RBI=0.0389585;REFB=0;REVB=0.0348767;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127437;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr20 43122929 . G A 192.39 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00479382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9386;QD=14.7992;RBI=0.0557833;REFB=-0.0143101;REVB=0.055577;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460055;STB=0.526292;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0212332;OID=.;OPOS=43122929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:15:15:10:12:15:15 chr20 43264927 . C T 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00380359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.276;QD=57.8182;RBI=0.0186397;REFB=-0.0737421;REVB=0.0182475;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00043858;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:0:1:14:24:0:1 chr20 43356102 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0343626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.299;QD=13.2052;RBI=0.0433019;REFB=-0.0112144;REVB=-0.0263489;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145035;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00661803;OID=.;OPOS=43356102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:3:3:2:4:3:3 chr20 43378770 . A G 1346.11 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266422;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.758;QD=62.6096;RBI=0.0185435;REFB=0;REVB=0.0183511;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93341e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:33:52:0:0:34:52:0:0 chr20 43379263 . CA C,CC 128.73 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,9;DP=11;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=267.587,279.028;QD=42.9113;RBI=0.0546821,0.0552837;REFB=0,0;REVB=0.0546821,0.0552837;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0313996,-0.00221144;OID=.,.;OPOS=43379264,43379264;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,9:11:1,11:12:0:0,0:1,11:0:0:5:0:0,0:2,9:0:0 chr20 43379268 . C A 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.464;QD=13.2088;RBI=0.00266187;REFB=0.00693321;REVB=0.00266187;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00559629;OID=.;OPOS=43379268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:6:0:0:5:6:0:0:6 chr20 43379454 . T C 482.15 PASS AF=1;AO=21;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4267;QD=58.4427;RBI=0.156059;REFB=0;REVB=0.156;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342815;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:21:33:1:1:20:0:0:11:22:0:0 chr20 43530234 . A C 210.99 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0133984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2675;QD=16.5479;RBI=0.0238346;REFB=-0.0656458;REVB=0.0197122;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350151;STB=0.519839;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0892492;OID=.;OPOS=43530234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:18:10:9:14:18:10 chr20 43532714 . T C 273.49 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00382808;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.537;QD=19.5353;RBI=0.0144818;REFB=-0.00159498;REVB=-0.0139667;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173184;STB=0.604071;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00400014;OID=.;OPOS=43532714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:29:29:0.517857:16:13:17:9:16:13:18:9 chr20 43565559 . G C 508.93 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0102913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.971;QD=29.0816;RBI=0.0104899;REFB=-0.0188608;REVB=-0.00203148;RO=23;SAF=22;SAR=24;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267867;STB=0.506846;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0107341;OID=.;OPOS=43565559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:24:46:46:0.657143:24:22:10:13:24:22:11:13 chr20 43566787 . A G 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0496964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.902;QD=16.0282;RBI=0.0520963;REFB=-0.0149803;REVB=-0.0156298;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642013;STB=0.536204;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0177652;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:16:9:9:21:16:9:9:21 chr20 43572217 . T C 232.42 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0133984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.59;QD=12.5633;RBI=0.0146965;REFB=-0.01149;REVB=-0.00603911;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085557;STB=0.549098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0167214;OID=.;OPOS=43572217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:15:13:25:21:15:13:25:21 chr20 43708297 . T G 493.06 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0024393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.371;QD=16.0343;RBI=0.00244611;REFB=0.00495095;REVB=-0.00018239;RO=69;SAF=19;SAR=35;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161323;STB=0.590406;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00534668;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:35:19:35:34:35:19:35:34 chr20 43723627 . T C 235.76 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0352721;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6355;QD=10.9654;RBI=0.0357431;REFB=-0.0196404;REVB=-0.00578328;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21939;STB=0.564473;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0369138;OID=.;OPOS=43723627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:49:57:29:29:0.337209:15:14:14:35:15:14:22:35 chr20 43727155 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0658767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9962;QD=10.6678;RBI=0.0668403;REFB=0.0131619;REVB=0.0113088;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240468;STB=0.642595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00802506;OID=.;OPOS=43727155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:13:5:5:5:13:5 chr20 43727256 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.028138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.776;QD=19.1341;RBI=0.0437918;REFB=0.0147218;REVB=0.0335555;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0136504;OID=.;OPOS=43727256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr20 43933021 . G T 741.29 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.477;QD=53.9121;RBI=0.039427;REFB=-0.126896;REVB=0.029167;RO=1;SAF=14;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324593;STB=0.517235;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00152114;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:1:1:53:54:0.981818:39:14:1:0:40:14:1:0 chr20 43933163 . T C 1494.86 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369747;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5917;QD=63.6109;RBI=0.0206465;REFB=0;REVB=0.0203127;RO=0;SAF=64;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81332e-05;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:30:64:0:0:30:64:0:0 chr20 43951032 . C T 1859.27 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1687;QD=61.4635;RBI=0.0387222;REFB=0;REVB=0.0379012;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016451;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:59:62:0:0:59:62:0:0 chr20 43976991 . A G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=0.0358089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.718;QD=15.5686;RBI=0.0418208;REFB=-0.0242504;REVB=-0.0216033;RO=35;SAF=6;SAR=22;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163416;STB=0.591021;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0335729;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:22:6:4:31:22:6:4:31 chr20 43995880 . T G 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00196721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.54;QD=21.3967;RBI=0.026826;REFB=-0.0157985;REVB=-0.0267537;RO=28;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321677;STB=0.678255;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134392;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:24:10:19:9:24:10:19:9 chr20 43996012 . G T 142.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0166397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7849;QD=14.2574;RBI=0.0217941;REFB=-0.0136611;REVB=0.0140749;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203965;STB=0.619051;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0340238;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:12:12:5:11:12:12 chr20 43996132 . C T 277.85 PASS AF=0.581395;AO=26;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00434668;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.495;QD=25.8461;RBI=0.00991998;REFB=-0.0171029;REVB=0.00891697;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879023;STB=0.542822;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0127072;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:18:26:25:0.581395:10:16:9:9:10:15:9:9 chr20 43996466 . C T 307.96 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00335823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.407;QD=24.1535;RBI=0.0193502;REFB=-0.00923384;REVB=-0.0190566;RO=21;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142332;STB=0.578892;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00775126;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:22:8:9:12:22:8:9:12 chr20 44003785 . G A 250.01 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00467119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.158;QD=16.6672;RBI=0.00894405;REFB=-0.0059464;REVB=-0.00762731;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290671;STB=0.663737;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00857254;OID=.;OPOS=44003785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:9:19:12:20:9:19:12:20 chr20 44174423 . G A 344.33 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.010652;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.148;QD=13.9123;RBI=0.0129009;REFB=-0.00469044;REVB=-0.00727786;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886239;STB=0.505048;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00796753;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:19:19:30:31:19:19:30:31 chr20 44238741 . T G 296.79 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0139054;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5798;QD=18.2637;RBI=0.0298942;REFB=-0.00399163;REVB=-0.0264632;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.506845;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00430153;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:18:14:15:18:18:14:14:19 chr20 44259549 . G A 225.0 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0156751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8698;QD=20.0002;RBI=0.0231701;REFB=0.00463863;REVB=-0.0170629;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177949;STB=0.599913;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00720506;OID=.;OPOS=44259549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:7:16:11:11:7:16 chr20 44314609 . A G 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00555193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4761;QD=61.1813;RBI=0.0516304;REFB=-0.0786159;REVB=-0.051331;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00114478;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr20 44352620 . G A 346.34 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00263838;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.982;QD=16.4926;RBI=0.00265934;REFB=-0.00464024;REVB=-0.000333258;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108536;STB=0.560943;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00312269;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:28:19:19:18:28:19 chr20 44378577 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0246995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.298;QD=13.9481;RBI=0.0261179;REFB=-0.00206765;REVB=0.00848976;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101589;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00321148;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:15:12:6:11:15:12 chr20 44417643 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=0.0525089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4182;QD=11.2959;RBI=0.0865828;REFB=-0.013325;REVB=0.0688432;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351964;STB=0.705701;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0294694;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:8:10:28:5:8:10:29:5 chr20 44417675 . G C 114.09 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.0611558;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.8128;QD=9.31311;RBI=0.064054;REFB=-0.00829421;REVB=-0.0190495;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315182;STB=0.684005;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0214602;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:5:9:30:5:5:9:30:5 chr20 44417692 . TCTTTTGC CTCTTTGC,TCTTTGC,TCTTTGCG,TCTTTGTC 175.44 PASS AF=0,0.694444,0.0555556,0;AO=3,14,3,2;DP=37;FAO=0,25,2,0;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=0,23,2,0;FSAR=0,2,0,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0672404,0.017431,-0.101413,-0.0848248;FXX=0;HRUN=1,4,4,4;LEN=3,1,3,2;MLLD=11.4426,11.7592,65.3235,69.1974;QD=19.4932;RBI=0.151471,0.196189,0.102187,0.0925277;REFB=-0.0194562,-0.081935,-0.00433895,-0.011222;REVB=0.135729,0.195413,0.0125562,0.0369612;RO=11;SAF=3,12,3,2;SAR=0,2,0,0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.686823,0.469231,0.686823,0.622114;STB=0.5,0.805132,0.996368,0.5;STBP=1,0,0.05,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0534501,0.229843,0;OID=.,.,.,.;OPOS=44417692,44417694,44417697,44417697;OREF=TCT,T,TGC,TG;OALT=CTC,-,GCG,GT;OMAPALT=CTCTTTGC,TCTTTGC,TCTTTGCG,TCTTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:37:36:11:9:3,14,3,2:0,25,2,0:0,0.694444,0.0555556,0:0,2,0,0:3,12,3,2:4:7:0,2,0,0:0,23,2,0:2:7 chr20 44418564 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0255571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.986;QD=19.1095;RBI=0.0257477;REFB=-0.0307431;REVB=0.00312666;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487898;STB=0.527306;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0234111;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:11:15:17:10:11:15 chr20 44452697 . C A 415.37 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0100376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.555;QD=19.3195;RBI=0.0134687;REFB=-0.00840029;REVB=0.00898068;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121344;STB=0.581618;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00856731;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:44:42:42:0.488372:22:20:14:27:22:20:14:30 chr20 44469290 . G A 56.3 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0242232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.694;QD=11.26;RBI=0.037161;REFB=-0.0063003;REVB=-0.0281812;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523804;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.013873;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:5:7:1:7:5:7 chr20 44470676 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00879729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.341;QD=16.5274;RBI=0.0102402;REFB=-0.0125322;REVB=-0.00524112;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397486;STB=0.529389;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0123763;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:16:9:9:19:16:9:9:20 chr20 44501458 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0238638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.783;QD=13.4578;RBI=0.02389;REFB=-0.0253888;REVB=-0.00111927;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329583;STB=0.519207;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0387343;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:17:9:6:10:17:9 chr20 44505973 . T C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0201692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1831;QD=26.57;RBI=0.0321182;REFB=0.00929581;REVB=-0.0249956;RO=4;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00653213;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:3:8:2:2:3:8:2:2 chr20 44506418 . G A 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00481655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.105;QD=18.9387;RBI=0.00858266;REFB=-0.00938682;REVB=0.00710373;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133701;STB=0.507458;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00715316;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:17:13:13:16:17:13:13:16 chr20 44512792 . CTG C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00925027;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.247;QD=19.1804;RBI=0.0143966;REFB=-0.000453044;REVB=0.0110315;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.000631276;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:13:24:13:24:11:7:6:5:6:88:11:7:6:5:6 chr20 44513289 . T C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0108703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7813;QD=15.1034;RBI=0.0709326;REFB=0.000694699;REVB=0.0700947;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267715;STB=0.515142;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000282164;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:17:16:23:22:17:16:23:22 chr20 44513357 . G A 294.23 PASS AF=0.409639;AO=29;DP=78;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0117096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.614;QD=14.1796;RBI=0.0118697;REFB=-0.00705656;REVB=0.00194344;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678144;STB=0.52339;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00954715;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:49:49:29:34:0.409639:13:16:24:25:16:18:24:25 chr20 44523547 . G A 212.75 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0221962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.951;QD=20.2617;RBI=0.031558;REFB=-0.0281577;REVB=0.022433;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138502;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:14:7:7:14:14:7 chr20 44523667 . AC A 31.71 PASS AF=0.282051;AO=12;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0146911;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.3003;QD=3.25204;RBI=0.0150452;REFB=-0.0216165;REVB=-0.00324492;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695111;STB=0.511607;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=-0.00131251;OID=.;OPOS=44523668;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:12:39:11:39:28:8:3:20:8:31:25:8:4:18:7 chr20 44581348 . G A 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0238295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.841;QD=19.9914;RBI=0.0330484;REFB=-0.0105288;REVB=0.0228987;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737692;STB=0.541722;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00988659;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:9:14:15:7:9:14 chr20 44637624 . C T 631.32 PASS AF=0.470588;AO=66;DP=141;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.0104111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.7857;QD=16.505;RBI=0.0474038;REFB=-0.0168705;REVB=-0.0462464;RO=75;SAF=43;SAR=23;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595325;STB=0.51546;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0416379;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:153:75:81:66:72:0.470588:23:43:53:22:25:47:55:26 chr20 44642406 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.013735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5024;QD=12.0145;RBI=0.0140132;REFB=-0.0181431;REVB=-0.00277852;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258019;STB=0.64985;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0284511;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:20:14:13:7:20:14 chr20 44642833 . A C 307.44 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0144533;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.374;QD=15.3718;RBI=0.015569;REFB=-0.0265365;REVB=-0.00578742;RO=45;SAF=23;SAR=11;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363137;STB=0.529588;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0333509;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:11:23:29:16:11:23:29:17 chr20 44664491 . C A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0110576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.238;QD=12.4555;RBI=0.0117564;REFB=-0.0107802;REVB=0.00399291;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953089;STB=0.526291;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0183939;OID=.;OPOS=44664491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:9:12:18:14:9:12:18:16 chr20 44665940 . TGGGGGT TGGGGGC,TGGGGTG 370.66 PASS AF=0.464286,0;AO=30,5;DP=83;FAO=39,0;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=22,0;FSAR=17,0;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00160212,-0.246967;FXX=0.0117633;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=192.872,24.6727;QD=17.6502;RBI=0.00323361,0.252446;REFB=-0.0365644,-0.0735178;REVB=-0.00280882,-0.0523081;RO=25;SAF=20,5;SAR=10,0;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19334,0.686269;STB=0.528636,0.5;STBP=0.638,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.033409,0;OID=.,.;OPOS=44665946,44665945;OREF=T,GT;OALT=C,TG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286,0:30,5:83:39,0:84:45:22,0:17,0:23:22:99:25:20,5:10,0:11:14 chr20 44671880 . C T 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00262777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.222;QD=16.564;RBI=0.00844928;REFB=0.00500388;REVB=0.00803027;RO=48;SAF=26;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173471;STB=0.597844;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00859416;OID=.;OPOS=44671880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:12:26:25:23:12:26:25:23 chr20 44676727 . T A 214.27 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0409949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6332;QD=21.4274;RBI=0.0497856;REFB=-0.0258417;REVB=0.0282493;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357767;STB=0.509425;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0257467;OID=.;OPOS=44676727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:14:7:5:12:14:7:6:13 chr20 44678348 . G A 946.81 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00319014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.957;QD=55.6945;RBI=0.0117327;REFB=-0.092501;REVB=0.0112906;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341496;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000781468;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:29:37:1:1:29:37:1:1 chr20 44680412 . C T 415.24 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-2.57688e-05;FXX=0.0674082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.633;QD=20.0114;RBI=0.00259302;REFB=-0.00562785;REVB=0.00259289;RO=40;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143115;STB=0.507689;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00685925;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:40:42:41:41:0.493976:16:25:25:15:16:25:25:17 chr20 44688665 . G A 479.19 PASS AF=0.395683;AO=53;DP=136;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0179682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.563;QD=13.7895;RBI=0.0513882;REFB=-0.0107747;REVB=0.0481445;RO=83;SAF=27;SAR=26;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875718;STB=0.52317;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0145203;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:83:84:53:55:0.395683:26:27:49:34:25:30:49:35 chr20 44688730 . G A 1359.89 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7719;QD=61.813;RBI=0.0288376;REFB=0;REVB=0.0285403;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204003;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:48:40:0:0 chr20 44691350 . T G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0295556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.481;QD=15.6257;RBI=0.0536143;REFB=-0.00481276;REVB=-0.0447321;RO=23;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662822;STB=0.538414;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00537758;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:3:14:18:5:3:14:18:5 chr20 44994696 . A G 187.96 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00618012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.95;QD=8.95067;RBI=0.0179328;REFB=0.000432876;REVB=0.0168342;RO=59;SAF=11;SAR=14;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140811;STB=0.583267;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00145745;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:14:11:33:26:14:11:33:26 chr20 44996182 . A G 599.19 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160869;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.238;QD=61.4549;RBI=0.160919;REFB=0;REVB=0.00402847;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528928;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr20 44999028 . T C 164.61 PASS AF=0.382979;AO=16;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0237598;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.199;QD=14.0097;RBI=0.0571288;REFB=-0.0258118;REVB=0.0519536;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198492;STB=0.53188;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0312739;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:29:16:18:0.382979:8:8:14:13:9:9:16:13 chr20 45085437 . C CTTT 363.67 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0121215;FXX=0.0235266;HRUN=0;LEN=3;MLLD=259.372;QD=17.5265;RBI=0.0214602;REFB=-0.00718299;REVB=-0.017709;RO=45;SAF=27;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193001;STB=0.593986;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.00845367;OID=.;OPOS=45085438;OREF=-;OALT=TTT;OMAPALT=CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457831:37:86:38:83:45:27:11:25:20:99:45:27:10:25:20 chr20 45140681 . T A 300.62 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00788867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.581;QD=21.4731;RBI=0.0141775;REFB=-0.0146341;REVB=0.0117801;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153701;STB=0.583471;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0128364;OID=.;OPOS=45140681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:17:14:15:8:17:14:16:9 chr20 45174290 . C T 180.02 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0306492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.987;QD=15.6539;RBI=0.0449556;REFB=-0.0109097;REVB=0.0328882;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810188;STB=0.546713;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0154383;OID=.;OPOS=45174290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:15:12:7:12:15:12 chr20 45204266 . G A 1071.76 PASS AF=0.986667;AO=70;DP=71;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150273;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3342;QD=57.1604;RBI=0.0195654;REFB=-0.0149337;REVB=0.0125294;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000109638;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:75:1:1:70:74:0.986667:36:34:0:1:39:35:0:1 chr20 45217858 . A G 265.55 PASS AF=0.33;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00551833;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2009;QD=10.6219;RBI=0.00555787;REFB=-0.0126562;REVB=0.000661766;RO=66;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105949;STB=0.575;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0220916;OID=.;OPOS=45217858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:67:32:33:0.33:15:17:29:37:15:18:29:38 chr20 45242269 . G C 387.88 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00314961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.038;QD=18.6928;RBI=0.0138813;REFB=-0.0212546;REVB=0.0135192;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076507;STB=0.504261;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.013552;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:19:24:22:18:19:24 chr20 45354291 . G A 541.75 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0143837;FXX=0.0420133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7599;QD=19.0089;RBI=0.01681;REFB=-0.0200628;REVB=0.00869971;RO=46;SAF=33;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165389;STB=0.510634;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0118014;OID=.;OPOS=45354291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:114:46:58:56:56:0.491228:23:33:28:18:23:33:33:25 chr20 45717954 . C T 271.92 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00717311;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.167;QD=16.9949;RBI=0.00720692;REFB=-0.0205873;REVB=0.000697366;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110584;STB=0.573226;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0163749;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:34:30:30:0.46875:11:19:16:15:11:19:17:17 chr20 45839362 . GT GC,G 52.08 PASS AF=0.0330579,0.190083;AO=4,29;DP=111;FAO=4,23;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=4,5;FSAR=0,18;FSRF=67;FSRR=27;FWDB=-0.0153315,-0.107308;FXX=0.00819605;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=260.923,14.0344;QD=1.72151;RBI=0.0743124,0.218447;REFB=-0.00506038,-0.131082;REVB=-0.0727136,-0.190274;RO=74;SAF=4,9;SAR=0,20;SRF=60;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.358951,-0.554675;STB=0.9964,0.851815;STBP=0.114,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0193028,0.1277;OID=.,.;OPOS=45839363,45839363;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0330579,0.190083:4,29:111:4,23:121:94:4,5:0,18:67:27:36:74:4,9:0,20:60:14 chr20 45853037 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.907;QD=58.1396;RBI=0.07275;REFB=0;REVB=0.0174759;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073756;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr20 46365571 . A G 428.81 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0229007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.7;QD=17.1525;RBI=0.0279633;REFB=-0.0224475;REVB=-0.0160469;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675211;STB=0.54263;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0245905;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:21:23:25:30:21:23:25:31 chr20 47241618 . A G 883.92 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.974;QD=57.962;RBI=0.0314898;REFB=0;REVB=0.0313528;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17027e-05;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:30:31:0:0 chr20 47253043 . G A 443.76 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0259455;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2582;QD=19.5061;RBI=0.045344;REFB=-0.0217448;REVB=0.0371875;RO=44;SAF=31;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179895;STB=0.598409;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0298914;OID=.;OPOS=47253043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:44:47:44:44:0.483516:13:31:23:21:13:31:25:22 chr20 47253150 . T C 985.57 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0320154;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4826;QD=56.3183;RBI=0.0413783;REFB=-0.212571;REVB=0.0262141;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314803;STB=0.516662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00656391;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:68:68:0.971429:29:39:0:2:29:39:0:2 chr20 47256335 . G A 574.44 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00361202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.182;QD=21.0804;RBI=0.00439215;REFB=-0.0108636;REVB=0.00249885;RO=51;SAF=37;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625509;STB=0.534419;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0081232;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:21:37:29:22:21:37:29:22 chr20 47258761 . G A 461.73 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.00528013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7733;QD=13.2872;RBI=0.00694853;REFB=0.0060456;REVB=0.0045169;RO=85;SAF=20;SAR=33;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167381;STB=0.598643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00861792;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:85:86:53:53:0.381295:33:20:45:40:33:20:46:40 chr20 47261017 . T C 185.68 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00653683;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.698;QD=12.1756;RBI=0.0226267;REFB=-0.00839404;REVB=-0.0216619;RO=39;SAF=16;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142335;STB=0.580131;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0143917;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:38:22:23:0.377049:6:16:24:15:6:17:24:14 chr20 47262549 . C T 159.9 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0497198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.032;QD=18.2737;RBI=0.057179;REFB=-0.0283132;REVB=0.028238;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405798;STB=0.73211;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0197442;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:13:4:12:6:13:4:12:6 chr20 47265918 . G A 444.84 PASS AF=0.345679;AO=56;DP=162;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.0287174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5932;QD=10.9836;RBI=0.0288294;REFB=-0.00702234;REVB=-0.00253856;RO=106;SAF=37;SAR=19;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115051;STB=0.566124;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0133224;OID=.;OPOS=47265918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:106:106:56:56:0.345679:19:37:60:46:19:37:60:46 chr20 47268093 . C G 267.4 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0579524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4386;QD=21.8288;RBI=0.0592534;REFB=0.00722253;REVB=-0.0123484;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168597;STB=0.610936;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0127767;OID=.;OPOS=47268093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:24:25:25:0.510204:12:13:7:15:12:13:7:17 chr20 47307618 . G A 375.69 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00213644;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1285;QD=12.6281;RBI=0.0054791;REFB=-0.0200775;REVB=0.00504541;RO=73;SAF=19;SAR=26;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107485;STB=0.5654;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0239947;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:73:74:45:45:0.378151:26:19:38:35:26:19:39:35 chr20 47538507 . C G 522.54 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.023935;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234;QD=18.8301;RBI=0.0240524;REFB=-0.0317432;REVB=0.00237311;RO=56;SAF=32;SAR=23;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218676;STB=0.620713;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0276637;OID=.;OPOS=47538507;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:55:55:0.495495:23:32:19:37:23:32:19:37 chr20 47630449 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00581313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.534;QD=15.6259;RBI=0.013678;REFB=-0.0324441;REVB=0.0123812;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129296;STB=0.538417;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0325659;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:17:17:0.425:7:10:15:6:7:10:15:8 chr20 47886606 . T C 434.67 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0204966;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5998;QD=20.6987;RBI=0.0406755;REFB=0.00981939;REVB=-0.0351338;RO=42;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121847;STB=0.575066;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0104776;OID=.;OPOS=47886606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:42:41:43:43:0.511905:19:24:29:13:19:24:29:12 chr20 47895510 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.024661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.92;QD=16.1557;RBI=0.0261856;REFB=-0.0167302;REVB=-0.00880439;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726809;STB=0.540954;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0117391;OID=.;OPOS=47895510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:19:13:13:14:19:13 chr20 48120777 . G A 634.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060906;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4703;QD=61.9244;RBI=0.012382;REFB=0;REVB=0.0107804;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97014e-05;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr20 48129706 . G T 1080.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.701;QD=60.0165;RBI=0.0680082;REFB=0;REVB=0.0656793;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121551;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr20 48250747 . C A 112.23 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.739;QD=40.8099;RBI=0.0448349;REFB=0;REVB=0.0065268;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985136;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:6:5:0:0 chr20 48257149 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.984;QD=55.0947;RBI=0.095936;REFB=0;REVB=0.035241;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139193;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr20 48259034 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3287;QD=48.7297;RBI=0.0659515;REFB=0;REVB=-0.0338229;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864165;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr20 48411429 . A T 49.37 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916699;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.5617;QD=28.2106;RBI=0.0916699;REFB=-0.00183894;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00807137;OID=.;OPOS=48411429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:7:7:1:0:6:7:1:0:6:1:0:0:7:0:0 chr20 48429508 . GG CC 265.34 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.117963;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.745;QD=27.2138;RBI=0.118493;REFB=-0.0326902;REVB=0.0111952;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514841;STB=0.533306;STBP=0.613;TYPE=mnp;VARB=0.0369723;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:17:7:5:9:18:7:5:9 chr20 48491258 . T G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.049;QD=54.8231;RBI=0.0140575;REFB=0.0286916;REVB=0.00486951;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000189465;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr20 48520610 . A G 379.99 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0458133;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.529;QD=21.7135;RBI=0.0461726;REFB=-0.0109887;REVB=0.00574862;RO=32;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140389;STB=0.577584;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00749238;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:23:15:18:14:23:15:18:14 chr20 48522330 . G A 218.89 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0254246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.874;QD=23.6641;RBI=0.031086;REFB=-0.0298866;REVB=0.0178866;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.603345;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0221973;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:6:15:8:8:6:15:8:8 chr20 48522585 . G A 247.04 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.107561;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.612;QD=23.5275;RBI=0.107567;REFB=-0.0327285;REVB=0.00107472;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183289;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0192034;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:13:9:12:7:13:10:12:7 chr20 48524827 . A G 83.31 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0357222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.011;QD=9.25708;RBI=0.0366926;REFB=-0.00603993;REVB=0.00838296;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174193;STB=0.628965;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.018179;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:36:25:25:10:11:0.305556:3:7:14:11:3:8:14:11 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 619.54 PASS AF=0.48855,0.0381679;AO=59,6;DP=131;FAO=64,5;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=26,4;FSAR=38,1;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00181279,0.0554889;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.7758,27.26;QD=18.9173;RBI=0.00822689,0.0627045;REFB=-0.017751,0.000358575;REVB=-0.00802469,0.0292034;RO=61;SAF=24,4;SAR=35,2;SRF=35;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153905,0.107765;STB=0.578319,0.740682;STBP=0.088,0.3;TYPE=del,snp;VARB=0.016004,-0.0452592;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48855,0.0381679:59,6:131:64,5:131:62:26,4:38,1:35:27:99:61:24,4:35,2:35:26 chr20 48569278 . T C 605.13 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0113059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.034;QD=19.0592;RBI=0.0328756;REFB=-0.000211139;REVB=0.0308704;RO=65;SAF=33;SAR=29;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777633;STB=0.542946;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000159808;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:65:62:62:0.488189:29:33:40:25:29:33:40:25 chr20 48600557 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00382311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.692;QD=22.5346;RBI=0.0102115;REFB=-0.0253011;REVB=-0.00946887;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456183;STB=0.525521;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0127066;OID=.;OPOS=48600557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:4:11:13:6:4:11 chr20 48600809 . G A 397.32 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00858149;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9605;QD=13.9411;RBI=0.0105177;REFB=-0.000349439;REVB=0.00608107;RO=66;SAF=25;SAR=21;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989517;STB=0.553895;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00102814;OID=.;OPOS=48600809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:66:68:46:46:0.403509:21:25:42:24:21:25:43:25 chr20 48713049 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.635;QD=59.0187;RBI=0.0052058;REFB=0;REVB=2.44587e-05;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29466e-06;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr20 48729677 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.943;QD=51.1845;RBI=0.0221216;REFB=0;REVB=-0.012323;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69881e-05;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr20 48746189 . C T 656.74 PASS AF=0.524194;AO=63;DP=122;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0535492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.484;QD=21.1853;RBI=0.0535709;REFB=-0.0169744;REVB=0.00152391;RO=58;SAF=23;SAR=40;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191509;STB=0.514507;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0187699;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:58:59:63:65:0.524194:40:23:20:38:40:25:21:38 chr20 49212021 . T C 229.51 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0218796;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4596;QD=13.702;RBI=0.036019;REFB=-0.0191808;REVB=0.028612;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896445;STB=0.548853;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0217948;OID=.;OPOS=49212021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:13:14:23:15:13:14:24:16 chr20 49214111 . A G 227.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0055208;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0434;QD=18.1911;RBI=0.0496755;REFB=-0.00484503;REVB=-0.0493678;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118604;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00355943;OID=.;OPOS=49214111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:9:15:13:13:9:15:13:13 chr20 49214156 . A G 740.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.741;QD=56.9263;RBI=0.0422603;REFB=0;REVB=-0.0374741;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70139e-05;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:27:23:0:0:27:25:0:0 chr20 49218870 . C T 249.84 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00093299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.29;QD=16.6561;RBI=0.0189327;REFB=-0.0111654;REVB=0.0189097;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322775;STB=0.672777;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00667036;OID=.;OPOS=49218870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:18:10:22:9:18:10:22:10 chr20 49218900 . C T 173.74 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0151627;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.231;QD=12.8697;RBI=0.036193;REFB=-0.0267802;REVB=-0.0328638;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213149;STB=0.607046;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0353374;OID=.;OPOS=49218900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:20:21:0.388889:10:10:23:10:10:11:23:10 chr20 49367076 . T G 353.42 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0220278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.785;QD=14.2795;RBI=0.0564318;REFB=-0.00450834;REVB=0.051955;RO=60;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110173;STB=0.553461;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0115376;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:38:39:0.393939:21:17:33:27:21:18:33:27 chr20 49369006 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.707;QD=59.8551;RBI=0.0397144;REFB=0;REVB=0.00580319;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024538;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr20 49369074 . AGT A 197.64 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0357519;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.688;QD=14.6399;RBI=0.0361027;REFB=-0.015091;REVB=-0.0050206;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365687;STB=0.709328;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0239791;OID=.;OPOS=49369075;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:23:54:23:54:31:6:17:19:12:99:31:6:17:19:12 chr20 49369591 . ATTTTTAC ATTTTAC,ATTTTACT 33.91 PASS AF=0.26087,0;AO=15,2;DP=49;FAO=12,0;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0365134,-0.0303052;FXX=0.061212;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=9.72195,99.1823;QD=2.94838;RBI=0.0969636,0.0478189;REFB=-0.120951,-0.0127404;REVB=-0.089826,-0.0369897;RO=24;SAF=6,0;SAR=9,2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191897,-0.525765;STB=0.844513,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.180158,0;OID=.,.;OPOS=49369592,49369596;OREF=T,TAC;OALT=-,ACT;OMAPALT=ATTTTAC,ATTTTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0:15,2:49:12,0:46:34:2,0:10,0:22:12:35:24:6,0:9,2:14:10 chr20 49369605 . C CCT 74.87 PASS AF=0.310345;AO=7;DP=57;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00280048;FXX=0.419916;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.564;QD=10.3266;RBI=0.0524535;REFB=0.00396926;REVB=-0.0523787;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188557;STB=0.526258;STBP=0.912;TYPE=ins;VARB=-0.00504782;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:7:57:9:29:20:6:3:14:6:74:46:5:2:26:20 chr20 49369613 . TT TC,TCT 140.88 PASS AF=0.111111,0.333333;AO=4,10;DP=45;FAO=4,12;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4,6;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0184554,-0.0173998;FXX=0.333272;HRUN=11,0;LEN=1,1;MLLD=202.337,202.694;QD=15.6531;RBI=0.065721,0.0548156;REFB=-0.0163311,-0.0130903;REVB=-0.0630765,-0.0519807;RO=15;SAF=2,6;SAR=2,4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191181,-0.0714454;STB=0.997299,0.531198;STBP=0.029,0.802;TYPE=snp,ins;VARB=0.0100181,0.0169417;OID=.,.;OPOS=49369614,49369614;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.333333:4,10:45:4,12:36:20:4,6:0,6:9:11:61:15:2,6:2,4:10:5 chr20 49508203 . CT C,GC 72.29 PASS AF=0.55,0.05;AO=20,2;DP=41;FAO=22,2;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0;FSAR=14,2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.128499,0.016451;FXX=0.0243843;HRUN=8,2;LEN=1,2;MLLD=6.53875,132.12;QD=7.22874;RBI=0.18481,0.0565601;REFB=-0.057617,-0.0026276;REVB=0.132826,-0.0541148;RO=16;SAF=7,0;SAR=13,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0330788,-0.468799;STB=0.523539,0.992848;STBP=0.794,0.299;TYPE=del,mnp;VARB=0.0941852,0.0997084;OID=.,.;OPOS=49508204,49508203;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:41:40:16:16:20,2:22,2:0.55,0.05:13,2:7,0:5:11:14,2:8,0:5:11 chr20 49620783 . G T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0202592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.353;QD=19.7024;RBI=0.0276396;REFB=-2.3614e-05;REVB=-0.018802;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3443;STB=0.69211;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=3.1261e-05;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:14:2:9:8:14:2 chr20 50217620 . A G 349.22 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00114739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4944;QD=20.2445;RBI=0.00651532;REFB=-0.017995;REVB=0.00641349;RO=33;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391949;STB=0.521727;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0112095;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:18:18:18:15:18:18:18:15 chr20 50287736 . C T 1013.66 PASS AF=0.986111;AO=65;DP=67;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.306;QD=56.3142;RBI=0.0575867;REFB=0.0120018;REVB=0.0486436;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304517;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000160699;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:72:2:1:65:71:0.986111:30:35:0:2:33:38:0:1 chr20 50287790 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6299;QD=64.1534;RBI=0.0299059;REFB=0;REVB=0.0204641;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426525;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr20 50307365 . A G 405.66 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000777948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6013;QD=20.0323;RBI=0.0304051;REFB=-0.0042773;REVB=0.0303952;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135;STB=0.579322;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00300459;OID=.;OPOS=50307365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:23:17:23:17:24:17:23:17 chr20 50407162 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.268;QD=49.5967;RBI=0.0258485;REFB=0;REVB=-0.0142619;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98941e-05;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr20 50407502 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.69;QD=59.0187;RBI=0.00847545;REFB=0;REVB=0.00458517;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67574e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr20 50408482 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.564;QD=58.1355;RBI=0.0234051;REFB=0;REVB=0.0164872;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199648;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr20 50408673 . C T 358.28 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0100611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.379;QD=17.0608;RBI=0.0424735;REFB=-0.00887211;REVB=-0.0412647;RO=46;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257238;STB=0.514422;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0121384;OID=.;OPOS=50408673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:20:18:23:23:20:18:23:23 chr20 51870849 . T C 1895.06 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560599;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.533;QD=60.6418;RBI=0.0682019;REFB=0.02597;REVB=0.0388431;RO=1;SAF=58;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129809;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:125:1:0:124:125:1:66:58:0:1:67:58:0:0 chr20 52105972 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0166921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.977;QD=16.5038;RBI=0.0207862;REFB=0.00400406;REVB=-0.0123871;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888515;STB=0.549962;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00343461;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:20:10:11:15:20:10 chr20 52192408 . C T 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0400549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.991;QD=17.2632;RBI=0.04112;REFB=-0.0119825;REVB=-0.00929856;RO=52;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335876;STB=0.518811;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0179379;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:22:20:23:29:22:20:23:29 chr20 52193368 . C T 348.12 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0214177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.042;QD=13.7869;RBI=0.0370658;REFB=-0.00607691;REVB=-0.0302515;RO=61;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087499;STB=0.549605;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00604272;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:19:21:27:34:19:21:27:34 chr20 52193660 . G A 250.81 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00566596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.16;QD=12.2348;RBI=0.00566844;REFB=-0.0020626;REVB=0.00016783;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11167;STB=0.564313;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00568844;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:12:18:26:26:12:18:26:26 chr20 52193698 . G A 197.58 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.018055;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.669;QD=10.6798;RBI=0.0182671;REFB=-0.00612904;REVB=0.0027761;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913785;STB=0.559952;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0144439;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:48:49:25:25:0.337838:11:14:23:25:11:14:23:26 chr20 52198340 . T A 353.66 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0125391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.004;QD=18.6137;RBI=0.016862;REFB=-0.00807673;REVB=0.0112739;RO=39;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213095;STB=0.618451;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00998851;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:16:21:13:26:16:21:13:26 chr20 52573971 . T G 450.22 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00874904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.43;QD=15.9371;RBI=0.010825;REFB=-0.00463261;REVB=0.00637459;RO=63;SAF=31;SAR=19;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829086;STB=0.546437;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0073816;OID=.;OPOS=52573971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:19:31:34:29:19:31:34:29 chr20 52611540 . C A 167.52 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00627527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8982;QD=15.9541;RBI=0.0535336;REFB=-0.0540752;REVB=0.0531645;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0681045;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:17:18:0.428571:11:6:8:15:12:6:8:16 chr20 52645166 . A G 941.5 PASS AF=0.580645;AO=86;DP=152;FAO=90;FDP=155;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0100067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9923;QD=24.2969;RBI=0.0909895;REFB=-0.0176443;REVB=-0.0904376;RO=64;SAF=42;SAR=44;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825029;STB=0.537348;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0258212;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:64:65:86:90:0.580645:44:42:38:26:44:46:39:26 chr20 52674615 . A G 192.22 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0260332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.608;QD=13.9797;RBI=0.0266644;REFB=-0.0250477;REVB=-0.00576719;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426365;STB=0.505542;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0408431;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:32:21:23:0.418182:9:12:17:15:11:12:17:15 chr20 52675188 . G T 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0108254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6009;QD=8.11447;RBI=0.0202628;REFB=0.00727353;REVB=-0.0171286;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0209519;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:5:10:26:13:5:10:26:13 chr20 52775528 . C T 1554.51 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00372882;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.3;QD=62.8084;RBI=0.0664677;REFB=-0.0893914;REVB=-0.066363;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958177;STB=0.505049;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00021189;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:49:49:1:0:49:49:1:0 chr20 52781091 . C T 544.97 PASS AF=0.518519;AO=54;DP=106;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0570391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7473;QD=20.184;RBI=0.0570392;REFB=-0.0153747;REVB=0.000122111;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281448;STB=0.501329;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0120989;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:49:52:54:56:0.518519:26:28:27:22:26:30:28:24 chr20 52786219 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0289198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.773;QD=14.4902;RBI=0.0306748;REFB=-0.0269255;REVB=0.010227;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.520526;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0236446;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:12:7:12:17:12:7:12:18 chr20 52840736 . G A 57.23 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0444268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.107;QD=12.7176;RBI=0.0525622;REFB=-0.0136003;REVB=-0.02809;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0161219;OID=.;OPOS=52840736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr20 54943674 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0287554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.622;QD=17.84;RBI=0.0287608;REFB=0.000684699;REVB=0.000560888;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.574366;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000384893;OID=.;OPOS=54943674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:4:10:8:6:4:10 chr20 54944791 . C G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.121;QD=60.2043;RBI=0.0286633;REFB=0;REVB=0.00785386;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82288e-05;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr20 54961463 . T C 463.35 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00457603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.647;QD=21.8047;RBI=0.00651483;REFB=-0.00768139;REVB=-0.00463713;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733587;STB=0.540452;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00682522;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:23:22:23:17:23:22:23:17 chr20 54961541 . A T 289.17 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0396691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7745;QD=18.9619;RBI=0.0409935;REFB=-0.0127034;REVB=0.0103359;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113822;STB=0.559358;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00876934;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:14:17:19:9:14:17:20:10 chr20 55028167 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00055579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.676;QD=29.1641;RBI=0.00784919;REFB=0.00304999;REVB=0.00782948;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.596828;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000427622;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:2:1:8:3:2:1 chr20 55033476 . C G 280.24 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0194178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7983;QD=28.0237;RBI=0.0325881;REFB=-0.0496125;REVB=0.0261712;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146833;STB=0.580584;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0247715;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:10:15:12:3:10:15:12:3 chr20 55033635 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0322963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.928;QD=20.2097;RBI=0.0483415;REFB=-0.0444096;REVB=0.03597;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0165149;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:6:4:9:4:6:4 chr20 55033647 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00680298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.754;QD=22.7191;RBI=0.0283781;REFB=0.00328065;REVB=0.0275506;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.580527;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00165254;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:5:4:9:5:5:4 chr20 55033713 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00576275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.199;QD=18.7441;RBI=0.0252324;REFB=-0.0148906;REVB=0.0245655;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.64252;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00858649;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:4:0:2:5:4:0 chr20 55070268 . A T 199.47 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0231675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.855;QD=23.4673;RBI=0.0241207;REFB=-0.0171789;REVB=0.00671376;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.529382;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0139405;OID=.;OPOS=55070268;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:10:9:6:8:10:10:6:8 chr20 55072472 . A G 305.97 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.321;QD=53.2115;RBI=0.0844601;REFB=0;REVB=0.0735804;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023438;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:20:23:1:19:1:0:0:21:2:0:0 chr20 55088404 . A G 740.82 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.215;QD=56.9858;RBI=0.0258697;REFB=0;REVB=0.0238873;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78284e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:25:27:0:0 chr20 55263544 . AGT A 96.85 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0167052;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.285;QD=13.3583;RBI=0.0176638;REFB=-0.0125541;REVB=0.00573998;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199273;STB=0.549915;STBP=0.684;TYPE=del;VARB=0.0194052;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:11:30:12:29:17:4:8:7:10:96:18:3:8:8:10 chr20 55263662 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7084;QD=55.0985;RBI=0.0824282;REFB=0;REVB=-0.049323;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316198;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr20 55748206 . G A 785.02 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7701;QD=57.0922;RBI=0.0477692;REFB=0;REVB=0.0442379;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178715;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:49:55:1:26:23:0:0:26:29:0:0 chr20 55904961 . T C 574.07 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0349954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6927;QD=21.0668;RBI=0.0452036;REFB=0.0247506;REVB=-0.0286127;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337155;STB=0.522928;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.015624;OID=.;OPOS=55904961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:29:29:27:23:29:29:28:23 chr20 56098733 . T C 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000929309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=24.2023;RBI=0.0139527;REFB=-0.001042;REVB=0.0139217;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399999;STB=0.522363;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0013556;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:6:6:10:8:6:6 chr20 56182183 . G C 257.28 PASS AF=0.457627;AO=20;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0165986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.889;QD=17.4427;RBI=0.0271446;REFB=-0.0418152;REVB=-0.0214783;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.519985;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0353077;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:29:20:27:0.457627:12:8:8:11:12:15:15:14 chr20 56186884 . T C 1081.92 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0885527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5398;QD=58.482;RBI=0.122824;REFB=-0.130706;REVB=0.0851128;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00178755;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:1:1:69:73:0.986486:42:27:0:1:43:30:0:1 chr20 56190634 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.407;QD=56.1911;RBI=0.0294771;REFB=0;REVB=0.0270968;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15235e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr20 56227514 . T C 115.85 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0183255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.082;QD=24.3892;RBI=0.0211725;REFB=-0.0240732;REVB=0.0106043;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.021427;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:19:6:5:11:11:0.578947:5:6:3:3:5:6:2:3 chr20 56227532 . T C 236.58 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966808;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.459;QD=52.5743;RBI=0.0235606;REFB=0;REVB=-0.0214856;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494561;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr20 56285540 . T C 1530.01 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.613;QD=63.7503;RBI=0.0172886;REFB=0;REVB=0.0157641;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29555e-05;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:53:42:0:0:54:42:0:0 chr20 56793706 . G A 328.26 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.023843;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.623;QD=17.5071;RBI=0.0241116;REFB=-0.0111443;REVB=0.0035892;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111876;STB=0.562607;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0182012;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:16:19:17:23:16:19:17:23 chr20 56793764 . G A 314.41 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00624728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.394;QD=17.2282;RBI=0.00755146;REFB=-0.036524;REVB=0.00424216;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12948;STB=0.578943;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0228454;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:15:19:16:22:15:19:16:23 chr20 56814892 . G T 305.98 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0185044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8268;QD=20.3987;RBI=0.0186737;REFB=0.0164785;REVB=0.00250918;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828808;STB=0.545996;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0144288;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:13:15:14:18:13:15 chr20 56820880 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00253415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.644;QD=19.0182;RBI=0.0160698;REFB=-0.0117588;REVB=0.0158688;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00450677;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:9:5:7:8:9:5 chr20 56821127 . A G 373.18 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00217665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3194;QD=15.3889;RBI=0.00712478;REFB=-0.0131537;REVB=-0.00678415;RO=57;SAF=15;SAR=25;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050276;STB=0.528441;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0229277;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:25:15:24:33:25:15:24:33 chr20 56822536 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0344683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0527;QD=7.7618;RBI=0.0396882;REFB=-0.00146059;REVB=0.0196747;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255261;STB=0.516076;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00821806;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:2:11:5:1:2:11 chr20 57020556 . G C 506.06 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0459568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.232;QD=16.3244;RBI=0.0460973;REFB=-0.0256546;REVB=0.00359632;RO=69;SAF=22;SAR=33;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151022;STB=0.584385;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0202546;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:33:22:38:31:33:22:38:31 chr20 57042665 . A G 694.12 PASS AF=0.457831;AO=74;DP=164;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00763424;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1033;QD=16.7257;RBI=0.0165744;REFB=-0.0158595;REVB=-0.0147116;RO=89;SAF=36;SAR=38;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188048;STB=0.514282;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0171698;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:89:90:74:76:0.457831:38:36:45:44:40:36:45:45 chr20 57244493 . G A 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0111319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.078;QD=18.0812;RBI=0.024129;REFB=-0.0203843;REVB=-0.0214077;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129175;STB=0.572104;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0152294;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:23:18:27:20:23:18:27:20 chr20 57266134 . G A 414.44 PASS AF=0.539474;AO=38;DP=74;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0252104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.274;QD=21.8126;RBI=0.0263319;REFB=-0.0158692;REVB=-0.00760309;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250871;STB=0.512189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0147331;OID=.;OPOS=57266134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:35:38:41:0.539474:19:19:18:16:21:20:18:17 chr20 57269495 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00437575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.831;QD=11.5968;RBI=0.0170288;REFB=-0.000376607;REVB=0.0164569;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122294;STB=0.573637;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000817084;OID=.;OPOS=57269495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:2:10:16:5:2:10:16:5 chr20 57280575 . T C 362.77 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0113487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9805;QD=18.1383;RBI=0.0127007;REFB=-0.00607664;REVB=0.00570201;RO=42;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156813;STB=0.587173;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00938366;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:20:18:13:29:20:18:13:29 chr20 57478807 . C T 541.89 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0084986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2579;QD=16.6735;RBI=0.00981588;REFB=0.0218085;REVB=-0.00491176;RO=72;SAF=30;SAR=28;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721724;STB=0.54024;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0263333;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:28:30:32:40:28:30:32:40 chr20 57571762 . CA C,CG 1273.92 PASS AF=0.16092,0.83908;AO=14,73;DP=87;FAO=14,73;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=14,31;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277938,0.0329403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.083,155.108;QD=58.5711;RBI=0.0277939,0.0330259;REFB=0,0;REVB=-5.68143e-05,-0.00237707;RO=0;SAF=14,31;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.98661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0146692,-0.00021641;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.16092,0.83908:14,73:87:14,73:87:0:14,31:0,42:0:0:50:0:14,31:0,42:0:0 chr20 57571811 . G A 398.07 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=93;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0314792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.16;QD=16.5862;RBI=0.0317889;REFB=-0.0125715;REVB=-0.00442698;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889042;STB=0.534176;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0155107;OID=.;OPOS=57571811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:52:54:40:42:0.4375:22:18:28:24:22:20:29:25 chr20 57572675 . A G 1085.1 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.907;QD=59.4577;RBI=0.0173462;REFB=0;REVB=0.0120297;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372575;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr20 57599016 . T G 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.262;QD=53.8979;RBI=0.0258211;REFB=0;REVB=-0.0104121;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201254;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr20 57612390 . C G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2095;QD=57.104;RBI=0.0198583;REFB=0;REVB=0.0197856;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146334;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr20 57829301 . T C 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0389448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.286;QD=23.1583;RBI=0.0412404;REFB=-0.000491445;REVB=-0.0135673;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723531;STB=0.503988;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=4.29086e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:11:12:17:15:11:12 chr20 57833518 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0032182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.442;QD=14.1955;RBI=0.0184088;REFB=-0.000524319;REVB=-0.0181253;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.000694645;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:10:12:8:7:10:12 chr20 57833740 . T C 212.49 PASS AF=0.375;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0174125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6623;QD=11.8049;RBI=0.0179269;REFB=-0.0078249;REVB=0.00426362;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.601155;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0120558;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:42:45:26:27:0.375:13:13:13:29:13:14:16:29 chr20 57834150 . A T 208.23 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0339914;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.3867;QD=13.8818;RBI=0.0795138;REFB=-0.0261459;REVB=-0.0718821;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0496781;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:35:26:25:0.416667:10:16:20:13:10:15:21:14 chr20 58523276 . A G 491.63 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0202926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.608;QD=20.0665;RBI=0.0321506;REFB=-0.00523869;REVB=0.0249374;RO=50;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558975;STB=0.530998;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00602714;OID=.;OPOS=58523276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:25:23:27:23:25:23:27:23 chr20 58533810 . C T 393.64 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0557599;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.521;QD=19.4391;RBI=0.0558392;REFB=-0.0142132;REVB=0.00297595;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102086;STB=0.556768;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00736085;OID=.;OPOS=58533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:22:19:23:17:22:19 chr20 58883534 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00798635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.489;QD=14.6579;RBI=0.00983769;REFB=-0.0131823;REVB=-0.00574441;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371638;STB=0.717877;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0156938;OID=.;OPOS=58883534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:10:7:10:3:10:7 chr20 58883605 . T G 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0236755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.22;QD=21.7458;RBI=0.0284006;REFB=-0.0388566;REVB=-0.0156864;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228745;STB=0.629501;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0308921;OID=.;OPOS=58883605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:17:5:9:11:17:5:9:11 chr20 60293919 . C A 1999.75 PASS AF=0.963504;AO=132;DP=137;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0382444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2072;QD=58.3869;RBI=0.0416592;REFB=-0.143203;REVB=0.0165185;RO=4;SAF=80;SAR=52;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035161;STB=0.515414;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00373886;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:137:137:4:5:132:132:0.963504:52:80:0:4:52:80:1:4 chr20 60294279 . A G 379.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115438;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.22;QD=56.235;RBI=0.0194913;REFB=0;REVB=-0.0194571;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69413e-05;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr20 60294296 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5822;QD=51.9149;RBI=0.022361;REFB=0;REVB=0.0168962;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993433;OID=.;OPOS=60294296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 60485627 . C T 346.33 PASS AF=0.4;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0171957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.733;QD=14.5823;RBI=0.0209293;REFB=-0.0195179;REVB=0.0119309;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132288;STB=0.593464;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0249848;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:54:57:38:38:0.4:25:13:25:29:25:13:28:29 chr20 60503350 . A G 2681.81 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7788;QD=60.9502;RBI=0.0363695;REFB=-0.027987;REVB=-0.0271755;RO=1;SAF=100;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047365;STB=0.500868;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00126373;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:176:1:2:174:174:0.988636:74:100:1:0:74:100:1:1 chr20 60509209 . C T 642.37 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.00102975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4371;QD=19.3194;RBI=0.0262681;REFB=-0.0143114;REVB=0.0262479;RO=68;SAF=30;SAR=35;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157066;STB=0.586656;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00983289;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:35:30:43:25:35:30:43:25 chr20 60511860 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0134525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.905;QD=26.3129;RBI=0.0165984;REFB=-0.0153171;REVB=0.00972295;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112604;STB=0.562438;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00791241;OID=.;OPOS=60511860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:8:4:10:10:8:4 chr20 60550464 . TA T 32.4 PASS AF=0.285714;AO=21;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.101408;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.73569;QD=2.31436;RBI=0.194654;REFB=-0.10907;REVB=-0.166152;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=-0.329752;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=del;VARB=0.10727;OID=.;OPOS=60550465;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:21:56:16:56:40:7:9:21:19:32:32:6:15:19:13 chr20 60572663 . C A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5998;QD=57.5418;RBI=0.0922069;REFB=0;REVB=0.0692202;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982867;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr20 60712511 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.738;QD=56.9383;RBI=0.0168286;REFB=0;REVB=0.000103643;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32272e-05;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr20 60713311 . G A 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0125;QD=58.5686;RBI=0.00527807;REFB=0;REVB=-0.000947058;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46833e-05;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr20 60713332 . A G 361.9 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0522;QD=53.6145;RBI=0.0844585;REFB=0;REVB=0.083416;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399943;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:8:18:0:0:8:19:0:0 chr20 60768497 . C T 974.32 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.581;QD=59.0498;RBI=0.0407778;REFB=0;REVB=0.0353421;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240031;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:25:32:0:0:32:34:0:0 chr20 60808026 . C T 528.71 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00110855;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.323;QD=19.4023;RBI=0.00704752;REFB=-0.0213833;REVB=-0.00695979;RO=54;SAF=30;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156054;STB=0.586062;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0226611;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:25:30:20:34:25:30:20:34 chr20 60831300 . G A 707.37 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.028369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.83;QD=49.6402;RBI=0.02957;REFB=-0.123965;REVB=0.00834198;RO=4;SAF=17;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268375;STB=0.51428;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00184546;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:36:17:2:2:36:17:2:2 chr20 60854257 . AC A 32.66 PASS AF=0.232877;AO=22;DP=75;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.016726;FXX=0.0266631;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.51665;QD=1.78981;RBI=0.197368;REFB=-0.083629;REVB=0.196658;RO=44;SAF=21;SAR=1;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598044;STB=0.865415;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.140693;OID=.;OPOS=60854258;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232877:22:75:17:73:56:16:1:36:20:32:44:21:1:29:15 chr20 60881330 . G A 1200.42 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00533644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.931;QD=58.557;RBI=0.0514922;REFB=-0.085888;REVB=0.0512149;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515148;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000190499;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:0:2:80:80:0.97561:32:48:0:0:32:48:0:2 chr20 60881780 . T C 1033.69 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193534;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4227;QD=58.2363;RBI=0.0194781;REFB=0.0275085;REVB=-0.00220118;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=4.3413e-06;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:48:22:0:0:48:22:1:0 chr20 60887468 . G A 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00139313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.86;QD=30.3229;RBI=0.0348482;REFB=-0.0161215;REVB=0.0348203;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428187;STB=0.52354;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00909472;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:13:10:4:7:13:10:4:7 chr20 60887581 . G A 490.45 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0867665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2168;QD=56.0518;RBI=0.0953868;REFB=-0.166987;REVB=0.0396259;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00484348;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:17:16:0:0:18:16:1:0 chr20 60891827 . C G 807.26 PASS AF=0.48538;AO=83;DP=172;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0182294;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0301;QD=18.8834;RBI=0.0321842;REFB=0.00292903;REVB=-0.0265238;RO=87;SAF=38;SAR=45;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521942;STB=0.531309;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00259985;OID=.;OPOS=60891827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:87:88:83:83:0.48538:45:38:35:52:45:38:35:53 chr20 60892526 . A G 1525.95 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210435;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.424;QD=59.8411;RBI=0.0210524;REFB=0;REVB=-0.000612718;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91471e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr20 60893639 . G C 521.41 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0048018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.914;QD=20.8566;RBI=0.00895657;REFB=-0.0176059;REVB=-0.00756061;RO=48;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917101;STB=0.562788;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0185737;OID=.;OPOS=60893639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:50:50:50:0.5:32:18:22:26:32:18:24:26 chr20 60897487 . C T 966.79 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0652854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1675;QD=56.8701;RBI=0.0661398;REFB=-0.0240413;REVB=0.010597;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0015196;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:30:35:0:0:30:37:0:1 chr20 60899206 . C T 786.52 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9882;QD=56.18;RBI=0.0430567;REFB=0;REVB=-0.0146257;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125987;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:27:27:0:0:29:27:0:0 chr20 60900481 . A G 1524.73 PASS AF=0.972973;AO=101;DP=106;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00175681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4592;QD=54.9451;RBI=0.0546047;REFB=-0.131054;REVB=0.0545764;RO=4;SAF=41;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044059;STB=0.516851;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00632569;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:111:4:3:101:108:0.972973:60:41:4:0:65:43:3:0 chr20 60900579 . C A 784.5 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2102;QD=57.0547;RBI=0.0602028;REFB=0;REVB=0.000742172;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452863;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr20 60904853 . T C 443.98 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.000387942;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.35;QD=28.189;RBI=0.0193049;REFB=-0.0147973;REVB=0.019301;RO=22;SAF=12;SAR=29;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44037;STB=0.739018;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0118158;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:22:22:41:41:0.650794:29:12:22:0:29:12:22:0 chr20 60905878 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.627;QD=43.4801;RBI=0.021869;REFB=0;REVB=0.0200862;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470977;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr20 60907446 . T C 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.127;QD=59.3565;RBI=0.0431268;REFB=-0.0866638;REVB=0.038592;RO=1;SAF=59;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255619;STB=0.51351;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000360293;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:18:59:0:1:18:59:0:1 chr20 60907675 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.605;QD=57.6755;RBI=0.0438728;REFB=0;REVB=0.028923;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39767e-05;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr20 60908964 . G A 145.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4504;QD=44.6632;RBI=0.0903772;REFB=0;REVB=0.0765646;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039242;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr20 60908969 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.076;QD=47.8221;RBI=0.0462778;REFB=0;REVB=0.0376955;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174571;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr20 60909060 . A G 595.61 PASS AF=0.97561;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00483345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.255;QD=58.1083;RBI=0.0157328;REFB=-0.0528079;REVB=-0.014972;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00193899;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:41:0:1:36:40:0.97561:11:25:0:0:14:26:1:0 chr20 60911958 . G A 86.14 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00863711;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.075;QD=21.5354;RBI=0.0349966;REFB=-0.0141774;REVB=0.033914;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51435;STB=0.802824;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00785216;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:6:6:10:10:0.625:9:1:4:2:9:1:4:2 chr20 60912683 . T C 734.49 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414288;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6544;QD=62.5097;RBI=0.072488;REFB=0;REVB=-0.0594825;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9826e-05;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr20 60913127 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00148732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.142;QD=15.571;RBI=0.00567341;REFB=0.00564432;REVB=0.00547499;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00697953;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr20 60920624 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0155182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.765;QD=20.8378;RBI=0.0740085;REFB=-0.0149454;REVB=-0.0723633;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234244;STB=0.631339;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00418877;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:5:0:2:7:5:0 chr20 60920887 . G A 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00354583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4302;QD=9.82907;RBI=0.0323061;REFB=-0.00327215;REVB=-0.0321109;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305305;STB=0.681923;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00546931;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:18:8:7:5:18:8 chr20 60921643 . T C 357.9 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.727;QD=55.0609;RBI=0.0846144;REFB=0;REVB=0.0838602;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861423;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr20 60927349 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.002;QD=59.8556;RBI=0.0166152;REFB=0;REVB=0.0144049;RO=0;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64495e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:24:47:0:0:24:47:0:0 chr20 60927412 . G A 338.4 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.00493462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2714;QD=19.0647;RBI=0.020604;REFB=-0.0303703;REVB=0.0200044;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240064;STB=0.636584;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0469589;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:16:19:28:7:17:19:28:7 chr20 60937597 . A G 528.14 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.3892;QD=58.6821;RBI=0.0396167;REFB=0;REVB=-0.0381466;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727333;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr20 60966318 . G T 110.47 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00331867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.205;QD=15.2373;RBI=0.0295354;REFB=-0.0265005;REVB=0.0293483;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0272272;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr20 61039958 . T C 1211.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01829;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.461;QD=61.3186;RBI=0.0193896;REFB=0;REVB=0.00643681;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9902e-07;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr20 61040453 . C G 1033.81 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3798;QD=58.2428;RBI=0.00906495;REFB=-0.0682362;REVB=-0.0088972;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014673;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:22:49:0:0 chr20 61040951 . C T 2043.36 PASS AF=0.951049;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=143;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0404369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3841;QD=57.1569;RBI=0.0407584;REFB=-0.00783239;REVB=0.0051092;RO=6;SAF=42;SAR=94;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482785;STB=0.522837;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00286155;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:143:143:6:7:136:136:0.951049:94:42:5:1:94:42:5:2 chr20 61048549 . G A 1246.73 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.597;QD=61.5671;RBI=0.0236601;REFB=0;REVB=0.0195685;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75391e-05;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:36:45:0:0 chr20 61143487 . T C 419.39 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00405825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.172;QD=20.2117;RBI=0.0057763;REFB=-0.00700202;REVB=0.00411051;RO=40;SAF=26;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085684;STB=0.554476;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00738667;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:16:26:21:19:16:26:21:20 chr20 61162267 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0158833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.419;QD=8.81201;RBI=0.0163738;REFB=-0.0243915;REVB=0.00397774;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0302535;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr20 61167883 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0277489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.661;QD=10.1734;RBI=0.042332;REFB=-0.000337435;REVB=-0.0319687;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695113;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr20 61299128 . G C 404.05 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0251163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0188;QD=19.4725;RBI=0.0251247;REFB=0.00288377;REVB=-0.000650595;RO=41;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220368;STB=0.50649;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00333138;OID=.;OPOS=61299128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:22:19:20:21:22:19:20:22 chr20 61326380 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.449;QD=57.1774;RBI=0.0325472;REFB=0;REVB=0.0322639;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010425;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:14:36:0:0:14:37:0:0 chr20 61386231 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0331076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.842;QD=20.0166;RBI=0.0397556;REFB=-0.021926;REVB=0.0220091;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255477;STB=0.645976;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0313459;OID=.;OPOS=61386231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:4:14:9:8:4:14:9:8 chr20 61391367 . C A 111.56 PASS AF=0.388889;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0253776;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.725;QD=12.3952;RBI=0.0254418;REFB=-0.0311326;REVB=-0.00180612;RO=22;SAF=11;SAR=0;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.823814;STB=0.856632;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0511671;OID=.;OPOS=61391367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:22:22:11:14:0.388889:0:11:6:16:2:12:6:16 chr20 61443636 . G A 293.94 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00603315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.474;QD=17.0402;RBI=0.0137695;REFB=-0.0207685;REVB=-0.0123774;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121352;STB=0.57616;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0261894;OID=.;OPOS=61443636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:20:12:18:18:20:12:19:18 chr20 61443660 . G A 306.99 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00187411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.682;QD=18.0582;RBI=0.0596717;REFB=-0.0202464;REVB=0.0596423;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223376;STB=0.607834;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.027891;OID=.;OPOS=61443660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:24:8:16:19:24:9:16:19 chr20 61443687 . G A 329.31 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00924949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0387;QD=18.2947;RBI=0.0586544;REFB=-0.0335186;REVB=0.0579206;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272202;STB=0.651081;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0419135;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:15:20:10:27:15:20:10:27 chr20 61443870 . C G 703.55 PASS AF=0.392344;AO=82;DP=209;FAO=82;FDP=209;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=-0.0137743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.143;QD=13.4652;RBI=0.0138743;REFB=-0.0184053;REVB=-0.00166292;RO=126;SAF=45;SAR=37;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612228;STB=0.532131;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0280878;OID=.;OPOS=61443870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:126:127:82:82:0.392344:37:45:62:64:37:45:63:64 chr20 61444629 . A G 32.26 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0143646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3528;QD=6.1455;RBI=0.0575729;REFB=-0.0237303;REVB=-0.0557521;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633411;STB=0.889351;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0614136;OID=.;OPOS=61444629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:12:3:5:1:12:3 chr20 61444939 . G C 301.99 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00347468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.356;QD=16.7771;RBI=0.00531214;REFB=-0.0333068;REVB=-0.00401814;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172781;STB=0.596554;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0362686;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:17:16:12:27:17:16:12:27 chr20 61448969 . C T 329.62 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000905896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.805;QD=21.2657;RBI=0.00138916;REFB=-0.0352296;REVB=-0.00105314;RO=25;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071444;STB=0.536564;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0206925;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:25:28:34:34:0.548387:22:12:11:14:22:12:12:16 chr20 61460107 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0113502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.742;QD=22.7197;RBI=0.0730223;REFB=-0.0121217;REVB=-0.0721348;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161555;STB=0.590048;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0204675;OID=.;OPOS=61460107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:8:1:4:10:8:1 chr20 61460124 . G A 65.38 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00787873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.465;QD=10.8963;RBI=0.0342884;REFB=-0.0273252;REVB=-0.033371;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382401;STB=0.726652;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0343588;OID=.;OPOS=61460124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:1:8:9:5:1:8:10:5 chr20 61463501 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00602771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.935;QD=16.7274;RBI=0.00826465;REFB=-0.0238582;REVB=-0.0056543;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230244;STB=0.631421;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0129074;OID=.;OPOS=61463501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:6:13:7:9:6:13 chr20 61463522 . C A 171.55 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00881663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.249;QD=19.606;RBI=0.0159506;REFB=-0.0139338;REVB=0.0132924;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154517;STB=0.571351;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00987178;OID=.;OPOS=61463522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:8:9:6:11:9:9:6:11 chr20 61464440 . G A 498.83 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0185817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.504;QD=24.04;RBI=0.0188982;REFB=-0.0167331;REVB=0.00344406;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796665;STB=0.543661;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00947691;OID=.;OPOS=61464440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:23:24:22:14:23:24:22:14 chr20 61467800 . A G 210.59 PASS AF=0.423729;AO=21;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.000108868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7636;QD=14.2773;RBI=0.0121595;REFB=-0.00816037;REVB=-0.012159;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106082;STB=0.643134;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0123998;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:22:33:21:25:0.423729:9:12:10:12:11:14:10:23 chr20 61468571 . T C 3832.82 PASS AF=1;AO=223;DP=228;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162833;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.214;QD=62.8331;RBI=0.0195292;REFB=0;REVB=0.0107816;RO=0;SAF=135;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33796e-06;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:228:244:0:0:223:244:1:88:135:0:0:93:151:0:0 chr20 61512606 . T C 766.19 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.09;QD=63.8489;RBI=0.0640561;REFB=0;REVB=0.00804012;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349455;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:38:10:0:0:38:10:0:0 chr20 61528074 . T C 518.25 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00586587;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.368;QD=17.8708;RBI=0.023884;REFB=-0.0340531;REVB=0.0231525;RO=60;SAF=28;SAR=27;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854865;STB=0.509088;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0359067;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:61:55:55:0.474138:27:28:30:30:27:28:30:31 chr20 61536938 . G A 107.08 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0332264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.591;QD=12.5978;RBI=0.045409;REFB=-0.0171141;REVB=0.0309513;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328087;STB=0.692012;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0111092;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:12:13:0.382353:4:8:7:13:4:9:8:13 chr20 61577275 . T C 249.93 PASS AF=0.424658;AO=25;DP=67;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0101334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=13.695;RBI=0.012018;REFB=-0.0263821;REVB=-0.00646117;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186743;STB=0.619306;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0454311;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:38:42:25:31:0.424658:12:13:13:25:12:19:17:25 chr20 61588159 . A G 266.54 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0365021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7466;QD=15.9125;RBI=0.038559;REFB=-0.0242494;REVB=0.0124256;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194566;STB=0.510971;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0254468;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:18:19:16:14:18:19 chr20 61594679 . A G 837.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161082;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.254;QD=57.7812;RBI=0.0305412;REFB=0;REVB=0.0259478;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53514e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr20 61597946 . CT C 774.18 PASS AF=1;AO=65;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.5373;QD=40.7464;RBI=0.0412286;REFB=0;REVB=0.031836;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000116848;OID=.;OPOS=61597947;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:75:76:76:0:38:38:0:0:15:1:34:31:1:0 chr20 61834695 . G A 279.1 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0121026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2406;QD=27.2288;RBI=0.0173238;REFB=-0.0505054;REVB=-0.0123952;RO=16;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2195;STB=0.621927;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0207326;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:7:18:7:9:7:18:7:9 chr20 61869826 . C T 311.7 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00379365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.905;QD=16.6239;RBI=0.0384203;REFB=0.0151025;REVB=0.0382325;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573982;STB=0.532278;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0176145;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:13:21:23:18:13:21:23:18 chr20 61870167 . C A 33.61 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0691328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7976;QD=13.445;RBI=0.0728683;REFB=0.0137776;REVB=-0.0230314;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0051848;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:10:4:4:5:6:0.6:3:2:1:3:4:2:1:3 chr20 61870727 . G C 157.92 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00485863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.475;QD=18.5786;RBI=0.0124175;REFB=-0.0409591;REVB=-0.0114275;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228247;STB=0.639167;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0311973;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:4:12:9:8:4:13:9:8 chr20 61873080 . T A 100.02 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0201117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.88;QD=18.1858;RBI=0.0254155;REFB=-0.0118362;REVB=-0.0155392;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.604677;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00964187;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:22:10:10:10:12:0.545455:7:3:2:8:7:5:2:8 chr20 61878950 . A C 58.44 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8196;QD=14.6091;RBI=0.148483;REFB=0.0211284;REVB=0.148483;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101501;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:8:0:0:8:8:0:0:8 chr20 61880169 . T G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0255077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.507;QD=10.5422;RBI=0.0293665;REFB=0.00484103;REVB=-0.0145515;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301978;STB=0.691975;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00631518;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:7:13:4:7:7:14 chr20 61881296 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.689;QD=61.3744;RBI=0.0119429;REFB=0;REVB=-0.00913173;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17351e-06;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:25:55:0:0:25:55:0:0 chr20 61912715 . T C 444.18 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.424;QD=57.313;RBI=0.0250842;REFB=0;REVB=-0.0102507;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59867e-06;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:18:11:0:0:19:12:0:0 chr20 61918164 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.036;QD=46.848;RBI=0.0441161;REFB=0;REVB=0.0438949;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650438;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr20 61918221 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00971023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.879;QD=13.2053;RBI=0.00982519;REFB=-0.0308501;REVB=-0.00149858;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0231284;OID=.;OPOS=61918221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr20 61941747 . A G 713.13 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.373;QD=55.9316;RBI=0.0896066;REFB=0;REVB=0.0888203;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241297;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:18:30:0:0:20:31:0:0 chr20 61951489 . G C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1381;QD=47.8135;RBI=0.115895;REFB=0;REVB=-0.0215833;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356073;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr20 61956782 . T C 180.05 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0143632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8998;QD=12.4174;RBI=0.029907;REFB=-0.0485079;REVB=-0.0262322;RO=32;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751742;STB=0.57824;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0464022;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:35:22:23:0.396552:17:5:9:23:18:5:11:24 chr20 61981536 . A G 650.76 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2268;QD=61.9773;RBI=0.0133877;REFB=0;REVB=0.0108698;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20869e-05;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:8:34:0:0:8:34:0:0 chr20 61981554 . C A 737.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4157;QD=55.6731;RBI=0.0685657;REFB=0;REVB=0.0685561;RO=0;SAF=42;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223273;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:9:42:0:0:11:42:0:0 chr20 61982085 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.304;QD=61.3746;RBI=0.0433898;REFB=0;REVB=-0.0153726;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119152;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr20 61982124 . A G 1216.02 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283603;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.614;QD=60.8011;RBI=0.0410048;REFB=0;REVB=0.0296156;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017972;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:45:33:0:0:45:35:0:0 chr20 62070966 . G A 1009.18 PASS AF=0.985714;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00178185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.631;QD=57.6672;RBI=0.0716875;REFB=-0.0192267;REVB=0.0716654;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00042609;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:70:0:1:63:69:0.985714:23:40:0:0:28:41:1:0 chr20 62126185 . A G 316.93 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0192865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0225;QD=20.7825;RBI=0.0879073;REFB=-0.0480149;REVB=-0.0857655;RO=28;SAF=23;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261848;STB=0.649255;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0375651;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:28:32:33:0.540984:9:23:12:16:9:24:12:16 chr20 62126299 . C T 720.99 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00670426;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1741;QD=19.8894;RBI=0.0220596;REFB=-0.000887369;REVB=-0.0210161;RO=73;SAF=35;SAR=36;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000177284;STB=0.503303;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00078055;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:73:74:71:71:0.489655:36:35:36:37:36:35:36:38 chr20 62172219 . G A 1553.89 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.897;QD=59.1959;RBI=0.129639;REFB=0;REVB=0.129409;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385348;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:100:105:1:38:62:0:0:42:63:0:0 chr20 62173562 . G T 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0090166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.482;QD=56.0063;RBI=0.00903325;REFB=-0.012843;REVB=-0.00054809;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=4.90637e-05;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:22:38:1:0:22:38:1:0 chr20 62174724 . G A 708.76 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6147;QD=63.0005;RBI=0.0966229;REFB=0;REVB=0.0919627;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143038;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:15:28:0:0:17:28:0:0 chr20 62187187 . T C 314.26 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.030322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.718;QD=31.426;RBI=0.0323706;REFB=-0.029368;REVB=0.0113327;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471745;STB=0.519759;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0179315;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:13:26:27:0.675:12:14:8:5:12:15:8:5 chr20 62187439 . T C 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0148131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1804;QD=13.2042;RBI=0.0151397;REFB=-0.00372993;REVB=-0.00312806;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43181;STB=0.749372;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00754997;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:0:6:3:3:0:6 chr20 62191321 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.995;QD=53.2768;RBI=0.00628406;REFB=0;REVB=0.00574528;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79676e-05;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 62191937 . G A 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0529797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.739;QD=29.0914;RBI=0.0625224;REFB=-0.031163;REVB=-0.0331994;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977024;STB=0.553732;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0217623;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:13:11:4:9:13:11:4:9 chr20 62193019 . C T 71.96 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0173982;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.625;QD=11.5138;RBI=0.045223;REFB=-0.0190023;REVB=0.0417424;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52739;STB=0.726876;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00997961;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:25:9:15:7:10:0.4:1:6:3:6:4:6:3:12 chr20 62193445 . G A 210.96 PASS AF=0.625;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0192868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.344;QD=26.3693;RBI=0.0193331;REFB=-0.0214558;REVB=-0.00133771;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.518849;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00404814;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:19:20:0.625:9:10:6:5:9:11:6:6 chr20 62194030 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.255;QD=63.1953;RBI=0.029336;REFB=0;REVB=0.0183719;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2984e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr20 62194103 . A G 946.75 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.986;QD=58.2614;RBI=0.0422776;REFB=0;REVB=0.0232497;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108432;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:35:26:0:0:36:29:0:0 chr20 62194128 . G A 266.53 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.011312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5056;QD=15.9121;RBI=0.0392342;REFB=-0.0118581;REVB=0.0375681;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323326;STB=0.525879;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0183048;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:14:16:18:18:14:16:18:19 chr20 62195220 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0136062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.284;QD=18.4436;RBI=0.030911;REFB=0.01185;REVB=0.0277554;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0088458;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:4:5:7:4:4:5 chr20 62195672 . C T 301.9 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0389287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1368;QD=28.0833;RBI=0.0675742;REFB=-0.0216942;REVB=0.0552343;RO=16;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822524;STB=0.550322;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0124258;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:26:27:0.627907:10:16:8:8:10:17:8:8 chr20 62196033 . C T 341.06 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0195412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2962;QD=25.7402;RBI=0.0198255;REFB=0.00115589;REVB=-0.00334505;RO=20;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132753;STB=0.572909;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000373928;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:21:12:11:9:21:12:11:9 chr20 62196182 . G C 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000904313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9037;QD=19.5198;RBI=0.0652747;REFB=-0.0114646;REVB=0.0652684;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125358;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.011937;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:7:5:8:6:7:5 chr20 62196807 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.344;QD=61.3347;RBI=0.0589947;REFB=0;REVB=0.0390712;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56191e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr20 62196884 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.085;QD=59.141;RBI=0.0289353;REFB=0;REVB=-0.0244301;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12398e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr20 62198236 . G A 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0195371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.11;QD=18.2482;RBI=0.0242542;REFB=-0.00935399;REVB=-0.0143724;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617645;STB=0.535165;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0200732;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:10:5:6:9:10:5 chr20 62198348 . C T 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.841;QD=57.1854;RBI=0.0409166;REFB=-0.00333275;REVB=0.0250289;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000345377;STB=0.500183;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000117167;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:36:37:1:1:36:37:1:1 chr20 62198662 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.28;QD=57.6804;RBI=0.0330126;REFB=0;REVB=-0.0149917;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262623;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 584.67 PASS AF=0.575,0.425;AO=23,17;DP=40;FAO=23,17;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11,9;FSAR=12,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043397,-0.0648277;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=65.6793,50.9474;QD=58.4669;RBI=0.102276,0.12907;REFB=0,0;REVB=0.102184,0.111608;RO=0;SAF=11,9;SAR=12,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0138374,0.0256661;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:40:40:0:0:23,17:23,17:0.575,0.425:12,8:11,9:0:0:12,8:11,9:0:0 chr20 62200860 . A G 903.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.968;QD=58.265;RBI=0.0677281;REFB=0;REVB=0.0480656;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029087;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:23:38:0:0:23:39:0:0 chr20 62221364 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00681702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.878;QD=19.702;RBI=0.0101372;REFB=-0.0225211;REVB=0.0075027;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184484;STB=0.604121;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.01451;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:5:11:8:9:5:11 chr20 62221610 . T C 755.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.384;QD=55.9899;RBI=0.0349834;REFB=0;REVB=-0.0109577;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65441e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:29:25:0:0 chr20 62221766 . C T 163.13 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0269023;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.907;QD=18.1253;RBI=0.0271599;REFB=-0.0242463;REVB=-0.00373206;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214496;STB=0.620565;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0368903;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:3:16:11:6:3:16 chr20 62227080 . CA CG,TG 652.93 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=39,3;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104585,0.00976769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.57,163.381;QD=60.7376;RBI=0.0165779,0.0255385;REFB=0,0;REVB=0.0128627,0.0235968;RO=0;SAF=27,1;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00228458,-0.02218;OID=.,.;OPOS=62227081,62227080;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:39,3:40,3:0.930233,0.0697674:12,2:27,1:0:0:12,2:28,1:0:0 chr20 62236148 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0144144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.692;QD=15.6262;RBI=0.043876;REFB=-0.0180108;REVB=0.0414407;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30565;STB=0.67274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0245151;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:22:5:9:10:22:5 chr20 62309554 . C T 194.63 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0167584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.8;QD=10.3801;RBI=0.0191217;REFB=-0.00474417;REVB=-0.00920846;RO=50;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19181;STB=0.61252;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00840269;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:8:17:26:24:8:17:26:24 chr20 62319464 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0107297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.904;QD=15.5772;RBI=0.018409;REFB=0.00474261;REVB=0.0149587;RO=30;SAF=22;SAR=2;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268927;STB=0.656557;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0116772;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:2:22:24:6:2:22:24:6 chr20 62320968 . T C 168.59 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0353291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.595;QD=15.683;RBI=0.0414397;REFB=-0.00712557;REVB=-0.0216588;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386781;STB=0.716189;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015344;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:17:18:0.418605:6:11:6:18:6:12:7:18 chr20 62321655 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00724953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.974;QD=20.5463;RBI=0.0161388;REFB=-0.00214244;REVB=-0.0144189;RO=22;SAF=19;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523485;STB=0.799196;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000896979;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:3:19:8:14:3:19:8:14 chr20 62322288 . T C 231.13 PASS AF=0.375;AO=21;DP=71;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0185984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.053;QD=11.5566;RBI=0.0189981;REFB=-0.024873;REVB=0.0038766;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141631;STB=0.596425;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0530388;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:80:48:50:21:30:0.375:8:13:24:24:10:20:26:24 chr20 62324289 . C T 1496.23 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183125;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9354;QD=63.6694;RBI=0.0311353;REFB=0;REVB=0.0251805;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1915e-05;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:52:40:0:0:53:41:0:0 chr20 62326110 . A C 360.06 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0177058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1623;QD=16.1825;RBI=0.056841;REFB=-0.0285408;REVB=-0.054013;RO=50;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264808;STB=0.505642;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0676033;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:50:38:39:0.438202:15:23:29:21:16:23:29:21 chr20 62328267 . C T 361.42 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.028862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9035;QD=17.8479;RBI=0.0374168;REFB=-0.0159968;REVB=-0.0238119;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193164;STB=0.614113;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0205055;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:24:14:24:18:24:14:25:18 chr20 62328375 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.253;QD=62.6711;RBI=0.00754561;REFB=0;REVB=-0.00260717;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27996e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr20 62328453 . T C 387.81 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00157819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.604;QD=18.4673;RBI=0.00613117;REFB=-0.00946891;REVB=0.00592458;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124534;STB=0.513104;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.012391;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:19:21:22:21:19:21:22:22 chr20 62328742 . C T 84.32 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0176526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.206;QD=12.972;RBI=0.0260952;REFB=-0.0247425;REVB=-0.0192184;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0349265;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:6:9:6:5:6:9 chr20 62328829 . C G 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0274722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.174;QD=19.2744;RBI=0.027538;REFB=-0.0103288;REVB=-0.00190135;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.531887;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0172676;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:12:14:11:12:12:14 chr20 62331989 . T G 243.98 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.13613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4683;QD=18.7676;RBI=0.141084;REFB=-0.00160106;REVB=-0.03706;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446994;STB=0.524981;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00107576;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:19:7:6:20:19:7:6:20 chr20 62332638 . A AC 507.03 PASS AF=1;AO=39;DP=80;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277289;FXX=0.362455;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.8802;QD=39.7667;RBI=0.0880901;REFB=0;REVB=-0.0880464;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000665029;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:80:51:51:0:26:25:0:0:10:40:17:22:23:17 chr20 62332641 . T C 374.3 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0036571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.169;QD=18.2585;RBI=0.0144091;REFB=-0.00900949;REVB=0.0139373;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147574;STB=0.587898;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0183432;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:17:22:17:25:17:22:17:26 chr20 62340115 . C G 491.62 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.445;QD=57.8371;RBI=0.0343129;REFB=0;REVB=0.0341975;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290676;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr20 62372813 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.833;QD=60.2292;RBI=0.0347293;REFB=0;REVB=0.00839491;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75202e-05;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr20 62373707 . G T 423.22 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00265185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.602;QD=23.8432;RBI=0.00919308;REFB=-0.0424904;REVB=-0.00880229;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147745;STB=0.508112;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0344689;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:17:24:17:13:17:24:17:13 chr20 62378349 . C T 212.41 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00242806;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1041;QD=19.31;RBI=0.0966954;REFB=-0.00834664;REVB=0.0966649;RO=24;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279615;STB=0.646314;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.018598;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:21:21:0.477273:5:16:12:12:5:16:12:11 chr20 62378364 . C T 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0132693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.752;QD=20.0308;RBI=0.0444056;REFB=-0.0128539;REVB=-0.0423767;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224973;STB=0.627793;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00948756;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:6:18:14:12:6:18:14:12 chr20 62421622 . A G 570.88 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0163379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.608;QD=15.9686;RBI=0.0239921;REFB=-0.0160836;REVB=0.0175698;RO=81;SAF=34;SAR=27;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010888;STB=0.509194;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0220876;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:82:61:61:0.426573:27:34:46:35:27:34:47:35 chr20 62422080 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0213236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.446;QD=8.08902;RBI=0.0249561;REFB=-0.0113919;REVB=-0.0129657;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13055;STB=0.592398;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0450159;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:14:7:4:5:15:7 chr20 62522466 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.643;QD=57.6799;RBI=0.0262071;REFB=0;REVB=0.0261832;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202955;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr20 62540460 . A G 678.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.047;QD=61.7223;RBI=0.0371104;REFB=0;REVB=0.0368096;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051603;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr20 62590725 . G T 115.05 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00773242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2181;QD=19.1743;RBI=0.0247339;REFB=-0.0220572;REVB=-0.0234941;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126109;STB=0.571326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0185488;OID=.;OPOS=62590725;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:9:2:4:9:9:2 chr20 62597571 . C T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0155708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9351;QD=10.1719;RBI=0.0534897;REFB=-0.0032909;REVB=0.0511733;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00804916;OID=.;OPOS=62597571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr20 62714783 . C G 2065.66 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.955;QD=61.6616;RBI=0.0476017;REFB=0.0502579;REVB=0.0208303;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.503225;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000158429;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:0:1:133:133:0.992537:77:56:0:0:77:56:0:1 chr20 62729431 . C T 133.38 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0140491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.872;QD=19.0544;RBI=0.0225076;REFB=-0.0204413;REVB=0.0175846;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246257;STB=0.625709;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0183665;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:10:4:1:12:11:4:1:12 chr20 62737318 . G A 715.36 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.062;QD=60.882;RBI=0.0425051;REFB=-0.165869;REVB=0.0106593;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000462218;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:24:22:0:0:24:22:1:0 chr21 9907271 . A G 1328.43 PASS AF=0.649718;AO=115;DP=177;FAO=115;FDP=177;FR=.;FRO=62;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0525334;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5316;QD=30.0209;RBI=0.107725;REFB=-0.0390261;REVB=-0.0940475;RO=62;SAF=61;SAR=54;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930343;STB=0.555677;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0207648;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:62:62:115:115:0.649718:54:61:24:38:54:61:23:39 chr21 9907302 . C T 271.09 PASS AF=0.207207;AO=46;DP=223;FAO=46;FDP=222;FR=.;FRO=176;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=76;FSRR=100;FWDB=-0.000201101;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.503;QD=4.88452;RBI=0.0116797;REFB=-0.00301176;REVB=-0.0116779;RO=174;SAF=28;SAR=18;SRF=74;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232136;STB=0.638272;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.012595;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:174:176:46:46:0.207207:18:28:74:100:18:28:76:100 chr21 9907322 . G T 304.74 PASS AF=0.215517;AO=50;DP=232;FAO=50;FDP=232;FR=.;FRO=182;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=103;FWDB=0.0122842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9194;QD=5.25415;RBI=0.0189839;REFB=0.0058757;REVB=0.0144737;RO=182;SAF=31;SAR=19;SRF=79;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235429;STB=0.644017;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.023996;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:182:182:50:50:0.215517:19:31:79:103:19:31:79:103 chr21 9907324 . G C 158.36 PASS AF=0.146552;AO=34;DP=232;FAO=34;FDP=232;FR=.;FRO=198;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=100;FWDB=-0.0247991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.136;QD=2.73026;RBI=0.0261298;REFB=-0.00564729;REVB=-0.00823236;RO=194;SAF=12;SAR=22;SRF=97;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190253;STB=0.622996;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0275755;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:194:198:34:34:0.146552:22:12:97:97:22:12:98:100 chr21 9907340 . A G 1158.23 PASS AF=0.545894;AO=112;DP=207;FAO=113;FDP=207;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.000948091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.757;QD=22.3813;RBI=0.00380654;REFB=-0.0150244;REVB=-0.00368657;RO=93;SAF=53;SAR=59;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270445;STB=0.515003;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0119463;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:93:94:112:113:0.545894:59:53:41:52:60:53:41:53 chr21 9907343 . G A 47.16 PASS AF=0.08;AO=16;DP=199;FAO=16;FDP=200;FR=.;FRO=184;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=100;FWDB=-0.00989734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.255;QD=0.943122;RBI=0.0494574;REFB=-0.000653996;REVB=0.0484569;RO=177;SAF=7;SAR=9;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427599;STB=0.517677;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00633935;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:199:200:177:184:16:16:0.08:9:7:84:93:9:7:84:100 chr21 9907345 . C T 603.4 PASS AF=0.361386;AO=73;DP=200;FAO=73;FDP=202;FR=.;FRO=129;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.0126902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.449;QD=11.9485;RBI=0.0357585;REFB=-0.00716877;REVB=-0.0334309;RO=127;SAF=30;SAR=43;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787415;STB=0.540235;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0134991;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:127:129:73:73:0.361386:43:30:61:66:43:30:61:68 chr21 9907375 . T C 1198.12 PASS AF=0.660377;AO=105;DP=161;FAO=105;FDP=159;FR=.;FRO=54;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00333989;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1605;QD=30.1415;RBI=0.0133223;REFB=-0.00213968;REVB=-0.0128969;RO=54;SAF=55;SAR=50;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108195;STB=0.558198;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00121804;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:54:54:105:105:0.660377:50:55:19:35:50:55:19:35 chr21 9907384 . GC AA,AC 1218.46 PASS AF=0.0844156,0.616883;AO=13,93;DP=154;FAO=13,95;FDP=154;FR=.;FRO=46;FSAF=7,48;FSAR=6,47;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00897633,0.00511996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.321,144.986;QD=31.6483;RBI=0.0107263,0.0286695;REFB=-0.0124114,-0.0291959;REVB=0.00587197,0.0282086;RO=46;SAF=7,46;SAR=6,47;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153588,0.0501961;STB=0.596754,0.530064;STBP=0.455,0.312;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00935155,0.00732839;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:154:154:46:46:13,93:13,95:0.0844156,0.616883:6,47:7,46:19:27:6,47:7,48:19:27 chr21 9907397 . C T 1018.09 PASS AF=0.609589;AO=89;DP=146;FAO=89;FDP=146;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0224751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.949;QD=27.8928;RBI=0.0278187;REFB=-0.00640572;REVB=-0.0163936;RO=57;SAF=42;SAR=47;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241175;STB=0.513063;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0110429;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:57:57:89:89:0.609589:47:42:25:32:47:42:25:32 chr21 9907398 . G C 51.61 PASS AF=0.0979021;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=143;FR=.;FRO=129;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.0274256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.156;QD=1.44374;RBI=0.0284561;REFB=-0.00566891;REVB=-0.00758833;RO=127;SAF=8;SAR=6;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16339;STB=0.615223;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.022822;OID=.;OPOS=9907398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:143:143:127:129:14:14:0.0979021:6:8:55:72:6:8:57:72 chr21 9907402 . G C 46.0 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=140;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.0580465;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.131;QD=1.30495;RBI=0.0624134;REFB=4.42998e-06;REVB=-0.0229354;RO=125;SAF=8;SAR=5;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212543;STB=0.664293;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00439634;OID=.;OPOS=9907402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:140:141:125:128:13:13:0.0921986:5:8:54:71:5:8:55:73 chr21 9907416 . C T 288.94 PASS AF=0.293233;AO=39;DP=133;FAO=39;FDP=133;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.026942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.738;QD=8.69;RBI=0.0341769;REFB=-0.0261112;REVB=-0.0210282;RO=93;SAF=11;SAR=28;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208276;STB=0.627681;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.049605;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:94:39:39:0.293233:28:11:41:52:28:11:42:52 chr21 9907419 . A G 240.12 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=-0.00455597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.441;QD=7.87266;RBI=0.0238571;REFB=-0.0170512;REVB=-0.0234181;RO=84;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253976;STB=0.645811;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0421291;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:84:88:34:34:0.278689:15:19:29:55:15:19:31:57 chr21 9907422 . G A 240.85 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.0108689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2404;QD=7.96189;RBI=0.0556914;REFB=-0.00706487;REVB=0.0546205;RO=86;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26459;STB=0.650416;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0115928;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:86:87:34:34:0.280992:15:19:29:57:15:19:30:57 chr21 9907434 . T A 104.19 PASS AF=0.175926;AO=18;DP=105;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0717569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.176;QD=3.85887;RBI=0.0718537;REFB=-0.00537671;REVB=0.00372839;RO=87;SAF=7;SAR=11;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177292;STB=0.5045;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0346448;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:87:89:18:19:0.175926:11:7:35:52:11:8:37:52 chr21 9907438 . A T 112.5 PASS AF=0.191919;AO=16;DP=96;FAO=19;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.00979888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.607;QD=4.54527;RBI=0.0215301;REFB=-0.00337166;REVB=-0.019171;RO=80;SAF=6;SAR=10;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654739;STB=0.503265;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0173417;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:80:80:16:19:0.191919:10:6:34:46:11:8:34:46 chr21 9907470 . G A 61.08 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0747193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.8498;QD=4.36276;RBI=0.0747264;REFB=-0.00331739;REVB=-0.00103541;RO=44;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140905;STB=0.606939;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0328509;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:44:46:10:10:0.178571:5:5:17:27:5:5:17:29 chr21 9907527 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.844;QD=19.134;RBI=0.014628;REFB=0.0275327;REVB=0.014628;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0209174;OID=.;OPOS=9907527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr21 9908330 . AC GC,GG 2281.71 PASS AF=0.182432,0.817568;AO=25,121;DP=150;FAO=27,121;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=14,63;FSAR=13,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350085,0.0043442;FXX=0.0133324;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=130.276,110.054;QD=61.6679;RBI=0.0273472,0.0447386;REFB=0,0;REVB=-0.0271222,-0.0445272;RO=0;SAF=14,63;SAR=11,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,5.74998e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0329915,0.00529799;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:150:148:0:0:25,121:27,121:0.182432,0.817568:11,58:14,63:0:0:13,58:14,63:0:0 chr21 9909078 . G A 747.99 PASS AF=0.328671;AO=94;DP=286;FAO=94;FDP=286;FR=.;FRO=192;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=86;FSRR=106;FWDB=-0.00360301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.938;QD=10.4613;RBI=0.0128447;REFB=-0.019963;REVB=0.012329;RO=191;SAF=57;SAR=37;SRF=85;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188508;STB=0.60636;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0281154;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:191:192:94:94:0.328671:37:57:85:106:37:57:86:106 chr21 9909079 . C T 328.93 PASS AF=0.198606;AO=57;DP=287;FAO=57;FDP=287;FR=.;FRO=230;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=117;FSRR=113;FWDB=0.0254981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.214;QD=4.58437;RBI=0.0438931;REFB=-0.0161795;REVB=-0.0357275;RO=229;SAF=27;SAR=30;SRF=117;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479747;STB=0.528043;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0567764;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:229:230:57:57:0.198606:30:27:117:112:30:27:117:113 chr21 9909080 . G A 276.35 PASS AF=0.181185;AO=51;DP=287;FAO=52;FDP=287;FR=.;FRO=235;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=112;FSRR=123;FWDB=-0.0027428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.013;QD=3.85154;RBI=0.00486321;REFB=-0.0104116;REVB=-0.00401594;RO=235;SAF=32;SAR=19;SRF=112;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195326;STB=0.61369;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0349883;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:235:235:51:52:0.181185:19:32:112:123:20:32:112:123 chr21 9909089 . T C 266.39 PASS AF=0.169435;AO=51;DP=300;FAO=51;FDP=301;FR=.;FRO=250;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=129;FSRR=121;FWDB=-0.0142388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.242;QD=3.54001;RBI=0.0332129;REFB=-0.00634054;REVB=-0.0300059;RO=249;SAF=23;SAR=28;SRF=129;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866884;STB=0.553929;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.039716;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:249:250:51:51:0.169435:28:23:129:120:28:23:129:121 chr21 9909103 . G A 374.35 PASS AF=0.198777;AO=65;DP=331;FAO=65;FDP=327;FR=.;FRO=262;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=126;FSRR=136;FWDB=-0.00662913;FXX=0.0120842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9709;QD=4.57914;RBI=0.0397005;REFB=-0.0140741;REVB=0.0391432;RO=248;SAF=39;SAR=26;SRF=117;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16491;STB=0.595559;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0289058;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:327:248:262:65:65:0.198777:26:39:117:131:26:39:126:136 chr21 9909121 . C T 905.93 PASS AF=0.31383;AO=118;DP=379;FAO=118;FDP=376;FR=.;FRO=258;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=134;FSRR=124;FWDB=0.0163983;FXX=0.00791536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.027;QD=9.63755;RBI=0.0298335;REFB=-0.00672236;REVB=0.0249226;RO=254;SAF=56;SAR=62;SRF=132;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535283;STB=0.530721;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0199111;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:376:254:258:118:118:0.31383:62:56:132:122:62:56:134:124 chr21 9909122 . G A 215.63 PASS AF=0.133858;AO=51;DP=381;FAO=51;FDP=381;FR=.;FRO=330;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=168;FSRR=162;FWDB=-0.0126982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.099;QD=2.26385;RBI=0.0152178;REFB=-0.00580318;REVB=-0.00838672;RO=330;SAF=22;SAR=29;SRF=168;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993334;STB=0.567313;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0316019;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:330:330:51:51:0.133858:29:22:168:162:29:22:168:162 chr21 9909163 . G A 163.18 PASS AF=0.119363;AO=43;DP=376;FAO=45;FDP=377;FR=.;FRO=332;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=161;FSRR=171;FWDB=0.0305853;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0967;QD=1.7314;RBI=0.0540554;REFB=0.000953963;REVB=0.0445704;RO=333;SAF=20;SAR=23;SRF=162;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026771;STB=0.535804;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00506016;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:333:332:43:45:0.119363:23:20:162:171:25:20:161:171 chr21 9909176 . C A 2629.74 PASS AF=0.638889;AO=228;DP=359;FAO=230;FDP=360;FR=.;FRO=130;FSAF=112;FSAR=118;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0447572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4712;QD=29.2193;RBI=0.0479258;REFB=0.00224549;REVB=0.0171372;RO=125;SAF=111;SAR=117;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060421;STB=0.504712;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00149778;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:125:130:228:230:0.638889:117:111:62:63:118:112:65:65 chr21 9909179 . C A 326.3 PASS AF=0.176136;AO=61;DP=350;FAO=62;FDP=352;FR=.;FRO=290;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=140;FSRR=150;FWDB=0.00150163;FXX=0.0140052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.842;QD=3.70792;RBI=0.00197495;REFB=-0.00404703;REVB=0.00128279;RO=286;SAF=27;SAR=34;SRF=139;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564722;STB=0.5124;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0187413;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:352:286:290:61:62:0.176136:34:27:139:147:33:29:140:150 chr21 9909204 . C T 45.67 PASS AF=0.0677966;AO=20;DP=297;FAO=20;FDP=295;FR=.;FRO=275;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=136;FSRR=139;FWDB=0.0214621;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6913;QD=0.619238;RBI=0.0231011;REFB=-0.00305881;REVB=-0.00854639;RO=275;SAF=11;SAR=9;SRF=136;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603964;STB=0.551626;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0526478;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:297:295:275:275:20:20:0.0677966:9:11:136:139:9:11:136:139 chr21 9909208 . C T 178.43 PASS AF=0.141844;AO=39;DP=280;FAO=40;FDP=282;FR=.;FRO=242;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=116;FSRR=126;FWDB=0.0213535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.28;QD=2.53091;RBI=0.0281611;REFB=-0.00405918;REVB=-0.0183596;RO=238;SAF=24;SAR=15;SRF=115;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169136;STB=0.603348;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0464622;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:238:242:39:40:0.141844:15:24:115:123:16:24:116:126 chr21 9909218 . GT AC,GC 243.15 PASS AF=0.145299,0.0555556;AO=34,13;DP=238;FAO=34,13;FDP=234;FR=.;FRO=187;FSAF=21,6;FSAR=13,7;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=-0.0327294,-0.108866;FXX=0.016806;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.541,81.3091;QD=4.15632;RBI=0.0328999,0.108926;REFB=-0.00734456,-0.013918;REVB=0.00334541,0.00361288;RO=183;SAF=20,6;SAR=14,7;SRF=86;SRR=97;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.151362,-0.00901806;STB=0.61544,0.51849;STBP=0.167,0.968;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0263139,0.0278988;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:234:183:187:34,13:34,13:0.145299,0.0555556:14,7:20,6:86:97:13,7:21,6:90:97 chr21 9909274 . G A 67.88 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=-0.00318075;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.137;QD=2.32075;RBI=0.0274491;REFB=0.00233378;REVB=-0.0272642;RO=95;SAF=8;SAR=7;SRF=30;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274052;STB=0.695425;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0171417;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:110:117:95:102:15:15:0.128205:7:8:30:65:7:8:31:71 chr21 10181174 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00114323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.512;QD=21.5108;RBI=0.00563029;REFB=-0.0166642;REVB=-0.00551301;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.565142;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0106777;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:9:6:5:13:9:6 chr21 10181184 . T C 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0192619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.954;QD=23.5284;RBI=0.0197281;REFB=-0.0472873;REVB=0.00426371;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141707;STB=0.579535;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0197315;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:8:7:6:14:8:7 chr21 10862599 . C T 257.49 PASS AF=0.239521;AO=40;DP=167;FAO=40;FDP=167;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.00604122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.373;QD=6.16745;RBI=0.00610917;REFB=-0.00190033;REVB=-0.000908649;RO=127;SAF=19;SAR=21;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758424;STB=0.545839;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00625307;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:127:127:40:40:0.239521:21:19:68:59:21:19:68:59 chr21 10862618 . T C 1894.77 PASS AF=0.776596;AO=145;DP=190;FAO=146;FDP=188;FR=.;FRO=42;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00558578;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.384;QD=40.3143;RBI=0.0179366;REFB=-0.0115088;REVB=0.0170447;RO=42;SAF=76;SAR=69;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000138928;STB=0.50073;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00355896;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:42:42:145:146:0.776596:69:76:22:20:70:76:22:20 chr21 10862846 . A T 2356.83 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502089;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.236;QD=63.6982;RBI=0.0503706;REFB=0;REVB=-0.004033;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839353;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:148:0:0:137:148:1:78:59:0:0:78:70:0:0 chr21 10862874 . A G 121.21 PASS AF=0.153374;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=163;FR=.;FRO=138;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.00191111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2851;QD=2.97437;RBI=0.0373571;REFB=-0.0117717;REVB=-0.0373082;RO=134;SAF=13;SAR=12;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159982;STB=0.516923;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0775524;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:134:138:25:25:0.153374:12:13:68:66:12:13:69:69 chr21 10862947 . G A 115.39 PASS AF=0.151316;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=152;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.000577921;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.167;QD=3.03647;RBI=0.010956;REFB=-0.00231629;REVB=-0.0109407;RO=132;SAF=9;SAR=14;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185132;STB=0.621056;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0166726;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:132:129:23:23:0.151316:14:9:71:61:14:9:69:60 chr21 10906989 . C T 643.3 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=175;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0327554;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.717;QD=14.7885;RBI=0.0327557;REFB=0.016073;REVB=0.000150869;RO=103;SAF=36;SAR=36;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969039;STB=0.55171;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0253935;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:103:102:72:72:0.413793:36:36:61:42:36:36:60:42 chr21 10909652 . G A 73.93 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=118;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00716406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.056;QD=2.48507;RBI=0.0286024;REFB=-0.00346636;REVB=-0.0276907;RO=101;SAF=9;SAR=7;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842548;STB=0.558287;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0335396;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:118:119:101:103:16:16:0.134454:7:9:50:51:7:9:51:52 chr21 10910311 . T G 783.69 PASS AF=0.775;AO=59;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0115795;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.164;QD=39.1844;RBI=0.0202675;REFB=-0.00430929;REVB=0.0166339;RO=18;SAF=24;SAR=35;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589821;STB=0.536412;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00202007;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:18:18:59:62:0.775:35:24:5:13:35:27:5:13 chr21 10910340 . C G 53.49 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.00363507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.194;QD=2.64129;RBI=0.0217259;REFB=-0.0094454;REVB=-0.0214197;RO=70;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349929;STB=0.738012;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0498045;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:4:7:24:46:4:7:24:46 chr21 10910347 . A G 1101.73 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3454;QD=58.7592;RBI=0.0390304;REFB=-0.0687554;REVB=0.0154981;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.508472;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00273031;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:74:74:0.986667:45:29:0:0:45:29:1:0 chr21 10920098 . T C 1478.32 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0134809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.631;QD=56.3168;RBI=0.0347911;REFB=-0.128846;REVB=0.0320731;RO=2;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215532;STB=0.507162;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000421022;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:2:3:102:102:0.971429:43:59:0:2:43:59:1:2 chr21 10935004 . A T 212.85 PASS AF=0.177778;AO=40;DP=225;FAO=40;FDP=225;FR=.;FRO=185;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=109;FSRR=76;FWDB=0.00170399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.763;QD=3.78397;RBI=0.00530532;REFB=-0.000284338;REVB=0.00502422;RO=184;SAF=12;SAR=28;SRF=108;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362022;STB=0.730691;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000969951;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:184:185:40:40:0.177778:28:12:108:76:28:12:109:76 chr21 10942756 . G A 284.84 PASS AF=0.178344;AO=56;DP=314;FAO=56;FDP=314;FR=.;FRO=258;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=136;FSRR=122;FWDB=0.00144204;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8933;QD=3.62847;RBI=0.0215585;REFB=-0.00208653;REVB=-0.0215102;RO=258;SAF=31;SAR=25;SRF=136;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344386;STB=0.521866;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0165907;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:258:258:56:56:0.178344:25:31:136:122:25:31:136:122 chr21 10942924 . CCTT C 84.63 PASS AF=0.169154;AO=33;DP=202;FAO=34;FDP=201;FR=.;FRO=167;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=85;FWDB=-0.00497209;FXX=0.0195112;HRUN=2;LEN=3;MLLD=213.74;QD=1.68426;RBI=0.00554656;REFB=-0.00191281;REVB=-0.00245817;RO=159;SAF=12;SAR=21;SRF=80;SRR=79;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.180883;STB=0.591407;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.00900013;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169154:33:202:34:201:167:13:21:82:85:84:159:12:21:80:79 chr21 10943003 . C T 113.92 PASS AF=0.146341;AO=24;DP=165;FAO=24;FDP=164;FR=.;FRO=140;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=73;FWDB=-0.0437004;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2622;QD=2.7784;RBI=0.0496678;REFB=5.02663e-06;REVB=-0.0236044;RO=140;SAF=13;SAR=11;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709916;STB=0.553708;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00191472;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:140:140:24:24:0.146341:11:13:68:72:11:13:67:73 chr21 10951387 . T G 272.64 PASS AF=0.140271;AO=62;DP=442;FAO=62;FDP=442;FR=.;FRO=380;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=171;FSRR=209;FWDB=0.00759771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.778;QD=2.46732;RBI=0.00951822;REFB=-0.00390222;REVB=-0.00573335;RO=376;SAF=17;SAR=45;SRF=170;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242213;STB=0.662021;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0211789;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:442:376:380:62:62:0.140271:45:17:170:206:45:17:171:209 chr21 10951392 . G C 248.54 PASS AF=0.134396;AO=59;DP=439;FAO=59;FDP=439;FR=.;FRO=380;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=155;FSRR=225;FWDB=0.00116774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.341;QD=2.26463;RBI=0.0134361;REFB=-0.00644069;REVB=-0.0133853;RO=377;SAF=31;SAR=28;SRF=155;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146422;STB=0.600917;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.047259;OID=.;OPOS=10951392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:439:377:380:59:59:0.134396:28:31:155:222:28:31:155:225 chr21 10951426 . G T 283.27 PASS AF=0.149877;AO=62;DP=405;FAO=61;FDP=407;FR=.;FRO=346;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=146;FSRR=200;FWDB=-0.0114654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.355;QD=2.78399;RBI=0.0468548;REFB=-0.00279389;REVB=-0.0454303;RO=339;SAF=17;SAR=45;SRF=143;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20741;STB=0.633523;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0241976;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:407:339:346:62:61:0.149877:45:17:143:196:44:17:146:200 chr21 10959806 . G T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00778169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.963;QD=15.5772;RBI=0.00899891;REFB=0.00244445;REVB=-0.00451948;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26383;STB=0.649874;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00349229;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:16:8:18:12:16:8:18:12 chr21 10970003 . G A 406.52 PASS AF=0.337931;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0057397;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.957;QD=11.2143;RBI=0.0058758;REFB=-0.00924888;REVB=0.00125732;RO=92;SAF=20;SAR=29;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201797;STB=0.601753;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0147779;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:92:96:49:49:0.337931:29:20:54:38:29:20:54:42 chr21 10970017 . C T 450.37 PASS AF=0.358974;AO=54;DP=155;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0082015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.11;QD=11.548;RBI=0.00822106;REFB=-0.0126255;REVB=-0.00056673;RO=100;SAF=23;SAR=31;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140526;STB=0.577669;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0273204;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:100:100:54:56:0.358974:31:23:55:45:32:24:55:45 chr21 11029594 . G T 34.93 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00607055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.022;QD=1.42572;RBI=0.0143762;REFB=-5.06229e-06;REVB=-0.0130316;RO=89;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700969;STB=0.555432;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-1.37569e-05;OID=.;OPOS=11029594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:89:89:9:9:0.0918367:4:5:44:45:4:5:44:45 chr21 11029604 . GA TG 55.33 PASS AF=0.147826;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=115;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00452908;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.981;QD=1.92443;RBI=0.017541;REFB=-0.0134033;REVB=-0.0169462;RO=96;SAF=12;SAR=5;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287731;STB=0.694701;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.0808064;OID=.;OPOS=11029604;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:115:115:96:98:17:17:0.147826:5:12:46:50:5:12:47:51 chr21 11029616 . G T 152.72 PASS AF=0.2;AO=26;DP=130;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0593462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3844;QD=4.6992;RBI=0.0596064;REFB=0.00286499;REVB=0.00556358;RO=104;SAF=8;SAR=18;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294761;STB=0.685571;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.012696;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:104:104:26:26:0.2:18:8:56:48:18:8:56:48 chr21 11029624 . C T 142.86 PASS AF=0.19084;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0189005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.597;QD=4.362;RBI=0.0674514;REFB=0.000154538;REVB=-0.0647492;RO=105;SAF=8;SAR=17;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261786;STB=0.663026;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00201283;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:105:106:25:25:0.19084:17:8:55:50:17:8:55:51 chr21 11029630 . GC G 129.92 PASS AF=0.184615;AO=23;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.0031798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.205;QD=3.99739;RBI=0.018441;REFB=0.00357021;REVB=0.0181648;RO=101;SAF=7;SAR=16;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294466;STB=0.69529;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=-0.0323915;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184615:23:130:24:130:106:7:17:56:50:99:101:7:16:54:47 chr21 11029679 . C G 71.63 PASS AF=0.111801;AO=18;DP=160;FAO=18;FDP=161;FR=.;FRO=143;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0170294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.801;QD=1.77953;RBI=0.109571;REFB=-0.00135375;REVB=-0.108239;RO=137;SAF=8;SAR=10;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191239;STB=0.521534;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.010295;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:160:161:137:143:18:18:0.111801:10:8:63:74:10:8:67:76 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 240.35 PASS AF=0.313084,0;AO=49,37;DP=218;FAO=67,0;FDP=214;FR=.;FRO=147;FSAF=62,0;FSAR=5,0;FSRF=144;FSRR=3;FWDB=-0.0683982,-0.114164;FXX=0.0183478;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.2642,11.711;QD=4.49259;RBI=0.208709,0.211612;REFB=-0.0812395,-0.0984959;REVB=-0.197183,-0.178175;RO=111;SAF=43,37;SAR=6,0;SRF=109;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.411902,0.71313;STB=0.674932,0.5;STBP=0.243,1;TYPE=del,del;VARB=0.170852,0.00117801;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313084,0:49,37:218:67,0:214:147:62,0:5,0:144:3:99:111:43,37:6,0:109:2 chr21 11038796 . T C 465.58 PASS AF=0.194836;AO=83;DP=426;FAO=83;FDP=426;FR=.;FRO=343;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=208;FSRR=135;FWDB=-0.0282833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.462;QD=4.37167;RBI=0.0346061;REFB=-0.00394181;REVB=-0.0199407;RO=342;SAF=48;SAR=35;SRF=208;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400517;STB=0.523359;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0162751;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:426:342:343:83:83:0.194836:35:48:208:134:35:48:208:135 chr21 11038802 . G A 129.73 PASS AF=0.0985577;AO=41;DP=417;FAO=41;FDP=416;FR=.;FRO=375;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=231;FSRR=144;FWDB=0.0247525;FXX=0.00239802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9624;QD=1.2474;RBI=0.0273813;REFB=-0.000359955;REVB=-0.0117067;RO=372;SAF=21;SAR=20;SRF=228;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124887;STB=0.594015;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00228914;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:416:372:375:41:41:0.0985577:20:21:228:144:20:21:231:144 chr21 11038843 . G C 2341.19 PASS AF=0.65798;AO=200;DP=305;FAO=202;FDP=307;FR=.;FRO=105;FSAF=126;FSAR=76;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.0565051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5826;QD=30.5041;RBI=0.0769421;REFB=-0.0319713;REVB=0.0522233;RO=105;SAF=126;SAR=74;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140275;STB=0.505174;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0216128;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:105:105:200:202:0.65798:74:126:64:41:76:126:64:41 chr21 11049584 . C T 182.34 PASS AF=0.185393;AO=33;DP=178;FAO=33;FDP=178;FR=.;FRO=145;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=0.00292885;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.886;QD=4.09751;RBI=0.0090365;REFB=-0.00384724;REVB=-0.00854869;RO=142;SAF=20;SAR=13;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154485;STB=0.595221;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0171964;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:142:145:33:33:0.185393:13:20:69:73:13:20:71:74 chr21 11049592 . C T 176.68 PASS AF=0.172775;AO=33;DP=191;FAO=33;FDP=191;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=0.034506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.857;QD=3.70007;RBI=0.0346395;REFB=-0.00208876;REVB=-0.00303769;RO=157;SAF=20;SAR=13;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1411;STB=0.58837;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0157514;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:157:158:33:33:0.172775:13:20:78:79:13:20:79:79 chr21 11057855 . A T 668.41 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=87;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0101106;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.266;QD=31.0889;RBI=0.0171009;REFB=-0.00420967;REVB=-0.0137919;RO=29;SAF=39;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207415;STB=0.511232;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00254015;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:29:29:57:57:0.662791:18:39:19:10:18:39:19:10 chr21 11057866 . C T 71.93 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.0397471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6343;QD=2.99713;RBI=0.040595;REFB=-0.000673068;REVB=-0.00825388;RO=80;SAF=11;SAR=3;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235687;STB=0.657361;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00414316;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:95:96:80:82:14:14:0.145833:3:11:50:30:3:11:52:30 chr21 11057888 . T A 357.33 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0238481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.21;QD=14.4375;RBI=0.0267125;REFB=-0.0150508;REVB=0.0120342;RO=60;SAF=26;SAR=13;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774518;STB=0.544095;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0183415;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:13:26:36:24:13:26:36:24 chr21 11057931 . C A 77.95 PASS AF=0.153061;AO=14;DP=98;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00734853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.228;QD=3.1815;RBI=0.00767472;REFB=-0.00481502;REVB=-0.00221369;RO=81;SAF=8;SAR=6;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664482;STB=0.560085;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0267927;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:98:98:81:83:14:15:0.153061:6:8:42:39:6:9:44:39 chr21 11058226 . G C 186.6 PASS AF=0.179894;AO=34;DP=189;FAO=34;FDP=189;FR=.;FRO=155;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=70;FSRR=85;FWDB=0.00812006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.612;QD=3.94925;RBI=0.0097361;REFB=7.92093e-05;REVB=-0.00537181;RO=154;SAF=21;SAR=13;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216236;STB=0.634911;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00048075;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:154:155:34:34:0.179894:13:21:69:85:13:21:70:85 chr21 11058248 . G A 62.38 PASS AF=0.0846774;AO=21;DP=248;FAO=21;FDP=248;FR=.;FRO=227;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=137;FWDB=0.0215061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5641;QD=1.00609;RBI=0.0215591;REFB=0.00242638;REVB=-0.00151143;RO=226;SAF=9;SAR=12;SRF=89;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418628;STB=0.530221;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0242322;OID=.;OPOS=11058248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:248:248:226:227:21:21:0.0846774:12:9:89:137:12:9:90:137 chr21 11097557 . A G 49.57 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0189826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.267;QD=4.31026;RBI=0.0242079;REFB=0.0016742;REVB=0.0150227;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524269;STB=0.853711;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0124022;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:37:38:8:8:0.173913:7:1:20:17:7:1:20:18 chr21 11097574 . T A 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00463131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.983;QD=9.41879;RBI=0.0202406;REFB=-0.0160014;REVB=0.0197036;RO=36;SAF=3;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41262;STB=0.751777;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.032103;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:12:3:19:17:12:3:19:17 chr21 11098674 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.51;QD=58.2391;RBI=0.043612;REFB=0;REVB=0.0247491;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123495;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:24:36:0:0:24:38:0:0 chr21 11098723 . TG CA,CG 511.8 PASS AF=0.162791,0.418605;AO=14,36;DP=86;FAO=14,36;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=8,2;FSAR=6,34;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0263058,-0.0206645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.212,98.9531;QD=23.8045;RBI=0.0408209,0.0294379;REFB=-0.0163992,-0.0319737;REVB=-0.0312146,-0.0209659;RO=36;SAF=8,2;SAR=6,34;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0847792,-0.638699;STB=0.55165,0.867076;STBP=0.664,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0350779,0.0315612;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:86:86:36:36:14,36:14,36:0.162791,0.418605:6,34:8,2:18:18:6,34:8,2:18:18 chr21 11098732 . C T 405.41 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0262243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.476;QD=17.2514;RBI=0.0290414;REFB=-0.030393;REVB=0.0124775;RO=51;SAF=6;SAR=36;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438619;STB=0.755764;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247343;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:36:6:25:26:36:6:26:26 chr21 11098756 . C A 513.72 PASS AF=0.532609;AO=47;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0192954;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1394;QD=22.3357;RBI=0.0330346;REFB=-0.0282672;REVB=0.0268136;RO=43;SAF=8;SAR=39;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335383;STB=0.653562;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0348515;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:43:43:47:49:0.532609:39:8:20:23:39:10:20:23 chr21 11098763 . C T 550.51 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00465732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.714;QD=24.4671;RBI=0.0280785;REFB=-0.0214815;REVB=0.0276896;RO=39;SAF=10;SAR=41;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269791;STB=0.649256;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.029989;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:41:10:18:21:41:10:18:21 chr21 14419915 . A G 328.22 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=215;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.0183096;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.708;QD=6.16381;RBI=0.0344262;REFB=-0.00304035;REVB=0.0291535;RO=164;SAF=27;SAR=24;SRF=75;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090886;STB=0.550394;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00799889;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:164:162:51:51:0.239437:24:27:75:89:24:27:75:87 chr21 14420005 . A G 2496.84 PASS AF=0.708772;AO=202;DP=286;FAO=202;FDP=285;FR=.;FRO=83;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00116478;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.477;QD=35.0434;RBI=0.00182515;REFB=-0.00677592;REVB=0.00140516;RO=79;SAF=94;SAR=108;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118205;STB=0.501326;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00256856;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:79:83:202:202:0.708772:108:94:35:44:108:94:39:44 chr21 14778721 . A T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.98;QD=48.7348;RBI=0.108652;REFB=0;REVB=-0.0165673;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018046;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr21 14982721 . A G 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.874;QD=8.8098;RBI=0.0199151;REFB=-0.0224119;REVB=0.0199151;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422144;OID=.;OPOS=14982721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:6:0:0:11:6:0:0:11 chr21 14982886 . G A 38.1 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.101198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9879;QD=10.1591;RBI=0.101223;REFB=0.0104267;REVB=0.00226031;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00593999;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:7:2:4:2:7:2 chr21 15013735 . A G 457.32 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.00576624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.769;QD=14.2913;RBI=0.00798811;REFB=-0.00845014;REVB=0.00552814;RO=74;SAF=23;SAR=29;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157931;STB=0.595854;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0194017;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:74:76:52:52:0.40625:29:23:44:30:29:23:46:30 chr21 15457293 . T G 50.43 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.011765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9978;QD=4.92028;RBI=0.0331425;REFB=-0.00130206;REVB=-0.0309841;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390207;STB=0.758397;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00234605;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:6:2:19:14:6:2:19:14 chr21 15457297 . C G 85.75 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0174652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3498;QD=7.62195;RBI=0.0444635;REFB=-0.0156171;REVB=-0.0408897;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251359;STB=0.615195;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0440339;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:44:45:33:33:11:12:0.266667:7:4:19:14:7:5:19:14 chr21 15457318 . T G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0171649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.872;QD=13.0148;RBI=0.0222905;REFB=0.00682236;REVB=-0.0142208;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151883;STB=0.5877;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00548991;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:19:13:11:9:19:13 chr21 15457339 . T G 274.34 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0285085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9578;QD=16.6266;RBI=0.0437047;REFB=-0.0148358;REVB=0.0331265;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464336;STB=0.512356;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.039916;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:13:17:20:15:14:17:20:15 chr21 15457350 . TA CG 248.7 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0107852;FXX=0.0844951;HRUN=3;LEN=2;MLLD=291.292;QD=15.3047;RBI=0.0252885;REFB=-0.0017807;REVB=-0.0228733;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062951;STB=0.52939;STBP=0.696;TYPE=mnp;VARB=0.0020653;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:65:36:37:28:28:0.430769:10:18:21:15:10:18:22:15 chr21 15457374 . G C 292.8 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0246911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.105;QD=17.2233;RBI=0.0293914;REFB=-0.0103053;REVB=0.0159438;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032397;STB=0.518576;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0149344;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:31:32:0.470588:14:17:18:17:14:18:19:17 chr21 15457399 . G C 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00236191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.122;QD=15.017;RBI=0.0114376;REFB=-0.00482539;REVB=-0.0111911;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542976;STB=0.524069;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00613956;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:13:17:20:19:13:17:21:19 chr21 15457410 . C G 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0233055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2552;QD=13.4147;RBI=0.0362393;REFB=-0.000515093;REVB=0.0277514;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635555;STB=0.536394;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.000638262;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:10:15:20:17:10:15:20:17 chr21 15457463 . CACACACAGT C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265337;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=300.118;QD=52.6132;RBI=0.0285327;REFB=0;REVB=0.0104917;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.20438e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:22:22:0:10:12:0:0:4:0:9:12:0:0 chr21 15481365 . G T 1546.59 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024985;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.809;QD=59.4844;RBI=0.0273822;REFB=0;REVB=0.0112042;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332175;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:104:0:0:97:104:1:44:53:0:0:45:59:0:0 chr21 15516976 . T A 1029.62 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104118;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3931;QD=59.6883;RBI=0.0380994;REFB=0;REVB=0.0366491;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325537;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr21 15558346 . G A 612.49 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00918455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.941;QD=20.0816;RBI=0.0133687;REFB=-0.0192634;REVB=-0.00971425;RO=60;SAF=34;SAR=27;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854183;STB=0.543216;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0157455;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:61:62:0.508197:27:34:39:21:27:35:39:21 chr21 15596772 . T G 303.0 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0469059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4634;QD=14.6026;RBI=0.0615004;REFB=0.0382472;REVB=-0.039776;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156285;STB=0.588732;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0540642;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:13:21:23:26:13:21:23:26 chr21 15646397 . A G 2867.23 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305357;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.854;QD=63.0159;RBI=0.0450171;REFB=0;REVB=0.0330773;RO=0;SAF=106;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213867;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:182:0:0:175:182:1:69:106:0:0:71:111:0:0 chr21 15882646 . G A 535.43 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0277558;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.949;QD=17.4124;RBI=0.0291019;REFB=-0.00277413;REVB=-0.00874851;RO=66;SAF=25;SAR=31;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816253;STB=0.539809;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0029805;OID=.;OPOS=15882646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:56:57:0.463415:31:25:35:31:31:26:35:31 chr21 15926544 . G A 391.93 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00600892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.567;QD=13.5146;RBI=0.00648382;REFB=-0.0058428;REVB=0.00243575;RO=69;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053827;STB=0.534468;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00937322;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:69:70:46:46:0.396552:23:23:31:38:23:23:31:39 chr21 15964920 . C G 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0183121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.605;QD=17.5864;RBI=0.0538891;REFB=-0.00147962;REVB=-0.0506824;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252491;STB=0.642735;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00201874;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:20:8:12:10:20:8 chr21 15974409 . T C 1189.44 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0377164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.987;QD=57.3226;RBI=0.0417458;REFB=-0.0386672;REVB=0.0178937;RO=3;SAF=31;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198057;STB=0.509998;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000164752;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:79:80:0.963855:48:31:2:1:48:32:2:1 chr21 15984982 . C A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.037702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0818;QD=8.40158;RBI=0.0438655;REFB=0.00393023;REVB=-0.0224218;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644946;STB=0.900564;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0180255;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:8:1:14:6:8:1:15:6 chr21 16335469 . T C 393.1 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0190845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.702;QD=17.0914;RBI=0.0503245;REFB=-0.0103377;REVB=0.0465654;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754294;STB=0.542244;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0146208;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:20:21:30:21:20:21:30:21 chr21 16335515 . C T 540.89 PASS AF=0.475;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0442985;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6215;QD=18.0297;RBI=0.111421;REFB=-0.0395122;REVB=-0.102236;RO=58;SAF=31;SAR=26;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551086;STB=0.514618;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0571815;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:58:63:57:57:0.475:26:31:35:23:26:31:36:27 chr21 16340289 . C T 981.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106377;FXX=0.043472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.2533;QD=59.4889;RBI=0.019713;REFB=0;REVB=-0.0165965;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161973;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr21 16424469 . C T 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00393382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.38;QD=17.0638;RBI=0.0200563;REFB=-0.0226492;REVB=-0.0196667;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052286;STB=0.529391;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0207686;OID=.;OPOS=16424469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:15:16:16:12:15:16 chr21 16986637 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.1;QD=59.8392;RBI=0.0492437;REFB=0;REVB=0.022076;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233631;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr21 17198541 . C T 469.32 PASS AF=0.369863;AO=54;DP=146;FAO=54;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00248029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.807;QD=12.858;RBI=0.0193796;REFB=0.000411531;REVB=-0.0192202;RO=92;SAF=33;SAR=21;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101289;STB=0.557701;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000956486;OID=.;OPOS=17198541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:92:92:54:54:0.369863:21:33:48:44:21:33:48:44 chr21 17203785 . A T 277.44 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00662259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.057;QD=10.2756;RBI=0.0129522;REFB=0.00077948;REVB=-0.0111311;RO=72;SAF=25;SAR=11;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278779;STB=0.661984;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00149146;OID=.;OPOS=17203785;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:72:36:36:0.333333:11:25:33:39:11:25:33:39 chr21 18827106 . C T 763.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.189;QD=63.6582;RBI=0.0631808;REFB=0;REVB=0.060994;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243486;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr21 19161403 . A G 257.29 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0398234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4134;QD=11.5635;RBI=0.040924;REFB=-0.0018547;REVB=0.0094269;RO=58;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118842;STB=0.56847;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00599189;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:16:15:22:36:16:15:22:36 chr21 19163556 . A C 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00433813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.694;QD=18.1404;RBI=0.00458168;REFB=-0.00440929;REVB=-0.00147393;RO=50;SAF=20;SAR=23;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205318;STB=0.614192;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00417234;OID=.;OPOS=19163556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:23:20:34:16:23:20:34:16 chr21 19163707 . C T 966.33 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245838;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.564;QD=58.5653;RBI=0.0257003;REFB=0;REVB=-0.00749287;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136036;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:28:36:0:0:30:36:0:0 chr21 19165259 . ACT A 211.83 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00903591;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.356;QD=11.7682;RBI=0.0165221;REFB=-0.0192558;REVB=-0.0138323;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115294;STB=0.552199;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.0304625;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:25:74:26:72:46:12:14:25:21:99:46:11:14:25:21 chr21 19165879 . A T 375.45 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.101908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.565;QD=18.3148;RBI=0.102086;REFB=-0.00329631;REVB=0.00603245;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186315;STB=0.510392;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00305694;OID=.;OPOS=19165879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:21:18:19:24:21:18:19:24 chr21 19167506 . T C 263.0 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0124411;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.672;QD=17.2457;RBI=0.0432162;REFB=-0.00461511;REVB=0.0413867;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256032;STB=0.643478;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00514999;OID=.;OPOS=19167506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:18:11:21:11:18:11:21:11 chr21 19169218 . G C 273.8 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00503322;FXX=0.0602337;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.558;QD=14.041;RBI=0.0072021;REFB=-0.00596163;REVB=0.00515141;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209634;STB=0.605198;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00953896;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:42:47:31:31:0.397436:16:15:29:13:16:15:31:16 chr21 19666901 . T A 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0108774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.302;QD=13.0869;RBI=0.0291278;REFB=-0.00260349;REVB=-0.0270206;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146985;STB=0.573821;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00455121;OID=.;OPOS=19666901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:11:15:7:9:12:15 chr21 19670118 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00850832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.91;QD=15.782;RBI=0.00853601;REFB=-0.00364855;REVB=-0.00068695;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00489427;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:14:15:13:10:14:15 chr21 21728991 . C A 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00927415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6598;QD=18.6411;RBI=0.0196591;REFB=-0.0105131;REVB=0.017334;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529666;STB=0.529757;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00781078;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:14:12:13:12:14:12 chr21 22746187 . T C 172.24 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0229047;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.064;QD=11.1121;RBI=0.0312382;REFB=-0.0104043;REVB=-0.0212415;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135168;STB=0.59294;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0134567;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:40:22:22:0.354839:12:10:22:16:12:10:24:16 chr21 24804558 . T C 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.091;QD=64.4057;RBI=0.0685355;REFB=0;REVB=-0.00454128;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2512e-05;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr21 26965148 . G A 1116.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.603;QD=60.354;RBI=0.0288706;REFB=0;REVB=-0.0252404;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21046e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:34:40:0:0 chr21 26965205 . T C 1171.68 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.027;QD=60.8663;RBI=0.0799628;REFB=0;REVB=0.0792491;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019881;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr21 26969703 . T C 717.5 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016384;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3244;QD=57.4002;RBI=0.0397204;REFB=0;REVB=0.0361839;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178791;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr21 26978950 . A G 272.44 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7174;QD=51.8926;RBI=0.0581614;REFB=0;REVB=-0.00856187;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118995;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr21 27563105 . G A 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0317732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0982;QD=12.3463;RBI=0.0598007;REFB=-0.0073696;REVB=-0.0506615;RO=47;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605957;STB=0.534881;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0138573;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:11:17:26:21:11:17:26:21 chr21 28212760 . G A 288.44 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=110;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00300016;FXX=0.108098;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.734;QD=11.654;RBI=0.0151526;REFB=-0.0117255;REVB=0.0148526;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187275;STB=0.605655;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0289367;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:99:60:64:35:35:0.353535:20:15:36:24:20:15:38:26 chr21 28215826 . C CACA 368.16 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00818082;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.174;QD=16.927;RBI=0.0233978;REFB=-0.0430082;REVB=-0.0219211;RO=57;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127396;STB=0.585321;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.0550327;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:38:96:39:87:48:13:26:23:25:99:57:13:25:26:31 chr21 28215836 . GC G 233.67 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0124908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4419;QD=10.9962;RBI=0.129985;REFB=-0.0146863;REVB=-0.129383;RO=42;SAF=12;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198712;STB=0.580604;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=0.00544096;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:40:85:40:85:45:13:27:21:24:99:42:12:28:21:21 chr21 28216038 . C A 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0124648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.465;QD=21.227;RBI=0.0333865;REFB=0.0026306;REVB=-0.0309724;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167225;STB=0.593154;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0014505;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:20:9:12:12:20:9:12:12 chr21 28216059 . A G 358.1 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0121372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8812;QD=22.3812;RBI=0.0152162;REFB=-0.00754562;REVB=-0.00917721;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485021;STB=0.518106;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00587064;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:22:13:12:16:22:14:12:16 chr21 28216066 . C T 326.51 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0238264;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.027;QD=19.7882;RBI=0.0341025;REFB=-0.0248513;REVB=0.0243985;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219244;STB=0.512188;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0371962;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:32:34:34:0.515152:21:13:13:19:21:13:13:19 chr21 28216595 . C G 882.9 PASS AF=0.517647;AO=87;DP=168;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0628886;FXX=0.00584761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6885;QD=20.7741;RBI=0.0696005;REFB=-0.0251235;REVB=-0.0298204;RO=81;SAF=29;SAR=58;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138675;STB=0.575053;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0234501;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:81:82:87:88:0.517647:58:29:39:42:58:30:40:42 chr21 28216674 . G C 236.02 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0303202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.05;QD=19.2669;RBI=0.0379404;REFB=-0.00653074;REVB=-0.022807;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114463;STB=0.565157;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0110923;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:18:5:8:18:18:5:8:18 chr21 28216692 . G T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0216623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.228;QD=17.3209;RBI=0.0230003;REFB=-0.0221702;REVB=-0.00773041;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513059;STB=0.519206;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0324349;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:12:4:5:12:12:4:5:13 chr21 28296324 . A G 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0190012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.364;QD=13.9655;RBI=0.0358001;REFB=0.000878775;REVB=0.0303414;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127259;STB=0.507242;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00140605;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:14:16:24:20:14:16:24:20 chr21 28296389 . A G 182.13 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0778402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2716;QD=11.5638;RBI=0.0818974;REFB=-0.0063146;REVB=0.0254577;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674358;STB=0.538974;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0113374;OID=.;OPOS=28296389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:25:15:10:13:25:15 chr21 28302355 . A G 466.34 PASS AF=0.469388;AO=44;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0146519;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.83;QD=19.0344;RBI=0.0146963;REFB=-0.0220624;REVB=0.00114152;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206938;STB=0.618323;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0217536;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:52:44:46:0.469388:18:26:20:33:18:28:20:32 chr21 28326276 . G A 1612.7 PASS AF=0.956897;AO=111;DP=116;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0176676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.177;QD=55.6102;RBI=0.0205528;REFB=-0.0296258;REVB=0.010501;RO=4;SAF=64;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516897;STB=0.507774;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00107584;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:116:4:5:111:111:0.956897:47:64:2:2:47:64:2:3 chr21 30250555 . T C 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000233435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.116;QD=54.1317;RBI=0.00419647;REFB=0.00121413;REVB=0.00418998;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=4.70152e-06;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:2:0:26:33:2:0 chr21 30250615 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148204;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.062;QD=55.6057;RBI=0.0155415;REFB=-0.0299139;REVB=0.004679;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000107545;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:0:1:25:33:0:1 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 3691.97 PASS AF=0.14876,0.85124;AO=33,199;DP=246;FAO=36,206;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=6,94;FSAR=30,112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131574,-0.0790924;FXX=0.0162595;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.956,46.1024;QD=61.0242;RBI=0.154873,0.0969439;REFB=-0.0257802,-0.079798;REVB=-0.0816947,-0.0560581;RO=0;SAF=3,87;SAR=30,112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.34379e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0733256,0.00127723;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.14876,0.85124:33,199:246:36,206:242:0:6,94:30,112:0:0:99:0:3,87:30,112:0:0 chr21 30257570 . A C 154.81 PASS AF=0.15102;AO=37;DP=245;FAO=37;FDP=245;FR=.;FRO=208;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=98;FSRR=110;FWDB=-0.0153125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3717;QD=2.52754;RBI=0.0536457;REFB=-0.0254147;REVB=-0.0514139;RO=207;SAF=6;SAR=31;SRF=98;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434597;STB=0.791966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.192967;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:207:208:37:37:0.15102:31:6:98:109:31:6:98:110 chr21 30313625 . G A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00278324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.023;QD=20.4411;RBI=0.0506887;REFB=-0.0050637;REVB=-0.0506123;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107176;STB=0.559364;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0058813;OID=.;OPOS=30313625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:21:17:20:15:21:17:20:15 chr21 30331935 . G A 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.365;QD=62.979;RBI=0.018755;REFB=0;REVB=0.0109423;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8419e-05;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr21 30339120 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.632;QD=43.4862;RBI=0.025605;REFB=0;REVB=0.0160058;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52635e-05;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr21 30339234 . T C 455.29 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.704;QD=56.9109;RBI=0.0515944;REFB=0;REVB=0.0363214;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651306;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:17:15:0:0 chr21 30341891 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.754;QD=58.5878;RBI=0.0206367;REFB=0;REVB=0.00170287;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75134e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr21 30716955 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA 183.7 PASS AF=0.8,0.2;AO=9,2;DP=17;FAO=12,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051573,0.0725534;FXX=0.249875;HRUN=1,1;LEN=8,7;MLLD=179.853,108.948;QD=48.9853;RBI=0.063589,0.0731605;REFB=0,0;REVB=0.0371993,0.00940531;RO=0;SAF=7,1;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0200125,0.0180368;OID=.,.;OPOS=30716956,30716983;OREF=TGTGTGTG,GTGTGTG;OALT=-,ATGTGTA;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:9,2:17:12,3:15:0:8,2:4,1:0:0:17:0:7,1:2,1:0:0 chr21 30717151 . C T 1035.37 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00378737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.546;QD=52.4237;RBI=0.0738993;REFB=-0.0160238;REVB=-0.0738022;RO=5;SAF=41;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198054;STB=0.517527;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000675883;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:5:6:73:73:0.924051:32:41:2:3:32:41:2:4 chr21 30718201 . G A 501.47 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.998;QD=58.9963;RBI=0.059161;REFB=0;REVB=0.0573029;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207808;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:17:17:0:0 chr21 30830393 . T G 635.96 PASS AF=0.376238;AO=75;DP=201;FAO=76;FDP=202;FR=.;FRO=126;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0225404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6644;QD=12.5932;RBI=0.0225773;REFB=0.00119493;REVB=0.00129019;RO=125;SAF=45;SAR=30;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150975;STB=0.577658;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00244669;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:125:126:75:76:0.376238:30:45:58:67:31:45:59:67 chr21 30969901 . T C 139.46 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0827856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7289;QD=20.661;RBI=0.0835503;REFB=-0.0302833;REVB=0.0112786;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191154;STB=0.617491;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0164476;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:6:8:4:8:6:9:4:8 chr21 30971183 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00205409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.344;QD=11.185;RBI=0.0229368;REFB=0.00558518;REVB=-0.0228446;RO=35;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257513;STB=0.65114;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0109969;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:6:13:16:19:6:13:16:19 chr21 31655212 . A C 1280.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.007;QD=61.7297;RBI=0.0299891;REFB=0;REVB=0.0291014;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88777e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:28:53:0:0:30:53:0:0 chr21 31661691 . A G 238.96 PASS AF=0.5;AO=24;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0158448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.945;QD=20.7794;RBI=0.0753457;REFB=-0.0121309;REVB=0.0736608;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112857;STB=0.586392;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0140932;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:24:23:0.5:13:11:13:9:13:10:14:9 chr21 31709691 . G A 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000679323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.41;QD=18.9137;RBI=0.0212243;REFB=-0.0101069;REVB=0.0212135;RO=27;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033215;STB=0.526681;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00658365;OID=.;OPOS=31709691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:15:14:12:15:15:14:12:16 chr21 31744127 . A T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0588669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.61;QD=11.6203;RBI=0.059855;REFB=-0.0129924;REVB=0.0108309;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095238;STB=0.555499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0320206;OID=.;OPOS=31744127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:17:18:12:8:17:18 chr21 31768539 . G C 350.93 PASS AF=0.394495;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.00674161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.943;QD=12.8783;RBI=0.00874212;REFB=-0.0286358;REVB=-0.00556555;RO=66;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01848;STB=0.520675;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0463458;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:66:66:42:43:0.394495:28:14:21:45:28:15:21:45 chr21 31802768 . G A 461.78 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.024917;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.732;QD=26.7696;RBI=0.0258194;REFB=0.0169701;REVB=0.00676642;RO=26;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155963;STB=0.584968;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00673173;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:26:26:43:43:0.623188:20:23:8:18:20:23:8:18 chr21 31803159 . T C 59.12 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0386588;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.9146;QD=15.7646;RBI=0.0576314;REFB=0.0457302;REVB=0.0427419;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0385313;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:1:6:5:3:1:6 chr21 31812772 . C A 253.58 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00772978;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.861;QD=13.8948;RBI=0.00778774;REFB=-0.0233068;REVB=-0.00094835;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123525;STB=0.547913;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0278283;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:43:28:30:0.410959:15:13:25:18:15:15:25:18 chr21 31859677 . G A 354.26 PASS AF=0.436782;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00105148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.764;QD=16.2876;RBI=0.0275152;REFB=-0.0108052;REVB=-0.0274951;RO=48;SAF=28;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248366;STB=0.652057;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0140699;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:49:37:38:0.436782:9:28:26:22:9:29:26:23 chr21 31869286 . T C 620.39 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0160384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.505;QD=19.5397;RBI=0.0325226;REFB=-0.0137862;REVB=-0.028293;RO=63;SAF=29;SAR=34;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128879;STB=0.566928;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.016099;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:63:63:0.496063:34:29:38:25:34:29:38:26 chr21 31913981 . AG A 1324.57 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312596;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.03;QD=62.3327;RBI=0.0312797;REFB=0;REVB=0.00112107;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.45663e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:86:85:85:0:45:40:0:0:7:0:44:40:0:0 chr21 31914000 . T A 1373.77 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132416;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.879;QD=61.0564;RBI=0.0140731;REFB=-0.0531869;REVB=-0.00476554;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-1.10986e-05;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:88:89:0.988889:41:47:0:0:41:48:0:1 chr21 32090908 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0054545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.926;QD=13.4585;RBI=0.0365527;REFB=-0.00951206;REVB=-0.0361435;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226376;STB=0.631421;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.016315;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:9:17:7:9:9:17 chr21 32119495 . C G 259.4 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00111646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.628;QD=14.2138;RBI=0.00439326;REFB=-0.00757997;REVB=-0.00424902;RO=43;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446603;STB=0.525407;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0128772;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:18:12:19:24:18:12:19:24 chr21 32201969 . GA G 1391.13 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162678;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6706;QD=49.2436;RBI=0.0483905;REFB=0;REVB=-0.0455741;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000708158;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:114:113:113:0:48:65:0:0:25:0:48:64:0:0 chr21 32410582 . C T 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0074601;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.022;QD=16.6919;RBI=0.0185511;REFB=-0.00783988;REVB=-0.016985;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620941;STB=0.535674;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00771286;OID=.;OPOS=32410582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:14:9:6:12:14:9 chr21 32410619 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00137099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.939;QD=13.8995;RBI=0.00199224;REFB=-0.0147953;REVB=0.00144548;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116224;STB=0.566418;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0220032;OID=.;OPOS=32410619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:16:18:10:14:16:18 chr21 32493031 . A G 2832.62 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182505;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1002;QD=62.9472;RBI=0.0249984;REFB=0;REVB=-0.0170833;RO=0;SAF=100;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445264;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:80:100:0:0:80:100:0:0 chr21 32499473 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.624;QD=59.4265;RBI=0.00878111;REFB=0;REVB=0.00656667;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106527;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr21 32638544 . GCCCCCC GCCCCAT 84.31 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0310995;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=174.237;QD=12.4897;RBI=0.0336694;REFB=-0.0225623;REVB=0.0129014;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.718725;STBP=0.13;TYPE=mnp;VARB=0.0263097;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=GCCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:27:9:27:12:5:4:11:1:71:8:4:3:7:1 chr21 33068536 . TAAAAAAA ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAG 144.1 PASS AF=0,0.4,0.123077;AO=5,16,8;DP=64;FAO=0,26,8;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=0,12,2;FSAR=0,14,6;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00489092,0.17112,0.0779692;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=168.812,7.43407,19.8524;QD=8.86778;RBI=0.0745568,0.191803,0.0851127;REFB=-0.00903662,-0.161633,-0.0878298;REVB=-0.0743962,-0.0866399,-0.0341319;RO=29;SAF=0,8,2;SAR=5,8,6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.784856,-0.36848,-0.619857;STB=0.5,0.66655,0.856463;STBP=1,0.034,0.057;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.138635,0.145214,0.0623849;OID=.,.,.;OPOS=33068536,33068537,33068543;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,G;OMAPALT=ATAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:64:65:29:31:5,16,8:0,26,8:0,0.4,0.123077:5,8,6:0,8,2:24:5:0,14,6:0,12,2:24:7 chr21 33368188 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0274395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.719;QD=15.9153;RBI=0.0320174;REFB=-0.00506173;REVB=-0.0164982;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00636561;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:15:19:17:11:15:19 chr21 33370900 . T C 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0148059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2093;QD=13.3134;RBI=0.0337209;REFB=0.0237;REVB=0.0302966;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117903;STB=0.567367;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0350007;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:23:10:9:13:23:10 chr21 33371123 . C T 352.78 PASS AF=0.603448;AO=33;DP=56;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0117309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.124;QD=24.3293;RBI=0.015972;REFB=-0.027556;REVB=-0.0108392;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114529;STB=0.550992;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0182047;OID=.;OPOS=33371123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:23:33:35:0.603448:15:18:16:7:15:20:16:7 chr21 33372749 . T C 868.88 PASS AF=0.465347;AO=88;DP=197;FAO=94;FDP=202;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.0163109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.929;QD=17.2055;RBI=0.0180223;REFB=-0.0124625;REVB=0.00766547;RO=107;SAF=37;SAR=51;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377544;STB=0.51533;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0117933;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:202:107:108:88:94:0.465347:51:37:49:58:54:40:49:59 chr21 33373964 . ATT AT,ATTTG 80.84 PASS AF=0.0869565,0.391304;AO=3,6;DP=24;FAO=2,9;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=0,5;FSAR=2,4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0253643,0.0223468;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.9976,140.805;QD=14.0586;RBI=0.123268,0.0458724;REFB=-0.0245523,-0.0733887;REVB=0.12063,0.0400612;RO=10;SAF=0,5;SAR=3,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.747687,0.0568762;STB=0.996437,0.615148;STBP=0.047,0.413;TYPE=del,ins;VARB=0.0829778,0.140901;OID=.,.;OPOS=33373965,33373967;OREF=T,-;OALT=-,TG;OMAPALT=AT,ATTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.391304:3,6:24:2,9:23:12:0,5:2,4:9:3:69:10:0,5:3,1:8:2 chr21 33374318 . C T 595.42 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0179846;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.606;QD=23.3499;RBI=0.0179847;REFB=-0.00870997;REVB=-7.35745e-05;RO=43;SAF=26;SAR=32;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505434;STB=0.507184;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00739863;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:44:58:58:0.568627:32:26:19:24:32:26:19:25 chr21 33687344 . G A 135.34 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0224811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.459;QD=8.32883;RBI=0.0226662;REFB=-0.00929644;REVB=-0.00289038;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906776;STB=0.553999;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0184653;OID=.;OPOS=33687344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:8:11:30:16:8:11:30:16 chr21 33694224 . C G 83.41 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.145963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7087;QD=10.7623;RBI=0.14597;REFB=-0.00792238;REVB=-0.00144307;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54106;STB=0.845398;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0406899;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:31:20:20:10:11:0.354839:1:9:10:10:1:10:10:10 chr21 33706638 . A G 411.98 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00413184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0387;QD=16.8155;RBI=0.0158988;REFB=0.00227269;REVB=-0.0153525;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142737;STB=0.585258;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0035085;OID=.;OPOS=33706638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:42:43:0.438776:22:20:34:21:23:20:34:21 chr21 33719695 . C T 186.74 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.069813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9103;QD=19.6565;RBI=0.0725989;REFB=-0.00792789;REVB=0.0199186;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135762;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:10:9:9:10:10:9 chr21 33749533 . A C 583.6 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0165673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.138;QD=20.8427;RBI=0.0185062;REFB=-0.0181196;REVB=0.00824646;RO=52;SAF=36;SAR=23;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125139;STB=0.503176;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0158049;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:52:53:59:59:0.526786:23:36:31:21:23:36:32:21 chr21 33755763 . G A 251.11 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0427504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8524;QD=20.4986;RBI=0.0605958;REFB=0.0294098;REVB=-0.0429447;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.55322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0292391;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:13:12:14:10:13:12 chr21 33840208 . A G 226.26 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0227332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.141;QD=11.1734;RBI=0.0227626;REFB=-0.0143414;REVB=-0.00115544;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269536;STB=0.654221;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0197901;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:14:14:14:39:14:14:14:39 chr21 33887131 . G A,C 799.42 PASS AF=0.915254,0.0677966;AO=55,4;DP=59;FAO=54,4;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37,1;FSAR=17,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049894,-0.0159541;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.382,11.7938;QD=54.1977;RBI=0.0568091,0.0171923;REFB=0.0343882,0.153898;REVB=0.0271636,-0.00640631;RO=0;SAF=38,1;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97918e-08,-4.86674e-08;STB=0.506664,0.665771;STBP=0.626,0.27;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000768715,0.116445;OID=.,.;OPOS=33887131,33887131;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:59:59:0:1:55,4:54,4:0.915254,0.0677966:17,3:38,1:0:0:17,3:37,1:1:0 chr21 33951068 . T C 615.54 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.000291049;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.818;QD=15.1053;RBI=0.0151451;REFB=-0.00381512;REVB=0.0151423;RO=93;SAF=26;SAR=43;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343813;STB=0.516706;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00527649;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:93:94:69:69:0.423313:43:26:38:55:43:26:38:56 chr21 33956579 . T C 294.4 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0206356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7134;QD=15.0973;RBI=0.0263123;REFB=0.00134824;REVB=0.0163251;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100179;STB=0.562024;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00320772;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:33:33:0.423077:16:17:27:17:16:17:28:17 chr21 34003928 . A AAGTATT 502.51 PASS AF=0.972222;AO=30;DP=44;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0011721;FXX=0;HRUN=4;LEN=6;MLLD=289.279;QD=55.8342;RBI=0.00419985;REFB=-0.0564108;REVB=0.00403298;RO=7;SAF=25;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708148;STB=0.529394;STBP=0.131;TYPE=ins;VARB=0.00138782;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:30:44:35:36:1:27:8:0:1:5:7:25:5:5:2 chr21 34014192 . G A 230.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00863154;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.111;QD=14.1784;RBI=0.0101006;REFB=0.000196789;REVB=-0.00524591;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178837;STB=0.501729;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.000207204;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:38:27:27:0.415385:12:15:21:18:12:15:21:17 chr21 34014283 . C A 304.92 PASS AF=0.52459;AO=29;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0168837;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.211;QD=19.9946;RBI=0.0182717;REFB=-0.00867909;REVB=0.00698544;RO=31;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287648;STB=0.506676;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00752106;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:29:29:32:0.52459:15:14:14:17:17:15:14:15 chr21 34059352 . T C 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0186878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.737;QD=18.4981;RBI=0.0187072;REFB=-0.0195464;REVB=0.000850479;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330534;STB=0.518505;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0225838;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:13:14:13:14:13:14 chr21 34163742 . A G 1515.33 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.11;QD=62.4878;RBI=0.047351;REFB=-0.17128;REVB=0.0309722;RO=1;SAF=27;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068243;STB=0.503596;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00117966;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:69:27:0:1:69:27:0:1 chr21 34166190 . A T 967.05 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1092;QD=58.609;RBI=0.0769967;REFB=0;REVB=-0.0713193;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440102;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:20:46:0:0:20:46:0:0 chr21 34166343 . C T 1240.45 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0160076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1042;QD=55.7504;RBI=0.0437804;REFB=-0.075909;REVB=0.040749;RO=5;SAF=45;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686718;STB=0.503631;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0192917;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:84:84:0.94382:39:45:3:2:39:45:3:2 chr21 34169317 . C CT 413.03 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221407;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.405;QD=48.5919;RBI=0.0326816;REFB=0;REVB=0.024039;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000252671;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:34:34:0:13:21:0:0:7:1:13:21:1:0 chr21 34614255 . T G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00761379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.104;QD=15.1713;RBI=0.0127733;REFB=-0.00688787;REVB=-0.0102561;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141484;STB=0.581303;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00627724;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:16:8:8:9:16:8 chr21 34615992 . G A 610.3 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=134;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00757497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.213;QD=18.083;RBI=0.00759588;REFB=-0.0328007;REVB=0.000563248;RO=71;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648299;STB=0.543347;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.04052;OID=.;OPOS=34615992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:71:72:62:63:0.466667:29:33:33:38:29:34:33:39 chr21 34640788 . A G 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00144009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.345;QD=16.5605;RBI=0.0117189;REFB=-0.023391;REVB=-0.01163;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633789;STB=0.535688;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0266262;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:14:17:13:14:14:17 chr21 34666376 . A G 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3406;QD=62.6386;RBI=0.0697803;REFB=0;REVB=-0.03631;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000980151;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr21 34668747 . A G 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.196;QD=53.9309;RBI=0.0697236;REFB=0.0547818;REVB=0.0568199;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0049216;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:7:23:0:0:7:23:1:0 chr21 34787312 . A G 533.02 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00136038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.313;QD=23.1749;RBI=0.0134487;REFB=-0.0102955;REVB=0.0133797;RO=42;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111934;STB=0.561501;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0113634;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:27:23:25:17:27:23:25:17 chr21 34821570 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.016;QD=52.612;RBI=0.047906;REFB=0;REVB=0.0327731;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46994e-05;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr21 34822150 . T A 782.96 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8918;QD=62.6371;RBI=0.139802;REFB=0;REVB=0.116639;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326498;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:16:33:0:1:17:33:0:0 chr21 34822452 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.007;QD=53.9315;RBI=0.0330708;REFB=-0.0291492;REVB=0.0106823;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00065327;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:0:1:15:15:0:1 chr21 34897113 . C T 1643.64 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000131358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.247;QD=59.2303;RBI=0.00239395;REFB=-0.0163209;REVB=0.00239034;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-9.79128e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:0:1:55:55:0:1 chr21 34925142 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.796;QD=62.6697;RBI=0.0642708;REFB=0;REVB=-0.0548458;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139577;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr21 34926260 . C T 1542.63 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.82;QD=63.6138;RBI=0.00866852;REFB=0;REVB=-0.00797626;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06256e-05;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:45:52:0:0 chr21 34939590 . TAAAAAAAA AAAAAAAAT,TAAAAAAA,TAAAAAAAT,TTAAAAAAA 62.93 PASS AF=0,0.178571,0.107143,0;AO=2,8,5,5;DP=54;FAO=0,10,6,0;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=0,2,5,0;FSAR=0,8,1,0;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.10044,0.20626,0.00103189,0.105979;FXX=0.0344768;HRUN=6,8,8,8;LEN=9,1,1,1;MLLD=28.9041,8.46111,22.477,12.6534;QD=4.49525;RBI=0.101841,0.278655,0.0784403,0.144986;REFB=0.02701,-0.0590786,-0.0314349,-0.0550042;REVB=0.0168346,-0.187365,-0.0784335,-0.0989415;RO=26;SAF=2,1,4,0;SAR=0,7,1,5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.460667,-0.527407,0.329908,-0.675518;STB=0.5,0.77254,0.792599,0.5;STBP=1,0.077,0.186,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0,0.103266,-0.12848,0;OID=.,.,.,.;OPOS=34939590,34939591,34939598,34939591;OREF=TAAAAAAAA,A,A,A;OALT=AAAAAAAAT,-,T,T;OMAPALT=AAAAAAAAT,TAAAAAAA,TAAAAAAAT,TTAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:54:56:26:40:2,8,5,5:0,10,6,0:0,0.178571,0.107143,0:0,7,1,5:2,1,4,0:14:12:0,8,1,0:0,2,5,0:21:19 chr21 34948684 . G A,GA 751.84 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=3,48;DP=56;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434666,0.135917;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.8571,29.3943;QD=55.6922;RBI=0.0535959,0.138262;REFB=0,0;REVB=0.0313556,0.0253541;RO=4;SAF=3,24;SAR=0,24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0721951;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0950516,0.00926858;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:54:4:0:3,48:1,53:0.0185185,0.981481:0,24:3,24:4:0:0,25:1,28:0:0 chr21 34948696 . GAC G,GC 725.58 PASS AF=0,1;AO=9,41;DP=51;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590602,0.0631991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=77.5527,96.3104;QD=56.9081;RBI=0.0638466,0.0635875;REFB=0,0;REVB=-0.0242544,0.00701739;RO=0;SAF=9,19;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000466317;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,41:51:0,51:51:0:0,28:0,23:0:0:4:0:9,19:0,22:0:0 chr21 34968503 . A G 228.85 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0176477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.384;QD=16.0595;RBI=0.0305987;REFB=-0.0119429;REVB=0.0249968;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525914;STB=0.529707;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0100015;OID=.;OPOS=34968503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:15:16:12:14:15:16 chr21 35201942 . A G 210.91 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00646684;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2;QD=15.6227;RBI=0.022576;REFB=-0.00298973;REVB=-0.02163;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.574014;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00331852;OID=.;OPOS=35201942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:30:24:24:0.444444:12:12:11:18:12:12:11:19 chr21 35201947 . C T 228.46 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0387061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2507;QD=16.0326;RBI=0.0697264;REFB=-0.00910468;REVB=0.0579966;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108824;STB=0.561357;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0131593;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:13:13:12:19:13:13:12:19 chr21 35237608 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.167;QD=51.9134;RBI=0.0480884;REFB=0;REVB=0.00285992;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513186;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr21 35260481 . T C 1138.23 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155657;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1743;QD=60.7055;RBI=0.0178802;REFB=0;REVB=0.00879833;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120291;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr21 35275955 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.744;QD=54.5155;RBI=0.0283018;REFB=0;REVB=0.0274148;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149128;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr21 35281393 . A G 1209.02 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244521;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.757;QD=61.216;RBI=0.0261165;REFB=0;REVB=-0.00917416;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75223e-05;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr21 35467645 . A G 2197.72 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.834;QD=63.2437;RBI=0.0168322;REFB=0;REVB=-0.00872044;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90325e-06;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:74:65:0:0:74:65:0:0 chr21 35469193 . C A 289.46 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0326696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0847;QD=46.3135;RBI=0.0725831;REFB=-0.0132232;REVB=-0.0648151;RO=2;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10243;STB=0.555506;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00938846;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:8:15:0:2:8:15:0:2 chr21 35469708 . G A,GA 645.41 PASS AF=0,1;AO=6,55;DP=76;FAO=0,74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288182,0.208132;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=13.3828,11.2286;QD=34.8868;RBI=0.0783697,0.221716;REFB=-0.0453271,-0.00954015;REVB=-0.0728788,-0.0764142;RO=10;SAF=2,30;SAR=4,25;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.444295,-0.0745215;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0182845,0.0045023;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:76:74:10:0:6,55:0,74:0,1:4,25:2,30:8:2:0,36:0,38:0:0 chr21 35469726 . G GT 932.64 PASS AF=1;AO=74;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855229;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.6679;QD=48.4486;RBI=0.0855351;REFB=0;REVB=-0.00144573;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00140383;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:80:77:77:0:39:38:0:0:17:1:37:37:1:0 chr21 35469852 . C A 817.07 PASS AF=1;AO=51;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7504;QD=57.3379;RBI=0.0985893;REFB=0;REVB=0.0983477;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167321;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:51:57:1:21:30:0:0:26:31:0:0 chr21 35470041 . AG A,AT 683.83 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=9,31;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302985,-0.0301953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.326,152.337;QD=60.7844;RBI=0.0380427,0.0377768;REFB=0,0;REVB=0.0230053,0.0227009;RO=0;SAF=2,12;SAR=7,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0206427,0.00155888;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:9,31:45:1,44:45:0:0,17:1,27:0:0:8:0:2,12:7,19:0:0 chr21 35470210 . T G 519.94 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0179928;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.266;QD=54.7304;RBI=0.0185758;REFB=-0.0777707;REVB=0.00461723;RO=2;SAF=11;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077714;STB=0.53844;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000192972;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:24:11:2:0:24:12:2:0 chr21 35470213 . C A 483.58 PASS AF=0.897436;AO=36;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0506465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9299;QD=49.5984;RBI=0.0542331;REFB=-0.00802162;REVB=0.019395;RO=3;SAF=12;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527866;STB=0.549889;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00127275;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:36:35:0.897436:24:12:2:1:24:11:3:1 chr21 35773137 . C T 1108.81 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0320676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7549;QD=57.6005;RBI=0.0322644;REFB=-0.14415;REVB=0.00355767;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.513885;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00224926;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:40:35:0:0:40:35:2:0 chr21 35821821 . T C,G 473.38 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443378,0.00285649;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.552,103.126;QD=57.3793;RBI=0.018322,0.00453524;REFB=0,0;REVB=0.0177774,-0.00352262;RO=0;SAF=12,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000518798,0.00828191;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:19,0:12,2:0:0:19,0:12,2:0:0 chr21 35893737 . T C,G 741.45 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=47,3;DP=51;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314064,0.0220242;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4072,28.3558;QD=55.9585;RBI=0.0587416,0.0342916;REFB=0,0;REVB=0.0496408,-0.026284;RO=0;SAF=19,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-8.59111e-05,0.123181;OID=.,.;OPOS=35893737,35893737;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:53:0:0:47,3:50,3:0.943396,0.0566038:28,2:19,1:0:0:30,2:20,1:0:0 chr21 36042203 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0729;QD=48.7347;RBI=0.0388564;REFB=0;REVB=0.00166091;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133784;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr21 36411119 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.33;QD=60.6098;RBI=0.0247052;REFB=0;REVB=0.0244934;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12464e-05;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr21 37420650 . G A 219.18 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0146497;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.109;QD=13.6989;RBI=0.0146497;REFB=-0.00833597;REVB=-5.36915e-06;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267712;STB=0.658705;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0109523;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:38:26:26:0.40625:10:16:13:24:10:16:13:25 chr21 37429679 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.899;QD=44.6897;RBI=0.0597102;REFB=0;REVB=0.00884282;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244886;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr21 37442632 . G C 273.68 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0172068;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.727;QD=15.6387;RBI=0.0187979;REFB=-0.0399337;REVB=-0.00756873;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152098;STB=0.585378;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0400495;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:39:30:31:0.442857:12:18:18:22:12:19:18:21 chr21 37444120 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0149898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=18.1915;RBI=0.0207175;REFB=-0.000653769;REVB=0.0143011;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370781;STB=0.5207;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000616227;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:22:23:22:18:22:23 chr21 37444696 . C T 149.78 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.000493658;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.119;QD=9.36136;RBI=0.0145888;REFB=-0.0104622;REVB=-0.0145804;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070609;STB=0.580665;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0218449;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:44:20:20:0.3125:11:9:19:18:11:9:25:19 chr21 37444973 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0218629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.199;QD=13.4055;RBI=0.0335231;REFB=-0.00062006;REVB=-0.0254129;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174751;STB=0.600219;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000576819;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:15:19:9:14:15:19 chr21 37507745 . C T 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0145593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.724;QD=14.8035;RBI=0.0242218;REFB=0.00264981;REVB=0.0193577;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135191;STB=0.57688;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00371684;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:12:25:30:24:12:25:30:24 chr21 37507769 . C T 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.022023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.361;QD=14.1693;RBI=0.0432924;REFB=-0.00340793;REVB=-0.0372722;RO=50;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117651;STB=0.562006;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00628652;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:12:22:27:23:12:22:28:23 chr21 37609571 . T C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.050665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.141;QD=13.0366;RBI=0.0677008;REFB=0.000426098;REVB=0.044905;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429843;STB=0.535674;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000777808;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:10:8:15:16:10:8:16:16 chr21 37617630 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.815;QD=50.4135;RBI=0.0166584;REFB=0;REVB=-0.0138634;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80271e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr21 37692589 . A T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.422;QD=60.9761;RBI=0.0447313;REFB=0;REVB=-0.00443997;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83768e-05;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr21 37781046 . C T 291.72 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0370371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9244;QD=15.9847;RBI=0.0797913;REFB=-0.0248181;REVB=0.0706747;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125391;STB=0.500425;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0337594;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:14:18:23:17:14:19:23:17 chr21 37785509 . T C 31.69 PASS AF=0.625;AO=2;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.195013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5395;QD=15.8459;RBI=0.239431;REFB=-0.0356788;REVB=0.138914;RO=3;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473628;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0672662;OID=.;OPOS=37785509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:2:5:0.625:1:1:0:3:1:4:0:3 chr21 38081562 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.726;QD=37.4883;RBI=0.0883349;REFB=0;REVB=0.022125;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193164;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr21 38081577 . C G 75.34 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.464;QD=37.6707;RBI=0.120905;REFB=0;REVB=0.0902583;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192417;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:3:2:0:0:6:2:0:0 chr21 38117040 . G A 619.47 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=-0.0100854;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.007;QD=17.4498;RBI=0.0266968;REFB=-0.0247597;REVB=0.0247185;RO=77;SAF=26;SAR=38;SRF=56;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307434;STB=0.672731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0307506;OID=.;OPOS=38117040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:78:64:64:0.450704:38:26:56:21:38:26:57:21 chr21 38117505 . C T 131.57 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0220459;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.148;QD=21.9279;RBI=0.02678;REFB=-0.0328641;REVB=0.0152036;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112725;STB=0.549925;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0273931;OID=.;OPOS=38117505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:9:10:14:14:0.583333:3:11:6:3:3:11:7:3 chr21 38444863 . C T 1312.16 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0498867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.852;QD=59.6436;RBI=0.053675;REFB=-0.0636795;REVB=0.0198072;RO=2;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100321;STB=0.50053;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000721318;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:41:45:1:1:41:45:1:1 chr21 38444890 . A G 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0260136;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.768;QD=16.0375;RBI=0.0265901;REFB=-0.00310277;REVB=-0.00550665;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248743;STB=0.631468;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00167083;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:25:25:0.454545:18:7:16:15:18:7:15:15 chr21 38468958 . A G 370.44 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0563289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.499;QD=17.2299;RBI=0.0566916;REFB=0.00921559;REVB=0.00640296;RO=45;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178248;STB=0.612844;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0240132;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:47:39:39:0.453488:13:26:22:23:13:26:22:25 chr21 38495270 . A AT 609.07 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163508;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7174;QD=36.9135;RBI=0.169756;REFB=0;REVB=0.0456291;RO=4;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00108472;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:66:66:66:0:41:25:0:0:12:4:32:25:4:0 chr21 38512956 . A G 358.03 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00662252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.362;QD=22.3768;RBI=0.0125985;REFB=0.0157833;REVB=0.0107175;RO=28;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850552;STB=0.546849;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.014377;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:18:18:11:17:18:18:11:17 chr21 38525356 . T C 718.12 PASS AF=0.496689;AO=73;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0146644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.335;QD=19.023;RBI=0.0175556;REFB=-0.00368228;REVB=0.00965158;RO=74;SAF=30;SAR=43;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577711;STB=0.530666;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0030781;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:76:73:75:0.496689:43:30:35:39:43:32:37:39 chr21 38532058 . TG T 831.2 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9132;QD=47.4973;RBI=0.0521584;REFB=0;REVB=-0.00553929;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000956705;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:70:70:70:0:28:42:0:0:15:1:26:40:1:0 chr21 38532068 . G GA 665.34 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167996;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1373;QD=42.9249;RBI=0.227059;REFB=-0.0306193;REVB=0.152752;RO=11;SAF=19;SAR=39;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100575;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00870899;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:69:62:62:0:19:43:0:0:10:11:19:39:7:4 chr21 38539844 . G A 114.29 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00368081;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.217;QD=16.327;RBI=0.00368736;REFB=-0.00226575;REVB=0.000219701;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057665;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00154248;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:9:6:6:7:9:6 chr21 38563725 . G A 397.53 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0407537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.756;QD=18.0697;RBI=0.0414914;REFB=0.0246067;REVB=0.00778902;RO=47;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112933;STB=0.563097;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0261465;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:24:17:25:22:24:17:25:22 chr21 38568009 . G C 473.07 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00901822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.686;QD=21.2615;RBI=0.0227604;REFB=-0.0100221;REVB=0.0208975;RO=42;SAF=29;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197179;STB=0.614538;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0117952;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:17:29:17:25:17:29:17:26 chr21 38568308 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.059864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6617;QD=10.0752;RBI=0.0598694;REFB=0.00304797;REVB=0.000804511;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103271;STB=0.562351;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00979406;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:4:10:5:3:4:10 chr21 38587916 . A G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0243598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5236;QD=18.0551;RBI=0.0375239;REFB=0.0127655;REVB=-0.028542;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109143;STB=0.561288;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0157972;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:19:14:18:15:19:14:19:16 chr21 38885442 . A G 429.3 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00617016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.576;QD=25.2527;RBI=0.0141191;REFB=-0.0236963;REVB=-0.0126995;RO=26;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734523;STB=0.531976;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0153592;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:41:41:0.602941:20:21:16:10:20:21:16:11 chr21 38997701 . G A 1414.47 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00172731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.904;QD=58.3288;RBI=0.00823295;REFB=-0.16711;REVB=-0.00804971;RO=4;SAF=47;SAR=46;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386513;STB=0.520404;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000837776;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:97:97:4:4:93:93:0.958763:46:47:4:0:46:47:4:0 chr21 39213020 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.333;QD=63.2855;RBI=0.0444514;REFB=0;REVB=-0.0116077;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218474;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr21 39528455 . A T 303.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00662836;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.047;QD=16.617;RBI=0.00698493;REFB=0.00515433;REVB=0.00220322;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15324;STB=0.586212;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0101659;OID=.;OPOS=39528455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:18:22:13:20:18:22 chr21 39559559 . G A 318.75 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00712235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.881;QD=13.2813;RBI=0.00720082;REFB=-0.00314609;REVB=-0.00106016;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159358;STB=0.503482;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00452017;OID=.;OPOS=39559559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:36:36:0.375:17:19:32:27:17:19:32:28 chr21 39672624 . C G 870.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100381;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.318;QD=58.0459;RBI=0.0350908;REFB=0;REVB=0.0336244;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24772e-06;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr21 39870310 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.224;QD=59.0137;RBI=0.0193522;REFB=0;REVB=0.0105062;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66136e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr21 40191431 . T G 1249.34 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884226;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.648;QD=61.6959;RBI=0.0192198;REFB=0;REVB=0.017065;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87927e-05;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr21 40191638 . A G 900.75 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.84;QD=56.297;RBI=0.0347334;REFB=0;REVB=0.0120319;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012252;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:31:33:0:0 chr21 40195277 . T A 3096.48 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475363;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4403;QD=63.5176;RBI=0.0475694;REFB=-0.0954843;REVB=-0.00177593;RO=0;SAF=82;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547323;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:195:0:0:195:195:1:113:82:0:0:113:82:0:0 chr21 40552307 . A G 1399.83 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106216;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.022;QD=62.9135;RBI=0.0110211;REFB=0;REVB=-0.00294055;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42226e-05;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr21 40571246 . A G 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.846;QD=63.8867;RBI=0.0127715;REFB=0;REVB=0.0119129;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14423e-05;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:58:39:0:0:58:39:0:0 chr21 40574305 . A G 1501.2 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212466;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.97;QD=60.0481;RBI=0.0630154;REFB=0;REVB=0.0593255;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280949;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:39:59:0:0:41:59:0:0 chr21 40584598 . C T 820.06 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9311;QD=55.5969;RBI=0.033939;REFB=0.019524;REVB=0.00203046;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000432111;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr21 40670460 . G C 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.758;QD=59.9956;RBI=0.0215609;REFB=0;REVB=0.0070541;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13786e-05;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:62:44:0:0:62:44:0:0 chr21 40686020 . C T 1767.01 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.476;QD=59.8985;RBI=0.0209108;REFB=-0.0805652;REVB=0.0152894;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772249;STB=0.504064;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000112584;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:61:56:0:1:61:56:0:1 chr21 40686078 . G C 1480.94 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427663;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.794;QD=57.5121;RBI=0.0505868;REFB=-0.0680876;REVB=0.0270198;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825107;STB=0.504273;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000345621;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:103:1:1:101:102:0.990291:57:44:0:1:58:44:0:1 chr21 40686327 . T C 746.45 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.987;QD=56.336;RBI=0.068535;REFB=0;REVB=0.0345779;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419284;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr21 40769290 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.634;QD=57.2009;RBI=0.037727;REFB=0;REVB=-0.00242056;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229881;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr21 40823981 . G A 1437.18 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180668;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.268;QD=62.486;RBI=0.0368634;REFB=0;REVB=0.0368191;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14111e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:88:92:1:41:47:0:0:43:49:0:0 chr21 40871810 . T C 375.69 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0166388;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3838;QD=19.7732;RBI=0.0384377;REFB=-0.0447221;REVB=0.0346497;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121553;STB=0.56407;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0568094;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:37:37:39:0.513158:15:22:16:19:17:22:16:21 chr21 40883671 . G GAGA 172.39 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00898469;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.05;QD=11.1216;RBI=0.0306085;REFB=-0.0149006;REVB=-0.0292601;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554305;STB=0.532229;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=0.023881;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:22:63:22:62:40:11:11:22:18:99:40:11:11:22:18 chr21 40969826 . G C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.157;QD=60.8836;RBI=0.0427525;REFB=0;REVB=0.0341036;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20748e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr21 41032740 . T C 619.59 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.32;QD=60.4479;RBI=0.0354811;REFB=0;REVB=0.0322713;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305157;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr21 41032804 . G A 1047.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.552;QD=59.0197;RBI=0.105312;REFB=0;REVB=0.104208;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265443;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:33:38:0:0 chr21 41137499 . A G 271.92 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0137941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.873;QD=19.4227;RBI=0.0169535;REFB=-0.00366811;REVB=-0.0098562;RO=25;SAF=22;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162244;STB=0.617343;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00377301;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:27:29:29:0.517857:7:22:15:10:7:22:15:12 chr21 41137507 . G C 315.22 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0142903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5374;QD=22.5157;RBI=0.0148031;REFB=-0.0168613;REVB=-0.00386246;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186538;STB=0.510303;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.012593;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:10:22:16:8:10:22:16:8 chr21 41142932 . C T 309.57 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00389751;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.562;QD=15.8752;RBI=0.0184375;REFB=-0.0106444;REVB=-0.0180209;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227324;STB=0.512813;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0104011;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:17:17:23:21:17:17:23:21 chr21 41165462 . C A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0312186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.738;QD=18.6419;RBI=0.0321896;REFB=-0.00642043;REVB=-0.00784642;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143548;STB=0.590478;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00549885;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:10:15:11:14:10:15:11:15 chr21 41173549 . T G 111.58 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0264765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.3854;QD=15.9392;RBI=0.0278611;REFB=0.0203501;REVB=-0.00867407;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.612058;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0228503;OID=.;OPOS=41173549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:15:13:13:0.464286:10:3:6:7:10:3:6:9 chr21 41384900 . A G 31.83 PASS AF=0.0657895;AO=5;DP=76;FAO=5;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0675463;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.2625;QD=1.67508;RBI=0.259355;REFB=-0.0302474;REVB=-0.250405;RO=40;SAF=4;SAR=1;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280652;STB=0.816458;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0250552;OID=.;OPOS=41384900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:76:40:65:5:5:0.0657895:1:4:23:17:1:4:29:36 chr21 41416066 . C T 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00581316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.512;QD=21.3949;RBI=0.019251;REFB=-0.0109347;REVB=-0.0183523;RO=48;SAF=40;SAR=10;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659454;STB=0.53657;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00980813;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:10:40:36:12:10:40:36:12 chr21 41434841 . T C 1598.98 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00256567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2618;QD=57.1064;RBI=0.0196633;REFB=-0.0557808;REVB=0.0194952;RO=3;SAF=42;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326995;STB=0.517238;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00428179;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:109:109:0.973214:67:42:3:0:67:42:3:0 chr21 41447058 . G C 345.7 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0369056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6154;QD=13.691;RBI=0.0415557;REFB=-0.00253116;REVB=-0.0191011;RO=61;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186078;STB=0.610917;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00321832;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:39:40:0.39604:15:24:27:34:15:25:27:34 chr21 41559182 . G A 599.28 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=0.0111831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.97;QD=15.3662;RBI=0.0118951;REFB=-0.00712731;REVB=-0.00405357;RO=89;SAF=42;SAR=25;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280324;STB=0.656328;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100101;OID=.;OPOS=41559182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:89:67:67:0.429487:25:42:31:58:25:42:31:58 chr21 41885146 . C A 156.48 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.132489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7803;QD=20.8635;RBI=0.132527;REFB=-0.0886765;REVB=0.00316468;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.575126;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0574041;OID=.;OPOS=41885146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:10:13:15:16:0.533333:9:6:4:6:10:6:7:6 chr21 42622786 . C T 1115.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.519;QD=60.3207;RBI=0.0151484;REFB=0;REVB=9.49625e-05;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1802e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr21 42717662 . T C 746.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.534;QD=63.5347;RBI=0.0481736;REFB=0;REVB=0.0424019;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388214;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:17:30:0:0 chr21 42775555 . A G 101.74 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4977;QD=40.6959;RBI=0.0558263;REFB=0;REVB=-0.0195491;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202846;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr21 42821113 . T C 162.34 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0350785;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.868;QD=10.645;RBI=0.0351902;REFB=-0.0130945;REVB=0.00280108;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260715;STB=0.657393;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0352716;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:40:21:21:0.344262:9:12:13:26:9:12:13:27 chr21 42848560 . CAG C 114.61 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0242938;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.064;QD=15.8085;RBI=0.0244748;REFB=0.00857121;REVB=0.00297143;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357536;STB=0.711851;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=-0.0103024;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:13:31:13:29:16:2:11:7:9:99:16:2:11:7:9 chr21 43133145 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00191008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.216;QD=21.971;RBI=0.00718057;REFB=-0.0031542;REVB=0.00692186;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317187;STB=0.51779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00261286;OID=.;OPOS=43133145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:10:7:9:11:10:7 chr21 43133829 . A G 220.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0336397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.698;QD=16.0296;RBI=0.033701;REFB=-0.0184075;REVB=0.00203132;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214257;OID=.;OPOS=43133829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:11:18:15:10:12:18 chr21 43161022 . C T 395.72 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.051124;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.822;QD=38.6066;RBI=0.0626106;REFB=-0.0293665;REVB=0.0361445;RO=10;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377832;STB=0.520492;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00600855;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:43:41:10:10:31:31:0.756098:15:16:6:4:15:16:6:4 chr21 43161357 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6596;QD=60.2276;RBI=0.087448;REFB=0;REVB=0.0500257;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315258;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr21 43161805 . G A 802.5 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.384;QD=55.3451;RBI=0.0428719;REFB=-0.0998956;REVB=0.0410643;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000298986;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:1:0:24:33:1:0 chr21 43161877 . C T 300.34 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0326336;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.181;QD=16.2345;RBI=0.0386979;REFB=-0.0164589;REVB=-0.0207984;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0191905;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:26:15:14:19:26:15 chr21 43162150 . G A 636.99 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=115;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0162664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.603;QD=21.7773;RBI=0.0322329;REFB=0.00015139;REVB=0.0278274;RO=42;SAF=32;SAR=30;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588674;STB=0.512204;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=1.89859e-05;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:42:54:62:63:0.538462:30:32:25:17:31:32:26:28 chr21 43164286 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.035269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.146;QD=14.9787;RBI=0.038832;REFB=-0.0309492;REVB=0.0162488;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231477;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0271888;OID=.;OPOS=43164286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:6:5:7:3:6:5 chr21 43169357 . C G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00253124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.074;QD=14.7975;RBI=0.0259419;REFB=-0.0155291;REVB=-0.0258181;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0120122;OID=.;OPOS=43169357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:4:9:8:3:4:9 chr21 43176799 . T G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00639717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.41;QD=18.0814;RBI=0.0070441;REFB=-0.0131242;REVB=0.00294883;RO=47;SAF=13;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175789;STB=0.598525;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0184356;OID=.;OPOS=43176799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:28:13:23:24:28:13:23:24 chr21 43176832 . A G 449.32 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.06447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1317;QD=18.9185;RBI=0.0846463;REFB=-0.0280402;REVB=-0.0548508;RO=50;SAF=17;SAR=28;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228358;STB=0.627102;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0342924;OID=.;OPOS=43176832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:28:17:31:19:28:17:31:19 chr21 43218520 . G A 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00360147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.676;QD=25.6381;RBI=0.0120983;REFB=-0.00561217;REVB=0.0115498;RO=33;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564664;STB=0.530851;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00376234;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:24:24:19:14:24:24:19:14 chr21 43218807 . C T 298.65 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0604977;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9916;QD=20.9576;RBI=0.0627601;REFB=-0.0103045;REVB=0.0166991;RO=24;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933549;STB=0.543699;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0104536;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:26:31:31:0.54386:11:20:18:6:11:20:19:7 chr21 43219728 . A T 415.54 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.000805939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.919;QD=20.2701;RBI=0.00977749;REFB=-0.00421998;REVB=-0.00974421;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165084;STB=0.595467;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00217167;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:41:42:0.512195:22:19:26:14:23:19:26:14 chr21 43220380 . C A 217.11 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.011722;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.216;QD=10.4633;RBI=0.0204905;REFB=0.00736;REVB=0.0168064;RO=52;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693362;STB=0.510862;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0156108;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:52:56:27:27:0.325301:12:15:32:20:12:15:32:24 chr21 43221483 . A G 175.2 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.507;QD=46.7199;RBI=0.01986;REFB=0;REVB=0.00407748;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126393;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr21 43221826 . T C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0722848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.752;QD=17.3781;RBI=0.0881919;REFB=-0.0187445;REVB=-0.0505244;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0146637;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:6:4:8:3:6:4 chr21 43239972 . A G 630.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.799;QD=60.0175;RBI=0.0386792;REFB=0;REVB=0.0295237;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:11:28:0:0:11:31:0:0 chr21 43243585 . A G 616.93 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-2.20868e-05;FXX=0.0598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4231;QD=15.7178;RBI=0.0284173;REFB=-0.0282918;REVB=-0.0284173;RO=83;SAF=34;SAR=34;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654901;STB=0.528654;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0352722;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:157:83:89:68:68:0.433121:34:34:36:47:34:34:40:49 chr21 43256252 . C T 557.02 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0124372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.273;QD=21.4238;RBI=0.0126518;REFB=-0.0139247;REVB=0.00232012;RO=48;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151676;STB=0.58319;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00745165;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:30:26:31:17:30:26:31:17 chr21 43259864 . C T 45.81 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0971092;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.1834;QD=2.37991;RBI=0.117838;REFB=-0.0243191;REVB=0.0667497;RO=50;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565459;STB=0.811574;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.161543;OID=.;OPOS=43259864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:78:77:50:67:10:10:0.12987:2:8:15:35:2:8:29:38 chr21 43267260 . C T 245.51 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00393557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.857;QD=13.2708;RBI=0.00822236;REFB=-0.0101348;REVB=0.00721931;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214746;STB=0.523348;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0166507;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:45:28:29:0.391892:13:15:25:20:14:15:25:20 chr21 43315057 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0904644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.232;QD=10.0341;RBI=0.0916333;REFB=-0.0126291;REVB=-0.0145893;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404236;STB=0.732751;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0348665;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:0:7:4:1:0:7 chr21 43327793 . C T 408.38 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0113097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.177;QD=20.4191;RBI=0.012135;REFB=-0.0350234;REVB=-0.0043987;RO=35;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303996;STB=0.503619;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0286236;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:39:41:41:0.5125:15:26:21:14:15:26:25:14 chr21 43327856 . A G 349.86 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0329268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4876;QD=17.0664;RBI=0.0399605;REFB=0.0119888;REVB=-0.0226422;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630451;STB=0.522569;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0139364;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:44:37:38:0.463415:18:19:26:19:18:20:25:19 chr21 43408317 . T TAAAGA 417.34 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00797866;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=178.979;QD=53.85;RBI=0.0132252;REFB=-0.082846;REVB=-0.0105474;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=ins;VARB=0.00398877;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967742:26:31:30:31:1:14:16:1:0:5:1:14:12:1:0 chr21 43413731 . C T 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.959;QD=59.3209;RBI=0.0197298;REFB=0;REVB=0.0050567;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28564e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr21 43442385 . C T 318.32 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0754949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5588;QD=18.1896;RBI=0.0766342;REFB=0.0459727;REVB=-0.0131651;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824093;STB=0.546048;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0434475;OID=.;OPOS=43442385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:18:18:20:14:18:18 chr21 43504228 . T C 256.51 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.01248;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.408;QD=15.3142;RBI=0.0138268;REFB=-0.00385542;REVB=0.00595239;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218314;STB=0.607689;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00475218;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:36:38:29:29:0.432836:17:12:23:13:17:12:23:15 chr21 43510427 . T C 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00355344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.822;QD=16.236;RBI=0.0122306;REFB=-0.0124905;REVB=-0.011703;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103694;STB=0.558244;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0138649;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:14:16:23:13:14:16:23:13 chr21 43510437 . A C 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0042547;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3494;QD=16.0704;RBI=0.017597;REFB=0.0138824;REVB=0.0170749;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926442;STB=0.545424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0153386;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:35:29:29:0.453125:14:15:22:14:14:15:21:14 chr21 43513989 . C T 241.9 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0078598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.153;QD=16.9755;RBI=0.0183096;REFB=-0.0110624;REVB=0.0165368;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138825;STB=0.507807;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0119008;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:16:14:13:14:16:14 chr21 43522349 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.292;QD=60.6088;RBI=0.0466418;REFB=0;REVB=0.0227776;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125544;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr21 43523941 . C A 749.97 PASS AF=0.484472;AO=77;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=-0.00328469;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.176;QD=18.6328;RBI=0.0169581;REFB=-0.00222974;REVB=0.016637;RO=81;SAF=45;SAR=32;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677928;STB=0.545894;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00165087;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:83:77:78:0.484472:32:45:53:28:33:45:55:28 chr21 43523972 . G C 835.22 PASS AF=0.494186;AO=85;DP=171;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.00229494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.783;QD=19.4238;RBI=0.00429138;REFB=-0.0329666;REVB=0.00362619;RO=86;SAF=56;SAR=29;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425328;STB=0.52116;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.031649;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:86:87:85:85:0.494186:29:56:53:33:29:56:54:33 chr21 43531008 . T C,G 1572.63 PASS AF=0.971698,0.0283019;AO=101,4;DP=105;FAO=103,3;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=59,1;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409571,-0.0140289;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.186,159.632;QD=59.3445;RBI=0.056764,0.0228842;REFB=0,0;REVB=0.0393022,0.0180798;RO=0;SAF=59,0;SAR=42,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00384211,0.117674;OID=.,.;OPOS=43531008,43531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:105:106:0:0:101,4:103,3:0.971698,0.0283019:42,4:59,0:0:0:44,2:59,1:0:0 chr21 43531553 . A C 192.81 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0115407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.245;QD=14.8314;RBI=0.0524344;REFB=-0.0150727;REVB=-0.0511486;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203127;STB=0.615285;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0163997;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:9:21:11:11:9:21 chr21 43531632 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.328;QD=57.0002;RBI=0.0377497;REFB=0;REVB=-0.0372404;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102464;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr21 43539293 . G A 359.74 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0362513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8465;QD=13.8362;RBI=0.039558;REFB=-0.0157694;REVB=-0.0158329;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03771;STB=0.519935;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0212552;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:62:42:42:0.403846:19:23:35:25:19:23:36:26 chr21 43547165 . G A 419.87 PASS AF=0.538462;AO=39;DP=75;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000695864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.674;QD=21.532;RBI=0.0102847;REFB=-0.00660996;REVB=0.0102612;RO=34;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456112;STB=0.542036;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00583345;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:34:36:39:42:0.538462:13:26:21:13:14:28:21:15 chr21 43547788 . T C 714.36 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=62.1183;RBI=0.0507714;REFB=0;REVB=0.0495066;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339525;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr21 43547873 . G A 1607.04 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.184;QD=60.0763;RBI=0.0253631;REFB=0;REVB=-0.0110199;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93334e-05;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:51:55:0:0:52:55:0:0 chr21 43557559 . T A 439.45 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00123007;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0901;QD=18.9013;RBI=0.0177038;REFB=-0.00375674;REVB=0.017661;RO=48;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959774;STB=0.557743;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00448411;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:48:49:44:44:0.473118:20:24:31:17:20:24:32:17 chr21 43676586 . A T 424.93 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00696392;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.778;QD=23.9395;RBI=0.00696447;REFB=-0.00295466;REVB=-8.74718e-05;RO=31;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160501;STB=0.595322;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00176641;OID=.;OPOS=43676586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:30:41:41:0.577465:18:23:11:20:18:23:10:20 chr21 43679438 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0119082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.12;QD=23.8208;RBI=0.0239856;REFB=0.00276585;REVB=0.0208207;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20785;STB=0.615285;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00118246;OID=.;OPOS=43679438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:13:4:11:11:13:4 chr21 43679513 . C T 300.62 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0315903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9812;QD=21.4727;RBI=0.0325411;REFB=0.0288839;REVB=-0.00780893;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224699;STB=0.62783;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0117192;OID=.;OPOS=43679513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:30:31:0.553571:14:16:20:5:15:16:20:5 chr21 43679554 . C T 274.49 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0140383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.031;QD=19.9629;RBI=0.0153278;REFB=-0.0165757;REVB=0.0061536;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28574;STB=0.657264;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0126344;OID=.;OPOS=43679554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:22:4:14:15:22:4 chr21 43786606 . G A 134.58 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0299705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.587;QD=9.9692;RBI=0.0300533;REFB=-0.00574522;REVB=-0.00222959;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339344;STB=0.538255;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00739847;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:36:17:18:0.333333:10:7:15:19:11:7:16:20 chr21 43792869 . C T 552.16 PASS AF=0.566667;AO=48;DP=88;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0112605;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.896;QD=24.5402;RBI=0.0232568;REFB=-0.0236568;REVB=0.0203489;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206583;STB=0.518317;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0170813;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:40:39:48:51:0.566667:24:24:21:19:27:24:20:19 chr21 43796722 . G A 679.87 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=96;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00294012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.964;QD=28.3278;RBI=0.0117637;REFB=-0.00441436;REVB=-0.0113904;RO=37;SAF=37;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103363;STB=0.55627;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00259119;OID=.;OPOS=43796722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:37:59:59:0.614583:22:37:18:19:22:37:18:19 chr21 43805637 . C T 954.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3586;QD=58.7684;RBI=0.0202309;REFB=0;REVB=0.0136345;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181663;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr21 43810084 . C T 436.47 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.021925;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5592;QD=21.0349;RBI=0.021925;REFB=-0.00436108;REVB=-1.78599e-05;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187708;STB=0.603334;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00413388;OID=.;OPOS=43810084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:21:22:29:11:21:22:29:11 chr21 43824106 . A G 868.01 PASS AF=0.429864;AO=91;DP=219;FAO=95;FDP=221;FR=.;FRO=126;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=0.0261097;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.121;QD=15.7106;RBI=0.0261203;REFB=-0.0216621;REVB=0.000743689;RO=124;SAF=43;SAR=48;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496119;STB=0.524158;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0290084;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:124:126:91:95:0.429864:48:43:58:66:48:47:57:69 chr21 43824123 . G C 854.64 PASS AF=0.453202;AO=89;DP=203;FAO=92;FDP=203;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.00953502;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.301;QD=16.8401;RBI=0.0153856;REFB=-0.0247156;REVB=-0.0120747;RO=111;SAF=38;SAR=51;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128396;STB=0.517346;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0310667;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:111:111:89:92:0.453202:51:38:46:65:51:41:46:65 chr21 43855067 . A C 446.31 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0266757;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.437;QD=17.5024;RBI=0.02797;REFB=-0.0133337;REVB=-0.00840978;RO=54;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09008;STB=0.550102;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.015212;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:54:54:48:48:0.470588:23:25:23:31:23:25:23:31 chr21 43863521 . A G 196.57 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00688274;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1992;QD=17.4733;RBI=0.00864242;REFB=-0.0148533;REVB=-0.00522679;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176008;STB=0.599904;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0247402;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:8:17:10:10:8:17 chr21 43896111 . G A 308.86 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=69;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0451222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9159;QD=17.4006;RBI=0.0462037;REFB=-0.00305082;REVB=0.00993792;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331283;STB=0.509634;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00278064;OID=.;OPOS=43896111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:37:32:34:0.478873:14:18:19:17:15:19:20:17 chr21 43985955 . G A 95.87 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0776628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.107;QD=12.7828;RBI=0.0785737;REFB=-0.00304602;REVB=-0.0119295;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.571306;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00471335;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:8:10:8:4:8:10 chr21 44189166 . T C 1373.38 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.116;QD=62.4264;RBI=0.0028674;REFB=0;REVB=0.00140631;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07182e-06;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr21 44189172 . A C 1378.25 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.626;QD=62.6479;RBI=0.0523877;REFB=0;REVB=0.050982;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77746e-05;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:88:0:0:82:88:1:43:39:0:0:48:40:0:0 chr21 44371114 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.074;QD=43.4862;RBI=0.0479033;REFB=0;REVB=0.0172305;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000945177;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr21 44430325 . T C 222.36 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.522;QD=49.4122;RBI=0.030542;REFB=0;REVB=0.0297491;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491545;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr21 44437142 . A G 436.09 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00331649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1483;QD=54.5108;RBI=0.00737706;REFB=-0.146363;REVB=0.00658953;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00543305;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr21 44450404 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0676227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.106;QD=11.4403;RBI=0.0700568;REFB=-0.036163;REVB=-0.0183066;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413875;STB=0.740306;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0147814;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:2:12:4:5:2:12 chr21 44480616 . G A 517.85 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365511;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3963;QD=53.1123;RBI=0.0369861;REFB=-0.248324;REVB=-0.0056562;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0108045;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:39:1:2:36:37:0.948718:17:19:0:1:17:20:1:1 chr21 44749141 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0599292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1343;QD=18.7657;RBI=0.0630611;REFB=-0.0512035;REVB=-0.0196265;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0485291;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr21 44835508 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0167496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.433;QD=10.5421;RBI=0.0237756;REFB=0.0123664;REVB=0.016874;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231162;STB=0.646821;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0220593;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:5:6:15:5:5:6:16:5 chr21 44837551 . G A 134.14 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0123429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.121;QD=15.3297;RBI=0.102348;REFB=-0.047436;REVB=-0.101601;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398731;STB=0.847881;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0405263;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:15:20:15:15:0.428571:1:14:11:4:1:14:11:9 chr21 44837555 . G A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00564906;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.988;QD=22.1877;RBI=0.00601245;REFB=-0.0493648;REVB=-0.00205855;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100989;STB=0.556905;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0521108;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:5:16:12:6:5:16:12:6 chr21 45092257 . T A 297.41 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00811424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.676;QD=13.3667;RBI=0.0188425;REFB=-0.0151112;REVB=0.0170058;RO=55;SAF=10;SAR=24;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300227;STB=0.672027;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0201673;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:24:10:31:24:24:10:31:24 chr21 45096206 . G A 176.04 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0160758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.277;QD=13.0397;RBI=0.0184391;REFB=-5.44953e-05;REVB=0.00903146;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163805;STB=0.615272;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000119525;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:33:21:21:0.388889:7:14:16:15:7:14:16:17 chr21 45107518 . A G 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0051462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.831;QD=16.6312;RBI=0.00710924;REFB=-0.00884514;REVB=-0.00490488;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135486;STB=0.513542;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0105043;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:46:37:37:0.445783:21:16:18:25:21:16:21:25 chr21 45107562 . T C 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00849406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.934;QD=19.1722;RBI=0.0146725;REFB=-0.0254921;REVB=0.0119639;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123254;STB=0.568678;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0235849;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:20:13:17:15:20:13:17:15 chr21 45181446 . G A 330.54 PASS AF=0.362069;AO=40;DP=114;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0108315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.78;QD=11.398;RBI=0.04941;REFB=-0.0174085;REVB=0.0482081;RO=71;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794298;STB=0.547596;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0260609;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:71:74:40:42:0.362069:18:22:34:37:19:23:35:39 chr21 45181571 . A AG,G 339.61 PASS AF=0.405941,0.00990099;AO=37,4;DP=106;FAO=41,1;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=31,1;FSAR=10,0;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0402599,-0.0133;FXX=0.0194156;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=23.0267,237.486;QD=13.45;RBI=0.0565753,0.0135928;REFB=0.0166838,0.0027693;REVB=0.0397479,0.00280603;RO=63;SAF=31,1;SAR=6,3;SRF=39;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323809,-0.343019;STB=0.604198,0.98795;STBP=0.113,0.489;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0275864,0.0435465;OID=.,.;OPOS=45181572,45181571;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:63:59:37,4:41,1:0.405941,0.00990099:6,3:31,1:39:24:10,0:31,1:36:23 chr21 45210932 . G A 203.42 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0198989;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6608;QD=14.275;RBI=0.0203096;REFB=-0.00972001;REVB=-0.00406382;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29641;STB=0.657994;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.020339;OID=.;OPOS=45210932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:10:14:9:23:10:14:10:23 chr21 45215051 . A G 661.5 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0225317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.073;QD=27.5626;RBI=0.0272018;REFB=-0.0221224;REVB=-0.0152401;RO=38;SAF=26;SAR=32;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200501;STB=0.510913;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0149854;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:32:26:16:22:32:26:16:22 chr21 45217559 . T C 365.83 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0411386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.311;QD=18.7604;RBI=0.0493622;REFB=-0.0187219;REVB=-0.0272809;RO=39;SAF=28;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295931;STB=0.660677;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0411121;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:10:28:17:22:10:28:18:22 chr21 45220787 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.685;QD=64.4152;RBI=0.0192104;REFB=0;REVB=-0.0181856;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107385;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr21 45503121 . G A 108.81 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0628395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2828;QD=24.1795;RBI=0.0657473;REFB=-0.0383313;REVB=-0.0193366;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510973;STB=0.528799;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0235418;OID=.;OPOS=45503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:2:4:7:5:2:4 chr21 45506819 . T C 446.43 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0119386;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.989;QD=18.0377;RBI=0.0134147;REFB=-0.00673372;REVB=0.00611761;RO=53;SAF=25;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288926;STB=0.510246;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0101024;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:54:45:45:0.454545:20:25:31:22:20:25:31:23 chr21 45528919 . G A 666.38 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00925175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.492;QD=19.3154;RBI=0.0376415;REFB=-0.0240907;REVB=0.0364868;RO=70;SAF=39;SAR=28;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129174;STB=0.5679;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0159839;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:71:67:67:0.485507:28:39:31:39:28:39:32:39 chr21 45538647 . T C 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000744563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.722;QD=23.3504;RBI=0.0221909;REFB=-0.0280052;REVB=0.0221784;RO=27;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073687;STB=0.540519;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0186202;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:17:20:12:15:17:20:12:15 chr21 45538725 . C A 450.57 PASS AF=0.53012;AO=39;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0034031;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.309;QD=21.7142;RBI=0.0035088;REFB=-0.0122079;REVB=0.000854733;RO=28;SAF=13;SAR=26;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202129;STB=0.539665;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0088599;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:28:39:39:44:0.53012:26:13:10:18:27:17:12:27 chr21 45540919 . A G 384.29 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0203744;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.3;QD=17.4679;RBI=0.0498768;REFB=-0.00944398;REVB=-0.0455255;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191849;STB=0.51601;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0134134;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:48:40:40:0.454545:22:18:23:26:22:18:23:25 chr21 45544594 . T C 601.92 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00228682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.246;QD=20.2326;RBI=0.00230401;REFB=-0.00161884;REVB=-0.0002809;RO=58;SAF=40;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11387;STB=0.562864;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00149616;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:21:40:31:27:21:40:31:27 chr21 45553596 . T C 241.38 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=40;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000288919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1439;QD=22.4541;RBI=0.0536137;REFB=-0.0391729;REVB=0.0536129;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253645;STB=0.599113;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.016914;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:19:20:21:23:0.534884:8:13:6:13:10:13:7:13 chr21 45561200 . TC T 47.1 PASS AF=0.320755;AO=14;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.116275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.5904;QD=3.55466;RBI=0.251881;REFB=-0.0349702;REVB=-0.223437;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920697;STB=0.667917;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=-0.0203115;OID=.;OPOS=45561201;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:14:52:17:53:36:7:10:24:12:47:34:8:6:22:12 chr21 45565473 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00382475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.411;QD=7.62909;RBI=0.0110936;REFB=-0.0059355;REVB=-0.0104134;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252565;STB=0.657509;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0242652;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:12:8:5:3:12:8 chr21 45649494 . A G 196.88 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.037281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1112;QD=17.1203;RBI=0.0521202;REFB=-0.00776228;REVB=-0.0364231;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248276;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0367467;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:16:4:10:15:16:5:10:15 chr21 45649499 . G A 183.75 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00817953;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.645;QD=17.093;RBI=0.00983301;REFB=-0.0172665;REVB=0.00545741;RO=24;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377532;STB=0.71999;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0317691;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:16:3:11:13:16:3:11:13 chr21 45649778 . A G 334.15 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0528948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9482;QD=16.7074;RBI=0.05924;REFB=-0.0035258;REVB=-0.0266744;RO=40;SAF=32;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345103;STB=0.683294;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00930805;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:44:36:36:0.45:4:32:27:13:4:32:31:13 chr21 45649848 . T C 310.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=-0.0072715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.049;QD=18.2547;RBI=0.0148156;REFB=-0.00528625;REVB=-0.0129084;RO=34;SAF=31;SAR=3;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140786;STB=0.579387;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00567615;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:3:31:29:5:3:31:29:5 chr21 45656774 . C T 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0109524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.565;QD=10.3664;RBI=0.0114437;REFB=-0.0100838;REVB=-0.00331707;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170435;STB=0.599908;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0209172;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:14:8:22:21:14:8:22:21 chr21 45709906 . C G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000724071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.503;QD=19.0005;RBI=0.0236484;REFB=-0.0292715;REVB=0.0236373;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.575127;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0368005;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:13:4:6:11:13:4:6:11 chr21 45712977 . T C 379.81 PASS AF=0.52;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0101237;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.13;QD=20.2568;RBI=0.01032;REFB=-0.0279273;REVB=0.00200324;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360111;STB=0.507183;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0257582;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:36:38:39:0.52:19:19:20:17:19:20:19:17 chr21 45717550 . T C 1224.86 PASS AF=0.568528;AO=111;DP=196;FAO=112;FDP=197;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00283532;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.887;QD=24.8703;RBI=0.0135262;REFB=-0.0222842;REVB=0.0132256;RO=85;SAF=54;SAR=57;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220927;STB=0.513923;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0155213;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:85:85:111:112:0.568528:57:54:39:46:57:55:39:46 chr21 45725715 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0163657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.652;QD=15.643;RBI=0.0278107;REFB=-0.00445205;REVB=-0.0224855;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377983;STB=0.521718;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00573513;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:12:17:11:9:12:17 chr21 45732116 . C T 317.3 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0257246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.331;QD=20.8068;RBI=0.025751;REFB=-0.0137189;REVB=-0.00116605;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313674;STB=0.680134;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0247546;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:32:33:0.540984:15:17:4:23:15:18:4:24 chr21 45844751 . A G 3911.0 PASS AF=1;AO=251;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.088;QD=61.5905;RBI=0.0463398;REFB=-0.0598867;REVB=-0.0168283;RO=0;SAF=122;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39985e-05;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:254:254:0:0:251:254:1:129:122:0:0:129:125:0:0 chr21 45856987 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00968095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.594;QD=21.0076;RBI=0.0442763;REFB=0.00659911;REVB=-0.0432049;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915077;STB=0.551568;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00648058;OID=.;OPOS=45856987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:8:9:8:11:8:9 chr21 45876821 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0052006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.878;QD=17.0594;RBI=0.00853457;REFB=-0.00960291;REVB=0.00676703;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122646;STB=0.554949;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00969969;OID=.;OPOS=45876821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:14:19:16:20:14:19:18:20 chr21 45878637 . A G 76.56 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0309568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.778;QD=13.9192;RBI=0.0428832;REFB=-0.0325654;REVB=0.0296756;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0315787;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:22:12:12:8:10:0.454545:6:2:5:7:8:2:5:7 chr21 45959195 . G A 133.05 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.10409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8404;QD=35.481;RBI=0.110806;REFB=-0.0845601;REVB=0.0379894;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.583203;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00744326;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:5:8:0:1:5:8:0:2 chr21 45959312 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.992;QD=33.4285;RBI=0.0641434;REFB=0;REVB=0.0548733;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236384;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr21 45959386 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0323518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.358;QD=14.6515;RBI=0.0468568;REFB=0.017408;REVB=0.0338957;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00965496;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:3:1:3:3:4:1 chr21 45959557 . ATC TGA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384055;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=232.144;QD=42.1826;RBI=0.0403531;REFB=0;REVB=0.0123852;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000591376;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr21 45970718 . C T 56.05 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00380967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.63;QD=11.2099;RBI=0.0413208;REFB=-0.00795605;REVB=-0.0411448;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0168656;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr21 45970993 . C G 32.32 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0340024;FXX=0.110988;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8135;QD=16.161;RBI=0.0991385;REFB=-0.0869675;REVB=-0.0931251;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223593;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0391688;OID=.;OPOS=45970993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:8:8:4:3:4:5:0.625:1:3:2:2:1:4:1:2 chr21 45971299 . T C 74.43 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0260775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.095;QD=22.9007;RBI=0.0356972;REFB=-0.0480026;REVB=-0.0243773;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.02449;OID=.;OPOS=45971299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:3:1:2:7:3:1 chr21 45978090 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0108053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.166;QD=13.2053;RBI=0.0304866;REFB=-0.00563465;REVB=0.0285075;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43181;STB=0.749372;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00258182;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:6:0:3:3:6:0 chr21 45993746 . C T 90.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0125339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1772;QD=16.4153;RBI=0.051445;REFB=-0.00661179;REVB=0.0498948;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327076;STB=0.719552;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00881;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:10:11:11:11:0.5:9:2:5:5:9:2:6:5 chr21 45999908 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0317137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.05;QD=19.3688;RBI=0.0321068;REFB=-0.0448077;REVB=-0.00500861;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318367;STB=0.681477;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0147656;OID=.;OPOS=45999908;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:6:1:6:4:6:1 chr21 46011687 . C T 31.02 PASS AF=0.5;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=6.69134e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.036;QD=12.407;RBI=0.0205038;REFB=-0.0137284;REVB=-0.0205037;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0172723;OID=.;OPOS=46011687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:4:5:5:5:0.5:1:4:4:0:1:4:5:0 chr21 46012240 . A G 97.63 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0146057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6861;QD=24.4077;RBI=0.037463;REFB=-0.107962;REVB=0.0344985;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0409619;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr21 46020527 . C T 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.826;QD=56.785;RBI=0.0338589;REFB=-0.087;REVB=0.0130356;RO=2;SAF=31;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297458;STB=0.515877;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00470977;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:10:31:1:1:10:31:1:1 chr21 46021370 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.925;QD=42.1823;RBI=0.0685818;REFB=0;REVB=0.00399261;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890776;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr21 46021390 . G C 95.46 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.031;QD=34.7125;RBI=0.0245449;REFB=-0.14211;REVB=0.00931468;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00586135;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:1:0:2:8:1:0 chr21 46021607 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.473;QD=47.8202;RBI=0.0664154;REFB=0;REVB=0.0343998;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016547;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr21 46021759 . A G 1194.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219323;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.703;QD=61.2465;RBI=0.00737234;REFB=0;REVB=-0.00703855;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148514;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr21 46021934 . C T 854.15 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.893;QD=56.0101;RBI=0.0252213;REFB=-0.104856;REVB=0.0216081;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000585492;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:35:25:0:0:35:25:0:1 chr21 46021946 . C G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7819;QD=57.5445;RBI=0.015292;REFB=0;REVB=0.00402544;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69354e-05;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr21 46021954 . CTG C 787.9 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868024;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.078;QD=57.3019;RBI=0.00978946;REFB=0;REVB=-0.00452626;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.63408e-05;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:55:55:0:24:31:0:0:4:0:23:29:0:0 chr21 46032094 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.109;QD=55.656;RBI=0.0559775;REFB=0;REVB=0.0372615;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533993;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr21 46047418 . C T 101.13 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.020334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6147;QD=28.8942;RBI=0.0814411;REFB=-0.212169;REVB=0.0788618;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.615181;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0337535;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:2:3:11:11:0.785714:6:5:2:0:6:5:3:0 chr21 46047633 . A G 291.64 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0878;QD=50.7198;RBI=0.0778454;REFB=0;REVB=-0.0566673;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199078;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:14:9:0:0 chr21 46047710 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.665;QD=51.1846;RBI=0.0237912;REFB=0;REVB=0.0237182;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84772e-05;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr21 46047856 . C CT 112.65 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121974;FXX=0.473435;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.099;QD=45.0603;RBI=0.00861635;REFB=0;REVB=-0.00852958;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000217585;OID=.;OPOS=46047857;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:19:10:10:0:9:1:0:0:3:17:2:0:7:10 chr21 46047857 . C T 173.18 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0705722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.41;QD=36.4582;RBI=0.0773278;REFB=-0.140421;REVB=0.0316094;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129916;STB=0.599873;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00407192;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:2:3:16:16:0.842105:10:6:2:0:10:6:3:0 chr21 46047925 . G T 160.55 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.457;QD=45.8703;RBI=0.0868758;REFB=0;REVB=0.0642123;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011771;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr21 46047971 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4755;QD=39.2067;RBI=0.0484927;REFB=0;REVB=-0.0462293;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00398633;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr21 46048265 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.252;QD=40.7629;RBI=0.0469427;REFB=0;REVB=0.0429325;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571269;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr21 46057393 . T A 506.25 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327473;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6884;QD=59.5582;RBI=0.0373447;REFB=0;REVB=0.0179511;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107881;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:15:19:0:0 chr21 46057548 . A C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1763;QD=60.5979;RBI=0.0390532;REFB=0;REVB=0.00439296;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256826;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr21 46057612 . CCTGCTGTGTGCCTGT C,CCTGCTGTGTGCCCGT 234.87 PASS AF=0.631579,0.368421;AO=12,5;DP=20;FAO=12,7;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141721,0.0916877;FXX=0.049975;HRUN=2,1;LEN=15,1;MLLD=501.397,96.5095;QD=49.4457;RBI=0.0284657,0.0972865;REFB=0,0;REVB=0.024687,-0.0325273;RO=0;SAF=0,5;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.227718,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=4.24666e-05,0.00265041;OID=.,.;OPOS=46057613,46057625;OREF=CTGCTGTGTGCCTGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGCTGTGTGCCCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.631579,0.368421:12,5:20:12,7:19:0:0,7:12,0:0:0:46:0:0,5:12,0:0:0 chr21 46057806 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.395;QD=45.8054;RBI=0.0964528;REFB=0;REVB=0.0610161;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281944;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr21 46057958 . C T 291.2 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.112445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.796;QD=40.1657;RBI=0.163663;REFB=-0.0947382;REVB=0.118919;RO=3;SAF=4;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249213;STB=0.591357;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0260464;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:3:5:24:24:0.827586:20:4:3:0:19:5:3:2 chr21 46058060 . C T 526.73 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.028;QD=56.9443;RBI=0.0604256;REFB=-0.0539786;REVB=0.0584714;RO=1;SAF=3;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132732;STB=0.571384;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0051739;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:33:3:1:0:33:3:1:0 chr21 46066764 . C T 223.28 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.678;QD=49.6176;RBI=0.154305;REFB=0;REVB=0.0744861;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110292;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:10:5:0:0:10:8:0:0 chr21 46067180 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7626;QD=45.8048;RBI=0.0770805;REFB=0;REVB=0.00249784;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227363;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr21 46074202 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.321;QD=47.8219;RBI=0.00671025;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92933e-05;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:0:16:0:0:0:16:0:0 chr21 46077946 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1718;QD=58.1414;RBI=0.0410486;REFB=0;REVB=-0.0162183;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425336;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr21 46086377 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.604;QD=35.5759;RBI=0.0380627;REFB=0;REVB=-0.0300976;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117724;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr21 46086718 . GA CG 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247105;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.093;QD=49.5992;RBI=0.0286947;REFB=0;REVB=-0.0145869;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.92161e-05;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr21 46086757 . GC AT 230.16 PASS AF=0.95;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011826;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.186;QD=46.0328;RBI=0.053448;REFB=0.00760426;REVB=0.0521232;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=mnp;VARB=0.00164344;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:0:1:18:19:0.95:10:8:0:0:11:8:1:0 chr21 46117962 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.483;QD=46.8425;RBI=0.0434346;REFB=0;REVB=0.0257977;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134108;OID=.;OPOS=46117962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr21 46233836 . C A 240.32 PASS AF=0.5;AO=24;DP=52;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0308156;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.733;QD=17.8014;RBI=0.0359823;REFB=-0.0240982;REVB=0.0185775;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384253;STB=0.520533;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0141298;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:27:24:27:0.5:8:16:17:10:9:18:17:10 chr21 46311813 . A G 264.82 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0748705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.32;QD=20.7698;RBI=0.0754798;REFB=0.00456063;REVB=0.0095707;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904365;STB=0.550328;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00207135;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:9:15:14:13:9:15 chr21 46314907 . T A 729.37 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229975;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.382;QD=57.2057;RBI=0.0274188;REFB=0;REVB=0.0149301;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497124;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr21 46320313 . C T 241.0 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0588779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6578;QD=11.2092;RBI=0.106301;REFB=0.0137131;REVB=0.0885058;RO=56;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713984;STB=0.55442;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0196089;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:56:29:30:0.348837:18:11:18:38:18:12:18:38 chr21 46328026 . G A 1280.5 PASS AF=0.512397;AO=124;DP=243;FAO=124;FDP=242;FR=.;FRO=118;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.0133883;FXX=0.00819639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.836;QD=21.1653;RBI=0.0197998;REFB=-0.00653608;REVB=0.0145872;RO=118;SAF=77;SAR=47;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495775;STB=0.527172;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00503844;OID=.;OPOS=46328026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:118:118:124:124:0.512397:47:77:67:51:47:77:67:51 chr21 46328099 . T C 1769.9 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.003;QD=60.5094;RBI=0.0185389;REFB=0;REVB=0.0122211;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59488e-05;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:108:117:1:62:46:0:0:62:55:0:0 chr21 46330628 . C T 413.24 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0129348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.87;QD=21.4672;RBI=0.0129367;REFB=-0.0153014;REVB=0.000221539;RO=36;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232631;STB=0.617588;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0189468;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:40:41:0.532468:28:12:20:16:28:13:20:16 chr21 46354055 . A G 1210.14 PASS AF=0.987952;AO=75;DP=78;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489654;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8317;QD=58.32;RBI=0.0533453;REFB=-0.190149;REVB=-0.0211685;RO=1;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230653;STB=0.509432;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00490929;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:83:1:1:75:82:0.987952:20:55:0:1:26:56:0:1 chr21 46354056 . C G 32.31 PASS AF=0.0952381;AO=7;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=19;FWDB=0.0191457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9106;QD=1.53848;RBI=0.0762751;REFB=-0.0347864;REVB=-0.0738332;RO=76;SAF=2;SAR=5;SRF=57;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49467;STB=0.875584;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0930151;OID=.;OPOS=46354056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:84:76:76:7:8:0.0952381:5:2:57:19:6:2:57:19 chr21 46572572 . A G 1138.17 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337746;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.739;QD=60.7024;RBI=0.0388741;REFB=0;REVB=-0.0192478;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02551e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:26:48:0:0:26:49:0:0 chr21 46702822 . A G 218.62 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0267981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0447;QD=31.2308;RBI=0.0319762;REFB=-0.031989;REVB=-0.0174453;RO=8;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116643;STB=0.564449;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00739804;OID=.;OPOS=46702822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:28:8:8:20:20:0.714286:14:6:4:4:14:6:4:4 chr21 46705354 . C T 380.36 PASS AF=0.567164;AO=35;DP=65;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0178318;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.114;QD=22.7081;RBI=0.0180771;REFB=-0.0221414;REVB=-0.00296757;RO=29;SAF=25;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208311;STB=0.62493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0196197;OID=.;OPOS=46705354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:29:29:35:38:0.567164:10:25:14:15:10:28:14:15 chr21 46875564 . T C 1342.75 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107516;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.226;QD=62.4533;RBI=0.107557;REFB=0;REVB=0.00297035;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196033;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr21 46876580 . C T 31.75 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0207709;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.676;QD=9.77024;RBI=0.0259681;REFB=0.000703217;REVB=-0.0155856;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987559;STB=0.562247;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00048374;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:8:8:5:5:0.384615:3:2:4:4:3:2:4:4 chr21 46876717 . G C 156.86 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0207473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.4108;QD=16.0885;RBI=0.0845221;REFB=-0.00270244;REVB=-0.0819362;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172385;STB=0.583226;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00240105;OID=.;OPOS=46876717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:22:17:17:0.435897:3:14:14:6:3:14:16:6 chr21 46896294 . G A 262.66 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000685238;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.022;QD=25.0154;RBI=0.00228077;REFB=-0.00995901;REVB=0.0021754;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107873;STB=0.505995;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0116977;OID=.;OPOS=46896294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:8:10:13:11:8:10 chr21 46896303 . C G 224.56 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0498968;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.8225;QD=19.9609;RBI=0.0537445;REFB=-0.0278056;REVB=0.0199694;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.536049;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.032953;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:22:22:0.488889:13:9:10:11:13:9:11:12 chr21 46896312 . G T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=5.92065e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.138;QD=25.0392;RBI=0.0189713;REFB=-0.0246768;REVB=0.0189712;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909265;STB=0.505047;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0268903;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:9:11:14:12:9:11 chr21 46899842 . C T 632.26 PASS AF=0.410405;AO=70;DP=175;FAO=71;FDP=173;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0057671;FXX=0.0114279;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.169;QD=14.6187;RBI=0.0087584;REFB=-0.00713419;REVB=-0.00659167;RO=100;SAF=30;SAR=40;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334439;STB=0.520245;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0124623;OID=.;OPOS=46899842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:100:102:70:71:0.410405:40:30:46:54:40:31:48:54 chr21 46899857 . C T 471.32 PASS AF=0.325967;AO=59;DP=188;FAO=59;FDP=181;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.00461322;FXX=0.0372321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.759;QD=10.4159;RBI=0.0056096;REFB=-0.013644;REVB=0.00319153;RO=108;SAF=16;SAR=43;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228279;STB=0.660412;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0274781;OID=.;OPOS=46899857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:181:108:122:59:59:0.325967:43:16:49:59:43:16:60:62 chr21 46899872 . C A 542.11 PASS AF=0.378698;AO=64;DP=172;FAO=64;FDP=169;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.00530547;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.557;QD=12.8309;RBI=0.00552472;REFB=-0.00739758;REVB=0.00154095;RO=105;SAF=24;SAR=40;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103898;STB=0.55894;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00882232;OID=.;OPOS=46899872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:169:105:105:64:64:0.378698:40:24:49:56:40:24:49:56 chr21 46900410 . C T 201.05 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0861257;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.64;QD=18.2776;RBI=0.0870831;REFB=-0.0152638;REVB=-0.0128773;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129043;STB=0.594502;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0404878;OID=.;OPOS=46900410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:19:20:0.454545:9:10:9:14:9:11:9:15 chr21 46902273 . A G 298.02 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000969137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.661;QD=24.8348;RBI=0.00262169;REFB=-0.016648;REVB=-0.00243598;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305156;STB=0.52306;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0205254;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:17:9:8:13:18:9:8:13 chr21 46908355 . T C 182.95 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0157419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1766;QD=13.3056;RBI=0.0158399;REFB=-0.0095684;REVB=0.00175903;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159446;STB=0.593134;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0234427;OID=.;OPOS=46908355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:33:22:22:0.4:8:14:15:16:8:14:16:17 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT 56.48 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00853999;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=14;MLLD=294.591;QD=9.82187;RBI=0.0145234;REFB=-0.00527702;REVB=0.0117473;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439136;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.010348;OID=.;OPOS=46912659;OREF=-;OALT=CCCGCCACTGCCCT;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:24:8:23:15:3:5:11:4:56:14:2:5:10:4 chr21 46913477 . G C 61.12 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0526662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1053;QD=7.88597;RBI=0.0826305;REFB=-0.0332588;REVB=0.0636717;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.716021;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0595432;OID=.;OPOS=46913477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:30:31:15:22:8:9:0.290323:2:6:5:10:2:7:11:11 chr21 46951556 . A G 249.05 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00559144;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.56;QD=13.8359;RBI=0.00653832;REFB=-0.0122514;REVB=-0.00338901;RO=41;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806208;STB=0.526297;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0188387;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:43:29:29:0.402778:9:20:28:13:9:20:28:15 chr21 46957794 . T C 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.222;QD=61.0544;RBI=0.0436139;REFB=0;REVB=0.0315108;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05051e-06;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:52:65:0:0:52:65:0:0 chr21 47329352 . T C 1607.65 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265078;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.247;QD=60.0991;RBI=0.0284283;REFB=0;REVB=-0.0102714;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88671e-05;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr21 47355232 . G A 416.26 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0084394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.176;QD=19.5887;RBI=0.0540036;REFB=-0.014413;REVB=0.0533401;RO=42;SAF=30;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997183;STB=0.56417;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0127737;OID=.;OPOS=47355232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:12:30:26:16:12:30:26:17 chr21 47355240 . T C 496.31 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0123738;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.482;QD=21.5786;RBI=0.0129588;REFB=-0.0179094;REVB=-0.00384974;RO=44;SAF=31;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440001;STB=0.527988;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0123903;OID=.;OPOS=47355240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:47:48:0.521739:16:31:27:17:16:32:27:17 chr21 47409503 . A G 269.49 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00833152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.838;QD=18.9119;RBI=0.0287263;REFB=-0.0172025;REVB=-0.0274916;RO=28;SAF=24;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153314;STB=0.586401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0216105;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:5:24:20:8:5:24:20:8 chr21 47418298 . CTTTT CTTT,CTTTC,TCTTT 43.5 PASS AF=0.25,0.05,0.025;AO=12,2,3;DP=40;FAO=10,2,1;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4,2,0;FSAR=6,0,1;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0241054,0.00910262,-0.0136519;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=11.796,24.741,80.9217;QD=4.35036;RBI=0.17847,0.102496,0.0841651;REFB=-0.168078,-0.105675,-0.0207675;REVB=-0.176834,-0.102091,-0.0830505;RO=20;SAF=4,2,0;SAR=8,0,3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0.489648,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.419238,0.423248,-0.704204;STB=0.638028,0.993855,0.991554;STBP=0.304,0.197,0.28;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.164061,-0.0119391,0.130184;OID=.,.,.;OPOS=47418299,47418302,47418298;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTT,CTTTC,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:20:27:12,2,3:10,2,1:0.25,0.05,0.025:8,0,3:4,2,0:15:5:6,0,1:4,2,0:16:11 chr21 47420725 . TC T,TG 1567.37 PASS AF=1,0;AO=17,83;DP=103;FAO=113,0;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=90,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576652,-0.543109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.6242,18.4568;QD=55.482;RBI=0.084683,0.545756;REFB=0,0;REVB=0.0620155,0.0536953;RO=0;SAF=4,82;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00110654,-0.00891545;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,83:103:113,0:113:0:90,0:23,0:0:0:9:0:4,82:13,1:0:0 chr21 47423509 . C T 123.25 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0606056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.901;QD=17.0002;RBI=0.0633105;REFB=0.00635688;REVB=-0.0183079;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.519971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00621597;OID=.;OPOS=47423509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:12:14:0.482759:6:6:8:7:6:8:8:7 chr21 47536546 . C T 476.89 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0321501;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.064;QD=23.8444;RBI=0.046077;REFB=-0.0205155;REVB=-0.033007;RO=33;SAF=31;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170069;STB=0.583447;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0162167;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:33:35:45:45:0.5625:14:31:16:17:14:31:18:17 chr21 47538960 . G A 339.75 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074219;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.266;QD=54.3601;RBI=0.0742913;REFB=-0.0933266;REVB=-0.00327669;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210404;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr21 47540421 . T C 155.89 PASS AF=0.404762;AO=19;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.000872799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3741;QD=14.8466;RBI=0.00699847;REFB=0.00464155;REVB=-0.00694383;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.576513;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0143168;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:25:19:17:0.404762:10:9:12:9:9:8:15:10 chr21 47542861 . A G 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9357;QD=60.2189;RBI=0.0328234;REFB=0;REVB=0.0211807;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58347e-05;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr21 47544838 . G A 163.97 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00780417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7093;QD=12.8605;RBI=0.0179632;REFB=0.0134767;REVB=0.0161793;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657908;STB=0.53842;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.02142;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:14:5:10:22:14:5:10:22 chr21 47545155 . A G 896.51 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9774;QD=56.9215;RBI=0.0299264;REFB=0;REVB=-0.0298782;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138447;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:24:36:0:0:25:38:0:0 chr21 47545346 . C T 90.85 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0152025;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4485;QD=19.1269;RBI=0.0296434;REFB=0.00259362;REVB=0.0254483;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.526974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00325009;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:19:8:8:9:10:0.526316:3:6:6:2:3:7:6:2 chr21 47545369 . A AC,ACC 52.43 PASS AF=0.515152,0;AO=11,4;DP=33;FAO=17,0;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.158061,-0.0827063;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.7744,10.5978;QD=6.3548;RBI=0.163872,0.0859615;REFB=-0.140523,-0.0752038;REVB=-0.0432525,-0.023432;RO=17;SAF=9,3;SAR=2,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405321,0.322203;STB=0.543674,0.5;STBP=0.627,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0831042,0.00120215;OID=.,.;OPOS=47545370,47545370;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152,0:11,4:33:17,0:33:16:11,0:6,0:9:7:33:17:9,3:2,1:8:9 chr21 47545768 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000528461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0954;QD=7.52616;RBI=0.0117674;REFB=-0.00921982;REVB=0.0117555;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287784;STB=0.679605;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0143616;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:10:14:3:6:10:14 chr21 47545823 . G A 187.84 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00736553;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.436;QD=10.7335;RBI=0.00895332;REFB=0.00216128;REVB=0.00509027;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245037;STB=0.514274;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00304901;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:24:22:12:12:24:22 chr21 47545826 . C T 184.72 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00812106;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.427;QD=10.262;RBI=0.0145575;REFB=-0.00877165;REVB=-0.0120817;RO=47;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111172;STB=0.513942;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.055189;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:11:13:25:22:11:13:25:23 chr21 47545913 . G A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0131757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.755;QD=14.17;RBI=0.0131967;REFB=-0.013162;REVB=-0.000745001;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207274;STB=0.511782;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0203914;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:18:16:25:26:18:16:25:26 chr21 47556792 . ACC AC,A,ATC 428.6 PASS AF=0.157895,0.157895,0.631579;AO=5,5,22;DP=37;FAO=6,6,24;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=6,6,19;FSAR=0,0,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00412779,-0.00212929,0.0163315;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=14.5228,17.3651,97.802;QD=45.116;RBI=0.00929447,0.00522878,0.0252373;REFB=-0.0864853,-0.0642113,-0.0120545;REVB=-0.00832758,-0.0047756,-0.0192407;RO=2;SAF=5,5,17;SAR=0,0,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.8,0.8,0;SSSB=0.78221,0.78221,0.152852;STB=0.997484,0.997484,0.583258;STBP=0.011,0.011,0.026;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0842314,-0.0218599,0.0126745;OID=.,.,.;OPOS=47556793,47556793,47556793;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=AC,A,ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.157895,0.157895,0.631579:5,5,22:37:6,6,24:38:2:6,6,19:0,0,5:0:2:31:2:5,5,17:0,0,5:0:2 chr21 47556809 . C T 127.44 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0741021;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9671;QD=13.7769;RBI=0.0742705;REFB=-0.0100453;REVB=0.00499815;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416349;STB=0.641755;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0445108;OID=.;OPOS=47556809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:13:15:0.405405:1:12:15:6:2:13:16:6 chr21 47557222 . G A 240.84 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0161473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2091;QD=27.5244;RBI=0.0172951;REFB=-0.0476102;REVB=-0.00619551;RO=11;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836791;STB=0.576953;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0286491;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:34:35:11:13:22:22:0.628571:13:9:6:5:13:9:8:5 chr21 47575372 . C T 65.25 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0946736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5479;QD=10.8757;RBI=0.0958168;REFB=-0.00794052;REVB=0.014757;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.659885;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0198166;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:3:12:5:4:3:12 chr21 47608580 . G A 754.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.51;QD=56.9174;RBI=0.0337453;REFB=0;REVB=-0.00320581;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110223;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr21 47609677 . A G 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.398;QD=55.22;RBI=0.0200684;REFB=-0.105236;REVB=0.0107445;RO=1;SAF=42;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110967;STB=0.50588;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00759069;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:14:42:1:0:14:42:1:0 chr21 47610066 . T C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.64;QD=63.8671;RBI=0.024279;REFB=0;REVB=0.00692935;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37164e-05;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr21 47612466 . A G 520.56 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.117921;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.121;QD=53.3904;RBI=0.127299;REFB=-0.0585221;REVB=0.0479559;RO=3;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321857;STB=0.529396;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00868413;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:39:39:3:2:36:37:0.948718:16:20:1:2:16:21:0:2 chr21 47612471 . T C 484.21 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0708089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2815;QD=49.6623;RBI=0.0910759;REFB=-0.0593583;REVB=0.0572793;RO=4;SAF=19;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824545;STB=0.504422;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00723036;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:4:4:35:35:0.897436:16:19:2:2:16:19:2:2 chr21 47612512 . C CTG,G 220.86 PASS AF=0.857143,0.047619;AO=17,2;DP=25;FAO=18,1;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6,1;FSAR=12,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0372163,0.0209108;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=182.088,78.2117;QD=42.069;RBI=0.0465971,0.0427689;REFB=0.0366292,0.0342662;REVB=0.0280398,-0.0373084;RO=6;SAF=6,1;SAR=11,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.301656,-0.611271;STB=0.571347,0.5;STBP=0.126,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00115617,-0.046255;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:21:6:2:17,2:18,1:0.857143,0.047619:11,1:6,1:6:0:12,0:6,1:2:0 chr21 47612762 . G C 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.00210925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.22;QD=2.44623;RBI=0.0202735;REFB=-0.00999348;REVB=-0.0201635;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881156;STB=0.574293;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0826411;OID=.;OPOS=47612762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:55:57:8:8:0.123077:3:5:38:17:3:5:40:17 chr21 47613004 . T C 202.27 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00150475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.756;QD=36.776;RBI=0.0118796;REFB=-0.138966;REVB=0.0117839;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705878;STB=0.571354;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0125123;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:22:22:2:4:18:18:0.818182:6:12:2:0:6:12:4:0 chr21 47613168 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0559109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5187;QD=17.6438;RBI=0.0570362;REFB=-0.0154259;REVB=-0.0112737;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55322;STB=0.81753;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00920272;OID=.;OPOS=47613168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:0:7:2:7:0:7 chr21 47613623 . C T 44.87 PASS AF=0.15942;AO=12;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00843373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2087;QD=2.60093;RBI=0.0530054;REFB=-0.0427413;REVB=-0.0523301;RO=57;SAF=2;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367297;STB=0.730782;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.202705;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:57:58:12:11:0.15942:10:2:24:33:9:2:24:34 chr21 47613639 . C T 50.91 PASS AF=0.2;AO=10;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0618776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9051;QD=4.52571;RBI=0.100336;REFB=-0.0296902;REVB=-0.0789842;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218553;STB=0.612229;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.127148;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:35:36:10:9:0.2:8:2:12:23:7:2:12:24 chr21 47614443 . A G 792.59 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6884;QD=56.6132;RBI=0.0284151;REFB=0;REVB=-0.0277791;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189492;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr21 47614469 . A C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.766;QD=57.1063;RBI=0.0186247;REFB=0;REVB=0.00813388;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45214e-05;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr21 47734824 . C T 546.05 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00214401;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.967;QD=21.2058;RBI=0.00346995;REFB=-0.0340518;REVB=-0.00272832;RO=45;SAF=31;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115976;STB=0.568381;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0293533;OID=.;OPOS=47734824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:48:55:55:0.533981:24:31:19:26:24:31:20:28 chr21 47773103 . C A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.033718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.938;QD=24.2461;RBI=0.0343546;REFB=-0.0314776;REVB=-0.00658288;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737293;STB=0.540951;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0237658;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:13:7:11:14:13:7 chr21 47777063 . G A 400.35 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00395135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.979;QD=53.3797;RBI=0.0166591;REFB=-0.137879;REVB=0.0161837;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000758475;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:18:11:0:0:18:11:0:1 chr21 47783796 . T C 522.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159405;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2731;QD=59.7067;RBI=0.0183247;REFB=0;REVB=-0.00903844;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355103;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:36:35:1:23:13:0:0:22:13:0:0 chr21 47786817 . C G 859.55 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144939;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7096;QD=58.2743;RBI=0.0410393;REFB=0;REVB=0.0383946;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503311;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr21 47787002 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.955;QD=60.6093;RBI=0.0223209;REFB=0;REVB=0.000539158;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158134;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr21 47836653 . C T 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0137107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5271;QD=14.9046;RBI=0.0140084;REFB=-0.020369;REVB=0.00287228;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543053;STB=0.519111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00439112;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:10:16:22:11:10:16:22:12 chr21 47850484 . G C 270.32 PASS AF=0.366667;AO=31;DP=88;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0038778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.473;QD=12.0141;RBI=0.051405;REFB=-0.00291627;REVB=-0.0512585;RO=57;SAF=17;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044609;STB=0.504041;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00501501;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:57:57:31:33:0.366667:14:17:29:28:16:17:29:28 chr21 47851753 . A G 193.61 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0312031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.901;QD=16.8355;RBI=0.0373323;REFB=-0.0271457;REVB=-0.0204956;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.584532;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0531822;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:25:19:21:0.456522:6:13:13:12:7:14:13:12 chr21 47855893 . CGAA C,CGA 502.36 PASS AF=0.551282,0.0897436;AO=42,12;DP=80;FAO=43,7;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=28,0;FSAR=15,7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0382886,-0.0627209;FXX=0.0249969;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=213.279,21.7167;QD=25.7622;RBI=0.0398414,0.102648;REFB=-0.0513541,-0.177693;REVB=-0.0110145,-0.0812574;RO=22;SAF=28,0;SAR=14,12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0.30303;SSEP=0,0;SSSB=0.113308,-0.791956;STB=0.604947,0.998044;STBP=0.035,0.018;TYPE=del,del;VARB=0.0190004,0.13355;OID=.,.;OPOS=47855894,47855895;OREF=GAA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551282,0.0897436:42,12:80:43,7:78:28:28,0:15,7:11:17:99:22:28,0:14,12:11:11 chr21 47858234 . AG A 124.25 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0738822;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.0342;QD=20.7074;RBI=0.120854;REFB=-0.0271911;REVB=0.0956401;RO=8;SAF=14;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.288;SSSB=0.425426;STB=0.742059;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.00969806;OID=.;OPOS=47858235;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:16:25:16:24:8:14:2:3:5:41:8:14:2:3:5 chr21 47863757 . A C 292.85 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0188517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.469;QD=17.2264;RBI=0.0196145;REFB=-0.0118192;REVB=0.00541701;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137216;STB=0.576875;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0163618;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:15:21:14:18:15:21 chr21 47910523 . A G 148.25 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00407401;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.598;QD=16.9425;RBI=0.00579775;REFB=-0.0149577;REVB=-0.00412509;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19014;STB=0.610022;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0178386;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:11:8:4:12:11:8 chr21 47945533 . GCTC G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0114273;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.802;QD=19.7024;RBI=0.0192917;REFB=0.000521176;REVB=-0.0155431;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383959;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=-0.00046091;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:17:33:17:33:16:11:6:11:5:99:16:11:6:11:5 chr21 47959692 . G A 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0103787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5651;QD=16.5321;RBI=0.0216649;REFB=-0.00702074;REVB=-0.0190171;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291434;STB=0.663457;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00649918;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:20:3:7:11:20:3 chr21 47959698 . C T 183.54 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0222803;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.425;QD=16.3149;RBI=0.0316065;REFB=-0.0265611;REVB=0.0224178;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191956;STB=0.615891;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0205498;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:20:5:7:12:21:5 chr21 47961711 . G A 596.0 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0189869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8872;QD=17.7911;RBI=0.0274933;REFB=-0.0105916;REVB=-0.0198842;RO=72;SAF=30;SAR=32;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652504;STB=0.53622;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.011541;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:32:30:30:42:32:30:30:42 chr21 47970581 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0310794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4959;QD=18.4975;RBI=0.039675;REFB=-0.0272956;REVB=0.0246612;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262219;STB=0.646632;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0280964;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:9:18:10:17:9:18 chr21 47978321 . G C,GC 1473.41 PASS AF=0,1;AO=7,94;DP=105;FAO=0,103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569813,0.00369529;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=6.14375,27.1824;QD=57.2199;RBI=0.12765,0.101184;REFB=0,0;REVB=0.114227,0.101117;RO=4;SAF=5,49;SAR=2,45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.250326,-0.0371416;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00131711;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:105:103:4:0:7,94:0,103:0,1:2,45:5,49:4:0:0,47:0,56:0:0 chr21 47985655 . C T 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0133245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.56;QD=12.4554;RBI=0.0167464;REFB=-0.0108683;REVB=0.0101439;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144325;STB=0.592893;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0124927;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:8:13:16:17:8:13:16:18 chr21 48022230 . C G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.01542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.814;QD=15.4097;RBI=0.0287561;REFB=0.000915357;REVB=-0.0242721;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327271;STB=0.518505;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00134774;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:20:14:12:15:20:14 chr21 48063476 . C G 1015.29 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0248673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.706;QD=54.1488;RBI=0.0447069;REFB=-0.106608;REVB=-0.0371527;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230558;STB=0.510139;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0187889;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:2:4:71:71:0.946667:40:31:0:2:40:31:1:3 chr21 48084820 . C G 479.33 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.036072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.436;QD=19.972;RBI=0.0379543;REFB=0.000117577;REVB=-0.0118042;RO=49;SAF=17;SAR=30;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056103;STB=0.503113;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000420588;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:30:17:18:31:30:17:18:31 chr22 16287372 . C T 60.06 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00839101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.904;QD=5.85959;RBI=0.0176369;REFB=-0.0062989;REVB=-0.015513;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167433;STB=0.60652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0274103;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:22:10:4:5:22:10 chr22 17072483 . A G 250.68 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00313213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.757;QD=12.2284;RBI=0.0214036;REFB=-0.00312344;REVB=-0.0211732;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142034;STB=0.58153;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00621678;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:31:21:16:14:31:21 chr22 17073066 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00454264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.176;QD=14.3343;RBI=0.00527788;REFB=-0.0317345;REVB=0.00268709;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142989;STB=0.583162;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0374405;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:8:2:3:6:8:2 chr22 17073475 . C T 271.72 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00369408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.017;QD=20.9013;RBI=0.0181188;REFB=-0.0268178;REVB=0.0177382;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205873;STB=0.511453;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0247289;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:17:11:10:14:17:11:10:14 chr22 17264565 . G T 999.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00050981;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.997;QD=59.6612;RBI=0.0170346;REFB=0;REVB=0.017027;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529289;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr22 17264904 . A G 1476.48 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196788;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.278;QD=63.5046;RBI=0.0359867;REFB=0;REVB=0.0301295;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168238;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr22 17265124 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.154;QD=53.2772;RBI=0.0256643;REFB=0;REVB=0.0206586;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112046;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr22 17265194 . G A 383.0 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.679;QD=52.8278;RBI=0.0397209;REFB=-0.160006;REVB=0.0276647;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00261122;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr22 17446991 . C T 265.61 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0522801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.61;QD=13.2807;RBI=0.0540875;REFB=0.00484887;REVB=-0.0138651;RO=49;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771428;STB=0.544207;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00392912;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:10:21:30:19:10:21:30:19 chr22 17469026 . G A 39.31 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0405695;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.504;QD=7.14789;RBI=0.0407834;REFB=-0.00646904;REVB=0.00417176;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320963;STB=0.705222;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0272754;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:6:10:2:4:6:10 chr22 17469049 . C A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000982401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.246;QD=9.19964;RBI=0.0255826;REFB=-0.029175;REVB=-0.0255638;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.666222;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0485911;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:4:9:3:4:4:9 chr22 17586471 . C T 1604.74 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.117;QD=59.9905;RBI=0.0604823;REFB=0;REVB=0.00803109;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69165e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:55:50:0:0:56:51:0:0 chr22 17589296 . TG T,TA 1424.65 PASS AF=0.0430108,0.956989;AO=18,73;DP=93;FAO=4,89;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=3,45;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399416,0.047451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.175,140.124;QD=61.2751;RBI=0.041079,0.0497665;REFB=0,0;REVB=0.00959969,0.0150035;RO=0;SAF=14,33;SAR=4,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.93225e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0264643,0.0091391;OID=.,.;OPOS=17589297,17589297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0430108,0.956989:18,73:93:4,89:93:0:3,45:1,44:0:0:6:0:14,33:4,40:0:0 chr22 17589794 . C A 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0477269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.161;QD=55.0088;RBI=0.0539009;REFB=-0.0872943;REVB=0.0250489;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000695632;OID=.;OPOS=17589794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:22:10:0:0:22:10:1:0 chr22 17600293 . G A 191.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1336;QD=47.7623;RBI=0.0614375;REFB=0;REVB=0.00486679;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242702;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr22 17600393 . G A 112.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.773;QD=28.2268;RBI=0.0756221;REFB=-0.0551111;REVB=0.0715257;RO=4;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136204;STB=0.576787;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00713223;OID=.;OPOS=17600393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:3:9:2:2:3:9:2:2 chr22 17600497 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.91;QD=48.7368;RBI=0.0912728;REFB=0;REVB=0.0399845;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549029;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 17600887 . CG C 56.64 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.105449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7251;QD=13.326;RBI=0.223284;REFB=-0.126018;REVB=0.196815;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202873;STB=0.615175;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.133804;OID=.;OPOS=17600888;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:10:17:10:17:7:6:4:6:1:33:7:6:4:6:1 chr22 17600977 . G A 804.3 PASS AF=0.983607;AO=50;DP=52;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00789125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.461;QD=52.7413;RBI=0.264838;REFB=-0.0160666;REVB=0.264721;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046999;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00218193;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:61:2:1:50:60:0.983607:19:31:0:2:29:31:0:1 chr22 17602839 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.248;QD=59.4318;RBI=0.0406599;REFB=0;REVB=-0.0356044;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66504e-05;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr22 17603503 . G A 955.8 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169984;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5332;QD=58.8186;RBI=0.0318402;REFB=0;REVB=0.0269231;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55001e-05;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr22 17622267 . C T 384.94 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.334;QD=53.0951;RBI=0.0669309;REFB=-0.117829;REVB=0.0171884;RO=1;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555513;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000947269;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:1:1:28:28:0.965517:24:4:1:0:24:4:1:0 chr22 17640399 . G GGGC 526.37 PASS AF=0.86;AO=39;DP=57;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0273126;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=3;MLLD=196.961;QD=42.1094;RBI=0.0273144;REFB=-0.0345351;REVB=0.000319747;RO=15;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160114;STB=0.571396;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.00513449;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.86:39:57:43:50:7:21:22:7:0:40:15:19:20:12:3 chr22 17690430 . C G 212.58 PASS AF=0.446809;AO=16;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0341672;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=78.2219;QD=18.0915;RBI=0.0342391;REFB=-0.0123437;REVB=-0.0022175;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633569;STB=0.536877;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0203924;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:12:22:16:21:0.446809:8:8:5:7:9:12:11:11 chr22 17990852 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0387757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.541;QD=13.8496;RBI=0.0394895;REFB=-0.00295489;REVB=0.00747422;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342903;STB=0.701035;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00286729;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:14:11:12:4:14:11 chr22 18020118 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0347406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8257;QD=9.41504;RBI=0.0422031;REFB=0.0117882;REVB=0.0239623;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687996;STB=0.541608;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0386374;OID=.;OPOS=18020118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:15:19:7:7:15:19 chr22 18209612 . CA C,CG 249.15 PASS AF=0.6,0.4;AO=10,9;DP=19;FAO=12,8;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162557,-0.00208661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.1,110.137;QD=49.83;RBI=0.016959,0.0234227;REFB=0,0;REVB=0.00483327,-0.0233296;RO=0;SAF=10,1;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00196485,0.0110079;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:10,9:19:12,8:20:0:12,0:0,8:0:0:55:0:10,1:0,8:0:0 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 324.7 PASS AF=0.561151,0.0359712,0;AO=47,8,5;DP=139;FAO=78,5,0;FDP=139;FR=.;FRO=56;FSAF=48,5,0;FSAR=30,0,0;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0706318,0.102912,-0.0114935;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.61693,12.4435,46.429;QD=9.34401;RBI=0.0880468,0.125519,0.0708825;REFB=-0.156225,-0.120001,-0.0303071;REVB=0.052568,0.0718629,-0.0699444;RO=59;SAF=30,8,1;SAR=17,0,4;SRF=24;SRR=35;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.231241,0.685066,-0.241946;STB=0.586706,0.998169,0.5;STBP=0.023,0.005,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.163797,0.0149812,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:59:56:47,8,5:78,5,0:0.561151,0.0359712,0:17,0,4:30,8,1:24:35:30,0,0:48,5,0:23:33 chr22 18560919 . C G 220.09 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0031245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.062;QD=28.3981;RBI=0.0103182;REFB=-0.0238783;REVB=-0.00983375;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903223;STB=0.555502;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0155173;OID=.;OPOS=18560919;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:31:10:10:20:21:0.677419:9:11:4:6:9:12:4:6 chr22 18571828 . T C 551.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.152;QD=58.0229;RBI=0.0614572;REFB=0;REVB=-0.036826;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113182;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:26:10:0:0:28:10:0:0 chr22 18609642 . C T 671.82 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172666;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3551;QD=52.6915;RBI=0.0292086;REFB=-0.0918339;REVB=0.0235586;RO=2;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869726;STB=0.504624;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00548308;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:30:19:1:1:30:19:1:1 chr22 18628436 . T C 517.86 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00446724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.152;QD=54.5118;RBI=0.00804168;REFB=0.0813384;REVB=0.00668674;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583611;STB=0.529395;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00270192;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:15:20:0:2:16:20:0:2 chr22 18628499 . G T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.454;QD=61.5363;RBI=0.0203892;REFB=0;REVB=0.0112937;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40861e-06;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr22 18628632 . C T 1585.04 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7594;QD=64.0421;RBI=0.0238982;REFB=0;REVB=-0.02289;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73506e-05;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr22 18628715 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.619;QD=59.4356;RBI=0.0145073;REFB=0;REVB=-0.00366929;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79872e-05;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr22 18650682 . C T 370.11 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00770343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.622;QD=14.0995;RBI=0.0413271;REFB=-0.00308978;REVB=-0.0406028;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239308;STB=0.513507;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0035784;OID=.;OPOS=18650682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:24:19:26:36:24:19:26:36 chr22 18870981 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00945586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.648;QD=15.3789;RBI=0.0175604;REFB=0.000723561;REVB=0.0147972;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.571303;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000602507;OID=.;OPOS=18870981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:9:5:3:9:9:5 chr22 18900750 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0110474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.103;QD=11.4397;RBI=0.0111485;REFB=-0.00980871;REVB=0.00149738;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373608;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.026756;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:4:10:3:6:4:10 chr22 18901004 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.633;QD=43.4851;RBI=0.0480078;REFB=0;REVB=0.0395376;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991429;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 18904414 . A G 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9621;QD=53.8982;RBI=0.042213;REFB=0;REVB=-0.0330752;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122621;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 18905978 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0129075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.7;QD=18.3007;RBI=0.0132087;REFB=-0.0105936;REVB=-0.00280444;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881007;STB=0.538423;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0169941;OID=.;OPOS=18905978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:9:11:10:12:9:11:11:12 chr22 18907124 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00349267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.891;QD=17.6721;RBI=0.0261802;REFB=-0.0214528;REVB=-0.0259461;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255069;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0186479;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:19:13:13:17:19:13 chr22 18908875 . A G 390.29 PASS AF=0.59375;AO=36;DP=62;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0508822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0636;QD=24.3929;RBI=0.0780512;REFB=0.011512;REVB=-0.0591861;RO=22;SAF=24;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123662;STB=0.548598;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00521046;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:22:26:36:38:0.59375:12:24:11:11:12:26:15:11 chr22 18910355 . G T 222.79 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00901787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6074;QD=16.5026;RBI=0.0565347;REFB=-0.0161887;REVB=0.0558108;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153893;STB=0.587085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0288581;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:15:14:16:9:15:14 chr22 18912678 . A G 1510.72 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1347;QD=63.6091;RBI=0.0185672;REFB=0;REVB=0.00139145;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.229e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr22 19028643 . C T 594.78 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00795972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.437;QD=17.623;RBI=0.0114598;REFB=-0.0182793;REVB=-0.00824436;RO=73;SAF=31;SAR=31;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599721;STB=0.533323;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0260559;OID=.;OPOS=19028643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:31:31:32:41:31:31:32:41 chr22 19034240 . A G 373.32 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0328659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.615;QD=17.7773;RBI=0.0346514;REFB=-0.0214822;REVB=0.0109795;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102912;STB=0.569252;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.035165;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:38:39:0.464286:15:23:22:22:15:24:22:23 chr22 19048413 . A G 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0312405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=17.7777;RBI=0.0314736;REFB=-0.017583;REVB=0.00382325;RO=54;SAF=22;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151986;STB=0.584382;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0152913;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:27:22:33:21:27:22:33:21 chr22 19119751 . C T 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00668967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.299;QD=9.75523;RBI=0.0461;REFB=-0.00334927;REVB=0.045612;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29761;STB=0.676997;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0034973;OID=.;OPOS=19119751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:10:2:3:4:10:2 chr22 19121721 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0382894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.538;QD=12.0157;RBI=0.0391253;REFB=-0.0279355;REVB=0.00804423;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0244552;OID=.;OPOS=19121721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr22 19124866 . G A 125.41 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.00791446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.695;QD=8.95765;RBI=0.00795495;REFB=-0.00765798;REVB=0.000801564;RO=39;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506207;STB=0.530086;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.01802;OID=.;OPOS=19124866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:4:13:31:8:4:13:31:8 chr22 19132061 . C T 2141.19 PASS AF=0.972414;AO=136;DP=141;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=121;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0766037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9412;QD=59.0674;RBI=0.103746;REFB=-0.140797;REVB=0.0699646;RO=4;SAF=120;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772722;STB=0.532831;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0128834;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:141:145:4:4:136:141:0.972414:16:120:1:3:20:121:1:3 chr22 19163577 . C CAT 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337536;FXX=0.0147037;HRUN=0;LEN=2;MLLD=321.081;QD=59.3369;RBI=0.0367639;REFB=0;REVB=0.0145698;RO=3;SAF=34;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.43685e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:67:67:0:34:33:0:0:5:3:34:33:2:1 chr22 19167385 . C A 421.71 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0121878;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.573;QD=17.756;RBI=0.0688217;REFB=-0.00309515;REVB=-0.0677339;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208367;STB=0.527385;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00389847;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:49:52:43:43:0.452632:21:22:24:25:21:22:24:28 chr22 19167409 . T C 1479.7 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00613673;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9866;QD=62.3033;RBI=0.0179498;REFB=-0.0942666;REVB=-0.0168682;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.505154;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00046586;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:46:48:1:0:46:48:1:0 chr22 19172006 . T C 1437.87 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754402;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.371;QD=63.203;RBI=0.00780935;REFB=0;REVB=-0.00201835;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297157;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:89:91:1:56:33:0:0:57:34:0:0 chr22 19184095 . T C 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0215436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.033;QD=12.4557;RBI=0.0237278;REFB=-0.0184311;REVB=0.00994394;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154496;STB=0.589656;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0171226;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:14:7:16:18:14:7:16:18 chr22 19189003 . A AC,C 332.22 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=20,8;DP=30;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170446,-0.18739;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.6115,3.49738;QD=47.4603;RBI=0.20102,0.199903;REFB=0.120654,-0.164515;REVB=0.106569,0.069615;RO=2;SAF=5,8;SAR=15,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152413,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0163044,0.395978;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:30:28:2:0:20,8:27,1:0.964286,0.0357143:15,0:5,8:2:0:15,0:12,1:0:0 chr22 19197896 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.181;QD=61.6833;RBI=0.0565186;REFB=0;REVB=0.0202851;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186989;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr22 19353360 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00234444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.3;QD=15.1111;RBI=0.00319429;REFB=-0.0209573;REVB=-0.00216958;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187832;STB=0.613558;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0270302;OID=.;OPOS=19353360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:11:18:16:21:11:18:16:22 chr22 19423250 . G A 231.07 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0248919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.456;QD=23.107;RBI=0.0264566;REFB=-0.0302652;REVB=-0.00896341;RO=18;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324924;STB=0.684021;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.014676;OID=.;OPOS=19423250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:4:18:9:9:4:18:9:9 chr22 19457503 . CA C,CC 246.38 PASS AF=0.45,0.0166667;AO=25,3;DP=61;FAO=27,1;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17,0;FSAR=10,1;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00610261,-0.0104202;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=268.568,266.274;QD=16.4254;RBI=0.0062427,0.0116603;REFB=-0.0117916,-0.0100792;REVB=0.00131511,0.00523291;RO=33;SAF=16,1;SAR=9,2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129593,-0.184396;STB=0.572484,0.989887;STBP=0.346,0.465;TYPE=del,snp;VARB=0.0107716,0.0707259;OID=.,.;OPOS=19457504,19457504;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0.0166667:25,3:61:27,1:60:32:17,0:10,1:16:16:99:33:16,1:9,2:17:16 chr22 19458224 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.025;QD=47.8224;RBI=0.00849763;REFB=0;REVB=-0.00341495;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73934e-05;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr22 19468514 . T C 455.07 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0213502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2346;QD=18.0226;RBI=0.0544256;REFB=0.0385621;REVB=-0.0500631;RO=53;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428198;STB=0.5238;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0409997;OID=.;OPOS=19468514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:23:25:30:23:23:25:30:23 chr22 19511925 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.01;QD=52.6129;RBI=0.0406034;REFB=0;REVB=0.0242163;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412307;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr22 19750773 . T C 347.9 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00756249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5049;QD=17.3951;RBI=0.089256;REFB=0.00359061;REVB=-0.0889351;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470979;STB=0.525982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00751211;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:43:37:37:0.4625:19:18:22:19:19:18:23:20 chr22 19751829 . C T 298.03 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0584698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2381;QD=20.9141;RBI=0.0732704;REFB=0.00112919;REVB=0.0441569;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203809;STB=0.621117;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00126987;OID=.;OPOS=19751829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:12:19:9:16:12:19:9:17 chr22 19766782 . C T 315.49 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0299039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4073;QD=24.2683;RBI=0.0323267;REFB=-0.0331405;REVB=-0.0122789;RO=21;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124735;STB=0.568485;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0201731;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:14:17:15:6:14:17:15:6 chr22 19776159 . T TG 152.43 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0103289;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=335.183;QD=13.2546;RBI=0.0103386;REFB=-0.0189432;REVB=0.000447777;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775601;STB=0.52988;STBP=0.795;TYPE=ins;VARB=0.03498;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:16:46:17:46:29:6:11:9:20:99:29:6:10:9:20 chr22 19789541 . A C 159.89 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0276676;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.367;QD=9.8395;RBI=0.0326628;REFB=-0.0312281;REVB=-0.0173597;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444596;STB=0.548626;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0543949;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:44:20:21:0.323077:11:9:21:22:12:9:22:22 chr22 19868218 . A G 245.59 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0034012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4918;QD=23.9597;RBI=0.0325981;REFB=0.010636;REVB=0.0324202;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215747;STB=0.620149;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0113586;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:12:6:14:9:12:6 chr22 19907099 . C A 939.02 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00281176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1535;QD=56.0606;RBI=0.0574519;REFB=0.00123662;REVB=0.0573831;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00053123;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:64:66:0.985075:36:28:1:0:38:28:1:0 chr22 19907118 . G A 755.81 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402828;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.369;QD=57.0419;RBI=0.0563232;REFB=0;REVB=0.0393649;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154917;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr22 19950235 . C T 374.6 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0515015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.574;QD=20.8112;RBI=0.0515092;REFB=0.00119468;REVB=-0.000890499;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060291;STB=0.533316;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00107764;OID=.;OPOS=19950235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:22:16:12:22:22:16:12:22 chr22 19951271 . G A 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00218628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.089;QD=11.5908;RBI=0.0100168;REFB=-0.0140596;REVB=-0.0097753;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279776;STB=0.660893;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.020028;OID=.;OPOS=19951271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:15:10:29:15:15:10:29:15 chr22 19951897 . G C 167.27 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.12623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5384;QD=23.071;RBI=0.126339;REFB=0.00362074;REVB=0.0052511;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165905;STB=0.59379;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0126674;OID=.;OPOS=19951897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:5:7:13:4:5:7 chr22 20136379 . C A 1346.26 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187588;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0931;QD=62.6166;RBI=0.1036;REFB=0;REVB=0.101888;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045535;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:29:56:0:0:30:56:0:0 chr22 20137723 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.308;QD=49.5977;RBI=0.00842324;REFB=0;REVB=0.00766095;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95613e-05;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 20138105 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000546258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.351;QD=58.7794;RBI=0.0172141;REFB=0;REVB=0.0172054;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06956e-05;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr22 20302814 . GCCCCG GCC,GCCC,GCCCG 218.23 PASS AF=0.16129,0,0.83871;AO=3,9,9;DP=29;FAO=5,0,26;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,18;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418489,-0.112288,0.0369217;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=15.9557,8.92219,10.9651;QD=28.1586;RBI=0.249099,0.618613,0.123012;REFB=-0.0872549,-0.106591,-0.0400377;REVB=-0.245559,-0.608337,0.11734;RO=2;SAF=3,3,9;SAR=0,6,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.450091,0.450091,0.450091;SSSB=0,-0.219794,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0886188,0,-0.0065702;OID=.,.,.;OPOS=20302817,20302818,20302815;OREF=CCG,CG,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCC,GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.16129,0,0.83871:3,9,9:29:5,0,26:31:0:5,0,18:0,0,8:0:0:14:2:3,3,9:0,6,0:2:0 chr22 20458029 . A C 42.77 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=0.00356664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.341;QD=1.51403;RBI=0.0454981;REFB=-0.00308176;REVB=-0.0453581;RO=101;SAF=5;SAR=6;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707103;STB=0.549749;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0427402;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:101:102:11:11:0.0973451:6:5:52:49:6:5:52:50 chr22 20739059 . G C 242.3 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0116465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5248;QD=29.3692;RBI=0.0808768;REFB=-0.000414405;REVB=0.0800339;RO=11;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282188;STB=0.515567;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00260685;OID=.;OPOS=20739059;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:9:13:6:5:9:13:6:5 chr22 20771144 . A T 912.77 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0175233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.611;QD=55.3194;RBI=0.0234239;REFB=-0.12071;REVB=0.0155439;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.517852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0015003;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:0:2:64:64:0.969697:27:37:0:0:27:37:0:2 chr22 20819327 . C T 474.68 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00858353;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.805;QD=18.615;RBI=0.0312152;REFB=-0.0137874;REVB=0.0300118;RO=52;SAF=28;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037828;STB=0.520973;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0159511;OID=.;OPOS=20819327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:52:50:50:0.490196:22:28:27:25:22:28:27:25 chr22 20862646 . T G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.598;QD=64.1521;RBI=0.0197492;REFB=0;REVB=0.00671191;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10647e-05;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr22 20905622 . G C 88.66 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0286524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.284;QD=14.7772;RBI=0.038229;REFB=-0.0330288;REVB=-0.0253081;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716338;STB=0.542088;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0469803;OID=.;OPOS=20905622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:10:3:2:9:10:3 chr22 21044848 . A T 517.91 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0353975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.778;QD=54.5168;RBI=0.035518;REFB=-0.0622998;REVB=0.00292398;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00186521;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:17:19:0:1:17:19:0:2 chr22 21044973 . G T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0050824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1841;QD=14.3336;RBI=0.00671142;REFB=-0.0093163;REVB=0.00438319;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0113105;OID=.;OPOS=21044973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:6:4:4:5:6:4 chr22 21072998 . G A 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00609013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.62;QD=19.391;RBI=0.029028;REFB=0.00333499;REVB=-0.028382;RO=52;SAF=33;SAR=21;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316852;STB=0.513567;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0035715;OID=.;OPOS=21072998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:54:54:0.504673:21:33:30:22:21:33:31:22 chr22 21105614 . C G 387.07 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0158795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.521;QD=18.2153;RBI=0.0232353;REFB=-0.0118134;REVB=-0.0169624;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596218;STB=0.538021;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0129631;OID=.;OPOS=21105614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:23:17:16:28:23:17:16:29 chr22 21105998 . C T 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0193385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.518;QD=21.4483;RBI=0.0195911;REFB=-0.00372014;REVB=0.00313566;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338146;STB=0.518674;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00342476;OID=.;OPOS=21105998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:20:21:17:19:20:21:17:19 chr22 21133619 . G A 209.27 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00996329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.115;QD=13.7223;RBI=0.0242016;REFB=-0.0230395;REVB=-0.0220556;RO=36;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133135;STB=0.576098;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0243496;OID=.;OPOS=21133619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:10:15:17:19:10:15:17:19 chr22 21133885 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0560417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.785;QD=15.3789;RBI=0.0565953;REFB=-0.0179339;REVB=-0.00789635;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199941;STB=0.615202;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0241029;OID=.;OPOS=21133885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:4:10:6:6:4:10 chr22 21213416 . A G 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=-0.00310017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.4;QD=17.7783;RBI=0.0133287;REFB=-0.0144926;REVB=-0.0129632;RO=54;SAF=32;SAR=17;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13665;STB=0.575452;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0140103;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:17:32:42:12:17:32:42:12 chr22 21235389 . A G 192.83 PASS AF=0.588235;AO=18;DP=32;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.077132;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5371;QD=22.6854;RBI=0.112296;REFB=0.0139349;REVB=0.0816159;RO=13;SAF=2;SAR=16;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587312;STB=0.830374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00264648;OID=.;OPOS=21235389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:13:14:18:20:0.588235:16:2:10:3:18:2:10:4 chr22 21301003 . CCT C,CC,CCC 411.05 PASS AF=0,0.965517,0.0344828;AO=6,6,17;DP=29;FAO=0,28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=0,19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826246,0.0161426,0.0225673;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=251.373,257.289,252.906;QD=56.6964;RBI=0.0704557,0.0839244,0.089091;REFB=0,0,0;REVB=-0.0699695,-0.0823573,-0.0861854;RO=0;SAF=6,3,0;SAR=0,3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0663565,0.00214784,-0.00658716;OID=.,.,.;OPOS=21301004,21301005,21301005;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.965517,0.0344828:6,6,17:29:0,28,1:29:0:0,9,0:0,19,1:0:0:9:0:6,3,0:0,3,17:0:0 chr22 21304408 . A G 561.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192156;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.947;QD=60.7074;RBI=0.0323112;REFB=0;REVB=0.0322541;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001725;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr22 21305846 . A G 381.36 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0411198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.189;QD=22.4332;RBI=0.0602965;REFB=0.00837847;REVB=-0.0441002;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089713;STB=0.526302;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00510997;OID=.;OPOS=21305846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:30:38:38:0.558824:18:20:11:16:18:20:14:16 chr22 21306743 . A G 245.56 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0221556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1611;QD=23.9572;RBI=0.0914123;REFB=0.00675946;REVB=0.0886867;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.582208;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00105462;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:6:12:11:12:6:12 chr22 21306772 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0370153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2273;QD=14.6981;RBI=0.0391597;REFB=-0.0156065;REVB=0.012781;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22245;STB=0.629462;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0174795;OID=.;OPOS=21306772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:12:11:11:5:12:11 chr22 21307711 . AAAAC AA,A 154.5 PASS AF=0.75,0;AO=10,4;DP=25;FAO=18,0;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.011087,-0.0201108;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=3,4;MLLD=163.389,156.915;QD=25.7504;RBI=0.0617381,0.0578133;REFB=-0.0429559,-0.034088;REVB=0.0607344,0.0542027;RO=0;SAF=5,1;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.325513,0.325513;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.571352,0.5;STBP=0.244,1;TYPE=del,del;VARB=0.0231037,0;OID=.,.;OPOS=21307713,21307712;OREF=AAC,AAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0:10,4:25:18,0:24:6:10,0:8,0:5:1:33:0:5,1:5,3:0:0 chr22 21327589 . C T 656.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034687;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.584;QD=62.501;RBI=0.0347217;REFB=0;REVB=0.00155105;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189847;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr22 21331043 . A T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.084;QD=53.9106;RBI=0.0325239;REFB=0;REVB=0.0321729;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165653;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 21335259 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.415;QD=60.2307;RBI=0.0348238;REFB=0;REVB=0.0256287;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97662e-05;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr22 21335606 . C T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7431;QD=54.508;RBI=0.0975711;REFB=0;REVB=-0.0222754;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106459;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 21335611 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.661;QD=54.5177;RBI=0.0219771;REFB=0;REVB=0.0116524;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191481;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 21348914 . C T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0135035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.081;QD=19.7005;RBI=0.0150779;REFB=-0.015961;REVB=-0.00670814;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331936;STB=0.687287;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0147765;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:12:4:11:6:12:4 chr22 21354970 . C G 931.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.12;QD=58.2321;RBI=0.0391635;REFB=0;REVB=0.0380553;RO=0;SAF=50;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50471e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:10:50:0:0:12:52:0:0 chr22 21356824 . G A 336.78 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.019485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.82;QD=14.8036;RBI=0.0241003;REFB=-0.0149281;REVB=0.0141829;RO=54;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951456;STB=0.554077;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0279741;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:25:12:22:32:25:12:22:32 chr22 21356892 . AAGAC A 134.42 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0106571;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.363;QD=7.36551;RBI=0.0116943;REFB=-0.00364095;REVB=-0.00481483;RO=49;SAF=6;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268577;STB=0.650061;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=0.0061804;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342466:25:76:25:73:48:6:19:21:27:99:49:6:19:22:27 chr22 21356925 . T A 144.54 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.148469;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.8061;QD=11.1185;RBI=0.148669;REFB=-0.0433812;REVB=0.00770916;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.535171;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0686515;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:34:16:18:0.346154:10:6:10:11:12:6:13:21 chr22 21377301 . C A 523.0 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0146265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.683;QD=17.1474;RBI=0.0176112;REFB=0.00173327;REVB=-0.00980912;RO=65;SAF=26;SAR=30;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145163;STB=0.584273;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00205678;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:66:56:56:0.459016:30:26:40:25:30:26:41:25 chr22 21384578 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00625939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.902;QD=22.9155;RBI=0.0113194;REFB=0.00342514;REVB=0.00943131;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00262255;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:0:4:7:2:0:4 chr22 21385277 . C T 175.24 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0227788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4985;QD=14.3056;RBI=0.0251957;REFB=-0.0198914;REVB=0.0107678;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261106;STB=0.640878;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0214789;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:12:7:18:11:12:7:18:12 chr22 21385843 . G A 215.5 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0527431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9051;QD=24.6286;RBI=0.0669243;REFB=0.00628984;REVB=-0.041195;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564238;STB=0.519979;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.021487;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:19:19:0.542857:6:13:8:5:6:13:9:5 chr22 21570340 . G A 48.82 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.139848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9207;QD=13.9495;RBI=0.141235;REFB=0.0178599;REVB=0.0197476;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.581152;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0260366;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:5:2:2:4:5:2:3:4 chr22 21797094 . C G 240.93 PASS AF=0.956522;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.203828;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.801;QD=41.9009;RBI=0.216636;REFB=-0.100294;REVB=0.0733846;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409274;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0239687;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:4:1:19:22:0.956522:7:12:3:1:7:15:0:1 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 197.74 PASS AF=0.944444,0.0555556,0;AO=9,3,7;DP=19;FAO=17,1,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0;FSAR=4,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19146,0.25141,0.252153;FXX=0.142789;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=151.569,151.617,146.693;QD=43.9414;RBI=0.19234,0.252,0.252666;REFB=0,0,0;REVB=-0.0183769,-0.0172382,-0.016087;RO=0;SAF=7,3,0;SAR=2,0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0166502,0.00720991,0;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556,0:9,3,7:19:17,1,0:18:0:13,0,0:4,1,0:0:0:14:0:7,3,0:2,0,7:0:0 chr22 21800444 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.365;QD=57.7124;RBI=0.0554415;REFB=0;REVB=0.0343829;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203912;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr22 21801588 . T A 789.27 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319049;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.631;QD=64.4298;RBI=0.0320346;REFB=0;REVB=0.00288043;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55555e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr22 21822725 . T C 769.94 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409006;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9042;QD=64.1614;RBI=0.040902;REFB=0;REVB=0.000332718;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146443;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr22 21841121 . TTCTTA T 50.0 PASS AO=37;DP=63;LEN=5;RO=26;SAF=33;SAR=18;SRF=8;SRR=4;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=21841122;OREF=TCTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:63:26:37:18:33:8:4 chr22 21984205 . A G 466.87 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=148;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=0.0148937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8984;QD=12.5335;RBI=0.042121;REFB=-0.00727223;REVB=-0.0394;RO=94;SAF=33;SAR=21;SRF=63;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707398;STB=0.535445;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.011856;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:94:95:54:54:0.362416:21:33:63:31:21:33:63:32 chr22 22036792 . C A 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0134022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.801;QD=23.483;RBI=0.0180324;REFB=-0.0302027;REVB=-0.0120643;RO=33;SAF=15;SAR=28;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207866;STB=0.614366;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0194893;OID=.;OPOS=22036792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:28:15:20:13:28:15:20:13 chr22 22049783 . C T 178.33 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00165104;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.632;QD=13.4592;RBI=0.00757827;REFB=-0.0229346;REVB=0.00739624;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779305;STB=0.544706;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0350787;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:13:8:10:22:13:8:10:22 chr22 22312315 . C T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0102109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.178;QD=7.89734;RBI=0.0227606;REFB=-0.0210526;REVB=-0.0203417;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839519;STB=0.551634;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0485088;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:21:9:4:7:21:9 chr22 22312350 . GG CC 93.04 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0352193;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=61.6788;QD=8.4578;RBI=0.0451711;REFB=-0.0293967;REVB=-0.0282848;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295215;STB=0.638559;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=0.0875005;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:44:28:31:12:12:0.272727:7:5:19:9:7:5:19:12 chr22 22385610 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00800823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.493;QD=15.7844;RBI=0.0108672;REFB=-0.0358095;REVB=0.00734606;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.037713;OID=.;OPOS=22385610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr22 22453513 . C T 638.92 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.557;QD=59.4346;RBI=0.0377156;REFB=-0.122591;REVB=0.00532412;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00145445;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr22 22517026 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.745;QD=54.6514;RBI=0.0140797;REFB=-0.0104754;REVB=-0.0094223;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-4.13421e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr22 22550401 . C G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0160253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.646;QD=15.5686;RBI=0.0170865;REFB=-0.0215324;REVB=0.0059277;RO=35;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827955;STB=0.546634;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0269233;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:17:11:11:24:17:11:11:24 chr22 22550450 . C G 382.36 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0713255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5226;QD=20.1244;RBI=0.0720148;REFB=0.00918848;REVB=0.00994012;RO=36;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100586;STB=0.569603;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00847782;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:38:39:0.513158:27:11:14:22:28:11:15:22 chr22 22550510 . T G 1031.02 PASS AF=0.9125;AO=73;DP=81;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0132834;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.567;QD=51.5511;RBI=0.0136002;REFB=-0.025517;REVB=0.00291811;RO=7;SAF=36;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129125;STB=0.506847;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.001435;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:80:7:7:73:73:0.9125:37:36:4:3:37:36:4:3 chr22 22569448 . T A 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3751;QD=61.9993;RBI=0.10305;REFB=0;REVB=-0.039032;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925889;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr22 22569554 . C A 177.25 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0253626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.491;QD=21.4843;RBI=0.0290452;REFB=-0.0313912;REVB=-0.0141549;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719337;STB=0.540495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0301843;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:7:8:8:10:7:8 chr22 22569640 . T G 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0378243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.591;QD=21.8434;RBI=0.0811733;REFB=-0.022672;REVB=-0.0718222;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00513048;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:2:4:0:1:2:4:0:2 chr22 22599380 . G A 295.73 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.025182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.365;QD=22.3189;RBI=0.0295527;REFB=-0.0301624;REVB=0.0154671;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170458;STB=0.509428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0253681;OID=.;OPOS=22599380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:11:12:15:15:11:12 chr22 22698027 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0123;QD=62.9818;RBI=0.019499;REFB=0;REVB=0.00419011;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033745;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr22 22707275 . C A 60.37 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0101851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.893;QD=2.29986;RBI=0.0398371;REFB=-0.00398212;REVB=-0.0385131;RO=92;SAF=9;SAR=4;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238948;STB=0.671374;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0390258;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:92:92:13:13:0.12381:4:9:46:46:4:9:46:46 chr22 22707299 . A C 55.32 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0791589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1374;QD=2.23497;RBI=0.0855101;REFB=-0.0211715;REVB=-0.0323394;RO=81;SAF=8;SAR=4;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213735;STB=0.679703;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0623865;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:81:87:12:12:0.121212:4:8:40:41:4:8:40:47 chr22 22707316 . T C 46.03 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.038202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.605;QD=1.75365;RBI=0.0482262;REFB=-0.00743298;REVB=-0.0294343;RO=93;SAF=8;SAR=3;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335203;STB=0.745327;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0726707;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:105:93:94:11:11:0.104762:3:8:41:52:3:8:42:52 chr22 22712467 . T G 1094.06 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197497;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.402;QD=60.781;RBI=0.0208234;REFB=0;REVB=0.00660021;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209658;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:25:47:0:0:25:47:0:0 chr22 22724341 . A C 506.9 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00788768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.042;QD=23.041;RBI=0.0110437;REFB=-0.00578863;REVB=-0.00772971;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313332;STB=0.517234;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00501576;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:21:27:21:19:21:27:21:19 chr22 22724394 . T C 1930.29 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0411567;FXX=0.0307669;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.179;QD=61.279;RBI=0.0428462;REFB=-0.110219;REVB=0.0119131;RO=1;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840909;STB=0.504424;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000134345;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:126:1:1:125:125:0.992063:56:69:0:1:56:69:0:1 chr22 22730359 . C T 228.99 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0393296;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.597;QD=13.2749;RBI=0.0414474;REFB=-0.0119678;REVB=0.0130792;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193842;STB=0.516766;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.023923;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:42:27:27:0.391304:11:16:22:14:11:16:26:16 chr22 22730619 . TC AT 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0500945;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.341;QD=4.23812;RBI=0.0541078;REFB=-0.00255264;REVB=0.0204499;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393288;STB=0.526263;STBP=0.878;TYPE=mnp;VARB=0.0131911;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:5:5:25:22:5:5:25:22 chr22 22730634 . G A 180.52 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0215822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1527;QD=11.1087;RBI=0.021873;REFB=-0.0122303;REVB=0.00355448;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187202;STB=0.586515;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0220535;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:7:15:22:20:8:15:22:20 chr22 22730696 . C T 172.17 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.07751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4148;QD=7.56807;RBI=0.0776114;REFB=-0.0128124;REVB=0.00396599;RO=67;SAF=11;SAR=13;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186348;STB=0.611675;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0382498;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:13:11:41:26:13:11:41:26 chr22 22730702 . A G 193.08 PASS AF=0.270833;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=96;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0241984;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.584;QD=8.04498;RBI=0.0267511;REFB=-0.00314432;REVB=-0.0114044;RO=70;SAF=12;SAR=14;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219174;STB=0.630236;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00598846;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:70:70:26:26:0.270833:14:12:45:25:14:12:45:25 chr22 22730787 . GG AA 169.69 PASS AF=0.25;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00835287;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=101.061;QD=7.07053;RBI=0.0097387;REFB=-0.00378627;REVB=0.00500717;RO=72;SAF=10;SAR=14;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220076;STB=0.632998;STBP=0.163;TYPE=mnp;VARB=0.0111689;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:72:72:24:24:0.25:14:10:43:29:14:10:43:29 chr22 22730799 . GA CC 132.43 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00417952;FXX=0.0476134;HRUN=3;LEN=2;MLLD=166.914;QD=6.62151;RBI=0.004925;REFB=-0.00225281;REVB=-0.00260523;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542085;STB=0.570219;STBP=0.505;TYPE=mnp;VARB=0.00597421;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:46:60:19:19:0.2375:10:9:22:24:10:9:34:26 chr22 22730829 . G A 107.46 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0142844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0746;QD=5.73142;RBI=0.0278002;REFB=-0.00377202;REVB=0.0238497;RO=58;SAF=6;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225705;STB=0.640779;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00856387;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:11:6:31:27:11:6:31:27 chr22 22730851 . ATG GCC 65.3 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00344644;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.03;QD=4.92853;RBI=0.00442469;REFB=-0.00440374;REVB=0.00277487;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553341;STB=0.880815;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.0351137;OID=.;OPOS=22730851;OREF=ATG;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:53:42:43:9:10:0.188679:8:1:23:19:9:1:23:20 chr22 22730860 . C T 37.35 PASS AF=0.155556;AO=6;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0634946;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.351;QD=3.32012;RBI=0.070972;REFB=-0.00559352;REVB=-0.0317091;RO=38;SAF=0;SAR=6;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663155;STB=0.838986;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0392045;OID=.;OPOS=22730860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:45:45:38:38:6:7:0.155556:6:0:20:18:6:1:20:18 chr22 22782150 . G A 255.53 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.000363892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9894;QD=13.4489;RBI=0.00143462;REFB=-0.0245019;REVB=-0.0013877;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163541;STB=0.604966;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.031485;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:46:30:30:0.394737:13:17:18:26:13:17:18:28 chr22 22842206 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0358473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3063;QD=16.5271;RBI=0.0358561;REFB=-0.0174918;REVB=-0.000795118;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231547;STB=0.629589;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0148361;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:7:22:13:12:7:22 chr22 22842957 . T G 580.71 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0195016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.235;QD=18.885;RBI=0.0218817;REFB=-0.00939815;REVB=-0.00992452;RO=63;SAF=27;SAR=33;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963488;STB=0.50533;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00717623;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:63:63:60:60:0.487805:33:27:29:34:33:27:29:34 chr22 22843118 . C T 205.6 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0249833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.395;QD=14.6861;RBI=0.0251244;REFB=-0.0154704;REVB=0.00265892;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176678;STB=0.607058;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0247911;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:12:12:10:21:12:12:10:22 chr22 22899234 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.019;QD=55.41;RBI=0.0456579;REFB=0.017029;REVB=-0.0237951;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000110919;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:0:1:27:30:0:1 chr22 22988911 . G A 57.39 PASS AF=0.875;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00172849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.048;QD=28.6941;RBI=0.0411097;REFB=-0.098642;REVB=0.0410733;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0041147;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:0:1:7:7:0.875:3:4:0:0:3:4:1:0 chr22 22989256 . A G 157.02 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.826;QD=44.8627;RBI=0.00365658;REFB=0;REVB=0.00208375;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790937;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr22 23029263 . T C 1343.44 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.107159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0609;QD=61.0655;RBI=0.115718;REFB=0.0255266;REVB=-0.0436782;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00291433;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:1:0:50:37:1:0 chr22 23029698 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.902;QD=62.9806;RBI=0.0474395;REFB=0;REVB=0.0405284;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63473e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr22 23040462 . T C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00396463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.299;QD=14.2704;RBI=0.0193543;REFB=-0.0209459;REVB=-0.0189438;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.599916;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0296649;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:9:15:15:18:9:15:15:18 chr22 23040767 . G T 758.21 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0230785;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.893;QD=21.5096;RBI=0.0255194;REFB=0.00529494;REVB=0.0108914;RO=68;SAF=42;SAR=31;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011603;STB=0.506373;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00321257;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:68:68:73:73:0.51773:31:42:40:28:31:42:40:28 chr22 23054916 . G T 117.25 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0169154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.731;QD=8.52732;RBI=0.0224397;REFB=-0.00591899;REVB=0.0147449;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350192;STB=0.714041;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0124625;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:10:6:26:12:10:6:27:12 chr22 23055421 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.000597282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.119;QD=14.9204;RBI=0.0108114;REFB=-0.0117472;REVB=0.0107949;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0178683;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:19:18:13:15:19:18 chr22 23055440 . C A 225.6 PASS AF=0.409091;AO=25;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0100192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.242;QD=13.6725;RBI=0.0175268;REFB=-0.0136342;REVB=0.0143808;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196433;STB=0.511802;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.02177;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:39:25:27:0.409091:13:12:18:21:14:13:18:21 chr22 23055533 . G A 278.54 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0210759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.017;QD=11.6056;RBI=0.0214967;REFB=-0.00978944;REVB=-0.00423301;RO=61;SAF=10;SAR=23;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309046;STB=0.678966;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0170405;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:63:33:33:0.34375:23:10:35:26:23:10:36:27 chr22 23055539 . G T 303.26 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0308532;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0684;QD=12.2528;RBI=0.0384335;REFB=-0.011074;REVB=0.0229176;RO=65;SAF=12;SAR=23;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288355;STB=0.661588;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0223122;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:65:64:35:35:0.353535:23:12:39:26:23:12:38:26 chr22 23055691 . G A 149.02 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0566457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.344;QD=10.838;RBI=0.0612743;REFB=-0.00731283;REVB=0.0233624;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627857;STB=0.519211;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0173892;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:9:9:20:16:9:10:20:16 chr22 23063178 . C T 144.14 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0446502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4075;QD=8.60531;RBI=0.0608642;REFB=-0.0352646;REVB=0.0413619;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509501;STB=0.537276;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0572217;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:10:10:21:25:10:10:21:26 chr22 23077555 . T C 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0381739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.629;QD=15.0635;RBI=0.0465304;REFB=-0.0379572;REVB=-0.0266052;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217077;STB=0.512306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0510713;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:15:20:16:11:15:20 chr22 23101216 . A G 50.85 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0256993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.998;QD=5.21567;RBI=0.049621;REFB=-0.008013;REVB=-0.0424475;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178945;STB=0.651767;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0321979;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:29:31:8:8:0.205128:2:6:18:11:2:6:18:13 chr22 23101221 . A G 52.51 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0080315;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.999;QD=5.52782;RBI=0.0305299;REFB=-0.00834691;REVB=-0.0294546;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242176;STB=0.661333;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0255709;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:17:13:2:6:17:13 chr22 23101280 . C T 91.36 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000507666;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.677;QD=7.94432;RBI=0.0186089;REFB=-0.00759426;REVB=0.018602;RO=34;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18353;STB=0.615179;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0457165;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:46:34:34:12:12:0.26087:3:9:21:13:3:9:21:13 chr22 23101301 . A G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00762318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.212;QD=10.6984;RBI=0.0102348;REFB=-0.00989058;REVB=-0.00682923;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270103;STB=0.531208;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.022348;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:5:10:20:11:5:10:20:12 chr22 23101559 . G T 417.4 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0344588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.329;QD=14.27;RBI=0.0345678;REFB=-0.0131115;REVB=0.00274337;RO=68;SAF=22;SAR=26;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119438;STB=0.571197;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0158251;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:68:69:48:48:0.410256:26:22:39:29:26:22:40:29 chr22 23101568 . T G 390.29 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0173765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.907;QD=14.4553;RBI=0.0173787;REFB=-0.0100853;REVB=0.000275558;RO=63;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853614;STB=0.548048;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00945882;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:23:22:36:27:23:22:36:27 chr22 23101698 . C T 159.18 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00630462;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.661;QD=15.1595;RBI=0.0170201;REFB=-0.0212053;REVB=0.0158094;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371461;STB=0.70564;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0265315;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:25:17:17:0.404762:12:5:17:9:12:5:16:9 chr22 23114327 . T C 618.6 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665989;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.26;QD=61.8595;RBI=0.0673347;REFB=0;REVB=0.00992693;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444294;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr22 23114350 . A G 411.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1182;QD=56.7276;RBI=0.0914942;REFB=0;REVB=-0.0206537;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854502;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:22:7:0:0 chr22 23114938 . C A 542.91 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00603952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.754;QD=21.5013;RBI=0.018833;REFB=-0.00627092;REVB=0.0178383;RO=46;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630139;STB=0.524743;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00501676;OID=.;OPOS=23114938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:46:47:53:54:0.534653:26:27:20:26:27:27:21:26 chr22 23115001 . A G 642.05 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0110298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5195;QD=22.5281;RBI=0.015246;REFB=-0.0102406;REVB=-0.0105254;RO=51;SAF=21;SAR=42;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701156;STB=0.538449;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00906579;OID=.;OPOS=23115001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:42:21:21:30:42:21:21:30 chr22 23241705 . GC AC,GA 318.09 PASS AF=0.68,0.32;AO=17,2;DP=25;FAO=17,8;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046968,0.10681;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=46.4142,21.7919;QD=50.8951;RBI=0.0488563,0.11341;REFB=0,0;REVB=0.0134518,0.0381225;RO=0;SAF=5,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00772864,0.0955316;OID=.,.;OPOS=23241705,23241706;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:25:25:0:0:17,2:17,8:0.68,0.32:12,0:5,2:0:0:12,0:5,8:0:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GTA 407.79 PASS AF=0,1,0;AO=2,18,2;DP=30;FAO=0,31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177184,0.0137413,0.00864242;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=3,1,2;MLLD=66.049,80.6062,74.7764;QD=52.6178;RBI=0.0346644,0.0249269,0.0640839;REFB=0,0,0;REVB=-0.029794,0.0207972,-0.0634985;RO=5;SAF=0,14,0;SAR=2,4,2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.346797,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0,-0.000833851,0.0322395;OID=.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241752;OREF=GCT,-,CT;OALT=CTA,A,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:30:31:5:0:2,18,2:0,31,0:0,1,0:2,4,2:0,14,0:0:5:0,16,0:0,15,0:0:0 chr22 23247082 . C G 826.48 PASS AF=0.535948;AO=81;DP=150;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0466024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2224;QD=21.6073;RBI=0.0467516;REFB=0.0135273;REVB=0.00373185;RO=69;SAF=57;SAR=24;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.561548;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0132706;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:69:71:81:82:0.535948:24:57:41:28:24:58:42:29 chr22 23248758 . G A 199.99 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0280442;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.864;QD=26.6653;RBI=0.031866;REFB=-0.0173228;REVB=-0.0151316;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152827;STB=0.599893;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.01077;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:12:11:19:19:0.633333:7:12:5:7:7:12:4:7 chr22 23256464 . G C 1510.2 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9646;QD=63.5874;RBI=0.0117998;REFB=0;REVB=-0.00630896;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11964e-05;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr22 23263602 . C T 1465.67 PASS AF=1;AO=65;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137529;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.696;QD=52.3454;RBI=0.0981677;REFB=0;REVB=0.0971995;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423884;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:65:112:1:20:45:0:0:66:46:0:0 chr22 23438191 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.054;QD=62.0214;RBI=0.0393247;REFB=0;REVB=0.0166192;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252506;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr22 23466388 . G GTT,T 549.83 PASS AF=0.25641,0.74359;AO=5,32;DP=47;FAO=10,29;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10,19;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412437,0.00561199;FXX=0.0249938;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=30.7545,232.683;QD=56.3924;RBI=0.05517,0.0222644;REFB=0,0;REVB=0.0366427,-0.0215455;RO=7;SAF=5,21;SAR=0,11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.683376,-0.0760681;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.098584,0.00543241;OID=.,.;OPOS=23466389,23466388;OREF=-,G;OALT=TT,T;OMAPALT=GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:47:39:7:0:5,32:10,29:0.25641,0.74359:0,11:5,21:6:1:0,10:10,19:0:0 chr22 23474972 . A G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.501;QD=58.4149;RBI=0.0262684;REFB=0;REVB=0.0242376;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150697;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr22 23475067 . T A 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.02463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.076;QD=21.8979;RBI=0.0273058;REFB=-0.0107958;REVB=0.0117885;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307031;STB=0.509928;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0136628;OID=.;OPOS=23475067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:21:12:9:16:21:12:10:16 chr22 23482460 . A G 1449.85 PASS AF=0.971154;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0565511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8575;QD=55.7634;RBI=0.0565514;REFB=-0.096295;REVB=0.000204863;RO=4;SAF=61;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02739;STB=0.518515;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00684937;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:4:3:100:101:0.971154:39:61:1:3:39:62:0:3 chr22 23498329 . CA TG 215.03 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464929;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.983;QD=50.595;RBI=0.0070518;REFB=0;REVB=-0.00530207;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.44072e-06;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr22 23498334 . C A 110.1 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0274471;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1579;QD=24.4666;RBI=0.034918;REFB=-0.0114383;REVB=-0.0215853;RO=1;SAF=15;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029595;STB=0.624825;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0465779;OID=.;OPOS=23498334;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:18:1:6:17:12:0.666667:2:15:1:0:3:9:6:0 chr22 23503121 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.417;QD=30.7904;RBI=0.0314784;REFB=0.0598581;REVB=0.0135787;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00151483;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:3:5:0:0:3:5:1:0 chr22 23513523 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8193;QD=51.9167;RBI=0.05671;REFB=0;REVB=-0.0308989;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150546;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr22 23523630 . C A 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.491;QD=58.9586;RBI=0.0234032;REFB=0;REVB=-0.0189492;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66005e-06;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr22 23541488 . C T 638.67 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168815;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.963;QD=62.3095;RBI=0.0179018;REFB=0;REVB=0.0059574;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002696;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr22 23585132 . A G 249.67 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0482221;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.648;QD=18.4943;RBI=0.0485555;REFB=-0.026579;REVB=0.00568034;RO=27;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388596;STB=0.521793;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0266274;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:27:27:27:0.5:19:8:9:18:19:8:9:18 chr22 23627369 . A G 361.06 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00420448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.396;QD=20.3417;RBI=0.00578323;REFB=-0.0326084;REVB=-0.0039709;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675141;STB=0.537374;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.025883;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:21:13:17:20:21:13 chr22 23655196 . G A 172.22 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.021052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3464;QD=26.495;RBI=0.0352118;REFB=0.00501602;REVB=0.0282257;RO=9;SAF=14;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309089;STB=0.674465;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00877449;OID=.;OPOS=23655196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:3:14:4:5:3:14:4:5 chr22 23658372 . A G 114.13 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=54;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.016162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.221;QD=8.15218;RBI=0.0174791;REFB=-0.00856856;REVB=-0.00665668;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341715;STB=0.689431;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00989382;OID=.;OPOS=23658372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:40:40:14:16:0.285714:5:9:14:26:6:10:14:26 chr22 23658769 . A G 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0759;QD=28.5278;RBI=0.0704601;REFB=0.10006;REVB=0.0518674;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0121646;OID=.;OPOS=23658769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr22 24034287 . CA C,CC,CG 810.1 PASS AF=0,0.0172414,0.982759;AO=6,2,45;DP=56;FAO=0,1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,20;FSAR=0,1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588848,-0.0469572,-0.0560673;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=46.0858,32.1384,61.3109;QD=55.8689;RBI=0.0589188,0.0585761,0.13213;REFB=0,0,0;REVB=0.00199985,0.0350168,0.119644;RO=0;SAF=0,0,17;SAR=6,2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00606472,0.0320616,0.00370347;OID=.,.,.;OPOS=24034288,24034288,24034288;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0172414,0.982759:6,2,45:56:0,1,57:58:0:0,0,20:0,1,37:0:0:4:0:0,0,17:6,2,28:0:0 chr22 24035970 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.289;QD=60.6098;RBI=0.0361381;REFB=0;REVB=0.0195391;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202291;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr22 24036563 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0467342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2395;QD=16.8829;RBI=0.061229;REFB=-0.0133813;REVB=0.0395589;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0135487;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:8:9:9:6:8:9 chr22 24038847 . T C 716.78 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5988;QD=62.3285;RBI=0.129992;REFB=0;REVB=0.124187;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272118;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:15:25:0:0:19:27:0:0 chr22 24086107 . A G 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00961821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.375;QD=13.2868;RBI=0.0453867;REFB=-0.0107383;REVB=-0.0443559;RO=41;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222869;STB=0.512752;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0172315;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:10:17:25:16:10:17:25:16 chr22 24087319 . A C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0306624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.357;QD=16.5326;RBI=0.0307471;REFB=-0.0114171;REVB=0.00228067;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762329;STB=0.542833;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0120569;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:19:16:23:20:19:16:23:20 chr22 24106448 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0100266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.298;QD=16.5355;RBI=0.0104138;REFB=-0.0262939;REVB=-0.00281342;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106479;STB=0.560909;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0405011;OID=.;OPOS=24106448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:14:9:9:9:14:9 chr22 24108412 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0256618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.864;QD=11.9196;RBI=0.038834;REFB=-0.012981;REVB=-0.029147;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0212516;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr22 24143502 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.613;QD=50.4134;RBI=0.0536499;REFB=0;REVB=0.0331371;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031151;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr22 24158895 . A G 143.57 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00659527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.028;QD=17.4022;RBI=0.0171539;REFB=-0.016266;REVB=0.0158354;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435505;STB=0.675762;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0214797;OID=.;OPOS=24158895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:11:14:0.424242:1:10:11:6:2:12:11:6 chr22 24158899 . C A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-8.08955e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4254;QD=21.0076;RBI=0.000512692;REFB=-0.0195186;REVB=-0.00050627;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11164;STB=0.562627;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0116731;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:12:5:8:11:12:5 chr22 24167513 . G A 352.18 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0186327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.102;QD=15.6525;RBI=0.0207106;REFB=-0.0221763;REVB=0.00904163;RO=51;SAF=11;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140235;STB=0.586909;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0217004;OID=.;OPOS=24167513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:27:11:21:30:27:11:22:30 chr22 24167657 . G A,GAA 203.86 PASS AF=0,0.371429;AO=3,16;DP=77;FAO=0,26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=0,13;FSAR=0,13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0249771,0.114073;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=231.874,31.0124;QD=11.6489;RBI=0.0249802,0.138505;REFB=-0.00176712,-0.0239235;REVB=0.00039173,0.0785562;RO=49;SAF=2,7;SAR=1,9;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108889,-0.138008;STB=0.5,0.542824;STBP=1,0.622;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0465311;OID=.,.;OPOS=24167657,24167658;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:70:49:44:3,16:0,26:0,0.371429:1,9:2,7:27:22:0,13:0,13:25:19 chr22 24176287 . G A 661.56 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0301369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8287;QD=20.3557;RBI=0.0591751;REFB=-0.0250535;REVB=0.050926;RO=62;SAF=22;SAR=44;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531295;STB=0.514281;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0257649;OID=.;OPOS=24176287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:62:64:66:66:0.507692:44:22:21:41:44:22:23:41 chr22 24180449 . C T 473.53 PASS AF=0.472222;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00580499;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.068;QD=17.5383;RBI=0.00771211;REFB=-0.00338047;REVB=-0.00507728;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182742;STB=0.5098;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00367227;OID=.;OPOS=24180449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:57:49:51:0.472222:25:24:30:29:25:26:28:29 chr22 24221405 . G C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0215616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.294;QD=7.32292;RBI=0.0229129;REFB=-0.00400101;REVB=-0.00775226;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46896;STB=0.802499;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00963775;OID=.;OPOS=24221405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:6:8:1:5:6:8 chr22 24224655 . G A 195.14 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00312454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.513;QD=10.2703;RBI=0.00315249;REFB=-0.0124609;REVB=-0.000418867;RO=49;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126304;STB=0.587231;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.017429;OID=.;OPOS=24224655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:51:25:25:0.328947:10:15:24:25:10:15:24:27 chr22 24224659 . C A 218.04 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00933385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.288;QD=11.4758;RBI=0.00972432;REFB=-0.00421507;REVB=0.00272792;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959641;STB=0.555514;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00415987;OID=.;OPOS=24224659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:12:15:23:26:12:15:23:26 chr22 24237463 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000543565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.697;QD=57.6806;RBI=0.0083074;REFB=0;REVB=0.0082896;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47001e-05;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr22 24238079 . T A 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0226057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.441;QD=6.41539;RBI=0.0247867;REFB=-0.00146014;REVB=0.0101668;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413491;STB=0.526268;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00348231;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:5:6:22:16:5:6:22:16 chr22 24459438 . T C 1478.47 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.228;QD=62.2514;RBI=0.04121;REFB=-0.0862786;REVB=0.0258305;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000749467;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:95:0:1:92:94:0.989474:37:55:0:0:39:55:1:0 chr22 24468386 . G A 267.33 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0140691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.74;QD=18.4365;RBI=0.0147719;REFB=-0.00279178;REVB=0.00450208;RO=29;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985918;STB=0.555234;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00388929;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:10:19:16:13:10:19:16:13 chr22 24535243 . TTA T,TTT 214.29 PASS AF=0.533333,0;AO=15,11;DP=65;FAO=32,0;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=20,0;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.133191,0.178556;FXX=0.0624902;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.9325,13.7859;QD=14.2858;RBI=0.140568,0.178668;REFB=-0.12594,0.01285;REVB=-0.04494,0.00632565;RO=35;SAF=6,0;SAR=9,11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0349378,-0.726516;STB=0.545427,0.5;STBP=0.524,1;TYPE=del,snp;VARB=0.113665,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0:15,11:65:32,0:60:28:12,0:20,0:8:20:99:35:6,0:9,11:13:22 chr22 24535559 . T C 467.74 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0117934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.037;QD=15.5914;RBI=0.0119579;REFB=0.0287352;REVB=-0.00197653;RO=67;SAF=25;SAR=27;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787014;STB=0.547662;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0136377;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:68:52:52:0.433333:27:25:27:40:27:25:27:41 chr22 24546298 . G A 121.76 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0091524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.031;QD=15.2193;RBI=0.0112677;REFB=-0.0155559;REVB=-0.00657224;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152333;STB=0.589148;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0209129;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:6:12:11:3:6:12 chr22 24564477 . C T 479.93 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0016151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.452;QD=14.2201;RBI=0.00238015;REFB=-0.0176686;REVB=0.0017483;RO=81;SAF=24;SAR=30;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919434;STB=0.551875;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0281486;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:30:24:43:38:30:24:43:38 chr22 24579049 . G A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00197591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.542;QD=14.8589;RBI=0.0210544;REFB=-0.00829184;REVB=-0.0209615;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197876;STB=0.612021;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0154263;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:13:20:19:27:13:20:19:27 chr22 24579157 . GA TC 195.99 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00584281;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.438;QD=8.61506;RBI=0.0270465;REFB=-0.0117655;REVB=-0.0264079;RO=65;SAF=19;SAR=7;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349211;STB=0.708422;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0288732;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:65:65:26:26:0.285714:7:19:29:36:7:19:29:36 chr22 24622648 . T C 216.82 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0234145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9764;QD=17.3455;RBI=0.0258567;REFB=-0.0189788;REVB=0.0109696;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159191;STB=0.50549;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0346135;OID=.;OPOS=24622648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:21:22:0.44:12:9:12:15:12:10:13:15 chr22 24628928 . G A 243.37 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.039915;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5233;QD=22.1245;RBI=0.0434621;REFB=-0.0346911;REVB=0.0171971;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173743;STB=0.587551;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0266351;OID=.;OPOS=24628928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:21:23:23:0.522727:8:15:9:11:8:15:10:11 chr22 24717850 . A G 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.811;QD=56.949;RBI=0.0354756;REFB=-0.032759;REVB=0.0264291;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000420269;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:23:13:0:0:23:13:0:1 chr22 24761467 . G A 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.138;QD=62.9618;RBI=0.0739689;REFB=0;REVB=0.073596;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237661;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr22 24811667 . G A 420.53 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.109;QD=54.2617;RBI=0.0463345;REFB=-0.0220226;REVB=0.0204637;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000653392;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:0:1:30:30:0.967742:17:13:0:0:17:13:1:0 chr22 24837301 . T C 2792.34 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343816;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.631;QD=62.3986;RBI=0.00961359;REFB=-0.0779959;REVB=-0.00897777;RO=1;SAF=73;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42249e-06;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:179:1:0:179:179:1:106:73:0:1:106:73:0:0 chr22 24898310 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7161;QD=60.6098;RBI=0.0258474;REFB=0;REVB=-0.0198382;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02806e-05;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr22 24964128 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.674;QD=60.2307;RBI=0.0565172;REFB=0;REVB=-0.00243819;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217581;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr22 25003922 . G A 579.94 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0244317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6282;QD=24.6784;RBI=0.0268383;REFB=-0.0337691;REVB=0.0111078;RO=39;SAF=32;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942365;STB=0.508358;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00879314;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:39:41:53:53:0.56383:21:32:24:15:21:32:24:17 chr22 25003934 . G A 373.84 PASS AF=0.425532;AO=36;DP=90;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00370397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.677;QD=15.9082;RBI=0.00851963;REFB=-0.0252248;REVB=0.00767234;RO=52;SAF=21;SAR=15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137881;STB=0.521348;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.027429;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:52:54:36:40:0.425532:15:21:31:21:17:23:33:21 chr22 25010828 . G A 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.0157408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.197;QD=3.23059;RBI=0.0191093;REFB=-0.00286219;REVB=-0.0108347;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232472;STB=0.656186;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.020754;OID=.;OPOS=25010828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:4:5:38:14:4:5:38:14 chr22 25011027 . C T 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00577397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4314;QD=5.00471;RBI=0.0747937;REFB=-0.0116341;REVB=-0.0745705;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112174;STB=0.576644;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0493592;OID=.;OPOS=25011027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:17:5:1:5:17:5 chr22 25045855 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.17;QD=61.3347;RBI=0.0128809;REFB=0;REVB=0.00718356;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11108e-05;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr22 25145453 . C T 475.81 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300291;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.235;QD=54.3786;RBI=0.0611417;REFB=-0.0790523;REVB=0.0532594;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0023436;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:19:14:0:1:19:15:0:1 chr22 25145471 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.132;QD=57.2025;RBI=0.0354727;REFB=0;REVB=0.0172742;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015703;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr22 25147423 . C T 362.79 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00441788;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.345;QD=15.2754;RBI=0.014853;REFB=-0.0149179;REVB=-0.0141808;RO=56;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667471;STB=0.521848;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0225744;OID=.;OPOS=25147423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:24:15:25:31:23:16:25:31 chr22 25151842 . TG GT,TGT,TT 978.58 PASS AF=0,0.917647,0.0470588;AO=12,19,5;DP=90;FAO=0,78,4;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=0,46,4;FSAR=0,32,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00503653,0.300167,0.0595362;FXX=0.0116266;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=12.9381,21.4634,211.433;QD=46.0509;RBI=0.432236,0.978121,0.108335;REFB=0.0521251,-0.0972438,-0.072862;REVB=0.432206,0.930925,0.0905092;RO=54;SAF=12,19,5;SAR=0,0,0;SRF=22;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.753788,0.803958,0.610622;STB=0.5,0.515785,0.5;STBP=1,0.199,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0,0.0457905,0.118081;OID=.,.,.;OPOS=25151842,25151844,25151843;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:90:85:54:3:12,19,5:0,78,4:0,0.917647,0.0470588:0,0,0:12,19,5:22:32:0,32,0:0,46,4:3:0 chr22 25255688 . C T 423.79 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00718146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.257;QD=21.1897;RBI=0.00783327;REFB=-0.0271335;REVB=-0.00312839;RO=38;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298287;STB=0.516476;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0204302;OID=.;OPOS=25255688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:18:24:23:15:18:24:23:15 chr22 25263048 . G A 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0387614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.235;QD=17.5611;RBI=0.060003;REFB=-0.0220747;REVB=-0.0458029;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479068;STB=0.527243;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0293356;OID=.;OPOS=25263048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:16:5:5:13:16:5 chr22 25291182 . TTTC T 114.07 PASS AF=0.422222;AO=14;DP=43;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0293176;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=3;MLLD=208.137;QD=10.1398;RBI=0.0630063;REFB=-0.0255111;REVB=-0.0557698;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220981;STB=0.691148;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0305015;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:14:43:19:45:26:14:5:11:15:99:27:9:5:12:15 chr22 25294369 . G A 224.85 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00613718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1162;QD=21.4139;RBI=0.101492;REFB=-0.0254888;REVB=0.101306;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.592936;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0258789;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:20:20:22:0.52381:6:14:10:10:7:15:10:10 chr22 25294376 . C T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0118584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0578;QD=19.974;RBI=0.0662069;REFB=-0.0184392;REVB=-0.0651362;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191347;STB=0.608582;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0159677;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:10:10:6:14:10:10 chr22 25424548 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0233846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.812;QD=18.8207;RBI=0.0243651;REFB=-0.019703;REVB=0.00684231;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290625;STB=0.666389;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0135203;OID=.;OPOS=25424548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:7:3:8:4:7:3 chr22 25424579 . C A 265.91 PASS AF=0.541667;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0697454;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2834;QD=22.1588;RBI=0.0744322;REFB=-0.0225932;REVB=0.0259949;RO=23;SAF=2;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502066;STB=0.718545;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0226401;OID=.;OPOS=25424579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:22:24:26:0.541667:22:2:10:13:23:3:9:13 chr22 25425282 . A G 94.68 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0565948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6788;QD=10.8202;RBI=0.104598;REFB=-0.0408705;REVB=-0.0879645;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684697;STB=0.540994;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0430072;OID=.;OPOS=25425282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:12:11:5:7:12:11 chr22 25425403 . TC CC,CG 50.08 PASS AF=0.195122,0;AO=7,2;DP=41;FAO=8,0;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0142608,-0.0466721;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=46.4352,96.6079;QD=4.88574;RBI=0.0570103,0.0538761;REFB=0.0105488,0.00784631;REVB=-0.0551979,-0.0269138;RO=29;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0652891,0.454367;STB=0.541296,0.5;STBP=0.8,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0434465,0;OID=.,.;OPOS=25425403,25425403;OREF=T,TC;OALT=C,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:29:33:7,2:8,0:0.195122,0:3,0:4,2:15:14:3,0:5,0:19:14 chr22 25436904 . T C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.017478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.291;QD=14.0936;RBI=0.0176895;REFB=0.000709202;REVB=0.00272675;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00151502;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:8:6:3:8:8:6 chr22 25577688 . G A 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7435;QD=56.944;RBI=0.0509185;REFB=0;REVB=0.0477731;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837741;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr22 25577733 . T C 672.95 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336077;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.05;QD=62.6001;RBI=0.0381735;REFB=0;REVB=0.0181036;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288184;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr22 25601196 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0227;QD=63.8717;RBI=0.0105926;REFB=0;REVB=-0.0104366;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135609;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr22 25627604 . G A 662.77 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00624983;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.251;QD=21.9097;RBI=0.011912;REFB=-0.00619836;REVB=0.0101407;RO=56;SAF=43;SAR=22;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113487;STB=0.562378;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00613241;OID=.;OPOS=25627604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:56:56:65:65:0.53719:22:43:30:26:22:43:30:26 chr22 25714110 . T C 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0164728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.197;QD=4.09637;RBI=0.0243441;REFB=-0.0296737;REVB=-0.0179244;RO=48;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.551622;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0609702;OID=.;OPOS=25714110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:5:5:27:21:5:5:27:21 chr22 25714113 . A G 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0043965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.69;QD=4.23811;RBI=0.00622759;REFB=-0.0100345;REVB=-0.00441062;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920545;STB=0.561283;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0381906;OID=.;OPOS=25714113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:5:5:27:20:5:5:27:20 chr22 25714218 . A T 200.05 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.000182834;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.595;QD=18.6096;RBI=0.0125144;REFB=-0.0103788;REVB=0.0125131;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148439;STB=0.584212;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00808778;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:14:9:11:9:14:9 chr22 25753231 . G A 237.08 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0126766;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.88;QD=12.8151;RBI=0.0231786;REFB=-0.0151851;REVB=0.019405;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173675;STB=0.59919;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0181848;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:17:12:26:19:17:12:26:19 chr22 26159289 . G A 454.0 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.08;QD=55.0306;RBI=0.0272764;REFB=-0.175661;REVB=0.00204994;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000806658;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:9:23:0:0:9:23:0:1 chr22 26164079 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0726;QD=48.7364;RBI=0.0339133;REFB=0;REVB=0.0328624;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783609;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 26164413 . C T 119.81 PASS AF=0.518519;AO=7;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.13979;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.8672;QD=17.7491;RBI=0.166867;REFB=0.0560853;REVB=0.0911218;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0218089;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:6:11:7:14:0.518519:5:2:2:4:11:3:5:6 chr22 26166900 . G C 727.24 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.851;QD=63.2383;RBI=0.0506835;REFB=0;REVB=0.0173098;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138147;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:16:29:0:0:17:29:0:0 chr22 26173661 . T C 344.77 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208093;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.257;QD=55.1637;RBI=0.0299163;REFB=0;REVB=0.0214931;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149831;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr22 26193982 . C G 351.87 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0614605;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0837;QD=20.3981;RBI=0.0740649;REFB=-0.00650593;REVB=0.0413305;RO=34;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189275;STB=0.561744;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00734956;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:33:34:36:0.521739:12:22:15:19:14:22:16:17 chr22 26194045 . T C 261.58 PASS AF=0.5;AO=19;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0030972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.563;QD=20.9268;RBI=0.00326682;REFB=-0.0100201;REVB=-0.00103896;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279602;STB=0.690877;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00902332;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:25:19:25:0.5:13:6:2:20:14:11:2:23 chr22 26239850 . C A 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2798;QD=57.6745;RBI=0.0424085;REFB=0;REVB=-0.00609125;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057375;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr22 26422980 . A G 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0208198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.179;QD=13.2648;RBI=0.0223199;REFB=-0.00674302;REVB=-0.0080444;RO=46;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180185;STB=0.598222;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0123454;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:30:30:0.38961:9:21:25:21:9:21:26:21 chr22 26838430 . A C 147.1 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0202089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.002;QD=10.5073;RBI=0.0905328;REFB=0.000434157;REVB=-0.0882484;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128341;STB=0.618918;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00194976;OID=.;OPOS=26838430;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:33:37:19:19:0.339286:6:13:19:14:6:13:19:18 chr22 26853833 . C T 197.0 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0183343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0832;QD=18.762;RBI=0.0371665;REFB=-0.0383849;REVB=-0.0323296;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449437;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0307642;OID=.;OPOS=26853833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:12:8:9:11:12:10 chr22 26853905 . C A 510.01 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.057;QD=56.6678;RBI=0.0170548;REFB=-0.172442;REVB=0.0126993;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0017377;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:23:12:0:1:23:12:0:1 chr22 26854441 . G A 685.67 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.638;QD=62.3338;RBI=0.072542;REFB=0;REVB=0.0700725;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391958;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr22 26859942 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.383;QD=55.6555;RBI=0.0190901;REFB=0;REVB=0.0143854;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77076e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr22 26860269 . G C 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.000621799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.107;QD=12.8723;RBI=0.00672826;REFB=0.000962862;REVB=0.00669946;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200469;STB=0.602408;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00258988;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:22:9:9:10:22:10 chr22 26862212 . T C 749.98 PASS AF=1;AO=44;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.65;QD=62.4981;RBI=0.0368016;REFB=0;REVB=0.0331175;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019284;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:44:48:1:19:25:0:0:21:27:0:0 chr22 26879967 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00500123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.032;QD=30.7904;RBI=0.119539;REFB=-0.00701975;REVB=0.119434;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000908936;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr22 26884039 . G A 212.35 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00260614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.444;QD=14.3968;RBI=0.00567764;REFB=-0.013388;REVB=0.00504417;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031249;STB=0.517794;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0118451;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:18:16:11:14:18:16 chr22 26887051 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.031084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.642;QD=11.1041;RBI=0.0394062;REFB=-0.0116385;REVB=-0.0242205;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447606;STB=0.761316;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.022787;OID=.;OPOS=26887051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:1:9:3:4:1:9 chr22 26895337 . G A 786.99 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.031572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.749;QD=55.2271;RBI=0.0414414;REFB=-0.0744498;REVB=0.026844;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000668879;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:1:0:23:33:1:0 chr22 26932150 . G A 331.29 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0351715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8359;QD=18.664;RBI=0.0380814;REFB=0.0033311;REVB=-0.0145999;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114038;STB=0.563424;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0053827;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:18:17:13:23:18:17:13:23 chr22 26937327 . C G 754.84 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.606;QD=56.969;RBI=0.0565991;REFB=0;REVB=0.0368807;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4732e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr22 27021457 . T C,G 838.8 PASS AF=0.983051,0.0169492;AO=56,3;DP=59;FAO=58,1;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361339,-0.0527169;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=216.763,11.0032;QD=56.8676;RBI=0.0264964,0.0690258;REFB=0,0;REVB=0.0262489,-0.0445589;RO=0;SAF=38,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.76069e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00117454,0.125067;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:59:59:0:0:56,3:58,1:0.983051,0.0169492:18,3:38,0:0:0:20,1:38,0:0:0 chr22 28144379 . GA G 90.23 PASS AF=0.814815;AO=13;DP=25;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.173721;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.23982;QD=13.3679;RBI=0.229314;REFB=0.0772809;REVB=0.149686;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161289;STB=0.517226;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.045996;OID=.;OPOS=28144380;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:13:25:22:27:5:7:15:2:3:10:7:4:9:2:5 chr22 28146768 . A AG 61.61 PASS AF=0.454545;AO=3;DP=24;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0257563;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8789;QD=11.2023;RBI=0.105678;REFB=0.0133636;REVB=0.102491;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556417;STB=0.695219;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=-0.0114606;OID=.;OPOS=28146769;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:3:24:10:22:12:2:8:6:6:61:21:1:2:8:13 chr22 28316591 . T TG 545.76 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8791;QD=46.4479;RBI=0.133261;REFB=0;REVB=-0.132596;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00335587;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:48:47:47:0:20:27:0:0:10:0:20:25:0:0 chr22 29001619 . T C 161.04 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0137966;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.988;QD=16.9511;RBI=0.014023;REFB=0.00590308;REVB=-0.00250981;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.662469;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00768393;OID=.;OPOS=29001619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:22:21:17:17:0.447368:7:10:7:15:7:10:6:15 chr22 29130458 . T C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0139059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.325;QD=9.6234;RBI=0.015439;REFB=-0.00920729;REVB=-0.00670732;RO=42;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2147;STB=0.627453;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0147563;OID=.;OPOS=29130458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:6:14:22:20:6:14:22:20 chr22 29182500 . C A 195.45 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00434812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1206;QD=10.5647;RBI=0.0138178;REFB=-0.00606041;REVB=-0.0131159;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268424;STB=0.521482;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00952752;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:25:25:0.337838:11:14:28:20:11:14:29:20 chr22 29446611 . A C 401.54 PASS AF=0.445545;AO=36;DP=93;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=12;FWDB=0.0369445;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.123;QD=15.9025;RBI=0.048822;REFB=-0.0301567;REVB=0.031917;RO=57;SAF=32;SAR=4;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24292;STB=0.557072;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0407915;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:57:56:36:45:0.445545:4:32:44:13:7:38:44:12 chr22 29450923 . A G 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0275412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.923;QD=26.4599;RBI=0.0301743;REFB=-0.0141755;REVB=0.0123277;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128834;STB=0.571373;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0126297;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:8:10:10:16:8:10 chr22 29453027 . A G 206.24 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0190325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.196;QD=23.5698;RBI=0.0222104;REFB=-0.0105749;REVB=0.0114485;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234412;STB=0.63675;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00631388;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:12:7:10:5:13:7:10:5 chr22 29453193 . G C 267.3 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0133258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.191;QD=16.1997;RBI=0.0187465;REFB=-0.0229985;REVB=-0.0131854;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807533;STB=0.545424;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0300754;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:15:21:15:15:15:21 chr22 29454778 . G A 389.29 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0143497;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.619;QD=15.5716;RBI=0.0274021;REFB=-0.00102271;REVB=0.0233444;RO=57;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020731;STB=0.511656;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00164882;OID=.;OPOS=29454778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:57:43:43:0.43:25:18:25:32:25:18:25:32 chr22 29456699 . A G 636.61 PASS AF=0.42515;AO=70;DP=166;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00514949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4252;QD=15.2482;RBI=0.0319245;REFB=-0.0347011;REVB=-0.0315065;RO=96;SAF=33;SAR=37;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617699;STB=0.530078;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0250616;OID=.;OPOS=29456699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:96:96:70:71:0.42515:37:33:51:45:37:34:51:45 chr22 29456733 . T C 885.41 PASS AF=0.566434;AO=81;DP=143;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0184422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.064;QD=24.7668;RBI=0.0328622;REFB=-0.0195655;REVB=0.0271994;RO=62;SAF=40;SAR=41;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690198;STB=0.537603;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0152088;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:62:62:81:81:0.566434:41:40:36:26:41:40:36:26 chr22 29517463 . G T 83.95 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0584678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4063;QD=9.32803;RBI=0.0598692;REFB=-0.0286765;REVB=0.0128778;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334064;STB=0.704283;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0540873;OID=.;OPOS=29517463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:14:11:8:3:14:11 chr22 29540198 . T G 791.33 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.385;QD=63.3061;RBI=0.0105637;REFB=0;REVB=0.00851414;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286018;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr22 29542182 . AT A 333.19 PASS AF=0.458333;AO=52;DP=125;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0751876;FXX=0.0476153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4233;QD=11.1064;RBI=0.0755356;REFB=-0.0234088;REVB=0.00724328;RO=64;SAF=26;SAR=26;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617699;STB=0.532613;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=0.0296431;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:52:125:55:120:65:27:28:28:37:99:64:26:26:28:36 chr22 29542748 . C A 1796.12 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3753;QD=60.8854;RBI=0.011816;REFB=0;REVB=0.00557286;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12131e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr22 29621128 . C G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0171336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.097;QD=22.7198;RBI=0.0397284;REFB=-0.0236684;REVB=0.0358439;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682412;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0170296;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:6:3:6:8:6:3 chr22 29659960 . C T 181.89 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0264732;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2894;QD=16.9198;RBI=0.0519443;REFB=-0.0381493;REVB=-0.044692;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363609;STB=0.708634;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0441362;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:5:14:9:15:5:14:9:15 chr22 29704125 . C T 342.67 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00358716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.273;QD=16.1258;RBI=0.0217997;REFB=-0.00936593;REVB=-0.0215026;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185001;STB=0.510418;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0264275;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:23:14:19:29:23:14:19:29 chr22 29704131 . G A 490.11 PASS AF=0.534091;AO=45;DP=86;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0471018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.728;QD=22.2776;RBI=0.0471563;REFB=-0.02625;REVB=0.00226722;RO=40;SAF=18;SAR=27;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448996;STB=0.508471;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0215984;OID=.;OPOS=29704131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:40:41:45:47:0.534091:27:18:14:26:29:18:15:26 chr22 29707955 . A T 221.88 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0121405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.686;QD=14.5492;RBI=0.0124246;REFB=-0.0315369;REVB=0.00264144;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147235;STB=0.590097;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0253544;OID=.;OPOS=29707955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:13:13:22:12:13:13:23:12 chr22 29727866 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00490073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5986;QD=11.0861;RBI=0.00566002;REFB=0.0148129;REVB=0.00283173;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809768;STB=0.56746;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0310091;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:8:4:10:15:9:4:10:15 chr22 29727886 . T C 163.76 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371275;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0289;QD=46.7882;RBI=0.0378956;REFB=0;REVB=-0.007591;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379026;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:9:14:1:5:4:0:0:7:7:0:0 chr22 29755888 . T C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.002594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.234;QD=16.5616;RBI=0.0129854;REFB=0.000604294;REVB=-0.0127237;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080499;STB=0.54542;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000616978;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:17:14:10:17:17:14 chr22 29885861 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.625;QD=45.8067;RBI=0.090866;REFB=0;REVB=0.0867613;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527699;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr22 29886413 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.235;QD=62.6702;RBI=0.0423995;REFB=0;REVB=0.031603;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022778;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr22 29886893 . G T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00685914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.344;QD=53.9322;RBI=0.00686275;REFB=-0.0360223;REVB=0.000222537;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.599922;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000824541;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:28:2:0:0:28:2:1:0 chr22 29904519 . T C 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000877341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.849;QD=20.8916;RBI=0.0203947;REFB=-0.0209567;REVB=0.0203758;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976323;STB=0.554106;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0215555;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:15:12:18:14:15:12 chr22 29908072 . C T 238.23 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0147289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.756;QD=20.2747;RBI=0.0147449;REFB=-0.0058668;REVB=-0.000688375;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00619054;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:12:11:11:12:13:11 chr22 29913272 . C T 830.85 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.815;QD=57.3002;RBI=0.0414314;REFB=0;REVB=0.040669;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128064;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:36:19:0:0:38:20:0:0 chr22 29925221 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00438579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.131;QD=14.2587;RBI=0.0165198;REFB=-0.00360155;REVB=0.0159269;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212202;STB=0.620606;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00765351;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:24:17:18:11:24:17 chr22 29957570 . G A 305.69 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0264927;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.967;QD=16.983;RBI=0.0265744;REFB=-0.00122264;REVB=0.00208265;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242834;STB=0.507767;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00189846;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:39:33:33:0.458333:19:14:16:24:19:14:16:23 chr22 30221201 . G A 133.46 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0051463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9305;QD=7.96762;RBI=0.00535089;REFB=-0.0139298;REVB=0.00146549;RO=48;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080864;STB=0.548538;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0265917;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:9:10:22:26:9:10:22:26 chr22 30234192 . TGCC T 99.24 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222695;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=172.954;QD=36.0874;RBI=0.0415616;REFB=-0.0550302;REVB=0.0350918;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=del;VARB=0.00336798;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:10:12:10:11:1:3:7:0:1:6:0:3:7:0:0 chr22 30403996 . C T 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00230195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.119;QD=21.4826;RBI=0.0086197;REFB=-0.0135211;REVB=-0.00830664;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429582;STB=0.545903;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0146184;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:41:45:45:0.523256:23:22:19:16:23:22:24:17 chr22 30422708 . C T 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0071731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.971;QD=14.5314;RBI=0.0218631;REFB=-0.0205915;REVB=0.0206529;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151333;STB=0.58531;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0183231;OID=.;OPOS=30422708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:11:29:17:12:11:29 chr22 30638721 . G A 202.03 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0496806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7378;QD=21.2661;RBI=0.0528811;REFB=0.000586907;REVB=0.0181177;RO=18;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468273;STB=0.767436;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00247504;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:17:3:11:7:17:3:11:7 chr22 30681257 . C G 159.92 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.778;QD=45.6905;RBI=0.077374;REFB=0;REVB=0.0743961;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131158;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:5:7:0:0:6:8:0:0 chr22 30689998 . G A 314.3 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00295797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.518;QD=17.2218;RBI=0.0242243;REFB=-0.0145886;REVB=0.024043;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207545;STB=0.61109;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0196321;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:33:34:0.465753:21:12:22:16:21:13:23:16 chr22 30714683 . CA C,CC,TC 515.99 PASS AF=0,0.942857,0.0571429;AO=8,25,2;DP=36;FAO=0,33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139829,0.00856694,0.00192826;FXX=0.0277701;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=175.362,194.855,62.7471;QD=58.97;RBI=0.111786,0.121303,0.0716176;REFB=0,0,0;REVB=0.110908,0.121,0.0715916;RO=0;SAF=0,20,0;SAR=8,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,0.0132188,-0.0835154;OID=.,.,.;OPOS=30714684,30714684,30714683;OREF=A,A,CA;OALT=-,C,TC;OMAPALT=C,CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:36:35:0:0:8,25,2:0,33,2:0,0.942857,0.0571429:8,5,2:0,20,0:0:0:0,13,2:0,20,0:0:0 chr22 30770603 . T A 953.93 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000973614;FXX=0.043472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.565;QD=57.814;RBI=0.00360358;REFB=-0.0280414;REVB=0.00346956;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154862;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000170468;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:1:0:35:30:1:0 chr22 30771554 . T G 733.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482138;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150;QD=63.7943;RBI=0.131086;REFB=0;REVB=-0.121897;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61936e-06;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr22 30782731 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.293;QD=61.3363;RBI=0.0488254;REFB=0;REVB=0.033677;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039067;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr22 30794719 . C T 1380.77 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5;QD=61.3677;RBI=0.0465239;REFB=0.0977164;REVB=0.0173645;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00082986;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:1:0:44:45:1:0 chr22 30820707 . A G 576.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.292;QD=60.6488;RBI=0.0466426;REFB=0;REVB=0.0133338;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163386;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:17:21:0:0 chr22 30823113 . T G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0057457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.461;QD=55.0097;RBI=0.0173342;REFB=0.0194269;REVB=0.0163543;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.20007e-05;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr22 30823196 . T C 924.82 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157876;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.445;QD=58.719;RBI=0.0221178;REFB=0;REVB=0.0154902;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137879;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr22 30857373 . A C 731.01 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.317;QD=56.2313;RBI=0.00933346;REFB=0;REVB=-0.0030234;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309644;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr22 30857448 . A G 453.49 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.074;QD=54.9686;RBI=0.0673355;REFB=-0.0916912;REVB=0.0159996;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00630148;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr22 30862400 . T A 642.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000323915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.183;QD=61.2087;RBI=0.0172324;REFB=0;REVB=0.0172293;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118492;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr22 30864610 . A G 818.01 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.624;QD=57.4045;RBI=0.0662636;REFB=0;REVB=-0.00951494;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178953;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr22 30864792 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0823;QD=39.2067;RBI=0.0995169;REFB=0;REVB=0.0987301;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00546363;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 30864817 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.282;QD=23.2183;RBI=0.037854;REFB=0.0351005;REVB=0.0362058;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0367323;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr22 30927975 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5987;QD=42.177;RBI=0.0324734;REFB=0;REVB=-0.00311362;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162218;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr22 31090229 . GC G 255.59 PASS AF=0.935484;AO=23;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.178749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9516;QD=32.9793;RBI=0.227196;REFB=-0.111481;REVB=0.140239;RO=7;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=-0.114754;STB=0.524983;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.0507918;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:23:31:29:31:2:19:10:2:0:4:7:14:9:6:1 chr22 31266546 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.313;QD=64.1519;RBI=0.0437088;REFB=0;REVB=0.0409619;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246985;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr22 31302125 . C G 392.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8708;QD=56.0333;RBI=0.0991413;REFB=0;REVB=0.0954405;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125976;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr22 31302233 . T C 1214.16 PASS AF=1;AO=70;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.569;QD=61.4765;RBI=0.0520388;REFB=0;REVB=0.0411203;RO=0;SAF=14;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258392;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:70:79:1:56:14:0:0:58:21:0:0 chr22 31303606 . GTTTTTA GTTT,GTTTTA 320.06 PASS AF=0.137931,0.310345;AO=23,44;DP=176;FAO=24,54;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=12,29;FSAR=12,25;FSRF=78;FSRR=18;FWDB=-0.0025846,-0.038124;FXX=0.0386719;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=223.066,11.5302;QD=7.35772;RBI=0.0159458,0.0557564;REFB=-0.00209986,-0.111302;REVB=0.0157349,-0.0406859;RO=88;SAF=12,30;SAR=11,14;SRF=70;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.369082,-0.163542;STB=0.749844,0.681993;STBP=0.024,0.008;TYPE=del,del;VARB=0.0162797,0.0370865;OID=.,.;OPOS=31303610,31303607;OREF=TTA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.137931,0.310345:23,44:176:24,54:174:96:12,29:12,25:78:18:99:88:12,30:11,14:70:18 chr22 31303619 . TAAA TAA,TA,T,TATA 1115.14 PASS AF=0.378698,0.313609,0.0710059,0.236686;AO=46,29,21,41;DP=180;FAO=64,53,12,40;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=29,43,9,15;FSAR=35,10,3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241799,0.0109478,0.00798778,-4.24422e-05;FXX=0.0714246;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,3,1;MLLD=6.40033,10.0778,11.0696,154.936;QD=26.3938;RBI=0.117263,0.0680817,0.0465671,0.0342572;REFB=0.292157,0.2196,0.152705,0.0432997;REVB=0.114743,0.0671957,0.0458769,-0.0342572;RO=13;SAF=20,27,17,14;SAR=26,2,4,27;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0111318,0.509786,0.30286,-0.0582901;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0215863,0.0520993,0.0168688,0.00381178;OID=.,.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303620,31303621;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAA,TA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.378698,0.313609,0.0710059,0.236686:46,29,21,41:180:64,53,12,40:169:0:29,43,9,15:35,10,3,25:0:0:99:13:20,27,17,14:26,2,4,27:6:7 chr22 31333631 . T C 1172.11 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438049;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.379;QD=61.69;RBI=0.0286876;REFB=0;REVB=-0.0283512;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039054;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr22 31342376 . G C 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00611669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.834;QD=58.5288;RBI=0.0421115;REFB=0.0266192;REVB=0.0416649;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000189308;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:53:48:1:0:53:48:1:0 chr22 31354653 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.942;QD=56.417;RBI=0.0204774;REFB=0.0285326;REVB=-0.0188577;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185094;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-1.05132e-05;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:37:25:1:0:37:25:1:0 chr22 31533796 . G C 578.02 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0240653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.764;QD=24.3375;RBI=0.0291267;REFB=-0.0107179;REVB=0.016408;RO=42;SAF=33;SAR=20;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381924;STB=0.520914;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00913264;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:20:33:28:14:20:33:28:14 chr22 31535995 . C G 233.99 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0201225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.105;QD=24.631;RBI=0.0299021;REFB=-0.0449902;REVB=-0.0221184;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139797;STB=0.565158;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0344175;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:13:9:9:6:13:9:9:7 chr22 31536133 . A C 817.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6767;QD=57.3449;RBI=0.0128621;REFB=0;REVB=0.00553006;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45717e-05;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:15:41:0:0:16:41:0:0 chr22 31556103 . A G 650.55 PASS AF=0.373206;AO=77;DP=208;FAO=78;FDP=209;FR=.;FRO=131;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=83;FWDB=-0.00866982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.096;QD=12.4506;RBI=0.0189998;REFB=-0.0100705;REVB=0.0169064;RO=131;SAF=43;SAR=34;SRF=48;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211076;STB=0.622009;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0162296;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:131:131:77:78:0.373206:34:43:48:83:34:44:48:83 chr22 31602671 . C T 149.46 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=82;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0100113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.616;QD=7.2027;RBI=0.0119778;REFB=0.00597154;REVB=-0.00657585;RO=60;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302129;STB=0.686854;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0117047;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:60:61:21:22:0.26506:7:14:25:35:7:15:26:35 chr22 31663842 . C G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00900431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.008;QD=54.8828;RBI=0.0234757;REFB=-0.0181277;REVB=0.0216802;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=9.41161e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr22 31673111 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.000706185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.259;QD=12.8689;RBI=0.0267742;REFB=0.000149889;REVB=-0.0267649;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140744;STB=0.588155;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000421653;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:11:10:11:21:11:10:11:22 chr22 31673116 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0114787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.015;QD=13.774;RBI=0.0120194;REFB=-0.0108987;REVB=0.0035645;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.599906;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0153558;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:9:22:11:9:9:22 chr22 31679110 . G C,GC 833.37 PASS AF=0.983333,0.0166667;AO=53,7;DP=61;FAO=59,1;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284952,0.0249248;FXX=0.0163908;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=164.169,145.528;QD=55.5582;RBI=0.0389581,0.0253674;REFB=0,0;REVB=0.0265662,0.00471792;RO=1;SAF=31,0;SAR=22,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0209328,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00216083,0.0144425;OID=.,.;OPOS=31679110,31679111;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:61:60:1:0:53,7:59,1:0.983333,0.0166667:22,7:31,0:0:1:28,1:31,0:0:0 chr22 31685256 . C G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00444423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.038;QD=14.7015;RBI=0.021938;REFB=-0.000791676;REVB=0.0214831;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173698;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00148988;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:6:9:5:7:6:9 chr22 31722886 . T G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0207581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.332;QD=21.1726;RBI=0.0214258;REFB=0.0194662;REVB=0.00530741;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222221;STB=0.624812;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00398086;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:7:1:5:7:7:1 chr22 31744072 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00703969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.507;QD=15.7844;RBI=0.0134948;REFB=-0.00369174;REVB=0.0115131;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00472116;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:10:7:5:9:10:7 chr22 31859859 . A G 199.6 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00303515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.493;QD=19.9601;RBI=0.045004;REFB=0.000373256;REVB=-0.0449015;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275449;STB=0.656089;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000715232;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:8:12:6:14:8:12 chr22 31971258 . T C 753.37 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0255018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4499;QD=61.4999;RBI=0.0740656;REFB=-0.0460384;REVB=0.0695369;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00129569;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:22:26:0:1:22:26:0:1 chr22 32015450 . T G 279.75 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0453447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2473;QD=23.3124;RBI=0.0462377;REFB=-0.0203433;REVB=0.00904358;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145906;STB=0.576864;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0178729;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:21:22:25:26:0.541667:14:11:13:8:15:11:13:9 chr22 32110163 . G A 152.82 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00230116;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.175;QD=20.3762;RBI=0.0327056;REFB=-0.004584;REVB=-0.0326246;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00543027;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:6:9:6:8:7:9:6:8 chr22 32112461 . T C 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00381913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.01;QD=14.3307;RBI=0.0144996;REFB=-0.00579184;REVB=-0.0139875;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237585;STB=0.583162;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0083683;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:8:1:3:6:8:2 chr22 32211412 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.328;QD=39.2068;RBI=0.0141201;REFB=0;REVB=-0.0129253;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292592;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr22 32222476 . C G 519.09 PASS AF=0.585366;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0349862;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4088;QD=25.3213;RBI=0.0367388;REFB=-0.0094731;REVB=0.0112116;RO=34;SAF=30;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077545;STB=0.538529;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00442635;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:34:34:46:48:0.585366:16:30:19:15:17:31:19:15 chr22 32334021 . T A 703.76 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00998114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.205;QD=24.2677;RBI=0.0109549;REFB=-0.00618185;REVB=-0.00451515;RO=48;SAF=28;SAR=39;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153705;STB=0.513424;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00432934;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:48:49:67:67:0.577586:39:28:21:27:39:28:22:27 chr22 32334203 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0337553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.52;QD=13.631;RBI=0.0342452;REFB=-0.00163027;REVB=0.00577215;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164675;STB=0.599716;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00131266;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:2:7:7:1:2:7 chr22 32334229 . A C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3395;QD=18.7439;RBI=0.00454969;REFB=0.0582403;REVB=0.00454969;RO=4;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.015675;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:7:0:0:4:7:0:0:4 chr22 32377135 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.511;QD=53.9064;RBI=0.0364339;REFB=0;REVB=0.0306893;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488749;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 32554985 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0107158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.423;QD=19.976;RBI=0.0371436;REFB=-0.0203177;REVB=-0.0355643;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171885;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:12:8:8:12:12:8 chr22 32586875 . G A 49.57 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.015765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0368;QD=4.31002;RBI=0.0186834;REFB=-0.00434534;REVB=0.0100268;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101981;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:19:19:4:4:19:19 chr22 32586878 . A G 49.26 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00866079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.618;QD=4.10536;RBI=0.0171287;REFB=-0.00324237;REVB=-0.0147778;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111828;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:4:4:20:20:4:4:20:20 chr22 32587023 . C G 399.0 PASS AF=0.333333;AO=51;DP=154;FAO=51;FDP=153;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.0258876;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0857;QD=10.4313;RBI=0.058125;REFB=-0.010564;REVB=-0.0520418;RO=102;SAF=23;SAR=28;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794484;STB=0.552234;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0180333;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:102:102:51:51:0.333333:28:23:53:49:28:23:54:48 chr22 32587027 . G C 373.27 PASS AF=0.318182;AO=49;DP=154;FAO=49;FDP=154;FR=.;FRO=105;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0025709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.611;QD=9.69541;RBI=0.00372495;REFB=-0.00833581;REVB=0.0026955;RO=103;SAF=23;SAR=26;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301992;STB=0.511154;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0196667;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:103:105:49:49:0.318182:26:23:51:52:26:23:51:54 chr22 32589023 . C T 397.78 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0379433;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7242;QD=14.2064;RBI=0.0403795;REFB=-0.00955205;REVB=0.0138137;RO=66;SAF=16;SAR=29;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924574;STB=0.503755;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0111994;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:45:46:0.410714:29:16:24:42:29:17:24:42 chr22 32589034 . T C 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.0178453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.911;QD=15.2437;RBI=0.018219;REFB=-0.0133357;REVB=-0.00367093;RO=62;SAF=18;SAR=29;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481361;STB=0.526965;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0188782;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:29:18:21:41:29:18:21:41 chr22 32589090 . C T 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0101071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6635;QD=11.9332;RBI=0.0113581;REFB=-0.00780176;REVB=0.005182;RO=56;SAF=9;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15017;STB=0.587097;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0156925;OID=.;OPOS=32589090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:22:9:23:33:22:9:23:33 chr22 32590449 . G A 386.38 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0111142;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.854;QD=20.6069;RBI=0.0120725;REFB=-0.0371363;REVB=-0.00471394;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502107;STB=0.520537;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0366067;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:36:39:39:0.52:20:19:15:20:20:19:16:20 chr22 32754386 . C A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0359905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.606;QD=22.1439;RBI=0.0361039;REFB=4.32761e-05;REVB=-0.00285951;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942134;STB=0.541616;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.000178433;OID=.;OPOS=32754386;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:13:4:4:8:13:4:4:9 chr22 32756101 . C T 359.86 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0110134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.352;QD=17.3428;RBI=0.0120942;REFB=-0.020577;REVB=0.00499747;RO=42;SAF=27;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147182;STB=0.606257;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0124866;OID=.;OPOS=32756101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:45:38:38:0.457831:11:27:24:18:11:27:24:21 chr22 32756744 . A G 852.11 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0386276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5589;QD=48.6922;RBI=0.0469544;REFB=-0.029519;REVB=0.0266951;RO=7;SAF=43;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832079;STB=0.544289;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00362165;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:7:7:63:63:0.9:20:43:2:5:20:43:2:5 chr22 32759025 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.69;QD=60.0308;RBI=0.0231058;REFB=0;REVB=0.0093392;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88308e-05;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr22 32795641 . C T 439.04 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0145136;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4436;QD=21.6812;RBI=0.0353425;REFB=-0.0274625;REVB=0.032225;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253204;STB=0.520824;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0242998;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:38:43:43:0.530864:20:23:22:17:20:23:22:16 chr22 32811952 . A G 940.15 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0805;QD=57.8554;RBI=0.0300769;REFB=0;REVB=0.0158884;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072451;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:28:33:0:0:30:35:0:0 chr22 32871365 . G A 595.55 PASS AF=0.407186;AO=67;DP=166;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.000361338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.263;QD=14.2645;RBI=0.00667363;REFB=-0.00942;REVB=0.00666384;RO=68;SAF=44;SAR=23;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150003;STB=0.638769;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00990986;OID=.;OPOS=32871365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:68:99:67:68:0.407186:23:44:34:34:24:44:41:58 chr22 32875190 . G A 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0262973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.626;QD=19.5288;RBI=0.0285841;REFB=-0.0286857;REVB=0.0112029;RO=39;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160558;STB=0.589112;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0212151;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:22:17:24:15:22:17:24:15 chr22 32887150 . C T 405.82 PASS AF=0.488095;AO=39;DP=82;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00584041;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.869;QD=19.3248;RBI=0.0102685;REFB=-0.016608;REVB=0.00844581;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559262;STB=0.514279;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0213789;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:43:43:39:41:0.488095:24:15:19:24:24:17:19:24 chr22 34022284 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.03;QD=63.5753;RBI=0.0234055;REFB=0;REVB=-0.015644;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183599;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr22 35463162 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.086;QD=63.8874;RBI=0.0281032;REFB=0;REVB=0.025761;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51016e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr22 35463179 . T C 1431.35 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.037875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7452;QD=60.9084;RBI=0.0405095;REFB=-0.0119527;REVB=-0.0143703;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810429;STB=0.507245;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=3.87064e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:94:1:1:92:93:0.989362:34:58:1:0:34:59:0:1 chr22 35463249 . C T 1331.05 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0012603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.458;QD=59.8224;RBI=0.0248547;REFB=-0.091065;REVB=0.0248228;RO=2;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325126;STB=0.501716;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000301041;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:37:50:1:1:37:50:1:1 chr22 35660875 . G T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00898972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6522;QD=14.7347;RBI=0.00994335;REFB=0.0152964;REVB=-0.00424915;RO=35;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255193;STB=0.651457;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0160582;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:17:10:22:13:17:10:23:13 chr22 35679951 . T C 318.4 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00513575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.189;QD=18.1941;RBI=0.00634385;REFB=-0.00509304;REVB=0.00372405;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116157;STB=0.571387;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00416459;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:16:17:23:13:17:17:23:13 chr22 35817553 . C T 930.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.365;QD=58.141;RBI=0.0716175;REFB=0;REVB=0.0714106;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138103;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:21:38:0:0:24:40:0:0 chr22 36007045 . G A 241.02 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0101132;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.612;QD=14.389;RBI=0.0428269;REFB=0.00241957;REVB=0.0416157;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393731;STB=0.522372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00286628;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:18:21:14:14:18:21 chr22 36007075 . C T 254.38 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0226832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.39;QD=15.4168;RBI=0.0422948;REFB=-0.0183459;REVB=-0.0356977;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648492;STB=0.536662;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0171127;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:13:16:18:19:13:16:18:19 chr22 36055164 . G A 92.59 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0284709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.067;QD=9.25874;RBI=0.0318847;REFB=0.00497992;REVB=-0.014354;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418181;STB=0.749625;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00488984;OID=.;OPOS=36055164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:20:8:8:4:20:8 chr22 36122930 . C T 1367.03 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238648;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.39;QD=61.4397;RBI=0.0242638;REFB=-0.0125603;REVB=0.00438207;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000104814;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:37:50:1:0:38:50:1:0 chr22 36124860 . C G 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.317;QD=63.8712;RBI=0.0174901;REFB=0;REVB=0.00938102;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64992e-05;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr22 36135057 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000407344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.033;QD=13.661;RBI=0.00121047;REFB=0.00838931;REVB=-0.00113987;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151967;STB=0.571329;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0120161;OID=.;OPOS=36135057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:7:7:13:7:7:7:13:8 chr22 36537500 . A T 654.33 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026303;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.994;QD=62.3167;RBI=0.0369379;REFB=0;REVB=0.0259337;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157031;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr22 36545137 . A T 1070.1 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251086;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.317;QD=60.2871;RBI=0.025159;REFB=0;REVB=0.00159213;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259736;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chr22 36556823 . G T 1052.03 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00632823;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3436;QD=58.446;RBI=0.0112295;REFB=-0.0318686;REVB=-0.00927664;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000702881;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:35:36:0:1:35:36:0:1 chr22 36573945 . A G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0072;QD=60.2218;RBI=0.0590942;REFB=0;REVB=0.0584102;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528818;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr22 36575664 . G A 1391.64 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00187752;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.153;QD=61.1711;RBI=0.0160798;REFB=-0.00614528;REVB=0.0159698;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.55208e-05;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:48:41:1:0:49:41:1:0 chr22 36587202 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.463;QD=48.7372;RBI=0.0230696;REFB=0;REVB=-0.00443072;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311532;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr22 36587222 . TG T,TC,TT 217.78 PASS AF=0,0.111111,0.888889;AO=3,4,11;DP=18;FAO=0,2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,10;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413363,0.00190242,0.0094401;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=189.271,182.715,198.628;QD=48.3959;RBI=0.0129188,0.00472781,0.0152837;REFB=0,0,0;REVB=0.0122397,0.00432816,0.0120198;RO=0;SAF=2,3,7;SAR=1,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0354534,-0.0188096,0.00386406;OID=.,.,.;OPOS=36587223,36587223,36587223;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.111111,0.888889:3,4,11:18:0,2,16:18:0:0,2,10:0,0,6:0:0:9:0:2,3,7:1,1,4:0:0 chr22 36587279 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4927;QD=59.0095;RBI=0.0399014;REFB=0;REVB=0.0221911;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010443;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr22 36587486 . A G 971.87 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0210769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.475;QD=52.5335;RBI=0.0231464;REFB=0.0509876;REVB=0.00956646;RO=4;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208708;STB=0.517072;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00284863;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:4:5:69:69:0.932432:38:31:1:3:38:31:1:4 chr22 36587511 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.008;QD=57.3855;RBI=0.0205514;REFB=0;REVB=-0.00322235;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166933;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr22 36587845 . A ACT 304.91 PASS AF=0.833333;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00387274;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.481;QD=40.6552;RBI=0.00900158;REFB=-0.0390515;REVB=0.00812591;RO=5;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832243;STB=0.54688;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.00517629;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:24:31:25:30:5:13:12:4:1:27:5:13:11:4:1 chr22 36587952 . C T 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0864603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.674;QD=45.7998;RBI=0.0883468;REFB=0;REVB=-0.01816;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00516243;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 36591380 . A G 714.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.84744e-05;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.719;QD=57.1976;RBI=0.0466979;REFB=0;REVB=0.0466979;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016587;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr22 36598049 . C G 728.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5238;QD=57.1621;RBI=0.0508085;REFB=0;REVB=0.0217329;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512584;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr22 36598058 . T C 687.89 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262835;FXX=0.0545355;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.639;QD=52.9149;RBI=0.0346512;REFB=-0.0135239;REVB=-0.0225806;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00321268;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:48:51:0.980769:25:23:1:0:25:26:1:0 chr22 36623731 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.742;QD=60.546;RBI=0.0254666;REFB=0;REVB=0.0249487;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14049e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:43:31:0:0:44:31:0:0 chr22 36650956 . G A 183.8 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0455105;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0896;QD=17.0978;RBI=0.0509442;REFB=-0.002607;REVB=-0.0228933;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497194;STB=0.528467;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00123094;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:14:10:7:12:14:10 chr22 36661330 . G A 327.94 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0031252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.186;QD=20.4962;RBI=0.00381563;REFB=0.0110755;REVB=0.00218909;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157188;STB=0.508716;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00796816;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:21:13:12:18:21:13:12:18 chr22 36661536 . C A 183.8 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0252793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5353;QD=17.5047;RBI=0.0888343;REFB=-0.0287893;REVB=-0.0851616;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18428;STB=0.595583;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0163281;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:6:13:11:11:6:13:12:11 chr22 36661566 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00823017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.714;QD=25.6502;RBI=0.00888555;REFB=-0.0211258;REVB=-0.00334922;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651788;STB=0.521804;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0173535;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:11:14:11:6:11:14:11:7 chr22 36661646 . G A 172.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0411651;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1748;QD=12.5272;RBI=0.0416692;REFB=-0.00752962;REVB=0.00646177;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107815;STB=0.580235;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.014192;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:34:21:21:0.381818:9:12:15:17:9:12:15:19 chr22 36661842 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0119557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.218;QD=20.838;RBI=0.0401083;REFB=-0.0404151;REVB=0.038285;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0221108;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr22 36677400 . G A 750.58 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243531;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.473;QD=63.8788;RBI=0.057421;REFB=0;REVB=0.0520009;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243521;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr22 36678453 . C G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.696;QD=61.3316;RBI=0.0879442;REFB=0;REVB=0.0217702;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466011;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr22 36678476 . C A 469.31 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00446486;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.281;QD=56.8855;RBI=0.0301732;REFB=0;REVB=0.029841;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164365;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr22 36684354 . T C 293.33 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0242374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.113;QD=23.006;RBI=0.0346341;REFB=-0.00317542;REVB=-0.0247401;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170427;STB=0.592528;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00131018;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:21:22:28:29:0.568627:10:18:9:12:11:18:9:13 chr22 36684358 . C A 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00333904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.761;QD=24.1552;RBI=0.0190756;REFB=-0.0152097;REVB=-0.018781;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129312;STB=0.571381;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0207166;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:9:12:12:18:9:12 chr22 36691607 . A C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.052;QD=63.2863;RBI=0.0430352;REFB=0;REVB=-0.00962946;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05521e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr22 36700175 . A G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0225231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.485;QD=20.9368;RBI=0.0227343;REFB=-0.00487702;REVB=0.0030918;RO=29;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124288;STB=0.568733;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00384179;OID=.;OPOS=36700175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:18:16:18:11:18:16:18:11 chr22 36892103 . A C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.014484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.403;QD=12.4555;RBI=0.0150754;REFB=0.00115116;REVB=-0.00418098;RO=33;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227405;STB=0.642316;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00213686;OID=.;OPOS=36892103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:6:15:17:16:6:15:17:17 chr22 37163329 . C T 725.53 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4418;QD=53.7432;RBI=0.0928125;REFB=-0.0152207;REVB=0.0672604;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00133281;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:30:22:2:0:30:23:1:0 chr22 37196971 . C A 412.83 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.63;QD=56.9422;RBI=0.152605;REFB=0;REVB=0.151054;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105379;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:21:29:1:3:18:0:0:9:20:0:0 chr22 37267767 . A G 181.56 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0669462;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.54;QD=15.1299;RBI=0.0670127;REFB=-0.0128972;REVB=-0.00298315;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367183;STB=0.701735;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.020952;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:13:6:19:9:13:6:19:10 chr22 37268257 . C T 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0168928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.515;QD=21.8977;RBI=0.0213371;REFB=-0.00292027;REVB=0.0130348;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187963;STB=0.603597;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00208276;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:15:18:8:18:15:18:8:18 chr22 37271882 . T C 127.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.014266;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.173;QD=18.943;RBI=0.0278011;REFB=-0.025083;REVB=-0.0238617;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351112;STB=0.682943;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0469794;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:13:14:14:0.518519:11:3:8:6:11:3:7:6 chr22 37333794 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.741;QD=52.6131;RBI=0.022865;REFB=0;REVB=0.00156512;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108751;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr22 37398195 . C T 1029.63 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299249;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8395;QD=59.6884;RBI=0.0345067;REFB=0;REVB=0.0171818;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357436;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:27:42:0:0 chr22 37398201 . C A 1097.96 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.239;QD=60.1625;RBI=0.0252683;REFB=0;REVB=0.0222724;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155209;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:69:73:1:28:41:0:0:28:45:0:0 chr22 37409319 . T C 1163.0 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0297552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1725;QD=58.1498;RBI=0.0588464;REFB=0.0311134;REVB=0.0507694;RO=2;SAF=39;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236531;STB=0.512497;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000794892;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:39:39:2:0:39:39:2:0 chr22 37453452 . C T 620.65 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.793;QD=59.1092;RBI=0.0341135;REFB=-0.142983;REVB=0.00966287;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00172757;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:19:22:0:0:19:22:0:1 chr22 37462926 . G A 1595.01 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023731;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.316;QD=60.1891;RBI=0.0320557;REFB=0;REVB=0.0215502;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2729e-05;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr22 37462936 . A G 1566.9 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4598;QD=63.3089;RBI=0.0603273;REFB=0;REVB=0.0301471;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332841;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:94:99:1:52:42:0:0:53:46:0:0 chr22 37469591 . G A 707.84 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.343;QD=62.9193;RBI=0.0186168;REFB=0;REVB=-0.0166589;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133869;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr22 37480797 . C T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.052;QD=58.5825;RBI=0.0294422;REFB=0;REVB=-0.0270082;RO=0;SAF=30;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.68708e-05;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:3:30:0:0:3:30:0:0 chr22 37485724 . T C 2523.86 PASS AF=0.965517;AO=167;DP=178;FAO=168;FDP=174;FR=.;FRO=6;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0100935;FXX=0.0224706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.527;QD=58.0198;RBI=0.0155173;REFB=-0.0216101;REVB=0.0117859;RO=5;SAF=77;SAR=90;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772139;STB=0.501446;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000182207;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:178:174:5:6:167:168:0.965517:90:77:3:2:91:77:3:3 chr22 37538638 . C T 389.18 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0142386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.127;QD=15.1138;RBI=0.0183556;REFB=-0.00670348;REVB=0.0115841;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918006;STB=0.505162;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00943923;OID=.;OPOS=37538638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:25:19:26:33:25:19:26:33 chr22 37578579 . C T 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0305124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9645;QD=16.1121;RBI=0.0441077;REFB=0.0018325;REVB=0.031851;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134699;STB=0.576938;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.000604526;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:5:19:20:9:5:19:20:9 chr22 37578807 . G A 174.66 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0187928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.489;QD=8.03022;RBI=0.0231353;REFB=-0.00530441;REVB=-0.0134935;RO=62;SAF=15;SAR=9;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152972;STB=0.586437;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0149477;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:62:63:24:24:0.275862:9:15:31:31:9:15:32:31 chr22 37581485 . C A 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.495;QD=60.2308;RBI=0.0167779;REFB=0;REVB=0.01635;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17748e-05;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr22 37602583 . G GC 241.29 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3072;QD=38.6059;RBI=0.0230624;REFB=0;REVB=0.0143508;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000654498;OID=.;OPOS=37602584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:25:25:0:10:15:0:0:5:2:10:13:1:1 chr22 37603021 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.236;QD=51.1845;RBI=0.0303356;REFB=0;REVB=-0.000682829;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196296;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr22 37603051 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.567;QD=40.7621;RBI=0.141229;REFB=0;REVB=0.0206058;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00424459;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr22 37603390 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.865;QD=43.4859;RBI=0.0758081;REFB=0;REVB=0.0657823;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021962;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr22 37603744 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0414;QD=56.1895;RBI=0.0355255;REFB=0;REVB=0.00573682;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404528;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr22 37622815 . A G 364.08 PASS AF=0.528571;AO=33;DP=67;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0119155;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.977;QD=20.8047;RBI=0.0171754;REFB=-0.0195449;REVB=0.01237;RO=31;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552866;STB=0.527763;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0166197;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:31:33:33:37:0.528571:16:17:14:17:18:19:15:18 chr22 37637653 . G C 333.11 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00967216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.698;QD=16.4497;RBI=0.00970165;REFB=0.000328098;REVB=0.000755837;RO=45;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410465;STB=0.523098;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.000229888;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:23:13:18:27:23:13:18:27 chr22 37678551 . A G 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0115581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.039;QD=28.0213;RBI=0.0120642;REFB=-0.024877;REVB=0.00345765;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175828;STB=0.596453;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0238199;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:4:14:15:13:4:14 chr22 37678565 . G A 296.84 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0057596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.301;QD=23.2812;RBI=0.0250795;REFB=-0.0195619;REVB=0.0244092;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883679;STB=0.549968;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0191368;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:29:30:0.588235:17:12:6:14:18:12:6:15 chr22 37699377 . T C 949.13 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0537499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.6162;QD=55.8314;RBI=0.0557516;REFB=-0.0721254;REVB=0.014805;RO=2;SAF=22;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410256;STB=0.510635;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000298647;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:1:66:67:0.985294:44:22:2:0:44:23:1:0 chr22 37770630 . G A 489.61 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0589132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5092;QD=19.5845;RBI=0.0740229;REFB=-0.0311999;REVB=-0.0448176;RO=51;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873695;STB=0.5439;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0335491;OID=.;OPOS=37770630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:20:28:25:26:20:28:26:26 chr22 37900276 . A G 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.055791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.821;QD=8.2477;RBI=0.0946665;REFB=-0.00710832;REVB=-0.0764794;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795555;STB=0.567382;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0127736;OID=.;OPOS=37900276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:3:4:9:5:3:4:10:5 chr22 37900762 . G A 267.01 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0243428;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.313;QD=15.7063;RBI=0.0256429;REFB=-0.0256542;REVB=-0.00806153;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324233;STB=0.681705;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0226267;OID=.;OPOS=37900762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:28:10:18:12:28:10 chr22 37900771 . A G 236.1 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0111009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6008;QD=17.4885;RBI=0.0834427;REFB=-0.00318865;REVB=-0.0827009;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185959;STB=0.612591;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00232305;OID=.;OPOS=37900771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:10:17:11:15:10:18 chr22 37906262 . C T 703.76 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0238936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.748;QD=19.414;RBI=0.0244174;REFB=-0.00431018;REVB=0.00503085;RO=75;SAF=33;SAR=37;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447072;STB=0.502471;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00321617;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:37:33:35:40:37:33:35:40 chr22 37906308 . GCTCCTT G 513.05 PASS AF=0.34;AO=67;DP=179;FAO=68;FDP=200;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=-0.0524092;FXX=0.06103;HRUN=1;LEN=6;MLLD=165.595;QD=10.2609;RBI=0.0524394;REFB=-0.00959584;REVB=0.00177759;RO=78;SAF=28;SAR=39;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10514;STB=0.597782;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=0.0210296;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:67:179:68:200:132:29:39:76:56:99:78:28:39:41:37 chr22 37906417 . G A 915.78 PASS AF=0.405405;AO=103;DP=256;FAO=105;FDP=259;FR=.;FRO=154;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=0.0239584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.21;QD=14.1433;RBI=0.0253916;REFB=-0.00862982;REVB=0.00840999;RO=153;SAF=46;SAR=57;SRF=68;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00232788;STB=0.50026;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0124979;OID=.;OPOS=37906417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:153:154:103:105:0.405405:57:46:68:85:58:47:69:85 chr22 37915100 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0551491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.504;QD=11.8129;RBI=0.0591216;REFB=-0.00894585;REVB=-0.0213061;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250481;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.024685;OID=.;OPOS=37915100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:7:16:6:7:7:16 chr22 37962638 . GC G 129.02 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584922;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.8987;QD=30.3574;RBI=0.0839225;REFB=-0.0304271;REVB=0.0601802;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0074943;OID=.;OPOS=37962639;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:17:17:17:0:2:15:0:0:3:1:1:12:0:1 chr22 38043444 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=19;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248957;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=305.258;QD=58.5878;RBI=0.0278039;REFB=0;REVB=0.0123798;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25162e-05;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:19:33:1:12:7:0:0:21:12:0:0 chr22 38051355 . G A 38.14 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1859;QD=16.9511;RBI=0.053409;REFB=-0.0520681;REVB=0.053409;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0513507;OID=.;OPOS=38051355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:9:9:3:3:5:6:0.666667:5:0:0:3:6:0:0:3 chr22 38065590 . GTCC G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0112145;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.746;QD=14.6498;RBI=0.0126937;REFB=-0.0105019;REVB=-0.00594701;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118539;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=0.017897;OID=.;OPOS=38065591;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:13:33:14:33:19:6:8:11:8:99:19:6:7:11:8 chr22 38119213 . G A 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.126;QD=56.9458;RBI=0.0560457;REFB=-0.0320636;REVB=0.0166283;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000628506;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr22 38119754 . TCAA T 102.26 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0040045;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.168;QD=24.0621;RBI=0.00456307;REFB=0.00962771;REVB=0.0021876;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364473;STB=0.710095;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=-0.00648694;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:11:19:11:17:6:2:9:4:2:39:6:2:9:4:2 chr22 38121152 . C A 252.99 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0379192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7676;QD=15.1036;RBI=0.0668822;REFB=-0.0195522;REVB=-0.0550941;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975015;STB=0.55528;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0258746;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:18:20:18:11:18:20 chr22 38122122 . T C 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0424006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1553;QD=14.1718;RBI=0.0529036;REFB=0.00772375;REVB=-0.0316384;RO=47;SAF=5;SAR=27;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279054;STB=0.661494;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0254488;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:27:5:16:31:27:5:16:31 chr22 38122448 . C T 101.31 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0498515;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5867;QD=13.9733;RBI=0.0501273;REFB=-0.0135427;REVB=0.00525062;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224736;STB=0.613324;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0282101;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:17:12:12:0.413793:7:5:3:12:7:5:4:13 chr22 38122462 . A G 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0523486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.615;QD=17.3976;RBI=0.0914534;REFB=-0.0383634;REVB=-0.074989;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228078;STB=0.628964;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0385613;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:2:11:8:5:2:11 chr22 38129332 . G A 967.95 PASS AF=0.620438;AO=82;DP=133;FAO=85;FDP=137;FR=.;FRO=52;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0385747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2046;QD=28.2614;RBI=0.13839;REFB=-0.0336829;REVB=0.132905;RO=51;SAF=52;SAR=30;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199342;STB=0.501447;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0236498;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:51:52:82:85:0.620438:30:52:31:20:33:52:32:20 chr22 38130472 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.945;QD=60.6099;RBI=0.082118;REFB=0;REVB=-0.0805076;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284292;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr22 38170026 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.106;QD=37.4885;RBI=0.0456931;REFB=0;REVB=0.0338815;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61204e-05;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr22 38202552 . T C 837.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154608;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9441;QD=57.7275;RBI=0.0167064;REFB=0;REVB=-0.00632977;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248442;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:59:58:1:33:26:0:0:32:26:0:0 chr22 38202642 . G T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.352;QD=53.933;RBI=0.0358158;REFB=-0.0658563;REVB=-0.0316211;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000109566;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr22 38202734 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.709;QD=55.0986;RBI=0.0272108;REFB=0;REVB=0.0264881;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001085;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr22 38204089 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.658;QD=58.7817;RBI=0.032841;REFB=0;REVB=0.0017888;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85023e-05;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr22 38341134 . T C 1129.92 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.308;QD=60.2625;RBI=0.0406955;REFB=0;REVB=-0.0199674;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71265e-05;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:32:41:0:0:32:43:0:0 chr22 38369976 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.417;QD=42.1826;RBI=0.0256302;REFB=0;REVB=-0.0254482;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222386;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr22 38382243 . C A 858.95 PASS AF=0.447619;AO=93;DP=213;FAO=94;FDP=210;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=49;FWDB=-0.00895691;FXX=0.0232547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9967;QD=16.3609;RBI=0.0162326;REFB=-0.0371184;REVB=0.0135378;RO=115;SAF=43;SAR=50;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119307;STB=0.566081;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0317371;OID=.;OPOS=38382243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:210:115:116:93:94:0.447619:50:43:67:48:51:43:67:49 chr22 38474696 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.377;QD=56.1915;RBI=0.0332282;REFB=0;REVB=0.0180218;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417311;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr22 38477930 . G A 133.53 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.012204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.771;QD=17.2298;RBI=0.0496461;REFB=-0.0312467;REVB=0.0481227;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.549291;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0566867;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:8:7:8:7:8:7:9:7 chr22 38503847 . C T 375.74 PASS AF=0.933333;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.95;QD=50.099;RBI=0.0321047;REFB=-0.0921482;REVB=0.0121434;RO=2;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841887;STB=0.545421;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00134733;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:30:2:2:26:28:0.933333:10:16:0:2:10:18:0:2 chr22 38506509 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.15;QD=54.5146;RBI=0.0306544;REFB=0;REVB=0.0278504;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53282e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:4:20:0:0:5:20:0:0 chr22 38611045 . C A 575.51 PASS AF=0.363636;AO=68;DP=187;FAO=68;FDP=187;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=-0.0215811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.395;QD=12.3103;RBI=0.0244741;REFB=-0.0149676;REVB=-0.0115428;RO=115;SAF=46;SAR=22;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132783;STB=0.577905;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0244496;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:115:119:68:68:0.363636:22:46:65:50:22:46:67:52 chr22 38611080 . C G 858.46 PASS AF=0.524691;AO=83;DP=164;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00881515;FXX=0.0299383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.089;QD=21.1966;RBI=0.0442953;REFB=-0.0180338;REVB=-0.0434093;RO=73;SAF=41;SAR=42;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695024;STB=0.524994;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.012814;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:73:77:83:85:0.524691:42:41:42:31:42:43:43:34 chr22 38615536 . A T 68.62 PASS AF=0.785714;AO=7;DP=12;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0382643;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=58.5578;QD=19.6066;RBI=0.0634883;REFB=-0.179867;REVB=0.0506617;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0229825;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:14:4:3:7:11:0.785714:2:5:2:2:6:5:2:1 chr22 38620907 . G T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0186856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.98;QD=16.3814;RBI=0.0219475;REFB=-0.0215975;REVB=-0.0115126;RO=47;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163798;STB=0.59254;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0306821;OID=.;OPOS=38620907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:26:11:21:26:26:11:21:26 chr22 38643800 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0142241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.548;QD=17.9409;RBI=0.0143271;REFB=-0.00575366;REVB=-0.00171531;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131428;STB=0.559524;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0111041;OID=.;OPOS=38643800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:14:7:9:10:14:8 chr22 38757547 . G C 63.72 PASS AF=0.108108;AO=16;DP=149;FAO=16;FDP=148;FR=.;FRO=132;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=68;FWDB=-0.001597;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2493;QD=1.72228;RBI=0.0129215;REFB=-0.00109849;REVB=0.0128224;RO=132;SAF=2;SAR=14;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463497;STB=0.848796;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0148497;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:148:132:132:16:16:0.108108:14:2:64:68:14:2:64:68 chr22 38757572 . T C 79.92 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00683347;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.167;QD=3.89868;RBI=0.00808217;REFB=-0.00288193;REVB=0.00431569;RO=67;SAF=2;SAR=12;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487453;STB=0.830957;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159898;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:84:82:67:68:14:14:0.170732:12:2:34:33:12:2:35:33 chr22 38823136 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.083;QD=53.2761;RBI=0.0663054;REFB=0;REVB=0.0604762;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417242;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr22 38881701 . T A 83.15 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=19;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00187048;FXX=0.0454339;HRUN=14;LEN=1;MLLD=104.871;QD=15.8389;RBI=0.0394999;REFB=-0.0272674;REVB=-0.0394556;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204038;STB=0.624776;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0169513;OID=.;OPOS=38881701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:19:21:8:11:11:10:0.47619:4:7:7:1:4:6:9:2 chr22 38881702 . T A 53.82 PASS AF=0.32;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0144963;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=117.16;QD=8.61083;RBI=0.0625861;REFB=-0.0115527;REVB=-0.0608841;RO=14;SAF=7;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715958;STB=0.68796;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00564419;OID=.;OPOS=38881702;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:25:14:17:7:8:0.32:0:7:10:4:1:7:12:5 chr22 38881703 . T A 47.55 PASS AF=0.28;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.00308903;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=109.812;QD=7.60798;RBI=0.0987226;REFB=-0.00414405;REVB=-0.0986743;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548502;STB=0.807911;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00988454;OID=.;OPOS=38881703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:25:15:18:7:7:0.28:4:3:14:1:4:3:16:2 chr22 38881706 . T A 62.56 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0122176;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=115.734;QD=8.0726;RBI=0.0125617;REFB=-0.00686701;REVB=-0.00291997;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168149;STB=0.590701;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00392938;OID=.;OPOS=38881706;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:11:10:3:6:12:10 chr22 39127727 . A C 53.8 PASS AF=0.215686;AO=15;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.00525986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3088;QD=4.21969;RBI=0.0241006;REFB=-0.0303755;REVB=0.0235196;RO=28;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380097;STB=0.55297;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.208722;OID=.;OPOS=39127727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:51:51:28:40:15:11:0.215686:3:12:23:5:2:9:31:9 chr22 39148537 . T C 1343.05 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525085;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9318;QD=62.4673;RBI=0.0534192;REFB=0;REVB=0.00982197;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144885;OID=.;OPOS=39148537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr22 39178701 . A G 740.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3106;QD=54.882;RBI=0.0393673;REFB=-0.139864;REVB=0.00043826;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000920713;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:1:0:20:33:1:0 chr22 39222652 . G A 1153.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.358;QD=60.7036;RBI=0.0248832;REFB=0;REVB=0.0174754;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157733;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:23:53:0:0:23:53:0:0 chr22 39357581 . C T 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0184473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.36;QD=7.30255;RBI=0.019756;REFB=0.00521954;REVB=0.00707073;RO=42;SAF=3;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458464;STB=0.782221;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0304589;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:12:3:24:18:12:3:24:18 chr22 39382079 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.724;QD=51.1846;RBI=0.0651639;REFB=0;REVB=0.0207584;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455196;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr22 39441096 . G T 341.26 PASS AF=0.29932;AO=44;DP=148;FAO=44;FDP=147;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.00310683;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.944;QD=9.28611;RBI=0.00358912;REFB=-0.00550185;REVB=-0.00179704;RO=100;SAF=18;SAR=26;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144176;STB=0.594151;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00933473;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:100:103:44:44:0.29932:26:18:53:47:26:18:56:47 chr22 39441203 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.018083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.52;QD=17.0891;RBI=0.0183135;REFB=0.00636793;REVB=-0.00289667;RO=28;SAF=4;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400492;STB=0.729519;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00564;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:21:4:14:14:21:4:14:14 chr22 39445554 . G A 189.85 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0123889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.684;QD=11.3344;RBI=0.0350464;REFB=-0.00508869;REVB=-0.0327836;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105749;STB=0.561352;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00653243;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:14:10:22:21:14:10:22:21 chr22 39496412 . G C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0380494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.144;QD=13.9117;RBI=0.038302;REFB=-0.0139236;REVB=-0.00439144;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406559;STB=0.731502;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0186682;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:14:7:23:8:14:7:23:8 chr22 39497300 . A G 536.34 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00838523;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1151;QD=20.8288;RBI=0.0286295;REFB=-0.00911659;REVB=-0.027374;RO=49;SAF=28;SAR=26;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992462;STB=0.545891;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0144549;OID=.;OPOS=39497300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:48:54:55:0.533981:26:28:31:18:26:29:30:18 chr22 39497404 . G C 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00959717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.676;QD=15.4295;RBI=0.0171365;REFB=-0.0193756;REVB=-0.014197;RO=58;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117447;STB=0.566059;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0267164;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:17:27:29:29:17:27:29:29 chr22 39497452 . A G 243.46 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0224256;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3358;QD=17.0853;RBI=0.0226709;REFB=-0.00813046;REVB=-0.00332552;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.566879;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0087753;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:14:16:11:16:14:16 chr22 39497454 . G C 264.27 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0795288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.9845;QD=18.8765;RBI=0.0830301;REFB=-0.0282737;REVB=0.0238573;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.568726;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0243544;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:11:17:12:15:12:17:12:15 chr22 39497509 . A G 519.33 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6835;QD=59.3521;RBI=0.100885;REFB=0;REVB=-0.0729982;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257115;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr22 39498038 . G C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0155647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.663;QD=21.944;RBI=0.0344412;REFB=-0.0103357;REVB=0.0307236;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304631;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:6:6:8:8:6:6 chr22 39499653 . C T 120.26 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0123327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.337;QD=24.0516;RBI=0.0334803;REFB=-0.0245268;REVB=0.0311262;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.587653;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0128453;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:2:5:6:7:2:5 chr22 39570168 . A G 88.75 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0140189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.259;QD=14.7908;RBI=0.0193973;REFB=-0.00865541;REVB=0.0134061;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195771;STB=0.615163;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0132835;OID=.;OPOS=39570168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:6:7:8:3:6:7 chr22 39570230 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00331771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3006;QD=19.5764;RBI=0.0252829;REFB=-0.0257547;REVB=0.0250643;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985494;STB=0.561814;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0240206;OID=.;OPOS=39570230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:17:16:18:12:17:16:19:12 chr22 39709009 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.605;QD=64.4153;RBI=0.0790357;REFB=0;REVB=0.0337062;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327254;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr22 39712981 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.583;QD=59.8394;RBI=0.0318473;REFB=0;REVB=0.0109099;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92316e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr22 39770597 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.748;QD=51.1829;RBI=0.0536816;REFB=0;REVB=0.0476535;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941128;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 923.47 PASS AF=1;AO=59;DP=79;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300396;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=3;MLLD=272.04;QD=58.6333;RBI=0.0303176;REFB=0;REVB=0.00409642;RO=17;SAF=22;SAR=37;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.45057e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:79:63:63:0:25:38:0:0:5:17:22:37:13:4 chr22 39781585 . C T 1498.13 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7937;QD=63.079;RBI=0.0218471;REFB=0;REVB=0.0114343;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714514;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:47:48:0:0 chr22 39883736 . G C 252.16 PASS AF=0.478261;AO=12;DP=49;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000538457;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.086;QD=21.9273;RBI=0.0865702;REFB=-0.0115831;REVB=0.0865685;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.590083;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0236132;OID=.;OPOS=39883736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:24:22:12:22:0.478261:3:9:15:9:12:10:14:8 chr22 39887686 . A G 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0194753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.018;QD=8.12744;RBI=0.0217385;REFB=-0.00662204;REVB=-0.00965781;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943631;STB=0.545372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0180998;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:5:6:13:15:5:6:14:15 chr22 39913557 . G A 407.67 PASS AF=0.427273;AO=44;DP=108;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00345317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5397;QD=14.8244;RBI=0.039428;REFB=-0.0241057;REVB=0.0392765;RO=61;SAF=34;SAR=10;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227839;STB=0.599074;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0332377;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:61:63:44:47:0.427273:10:34:36:25:13:34:36:27 chr22 39917515 . A C 101.56 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00984883;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.102;QD=15.625;RBI=0.00989045;REFB=-0.00864559;REVB=-0.000906448;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0141042;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:8:6:6:6:8:6 chr22 39966856 . C T 591.56 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00504922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6207;QD=56.3393;RBI=0.053539;REFB=-0.0741135;REVB=0.0533004;RO=1;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153811;STB=0.516121;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0384579;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:30:10:0:1:30:10:0:2 chr22 40054948 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.849;QD=58.5851;RBI=0.0908831;REFB=0;REVB=0.0628323;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85578e-05;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr22 40057273 . T C 1719.42 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.19;QD=58.7836;RBI=0.0601411;REFB=-0.102537;REVB=0.0535199;RO=2;SAF=64;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185788;STB=0.500978;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00217463;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:51:64:1:1:51:64:1:1 chr22 40417780 . C T 545.18 PASS AF=0.533981;AO=55;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00106219;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.844;QD=21.1719;RBI=0.00346457;REFB=-0.0370337;REVB=-0.00329773;RO=46;SAF=15;SAR=40;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116276;STB=0.578482;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0243313;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:48:55:55:0.533981:40:15:18:28:40:15:20:28 chr22 40417820 . A G 261.99 PASS AF=0.508772;AO=26;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0217021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.986;QD=18.385;RBI=0.0275484;REFB=-0.02097;REVB=0.0169686;RO=28;SAF=6;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10918;STB=0.577832;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0177668;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:28:26:29:0.508772:20:6:9:19:23:6:9:19 chr22 40673999 . C T 961.1 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0998;QD=58.2487;RBI=0.129683;REFB=0;REVB=0.127612;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426665;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:24:33:0:0:30:36:0:0 chr22 40720704 . A G 3036.79 PASS AF=0.99005;AO=199;DP=201;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0408131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.247;QD=60.4336;RBI=0.0546563;REFB=-0.143525;REVB=-0.0363539;RO=1;SAF=124;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038257;STB=0.501303;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00102829;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:201:201:1:2:199:199:0.99005:75:124:1:0:75:124:1:1 chr22 40722745 . A G 648.07 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00793844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.858;QD=57.6063;RBI=0.0251749;REFB=-0.0925285;REVB=0.0238906;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.520824;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00193937;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:23:20:0:1:23:20:0:2 chr22 40726749 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0196297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.193;QD=17.9915;RBI=0.024782;REFB=-0.00504592;REVB=-0.0151269;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168416;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00528016;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:14:16:16:13:14:16 chr22 40726762 . A G 211.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0327188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7423;QD=16.616;RBI=0.0365501;REFB=-0.00668875;REVB=-0.0162907;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288886;STB=0.516393;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0149537;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:13:15:13:10:13:15 chr22 40731777 . G A 54.84 PASS AF=0.169492;AO=14;DP=65;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0217774;FXX=0.106045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.852;QD=3.71827;RBI=0.0232014;REFB=-0.00152735;REVB=0.00800316;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166222;STB=0.804765;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0325842;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:59:46:49:14:10:0.169492:6:8:20:26:2:8:21:28 chr22 40803186 . G T 141.08 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0192271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3239;QD=13.436;RBI=0.0810213;REFB=-0.0215883;REVB=0.0787068;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0392637;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:15:11:8:8:15:11 chr22 40814500 . T C 104.57 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00188378;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.521;QD=18.187;RBI=0.00768559;REFB=-0.0292318;REVB=-0.00745115;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0361901;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr22 41075543 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0294;QD=40.7627;RBI=0.0963713;REFB=0;REVB=-0.0623335;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00898408;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr22 41075695 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.12;QD=54.5156;RBI=0.0113451;REFB=0;REVB=-0.00888444;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97297e-06;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr22 41253239 . C T 213.96 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0217274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.575;QD=14.7556;RBI=0.0217365;REFB=-1.6785e-05;REVB=-0.000628222;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235893;STB=0.556051;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000140985;OID=.;OPOS=41253239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:33:25:25:0.431034:18:7:9:21:18:7:12:21 chr22 41303623 . C A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0023237;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.102;QD=13.2241;RBI=0.014498;REFB=-0.0074951;REVB=-0.0143106;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103749;STB=0.559274;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00922981;OID=.;OPOS=41303623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:13:23:13:11:13:23 chr22 41551039 . T A 1275.27 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00379784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.885;QD=59.3151;RBI=0.0076431;REFB=-0.0537982;REVB=0.00663276;RO=2;SAF=41;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225432;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000194976;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:43:41:2:0:43:41:2:0 chr22 41604399 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0703182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9345;QD=26.0263;RBI=0.125569;REFB=-0.121372;REVB=0.104033;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0290982;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr22 41617318 . G C 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.571;QD=60.2021;RBI=0.0222331;REFB=0;REVB=0.00719778;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20492e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr22 41645757 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.799;QD=39.2068;RBI=0.0395946;REFB=0;REVB=-0.0132468;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454479;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr22 41736138 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0106258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.105;QD=21.1691;RBI=0.0107585;REFB=-0.00842332;REVB=0.00168426;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367917;STB=0.713672;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00249624;OID=.;OPOS=41736138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:0:3:2:5:0:3 chr22 41829794 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.89;QD=45.8068;RBI=0.0370568;REFB=0;REVB=0.0369536;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236866;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr22 41833116 . C T 357.82 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.215;QD=49.354;RBI=0.0178155;REFB=-0.244986;REVB=0.00521252;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772824;STB=0.541636;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00506962;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:16:11:2:0:16:11:2:0 chr22 41903813 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.955;QD=58.2396;RBI=0.0295862;REFB=0;REVB=0.0274581;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94293e-05;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr22 42089623 . TG CA,CG 717.08 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,48;DP=50;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507566,0.0211747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=86.0315,132.336;QD=56.2418;RBI=0.022496,0.0212032;REFB=0,0;REVB=-0.0219159,0.00109976;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0199547,-0.00028308;OID=.,.;OPOS=42089623,42089623;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:51:0:0:2,48:2,49:0.0392157,0.960784:0,23:2,25:0:0:0,24:2,25:0:0 chr22 42159229 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8229;QD=60.609;RBI=0.00754763;REFB=0;REVB=0.00546032;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154408;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr22 42336172 . G A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0229732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.145;QD=19.0234;RBI=0.0234732;REFB=-0.0213832;REVB=0.0048191;RO=35;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158093;STB=0.587598;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0190849;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:19:16:10:25:19:16:10:25 chr22 42416056 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.628;QD=57.2374;RBI=0.0207882;REFB=0;REVB=0.00386478;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31132e-05;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr22 42423110 . G C 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.898;QD=60.9589;RBI=0.0114712;REFB=0;REVB=0.00971126;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87368e-05;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr22 42428727 . A T 1438.38 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156505;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8169;QD=63.2254;RBI=0.0483301;REFB=0;REVB=0.045726;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183986;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:39:50:0:0:40:51:0:0 chr22 42463814 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.527;QD=59.4351;RBI=0.0297474;REFB=0;REVB=0.020456;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255888;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr22 42473603 . C T 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.045476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.926;QD=12.6184;RBI=0.0466574;REFB=-0.0223407;REVB=-0.0104328;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163548;STB=0.594183;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0296165;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:15:9:20:18:15:9:20:18 chr22 42522613 . G C 138.11 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00431309;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.47;QD=19.0496;RBI=0.0111181;REFB=-0.00818242;REVB=-0.0102474;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103688;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0113637;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:10:4:6:9:10:4 chr22 42523943 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=60.9784;RBI=0.031231;REFB=0;REVB=-0.0145815;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86261e-05;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr22 42525756 . G A 249.19 PASS AF=0.394737;AO=26;DP=72;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00949461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.265;QD=13.1151;RBI=0.063598;REFB=-0.0269987;REVB=0.0628853;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279895;STB=0.65374;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0268259;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:41:46:26:30:0.394737:9:17:16:25:9:21:21:25 chr22 42526694 . G A 615.64 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.03364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.21;QD=26.4789;RBI=0.0337149;REFB=-0.0279636;REVB=-0.00224612;RO=37;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573481;STB=0.536994;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0182473;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:38:55:55:0.591398:31:24:19:18:31:24:20:18 chr22 42536313 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0237348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.877;QD=20.2097;RBI=0.0257868;REFB=-0.00312597;REVB=0.0100806;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00346633;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr22 42537196 . T C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460627;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.772;QD=53.3353;RBI=0.0129737;REFB=0;REVB=0.0121284;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65735e-05;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr22 42537252 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0686018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.29;QD=3.67726;RBI=0.0698442;REFB=-0.00309751;REVB=0.0131147;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276154;STB=0.687005;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0202295;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:6:2:20:23:6:2:20:24 chr22 42537271 . T C 537.86 PASS AF=0.712121;AO=46;DP=65;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.014642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.5;QD=32.5976;RBI=0.0278628;REFB=-0.0230912;REVB=0.0237055;RO=19;SAF=19;SAR=27;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548158;STB=0.532609;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0101677;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:19:19:46:47:0.712121:27:19:6:13:27:20:6:13 chr22 42537404 . G C 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00331156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.894;QD=56.2118;RBI=0.0140917;REFB=-0.0488075;REVB=0.0136971;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241918;STB=0.512816;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000415786;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:42:19:1:0:42:19:1:0 chr22 42537597 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0028497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.724;QD=12.6375;RBI=0.0152644;REFB=-0.00400404;REVB=-0.0149961;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0055776;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:12:9:9:4:12:9 chr22 42538029 . A G 912.72 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00117423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.585;QD=55.3163;RBI=0.0151578;REFB=-0.0678562;REVB=0.0151122;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00152488;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:66:0:2:63:64:0.969697:30:33:0:0:30:34:2:0 chr22 42538508 . AG GA 95.11 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325918;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.073;QD=34.5852;RBI=0.0443634;REFB=-0.0840564;REVB=-0.030098;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=mnp;VARB=0.006443;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:11:0:1:10:10:0.909091:2:8:0:0:2:8:0:1 chr22 42538670 . G T 92.17 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0329926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1093;QD=18.435;RBI=0.0405538;REFB=-0.0217559;REVB=0.0235817;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283331;STB=0.660123;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0075634;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:1:8:6:5:1:8 chr22 42538876 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.876;QD=45.8059;RBI=0.0511059;REFB=0;REVB=0.00569926;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865101;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr22 42609148 . T C 38.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0150926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.893;QD=12.9889;RBI=0.0753583;REFB=0.000293395;REVB=0.0738315;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00204805;OID=.;OPOS=42609148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:5:6:0.5:2:3:4:2:3:3:4:2 chr22 42912106 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0291294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.967;QD=14.3343;RBI=0.0321736;REFB=-0.00775158;REVB=-0.0136607;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00440934;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:8:2:5:4:8:2 chr22 42961277 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.03977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.853;QD=25.4671;RBI=0.0518032;REFB=0.023647;REVB=-0.0331951;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154191;STB=0.588033;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00459447;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:2:1:6:3:2:1 chr22 42965169 . A AG 173.75 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0177063;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.964;QD=18.289;RBI=0.0177967;REFB=-0.0133451;REVB=0.00179137;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=ins;VARB=0.0176869;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:18:39:18:38:20:11:7:11:9:99:20:11:7:11:9 chr22 42970032 . T C 149.03 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0441575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.161;QD=18.629;RBI=0.0462101;REFB=-0.010404;REVB=0.0136192;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0110755;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:7:9:8:8:7:9 chr22 43036245 . G A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0106218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.058;QD=22.6428;RBI=0.0108693;REFB=-0.0163905;REVB=0.00230629;RO=34;SAF=17;SAR=25;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589468;STB=0.503245;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0136844;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:25:17:14:20:25:17:14:20 chr22 43089055 . G C 137.63 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5051;QD=39.3213;RBI=0.0727274;REFB=-0.208889;REVB=0.0653644;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0215539;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:14:1:1:12:13:0.928571:6:6:1:0:7:6:1:0 chr22 43193641 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00752917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.394;QD=9.49516;RBI=0.0103713;REFB=-0.0138424;REVB=-0.00713266;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289569;STB=0.674818;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0391551;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:15:9:7:4:15:9 chr22 43206950 . A C 271.31 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0494535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8363;QD=23.5923;RBI=0.108196;REFB=0.0328368;REVB=0.0962322;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230085;STB=0.62749;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0218269;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:16:5:13:12:16:5 chr22 43435812 . C T 206.67 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.68;QD=45.9266;RBI=0.0676145;REFB=-0.0304362;REVB=0.0271434;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229148;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:4:14:0:0 chr22 43455432 . G A 1661.74 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325444;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.279;QD=60.4271;RBI=0.0221828;REFB=0;REVB=-0.0219428;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01547e-05;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:65:44:0:0:65:45:0:0 chr22 43466217 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.946;QD=52.6128;RBI=0.0191076;REFB=0;REVB=-0.00498498;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27486e-05;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 43466247 . G C 190.01 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.525;QD=47.5015;RBI=0.0739263;REFB=0;REVB=0.0261146;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721028;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr22 43529314 . G C 508.64 PASS AF=0.505155;AO=47;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0359292;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.267;QD=20.9747;RBI=0.0364552;REFB=-0.0298666;REVB=0.00617009;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206227;STB=0.616392;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0300763;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:48:47:49:0.505155:22:25:15:34:22:27:15:33 chr22 43558926 . A G 1102.0 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418308;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5769;QD=60.3835;RBI=0.0593068;REFB=0;REVB=-0.0420414;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587738;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr22 43563672 . A G 336.16 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3656;QD=53.7852;RBI=0.090044;REFB=0;REVB=0.0793954;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108244;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr22 43606143 . C G,T 1237.26 PASS AF=0.0365854,0.963415;AO=3,78;DP=82;FAO=3,79;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=2,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176327,-0.00406836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.852,66.9418;QD=60.3542;RBI=0.0207914,0.0270663;REFB=0,0;REVB=-0.0110168,0.0267588;RO=0;SAF=1,38;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.42134e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.142678,0.000467124;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:82:82:0:0:3,78:3,79:0.0365854,0.963415:2,40:1,38:0:0:2,41:1,38:0:0 chr22 43614316 . C G 236.47 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00755412;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.384;QD=13.3221;RBI=0.012421;REFB=-0.0131191;REVB=-0.00985986;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076763;STB=0.550571;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0184806;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:43:28:28:0.394366:16:12:22:22:16:12:22:21 chr22 43830996 . C T 544.74 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0161408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.075;QD=18.6235;RBI=0.0296628;REFB=-0.0253417;REVB=0.0248869;RO=59;SAF=28;SAR=29;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625501;STB=0.530106;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0244442;OID=.;OPOS=43830996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:60:57:57:0.487179:29:28:33:26:29:28:33:27 chr22 43831056 . C T 443.67 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.039691;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.051;QD=17.7469;RBI=0.0404594;REFB=-0.02579;REVB=-0.00784732;RO=53;SAF=27;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625931;STB=0.534869;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0167868;OID=.;OPOS=43831056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:20:27:27:26:20:27:27:26 chr22 43933408 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0375662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.097;QD=8.81108;RBI=0.0402138;REFB=-0.0149199;REVB=-0.0143501;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194949;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.059062;OID=.;OPOS=43933408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:2:9:4:2:2:9 chr22 43976396 . G A 475.9 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00993008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.268;QD=19.2282;RBI=0.0121383;REFB=-0.00635437;REVB=0.00698081;RO=51;SAF=26;SAR=20;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118711;STB=0.553796;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00938663;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:51:52:46:47:0.474747:20:26:35:16:20:27:35:17 chr22 44083442 . T C 168.43 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0556999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4804;QD=10.3652;RBI=0.0557904;REFB=-0.0127664;REVB=0.00317582;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680878;STB=0.538427;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0322774;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:43:22:22:0.338462:11:11:23:18:11:11:24:19 chr22 44112845 . C T 1587.1 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1533;QD=64.1253;RBI=0.0611871;REFB=0;REVB=0.0062556;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177119;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr22 44178103 . T C 725.73 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0324111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9174;QD=17.7008;RBI=0.0381466;REFB=-0.0171994;REVB=0.0201167;RO=84;SAF=32;SAR=45;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103049;STB=0.560508;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0245692;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:87:77:77:0.469512:45:32:44:40:45:32:46:41 chr22 44221565 . C A,CAATA 645.11 PASS AF=0.03125,0.8125;AO=6,38;DP=64;FAO=2,52;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=0,29;FSAR=2,23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0115978,-0.00866769;FXX=0.0724533;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=142.542,109.318;QD=40.3192;RBI=0.0116008,0.0116167;REFB=-0.00651943,-0.0319559;REVB=-0.000265339,0.00773424;RO=11;SAF=2,24;SAR=4,14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132203,0.0772771;STB=0.992555,0.541702;STBP=0.336,0.132;TYPE=snp,ins;VARB=0.105612,0.0109051;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:64:64:11:10:6,38:2,52:0.03125,0.8125:4,14:2,24:5:6:2,23:0,29:3:7 chr22 44282276 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0076703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.686;QD=18.1543;RBI=0.00768069;REFB=-0.00334047;REVB=0.000399338;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418656;STB=0.523787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0047249;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:13:12:11:10:13:12 chr22 44282307 . G A 173.93 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0329397;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.668;QD=18.3087;RBI=0.0437154;REFB=0.0262249;REVB=0.0287404;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0136502;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:11:9:9:9:11:9 chr22 44285765 . A G 246.0 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0342606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.16;QD=23.9997;RBI=0.0360658;REFB=-0.0104231;REVB=-0.0112671;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11138;STB=0.568658;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00686518;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:7:15:10:8:7:16:10:8 chr22 44286950 . G A 238.99 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0119215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.847;QD=27.3126;RBI=0.013894;REFB=-0.0306698;REVB=-0.00713576;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230733;STB=0.519982;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0141435;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:12:9:6:7:13:9:6:7 chr22 44324727 . C G 1200.42 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.442;QD=58.5569;RBI=0.0229411;REFB=-0.0203354;REVB=0.0154767;RO=2;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000577374;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=9.09632e-05;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:41:39:1:1:41:39:1:1 chr22 44324730 . C T 1245.24 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.9346;QD=61.4935;RBI=0.019077;REFB=0;REVB=-0.0149035;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95413e-05;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:40:39:0:0:41:40:0:0 chr22 44342116 . A G 825.51 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.934;QD=54.1315;RBI=0.033698;REFB=-0.0367274;REVB=0.0183411;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00120208;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:0:2:59:59:0.967213:31:28:0:0:31:28:0:2 chr22 44368122 . A G 972.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.033;QD=58.967;RBI=0.0677508;REFB=0;REVB=0.0422084;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047763;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr22 44368204 . A G 1345.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665074;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5781;QD=62.5729;RBI=0.0689205;REFB=0;REVB=-0.0180775;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635437;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr22 44372632 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.253;QD=51.1846;RBI=0.0338443;REFB=0;REVB=0.017493;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202674;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 44379822 . T C 608.04 PASS AF=0.875;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00826006;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.114;QD=50.6702;RBI=0.00826782;REFB=-0.0203358;REVB=-0.000358177;RO=4;SAF=24;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720548;STB=0.512189;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0027182;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:48:4:6:42:42:0.875:18:24:4:0:18:24:4:2 chr22 44379838 . A G 687.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329704;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.544;QD=62.5258;RBI=0.034374;REFB=0;REVB=0.00972243;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027806;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr22 44395451 . T C 346.88 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161298;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.345;QD=55.5011;RBI=0.0868138;REFB=0;REVB=0.0853022;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445501;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr22 44489868 . T C 283.69 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0614937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2901;QD=19.9079;RBI=0.0885563;REFB=0.0112047;REVB=-0.063724;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164353;STB=0.591555;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0127835;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:15:12:19:11:15:12 chr22 44489896 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0313104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.615;QD=17.7533;RBI=0.0321026;REFB=-0.00932814;REVB=-0.00708768;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193008;STB=0.60903;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00909633;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:17:8:14:13:17:8:14:13 chr22 44546582 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0128664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.484;QD=16.5776;RBI=0.0162227;REFB=-0.00330631;REVB=-0.00988092;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127317;STB=0.571385;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00338581;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:14:24:16:16:14:24 chr22 44582499 . T C 216.27 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00186711;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.89;QD=19.6606;RBI=0.0263222;REFB=-0.0109409;REVB=0.0262559;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135142;STB=0.516113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0106486;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:23:23:20:21:0.477273:5:15:17:6:5:16:17:6 chr22 44602229 . A C 301.32 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00449506;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.034;QD=16.2875;RBI=0.00498059;REFB=-0.00114239;REVB=-0.00214493;RO=40;SAF=25;SAR=8;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234555;STB=0.501113;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000756116;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:41:33:33:0.445946:8:25:31:9:8:25:31:10 chr22 44645332 . G A 237.97 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0235777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.311;QD=16.1332;RBI=0.0235819;REFB=-0.0222189;REVB=-0.000442204;RO=32;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954627;STB=0.554221;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.026188;OID=.;OPOS=44645332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:22:5:8:24:22:5:8:24 chr22 44681612 . A G 164.51 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0331339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3938;QD=16.8732;RBI=0.055095;REFB=-0.0439423;REVB=0.0440183;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291976;STB=0.504499;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0339037;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:17:18:0.461538:6:11:13:8:7:11:13:8 chr22 44891370 . T C 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00444439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.239;QD=24.493;RBI=0.00609022;REFB=-0.0115383;REVB=0.00416392;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206349;STB=0.615272;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00822619;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:6:9:7:14:6:9 chr22 44893563 . A G 318.08 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00348366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.689;QD=23.1327;RBI=0.0565379;REFB=-0.000280274;REVB=-0.0564305;RO=22;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056731;STB=0.52217;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00102929;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:17:15:12:10:17:15:12:11 chr22 44965320 . G A 192.96 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0238436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0418;QD=12.0603;RBI=0.0492578;REFB=-0.0311451;REVB=0.0431024;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379329;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:20:20:12:12:20:20 chr22 45075738 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.325;QD=59.4327;RBI=0.0305354;REFB=0;REVB=-0.00325453;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36136e-05;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr22 45126775 . T C 276.54 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0175991;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.995;QD=13.1688;RBI=0.0287391;REFB=-0.0214527;REVB=0.0227202;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523523;STB=0.538898;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0297531;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:52:31:32:0.380952:14:17:25:25:14:18:26:26 chr22 45128232 . T C 2042.53 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6574;QD=60.9709;RBI=0.0367394;REFB=-0.0853251;REVB=0.0308401;RO=1;SAF=56;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414216;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:134:1:0:132:134:1:76:56:1:0:76:58:0:0 chr22 45132687 . G A 467.21 PASS AF=0.365385;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=0.00342639;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.446;QD=11.9796;RBI=0.00977463;REFB=-0.00797383;REVB=-0.00915441;RO=99;SAF=28;SAR=29;SRF=65;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18457;STB=0.604538;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00996314;OID=.;OPOS=45132687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:99:99:57:57:0.365385:29:28:65:34:29:28:65:34 chr22 45198009 . A G 220.25 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0556443;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9636;QD=22.5894;RBI=0.0700652;REFB=-0.0414424;REVB=-0.0425775;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425242;STB=0.510992;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0367788;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:17:18:21:21:0.538462:10:11:8:9:10:11:9:9 chr22 45244930 . C T 154.7 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0981995;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.516;QD=19.3371;RBI=0.0982795;REFB=-0.0108818;REVB=-0.00396531;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191979;STB=0.597446;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00813775;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:17:16:16:16:0.5:7:9:13:4:7:9:12:4 chr22 45255580 . G C 208.29 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0193627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.156;QD=11.4132;RBI=0.0257846;REFB=-0.0142365;REVB=-0.0170275;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109388;STB=0.55669;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0370641;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:11:15:22:24:11:15:23:24 chr22 45255637 . G C 263.67 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.000871818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4615;QD=12.8618;RBI=0.0457295;REFB=-0.00786901;REVB=-0.0457212;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187338;STB=0.606596;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00937047;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:16:15:16:35:16:15:16:35 chr22 45566843 . A G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00531405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.973;QD=21.3987;RBI=0.0100435;REFB=-0.00498154;REVB=0.00852245;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639925;STB=0.535352;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00305706;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:17:11:16:18:17:11 chr22 45566912 . C A 298.83 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.012162;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.217;QD=23.4374;RBI=0.0151946;REFB=-0.0149879;REVB=-0.00910823;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311816;STB=0.509797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0153601;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:14:15:10:11:15:15:10:11 chr22 45574196 . CCCT C 54.05 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0191409;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=3;MLLD=243.385;QD=4.60023;RBI=0.0194308;REFB=-0.011779;REVB=-0.00334405;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0.366849;SSEP=0;SSSB=0.360431;STB=0.724889;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.0342431;OID=.;OPOS=45574197;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:12:42:12:47:35:9:3:16:19:54:27:9:3:12:15 chr22 45579422 . A G 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00730716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.489;QD=19.5218;RBI=0.0132429;REFB=-0.00773394;REVB=0.0110445;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207763;STB=0.619531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00242829;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:5:7:11:3:5:7 chr22 45580836 . G C 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0011605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.034;QD=15.4987;RBI=0.0273512;REFB=-0.00219631;REVB=-0.0273266;RO=67;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930134;STB=0.55207;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00222341;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:25:26:28:39:25:26:28:39 chr22 45583740 . G C 101.09 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0115384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.818;QD=8.4245;RBI=0.0136092;REFB=-0.0106358;REVB=-0.00721625;RO=34;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452534;STB=0.783273;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0149492;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:3:10:13:21:3:10:13:22 chr22 45583803 . A G 187.51 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0212078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.632;QD=12.7123;RBI=0.0244342;REFB=-0.0223721;REVB=-0.012135;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285958;STB=0.663656;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0569103;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:9:14:12:24:9:14:12:24 chr22 45583898 . A G 591.87 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0118291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.277;QD=56.3687;RBI=0.0147227;REFB=-0.0489988;REVB=0.00876526;RO=2;SAF=12;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719402;STB=0.538442;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000337858;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:28:12:2:0:28:12:2:0 chr22 45683246 . C T 178.76 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0334628;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.715;QD=15.544;RBI=0.03648;REFB=-0.00744967;REVB=0.014527;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366582;STB=0.709303;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0406445;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:27:26:13:13:0.282609:11:2:11:16:11:2:10:16 chr22 45683304 . G C 358.19 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.331;QD=55.1055;RBI=0.010131;REFB=0;REVB=0.00334078;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35397e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr22 45685002 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.793;QD=61.3358;RBI=0.00845875;REFB=0;REVB=0.00544921;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91622e-05;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr22 45691594 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0597;QD=59.8388;RBI=0.024944;REFB=0;REVB=-0.00590283;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357786;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr22 45718041 . A G 463.84 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0073157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.218;QD=19.3266;RBI=0.0120801;REFB=0.00370142;REVB=0.00961296;RO=50;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536502;STB=0.529804;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00385268;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:25:21:20:30:25:21:20:30 chr22 45723807 . G C 430.1 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0271159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.846;QD=22.6371;RBI=0.0628761;REFB=0.0142282;REVB=-0.0567286;RO=34;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123532;STB=0.56809;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0116343;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:26:16:18:16:26:16:18:16 chr22 45723842 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0120298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.397;QD=18.7846;RBI=0.0141079;REFB=-0.00397954;REVB=-0.00736989;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193131;STB=0.607777;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00419798;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:21:12:19:14:21:12:19:14 chr22 45723947 . A G 56.7 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0268208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.033;QD=11.9364;RBI=0.0396223;REFB=0.00213137;REVB=-0.0291646;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600034;STB=0.862071;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0246192;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:3:8:1:7:3:8 chr22 45728370 . G A 294.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.0256186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.957;QD=12.8193;RBI=0.0396304;REFB=-0.0152211;REVB=0.0302367;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160363;STB=0.591388;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0404768;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:16:18:39:19:16:18:39:19 chr22 45767369 . A G 201.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0123401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9671;QD=15.2396;RBI=0.0147718;REFB=-0.010118;REVB=-0.00811959;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719429;STB=0.549875;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0119056;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:13:16:11:12:13:17 chr22 45767391 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00818294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.354;QD=19.5185;RBI=0.0184097;REFB=-0.00793019;REVB=-0.0164911;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969565;STB=0.554051;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00692494;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:15:11:15:13:15:11 chr22 45767455 . A G 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0295;QD=58.6469;RBI=0.0349408;REFB=-0.0529471;REVB=0.0226305;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00151554;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:1:0 chr22 45782903 . T C 286.35 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0396986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.094;QD=15.6904;RBI=0.048636;REFB=-0.0141247;REVB=-0.0280977;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270238;STB=0.651791;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0144656;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:19:13:28:13:19:13:28:13 chr22 45789642 . A C 593.8 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0853;QD=60.9025;RBI=0.0382841;REFB=0;REVB=0.0381731;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359149;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr22 45821887 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.158;QD=57.6795;RBI=0.0204138;REFB=0;REVB=0.00631727;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011763;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr22 45821955 . TC T,TG 348.91 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=10,16;DP=27;FAO=9,18;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=7,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362179,-0.0505436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.256,118.869;QD=51.6897;RBI=0.0636627,0.0781503;REFB=0,0;REVB=0.0523565,0.0596056;RO=1;SAF=0,10;SAR=10,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819712,-0.043542;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0264849,0.02072;OID=.,.;OPOS=45821956,45821956;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:10,16:27:9,18:27:0:2,9:7,9:0:0:31:1:0,10:10,6:1:0 chr22 45826880 . G A 888.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349082;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.575;QD=58.252;RBI=0.0430942;REFB=0;REVB=0.025269;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209426;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr22 45898117 . T C 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7854;QD=62.3363;RBI=0.0811824;REFB=0;REVB=0.042477;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143004;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr22 45898130 . A T 628.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0619;QD=61.2954;RBI=0.0496985;REFB=0;REVB=0.0463641;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949287;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:19:22:0:0 chr22 45923827 . A G 2312.51 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.659;QD=63.7934;RBI=0.00371289;REFB=0;REVB=0.00322426;RO=0;SAF=87;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65159e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:58:87:0:0:58:87:0:0 chr22 45937149 . C T 434.06 PASS AF=0.484211;AO=41;DP=90;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0633392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.021;QD=18.2762;RBI=0.0634118;REFB=-0.0277664;REVB=0.00303259;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472819;STB=0.50326;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0350546;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:48:49:41:46:0.484211:16:25:27:21:20:26:28:21 chr22 46318285 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00785439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5357;QD=7.76201;RBI=0.00883983;REFB=-0.0167568;REVB=0.00405601;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.028251;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:5:8:5:1:5:8 chr22 46611263 . G A 111.37 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0450079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.934;QD=15.9099;RBI=0.0453465;REFB=-0.028834;REVB=-0.0055313;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249568;STB=0.643036;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0552939;OID=.;OPOS=46611263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:4:11:6:7:4:11 chr22 46677607 . T C 596.77 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0671421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5864;QD=58.2219;RBI=0.0693777;REFB=-0.027917;REVB=0.01747;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.003113;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:18:21:1:0:18:22:1:0 chr22 46722400 . T C 750.7 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352934;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.303;QD=63.889;RBI=0.0160847;REFB=0;REVB=0.0156927;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018733;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr22 46725316 . C G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00178507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.975;QD=10.3804;RBI=0.0124537;REFB=-0.00693524;REVB=0.0123251;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186601;STB=0.609637;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0162897;OID=.;OPOS=46725316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:22:14:10:8:22:14 chr22 46766127 . G A 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00759772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.264;QD=19.2109;RBI=0.0151652;REFB=0.00442533;REVB=0.0131247;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170386;STB=0.594547;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00620642;OID=.;OPOS=46766127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:18:21:14:26:18:21:14:26 chr22 46858809 . G A 131.91 PASS AF=0.322034;AO=16;DP=56;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0108197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.614;QD=8.94297;RBI=0.0209217;REFB=-0.0170268;REVB=-0.0179067;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119611;STB=0.623525;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0214329;OID=.;OPOS=46858809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:37:40:16:19:0.322034:7:9:17:20:7:12:18:22 chr22 46860088 . G C 79.55 PASS AF=0.75;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0711289;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7993;QD=26.5164;RBI=0.101095;REFB=0.00794137;REVB=0.0718387;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158958;STB=0.578792;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00694649;OID=.;OPOS=46860088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:4:3:9:9:0.75:8:1:1:3:8:1:0:3 chr22 46929692 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.803;QD=59.8531;RBI=0.0277485;REFB=0;REVB=-0.0171696;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9499e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr22 46931077 . G C 426.83 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.359;QD=56.9105;RBI=0.0267975;REFB=0;REVB=-0.0218879;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38965e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr22 46931793 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.013;QD=51.1846;RBI=0.030581;REFB=0;REVB=0.0256942;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58039e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr22 46931838 . G A 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.233;QD=49.5792;RBI=0.0410607;REFB=0;REVB=-0.0017854;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621576;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr22 47058992 . T C 2658.77 PASS AF=0.988764;AO=167;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=111;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0328637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2205;QD=59.7476;RBI=0.0341386;REFB=0.0173751;REVB=0.00924209;RO=4;SAF=106;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553959;STB=0.504464;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000214291;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:178:4:2:167:176:0.988764:61:106:3:1:65:111:2:0 chr22 47075462 . C T 295.45 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000688879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.732;QD=15.3478;RBI=0.0327965;REFB=-0.00134189;REVB=-0.0327893;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114537;STB=0.564667;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00125516;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:19:25:15:18:19:25 chr22 47085924 . G A 355.15 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0116417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.63;QD=21.8552;RBI=0.0118404;REFB=-0.0194103;REVB=0.00215965;RO=28;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822353;STB=0.539304;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0137379;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:12:24:16:12:12:24:17:12 chr22 47311404 . A T 558.45 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0104256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.044;QD=25.6756;RBI=0.0408665;REFB=-0.0285864;REVB=0.0395142;RO=36;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133447;STB=0.572814;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0209871;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:26:25:24:12:26:25:24:12 chr22 47569571 . G C 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.482;QD=45.7978;RBI=0.10646;REFB=0;REVB=0.0312107;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237256;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr22 48023241 . G T 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.279;QD=58.8012;RBI=0.0232684;REFB=-0.0452586;REVB=-0.0144408;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000122571;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:37:37:0:0:37:37:1:0 chr22 48940553 . T C 136.17 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00591616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.503;QD=10.4748;RBI=0.006082;REFB=-0.00452778;REVB=-0.00141061;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165231;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00794257;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:10:7:19:15:10:7:19:16 chr22 48940644 . C T 268.4 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0537;QD=11.6693;RBI=0.0268397;REFB=-0.00667781;REVB=-0.0222633;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823847;STB=0.547457;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00614284;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:14:18:38:22:14:18:38:22 chr22 49145928 . C A 271.96 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00320554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1369;QD=19.4256;RBI=0.00467361;REFB=-0.0301301;REVB=0.00340104;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255997;STB=0.514276;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0282269;OID=.;OPOS=49145928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:16:11:11:18:16:11 chr22 49246723 . A C 639.47 PASS AF=0.435583;AO=69;DP=162;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.00786909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0429;QD=15.6925;RBI=0.00802018;REFB=-0.00283187;REVB=-0.00154946;RO=76;SAF=30;SAR=39;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130137;STB=0.52155;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00502161;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:76:92:69:71:0.435583:39:30:23:53:39:32:38:54 chr22 50017234 . A G 737.26 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3497;QD=62.7453;RBI=0.0551558;REFB=0;REVB=0.0543409;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443327;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:26:21:0:0 chr22 50018045 . G A 115.3 PASS AF=0.8125;AO=10;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00233606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5857;QD=28.8249;RBI=0.00744468;REFB=-0.145681;REVB=0.00706867;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0306572;OID=.;OPOS=50018045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:16:16:0:3:10:13:0.8125:3:7:0:0:3:10:3:0 chr22 50018069 . A G 445.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.116;QD=57.5383;RBI=0.0774713;REFB=0;REVB=0.0488903;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238691;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:13:18:0:0 chr22 50018497 . G A 1915.76 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5465;QD=61.3042;RBI=0.0534801;REFB=0;REVB=-0.000841767;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872656;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:60:63:0:0:60:65:0:0 chr22 50216754 . G A 223.08 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0450163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0619;QD=16.5246;RBI=0.0761345;REFB=0.00663567;REVB=0.0614003;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145168;STB=0.582023;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00690173;OID=.;OPOS=50216754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:16:13:15:10:16:13 chr22 50277835 . T C 255.67 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.516;QD=51.1344;RBI=0.0422079;REFB=0;REVB=0.0413407;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525411;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr22 50277883 . A G 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.086;QD=56.6644;RBI=0.104383;REFB=0;REVB=-0.0167148;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714129;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr22 50278438 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.67;QD=60.2305;RBI=0.0215603;REFB=0;REVB=-0.00465277;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50411e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr22 50297246 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0118225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.302;QD=15.1565;RBI=0.0153046;REFB=-0.030124;REVB=-0.0097191;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143001;STB=0.581329;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0397612;OID=.;OPOS=50297246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:16:16:16:9:16:16 chr22 50297435 . T C 195.59 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024884;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2738;QD=48.8967;RBI=0.0281482;REFB=0;REVB=0.0131571;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291845;OID=.;OPOS=50297435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr22 50301476 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.817;QD=60.6073;RBI=0.0428853;REFB=0;REVB=0.0342595;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90982e-05;OID=.;OPOS=50301476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr22 50303575 . G A 458.06 PASS AF=0.47;AO=44;DP=96;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=-0.0185959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.005;QD=18.3223;RBI=0.0440268;REFB=-0.0234004;REVB=0.0399068;RO=52;SAF=30;SAR=14;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126075;STB=0.581094;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0302973;OID=.;OPOS=50303575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:52:53:44:47:0.47:14:30:41:11:17:30:41:12 chr22 50313438 . T C 292.66 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0207158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.604;QD=22.9534;RBI=0.0448826;REFB=-0.013911;REVB=0.0398159;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321852;STB=0.681073;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.011826;OID=.;OPOS=50313438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:19:9:16:6:20:9:16:6 chr22 50315363 . C A 365.32 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0589728;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.956;QD=18.2661;RBI=0.0589909;REFB=-0.0167287;REVB=-0.00146197;RO=37;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168197;STB=0.632739;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0152802;OID=.;OPOS=50315363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:42:38:38:0.475:27:11:17:20:27:11:22:20 chr22 50315952 . C T 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0116098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.88;QD=20.1606;RBI=0.0719155;REFB=-0.0159049;REVB=-0.0709722;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815107;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0118355;OID=.;OPOS=50315952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:12:14:16:16:0.533333:7:9:8:4:7:9:8:6 chr22 50315971 . C G 142.84 PASS AF=0.4;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0130189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.565;QD=14.2835;RBI=0.0142254;REFB=0.00808837;REVB=-0.00573324;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106752;STB=0.594472;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00596003;OID=.;OPOS=50315971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:24:16:16:0.4:5:11:13:9:5:11:13:11 chr22 50315973 . G C 144.88 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0459449;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.865;QD=13.7977;RBI=0.0598019;REFB=-0.0455029;REVB=0.0382796;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101299;STB=0.508371;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0822903;OID=.;OPOS=50315973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:24:16:18:0.428571:5:11:15:10:7:11:15:9 chr22 50316956 . A G 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0166008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.39;QD=10.3656;RBI=0.108862;REFB=0.00114293;REVB=-0.107589;RO=38;SAF=15;SAR=5;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105167;STB=0.566204;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00590817;OID=.;OPOS=50316956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:5:15:31:7:5:15:32:7 chr22 50316984 . T C,TCTGCACTCCGGGGC 533.9 PASS AF=0.297297,0.405405;AO=23,28;DP=76;FAO=22,30;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=3,24;FSAR=19,6;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0273148,0.00194849;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,14;MLLD=65.3903,175.488;QD=28.8594;RBI=0.0338745,0.0148751;REFB=-0.0283135,-0.0294879;REVB=-0.0200346,-0.0147469;RO=24;SAF=4,22;SAR=19,6;SRF=21;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612707,-0.119268;STB=0.863306,0.544276;STBP=0,0.602;TYPE=snp,ins;VARB=0.0105802,0.016924;OID=.,.;OPOS=50316984,50316985;OREF=T,-;OALT=C,CTGCACTCCGGGGC;OMAPALT=C,TCTGCACTCCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:74:24:22:23,28:22,30:0.297297,0.405405:19,6:4,22:21:3:19,6:3,24:19:3 chr22 50317049 . T C 1043.73 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.107;QD=59.6419;RBI=0.0367091;REFB=0;REVB=0.0122326;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197661;OID=.;OPOS=50317049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr22 50320943 . C T 100.27 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0464131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.13;QD=6.68476;RBI=0.0527783;REFB=-0.0115928;REVB=-0.0251271;RO=45;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161904;STB=0.599867;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0325666;OID=.;OPOS=50320943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:9:6:24:21:9:6:24:21 chr22 50354819 . C A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0097346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.645;QD=22.7217;RBI=0.022914;REFB=-0.0180726;REVB=0.0207434;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542452;STB=0.529957;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0135416;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:12:11:17:14:12:11 chr22 50356693 . T C 310.49 PASS AF=0.45;AO=29;DP=73;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00267797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.841;QD=15.5243;RBI=0.0290636;REFB=-0.0338748;REVB=0.0289399;RO=42;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142891;STB=0.549972;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.041624;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:42:44:29:36:0.45:19:10:20:22:22:14:21:23 chr22 50435480 . A G 346.01 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.032666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9667;QD=15.3784;RBI=0.0523145;REFB=-0.0192356;REVB=-0.0408624;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10093;STB=0.556748;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0174677;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:16:22:35:17:16:22:35:17 chr22 50439194 . C T 186.08 PASS AF=0.5;AO=14;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0173282;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=194.526;QD=20.676;RBI=0.0175546;REFB=-0.0377624;REVB=0.00281063;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104309;STB=0.545803;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0329098;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:11:15:14:18:0.5:4:10:9:2:5:13:12:3 chr22 50468907 . C G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0114937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.989;QD=18.0355;RBI=0.0267294;REFB=-0.0111444;REVB=-0.024132;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639924;STB=0.5362;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0153728;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:21:6:6:16:21:6 chr22 50480108 . C T 270.18 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0317872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7357;QD=17.1543;RBI=0.0509428;REFB=0.0378967;REVB=0.0398088;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454828;STB=0.538435;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0376633;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:33:28:30:0.47619:9:19:21:12:9:21:21:12 chr22 50528916 . C T 133.42 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0356743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7677;QD=15.6965;RBI=0.089464;REFB=0.00951193;REVB=0.0820435;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0106904;OID=.;OPOS=50528916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:16:15:0.441176:9:7:11:7:8:7:11:8 chr22 50529134 . T C 142.33 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.015451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6523;QD=15.3873;RBI=0.0180215;REFB=0.0104306;REVB=-0.00927566;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156131;STB=0.589368;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.01443;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:6:15:9:7:6:15 chr22 50529146 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0214799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6328;QD=14.0791;RBI=0.0483078;REFB=-0.0104885;REVB=-0.0432696;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772124;STB=0.545376;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0217402;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:5:11:9:3:5:11 chr22 50529148 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.103111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.922;QD=15.3788;RBI=0.105926;REFB=-0.00675073;REVB=-0.0242607;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0123676;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:4:10:9:3:4:10 chr22 50529462 . A G 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00290601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.541;QD=13.0534;RBI=0.026136;REFB=-0.013027;REVB=-0.025974;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237898;STB=0.513666;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.021173;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:19:16:10:13:19:16 chr22 50530501 . A T 504.12 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0172647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.06;QD=28.0068;RBI=0.0239186;REFB=-0.0186422;REVB=0.0165539;RO=26;SAF=35;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234734;STB=0.628532;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00975242;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:11:35:12:14:11:35:12:14 chr22 50546666 . C T 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0259836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.178;QD=16.5779;RBI=0.0265832;REFB=-0.00503146;REVB=-0.00561444;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352979;STB=0.519843;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0053421;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:18:20:18:14:18:20 chr22 50547247 . A G 1452.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.545;QD=63.1498;RBI=0.0143756;REFB=0;REVB=0.0126913;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66193e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:38:54:0:0:38:54:0:0 chr22 50555619 . C T 1552.65 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.32;QD=59.7172;RBI=0.0363756;REFB=0;REVB=0.0231171;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09322e-05;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:49:52:0:0:50:54:0:0 chr22 50555635 . C T 429.01 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0143258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4713;QD=15.7436;RBI=0.0143393;REFB=0.0101497;REVB=-0.000622211;RO=60;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579935;STB=0.537092;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.021693;OID=.;OPOS=50555635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:26:22:31:29:26:22:32:29 chr22 50555686 . A C 618.91 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0164558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.711;QD=20.9798;RBI=0.0172549;REFB=-0.0201704;REVB=-0.00519021;RO=49;SAF=31;SAR=31;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186895;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:49:56:62:62:0.525424:31:31:21:28:31:31:28:28 chr22 50564618 . A AT 35.44 PASS AF=0.4;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0551239;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.80812;QD=4.04979;RBI=0.0554664;REFB=-0.0480812;REVB=0.0061548;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244114;STB=0.571329;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=0.0172831;OID=.;OPOS=50564619;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:36:14:35:21:7:7:8:13:35:20:7:6:6:14 chr22 50572473 . G A 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.012348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.562;QD=21.4754;RBI=0.0136195;REFB=-0.00668398;REVB=-0.0057461;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312433;STB=0.507808;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00634822;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:21:15:11:18:21:15:12:18 chr22 50581707 . T C 122.12 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0153341;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.094;QD=14.3668;RBI=0.0299548;REFB=-0.00965229;REVB=0.0257323;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0152122;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:9:11:7:7:9:11 chr22 50582550 . C A 341.92 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0121147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0451;QD=15.9031;RBI=0.0157708;REFB=-0.00650524;REVB=-0.0100971;RO=48;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051716;STB=0.502241;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0153897;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:21:16:21:27:21:16:21:28 chr22 50582626 . A G 370.0 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00672625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.634;QD=19.7332;RBI=0.0198664;REFB=-0.009366;REVB=-0.0186931;RO=37;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142917;STB=0.507932;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0123786;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:22:16:15:22:22:16:15:22 chr22 50584201 . A C 256.24 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0353317;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.317;QD=28.4707;RBI=0.0453599;REFB=0.0138172;REVB=-0.0284463;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13941;STB=0.576857;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0113513;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:13:13:23:23:0.638889:12:11:9:4:12:11:9:4 chr22 50585595 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00592528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2747;QD=12.7383;RBI=0.114296;REFB=0.0209287;REVB=0.114142;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0350236;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr22 50589196 . C A 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0232439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9567;QD=16.0275;RBI=0.0236039;REFB=-0.0243032;REVB=0.00410638;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12016;STB=0.579752;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0526737;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:14:13:12:8:15:13 chr22 50599466 . C A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0201841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.845;QD=18.4268;RBI=0.0203609;REFB=-0.0134915;REVB=-0.00267791;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961575;STB=0.553808;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.012837;OID=.;OPOS=50599466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:15:13:16:12:15:13 chr22 50618738 . G A 77.98 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0106267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.835;QD=14.1774;RBI=0.0143846;REFB=-0.00500964;REVB=0.00969487;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00784167;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:22:11:12:9:10:0.454545:5:4:6:5:6:4:7:5 chr22 50635771 . CT CG,C 156.45 PASS AF=0,0.677419;AO=2,18;DP=31;FAO=0,21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=0,19;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.000165344,0.157744;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=103.733,16.1094;QD=20.1873;RBI=0.008376,0.165919;REFB=-0.00799357,-0.130351;REVB=-0.00837437,0.0514391;RO=10;SAF=2,16;SAR=0,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.206687;SSSB=0.542827,0.326391;STB=0.5,0.694891;STBP=1,0.026;TYPE=snp,del;VARB=0,0.101846;OID=.,.;OPOS=50635772,50635772;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.677419:2,18:31:0,21:31:10:0,19:0,2:6:4:61:10:2,16:0,2:6:4 chr22 50637597 . G C 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.753;QD=57.5407;RBI=0.0148262;REFB=0;REVB=0.0145089;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11893e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr22 50646936 . G C 536.01 PASS AF=0.948718;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0311378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0909;QD=54.9754;RBI=0.0670544;REFB=-0.118328;REVB=0.0593863;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00696301;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:38:37:0.948718:17:21:0:0:16:21:1:1 chr22 50657010 . C G 991.48 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0734253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8067;QD=56.6557;RBI=0.0802702;REFB=-0.108523;REVB=0.032435;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0023251;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:0:1:67:69:0.985714:40:27:0:0:41:28:0:1 chr22 50658698 . T A 202.52 PASS AF=0.645161;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0126477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2605;QD=26.1319;RBI=0.023678;REFB=-0.022501;REVB=0.0200171;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560445;STB=0.5135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0371864;OID=.;OPOS=50658698;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:11:11:18:20:0.645161:10:8:4:7:12:8:4:7 chr22 50664612 . A G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8062;QD=57.2307;RBI=0.0695025;REFB=0;REVB=0.00616428;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434362;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr22 50678620 . G C 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00629254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9589;QD=17.0297;RBI=0.0213542;REFB=-0.0206578;REVB=-0.0204061;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158855;STB=0.591992;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0529926;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:16:6:3:15:16:6 chr22 50684256 . T C 86.77 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0469915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7429;QD=8.67698;RBI=0.058099;REFB=0.00892706;REVB=0.0341656;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.571306;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0237233;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:16:12:4:8:16:12 chr22 50684415 . T C 69.61 PASS AF=0.3125;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0188049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.629;QD=8.70129;RBI=0.0292789;REFB=-0.0127904;REVB=-0.0224417;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530191;STB=0.859476;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0900189;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:30:32:22:22:8:10:0.3125:1:7:10:12:1:9:10:12 chr22 50684747 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0192816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1143;QD=18.4897;RBI=0.0263374;REFB=0.000456099;REVB=-0.0179409;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11149;STB=0.5479;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00182853;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:6:16:15:9:6:16:17:9 chr22 50688348 . A G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0787847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5053;QD=59.4233;RBI=0.0862014;REFB=-0.00962688;REVB=0.0349807;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000210962;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr22 50693521 . C T 69.49 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0825011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0083;QD=30.886;RBI=0.0842847;REFB=-0.20025;REVB=0.0172473;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0412915;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr22 50693534 . A G 74.29 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.201;QD=37.1472;RBI=0.103592;REFB=0;REVB=0.103165;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762219;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:1:7:0:0 chr22 50693538 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00501175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.392;QD=32.822;RBI=0.0508602;REFB=-0.0038131;REVB=0.0506126;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524171;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00127072;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:1:0:1:8:1:0 chr22 50693553 . CA C,CG 235.91 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,16;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650207,0.0604075;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.067,244.503;QD=49.6645;RBI=0.0742334,0.0777936;REFB=0,0;REVB=0.0358177,0.049018;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0209784,-0.00140788;OID=.,.;OPOS=50693554,50693554;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,16:19:1,18:19:0:1,11:0,7:0:0:5:0:2,10:0,6:0:0 chr22 50694297 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000555568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.552;QD=53.3623;RBI=0.0241548;REFB=-0.0962526;REVB=0.0241484;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00554617;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chr22 50696662 . C T 81.06 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0265175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9962;QD=12.4713;RBI=0.0299171;REFB=-0.0558509;REVB=0.0138511;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.507029;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0812915;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:26:15:15:9:11:0.423077:5:4:7:8:6:5:7:8 chr22 50699668 . A G 320.58 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.035162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.473;QD=16.2317;RBI=0.0393636;REFB=-0.00294388;REVB=-0.0176953;RO=43;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171596;STB=0.602093;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00306237;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:20:15:26:17:20:15:27:17 chr22 50704661 . T C 120.25 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0104269;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.682;QD=15.5158;RBI=0.0380738;REFB=-0.029383;REVB=0.0366182;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0626294;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:12:14:0.451613:6:6:6:11:8:6:6:11 chr22 50705059 . A G 230.98 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00771097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.33;QD=16.4985;RBI=0.0104692;REFB=-0.00139586;REVB=-0.00708126;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.576864;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00612399;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:13:17:11:15:13:17 chr22 50705466 . A G 205.45 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.256995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.6629;QD=43.2515;RBI=0.257655;REFB=0;REVB=0.0184301;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00779073;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:19:0:0:13:19:1:12:1:0:0:15:4:0:0 chr22 50713866 . G C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.614;QD=53.2728;RBI=0.0592972;REFB=0;REVB=-0.0427999;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87589e-05;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr22 50716167 . G A 199.53 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0155436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.696;QD=15.6493;RBI=0.0267717;REFB=-0.0183212;REVB=0.0217972;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218082;STB=0.631465;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0202334;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:12:10:19:9:12:10:20:9 chr22 50719251 . A G 172.5 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0149437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.289;QD=14.0812;RBI=0.0350966;REFB=-0.0115548;REVB=-0.0317561;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147965;STB=0.599902;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0168519;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:30:18:19:0.387755:7:11:20:7:8:11:22:8 chr22 50720622 . C T 935.67 PASS AF=0.516854;AO=91;DP=176;FAO=92;FDP=178;FR=.;FRO=86;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.0030737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.562;QD=21.0264;RBI=0.0628032;REFB=-0.010109;REVB=0.0627279;RO=83;SAF=59;SAR=32;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207014;STB=0.512818;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0122462;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:83:86:91:92:0.516854:32:59:52:31:32:60:54:32 chr22 50721492 . C T 248.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00552955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6999;QD=16.2734;RBI=0.0208667;REFB=-0.0117524;REVB=0.0201207;RO=32;SAF=5;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344773;STB=0.691574;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0297345;OID=.;OPOS=50721492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:23:5:15:17:23:5:15:18 chr22 50728062 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.874;QD=61.8134;RBI=0.0181691;REFB=0.0261034;REVB=0.0118468;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00208109;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr22 50750835 . G A 305.94 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5675;QD=53.2066;RBI=0.0536725;REFB=0;REVB=0.0427695;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233972;OID=.;OPOS=50750835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr22 50754512 . C G,T 661.78 PASS AF=0.0444444,0.933333;AO=2,43;DP=45;FAO=2,42;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=2,21;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406169,0.0616418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.581,82.2814;QD=58.8247;RBI=0.0409367,0.0659657;REFB=0.0266208,0.0298332;REVB=-0.00510703,0.0234898;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.511622;STBP=0.227,0.51;TYPE=snp,snp;VARB=0.106013,0.00100022;OID=.,.;OPOS=50754512,50754512;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:45:0:1:2,43:2,42:0.0444444,0.933333:0,22:2,21:0:0:0,21:2,21:0:1 chr22 50754648 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.587;QD=49.599;RBI=0.12434;REFB=0;REVB=0.0457729;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300709;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:12:2:0:0:13:5:0:0 chr22 50757470 . T C 598.57 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382833;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.607;QD=61.3919;RBI=0.0433846;REFB=0;REVB=0.0204111;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471033;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr22 50809687 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00114626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7756;QD=16.6267;RBI=0.0379521;REFB=-0.0117255;REVB=0.0379348;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278084;STB=0.661981;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0135227;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:7:7:3:10:7:7 chr22 50877164 . GCG CGC,GC,GCC 357.81 PASS AF=0.0384615,0,0.961538;AO=2,6,14;DP=27;FAO=1,0,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,18;FSAR=0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519134,0.0496812,0.0463321;FXX=0.0370233;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=120.927,197.395,206.159;QD=55.0479;RBI=0.0559211,0.0599275,0.0552561;REFB=0,0,0;REVB=0.0207887,0.0335125,0.0301094;RO=0;SAF=2,6,9;SAR=0,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0497504,0,0.0038197;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877166;OREF=GCG,G,G;OALT=CGC,-,C;OMAPALT=CGC,GC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:27:26:0:0:2,6,14:1,0,25:0.0384615,0,0.961538:0,0,5:2,6,9:0:0:0,0,7:1,0,18:0:0 chr22 50878134 . C T 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0610989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.712;QD=17.5853;RBI=0.0636297;REFB=-0.00462514;REVB=0.017767;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.571363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00680912;OID=.;OPOS=50878134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:13:15:9:13:13:15 chr22 50885775 . A G 35.61 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.105791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.029;QD=9.49505;RBI=0.124504;REFB=-0.0386437;REVB=0.0656456;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339569;STB=0.555357;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0662939;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:15:9:9:5:6:0.4:4:1:2:7:5:1:2:7 chr22 50898026 . G A 461.53 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0163934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.75;QD=14.6518;RBI=0.0170975;REFB=-0.0222115;REVB=-0.00485614;RO=74;SAF=25;SAR=27;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364571;STB=0.520507;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0413802;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:27:25:33:41:27:25:33:41 chr22 50901009 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0141494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.386;QD=15.6452;RBI=0.021273;REFB=-0.0167689;REVB=0.015885;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203877;STB=0.511617;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0217181;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:19:10:8:14:19:10 chr22 50921694 . C T 245.49 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.016355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6555;QD=23.9505;RBI=0.0425418;REFB=-0.0030031;REVB=-0.0392724;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125495;STB=0.5771;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00190311;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:12:10:11:7:13:10:11:7 chr22 50922682 . G A 277.62 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0462901;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.986;QD=20.5642;RBI=0.0495819;REFB=-0.00989134;REVB=0.0177649;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408433;STB=0.522682;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0097184;OID=.;OPOS=50922682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:10:15:16:13:10:15 chr22 50923042 . C G 133.11 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00196675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2882;QD=35.4955;RBI=0.0234022;REFB=-0.136631;REVB=-0.0233194;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929408;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0330644;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:1:1:7:6:1:1 chr22 50923217 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.348;QD=56.9981;RBI=0.0222545;REFB=0;REVB=-0.00469593;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60279e-05;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr22 50928026 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1887;QD=46.848;RBI=0.107963;REFB=0;REVB=-0.00976691;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340354;OID=.;OPOS=50928026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr22 50941985 . T C 206.52 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8638;QD=48.5923;RBI=0.0695887;REFB=0;REVB=-0.00719536;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291182;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr22 50944163 . G A 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.111;QD=56.9483;RBI=0.0168384;REFB=0;REVB=0.0144442;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96935e-05;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr22 50959434 . AGG A,AG 322.51 PASS AF=0.76,0.14;AO=20,11;DP=49;FAO=38,7;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=18,5;FSAR=20,2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.156287,0.309651;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=14.1072,8.63062;QD=25.8011;RBI=0.214133,0.423677;REFB=-0.0743206,-0.124975;REVB=-0.14638,-0.28917;RO=8;SAF=5,9;SAR=15,2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.40196,-0.276859;STB=0.560944,0.666293;STBP=0.034,0.316;TYPE=del,del;VARB=0.0622919,0.0787404;OID=.,.;OPOS=50959435,50959435;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76,0.14:20,11:49:38,7:50:5:18,5:20,2:5:0:12:8:5,9:15,2:8:0 chr22 50961169 . A G 49.91 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.977;QD=33.2739;RBI=0.10635;REFB=0;REVB=0.0997801;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117597;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr22 50962208 . T G 1520.44 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.263;QD=59.6251;RBI=0.0277536;REFB=0;REVB=-0.00357219;RO=0;SAF=75;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16768e-05;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:26:75:0:0:27:75:0:0 chr22 50962782 . C G 755.06 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1507;QD=54.9131;RBI=0.0430324;REFB=-0.127975;REVB=0.0263983;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00313431;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:18:36:0:0:18:36:1:0 chr22 50988062 . G T 1123.81 PASS AF=0.963415;AO=76;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0256019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4886;QD=54.8199;RBI=0.0315691;REFB=-0.225953;REVB=-0.0184704;RO=5;SAF=39;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334956;STB=0.504961;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0165022;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:82:5:3:76:79:0.963415:37:39:4:1:37:42:2:1 chr22 50988193 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.369;QD=44.6888;RBI=0.0401732;REFB=0;REVB=-0.0374145;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568326;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 50989326 . A G 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.944;QD=39.1954;RBI=0.105206;REFB=0;REVB=-0.104919;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00762518;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 51009953 . C T 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4119;QD=43.4718;RBI=0.0712181;REFB=0;REVB=0.0303575;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301555;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 51039317 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881228;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.368;QD=44.6898;RBI=0.0331942;REFB=0;REVB=0.0320031;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194306;OID=.;OPOS=51039317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 51043278 . G A 754.61 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.001;QD=54.8805;RBI=0.0425408;REFB=-0.061194;REVB=0.02531;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00187924;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:29:24:0:0:30:24:0:1 chr22 51045190 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.022;QD=43.4862;RBI=0.0668064;REFB=0;REVB=0.0126903;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050573;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 51045433 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7511;QD=47.8185;RBI=0.0341265;REFB=0;REVB=0.0339093;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919002;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr22 51117787 . T C 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0116692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.515;QD=4.10169;RBI=0.0190619;REFB=0.00467971;REVB=-0.0150727;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219894;STB=0.617385;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0135195;OID=.;OPOS=51117787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:36:40:8:8:0.166667:3:5:28:8:3:5:30:10 chr22 51117800 . G A 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00484899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.72;QD=3.56264;RBI=0.013863;REFB=-0.00119683;REVB=-0.0129873;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118019;STB=0.580962;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0107096;OID=.;OPOS=51117800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:3:5:32:13:3:5:32:13 chr22 51117802 . G T 47.21 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0163736;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.848;QD=3.56266;RBI=0.0197055;REFB=-0.000704768;REVB=-0.0109641;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108504;STB=0.580962;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00929622;OID=.;OPOS=51117802;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:44:45:8:8:0.150943:3:5:31:13:3:5:32:13 chr22 51117811 . C T 45.68 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00102056;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.554;QD=3.32223;RBI=0.00331277;REFB=0.000944409;REVB=0.00315165;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104875;STB=0.572692;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00222957;OID=.;OPOS=51117811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:3:5:33:14:3:5:33:14 chr22 51117826 . A G 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.00218562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.443;QD=2.84581;RBI=0.0278489;REFB=-0.00163478;REVB=-0.027763;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139482;STB=0.599734;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0208445;OID=.;OPOS=51117826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:32:15:3:4:32:15 chr22 51117830 . C T 38.43 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0460733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6341;QD=2.84681;RBI=0.0545958;REFB=-0.00617763;REVB=-0.0292908;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139482;STB=0.599734;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.033595;OID=.;OPOS=51117830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:32:15:3:4:32:15 chr22 51117841 . T C 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0543757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.127;QD=2.93586;RBI=0.0551355;REFB=-0.0183948;REVB=-0.00912207;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101481;STB=0.572834;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0349577;OID=.;OPOS=51117841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:30:16:3:4:30:16 chr22 51176664 . A G 310.28 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00876544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2729;QD=21.3986;RBI=0.03071;REFB=-0.0201217;REVB=0.0294324;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143563;STB=0.578901;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0219849;OID=.;OPOS=51176664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:21:5:11:21:21:5 chr22 51183255 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.905;QD=39.2067;RBI=0.0759195;REFB=0;REVB=0.0055658;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243118;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 200860 . T C 1710.15 PASS AF=1;AO=92;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068079;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.343;QD=60.5361;RBI=0.0558816;REFB=0;REVB=0.0554653;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51864e-05;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:1:0:92:113:1:43:49:1:0:61:52:0:0 chrX 200861 . G C 103.35 PASS AF=0.163934;AO=18;DP=120;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0496101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1524;QD=3.38849;RBI=0.0648575;REFB=-0.0664085;REVB=0.0417772;RO=102;SAF=1;SAR=17;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.617511;STB=0.933348;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0281785;OID=.;OPOS=200861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:102:102:18:20:0.163934:17:1:51:51:19:1:51:51 chrX 207362 . C T 2351.0 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.24;QD=63.9727;RBI=0.00907505;REFB=0;REVB=0.00369953;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.197e-05;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:73:74:0:0:73:74:0:0 chrX 228892 . C A 234.53 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=-0.0279439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.564;QD=16.7523;RBI=0.119318;REFB=-0.0319712;REVB=-0.116;RO=28;SAF=25;SAR=2;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980389;STB=0.55062;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0587892;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:2:25:25:3:2:25:26:3 chrX 228903 . G A 235.2 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0162226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.982;QD=25.4265;RBI=0.0192461;REFB=-0.0634893;REVB=0.0103556;RO=15;SAF=21;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262166;STB=0.649313;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0247336;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:1:21:13:2:1:21:13:2 chrX 228934 . A G 681.08 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00794259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.265;QD=52.3909;RBI=0.295649;REFB=0.106213;REVB=0.295543;RO=2;SAF=49;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509996;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00102492;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:0:49:2:0:1:49:2:0 chrX 228940 . A G 828.91 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7319;QD=57.1663;RBI=0.0975558;REFB=0;REVB=-0.097549;RO=0;SAF=54;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100069;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:2:54:0:0:2:56:0:0 chrX 228976 . G C 233.96 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=116;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=3;FWDB=-0.0140018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.405;QD=8.06746;RBI=0.0490171;REFB=-0.00920987;REVB=0.0469747;RO=82;SAF=28;SAR=5;SRF=79;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366343;STB=0.706725;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0240175;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:83:33:33:0.284483:5:28:79:3:5:28:80:3 chrX 229137 . A G 1320.68 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9241;QD=62.1499;RBI=0.0277118;REFB=0;REVB=0.003116;RO=0;SAF=78;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120724;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:6:78:0:0:7:78:0:0 chrX 229389 . G GTACCCC 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0082688;FXX=0;HRUN=0;LEN=6;MLLD=237.392;QD=18.767;RBI=0.0162848;REFB=-0.00305567;REVB=0.0140293;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502096;STB=0.79893;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.00184384;OID=.;OPOS=229390;OREF=-;OALT=TACCCC;OMAPALT=GTACCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:9:6:9:3:1:5:3:0:15:3:1:5:3:0 chrX 229542 . G A 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0439169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.619;QD=13.4569;RBI=0.0520534;REFB=-0.0133612;REVB=0.027944;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375828;STB=0.72674;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.021449;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:16:16:0.380952:11:5:17:8:11:5:18:8 chrX 295132 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.486;QD=47.8223;RBI=0.0783425;REFB=0;REVB=-0.0782993;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185796;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 295231 . A G 631.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.903;QD=61.5813;RBI=0.00404472;REFB=0;REVB=-0.0019788;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64097e-06;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chrX 299362 . A G 272.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.616;QD=51.9743;RBI=0.0137601;REFB=0;REVB=0.00948642;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80074e-06;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chrX 299591 . A G 1572.53 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.405;QD=62.9012;RBI=0.0243557;REFB=0.0279249;REVB=-0.0167573;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000107724;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:42:57:0:0:42:57:0:1 chrX 305984 . G A 209.5 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0429242;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6533;QD=24.647;RBI=0.0555877;REFB=0.0312127;REVB=0.0353199;RO=15;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223274;STB=0.635359;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0195922;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:14:20:20:0.588235:17:3:5:10:17:3:5:9 chrX 306056 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00284228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.076;QD=22.6321;RBI=0.00840472;REFB=-0.0429786;REVB=-0.00790954;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259793;STB=0.514683;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00704028;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:4:4:7:6:4:4 chrX 306152 . T G 205.53 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.119;QD=48.36;RBI=0.0557271;REFB=0;REVB=0.0469764;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933568;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:8:9:0:0 chrX 322161 . A G 2294.58 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171875;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.605;QD=61.1887;RBI=0.0554968;REFB=0;REVB=-0.0527682;RO=0;SAF=90;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.282e-05;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:60:90:0:0:60:90:0:0 chrX 322193 . C T 3319.4 PASS AF=0.986301;AO=216;DP=220;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00537502;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.449;QD=60.6283;RBI=0.0107938;REFB=-0.0667168;REVB=0.00936034;RO=3;SAF=126;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156128;STB=0.508196;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0010649;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:219:3:3:216:216:0.986301:90:126:0:3:90:126:0:3 chrX 606325 . G A 3779.14 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.845;QD=63.5149;RBI=0.00622819;REFB=0;REVB=0.00264447;RO=0;SAF=114;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.04804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47236e-06;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:238:0:0:237:238:1:123:114:0:0:124:114:0:0 chrX 610715 . C G 995.65 PASS AF=0.385666;AO=113;DP=293;FAO=113;FDP=293;FR=.;FRO=180;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=94;FSRR=86;FWDB=-0.0103716;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.338;QD=13.5925;RBI=0.0114025;REFB=-0.00814689;REVB=0.00473794;RO=174;SAF=65;SAR=48;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633435;STB=0.532977;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0119566;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:174:180:113:113:0.385666:48:65:90:84:48:65:94:86 chrX 1422836 . G A 874.21 PASS AF=0.422907;AO=95;DP=227;FAO=96;FDP=227;FR=.;FRO=131;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=0.00222386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.544;QD=15.4046;RBI=0.00298465;REFB=-0.00633439;REVB=-0.00199062;RO=131;SAF=47;SAR=48;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807372;STB=0.541842;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00778382;OID=.;OPOS=1422836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:131:131:95:96:0.422907:48:47:75:56:48:48:75:56 chrX 1422868 . G A 825.49 PASS AF=0.41629;AO=91;DP=218;FAO=92;FDP=221;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=72;FSRR=57;FWDB=0.0088938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.093;QD=14.941;RBI=0.00890912;REFB=-0.00303244;REVB=-0.000522237;RO=127;SAF=49;SAR=42;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216373;STB=0.514992;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00303551;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:127:129:91:92:0.41629:42:49:71:56:43:49:72:57 chrX 1460740 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0178495;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.686;QD=15.6262;RBI=0.0202192;REFB=-0.0123746;REVB=0.00949794;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263649;STB=0.651426;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0127027;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:17:10:12:7:17:10 chrX 1537002 . C G 329.99 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0256345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.509;QD=11.5787;RBI=0.0305656;REFB=0.00157412;REVB=-0.0166473;RO=73;SAF=19;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043731;STB=0.525031;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00453957;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:73:41:41:0.359649:22:19:31:42:22:19:31:42 chrX 1537881 . C T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.013065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.948;QD=20.3417;RBI=0.0172561;REFB=-0.015451;REVB=-0.011273;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131278;STB=0.578383;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0147708;OID=.;OPOS=1537881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:18:19:22:11:18:19:23:11 chrX 1546792 . G A,C 459.47 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=29,2;DP=31;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168127,0.0100332;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.898,79.4776;QD=55.6932;RBI=0.0621845,0.0102823;REFB=0,0;REVB=0.0598685,-0.00224949;RO=0;SAF=20,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00346161,-0.0335849;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:33:0:0:29,2:31,2:0.939394,0.0606061:9,1:20,1:0:0:9,1:22,1:0:0 chrX 1546876 . A G 708.01 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.056;QD=62.9342;RBI=0.0119853;REFB=0;REVB=-0.00331413;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43706e-05;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:19:26:0:0 chrX 1553907 . G A 1068.82 PASS AF=0.484444;AO=108;DP=224;FAO=109;FDP=225;FR=.;FRO=116;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=72;FSRR=44;FWDB=0.0117547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.096;QD=19.0012;RBI=0.0133569;REFB=-0.0139138;REVB=0.00634302;RO=114;SAF=64;SAR=44;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293782;STB=0.513106;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.021861;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:114:116:108:109:0.484444:44:64:71:43:44:65:72:44 chrX 1554649 . T C 798.96 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=193;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0467569;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.791;QD=16.6449;RBI=0.0469208;REFB=-0.00880034;REVB=-0.00391745;RO=109;SAF=32;SAR=52;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218104;STB=0.619019;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00890222;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:109:108:84:84:0.4375:52:32:65:44:52:32:64:44 chrX 1554655 . T C 736.32 PASS AF=0.438889;AO=78;DP=180;FAO=79;FDP=180;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.0158208;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9291;QD=16.3627;RBI=0.019934;REFB=-0.00183893;REVB=-0.0121272;RO=100;SAF=31;SAR=47;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184101;STB=0.602258;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00141847;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:100:101:78:79:0.438889:47:31:58:42:48:31:58:43 chrX 1713021 . C T 2203.66 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9676;QD=62.9618;RBI=0.0485588;REFB=0;REVB=-0.00473615;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023431;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:75:64:0:0:75:65:0:0 chrX 1718360 . G A 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.231;QD=51.1711;RBI=0.0548699;REFB=0;REVB=0.0538008;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295196;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chrX 1719897 . C G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0337778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.154;QD=6.92907;RBI=0.0394999;REFB=-0.0154786;REVB=-0.0204769;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0307424;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:6:9:4:2:6:9 chrX 1755404 . C T 591.97 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00635033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4833;QD=17.4107;RBI=0.0135623;REFB=-0.0048883;REVB=-0.0119837;RO=71;SAF=34;SAR=28;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107236;STB=0.555643;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00696837;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:71:74:62:62:0.455882:28:34:31:40:28:34:33:41 chrX 2139186 . C T 755.42 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.0402998;FXX=0.039104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.705;QD=17.5679;RBI=0.041246;REFB=-0.0123579;REVB=0.00878421;RO=98;SAF=41;SAR=38;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103795;STB=0.539316;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0164859;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:172:98:93:79:79:0.459302:38:41:61:37:38:41:55:38 chrX 2139200 . T C 2420.99 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00441089;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.764;QD=60.1489;RBI=0.00557179;REFB=-0.0292419;REVB=-0.00340425;RO=2;SAF=88;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013212;STB=0.506944;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=7.28393e-06;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:161:2:2:159:159:0.987578:71:88:0:2:71:88:0:2 chrX 2161129 . C G 859.72 PASS AF=0.585185;AO=77;DP=135;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0161652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.489;QD=25.4731;RBI=0.0538193;REFB=-0.00875218;REVB=0.0513343;RO=56;SAF=42;SAR=35;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766061;STB=0.536389;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00732825;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:56:56:77:79:0.585185:35:42:36:20:35:44:36:20 chrX 2609717 . G T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00537733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.896;QD=19.8666;RBI=0.00925803;REFB=-0.0093914;REVB=0.00753627;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00928571;STB=0.505152;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00915909;OID=.;OPOS=2609717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:24:20:20:25:24:20:20:25 chrX 2609983 . T C 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.029941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.969;QD=18.2462;RBI=0.0301367;REFB=0.0162102;REVB=-0.00342904;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022323;STB=0.512801;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000883539;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:3:9:10:3:3:9 chrX 2715425 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.535;QD=58.5849;RBI=0.0385605;REFB=0;REVB=0.00800764;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200935;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 2724760 . T C 1235.76 PASS AF=1;AO=66;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.471;QD=61.7882;RBI=0.101324;REFB=0;REVB=0.101183;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234262;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:66:80:1:40:26:0:0:54:26:0:0 chrX 2748253 . G C 2116.35 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.139;QD=62.2455;RBI=0.0520788;REFB=0;REVB=0.0308518;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136921;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:75:58:0:0:75:61:0:0 chrX 2777985 . C T 3103.31 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270955;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5019;QD=61.7573;RBI=0.0324753;REFB=0;REVB=0.0179019;RO=0;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12251e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:201:0:0:201:201:1:96:105:0:0:96:105:0:0 chrX 2779570 . A G 2570.89 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651126;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1983;QD=61.9492;RBI=0.0204907;REFB=0;REVB=-0.0194287;RO=0;SAF=67;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122618;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:98:67:0:0:98:68:0:0 chrX 2825403 . A G 818.35 PASS AF=0.485549;AO=83;DP=172;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.00373553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.547;QD=18.9214;RBI=0.0581919;REFB=-0.012769;REVB=-0.0580719;RO=89;SAF=41;SAR=42;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740827;STB=0.537563;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0121697;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:89:89:83:84:0.485549:42:41:51:38:42:42:51:38 chrX 2832739 . C T 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0121461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.617;QD=15.2021;RBI=0.016016;REFB=-0.00358044;REVB=-0.0104396;RO=67;SAF=15;SAR=35;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180622;STB=0.601827;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00361373;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:35:15:31:36:35:15:31:36 chrX 2832742 . G C 1749.34 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6852;QD=60.8465;RBI=0.0274584;REFB=0;REVB=0.0265439;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183556;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:68:47:0:0:68:47:0:0 chrX 2836037 . G C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0206097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.549;QD=15.6508;RBI=0.0286034;REFB=-0.0090743;REVB=-0.0198342;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.549091;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0156676;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:10:11:7:9:10:11 chrX 2852951 . G A 1912.69 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.049;QD=61.2061;RBI=0.0219841;REFB=0;REVB=0.01569;RO=0;SAF=70;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103188;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:54:70:0:0:55:70:0:0 chrX 2856155 . C G,T 1901.29 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=8,116;DP=125;FAO=9,117;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=9,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261491,0.032847;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.9715,145.258;QD=60.3583;RBI=0.053106,0.0442807;REFB=0,0;REVB=-0.046222,-0.029696;RO=0;SAF=0,56;SAR=8,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0457319,0.000223172;OID=.,.;OPOS=2856155,2856155;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:125:126:0:0:8,116:9,117:0.0714286,0.928571:8,60:0,56:0:0:9,61:0,56:0:0 chrX 2942109 . T C 1950.13 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.381;QD=60.9417;RBI=0.0522739;REFB=-0.0367414;REVB=-0.0521549;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078537;STB=0.504132;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00229815;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:126:127:0.992188:66:60:1:0:67:60:1:0 chrX 3002687 . A G 154.89 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0383515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4039;QD=22.9469;RBI=0.0668521;REFB=0.038527;REVB=-0.0547573;RO=11;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595972;STB=0.533294;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0204143;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:14:2:1:10:14:2:1:10 chrX 3195109 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0262595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.643;QD=22.8307;RBI=0.027705;REFB=-0.0180568;REVB=-0.00883206;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627389;STB=0.535166;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00770468;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:2:8:11:4:2:8 chrX 3228144 . C G 191.6 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00972188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.607;QD=15.6411;RBI=0.0867699;REFB=-0.0137446;REVB=-0.0862236;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126815;STB=0.575264;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0182522;OID=.;OPOS=3228144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:19:20:0.408163:6:13:16:12:6:14:17:12 chrX 3228411 . G A 1044.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.276;QD=59.6724;RBI=0.0103329;REFB=0;REVB=-0.0085911;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09704e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:37:33:0:0 chrX 3228891 . A G 1539.39 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00969386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.924;QD=62.1975;RBI=0.00969516;REFB=0.012897;REVB=0.000158913;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903448;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000239528;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:52:46:0:1:52:46:0:1 chrX 3235724 . C T 3322.54 PASS AF=0.9819;AO=216;DP=220;FAO=217;FDP=221;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00178944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.032;QD=60.1364;RBI=0.0210357;REFB=-0.0884622;REVB=0.0209595;RO=3;SAF=101;SAR=115;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351925;STB=0.500628;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=2.2546e-05;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:220:221:3:4:216:217:0.9819:115:101:1:2:116:101:2:2 chrX 3236028 . C T 907.33 PASS AF=0.568627;AO=86;DP=153;FAO=87;FDP=153;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.024703;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4674;QD=23.7209;RBI=0.0247737;REFB=-0.019839;REVB=-0.00187016;RO=63;SAF=26;SAR=60;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700859;STB=0.554247;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0157786;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:63:66:86:87:0.568627:60:26:24:39:61:26:27:39 chrX 3238167 . T G 1205.42 PASS AF=0.508547;AO=114;DP=232;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=85;FSRF=36;FSRR=79;FWDB=0.000216326;FXX=0.0126577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.945;QD=20.6055;RBI=0.0201334;REFB=-0.00665186;REVB=0.0201322;RO=118;SAF=32;SAR=82;SRF=36;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275245;STB=0.516221;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00658142;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:234:118:115:114:119:0.508547:82:32:36:82:85:34:36:79 chrX 3238733 . G A 792.27 PASS AF=0.524138;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0210308;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.081;QD=21.8556;RBI=0.0258083;REFB=-0.0204905;REVB=0.014959;RO=70;SAF=29;SAR=47;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429551;STB=0.526479;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0185499;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:70:69:76:76:0.524138:47:29:30:40:47:29:30:39 chrX 3239545 . C T 1387.31 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024258;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9991;QD=61.6584;RBI=0.0309683;REFB=0.0193694;REVB=-0.0192506;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000535242;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:45:44:1:0:45:44:1:0 chrX 3239660 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.016114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.001;QD=12.0148;RBI=0.0191488;REFB=-0.00231606;REVB=0.0103448;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860063;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00447912;OID=.;OPOS=3239660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:18:16:11:9:18:16 chrX 3239979 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00453955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.538;QD=19.0178;RBI=0.0128423;REFB=-0.0187157;REVB=0.0120132;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146131;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0207339;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:8:6:9:6:8:6 chrX 3240343 . G A 713.6 PASS AF=0.539062;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0251215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5658;QD=22.3001;RBI=0.0309664;REFB=-0.0115971;REVB=-0.018106;RO=57;SAF=27;SAR=41;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109487;STB=0.563088;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0106652;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:57:59:68:69:0.539062:41:27:30:27:42:27:31:28 chrX 3241050 . G A 512.62 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0224863;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.748;QD=24.1231;RBI=0.0239145;REFB=-0.0101144;REVB=-0.00814066;RO=34;SAF=18;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164386;STB=0.608263;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0146973;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:34:37:48:48:0.564706:30:18:20:14:30:18:23:14 chrX 3241256 . T C 789.23 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364068;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7453;QD=57.3983;RBI=0.0439237;REFB=0;REVB=0.024573;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189011;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chrX 3241284 . A G 220.11 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0183142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.935;QD=13.9749;RBI=0.0234063;REFB=0.00288648;REVB=0.0145755;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460265;STB=0.501228;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00548195;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:37:24:26:0.412698:10:14:20:17:12:14:20:17 chrX 3241317 . T C,G 1253.12 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=78,5;DP=83;FAO=80,5;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42,5;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172592,-0.0114353;FXX=0.0116266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.993,75.1183;QD=58.9702;RBI=0.0281044,0.0127512;REFB=0,0;REVB=0.0221805,0.00564144;RO=0;SAF=41,5;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.4281e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00183537,0.0389178;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:83:85:0:0:78,5:80,5:0.941176,0.0588235:37,0:41,5:0:0:38,0:42,5:0:0 chrX 3241791 . G A 239.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0222634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.253;QD=11.986;RBI=0.0248339;REFB=-0.00730568;REVB=-0.011003;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191489;STB=0.610181;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00870912;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:17:12:30:21:17:12:30:21 chrX 3592725 . G A 628.67 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0027296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.457;QD=19.0506;RBI=0.0202585;REFB=-0.0164754;REVB=0.0200737;RO=68;SAF=33;SAR=31;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403328;STB=0.5223;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0191351;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:31:33:38:30:31:33:38:30 chrX 3736489 . C T 236.37 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00868126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1356;QD=19.2957;RBI=0.0377799;REFB=-0.0159862;REVB=-0.036769;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923585;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0145583;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:15:11:12:11:15:11 chrX 3747372 . C T 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.000538273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.424;QD=15.639;RBI=0.00378098;REFB=0.000620559;REVB=-0.00374247;RO=52;SAF=21;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252283;STB=0.514227;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000662347;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:17:21:30:22:17:21:30:22 chrX 3977734 . G A 473.6 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0385191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.426;QD=21.5272;RBI=0.0386892;REFB=0.00252921;REVB=0.00362399;RO=41;SAF=19;SAR=27;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227736;STB=0.507619;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00467199;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:27:19:18:23:27:19:18:24 chrX 5808461 . C T 1814.04 PASS AF=0.467172;AO=184;DP=396;FAO=185;FDP=396;FR=.;FRO=211;FSAF=102;FSAR=83;FSRF=102;FSRR=109;FWDB=-0.00557996;FXX=0.00251883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5338;QD=18.3236;RBI=0.0196443;REFB=-0.00566295;REVB=-0.0188351;RO=210;SAF=101;SAR=83;SRF=102;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613156;STB=0.536309;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00776611;OID=.;OPOS=5808461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:210:211:184:185:0.467172:83:101:102:108:83:102:102:109 chrX 5810090 . A G 439.34 PASS AF=0.918919;AO=31;DP=35;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.043729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8375;QD=47.4961;RBI=0.100032;REFB=-0.115951;REVB=0.0899679;RO=4;SAF=14;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116129;STB=0.542832;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0112825;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:35:37:4:3:31:34:0.918919:17:14:4:0:18:16:3:0 chrX 6451834 . C T 44.78 PASS AF=0.0872093;AO=15;DP=172;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=93;FSRR=64;FWDB=-0.0110571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9528;QD=1.04138;RBI=0.0142749;REFB=-0.00954358;REVB=0.00902843;RO=156;SAF=11;SAR=4;SRF=92;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180285;STB=0.642411;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.11658;OID=.;OPOS=6451834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:172:172:156:157:15:15:0.0872093:4:11:92:64:4:11:93:64 chrX 6451856 . A G 306.7 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.000469914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.261;QD=13.7844;RBI=0.010849;REFB=-0.0317833;REVB=-0.0108388;RO=53;SAF=11;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245298;STB=0.631296;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0432997;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:34:35:0.393258:23:11:29:24:23:12:30:24 chrX 6451872 . C G 211.48 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0174395;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.728;QD=18.7979;RBI=0.0175535;REFB=-0.0395541;REVB=0.00199744;RO=23;SAF=1;SAR=20;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438612;STB=0.786135;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0438626;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:20:1:5:18:20:1:6:18 chrX 6451894 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.609;QD=12.3961;RBI=0.010735;REFB=0.0105066;REVB=-0.010735;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00254691;OID=.;OPOS=6451894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chrX 6975752 . G T 152.74 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.033518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1791;QD=8.9845;RBI=0.0341956;REFB=-0.00661737;REVB=0.0067736;RO=47;SAF=15;SAR=6;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171919;STB=0.510194;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0217327;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:6:15:33:14:6:15:33:14 chrX 6975782 . C G 329.79 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0107783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.685;QD=15.7042;RBI=0.0153605;REFB=-0.0231936;REVB=-0.0109442;RO=48;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190878;STB=0.607086;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0342611;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:18:18:33:15:18:18:33:15 chrX 6995315 . C T 398.31 PASS AF=0.44;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00278579;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.515;QD=15.9325;RBI=0.00769601;REFB=0.00142623;REVB=0.00717411;RO=54;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415007;STB=0.507289;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00204041;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:54:56:44:44:0.44:21:23:28:26:21:23:30:26 chrX 7066051 . A C 132.03 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00855667;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.962;QD=9.43101;RBI=0.00972575;REFB=-0.0117273;REVB=-0.00462316;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227518;STB=0.641874;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0226101;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:38:17:18:0.321429:9:8:26:13:10:8:25:13 chrX 7116610 . AT A,GA 210.74 PASS AF=0.692308,0;AO=31,3;DP=65;FAO=45,0;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=35,0;FSAR=10,0;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.01209,0.0222162;FXX=0.0151492;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.63387,19.0495;QD=12.9683;RBI=0.0126043,0.0878063;REFB=-0.0898364,-0.0655354;REVB=-0.00356376,0.0849493;RO=23;SAF=28,1;SAR=3,2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.268464,-0.426518;STB=0.509996,0.5;STBP=0.854,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.120707,0;OID=.,.;OPOS=7116611,7116610;OREF=T,AT;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:23:20:31,3:45,0:0.692308,0:3,2:28,1:17:6:10,0:35,0:16:4 chrX 7812017 . C T 114.44 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00238691;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.819;QD=5.65133;RBI=0.0812154;REFB=-0.0244579;REVB=-0.0811803;RO=49;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272784;STB=0.573689;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0769164;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:63:18:18:0.222222:10:8:33:16:10:8:34:29 chrX 8138080 . G C 937.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.124;QD=58.5797;RBI=0.0350225;REFB=0;REVB=0.033728;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127548;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chrX 8138160 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6635;QD=64.415;RBI=0.0579774;REFB=0;REVB=-0.0312238;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000951131;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:19:31:0:0 chrX 8138165 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.374;QD=62.6703;RBI=0.0307349;REFB=0;REVB=0.00393191;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147562;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chrX 8138170 . CT GC 515.23 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911023;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.861;QD=54.235;RBI=0.166301;REFB=0;REVB=0.139127;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00139749;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chrX 8138182 . A G 486.75 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.061;QD=58.9998;RBI=0.0496087;REFB=0;REVB=-0.0327038;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976482;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:24:33:1:8:16:0:0:8:25:0:0 chrX 8434367 . C T 329.14 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.354;QD=50.6368;RBI=0.0501323;REFB=0.102093;REVB=0.043975;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512185;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00110749;OID=.;OPOS=8434367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:26:0:1:23:25:0.961538:5:18:0:0:5:20:1:0 chrX 8497510 . C T 1572.9 PASS AF=0.418269;AO=172;DP=415;FAO=174;FDP=416;FR=.;FRO=242;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=102;FSRR=140;FWDB=-0.0129132;FXX=0.00952358;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.7;QD=15.124;RBI=0.0254765;REFB=-0.0185558;REVB=-0.0219614;RO=239;SAF=89;SAR=83;SRF=101;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988981;STB=0.552255;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0265188;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:416:239:242:172:174:0.418269:83:89:101:138:85:89:102:140 chrX 9370299 . A T 64.1 PASS AF=0.0836502;AO=22;DP=263;FAO=22;FDP=263;FR=.;FRO=241;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=154;FSRR=87;FWDB=0.00116333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.946;QD=0.974918;RBI=0.0240375;REFB=-0.00349041;REVB=-0.0240093;RO=225;SAF=11;SAR=11;SRF=150;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202817;STB=0.627268;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0393422;OID=.;OPOS=9370299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:263:263:225:241:22:22:0.0836502:11:11:150:75:11:11:154:87 chrX 9684778 . G A 976.59 PASS AF=0.521978;AO=95;DP=182;FAO=95;FDP=182;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0211674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.957;QD=21.4635;RBI=0.0255628;REFB=-0.00858555;REVB=-0.0143317;RO=86;SAF=49;SAR=46;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942596;STB=0.554108;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00972179;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:86:87:95:95:0.521978:46:49:35:51:46:49:35:52 chrX 9842669 . G A 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0272322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9686;QD=11.2655;RBI=0.0275118;REFB=-0.0198126;REVB=0.00391271;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085668;STB=0.54995;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0288599;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:19:17:11:9:19:17 chrX 9859098 . A G 5823.62 PASS AF=1;AO=366;DP=370;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128361;FXX=0.013333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.336;QD=62.9581;RBI=0.0306998;REFB=0;REVB=-0.0278874;RO=0;SAF=191;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734832;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:370:370:0:0:366:370:1:175:191:0:0:176:194:0:0 chrX 9905342 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.027;QD=63.2866;RBI=0.0274683;REFB=0;REVB=0.0040341;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144743;OID=.;OPOS=9905342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chrX 9912792 . A G 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.467;QD=64.1531;RBI=0.025982;REFB=0;REVB=0.0192733;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52372e-05;OID=.;OPOS=9912792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chrX 9914947 . G C 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0130115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0716;QD=22.9821;RBI=0.0131797;REFB=0.00842663;REVB=0.00209877;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439647;STB=0.52457;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00948045;OID=.;OPOS=9914947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:9:13:16:9:9:13 chrX 9915165 . C T 362.49 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0937449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0292;QD=45.3115;RBI=0.0983588;REFB=-0.0322692;REVB=-0.0297717;RO=3;SAF=12;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433253;STB=0.540511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00145211;OID=.;OPOS=9915165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:3:4:28:28:0.875:16:12:2:1:16:12:3:1 chrX 10085674 . T C 397.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.288;QD=54.827;RBI=0.029218;REFB=0;REVB=0.0290395;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40456e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:29:0:0:25:29:1:7:18:0:0:10:19:0:0 chrX 10112338 . C A 235.47 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0388507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.844;QD=15.4408;RBI=0.0404473;REFB=-0.00120605;REVB=0.0112518;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135657;STB=0.566963;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00194821;OID=.;OPOS=10112338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:11:15:24:10:11:16:24:10 chrX 10202343 . C T 791.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.878;QD=56.5198;RBI=0.0184164;REFB=0;REVB=-0.0120477;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176176;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:23:32:0:0:23:33:0:0 chrX 12725701 . C G 3809.03 PASS AF=0.99177;AO=239;DP=242;FAO=241;FDP=243;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000462991;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.023;QD=62.7001;RBI=0.0355906;REFB=-0.133557;REVB=0.0355876;RO=1;SAF=113;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376764;STB=0.503937;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000635351;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:242:243:1:2:239:241:0.99177:126:113:0:1:126:115:0:2 chrX 12809661 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.894;QD=55.6559;RBI=0.025289;REFB=0;REVB=0.0224816;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303635;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chrX 12924826 . A G 359.5 PASS AF=0.352;AO=45;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00782786;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.598;QD=11.504;RBI=0.00817287;REFB=-0.00140624;REVB=0.00234955;RO=78;SAF=26;SAR=19;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00097233;STB=0.523479;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00264714;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:78:81:45:44:0.352:19:26:45:33:18:26:45:36 chrX 12937513 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00254852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.671;QD=14.1952;RBI=0.0227807;REFB=-0.0158455;REVB=-0.0226377;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296633;STB=0.533288;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0148872;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:12:9:6:9:12:10 chrX 12937804 . C T 810.77 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.019575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5015;QD=19.4196;RBI=0.021007;REFB=-0.00923755;REVB=-0.00762342;RO=82;SAF=46;SAR=37;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382294;STB=0.515421;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00943849;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:84:83:83:0.497006:37:46:42:40:37:46:44:40 chrX 12939112 . G C 749.34 PASS AF=0.467456;AO=78;DP=169;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0068405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4681;QD=17.7357;RBI=0.0184263;REFB=-0.0202544;REVB=0.0171096;RO=89;SAF=47;SAR=31;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951663;STB=0.552642;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0247729;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:90:78:79:0.467456:31:47:45:44:31:48:46:44 chrX 12939412 . C A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00536794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.529;QD=17.2468;RBI=0.00858802;REFB=0.00978616;REVB=-0.00670368;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417047;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0130595;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:13:14:10:11:13:14 chrX 12939928 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.475;QD=56.7066;RBI=0.0335081;REFB=0;REVB=0.0331443;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51076e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chrX 13337059 . C T 1465.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.148;QD=63.0266;RBI=0.0151109;REFB=0;REVB=0.00815722;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103281;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:45:47:0:0:45:48:0:0 chrX 13635937 . C T 1660.3 PASS AF=0.598425;AO=151;DP=255;FAO=152;FDP=254;FR=.;FRO=102;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.00641484;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7015;QD=26.1464;RBI=0.0159451;REFB=-0.00935907;REVB=-0.0145978;RO=100;SAF=62;SAR=89;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892969;STB=0.54678;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00368309;OID=.;OPOS=13635937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:100:102:151:152:0.598425:89:62:53:47:89:63:54:48 chrX 13651155 . G A 1438.16 PASS AF=0.980392;AO=98;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1141;QD=56.3986;RBI=0.0406879;REFB=-0.231352;REVB=0.032428;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235663;STB=0.50099;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00654666;OID=.;OPOS=13651155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:98:100:0.980392:55:43:1:1:55:45:1:1 chrX 13682248 . A G 1703.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021369;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.838;QD=60.843;RBI=0.0222385;REFB=0;REVB=0.00615786;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144868;OID=.;OPOS=13682248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:54:56:0:0:56:56:0:0 chrX 13683487 . C T 342.93 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255611;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.249;QD=54.8693;RBI=0.0255889;REFB=0;REVB=0.0011936;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213433;OID=.;OPOS=13683487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chrX 13684426 . G A 4819.87 PASS AF=1;AO=309;DP=310;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00095333;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.191;QD=62.3931;RBI=0.00394296;REFB=0.00809867;REVB=-0.00382598;RO=0;SAF=184;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85494e-05;OID=.;OPOS=13684426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:310:309:0:0:309:309:1:125:184:0:0:125:184:0:0 chrX 13684432 . T A 4954.51 PASS AF=0.987616;AO=319;DP=323;FAO=319;FDP=323;FR=.;FRO=4;FSAF=185;FSAR=134;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00185545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.764;QD=61.3561;RBI=0.00492018;REFB=-0.070492;REVB=0.00455691;RO=1;SAF=185;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354655;STB=0.502163;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=8.02334e-05;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:323:323:1:4:319:319:0.987616:134:185:0:1:134:185:3:1 chrX 13758375 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0303368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.881;QD=17.5599;RBI=0.0304824;REFB=-0.00940871;REVB=0.00297616;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156776;STB=0.588693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0120072;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:5:16:11:7:5:16 chrX 13771576 . A G 359.8 PASS AF=0.335294;AO=54;DP=154;FAO=57;FDP=170;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.15876;FXX=0.00584761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.6928;QD=8.46587;RBI=0.158854;REFB=-0.0353264;REVB=-0.00546184;RO=97;SAF=49;SAR=5;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596696;STB=0.753698;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.109954;OID=.;OPOS=13771576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:170:97:113:54:57:0.335294:5:49:47:50:9:48:60:53 chrX 15332558 . A G 574.69 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=160;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0124981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.743;QD=14.1898;RBI=0.0148663;REFB=-0.0285458;REVB=0.00805011;RO=94;SAF=37;SAR=29;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859446;STB=0.554498;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0427293;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:94:96:66:66:0.407407:29:37:45:49:29:37:45:51 chrX 15821890 . G A 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00680827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.678;QD=13.9184;RBI=0.00796123;REFB=0.00437102;REVB=-0.00412656;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123673;STB=0.561996;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00485472;OID=.;OPOS=15821890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:12:14:15:21:12:14:16:21 chrX 15838366 . C T 2602.45 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016524;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.673;QD=61.9631;RBI=0.0248928;REFB=0;REVB=-0.0186174;RO=0;SAF=92;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97737e-05;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:75:92:0:0:75:93:0:0 chrX 16859628 . G A 2327.91 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.217;QD=63.7784;RBI=0.0173192;REFB=0;REVB=0.011889;RO=0;SAF=85;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42272e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:144:146:1:59:85:0:0:60:86:0:0 chrX 16860134 . T C 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0172415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.821;QD=6.5439;RBI=0.0314338;REFB=-0.00779982;REVB=0.0262834;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620461;STB=0.539896;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0307009;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:7:17:6:2:7:17 chrX 17166219 . C T 1900.8 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.483;QD=60.8255;RBI=0.0146055;REFB=-0.127753;REVB=0.00915972;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112097;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:0:0:124:125:1:60:64:0:0:61:64:0:0 chrX 17171300 . A G 416.47 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0393851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1012;QD=12.8146;RBI=0.0571188;REFB=0.00899035;REVB=0.0413688;RO=79;SAF=19;SAR=30;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900204;STB=0.559821;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0147224;OID=.;OPOS=17171300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:81:49:49:0.376923:30:19:37:42:30:19:39:42 chrX 17705850 . C CT,T 3888.15 PASS AF=1,0;AO=241,13;DP=280;FAO=275,0;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=140,0;FSAR=135,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109179,0.0192655;FXX=0.0178565;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.4884,218.55;QD=56.5548;RBI=0.0121321,0.0192663;REFB=0,0;REVB=-0.00529033,0.00017351;RO=19;SAF=129,1;SAR=112,12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00858947,-0.567282;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00054893,-0.01607;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:280:275:19:0:241,13:275,0:1,0:112,12:129,1:9:10:135,0:140,0:0:0 chrX 17750294 . T A 420.35 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=130;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0461689;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.412;QD=12.9337;RBI=0.0462289;REFB=-0.0145364;REVB=-0.00235488;RO=76;SAF=33;SAR=16;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208385;STB=0.609453;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0311883;OID=.;OPOS=17750294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:81:49:49:0.376923:16:33:37:39:16:33:41:40 chrX 17819377 . T C 175.69 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9423;QD=46.8508;RBI=0.0880508;REFB=0;REVB=0.0437219;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199659;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:12:15:1:6:6:0:0:9:6:0:0 chrX 18230715 . A C 565.27 PASS AF=0.409396;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.00247202;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.161;QD=15.175;RBI=0.00905594;REFB=-0.0073274;REVB=-0.00871201;RO=86;SAF=35;SAR=26;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058309;STB=0.524233;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00982391;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:86:88:61:61:0.409396:26:35:54:32:26:35:54:34 chrX 18342034 . G A 688.63 PASS AF=0.415301;AO=76;DP=183;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.00421145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.039;QD=15.0521;RBI=0.0168239;REFB=-0.0108168;REVB=-0.0162882;RO=107;SAF=42;SAR=34;SRF=62;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284062;STB=0.515899;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0121435;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:107:107:76:76:0.415301:34:42:62:45:34:42:62:45 chrX 19041592 . C T 4232.31 PASS AF=0.989091;AO=272;DP=276;FAO=272;FDP=275;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.036506;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.983;QD=61.5609;RBI=0.0367597;REFB=-0.0515566;REVB=0.00431112;RO=2;SAF=122;SAR=150;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631451;STB=0.50495;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00184023;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:276:275:2:3:272:272:0.989091:150:122:0:2:150:122:0:3 chrX 19428037 . C T 168.43 PASS AF=0.354839;AO=19;DP=59;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00907133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.566;QD=10.8664;RBI=0.0144874;REFB=-0.00791708;REVB=0.0112958;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853171;STB=0.535682;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0190188;OID=.;OPOS=19428037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:40:40:19:22:0.354839:9:10:24:16:10:12:24:16 chrX 19482476 . C T 293.47 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0405253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0014;QD=19.8964;RBI=0.0411495;REFB=0.00225764;REVB=-0.0071402;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221709;STB=0.622769;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00146686;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:20:8:17:14:20:8 chrX 21508666 . A G 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0235404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4015;QD=16.6322;RBI=0.0249148;REFB=-0.0276457;REVB=-0.00816096;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147418;STB=0.577007;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0313976;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:22:15:25:20:22:15:25:21 chrX 21861434 . A G 4335.96 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000849627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.12;QD=63.0686;RBI=0.012184;REFB=0;REVB=0.0121543;RO=0;SAF=123;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.14392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18184e-06;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:274:275:1:151:123:0:0:151:124:0:0 chrX 21876112 . A G 723.43 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0861389;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0513;QD=52.6132;RBI=0.0916939;REFB=-0.0597287;REVB=-0.0314305;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00235425;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:2:2:52:53:0.963636:27:25:1:1:27:26:1:1 chrX 21876221 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0123342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.729;QD=14.0468;RBI=0.025543;REFB=-0.00500109;REVB=-0.0223677;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202815;STB=0.616898;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00901903;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:20:9:9:9:20:9 chrX 22025268 . C A 872.55 PASS AF=0.49162;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=63;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0237473;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.489;QD=19.4984;RBI=0.0238637;REFB=-0.011319;REVB=-0.00235407;RO=91;SAF=63;SAR=25;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737384;STB=0.540722;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0115873;OID=.;OPOS=22025268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:91:91:88:88:0.49162:25:63:59:32:25:63:59:32 chrX 23398214 . T C 428.5 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0158107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1469;QD=22.2599;RBI=0.0159169;REFB=0.0025447;REVB=0.00183605;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784058;STB=0.543189;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00286052;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:20:15:22:20:20:15 chrX 23801859 . G C 1790.19 PASS AF=0.548077;AO=169;DP=311;FAO=171;FDP=312;FR=.;FRO=141;FSAF=96;FSAR=75;FSRF=80;FSRR=61;FWDB=-0.00306851;FXX=0.00952351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9908;QD=22.9512;RBI=0.0182385;REFB=-0.0021985;REVB=0.0179785;RO=140;SAF=96;SAR=73;SRF=79;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319045;STB=0.502742;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00257209;OID=.;OPOS=23801859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:140:141:169:171:0.548077:73:96:79:61:75:96:80:61 chrX 23858452 . G A 590.1 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0191731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8041;QD=16.9814;RBI=0.0280047;REFB=0.00119342;REVB=-0.0204121;RO=75;SAF=23;SAR=39;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200691;STB=0.612051;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00178803;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:77:62:62:0.446043:39:23:43:32:39:23:44:33 chrX 23928489 . C T 320.33 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0558396;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1473;QD=13.4877;RBI=0.0647483;REFB=-0.0296008;REVB=-0.0327763;RO=60;SAF=19;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485734;STB=0.533003;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.072784;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:59:36:36:0.378947:17:19:29:31:17:19:28:31 chrX 24073761 . C T 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0157275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.453;QD=16.2524;RBI=0.0162183;REFB=0.00744869;REVB=-0.00395978;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636923;STB=0.503558;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00722093;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:25:24:29:31:25:24:29:31 chrX 24095043 . C T 133.86 PASS AF=0.372549;AO=10;DP=45;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.00562594;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.213;QD=10.4985;RBI=0.00578991;REFB=0.000201413;REVB=0.00136817;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276077;STB=0.507684;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.000203736;OID=.;OPOS=24095043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:51:17:32:10:19:0.372549:1:9:13:4:4:15:25:7 chrX 24232095 . C T 3421.92 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.416;QD=62.5008;RBI=0.0238671;REFB=0;REVB=0.0175937;RO=0;SAF=108;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33664e-05;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:219:219:1:111:108:0:0:111:108:0:0 chrX 24330071 . G C 62.31 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.060996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9567;QD=5.53826;RBI=0.0622098;REFB=-0.00976326;REVB=0.0122293;RO=36;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563353;STB=0.88651;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0658429;OID=.;OPOS=24330071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:45:45:36:35:9:10:0.222222:1:8:16:20:1:9:15:20 chrX 24330386 . G A 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00686736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.136;QD=17.2839;RBI=0.0140675;REFB=-0.0226473;REVB=-0.0122774;RO=58;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175542;STB=0.597393;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.021117;OID=.;OPOS=24330386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:24:27:20:38:24:27:20:38 chrX 24381387 . G C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0263603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.164;QD=14.2417;RBI=0.0264971;REFB=-0.0147236;REVB=-0.00268919;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601881;STB=0.534514;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.02353;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:13:18:14:8:13:18 chrX 24381409 . G A 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0518988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5259;QD=15.1005;RBI=0.0610712;REFB=-0.000934601;REVB=-0.0321902;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790217;STB=0.544986;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00113157;OID=.;OPOS=24381409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:15:9:14:17:15:9:14:17 chrX 24576191 . T C 721.34 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2292;QD=61.3906;RBI=0.0606275;REFB=0;REVB=-0.0604852;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102921;OID=.;OPOS=24576191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:21:24:0:0:21:26:0:0 chrX 24578270 . C T 2098.89 PASS AF=0.55942;AO=193;DP=347;FAO=193;FDP=345;FR=.;FRO=152;FSAF=100;FSAR=93;FSRF=80;FSRR=72;FWDB=-0.0342302;FXX=0.00576352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2554;QD=24.335;RBI=0.0371024;REFB=-0.0198776;REVB=0.0143137;RO=152;SAF=100;SAR=93;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665157;STB=0.50361;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0143234;OID=.;OPOS=24578270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:345:152:152:193:193:0.55942:93:100:80:72:93:100:80:72 chrX 24578803 . C T 1729.54 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3768;QD=60.6856;RBI=0.0272716;REFB=0;REVB=0.013647;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113511;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:46:68:0:0:46:68:0:0 chrX 24751958 . T C 2244.47 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.973;QD=63.2245;RBI=0.0466271;REFB=0;REVB=0.0464509;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14041e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:142:0:0:134:142:1:70:64:0:0:77:65:0:0 chrX 26157220 . C T 2416.0 PASS AF=0.975758;AO=161;DP=165;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00864151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.412;QD=58.5697;RBI=0.00865997;REFB=-0.119669;REVB=-0.00056511;RO=1;SAF=116;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408464;STB=0.506596;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000290983;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:165:165:1:4:161:161:0.975758:45:116:1:0:45:116:2:2 chrX 26157792 . C T 917.39 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2243;QD=55.5996;RBI=0.0348912;REFB=-0.164976;REVB=0.0299407;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00258697;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:28:36:0:0:29:36:0:1 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 719.54 PASS AF=0,0.919355;AO=5,52;DP=71;FAO=0,57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=0,28;FSAR=0,29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00478455,0.0129083;FXX=0.0746157;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=155.34,213.461;QD=46.422;RBI=0.0271984,0.0320258;REFB=-0.0440187,-0.0613504;REVB=0.0267743,0.0293092;RO=12;SAF=5,25;SAR=0,27;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682698,-0.0649972;STB=0.5,0.507359;STBP=1,0.778;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00488731;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:71:62:12:5:5,52:0,57:0,0.919355:0,27:5,25:8:4:0,29:0,28:2:3 chrX 27479339 . A G 436.91 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0195172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.888;QD=18.3962;RBI=0.0270861;REFB=-0.029999;REVB=-0.0187813;RO=51;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752563;STB=0.541884;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0334708;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:27:17:16:35:27:17:16:35 chrX 30236878 . G A 4373.29 PASS AF=1;AO=277;DP=277;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2839;QD=63.1522;RBI=0.0281693;REFB=0;REVB=0.0260082;RO=0;SAF=155;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.373e-05;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:277:0:0:277:277:1:122:155:0:0:122:155:0:0 chrX 30254361 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0464188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4464;QD=18.0091;RBI=0.0465475;REFB=-0.0200238;REVB=-0.00345851;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127946;STB=0.57808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0230242;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:20:15:21:16:20:15:22:16 chrX 30254376 . T C 253.83 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00525587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.15;QD=15.3837;RBI=0.0182671;REFB=-0.00679516;REVB=0.0174947;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253242;STB=0.648715;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00879896;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:17:11:24:13:18:11:24:13 chrX 30254530 . A G 192.11 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00952421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6233;QD=12.394;RBI=0.0351369;REFB=-0.00854164;REVB=0.0338215;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894268;STB=0.530839;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0151926;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:23:24:0.387097:7:16:26:11:8:16:27:11 chrX 30255520 . C T 721.24 PASS AF=0.384956;AO=76;DP=215;FAO=87;FDP=226;FR=.;FRO=139;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.00596896;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.447;QD=12.7652;RBI=0.00673442;REFB=-0.0145761;REVB=0.00311831;RO=133;SAF=33;SAR=43;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192301;STB=0.529668;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0219275;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:226:133:139:76:87:0.384956:43:33:60:73:44:43:62:77 chrX 30261002 . A G 349.88 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0166442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.07;QD=15.212;RBI=0.0166806;REFB=-0.00502355;REVB=-0.00110237;RO=54;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532268;STB=0.530126;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00441249;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:15:23:30:24:15:23:30:24 chrX 30261158 . G C 146.35 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0246448;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.673;QD=15.0099;RBI=0.0280663;REFB=-0.00871568;REVB=-0.0134296;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280785;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197017;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:13:10:7:9:13:10 chrX 30269887 . T A 2258.04 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00237473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.476;QD=62.7234;RBI=0.00814182;REFB=-0.0696829;REVB=0.0077878;RO=1;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638285;STB=0.503355;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-5.68033e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:74:69:0:1:74:69:0:1 chrX 30323916 . T G 364.37 PASS AF=0.6;AO=37;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.041693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1556;QD=24.2913;RBI=0.0470673;REFB=0.00893923;REVB=0.0218407;RO=23;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102595;STB=0.517232;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00345713;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:24:37:36:0.6:22:15:9:14:21:15:9:15 chrX 30323948 . T G 169.18 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0381873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.923;QD=12.0844;RBI=0.0384185;REFB=-0.0172896;REVB=-0.00420881;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133511;STB=0.565976;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0381059;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:35:21:21:0.375:11:10:12:22:11:10:13:22 chrX 30327367 . G A 154.0 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00823797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.063;QD=14.3251;RBI=0.00839736;REFB=-0.00716078;REVB=0.00162833;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657522;STB=0.503812;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00828309;OID=.;OPOS=30327367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:13:4:6:20:13:4:6:20 chrX 30577846 . A C 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000175184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.138;QD=61.6888;RBI=0.0128542;REFB=0;REVB=0.012853;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39895e-05;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chrX 30715827 . C T 1028.83 PASS AF=0.440816;AO=108;DP=245;FAO=108;FDP=245;FR=.;FRO=137;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=-0.00327694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.003;QD=16.7972;RBI=0.00955892;REFB=-0.00926093;REVB=0.00897967;RO=136;SAF=56;SAR=52;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048098;STB=0.524625;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0118482;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:136:137:108:108:0.440816:52:56:64:72:52:56:65:72 chrX 30849176 . G A 2633.97 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.503;QD=61.9758;RBI=0.00987657;REFB=0;REVB=-0.00981999;RO=0;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77613e-06;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:84:85:0:0:85:85:0:0 chrX 30872602 . A G 1823.84 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325785;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=61.3055;RBI=0.0439697;REFB=0;REVB=0.0295293;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15251e-06;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:60:58:0:0:61:58:0:0 chrX 31496350 . C T 1492.74 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.698;QD=58.5387;RBI=0.0370949;REFB=-0.130282;REVB=0.00143354;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.505493;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000188275;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:56:45:0:0:56:45:1:0 chrX 31697636 . A G 784.63 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00826865;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7218;QD=18.9068;RBI=0.0111766;REFB=-0.000573681;REVB=-0.00751969;RO=84;SAF=36;SAR=45;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051596;STB=0.531621;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000449768;OID=.;OPOS=31697636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:85:81:81:0.487952:45:36:42:42:45:36:43:42 chrX 32053662 . G C 385.46 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00713478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5381;QD=14.9692;RBI=0.0464172;REFB=-0.0255668;REVB=0.0458655;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228475;STB=0.50864;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.043228;OID=.;OPOS=32053662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:26:18:25:33:26:18:25:34 chrX 32380996 . C T 3183.08 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4187;QD=61.8073;RBI=0.041078;REFB=0;REVB=0.016064;RO=0;SAF=108;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23696e-05;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:98:108:0:0:98:108:0:0 chrX 32503194 . T C 1056.17 PASS AF=1;AO=63;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136229;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.427;QD=59.5026;RBI=0.169869;REFB=0;REVB=0.169321;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132551;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:63:71:1:24:39:0:0:33:38:0:0 chrX 34149267 . C A 1510.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.49;QD=63.612;RBI=0.0105048;REFB=0;REVB=0.00996587;RO=0;SAF=28;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43359e-05;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:67:28:0:0:67:28:0:0 chrX 34962909 . A C 857.97 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666684;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5493;QD=58.1675;RBI=0.0672572;REFB=0;REVB=0.0088797;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650525;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chrX 35820265 . C T 2238.8 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.749;QD=62.6238;RBI=0.0481651;REFB=-0.0422549;REVB=0.0176595;RO=1;SAF=64;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737192;STB=0.503875;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000174035;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:78:64:1:0:78:64:1:0 chrX 35820425 . C T 1479.1 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7116;QD=60.3713;RBI=0.134475;REFB=-0.0497318;REVB=0.0292252;RO=2;SAF=45;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476456;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:2:0:94:98:1:49:45:2:0:49:49:0:0 chrX 35820696 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.309;QD=56.1905;RBI=0.0238245;REFB=0;REVB=0.0228468;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241929;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chrX 35820795 . A G 2427.65 PASS AF=1;AO=135;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.626;QD=60.3142;RBI=0.0681102;REFB=0;REVB=0.0679834;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163424;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:135:161:1:67:68:0:0:92:69:0:0 chrX 35821055 . AT GA 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835092;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.659;QD=58.4188;RBI=0.0416879;REFB=0;REVB=0.0408429;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.67597e-05;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chrX 35821127 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.38;QD=56.9563;RBI=0.0135792;REFB=0;REVB=0.00951823;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57324e-07;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chrX 35821302 . C G 472.25 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.029;QD=55.5586;RBI=0.0577826;REFB=-0.0760069;REVB=0.0553008;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000618449;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chrX 35821308 . C T 520.88 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342667;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6501;QD=59.5296;RBI=0.10534;REFB=0;REVB=0.0996105;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113487;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:23:11:0:1:24:11:0:0 chrX 35821464 . A G 714.31 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157549;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.268;QD=57.1446;RBI=0.0266435;REFB=0;REVB=0.0214863;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329333;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chrX 35821558 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.828;QD=60.9784;RBI=0.0184918;REFB=0;REVB=0.0105633;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13998e-05;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chrX 35821763 . G A 691.37 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00572299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0394;QD=56.4384;RBI=0.00715769;REFB=0.0119816;REVB=-0.00429882;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000888191;STB=0.5102;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00645411;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:49:2:3:45:46:0.938776:22:23:1:1:23:23:2:1 chrX 35821789 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.354;QD=59.4356;RBI=0.052142;REFB=0;REVB=0.0405931;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164032;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 37026521 . C T 808.54 PASS AF=0.415525;AO=90;DP=221;FAO=91;FDP=219;FR=.;FRO=128;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.000131864;FXX=0.00904936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.768;QD=14.7679;RBI=0.0167831;REFB=-0.00996657;REVB=0.0167826;RO=127;SAF=44;SAR=46;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254809;STB=0.508643;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0123546;OID=.;OPOS=37026521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:127:128:90:91:0.415525:46:44:59:68:47:44:60:68 chrX 37701048 . G A 1557.64 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0228486;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6489;QD=57.6903;RBI=0.0234081;REFB=0.0427933;REVB=-0.00508741;RO=2;SAF=57;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00153099;STB=0.500703;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00688359;OID=.;OPOS=37701048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:108:2:2:105:106:0.981481:48:57:1:1:49:57:1:1 chrX 38144822 . C T 367.11 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00236498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4805;QD=14.3964;RBI=0.0203958;REFB=-0.0142614;REVB=-0.0202582;RO=60;SAF=24;SAR=18;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103279;STB=0.558113;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0247822;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:18:24:40:20:18:24:40:20 chrX 38144855 . CG C,CA 1435.95 PASS AF=0.0721649,0.927835;AO=22,69;DP=101;FAO=7,90;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=7,59;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462157,0.0304667;FXX=0.0396;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.6138,125.364;QD=59.2144;RBI=0.0475294,0.0330059;REFB=0,0;REVB=-0.0110973,-0.0126954;RO=0;SAF=22,43;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000263564,-0.00233893;OID=.,.;OPOS=38144856,38144856;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0721649,0.927835:22,69:101:7,90:97:0:7,59:0,31:0:0:25:0:22,43:0,26:0:0 chrX 38422214 . T A 330.39 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0129331;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8177;QD=20.3318;RBI=0.0299796;REFB=-0.0282881;REVB=-0.0270464;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.506348;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0193937;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:28:31:34:34:0.523077:18:16:15:13:18:16:15:16 chrX 38425551 . C T 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.084;QD=58.4144;RBI=0.0347096;REFB=0;REVB=-0.0330488;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216411;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chrX 38467534 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 401.53 PASS AF=0.637795,0.023622;AO=59,6;DP=131;FAO=81,3;FDP=127;FR=.;FRO=43;FSAF=34,3;FSAR=47,0;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0166465,-0.0177218;FXX=0.0451094;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.38514,233.354;QD=12.6466;RBI=0.0531654,0.0184318;REFB=-0.163999,-0.00655139;REVB=0.0504921,-0.00506649;RO=53;SAF=28,6;SAR=31,0;SRF=9;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.269242,0.77207;STB=0.594209,0.998552;STBP=0.01,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.175401,0.0927248;OID=.,.;OPOS=38467535,38467539;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.637795,0.023622:59,6:131:81,3:127:43:34,3:47,0:7:36:99:53:28,6:31,0:9:44 chrX 38505492 . T C 427.34 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00979779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.743;QD=15.5398;RBI=0.0147506;REFB=-0.00158498;REVB=-0.0110264;RO=61;SAF=27;SAR=21;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546762;STB=0.535454;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00290245;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:21:27:31:30:21:27:31:31 chrX 38547862 . G A 2290.49 PASS AF=0.980769;AO=153;DP=158;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0342629;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.937;QD=58.7305;RBI=0.0350192;REFB=-0.0316291;REVB=0.00723861;RO=3;SAF=59;SAR=94;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149377;STB=0.507852;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=9.82047e-05;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:156:3:3:153:153:0.980769:94:59:0:3:94:59:0:3 chrX 39932907 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0487;QD=39.2062;RBI=0.125828;REFB=0;REVB=0.063962;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386547;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chrX 39933339 . A G 651.98 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00465854;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.008;QD=57.9542;RBI=0.00956585;REFB=0.00342608;REVB=0.00835485;RO=2;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113745;STB=0.506061;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000350419;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:2:2:43:43:0.955556:16:27:1:1:16:27:1:1 chrX 40506697 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000276367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.687;QD=35.5757;RBI=0.00567564;REFB=0;REVB=0.0056689;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156005;OID=.;OPOS=40506697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 41198279 . AT A,TA 264.8 PASS AF=0.575,0.00833333;AO=56,5;DP=123;FAO=69,1;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=33,1;FSAR=36,0;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=0.0374432,0.072822;FXX=0.0839631;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.45184,16.9645;QD=8.82663;RBI=0.1621,0.12737;REFB=-0.0973136,-0.0475235;REVB=-0.157717,-0.104499;RO=50;SAF=23,4;SAR=33,1;SRF=42;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.356557,-0.0759411;STB=0.642044,0.984015;STBP=0.001,0.533;TYPE=del,mnp;VARB=0.135823,-0.0530025;OID=.,.;OPOS=41198280,41198279;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:50:50:56,5:69,1:0.575,0.00833333:33,1:23,4:42:8:36,0:33,1:41:9 chrX 41333549 . G A 185.56 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00562936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.054;QD=13.745;RBI=0.0081815;REFB=-0.028405;REVB=-0.00593694;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709926;STB=0.5406;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0395685;OID=.;OPOS=41333549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:21:11:9:13:21:11 chrX 41556195 . A T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.362;QD=59.4249;RBI=0.0258766;REFB=-0.123125;REVB=0.00927116;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000375276;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:1:0:17:25:1:0 chrX 41587218 . T C 3026.21 PASS AF=1;AO=194;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206318;FXX=0.0576895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.169;QD=61.7594;RBI=0.0549127;REFB=0;REVB=0.0508895;RO=0;SAF=96;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139403;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:196:0:0:194:196:1:98:96:0:0:99:97:0:0 chrX 41587569 . C G 1165.83 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4329;QD=60.5628;RBI=0.0428784;REFB=0;REVB=0.0394251;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180031;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chrX 41588169 . T C 3115.24 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.157;QD=61.6879;RBI=0.0260485;REFB=0;REVB=0.0260148;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20572e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:92:108:0:0:94:108:0:0 chrX 42033560 . A G 440.79 PASS AF=0.650794;AO=40;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0316348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3611;QD=27.9868;RBI=0.0441452;REFB=-0.0204669;REVB=0.0307901;RO=22;SAF=26;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728695;STB=0.532771;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00794116;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:40:41:0.650794:14:26:12:10:15:26:12:10 chrX 43591036 . G T 811.02 PASS AF=0.52027;AO=77;DP=148;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0415673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.285;QD=21.9194;RBI=0.0415765;REFB=-0.00666822;REVB=0.000871515;RO=71;SAF=40;SAR=37;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144085;STB=0.500791;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00485541;OID=.;OPOS=43591036;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:71:77:77:0.52027:37:40:37:34:37:40:37:34 chrX 43603391 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0268941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.626;QD=13.4055;RBI=0.0495769;REFB=-0.00538672;REVB=0.0416483;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222552;STB=0.627794;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0116612;OID=.;OPOS=43603391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:19:15:15:8:19:15 chrX 43626815 . G A 508.17 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0328721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6996;QD=18.1489;RBI=0.0330352;REFB=-0.0150725;REVB=0.00327827;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174476;STB=0.600029;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0285405;OID=.;OPOS=43626815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:58:53:54:0.482143:23:30:22:36:23:31:22:36 chrX 43626868 . A G 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0110858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.926;QD=18.1733;RBI=0.011092;REFB=-0.0024578;REVB=-0.000371994;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184364;STB=0.602772;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00322733;OID=.;OPOS=43626868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:14:17:11:21:14:17:11:21 chrX 44094618 . C T 1825.63 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381378;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0893;QD=61.3658;RBI=0.0113001;REFB=0;REVB=-0.010637;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66999e-05;OID=.;OPOS=44094618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chrX 44202890 . G GC 2255.6 PASS AF=1;AO=187;DP=227;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298911;FXX=0.0673045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8362;QD=46.5072;RBI=0.0440296;REFB=0;REVB=0.0323284;RO=36;SAF=79;SAR=108;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00124863;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:187:227:194:194:0:80:114:0:0:43:36:79:108:23:13 chrX 44632125 . G A 245.7 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00264729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.894;QD=23.9706;RBI=0.0294226;REFB=-0.0184134;REVB=0.0293032;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089494;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0100543;OID=.;OPOS=44632125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:11:11:11:7:11:12:11:7 chrX 44938563 . G A 1044.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191229;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.969;QD=59.6814;RBI=0.00277045;REFB=0;REVB=0.00200463;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159504;OID=.;OPOS=44938563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:38:32:0:0 chrX 45051111 . C T 641.67 PASS AF=0.5;AO=63;DP=128;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00228305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.07;QD=19.7436;RBI=0.0103247;REFB=-0.0225413;REVB=0.0100691;RO=64;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647604;STB=0.52307;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0211755;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:64:65:63:65:0.5:29:34:30:34:31:34:31:34 chrX 46472826 . G A 797.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.074;QD=56.9983;RBI=0.0284121;REFB=0;REVB=0.0164236;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77224e-05;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chrX 46618321 . C G 2159.05 PASS AF=0.967105;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=152;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0296042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0872;QD=56.8172;RBI=0.0370122;REFB=-0.115368;REVB=-0.0222147;RO=4;SAF=64;SAR=83;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330758;STB=0.505499;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00344994;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:152:152:4:5:147:147:0.967105:83:64:2:2:83:64:3:2 chrX 46740032 . G A 1478.29 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00753773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.288;QD=56.3156;RBI=0.0211664;REFB=0.0774803;REVB=-0.0197788;RO=3;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247368;STB=0.513041;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00192569;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:56:46:0:3:56:46:0:3 chrX 46740108 . A G 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0283247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.924;QD=18.4126;RBI=0.0284613;REFB=-0.00985653;REVB=0.00278476;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551535;STB=0.537168;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0108688;OID=.;OPOS=46740108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:18:15:13:20:18:15:13:21 chrX 46920599 . C A 1582.24 PASS AF=0.92562;AO=111;DP=122;FAO=112;FDP=121;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0115243;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.676;QD=52.3054;RBI=0.0164509;REFB=0.0721984;REVB=0.0117398;RO=9;SAF=50;SAR=61;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168248;STB=0.508524;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000234156;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:122:121:9:9:111:112:0.92562:61:50:3:6:62:50:3:6 chrX 46946966 . T C 1887.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.877;QD=61.3815;RBI=0.0432708;REFB=0;REVB=0.0432239;RO=0;SAF=70;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62741e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:119:123:1:49:70:0:0:53:70:0:0 chrX 47057647 . A G 1067.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167103;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.559;QD=60.1152;RBI=0.0443227;REFB=0;REVB=0.041052;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234577;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chrX 47068940 . C T 851.56 PASS AF=0.52795;AO=83;DP=159;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0292614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.984;QD=21.1567;RBI=0.0317566;REFB=-0.0182829;REVB=0.012339;RO=75;SAF=39;SAR=44;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878994;STB=0.501466;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0214825;OID=.;OPOS=47068940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:75:76:83:85:0.52795:44:39:36:39:45:40:36:40 chrX 47085415 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00582415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1012;QD=22.1435;RBI=0.00661752;REFB=-0.0171322;REVB=-0.00314179;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.015694;OID=.;OPOS=47085415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:7:6:7:10:7:6 chrX 47085628 . C T 403.95 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0239643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5614;QD=15.8412;RBI=0.0252829;REFB=-0.0148465;REVB=-0.00805832;RO=52;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037141;STB=0.532244;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00803659;OID=.;OPOS=47085628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:57:44:45:0.441176:17:27:30:22:18:27:31:26 chrX 47445940 . C T 516.68 PASS AF=0.4375;AO=57;DP=127;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0281742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8607;QD=16.1462;RBI=0.0436628;REFB=-0.0197254;REVB=0.0333565;RO=70;SAF=27;SAR=30;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138419;STB=0.564493;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0257381;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:72:57:56:0.4375:30:27:43:27:29:27:43:29 chrX 47487912 . T TG 1028.33 PASS AF=1;AO=85;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834452;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2464;QD=45.7034;RBI=0.0993458;REFB=0;REVB=-0.0539118;RO=5;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0013685;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:91:90:90:0:45:45:0:0:19:5:44:41:1:4 chrX 47705684 . C T 2198.34 PASS AF=0.992958;AO=138;DP=140;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.997;QD=61.925;RBI=0.0736104;REFB=-0.0826538;REVB=0.0701672;RO=2;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013776;STB=0.503496;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000385909;OID=.;OPOS=47705684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:142:2:1:138:141:0.992958:68:70:0:2:71:70:0:1 chrX 47918205 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3343;QD=45.8063;RBI=0.0272642;REFB=0;REVB=0.0206461;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130086;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chrX 48049666 . C T 1133.92 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3209;QD=60.4755;RBI=0.0174602;REFB=0;REVB=-0.0139619;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44554e-05;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chrX 48054740 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.564;QD=58.0611;RBI=0.0584257;REFB=0;REVB=0.0583876;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99427e-05;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chrX 48125798 . T C 572.41 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.009073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1151;QD=22.0157;RBI=0.0376153;REFB=-0.00261104;REVB=0.0365047;RO=47;SAF=29;SAR=28;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894448;STB=0.549003;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00347729;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:28:29:29:18:28:29:29:18 chrX 48156264 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00482226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.993;QD=15.4189;RBI=0.0215042;REFB=0.000696076;REVB=0.0209565;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717872;STB=0.540515;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000961865;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:16:16:24:18:16:16:24:18 chrX 48161189 . A G 237.6 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0121379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7317;QD=20.2216;RBI=0.0284332;REFB=0.0189936;REVB=0.0257123;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115537;STB=0.574522;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0197657;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:11:11:9:15:11:12:9:15 chrX 48163105 . A G 341.82 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0367619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.312;QD=18.477;RBI=0.0370315;REFB=-0.0199204;REVB=-0.0044607;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484571;STB=0.527012;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0248931;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:18:18:17:21:18:18:17:21 chrX 48163717 . C T 752.42 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0113912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.259;QD=20.9005;RBI=0.017017;REFB=-0.0254734;REVB=0.0126419;RO=71;SAF=35;SAR=38;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121115;STB=0.506665;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.02088;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:71:73:73:0.506944:38:35:35:36:38:35:35:36 chrX 48382174 . G T 395.97 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0110397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.633;QD=20.3059;RBI=0.0118682;REFB=-0.0201218;REVB=-0.00435649;RO=36;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012733;STB=0.517233;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00847907;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:36:38:40:40:0.512821:15:25:23:13:15:25:25:13 chrX 48418126 . A G 2610.95 PASS AF=0.931217;AO=175;DP=192;FAO=176;FDP=189;FR=.;FRO=13;FSAF=88;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0172657;FXX=0.0156242;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.857;QD=55.2582;RBI=0.0223892;REFB=-0.0367633;REVB=0.0142539;RO=13;SAF=88;SAR=87;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357136;STB=0.518516;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00354164;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:192:189:13:13:175:176:0.931217:87:88:3:10:88:88:3:10 chrX 48418659 . G A 1268.88 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.038;QD=61.151;RBI=0.0787883;REFB=0;REVB=0.0578713;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310538;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:1:0:82:83:1:37:45:1:0:37:46:0:0 chrX 48435928 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000912292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.325;QD=64.4153;RBI=0.0134751;REFB=0;REVB=0.0134442;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64737e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chrX 48459102 . C G 920.76 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0148177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4625;QD=50.4525;RBI=0.0499951;REFB=-0.0017558;REVB=0.0477487;RO=4;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257945;STB=0.526803;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00361232;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:73:73:4:6:67:67:0.917808:34:33:1:3:34:33:1:5 chrX 48459118 . AC A,CA 47.31 PASS AF=0.392857,0.107143;AO=4,4;DP=25;FAO=11,3;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=10,3;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.112104,-0.0224867;FXX=0.0666445;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.89435,153.816;QD=6.759;RBI=0.206986,0.0277773;REFB=-0.0694058,0.00419041;REVB=0.174,-0.0163072;RO=7;SAF=1,0;SAR=3,4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.158242,-0.645224;STB=0.534823,0.993655;STBP=0.828,0.46;TYPE=del,mnp;VARB=0.101443,0.134528;OID=.,.;OPOS=48459119,48459118;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:25:28:7:14:4,4:11,3:0.392857,0.107143:3,4:1,0:1:6:10,3:1,0:1:13 chrX 48460314 . A G 2235.54 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7381;QD=63.4197;RBI=0.0667064;REFB=0;REVB=-0.0666806;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202658;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:80:61:0:0:80:61:0:0 chrX 48559093 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0317452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.852;QD=6.81339;RBI=0.0339927;REFB=-0.00534705;REVB=-0.012155;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521321;STB=0.836197;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0183139;OID=.;OPOS=48559093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:11:8:6:1:11:8 chrX 48681970 . G A 362.42 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=-0.00781053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9839;QD=20.7095;RBI=0.00835799;REFB=0.0118265;REVB=-0.00297517;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188394;STB=0.603397;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0109249;OID=.;OPOS=48681970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:23:14:6:27:23:14:6:27 chrX 48751471 . A G 714.83 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0013009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.611;QD=60.8368;RBI=0.0471081;REFB=-0.149187;REVB=0.0470902;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00511963;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:0:1:19:27:0:1 chrX 48759204 . C T 935.88 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2696;QD=58.4923;RBI=0.0694878;REFB=0;REVB=0.0680666;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464734;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chrX 49021256 . A G 2795.66 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338099;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.433;QD=62.8239;RBI=0.0370024;REFB=0;REVB=0.0150355;RO=0;SAF=101;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03931e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:77:101:0:0:77:101:0:0 chrX 49021537 . G C 1988.38 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8085;QD=62.137;RBI=0.0528793;REFB=0;REVB=-0.0475202;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034771;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chrX 49022700 . T C 819.57 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.315;QD=57.5137;RBI=0.00637642;REFB=0;REVB=0.00505699;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137838;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:52:57:1:14:38:0:0:19:38:0:0 chrX 49071964 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.377;QD=57.6786;RBI=0.0412127;REFB=0;REVB=0.0410223;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78793e-05;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chrX 49081291 . G A 1249.3 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125931;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1414;QD=61.6939;RBI=0.0716124;REFB=0;REVB=0.0704964;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072453;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chrX 49103224 . G A 899.57 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.113;QD=58.0369;RBI=0.0304907;REFB=0;REVB=-0.00540391;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64697e-05;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:21:38:0:0:22:40:0:0 chrX 49710052 . G GC 159.41 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.202;QD=37.5078;RBI=0.107384;REFB=0;REVB=0.0918791;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.01213;OID=.;OPOS=49710053;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:22:17:17:0:8:9:0:0:4:8:7:7:6:2 chrX 49767832 . A G 563.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115177;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.331;QD=57.8291;RBI=0.0115392;REFB=-0.0355202;REVB=0.000705261;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000158436;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chrX 49767835 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208355;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.01;QD=60.2307;RBI=0.0209966;REFB=0;REVB=-0.00259638;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02074e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chrX 50119085 . C T 577.06 PASS AF=0.422078;AO=63;DP=152;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.00482803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.717;QD=14.9885;RBI=0.0270149;REFB=-0.00682051;REVB=0.0265799;RO=88;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102658;STB=0.550825;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00900915;OID=.;OPOS=50119085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:88:89:63:65:0.422078:31:32:36:52:33:32:36:53 chrX 50121146 . A AG 1478.63 PASS AF=1;AO=119;DP=134;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197125;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.5527;QD=48.0855;RBI=0.197125;REFB=0;REVB=4.58589e-05;RO=14;SAF=51;SAR=68;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00226974;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:134:123:123:0:56:67:0:0:27:14:51:68:10:4 chrX 50129369 . A G 687.04 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=142;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=-0.0231335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2932;QD=18.8231;RBI=0.0511573;REFB=-0.0079602;REVB=-0.045628;RO=74;SAF=50;SAR=18;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842505;STB=0.557969;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0083474;OID=.;OPOS=50129369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:74:77:68:69:0.472603:18:50:49:25:18:51:50:27 chrX 50350674 . T C 278.87 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0662209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0296;QD=14.12;RBI=0.0741047;REFB=-0.0112276;REVB=-0.0332612;RO=47;SAF=6;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333233;STB=0.692173;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0124055;OID=.;OPOS=50350674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:26:6:21:26:26:6:21:26 chrX 50350728 . T C 109.51 PASS AF=0.232877;AO=16;DP=72;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.00754341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9111;QD=6.0004;RBI=0.039344;REFB=-0.0151476;REVB=-0.0386141;RO=53;SAF=15;SAR=1;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724104;STB=0.900465;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0485356;OID=.;OPOS=50350728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:53:56:16:17:0.232877:1:15:17:36:2:15:18:38 chrX 50350739 . CC GT 42.04 PASS AF=0.12;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.000311385;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.451;QD=2.24219;RBI=0.02055;REFB=-0.00445365;REVB=-0.0205476;RO=65;SAF=8;SAR=1;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487434;STB=0.868134;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0291987;OID=.;OPOS=50350739;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:76:75:65:66:9:9:0.12:1:8:33:32:1:8:33:33 chrX 50350748 . C G 86.28 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00812807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.412;QD=4.2609;RBI=0.0176649;REFB=-0.0183432;REVB=-0.0156839;RO=66;SAF=14;SAR=1;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575998;STB=0.891092;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0572761;OID=.;OPOS=50350748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:66:66:15:15:0.185185:1:14:37:29:1:14:37:29 chrX 50350752 . T C 121.79 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0200118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.253;QD=5.66447;RBI=0.0337412;REFB=-0.0278766;REVB=-0.027166;RO=66;SAF=18;SAR=1;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633124;STB=0.909747;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0501321;OID=.;OPOS=50350752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:66:67:19:19:0.22093:1:18:36:30:1:18:37:30 chrX 50350757 . TC GT 249.08 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00719071;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.989;QD=10.8294;RBI=0.024644;REFB=-0.017038;REVB=0.0235716;RO=60;SAF=17;SAR=1;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642801;STB=0.913431;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0190527;OID=.;OPOS=50350757;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:60:60:18:18:0.195652:1:17:31:29:1:17:31:29 chrX 51075841 . A G 64.12 PASS AF=0.109589;AO=16;DP=146;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=81;FSRR=49;FWDB=-0.0018416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.493;QD=1.75664;RBI=0.0294306;REFB=-0.00264895;REVB=-0.0293729;RO=128;SAF=11;SAR=5;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835986;STB=0.563485;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0185615;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:146:146:128:130:16:16:0.109589:5:11:80:48:5:11:81:49 chrX 51075901 . G A 42.43 PASS AF=0.0804598;AO=14;DP=174;FAO=14;FDP=174;FR=.;FRO=160;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=86;FSRR=74;FWDB=0.00651766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.554;QD=0.975302;RBI=0.014806;REFB=-0.00342177;REVB=-0.0132943;RO=160;SAF=9;SAR=5;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121723;STB=0.59935;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.056136;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:174:174:160:160:14:14:0.0804598:5:9:86:74:5:9:86:74 chrX 51239295 . ATCCTCGAGGCAGCC A 63.91 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0435889;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=14;MLLD=308.013;QD=19.6648;RBI=0.0456486;REFB=-0.0433688;REVB=0.0135576;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=del;VARB=0.0235868;OID=.;OPOS=51239296;OREF=TCCTCGAGGCAGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:8:16:8:13:5:2:6:3:2:31:5:2:6:2:3 chrX 52825546 . C G 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.62;QD=62.7602;RBI=0.0264628;REFB=0;REVB=0.00996868;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128351;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chrX 52891619 . GT G 111.66 PASS AF=0.264463;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=121;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0391034;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.785;QD=3.69106;RBI=0.101948;REFB=0.0158666;REVB=0.09415;RO=80;SAF=21;SAR=11;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149321;STB=0.598003;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=-0.0323585;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264463:32:122:32:121:89:21:11:47:42:99:80:21:11:43:37 chrX 52891645 . A G 281.4 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=121;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00482578;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1246;QD=9.53908;RBI=0.0263471;REFB=-0.00499903;REVB=-0.0259014;RO=77;SAF=21;SAR=16;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714642;STB=0.559197;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0129179;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:77:81:37:37:0.313559:16:21:39:38:16:21:39:42 chrX 52891653 . C T 283.94 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0115084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7482;QD=9.15946;RBI=0.0204486;REFB=0.00354976;REVB=0.0169028;RO=83;SAF=21;SAR=17;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832405;STB=0.544619;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0102066;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:83:86:38:38:0.306452:17:21:40:43:17:21:42:44 chrX 53105890 . G A 989.71 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=201;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0108164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.779;QD=19.5017;RBI=0.0244656;REFB=-0.0179306;REVB=-0.0219447;RO=97;SAF=53;SAR=48;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818054;STB=0.546808;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0162759;OID=.;OPOS=53105890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:97:102:101:101:0.497537:48:53:42:55:48:53:44:58 chrX 53106865 . C T 226.14 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0277504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9906;QD=17.0674;RBI=0.0314981;REFB=0.00523801;REVB=-0.0149011;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524178;STB=0.501638;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0137216;OID=.;OPOS=53106865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:9:16:18:8:9:16:18:10 chrX 53107200 . GTCTC CTCTG,CTGTC 55.33 PASS AF=0.190476,0.0952381;AO=3,3;DP=27;FAO=4,2;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=0,1;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.047519,0.103881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,3;MLLD=60.9531,42.7631;QD=10.5395;RBI=0.150303,0.245122;REFB=-0.133163,-0.135583;REVB=-0.142594,-0.222022;RO=12;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.569201,0.109789;STB=0.5,0.92741;STBP=1,0.802;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.252837,0.132792;OID=.,.;OPOS=53107200,53107200;OREF=GTCTC,GTC;OALT=CTCTG,CTG;OMAPALT=CTCTG,CTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:21:12:12:3,3:4,2:0.190476,0.0952381:3,2:0,1:3:9:4,1:0,1:0:12 chrX 53107941 . C T 1079.41 PASS AF=0.486486;AO=105;DP=219;FAO=108;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=73;FSRR=36;FWDB=-0.034419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7976;QD=19.4488;RBI=0.0388194;REFB=-0.038236;REVB=-0.0179519;RO=72;SAF=64;SAR=41;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739735;STB=0.526649;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0365086;OID=.;OPOS=53107941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:222:72:109:105:108:0.486486:41:64:37:35:41:67:73:36 chrX 53108771 . C CTG 218.94 PASS AF=0.303371;AO=28;DP=105;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0414276;FXX=0.0729091;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.473;QD=9.83997;RBI=0.050585;REFB=-0.0594652;REVB=0.0290276;RO=72;SAF=14;SAR=14;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100961;STB=0.543446;STBP=0.626;TYPE=ins;VARB=0.128488;OID=.;OPOS=53108772;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303371:28:105:27:89:62:14:13:36:26:99:72:14:14:42:30 chrX 53108953 . TAC T 344.74 PASS AF=0.555556;AO=32;DP=67;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00695481;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.817;QD=21.8882;RBI=0.0408484;REFB=-0.0887131;REVB=-0.040252;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135252;STB=0.569581;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=0.0650355;OID=.;OPOS=53108954;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:32:67:35:63:28:18:17:10:18:99:25:17:15:9:16 chrX 53109075 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00975157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.612;QD=24.3828;RBI=0.0128287;REFB=-0.0125245;REVB=-0.00833565;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211498;STB=0.616936;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0119145;OID=.;OPOS=53109075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:5:16:13:13:5:16 chrX 53457622 . T C 218.23 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0183411;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.97;QD=15.5881;RBI=0.0196428;REFB=-0.021249;REVB=-0.00703177;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277918;STB=0.65617;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0233505;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:31:24:25:0.446429:15:9:21:11:16:9:20:11 chrX 53563589 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.297;QD=62.9822;RBI=0.0764718;REFB=0;REVB=-0.0119967;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384405;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chrX 53587351 . T TG 32.81 PASS AF=0.19697;AO=17;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00493609;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.106;QD=1.98876;RBI=0.0183144;REFB=-0.00119774;REVB=-0.0176367;RO=49;SAF=15;SAR=2;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396309;STB=0.68943;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.0837898;OID=.;OPOS=53587352;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697:17:66:13:66:53:11:2:36:17:32:49:15:2:32:17 chrX 53641647 . T C 552.01 PASS AF=0.578947;AO=52;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0111858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.574;QD=23.2425;RBI=0.0192512;REFB=-0.0213769;REVB=0.015668;RO=43;SAF=17;SAR=35;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142525;STB=0.538447;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0417662;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:40:52:55:0.578947:35:17:21:22:35:20:18:22 chrX 53652838 . G A 336.3 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.050159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.1544;QD=19.7822;RBI=0.0505366;REFB=-0.0126198;REVB=0.00616617;RO=33;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485925;STB=0.527024;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00789545;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:12:23:20:13:12:23:20:13 chrX 53652846 . G T 1340.85 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00341259;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.8;QD=57.0573;RBI=0.0364077;REFB=-0.0960916;REVB=0.0362474;RO=5;SAF=62;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800498;STB=0.542363;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000642537;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:95:94:5:5:89:89:0.946809:27:62:0:5:27:62:0:5 chrX 53652852 . T G 1749.1 PASS AF=0.983193;AO=108;DP=109;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0166428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.972;QD=58.7931;RBI=0.0424457;REFB=0.063103;REVB=0.0390468;RO=0;SAF=74;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.33239e-08;STB=0.506249;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-6.88897e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:119:0:2:108:117:0.983193:34:74:0:0:38:79:2:0 chrX 53659047 . C T 1353.09 PASS AF=0.478723;AO=135;DP=294;FAO=135;FDP=282;FR=.;FRO=147;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=0.0160374;FXX=0.0472957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7983;QD=19.1928;RBI=0.0220126;REFB=-0.0235904;REVB=-0.0150784;RO=138;SAF=67;SAR=68;SRF=71;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167534;STB=0.510793;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0229966;OID=.;OPOS=53659047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:282:138:147:135:135:0.478723:68:67:71:67:68:67:76:71 chrX 54209387 . A G 105.12 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.814;QD=32.3458;RBI=0.0382397;REFB=-0.055004;REVB=-0.0345305;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583183;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0251889;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:0:2:11:11:0.846154:5:6:0:0:5:6:0:2 chrX 54836361 . A G 1518.56 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161449;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.793;QD=62.621;RBI=0.024618;REFB=-0.0559167;REVB=0.0185846;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903231;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000298539;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:95:96:0.989691:43:52:1:0:43:53:1:0 chrX 54836505 . A G 799.84 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0295333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.628;QD=52.4487;RBI=0.0970184;REFB=-0.201002;REVB=0.092414;RO=3;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090929;STB=0.54837;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00141506;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:61:61:3:3:58:58:0.95082:14:44:0:3:14:44:0:3 chrX 54837340 . C T 2265.36 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169142;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.953;QD=59.225;RBI=0.019415;REFB=0.0914276;REVB=-0.00953172;RO=2;SAF=85;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158916;STB=0.500835;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=9.99422e-07;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:2:2:151:151:0.986928:66:85:1:1:66:85:1:1 chrX 54838077 . C T 1050.41 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0149455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1192;QD=53.8672;RBI=0.0150468;REFB=-0.0618381;REVB=0.00174384;RO=3;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555267;STB=0.523258;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0169716;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:78:3:4:73:74:0.948718:24:49:0:3:25:49:1:3 chrX 55033307 . T C 385.2 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0268497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.733;QD=17.9164;RBI=0.0274353;REFB=-0.0172679;REVB=0.00563832;RO=46;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113732;STB=0.563562;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0140808;OID=.;OPOS=55033307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:23:17:25:21:23:17:25:21 chrX 55116466 . C G 2135.73 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312217;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3066;QD=62.8157;RBI=0.0430156;REFB=0;REVB=0.0295896;RO=0;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028479;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:66:69:0:0:66:70:0:0 chrX 55172516 . A C 42.05 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=133;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=0.0202556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.91;QD=1.2647;RBI=0.0204826;REFB=0.00143169;REVB=-0.00304133;RO=120;SAF=7;SAR=5;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585735;STB=0.54998;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0115711;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:120:121:12:12:0.0902256:5:7:64:56:5:7:64:57 chrX 55172521 . G T 38.09 PASS AF=0.08;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=150;FR=.;FRO=138;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=0.00391932;FXX=0.0259723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.11;QD=1.0158;RBI=0.012012;REFB=9.12865e-06;REVB=0.0113546;RO=141;SAF=7;SAR=5;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659364;STB=0.537184;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00082968;OID=.;OPOS=55172521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:154:150:141:138:12:12:0.08:5:7:74:67:5:7:75:63 chrX 55172537 . G A 1939.46 PASS AF=0.760204;AO=149;DP=196;FAO=149;FDP=196;FR=.;FRO=47;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0184041;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5236;QD=39.5808;RBI=0.0273187;REFB=-0.017638;REVB=-0.020189;RO=47;SAF=84;SAR=65;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483249;STB=0.502574;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00546463;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:47:47:149:149:0.760204:65:84:26:21:65:84:26:21 chrX 55172630 . G A 37.45 PASS AF=0.0575342;AO=21;DP=365;FAO=21;FDP=365;FR=.;FRO=344;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=194;FSRR=150;FWDB=-0.000108801;FXX=0.00273217;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.4973;QD=0.410431;RBI=0.0397959;REFB=0.000692098;REVB=0.0397957;RO=343;SAF=10;SAR=11;SRF=193;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894876;STB=0.582175;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00601403;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:365:365:343:344:21:21:0.0575342:11:10:193:150:11:10:194:150 chrX 55172645 . C T 2542.27 PASS AF=0.654971;AO=216;DP=352;FAO=224;FDP=342;FR=.;FRO=118;FSAF=134;FSAR=90;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.00354422;FXX=0.0473524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8507;QD=29.7342;RBI=0.0186923;REFB=-0.0153216;REVB=-0.0183533;RO=113;SAF=131;SAR=85;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558118;STB=0.5318;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0202443;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:342:113:118:216:224:0.654971:85:131:59:54:90:134:60:58 chrX 55172685 . ACT ACC,GTC 1996.75 PASS AF=0.602007,0;AO=179,12;DP=322;FAO=180,0;FDP=299;FR=.;FRO=119;FSAF=114,0;FSAR=66,0;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=0.0151375,-0.0211638;FXX=0.0714264;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=59.2611,150.74;QD=26.7124;RBI=0.0196354,0.0329457;REFB=0.0226955,0.00584425;REVB=-0.0125062,-0.025249;RO=119;SAF=113,8;SAR=66,4;SRF=58;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.110526,0.208573;STB=0.560504,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0138226,0;OID=.,.;OPOS=55172687,55172685;OREF=T,ACT;OALT=C,GTC;OMAPALT=ACC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:299:119:119:179,12:180,0:0.602007,0:66,4:113,8:58:61:66,0:114,0:58:61 chrX 55172708 . T G 1891.75 PASS AF=0.619926;AO=168;DP=271;FAO=168;FDP=271;FR=.;FRO=103;FSAF=119;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0205802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.858;QD=27.9226;RBI=0.0218858;REFB=0.00300122;REVB=-0.00744607;RO=103;SAF=119;SAR=49;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195393;STB=0.605687;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00259172;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:103:103:168:168:0.619926:49:119:47:56:49:119:47:56 chrX 55172716 . C T 154.04 PASS AF=0.139344;AO=34;DP=244;FAO=34;FDP=244;FR=.;FRO=210;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=127;FSRR=83;FWDB=-0.0118195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.307;QD=2.52521;RBI=0.0172121;REFB=-0.00110957;REVB=-0.0125122;RO=209;SAF=28;SAR=6;SRF=127;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324581;STB=0.728078;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00663672;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:209:210:34:34:0.139344:6:28:127:82:6:28:127:83 chrX 55185568 . A G 302.53 PASS AF=0.273333;AO=41;DP=150;FAO=41;FDP=150;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=0.01134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.353;QD=8.06737;RBI=0.0134738;REFB=-0.00502906;REVB=0.00727653;RO=109;SAF=24;SAR=17;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662286;STB=0.539307;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.011676;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:109:109:41:41:0.273333:17:24:58:51:17:24:58:51 chrX 55247030 . C G 3347.72 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.855;QD=62.2831;RBI=0.00188106;REFB=0;REVB=0.000626532;RO=0;SAF=100;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71948e-06;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:115:100:0:0:115:100:0:0 chrX 55289774 . T C 1495.09 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775157;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.172;QD=63.6209;RBI=0.0281482;REFB=0;REVB=0.0270598;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4022e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:49:45:0:0 chrX 55514818 . C T 1539.24 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7035;QD=58.6378;RBI=0.126298;REFB=0.0092075;REVB=-0.0254505;RO=1;SAF=58;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811183;STB=0.504273;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000314342;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:46:58:1:0:46:58:1:0 chrX 55651001 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0883;QD=61.6828;RBI=0.0265785;REFB=0;REVB=0.0081339;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200076;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chrX 56291864 . C G 215.14 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0538267;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.5156;QD=15.0977;RBI=0.0575797;REFB=-0.0121084;REVB=-0.0204478;RO=15;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201472;STB=0.516299;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0144928;OID=.;OPOS=56291864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:32:23:25:0.438596:11:12:12:3:11:14:17:15 chrX 57405163 . T C 1877.47 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.115;QD=61.5566;RBI=0.0336548;REFB=0;REVB=0.0196399;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88859e-05;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:71:50:0:0:71:51:0:0 chrX 57475132 . T C 1241.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0838;QD=60.5405;RBI=0.09791;REFB=0;REVB=0.0949367;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003272;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:45:33:0:0:46:36:0:0 chrX 57619648 . G T 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.791;QD=59.5018;RBI=0.0248345;REFB=0;REVB=-0.00492498;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10783e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chrX 57936402 . CG C,GC 47.44 PASS AF=0.6,0;AO=5,3;DP=15;FAO=9,0;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.279513,0.0335604;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=13.2558,89.5951;QD=12.65;RBI=0.280121,0.103853;REFB=-0.126014,-0.0111457;REVB=-0.018447,-0.098281;RO=7;SAF=0,0;SAR=5,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.537037,0;SSSB=-0.725162,-0.649962;STB=0.66622,0.5;STBP=0.267,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0374883,0;OID=.,.;OPOS=57936403,57936402;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:7:6:5,3:9,0:0.6,0:5,3:0,0:3:4:8,0:1,0:2:4 chrX 65382685 . T A,C 966.31 PASS AF=0.0746269,0.925373;AO=5,59;DP=66;FAO=5,62;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507263,0.0381766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.2236,56.1709;QD=57.6901;RBI=0.0507496,0.0403701;REFB=0,0;REVB=0.00153988,0.0131259;RO=0;SAF=5,10;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.25974e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0742072,0.00477881;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:66:67:0:0:5,59:5,62:0.0746269,0.925373:0,49:5,10:0:0:0,50:5,12:0:0 chrX 65393487 . CCG CCC,CC,C 129.58 PASS AF=0,0,0.149425;AO=17,45,44;DP=278;FAO=0,0,39;FDP=261;FR=.;FRO=222;FSAF=0,0,16;FSAR=0,0,23;FSRF=133;FSRR=89;FWDB=-0.107795,-0.266432,-0.161209;FXX=0.0187963;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=18.2603,10.6555,21.6867;QD=1.9859;RBI=0.113823,0.289371,0.175885;REFB=0.00408474,-0.0287322,-0.0320366;REVB=-0.0365509,-0.112913,-0.0703359;RO=151;SAF=3,24,19;SAR=14,21,25;SRF=92;SRR=59;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.494447,-0.0977796,-0.222581;STB=0.5,0.5,0.656562;STBP=1,1,0.04;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.00616874,0.143964;OID=.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393488;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.149425:17,45,44:278:0,0,39:261:222:0,0,16:0,0,23:133:89:99:151:3,24,19:14,21,25:92:59 chrX 65822607 . T C 3218.48 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.9;QD=61.8938;RBI=0.00802197;REFB=0;REVB=-0.00654996;RO=0;SAF=120;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78888e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:88:120:0:0:88:120:0:0 chrX 65824986 . C T 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.306;QD=61.1582;RBI=0.0232168;REFB=0;REVB=0.0178767;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53771e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chrX 67321920 . C T 393.46 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00122049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.402;QD=15.4299;RBI=0.00537639;REFB=-0.00361682;REVB=0.00523603;RO=58;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104144;STB=0.558508;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00419493;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:19:25:27:31:19:25:27:31 chrX 67942317 . C A 437.21 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0265878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.957;QD=17.8452;RBI=0.0276831;REFB=-0.0470886;REVB=0.00771014;RO=54;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494072;STB=0.53742;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0545036;OID=.;OPOS=67942317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:53:44:45:0.459184:25:19:26:28:26:19:26:27 chrX 67943954 . C T 136.91 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0866448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.056;QD=18.2548;RBI=0.0868162;REFB=0.00243158;REVB=0.00545335;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346533;STB=0.702381;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00187718;OID=.;OPOS=67943954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:13:2:6:9:13:2:6:9 chrX 67945420 . A G 308.94 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0925482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1935;QD=20.5959;RBI=0.0971423;REFB=-0.113445;REVB=0.0295207;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120847;STB=0.515142;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.104622;OID=.;OPOS=67945420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:16:17:13:13:16:17:13:14 chrX 69258515 . T G 728.89 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0494977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5828;QD=19.5676;RBI=0.0564142;REFB=-0.0233139;REVB=-0.0270655;RO=76;SAF=37;SAR=35;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729913;STB=0.543283;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0253488;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:77:72:72:0.483221:35:37:45:31:35:37:46:31 chrX 69478749 . G T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0464563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.786;QD=24.8179;RBI=0.0476257;REFB=-0.0344478;REVB=-0.0104888;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017664;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0330303;OID=.;OPOS=69478749;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:24:24:0.571429:9:15:11:6:9:15:11:7 chrX 69478775 . A C 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0177818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.249;QD=17.398;RBI=0.0344421;REFB=-0.00333891;REVB=-0.0294969;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314979;OID=.;OPOS=69478775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chrX 69478942 . T G 667.83 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00997741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1248;QD=19.4987;RBI=0.0143774;REFB=-0.00332228;REVB=-0.0103518;RO=70;SAF=32;SAR=35;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602812;STB=0.533294;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00286193;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:35:32:38:32:35:32:38:32 chrX 69489530 . C T 248.6 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0124784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.145;QD=25.497;RBI=0.0150838;REFB=-0.0307286;REVB=-0.00847421;RO=16;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205805;STB=0.615275;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0114185;OID=.;OPOS=69489530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:5:18:9:7:5:18:9:7 chrX 69510335 . C T 2296.37 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.101;QD=62.9143;RBI=0.0343523;REFB=-0.0598929;REVB=0.0237625;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583502;STB=0.50303;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000130109;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:144:145:0.993151:81:63:0:1:82:63:0:1 chrX 69550080 . A G 602.5 PASS AF=0.476923;AO=61;DP=132;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0183284;FXX=0.0298485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.659;QD=18.5383;RBI=0.0209842;REFB=0.00305817;REVB=0.0102179;RO=67;SAF=34;SAR=27;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615336;STB=0.534006;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00252647;OID=.;OPOS=69550080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:67:68:61:62:0.476923:27:34:33:34:27:35:34:34 chrX 69652762 . A G 1515.96 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5142;QD=58.306;RBI=0.0372268;REFB=0.0801211;REVB=-0.023338;RO=1;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083971;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00548306;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:104:1:1:101:103:0.990385:56:45:0:1:57:46:0:1 chrX 69668463 . A G 726.6 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0144538;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.756;QD=18.6309;RBI=0.0148263;REFB=-0.0173701;REVB=0.00330279;RO=75;SAF=27;SAR=49;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246156;STB=0.626885;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0211636;OID=.;OPOS=69668463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:80:76:76:0.487179:49:27:47:28:49:27:48:32 chrX 69722245 . CAAAAAAAA CAAAAAAAT,TCAAAAAAA 35.89 PASS AF=0.0740741,0;AO=5,4;DP=53;FAO=4,0;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=3,0;FSAR=1,0;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0600229,-0.0130717;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=23.0598,27.9153;QD=2.65828;RBI=0.0877822,0.0165724;REFB=-0.064404,-0.02362;REVB=-0.0640544,0.0101869;RO=30;SAF=4,4;SAR=1,0;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.265862,0.570182;STB=0.576518,0.5;STBP=0.829,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.107796,0;OID=.,.;OPOS=69722253,69722245;OREF=A,CA;OALT=T,TC;OMAPALT=CAAAAAAAT,TCAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:53:54:30:44:5,4:4,0:0.0740741,0:1,0:4,4:18:12:1,0:3,0:30:14 chrX 69774517 . A T 1418.18 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=6.58731e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.351;QD=61.6602;RBI=0.0176723;REFB=-0.00612627;REVB=-0.0176722;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-4.3347e-06;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:38:53:0:0:38:53:1:0 chrX 69964091 . A T 111.02 PASS AF=0.239437;AO=18;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.014069;FXX=0.013887;HRUN=8;LEN=1;MLLD=205.159;QD=6.25457;RBI=0.0200541;REFB=-0.00593672;REVB=-0.014291;RO=46;SAF=3;SAR=15;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170575;STB=0.575739;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0122136;OID=.;OPOS=69964091;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:54:18:17:0.239437:15:3:12:34:14:3:13:41 chrX 70073159 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00498054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.679;QD=20.2743;RBI=0.00596073;REFB=-0.0171143;REVB=-0.00327483;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.513502;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.017797;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:10:14:14:9:10:14 chrX 70146398 . A G 3220.25 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215367;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.035;QD=61.6316;RBI=0.0317474;REFB=-0.0588016;REVB=0.0233253;RO=0;SAF=122;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365894;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:209:0:0:208:209:1:86:122:0:0:86:123:0:0 chrX 70146475 . G C 2320.06 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0218966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.105;QD=62.2836;RBI=0.027856;REFB=-0.0640675;REVB=0.0172189;RO=0;SAF=76;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506943;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00162296;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:149:0:2:147:147:0.986577:71:76:0:0:71:76:0:2 chrX 71351519 . C A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.036275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3558;QD=39.3168;RBI=0.0865418;REFB=0.0482919;REVB=0.0785723;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363094;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00299746;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:12:1:0:1:12:1:0:1 chrX 71363415 . C T 892.22 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183892;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.523;QD=56.6488;RBI=0.01845;REFB=-0.0956747;REVB=0.00149656;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.511108;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000208493;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:40:22:1:0:40:22:1:0 chrX 71379881 . G A 1425.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.43;QD=62.6539;RBI=0.0440745;REFB=0;REVB=0.030177;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173308;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:48:43:0:0 chrX 71401607 . G A 2242.51 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283254;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.529;QD=62.7276;RBI=0.0322985;REFB=0.0465358;REVB=0.0155199;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665036;STB=0.503496;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000192457;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:71:71:0:1:71:71:0:1 chrX 71401614 . C A 2331.88 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.661;QD=63.8871;RBI=0.0145964;REFB=0;REVB=-0.00359196;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70018e-06;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:70:76:0:0:70:76:0:0 chrX 71406301 . T C 2239.55 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00712196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.058;QD=59.3259;RBI=0.0432869;REFB=-0.100264;REVB=0.0426969;RO=2;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115976;STB=0.506023;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00443611;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:151:2:2:148:149:0.986755:81:67:0:2:82:67:0:2 chrX 71418669 . C A 230.34 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00494633;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.859;QD=46.0675;RBI=0.0155364;REFB=-0.0724395;REVB=0.014728;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000666795;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:7:12:1:0:7:12:1:0 chrX 71791912 . C T 770.32 PASS AF=0.557252;AO=72;DP=130;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00711732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.362;QD=23.5213;RBI=0.0258784;REFB=-0.0083831;REVB=0.0248804;RO=58;SAF=32;SAR=40;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542205;STB=0.532701;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00553601;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:58:58:72:73:0.557252:40:32:22:36:40:33:22:36 chrX 71819691 . A G 599.08 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0139227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.135;QD=19.8044;RBI=0.0204665;REFB=-0.0193024;REVB=0.0150013;RO=60;SAF=24;SAR=37;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828895;STB=0.545768;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0193108;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:37:24:29:31:37:24:29:31 chrX 73043817 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.088;QD=57.3852;RBI=0.0322719;REFB=0;REVB=0.030756;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43497e-05;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chrX 73062009 . AATTTT AAATTT,AATTT,ATT,ATTT,TTTTAA 919.54 PASS AF=0,0.258427,0.404494,0.202247,0.134831;AO=6,20,19,22,8;DP=105;FAO=0,23,36,18,12;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,2,0,12;FSAR=0,22,34,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119018,-0.0919173,-0.0311905,-0.0209789,-0.0106975;FXX=0.127438;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=1,1,3,2,6;MLLD=3.76077,12.696,26.2696,20.7052,193.469;QD=41.3278;RBI=0.154347,0.359817,0.158214,0.211051,0.0112936;REFB=-0.0401236,-0.0272741,-0.0263403,-0.00845872,0.0121163;REVB=0.0982734,0.347879,0.155109,0.210005,0.00362072;RO=14;SAF=0,0,1,0,8;SAR=6,20,18,22,0;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0.257215,0,0.861836;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0,0.0164667,0.0197405,0.0512266,0.0251676;OID=.,.,.,.,.;OPOS=73062011,73062011,73062010,73062010,73062009;OREF=T,T,ATT,AT,AATTTT;OALT=A,-,-,-,TTTTAA;OMAPALT=AAATTT,AATTT,ATT,ATTT,TTTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:105:89:14:0:6,20,19,22,8:0,23,36,18,12:0,0.258427,0.404494,0.202247,0.134831:6,20,18,22,0:0,0,1,0,8:0:14:0,22,34,18,0:0,1,2,0,12:0:0 chrX 73066439 . T C 1109.48 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248324;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.342;QD=57.6353;RBI=0.0267263;REFB=-0.0851424;REVB=0.00988155;RO=2;SAF=59;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207017;STB=0.51095;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.000262607;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:2:2:75:75:0.974026:16:59:1:1:16:59:1:1 chrX 73071761 . CA AA,C 30.07 PASS AF=0.0263158,0.105263;AO=5,22;DP=115;FAO=3,12;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=3,4;FSAR=0,8;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.00391002,-0.0328995;FXX=0.0172399;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=161.221,6.7545;QD=1.05496;RBI=0.0247935,0.13571;REFB=-0.00182992,-0.0420797;REVB=-0.0244832,0.131662;RO=72;SAF=4,15;SAR=1,7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.339232,0.279882;STB=0.996686,0.637803;STBP=0.085,0.331;TYPE=snp,del;VARB=0.015337,0.0468313;OID=.,.;OPOS=73071761,73071762;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:115:114:72:99:5,22:3,12:0.0263158,0.105263:1,7:4,15:33:39:0,8:3,4:48:51 chrX 73462520 . T C 1534.94 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00224407;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.886;QD=57.9224;RBI=0.0590543;REFB=0.0735592;REVB=0.0590117;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-5.15289e-05;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:102:105:0.990566:43:59:0:0:43:62:0:1 chrX 73462705 . G A 254.85 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0776572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.616;QD=22.1604;RBI=0.0791251;REFB=-0.0189832;REVB=-0.0151702;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680693;STB=0.549202;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0226405;OID=.;OPOS=73462705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:14:9:7:15:14:10:7:15 chrX 73641569 . T C 889.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123871;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.678;QD=58.3584;RBI=0.0178984;REFB=0;REVB=-0.0129194;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298897;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chrX 74494470 . T G 937.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.497;QD=58.6218;RBI=0.0302496;REFB=0;REVB=0.0149913;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75984e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chrX 74511202 . G C 2427.85 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334082;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.487;QD=61.4647;RBI=0.0431161;REFB=0;REVB=0.0272559;RO=0;SAF=91;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367601;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:66:91:0:0:67:91:0:0 chrX 75004529 . C A 1472.9 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2842;QD=63.3505;RBI=0.0721945;REFB=0;REVB=-0.035469;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206542;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:1:0:91:93:1:42:49:1:0:43:50:0:0 chrX 77298857 . G A 948.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000102774;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.162;QD=59.2841;RBI=0.0352911;REFB=0;REVB=0.035291;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118388;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:18:45:0:0:19:45:0:0 chrX 77528317 . G A 1749.38 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.792;QD=60.8479;RBI=0.0142179;REFB=0;REVB=0.00318536;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57762e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chrX 78011737 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.599;QD=57.3123;RBI=0.0913991;REFB=0;REVB=0.0574078;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485452;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:58:63:1:27:31:0:0:32:31:0:0 chrX 78216024 . A C 1045.09 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00144154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.53;QD=55.7383;RBI=0.106368;REFB=-0.0122388;REVB=0.106359;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147272;STB=0.507793;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00239243;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:75:3:3:72:72:0.96:38:34:2:1:38:34:2:1 chrX 79699998 . T A 598.16 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0199777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.958;QD=18.1261;RBI=0.0223634;REFB=-0.0198143;REVB=-0.0100505;RO=70;SAF=22;SAR=40;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607263;STB=0.533741;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0275328;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:40:22:29:41:40:22:29:41 chrX 79700121 . C T 470.27 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0129896;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.909;QD=16.6466;RBI=0.0136543;REFB=-0.00706874;REVB=0.0042082;RO=60;SAF=16;SAR=34;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120659;STB=0.582417;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00717829;OID=.;OPOS=79700121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:62:50:51:0.451327:34:16:26:34:35:16:28:34 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 256.74 PASS AF=0.385965,0.122807;AO=16,8;DP=57;FAO=22,7;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13,3;FSAR=9,4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00372958,-0.00662;FXX=0.0499917;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=138.451,102.606;QD=18.017;RBI=0.0174204,0.0242333;REFB=-0.0329841,-0.0224809;REVB=-0.0170165,-0.0233116;RO=22;SAF=9,4;SAR=7,4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197031,0.15909;STB=0.571363,0.528843;STBP=0.375,0.953;TYPE=del,mnp;VARB=0.034843,0.0544358;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965,0.122807:16,8:57:22,7:57:28:13,3:9,4:13:15:99:22:9,4:7,4:8:14 chrX 79943569 . T C 3887.95 PASS AF=0.984674;AO=250;DP=253;FAO=257;FDP=261;FR=.;FRO=4;FSAF=150;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0391935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8344;QD=59.5854;RBI=0.0479675;REFB=-0.0354651;REVB=0.027654;RO=3;SAF=143;SAR=107;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131745;STB=0.505251;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000369981;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:253:261:3:4:250:257:0.984674:107:143:0:3:107:150:1:3 chrX 79989018 . C G 1370.28 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000984279;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.799;QD=63.0015;RBI=0.00669531;REFB=0;REVB=0.00662257;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30531e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:85:87:1:43:42:0:0:44:43:0:0 chrX 80185102 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.011;QD=26.6015;RBI=0.0543834;REFB=-0.0552855;REVB=0.0400963;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0234211;OID=.;OPOS=80185102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chrX 80185266 . G T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00104789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.329;QD=21.6642;RBI=0.00268166;REFB=-0.0103887;REVB=-0.00246844;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208919;STB=0.615325;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00791578;OID=.;OPOS=80185266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:15:24:12:21:15:24:12:21 chrX 80191990 . G C 923.52 PASS AF=0.477612;AO=95;DP=200;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=34;FWDB=0.00496527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.226;QD=18.3785;RBI=0.00544718;REFB=-0.00800656;REVB=0.00224007;RO=105;SAF=56;SAR=39;SRF=71;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868495;STB=0.545386;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00795823;OID=.;OPOS=80191990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:105:105:95:96:0.477612:39:56:71:34:39:57:71:34 chrX 84189363 . T A 348.89 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0181769;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7389;QD=22.5088;RBI=0.0577219;REFB=-0.0287531;REVB=0.0547852;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742155;STB=0.546432;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0146827;OID=.;OPOS=84189363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:17:17:16:11:18:17:16:11 chrX 84350010 . A G 885.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8892;QD=58.0356;RBI=0.101588;REFB=0;REVB=0.0229777;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934187;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:43:18:0:0:43:18:0:0 chrX 84358864 . C T 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00997909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.341;QD=59.1225;RBI=0.011074;REFB=-0.00729506;REVB=0.00480123;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088725;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-6.25338e-06;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:56:53:1:0:56:53:1:0 chrX 84363140 . A G 2696.06 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.117;QD=62.3367;RBI=0.0127293;REFB=0;REVB=0.0108102;RO=0;SAF=84;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27178e-06;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:89:84:0:0:89:84:0:0 chrX 84534383 . A C 1557.45 PASS AF=0.973913;AO=47;DP=121;FAO=112;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294628;FXX=0.0495827;HRUN=10;LEN=1;MLLD=116.991;QD=54.1721;RBI=0.113165;REFB=-0.150657;REVB=0.109263;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50555;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00184391;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:115:1:3:47:112:0.973913:26:21:0:1:51:61:1:2 chrX 84563135 . T A 4400.4 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.874;QD=63.0882;RBI=0.0219679;REFB=0;REVB=0.0218246;RO=0;SAF=153;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41695e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:279:0:0:275:279:1:122:153:0:0:125:154:0:0 chrX 86877348 . G T 761.35 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0432618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8287;QD=20.3027;RBI=0.0597175;REFB=0.0025527;REVB=-0.0411656;RO=74;SAF=47;SAR=27;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262355;STB=0.516181;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00463446;OID=.;OPOS=86877348;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:76:74:74:0.493333:27:47:45:29:27:47:46:30 chrX 86887244 . C T 1396.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.918;QD=62.7621;RBI=0.0249581;REFB=0;REVB=0.0233427;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40922e-05;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:41:48:0:0 chrX 88008423 . A C 1996.04 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408021;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7727;QD=62.3763;RBI=0.0660901;REFB=0;REVB=0.0519912;RO=0;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325106;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:128:0:0:128:128:1:58:70:0:0:58:70:0:0 chrX 88009322 . A G 2436.44 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=167;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0089131;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.3;QD=58.7094;RBI=0.0109836;REFB=-0.0272342;REVB=0.00641835;RO=2;SAF=80;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000143258;STB=0.500149;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=6.19408e-05;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:167:166:2:4:162:162:0.975904:82:80:1:1:82:80:2:2 chrX 88009687 . CCAGA C 140.65 PASS AF=0.28972;AO=30;DP=113;FAO=31;FDP=107;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.00161034;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=4;MLLD=301.162;QD=5.25775;RBI=0.00745818;REFB=-0.00789864;REVB=-0.00728225;RO=79;SAF=15;SAR=15;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539006;STB=0.535368;STBP=0.665;TYPE=del;VARB=0.0169549;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28972:30:113:31:107:76:15:16:33:43:99:79:15:15:36:43 chrX 88009700 . T C 230.46 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00894657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.622;QD=8.45733;RBI=0.0122599;REFB=-0.00395426;REVB=-0.00838234;RO=77;SAF=16;SAR=16;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700326;STB=0.541259;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0107909;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:77:77:32:32:0.293578:16:16:34:43:16:16:34:43 chrX 89177673 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.018388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=21.0148;RBI=0.0199522;REFB=-0.00645849;REVB=0.00774414;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137583;STB=0.588135;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00164034;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:5:11:10:2:5:11:11:2 chrX 90693458 . A T 996.76 PASS AF=0.392491;AO=114;DP=294;FAO=115;FDP=293;FR=.;FRO=178;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=96;FSRR=82;FWDB=0.0101335;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6657;QD=13.6076;RBI=0.0129934;REFB=-0.00593307;REVB=0.00813263;RO=162;SAF=60;SAR=54;SRF=95;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636227;STB=0.505424;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0127209;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:162:178:114:115:0.392491:54:60:95:67:54:61:96:82 chrX 91578946 . C T 55.8 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00197984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4866;QD=10.6284;RBI=0.00622681;REFB=-0.0497742;REVB=0.00590368;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386833;STB=0.729824;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0790102;OID=.;OPOS=91578946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:10:3:5:3:10:3 chrX 91585410 . A G 116.1 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00796725;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.661;QD=18.5751;RBI=0.0139042;REFB=-0.0129078;REVB=-0.0113952;RO=11;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606834;STB=0.848884;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.015163;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:11:12:13:13:0.52:1:12:4:7:1:12:5:7 chrX 91675554 . A T 121.02 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0362101;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.386;QD=10.085;RBI=0.0369374;REFB=-0.0144024;REVB=-0.00729419;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187432;STB=0.559242;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.034054;OID=.;OPOS=91675554;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:35:33:14:15:0.3125:9:5:18:17:9:6:16:17 chrX 91874939 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00359941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.658;QD=11.1312;RBI=0.00404703;REFB=0.00663444;REVB=0.00185005;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.016301;OID=.;OPOS=91874939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chrX 92543421 . T C 1492.04 PASS AF=0.447977;AO=155;DP=347;FAO=155;FDP=346;FR=.;FRO=191;FSAF=68;FSAR=87;FSRF=93;FSRR=98;FWDB=-0.0387177;FXX=0.00574696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.066;QD=17.249;RBI=0.0414446;REFB=-0.0201986;REVB=0.0147848;RO=190;SAF=68;SAR=87;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456839;STB=0.526833;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0243752;OID=.;OPOS=92543421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:346:190:191:155:155:0.447977:87:68:92:98:87:68:93:98 chrX 92927634 . G C 555.36 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00350379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.292;QD=16.9575;RBI=0.0130027;REFB=-0.0133215;REVB=0.0125217;RO=71;SAF=28;SAR=31;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155498;STB=0.58217;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0194253;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:72:59:59:0.450382:31:28:45:26:31:28:45:27 chrX 99355146 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.142;QD=58.0607;RBI=0.011861;REFB=0;REVB=-0.0111631;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4816e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chrX 99849017 . G A 219.18 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0273901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.03;QD=13.9162;RBI=0.0296775;REFB=-0.00350497;REVB=-0.0114253;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24613;STB=0.639322;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00779027;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:11:26:12:14:11:26 chrX 99941705 . T C 833.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000241254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2068;QD=57.4651;RBI=0.0328438;REFB=0;REVB=0.0328429;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275567;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 851.45 PASS AF=0.377049,0.0368852;AO=91,9;DP=244;FAO=92,9;FDP=244;FR=.;FRO=143;FSAF=54,7;FSAR=38,2;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.00822846,-0.0386612;FXX=0.0468732;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=205.358,136.038;QD=13.9583;RBI=0.0177645,0.039849;REFB=0.00297859,0.00188106;REVB=-0.0157438,-0.00965685;RO=141;SAF=54,7;SAR=37,2;SRF=65;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143709,0.31862;STB=0.576585,0.7905;STBP=0.07,0.091;TYPE=del,snp;VARB=0.00453963,-0.0534491;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377049,0.0368852:91,9:244:92,9:244:143:54,7:38,2:66:77:99:141:54,7:37,2:65:76 chrX 100243459 . G T 1766.47 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.528;QD=60.9127;RBI=0.0394107;REFB=0;REVB=0.00196235;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97304e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chrX 100245606 . A G 989.68 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.731;QD=59.0855;RBI=0.0333926;REFB=0;REVB=0.0274348;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161778;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chrX 100543990 . T C 682.26 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00340966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9884;QD=52.4817;RBI=0.0346123;REFB=-0.125714;REVB=0.0344439;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294058;STB=0.515619;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0237663;OID=.;OPOS=100543990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:31:19:0:2:31:19:0:2 chrX 100547853 . C T 1048.8 PASS AF=0.579882;AO=98;DP=169;FAO=98;FDP=169;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0557102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.909;QD=24.8238;RBI=0.058376;REFB=-0.0118568;REVB=0.0174394;RO=70;SAF=42;SAR=56;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444258;STB=0.527392;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00739964;OID=.;OPOS=100547853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:70:71:98:98:0.579882:56:42:34:36:56:42:35:36 chrX 100547933 . A G 2388.81 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00516449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0108;QD=59.7203;RBI=0.0213197;REFB=-0.158448;REVB=-0.0206847;RO=2;SAF=75;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00053459;STB=0.500317;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00256509;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:160:160:2:2:157:158:0.9875:82:75:1:1:83:75:1:1 chrX 100608191 . G A 394.46 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0126704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.511;QD=13.8408;RBI=0.0179365;REFB=2.54626e-05;REVB=-0.0126956;RO=68;SAF=23;SAR=23;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155763;STB=0.587682;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-9.36514e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:23:23:44:24:23:23:44:24 chrX 100645467 . T C 1295.02 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.895;QD=60.2336;RBI=0.0273571;REFB=-0.041258;REVB=0.0199124;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000771115;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:48:36:1:0:48:37:1:0 chrX 100668329 . A G 200.32 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0189832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.847;QD=15.7111;RBI=0.0200013;REFB=-0.0269153;REVB=0.00630015;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538499;STB=0.509795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.033844;OID=.;OPOS=100668329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:29:22:22:0.431373:11:11:12:15:11:11:14:15 chrX 100668481 . ATCTT A 243.52 PASS AF=0.5;AO=23;DP=55;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0111734;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.67;QD=18.7327;RBI=0.024437;REFB=-0.00138833;REVB=0.021733;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191387;STB=0.595515;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.00130616;OID=.;OPOS=100668482;OREF=TCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:23:55:26:52:26:11:15:16:10:99:23:10:13:15:8 chrX 100668669 . C G 335.39 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00508689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.016;QD=12.6561;RBI=0.043006;REFB=-0.00620805;REVB=-0.0427041;RO=63;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033022;STB=0.510653;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00900519;OID=.;OPOS=100668669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:65:40:41:0.386792:19:21:35:28:19:22:36:29 chrX 100743037 . C T 1226.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.581;QD=61.3474;RBI=0.0319411;REFB=0;REVB=0.0187765;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29167e-05;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:76:80:1:35:41:0:0:37:43:0:0 chrX 100743826 . A G 707.66 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.414;QD=62.9029;RBI=0.0270085;REFB=0;REVB=0.0236062;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77431e-05;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chrX 100745825 . T C 804.41 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.657;QD=64.3528;RBI=0.0107191;REFB=0;REVB=0.0080957;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20202e-05;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chrX 100747453 . G A 224.05 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.00216585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.87;QD=14.9364;RBI=0.0314053;REFB=-0.00557633;REVB=-0.0313305;RO=33;SAF=20;SAR=6;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713556;STB=0.545421;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00897293;OID=.;OPOS=100747453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:6:20:27:6:6:20:28:6 chrX 100747694 . G C 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00613567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2091;QD=18.8178;RBI=0.0668208;REFB=-0.00900715;REVB=0.0665385;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0108022;OID=.;OPOS=100747694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chrX 100748078 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.016;QD=57.6751;RBI=0.0239294;REFB=0;REVB=0.00900818;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235489;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chrX 100749127 . A G 444.64 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.099;QD=57.3726;RBI=0.0942379;REFB=0;REVB=0.0929681;RO=0;SAF=27;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226754;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:1:27:0:0:2:29:0:0 chrX 100871264 . T C 164.98 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0121376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.65;QD=14.3461;RBI=0.0121555;REFB=0.00323331;REVB=0.000659168;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227155;STB=0.631434;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00322279;OID=.;OPOS=100871264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:17:11:11:7:17:11 chrX 100880857 . G A 371.51 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.03248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1642;QD=22.8621;RBI=0.0646356;REFB=0.00410212;REVB=0.0558822;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173862;STB=0.50957;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0026994;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:18:19:15:13:18:19:15:13 chrX 100911066 . C T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.801;QD=59.3209;RBI=0.0184393;REFB=0;REVB=0.00313913;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03562e-05;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chrX 100946613 . T C 5473.59 PASS AF=1;AO=326;DP=326;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455701;FXX=0.00847434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.924;QD=62.3771;RBI=0.0459861;REFB=0;REVB=0.0061712;RO=0;SAF=141;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25962e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362513;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:326:351:0:0:326:351:1:185:141:0:0:185:166:0:0 chrX 101091164 . T C 285.23 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00196045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.237;QD=15.4176;RBI=0.00291763;REFB=-0.00497893;REVB=-0.00216083;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142623;STB=0.580595;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00604769;OID=.;OPOS=101091164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:19:13:23:19:19:13:23:19 chrX 101138792 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.205;QD=63.5829;RBI=0.0261884;REFB=0;REVB=0.0168487;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.595e-06;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chrX 101911337 . C T 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0357699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.059;QD=16.2682;RBI=0.0420288;REFB=-0.00995511;REVB=-0.0220665;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265355;STB=0.652855;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00639494;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:7:11:5:10:7:11 chrX 101933644 . G T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0217588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6483;QD=18.9998;RBI=0.0295982;REFB=-0.00669772;REVB=-0.020065;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385524;STB=0.729467;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0138565;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:12:4:12:5:13:4 chrX 101970316 . A C 995.17 PASS AF=0.505208;AO=97;DP=193;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0107123;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1924;QD=20.7328;RBI=0.0278431;REFB=-0.00959284;REVB=-0.0256999;RO=94;SAF=45;SAR=52;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894218;STB=0.551581;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00732085;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:94:95:97:97:0.505208:52:45:53:41:52:45:54:41 chrX 102006226 . G A 233.43 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0160258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2195;QD=16.9769;RBI=0.0712074;REFB=0.0160998;REVB=-0.0693806;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205099;STB=0.62386;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0149882;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:16:10:17:11:16:10:18:11 chrX 102192893 . T G 68.79 PASS AF=0.130435;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=115;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0384965;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1494;QD=2.39266;RBI=0.0417289;REFB=-0.00337257;REVB=0.0161033;RO=99;SAF=3;SAR=12;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419323;STB=0.791125;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0325531;OID=.;OPOS=102192893;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:115:99:100:15:15:0.130435:12:3:53:46:12:3:53:47 chrX 102192895 . G A 76.71 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.052582;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.894;QD=2.69168;RBI=0.0530483;REFB=-0.00365561;REVB=0.00701816;RO=97;SAF=3;SAR=13;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44166;STB=0.801185;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0324235;OID=.;OPOS=102192895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:115:114:97:98:16:16:0.140351:13:3:52:45:13:3:52:46 chrX 102471531 . G T 2355.5 PASS AF=0.963636;AO=159;DP=165;FAO=159;FDP=165;FR=.;FRO=6;FSAF=117;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0025053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.349;QD=57.1029;RBI=0.00589685;REFB=-0.0128635;REVB=-0.00533819;RO=5;SAF=117;SAR=42;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010074;STB=0.503225;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-6.81234e-06;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:165:165:5:6:159:159:0.963636:42:117:3:2:42:117:4:2 chrX 102564583 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.339;QD=61.2132;RBI=0.021388;REFB=0;REVB=-0.0043399;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78102e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chrX 102979486 . T C 1357.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.043;QD=62.4154;RBI=0.0225874;REFB=0;REVB=0.00371169;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92158e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chrX 103042882 . T C 593.19 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00579931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.015;QD=17.3195;RBI=0.00585605;REFB=-0.0145037;REVB=0.000813174;RO=74;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347731;STB=0.522639;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0165917;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:74:75:62:62:0.452555:33:29:32:42:33:29:32:43 chrX 103046526 . TG AT,T 1139.82 PASS AF=0,1;AO=4,80;DP=94;FAO=0,92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.65311e-05,-0.0132428;FXX=0.0212743;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=8.35273,16.3447;QD=49.5575;RBI=0.00711245,0.0171051;REFB=0,0;REVB=0.00711214,-0.0108265;RO=2;SAF=1,42;SAR=3,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161039,0.00115689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000526195;OID=.,.;OPOS=103046526,103046527;OREF=TG,G;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:94:92:2:0:4,80:0,92:0,1:3,38:1,42:1:1:0,45:0,47:0:0 chrX 103267865 . C T 659.27 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0188153;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2313;QD=18.3132;RBI=0.0193085;REFB=-0.0360425;REVB=0.00433633;RO=76;SAF=34;SAR=33;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559848;STB=0.534236;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0277603;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:76:77:67:67:0.465278:33:34:43:33:33:34:44:33 chrX 103294760 . C T 632.67 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00833801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.326;QD=21.2661;RBI=0.010791;REFB=-0.0241324;REVB=-0.00685009;RO=56;SAF=31;SAR=32;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526619;STB=0.528916;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0250533;OID=.;OPOS=103294760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:32:31:31:25:32:31:31:25 chrX 104464276 . CA C,CC 328.97 PASS AF=0.88,0.12;AO=22,3;DP=25;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998343,-0.0880942;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.3415,13.3591;QD=52.6355;RBI=0.0234343,0.106221;REFB=0,0;REVB=-0.0212014,-0.0593496;RO=0;SAF=9,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0213609,-0.0502887;OID=.,.;OPOS=104464277,104464277;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.88,0.12:22,3:25:22,3:25:0:9,2:13,1:0:0:14:0:9,2:13,1:0:0 chrX 104464281 . TC T 257.68 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.8688;QD=42.9462;RBI=0.0389799;REFB=0;REVB=0.0351432;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00261812;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:12:12:0:0:5:0:11:12:0:0 chrX 105152282 . G A 936.18 PASS AF=0.492063;AO=93;DP=190;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00279021;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.796;QD=19.8132;RBI=0.0038003;REFB=-0.00457942;REVB=0.00258011;RO=96;SAF=35;SAR=58;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787328;STB=0.543397;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00458676;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:96:96:93:93:0.492063:58:35:44:52:58:35:44:52 chrX 105153001 . A G 850.1 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00551342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6582;QD=50.7522;RBI=0.0345552;REFB=-0.169814;REVB=0.0341125;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0147498;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:66:67:2:5:62:62:0.925373:31:31:1:1:31:31:2:3 chrX 105278361 . C A 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00784886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.721;QD=22.3058;RBI=0.0120326;REFB=-0.0103734;REVB=0.0091203;RO=41;SAF=27;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533362;STB=0.529399;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00949866;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:20:27:21:20:20:27:21:20 chrX 106200202 . G A 3391.36 PASS AF=1;AO=217;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877321;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.86;QD=62.2268;RBI=0.0115686;REFB=-0.0139954;REVB=-0.00754082;RO=0;SAF=135;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82706e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38453e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:220:218:0:0:217:218:1:82:135:0:0:82:136:0:0 chrX 107037795 . C A 787.06 PASS AF=0.465909;AO=82;DP=178;FAO=82;FDP=176;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0146805;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0231;QD=17.8878;RBI=0.0685713;REFB=-0.0159423;REVB=-0.0669814;RO=93;SAF=41;SAR=41;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361399;STB=0.522722;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0135755;OID=.;OPOS=107037795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:93:94:82:82:0.465909:41:41:43:50:41:41:43:51 chrX 107084075 . A C 415.55 PASS AF=0.443396;AO=44;DP=102;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0166875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4321;QD=15.681;RBI=0.043553;REFB=-0.0138806;REVB=-0.0402293;RO=58;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055612;STB=0.510634;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0176153;OID=.;OPOS=107084075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:58:59:44:47:0.443396:23:21:28:30:23:24:29:30 chrX 107224660 . C T 166.25 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0135299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5901;QD=14.7774;RBI=0.0168067;REFB=0.0061706;REVB=-0.00997034;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152668;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00694052;OID=.;OPOS=107224660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:16:11:10:8:16:11 chrX 107417730 . G A,C 3194.08 PASS AF=0.952607,0.0473934;AO=198,11;DP=210;FAO=201,10;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=85,8;FSAR=116,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905612,-0.000662401;FXX=0.00471676;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.925,124.72;QD=60.5514;RBI=0.0348498,0.0251709;REFB=0,0;REVB=0.0336526,0.0251622;RO=0;SAF=83,8;SAR=115,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00139442,0.0734314;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:210:211:0:0:198,11:201,10:0.952607,0.0473934:115,3:83,8:0:0:116,2:85,8:0:0 chrX 107418906 . A G 3064.26 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193809;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.246;QD=63.508;RBI=0.0194387;REFB=-0.0125392;REVB=0.00149831;RO=1;SAF=117;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111638;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:193:1:0:193:193:1:76:117:1:0:76:117:0:0 chrX 107976940 . G C 1301.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9577;QD=61.9574;RBI=0.0323075;REFB=0;REVB=0.0298427;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134883;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chrX 107977445 . AGGGGT AGGGT,AGGGTG 147.35 PASS AF=0.416667,0.0416667;AO=16,2;DP=55;FAO=20,2;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15,2;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.00901031,0.0410602;FXX=0.12725;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.5394,17.7328;QD=12.2794;RBI=0.106867,0.127425;REFB=-0.0226408,-0.00698887;REVB=0.106487,0.120628;RO=26;SAF=15,2;SAR=1,0;SRF=1;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.813908,0.819988;STB=0.836261,0.998567;STBP=0.002,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.086398,-0.0424261;OID=.,.;OPOS=107977446,107977449;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGT,AGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0416667:16,2:55:20,2:48:26:15,2:5,0:2:24:99:26:15,2:1,0:1:25 chrX 107979512 . C T 2002.17 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0413542;FXX=0.029195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.539;QD=60.2158;RBI=0.075973;REFB=-0.00501937;REVB=0.0637317;RO=2;SAF=58;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156839;STB=0.505026;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00038949;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:130:130:0.977444:72:58:1:1:72:58:2:1 chrX 107979515 . C T 2057.88 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00120389;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.722;QD=60.9741;RBI=0.0144149;REFB=-0.14693;REVB=0.0143646;RO=2;SAF=58;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182899;STB=0.500962;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=7.15667e-05;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:2:2:133:133:0.985185:75:58:1:1:75:58:1:1 chrX 108297375 . T C 6182.44 PASS AF=1;AO=400;DP=408;FAO=402;FDP=402;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=258;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300353;FXX=0.0195117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.629;QD=61.5168;RBI=0.0178646;REFB=-0.0638214;REVB=-0.0176103;RO=7;SAF=143;SAR=257;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49466e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:408:402:7:0:400:402:1:257:143:1:6:258:144:0:0 chrX 108297445 . A G 9877.72 PASS AF=0.990551;AO=616;DP=622;FAO=629;FDP=635;FR=.;FRO=6;FSAF=245;FSAR=384;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0117896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.19;QD=62.2219;RBI=0.0131429;REFB=0.0130007;REVB=-0.00580863;RO=6;SAF=239;SAR=377;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106037;STB=0.500558;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-7.37413e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:622:635:6:6:616:629:0.990551:377:239:2:4:384:245:2:4 chrX 108297500 . G C 6894.29 PASS AF=0.982143;AO=438;DP=448;FAO=440;FDP=448;FR=.;FRO=8;FSAF=177;FSAR=263;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0198129;FXX=0.00444435;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.202;QD=61.5562;RBI=0.020464;REFB=-0.0891525;REVB=0.00512108;RO=8;SAF=177;SAR=261;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340478;STB=0.501813;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000951576;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:448:448:8:8:438:440:0.982143:261:177:4:4:263:177:4:4 chrX 108297573 . A G 1518.53 PASS AF=0.972222;AO=98;DP=105;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.030668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1699;QD=56.242;RBI=0.0347116;REFB=0.015955;REVB=0.0162595;RO=3;SAF=27;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196184;STB=0.509676;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000230706;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:108:3:3:98:105:0.972222:71:27:0:3:76:29:0:3 chrX 108297602 . T C 1524.98 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00832208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.755;QD=62.2439;RBI=0.0108354;REFB=-0.0254248;REVB=0.00693886;RO=1;SAF=19;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612011;STB=0.503184;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000246564;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:77:19:0:1:78:19:0:1 chrX 108297641 . G A 1491.76 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0942969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1087;QD=57.3752;RBI=0.103641;REFB=0.0159521;REVB=0.0430069;RO=2;SAF=19;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114312;STB=0.505951;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.000360489;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:101:102:0.980769:82:19:0:2:83:19:0:2 chrX 108297675 . G GC,GCC 610.02 PASS AF=1,0;AO=70,14;DP=109;FAO=109,0;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=89,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245415,0.126831;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.4574,8.07971;QD=22.386;RBI=0.248815,0.128156;REFB=0.00883669,0.0144193;REVB=0.0409971,0.0183823;RO=22;SAF=9,2;SAR=61,12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195636,-0.328501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00344394,-0.0117342;OID=.,.;OPOS=108297676,108297676;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,14:109:109,0:109:0:20,0:89,0:0:0:8:22:9,2:61,12:8:14 chrX 108297699 . T C 901.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.872;QD=56.3221;RBI=0.0165608;REFB=0;REVB=0.00842287;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218937;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:45:13:0:0:51:13:0:0 chrX 108297702 . A C,G 814.06 PASS AF=0.0862069,0.913793;AO=6,52;DP=58;FAO=5,53;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=5,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309216,0.026943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.017,175.634;QD=56.1422;RBI=0.0310182,0.0280759;REFB=0,0;REVB=0.00244521,0.00789504;RO=0;SAF=0,13;SAR=6,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.05892e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0106854,0.000312432;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:58:58:0:0:6,52:5,53:0.0862069,0.913793:6,39:0,13:0:0:5,40:0,13:0:0 chrX 108297713 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.711;QD=44.6883;RBI=0.031366;REFB=0;REVB=0.0293777;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91952e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chrX 108297832 . A G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.266;QD=30.5927;RBI=0.0339503;REFB=-0.0143998;REVB=-0.00923904;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00841064;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:1:1:4:6:1:1 chrX 108647653 . C G 527.54 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0212475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4635;QD=16.232;RBI=0.0219499;REFB=0.0023929;REVB=0.00550844;RO=72;SAF=26;SAR=31;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578114;STB=0.536204;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00416303;OID=.;OPOS=108647653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:73:57:57:0.438462:31:26:37:35:31:26:38:35 chrX 108696981 . C A 972.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.727;QD=58.9492;RBI=0.0400837;REFB=0;REVB=0.00515953;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0715e-05;OID=.;OPOS=108696981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chrX 108708516 . C T 2023.85 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00809877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.582;QD=61.3289;RBI=0.00909023;REFB=0.079021;REVB=-0.00412823;RO=1;SAF=67;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704085;STB=0.503703;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-7.79536e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:1:1:130:131:0.992424:63:67:1:0:64:67:1:0 chrX 108718478 . G A 873.46 PASS AF=0.413793;AO=96;DP=234;FAO=96;FDP=232;FR=.;FRO=136;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=0.00796014;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.547;QD=15.0597;RBI=0.0481457;REFB=-0.00517173;REVB=0.0474831;RO=136;SAF=48;SAR=48;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694173;STB=0.538785;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0085747;OID=.;OPOS=108718478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:136:136:96:96:0.413793:48:48:59:77:48:48:59:77 chrX 108718687 . A T 555.81 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0187355;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2896;QD=15.3327;RBI=0.0237472;REFB=0.00448543;REVB=-0.0145914;RO=81;SAF=28;SAR=32;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103533;STB=0.557268;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00354626;OID=.;OPOS=108718687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:81:85:60:60:0.413793:32:28:46:35:32:28:48:37 chrX 111698036 . T C 489.4 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0432877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9849;QD=17.0225;RBI=0.0453552;REFB=-0.0143194;REVB=-0.0135376;RO=62;SAF=31;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160032;STB=0.589088;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0276137;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:22:31:26:36:22:31:26:36 chrX 111698613 . T C 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0148703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.987;QD=14.6472;RBI=0.0167142;REFB=-0.022779;REVB=0.00763135;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18859;STB=0.606676;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0183437;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:28:17:18:14:28:17 chrX 111699028 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00055622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.562;QD=17.4232;RBI=0.00117801;REFB=-0.0023876;REVB=-0.00103842;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195691;STB=0.615314;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00183082;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:15:15:24:10:16:15:24:10 chrX 111699238 . G C 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00325368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.545;QD=15.219;RBI=0.0236444;REFB=-0.0131374;REVB=-0.0234195;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150987;STB=0.585138;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0199553;OID=.;OPOS=111699238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:26:15:16:15:26:15 chrX 111700104 . GC TT 393.28 PASS AF=0.518519;AO=35;DP=76;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00895542;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.731;QD=19.4211;RBI=0.0425887;REFB=-0.0364707;REVB=0.0416365;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133098;STB=0.50617;STBP=0.887;TYPE=mnp;VARB=0.0390694;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:38:39:35:42:0.518519:18:17:19:19:21:21:20:19 chrX 112065558 . T A 1617.71 PASS AF=0.546429;AO=150;DP=278;FAO=153;FDP=280;FR=.;FRO=127;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=45;FSRR=82;FWDB=0.02938;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.431;QD=23.1102;RBI=0.0315565;REFB=-0.0311076;REVB=0.0115165;RO=126;SAF=62;SAR=88;SRF=45;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490634;STB=0.527142;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0274548;OID=.;OPOS=112065558;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:280:126:127:150:153:0.546429:88:62:45:81:90:63:45:82 chrX 112099286 . G A 559.75 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.0112918;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.114;QD=15.9928;RBI=0.0125783;REFB=-0.00922948;REVB=0.0055416;RO=80;SAF=27;SAR=33;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913349;STB=0.551004;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0109609;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:80:60:60:0.428571:33:27:29:51:33:27:29:51 chrX 114384479 . C T 1380.95 PASS AF=0.416894;AO=153;DP=368;FAO=153;FDP=367;FR=.;FRO=214;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=117;FSRR=97;FWDB=0.0017733;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.318;QD=15.0512;RBI=0.010712;REFB=-0.00339479;REVB=-0.0105642;RO=213;SAF=79;SAR=74;SRF=117;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345195;STB=0.517757;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00485907;OID=.;OPOS=114384479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:367:213:214:153:153:0.416894:74:79:117:96:74:79:117:97 chrX 114425196 . G A 63.55 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00742608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8956;QD=9.07882;RBI=0.0245388;REFB=-0.0133064;REVB=-0.0233881;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407925;STB=0.751486;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0324701;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:8:11:2:7:8:11 chrX 114425400 . G A 162.39 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000796412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.446;QD=38.2105;RBI=0.0192763;REFB=-0.0158036;REVB=0.0192598;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11358;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00127252;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:2:0:8:7:2:0 chrX 114425772 . T C 38.9 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0238317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1112;QD=7.40971;RBI=0.0244771;REFB=-0.0870874;REVB=-0.00558363;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.68373;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.295268;OID=.;OPOS=114425772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:21:14:14:6:7:0.333333:2:4:4:10:3:4:4:10 chrX 114426171 . C T 70.55 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0317604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.554;QD=17.6383;RBI=0.0377852;REFB=-0.000126859;REVB=-0.0204696;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394541;STB=0.730799;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00062414;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:2:5:2:7:2:5 chrX 114426917 . C T 732.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736409;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.338;QD=63.6949;RBI=0.0803368;REFB=0;REVB=0.0321093;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464332;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chrX 114845260 . ATTTTA AATTTA,ATTTA,ATTTAT 140.96 PASS AF=0,0.5,0.0357143;AO=4,19,4;DP=56;FAO=0,28,2;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=0,12,2;FSAR=0,16,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.106245,-0.0392005,-0.0379844;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=14.6186,10.8583,91.1642;QD=10.0683;RBI=0.11243,0.102946,0.0446897;REFB=-0.127922,-0.206647,-0.0210932;REVB=0.0367764,-0.0951902,-0.0235448;RO=26;SAF=3,9,4;SAR=1,10,0;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.433624,0.130074,0.682921;STB=0.5,0.502701,0.99539;STBP=1,0.99,0.096;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.172795,0.0795468;OID=.,.,.;OPOS=114845261,114845261,114845264;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=AATTTA,ATTTA,ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0.0357143:4,19,4:56:0,28,2:56:26:0,12,2:0,16,0:11:15:99:26:3,9,4:1,10,0:9:17 chrX 115304224 . T C 288.45 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.000119383;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.14;QD=13.4163;RBI=0.0164809;REFB=-0.00336707;REVB=-0.0164805;RO=51;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127971;STB=0.591141;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00545694;OID=.;OPOS=115304224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:32:33:0.383721:17:15:30:21:18:15:32:21 chrX 115305728 . G C 1956.43 PASS AF=1;AO=120;DP=132;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5804;QD=55.898;RBI=0.0515948;REFB=-0.116433;REVB=0.0441482;RO=9;SAF=56;SAR=64;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232079;OID=.;OPOS=115305728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:140:9:0:120:140:1:64:56:9:0:65:75:0:0 chrX 115590299 . C G 648.82 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0426486;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9103;QD=18.2765;RBI=0.0450811;REFB=-0.0203596;REVB=-0.0146083;RO=72;SAF=38;SAR=28;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194144;STB=0.519751;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.023437;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:72:76:66:66:0.464789:28:38:40:32:28:38:41:35 chrX 117700141 . A G 179.32 PASS AF=0.385965;AO=23;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0579471;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6122;QD=12.5836;RBI=0.0639236;REFB=-0.00130583;REVB=0.026988;RO=35;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287349;STB=0.69085;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00456307;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:23:22:0.385965:16:7:20:15:16:6:20:15 chrX 117819773 . A C 1031.01 PASS AF=0.596273;AO=96;DP=161;FAO=96;FDP=161;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00541967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.083;QD=25.6151;RBI=0.0093515;REFB=9.03374e-06;REVB=0.00762087;RO=63;SAF=40;SAR=56;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270026;STB=0.513366;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00133151;OID=.;OPOS=117819773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:63:65:96:96:0.596273:56:40:24:39:56:40:25:40 chrX 117819902 . A G 432.83 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0487391;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.398;QD=16.9738;RBI=0.0504017;REFB=-0.0142752;REVB=0.0128389;RO=55;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149604;STB=0.500834;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0197397;OID=.;OPOS=117819902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:55:55:47:47:0.460784:24:23:27:28:24:23:27:28 chrX 117904229 . T C 135.63 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00466262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.826;QD=9.68773;RBI=0.0896824;REFB=0.00235737;REVB=-0.0895611;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247927;STB=0.642339;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00843257;OID=.;OPOS=117904229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:38:18:18:0.321429:4:14:22:15:4:14:23:15 chrX 117904433 . T C 402.52 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00651934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.335;QD=19.8773;RBI=0.0251645;REFB=-0.0393988;REVB=-0.0243054;RO=40;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955413;STB=0.543705;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.034055;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:26:14:18:22:26:15:18:22 chrX 117925898 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00107765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.845;QD=20.156;RBI=0.00107824;REFB=-0.0200097;REVB=-3.57642e-05;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12433;STB=0.569036;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0195765;OID=.;OPOS=117925898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:8:17:15:13:8:17 chrX 117938928 . G A 719.99 PASS AF=0.459302;AO=76;DP=168;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.00404342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.818;QD=16.7439;RBI=0.0240002;REFB=-0.0157272;REVB=-0.0236571;RO=92;SAF=33;SAR=43;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879466;STB=0.561473;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.018463;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:92:93:76:79:0.459302:43:33:32:60:43:36:32:61 chrX 118108785 . T C 596.64 PASS AF=0.412121;AO=67;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.00933648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.26;QD=14.464;RBI=0.0195796;REFB=-0.0192919;REVB=-0.0172102;RO=96;SAF=41;SAR=26;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292153;STB=0.505832;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0302487;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:96:97:67:68:0.412121:26:41:59:37:26:42:59:38 chrX 118146810 . C T 482.05 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0158096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.869;QD=20.7332;RBI=0.0158108;REFB=-0.0122802;REVB=0.000194223;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374631;STB=0.52645;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00888359;OID=.;OPOS=118146810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:45:46:47:47:0.505376:26:21:22:23:26:21:23:23 chrX 118148229 . A G 313.42 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.000459815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.252;QD=19.5886;RBI=0.0274353;REFB=-0.0143003;REVB=0.0274315;RO=31;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120956;STB=0.560941;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0145345;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:11:21:24:7:11:22:24:7 chrX 118219347 . T C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00992006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.455;QD=17.791;RBI=0.0132444;REFB=-0.0154522;REVB=0.00877528;RO=32;SAF=28;SAR=3;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362917;STB=0.723067;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0130122;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:3:28:22:10:3:28:22:11 chrX 118220720 . A G 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00870846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.261;QD=20.9592;RBI=0.0155704;REFB=-0.0159615;REVB=-0.0129073;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087136;STB=0.541671;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0140583;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:22:21:23:16:22:21:23:17 chrX 118222360 . T A 375.94 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0370625;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0102;QD=20.5992;RBI=0.0469023;REFB=-0.0151557;REVB=0.0287437;RO=36;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012855;STB=0.507955;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0155869;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:36:35:38:38:0.520548:20:18:17:19:20:18:16:19 chrX 118281538 . C A 1197.43 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.644;QD=60.6295;RBI=0.0613914;REFB=0;REVB=0.0472761;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393361;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:41:37:1:0:41:38:0:0 chrX 118587003 . C T 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00782858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.604;QD=55.7005;RBI=0.00868193;REFB=-0.0159917;REVB=0.00375355;RO=1;SAF=19;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242139;STB=0.524992;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000283942;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:47:19:1:0:47:19:2:0 chrX 118587321 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3131;QD=62.6672;RBI=0.067437;REFB=0;REVB=0.0396254;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114821;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chrX 118603713 . T C 53.23 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0101994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1873;QD=3.80236;RBI=0.0707567;REFB=0.00170237;REVB=-0.0700178;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023545;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0155306;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:4:5:27:20:4:5:27:20 chrX 118603729 . G A 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.014099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.297;QD=4.07772;RBI=0.0200184;REFB=-0.00151509;REVB=-0.014211;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00888653;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:4:5:25:20:4:5:25:20 chrX 118603742 . A C 58.76 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00649961;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.614;QD=4.79638;RBI=0.0130358;REFB=0.000173549;REVB=-0.0112998;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128459;STB=0.585398;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00371481;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:49:40:40:9:9:0.183673:4:5:18:22:4:5:18:22 chrX 118603747 . A T 51.73 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0272407;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.387;QD=4.22295;RBI=0.0274094;REFB=-0.00389858;REVB=0.0030362;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870669;STB=0.530536;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0331245;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:51:49:42:41:8:8:0.163265:4:4:18:24:4:4:19:22 chrX 118603773 . T C 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0256601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.074;QD=2.65304;RBI=0.0346159;REFB=-0.00473297;REVB=-0.023234;RO=59;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118182;STB=0.58423;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0528551;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:4:5:27:32:4:5:27:32 chrX 118603844 . T G 1700.5 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00103896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.022;QD=58.638;RBI=0.00261707;REFB=-0.0100839;REVB=-0.00240201;RO=2;SAF=53;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115422;STB=0.500608;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=8.74081e-05;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:61:53:1:1:61:53:1:1 chrX 118604436 . T A,C 920.11 PASS AF=0.046875,0.953125;AO=3,61;DP=64;FAO=3,61;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=3,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193893,0.0145245;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.0023,115.883;QD=57.5069;RBI=0.0218847,0.0198776;REFB=0,0;REVB=-0.0101485,-0.0135705;RO=0;SAF=0,27;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.118683,0.00424209;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:64:64:0:0:3,61:3,61:0.046875,0.953125:3,34:0,27:0:0:3,34:0,27:0:0 chrX 118678364 . G A 1930.05 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874853;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.502;QD=61.2714;RBI=0.0125562;REFB=0;REVB=0.00900669;RO=0;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68487e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:126:0:0:122:126:1:49:73:0:0:50:76:0:0 chrX 118699320 . A G 2277.11 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439982;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3259;QD=60.3209;RBI=0.0148219;REFB=-0.0337078;REVB=0.0141538;RO=1;SAF=88;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111794;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:151:1:0:149:151:1:61:88:1:0:62:89:0:0 chrX 118827063 . T C 1261.71 PASS AF=0.503937;AO=126;DP=252;FAO=128;FDP=254;FR=.;FRO=126;FSAF=83;FSAR=45;FSRF=82;FSRR=44;FWDB=-0.00955888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.089;QD=19.8695;RBI=0.00984712;REFB=-0.00958067;REVB=-0.00236507;RO=125;SAF=83;SAR=43;SRF=81;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107895;STB=0.501283;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0104164;OID=.;OPOS=118827063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:125:126:126:128:0.503937:43:83:81:44:45:83:82:44 chrX 118829479 . G A 2076.34 PASS AF=0.514066;AO=199;DP=391;FAO=201;FDP=391;FR=.;FRO=190;FSAF=87;FSAR=114;FSRF=88;FSRR=102;FWDB=-0.00176128;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.911;QD=21.2413;RBI=0.0130081;REFB=-0.0127657;REVB=0.0128883;RO=188;SAF=87;SAR=112;SRF=86;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182576;STB=0.514944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0122582;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:188:190:199:201:0.514066:112:87:86:102:114:87:88:102 chrX 118893054 . C A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0154795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.6;QD=26.5698;RBI=0.0392951;REFB=-0.056131;REVB=0.0361177;RO=4;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368764;STB=0.713793;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00827203;OID=.;OPOS=118893054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:10:1:2:2:10:1:2:2 chrX 118893413 . T C 642.38 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.102285;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.401;QD=20.7218;RBI=0.102395;REFB=-0.0155069;REVB=0.00476459;RO=60;SAF=27;SAR=37;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548301;STB=0.530185;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0129014;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:60:60:64:64:0.516129:37:27:29:31:37:27:29:31 chrX 119005705 . C G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.522;QD=57.0008;RBI=0.0381413;REFB=0;REVB=0.00350588;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22345e-05;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chrX 119065893 . G A 233.45 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.0469997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.934;QD=10.6115;RBI=0.0470486;REFB=-0.0192794;REVB=0.00214614;RO=59;SAF=14;SAR=15;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284046;STB=0.663203;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0309758;OID=.;OPOS=119065893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:15:14:43:16:15:14:43:16 chrX 119387833 . C CTGA 449.02 PASS AF=0.829268;AO=31;DP=58;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0105684;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.819;QD=43.8067;RBI=0.0234666;REFB=-0.027937;REVB=0.0209521;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196116;STB=0.541523;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.00316968;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.829268:31:58:34:41:7:16:18:5:2:44:26:14:17:18:8 chrX 119389469 . G T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0243537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.338;QD=20.274;RBI=0.025754;REFB=-0.0220023;REVB=-0.00837678;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559801;STB=0.531469;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0140714;OID=.;OPOS=119389469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:8:16:14:9:8:16 chrX 119389966 . C T 686.56 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.621;QD=62.4147;RBI=0.0420749;REFB=0;REVB=0.029387;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196081;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chrX 119390465 . A G,T 510.88 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=32,3;DP=35;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534041,0.0486772;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.397,125.911;QD=58.3865;RBI=0.0538623,0.0497199;REFB=0,0;REVB=0.00701021,0.0101288;RO=0;SAF=17,2;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00014804,-0.000908427;OID=.,.;OPOS=119390465,119390465;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:35:0:0:32,3:32,3:0.914286,0.0857143:15,1:17,2:0:0:15,1:17,2:0:0 chrX 119391880 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.374;QD=58.1389;RBI=0.0281551;REFB=0;REVB=-0.01851;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2944e-05;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chrX 119590533 . T A 8840.92 PASS AF=1;AO=553;DP=555;FAO=562;FDP=562;FR=.;FRO=0;FSAF=339;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9679;QD=62.9247;RBI=0.0868527;REFB=0;REVB=0.0843415;RO=0;SAF=336;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67805e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012526;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:555:562:0:0:553:562:1:217:336:0:0:223:339:0:0 chrX 119676806 . C T 134.48 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0309225;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0694;QD=10.7585;RBI=0.0467482;REFB=-0.0255338;REVB=-0.0350599;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576865;STB=0.538414;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0276646;OID=.;OPOS=119676806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:34:16:16:0.32:7:9:19:12:7:9:21:13 chrX 120008979 . TGGGG CGGGC,CGGGG,TGGG 290.9 PASS AF=0.075,0.375,0.35;AO=2,13,13;DP=38;FAO=3,15,14;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=0,14,13;FSAR=3,1,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0168422,0.0197828,-0.00175122;FXX=0.0697512;HRUN=1,1,4;LEN=5,1,1;MLLD=200.996,203.426,10.841;QD=29.0895;RBI=0.0561494,0.0220849,0.081623;REFB=-0.059073,-0.0576888,-0.150359;REVB=0.0535639,0.00981753,0.0816042;RO=7;SAF=0,12,13;SAR=2,1,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.621371,0.428566,0.821038;STB=0.995768,0.794928,0.79213;STBP=0.149,0.014,0.015;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.101025,0.0275419,0.151834;OID=.,.,.;OPOS=120008979,120008979,120008980;OREF=TGGGG,T,G;OALT=CGGGC,C,-;OMAPALT=CGGGC,CGGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:38:40:7:8:2,13,13:3,15,14:0.075,0.375,0.35:2,1,0:0,12,13:4:3:3,1,1:0,14,13:4:4 chrX 120009058 . TGGGGCC GTGGGCC,TCGGGCC,TGGGCC,TGGGG,TGGGGC 1606.41 PASS AF=0.452055,0,0,0.0616438,0.486301;AO=12,6,17,22,54;DP=156;FAO=66,0,0,9,71;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,9,70;FSAR=66,0,0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747837,0.0129882,0.0178081,-0.0623769,-0.118053;FXX=0.0817559;HRUN=1,4,4,4,4;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=28.1455,28.8068,11.784,18.8335,14.6238;QD=44.0113;RBI=0.00908055,0.41617,0.525147,0.202258,0.387987;REFB=-0.0401415,0.0112508,0.00155171,0.0160433,0.016913;REVB=-0.00515076,-0.415968,-0.524845,-0.192399,-0.369591;RO=1;SAF=0,0,0,22,54;SAR=12,6,17,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0.611111,0,0;SSEP=0,0,0,0.594203,0.594203;SSSB=-0.831585,-0.782178,-0.851526,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,del;VARB=0.0232717,0,0,0.0598497,-0.0648988;OID=.,.,.,.,.;OPOS=120009058,120009059,120009059,120009063,120009063;OREF=TG,G,G,CC,C;OALT=GT,C,-,-,-;OMAPALT=GTGGGCC,TCGGGCC,TGGGCC,TGGGG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/5:99:156:146:1:0:12,6,17,22,54:66,0,0,9,71:0.452055,0,0,0.0616438,0.486301:12,6,17,0,0:0,0,0,22,54:1:0:66,0,0,0,1:0,0,0,9,70:0:0 chrX 122250996 . G T 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.382;QD=60.9522;RBI=0.0260595;REFB=0;REVB=0.0143008;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78249e-05;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:54:62:0:0:54:62:0:0 chrX 122318386 . A AG 3382.82 PASS AF=1;AO=214;DP=221;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263593;FXX=0.0224205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.191;QD=62.0702;RBI=0.0272953;REFB=0;REVB=-0.0070866;RO=1;SAF=107;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.43372e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:214:221:218:218:0:110:108:0:0:18:1:107:107:1:0 chrX 122336600 . T TG 1233.57 PASS AF=1;AO=111;DP=129;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506747;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3541;QD=40.4448;RBI=0.051065;REFB=0;REVB=-0.00630188;RO=15;SAF=50;SAR=61;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000339662;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:129:122:122:0:57:65:0:0:23:15:50:61:9:6 chrX 122338337 . A G 838.85 PASS AF=0.5;AO=84;DP=169;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0053332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.811;QD=19.7375;RBI=0.0204986;REFB=-0.006192;REVB=-0.0197926;RO=85;SAF=28;SAR=56;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218203;STB=0.615181;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00615067;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:85:84:85:0.5:56:28:48:37:56:29:48:37 chrX 122537277 . T C 441.19 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0260209;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.173;QD=19.6084;RBI=0.0369821;REFB=-0.0253436;REVB=0.026279;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111936;STB=0.567374;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0191034;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:46:44:44:0.488889:24:20:26:19:24:20:27:19 chrX 123034511 . A C 222.49 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0685068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2757;QD=10.3482;RBI=0.0702383;REFB=0.00320168;REVB=0.0154996;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412875;STB=0.524109;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00476141;OID=.;OPOS=123034511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:15:13:29:29:15:13:29:29 chrX 123042606 . T A 46.26 PASS AF=0.0557185;AO=37;DP=350;FAO=19;FDP=341;FR=.,HEALED;FRO=311;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=154;FSRR=157;FWDB=-0.145559;FXX=0.0257135;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.0642;QD=0.542604;RBI=0.148414;REFB=-0.0430415;REVB=0.0289697;RO=201;SAF=36;SAR=1;SRF=81;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.723678;STB=0.942487;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0567337;OID=.;OPOS=123042606;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:350:341:201:311:37:19:0.0557185:1:36:81:120:1:18:154:157 chrX 123514006 . G A 2022.39 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.004103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.65;QD=61.2847;RBI=0.00444454;REFB=-0.0827517;REVB=-0.00170861;RO=1;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714697;STB=0.503759;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-2.8205e-06;OID=.;OPOS=123514006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:66:65:0:1:66:65:0:1 chrX 123526031 . T C 1175.81 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00577936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.112;QD=59.5349;RBI=0.0390408;REFB=0.110668;REVB=0.0386106;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.505262;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=8.47678e-05;OID=.;OPOS=123526031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:31:47:1:0:31:47:1:0 chrX 123540315 . G T 954.92 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8297;QD=58.7642;RBI=0.0406637;REFB=0;REVB=0.0389777;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280416;OID=.;OPOS=123540315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chrX 124455584 . TGGGGGA TGGGGAG 60.86 PASS AF=0.538462;AO=2;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.264536;FXX=0.187383;HRUN=5;LEN=2;MLLD=38.1527;QD=18.7257;RBI=0.26554;REFB=0.00977578;REVB=0.0230732;RO=4;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532453;STB=0.85612;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.0164143;OID=.;OPOS=124455589;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=TGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:2:14:7:13:5:6:1:0:5:33:4:1:1:0:4 chrX 125298690 . G A 666.93 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0183294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.988;QD=16.9919;RBI=0.0612963;REFB=-0.0463004;REVB=0.0584916;RO=84;SAF=39;SAR=33;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750865;STB=0.544815;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0449122;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:85:72:72:0.458599:33:39:39:45:33:39:39:46 chrX 125299188 . T G 514.82 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00350008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.014;QD=25.4231;RBI=0.0147105;REFB=-0.000373193;REVB=-0.0142881;RO=33;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262731;STB=0.510053;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000238619;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:33:33:47:48:0.592593:23:24:18:15:23:25:18:15 chrX 125299467 . G T 745.47 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00963181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9607;QD=20.0125;RBI=0.0410566;REFB=0.004442;REVB=0.0399108;RO=76;SAF=43;SAR=30;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059123;STB=0.532649;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00425389;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:76:73:73:0.489933:30:43:40:36:30:43:40:36 chrX 125954900 . C T 362.05 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=120;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0492559;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.997;QD=11.9686;RBI=0.0504044;REFB=0.00116023;REVB=-0.0106985;RO=75;SAF=13;SAR=30;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136489;STB=0.567869;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00157205;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:75:77:43:44:0.363636:30:13:31:44:30:14:32:45 chrX 125955199 . T C 456.92 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00863154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.305;QD=19.4436;RBI=0.0163818;REFB=-0.0166095;REVB=0.0139234;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945681;STB=0.545051;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0171399;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:48:45:46:0.489362:27:18:24:24:27:19:24:24 chrX 125955428 . G A 1835.23 PASS AF=0.505525;AO=181;DP=360;FAO=183;FDP=362;FR=.;FRO=179;FSAF=113;FSAR=70;FSRF=113;FSRR=66;FWDB=-0.00547262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.377;QD=20.2788;RBI=0.0294496;REFB=-0.0178347;REVB=0.0289366;RO=176;SAF=112;SAR=69;SRF=111;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113988;STB=0.507246;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0193179;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:362:176:179:181:183:0.505525:69:112:111:65:70:113:113:66 chrX 128780176 . A AAGC 259.38 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0708966;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.639;QD=38.4265;RBI=0.128026;REFB=-0.0539295;REVB=0.106603;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105197;STB=0.580576;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0081557;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:21:33:22:27:5:13:9:5:0:26:11:13:8:5:6 chrX 128781864 . C A 844.69 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=6.03887e-05;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5708;QD=54.4961;RBI=0.00478779;REFB=-0.00572058;REVB=0.00478741;RO=2;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020369;STB=0.50108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000361765;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:2:2:60:60:0.967742:28:32:1:1:28:32:1:1 chrX 128880614 . T C 2287.33 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235572;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.229;QD=60.1928;RBI=0.0237508;REFB=0.0177878;REVB=0.0030266;RO=0;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-5.06122e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:62:89:0:0:62:89:0:1 chrX 129058882 . T C 232.02 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00205175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.375;QD=14.7312;RBI=0.0201575;REFB=-0.031674;REVB=0.0200529;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309702;STB=0.687364;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0378308;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:26:27:0.428571:17:9:23:12:18:9:24:12 chrX 129147079 . T C 952.66 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0115694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1558;QD=55.2264;RBI=0.0139239;REFB=-0.143463;REVB=0.00774762;RO=3;SAF=29;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185311;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00431605;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:69:3:2:65:67:0.971014:36:29:2:1:37:30:1:1 chrX 129200301 . C G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0024821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.064;QD=20.8109;RBI=0.0104605;REFB=-0.0335215;REVB=-0.0101618;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584328;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0369281;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:12:11:12:10:12:11:12:11 chrX 129364647 . G A 349.45 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0403997;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.899;QD=12.7071;RBI=0.0423171;REFB=-0.00794514;REVB=-0.0125937;RO=64;SAF=10;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263253;STB=0.663947;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0116975;OID=.;OPOS=129364647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:64:68:42:42:0.381818:32:10:29:35:32:10:32:36 chrX 130223137 . G A 1515.52 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152684;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.356;QD=63.8115;RBI=0.0163255;REFB=0;REVB=0.00577911;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68891e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:40:54:0:0:41:54:0:0 chrX 130408745 . G A 619.71 PASS AF=0.416667;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.014788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5132;QD=14.7549;RBI=0.0155006;REFB=-0.000941779;REVB=0.0046457;RO=98;SAF=41;SAR=29;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261209;STB=0.51464;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00147916;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:98:98:70:70:0.416667:29:41:55:43:29:41:55:43 chrX 130415818 . T C 768.28 PASS AF=0.7;AO=63;DP=90;FAO=63;FDP=90;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0104393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.503;QD=34.1457;RBI=0.0171195;REFB=-0.00398465;REVB=0.0135683;RO=27;SAF=33;SAR=30;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064739;STB=0.534873;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00241066;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:27:27:63:63:0.7:30:33:11:16:30:33:11:16 chrX 130416958 . C T 2630.65 PASS AF=0.977901;AO=163;DP=169;FAO=177;FDP=181;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0510712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1721;QD=58.136;RBI=0.0511116;REFB=-0.076316;REVB=0.00203296;RO=6;SAF=105;SAR=58;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227149;STB=0.516665;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00117668;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:169:181:6:4:163:177:0.977901:58:105:2:4:58:119:0:4 chrX 130420006 . T C 1274.7 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.965;QD=59.2886;RBI=0.0307876;REFB=-0.0542807;REVB=0.0165619;RO=2;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230924;STB=0.512192;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00117849;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:40:44:0:2:40:44:0:2 chrX 130420415 . T C 1097.44 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.059121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.976;QD=57.7598;RBI=0.0681837;REFB=0.000493082;REVB=0.0339665;RO=2;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203049;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000739261;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:2:1:74:75:0.986842:34:40:1:1:35:40:1:0 chrX 130678467 . A G 1802.4 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.21;QD=61.0982;RBI=0.035617;REFB=0;REVB=0.0078014;RO=0;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75399e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:75:43:0:0:75:43:0:0 chrX 130678844 . A C 517.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.873;QD=59.1656;RBI=0.0399138;REFB=0;REVB=-0.0059398;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550605;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:23:10:0:0:23:12:0:0 chrX 131760160 . CAAAAATGTAT CAAAA,CAAAATGTAT 251.93 PASS AF=0.425532,0;AO=38,11;DP=92;FAO=40,0;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=13,0;FSAR=27,0;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00272329,-0.191372;FXX=0.0105252;HRUN=5,5;LEN=6,1;MLLD=282.829,11.4169;QD=10.7206;RBI=0.00287875,0.194681;REFB=-0.00753172,-0.0278066;REVB=0.000933245,-0.0357419;RO=31;SAF=13,9;SAR=25,2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0400703,0.510901;STB=0.626454,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=del,del;VARB=0.00838673,0.0293261;OID=.,.;OPOS=131760165,131760161;OREF=ATGTAT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAA,CAAAATGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532,0:38,11:92:40,0:94:54:13,0:27,0:29:25:99:31:13,9:25,2:12:19 chrX 131760164 . AATGTAT A 50.0 PASS AO=40;DP=107;LEN=6;RO=67;SAF=13;SAR=25;SRF=35;SRR=34;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=131760165;OREF=ATGTAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:107:67:40:25:13:35:34 chrX 131761608 . A G 232.37 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00535251;FXX=0.0377287;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.408;QD=18.2247;RBI=0.0230783;REFB=-0.00898326;REVB=-0.022449;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186637;STB=0.569526;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0200758;OID=.;OPOS=131761608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:26:25:25:0.490196:14:11:5:17:14:11:8:18 chrX 132161673 . C T 287.93 PASS AF=0.457143;AO=33;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.103841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.988;QD=16.4532;RBI=0.104103;REFB=-0.0157233;REVB=0.00738039;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811088;STB=0.562461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0161514;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:33:32:0.457143:15:18:17:20:14:18:17:21 chrX 132437337 . G A 333.4 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00322581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.96;QD=10.8421;RBI=0.00853358;REFB=-0.00840695;REVB=-0.00790038;RO=81;SAF=23;SAR=19;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091633;STB=0.505277;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0154216;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:81:42:42:0.341463:19:23:45:36:19:23:45:36 chrX 132438872 . C A 313.32 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0510347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4035;QD=19.5826;RBI=0.0582459;REFB=-0.013643;REVB=-0.028072;RO=30;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179486;STB=0.608628;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0128141;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:31:33:33:0.515625:22:11:16:14:22:11:17:14 chrX 133379551 . C T 1575.87 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.20116e-05;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.788;QD=63.6715;RBI=0.00261564;REFB=0;REVB=-0.0026153;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117409;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:45:51:0:0:46:53:0:0 chrX 134052377 . T C 134.94 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0192263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0374;QD=16.868;RBI=0.0815876;REFB=0.0142389;REVB=-0.0792899;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189379;STB=0.610008;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.020192;OID=.;OPOS=134052377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:3:12:11:6:3:12:11:6 chrX 134125475 . C G 1684.17 PASS AF=0.982609;AO=110;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0303353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.852;QD=58.5797;RBI=0.0368182;REFB=-0.0547455;REVB=0.020865;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.508927;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000179019;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:110:113:0.982609:57:53:1:0:58:55:2:0 chrX 134125535 . CA AC,C 72.72 PASS AF=0.047619,0.297619;AO=4,23;DP=92;FAO=4,25;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=0,9;FSAR=4,16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0482725,0.120353;FXX=0.0967638;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=114.289,8.0642;QD=3.46305;RBI=0.0514675,0.126817;REFB=-0.00655295,-0.180598;REVB=-0.0178512,-0.0399704;RO=41;SAF=0,6;SAR=4,17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613092,-0.389953;STB=0.997552,0.628295;STBP=0.016,0.149;TYPE=mnp,del;VARB=0.125826,0.141465;OID=.,.;OPOS=134125535,134125536;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:92:84:41:55:4,23:4,25:0.047619,0.297619:4,17:0,6:25:16:4,16:0,9:30:25 chrX 134126394 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0116441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.228;QD=15.7383;RBI=0.0263972;REFB=-0.0156172;REVB=-0.0236903;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384514;STB=0.521724;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0175728;OID=.;OPOS=134126394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:11:18:21:15:11:18:21:15 chrX 134155904 . G T 100.68 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0189555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=16.1086;RBI=0.0444282;REFB=-0.00213557;REVB=0.0401816;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00381369;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:5:8:7:5:5:8 chrX 134156121 . G C 127.04 PASS AF=0.56;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0338457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8615;QD=20.3265;RBI=0.047805;REFB=-0.0204678;REVB=-0.0337607;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139753;STB=0.59984;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0690265;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:25:11:11:12:14:0.56:2:10:8:3:2:12:8:3 chrX 134156202 . GC CG,G 32.29 PASS AF=0,0.168675;AO=3,11;DP=81;FAO=0,14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=0,12;FSAR=0,2;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0731465,-0.111003;FXX=0.0119033;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=105.828,14.6147;QD=1.55609;RBI=0.0732224,0.11787;REFB=-0.00331611,-0.049563;REVB=-0.00333136,-0.0396442;RO=60;SAF=3,8;SAR=0,3;SRF=39;SRR=21;SSEN=0,0.533333;SSEP=0,0;SSSB=0.380265,0.110593;STB=0.5,0.742713;STBP=1,0.08;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0683959;OID=.,.;OPOS=134156202,134156203;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:81:83:60:69:3,11:0,14:0,0.168675:0,3:3,8:39:21:0,2:0,12:44:25 chrX 134185997 . T A 1042.49 PASS AF=0.493088;AO=105;DP=216;FAO=107;FDP=217;FR=.;FRO=110;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0282455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.74;QD=19.2164;RBI=0.0317505;REFB=-0.0142085;REVB=0.0145012;RO=110;SAF=52;SAR=53;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442634;STB=0.502368;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0167531;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:110:110:105:107:0.493088:53:52:55:55:54:53:55:55 chrX 134483151 . C T 714.86 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0200803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.46;QD=20.8717;RBI=0.0252915;REFB=-0.00739918;REVB=0.0153767;RO=67;SAF=40;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839505;STB=0.546205;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00735476;OID=.;OPOS=134483151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:30:40:32:35:30:40:32:35 chrX 134807344 . G A 47.51 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=21;FWDB=-0.0190526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.403;QD=1.88145;RBI=0.0260162;REFB=-0.00908683;REVB=-0.0177156;RO=87;SAF=9;SAR=2;SRF=69;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476521;STB=0.57011;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0509676;OID=.;OPOS=134807344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:98:101:87:90:11:11:0.108911:2:9:69:18:2:9:69:21 chrX 134807349 . T C 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=24;FWDB=0.00327146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.972;QD=1.8182;RBI=0.0145677;REFB=-0.00174619;REVB=0.0141956;RO=92;SAF=9;SAR=2;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132985;STB=0.602886;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0119087;OID=.;OPOS=134807349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:2:9:68:24:2:9:68:24 chrX 134807354 . T A 46.05 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=25;FWDB=-0.0233221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.486;QD=1.75426;RBI=0.0339161;REFB=-0.000678553;REVB=-0.0246248;RO=93;SAF=9;SAR=2;SRF=69;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128704;STB=0.608804;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00682;OID=.;OPOS=134807354;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:105:93:94:11:11:0.104762:2:9:69:24:2:9:69:25 chrX 134807372 . A G 101.65 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=24;FWDB=0.0390554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8018;QD=3.90976;RBI=0.0406882;REFB=-0.00708932;REVB=0.0114108;RO=85;SAF=15;SAR=3;SRF=62;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190517;STB=0.636621;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0425894;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:85:86:18:18:0.173077:3:15:62:23:3:15:62:24 chrX 134807790 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00297483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.041;QD=12.1818;RBI=0.00479153;REFB=-0.00760218;REVB=-0.00375622;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.652721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0452224;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:6:9:8:2:6:9 chrX 134807815 . C A 79.27 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00564499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.885;QD=10.228;RBI=0.00565292;REFB=-0.0124673;REVB=-0.000299342;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122057;STB=0.594413;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0269756;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:31:20:20:10:11:0.354839:7:3:8:12:8:3:8:12 chrX 134807868 . A T 154.76 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.059874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8992;QD=22.9269;RBI=0.0867518;REFB=0.00962021;REVB=-0.0627773;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100177;STB=0.519102;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0114193;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:11:5:3:7:11:5:3:8 chrX 134807875 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000820592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.477;QD=22.9574;RBI=0.00823721;REFB=0.0341796;REVB=-0.00819623;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340571;STB=0.519102;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.012967;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:3:8:11:5:3:8 chrX 134948034 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00827583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.853;QD=16.6184;RBI=0.0138454;REFB=0.00338069;REVB=-0.0110998;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131848;STB=0.574765;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00697007;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:16:12:13:10:16:12 chrX 134978425 . G A 277.45 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0397567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7055;QD=14.0483;RBI=0.0847213;REFB=-0.0253722;REVB=-0.0748138;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411696;STB=0.52588;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0640161;OID=.;OPOS=134978425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:47:31:32:0.405063:15:16:25:20:15:17:27:20 chrX 134986700 . T C 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0164821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.948;QD=17.9411;RBI=0.0180181;REFB=0.015767;REVB=0.00727957;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247003;STB=0.641675;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0259686;OID=.;OPOS=134986700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:11:11:14:5:11:11 chrX 134990000 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0186027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7064;QD=18.8279;RBI=0.0210301;REFB=-0.00592933;REVB=-0.00980834;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168539;STB=0.595146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00718672;OID=.;OPOS=134990000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:7:15:10:10:7:15 chrX 134991078 . A G 627.28 PASS AF=0.583333;AO=55;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0011746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.902;QD=26.1368;RBI=0.00522371;REFB=-0.0107639;REVB=-0.00508993;RO=40;SAF=32;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121377;STB=0.568941;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00807749;OID=.;OPOS=134991078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:55:56:0.583333:23:32:17:23:23:33:17:23 chrX 134994005 . T C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00945103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.706;QD=16.1561;RBI=0.0118804;REFB=-0.00636733;REVB=0.00719868;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687579;STB=0.513298;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00827181;OID=.;OPOS=134994005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:15:12:14:17:15:12:15:17 chrX 135056133 . C T 203.28 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0245226;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.613;QD=16.9398;RBI=0.0260594;REFB=-0.0327768;REVB=0.00881665;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205379;STB=0.620794;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0442693;OID=.;OPOS=135056133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:27:20:21:0.4375:14:6:12:12:15:6:13:14 chrX 135122262 . C T 3244.11 PASS AF=0.516234;AO=316;DP=614;FAO=318;FDP=616;FR=.;FRO=298;FSAF=162;FSAR=156;FSRF=146;FSRR=152;FWDB=-0.00167664;FXX=0.00484645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.314;QD=21.0657;RBI=0.00208294;REFB=-0.0118602;REVB=0.00123593;RO=288;SAF=162;SAR=154;SRF=141;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201993;STB=0.509433;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0108742;OID=.;OPOS=135122262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:616:288:298:316:318:0.516234:154:162:141:147:156:162:146:152 chrX 135307045 . T TA 311.25 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129313;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.0586;QD=28.2957;RBI=0.129864;REFB=0;REVB=-0.0119602;RO=44;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00518478;OID=.;OPOS=135307046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:52:44:44:0:23:21:0:0:7:44:6:0:22:22 chrX 135307049 . G A 592.76 PASS AF=0.911111;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0229886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7193;QD=52.69;RBI=0.0242043;REFB=0.00998299;REVB=-0.00757434;RO=4;SAF=20;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424929;STB=0.523282;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0176271;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:45:4:4:40:41:0.911111:20:20:3:1:21:20:3:1 chrX 135310785 . T C 2401.7 PASS AF=1;AO=141;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.602;QD=61.1897;RBI=0.0265066;REFB=0;REVB=0.0173576;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92851e-06;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:141:157:1:70:71:0:0:70:87:0:0 chrX 135313034 . T G 1868.56 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00999109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.91;QD=57.4941;RBI=0.0126876;REFB=-0.160282;REVB=0.00782;RO=0;SAF=80;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526312;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000777228;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:130:130:0:5:125:125:0.961538:45:80:0:0:45:80:0:5 chrX 135429503 . C A 238.49 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0315953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4483;QD=27.2564;RBI=0.0321147;REFB=0.0145614;REVB=0.00575246;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257879;STB=0.514273;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00759021;OID=.;OPOS=135429503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:11:11:6:7:11:11:6:7 chrX 135430044 . T C 472.43 PASS AF=0.377622;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=143;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=28;FWDB=-0.017258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.52;QD=13.2148;RBI=0.018927;REFB=-0.0018341;REVB=0.00777117;RO=88;SAF=25;SAR=29;SRF=60;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237111;STB=0.636339;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00379805;OID=.;OPOS=135430044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:88:89:54:54:0.377622:29:25:60:28:29:25:61:28 chrX 135430483 . T C 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0432776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3502;QD=16.7281;RBI=0.0437421;REFB=0.00785113;REVB=-0.00635821;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729019;STB=0.540957;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00664148;OID=.;OPOS=135430483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:19:17:17:14:19:17 chrX 135431236 . T C 86.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0792012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.11;QD=12.8826;RBI=0.0925672;REFB=-0.0345587;REVB=0.047915;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.044817;OID=.;OPOS=135431236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:27:14:16:11:11:0.407407:4:7:8:6:4:7:9:7 chrX 135431358 . C T 533.04 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0113593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0713;QD=15.5632;RBI=0.0117752;REFB=-0.0340176;REVB=-0.00310186;RO=79;SAF=35;SAR=23;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319191;STB=0.517875;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0464782;OID=.;OPOS=135431358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:79:79:58:58:0.423358:23:35:50:29:23:35:50:29 chrX 135474420 . C A 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.735;QD=62.7608;RBI=0.00524886;REFB=0;REVB=0.00497447;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22216e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1334.2 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00849682;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.334;QD=61.3425;RBI=0.0176214;REFB=-0.00816566;REVB=0.0154375;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=6.57498e-06;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:85:88:86:87:1:36:50:0:1:3:0:35:50:0:0 chrX 135480126 . T C 1086.51 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00631888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.9924;QD=57.1849;RBI=0.0258927;REFB=-0.0487917;REVB=-0.0251099;RO=1;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955829;STB=0.509997;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000918491;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:49:25:0:1:49:25:0:2 chrX 135496398 . G A 2368.75 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.243;QD=61.129;RBI=0.0650184;REFB=0;REVB=-0.0529682;RO=0;SAF=88;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108772;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:67:88:0:0:67:88:0:0 chrX 135593337 . G C 1242.63 PASS AF=0.492248;AO=127;DP=258;FAO=127;FDP=258;FR=.;FRO=131;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.0610986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2696;QD=19.2655;RBI=0.0767618;REFB=0.0121272;REVB=0.0464686;RO=129;SAF=59;SAR=68;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290399;STB=0.512216;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0139018;OID=.;OPOS=135593337;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:129:131:127:127:0.492248:68:59:64:65:68:59:64:67 chrX 135790901 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0198298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.566;QD=15.4715;RBI=0.027604;REFB=-0.00944151;REVB=-0.0192031;RO=48;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19713;STB=0.617819;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.020768;OID=.;OPOS=135790901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:24:12:25:23:24:12:26:23 chrX 135956342 . C G 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000694971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.143;QD=1.97731;RBI=0.013291;REFB=-0.00916771;REVB=-0.0132728;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259821;STB=0.519943;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0538973;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:3:4:35:24:3:4:35:24 chrX 135956370 . G A 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0380694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9272;QD=1.6138;RBI=0.0476741;REFB=0.00109315;REVB=0.0286974;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624758;STB=0.54866;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0156549;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:4:4:41:33:4:4:41:33 chrX 135961586 . TGTTT TG,TGTT,TTTT,TTTTT 310.25 PASS AF=0.196429,0.375,0.410714,0;AO=6,8,10,6;DP=48;FAO=11,21,23,0;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=1,14,22,0;FSAR=10,7,1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0922749,0.261346,0.017811,0.0169256;FXX=0.0344768;HRUN=13,13,1,1;LEN=3,1,1,1;MLLD=10.0373,3.38311,227.695,226.859;QD=22.1608;RBI=0.283444,0.854303,0.0831251,0.118821;REFB=-0.223592,-0.488845,-0.0142748,-0.0122801;REVB=-0.268003,-0.813346,0.0811945,0.11761;RO=6;SAF=0,6,10,6;SAR=6,2,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.826071,-0.294909,0,0;STB=0.666293,0.517225,0.511101,0.5;STBP=0.073,0.597,0.638,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.152352,-0.362194,-0.00922571,0.00341525;OID=.,.,.,.;OPOS=135961588,135961588,135961587,135961587;OREF=TTT,T,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TG,TGTT,TTTT,TTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.196429,0.375,0.410714,0:6,8,10,6:48:11,21,23,0:56:1:1,14,22,0:10,7,1,0:1:0:60:6:0,6,10,6:6,2,0,0:6:0 chrX 136113464 . C A 3543.45 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299271;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.903;QD=62.9947;RBI=0.0307746;REFB=0;REVB=0.00717246;RO=0;SAF=106;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38078e-05;OID=.;OPOS=136113464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:225:0:0:224:225:1:118:106:0:0:119:106:0:0 chrX 138067202 . A G 695.13 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0210365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.027;QD=21.5543;RBI=0.0213596;REFB=0.00976408;REVB=0.00370106;RO=61;SAF=42;SAR=26;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350717;STB=0.519235;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00879301;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:26:42:40:21:26:42:40:21 chrX 138701766 . T C 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0179486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.06;QD=12.6151;RBI=0.0281164;REFB=-0.00435383;REVB=-0.0216421;RO=64;SAF=25;SAR=14;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900193;STB=0.551444;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00752123;OID=.;OPOS=138701766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:14:25:36:28:14:25:36:28 chrX 138729056 . C T 250.14 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0549674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.376;QD=10.0057;RBI=0.05513;REFB=-0.000382378;REVB=-0.00423208;RO=67;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132085;STB=0.575787;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00136381;OID=.;OPOS=138729056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:69:31:31:0.31:15:16:27:40:15:16:28:41 chrX 138774209 . C T 4499.78 PASS AF=1;AO=283;DP=286;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540708;FXX=0.0103445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.467;QD=62.7147;RBI=0.0171946;REFB=-0.0314003;REVB=0.0163223;RO=2;SAF=138;SAR=145;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000165602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50094e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:286:287:2:0:283:287:1:145:138:1:1:145:142:0:0 chrX 138811003 . G A 1734.72 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293544;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7597;QD=60.8674;RBI=0.0436963;REFB=0;REVB=0.032368;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44088e-05;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:49:64:0:0:50:64:0:0 chrX 138867407 . A G 573.81 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0323463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0599;QD=26.3823;RBI=0.0478923;REFB=-0.00957176;REVB=0.0353184;RO=35;SAF=31;SAR=20;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10854;STB=0.555535;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00439095;OID=.;OPOS=138867407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:51:52:0.597701:20:31:26:9:20:32:26:9 chrX 138897130 . A C 2082.16 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931584;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4004;QD=62.6214;RBI=0.0931988;REFB=0;REVB=-0.00274221;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139818;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:133:0:0:120:133:1:69:51:0:0:69:64:0:0 chrX 138967742 . T G 601.66 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.000734903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.93;QD=15.5267;RBI=0.016506;REFB=-0.00747198;REVB=-0.0164897;RO=86;SAF=36;SAR=31;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130735;STB=0.578733;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00800005;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:88:67:67:0.432258:31:36:35:51:31:36:35:53 chrX 139038443 . G A 1549.54 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.049;QD=63.8984;RBI=0.0496328;REFB=0;REVB=0.047399;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103236;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:56:41:0:0 chrX 139099828 . T A 1887.09 PASS AF=0.916667;AO=122;DP=142;FAO=132;FDP=144;FR=.;FRO=12;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00207198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1465;QD=52.4191;RBI=0.00522852;REFB=-0.000300608;REVB=-0.00480045;RO=12;SAF=58;SAR=64;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606298;STB=0.529648;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=5.20693e-05;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:142:144:12:12:122:132:0.916667:64:58:10:2:69:63:10:2 chrX 139858438 . TCGG T 423.39 PASS AF=0.456311;AO=43;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0244473;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.656;QD=16.4425;RBI=0.0245137;REFB=-0.0155754;REVB=0.00180381;RO=54;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108274;STB=0.551579;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.0158656;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456311:43:103:47:103:56:16:31:24:32:99:54:14:29:23:31 chrX 140008385 . G T 5360.1 PASS AF=0.983099;AO=346;DP=354;FAO=349;FDP=355;FR=.;FRO=6;FSAF=163;FSAR=186;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0382289;FXX=0.00280891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.495;QD=60.3955;RBI=0.0389113;REFB=0.0200226;REVB=-0.00725531;RO=6;SAF=161;SAR=185;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00113289;STB=0.500559;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000337585;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:354:355:6:6:346:349:0.983099:185:161:3:3:186:163:3:3 chrX 140270418 . T C 525.31 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215693;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.498;QD=60.0351;RBI=0.0455474;REFB=0;REVB=0.0401164;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24489e-05;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chrX 140271268 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1391;QD=46.8418;RBI=0.099199;REFB=0;REVB=0.0676336;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194098;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chrX 140714231 . A G 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0287456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=23.4113;RBI=0.0307786;REFB=-0.00747288;REVB=0.0110006;RO=25;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929061;STB=0.50511;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0062298;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:22:13:9:16:22:13:9:16 chrX 140714251 . A G 299.28 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0177633;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2597;QD=23.0217;RBI=0.0186778;REFB=-0.00847723;REVB=-0.00577278;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069058;STB=0.530243;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0167403;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:22:30:30:0.576923:17:13:8:15:17:13:8:14 chrX 140983064 . G A 5812.82 PASS AF=1;AO=368;DP=376;FAO=374;FDP=374;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943089;FXX=0.0131923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4536;QD=62.1692;RBI=0.111952;REFB=-0.0804266;REVB=0.0603252;RO=4;SAF=181;SAR=187;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213219;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:376:374:4:0:368:374:1:187:181:4:0:189:185:0:0 chrX 140983127 . G A 8445.92 PASS AF=1;AO=527;DP=533;FAO=538;FDP=538;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=289;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01292;FXX=0.00185525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.373;QD=62.795;RBI=0.0149964;REFB=-0.080216;REVB=0.00761346;RO=3;SAF=240;SAR=287;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98776e-05;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:533:538:3:0:527:538:1:287:240:3:0:289:249:0:0 chrX 140993642 . C T 1051.84 PASS AF=0.456432;AO=107;DP=236;FAO=110;FDP=241;FR=.;FRO=131;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=76;FSRR=55;FWDB=-0.00999442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.257;QD=17.4579;RBI=0.0163521;REFB=-0.0205344;REVB=-0.0129423;RO=126;SAF=55;SAR=52;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797145;STB=0.524008;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0244867;OID=.;OPOS=140993642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:241:126:131:107:110:0.456432:52:55:75:51:51:59:76:55 chrX 140993780 . C T 33.51 PASS AF=0.0679612;AO=5;DP=108;FAO=7;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=69;FWDB=-0.00524708;FXX=0.046292;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9341;QD=1.30119;RBI=0.0773739;REFB=-0.00458998;REVB=-0.0771958;RO=63;SAF=5;SAR=0;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609135;STB=0.858848;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0546394;OID=.;OPOS=140993780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:108:103:63:93:5:7:0.0679612:0:5:23:40:2:5:24:69 chrX 140993852 . C G 36.22 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0256261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8141;QD=2.58698;RBI=0.0369657;REFB=-0.00728805;REVB=-0.0266415;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35281;STB=0.755407;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0720166;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:29:20:5:2:29:20 chrX 140993859 . T A 30.81 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0066574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.537;QD=1.86722;RBI=0.0166858;REFB=-0.00191331;REVB=0.0153001;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39257;STB=0.782408;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0552504;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:66:66:58:59:7:7:0.106061:5:2:37:21:5:2:37:22 chrX 140993905 . C T 109.66 PASS AF=0.14966;AO=21;DP=149;FAO=22;FDP=147;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=48;FWDB=-0.0314296;FXX=0.0199987;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.949;QD=2.98385;RBI=0.0498673;REFB=-0.0123863;REVB=-0.0387159;RO=122;SAF=13;SAR=8;SRF=75;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574642;STB=0.522224;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0580895;OID=.;OPOS=140993905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:122:125:21:22:0.14966:8:13:75:47:9:13:77:48 chrX 140993906 . C G 57.11 PASS AF=0.100671;AO=15;DP=150;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=53;FWDB=-0.0189597;FXX=0.0132442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.103;QD=1.53308;RBI=0.0468815;REFB=-0.0150448;REVB=-0.0428767;RO=127;SAF=8;SAR=7;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701207;STB=0.564739;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.131565;OID=.;OPOS=140993906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:150:149:127:134:15:15:0.100671:7:8:75:52:7:8:81:53 chrX 140993912 . C T 419.58 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=147;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0699675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6708;QD=11.2638;RBI=0.110619;REFB=-0.076823;REVB=-0.0856804;RO=92;SAF=26;SAR=28;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925783;STB=0.56192;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.137406;OID=.;OPOS=140993912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:92:95:54:54:0.362416:28:26:52:40:28:26:55:40 chrX 140993989 . T C 159.25 PASS AF=0.323944;AO=29;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0786731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.0032;QD=8.97192;RBI=0.195478;REFB=-0.0885978;REVB=-0.178948;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07784;STB=0.576209;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.151109;OID=.;OPOS=140993989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:48:29:23:0.323944:19:10:9:24:15:8:12:36 chrX 140994171 . C G 156.24 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0334293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.52;QD=12.2541;RBI=0.0352362;REFB=-0.0288908;REVB=-0.0111387;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796189;STB=0.555497;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0336418;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:10:9:17:14:10:9:18:14 chrX 140994540 . T C 79.13 PASS AF=0.255814;AO=12;DP=41;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.194068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.919;QD=7.36126;RBI=0.19839;REFB=-0.0302426;REVB=-0.0411857;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342653;STB=0.580636;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0694942;OID=.;OPOS=140994540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:43:29:32:12:11:0.255814:7:5:12:17:7:4:15:17 chrX 140994548 . A C 81.82 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0470979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=8.3915;RBI=0.0471504;REFB=-0.0205613;REVB=0.00222465;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973186;STB=0.574741;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0677988;OID=.;OPOS=140994548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:27:28:11:11:0.282051:7:4:12:15:7:4:13:15 chrX 140994556 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0210838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.651;QD=7.96553;RBI=0.033913;REFB=-0.0145852;REVB=0.0265625;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199615;STB=0.62474;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0245694;OID=.;OPOS=140994556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:12:14:7:3:12:14 chrX 140994575 . C T 63.3 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0946915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5654;QD=9.04289;RBI=0.0954437;REFB=-0.00818174;REVB=-0.0119586;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.599771;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0231878;OID=.;OPOS=140994575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:9:10:6:3:9:10 chrX 140994577 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0147583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.039;QD=8.73856;RBI=0.0162086;REFB=-0.0147102;REVB=-0.00670173;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0300271;OID=.;OPOS=140994577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chrX 140994591 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0418285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8708;QD=13.6309;RBI=0.0438038;REFB=0.00550015;REVB=-0.0130056;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531713;STB=0.810118;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0106516;OID=.;OPOS=140994591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:8:1:6:2:8:1 chrX 140996364 . G A 533.05 PASS AF=0.417266;AO=56;DP=138;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0377187;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4591;QD=15.3396;RBI=0.0618506;REFB=-0.0285835;REVB=0.0490183;RO=81;SAF=34;SAR=22;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111984;STB=0.50845;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0253043;OID=.;OPOS=140996364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:81:81:56:58:0.417266:22:34:50:31:23:35:50:31 chrX 141290865 . C T 1989.6 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8929;QD=62.175;RBI=0.0257432;REFB=0;REVB=-0.0234333;RO=0;SAF=78;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62832e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:50:78:0:0:50:78:0:0 chrX 141498956 . GTTTTTTC GTTTTTC,GTTTTTCT 122.88 PASS AF=0.465116,0.0465116;AO=13,2;DP=44;FAO=20,2;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=13,2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0176439,0.0260099;FXX=0.0227221;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=13.4676,17.1089;QD=11.431;RBI=0.132891,0.0586039;REFB=-0.0291187,-0.00245984;REVB=0.131714,0.0525157;RO=22;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.348485,0;SSSB=-0.0272451,-0.46253;STB=0.543037,0.993969;STBP=0.632,0.19;TYPE=del,mnp;VARB=0.0433447,-0.0419981;OID=.,.;OPOS=141498957,141498962;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTC,GTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116,0.0465116:13,2:44:20,2:43:21:7,0:13,2:9:12:99:22:5,0:8,2:9:13 chrX 142285253 . C T 538.17 PASS AF=0.403846;AO=61;DP=156;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.000330415;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.845;QD=13.7992;RBI=0.00678125;REFB=-0.0122666;REVB=0.0067732;RO=95;SAF=31;SAR=30;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819002;STB=0.504884;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0173139;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:95:93:61:63:0.403846:30:31:49:46:31:32:48:45 chrX 142716114 . G A 2162.56 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00315871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.707;QD=62.2319;RBI=0.0034092;REFB=0.0262518;REVB=-0.00128267;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-1.70019e-05;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:74:64:0:0:74:64:0:1 chrX 142716660 . G A 357.99 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0181193;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.417;QD=16.8466;RBI=0.0310934;REFB=-0.011166;REVB=-0.0252684;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057314;STB=0.532161;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0108619;OID=.;OPOS=142716660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:38:38:0.447059:18:20:22:25:18:20:22:25 chrX 142795225 . G A 235.89 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0167326;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.325;QD=24.8305;RBI=0.0197499;REFB=-0.0624258;REVB=-0.0104919;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195183;STB=0.609034;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0523176;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:9:7:15:7:9:7 chrX 142795438 . G T 517.84 PASS AF=0.46281;AO=52;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00807052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.571;QD=17.1185;RBI=0.0089938;REFB=-0.0282656;REVB=0.00396928;RO=65;SAF=26;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229379;STB=0.531589;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0356593;OID=.;OPOS=142795438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:65:65:52:56:0.46281:26:26:34:31:30:26:34:31 chrX 142967468 . T G 906.49 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.516;QD=56.6555;RBI=0.0109111;REFB=-0.173963;REVB=0.00142896;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00103447;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:62:63:0.984375:24:38:0:0:24:39:1:0 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT,CTTTTAT 320.35 PASS AF=0.208333,0.791667,0;AO=4,12,3;DP=26;FAO=5,19,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11,0;FSAR=2,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188168,0.0202637,0.0179822;FXX=0.039984;HRUN=4,4,1;LEN=6,5,4;MLLD=228.28,234.137,218.647;QD=53.3921;RBI=0.0276477,0.0337675,0.0290582;REFB=0,0,0;REVB=0.0202564,0.0270116,0.0228258;RO=0;SAF=4,6,2;SAR=0,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0105595,-0.0018475,0;OID=.,.,.;OPOS=142968012,142968008,142968008;OREF=TTTTAT,TTTAT,TTTA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT,CTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.208333,0.791667,0:4,12,3:26:5,19,0:24:0:3,11,0:2,8,0:0:0:19:0:4,6,2:0,6,1:0:0 chrX 142968082 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.829;QD=56.9569;RBI=0.0113145;REFB=0;REVB=0.0102558;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32812e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chrX 144904252 . G A 235.99 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00357336;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.536;QD=19.2646;RBI=0.0043067;REFB=-0.00727461;REVB=-0.00240391;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317992;STB=0.67929;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0137326;OID=.;OPOS=144904252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:18:8:15:8:18:8 chrX 144904882 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.925;QD=59.0187;RBI=0.00760709;REFB=0;REVB=-0.00660996;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03893e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chrX 144910530 . T C 395.61 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00048613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.505;QD=14.0038;RBI=0.04094;REFB=0.000478031;REVB=0.0409371;RO=65;SAF=28;SAR=18;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585665;STB=0.520773;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000649628;OID=.;OPOS=144910530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:67:46:46:0.40708:18:28:43:22:18:28:43:24 chrX 144910936 . C T 938.81 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.285;QD=57.7727;RBI=0.0291327;REFB=0;REVB=0.00743933;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9586e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:37:28:0:0 chrX 145076302 . T G 2781.82 PASS AF=0.466882;AO=284;DP=617;FAO=289;FDP=619;FR=.;FRO=330;FSAF=144;FSAR=145;FSRF=148;FSRR=182;FWDB=0.0115134;FXX=0.00322056;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.57;QD=17.9762;RBI=0.0156776;REFB=-0.00220915;REVB=0.0106409;RO=328;SAF=143;SAR=141;SRF=149;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479524;STB=0.526545;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00255303;OID=.;OPOS=145076302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:617:619:328:330:284:289:0.466882:141:143:149:179:145:144:148:182 chrX 147014960 . C T 4411.45 PASS AF=0.969492;AO=286;DP=295;FAO=286;FDP=295;FR=.;FRO=9;FSAF=103;FSAR=183;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0172276;FXX=0.00337826;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5062;QD=59.8162;RBI=0.0247797;REFB=-0.0420915;REVB=-0.0178114;RO=9;SAF=103;SAR=183;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872024;STB=0.504576;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000961559;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:295:295:9:9:286:286:0.969492:183:103:2:7:183:103:2:7 chrX 147088249 . C T 596.0 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00144443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.057;QD=16.2177;RBI=0.0083222;REFB=-0.00212495;REVB=-0.00819589;RO=84;SAF=28;SAR=35;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932776;STB=0.552177;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00270908;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:35:28:45:39:35:28:45:39 chrX 147903704 . C T 3129.37 PASS AF=0.994975;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0651;QD=62.9019;RBI=0.0284675;REFB=-0.065923;REVB=-0.0150209;RO=1;SAF=111;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427156;STB=0.50289;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000137278;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:199:199:1:1:197:198:0.994975:86:111:1:0:86:112:0:1 chrX 147903927 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.043;QD=57.1051;RBI=0.0266624;REFB=0;REVB=-0.00222238;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5928e-05;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chrX 148628490 . A T 266.51 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.156;QD=50.7647;RBI=0.0708433;REFB=0;REVB=0.061728;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637019;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:6:15:0:0 chrX 149013727 . A G 906.11 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.827;QD=56.6317;RBI=0.0206881;REFB=-0.115983;REVB=0.0131125;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00129918;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:1:0:27:36:1:0 chrX 149931106 . C T 1549.16 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0284839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.301;QD=54.3566;RBI=0.0341365;REFB=-0.0513029;REVB=0.018814;RO=6;SAF=57;SAR=51;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139059;STB=0.507337;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00388266;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:114:114:6:6:108:108:0.947368:51:57:4:2:51:57:4:2 chrX 149933341 . T C 1959.48 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.719;QD=60.2917;RBI=0.0432067;REFB=-0.0523479;REVB=0.0312826;RO=1;SAF=63;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748343;STB=0.50012;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000423619;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:1:2:128:128:0.984615:65:63:1:0:65:63:1:1 chrX 150349649 . A G 284.26 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.01812;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9875;QD=14.7665;RBI=0.032447;REFB=-0.0338757;REVB=-0.0269161;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749708;STB=0.511791;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0347273;OID=.;OPOS=150349649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:42:45:32:32:0.415584:15:17:22:20:15:17:23:22 chrX 150565330 . G C 693.33 PASS AF=0.393204;AO=81;DP=207;FAO=81;FDP=206;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=77;FWDB=-0.0133422;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6154;QD=13.4626;RBI=0.0133614;REFB=-0.00108871;REVB=-0.000714655;RO=124;SAF=38;SAR=43;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804085;STB=0.552179;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00289549;OID=.;OPOS=150565330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:124:125:81:81:0.393204:43:38:49:75:43:38:48:77 chrX 150573543 . CT C 53.75 PASS AF=0.235955;AO=42;DP=176;FAO=42;FDP=178;FR=.;FRO=136;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=-0.161896;FXX=0.00558628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3665;QD=1.20781;RBI=0.17043;REFB=-0.0490721;REVB=0.0532533;RO=112;SAF=33;SAR=9;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489664;STB=0.873513;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0647218;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235955:42:176:42:178:136:37:5:55:81:53:112:33:9:43:69 chrX 150840185 . T C 633.97 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00343401;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.232;QD=22.2447;RBI=0.00357598;REFB=-0.0127311;REVB=-0.000997593;RO=50;SAF=21;SAR=42;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237692;STB=0.61817;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0104971;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:50:51:63:63:0.552632:42:21:31:19:41:22:31:20 chrX 150869267 . A G 2085.69 PASS AF=0.985401;AO=133;DP=138;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231448;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.454;QD=60.8959;RBI=0.0240389;REFB=-0.0875687;REVB=0.00649514;RO=2;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163832;STB=0.508332;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-9.54491e-05;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:137:2:2:133:135:0.985401:57:76:0:2:59:76:0:2 chrX 150909307 . G T 312.53 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.0387973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4231;QD=14.5362;RBI=0.0561025;REFB=-0.00362198;REVB=-0.0405248;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208573;STB=0.62099;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00489799;OID=.;OPOS=150909307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:51:35:35:0.406977:20:15:12:38:20:15:12:39 chrX 151092220 . A G 459.44 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.0115733;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1914;QD=14.0288;RBI=0.057897;REFB=-0.00311565;REVB=-0.0567285;RO=77;SAF=31;SAR=21;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119052;STB=0.555881;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00452149;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:77:79:52:52:0.396947:21:31:54:23:21:31:54:25 chrX 151092653 . G A 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00498423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8574;QD=17.0692;RBI=0.0233607;REFB=-0.0112893;REVB=-0.0228227;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196262;STB=0.622275;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0101943;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:35:31:31:0.469697:14:17:11:22:14:17:11:24 chrX 151125971 . A G 897.58 PASS AF=0.466667;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00117144;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.184;QD=18.4118;RBI=0.047245;REFB=-0.00284663;REVB=0.0472305;RO=104;SAF=46;SAR=45;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145666;STB=0.513182;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00308884;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:104:104:91:91:0.466667:45:46:51:53:45:46:50:54 chrX 151129822 . G A 662.77 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.023358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.567;QD=18.802;RBI=0.0238807;REFB=-0.00855655;REVB=-0.00496877;RO=74;SAF=22;SAR=45;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525614;STB=0.529154;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00932266;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:45:22:28:46:45:22:28:46 chrX 151138179 . A C 736.45 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0171654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2464;QD=18.4113;RBI=0.0362094;REFB=-0.0103071;REVB=0.0318821;RO=83;SAF=37;SAR=40;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916467;STB=0.550594;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0249532;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:77:77:0.48125:40:37:48:35:40:37:48:35 chrX 151303393 . C T 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.787;QD=63.8655;RBI=0.0188551;REFB=0;REVB=-0.0168547;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52074e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chrX 151303596 . C T 336.54 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.839;QD=53.8466;RBI=0.0169591;REFB=0;REVB=-0.000813059;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82661e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chrX 151821277 . T A 1252.86 PASS AF=0.329854;AO=153;DP=471;FAO=158;FDP=479;FR=.;FRO=321;FSAF=54;FSAR=104;FSRF=181;FSRR=140;FWDB=-0.00126973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.46;QD=10.4623;RBI=0.0141928;REFB=-0.00821237;REVB=-0.0141359;RO=245;SAF=51;SAR=102;SRF=130;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222326;STB=0.649704;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151506;OID=.;OPOS=151821277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:479:245:321:153:158:0.329854:102:51:130:115:104:54:181:140 chrX 151870629 . A T 79.64 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00189097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.555;QD=7.23986;RBI=0.0197134;REFB=-0.00515303;REVB=-0.0196225;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144284;STB=0.590003;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00934329;OID=.;OPOS=151870629;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:5:6:14:19:5:6:14:19 chrX 151899913 . T C 717.61 PASS AF=0.522388;AO=67;DP=132;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00814759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.281;QD=21.4212;RBI=0.0150886;REFB=-0.0025818;REVB=-0.0126998;RO=64;SAF=36;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470546;STB=0.521121;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00164965;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:64:64:67:70:0.522388:31:36:31:33:33:37:31:33 chrX 151904488 . C A 584.53 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=-0.00959253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.819;QD=16.2369;RBI=0.0155925;REFB=-0.00776983;REVB=-0.0122927;RO=82;SAF=39;SAR=23;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325172;STB=0.518163;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0105558;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:23:39:54:28:23:39:54:28 chrX 151909156 . A G 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0221684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.606;QD=22.7947;RBI=0.0261974;REFB=-0.0370304;REVB=-0.0139595;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108004;STB=0.559953;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0326747;OID=.;OPOS=151909156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:17:4:7:17:17:4 chrX 152018832 . T G 815.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.54;QD=57.2556;RBI=0.0369692;REFB=0;REVB=0.0363167;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50746e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:20:33:0:0:22:35:0:0 chrX 152226542 . T C 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0567;QD=55.6067;RBI=0.0592716;REFB=-0.0655999;REVB=0.0179035;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000886957;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:21:37:0:0:21:37:0:1 chrX 152227929 . C T 4705.37 PASS AF=0.99;AO=296;DP=300;FAO=297;FDP=300;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=172;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00876568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.063;QD=62.7383;RBI=0.0121587;REFB=-0.0498546;REVB=0.00842592;RO=0;SAF=124;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500898;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000206013;OID=.;OPOS=152227929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:300:300:0:3:296:297:0.99:172:124:0:0:172:125:1:2 chrX 152228447 . G A 562.64 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564894;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.654;QD=60.8264;RBI=0.0567803;REFB=0;REVB=-0.00574018;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026747;OID=.;OPOS=152228447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:21:16:0:0 chrX 152228523 . T C 144.08 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1772;QD=44.3321;RBI=0.161687;REFB=0;REVB=0.161075;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102564;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:8:2:0:0:10:3:0:0 chrX 152228548 . G A 230.58 PASS AF=0.95;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.6694;QD=46.1153;RBI=0.128044;REFB=-0.0750059;REVB=0.126757;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180626;STB=0.599879;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00422969;OID=.;OPOS=152228548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:16:19:0.95:14:2:1:0:17:2:1:0 chrX 152482796 . C T 1422.05 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229505;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8393;QD=63.2023;RBI=0.0275448;REFB=0;REVB=0.0152312;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175234;OID=.;OPOS=152482796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:90:90:1:43:47:0:0:43:47:0:0 chrX 152482917 . T C 787.03 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433289;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.517;QD=64.2475;RBI=0.0450539;REFB=0;REVB=0.0123473;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370358;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chrX 152483030 . G A 1246.69 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.79876e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.287;QD=61.5649;RBI=0.0419283;REFB=0;REVB=0.0419283;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27465e-05;OID=.;OPOS=152483030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:38:43:0:0 chrX 152686464 . GCCCCGA GCCCCGAC,GCCCGA,GCCCGAC 40.18 PASS AF=0,0.190476,0.238095;AO=4,3,3;DP=21;FAO=0,4,5;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3,0;FSAR=0,1,5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.075932,0.292545,0.207882;FXX=0;HRUN=0,4,4;LEN=1,1,3;MLLD=53.0725,12.9019,55.4631;QD=7.65315;RBI=0.0766344,0.297934,0.208087;REFB=-0.00142252,0.0121514,-0.00694237;REVB=-0.0103522,0.0564071,-0.00923055;RO=9;SAF=0,2,0;SAR=4,1,3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.247978,0;SSSB=-0.663921,0.341307,-0.612869;STB=0.5,0.831944,0.996702;STBP=1,0.22,0.127;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0604793,0.0768739,0.212065;OID=.,.,.;OPOS=152686471,152686465,152686468;OREF=-,C,CGA;OALT=C,-,GAC;OMAPALT=GCCCCGAC,GCCCGA,GCCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.190476,0.238095:4,3,3:21:0,4,5:21:12:0,3,0:0,1,5:3:9:18:9:0,2,0:4,1,3:3:6 chrX 152727535 . TAAAAAAAAG TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA 35.45 PASS AF=0.588235,0;AO=7,2;DP=17;FAO=10,0;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.153983,0.191875;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.59947,13.9169;QD=8.34044;RBI=0.156645,0.241006;REFB=-0.0478587,-0.0362616;REVB=-0.0287564,-0.145836;RO=8;SAF=3,0;SAR=4,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.172968,-0.634114;STB=0.571284,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0661543,0;OID=.,.;OPOS=152727536,152727543;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0:7,2:17:10,0:17:7:4,0:6,0:4:3:29:8:3,0:4,2:5:3 chrX 152747937 . G A 861.35 PASS AF=0.555556;AO=79;DP=147;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=10;FWDB=0.00267877;FXX=0.0204068;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.403;QD=23.9265;RBI=0.00330637;REFB=-0.0470753;REVB=0.00193811;RO=64;SAF=45;SAR=34;SRF=53;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225025;STB=0.631118;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.021553;OID=.;OPOS=152747937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:144:64:64:79:80:0.555556:34:45:53:11:35:45:54:10 chrX 152771509 . C T 863.3 PASS AF=0.5;AO=86;DP=174;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0165266;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.413;QD=19.6204;RBI=0.02219;REFB=-0.0434454;REVB=-0.0148077;RO=82;SAF=44;SAR=42;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644794;STB=0.550993;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0323359;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:82:88:86:88:0.5:42:44:36:46:42:46:37:51 chrX 152771533 . C T 790.99 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.0346581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.165;QD=18.5026;RBI=0.0347192;REFB=-0.0151222;REVB=0.00205979;RO=89;SAF=32;SAR=50;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089856;STB=0.54968;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0162219;OID=.;OPOS=152771533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:50:32:43:46:50:32:43:46 chrX 152815089 . A G 803.09 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.791;QD=57.3635;RBI=0.104126;REFB=0;REVB=0.0147754;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227819;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:33:13:0:0:33:23:0:0 chrX 152823728 . G C 1864.07 PASS AF=0.976378;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0408782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.635;QD=58.7108;RBI=0.0598561;REFB=-0.0545028;REVB=0.0437232;RO=3;SAF=71;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00414528;STB=0.502087;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00127021;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:127:3:3:123:124:0.976378:52:71:2:1:52:72:2:1 chrX 152846545 . T G 270.34 PASS AF=0.65625;AO=9;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0143764;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=191.692;QD=33.7928;RBI=0.13192;REFB=0.00725661;REVB=-0.131134;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.632052;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0115459;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:1:6:9:21:0.65625:3:6:1:0:15:6:5:1 chrX 153010066 . C T 382.9 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0127886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.936;QD=17.4046;RBI=0.019305;REFB=-0.00145903;REVB=0.0144615;RO=47;SAF=16;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188601;STB=0.610805;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00320094;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:24:16:28:19:24:16:29:19 chrX 153010083 . G A 364.54 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0109321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2441;QD=18.4575;RBI=0.0217354;REFB=-0.00142012;REVB=0.0187861;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174636;STB=0.5973;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00147028;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:25:16:22:16:25:16 chrX 153010092 . G A 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00480415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.525;QD=1.76267;RBI=0.00945076;REFB=-0.00907572;REVB=-0.00813862;RO=68;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445302;STB=0.849756;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0457433;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:68:70:8:8:0.102564:1:7:35:33:1:7:36:34 chrX 153039502 . G C 581.69 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0605103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.96;QD=58.1685;RBI=0.0609499;REFB=-0.174216;REVB=0.00730741;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00140335;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:0:1:21:18:0:1 chrX 153041544 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.279;QD=60.7158;RBI=0.0378177;REFB=0;REVB=0.0340108;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011787;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chrX 153042419 . G A 1780.33 PASS AF=0.504348;AO=173;DP=345;FAO=174;FDP=345;FR=.;FRO=171;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=82;FSRR=89;FWDB=-0.0131253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2692;QD=20.6415;RBI=0.0228031;REFB=-0.0134767;REVB=0.0186469;RO=166;SAF=92;SAR=81;SRF=78;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554427;STB=0.524397;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0172233;OID=.;OPOS=153042419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:166:171:173:174:0.504348:81:92:78:88:82:92:82:89 chrX 153045812 . C T 619.76 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00311934;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.288;QD=15.3978;RBI=0.0103796;REFB=-0.0370794;REVB=-0.00989983;RO=92;SAF=36;SAR=33;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444382;STB=0.524831;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0375765;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:92:92:69:69:0.428571:33:36:44:48:33:36:44:48 chrX 153048656 . CA C,CC 438.41 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=8,21;DP=29;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.419,291.669;QD=56.5689;RBI=0.0261109,0.0248404;REFB=0,0;REVB=0.0261109,0.0248404;RO=0;SAF=0,0;SAR=8,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00474099,0.00647793;OID=.,.;OPOS=153048657,153048657;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484:8,21:29:2,29:31:0:0,0:2,29:0:0:10:0:0,0:8,21:0:0 chrX 153049535 . A G 304.9 PASS AF=0.421687;AO=27;DP=72;FAO=35;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0750368;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.133;QD=14.6938;RBI=0.0752208;REFB=-0.0211353;REVB=-0.00525815;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119175;STB=0.53685;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0320218;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:83:31:48:27:35:0.421687:15:12:10:21:16:19:23:25 chrX 153050984 . G A 944.47 PASS AF=0.508021;AO=92;DP=190;FAO=95;FDP=187;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.00790802;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.292;QD=20.2025;RBI=0.0151424;REFB=-0.0172865;REVB=0.0129134;RO=90;SAF=39;SAR=53;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532751;STB=0.526588;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0134716;OID=.;OPOS=153050984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:90:92:92:95:0.508021:53:39:33:57:56:39:33:59 chrX 153051907 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00746573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.371;QD=12.7983;RBI=0.011137;REFB=-0.00422569;REVB=-0.00826412;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130007;STB=0.507457;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00682107;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:20:21:13:13:20:21 chrX 153073319 . G A 1635.91 PASS AF=0.532646;AO=155;DP=288;FAO=155;FDP=291;FR=.;FRO=136;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=-0.0350694;FXX=0.00342454;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.678;QD=22.4868;RBI=0.0350714;REFB=-0.0258668;REVB=0.000371548;RO=133;SAF=74;SAR=81;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159712;STB=0.510563;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0234564;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:291:133:136:155:155:0.532646:81:74:66:67:81:74:68:68 chrX 153149708 . G GC,GCT 1482.91 PASS AF=1,0;AO=84,12;DP=113;FAO=101,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170203,-0.0117164;FXX=0.0194156;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=216.297,193.288;QD=58.7291;RBI=0.0196464,0.0200082;REFB=0,0;REVB=0.00981277,0.0162189;RO=15;SAF=41,2;SAR=43,10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00611181,-0.359952;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-4.00222e-05,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:84,12:113:101,0:101:0:44,0:57,0:0:0:8:15:41,2:43,10:7:8 chrX 153149715 . C G 1463.45 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00118559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.476;QD=60.9769;RBI=0.0352339;REFB=-0.0323742;REVB=-0.0352139;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938906;STB=0.500667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00119708;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:50:44:0:1:50:44:1:1 chrX 153171993 . A G 162.59 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00184671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.453;QD=19.7078;RBI=0.0325766;REFB=-0.0140839;REVB=-0.0325242;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129484;STB=0.57339;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0162859;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:7:9:7:10:7:9 chrX 153176254 . A G 488.29 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=143;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=65;FWDB=-0.0198608;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.655;QD=13.7547;RBI=0.0237294;REFB=-0.019197;REVB=0.0129858;RO=87;SAF=18;SAR=37;SRF=22;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953452;STB=0.553661;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0263204;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:87:87:55:55:0.387324:37:18:22:65:37:18:22:65 chrX 153178459 . G GC 1039.55 PASS AF=1;AO=81;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117588;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.2814;QD=42.4305;RBI=0.296477;REFB=-0.0402041;REVB=0.272161;RO=16;SAF=44;SAR=37;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00747452;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:100:98:98:0:48:50:0:0:16:16:44:37:4:12 chrX 153218365 . C A 711.34 PASS AF=0.622449;AO=60;DP=96;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.017136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9281;QD=29.0344;RBI=0.0419967;REFB=-0.0171548;REVB=0.0383416;RO=35;SAF=34;SAR=26;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631673;STB=0.53978;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0078712;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:35:37:60:61:0.622449:26:34:23:12:26:35:25:12 chrX 153219665 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0188773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2823;QD=21.0142;RBI=0.0210747;REFB=0.00297154;REVB=-0.00936952;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234285;STB=0.645397;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0037103;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:9:3:9:7:10:3 chrX 153221657 . T C 129.09 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0308499;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.644;QD=19.8595;RBI=0.0716178;REFB=-0.00375497;REVB=-0.0646328;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00715235;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:7:5:7:7:7:5 chrX 153222835 . G C 353.52 PASS AF=0.625;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0554768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.619;QD=29.4596;RBI=0.0648794;REFB=-0.0541791;REVB=0.0336402;RO=18;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047461;STB=0.530861;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0201822;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:18:29:30:0.625:11:18:10:8:11:19:10:8 chrX 153247720 . G GT 39.62 PASS AF=0.23913;AO=9;DP=70;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=0.0950653;FXX=0.313386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2148;QD=3.44508;RBI=0.0953459;REFB=-0.0729258;REVB=0.00730987;RO=61;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652811;STB=0.831101;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=0.107338;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:9:70:11:46:35:6:5:3:32:39:61:8:1:17:44 chrX 153247722 . C T 282.53 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0563561;FXX=0.119385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.115;QD=19.1544;RBI=0.0586006;REFB=-0.0335822;REVB=0.0160631;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289627;STB=0.650375;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0644794;OID=.;OPOS=153247722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:59:25:29:29:30:0.508475:18:11:2:23:19:11:3:26 chrX 153247745 . A G 294.91 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0117413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1419;QD=20.3384;RBI=0.0406265;REFB=-0.0382247;REVB=-0.0388929;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264513;STB=0.65459;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0157612;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:27:30:31:0.534483:17:13:3:21:18:13:3:24 chrX 153247954 . C T 373.98 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.0918978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.939;QD=14.8109;RBI=0.0919395;REFB=-0.0128183;REVB=-0.00276995;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326398;STB=0.682668;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0103056;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:25:17:43:16:25:17:43:16 chrX 153248248 . G A 2243.81 PASS AF=0.511628;AO=220;DP=430;FAO=220;FDP=430;FR=.;FRO=210;FSAF=132;FSAR=88;FSRF=116;FSRR=94;FWDB=-0.00230767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.91;QD=20.8726;RBI=0.00395985;REFB=-0.0212403;REVB=-0.00321792;RO=209;SAF=132;SAR=88;SRF=115;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457424;STB=0.52399;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0198448;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:430:209:210:220:220:0.511628:88:132:115:94:88:132:116:94 chrX 153278829 . G A 904.69 PASS AF=0.474178;AO=84;DP=198;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=92;FSRR=20;FWDB=0.0145506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.824;QD=16.9895;RBI=0.0778642;REFB=-0.0198556;REVB=0.0764926;RO=107;SAF=47;SAR=37;SRF=92;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324944;STB=0.679207;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0215706;OID=.;OPOS=153278829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:213:107:112:84:101:0.474178:37:47:92:15:53:48:92:20 chrX 153284192 . A G 720.74 PASS AF=0.433333;AO=77;DP=180;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00584538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.728;QD=16.0164;RBI=0.00779663;REFB=-0.00671392;REVB=-0.00515935;RO=101;SAF=40;SAR=37;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763079;STB=0.542846;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0106831;OID=.;OPOS=153284192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:101:102:77:78:0.433333:37:40:60:41:38:40:60:42 chrX 153284483 . G A 228.54 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0439152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9385;QD=13.8507;RBI=0.0900722;REFB=-0.0173378;REVB=0.0786413;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287021;STB=0.66421;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026082;OID=.;OPOS=153284483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:17:22:8:19:17:22 chrX 153292180 . T C 401.63 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0127051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.072;QD=19.5917;RBI=0.0138471;REFB=-0.0134551;REVB=0.0055067;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338734;STB=0.512189;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0148008;OID=.;OPOS=153292180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:41:40:41:0.5:19:21:20:21:20:21:20:21 chrX 153588236 . G A 639.35 PASS AF=0.427711;AO=71;DP=166;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00623882;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.51;QD=15.4059;RBI=0.0318851;REFB=-0.0296859;REVB=-0.0312688;RO=90;SAF=28;SAR=43;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151821;STB=0.594038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.034615;OID=.;OPOS=153588236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:90:95:71:71:0.427711:43:28:49:41:43:28:53:42 chrX 153629155 . A G 808.71 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0141854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.032;QD=53.9137;RBI=0.035491;REFB=0.0032392;REVB=-0.0325329;RO=2;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349001;STB=0.517851;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000584105;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:57:58:0.966667:26:31:0:2:27:31:0:2 chrX 153633359 . G C 1417.2 PASS AF=0.926606;AO=103;DP=111;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.02174;FXX=0.0180164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.8;QD=52.0074;RBI=0.027359;REFB=-0.143334;REVB=0.0166098;RO=8;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664236;STB=0.535081;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00130139;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:111:109:8:8:103:101:0.926606:53:50:0:8:53:48:0:8 chrX 153649044 . C G 690.52 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0126861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.121;QD=20.925;RBI=0.027454;REFB=-0.036799;REVB=0.0243472;RO=63;SAF=37;SAR=31;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382314;STB=0.52435;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0299568;OID=.;OPOS=153649044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:64:68:68:0.515152:31:37:37:26:31:37:38:26 chrX 153649813 . G C 3567.14 PASS AF=1;AO=196;DP=230;FAO=228;FDP=228;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224765;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.189;QD=62.5814;RBI=0.224765;REFB=0;REVB=0.000226956;RO=0;SAF=33;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454297;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:230:228:0:0:196:228:1:163:33:0:0:168:60:0:0 chrX 153657083 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.626;QD=52.6132;RBI=0.018295;REFB=0;REVB=0.00201779;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177531;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chrX 153880830 . A C 294.51 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.00944463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.005;QD=15.1029;RBI=0.0154441;REFB=-0.00993615;REVB=-0.0122196;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315086;STB=0.679904;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0224671;OID=.;OPOS=153880830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:16:17:9:35:16:17:9:36 chrX 153881525 . G C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0140851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9366;QD=16.0641;RBI=0.0812379;REFB=-0.0152461;REVB=-0.0800076;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225706;STB=0.620593;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0162171;OID=.;OPOS=153881525;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:18:8:16:14:18:8:16:15 chrX 153994596 . G T 2248.04 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.149;QD=62.4455;RBI=0.022219;REFB=-0.0324132;REVB=0.0147708;RO=0;SAF=64;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1673e-08;STB=0.503144;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=9.08632e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:79:64:0:0:79:64:0:1 chrX 154020114 . C A 337.53 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.0124651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.054;QD=15.0012;RBI=0.0150686;REFB=-0.0126478;REVB=-0.00846653;RO=53;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180973;STB=0.601502;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0193067;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:22:15:13:40:22:15:13:40 chrX 154158201 . T G 281.85 PASS AF=0.421053;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0526588;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.5944;QD=14.834;RBI=0.0527837;REFB=-0.0252871;REVB=0.00362976;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368432;STB=0.684603;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0350102;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:44:30:32:0.421053:19:11:22:5:20:12:31:13 chrX 154456747 . A G 1157.56 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.041;QD=59.3619;RBI=0.0256905;REFB=-0.00627738;REVB=0.0057731;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000130267;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:40:37:0:0:40:37:1:0 chrX 155004437 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0409;QD=60.6089;RBI=0.0238729;REFB=0;REVB=-0.00714098;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163893;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chrX 155004512 . C G 134.99 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.038564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0546;QD=19.9988;RBI=0.041821;REFB=-0.0312095;REVB=-0.0161807;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378293;STB=0.720916;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00926931;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:13:13:0.481481:2:11:6:6:2:11:6:6 chrX 155005254 . C T 1044.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9217;QD=59.6715;RBI=0.0168106;REFB=0;REVB=0.0155398;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165857;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chrX 155006050 . C T 246.4 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00412823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2726;QD=46.9336;RBI=0.0148002;REFB=0.0544029;REVB=0.0142128;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000938644;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:4:16:0:0:4:16:1:0 chrX 155006982 . A T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.331;QD=52.6124;RBI=0.0350882;REFB=0;REVB=0.0190177;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476288;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 155008583 . G A 436.27 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.664;QD=54.5333;RBI=0.0173654;REFB=0.038496;REVB=-0.00179771;RO=1;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0013004;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:9:22:1:0:9:22:1:0 chrX 155008671 . G A 1102.52 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.946;QD=58.8011;RBI=0.01936;REFB=-0.0187477;REVB=0.0135925;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=8.43934e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:1:0 chrX 155009102 . G A 937.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.564;QD=58.5655;RBI=0.0765802;REFB=0;REVB=0.00706011;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132214;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chrX 155009225 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.203;QD=53.2767;RBI=0.0186191;REFB=0;REVB=-0.00954396;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209342;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chrX 155009829 . C T 669.6 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00555744;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.05;QD=52.5175;RBI=0.013436;REFB=-0.0737812;REVB=-0.0122327;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303441;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000541636;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:19:30:2:0:19:30:2:0 chrX 155010062 . G A 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132039;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.764;QD=57.4206;RBI=0.0147183;REFB=0;REVB=0.00650256;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26215e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chrX 155010077 . G A 793.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.134;QD=63.4872;RBI=0.0296734;REFB=0;REVB=0.0153571;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587622;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:22:24:0:0:24:26:0:0 chrX 155010308 . G A 1133.48 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4583;QD=60.4521;RBI=0.0710197;REFB=0;REVB=-0.0701401;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000731931;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chrX 155011216 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.932;QD=44.6898;RBI=0.0211039;REFB=0;REVB=0.016029;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45699e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chrX 155011276 . C T 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000905099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.584;QD=36.3527;RBI=0.0244391;REFB=-0.0295751;REVB=0.0244224;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000665573;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chrX 155011472 . T A 651.19 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00370323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.272;QD=54.2655;RBI=0.0194309;REFB=-0.101496;REVB=0.0190747;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520824;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00127778;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:2:4:44:44:0.916667:22:22:1:1:22:22:1:3 chrX 155012060 . C G 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0175796;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.7;QD=7.81296;RBI=0.0182286;REFB=-0.00644204;REVB=-0.00482093;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163569;STB=0.598304;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0142164;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:29:11:6:9:29:11 chrX 155252758 . A G 46.3 PASS AF=0.10084;AO=7;DP=114;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0056802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.166;QD=1.55644;RBI=0.015592;REFB=-0.00771385;REVB=-0.0145205;RO=102;SAF=6;SAR=1;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388;STB=0.903621;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0777934;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:114:119:102:107:7:12:0.10084:1:6:49:53:1:11:53:54 chrX 155252868 . T A 44.2 PASS AF=0.0833333;AO=14;DP=168;FAO=14;FDP=168;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=97;FWDB=-0.0314884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.478;QD=1.05249;RBI=0.087046;REFB=-0.00987815;REVB=-0.0811511;RO=153;SAF=11;SAR=3;SRF=57;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449031;STB=0.843132;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0664043;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:168:168:153:154:14:14:0.0833333:3:11:57:96:3:11:57:97 chrX 155254689 . C T 229.52 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0101118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.978;QD=22.3925;RBI=0.0385888;REFB=-0.0102825;REVB=0.0372404;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350656;STB=0.519613;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0130499;OID=.;OPOS=155254689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:12:7:9:13:12:7 chrY 10034887 . CC CG,TG 100.32 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933837,0.0244643;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=57.5303,110.921;QD=40.1271;RBI=0.0963963,0.0244643;REFB=0,0;REVB=0.0239109,1.71574e-05;RO=0;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0173645,-0.0259465;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:5,2:3,0:0:0:5,2:3,0:0:0 chrY 10034941 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.885;QD=39.2067;RBI=0.0357299;REFB=0;REVB=0.035116;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556377;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chrY 10034954 . A G 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.503;QD=23.2241;RBI=0.0408036;REFB=-0.114903;REVB=-0.0227635;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00940737;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chrY 10035449 . G C 34.04 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.008;QD=22.6957;RBI=0.0227781;REFB=-0.168414;REVB=-0.0056143;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0225874;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chrY 10036057 . GT AC 318.76 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=28;FAO=23;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00426608;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.026;QD=47.224;RBI=0.00870108;REFB=-0.0144535;REVB=-0.00758349;RO=2;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114979;STB=0.555506;STBP=0.133;TYPE=mnp;VARB=0.00352938;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:27:2:2:22:23:0.851852:7:15:0:2:8:15:0:2 chrY 10036088 . A G 3993.5 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.728;QD=64.1527;RBI=0.0105332;REFB=0;REVB=-0.00249814;RO=0;SAF=158;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60036e-06;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:249:0:0:249:249:1:91:158:0:0:91:158:0:0 chrY 10036105 . T C 6113.14 PASS AF=1;AO=384;DP=386;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=295;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907688;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.12;QD=63.5131;RBI=0.0414309;REFB=-0.0384426;REVB=0.0404243;RO=0;SAF=295;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106802;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:386:385:0:0:384:385:1:89:295:0:0:90:295:0:0 chrY 10036107 . T C 6285.52 PASS AF=1;AO=391;DP=399;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=305;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174029;FXX=0.0149996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.191;QD=63.8124;RBI=0.017403;REFB=-0.0442762;REVB=-6.62183e-05;RO=1;SAF=304;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14153e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:399:394:1:0:391:394:1:87:304:1:0:89:305:0:0 chrY 10036132 . T C 7228.87 PASS AF=1;AO=458;DP=463;FAO=460;FDP=460;FR=.;FRO=0;FSAF=373;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368498;FXX=0.0086205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2379;QD=62.8598;RBI=0.0296286;REFB=-0.0565049;REVB=0.0293985;RO=1;SAF=372;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69136e-05;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:463:460:1:0:458:460:1:86:372:1:0:87:373:0:0 chrY 10036156 . G C 7047.07 PASS AF=1;AO=449;DP=453;FAO=450;FDP=450;FR=.;FRO=0;FSAF=366;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125253;FXX=0.00662237;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.018;QD=62.6406;RBI=0.01804;REFB=-0.0977102;REVB=0.0129831;RO=1;SAF=365;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51758e-05;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:453:450:1:0:449:450:1:84:365:1:0:84:366:0:0 chrY 10036164 . T C 7083.16 PASS AF=1;AO=450;DP=452;FAO=451;FDP=451;FR=.;FRO=0;FSAF=367;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261926;FXX=0.00221234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.796;QD=62.8218;RBI=0.0139545;REFB=-0.0960565;REVB=0.0137064;RO=1;SAF=366;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130785;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:452:451:1:0:450:451:1:84:366:0:1:84:367:0:0 chrY 10036171 . A G 7171.0 PASS AF=1;AO=444;DP=448;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=364;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405115;FXX=0.00666652;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.47;QD=64.17;RBI=0.0408424;REFB=0;REVB=0.00518895;RO=0;SAF=361;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01143e-06;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:448:447:0:0:444:447:1:83:361:0:0:83:364:0:0 chrY 10036189 . C CCGTT 6968.56 PASS AF=1;AO=420;DP=450;FAO=437;FDP=437;FR=.;FRO=0;FSAF=356;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220543;FXX=0.0267255;HRUN=2;LEN=4;MLLD=197.959;QD=63.7854;RBI=0.0221541;REFB=0;REVB=-0.00210058;RO=6;SAF=339;SAR=81;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.34615e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:420:450:437:437:0:356:81:0:0:38:6:339:81:5:1 chrY 10036204 . T C 6863.44 PASS AF=1;AO=433;DP=436;FAO=433;FDP=433;FR=.;FRO=0;FSAF=361;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021607;FXX=0.00915311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4101;QD=63.4036;RBI=0.0595707;REFB=0.0095168;REVB=0.055514;RO=2;SAF=361;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05975e-05;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:436:433:2:0:433:433:1:72:361:2:0:72:361:0:0 chrY 10036229 . T C 5176.33 PASS AF=1;AO=327;DP=329;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=304;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134328;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.851;QD=63.126;RBI=0.0142171;REFB=-0.037604;REVB=-0.00465691;RO=0;SAF=303;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7684e-05;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:329:328:0:0:327:328:1:24:303:0:0:24:304:0:0 chrY 10036233 . G C 4743.58 PASS AF=1;AO=295;DP=297;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=285;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336816;FXX=0.00666644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.082;QD=63.6722;RBI=0.0362084;REFB=-0.0102446;REVB=-0.013289;RO=2;SAF=282;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72956e-05;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:297:298:2:0:295:298:1:13:282:2:0:13:285:0:0 chrY 10036269 . A G 1293.44 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.692;QD=59.4687;RBI=0.0732644;REFB=-0.0651913;REVB=-0.0693606;RO=1;SAF=84;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560762;STB=0.66398;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000513806;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:1:84:1:0:1:84:1:1 chrY 10036277 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.119;QD=37.893;RBI=0.0213309;REFB=0.0265389;REVB=-0.0156958;RO=1;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00378161;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:2:10:1:0:2:10:1:0 chrY 10036280 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.315;QD=44.6895;RBI=0.0668323;REFB=0;REVB=0.0633479;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134459;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:2:11:0:0 chrY 10036408 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0435921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.033;QD=19.1323;RBI=0.0546974;REFB=0.00467173;REVB=-0.0330384;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00763132;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chrY 10036422 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0904884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.192;QD=14.0432;RBI=0.0929662;REFB=-0.00485664;REVB=-0.0213207;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0206555;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chrY 10036438 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=4.96111e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.573;QD=17.2298;RBI=0.0251711;REFB=-0.00944035;REVB=-0.025171;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.017487;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:5:3:1:4:5:3:2:4 chrY 10036483 . T C 208.98 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939477;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.574;QD=49.1714;RBI=0.00953563;REFB=0;REVB=0.00163293;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100322;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chrY 10036486 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.254;QD=49.5978;RBI=0.033859;REFB=0;REVB=0.0336636;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243499;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chrY 10036503 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0177723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.399;QD=16.3856;RBI=0.0256645;REFB=-0.0258964;REVB=0.0185151;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0158243;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chrY 10036512 . G A 57.06 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0429201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6077;QD=14.2646;RBI=0.0429787;REFB=-0.0920374;REVB=0.00224471;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0843754;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chrY 10036518 . C T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0038196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.609;QD=15.2919;RBI=0.0284553;REFB=-0.0316264;REVB=-0.0281978;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0230201;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chrY 10036519 . G GTTGA 68.43 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0026789;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.491;QD=15.206;RBI=0.0176056;REFB=-0.00846228;REVB=0.0174006;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=ins;VARB=0.00607713;OID=.;OPOS=10036520;OREF=-;OALT=TTGA;OMAPALT=GTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:18:9:18:9:5:4:4:5:65:9:4:4:4:5 chrY 10036530 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0209693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=21.3532;RBI=0.0271193;REFB=-0.0274539;REVB=-0.0171972;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0123984;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:4:5:7:6:4:5 chrY 10036545 . T C 306.14 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00384675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.668;QD=47.098;RBI=0.0176394;REFB=0.0229832;REVB=0.0172149;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000986851;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:26:2:2:22:24:0.923077:11:11:1:1:12:12:1:1 chrY 10036549 . A C 170.08 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00752028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.878;QD=25.197;RBI=0.0240792;REFB=-0.025033;REVB=-0.0228747;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195324;STB=0.510904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0164107;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:5:5:9:8:5:5 chrY 10036552 . C T 63.69 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0378374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.035;QD=9.09851;RBI=0.0395849;REFB=-0.00269586;REVB=-0.0116316;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296329;STB=0.555432;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00494264;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:8:9:0.321429:4:4:10:9:5:4:10:9 chrY 10036561 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00577016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.775;QD=19.8495;RBI=0.0063613;REFB=0.00995181;REVB=0.00267795;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00665549;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:7:6:8:7:7:6 chrY 10036586 . TG CA,CG 242.5 PASS AF=0.333333,0.541667;AO=8,13;DP=24;FAO=8,13;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=3,6;FSAR=5,7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125874,-0.0215582;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=181.306,116.872;QD=40.4169;RBI=0.0136017,0.0248637;REFB=0.0147805,0.0140636;REVB=-0.00515412,-0.0123875;RO=3;SAF=3,6;SAR=5,7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141139,-0.0691109;STB=0.581188,0.538402;STBP=0.447,0.623;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00917168,-0.0683532;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:24:24:3:3:8,13:8,13:0.333333,0.541667:5,7:3,6:2:1:5,7:3,6:2:1 chrY 10036590 . T G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0106206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.917;QD=7.83716;RBI=0.0220249;REFB=-0.011274;REVB=-0.0192951;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11411;STB=0.549857;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0181924;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:8:7:4:3:8:8 chrY 10037768 . T C 4140.87 PASS AF=0.884848;AO=292;DP=330;FAO=292;FDP=330;FR=.;FRO=38;FSAF=157;FSAR=135;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00527234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.25;QD=50.1924;RBI=0.0159416;REFB=0.000875433;REVB=0.0150445;RO=37;SAF=157;SAR=135;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016762;STB=0.507402;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-8.86764e-05;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:37:38:292:292:0.884848:135:157:17:20:135:157:18:20 chrY 10037786 . G A 104.78 PASS AF=0.0888889;AO=36;DP=397;FAO=36;FDP=405;FR=.;FRO=369;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=218;FSRR=151;FWDB=-0.00492455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.276;QD=1.03483;RBI=0.0357735;REFB=-0.00236731;REVB=-0.0354329;RO=361;SAF=15;SAR=21;SRF=217;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218194;STB=0.654675;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0245927;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:405:361:369:36:36:0.0888889:21:15:217:144:21:15:218:151 chrY 10037791 . C G 5421.55 PASS AF=0.902148;AO=378;DP=419;FAO=378;FDP=419;FR=.;FRO=41;FSAF=226;FSAR=152;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00413523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.599;QD=51.757;RBI=0.0173952;REFB=-0.0417259;REVB=0.0168966;RO=40;SAF=226;SAR=152;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231215;STB=0.513609;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00357609;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:419:40:41:378:378:0.902148:152:226:19:21:152:226:19:22 chrY 10037797 . T C 5408.38 PASS AF=0.895735;AO=375;DP=423;FAO=378;FDP=422;FR=.;FRO=44;FSAF=232;FSAR=146;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00450021;FXX=0.00938945;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.396;QD=51.2643;RBI=0.0340039;REFB=-0.0252086;REVB=0.0337047;RO=44;SAF=230;SAR=145;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518265;STB=0.527161;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0024772;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:422:44:44:375:378:0.895735:145:230:16:28:146:232:16:28 chrY 10037807 . T C 6008.34 PASS AF=0.918142;AO=404;DP=441;FAO=415;FDP=452;FR=.;FRO=37;FSAF=243;FSAR=172;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0401652;FXX=0.00220746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.856;QD=53.1712;RBI=0.0472424;REFB=-0.0223139;REVB=0.0248718;RO=36;SAF=235;SAR=169;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262594;STB=0.512854;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00274818;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:441:452:36:37:404:415:0.918142:169:235:15:21:172:243:16:21 chrY 10037819 . T C 6576.33 PASS AF=0.917339;AO=445;DP=497;FAO=455;FDP=496;FR=.;FRO=41;FSAF=262;FSAR=193;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00837966;FXX=0.00401598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6509;QD=53.0349;RBI=0.0880565;REFB=-0.123747;REVB=0.0876569;RO=45;SAF=261;SAR=184;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491144;STB=0.521747;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0169976;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:496:45:41:445:455:0.917339:184:261:14:31:193:262:13:28 chrY 10037877 . G GC 3415.28 PASS AF=1;AO=328;DP=448;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=227;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303654;FXX=0.0461154;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1016;QD=34.7611;RBI=0.150927;REFB=0.0545937;REVB=0.147841;RO=107;SAF=186;SAR=142;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00923655;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:328:448:393:393:0:227:166:0:0:49:107:186:142:60:47 chrY 10037891 . CA CC,CG 4518.92 PASS AF=0.00974026,0.957792;AO=13,148;DP=319;FAO=3,295;FDP=308;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2,183;FSAR=1,112;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0836033,0.0961826;FXX=0.0159739;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.764,198.953;QD=58.6873;RBI=0.0839727,0.0968719;REFB=-0.0413398,-0.0596453;REVB=-0.00786755,-0.0115354;RO=13;SAF=12,35;SAR=1,113;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.52848,-0.0617028;STB=0.69871,0.50764;STBP=0.516,0.183;TYPE=snp,snp;VARB=0.0126937,0.00172264;OID=.,.;OPOS=10037892,10037892;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00974026,0.957792:13,148:319:3,295:308:10:2,183:1,112:4:6:8:13:12,35:1,113:7:6 chrY 10037899 . T C 3965.75 PASS AF=0.949821;AO=265;DP=279;FAO=265;FDP=279;FR=.;FRO=14;FSAF=171;FSAR=94;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0017857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1902;QD=56.8567;RBI=0.0168295;REFB=-0.0472142;REVB=0.0167345;RO=13;SAF=171;SAR=94;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290382;STB=0.504038;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00248166;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:279:279:13:14:265:265:0.949821:94:171:8:5:94:171:8:6 chrY 10037912 . T G 2239.41 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00881236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.415;QD=62.641;RBI=0.0180395;REFB=-0.0583847;REVB=-0.0157406;RO=1;SAF=69;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684118;STB=0.503597;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-1.49331e-05;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:143:1:1:140:142:0.993007:71:69:1:0:73:69:1:0 chrY 10037914 . T C 2140.38 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.332;QD=62.9524;RBI=0.0444361;REFB=0;REVB=0.0375945;RO=0;SAF=69;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112074;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:67:69:0:0:67:69:0:0 chrY 13262837 . A G 33.43 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00568141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=19.1045;RBI=0.0366264;REFB=0.00173283;REVB=0.0361831;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00328519;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:0:2:5:5:0.714286:4:1:0:0:4:1:0:2 chrY 13262908 . C G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.769;QD=36.3482;RBI=0.0193966;REFB=-0.0687974;REVB=-4.46619e-05;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00204611;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chrY 13262943 . AC A 407.78 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2423;QD=40.7776;RBI=0.083163;REFB=-0.0322451;REVB=0.0822341;RO=2;SAF=28;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.0322556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0165683;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:40:40:40:0:33:7:0:0:6:2:28:7:2:0 chrY 13262950 . G A 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.0104647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.769;QD=9.85811;RBI=0.0113002;REFB=-0.0229955;REVB=-0.00426426;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263387;STB=0.653654;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0277868;OID=.;OPOS=13262950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:4:9:25:4:4:9:25:4 chrY 13262996 . C G 57.08 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.036548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.48;QD=2.45488;RBI=0.0398753;REFB=-0.00498865;REVB=0.0159464;RO=80;SAF=7;SAR=5;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103772;STB=0.576438;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0447955;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:93:80:81:12:12:0.129032:5:7:53:27:5:7:54:27 chrY 13263010 . G A 63.61 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=-0.0162365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.378;QD=2.62301;RBI=0.0274945;REFB=-0.004283;REVB=0.0221883;RO=84;SAF=7;SAR=6;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165376;STB=0.613473;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.026513;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:84:84:13:13:0.134021:6:7:56:28:6:7:56:28 chrY 13263067 . A T 1108.88 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.304;QD=39.9597;RBI=0.16293;REFB=0;REVB=0.134702;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209197;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:111:1:0:100:111:1:55:45:0:1:59:52:0:0 chrY 13263091 . G A 1525.67 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.782;QD=59.8304;RBI=0.0408828;REFB=0;REVB=0.0406173;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115942;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chrY 13263103 . C A 150.15 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0150672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1013;QD=6.59983;RBI=0.0163878;REFB=-0.00164125;REVB=0.00644527;RO=69;SAF=6;SAR=16;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286012;STB=0.676365;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00401871;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:69:22:22:0.241758:16:6:34:35:16:6:34:35 chrY 13263115 . C T 125.94 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0229733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.489;QD=6.45819;RBI=0.023026;REFB=-0.0150973;REVB=-0.00155699;RO=59;SAF=5;SAR=14;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296646;STB=0.683705;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0364087;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:14:5:29:30:14:5:29:30 chrY 13263118 . G A 118.31 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0665164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.887;QD=6.39518;RBI=0.0665985;REFB=-0.00462706;REVB=-0.00330778;RO=56;SAF=5;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284807;STB=0.676452;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0168617;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:13:5:28:28:13:5:28:28 chrY 13263170 . A C,T 186.73 PASS AF=0.625,0.375;AO=10,6;DP=16;FAO=10,6;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290154,0.062544;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.092,94.949;QD=46.6827;RBI=0.0324923,0.0629058;REFB=0,0;REVB=-0.0146238,0.00673705;RO=0;SAF=0,1;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00032112,0.0187236;OID=.,.;OPOS=13263170,13263170;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:16:16:0:0:10,6:10,6:0.625,0.375:10,5:0,1:0:0:10,5:0,1:0:0 chrY 13263175 . A G 179.86 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910657;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6322;QD=47.9622;RBI=0.0918922;REFB=0;REVB=0.0122964;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00331862;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chrY 13263194 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.783;QD=43.486;RBI=0.0209348;REFB=0;REVB=0.0209348;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333503;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chrY 21152662 . CAA C 446.11 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990669;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=2;MLLD=45.1288;QD=49.5679;RBI=0.103206;REFB=0;REVB=0.028934;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130559;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:36:36:0:15:21:0:0:8:0:14:21:0:0 chrY 21152701 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.619;QD=58.5878;RBI=0.0235048;REFB=0;REVB=-0.00495093;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147205;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrY 21152719 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.762;QD=56.1916;RBI=0.0451879;REFB=0;REVB=0.0133743;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207157;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrY 21153609 . T C 851.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0896;QD=57.7024;RBI=0.0606719;REFB=0;REVB=0.0321035;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063853;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chrY 21154426 . G A 744.53 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00393657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.006;QD=54.1477;RBI=0.0045738;REFB=-0.0792536;REVB=-0.00232874;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000184172;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:30:23:0:1:31:23:0:1 chrY 21154466 . T A 712.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660685;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2471;QD=63.2893;RBI=0.023216;REFB=0;REVB=0.0222561;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149711;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0